Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: NW_018397873.1 Herrania umbratica cultivar Fairchild unplaced genomic scaffold, ASM216827v2 scaffold_1177.0, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000
Length: 9332
ACGTcount: A:0.29, C:0.10, G:0.08, T:0.30
Warning! 2118 characters in sequence are not A, C, G, or T
Found at i:3036 original size:170 final size:170
Alignment explanation
Indices: 2727--3296 Score: 444
Period size: 169 Copynumber: 3.4 Consensus size: 170
2717 NNNNNNNNNN
* *
2727 AAACAATTTAAA-CGAGTAATAAGGCTTTTG-AAGAAATGGATGGCTATTAATGGACTTTTTCT-
1 AAACAATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAAG-AATGG-TGACTATAAATGGAC-TTTTCTA
* * * * * * * *********
2789 CTTAATAAATGAATTTTTTTACATGTTT-TGAAGGAAGACATTCAATTATAGTCNNNNNNNNNNA
63 CTCAATGAACGAATTTTTTTACACGTTTCTAAAAGAAAACATTCAATTATAGTC-TGTTTGAACA
* *
2853 TAAAA-GTAAAAAAATTCAACTCAAAATTAATTTTGGGATTATA
127 AAAAATGAAAAAAAATTCAACTCAAAATTAATTTTGGGATTATA
* * * *
2896 AAATAATTTAAAGCGAGTAATAAGGTTTTTGAAAGAATAGGTGGCTATAAAAGGACTTTTCTAC-
1 AAACAATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAAGAAT-GGTGACTATAAATGGACTTTTCTACT
* * * * *
2960 CGAATGAA-TAACTTTTTTTGCACGTTTCTCAAGGAAAACATTTAATTATAGTCTGCTTT-AACA
65 C-AATGAACGAA-TTTTTTTACACGTTTCTAAAAGAAAACATTCAATTATAGTCTG-TTTGAACA
* * * *
3023 AAAAAT-AAAAAAAATT-AACTTAAAATCAATTCTGAGATTATA
127 AAAAATGAAAAAAAATTCAACTCAAAATTAATTTTGGGATTATA
** * ********* * *
3065 AAACAATTTAAAGTTAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATNNNNNNNNNNAAATGGACTTTTTTTCT
1 AAACAATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAAGAAT-GGTGACTATAAATGGACTTTTCTACT
* * ** * *
3130 CAATGAACGAATTTTTTTACATGTTTCTAAAAGCAGGCATTCAATTATAGTCTGTTTGAACCATA
65 CAATGAACGAATTTTTTTACACGTTTCTAAAAGAAAACATTCAATTATAGTCTGTTTGAACAAAA
*
3195 AATGTAAAAAAATTCAACTCAAAATTAATTTT-GGATTATA
130 AATGAAAAAAAATTCAACTCAAAATTAATTTTGGGATTATA
* * *
3235 AAACAATTTAAAACGAGTAATGATGCTTTT-AAAGGAATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCT
1 AAACAATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAA-GAATG-GTGACTATAAATGGACTTTTCT
3297 TGNNNNNNNN
Statistics
Matches: 309, Mismatches: 76, Indels: 31
0.74 0.18 0.07
Matches are distributed among these distances:
168 3 0.01
169 138 0.45
170 127 0.41
171 41 0.13
ACGTcount: A:0.39, C:0.10, G:0.14, T:0.34
Consensus pattern (170 bp):
AAACAATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAAGAATGGTGACTATAAATGGACTTTTCTACTC
AATGAACGAATTTTTTTACACGTTTCTAAAAGAAAACATTCAATTATAGTCTGTTTGAACAAAAA
ATGAAAAAAAATTCAACTCAAAATTAATTTTGGGATTATA
Found at i:6346 original size:171 final size:171
Alignment explanation
Indices: 5026--7571 Score: 1479
Period size: 170 Copynumber: 15.0 Consensus size: 171
5016 NNNNNNNNNN
* * * *
5026 TTTTTTTACATTTATGGTTCAAACAGACAATAATTGAATGCCTGCCTTCAAAAATATGTAAAAAA
1 TTTTTTTACATTTATGGTTAAAACAGACTATAATTGAATGCCTGCCTTCAGAAACATGTAAAAAA
* * * ** *
5091 ATTCATTCATTGAGAAAAAAAGTCCATTTATGGCCGTCC-ATTTATTCAAAAGTCTTATTACTC-
66 ATTCATTCATTGAGAAAAAAAGTCCATTTATAGTC-ACCTATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCA
* * * ********** *
5154 GTTTCAATTCTTNNNNNNNNNNATAATTGATTTTAAGTTAAA
130 CTTTAAATTGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAA
* * * ** ** **********
5196 TTTCTCTACATTT-TCAGTTAAAACAGA-TAATAATTGAATATCT-ATTTCNNNNNNNNNNAAGA
1 TTTTTTTACATTTAT-GGTTAAAACAGACT-ATAATTGAATGCCTGCCTTCAGAAACATGTAA-A
** * * * *
5258 AAAAGGCATTCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCA-TTGATTCCTTTAAAAGCCTTATTAC
63 AAAATTCATTCATTGAGAAAAAAAGTCCATTTATAGTCACCT-ATTCCTTCAAAAGCCTTATTAC
* * * *
5322 TCGCTTTAAATTGTTTTATAAT-TCCAAAATTAATTTTGAGTTGAA
127 TCACTTTAAATTGTTTTATAATCT-CATAATTGATTTTAAGTTGAA
* * *
5367 TTTTTTTTATATTTATGCTTCAAACAGACTATAATTGAATGCCTGCCTTCAGAAACATGTAAAAA
1 -TTTTTTTACATTTATGGTTAAAACAGACTATAATTGAATGCCTGCCTTCAGAAACATGTAAAAA
********** * *
5432 AATNNNNNNNNNNAGAAAAAAAGTCCATTTATAGTCA-CTAATTCCTTCGAAAGTCTTATTACTC
65 AATTCATTCATTGAGAAAAAAAGTCCATTTATAGTCACCT-ATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTC
********** * *
5496 ACTTTAAANNNNNNNNNNATCTCAAAATTGATTTTAAGTT-AT
129 ACTTTAAATTGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAA
* * * *
5538 TTTTTTTATC-TTT-T--TTAAAACAGACTATAATTAAATGTCTGCCTTGAGAAACATGCAAAAA
1 TTTTTTTA-CATTTATGGTTAAAACAGACTATAATTGAATGCCTGCCTTCAGAAACATGTAAAAA
* * * * * *
5599 AA-GCTATTCATTGAGAAGAAAAGTCTATTTATAG-CAACCGATTCTTTCAAAAGCTTTATTACT
65 AATTC-ATTCATTGAGAAAAAAAGTCCATTTATAGTC-ACCTATTCCTTCAAAAGCCTTATTACT
* * *
5662 CGCTTTAAGTTGTTTTATAATGTCATAATTGATTTTAAGTTGAA
128 CACTTTAAATTGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAA
********** * * ** * * *
5706 -TTTTTTNNNNNNNNNNTTAAAACAGACAATAATTGAATG-TTTACTATAACAAACATGAAAAAA
1 TTTTTTTACATTTATGGTTAAAACAGACTATAATTGAATGCCTGCCT-TCAGAAACATG-TAAAA
* * * * * * * *
5769 AAAGT-ATTCATTG-GTAAGAAAAGTCTATATATAGTCACCCATTCTTTTAAAAACCTTATTACT
64 AAATTCATTCATTGAG-AAAAAAAGTCCATTTATAGTCACCTATTCCTTCAAAAGCCTTATTACT
* ********** * *
5832 CACTTTAAATTATNNNNNNNNNNCAAAATTGATTTTGAGTTGAA
128 CACTTTAAATTGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAA
* * * * * * * * *
5876 TTATTTTACTTTTATAGTTAAAACAGACTATAACTGAATGTCTTCCTTAAAAAAAATGTAAAAAA
1 TTTTTTTACATTTATGGTTAAAACAGACTATAATTGAATGCCTGCCTTCAGAAACATGTAAAAAA
* * * * * *
5941 ATTCATTCATTCAG-AAAAAAGTCTATTAATAGCCATCC-ATTTCTTCAAAAACCTTATTACTCA
66 ATTCATTCATTGAGAAAAAAAGTCCATTTATAGTCA-CCTATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCA
* * *
6004 -TTTATATTGTTTTATAATCGCATAATTGATTTTAAGTTAAA
130 CTTTAAATTGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAA
** * * ** ** *
6045 TTTTCCTACAATTTCA--GTTAAAACAGACAATAATTTAATATCT-ATTTCAGGAAAGATG-AAG
1 TTTTTTTAC-ATTT-ATGGTTAAAACAGACTATAATTGAATGCCTGCCTTCA-GAAACATGTAA-
** * * * **********
6106 AAAAAGGCATTCATTGAGAAGAAAAGTACATTTATAGTCA-CTCATTCCTTTAANNNNNNNNNNA
62 AAAAATTCATTCATTGAGAAAAAAAGTCCATTTATAGTCACCT-ATTCCTTCAAAAGCCTTATTA
* * * * ** *
6170 CTCACTTTAAATTGTTTTATAATCCCAAAATTAATGTTGGGTTGAT
126 CTCACTTTAAATTGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAA
*
6216 TTTTTTTACATTTATGGTTCAAAA-AGACTAAAATTGAATGCCTGCCTTCAGAAACATGTAAAAA
1 TTTTTTTACATTTATGGTT-AAAACAGACTATAATTGAATGCCTGCCTTCAGAAACATGTAAAAA
* * * *
6280 AATTCGTTTATTGAGAAAAAAATTCCATTTATAGTCACCGATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCA
65 AATTCATTCATTGAGAAAAAAAGTCCATTTATAGTCACCTATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCA
* * *
6345 CTTTGAATTGTTTTATAATCCCATAATTGATTTTAAGTTGAT
130 CTTTAAATTGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAA
* * * * * * * **
6387 TTTTTTTTCATTTTTTGTTACAACAAACTATAATTGAATGCCTACCTTTAGAAATGTGTAAAACA
1 TTTTTTTACATTTATGGTTAAAACAGACTATAATTGAATGCCTGCCTTCAGAAACATGTAAAA-A
* *
6452 AA-TCATTCATTGAG-AAAAAA-TCCATTTATAGCCACCAATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCA
65 AATTCATTCATTGAGAAAAAAAGTCCATTTATAGTCACCTATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCA
* * **
6514 CTTTAAATTGTTTTATATTGTCATAATTGATTTTAAAATGAA
130 CTTTAAATTGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAA
* * * * * * * *
6556 TTTTTTTATATTTTTTGTTAAAATAGACTATAATTAAATGCCTG-CTT-TGAAAAACGTACAAAA
1 TTTTTTTACATTTATGGTTAAAACAGACTATAATTGAATGCCTGCCTTCAGAAACATGTA-AAAA
** * * * *
6619 AAAGCTATTCATTGAGAAGAAAAGCCCATTTATAGCCACCTATTCTTTCAAAAGCCTTATTACTC
65 AATTC-ATTCATTGAGAAAAAAAGTCCATTTATAGTCACCTATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTC
********** *
6684 NNNNNNNNNNGTTTTATAATATCATAATTGATTTTAAGTTGAA
129 ACTTTAAATTGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAA
* * ** * * *
6727 -TTTTTTATATCTT-TGGTTAAAACAGA-TAATAATTCAATGTTTACCTTAAGAAACATGAAAAA
1 TTTTTTTACAT-TTATGGTTAAAACAGACT-ATAATTGAATGCCTGCCTTCAGAAACATGTAAAA
** * * * * * *
6789 AAAAACATTCATTG-GTAAGAAAAGTCCAATTATAGTCACTTATTCTTTTACAAGCCTTATTACT
64 AAATTCATTCATTGAG-AAAAAAAGTCCATTTATAGTCACCTATTCCTTCAAAAGCCTTATTACT
* * * * *
6853 CGCTTTAAATTATTTTATAATCCCAAAATTGATTTTCAGTTGAA
128 CACTTTAAATTGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAA
* * * * * *
6897 TTTTTTTA-ATTTTATAGTTAAAATAGACTATAATTGAATGTCTTCCTTCAAAAAAAATGT-AAA
1 TTTTTTTACA-TTTATGGTTAAAACAGACTATAATTGAATGCCTGCCTTC-AGAAACATGTAAAA
* * * *
6960 AAATTCATTCATTGAGAAAAAAAGTCTATTAATAGCCATCC-ATTTCTTCAAAAGCCTTATTACT
64 AAATTCATTCATTGAGAAAAAAAGTCCATTTATAGTCA-CCTATTCCTTCAAAAGCCTTATTACT
*
7024 CA-TTTAAATTGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAA
128 CACTTTAAATTGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAA
** * * * * ** **
7067 TTTTCCTATATTTTTAGTTAAAACAGACAATAATTGAATATCT-ATTTCAGGAAACATG-AAGAA
1 TTTTTTTACATTTATGGTTAAAACAGACTATAATTGAATGCCTGCCTTCA-GAAACATGTAA-AA
* * * ********** *
7130 AAAGGT-ATTCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTNNNNNNNNNNTTTAAAAGCCTTATTACT
64 AAA-TTCATTCATTGAGAAAAAAAGTCCATTTATAGTCACCTATTCCTTCAAAAGCCTTATTACT
* * * * *
7194 CGCTTTAAATTGTTTTATAATCTCAAAATTAATTCTGAGTTGAA
128 CACTTTAAATTGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAA
* * *
7238 TTTTTTTACATTTATGGTTCAAACAGACTATAATTGAATCCCTGCCTTTAGAAACATGTAAAAAA
1 TTTTTTTACATTTATGGTTAAAACAGACTATAATTGAATGCCTGCCTTCAGAAACATGTAAAAAA
* * *
7303 ATTCGTTCATTAAG-AAAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCAC
66 ATTCATTCATTGAGAAAAAAAGTCCATTTATAGTCACCTATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCAC
******************
7367 TTNNNNNNNNNNNNNNNNNNCATAATTGATTTTAAGTTGAA
131 TTTAAATTGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAA
* * * * * *
7408 TTTTTTT--ATTTTTTGTTAAAACAGACTATAATTAAATGCATACCTT--GAAAAATGTGCAAAA
1 TTTTTTTACATTTATGGTTAAAACAGACTATAATTGAATGCCTGCCTTCAGAAACATGT--AAAA
* * * * *
7469 AAA-GCTATTCATTGAGAAGAAAAA-TCTATTTAGAG-CTACCTATTCTTTCAACAGCCTTATTA
64 AAATTC-ATTCATTGAGAA-AAAAAGTCCATTTATAGTC-ACCTATTCCTTCAAAAGCCTTATTA
**
7531 CTCGGTTTAAATTGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAG
126 CTCACTTTAAATTGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAG
7572 GTGNNNNNNN
Statistics
Matches: 1776, Mismatches: 520, Indels: 161
0.72 0.21 0.07
Matches are distributed among these distances:
166 9 0.01
167 127 0.07
168 64 0.04
169 275 0.15
170 604 0.34
171 543 0.31
172 146 0.08
173 8 0.00
ACGTcount: A:0.36, C:0.13, G:0.10, T:0.37
Consensus pattern (171 bp):
TTTTTTTACATTTATGGTTAAAACAGACTATAATTGAATGCCTGCCTTCAGAAACATGTAAAAAA
ATTCATTCATTGAGAAAAAAAGTCCATTTATAGTCACCTATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCAC
TTTAAATTGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAA
Found at i:6376 original size:511 final size:507
Alignment explanation
Indices: 5266--7571 Score: 1682
Period size: 511 Copynumber: 4.5 Consensus size: 507
5256 GAAAAAGGCA
* * *** * *
5266 TTCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCATTGATTCCTTTAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAA
1 TTCATTGAGAAAAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAA
* * * * *
5331 ATTGTTTTATAATTCCAAAATTAATTTTGAGTTGAATTTTTTTTA-TATTTAT-GCTTCAAACAG
66 ATTATTTTATAATCCCAAAATTGATTTTAAGTTGAA-TTTTTTTACT-TTTATAG-TTAAAACAG
* * * * * ********** *
5394 ACTATAATTGAATGCCTGCCTTCAGAAACATGTAAAAAAATNNNNNNNNNNAGAAAAAAAGTCCA
128 ACTATAATTGAATGTCTTCCTTAAAAAAAATGTAAAAAAATTCATTCATTGAG-AAAAAAGTCTA
* * * * * * ********** * *
5459 TTTATAGTCA-CTAATTCCTTCGAAAGTCTTATTACTCACTTTAAANNNNNNNNNNATCTCAAAA
192 TTAATAGCCATC-CATTTCTTCAAAAGCCTTATTACTCA-TTTAAATTGTTTTATAATCGCATAA
* * * * **
5523 TTGATTTTAAGTT--ATTTT-TTTTATCTTTT--TTAAAACAGACTATAATTAAATGTCTGCCTT
255 TTGATTTTAAGTTAAATTTTCCTATAT-TTTTAGTTAAAACAGACAATAATTAAATATCT-ATTT
* * *
5583 GA-GAAACATGCAA-AAAAA-GCTATTCATTGAGAAGAAAAGTCTATTTATAG-CAACCGATTCT
318 CAGGAAAAATG-AAGAAAAAGGC-ATTCATTGAGAAGAAAAGTCCATTTATAGTC-ACC-ATTCT
* * * * * * * *
5644 TTCAAAAGCTTTATTACTCGCTTTAAGTTGTTTTATAATGTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTT
379 TT-AAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATTGTTTTATAATCTCAAAATT-AATTTGAGTTGATTTT
********** * ** * *
5709 TTTNNNNNNNNNNTT-AAAACAGAC-AATAATTGAATG-TTTACTATAACAAACATGAAAAAAAA
442 TTTACATTTATGGTTCAAAA-AGACTAA-AATTGAATGCCTGCCT-TAAGAAACATG-TAAAAAA
* *
5771 AGT-A
503 ATTCG
* * * * * *
5775 TTCATTG-GTAAGAAAAGTCTATATATAGTCACCCATTCTTTTAAAAACCTTATTACTCACTTTA
1 TTCATTGAG-AAAAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTA
********** * *
5839 AATTATNNNNNNNNNNCAAAATTGATTTTGAGTTGAATTATTTTACTTTTATAGTTAAAACAGAC
65 AATTATTTTATAATCCCAAAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACTTTTATAGTTAAAACAGAC
* *
5904 TATAACTGAATGTCTTCCTTAAAAAAAATGTAAAAAAATTCATTCATTCAGAAAAAAGTCTATTA
130 TATAATTGAATGTCTTCCTTAAAAAAAATGTAAAAAAATTCATTCATTGAGAAAAAAGTCTATTA
* *
5969 ATAGCCATCCATTTCTTCAAAAACCTTATTACTCATTTATATTGTTTTATAATCGCATAATTGAT
195 ATAGCCATCCATTTCTTCAAAAGCCTTATTACTCATTTAAATTGTTTTATAATCGCATAATTGAT
* * * *
6034 TTTAAGTTAAATTTTCCTACAATTTCAGTTAAAACAGACAATAATTTAATATCTATTTCAGGAAA
260 TTTAAGTTAAATTTTCCTATATTTTTAGTTAAAACAGACAATAATTAAATATCTATTTCAGGAAA
* * *****
6099 GATGAAGAAAAAGGCATTCATTGAGAAGAAAAGTACATTTATAGTCACTCATTCCTTTAANNNNN
325 AATGAAGAAAAAGGCATTCATTGAGAAGAAAAGTCCATTTATAGTCAC-CATT-CTTTAAAAGCC
***** * *
6164 NNNNNACTCACTTTAAATTGTTTTATAATCCCAAAATTAATGTTGGGTTGATTTTTTTTACATTT
388 TTATTACTCACTTTAAATTGTTTTATAATCTCAAAATTAAT-TTGAGTTGA-TTTTTTTACATTT
*
6229 ATGGTTCAAAAAGACTAAAATTGAATGCCTGCCTTCAGAAACATGTAAAAAAATTCG
451 ATGGTTCAAAAAGACTAAAATTGAATGCCTGCCTTAAGAAACATGTAAAAAAATTCG
* * * *
6286 TTTATTGAGAAAAAAATTCCATTTATAGTCACCGATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTGA
1 TTCATTGAGAAAAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAA
* * * * * * *
6351 ATTGTTTTATAATCCCATAATTGATTTTAAGTTGATTTTTTTTTCATTTT-TTGTTACAACAAAC
66 ATTATTTTATAATCCCAAAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTAC-TTTTATAGTTAAAACAGAC
* * * * ** *
6415 TATAATTGAATGCCTACCTTTAGAAATGTGTAAAACAAA-TCATTCATTGAGAAAAAA-TCCATT
130 TATAATTGAATGTCTTCCTTAAAAAAAATGTAAAA-AAATTCATTCATTGAGAAAAAAGTCTATT
* * *
6478 TATAGCCA-CCAATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATTGTTTTAT-ATTGTCATAAT
194 AATAGCCATCC-ATTTCTTCAAAAGCCTTATTACTCA-TTTAAATTGTTTTATAATCG-CATAAT
** * ** * * * ** *
6541 TGATTTTAAAATGAATTTTTTTATATTTTTTGTTAAAATAGACTATAATTAAATGCCTGCTTT--
256 TGATTTTAAGTTAAATTTTCCTATATTTTTAGTTAAAACAGACAATAATTAAATATCT-ATTTCA
* * * *
6604 -GAAAAACGTACA-AAAAAAGCTATTCATTGAGAAGAAAAGCCCATTTATAGCCACCTATTCTTT
320 GGAAAAATG-A-AGAAAAAGGC-ATTCATTGAGAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACC-ATTCTTT
********** * * * * *
6667 CAAAAGCCTTATTACTCNNNNNNNNNNGTTTTATAATATCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTT
381 -AAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATTGTTTTATAATCTCAAAATT-AATTTGAGTTGATTTTTT
* * ** * * **
6732 TATATCTT-TGGTT-AAAACAGA-TAATAATTCAATGTTTACCTTAAGAAACATGAAAAAAAAAA
444 TACAT-TTATGGTTCAAAA-AGACTAA-AATTGAATGCCTGCCTTAAGAAACATGTAAAAAAATT
*
6794 CA
506 CG
* * ** * * * *
6796 TTCATTG-GTAAGAAAAGTCCAATTATAGTCACTTATTCTTTTACAAGCCTTATTACTCGCTTTA
1 TTCATTGAG-AAAAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTA
* * *
6860 AATTATTTTATAATCCCAAAATTGATTTTCAGTTGAATTTTTTTAATTTTATAGTTAAAATAGAC
65 AATTATTTTATAATCCCAAAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACTTTTATAGTTAAAACAGAC
6925 TATAATTGAATGTCTTCCTTCAAAAAAAATGT-AAAAAATTCATTCATTGAGAAAAAAAGTCTAT
130 TATAATTGAATGTCTTCCTT-AAAAAAAATGTAAAAAAATTCATTCATTGAG-AAAAAAGTCTAT
*
6989 TAATAGCCATCCATTTCTTCAAAAGCCTTATTACTCATTTAAATTGTTTTATAATCTCATAATTG
193 TAATAGCCATCCATTTCTTCAAAAGCCTTATTACTCATTTAAATTGTTTTATAATCGCATAATTG
*
7054 ATTTTAAGTTAAATTTTCCTATATTTTTAGTTAAAACAGACAATAATTGAATATCTATTTCAGGA
258 ATTTTAAGTTAAATTTTCCTATATTTTTAGTTAAAACAGACAATAATTAAATATCTATTTCAGGA
* * * ********
7119 AACATGAAGAAAAAGGTATTCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTNNNNNNNNNNTTTAAAAG
323 AAAATGAAGAAAAAGGCATTCATTGAGAAGAAAAGTCCATTTATAGT--CACCATTCTTTAAAAG
*
7184 CCTTATTACTCGCTTTAAATTGTTTTATAATCTCAAAATTAATTCTGAGTTGAATTTTTTTACAT
386 CCTTATTACTCACTTTAAATTGTTTTATAATCTCAAAATTAATT-TGAGTTG-ATTTTTTTACAT
* * * *
7249 TTATGGTTCAAACAGACTATAATTGAATCCCTGCCTTTAGAAACATGTAAAAAAATTCG
449 TTATGGTTCAAAAAGACTAAAATTGAATGCCTGCCTTAAGAAACATGTAAAAAAATTCG
* ***
7308 TTCATTAAG-AAAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTNNN
1 TTCATTGAGAAAAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAA
*************** * *
7372 NNNNNNNNNNNNNNNCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTA-TTTT-TTGTTAAAACAGACT
66 ATTATTTTATAATCCCAAAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACTTTTATAGTTAAAACAGACT
* * * ** * * *
7435 ATAATTAAATG-CATACCTTGAAAAATGTGCAAAAAAA-GCTATTCATTGAGAAGAAAAATCTAT
131 ATAATTGAATGTC-TTCCTTAAAAAAAATGTAAAAAAATTC-ATTCATTGAGAA-AAAAGTCTAT
* * * * * *
7498 TTAGAGCTA-CC-TATTCTTTCAACAGCCTTATTACTCGGTTTAAATTGTTTTATAATCTCATAA
193 TAATAGCCATCCAT-TTC-TTCAAAAGCCTTATTACTC-ATTTAAATTGTTTTATAATCGCATAA
7561 TTGATTTTAAG
255 TTGATTTTAAG
7572 GTGNNNNNNN
Statistics
Matches: 1390, Mismatches: 343, Indels: 127
0.75 0.18 0.07
Matches are distributed among these distances:
506 25 0.02
507 40 0.03
508 82 0.06
509 190 0.14
510 390 0.28
511 526 0.38
512 123 0.09
513 14 0.01
ACGTcount: A:0.36, C:0.13, G:0.10, T:0.37
Consensus pattern (507 bp):
TTCATTGAGAAAAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAA
ATTATTTTATAATCCCAAAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACTTTTATAGTTAAAACAGACT
ATAATTGAATGTCTTCCTTAAAAAAAATGTAAAAAAATTCATTCATTGAGAAAAAAGTCTATTAA
TAGCCATCCATTTCTTCAAAAGCCTTATTACTCATTTAAATTGTTTTATAATCGCATAATTGATT
TTAAGTTAAATTTTCCTATATTTTTAGTTAAAACAGACAATAATTAAATATCTATTTCAGGAAAA
ATGAAGAAAAAGGCATTCATTGAGAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCATTCTTTAAAAGCCTTA
TTACTCACTTTAAATTGTTTTATAATCTCAAAATTAATTTGAGTTGATTTTTTTACATTTATGGT
TCAAAAAGACTAAAATTGAATGCCTGCCTTAAGAAACATGTAAAAAAATTCG
Found at i:8624 original size:172 final size:171
Alignment explanation
Indices: 8082--9332 Score: 712
Period size: 172 Copynumber: 7.3 Consensus size: 171
8072 NNNNNNNNNN
* * **
8082 CTTTAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATTGTTTTATAATCTCAAAATTAATTTGGAGTTGAA-T
1 CTTTAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATTATTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAGTTGAATT
* * * * * ** *
8146 TTTTTAACATTTATGGTTCAAATAGACT-ATAATTGAATGCTTGCCTTCAGAAACACGTAAACAA
66 TTTTTTACATTTATGGTTAAAATAGA-TAATAATTGAATGTTTACCTTGAGAAACATTTAAAAAA
** * * *
8210 ATTCGTTCAT-TGAGAAAAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATT
130 AGGCATTCATATG-TAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATT
********** * * * * *
8252 CCTNNNNNNNNNNTATTACTCACTTTAAATTGTTTTATAATCTCAGAATTGATTTTAAG-TCAAA
1 -CTTTAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATTATTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAGTTGAAT
* * * * * * * ** *
8316 TTTTTTTATATTTTTTGTTAAAACAGACT-ATAACTGAATGTCTACCTTCAGAAATGTGTAAAAA
65 TTTTTTTACATTTATGGTTAAAATAGA-TAATAATTGAATGTTTACCTTGAGAAACATTTAAAAA
* * *
8380 AA-GCTATTTAT-TGAGAAGAAAAGTCAATTTATAGTCACCCATT
129 AAGGC-ATTCATATG-TAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATT
* ********** * *
8423 CCTTCAAAAGCNNNNNNNNNNGCTTTAAATTATTTTATAATCTCATAATTGATTTTGAGTTGAAT
1 -CTTTAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATTATTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAGTTGAAT
* * * * *
8488 TTTTTTTACCTTTTTGGTTAATATAGATAATAATTGAATGTTTACCTTGATAAACATTTTTAAAA
65 TTTTTTTACATTTATGGTTAAAATAGATAATAATTGAATGTTTACCTTGAGAAACA-TTTAAAAA
* * * *
8553 AA-GCATTTATCTGTAAGAAAAGTCCATTTGTAGTCACTCATTT
129 AAGGCATTCATATGTAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCA-TT
* *
8596 CTTTAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATTGTTTTATAAT-TCTAAAATTGATTTTGAGTTGAA-
1 CTTTAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATTATTTTATAATCTC-AAAATTGATTTTAAGTTGAAT
* * * * ********** *
8659 TTCTTTTATATTTATGATTAAAACAGACT-ATAATTGAATGNNNNNNNNNNGAAACATGTAAAAA
65 TTTTTTTACATTTATGGTTAAAATAGA-TAATAATTGAATGTTTACCTTGAGAAACATTTAAAAA
** * * *
8723 AATTCATTCA-ATGAGAAAAAAATATCCATTTATAGTCACCCATT
129 AAGGCATTCATATG-TAAGAAAA-GTCCATTTATAGTCACCCATT
* * * * *
8767 CTTTCAAAAGCCTTATGACTCACTTTAAATTGTTTTATAATCTCATAATTGAATTTAAGTTGAAT
1 CTTT-AAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATTATTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAGTTGAAT
* * * * *
8832 TTTTTTTACATGTT-TTGTTAAAATAGATAATAATTAAATATTTATCTTGAGAAACATTAAAAAA
65 TTTTTTTACAT-TTATGGTTAAAATAGATAATAATTGAATGTTTACCTTGAGAAACATTTAAAAA
* *********
8896 AAGGCATTCATTTGTAAGAAAAGTCCATTTATAGNNNNNNNNNN
129 AAGGCATTCATATGTAAGAAAAGTCCATTTATAG-TCACCCATT
* * *
8940 CTTTAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATTATTTTATAATCTTAAAATTTATTTTAACTTGAA-T
1 CTTTAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATTATTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAGTTGAATT
* ** * * *
9004 TTTTTTACATTTATGGTTAAAA-AGACAATAA-TGAAATGTTTGGCTCGAGAAACGTGTAAAAAA
66 TTTTTTACATTTATGGTTAAAATAGATAATAATTG-AATGTTTACCTTGAGAAACATTTAAAAAA
* * *
9067 A-TCATTCAT-TG-AAGAAAAAAGTCTATTTATAATCACCCATT
130 AGGCATTCATATGTAAG--AAAAGTCCATTTATAGTCACCCATT
********** * * * * * *
9108 CCTNNNNNNNNNNTATTACTCACTTTAAATTGTTTTAAAATCTTATAATTGATTTTAAGTTAAAT
1 -CTTTAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATTATTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAGTTGAAT
* * * * * * * ** * * ** *
9173 TTTTTTT-TATTTTTTGTTAAAACAAATGATAATTAAATGCATGCCTTGAAAAACATGCACAAAA
65 TTTTTTTACATTTATGGTTAAAATAGATAATAATTGAATGTTTACCTTGAGAAACATTTAAAAAA
* * * *
9237 A-GCTACTCAT-TG-AGAAAAAATTTCATTTATAGTCACCCATT
130 AGGC-ATTCATATGTA-AGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATT
* * *
9278 ACTTCAAAAGCCTTATTACTTGCTTTAAATTGTTTTATAATCTCAAAATTGATTT
1 -CTTTAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATTATTTTATAATCTCAAAATTGATTT
Statistics
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Matches are distributed among these distances:
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168 2 0.00
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ACGTcount: A:0.35, C:0.12, G:0.10, T:0.39
Consensus pattern (171 bp):
CTTTAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATTATTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAGTTGAATT
TTTTTTACATTTATGGTTAAAATAGATAATAATTGAATGTTTACCTTGAGAAACATTTAAAAAAA
GGCATTCATATGTAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATT
Found at i:8648 original size:343 final size:338
Alignment explanation
Indices: 8265--9332 Score: 903
Period size: 344 Copynumber: 3.1 Consensus size: 338
8255 NNNNNNNNNN
* * **
8265 TATTACTCACTTTAAATTGTTTTATAATCTCAGAATTGATTTTAAGTCAAATTTTTTTATATTTT
1 TATTACTCGCTTTAAATTGTTTTATAATCT-AAAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTT
* *
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***********
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* * * * *
8460 TAATCTCATAATTGATTTTGAGTTGAATTTTTTTTACCT-TTTTGGTTAATATAGATAATAATTG
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* * ** * *
8524 AATGTTTACCTTGATAAACATTTTTAAAAAA-GCATTTATCTGTAAGAAAAGTCCATTTGTAGTC
255 AATATTTACCTTGAGAAACA-TTAAAAAAAAGGCATTCATCTGTAAGAAAAGTCCATTTATAGTC
8588 ACTCATTTCTTTAAAAGCCT
319 ACTCATTTCTTTAAAAGCCT
* *
8608 TATTACTCGCTTTAAATTGTTTTATAATTCTAAAATTGATTTTGAGTTGAATTCTTTTATA-TTT
1 TATTACTCGCTTTAAATTGTTTTATAA-TCTAAAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTT
* ********* * * *
8672 ATGATTAAAACAGACTATAATTGAATGNNNNNNNNNNGAAACATGTAAAAAAATTCATTCAATGA
65 TTG-TTAAAACAGACTATAA-TGAATG-TCTACCTCAGAAACGTGTAAAAAAACT-ATTCATTGA
* * * *
8737 GAAAAAAATATCCATTTATAGTCACCCATTCTTTCAAAAGCCTTATGACTCACTTTAAATTGTTT
126 G-AAAAAA-GTCAATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATGACTCACTTTAAATTATTT
8802 TATAATCTCATAATTGAATTTAAGTTGAATTTTTTTTACATGTTTTGTTAAAATAGATAATAATT
189 TATAATCTCATAATTGAATTTAAGTTGAATTTTTTTTACATGTTTTGTTAAAATAGATAATAATT
* * **
8867 AAATATTTATCTTGAGAAACATTAAAAAAAAGGCATTCATTTGTAAGAAAAGTCCATTTATAGNN
254 AAATATTTACCTTGAGAAACATTAAAAAAAAGGCATTCATCTGTAAGAAAAGTCCATTTATAGTC
********
8932 NNNNNNNNCTTTAAAAGCCT
319 ACTCATTTCTTTAAAAGCCT
* * * * *
8952 TATTACTCGCTTTAAATTATTTTATAATCTTAAAATTTATTTTAACTTGAATTTTTTTACATTTA
1 TATTACTCGCTTTAAATTGTTTTATAATC-TAAAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTT
* * * **
9017 TGGTTAAAA-AGACAATAATGAAATGTTTGGCTCGAGAAACGTGTAAAAAAA-TCATTCATTGAA
65 TTGTTAAAACAGACTATAATG-AATGTCTACCTC-AGAAACGTGTAAAAAAACT-ATTCATTG-A
* * ********** * *
9080 GAAAAAAGTCTATTTATAATCACCCATTCCTNNNNNNNNNNTATTACTCACTTTAAATTGTTTTA
126 GAAAAAAGTCAATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATGACTCACTTTAAATTATTTTA
* * * * * * * * *
9145 AAATCTTATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTT-TATTTTTTGTTAAAACAAATGATAATTAA
191 TAATCTCATAATTGAATTTAAGTTGAATTTTTTTTACATGTTTTGTTAAAATAGATAATAATTAA
*** * * ** * * * * *
9209 ATGCATGCCTTGAAAAACATGCACAAAAA-GCTACTCAT-TG-AGAAAAAATTTCATTTATAGTC
256 ATATTTACCTTGAGAAACATTAAAAAAAAGGC-ATTCATCTGTA-AGAAAAGTCCATTTATAGTC
* * *
9271 ACCCATTACTTCAAAAGCCT
319 ACTCATTTCTTTAAAAGCCT
*
9291 TATTACTTGCTTTAAATTGTTTTATAATCTCAAAATTGATTT
1 TATTACTCGCTTTAAATTGTTTTATAATCT-AAAATTGATTT
Statistics
Matches: 577, Mismatches: 132, Indels: 36
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Matches are distributed among these distances:
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344 217 0.38
345 7 0.01
ACGTcount: A:0.36, C:0.11, G:0.10, T:0.40
Consensus pattern (338 bp):
TATTACTCGCTTTAAATTGTTTTATAATCTAAAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTT
TGTTAAAACAGACTATAATGAATGTCTACCTCAGAAACGTGTAAAAAAACTATTCATTGAGAAAA
AAGTCAATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATGACTCACTTTAAATTATTTTATAATC
TCATAATTGAATTTAAGTTGAATTTTTTTTACATGTTTTGTTAAAATAGATAATAATTAAATATT
TACCTTGAGAAACATTAAAAAAAAGGCATTCATCTGTAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATT
TCTTTAAAAGCCT
Found at i:8920 original size:344 final size:338
Alignment explanation
Indices: 8086--9332 Score: 880
Period size: 344 Copynumber: 3.6 Consensus size: 338
8076 NNNNNNCTTT
* * * * **
8086 AAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATTGTTTTATAATCTCAAAATTAATTTGGAGTTGAA-TTTTT
1 AAAAGCCTTATGACTCACTTTAAATTGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTT
* * * * * * * * * * **
8150 TAACATTTATGGTTCAAATAGACT-ATAATTGAATGCTTGCCTTCAGAAACACGTAAACAAATTC
66 TTACATTT-TTGTTAAAATAGA-TAATAATTAAATGTTTACCTTGAAAAACA-TTAAAAAAAAGC
* * * * ********** *
8214 GTTCA-TTGAGAAAAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTNNNNNNNNNNTATTACTCACTTT
128 ATTCATTTG-TAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTACTTTAAAAGCCTTATTACTCGCTTT
* * ** * * *
8278 AAATTGTTTTATAATCTCAGAATTGATTTTAAGTCAAATTTTTTTATATTTTTTG-TTAAAACAG
192 AAATTGTTTTATAATCT-AAAATTGATTTTAACTTGAATTCTTTTACA-TTTATGATTAAAA-AG
* * ** ** * * * *
8342 ACTATAACTG-AATGTCTACCTTC-AGAAATGTGTAAAAAAAGCTATTTATTG-AGAAGAAAAGT
254 ACAATAA-TGAAATGTTTGGC-TCGAGAAACATGTAAAAAAATC-ATTCAATGAAGAA-AAAAAT
* *
8404 CAATTTATAGTCACCCATTCCTTC
315 CCATTTATAATCACCCATTCCTTC
*********** * *
8428 AAAAGCNNNNNNNNNNGCTTTAAATTATTTTATAATCTCATAATTGATTTTGAGTTGAATTTTTT
1 AAAAGCCTTATGACTCACTTTAAATTGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTT
* * * * **
8493 TTACCTTTTTGGTTAATATAGATAATAATTGAATGTTTACCTTGATAAACATTTTTAAAAAAGCA
66 TTACATTTTT-GTTAAAATAGATAATAATTAAATGTTTACCTTGAAAAACA-TTAAAAAAAAGCA
* * * * *
8558 TTTATCTGTAAGAAAAGTCCATTTGTAGTCACTCATTTCTTTAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAA
129 TTCATTTGTAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTACTTTAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAA
* * * *
8623 ATTGTTTTATAATTCTAAAATTGATTTTGAGTTGAATTCTTTTATATTTATGATTAAAACAGACT
194 ATTGTTTTATAA-TCTAAAATTGATTTTAACTTGAATTCTTTTACATTTATGATTAAAA-AGACA
**********
8688 ATAATTG-AATGNNNNNNNNNNGAAACATGTAAAAAAATTCATTCAATG-AGAAAAAAATATCCA
257 ATAA-TGAAATGTTTGGCTCGAGAAACATGTAAAAAAA-TCATTCAATGAAG-AAAAAA-ATCCA
* *
8751 TTTATAGTCACCCATTCTTTC
318 TTTATAATCACCCATTCCTTC
*
8772 AAAAGCCTTATGACTCACTTTAAATTGTTTTATAATCTCATAATTGAATTTAAGTTGAATTTTTT
1 AAAAGCCTTATGACTCACTTTAAATTGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTT
* * *
8837 TTACATGTTTTGTTAAAATAGATAATAATTAAATATTTATCTTGAGAAACATTAAAAAAAAGGCA
66 TTACAT-TTTTGTTAAAATAGATAATAATTAAATGTTTACCTTGAAAAACATTAAAAAAAA-GCA
**********
8902 TTCATTTGTAAGAAAAGTCCATTTATAGNNNNNNNNNNCTTTAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAA
129 TTCATTTGTAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTACTTTAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAA
* * * *
8967 ATTATTTTATAATCTTAAAATTTATTTTAACTTGAATTTTTTTACATTTATGGTTAAAAAGACAA
194 ATTGTTTTATAATC-TAAAATTGATTTTAACTTGAATTCTTTTACATTTATGATTAAAAAGACAA
* * * *
9032 TAATGAAATGTTTGGCTCGAGAAACGTGTAAAAAAATCATTCATTGAAGAAAAAAGTCTATTTAT
258 TAATGAAATGTTTGGCTCGAGAAACATGTAAAAAAATCATTCAATGAAGAAAAAAATCCATTTAT
**
9097 AATCACCCATTCCTNN
323 AATCACCCATTCCTTC
******** * * * *
9113 NNNNNNNNTATTACTCACTTTAAATTGTTTTAAAATCTTATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTT
1 AAAAGCCTTATGACTCACTTTAAATTGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAA-TTTTT
* * * * ** * ** *
9178 TTTA-TTTTTTGTTAAAACAAATGATAATTAAATGCATGCCTTGAAAAACATGCACAAAAAGCTA
65 TTTACATTTTTGTTAAAATAGATAATAATTAAATGTTTACCTTGAAAAACATTAAAAAAAAGC-A
* * * * * *
9242 CTCA-TTG-AGAAAAAATTTCATTTATAGTCACCCATTACTTCAAAAGCCTTATTACTTGCTTTA
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Statistics
Matches: 708, Mismatches: 178, Indels: 41
0.76 0.19 0.04
Matches are distributed among these distances:
338 2 0.00
339 68 0.10
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345 4 0.01
ACGTcount: A:0.35, C:0.12, G:0.10, T:0.39
Consensus pattern (338 bp):
AAAAGCCTTATGACTCACTTTAAATTGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTT
TTACATTTTTGTTAAAATAGATAATAATTAAATGTTTACCTTGAAAAACATTAAAAAAAAGCATT
CATTTGTAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTACTTTAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAAT
TGTTTTATAATCTAAAATTGATTTTAACTTGAATTCTTTTACATTTATGATTAAAAAGACAATAA
TGAAATGTTTGGCTCGAGAAACATGTAAAAAAATCATTCAATGAAGAAAAAAATCCATTTATAAT
CACCCATTCCTTC
Done.