Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: NW_018397875.1 Herrania umbratica cultivar Fairchild unplaced genomic scaffold, ASM216827v2 scaffold_118.0, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
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tuple sizes 0,4,5,7
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Warning! 2349 characters in sequence are not A, C, G, or T
Found at i:2142 original size:170 final size:171
Alignment explanation
Indices: 1828--3283 Score: 1188
Period size: 170 Copynumber: 8.5 Consensus size: 171
1818 NNNNNNNNNN
* * * * *
1828 AATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGACTTTCGAAGGAATGCGTGACTACAA
1 AATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAA
* ** * * * * *****
1893 ATGGA-TTTGTCTTCTCAATGAATAG-CTTTTTCTACACCTTTCTTGAGGCAAGCTTTCANNNNN
66 ATGGACTTT-TCTTCTCAATGAAT-GCCTCTTTCTTTACGTTTCTTGAGGTAAACATTCAATTAT
***** * *
1956 NNNNNGTTTTAAGGAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATT
129 AGTCTGTTTTAAAGAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATC
* * * * * *
1999 AATTATAAGACT-TAAAACTGTTTAAACCGACTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGAGTGACTATAA
1 AATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAA
* * * * *
2063 ATGGGCTTTTATTATCAATGAATGCCTCTTACTTTACGTTTCTTGAGGTAAACAATCAATTATAG
66 ATGGACTTTTCTTCTCAATGAATGCCTCTTTCTTTACGTTTCTTGAGGTAAACATTCAATTATAG
* * * *****
2128 TCTATTTTAAGGAAAAATATAAAAAAATTCAACTTANNNNN
131 TCTGTTTTAAAGAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATC
***** * * * * *
2169 NNNNNTGAGATTATAAAACCATTTAATGCGAGTAATTAGCCTTTTGAAGGAATGGGTGACTCTAA
1 AATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAA
* * * * **
2234 ATGGACTTTTCTTGTTAATGAACT-CTTCTTTCTTTATGTTTCTCAAGGTAAACATTCAATTATA
66 ATGGACTTTTCTTCTCAATGAA-TGCCTCTTTCTTTACGTTTCTTGAGGTAAACATTCAATTATA
** * *
2298 GTCTGTTTTAATCAGAAATGTAAAAAAACTTTAACTTAAAATC
130 GTCTGTTTTAAAGAAAAATGTAAAAAAA-TTCAACTTAAAATC
* * * * * *
2341 AATTATGTGATTATAAAACCATTTAAATG-AAGTAAGAAGCCTTTTGAAGGAATGGGTGATTATA
1 AATTATGAGATTATAAAACTATTTAAA-GCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATA
* * * ** * * *
2405 AATGGACTTTTCTTGTCAGTGAAAGTTTGTTTCTTCACGTTTCTTAAGGTAAACATTCAATTATA
65 AATGGACTTTTCTTCTCAATGAATGCCTCTTTCTTTACGTTTCTTGAGGTAAACATTCAATTATA
* ** *
2470 ATCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTGAACTTAAAATC
130 GTCTGTTTTAAAGAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATC
* * *
2512 AATTATGAGATTATAAAA-TCATTTAAAGCGAGTAATAAGG-TTTTCAAAGAAATGGGTGACTAA
1 AATTATGAGATTATAAAACT-ATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTT-GAAGGAATGGGTGACTAT
* * * * ** * * * ** *
2575 AAATAGATTTTTCTGT-TCAATGAATGGCTTTTTCTACACCTTGCCTGAGGTAGGCTTTCAATTA
64 AAATGGACTTTTCT-TCTCAATGAATGCCTCTTTCTTTACGTTTCTTGAGGTAAACATTCAATTA
*
2639 TAGTTTGTTTTAAAGAAAAATGT-AAAAAATTCAACTTAAAATC
128 TAGTCTGTTTTAAAGAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATC
*
2682 AATTATGAGATTATAAAACTATTTCAAA-CGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTGTA
1 AATTATGAGATTATAAAACTATTT-AAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATA
* * * * * * * * ** * *
2746 AATGAAATTTTTTTCTTAATGAATGGCT-TCTTCTATACATTCCCCGAGGCAGACATTCAATTAT
65 AATGGACTTTTCTTCTCAATGAATGCCTCT-TTCTTTACGTTTCTTGAGGTAAACATTCAATTAT
** * * *
2810 TTTCTGTTTTAACA-AAAAATAT-AAAAAATTCAACATAAAATT
129 AGTCTGTTTTAA-AGAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATC
* * * * * * *
2852 AATTATAAAATTCTAAAACCATTTCAAGCGAGTAATAAGCCTTTTAAAGGAATGGGTGACTATAA
1 AATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAA
* * * * *
2917 ATGGACTTTTCTTCTCAATCAATAG-CT-TTT-TTTGCATGTTTCTCGAGGCAAGCACTT-AATT
66 ATGGACTTTTCTTCTCAATGAAT-GCCTCTTTCTTT--ACGTTTCTTGAGGTAAACA-TTCAATT
* ** * * *
2978 ATAGTCTATTTTAATTAAAAATGTGAAAAAATTTAACTTAAAATG
127 ATAGTCTGTTTTAAAGAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATC
* * * *
3023 AATTATAAGATTATAAAACTATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGAATGGGTGAGTA-AA
1 AATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAA
** * * * * * * * * * **
3087 AGTTTATTTTTCTTCTCAATGAATGGCTTTTTGTATACCTTTCCTAAGGCAGGC-TATCAATTAT
66 A-TGGACTTTTCTTCTCAATGAATGCCTCTTTCTTTACGTTTCTTGAGGTAAACAT-TCAATTAT
* * *
3151 AGTCTGTTTTAAAAGAAAATTTTAAAAAAAATT-GACTTAAAATC
129 AGTCTGTTTT-AAAGAAAAATGT-AAAAAAATTCAACTTAAAATC
* *
3195 AATTATGAGATTATAAAACTATTTCAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGGCTATAA
1 AATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAA
* *
3260 ATGAACTTTTCTTCTCAATCAATG
66 ATGGACTTTTCTTCTCAATGAATG
3284 GCATTCAATT
Statistics
Matches: 1035, Mismatches: 217, Indels: 65
0.79 0.16 0.05
Matches are distributed among these distances:
168 2 0.00
169 8 0.01
170 390 0.38
171 385 0.37
172 236 0.23
173 14 0.01
ACGTcount: A:0.37, C:0.12, G:0.15, T:0.35
Consensus pattern (171 bp):
AATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAA
ATGGACTTTTCTTCTCAATGAATGCCTCTTTCTTTACGTTTCTTGAGGTAAACATTCAATTATAG
TCTGTTTTAAAGAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATC
Found at i:2295 original size:171 final size:170
Alignment explanation
Indices: 1961--3278 Score: 918
Period size: 171 Copynumber: 7.7 Consensus size: 170
1951 NNNNNNNNNN
** * * * **
1961 GTTTTAAGGAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATTAATTATAAGACT-TAAAACTGTTTAAA
1 GTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAA
* * * * * * * * *
2025 CCG-ACTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGAGTGACTATAAATGGGCTTTTATTATCAATGAATGCC
66 -TGAAGTAAGAAGCCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGTCAATGAAT-CT
* * *
2089 TCTTACTTTACGTTTCTTGAGGTAAACAATCAATTATAGTCT
129 TCTTTCTTTACGTTTCTTAAGGTAAACATTCAATTATAGTCT
* ** * **********
2131 ATTTTAAGGAAAAATATAAAAAAATTCAACTTANNNNNNNNNNTGAGATTATAAAACCATTT-AA
1 GTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAA
* ** * *
2195 TGCGAGTAATTAGCCTTTTGAAGGAATGGGTGACTCTAAATGGACTTTTCTTGTTAATGAACTCT
66 TG-AAGTAAGAAGCCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGTCAATGAA-TCT
* *
2260 TCTTTCTTTATGTTTCTCAAGGTAAACATTCAATTATAGTCT
129 TCTTTCTTTACGTTTCTTAAGGTAAACATTCAATTATAGTCT
* * * *
2302 GTTTTAATCAGAAATGTAAAAAAACTTTAACTTAAAATCAATTATGTGATTATAAAACCATTTAA
1 GTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAA-TTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAA
* *
2367 ATGAAGTAAGAAGCCTTTTGAAGGAATGGGTGATTATAAATGGACTTTTCTTGTCAGTGAAAGT-
65 ATGAAGTAAGAAGCCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGTCAATG-AA-TC
* * *
2431 TTGTTTCTTCACGTTTCTTAAGGTAAACATTCAATTATAATCT
128 TTCTTTCTTTACGTTTCTTAAGGTAAACATTCAATTATAGTCT
* *
2474 GTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTGAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAATCATTTAAA
1 GTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAA
* * * * * * * *
2539 -GCGAGTAATAAG-GTTTTCAAAGAAATGGGTGACTAAAAATAGATTTTTC-TGTTCAATGAATG
66 TG-AAGTAAGAAGCCTTTT-GAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTG-TCAATGAAT-
** * * * * ** * *
2601 GCTT-TTTCTACACCTTGCCTGAGGTAGGCTTTCAATTATAGTTT
127 -CTTCTTTCTTTACGTTTCTTAAGGTAAACATTCAATTATAGTCT
** *
2645 GTTTTAAAGAAAAATGT-AAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTCAA
1 GTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTT-AA
* * * * * * * * *
2709 ACG-AGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTGTAAATGAAATTTTTTTCTTAATGAATGGC
65 ATGAAGTAAGAAGCCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGTCAATGAAT--C
* * * *** * * **
2773 TTC-TTCTATACATTCCCCGAGGCAGACATTCAATTATTTTCT
128 TTCTTTCTTTACGTTTCTTAAGGTAAACATTCAATTATAGTCT
* * * * * * * *
2815 GTTTTAACAAAAAATAT-AAAAAATTCAACATAAAATTAATTATAAAATTCTAAAACCATTTCAA
1 GTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAA
* * * * *
2879 -GCGAGTAATAAGCCTTTTAAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTCTCAATCAATAGC
66 TG-AAGTAAGAAGCCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGTCAATGAAT--C
* * ** * *
2943 TT-TTT-TTGCATGTTTCTCGAGGCAAGCACTT-AATTATAGTCT
128 TTCTTTCTT-TACGTTTCTTAAGGTAAACA-TTCAATTATAGTCT
* ** * * * * *
2985 ATTTTAATTAAAAATGTGAAAAAATTTAACTTAAAATGAATTATAAGATTATAAAACTATTTAAA
1 GTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAA
* * * * ** * *
3050 GTG-AGTAATAAGGCTTTCGAAGGAATGGGTGAGTA-AAAGTTTATTTTTCTTCTCAATGAATGG
66 -TGAAGTAAGAAGCCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAA-TGGACTTTTCTTGTCAATGAAT--
* * * * * **
3113 CTT-TTTGTATACCTTTCCTAAGGCAGGC-TATCAATTATAGTCT
127 CTTCTTTCTTTACGTTTCTTAAGGTAAACAT-TCAATTATAGTCT
* * * *
3156 GTTTTAA-AAGAAAATTTTAAAAAAAATT-GACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTT
1 GTTTTAACCA-AAAA-TGT-AAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTT
* * * * * * *
3219 CAA-GCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGGCTATAAATGAACTTTTCTTCTCAAT
63 AAATG-AAGTAAGAAGCCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGTCAAT
3279 CAATGGCATT
Statistics
Matches: 928, Mismatches: 184, Indels: 70
0.79 0.16 0.06
Matches are distributed among these distances:
168 1 0.00
169 6 0.01
170 311 0.34
171 371 0.40
172 220 0.24
173 19 0.02
ACGTcount: A:0.38, C:0.11, G:0.15, T:0.36
Consensus pattern (170 bp):
GTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAA
TGAAGTAAGAAGCCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGTCAATGAATCTTC
TTTCTTTACGTTTCTTAAGGTAAACATTCAATTATAGTCT
Found at i:2523 original size:343 final size:341
Alignment explanation
Indices: 1828--3272 Score: 1281
Period size: 341 Copynumber: 4.2 Consensus size: 341
1818 NNNNNNNNNN
* * ** * *
1828 AATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGACTTTCGAAGGAATGCGTGACTACAA
1 AATTATGAGATTATAAAACCATTTCAAGCGAGTAATAAGCCTTTTAAAGGAATGGGTGACTATAA
* * * ** * * * ******
1893 ATGGA-TTTGTCTTCTCAATGAATAGCTTTTTCTACACCTTTCTTGAGGCAAGCTTTCANNNNNN
66 ATGGACTTT-TCTTGTTAATGAAT-GCTTTTTCTTCATGTTTCTCGAGGTAAGCATTCAATTATA
**** ** * * *
1957 NNNNGTTTTAAGGAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATTAATTATAAGACT-TAAAACTGTT
129 GTCTGTTTTAATCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATAAGATTATAAAACTATT
* * * * *
2021 TAAACCGACTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGAGTGACTATAAATGGGCTTTTATTATCAATGAAT
194 TAAACCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTCTCAATGAAT
* * * * * * * * * **
2086 GCCTCTTACTTTACGTTTCTTGAGGTAAACAATCAATTATAGTCTATTTTAAGGAAAAATATAAA
259 GGCTTTTTCTATACGTTTCCTAAGGCAAACATTCAATTATAGTCTGTTTTAACAAAAAATATAAA
*****
2151 AAAATTCAACTTANNNNN
324 AAAATTCAACTTAAAATC
***** * * *
2169 NNNNNTGAGATTATAAAACCATTT-AATGCGAGTAATTAGCCTTTTGAAGGAATGGGTGACTCTA
1 AATTATGAGATTATAAAACCATTTCAA-GCGAGTAATAAGCCTTTTAAAGGAATGGGTGACTATA
* * *
2233 AATGGACTTTTCTTGTTAATGAACT-CTTCTTTCTTTATGTTTCTCAAGGTAAACATTCAATTAT
65 AATGGACTTTTCTTGTTAATGAA-TGCTT-TTTCTTCATGTTTCTCGAGGTAAGCATTCAATTAT
* * ** *
2297 AGTCTGTTTTAATCAGAAATGTAAAAAAACTTTAACTTAAAATCAATTATGTGATTATAAAACCA
128 AGTCTGTTTTAATCAAAAATGTAAAAAAA-TTCAACTTAAAATCAATTATAAGATTATAAAACTA
* * * * * *
2362 TTTAAA-TGAAGTAAGAAGCCTTTTGAAGGAATGGGTGATTATAAATGGACTTTTCTTGTCAGTG
192 TTTAAACCG-AGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTCTCAATG
* * * * * *
2426 AA-AGTTTGTTTCT-TCACGTTTCTTAAGGTAAACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAAT
256 AATGGCTT-TTTCTAT-ACGTTTCCTAAGGCAAACATTCAATTATAGTCTGTTTTAACAAAAAAT
* *
2489 GTAAAAAAATTGAACTTAAAATC
319 ATAAAAAAATTCAACTTAAAATC
* * * * *
2512 AATTATGAGATTATAAAATCATTTAAAGCGAGTAATAAG-GTTTTCAAAGAAATGGGTGACTAAA
1 AATTATGAGATTATAAAACCATTTCAAGCGAGTAATAAGCCTTTT-AAAGGAATGGGTGACTATA
* * * ** * * *
2576 AATAGATTTTTC-TGTTCAATGAATGGCTTTTTCTACACCTTGC-CTGAGGTAGGCTTTCAATTA
65 AATGGACTTTTCTTGTT-AATGAAT-GCTTTTTCTTCATGTTTCTC-GAGGTAAGCATTCAATTA
* ** *
2639 TAGTTTGTTTTAAAGAAAAATGT-AAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTA
127 TAGTCTGTTTTAATCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATAAGATTATAAAACTA
* * * * *
2703 TTTCAAA-CGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTGTAAATGAAATTTTTTTCTTAATG
192 TTT-AAACCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTCTCAATG
* * * ** * **
2767 AATGGCTTCTTCTATACATTCCCCGAGGCAGACATTCAATTATTTTCTGTTTTAACAAAAAATAT
256 AATGGCTTTTTCTATACGTTTCCTAAGGCAAACATTCAATTATAGTCTGTTTTAACAAAAAATAT
* *
2832 -AAAAAATTCAACATAAAATT
321 AAAAAAATTCAACTTAAAATC
* * *
2852 AATTATAAAATTCTAAAACCATTTCAAGCGAGTAATAAGCCTTTTAAAGGAATGGGTGACTATAA
1 AATTATGAGATTATAAAACCATTTCAAGCGAGTAATAAGCCTTTTAAAGGAATGGGTGACTATAA
* * * *
2917 ATGGACTTTTCTTCTCAATCAATAGCTTTTT-TTGCATGTTTCTCGAGGCAAGCACTT-AATTAT
66 ATGGACTTTTCTTGTTAATGAAT-GCTTTTTCTT-CATGTTTCTCGAGGTAAGCA-TTCAATTAT
* * * * *
2980 AGTCTATTTTAATTAAAAATGTGAAAAAATTTAACTTAAAATGAATTATAAGATTATAAAACTAT
128 AGTCTGTTTTAATCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATAAGATTATAAAACTAT
** * * ** *
3045 TTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGAATGGGTGAGTA-AAAGTTTATTTTTCTTCTCAATGA
193 TTAAACCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAA-TGGACTTTTCTTCTCAATGA
* * **
3109 ATGGCTTTTTGTATACCTTTCCTAAGGCAGGC-TATCAATTATAGTCTGTTTTAA-AAGAAAATT
257 ATGGCTTTTTCTATACGTTTCCTAAGGCAAACAT-TCAATTATAGTCTGTTTTAACAA-AAAA-T
* *
3172 TTAAAAAAAATT-GACTTAAAATC
319 AT-AAAAAAATTCAACTTAAAATC
* * * *
3195 AATTATGAGATTATAAAACTATTTCAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGGCTATAA
1 AATTATGAGATTATAAAACCATTTCAAGCGAGTAATAAGCCTTTTAAAGGAATGGGTGACTATAA
*
3260 ATGAACTTTTCTT
66 ATGGACTTTTCTT
3273 CTCAATCAAT
Statistics
Matches: 887, Mismatches: 186, Indels: 60
0.78 0.16 0.05
Matches are distributed among these distances:
339 1 0.00
340 141 0.16
341 376 0.42
342 54 0.06
343 302 0.34
344 13 0.01
ACGTcount: A:0.37, C:0.12, G:0.15, T:0.35
Consensus pattern (341 bp):
AATTATGAGATTATAAAACCATTTCAAGCGAGTAATAAGCCTTTTAAAGGAATGGGTGACTATAA
ATGGACTTTTCTTGTTAATGAATGCTTTTTCTTCATGTTTCTCGAGGTAAGCATTCAATTATAGT
CTGTTTTAATCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATAAGATTATAAAACTATTTA
AACCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTCTCAATGAATGG
CTTTTTCTATACGTTTCCTAAGGCAAACATTCAATTATAGTCTGTTTTAACAAAAAATATAAAAA
AATTCAACTTAAAATC
Found at i:3429 original size:144 final size:145
Alignment explanation
Indices: 3143--3404 Score: 345
Period size: 144 Copynumber: 1.8 Consensus size: 145
3133 AGGCAGGCTA
* *
3143 TCAATTATAGTCTGTTTTAAAAGAAAATTTTAAAAAAAATTGACTTAAAATCAATTATGAGATTA
1 TCAATTATAGTCTGTTTTAAAAGAAAATTGTAAAAAAAATTAACTTAAAATCAATTATGAGATTA
* * ** * * * *
3208 TAAAACTATTTCAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGGCTATAAATGAACTTTTCTT
66 TAAAACCATTTAAAGCGAAAAATAAGCCTTTTAAAGGAATAGGTGACTATAAATGAACTTTTCTT
3273 CTCAATCAATGGCAT
131 CTCAATCAATGGCAT
* *
3288 TCAATTATAGTCTGTTTTAACCA-AAAA-TGT-AAAAAAATTCAACTTAAAATTAATTATGAGAT
1 TCAATTATAGTCTGTTTTAA-AAGAAAATTGTAAAAAAAATT-AACTTAAAATCAATTATGAGAT
*
3350 TATGAAACCATTTAAAGC-AAAAAGTAAGCCTTTTAAAGGAATAGGTGACTA-AAAT
64 TATAAAACCATTTAAAGCGAAAAA-TAAGCCTTTTAAAGGAATAGGTGACTATAAAT
3405 TAGATTTTTC
Statistics
Matches: 101, Mismatches: 13, Indels: 8
0.83 0.11 0.07
Matches are distributed among these distances:
143 16 0.16
144 60 0.59
145 24 0.24
146 1 0.01
ACGTcount: A:0.43, C:0.10, G:0.14, T:0.33
Consensus pattern (145 bp):
TCAATTATAGTCTGTTTTAAAAGAAAATTGTAAAAAAAATTAACTTAAAATCAATTATGAGATTA
TAAAACCATTTAAAGCGAAAAATAAGCCTTTTAAAGGAATAGGTGACTATAAATGAACTTTTCTT
CTCAATCAATGGCAT
Found at i:3569 original size:170 final size:171
Alignment explanation
Indices: 3285--4353 Score: 944
Period size: 170 Copynumber: 6.3 Consensus size: 171
3275 CAATCAATGG
* *
3285 CATTCAATTATAGTCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATTAATTATGAGAT
1 CATTCAATTATAGTCTGTTTTAAACAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGAT
* * ** * * *
3350 TATGAAACCATTTAAAGC-AAAAAGTAAGCCTTTTAAAGGAATAGGTGACTA-AAATTAGATTTT
66 TATAAAACTATTTAAAGCGAGTAA-TAAGCCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAA-TAGACTTT
* * * * *
3413 TCTTTTTAATGAATGGC-T-TTTCTACACCTTTCCTAAGGCAGG
129 TCTTGTCAATGAAT-GCTTGTTTCTTCACGTTTCCTAAGGCAGA
* * * *
3455 CTTTCAATTATAGTCTGTTTTAAAGAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATAAGAT
1 CATTCAATTATAGTCTGTTTTAAACAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGAT
* * *
3520 TATAAAACTATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGGAGGAATGGGTGACTGTAAATAGACTTTTC
66 TATAAAACTATTTAAAGCGAGTAATAAGCCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATAGACTTTTC
* *
3585 TTGTCAATGAATGCTTGTTTCTTCACATTT-CTCAAGGTAGA
131 TTGTCAATGAATGCTTGTTTCTTCACGTTTCCT-AAGGCAGA
* *
3626 CATTCAATTATAATCTG-TTTAAATAAAAATGTAAAAAAATTCAA--T----T--A-TA--AGAT
1 CATTCAATTATAGTCTGTTTTAAACAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGAT
* * * *
3679 TATAAAACTATTTAAAGCGGGTAATAAGCCTTTTGATA-GAATGGGCGACTATAAATGGACTTCT
66 TATAAAACTATTTAAAGCGAGTAATAAGCCTTTTGA-AGGAATGGGTGACTATAAATAGACTTTT
** *
3743 CTTGTCAATGAATGCTTGTTTCTTCTTGTTTCTTCTCATTTCTTGAGGTAGA
130 CTTGTCAATGAATGCTTGTTTCTTCACGTTTC--CT-A-------AGGCAGA
* * * * *
3795 CATTCAATTATAATTTATTTTAATA-AAAAATATTAAAAAAA-TCAACTTAAAATTAATTATGAG
1 CATTCAATTATAGTCTGTTTTAA-ACAAAAAT-GTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAG
* * * *
3858 ATTATAAAACTATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGAGTGACTATAAATAGAGTTT
64 ATTATAAAACTATTTAAAGCGAGTAATAAGCCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATAGACTTT
* * * *
3923 TCTTGTCAATGAATACCTT-TTCCCTCATGTTT-CT-AGAGCTAGA
129 TCTTGTCAATGAAT-GCTTGTTTCTTCACGTTTCCTAAG-GC-AGA
* * * * *
3966 CATTCAATTATAATCTCTTTTTAACAAAAAAGTAAAAAACTTCAACTTAAAATCAATTATGAGAT
1 CATTCAATTATAGTCTGTTTTAAACAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGAT
* * * * * * *
4031 TAT-ACAGTCATTTAAGGCG-GCTAATAAGCC-TTTGAAGAAATAGATGACTATAAATGGACTTT
66 TATAAAACT-ATTTAAAGCGAG-TAATAAGCCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATAGACTTT
* ** * * *
4093 TCTTCTCAAAAAATAG-TT-TTCGCTAT-ACGTTTCCTGAGGCAGG
129 TCTTGTCAATGAAT-GCTTGTT-TCT-TCACGTTTCCTAAGGCAGA
* * *
4136 CAATCATTTATAGTCTGTTTT-AACTAAAAATGTAAAAAAGA-TCAACTTAAAATCAATTATTAG
1 CATTCAATTATAGTCTGTTTTAAAC-AAAAATGTAAAAAA-ATTCAACTTAAAATCAATTATGAG
* * ** * * * *
4199 TTTATAAAACCATTTAAAGCCTGTAATAAGCCTTTTAAAAGAATTGGTGGCTATAAA-AGGACTT
64 ATTATAAAACTATTTAAAGCGAGTAATAAGCCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATA-GACTT
* * *
4263 TTCTTGTCAAAT-AATGCTTGTTTCTTTACGTTTCTTAAGGTAGA
128 TTCTTGTC-AATGAATGCTTGTTTCTTCACGTTTCCTAAGGCAGA
*
4307 CATTCAATTATAGTCTGTTTTAAAGAAAAATGTAAAAAAATTCAACT
1 CATTCAATTATAGTCTGTTTTAAACAAAAATGTAAAAAAATTCAACT
4354 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 737, Mismatches: 108, Indels: 107
0.77 0.11 0.11
Matches are distributed among these distances:
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161 2 0.00
162 5 0.01
164 1 0.00
168 1 0.00
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179 2 0.00
180 1 0.00
181 81 0.11
182 3 0.00
ACGTcount: A:0.38, C:0.12, G:0.13, T:0.36
Consensus pattern (171 bp):
CATTCAATTATAGTCTGTTTTAAACAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGAT
TATAAAACTATTTAAAGCGAGTAATAAGCCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATAGACTTTTC
TTGTCAATGAATGCTTGTTTCTTCACGTTTCCTAAGGCAGA
Found at i:3930 original size:340 final size:334
Alignment explanation
Indices: 3285--4353 Score: 952
Period size: 341 Copynumber: 3.1 Consensus size: 334
3275 CAATCAATGG
* * *
3285 CATTCAATTATAGTCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATTAATTATGAGAT
1 CATTCAATTATAATCTG-TTTAAACAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAA-CAATTATGAGA-
* * *** * * ** * * *
3350 TATGAAACCATTTAAAGC-AAAAAGTAAGCCTTTTAAAGGAATAGGTGACTA-AAATTAGATTTT
63 TAT-ACATCATTTAAAGCGGCTAA-TAAGCC-TTTGAAGAAATAGACGACTATAAA-TGGACTTC
* * ** * * * * * *
3413 TCTTTTTAATGAATGGCTTTT--CTACACCTTTCCTAAGGCAGGCTTTCAATTATAGTCTGTTTT
124 TCTTCTCAAAAAATAG-TTTTCGCTATACATTTCCTGAGGCAGACATTCAATTATAGTCTGTTTT
3476 AA-AGAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATAAGATTATAAAACTATTTAAAGCGA
188 AATA-AAAAATATAAAAAAA-TCAACTTAAAATCAATTATAAGATTATAAAACTATTTAAAGCGA
* *
3540 GTAATAAGGCTTTTGGAGGAATGGGTGACTGTAAATAGACTTTTCTTGTCAATGAATGCTTGTTT
251 GTAATAAGGCTTTTGAAGGAAT-GGTGACTATAAATAGACTTTTCTTGTCAATGAATGCTTGTTT
*
3605 CTTCACATTTCTCAAGGTAGA
315 CTTCACGTTTCT-AAGGTAGA
* * *
3626 CATTCAATTATAATCTGTTTAAATAAAAATGTAAAAAAATTCAA-TTATAA-GATTAT-A-A-A-
1 CATTCAATTATAATCTGTTTAAACAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAACAATTATGAGATAT
* * * *
3685 AC-T-ATTTAAAGCGGGTAATAAGCCTTTTGATAG-AATGGGCGACTATAAATGGACTTCTCTTG
66 ACATCATTTAAAGCGGCTAATAAGCC-TTTGA-AGAAATAGACGACTATAAATGGACTTCTCTTC
** * * * * * *
3747 TCAATGAATGCTTGTTTCTTCTTGTTTCT-TCTCATTTCTTGAGGTAGACATTCAATTATAATTT
129 TCAA--AA-AATAG-TT-TTC--G---CTAT-ACATTTCCTGAGGCAGACATTCAATTATAGTCT
* * *
3811 ATTTTAATAAAAAATATTAAAAAAATCAACTTAAAATTAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAA
183 GTTTTAATAAAAAATA-TAAAAAAATCAACTTAAAATCAATTATAAGATTATAAAACTATTTAAA
* * *
3876 GTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGAGTGACTATAAATAGAGTTTTCTTGTCAATGAATACCT
247 GCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATG-GTGACTATAAATAGACTTTTCTTGTCAATGAAT-GCT
* * * *
3941 T-TTCCCTCATGTTTCTAGAGCTAGA
310 TGTTTCTTCACGTTTCTA-AGGTAGA
* * * *
3966 CATTCAATTATAATCTCTTTTTAACAAAAAAGTAAAAAACTTCAACTTAAAATCAATTATGAGAT
1 CATTCAATTATAATCT-GTTTAAACAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAA-CAATTATGAGA-
* * *
4031 TATACAGTCATTTAAGGCGGCTAATAAGCCTTTGAAGAAATAGATGACTATAAATGGACTTTTCT
63 TATACA-TCATTTAAAGCGGCTAATAAGCCTTTGAAGAAATAGACGACTATAAATGGACTTCTCT
* * * *
4096 TCTCAAAAAATAGTTTTCGCTATACGTTTCCTGAGGCAGGCAATCATTTATAGTCTGTTTTAACT
127 TCTCAAAAAATAGTTTTCGCTATACATTTCCTGAGGCAGACATTCAATTATAGTCTGTTTTAA-T
* * * * **
4161 -AAAAATGTAAAAAAGATCAACTTAAAATCAATTATTAGTTTATAAAACCATTTAAAGCCTGTAA
191 AAAAAATATAAAAAA-ATCAACTTAAAATCAATTATAAGATTATAAAACTATTTAAAGCGAGTAA
* * * *
4225 TAAGCCTTTTAAAAGAATTGGTGGCTATAAA-AGGACTTTTCTTGTCAAAT-AATGCTTGTTTCT
255 TAAGGCTTTTGAAGGAA-TGGTGACTATAAATA-GACTTTTCTTGTC-AATGAATGCTTGTTTCT
*
4288 TTACGTTTCTTAAGGTAGA
317 TCACGTTTC-TAAGGTAGA
* *
4307 CATTCAATTATAGTCTGTTTTAAAGAAAAATGTAAAAAAATTCAACT
1 CATTCAATTATAATCTG-TTTAAACAAAAATGTAAAAAAATTCAACT
4354 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 587, Mismatches: 99, Indels: 84
0.76 0.13 0.11
Matches are distributed among these distances:
329 42 0.07
330 7 0.01
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352 19 0.03
ACGTcount: A:0.38, C:0.12, G:0.13, T:0.36
Consensus pattern (334 bp):
CATTCAATTATAATCTGTTTAAACAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAACAATTATGAGATAT
ACATCATTTAAAGCGGCTAATAAGCCTTTGAAGAAATAGACGACTATAAATGGACTTCTCTTCTC
AAAAAATAGTTTTCGCTATACATTTCCTGAGGCAGACATTCAATTATAGTCTGTTTTAATAAAAA
ATATAAAAAAATCAACTTAAAATCAATTATAAGATTATAAAACTATTTAAAGCGAGTAATAAGGC
TTTTGAAGGAATGGTGACTATAAATAGACTTTTCTTGTCAATGAATGCTTGTTTCTTCACGTTTC
TAAGGTAGA
Found at i:6515 original size:171 final size:171
Alignment explanation
Indices: 6254--7661 Score: 1322
Period size: 171 Copynumber: 8.2 Consensus size: 171
6244 CAAGACAAGT
*
6254 ATTCAATTATAGTCTATTTTAACAAAAAATACAAAAAAAATT-AACTTAAAATCAATTATGAGAT
1 ATTCAATTATAGTCTATTTTAACAAAAAATA-TAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGAT
* * * * * * *
6318 TATAAAACCATTAAAAGTGGGTAATAAGCCTTTTGAAGGAATGAGTTACTATAAATGCACTTTTC
65 TATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGCCTTTTGAAAGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTC
6383 TTCTCAATGAATGGCTTTTTCTGTACGTTTTTCAAGGTCGAC
130 TTCTCAATGAATGGCTTTTTCTGTACGTTTTTCAAGGTCGAC
* * * *
6425 AATCAATTATAGTCTATTTTAACAAAAAATGTAAAACAATTCACCTTAAAATCAATTATGAGATT
1 ATTCAATTATAGTCTATTTTAACAAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATT
* * *
6490 ATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGCCTTTCGAAGGAATGGGTGACTCTAAATGGACTTTTCT
66 ATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGCCTTTTGAAAGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCT
* * * * * *
6555 TATCTATGAAT-GCTTGTTTATTTATGTATCTTT--AGGTAGAC
131 TCTCAATGAATGGCTT-TTTCTGTACGT-T-TTTCAAGGTCGAC
* *
6596 ATTCAATTATAGTATATTTTAATC-AAAAATATAAAAAAATTTAACTTAAAATCAATTATGAGAT
1 ATTCAATTATAGTCTATTTTAA-CAAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGAT
* ** * *
6660 TATAAAATCATTTAAAGTAAGTAATAAGCCTTTT-AAAGGAATGGGTGACTATAAATAGATTTTT
65 TATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGCCTTTTGAAA-GAATGGGTGACTATAAATGGACTTTT
* * * * *
6724 CTTCTCAATTAATGACTTTTT-T-TACATGTTTCTCGAGG-CAAGC
129 CTTCTCAATGAATGGCTTTTTCTGTAC--GTTTTTCAAGGTCGA-C
* * * * * * *
6767 ATTTAATTATAGTCTGTTTTGACCAAAAATATAAAAAAATTGAACTTAAAATAAATTATGAGAAT
1 ATTCAATTATAGTCTATTTTAACAAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATT
* * * *
6832 ATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAG-GTTTACGAAAGAATGGGTGACTAAAAATGGATTTTTC
66 ATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGCCTTT-TGAAAGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTC
* * * ** * *
6896 TTTTAAATGAATGGCTTTTTC--TACATCTTTCTTGAGGTAGGC
130 TTCTCAATGAATGGCTTTTTCTGTACGT-TTT-TCAAGGTCGAC
* * * * * * *
6938 TTTCAATTGTAGGT-TGTTTGAA-AGAAAAATGTAAAAGAATTCAACTAAAAATCAATTATGAGA
1 ATTCAATTATA-GTCTATTTTAACA-AAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGA
* * * *
7001 TTA-AAAACCATTTAAAGCG-GATAACAAGGCTTTTGAAAGAATAGGTGACTATAATTGGA-TTT
64 TTATAAAACCATTTAAAGCGAG-TAATAAGCCTTTTGAAAGAATGGGTGACTATAAATGGACTTT
* * * ** *
7063 TTTTCTCAATGAATGGCTTTTTCTGCATGTTTCCCAAGG-CAAGC
128 TCTTCTCAATGAATGGCTTTTTCTGTACGTTTTTCAAGGTCGA-C
* *
7107 ATTCAATTATAGTCCATTTTAATC-AAAAATATAAAAAAAAATCAACTTAAAATTC-ATTATGAG
1 ATTCAATTATAGTCTATTTTAA-CAAAAAATAT-AAAAAAATTCAACTTAAAA-TCAATTATGAG
* * * * *
7170 AATATAAAACCATTTAAAGCAAATAATAAGCCTTTTGAAAGAATGGGTGACTATAAATAGATTTT
63 ATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGCCTTTTGAAAGAATGGGTGACTATAAATGGACTTT
* * * * * **
7235 TTTTGTTAATGAAT-GCTTGTTTCT-TCATGTTTCTCAAGGTAAAC
128 TCTTCTCAATGAATGGCTT-TTTCTGT-ACGTTTTTCAAGGTCGAC
* * * * * *
7279 ATTCAATTATAGTCTGTTTCAACAAAAAATATAAAAAAAGTGAACTCAGAATCAATTATGAGATT
1 ATTCAATTATAGTCTATTTTAACAAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATT
* * * * * *
7344 ATAAAACTATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGATTGTTAATGGACTTTTCT
66 ATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGCCTTTTGAAAGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCT
* * * * *
7409 TCGCAATGAACAGGCTTTTTTTGCACGTTTCTT-AAGG-CAGGC
131 TCTCAATGAA-TGGCTTTTTCTGTACGTTT-TTCAAGGTC-GAC
* * * * * *
7451 ATTTAGTTATAGTCTATTTTAACCAAAAATGTAAAAATATTCAACTTAAAATTAATTATGAGATT
1 ATTCAATTATAGTCTATTTTAACAAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATT
* *
7516 ATAAAACCATTTAAACCGAGTAATAAGGCTTTTGAAAGAATGGGTGACTATAAATGGAC-TTTCG
66 ATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGCCTTTTGAAAGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTC-
* * * * * **
7580 TTCTTAATGAATAAGCTTTTTTTGCACATTTTTCAAGG-CAGGT
130 TTCTCAATGAAT-GGCTTTTTCTGTACGTTTTTCAAGGTC-GAC
** * *
7623 ATTCAATT-TTTTATATTTTAACAAAAAGTATAAAAAAAT
1 ATTCAATTATAGTCTATTTTAACAAAAAATATAAAAAAAT
7662 AGGTAGCTAT
Statistics
Matches: 1009, Mismatches: 181, Indels: 94
0.79 0.14 0.07
Matches are distributed among these distances:
168 2 0.00
169 54 0.05
170 98 0.10
171 616 0.61
172 229 0.23
173 10 0.01
ACGTcount: A:0.39, C:0.11, G:0.14, T:0.36
Consensus pattern (171 bp):
ATTCAATTATAGTCTATTTTAACAAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATT
ATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGCCTTTTGAAAGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCT
TCTCAATGAATGGCTTTTTCTGTACGTTTTTCAAGGTCGAC
Found at i:6828 original size:342 final size:341
Alignment explanation
Indices: 6254--7577 Score: 1513
Period size: 342 Copynumber: 3.9 Consensus size: 341
6244 CAAGACAAGT
* *
6254 ATTCAATTATAGTCTATTTTAACAAAAAATACAAAAAAAATTAACTTAAAATCAATTATGAGATT
1 ATTCAATTATAGTCTATTTTAACAAAAAATATAAAAAAATTTAACTTAAAATCAATTATGAGATT
* * * * * *
6319 ATAAAACCATTAAAAGTGGGTAATAAGCCTTTTGAAGGAATGAGTTACTATAAATGCACTTTTCT
66 ATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGCCTTTTAAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCT
* * *
6384 TCTCAATGAATGGCTTTTTCTGTAC--GTTTTTCAAGGTCGA-CAATCAATTATAGTCTATTTTA
131 TCTCAATGAATGGCTTTTT-T-TACATGTTTCTCAAGG-CAAGCATTCAATTATAGTCTATTTTA
* * * * * *
6446 ACAAAAAATGTAAAACAATTCACCTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGT
193 ACCAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATTAATTATGAGAATATAAAACCATTTAAAGCGAGT
* * *
6511 AATAAGCCTTTCGAAGGAATGGGTGACTCTAAATGGACTTTTCTTATCTATGAATGCTTGTTTAT
258 AATAAGCCTTTCGAAAGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTAT-TATGAATGCTTGTTTCT
* * *
6576 TTATGTATCTTTAGGTAGAC
322 TCATGTTTCTTAAGGTAGAC
*
6596 ATTCAATTATAGTATATTTTAATC-AAAAATATAAAAAAATTTAACTTAAAATCAATTATGAGAT
1 ATTCAATTATAGTCTATTTTAA-CAAAAAATATAAAAAAATTTAACTTAAAATCAATTATGAGAT
* * * *
6660 TATAAAATCATTTAAAGTAAGTAATAAGCCTTTTAAAGGAATGGGTGACTATAAATAGATTTTTC
65 TATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGCCTTTTAAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTC
* * * * * *
6725 TTCTCAATTAATGACTTTTTTTACATGTTTCTCGAGGCAAGCATTTAATTATAGTCTGTTTTGAC
130 TTCTCAATGAATGGCTTTTTTTACATGTTTCTCAAGGCAAGCATTCAATTATAGTCTATTTTAAC
* *
6790 CAAAAATATAAAAAAATTGAACTTAAAATAAATTATGAGAATATAAAACCATTTAAAGCGAGTAA
195 CAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATTAATTATGAGAATATAAAACCATTTAAAGCGAGTAA
* * *
6855 TAAG-GTTTACGAAAGAATGGGTGACTAAAAATGGATTTTTCTT-TTAAATGAATGGCTT-TTTC
260 TAAGCCTTT-CGAAAGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTATT--ATGAAT-GCTTGTTTC
* * * *
6917 TACATCTTTCTTGAGGTAGGC
321 TTCATGTTTCTTAAGGTAGAC
* * * * * * * *
6938 TTTCAATTGTAGGT-TGTTTGAA-AGAAAAATGTAAAAGAATTCAACTAAAAATCAATTATGAGA
1 ATTCAATTATA-GTCTATTTTAACA-AAAAATATAAAAAAATTTAACTTAAAATCAATTATGAGA
* * * * *
7001 TTA-AAAACCATTTAAAGCG-GATAACAAGGCTTTTGAAA-GAATAGGTGACTATAATTGGA-TT
64 TTATAAAACCATTTAAAGTGAG-TAATAAGCCTTTT-AAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTT
* * * * *
7062 TTTTTCTCAATGAATGGCTTTTTCTGCATGTTTCCCAAGGCAAGCATTCAATTATAGTCCATTTT
127 TTCTTCTCAATGAATGGCTTTTTTTACATGTTTCTCAAGGCAAGCATTCAATTATAGTCTATTTT
* * * *
7127 AATCAAAAATATAAAAAAAAATCAACTTAAAATTCATTATGAGAATATAAAACCATTTAAAGCAA
192 AACCAAAAATAT-AAAAAAATTCAACTTAAAATTAATTATGAGAATATAAAACCATTTAAAGCGA
* * * * * *
7192 ATAATAAGCCTTTTGAAAGAATGGGTGACTATAAATAGATTTTTTTTGTTAATGAATGCTTGTTT
256 GTAATAAGCCTTTCGAAAGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTATT-ATGAATGCTTGTTT
* *
7257 CTTCATGTTTCTCAAGGTAAAC
320 CTTCATGTTTCTTAAGGTAGAC
* * * * * *
7279 ATTCAATTATAGTCTGTTTCAACAAAAAATATAAAAAAAGTGAACTCAGAATCAATTATGAGATT
1 ATTCAATTATAGTCTATTTTAACAAAAAATATAAAAAAATTTAACTTAAAATCAATTATGAGATT
* * * * * * *
7344 ATAAAACTATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGATTGTTAATGGACTTTTCT
66 ATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGCCTTTTAAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCT
* * * * * * * *
7409 TCGCAATGAACAGGCTTTTTTTGCACGTTTCTTAAGGCAGGCATTTAGTTATAGTCTATTTTAAC
131 TCTCAATGAA-TGGCTTTTTTTACATGTTTCTCAAGGCAAGCATTCAATTATAGTCTATTTTAAC
* * * *
7474 CAAAAATGTAAAAATATTCAACTTAAAATTAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAACCGAGTAA
195 CAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATTAATTATGAGAATATAAAACCATTTAAAGCGAGTAA
* *
7539 TAAGGCTTTTGAAAGAATGGGTGACTATAAATGGACTTT
260 TAAGCCTTTCGAAAGAATGGGTGACTATAAATGGACTTT
7578 CGTTCTTAAT
Statistics
Matches: 832, Mismatches: 126, Indels: 47
0.83 0.13 0.05
Matches are distributed among these distances:
340 78 0.09
341 213 0.26
342 382 0.46
343 107 0.13
344 52 0.06
ACGTcount: A:0.39, C:0.11, G:0.14, T:0.35
Consensus pattern (341 bp):
ATTCAATTATAGTCTATTTTAACAAAAAATATAAAAAAATTTAACTTAAAATCAATTATGAGATT
ATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGCCTTTTAAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCT
TCTCAATGAATGGCTTTTTTTACATGTTTCTCAAGGCAAGCATTCAATTATAGTCTATTTTAACC
AAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATTAATTATGAGAATATAAAACCATTTAAAGCGAGTAAT
AAGCCTTTCGAAAGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTATTATGAATGCTTGTTTCTTCAT
GTTTCTTAAGGTAGAC
Found at i:7289 original size:512 final size:509
Alignment explanation
Indices: 6211--7605 Score: 1605
Period size: 512 Copynumber: 2.7 Consensus size: 509
6201 NNGGACTTTG
* * * * * ** *
6211 TTCTCAATGAATAAGCTTTTTTTAAACGTTTCCCAAGACAAGTATTCAATTATAGTCTATTTTAA
1 TTCTCAATGAATGA-CTTTTTTTACATGTTTCTCAAGGCAAACATTCAATTATAGTCTGTTTTAA
* * * *
6276 CAAAAAATACAAAAAAAATT-AACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTAAAAGTGGGT
65 CAAAAAATA-TAAAAAAATTGAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGT
* * * *
6340 AATAAGCCTTTTGAAGGAATGAGTTACTATAAATGCACTTTTCTTCTCAATGAATGGCTTTTTCT
129 AATAAG-GTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTCTCAATGAATGGCTTTTTC-
* * * * **
6405 GTACGT-TTT-TCAAGGTCGACAATCAATTATAGTCTATTTTAACAAAAAATGTAAAACAATTCA
192 -TACATCTTTCTTAAGGTAGGCTTTCAATTATAGTCTATTTTAA-AAAAAATGTAAAA-AATTCA
* * * *
6468 CCTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGCCTTTCGAAGGAATGG
254 ACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAAGAATGG
* * * ** *** *
6533 GTGACTCTAAATGGACTTTTCTTATCTATGAATGCTTGTTTATTTATGTATCTTTAGGTAGACAT
319 GTGACTATAAATGGACTTTTCTTCTCAATGAATGCTT-TTTATGCATGTATCCCAAGGAAGACAT
* * * *
6598 TCAATTATAGTATATTTTAATCAAAAATATAAAAAAATTTAACTTAAAATCAATTATGAGATTAT
383 TCAATTATAGTACATTTTAATCAAAAATATAAAAAAAATCAACTTAAAATCAATTATGAGAATAT
* * *
6663 AAAATCATTTAAAGTAAGTAATAAGCCTTTTAAAGGAATGGGTGACTATAAATAGATTTTTC
448 AAAACCATTTAAAGCAAATAATAAGCCTTTTAAAGGAATGGGTGACTATAAATAGATTTTTC
* * * * *
6725 TTCTCAATTAATGACTTTTTTTACATGTTTCTCGAGGCAAGCATTTAATTATAGTCTGTTTTGAC
1 TTCTCAATGAATGACTTTTTTTACATGTTTCTCAAGGCAAACATTCAATTATAGTCTGTTTTAAC
* * *
6790 CAAAAATATAAAAAAATTGAACTTAAAATAAATTATGAGAATATAAAACCATTTAAAGCGAGTAA
66 AAAAAATATAAAAAAATTGAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAA
* * * * * *
6855 TAAGGTTTACGAAAGAATGGGTGACTAAAAATGGATTTTTCTTTTAAATGAATGGCTTTTTCTAC
131 TAAGGTTT-TGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTCTCAATGAATGGCTTTTTCTAC
* * * *
6920 ATCTTTCTTGAGGTAGGCTTTCAATTGTAGGT-TGTTTGAAAGAAAAATGTAAAAGAATTCAACT
195 ATCTTTCTTAAGGTAGGCTTTCAATTATA-GTCTATTTTAAA-AAAAATGTAAAA-AATTCAACT
* * *
6984 AAAAATCAATTATGAGATTA-AAAACCATTTAAAGCG-GATAACAAGGCTTTTGAAAGAATAGGT
257 TAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAG-TAATAAGGCTTTTGAAAGAATGGGT
* * * *
7047 GACTATAATTGGA-TTTTTTTCTCAATGAATGGCTTTTTCTGCATGTTTCCCAAGGCAAG-CATT
321 GACTATAAATGGACTTTTCTTCTCAATGAAT-GCTTTTTATGCATGTATCCCAAGG-AAGACATT
*
7110 CAATTATAGTCCATTTTAATCAAAAATATAAAAAAAAATCAACTTAAAATTC-ATTATGAGAATA
384 CAATTATAGTACATTTTAATCAAAAATAT-AAAAAAAATCAACTTAAAA-TCAATTATGAGAATA
*
7174 TAAAACCATTTAAAGCAAATAATAAGCCTTTTGAAA-GAATGGGTGACTATAAATAGATTTTTT
447 TAAAACCATTTAAAGCAAATAATAAGCCTTTT-AAAGGAATGGGTGACTATAAATAGATTTTTC
* * * *
7237 TTGTTAATGAATG-CTTGTTTCTT-CATGTTTCTCAAGGTAAACATTCAATTATAGTCTGTTTCA
1 TTCTCAATGAATGACTT-TTT-TTACATGTTTCTCAAGGCAAACATTCAATTATAGTCTGTTTTA
* * * *
7300 ACAAAAAATATAAAAAAAGTGAACTCAGAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGCGAGT
64 ACAAAAAATATAAAAAAATTGAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGT
* * * * * *
7365 AATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGATTGTTAATGGACTTTTCTTCGCAATGAACAGGCTTTTTT
129 AATAAGG-TTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTCTCAATGAA-TGGCTTTTTC
* * * *
7430 TGCA-CGTTTCTTAAGGCAGGCATTT-AGTTATAGTCTATTTTAACCAAAAATGTAAAAATATTC
192 TACATC-TTTCTTAAGGTAGGC-TTTCAATTATAGTCTATTTTAA-AAAAAATGTAAAAA-ATTC
* *
7493 AACTTAAAATTAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAACCGAGTAATAAGGCTTTTGAAAGAATG
253 AACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAAGAATG
* *
7558 GGTGACTATAAATGGAC-TTTCGTTCTTAATGAATAAGCTTTTTTTGCA
318 GGTGACTATAAATGGACTTTTC-TTCTCAATGAAT--GCTTTTTATGCA
7606 CATTTTTCAA
Statistics
Matches: 741, Mismatches: 114, Indels: 50
0.82 0.13 0.06
Matches are distributed among these distances:
511 66 0.09
512 301 0.41
513 281 0.38
514 70 0.09
515 12 0.02
516 11 0.01
ACGTcount: A:0.39, C:0.12, G:0.14, T:0.35
Consensus pattern (509 bp):
TTCTCAATGAATGACTTTTTTTACATGTTTCTCAAGGCAAACATTCAATTATAGTCTGTTTTAAC
AAAAAATATAAAAAAATTGAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAA
TAAGGTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTCTCAATGAATGGCTTTTTCTACA
TCTTTCTTAAGGTAGGCTTTCAATTATAGTCTATTTTAAAAAAAATGTAAAAAATTCAACTTAAA
ATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAAGAATGGGTGACTA
TAAATGGACTTTTCTTCTCAATGAATGCTTTTTATGCATGTATCCCAAGGAAGACATTCAATTAT
AGTACATTTTAATCAAAAATATAAAAAAAATCAACTTAAAATCAATTATGAGAATATAAAACCAT
TTAAAGCAAATAATAAGCCTTTTAAAGGAATGGGTGACTATAAATAGATTTTTC
Found at i:8639 original size:171 final size:170
Alignment explanation
Indices: 8285--8926 Score: 517
Period size: 171 Copynumber: 3.7 Consensus size: 170
8275 NNNNNNNNNN
* * * *
8285 TGAAGGAATGGGTGACTCTAAATGGACTTTTCTTCTCAATCAATGGCTTTTTTTGCATC-TCTCT
1 TGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTCTCAATGAATAGCTTTTTTTGCA-CGTTTCT
** * * * *
8349 TGAGGTAGGC-TTTCAATTATAGTATGTTTTAAAGAAAAATATCAAAAAATTCAACTTAAAATCA
65 CAAGGTAAGCATTT-AATTATAGTCTGTTTTAAA-AAAAATATAAAAAAATTAAACTTAAAATCA
* * **********
8413 ATTATGAAATTATAAAACCATTTTAAGCGNNNNNNNNNNCTTT
128 ATTATGAAATTATAAAACCATTTAAACCGAGTAATAACGCTTT
* *
8456 TAAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTCTCAATGAAT-GCATTTTTTTGTACGTTTCT
1 TGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTCTCAATGAATAGC-TTTTTTTGCACGTTTCT
** * *
8520 CAAGACAAGCATTTAATTATAGTCTGTTTTAACAAAAAATATAAAAAAATTAAACTAAAAATTAA
65 CAAGGTAAGCATTTAATTATAGTCTGTTTTAA-AAAAAATATAAAAAAATTAAACTTAAAATCAA
** *
8585 TTATGAGTTTATAAAACTATTTAAACCGAGTAATAACGCTTT
129 TTATGAAATTATAAAACCATTTAAACCGAGTAATAACGCTTT
* * * * *
8627 TGAAGAAATGGGTGAATATAAATGGACTTTTGTTCTAAATGAATAAGCTTTTTCTGCACGTTTC-
1 TGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTCTCAATGAAT-AGCTTTTTTTGCACGTTTCT
* * * * * * *
8691 CTAAGGTATGTATTCAATTATAGTCTATTTTAATAAAAAATGTAAAAATATTTAACTTAAAATCA
65 C-AAGGTAAGCATTTAATTATAGTCTGTTTTAA-AAAAAATATAAAAAAATTAAACTTAAAATCA
********** * * *
8756 ATNNNNNNNNNNTAAAACCATTAAAAGCGAATAATAA-GCCTTT
128 ATTATGAAATTATAAAACCATTTAAACCGAGTAATAACG-CTTT
* * * * *
8799 TGAAGGAATGAGTTACTATAAATGGACTTTTCTTCTCAATTAAT-GACTTTTTCTGCATGTTTC-
1 TGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTCTCAATGAATAG-CTTTTTTTGCACGTTTCT
* * * * *
8862 CTAAGGT-AGACAATCAATTATAGTCCGTTTTAATAAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATC
65 C-AAGGTAAG-CATTTAATTATAGTCTGTTTTAA-AAAAAATATAAAAAAATTAAACTTAAAATC
8926 A
127 A
8927 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 383, Mismatches: 78, Indels: 20
0.80 0.16 0.04
Matches are distributed among these distances:
170 5 0.01
171 243 0.63
172 133 0.35
173 2 0.01
ACGTcount: A:0.37, C:0.12, G:0.13, T:0.35
Consensus pattern (170 bp):
TGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTCTCAATGAATAGCTTTTTTTGCACGTTTCTC
AAGGTAAGCATTTAATTATAGTCTGTTTTAAAAAAAATATAAAAAAATTAAACTTAAAATCAATT
ATGAAATTATAAAACCATTTAAACCGAGTAATAACGCTTT
Found at i:9605 original size:171 final size:169
Alignment explanation
Indices: 9210--10079 Score: 660
Period size: 171 Copynumber: 5.1 Consensus size: 169
9200 NNNNNNNGAG
* * * * *
9210 TAATAGGCCTTTTGAAGGAATGGGTGACTAAAAATGGATTTTTCTATTA--AATGAATGGCTT-T
1 TAATAAGCCTTTTGAAGAAATAGGTGACTATAAATAGATTTTT-T-TTATCAATGAAT-GCTTGT
* * *** ** * ** * * ** *
9272 TTCTACATCTTTCTTGAGGTAGGCTTTTAATTGCAGGCTATTTTAAAGAAAAATGTAAAATAATT
63 TTCTGCATGTTTCCCAAGGTAAACATTTAATTATAGTCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATT
* * **
9337 CAACTAAAAATCAATTATAAGATTATAAAACCATTTAAAGCGGA
128 -AACTAAAATTC-ATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCAAA
* * * **********
9381 TAACAAGGCTTTTGAAGGAATAGGTGACTNNNNNNNNNNNTTTTTTT-TCAATGAATGGCTT-TT
1 TAATAAGCCTTTTGAAGAAATAGGTGACT-ATAAATAGATTTTTTTTATCAATGAAT-GCTTGTT
*
9444 TCTGCATGTTTCCCAAGGCAAACATTTAATTATAGTCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAAGTT
64 TCTGCATGTTTCCCAAGGTAAACATTTAATTATAGTCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAA-TT
* *******
9509 AACTCAAAATTCATTATGAGTTTATAGAAA-CATTTANNNNNNN
128 AACT-AAAATTCATTATGAGATTATA-AAACCATTTAAAGCAAA
*** * *
9552 NNNTAAGCCTTTTGAAGAAATAGGTGACTATAAATAGACTTTTCTTATCAATGAATGCTTGTTTC
1 TAATAAGCCTTTTGAAGAAATAGGTGACTATAAATAGATTTTTTTTATCAATGAATGCTTGTTTC
* * * * * *
9617 TTCACGTTTCCCAAGGTAAACATTCAATTATAGTCTGTTCTAACAAAAAATGTAAAACAATTGAA
66 TGCATGTTTCCCAAGGTAAACATTTAATTATAGTCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATT-AA
* * * *
9682 CTAAAAATCAATTATAAGATTATAAAATCATTTAAAGCAGA
130 CTAAAATTC-ATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCAAA
* * * * *
9723 TAACAAGGCTTTTGAA-AGAATAAGTGACTATAAATGGATTTTTTTTCTCAATGAATGGCTT-TT
1 TAATAAGCCTTTTGAAGA-AATAGGTGACTATAAATAGATTTTTTTTATCAATGAAT-GCTTGTT
* * * *
9786 TCTGCATGTTTCCCCAGGTAGACATTTAATTATAGTCCGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAAATC
64 TCTGCATGTTTCCCAAGGTAAACATTTAATTATAGTCTGTTTTAACCAAAAATGT-AAAAAAATT
** *
9851 AACTTAAAATTCATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAG
128 AAC-TAAAATTCATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCAAA
*
9894 TAATAACCCTTTTGAAGAAATAGGTGACTATAAATAGATTTTTTTTTATCAATGAATGCTTGTTT
1 TAATAAGCCTTTTGAAGAAATAGGTGACTATAAATAGA-TTTTTTTTATCAATGAATGCTTGTTT
*********** * * * *
9959 CTTNNNNNNNNNNAAGGTAAACATTCAATTATAGTTTGTTCTAACAAAAAATGTAAAAAAATTGA
65 CTGCATGTTTCCCAAGGTAAACATTTAATTATAGTCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATT-A
* * *
10024 ACTCAAAA-TCAATTATGTGATTATAAAACCATTTAAAGCGAG
129 ACT-AAAATTC-ATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCAAA
*
10066 TAATAAGGCTTTTG
1 TAATAAGCCTTTTG
Statistics
Matches: 548, Mismatches: 130, Indels: 41
0.76 0.18 0.06
Matches are distributed among these distances:
170 24 0.04
171 386 0.70
172 138 0.25
ACGTcount: A:0.37, C:0.11, G:0.13, T:0.34
Consensus pattern (169 bp):
TAATAAGCCTTTTGAAGAAATAGGTGACTATAAATAGATTTTTTTTATCAATGAATGCTTGTTTC
TGCATGTTTCCCAAGGTAAACATTTAATTATAGTCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTAAC
TAAAATTCATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCAAA
Found at i:9841 original size:342 final size:342
Alignment explanation
Indices: 9320--10079 Score: 977
Period size: 342 Copynumber: 2.2 Consensus size: 342
9310 TATTTTAAAG
* *
9320 AAAAATGTAAAATAATTCAACTAAAAATCAATTATAAGATTATAAAACCATTTAAAGCGGATAAC
1 AAAAATGTAAAAAAATTGAACTAAAAATCAATTATAAGATTATAAAACCATTTAAAGC-GATAAC
* * ***********
9385 AAGGCTTTTGAAGGAATAGGTGACTNNNNNNNNNNNTTTTTTTTCAATGAATGGCTTTTTCTGCA
65 AAGGCTTTTGAAAGAATAAGTGACTAATAAATGGATTTTTTTTTCAATGAATGGCTTTTTCTGCA
* * *
9450 TGTTTCCCAAGGCAAACATTTAATTATAGTCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAAGTTAACTCA
130 TGTTTCCCAAGGCAAACATTTAATTATAGTCCGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAAATCAACTCA
* ********** *
9515 AAATTCATTATGAGTTTATAGAAA-CATTTANNNNNNNNNNTAAGCCTTTTGAAGAAATAGGTGA
195 AAATTCATTATGAGATTATA-AAACCATTTAAAGTGAGTAATAACCCTTTTGAAGAAATAGGTGA
9579 CTATAAATAGA-CTTTTCTTATCAATGAATGCTTGTTTCTTCACGTTTCCCAAGGTAAACATTCA
259 CTATAAATAGATCTTTTCTTATCAATGAATGCTTGTTTCTTCACGTTTCCCAAGGTAAACATTCA
9643 ATTATAGTCTGTTCTAACA
324 ATTATAGTCTGTTCTAACA
* *
9662 AAAAATGTAAAACAATTGAACTAAAAATCAATTATAAGATTATAAAATCATTTAAAGCAGATAAC
1 AAAAATGTAAAAAAATTGAACTAAAAATCAATTATAAGATTATAAAACCATTTAAAGC-GATAAC
9727 AAGGCTTTTGAAAGAATAAGTGACT-ATAAATGGATTTTTTTTCTCAATGAATGGCTTTTTCTGC
65 AAGGCTTTTGAAAGAATAAGTGACTAATAAATGGATTTTTTTT-TCAATGAATGGCTTTTTCTGC
* * * *
9791 ATGTTTCCCCAGGTAGACATTTAATTATAGTCCGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAAATCAACTT
129 ATGTTTCCCAAGGCAAACATTTAATTATAGTCCGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAAATCAACTC
9856 AAAATTCATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAACCCTTTTGAAGAAATAGGTGA
194 AAAATTCATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAACCCTTTTGAAGAAATAGGTGA
* * **********
9921 CTATAAATAGATTTTTTTTTATCAATGAATGCTTGTTTCTTNNNNNNNNNNAAGGTAAACATTCA
259 CTATAAATAGATCTTTTCTTATCAATGAATGCTTGTTTCTTCACGTTTCCCAAGGTAAACATTCA
*
9986 ATTATAGTTTGTTCTAACA
324 ATTATAGTCTGTTCTAACA
* ** *
10005 AAAAATGTAAAAAAATTGAACTCAAAATCAATTATGTGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAAT
1 AAAAATGTAAAAAAATTGAACTAAAAATCAATTATAAGATTATAAAACCATTTAAAGCGA-TAAC
10070 AAGGCTTTTG
65 AAGGCTTTTG
Statistics
Matches: 360, Mismatches: 54, Indels: 7
0.86 0.13 0.02
Matches are distributed among these distances:
341 10 0.03
342 225 0.62
343 125 0.35
ACGTcount: A:0.39, C:0.12, G:0.12, T:0.33
Consensus pattern (342 bp):
AAAAATGTAAAAAAATTGAACTAAAAATCAATTATAAGATTATAAAACCATTTAAAGCGATAACA
AGGCTTTTGAAAGAATAAGTGACTAATAAATGGATTTTTTTTTCAATGAATGGCTTTTTCTGCAT
GTTTCCCAAGGCAAACATTTAATTATAGTCCGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAAATCAACTCAA
AATTCATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAACCCTTTTGAAGAAATAGGTGACT
ATAAATAGATCTTTTCTTATCAATGAATGCTTGTTTCTTCACGTTTCCCAAGGTAAACATTCAAT
TATAGTCTGTTCTAACA
Found at i:10048 original size:172 final size:170
Alignment explanation
Indices: 9320--10071 Score: 667
Period size: 171 Copynumber: 4.4 Consensus size: 170
9310 TATTTTAAAG
* * *
9320 AAAAATGTAAAATAATTCAACTAAAAATCAATTATAAGATTATAAAACCATTTAAAGCG-GATAA
1 AAAAATGTAAAAAAATTGAACTAAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAG-GAG-TAA
* ** * **********
9384 CAAGGCTTTTGAAGGAATAGGTGACTNNNNNNNNNNNTTTTTTT-TCAATGAATGGCTT-TTTCT
64 TAACCCTTTTGAAGAAATAGGTGACT-ATAAATAGATTTTTTTTATCAATGAAT-GCTTGTTTCT
* * * * * *
9447 GCATGTTTCCCAAGGCAAACATTTAATTATAGTCTGTTTTAACC
127 TCACGTTTCCCAAGGTAAACATTCAATTATAGTCTGTTCTAACA
* * *******
9491 AAAAATGTAAAAAAAGTT-AACTCAAAATTC-ATTATGAGTTTATAGAAA-CATTTANNNNNNNN
1 AAAAATGTAAAAAAA-TTGAACT-AAAAATCAATTATGAGATTATA-AAACCATTTA-AAGGAGT
** * * *
9553 NNTAAGCCTTTTGAAGAAATAGGTGACTATAAATAGACTTTTCTTATCAATGAATGCTTGTTTCT
62 AATAACCCTTTTGAAGAAATAGGTGACTATAAATAGATTTTTTTTATCAATGAATGCTTGTTTCT
9618 TCACGTTTCCCAAGGTAAACATTCAATTATAGTCTGTTCTAACA
127 TCACGTTTCCCAAGGTAAACATTCAATTATAGTCTGTTCTAACA
* * * * *
9662 AAAAATGTAAAACAATTGAACTAAAAATCAATTATAAGATTATAAAATCATTTAAAGCAGATAAC
1 AAAAATGTAAAAAAATTGAACTAAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGGAG-TAAT
** * * * *
9727 AAGGCTTTTGAA-AGAATAAGTGACTATAAATGGATTTTTTTTCTCAATGAATGGCTT-TTTCTG
65 AACCCTTTTGAAGA-AATAGGTGACTATAAATAGATTTTTTTTATCAATGAAT-GCTTGTTTCTT
* * * * * * *
9790 CATGTTTCCCCAGGTAGACATTTAATTATAGTCCGTTTTAACC
128 CACGTTTCCCAAGGTAAACATTCAATTATAGTCTGTTCTAACA
* * *
9833 AAAAATGTAAAAAAAATCAACTTAAAATTC-ATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAA
1 AAAAATGTAAAAAAATTGAAC-TAAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAG-GAGTAA
9897 TAACCCTTTTGAAGAAATAGGTGACTATAAATAGATTTTTTTTTATCAATGAATGCTTGTTTCTT
64 TAACCCTTTTGAAGAAATAGGTGACTATAAATAGA-TTTTTTTTATCAATGAATGCTTGTTTCTT
********** *
9962 NNNNNNNNNNAAGGTAAACATTCAATTATAGTTTGTTCTAACA
128 CACGTTTCCCAAGGTAAACATTCAATTATAGTCTGTTCTAACA
* *
10005 AAAAATGTAAAAAAATTGAACTCAAAATCAATTATGTGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAAT
1 AAAAATGTAAAAAAATTGAACTAAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAG-GAGTAAT
10070 AA
65 AA
10072 GGCTTTTG
Statistics
Matches: 465, Mismatches: 97, Indels: 37
0.78 0.16 0.06
Matches are distributed among these distances:
170 22 0.05
171 316 0.68
172 127 0.27
ACGTcount: A:0.39, C:0.12, G:0.12, T:0.33
Consensus pattern (170 bp):
AAAAATGTAAAAAAATTGAACTAAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGGAGTAATA
ACCCTTTTGAAGAAATAGGTGACTATAAATAGATTTTTTTTATCAATGAATGCTTGTTTCTTCAC
GTTTCCCAAGGTAAACATTCAATTATAGTCTGTTCTAACA
Done.