Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: NW_018397878.1 Herrania umbratica cultivar Fairchild unplaced genomic scaffold, ASM216827v2 scaffold_1183.0, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000
Length: 18858
ACGTcount: A:0.27, C:0.10, G:0.10, T:0.27
Warning! 5152 characters in sequence are not A, C, G, or T
Found at i:407 original size:171 final size:171
Alignment explanation
Indices: 1--1115 Score: 1086
Period size: 171 Copynumber: 6.5 Consensus size: 171
** **
1 TCAATTATG-GCATTATAAAACCATTTAAAACGAGTAATAAGGCTTTTTGAAGGTTTAGGTGACT
1 TCAATTATGAG-ATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGC-TTTTGAAGGAATAGGTGACT
* ** * * * *
65 ATAAATAGACTTTTTTTGCTGATGAATGCCTTTTTCTTCATGTTTCTCAAGGTAGAGATTCAATT
64 ATAAATAGACTTTTCTTGCCAATGAATGCCTTTTTCTTCATGTTTCCCAAGGCAAACATTCAATT
* * * * * ** *
130 CTAGTTTGTTTTAACTAAAAAGGTACAAAGAA-TTCAAATTTAAA
129 ATAATCTGTTTTAACCAAAAATGT-CAAA-AACTTCAACCTAAAA
* * *
174 TCAATTTTGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTAAATGAATAGGTGACTAT
1 TCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATAGGTGACTAT
* **** * * * *
239 AAATAGACTTTTTTTATTGATGAATACCTTTTTATTCATGTTTCCCTAGGCAAACATTTAATTAT
66 AAATAGACTTTTCTTGCCAATGAATGCCTTTTTCTTCATGTTTCCCAAGGCAAACATTCAATTAT
*
304 AATCTGTTTGAACCAAAAATGTC-AAAACATTCAACCTAAAA
131 AATCTGTTTTAACCAAAAATGTCAAAAAC-TTCAACCTAAAA
* ** *
345 TCAATTATGAGATTATGAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAATTAATGGGTGACTAT
1 TCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATAGGTGACTAT
* * * * * * *
410 AAATGGACTTTTGTTACCAATGAATACCTTTTTCTTCATGTTTCCGAAAGCAAACATTTAATTAT
66 AAATAGACTTTTCTTGCCAATGAATGCCTTTTTCTTCATGTTTCCCAAGGCAAACATTCAATTAT
* * * *
475 AGTCTCTTTTAACCAAAAATGTAAAAAACTTTAACCTTAAAA
131 AATCTGTTTTAACCAAAAATGTCAAAAACTTCAACC-TAAAA
* ** * * * * *
517 TTAATTATGCCATTACAAAACCATTTAAAGTGAGTAGTAAGTCTTTTAAAGGTAT-GAGTGACTA
1 TCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATAG-GTGACTA
* * * * *
581 TAAATAGACTTTTCTTGCCAATGAATGCTTTTTTCTTCATGTTTCACAATGTAAACATTCAATTC
65 TAAATAGACTTTTCTTGCCAATGAATGCCTTTTTCTTCATGTTTCCCAAGGCAAACATTCAATTA
* ** * **
646 TAATCTGTTTCAA-CAAAAACTGTACAAGTA-TTCAAACTTGAA
130 TAATCTGTTTTAACCAAAAA-TGT-CAAAAACTTCAACCTAAAA
* * * *
688 TCAATTTTGAGATTATAAAACCAGTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTAAAGGAAT-GAATG-CTT
1 TCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATAG-GTGAC-T
* *** * *
751 ATAAATTGACTTTTCTTGCCAATGAATGCCTTTTTCTTCATGTTTCTTGA-GCTAGACATTCTAT
64 ATAAATAGACTTTTCTTGCCAATGAATGCCTTTTTCTTCATGTTTCCCAAGGC-AAACATTCAAT
* * * * *
815 TATAATCTGTTTTAACCAAAAATCTAAAAATATTTGAACTTAAAA
128 TATAATCTGTTTTAACCAAAAATGTCAAAA-ACTTCAACCTAAAA
* * ** * * *
860 TCAATTTTGAGATTAGAAAATTATTTAAAGTGAGTAGTAGGGCTTTTGAAGGAATAGGTGACAAT
1 TCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATAGGTGACTAT
* * * * * *
925 -AATAGACTTTCCTT-CCTAATGAATGCCTTTTTCTTCAGGTTTCCTAAAGCAGATATTCAATTA
66 AAATAGACTTTTCTTGCC-AATGAATGCCTTTTTCTTCATGTTTCCCAAGGCAAACATTCAATTA
* ** *
988 TAATCTGTTTTAACTAAAAACATCAAAAAGTTCAACCTAAAA
130 TAATCTGTTTTAACCAAAAATGTCAAAAACTTCAACCTAAAA
* *
1030 TCAATTATGAGATTGA-GAAACCATTTAAAGTTAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAA-ACGGTGACT
1 TCAATTATGAGATT-ATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATA-GGTGACT
*
1093 ATAAATGGACTTTTCTTGCCAAT
64 ATAAATAGACTTTTCTTGCCAAT
1116 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 782, Mismatches: 139, Indels: 44
0.81 0.14 0.05
Matches are distributed among these distances:
169 3 0.00
170 72 0.09
171 372 0.48
172 291 0.37
173 43 0.05
174 1 0.00
ACGTcount: A:0.37, C:0.13, G:0.14, T:0.37
Consensus pattern (171 bp):
TCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATAGGTGACTAT
AAATAGACTTTTCTTGCCAATGAATGCCTTTTTCTTCATGTTTCCCAAGGCAAACATTCAATTAT
AATCTGTTTTAACCAAAAATGTCAAAAACTTCAACCTAAAA
Found at i:692 original size:343 final size:339
Alignment explanation
Indices: 1--1115 Score: 1201
Period size: 343 Copynumber: 3.3 Consensus size: 339
** ** *
1 TCAATTATG-GCATTATAAAACCATTTAAAACGAGTAATAAGGCTTTTTGAAGGTTTAGGTGACT
1 TCAATTATGAG-ATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGC-TTTTGAAGGAATGGGTGACT
* * ** * * * *
65 ATAAATAGACTTTTTTTGCTGATGAATGCCTTTTTCTTCATGTTTCTC-AAGGTAGAGATTCAAT
64 ATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGCCTTTTTCTTCATGTTTCTCGAAAGCAGACATTTAAT
* * * * * * * *
129 TCTAGTTTGTTTTAACTAAAAAGGTACAAAGAATTCAAATTTAAATCAATTTTGAGATTATAAAA
129 TATAGTCTGTTTTAACCAAAAATGTA-AAA-AATTTAACTTAAAATCAATTTTGAGATTACAAAA
* * * ***
194 CCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTAAATGAATAGGTGACTATAAATAGACTTTTTTTATTGA
192 CCATTTAAAGTGAGTAGTAAGGCTTTTAAAGGAATAGGTGACTATAAATAGACTTTTCTT-CCAA
* * * * * *
259 TGAATACCTTTTTATTCATGTTTCCCTAGGCAAACATTTAATTATAATCTGTTTGAACCAAAAA-
256 TGAATGCCTTTTTCTTCATGTTT-CCAAAGCAAACATTCAATTATAATCTGTTTCAA-CAAAAAC
323 TGTCAAAACATTCAACCTAAAA
319 TGTCAAAA-ATTCAACCTAAAA
* **
345 TCAATTATGAGATTATGAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAATTAATGGGTGACTAT
1 TCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTAT
* * * *
410 AAATGGACTTTTGTTACCAATGAATACCTTTTTCTTCATGTTTC-CGAAAGCAAACATTTAATTA
66 AAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGCCTTTTTCTTCATGTTTCTCGAAAGCAGACATTTAATTA
* * * **
474 TAGTCTCTTTTAACCAAAAATGTAAAAAACTTTAACCTTAAAATTAATTATGCCATTACAAAACC
131 TAGTCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAA-TTTAA-CTTAAAATCAATTTTGAGATTACAAAACC
* *
539 ATTTAAAGTGAGTAGTAAGTCTTTTAAAGGTAT-GAGTGACTATAAATAGACTTTTCTTGCCAAT
194 ATTTAAAGTGAGTAGTAAGGCTTTTAAAGGAATAG-GTGACTATAAATAGACTTTTCTT-CCAAT
* * * *
603 GAATGCTTTTTTCTTCATGTTTCACAATGTAAACATTCAATTCTAATCTGTTTCAACAAAAACTG
257 GAATGCCTTTTTCTTCATGTTTC-CAAAGCAAACATTCAATTATAATCTGTTTCAACAAAAACTG
** * **
668 TACAAGTATTCAAACTTGAA
321 T-CAAAAATTCAACCTAAAA
* * * **
688 TCAATTTTGAGATTATAAAACCAGTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTAAAGGAATGAATG-CTTA
1 TCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGAC-TA
* *
752 TAAATTGACTTTTCTTGCCAATGAATGCCTTTTTCTTCATGTTTCTTG--AGCTAGACATTCT-A
65 TAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGCCTTTTTCTTCATGTTTCTCGAAAGC-AGACATT-TAA
* * *
814 TTATAATCTGTTTTAACCAAAAATCTAAAAATATTTGAACTTAAAATCAATTTTGAGATTAGAAA
128 TTATAGTCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAA-ATTT-AACTTAAAATCAATTTTGAGATTACAAA
** * * * *
879 ATTATTTAAAGTGAGTAGTAGGGCTTTTGAAGGAATAGGTGACAAT-AATAGACTTTCCTTCCTA
191 ACCATTTAAAGTGAGTAGTAAGGCTTTTAAAGGAATAGGTGACTATAAATAGACTTTTCTTCC-A
* * * *
943 ATGAATGCCTTTTTCTTCAGGTTTCCTAAAGCAGATATTCAATTATAATCTGTTTTAACTAAAAA
255 ATGAATGCCTTTTTCTTCATGTTTCC-AAAGCAAACATTCAATTATAATCTGTTTCAAC-AAAAA
*
1008 C-ATCAAAAAGTTCAACCTAAAA
318 CTGTCAAAAA-TTCAACCTAAAA
* * **
1030 TCAATTATGAGATTGA-GAAACCATTTAAAGTTAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAAACGGTGACTA
1 TCAATTATGAGATT-ATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTA
1094 TAAATGGACTTTTCTTGCCAAT
65 TAAATGGACTTTTCTTGCCAAT
1116 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 641, Mismatches: 109, Indels: 44
0.81 0.14 0.06
Matches are distributed among these distances:
341 9 0.01
342 165 0.26
343 419 0.65
344 47 0.07
345 1 0.00
ACGTcount: A:0.37, C:0.13, G:0.14, T:0.37
Consensus pattern (339 bp):
TCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTAT
AAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGCCTTTTTCTTCATGTTTCTCGAAAGCAGACATTTAATTA
TAGTCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAATTTAACTTAAAATCAATTTTGAGATTACAAAACCAT
TTAAAGTGAGTAGTAAGGCTTTTAAAGGAATAGGTGACTATAAATAGACTTTTCTTCCAATGAAT
GCCTTTTTCTTCATGTTTCCAAAGCAAACATTCAATTATAATCTGTTTCAACAAAAACTGTCAAA
AATTCAACCTAAAA
Found at i:2604 original size:171 final size:171
Alignment explanation
Indices: 2209--5303 Score: 2729
Period size: 172 Copynumber: 18.1 Consensus size: 171
2199 NNNNNNNNNN
* *
2209 AAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTGTTGCCAATGAATACCTTTTTCTTCA
1 AAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGCCTTTTTCTTCA
* * * * * * * *
2274 TGTTTCCCAAAGCAGACATTCAATTATAGTATGTTTTAACCAAGAATGTAAAAAAATTTAACCTT
66 TGTTTCTCAAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAAACTT
* * ** * *
2339 AAAATTAATTATGCCATTAAAAAACCATTTAAAGTGAGTAGT
131 -AAATCAATTTTGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAAT
* * * * * * *
2381 AAGTCTTTTAAAGGTATGAGTGACAATAAATAGACTTTTCTTGCCAATGAATGCTTTTTTCTTCA
1 AAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGCCTTTTTCTTCA
* * * * * **
2446 TGTTTCACAATGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTCAACAAAAAATGTACAAGGATTCAAACTT
66 TGTTTCTCAAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAAACTT
* * *
2511 GAATCAATTTTGAGATTATAAAACCAGTTAAAGGGAGTAAT
131 AAATCAATTTTGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAAT
* *
2552 AAGGCTTTTAAAGGAATGGATG-CTTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGCCTTTTTCTTC
1 AAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGAC-TATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGCCTTTTTCTTC
** * * * * *
2616 ATGTTTCTTGAGCTAGACATTCTATTATAATCTGTTTTAACTAAAAATCTAAAAAAATTTAAACT
65 ATGTTTCTCAAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAAACT
** *
2681 TAAAATCAATTTTGAGATTATAAAATTATTTAAAGTGAGTAGT
130 T-AAATCAATTTTGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAAT
* * *
2724 AGGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACAAT-AATGGACTTTTGTT-CCTAATGAATGCCTTTTTCTTC
1 AAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCC-AATGAATGCCTTTTTCTTC
* * * * * ** * * *
2787 AGGTTTC-CTAAAGTAGATATTCAATTACAATCTGTTTTAACTAAAAACATCAAAAAGTTCAACC
65 ATGTTTCTC-AAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAAAC
* * *
2851 TAAAATCAATTATGAGATTGA-AAAACCATTTAAAGTTAGTAAT
129 TTAAATCAATTTTGAGATT-ATAAAACCATTTAAAGTGAGTAAT
* ** *
2894 AAGGTTTTTGAAGGAAAAGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGCCTTTTCCTTCA
1 AAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGCCTTTTTCTTCA
** ** * * * *
2959 CATTTCTTGAGGTTGACATTCAATTATAATTTGTTTTAACTAAAAATGTACAAAGAATTCAAA-T
66 TGTTTCTCAAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATGTA-AAAAAATTCAAACT
* *
3023 GTAAATCATTTTTGAGATTATAAAACTATTTAAAGTGAGTAAT
130 -TAAATCAATTTTGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAAT
* * * * * * *
3066 AAGGCTTATGAAGGAATGCGTGACTATAAATAGACCTTTCTTGCCAATGAATGTCTTTTACTTTA
1 AAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGCCTTTTTCTTCA
* * * * *
3131 CGTTTCTCAAGGTAGACACTT-AATTATAGTATGTTTTAACCAAAAATGTAAAACAATTC-CACT
66 TGTTTCTCAAGGTAGACA-TTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAAACT
** * *
3194 TATAATCAATAATG-GCATTATAAAACTATTTAAAGCGAGTAAT
130 TA-AATCAATTTTGAG-ATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAAT
* * * * *
3237 AAGGCTTTTTGAAAGTATGGGTGACTATAAATGGA-TTTTACTTAG-TAATAAATGCTTTTTTCT
1 AAGGC-TTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTT-CTT-GCCAATGAATGCCTTTTTCT
* * * * * *
3300 TGATATTTCTCGAGGTAGACATTCAATTTTAGTCTGTTTTAACCAAAAAAGTTAAAAAATATTC-
63 TCATGTTTCTCAAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATG-TAAAAAA-ATTCA
* *
3364 AACTTAAAAAT-AATTATT-A-ATTTATAAAACCATTTAAAATAAGTAAT
126 AACTT--AAATCAATT-TTGAGA-TTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAAT
** ** * * * ** * *
3411 AAGGCTTACGAAGGCTTGAGTGACTGTAAATGGACTTTT-TGTACCAATGGTTGGCTTTTGCTTC
1 AAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCT-TGCCAATGAATGCCTTTTTCTTC
* * * ** * *
3475 ACGTTCCCCAAGAG-AGACATTCAATTATAGCCTTTTTTAATCAAAAATGTAAAAAAATTC-AAC
65 ATGTTTCTCAAG-GTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAAAC
*
3538 TTAAACTTAATTTTGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAAT
129 TTAAA-TCAATTTTGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAAT
* * * *
3582 AAGGCTTTTGAAAGAATAGGTAACTATAAATGGACTATTCTTGCCAATGAATGCCTTTTTCTTCA
1 AAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGCCTTTTTCTTCA
* ** * * * * *
3647 TGTTTATTGAGGTAGACATTCAATAATAATCTATTTTAAACAAAAATGTACAAAGAATTCAAATT
66 TGTTTCTCAAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATGTA-AAAAAATTCAAACT
* * *
3712 TAAATTAATTTTGTGAATATAAAACCATTTAAAGTGAGTAAT
130 TAAATCAATTTTGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAAT
* * *
3754 AAGGTTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATAGACTTTTCTTGCCAATG-ATTCCTTTTTCTTCA
1 AAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGCCTTTTTCTTCA
* * * * *
3818 TGTTTCTCGAGGTTGACATTCAGTTATAATCTGTTTTAAACCAAAAATGCACAAAAAATTCAAAT
66 TGTTTCTCAAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTT-AACCAAAAATGTA-AAAAAATTCAAAC
* * *
3883 TTAAATCAATTTTGACATTATAAAACCTTTTAAAGTTAGTAAT
129 TTAAATCAATTTTGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAAT
** *
3926 AAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTGT-TTATCAATGAATGCC-ATTTCTTC
1 AAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTT-TCTTGCCAATGAATGCCTTTTTCTTC
* * * * * * * *
3989 ACGTTTCCCAAGGTAAACATTCAATAATAATCTGTTATGAA-CAAAAATGTCAAAAAATTTAACC
65 ATGTTTCTCAAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTT-TTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAAAC
* * * * *
4053 TAAAATCAATTATGAGGTTATAAAACCATTTAAAGTAAGAAAT
129 TTAAATCAATTTTGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAAT
* * * * * * * *
4096 AAAGCTTTTGAAGAAATGGGCGACTATAAATTGACTTTTCTTTCCAATGAATACTTTTTTCTTTA
1 AAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGCCTTTTTCTTCA
* * * * **
4161 TGTTTTTCAAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACTAAAAATGTAAAACATTTTGAACTT
66 TGTTTCTCAAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAAACTT
* *
4226 AAAATCAATTATG-GCATTATAAAACTATTTAAAGTGAGTAAT
131 -AAATCAATTTTGAG-ATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAAT
* * ** * * *
4268 AAGGTTTTTGAAGCAATGGACGACTATAAATGGACTTTTCTAT-CCAATAAATGCCTTTTTTTTT
1 AAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCT-TGCCAATGAATGCCTTTTTCTTC
* * ** *
4332 ATGTTTCTCAAGGTAGACATTCAATTATAGTCTGTTTTGACCAAAAATACAAAAACATTC-AACT
65 ATGTTTCTCAAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAAACT
* *
4396 TAAAATCAATTATG-GCATTATAAAACCATTTAAAATGAGTAAT
130 T-AAATCAATTTTGAG-ATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAAT
* * * * * *
4439 TAGACTTTTTGAAGAAATGGGTGACAATAAATGGACTTTTCTTTCCAATGAATACCTTTTTCTTC
1 AAGGC-TTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGCCTTTTTCTTC
* * * * ** * **
4504 ATATTTCCCAAGGTAGATATTCAACTATAATCTGTTTTAATAAAAAATGTAAAACAATTGGAACT
65 ATGTTTCTCAAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAAACT
* * * ** **
4569 CAAAATTAATTTTGAGATTTTAAAATTATTTAAAGCAAGTAAT
130 -TAAATCAATTTTGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAAT
*** * * * * ** *
4612 AAGGCTTTTGAAGTCTTGAGTGACTATAAATAGACTTTT-TATGTCAAAGGTTGGCTTTTTCTTC
1 AAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCT-TGCCAATGAATGCCTTTTTCTTC
** * * * * * * ** * * *
4676 ACCTTCCCCAAGATGGACATTTAATTGTAGCCTTTTTTAACCAAAAATGTAAAAAGATTC-AATT
65 ATGTTTCTCAAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAAACT
* * * *
4740 TAAAATTAACTTTGAGATTATAAAGCCATTTAAAGTGAATAAT
130 T-AAATCAATTTTGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAAT
* * * * * *
4783 AAGGCTTTTGAAGAAATAGGTAACTATAAATGGACTTTTCCTGCCAATGAATACCTTTTTCTTTA
1 AAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGCCTTTTTCTTCA
* ** * * * * ** * **********
4848 CGTTTCTTTAGGCAAACATTCAATTATAATATGTTCTAACCAAAAGCGTTAAAAANNNNNNNNNN
66 TGTTTCTCAAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAAACTT
* * * * **
4913 AAATTAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGTGAGCAGC
131 AAATCAATTTTGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAAT
** * ** * *
4954 AAGGCTTTCAAAAGAATGGGTGACTATAACGGGAGC-TTTCTTGCCAACGAATGCCTTTGTCTTC
1 AAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGA-CTTTTCTTGCCAATGAATGCCTTTTTCTTC
* * * * * *
5018 ATGTTTCT-AGATGTAGACATTTAATTATAATCTATTTTAACTAGAAATGTACAAAGAATT-AAA
65 ATGTTTCTCA-AGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATGTA-AAAAAATTCAAA
* * *
5081 ATTCGAATCAATTTTGAGATTATAAAA-C---TAAAGTTAGTAAT
128 CTT-AAATCAATTTTGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAAT
* * * * * * * *
5122 AAGGCTTTTGAAGGAATGTGTGATTGTAAATGGACTTTTCTTGCCAGTGACT--ATTTTTTTTTA
1 AAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGCCTTTTTCTTCA
* * * * * *
5185 TGTTTCTCGAGGTAAACATTCAATTACAGTCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAAATCAACCTC
66 TGTTTCTCAAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAAACT-
* * * **
5250 AAAATCAATTATG-GCATTACAAAACCATTTAAAGCAAGTAAT
130 TAAATCAATTTTGAG-ATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAAT
*
5292 ATGGCTTTTGAA
1 AAGGCTTTTGAA
5304 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 2333, Mismatches: 519, Indels: 144
0.78 0.17 0.05
Matches are distributed among these distances:
165 7 0.00
166 68 0.03
167 2 0.00
168 48 0.02
169 4 0.00
170 183 0.08
171 866 0.37
172 971 0.42
173 135 0.06
174 44 0.02
175 4 0.00
176 1 0.00
ACGTcount: A:0.37, C:0.13, G:0.14, T:0.36
Consensus pattern (171 bp):
AAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGCCTTTTTCTTCA
TGTTTCTCAAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAAACTT
AAATCAATTTTGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAAT
Found at i:8141 original size:171 final size:172
Alignment explanation
Indices: 7808--8157 Score: 405
Period size: 171 Copynumber: 2.0 Consensus size: 172
7798 NNNNNNNNNN
* * * ** *
7808 TTTCTTGCCAATGAATACCTTTTTCTTCATGTTTCTCAAGGTACACATTCAATTATAATCTATTT
1 TTTCTTGCCAAGGAATACCTTTTTCTTCATGCTTCCCAAGACACACATTCAATTATAATCTATTC
* * * * *
7873 TAACCAAAAATGTAAAAAAATCTGAACTTAAAATCAATTTTCAGATTATAAAACCGTTTAAAGTG
66 TAACCAAAAACGTAAAAAAATCTCAACCTAAAATCAATTATCAGATTATAAAACCATTTAAAGTG
* * **********
7938 AGTAGTAAGGCTTTTNNNNNNNNNNCTGACTATAAATGAACT
131 AGCAATAAGGCTTTTGACAACATGGCTGACTATAAATGAACT
* * *
7980 TTTCTTGCCAAGGAATACCTTTTTCTTCATGCTTCCCTAGACATACATTCAATTATAATCTGTTC
1 TTTCTTGCCAAGGAATACCTTTTTCTTCATGCTTCCCAAGACACACATTCAATTATAATCTATTC
* * * * *
8045 TAATCAAAAACGTCAAAAAGT-TCAACCTAAAATCTATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTG
66 TAACCAAAAACGTAAAAAAATCTCAACCTAAAATCAATTATCAGATTATAAAACCATTTAAAGTG
*
8109 AGCAATAAGGCTTTTGACAACATGGGTGACTATAAATGAACT
131 AGCAATAAGGCTTTTGACAACATGGCTGACTATAAATGAACT
8151 TTTCTTG
1 TTTCTTG
8158 TCGTTGAATG
Statistics
Matches: 146, Mismatches: 32, Indels: 1
0.82 0.18 0.01
Matches are distributed among these distances:
171 73 0.50
172 73 0.50
ACGTcount: A:0.35, C:0.16, G:0.11, T:0.35
Consensus pattern (172 bp):
TTTCTTGCCAAGGAATACCTTTTTCTTCATGCTTCCCAAGACACACATTCAATTATAATCTATTC
TAACCAAAAACGTAAAAAAATCTCAACCTAAAATCAATTATCAGATTATAAAACCATTTAAAGTG
AGCAATAAGGCTTTTGACAACATGGCTGACTATAAATGAACT
Found at i:13163 original size:172 final size:171
Alignment explanation
Indices: 12407--13165 Score: 707
Period size: 172 Copynumber: 4.4 Consensus size: 171
12397 NNNNNNNNNN
* *
12407 TAAAACAAATTATAATTGAATGTCTACCTCGAG-AA-ATGTAGAGAAAAAGGCATTCATTGGTAA
1 TAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACGTCGAGAAACATG-A-AGAAAAAGGCATTCATTGG-AA
* * * * * * *
12470 GAAAGGTCTATTTATAGTCACCCATTGCTTCAAAAGTCATATTACTCACTTTAAATAGTTTTATA
63 GAAAAGTCCATTTATAGTCACCCAGTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATA
* * * *
12535 ATCTCAAAATTGATTTTAA-TTTCAAATTTTTTTATATTTTTAGT
128 ATCTCAAAATTGATTTGAAGTTT-GAATTTTTATACATTTTTAGT
* * * * *
12579 TAAAAGATATTATAATTGAATGTCTA-GTACGAGAAACATGAAGAAAAAGACATTTATTGACAAG
1 TAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACGT-CGAGAAACATGAAGAAAAAGGCATTCATTG-GAAG
* * * *
12643 AAAAGTCTATTTATAGTCACCCAGTCCTTTAAAAGCCTGATTACTCATTTTAAATGGTTTTATAA
64 AAAAGTCCATTTATAGTCACCCAGTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAA
* * * * * *
12708 TCTTAACACTGA-TTGAAGTTTGAATCCTTTGTACATTTTTGGT
129 TCTCAAAATTGATTTGAAGTTTGAAT-TTTTATACATTTTTAGT
* * * * * *
12751 TGAAACAGACTAGAATTGAATGTCTACATTGAGAAACATGAATTAAAAA-GCATTCATTAGGAAG
1 TAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACGTCGAGAAACATGAA-GAAAAAGGCATTCATT-GGAAG
* * *
12815 AAAAGTCCATTTATAGTCACCTA-TACCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTGA-
64 AAAAGTCCATTTATAGTCACCCAGT-CCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTT-AT
* * *
12878 AATGC-CATAATTGATTTGAAGGTTGAATTTTTCTACATTTTTTA-T
127 AAT-CTCAAAATTGATTTGAAGTTTGAATTTTTATACA-TTTTTAGT
* * * * * * *
12923 TAAAACAGACTATAATTGAATGTCTATC-TTGAGAAACATAAAGAAAAAGGTAGTCACTAGCAAG
1 TAAAACAGATTATAATTGAATGTCTA-CGTCGAGAAACATGAAGAAAAAGGCATTCA-TTGGAAG
* * *
12987 AAAAGTCCATTTACAATTACCCA-TCCTTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATA
64 AAAAGTCCATTTATAGTCACCCAGTCC-TTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATA
* * *
13051 ATCTCAAAATTAATTTGAA-TTTTAATTATTTATACATTTCTAGT
128 ATCTCAAAATTGATTTGAAGTTTGAATT-TTTATACATTTTTAGT
* * * ** * * * *
13095 TAAAATAGATTATAATTAAATGTCTACGTCAAGAAATGTGAAGACATAGGTATTCGTTGGATAGA
1 TAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACGTCGAGAAACATGAAGAAAAAGGCATTCATTGGA-AGA
13160 AAAGTC
65 AAAGTC
13166 ATTAGGAAAC
Statistics
Matches: 479, Mismatches: 84, Indels: 48
0.78 0.14 0.08
Matches are distributed among these distances:
171 33 0.07
172 412 0.86
173 31 0.06
174 3 0.01
ACGTcount: A:0.38, C:0.13, G:0.13, T:0.36
Consensus pattern (171 bp):
TAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACGTCGAGAAACATGAAGAAAAAGGCATTCATTGGAAGAA
AAGTCCATTTATAGTCACCCAGTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATC
TCAAAATTGATTTGAAGTTTGAATTTTTATACATTTTTAGT
Found at i:14203 original size:172 final size:170
Alignment explanation
Indices: 13870--15521 Score: 1629
Period size: 172 Copynumber: 9.6 Consensus size: 170
13860 NNNNNNNNNN
* * * * *
13870 CATTCCTTTAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTCATAATCTCATAATTAATTTTAGGTT
1 CATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAGTT
* * ** * * * * *
13935 GAAATTTTTGATATTTTGGGTTAGAACAGATTATAATTGAATGTCTGCCTTGGGAAACCTGAAGA
66 AAAATTTTT-ACATTTTTAGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTCGAGAAACATGAAGA
* * * *
14000 ATAAGGTATTCATTAGTAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACT
130 AAAAGGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACT
* * * *
14041 CATTCCTTCAAAAGCCCTATTACTCACTTTAAATAGTTATATAATCTCAAATTTGATTTTAAGTT
1 CATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAGTT
* * * * *
14106 CAAAATATTTTATAGTTTTAGTTAAAACAGATTATAATTGAATGGCTACCTCGAGAAACCTAAAG
66 -AAAAT-TTTTACATTTTTAGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTCGAGAAACATGAAG
* * *
14171 AAAAAGGCATTTATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACC
129 AAAAAGGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACT
* * *** * * *
14213 CATACCTTCAAAAGCCTTTTTACTTGTTTTAAATAGTTTTATAATGC-CATAATTGATTTTAGGT
1 CATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAAT-CTCAAAATTGATTTTAAGT
* ** * * *
14277 TAAATTTTTTTGTATTTTTTGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCAACCTCAAGAAACATGAAG
65 TAAA-ATTTTTACATTTTTAGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTCGAGAAACATGAAG
* *
14342 AAAAAGGCATTCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACC
129 AAAAAGGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACT
* * *
14384 CATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTCAATGGTTTCATAATCTCATAATTGATTTT-AGAT
1 CATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAG-T
* ** * * * * ** * * *
14448 TGAGCTTTTTGACATTTTTGGTTAGAACATATTAGAATTGAACATCTACCTTGGGAAACTTGAAG
65 TAAAATTTTT-ACATTTTTAGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTCGAGAAACATGAAG
* * *
14513 AAAAAGGTATTCCTTGGCAAGAAAAGTCTATTTATTA-TCACGT
129 AAAAAGGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTA-TAGTCAC-T
* *
14556 -ATTCCTTCAAAAGCCCTACTACTCACTTTAAATGGTTTTATAAT-TGCAAAATTGATTTTAAGT
1 CATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCT-CAAAATTGATTTTAAGT
* * * ** *
14619 TCAAATTGCTTTACATTTTTAGTTAAAACATATTATACTTGAATGTCTGGCTCAAGAAACATGAA
65 TAAAATT--TTTACATTTTTAGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTCGAGAAACATGAA
14684 GAAAAAGGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCAC-
128 GAAAAAGGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACT
* * * *
14726 CTATTTCCTT-ATAAGCCTTATTACTCAGTTGAAATGGTTTTATATTCTCAAAATTGA-TTTAGA
1 C-A-TTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTTA-A
* * * * * * * * **
14789 TTTGAATTCTTTGTACACTTTTAGTTAAAACAGATTACAATTGCACGTGTACCTTAAGAAACATG
63 GTTAAAAT-TTT-TACATTTTTAGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTCGAGAAACATG
** * * *
14854 AAGAAAAAGAAATTCATGGGCAAGAAACGTCCATTTATAGTTAC-
126 AAGAAAAAGGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACT
* * *
14898 CTATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAACGGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTAAATT
1 C-ATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAGT
* * * * * * * **
14963 TGAATTTTTTGCACATTTTTATTTAAAATAGATTATAATTGAGTGTCTACCTCAACAAATGTGAA
65 TAAAATTTTT--ACATTTTTAGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTCGAGAAACATGAA
* * * *
15028 GGAAAAGGCATTCATTGGGAAGAGAAGTCCATTTATAGTTAC-
128 GAAAAAGGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACT
* * *
15070 CGATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATATTCTCAAAATTGATTTGAATT
1 C-ATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAGT
* * * * *
15135 TTAATTCTTTGTACATTTTTAGTTAAAATAGATTATAATTGAATATTTACCTCGAGAAACATGAA
65 TAAAAT-TTT-TACATTTTTAGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTCGAGAAACATGAA
* * *
15200 GACAAAGGCATTCGTTGGCAAG-AAAGCTCCATTTATAATCACT
128 GAAAAAGGCATTCATTGGCAAGAAAAG-TCCATTTATAGTCACT
* * * * * *
15243 CATTCTTTCAAAAGCCTTGTTTCTCAATTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAGGTT
1 CATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAGTT
* ** * * * * * * * *
15308 -GAGGTTTTAGGCGTTTTTGGTCAGAACAAATTATAATTAAATGTCTGCCTAGAGAAACATGAAG
66 AAAATTTTTA--CATTTTTAGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTCGAGAAACATGAAG
* * *
15372 AAAAATGTATTCATTGGCAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACT
129 AAAAAGGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACT
* * * * *
15414 CATTTCTTCAAAAGCTTTATTATTCACTTTAAAAGGCTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAGTT
1 CATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAGTT
* * * * *
15479 GAATTTCTTTACATTTTTGGTTAAAAACAG-CTACAATTGAATG
66 AAAATT-TTTACATTTTTAGTT-AAAACAGATTATAATTGAATG
15522 ACCATCTTGG
Statistics
Matches: 1228, Mismatches: 218, Indels: 70
0.81 0.14 0.05
Matches are distributed among these distances:
169 2 0.00
170 12 0.01
171 502 0.41
172 684 0.56
173 27 0.02
174 1 0.00
ACGTcount: A:0.35, C:0.14, G:0.13, T:0.37
Consensus pattern (170 bp):
CATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAGTT
AAAATTTTTACATTTTTAGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTCGAGAAACATGAAGAA
AAAGGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACT
Found at i:14646 original size:343 final size:339
Alignment explanation
Indices: 13871--15504 Score: 1706
Period size: 343 Copynumber: 4.8 Consensus size: 339
13861 NNNNNNNNNC
* * *
13871 ATTCCTTTAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTCATAATCTCATAATTAATTTTAGGTTG
1 ATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAGGTT-
* * ** * *** *
13936 AAATTTTTGATATTTTGGGTTAGAACAGATTATAATTGAATGTCTGCCTTGGGAAACCTGAAGAA
65 AAATTTTTTACATTTTTAGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTGCCTCAAGAAACATGAAGAA
* * * * * *
14001 TAAGGTATTCATTAGTAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATTCCTTCAAAAGCCCTATTACTC
130 AAAGGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTC
* * * * *
14066 ACTTTAAATAGTTATATAATCTCAAATTTGATTTTAAGTTCAAAATATTTT-ATAGTTTTAGTTA
195 ACTTTAAATGGTT-TATAATCTCAAAATTGATTTTAAGTT--GAAT-TTTTGACATTTTTAGTTA
*** * * * *
14130 AAACAGATTATAATTGAATGGCTACCTCGAGAAACCTAAAGAAAAAGGCATTTATTGACAAGAAA
256 AAACAGATTATAATTGAACATCTACCTCGAGAAACATGAAGAAAAAGGCATTCATTGGCAAGAAA
*
14195 AGTCCATTTATAGTCACCC
321 AGTCCATTTATAGTCACCT
* * *** *
14214 ATACCTTCAAAAGCCTTTTTACTTGTTTTAAATAGTTTTATAATGC-CATAATTGATTTTAGGTT
1 ATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAAT-CTCATAATTGATTTTAGGTT
** * **
14278 AAATTTTTTTGTATTTTTTGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCAACCTCAAGAAACATGAAGA
65 AAA-TTTTTTACATTTTTAGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTGCCTCAAGAAACATGAAGA
*
14343 AAAAGGCATTCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACT
129 AAAAGGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACT
* * * *
14408 CACTTTCAATGGTTTCATAATCTCATAATTGATTTT-AGATTGAGCTTTTTGACATTTTTGGTTA
194 CACTTTAAATGGTTT-ATAATCTCAAAATTGATTTTAAG-TTGA-ATTTTTGACATTTTTAGTTA
* * * * * * * *
14472 GAACATATTAGAATTGAACATCTACCTTGGGAAACTTGAAGAAAAAGGTATTCCTTGGCAAGAAA
256 AAACAGATTATAATTGAACATCTACCTCGAGAAACATGAAGAAAAAGGCATTCATTGGCAAGAAA
* *
14537 AGTCTATTTATTA-TCACGT
321 AGTCCATTTA-TAGTCACCT
* * * *
14556 ATTCCTTCAAAAGCCCTACTACTCACTTTAAATGGTTTTATAAT-TGCAAAATTGATTTTAAGTT
1 ATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCT-CATAATTGATTTTAGGTT
* * * *
14620 CAAATTGCTTTACATTTTTAGTTAAAACATATTATACTTGAATGTCTGGCTCAAGAAACATGAAG
65 -AAATT-TTTTACATTTTTAGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTGCCTCAAGAAACATGAAG
* *
14685 AAAAAGGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCTATTTCCTT-ATAAGCCTTATTA
128 AAAAAGGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCA-TTCCTTCAAAAGCCTTATTA
* * * * *
14749 CTCAGTTGAAATGGTTTTATATTCTCAAAATTGA-TTTAGATTTGAATTCTTTGTACACTTTTAG
192 CTCACTTTAAATGG-TTTATAATCTCAAAATTGATTTTA-AGTTGAATT-TTTG-ACATTTTTAG
* * * * ** ** *
14813 TTAAAACAGATTACAATTGCACGTGTACCTTAAGAAACATGAAGAAAAAGAAATTCATGGGCAAG
253 TTAAAACAGATTATAATTGAACATCTACCTCGAGAAACATGAAGAAAAAGGCATTCATTGGCAAG
* *
14878 AAACGTCCATTTATAGTTACCT
318 AAAAGTCCATTTATAGTCACCT
* * * ** *
14900 ATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAACGGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTAAATTTG
1 ATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAGGTTA
* * * * * ** *
14965 AATTTTTTGCACATTTTTATTTAAAATAGATTATAATTGAGTGTCTACCTCAACAAATGTGAAGG
66 AATTTTTT--ACATTTTTAGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTGCCTCAAGAAACATGAAGA
* * * *
15030 AAAAGGCATTCATTGGGAAGAGAAGTCCATTTATAGTTACCGATTCCTTCAAAAGCCTTATTACT
129 AAAAGGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACT
* * * *
15095 CACTTTAAATGGTTTTATATTCTCAAAATTGATTTGAATTTTAATTCTTTGTACATTTTTAGTTA
194 CACTTTAAATGG-TTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAGTTGAATT-TTTG-ACATTTTTAGTTA
* * * * *
15160 AAATAGATTATAATTGAATATTTACCTCGAGAAACATGAAGACAAAGGCATTCGTTGGCAAG-AA
256 AAACAGATTATAATTGAACATCTACCTCGAGAAACATGAAGAAAAAGGCATTCATTGGCAAGAAA
*
15224 AGCTCCATTTATAATCA-CT
321 AG-TCCATTTATAGTCACCT
* * * *
15243 CATTCTTTCAAAAGCCTTGTTTCTCAATTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAGGTT
1 -ATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAGGTT
* ** * * * * * *
15308 -GAGGTTTTAGGCGTTTTTGGTCAGAACAAATTATAATTAAATGTCTGCCT-AGAGAAACATGAA
65 AAATTTTTTA--CATTTTTAGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTGCCTCA-AGAAACATGAA
* * * * * *
15371 GAAAAATGTATTCATTGGCAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACTCATTTCTTCAAAAGCTTTATTA
127 GAAAAAGGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTA
* * * *
15436 TTCACTTTAAAAGGCTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAGTTGAATTTCTTTACATTTTTGGTT
192 CTCACTTTAAATGG-TTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAGTTGAATTT-TTGACATTTTTAGTT
15501 AAAA
255 AAAA
15505 ACAGCTACAA
Statistics
Matches: 1072, Mismatches: 190, Indels: 59
0.81 0.14 0.04
Matches are distributed among these distances:
341 6 0.01
342 160 0.15
343 490 0.46
344 412 0.38
345 4 0.00
ACGTcount: A:0.35, C:0.14, G:0.13, T:0.38
Consensus pattern (339 bp):
ATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAGGTTA
AATTTTTTACATTTTTAGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTGCCTCAAGAAACATGAAGAAA
AAGGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCA
CTTTAAATGGTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTGACATTTTTAGTTAAAACA
GATTATAATTGAACATCTACCTCGAGAAACATGAAGAAAAAGGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCC
ATTTATAGTCACCT
Found at i:18528 original size:171 final size:169
Alignment explanation
Indices: 18006--18845 Score: 439
Period size: 171 Copynumber: 4.9 Consensus size: 169
17996 NNNNNNNNNN
* * * *
18006 TTTTACATTTTTGGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTTTACCTTGAGAAACATAAA-AAAAA-A
1 TTTTACATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTGCCTAG-GAAACATAAAGAAAAAGG
* *** * * *
18069 CAGTCACCAGCAAGAAAAGTCCATTTACAATCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTAACTTT
65 CATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAATCACCCATTTCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTT
* * ** *
18134 --A--GTTTTATAATCTTAAAATGGATTTGAATTTTAATTCT
130 AAATGGTTTTATAATC-TCAAATTGATTTGAAACTGAA-TCT
* * * * * * * * *
18172 TTGTACATTTCTAGTTAAAATAGATTCTAATTGAATGTCTACGTCTA-GAAACATGAAGACAAAG
1 TTTTACATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGT-T-TGCCTAGGAAACATAAAGAAAAAG
* * * ** *
18236 GCATTCGTTGGCAAG-AAAGCTCCCA-TTATAGTCACCCA-TTCTTTTAAAAGCCTTGCTGCTCA
64 GCATTCATTGGCAAGAAAAG-T-CCATTTATAATCACCCATTTC-TTCAAAAGCCTTATTACTCA
* *********
18298 CTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTAATTTNNNNNNNNNNT-T
126 CTTTAAATGGTTTTATAATCTCA-AATTGATTT-GAAACTGAATCT
* ** *
18343 TTTAACGCTTTTGGTTAGAACAGATTATAATTGAATGTTTGCCTAGGGAAACATAAAGAAAAAGG
1 TTTTACATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTGCCTA-GGAAACATAAAGAAAAAGG
* * * *
18408 TATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATATTTACCCATTTCTTCAAAAGCCTTATTATTCACTTT
65 CATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAATCACCCATTTCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTT
* *
18473 AAATGGCTTTATAATCTCAAAGTTGATTTTAAACTGAATCT
130 AAATGGTTTTATAATCTCAAA-TTGATTTGAAACTGAATCT
* ** * * * * * ** *
18514 TTTTACATTTTTGGTTAAAAAAGGCTACAATTGAATGTCCAT-CTTGGGGAATGTGAAGAAAAAG
1 TTTTACATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGT--TTGCCTAGGAAACATAAAGAAAAAG
* ** * * * * * * *** * *
18578 CCAACCTTTGACATGAAAAGTCTATTTATAGTCACTCAAGCCTTCAAAGGCCTTATTACTTACTT
64 GCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAATCACCCATTTCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTT
* * * *** *
18643 TAAATGATTTTATAATCTCAAAATTAATTTTACGTTTAAAT-T
129 TAAATGGTTTTATAATCTC-AAATTGATTTGA-AACTGAATCT
* * * * * * * * ******
18685 GTTTTACATTTTTGATTAAAACAGATTATAGTTGAATATCTACCTTGGGAAATATGAAGNNNNNN
1 -TTTTACATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTGCC-TAGGAAACATAAAGAAAAAG
**** * ** * *
18750 NNNNTCATTGGAAAGAAAAGTCCATTTATTGTCACCCATTTCTTCAAAGAGTCTTATTACTCATT
64 GCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAATCACCCATTTCTTCAAA-AGCCTTATTACTCACT
18815 TTAAATGGTTTTATAATGC-CATAATTGATTT
128 TTAAATGGTTTTATAAT-CTCA-AATTGATTT
18846 TAAGTTGAAT
Statistics
Matches: 496, Mismatches: 148, Indels: 53
0.71 0.21 0.08
Matches are distributed among these distances:
166 41 0.08
167 11 0.02
168 42 0.08
169 7 0.01
170 9 0.02
171 235 0.47
172 112 0.23
173 38 0.08
174 1 0.00
ACGTcount: A:0.34, C:0.15, G:0.13, T:0.36
Consensus pattern (169 bp):
TTTTACATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTGCCTAGGAAACATAAAGAAAAAGGC
ATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAATCACCCATTTCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTA
AATGGTTTTATAATCTCAAATTGATTTGAAACTGAATCT
Done.