Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: NW_018397881.1 Herrania umbratica cultivar Fairchild unplaced genomic scaffold, ASM216827v2 scaffold_1186.0, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000
Length: 4712
ACGTcount: A:0.19, C:0.08, G:0.06, T:0.19
Warning! 2280 characters in sequence are not A, C, G, or T
Found at i:303 original size:171 final size:171
Alignment explanation
Indices: 18--859 Score: 877
Period size: 171 Copynumber: 4.9 Consensus size: 171
8 GAGAAGCATG
* * * * *
18 AAGAAAAAAGCATTCATTGACACGAAAAGTCTATTTACAGC-CTCTCATTTCTTCGAAAGCCTTA
1 AAGAAAAAAGCATTCATTGACAAGAAAATTCTATTTATAGCAC-CT-ATTCCTTCAAAAGCCTTA
* ** * * *
82 TTACTCATTTTAAATGGTTTTATAATCTAATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTGTACATTTTTG
64 TTACACGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTG
* * * *
147 ATTAAAACATACTATAATTGAATATCTATCTCAGGAAATGT-A
129 ATTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTATCTCAAGAAACGTGA
* * **
189 AAGAAAAGAGCATTCATTGACAAGAAAATTCTGTTTATAGTCACCTATTTTTTCAAAAGCCTTAT
1 AAGAAAAAAGCATTCATTGACAAGAAAATTCTATTTATAG-CACCTATTCCTTCAAAAGCCTTAT
* * * * *
254 TACAGGGTTTAAATGGTTTTCTAATCTCATAATTGA-TTTAAGGTTGAATTTTTTTACATTTTTT
65 TACACGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAA-GTTGAATTTTTTTATATTTTTG
* * * *
318 ATTAAAACAGATTATAATTGAATGTCGAACGCAAGAAACGTG-
129 ATTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTATCTCAAGAAACGTGA
* * * * * *
360 AAGAAAAGAGCATTCATTGGCAAGAAAAGTTC-ATATATAGCCTCCTAATCCTTCAAAAGTCTTA
1 AAGAAAAAAGCATTCATTGACAAGAAAA-TTCTATTTATAG-CACCTATTCCTTCAAAAGCCTTA
* * * *
424 TTACGA-GCTTTCAATGGTTTGATAATCTAATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTAT
64 TTAC-ACGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTT
* * * * *
488 AATTAAAACAGACAATAATTGAATGTCTATTTTAAGAAATGTGA
128 GATTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTATCTCAAGAAACGTGA
* * * * *
532 AA-AAAAAAACATTCACTGGCAAGAAAAGTCTA-TTATA-CCCTCTCATTCCTTCAAAAGCCTTA
1 AAGAAAAAAGCATTCATTGACAAGAAAATTCTATTTATAGCAC-CT-ATTCCTTCAAAAGCCTTA
* * * * *
594 TTACTCACTTTAAATGGTTTTCTAATCTCATAATTGATTTTAACTT-AATTTTTTTTTATTTTTG
64 TTACACGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTG
* * *
658 ATTGAAACAGAC-AGTAATTGAATGT-TAATATCGAGAAACGTG-
129 ATTAAAACAGACTA-TAATTGAATGTCT-ATCTCAAGAAACGTGA
* * *
700 AAGGAAAAAGTATTCATT-ATCAAGAAAAGTT-AATTTATAGTCACCTATTCCTTCAAAAGCCTT
1 AAGAAAAAAGCATTCATTGA-CAAGAAAA-TTCTATTTATAG-CACCTATTCCTTCAAAAGCCTT
* * * *
763 ATTACACGCTTTGAATGGTTTTATAATGTCATAATTCATTTCAAGTTGAATTTTTTTATATTTTT
63 ATTACACGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTT
*
828 CATTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTATCT
128 GATTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTATCT
860 TTACAATCNN
Statistics
Matches: 557, Mismatches: 91, Indels: 46
0.80 0.13 0.07
Matches are distributed among these distances:
168 6 0.01
169 70 0.13
170 127 0.23
171 335 0.60
172 18 0.03
173 1 0.00
ACGTcount: A:0.36, C:0.13, G:0.12, T:0.39
Consensus pattern (171 bp):
AAGAAAAAAGCATTCATTGACAAGAAAATTCTATTTATAGCACCTATTCCTTCAAAAGCCTTATT
ACACGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTGAT
TAAAACAGACTATAATTGAATGTCTATCTCAAGAAACGTGA
Found at i:650 original size:342 final size:337
Alignment explanation
Indices: 16--862 Score: 953
Period size: 340 Copynumber: 2.5 Consensus size: 337
6 TTGAGAAGCA
* * * *
16 TGAAGAAAAAAGCATTCATTGACACGAAAAG-TCTATTTACAGCCT-CTCATTTCTTCGAAAGCC
1 TGAAG-AAAAAGCATTCATTGACAAGAAAAGTTC-ATTTATAGCCTCCT-ATTCCTTCAAAAGCC
* * *
79 TTATTACTCA-TTTTAAATGGTTTTATAATCTAATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTGTACATT
63 TTATTA--CAGCTTTAAATGGTTTTATAATCTAATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATT
* * * * * * * * *
143 TTTGATTAAAACATACTATAATTGAATATCTATCTCAGGAAATGTAAAGAAAAGAGCATTCATTG
126 TTTAATTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTATTTTAAGAAATGTAAAGAAAAAAACATTCACTG
* * ** ***
208 ACAAGAAAATTCTGTTTATAGTCACCTATTTTTTCAAAAGCCTTATTACAGGGTTTAAATGGTTT
191 ACAAGAAAAGTCTGATTATAG-CACCTATTCCTTCAAAAGCCTTATTACACACTTTAAATGGTTT
* * *
273 TCTAATCTCATAATTGATTTAAGGTTGAATTTTTTTACATTTTTTATTAAAACAGATTA-TAATT
255 TCTAATCTCATAATTGATTTAAGCTTGAATTTTTTT--ATTTTTGATTAAAACAGA-CAGTAATT
*
337 GAATGTCGA-A-CGCAAGAAACG
317 GAATGTCAATATCG--AGAAACG
* * * *
358 TGAAGAAAAGAGCATTCATTGGCAAGAAAAGTTCATATATAGCCTCCTAATCCTTCAAAAGTCTT
1 TGAAGAAAA-AGCATTCATTGACAAGAAAAGTTCATTTATAGCCTCCTATTCCTTCAAAAGCCTT
* * *
423 ATTACGAGCTTTCAATGGTTTGATAATCTAATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTAT
65 ATTAC-AGCTTTAAATGGTTTTATAATCTAATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTT
* *
488 AATTAAAACAGACAATAATTGAATGTCTATTTTAAGAAATGTGAAA-AAAAAAACATTCACTGGC
129 AATTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTATTTTAAGAAATGT-AAAGAAAAAAACATTCACTGAC
* *
552 AAGAAAAGTCT-ATTATA-CCCTCTCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTT
193 AAGAAAAGTCTGATTATAGCAC-CT-ATTCCTTCAAAAGCCTTATTACACACTTTAAATGGTTTT
*
615 CTAATCTCATAATTGATTTTAA-CTT-AATTTTTTTTTATTTTTGATTGAAACAGACAGTAATTG
256 CTAATCTCATAATTGA-TTTAAGCTTGAA--TTTTTTTATTTTTGATTAAAACAGACAGTAATTG
*
678 AATGTTAATATCGAGAAACG
318 AATGTCAATATCGAGAAACG
* * * *
698 TGAAGGAAAAAGTATTCATT-ATCAAGAAAAGTTAATTTATAGTCACCTATTCCTTCAAAAGCCT
1 TGAA-GAAAAAGCATTCATTGA-CAAGAAAAGTTCATTTATAGCCTCCTATTCCTTCAAAAGCCT
* * * * *
762 TATTACACGCTTTGAATGGTTTTATAATGTCATAATTCATTTCAAGTTGAATTTTTTTATATTTT
64 TATTACA-GCTTTAAATGGTTTTATAATCTAATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTT
*
827 TCATTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTATCTTTA
128 TAATTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTAT-TTTA
863 CAATCNNNNN
Statistics
Matches: 430, Mismatches: 57, Indels: 37
0.82 0.11 0.07
Matches are distributed among these distances:
339 4 0.01
340 174 0.40
341 71 0.17
342 174 0.40
343 7 0.02
ACGTcount: A:0.36, C:0.13, G:0.12, T:0.39
Consensus pattern (337 bp):
TGAAGAAAAAGCATTCATTGACAAGAAAAGTTCATTTATAGCCTCCTATTCCTTCAAAAGCCTTA
TTACAGCTTTAAATGGTTTTATAATCTAATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTAA
TTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTATTTTAAGAAATGTAAAGAAAAAAACATTCACTGACAAG
AAAAGTCTGATTATAGCACCTATTCCTTCAAAAGCCTTATTACACACTTTAAATGGTTTTCTAAT
CTCATAATTGATTTAAGCTTGAATTTTTTTATTTTTGATTAAAACAGACAGTAATTGAATGTCAA
TATCGAGAAACG
Done.