Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
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66 ATTGAATGTCTACCTCAGGAAACATGAAGAAAAAGCCATTC-ATTGGCAAGAAAAGTCCATTTAT
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681 GTTTTGTAATTTCATAATTAATTTCAAGTTGAATTTTTTTTATC-TTTTTGGTTAAAATATATTA
1 GTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAA-TTTTTTTA-CATTTTTGGTTAAAACAGATTA
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745 TAATTGACTATTTTTCTTAGGAAATGTGAAGCAAAAGGCATTCATT-GCAGAGGAAAA-TTCATT
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808 TAAAGTCACCCATGCCTTTGAAAGTATTATTACTTGCTATAAATA
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853 GTTTGATAATCTCACAATTAATTTTAAGTTAAATTTTTTGACA-TTTTGATTAAAATAGATTATA
1 GTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGATTATA
* ** *
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981 AGACACATTTGCCTTTAAAATCCTTATTATTTGCTTTAAATG
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1023 GTTTTATAATCTCATAATTGTTTTTAACTTGAATATTTTGGA-ATTTTTGGTTAAAATAGACTAT
1 GTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAAT-TTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGATTAT
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1087 AANNNNNNNNNNACCT-TGGAAAACATGAAGAAAAAGTCAGTCATTGGGAAGGAAAGTCCATTTA
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* * * *
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1194 GTTTTACAATCTCATAATTGATTTTGAGTTGAATTTTTTAATATTTTGGGTTAAAATAGATGGTA
1 GTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGATTATA
* * * *
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* * *
1322 TAGTCACCCATGTCTTCAAAAGCCTTATAACT-GCTTTAAATA
129 TAGTCACCCATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATG
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1364 GTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGCAT-AATGTTTTTACATTTTTCATCAAAACAGATTAC
1 GTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAG-TTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGATTAT
* * * * * * *
1428 AATAGAATGTCTACCTTAGAAAACGTGAAGAAAAAGTCATTCATTGAG-AAAAAAAGTTCATTTA
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1492 TAGTCATTCATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTGAAACG
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1535 GTTTTATGATCTCATAATTGATTTAAAGTTGAGTTTTTTTATATTTTTTGTTAAAA-ACTATTAT
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1599 AATAGAATGTCTACCACAAGAGACATCAAGAAAAATATGTTCATTAGCAAAAAAAGTCTATTTAT
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1664 AGTCATCCATACCTTCGAAAGCCTTATTACTTGCTTT-AATG
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1705 GTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTTATATTTCTT-GTT-CAACTAGATT
1 GTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAA-TTTTTTTACATTT-TTGGTTAAAAC-AGATT
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1768 GCATTTAAATGTCTGACTTGA-AAAACATGAAGAAAAAGATATTCATTGGC-AGAAAGGTCCATT
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1831 TATGGTCATCTATGCCTTCAAAAGCCTTATTATTCGNNNNNNNNN
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1876 NTTTTATAATCTCATAATTTATTTTAACTTGAATATTTTGGCATTTTTGGTTAAAATAGAGTATA
1 GTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGATTATA
* * * *
1941 ATTGATTGTCTACCT-TGAGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGGGAAGGAAAGTCCATTTAT
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* * *
2005 AGTCACCCATGCCTTTAAAA-CCTTATAACTCACTTTAAATG
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2046 GTTTTACAATCTCATAATTGATTTTGAGTTGAATTTTTTAACCTTTTTAGTTAAAATAGATGGTA
1 GTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGATTATA
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2216 GTTTTATAATCTCATAATTAATTTNNNNNNNNNNTTTTTTACATTTTTTATTAAAACAGATTACA
1 GTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGATTATA
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2281 ATAGAATGACTACCTTAGAAAATGTGAAGAAAAAGCCATTCATTGGGAAGAAAAGTCTATTTATA
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* * *
2346 GTCACCCATGCCTTTAAAAGTCTTATTACTTGCTTTAAATG
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2387 GTTTTATAATCTCATAATTAATTTAAAGTTGAGTATTTTTACATTTTTTATTAAAATAGATTATA
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2558 NNNTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTT--TTTCAACTAGATTAC
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2898 GTTTTATAATATCATAATTGATTTTAAATTGAATTTTTTTACATTTTTGATTAAAACATATTAGA
1 GTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGATTATA
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1 GTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGATTATA
** * * * * * * ** * *
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*** *
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130 AGTCACCCATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATG
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3239 GTTTTATAATNNNNNNNNNNATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTACTTAAAATAGATTATA
1 GTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGATTATA
* * ** *
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* * * * **
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129 TAGTCACCCATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATG
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3410 GTTTTACAATCTTATAATTGATTTTAAG-TGTAATTTTTTTATATTTTTGGTCAAAGTGGAGTAT
1 GTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTG-AATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGATTAT
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3474 AATTGAATGTCTGCCTTAGGAAATGTAAAGAAAATGCCATTCATTGATAAGAAAGGTCCATTTAT
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* * *
3539 AGTCACCCATGCCTTCAACAGCCTTATAACTCACTTTAAATG
130 AGTCACCCATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATG
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3581 GTTTTATAATCTCATAATTGGTTTTAAG-TGTAATTTTTTTACGTTTTTTGTTAAAACAGATTAT
1 GTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTG-AATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGATTAT
* * * * * **
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3708 ATAGTCACCAATACCTTCAAAAGCCTTAGTACACGCTTNNNNNN
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3752 NNNNTATAATCTCATAATTGATTTT-AGCTTAAATTTTTTAACATTTTTGGTTAAAACGGATTAT
1 GTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAG-TTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGATTAT
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3816 AATTAAATGTCTGCCTCAGGAAACATGATGAAAAAGCTATTCATTAATAAGAAAAGTCCATTTAT
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3923 GTTTTATAATCTCATAATTCATTTTATGTTGAATATTTTTACATTTTTTGTTGAAAA-AAATGAT
1 GTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTT-AAAACAGATTAT
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4052 NNNNNNNNNNGCCTTTGAAAGCCTTATTACTC-ATTTAAAATT
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4094 ATTTTATAAACTCATCATTGATTTTAGGTT-AAGTTTTTGTTTTCATTTTTAGTTAAAATATATT
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4267 GTTTGATAATCTCACAATTGACTTTAAGTTGAATTTCTTAACATTTTT-ATTAAAATAGATTATA
1 GTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGATTATA
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4394 TAGTTATTCTTACCTTTAAAAGGCTTATAACCCACATTAAATA
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4608 GTTTTGTAATCTCATAATTGATTTTAGGTTGAA-TTTTTTAGCATTTGTGGTTAAAACATATTAT
1 GTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTA-CATTTTTGGTTAAAACAGATTAT
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4672 AATTTAATGTCTGTCTCAAGAAATGTGATGAAAAAGCCATTCATCAACAATAAAAGTATATTTAT
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* * * * * * *
4737 AGTCACCTATGCCTTAAAAAGCCTTACTACTTGGTTTACATT
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4779 GTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGGATTTTTCTACATTTTTTGTTAAAACAGATTATA
1 GTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGATTATA
* * * * *
4844 ATTGAATGTTTGCCTC-CGAGAACATGAAGACAAAGCCATTCATTGGTAAGAAAAGTCCATTTAT
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* * * * *
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4950 GTTTTTTAATCTCATAATTGATTTGAAGTTGAATTTTTTTTACATTTTTTGTTAAAACAGATTAT
1 GTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAA-TTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGATTAT
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5080 AATCACCCAAGCCTTTAAAAGCCTTATTACTCACNNNNNNNN
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5122 NNTTAATAATCTCATAATTGATTTTTTTAGTTCAATTTTTTTACATTTTTCATTAAATCAGATAA
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5187 TAATTGAATGTCTACCTTAAGAAACATAAAGAAAATGCTATTTATTGACAA-AAAACTCCATTTA
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5251 TTA-ACACCCATACTTTTGAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATG
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5294 NNNNNNNNNNCTTATAATTGATTTCAAGTTGAATATTTATACTTTTTTGGTTAAGATAGATTACA
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* * * *
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5422 AGTCACCCATGCTTTCAAAAGCCTTACTACTCGCTTTAAATG
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5464 GTTTNNNNNNNNNNTAATTGATTTGT-AGTTGAATTGTTTTACATTTTTTATTAGAATAGATTAT
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5592 TAGTCACACATGCCCTCGAAAGTCTTATTACTAGCTTTAAACG
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* * * *
5635 ATTTTATAATCCCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTGTTACATTTTTGGTTCAAATAGATTA
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6107 TAGTCACCCATGCCTTCAAAAGTCTTATAACTC-CTTTTAAATA
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1 GTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGATTATA
* * *** * * **
6555 ATTAAATGTCTACCTTAGGAAGTGTAAAGAAAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAACTTTATTTAT
66 ATTGAATGTCTACCTCAGGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGGCAAG-AAAAGTCCATTTAT
* * * * * *
6620 AGTCTCCCATACCTTCAAAACCCTGATTACTCACTTTAAATA
130 AGTCACCCATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATG
* * ** * * * *
6662 GTTTTATAATCTCATAAATGATTTTAAGTCT-AAATTTTTGGCATTGTTAG-T--AACAGACTGT
1 GTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGT-TGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGATTAT
* * * * *
6723 AATTGATTGTTTACCTTTA-GAAACATAAAGAAAAAGCCATTCGTTCGG-AAGAAAAGTCCATTT
65 AATTGAATGTCTACC-TCAGGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATT-GGCAAGAAAAGTCCATTT
* * *
6786 ATAGTCATCCATGCCTTTAAAAGCCTTATAACTCGCTTTAAATG
128 ATAGTCACCCATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATG
* * *
6830 GTTTTACAATCTCATAATTAATTTTAAG-TGTAA-TTTTTTACATTCTTGGTTAAAACAGATTAT
1 GTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTG-AATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGATTAT
* * * ** * * **
6893 GATTGAATGTCTGCCTTAGGTGACAGGAGGAAAATA-CCATTCATTGATAAGAAAAGTCCATTTA
65 AATTGAATGTCTACCTCAGGAAACATGAAGAAAA-AGCCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTA
* * * * * *
6957 TAGTCACTCATGCCTTCAAAAGCCGTAGTACACACTTCAAATG
129 TAGTCACCCATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATG
********** * * ** * *
7000 GTTTTATAATCTCATAATTGNNNNNNNNNNGAATTTTTTAATATTTTTACTTAAAATATATTATA
1 GTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGATTATA
* ** * **
7065 ATTGAATGTCTACCTCA--AAAAATGATTAAAAAGCTATTCATTAACAAGAAAAGT-CATTTTAT
66 ATTGAATGTCTACCTCAGGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCA-TTTAT
* * * * * *
7127 AGTTACTCAAGTCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTATATT
130 AGTCACCCATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATG
* * * * ** * *
7169 ATTTTATAATCTCATAATTGATTATAGGTTGAATTTTTTAACATTTTTAATTAAAATATATTATA
1 GTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGATTATA
* * * * * * * * *
7234 ATGGACTGTTTATCTCAGGAAACGTGAA-ACAAAAGACATCCATTGAG-GAGAAAAGTTCATTTA
66 ATTGAATGTCTACCTCAGGAAACATGAAGA-AAAAGCCATTCATTG-GCAAGAAAAGTCCATTTA
* ** * ** * **
7297 AAGTCATTCATGCCTTTAAAAGTATTATTTCTTTCTTTAAATG
129 TAGTCACCCATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATG
** * * *
7340 GTTTGGTAATCTCACAATTGATTTGAAGTTGAATTTTTTAATA-ATTTTT-ATTAAAACAGATTA
1 GTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTT--TACATTTTTGGTTAAAACAGATTA
* * * **
7403 TAATTGAATGTCTGCCTAAGGAAACATGCAG-AAAAGCCATTCATTGTAAAG-AAAGTCCATTTA
64 TAATTGAATGTCTACCTCAGGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTA
* * *
7466 TAGGCATCCATACCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATG
129 TAGTCACCCATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATG
** * * * * * *
7509 ACTTTATAATCTCATAATAGATTTCAAGTTGAATTTTTTTACTTTTTTAGTTAAAATAGATTACA
1 GTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGATTATA
* * * * *
7574 ATTTAATGTCTTCCTAAGGAAACATGAAGAAAAAGCTATTCATTGGCAAGCAAAG-CTCATTTAT
66 ATTGAATGTCTACCTCAGGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAGTC-CATTTAT
**********
7638 AGTCACCCATGCCTTCAAAAGCCTTANNNNNNNNNNTAAATG
130 AGTCACCCATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATG
* * * * * * *
7680 GTTTTACAATCTCATAATTGATTTGAAATTAAATTGTTTTACATTTTTTGTTAAAAAAGATTATA
1 GTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGATTATA
* * * * **
7745 ATTGAATGTTTGCC-CTTGGAGAACATGAAGAAAAAAG-TATTCATTGGCAAGCAAAAGGTTTAT
66 ATTGAATGTCTACCTC-AGGA-AACATGAAG-AAAAAGCCATTCATTGGCAAG-AAAA-GTCCA-
* * *
7808 TTTATACGTTACCCATCGGTACCTTCGGATAGCCTTATTTACTCGCTTTAAATAG
125 TTTATA-GTCACCCAT--G--CCTTC-AAAAGCCTTA-TTACTCGCTTTAAAT-G
* * * * * * *
7863 TTTTTATAATCTCATAAATGATTTTGAGTTGAATTTTTTTTACATTTTTAGTTCAAATAGATTAC
1 GTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAA-TTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGATTAT
* * *** * * *
7928 ATTTAAATGTCTGGTTC-GAGAAACGTGAA-AAAAGAG--TTTCATTGGTAAGAAAAGTCCATCT
65 AATTGAATGTCTACCTCAG-GAAACATGAAGAAAA-AGCCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCA--T
* ** * *
7989 TTATCTGTCACTTATATACCTTCAAAAGACTTATTACTCGCTTTAAATG
126 TTAT-AGTCAC--CCATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATG
* * * * * *
8038 GATTTAGAATCTCATAATTGATTTTAGGTTGAATTTTTTAACA-TTTTGGTTAAAATATATTATA
1 GTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGATTATA
* * * * * * * * * * ** *
8102 ATGGACTATCTATCTTAGGAATCATAAAGCAAAAGACATCCATTGG-AGAGAAAAGTTTATTTAA
66 ATTGAATGTCTACCTCAGGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGGCA-AGAAAAGTCCATTTAT
* ** * ** **
8166 AGTCACTCATGCCTTTGAAAGCATTATTTTTTACTTTAAATG
130 AGTCACCCATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATG
* * * * * * * * * *
8208 GATTGATAATCTCACAATTGATTATAAATTGAAGTTTTTAATATTTTTAGTTAAAACATATTATA
1 GTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGATTATA
* * *
8273 ATTGAATGTTTGCCT-AGGGAAACATGAAGGAAAAGCCATTCATT-GCTAAG-AAAGTCCATTTA
66 ATTGAATGTCTACCTCA-GGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGGC-AAGAAAAGTCCATTTA
* * *
8335 TAGTCA-CCTTGACCTTCAAAAGCCATATTACTCGCTTTAAATT
129 TAGTCACCCATG-CCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATG
* * *** * *
8378 G-TTTATTATCTCATAATTGATTTTAAG-TCACATTTTTTGGTATTTTTAGTTAAAACAGACTAT
1 GTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGA-ATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGATTAT
* * * * *
8441 AATTGATTATCTACCTTAGGAAACATGAAGAAAAAGCCAATCATTGAG-AAGAAAAGTGCATTTA
65 AATTGAATGTCTACCTCAGGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTG-GCAAGAAAAGTCCATTTA
* * * *
8505 TAGTTACCCATGCCTTCAAAAGCATTATAACTCGCTTTAAATC
129 TAGTCACCCATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATG
********** ***
8548 GTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGNNNNNNNNNNTTACATTTTTTACTAAAACAGATTATA
1 GTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGATTATA
* * ** * * ***
8613 ATTGAATGTCTACCTCAGGTAACATCAAGAAAATTCTATTTATTAAAAAGAAAAGTCCATTTATA
66 ATTGAATGTCTACCTCAGGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATA
** * *
8678 GTCACCCATATCTTCAAAAGCCTTAGTACACGCTTTAAATG
131 GTCACCCATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATG
********** * * * * * *
8719 GTTTTATAATCNNNNNNNNNNTTTTAGGTTGAATTTTTTAATATTTATGGTTAAAATATATTATA
1 GTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGATTATA
* * * ** * ****
8784 ATTGAATGTCTGCCTCAAGAAACATGATGAAAAAGCCATTCATTAACAAGAAAAGTTCATTNNNN
66 ATTGAATGTCTACCTCAGGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATA
****** * * *
8849 NNNNNNCATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGGTTTACATG
131 GTCACCCATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATG
* *
8890 GTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTGCAATTTTT-GTTAAAATAGATTAT
1 GTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTAC-ATTTTTGGTTAAAACAGATTAT
* * * ** ** * * *
8954 AATTGAAAGTCTACCTTA-AAAATGTGAAGAAAAAGATATTCATTAGCAAAAAAACTCCATTTAT
65 AATTGAATGTCTACCTCAGGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTAT
** * *
9018 AGTCGTCCATAG-CTTCAAAAGCCTTATTACTCGATTTAATTG
130 AGTCACCCAT-GCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATG
* * * * ** *
9060 GTTTTATAATCTTATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTCTAAATTTTAGGTTCAAATGGATTGT
1 GTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTT-TACATTTTTGGTTAAAACAGATTAT
* * * ** * ** * *
9125 ATTTAAATGTCTAGCTC-GAGAAATGTGAAGAAAGAGATATTCATTGG-TAGAAAAGTTCATTTA
65 AATTGAATGTCTACCTCAG-GAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTA
* * * *
9188 TAGTCACCTATGCCTTCAAAAGCCTTGTTACTCCCTTTAAAAG
129 TAGTCACCCATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATG
* * * * * * * * * *
9231 GTTTTATAATCTCATACTTAATTTTAGGATGAAATTTTTGACATTTGTAGTTAAAACAGACTGTA
1 GTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGATTATA
* * ** * * *
9296 ATTGATTGTTTACCTTGGGAAACATAAAGAAAAAGCCATTCATTGGAAAGAAAAGTTCATTTATA
66 ATTGAATGTCTACCTCAGGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATA
* * * *
9361 GTCATCCATACCTTCAAAAGCCTTA-TATTCGCTTTAAACG
131 GTCACCCATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATG
* * * * *
9401 ATTTTATAATCTCATAATAGATTTTAAG-TGTAATTTTTTTACGTTTTTAGTTAAAACATATTAT
1 GTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTG-AATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGATTAT
* * ** * ** * *** *
9465 AATTGAATGTTTTCCTTGGGTAATGTGAAGAAAATA-CCATTTATTAATAAGAAAAGTCTATTTA
65 AATTGAATGTCTACCTCAGGAAACATGAAGAAAA-AGCCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTA
* * * * * * *
9529 TAGTTACTCATACCTTCAAAAGCTTTAATACAT-ACTTTAAATA
129 TAGTCACCCATGCCTTCAAAAGCCTTATTAC-TCGCTTTAAATG
* * * * * * * *
9572 GTTTTATATTCCCATAATTGATTTTAGGTTGAAGTTTTTAATAGTTTTAGTTAAAACAGATTATA
1 GTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGATTATA
* * * * ** *
9637 ATTGAATGT-TCGCCTCAAGAAACGTGATGAAAAAGCCATTCATTAACAAGAAAAGT-TATTTTA
66 ATTGAATGTCT-ACCTCAGGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCA-TTTA
* ****
9700 TAGTCACCCATGCCTTTAAAAGCCTTATTACTCGCTTTANNNN
129 TAGTCACCCATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATG
****** * * * * * *
9743 NNNNNNTAATCTCATAATTGATTTTAGGTTAAAGTTTTTAATATTTTTGGTT-AAACTATATTAT
1 GTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAAC-AGATTAT
* * * * * * * * * * *
9807 AATAGACTATCTATCTTAGCAAACTTGAAGGAAAAGACATCCATTGG-AGAGAAAAGTTCATTTA
65 AATTGAATGTCTACCTCAGGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGGCA-AGAAAAGTCCATTTA
* * ** *** * * **
9871 AAGACATTCATGCCTTTGGAAGCATTATTTCTTACTTTAAATG
129 TAGTCACCCATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATG
** * * * * * * *
9914 GTTTGGTAATCTCACAATTGATTTTAAGCTGAAATTTTTAATATTTTT-ATTAAAACAAATTATA
1 GTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGATTATA
* * * * * * * ** *
9978 ATTGAATGTTTGCCT-AGGGAACGTAAAGGAAAAGCTATTCATTATCAAGAAAAGTCAATTTATA
66 ATTGAATGTCTACCTCAGGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATA
* * * *
10042 GTCACCC-TGACTTTCAAAAGTCTCATTGCTCGCTTTAAATG
131 GTCACCCATG-CCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATG
********** * * * * *
10083 GTTTTATNNNNNNNNNNTTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTGGCATTTTTAGTTAAAATAGACTAT
1 GTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTT-ACATTTTTGGTTAAAACAGATTAT
* * * * *
10148 AATTGATTGTTTACCTTAGGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGAG-AAGAAAATTCTATTTA
65 AATTGAATGTCTACCTCAGGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTG-GCAAGAAAAGTCCATTTA
** * * *
10212 TAGTCACCCATGCCTTCAAAAGGGTTATAACTTGCTTTAAATC
129 TAGTCACCCATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATG
* * * **
10255 GTTTTATAATCGT-AAAATTGATTTTAAGTTGAACTTTTGTACATTTTGTTATTAAAACAGATTA
1 GTTTTATAATC-TCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTT-TGGTTAAAACAGATTA
* * ** * * * * * *** *
10319 TAATTGAATGTTTATCTTGGGTAACGTAAAGAAAATGCTATTCATTAATAAGAAAAGTTCATTTA
64 TAATTGAATGTCTACCTCAGGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTA
* ** * *
10384 TAGTCACCAATGTTTTCAAAAGTCTTAGTACAT-GCTTTAAATG
129 TAGTCACCCATGCCTTCAAAAGCCTTATTAC-TCGCTTTAAATG
* ********** * ** *
10427 ATTTTATAATCTCNNNNNNNNNNTT-AGATTGAATTTTTTTATATTTGAGGTTAAAACATATTAT
1 GTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAG-TTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGATTAT
* * * * * * * **
10491 AATTAAATGTCTGCCTCAAG-AACGTGATGGAAAAGCCATTTATTAATC-AGAAAAGTCCATTTA
65 AATTGAATGTCTACCTCAGGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATT-GGCAAGAAAAGTCCATTTA
* * * ** * * *
10554 TAGTCAACCATACATTCGGAAGCCTTATTACTTGGTTTATATG
129 TAGTCACCCATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATG
* ***********************
10597 GTTTTATAATCCCATAATTGATTTTAAGTT-AGANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNCAGATTAT
1 GTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGA-ATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGATTAT
* * ** *
10661 AATTAAATGTCTACCT-TGAGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTATCAAGAAAAGTTCATTTA
65 AATTGAATGTCTACCTCAG-GAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTA
* ** * **********
10725 TAGGCATTCATACCTTCAAAAGCCTTATTACNNNNNNNNNNTG
129 TAGTCACCCATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATG
* ** ** * * * *
10768 GTTTTATAATCTCATAATAGATTTCGAGTTGAATTTTTTTGTATTTTTGATTGAAATAGATTACA
1 GTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGATTATA
* * * * * * * ** **
10833 ATTAAATATCTACCTTAGGAAACATGAAGAAATAGCTATTCATTAGAAAGAAAAACCCATTTGCA
66 ATTGAATGTCTACCTCAGGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATA
* ** *
10898 GTAACCCATATCTTCAAAAGTCTTATTACTCGCTTTAAATG
131 GTCACCCATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATG
********** * * *
10939 GTTTTANNNNNNNNNNATTGATTTGAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTTGTTAAAATAGATTATA
1 GTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGATTATA
* * * ** ** *
11004 ATTGAATGTTTACCTTAGGGAATGTGAAGAAAAAGATATTCATTGGTAAGAAAAGTCCATTTATA
66 ATTGAATGTCTACCTCAGGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATA
* ** * *
11069 GTCACCCATGGCTTTGAAAGCCTTATTACTCGCTTTGATTG
131 GTCACCCATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATG
* * * *
11110 GTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTGGTTTTAAATTTTTAGTTCAAAA-GGATTA
1 GTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATT-TTTTTACATTTTTGGTT-AAAACAGATTA
* * * * * ** * ** ** *
11174 CATTTAAATGTCTAGCT-TGAGAAATGTAAAGAAAGTGATATTCATTGTC-AGAAAAGTCCATTT
64 TAATTGAATGTCTACCTCAG-GAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTT
********** * *
11237 ATAGTCACCNNNNNNNNNNAAAGCCTTATTACTCCCTTTAAAAG
128 ATAGTCACCCATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATG
* ** * * *** * * *
11281 GTTTTATAATCTCAGAATTGATTTTGGGATGAAATTTTTGGTATTTTTTGTTCAAACAGATTGTA
1 GTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGATTATA
** * * * * **
11346 ATT-AATTGTCTACCTTGGGAAATAT-ATAAAAAAAGCTACTCATTGAAAAGAAAAGTCCATTTA
66 ATTGAA-TGTCTACCTCAGGAAACATGA-AGAAAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTA
* * ** *
11409 TAGTCATCCATGCCTTCGAAAGGTTTATT-CTCTCTTTAAATG
129 TAGTCACCCATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATG
* * * *
11451 ATTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAG-TGTAATTTTTTTTTATATTTTTAGTTTAAACAGATT
1 GTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTG-AA--TTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGATT
* * ** ** * ** * * *** * *
11515 ATAATTGATTGTTTGTCTTGGGTAATGTGAAGAAAATGCAATTCATTAATAAGGAAAGTCTATTT
63 ATAATTGAATGTCTACCTCAGGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTT
* *
11580 ATAGTTACCCATGCCTTCAAAAGCCTTAGTACAT-GCTTTAAATG
128 ATAGTCACCCATGCCTTCAAAAGCCTTATTAC-TCGCTTTAAATG
* * * * * * *
11624 GTTTTTATTATCTCATAATTGATTTTAGGTTAAAGTTTTTAACATTTTTGGTTAAAAAAAATTAT
1 G-TTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGATTAT
** ** * * **
11689 AATTGAATGTCTACCTCAATAAATGTGATGAAAAAACCATTCATTAACAAGAAAAGT-CATTTTA
65 AATTGAATGTCTACCTCAGGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCA-TTTA
*
11753 TAGTCACTCATGCCTTCAAAAGCCTTATTACT
129 TAGTCACCCATGCCTTCAAAAGCCTTATTACT
11785 TNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 8836, Mismatches: 2490, Indels: 575
0.74 0.21 0.05
Matches are distributed among these distances:
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167 14 0.00
168 92 0.01
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ACGTcount: A:0.35, C:0.13, G:0.13, T:0.37
Consensus pattern (171 bp):
GTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGATTATA
ATTGAATGTCTACCTCAGGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATA
GTCACCCATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATG
Found at i:510 original size:170 final size:169
Alignment explanation
Indices: 325--718 Score: 407
Period size: 169 Copynumber: 2.3 Consensus size: 169
315 NNAAAGCCTT
* *
325 ATTACTCACTTTAAATAGTTTTATAATATCATAATTAATTTTAGGTTGAATTTTTAAC-ACTTTT
1 ATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATATCATAATTAATTTTAAGTTGAATTTTTAACTA-TTTT
* *** * *
389 -GATTAAAACAAATTATATTTGAATGTTTGTTTCAAGAAACATGAAGCAAAAGACA-TCAACTGG
65 AGATT-AAACAAATTATATTTGAATGTCT-ACCCAAGAAACATAAAGAAAAAGACATTC-ACTGG
* *
452 CAAGAAAAGTATATTTACAGTCACTTAAGCCTTCGAAACCCTC
127 CAAGAAAAGCATATTTACAGTCACTCAAGCCTTCGAAACCCTC
* * * * * **
495 ATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCGTAATTGATTTTAAATTAAATTTTTTTCTATTTTA
1 ATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATATCATAATTAATTTTAAGTTGAATTTTTAACTATTTTA
* * * * * *
560 GGTTAAACAGATTATATTTGAATGTCTACCCTAGAAACATAAAGAAAAAGCCATTCATTGGGAAG
66 GATTAAACAAATTATATTTGAATGTCTACCCAAGAAACATAAAGAAAAAGACATTCACTGGCAAG
* * * * * * *
625 AAAGGCATATTTATAGTCACTCATGCCTTTGACAGCCTT
131 AAAAGCATATTTACAGTCACTCAAGCCTTCGAAACCCTC
* * * * * *
664 ACTACTTGCTTTAAATGGTTTTGTAATTTCATAATTAATTTCAAGTTGAATTTTT
1 ATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATATCATAATTAATTTTAAGTTGAATTTTT
719 TTTATCTTTT
Statistics
Matches: 181, Mismatches: 40, Indels: 7
0.79 0.18 0.03
Matches are distributed among these distances:
169 101 0.56
170 76 0.42
171 4 0.02
ACGTcount: A:0.36, C:0.13, G:0.12, T:0.39
Consensus pattern (169 bp):
ATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATATCATAATTAATTTTAAGTTGAATTTTTAACTATTTTA
GATTAAACAAATTATATTTGAATGTCTACCCAAGAAACATAAAGAAAAAGACATTCACTGGCAAG
AAAAGCATATTTACAGTCACTCAAGCCTTCGAAACCCTC
Found at i:777 original size:341 final size:337
Alignment explanation
Indices: 1--16770 Score: 2840
Period size: 341 Copynumber: 49.1 Consensus size: 337
* * * * * * *
1 GTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTACA-TTTT-TTTAAAAACAGATT-T
1 GTTTTATAATATCATAATTAATTTCAAGTTGAA-TTTTTAACACTTTTGATT-AAAACAAATTAT
*** * * **
63 GAATTGAATATTTGCCCCAGGAAATGTGAAGAAAAAGATATTCATTGATAAGAAAAGTCTATTTA
64 -AATTGAATATTTGTTTCAGGAAATGTGAAGCAAAAGACATTCA-TGGCAAGAAAAGT-TATTTA
* * * * *
128 TAGTCACTTATGCCTTCGAAGGCCTTATTACTCACTTTAAATTGTGTTATAATCTCATAATTGAT
126 AAGTCACTTATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGAT
* * * * * * * *
193 TTTAGGTTGAATGCTTTAACATTTTTGGTTAAAACAGTTTATAATTAAATTTTTA-CCTCAGGAA
191 TTTAAGTTAAAT-TTTTTACA-TTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCCTCA-GAA
** * *********
257 ACATAAAGAAAAAGTTATTCATTGGTAAGAAAAGTCCATTTATAGTCAC-CNNNNNNNNNNAAAG
253 ACATAAAGAAAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTC-ATGCCTTTAAAAG
** *
321 CCTTATTACTCACTTTAAATA
317 CCTTATTACTTGCTTTAAATG
* * *
342 GTTTTATAATATCATAATTAATTTTAGGTTGAATTTTTAACACTTTTGATTAAAACAAATTATAT
1 GTTTTATAATATCATAATTAATTTCAAGTTGAATTTTTAACACTTTTGATTAAAACAAATTATAA
* * ** *
407 TTGAATGTTTGTTTCAAGAAACATGAAGCAAAAGACA-TCAACTGGCAAGAAAAGTATATTTACA
66 TTGAATATTTGTTTCAGGAAATGTGAAGCAAAAGACATTC-A-TGGCAAGAAAAGT-TATTTAAA
* * * *
471 GTCACTTAAGCCTTCGAAACCCTCATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCGTAATTGATTT
128 GTCACTTATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTT
* * *
536 TAAATTAAATTTTTTTCTATTTTAGGTT-AAACAGATTATATTTGAATGTCTACCCT-AGAAACA
193 TAAGTTAAATTTTTTAC-ATTTT-GGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCCTCAGAAACA
* * * * *
599 TAAAGAAAAAGCCATTCATTGGGAAG-AAAGGCATATTTATAGTCACTCATGCCTTTGACAGCCT
256 TAAAGAAAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAGTC-CATTTATAGTCACTCATGCCTTTAAAAGCCT
*
663 TACTACTTGCTTTAAATG
320 TATTACTTGCTTTAAATG
* * *** * * *
681 GTTTTGTAATTTCATAATTAATTTCAAGTTGAATTTTTTTTATCTTTTTGGTTAAAATATATTAT
1 GTTTTATAATATCATAATTAATTTCAAGTTGAATTTTTAACA-C-TTTTGATTAAAACAAATTAT
* * * *
746 AATTGACTATTT-TTCTTAGGAAATGTGAAGCAAAAGGCATTCATTGCAGAGGAAAA-TTCATTT
64 AATTGAATATTTGTT-TCAGGAAATGTGAAGCAAAAGACATTCATGGCA-A-GAAAAGTT-ATTT
** * ** * * * * *
809 AAAGTCACCCATGCCTTTGAAAGTATTATTACTTGCTATAAATAGTTTGATAATCTCACAATTAA
125 AAAGTCACTTATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGA
* * **
874 TTTTAAGTTAAATTTTTTGACATTTTGATTAAAATAGATTATAATTGAATGTCTACCCTGGGAAA
190 TTTTAAGTTAAATTTTTT-ACATTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCCTCAGAAA
** * * * * *
939 TGTGAAGAAAAAGCCATTCATTGTCAAGAAAAGTCCATTTATAGACACAT-TTGCCTTTAAAATC
254 CATAAAGAAAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCAC-TCATGCCTTTAAAAGC
*
1003 CTTATTATTTGCTTTAAATG
318 CTTATTACTTGCTTTAAATG
* ** * * * * * * * *
1023 GTTTTATAATCTCATAATTGTTTTTAACTTGAATATTTTGGA-ATTTTTGGTTAAAATAGACTAT
1 GTTTTATAATATCATAATTAATTTCAAGTTGAAT-TTTT-AACACTTTTGATTAAAACAAATTAT
************ ** * * * * * *
1087 AANNNNNNNNNNACCTT--GGAAAACATGAAGAAAAAGTCAGTCATTGGGAAGGAAAGTCCATTT
64 AA-TTGAATATTTGTTTCAGG-AAATGTGAAGCAAAAGACATTCA-TGGCAAGAAAAGT-TATTT
* ** ** * * * * *
1150 ATAGTCACCCATGCCTTTAAAAGCCTTGTAACTTGCTTTAAATGGTTTTACAATCTCATAATTGA
125 AAAGTCACTTATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGA
* * * * ** * * *
1215 TTTTGAGTTGAATTTTTTAATATTTTGGGTTAAAATAGATGGTAATTGATTGTCTACCTTGAGAA
190 TTTTAAGTTAAATTTTTT-ACATTTT-GGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCCTCAGAA
* * * * * *
1280 ACATGAAGAAAAAGTCATTCATTGTG-AAGAAAAGTCCATTTGTAGTCACCCATGTCTTCAAAAG
253 ACATAAAGAAAAAGCCATTCATTG-GCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATGCCTTTAAAAG
* *
1344 CCTTATAAC-TGCTTTAAATA
317 CCTTATTACTTGCTTTAAATG
* * * * * * * * * *
1364 GTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGCAT-AATGTTTTTACATTTTTCATCAAAACAGATTAC
1 GTTTTATAATATCATAATTAATTTCAAG-TTGAAT-TTTTAACACTTTTGATTAAAACAAATTAT
* * *** * * * * *
1428 AATAGAATGTCTACCTT-AGAAAACGTGAAGAAAAAGTCATTCATTGAG-AAAAAAAGTTCATTT
64 AATTGAATAT-TTGTTTCAGGAAATGTGAAGCAAAAGACATTCA-TG-GCAAGAAAAGTT-ATTT
* * * ** *
1491 ATAGTCA-TTCATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTGAAACGGTTTTATGATCTCATAATTG
125 AAAGTCACTT-ATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTG
* ** * * * * *
1555 ATTTAAAGTTGAGTTTTTTTATATTTTTTGTTAAAA-ACTATTATAATAGAATGTCTACCAC-AA
189 ATTTTAAGTT-AAATTTTTTACA-TTTTGGTTAAAACA-GATTATAATTGAATGTCTACC-CTCA
* * **** * * * * **
1618 GAGACATCAAGAAAAATATGTTCATTAGCAAAAAAAGTCTATTTATAGTCA-TCCATACCTTCGA
250 GAAACATAAAGAAAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACT-CATGCCTTTAA
1682 AAGCCTTATTACTTGCTTT-AATG
314 AAGCCTTATTACTTGCTTTAAATG
* * * * * * * * *
1705 GTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTTATATTTCTTG-TT-CAACTAGATT
1 GTTTTATAATATCATAATTAATTTCAAGTTGAA--TTTTTAACACTT-TTGATTAAAAC-AAATT
** * * * * * * * ** * * * *
1768 GCATTTAAATGTCTGACTTGA-AAAACATGAAGAAAAAGATATTCATTGGC-AGAAAGGTCCATT
62 ATAATTGAATATTTG-TTTCAGGAAATGTGAAGCAAAAGACATTCA-TGGCAAGAAAAGT-TATT
** * * **********
1831 TATGGTCA-TCTATGCCTTCAAAAGCCTTATTATTCGNNNNNNNNNNTTTTATAATCTCATAATT
124 TAAAGTCACT-TATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATT
* * * ** * * * * *
1895 TATTTTAACTTGAATATTTTGGCATTTTTGGTTAAAATAGAGTATAATTGATTGTCTACCTTGAG
188 GATTTTAAGTTAAAT-TTTTTACA-TTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCCTCAG
* * * *
1960 AAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGGGAAGGAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTTAAAA
251 AAACATAAAGAAAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATGCCTTTAAAA
* **
2025 -CCTTATAACTCACTTTAAATG
316 GCCTTATTACTTGCTTTAAATG
* * * ** * * * **
2046 GTTTTACAATCTCATAATTGATTTTGAGTTGAATTTTTTAAC-CTTTTTAGTTAAAATAGATGGT
1 GTTTTATAATATCATAATTAATTTCAAGTTGAA-TTTTTAACACTTTTGA-TTAAAACAAATTAT
* * * *** * ** * * * * *
2110 AATTGATTGTCTACCTAAGGAAACATGAAGAAAAAGTCATTCATTATG-AAGAACAGTCTATTTG
64 AATTGAATATTTGTTTCAGGAAATGTGAAGCAAAAGACATTCA-T-GGCAAGAAAAGT-TATTTA
* ** * * * * *
2174 TAGTCACCCATGCCTTCAAAAGCCATATAACT-GCTTTCAATAGTTTTATAATCTCATAATTAAT
126 AAGTCACTTATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGAT
********* ** * * * *
2238 TTNNNNNNNNNNTTTTTTACATTTTTTATTAAAACAGATTACAATAGAATGACTA-CCTTAGAAA
191 TT-TAAGTTAAATTTTTTACA-TTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCCTCAGAAA
* * * *
2302 -ATGTGAAGAAAAAGCCATTCATTGGGAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACCCATGCCTTTAAAAG
254 CA--TAAAGAAAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATGCCTTTAAAAG
*
2366 TCTTATTACTTGCTTTAAATG
317 CCTTATTACTTGCTTTAAATG
* * * * * *
2387 GTTTTATAATCTCATAATTAATTTAAAGTTGAGTATTTTT-ACATTTTTTATTAAAATAGATTAT
1 GTTTTATAATATCATAATTAATTTCAAGTTGA--ATTTTTAACACTTTTGATTAAAACAAATTAT
* * * **** * ** * * * * *
2451 AATAGAATGTCTACCACAAGAAACATGAAGAAAAAGATATTCATTAGCAAAAAAAGTCTATTTAT
64 AATTGAATATTTGTTTCAGGAAATGTGAAGCAAAAGACATTCA-TGGCAAGAAAAGT-TATTTAA
** * **********
2516 AGTCACCCATGCCTTCGAAAGCCTTATTATTCGCTNNNNNNNNNNTTATAATCTCATAATTGATT
127 AGTCACTTATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATT
* * ** * * * * * * *
2581 TTAAGTTGAATTTTTTTACATTTT-TTTTCAACTAGATTACATTTAAATGTCTAGCTTAAAAAAC
192 TTAAGTT-AAATTTTTTACATTTTGGTTAAAAC-AGATTATAATTGAATGTCTACCCTCAGAAAC
* ** * *
2645 ATAAAGAAAGAGATATTCATTGGC-AGAAAAGTCCATTTATAGTCAC-CTATGCCTTCAAAAGCN
255 ATAAAGAAAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTC-ATGCCTTTAAAAGCC
*********
2708 NNNNNNNNNGCTTTAAATG
319 TTATTACTTGCTTTAAATG
* * * * * * *
2727 GTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAA-TTGAAATTTTTTTACTA-TTTTCATTAAAATATATTA
1 GTTTTATAATATCATAATTAATTTCAAGTTG-AA-TTTTTAAC-ACTTTTGATTAAAACAAATTA
* * ** * ** ** * **
2790 TGATTGAATGTTTACCTTGA-GAAACATGAAGCAAAACCCATCCATTGGCACA-AAAAGTCCTTT
63 TAATTGAATATTT-GTTTCAGGAAATGTGAAGCAAAAGACATTCA-TGGCA-AGAAAAGTTATTT
* * * * * *
2853 CATAA-TCACTCAAGCCTTCGAAAGTCGTATTACTCG-TTTCAAATGGTTTTATAATATCATAAT
125 -A-AAGTCACTTATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTT-AAATAGTTTTATAATCTCATAAT
* * * * * * **
2916 TGATTTTAAATTGAATTTTTTTACATTTTTGATTAAAACATATTAGAATTGAATGTCAACCCTGG
187 TGATTTTAAGTT-AAATTTTTTACA-TTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCCTCA
** * *** * * * * * *
2981 GAAATGTGAAGAAAAAAATATTCATGGGTAAGAAAAGCCCATTTATACTCACCCATGCCTTCAAA
250 GAAACATAAAGAAAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATGCCTTTAAA
*** ** * *
3046 ATTGTTATTACTCACTTTAATTT
315 AGCCTTATTACTTGCTTTAAATG
* * * * * * * * * * *
3069 ATTTTATAATCTCATAATTGATTTTAGGCTGAATTTTTTAATACTTTTGGTTGAAATAGATTATA
1 GTTTTATAATATCATAATTAATTTCAAGTTGAA-TTTTTAACACTTTTGATTAAAACAAATTATA
* * * * * * ** **
3134 A-TCAAAAGTTTGCCTT-AGGAAACGTGAAGAAAAAGTA-TTTCATTGATAAG-AAAGACCA-TT
65 ATTGAATA-TTTG-TTTCAGGAAATGTGAAGCAAAAG-ACATTCA-TGGCAAGAAAAG-TTATTT
** *** * * * **********
3194 AATAGTCACCCACATCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTGTAAATGGTTTTATAATNNNNNNNNNN
125 AA-AGTCACTTATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTG
* ** * * * **
3259 ATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTACTTAAAATAGATTATAATTGAATGTCTGCCATGGGA
189 ATTTTAAGTT-AAATTTTTTACA-TTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCCTCAGA
** * * * * *
3324 AATGTGAAGAAAAAGCCATTCATTGGCACA-AAAAGTCTATTTATAGGCACCCATGCCTTCAAAA
252 AACATAAAGAAAAAGCCATTCATTGGCA-AGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATGCCTTTAAAA
* * **
3388 GCTTTATAACTTGCTTTATTTG
316 GCCTTATTACTTGCTTTAAATG
* * * * * * * * * * **** *
3410 GTTTTACAATCTTATAATTGATTTTAAG-TGTAATTTTTTTATATTTTTGGTCAAAGTGGAGTAT
1 GTTTTATAATATCATAATTAATTTCAAGTTG-AA-TTTTTAACACTTTTGATTAAAACAAATTAT
* * * * * ** * *
3474 AATTGAATGTCTGCCTT-AGGAAATGTAAAG-AAAATGCCATTCATTGATAAGAAAGGTCCATTT
64 AATTGAATATTTG-TTTCAGGAAATGTGAAGCAAAA-GACATTCA-TGGCAAGAAAAGT-TATTT
* ** * * *
3537 ATAGTCACCCATGCCTTC-AACAGCCTTATAACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTG
125 AAAGTCACTTATGCCTTCGAA-AGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTG
* * * * * ** **
3601 GTTTTAAGTGTAATTTTTTTACGTTTTTTGTTAAAACAGATTATAATTGAATAT-TTGCCTTGGA
189 ATTTTAAGT-TAAATTTTTTAC-ATTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCCTCAGA
* * ** * *
3665 TAACATGAAGAAAACA-CCATTGATTGATAAGAAAAGTCCATTTATAGTCAC-CAATACCTTCAA
252 -AACATAAAGAAAA-AGCCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTC-ATGCCTTTAA
* ** ******
3728 AAGCCTTAGTACACGCTTNNNNNN
314 AAGCCTTATTACTTGCTTTAAATG
**** * * * * * * **
3752 NNNNTATAATCTCATAATTGATTT-TAGCTTAAATTTTTTAACATTTTTGGTTAAAACGGATTAT
1 GTTTTATAATATCATAATTAATTTCAAG-TTGAA-TTTTTAACACTTTTGATTAAAACAAATTAT
* * * ** ** * * *** *
3816 AATTAAATGTCTGCCTCAGGAAACATGATGAAAAAG-CTATTCATTAATAAGAAAAGTCCATTTA
64 AATTGAATATTTGTTTCAGGAAATGTGAAGCAAAAGAC-ATTCA-TGGCAAGAAAAGT-TATTTA
* ** * * ********** *
3880 TAGTCACCCATTCCTTTGAAANNNNNNNNNNTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTCAT
126 AAGTCACTTATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGAT
* * * * * **
3945 TTTATGTTGAATATTTTTACATTTTTTGTTGAAAA-AAATGATAATTGAATGT-TTGCCTCAAGA
191 TTTAAGTTAAAT-TTTTTACA-TTTTGGTT-AAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCCTC-AGA
* * * * * ** ********** *
4008 AACGTGATGAGAAAGCTATTCATTAACAAGAAAAGTCCATTTATNNNNNNNNNNGCCTTTGAAAG
252 AACATAAAGAAAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATGCCTTTAAAAG
*
4073 CCTTATTAC-T-CATTTAAAATT
317 CCTTATTACTTGC-TTT-AAATG
* * * * * ** * * *
4094 ATTTTATAA-ACTCATCATTGATTTTAGGTT-AAGTTTTTGTTTTCA-TTTTTAGTTAAAATATA
1 GTTTTATAATA-TCATAATTAATTTCAAGTTGAA---TTT-TTAACACTTTTGA-TTAAAACAAA
* ** ** *
4156 TTATAA-TGAACTATCTAGCAT-AGGAAACCTGAAGCAAAAGACATCCATTGG-AGAGAAAAGTT
60 TTATAATTGAA-TAT-TTGTTTCAGGAAATGTGAAGCAAAAGACATTCA-TGGCA-AGAAAAG-T
* * ** ** * *
4218 TATTTAAATTCACTCT-TGCCTTTGAAAGTATTAATT-CTTACTTTAAATGGTTTGATAATCTCA
120 TATTTAAAGTCACT-TATGCCTTCGAAAGCCTT-ATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCA
* * * * ** *
4281 CAATTGACTTTAAGTTGAATTTCTTAACATTTTTATTAAAATAGATTATAATTGAATGTCTA-CC
183 TAATTGATTTTAAGTTAAATTT-TTTACATTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCC
* * * * * * * * * *
4345 T-AGGGAAACGTGAAGAAAAAACCATTTATTGAG-AAAAAAAGTCAATTTATAGTTATTCTTACC
247 TCA--GAAACATAAAGAAAAAGCCATTCATTG-GCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATGCC
* * *** * *
4408 TTTAAAAGGCTTATAACCCACATTAAATA
309 TTTAAAAGCCTTATTACTTGCTTTAAATG
* * * * * * * * * **
4437 GTTTTTTAATCTGATAATTGATTTTAAATTAAATTTTTTTTACA-TTTTAGACTAAAACAGGTTA
1 GTTTTATAATATCATAATTAATTTCAAGTTGAA--TTTTTAACACTTTT-GATTAAAACAAATTA
* * *** * * ** * * * * ** *
4501 TAACTGAATGTCTACCTT-GGGTAACATGAA-AAAAATACTGTTCGTTGATAAGAAAAGTCCATT
63 TAATTGAATAT-TTGTTTCAGGAAATGTGAAGCAAAAGAC-ATTC-ATGGCAAGAAAAGT-TATT
* * * * * *
4564 TATAGTCACCTAGGCATTC-AAAGCCTTAGTACAT-GCTTTAAATAGTTTTGTAATCTCATAATT
124 TAAAGTCACTTATGCCTTCGAAAGCCTTATTAC-TCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATT
* * * * **
4627 GATTTTAGGTTGAATTTTTTAGCATTTGTGGTTAAAACATATTATAATTTAATGTCT-GTCTCAA
188 GATTTTAAGTTAAATTTTTTA-CATTT-TGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCCTC-A
** * * *** * ** *
4691 GAAATGTGATGAAAAAGCCATTCATCAACAATAAAAGTATATTTATAGTCAC-CTATGCCTTAAA
250 GAAACATAAAGAAAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTC-ATGCCTTTAA
* * * *
4755 AAGCCTTACTACTTGGTTTACATT
314 AAGCCTTATTACTTGCTTTAAATG
* * * * * * *
4779 GTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGGATTTTTCTACATTTTTTG-TTAAAACAGATTAT
1 GTTTTATAATATCATAATTAATTTCAAGTTGAATTTTT-AACA-CTTTTGATTAAAACAAATTAT
* ** * * * *
4843 AATTGAATGTTTGCCTCCGAGAACA--TGAAG-ACAAAGCCATTCATTGGTAAGAAAAGTCCATT
64 AATTGAATATTTGTTTCAG-GAA-ATGTGAAGCA-AAAGACATTCA-TGGCAAGAAAAGT-TATT
* * ** ** * * * *
4905 TATAGTCGCCCATGCCTTTAAAAGGCTTATTACTTGCTTTAAATCGTTTTTTAATCTCATAATTG
124 TAAAGTCACTTATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTG
* * * *
4970 ATTTGAAGTTGAATTTTTTTTACATTTTTTGTTAAAACAGATTATAAGTGAATGTCTA-CCTCAA
189 ATTTTAAGTT-AA-ATTTTTTACA-TTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCCTC-A
** * * * * *
5034 GAAACATAAAGAAAAAGATATTCATTGGCAAGAAAAGACCATTTACAATCACCCAAGCCTTTAAA
250 GAAACATAAAGAAAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATGCCTTTAAA
** ********
5099 AGCCTTATTACTCACNNNNNNNN
315 AGCCTTATTACTTGCTTTAAATG
** * * * ** * * * * * * *
5122 NNTTAATAATCTCATAATTGATTTTTTTAGTTCAATTTTTTTACATTTTTCATTAAATCAGATAA
1 GTTTTATAATATCATAATT-A-ATTTCAAGTTGAA-TTTTTAACACTTTTGATTAAAACAAATTA
* *** * ** * * * * *
5187 TAATTGAATGTCTACCTT-AAGAAACATAAAG-AAAATG-CTATTTATTGACAA-AAAACTCCAT
63 TAATTGAATAT-TTGTTTCAGGAAATGTGAAGCAAAA-GAC-ATTCA-TGGCAAGAAAAGT-TAT
** * * * * ********* *
5248 TTATTAA--CACCCATACTTTTGAAAGCCTTATTACTCACTTTAAAT-GNNNNNNNNNNCTTATA
123 TTA--AAGTCACTTATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAG-TTTTATAATCTCATA
* * * * * * * *
5310 ATTGATTTCAAGTTGAATATTTATACTTTTTTGGTTAAGATAGATTACAATT-AACTATCTA-CC
185 ATTGATTTTAAGTTAAAT-TTTTTAC-ATTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAA-TGTCTACCC
* * * * *
5373 TCAGGAAACGTGAAG-AAAAGCCATTCATTGACAAGAAAAGTCCATTTGTAGTCACCCATG-CTT
247 TCA-GAAACATAAAGAAAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATGCCTT
* *
5436 TCAAAAGCCTTACTACTCGCTTTAAATG
311 T-AAAAGCCTTATTACTTGCTTTAAATG
********** * ** * * * * * *
5464 GTTTNNNNNNNNNNTAATTGATTTGTAGTTGAATTGTTTTACATTTTTTATTAGAATAGATTATA
1 GTTTTATAATATCATAATTAATTTCAAGTTGAATT-TTTAACACTTTTGATTAAAACAAATTATA
* * **** ** * * * * *
5529 ATTCAATGTCCACCTT--GGAAAACATAAAGAAAAAGATATTCATTGGCAAGAAAAGTCCAATTA
65 ATTGAATAT-TTGTTTCAGG-AAATGTGAAGCAAAAGACATTCA-TGGCAAGAAAAGT-TATTTA
* ** * * * * *
5592 TAGTCACACATGCCCTCGAAAGTCTTATTACTAGCTTTAAA-CGATTTTATAATCCCATAATTGA
126 AAGTCACTTATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAG-TTTTATAATCTCATAATTGA
* * * * * * * *
5656 TTTTAAGTTGAATTTTTTGTTACATTTTTGGTTCAAATAGATTATATTTAAATGTTTGA-TCTGA
190 TTTTAAGTT-AA-ATTTT-TTACA-TTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCT-ACCCTCA
* ** * * * * * * * *
5720 AAAATGTGAAGAAAGAGCTATTAACTAGCAA-AAAAATCCATTTATAGTCAC-CTATGCCTTAAA
250 GAAACATAAAGAAAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTC-ATGCCTTTAA
** *
5783 AAGCCTTATTACTCACTTTAAATA
314 AAGCCTTATTACTTGCTTTAAATG
* * * * * * * * *
5807 GTTTTATAATCTCTTAACTGATTTTAAGTTGAAATACTCTTACCA-TCTTT-ATTAAAATATATT
1 GTTTTATAATATCATAATTAATTTCAAGTTG-AAT--TTTTAACACT-TTTGATTAAAACAAATT
* * * *** * ** * * *
5870 ATAACTAAATGTTTACATCAAGAAACATGTAGCAAAAG-C-TATCTATTGGCACGAAAAGTCATT
62 ATAATTGAATATTTGTTTCAGGAAATGTGAAGCAAAAGACAT-TC-A-TGGCAAGAAAAGTTA-T
* ** * * * * *
5933 TTAGAGTCACTTACACCTTCAAAAGCTTTATTCCTCGCTTTAAATAGTTTTATAATGTCACAATT
123 TTAAAGTCACTTATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATT
* * * * * *
5998 GATTTGAAGTTGAATTTTTTTACGTTTGTTGTTCAAACAGATTATAATTGAATGTCT-GCCTCAG
188 GATTTTAAGTT-AAATTTTTTACATTT-TGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCCTCA-
* ** * ********** * *
6062 GAAACATAAGGAAAAAGATATTCATTGGTAAGANNNNNNNNNNTATAGTCACCCATGCCTTCAAA
250 GAAACATAAAGAAAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATGCCTTTAAA
* * * *
6127 AGTCTTATAAC-TCCTTTTAAATA
315 AGCCTTATTACTTGC-TTTAAATG
* * * * * * * * * *
6150 ATTTTATAATCTCATAACTGATTTTAA-CTGTAATTATTT-ATATTTTTGATTAAAATAGATTAT
1 GTTTTATAATATCATAATTAATTTCAAGTTG-AATT-TTTAACACTTTTGATTAAAACAAATTAT
* ** * * ** * * ** * *
6213 AATTGAATGTTTGCCTCGGGTAACATGAAG-AATACACCATTCATTGATAAAAAAAGTCCATTTA
64 AATTGAATATTTGTTTCAGGAAATGTGAAGCAAAAGA-CATTCA-TGGCAAGAAAAGT-TATTTA
* * * * * * *
6277 TAGTCACATATACCTTCAAAAGCCTTAATACAT-ACTTTAAATAGTTTTATAATCTCAGAATTGA
126 AAGTCACTTATGCCTTCGAAAGCCTTATTAC-TCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGA
* * * * * *
6341 TTTTAGGTTGAGTTTTGTAACATTTTTGGTTAAAATAGATTATAATTAAATGTCTA-CCTCAAGA
190 TTTTAAGTTAAATTTT-TTACA-TTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCCTC-AGA
* * * * * * * *
6405 AACGTGATGAAAAAACCATTAATTAGCAAGAAAAGTCGA-TTATTA-TCACCCATGCCTTTAAAA
252 AACATAAAGAAAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTA-TAGTCACTCATGCCTTTAAAA
* * *
6468 GCCATATTACTCGGTTTAAATG
316 GCCTTATTACTTGCTTTAAATG
* * * * * * * * *
6490 ATTTTATAATCTTATAATTGACTTT-AAGCTGAATTTTTTTATA-TTTCT-AGTTAAAACAGATG
1 GTTTTATAATATCATAATT-AATTTCAAGTTGAA-TTTTTAACACTTT-TGA-TTAAAACAAATT
* * *** * * * * *
6552 ATAATTAAATGTCTACCTT-AGGAAGTGTAAAGAAAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAACTTTAT
62 ATAATTGAATAT-TTGTTTCAGGAAATGTGAAGCAAAAGACATTCA-TGGCAAG-AAAA-GTTAT
* * ** * * * * * *
6616 TTATAGTCTCCCATACCTTCAAAACCCTGATTACTCACTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAAAT
123 TTAAAGTCACTTATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATT
** * * * * * * *
6681 GATTTTAAGTCTAAATTTTTGGCA--TT-GTTAGTAACAGACTGTAATTGATTGTTTACCTTTAG
188 GATTTTAAGT-TAAATTTTTTACATTTTGGTTA-AAACAGATTATAATTGAATGTCTACCCTCAG
*
6743 AAACATAAAGAAAAAGCCATTCGTTCGG-AAGAAAAGTCCATTTATAGTCA-TCCATGCCTTTAA
251 AAACATAAAGAAAAAGCCATTCATT-GGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACT-CATGCCTTTAA
* *
6806 AAGCCTTATAACTCGCTTTAAATG
314 AAGCCTTATTACTTGCTTTAAATG
* * * * * *
6830 GTTTTACAATCTCATAATTAATTTTAAG-TGTAATTTTTTACA-TTCTTGGTTAAAACAGATTAT
1 GTTTTATAATATCATAATTAATTTCAAGTTG-AATTTTTAACACTT-TTGATTAAAACAAATTAT
* * * * * * * ** *
6893 GATTGAATGTCTGCCTT-AGGTGACA-G-G-AGGAAAATACCATTCATTGATAAGAAAAGTCCAT
64 AATTGAATATTTG-TTTCA-G-GAAATGTGAAGCAAAAGA-CATTCA-TGGCAAGAAAAGT-TAT
* * * * * * * * *
6954 TTATAGTCACTCATGCCTTCAAAAGCCGTAGTACACACTTCAAATGGTTTTATAATCTCATAATT
123 TTAAAGTCACTTATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATT
*********** * ** * *
7019 GNNNNNNNNNNGAATTTTTTAATATTTTTACTTAAAATATATTATAATTGAATGTCTA-CCTCA-
188 GATTTTAAGTTAAATTTTTT-ACA-TTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCCTCAG
* * ** * ** * * * *
7082 AAAAATGATTAAAAAGCTATTCATTAACAAGAAAAGT-CATTTTATAGTTACTCAAGTCTTCAAA
251 AAACATAAAGAAAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCA-TTTATAGTCACTCATGCCTTTAAA
* * *
7146 AGCCTTATTACTCGCTTTATATT
315 AGCCTTATTACTTGCTTTAAATG
* * * * * * * *
7169 ATTTTATAATCTCATAATTGATTAT-AGGTTGAATTTTTTAACATTTTTAATTAAAATATATTAT
1 GTTTTATAATATCATAATTAATT-TCAAGTTGAA-TTTTTAACACTTTTGATTAAAACAAATTAT
* * * * * * * * *
7233 AATGGACTGTTTATCTCAGGAAACGTGAAACAAAAGACATCCATTGAG-GAGAAAAGTTCATTTA
64 AATTGAATATTTGTTTCAGGAAATGTGAAGCAAAAGACATTCA-TG-GCAAGAAAAGTT-ATTTA
** ** * ** * ** *
7297 AAGTCA-TTCATGCCTTTAAAAGTATTATTTCTTTCTTTAAATGGTTTGGTAATCTCACAATTGA
126 AAGTCACTT-ATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGA
* * * ** * *
7361 TTTGAAGTTGAATTTTTTAATAATTTTTATTAAAACAGATTATAATTGAATGTCT-GCCTAAGGA
190 TTTTAAGTTAAATTTTTT-A-CATTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCCTCA-GA
** ** * * *
7425 AACATGCAG-AAAAGCCATTCATTGTAAAG-AAAGTCCATTTATAGGCA-TCCATACCTTCAAAA
252 AACATAAAGAAAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACT-CATGCCTTTAAAA
*
7487 GCCTTATTACTCGCTTTAAATG
316 GCCTTATTACTTGCTTTAAATG
** * * * * * *
7509 ACTTTATAATCTCATAA-TAGATTTCAAGTTGAATTTTTTTAC-TTTTTTAGTTAAAATAGATTA
1 GTTTTATAATATCATAATTA-ATTTCAAGTTGAA-TTTTTAACACTTTTGA-TTAAAACAAATTA
* * * ** * ** * * *
7572 CAATTTAATGTCTT-CCTAAGGAAACATGAAGAAAAAG-CTATTCATTGGCAAGCAAAGCTCATT
63 TAATTGAATAT-TTGTTTCAGGAAATGTGAAGCAAAAGAC-ATTCA-TGGCAAGAAAAG-TTATT
* ** * ********** * *
7635 TATAGTCACCCATGCCTTCAAAAGCCTTANNNNNNNNNNTAAATGGTTTTACAATCTCATAATTG
124 TAAAGTCACTTATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTG
* * * * * * **
7700 ATTTGAAATTAAATTGTTTTACATTTTTTGTTAAAAAAGATTATAATTGAATGTTTGCCCTTGGA
189 ATTTTAAGTTAAATT-TTTTACA-TTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCCTCAGA
* * ** * *
7765 GAACATGAAGAAAAAAG-TATTCATTGGCAAGCAAAAGGTTTATTTTATACGTTACCCATCGGTA
252 -AACATAAAG-AAAAAGCCATTCATTGGCAAG-AAAA-GTCCA-TTTATA-GTCACTCAT--G--
** * *
7829 CCTTCGGATAGCCTTATTTACTCGCTTTAAATAG
307 CCTT-TAAAAGCCTTA-TTACTTGCTTTAAAT-G
* * * * ** * * * * *
7863 TTTTTATAATCTCATAAATGATTTTGAGTTGAATTTTTTTTACA-TTTTTAGTTCAAATAGATTA
1 GTTTTATAATATCATAATTAATTTCAAGTTGAA--TTTTTAACACTTTTGA-TTAAAACAAATTA
* * * * * * * ** * *
7927 CATTTAAATGTCTGGTTC-GAGAAACGTGAA--AAAAGAGTTTCATTGGTAAGAAAAGTCCATCT
63 TAATTGAATATTTGTTTCAG-GAAATGTGAAGCAAAAGACATTCA-TGGCAAGAAAAGT---TAT
** * * * * * *
7989 TTATCTGTCACTTATATACCTTCAAAAGACTTATTACTCGCTTTAAATGGATTTAGAATCTCATA
123 TTA-AAGTCAC-T-TATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATA
* * * * * * * * *
8054 ATTGATTTTAGGTTGAATTTTTTAACATTTTGGTTAAAATATATTATAATGGACTATCTA-TCTT
185 ATTGATTTTAAGTTAAATTTTTT-ACATTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCCTC
* * * * ** *
8118 AGGAATCATAAAGCAAAAGACATCCATTGG-AGAGAAAAGTTTATTTAAAGTCACTCATGCCTTT
249 A-GAAACATAAAGAAAAAGCCATTCATTGGCA-AGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATGCCTTT
* * ** *
8182 GAAAGCATTATTTTTTACTTTAAATG
312 AAAAGCCTTATTACTTGCTTTAAATG
* * * * * * * * *
8208 GATTGATAATCTCACAATTGATTAT-AAATTGAAGTTTTTAATA-TTTTTAGTTAAAACATATTA
1 GTTTTATAATATCATAATTAATT-TCAAGTTGAA-TTTTTAACACTTTTGA-TTAAAACAAATTA
* ** ** * * * *
8271 TAATTGAATGTTTGCCT-AGGGAAACATGAAGGAAAAGCCATTCATTGCTAAG-AAAGTCCATTT
63 TAATTGAATATTTGTTTCA-GGAAATGTGAAGCAAAAGACATTCATGGC-AAGAAAAGT-TATTT
* * * * * *
8334 ATAGTCACCT-TGACCTTCAAAAGCCATATTACTCGCTTTAAATTG-TTTATTATCTCATAATTG
125 AAAGTCACTTATG-CCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTG
* * ** * * * * *
8397 ATTTTAAGTCACATTTTTTGGTATTTTTAGTTAAAACAGACTATAATTGATTATCTA-CCTTAGG
189 ATTTTAAGTTAAATTTTTT-ACA-TTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCCTCA-G
* * * * * *
8461 AAACATGAAGAAAAAGCCAATCATTGAG-AAGAAAAGTGCATTTATAGTTACCCATGCCTTCAAA
251 AAACATAAAGAAAAAGCCATTCATTG-GCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATGCCTTTAAA
* * * *
8525 AGCATTATAACTCGCTTTAAATC
315 AGCCTTATTACTTGCTTTAAATG
* * * ******** * * * *
8548 GTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGNNNNNNNNNNTT-ACATTTTTTACTAAAACAGATTAT
1 GTTTTATAATATCATAATTAATTTCAAG--TTGAATTTTTAACACTTTTGATTAAAACAAATTAT
* * *** * ** * ** * *** *
8612 AATTGAATGTCTACCTCAGGTAACATCAAG-AAAATTCTATTTATTAAAAAGAAAAGTCCATTTA
64 AATTGAATATTTGTTTCAGGAAATGTGAAGCAAAAGAC-ATTCA-TGGCAAGAAAAGT-TATTTA
* ** ** * * * * **********
8676 TAGTCACCCATATCTTCAAAAGCCTTAGTACACGCTTTAAATGGTTTTATAATCNNNNNNNNNNT
126 AAGTCACTTATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGAT
* * * * * *
8741 TTTAGGTTGAATTTTTTAATATTTATGGTTAAAATATATTATAATTGAATGTCT-GCCTCAAGAA
191 TTTAAGTTAAATTTTTT-ACATTT-TGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCCTC-AGAA
* * ** * ********** **
8805 ACATGATGAAAAAGCCATTCATTAACAAGAAAAGTTCATTNNNNNNNNNNCATGCCTTCGAAAGC
253 ACATAAAGAAAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATGCCTTTAAAAGC
* * *
8870 CTTATTACTCGGTTTACATG
318 CTTATTACTTGCTTTAAATG
* * * ** * * *
8890 GTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTGCAATTTTTG-TTAAAATAGATTAT
1 GTTTTATAATATCATAATTAATTTCAAGTTGAA-TTTTTAAC-ACTTTTGATTAAAACAAATTAT
*** * * * * * * *
8954 AATTGAA-AGTCTACCTT-A-AAAATGTGAAGAAAAAGATATTCATTAGCAAAAAAACTCCATTT
64 AATTGAATA-T-TTGTTTCAGGAAATGTGAAGCAAAAGACATTCA-TGGCAAGAAAAGT-TATTT
* * * * * * * *
9016 ATAGTC-GTCCATAG-CTTCAAAAGCCTTATTACTCGATTTAATTGGTTTTATAATCTTATAATT
125 AAAGTCACT-TAT-GCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATT
* * * ** * * * *
9079 GATTTTAAGTTGAATTTTTTCTAAATTTTAGGTTCAAATGGATTGTATTTAAATGTCTA-GCTCG
188 GATTTTAAGTT-AAATTTTT-TACATTTT-GGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCCTC-
** * * ** * * *
9143 AGAAATGTGAAGAAAGAGATATTCATTGG-TAGAAAAGTTCATTTATAGTCAC-CTATGCCTTCA
249 AGAAACATAAAGAAAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTC-ATGCCTTTA
* ** *
9206 AAAGCCTTGTTACTCCCTTTAAAAG
313 AAAGCCTTATTACTTGCTTTAAATG
* * * * * * * * *
9231 GTTTTATAATCTCATACTTAATTTTAGGATGAAATTTTTGACA--TTTGTAGTTAAAACAGACTG
1 GTTTTATAATATCATAATTAATTTCAAGTTG-AATTTTTAACACTTTTG-A-TTAAAACAAATTA
* * ** * ** * * * *
9294 TAATTGATTGTTTACCTT-GGGAAACATAAAGAAAAAGCCATTCATTGGAAAGAAAAGTTCATTT
63 TAATTGAATATTT-GTTTCAGGAAATGTGAAGCAAAAGACATTCA-TGGCAAGAAAAGTT-ATTT
* * * * * * *
9358 ATAGTCA-TCCATACCTTCAAAAGCCTTA-TATTCGCTTTAAA-CGATTTTATAATCTCATAATA
125 AAAGTCACT-TATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAG-TTTTATAATCTCATAATT
* * * * * * * **
9420 GATTTTAAGTGTAATTTTTTTACGTTTTTAGTTAAAACATATTATAATTGAATGTTTTCCTTGGG
188 GATTTTAAGT-TAAATTTTTTAC-ATTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCCTCAG
* ** * * *** * * * *
9485 TAATGTGAAGAAAATA-CCATTTATTAATAAGAAAAGTCTATTTATAGTTACTCATACCTTCAAA
251 AAACATAAAGAAAA-AGCCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATGCCTTTAAA
* * * * *
9549 AGCTTTAATACATACTTTAAATA
315 AGCCTTATTACTTGCTTTAAATG
* ** * * * * * *
9572 GTTTTATATTCCCATAATTGATTTTAGGTTGAAGTTTTTAATAGTTTT-AGTTAAAACAGATTAT
1 GTTTTATAATATCATAATTAATTTCAAGTTGAA-TTTTTAACACTTTTGA-TTAAAACAAATTAT
* * ** * * * * * ** *
9636 AATTGAATGTTCGCCTCAAGAAACGTGATGAAAAAGCCATTCATTAACAAGAAAAGTTATTTTAT
64 AATTGAATATTTGTTTCAGGAAATGTGAAGCAAAAGACATTCA-TGGCAAGAAAAGTTA-TTTAA
** ** **********
9701 AGTCACCCATGCCTTTAAAAGCCTTATTACTCGCTTTANNNNNNNNNNTAATCTCATAATTGATT
127 AGTCACTTATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATT
* * * * * * * * *
9766 TTAGGTTAAAGTTTTTAATATTTTTGGTT-AAACTATATTATAATAGACTATCTA-TCTTAGCAA
192 TTAAGTTAAA-TTTTTTACA-TTTTGGTTAAAAC-AGATTATAATTGAATGTCTACCCTCAG-AA
* * * * * * * * * **
9829 ACTTGAAGGAAAAGACATCCATTGG-AGAGAAAAGTTCATTTAAAGACATTCATGCCTTTGGAAG
253 ACATAAAGAAAAAGCCATTCATTGGCA-AGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATGCCTTTAAAAG
* * *
9893 CATTATTTCTTACTTTAAATG
317 CCTTATTACTTGCTTTAAATG
** * * * * * * *
9914 GTTTGGTAATCTCACAATTGATTTTAAGCTGAAATTTTTAATA-TTTTTATTAAAACAAATTATA
1 GTTTTATAATATCATAATTAATTTCAAGTTG-AATTTTTAACACTTTTGATTAAAACAAATTATA
* ** * * * * ** * *
9978 ATTGAATGTTTGCCT-AGGGAACGTAAAGGAAAAG-CTATTCATTATCAAGAAAAGTCAATTTAT
65 ATTGAATATTTGTTTCAGGAAATGTGAAGCAAAAGAC-ATTCA-TGGCAAGAAAAGT-TATTTAA
** * * * * * * **********
10041 AGTCAC-CCTGACTTTCAAAAGTCTCATTGCTCGCTTTAAATGGTTTTATNNNNNNNNNNTTGAT
127 AGTCACTTATG-CCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGAT
* * * * * * *
10105 TTTAAGTTAAATTTTTTTGGCATTTTTAGTTAAAATAGACTATAATTGATTGTTTA-CCTTAGGA
191 TTTAAGTTAAA-TTTTTT-ACA-TTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCCTCA-GA
* * * * *
10169 AACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGAG-AAGAAAATTCTATTTATAGTCACCCATGCCTTCAAAA
252 AACATAAAGAAAAAGCCATTCATTG-GCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATGCCTTTAAAA
** * *
10233 GGGTTATAACTTGCTTTAAATC
316 GCCTTATTACTTGCTTTAAATG
* * * * *
10255 GTTTTATAATCGT-AAAATTGATTTTAAGTTGAACTTTTGT-ACA-TTTTGTTATTAAAACAGAT
1 GTTTTATAAT-ATCATAATTAATTTCAAGTTGAA-TTTT-TAACACTTTTG--ATTAAAACAAAT
* * * * * * ***
10317 TATAATTGAATGTTTATCTT-GGGTAACGTAAAG-AAAATG-CTATTCATTAATAAGAAAAGTTC
61 TATAATTGAATATTTGT-TTCAGGAAATGTGAAGCAAAA-GAC-ATTCA-TGGCAAGAAAAGTT-
* ** ** * * * **
10379 ATTTATAGTCACCAATGTTTTCAAAAGTCTTAGTACAT-GCTTTAAAT-GATTTTATAATCTCNN
121 ATTTAAAGTCACTTATGCCTTCGAAAGCCTTATTAC-TCGCTTTAAATAG-TTTTATAATCTCAT
******** * * * * * *
10442 NNNNNNNNTT-AGATTGAATTTTTTTATATTTGAGGTTAAAACATATTATAATTAAATGTCT-GC
184 AATTGATTTTAAG-TT-AAATTTTTTACATTT-TGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACC
* * * * * ** *
10505 CTCA-AGAACGTGATGGAAAAGCCATTTATTAATC-AGAAAAGTCCATTTATAGTCAAC-CATAC
246 CTCAGA-AACATAAAGAAAAAGCCATTCATT-GGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTC-ACTCATGC
* *** * *
10567 ATTCGGAAGCCTTATTACTTGGTTTATATG
308 CTTTAAAAGCCTTATTACTTGCTTTAAATG
** * * *********************** *
10597 GTTTTATAATCCCATAATTGATTTTAAGTTAGANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNCAGATTATA
1 GTTTTATAATATCATAATTAATTTCAAGTT-GAATTTTTAACACTTTTGATTAAAACAAATTATA
* * *** * ** * * ** *
10662 ATTAAATGTCTACCTTGA-GAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTATCAAGAAAAGTTCATTTAT
65 ATTGAATAT-TTGTTTCAGGAAATGTGAAGCAAAAGACATTCA-TGGCAAGAAAAGTT-ATTTAA
* * * ********** * *
10726 AGGCA-TTCATACCTTCAAAAGCCTTATTACNNNNNNNNNNTGGTTTTATAATCTCATAATAGAT
127 AGTCACTT-ATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGAT
** * ** * * * * * * *
10790 TTCGAGTTGAATTTTTTTGTATTTTTGATTGAAATAGATTACAATTAAATATCTA-CCTTAGGAA
191 TTTAAGTT-AAATTTTTTACA-TTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCCTCA-GAA
* * * * * ** ** * * ** * *
10854 ACATGAAGAAATAGCTATTCATTAGAAAGAAAAACCCATTTGCAGTAACCCATATCTTCAAAAGT
253 ACATAAAGAAAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATGCCTTTAAAAGC
*
10919 CTTATTACTCGCTTTAAATG
318 CTTATTACTTGCTTTAAATG
********** * * * * * *
10939 GTTTTANNNNNNNNNNATTGATTTGAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTTG-TTAAAATAGATTAT
1 GTTTTATAATATCATAATTAATTTCAAGTTGAA-TTTTTAACA-CTTTTGATTAAAACAAATTAT
* ** * * * * *
11003 AATTGAATGTTTACCTT-AGGGAATGTGAAGAAAAAGATATTCATTGGTAAGAAAAGTCCATTTA
64 AATTGAATATTT-GTTTCAGGAAATGTGAAGCAAAAGACATTCA-TGGCAAGAAAAGT-TATTTA
* ** * * * * *
11067 TAGTCACCCATGGCTTTGAAAGCCTTATTACTCGCTTTGATTGGTTTTATAATCTCATAATTGAT
126 AAGTCACTTATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGAT
* * * * * * * * * *
11132 TTTAAGTTGAATTGGTTTTAAATTTTTAGTTCAAAA-GGATTACATTTAAATGTCTAGCTTGAGA
191 TTTAAGTTAAATT--TTTTACA-TTTTGGTT-AAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCCTCAGA
** ** ** * *********
11196 AATGTAAAGAAAGTGATATTCATTGTC-AGAAAAGTCCATTTATAGTCAC-CNNNNNNNNNNAAA
252 AACATAAAGAAAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTC-ATGCCTTTAAAA
** *
11259 GCCTTATTACTCCCTTTAAAAG
316 GCCTTATTACTTGCTTTAAATG
* * * *** * *** * * * *
11281 GTTTTATAATCTCAGAATTGATTTTGGGATGAAATTTTTGGTATTTTTTG-TTCAAACAGATTGT
1 GTTTTATAATATCATAATTAATTTCAAGTTG-AATTTTTAACA-CTTTTGATTAAAACAAATTAT
** * * ** * ** *
11345 AATT-AAT-TGTCTACCTT-GGGAAATAT-ATAAAAAAAG-CTACTCATTGAAAAGAAAAGTCCA
64 AATTGAATAT-T-T-GTTTCAGGAAATGTGA-AGCAAAAGAC-ATTCA-TGGCAAGAAAAGT-TA
* * ** *
11405 TTTATAGTCA-TCCATGCCTTCGAAAGGTTTATT-CTCTCTTTAAAT-GATTTTATAATCTCATA
122 TTTAAAGTCACT-TATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAG-TTTTATAATCTCATA
* * * * * * **
11467 ATTGATTTTAAGTGTAATTTTTTTTTATATTTTTAGTTTAAACAGATTATAATTGATTGTTTGTC
185 ATTGATTTTAAGT-TAA--ATTTTTTACA-TTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACC
* ** * ** * * * *** * * * *
11532 TTGGGTAATGTGAAGAAAATGCAATTCATTAATAAGGAAAGTCTATTTATAGTTACCCATGCCTT
246 CTCAGAAACATAAAGAAAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATGCCTT
* * *
11597 CAAAAGCCTTAGTACATGCTTTAAATG
311 TAAAAGCCTTATTACTTGCTTTAAATG
* * * * * * * * *
11624 GTTTTTATTATCTCATAATTGATTTTAGGTTAAAGTTTTTAACATTTTTGGTTAAAAAAAATTAT
1 G-TTTTATAATATCATAATTAATTTCAAGTTGAA-TTTTTAACACTTTTGATTAAAACAAATTAT
* * *** ** * * ** *
11689 AATTGAATGTCTACCTCAATAAATGTGATG-AAAAAACCATTCATTAACAAGAAAAGTCATTTTA
64 AATTGAATATTTGTTTCAGGAAATGTGAAGCAAAAGA-CATTCA-TGGCAAGAAAAGTTA-TTTA
* * * **********
11753 TAGTCACTCATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTTNNNNNNNNNNA-TTTTATAATCTCATAATTGA
126 AAGTCACTTATGCCTTCGAAAGCCTTATTAC-TCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGA
* * * ** ** * * * *
11817 TTTCAGGTTGAATTTTTTATTTTTTTTATTAAAATATATTATAATGGACTGTCTA---T------
190 TTTTAAGTTAAATTTTTTA-CATTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCCTCAGAAA
* * * * * *
11873 C-T-CAG--AAA---A--CA-T-G-AAGCAAAATTTCATTTAAAGACACTCATGCCTTTGAAAGC
254 CATAAAGAAAAAGCCATTCATTGGCAAG-AAAAGTCCATTTATAGTCACTCATGCCTTTAAAAGC
* *
11926 ATTATTTCTTGCTTTAAATG
318 CTTATTACTTGCTTTAAATG
* * * ** * * * *
11946 GTTTGATAATCTCACAATTAATTTTGAGGTGAATGTTTTTACATTTTTCATTAAAACAAATTATA
1 GTTTTATAATATCATAATTAATTTCAAGTTGAAT-TTTTAACACTTTTGATTAAAACAAATTATA
** ** * * * ** **
12011 ATT-AAT-TGTCTGCCT-AGGAAAACATGAAGGAAAAGCCATCCATTACCAAGAAAAGCCCATTT
65 ATTGAATAT-T-TGTTTCAGG-AAATGTGAAGCAAAAGACATTCA-TGGCAAGAAAAG-TTATTT
* * * * * *
12073 ATAGTGACCT-TGACCTTCAAAAGCCTTATTACTCGATTTAACTAGTTTTATAATCTCATAATTG
125 AAAGTCACTTATG-CCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTG
* * * * * **
12137 ATTTTAAGTTTAATATTTTAATATTTTTTGTTAAAACAGACTT-TAATTGATTGTCTA-CCTTGG
189 ATTTTAAGTTAAAT-TTTTTACA-TTTTGGTTAAAACAGA-TTATAATTGAATGTCTACCCTCAG
* **
12200 AAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTAGG-AAGAAAAGTCCATTTATAGTCAC-CGATGCCTCGA
251 -AAACATAAAGAAAAAGCCATTCATT-GGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTC-ATGCCTTTA
* * ** **
12263 AAAGCATTATAACTCACTTTAAACC
313 AAAGCCTTATTACTTGCTTTAAATG
* ** * * * *
12288 GTTTTATAATCTCATAATTGGTTTTAAGTTGAATTTTTTTACA-TTTTTATTAAAACAAATTAGA
1 GTTTTATAATATCATAATTAATTTCAAGTTGAA-TTTTTAACACTTTTGATTAAAACAAATTATA
* * ** * * * * *
12352 ATTGAATGTCTGCCAT-AGGAAACGTGAAG-ATAGAGATATTCGTGGGCAAGAAAAGTCCATTTA
65 ATTGAATATTTG-TTTCAGGAAATGTGAAGCA-AAAGACATTCAT-GGCAAGAAAAGT-TATTTA
* ** * * *
12415 TAGTCACACATGCCTTCGTAAGCCTTATTACTCAG-TTTAGATTGTTTTATAATCT-AGTAATTG
126 AAGTCACTTATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTC-GCTTTAAATAGTTTTATAATCTCA-TAATTG
* * * * * * * ** *
12478 ATTTTAGGCTAAATGTTTTAACATTCTTGGTT-GAACATATTATAATTAAATAT-TTGCCTTAGG
189 ATTTTAAGTTAAAT-TTTTTACATT-TTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCCTCA-G
* * * ********** * * *
12541 AAACATGAAGAGAAACCCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCNNNNNNNNNNACCCATACCTTCAAAA
251 AAACATAAAGAAAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATGCCTTTAAAA
* ** * *
12606 GCCTTAGTACTCACTGTAAACG
316 GCCTTATTACTTGCTTTAAATG
* * * * * * * *
12628 ATTTTATAATCTCGTAATTGATTTTAAGTTGAATTTATTTATA-TTTT-AGTTAAAACAGATTAT
1 GTTTTATAATATCATAATTAATTTCAAGTTGAATTT-TTAACACTTTTGA-TTAAAACAAATTAT
* ** * * * ** *
12691 AATTGAATGTTTACCTT--GGAAACGTGAAGAAAAAG-CTATTCATTGGTATCAAAAGTCCATTT
64 AATTGAATATTT-GTTTCAGGAAATGTGAAGCAAAAGAC-ATTCA-TGGCAAGAAAAGT-TATTT
* * ** * * * * **********
12753 ATAGGCACCCATACCTTCAAAAACCTTATTACTTGCTTTAANNNNNNNNNNAATCTCATAATTGA
125 AAAGTCACTTATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGA
* * * * * ** *
12818 TTTGAAGTTGAATTTGTTTACATGTTTTGTGAAAACAAATTATAATTGAATGTCTACGTTTAGAA
190 TTTTAAGTTAAATTT-TTTACAT-TTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCCTCAGAA
** * * ** * * * *
12883 ATGTGAAGAACAAGATAATCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTGTAGTCACCCATGCCTTCGAAAA-
253 ACATAAAGAAAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATGCCTT-TAAAAG
*
12947 CCTTATTACTTGCTTCAAATG
317 CCTTATTACTTGCTTTAAATG
* * * * * * * * * * *
12968 GTTTTATAATCTCATAATTCATTTTAAATTAAATTTTTTTTTATA-TTTTTAGTTTAGACAGATT
1 GTTTTATAATATCATAATTAATTTCAAGTTGAA---TTTTTAACACTTTTGA-TTAAAACAAATT
* * * * * * * *
13032 ATATTTAAATTTTTGGCTTGA-GAAATGTGAAG-AAAGAGATATTCATTAGC-AGAACAGTCTAT
62 ATAATTGAATATTT-GTTTCAGGAAATGTGAAGCAAA-AGACATTCA-TGGCAAGAAAAGT-TAT
* * * * * *
13094 TTATAGTCACCTAGGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATATTCCCATAATT
123 TTAAAGTCACTTATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATT
* * * ** * * *
13159 GATTTTGAGTTGAATTTTTTTATATTTTTTTTATAAAATAGATGATAATTGAATGTCTA-TCTCA
188 GATTTTAAGTT-AAATTTTTTACA-TTTTGGT-TAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCCTCA
* * * * * * * * **
13223 GGAAACGTAAAAAAAAAAACCATTTATTGACAAGAAAACTCAATTTATAGTCACCCATGCCTTCG
250 -GAAACAT-AAAGAAAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATGCCTTTA
********** *
13288 ANNNNNNNNNNACTCGCTTTAAATG
313 AAAGCCTTATTACTTGCTTTAAATG
* * * * * * * * * * *
13313 ATTTTATAATCTCATAAATGATTTTAAGTTTAAATTTTTAGCA-TTTTTAGTTAAAACAGACTGT
1 GTTTTATAATATCATAATTAATTTCAAG-TTGAATTTTTAACACTTTTGA-TTAAAACAAATTAT
* * **** * * ** * * *
13377 AATTGATTGTCCACCTTGA-AAAACATGAAGAAAAAG-TATTCATTTGG-AAGAAAACTCTATTT
64 AATTGAATAT-TTGTTTCAGGAAATGTGAAGCAAAAGACATTCA--TGGCAAGAAAAGT-TATTT
* * * * * ** * *
13439 ATAGTCACCTATGCCCTC-AGAAGCGTTA-TAGCTCACTTT-GTTTGCTTTTACAATCTCATAAT
125 AAAGTCACTTATGCCTTCGA-AAGCCTTATTA-CTCGCTTTAAATAG-TTTTATAATCTCATAAT
* * * * *
13501 TGATTTTAAGTGTAATTTTTTTATATTCTTGGTTAAAATAGGTTATAATTGAATGTCT-GCCTCA
187 TGATTTTAAGT-TAAATTTTTTACATT-TTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCCTCA
* * * * * * * * * *
13565 AATAACGTGAAGAAAATAG-TATTTATTGATTC-A-AAAAGTCTATTTATAGTAACCCGTGCCTT
250 GA-AACATAAAGAAAA-AGCCATTCATTG--GCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATGCCTT
* * * * *
13627 CAATAGCCTT-TGTTCTTACTTTCAATG
311 TAAAAGCCTTAT-TACTTGCTTTAAATG
* * * * * * * * * * * *
13654 GTTTGATAATCTCAAAATTTATTTTAAGCTAAATTTTTTAATATTTTTCATTAAAACATATTAGA
1 GTTTTATAATATCATAATTAATTTCAAGTTGAA-TTTTTAACACTTTTGATTAAAACAAATTATA
* * * *** ** * * * ** *
13719 ATTCAATGTCTACCT-ACGGAAACATAAAG-AAAAGTCATTTATTGATAAGAAAAGTCCATTTAT
65 ATTGAATATTTGTTTCA-GGAAATGTGAAGCAAAAGACATTCA-TGGCAAGAAAAGT-TATTTA-
* * * * *
13782 AAG-CA-TCCATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTTGCTTT-AATTGATTTTATAATCTCATAATAG
126 AAGTCACT-TATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAG-TTTTATAATCTCATAATTG
* * * * ** * *
13844 ATTTCAAGTTGAATTTTTTTTCTTTTTGGTTAAAATTGGTTAAAATTGAATGTCTA-CCTCAAGA
189 ATTTTAAGTT-AAATTTTTTACATTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCCTC-AGA
* * * *
13908 AACATGAAGAAAAAGCTATTCATTGGCAAAAAAAG-CCTATTTATAGTCACTCATGCCTTCAAAA
252 AACATAAAGAAAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAGTCC-ATTTATAGTCACTCATGCCTTTAAAA
* *
13972 GCTTTATTACTTACTTTAAATG
316 GCCTTATTACTTGCTTTAAATG
* * * * * * * * * * * *
13994 GCTTTACAATCTCATAATTGATTTGAAGTTGAGTTTTTTTTTACATTTTTAAGTAAAATAGATTA
1 GTTTTATAATATCATAATTAATTTCAAGTTGA---ATTTTTAACACTTTTGATTAAAACAAATTA
* *** ** ** * *
14059 TAATTGAATGTCTACCTTGTGGAACA--TGAAG-AAAAGGTATTCATTTGAAAGAAAAGTTAATT
63 TAATTGAATAT-TTGTTTCAGGAA-ATGTGAAGCAAAAGACATTCA-TGGCAAGAAAAGTT-ATT
* * * **********
14121 CATAGTCACCTT-TGCCTTCGAAGGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTNNNNNNNNNNAATT
124 TAAAGTCA-CTTATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATT
* * * * * * * ****
14185 GATTTTAAGTTAAATTTTTTTTTTACATTTTTAGTTCAAACAGATTACATTTAAATTTTTGGTTT
188 GATTTTAAGTTAAA----TTTTTTACA-TTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCCT
* * * * ** * * *
14250 GAGAAACGTGAAGAAAGAGATATTCATTAGC-AGAAAAGTCTATTTATAGTCAC-CTATGCCTTC
248 CAGAAACATAAAGAAAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTC-ATGCCTTT
* * *
14313 AAAAGCTTTATTACTCGCTTTAAATA
312 AAAAGCCTTATTACTTGCTTTAAATG
* * * ********* * * * * * *
14339 GTTTTATATTTTCATAATTGATTTTNNNNNNNNNNTTTTT-ATATTTTTTATTAAAATAGATGAT
1 GTTTTATAATATCATAATT-AATTT-CAAGTTGAATTTTTAACACTTTTGATTAAAACAAATTAT
* * ** * ** * * *
14403 AATTGAATGTCTGCCTCAAGAAACATGAA-AAAAAG-CTATTCATTAGCAAGAAAACTTAATTTA
64 AATTGAATATTTGTTTCAGGAAATGTGAAGCAAAAGAC-ATTCA-TGGCAAGAAAAGTT-ATTTA
* * * * ** * * *
14466 TAGTCACTCATGCTTTCAAAAGCAGTATTAATCACTTTAAAT-GATTTTATAATCTCATAAATGA
126 AAGTCACTTATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAG-TTTTATAATCTCATAATTGA
* * * * * * * *
14530 TTTTAACTTTAAATTTTTGACATTTTTGGTTAAAACAGACTGTACTTGATTGTCT-GCCTCGGAA
190 TTTTAA-GTTAAATTTTTTACA-TTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCCTCAGAA
** * * * * * * * *
14594 A-ATATGAAGAAAAAG-TGTTCATTAGGAAATAAAACTCTATTCATAGTCACCCATG-CTCTCAG
253 ACATA--AAGAAAAAGCCATTCATT-GGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATGCCT-TTAA
* ** *
14656 AAGCATTA-TAGCTCACTTTATATG
314 AAGCCTTATTA-CTTGCTTTAAATG
* * * * * * * *
14680 CTTTTACAATCTCATAATTTATTTTAAG-TGTAATTTTTTACA-TTCTT-AGTTAAAACAGATTG
1 GTTTTATAATATCATAATTAATTTCAAGTTG-AATTTTTAACACTT-TTGA-TTAAAACAAATTA
* * * *** * * * *
14742 TAATTAAATGTCTACCTCAGGTAACGTGAAG-AAAACACCATTCATTG-ATTAGAAAAGTCTATT
63 TAATTGAATATTTGTTTCAGGAAATGTGAAGCAAAAGA-CATTCATGGCA--AGAAAAGT-TATT
* *** ** * * * *
14805 TATAGTCACCCGTAACTTC-AATAGCCTT-TGTTCTTGCTTTAAATGGTTTGATAATCTCATAAT
124 TAAAGTCACTTATGCCTTCGAA-AGCCTTAT-TACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAAT
* * * * * ** ***
14868 TTATTTTAAGCTAAATTTTTTAACATTTTTTGTTAAAACAAATTATAATTGAATGTTTTTCCAGG
187 TGATTTTAAGTTAAATTTTTT-ACA-TTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCCTCA
* * * ** *
14933 GAAACGTGAAG-AAAAGCAATTCATTGATAAGAAAAGTCCATTTATAAG-CA-TGCATGCCTTCA
250 GAAACATAAAGAAAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTAT-AGTCACT-CATGCCTTTA
* ********
14995 AAAGCCTTATTACTCGCNNNNNNNN
313 AAAGCCTTATTACTTGCTTTAAATG
** * * ** * * * * *
15020 NNTTTATAATCTCATAA-CAGATTTCAAGTTGAATTTTTTTGC-TTTTTGGTTAAAATAGATTAC
1 GTTTTATAATATCATAATTA-ATTTCAAGTTGAA-TTTTTAACACTTTTGATTAAAACAAATTAT
* * *** * * **
15083 AATTGAATGTCTACCTCAGGAAATGTGAAGAAAAAG-CTATTTATTGGCAAGAAAAGCCCATTTA
64 AATTGAATATTTGTTTCAGGAAATGTGAAGCAAAAGAC-ATTCA-TGGCAAGAAAAG-TTATTTA
* * * * * * *
15147 TAGTCACTTATACCTTCAAAAGCCTTATTACTTGCTTTAAATGGCTTTACAATCTCATAATTGAT
126 AAGTCACTTATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGAT
* * ** * * * * *
15212 TTGAAGTTAATTTTTTTTTACATGTTTTATTAAAATAGATTATAATTGAATGTCTGCCTTCTGGA
191 TTTAAGTTAA--ATTTTTTACAT-TTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCCTCAGAA
* ** * * * * * * ** *
15277 ACATGAAGAAAAAGGTATTCATTTGAAAAAAAAGTCGATTTATAGTAACCCATGCCTTCGAAGGC
253 ACATAAAGAAAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATGCCTTTAAAAGC
15342 CTTATTA-TTCGCTTTAAATG
318 CTTATTACTT-GCTTTAAATG
* ********** *** * * *
15362 GTTTTATAATCTCATANNNNNNNNNNAGTTGAATTTTTTTTGTATTTTTTG-TTAAAATAGATTA
1 GTTTTATAATATCATAATTAATTTCAAGTTGAA--TTTTTAACA-CTTTTGATTAAAACAAATT-
* ** ** *
15426 CATTTAAATTTAAATATTTGACTC-GAGAAATGTGAAAAAAAAGATATTCATTGGC-AGAAAAGT
62 -A--T-AA-TTGAATATTTGTTTCAG-GAAATGTGAAGCAAAAGACATTCA-TGGCAAGAAAAGT
* * * * * **********
15489 CCATTTATAGTCACATATGCCTTCAAAAGACTTATTACTCGCTTTAANNNNNNNNNNAATCTCAT
120 -TATTTAAAGTCACTTATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCAT
* * * * ** ** * * *
15554 AATTGATTTT-AGATTGAATTTATTAACATTTTGGTCAAAATATTTTGCAATGGACTGTCTA-TC
184 AATTGATTTTAAG-TTAAATTT-TTTACATTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCC
** * ** * * * *
15617 TCAAGAGTCATAAAGCAAAAGATATCCATAGG-AGAGAAAAGTTCATTTAAAGTCAC-CATGCCT
247 TC-AGAAACATAAAGAAAAAGCCATTCATTGGCA-AGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATGCCT
* * * **
15680 TTGAAAGCATTATTTCTTATTTTAAATG
310 TTAAAAGCCTTATTACTTGCTTTAAATG
* * * * * * *
15708 GTTTGATAATCTCATAATTAATTAT-AAATTAAATTTTTTAAC-TTTTTTAGTTAAAACATATTA
1 GTTTTATAATATCATAATTAATT-TCAAGTTGAA-TTTTTAACACTTTTGA-TTAAAACAAATTA
* * * * * * * **
15771 TAATTGAATGTCT-ATCCAGGAAAACGTGAAGGAAAAGCCATTCATTATCAAGAAAAGTCTATTT
63 TAATTGAATATTTGTTTCAGG-AAATGTGAAGCAAAAGACATTCA-TGGCAAGAAAAGT-TATTT
* * * * * * *
15835 ATAGTCACTCT-TACCCTCAAAAGCCTTATAACTCTCTTTAAATTGTTTTATAATCTCATAATTN
125 AAAGTCACT-TATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATT-
********* * * * * * * * * * ** * *
15899 NNNNNNNNNTGAATTTGTTTTACATTTTTTGTTCAAATAGATTACATTTAAATTTCTGGCTTGAG
188 GATTTTAAGTTAAATT-TTTTACA-TTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCCTCAG
* * ** * * * * *
15964 AAACATGAAGAAAGAGATAGTCATTAGC-AGAAAAGTTCATTTATAGTGA-TCTATGCCTTCAAA
251 AAACATAAAGAAAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTC-ATGCCTTTAAA
* * ** *
16027 AGCCTTGTTGCTCCCTTTAAAAG
315 AGCCTTATTACTTGCTTTAAATG
* * * * * * * * * * *
16050 GTTTTATAATCTCATACTTGATTTTAGGATGAAATTTTTGACATTTTTAGTTTAAAACAGACTAT
1 GTTTTATAATATCATAATTAATTTCAAGTTG-AATTTTTAACACTTTT-GATTAAAACAAATTAT
* * *** * * * * * *
16115 AATTGATTGTCTACCTT-AGAAAATATGAAGAAAAAGCCATTCATTGGGAAGAAAAGTCCATTTA
64 AATTGAATAT-TTGTTTCAGGAAATGTGAAGCAAAAGACATTCA-TGGCAAGAAAAGT-TATTTA
* * * * * * * *
16179 TAGTCACTCATACCTTCAAAAGCGTTATAACTCGCTTTAAATCGTTTTGTAATCTCATAATTGAT
126 AAGTCACTTATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGAT
** ** ** * * *
16244 TTTAAGTCGAATGTTTTTACATTTTCATTTTCAACAAATTATAATTGAATGTCTA-CCTTAGGTA
191 TTTAAGTTAAAT-TTTTTACATTTT-GGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCCTCA-GAA
* * * * ** * * * **
16308 ACGTGAAGAAAATGCTATTCATTGATAAGAAAAGTTCATTTATAGTCACCCATACCTTTAAAAAT
253 ACATAAAGAAAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATGCCTTTAAAAGC
* ** *
16373 CTTAGTACACGCTTTAAATA
318 CTTATTACTTGCTTTAAATG
* * * * * * * * * *
16393 GTTTTATAATCTCGTAATTGATTTTAGGTTAAATTTTTTAATATTTTTAATTAAAACAGATTATA
1 GTTTTATAATATCATAATTAATTTCAAGTTGAA-TTTTTAACACTTTTGATTAAAACAAATTATA
* * *** * ** * * * * ** * *
16458 ATTGAATGTCTACCTCAAGAAACATGAGGAAAAAGCCTTTCATTAACAAGAAAAGTCCATTTATA
65 ATTGAATATTTGTTTCAGGAAATGTGAAGCAAAAGACATTCA-TGGCAAGAAAAGT-TATTTAAA
** * * * * * ** *
16523 GTCACCCATACCTTCAAAAGCCTTACTACTTGATTTTCATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTT
128 GTCACTTATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTT
* * * * *
16588 TAAGTTGAATTTTCTTGCATCTTTTGTTAAAACTGATTATAATTGAATGTCT-GCCTCTA-AAAC
193 TAAGTTAAATTTT-TTACAT-TTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCCTC-AGAAAC
* * * * * *
16651 ATGAAGAAAAAGCCATTCATT-TCAAGAAAAGTCCATTTATAGGCATTCATTCCTTCAAAAGCCT
255 ATAAAGAAAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATGCCTTTAAAAGCCT
**
16715 TATTACTCACTTTAAATG
320 TATTACTTGCTTTAAATG
* *
16733 GTTTTATAATCTCTTAA-TAGATTTCAAGTTGAATTTTT
1 GTTTTATAATATCATAATTA-ATTTCAAGTTGAATTTTT
16771 TTTGCATTTT
Statistics
Matches: 12273, Mismatches: 3417, Indels: 1480
0.71 0.20 0.09
Matches are distributed among these distances:
319 1 0.00
320 9 0.00
321 144 0.01
322 79 0.01
323 3 0.00
324 3 0.00
326 1 0.00
329 2 0.00
331 3 0.00
332 2 0.00
333 2 0.00
335 3 0.00
337 8 0.00
338 99 0.01
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341 3366 0.27
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343 1283 0.10
344 664 0.05
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349 72 0.01
350 36 0.00
351 4 0.00
352 16 0.00
353 40 0.00
354 34 0.00
355 62 0.01
356 25 0.00
357 31 0.00
358 54 0.00
ACGTcount: A:0.35, C:0.13, G:0.13, T:0.37
Consensus pattern (337 bp):
GTTTTATAATATCATAATTAATTTCAAGTTGAATTTTTAACACTTTTGATTAAAACAAATTATAA
TTGAATATTTGTTTCAGGAAATGTGAAGCAAAAGACATTCATGGCAAGAAAAGTTATTTAAAGTC
ACTTATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAA
GTTAAATTTTTTACATTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCCTCAGAAACATAAAG
AAAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATGCCTTTAAAAGCCTTATTAC
TTGCTTTAAATG
Found at i:3429 original size:512 final size:502
Alignment explanation
Indices: 2747--3744 Score: 1021
Period size: 512 Copynumber: 2.0 Consensus size: 502
2737 CTCATAATTG
* * * *
2747 ATTTTAATTGAAATTTTTTTACTATTTTCATTAAAATATATTATGATTGAATGTTTACCTTGAGA
1 ATTTTAATTGAAATTTTTTTACTATTTTCATTAAAATAGATTATAATTGAATGTCTACCATGAGA
* * * *
2812 AACATGAAGCAAAACCCATCCATTGGCACAAAAAGTCCTTTCATAATCACTCAAGCCTTCGAAAG
66 AACATGAAGAAAAACCCATCCATTGGCACAAAAAGTCCTTTCATAAGCACCCAAGCCTTCAAAAG
* * *
2877 TCGTATTACTCGTTTCAAATGGTTTTATAATATCATAATTGATTTTAAAT-TGAATTTTTTTACA
131 TCGTATAACTCGTTTCAAATGGTTTTACAATATCATAATTGATTTTAAGTGT-AATTTTTTTACA
* * * * * *
2941 TTTTTGATTAAAACATATTAGAATTGAATGTCAACCCTGGGAAATGTGAAGAAAAAAATATTCAT
195 TTTTTGATCAAAACAGAGTAGAATTGAATGTCAACCCTAGGAAATGTAAAGAAAAAAACATTCAT
* *** * * *
3006 GGGTAAGAAAAGCCCATTTATACTCACCCATGCCTTCAAAATTGTTATTACTCACTTTAATTTAT
260 GGATAAGAAAAGCCCATTTATACTCACCCATGCCTTCAAAAGCCTTATAACTCACTTTAAATGAT
* * *
3071 TTTATAATCTCATAATTGATTTTAGGCTG-AATTTTTTAATAC-TTTTGGTTGAAATAGATTATA
325 TTTATAATCTCATAATTGATTTTAAG-TGTAATTTTTT--TACGTTTTGGTTAAAACAGATTATA
* **
3134 A-TCAAAAGTTTGCCTTAGGA-AACGTGAAGAAAA-AGTATTTCATTGATAAG-AAAGACCATTA
387 ATTCAAAA-TTTGCCTT-GGATAACATGAAGAAAACACCA-TTCATTGATAAGAAAAGACCATTA
* * * *
3195 ATAGTCACCCACATCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTGTAAATGGTTTTATAAT
449 ATAGTCACCAACACCTTCAAAAGCCTTAGTACACGCTGTAAATGGTTTTATAAT
*
3249 NNNNNNNNNNATTTTAAGTTG-AATTTTTTTAC-ATTTTTACTTAAAATAGATTATAATTGAATG
1 ----------ATTTTAA-TTGAAATTTTTTTACTATTTTCA-TTAAAATAGATTATAATTGAATG
* * ** * * * *
3312 TCTGCCATGGGAAATGTGAAGAAAAAGCCATTCATTGGCACAAAAAGT-CTATTTATAGGCACCC
54 TCTACCATGAGAAACATGAAGAAAAACCCATCCATTGGCACAAAAAGTCCT-TTCATAAGCACCC
* * * ** * *
3376 ATGCCTTCAAAAG-CTTTATAACTTGCTTT-ATTTGGTTTTACAATCTTATAATTGATTTTAAGT
118 AAGCCTTCAAAAGTC-GTATAACTCG-TTTCAAATGGTTTTACAATATCATAATTGATTTTAAGT
* * *** * ** *
3439 GTAATTTTTTTATATTTTTGGTCAAAGTGGAGTATAATTGAATGTCTGCCTTAGGAAATGTAAAG
181 GTAATTTTTTTACATTTTTGATCAAAACAGAGTAGAATTGAATGTCAACCCTAGGAAATGTAAAG
*** * * * * *
3504 AAAATGCCATTCATTGATAAGAAAGGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCAACAGCCTTATAAC
246 AAAAAAACATTCATGGATAAGAAAAGCCCATTTATACTCACCCATGCCTTCAAAAGCCTTATAAC
* * *
3569 TCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGGTTTTAAGTGTAATTTTTTTACGTTTTTTGTTA
311 TCACTTTAAATGATTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTGTAATTTTTTTACG-TTTTGGTTA
* * *
3634 AAACAGATTATAATTGAATATTTGCCTTGGATAACATGAAGAAAACACCATTGATTGATAAGAAA
375 AAACAGATTATAATTCAAAATTTGCCTTGGATAACATGAAGAAAACACCATTCATTGATAAGAAA
* * *
3699 AGTCCATTTATAGTCACCAATACCTTCAAAAGCCTTAGTACACGCT
440 AGACCATTAATAGTCACCAACACCTTCAAAAGCCTTAGTACACGCT
3745 TNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 397, Mismatches: 76, Indels: 25
0.80 0.15 0.05
Matches are distributed among these distances:
510 3 0.01
511 14 0.04
512 326 0.82
513 54 0.14
ACGTcount: A:0.35, C:0.14, G:0.13, T:0.37
Consensus pattern (502 bp):
ATTTTAATTGAAATTTTTTTACTATTTTCATTAAAATAGATTATAATTGAATGTCTACCATGAGA
AACATGAAGAAAAACCCATCCATTGGCACAAAAAGTCCTTTCATAAGCACCCAAGCCTTCAAAAG
TCGTATAACTCGTTTCAAATGGTTTTACAATATCATAATTGATTTTAAGTGTAATTTTTTTACAT
TTTTGATCAAAACAGAGTAGAATTGAATGTCAACCCTAGGAAATGTAAAGAAAAAAACATTCATG
GATAAGAAAAGCCCATTTATACTCACCCATGCCTTCAAAAGCCTTATAACTCACTTTAAATGATT
TTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTGTAATTTTTTTACGTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTC
AAAATTTGCCTTGGATAACATGAAGAAAACACCATTCATTGATAAGAAAAGACCATTAATAGTCA
CCAACACCTTCAAAAGCCTTAGTACACGCTGTAAATGGTTTTATAAT
Found at i:12236 original size:171 final size:169
Alignment explanation
Indices: 11897--16813 Score: 2801
Period size: 170 Copynumber: 28.8 Consensus size: 169
11887 AGCAAAATTT
* * ** * * * * *
11897 CATTTAAAGACACTCATGCCTTTGAAAGCATTATTTCTTGCTTTAAATGGTTTGATAATCTCACA
1 CATTTATAGTCAC-CATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATA
* * * * ** * *
11962 ATTAATTTTGAGGTGAATGTTTTTACATTTTTCATTAAAACAAATTATAATT-AATTGTCTGCCT
65 ATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTTGTTAAAACAGATTATAATTGAA-TGTCTACCT
* * * * ** *
12026 AGGAAAACATGAAGGAAAAGCCATCCATTACCAAGAAAAGCC
129 TGGAAAACATGAAGAAAAAGCTATTCATT-GGAAGAAAAGTC
* * * * *
12068 CATTTATAGTGACCTTGACCTTCAAAAGCCTTATTACTCGATTTAACTAGTTTTATAATCTCATA
1 CATTTATAGTCACCATG-CCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATA
* * * * *
12133 ATTGATTTTAAGTTTAATATTTTAATATTTTTTGTTAAAACAGACTT-TAATTGATTGTCTACCT
65 ATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTTGTTAAAACAGA-TTATAATTGAATGTCTACCT
*
12197 TGGAAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTAGGAAGAAAAGTC
129 TGGAAAACATGAAGAAAAAGCTATTCATT-GGAAGAAAAGTC
* * * **
12239 CATTTATAGTCACCGATGCC-TCGAAAAGCATTATAACTCACTTTAAACCGTTTTATAATCTCAT
1 CATTTATAGTCACC-ATGCCTTC-AAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCAT
* * * * *
12303 AATTGGTTTTAAGTTGAATTTTTTTACA-TTTTTATTAAAACAAATTAGAATTGAATGTCTGCCA
64 AATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTTGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACC-
* * * * * * *
12367 TAGG-AAACGTGAAGATAGAGATATTCGTGGGCAAGAAAAGTC
128 TTGGAAAACATGAAGAAAAAGCTATTCATTGG-AAGAAAAGTC
** * *
12409 CATTTATAGTCACACATGCCTTCGTAAGCCTTATTACTCAG-TTTAGATTGTTTTATAATCT-AG
1 CATTTATAGTCAC-CATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTC-GCTTTAAATGGTTTTATAATCTCA-
* * * * * * * * * * * * *
12472 TAATTGATTTTAGGCTAAATGTTTTAACATTCTTGGTT-GAACATATTATAATTAAATATTTGCC
63 TAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTTGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACC
* * *
12536 TTAGG-AAACATGAAGAGAAACCCATTCATTGGCAAGAAAAGTC
128 TT-GGAAAACATGAAGAAAAAGCTATTCATTGG-AAGAAAAGTC
********** * * * * * * *
12579 CNNNNNNNNNNACCCATACCTTCAAAAGCCTTAGTACTCACTGTAAACGATTTTATAATCTCGTA
1 CATTTATAGTCA-CCATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATA
* * * *
12644 ATTGATTTTAAGTTGAATTTATTTATA-TTTTAGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTACCTT
65 ATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTTGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTT
* **
12708 GG-AAACGTGAAGAAAAAGCTATTCATTGGTATCAAAAGTC
130 GGAAAACATGAAGAAAAAGCTATTCATTGG-AAGAAAAGTC
* * * * **********
12748 CATTTATAGGCACCCATACCTTCAAAAACCTTATTACTTGCTTTAANNNNNNNNNNAATCTCATA
1 CATTTATAGTCA-CCATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATA
* * * * * *
12813 ATTGATTTGAAGTTGAATTTGTTTACATGTTTTGTGAAAACAAATTATAATTGAATGTCTACGTT
65 ATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTTGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTT
* ** * * *
12878 -TAGAAATGTGAAGAACAAGATAATCATTGGCAAGAAAAGTC
130 GGA-AAACATGAAGAAAAAGCTATTCATTGG-AAGAAAAGTC
* * *
12919 CATTTGTAGTCACCCATGCCTTCGAAAA-CCTTATTACTTGCTTCAAATGGTTTTATAATCTCAT
1 CATTTATAGTCA-CCATGCCTTC-AAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCAT
* * * * * * * * * * * **
12983 AATTCATTTTAAATTAAATTTTTTTTTATATTTTTAGTTTAGACAGATTATATTTAAATTTTTGG
64 AATTGATTTTAAGTTGAA--TTTTTTTACATTTTTTGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTAC
** * * * * *
13048 CTT-GAGAAATGTGAAGAAAGAGATATTCATTAGCAGAACAGTC
127 CTTGGA-AAACATGAAGAAAAAGCTATTCATTGGAAGAAAAGTC
* * * * *
13091 TATTTATAGTCACCTAGGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATATTCCCATA
1 CATTTATAGTCACC-ATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATA
* * * * * *
13156 ATTGATTTTGAGTTGAATTTTTTTATATTTTTTTTATAAAATAGATGATAATTGAATGTCTATCT
65 ATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTTGT-TAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCT
* * * * * * * * *
13221 CAGG-AAACGTAAAAAAAAAAACCATTTATTGACAAGAAAACTC
129 -TGGAAAACAT-GAAGAAAAAGCTATTCATTG-GAAGAAAAGTC
* * ********** *
13264 AATTTATAGTCACCCATGCCTTCGANNNNNNNNNNACTCGCTTTAAATGATTTTATAATCTCATA
1 CATTTATAGTCA-CCATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATA
* * * * * * * *
13329 AATGATTTTAAGTTTAA-ATTTTTAGCATTTTTAGTTAAAACAGACTGTAATTGATTGTCCACCT
65 ATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTA-CATTTTTTGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCT
* *
13393 TGAAAAACATGAAGAAAAAG-TATTCATTTGGAAGAAAACTC
129 TGGAAAACATGAAGAAAAAGCTATTCA-TTGGAAGAAAAGTC
* * * * * *** * *
13434 TATTTATAGTCACCTATGCCCTCAGAAGCGTTA-TAGCTCACTTTGTTTGCTTTTACAATCTCAT
1 CATTTATAGTCACC-ATGCCTTCAAAAGCCTTATTA-CTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCAT
* * * * * *
13498 AATTGATTTTAAG-TGTAATTTTTTTATATTCTTGGTTAAAATAGGTTATAATTGAATGTCTGCC
64 AATTGATTTTAAGTTG-AATTTTTTTACATTTTTTGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACC
** * *
13562 -TCAAATAACGTGAAGAAAATAG-TATTTATT-GATTCA-AAAAGTC
128 TTGGAA-AACATGAAGAAAA-AGCTATTCATTGGA---AGAAAAGTC
* * * * * ** * * *
13605 TATTTATAGTAACCCGTGCCTTCAATAGCCTT-TGTTCTTACTTTCAATGGTTTGATAATCTCAA
1 CATTTATAGTCA-CCATGCCTTCAAAAGCCTTAT-TACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCAT
* * * * * ** * * *
13669 AATTTATTTTAAGCTAAATTTTTTAATATTTTTCATTAAAACATATTAGAATTCAATGTCTACCT
64 AATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTTGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCT
* * * *
13734 ACGG-AAACATAAAG-AAAAG-TCATTTATTGATAAGAAAAGTC
129 -TGGAAAACATGAAGAAAAAGCT-ATTCATTG-GAAGAAAAGTC
* * *
13775 CATTTATAAG-CATCCATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTTGCTTTAATTGATTTTATAATCTCAT
1 CATTTAT-AGTCA-CCATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCAT
* * * * ** * *
13839 AATAGATTTCAAGTTGAATTTTTTTTC-TTTTTGGTTAAAATTGGTTAAAATTGAATGTCTACC-
64 AATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTTGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCT
** *
13902 TCAAGAAACATGAAGAAAAAGCTATTCATTGGCAAAAAAAG-C
129 TGGA-AAACATGAAGAAAAAGCTATTCATTGG-AAGAAAAGTC
* ** * *
13944 CTATTTATAGTCACTCATGCCTTCAAAAGCTTTATTACTTACTTTAAATGGCTTTACAATCTCAT
1 C-ATTTATAGTCAC-CATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCAT
* * * *
14009 AATTGATTTGAAGTTGAGTTTTTTTTTACATTTTTAAG-TAAAATAGATTATAATTGAATGTCTA
64 AATTGATTTTAAGTTGA--ATTTTTTTACATTTTT-TGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTA
* * * *
14073 CCTTGTG-GAACATGAAG-AAAAGGTATTCATTTGAAAGAAAAGTT
126 CCTTG-GAAAACATGAAGAAAAAGCTATTCA-TTGGAAGAAAAGTC
* * * * * * **********
14117 AATTCATAGTCACCTTTGCCTTCGAAGGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTNNNNNNNNNNA
1 CATTTATAGTCACC-ATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATA
* * * * * * * **
14182 ATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTTTTACATTTTTAGTTCAAACAGATTACATTTAAAT-TTTTG
65 ATTGATTTTAAGTTGAA---TTTTTTTACATTTTTTGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTAC
* * * * * * *
14246 GTTTGAGAAACGTGAAGAAAGAGATATTCATTAGCAGAAAAGTC
127 CTTGGA-AAACATGAAGAAAAAGCTATTCATTGGAAGAAAAGTC
* * * * *
14290 TATTTATAGTCACCTATGCCTTCAAAAGCTTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATATTTTCATA
1 CATTTATAGTCACC-ATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATA
********** * * * * *
14355 ATTGATTTTNNNNNNNNNNTTTTTATATTTTTTATTAAAATAGATGATAATTGAATGTCTGCC-T
65 ATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTTGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTT
** * * *
14419 CAAGAAACATGAA-AAAAAGCTATTCATTAGCAAGAAAACTT
130 GGA-AAACATGAAGAAAAAGCTATTCATT-GGAAGAAAAGTC
* * ** * * *
14460 AATTTATAGTCACTCATGCTTTCAAAAGCAGTATTAATCACTTTAAATGATTTTATAATCTCATA
1 CATTTATAGTCAC-CATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATA
* * * * * * * * * * * *
14525 AATGATTTTAACTTTAAATTTTTGACATTTTTGGTTAAAACAGACTGTACTTGATTGTCTGCCTC
65 ATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTTGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTT
* * * *
14590 GGAAAATATGAAGAAAAAG-TGTTCATTAGGAAATAAAACTC
130 GGAAAACATGAAGAAAAAGCTATTCATT-GG-AAGAAAAGTC
* * * * * * * *
14631 TATTCATAGTCACCCATG-CTCTCAGAAGCATTA-TAGCTCACTTTATATGCTTTTACAATCTCA
1 CATTTATAGTCA-CCATGCCT-TCAAAAGCCTTATTA-CTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCA
* * * * *
14694 TAATTTATTTTAAG-TGTAA-TTTTTTACATTCTTAGTTAAAACAGATTGTAATTAAATGTCTAC
63 TAATTGATTTTAAGTTG-AATTTTTTTACATTTTTTGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTAC
* * * *
14757 CTCAGG-TAACGTGAAGAAAACA-CCATTCATT-GATTAGAAAAGTC
127 CT-TGGAAAACATGAAGAAAA-AGCTATTCATTGGA--AGAAAAGTC
* * ** * * * *
14801 TATTTATAGTCACCCGTAACTTCAATAGCCTT-TGTTCTTGCTTTAAATGGTTTGATAATCTCAT
1 CATTTATAGTCA-CCATGCCTTCAAAAGCCTTAT-TACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCAT
* * * * * * *
14865 AATTTATTTTAAGCTAAATTTTTTAACATTTTTTGTTAAAACAAATTATAATTGAATGTTTTTCC
64 AATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTTGTTAAAACAGATTATAATTGAATG-TCTACC
* * * * *
14930 -AGGGAAACGTGAAG-AAAAGCAATTCATTGATAAGAAAAGTC
128 TTGGAAAACATGAAGAAAAAGCTATTCATTG-GAAGAAAAGTC
* **********
14971 CATTTATAAG-CATGCATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCNNNNNNNNNNTTTATAATCTCAT
1 CATTTAT-AGTCA-CCATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCAT
** * * * * *
15035 AACAGATTTCAAGTTGAATTTTTTTGC-TTTTTGGTTAAAATAGATTACAATTGAATGTCTACCT
64 AATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTTGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCT
* ** * *
15099 CAGG-AAATGTGAAGAAAAAGCTATTTATTGGCAAGAAAAGCC
129 -TGGAAAACATGAAGAAAAAGCTATTCATTGG-AAGAAAAGTC
* * * * *
15141 CATTTATAGTCACTTATACCTTCAAAAGCCTTATTACTTGCTTTAAATGGCTTTACAATCTCATA
1 CATTTATAGTCAC-CATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATA
* * * * *
15206 ATTGATTTGAAGTT-AATTTTTTTTTACATGTTTTATTAAAATAGATTATAATTGAATGTCTGCC
65 ATTGATTTTAAGTTGAA--TTTTTTTACATTTTTTGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACC
* * *
15270 TTCTGG--AACATGAAGAAAAAGGTATTCATTTGAAAAAAAAGTC
128 -T-TGGAAAACATGAAGAAAAAGCTATTCA-TTGGAAGAAAAGTC
* * * * *
15313 GATTTATAGTAACCCATGCCTTCGAAGGCCTTATTATTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATA
1 CATTTATAGTCA-CCATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATA
********** ** * * *
15378 NNNNNNNNNNAGTTGAATTTTTTTTGTATTTTTTGTTAAAATAGATTACATTTAAATTTAAATAT
65 ATTGATTTTAAGTTGAA-TTTTTTTACATTTTTTGTTAAAACAGATT--A--T-AA-TTGAATGT
* * ** * * *
15443 TTGA-C-TCGAGAAATGTGAAAAAAAAGATATTCATTGGCAGAAAAGTC
123 CT-ACCTTGGA-AAACATGAAGAAAAAGCTATTCATTGGAAGAAAAGTC
* * **********
15490 CATTTATAGTCACATATGCCTTCAAAAGACTTATTACTCGCTTTAANNNNNNNNNNAATCTCATA
1 CATTTATAGTCAC-CATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATA
* * * * * ** ** * * *
15555 ATTGATTTT-AGATTGAATTTATTAACA-TTTTGGTCAAAATATTTTGCAATGGACTGTCTATC-
65 ATTGATTTTAAG-TTGAATTTTTTTACATTTTTTGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCT
* * * * * * * *
15617 T-CAAGAGTCATAAAGCAAAAGATATCCATAGGAGAGAAAAGTT
129 TGGAA-A-ACATGAAGAAAAAGCTATTCATTGGA-AGAAAAGTC
* ** * * *** *
15660 CATTTAAAGTCACCATGCCTTTGAAAGCATTATTTCTTATTTTAAATGGTTTGATAATCTCATAA
1 CATTTATAGTCACCATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAA
* * * * * *
15725 TTAATTATAAATTAAATTTTTTAAC-TTTTTTAGTTAAAACATATTATAATTGAATGTCTATCC-
66 TTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTT-GTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTA-CCT
* * * * **
15788 AGGAAAACGTGAAGGAAAAGCCATTCATTATCAAGAAAAGTC
129 TGGAAAACATGAAGAAAAAGCTATTCATT-GGAAGAAAAGTC
* * * * * * *
15830 TATTTATAGTCACTCTTACCCTCAAAAGCCTTATAACTCTCTTTAAATTGTTTTATAATCTCATA
1 CATTTATAGTCAC-CATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATA
********** * * * * * * **
15895 ATTNNNNNNNNNNTGAATTTGTTTTACATTTTTTGTTCAAATAGATTACATTTAAATTTCTGGCT
65 ATTGATTTTAAGTTGAATTT-TTTTACATTTTTTGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCT
* * * * * *
15960 T-GAGAAACATGAAGAAAGAGATAGTCATTAGCAGAAAAGTT
129 TGGA-AAACATGAAGAAAAAGCTATTCATTGGAAGAAAAGTC
* * * * * *
16001 CATTTATAGTGATCTATGCCTTCAAAAGCCTTGTTGCTCCCTTTAAAAGGTTTTATAATCTCATA
1 CATTTATAGTCA-CCATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATA
* * * * * * * *
16066 CTTGATTTTAGGATGAAATTTTTGACATTTTTAGTTTAAAACAGACTATAATTGATTGTCTACCT
65 ATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTTG-TTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCT
* * *
16131 TAGAAAATATGAAGAAAAAGCCATTCATTGGGAAGAAAAGTC
129 TGGAAAACATGAAGAAAAAGCTATTCATT-GGAAGAAAAGTC
* * * * *
16173 CATTTATAGTCACTCATACCTTCAAAAGCGTTATAACTCGCTTTAAATCGTTTTGTAATCTCATA
1 CATTTATAGTCAC-CATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATA
* * * *
16238 ATTGATTTTAAGTCGAATGTTTTTACATTTTCATT-TT-CAACAAATTATAATTGAATGTCTACC
65 ATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTT--TTGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACC
* * * * *
16301 TTAGG-TAACGTGAAGAAAATGCTATTCATTGATAAGAAAAGTT
128 TT-GGAAAACATGAAGAAAAAGCTATTCATTG-GAAGAAAAGTC
* * ** * * * *
16344 CATTTATAGTCACCCATACCTTTAAAAATCTTAGTACACGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCGTA
1 CATTTATAGTCA-CCATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATA
* * * * **
16409 ATTGATTTTAGGTTAAATTTTTTAATATTTTTAATTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACC-T
65 ATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTTGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTT
** * **
16473 CAAGAAACATGAGGAAAAAGCCT-TTCATTAACAAGAAAAGTC
130 GGA-AAACATGAAGAAAAAG-CTATTCATT-GGAAGAAAAGTC
* * * * **
16515 CATTTATAGTCACCCATACCTTCAAAAGCCTTACTACTTGATTTTCATGGTTTTATAATCTCATA
1 CATTTATAGTCA-CCATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATA
* * * * *
16580 ATTGATTTTAAGTTGAATTTTCTTGCATCTTTTGTTAAAACTGATTATAATTGAATGTCTGCCTC
65 ATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTTGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCT-
* **
16645 T--AAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTTCAAGAAAAGTC
129 TGGAAAACATGAAGAAAAAGCTATTCATTGGAAGAAAAGTC
* * * * *
16684 CATTTATAGGCATTCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCTTA
1 CATTTATAGTCA-CCATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATA
* * * * * * * *
16749 ATAGATTTCAAGTTGAATTTTTTTTGCATTTTTGGTTCAAATAGATTAAAATTGAATATCTACCT
65 ATTGATTTTAAGTTGAA-TTTTTTTACATTTTTTGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCT
16814 CAGCAAACAT
Statistics
Matches: 3574, Mismatches: 1005, Indels: 335
0.73 0.20 0.07
Matches are distributed among these distances:
167 1 0.00
168 8 0.00
169 379 0.11
170 1185 0.33
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173 298 0.08
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175 16 0.00
176 10 0.00
177 64 0.02
178 26 0.01
ACGTcount: A:0.34, C:0.14, G:0.13, T:0.38
Consensus pattern (169 bp):
CATTTATAGTCACCATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAA
TTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTTGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTTG
GAAAACATGAAGAAAAAGCTATTCATTGGAAGAAAAGTC
Found at i:12419 original size:170 final size:169
Alignment explanation
Indices: 11937--18574 Score: 2886
Period size: 171 Copynumber: 39.0 Consensus size: 169
11927 TTATTTCTTG
* * * * * * *
11937 CTTTAAATGGTTTGATAATCTCACAATTAATTTTGAGGTGAATGTTTTTACATTTTTCATTAAAA
1 CTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTT-ATTAAAA
* * * * **
12002 CAAATTATAATT-AATTGTCTGCCTAGGAAAACATGAAGGAAAAGCCATCCATTACCAAGAAAAG
65 CAAATTATAATTGAA-TGTCTGCCTAGG-AAACGTGAAGAAAAAGCTATTCATTGGCAAGAAAAG
* * *
12066 CCCATTTATAGTGA-CCTTGACCTTCAAAAGCCTTATTACTCGA
128 TCCATTTATAGTCACCCATG-CCTTCAAAAGCCTTATTACTC-A
* * * * * *
12109 -TTTAACTAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTTAATATTTTAATATTTTTTGTTAAAA
1 CTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACA-TTTTTATTAAAA
* * * * * *
12173 CAGACTT-TAATTGATTGTCTACCTTGGAAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTAGG-AAGAAAA
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* * *
12236 GTCCATTTATAGTCACCGATGCC-TCGAAAAGCATTATAACTCA
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** *
12279 CTTTAAACCGTTTTATAATCTCATAATTGGTTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTATTAAAAC
1 CTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTATTAAAAC
* * * * * *
12344 AAATTAGAATTGAATGTCTGCCATAGGAAACGTGAAGATAGAGATATTCGTGGGCAAGAAAAGTC
66 AAATTATAATTGAATGTCTGCC-TAGGAAACGTGAAGAAAAAGCTATTCATTGGCAAGAAAAGTC
* **
12409 CATTTATAGTCACACATGCCTTCGTAAGCCTTATTACTCA
130 CATTTATAGTCACCCATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCA
* * * * * * * * ** *
12449 GTTTAGATTGTTTTATAATCT-AGTAATTGATTTTAGGCTAAATGTTTTAACATTCTTGGTT-GA
1 CTTTAAATAGTTTTATAATCTCA-TAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATT-TTTATTAAA
* * * * * * * *
12512 ACATATTATAATTAAATATTTGCCTTAGGAAACATGAAGAGAAACCCATTCATTGGCAAGAAAAG
64 ACAAATTATAATTGAATGTCTGCC-TAGGAAACGTGAAGAAAAAGCTATTCATTGGCAAGAAAAG
********** * *
12577 TCCNNNNNNNNNNACCCATACCTTCAAAAGCCTTAGTACTCA
128 TCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCA
* * * * *
12619 CTGTAAA-CGATTTTATAATCTCGTAATTGATTTTAAGTTGAATTTATTTATA-TTTTAGTTAAA
1 CTTTAAATAG-TTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTA-TTAAA
* * * * * **
12682 ACAGATTATAATTGAATGTTTACCTTGGAAACGTGAAGAAAAAGCTATTCATTGGTATCAAAAGT
64 ACAAATTATAATTGAATGTCTGCCTAGGAAACGTGAAGAAAAAGCTATTCATTGGCAAGAAAAGT
* * * **
12747 CCATTTATAGGCACCCATACCTTCAAAAACCTTATTACTTG
129 CCATTTATAGTCACCCATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCA
********** * * * *
12788 CTTTAANNNNNNNNNNAATCTCATAATTGATTTGAAGTTGAATTTGTTTACATGTTTTGTGAAAA
1 CTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACAT-TTTTATTAAAA
** * * * *
12853 CAAATTATAATTGAATGTCTACGTTTA-GAAATGTGAAGAACAAGATAATCATTGGCAAGAAAAG
65 CAAATTATAATTGAATGTCT--GCCTAGGAAACGTGAAGAAAAAGCTATTCATTGGCAAGAAAAG
* **
12917 TCCATTTGTAGTCACCCATGCCTTCGAAAA-CCTTATTACTTG
128 TCCATTTATAGTCACCCATGCCTTC-AAAAGCCTTATTACTCA
* * * * * * *
12959 CTTCAAATGGTTTTATAATCTCATAATTCATTTTAAATTAAATTTTTTTTTATATTTTTAGTTTA
1 CTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAA--TTTTTTTACATTTTTA-TTAA
* * * * * * * * * * * * *
13024 GACAGATTATATTTAAATTTTTGGCTTGAGAAATGTGAAGAAAGAGATATTCATTAGC-AGAACA
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* * * *
13088 GTCTATTTATAGTCACCTAGGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCG
127 GTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCA
* * * * *
13131 CTTTAAATAGTTTTATATTCCCATAATTGATTTTGAGTTGAATTTTTTTATATTTTTTTTATAAA
1 CTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTATTA-AAA
* ** * * * * * *
13196 -ATAGATGATAATTGAATGTCTATCTCAGGAAACGTAAAAAAAAAAACCATTTATTGACAAGAAA
65 CA-A-ATTATAATTGAATGTCTGCCT-AGGAAACGT-GAAGAAAAAGCTATTCATTGGCAAGAAA
* * * ********** *
13260 ACTCAATTTATAGTCACCCATGCCTTCGANNNNNNNNNNACTCG
126 AGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCA
* * *
13304 CTTTAAAT-GATTTTATAATCTCATAAATGATTTTAAGTTTAA-ATTTTTAGCATTTTTAGTTAA
1 CTTTAAATAG-TTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTA-CATTTTTA-TTAA
* * * * ** * * *
13367 AACAGACTGTAATTGATTGTCCACCTTGAAAAACATGAAGAAAAAG-TATTCATTTGG-AAGAAA
63 AACAAATTATAATTGAATGTCTGCCTAG-GAAACGTGAAGAAAAAGCTATTCA-TTGGCAAGAAA
* * * * * *
13430 ACTCTATTTATAGTCACCTATGCCCTCAGAAGCGTTA-TAGCTCA
126 AGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCAAAAGCCTTATTA-CTCA
** * * * **
13474 CTTT-GTTTGCTTTTACAATCTCATAATTGATTTTAAG-TGTAATTTTTTTATATTCTTGGTTAA
1 CTTTAAATAG-TTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTG-AATTTTTTTACATT-TTTATTAA
* ** * * *
13537 AATAGGTTATAATTGAATGTCTGCCTCA-AATAACGTGAAGAAAATAG-TATTTATTGATTC-A-
63 AACAAATTATAATTGAATGTCTGCCT-AGGA-AACGTGAAGAAAA-AGCTATTCATTG--GCAAG
* * * * * *
13598 AAAAGTCTATTTATAGTAACCCGTGCCTTCAATAGCCTT-TGTTCTTA
123 AAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCAAAAGCCTTAT-TACTCA
* * * * * * * * *
13645 CTTTCAATGGTTTGATAATCTCAAAATTTATTTTAAGCTAAATTTTTTAATATTTTTCATTAAAA
1 CTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTT-ATTAAAA
* * * * * * * **
13710 CATATTAGAATTCAATGTCTACCTACGGAAACATAAAG-AAAAG-TCATTTATTGATAAGAAAAG
65 CAAATTATAATTGAATGTCTGCCTA-GGAAACGTGAAGAAAAAGCT-ATTCATTGGCAAGAAAAG
* **
13773 TCCATTTATAAG-CATCCATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTTG
128 TCCATTTAT-AGTCACCCATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCA
* * * * *
13815 CTTT-AATTGATTTTATAATCTCATAATAGATTTCAAGTTGAATTTTTTTTC-TTTTTGGTTAAA
1 CTTTAAATAG-TTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTT-ATTAAA
**** * * * * *
13878 ATTGGTTAAAATTGAATGTCTACCTCAAGAAACATGAAGAAAAAGCTATTCATTGGCAAAAAAAG
64 ACAAATTATAATTGAATGTCTGCCT-AGGAAACGTGAAGAAAAAGCTATTCATTGGCAAGAAAAG
* * *
13943 -CCTATTTATAGTCACTCATGCCTTCAAAAGCTTTATTACTTA
128 TCC-ATTTATAGTCACCCATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCA
* * * * * *
13985 CTTTAAATGGCTTTACAATCTCATAATTGATTTGAAGTTGAGTTTTTTTTTACATTTTTAAGTAA
1 CTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGA--ATTTTTTTACATTTTT-ATTAA
* * * * * * * * *
14050 AATAGATTATAATTGAATGTCTACCTTGTGGAACATGAAG-AAAAGGTATTCATTTGAAAGAAAA
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** * ** * * *
14114 GTTAATTCATAGTCACCTTTGCCTTCGAAGGCCTTATTACTCG
127 GTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCA
********** * *
14157 CTTTAAATAGTTTTNNNNNNNNNNAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTTTTACATTTTTAGTTC
1 CTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAA---TTTTTTTACATTTTTA-TTA
* * * * * * ** * * * *
14222 AAACAGATTACATTTAAATTTTTGGTTTGAGAAACGTGAAGAAAGAGATATTCATTAGC-AGAAA
62 AAACAAATTATAATTGAATGTCTGCCTAG-GAAACGTGAAGAAAAAGCTATTCATTGGCAAGAAA
* * * *
14286 AGTCTATTTATAGTCACCTATGCCTTCAAAAGCTTTATTACTCG
126 AGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCA
* * ********** *
14330 CTTTAAATAGTTTTATATTTTCATAATTGATTTTNNNNNNNNNNTTTTTATATTTTTTATTAAAA
1 CTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACA-TTTTTATTAAAA
* * * * * * *
14395 TAGATGATAATTGAATGTCTGCCTCAAGAAACATGAA-AAAAAGCTATTCATTAGCAAGAAAACT
65 CAAATTATAATTGAATGTCTGCCT-AGGAAACGTGAAGAAAAAGCTATTCATTGGCAAGAAAAGT
** * * ** *
14459 TAATTTATAGTCACTCATGCTTTCAAAAGCAGTATTAATCA
129 CCATTTATAGTCACCCATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCA
* * * * * *
14500 CTTTAAAT-GATTTTATAATCTCATAAATGATTTTAACTTTAAATTTTTGACATTTTTGGTTAAA
1 CTTTAAATAG-TTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTT-ATTAAA
* * * * * * ** * * *
14564 ACAGACTGTACTTGATTGTCTGCCTCGGAAAATATGAAGAAAAAG-TGTTCATTAGGAAATAAAA
64 ACAAATTATAATTGAATGTCTGCCTAGG-AAACGTGAAGAAAAAGCTATTCATT-GGCAAGAAAA
* * * * *
14628 CTCTATTCATAGTCACCCATG-CTCTCAGAAGCATTA-TAGCTCA
127 GTCCATTTATAGTCACCCATGCCT-TCAAAAGCCTTATTA-CTCA
* * * *
14671 CTTTATAT-GCTTTTACAATCTCATAATTTATTTTAAG-TGTAA-TTTTTTACATTCTTAGTTAA
1 CTTTAAATAG-TTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTG-AATTTTTTTACATTTTTA-TTAA
* * * * * * ***
14733 AACAGATTGTAATTAAATGTCTACCTCAGGTAACGTGAAGAAAACA-CCATTCATTGATTAGAAA
63 AACAAATTATAATTGAATGTCTGCCT-AGGAAACGTGAAGAAAA-AGCTATTCATTGGCAAGAAA
* * ** * * **
14797 AGTCTATTTATAGTCACCCGTAACTTCAATAGCCTT-TGTTCTTG
126 AGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCAAAAGCCTTAT-TACTCA
* * * * * * *
14841 CTTTAAATGGTTTGATAATCTCATAATTTATTTTAAGCTAAATTTTTTAACATTTTTTGTTAAAA
1 CTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACA-TTTTTATTAAAA
* * * **
14906 CAAATTATAATTGAATGTTTTTCC-AGGGAAACGTGAAG-AAAAGCAATTCATTGATAAGAAAAG
65 CAAATTATAATTGAATG-TCTGCCTA-GGAAACGTGAAGAAAAAGCTATTCATTGGCAAGAAAAG
** *
14969 TCCATTTATAAG-CATGCATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCG
128 TCCATTTAT-AGTCACCCATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCA
********** ** * * *
15011 CNNNNNNNNNNTTTATAATCTCATAACAGATTTCAAGTTGAATTTTTTTGC-TTTTTGGTTAAAA
1 CTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTT-ATTAAAA
* * * * * * *
15075 TAGATTACAATTGAATGTCTACCTCAGGAAATGTGAAGAAAAAGCTATTTATTGGCAAGAAAAGC
65 CAAATTATAATTGAATGTCTGCCT-AGGAAACGTGAAGAAAAAGCTATTCATTGGCAAGAAAAGT
** * **
15140 CCATTTATAGTCACTTATACCTTCAAAAGCCTTATTACTTG
129 CCATTTATAGTCACCCATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCA
* * * *
15181 CTTTAAATGGCTTTACAATCTCATAATTGATTTGAAGTT-AATTTTTTTTTACATGTTTTATTAA
1 CTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAA--TTTTTTTACAT-TTTTATTAA
* * * * * * * *
15245 AATAGATTATAATTGAATGTCTGCCTTCTGG-AACATGAAGAAAAAGGTATTCATTTGAAAAAAA
63 AACAAATTATAATTGAATGTCTGCC-T-AGGAAACGTGAAGAAAAAGCTATTCATTGGCAAGAAA
* * * * * *
15309 AGTCGATTTATAGTAACCCATGCCTTCGAAGGCCTTATTATTCG
126 AGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCA
* ********** ** *
15353 CTTTAAATGGTTTTATAATCTCATANNNNNNNNNNAGTTGAATTTTTTTTGTATTTTTTGTTAAA
1 CTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAA-TTTTTTTACA-TTTTTATTAAA
* * * * * * * * * *
15418 ATAGATTACATTTAAATTTAAATATTTGACTCGAGAAATGTGAAAAAAAAGATATTCATTGGC-A
64 ACAAATT--A--T-AA-TTGAATGTCTGCCTAG-GAAACGTGAAGAAAAAGCTATTCATTGGCAA
** * *
15482 GAAAAGTCCATTTATAGTCACATATGCCTTCAAAAGACTTATTACTCG
122 GAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCA
********** * * ** *
15530 CTTTAANNNNNNNNNNAATCTCATAATTGATTTT-AGATTGAATTTATTAACATTTTGGTCAAAA
1 CTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAG-TTGAATTTTTTTACATTTTTATTAAAA
* ** ** * * ** * ** * * * * * *
15594 TATTTTGCAATGGACTGTCTATCTCAAGAGTCATAAAGCAAAAGATATCCATAGG-AGAGAAAAG
65 CAAATTATAATTGAATGTCTGCCT-AGGAAACGTGAAGAAAAAGCTATTCATTGGCA-AGAAAAG
* * ** * * *
15658 TTCATTTAAAGTCA-CCATGCCTTTGAAAGCATTATTTCTTA
128 TCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCA
* * * * * * * * *
15699 TTTTAAATGGTTTGATAATCTCATAATTAATTATAAATTAAATTTTTTAACTTTTTTAGTTAAAA
1 CTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTA-TTAAAA
* * * * **
15764 CATATTATAATTGAATGTCTATCC-AGGAAAACGTGAAGGAAAAGCCATTCATTATCAAGAAAAG
65 CAAATTATAATTGAATGTCT-GCCTAGG-AAACGTGAAGAAAAAGCTATTCATTGGCAAGAAAAG
* * * * * * *
15828 TCTATTTATAGTCACTCTTACCCTCAAAAGCCTTATAACTCT
128 TCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCA
* ********** * *
15870 CTTTAAATTGTTTTATAATCTCATAATTNNNNNNNNNNTGAATTTGTTTTACATTTTTTGTTCAA
1 CTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTT-TTTTACA-TTTTTATTAAA
* * * * * * * * * * * * *
15935 ATAGATTACATTTAAATTTCTGGCTTGAGAAACATGAAGAAAGAGATAGTCATTAGC-AGAAAAG
64 ACAAATTATAATTGAATGTCTGCCTAG-GAAACGTGAAGAAAAAGCTATTCATTGGCAAGAAAAG
* * * * * * *
15999 TTCATTTATAGTGATCTATGCCTTCAAAAGCCTTGTTGCTCC
128 TCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCA
* * * * *
16041 CTTTAAA-AGGTTTTATAATCTCATACTTGATTTTAGGATGAAATTTTTGACATTTTTAGTTTAA
1 CTTTAAATA-GTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTA--TTAA
* * * * * ** * *
16105 AACAGACTATAATTGATTGTCTACCTTAGAAAATATGAAGAAAAAGCCATTCATTGGGAAGAAAA
63 AACAAATTATAATTGAATGTCTGCC-TAGGAAACGTGAAGAAAAAGCTATTCATTGGCAAGAAAA
* * * * *
16170 GTCCATTTATAGTCACTCATACCTTCAAAAGCGTTATAACTCG
127 GTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCA
* * * * * **
16213 CTTTAAATCGTTTTGTAATCTCATAATTGATTTTAAGTCGAATGTTTTTACATTTTCATTTTCAA
1 CTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTA-TTAAAA
* * * **
16278 CAAATTATAATTGAATGTCTACCTTAGGTAACGTGAAGAAAATGCTATTCATTGATAAGAAAAGT
65 CAAATTATAATTGAATGTCTGCC-TAGGAAACGTGAAGAAAAAGCTATTCATTGGCAAGAAAAGT
* * * ** * * *
16343 TCATTTATAGTCACCCATACCTTTAAAAATCTTAGTACACG
129 CCATTTATAGTCACCCATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCA
* * * * *
16384 CTTTAAATAGTTTTATAATCTCGTAATTGATTTTAGGTTAAATTTTTTAATATTTTTAATTAAAA
1 CTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTT-ATTAAAA
* * * * * **
16449 CAGATTATAATTGAATGTCTACCTCAAGAAACATGAGGAAAAAGCCT-TTCATTAACAAGAAAAG
65 CAAATTATAATTGAATGTCTGCCT-AGGAAACGTGAAGAAAAAG-CTATTCATTGGCAAGAAAAG
* * *
16513 TCCATTTATAGTCACCCATACCTTCAAAAGCCTTACTACTTGA
128 TCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCAAAAGCCTTATTAC-TCA
** * * * *
16556 -TTTTCATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTCTTGCATCTTTTGTTAAAA
1 CTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACAT-TTTTATTAAAA
** *** * * *
16620 CTGATTATAATTGAATGTCTGCCTCTAAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATT-TCAAGAAAAGTC
65 CAAATTATAATTGAATGTCTGCCTAGGAAACGTGAAGAAAAAGCTATTCATTGGCAAGAAAAGTC
* ** *
16684 CATTTATAGGCATTCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCA
130 CATTTATAGTCACCCATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCA
* * * * * * *
16724 CTTTAAATGGTTTTATAATCTCTTAATAGATTTCAAGTTGAATTTTTTTTGCATTTTTGGTTCAA
1 CTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAA-TTTTTTTACATTTTT-ATTAAA
* * * * * * * * * * * * ****
16789 ATAGATTAAAATTGAATATCTACCTCAGCAAACATTAAGGAAAATCTATTTATTGGCGAGNNNNN
64 ACAAATTATAATTGAATGTCTGCCT-AGGAAACGTGAAGAAAAAGCTATTCATTGGCAAG-AAAA
********* * * * ** * * * * * * *
16854 NNNNNNNNCTCGCTTTA--AATGGTTTTATAA-TCTCATAATTGA
127 GTCCATTTATAG--TCACCCATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCA
* * * * ** * * *** * * ** * *
16896 TTTTAAGTTGAATTTT-T--TGGT-ATTTTTG-GTTAAAACAGACTATAATT-GATTGTCTACCT
1 CTTTAA-AT-AGTTTTATAAT-CTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATT-TTTA--T
* * * * * **** * * ** *** * *
16955 TGGGAAACATGAA-GAGAA-AGCCAT-TCATTTGGAAGAAAAGTCCATTTATAG-TCACTCA-TG
60 T--AAAACA--AATTATAATTG-AATGTC-TGCCTAGGAAACGTGAAGAAAAAGCT-ATTCATTG
* *** * * * *
17015 CCTTCAAAAG--CA-TTATA---ACTC--G-CTT-TAAATCATT-TTA-T-A
118 GCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCA
* * * * * * *
17054 ATCTCATAATTGATTT-TAA-CTTA-AATT-CTTTT-A----CA------T---TTTTTATTAAA
1 CT-TTA-AATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTATTAAA
* ** * * * * **
17101 ACATATTATAATTGAATGTCCACCT-CGATAACATGAAGAAAATGATATTCATTGATAAGAAAAG
64 ACAAATTATAATTGAATGTCTGCCTAGGA-AACGTGAAGAAAAAGCTATTCATTGGCAAGAAAAG
* * * *
17165 TCTATTTATAGTCACCCATACCTTCAAAAGCCTTAGTACACA
128 TCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCA
* * * * * * *
17207 CTTTAAATGGTTTTATAATCTTATAATTGATTTTAGGTTGAATTTCTTAATATTTGTGATTAAAA
1 CTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTT-TTATTAAAA
* * * * * * ***
17272 CAGATTATAATTAAATGTCTGTCTCAAGAAACGTGATGAAAAAGCCATTCATTAATAAGAAAAGT
65 CAAATTATAATTGAATGTCTGCCT-AGGAAACGTGAAGAAAAAGCTATTCATTGGCAAGAAAAGT
* ** * *
17337 CCATTTATAGACACTTATACCTTTAAAAGCCTTATTACTCA
129 CCATTTATAGTCACCCATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCA
* * * * *
17378 GTTTACATAGTTTTATAATC-CTATATTTGATTTTAAGTT-AGATTTTTTAACATTTTTTTGTTA
1 CTTTAAATAGTTTTATAATCTC-ATAATTGATTTTAAGTTGA-ATTTTTTTACA--TTTTTATTA
* * * * * * * * *
17441 AAACAGATTATAATTGAATATTTACCTCAAGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGTCAAGACA
62 AAACAAATTATAATTGAATGTCTGCCT-AGGAAACGTGAAGAAAAAGCTATTCATTGGCAAGAAA
* * * * * * *
17506 AGACTATTTATAGGCATCCATACCTTTAAAAGCCTTATTACTCG
126 AGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCA
* * * * * *
17550 CTTTAAATATTTTTATAATCTCATAATAGATTTTAAGTAGAATATTTTTGA-ATTTTTGGTTCAA
1 CTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAAT-TTTTTTACATTTTT-ATTAAA
* * * * * * * * * *
17614 ATAGATTAAAATTCAATATCTACCTCA-AAAAAGTGAAGAAAAAGCTATTCATTTGTAAGAAAAG
64 ACAAATTATAATTGAATGTCTGCCT-AGGAAACGTGAAGAAAAAGCTATTCATTGGCAAGAAAAG
* * * *
17678 TTCATTTATAGTTACCCATGCCTTCGAAAGCTTTATTACTCA
128 TCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCA
* * * * *
17720 CCTTAAAT-GATTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTT--TTTTTTTTTCATTTTTGGTTCAA
1 CTTTAAATAG-TTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTT-ATTAAA
* * * * * * * * * * ** * *
17782 ATAGATCACATTTAAATGTCTGACTTGAAAAACATGAAGAAAGTGATATTCATTGG-TAGAAAAG
64 ACAAATTATAATTGAATGTCTGCCTAG-GAAACGTGAAGAAAAAGCTATTCATTGGCAAGAAAAG
* ** *
17846 TCCATTTATAATCACTTATACCTTCAAAAGCCTTATTACTCA
128 TCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCA
********** * * * *
17888 CTTTNNNNNNNNNNATAATCTCATAATTGATTTGAAGTTGAAGTTTTTTAGATTTTTTGTTAAAA
1 CTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACA-TTTTTATTAAAA
* * * * *
17953 TAAATTATAATTGAATGTTTCT-CTTAGGAAACGTGAAGAAAAAGATGTTCATTGGCAAAAAAAG
65 CAAATTATAATTGAATG--TCTGCCTAGGAAACGTGAAGAAAAAGCTATTCATTGGCAAGAAAAG
** * *
18017 TGTATTTATAGTCACCCATGACTTCGAAAGCCTTATTACTCA
128 TCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCA
* * * * * *
18059 CTTTAATTGGTTTTATAATCTCATAATTAATTATAAGTTGAATTTTTTTTTACATTTTTTGTTCA
1 CTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAA--TTTTTTTACA-TTTTTATTAA
*** * * * * * * * *
18124 AATGGATTACATTTAAATGTCTGGCTCGAGAAAC-TGAAGAAAGAGATATTCATTAGC-AGAAAA
63 AACAAATTATAATTGAATGTCTGCCTAG-GAAACGTGAAGAAAAAGCTATTCATTGGCAAGAAAA
* * **
18187 GTCCATTTATAGTCATCTATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTTG
127 GTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCA
* * * * ** ** *
18230 CCTTAAATGGTTTTATAATCTCATAAATGATTTTAAGTTGAAATTTTTGGCATTTCTGGTTAAAC
1 CTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTT-TTATTAAAA
* * * * * *
18295 CAGA-TAGTAATTGATTGTCTTCCTTGGGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGAG-AA-AACA
65 CAAATTA-TAATTGAATGTCTGCC-TAGGAAACGTGAAGAAAAAGCTATTCATTG-GCAAGAA-A
* * * * *
18357 ATTCCATTTATAGTCACCTAGGCCTTCAAAAGCCTTATAACTCG
126 AGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCA
* * * * * *
18401 CTTTAAATGGTTTTATAATCTTATAATTAATTTTAAG-TGTAATTATTTTATATTTTTGGTTAAA
1 CTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTG-AATTTTTTTACATTTTT-ATTAAA
* *** * * * * **
18465 A-AAGATTATAATTGAAT-TTTTTATCGGGTAACATGAAGAAAATA-CCATTCATTGATAAGAAA
64 ACAA-ATTATAATTGAATGTCTGCCT-AGGAAACGTGAAGAAAA-AGCTATTCATTGGCAAGAAA
* *
18527 AGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCAAAAGCCTTAGTACGCA
126 AGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCA
18571 CTTT
1 CTTT
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AAATTATAATTGAATGTCTGCCTAGGAAACGTGAAGAAAAAGCTATTCATTGGCAAGAAAAGTCC
ATTTATAGTCACCCATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCA
Found at i:13177 original size:172 final size:173
Alignment explanation
Indices: 12879--13189 Score: 421
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12869 GTCTACGTTT
* * *
12879 AGAAATGTGAAGAACAAGATAATCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTGTAGTCACCCATGCCTTCGA
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* * * *
12944 AAACCTTATTACTTGCTTCAAATGGTTTTATAATCTCATAATTCATTTTAAATTAAATTTTTTTT
66 AAACCTTATTACTCGCTTCAAATAGTTTTATAATCCCATAATTCATTTTAAATTAAATTTTTTTA
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131 TATATTTTTAGTTTAGACAGATTATATTTAAATTTTTGGCTTG
* * * *
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1 AGAAATGTGAAGAACA-AGATAATCATTAGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCAGGCCTTCG
* * * * * *
13114 AAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATATTCCCATAATTGATTTTGAGTTGAATTTTTT
65 AAAA-CCTTATTACTCGCTTCAAATAGTTTTATAATCCCATAATTCATTTTAAATTAAATTTTTT
*
13179 TATATTTTTTT
129 TATATATTTTT
13190 TATAAAATAG
Statistics
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Matches are distributed among these distances:
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TATATTTTTAGTTTAGACAGATTATATTTAAATTTTTGGCTTG
Found at i:14217 original size:173 final size:162
Alignment explanation
Indices: 14008--14344 Score: 311
Period size: 173 Copynumber: 2.0 Consensus size: 162
13998 TACAATCTCA
* * * *
14008 TAATTGATTTGAAGTTGAGTTTTTTTTTACATTTTTAAG-TAAAATAGATTATAATTGAATGTCT
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* * * * *
14072 ACCTTGTGGAACATGAAGAAA-AGGTATTCATTTGAAAGAAAAGT-TAATTCATAGTCACCTTTG
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* *
14135 CCTTCGAAGGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTT
128 CCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTT
* * * *
14170 TNNNNNNNNNNAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTTTTACATTTTTAGTTCAAACAGATTACAT
1 T----------AATTGATTTGAAGTT-AAGTTTTTTTTTACATTTTTAGTTAAAACAGATTACAA
* * *** * * *
14235 TTAAATTTTTGGTTTGAGAAACGTGAAGAAAGAGATATTCATTAGCAGAAAAGTCTATTTATAGT
55 TTAAATGTCTACCTTGAGAAACATGAAGAAAGAGATATTCATTAGAAGAAAAGTCTATTCATAGT
*
14300 CACCTATGCCTTCAAAAGCTTTATTACTCGCTTTAAATAGTTT
120 CACCTATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTT
14343 TA
1 TA
14345 TATTTTCATA
Statistics
Matches: 137, Mismatches: 24, Indels: 27
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Matches are distributed among these distances:
162 1 0.01
163 1 0.01
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173 107 0.78
174 12 0.09
ACGTcount: A:0.32, C:0.11, G:0.14, T:0.40
Consensus pattern (162 bp):
TAATTGATTTGAAGTTAAGTTTTTTTTTACATTTTTAGTTAAAACAGATTACAATTAAATGTCTA
CCTTGAGAAACATGAAGAAAGAGATATTCATTAGAAGAAAAGTCTATTCATAGTCACCTATGCCT
TCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTT
Found at i:19198 original size:171 final size:171
Alignment explanation
Indices: 18578--22360 Score: 2059
Period size: 171 Copynumber: 22.2 Consensus size: 171
18568 GCACTTTCAA
* * * *** * **
18578 GAAACATGATGAAAAAGTCATTCATTAATAAGAAAAGTCCACTTATAGTCACCCATGCCTTCGAA
1 GAAACGTGAAGAAAAAGCCATTCATTTGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTTAAA
* * * **********
18643 AGCCTTCTTACTCACTTTAAATAGTTTNNNNNNNNNNTAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTTA
66 AGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAA--TTTTTTA
* * * * *
18708 TC-TTTTTTGTTAAAACAAATTATAATTGAATGTTTACCT-TG
129 ACATTTTTAGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTGCCTCAG
* * * * * * ** *
18749 AGAAACATGAAGCAAAAGCCATCCATTAG--AGCAAAAACTCC-TTTCATAGTTATTCAAGCCTT
1 -GAAACGTGAAGAAAAAGCCATTCATTTGCAAG--AAAAGTCCATTT-ATAGTCACCCATGCCTT
* * * **********
18811 CAAAAGCCTTATCACTAG-TTTCAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATNNNNNNNNNNATTTT
62 TAAAAGCCTTATTACTCGCTTT-AAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTT
* * * * * *
18875 TTTATATTTTTTA-TTAAAACAAATTAGAATTGAATGTCTACC-CTAG
126 TTAACA-TTTTTAGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTGCCTC-AG
* * * * ** * ** * **
18921 GAAACATGACGAGAGAGATATTCA-TGGCCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTAATGTCTTGGA
1 GAAACGTGAAGAAAAAGCCATTCATTTG-CAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTTAA
* ********** * *
18985 AAGCCTTATTACTCACTTTAAATNNNNNNNNNNTCTCATAATTGATTTTAGGTTGAATCTTTTAA
65 AAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTAA
* * * * *
19050 CATTTTTAGCTGAAACAGATTATCATTAAATGTTTGCCTTAG
130 CATTTTTAGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTGCCTCAG
* * * * *
19092 GAAACGTGAACAAAAAGACATTCATTTGCAAGAAAAGTCCAATTATAGTCATCCATACCTTTAAA
1 GAAACGTGAAGAAAAAGCCATTCATTTGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTTAAA
* **********
19157 AGCCTTATTACTCGCTGTAAATGGTTTTATAATAC-CATAATTGATTTTAAGTTNNNNNNNNNNA
66 AGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAAT-CTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTAA
* * * *
19221 TATTTTTGGTTAAAACAGATTATAGTTGAATGTTTGTCTCAG
130 CATTTTTAGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTGCCTCAG
* * * * **
19263 GAAACGTGAGGTAAAAGCCATTCA-TTGACATGAAAAGTCCATTTATAGGCACCCATGTTTTTAA
1 GAAACGTGAAGAAAAAGCCATTCATTTG-CAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTTAA
* * *
19327 AAGCCTTATTACTCGCTTTAAACGGTTTTATAATCAT-ATAATTGATTTTAAGTTGAAATTTTTG
65 AAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATC-TCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTA
* * * ** * * * * * *** *
19391 GCAGTTTTGGTTAAGTCAAACTGTAATCGATTACATGCCTTAG
129 ACATTTTTAGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTGCCTCAG
* ********** **
19434 GAAACATGAAGAAAAAGCCATTCANNNNNNNNNNAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCGAA
1 GAAACGTGAAGAAAAAGCCATTCATTTGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTTAAA
* * * * * *
19499 AGCCATATAACTCACTTTTAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAG-TGTATTTTTTTTA
66 AGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTG-AATTTTTTAA
* * * *
19563 CATTTTTGGTTAAAACAAATTATAATTGAATGTCTACCTCAG
130 CATTTTTAGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTGCCTCAG
* * * *
19605 GTAACATGAAGAAAAAGTCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCC-TT---
1 GAAACGTGAAGAAAAAGCCATTCATTTGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTTAAA
* * *
19666 ---C---TTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAGGTTGAATTTTTTAAT
66 AGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTAAC
* * * * *
19725 ATTTTTGGTTAAAACAAATTATAATTGAATGTATGTCAT-AA
131 ATTTTTAGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTG-CCTCAG
* * *** * *
19766 GAAATGTGATGAAAAAGCCATTCATTAATAAGAAAAGT-CATTTTATAGTCACTCATGCCTTGAA
1 GAAACGTGAAGAAAAAGCCATTCATTTGCAAGAAAAGTCCA-TTTATAGTCACCCATGCCTTTAA
* * ** *
19830 AAGCCTTATTACTTGCTTTAACTTATTTTATAATCTCATAATTGATTTTAGGTTGAATTTTTTAA
65 AAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTAA
* * * * * * * * **
19895 TATTTTTTGTTAAAATATATTATAATGGACTATCTATCTCAG
130 CATTTTTAGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTGCCTCAG
* * * * * * * * * * *
19937 GAAATGTGAAGCAAAAGACATCCA-TTGGAGAGAAAAGTTCATTGAAAGTCACTCATGCCTATGA
1 GAAACGTGAAGAAAAAGCCATTCATTTGCA-AGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTTAA
* * * * * ** *
20001 AAGCATTATTTA-TTGCTTTAAAGGGTTTGATAATCTCACAATTGATTAAAAGTTAAATTTTTT-
65 AAGCCTTA-TTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTA
* * *
20064 ACATTTTTAGTTAAAACAGATTATAATTGAATATCTGCAT-AGG
129 ACATTTTTAGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTGCCTCA-G
* * * * * * *
20107 GAAACGTGAAGAAAAAACTAATCA-TTACAAAGAAAAGTCCATTTATAGCCACCTATGCCTTCAA
1 GAAACGTGAAGAAAAAGCCATTCATTTGC-AAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTTAA
* * * ** *
20171 AAGTCTTATCACTCGCTTTAAATGGTTTCATAAAATCATAATTGATTTTTTAGTTGAATTGTTTT
65 AAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGA-TTTTAAGTTGAATT-TTTT
** * * *
20236 TGCATTTTTTA-TTAAAACAGATAATAATTTAATGTCTT-CCTTAG
128 AACA-TTTTTAGTTAAAACAGATTATAATTGAATGT-TTGCCTCAG
* * * * * * *
20280 GAGACATGAAAAAAAAGCCATTCA-TTG-AGAAAAAAGTCCATTTATATTCACCCATACCTTCAA
1 GAAACGTGAAGAAAAAGCCATTCATTTGCA-AGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTTAA
* * * * *
20343 AAACTTTATAACTCGCTTTAAATGGTTTTACAATCTCATAATTGATTTTAAG-TGTAATTTTTTT
65 AAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTG-AATTTTTTA
* * * * * *
20407 ATATCTTTGGTTAAAATATATTATAATTGAATGTTTGCCTCAA
129 ACATTTTTAGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTGCCTCAG
* * ** * **
20450 GTAACGTGAAGGAAATA-CCATTCATTTATAAGAAAAGTCTATTTATTTTCACCCATGCCTTTAA
1 GAAACGTGAA-GAAAAAGCCATTCATTTGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTTAA
* * * * * * *
20514 AAGCCTTAGTACACACTTTAAATGGCTTTATAATCTCATAATAGATTTTAGGTTAAATTTTTTAA
65 AAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTAA
** *
20579 CATTTTTTA-TTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTATCTCAA
130 CA-TTTTTAGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTGCCTCAG
* * ** * * ** *
20621 GAAACATGATGAAAAAGCCATTCATTAACAAGAAAAGTCTATTTACAGTCACCCATATCTTCAAA
1 GAAACGTGAAGAAAAAGCCATTCATTTGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTTAAA
* * * * *
20686 AGCCTTCTTACTCGCTTCAAATAGTTTTATAATCTCATAATTAATTTTACGTTGAATTGTTTTTA
66 AGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAA-T-TTTTTA
* * * * *
20751 CCTTTTTTAGTTAAAACAGATTATAATTAAATGTTTGACTCAA
129 ACATTTTTAGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTGCCTCAG
* * * * *
20794 GAAATGTGAAGAAAAAGGCATTCATTAGCAACAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGTCTTTAAA
1 GAAACGTGAAGAAAAAGCCATTCATTTGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTTAAA
* * * * **
20859 AGCCTTATTACTCGCTGTAAATAGTTTTATAATGTCATATTTGATTTTAAGTT-AATTTTTT-TT
66 AGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTAAC
* * ** *
20922 ATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTATCT-TG
131 ATTTTTAGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTGCCTCAG
* * * * * *
20962 GTAAACGTG-AGAAAAAAACTATTCATTGGCATGAAAAGTCCATTTATAGGCACCC-TTCCTTTT
1 G-AAACGTGAAG-AAAAAGCCATTCATTTGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCC-TTT
* ********** * *
21025 AAAAGCCTTATTACTCACTTTAANNNNNNNNNNAATCTCATAATTAATTTTAAG-TGTAAATTTT
63 AAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTG-AATTTTT
*** * * * *** * ** *
21089 TGGTAGTTTTGGTTAAGACAGACCGTAATTGATTGCCTACCTTCA-
127 TAACATTTTTAGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTGCC-TCAG
* * * ** * ** * **
21134 GAAACATAAAGAAAAAGTCATTTGTTAGGGAGAAAAGTTCATTTATAGTCACCCATGCCTTCGAA
1 GAAACGTGAAGAAAAAGCCATTCATTTGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTTAAA
* ** * * *
21199 AGCCTTATAACTCATTTTCAATGGCTTTATAATCTCATAATTGATTTTAA-CTGTAAGTTTTTT-
66 AGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTG-AA-TTTTTTA
* * * * *
21262 GCAGTTTTGGTTAAAACAAATTATAATTGAATGTTTGCCTTA-
129 ACATTTTTAGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTGCCTCAG
* * * *** * *
21304 GATAACATGAGGAAAATA-TCATTCATTAATAAGAAAAGTTCATTTATAGTCACTCATGCC-TT-
1 GA-AACGTGAAGAAAA-AGCCATTCATTTGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTTA
* * * * *
21366 --AG---TA-CA-T-GCTTTAAATGATTTTATAATCTCATAATTGATTTTAGGTTGAATTTTCTC
64 AAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTA
* * * * * * *
21423 ACATTTTTGGATAAAATAGATTATAATTAAATATTTTCCTCAA
129 ACATTTTTAGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTGCCTCAG
* * *
21466 GAAATGT-AATGAAAAAGCCATTC-TTTAACAAAAAAAAAGT-CATTTTATAGTCACCCATAG-C
1 GAAACGTGAA-GAAAAAGCCATTCATTT-GC--AAGAAAAGTCCA-TTTATAGTCACCCAT-GCC
* ** * *
21527 TTTAAAAGCCTTATTACTCGTTTTAAATTATTTTATAATCTTATAATTGATTTTAGGTTGAATTT
60 TTTAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTT
* * * * * * * * * *
21592 TATAACATTTTTTA-TCAAAATATATTATCATGGACTGTCTGTCTTAG
125 TTTAACA-TTTTTAGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTGCCTCAG
* * * * * * * ** *
21639 CAAACGTGAA-TAAAAGACATCCA-TTGGAGAGAAAAGTTCATTTAAAGTCACTTATGCCTTTGA
1 GAAACGTGAAGAAAAAGCCATTCATTTGCA-AGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTTAA
* * * * ** * * * *
21702 AAGCATTATTTATTAG-TTTAAATAGTTTGCTAATGTCGTAATTGATTATAAGTTGAATATTTTA
65 AAGCCTTA-TTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTA
* * * * * *
21766 GCATTTTTGGTTAATACAAATTATAATTGAATGTCTACC-CAG
129 ACATTTTTAGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTGCCTCAG
* * * * * *
21808 GGAACATGAAGAAAAAGCCAATCA-TTGTAAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCTATGCCTTCAA
1 GAAACGTGAAGAAAAAGCCATTCATTTG-CAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTTAA
* ********* * *
21872 AAG--TAATNNNNNNNNNNNTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTT
65 AAGCCTTAT--TACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTT
** * * * * * * **
21935 AGTATTTTTTA-TTAAAACAGACTATAATTCATTATCTACCTTGG
128 AACA-TTTTTAGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTGCCTCAG
* * * * * ** *
21979 GAAACATGAAGAAAAAGCTATTCATTAGGAAGAAAAGTTCATTTATAGTCATTCATGCCTTCAAA
1 GAAACGTGAAGAAAAAGCCATTCATTTGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTTAAA
* * * * * *
22044 AGCCTCATTACTCGGTTTACATGGCTTTATAATCTCATAATTAATTTTAAGTTGGATTTGTTT-A
66 AGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTT-TTTAA
* * * * * * **
22108 TATTTTTTGTTAAAATAGATTACAATTGAATGTCT-ACTTTG
130 CATTTTTAGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTGCCTCAG
* * * * * * *
22149 AGAAATGTAAAGAAAAAGCCCTTTA-TTGACAAGAGAAGTCCATTTATAGGT-ATCCATGCCTTC
1 -GAAACGTGAAGAAAAAGCCATTCATTTG-CAAGAAAAGTCCATTTATA-GTCACCCATGCCTTT
* ********** **
22212 AAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATNNNNNNNNNNTCTCATAATTGATTTCGAGTTGAATTGTTT
63 AAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATT-TTT
* * * * * * ** *
22277 T-ACATTTGTGGTTAAAATAGATTAAAATTGAGTGTCTATCTTAG
127 TAACATTTTTAGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTGCCTCAG
* *
22321 GAAACATGAAGAAAAAGCCATTCA-TTGGAGAGAAAAGTCC
1 GAAACGTGAAGAAAAAGCCATTCATTTGCA-AGAAAAGTCC
22361 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 2748, Mismatches: 741, Indels: 245
0.74 0.20 0.07
Matches are distributed among these distances:
160 11 0.00
161 210 0.08
162 12 0.00
163 24 0.01
164 6 0.00
167 5 0.00
168 9 0.00
169 141 0.05
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174 15 0.01
ACGTcount: A:0.35, C:0.13, G:0.13, T:0.37
Consensus pattern (171 bp):
GAAACGTGAAGAAAAAGCCATTCATTTGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTTAAA
AGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTAAC
ATTTTTAGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTGCCTCAG
Found at i:20971 original size:513 final size:507
Alignment explanation
Indices: 18574--28647 Score: 2755
Period size: 513 Copynumber: 19.8 Consensus size: 507
18564 GTACGCACTT
* * * * *
18574 TCAAGAAACATGATGAAAAAGTCATTCATTAATAAGAAAAGTCCACTTATAGTCACCCATGCCTT
1 TCAAGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATT-ACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCAT-ACTT
* * * ********** * *
18639 CGAAAGCCTTCTTACTCACTTTAAATAGTTTNNNNNNNNNNTAATTGATTTTAAGTTGAATTTTT
64 CAAAAGCCTTCTTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTAATTTT-AGTTGAATTGTT
* ** ** * *
18704 TTTATC-TTTTTT-GTTAAAACAAATTATAATTGAATGTTTACCTTGAGAAACATGAAGCAAAAG
128 TTTA-CATTTTTTAGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTGTCTCAAGAAACGTGAAGAAAAAG
* * * ** * * * *
18767 CCATCCATTAG--AGCAAAAACTCC-TTTCATAGTTATTCAAGCCTTCAAAAGCCTTATCACTAG
192 CCATTCATTAGCAAG--AAAAGTCCATTT-ATAGTCACCCATGCCTTTAAAAGCCTTATTACTCG
* ********** **
18829 -TTTCAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATNNNNNNNNNNATTTTTTTATATTTTTTATTAAA
254 CTTT-AAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTT-TATTTTTGGTTAAA
* * * * * * ** * *
18893 ACAAATTAGAATTGAATGTCTA-CCCTAGGAAACATG-ACGAGAGAGATATTCATGGCCAAGAAA
317 ACATATTATAATTGAATGTCTATCTC-AGGAAACGTGAAGGA-AAAGCCATTCATTG-AAAGAAA
* ** * * **********
18956 AGTCCATTTATAGTCACTAATGTCTTGGAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATNNNNNNNNNNTCT
379 AGTCTATTTATAGTCACCCATGCCTTTGAAAGCCTTA-TACTCACTTTAAATGGCTTTATAATCT
* * * * * * *
19021 CATAATTGATTTTAGGTTGAATCTTTTAACA-TTTTTAGCTGAAACAGATTATCATTAAATGTT-
443 CATAATTGATTTTAAGTTAAAT-TTTTTACATTTTTTA-TTAAAACAGATTATAATTGAATGTTA
19084 TGCC
506 T--C
* * * * * * * *
19088 TTAGGAAACGTGAACAAAAAGACATTCATTTGCAAGAAAAGTCCAATTATAGTCATCCATACCTT
1 TCAAGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCA-TTACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATA-CTT
* * * * ******
19153 TAAAAGCCTTATTACTCGCTGTAAATGGTTTTATAATAC-CATAATTGATTTTAAGTT-NNNNNN
64 CAAAAGCCTTCTTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAAT-CTCATAATTAATTTT-AGTTGAATTGT
**** * * * * * *
19216 NNNNATA-TTTTTGGTTAAAACAGATTATAGTTGAATGTTTGTCTCAGGAAACGTGAGGTAAAAG
127 TTTTACATTTTTTAGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTGTCTCAAGAAACGTGAAGAAAAAG
* * **
19280 CCATTCATT-GACATGAAAAGTCCATTTATAGGCACCCATGTTTTTAAAAGCCTTATTACTCGCT
192 CCATTCATTAG-CAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTTAAAAGCCTTATTACTCGCT
** *** * **
19344 TTAAACGGTTTTATAATCAT-ATAATTGATTTTAAGTTGAAATTTTTGGCAGTTTTGGTTAAGTC
256 TTAAATAGTTTTATAATC-TCATAATTGATTTTAAGTTG-AATTTTTTTTATTTTTGGTTAAAAC
* * * * * * * *********
19408 AAACTGTAATCG-AT-TAC-ATGCCTTAGGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCANNNNNNNNNNAA
319 ATATTATAATTGAATGT-CTAT--CTCAGGAAACGTGAAGGAAAAGCCATTCA-TTGAAAGAAAA
* * * * *
19470 GTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCGAAAGCCATATAACTCACTTTTAATGGTTTTATAATCTC
380 GTCTATTTATAGTCACCCATGCCTTTGAAAGCCTTAT-ACTCACTTTAAATGGCTTTATAATCTC
** ** * *
19535 ATAATTGATTTTAAGTGTATTTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAAATTATAATTGAATGTCTAC
444 ATAATTGATTTTAAGT-TAAATTTTTTACATTTTTTATTAAAACAGATTATAATTGAATGT-TAT
19600 C
507 C
* * * *
19601 TCAGGTAACATGAAGAAAAAGTCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCC--A--T-
1 TCAAGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATT-ACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATACTTC
* *
19661 ----GCCTTCTTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAGGTTGAA-T-TTT
65 AAAAGCCTTCTTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTAATTTTA-GTTGAATTGTTT
* * * * *
19720 TTA-ATATTTTTGGTTAAAACAAATTATAATTGAATGTATGTCAT-AAGAAATGTGATGAAAAAG
129 TTACAT-TTTTTAGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTGTC-TCAAGAAACGTGAAGAAAAAG
** * * *
19783 CCATTCATTAATAAGAAAAGT-CATTTTATAGTCACTCATGCCTTGAAAAGCCTTATTACTTGCT
192 CCATTCATTAGCAAGAAAAGTCCA-TTTATAGTCACCCATGCCTTTAAAAGCCTTATTACTCGCT
* * * * *
19847 TTAACTTA-TTTTATAATCTCATAATTGATTTTAGGTTGAATTTTTTAATATTTTTTGTTAAAAT
256 TTAA-ATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTT-TTATTTTTGGTTAAAAC
* * * * * * * *
19911 ATATTATAATGGACTATCTATCTCAGGAAATGTGAAGCAAAAGACATCCATTGGAGAGAAAAGT-
319 ATATTATAATTGAATGTCTATCTCAGGAAACGTGAAGGAAAAGCCATTCATT-GAAAGAAAAGTC
* * * * * ** *
19975 TCATTGAAAGTCACTCATGCCTATGAAAGCATTATTTA-TTGCTTTAAA-GGGTTTGATAATCTC
383 T-ATTTATAGTCACCCATGCCTTTGAAAGCCTTA--TACTCACTTTAAATGGCTTT-ATAATCTC
* **
20038 ACAATTGATTAAAAGTTAAATTTTTTACA-TTTTTAGTTAAAACAGATTATAATTGAA---TATC
444 ATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTACATTTTTTA-TTAAAACAGATTATAATTGAATGTTATC
* * * * * *
20099 TGCATAGGGAAACGTGAAGAAAAAACTAATCATTACAAAGAAAAGTCCATTTATAGCCACCTATG
1 T-CA-A--GAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTAC-AAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCAT-
* * * * * ** *
20164 CCTTCAAAAGTCTTATCACTCGCTTTAAATGGTTTCATAAAATCATAATTGATTTTTTAGTTGAA
60 ACTTCAAAAGCCTTCTTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATT-A-ATTTTAGTTGAA
* * * * * * * * *
20229 TTGTTTTTGCATTTTTTA-TTAAAACAGATAATAATTTAATGTCTT-CCTTAGGAGACATGAAAA
123 TTGTTTTTACATTTTTTAGTTAAAACAGATTATAATTGAATGT-TTGTCTCAAGAAACGTGAAGA
* * * * * *
20292 AAAAGCCATTCATTGAG-AA-AAAAGTCCATTTATATTCACCCATACCTTCAAAAACTTTATAAC
187 AAAAGCCATTCATT-AGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTTAAAAGCCTTATTAC
* * *
20355 TCGCTTTAAATGGTTTTACAATCTCATAATTGATTTTAAG-TGTAATTTTTTTATATCTTTGGTT
251 TCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTG-AATTTTTTT-TATTTTTGGTT
* * ** * * *
20419 AAAATATATTATAATTGAATGTTTGCCTCAAGTAACGTGAAGGAAATA-CCATTCATTTATAAGA
314 AAAACATATTATAATTGAATGTCTATCTCAGGAAACGTGAAGGAAA-AGCCATTCATTGA-AAGA
** * *
20483 AAAGTCTATTTATTTTCACCCATGCCTTTAAAAGCCTTAGTACACACTTTAAATGGCTTTATAAT
377 AAAGTCTATTTATAGTCACCCATGCCTTTGAAAGCCTTA-TACTCACTTTAAATGGCTTTATAAT
* *
20548 CTCATAATAGATTTTAGGTTAAATTTTTTAACATTTTTTATTAAAACAGATTATAATTGAATGTT
441 CTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTT-ACATTTTTTATTAAAACAGATTATAATTGAATG-T
20613 TATC
504 TATC
* * *
20617 TCAAGAAACATGATGAAAAAGCCATTCATTAACAAGAAAAGTCTATTTACAGTCACCCATATCTT
1 TCAAGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATT-ACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATA-CTT
* *
20682 CAAAAGCCTTCTTACTCGCTTCAAATAGTTTTATAATCTCATAATTAATTTTACGTTGAATTGTT
64 CAAAAGCCTTCTTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTAATTTTA-GTTGAATTGTT
* * * * *
20747 TTTACCTTTTTTAGTTAAAACAGATTATAATTAAATGTTTGACTCAAGAAATGTGAAGAAAAAGG
128 TTTACATTTTTTAGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTGTCTCAAGAAACGTGAAGAAAAAGC
* * *
20812 CATTCATTAGCAACAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGTCTTTAAAAGCCTTATTACTCGCTGT
193 CATTCATTAGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTTAAAAGCCTTATTACTCGCTTT
* * *
20877 AAATAGTTTTATAATGTCATATTTGATTTTAAGTT-AATTTTTTTTATTTTTGGTTAAAACAGAT
258 AAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTTATTTTTGGTTAAAACATAT
* * * * * * *
20941 TATAATTGAATGTCTATCT-TGGTAAACGTG-AGAAAAAAACTATTCATTGGCATGAAAAGTCCA
323 TATAATTGAATGTCTATCTCAGG-AAACGTGAAG-GAAAAGCCATTCATT-GAAAGAAAAGTCTA
* * * **********
21004 TTTATAGGCACCC-TTCCTTTTAAAAGCCTTATTACTCACTTTAANNNNNNNNNNAATCTCATAA
385 TTTATAGTCACCCATGCC-TTTGAAAGCCTTA-TACTCACTTTAAATGGCTTTATAATCTCATAA
* *** * ** * *** * * *
21068 TTAATTTTAAGTGTAAATTTTTGGTAGTTTTGGTTAAGACAGACCGTAATTGATTGCCTACC
448 TTGATTTTAAGT-TAAATTTTTTACATTTTTTATTAAAACAGATTATAATTGAATG-TTATC
* * ** ** * *
21130 TTC-AGAAACATAAAGAAAAAGTCATTTGTTAGGGAGAAAAGTTCATTTATAGTCACCCATGCCT
1 -TCAAGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTA-CAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCAT-ACT
* * * ** * * * ** *
21194 TCGAAAGCCTTATAACTCATTTTCAATGGCTTTATAATCTCATAATTGATTTTAACTGTAAGT-T
63 TCAAAAGCCTTCTTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTAATTTTAGTTG-AATTGT
* * * * * * * *
21258 TTTTGCA-GTTTTGGTTAAAACAAATTATAATTGAATGTTTGCCT-TAGATAACATGAGGAAAAT
127 TTTTACATTTTTTAGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTGTCTCAAGA-AACGTGAAGAAAA-
* ** * * *
21321 A-TCATTCATTAATAAGAAAAGTTCATTTATAGTCACTCATGCC-TT---AG---TA-CA-T-GC
190 AGCCATTCATTAGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTTAAAAGCCTTATTACTCGC
* *** *
21375 TTTAAAT-GATTTTATAATCTCATAATTGATTTTAGGTTGAATTTTCTCACATTTTTGGATAAAA
255 TTTAAATAG-TTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTT-TTTTATTTTTGGTTAAAA
* * * * * * * * * * *
21439 TAGATTATAATTAAATAT-TTTCCTCAAGAAATGT-AATGAAAAAGCCATTCTTTAACAAAAAAA
318 CATATTATAATTGAATGTCTAT-CTCAGGAAACGTGAA-GGAAAAGCCATTCATT---GAAAGAA
* ** ***
21502 AAGTC-ATTTTATAGTCACCCATAG-CTTTAAAAGCCTTATTACTCGTTTTAAATTATTTTATAA
378 AAGTCTA-TTTATAGTCACCCAT-GCCTTTGAAAGCCTTA-TACTCACTTTAAATGGCTTTATAA
* * * * * * * * * *
21565 TCTTATAATTGATTTTAGGTTGAATTTTATAACATTTTTTATCAAAATATATTATCATGGACTGT
440 TCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTT-TTACATTTTTTATTAAAACAGATTATAATTGAATGT
*
21630 CTGTC
504 -TATC
* * * * * ** * * ** *
21635 T-TAGCAAACGTGAA-TAAAAGACATCCATTGGAGAGAAAAGTTCATTTAAAGTCACTTATGCCT
1 TCAAG-AAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTACA-AGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCAT-ACT
** * * * * * ** * * * *
21698 TTGAAAGCATTATTTATTAG-TTTAAATAGTTTGCTAATGTCGTAATTGATTATAAGTTGAA-T-
63 TCAAAAGCCTT-CTTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTAATT-TTAGTTGAATTG
* * * * * * * * * *
21760 ATTTTAGCA-TTTTTGGTTAATACAAATTATAATTGAATGTCT-ACCCAGGGAACATGAAGAAAA
126 TTTTTA-CATTTTTTAGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTGTCTCAAGAAACGTGAAGAAAA
* * * * * ****
21823 AGCCAATCATT-GTAAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCTATGCCTTCAAAAG--TAATNNNNNN
190 AGCCATTCATTAG-CAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTTAAAAGCCTTAT--TACT
***** * * **
21885 NNNNNTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTAGTATTTTTTATTAA
252 CGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTT-TTATTTTTGGTTAA
* * * * * * ** * * * *
21950 AACAGACTATAATTCATTATCTACCTTGGGAAACATGAAGAAAAAGCTATTCATTAGGAAGAAAA
316 AACATATTATAATTGAATGTCTATCTCAGGAAACGTGAAGGAAAAGCCATTCATT-GAAAGAAAA
** ** * ** *
22015 GT-TCATTTATAGTCATTCATGCCTTCAAAAGCCTCATTACTCGGTTTACATGGCTTTATAATCT
380 GTCT-ATTTATAGTCACCCATGCCTTTGAAAGCCTTA-TACTCACTTTAAATGGCTTTATAATCT
* ** * * * *
22079 CATAATTAATTTTAAGTTGGATTTGTTTATATTTTTTGTTAAAATAGATTACAATTGAATGTCTA
443 CATAATTGATTTTAAGTTAAATTT-TTTACATTTTTTATTAAAACAGATTATAATTGAATGT-TA
22144 -C
506 TC
** ** * * * * * *
22145 TTTGAGAAATGTAAAGAAAAAGCCCTTTATTGACAAGAGAAGTCCATTTATAGGT-ATCCATGCC
1 -TCAAGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATT-ACAAGAAAAGTCCATTTATA-GTCACCCAT-AC
* * ********** * *
22209 TTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATNNNNNNNNNNTCTCATAATTGATTTCGAGTTGAATTG
62 TTCAAAAGCCTTCTTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTAATTT-TAGTTGAATTG
* * * * * * * * * *
22274 -TTTTACA-TTTGTGGTTAAAATAGATTAAAATTGAGTGTCTATCTTAGGAAACATGAAGAAAAA
126 TTTTTACATTTTTTAGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTGTCTCAAGAAACGTGAAGAAAAA
* * ****************
22337 GCCATTCATT-G---G-AGAG---A---A-A---A---GT-CC------NNNNNNNNNNNNNNNN
191 GCCATTCATTAGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTTAAAAGCCTTATTACTCGCT
********** * * *
22377 NNNNNNNNNNTTATAATCTCATAATTAATTTTAAGTTGAATTTTTTTTTACATTTTTTGTTCAAA
256 TTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAA-TTTTTTTT--ATTTTTGGTTAAAA
* * * * * ** ** * * ** * **
22442 CAGATCACATTTAAATGTCTGGCTCAAAAAACATGAA-GAAAGTGATATTCTTTGGCAGAAAAGT
318 CATATTATAATTGAATGTCTATCTCAGGAAACGTGAAGGAAA-AGCCATTCATTGAAAGAAAAGT
* ** * ** * * * * *
22506 CCATTTATAGTCACTTATTCCTTCAAAAGCGTTACTACTCGCTTTAAATGGTTTTAAAATCTTAT
382 CTATTTATAGTCACCCATGCCTTTGAAAGCCTTA-TACTCACTTTAAATGGCTTTATAATCTCAT
* * * * *
22571 AATTGAATTTAGGTT-GATTTTTTAACAGTTTTTATTAAAACAGATTATAATTGAATGTCT-GC
446 AATTGATTTTAAGTTAAATTTTTT-ACATTTTTTATTAAAACAGATTATAATTGAATGT-TATC
* * * * * * * *
22633 TTCAATAAACATGATGGAAAAGCAATTGATTAATAAG-AAAGTCCGTTTATAGTCACCCATGCCT
1 -TCAAGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATT-ACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCAT-ACT
* * * * * * * * *
22697 TTAACAGGCTTATTACTCGCTTTGAATGATTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAGTTGGATT-T
63 TCAAAAGCCTTCTTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTAATTTT-AGTTGAATTGT
* * * * * ** * * * *
22761 TTTTATA-TTCTTA-TTAAAACAAAGTATAATTCAATGTTTACCTTAGGAAACATGAAG-GAAAG
127 TTTTACATTTTTTAGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTGTCTCAAGAAACGTGAAGAAAAAG
* * * * * ********
22823 CCATTCATTGGTAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACTCATGCCTTCAAAAGCCTTATTNNNNNNNN
192 CCATTCATTAGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTTAAAAGCCTTATTACTCGCTT
** * * * * *
22888 NNAATAGTTTTCTAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGATTTTTTTTATATTTTTTGTTAAAATAG
257 TAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTT-TATTTTTGGTTAAAACAT
* * ** ** * ** *
22953 ATTATAATTGATTGTCT-GCTTTGGGAAATATGAAGAAAAAGAAATTCATTGGAAAGAAAAGTAT
321 ATTATAATTGAATGTCTATC-TCAGGAAACGTGAAGGAAAAGCCATTCATT-GAAAGAAAAGTCT
* * * ** * * * *
23017 ACTTATAGTCACCTACGCCTTCAAAAGGCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTCTAATCTCATAA
384 ATTTATAGTCACCCATGCCTTTGAAAGCCTTA-TACTCACTTTAAATGGCTTTATAATCTCATAA
********** * * * **
23082 NNNNNNNNNNGTTGAATTTTTTTACATTTTTTGTTAAAACAAATTATAATTGAATGTGTGCC
448 TTGATTTTAAGTT-AAATTTTTTACATTTTTTATTAAAACAGATTATAATTGAATGT-TATC
* * * * ** * * * * * *
23144 TTAGGAAATATAAAGAAAAAGATATACATTGGCAAGAAAAGCCCATTTATAGGCACTCA-AGCCA
1 TCAAGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATT-ACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATA--CT
* * * * *
23208 TCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTGAATGGTTTAACAATCTCATAATTGATTTTTTAGTTGAATT-
63 TCAAAAGCCTTCTTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATT-A-ATTTTAGTTGAATTG
* * * * *** * *
23272 TTTTTACAATTTTT-GTTAAAACAGATAATAATTAAATGTCTT-CCTTGGGAGACATGAAGAAAA
126 TTTTTACATTTTTTAGTTAAAACAGATTATAATTGAATGT-TTGTCTCAAGAAACGTGAAGAAAA
* * * * * *
23335 AGCCATTCATTTGAAAAAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATGCCTTCAAAAGCCTTATAACTCGC
190 AGCCATTCATTAGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTTAAAAGCCTTATTACTCGC
*************************************************
23400 -TT---TA-----A-ANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
255 TTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTTATTTTTGGTTAAAACA
*****************************************************************
23455 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
320 TATTATAATTGAATGTCTATCTCAGGAAACGTGAAGGAAAAGCCATTCATTGAAAGAAAAGTCTA
***************************************************
23520 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNATAATCTCATAATT
385 TTTATAGTCACCCATGCCTTTGAAAGCCTTATACTCACTTTAAATGGCTTTATAATCTCATAATT
* ** * * * * * *
23585 GATTTTAAGTTGAATTTGTTTTACATTTTTGGTTCAAATAGATTACATTTAAATGTTCAGC
450 GATTTTAAGTT-AAATT-TTTTACATTTTTTATTAAAACAGATTATAATTGAATGTT-ATC
** ** * ** * ** *
23646 TTGAGAAATGTGAAGAAAGAGATATTTATTGAC-AGAAAAGTCCATTTATAGTCACTTATGCCTT
1 TCAAGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATT-ACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCAT-ACTT
* * * * * * *
23710 TAAAAGCCTTATTA-TAGGTTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAAAT-T
64 CAAAAGCCTTCTTACT-CGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTAATTTT-AGTTGAATTGT
* * * * * * **** * * *
23773 TTTGATACTTTTT-GTTAAAACAGACTGTAATTGATTGTCCACCTTAAAAAACATGAAGAAAAAG
127 TTTTACATTTTTTAGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTGTCTCAAGAAACGTGAAGAAAAAG
* * * * * *
23837 CCATTCATTGGGAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACCCTTGCCTTTAAAAGCTTTATAACTCGCTT
192 CCATTCATTAGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTTAAAAGCCTTATTACTCGCTT
* * * ********** * **
23902 TGAATGGTTTTATAATCTCATAATTAATNNNNNNNNNNATTTTTTTATATTTTTGATTAAAACGG
257 TAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTT-TATTTTTGGTTAAAACAT
* * * ** * * * * *
23967 ATTCTAATGGAATATCTGCCTCAGGTAACCTGAA-GAAAATGCCATTTATTAGTAAGAAAACTCT
321 ATTATAATTGAATGTCTATCTCAGGAAACGTGAAGGAAAA-GCCATTCATT-GAAAGAAAAGTCT
* * ** ** *
24031 ATTTATAGTCATCCATACCTTCAAAAGCCTTAGTGTA-T-GTTTTAAATGGTTTTATAATCTCAT
384 ATTTATAGTCACCCATGCCTTTGAAAGCCTTA---TACTCACTTTAAATGGCTTTATAATCTCAT
* * * * *
24094 AACTGATTGTAGGTTAAATTTTTCAACA-TTTTTAGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACC
446 AATTGATTTTAAGTTAAATTTTT-TACATTTTTTA-TTAAAACAGATTATAATTGAATGT-TATC
* * * * * * * ** *
24158 TTAAGAAACTTGATGAAAAAGTCATTCATTAACAAGTAAAGTCTATCTATAGTCATTCATGCATT
1 TCAAGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATT-ACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATAC-TT
* * * * * * * *
24223 CGAAAGCCTTATTACTCGATTTACATGGTTTTATAATCTTATAATTGATTATAAGTTGGATT-TT
64 CAAAAGCCTTCTTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTAATT-TTAGTTGAATTGTT
* * * * * * *
24287 TTTACATTTTTT-GTTAAAATAGAATATAATTAAAT-TTTCTCCTCGAGAAACATGAAGAAAAAA
128 TTTACATTTTTTAGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTGT-CTCAAGAAACGTGAAGAAAAAG
* * * * * * ** **
24350 CCATTCATTGGCAAGAAAAGTTCATTGATAGGCATCCATACCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCNN
192 CCATTCATTAGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTTAAAAGCCTTATTACTCGCTT
******** * * * * *
24415 NNNNNNNNTTTATAATCTCATAATTGATTTCAAGTTGAATTTTTTTGTATTTTTAGTTGAAATAG
257 TAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTT-TATTTTTGGTTAAAACAT
* * * * * * * *
24480 GTTACAATTGATTCTCTACCTCAAGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGACAAGAAAAGTCTA
321 ATTATAATTGAATGTCTATCTCAGGAAACGTGAAGGAAAAGCCATTCATTGA-AAGAAAAGTCTA
* * * *
24545 TTTATAGTCATCCATGCCTTTGAAAGCCTTATTACT-AGTTTTAAATGGTTTTATAATCTTATAA
385 TTTATAGTCACCCATGCCTTTGAAAGCCTTA-TACTCA-CTTTAAATGGCTTTATAATCTCATAA
* * * * * * * *
24609 GTGATTTTAAGTTAAATGTTTTTATA-TTTTTAGTTCAAATAGATTACATTTAAATGTCTAGC
448 TTGATTTTAAGTTAAAT-TTTTTACATTTTTTA-TTAAAACAGATTATAATTGAATGT-TATC
* * ** ** * * ** *
24671 ACAA-AAACATTAAGAAAGTGATATTCATTGGCAA-AAAAGTCCATTTATAGTTACTTATGCCTT
1 TCAAGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATT-ACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCAT-ACTT
* * * * * *
24734 TAAAAGCCTTATTACAT-GCTTTAAATTGTTTTACAATCTAATAATTGATTTTAGGTTGAA-T-T
64 CAAAAGCCTTCTTAC-TCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTAATTTTA-GTTGAATTGT
********* * * *
24796 TTTTA-ANNNNNNNNNNTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTGTCTCAATAAATGT-AATG-AAA
127 TTTTACA-TTTTTTAGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTGTCTCAAGAAACGTGAA-GAAAA
* * * * ** * *
24858 AGCTATTCATTAACAAGAAAAGTCCGTTTATAATCACCCATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTTGN
190 AGCCATTCATTAGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTTAAAAGCCTTATTACTCGC
********* **
24923 NNNNNNNNNTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTTG-ATTTTTTTCT-TTTTTTATTAAAA
255 TTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAG-TTGAATTTTTTT-TATTTTTGGTTAAAA
** * * * * * * *
24986 CATATTATAATTGAATGTCTGCCTC-GAGAAACATGATGAAAAAACTATTCATTAGCAAGAAAAA
318 CATATTATAATTGAATGTCTATCTCAG-GAAACGTGAAGGAAAAGCCATTCATT-GAAAGAAAAG
* * * * * ** * * *
25050 TCCATTTATATTCACTCATGCCTTTAAAAGACTTATTACTTGCTTTAAATAGTTTTCTAATCTCA
381 TCTATTTATAGTCACCCATGCCTTTGAAAGCCTTA-TACTCACTTTAAATGGCTTTATAATCTCA
* * * * * * **
25115 TAATTGAATTTAAGTTGAACTTTTTTACAATTTTTTGTTAAAACAGGTTATTACTGAATGTCTGC
445 TAATTGATTTTAAGTT-AAATTTTTTAC-ATTTTTTATTAAAACAGATTATAATTGAATGT-TAT
25180 C
507 C
* * ** * *
25181 TCAGGAAATTATGAAGAAAAAGATATTCATTGGCAAGATAAA-TCCATTTATAGTCACCCATGCC
1 TCAAGAAA-CATGAAGAAAAAGCCATTCATT-ACAAGA-AAAGTCCATTTATAGTCACCCAT-AC
* * * * * ** * **
25245 TTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTGAATAGTTTTCTAATTTTGTAATTGATTTTAAGTTGAA-AA
62 TTCAAAAGCCTTCTTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTAATTTT-AGTTGAATTG
* * * * * * * *
25309 TTTTTAAATTTTTT-GTTAAAACATATTATAATTAAATGTCTGACT-TAGAAAACATGAAGGAAA
126 TTTTTACATTTTTTAGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTGTCTCAAG-AAACGTGAAGAAAA
** * * * * * * *
25372 AGATATTCATTGGCAAGAAAAGCCCATTTATAGTCTCTCATGCATTCAAAAGCCTTATTACTCAC
190 AGCCATTCATTAGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTTAAAAGCCTTATTACTCGC
* * * ** *
25437 TTTAAATGGTTTAATAATCTCATAATTAATTTTTTAA-TTGAATGTTTTTACATTTTTTGTTAAA
255 TTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGA--TTTTAAGTTGAAT-TTTTTTTATTTTTGGTTAAA
* * ** * ** *
25501 ACAGATAATAATTGAATGTCT-TCCTTGGGAAACATGAAGGAAAAGTGATCCATTGACAAGAAAA
317 ACATATTATAATTGAATGTCTAT-CTCAGGAAACGTGAAGGAAAAGCCATTCATTGA-AAGAAAA
* * * * * *
25565 CTAC-ATTTATAGACACCCATGCCTTTAAAAGCATTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCT
380 GT-CTATTTATAGTCACCCATGCCTTTGAAAGCCTTA-TACTCACTTTAAATGGCTTTATAATCT
* ********* * * ** * * *
25629 CATATTTGANNNNNNNNNNAATTTTTTTATATTTTTGGTTAAAATAGTTTATAGTTGAATGTCTA
443 CATAATTGA-TTTTAAGTTAAATTTTTTACATTTTTTATTAAAACAGATTATAATTGAATGT-TA
*
25694 CC
506 TC
* * * * *
25696 TAAAG-AACGTGAAGAAAAAGCCATTCATTGACAAGAAAGGTCCATTTATAGTCACCTATGCCTT
1 TCAAGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATT-ACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCAT-ACTT
* * ********** * *
25760 CAAAAGCCTTAC-TACTCACTTTAAATAGTTTNNNNNNNNNNTAATTGATTTAAAGTTGAATT-T
64 CAAAAGCCTT-CTTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTAATTT-TAGTTGAATTGT
* * * * ***
25823 TTTTACATTTATT-GTTAAAATTA-ATTATAATTCAATGTTTGCCTTGGGAAACGTGAAGAAAAA
127 TTTTACATTTTTTAGTTAAAA-CAGATTATAATTGAATGTTTGTCTCAAGAAACGTGAAGAAAAA
** * * * ** * *
25886 -AAATTCATTTGTAAAAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCGAAAGTCTTATTACTTGCT
191 GCCATTCATTAGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTTAAAAGCCTTATTACTCGCT
* * ********** * * * * * *
25950 TTATATGGTTTTATAATCTCANNNNNNNNNNTAAGTTAAATTTTTTTACATTTTTAGCTCAAATA
256 TTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTT-TATTTTTGGTTAAAACA
* * * * * * * * *
26015 GATTATATTTAAATGTTTGA-CT-TGAAAAACGTGAA-GAAAGAGCTATTCACTGGCAA-AAAAG
320 TATTATAATTGAATGTCT-ATCTCAG-GAAACGTGAAGGAAA-AGCCATTCA-TTGAAAGAAAAG
* * * * * * * *
26076 TCCATTTACAGTCACCTATGCC-TTCAGAAGCTTTTTTTTCTCACTTTAAATGGGTTTATAATCT
381 TCTATTTATAGTCACCCATGCCTTTGA-AAGC--CTTATACTCACTTTAAATGGCTTTATAATCT
* * *
26140 CAT-ATATGATTTTAAGTTAAAATTTATTTATCA-TCTTTATTAAAATATATTATAATTGAATGT
443 CATAAT-TGATTTTAAGTT-AAATTT-TTTA-CATTTTTTATTAAAACAGATTATAATTGAATGT
26203 T-TAC
504 TAT-C
* * * * * *
26207 ATCGAGAAACGTG-TGACAAAAGCTATCCATTGACACA-AAAAGT-CATTT-TAGGGTCACTCAG
1 -TCAAGAAACATGAAGA-AAAAGCCATTCATT-ACA-AGAAAAGTCCATTTATA--GTCACCCA-
* * * * *** * *
26268 GT-CTTCGAAAGCCTTATTACTCGTTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAACCGATTTGAAGTTAA
59 -TACTTCAAAAGCCTTCTTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTAATTT-TAGTTGA
* * * * *
26332 ATT-TTTTTATATTTTTTA-CTAAAACAGATTATAATTAAATATCTGTCTCAAGAAACGTGAAGA
122 ATTGTTTTTACATTTTTTAGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTGTCTCAAGAAACGTGAAGA
*** * * * **
26395 AAAATATATGCATTAGTAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCGAAAA-TTTTATTAC
187 AAAAGCCATTCATTAGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTT-TAAAAGCCTTATTAC
** * ***
26459 TCGCTTTAAAGGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAGGTTGAAATTTTTAACATTTTTGGTTA
251 TCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTG-AATTTTTTTTATTTTTGGTTA
* * * ** * * *
26524 AAACAGATTATAATTAAATGTTTGCCTTAGGAAACATGAA-GAAAATGTCATTCATTGACAAGAA
315 AAACATATTATAATTGAATGTCTATCTCAGGAAACGTGAAGGAAAA-GCCATTCATTGA-AAGAA
* * * * *
26588 AAGTCTATTTATAGCCACCCAAGCGTTTGAAAGCCTTATTACTCATTTTAAATGGTTTTATAATC
378 AAGTCTATTTATAGTCACCCATGCCTTTGAAAGCCTTA-TACTCACTTTAAATGGCTTTATAATC
* * ** ** *
26653 TCATAACTAATTTTAAGTTAAATTTTTTTTGTATTTTTGGTTAAAACAGATTGTAATTGAATGTC
442 TCATAATTGATTTTAAGTTAAA--TTTTTTACATTTTTTATTAAAACAGATTATAATTGAATGT-
*
26718 TACC
504 TATC
** * * * **
26722 T-AAGGAAACATGAAGAAAAAGTTATTCATTGGCAAGAAAGGTCCATTTGTAGTCACCCACGCAT
1 TCAA-GAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATT-ACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATAC-T
* * ** * * **
26786 TCGAAAG-CTTATTACTTACTTTAAATAGTTTTATAATATCATAATCGATTTTAGGTTGAATT-T
63 TCAAAAGCCTTCTTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTAATTTTA-GTTGAATTGT
* * * * * * * * * * * * * **
26849 TTTCACA-CTTTTGGTTGAAATAGATTTTATTTAAATTTTTGTTTTAGGAAAAGTGAAGCCAAAG
127 TTTTACATTTTTTAGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTGTCTCAAGAAACGTGAAGAAAAAG
* * ** * * * ** * *
26913 CCATCCACTAGCAAGAAAAGTGTATTTACAGTCACTCAAGCCTTCGAAACCCTTATTA-TATGCT
192 CCATTCATTAGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTTAAAAGCCTTATTACT-CGC-
* ** ** *
26977 TTTAAA-AGGTTTTATAACCTTGTAATTGATTTTAAGTTGAATTTTATAATATTTTGGGTTAAAA
255 TTTAAATA-GTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTT-TTTTATTTTTGGTTAAAA
* * * * * * *
27041 CAGATTATATTTGAATGTCTA-CCCTTGGAAACATGAAGTAAAAGCCATTCATTGCTAAGAAAAG
318 CATATTATAATTGAATGTCTATCTC-AGGAAACGTGAAGGAAAAGCCATTCATTG-AAAGAAAAG
* ** * * * * *
27105 TCCATTTATAGTCACCC-TTACTTTCAAAAGCCTTACTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATATC
381 TCTATTTATAGTCACCCATGCCTTT-GAAAGCCTTA-TACTCACTTTAAATGGCTTTATAATCTC
* * * * * * * * * *
27169 ATAATTGATTTCATGTTGAATATTTTTACATTTATTATTAAAATATATAATAATGGACTATCTAT
444 ATAATTGATTTTAAGTTAAAT-TTTTTACATTTTTTATTAAAACAGATTATAATTGAATGT-TAT
27234 C
507 C
* * * * ** * ** * * *
27235 TCAGGAAACGTGAAGCAATAGATATCCATTGGAGAGAAAAGTTCATTTAAAGTCACTCATACCTT
1 TCAAGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTACA-AGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATA-CTT
* * * * * * * *
27300 CGAAAA-CATTATTACTTGTTTTAAATGATTTGATAATCTCACAATTGATTTTAAGTTGAATT-T
64 C-AAAAGCCTTCTTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTAATTTT-AGTTGAATTGT
* * * * * * * *
27363 TTTTA-ATATTTTT-GACTAAAACATATTATAATTAAATATCTG-CCCAAGGAAACATGAAGTAA
127 TTTTACAT-TTTTTAG-TTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTGTCTCAA-GAAACGTGAAGAAA
* * * * *
27425 AAGCCATTTATT-GCCAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACCCTTACCTTCAAAAGCCTTATTACTC
189 AAGCCATTCATTAG-CAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTTAAAAGCCTTATTACTC
* * * * * *
27489 CCTTTAAATGGTTTTATAATCTTATAATTAATTTTAAGTTAAATTTTTTGATATTTTTGGTTAAA
253 GCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTT-TTATTTTTGGTTAAA
* * * ** ** * * * *
27554 ACATACTATAATTGACT-TCTTACCTTGGGAAATATGAA-GAAAATACAATTCATTAGGAAGGAA
317 ACATATTATAATTGAATGTC-TATCTCAGGAAACGTGAAGGAAAA-GCCATTCATT-GAAAGAAA
* * ** * * *
27617 AGTCCATTTATAGCCACCCATGCCTTCAAAAGCCTTATAACTCGCTTTAAATGGTTTTAAAATCT
379 AGTCTATTTATAGTCACCCATGCCTTTGAAAGCCTTAT-ACTCACTTTAAATGGCTTTATAATCT
* *
27682 CATAATTGATTTTAAG---------TTGCATTTTTTATTAAAACAGATTAAAATTGAATGTT-TG
443 CATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTACATTTTTTATTAAAACAGATTATAATTGAATGTTAT-
27737 CC
507 -C
*** * ** * * * * *
27739 TTGGGTAACATGAAGAAAGCGCTATTCATTGATAACAAAAGTCCATTTATAGTCATCCATGCCTT
1 TCAAGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATT-ACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCAT-ACTT
** ** * * * * *
27804 CAAAAGTATTAGTACACACTTTAAAAGGTTTTATAATCTTATAATTGATTTTAAGTTGAATT-TT
64 CAAAAGCCTTCTTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTAATTTT-AGTTGAATTGTT
* * * * * *** *
27868 TTAACA--TTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTGCCTTAAGAAATAAGATGAAAAAGC
128 TTTACATTTTTTAGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTGTCTCAAGAAACGTGAAGAAAAAGC
* * * * * ***
27931 CATTCATTAACAAGAAAAATACATTTATAGTCACTCATACCTTCGGAAGCCTTATTACTCGCTTT
193 CATTCATTAGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTTAAAAGCCTTATTACTCGCTTT
* * * * * *
27996 AAATGGTTTTAGAGTCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTATTTTATATTTTT-ATTAAAACATT
258 AAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATT-TTTTTTATTTTTGGTTAAAACATA
* * * ** ** * * ** *
28060 TTATAATTAAATGTCTGTTTTGGGAAATATAAAGAAAAAATCATTCATTGACAAGAAAAGTCAAT
322 TTATAATTGAATGTCTATCTCAGGAAACGTGAAGGAAAAGCCATTCATTGA-AAGAAAAGTCTAT
* * * * *
28125 TTATAGTCACTCATGCCTTTAAAAGCCTTATTACTC-CTTCTAAATAGTTTTCTAATCTCATAAT
386 TTATAGTCACCCATGCCTTTGAAAGCCTTA-TACTCACTT-TAAATGGCTTTATAATCTCATAAT
* ********** *
28189 TGATTTTAAGTTAAATGTTTTTATATTTTTNNNNNNNNNNGATTATAATTGAATGTCTATA
449 TGATTTTAAGTTAAAT-TTTTTACATTTTTTATTAAAACAGATTATAATTGAATGT-TATC
* * * ** ** * *
28250 TCAAGAAACGTGAAGAAAAAGCCTTTGATTGGTAAGAAAAGTTTATTTATAGTCAACCATGCTTT
1 TCAAGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATT-ACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATAC-TT
* * * ** * *
28315 CAAAAGTCTTGTTGCTCGCTTTAAATGGTTCAATAAATCTCATAATTAATTTCAAGTTAAATT-T
64 CAAAAGCCTTCTTACTCGCTTTAAATGGTTTTAT-AATCTCATAATTAATTT-TAGTTGAATTGT
* * * *
28379 TTCTACA-TTTTTAGCTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTGTCT---------TG--G--GAA-
127 TTTTACATTTTTTAGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTGTCTCAAGAAACGTGAAGAAAAAG
* * * * * *
28429 --A--CA-T-G-AATAAAA-TGCTATTTATAGTCACCCTTGCCTTTAAAAGTCTTAATACGCGCT
192 CCATTCATTAGCAAGAAAAGT-CCATTTATAGTCACCCATGCCTTTAAAAGCCTTATTACTCGCT
* * * *
28486 TTAAATA-TTTTATAATCTCATAATTGATTTTAGGTTAAATTTTTTAATATTTTTAGTTAAAACA
256 TTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTT-TTATTTTTGGTTAAAACA
* * * * * *
28550 AATTATACTTGAATG-C-ATGCCTCAAGAAACGTGAAGAAAAAGCCATTCATTAATAAGAAAAAT
320 TATTATAATTGAATGTCTAT--CTCAGGAAACGTGAAGGAAAAGCCATTCATTGA-AAGAAAAGT
* *
28613 CTATTTACAGTCACTCATGCCTTTGAAAGCCTTAT
382 CTATTTATAGTCACCCATGCCTTTGAAAGCCTTAT
28648 TGCTCGGTTT
Statistics
Matches: 7027, Mismatches: 2131, Indels: 827
0.70 0.21 0.08
Matches are distributed among these distances:
485 13 0.00
486 39 0.01
487 77 0.01
488 99 0.01
489 84 0.01
490 52 0.01
491 41 0.01
492 125 0.02
493 1 0.00
494 3 0.00
495 3 0.00
496 1 0.00
497 2 0.00
498 5 0.00
499 6 0.00
500 122 0.02
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507 7 0.00
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517 4 0.00
518 5 0.00
ACGTcount: A:0.34, C:0.13, G:0.12, T:0.37
Consensus pattern (507 bp):
TCAAGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATACTTCA
AAAGCCTTCTTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTAATTTTAGTTGAATTGTTTTT
ACATTTTTTAGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTGTCTCAAGAAACGTGAAGAAAAAGCCAT
TCATTAGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTTAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAA
TAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTTATTTTTGGTTAAAACATATTAT
AATTGAATGTCTATCTCAGGAAACGTGAAGGAAAAGCCATTCATTGAAAGAAAAGTCTATTTATA
GTCACCCATGCCTTTGAAAGCCTTATACTCACTTTAAATGGCTTTATAATCTCATAATTGATTTT
AAGTTAAATTTTTTACATTTTTTATTAAAACAGATTATAATTGAATGTTATC
Found at i:21916 original size:170 final size:160
Alignment explanation
Indices: 21719--22045 Score: 309
Period size: 170 Copynumber: 2.0 Consensus size: 160
21709 ATTTATTAGT
* * * * * *
21719 TTAAATAGTTTGCTAATGTCGTAATTGATTATAAGTTGAATATTTTAGCATTTTTGGTTAATACA
1 TTAAATAGTTTGATAATCTCATAATTGATTATAAGTTAAATATTTTAGCATTTTTGATTAAAACA
* * *
21784 AATTATAATTGAATGTCTACCCAGGG-AACATGAAGAAAAAGCCAATCATT-GTAAAGAAAAGTC
66 AACTATAATTCAATATCTACCCAGGGAAACATGAAGAAAAAGCCAATCATTAG-AAAGAAAAGTC
21847 CATTTATAGTCAC-CTATGCCTTCAAAAGTAA
130 CATTTATAGTCACTC-ATGCCTTCAAAAGTAA
* * * *
21878 TNNNNNNNNNNNTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTAGTATTTT
1 T-----------TAAATAGTTTGATAATCTCATAATTGATTATAAGTTAAATATTTTAGCATTTT
* * * ** * * *
21943 TTATTAAAACAGACTATAATTCATTATCTACCTTGGGAAACATGAAGAAAAAGCTATTCATTAGG
55 TGATTAAAACAAACTATAATTCAATATCTACCCAGGGAAACATGAAGAAAAAGCCAATCATTAGA
* *
22008 AAGAAAAGTTCATTTATAGTCATTCATGCCTTCAAAAG
120 AAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATGCCTTCAAAAG
22046 CCTCATTACT
Statistics
Matches: 131, Mismatches: 23, Indels: 16
0.77 0.14 0.09
Matches are distributed among these distances:
159 1 0.01
170 72 0.55
171 56 0.43
172 2 0.02
ACGTcount: A:0.37, C:0.11, G:0.13, T:0.35
Consensus pattern (160 bp):
TTAAATAGTTTGATAATCTCATAATTGATTATAAGTTAAATATTTTAGCATTTTTGATTAAAACA
AACTATAATTCAATATCTACCCAGGGAAACATGAAGAAAAAGCCAATCATTAGAAAGAAAAGTCC
ATTTATAGTCACTCATGCCTTCAAAAGTAA
Found at i:21976 original size:845 final size:835
Alignment explanation
Indices: 19468--22140 Score: 2662
Period size: 845 Copynumber: 3.2 Consensus size: 835
19458 NNNNNNNNNN
* * *
19468 AAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCGAAAGCCATATAACTCACTTTTAATGGTTTTATAATC
1 AAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCAAAAGCCTTATAACTCA-TTTTAATGGCTTTATAATC
* *
19533 TCATAATTGATTTTAAGTGTATTTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAAATTATAATTGAATGTCT
65 TCATAATTGATTTTAAGTGTAATTTTTTTACA-TTTTGGTTAAAACAAATTATAATTGAATGTTT
* * * *** * *
19598 ACCTCAGGTAACATGAAGAAAA-AGTCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATG
129 GCCTCAGATAACATGAGGAAAATA-TCATTCATTAATAAGAAAAGTTCATTTATAGTCACTCATG
** *
19662 CCTTCTTAC-TCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAGGTTGAATTTTTTAATA
193 CCTTAGTACAT-ACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAGGTTGAATTTTTTAACA
* * * *
19726 TTTTTGGTTAAAACAAATTATAATTGAATGTATGTCAT-AAGAAATGTGATGAAAAAGCCATTCA
257 TTTTTGGATAAAACAGATTATAATTGAATGT-TTTCCTCAAGAAATGTGATGAAAAAGCCATTCA
* * * * *
19790 TTAA-TAAGAAAAGTCATTTTATAGTCACTCAT-GCCTTGAAAAGCCTTATTACTTGCTTTAACT
321 TTAACAAAGAAAAGTCATTTTATAGTCACCCATAG-CTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAAT
* *
19853 TATTTTATAATCTCATAATTGATTTTAGGTTGAATTTTTTAATATTTTTTGTTAAAATATATTAT
385 TATTTTATAATCTCATAATTGATTTTAGGTTGAATTTTTTAACATTTTTTATTAAAATATATTAT
* * * * *
19918 AATGGACTATCTATCTCAGGAAATGTGAAGCAAAAGACATCCATTGGAGAGAAAAGTTCATTGAA
450 AATGGACTGTCTGTCT-AAGAAATGTGAAGAAAAAGACATCCATTGGAGAGAAAAGTTCATTTAA
* ** * *
19983 AGTCACTCATGCCTATGAAAGCATTATTTATTGCTTTAAAGGGTTTGATAATCTCACAATTGATT
514 AGTCACTCATGCCTTTGAAAGCATTATTTATTGCTTTAAATAGTTTGATAATGTCATAATTGATT
* * * * *
20048 AAAAGTTAAATTTTTTACATTTTTAGTTAAAACAGATTATAATTGAATATCTGCATAGGGAAACG
579 ATAAGTT-AA-TTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTAGGG-AACG
* *
20113 TGAAGAAAAAACTAATCATTACAAAGAAAAGTCCATTTATAGCCACCTATGCCTTCAAAAGTCTT
641 TGAAGAAAAAACTAATCATTGCAAAGAAAAGTCCATTTATAGCCACCTATGCCTTCAAAAG--TA
* * ** * * * *
20178 ATCACTCGCTTTAAATGGTTTCATAAAATCATAATTGATTTTTTAGTTGAATTGTTTTTGCATTT
704 ATCACTCACTTTAAATAGTTTCATAATCTCATAATTGA-TTTTAAGTTAAATT-TTTTAGTATTT
* * * *
20243 TTTATTAAAACAGA-TAATAATTTAATGTCTTCCTTAGGAGACATGAAA-AAAAAGCCATTCATT
767 TTTATTAAAACAGACT-ATAATTCATTGTCTACCTTA-GAAACAT-AAAGAAAAAG-CATTCATT
* *
20306 -GAGAAAA
828 AGGGAGAA
* * * * * * * *
20313 AAGTCCATTTATATTCACCCATACCTTCAAAAACTTTATAACTCGCTTTAAATGGTTTTACAATC
1 AAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCAAAAGCCTTATAACTC-ATTTTAATGGCTTTATAATC
* * *
20378 TCATAATTGATTTTAAGTGTAATTTTTTTATATCTTTGGTTAAAATATATTATAATTGAATGTTT
65 TCATAATTGATTTTAAGTGTAATTTTTTTACAT-TTTGGTTAAAACAAATTATAATTGAATGTTT
* * * **
20443 GCCTCA-AGTAACGTGAAGG-AAATACCATTCATTTATAAGAAAAG-TCTATTTATTTTCACCCA
129 GCCTCAGA-TAACATG-AGGAAAATATCATTCATTAATAAGAAAAGTTC-ATTTATAGTCA--C-
* * * * *
20505 TGCCTTTAAAAGCCTTAGTACACACTTTAAATGGCTTTATAATCTCATAATAGATTTTAGGTTAA
188 T--C-----ATGCCTTAGTACATACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAGGTTGA
* **
20570 ATTTTTTAACATTTTT-TATTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTAT-CTCAAGAAACATGATGA
246 ATTTTTTAACATTTTTGGA-TAAAACAGATTATAATTGAATGTTT-TCCTCAAGAAATGTGATGA
* * *
20633 AAAAGCCATTCATTAAC-AAGAAAAGTC-TATTTACAGTCACCCATATCTTCAAAAGCCTTCTTA
309 AAAAGCCATTCATTAACAAAGAAAAGTCAT-TTTATAGTCACCCATAGCTTCAAAAGCCTTATTA
* * * * *
20696 CTCGCTTCAAA-TAGTTTTATAATCTCATAATTAATTTTACGTTGAATTGTTTTTACCTTTTTTA
373 CTCGCTTTAAATTA-TTTTATAATCTCATAATTGATTTTAGGTTGAATT-TTTTAACATTTTTTA
* * ** * * * * * *
20760 GTTAAAACAGATTATAATTAAATGTTTGACTCAAGAAATGTGAAGAAAAAGGCATTCATTAGCA-
436 -TTAAAATATATTATAATGGACTGTCTGTCT-AAGAAATGTGAAGAAAAAGACATCCATT-GGAG
* * * * * * * * * *
20824 ACAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGTCTTTAAAAGCCTTA-TTACTCGCTGTAAATAGTTTTA
498 AGAAAAGTTCATTTAAAGTCACTCATGCCTTTGAAAGCATTATTTA-TTGCTTTAAATAGTTTGA
* * **
20888 TAATGTCATATTTGATTTTAAGTTAATTTTTTTTATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATG
562 TAATGTCATAATTGATTATAAGTTAA-TTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATG
* * * * * *
20953 TCTATCTTGGTAAACGTG-AGAAAAAAACTATTCATTGGC-ATGAAAAGTCCATTTATAGGCACC
626 TCTACCTAGG-GAACGTGAAG-AAAAAACTAATCATT-GCAAAGAAAAGTCCATTTATAGCCA-C
* * * ********** *
21016 CT-T-CCTTTTAAAAGCCTTATTACTCACTTTAANNNNNNNNNNAATCTCATAATTAATTTTAAG
687 CTATGCC-TTCAAAAG--TAATCACTCACTTTAAATAGTTTCATAATCTCATAATTGATTTTAAG
* * ** * ** * *
21079 TGTAAA-TTTTTGGTAGTTTTGGTTAAGACAGACCGTAATTGATTGCCTACCTTCAGAAACATAA
749 T-TAAATTTTTTAGTATTTTTTATTAAAACAGACTATAATTCATTGTCTACCTT-AGAAACATAA
**
21143 AGAAAAAGTCATTTGTTAGGGAGAA
812 AGAAAAAG-CATTCATTAGGGAGAA
* *
21168 AAGTTCATTTATAGTCACCCATGCCTTCGAAAGCCTTATAACTCATTTTCAATGGCTTTATAATC
1 AAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCAAAAGCCTTATAACTCATTTT-AATGGCTTTATAATC
* * *
21233 TCATAATTGATTTTAACTGTAAGTTTTTTGCAGTTTTGGTTAAAACAAATTATAATTGAATGTTT
65 TCATAATTGATTTTAAGTGTAATTTTTTTACA-TTTTGGTTAAAACAAATTATAATTGAATGTTT
*
21298 GCCTTAGATAACATGAGGAAAATATCATTCATTAATAAGAAAAGTTCATTTATAGTCACTCATGC
129 GCCTCAGATAACATGAGGAAAATATCATTCATTAATAAGAAAAGTTCATTTATAGTCACTCATGC
* * * *
21363 CTTAGTACATGCTTTAAATGATTTTATAATCTCATAATTGATTTTAGGTTGAATTTTCTCACATT
194 CTTAGTACATACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAGGTTGAATTTTTTAACATT
* * * * *
21428 TTTGGATAAAATAGATTATAATTAAATATTTTCCTCAAGAAATGTAATGAAAAAGCCATTCTTTA
259 TTTGGATAAAACAGATTATAATTGAATGTTTTCCTCAAGAAATGTGATGAAAAAGCCATTCATTA
* * *
21493 ACAAAAAAAAAGTCATTTTATAGTCACCCATAGCTTTAAAAGCCTTATTACTCGTTTTAAATTAT
324 AC-AAAGAAAAGTCATTTTATAGTCACCCATAGCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATTAT
* * * *
21558 TTTATAATCTTATAATTGATTTTAGGTTGAATTTTATAACATTTTTTATCAAAATATATTATCAT
388 TTTATAATCTCATAATTGATTTTAGGTTGAATTTTTTAACATTTTTTATTAAAATATATTATAAT
* * *
21623 GGACTGTCTGTCTTAGCAAACGTGAA-TAAAAGACATCCATTGGAGAGAAAAGTTCATTTAAAGT
453 GGACTGTCTGTCTAAG-AAATGTGAAGAAAAAGACATCCATTGGAGAGAAAAGTTCATTTAAAGT
* * *
21687 CACTTATGCCTTTGAAAGCATTATTTATTAG-TTTAAATAGTTTGCTAATGTCGTAATTGATTAT
517 CACTCATGCCTTTGAAAGCATTATTTATT-GCTTTAAATAGTTTGATAATGTCATAATTGATTAT
* * * *
21751 AAGTTGAATATTTTAGCATTTTTGGTTAATACAAATTATAATTGAATGTCTACCCAGGGAACATG
581 AAGTT-AAT-TTTTA-CATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTAGGGAACGTG
* * * *
21816 AAGAAAAAGCCAATCATTGTAAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCTATGCCTTCAAAAGTAATNN
643 AAGAAAAAACTAATCATTGCAAAGAAAAGTCCATTTATAGCCACCTATGCCTTCAAAAGTAAT--
********* *
21881 NNNNNNNNNTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTAGTATTTTTTA
706 CACTCACTTTAAATAGTTTCATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTAGTATTTTTTA
* * * *
21946 TTAAAACAGACTATAATTCATTATCTACCTTGGGAAACATGAAGAAAAAGCTATTCATTAGGAAG
771 TTAAAACAGACTATAATTCATTGTCTACCTT-AGAAACATAAAGAAAAAGC-ATTCATTAGGGAG
22011 AA
834 AA
* ** * * **
22013 AAGTTCATTTATAGTCATTCATGCCTTCAAAAGCCTCATTACTCGGTTTACATGGCTTTATAATC
1 AAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCAAAAGCCTTATAACTCATTTTA-ATGGCTTTATAATC
* * * * * * * *
22078 TCATAATTAATTTTAAGT-TGGATTTGTTTATATTTTTTGTTAAAATAGATTACAATTGAATGT
65 TCATAATTGATTTTAAGTGT-AATTTTTTTACA-TTTTGGTTAAAACAAATTATAATTGAATGT
22141 CTACTTTGAG
Statistics
Matches: 1470, Mismatches: 292, Indels: 132
0.78 0.15 0.07
Matches are distributed among these distances:
843 5 0.00
844 96 0.07
845 545 0.37
846 56 0.04
847 80 0.05
848 3 0.00
850 2 0.00
852 1 0.00
853 4 0.00
854 62 0.04
855 361 0.25
856 138 0.09
857 115 0.08
858 2 0.00
ACGTcount: A:0.35, C:0.13, G:0.12, T:0.38
Consensus pattern (835 bp):
AAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCAAAAGCCTTATAACTCATTTTAATGGCTTTATAATCT
CATAATTGATTTTAAGTGTAATTTTTTTACATTTTGGTTAAAACAAATTATAATTGAATGTTTGC
CTCAGATAACATGAGGAAAATATCATTCATTAATAAGAAAAGTTCATTTATAGTCACTCATGCCT
TAGTACATACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAGGTTGAATTTTTTAACATTTT
TGGATAAAACAGATTATAATTGAATGTTTTCCTCAAGAAATGTGATGAAAAAGCCATTCATTAAC
AAAGAAAAGTCATTTTATAGTCACCCATAGCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATTATTTT
ATAATCTCATAATTGATTTTAGGTTGAATTTTTTAACATTTTTTATTAAAATATATTATAATGGA
CTGTCTGTCTAAGAAATGTGAAGAAAAAGACATCCATTGGAGAGAAAAGTTCATTTAAAGTCACT
CATGCCTTTGAAAGCATTATTTATTGCTTTAAATAGTTTGATAATGTCATAATTGATTATAAGTT
AATTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTAGGGAACGTGAAGAAAAA
ACTAATCATTGCAAAGAAAAGTCCATTTATAGCCACCTATGCCTTCAAAAGTAATCACTCACTTT
AAATAGTTTCATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTAGTATTTTTTATTAAAACAGA
CTATAATTCATTGTCTACCTTAGAAACATAAAGAAAAAGCATTCATTAGGGAGAA
Found at i:22906 original size:169 final size:161
Alignment explanation
Indices: 22726--23051 Score: 318
Period size: 171 Copynumber: 2.0 Consensus size: 161
22716 CTTTGAATGA
22726 TTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAGTTGGA-TTTTTTTATA-TTCTTATTAAAACAAAGTATA
1 TTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAGTT-GATTTTTTTTATATTTCTTATTAAAACAAAGTATA
* * ** * * *
22789 ATTCAATGTTTACCTTAGGAAACATGAAG-GAAAGCCATTCATTGGTAAGAAAAGTCTATTTATA
65 ATTCAATGTCTACCTTAGGAAACATGAAGAAAAAGAAATTCATTGGAAAGAAAAGTATACTTATA
*
22853 GTCA-CTCATGCCTTCAAAAGCCTTATTNNNNNNNNNNAATAG
130 GTCACCT-ACGCCTTCAAAAGCCTTATT----------AATAG
* * * * * * *
22895 TTTTCTAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGATTTTTTTTATATTTTTTGTTAAAATAGATTATAA
1 TTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAGTTGATTTTTTTTATATTTCTTATTAAAACAAAGTATAA
* * * * * *
22960 TTGATTGTCTGCTTTGGGAAATATGAAGAAAAAGAAATTCATTGGAAAGAAAAGTATACTTATAG
66 TTCAATGTCTACCTTAGGAAACATGAAGAAAAAGAAATTCATTGGAAAGAAAAGTATACTTATAG
*
23025 TCACCTACGCCTTCAAAAGGCTTATTA
131 TCACCTACGCCTTCAAAAGCCTTATTA
23052 CTCGCTTTAA
Statistics
Matches: 131, Mismatches: 22, Indels: 16
0.78 0.13 0.09
Matches are distributed among these distances:
161 1 0.01
168 2 0.02
169 37 0.28
170 38 0.29
171 51 0.39
172 2 0.02
ACGTcount: A:0.35, C:0.11, G:0.13, T:0.39
Consensus pattern (161 bp):
TTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAGTTGATTTTTTTTATATTTCTTATTAAAACAAAGTATAA
TTCAATGTCTACCTTAGGAAACATGAAGAAAAAGAAATTCATTGGAAAGAAAAGTATACTTATAG
TCACCTACGCCTTCAAAAGCCTTATTAATAG
Found at i:23071 original size:171 final size:170
Alignment explanation
Indices: 22390--23405 Score: 851
Period size: 169 Copynumber: 6.0 Consensus size: 170
22380 NNNNNNNTTA
* * * * * *
22390 TAATCTCATAATTAATTTTAAGTTGAATTTTTTTTTACATTTTTTGTTCAAACAGATCACATTTA
1 TAATCTCATAATTGATTTTAAGTTG-A--TTTTTTTACATTTTTTGTTAAAACAGATTATAATTG
* * ** ** * * *
22455 AATGTCTGGCTCAAAAAACATGAAGAAAGTGATATTCTTTGG-CAGAAAAGTCCATTTATAGTCA
63 AATGTCTGCCTTAGGAAACATGAAGAAAAAGAAATTCATTGGAAAGAAAAGTCCATTTATAGTCA
* * * * *
22519 CTTATTCCTTCAAAAGCGTTACTACTCGCTTTAAATGGTTTTA
128 CTCATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTC
* * * * * * *
22562 AAATCTTATAATTGAATTTAGGTTGATTTTTTAACAGTTTTTATTAAAACAGATTATAATTGAAT
1 TAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGATTTTTTTACATTTTTTGTTAAAACAGATTATAATTGAAT
** * * * * * *
22627 GTCTG-CTTCAATAAACATGATGGAAAAGCAATTGATT-AATAAG-AAAGTCCGTTTATAGTCAC
66 GTCTGCCTT-AGGAAACATGAAGAAAAAGAAATTCATTGGA-AAGAAAAGTCCATTTATAGTCAC
* * * * * * *
22689 CCATGCCTTTAACAGGCTTATTACTCGCTTTGAATGATTTTA
129 TCATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTC
* * * * * * *
22731 TAATCTCAAAATTGATTTTAAGTTGGATTTTTTTATA-TTCTTATTAAAACAAAGTATAATTCAA
1 TAATCTCATAATTGATTTTAAGTT-GATTTTTTTACATTTTTTGTTAAAACAGATTATAATTGAA
* * * ** * *
22795 TGTTTACCTTAGGAAACATGAAG-GAAAGCCATTCATTGGTAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACT
65 TGTCTGCCTTAGGAAACATGAAGAAAAAGAAATTCATTGGAAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACT
********** *
22859 CATGCCTTCAAAAGCCTTATTNNNNNNNNNNAATAGTTTTC
130 CATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTC
* * *
22900 TAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGATTTTTTTTATATTTTTTGTTAAAATAGATTATAATTGAT
1 TAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGA-TTTTTTTACATTTTTTGTTAAAACAGATTATAATTGAA
* * * ** *
22965 TGTCTGCTTTGGGAAATATGAAGAAAAAGAAATTCATTGGAAAGAAAAGTATACTTATAGTCAC-
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* *
23029 CTACGCCTTCAAAAGGCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTC
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********** *
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1 TAATCTCATAATTGATTTTAAGTTG-ATTTTTTTACATTTTTTGTTAAAACAGATTATAATTGAA
* * * * * * * *
23136 TGTGTGCCTTAGGAAATATAAAGAAAAAGATATACATTGGCAAGAAAAGCCCATTTATAGGCACT
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* * * *
23201 CAAGCCATCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTGAATGGTTTAAC
130 CATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTT-TC
* * * *
23243 -AATCTCATAATTGATTTTTTAGTTGAATTTTTTTACAATTTTTGTTAAAACAGATAATAATTAA
1 TAATCTCATAATTGA-TTTTAAGTTG-ATTTTTTTACATTTTTTGTTAAAACAGATTATAATTGA
* * * ** * *
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*
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* * *
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* * * * * *
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* * * * * * * * * * * *
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* *
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* * * * *
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* * * * *
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** * *
24555 TCCATGCCTTTGAAAGCCTTATTACTAGTTTTAAATGGTTTT
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* * * * * * *
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* * *
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1 ATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAAATTTTTTATA---TTTTTGTTAAAACAGATTATAATT
** * * * ** * *
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* * * **********
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* * * * *
24936 ATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTTG-ATTTTTTTCTTTTTTTATTAAAACATATTATAATTGA
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* ** * * * * * *
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* * * *
25065 TCATGCCTTTAAAAGACTTATTACTTGCTTTAAATAGTTTT
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* * * * * * *
25106 CTAATCTCATAATTGAATTTAAGTTGAACTTTTTTACAATTTTTTGTTAAAACAGGTTATTACTG
1 ATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAAATTTTTTA-TA-TTTTTGTTAAAACAGATTATAATTG
* * * * **
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* * *
25235 CACCCATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTGAATAGTTTT
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* * ** * * * *
25279 CTAATTTTGTAATTGATTTTAAGTTGAAAATTTTTAAATTTTTTGTTAAAACATATTATAATTAA
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* ** *
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* * * *
25407 TCTCATGCATTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTA
128 ACTCATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTT
* * *
25450 ATAATCTCATAATTAATTTTTTAA-TTG-AATGTTTTTACATTTTTTGTTAAAACAGATAATAAT
1 ATAATCTCATAATTGA--TTTTAAGTTGAAAT-TTTTTATA-TTTTTGTTAAAACAGATTATAAT
* ** * ** * * * * *
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* * *
25578 CACCCATGCCTTTAAAAGCATTATTACTCGCTTTAAATGGTTTT
127 CACTCATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTT
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1 ATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAAATTTTTTATATTTTT-GTTAAAACAGATTATAATTGA
* * * *
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* * * *
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********* * * * * *
25792 NNNNNNNNNTAATTGATTTAAAGTTGAATTTTTTTACATTTATTGTTAAAATTA-ATTATAATTC
1 ATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAAATTTTTTATATTT-TTGTTAAAA-CAGATTATAATTG
* * ** * ** * * *
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* * * * *
25920 CCCATGCCTTCGAAAGTCTTATTACTTGCTTTATATGGTTTT
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********** * * * * * *
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* * * * * *
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* * * * * *
26088 CAC-CTATGCCTTCAGAAGCTTTTTTTTCTCACTTTAAATGGGTTT
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* * * * *
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* * ** * * * * *
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63 GAATGTCTACCTTAAGAAACATGAAGA-AAAAGCCATTCATTGGCA-AGAAAAGTCCATTTATA-
* * * * *
26258 GGTCACTCAGGTCTTCGAAAGCCTTATTACTCGTTTTAAATAGTTTT
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** *
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* * ** * * *** * * *
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* ** *
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* * * *
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1 ATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAAATTTTTTATATTTTT-GTTAAAACAGATTATAATTGA
* * * * * * * *
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* * * ** **
26606 CCAAGCGTTTGAAAGCCTTATTACTCATTTTAAATGGTTTT
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* * * *
26647 ATAATCTCATAACTAATTTTAAGTT-AAATTTTTTTTGTATTTTTGGTTAAAACAGATTGTAATT
1 ATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAAA--TTTTTTATATTTTT-GTTAAAACAGATTATAATT
** * *
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* * * * ** *
26775 CACCCACGCATTCGAAAG-CTTATTACTTACTTTAAATAGTTTT
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* * * * * * * * * *
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* * * * *
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* ** * * *
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* *
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* * * * * *
27117 CACCCTTACTTTCAAAAGCCTTACTACTCGCTTTAAATAGTTTT
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* * * * * * * * *
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1 ATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAAAT-TTTTTATATTT-TTGTTAAAACAGATTATAATTG
* * * * * * * * ** * * *
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64 AATGTCTACCTTAAGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGGCA-AGAAAAGTCCATTTATAGTC
* * * * * *
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* * * * *
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1 ATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAAATTTTTT-ATATTTTTG-TTAAAACAGATTATAATTG
* * * * * * *
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* * * *
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* * * *
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* ** * * *
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* * *
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* * *
27675 AAAATCTCATAATTGATTTTAAGTTG-CA-TTTTT-TA------TTAAAACAGATTAAAATTGAA
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* * ** * ** * ** *
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** * * * *
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* * *
27836 ATAATCTTATAATTGATTTTAAGTTG-AATTTTTTAACATTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGA
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* * * * ** * *
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* **
27965 TCATACCTTCGGAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTT
130 TCATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTT
* * * ** *
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*** ** * * ** * *
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* *
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* *********
28176 CTAATCTCATAATTGATTTTAAGTT-AAATGTTTTTATATTTTTNNNNNNNNNNGATTATAATTG
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** * * * * * **
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* * * * **
28305 AC-CATGCTTTCAAAAGTCTTGTTGCTCGCTTTAAATGGTTCA
128 ACTCATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTT
* * * *
28347 ATAAATCTCATAATTAATTTCAAGTT-AAATTTTTCTACATTTTTAGCTAAAACAGATTATAATT
1 AT-AATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAAATTTTT-TATATTTTT-GTTAAAACAGATTATAATT
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Found at i:24345 original size:342 final size:339
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* * * * *
23699 ACTTATGCCTTTAAAAGCCTTATTA-TAGGTTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTA
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* * * * * **
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* *** * ** *
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* *
23891 ATAACTCGCTTTGAATGGTTTT
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* ********** * * **
23913 ATAATCTCATAATTAATNNNNNNNNNNATTTTTTTATA-TTTTTGATTAAAACGGATTCTAATGG
1 ATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTTG-TTAAAACAGATTATAATTA
* * * * * * * *
23977 AATATCTGCCTC-AGGTAACCTGAAGAAAATGCCATTTATTAGTAAGAAAACTCTATTTATAGTC
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* * * *
24041 ATCCATACCTTCAAAAGCCTTAGTGTA-T-GTTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAACTGATTGT
127 A-CCATGCCTTCAAAAGCCTTA-T-TACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTT
* * * *
24104 AGGTTAAATTTTTCAACATTTTTAGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTTAAGAAACTT
189 AAGTTAAATTTTTTAACATTTTTAGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTTAGGAAACAT
* * * ** *
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* *
24234 TTACTCGATTTACATGGTTTT
319 TTACTCGCTTTAAATGGTTTT
* * * * * *
24255 ATAATCTTATAATTGATTATAAGTTGGATTTTTTTACATTTTTTGTTAAAATAGAATATAATTAA
1 ATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTTGTTAAAACAGATTATAATTAA
* * * * * *
24320 ATTTTCT-CCTCGAGAAACATGAAGAAAAAACCATTCATTGGCAAGAAAAGTTCATTGATAGGCA
66 A-TGTCTGCCTCGAGAAACATGAAG-AAAAGCTATTCATT-GCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCA
* * ********** *
24384 TCCATACCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCNNNNNNNNNNTTTATAATCTCATAATTGATTTCAAG
128 -CCATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAG
* *** * * * * * * * *
24449 TTGAATTTTTTTGTATTTTTAGTTGAAATAGGTTACAATTGATTCTCTACCTCAAGAAACATGAA
192 TTAAATTTTTTAACATTTTTAGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTTAGGAAACATGAA
* * * *
24514 GAAAAAGCCATTCATTGACAAGAAAAGTCTATTTATAGTCATCCATGCCTTTGAAAGCCTTATTA
257 GAAAAAGTCATTCATTAACAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACCCATGCCTTCGAAAGCCTTATTA
* *
24579 CTAGTTTTAAATGGTTTT
322 CTCGCTTTAAATGGTTTT
* * * * * * * * *
24597 ATAATCTTATAAGTGATTTTAAGTTAAATGTTTTTATATTTTTAGTTCAAATAGATTACATTTAA
1 ATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTTGTTAAAACAGATTATAATTAA
* * * * * *
24662 ATGTCTAG-CAC-AAAAACATTAAGAAAGTGATATTCATTGGCAA-AAAAGTCCATTTATAGTTA
66 ATGTCT-GCCTCGAGAAACATGAAGAAA-AGCTATTCATT-GCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCA
* * * * * *
24724 CTTATGCCTTTAAAAGCCTTATTACAT-GCTTTAAATTGTTTTACAATCTAATAATTGATTTTAG
128 C-CATGCCTTCAAAAGCCTTATTAC-TCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAA
* ********** ** *
24788 GTTGAATTTTTTAANNNNNNNNNNTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTGTCTCA--ATAA-ATG
191 GTTAAATTTTTTAACATTTTTAGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTTAGGA-AACATG
** *
24850 TAATG-AAAAG-CTATTCATTAACAAGAAAAGTCCGTTTATAATCACCCATGCCTTCGAAAGCCT
255 -AA-GAAAAAGTC-ATTCATTAACAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACCCATGCCTTCGAAAGCCT
* **********
24913 TATTACTTGNNNNNNNNNNTTTT
317 TATTACTCGCTTTAAATGGTTTT
* * * *
24936 ATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTTG-ATTTTTTTCT-TTTTTTATTAAAACATATTATAATTG
1 ATAATCTCATAATTGATTTTAAG-TTGAATTTTTTTATATTTTTTGTTAAAACAGATTATAATTA
* * * *
24999 AATGTCTGCCTCGAGAAACATGATGAAAAAACTATTCATTAGCAAGAAAAATCCATTTATATTCA
65 AATGTCTGCCTCGAGAAACATGAAG-AAAAGCTATTCATT-GCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCA
* * * * * *
25064 CTCATGCCTTTAAAAGACTTATTACTTGCTTTAAATAGTTTTCTAATCTCATAATTGAATTTAAG
128 C-CATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAG
* * * * * * * *
25129 TTGAACTTTTTT-ACAATTTTTTGTTAAAACAGGTTATTACTGAATGTCTGCCTCAGGAAATTAT
192 TT-AAATTTTTTAAC-ATTTTTAGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTTAGGAAA-CAT
** * *
25193 GAAGAAAAAGAT-ATTCATTGGCAAGATAAA-TCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCAAAAGCCT
254 GAAGAAAAAG-TCATTCATTAACAAGA-AAAGTCTATTTATAGTCACCCATGCCTTCGAAAGCCT
* *
25256 TATTACTCGCTTTGAATAGTTTT
317 TATTACTCGCTTTAAATGGTTTT
* * ** ** * *
25279 CTAATTTTGTAATTGATTTTAAGTTGAAAATTTTTAAATTTTTTGTTAAAACATATTATAATTAA
1 ATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTTGTTAAAACAGATTATAATTAA
* * * * *
25344 ATGTCTGACT-TAGAAAACATGAAGGAAAAGATATTCATTGGCAAGAAAAGCCCATTTATAGTCT
66 ATGTCTGCCTCGAG-AAACATGAA-GAAAAGCTATTCATT-GCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCA
* * * *
25408 CTCATGCATTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTAATAATCTCATAATTAATTTTTTA
128 C-CATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGA--TTTTA
* * * * *
25473 A-TTGAATGTTTTT-ACATTTTTTGTTAAAACAGATAATAATTGAATGTCTTCCTTGGGAAACAT
190 AGTTAAAT-TTTTTAACATTTTTAGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTTAGGAAACAT
* * * * * * ** *
25536 GAAGGAAAAGTGATCCATTGACAAGAAAACTAC-ATTTATAGACACCCATGCCTTTAAAAGCATT
254 GAAGAAAAAGTCATTCATTAACAAGAAAAGT-CTATTTATAGTCACCCATGCCTTCGAAAGCCTT
25600 ATTACTCGCTTTAAATGGTTTT
318 ATTACTCGCTTTAAATGGTTTT
* ********** * * * * *
25622 ATAATCTCATATTTGANNNNNNNNNNAATTTTTTTATATTTTTGGTTAAAATAGTTTATAGTTGA
1 ATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTTGTTAAAACAGATTATAATTAA
* ** * * *
25687 ATGTCTACCTAAAG-AACGTGAAGAAAAAGCCATTCATTGACAAGAAAGGTCCATTTATAGTCAC
66 ATGTCTGCCTCGAGAAACATGAAG-AAAAGCTATTCATTG-CAAGAAAAGTCCATTTATAGTCAC
* * * ********** *
25751 CTATGCCTTCAAAAGCCTTACTACTCACTTTAAATAGTTTNNNNNNNNNNTAATTGATTTAAAGT
129 C-ATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGT
* * * * * * * *
25816 TGAATTTTTTTACATTTATT-GTTAAAATTA-ATTATAATTCAATGTTTGCCTTGGGAAACGTGA
193 TAAATTTTTTAACATTT-TTAGTTAAAA-CAGATTATAATTGAATGTCTACCTTAGGAAACATGA
** *** * * *
25879 AGAAAAA-AAATTCATTTGTAAAAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCGAAAGTCTTATT
256 AGAAAAAGTCATTCATTAACAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACCCATGCCTTCGAAAGCCTTATT
* *
25943 ACTTGCTTTATATGGTTTT
321 ACTCGCTTTAAATGGTTTT
********** * * * * * * *
25962 ATAATCTCANNNNNNNNNNTAAGTTAAATTTTTTTACATTTTTAGCTCAAATAGATTATATTTAA
1 ATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTTGTTAAAACAGATTATAATTAA
* * * * * * *
26027 ATGTTTGACTTGAAAAACGTGAAGAAAGAGCTATTCACTGGCAA-AAAAGTCCATTTACAGTCAC
66 ATGTCTGCCTCGAGAAACATGAAGAAA-AGCTATTCA-TTGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCAC
* * * * * *
26091 CTATGCCTTCAGAAGCTTTTTTTTCTCACTTTAAATGGGTTTATAATCTCAT-ATATGATTTTAA
129 C-ATGCCTTCAAAAGC-CTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAAT-TGATTTTAA
* * * * * * * *
26155 GTTAAAATTTATTTATCATCTTTA-TTAAAATATATTATAATTGAATGTTTA-CATCGAGAAACG
191 GTT-AAATTT-TTTAACATTTTTAGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTTAG-GAAACA
* * * * * *
26218 TG-TGACAAAAG-CTATCCATTGACACA-AAAAGTC-ATTT-TAGGGTCACTCAGGTCTTCGAAA
253 TGAAGA-AAAAGTC-ATTCATTAACA-AGAAAAGTCTATTTATA--GTCACCCATGCCTTCGAAA
* *
26278 GCCTTATTACTCGTTTTAAATAGTTTT
313 GCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTT
** * * **
26305 ATAATCTCATAACCGATTTGAAGTTAAATTTTTTTATATTTTTTACTAAAACAGATTATAATTAA
1 ATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTTGTTAAAACAGATTATAATTAA
* * * * * *
26370 ATATCTGTCTCAAGAAACGTGAAGAAAA-ATATATGCATTAGTAAGAAAAGTCCATTTATAGTCA
66 ATGTCTGCCTCGAGAAACATGAAGAAAAGCTAT-T-CATT-GCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCA
** * *
26434 CCCATGCCTTCGAAAA-TTTTATTACTCGCTTTAAAGGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAG
128 -CCATGCCTTC-AAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAA
* * * *
26498 GTTGAAA-TTTTTAACATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTAAATGTTTGCCTTAGGAAACATG
191 GTT-AAATTTTTTAACATTTTTAGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTTAGGAAACATG
* * * * * *
26562 AAGAAAATGTCATTCATTGACAAGAAAAGTCTATTTATAGCCACCCAAGCGTTTGAAAGCCTTAT
255 AAGAAAAAGTCATTCATTAACAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACCCATGCCTTCGAAAGCCTTAT
**
26627 TACTCATTTTAAATGGTTTT
320 TACTCGCTTTAAATGGTTTT
* * * * * * *
26647 ATAATCTCATAACTAATTTTAAGTTAAATTTTTTTTGTATTTTTGGTTAAAACAGATTGTAATTG
1 ATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAA-TTTTTTTATATTTTTTGTTAAAACAGATTATAATTA
* * * * *
26712 AATGTCTACCT-AAGGAAACATGAAGAAAAAGTTATTCATTGGCAAGAAAGGTCCATTTGTAGTC
65 AATGTCTGCCTCGA-GAAACATGAAG-AAAAGCTATTCATT-GCAAGAAAAGTCCATTTATAGTC
* * * ** * * * *
26776 ACCCACGCATTCGAAAG-CTTATTACTTACTTTAAATAGTTTTATAATATCATAATCGATTTTAG
127 A-CCATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAA
* * * * * * * * * * * ***
26840 GTTGAATTTTTTCACACTTTTGGTTGAAATAGATTTTATTTAAATTTTTGTTTTAGGAAA-AGTG
191 GTTAAATTTTTTAACATTTTTAGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTTAGGAAACA-TG
** * * * * * * * * *
26904 AAGCCAAAGCCATCCACTAGCAAGAAAAGTGTATTTACAGTCACTCAAGCCTTCGAAACCCTTAT
255 AAGAAAAAGTCATTCATTAACAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACCCATGCCTTCGAAAGCCTTAT
* *
26969 TA-TATGCTTTTAAAAGGTTTT
320 TACT-CGC-TTTAAATGGTTTT
* ** * * ** * *
26990 ATAACCTTGTAATTGATTTTAAGTTGAATTTTATAATATTTTGGGTTAAAACAGATTATATTTGA
1 ATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTTGTTAAAACAGATTATAATTAA
* * *
27055 ATGTCTACCCTTG-GAAACATGAAGTAAAAGCCATTCATTGCTAAGAAAAGTCCATTTATAGTCA
66 ATGTCT-GCCTCGAGAAACATGAAG-AAAAGCTATTCATTGC-AAGAAAAGTCCATTTATAGTCA
* * * * * * * *
27119 CCCTTACTTTCAAAAGCCTTACTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATATCATAATTGATTTCATG
128 -CCATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAG
* * * * * * * * * *
27184 TTGAATATTTTT-ACATTTATTA-TTAAAATATATAATAATGGACTATCTATCTCAGGAAACGTG
192 TTAAAT-TTTTTAACATTT-TTAGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTTAGGAAACATG
* * * * * * * * * *
27247 AAGCAATAGAT-ATCCATTGGA-GAGAAAAGT-TCATTTAAAGTCACTCATACCTTCGAAAACAT
255 AAGAAAAAG-TCATTCATT-AACAAGAAAAGTCT-ATTTATAGTCACCCATGCCTTCGAAAGCCT
* * * *
27309 TATTACTTGTTTTAAATGATTTG
317 TATTACTCGCTTTAAATGGTTTT
* * *
27332 ATAATCTCACAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTA-ATATTTTTGACTAAAACATATTATAATT
1 ATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATAT-TTTTTG-TTAAAACAGATTATAATT
* * * * *
27396 AAATATCTGCC-CAAGGAAACATGAAGTAAAAGCCATTTATTGCCAAGAAAAGTCTATTTATAGT
64 AAATGTCTGCCTCGA-GAAACATGAAG-AAAAGCTATTCATTG-CAAGAAAAGTCCATTTATAGT
* * * * *
27460 CACCCTTACCTTCAAAAGCCTTATTACTCCCTTTAAATGGTTTTATAATCTTATAATTAATTTTA
126 CA-CCATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTA
* * * * * * * *
27525 AGTTAAATTTTTTGATATTTTTGGTTAAAACATACTATAATTGACT-TCTTACCTTGGGAAATAT
190 AGTTAAATTTTTTAACATTTTTAGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTC-TACCTTAGGAAACAT
** * * * *
27589 GAAG-AAAA-TACAATTCATTAGGAAGGAAAGTCCATTTATAGCCACCCATGCCTTCAAAAGCCT
254 GAAGAAAAAGT-C-ATTCATTAACAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACCCATGCCTTCGAAAGCCT
*
27652 TATAACTCGCTTTAAATGGTTTT
317 TATTACTCGCTTTAAATGGTTTT
* * * *
27675 AAAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGCA--TTTTT-TA-------TTAAAACAGATTAAAATTGA
1 ATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTTGTTAAAACAGATTATAATTAA
* * * * * * *
27730 ATGTTTGCCTTGGGTAACATGAAGAAAGCGCTATTCATTGATAACAAAAGTCCATTTATAGTCAT
66 ATGTCTGCCTCGAGAAACATGAAGAAA-AGCTATTCATTG-CAAGAAAAGTCCATTTATAGTCA-
** * * * * *
27795 CCATGCCTTCAAAAGTATTAGTACACACTTTAAAAGGTTTTATAATCTTATAATTGATTTTAAGT
128 CCATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGT
* * * * * * *
27860 TGAATTTTTTAACA-TTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTGCCTTAAGAAATAAGATG
193 TAAATTTTTTAACATTTTTAGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTTAGGAAACATGAAG
* * * * *
27924 AAAAAGCCATTCATTAACAAGAAAAATAC-ATTTATAGTCACTCATACCTTCGGAAGCCTTATTA
258 AAAAAGTCATTCATTAACAAGAAAAGT-CTATTTATAGTCACCCATGCCTTCGAAAGCCTTATTA
27988 CTCGCTTTAAATGGTTTT
322 CTCGCTTTAAATGGTTTT
* * * * **
28006 AGAGTCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTATTTTATA-TTTTTATTAAAACATTTTATAATTAA
1 ATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTTGTTAAAACAGATTATAATTAA
** * * * * ** *
28070 ATGTCTGTTTTGGGAAATATAAAGAAAAAATCATTCATTGACAAGAAAAGTCAATTTATAGTCAC
66 ATGTCTGCCTCGAGAAACATGAAGAAAAGCT-ATTCATTG-CAAGAAAAGTCCATTTATAGTCAC
* * *
28135 TCATGCCTTTAAAAGCCTTATTACTC-CTTCTAAATAGTTTTCTAATCTCATAATTGATTTTAAG
129 -CATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTT-TAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAG
* ********** ** * * *
28199 TTAAATGTTTTT-ATATTTTTNNNNNNNNNNGATTATAATTGAATGTCTATATCAAGAAACGTGA
192 TTAAAT-TTTTTAACATTTTTAGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTTAGGAAACATGA
* * * *** * * * * * *
28263 AGAAAAAGCCTTTGATTGGTAAGAAAAGTTTATTTATAGTCAACCATGCTTTCAAAAGTCTTGTT
256 AGAAAAAGTCATTCATTAACAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACCCATGCCTTCGAAAGCCTTATT
* **
28328 GCTCGCTTTAAATGGTTCA
321 ACTCGCTTTAAATGGTTTT
* * * * * * * *
28347 ATAAATCTCATAATTAATTTCAAGTTAAATTTTTCTACATTTTTAGCTAAAACAGATTATAATTG
1 AT-AATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTTGTTAAAACAGATTATAATTA
* * * *
28412 AATGTCTGTCTTGGGAAACATG-A-ATAA---A---A-TGC--------T--ATTTATAGTCACC
65 AATGTCTGCCTCGAGAAACATGAAGAAAAGCTATTCATTGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCA-C
* * * * * * *
28458 CTTGCCTTTAAAAGTCTTAATACGCGCTTTAAAT-ATTTTATAATCTCATAATTGATTTTAGGTT
129 CATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTT
* * * * * * *
28522 AAATTTTTTAATATTTTTAGTTAAAACAAATTATACTTGAATG-CATGCCTCAAGAAACGTGAAG
194 AAATTTTTTAACATTTTTAGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTC-TACCTTAGGAAACATGAAG
* * * * * * *
28586 AAAAAGCCATTCATTAATAAGAAAAATCTATTTACAGTCACTCATGCCTTTGAAAGCCTTATTGC
258 AAAAAGTCATTCATTAACAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACCCATGCCTTCGAAAGCCTTATTAC
* *
28651 TCGGTTTACATGG---T
323 TCGCTTTAAATGGTTTT
****************************
28665 -T--T-T-AT-A---ATTTT-A--T--A-------A-NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
1 ATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTTGTTAAAACAGATTATAATTAA
*****************************************************************
28708 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
66 ATGTCTGCCTCGAGAAACATGAAGAAAAGCTATTCATTGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCA
*****************************************************************
28773 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
131 TGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAA
*****************************************************************
28838 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
196 ATTTTTTAACATTTTTAGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTTAGGAAACATGAAGAAA
********************************************
28903 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNCTTCGAAAGCCTTATTACTCG
261 AAGTCATTCATTAACAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACCCATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCG
*
28968 TTTTAAATGGTTTT
326 CTTTAAATGGTTTT
* * * * * * * * * ***
28982 ATAATCTCATAATTTATTTCAATTTGAATGTTTTTACATTTTTGGTTAAAATATAATATAACGGA
1 ATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTTGTTAAAACAGATTATAATTAA
* * ** * * * * *
29047 CTATCTATCTCAAGAAA-AGTGAAGCAAAAGAC-AATCATTGGAGAAAAAAGTTCATTTATAGTC
66 ATGTCTGCCTCGAGAAACA-TGAAG-AAAAG-CTATTCATTGCA-AGAAAAGTCCATTTATAGTC
* * ** ********** *
29110 ACTCATACCTTTGAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATTATTTTATNNNNNNNNNNTTAATTTTA
127 AC-CATGCC-TTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTA
* * * * * * * * *
29175 AGTTGAATTTTTTTATATTTTTTGTTAGAATAAATTATAATAGAATGTCTGCC-TAGGAAAACAT
190 AGTTAAATTTTTTAACATTTTTAGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTTAGG-AAACAT
* ** * ********** * *
29239 GAAGAAAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTNNNNNNNNNNCATACCTTCAAAAGCCTTA
254 GAAGAAAAAGTCATTCATTAACAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACCCATGCCTTCGAAAGCCTTA
* *
29304 ATACTCACTTTAAATGGTTTT
319 TTACTCGCTTTAAATGGTTTT
* ** * * * *
29325 ATAATCTCTTAATTGATTTTAAGTTGAGGTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGATTATATTTGA
1 ATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTTGTTAAAACAGATTATAATTAA
* * * * * * * *
29390 GTGTCTACCTCAAGAAACATGAAGCGAAAGCCATTCATAGGTACGAAAAGT-CATTTCATAGTCA
66 ATGTCTGCCTCGAGAAACATGAAG-AAAAGCTATTCAT-TGCAAGAAAAGTCCATTT-ATAGTCA
* * * * * *
29454 CTCAAGCCTTCGAAAGCCTTTTTACTCACTTTAAATGATTTTATAATCTCATAATAGATTTTAAG
128 C-CATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAG
* * * * ** * *
29519 -TAGAATTTTTTTATAGTTTTAGTTAAAACAGTTTATAATTGAATGTCTGTCTCAGAAAACATGA
192 TTA-AATTTTTTAACATTTTTAGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTTAGGAAACATGA
* * * * *
29583 AGAAAAAGCCATTCATTAGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTGACCCATGCCTTCAAAAGCCTTATT
256 AGAAAAAGTCATTCATTAACAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACCCATGCCTTCGAAAGCCTTATT
** **********
29648 ACTAACTNNNNNNNNNNTT
321 ACTCGCTTTAAATGGTTTT
* * * * * * *
29667 CTAATCTCATAATTGATTTTAAGTTG-ATTTTTTTGACAATTTTTATTAAAACAAACTATAATTG
1 ATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTT-ATATTTTTTGTTAAAACAGATTATAATTA
* * * * *
29731 ATTGTCTACCAT-GGGAAATATGAAGAAAAAG-TCATTCATTGAGAAGAAAAGTCCATTTATAGT
65 AATGTCTGCC-TCGAGAAACATGAAG-AAAAGCT-ATTCATTG-CAAGAAAAGTCCATTTATAGT
* * * * *
29794 CACCCATACCTTTAAAAGCCTTATAACTCACTTTAAATGGTTTTATCATCTCATAATTGATTTTA
126 CA-CCATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTA
* * * * * * * * *
29859 AGTTGAATTTCTTAACATTTCTAGTTAAAA-AAATTATAATTAAATGTCTGCCTCAAGAAACGTG
190 AGTTAAATTTTTTAACATTTTTAGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTTAGGAAACATG
* ** * * *
29923 ATGAAAAACCCAATCATTAACAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACCCATGCCTTCGAAAACGTTAT
255 AAGAAAAAGTCATTCATTAACAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACCCATGCCTTCGAAAGCCTTAT
**********
29988 TACTCGCTTNNNNNNNNNNT
320 TACTCGCTTTAAATGGTTTT
* *
30008 ATAATCTCATAATTGATTTTAAGTT-AATTTGTTTTATATTTTTTGTTAAAACAAATTATAATTG
1 ATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTT-TTTTATATTTTTTGTTAAAACAGATTATAATTA
** * * * *
30072 AATGTCTGCCTTAAGAAAAATGGAGGAAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAGTCTATTTATAGTCA
65 AATGTCTGCCTCGAGAAACAT-GAAGAAAAGCTATTCATT-GCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCA
* * * * * * *
30137 CATATGCCTTCATAAGCCCTGTTATTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAGG
128 C-CATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAG
** * * * * * *
30202 TTGAGGTTTTTT-ACATTTTTGGTTAAAACAGATTATATTTGAGTGTTTACCTCTA-GAAACCTA
192 TT-AAATTTTTTAACATTTTTAGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCT-TAGGAAACATG
** * * * * * * *
30265 AACCAAAAGTCATCCA-TAGGC-ACAAAAGTCT-TTTCATAGTCACTCAAGCCTTCAAAAACCTT
255 AAGAAAAAGTCATTCATTA-ACAAGAAAAGTCTATTT-ATAGTCACCCATGCCTTCGAAAGCCTT
* * *
30327 CTTACTCACTTTAAAAGGTTTT
318 ATTACTCGCTTTAAATGGTTTT
* * * * * * * *
30349 ATAATCTCATAATTTATTTTAAGTAGAATTATTATATATTTTTAGATAAAATAGTTTATAATTGA
1 ATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTTGTTAAAACAGATTATAATT-A
* ** * ** * * *
30414 AA-ATCTGTAT-TAGGAAATGTGAAGAAAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATATCTAGTC
65 AATGTCTGCCTCGA-GAAACATGAAG-AAAAGCTATTCATT-GCAAGAAAAGTCCATTTATAGTC
** * * *
30477 ACCCATGCCTTTGAAAGCCTTATTACTTGCTTTAAATGGTTTTCTGATCTCATAATTGATTTTAA
127 A-CCATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAA
* * * * * *
30542 GTTGAA-TTTTTATA-ATTTTTA-TTAAAAAAAACTATAATTGATTGTCTATCTT-GGAAAACAT
191 GTTAAATTTTTTA-ACATTTTTAGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTTAGG-AAACAT
* * * *********** *
30603 GAAGAAAAAGCCATTCATTGAGAAGAAAAGTCCNNNNNNNNNNACCCATGCCTTCAAAAGCCTTA
254 GAAGAAAAAGTCATTCATTAACAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACCCATGCCTTCGAAAGCCTTA
*
30668 TAACTCGCTTTAAATGGTTTT
319 TTACTCGCTTTAAATGGTTTT
* * * **
30689 ATCATCTTC-TAATTGATTTTAAGTT-AATTTTTTTTATAGTTTTTATTAAAACAGATTATAAAG
1 ATAATC-TCATAATTGATTTTAAGTTGAA-TTTTTTTATATTTTTTGTTAAAACAGATTATAATT
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30752 GAATGTCTGCCTTGGGTAACATAAAGAGAATGCTATTCATTGATAAGAAAAGTGTATTTATAGTC
64 AAATGTCTGCCTCGAGAAACATGAAGA-AAAGCTATTCATTG-CAAGAAAAGTCCATTTATAGTC
* * * * *
30817 ACCCATGCCTTCAGAAGCCTTAGTACACGTTTTAAGTGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAA
127 A-CCATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAA
* * * * * * * * *
30882 GTTAAATTCTTTAACATTTCTATTTAAAACAAATTATAACTGAATGTCTGCCTCAAGATACATGA
191 GTTAAATTTTTTAACATTTTTAGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTTAGGAAACATGA
* ** ***
30947 TGAAAAACCCATTCATTAACAAGAAAAGT-TCATTTATAGTCACCCATGCCTTCGAAAGCCTNNN
256 AGAAAAAGTCATTCATTAACAAGAAAAGTCT-ATTTATAGTCACCCATGCCTTCGAAAGCCTTAT
*******
31011 NNNNNNNTTTAAATGGTTTT
320 TACTCGCTTTAAATGGTTTT
* * * * * ** *
31031 ATCATCTCATAATTGATTTTGAGTTAAATTTTTTTACATTTCTTGTTAAATTAGATTATAATTGA
1 ATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTTGTTAAAACAGATTATAATTAA
** * * * *
31096 ATGTCTGCCTTAAGAAATATGGAGGAAAAGCCATTCATTGGCAAAAAAAGTCCATTTATAGTCAC
66 ATGTCTGCCTCGAGAAACAT-GAAGAAAAGCTATTCATT-GCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCA-
* * ********** * *
31161 CCATACCTTTAAAAGCCNNNNNNNNNNCTTTAAATGGTTTTCTAATCTCATAATTGATATTAAGT
128 CCATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGT
* * * * * *
31226 TAAATTTTTTTATAGTTTTTA-TTAAAATAGATTATAATTGAATATC--CGTCACGGGAAACAT-
193 TAAATTTTTTAACA-TTTTTAGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTTA--GGAAACATG
*** * * * *
31287 AA-AACAAAGAT-ATTCATTGGTAAGAAAAGTCTATATATAGTCACTCATGCCTTCAAAAGTCTT
255 AAGAA-AAAG-TCATTCATTAACAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACCCATGCCTTCGAAAGCCTT
* **
31350 ATTACTCGTTTTAAATTTTTTT
318 ATTACTCGCTTTAAATGGTTTT
* * * ********** * *
31372 CTATTCTTATAATTGATTTTAAGTTGAATTNNNNNNNNNNTTTTATTAAAACAGGTTATAATTAA
1 ATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTTGTTAAAACAGATTATAATTAA
* * * *
31437 ATGTCTGCCTC-AGGAAACATAAAGGAAAGATATTTATTGGCAAGAAAA-TCCCATTTATAGTCA
66 ATGTCTGCCTCGA-GAAACATGAAGAAAAGCTATTCATT-GCAAGAAAAGT-CCATTTATAGTCA
* * * * * *
31500 CCTAAGCCTTCAAAAGTCTGATTACTCACTTTAAATGGTTTAATAATCTCATAATTGATTTTTTA
128 CC-ATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGA-TTTTAA
* * * * * * *
31565 GTTGAATGTTTTT-ACATTTTTTGTTAAAACAGATAATAATTGAATGTCTTCTTTAGGAGACAAG
191 GTTAAAT-TTTTTAACATTTTTAGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTTAGGAAACATG
* *** * * *
31629 AAGAAAAAGTCATTTATTGGGAAGAAAAGTCCT-TTTATAGTCACCCATGCCTTCAAAAACGTTA
255 AAGAAAAAGTCATTCATTAACAAGAAAAGT-CTATTTATAGTCACCCATGCCTTCGAAAGCCTTA
* *
31693 TAACTCGCTTTAAATGGTTTA
319 TTACTCGCTTTAAATGGTTTT
* ** * *
31714 ACAATCTCATAATTGATTTTAAGTAT-AAGCTTTTTACATTTTTTGTTAAAACAGATTATAATTG
1 ATAATCTCATAATTGATTTTAAGT-TGAATTTTTTTATATTTTTTGTTAAAACAGATTATAATTA
* * ** * *
31778 AATGTCTGCCATAG-GTAATGTGAAGAAAATG-TCATTCATTGATAAGAAAAGTCCATTTAT-TT
65 AATGTCTGCC-TCGAGAAACATGAAGAAAA-GCT-ATTCATTG-CAAGAAAAGTCCATTTATAGT
* * * * *
31840 CCACCCATGCCTTTAAAAGCCTTAGTA-TAAGCTCTAAATGGTTTTATAATCTCATAATAGATTT
126 -CA-CCATGCCTTCAAAAGCCTTATTACT-CGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTT
* * * * * * **
31904 TAGGCTAAATTTTTTAACATTTTTAGTTAAAACAGATTTTAATTAAATGTTTACCTCAACAAACA
188 TAAGTTAAATTTTTTAACATTTTTAGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTTAGGAAACA
* * * * * * * *
31969 TGATGAAAAAGTTATTCATTAACAAGAAAAGTCCATATATGGTCACTCATTCCTTCGAAAGCTTT
253 TGAAGAAAAAGTCATTCATTAACAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACCCATGCCTTCGAAAGCCTT
*
32034 CTTACTCGCTTTAAATGGTTTT
318 ATTACTCGCTTTAAATGGTTTT
********** * ** * *
32056 ATANNNNNNNNNNTGATTTTAAGTTGAACTTTTTTACCTTTTTTGTTAAAACATATTATAATTGA
1 ATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTTGTTAAAACAGATTATAATTAA
* * * * * * *
32121 ATATTTACCTCGAGAAACATGGAGCAAAAGCTATCCATTGACACGAAAACTCC-TTTCATAGTCA
66 ATGTCTGCCTCGAGAAACATGAAG-AAAAGCTATTCATTG-CAAGAAAAGTCCATTT-ATAGTCA
** * * * * ** *
32185 TTTAAGCCTTCGAAAGTCTTATTACGCGCTTCGAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAG
128 -CCATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAG
** * * * * * * * *
32250 TTGAGTTTTTTTTTACATTTTTTA-CTAAAACAGATTAGAATTGAATATATGCCCTAAGAAACAT
192 TT-A-AATTTTTTAACA-TTTTTAGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTTAGGAAACAT
* * * * *
32314 TAAGAAAAAGAT-ATTCA-TAGGCAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACTCGTTCCTTCGAAAGCCT
254 GAAGAAAAAG-TCATTCATTA-ACAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACCCATGCCTTCGAAAGCCT
* **
32377 TATTACTCACTTTAAATTATTTT
317 TATTACTCGCTTTAAATGGTTTT
* * * * * * * * *
32400 ATAATCTCGTAATTGACTTTAGGCTGAATTTTTTAACATTTTTGGTTGAAACAAATTATAATTAA
1 ATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTTGTTAAAACAGATTATAATTAA
* * ** ** * *
32465 ATGTTTGACTTAAGAAATGTGAAGAAAAAGCCATTCATTGGCATGAAAAGTCCATTTATAGTCAC
66 ATGTCTGCCTCGAGAAACATGAAG-AAAAGCTATTCATT-GCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCA-
* * * * * ****
32530 CCATGCTTTTAAAAGCTTTATTACTCGCTGTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTNNNNN
128 CCATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTT-TAAG
***** * * * **
32595 NNNNNTTTTTTTACACTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTGTCTCT-GGAAACAT-A
192 TTAAATTTTTTAACATTTTTAGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCT-TAGGAAACATGA
* * * * * **
32658 AGGAAAAAG-C---CATT--CATGAAAGGTCCATTTATAGGCACCCATGCTTTTAAAAGCCTTAT
256 A-GAAAAAGTCATTCATTAACAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACCCATGCCTTCGAAAGCCTTAT
* * **********
32717 TGCTCACTTNNNNNNNNNNT
320 TACTCGCTTTAAATGGTTTT
* ** * * * *
32737 ATAATCTCATAATTGATTTCAAGTTAGAATTTTTGGCA-A-TTTTGGTTAAGACAGACTGTAATT
1 ATAATCTCATAATTGATTTTAAGTT-GAATTTTT-TTATATTTTTTGTTAAAACAGATTATAATT
* * * * * * * * *
32800 GATTGCCTACC-CTAGAAAATATGAAGAAAAATCTATTCATTAGGGAA-AAAAGTCCATATATAG
64 AAATGTCTGCCTCGAG-AAACATGAAG-AAAAGCTATTCATT--GCAAGAAAAGTCCATTTATAG
* * * * ** * * *
32863 TCACCCATACCTTCAAAAGTCTGATAACTCATTTTCAATGGCTTTATAATCTCATAAGTGATTTT
125 TCA-CCATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTT
* * * * * ** *
32928 AAGTGT-AATGTTTTT-ACATTTTTGGTTAAAACAAATCATAATTAAATGTCTGCCTCGGGTAAC
189 AAGT-TAAAT-TTTTTAACATTTTTAGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTTAGGAAAC
* * * * *
32991 ATGAAG-AAAATTCCATTCATTGATA-AACAAAAGT-TCATTTACAGTCACACATGCCTTCAAAA
252 ATGAAGAAAAAGT-CATTCATT-A-ACAAGAAAAGTCT-ATTTATAGTCACCCATGCCTTCGAAA
* * * *
33053 GTCTTAGTACAT-GCTTTAATTAGTTTT
313 GCCTTATTAC-TCGCTTTAAATGGTTTT
********** * * * * *
33080 ATAATCTCATAATTGATTTNNNNNNNNNNTTTTTTACATTTTTGGTCAAAATAGATTATAATTGA
1 ATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTTGTTAAAACAGATTATAATTAA
* * * * * * *
33145 ATGTTTGCCTCTAAAAACATGAGGAAAA---AGTCATT-CATGAAAAGTCCATTTATAGGCACCC
66 ATGTCTGCCTCGAGAAACATGAAGAAAAGCTATTCATTGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCA-CC
* * * ** * *
33206 ATGCTTTTAAAAGCCTTATTGCTAACTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTCAAGTTA
130 ATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTA
* ** * * * * * * ** *
33271 AAATTTTTGGCAGTTTT-GATTAAGACAGACTGTAATTGATTGCCTACCCCAGAAAACATGAAGA
195 AATTTTTTAACATTTTTAG-TTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTTAGGAAACATGAAGA
** * * *
33335 AAAAG-CTATTCATTAGGGAA-AAAAGTCCATTTATAGTCACCTATACCTTC-AGAAGNNNNNNN
259 AAAAGTC-ATTCATTA-ACAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACCCATGCCTTCGA-AAG-------
**************************
33397 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
314 ----------CCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTT
*****************************************************************
33433 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
1 ATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTTGTTAAAACAGATTATAATTAA
*****************************************************************
33498 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
66 ATGTCTGCCTCGAGAAACATGAAGAAAAGCTATTCATTGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCA
*****************************************************************
33563 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
131 TGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAA
******************** ** ** * * ** * *
33628 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNAAGCCTTATTACTCACTTTAAAT-T-T-TTTTA-TAATCTCAT-A
196 ATTTTTTAACATTTTTAGTTAAAACAGATTA-T-A-ATTGAATGTCTACCTTAGGAA--ACATGA
** * * * * * * * *
33688 ATTGATTTTAGGTTGAATT-TTTAACATTTTTGGTTAAAA-TATA-TTATAATGGACTGTC-TG-
256 A--GA--AAAAG-T-CATTCATTAACA-----AG--AAAAGTCTATTTATAGT-CAC--CCATGC
* * ** ** ** * **
33748 TTTCAGTAAACATGAAGCAAAAGACATCTATTGGAGAGAAAAGTTCATT
305 CTTC-G--AA-A-G--CCTTATTAC-TCGCTT---TA-AATGGTT--TT
** * * * * ** * *
33797 -TAAAGTCACTCA-TGCTTTTGAAAGCATT-ATTTCTTGCTTTAAATGATTTGATAATCTCACA-
1 ATAATCTCA-TAATTGATTTT--AAG--TTGAATT-TT--TTTATATTTTTTGTTAA---AACAG
* * * * * ** * * * *
33858 ATTAGTTATATGTTGAATTTTTTTACATTTTTTATTAATACA--AATTATAATTG-AATGTC-TG
55 ATTA--TA-A--TT-AA-ATGTCTGC---CTCGA-GAA-ACATGAA-GA-AA-AGCTAT-TCAT-
* * ** *** * * * **** * * * * *
33919 TCCAGGGAAACA-TGAAGAAAAAGCCAATCATTGCAAAGAAAAGTCTATTTATAGTCAC-CT--A
103 TGCA-AGAAA-AGTCCATTTATAGTC-ACCA-TGCCTTCAAAAGCCT-TAT-TACTCGCTTTAAA
** * * * * * * * * **** ** *
33980 TGCATTTAAAAGCCTTATTACTCACTTTAA-ATANNNNNNNNNNCTCATAATTGATTTTAAGTTA
162 TGGTTTTATAA-TCTCATAATTGATTTTAAGTTA-------AATTTTTTAA--CA-TTT---TT-
* * * *
34044 AATTTTTTGGCATTTTTTATTAAAAAAGACTATAATTCATTGTCTACCTT-GAGAAACATGAAGA
212 -A-------G---------TTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTTAG-GAAACATGAAGA
*** ** * * * * ** *
34108 AAAAG-CTATTCATTGGGAAGATTAGACCATTGATAGTCACCCATACCTTTAAAAGCCTTATAAC
259 AAAAGTC-ATTCATTAACAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACCCATGCCTTCGAAAGCCTTATTAC
34172 TCGCTTTAAATGGTTTT
323 TCGCTTTAAATGGTTTT
* * * * **
34189 ATAATATCAT--TTGATTTTAAGATGAATTTTTTTACA-TTCTTGATTAAAACAGATTATAATGG
1 ATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTTG-TTAAAACAGATTATAATTA
* * * *
34251 AATGTCTGCCTTGAGCAACATGAACAAAAGGCTATTCATTGTTAAGAAAAGTCCATTTATAGTCA
65 AATGTCTGCCTCGAGAAACATGAAGAAAA-GCTATTCATTG-CAAGAAAAGTCCATTTATAGTCA
* * * * *
34316 CCCATGCCTTCAAAAGCCTTAGTACACCCTTTAAATGGTCTTATAATCTCATAATTGATTTTATG
128 -CCATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAG
* * * * * **
34381 TTGATTTTTTTAATATTTTTTA-TTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTCATGAAATGTGA
192 TTAAATTTTTTAACA-TTTTTAGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTTAGGAAACATGA
* * * * *
34445 TGAAAAAGCCATTCATTAACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCTATGCCTTTGAAAGCCTTATT
256 AGAAAAAGTCATTCATTAACAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACCCATGCCTTCGAAAGCCTTATT
* *
34510 ACTCGGTTTACATGGTTTT
321 ACTCGCTTTAAATGGTTTT
* * ** * *
34529 ATAATTTCATAATTGATTTTAAGTTAGATTTTTTTTATATTTTTTAATAAAACAGATTATAACTG
1 ATAATCTCATAATTGATTTTAAGTT-GAATTTTTTTATATTTTTTGTTAAAACAGATTATAATTA
* * * *
34594 AATGTCTTCCTCAAGAAACATGAAGAAAAAGCTATTCATTAGCAAGAAAAGTCTATTTATAGGCA
65 AATGTCTGCCTCGAGAAACATGAAG-AAAAGCTATTCATT-GCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCA
* * * * * *
34659 TCTATG-CTATCAAAAGCCTTATTACTCGTTTTAAATGGTTTTATAATATCACAATTGACTTCAA
128 -CCATGCCT-TCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAA
* *** * * * *
34723 GTTGAATTTTTTTGTATTTTTGGTTAAAATAGATTACAATTGAATGTCTACCTTAGGAAACGTGA
191 GTTAAATTTTTTAACATTTTTAGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTTAGGAAACATGA
** * * * ** *
34788 AG-AAAAG-CTATTCATTAGTAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCTATACCTTTAAAAGCGTTAT
256 AGAAAAAGTC-ATTCATTAACAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACCCATGCCTTCGAAAGCCTTAT
* * *
34851 TGCTCACTTTAAATGATTTT
320 TACTCGCTTTAAATGGTTTT
* * * * * * *
34871 ATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTGTATTTTACATTTTTAGTTCAAATAGATCACATTT
1 ATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATT-T-TTTTATATTTTTTGTTAAAACAGATTATAATT
* * * * * * * * * *
34936 AAATGTCTGGCTCAAAAAACTTAAAGAAAGTGATATCCATTAGC-AGAAAAGTCTAGTTATAGTC
64 AAATGTCTGCCTCGAGAAACATGAAGAAA-AGCTATTCATT-GCAAGAAAAGTCCATTTATAGTC
* * **********
35000 ACTTATGCCTTTAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTNNNNNNNNNNATAATTGATTTTAA
127 AC-CATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAA
* * * * ** **
35065 GTTAAATTTTTTAATATTTTTAGTTAAAACATATTATAATTGAATGTCTGCCTCAATAAATGTGA
191 GTTAAATTTTTTAACATTTTTAGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTTAGGAAACATGA
* * * * * * *
35130 TA-AAAGAGTAATTCATTAATAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACGCATACGATT-GAAAGCCTTA
256 -AGAAAAAGTCATTCATTAACAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACCCATGC-CTTCGAAAGCCTTA
*******
35193 TTACTCGCTTTAAANNNNNNN
319 TTACTCGCTTTAAATGGTTTT
*** * * * * *
35214 NNNATCTCATAATTGATTTTAAGTTCG-ATTGTTTTACATTTTTT-TAAAAAATAAATTATAATT
1 ATAATCTCATAATTGATTTTAAGTT-GAATTTTTTTATATTTTTTGT-TAAAACAGATTATAATT
* * ** * * * *
35277 AAATATTTATCTC-ATGAAACATGAAAGAAAAGCCATTCATTAGTAAGAAACGTCTATTTATAGT
64 AAATGTCTGCCTCGA-GAAACATG-AAGAAAAGCTATTCATT-GCAAGAAAAGTCCATTTATAGT
** * * * *
35341 CACCCATGTTTTCAAAAGTCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTCTAATCTCATAATTAATTTTA
126 CA-CCATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTA
* * * * * * * * *
35406 ATTTTAATTGTTTT-ATATTTTTTGGTAAAACATATTATAATTGATTGTCTGCC-TCGAGAAACA
190 AGTTAAATT-TTTTAACATTTTTAGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTTAG-GAAACA
** * * * *
35469 TGAAGAAAAAGAAATTCATT-GCTAA-AAGAAGTCCATTTATAGTCACTCATACCTTTC-AAAGC
253 TGAAGAAAAAGTCATTCATTAAC-AAGAA-AAGTCTATTTATAGTCACCCATGCC-TTCGAAAGC
**
35531 CTTATTACTCGCTTTAAATAATTTT
315 CTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTT
******************************
35556 ATAATCTCATAATTGATTTTAAGTNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
1 ATAATCTCATAATTGATTTTAAGT-----------TGAATTTTTTTATATTTTTTGTTAAAACAG
*****************************************************************
35621 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
55 ATTATAATTAAATGTCTGCCTCGAGAAACATGAAGAAAAGCTATTCATTGCAAGAAAAGTCCATT
*************** *
35686 NNNNNNNNNNNNNNNTTCAAAAGCCTTATTACAT-GCTTTAAATGATTTTATAATCTCATAATTG
120 TATAGTCACCATGCCTTCAAAAGCCTTATTAC-TCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTG
* * ** * * * * *
35750 ATTTTCAGTTGTAA-TTTTTAGTATTTTTAGTTAAAACATACTGTAATTGATTGTATACCTT-GA
184 ATTTTAAGTT-AAATTTTTTAACATTTTTAGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTTAG-
* *** ** *
35813 GAAACAAGAAGAAAAAG-CTATTCATTGGGAAGAAAAGT-TCATTTATAGTCACTTATGCCTTCA
247 GAAACATGAAGAAAAAGTC-ATTCATTAACAAGAAAAGTCT-ATTTATAGTCACCCATGCCTTCG
* * *
35876 AAAGCCTTATAAATCGCTTTAAATGGCTTT
310 AAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTT
** * * *
35906 ATAATCTCATAATTGATTTTAAG-TGTAATTTTTTTATA-TTTTAATTAAAACAAATTATAGTTG
1 ATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTG-AATTTTTTTATATTTTTTGTTAAAACAGATTATAATTA
* * * * * * * * *
35969 AATGTTTGCCTTGGGTAACATGAAGAAAACGCCACTCATTGGTAAAAAAAAGTCTATTTATAGTC
65 AATGTCTGCCTCGAGAAACATGAAGAAAA-GCTATTCATT-G-CAAGAAAAGTCCATTTATAGTC
* * * * * *
36034 ACCCATGCCTTCAAAACCCTTAGTACACGTTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAG
127 A-CCATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAA
* * * * * * **
36099 GTTGAATGTTTTAACATTTTTAGTTAAAATAGATTATAATTGAAAGTCTGCCTCAAAAAACATGA
191 GTTAAATTTTTTAACATTTTTAGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTTAGGAAACATGA
* * * * * * ********
36164 TGAAAAAGCCATTTATTAACAAG-AAAGTCCATTTATAGTCACCCATACCTTCAAAANNNNNNNN
256 AGAAAAAGTCATTCATTAACAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACCCATGCCTTCGAAAGCCTTATT
** * ***
36228 NNTCACTTTAAATTACTTT
321 ACTCGCTTTAAATGGTTTT
* * **
36247 ATAATCTCATAATTGATTTTAGGTTGAATTTTTTAATAGATTGAATTTT-TTAATATTTTTAG-T
1 ATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTT--TATATT---TTTTGTTAA-A---ACAGAT
* * * * * * ** *
36310 TAAAATATATTATAATGGAT-TG--TC---TATC-TTAGGAAATGTTAAGCA--G-AAG-ACA-T
57 T---ATA-ATTA-AAT-G-TCTGCCTCGAGAAACATGAAGAAAAGCTATTCATTGCAAGAAAAGT
* * ** * * * * *
36363 CCATTGGAGAG--AAAATTTCATTTAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTAGAATCTCA
115 CCATT-TATAGTCACCA-TGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCA
* * * **********
36426 TAATTGGTTTTAAGTTAAATTTTTTTATATNNNNNNNNNNAACAGATTATAATTGAATGTCTACC
178 TAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTAACATTTTTAGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACC
* * * *** * * *
36491 TCAGGAAAGATGAATAAAAA-T-ATACTCATTTGTAAGAAAAGTCCAATTATAGTCACCTATGCC
243 TTAGGAAACATGAAGAAAAAGTCAT--TCATTAACAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACCCATGCC
* * **
36554 TTC-AAATCCTTATTACTCACTTTAAATATTTTT
306 TTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTT
* * * * *
36587 ATAATCTCATAACTGATTTTAAGTTAAAGTTTTTTACATTTTTTTGTTAAAACAGATTATAATTG
1 ATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATA-TTTTTTGTTAAAACAGATTATAATTA
* * * *
36652 AATGTCTGCCTCTAGAAAGATGAAGAAAAAGATATTCATTTGCAAGAAAAGTCTATTTATAGTCA
65 AATGTCTGCCTCGAGAAACATGAAG-AAAAGCTATTCA-TTGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCA
* * * *********** **
36717 CCCATGCCATCAAAAACCTTATTACTCACTTTAAATGANNNNNNNNNNTTTTAATTGATTTTAAG
128 -CCATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAG
* * * * ** * ** ** **
36782 TTGAATGTTTTTTACATTCTTGGTTCAAAA-AGATTATGTTTAAATGTCTGGCTTAAAAAATGTG
192 TTAAAT-TTTTTAACATTTTTAGTT-AAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTTAGGAAACATG
* * * **
36846 AAGAAAAAG-CTATTCACTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTTATGCCTTC-AAA-----A
255 AAGAAAAAGTC-ATTCATTAACAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACCCATGCCTTCGAAAGCCTTA
36904 --A--C-C-TT--A------T
319 TTACTCGCTTTAAATGGTTTT
* * * * * * * *
36911 -T-A-CTCATAATTGATTTCAAGTTAAATTTTTTTTAAAATTTTTATTAAAATATATTATAATTG
1 ATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAA-TTTTTTTATATTTTTTGTTAAAACAGATTATAATTA
* * * * * * * * *
36973 AATATTTACCTC-A-AAAAATGTAAAGCAAAAGCCATCCACTGGCACGAAAAGT-CGTTTCATAG
65 AATGTCTGCCTCGAGAAACATG--AAG-AAAAGCTATTCA-TTGCAAGAAAAGTCCATTT-ATAG
** * * *
37035 TCACTCAAACCTTCGAGA-CTCTTATTACTCG-TGTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATT
125 TCAC-CATGCCTTCAAAAGC-CTTATTACTCGCT-TTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATT
* * * ** * * * * * *
37098 TTAAGTCAAATTTTTTTATATTTTGGGTTAAAACAGATTTTAACTGCATATCTACCTCA-AATAA
187 TTAAGTTAAATTTTTTAACATTTTTAGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTTAGGA-AA
** * *** *
37162 TGTGAAGAAAAAGCCATTCATTGGTAAGAAAAGTCTATTTATA--C-CCCATGCCTGCGAAAGCC
251 CATGAAGAAAAAGTCATTCATTAACAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACCCATGCCTTCGAAAGCC
*
37224 TTAGTACTCGCTTTAAATGGTTTT
316 TTATTACTCGCTTTAAATGGTTTT
* * * * * * * *
37248 ATAATCTCATTATTGATTTT-AGCTTAAATGTTTTAATA-TTTTAGTTCAAATAGATTATAATTG
1 ATAATCTCATAATTGATTTTAAG-TTGAATTTTTTTATATTTTTTGTTAAAACAGATTATAATTA
* * * * * **********
37311 AATGTTTGCCTCAAGAAACATGATGAAAAAGCCATTCATTGATAAGANNNNNNNNNNTATAGTCA
65 AATGTCTGCCTCGAGAAACATGAAG-AAAAGCTATTCATTG-CAAGAAAAGTCCATTTATAGTCA
* * *
37376 CTCATGCCTTCGAAAA-CTTTATTACTCAG-TTTACATGATTTTATAATCTCATAATTGATTTTA
128 C-CATGCCTTC-AAAAGCCTTATTACTC-GCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTA
** * * * * ** *
37439 TA-TTGGATATTTTT-ATATTTTTTGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTGCCTCAAAAAATA
190 -AGTTAAAT-TTTTTAACATTTTTAGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTTAGGAAACA
* * ** * * * * * **
37502 TGAAGGAAAAA-CCGTTCATTGGCAAAAAAAGCCTATTGATAGTCATCCAAGCCTTTAAAAGCCT
253 TGAA-GAAAAAGTCATTCATTAACAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACCCATGCCTTCGAAAGCCT
* **
37566 TATTACTC-ATTTGAAATAATTTT
317 TATTACTCGCTTT-AAATGGTTTT
* * * * ** * *
37589 AT-AGC-C-T--TTAAATTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTAATTAAAATAGATTATAATTGA
1 ATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTTGTTAAAACAGATTATAATTAA
* * * * * *
37649 ATGTCTACCTC-AGGTAACGTGAAGAAAATACTATTCATTGATAAAAAAAGTCCATTTATAGTCA
66 ATGTCTGCCTCGA-GAAACATGAAGAAAA-GCTATTCATTG-CAAGAAAAGTCCATTTATAGTCA
* * * * * * *
37713 CCTATGCCTTTAAAAGCCTTAGTACAT-ACTTTAAATAGTTTCATGATCTCATAATTGATTTTAG
128 CC-ATGCCTTCAAAAGCCTTATTAC-TCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAA
* * * * * *
37777 GTTAAATTTTTTAACATTTGTGGTTAAAACAGATTATAATTAAATGTCTGCCTTAAGAAACGT-A
191 GTTAAATTTTTTAACATTTTTAGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTTAGGAAACATGA
* *
37841 ATGAAAAAGTCATTCATTAAGAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACCCATACCTTCGAAAGCCTTAT
256 A-GAAAAAGTCATTCATTAACAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACCCATGCCTTCGAAAGCCTTAT
* *
37906 TACTTAG-TTTACATGGTTTT
320 TAC-TCGCTTTAAATGGTTTT
* * * * * * ** * * *
37926 ATAATCTCATAATTAATTTGAAGCTGGATTCTTTTACATTTTTCATTAAAAC-GAATCATAAATG
1 ATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTTGTTAAAACAG-ATTATAATTA
* * * ** * * * *
37990 AATGTCTACCTTGGGAAACATGAAGAAAAATTCATTCCTTAGTAAGAAAAGTCAATTTATAGGCA
65 AATGTCTGCCTCGAGAAACATGAAGAAAAGCT-ATTCATT-GCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCA
* * * *
38055 TCTATGCCTTCAAAAGCGTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATTATAGATTTTAAG
128 -CCATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAG
* * * * * * *
38120 TTGATTTTTTTTACATTTTTTA-TTAAAATAGATTACAATTGAATGTCTACCTCAAGAAACATGG
192 TTAAATTTTTTAACA-TTTTTAGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTTAGGAAACAT-G
* * * * * *
38184 AA-AAAAAGGT-TTTGATTGACAAGAAAAGCCTATTTATAGTCACCCATACCTTCAAAAGCCTTA
255 AAGAAAAA-GTCATTCATTAACAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACCCATGCCTTCGAAAGCCTTA
***********
38247 TTACTNNNNNNNNNNAGTTTT
319 TTACTCGCTTTAAATGGTTTT
* * * * *
38268 ATAATCTCATAATTGATTTGAAGTTAAATATTTTTACATTTTTTGTTAAAACAGATTATAATTGA
1 ATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTTGTTAAAACAGATTATAATTAA
* * * * * * *
38333 ATGTTTGCCTTGGGAAGCGTGAAGAAAAAGATATTCATTGGCAAAAAAAGTCCATTTATAGTCAC
66 ATGTCTGCCTCGAGAAACATGAAG-AAAAGCTATTCATT-GCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCAC
* * * * * * * * *
38398 TTATGCCTTCAAAAGCATTCTTATTCGTTTTAAATGATTTTACAATCTCATAATTGATTTCAAAT
129 -CATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGT
* * * * * *
38463 TCAATATTTTTTTACATTTTT-GATTCAAATAGATTACATTTAAATGTC-ACC-T-------AT-
193 T-AA-ATTTTTTAACATTTTTAG-TTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTTAGGAAACATG
* * * * * * * *
38517 ---------TC---C-TT-GCTAGAAAAGTCTGTTTATAGTCACCTATTCCTTCAAAAACCATAT
255 AAGAAAAAGTCATTCATTAACAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACCCATGCCTTCGAAAGCCTTAT
* *
38568 TACTCCCTTTAAGTGGTTTT
320 TACTCGCTTTAAATGGTTTT
* * ** * * * * * * *
38588 ATAATTTAATAATTGATTTTAAG-TGAAAAGTTTTGACAGTTTTGGTTAAAACAGACTGTAATTG
1 ATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTG-AATTTTTTTATATTTTTTGTTAAAACAGATTATAATTA
* * * * * * * *
38652 ATTTTCTACCTTGGGAAACATGAAGCAAAAGTTATTCATTCGGAAGAAAAGTCCATGTATAGTCA
65 AATGTCTGCCTCGAGAAACATGAAG-AAAAGCTATTCATT-GCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCA
* ** * * *
38717 CCCATGTCTTTGAAAGCCTTATAACTCGCTTTAAATAGTGTTATAATCTCATAATTGATTTTAAG
128 -CCATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAG
* * * * * *
38782 TGT-AATTTTTTTATATTTTT-GTTTAATATAGATTATAA-AGAATGTCTACCTTAGGTAACATG
192 T-TAAATTTTTTAACATTTTTAG-TTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTTAGGAAACATG
* * * * * *
38844 AAGAAAACA-CCATTCATTGATAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACCCATACCTTCAAAAGCTTTA
255 AAGAAAA-AGTCATTCATTAACAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACCCATGCCTTCGAAAGCCTTA
* * *
38908 GTACACACTTTAAATGGTTTT
319 TTACTCGCTTTAAATGGTTTT
* * *
38929 ATAATCTCATAATTGATTTGAAG-TGTAATTTTTTTATATTTTTAT-TTAATATAGATTATAA--
1 ATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTG-AATTTTTTTATATTTTT-TGTTAAAACAGATTATAATT
* * * * * * ** *
38990 AGAATGTCTACCT-TAGGTAACGTGAAGAAAATACCATTCATTAATAAGAAAAGTCTATTTATAG
64 A-AATGTCTGCCTCGA-GAAACATGAAGAAAA-GCTATTCATT-GCAAGAAAAGTCCATTTATAG
* * * * * *
39054 TCACCCATACCTTTAAAAGCTTTAGTACACGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTAATTTT
125 TCA-CCATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTT
* * * * * * *
39119 AGGTTGAATGTTTTAACATTTTTAGTTAAAATAGATTATAATTTAATGTCTACGC-TAAGAAACG
189 AAGTTAAATTTTTTAACATTTTTAGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTAC-CTTAGGAAACA
* * * * * *
39183 TGATGAAAAAGCCATTCATCAAAAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCAAAAGCCTT
253 TGAAGAAAAAGTCATTCATTAACAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACCCATGCCTTCGAAAGCCTT
* * **
39248 TTTACTCACTTTAAATTATTTT
318 ATTACTCGCTTTAAATGGTTTT
********** * * * * * *
39270 ATAATCTCANNNNNNNNNNTACGTTAAATTTTTTAATATTTTTTATTAAAATATATTATAA-TAG
1 ATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTTGTTAAAACAGATTATAATTA-
* * ** * * * * * * * *
39334 ACTATCTATCT-TATAAAACGTGAAACAAAAAAC-ATTCATTGGAGAGAAAAGTTCATTTAAAGT
65 AATGTCTGCCTCGA-GAAACATG-AA-GAAAAGCTATTCATTGCA-AGAAAAGTCCATTTATAGT
* ** ** * ** *
39397 CACTTATGCCTTTGAAAGTATTATTTCTTACTTTAAATGGTTTGATAATCTCATAATTGATTTTA
126 CAC-CATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTA
* * * * * * *
39462 AGTTAAATTTTTTAACATATTTGGTTAAAATAAATTATAATTGAATGTTTGCC-TAGGGAAACGT
190 AGTTAAATTTTTTAACATTTTTAGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTTA-GGAAACAT
* * * * * ** * * *
39526 GAAGAGAAAGCCAATCACT-GCAGAGAAAAGTCCGTTTATAGTCACCTATTCCTTCAAAAGCCTT
254 GAAGAAAAAGTCATTCATTAACA-AGAAAAGTCTATTTATAGTCACCCATGCCTTCGAAAGCCTT
* *********
39590 ATTACTCACTTTANNNNNNNNN
318 ATTACTCGCTTTAAATGGTTTT
** * * * *
39612 NNAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTTGTTAAAA-AAAATATAATTGA
1 ATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTTGTTAAAACAGATTATAATTAA
* * * * * * *
39676 ATGTTTGCCTTG-GAAAACAGGAAGAAAAAGATATTTATTTGTAAGAAAAGTCCATTTATAGTTA
66 ATGTCTGCCTCGAG-AAACATGAAG-AAAAGCTATTCA-TTGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCA
* ********** ** *
39740 CCCATGCCTTCGAAAGCCTTNNNNNNNNNNTTAAATTATTTTATAATCTCATAATTGATTTTATG
128 -CCATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAG
* * * * * * * * *
39805 TTAAA-TTTTTAATATTTTTTA-TTAAAATATATTATAATGGACTGTCTATCTCAGAAAACGTGA
192 TTAAATTTTTTAACA-TTTTTAGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTTAGGAAACATGA
* * ** * ** * * **
39868 AGCAAAAGACAACCATTGAA-GAGAAAAGT-TCATTTCA-AGTCACTTATACCTTTGAAAGTATT
256 AGAAAAAGTCATTCATT-AACAAGAAAAGTCT-ATTT-ATAGTCACCCATGCCTTCGAAAGCCTT
* * *
39930 ATTTCTTGCTTTAAATGGTTTG
318 ATTACTCGCTTTAAATGGTTTT
* * * * * * *
39952 ATAATCTCACAATTGATTTTACGTTTAA-TTTTTTA-ATTTGTTTCTTAAAACATATTATGATTG
1 ATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTT-TTTGTTAAAACAGATTATAATTA
* * * * * **
40015 AATGTTTACCTATG-GAAACGTGAAGAAAAAG-TGAATCATTATAGAGAAAAGTCCATTTATAGT
65 AATGTCTGCCT-CGAGAAACATGAAG-AAAAGCT-ATTCATTGCA-AGAAAAGTCCATTTATAGT
* * * *
40078 CACCATTTCTTTCAAAAGCCTTATTACTCGTTTTAAATGATTTTATAATCTCATAATTGATTTTA
126 CACCA-TGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTA
* * * * * *
40143 AGTTGAATTTTTTGATATTTTTTA-TTAAAACAGACTATAATTGATTGTCTA-CTTTGGAAAACA
190 AGTTAAATTTTTTAACA-TTTTTAGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTTAGG-AAACA
* ** * **
40206 TGAAGAAAAAGCCATTCATTAGGAAGAAAATGTC-ATTTATAGTCACTCATGCCTTTAAAAGCCT
253 TGAAGAAAAAGTCATTCATTAACAAGAAAA-GTCTATTTATAGTCACCCATGCCTTCGAAAGCCT
* * **
40270 TATAACTTGCTTTAAATAATTTT
317 TATTACTCGCTTTAAATGGTTTT
* * * * * *
40293 ATGAGCTCATAATTGATTTTAAG-TGTAATTCTTTTACATTTTTAGTTAAAATAGATTATAA-TA
1 ATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTG-AATTTTTTTATATTTTTTGTTAAAACAGATTATAATTA
* * * * * *
40356 GAATGTTTACCTCGGGTAATATGAAGAAAATG-TCATTCATTGATAAGAAAAGTCCATTTATAGT
65 -AATGTCTGCCTCGAGAAACATGAAGAAAA-GCT-ATTCATTG-CAAGAAAAGTCCATTTATAGT
* * *
40420 CACCTATGCCTTCAAAAG-CTCTATTACTCGTTTTAAAT--TATTTACAATCACATAATTGATTT
126 CACC-ATGCCTTCAAAAGCCT-TATTACTCGCTTTAAATGGT-TTTATAATCTCATAATTGATTT
* * * * * * * *
40482 TAGGTTGAATCTCTTAACATTTTTAGTTAAAATAAATTATAATTGAATGTCTACC-TCGAAAAAC
188 TAAGTTAAATTTTTTAACATTTTTAGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTTAG-GAAAC
* * * * * * * * * *
40546 ATGAA-AACAAAGAT-ATTCAATCACAAGAAAGGTCCATTCATAGACACTCATACCTTCAAAAGT
252 ATGAAGAA-AAAG-TCATTCATTAACAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACCCATGCCTTCGAAAGC
****
40609 CTTATTACTCGCTTTAAATGGNNNN
315 CTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTT
****** * * * * * * *
40634 NNNNNNTCATAATTAATTTTAAGTTAAATTTTTTAATATATTTTATTAAAACAAATTATAATTGA
1 ATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTTGTTAAAACAGATTATAATTAA
* * * * *
40699 ATGTTTTCCTC-AGGAAAGATGAAGAAAAAGATATTCATTGGCAAGAAAACTCCATTTATAGTCA
66 ATGTCTGCCTCGA-GAAACATGAAG-AAAAGCTATTCATT-GCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCA
* * **********
40763 CCCATGCTTTCAAAAGCCTTATTACTCACNNNNNNNNNNTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAG
128 -CCATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAG
* * * *
40828 TTAAATTTTTTAACATTTTT-GGTAAAACAGATTATAATTGAATGCCTGCCTCTA-GAAAGATGA
192 TTAAATTTTTTAACATTTTTAGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCT-TAGGAAACATGA
** * * * * *
40891 AGAAAAAGAT-ATTCATTTGCCAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCTATGCCTTCAAAATCCTTAT
256 AGAAAAAG-TCATTCATTAACAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACCCATGCCTTCGAAAGCCTTAT
** *
40955 TACTTTCTTTAAATGATTTT
320 TACTCGCTTTAAATGGTTTT
** * * * * * * *
40975 ATAATCTTTTAATTGATTTTAAGTTCAATTGTTTTTACATTCTTAGTTCAAATAGATTATATTTA
1 ATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATT-TTTTTATATTTTTTGTTAAAACAGATTATAATTA
* * * * *
41040 AATGTCTGGCTC-A-AAAAATGTTAAGAAAGAGTTACTCACTGACAAGAAAAGTCCATTTAT-GA
65 AATGTCTGCCTCGAGAAACATG--AAGAAA-AGCTATTCATTG-CAAGAAAAGTCCATTTATAG-
* * **********
41102 TCACTTATGCCTTCAATAA-CCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTNNNNNNNNNNTAATTGATTT
125 TCAC-CATGCCTTCAA-AAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTT
* * * * * * * *
41166 TAAGTTGAATTGTTTTAAAATTTATA-TTAAAATATATTGTAATTGAATGTTTACCTT--GAAAA
188 TAAGTTAAATT-TTTTAACATTTTTAGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTTAGGAAAC
* * * * * * * * ** * * *
41228 ACGTAAAACAAAAGCCATCCATTGACACGAAAAGTCCT-TTCATAGTCACTCAAACTTTTGAGAG
252 ATG-AAGA-AAAAGTCATTCATTAACAAGAAAAGT-CTATTTATAGTCACCCATGCCTTCGAAAG
*
41292 CCTTATTACTC-TTGTTAAATGGTTTT
314 CCTTATTACTCGCT-TTAAATGGTTTT
* * * * * *
41318 ATAATCTCATAATTGATTTTGACTTGAATTTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACATATTATAATTG
1 ATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAA-TTTTTTTATATTTTTTGTTAAAACAGATTATAATTA
* * * * ** *
41383 TATGTTTACCTC-AAATAATGTGAAGAAAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTC
65 AATGTCTGCCTCGAGA-AACATGAAG-AAAAGCTATTCATT-GCAAGAAAAGTCCATTTATAGTC
* * * * *
41447 ACCTATG-CTTACGAAAGCTTTAGTACTCGCTTTCAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTA
127 ACC-ATGCCTT-CAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTA
* * * * * * * * *
41511 GGTTGAATTTTTTTAATATTTTTTA-TTAGAATATATTATAATTAAATGTCAATCTTAGGAAACA
190 AGTT-AAATTTTTTAACA-TTTTTAGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTTAGGAAACA
* * ** * * * *
41575 TCAAGAAAAAGCCATTCATTTGCAAGAAAGGACCATTTATAGTTATCNNNNNNNNNNNNNNNNNN
253 TGAAGAAAAAGTCATTCATTAACAAGAAAAGTCTATTTATAGTCA-C------------------
***************** * * ****
41640 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNAATTGAATGT-CTAC-CTCAAGAAACAT-GAAGA
299 ----CCATGCCTTCGAAAGCCTT--AT-TACT-CGCT-T--TAA-ATGGTTTT
* * * **** * * * * *
41690 ACAAGC-CATTCATTGGAAGGAAAAG-TCAATTTATAGTCACCCATGCCTTCTAAAGCCTTATTA
1 ATAATCTCA-TAATT-G-ATTTTAAGTTGAATTT-T-TTTA--TAT---TT-T------TTGTTA
* * * * * * *
41753 ATCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATGATTAAATGTTTACGTCGAGAAACGTAAAGCAAAAGC
49 A--A----ACA--G-------AT-T-ATAATTAAATGTCTGCCTCGAGAAACATGAAG-AAAAGC
* * * * * * * *
41818 CATCCATTGACATA-AAAAGT-CGTTTCATAGTCAATCAAGCCTTCGAAAGCCTAATTACTCTCT
96 TATTCATTG-CA-AGAAAAGTCCATTT-ATAGTC-ACCATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCT
* * * *
41881 TTAAATGGTTTCATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTTAATTTTTTAACATTTTTGGTTAAAAAA
157 TTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTAACATTTTTAGTTAAAACA
* * * * * * * * * * * * *
41946 TATTATATTTTAATATCTACCTCAAGAAACAAGAAGCAAAAGCCATCCA-TAGGCATGAAAACTC
222 GATTATAATTGAATGTCTACCTTAGGAAACATGAAGAAAAAGTCATTCATTA-ACAAGAAAAGTC
* * * * * *
42010 T-TTTCATAGCCACGCA-GCGTTCGAAAGCCTTTTTACTCACTTTAAATGATTTT
286 TATTT-ATAGTCACCCATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTT
* * * * * * *
42063 ATAATTTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTCTACA-TTTTGGTTAAAACAAATTATAGTTGA
1 ATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTTGTTAAAACAGATTATAATTAA
* * * * * *
42127 ATGTTTGTCT-AAGAAAACATAAAGAAAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCCTTTATAGTCA
66 ATGTCTGCCTCGAG-AAACATGAAG-AAAAGCTATTCATT-GCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCA
* * * * * *
42191 CCCATACTTTCAAAAGCTTTATTACTCGCTTTCAAA-AGTTTTGTAATCTCATAATTAATTTTAA
128 -CCATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTT-AAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAA
* * * * *
42255 GTTGAATGTTTTT-ACATTTTTGGTTAAAACA-ATTATATTTGAATGTCTACCAT-GAAAAACAT
191 GTTAAAT-TTTTTAACATTTTTAGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTTAG-GAAACAT
* * * * * * * *
42317 GAA-CAAAA-TCTATCCA-TAGGCACGAAAAGTCT-TTTCATAGTCACTCAAGCCTTCAAAAGCT
254 GAAGAAAAAGTC-ATTCATTA-ACAAGAAAAGTCTATTT-ATAGTCACCCATGCCTTCGAAAGCC
* * *
42378 TTCTTACTCTCTTTAAATAGTTTT
316 TTATTACTCGCTTTAAATGGTTTT
********** * * *
42402 ATAATCTCATAATTGATTNNNNNNNNNNTTTTTTTATATTTTTAGTTCAAACAGATTATAATTGA
1 ATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTTGTTAAAACAGATTATAATTAA
* * * *
42467 ATGTCTACCT-AAGGAAATATGAAGAAAAAG-TCATTCATTGGGAAGAAAAGTCCATTTATAGTC
66 ATGTCTGCCTCGA-GAAACATGAAG-AAAAGCT-ATTCATT-GCAAGAAAAGTCCATTTATAGTC
* * * *
42530 ACCCATGCTTTCAAAAGCCTTATAACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTGTAA
127 A-CCATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAA
* * * * * * * *
42595 GTTGAATTGTTTTTACATTTTTAATTCAAACAGATTATAATGGAATGTCTACCTCAAGTAACATG
191 GTTAAATT-TTTTAACATTTTTAGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTTAGGAAACATG
* * * * ** *
42660 AAGAAAACG-CTATTTTC-TGATAC-A-AAAAGTCAATTTATAGCCA-CCATATCTTCAAAAGCC
255 AAGAAAAAGTC-A--TTCATTA-ACAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACCCATGCCTTCGAAAGCC
* * * ****
42720 TTAGTACACGCTTTAAATAGNNNN
316 TTATTACTCGCTTTAAATGGTTTT
****** * * * *
42744 NNNNNNTCATAATTGATTTTAGGTTGAATTTTTTAAT-TATTTTTGTTAAAATAGATTATAATTG
1 ATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATAT-TTTTTGTTAAAACAGATTATAATTA
* * * ** * * * * *
42808 AATATATGCCTCAAGAAATGTGATGAAAAGGCCATTCA-TGAATAAGAAAAGTCTATCTATAGTC
65 AATGTCTGCCTCGAGAAACATGAAGAAAA-GCTATTCATTG--CAAGAAAAGTCCATTTATAGTC
* * * *
42872 ACCTATGCCCTC-GAAGCCTTATTACTCAG-TTTACATGATTTTATAATCTCATAATTGATTTTN
127 ACC-ATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTC-GCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTT-
********* * * * *
42935 NNNNNNNNNTTTTT-ATATTTTTTGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTACCTTAGGAATCAT
189 AAGTTAAATTTTTTAACATTTTTAGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTTAGGAAACAT
* * * * * * * * * *
42999 GAAGGAAAAGCCATTCATTGATAAGAAAAGCCCATTTATAGTCACCAAAGCATTCAAAAGCCTTA
254 GAAGAAAAAGTCATTCATTAACAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACCCATGCCTTCGAAAGCCTTA
* * *
43064 TTACTCACTTTAAATAGTTTA
319 TTACTCGCTTTAAATGGTTTT
* ** * ** *
43085 AGAATCTCATAATTGATTTTTTTGTTGAATTTTTTTTTTTTTTGCATTTTTTGTTAAAATGGATA
1 ATAATCTCATAATTGA-TTTTAAGTTGAA-----TTTTTTTAT--ATTTTTTGTTAAAACAGATT
* * * * * *
43150 ATAATTAAATGTCTTCCTTG-GAAAATATGAAGAAAAAGCCATTCATTGGGAAGAAAAGCCCATT
58 ATAATTAAATGTCTGCCTCGAG-AAACATGAAG-AAAAGCTATTCATT-GCAAGAAAAGTCCATT
* ** * * * *
43214 TATGGTCACCCATATCTTTAAAAGCCTTATAACTCACTTTAAATGGTTTTATAGTCTCATAATTG
120 TATAGTCA-CCATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTG
* * * * * * *
43279 ATTTAAAGTTGAATGTTTTT-ACTTTTTTAATTAAAACAGATTATAACTGAATGTCTACTTTGGG
184 ATTTTAAGTTAAAT-TTTTTAACATTTTTAGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTTAGG
* * ** * * * * * *
43343 TAACGTGAAGAAATTG-CTATTTATTGATAAGAAAAGTCCATTTATTATAGTCAACCATGCCTTT
248 AAACATGAAGAAAAAGTC-ATTCATTAACAAGAAAAGT-C-TAT-TTATAGTCACCCATGCCTTC
* * * *
43407 AAAAGCCTTAGTAAAT-GCTTTAAATAGTTTT
309 GAAAGCCTTA-TTACTCGCTTTAAATGGTTTT
* * * * * * * ** * *
43438 ATAATCTCATTATTAATTTTAGGTT-AAATTTTTAACATTTGTCCTTAAAACATATTATAATTGA
1 ATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTTGTTAAAACAGATTATAATTAA
* * * * *
43502 ATGTCTGCCTCAAGGAACATGATGAAAAAGTTGGATTTTCGTACATTTTTTGCTAA-AACAGAT-
66 ATGTCTGCCTCGAGAAACATGAAG-AAAAGCT--A---T--T-CA----TTGC-AAGAAAAG-TC
* * **** * * * ***
43565 TATAATTGA-ATGTCNNNNNNNNNNAACATG-AAGAAAAAG--TCATTCATTGGCAAGAAAT-GT
116 CAT--TT-ATA-GTC----------ACCATGCCTTCAAAAGCCTTATT-ACTCGCTTTAAATGGT
*** * * * * *
43625 CCATTTATAGGCATC-CAT-ATCT--TCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATC
166 ---TTTATA---ATCTCATAAT-TGATTTTAAG--TTA--AAT--TTTTTAACA-TTTT-TAGT-
* * * * * * * * * *
43686 TCATAATAGATT-TCAAGCTGAATTTTTTCACATTTTGGTTAAA-ATAGATTACCATTGAATGTC
215 T-AAAACAGATTAT-AA-TTGAA-TGTCT-AC-CTTAGG--AAACAT-GA--A-GA--AAAAGTC
* ** * *
43749 TACGTCAAGAAACGTGAAGAAAAAGCTATTCATTGGCACGCGCATTTACTA-TCATCCATGCATT
266 -A-TTC-ATTAAC---AAG-AAAAG----TC--T---------ATTTA-TAGTCACCCATGCCTT
** *
43813 TAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTT
308 CGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTT
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* *
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253 TGAAGAAAAAGTCATTCATTAAC-AAGAAAAGTCTATTTATAGTCACCCATGCCTTCGAAAGCCT
* ***
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317 TATTACTCGCTTTAAATGGTTTT
* *** * * *
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* * * * * * * *
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* * * * *
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45490 ACACGCTTTAAAT-GTTTT
321 ACTCGCTTTAAATGGTTTT
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1 ATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTTGTTAAAACAGATTATAATTAA
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66 ATGTCTGCCTCGAGAAAC-ATGAAG-AAAAGCTATTCATT-GCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCA
** ** ** * * * *
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128 -CCATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAG
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192 TTAAATTTTTTAACATTTTTAGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTTAGGAAACATGAA
* * * *
45767 -AAAAAG-CTATTCATTGACAAGAAAAG-CACATTTATAGCCACCCATGCCTT-TAAGAGCCTTA
257 GAAAAAGTC-ATTCATTAACAAGAAAAGTC-TATTTATAGTCACCCATGCCTTCGAA-AGCCTTA
* * *
45828 TTACTCTCTTTAAGTAGTTTT
319 TTACTCGCTTTAAATGGTTTT
* * * * * *
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1 ATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTG-AATTTTTTTATATTTTTTGTTAAAACAGATTATAATTA
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* * * * * * * *
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* * *
46168 TAGTACACGCTTTAAATGGTTAT
317 TATTACTCGCTTTAAATGGTTTT
* * * * * *
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1 ATAATCTCATAATTGATTTTAAG-TTGAATTTTTTTATATTTTTTGTTAAAACAGATTATAATTA
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65 AATGTCTGCCTCGAGAAACATGAAGAAAAGCTATTCATT-GCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCAC
* * * ** * *
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129 C-ATG-CCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAG
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46384 TTAAATTTTTTAATATTTTTGGTT-AAACTATATTGTAATGGACTGTCTATCTCAGGAAACATGA
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* * * * * * * * * * * *
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* ** *
46511 TTTCTTACTTTAAATGGTTTG
319 TTACTCGCTTTAAATGGTTTT
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1 ATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTTG-TTAAAACAGATTATAATT-
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127 A-CCATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAA
* ** ** * * *
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191 GTTAAATTTTTTAACATTTTTAGTTAAAAC-AGATTATAATTGAATGTCTACCTTAGGAAACATG
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46788 AAGAAAAAGCCATTCATTAAAAAAAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCTTTCAAAAGCCTTAT
255 AAGAAAAAGTCATTCATTAACAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACCCATGCCTTCGAAAGCCTTAT
*
46853 AACTCGCTTTAAATGGTTTT
320 TACTCGCTTTAAATGGTTTT
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46873 ATATTCTCATAATTAATTTTAAGTTAAATTTTTATACA-TTTCTGATTAAAACAGATTATAATGG
1 ATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTTG-TTAAAACAGATTATAATTA
* * * * *
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65 AATGTCTGCCTCGA-GAAACATGAAGAAAA-GCTATTCATT-GCAAGAAAAGTCCATTTATAGTC
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47001 ACTCATGCCTTCAAAAGCCCCACTACAT-GCTTTAAATGGTTTTATAATCTCNNNNNNNNNNTTA
127 AC-CATGCCTTCAAAAGCCTTATTAC-TCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTA
* * ** * *
47065 AGTTAAATTTTTTAATA-TTTTAGGTTAAAACAGATTATAATTGAATATCTGTCTCAAGAAACAT
190 AGTTAAATTTTTTAACATTTTTA-GTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTTAGGAAACAT
* * * * * *
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* *
47192 TATTACTCGGTTTACA-GAGTTTT
317 TATTACTCGCTTTAAATG-GTTTT
* * * * *
47215 ATAATCTCATAATTGATTTTAAATT-AATTTTTTTTACATTTTTTATTCAAACAGATTATAATTG
1 ATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAA-TTTTTTTATATTTTTTGTTAAAACAGATTATAATTA
* * ** * * *
47279 AATGTCTACCTTGAGAAATGTGAAGAAAAAGCCATTCATTTGCAAGAAAAGTCCATTCATAGGCA
65 AATGTCTGCCTCGAGAAACATGAAG-AAAAGCTATTCA-TTGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCA
* * *
47344 TCCATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAAT-TCTTTAAATGGTTTTAT
128 -CCATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTC-AT-AATTGATTT-T
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47408 AATTTCAAATATTTTCAA-GGTTGAATGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTGGGGTAA
189 AAGTT-AAAT-TTTTTAACATTTTTA-GTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTTAGGAAA
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47472 TGTGAAGAAAATGCCATTCATTGAA-AACAAAAGTCCATTTATAGTCACTTATACCTT-GAAAAG
251 CATGAAGAAAAAGTCATTCATT-AACAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACCCATGCCTTCG-AAAG
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47535 CCTTATTACTCGCTTTAAANNNNNNN
314 CCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTT
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47561 NNNATCTCATAATTGATTTT-AGATTGAATTTGTTAACATTTTTGGTTAAAACATATTATAATTT
1 ATAATCTCATAATTGATTTTAAG-TTGAATTTTTTTATATTTTTTGTTAAAACAGATTATAATTA
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47625 AATGTCTGCCTCAAGAAACGTGACGGAAAAGCAATTCATTAATAAGAAGAGTTCATTTATAGTCA
65 AATGTCTGCCTCGAGAAACATGA-AGAAAAGCTATTCATT-GCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCA
* * * * * * ********** *
47690 CCCATACCTTCGAAAGCTTTATTATTTGCTTTAAATGATTTTATAANNNNNNNNNNGATTTTAAA
128 -CCATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAG
* * * * * * * ** *
47755 TTAGATTTTTTTACATTTTTTGTTAAAACATATTATAATTAAATATATGTCTCAGGAAACATGAA
192 TTAAATTTTTTAACATTTTTAGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTTAGGAAACATGAA
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257 GAAAAAGTCATTCATTAACAAG-AAAAGTCTATTTATAGTCACCCATGCCTTCGAAA-GCCTTAT
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47884 TACTTACTTTAAATNNNNNN
320 TACTCGCTTTAAATGGTTTT
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47904 NNNNTCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTATAAAATTTTTACTAAAACAGATTTTAATTGA
1 ATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTTGTTAAAACAGATTATAATTAA
* * * * *
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48033 CCCAAGTCTTCAAAAACCTTATTACTAGCTTCAAATAATTTTCTAATCTCATAATTGATTTTAAG
128 -CCATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAG
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48098 TTAAATTATTTT-AC-TTTTTATGTTAAAATATATTATAATTGAATGTCTA-ATTTGGTAAACGT
192 TTAAATT-TTTTAACATTTTTA-GTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTTAGG-AAACAT
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48160 GAAGAAAAAG-CTACTCAACCACAAAAAAAGT-TCATTTATAGTCATCCATGCCTTCAAAAGTCT
254 GAAGAAAAAGTC-ATTCATTAACAAGAAAAGTCT-ATTTATAGTCACCCATGCCTTCGAAAGCCT
* * *
48223 TGTTACTCTCTTTAAATGGCTTT
317 TATTACTCGCTTTAAATGGTTTT
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48246 ATGTTCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTGTTNNNNNNNNNNTGTTAAAACAGATTATAATTGA
1 ATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTTGTTAAAACAGATTATAATTAA
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48311 ATGTTTGTTAAAACATTTTTTGTTAAAATAAAAACTTGAAGAAAAAG-TCATTCATTGACAAGAA
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48375 AAGTTCATTTATAGTCACTGATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTTGCTTTAAANNNNNNNNNNATC
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175 TCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTAACATTTTTAGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCT
* * *** * ** *
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* * *
48566 TGGCTTCAAAAGCCTTATTACTCGTTTTAAATGGTTTT
302 TGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTT
* * * * * *
48604 ATAAACTCATAATTGATTTCAAGTTAAATTTTTTTGTATTTTTTGTTAAAATAGATTACAATTAA
1 ATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTTGTTAAAACAGATTATAATTAA
* * * * *
48669 ATGTCTACCT-TAGGAAACGTGAAGAAAAAGCTATTCCTTGAAAAGAAAAGTCCA-TTATAGTCA
66 ATGTCTGCCTCGA-GAAACATGAAG-AAAAGCTATTCATTG-CAAGAAAAGTCCATTTATAGTCA
* * * * *** * *
48732 CCCATACCATGAAAAGCCTTTTTACTTTTTTTAAATGGTTTTATAATCTTATAATTGATATTAAG
128 -CCATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAG
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48797 -TAGAATTTTTTTAACTTTTTTGGATCAAATAGATTACATTTAAATGTTTGGCTCAAAAAACATG
192 TTA-AA-TTTTTTAACATTTTTAGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTTAGGAAACATG
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48861 AAGAAAATGAT-ATTCATTGGC-AGAAAAGTCCATTTATAGTCACTTATGCCTTC-AAAGGCCTT
255 AAGAAAAAG-TCATTCATTAACAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACCCATGCCTTCGAAA-GCCTT
*
48923 ATTACTCGCTTTAAATGATTTT
318 ATTACTCGCTTTAAATGGTTTT
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48945 ACAATCTCATGATTGATTTTAGGTTGAA-TTTTTTACT-TTTTTTGTTAAAATAGATTATAATTG
1 ATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTA-TATTTTTTGTTAAAACAGATTATAATTA
* * * * * * *
49008 AATGTCTACCT-TAGGGAACATGATGAAACAGCCATTCACTAGTAAGAAAAGTCCATTTATAGTC
65 AATGTCTGCCTCGA-GAAACATGAAGAAA-AGCTATTCA-TTGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTC
***********
49072 ACCCATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCANNNNNNNNNNTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAA
127 A-CCATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAA
* * * * * * * *
49137 GTTGAATTTTTTTATATTTGTT-GTTAAAACAGAATACAATTGAATGTTTGCCTTGGGAAACATG
191 GTTAAATTTTTTAACATTT-TTAGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTTAGGAAACATG
* * * **********
49201 AAGAAAAAGAT-ATCCATTGGAA-AA-AAAAGTCCATTTATAGTCACCTATGCCNNNNNNNNNNT
255 AAGAAAAAG-TCATTCATT--AACAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACCCATGCCTTCGAAAGCCT
49263 TATTACTCGCTTTAAATGGTTTT
317 TATTACTCGCTTTAAATGGTTTT
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49286 ATAATGT-ACTAATTGATTTGAATTTGAATTTTTTTTGTATTTTTAGTTAAAATAGATTGCAATT
1 ATAATCTCA-TAATTGATTTTAAGTTGAA-TTTTTTTATATTTTTTGTTAAAACAGATTATAATT
** * * *
49350 GGATGTC-GACCTC-AGGAAACATGACGAAAAAGCCATTCATTGGCAA-AAGAAGTCTATTTATA
64 AAATGTCTG-CCTCGA-GAAACATGAAG-AAAAGCTATTCATT-GCAAGAA-AAGTCCATTTATA
* * * * *
49412 GTCACCCATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTTGCTTTAAATGATTTTATAATCTTATAATTGATAT
124 GTCA-CCATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTT
* * * * * * * * * * ** * *
49477 TAAGTTAATTGTTTTTCACATTTTTTGTTCAAATAGATTACATTTAAATTTTTGGCTCA-AAACA
188 TAAGTTAAAT-TTTTTAACATTTTTAGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTTAGGAA-A
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49541 CATGAAGAAAGTAA-T-ATTCATTAGC-AGAAAAGTCCATTTATAGTCACTTATGCTTTTAAAAG
251 CATGAAGAAA--AAGTCATTCATTAACAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACCCATGCCTTCGAAAG
*
49603 CCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTT
314 CCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTT
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49629 ACAAT-TGCATAATTGGTTTTAGGCTGAATTTTTTTAAATTTTTACTTAAAACATATTATAATTG
1 ATAATCT-CATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTTGTTAAAACAGATTATAATTA
** * * * * *
49693 AATGTCTGATTCAATAAACATGATAAAAAAG-TAATTCATTAACAAGAGAAGTCCATTTATAGTC
65 AATGTCTGCCTCGAGAAACATGA-AGAAAAGCT-ATTCATT-GCAAGAAAAGTCCATTTATAGTC
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49757 ACCCATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGATTTTATAAACTCATAATCGATTTTAA
127 A-CCATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAA
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49822 GTTAGATTTTTTTATATTTTTTGTTAAAACAGATTATAATTGAATATCTGGCTTAGGAAACAT-A
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256 A-GAAAAAGTC-ATTCATTAACAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACCCATGCCTTCGAAAGCCTTA
* *
49950 TTACTTGCTTTAACTGGTTTT
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49971 CTAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATGCTCTTACATTTTTTGTTCAAACAAATTATAATTGA
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* * * * * *
50036 TTGTCTGCCTCAAGAAACATAAAGAAAAAGATACTT-ATTGGCAAGAAAAGTCTATTTATGGTCA
66 ATGTCTGCCTCGAGAAACATGAAG-AAAAGCTA-TTCATT-GCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCA
* * * * **
50100 CCTATGCCTCCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGCTTTTCTAATCTTGTAATTGA-TTT-A-
128 CC-ATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAG
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50162 -T--A----TTAA-A--TCT-GTTAAAACAGATTATAATTAAATGTCTGCCTTAGAAAACGTGAA
192 TTAAATTTTTTAACATTTTTAGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTTAGGAAACATGAA
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50216 GAAAGAGAT-ATTCATTGGCAAGAAAAG-CTCATTTATANNNNNNNNNNCCTTCAAAAGCCTTAT
257 GAAAAAG-TCATTCATTAACAAGAAAAGTCT-ATTTATAGTCACCCATGCCTTCGAAAGCCTTAT
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320 TACTCGCTTTAAATGGTTTT
* * * * * * * * *
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1 A-TAATCTCATAATTGA--TTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTTGTTAAAACAGATTATAAT
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* * * *
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253 TGAAGAAAAAGTCATTCATTAACAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACCCATGCCTTCGAAAGCCTT
*
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1 ATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTTGTTAAAACAGATTATAATTAA
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* * * * * * * * * * * * *
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192 TTAAATTTT-TTAACATTTTTAGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTTAGGAAACATGA
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311 AAGCCTT-ATTACTCGCTTTAAATGG-TTTT
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1 -AT-A-ATCTCATAA--TTG---AT--TTTA-AGTTGA--ATT--TTTTTATA-T-TT-TT--T-
* * * * * * * * **** ** * ***** * *
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* * * * * *
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165 TTTTATAATCTCATAATTGATTTTA-AGTTAAATTTT-TTAACATTTTTAGTTAAAACAGATTAT
* * * * ** * * * * *
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* * * * * *
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293 AGTCACCCATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTT
* *
51335 ATAATCTCATAATTGATTTTAAATT-AGATTTTTTTATATTTTTTGTTAAAATAGATTATAATTA
1 ATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGA-ATTTTTTTATATTTTTTGTTAAAACAGATTATAATTA
* *
51399 AATGTATGCCT-TAGAAAACATGAAGGAAAAGCTATTCATTGGCAAGAAAAAGTCCATTTATAGT
65 AATGTCTGCCTCGAG-AAACATGAA-GAAAAGCTATTCATT-GCAAG-AAAAGTCCATTTATAGT
* * * *
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126 CACC-ATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTT-
* * * * * * *
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189 AAGTTAAATTTTT-TAACATTTTTAGTTAAAACAGA-TTATAATTGAATGTCTACCTTAGGAAAC
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51589 ATGAAGGGAAAGAT-ATTCATTGTTAAGAAAAGCCCATTTATAGT----CAT--C--C--AAGCC
252 ATGAAGAAAAAG-TCATTCATTAACAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACCCATGCCTTCGAAAGCC
* * * **
51643 TTATTATTTGCTTCAAATAATTTT
316 TTATTACTCGCTTTAAATGGTTTT
* * * * * * *
51667 TTAATCTCATAGTTGATTTTAAGTTAAATTATTTTACT-TTTTTTCTTAAAATAGATTATAATTG
1 ATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTA-TATTTTTTGTTAAAACAGATTATAATTA
* * * * * * ** ** *
51731 AATGTCTGGCT-TAGTAAACATGAAGAAAAAACCATTCATCGACAGGAAAAGTTTACCTATAATC
65 AATGTCTGCCTCGAG-AAACATGAAG-AAAAGCTATTCATTG-CAAGAAAAGTCCATTTATAGTC
* * * ** * **
51795 ACCCATGCCTTTAAAAG-TTCTGTTACTCTTTTTAAATAGTTTTATGTTCTCATAATTGATTTTA
127 A-CCATGCCTTCAAAAGCCT-TATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTA
* * ** *
51859 AGTTGAATTCTTTT-ACATTTTTCGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTGTCTCTA-GAAACT
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* ** ********** *
51922 TGAAGAAAAAGCCATTCATTGGCAAGAANNNNNNNNNNATAGTCACCCATGCCTTCAAAAGCCTT
253 TGAAGAAAAAGTCATTCATTAACAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACCCATGCCTTCGAAAGCCTT
* *
51987 ATCACTTGCTTTAAATGGTTTT
318 ATTACTCGCTTTAAATGGTTTT
* ** * * * * * *
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1 ATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTTGTTAAAACAGATTATAATTAA
* * * * ** *
52074 ATGTCTACCTTGGGAAACATAAAGGAAAATATATTCATTGGTAAGAAAA-TCCTATTTATAGTCA
66 ATGTCTGCCTCGAGAAACATGAA-GAAAAGCTATTCATT-GCAAGAAAAGTCC-ATTTATAGTCA
* ********** * * *
52138 CCCAAT-CTTTCAAAAGCCTTATTACTCGCNNNNNNNNNNTTAATAATCTCATAATTTATTTTTT
128 -CC-ATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGA-TTTTA
* * * * * * * * * * *
52202 TGTTGAATTTTTTCATATATTTTA-TTAAAACAAATAATAATTAAATATCTTCCTCAAGAAACAT
190 AGTTAAATTTTTTAACAT-TTTTAGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTTAGGAAACAT
* *** * * * * **
52266 GAAGAAAAAGCCATTCATTGGTAAGAAAACTCCATTTATAGGCACCCATGCTTTTAAAAGCCTTA
254 GAAGAAAAAGTCATTCATTAACAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACCCATGCCTTCGAAAGCCTTA
*
52331 TTACTCACTTTAAATGGTTTT
319 TTACTCGCTTTAAATGGTTTT
* * * * *
52352 ATAATCTCATATTTGATTTCAAGTTGAATTCTTTTTTATATTTTTGGTTAAAATAGATTACAATT
1 ATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAA-T-TTTTTTATATTTTTTGTTAAAACAGATTATAATT
* * * * *
52417 GAATGTCTACCT-TAGGAAACATAAAGAAAAGGTCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGT
64 AAATGTCTGCCTCGA-GAAACATGAAGAAAAGCT-ATTCATT-GCAAGAAAAGTCCATTTATAGT
* * * * * *
52481 CACCCATGCCTTTAAAAGCCTTACTAATCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAGTTGATTTAA
126 CA-CCATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTA
** * * * *
52546 AGTTAAATTTTTT-ACATTTTTTA-TTAAAATTGATTGTAATTCAATGACTGCCTT-GGAAAACA
190 AGTTAAATTTTTTAACA-TTTTTAGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTTAGG-AAACA
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52608 TGAAGAGAAAGAT-ATTTATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCTATGCCTTTGAAATCCT
253 TGAAGAAAAAG-TCATTCATTAACAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACCCATGCCTTCGAAAGCCT
********
52672 TATTACTCGCTTTAANNNNNNNN
317 TATTACTCGCTTTAAATGGTTTT
** * * * * * *
52695 NNAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAAAATATTTTATA-TTTTAGTTCAAATAGATTATATTTA
1 ATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTG-AATTTTTTTATATTTTTTGTTAAAACAGATTATAATTA
* * * * * *
52759 AATGTATGGCTTGAAAAACATGAAGAAAAAGCTATTCACTGGC-AGAAAAGTCCATTTATAGTTA
65 AATGTCTGCCTCGAGAAACATGAAG-AAAAGCTATTCA-TTGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCA
* * * *
52823 CCTATGTCTTTAAAAGCGTTATTTCTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCGT-ATAATTGATTTTAA
128 CC-ATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATC-TCATAATTGATTTTAA
* *** * *
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191 GTT-AAATT-TTTTAACATT-TTTAGTTAAAACAGATTATAATTG-AATGTCTACCTTAG-GAAA
* * * * * * * ** * *
52948 CATGTAGCAAAAGTGATCCATTAGCACA-AAAAGTCCT-TTTAGAGTAACTTAGGCCTTCAAAAG
251 CATGAAGAAAAAGTCATTCATTAACA-AGAAAAGT-CTATTTATAGTCACCCATGCCTTCGAAAG
* *
53011 CCTTATTACTTGCTTTAAATAGTTTT
314 CCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTT
********** * * * *
53037 ATAANNNNNNNNNNGATTTGAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTTATTAAAACAGGTTATAATTGA
1 ATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTTGTTAAAACAGATTATAATTAA
* * * * * * * ** *
53102 ATGTTTGCTTC-ATAAAACATAAAGAAAAAGATATTCATTGGTAAGAAAATTTTAGTTATAGTCA
66 ATGTCTGCCTCGA-GAAACATGAAG-AAAAGCTATTCATT-GCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCA
* * ********** *
53166 CCCACGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATNNNNNNNNNNTCTCATAATTGATTTTAGG
128 -CCATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAG
* * * * * *
53231 TTGAATTTTTTAACATTTTTGGTTAACATAGATTATAATTAAATGTCTACCTCAGGAAACATGAA
192 TTAAATTTTTTAACATTTTTAGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTTAGGAAACATGAA
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53296 AAAAAAACCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTNNNNNNNNNNCAAGCCTTCGAAAGCCTTATTA
257 GAAAAAGTCATTCATTAACAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACCCATGCCTTCGAAAGCCTTATTA
***
53361 CTTATTTTAAATGGTTTT
322 CTCGCTTTAAATGGTTTT
* * * * * * *
53379 ATAATCGCATAATTGATTTTAAGTTGAATTGTTTTGA-ATTTTTTATTACAACATATTGTAATTG
1 ATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATT-TTTTTATATTTTTTGTTAAAACAGATTATAATTA
* * * * * * *
53443 AATGTCTACATTGGGAAACATAAAGAAAAAGCTATTCATTTGTAAGAAAAGTCCATTTGTAGTCA
65 AATGTCTGCCTCGAGAAACATGAAG-AAAAGCTATTCA-TTGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCA
* * * * * *
53508 CTCATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATAGTTTTAAAATCTCATAA-TCAGTTTTAG
128 C-CATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGA-TTTTAA
* * * * * * **
53572 GTTGAATGTTTTAACACTTTT-GATTAAAACATATTATATTTAAATGTCT-GTTTCAGGAAACAT
191 GTTAAATTTTTTAACATTTTTAG-TTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTT-AGGAAACAT
* * * ** * * ** * *
53635 GAAGCAAAAGCCATCCACTGGA-AAGAAAAGTGTATTTACAGTCACTGAAGCCTTCGAAACCCTT
254 GAAGAAAAAGTCATTCA-TTAACAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACCCATGCCTTCGAAAGCCTT
*
53699 ATTACAT-GCTTTAAATGGTTCT
318 ATTAC-TCGCTTTAAATGGTTTT
* * ********** * *
53721 ATAATCTCGTAATTGATTTTAAGTT-AAATTTTTTANNNNNNNNNNTAAAACAGATTATATTTGA
1 ATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTTGTTAAAACAGATTATAATTAA
* * * * * * * * * *
53785 ATGTCTACCTTGGGAAACAAGAAGAAAAGGCCATTCATAGGGAAAAAAAG-CATATTTATAGTCT
66 ATGTCTGCCTCGAGAAACATGAAGAAAA-GCTATTCAT-TGCAAGAAAAGTC-CATTTATAGTCA
* * * *
53849 CTCATGCCTTTAAAAACCTTATTACTTGCTTTAAATGATTTTATAATCTCATAATTGA-TTTAAG
128 C-CATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAG
* * * * * * * * *
53913 TTGAATTGTTTT-ACATTTGT-GATTAAAATATATTATAATGGACTATCTATCTTAGAAAACATG
192 TTAAATT-TTTTAACATTTTTAG-TTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTTAGGAAACATG
* * * * * ** * * *
53976 AAGCAAAA-TACATCCATTAGAGAA-AAAAGT-TCATCTAAAGTCATTCATACCTTTGAAAGCAT
255 AAGAAAAAGT-CATTCATTA-ACAAGAAAAGTCT-ATTTATAGTCACCCATGCCTTCGAAAGCCT
* **
54038 TATTACTTG-TTCTAAATGGTTAG
317 TATTACTCGCTT-TAAATGGTTTT
* * * * *
54061 ATAATCTCACAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTAACATTTTTGGTTAAAACAAATTATAATTAA
1 ATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTTGTTAAAACAGATTATAATTAA
** * *
54126 ATGTCTG--TCGAGGGAAATGTGAAGAAAAAGCCATTCATTTTCAAGAAAAGTCCATTTATAGTC
66 ATGTCTGCCTCGA--GAAACATGAAG-AAAAGCTATTCA-TTGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTC
* * * **********
54189 ACCCTTACCTTCAAAAGCCTTATTACTCTCTNNNNNNNNNNTTATAATCTCATAATTGATTTT-A
127 A-CCATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAA
* * * * * * * **
54253 GACTGAATTTGTTAACATTTTTGGTTAAAACAAATTATAATTGAATGTTTGCCTTAATAAACATG
191 G-TTAAATTTTTTAACATTTTTAGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTTAGGAAACATG
* * * *
54318 ACA-AAAAAGTAATTCATTAACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATACCTTCAAAAAGCCTT
255 A-AGAAAAAGTCATTCATTAACAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACCCATGCCTTC-GAAAGCCTT
* *******
54382 ATTACTCGCATTAAANNNNNNN
318 ATTACTCGCTTTAAATGGTTTT
*** * * * * * *
54404 NNNATCTTATAATTGATTTTAAGTTGGATTTTTTT-TACATTTTT-TTAAAAAAGCTTATAATTG
1 ATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATA-TTTTTTGTTAAAACAGATTATAATTA
* *** *
54467 AATGTCTACCTC-AGGAAACGCAAAGAAAAAGATATTCATTGCTAAGAAAAGTCCATTTATAGTC
65 AATGTCTGCCTCGA-GAAACATGAAG-AAAAGCTATTCATTGC-AAGAAAAGTCCATTTATAGTC
********* * * *
54531 NNNNNNNNNNTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTCAAATAGTTTTCA-ATTCTCATAATTGATTTTA
127 -ACCATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTT-ATAATCTCATAATTGATTTTA
* ** ** * ** *
54595 AGTTGAATTCTTTTAA-ATTTTTTCTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTGGCTCATTAAACGT
190 AGTTAAATT-TTTTAACATTTTTAGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTTAGGAAACAT
* * * **** * * * **
54659 GAAAAAAAAGCCATTGATCGGTAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGTCTTCAAAAGTTTTA
254 GAAGAAAAAGTCATTCATTAACAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACCCATGCCTTCGAAAGCCTTA
*
54724 TTACTCTCTTTAAATGGTTTT
319 TTACTCGCTTTAAATGGTTTT
* * * * * ** * * *
54745 TTATTCTCACAATTGATTTTAAGTTGAATTATTTAATATTTTTCATTAAAATAGATTAAAATTGA
1 ATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTTGTTAAAACAGATTATAATTAA
* * ** * * *
54810 ATGTCTACCT-TAGGAAATGTGAAGAAAAAGTTATTCATTGGTAAGAAAAGT-C---TAT--TTA
66 ATGTCTGCCTCGA-GAAACATGAAG-AAAAGCTATTCATT-GCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCA
* * * **********
54868 -CA----TTCAAAAGTCTTATTGCTCGCTTTAAATGGTTTTATCATCTNNNNNNNNNNTTTAAGT
128 CCATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGT
* * * ** * * ** * **
54928 TTAATTTTTTTATATTTTGGGTTGAAATAGATTATAATTGAATGTCTACCTCGGGTAATGTGAAG
193 TAAATTTTTTAACATTTTTAGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTTAGGAAACATGAAG
** * * * * * * * * *
54993 AAATCGCCATTCATTGATAACAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCATCAAAAGCCTCACTAC
258 AAAAAGTCATTCATTAACAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACCCATGCCTTCGAAAGCCTTATTAC
* **
55058 GCGCTTTAAATTATTTT
323 TCGCTTTAAATGGTTTT
* * * * * * *
55075 ATAGTCTCATAATTGATTTTAGGTTAAATTTTTTAATATTTTTTGCTAAAATAGATTATAATTGA
1 ATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTTGTTAAAACAGATTATAATTAA
* ** * * ** * *
55140 ATGTCTGTCTTAAGAAACGTGATGAAAAAG-TGATTCATTAATAAGAAAAGTCTAGTTATAGTCG
66 ATGTCTGCCTCGAGAAACATGAAG-AAAAGCT-ATTCATT-GCAAGAAAAGTCCATTTATAGTC-
* * * * * * *
55204 CCCATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTTGCTTTAATTGATTTCATAATCTCATAATTAATTTTAAG
127 ACCATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAG
* * ************
55269 TTAAATTTTTTTACATTTTTTGTTAAAANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
192 TTAAATTTTTTAACATTTTTAGTTAAAA-------------------------CAGATTATAATT
*****************************************************************
55334 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
232 GAATGTCTACCTTAGGAAACATGAAGAAAAAGTCATTCATTAACAAGAAAAGTCTATTTATAGTC
*************************** *
55399 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNCGCTTTAAATGATTTT
297 ACCCATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTT
* * * *
55442 ATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAATATTTTTTTATATTTTTTATTAAAATAGATTATAATTG
1 ATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGA-ATTTTTTTATATTTTTTGTTAAAACAGATTATAATTA
* ** * * * ** *
55507 AATGTTTAACTCTAGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAATTTTATTTATAGTCG
65 AATGTCTGCCTCGAGAAACATGAAG-AAAAGCTATTCATT-GCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCA
* * * * * * * * *
55572 CCGATGCCTTCAAAAACCTTATTACACTCTTTAAGTGGTATTATGATTTCATAATTGATTTCAAT
128 CC-ATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAG
* * * * * * * **
55637 TTGAATTCTTTTATA-TTTTTTA-TTAAAATAGATTATAATTGAATATTTACCCTAGGAGATGTG
192 TTAAATT-TTTTA-ACATTTTTAGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTTAGGAAACATG
* * * * * * ** *
55700 AAG-AAATGTCATTTATTGATAAGAAAACTCTATTTATAGTCAACCATGCCTTTAAAAGACTTAT
255 AAGAAAAAGTCATTCATTAACAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACCCATGCCTTCGAAAGCCTTAT
* * * *
55764 TACTTGATATAAATAGTTTT
320 TACTCGCTTTAAATGGTTTT
* * *
55784 ATAATCTCATAAGTGATTTTAAGTTGAATTGTTTTT-CA-TTTTTGATTAAAACATATTATAATT
1 ATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATT-TTTTTATATTTTTTG-TTAAAACAGATTATAATT
* * * * * * * * * * *
55847 GAATATTTACCT-TAGGTAACGTGAAGAAAA-CGTCATTCGTTGATAACAAAAGTCCATTTATAT
64 AAATGTCTGCCTCGA-GAAACATGAAGAAAAGC-T-ATTCATTG-CAAGAAAAGTCCATTTATAG
* * ** * * *
55910 TCACCTATACCTTCAAAAGTCTTACGACACGCTTCAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTT
125 TCACC-ATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTT
* * ** *
55975 AGGTTGAATTTTTTAACATTTTTTA-TCCAAACAGATTATAATTGAATGTCTA-CTTCAGGAAAT
189 AAGTTAAATTTTTTAACA-TTTTTAGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTT-AGGAAAC
* * * * * * * *
56038 ATGAAGAAAGAG-CTATTCACTGAGAAAAAAAGTCCATTTATAGTCACCTATGCCTTCAAAAGCC
252 ATGAAGAAAAAGTC-ATTCATTAACAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACCCATGCCTTCGAAAGCC
********** *
56102 NNNNNNNNNNCTTTAAATGGTTTC
316 TTATTACTCGCTTTAAATGGTTTT
* * * * * *
56126 ATAATCTTATAATTGATTTTAAGTT-AATTTTTTTTACATTTTTGGTTAAAA-AAACTATAATTG
1 ATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAA-TTTTTTTATATTTTTTGTTAAAACAGATTATAATTA
* * * * *
56189 AATGT-T---T------ACTTTG-GGAAACG-TA---A-AG--A-AAAAGCCCATTTATAGTCAC
65 AATGTCTGCCTCGAGAAAC-ATGAAGAAAAGCTATTCATTGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCA-
* *********** * * *
56235 CCATGCCTTCAGANNNNNNNNNNGTTGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAACTGATTTGAAGT
128 CCATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGT
* * * * * ** *
56300 TGAATTTTTTTATA-ATTTTTA-CTAAAATAGATTAGAATTGAATATCTGTCTTAAGAAACATGA
193 T-AAATTTTTTA-ACATTTTTAGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTTAGGAAACATGA
* * *
56363 AGAAAAAGAT-ATTAATTAGA-AAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATGCCTTC-AGAAGCCTT
256 AGAAAAAG-TCATTCATTA-ACAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACCCATGCCTTCGA-AAGCCTT
*
56425 ACTACTCGCTTTAAATGGTTTT
318 ATTACTCGCTTTAAATGGTTTT
* * * * * * * *
56447 ATAATCTCACAATTAATTTGAAGTTGAATTTCTTTTACAGTTTTGGTTTAAATAGATTAT-ATTA
1 ATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTT-TTTTATATTTTTTGTTAAAACAGATTATAATTA
* * * * * * * *
56511 TAATGTTTGGCTTGAAAAACATGAAGAAAGAGTTACTCATTGGCAATAAAAGTCCATTTATGGTC
65 -AATGTCTGCCTCGAGAAACATGAAGAAA-AGCTATTCATT-GCAAGAAAAGTCCATTTATAGTC
* * * * * **
56576 ACCTATGCCTTCAAAAGTCTTACTACTCACTTTAAATAGTTTTATAATCTTATAATTGATTTTCG
127 ACC-ATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAA
* * * * * *
56641 GTTAAATATTTTTACCATTTTTA-TTAAAATATATTATGATTGAATGTTTACCTTGGGAAACATG
191 GTTAAAT-TTTTTAACATTTTTAGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTTAGGAAACATG
* * * * * * * * *
56705 AAGCAAAAGCCATCCATTGACACGAAAAGTCCT-TTCATAGTCACTCAAGCCTTCGAAAGCCTAA
255 AAGAAAAAGTCATTCATTAACAAGAAAAGT-CTATTTATAGTCACCCATGCCTTCGAAAGCCTTA
* ** *
56769 TTACTCCCTTTGTATGGTTTC
319 TTACTCGCTTTAAATGGTTTT
* ********** * ** *
56790 ATAATCTTATAATTGATTTTAAGNNNNNNNNNNTTATATTTTTAGTTAAAACAGATTATGTTTTA
1 ATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTTGTTAAAACAGATTATAATTAA
* ** ** * * * * * * *
56855 ATGTCTACCTTAAGAAATGTGAATCAAAATCCATCCATAGGCACGAAAAGT-CTTTTCATAGTCA
66 ATGTCTGCCTCGAGAAACATGAA-GAAAAGCTATTCAT-TGCAAGAAAAGTCCATTT-ATAGTCA
* * * * *
56919 CCTTAGCCTTC-GAAGCCATT-TTACTAGCTTTAAATGGTTTTATAGTCTCATAATTTATTTTAA
128 CCAT-GCCTTCAAAAGCC-TTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAA
* * * * * *
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191 GTTAAATTTTT-TAACATTTTTAGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTTA-GGAAACAT
* ** * * * *
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254 GAAGAAAAAGTC-ATTCATTAACAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACCCATGCCTTCGAAAGCCTT
57109 ATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATTTT
318 ATTACTCGCTTTAAATGG--------TTTT
* ** * * * *
57139 ATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTGTTTGCATTTTTAGTTCAAATAGATTATATTTA
1 ATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTT-TTTATATTTTTTGTTAAAACAGATTATAATTA
* * * ** * * * *
57204 AATGTCTGGCTTGAAAAATGTGAAGAAAGAGCTTTTCAATGGC-ACAAAAGTCTATTTATAGTCA
65 AATGTCTGCCTCGAGAAACATGAAGAAA-AGCTATTC-ATTGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCA
* * ** * *
57268 CCTATACCTTCAAAAGTCTTATTTTTCGCTTTAAATGGTTTTATAAT-TGTATAATTGATTTTGA
128 CC-ATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCT-CATAATTGATTTTAA
* * * * * * *
57332 GTTAAAATTTTTTACCATCTTTA-TTAAAATATATTATAA-TG-ATGTTTA-CATAGAGAAACGT
191 GTT-AAATTTTTTAACATTTTTAGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTTAG-GAAACAT
* * * * * * * * * *
57393 GTAGTAAAAGCCATCCATTAGCATA-AAATGTCCT-TTCAGT-GTCACTCAGGCCTTCGAAAGCT
254 GAAGAAAAAGTCATTCATTAACA-AGAAAAGT-CTATTTA-TAGTCACCCATGCCTTCGAAAGCC
**********
57455 TTATTACTCGCTTTNNNNNNNNNN
316 TTATTACTCGCTTTAAATGGTTTT
* * * * * *
57479 ATAATCTCATAATTGATTTGAAGTTGACTTTTTTTACATTTTGTATTAAAACAGATTATAATTGA
1 ATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTTGTTAAAACAGATTATAATTAA
* * * *
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66 ATGTCTGCCTC-GAGAAACATG--AAGAAAAGCTATTCATT-GCAAGAAAAGTCCATTTATAGTC
* ** *
57608 ACTCATACCTTTGAAAGCCTTATTACTAC-CTTTAAATGGTTTTATAATCTTATAATTGATTTTA
127 AC-CATGCCTTCAAAAGCCTTATTACT-CGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTA
* * * * * *
57672 AGGTGAATTTTTTTAACATTTTT-GATTAAAACAGATTATAATTAAATGTCTGCCTCAAGAAACA
190 A-GTTAAATTTTTTAACATTTTTAG-TTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTTAGGAAACA
* * ** * ********** * *
57736 TGAAGAAAAAGCCTTTCATTGGCAAGAAAAGCCNNNNNNNNNNCACCCAAGCCTTCAAAAGCCTT
253 TGAAGAAAAAGTCATTCATTAACAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACCCATGCCTTCGAAAGCCTT
*** *
57801 ATTACTTATTTTAAATGATTTT
318 ATTACTCGCTTTAAATGGTTTT
* * ** * * *
57823 ATAATCCCATAATTGATTTTAAGTTGAATTGTTTTGCATTTTTGGTTAAAGCAAATTATAATTAA
1 ATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTTGTTAAAACAGATTATAATTAA
* * * *
57888 ATATCTACCTTG-GAAAACATGAAGAAAAAGCTATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTGATAGTCA
66 ATGTCTGCCTCGAG-AAACATGAAG-AAAAGCTATTCATT-GCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCA
* * * * *
57952 CCTATGCTTTCAAAAGCCTTATTACTCACTGT-AATAGTTTTATAATC-CTATAATCGA-TTTAA
128 CC-ATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTC-ATAATTGATTTTAA
* * * * ** * * ** *
58014 GGTTCAATTTTTTAACACTTTTCA-TTGAAACAGCTTATTTTTAAATGTCT-CTTTTAAAAAACG
191 -GTTAAATTTTTTAACA-TTTTTAGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTAC-CTTAGGAAACA
* * * * * * * * * *
58077 TGAAGAAAAAGCCATCCACTAGCAAGAAAAGTGTATTTACCA-TCACTCAAGCCTTTGAAACCCT
253 TGAAGAAAAAGTCATTCATTAACAAGAAAAGTCTATTTA-TAGTCACCCATGCCTTCGAAAGCCT
** *
58141 TATTAAACGTTTTAAATGGTTTT
317 TATTACTCGCTTTAAATGGTTTT
* * * * *
58164 ATAATCTCATAATTGATTTTAAATT-AGA-TTTTTTACATTTTTTGCTAAAATAGATTATAATTG
1 ATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGA-ATTTTTTTATATTTTTTGTTAAAACAGATTATAATTA
* * * * * * *
58227 AATCTCTACC-CCAGGTAACATGAAGAAAA-CGTCATTCATTGATAACAAATGTCCATTTATAGT
65 AATGTCTGCCTCGA-GAAACATGAAGAAAAGC-T-ATTCATTG-CAAGAAAAGTCCATTTATAGT
* ** * * *
58290 CACTAATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCATTTTAAATCGTTTTACAATTTCATAATTGATTTT-
126 CAC-CATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTA
* * * * * * **
58354 AGATTGAATTTGTTAACATTTTTGGTCAAAATAGATTATAATTGAATGTCTGCCTTAATAAACAT
190 AG-TTAAATTTTTTAACATTTTTAGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTTAGGAAACAT
** * * *
58419 GTTGAAAAAG-CAATTCATTAACAAGAAAAGTCCATTTATAGCCACCCATGCTTTCGAAAGCCTT
254 GAAGAAAAAGTC-ATTCATTAACAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACCCATGCCTTCGAAAGCCTT
* **********
58483 ATTACTCCCTTNNNNNNNNNNT
318 ATTACTCGCTTTAAATGGTTTT
* * * ** * * *
58505 ATAATCTCATAATTTATTTTAAATTGGATTGCTTTAT-TTTTTTGTTAAAATAAATTATAATTGA
1 ATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTTGTTAAAACAGATTATAATTAA
* * * *
58569 ATGTCTGTCTC-AGAAACCATGAAGGAAAAGCCATTCATTGGTAAGAAAAGTCCTTTTATAGTCA
66 ATGTCTGCCTCGAGAAA-CATGAA-GAAAAGCTATTCATT-GCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCA
* * ** * ***
58633 CCCATGCCTTCTAAAGCCTTATTACTTGCTTTAAATATTTTTCTAATCTCATAATTGATTTNNNN
128 -CCATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTT-TAA
****** * * ** *
58698 NNNNNNTTTTTT-ACATTTTTTA-TTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTGCCTCAGGAAAGGTA
191 GTTAAATTTTTTAACA-TTTTTAGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTTAGGAAACATG
** * * * *
58761 AAGAAAAAGAT-ATTCATTGCCAAGAAAAGTCCATTTATAGTGACCCATGCCTTCAAAAGCTTTA
255 AAGAAAAAG-TCATTCATTAACAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACCCATGCCTTCGAAAGCCTTA
* *
58825 TTACTCGCTGTAAATAGTTTT
319 TTACTCGCTTTAAATGGTTTT
* * * * *
58846 -TCAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTCAAAGTTTTTGTTAAAAAAGATTATAATTG
1 AT-AATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTTGTTAAAACAGATTATAATTA
* * * * *
58910 AATGTCTGCCT-GAGGAACATGAAGGGCAAAGATATTCATTGGCAAGCAAAGCCCATTTATAGTC
65 AATGTCTGCCTCGAGAAACATGAA--GAAAAGCTATTCATT-GCAAGAAAAGTCCATTTATAGTC
* * * *
58974 ACCCAAGCCTTCAAAAGCTTTATTACTAGCTTTAAATGGTTTTCTAATCTCATAATTGATTTTAA
127 A-CCATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAA
* * * *
59039 GTTGAATTATTTT-GCATTATTT-GTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTAGCTT-GGCAAAAA
191 GTTAAATT-TTTTAACATT-TTTAGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTTAGG-AAACA
* * * * * *
59101 TGAAGAAAAAGTAATTCATCAATAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCAAAAGTCTT
253 TGAAGAAAAAGTCATTCATTAACAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACCCATGCCTTCGAAAGCCTT
** * *
59166 ATTGTTCTCTTCAAATGGTTTT
318 ATTACTCGCTTTAAATGGTTTT
* * * ** * * *
59188 ATATTCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTGTTTTACATTTTTCATTAAAACATATTAGAATTGA
1 ATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTTGTTAAAACAGATTATAATTAA
* * * * * *
59253 ATGTCTGCCTTGGGAAACCTAAAGAAAAAGCCATTCATTGGAAAGAAAAGTCCATTTATAGTCAC
66 ATGTCTGCCTCGAGAAACATGAAG-AAAAGCTATTCATT-GCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCA-
* ** * * * *
59318 CCATGGCTTCAAAAGTTTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTCTAATCCCATAATTAATTTTAAAT
128 CCATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGT
* * * * * **
59383 TAAATTTTTTCATATTTTTCGTTAAAACAGATAATAATTGAATGTCTACCTTGGGAATTATGAAG
193 TAAATTTTTTAACATTTTTAGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTTAGGAAACATGAAG
* * * * * * * * * *
59448 GAAGAGAT-ATTCATTAGCAAGAAAAGCCCATTTATAGTCATCCAAGCCTTCAAAAGCCATATCA
258 AAAAAG-TCATTCATTAACAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACCCATGCCTTCGAAAGCCTTATTA
* **
59512 CTCGCTTTAAATAGTTCA
322 CTCGCTTTAAATGGTTTT
* * * *
59530 ATAATCTCATAATTGATTTTTTAA-TTGAATTTTTTTACATGTCTTGTTAAAACAGATAATAATT
1 ATAATCTCATAATTGA--TTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTTGTTAAAACAGATTATAATT
* * * * * * *
59594 GAATGTCTTCCTCGA-AAGACATGAAGAAAAAGCTATTCACTGGCAATAAAACTCTATTTATAGA
64 AAATGTCTGCCTCGAGAA-ACATGAAG-AAAAGCTATTCA-TTGCAAGAAAAGTCCATTTATAGT
** *
59658 CACCCATG-CTGTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTGAATAATCTCATATTTTGATTT
126 CA-CCATGCCT-TCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATA-ATTGATTT
* * * * * * *
59722 CAAGTTGAAATTTTTT-ATATTTTTAGTTAAAATAGAATACAATTGACTGTCTACTTTAGGAAAC
188 TAAGTT-AAATTTTTTAACATTTTTAGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTTAGGAAAC
* * * * ** * * * * *
59786 GTGAAGAAGAGGCCATTCATTGGCAAGAATAA-TCCATGTATAGTCACCCATGTCTTCAAAAACC
252 ATGAAGAAAAAGTCATTCATTAACAAGAA-AAGTCTATTTATAGTCACCCATGCCTTCGAAAGCC
* * **
59850 TTACTATTTACTTTAAATGGTTTT
316 TTATTACTCGCTTTAAATGGTTTT
* ** * * ** *
59874 ATAATCTCATAATTGATTTAAAGTT-AAAATTTTTACA-TTTTTATTAAATTAGATTATAATTCA
1 ATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTTGTTAAAACAGATTATAATTAA
* * * * * * *
59937 ATTTTTTCCTTGAGAAACACGAAGAAAAAGATATTCATTGGCAGGAAAAGTCCATTTATAGTCAC
66 ATGTCTGCCTCGAGAAACATGAAG-AAAAGCTATTCATT-GCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCA-
* * ********** *
60002 CCATGCCTTCGAAAGCATTATNNNNNNNNNNAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGT
128 CCATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGT
* * * * * * ** *
60067 TGAATATGTTTT-ATATTTTTAGTTCAAATAGATTATACTTAAATGTCTGGCTT--GAAAAATG-
193 T-AA-ATTTTTTAACATTTTTAGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTTAGGAAACATGA
* * ** * * * *
60128 TGAAGAAAGATCTATTCACTGGC-AGAATAGTCCATTTATAGTCACCTATGCCTTCAAAAGCCTT
256 AGAA-AAAG-TC-ATTCATTAACAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACCCATGCCTTCGAAAGCCTT
** *
60192 ATTTTTAGCTTTAAATGGTTTT
318 ATTACTCGCTTTAAATGGTTTT
* * * ** * * *
60214 ATAAT-TGCATAATTGATTTTAAGGTGAAATGTTTTTTACAATCATTATTAAAATATATTATAAT
1 ATAATCT-CATAATTGATTTTAAGTTG-AAT-TTTTTTATATTTTTTGTTAAAACAGATTATAAT
** * * * * * * * * *** *
60278 TGGATGTTTACATCAAGAAACATGCAGCAAAAG-TGATCCATTAG-AACAAAAATTTGTTTCAGA
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* * * * **********
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124 GTCAC-CATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTT
* * * * * * * *
60405 AAAATTGAATTTTTTTACATTTTTTA-TTAAAAAAAATTATGATTGAATGTCTTCCTTAGGAAAC
188 TAAGTTAAATTTTTTAACA-TTTTTAGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTTAGGAAAC
* * * *
60469 GTGAAGAAAAAGAT-ATTCATTAGA-AAGAAAATTCCAGTTATAGTCACCCATGCCTTCGAAAGC
252 ATGAAGAAAAAG-TCATTCATTA-ACAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACCCATGCCTTCGAAAGC
**********
60532 CTTATTACTCGCNNNNNNNNNNTTT
315 CTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTT
* * * * * * *
60557 ATAATCTCATAATTGATTTTAGGTTGAATTTTGTAACATTTTTTATTTAAACAGGTTATAATTAA
1 ATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTTGTTAAAACAGATTATAATTAA
* * * * *
60622 ATGTTTGCCTC-AGGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAGCCCATTGATAGTGA
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* *** * * *
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128 -CCATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAG
* * * * * * *
60750 TTAAATTTTTTTACATTTTTGGTCAAAACGGATTGTAATTGAATGTCTACCTTGGGAAACATAAA
192 TTAAATTTTTTAACATTTTTAGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTTAGGAAACATGAA
* * ** ** *
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* *
60879 ACTCACTTTAAATAGTTTT
321 ACTCGCTTTAAATGGTTTT
* * * * * * * * * *
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1 ATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTTGTTAAAACAGATTATAATTAA
* * * ** * * * * ** * *
60963 ATATTTG-TTTTAGGAAATATGAAGCAAAAGCCATCCATTGGTAAGAAAAGTATATTTACATTCA
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* ** * * * *** *
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128 C-CATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAG
* * * * * * * *
61092 TTAAATATTTTT-ATATTTTTAATTAAAATAGATTATATTTGAATGCCTACCATGGGGAACATGA
192 TTAAAT-TTTTTAACATTTTTAGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTTAGGAAACATGA
* ** * *** * *
61156 A-AAATAAGACATTCA-TAGGGAAGAAAAG-CATATTTATAGCCTTTCATGCCTTTGAAAACCTT
256 AGAAA-AAGTCATTCATTA-ACAAGAAAAGTC-TATTTATAGTCACCCATGCCTTCGAAAGCCTT
***
61218 ATTACTCGCTTTAAATGGTNNN
318 ATTACTCGCTTTAAATGGTTTT
******* * * * * * * **
61240 NNNNNNNCATAATTGATTTCAAGTTGATTTTTTTTACATTTTTGGTTAAAATATATTATAATGGA
1 ATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTTGTTAAAACAGATTATAATTAA
* * ** * ** * * * * * *
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** ** * * * * *
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128 C-CATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAG
* * * * * * * *
61434 TTGAATTTTTTGATATTTTTTA-TTAAAATAGATTATAATTGAATGTTTGCC-TAGGGAAACCTA
192 TTAAATTTTTTAACA-TTTTTAGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTTA-GGAAACATG
** * * **
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* **********
61560 ATTACTCACTTNNNNNNNNNNT
318 ATTACTCGCTTTAAATGGTTTT
* * * * *
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1 ATAATCTCATAATTGATTTTAAG-TTGAATTTTTTTATATTTTTTG-TTAAAACAGATTATAATT
* * * * * * ** *
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* **********
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126 CA-CCATGCCTTC-AAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTT
** **
61774 AAGTTGGATTCTTTT-ACACTTTTT-GTTAAATTAGATTATAATTGAATGTCTACCTT-GAGAAA
189 AAGTTAAATT-TTTTAACA-TTTTTAGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTTAG-GAAA
* ************ * * *
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* *
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314 CCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTT
* * * * *
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1 ATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTTGTTAAAACAGATTATAATTAA
* * ** * * *
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* * * * * * *
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* * * * * * * **
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* * ** * * * * **
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1 ATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTTG-TTAAAACAGATTATAATTA
* * ** * * * * * * *
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* * * *
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127 A-CCATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTG
62453 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 27826, Mismatches: 8855, Indels: 3718
0.69 0.22 0.09
Matches are distributed among these distances:
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TGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAA
ATTTTTTAACATTTTTAGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTTAGGAAACATGAAGAAA
AAGTCATTCATTAACAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACCCATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCG
CTTTAAATGGTTTT
Found at i:27828 original size:161 final size:158
Alignment explanation
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27413 AACATGAAGT
* ** * * * *
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* * * * *
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* * * * * * ** *
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* ** ** *
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*
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* **
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* * **
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* * * * *
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* *
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* * * * **
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* *
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** * * ** * *
28055 ACATTTTATAATTAAATGTCTGTTTTGGGAAATATA-AAGA
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** * * * *
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1 AAAAGCCATTCATTAACAACAAAAGTCCATTTATAGTCAC-CATGCCTTCAAAAGCCTTA-TACT
* ** *
28160 C-CTTCTAAATAGTTTTCTAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATGTTTTTAT
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28213 ATTTTTNNNN
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CTTTAAATGGTTTTAAAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTATTAAAACAGATTAAAA
TTGAATGTCTGCCTTAGAAATAACATGA
Found at i:29410 original size:171 final size:171
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28937 NNNNNNNNNN
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* * * * *
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* * ** ********** *
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* * * * * *
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**********
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* * **
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* * * * * **
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* * * *
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* * * * *
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* * *
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1 CTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATT
* * * ** *
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*
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* * *
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1 CTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATT
* * * * * * *
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* ** * *
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* * **********
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1 CTTC-AAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAAT
* * * * * *
30036 TTGTTTTATATTTTTTGTTAAAACAAATTATAATTGAATGTCTGCCTTAAGAAAAATGGAGGAAA
65 TT-TTTTACATTTTTAGTTAAAACAAATTATAATTGAATGTCTGCCTCAAGAAACATGAAGAAAA
* ** *
30101 AGCCATTCATTGGCAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACATATGC
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* * * * * **
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1 CTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATT
* * * * * * * * * **
30209 TTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGATTATATTTGAGTGTTTACCTCTAGAAACCTAAACCAAAAG
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* * * * * *
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* * * * *
30314 CTTCAAAAACCTTCTTACTCACTTTAAAAGGTTTTATAATCTCATAATTTATTTTAAGTAGAATT
1 CTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATT
* * * * * ** ** ** * * **
30379 ATTATATATTTTTAGATAAAATAGTTTATAATTGAAAATCTGTATTAGGAAATGTGAAGAAAAAG
66 TTTTTACATTTTTAGTTAAAACAAATTATAATTGAATGTCTGCCTCAAGAAACATGAAGAAAAAG
* * *
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** ** * *
30485 CTTTGAAAGCCTTATTACTTGCTTTAAATGGTTTTCTGATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATT
1 CTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATT
* * * * ** **
30550 TTTATA-ATTTTTA-TTAAAAAAAACTATAATTGATTGTCTATCT-TGGAAAACATGAAGAAAAA
66 TTTTTACATTTTTAGTTAAAACAAATTATAATTGAATGTCTGCCTCAAG-AAACATGAAGAAAAA
********** *
30612 GCCATTCATTGAG-AAGAAAAGTCCNNNNNNNNNNACCCATGC
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* * *
30654 CTTCAAAAGCCTTATAACTCGCTTTAAATGGTTTTATCATCTTC-TAATTGATTTTAAGTT-AAT
1 CTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATC-TCATAATTGATTTTAAGTTGAA-
* * ** *** * * *
30717 TTTTTTTATAGTTTTTA-TTAAAACAGATTATAAAGGAATGTCTGCCTTGGGTAACATAAAGAGA
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* * ** ** *
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* * * ** * *
30825 CTTCAGAAGCCTTAGTACACGTTTTAAGTGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATT
1 CTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATT
* * * * * * * *
30890 CTTTAACATTTCTATTTAAAACAAATTATAACTGAATGTCTGCCTCAAGATACATGATGAAAAAC
66 TTTTTACATTTTTAGTTAAAACAAATTATAATTGAATGTCTGCCTCAAGAAACATGAAGAAAAAG
** * *
30955 CCATTCATTAACAAGAAAAGTTCATTTATAGTCACCCATGC
131 CCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATAC
* ********** * * *
30996 CTTCGAAAGCCTNNNNNNNNNNTTTAAATGGTTTTATCATCTCATAATTGATTTTGAGTTAAATT
1 CTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATT
** * * * * *
31061 TTTTTACATTTCTT-GTTAAATTAGATTATAATTGAATGTCTGCCTTAAGAAATATGGAGGAAAA
66 TTTTTACATTT-TTAGTTAAAACAAATTATAATTGAATGTCTGCCTCAAGAAACATGAAGAAAAA
*
31125 GCCATTCATTGGCAAAAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATAC
130 GCCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATAC
* ********** * * *
31167 CTTTAAAAGCCNNNNNNNNNNCTTTAAATGGTTTTCTAATCTCATAATTGATATTAAGTTAAATT
1 CTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATT
* * * * * * * **
31232 TTTTTATAGTTTTTA-TTAAAATAGATTATAATTGAATATCCGTCACGGGAAACAT-AA-AACAA
66 TTTTTACA-TTTTTAGTTAAAACAAATTATAATTGAATGTCTGCCTCAAGAAACATGAAGAA-AA
** * * * * *
31294 AGATATTCATTGGTAAGAAAAGTCTATATATAGTCACTCATGC
129 AGCCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATAC
* ** ** * * *
31337 CTTCAAAAGTCTTATTACTCGTTTTAAATTTTTTTCTATTCTTATAATTGATTTTAAGTTGAATT
1 CTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATT
********* ** * * * *
31402 NNNNNNNNNNTTTTA-TTAAAACAGGTTATAATTAAATGTCTGCCTCAGGAAACATAAAG-GAAA
66 -TTTTTACATTTTTAGTTAAAACAAATTATAATTGAATGTCTGCCTCAAGAAACATGAAGAAAAA
** * *
31465 GATATTTATTGGCAAGAAAA-TCCCATTTATAGTCACCTA-AGC
130 GCCATTCATTGGCAAGAAAAGT-CCATTTATAGTCACCCATA-C
* * * *
31507 CTTCAAAAGTCTGATTACTCACTTTAAATGGTTTAATAATCTCATAATTGATTTTTTAGTTGAAT
1 CTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGA-TTTTAAGTTGAAT
* * * * * * * * * *
31572 GTTTTTACATTTTTTGTTAAAACAGATAATAATTGAATGTCTTCTTTAGGAGACAAGAAGAAAAA
65 TTTTTTACATTTTTAGTTAAAACAAATTATAATTGAATGTCTGCCTCAAGAAACATGAAGAAAAA
* * * * *
31637 GTCATTTATTGGGAAGAAAAGTCCTTTTATAGTCACCCATGC
130 GCCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATAC
* * * * * * *
31679 CTTCAAAAACGTTATAACTCGCTTTAAATGGTTTAACAATCTCATAATTGATTTTAAGTAT-AAG
1 CTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGT-TGAAT
* * * * * **
31743 CTTTTTACATTTTTTGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTGCCAT-AGGTAATGTGAAGAAAA
65 TTTTTTACATTTTTAGTTAAAACAAATTATAATTGAATGTCTGCC-TCAAGAAACATGAAGAAAA
* * ** * *
31807 TGTCATTCATTGATAAGAAAAGTCCATTTAT-TTCCACCCATGC
129 AGCCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGT-CACCCATAC
* * * * * * * *
31850 CTTTAAAAGCCTTAGTA-TAAGCTCTAAATGGTTTTATAATCTCATAATAGATTTTAGGCTAAAT
1 CTTCAAAAGCCTTATTACTCA-CTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAAT
* * * * * * * *
31914 TTTTTAACATTTTTAGTTAAAACAGATTTTAATTAAATGTTTACCTCAACAAACATGATGAAAAA
65 TTTTTTACATTTTTAGTTAAAACAAATTATAATTGAATGTCTGCCTCAAGAAACATGAAGAAAAA
** ** * * * *
31979 GTTATTCATTAACAAGAAAAGTCCATATATGGTCACTCATTC
130 GCCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATAC
* * * * ********** *
32021 CTTCGAAAGCTTTCTTACTCGCTTTAAATGGTTTTATANNNNNNNNNNTGATTTTAAGTTGAACT
1 CTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATT
* * * * * * * * *
32086 TTTTTACCTTTTTTGTTAAAACATATTATAATTGAATATTTACCTCGAGAAACATGGAGCAAAAG
66 TTTTTACATTTTTAGTTAAAACAAATTATAATTGAATGTCTGCCTCAAGAAACATGAAGAAAAAG
* * * * * ***
32151 CTATCCATTGACACGAAAACTCC-TTTCATAGTCATTTA-AGC
131 CCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTT-ATAGTCACCCATA-C
* * * * ** * *
32192 CTTCGAAAGTCTTATTACGCGCTTCGAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAGTT
1 CTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGA--A
* * * * * *
32257 TTTTTTTACATTTTTTA-CTAAAACAGATTAGAATTGAATATATGCC-CTAAGAAACATTAAGAA
64 TTTTTTTACA-TTTTTAGTTAAAACAAATTATAATTGAATGTCTGCCTC-AAGAAACATGAAGAA
** * * * * *
32320 AAAGATATTCATAGGCAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACTCGTTC
127 AAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATAC
* ** * * * *
32365 CTTCGAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATTATTTTATAATCTCGTAATTGACTTTAGGCTGAATT
1 CTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATT
* * * * * * * **
32430 TTTTAACATTTTTGGTTGAAACAAATTATAATTAAATGTTTGACTTAAGAAATGTGAAGAAAAAG
66 TTTTTACATTTTTAGTTAAAACAAATTATAATTGAATGTCTGCCTCAAGAAACATGAAGAAAAAG
* *
32495 CCATTCATTGGCATGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGC
131 CCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATAC
* * * * * * *********
32536 TTTTAAAAGCTTTATTACTCGCTGTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTNNNNNNNNNNT
1 CTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTT-TAAGTTGAAT
* * * * **
32601 TTTTTTACACTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTGTCTCTGGAAACAT-AAGGAAAA
65 TTTTTTACATTTTTAGTTAAAACAAATTATAATTGAATGTCTGCCTCAAGAAACATGAA-GAAAA
* * *
32665 AGCCATTCA-T-----GAAAGGTCCATTTATAGGCACCCATGC
129 AGCCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATAC
* * * ********** *
32702 TTTTAAAAGCCTTATTGCTCACTTNNNNNNNNNNTATAATCTCATAATTGATTTCAAGTTAGAA-
1 CTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTT-GAAT
** * * * * * * * * * * *
32766 TTTTTGGCAATTTTGGTTAAGACAGACTGTAATTGATTGCCTACC-CTAGAAAATATGAAGAAAA
65 TTTTTTACATTTTTAGTTAAAACAAATTATAATTGAATGTCTGCCTCAAG-AAACATGAAGAAAA
* * * *
32830 ATCTATTCATTAGGGAA-AAAAGTCCATATATAGTCACCCATAC
129 AGCCATTCATT-GGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATAC
* * * * * * *
32873 CTTCAAAAGTCTGATAACTCATTTTCAATGGCTTTATAATCTCATAAGTGATTTTAAG-TGTAAT
1 CTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTG-AAT
* * * * ** * *
32937 GTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAAATCATAATTAAATGTCTGCCTCGGGTAACATGAAGAAAAT
65 TTTTTTACATTTTTAGTTAAAACAAATTATAATTGAATGTCTGCCTCAAGAAACATGAAGAAAAA
* ** * * * * *
33002 TCCATTCATTGATAAACAAAAGTTCATTTACAGTCACACATGC
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* * * * * **********
33045 CTTCAAAAGTCTTAGTACAT-GCTTTAATTAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTNNNNNNNNNN
1 CTTCAAAAGCCTTATTAC-TCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAAT
* * * * * *
33109 TTTTTTACATTTTTGGTCAAAATAGATTATAATTGAATGTTTGCCTCTAA-AAACATGAGGAAAA
65 TTTTTTACATTTTTAGTTAAAACAAATTATAATTGAATGTCTGCCTC-AAGAAACATGAAGAAAA
* * *
33173 AG----TCATT--CATGAAAAGTCCATTTATAGGCACCCATGC
129 AGCCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATAC
* * * * * * * *
33210 TTTTAAAAGCCTTATTGCTAACTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTCAAGTTAAAAT
1 CTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATT
** * * * * * * * * *
33275 TTTTGGCAGTTTT-GATTAAGACAGACTGTAATTGATTGCCTACC-CCAGAAAACATGAAGAAAA
66 TTTTTACATTTTTAG-TTAAAACAAATTATAATTGAATGTCTGCCTCAAG-AAACATGAAGAAAA
* * *
33338 AGCTATTCATTAGGGAA-AAAAGTCCATTTATAGTCACCTATAC
129 AGCCATTCATT-GGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATAC
33381 CTTCA
1 CTTCA
33386 GAAGNNNNNN
Statistics
Matches: 3251, Mismatches: 913, Indels: 208
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Matches are distributed among these distances:
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Consensus pattern (171 bp):
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TTTTTACATTTTTAGTTAAAACAAATTATAATTGAATGTCTGCCTCAAGAAACATGAAGAAAAAG
CCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATAC
Found at i:31433 original size:170 final size:161
Alignment explanation
Indices: 31241--31578 Score: 313
Period size: 170 Copynumber: 2.0 Consensus size: 161
31231 TTTTTTATAG
* * * *
31241 TTTTTATTAAAATAGATTATAATTGAATATCCGTCACGGGAAACATAAAACAAAGATATTCATTG
1 TTTTTATTAAAACAGATTATAATTAAATATCCGCCACAGGAAACATAAAACAAAGATATTCATTG
* * * * ** **
31306 GTAAGAAAAGT-CTATATATAGTCA-CTCATGCCTTCAAAAGTCTTATTACTCGTTTTAAATTTT
66 GCAAGAAAA-TCCCATATATAGTCACCT-AAGCCTTCAAAAGTCTGATTACTCACTTTAAATGGT
** * *
31369 TTTCTATTCTTATAATTGA-TTTTAAGTTGAAT
129 TTAATAATCTCATAATTGATTTTTAAGTTGAAT
* * * * **
31401 TNNNNNNNNNNTTTTATTAAAACAGGTTATAATTAAATGTCTGCCTCAGGAAACATAAAGGAAAG
1 T----------TTTTATTAAAACAGATTATAATTAAATATCCGCCACAGGAAACATAAAACAAAG
* *
31466 ATATTTATTGGCAAGAAAATCCCATTTATAGTCACCTAAGCCTTCAAAAGTCTGATTACTCACTT
56 ATATTCATTGGCAAGAAAATCCCATATATAGTCACCTAAGCCTTCAAAAGTCTGATTACTCACTT
*
31531 TAAATGGTTTAATAATCTCATAATTGATTTTTTAGTTGAAT
121 TAAATGGTTTAATAATCTCATAATTGATTTTTAAGTTGAAT
31572 GTTTTTA
1 -TTTTTA
31579 CATTTTTTGT
Statistics
Matches: 139, Mismatches: 25, Indels: 26
0.73 0.13 0.14
Matches are distributed among these distances:
160 1 0.01
162 5 0.04
169 1 0.01
170 117 0.84
171 14 0.10
172 1 0.01
ACGTcount: A:0.35, C:0.12, G:0.12, T:0.38
Consensus pattern (161 bp):
TTTTTATTAAAACAGATTATAATTAAATATCCGCCACAGGAAACATAAAACAAAGATATTCATTG
GCAAGAAAATCCCATATATAGTCACCTAAGCCTTCAAAAGTCTGATTACTCACTTTAAATGGTTT
AATAATCTCATAATTGATTTTTAAGTTGAAT
Found at i:31706 original size:512 final size:512
Alignment explanation
Indices: 29289--33278 Score: 1816
Period size: 512 Copynumber: 7.8 Consensus size: 512
29279 NNNNNNCATA
* * ** * **
29289 CCTTCAAAAGCCTTAATACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCTTAATTGATTTTAAGTTGAGG
1 CCTTCAAAAGCCTTAGTACACGTTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTT-AAA
* * ** * ** * * *
29354 TT-TTTTACATTTTTGGTTAAAACAGATTATATTTGAGTGTCTACCTCAAGAAACATGAAGCG-A
65 TTCTTTAACATTTCTATTTAAAACAAATTATAACTAAATGTCTGCCTCAAGAAACAT-AAG-GAA
* ** * * * **
29417 AAGCCATTCA-TAGGTACGAAAAGT-CATTTCATAGTCACTCAAGCCTTCGAAAGCCTTTTTACT
128 AAACCATTCATTA-ACAAGAAAAGTCCATTT-ATAGTCACCCAAGCCTTCAAAAGCCTGATTACT
* * * * * * *
29480 CACTTTAAATGATTTTATAATCTCATAATAGATTTTAAG-TAGAATTTTTTTATAGTTT-TAGTT
191 CACTTTAAATGGTTTAATAATCTCATAATTGATTTTGAGTTA-AATGTTTTTACA-TTTCTTGTT
* * * * * * *
29543 AAAACAGTTTATAATTGAATGTCTGTC-TCAGAAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTAGCAAGA
254 AAAACAGATAATAATTGAATGTCTGCCTTAAG-AAACAAGAAGAAAAAGCCATTCATTGGCAAAA
* * ** **********
29607 AAAGTCCATTTATAGTGACCCATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTAACTNNNNNNNNNNTTCTAAT
318 AAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCAAAAGCCTTATAACTCGCTTTAAATGGTTTTCTAAT
* * * * * * *
29672 CTCATAATTGATTTTAAGTT-GATTTTTTTGACAATTTTTATTAAAACAAACTATAATTGATTGT
383 CTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTT-ATAGTTTTTATTAAAACAGATTATAATTGAATAT
** * * * * * * *
29736 CTACCATGGGAAATATGAAGAAAAAG-TCATTCATTGAGAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCA
447 CCGCCACGGGAAACATAAAGACAAAGAT-ATTCATTGATAAGAAAAGTCTATATATAGTCACCCA
*
29800 TA
511 TG
* * ** * *
29802 CCTTTAAAAGCCTTA-TAACTCACTTTAAATGGTTTTATCATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAA
1 CCTTCAAAAGCCTTAGT-ACACGTTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAA
* * * * *
29866 TT-TCTTAACATTTCTAGTTAAAA-AAATTATAATTAAATGTCTGCCTCAAGAAACGTGATGAAA
65 TTCT-TTAACATTTCTATTTAAAACAAATTATAACTAAATGTCTGCCTCAAGAAACATAAGGAAA
* * * * *
29929 AACCCAATCATTAACAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACCCATGCCTTCGAAAA-CGTTATTACTC
129 AA-CCATTCATTAACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCAAGCCTTC-AAAAGCCTGATTACTC
* ********* * * * *
29993 GCTTNNNNNNNNNNT-ATAATCTCATAATTGATTTTAAGTT-AATTTGTTTTATATTTTTTGTTA
192 ACTT-TAAATGGTTTAATAATCTCATAATTGATTTTGAGTTAAATGT-TTTTACATTTCTTGTTA
* * * * *
30056 AAACAAATTATAATTGAATGTCTGCCTTAAGAAA-AATGGAGGAAAAGCCATTCATTGGCAAGAA
255 AAACAGATAATAATTGAATGTCTGCCTTAAGAAACAA-GAAGAAAAAGCCATTCATTGGCAAAAA
* ** * * * * * * *
30120 AAGTCTATTTATAGTCACATATGCCTTCATAAGCCCTGTTATTCACTTTAAATGGTTTTATAATC
319 AAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCAAAAGCCTTATAACTCGCTTTAAATGGTTTTCTAATC
* * ** * * * * * *
30185 TCATAATTGATTTTAGGTTGAGGTTTTTTACA-TTTTTGGTTAAAACAGATTATATTTGAGTGTT
384 TCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTATAGTTTTT-ATTAAAACAGATTATAATTGAATATC
** * ** * * * * ** * * *
30249 TACCTCTAGAAACCTAAA-CCAAA-AGTCATCCATAG-GCACAAAAGTCT-TTTCATAGTCACTC
448 CGCCACGGGAAACATAAAGACAAAGA-T-ATTCATTGATAAGAAAAGTCTATAT-ATAGTCACCC
*
30310 AAG
510 ATG
* ** * ** * *
30313 CCTTCAAAAACCTTCTTACTCACTTTAAAAGGTTTTATAATCTCATAATTTATTTTAAG-TAGAA
1 CCTTCAAAAGCCTTAGTACACGTTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTA-AA
* * * ** * ** * * ** * * **
30377 TT-ATTATATATTTTTAGATAAAATAGTTTATAATTGAAA-ATCTGTATTAGGAAATGTGAA-GA
65 TTCTTTA-ACATTTCTATTTAAAACAAATTATAACT-AAATGTCTGCCTCAAGAAACAT-AAGGA
** * * * ** *
30439 AAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATATCTAGTCACCCATGCCTTTGAAAGCCTTATTACT
127 AAAA-CCATTCATTAACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCAAGCCTTCAAAAGCCTGATTACT
** ** * * * *
30504 TGCTTTAAATGGTTTTCTGATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAAT-TTTTATA-ATTT-TTATTA
191 CACTTTAAATGGTTTAATAATCTCATAATTGATTTTGAGTTAAATGTTTT-TACATTTCTTGTTA
* * * ** * * *
30566 AAAAAAACT-ATAATTGATTGTCTATCTT-GGAAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGAG-AAG
255 AAACAGA-TAATAATTGAATGTCTGCCTTAAG-AAACAAGAAGAAAAAGCCATTCATTG-GCAAA
********** * *
30628 AAAAGTCCNNNNNNNNNNACCCATGCCTTCAAAAGCCTTATAACTCGCTTTAAATGGTTTTATCA
317 AAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCAAAAGCCTTATAACTCGCTTTAAATGGTTTTCTAA
* ** *
30693 TCTTC-TAATTGATTTTAAGTTAATTTTTTTTATAGTTTTTATTAAAACAGATTATAAAGGAATG
382 TC-TCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTATAGTTTTTATTAAAACAGATTATAATTGAATA
* ** * * * * * *
30757 TCTGCCTTGGGTAACATAAAGAGAATGCTATTCATTGATAAGAAAAGTGTATTTATAGTCACCCA
446 TCCGCCACGGGAAACATAAAGACAAAGATATTCATTGATAAGAAAAGTCTATATATAGTCACCCA
30822 TG
511 TG
* *
30824 CCTTCAGAAGCCTTAGTACACGTTTTAAGTGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAAT
1 CCTTCAAAAGCCTTAGTACACGTTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAAT
* * * *
30889 TCTTTAACATTTCTATTTAAAACAAATTATAACTGAATGTCTGCCTCAAGATACATGATGAAAAA
66 TCTTTAACATTTCTATTTAAAACAAATTATAACTAAATGTCTGCCTCAAGAAACATAAGGAAAAA
* * * **********
30954 CCCATTCATTAACAAGAAAAGTTCATTTATAGTCACCCATGCCTTCGAAAGCCTNNNNNNNNNNT
131 -CCATTCATTAACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCAAGCCTTCAAAAGCCTGATTACTCACT
* * * **
31019 TTAAATGGTTTTATCATCTCATAATTGATTTTGAGTTAAATTTTTTTACATTTCTTGTTAAATTA
195 TTAAATGGTTTAATAATCTCATAATTGATTTTGAGTTAAATGTTTTTACATTTCTTGTTAAAACA
* * * * *
31084 GATTATAATTGAATGTCTGCCTTAAGAAATATGGAGGAAAAGCCATTCATTGGCAAAAAAAGTCC
260 GATAATAATTGAATGTCTGCCTTAAGAAACAAGAAGAAAAAGCCATTCATTGGCAAAAAAAGTCC
* * **********
31149 ATTTATAGTCACCCATACCTTTAAAAGCCNNNNNNNNNNCTTTAAATGGTTTTCTAATCTCATAA
325 ATTTATAGTCACCCATGCCTTCAAAAGCCTTATAACTCGCTTTAAATGGTTTTCTAATCTCATAA
* * *
31214 TTGATATTAAGTTAAATTTTTTTATAGTTTTTATTAAAATAGATTATAATTGAATATCCGTCACG
390 TTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTATAGTTTTTATTAAAACAGATTATAATTGAATATCCGCCACG
* *
31279 GGAAACATAAA-ACAAAGATATTCATTGGTAAGAAAAGTCTATATATAGTCACTCATG
455 GGAAACATAAAGACAAAGATATTCATTGATAAGAAAAGTCTATATATAGTCACCCATG
* * * ** * * * *
31336 CCTTCAAAAGTCTTATTACTCGTTTTAAATTTTTTTCTATTCTTATAATTGATTTTAAGTTGAAT
1 CCTTCAAAAGCCTTAGTACACGTTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAAT
******** ** * *
31401 TNNNNNNNNNNTTT-TA-TTAAAACAGGTTATAATTAAATGTCTGCCTCAGGAAACATAAAGGAA
66 T--CTTTAACATTTCTATTTAAAACAAATTATAACTAAATGTCTGCCTCAAGAAACAT-AAGGAA
* * * ** * *
31464 AGA-TATTTATTGGCAAGAAAA-TCCCATTTATAGTCACCTAAGCCTTCAAAAGTCTGATTACTC
128 AAACCATTCATTAACAAGAAAAGT-CCATTTATAGTCACCCAAGCCTTCAAAAGCCTGATTACTC
* * *
31527 ACTTTAAATGGTTTAATAATCTCATAATTGATTTTTTAGTTGAATGTTTTTACATTTTTTGTTAA
192 ACTTTAAATGGTTTAATAATCTCATAATTGA-TTTTGAGTTAAATGTTTTTACATTTCTTGTTAA
* * * * * * * *
31592 AACAGATAATAATTGAATGTCTTCTTTAGGAGACAAGAAGAAAAAGTCATTTATTGGGAAGAAAA
256 AACAGATAATAATTGAATGTCTGCCTTAAGAAACAAGAAGAAAAAGCCATTCATTGGCAAAAAAA
* * * *
31657 GTCCTTTTATAGTCACCCATGCCTTCAAAAACGTTATAACTCGCTTTAAATGGTTTAAC-AATCT
321 GTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCAAAAGCCTTATAACTCGCTTTAAATGGTTT-TCTAATCT
** * * * * *
31721 CATAATTGATTTTAAG-TATAAGCTTTTTACATTTTTTGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCT
385 CATAATTGATTTTAAGTTA-AATTTTTTTATAGTTTTTATTAAAACAGATTATAATTGAATATCC
** * ** * * * *
31785 GCCATAGGTAATGTGAAGA-AAATG-TCATTCATTGATAAGAAAAGTCCATTTAT-TTCCACCCA
449 GCCACGGGAAACATAAAGACAAA-GAT-ATTCATTGATAAGAAAAGTCTATATATAGT-CACCCA
31847 TG
511 TG
* * * * * * * *
31849 CCTTTAAAAGCCTTAGTATAAGCTCTAAATGGTTTTATAATCTCATAATAGATTTTAGGCTAAAT
1 CCTTCAAAAGCCTTAGTACACGTTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAAT
* * * * * * * * * * *
31914 TTTTTAACATTTTTAGTTAAAACAGATTTTAATTAAATGTTTACCTCAACAAACATGATGAAAAA
66 TCTTTAACATTTCTATTTAAAACAAATTATAACTAAATGTCTGCCTCAAGAAACATAAGGAAAAA
** * * * ** * * ** *
31979 GTTATTCATTAACAAGAAAAGTCCATATATGGTCACTCATTCCTTCGAAAGCTTTCTTACTCGCT
131 -CCATTCATTAACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCAAGCCTTCAAAAGCCTGATTACTCACT
* ********** * * * *
32044 TTAAATGGTTTTATANNNNNNNNNNTGATTTTAAGTTGAACT-TTTTTACCTTTTTTGTTAAAAC
195 TTAAATGGTTTAATAATCTCATAATTGATTTTGAGTT-AAATGTTTTTACATTTCTTGTTAAAAC
* * * * * ** * * * * * * ** *
32108 ATATTATAATTGAATATTTACCTCGAGAAACATGGAGCAAAAGCTATCCATTGACACGAAAACTC
259 AGATAATAATTGAATGTCTGCCTTAAGAAACAAGAAGAAAAAGCCATTCATTGGCAAAAAAAGTC
*** * * * * * ** * *
32173 C-TTTCATAGTCATTTAAGCCTTCGAAAGTCTTATTACGCGCTTCGAATAGTTTTATAATCTCAT
324 CATTT-ATAGTCACCCATGCCTTCAAAAGCCTTATAACTCGCTTTAAATGGTTTTCTAATCTCAT
** * * * * **
32237 AATTGATTTTAAGTTGAGTTTTTTTTTACATTTTTTACTAAAACAGATTAGAATTGAATATATGC
388 AATTGATTTTAAGTT-A-AATTTTTTTATAGTTTTTATTAAAACAGATTATAATTGAATATCCGC
** * * * ** * * * *
32302 C-CTAAGAAACATTAAGAAAAAGATATTCATAGGCAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACTCGTT
451 CAC-GGGAAACATAAAGACAAAGATATTCATTGATAAGAAAAGTCTATATATAGTCACCCATG
* * * ** ** * * * * *
32364 CCTTCGAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATTATTTTATAATCTCGTAATTGACTTTAGGCTGAAT
1 CCTTCAAAAGCCTTAGTACACGTTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAAT
* * ** * * * * * **
32429 TTTTTAACATTTTTGGTTGAAACAAATTATAATTAAATGTTTGACTTAAGAAATGTGAA-GAAAA
66 TCTTTAACATTTCTATTTAAAACAAATTATAACTAAATGTCTGCCTCAAGAAACAT-AAGGAAAA
** * * * * * * *
32493 AGCCATTCATTGGCATGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCTTTTAAAAGCTTTATTACTCGC
130 A-CCATTCATTAACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCAAGCCTTCAAAAGCCTGATTACTCAC
* * * ********* * *
32558 TGTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTNNNNNNNNNNTTTTTTTACACTTT-TGGTTAAA
194 TTTAAATGGTTTAATAATCTCATAATTGATTT-TGAGTTAAATGTTTTTACA-TTTCTTGTTAAA
* * * *
32622 ACAGATTATAATTGAATGTCTGTCTCT-GGAAACATA-AGGAAAAAGCCATTCA-T-G----AAA
257 ACAGATAATAATTGAATGTCTGCCT-TAAGAAACA-AGAAGAAAAAGCCATTCATTGGCAAAAAA
* * * * ** * ********** *
32679 GGTCCATTTATAGGCACCCATGCTTTTAAAAGCCTTATTGCTCACTTNNNNNNNNNNTATAATCT
320 AGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCAAAAGCCTTATAACTCGCTTTAAATGGTTTTCTAATCT
* ** ** * * *
32744 CATAATTGATTTCAAGTTAGAATTTTTGGCA-A-TTTTGGTTAAGACAGACTGTAATTG-AT-TG
385 CATAATTGATTTTAAGTTA-AATTTTT-TTATAGTTTTTATTAAAACAGATTATAATTGAATAT-
* ** * ** ** *
32805 CCTACC-CTAGAAA-ATATGAAGAAAAATCTATTCATTAGGGAA-AAAAGTCCATATATAGTCAC
447 CC-GCCACGGGAAACATA--AAGACAAAGATATTCATT-GATAAGAAAAGTCTATATATAGTCAC
*
32867 CCATA
508 CCATG
* * * * * * *
32872 CCTTCAAAAGTCTGA-TAACTCATTTTCAATGGCTTTATAATCTCATAAGTGATTTTAAGTGT-A
1 CCTTCAAAAGCCTTAGT-ACACGTTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGT-TAA
* * ** * * ** *
32935 ATGT-TTTTACATTTTTGGTTAAAACAAATCATAATTAAATGTCTGCCTCGGGTAACATGAA-GA
64 AT-TCTTTAACATTTCTATTTAAAACAAATTATAACTAAATGTCTGCCTCAAGAAACAT-AAGGA
* * * * * * * * *
32998 AAATTCCATTCATTGATA-AACAAAAGTTCATTTACAGTCACACATGCCTTCAAAAGTCTTAGTA
127 AAA-ACCATTCATT-A-ACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCAAGCCTTCAAAAGCCTGATTA
* * * * *********
33062 CAT-GCTTTAATTAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTNNNNNNNNNNT-TTTTTACATTT-TTG
189 C-TCACTTTAAATGGTTTAATAATCTCATAATTGATTT-TGAGTTAAATGTTTTTACATTTCTT-
* * * * * * *
33124 GTCAAAATAGATTATAATTGAATGTTTGCCTCTAA-AAACATGAGGAAAAAGTCATTCA-T-G--
251 GTTAAAACAGATAATAATTGAATGTCTGCCT-TAAGAAACAAGAAGAAAAAGCCATTCATTGGCA
* * * ** ** * *
33184 --AAAAGTCCATTTATAGGCACCCATGCTTTTAAAAGCCTTATTGCTAACTTTAAATAGTTTTAT
315 AAAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCAAAAGCCTTATAACTCGCTTTAAATGGTTTTCT
* *
33247 AATCTCATAATTGATTTCAAGTTAAAATTTTT
380 AATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTT
33279 GGCAGTTTTG
Statistics
Matches: 2666, Mismatches: 714, Indels: 201
0.74 0.20 0.06
Matches are distributed among these distances:
506 3 0.00
507 18 0.01
508 298 0.11
509 95 0.04
510 231 0.09
511 403 0.15
512 718 0.27
513 515 0.19
514 70 0.03
515 255 0.10
516 57 0.02
517 3 0.00
ACGTcount: A:0.34, C:0.14, G:0.12, T:0.37
Consensus pattern (512 bp):
CCTTCAAAAGCCTTAGTACACGTTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAAT
TCTTTAACATTTCTATTTAAAACAAATTATAACTAAATGTCTGCCTCAAGAAACATAAGGAAAAA
CCATTCATTAACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCAAGCCTTCAAAAGCCTGATTACTCACTT
TAAATGGTTTAATAATCTCATAATTGATTTTGAGTTAAATGTTTTTACATTTCTTGTTAAAACAG
ATAATAATTGAATGTCTGCCTTAAGAAACAAGAAGAAAAAGCCATTCATTGGCAAAAAAAGTCCA
TTTATAGTCACCCATGCCTTCAAAAGCCTTATAACTCGCTTTAAATGGTTTTCTAATCTCATAAT
TGATTTTAAGTTAAATTTTTTTATAGTTTTTATTAAAACAGATTATAATTGAATATCCGCCACGG
GAAACATAAAGACAAAGATATTCATTGATAAGAAAAGTCTATATATAGTCACCCATG
Found at i:32971 original size:508 final size:499
Alignment explanation
Indices: 32308--33385 Score: 1223
Period size: 508 Copynumber: 2.1 Consensus size: 499
32298 ATGCCCTAAG
* * * * * * * * *
32308 AAACATTAAGAAAAAGATATTCA-TAGGCAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACTCGTTCCTTCGAA
1 AAACATGAAGAAAAAGCTATTCATTAGGGAA-AAAAGTCCATATATAGTCACCCATACCTTCAAA
* * * * * *** * * *
32372 AGCCTTATTACTCACTTTAAATTATTTTATAATCTCGTAATTGACTTTAGGCTGAATTTTTTAAC
65 AGTCTGATAACTCATTTTCAATGGCTTTATAATCTCATAAGTGACTTTAAGCTGAATTTTTTAAC
* * * * **
32437 ATTTTTGGTTGAAACAAATTATAATTAAATGTTTGACTTAAGAAATGTGAAGAAAAAGCCATTCA
130 ATTTTTGGTTAAAACAAATCATAATTAAATGTCTGACTCAAGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCA
* ** * * * * *
32502 TTG-GCATGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCTTTTAAAAG-CTTTATTAC-TCGCTGTAAA
195 TTGAGAAACAAAAGTCCATTTACAGTCACACATGCCTTCAAAAGTC-TTAGTACAT-GCTGTAAA
*
32564 TAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTNNNNNNNNNNTTTTTTTACACTTTTGGTTAAAACAGATT
258 TAGTTTTATAATCTCATAATTGATTT----------TTTTTTTACACTTTTGGTCAAAACAGATT
* ** *
32629 ATAATTGAATGTCTGTCTCTGGAAACATAAGGAAAAAGCCATTCATGAAAGGTCCATTTATAGGC
313 ATAATTGAATGTCTGCCTCTAAAAACATAAGGAAAAAGCCATTCATGAAAAGTCCATTTATAGGC
* **********
32694 ACCCATGCTTTTAAAAGCCTTATTGCTCACTTNNNNNNNNNNTATAATCTCATAATTGATTTCAA
378 ACCCATGCTTTTAAAAGCCTTATTGCTAACTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTCAA
* * *
32759 GTTAGAATTTTTGGCAATTTTGGTTAAGACAGACTGTAATTGATTGCCTACCCTAGA
443 GTTAAAATTTTTGGCAATTTTGATTAAGACAGACTGTAATTGATTGCCTACCCCAGA
* *
32816 AAATATGAAGAAAAATCTATTCATTAGGGAAAAAAGTCCATATATAGTCACCCATACCTTCAAAA
1 AAACATGAAGAAAAAGCTATTCATTAGGGAAAAAAGTCCATATATAGTCACCCATACCTTCAAAA
*
32881 GTCTGATAACTCATTTTCAATGGCTTTATAATCTCATAAGTGATTTTAAG-TGTAATGTTTTT-A
66 GTCTGATAACTCATTTTCAATGGCTTTATAATCTCATAAGTGACTTTAAGCTG-AAT-TTTTTAA
* ** * **
32944 CATTTTTGGTTAAAACAAATCATAATTAAATGTCTGCCTCGGGTAACATGAAGAAAATTCCATTC
129 CATTTTTGGTTAAAACAAATCATAATTAAATGTCTGACTCAAGAAACATGAAGAAAAAGCCATTC
* * * *
33009 ATTGATAAACAAAAGTTCATTTACAGTCACACATGCCTTCAAAAGTCTTAGTACATGCTTTAATT
194 ATTGAGAAACAAAAGTCCATTTACAGTCACACATGCCTTCAAAAGTCTTAGTACATGCTGTAAAT
* * *
33074 AGTTTTATAATCTCATAATTGATTTNNNNNNNNNNTTTTTTACATTTTTGGTCAAAATAGATTAT
259 AGTTTTATAATCTCATAATTGATTT---------TTTTTTTACACTTTTGGTCAAAACAGATTAT
* * *
33139 AATTGAATGTTTGCCTCTAAAAACATGAGGAAAAAGTCATTCATGAAAAGTCCATTTATAGGCAC
315 AATTGAATGTCTGCCTCTAAAAACATAAGGAAAAAGCCATTCATGAAAAGTCCATTTATAGGCAC
33204 CCATGCTTTTAAAAGCCTTATTGCTAACTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTCAAGT
380 CCATGCTTTTAAAAGCCTTATTGCTAACTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTCAAGT
*
33269 TAAAATTTTTGGCAGTTTTGATTAAGACAGACTGTAATTGATTGCCTACCCCAGA
445 TAAAATTTTTGGCAATTTTGATTAAGACAGACTGTAATTGATTGCCTACCCCAGA
* *
33324 AAACATGAAGAAAAAGCTATTCATTAGGGAAAAAAGTCCATTTATAGTCACCTATACCTTCA
1 AAACATGAAGAAAAAGCTATTCATTAGGGAAAAAAGTCCATATATAGTCACCCATACCTTCA
33386 GAAGNNNNNN
Statistics
Matches: 487, Mismatches: 77, Indels: 12
0.85 0.13 0.02
Matches are distributed among these distances:
507 2 0.00
508 403 0.83
509 80 0.16
510 2 0.00
ACGTcount: A:0.34, C:0.15, G:0.13, T:0.35
Consensus pattern (499 bp):
AAACATGAAGAAAAAGCTATTCATTAGGGAAAAAAGTCCATATATAGTCACCCATACCTTCAAAA
GTCTGATAACTCATTTTCAATGGCTTTATAATCTCATAAGTGACTTTAAGCTGAATTTTTTAACA
TTTTTGGTTAAAACAAATCATAATTAAATGTCTGACTCAAGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCAT
TGAGAAACAAAAGTCCATTTACAGTCACACATGCCTTCAAAAGTCTTAGTACATGCTGTAAATAG
TTTTATAATCTCATAATTGATTTTTTTTTTACACTTTTGGTCAAAACAGATTATAATTGAATGTC
TGCCTCTAAAAACATAAGGAAAAAGCCATTCATGAAAAGTCCATTTATAGGCACCCATGCTTTTA
AAAGCCTTATTGCTAACTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTCAAGTTAAAATTTTTG
GCAATTTTGATTAAGACAGACTGTAATTGATTGCCTACCCCAGA
Found at i:33961 original size:171 final size:169
Alignment explanation
Indices: 33648--35579 Score: 1341
Period size: 171 Copynumber: 11.3 Consensus size: 169
33638 NNNNNNNNNN
* ** * *
33648 AAGCCTTATTACTCACTTTAAATTTTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAGGTTGAA-TTTTTAA
1 AAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTA
** * * * * * *
33712 CATTTTTGGTTAAAATATATTATAATGGACTGTCTGTTTC-AGTAAACATGAAGCAAAAGAC-A-
66 CATTTTTTATTAAAACAGATTATAATTGAATGTC--TTCCAAG-AAACATGAAGAAAAAG-CTAT
* * * * * *
33774 TCTATTGGAGAGAAAAGTTCATTTAAAGTCA-CTCATGCTTTTGA
127 TC-ATTGCAAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCT-ATGCCTTTAA
* * * * * * * *
33818 AAGCATTATTTCTTGCTTTAAATGATTTGATAATCTCACAATT-AGTTATATGTTGAATTTTTTT
1 AAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGA-TTTTAAGTTGAATTTTTTT
* * * * *
33882 ACATTTTTTATTAATACAAATTATAATTGAATGTCTGTCCAGGGAAACATGAAGAAAAAGCCAAT
65 ACATTTTTTATTAAAACAGATTATAATTGAATGTCT-TCCA-AGAAACATGAAGAAAAAGCTATT
* *
33947 CATTGCAAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACCTATGCATTTAA
128 CATTGCAAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCTATGCCTTTAA
* *********** * **
33989 AAGCCTTATTACTCACTTTAAATANNNNNNNNNNCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTGG
1 AAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTA
* * * * * *
34054 CATTTTTTATTAAAAAAGACTATAATTCATTGTCTACCTTGAGAAACATGAAGAAAAAGCTATTC
66 CATTTTTTATTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTTCC--AAGAAACATGAAGAAAAAGCTATTC
** ** * * * *
34119 ATTGGGAAGATTAGACCATTGATAGTCACCCATACCTTTAA
129 ATTGCAAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCTATGCCTTTAA
* * *
34160 AAGCCTTATAACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATATCAT--TTGATTTTAAGATGAATTTTTTTA
1 AAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTA
* * * * * * * *
34223 CATTCTTGATTAAAACAGATTATAATGGAATGTCTGCCTTGAGCAACATGAACAAAAGGCTATTC
66 CATTTTTTATTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTTCC--AAGAAACATGAAGAAAAAGCTATTC
** * *
34288 ATTGTTAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCAA
129 ATTGCAAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCTATGCCTTTAA
* * * * *
34329 AAGCCTTAGTACACCCTTTAAATGGTCTTATAATCTCATAATTGATTTTATGTTG-ATTTTTTTA
1 AAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTT-
* * * ** * *
34393 ATATTTTTTATTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTCATGAAATGTGATGAAAAAGCCATT
65 ACATTTTTTATTAAAACAGATTATAATTGAATGTCT-TC-CAAGAAACATGAAGAAAAAGCTATT
* *
34458 CATT-AACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCTATGCCTTTGA
128 CATTGCA-AAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCTATGCCTTTAA
* * * *
34500 AAGCCTTATTACTCGGTTTACATGGTTTTATAATTTCATAATTGATTTTAAGTTAGATTTTTTTT
1 AAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTT-GAATTTTTTT
* * *
34565 ATATTTTTTAATAAAACAGATTATAACTGAATGTCTTCCTCAAGAAACATGAAGAAAAAGCTATT
65 ACATTTTTTATTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTT-C-CAAGAAACATGAAGAAAAAGCTATT
* * * *
34630 CATTAGC-AAGAAAAGTCTATTTATAGGCATCTATG-CTATCAA
128 CATT-GCAAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCTATGCCT-TTAA
* * * * * *
34672 AAGCCTTATTACTCGTTTTAAATGGTTTTATAATATCACAATTGACTTCAAGTTGAATTTTTTTG
1 AAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTA
* ** * * * * *
34737 TATTTTTGGTTAAAATAGATTACAATTGAATGTCTACCTTAGGAAACGTGAAG-AAAAGCTATTC
66 CATTTTTTATTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTTCC--AAGAAACATGAAGAAAAAGCTATTC
* *
34801 ATTAG-TAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCTATACCTTTAA
129 ATT-GCAAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCTATGCCTTTAA
* * * *
34842 AAGCGTTATTGCTCACTTTAAATGATTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTGTATTT
1 AAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATT-T-TTT
* * * * * * * * * * ** *
34907 TACA-TTTTTAGTTCAAATAGATCACATTTAAATGTCTGGCTCAAAAAACTTAAAGAAAGTGATA
64 TACATTTTTTA-TTAAAACAGATTATAATTGAATGTCT-TC-CAAGAAACATGAAGAAAAAGCTA
* * * *
34971 TCCATTAGC--AGAAAAGTCTAGTTATAGTCACTTATGCCTTTAA
126 TTCATT-GCAAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCTATGCCTTTAA
********** *
35014 AAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTNNNNNNNNNNATAATTGATTTTAAGTT-AAATTTTTTA
1 AAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTA
* * * ** *
35078 -ATATTTTTAGTTAAAACATATTATAATTGAATGTCTGCCTCAATAAATGTGATA-AAAGAG-TA
66 CAT-TTTTTA-TTAAAACAGATTATAATTGAATGTCT-TC-CAAGAAACATGA-AGAAAAAGCT-
* * ** *
35140 ATTCATT-AATAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACGC-ATACGATTGA
125 ATTCATTGCA-AAGAAAAGTCCATTTATAGTCAC-CTATGCCTTTAA
********** *
35185 AAGCCTTATTACTCGCTTTAAANNNNNNNNNNATCTCATAATTGATTTTAAGTTCG-ATTGTTTT
1 AAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTT-GAATTTTTTT
* * * * * * * *
35249 ACATTTTTT-TAAAAAATAAATTATAATTAAATATTTATCTCATGAAACATGAA-AGAAAAGCCA
65 ACATTTTTTAT-TAAAACAGATTATAATTGAATGTCT-TC-CAAGAAACATGAAGA-AAAAGCTA
* * * * *
35312 TTCATTAG-TAAGAAACGTCTATTTATAGTCACCCATG-TTTTCAA
126 TTCATT-GCAAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCTATGCCTTT-AA
* * * * * * *
35356 AAGTCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTCTAATCTCATAATTAATTTTAATTTTAATTGTTTTA
1 AAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTA
* ** * * * * **
35421 TATTTTTTGGTAAAACATATTATAATTGATTGTCTGCCTCGAGAAACATGAAGAAAAAGAAATTC
66 CATTTTTTATTAAAACAGATTATAATTGAATGTCT-TC-CAAGAAACATGAAGAAAAAGCTATTC
* * *
35486 ATTGCTAAA-AGAAGTCCATTTATAGTCA-CTCATACCTTTCA
129 ATTGC-AAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCT-ATGCCTTTAA
**
35527 AAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAATTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGT
1 AAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGT
35580 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 1379, Mismatches: 324, Indels: 117
0.76 0.18 0.06
Matches are distributed among these distances:
168 1 0.00
169 149 0.11
170 209 0.15
171 729 0.53
172 267 0.19
173 23 0.02
174 1 0.00
ACGTcount: A:0.35, C:0.13, G:0.12, T:0.39
Consensus pattern (169 bp):
AAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTA
CATTTTTTATTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTTCCAAGAAACATGAAGAAAAAGCTATTCAT
TGCAAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCTATGCCTTTAA
Found at i:35909 original size:171 final size:172
Alignment explanation
Indices: 35701--36219 Score: 502
Period size: 171 Copynumber: 3.0 Consensus size: 172
35691 NNNNNNNNNN
* *
35701 TTCAAAAGCCTTATTACAT-GCTTTAAATGATTTTATAATCTCATAATTGATTTTCAGTTGTAAT
1 TTCAAAAGCCTTAGTACATCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTT-AGTTGTAAT
* * * *
35765 TTTTAGTATTTTTAGTTAAAACATACTGTAATTGATTGTATACCTTGAGAAACAAGAAGAAAAAG
65 TTTTAATATTTTTAGTTAAAACAAACTATAATTGAATGTATACCTTGAGAAACAAGAAGAAAAAG
* * * * **
35830 CTATTCATTGG-GAAGAAAAGT-TCATTTATAGTCACTTATGCC
130 CCACTCATTGGTAAAAAAAAGTCT-ATTTATAGTCACCCATGCC
* *
35872 TTCAAAAGCCTTA-TAAATCGCTTTAAATGGCTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAG-TGTAAT
1 TTCAAAAGCCTTAGTACATCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTT-AGTTGTAAT
* * * * * * * * * *
35935 TTTT-TTATATTTTAATTAAAACAAATTATAGTTGAATGTTTGCCTTGGGTAACATGAAGAAAAC
65 TTTTAATAT-TTTTAGTTAAAACAAACTATAATTGAATGTATACCTTGAGAAACAAGAAGAAAAA
35999 GCCACTCATTGGTAAAAAAAAGTCTATTTATAGTCACCCATGCC
129 GCCACTCATTGGTAAAAAAAAGTCTATTTATAGTCACCCATGCC
* * *
36043 TTCAAAACCCTTAGTACA-CGTTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAGGTTG-AAT
1 TTCAAAAGCCTTAGTACATCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTA-GTTGTAAT
* * * * * * * ** * * *
36106 GTTTTAACATTTTTAGTTAAAATAGATTATAATTGAAAGTCTGCCTCAAAAAACATGATGAAAAA
65 -TTTTAATATTTTTAGTTAAAACAAACTATAATTGAATGTATACCTTGAGAAACAAGAAGAAAAA
** * * *
36171 GCCA-T--TTATTAACAAGAAAGTCCATTTATAGTCACCCATACC
129 GCCACTCATTGGTAA-AAAAAAGTCTATTTATAGTCACCCATGCC
36213 TTCAAAA
1 TTCAAAA
36220 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 290, Mismatches: 48, Indels: 21
0.81 0.13 0.06
Matches are distributed among these distances:
169 8 0.03
170 101 0.35
171 123 0.42
172 56 0.19
173 2 0.01
ACGTcount: A:0.37, C:0.13, G:0.12, T:0.37
Consensus pattern (172 bp):
TTCAAAAGCCTTAGTACATCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAGTTGTAATT
TTTAATATTTTTAGTTAAAACAAACTATAATTGAATGTATACCTTGAGAAACAAGAAGAAAAAGC
CACTCATTGGTAAAAAAAAGTCTATTTATAGTCACCCATGCC
Found at i:36570 original size:170 final size:172
Alignment explanation
Indices: 36386--36752 Score: 452
Period size: 171 Copynumber: 2.1 Consensus size: 172
36376 AATTTCATTT
* * * * *
36386 AAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTAGAATCTCATAATTGGTTTTAAGTTAAATTTTTT
1 AAAAACCTTATTACTCACTTTAAATAGTTTTAGAATCTCATAACTGATTTTAAGTTAAAGTTTTT
* ********** * *
36451 TATA-TNNNNNNNNNNAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTC-AGGAAAGATGAATAAAAATAT
66 TACATTTTTTTGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTCTA-GAAAGATGAAGAAAAAGAT
* * *
36514 ACTCATTTGTAAGAAAAGTCCAATTATAGTCACCTATGCCTTC
130 ACTCATTTGCAAGAAAAGTCCAATTATAGTCACCCATGCCATC
* * *
36557 -AAATCCTTATTACTCACTTTAAATATTTTTATAATCTCATAACTGATTTTAAGTTAAAGTTTTT
1 AAAAACCTTATTACTCACTTTAAATAGTTTTAGAATCTCATAACTGATTTTAAGTTAAAGTTTTT
*
36621 TACATTTTTTTGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTGCCTCTAGAAAGATGAAGAAAAAGATA
66 TACATTTTTTTGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTCTAGAAAGATGAAGAAAAAGATA
* * *
36686 TTCATTTGCAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACCCATGCCATC
131 CTCATTTGCAAGAAAAGTCCAATTATAGTCACCCATGCCATC
36728 AAAAACCTTATTACTCACTTTAAAT
1 AAAAACCTTATTACTCACTTTAAAT
36753 GANNNNNNNN
Statistics
Matches: 165, Mismatches: 28, Indels: 5
0.83 0.14 0.03
Matches are distributed among these distances:
170 60 0.36
171 81 0.49
172 24 0.15
ACGTcount: A:0.36, C:0.14, G:0.10, T:0.37
Consensus pattern (172 bp):
AAAAACCTTATTACTCACTTTAAATAGTTTTAGAATCTCATAACTGATTTTAAGTTAAAGTTTTT
TACATTTTTTTGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTCTAGAAAGATGAAGAAAAAGATA
CTCATTTGCAAGAAAAGTCCAATTATAGTCACCCATGCCATC
Found at i:37425 original size:170 final size:161
Alignment explanation
Indices: 37055--37522 Score: 322
Period size: 170 Copynumber: 2.8 Consensus size: 161
37045 CTTCGAGACT
* * * *
37055 CTTATTACTCG-TGTTAAAT-AGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTA-AGTCAAATTTTTTTAT
1 CTTAGTACTCGCT-TTAAATGA-TTTTATAATCTCATAATTGATTTTAGA-TTAAATATTTTAAT
** * * * * * * **
37117 ATTTTGGGTTAAAACAGATTTTAACTGCATATCTACCTCAAATAATGTGAA-GAAAAAGCCATTC
63 ATTTTTAGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTGCCTCAAAAAACATGAAGGAAAAA-CCATTC
* * * *
37181 ATTGGTAAGA-AAAGTCTATTTATACCCCATGCCTGCGAAAGC
127 ATTGATAAGATATAGTC-------A-CTCATGCCTGCGAAAAC
* * * *
37223 CTTAGTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATTATTGATTTTAGCTTAAATGTTTTAATA-T
1 CTTAGTACTCGCTTTAAATGATTTTATAATCTCATAATTGATTTTAGATTAAATATTTTAATATT
* * * * *
37287 TTTAGTTCAAATAGATTATAATTGAATGTTTGCCTCAAGAAACATG-ATGAAAAAGCCATTCATT
66 TTTAGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTGCCTCAAAAAACATGAAGGAAAAA-CCATTCATT
*
37351 GATAAGANNNNNNNNNNTATAGTCACTCATGCCTTCGAAAAC
130 GATAAGA----------TATAGTCACTCATGCCTGCGAAAAC
* * * * ** *
37393 TTTATTACTCAG-TTTACATGATTTTATAATCTCATAATTGATTTTATATTGGATATTTTTATAT
1 CTTAGTACTC-GCTTTAAATGATTTTATAATCTCATAATTGATTTTAGATTAAATATTTTAATAT
* * *
37457 TTTTTGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTGCCTCAAAAAATATGAAGGAAAAACCGTTCATT
65 TTTTAGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTGCCTCAAAAAACATGAAGGAAAAACCATTCATT
37522 G
130 G
37523 GCAAAAAAAG
Statistics
Matches: 237, Mismatches: 45, Indels: 33
0.75 0.14 0.10
Matches are distributed among these distances:
166 1 0.00
167 55 0.23
168 52 0.22
169 1 0.00
170 64 0.27
171 52 0.22
172 7 0.03
178 5 0.02
ACGTcount: A:0.34, C:0.13, G:0.12, T:0.39
Consensus pattern (161 bp):
CTTAGTACTCGCTTTAAATGATTTTATAATCTCATAATTGATTTTAGATTAAATATTTTAATATT
TTTAGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTGCCTCAAAAAACATGAAGGAAAAACCATTCATTG
ATAAGATATAGTCACTCATGCCTGCGAAAAC
Found at i:37546 original size:171 final size:171
Alignment explanation
Indices: 36913--38483 Score: 1008
Period size: 171 Copynumber: 9.2 Consensus size: 171
36903 AACCTTATTA
* * * * * * *
36913 CTCATAATTGATTTCAAGTTAAATTTTTTTTAAAATTTTTATTAAAATATATTATAATTGAATAT
1 CTCATAATTGATTTTAAGTTAAA-TTTTTTTACATTTTTTGTTAAAACAGATTATAATTGAATGT
* * * * * ** * *
36978 TTACCTCAA-AAA-ATGTAAAGCAAAAGCCATCCACTGGCACGAAAAGTCGT-TTCATAGTCACT
65 CTACCTCAAGAAACATG--AAGAAAAAGCCATTCATTGGTAAAAAAAG-CCTATTTATAGTCACT
** *
37040 CAAACCTTCG-AGA-CTCTTATTACTCGTGTTAAAT-AGTTTTATAAT
127 CATGCCTTCGAAAAGC-CTTATTACTCGT-TTAAATGA-TTTTATAAT
* * ** * * * *
37085 CTCATAATTGATTTTAAGTCAAATTTTTTTATATTTTGGGTTAAAACAGATTTTAACTGCATATC
1 CTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTACATTTTTTGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTC
** * * *
37150 TACCTCAA-ATAATGTGAAGAAAAAGCCATTCATTGGTAAGAAAAGTCTATTTATA--C-CCCAT
66 TACCTCAAGA-AACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGGTAAAAAAAGCCTATTTATAGTCACTCAT
* * *
37211 GCCTGCG-AAAGCCTTAGTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAAT
130 GCCTTCGAAAAGCCTTATTACTCG-TTTAAATGATTTTATAAT
* * * * *
37253 CTCATTATTGATTTT-AGCTTAAA-TGTTTTA-ATATTTTAGTTCAAATAGATTATAATTGAATG
1 CTCATAATTGATTTTAAG-TTAAATTTTTTTACAT-TTTTTGTTAAAACAGATTATAATTGAATG
* * * * * **********
37315 TTTGCCTCAAGAAACATGATGAAAAAGCCATTCATTGATAAGANNNNNNNNNNTATAGTCACTCA
64 TCTACCTCAAGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGGTAAAAAAAGCCTATTTATAGTCACTCA
* *
37380 TGCCTTCGAAAA-CTTTATTACTCAGTTTACATGATTTTATAAT
129 TGCCTTCGAAAAGCCTTATTACTC-GTTTAAATGATTTTATAAT
** * *
37423 CTCATAATTGATTTTATA-TTGGATATTTTTATATTTTTTGTTAAAACAGATTATAATTGAATGT
1 CTCATAATTGATTTTA-AGTTAAATTTTTTTACATTTTTTGTTAAAACAGATTATAATTGAATGT
* * * * * *
37487 CTGCCTCAAAAAATATGAAGGAAAAA-CCGTTCATTGGCAAAAAAAGCCTATTGATAGTCA-TCC
65 CTACCTCAAGAAACATGAA-GAAAAAGCCATTCATTGGTAAAAAAAGCCTATTTATAGTCACT-C
* * * * *
37550 AAGCCTT-TAAAAGCCTTATTACTCATTTGAAATAATTTTAT-AG
128 ATGCCTTCGAAAAGCCTTATTACTCGTTT-AAATGATTTTATAAT
* * * ** *
37593 C-C-T--TTAAATTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTAATTAAAATAGATTATAATTGAATGTC
1 CTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTACATTTTTTGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTC
* * * * *
37654 TACCTCAGGTAACGTGAAGAAAATA-CTATTCATTGATAAAAAAAGTCC-ATTTATAGTCAC-CT
66 TACCTCAAGAAACATGAAGAAAA-AGCCATTCATTGGTAAAAAAAG-CCTATTTATAGTCACTC-
* * * *
37716 ATGCCTT-TAAAAGCCTTAGTACATAC-TTTAAAT-AGTTTCATGAT
128 ATGCCTTCGAAAAGCCTTATTAC-T-CGTTTAAATGA-TTTTATAAT
* * * * *
37760 CTCATAATTGATTTTAGGTTAAATTTTTTAACATTTGTGGTTAAAACAGATTATAATTAAATGTC
1 CTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTACATTTTTTGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTC
* * * * * * * *
37825 TGCCTTAAGAAACGT-AATGAAAAAGTCATTCATTAAG-AAGAAAAGTCTATTTATAGTCACCCA
66 TACCTCAAGAAACATGAA-GAAAAAGCCATTCATT-GGTAAAAAAAGCCTATTTATAGTCACTCA
* * * *
37888 TACCTTCG-AAAGCCTTATTACTTAGTTTACATGGTTTTATAAT
129 TGCCTTCGAAAAGCCTTATTAC-TCGTTTAAATGATTTTATAAT
* * * ** * ** * *
37931 CTCATAATTAATTTGAAGCTGGATTCTTTTACATTTTTCATTAAAAC-GAATCATAAATGAATGT
1 CTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTACATTTTTTGTTAAAACAG-ATTATAATTGAATGT
*** ** * * * * * *
37995 CTACCTTGGGAAACATGAAGAAAAATTCATTCCTTAGTAAGAAAAGTCAATTTATAGGCA-TCTA
65 CTACCTCAAGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGGTAAAAAAAGCCTATTTATAGTCACTC-A
* *
38059 TGCCTTC-AAAAGCGTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAAT
129 TGCCTTCGAAAAGCCTTATTACTCG-TTTAAATGATTTTATAAT
* * * * * * *
38102 CTCATTATAGATTTTAAGTTGATTTTTTTTACATTTTTTATTAAAATAGATTACAATTGAATGTC
1 CTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTACATTTTTTGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTC
*** * ** * *
38167 TACCTCAAGAAACATGGAA-AAAAAGGTTTTGATTGACAAGAAAAGCCTATTTATAGTCACCCAT
66 TACCTCAAGAAACAT-GAAGAAAAAGCCATTCATTGGTAAAAAAAGCCTATTTATAGTCACTCAT
* **********
38231 ACCTTC-AAAAGCCTTATTACTNNNNNNNNNNAGTTTTATAAT
130 GCCTTCGAAAAGCCTTATTACTCGTTTAAATGA-TTTTATAAT
* * *
38273 CTCATAATTGATTTGAAGTTAAATATTTTTACATTTTTTGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTT
1 CTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTACATTTTTTGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTC
* *** * * ** * *
38338 TGCCTTGGGAAGCGTGAAGAAAAAGATATTCATTGGCAAAAAAAGTCC-ATTTATAGTCACTTAT
66 TACCTCAAGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGGTAAAAAAAG-CCTATTTATAGTCACTCAT
* * * *
38402 GCCTTC-AAAAGCATTCTTATTCGTTTTAAATGATTTTACAAT
130 GCCTTCGAAAAGCCTTATTACTCG-TTTAAATGATTTTATAAT
* *
38444 CTCATAATTGATTTCAAATTCAATATTTTTTTACATTTTT
1 CTCATAATTGATTTTAAGTT-AA-ATTTTTTTACATTTTT
38484 GATTCAAATA
Statistics
Matches: 1083, Mismatches: 258, Indels: 115
0.74 0.18 0.08
Matches are distributed among these distances:
165 8 0.01
166 118 0.11
167 76 0.07
168 57 0.05
169 6 0.01
170 76 0.07
171 680 0.63
172 45 0.04
173 17 0.02
ACGTcount: A:0.35, C:0.13, G:0.12, T:0.38
Consensus pattern (171 bp):
CTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTACATTTTTTGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTC
TACCTCAAGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGGTAAAAAAAGCCTATTTATAGTCACTCATG
CCTTCGAAAAGCCTTATTACTCGTTTAAATGATTTTATAAT
Found at i:38325 original size:513 final size:508
Alignment explanation
Indices: 37368--38457 Score: 1155
Period size: 513 Copynumber: 2.1 Consensus size: 508
37358 NNNNNNNNNN
* * *
37368 TATAGTCACTCATGCCTTCGAAAACTTTATTACTCAGTTTACATGATTTTATAATCTCATAATTG
1 TATAGTCACTCATGCCTTCGAAAGCATTATTACTTAGTTTACATGATTTTATAATCTCATAATTG
* * * ** * * *
37433 ATTTTATATTGGATATTTTTATATTTTTTGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTGCCTCAAAA
66 ATTTGATACTGGATATTTTTACATTTTTCATTAAAACAGATCATAAATGAATGTCTACCTCAAAA
* * * * * *
37498 AATATGAAGGAAAAACCGTTCATTGGCAAAAAAAGCCTATTGATAGTCATCCAAGCCTTTAAAAG
131 AACATGAAGGAAAAACCATTCATTAGCAAAAAAAGCCAATTGATAGGCATCCAAGCCTTCAAAAG
37563 CCTTATTACTCATTTGAAATAATTTTATAGCCTTTAAATTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTA
196 CCTTATTACTCATTTGAAATAATTTTATAGCCTTTAAATTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTA
* * * * *
37628 ATTAAAATAGATTATAATTGAATGTCTACCTCAGGTAACGTGAAGAAAATACTATTCATTGATAA
261 ATTAAAATAGATTACAATTGAATGTCTACCTCAAGAAACATGAAGAAAATACTATTCATTGACAA
* * * *
37693 AAAAAGTCCATTTATAGTCACCTATGCCTTTAAAAGCCTTAGTACATACTTTAAATAGTTTCATG
326 AAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATACCTTCAAAAGCCTTAGTACATACTTTAAATAGTTTCATA
* *
37758 ATCTCATAATTGATTTTAGGTTAAATTTTTTAACATTTGTGGTTAAAACAGATTATAATTAAATG
391 ATCTCATAATTGATTTGAAGTTAAATTTTTTAACATTTGTGGTTAAAACAGATTATAATTAAATG
* *
37823 TCTGCCTTAAGAAACGT-AATGAAAAAG-TCATTCATTAAG-AAGAAAAGTCTATT
456 TCTGCCTTAAGAAACGTGAA-GAAAAAGAT-ATTCATT-AGCAAAAAAAGTCCATT
* * * * *
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1 TATAGTCACTCATGCCTTCGAAAGCATTATTACTTAGTTTACATGATTTTATAATCTCATAATTG
**
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** * * * * * * * *
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* * ** * * *
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192 AAAGCCTTATTACTC-ATTTGAAATAATTTTAT-AGC-C-TT-TA-AATTTAAGTTGAATTTTTT
* *
38131 TACATTTTTTATTAAAATAGATTACAATTGAATGTCTACCTCAAGAAACATGGAA-AAAA-AGGT
251 TACATTTTTAATTAAAATAGATTACAATTGAATGTCTACCTCAAGAAACAT-GAAGAAAATA-CT
* * * * ****
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***** * * *
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* * ** * *
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506 ATT
* * * * * *
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TCTGCCTTAAGAAACGTGAAGAAAAAGATATTCATTAGCAAAAAAAGTCCATT
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* * * *
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* * *
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* * * * * *
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* * * *
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* * * * *
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* * * * **********
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* * * * *
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* * * * * *
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* * * ** * * *
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* * * *
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* * * *
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* * * * *
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* * * * **
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* * *
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* * * ** * * *
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* *
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* * * * * *
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* * * ** * *
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* * * * * * ******
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**** * * * * *
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* * ** *
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* * * **********
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* * *
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* * ** *
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** * * * * * *
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** ** * * * ** * *
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** * *
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********* * * * *
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* * * * *
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128 AATGTCTACCTAG-GAAACGTGAAGA-AAAAGCCATTCATTGACA
* * ** * ** * *
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1 AGAAAAGTCCATTT-ATAGTCACCCATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCT-TTAAATGGTTTT
* * * * * *
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* * * * *
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* * * * * *
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1 AGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTT-CAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTA
* * * * *
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* * * *
41555 AATGTCAATCTTAGGAAACATCAAGAAAAAGCCATTCATTTG-CA
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* *
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Statistics
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Found at i:40294 original size:511 final size:508
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** * * * *
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* * * ** * *
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* ** * *
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* * * * * ** *
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* ** **
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* * ** * * *
38908 GTACACACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTGAAGTGTAATTTTTTTATATTTTTA
384 TTTCTTACTTTAAATGGTTTGATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTTAA-TTTTTTA-ATTTTT-
* * ** * * *
38973 TTTAATATAGATTATAAAGAATGTCTACCT-TAGGTAACGTGAAGAAAATA-CCATTCATTAATA
446 TTTAAAATAAATTATATTGAATGTTTACCTAT-GGAAACGTGAAGAAAA-AGCCAATCATT-ATA
39036 -
508 G
* * * * * * *
39036 AGAAAAGTCTATTTATAGTCACCCATACCTTTAAAAGCTTTAGTACACGCTTTAAATGGTTTTAT
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* * * * * *
39101 AATCTCATAATTAATTTTAGGTTGAATGTTTTAACA-TTTTTAGTTAAAATAGATTATAATTTAA
66 AATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATGTTTTGACATTTTTTA-TTAAAACAGACTATAATTGAA
** * * * **
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* * * * ********** *
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* * *
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* * *
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* **
39423 CTTACTTTAAATGGTTTGATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTAACATATTTGGTT
387 CTTACTTTAAATGGTTTGATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTTAATTTTTT-A-AT-TTTTTTT
* * * * **
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* * ***********
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* * * * *
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66 AATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATGTTTTGACATTTTTTATTAAAACAGACTATAATTGAAT
* * * ** * * * *
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131 GTCTACCTTGGAAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTAGGAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCC
* ********** * *
39743 ATGCCTTCGAAAGCCTTNNNNNNNNNNTTAAATTATTTTATAATCTCATAATTGATTTTATGT-T
196 ATGCCTTCAAAAGCCTTATAACTCGCTTTAAATAATTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTGT
* * *
39807 AAATTTTTAATATTTTTTATTAAAATATATTATAATGGACTGTCTATCTCAGAAAACGTGAAGCA
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* **
39872 AAAGACAACCATTGAAGAGAAAAGTTCATTTCAAGTCACTTATACCTTTGAAAGTATTATTTCTT
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* * *
39937 GCTTTAAATGGTTTGATAATCTCACAATTGATTTTACGTTTAATTTTTTAATTTGTTTCTTAAAA
390 ACTTTAAATGGTTTGATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTTAATTTTTTAATTT-TTT-TTAAAA
* * **
40002 CATATTATGATTGAATGTTTACCTATGGAAACGTGAAGAAAAAGTGAATCATTATAG
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* * *
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1 AGAAAAGTCCATTTATAGTCACCTA-TTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTA
* * *
40123 TAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTGATATTTTTTATTAAAACAGACTATAATTGAT
65 TAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATGTTTTGACATTTTTTATTAAAACAGACTATAATTGAA
*
40188 TGTCTACTTTGGAAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTAGGAAGAAAATGT-CATTTATAGTCAC
130 TGTCTACCTTGGAAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTAGGAAGAAAA-GTCCATTTATAGTCAC
* * * * *
40252 TCATGCCTTTAAAAGCCTTATAACTTGCTTTAAATAATTTTATGAGCTCATAATTGATTTTAAGT
194 CCATGCCTTCAAAAGCCTTATAACTCGCTTTAAATAATTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGT
* * * * * ** ** **
40317 GT-AATTCTTTTACA-TTTTTAGTTAAAATAGATTATAATAGAATGTTTACCTCGGGTAATATGA
259 GTAAATT-TTTAATATTTTTTA-TTAAAATAGATTATAATAGACTGTCTATCTTAGAAAACGTGA
** * * * ** *
40380 AG-AAAATGTCATTCATTGATA-AGAAAAGTCCATTTATAGTCACCTATGCCTTCAAAAGCT-CT
322 AGCAAAA-AACATTCATTGA-AGAGAAAAGTTCATTTA-AGTCACTTATACCTTTGAAAG-TATT
* *** ** * * * * * *
40442 ATTACTCGTTTTAAATTATTT-ACAATCACATAATTGATTTTAGGTTGAATCTCTTAACATTTTT
383 ATTTCTTACTTTAAATGGTTTGATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTTAAT-TTTTTA-ATTTTT
* * * * * ** * *
40506 AGTTAAAATAAATTATAATTGAATGTCTACCT-CGAAAAACATGAA-AACAAAGATATTCAATCA
446 -TTTAAAATAAATTAT-ATTGAATGTTTACCTATG-GAAACGTGAAGAA-AAAGCCAATC-ATTA
*
40569 CA-
506 TAG
* * * * * *****
40571 AGAAAGGTCCATTCATAGACA-CTCATACCTTCAAAAGTCTTATTACTCGCTTTAAATGGNNNNN
1 AGAAAAGTCCATTTATAGTCACCT-ATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTA
***** * * * * * * * *
40635 NNNNNTCATAATTAATTTTAAGTTAAATTTTTTAATATATTTTATTAAAACAAATTATAATTGAA
65 TAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATGTTTTGACATTTTTTATTAAAACAGACTATAATTGAA
* * * * ** *
40700 TGTTTTCCTCAGG-AAAGATGAAGAAAAAGATATTCATT-GGCAAGAAAACTCCATTTATAGTCA
130 TGTCTACCT-TGGAAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTAGG-AAGAAAAGTCCATTTATAGTCA
* *
40763 CCCATGCTTTCAAAAGCCTTATTACTC
193 CCCATGCCTTCAAAAGCCTTATAACTC
40790 ACNNNNNNNN
Statistics
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513 138 0.10
514 5 0.00
ACGTcount: A:0.36, C:0.13, G:0.12, T:0.38
Consensus pattern (508 bp):
AGAAAAGTCCATTTATAGTCACCTATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTAT
AATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATGTTTTGACATTTTTTATTAAAACAGACTATAATTGAAT
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ATGCCTTCAAAAGCCTTATAACTCGCTTTAAATAATTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTGT
AAATTTTTAATATTTTTTATTAAAATAGATTATAATAGACTGTCTATCTTAGAAAACGTGAAGCA
AAAAACATTCATTGAAGAGAAAAGTTCATTTAAGTCACTTATACCTTTGAAAGTATTATTTCTTA
CTTTAAATGGTTTGATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTTAATTTTTTAATTTTTTTTAAAATAA
ATTATATTGAATGTTTACCTATGGAAACGTGAAGAAAAAGCCAATCATTATAG
Found at i:40755 original size:341 final size:339
Alignment explanation
Indices: 38665--41538 Score: 1012
Period size: 341 Copynumber: 8.4 Consensus size: 339
38655 TTCTACCTTG
* * * * *
38665 GGAAACATGAAGCAAAAGTTATTCATTCG-GAAGAAAAGTCCATGTATAGTCACCCATGTCTTT-
1 GGAAAGATGAAGAAAAAGTCATTCATT-GATAAGAAAAGTCCATTTATAGTCA-CCATG-CTTTC
* * * * * * * *
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63 AAAAGCCTTATTACTCGTTTTAAATGA-TTTTACAATCACATAATTGATTTTAAGTTG-AATCTC
* * * * * * * * **
38791 TTTATATTTTTGT-TTAATATAGATTATAA-AGAATGTCTACCT-TAGGTAACATGAAGAAAACA
126 TTAACATTTTT-TATTAAAACAAACTATAATTGAATGTCTACCTCGA-AAAACATGAAGAAAA-A
* * * * * * * *
38853 -CCATTCAT-TGATAAGAAAA-GTCTATTTATAGTCACCCATACCTTCAAAAGCTTTAGT-ACAC
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* ** * * * * *
38914 ACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTGAAGTGTAATTTTTTTATATTTTTATTTAAT
250 GCTTTAAATAATTTTATGAGCTCATAATTGATTTTAAGT-TAATTTTTTAATATTTTTA-TTAAA
* * * * *
38979 ATAGATTATAA-AGAATGTCTACCTTA
313 ACAAATTATAATTGAATGTTTACCTCA
* * * * *
39005 GGTAACG-TGAAGAAAATA-CCATTCATTAATAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACCCATACCTTT
1 GG-AAAGATGAAGAAAA-AGTCATTCATTGATAAGAAAAGTCCATTTATAGTCA-CCAT-GCTTT
* * * * * * * * * * *
39068 -AAAAGCTTTAGTACACGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTAATTTTAGGTTGAATGTTT
62 CAAAAGCCTTATTACTCGTTTTAAATGATTTTACAATCACATAATTGATTTTAAGTTGAATCTCT
* * * * * *
39132 TAACA-TTTTTAGTTAAAATAGATTATAATTTAATGTCTACGCT--AAGAAACGTGATGAAAAAG
127 TAACATTTTTTA-TTAAAACAAACTATAATTGAATGTCTAC-CTCGAA-AAACATGAAGAAAAAG
* ** * * * * * * *
39194 CCATTCATCAAAAAGAAAA-GTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCAAAAGCCTTTTTACTCACT
189 ACATTCATCAGCAAGAAAAGGT-CATTCATAGACACTCATACCTTCAAAAGCCTTATAACTCGCT
* * * ********** * *
39258 TTAAATTATTTTATAATCTCANNNNNNNNNNTACGTTAAATTTTTTAATATTTTTTATTAAAATA
253 TTAAATAATTTTATGAGCTCATAATTGATTTTAAGTT-AATTTTTTAATA-TTTTTATTAAAACA
* * * * * * *
39323 TATTATAATAGACTATCTATCTTA
316 AATTATAATTGAATGTTTACCTCA
** ** * * * *
39347 TAAAACG-TGAA-ACAAAAAACATTCATTGGA-GAGAAAAGTTCATTTAAAGTCACTTATGCCTT
1 GGAAA-GATGAAGA-AAAAGTCATTCATT-GATAAGAAAAGTCCATTTATAGTCAC-CATG-CTT
* ** * *** * * * * * * *
39409 T-GAAAGTATTATTTCTTACTTTAAATGGTTTGATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTT
61 TCAAAAGCCTTATTACTCGTTTTAAATGATTTTACAATCACATAATTGATTTTAAGTTGAATCTC
* ** * * * * * ** * * *
39473 TTAACATATTTGGTTAAAATAAATTATAATTGAATGTTTGCCTAGGGAAACGTGAAGAGAAAGCC
126 TTAACATTTTTTATTAAAACAAACTATAATTGAATGTCTACCTCGAAAAACATGAAGAAAAAGAC
* * * * * * * *
39538 AATCA-CTGCAGAGAAAA-GTCCGTTTATAGTCAC-CTATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACT
191 ATTCATCAGCA-AGAAAAGGT-CATTCATAGACACTC-ATACCTTCAAAAGCCTTATAACTCGCT
************ * *
39600 TTANNNNNNNNNNNAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACAT-TTTTTGTTAAAA-
253 TTAAATAATTTTATGAGCTCATAATTGATTTTAAGTT-AA-TTTTTTA-ATATTTTTATTAAAAC
* * *
39663 AAAATATAATTGAATGTTTGCCT-T
315 AAATTATAATTGAATGTTTACCTCA
* * * * *
39687 GGAAAACAGGAAGAAAAAGAT-ATTTATTTG-TAAGAAAAGTCCATTTATAGTTACCCATGCCTT
1 GG-AAAGATGAAGAAAAAG-TCATTCA-TTGATAAGAAAAGTCCATTTATAGTCA-CCATGCTTT
* ********** * * * * * *
39750 CGAAAGCCTTNNNNNNNNNNTTAAATTATTTTATAATCTCATAATTGATTTTATGTTAAAT-TTT
62 CAAAAGCCTTATTACTCGTTTTAAATGATTTTACAATCACATAATTGATTTTAAGTTGAATCTCT
* * * * * * * * *
39814 TAATATTTTTTATTAAAATATATTATAATGGACTGTCTATCTC-AGAAAACGTGAAGCAAAAGAC
127 TAACATTTTTTATTAAAACAAACTATAATTGAATGTCTACCTCGA-AAAACATGAAGAAAAAGAC
** * * * * * ** ** ** *
39878 AACCAT-TGAAGAGAAAAGTTCATTTCA-AGTCACTTATACCTTTGAAAGTATTATTTCTTGCTT
191 ATTCATCAGCA-AGAAAAGGTCA-TTCATAGACACTCATACCTTCAAAAGCCTTATAACTCGCTT
** * * * * * * *
39941 TAAATGGTTTGATAATCTCACAATTGATTTTACGTTTAATTTTTTAAT-TTGTTTCTTAAAACAT
254 TAAATAATTTTATGAGCTCATAATTGATTTTAAG-TTAATTTTTTAATATT-TTTATTAAAACAA
*
40005 ATTATGATTGAATGTTTACCT-A
317 ATTATAATTGAATGTTTACCTCA
* * *
40027 TGGAAACG-TGAAGAAAAAGTGAATCATT-ATAGAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCATTTCTTT
1 -GGAAA-GATGAAGAAAAAGTCATTCATTGATA-AGAAAAGTCCATTTATAGTCACCA-TGCTTT
* * * *
40090 CAAAAGCCTTATTACTCGTTTTAAATGATTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTT
62 CAAAAGCCTTATTACTCGTTTTAAATGATTTTACAATCACATAATTGATTTTAAGTTGAATCTCT
* * * * * * * *
40155 TGATATTTTTTATTAAAACAGACTATAATTGATTGTCTACTTTGGAAAACATGAAGAAAAAGCCA
127 TAACATTTTTTATTAAAACAAACTATAATTGAATGTCTACCTCGAAAAACATGAAGAAAAAGACA
* * * * * * * *
40220 TTCATTAGGAAGAAAATGTCATTTATAGTCACTCATGCCTTTAAAAGCCTTATAACTTGCTTTAA
192 TTCATCAGCAAGAAAAGGTCATTCATAGACACTCATACCTTCAAAAGCCTTATAACTCGCTTTAA
* * *
40285 ATAATTTTATGAGCTCATAATTGATTTTAAGTGTAATTCTTTT-ACATTTTTAGTTAAAATAGAT
257 ATAATTTTATGAGCTCATAATTGATTTTAAGT-TAATT-TTTTAATATTTTTA-TTAAAACAAAT
* *
40349 TATAATAGAATGTTTACCTCG
319 TATAATTGAATGTTTACCTCA
* * * *
40370 GGTAATATGAAGAAAATGTCATTCATTGATAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCTATGCCTTCAA
1 GGAAAGATGAAGAAAAAGTCATTCATTGATAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACC-ATGCTTTCAA
* *
40435 AAG-CTCTATTACTCGTTTTAAATTA-TTTACAATCACATAATTGATTTTAGGTTGAATCTCTTA
65 AAGCCT-TATTACTCGTTTTAAATGATTTTACAATCACATAATTGATTTTAAGTTGAATCTCTTA
* * *
40498 ACA-TTTTTAGTTAAAATAAATTATAATTGAATGTCTACCTCGAAAAACATGAA-AACAAAGATA
129 ACATTTTTTA-TTAAAACAAACTATAATTGAATGTCTACCTCGAAAAACATGAAGAA-AAAGACA
* *
40561 TTCAATCA-CAAG-AAAGGTCCATTCATAGACACTCATACCTTCAAAAGTCTTATTACTCGCTTT
192 TTC-ATCAGCAAGAAAAGGT-CATTCATAGACACTCATACCTTCAAAAGCCTTATAACTCGCTTT
************ *
40624 AAATGGNNNNNNNNNNTCATAATTAATTTTAAGTTAAATTTTTTAATATATTTTATTAAAACAAA
255 AAATAATTTTATGAGCTCATAATTGATTTTAAGTT-AATTTTTTAATAT-TTTTATTAAAACAAA
*
40689 TTATAATTGAATGTTTTCCTCA
318 TTATAATTGAATGTTTACCTCA
** *
40711 GGAAAGATGAAGAAAAAGAT-ATTCATTGGCAAGAAAACTCCATTTATAGTCACCCATGCTTTCA
1 GGAAAGATGAAGAAAAAG-TCATTCATTGATAAGAAAAGTCCATTTATAGTCA-CCATGCTTTCA
************ * * * * *
40775 AAAGCCTTATTACTCACNNNNNNNNNNTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTA
64 AAAGCCTTATTACTCGTTTTAAATGATTTTACAATCACATAATTGATTTTAAGTTGAATCTCTTA
** * * * * * * * *
40840 ACA-TTTTTGGTAAAACAGATTATAATTGAATGCCTGCCTCTAGAAAGATGAAGAAAAAGATATT
129 ACATTTTTTATTAAAACAAACTATAATTGAATGTCTACCTCGAAAAACATGAAGAAAAAGACATT
** * * * * * * **
40904 CATTTGCCAGAAAA-GTCCATTTATAGTCAC-CTATGCCTTCAAAATCCTTATTACTTTCTTTAA
194 CATCAGCAAGAAAAGGT-CATTCATAGACACTC-ATACCTTCAAAAGCCTTATAACTCGCTTTAA
* * * ** * * * * * *
40967 ATGATTTTATAATCTTTTAATTGATTTTAAGTTCAATTGTTTTTACATTCTTAGTTCAAATAGAT
257 ATAATTTTATGAGCTCATAATTGATTTTAAGTT-AATT-TTTTAATATTTTTA-TTAAAACAAAT
* * * **
41032 TATATTTAAATGTCTGGCTCA
319 TATAATTGAATGTTTACCTCA
* * * * * * * *
41053 --AAAAATGTTAAGAAAGAGTTACTCACTGACAAGAAAAGTCCATTTAT-GATCACTTATGCCTT
1 GGAAAGATG--AAGAAAAAGTCATTCATTGATAAGAAAAGTCCATTTATAG-TCAC-CATGCTTT
** * ********** *
41115 CAATAA-CCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTNNNNNNNNNNTAATTGATTTTAAGTTGAATTGT
62 CAA-AAGCCTTATTACTCGTTTTAAATGATTTTACAATCACATAATTGATTTTAAGTTGAA-TCT
* * * * * * * * * * *
41179 TTTAA-AATTTATATTAAAATATATTGTAATTGAATGTTTACCTTGAAAAACGT-AAAACAAAAG
125 CTTAACATTTTTTATTAAAACAAACTATAATTGAATGTCTACCTCGAAAAACATGAAGA-AAAAG
* * * * * * * * ** * * *
41242 CCATCCAT-TGACACGAAAA-GTCCTTTCATAGTCACTCAAACTTTTGAGAGCCTTATTACTC-T
189 ACATTCATCAG-CAAGAAAAGGT-CATTCATAGACACTCATACCTTCAAAAGCCTTATAACTCGC
** * * * * * * *
41304 TGTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTGACTTGAATTTTTTTTACATTTTTGGTTAAA
252 T-TTAAATAATTTTATGAGCTCATAATTGATTTTAAGTT-AA-TTTTTTAATATTTTT-ATTAAA
* *
41369 ACATATTATAATTGTATGTTTACCTCA
313 ACAAATTATAATTGAATGTTTACCTCA
* * ** *
41396 -AATAATG-TGAAGAAAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCTATGCTTAC
1 GGA-AA-GATGAAGAAAAAGTCATTCATTGATAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACC-ATGCTTTC
* * * * * * * * * *
41459 GAAAGCTTTAGTACTCGCTTTCAAT-AGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAGGTTGAATTTTT
63 AAAAGCCTTATTACTCGTTTTAAATGA-TTTTACAATCACATAATTGATTTTAAGTTGAA-TCTC
*
41523 TTAATATTTTTTATTA
126 TTAACATTTTTTATTA
41539 GAATATATTA
Statistics
Matches: 1928, Mismatches: 501, Indels: 206
0.73 0.19 0.08
Matches are distributed among these distances:
338 5 0.00
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344 16 0.01
345 4 0.00
ACGTcount: A:0.35, C:0.13, G:0.12, T:0.38
Consensus pattern (339 bp):
GGAAAGATGAAGAAAAAGTCATTCATTGATAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCATGCTTTCAAA
AGCCTTATTACTCGTTTTAAATGATTTTACAATCACATAATTGATTTTAAGTTGAATCTCTTAAC
ATTTTTTATTAAAACAAACTATAATTGAATGTCTACCTCGAAAAACATGAAGAAAAAGACATTCA
TCAGCAAGAAAAGGTCATTCATAGACACTCATACCTTCAAAAGCCTTATAACTCGCTTTAAATAA
TTTTATGAGCTCATAATTGATTTTAAGTTAATTTTTTAATATTTTTATTAAAACAAATTATAATT
GAATGTTTACCTCA
Found at i:42547 original size:171 final size:169
Alignment explanation
Indices: 41871--43532 Score: 957
Period size: 170 Copynumber: 9.7 Consensus size: 169
41861 CGAAAGCCTA
* * * *
41871 ATTACTCTCTTTAAATGGTTTCATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTTAAT-TTTTTAACATTTT
1 ATTACTCACTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATGTTTTT-ACATTTT
* * * * * * * * *
41935 TGGTTAAAAAATATTATATTTTAATATCTACCTCAAGAAACAAGAAGCAAAAGCCATCCATAGGC
65 TGGTTAAAACA-ATTATAATTGAATGTCTACCT-AAGAAACATGAAGAAAAAGTCATTCATTGGC
* * * * * * *
42000 ATGAAAACT-CTTTTCATAGCCACGCA-GCGTTCGAAAGCCTTT
128 AAGAAAAGTCCATTT-ATAGTCACCCATGCTTTCAAAAG-CTTT
*
42042 -TTACTCACTTTAAAT-GATTTTATAATTTCATAATTGATTTTAAGTTGAAT-TTTTCTACA-TT
1 ATTACTCACTTTAAATAG-TTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATGTTTT-TACATTT
* * ** * *
42103 TTGGTTAAAACAAATTATAGTTGAATGTTTGTCTAAGAAAACATAAAGAAAAAGCCATTCATTGG
64 TTGGTTAAAAC-AATTATAATTGAATGTCTACCTAAG-AAACATGAAGAAAAAGTCATTCATTGG
* *
42168 CAAGAAAAGTCCCTTTATAGTCACCCATACTTTCAAAAGCTTT
127 CAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCTTTCAAAAGCTTT
* * *
42211 ATTACTCGCTTTCAAA-AGTTTTGTAATCTCATAATTAATTTTAAGTTGAATGTTTTTACATTTT
1 ATTACTCACTTT-AAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATGTTTTTACATTTT
* * * *
42275 TGGTTAAAACAATTATATTTGAATGTCTACCATGAA-AAACATGAA-CAAAA-TCTATCCATAGG
65 TGGTTAAAACAATTATAATTGAATGTCTACC-T-AAGAAACATGAAGAAAAAGTC-ATTCATTGG
* * * * *
42337 CACGAAAAGT-CTTTTCATAGTCACTCAAGCCTTCAAAAGCTTT
127 CAAGAAAAGTCCATTT-ATAGTCACCCATGCTTTCAAAAGCTTT
* * ********** * *
42380 CTTACTCTCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTNNNNNNNNNNTTTTTTTATATTTTT
1 ATTACTCACTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATGTTTTTACATTTTT
* * * *
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66 GGTTAAAACA-ATTATAATTGAATGTCTACCTAA-GAAACATGAAGAAAAAGTCATTCATTGGCA
*
42510 AGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCTTTCAAAAGCCTT
129 AGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCTTTCAAAAGCTTT
* * *
42551 ATAACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTGTAAGTTGAATTGTTTTTACATTTT
1 ATTACTCACTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAA-TGTTTTTACATTTT
** * * * * *
42616 TAATTCAAACAGATTATAATGGAATGTCTACCTCAAGTAACATGAAGAAAACG-CTATT-TTCTG
65 TGGTTAAAACA-ATTATAATTGAATGTCTACCT-AAGAAACATGAAGAAAAAGTC-ATTCAT-TG
** * * * *
42679 ATACA-AAAAGTCAATTTATAGCCA-CCAT-ATCTTCAAAAGCCTT
126 GCA-AGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCT-TTCAAAAGCTTT
* * * ********** *
42722 AGTACACGCTTTAAATAGNNNNNNNNNNTCATAATTGATTTTAGGTTGAAT-TTTTTA-ATTATT
1 ATTACTCACTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATGTTTTTACA-T-TT
* * * * * ** * * *
42785 TTTGTTAAAATAGATTATAATTGAATATATGCCTCAAGAAATGTGATGAAAAGGCCATTCA-TGA
64 TTGGTTAAAACA-ATTATAATTGAATGTCTACCT-AAGAAACATGAAGAAAAAGTCATTCATTG-
** * * * ** * *
42849 ATAAGAAAAGTCTATCTATAGTCACCTATGCCCTC-GAAGCCTT
126 GCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCTTTCAAAAGCTTT
* * ********** *
42892 ATTACTCAGTTTACAT-GATTTTATAATCTCATAATTGATTTTNNNNNNNNNNTTTTTATATTTT
1 ATTACTCACTTTAAATAG-TTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATGTTTTTACATTTT
* * * * * * **
42956 TTGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTACCTTAGGAATCATGAAGGAAAAGCCATTCATTGAT
65 TGGTTAAAACA-ATTATAATTGAATGTCTACC-TAAGAAACATGAAGAAAAAGTCATTCATTGGC
* * * * *
43021 AAGAAAAGCCCATTTATAGTCACCAAAGCATTCAAAAGCCTT
128 AAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCTTTCAAAAGCTTT
* * ** *
43063 ATTACTCACTTTAAATAGTTTAAGAATCTCATAATTGATTTTTTTGTTGAATTTTTTTTTTTTTT
1 ATTACTCACTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGA-TTTTAAGTTGAA-------TGTTTTT
* * ** * * * ** * *
43128 GCATTTTTTGTTAAAATGGATAATAATTAAATGTCTTCCTTGGAAAATATGAAGAAAAAGCCATT
58 ACATTTTTGGTTAAAA-CAATTATAATTGAATGTCTACCTAAG-AAACATGAAGAAAAAGTCATT
* * * * *
43193 CATTGGGAAGAAAAGCCCATTTATGGTCACCCATATCTTT-AAAAGCCTT
121 CATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCAT-GCTTTCAAAAGCTTT
* * * * *
43242 ATAACTCACTTTAAATGGTTTTATAGTCTCATAATTGATTTAAAGTTGAATGTTTTTACTTTTTT
1 ATTACTCACTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATGTTTTTACATTTTT
** * * ** * * ** * **
43307 AATTAAAACAGATTATAACTGAATGTCTACTTTGGGTAACGTGAAGAAATTG-CTATTTATTGAT
66 GGTTAAAACA-ATTATAATTGAATGTCTAC-CTAAGAAACATGAAGAAAAAGTC-ATTCATTGGC
* *
43371 AAGAAAAGTCCATTTATTATAGTCAACCATGCCTTT-AAAAGCCTT
128 AAGAAAAGTCCA--T-TTATAGTCACCCATG-CTTTCAAAAGCTTT
* * * * * * * * *
43416 AGTAAAT-GCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATTATTAATTTTAGGTTAAAT-TTTTAACATTTG
1 A-TTACTCACTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATGTTTTTACATTTT
** * * *
43479 TCCTTAAAACATATTATAATTGAATGTCTGCCTCAAGGAACATGATGAAAAAGT
65 TGGTTAAAACA-ATTATAATTGAATGTCTACCT-AAGAAACATGAAGAAAAAGT
43533 TGGATTTTCG
Statistics
Matches: 1154, Mismatches: 273, Indels: 125
0.74 0.18 0.08
Matches are distributed among these distances:
168 14 0.01
169 179 0.16
170 338 0.29
171 269 0.23
172 98 0.08
173 51 0.04
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175 4 0.00
178 12 0.01
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ACGTcount: A:0.35, C:0.14, G:0.12, T:0.38
Consensus pattern (169 bp):
ATTACTCACTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATGTTTTTACATTTTT
GGTTAAAACAATTATAATTGAATGTCTACCTAAGAAACATGAAGAAAAAGTCATTCATTGGCAAG
AAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCTTTCAAAAGCTTT
Found at i:43134 original size:16 final size:17
Alignment explanation
Indices: 43101--43136 Score: 54
Period size: 17 Copynumber: 2.1 Consensus size: 17
43091 TCATAATTGA
43101 TTTTTTTGTTGAATTTT
1 TTTTTTTGTTGAATTTT
* *
43118 TTTTTTTTTTGCATTTT
1 TTTTTTTGTTGAATTTT
43135 TT
1 TT
43137 GTTAAAATGG
Statistics
Matches: 17, Mismatches: 2, Indels: 0
0.89 0.11 0.00
Matches are distributed among these distances:
17 17 1.00
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Consensus pattern (17 bp):
TTTTTTTGTTGAATTTT
Found at i:43195 original size:179 final size:179
Alignment explanation
Indices: 42951--43282 Score: 456
Period size: 179 Copynumber: 1.9 Consensus size: 179
42941 NNNTTTTTAT
* * *
42951 ATTTTTTGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTACCTTAGGAATCATGAAGGAAAAGCCATTCA
1 ATTTTTTGTTAAAACAGATAATAATTAAATGTTTACCTTAGGAATCATGAAGAAAAAGCCATTCA
* *
43016 TTGATAAGAAAAGCCCATTTATAGTCA-CCAAAGCATTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATA
66 TTGAGAAGAAAAGCCCATTTATAGTCACCCAAAGC-TTCAAAAGCCTTATAACTCACTTTAAATA
43080 GTTTAAGAATCTCATAATTGATTTTTTTGTTGAATTTTTTTTTTTTTTGC
130 GTTTAAGAATCTCATAATTGATTTTTTTGTTGAATTTTTTTTTTTTTTGC
**
43130 ATTTTTTGTTAAAATGGATAATAATTAAATGTCTT-CCTT-GGAAAAT-ATGAAGAAAAAGCCAT
1 ATTTTTTGTTAAAACAGATAATAATTAAATGT-TTACCTTAGG--AATCATGAAGAAAAAGCCAT
* * * * *
43192 TCATTGGGAAGAAAAGCCCATTTATGGTCACCCATATCTTTAAAAGCCTTATAACTCACTTTAAA
63 TCATTGAGAAGAAAAGCCCATTTATAGTCACCCAAAGCTTCAAAAGCCTTATAACTCACTTTAAA
* * * *
43257 TGGTTTTATAGTCTCATAATTGATTT
128 TAGTTTAAGAATCTCATAATTGATTT
43283 AAAGTTGAAT
Statistics
Matches: 133, Mismatches: 16, Indels: 8
0.85 0.10 0.05
Matches are distributed among these distances:
178 2 0.02
179 121 0.91
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ACGTcount: A:0.35, C:0.13, G:0.13, T:0.39
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ATTTTTTGTTAAAACAGATAATAATTAAATGTTTACCTTAGGAATCATGAAGAAAAAGCCATTCA
TTGAGAAGAAAAGCCCATTTATAGTCACCCAAAGCTTCAAAAGCCTTATAACTCACTTTAAATAG
TTTAAGAATCTCATAATTGATTTTTTTGTTGAATTTTTTTTTTTTTTGC
Found at i:43846 original size:165 final size:165
Alignment explanation
Indices: 43649--43949 Score: 397
Period size: 165 Copynumber: 1.8 Consensus size: 165
43639 CCATATCTTC
* * *
43649 AAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATAGATTTCAAGCTGAATTTTTT
1 AAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATAGTTTTATAATATCAAAATAGATTTCAAGCTGAA-TTTTT
* * * * *
43714 CACA-TTTTGGTTAAAATAGATTACCATTGAATGTCTACGTCAAGAAACGTGAAGAAAAAGCTAT
65 AACATTTTTGGTTAAAACAGATTACAATTGAATGTCTACCTCAAGAAACGTGAAGAAAAAGATAT
43778 TCATTGGCACGCGCATTTACTATCATCCATGCATTT
130 TCATTGGCACGCGCATTTACTATCATCCATGCATTT
* * * * *
43814 AAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAGTATCAAAATTGATTTGAAGTTGAATTTTTA
1 AAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATAGTTTTATAATATCAAAATAGATTTCAAGCTGAATTTTTA
* * * *** * *
43879 ACATTTTTTGTTAAGACAGATTAGAATTGAATGTCTACCTTGGGAAATGTGGAGAAAAAGATATT
66 ACATTTTTGGTTAAAACAGATTACAATTGAATGTCTACCTCAAGAAACGTGAAGAAAAAGATATT
43944 CATTGG
131 CATTGG
43950 NNNNNNNNNN
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AAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATAGTTTTATAATATCAAAATAGATTTCAAGCTGAATTTTTA
ACATTTTTGGTTAAAACAGATTACAATTGAATGTCTACCTCAAGAAACGTGAAGAAAAAGATATT
CATTGGCACGCGCATTTACTATCATCCATGCATTT
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Alignment explanation
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43972 NNNNNNNNNN
** * * *
43982 CACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAACTGAA-ATTTTTAGCATTTTTTCTTA
1 CACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTT-AGTTTAATTTTTTTA-CATTTTTTGTTA
* * * * *** ** * *
44046 AAAAAGACTATAATTGATTGTCTACCTTGGGAAACATGAAGAAAAAGCTTTTCATTGGGAAGAAA
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* * * *
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********** * * *
44153 CACTTTANNNNNNNNNNTAATCTCATAATTGATTTTAAGTGTATTTTTTTTACATTTTTAGTTAA
1 CACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTT-AGTTTAATTTTTTTACATTTTTTGTTAA
* * * *
44218 AACAGATTATAATTGAATATCTGCCTCAAGTAACATAAAGAAAATA-TCATTCATT-GACAAGAA
65 AACAGATTATAATTGAATGTCTGCCTCAAGAAACATGAAGAAAA-AGCCATTCATTAG-CAAGAA
* * * * *
44281 AAGTTCATTTATAGTCA-CTAAATCCTTCAAAAGCCTTAGTACA
128 AAGTCCATTTATAGTCATCCATA-CCTTCAAAAGCCTTATTACT
* * * *
44324 CGCTTTAAATAGTTTTAGAATCTCATAATTGATTTTAGTTTGAATTTTTTAACATTTTTTGTTAA
1 CACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAGTTT-AATTTTTTTACATTTTTTGTTAA
* * *** *
44389 AATAG-TTTTGAATTTTTTAGTCTGCCTCAAGAAACATGATGAAAAAGCCATTCATTAGCAAGAA
65 AACAGATTAT-AATTGAAT-GTCTGCCTCAAGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTAGCAAGAA
* * ** * *
44453 AAGTTCATTTATGGTCA-CCTATGTCTTCGAAAGCCGTATTACT
128 AAGTCCATTTATAGTCATCC-ATACCTTCAAAAGCCTTATTACT
** * * **
44496 CGGTTTACATGGTTTTATAATCTCATAACTGATTTTAAATTAGATTTTTTTAC-TTTTTTGTTAA
1 CACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAGTTTA-ATTTTTTTACATTTTTTGTTAA
* * *
44560 AACAAATTATAATTGAATGTCTACCTCGAG-AACTATGAAGAAAAAGCCATTCATTAGCAAGAAA
65 AACAGATTATAATTGAATGTCTGCCTCAAGAAAC-ATGAAGAAAAAGCCATTCATTAGCAAGAAA
* *
44624 AGTCCATTTATAGGCATCCATACCTTCAAAAGCCCTATTACT
129 AGTCCATTTATAGTCATCCATACCTTCAAAAGCCTTATTACT
* * * * * ** * * *
44666 AACTTTAAATGGTTTTAAAAT-TGAATAATTGATTTCAAGTTGAACGTTTTGATATTTTTTTTTA
1 CACTTTAAATGGTTTTATAATCT-CATAATTGATTT-TAGTTTAATTTTTTTACATTTTTTGTTA
* * * * *
44730 AAACAGACTATAATTGATTGTCTGCCT-TAGAAAACATGAACAAAAAGCCATTCATTAGGAA-AC
64 AAACAGATTATAATTGAATGTCTGCCTCAAG-AAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTAGCAAGA-
* *
44793 AAAGTCCATTTATAGTCATCCATGCCTTCAAAAGCCTTATAACT
127 AAAGTCCATTTATAGTCATCCATACCTTCAAAAGCCTTATTACT
* ********* * * * ** *
44837 TACTTTAAATGGTTTTATAATCTCANNNNNNNNNNTAAGTTGAAGTTTTTTGTATTTTTGGTTAA
1 CACTTTAAATGGTTTTATAATCTCA-TAATTGATTTTAGTTTAATTTTTTTACATTTTTTGTTAA
* * * * * * * * * *
44902 AATAGATTACAATTGAATGTC-GACCTTAGGAAACGTAAAGAAAAAGTCATTCATTGGAAATAAA
65 AACAGATTATAATTGAATGTCTG-CCTCAAGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTAGCAAGAAA
* * * *
44966 AGTTCATTTATAATCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACT
129 AGTCCATTTATAGTCATCCATACCTTCAAAAGCCTTATTACT
* * * * * *
45008 TACTTCAAATGGTTTTATAATCTTATAATTAATATTAAGTTGAATATTTTTTACATTTTT
1 CACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGAT-TTTAGTTTAAT-TTTTTTACATTTTT
45068 GGTTCAAATA
Statistics
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ACGTcount: A:0.35, C:0.14, G:0.12, T:0.38
Consensus pattern (170 bp):
CACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAGTTTAATTTTTTTACATTTTTTGTTAAA
ACAGATTATAATTGAATGTCTGCCTCAAGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTAGCAAGAAAAG
TCCATTTATAGTCATCCATACCTTCAAAAGCCTTATTACT
Found at i:45457 original size:171 final size:171
Alignment explanation
Indices: 45109--50451 Score: 3020
Period size: 171 Copynumber: 31.3 Consensus size: 171
45099 TCTTTGCTAA
* * ***
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1 AAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAA
* ** * * * *
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* * **
45237 CTACCTTGGAAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGGGAAG
131 CTACCTTGGGAAACGTGAAGAAAAAGCCATTCATTGACAAG
* * * * * * * *
45278 AAAAGTCCATTCATAATTACCCATGCCTTCGAAAGCCTTATAACTCTCTTTAAGTGGTTTCATAA
1 AAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAA
*
45343 TCTCATAATTGATTTTAAG-TGTAATTTTTTTTACTTTTTTGTTAAAAAAGATTATAATTGAATG
66 TCTCATAATTGATTTTAAGTTG-AATTTTTTTTACTTTTTTGTTAAAACAGATTATAATTGAATG
* ** * * * * *
45407 TTTGTCTTGGGTAATGTAAAGAAAATGCCATTCATTGATAAG
130 TCTACCTTGGGAAACGTGAAGAAAAAGCCATTCATTGACAAG
* * * * *
45449 AAAAGTCCAATTATAGTCATCCATGCCTTC-AAAGCCTTAGTACACGCTTTAAAT-GTTTTATAN
1 AAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAA
********* * * * * *
45512 NNNNNNNNNTGATTTTAGGTTGAA-TTTTTTAACATTTTTGGTTAAAATAGATTATAATTGAACG
66 TCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTTAC-TTTTTTGTTAAAACAGATTATAATTGAATG
** *** * * *
45576 TCCGCCTCAAGAAACGAGATGAAAAAGCCATTCATTAACAAG
130 TCTACCTTGGGAAACGTGAAGAAAAAGCCATTCATTGACAAG
* * * ** ** **
45618 AAAAGTCTATTTATAGGCATCTTTATCTTCAAAAGCCTTATTACTTACTTTAAATGGTTTTATAA
1 AAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAA
* * * * * **
45683 TCTTATAATAGATTTCATGTTGAATTTTTTTGT-TTTTTTTGTTAAAATTGATTATAATTGAATG
66 TCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTT-TACTTTTTTGTTAAAACAGATTATAATTGAATG
** * *
45747 TCTACCTCAGGAAACATGAA-AAAAAGCTATTCATTGACAAG
130 TCTACCTTGGGAAACGTGAAGAAAAAGCCATTCATTGACAAG
* * * * * *
45788 AAAAG-CACATTTATAGCCACCCATGCCTTTAAGAGCCTTATTACTCTCTTTAAGTAGTTTTATA
1 AAAAGTC-CATTTATAGTCACCCATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATA
* * ** *
45852 ATCTCGTAATTGATTTGAAG-TGAAACTTTTTCATA-TTTTTTGTTAAAACAGATAATAATTGAA
65 ATCTCATAATTGATTTTAAGTTG-AA-TTTTTTTTACTTTTTTGTTAAAACAGATTATAATTGAA
* * *** * * *
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* * * * *
45959 AAAAGTCTATTTATAATCACCCATACCTTTAAAAGCCTTATAACTCGCTTTAAATGGTTTTATAA
1 AAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAA
********** *
46024 TCTCATNNNNNNNNNNAAG-TGTAA-TTTTTTTA-TATTTTTGATTAAAACAGATTATAATTAAA
66 TCTCATAATTGATTTTAAGTTG-AATTTTTTTTACT-TTTTTG-TTAAAACAGATTATAATTGAA
* * ** * * *
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128 TGTCTACCTTGGGAAACGTGAAGAAAA-AGCCATTCATTGACAAG
* * * * * *
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1 AAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAA
* * * *
46195 TCTCATAATTGATTTT-AGCTTGAATTTTTTAATA-TTTTTTATTTAAATAGATTATAATTGAAT
66 TCTCATAATTGATTTTAAG-TTGAATTTTTT-TTACTTTTTTGTTAAAACAGATTATAATTGAAT
** * *
46258 GTCTACCTTAAGAAACGTGATG-AAAAGCCATTCATTAACAAG
129 GTCTACCTTGGGAAACGTGAAGAAAAAGCCATTCATTGACAAG
* * * * ** *
46300 AAAAGTCCATTTATAGTCACCTATGCCCTT-GAAAGCTTTATTAATCGCTTTAAATTATTTTGTA
1 AAAAGTCCATTTATAGTCACCCATG-CCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATA
* * * * * * * *
46364 ATCTCATAATTGATTTTACGTTAAATTTTTTAATA-TTTTTGGTT-AAACTATATTGTAATGGAC
65 ATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTT-TTACTTTTTTGTTAAAAC-AGATTATAATTGAA
* ** * * * * *
46427 TGTCTATCTCAGGAAACATGAAGCAAAAGACATCCATTGGA-GAG
128 TGTCTACCTTGGGAAACGTGAAGAAAAAGCCATTCATT-GACAAG
* * * * * * ** * * ** *
46471 ACATGTTCAGTTAAAGTCACTCATGCCTTTGAAAGCATTATTTCTTACTTTAAATGGTTTGATAA
1 AAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAA
*** * * * *
46536 TCTCCCGATTAATTTTAAGTTGAA--TTTTTTAATATTTTTGCTTAAAACAAATTATAATTGAAA
66 TCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTTACT-TTTTTG-TTAAAACAGATTATAATTGAAT
* * * * * *
46599 GTTTACCTAGGGAAATGTGAAGAAAAAGCCAATCATT-ATACTG
129 GTCTACCTTGGGAAACGTGAAGAAAAAGCCATTCATTGACA-AG
* * * * * * ***********
46642 AAAAGTTCATTTATAGTTACCCTTACCTCCAAAACCCTTATTACTCANNNNNNNNNNTTTTATAA
1 AAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAA
* ** ** *
46707 TCTCATAATTTA-TTTAAGTTGAA-CGTTTTGGCATTTTTTGTTAAAACTA-ATTATAATTGATT
66 TCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTTAC-TTTTTTGTTAAAAC-AGATTATAATTGAAT
* * * *
46769 GTCTACCTTGGGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTAAAAAA
129 GTCTACCTTGGGAAACGTGAAGAAAAAGCCATTCATTGACAAG
* * *
46812 AAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCTTTCAAAAGCCTTATAACTCGCTTTAAATGGTTTTATAT
1 AAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAA
* * * * * *
46877 TCTCATAATTAATTTTAAGTT-AAATTTTTATACATTTCTGATTAAAACAGATTATAATGGAATG
66 TCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTTACTTTTTTG-TTAAAACAGATTATAATTGAATG
* ** * * * **
46941 TCTGCCTTATGTAACATGAAGAAAATGCCATTCATTGGTAAG
130 TCTACCTTGGGAAACGTGAAGAAAAAGCCATTCATTGACAAG
* * ** *
46983 AAAAGTCCATTTATAGTTACTCATGCCTTCAAAAGCCCCACTACAT-GCTTTAAATGGTTTTATA
1 AAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCAAAAGCCTTATTAC-TCGCTTTAAATGGTTTTATA
********** * * **
47047 ATCTCNNNNNNNNNNTTAAGTTAAATTTTTTAATA-TTTTAGGTTAAAACAGATTATAATTGAAT
65 ATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTT-TTACTTTTTTGTTAAAACAGATTATAATTGAAT
* ** *** * ** * * *
47111 ATCTGTCTCAAGAAACATGATA-AAAAAGATATTTATTAACAAA
129 GTCTACCTTGGGAAACGTGA-AGAAAAAGCCATTCATTGACAAG
* * * * * * * *
47154 AAAAGTCTATTTATGGTCACCCATGCTTTCGAATGCCCTATTACTCGGTTTACA-GAGTTTTATA
1 AAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATG-GTTTTATA
* * *
47218 ATCTCATAATTGATTTTAAATT-AATTTTTTTTACATTTTTTATTCAAACAGATTATAATTGAAT
65 ATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTTAC-TTTTTTGTTAAAACAGATTATAATTGAAT
* *
47282 GTCTACCTTGAGAAATGTGAAGAAAAAGCCATTCATTTG-CAAG
129 GTCTACCTTGGGAAACGTGAAGAAAAAGCCATTCA-TTGACAAG
* * *
47325 AAAAGTCCATTCATAGGCATCCATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAA
1 AAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAA
* * * * * * ** * ***
47390 T-TCTTTAAATGGTTTTATAATTTCAAATATTTTCAAGGTTGAATGTTAAAACAGATTATAATTG
66 TCTC-AT-AATTGATTT-TAAGTT-GAATTTTTTTTA-CTTTTTTGTTAAAACAGATTATAATTG
* * * * * *
47454 AATGTCTACCTGGGGTAATGTGAAGAAAATGCCATTCATTGAAAAC
126 AATGTCTACCTTGGGAAACGTGAAGAAAAAGCCATTCATTGACAAG
** * * **********
47500 AAAAGTCCATTTATAGTCACTTATACCTTGAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAANNNNNNNNNNA
1 AAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAA
* * * * *
47565 TCTCATAATTGATTTT-AGATTGAA-TTTGTTAACATTTTTGGTTAAAACATATTATAATTTAAT
66 TCTCATAATTGATTTTAAG-TTGAATTTTTTTTAC-TTTTTTGTTAAAACAGATTATAATTGAAT
* *** * * * * *
47628 GTCTGCCTCAAGAAACGTGACGGAAAAGCAATTCATTAATAAG
129 GTCTACCTTGGGAAACGTGAAGAAAAAGCCATTCATTGACAAG
* * * * * * * *
47671 AAGAGTTCATTTATAGTCACCCATACCTTCGAAAGCTTTATTATTTGCTTTAAATGATTTTATAA
1 AAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAA
********** * * *
47736 NNNNNNNNNNGATTTTAAATT-AGA-TTTTTTTACATTTTTTGTTAAAACATATTATAATTAAAT
66 TCTCATAATTGATTTTAAGTTGA-ATTTTTTTTAC-TTTTTTGTTAAAACAGATTATAATTGAAT
* * ** ** * *
47799 ATATGTCTCAGGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGGCAAG
129 GTCTACCTTGGGAAACGTGAAGAAAAAGCCATTCATTGACAAG
* ** * ** *********
47842 AAAAAGTCCATTTATTGTCACTTATGCCTTCAAAGGCCTTATTACTTACTTTAAATNNNNNNNNN
1 -AAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATA
* * * ** ** *
47907 NTCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTATAAAATTTTTACTAAAACAGATTTTAATTGAATG
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** ** * ** *
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130 TCTACCTTGGGAAACGTGAAGAAAAAGCCATTCATTGA-CAAG
* * * * * * ** *
48014 AAAAGCCCATTTATAGTCACCCAAGTCTTCAAAAACCTTATTACTAGCTTCAAATAATTTTCTAA
1 AAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAA
* * * *
48079 TCTCATAATTGATTTTAAGTT-AAATTATTTTACTTTTTATGTTAAAATATATTATAATTGAATG
66 TCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTTACTTTTT-TGTTAAAACAGATTATAATTGAATG
** * * * *** *
48143 TCTAATTTGGTAAACGTGAAGAAAAAGCTACTCAACCACAAA
130 TCTACCTTGGGAAACGTGAAGAAAAAGCCATTCATTGACAAG
* * * * * * **
48185 AAAAGTTCATTTATAGTCATCCATGCCTTCAAAAGTCTTGTTACTCTCTTTAAATGGCTTTATGT
1 AAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAA
* **********
48250 TCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTGTTNNNNNNNNNNTGTTAAAACAGATTATAATTGAATGT
66 TCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTTACTTTTTTGTTAAAACAGATTATAATTGAATG-
* * ** * *
48315 TTGTTAAAACATTTTTTGTTAAAATAAAAACTTGAAGAAAAAGTCATTCATTGACAAG
130 -T-CT---AC----CTTG-------GGAAACGTGAAGAAAAAGCCATTCATTGACAAG
* ** * **********
48373 AAAAGTTCATTTATAGTCACTGATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTTGCTTTAAANNNNNNNNNNA
1 AAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAA
* * ** * * *
48438 TCTCATAATTGATTTTAAATTGAA-TTTCTCCA-TATTTTTATTATAACAAATTATAATTGAATG
66 TCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTTACT-TTTTTGTTAAAACAGATTATAATTGAATG
* * *** * ** **
48501 TCTACTTTGGAAAATACGAAGAGAAAGATATTCATTGGGAAG
130 TCTACCTTGGGAAACGTGAAGAAAAAGCCATTCATTGACAAG
* * * * *
48543 AAAACTCCGTTTATAGACACCCATGGCTTCAAAAGCCTTATTACTCGTTTTAAATGGTTTTATAA
1 AAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAA
* * * * * *
48608 ACTCATAATTGATTTCAAGTTAAATTTTTTTGTA-TTTTTTGTTAAAATAGATTACAATTAAATG
66 TCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTT-TACTTTTTTGTTAAAACAGATTATAATTGAATG
* * * *
48672 TCTACCTTAGGAAACGTGAAGAAAAAGCTATTCCTTGAAAAG
130 TCTACCTTGGGAAACGTGAAGAAAAAGCCATTCATTGACAAG
* * * * ***
48714 AAAAGTCCA-TTATAGTCACCCATACCATGAAAAGCCTTTTTACTTTTTTTAAATGGTTTTATAA
1 AAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAA
* * * * * * * * * *
48778 TCTTATAATTGATATTAAGTAGAATTTTTTTAACTTTTTTGGATCAAATAGATTACATTTAAATG
66 TCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTTACTTTTTT-GTTAAAACAGATTATAATTGAATG
* ** **** * * ** *
48843 TTTGGCTCAAAAAACATGAAGAAAATGATATTCATTGGC-AG
130 TCTACCTTGGGAAACGTGAAGAAAAAGCCATTCATTGACAAG
** * * *
48884 AAAAGTCCATTTATAGTCACTTATGCCTTCAAAGGCCTTATTACTCGCTTTAAATGATTTTACAA
1 AAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAA
* * *
48949 TCTCATGATTGATTTTAGGTTGAA--TTTTTTACTTTTTTTGTTAAAATAGATTATAATTGAATG
66 TCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTTAC-TTTTTTGTTAAAACAGATTATAATTGAATG
* * * * *
49012 TCTACCTTAGGG-AACATGATGAAACAGCCATTCACT-AGTAAG
130 TCTACCTT-GGGAAACGTGAAGAAAAAGCCATTCATTGA-CAAG
***********
49054 AAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCANNNNNNNNNNTTTTATAA
1 AAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAA
* * *
49119 TCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATA-TTTGTTGTTAAAACAGAATACAATTGAATG
66 TCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTT-TACTTTTTTGTTAAAACAGATTATAATTGAATG
* * * ** * *
49183 TTTGCCTTGGGAAACATGAAGAAAAAGATATCCATTGGA-AAA
130 TCTACCTTGGGAAACGTGAAGAAAAAGCCATTCATT-GACAAG
* **********
49225 AAAAGTCCATTTATAGTCACCTATGCCNNNNNNNNNNTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAA
1 AAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAA
* * * * * ** *
49290 TGT-ACTAATTGATTTGAATTTGAATTTTTTTTGTA-TTTTTAGTTAAAATAGATTGCAATTGGA
66 TCTCA-TAATTGATTTTAAGTTGAA-TTTTTTT-TACTTTTTTGTTAAAACAGATTATAATTGAA
* ** * * *
49353 TGTCGACCTCAGGAAACATGACGAAAAAGCCATTCATTGGCAA-
128 TGTCTACCTTGGGAAACGTGAAGAAAAAGCCATTCATTGACAAG
* * * *
49396 AAGAAGTCTATTTATAGTCACCCATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTTGCTTTAAATGATTTTATA
1 AA-AAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATA
* * * * * * * *
49461 ATCTTATAATTGATATTAAGTT-AATTGTTTTTCACATTTTTTGTTCAAATAGATTACATTTAAA
65 ATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATT-TTTTTTAC-TTTTTTGTTAAAACAGATTATAATTGAA
* * ** *** * *
49525 TTTTTGGC-TCAAAACACATGAAGAAAGTAA--TATTCATT-AGC-AG
128 TGTCTACCTTGGGAA-ACGTGAAGAAA--AAGCCATTCATTGA-CAAG
** * * * *
49568 AAAAGTCCATTTATAGTCACTTATGCTTTTAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTACAA
1 AAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAA
* * * * * ** *
49633 T-TGCATAATTGGTTTTAGGCTGAATTTTTTTAAATTTTTACTTAAAACATATTATAATTGAATG
66 TCT-CATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTTACTTTTTTGTTAAAACAGATTATAATTGAATG
*** * ** *
49697 TCTGA--TTCAATAAACATGATA-AAAAAGTAATTCATTAACAAG
130 TCT-ACCTT-GGGAAACGTGA-AGAAAAAGCCATTCATTGACAAG
* * * *
49739 AGAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGATTTTATAA
1 AAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAA
* *
49804 ACTCATAATCGATTTTAAGTT-AGATTTTTTTATA-TTTTTTGTTAAAACAGATTATAATTGAAT
66 TCTCATAATTGATTTTAAGTTGA-ATTTTTTT-TACTTTTTTGTTAAAACAGATTATAATTGAAT
* ** * * * * * *
49867 ATCTGGCTTAGGAAACAT-AATGAAAAAGCTATCCATTGGCAAT
129 GTCTACCTTGGGAAACGTGAA-GAAAAAGCCATTCATTGACAAG
* * * * * * * * * *
49910 AAAATTCGATTTATAGTAACCTATGCTTTAAAAAGTCTTATTACTTGCTTTAACTGGTTTTCTAA
1 AAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAA
** * * * *
49975 TCTCATAATTGATTTTAAGTTGAA-TGCTCTTACATTTTTTGTTCAAACAAATTATAATTGATTG
66 TCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTTAC-TTTTTTGTTAAAACAGATTATAATTGAATG
* *** * * ** *
50039 TCTGCCTCAAGAAACATAAAGAAAAAGATACTT-ATTGGCAAG
130 TCTACCTTGGGAAACGTGAAGAAAAAGCCA-TTCATTGACAAG
* * * * * * *
50081 AAAAGTCTATTTATGGTCACCTATGCCTCCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGCTTTTCTAA
1 AAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAA
** * *
50146 TCTTGTAATTGA-TTTATA-TT-AA--------A----TCTGTTAAAACAGATTATAATTAAATG
66 TCTCATAATTGATTTTA-AGTTGAATTTTTTTTACTTTTTTGTTAAAACAGATTATAATTGAATG
* * * * ** *
50196 TCTGCCTTAGAAAACGTGAAGAAAGAGATATTCATTGGCAAG
130 TCTACCTTGGGAAACGTGAAGAAAAAGCCATTCATTGACAAG
********** *
50238 AAAAG-CTCATTTATANNNNNNNNNNCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTT-AATGG-TTTAGC
1 AAAAGTC-CATTTATAGTCACCCATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTA-T
* * * * * * *
50300 AATCCCATAATTGATTTTTTAA-TTGAA-TATTTATACATGTTTTATTAAAGCAGATAATAATTG
64 AATCTCATAATTGA--TTTTAAGTTGAATTTTTTTTAC-TTTTTTGTTAAAACAGATTATAATTG
** * * **
50363 AATGTCTTTCTTAGGAAATGTGAAGAAAAAGCCATTCATTGGTAAG
126 AATGTCTACCTTGGGAAACGTGAAGAAAAAGCCATTCATTGACAAG
* * * *
50409 AAAACTTCATTTATAGACACCCATACCTTCAAAAGCCTTATTA
1 AAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCAAAAGCCTTATTA
50452 TAATCTCATA
Statistics
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Consensus pattern (171 bp):
AAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAA
TCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTTACTTTTTTGTTAAAACAGATTATAATTGAATGT
CTACCTTGGGAAACGTGAAGAAAAAGCCATTCATTGACAAG
Found at i:46524 original size:512 final size:501
Alignment explanation
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Period size: 512 Copynumber: 3.6 Consensus size: 501
45524 TTTTAGGTTG
* * * *
45534 AATTTTTTAACATTTTTGGTTAAAATAGATTATAATTGAACGTCCGCCTCAAGAAACGAGATGAA
1 AATTTTTTAACATTTTTGATTAAAACAGATTATAATTAAACGTCCGCCTCAAGAAACGAGAAGAA
* ** * **
45599 AAAGCCATTCATTAACAAGAAAAGTCTATTTATAGGCATCTTTATCTTCAAAAGCCTTATTACTT
66 AAAGCCATTCATTAACAAGAAAAGTCTATTTATAGGCACCCATATCTTCAAAAGCCTTAGTACAC
* * * ** * *
45664 ACTTTAAATGGTTTTATAATCTTATAATAGATTTCATGTTGAATTTTTTTGTTTTTTTTGTTAAA
131 ACTTTAAATGGTTATAGAATCTCATAATAGATTTCATGTTGAATTTTTTAATATTTTTTATTAAA
* * * *
45729 ATTGATTATAATTGAATGTCTACCTCAGGAAACATGAAAAAAAGCTATTCATTGACAAGAAAAGC
196 ATAGATTATAATTGAATGTCTACCTCAAGAAACATGAAAAAAAGCCATTCATTAACAAGAAAAGC
* * * *
45794 ACATTTATAGCCACCCATGCCTTTAAGAGCCTTATTACTCTCTTTAAGTAGTTTTATAATCTCGT
261 ACATTTATAGCCACCCATGCCTTGAAGAGCCTTATTAATCGCTTTAAGTAGTTTTATAATCTCAT
* * *
45859 AATTGATTTGAAGTGAAACTTTTTCATATTTTTTGTTAAAACAGATAATAATTGAATGTCTTCCA
326 AATTGATTTGAAGTGAAACTTTTTAATATTTTTGGTTAAAACAGATAATAATGGAATGTCTTCCA
* * * * *
45924 TGGGAAATAAGATGAAAAAGCCATTCATTAAGAAGAAAAGTCTATTTATAATCACCCATACCTTT
391 -GGGAAACAAGAAGAAAAAGACATCCATTAAGAAGAAAAGTCTAGTTATAATCACCCATACCTTT
* * *
45989 AAAAGCCTTATAACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATNNNNNNNNNNAAGTGT
455 AAAAGCATTATAACTCACTTTAAATGGTTTGATAATCTCAT----------AAGTGT
* * * ** * * *
46046 AATTTTTTTATATTTTTGATTAAAACAGATTATAATTAAATGTTTGCCTCAGGTAACGTGAAGAA
1 AATTTTTTAACATTTTTGATTAAAACAGATTATAATTAAACGTCCGCCTCAAGAAACGAGAAGAA
* * * * *
46111 AACA-TCATTCATTGATAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACCCATGTCTTCAAAAGCCTTAGTACA
66 AA-AGCCATTCATTAACAAGAAAAGTCTATTTATAGGCACCCATATCTTCAAAAGCCTTAGTACA
* * * *
46175 CGCTTTAAATGGTTATAGAATCTCATAATTGATTTTA-GCTTGAATTTTTTAATATTTTTTATTT
130 CACTTTAAATGGTTATAGAATCTCATAATAGATTTCATG-TTGAATTTTTTAATATTTTTTATTA
* * **
46239 AAATAGATTATAATTGAATGTCTACCTTAAGAAACGTGATGAAAAGCCATTCATTAACAAGAAAA
194 AAATAGATTATAATTGAATGTCTACCTCAAGAAACATGAAAAAAAGCCATTCATTAACAAGAAAA
* * * * *
46304 GTC-CATTTATAGTCACCTATGCCCTTGAA-AGCTTTATTAATCGCTTTAAATTA-TTTTGTAAT
259 G-CACATTTATAGCCACCCATG-CCTTGAAGAGCCTTATTAATCGCTTT-AAGTAGTTTTATAAT
* * * * * ** *
46366 CTCATAATTGATTTTACGTTAAATTTTTTAATATTTTTGGTT-AAACTATATTGTAATGGACTGT
321 CTCATAATTGATTTGAAGTGAAACTTTTTAATATTTTTGGTTAAAAC-AGATAATAATGGAATGT
* * * * *
46430 CTATCTCA-GGAAACATGAAGCAAAAGACATCCATT-GGAGAGACATGT-TCAGTTA-AAGTCAC
385 CT-TC-CAGGGAAACAAGAAGAAAAAGACATCCATTAAGA-AGAAAAGTCT-AGTTATAA-TCAC
* * * ** * *
46491 TCATGCCTTTGAAAGCATTATTTCTTACTTTAAATGGTTTGATAATCTCCCGATTAATTTTAAGT
445 CCATACCTTTAAAAGCATTATAACTCACTTTAAATGGTTTGATAATCT--C-A-TAA--GT--G-
46556 T
501 T
* * * *** * * *
46557 GAATTTTTTAATATTTTTGCTTAAAACAAATTATAATTGAAA-GTTTACCT-AGGGAAATGTGAA
1 -AATTTTTTAACATTTTTGATTAAAACAGATTATAATT-AAACGTCCGCCTCA-AGAAACGAGAA
* * ** * * * * *
46620 GAAAAAGCCAATCATTATAC-TGAAAAGT-TCATTTATAGTTACCCTTACCTCCAAAACCCTTAT
63 GAAAAAGCCATTCATTA-ACAAGAAAAGTCT-ATTTATAGGCACCCATATCTTCAAAAGCCTTAG
* ********** * * ** * ** *** *
46683 TACTCANNNNNNNNNNTTTTATAATCTCATAATTTATTT-AAGTTGAACGTTTTGGCATTTTTTG
126 TACACACTTTAAATGGTTATAGAATCTCATAATAGATTTCATGTTGAATTTTTTAATATTTTTTA
* *** *
46747 TTAAAACTA-ATTATAATTGATTGTCTACCTTGGGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTAAAAA
191 TTAAAA-TAGATTATAATTGAATGTCTACCTCAAGAAACATGAA-AAAAAGCCATTCATTAACAA
* * * * * * *
46811 AAAAAGTC-CATTTATAGTCACCCATGCTTTCAAAAGCCTTA-TAACTCGCTTTAAATGGTTTTA
254 GAAAAG-CACATTTATAGCCACCCATGCCTTGAAGAGCCTTATTAA-TCGCTTTAAGTAGTTTTA
* * * * * * * *
46874 TATTCTCATAATTAATTTTAAGTTAAA-TTTTTATACATTTCTGATTAAAACAGATTATAATGGA
317 TAATCTCATAATTGATTTGAAGTGAAACTTTTTA-ATATTTTTGGTTAAAACAGATAATAATGGA
* * * * * * * * * * * *
46938 ATGTCTGCCTTA-TGTAACATGAAGAAAATGCCATTCATT-GGTAAGAAAAGTCCATTTATAGTT
381 ATGTCTTCC--AGGGAAACAAGAAGAAAAAGACATCCATTAAG-AAGAAAAGTCTAGTTATAATC
* * * *** * * *
47001 ACTCATGCCTTCAAAAGCCCCACT-ACAT-GCTTTAAATGGTTTTATAATCTCNNNNNNNNNNTT
443 ACCCATACCTTTAAAAGCATTA-TAAC-TCACTTTAAATGGTTTGATAATCTC----------AT
47064 AAGT-T
496 AAGTGT
* * * * ** * *
47069 AAATTTTTTAATATTTTAGGTTAAAACAGATTATAATTGAATATCTGTCTCAAGAAAC-ATGATA
1 -AATTTTTTAACATTTTTGATTAAAACAGATTATAATTAAACGTCCGCCTCAAGAAACGA-GA-A
** * * * * * * *
47133 -AAAAAGATATTTATTAACAAAAAAAGTCTATTTAT-GGTCACCCAT-GCTTTCGAATGCCCTAT
63 GAAAAAGCCATTCATTAACAAGAAAAGTCTATTTATAGG-CACCCATATC-TTCAAAAGCCTTAG
* ** * * * * * ** * *
47195 TACTCGGTTTACA-GAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAATT-AATTTTTTTTACATTTTT
126 TACACACTTTAAATG-GTTATAGAATCTCATAATAGATTTCATGTTGAA-TTTTTTAATATTTTT
* * ** ** **
47258 TATTCAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAATGTGAAGAAAAAGCCATTCATTTGCA
189 TATTAAAATAGATTATAATTGAATGTCTACCTCAAGAAACATGAA-AAAAAGCCATTCATTAACA
* * * * * * * *
47323 AGAAAAGTC-CATTCATAGGCATCCATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTA
253 AGAAAAG-CACATTTATAGCCACCCATGCCTTGAAGAGCCTTATTAATCGCTTTAAGTAGTTTTA
47387 TAAT
317 TAAT
47391 TCTTTAAATG
Statistics
Matches: 1052, Mismatches: 230, Indels: 125
0.75 0.16 0.09
Matches are distributed among these distances:
506 2 0.00
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510 3 0.00
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512 791 0.75
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516 2 0.00
518 3 0.00
ACGTcount: A:0.35, C:0.14, G:0.12, T:0.37
Consensus pattern (501 bp):
AATTTTTTAACATTTTTGATTAAAACAGATTATAATTAAACGTCCGCCTCAAGAAACGAGAAGAA
AAAGCCATTCATTAACAAGAAAAGTCTATTTATAGGCACCCATATCTTCAAAAGCCTTAGTACAC
ACTTTAAATGGTTATAGAATCTCATAATAGATTTCATGTTGAATTTTTTAATATTTTTTATTAAA
ATAGATTATAATTGAATGTCTACCTCAAGAAACATGAAAAAAAGCCATTCATTAACAAGAAAAGC
ACATTTATAGCCACCCATGCCTTGAAGAGCCTTATTAATCGCTTTAAGTAGTTTTATAATCTCAT
AATTGATTTGAAGTGAAACTTTTTAATATTTTTGGTTAAAACAGATAATAATGGAATGTCTTCCA
GGGAAACAAGAAGAAAAAGACATCCATTAAGAAGAAAAGTCTAGTTATAATCACCCATACCTTTA
AAAGCATTATAACTCACTTTAAATGGTTTGATAATCTCATAAGTGT
Found at i:47397 original size:20 final size:20
Alignment explanation
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Period size: 20 Copynumber: 2.0 Consensus size: 20
47362 TTATTACTCG
47372 CTTTAAATGGTTTTATAATT
1 CTTTAAATGGTTTTATAATT
47392 CTTTAAATGGTTTTATAATT
1 CTTTAAATGGTTTTATAATT
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Statistics
Matches: 20, Mismatches: 0, Indels: 0
1.00 0.00 0.00
Matches are distributed among these distances:
20 20 1.00
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Consensus pattern (20 bp):
CTTTAAATGGTTTTATAATT
Found at i:47844 original size:21 final size:22
Alignment explanation
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47808 AGGAAACATG
47818 AAGAAAAAG-CCATTCATTGGC
1 AAGAAAAAGTCCATTCATTGGC
*
47839 AAGAAAAAGTCCATTTATTG
1 AAGAAAAAGTCCATTCATTG
47859 TCACTTATGC
Statistics
Matches: 18, Mismatches: 1, Indels: 1
0.90 0.05 0.05
Matches are distributed among these distances:
21 9 0.50
22 9 0.50
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Consensus pattern (22 bp):
AAGAAAAAGTCCATTCATTGGC
Found at i:50091 original size:684 final size:681
Alignment explanation
Indices: 45107--50158 Score: 2308
Period size: 683 Copynumber: 7.4 Consensus size: 681
45097 ATTCTTTGCT
* * * ***
45107 AAAAAAGTCCATTTATAGTCACCTATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAAAAATTTTAT
1 AAAAAAGTCCATTTATAGTAACCTATGCCTTAAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTAT
* * * * * * *
45172 AATCTCATAATTGATTT-AAGTTGAAATTTTTGGCA-TTTTGGTTAAAACAGACTATAATTGATT
66 AATCTCATAATTGATTTCAAGTTGAATTTTTTTGTATTTTTTGTTAAAATAGATTACAATTGA-T
* * * * * * * *
45235 GTCTACCT-TGGAAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGGGAAGAAAAGTCCATTCATAATTACC
130 GTCTGCCTCAGG-AAACATGAAGAAAAAGCTATTCATTGGCAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACC
* * * * * *
45299 CATGCCTTCGAAAGCCTTATAACTCT-CTTTAAGTGGTTTCATAATCTCATAATTGATTTTAAGT
194 CATGCCTTCGAAAGCCTTATTACT-TACTTTAAATGATTTTATAATCTTATAATTGATATTAAGT
* * * * * * * * ***** ** *
45363 -GTAATTTTTTTTACTTTTTT-GTTAAAAAAGATTATAATTGAATGTTTGTCTTGGGTAATGTAA
258 AG-AATTTTTTTAACTTTTTTGGATCAAATAGATTACATTTAAATGTTTGGCTCAAAAAACATGA
*** ** * * *
45426 AGAAAATGCCATTCATTGATAAGAAAAGTCCAATTATAGTCA-TCCATGCCTTC-AAAGCCTTAG
322 AGAAAATAATATTCATT-AGCAGAAAAGTCCATTTATAGTCACT-TATGCCTTCAAAAGCCTTAT
* * ********** * **
45489 TACACGCTTTAAATG-TTTTATANNNNNNNNNNTGATTTTAGGTTGAATTTTTTAACATTTTTGG
385 TACTCGCTTTAAATGATTTTACAATCTCATAATTGATTTTAGGCTGAATTTTTTAA-ATTTTTAC
* * ** * * * *
45553 TTAAAATAGATTATAATTGAACGTCCGCCTCAAGAAACGA-GATGAAAAAGCCATTCATTAACAA
449 TTAAAACAGATTATAATTGAATGT-CTACTTAAGAAAC-ATGATAAAAAAGCAATTCACTAACAA
* * * ** ** * *
45617 GAAAAGTCTATTTATAGGCATCTTTATCTTCAAAAGCCTTATTACTTACTTTAAATGGTTTTATA
512 GAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGATTTTATA
* * * * * * * * ** * * *
45682 ATCTTATAATAGATTTCATGTTGAATTTTTTTGTTTTTTTTGTTAAAATTGATTATAATTGAATG
577 AACTCATAATCGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTGTTGTTAAAACAGAATACAATTGAATA
* * * *
45747 TCTACCTCAGGAAACATGAA-AAAAAGCTATTCATT-GACA
642 TCTGCCTTAGGAAACATGAAGAAAAAGATATCCATTGGA-A
* ** * * * * * *
45786 AGAAAAG-CACATTTATAGCCACCCATGCCTTTAAGAGCCTTATTACTCTCTTTAAGTAGTTTTA
1 AAAAAAGTC-CATTTATAGTAACCTATGCCTTAAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTA
* * * ** * * *
45850 TAATCTCGTAATTGATTTGAAG-TGAAACTTTTTCATATTTTTTGTTAAAACAGATAATAATTGA
65 TAATCTCATAATTGATTTCAAGTTG-AATTTTTTTGTATTTTTTGTTAAAATAGATTACAATTG-
* * * * * * * *
45914 ATGTCTTCCAT-GGGAAATAAGATGAAAAAGCCATTCATTAAG-AAGAAAAGTCTATTTATAATC
128 ATGTCTGCC-TCAGGAAACATGAAGAAAAAGCTATTCATT-GGCAAGAAAAGTCTATTTATAGTC
* ** * ** * * **********
45977 ACCCATACCTTTAAAAGCCTTATAACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATNNNNNNNNNNAA
191 ACCCATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTTACTTTAAATGATTTTATAATCTTATAATTGATATTAA
* * * * * ***
46042 GT-GTAATTTTTTT-A-TATTTTT-GATTAAAACAGATTATAATTAAATGTTTGCCTCAGGTAAC
256 GTAG-AATTTTTTTAACT-TTTTTGGA-TCAAATAGATTACATTTAAATGTTTGGCTCAAAAAAC
* * ** * ** *
46103 GTGAAGAAAA-CATCATTCATTGATAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACCCATGTCTTCAAAAGCC
318 ATGAAGAAAATAAT-ATTCATT-AGCAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTTATGCCTTCAAAAGCC
* * * * *
46167 TTAGTACACGCTTTAAATGGTTATAGAATCTCATAATTGATTTTA-GCTTGAATTTTTTAATATT
381 TTATTACTCGCTTTAAATGATTTTACAATCTCATAATTGATTTTAGGC-TGAATTTTTTAA-A-T
* * * * * *
46231 TTTTA-TTTAAATAGATTATAATTGAATGTCTACCTTAAGAAACGTGAT-GAAAAGCCATTCATT
443 TTTTACTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTA-CTTAAGAAACATGATAAAAAAGCAATTCACT
* * * * * *
46294 AACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCTATGCCCTT-GAAAGCTTTATTAATCGCTTTAAATTAT
507 AACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATG-CCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGAT
* * * * * * * * **
46358 TTTGTAATCTCATAATTGATTTTACGTTAAATTTTTTAATATTT-TTGGTT-AAACTATATTGTA
571 TTTATAAACTCATAATCGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTGTT-GTTAAAAC-AGAATACA
* * * ** * * * *
46421 ATGGACTGTCTATCTCAGGAAACATGAAGCAAAAGACATCCATTGGAG
634 ATTGAATATCTGCCTTAGGAAACATGAAGAAAAAGATATCCATTGGAA
* * * * * * * ** * * ** *
46469 AGACATGTTCAGTTAAAGTCA-CTCATGCCTTTGAAAGCATTATTTCTTACTTTAAATGGTTTGA
1 AAAAAAGTCCATTTATAGTAACCT-ATGCCTTAAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTA
*** * * ** * * *
46533 TAATCTCCCGATTAATTTTAAGTTGAATTTTTTAATA-TTTTTGCTTAAAACAAATTATAATTGA
65 TAATCTCATAATTGATTTCAAGTTGAATTTTTTTGTATTTTTTG-TTAAAATAGATTACAATTG-
* * * ** * * ** *
46597 AAGTTTACCT-AGGGAAATGTGAAGAAAAAGCCAATCATT-ATACTGAAAAGT-TCATTTATAGT
128 ATGTCTGCCTCA-GGAAACATGAAGAAAAAGCTATTCATTGGCA-AGAAAAGTCT-ATTTATAGT
* * * * * * * ********** * *
46659 TACCCTTACCTCCAAAACCCTTATTACTCANNNNNNNNNNTTTTATAATCTCATAATTTAT-TTA
190 CACCCATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTTACTTTAAATGATTTTATAATCTTATAATTGATATTA
* ** ** * * * * * * * ** ****
46723 AGTTGAA-CGTTTTGGCATTTTTT-GTTAAAACTA-ATTATAATTGATTGTCTACCTTGGGAAAC
255 AGTAGAATTTTTTTAAC-TTTTTTGGATCAAA-TAGATTACATTTAAATGTTTGGCTCAAAAAAC
** ** * ** *
46785 ATGAAGAAAA-AGCCATTCATTAAAAAAAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCTTTCAAAAGCC
318 ATGAAGAAAATA-ATATTCATT-AGCAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTTATGCCTTCAAAAGCC
* * * * * * * * *
46849 TTATAACTCGCTTTAAATGGTTTTATATTCTCATAATTAATTTTAAGTTAAATTTTTATACATTT
381 TTATTACTCGCTTTAAATGATTTTACAATCTCATAATTGATTTTAGGCTGAATTTTT-TAAATTT
* * * * * * * *
46914 CTGA-TTAAAACAGATTATAATGGAATGTCTGCCTTATGTAACATGA-AGAAAATGCCATTCATT
445 -TTACTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCT-ACTTAAGAAACATGATA-AAAAAGCAATTCACT
*** * * ** * * *
46977 GGTAAGAAAAGTCCATTTATAGTTACTCATGCCTTCAAAAGCCCCACTACAT-GCTTTAAATGGT
507 AACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCAAAAGCCTTATTAC-TCACTTTAAATGAT
* ********** * * * * *
47041 TTTATAATCTCNNNNNNNNNNTTAAGTTAAATTTTTTAATATTT-TAGGTTAAAACAGATTATAA
571 TTTATAAACTCATAATCGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTGT-TGTTAAAACAGAATACAA
* * * ** *
47105 TTGAATATCTGTCTCAAGAAACATGATA-AAAAAGATATTTATT-AACA
635 TTGAATATCTGCCTTAGGAAACATGA-AGAAAAAGATATCCATTGGA-A
* * * * * ** * * * *
47152 AAAAAAGTCTATTTATGGTCACCCATGCTTTCGAATGCCCTATTACTCGGTTTACA-GAGTTTTA
1 AAAAAAGTCCATTTATAGTAACCTATGCCTTAAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATG-GTTTTA
* * * * * *
47216 TAATCTCATAATTGATTTTAAATT-AATTTTTTT-TACATTTTTTATTCAAACAGATTATAATTG
65 TAATCTCATAATTGATTTCAAGTTGAATTTTTTTGT--ATTTTTTGTTAAAATAGATTACAATTG
* * ** * * * * *
47279 AATGTCTACCT-TGAGAAATGTGAAGAAAAAGCCATTCATTTGCAAGAAAAGTCCATTCATAGGC
128 -ATGTCTGCCTCAG-GAAACATGAAGAAAAAGCTATTCATTGGCAAGAAAAGTCTATTTATAGTC
* * ** * * * *
47343 ATCCATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATTCTT-TAAATGGTTTTA
191 ACCCATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTTACTTTAAATGATTTTATAA-TCTTAT-AATTGATAT-
* * * * *** * * * * * * * ** *****
47407 TAATTTCA-AATATTTTCAAGGTTGAAT-GTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTGGGGT
253 TAA-GT-AGAATTTTTTTAA-CTTTTTTGGATCAAATAGATTACATTTAAATGTTTGGCTCAAAA
** *** ** * * *
47470 AATGTGAAGAAAATGCCATTCATTGAAAACAAAAGTCCATTTATAGTCACTTATACCTTGAAAAG
315 AACATGAAGAAAATAATATTCATT-AGCAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTTATGCCTTCAAAAG
********** ** *
47535 CCTTATTACTCGCTTTAAANNNNNNNNNNATCTCATAATTGATTTTAGATTGAATTTGTTAACAT
379 CCTTATTACTCGCTTTAAATGATTTTACAATCTCATAATTGATTTTAGGCTGAATTTTTTAA-AT
** * * * * * *** *
47600 TTTTGGTTAAAACATATTATAATTTAATGTCTGCCTCAAGAAACGTGACGGAAAAGCAATTCATT
443 TTTTACTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCT-ACTTAAGAAACATGATAAAAAAGCAATTCACT
* * * * * * * **
47665 AATAAGAAGAGTTCATTTATAGTCACCCATACCTTCGAAAGCTTTATTATTTGCTTTAAATGATT
507 AACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGATT
********** * * * * * *
47730 TTATAANNNNNNNNNNGATTTTAAATT-AGATTTTTTTACATTTTTTGTTAAAACATATTATAAT
572 TTATAAACTCATAATCGATTTTAAGTTGA-ATTTTTTTATATTTGTTGTTAAAACAGAATACAAT
* * * * ** *
47794 TAAATATATGTCTCAGGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGGCAA
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* * * * * * ** ********
47841 GAAAAAGTCCATTTATTGTCACTTATGCCTTCAAAGGCCTTATTACTTACTTTAAATNNNNNNNN
1 AAAAAAGTCCATTTATAGTAACCTATGCCTTAAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTAT
** * * ** * ** * **
47906 NNTCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTATAAAATTTTTACTAAAACAGATTTTAATTGAAT
66 AATCTCATAATTGATTTCAAGTTGAATTTTTTTGTATTTTTTGTTAAAATAGATTACAATTG-AT
* * * * * *
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* * * * * * * * *
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194 CATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTTA-CTTTAAATGATTTTATAATCTTATAATTGATATTAAG-
* * * * * * * * *** **** *
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* * ** * * * *
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* * ** *** * * ********
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* * * * *
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* * * **
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** ********** * * * * ** *
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* * * * * * * *
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* * * * * * *
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1 AAAAAAGTCCATTTATAGTA-ACCTATGCCTTAAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTA
* * *
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* * * ** *
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194 CATGCCTTCG-AAAGCCTTATTACTTACTTTAAATGATTTTATAATCTTATAATTGATATTAAGT
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258 AGAATTTTTTTAACTTTTTTGGATCAAATAGATTACATTTAAATGTTTGGCTCAAAAAACATGAA
* * *
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* * ** **
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* * * * * * **
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* * *
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*
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* **********
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1 AAAAAAGTCCATTTATAGTAACCTATGCCTTAAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTAT
* * * * *
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* *
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*
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191 ACCCATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTTACTTTAAATGATTTTATAATCTTATAATTGATATTAA
* * * * *
49480 GT-TAATTGTTTTTCACATTTTTT-GTTCAAATAGATTACATTTAAATTTTTGGCTCAAAACACA
256 GTAGAATT-TTTTTAAC-TTTTTTGGATCAAATAGATTACATTTAAATGTTTGGCTCAAAAAACA
* * *
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*
49608 TTACTCGCTTTAAAT-AGTTTTACAAT-TGCATAATTGGTTTTAGGCTGAATTTTTTTAAATTTT
384 TTACTCGCTTTAAATGA-TTTTACAATCT-CATAATTGATTTTAGGCTGAA-TTTTTTAAATTTT
* * * *
49671 TACTTAAAACATATTATAATTGAATGTCTGA-TTCAATAAACATGATAAAAAAGTAATTCATTAA
446 TACTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCT-ACTT-AAGAAACATGATAAAAAAGCAATTCACTAA
* *
49735 CAAGAGAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGATTTT
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* * *
49800 ATAAACTCATAATCGATTTTAAGTT-AGATTTTTTTATATTTTTTGTTAAAACAGATTATAATTG
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* * *
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638 AATATCTGCCTTAGGAAACATGAA-GAAAAAGATATCCATTGGAA
* * * * * * * *
49908 ATAAAATTCGATTTATAGTAACCTATGCTTTAAAAAGTCTTATTACTTGCTTTAACTGGTTTTCT
1 AAAAAAGTCCATTTATAGTAACCTATGCCTTAAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTAT
* ** * ** * * * *
49973 AATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATGCTCTTACATTTTTTGTTCAAACAAATTATAATTGATT
66 AATCTCATAATTGATTTCAAGTTGAATTTTTTTGTATTTTTTGTTAAAATAGATTACAATTGA-T
* * * *
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* * * * * * *
50102 TATGCCTCCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGCTTTTCTAATCTTGTAATTGAT
194 CATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTTACTTTAAATGATTTTATAATCTTATAATTGAT
50159 TTATATTAAA
Statistics
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* * * *
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** * * * *
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** * * * *
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* * * *
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* ********** *
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** * * *
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* * * * * *
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* * * *
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* * * * *
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* * *
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* * * *
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* * * * * *
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* * * * * * * *
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* * * * * *
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* * * *
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* * ** * ** * * *
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* * * ** * * *
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** ** *
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** * * * **********
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1 AAAA-TCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAA
* * * * * * *
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* *
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128 TCTACCTTAGGAAACAT-AAAGAAAAAGA-CATTCATTGGTAAG
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** * ** * * *
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* ** * * *
54684 AAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGTCTTCAAAAGTTTTATTACTCTCTTTAAATGGTTTTTTAT
1 AAAA-TCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAA
* * * * *
54749 TCTCACAATTGATTTTAAGTTGAATTATTTA-ATATTTTTCATTAAAATAGATTAA-AATTGAAT
65 TCTCATAATTTATTTTAAGTTGAATTTTTTATATA-TTTT-GTTAAAACAGA-TAATAATTGAAT
** * **
54812 GTCTACCTTAGGAAATGTGAAGAAAAAGTTATTCATTGGTAAG
127 GTCTACCTTAGGAAACATAAAGAAAAAGACATTCATTGGTAAG
* * * *
54855 AAAAGT-C---TAT--TTA--CA----TTCAAAAGTCTTATTGCTCGCTTTAAATGGTTTTATCA
1 AAAA-TCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAA
********** * * * *
54908 TCTNNNNNNNNNNTTTAAGTTTAATTTTTT-TATATTTTGGGTTGAAATAGATTATAATTGAATG
65 TCTCATAATTTATTTTAAGTTGAATTTTTTATATATTTT--GTTAAAACAGATAATAATTGAATG
** * ** * ** * * *
54972 TCTACCTCGGGTAATGTGAAGAAATCGCCATTCATTGATAAC
128 TCTACCTTAGGAAACATAAAGAAAAAGACATTCATTGGTAAG
* * * * ** *
55014 AAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCATCAAAAGCCTCACTACGCGCTTTAAATTATTTTATAG
1 AAAA-TCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAA
* * * * * * *
55079 TCTCATAATTGATTTTAGGTTAAATTTTTTAATATTTTTTGCTAAAATAGATTATAATTGAATGT
65 TCTCATAATTTATTTTAAGTTGAATTTTTT-ATATATTTTGTTAAAACAGATAATAATTGAATGT
** * * * * ** **
55144 CTGTCTTAAGAAACGTGATGAAAAAGTGATTCATTAATAAG
129 CTACCTTAGGAAACATAAAGAAAAAGACATTCATTGGTAAG
* * * * * * * *
55185 AAAAGTCTAGTTATAGTCGCCCATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTTGCTTTAATTGATTTCATAA
1 AAAA-TCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAA
* * * * *
55250 TCTCATAATTAATTTTAAGTTAAATTTTTTTACATTTTTTGTTAAAANNNNNNNNNNNNNNNNNN
65 TCTCATAATTTATTTTAAGTTGAA-TTTTTTATATATTTTGTTAAAA-----------------C
**********************************************************
55315 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
112 AGATAATAATTGAATGTCTACCTTAGGAAACATAAAGAAAAAGACATTCATTGGTAAG
****************************************************** * * *
55373 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNCGCTTTAAATGA
1 AAAATCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTT-TATAA
* * * * * * * * * * *
55438 TTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAATATTTTTTTATATTTTTTATTAAAATAGATTATA
65 TCTCATAAT-TTAT-TTTAAGTTGAA-TT--T-TT----TATATATTTTGTTAAAACAGATAATA
* * * * *
55503 ATTGAATGTTTAACTCTA-GAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGGCAAG
120 ATTGAATGTCTACCT-TAGGAAACATAAAGAAAAAGACATTCATTGGTAAG
** * * * * * * * *
55553 AAAATTTTATTTATAGTCGCCGATGCCTTCAAAAACCTTATTACACTCTTTAAGTGGTATTATGA
1 AAAA-TCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAA
* * * * * * * * *
55618 TTTCATAATTGATTTCAATTTGAATTCTTTTATATTTTTTATTAAAATAGATTATAATTGAATAT
65 TCTCATAATTTATTTTAAGTTGAATT-TTTTATATATTTTGTTAAAACAGATAATAATTGAATGT
* * * ** * * * * *
55683 TTACCCTAGGAGATGTGAAG-AAATGTCATTTATTGATAAG
129 CTACCTTAGGAAACATAAAGAAAAAGACATTCATTGGTAAG
* * * * * * * *
55723 AAAACTCTATTTATAGTCAACCATGCCTTTAAAAGACTTATTACTTGATATAAATAGTTTTATAA
1 AAAA-TCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAA
* * * *
55788 TCTCATAAGTGATTTTAAGTTGAATTGTTTT-TCAT-TTTTGATTAAAACATATTATAATTGAAT
65 TCTCATAATTTATTTTAAGTTGAATT-TTTTAT-ATATTTTG-TTAAAACAGATAATAATTGAAT
* * * * * * * * * *
55851 ATTTACCTTAGGTAACGTGAAGAAAACGTCATTCGTTGATAAC
127 GTCTACCTTAGGAAACATAAAGAAAAAGACATTCATTGGTAAG
* * * * ** * * *
55894 AAAAGTCCATTTATATTCACCTATACCTTCAAAAGTCTTACGACACGCTTCAAATAGTTTTATAA
1 AAAA-TCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAA
* * * *
55959 TCTCATAATTGATTTTAGGTTGAATTTTTTA-ACATTTT-TTATCCAAACAGATTATAATTGAAT
65 TCTCATAATTTATTTTAAGTTGAATTTTTTATATATTTTGTTA---AAACAGATAATAATTGAAT
* * * * *
56022 GTCTA-CTTCAGGAAATATGAAGAAAGAG-CTATTCACTGAG-AAA
127 GTCTACCTT-AGGAAACATAAAGAAAAAGAC-ATTCATTG-GTAAG
* ********** *
56065 AAAAGTCCATTTATAGTCACCTATGCCTTCAAAAGCCNNNNNNNNNNCTTTAAATGGTTTCATAA
1 AAAA-TCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAA
* * * * *
56130 TCTTATAATTGATTTTAAGTT-AATTTTTTTTACATTTTTGGTTAAAA-AAACT-ATAATTGAAT
65 TCTCATAATTTATTTTAAGTTGAATTTTTTATATA-TTTT-GTTAAAACAGA-TAATAATTGAAT
* * * * * * * *
56192 GTTTACTTTGGGAAACGTAAAGAAAAAGCCCATTTA-TAGTCA-
127 GTCTACCTTAGGAAACATAAAGAAAAAG-ACATTCATTGGTAAG
*** * * ********* * * * * * *
56234 CCCATGCC-TTCAGANNNNNNNNNNG--TT-----G-CTT-TAAATGGTTTTATAA---TCTCAT
1 AAAAT-CCATTTATA-GTCACCCATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTA-AATGGTTTTAT
* * * * ** * * *
56286 AA-CTGAT--TTGAAGTTGAA-TT---TTTTTATA-AT-TTTTACTAAAATAGATTAGAATTGAA
63 AATCTCATAATT-TATTTTAAGTTGAATTTTT-TATATATTTTGTTAAAACAGATAATAATTGAA
* ** * * * * * *
56342 TATCTGTCTTAAGAAACATGAAGAAAAAGATATTAATTAGAAAG
126 TGTCTACCTTAGGAAACATAAAGAAAAAGACATTCATTGGTAAG
* * *
56386 AAAAGTCCATTTATAGTCACTCATGCCTTCAGAAGCCTTACTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAA
1 AAAA-TCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAA
* * * * * * * *
56451 TCTCACAATTAATTTGAAGTTGAATTTCTTT-TACAGTTTTGGTTTAAATAGATTAT-ATTATAA
65 TCTCATAATTTATTTTAAGTTGAATTT-TTTATATA-TTTT-GTTAAAACAGATAATAATT-GAA
* ** * * * ** * * *
56514 TGTTTGGCTT-GAAAAACATGAAGAAAGAGTTACTCATTGGCAAT
126 TGTCTACCTTAG-GAAACATAAAGAAAAAGACATTCATTGGTAAG
* * * * * *
56558 AAAAGTCCATTTATGGTCACCTATGCCTTCAAAAGTCTTACTACTCACTTTAAATAGTTTTATAA
1 AAAA-TCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAA
* * ** * * * * * * *
56623 TCTTATAATTGATTTTCGGTTAAATATTTTTACCAT-TTTTATTAAAATATATTATGATTGAATG
65 TCTCATAATTTATTTTAAGTTGAAT-TTTTTA-TATATTTTGTTAAAACAGATAATAATTGAATG
* * * * * * ** *
56687 TTTACCTTGGGAAACATGAAGCAAAAGCCATCCATTGACACG
128 TCTACCTTAGGAAACATAAAGAAAAAGACATTCATTGGTAAG
* * * * * ** *
56729 AAAAGTCC-TTTCATAGTCACTCAAGCCTTCGAAAGCCTAATTACTCCCTTTGTATGGTTTCATA
1 AAAA-TCCATTT-ATAGTCACCCATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATA
* * ********* * ** *
56793 ATCTTATAATTGATTTTAAGNNNNNNNNNNTTATAT-TTTTAGTTAAAACAGATTATGTTTTAAT
64 ATCTCATAATTTATTTTAAG-TTGAATTTTTTATATATTTT-GTTAAAACAGATAATAATTGAAT
* ** * ** ** * * * *
56857 GTCTACCTTAAGAAATGTGAATCAAAATCCATCCATAGGCACG
127 GTCTACCTTAGGAAACATAAAGAAAAAGACATTCATTGGTAAG
* * * *
56900 AAAAGT-CTTTTCATAGTCA-CCTTAGCCTTC-GAAGCCATT-TTACTAGCTTTAAATGGTTTTA
1 AAAA-TCCATTT-ATAGTCACCCAT-GCCTTCAAAAGCC-TTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTA
* * **
56961 TAGTCTCATAATTTATTTTAAGTTGAATTTTTCTACAT-TTTTGGTTAAAACAGATTTTAATTGA
62 TAATCTCATAATTTATTTTAAGTTGAATTTTT-TATATATTTT-GTTAAAACAGATAATAATTGA
* * * * * *
57025 TTCTCTGCC-TAGGGAAACATGAAGAAAAAG-CTACTCATTGGCAAG
125 ATGTCTACCTTA-GGAAACATAAAGAAAAAGAC-ATTCATTGGTAAG
* * * *
57070 AAAAGTCCATTTATAGTCACTCATACCTTCGAAGGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAA
1 AAAA-TCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGG--------
* * * * *
57135 TTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTGTT-TGCAT-TTTTAGTTCAAATAGATTA
57 TTTTATAATCTCATAATTTATTTTAAGTTGAATTTT-TTAT--ATATTTT-GTTAAAACAGATAA
* * ** * ** * * *
57198 TATTTAAATGTCTGGCTT--GAAAAAT-GTGAAGAAAGAGCTTTTCAATGGCACA-
118 TAATTGAATGTCTACCTTAGGAAACATAAAGAA-AAAGA-C-ATTCATTGGTA-AG
* * * * * **
57250 AAAGTCTATTTATAGTCACCTATACCTTCAAAAGTCTTATTTTTCGCTTTAAATGGTTTTATAAT
1 AAAATCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAAT
* * * * * * * * * *
57315 -TGTATAATTGATTTTGAGTTAAAATTTTTTACCAT-CTTTATTAAAATATATTATAA-TG-ATG
66 CT-CATAATTTATTTTAAGTT-GAATTTTTTA-TATATTTTGTTAAAACAGATAATAATTGAATG
* * * ** * * * *
57376 TTTA-CATAGAGAAACGTGTAGTAAAAGCCATCCATTAGCATAA-
128 TCTACCTTAG-GAAACATAAAGAAAAAGACATTCATT-G-GTAAG
** * * * * **********
57419 AATGTCC-TTTCAGT-GTCACTCAGGCCTTCGAAAGCTTTATTACTCGCTTTNNNNNNNNNNATA
1 AAAATCCATTT-A-TAGTCACCCATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATA
* * * * *
57482 ATCTCATAATTGATTTGAAGTTGACTTTTTT-TACATTTTGTATTAAAACAGATTATAATTGAAT
64 ATCTCATAATTTATTTTAAGTTGAATTTTTTATATATTTTG--TTAAAACAGATAATAATTGAAT
* * * * * *
57546 GTCTGCCTCT-GAAAACATGAAAAAAAAAGATATTCATTAGCAAG
127 GTCTACCT-TAGGAAACAT-AAAGAAAAAGACATTCATTGGTAAG
* * * * **
57590 AAACGTCCAGTTATAGTCACTCATACCTTTGAAAGCCTTATTACTAC-CTTTAAATGGTTTTATA
1 AAA-ATCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCAAAAGCCTTATTACT-CGCTTTAAATGGTTTTATA
* * * * * *
57654 ATCTTATAATTGATTTTAAGGTGAATTTTTT-TAACATTTTTGATTAAAACAGATTATAATTAAA
64 ATCTCATAATTTATTTTAAGTTGAATTTTTTAT-ATA-TTTTG-TTAAAACAGATAATAATTGAA
* * * * * * *
57718 TGTCTGCCTCAAGAAACATGAAGAAAAAGCCTTTCATTGGCAAG
126 TGTCTACCTTAGGAAACATAAAGAAAAAGACATTCATTGGTAAG
* ********* * *** *
57762 AAAAGCCNNNNNNNNNNCACCCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTTATTTTAAATGATTTTATAA
1 AAAATCC-ATTTATAGTCACCCATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAA
* * ** * * * * *
57827 TCCCATAATTGATTTTAAGTTGAATTGTTTTGCAT-TTTTGGTTAAAGCAAATTATAATTAAATA
65 TCTCATAATTTATTTTAAGTTGAATT-TTTTATATATTTT-GTTAAAACAGATAATAATTGAATG
* *
57891 TCTACCTT-GGAAAACATGAAGAAAAAG-CTATTCATTGGCAAG
128 TCTACCTTAGG-AAACATAAAGAAAAAGAC-ATTCATTGGTAAG
* * * * * *
57933 AAAAGTCCATTGATAGTCACCTATGCTTTCAAAAGCCTTATTACTCACTGT-AATAGTTTTATAA
1 AAAA-TCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAA
** * * * * * * ** *
57997 TC-CTATAATCGA-TTTAAGGTTCAATTTTTTA-ACACTTTTCATTGAAACAGCTTATTTTTAAA
65 TCTC-ATAATTTATTTTAA-GTTGAATTTTTTATATA-TTTT-GTTAAAACAGATAATAATTGAA
* ** * * * * * * *
58059 TGTCT-CTTTTAAAAAACGTGAAGAAAAAGCCATCCACTAGCAAG
126 TGTCTAC-CTTAGGAAACATAAAGAAAAAGACATTCATTGGTAAG
** * * * ** * ** *
58103 AAAAGTGTATTTACCA-TCACTCAAGCCTTTGAAACCCTTATTAAACGTTTTAAATGGTTTTATA
1 AAAA-TCCATTTA-TAGTCACCCATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATA
* * * * * * * *
58167 ATCTCATAATTGATTTTAAATT-AGATTTTTTACATTTTTTGCTAAAATAGATTATAATTGAATC
64 ATCTCATAATTTATTTTAAGTTGA-ATTTTTTATATATTTTGTTAAAACAGATAATAATTGAATG
** * * * * * *
58231 TCTACCCCAGGTAACATGAAGAAAACGTCATTCATTGATAAC
128 TCTACCTTAGGAAACATAAAGAAAAAGACATTCATTGGTAAG
* ** ** * *
58273 AAATGTCCATTTATAGTCACTAATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCATTTTAAATCGTTTTACAA
1 AAA-ATCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAA
* * * * * * *
58338 TTTCATAATTGATTTT-AGATTGAATTTGTTA-ACATTTTTGGTCAAAATAGATTATAATTGAAT
65 TCTCATAATTTATTTTAAG-TTGAATTTTTTATATA-TTTT-GTTAAAACAGATAATAATTGAAT
* ** *** ***
58401 GTCTGCCTTAATAAACATGTTGAAAAAG-CAATTCATTAACAAG
127 GTCTACCTTAGGAAACATAAAGAAAAAGAC-ATTCATTGGTAAG
* * * * **********
58444 AAAAGTCCATTTATAGCCACCCATGCTTTCGAAAGCCTTATTACTCCCTTNNNNNNNNNNTATAA
1 AAAA-TCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAA
* * * * * * *
58509 TCTCATAATTTATTTTAAATTGGATTGCTTTAT-TTTTTTGTTAAAATAAATTATAATTGAATGT
65 TCTCATAATTTATTTTAAGTTGAATT-TTTTATATATTTTGTTAAAACAGATAATAATTGAATGT
** * * * *
58573 CTGTCTCA-GAAACCATGAAGGAAAAGCCATTCATTGGTAAG
129 CTACCTTAGGAAA-CATAAAGAAAAAGACATTCATTGGTAAG
* * * ** *
58614 AAAAGTCCTTTTATAGTCACCCATGCCTTCTAAAGCCTTATTACTTGCTTTAAATATTTTTCTAA
1 AAAA-TCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAA
* ********* * * * *
58679 TCTCATAATTGATTTNNNNNNNNNNTTTTTTACATTTTTTATTAAAACAGATTATAATTGAATGT
65 TCTCATAATTTATTT-TAAGTTGAATTTTTTATATATTTTGTTAAAACAGATAATAATTGAATGT
* * ** * **
58744 CTGCCTCAGGAAAGGTAAAGAAAAAGATATTCATTGCCAAG
129 CTACCTTAGGAAACATAAAGAAAAAGACATTCATTGGTAAG
* * * *
58785 AAAAGTCCATTTATAGTGACCCATGCCTTCAAAAGCTTTATTACTCGCTGTAAATAGTTTT-TCA
1 AAAA-TCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTAT-A
* * * *
58849 ATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTCAAAGT-TTTTGTTAAAAAAGATTATAATTGAAT
64 ATCTCATAATTTATTTTAAGTTGAATTTTTT-ATA-TATTTTGTTAAAACAGATAATAATTGAAT
* * * ** * *
58913 GTCTGCCTGAGG-AACATGAAGGGCAAAGATATTCATTGGCAAG
127 GTCTACCTTAGGAAACAT-AAAGAAAAAGACATTCATTGGTAAG
** * * * *
58956 CAAAGCCCATTTATAGTCACCCAAGCCTTCAAAAGCTTTATTACTAGCTTTAAATGGTTTTCTAA
1 -AAAATCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAA
* *
59021 TCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTATTTTGCAT-TA-TTTGTTAAAACAGATTATAATTGAAT
65 TCTCATAATTTATTTTAAGTTGAATT-TTTT--ATATATTTTGTTAAAACAGATAATAATTGAAT
* * * ***
59084 GTCTAGCTT-GGCAAAAATGAAGAAAAAGTA-ATTCATCAATAAG
127 GTCTACCTTAGG-AAACATAAAGAAAAAG-ACATTCATTGGTAAG
* ** * * *
59127 AAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCAAAAGTCTTATTGTTCTCTTCAAATGGTTTTATAT
1 AAAA-TCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAA
* * * * * *
59192 TCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTGTTTTACAT-TTTTCATTAAAACATATTAGAATTGAATG
65 TCTCATAATTTATTTTAAGTTGAATT-TTTTATATATTTT-GTTAAAACAGATAATAATTGAATG
* * * * *
59256 TCTGCCTTGGGAAACCTAAAGAAAAAGCCATTCATTGGAAAG
128 TCTACCTTAGGAAACATAAAGAAAAAGACATTCATTGGTAAG
* ** *
59298 AAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGGCTTCAAAAGTTTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTCTAA
1 AAAA-TCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAA
* * * *
59363 TCCCATAATTAATTTTAAATTAAATTTTTTCATAT-TTTTCGTTAAAACAGATAATAATTGAATG
65 TCTCATAATTTATTTTAAGTTGAATTTTTT-ATATATTTT-GTTAAAACAGATAATAATTGAATG
* ** * * * * * *
59427 TCTACCTTGGGAATTATGAAGGAAGAGATATTCATTAGCAAG
128 TCTACCTTAGGAAACATAAAGAAAAAGACATTCATTGGTAAG
* * * * * * **
59469 AAAAGCCCATTTATAGTCATCCAAGCCTTCAAAAGCCATATCACTCGCTTTAAATAGTTCAATAA
1 AAAA-TCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAA
* *
59534 TCTCATAATTGATTTTTTAA-TTGAATTTTTT-TACATGTCTTGTTAAAACAGATAATAATTGAA
65 TCTCATAATT--TATTTTAAGTTGAATTTTTTATATAT-T-TTGTTAAAACAGATAATAATTGAA
* * * * * * *
59597 TGTCTTCC-TCGAAAGACATGAAGAAAAAG-CTATTCACTGGCAAT
126 TGTCTACCTTAGGAA-ACATAAAGAAAAAGAC-ATTCATTGGTAAG
* * **
59641 AAAACTCTATTTATAGACACCCATG-CTGTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTGAATA
1 AAAA-TCCATTTATAGTCACCCATGCCT-TCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATA
* * * *
59705 ATCTCATATTTTGATTTCAAGTTGAAATTTTTTATAT-TTTTAGTTAAAATAGA-ATACAATTGA
64 ATCTCATAATTT-ATTTTAAGTTG-AATTTTTTATATATTTT-GTTAAAACAGATA-ATAATTGA
* * * * * * * *
59768 CTGTCTACTTTAGGAAACGTGAAGAAGAGGCCATTCATTGGCAAG
125 ATGTCTACCTTAGGAAACATAAAGAAAAAGACATTCATTGGTAAG
* * * * * **
59813 AATAATCCATGTATAGTCACCCATGTCTTCAAAAACCTTACTATTTACTTTAAATGGTTTTATAA
1 AA-AATCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAA
* * * * * * ** * * * *
59878 TCTCATAATTGATTTAAAGTTAAAATTTTTACAT-TTTTATTAAATTAGATTATAATTCAATTTT
65 TCTCATAATTTATTTTAAGTTGAATTTTTTATATATTTTGTTAAAACAGATAATAATTGAATGTC
* ** * * *
59942 TTCCTT-GAGAAACACGAAGAAAAAGATATTCATTGGCAGG
130 TACCTTAG-GAAACATAAAGAAAAAGACATTCATTGGTAAG
* * ********** *
59982 AAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCGAAAGCATTATNNNNNNNNNNAAATAGTTTTATAA
1 AAAA-TCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAA
* * * * * *
60047 TCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATATGTTTTATAT-TTTTAGTTCAAATAGATTATACTTAAAT
65 TCTCATAATTTATTTTAAGTTGAAT-T-TTTTATATATTTT-GTTAAAACAGATAATAATTGAAT
** * ** * *
60111 GTCTGGCTT--GAAAAAT-GTGAAGAAAGATCTATTCACTGG-CAG
127 GTCTACCTTAGGAAACATAAAGAA-AAAGA-C-ATTCATTGGTAAG
* * ** *
60153 AATAGTCCATTTATAGTCACCTATGCCTTCAAAAGCCTTATTTTTAGCTTTAAATGGTTTTATAA
1 AA-AATCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAA
* * * * * * * * *
60218 T-TGCATAATTGATTTTAAGGTGAAATGTTTTT-TACAATCATTATTAAAATATATTATAATTGG
65 TCT-CATAATTTATTTTAAGTTG-AAT-TTTTTATA-TAT-TTTGTTAAAACAGATAATAATTGA
* * * * ** * ** * * *
60281 ATGTTTACATCAAGAAACATGCAGCAAAAGTGATCCATTAG-AACA
125 ATGTCTACCTTAGGAAACATAAAGAAAAAGACATTCATTGGTAA-G
*** * ** * * *
60326 AAAATTTGTTTCAGAGTCACTTAGGCCTTCGAAAG-CTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAA
1 AAAATCCATTT-ATAGTCACCCATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAA
*********** * * * * * * * * *
60390 NNNNNNNNNNGATTTAAAATTGAATTTTTTTACATTTTTTATTAAAAAAAATTATGATTGAATGT
65 TCTCATAATTTATTTTAAGTTGAA-TTTTTTATATATTTTGTTAAAACAGATAATAATTGAATGT
* * * * * *
60455 CTTCCTTAGGAAACGTGAAGAAAAAGATATTCATTAGAAAG
129 CTACCTTAGGAAACATAAAGAAAAAGACATTCATTGGTAAG
* * **********
60496 AAAATTCCAGTTATAGTCACCCATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCNNNNNNNNNNTTTATAA
1 AAAA-TCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAA
* * * * * * * * * *
60561 TCTCATAATTGATTTTAGGTTGAATTTTGTAACATTTTTTATTTAAACAGGTTATAATTAAATGT
65 TCTCATAATTTATTTTAAGTTGAATTTT-TTATATATTTTGTTAAAACAGATAATAATTGAATGT
* * * * * *
60626 TTGCCTCAGGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGGCAAG
129 CTACCTTAGGAAACATAAAGAAAAAGACATTCATTGGTAAG
* * * * * *** *
60667 AAAAGCCCATTGATAGTGATCCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTTATTTTAAATGATTTTATAA
1 AAAA-TCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAA
* * * * * * **
60732 TCT-TTAATTAATTTTAAGTTAAATTTTTT-TACATTTTTGGTCAAAACGGATTGTAATTGAATG
65 TCTCATAATTTATTTTAAGTTGAATTTTTTATATA-TTTT-GTTAAAACAGATAATAATTGAATG
* * * *
60795 TCTACCTTGGGAAACATAAAGAGAAAG-CTATTCCTTGGCAAG
128 TCTACCTTAGGAAACATAAAGAAAAAGAC-ATTCATTGGTAAG
* ** * * * *
60837 AAAAGTCTATTTATTTTCACCCATACCTTCGAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATAGTTTTATAA
1 AAAA-TCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAA
** * * * * * * * * *
60902 TCTCATAATCGATTGTAGGCTGAATTTTTTA-ACACTTTTGGTTGAAACAGATTATATTTAAATA
65 TCTCATAATTTATTTTAAGTTGAATTTTTTATATA-TTTT-GTTAAAACAGATAATAATTGAATG
* *** * * * * *
60966 TTTGTTTTAGGAAATATGAAGCAAAAGCCATCCATTGGTAAG
128 TCTACCTTAGGAAACATAAAGAAAAAGACATTCATTGGTAAG
** * * * * ** * * *
61008 AAAAGTATATTTACATTCACTCAAGCCTTTGAAACCCTTATTACACGCTTTAAATGATTTTATAA
1 AAAA-TCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAA
*** * * * * * * *
61073 TCTTGCAATTGATTTTCAGTTAAATATTTTTATAT-TTTTAATTAAAATAGATTATATTTGAATG
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* * * * * * *
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**** * * * * * * * * *
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* * * *** ** * * * *
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* * * ** *
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* * * *****
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* * * * * * * *
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* * * * *
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* * * * * *
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1 AAAA-TCCATTTATAGTCACCCATGCCT-TCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATA
* * * * * * *
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* * **
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Statistics
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* *
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* * * * *
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* *
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****
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1 CTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTT-ACATTTTTGGTTAAAA
* * * * ** * * * * *
60949 CAGATTATATTTAAATATTTGTTTTAGG-AAATATGAAGCAAAAGCCATCCATTGGTAAGAAAAG
65 CAGATTATAATTGAATGTCTGCCTT-GGAAAACATGAAGAAAAAGCTATTCATTGGCAAGAAAAG
** * * * ** * * *
61013 TATATTTACATTCA-CTCAAGCCTTTGAAACCCTTATTACACG
129 TCCATTTATAGTCACCT-ATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCA
* *** * * * **
61055 CTTTAAATGATTTTATAATCTTGCAATTGATTTTCAGTTAAATATTTTTATATTTTTAATTAAAA
1 CTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAAT-TTTTTACATTTTTGGTTAAAA
* * * * * ** * *
61120 TAGATTATATTTGAATGCCTACCATGGGGAACATGAA-AAATAAGAC-ATTCATAGGGAAGAAAA
65 CAGATTATAATTGAATGTCTGCCTTGGAAAACATGAAGAAA-AAG-CTATTCATTGGCAAGAAAA
* * * *
61183 G-CATATTTATAG-C-CTTTCATGCCTTTGAAAA-CCTTATTACTCG
128 GTC-CATTTATAGTCAC-CT-ATGCC-TTCAAAAGCCTTATTACTCA
********** * *
61226 CTTTAAATGGTNNNNNNNNNNCATAATTGATTTCAAGTTGATTTTTTTTACATTTTTGGTTAAAA
1 CTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGA-ATTTTTTACATTTTTGGTTAAAA
* * * * * ** ** ** * * * * *
61291 TATATTATAATGGACTATCTATC-TCAAGAAATGTGAAGCAAAAGATATCCATTAG-AGATAAAA
65 CAGATTATAATTGAATGTCTGCCTTGGA-AAACATGAAGAAAAAGCTATTCATTGGCA-AGAAAA
* * * * * ** * **
61354 GTTCATATAAAGTCACTTGTGCCTTTGAAAGCATTATTACTTG
128 GTCCATTTATAGTCACCTATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCA
* * * * **
61397 TTTTAAATGGTTTGATAATTTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTGATATTTTTTATTAAAA
1 CTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTT-ACATTTTTGGTTAAAA
* * * * * * * *
61462 TAGATTATAATTGAATGTTTGCCTAGGGAAACCTAAAGAAAAAGCAATTCATTGCCTAA-AAAAG
65 CAGATTATAATTGAATGTCTGCCTTGGAAAACATGAAGAAAAAGCTATTCATTGGC-AAGAAAAG
*
61526 TCCATTTATAGTCACCCT-TGCCTTAAAAAGCCTTATTACTCA
129 TCCATTTATAGTCA-CCTATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCA
********** * * * *
61568 CTTNNNNNNNNNNTATAATCTCATAATTGATTTT-AGATTCAATTTGTTAACATTTTCGATTAAA
1 CTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAG-TTGAATTT-TTTACATTTTTGGTTAAA
* * * ***
61632 ACAGATTATAATTGAATTTCTGCC-T-CAATAACCATGATGAAAAAG-TAATTCATTAATAAGAA
64 ACAGATTATAATTGAATGTCTGCCTTGGAA-AA-CATGAAGAAAAAGCT-ATTCATTGGCAAGAA
* * * *
61694 AAGTCTATTTATAGTCACCCATACCTTCGAAAAGCCTTATTACTCG
126 AAGTCCATTTATAGTCACCTATGCCTTC-AAAAGCCTTATTACTCA
********** *
61740 CTTTAANNNNNNNNNNAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGGATTCTTTTACACTTTTT-GTTAAA
1 CTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATT-TTTTACA-TTTTTGGTTAAA
** * * * *********
61804 TTAGATTATAATTGAATGTCTACCTT-GAGAAACGTGAAGAAAAAGATATTCATTGNNNNNNNNN
64 ACAGATTATAATTGAATGTCTGCCTTGGA-AAACATGAAGAAAAAGCTATTCATTGGCAAGAAAA
*** * *
61868 NNNCATTTATAGTCACCTATACCTTCAAAAGCCTTATTACTCG
128 GTCCATTTATAGTCACCTATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCA
* * * * * * **
61911 CTTCAAATGATTTTCTAATATCATAATTGATTTTAAGTTCAATGTTTTTATATTTTTTATTAAAA
1 CTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAAT-TTTTTACATTTTTGGTTAAAA
* * * ** * * *
61976 CAGATTATAATTAAATTTTTTACTT-GAGAAACATGAAGAAAGAGCTATTTATTGGCAAGAAAAT
65 CAGATTATAATTGAATGTCTGCCTTGGA-AAACATGAAGAAAAAGCTATTCATTGGCAAGAAAAG
* * * *
62040 TCCATTTATAGTCACCCATGCATGT-AAAAGCCTTATTACACT
129 TCCATTTATAGTCACCTATGCCT-TCAAAAGCCTTATTACTCA
* * * * * *
62082 CTTTAAATAGTTTTCTGATCACATAATTGATTTTAAGTTGAATCCTTGTACAGTTTTT-GTTAAA
1 CTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAAT-TTTTTACA-TTTTTGGTTAAA
* * * ** * * * * *
62146 ATAGATTATAATTGAATATCTGCATTAGG-AAACGCGAAGAAAAAGTTAATCATTAGTAAGAGAA
64 ACAGATTATAATTGAATGTCTGCCTT-GGAAAACATGAAGAAAAAGCTATTCATTGGCAAGAAAA
* ** *
62210 GTCCATTTATAGTCGACC-ATCCCTTCAAAAGATTTATTACTCG
128 GTCCATTTATAGTC-ACCTATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCA
********** *
62253 CTTTAAATGGTTTTATAATCTCANNNNNNNNNNTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGTTTAAAA
1 CTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAA-TTTTTTACATTTTTGGTTAAAA
* * * ** * * * * ** *
62318 CAGATTATAATTGAATGTTTGCCTCCGG-TAATGTGAAGAAAATGCCATCCATAGATAATAAAAG
65 CAGATTATAATTGAATGTCTGCCT-TGGAAAACATGAAGAAAAAGCTATTCATTGGCAAGAAAAG
* * * * * * *
62382 TGCATTTATATTCACCCATGGCTTCAAAAGCCTTAGTACACG
129 TCCATTTATAGTCACCTATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCA
*
62424 CTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTG
1 CTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTG
62453 NNNNNNNNNN
Statistics
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CATTTATAGTCACCTATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCA
Found at i:59291 original size:513 final size:507
Alignment explanation
Indices: 45077--62452 Score: 5768
Period size: 513 Copynumber: 33.9 Consensus size: 507
45067 TGGTTCAAAT
* * * *
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* *
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** * * * * **
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** * * * * * * * *
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* * *
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* * ** * ** * * ** *
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* * * * **********
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* * * ** **
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* ** ** * * * ** **
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* * * * * *
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65 AAAGCCTTATTAC-TAGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTGTTT
*** ** * * *
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* * * * * *
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189 TTCATCAG-TAAGAAAAGTC-CATTTATAGTCACCCATGCCTTCAAAAGCCTTATTATTCTCTTT
* * * * * * *
45839 AAGTAGTTTTATAATCTCGTAATTGATTTGAAG-TGAAACTTTTTCATATTTTTTGTTAAAACAG
252 AAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTG-AA-TTTTTTACATTTTTTATTAAAACAG
* * * * * * *
45903 ATAATAATTGAATGTCTTCCAT-GGGAAATAAGATGAAAAAGCCATTCATTAAG-AAGAAAAGTC
315 ATTATAATTGAATGTCTGCC-TCAGGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATT-GGCAAGAAAAGTC
* * * * * *
45966 TATTTATAATCACCCATACCTTTAAAAGCCTTATAACTCGCTTTAAATGGTTTTAT-AATCTCAT
378 CATTTATAGTCACCCATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAAT-GTTTT-TCAATCTCAT
********** * * * * * * *
46030 NNNNNNNNNNAAG-TGTAATTTTTTTATATTTTTGATTAAAACAGATTATAATTAAATGTTTGCC
441 AATTGATTTTAAGTTG-AATTTTTTCAAATTTTTGGTTAAAAAAGATTATAATTGAATGTCTACC
*
46094 -TC
505 TTG
* * * ** * *
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* * * *
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64 AAAAGCCTTATTACTA-GCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAG-TTGAATTGT
* * * * * *
46222 TTTAATATTTTTTATTTAAATAGATTATAATTGAATGTCTACCTT-AAGAAACGTGATG-AAAAG
127 TTT-ACA-TTTTTGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCT-GCTTGAA-AAA--TGAAGAAAAAG
** * ** * * * * *
46285 CCATTCATTAACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCTATGCCCTT-GAAAGCTTTATTAATCGCT
186 TAATTCATCAGTAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATG-CCTTCAAAAGCCTTATTATTCTCT
** * * * *
46349 TTAAATTATTTTGTAATCTCATAATTGATTTTACGTTAAATTTTTTA-ATATTTTTGGTT-AAAC
250 TTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTACAT-TTTTT-ATTAAAAC
* * * * ** * * * * *
46412 TATATTGTAATGGACTGTCTATCTCAGGAAACATGAAGCAAAAGACATCCATTGG-AGAGACATG
313 -AGATTATAATTGAATGTCTGCCTCAGGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGGCA-AGAAAAG
* * * * ** * * * *
46476 TTCAGTTAAAGTCACTCATGCCTTTGAAAGCATTATTTCTTACTTTAAATGGTTTGAT-AATCTC
376 TCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAAT-GTTT-TTCAATCTC
*** * * * *
46540 CCGATTAATTTTAAGTTGAATTTTTT-AATATTTTTGCTTAAAACAA-ATTATAATTGAAAGTTT
439 ATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTCAA-ATTTTTGGTTAAAA-AAGATTATAATTGAATGTCT
*
46603 ACCTAG
502 ACCTTG
* ** ** * ** * * * * * *
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* ********** * *
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65 AAAGCCTTATTACT-AGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTGTTT
* * * * **
46735 TGGCATTTTTTGTTAAAACTA-ATTATAATTGATTGTCTACCTTGGGAAACATGAAGAAAAAGCC
129 T-ACA-TTTTTGTTAAAAC-AGATTATAATTGAATGTCT-GCTT--GAAAAATGAAGAAAAAGTA
* ** * * * * *
46799 ATTCATTAAAAAAAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCTTTCAAAAGCCTTATAACTCGCTTTA
188 ATTCATCAGTAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCAAAAGCCTTATTATTCTCTTTA
* * * * *
46864 AATGGTTTTATATTCTCATAATTAATTTTAAGTTAAATTTTTATACATTTCTGATTAAAACAGAT
253 AATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTT-TACATTTTTTATTAAAACAGAT
* * * * * *
46929 TATAATGGAATGTCTGCCTTATGTAACATGAAGAAAATGCCATTCATTGGTAAGAAAAGTCCATT
317 TATAATTGAATGTCTGCCTCAGGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATT
* * ** * * *****
46994 TATAGTTACTCATGCCTTCAAAAGCCCCACTACAT-GCTTTAAATGGTTTTAT-AATCTCNNNNN
382 TATAGTCACCCATGCCTTCAAAAGCCTTATTAC-TCACTTTAAAT-GTTTT-TCAATCTCATAAT
***** * * * * ** **
47057 NNNNNTTAAGTTAAATTTTTT-AATATTTTAGGTTAAAACAGATTATAATTGAATATCTGTCTCA
444 TGATTTTAAGTTGAATTTTTTCAA-ATTTTTGGTTAAAAAAGATTATAATTGAATGTCTACCTTG
* ** * * * * *
47121 AGAAACATGATA-AAAAAGATATTTATTAACAAAAAAAGTCTATTTATGGTCACCCATGCTTTCG
1 AGAAACATGA-AGAAAAAGATATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCA
* * * * * * * *
47185 AATGCCCTATTACTCGGTTTACAGAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAATT-AATTTTTTT
65 AAAGCCTTATTACTAGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAA-TTGTTT
* * * * **
47249 TACATTTTTTATTCAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAATGTGAAGAAAAAGCCAT
129 TACA-TTTTTGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCT-GCTTGA-AAA-ATGAAGAAAAAGTAAT
** * * * * * *
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190 TCATCAGTAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCAAAAGCCTTATTATTCTCTTTAAA
* * * * * * *** *
47379 TGGTTTTATAAT-TCTTTAAATGGTTTTATAATTTCAAATATTTT-CAAGGTTGAATGTTAAAAC
255 TGGTTTTATAATCTC-AT-AATTGATTT-TAAGTT-GAATTTTTTAC-A--TTTTTTATTAAAAC
* ** * ** * ** *
47442 AGATTATAATTGAATGTCTACCTGGGGTAATGTGAAGAAAATGCCATTCATTGAAAACAAAAGTC
313 AGATTATAATTGAATGTCTGCCTCAGGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAGTC
** * * * *********
47507 CATTTATAGTCACTTATACCTTGAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAANNNNNNNNNNATCTCATA
378 CATTTATAGTCACCCATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAA-TGTTTTTCAATCTCATA
* * * * *
47572 ATTGATTTT-AGATTGAATTTGTT-AACATTTTTGGTTAAAACATATTATAATTTAATGTCTGCC
442 ATTGATTTTAAG-TTGAATTTTTTCAA-ATTTTTGGTTAAAAAAGATTATAATTGAATGTCTACC
**
47635 TCA
505 TTG
* * * *** * * * *
47638 AGAAACGTGACGGAAAAGCA-ATTCATTAATAAGAAGAGTTCATTTATAGTCACCCATACCTTCG
1 AGAAACATGAAGAAAAAG-ATATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCA
* * * ********** * *
47702 AAAGCTTTATTATTTGCTTTAAAT-GATTTTATAANNNNNNNNNNGATTTTAAATT-AGATTTTT
65 AAAGCCTTATTACTAGCTTTAAATAG-TTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGA-ATTGTT
* * * * * * **
47765 TTACATTTTTTGTTAAAACATATTATAATTAAATATATGTCTCAGGAAACATGAAGAAAAAGCCA
128 TTACA-TTTTTGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTG-CT--TGAAAAATGAAGAAAAAGTAA
** * * ** * *
47830 TTCATTGGCAAGAAAAAGTCCATTTATTGTCACTTATGCCTTCAAAGGCCTTATTACTT-ACTTT
189 TTCATCAGTAAG-AAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCAAAAGCCTTATTA-TTCTCTTT
********** * * *
47894 AAATNNNNNNNNNNTCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTATAAAATTTTTACTAAAACAGA
252 AAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTT-TACATTTTTTATTAAAACAGA
* * * * ** *
47959 TTTTAATTGAATGTCTACCTCAGGAAAAATGAAGAGAAAGATATTCATTAGG-AAGAAAAGCCCA
316 TTATAATTGAATGTCTGCCTCAGGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATT-GGCAAGAAAAGTCCA
* * * * **
48023 TTTATAGTCACCCAAGTCTTCAAAAACCTTATTACT-AGCTTCAAATAATTTTCTAATCTCATAA
380 TTTATAGTCACCCATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCA-CTTTAAATGTTTTTC-AATCTCATAA
* * * * * **
48087 TTGATTTTAAGTTAAATTATTTT--ACTTTTTATGTTAAAATATATTATAATTGAATGTCTAATT
443 TTGATTTTAAGTTGAATT-TTTTCAAATTTTT-GGTTAAAAAAGATTATAATTGAATGTCTACCT
48150 TG
506 TG
* * * **** * * *
48152 -GTAAACGTGAAGAAAAAGCTACTCAACCACAAAAAAAGTTCATTTATAGTCATCCATGCCTTCA
1 AG-AAACATGAAGAAAAAGATATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCA
* * ** * * ** *
48216 AAAGTCTTGTTACTCTCTTTAAATGGCTTTATGTTCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTGTTNN
65 AAAGCCTTATTACTAGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTGTT-T
******** *
48281 NNNNNNNNTGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTGTTAAAACATTTTTTGTTAAAATAAAAAC
129 TACATTTTTGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTG------C-----TTG-------AAAAA-
* * * * **
48346 TTGAAGAAAAAGTCATTCAT-TGACAAGAAAAGTTCATTTATAGTCACTGATGCCTTCAAAAGCC
175 -TGAAGAAAAAGTAATTCATCAG-TAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCAAAAGCC
* ********** * * *
48410 TTATTACTT-GCTTTAAANNNNNNNNNNATCTCATAATTGATTTTAAATTGAA-TTTCTCCATAT
238 TTATTA-TTCTCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTACAT-T
* * * ** * **
48473 TTTTATTATAACAAATTATAATTGAATGTCT-ACTTTGGAAA-ATACGAAGAGAAAGATATTCAT
301 TTTTATTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTGCCTCAGGAAACAT--GAAGAAAAAGCCATTCAT
* * * * * **
48536 TGGGAAGAAAACTCCGTTTATAGACACCCATGGCTTCAAAAGCCTTATTACTCGTTTTAAATGGT
364 TGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAAT-GT
* * * *** * * *
48601 TTTAT-AAACTCATAATTGATTTCAAGTTAAATTTTTTTGTATTTTTTGTTAAAATAGATTACAA
428 TTT-TCAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTCAAATTTTTGGTTAAAAAAGATTATAA
*
48665 TTAAATGTCTACCTT-
492 TTGAATGTCTACCTTG
* * * ** * * *
48680 AGGAAACGTGAAGAAAAAGCTATTCCTTGAAAAGAAAAGTCCA-TTATAGTCACCCATACCATGA
1 A-GAAACATGAAGAAAAAGATATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCA
* *** * * * * *
48744 AAAGCCTTTTTACTTTTTTTAAATGGTTTTATAATCTTATAATTGATATTAAGTAGAATTTTTTT
65 AAAGCCTTATTACTAGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTGTTTT
* * * * * * * * ** *
48809 AACTTTTTTGGATCAAATAGATTACATTTAAATGTTTGGCTCAAAAAACATGAAGAAAATG-ATA
130 -ACATTTTT-GTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCT-GCT-TGAAAA-ATGAAGAAAAAGTA-A
* ** ** * * *
48873 TTCAT-TGGCAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTTATGCCTTCAAAGGCCTTATTACTCGCTTTAA
189 TTCATCAGTAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCAAAAGCCTTATTATTCTCTTTAA
* * * * * * *
48937 ATGATTTTACAATCTCATGATTGATTTTAGGTTGAATTTTTTACTTTTTTTGTTAAAATAGATTA
254 ATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTACATTTTTTATTAAAACAGATTA
* * * * * * * *
49002 TAATTGAATGTCTACCTTAGGGAACATGATGAAACAGCCATTCACTAGTAAGAAAAGTCCATTTA
319 TAATTGAATGTCTGCCTCAGGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTA
*********
49067 TAGTCACCCATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCANNNNNNNNNNTTTTAT-AATCTCATAATTGA
384 TAGTCACCCATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCA-CTTTAAATGTTTT-TCAATCTCATAATTGA
* * * * * * *
49131 TTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTGTT-GTTAAAACAGAATACAATTGAATGTTTGCCTTG
447 TTTTAAGTTGAATTTTTTCAAATTT-TTGGTTAAAAAAGATTATAATTGAATGTCTACCTTG
* * * * * *****
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***** * * * * * *
49257 NNNNNTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATGT-ACTAATTGATTTGAATTTGAATTTTTTT
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** * ** * * * * **
49321 TGTATTTTTAGTTAAAATAGATTGCAATTGGATGTC-GACCTCAGGAAACATGACGAAAAAGCCA
129 TACATTTTT-GTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTG--CT--TGAAAAATGAAGAAAAAGTAA
** * * * *
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189 TTCATCAGTAAGAA-AAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCAAAAGCCTTATTA-TTCTCTTT
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** * * * *
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1 AGAAACATGA-AGAAAAAGAT-ATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTC
* * * *
49769 GAAAGCCTTATTACTCA-CTTTAAAT-GATTTTATAAACTCATAATCGATTTTAAGTT-AGATTT
64 AAAAGCCTTATTACT-AGCTTTAAATAG-TTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGA-ATTG
* * *
49831 TTTTATATTTTTTGTTAAAACAGATTATAATTGAATATCTGGCTTAGGAAACAT-AATGAAAAAG
126 TTTTACA-TTTTTGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCT-GCTT--GAAAAATGAA-GAAAAAG
* ** * * * * * * * * * *
49895 CT-ATCCATTGGCAATAAAATTCGATTTATAGTAACCTATGCTTTAAAAAGTCTTATTACTT-GC
186 -TAATTCATCAGTAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCAAAAGCCTTATTA-TTCTC
* * * * * *
49958 TTTAACTGGTTTTCTAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATGCTCTTACATTTTTTGTTCAAAC
249 TTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAAT-TTTTTACATTTTTTATTAAAAC
* * * * **
50023 AAATTATAATTGATTGTCTGCCTCAAGAAACATAAAGAAAAAGATACTT-ATTGGCAAGAAAAGT
313 AGATTATAATTGAATGTCTGCCTCAGGAAACATGAAGAAAAAGCCA-TTCATTGGCAAGAAAAGT
* * * * * **
50087 CTATTTATGGTCACCTATGCCTCCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGCTTTTCTAATCTTGT
377 CCATTTATAGTCACCCATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGTTTTTC-AATCTCAT
* * * *
50152 AATTGA-TTT-A--T--A----TT-AAA--TCT-GTTAAAACAGATTATAATTAAATGTCTGCCT
441 AATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTCAAATTTTTGGTTAAAAAAGATTATAATTGAATGTCTACCT
50203 T-
506 TG
* * **********
50204 AGAAAACGTGAAGAAAGAGATATTCATTGGCAAGAAAAG-CTCATTTATANNNNNNNNNNCCTTC
1 AG-AAACATGAAGAAAAAGATATTCATTGGCAAGAAAAGTC-CATTTATAGTCACCCATGCCTTC
* * * *
50268 AAAAGCCTTATTACTCGCTTT-AAT-GGTTTAGCAATCCCATAATTGATTTTTTAA-TTGAATAT
64 AAAAGCCTTATTACTAGCTTTAAATAGTTTTA-TAATCTCATAATTGA--TTTTAAGTTGAAT-T
* * * * * **
50330 -TTATACATGTTTTATTAAAGCAGATAATAATTGAATGTCTTTCTTAGGAAATGTGAAGAAAAAG
125 GTTTTACAT-TTTTGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTC-TGCTT--GAAAAATGAAGAAAAAG
** ** * * * * **
50394 CCATTCATTGGTAAGAAAACTTCATTTATAGACACCCATACCTTCAAAAGCCTTATTATAATC--
186 TAATTCATCAGTAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCAAAAGCCTTATTATTCTCTT
* * * * *
50457 T-CAT-ATTTTAT--T-TC---A--GA--TT-A----AATTTTTTGC-GTTTTTAGTTAAAATAG
251 TAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTACATTTTTTA-TTAAAACAG
* ** * * * **
50504 ATTACAATTGAATGTCTATCTTAAGAAACATCAAGAAAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAGTGTA
315 ATTATAATTGAATGTCTGCCTCAGGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCA
* * * * * * * *
50569 TTTACAGTCACTCAAGCTTTCAAAACCCTTATTAAAT-GCTTTAAATGGTTTTAT-AATCTCGTA
380 TTTATAGTCACCCATGCCTTCAAAAGCCTTATT-ACTCACTTTAAAT-GTTTT-TCAATCTCATA
* * * * * *
50632 ATTGATTTTAGGTTGAATTTTTTTATATTTTGGGTTAAAACAGATTATATTTGAATGTCTACCTT
442 ATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTCAAATTTTTGGTTAAAAAAGATTATAATTGAATGTCTACCTT
50697 G
507 G
* * * * * * ** * *
50698 GGAAACATGAAGAACAAGCTATTCATAGG-AAAAAAAG-CATATTTATAGTCACTTATGGCTTTG
1 AGAAACATGAAGAAAAAGATATTCATTGGCAAGAAAAGTC-CATTTATAGTCACCCAT-GCCTTC
* * * ********** * *
50761 AAAA-CGTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTNNNNNNNNNNTAATTGATTTCAAGTTGAATTTTGT
64 AAAAGCCTTATTACTAGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTGT-T
* * * * * ** * *
50825 TTATATTTTTGGTTAAAATATATTATAATGGACTATCAATCT-CAAGAAACATGAAGCAATTATA
128 TTACATTTTT-GTTAAAACAGATTATAATTGA--AT--GTCTGCTTGAAAAATGAAG-AA--AAA
*** * * * **
50889 GTCAATT-AT-AGTCATTTATAG-GCTTTTGAGGGCATAGGTGTCTATACATGAACTTTCCTTCT
185 GT-AATTCATCAGT-AAGAAAAGTCCATTT------ATA---GTC-ACCCATG------CCTTC-
* * ** * * * ** * * * ** **
50951 CAATGAATTGGTTTTTCCTCATGTTTCCCAA-GG-TAGACAATCAATTATAGTT-ACCCTTACCT
231 AAAAGCCTT-ATTATT-CTC---TTT--AAATGGTTTTATAATC--TCATAATTGA-TTTTAAGT
* * * * * ** * * *
51013 TCAAAAGTCTTATTAC-TCGCTTTAAATAGTTTACA-ATCTCATAATTG-AT-T-TTCAATTA-G
286 T--GAA-T-TTTTTACAT--TTTTTATTA--AAACAGAT-T-ATAATTGAATGTCTGC-CTCAGG
**** * ****** ** ** ** * * ** * *
51072 ATTTTTTTATATTTTTTGTTAAACA--GATAACAAAAGTCCGTTTATAGTCACTTATACCTTGAA
340 A-AACATGA-AGAAAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCAA
* *
51135 AAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTACAATCTCATAATTGATTTTAGAG-TGAATTTTGTT
403 AAGCCTTATTACTCACTTTAAAT-GTTTTTCAATCTCATAATTGATTTTA-AGTTGAATTTT-TT
* * * * * * * **
51199 -AACATTTTTTGTTACAATATATTATAATTTAATATTTACCTCA
465 CAA-ATTTTTGGTTAAAAAAGATTATAATTGAATGTCTACCTTG
* * * *** * **
51242 ATAAACGTGATGAAAAAG-TAATTCATTAATAAGAAAAGTCCATTTATAGT-ACCCATACCTTTG
1 AGAAACATGAAGAAAAAGAT-ATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCA
* * * * *
51305 AAAGCTTTATTATTTGCTTTAAAT-GATTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAATT-AGATTTTT
65 AAAGCCTTATTACTAGCTTTAAATAG-TTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGA-ATTGTT
* * * * *
51368 TTATATTTTTTGTTAAAATAGATTATAATTAAATGTATGCCTTAGAAAACATGAAGGAAAAGCT-
128 TTACA-TTTTTGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTG-CTT-GAAAA-ATGAAGAAAAAG-TA
** * * * * *
51432 ATTCATTGGCAAGAAAAAGTCCATTTATAGTCACCTATGCCTTCAAAGGCCTTGTTACTT-GCTT
188 ATTCATCAGTAAG-AAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCAAAAGCCTTATTA-TTCTCTT
* ** **
51496 TAAATGGTTTTCTAATCTCATAATTGATTTTGAA-TTGAATTTTTATA-AACTTTTGCTAAAACA
251 TAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTT-AAGTTGAATTTTT-TACATTTTTTATTAAAACA
* * ** ** ** *
51559 GACTT-TTATTGAATGTCTGCCTCAGGAAAAATGAAGGGAAAGATATTCATTGTTAAGAAAAGCC
314 GA-TTATAATTGAATGTCTGCCTCAGGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAGTC
* ** * * *
51623 CATTTATAGT----CAT--C--C--AAGCCTTATTATTTGCTTCAAATAATTTTTTAATCTCATA
378 CATTTATAGTCACCCATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAAT-GTTTTTCAATCTCATA
* * ** ** * **
51678 GTTGATTTTAAGTTAAATTATTTT-ACTTTTTTTCTTAAAATAGATTATAATTGAATGTCTGGCT
442 ATTGATTTTAAGTTGAATT-TTTTCAAATTTTTGGTTAAAAAAGATTATAATTGAATGTCTACCT
51742 T-
506 TG
* * * * ** ** * *
51743 AGTAAACATGAAGAAAAA-ACCATTCATCGACAGGAAAAGTTTACCTATAATCACCCATGCCTTT
1 AG-AAACATGAAGAAAAAGA-TATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTC
* * *** ** *
51807 AAAAG-TTCTGTTACTCTTTTTAAATAGTTTTATGTTCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTCTT
64 AAAAGCCT-TATTACTAGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTGTT
** **
51871 TTACATTTTTCGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTGTCTCTAGAAACTTGAAGAAAAAGCCA
128 TTACATTTTT-GTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTG-CT-T-GAAAAATGAAGAAAAAGTAA
** * ********** * *
51936 TTCATTGGCAAGAANNNNNNNNNNATAGTCACCCATGCCTTCAAAAGCCTTATCACTT-GCTTTA
189 TTCATCAGTAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCAAAAGCCTTATTA-TTCTCTTTA
* ** * * * *
52000 AATGGTTTTCTAATCTTGTAAGTGATTTTAAATTGAATTTTTTTACATATTTTGTTAAAACAGAT
253 AATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAA-TTTTTTACATTTTTTATTAAAACAGAT
* * ** * * *** *
52065 AATAATTGAATGTCTACCTTGGGAAACATAAAGGAAAATATATTCATTGGTAAGAAAA-TCCTAT
317 TATAATTGAATGTCTGCCTCAGGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAGTCC-AT
* * ******** **
52129 TTATAGTCACCCAAT-CTTTCAAAAGCCTTATTACTCGCNNNNNNNNNNTTAAT-AATCTCATAA
381 TTATAGTCACCC-ATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCAC--TTTAAATGTTTTTCAATCTCATAA
* ** * * * * * *
52192 TTTATTTTTTTGTTGAATTTTTTCATATATTTT-ATTAAAACAA-ATAATAATTAAATATCTTCC
443 TTGA-TTTTAAGTTGAATTTTTTCAAAT-TTTTGGTTAAAA-AAGATTATAATTGAATGTCTACC
**
52255 TCA
505 TTG
** * * * * *
52258 AGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGGTAAGAAAACTCCATTTATAGGCACCCATGCTTTTAA
1 AGAAACATGAAGAAAAAGATATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCAA
* * * *
52323 AAGCCTTATTACTCA-CTTTAAATGGTTTTATAATCTCATATTTGATTTCAAGTTGAATTCTTTT
66 AAGCCTTATTACT-AGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAA-T-TGTT
* * * * * * * *
52387 TTATATTTTTGGTTAAAATAGATTACAATTGAATGTCTACCTTAGGAAACATAAAGAAAAGGTCA
128 TTACATTTTT-GTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCT-GCTT--GAAAAATGAAGAAAAAGTAA
** * * * * *
52452 TTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTTAAAAGCCTTACTAATCGCTTTAA
189 TTCATCAGTAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCAAAAGCCTTATTATTCTCTTTAA
* * * * ** *
52517 ATAGTTTTATAATCTCATAGTTGATTTAAAGTTAAATTTTTTACATTTTTTATTAAAATTGATTG
254 ATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTACATTTTTTATTAAAACAGATTA
* * * * ** *
52582 TAATTCAATGACTGCCT-TGGAAAACATGAAGAGAAAGATATTTATTGGCAAGAAAAGTCCATTT
319 TAATTGAATGTCTGCCTCAGG-AAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTT
* ** * * *********
52646 ATAGTCACCTATGCCTTTGAAATCCTTATTACTCGCTTTAANNNNNNNNNNAATCTCATAATTGA
383 ATAGTCACCCATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAA-ATGTTTTTCAATCTCATAATTGA
* * * * * * * * **
52711 TTTTAAGTTGAAAATATTTT-ATA-TTTTAGTTCAAATAGATTATATTTAAATGTATGGCTTG
447 TTTTAAGTTG--AATTTTTTCAAATTTTTGGTTAAAAAAGATTATAATTGAATGTCTACCTTG
* * * * * * *
52772 AAAAACATGAAGAAAAAGCTATTCACTGGC-AGAAAAGTCCATTTATAGTTACCTATGTCTTTAA
1 AGAAACATGAAGAAAAAGATATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCAA
* * * *
52836 AAGCGTTATTTCTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCGT-ATAATTGATTTTAAGTTGAAATTGTTT
66 AAGCCTTATTACTAGCTTTAAATAGTTTTATAATC-TCATAATTGATTTTAAGTTG-AATTGTTT
* * *** * * * * *
52900 TACATTCTTTATTAAAATATCGTATAATTGCAA-GTTTACATTGAGAAACATGTAGCAAAAGTGA
129 TACATT-TTTGTTAAAACAGATTATAATTG-AATGTCTGC-TTGA-AAA-ATGAAGAAAAAGTAA
* * * * * * ** * *
52964 TCCATTAGCACA-AAAAGTCCTTTTAGAGTAACTTAGGCCTTCAAAAGCCTTATTACTT-GCTTT
189 TTCATCAGTA-AGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCAAAAGCCTTATTA-TTCTCTTT
* ********** * * *
53027 AAATAGTTTTATAANNNNNNNNNNGATTTGAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTTATTAAAACAGG
252 AAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAA-TTTTTTACATTTTTTATTAAAACAGA
* * ** * ** * * ** *
53092 TTATAATTGAATGTTTGCTTCATAAAACATAAAGAAAAAGATATTCATTGGTAAGAAAATTTTAG
316 TTATAATTGAATGTCTGCCTCAGGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCAT
* * * *********
53157 TTATAGTCACCCACGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATNNNNNNNNNNTCTCATAATT
381 TTATAGTCACCCATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAAT-GTTTTTCAATCTCATAATT
* * * * *
53222 GATTTTAGGTTGAATTTTTT-AACATTTTTGGTTAACATAGATTATAATTAAATGTCTACC-TC
445 GATTTTAAGTTGAATTTTTTCAA-ATTTTTGGTTAAAAAAGATTATAATTGAATGTCTACCTTG
* * ********** *
53284 AGGAAACATGAA-AAAAAAACCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTNNNNNNNNNNCAAGCCTTC
1 A-GAAACATGAAGAAAAAGA-TATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTC
* * * *
53348 GAAAGCCTTATTACTTA-TTTTAAATGGTTTTATAATCGCATAATTGATTTTAAGTTGAATTGTT
64 AAAAGCCTTATTAC-TAGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTGTT
* * * * * * *
53412 TTGA-ATTTTTTATTACAACATATTGTAATTGAATGTCTACATTGGGAAACATAAAGAAAAAGCT
128 TT-ACA-TTTTTGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTGC-TT--GAAAAATGAAGAAAAAG-T
** * * * * *
53476 -ATTCATTTGTAAGAAAAGTCCATTTGTAGTCACTCATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCACTTT
187 AATTCATCAGTAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCAAAAGCCTTATTATTCTCTTT
* * * * * * * *
53540 AAATAGTTTTAAAATCTCATAA-TCAGTTTTAGGTTGAATGTTTTAACACTTTTGATTAAAACAT
252 AAATGGTTTTATAATCTCATAATTGA-TTTTAAGTTGAAT-TTTTTACATTTTTTATTAAAACAG
* * ** * * * * **
53604 ATTATATTTAAATGTCTGTTTCAGGAAACATGAAGCAAAAGCCATCCACTGGAAAGAAAAGTGTA
315 ATTATAATTGAATGTCTGCCTCAGGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCA
* ** * * * * * *
53669 TTTACAGTCACTGAAGCCTTCGAAACCCTTATTACAT-GCTTTAAATGGTTCTAT-AATCTCGTA
380 TTTATAGTCACCCATGCCTTCAAAAGCCTTATTAC-TCACTTTAAAT-GTT-TTTCAATCTCATA
* ********** * *
53732 ATTGATTTTAAGTTAAATTTTTT-ANNNNNNNNNNTAAAACAGATTATATTTGAATGTCTACCTT
442 ATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTCAAATTTTTGGTTAAAAAAGATTATAATTGAATGTCTACCTT
53796 G
507 G
* * * ** * * * * * * *
53797 GGAAACAAGAAGAAAAGGCCATTCATAGGGAAAAAAAG-CATATTTATAGTCTCTCATGCCTTTA
1 AGAAACATGAAGAAAAAGATATTCATTGGCAAGAAAAGTC-CATTTATAGTCACCCATGCCTTCA
* *
53861 AAAACCTTATTACTTGCTTTAAAT-GATTTTATAATCTCATAATTGA-TTTAAGTTGAATTGTTT
65 AAAGCCTTATTACTAGCTTTAAATAG-TTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTGTTT
* * * * * * * *
53924 TACATTTGTGATTAAAATATATTATAATGGACTATCTATCTTAGAAAACATGAAGCAAAA-TACA
129 TACATTTTTG-TTAAAACAGATTATAATTGAATGTCT-GCTT-GAAAA-ATGAAGAAAAAGTA-A
* * * * * * ** * ** * * *
53988 TCCATTAG-AGAAAAAAGTTCATCTAAAGTCATTCATACCTTTGAAAGCATTATTACTTGT-TCT
189 TTCATCAGTA-AGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCAAAAGCCTTATTA-TTCTCTTT
** * ** *
54051 AAATGGTTAGATAATCTCACAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTAACATTTTTGGTTAAAACAAA
252 AAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTT-ACATTTTTTATTAAAACAGA
* ** **
54116 TTATAATTAAATGTCTG--TCGAGGGAAATGTGAAGAAAAAGCCATTCATTTTCAAGAAAAGTCC
316 TTATAATTGAATGTCTGCCTC-A-GGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAGTCC
* * * ******** *
54179 ATTTATAGTCACCCTTACCTTCAAAAGCCTTATTACTCTCTNNNNNNNNNNTTAT-AATCTCATA
379 ATTTATAGTCACCCATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACT--TTAAATGTTTTTCAATCTCATA
* * * *
54243 ATTGATTTT-AGACTGAATTTGTT-AACATTTTTGGTTAAAACAA-ATTATAATTGAATGTTTGC
442 ATTGATTTTAAG-TTGAATTTTTTCAA-ATTTTTGGTTAAAA-AAGATTATAATTGAATGTCTAC
*
54305 CTTA
504 CTTG
* ** *
54309 ATAAACATGACA-AAAAAG-TAATTCATTAACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATACCTTC
1 AGAAACATGA-AGAAAAAGAT-ATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTC
* * ********** * * *
54372 AAAAAGCCTTATTACTCGCATTAAANNNNNNNNNNATCTTATAATTGATTTTAAGTTGGATTTTT
64 -AAAAGCCTTATTACTAGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTT-GAATTGT
* * * * * * *
54437 TTTACATTTTT-TTAAAAAAGCTTATAATTGAATGTCTACCTCAGGAAACGCAAAGAAAAAG-AT
127 TTTACATTTTTGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTGCTTGA-AAAATG--AAGAAAAAGTA-
* ********** * * *
54500 ATTCAT-TGCTAAGAAAAGTCCATTTATAGTCNNNNNNNNNNTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTC
188 ATTCATCAG-TAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCAAAAGCCTTATTATTCTCTTT
* * * *
54564 AAATAGTTTTCA-ATTCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTCTTTTAAATTTTTTCTTAAAACAG
252 AAATGGTTTT-ATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATT-TTTTACATTTTTTATTAAAACAG
* ** * * * * *
54628 ATTATAATTGAATGTCTGGCTCATTAAACGTGAAAAAAAAGCCATTGATCGGTAAGAAAAGTCCA
315 ATTATAATTGAATGTCTGCCTCAGGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCA
* ** * * * *
54693 TTTATAGTCACCCATGTCTTCAAAAGTTTTATTACTCTCTTTAAATGGTTTTTTATTCTCACAAT
380 TTTATAGTCACCCATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAAT-GTTTTTCAATCTCATAAT
* ** * *
54758 TGATTTTAAGTTGAATTATTT-AATATTTTTCATTAAAATAGATTAAAATTGAATGTCTACCTT-
444 TGATTTTAAGTTGAATTTTTTCAA-ATTTTTGGTTAAAAAAGATTATAATTGAATGTCTACCTTG
** * * *
54821 AGGAAATGTGAAGAAAAAGTTATTCATTGGTAAGAAAAGT-C---TAT--TTA--CA----TTCA
1 A-GAAACATGAAGAAAAAGATATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCA
* * * * * ********** * *
54874 AAAGTCTTATTGCTCGCTTTAAATGGTTTTATCATCTNNNNNNNNNNTTTAAGTTTAATTTTTTT
65 AAAGCCTTATTACTAGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTGTTTT
* * * * * * * ** ** **
54939 ATATTTTGGGTTGAAATAGATTATAATTGAATGTCTACCTCGGGTAATGTGAAGAAATCGCCATT
130 ACATTTT-TGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCT-GCT--TGAAAAATGAAGAAAAAGTAATT
* * * * * ** *
55004 CAT-TGATAACAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCATCAAAAGCCTCACTACGCGCTTTAAA
191 CATCAG-TAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCAAAAGCCTTATTATTCTCTTTAAA
** * * * * ** *
55068 TTATTTTATAGTCTCATAATTGATTTTAGGTTAAATTTTTTAATATTTTTTGCTAAAATAGATTA
255 TGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTT-ACATTTTTTATTAAAACAGATTA
* * * * * ** *** * *
55133 TAATTGAATGTCTGTCTTAAGAAACGTGATGAAAAAGTGATTCATTAATAAGAAAAGTCTAGTTA
319 TAATTGAATGTCTGCCTCAGGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTA
* * ** * * *
55198 TAGTCGCCCATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTTGCTTTAATTG-ATTTCATAATCTCATAATTAA
384 TAGTCACCCATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGTTTTTC--AATCTCATAATTGA
* * * * *****
55262 TTTTAAGTTAAATTTTTTTACATTTTTTGTTAAAANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
447 TTTTAAGTTGAATTTTTTCAAATTTTTGGTTAAAA-------------------------AAGAT
*********************
55327 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
487 TATAATTGAATGTCTACCTTG
*****************************************************************
55348 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
1 AGAAACATGAAGAAAAAGATATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCAA
************** * *
55413 NNNNNNNNNNNNNCGCTTTAAAT-GATTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAATATTTTTT
66 AAGCCTTATTACTAGCTTTAAATAG-TTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGA-ATTGTTT
* * * * * * **
55477 TATATTTTTTATTAAAATAGATTATAATTGAATGTTTAACTCTAGAAACATGAAGAAAAAGCCAT
129 TACA-TTTTTGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCT-GCT-T-GAAAAATGAAGAAAAAGTAAT
** * * ** * * * ** *
55542 TCATTGGCAAGAAAATTTTATTTATAGTCGCCGATGCCTTCAAAAACCTTATTACACTCTTTAAG
190 TCATCAGTAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCAAAAGCCTTATTATTCTCTTTAAA
* * * * * * *
55607 TGGTATTATGATTTCATAATTGATTTCAATTTGAATTCTTTTATATTTTTTATTAAAATAGATTA
255 TGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATT-TTTTACATTTTTTATTAAAACAGATTA
* * * * ** * * * ** * *
55672 TAATTGAATATTTACC-CTAGGAGATGTGAAG-AAATGTCATTTATTGATAAGAAAACTCTATTT
319 TAATTGAATGTCTGCCTC-AGGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTT
* * * * * *
55735 ATAGTCAACCATGCCTTTAAAAGACTTATTACTTGA-TATAAATAGTTTTAT-AATCTCATAAGT
383 ATAGTCACCCATGCCTTCAAAAGCCTTATTAC-TCACTTTAAAT-GTTTT-TCAATCTCATAATT
* * * * *
55798 GATTTTAAGTTGAATTGTTTTTC--ATTTTTGATTAAAACATATTATAATTGAATATTTACCTT-
445 GATTTTAAGTTGAA-T-TTTTTCAAATTTTTGGTTAAAAAAGATTATAATTGAATGTCTACCTTG
* * * * ** * * * *
55860 AGGTAACGTGAAGAAAACG-TCATTCGTTGATAACAAAAGTCCATTTATATTCACCTATACCTTC
1 A-GAAACATGAAGAAAAAGAT-ATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTC
* ** * *
55924 AAAAGTCTTACGAC-ACGCTTCAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAGGTTGAATT-TT
64 AAAAGCCTTATTACTA-GCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTGTT
* * * *
55987 TTAACATTTTT-TATCCAAACAGATTATAATTGAATGTCTACTTCAGGAAATATGAAGAAAGAGC
128 TT-ACATTTTTGT-T-AAAACAGATTATAATTGAATGTCTGCTT---GAAAAATGAAGAAAAAG-
* * * **********
56051 T-ATTCACTGAG-AAAAAAAGTCCATTTATAGTCACCTATGCCTTCAAAAGCCNNNNNNNNNNCT
186 TAATTCA-TCAGTAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCAAAAGCCTTATTATTCTCT
* * **
56114 TTAAATGGTTTCATAATCTTATAATTGATTTTAAGTT-AATTTTTTTTACATTTTTGGTTAAAA-
250 TTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAA--TTTTTTACATTTTTTATTAAAAC
* * * * * ** * *
56177 AAACTATAATTGAATGTTTACTTTGGGAAAC-----G---TA---A---A---G--A-AAAAGCC
313 AGATTATAATTGAATGTCTGCCTCAGGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAGTC
* *********** **
56222 CATTTATAGTCACCCATGCCTTCAGANNNNNNNNNNGTTGCTTTAAATGGTTTTAT-AATCTCAT
378 CATTTATAGTCACCCATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAAT-GTTTT-TCAATCTCAT
* * * ** * * * **
56286 AACTGATTTGAAGTTGAATTTTTTTATAATTTTT-ACTAAAATAGATTAGAATTGAATATCTGTC
441 AATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTCA-AATTTTTGGTTAAAAAAGATTATAATTGAATGTCTACC
*
56350 TTA
505 TTG
* * * * *
56353 AGAAACATGAAGAAAAAGATATTAATTAGAAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATGCCTTCAG
1 AGAAACATGAAGAAAAAGATATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCAA
* * * * * * *
56418 AAGCCTTACTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCACAATTAATTTGAAGTTGAATTTCTTTT
66 AAGCCTTATTACTAGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAA-TTGTTTT
* * * * * * * *
56483 ACAGTTTTGGTTTAAATAGATTAT-ATTATAATGTTTGGCTTGAAAAACATGAAGAAAGAGTTAC
130 ACA-TTTTTGTTAAAACAGATTATAATT-GAATGTCT-GCTTG-AAAA-ATGAAGAAAAAGTAAT
** * * * * * * * *
56547 TCATTGGCAATAAAAGTCCATTTATGGTCACCTATGCCTTCAAAAGTCTTACTACTCACTTTAAA
190 TCATCAGTAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCAAAAGCCTTATTATTCTCTTTAAA
* * ** * * *
56612 TAGTTTTATAATCTTATAATTGATTTTCGGTTAAATATTTTTACCA-TTTTTATTAAAATATATT
255 TGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAAT-TTTTTA-CATTTTTTATTAAAACAGATT
* * * ** * * * *
56676 ATGATTGAATGTTTACCTTGGGAAACATGAAGCAAAAGCCATCCATTGACACGAAAAGTCC-TTT
318 ATAATTGAATGTCTGCCTCAGGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTT
* * * * * ** * *
56740 CATAGTCACTCAAGCCTTCGAAAGCCTAATTACTCCCTTTGTATG-GTTTCATAATCTTATAATT
383 -ATAGTCACCCATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGTTTTTC--AATCTCATAATT
********* * * * ** * *
56804 GATTTTAAGNNNNNNNNNNTT-ATATTTTTAGTTAAAACAGATTATGTTTTAATGTCTACCTTA
445 GATTTTAAG-TTGAATTTTTTCAAATTTTTGGTTAAAAAAGATTATAATTGAATGTCTACCTTG
** ** *** * * * * *
56867 AGAAATGTGAATCAAAATCCATCCATAGGCACGAAAAGT-CTTTTCATAGTCA-CCTTAGCCTTC
1 AGAAACATGAAGAAAAAGATATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTT-ATAGTCACCCAT-GCCTTC
* * * *
56930 -GAAGCCATT-TTACTAGCTTTAAATGGTTTTATAGTCTCATAATTTATTTTAAGTTGAATT-TT
64 AAAAGCC-TTATTACTAGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTGTT
* * * * *
56992 TCTACATTTTTGGTTAAAACAGATTTTAATTGATTCTCTGCCTAGGGAAACATGAAGAAAAAGCT
128 T-TACATTTTT-GTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTG-CT--TGAAAAATGAAGAAAAAG-T
* ** * * * * * * *
57057 -ACTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATACCTTCGAAGGCCTTATTACTCGCTTT
187 AATTCATCAGTAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCAAAAGCCTTATTATTCTCTTT
* *
57121 AAATGGTTTTATAATTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTGTTTGCA-TTTTTAG
252 AAATGG--------TTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAA-TTT-TTTACATTTTTTA-
* * * * * * * * ** *
57185 TTCAAATAGATTATATTTAAATGTCTGGCT--TGAAAAATGTGAAGAAAGAGCTTTTCAATGGC-
306 TTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTGCCTCAGGAAACA--TGAAGAAAAAGCCATTCATTGGCA
* * * * * ** *
57247 ACAAAAGTCTATTTATAGTCACCTATACCTTCAAAAGTCTTATTTTTCGCTTTAAATGGTTTTAT
369 AGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAAT-GTTTT-T
* * * * * * * *
57312 -AAT-TGTATAATTGATTTTGAGTTAAAATTTTTT-ACCATCTTT-ATTAAAATATATTATAA-T
432 CAATCT-CATAATTGATTTTAAGTT-GAATTTTTTCA-AATTTTTGGTTAAAAAAGATTATAATT
* * *
57372 G-ATGTTTACATAG
494 GAATGTCTACCTTG
* * * ** * * * * *
57385 AGAAACGTGTAGTAAAAGCCATCCATTAGCATA-AAATGTCC-TTTCAGT-GTCACTCAGGCCTT
1 AGAAACATGAAGAAAAAGATATTCATTGGCA-AGAAAAGTCCATTT-A-TAGTCACCCATGCCTT
* * * ********** * * *
57447 CGAAAGCTTTATTACTCGCTTTNNNNNNNNNNATAATCTCATAATTGATTTGAAGTTGACTTTTT
63 CAAAAGCCTTATTACTAGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTGTT
* *
57512 TTACATTTTGTATTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTGCCTCTGAAAACATGAAAAAAAAAG-A
128 TTACATTTT-TGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTG-CT-TGAAAA-ATG-AAGAAAAAGTA
* * * * * * ** *
57576 TATTCATTAGCAAGAAACGTCCAGTTATAGTCACTCATACCTTTGAAAGCCTTATTACTAC-CTT
188 -ATTCATCAGTAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCAAAAGCCTTATTA-TTCTCTT
* * *
57640 TAAATGGTTTTATAATCTTATAATTGATTTTAAGGTGAATTTTTTTAACATTTTTGATTAAAACA
251 TAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAA-TTTTTT-ACATTTTTTATTAAAACA
* * *
57705 GATTATAATTAAATGTCTGCCTCAAGAAACATGAAGAAAAAGCCTTTCATTGGCAAGAAAAG-CC
314 GATTATAATTGAATGTCTGCCTCAGGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAGTCC
********* * * * *
57769 NNNNNNNNNNCACCCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTTATTTTAAATGATTTTAT-AATCCCAT
379 -ATTTATAGTCACCCATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATG-TTTT-TCAATCTCAT
* * *
57833 AATTGATTTTAAGTTGAATTGTTTTGC--ATTTTTGGTTAAAGCAA-ATTATAATTAAATATCTA
441 AATTGATTTTAAGTTGAATT-TTTT-CAAATTTTTGGTTAAA-AAAGATTATAATTGAATGTCTA
57895 CCTTG
503 CCTTG
* * * *
57900 -GAAAACATGAAGAAAAAGCTATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTGATAGTCACCTATGCTTTCA
1 AG-AAACATGAAGAAAAAGATATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCA
* * *
57964 AAAGCCTTATTACTCA-CTGT-AATAGTTTTATAATC-CTATAATCGA-TTTAAGGTTCAATT-T
65 AAAGCCTTATTACT-AGCTTTAAATAGTTTTATAATCTC-ATAATTGATTTTAA-GTTGAATTGT
** * * ** * *
58024 TTTAACACTTTTCATTGAAACAGCTTATTTTTAAATGTCT-CTTTTAAAAAACGTGAAGAAAAAG
127 TTT-ACA-TTTTTGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTGC--TTGAAAAA--TGAAGAAAAAG
** * * ** * * * ** * **
58088 CCATCCA-CTAGCAAGAAAAGTGTATTTACCA-TCACTCAAGCCTTTGAAACCCTTATTAAACGT
186 TAATTCATC-AGTAAGAAAAGTCCATTTA-TAGTCACCCATGCCTTCAAAAGCCTTATTATTC-T
* **
58151 -TTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAATT-AGATTTTTTACATTTTTTGCTAAAA
248 CTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGA-ATTTTTTACATTTTTTATTAAAA
* * * * * * * ** * *
58214 TAGATTATAATTGAATCTCTACCCCAGGTAACATGAAGAAAACGTCATTCATTGATAACAAATGT
312 CAGATTATAATTGAATGTCTGCCTCAGGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAGT
** * * *
58279 CCATTTATAGTCACTAATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCATTTTAAATCGTTTTACAATTTCAT
377 CCATTTATAGTCACCCATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAAT-GTTTTTCAATCTCAT
* * * *
58344 AATTGATTTT-AGATTGAATTTGTT-AACATTTTTGGTCAAAATAGATTATAATTGAATGTCTGC
441 AATTGATTTTAAG-TTGAATTTTTTCAA-ATTTTTGGTTAAAAAAGATTATAATTGAATGTCTAC
*
58407 CTTA
504 CTTG
* ** ** * * *
58411 ATAAACATGTTGAAAAAGCA-ATTCATTAACAAGAAAAGTCCATTTATAGCCACCCATGCTTTCG
1 AGAAACATGAAGAAAAAG-ATATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCA
** ********** * * * *
58475 AAAGCCTTATTACTCCCTTNNNNNNNNNNTATAATCTCATAATTTATTTTAAATTGGATTGCTTT
65 AAAGCCTTATTACTAGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTGTTTT
** * * * * * **
58540 ATTTTTTTGTTAAAATAAATTATAATTGAATGTCTGTCTCAGAAACCATGAAGGAAAAGCCATTC
130 ACATTTTTGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTG-CT-TGAAA-AATGAAGAAAAAGTAATTC
** * * *
58605 ATTGGTAAGAAAAGTCCTTTTATAGTCACCCATGCCTTCTAAAGCCTTATTACTT-GCTTTAAAT
192 ATCAGTAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCAAAAGCCTTATTA-TTCTCTTTAAAT
** * *********
58669 ATTTTTCTAATCTCATAATTGATTTNNNNNNNNNNTTTTTTACATTTTTTATTAAAACAGATTAT
256 GGTTTTATAATCTCATAATTGATTT-TAAGTTGAATTTTTTACATTTTTTATTAAAACAGATTAT
** * ** *
58734 AATTGAATGTCTGCCTCAGGAAAGGTAAAGAAAAAGATATTCATTGCCAAGAAAAGTCCATTTAT
320 AATTGAATGTCTGCCTCAGGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTAT
* * * *
58799 AGTGACCCATGCCTTCAAAAGCTTTATTACTCGCTGTAAATAGTTTTTCAATCTCATAATTGATT
385 AGTCACCCATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAAT-GTTTTTCAATCTCATAATTGATT
*
58864 TTAAGTTGAATTTTTTCAAAGTTTTT-GTTAAAAAAGATTATAATTGAATGTCTGCC-TG
449 TTAAGTTGAATTTTTTCAAA-TTTTTGGTTAAAAAAGATTATAATTGAATGTCTACCTTG
* ** * * *
58922 AGGAACATGAAGGGCAAAGATATTCATTGGCAAGCAAAGCCCATTTATAGTCACCCAAGCCTTCA
1 AGAAACATGAA-GAAAAAGATATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCA
* * * *
58987 AAAGCTTTATTACTAGCTTTAAATGGTTTTCTAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTATTTT
65 AAAGCCTTATTACTAGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTGTTTT
*
59052 GCATTATTTGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTAGCTTGGCAAAAATGAAGAAAAAGTAATT
130 ACATT-TTTGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCT-GCTT-G-AAAAATGAAGAAAAAGTAATT
* * * *
59117 CATCAATAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCAAAAGTCTTATTGTTCTCTTCAAAT
191 CATCAGTAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCAAAAGCCTTATTATTCTCTTTAAAT
* * * *
59182 GGTTTTATATTCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTGTTTTACATTTTTCATTAAAACATATTAG
256 GGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATT-TTTTACATTTTTTATTAAAACAGATTAT
** * * *
59247 AATTGAATGTCTGCCTTGGGAAACCTAAAGAAAAAGCCATTCATTGGAAAGAAAAGTCCATTTAT
320 AATTGAATGTCTGCCTCAGGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTAT
* ** * * * *
59312 AGTCACCCATGGCTTCAAAAGTTTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTCTAATCCCATAATTAATT
385 AGTCACCCATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGTTTTTC-AATCTCATAATTGATT
* * * * * *
59377 TTAAATTAAATTTTTTCATATTTTTCGTTAAAACAGATAATAATTGAATGTCTACCTTG
449 TTAAGTTGAATTTTTTCAAATTTTTGGTTAAAAAAGATTATAATTGAATGTCTACCTTG
* ** * * * * * *
59436 GGAATTATGAAGGAAGAGATATTCATTAGCAAGAAAAGCCCATTTATAGTCATCCAAGCCTTCAA
1 AGAAACATGAAGAAAAAGATATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCAA
* * * ** *
59501 AAGCCATATCACTCGCTTTAAATAGTTCAATAATCTCATAATTGATTTTTTAA-TTGAATTTTTT
66 AAGCCTTATTACTAGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGA--TTTTAAGTTGAATTGTTT
* * * *
59565 TACATGTCTTGTTAAAACAGATAATAATTGAATGTCTTCCTCGAAAGACATGAAGAAAAAGCT-A
129 TACAT-TTTTGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTC-TGCTTGAAA-A-ATGAAGAAAAAG-TAA
* * * * * * * *
59629 TTCA-CTGGCAATAAAACTCTATTTATAGACACCCATG-CTGTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTT
189 TTCATC-AGTAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCT-TCAAAAGCCTTATTATTCTCTTT
** * * * *
59692 AAATGGTTGAATAATCTCATATTTTGATTTCAAGTTGAAATTTTTTATA-TTTTTAGTTAAAATA
252 AAATGGTTTTATAATCTCATA-ATTGATTTTAAGTTG-AATTTTTTACATTTTTTA-TTAAAACA
* * * * * * * * *
59756 GAATACAATTGACTGTCTACTTTAGGAAACGTGAAGAAGAGGCCATTCATTGGCAAGAATAA-TC
314 GATTATAATTGAATGTCTGCCTCAGGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGGCAAGAA-AAGTC
* * * * * *
59820 CATGTATAGTCACCCATGTCTTCAAAAACCTTACTATTTACTTTAAATGGTTTTAT-AATCTCAT
378 CATTTATAGTCACCCATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAAT-GTTTT-TCAATCTCAT
* * * * * ** * * * *
59884 AATTGATTTAAAGTTAAAATTTTT-ACATTTTT-ATTAAATTAGATTATAATTCAATTTTTTCCT
441 AATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTCAAATTTTTGGTTAAAAAAGATTATAATTGAATGTCTACCT
59947 TG
506 TG
* * *
59949 AGAAACACGAAGAAAAAGATATTCATTGGCAGGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCGA
1 AGAAACATGAAGAAAAAGATATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCAA
* **********
60014 AAGCATTATNNNNNNNNNNAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATATGTTTT
66 AAGCCTTATTACTAGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAAT-TGTTTT
* * * * * * *
60079 ATATTTTTAGTTCAAATAGATTATACTTAAATGTCTGGCTTGAAAAATG-TGAAGAAAGATCTAT
130 ACATTTTT-GTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCT-GCTTGAAAAATGAAGAA-AAAG-T-AAT
* ** * * * **
60143 TCA-CTGGCAGAATAGTCCATTTATAGTCACCTATGCCTTCAAAAGCCTTATTTTTAGCTTTAAA
190 TCATCAGTAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCAAAAGCCTTATTATTCTCTTTAAA
* * ** * *
60207 TGGTTTTATAAT-TGCATAATTGATTTTAAGGTGAAATGTTTTTTACAATCATTATTAAAATATA
255 TGGTTTTATAATCT-CATAATTGATTTTAAGTTG-AA--TTTTTTACATTTTTTATTAAAACAGA
* * * * * * * ** * * * * ***
60271 TTATAATTGGATGTTTACATCAAGAAACATGCAGCAAAAGTGATCCATTAG-AACAAAAATTTGT
316 TTATAATTGAATGTCTGCCTCAGGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCAT
* ** * * ********
60335 TTCAGAGTCACTTAGGCCTTCGAAAG-CTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTAT-AANNNNNNNN
381 TT-ATAGTCACCCATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAAT-GTTTT-TCAATCTCATAA
** * * * * ** * * *
60398 NNGATTTAAAATTGAATTTTTTTACATTTTTTATTAAAAAAAATTATGATTGAATGTCTTCCTT-
443 TTGATTTTAAGTTGAATTTTTTCAAATTTTTGGTTAAAAAAGATTATAATTGAATGTCTACCTTG
* * * * * *
60462 AGGAAACGTGAAGAAAAAGATATTCATTAGAAAGAAAATTCCAGTTATAGTCACCCATGCCTTCG
1 A-GAAACATGAAGAAAAAGATATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCA
* ********** *
60527 AAAGCCTTATTACTCGCNNNNNNNNNNTTTATAATCTCATAATTGATTTTAGGTTGAATT-TTGT
65 AAAGCCTTATTACTAGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTGTT-T
* * * * * * * * **
60591 AACATTTTTTATTTAAACAGGTTATAATTAAATGTTTGCCTCAGGAAACATGAAGAAAAAGCCAT
129 TACA-TTTTTGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTG-CT--TGAAAAATGAAGAAAAAGTAAT
** * * * * * * *
60656 TCATTGGCAAGAAAAGCCCATTGATAGTGATCCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTTAT-TTTAA
190 TCATCAGTAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCAAAAGCCTTATTA-TTCTCTTTAA
* * * * ** * *
60720 ATGATTTTATAATCT-TTAATTAATTTTAAGTTAAATTTTTTTACATTTTTGGTCAAAACGGATT
254 ATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAA-TTTTTTACATTTTTTATTAAAACAGATT
* * ** * * * * *
60784 GTAATTGAATGTCTACCTTGGGAAACATAAAGAGAAAGCTATTCCTTGGCAAGAAAAGTCTATTT
318 ATAATTGAATGTCTGCCTCAGGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTT
** * * *
60849 ATTTTCACCCATACCTTCGAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATAGTTTTAT-AATCTCATAATCG
383 ATAGTCACCCATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAAT-GTTTT-TCAATCTCATAATTG
* * * * * * * * * *** *
60913 ATTGTAGGCTGAATTTTTT-AACACTTTTGGTTGAAACAGATTATATTTAAATAT-TTGTTTT
446 ATTTTAAGTTGAATTTTTTCAA-ATTTTTGGTTAAAAAAGATTATAATTGAATGTCTACCTTG
* * ** * * ** * * * * **
60974 AGGAAATATGAAGCAAAAGCCATCCATTGGTAAGAAAAGTATATTTACATTCACTCAAGCCTTTG
1 A-GAAACATGAAGAAAAAGATATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCA
* *** * *
61039 AAACCCTTATTAC-ACGCTTTAAAT-GATTTTATAATCTTGCAATTGATTTTCAGTTAAATAT-T
65 AAAGCCTTATTACTA-GCTTTAAATAG-TTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAAT-TGT
* * * * * * * * *
61101 TTTATATTTTTAATTAAAATAGATTATATTTGAATGCCTACCATGGGGAACATGAA-AAATAAG-
127 TTTACATTTTT-GTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCT-GC-T-TGAAAAATGAAGAAA-AAGT
* * * *** * * *
61164 ACATTCAT-AGGGAAGAAAAG-CATATTTATAGCCTTTCATGCCTTTGAAAA-CCTTATTACTCG
187 A-ATTCATCA-GTAAGAAAAGTC-CATTTATAGTCACCCATGCC-TTCAAAAGCCTTATTATTCT
********** * * **
61226 CTTTAAATGGTNNNNNNNNNNCATAATTGATTTCAAGTTGATTTTTTTTACATTTTTGGTTAAAA
248 CTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGA-ATTTTTTACATTTTTTATTAAAA
* * * * * ** * ** * ** * * *
61291 TATATTATAATGGACTATCTATCTCAAGAAATGTGAAGCAAAAGATATCCATTAG-AGATAAAAG
312 CAGATTATAATTGAATGTCTGCCTCAGGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGGCA-AGAAAAG
* * * *** ** * *** * *
61355 TTCATATAAAGTCACTTGTGCCTTTGAAAGCATTATTACTTGTTTTAAATGGTTTGAT-AATTTC
376 TCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAAT-GTTT-TTCAATCTC
* * ** * * *
61419 ATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTGATATTTTTTATTAAAATAGATTATAATTGAATGTTTGC
439 ATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTCAAATTTTTGGTTAAAAAAGATTATAATTGAATGTCTAC
*
61484 CTAG
504 CTTG
* * * * * *
61488 GGAAACCTAAAGAAAAAGCA-ATTCATTGCCTAA-AAAAGTCCATTTATAGTCACCCTTGCCTTA
1 AGAAACATGAAGAAAAAG-ATATTCATTGGC-AAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTC
********** *
61551 AAAAGCCTTATTACTCA-CTTNNNNNNNNNNTATAATCTCATAATTGATTTT-AGATTCAATT-T
64 AAAAGCCTTATTACT-AGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAG-TTGAATTGT
* * * * * *
61613 GTTAACATTTTCGATTAAAACAGATTATAATTGAATTTCTGCCTCAATAACCATGATGAAAAAGT
127 -TTTACATTTTTG-TTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTGCTTGAA-AA--ATGAAGAAAAAGT
* * * * * *
61678 AATTCATTAATAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACCCATACCTTCGAAAAGCCTTATTACTCGCTT
187 AATTCATCAGTAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTC-AAAAGCCTTATTATTCTCTT
********** * * * **
61743 TAANNNNNNNNNNAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGGATTCTTTTACACTTTTTGTTAAATTAG
251 TAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATT-TTTTACATTTTTTATTAAAACAG
* * * ** ************
61808 ATTATAATTGAATGTCTACCT-TGAGAAACGTGAAGAAAAAGATATTCATTGNNNNNNNNNNNNC
315 ATTATAATTGAATGTCTGCCTCAG-GAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAGTCC
* * * * * *
61872 ATTTATAGTCACCTATACCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTCAAATGATTTTCTAATATCATAA
379 ATTTATAGTCACCCATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGTTTTTC-AATCTCATAA
* * ** * * * *
61937 TTGATTTTAAGTTCAATGTTTTT-ATATTTTTTATTAAAACAGATTATAATTAAATTTTTTA-CT
443 TTGATTTTAAGTTGAAT-TTTTTCAAATTTTTGGTTAAAAAAGATTATAATTGAA-TGTCTACCT
62000 TG
506 TG
* * * * *
62002 AGAAACATGAAGAAAGAGCTATTTATTGGCAAGAAAATTCCATTTATAGTCACCCATGCATGT-A
1 AGAAACATGAAGAAAAAGATATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCT-TCA
* * * * ** *
62066 AAAGCCTTATTAC-ACTCTTTAAATAGTTTTCTGATCACATAATTGATTTTAAGTTGAATCCTTG
65 AAAGCCTTATTACTA-GCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTGTTT
* * ***
62130 TACAGTTTTTGTTAAAATAGATTATAATTGAATATCTGCATTAGGAAACGCGAAGAAAAAGTTAA
129 TACA-TTTTTGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTGC-TT--GAAAAATGAAGAAAAAG-TAA
* * * ** * *
62195 -TCATTAGTAAGAGAAGTCCATTTATAGTCGA-CCATCCCTTCAAAAGATTTATTACTCGCTTTA
189 TTCATCAGTAAGAAAAGTCCATTTATAGTC-ACCCATGCCTTCAAAAGCCTTATTATTCTCTTTA
**********
62258 AATGGTTTTATAATCTCANNNNNNNNNNTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGT-TTAAAACAGA
253 AATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAA-TTTTTTACATTTTT-TATTAAAACAGA
* * * ** * * * ** * *
62322 TTATAATTGAATGTTTGCCTCCGGTAATGTGAAGAAAATGCCATCCATAGATAATAAAAGTGCAT
316 TTATAATTGAATGTCTGCCTCAGGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCAT
* * * * *
62387 TTATATTCACCCATGGCTTCAAAAGCCTTAGTACACGCTTTAAATAGTTTTAT-AATCTCATAAT
381 TTATAGTCACCCATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAAT-GTTTT-TCAATCTCATAAT
62451 TG
444 TG
62453 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 12485, Mismatches: 3565, Indels: 1631
0.71 0.20 0.09
Matches are distributed among these distances:
478 7 0.00
479 109 0.01
480 12 0.00
481 1 0.00
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519 100 0.01
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522 4 0.00
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524 5 0.00
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546 7 0.00
ACGTcount: A:0.34, C:0.13, G:0.12, T:0.37
Consensus pattern (507 bp):
AGAAACATGAAGAAAAAGATATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCAA
AAGCCTTATTACTAGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTGTTTTA
CATTTTTGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTGCTTGAAAAATGAAGAAAAAGTAATTCATCA
GTAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCAAAAGCCTTATTATTCTCTTTAAATGGTTT
TATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTACATTTTTTATTAAAACAGATTATAATTGA
ATGTCTGCCTCAGGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCAC
CCATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGTTTTTCAATCTCATAATTGATTTTAAGTT
GAATTTTTTCAAATTTTTGGTTAAAAAAGATTATAATTGAATGTCTACCTTG
Found at i:63260 original size:151 final size:151
Alignment explanation
Indices: 62995--63270 Score: 401
Period size: 151 Copynumber: 1.8 Consensus size: 151
62985 AAAAGTTTAT
* * ** *
62995 TTATAGTGACCTATGCCTTCAAAAATTTTATTACTCACTTTAAATAGTTTCATAATCTTATAATT
1 TTATAGTCACCCATGCCTTCAAAAACCTTATTACTCACTTTAAATAGTTTCATAATCTCATAATT
* * *
63060 GATTTTAAGTTGAATTGTTTTGCATTTTTAGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTCAAG
66 GATTTAAAGTTGAATTGTTTTACATTTTTAGTTAAAACAGATTAGAATTGAATGTCTACCTCAAG
63125 AAACATGAAGAAAAAGCCCAC
131 AAACATGAAGAAAAAGCCCAC
* * * *
63146 TTATAGTCACCCATGCCTTCAAAAGCCTTATTAGTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATT
1 TTATAGTCACCCATGCCTTCAAAAACCTTATTACTCACTTTAAATAGTTTCATAATCTCATAATT
* * *
63211 GATTTAAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTTGTT-AAACTAGATTAGAATTGAATGTTTACC
66 GATTTAAAGTTGAATTGTTTTACATTTTTAGTTAAAAC-AGATTAGAATTGAATGTCTACC
63271 CTGGGAAACA
Statistics
Matches: 109, Mismatches: 15, Indels: 2
0.87 0.12 0.02
Matches are distributed among these distances:
150 4 0.04
151 105 0.96
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Consensus pattern (151 bp):
TTATAGTCACCCATGCCTTCAAAAACCTTATTACTCACTTTAAATAGTTTCATAATCTCATAATT
GATTTAAAGTTGAATTGTTTTACATTTTTAGTTAAAACAGATTAGAATTGAATGTCTACCTCAAG
AAACATGAAGAAAAAGCCCAC
Found at i:63528 original size:172 final size:171
Alignment explanation
Indices: 63132--64436 Score: 671
Period size: 171 Copynumber: 7.6 Consensus size: 171
63122 AAGAAACATG
* * * * * * *
63132 AAGAAAAAGCCCACTTATAGTCACCCATGCCTTC-AAAAGCCTTATTAGTCACTTTAAATGGTTT
1 AAGAAAAA-TCCATTTATAGTCACCCATACCTTCGAAAA-CCTCACTACTCGCTTTAAATGGTTT
* * * * *
63196 TATAATCTCATAATTGATTTAAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTTGTTAAACTAGATTAGAATTG
64 TATAATCTTACAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTGTACATTTTTTGTTAAACTAGATTAGAATTA
* * *
63261 AATGTTTACCCTGGGAAACATAAAGAAAAAGATATTCATTGAG
129 AATGTTTACCCTGCGAAACATAAAGAAAAAGATACTCATTGAC
* *
63304 AAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATACCTTCGAAAACCTTACTACTCGCTTTAAATGGTTTTA
1 AAGAAAAATCCATTTATAGTCACCCATACCTTCGAAAACCTCACTACTCGCTTTAAATGGTTTTA
* *
63369 TAATCTTACAATTGATTTTAAGTTGAATTTGTTGTAC-TTTTTTGGTTTAAA-TAGATTATATTT
66 TAATCTTACAATTGATTTTAAGTTGAATTT-TTGTACATTTTTT-G-TTAAACTAGATTAGAATT
** * * * * *
63432 AAATGTTTGGCTTGACG-AACGTGAAGAAAACGCTACTCATTGAC
128 AAATGTTTACCCTG-CGAAACATAAAGAAAAAGATACTCATTGAC
** * ** * * * *
63476 AAGAAAAATTTATTTATAGTC-CCTTATGGCTTC-AAAAGCGTCATTTCTCGCTTTAAATGATTT
1 AAGAAAAATCCATTTATAGTCACC-CATACCTTCGAAAA-CCTCACTACTCGCTTTAAATGGTTT
* * * * *
63539 TATAATC-T-CATATATGATTTTAAGTTAAATTTTTTTACCA-TTTTTATTAAAATATATTATG-
64 TATAATCTTACA-AT-TGATTTTAAGTTGAATTTTTGTA-CATTTTTTGTTAAACTAGATTA-GA
* * *
63600 ATTGAATGTTTA-CCTCGGGAAACATAAAGAAAAAGTTA-TCTATTGAC
125 ATTAAATGTTTACCCT-GCGAAACATAAAGAAAAAGATACTC-ATTGAC
* * ** * * * * * * * *
63647 ATGAAAAGTCC-TTTCATAGTTGCTCA-AGCCATC-AAAAGTCTAATTACTCCCTCTAAATAGTT
1 AAGAAAAATCCATTT-ATAGTCACCCATA-CCTTCGAAAA-CCTCACTACTCGCTTTAAATGGTT
* * * * *
63709 TCATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTT-TATC-TTTTTGGTTAAAAC-AGATTATG-
63 TTATAATCTTACAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTGTA-CATTTTTTGTT-AAACTAGATTA-GA
* * ** ** * * * *
63770 TTTTAATGCCTACCAC-AAGAAACATGAAGTAAAAG-T-CATCCATAGGC
125 ATTAAATGTTTACC-CTGCGAAACATAAAGAAAAAGATAC-T-CATTGAC
* * * * * ** ** * *
63817 ATGAAAAGT-CTTTTCATAGTCACTTCA-GCCTTCGAAAGGCT-TTTCACTTGCTTTAAATAGTT
1 AAGAAAAATCCATTT-ATAGTCAC-CCATACCTTCGAAAACCTCACT-ACTCGCTTTAAATGGTT
* * * * * * *
63879 TTATAAT-TTCATAATGGATTTTAAGTTGAATTTTTCTACATTTTTGGTTAAAATAAATTATAAT
63 TTATAATCTT-ACAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTGTACATTTTTTGTTAAACTAGATTAGAAT
* * * * * ** * **
63943 TGAATGTTT-GCCTAGGGAAACATGAAGAACAAGCCATTCATTGGT
127 TAAATGTTTACCCT-GCGAAACATAAAGAAAAAGATACTCATTGAC
* * ** ***
63988 AAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCGAAAGGCTTGGTACTCGCTTTAAATGGTTTTA
1 AAGAAAAATCCATTTATAGTCACCCATACCTTCGAAAACCTCACTACTCGCTTTAAATGGTTTTA
* * * * * * *
64053 TAATCTCATAATTGATTTTAGGTTGAATTTTT-TCATATTTTTTATTAAAGTAGATTATAACTT-
66 TAATCTTACAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTGT-ACATTTTTTGTTAAACTAGATTAGAA-TTA
* * * * * ** * *
64116 AATGTCTGCCTTGGGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGGC
129 AATGTTTACCCTGCGAAACATAAAGAAAAAGATACTCATTGAC
* * * * * * * *
64159 AGGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCGTAAGCCTTAGTACTCGCTTTAAATTGTTTTA
1 AAGAAAAATCCATTTATAGTCACCCATACCTTCGAAAACCTCACTACTCGCTTTAAATGGTTTTA
* * * * *
64224 TAATCTCATAATTGA-ATTAAGGTTGAATTGTTT-TACA-TTTTTGATTAAAATAGATTATAATT
66 TAATCTTACAATTGATTTTAA-GTTGAATT-TTTGTACATTTTTTG-TTAAACTAGATTAGAATT
* * * * ** ** * *
64286 GAATGTCTGCCTTAAGAAACATGGAGAAAAAGATATTCATTGGC
128 AAATGTTTACCCTGCGAAACATAAAGAAAAAGATACTCATTGAC
* * * * * * * *
64330 AAGAAAAGTCCATTCATAGTCACTCATACCTTCGAAAGCCTTATTACTTGCTTTAAATGATTTTA
1 AAGAAAAATCCATTTATAGTCACCCATACCTTCGAAAACCTCACTACTCGCTTTAAATGGTTTTA
* *
64395 TAATCTCAGAATTGATTTT-AGTTTGAATTTTT-TAACATTTTT
66 TAATCTTACAATTGATTTTAAG-TTGAATTTTTGT-ACATTTTT
64437 GACTAAAACA
Statistics
Matches: 916, Mismatches: 161, Indels: 112
0.77 0.14 0.09
Matches are distributed among these distances:
169 6 0.01
170 150 0.16
171 596 0.65
172 157 0.17
173 7 0.01
ACGTcount: A:0.34, C:0.14, G:0.14, T:0.38
Consensus pattern (171 bp):
AAGAAAAATCCATTTATAGTCACCCATACCTTCGAAAACCTCACTACTCGCTTTAAATGGTTTTA
TAATCTTACAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTGTACATTTTTTGTTAAACTAGATTAGAATTAAA
TGTTTACCCTGCGAAACATAAAGAAAAAGATACTCATTGAC
Found at i:64251 original size:342 final size:341
Alignment explanation
Indices: 63136--64485 Score: 1336
Period size: 342 Copynumber: 3.9 Consensus size: 341
63126 AACATGAAGA
* * * * *
63136 AAAAGCCCACTTATAGTCACCCATGCCTTCAAAAGCCTTATTAGTCACTTTAAATGGTTTTATAA
1 AAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATTGTTTTATAA
* * *
63201 TCTCATAATTGATTTAAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTTG-TTAAACTAGATTAGAATTGAATG
66 TCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACA-TTTTTGATTAAAATAGATTATAATTGAATG
*
63265 TTTACCCT-GGGAAACATAAAGAAAAAGATATTCATTGAG-AAGAAAAGTCCATTTATAGTCACC
130 TTT-GCCTAGGGAAACATAAAGAAAAAGATATTCATTG-GCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACC
* * * *
63328 CATACCTTCGAAAACCTTACTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTTACAATTGATTTTAAGTT
193 CATACCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTT
* * * * ** * *
63393 GAATTTGTTGTACT-TTTTTGGTTTAAATAGATTAT-ATTTAAATGTTTGGCTTGACG-AACGTG
258 GAATTT-TT-TA-TATTTTTGATTAAAACAGATTATAATTT-AATGTCTACCTT-AGGAAACATG
* * * *
63455 AAGAAAACGCTACTCATTGACAAG
318 AAGAAAAAGCCATTCATTGGCAAG
* ** * * * * *
63479 AAAAATTTATTTATAGTC-CCTTATGGCTTCAAAAGCGTCATTTCTCGCTTTAAA-TGATTTTAT
1 AAAAGTCCATTTATAGTCACC-CATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATTG-TTTTAT
* * *
63542 AATCTCAT-ATATGATTTTAAGTTAAATTTTTTTACCATTTTT-ATTAAAATATATTATGATTGA
64 AATCTCATAAT-TGATTTTAAGTTGAATTTTTTTA-CATTTTTGATTAAAATAGATTATAATTGA
* * * * * *
63605 ATGTTTACCTCGGGAAACATAAAGAAAAAGTTA-TCTATTGACATGAAAAGTCC-TTTCATAGTT
127 ATGTTTGCCTAGGGAAACATAAAGAAAAAGATATTC-ATTGGCAAGAAAAGTCCATTT-ATAGTC
* * * * * * * * * *
63668 GCTCA-AGCCATCAAAAGTCTAATTACTCCCTCTAAATAGTTTCATAATCTCATAATTGATTTTA
190 ACCCATA-CCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTA
* * * ** * ** *
63732 AGTTAAATTTTTTATCTTTTTGGTTAAAACAGATTATGTTTTAATGCCTACCACAAGAAACATGA
254 AGTTGAATTTTTTATATTTTTGATTAAAACAGATTATAATTTAATGTCTACCTTAGGAAACATGA
* * * * *
63797 AGTAAAAGTCATCCATAGGCATG
319 AGAAAAAGCCATTCATTGGCAAG
* * * * * *
63820 AAAAGT-CTTTTCATAGTCACTTCA-GCCTTCGAAAGGCTT-TTCACTTGCTTTAAATAGTTTTA
1 AAAAGTCCATTT-ATAGTCAC-CCATGCCTTCAAAAGCCTTATT-ACTCGCTTTAAATTGTTTTA
* * * * *
63882 TAATTTCATAATGGATTTTAAGTTGAATTTTTCTACATTTTTGGTTAAAATAAATTATAATTGAA
63 TAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGATTAAAATAGATTATAATTGAA
* * ** *
63947 TGTTTGCCTAGGGAAACATGAAGAACAAGCCATTCATTGGTAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACC
128 TGTTTGCCTAGGGAAACATAAAGAAAAAGATATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACC
* * ** *
64012 CATGCCTTCGAAAGGCTTGGTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAGGTT
193 CATACCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTT
* ** * * *
64077 GAATTTTTTCATATTTTTTATTAAAGTAGATTATAACTTAATGTCTGCCTTGGGAAACATGAAGA
258 GAATTTTTT-ATATTTTTGATTAAAACAGATTATAATTTAATGTCTACCTTAGGAAACATGAAGA
*
64142 AAAAGCCATTCATTGGCAGG
322 AAAAGCCATTCATTGGCAAG
** *
64162 AAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCGTAAGCCTTAGTACTCGCTTTAAATTGTTTTATAA
1 AAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATTGTTTTATAA
* *
64227 TCTCATAATTGA-ATTAAGGTTGAATTGTTTTACATTTTTGATTAAAATAGATTATAATTGAATG
66 TCTCATAATTGATTTTAA-GTTGAATTTTTTTACATTTTTGATTAAAATAGATTATAATTGAATG
* * ** * *
64291 TCTGCCTTA-AGAAACATGGAGAAAAAGATATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTCATAGTCACTC
130 TTTGCC-TAGGGAAACATAAAGAAAAAGATATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCC
* * *
64355 ATACCTTCGAAAGCCTTATTACTTGCTTTAAATGATTTTATAATCTCAGAATTGATTTT-AGTTT
194 ATACCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAG-TT
* * * *
64419 GAATTTTTTAACATTTTTGACTAAAACAGATTATAA-TAAATTGTTTACCTTAGGAAACATGAAG
258 GAATTTTTT-ATATTTTTGATTAAAACAGATTATAATTTAA-TGTCTACCTTAGGAAACATGAAG
64483 AAA
321 AAA
64486 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 812, Mismatches: 164, Indels: 63
0.78 0.16 0.06
Matches are distributed among these distances:
340 15 0.02
341 246 0.30
342 344 0.42
343 205 0.25
344 2 0.00
ACGTcount: A:0.34, C:0.14, G:0.14, T:0.38
Consensus pattern (341 bp):
AAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATTGTTTTATAA
TCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGATTAAAATAGATTATAATTGAATGT
TTGCCTAGGGAAACATAAAGAAAAAGATATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCAT
ACCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAA
TTTTTTATATTTTTGATTAAAACAGATTATAATTTAATGTCTACCTTAGGAAACATGAAGAAAAA
GCCATTCATTGGCAAG
Found at i:64483 original size:513 final size:509
Alignment explanation
Indices: 63136--64485 Score: 1417
Period size: 513 Copynumber: 2.6 Consensus size: 509
63126 AACATGAAGA
* * * *
63136 AAAAGCCCACTTATAGTCACCCATGCCTTCAAAAGCCTTATTAGTCACTTTAAATGGTTTTATAA
1 AAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATAGTTTTATAA
* *
63201 TCTCATAATTGATTTAAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTTGTTAAACTAGATTAGAATTGAATGT
66 TCTCATAATTGATTT-AAGTTGAA-TTTTTTACA-TTTTTGTTAAAATAGATTATAATTGAATGT
* * ** * * *
63266 TTACCCTGGGAAACATAAAGAAAAAGATATTCATTGAG-AAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCA
128 CTACCATAAGAAACATGAAGAAAAAGATATTCATTG-GCAAGAAAAGTCCATTCATAGTCACTCA
* * * * *
63330 TACCTTCGAAAACCTTACTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTTACAATTGATTTTAAGTTGA
192 TACCTTCGAAAGCCTTATTACTTGCTTTAAATGATTTTATAATCTCACAATTGATTTTAAGTTGA
* * * * * * *
63395 ATTTGTTGTACTTTTTTGGTTTAAATAGATTATATTTAAATGTTTGGCTTGACG-AACGTGAAGA
257 ATTT-TTCTACATTTTTGGTTAAAATAGATTATA-ATAAATGTTTGCCTT-AGGAAACATGAAGA
* ** * *
63459 AAACGCTACTCATTGACAAGAAAAATTTATTTATAGTCCCTTATGGCTTCAAAAGCGTCATTTCT
319 AAACGCCACTCATTGACAAGAAAAATCCATTTATAGTCCCTCATGCCTTCAAAAGCGTCATTTCT
*
63524 CGCTTTAAATGATTTTATAATCTCATATATGATTTTAAGTTAAATTTTTTTACCATTTTTATTAA
384 CGCTTTAAATGATTTTATAATCTCATATATGATTTTAAGTTAAATTTTTTCACCATTTTTATTAA
* * * ** *
63589 AATATATTATGATTGAATGTTTACCTCGGGAAACATAAAGAAAAAGTTATCTATTGACATG
449 AATAGATTATAATTGAATGTCTACCTCGGGAAACATAAAGAAAAAGCCATCTATTGACAGG
** * * * * * * * *
63650 AAAAGTCC-TTTCATAGTTGCTCAAGCCATCAAAAGTCTAATTACTCCCTCTAAATAGTTTCATA
1 AAAAGTCCATTT-ATAGTCACCCATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATAGTTTTATA
* * ** *
63714 ATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTATC-TTTTTGGTTAAAACAGATTATGTTTTAATG
65 ATCTCATAATTGA-TTTAAGTTGAATTTTTTA-CATTTTT-GTTAAAATAGATTATAATTGAATG
* * * * * * **
63778 CCTACCACAAGAAACATGAAGTAAAAG-TCATCCATAGGCATGAAAAGTCTTTTCATAGTCACTT
127 TCTACCATAAGAAACATGAAGAAAAAGAT-ATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTCATAGTCAC-T
* * * * *
63842 CA-GCCTTCGAAAGGCTT-TTCACTTGCTTTAAAT-AGTTTTATAATTTCATAATGGATTTTAAG
190 CATACCTTCGAAAGCCTTATT-ACTTGCTTTAAATGA-TTTTATAATCTCACAATTGATTTTAAG
* *
63904 TTGAATTTTTCTACATTTTTGGTTAAAATAAATTATAATTGAATGTTTGCC-TAGGGAAACATGA
253 TTGAATTTTTCTACATTTTTGGTTAAAATAGATTATAA-TAAATGTTTGCCTTA-GGAAACATGA
* ** * *
63968 AGAACAA-GCCATTCATTGGTAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACC-CATGCCTTCGAAAG-G-C-
316 AGAA-AACGCCACTCATTGACAAGAAAAATCCATTTATAGTC-CCTCATGCCTTCAAAAGCGTCA
* * * *
64028 TTGGTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATA-ATTGATTTTAGGTTGAATTTTTTCA-TAT
379 TT--T-CTCGCTTTAAATGATTTTATAATCTCATATA-TGATTTTAAGTTAAATTTTTTCACCA-
* * * *
64091 TTTTTATTAAAGTAGATTATAACTT-AATGTCTGCCTTGGGAAACATGAAGAAAAAGCCAT-TCA
439 TTTTTATTAAAATAGATTATAA-TTGAATGTCTACCTCGGGAAACATAAAGAAAAAGCCATCT-A
*
64154 TTGGCAGG
502 TTGACAGG
** * * *
64162 AAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCGTAAGCCTTAGTACTCGCTTTAAATTGTTTTATAA
1 AAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATAGTTTTATAA
*
64227 TCTCATAATTGAATTAAGGTTGAATTGTTTTACATTTTTGATTAAAATAGATTATAATTGAATGT
66 TCTCATAATTGATTTAA-GTTGAATT-TTTTACATTTTTG-TTAAAATAGATTATAATTGAATGT
* * *
64292 CTGCCTTAAGAAACATGGAGAAAAAGATATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTCATAGTCACTCAT
128 CTACCATAAGAAACATGAAGAAAAAGATATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTCATAGTCACTCAT
*
64357 ACCTTCGAAAGCCTTATTACTTGCTTTAAATGATTTTATAATCTCAGAATTGATTTT-AGTTTGA
193 ACCTTCGAAAGCCTTATTACTTGCTTTAAATGATTTTATAATCTCACAATTGATTTTAAG-TTGA
** * *
64421 ATTTTT-TAACATTTTTGACTAAAACAGATTATAATAAATTGTTTACCTTAGGAAACATGAAGAA
257 ATTTTTCT-ACATTTTTGGTTAAAATAGATTATAATAAA-TGTTTGCCTTAGGAAACATGAAGAA
64485 A
320 A
64486 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 679, Mismatches: 123, Indels: 70
0.78 0.14 0.08
Matches are distributed among these distances:
509 2 0.00
510 2 0.00
511 11 0.02
512 272 0.40
513 313 0.46
514 76 0.11
515 3 0.00
ACGTcount: A:0.34, C:0.14, G:0.14, T:0.38
Consensus pattern (509 bp):
AAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATAGTTTTATAA
TCTCATAATTGATTTAAGTTGAATTTTTTACATTTTTGTTAAAATAGATTATAATTGAATGTCTA
CCATAAGAAACATGAAGAAAAAGATATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTCATAGTCACTCATACC
TTCGAAAGCCTTATTACTTGCTTTAAATGATTTTATAATCTCACAATTGATTTTAAGTTGAATTT
TTCTACATTTTTGGTTAAAATAGATTATAATAAATGTTTGCCTTAGGAAACATGAAGAAAACGCC
ACTCATTGACAAGAAAAATCCATTTATAGTCCCTCATGCCTTCAAAAGCGTCATTTCTCGCTTTA
AATGATTTTATAATCTCATATATGATTTTAAGTTAAATTTTTTCACCATTTTTATTAAAATAGAT
TATAATTGAATGTCTACCTCGGGAAACATAAAGAAAAAGCCATCTATTGACAGG
Found at i:65039 original size:170 final size:171
Alignment explanation
Indices: 64745--65084 Score: 390
Period size: 170 Copynumber: 2.0 Consensus size: 171
64735 NNNNNCTCTC
* * *
64745 TTACTCGCTTTAAATGGTTTTATCATCTCATAATTGATTTTAATTAGATTTTTTTTTACATTTTT
1 TTACTCGCTTTAAATGATTTTATCATCTCATAATTGATTTTAATTAGATATTTTTTAACATTTTT
* * * * *
64810 GGTTTAAATAGATTACATTGAATGTTTGGCTTGAAAAACATGACGAAAGTGATATTCATT-GGCA
66 GGTTTAAATAGATTAAATTGAATGTTTGGCCTCAAAAACATGACGAAAGTGATATTCATTAAGAA
* **
64874 GAAAAGTCGACTTATAGTCACTTATGCCTTTAAAAGCCTTT
131 GAAAAGTCCACTTATAGTCACCCATGCCTTTAAAAGCCTTT
* *
64915 TTACTTGCTTTAAATGATTTTA-CAATCTCATAATTGATTTTAGGTT-GA-ATTTTTTAACATTT
1 TTACTCGCTTTAAATGATTTTATC-ATCTCATAATTGATTTTA-ATTAGATATTTTTTAACATTT
* * *
64977 TTGG-TTAAATTAGATTATAATTGAATGTTT-TCCTCAATAAACATTATGAAAAAGT-A-ATTCA
64 TTGGTTTAAA-TAGATTA-AATTGAATGTTTGGCCTCAA-AAACATGACG--AAAGTGATATTCA
* * *
65038 TTAATAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTTGAAAGCCTT
124 TTAAGAAGAAAAGTCCACTTATAGTCACCCATGCCTTTAAAAGCCTT
65085 ATNNNNNNNN
Statistics
Matches: 143, Mismatches: 19, Indels: 15
0.81 0.11 0.08
Matches are distributed among these distances:
168 5 0.03
169 28 0.20
170 66 0.46
171 39 0.27
172 5 0.03
ACGTcount: A:0.33, C:0.12, G:0.13, T:0.42
Consensus pattern (171 bp):
TTACTCGCTTTAAATGATTTTATCATCTCATAATTGATTTTAATTAGATATTTTTTAACATTTTT
GGTTTAAATAGATTAAATTGAATGTTTGGCCTCAAAAACATGACGAAAGTGATATTCATTAAGAA
GAAAAGTCCACTTATAGTCACCCATGCCTTTAAAAGCCTTT
Found at i:65956 original size:171 final size:168
Alignment explanation
Indices: 65462--66046 Score: 530
Period size: 172 Copynumber: 3.4 Consensus size: 168
65452 NNNNNNNNNT
* *
65462 CCTTCAAAAGCCTTATTATT-CGTTTCAAATGGTTTTCTAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAA
1 CCTTCAAAAGCCTTATTATTGC-TTT-AAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAA
* ** *
65526 TCTTTTTATATTTTTTG-TTAAATAGGATTATAATTGAATGTCTGCCTAAGGAAATATAAAGAAA
64 T-TTTTTATA-TTTTTGATTAAATA-GATTATAATTGAATGTTTGCCTTGGGAAACATAAAGAAA
** * ***
65590 AAGATATTCATTGGCAAGAAAAGCCCATTTATACTCATTTAAG
126 AAGCCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATACTCACCCAAG
** * * *
65633 CCTTCGTAAGCATTATTATATGCTTTAAATAGTTTAATAATCTCATAATTGATTTTTTAGTTGAA
1 CCTTCAAAAGCCTTATTAT-TGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGA-TTTTAAGTTGAA
* * * * * * *
65698 TTGTTTTACATTTTTCACTAAGACAGATAATAATTCAATGTTTTCCTTGGGAAACATAAAGAAAA
64 TT-TTTTATATTTTTGATTAA-ATAGATTATAATTGAATGTTTGCCTTGGGAAACATAAAGAAAA
* *
65763 AGCCATTCATTGGGAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATA-
127 AGCCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATACTCACCCA-AG
* * * *
65805 CCTTCAAAAGCCTTATAACTTGCTGTAAATAGTTTTATTATCTCATACTTGATTTTAAGTTGAAA
1 CCTTCAAAAGCCTTATTA-TTGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTG-AA
* * * *
65870 TTTTTTATATTTTTGATTACAATAGATTATTATGGAATGTTTGCCTTGGGTAACATGAAGAAAAT
64 TTTTTTATATTTTTGATTA-AATAGATTATAATTGAATGTTTGCCTTGGGAAACATAAAGAAAA-
** * * * **
65935 A-CCATTCATTGATACGAAAAGTCCATTCATATAAAGTCACTCGTG
127 AGCCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATT--TAT--ACTCACCCAAG
** ** * * * *
65980 CCTTTGAAAGCAATATTACTTGTTTTAAATGGTTTGATAATTTCATAATTGATTTTAAGTTGAAT
1 CCTTCAAAAGCCTTATTA-TTGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAAT
66045 TT
65 TT
66047 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 334, Mismatches: 64, Indels: 29
0.78 0.15 0.07
Matches are distributed among these distances:
171 126 0.38
172 138 0.41
173 8 0.02
174 5 0.01
175 57 0.17
ACGTcount: A:0.34, C:0.13, G:0.13, T:0.40
Consensus pattern (168 bp):
CCTTCAAAAGCCTTATTATTGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATT
TTTTATATTTTTGATTAAATAGATTATAATTGAATGTTTGCCTTGGGAAACATAAAGAAAAAGCC
ATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATACTCACCCAAG
Found at i:66552 original size:171 final size:171
Alignment explanation
Indices: 66202--67584 Score: 798
Period size: 171 Copynumber: 8.1 Consensus size: 171
66192 NNNNNNNNNN
* * * * * * * * *
66202 TTATAATTGAATGTTTGCCTAGGGAAACCTAAAGAAAAAGCA-ATTCATTGCCTAGAAAAGTCCA
1 TTATAATTGAATATCTACCTTGGGAAACGTGAAGAAAAA-AATATTCATTGGCAAGAAAAGTCCA
** * *
66266 TTTATAGTCACCCATACCTTCGAAAATTCTTATTACTCGTTTTAAAAAGTTTTATAATCTCATAA
65 TTTATAGTCACCCATACCTTC-AAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAA
* * * *
66331 TTGATTTTAAGTT-AGATTCTTTTAAAATTTTTGTTAAAAAAGA
129 TTGATTTTAAGTTGA-ATTCTTTTATATTTTTTATTAAAACAGA
** * * *
66374 TTATAATTGAACGTCTACCTTGGGAAATGTGAAGAAAAAGATATTCATTGGCAAGAAAAGTTCAT
1 TTATAATTGAATATCTACCTTGGGAAACGTGAAGAAAAAAATATTCATTGGCAAGAAAAGTCCAT
********** * * *
66439 TTNNNNNNNNNNATACCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTCAAAT-GATTTTATAATATCATATT
66 TTATAGTCACCCATACCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAG-TTTTATAATCTCATAAT
*
66503 TGATTTTAAGTTGAATGT-TTTTATATTTTTTATTCAAACAGA
130 TGATTTTAAGTTGAAT-TCTTTTATATTTTTTATTAAAACAGA
* * * * *
66545 TTATAATTGAATTTTTTA-CTTGAGAAACATGAAGAAAAAAATATTTATTGGCAAGAAAAGTCCA
1 TTATAATTGAA-TATCTACCTTGGGAAACGTGAAGAAAAAAATATTCATTGGCAAGAAAAGTCCA
* * * * *
66609 TTTATAGTCACCCATGCCTGT-AAAAGCTTTATTACACTCTTTAAATAGTTTTCTAATCTCATAA
65 TTTATAGTCACCCATACCT-TCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAA
* *
66673 TTAATTTTAAGTTGAATTCTTTTATATTTTTTTATTAAAACAGG
129 TTGATTTTAAGTTGAATTCTTTTATA-TTTTTTATTAAAACAGA
* * ** * * *
66717 TTATAATTGAATATCTGCCTTAGGAAACGTGAAGAAAAATTTATTCATTAGCAAAAAAAGTGCAT
1 TTATAATTGAATATCTACCTTGGGAAACGTGAAGAAAAAAATATTCATTGGCAAGAAAAGTCCAT
* * ** *********** *
66782 TTATAGTCAACCATCCCTTCAAAAGATTTATTACTNNNNNNNNNNGGTTTTATAATCTCATAAGT
66 TTATAGTCACCCATACCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATT
* * * * * *
66847 AATTTTCAGTTTAATTTTTTTACATTTTTGT-TTAAAACATA
131 GATTTTAAGTTGAATTCTTTTATATTTTT-TATTAAAACAGA
* * * *** * ** **** * ** * *
66888 TTATAATTGAATGTTTGCCTCAAGTAGTGTGAAGAAAATGCCATTCAATGATAATAAAAGTGCAT
1 TTATAATTGAATATCTACCTTGGGAAACGTGAAGAAAAAAATATTCATTGGCAAGAAAAGTCCAT
* * * * * *
66953 TTATATTCACCCATGCCTTCGAAAGCCTTACTA-TACGCTTTAAA-ATGTTTTACAATCTCATCA
66 TTATAGTCACCCATACCTTCAAAAGCCTTATTACT-CGCTTTAAATA-GTTTTATAATCTCATAA
* * * *
67016 TTGATTTT-AGATT-TATTTTTTTA-ACATTTTTAGTTAAAACATA
129 TTGATTTTAAG-TTGAATTCTTTTATA-TTTTTTA-TTAAAACAGA
* ** * * * **
67059 TTATAATTGAATGTCTGGCTTAGGAAACATGAAGAAAAAGATATTCATTGATAAGAAAAGTCCAT
1 TTATAATTGAATATCTACCTTGGGAAACGTGAAGAAAAAAATATTCATTGGCAAGAAAAGTCCAT
********** * *
67124 TTATAGTCACCCNNNNNNNNNNAAGCTTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATT
66 TTATAGTCACCCATACCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATT
* * * *
67189 GATTTTAAG-TGAATTGTTTTTACATTTGTTGTTAAAACAGA
131 GATTTTAAGTTGAATT-CTTTTATATTTTTTATTAAAACAGA
* * * ** * * * * * *
67230 TTATAATTGAATGTTTGCCTCAGGATACATGGAGAAAACAATATTCATTCGCAAGAAAAGTCTAT
1 TTATAATTGAATATCTACCTTGGGAAACGTGAAGAAAAAAATATTCATTGGCAAGAAAAGTCCAT
* * * *********
67295 TTATAGTCACCCATGCCTTCAAAAACCTTATTACACGCTTTAAAT-GATTTTATAANNNNNNNNN
66 TTATAGTCACCCATACCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAG-TTTTATAATCTCATAAT
* * * * * ** * *
67359 NGATTTTAAATTGAATGTTTTTTACATTCTTGGTTCAAATAGA
130 TGATTTTAAGTTGAAT-TCTTTTATATTTTTTATTAAAACAGA
* * * * **** * *** * *
67402 TTTTATTTAAATATCT-GCTCAAAAAATGTGAAGAAAAAGCCATTCACTGACAAGAAAAGTCCAT
1 TTATAATTGAATATCTACCTTGGGAAACGTGAAGAAAAAAATATTCATTGGCAAGAAAAGTCCAT
* * ** * * * *
67466 TTATAGTGACCTAGGCCTTCAAAAGCTTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTCATAATCTTATAATT
66 TTATAGTCACCCATACCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATT
* ** ** *
67531 GATTTTAAGTTAGAATTGTTTTGCATTTTTGGTTAAAACATA
131 GATTTTAAGTT-GAATTCTTTTATATTTTTTATTAAAACAGA
67573 TTATAATTGAAT
1 TTATAATTGAAT
67585 GTCTGCCTAA
Statistics
Matches: 923, Mismatches: 259, Indels: 59
0.74 0.21 0.05
Matches are distributed among these distances:
169 2 0.00
170 20 0.02
171 645 0.70
172 254 0.28
173 2 0.00
ACGTcount: A:0.35, C:0.12, G:0.12, T:0.38
Consensus pattern (171 bp):
TTATAATTGAATATCTACCTTGGGAAACGTGAAGAAAAAAATATTCATTGGCAAGAAAAGTCCAT
TTATAGTCACCCATACCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATT
GATTTTAAGTTGAATTCTTTTATATTTTTTATTAAAACAGA
Found at i:67335 original size:342 final size:341
Alignment explanation
Indices: 66202--75555 Score: 3100
Period size: 342 Copynumber: 27.4 Consensus size: 341
66192 NNNNNNNNNN
* * ** * *
66202 TTATAATTGAATGTTTGCCT-AGGGAAACCTAAAGAAAAAGCA-ATTCATTGCCTAGAAAAGTCC
1 TTATAATTGAATGTTTGCCTCA-GGATACATGGAGAAAAA-AATATTCATTG-CAAGAAAAGT-C
* ** * * *
66265 ATTTATAGTCACCCATACCTTCGAAAATTCTTATTACTCGTTTTAAAAAGTTTTA-TAATCTCAT
62 ATTTATAGTCACCCATGCCTTC-AAAAGCCTTATTACACGCTTT-AAATGTTTTACTAATCTCAT
* * * * ** *
66329 AATTGATTTTAAGTT-AGATTCTTTTA-AAATTTTTGTTAAAAAAGATTATAATTGAACGTCTAC
125 AATTAATTTTAAGTTGA-ATTCTTTTATACATTTTTATTAAAACAGATTATAATTGAATATCTGC
* ** * * * ********** *
66392 CTTGGGAAATGTGAAGAAAAAGATATTCATTGGCAAGAAAAGTTCATTTNNNNNNNNNNATACCT
189 CTTAGGAAACATGAAGAAAAAGATATTCATTAGCAAAAAAAGTCCATTTATAGTCAACCATCCCT
* * * *
66457 TCAAAAGCCTTATTACTCGCTTCAAATGATTTTATAATATCATATTTGATTTTAAGTTGAA-TGT
254 TCAAAAGCTTTATTACTCGCTTCAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTGT
* * *
66521 TTTTATATTTTTTATTCAAACAGA
319 TTTTACA-TTTTTGTTAAAACAGA
* ** * * * *
66545 TTATAATTGAATTTTTTACT-TGAGAAACATGAAGAAAAAAATATTTATTGGCAAGAAAAGTCCA
1 TTATAATTGAATGTTTGCCTCAG-GATACATGGAGAAAAAAATATTCATT-GCAAGAAAAGT-CA
* *
66609 TTTATAGTCACCCATGCCTGT-AAAAGCTTTATTACACTCTTTAAATAGTTTT-CTAATCTCATA
63 TTTATAGTCACCCATGCCT-TCAAAAGCCTTATTACACGCTTTAAAT-GTTTTACTAATCTCATA
** *
66672 ATTAATTTTAAGTTGAATTCTTTTATATTTTTTTATTAAAACAGGTTATAATTGAATATCTGCCT
126 ATTAATTTTAAGTTGAATTCTTTTATACATTTTTATTAAAACAGATTATAATTGAATATCTGCCT
* ** *
66737 TAGGAAACGTGAAGAAAAATTTATTCATTAGCAAAAAAAGTGCATTTATAGTCAACCATCCCTTC
191 TAGGAAACATGAAGAAAAAGATATTCATTAGCAAAAAAAGTCCATTTATAGTCAACCATCCCTTC
* ********** * * * *
66802 AAAAGATTTATTACTNNNNNNNNNNGGTTTTATAATCTCATAAGTAATTTTCAGTTTAATT-TTT
256 AAAAGCTTTATTACTCGCTTCAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTGTTT
*
66866 TTACATTTTTGTTTAAAACATA
321 TTACATTTTTG-TTAAAACAGA
* * * * * * *
66888 TTATAATTGAATGTTTGCCTCAAG-TA-GT-GTGAAGAAAATGCCATTCAATGATAATAAAAGTG
1 TTATAATTGAATGTTTGCCTCAGGATACATGGAGAAAAAAAT---ATTCATTG-CAAGAAAAGT-
* * * *
66950 CATTTATATTCACCCATGCCTTCGAAAGCCTTACTATACGCTTTAAAATGTTTTAC-AATCTCAT
61 CATTTATAGTCACCCATGCCTTCAAAAGCCTTATTACACGCTTT-AAATGTTTTACTAATCTCAT
* * * * * *
67014 CATTGATTTT-AGATT-TATTTTTTTA-ACATTTTTAGTTAAAACATATTATAATTGAATGTCTG
125 AATTAATTTTAAG-TTGAATTCTTTTATACATTTTTA-TTAAAACAGATTATAATTGAATATCTG
* * ***
67076 GCTTAGGAAACATGAAGAAAAAGATATTCATT-G-ATAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCNNN
188 CCTTAGGAAACATGAAGAAAAAGATATTCATTAGCA-AA-AAAAGTCCATTTATAGTCAACCATC
******* *
67139 NNNNNNNAAGCTTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAG-TGAAT
251 CCTTCAAAAGCTTTATTACTCGCTTCAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAAT
67203 TGTTTTTACATTTGTTGTTAAAACAGA
316 TGTTTTTACATTT-TTGTTAAAACAGA
*
67230 TTATAATTGAATGTTTGCCTCAGGATACATGGAGAAAACAATATTCATTCGCAAGAAAAGTCTAT
1 TTATAATTGAATGTTTGCCTCAGGATACATGGAGAAAAAAATATTCATT-GCAAGAAAAGTC-AT
* *********
67295 TTATAGTCACCCATGCCTTCAAAAACCTTATTACACGCTTTAAATGATTTTA-TAANNNNNNNNN
64 TTATAGTCACCCATGCCTTCAAAAGCCTTATTACACGCTTTAAATG-TTTTACTAATCTCATAAT
** * ** * * * * *
67359 NGATTTTAAATTGAATGT-TTTT-TACATTCTTGGTTCAAATAGATTTTATTTAAATATCTG-CT
128 TAATTTTAAGTTGAAT-TCTTTTATACATT-TTTATTAAAACAGATTATAATTGAATATCTGCCT
* ** ** ** * * * **
67421 CAAAAAATGTGAAGAAAAAGCCATTCACT-GACAAGAAAAGTCCATTTATAGT-GACCTAGGCCT
191 TAGGAAACATGAAGAAAAAGATATTCATTAG-CAAAAAAAGTCCATTTATAGTCAACC-ATCCCT
* * *
67484 TCAAAAGCTTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTCATAATCTTATAATTGATTTTAAGTTAGAATTG
254 TCAAAAGCTTTATTACTCGCTTCAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTT-GAATTG
* *
67549 -TTTTGCATTTTTGGTTAAAACATA
318 TTTTTACATTTTT-GTTAAAACAGA
* *
67573 TTATAATTGAATGTCTG-C-C----TA-A---AG------A-A-TCA-TG-AAGAAAAACCTCAT
1 TTATAATTGAATGTTTGCCTCAGGATACATGGAGAAAAAAATATTCATTGCAAG-AAAA-GTCAT
* * ** * *
67618 TTATAGTCACTCATGCCTTCAAAAGCCCTATTAGTCACTTTAATTGGTTTTA-TAATCTCATAAT
64 TTATAGTCACCCATGCCTTCAAAAGCCTTATTACACGCTTTAAAT-GTTTTACTAATCTCATAAT
********** * * * * * *
67682 NNNNNNNNNNTTGAATT-TTTT-TACATTTTT-TGTTAAACTAGATTACAATTGAATGTTTACCC
128 TAATTTTAAGTTGAATTCTTTTATACATTTTTAT-TAAAAC-AGATTATAATTGAATATCTGCCT
* * * * *
67744 TAGGAAACATAAAGAAAAAGATATTTATTGAG-AAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATACCTT
191 TAGGAAACATGAAGAAAAAGATATTCATT-AGCAAAAAAAGTCCATTTATAGTCAACCATCCCTT
* * ** * * * *
67808 CGAAAGCCTTATTAAGCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCACAATTGATTTAAAGTTGAATT-TG
255 CAAAAGCTTTATTACTCGCTTCAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTGT-
* * *
67872 TTTTATATTTTTAGTTTAAATAGA
319 TTTTACATTTTT-GTTAAAACAGA
* * * * * * * ** * * * *
67896 TTATATTTAAATGTTTGGCT-TGGCAAACGTGAAGAAAAAGCTACTCATTAGCAAAAAAAATTTA
1 TTATAATTGAATGTTTGCCTCAGG-ATACATGGAGAAAAAAATATTCATT-GC-AAGAAAAGTCA
* ** * * **
67960 TATATAGTCACTTATGCCTTCAAAAGCCTCATTACTCATTTTAAATGATTTTA-TAATCTCATAA
63 TTTATAGTCACCCATGCCTTCAAAAGCCTTATTACACGCTTTAAATG-TTTTACTAATCTCATAA
* * * * * * * *
68024 TTGATTTTAAGTTAAATAT-TTTTA-CCATTTTTATT-AAACTATATTATGATTGAATGTTTACC
127 TTAATTTTAAGTTGAAT-TCTTTTATACATTTTTATTAAAAC-AGATTATAATTGAATATCTGCC
* * * ** * *
68086 TCAGGAAACGTGAAGCAAAAG-TCA-TCTATT-GACATGAAAAGTCC-TTTCATAGT-TACTCAA
190 TTAGGAAACATGAAGAAAAAGAT-ATTC-ATTAG-CAAAAAAAGTCCATTT-ATAGTCAAC-CAT
** * * * * * * * * *
68146 GTCATCGAAAGCCTAATTACTCCCTTTAAATAGTTTCATAATCTCATAATTGATTTTAAATTGAA
250 CCCTTCAAAAGCTTTATTACTCGCTTCAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAA
* *
68211 TT-CTTTTATC-TTTTTGATTAAAACATA
315 TTGTTTTTA-CATTTTTG-TTAAAACAGA
** * * * ** * * * * * * * * * * *
68238 TTATGTTTTAATGTCTACCAGAAGAAACGTGAAG-CAAAAGTCATCCATAGGCACGAGAAGTCTT
1 TTATAATTGAATGTTTGCCTCAGGATACATGGAGAAAAAAAT-ATTCAT-TGCAAGAAAAGTCAT
* * ** * *
68302 TTCATAGTCACTC-TAGCCTTCGAAAAG-CTTTTTACTTGCTTTAAATATTTTTA-TAATTTCAT
64 TT-ATAGTCACCCAT-GCCTTC-AAAAGCCTTATTACACGCTTTAAAT-GTTTTACTAATCTCAT
* * * * * *
68364 AATTAATTTTAAGTTGAA-T-TTTTCTACATTTTTTGTTAAAATAAATTATAATCGAATGTCTGC
125 AATTAATTTTAAGTTGAATTCTTTTATACA-TTTTTATTAAAACAGATTATAATTGAATATCTGC
** * * * * * *
68427 C-TAGGGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGGGAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATACT
189 CTTA-GGAAACATGAAGAAAAAGATATTCATTAGCAAAAAAAGTCCATTTATAGTCAACCATCCC
* ** * * *
68491 TTCGAAAGGC-TTGGTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATAGATTTTAGGTTGAA-T
253 TTC-AAAAGCTTTATTACTCGCTTCAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATT
* * *
68554 GTTTTCACATTTTTTATTAAAATAGA
317 GTTTTTACA-TTTTTGTTAAAACAGA
* * * * * * * *
68580 TTATAACTGAATGTCTACCTCAGGAAACGTGAAG-AAAAAGTCATTCATTAG-TAGAAAAAGTCC
1 TTATAATTGAATGTTTGCCTCAGGATACATGGAGAAAAAAAT-ATTCATT-GCAAG-AAAAGT-C
** * * *
68643 ATTTATAGTCACCCATGCCTTCGTAAGCCTTAGTACTCGTTTTAAATAGTTTTA-TAATCTCATA
62 ATTTATAGTCACCCATGCCTTCAAAAGCCTTATTACACGCTTTAAAT-GTTTTACTAATCTCATA
** * * * * *
68707 ACCAAATTTAGGTTGAATT-TTTT-TACATTGTTGATTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACC
126 ATTAATTTTAAGTTGAATTCTTTTATACATT-TTTATTAAAACAGATTATAATTGAATATCTGCC
* * * * *
68770 TTAAGAAACAT-AGAGAAAAAGATATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTCATAGTC-ACTCATACC
190 TTAGGAAACATGA-AGAAAAAGATATTCATTAGCAAAAAAAGTCCATTTATAGTCAAC-CATCCC
*********** * * * *
68833 TTCNNNNNNNNNNNTACTTGCTTTAAATGATTTTATAATCTCATAATTGATTTTAGGTTGAA-T-
253 TTCAAAAGCTTTATTACTCGCTTCAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTG
** *
68896 TTTTTATTTTTTTTGACTAAAACAGA
318 TTTTTA-CATTTTTG-TTAAAACAGA
******** * * * *** *
68922 TTATAA-T-AANNNNNNNNNNTTAGGAAACATGAAGAAAAAGCCATTTATTGGCAAGAAAAGTCT
1 TTATAATTGAA--TGTTTGCCTCAGGATACATGGAGAAAAAAATATTCATT-GCAAGAAAAGTC-
** * * *
68985 ATTTATAGTCACCCATATCTTC-GAAGTCCTTATTACTCG-TTTGCAATAGTTTT-CTAATCTCA
62 ATTTATAGTCACCCATGCCTTCAAAAG-CCTTATTACACGCTTT-AAAT-GTTTTACTAATCTCA
* ********** * * * * *
69047 TAATTGA--TTNNNNNNNNNNCTTTTTTACATTTTTAGTCAAAACAGATTATATTTGAATGTCTA
124 TAATTAATTTTAAGTTGAATTCTTTTATACATTTTTA-TTAAAACAGATTATAATTGAATATCTG
* * * ** ** * * *
69110 CCAT-GAGCAACAAGAAGCTAAAGCCATCCA-TAGGTACAAAAAGT-C-TTTCCATAGTC-ACTC
188 CCTTAG-GAAACATGAAGAAAAAGATATTCATTA-GCAAAAAAAGTCCATTT--ATAGTCAAC-C
** * * ********** * * *
69170 AAGCCTTCAAAAGCTCTCTTACTCGCTTNNNNNNNNNNTATCATCTCATAATTGATTTTAACTAG
248 ATCCCTTCAAAAGCTTTATTACTCGCTTCAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTG
* * *
69235 AAGTT-TTTTAACATTTTTAGTTCAAATAGA
313 AA-TTGTTTTTACATTTTT-GTTAAAACAGA
** * * * * * * *** *
69265 TT-GCATTTAATGTTTGGCT-TGAAAAACATGAAGAAAGTGATATTCATTGGCAA-AAAAGTTGA
1 TTATAATTGAATGTTTGCCTCAG-GATACATGGAGAAAAAAATATTCATT-GCAAGAAAAG-TCA
* ** **
69327 CTTATAGTCACTTATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTTGCTTTAAATGATTTTAC-AATCTCATAA
63 TTTATAGTCACCCATGCCTTCAAAAGCCTTATTACACGCTTTAAATG-TTTTACTAATCTCATAA
* * * * * * * *
69391 ATGATTTATCTAG-TG-A---TTTTA-A-ATTTTTAGTTAAAACGGGTTAAAATTGAATGTTTG-
127 TTAATTT-T-AAGTTGAATTCTTTTATACATTTTTA-TTAAAACAGATTATAATTGAATATCTGC
** * * *** * * * *
69448 CTTCAATAAACATTATGAAAAAG-TAATTCATTAATTAGAAAAGTCCGTTTATAGTCACCCATGC
189 CTT-AGGAAACATGAAGAAAAAGAT-ATTCATTAGCAAAAAAAGTCCATTTATAGTCAACCATCC
** * * * *
69512 CTTTGAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTT-AGAT
252 CTTCAAAAGCTTTATTACTCGCTTCAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGA-AT
* *
69576 T-TTTTTATATTTTTTGTTAAAATAGA
316 TGTTTTTACA-TTTTTGTTAAAACAGA
* * * ** * * * *** * * *
69602 TTAAAATTGAATGTCTGTCTCAAAAAATATGAATG-AAAAGCCATCCATCGGCAAGAAAAATCCA
1 TTATAATTGAATGTTTGCCTCAGGATACATGGA-GAAAAAAATATTCAT-TGCAAGAAAAGT-CA
** *
69666 TTTATAGTCACCCATGCCTTTC-AAAGCCTTATTACTTGATTTAAATGGCTTTT--TAATCTCAT
63 TTTATAGTCACCCATGCC-TTCAAAAGCCTTATTACACGCTTTAAAT-G-TTTTACTAATCTCAT
* * ** * * * *
69728 AATTGATTTTAAATTGAATAATATTA-A-ATTTTTTGTTAAAACTGATTATAATTGAATATCTAC
125 AATTAATTTTAAGTTGAATTCTTTTATACA-TTTTTATTAAAACAGATTATAATTGAATATCTGC
* * * * ** * * * *
69791 CTCAGGACACATGAAGAAAAATATATTCATTGGCAAGTAAAGTCTATTTATAGGT-ATCCGTTCC
189 CTTAGGAAACATGAAGAAAAAGATATTCATTAGCAAAAAAAGTCCATTTATA-GTCAACCATCCC
* ** * ** *
69855 TTCAAAAGCCTTATTACTCATTTCAAATAGTTTTCCAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAA-TC
253 TTCAAAAGCTTTATTACTCGCTTCAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTG
* *
69919 TTTTTATATTTTCTGTTAAAAAAGA
318 TTTTTACATTTT-TGTTAAAACAGA
* * * * * * * *
69944 TTATAATTGAATGTCTGCCAT-AGAAAATATGAAGGAAAAGATATTCATTGGCAAGAAAAGCCCA
1 TTATAATTGAATGTTTGCC-TCAGGATACATGGAGAAAAAAATATTCATT-GCAAGAAAAG-TCA
*********** * * * *
70008 TNNNNNNNNNNTCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACATGCTTTAAATGGTTTAATAATCTCATAAT
63 TTTATAGTCACCCATGCCTTCAAAAGCCTTATTACACGCTTTAAATGTTTTACTAATCTCATAAT
* * * ** * * * * * * *
70073 TGATTTTTTAGTTAAATT-GGTT-TACATTTTTTGTTAAGACAGATAATAATTCAATGTTTTCCT
128 T-AATTTTAAGTTGAATTCTTTTATACA-TTTTTATTAAAACAGATTATAATTGAATATCTGCCT
* ** ********** * *
70136 T-GGAAAACATAAAGAAAAAGCCATTCATTNNNNNNNNNNGTCCATTTATAGTCACCCATACCTT
191 TAGG-AAACATGAAGAAAAAGATATTCATTAGCAAAAAAAGTCCATTTATAGTCAACCATCCCTT
* * * * * * * * *
70200 CTAAAGCCTTATAACTTG-TTGTAAATAGTTTTATTATCTCATACTTGATTTTAAGTTTAATT-T
255 CAAAAGCTTTATTACTCGCTT-CAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTGT
** *
70263 TTTTATGTTTTTGATTAAAACATA
319 TTTTACATTTTTG-TTAAAACAGA
* * * * * * * ** *
70287 TTATTATGGAATATCTACCTTAGG-TAACATGAAG-AAAATGTCATTCATT-AATACGAAAAGTC
1 TTATAATTGAATGTTTGCCTCAGGAT-ACATGGAGAAAAAAAT-ATTCATTGCA-A-GAAAAGT-
* * * * * *
70349 CATTTATAATCACCTATGCCTTCAAAAGCCTTAGTACACGCTTTAAATGCTATTA-TAACCTGAT
61 CATTTATAGTCACCCATGCCTTCAAAAGCCTTATTACACGCTTTAAATG-TTTTACTAATCTCAT
* * * * * *
70413 AATTGATTTCAGGTTGAATT-TTTTA-ATATTTTT-TGATAAAACAGATTATAATTGAATGTCTA
125 AATTAATTTTAAGTTGAATTCTTTTATACATTTTTAT--TAAAACAGATTATAATTGAATATCTG
* * * ** * ** * *********** *
70475 CCTCAGGAAACGTGATGTGAAAGACATTCATTAATAAGAAAAGTCCANNNNNNNNNNCCCATACC
188 CCTTAGGAAACATGAAGAAAAAGATATTCATTAGCAAAAAAAGTCCATTTATAGTCAACCATCCC
* * * * * * *
70540 TTCAAAAGCCTTATTGCTCGGTTTACATGGTTTTATAATCTCGTAATTGATTTTAAGTTGGATT-
253 TTCAAAAGCTTTATTACTCGCTTCAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTG
* * *
70604 TTTTTATATTTTTTGCTAAAATAGA
318 TTTTTACA-TTTTTGTTAAAACAGA
* * ** * * * * * *
70629 TTATAATTGATTGTCTGCCTCACTAAACGTGAAG-AAAAAGTCATTTATTAGGAAGAAAAGTCTA
1 TTATAATTGAATGTTTGCCTCAGGATACATGGAGAAAAAAAT-ATTCATT-GCAAGAAAAGTC-A
* * * * * * **********
70693 TTTATAGGCATCGATGCCTTTAAAAGCCTTATTACTCGCTTCAAATNNNNNNNNNNTCTCATAAT
63 TTTATAGTCACCCATGCCTTCAAAAGCCTTATTACACGCTTTAAATGTTTTACTAATCTCATAAT
* * * * * * * * * * *
70758 TGATTTCAAGTTGAATTTTTTTGTA-TTTTTTGTTAAAATAAATTACAATTGAAT-GCTCACCTT
128 TAATTTTAAGTTGAATTCTTTTATACATTTTTATTAAAACAGATTATAATTGAATATCT-GCCTT
* ** * * * * ** *
70821 AGGACATGTGAAGAAAAA-ATCATTTATTGGTAAGAAAAGTTTATTTATAGTC-ACCTATGCCTT
192 AGGAAACATGAAGAAAAAGAT-ATTCATTAGCAAAAAAAGTCCATTTATAGTCAACC-ATCCCTT
** * * * * *
70884 TGAAAGCGTTATTACTCTCTTTAAATGGTTTTATAACCTAATAATTGATTTTAAGTTGAATT-TG
255 CAAAAGCTTTATTACTCGCTTCAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTGT-
* *
70948 TTTTACATTTTTAGTTTAAATAGA
319 TTTTACATTTTT-GTTAAAACAGA
* * * * * * * * *** *
70972 TTATATTTAAATGTTGGCTTGA-AAAACGT-GAGAAAGTTATATTCATTAGC-AGAAAAATCGAT
1 TTATAATTGAATGTTTGCCTCAGGATACATGGAGAAAAAAATATTCATT-GCAAGAAAAGTC-AT
** * * ** **********
71034 TTATAGTCACTTATACCTTTAAAAGCCTTATTACTTGCTTTAANNNNNNNNNNAATCTCATAATT
64 TTATAGTCACCCATGCCTTCAAAAGCCTTATTACACGCTTTAAATGTTTTACTAATCTCATAATT
* * * * * * * *
71099 GATTTTAGGTTGAATT-TGTTA-ACATTTTTTATT-AAGCAGCTTATAATTGAATGTCTACCTCA
129 AATTTTAAGTTGAATTCTTTTATACA-TTTTTATTAAAACAGATTATAATTGAATATCTGCCTTA
** * ** * **
71161 ATAAACATGATGAAAAAGCA-ATTCATTAATAATAAAAGTCCATTTATAGTC-ACCCGCACCTTC
193 GGAAACATGAAGAAAAAG-ATATTCATTAGCAAAAAAAGTCCATTTATAGTCAACCATC-CCTTC
* * * * * * *
71224 GAAAGCCTTATTATTCGCTTTAAATGGTTTTATAACCTCATAATTGATTTTAAGTTGGATTTTTT
256 AAAAGCTTTATTACTCGCTTCAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTGTTT
71289 TTACATTTTTTGTTAAAACAGA
321 TTACA-TTTTTGTTAAAACAGA
* * * * * * * * *** *
71311 TTGTAATTAAATATCTGTCTCAGGAAACATGAAGGAAAAGCCATTAATTGGCAAGAAAAGTCCAT
1 TTATAATTGAATGTTTGCCTCAGGATACATGGAGAAAAAAATATTCATT-GCAAGAAAAGT-CAT
* * * ***
71376 TTATAGTCATCCGTGCATTCAAAAGCCTTATTATTTGCTTTAAATGGTTTT-CTAATCTCATAAT
64 TTATAGTCACCCATGCCTTCAAAAGCCTTATTACACGCTTTAAAT-GTTTTACTAATCTCATAAT
* * * * * * ** *
71440 TGATTTTAAGTTGAATT-GTTT-TACATTTTTTGTTAAAACAGATTATAACTAAATGTCTTTCTC
128 TAATTTTAAGTTGAATTCTTTTATACA-TTTTTATTAAAACAGATTATAATTGAATATCTGCCTT
* * * * * ***********
71503 AAGAAACATAAAGAAAAAGATATTCATTGGCAAGAAAAGTTCATTTATAGTNNNNNNNNNNNTCA
192 AGGAAACATGAAGAAAAAGATATTCATTAGCAAAAAAAGTCCATTTATAGTCAACCATCCCTTCA
* * *
71568 AAAGCCTTATTACTCGCTTCAAATGGTTTTCTAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATT-TTTT
257 AAAGCTTTATTACTCGCTTCAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTGTTTT
* *
71632 TATATTTTTGGTTAAAGCAGA
322 TACATTTTT-GTTAAAACAGA
* * * * * * * *
71653 TTATAATTGAATGTTTACCACAGGAAACATGAAGAGAAAGATATTTATTAGCAAGAAAAGCCCAT
1 TTATAATTGAATGTTTGCCTCAGGATACATGGAGAAAAAAATATTCATT-GCAAGAAAAG-TCAT
********** * * * * *
71718 TTATAGTCACNNNNNNNNNNAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGATTTAATAATCCCATAATT
64 TTATAGTCACCCATGCCTTCAAAAGCCTTATTACACGCTTTAAATGTTTTACTAATCTCATAATT
** ** * * * * *
71783 GGTTTTTTGGTTGAATT-TGTTT-TACATTGTTTGTTAAAACGGATAATAATTGAATGTCTTCCT
129 -AATTTTAAGTTGAATTCT-TTTATACATT-TTTATTAAAACAGATTATAATTGAATATCTGCCT
** * ********** *
71846 T-GGAAGACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGAG-AAGAAAAGTCCATTTNNNNNNNNNNATACCT
191 TAGGAA-ACATGAAGAAAAAGATATTCATT-AGCAAAAAAAGTCCATTTATAGTCAACCATCCCT
* * * * *
71909 TCAAAAGGC-TTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTTATAATTGATGTTAAATTGAATT-
254 TCAAAA-GCTTTATTACTCGCTTCAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTG
* * *
71972 TTTTGATATTTTTTATTAAAACAGA
318 TTTTTACA-TTTTTGTTAAAACAGA
* * * ** * * * * *
71997 CTGTAATTGATTGTCTAACTTTA-GAAACAT-GA-AAAAAAAGTCATTTATTGGGAAGAAAAGTC
1 TTATAATTGAATGT-TTGCCTCAGGATACATGGAGAAAAAAA-T-ATTCATT-GCAAGAAAAGT-
* * ** * *
72059 CATTTACAATCACCCATGCCTTCAAAAGCCTTAGAACTCGCTTTAAATGGTTTTA-TAATCTCAA
61 CATTTATAGTCACCCATGCCTTCAAAAGCCTTATTACACGCTTTAAAT-GTTTTACTAATCTCAT
* * * * * *
72123 AATTGATTTTAACTTGAATTGTTTTATA-TTTTTTATTAAAACAGATTATAATGGAATGTCTGCC
125 AATTAATTTTAAGTTGAATTCTTTTATACATTTTTATTAAAACAGATTATAATTGAATATCTGCC
* * * ** * * * *
72187 TTGGGTAACATGAAGAAAACG-TCATTCATTAATAAGAGAAGTCCATTTATAGTCATCCATGCCT
190 TTAGGAAACATGAAGAAAAAGAT-ATTCATTAGCAAAAAAAGTCCATTTATAGTCAACCATCCCT
* * *
72251 TCAAAA-CTATTAGTT-CACGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTT-GGTTTGAAT
254 TCAAAAGCT-TTA-TTACTCGCTTCAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAG-TTGAAT
* *
72313 T-CTTTAACATTTTTGGTTAAAACAGA
316 TGTTTTTACATTTTT-GTTAAAACAGA
* * * *
72339 TTATAATTGAATGTTTGCCTCAAGA-A-ATGTGATAAAAAAGCTATTCATTAACAAGAAAAGTCC
1 TTATAATTGAATGTTTGCCTCAGGATACATG-GAGAAAAAA-ATATTCATT-GCAAGAAAAGT-C
** * * *
72402 ATTTATAGTCACCATACCATGCCTTTGAAAGTCTTATTACTCGCTTTAAATTATTTTA-TAATCT
62 ATTTATAGTCA-C---CCATGCCTTCAAAAGCCTTATTACACGCTTTAAA-TGTTTTACTAATCT
********** * * * * * * * *
72466 CANNNNNNNNNNTACGTTAAATT-TTTTA-ATATTTTTAGTTAAAATATATTATAATGGATTGTC
122 CATAATTAATTTTAAGTTGAATTCTTTTATACATTTTTA-TTAAAACAGATTATAATTGAATATC
** * ** ** * * * * *
72529 TATCTAAGGAAATGTGAAGCGAAAGACA-TCTATT-GGAGAGAAAAGTTCATTTAAAGTC-ACTC
186 TGCCTTAGGAAACATGAAGAAAAAGATATTC-ATTAGCA-AAAAAAGTCCATTTATAGTCAAC-C
* ** * * * * * *
72591 ATGCCTTTGAAAGCATTATTTCTTGCTTTCAAA-GGTTTGATAATCTCACAATTGATTTTAAGTA
248 ATCCCTTCAAAAGCTTTATTACTCGC-TTCAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTT
* *
72655 GAATT-TTTTAACATTTTAGTTAAAACAGA
312 GAATTGTTTTTACATTTTTGTTAAAACAGA
* * * * *
72684 TTATAATTGAATGTCT-ACTCAGGGAAACATGAAG-AAAAAATCAATCATTGCAAAGAAAAGTCC
1 TTATAATTGAATGTTTGCCTCA-GGATACATGGAGAAAAAAAT-ATTCATTGC-AAGAAAAGT-C
* * **** *
72747 ATTTATAGTCACCCTTACCTTCAAAAGCCTTATTGTTTGCTTTAAATGGTTTTA-TAAGCTCATA
62 ATTTATAGTCACCCATGCCTTCAAAAGCCTTATTACACGCTTTAAAT-GTTTTACTAATCTCATA
* * * * * * * * *
72811 ATTAATTTTAAGTTAAATT-TTTTGGTA-TTTTTTGTTAAAATAGACTGTAATTGATTGT-TGAC
126 ATTAATTTTAAGTTGAATTCTTTT-ATACATTTTTATTAAAACAGATTATAATTGAATATCTG-C
* * * *
72873 CTTGGGAAACATGAAGAAAAAG-TCATTCATT-GCAAAGAAAAGTCCGTTTTTAGTC-ACCATTG
189 CTTAGGAAACATGAAGAAAAAGAT-ATTCATTAGCAAA-AAAAGTCCATTTATAGTCAACCA-TC
* *********** * * *
72935 CCTTCAAAAGCCTTATTACTNNNNNNNNNNAGTTTTATAATCTTATAATTGATGTTAAGTTAAAT
251 CCTTCAAAAGCTTTATTACTCGCTTCAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAAT
** *
73000 T-TTTTGGTATTTTTTTGTTAAGACAGA
316 TGTTTT--TACATTTTTGTTAAAACAGA
* * * * * * * *
73027 TTGTAATTGATTGTCTACCT-TGAGAAACATGAAG-AAAAAATCATTCATTGGGAAGAAAAGTCC
1 TTATAATTGAATGTTTGCCTCAG-GATACATGGAGAAAAAAAT-ATTCATT-GCAAGAAAAGT-C
* * * * *
73090 ATTTACTA-TCACCCATGCCTTCGAAAGCCTTATAACTC-CTTTTAAATGGTTTT-GTAATCCCA
62 ATTTA-TAGTCACCCATGCCTTCAAAAGCCTTATTACACGC-TTTAAAT-GTTTTACTAATCTCA
* * * * * *
73152 AAATTGATTTTAAGTTGAATTGTTTTAT--ATTTTTGATTGAAACAGATTATAATAGAATGTCTG
124 TAATTAATTTTAAGTTGAATTCTTTTATACATTTTT-ATTAAAACAGATTATAATTGAATATCTG
* * * * * * * * *
73215 TCTCAAGTAACATGAA-AAAAACACCAGTCATT-G-ATAAGAAAAGTCCAGTTATAGTCACCCAT
188 CCTTAGGAAACATGAAGAAAAAGA-TATTCATTAGCA-AA-AAAAGTCCATTTATAGTCAACCAT
* *** * * * * *
73277 GCCTTCAAAAAAATTAGTT-CACGCTTAAAATAGTTTTATAATCTGATAATTGATTTT-AGGTGA
250 CCCTTCAAAAGCTTTA-TTACTCGCTTCAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGA
* * *
73340 A-TATTTTAACATTTTTGGTTAAAACAAA
314 ATTGTTTTTACATTTTT-GTTAAAACAGA
* * *** * *
73368 TTATAATTGAATGTTTGCCTCAAGA-A-AAGTGATGAAAAACCCATTCATTAACAAGAAATGTCC
1 TTATAATTGAATGTTTGCCTCAGGATACATG-GA-GAAAAAAATATTCATT-GCAAGAAAAGT-C
*** * * ************
73431 ATTTATAGTCATTTATACCTTCGAAAGCCTTATTACTTNNNNNNNNNNATTTTA-TAATCTCATA
62 ATTTATAGTCACCCATGCCTTCAAAAGCCTTATTAC-ACGCTTTAAATGTTTTACTAATCTCATA
* * * * * * * **
73495 ATTGATTTTACA-TTGAATT-TTTTA-ATATTTTTAATTAAAATATATTATAATGGACTGTCTAT
126 ATTAATTTTA-AGTTGAATTCTTTTATACATTTTT-ATTAAAACAGATTATAATTGAATATCTGC
* * * * * * * * * *
73557 CTCAAGAAACGTGAAGCAAAAGACATCCATTA-CAGAGAAAAGTTCATTTAAAGTC-ACTCATGC
189 CTTAGGAAACATGAAGAAAAAGATATTCATTAGCA-AAAAAAGTCCATTTATAGTCAAC-CATCC
** * * * * * * *
73620 CTTTGAAAGCATAATTTCTTGCTTTC-AATGGTTTGATAATCTCACAATTGATTTTAAGTT-AAA
252 CTTCAAAAGCTTTATTACTCGC-TTCAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAAT
* *
73683 TGTTTTTACTTTTTTGGTTAAAACAAA
316 TGTTTTTACATTTTT-GTTAAAACAGA
* * * * ** * * * * *
73710 TTATAATTGAATGTCTACCAT-GGGAGATGTGCA-AAAAAAACCAATCATTACTAAGAAAATTCT
1 TTATAATTGAATGTTTGCC-TCAGGATACATGGAGAAAAAAA-TATTCATTGC-AAGAAAAGTC-
* * * * *********
73773 ATTTATAGTCACCCTTGCCTTGAAAAGCTTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTA-TNNNNNNNNN
62 ATTTATAGTCACCCATGCCTTCAAAAGCCTTATTACACGCTTTAAAT-GTTTTACTAATCTCATA
* * *
73837 NTTAATTTTAAGTTGAATT-TTTTGAT--ATTTTTGATT-AAACAGATTATAATTGATTATCTAC
126 ATTAATTTTAAGTTGAATTCTTTT-ATACATTTTT-ATTAAAACAGATTATAATTGAATATCTGC
* * * * *
73898 CTTGGGAAACATGAAGAAAAAGCTATTCAGT-GGAAAGAAAAGTCCATTTATAGTC-ACTCATGC
189 CTTAGGAAACATGAAGAAAAAGATATTCATTAGCAAA-AAAAGTCCATTTATAGTCAAC-CATCC
********** * * * * *
73961 CTTCAAANNNNNNNNNNCTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTGAAATAGAATT
252 CTTCAAAAGCTTTATTACTCGCTTCAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATT
* *
74026 -TTTTTGCATATTTTGTTAAAACAGG
317 GTTTTTACAT-TTTTGTTAAAACAGA
* * ** *
74051 TTATAATTGAATGTCTACCTTGGGA-A-ATGTGAAGAAAAAGATATTCATTG-ATGAGAAAAGTC
1 TTATAATTGAATGTTTGCCTCAGGATACATG-G-AGAAAAAAATATTCATTGCA--AGAAAAGT-
** * * * * ********* *
74113 CATTTATAGTCACCCACACTTTCGAAAGCCTTATTACTCACTTTNNNNNNNNNNA-TGATCTCAT
61 CATTTATAGTCACCCATGCCTTCAAAAGCCTTATTACACGCTTT-AAATGTTTTACTAATCTCAT
* * * * * * * *
74177 AATTGATTTTAAGTTG-ACT-TTTTATA-GTTTTTGTTAAAACAGATTATAATTAAATTTTTACC
125 AATTAATTTTAAGTTGAATTCTTTTATACATTTTTATTAAAACAGATTATAATTGAATATCTGCC
* * ** * * * * * **
74239 TCAGAAAACATGAAGAAAAAGGCATTCATTGGCAAGAAAAGCCCATTTACAGTCACCCAAACCTT
190 TTAGGAAACATGAAGAAAAAGATATTCATTAGCAAAAAAAGTCCATTTATAGTCAACCATCCCTT
* * * *
74304 CAAAAGCCTTATTACTCACTTGAAATAG-TTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAA-TGTT
255 CAAAAGCTTTATTACTCGCTTCAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTGTT
*
74367 TTTACTTTTTTAGTTAAAACAGA
320 TTTACATTTTT-GTTAAAACAGA
* * * * * * * * * *
74390 TTAAAATTGAATGTCTACCTCAGGAAACGTGCAG-AAAAAGTCATTCATTAACAAAAAAAGTTTA
1 TTATAATTGAATGTTTGCCTCAGGATACATGGAGAAAAAAAT-ATTCATT-GCAAGAAAAG-TCA
* * * * * * * *
74454 TTTGTAGTCACCCACGCCTTAAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTAATAATCTCACAAT
63 TTTATAGTCACCCATGCCTTCAAAAGCCTTATTACACGCTTTAAATGTTTTACTAATCTCATAAT
* * * * * * * * * * * *
74519 TGATTTGAAGCT-AAATATTTT-TACATATTTTGTTAAGATATATTATAATTGAATGTCTACATT
128 TAATTTTAAGTTGAATTCTTTTATACAT-TTTTATTAAAACAGATTATAATTGAATATCTGCCTT
* * * * ** * * * *
74582 -GTTAAACGTGAAGAAAAAGATATTTATTGGTGAGAAAAGTCCATTTATAATC-TCCTATACCTT
192 AG-GAAACATGAAGAAAAAGATATTCATTAGCAAAAAAAGTCCATTTATAGTCAACC-ATCCCTT
* * * * *
74645 CAAAAGCCTT-TTACTTGCTTTTAAATGGTTTTATGATTTCATAATTGATTTTAAGTTGAATT-T
255 CAAAAGCTTTATTACTCGC-TTCAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTGT
* *
74708 TTTTACAATTTTTATTAAAACAAA
319 TTTTAC-ATTTTTGTTAAAACAGA
* * * * * ** *
74732 TTAAAATTAAAT-TTCTACCTCAGGAAACATGAAGAAAAAGTTATTCATTGGCAAG-AAAGCCCA
1 TTATAATTGAATGTT-TGCCTCAGGATACATGGAGAAAAAAATATTCATT-GCAAGAAAAG-TCA
* * * * * * * *
74795 TTTACATTCACCCAAGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCTCTTTCAATGATTTTA-TAGTCTCATAA
63 TTTATAGTCACCCATGCCTTCAAAAGCCTTATTACACGCTTTAAATG-TTTTACTAATCTCATAA
* * * * * * **
74859 TTGATTTTAAGTTGGA-TGTTTT-TACTTTTTTAGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTATCT
127 TTAATTTTAAGTTGAATTCTTTTATACATTTTTA-TTAAAACAGATTATAATTGAATATCTGCCT
* * * ** * *
74922 TGGGGAACATGTAGAAAAAGCCATTCATT-GACAAGAAAAGTCCATTTATAGT-TACC-TACACC
191 TAGGAAACATGAAGAAAAAGATATTCATTAG-CAAAAAAAGTCCATTTATAGTCAACCAT-C-CC
* *********** * * *
74984 TTCAAAAGCCTTATTACTCANNNNNNNNNNTTTCATAATCTCATAATTGATTTGAAGTTGAAAT-
253 TTCAAAAGCTTTATTACTCGCTTCAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTG
*
75048 TTTTTACATATTTTGTTACAACAGA
318 TTTTTACAT-TTTTGTTAAAACAGA
* * * * * * * * **
75073 TTATAATTGAATGTCTACCTTAGGAAACATGAAGAAAAAGATTTTTATTGGTGAGAAAAGTTCAT
1 TTATAATTGAATGTTTGCCTCAGGATACATGGAGAAAAAAATATTCATT-GCAAGAAAAG-TCAT
* ** **********
75138 TTATAGTCACCCATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTTGCTTTANNNNNNNNNNTAATCTCATAATT
64 TTATAGTCACCCATGCCTTCAAAAGCCTTATTACACGCTTTAAATGTTTTACTAATCTCATAATT
* * * ** * * * * *
75203 GATTTTAAGTTGAATTTTTTTATA-TTTTTTGCTAAAATAGATTAGAATTGAATGTCTACC-TCG
129 AATTTTAAGTTGAATTCTTTTATACATTTTTATTAAAACAGATTATAATTGAATATCTGCCTTAG
* * * * * * * * * *
75266 AGAAACTTGAAGAAAAATATATTTATTAGCAAGAAAAGTTCATTTATTATTTACCCATACATTCA
194 -GAAACATGAAGAAAAAGATATTCATTAGCAAAAAAAGTCCATTTA-TAGTCAACCATCCCTTCA
* * ** * * * * * * *
75331 AAAGCCTTATTATTCAATTTAAATGGTTTTACAATCTCATAGTTGATATTAGGTTGACTTTTTTT
257 AAAGCTTTATTACTCGCTTCAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTGTTTT
*
75396 TACATTTTTAGTTAAAAGAGA
322 TACATTTTT-GTTAAAACAGA
* * * * * * *
75417 TTAT-ATTGAATGTTTCCCT-TGAGAGACATGAAG-AAAAAGTCATTTATTTGCTAGAAAAGTCT
1 TTATAATTGAATGTTTGCCTCAG-GATACATGGAGAAAAAAAT-ATTCA-TTGCAAGAAAAGTC-
* * * * * *
75479 TTTTATAGTCACGCATGCCTGCCAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTA-TGATCTCATA
62 ATTTATAGTCACCCATGCCTTCAAAAGCCTTATTACACGCTTTAAAT-GTTTTACTAATCTCATA
*
75543 ATTGATTTTAAGT
126 ATTAATTTTAAGT
Statistics
Matches: 6780, Mismatches: 1819, Indels: 824
0.72 0.19 0.09
Matches are distributed among these distances:
320 1 0.00
321 6 0.00
322 32 0.00
323 185 0.03
324 7 0.00
325 4 0.00
326 1 0.00
327 1 0.00
329 1 0.00
333 4 0.00
336 1 0.00
337 26 0.00
338 155 0.02
339 371 0.05
340 288 0.04
341 1135 0.17
342 2478 0.37
343 1467 0.22
344 331 0.05
345 107 0.02
346 168 0.02
347 11 0.00
ACGTcount: A:0.34, C:0.13, G:0.12, T:0.37
Consensus pattern (341 bp):
TTATAATTGAATGTTTGCCTCAGGATACATGGAGAAAAAAATATTCATTGCAAGAAAAGTCATTT
ATAGTCACCCATGCCTTCAAAAGCCTTATTACACGCTTTAAATGTTTTACTAATCTCATAATTAA
TTTTAAGTTGAATTCTTTTATACATTTTTATTAAAACAGATTATAATTGAATATCTGCCTTAGGA
AACATGAAGAAAAAGATATTCATTAGCAAAAAAAGTCCATTTATAGTCAACCATCCCTTCAAAAG
CTTTATTACTCGCTTCAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTGTTTTTACA
TTTTTGTTAAAACAGA
Found at i:71266 original size:170 final size:171
Alignment explanation
Indices: 67615--75555 Score: 4644
Period size: 171 Copynumber: 46.5 Consensus size: 171
67605 AGAAAAACCT
* * * * *
67615 CATTTATAGTCACTCATGCCTTCAAAAGCCCTATTAGTCACTTTAATTGGTTTTATAATCTCATA
1 CATTTATAGTCACCCATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATA
********** * *
67680 ATNNNNNNNNNNTTGAATTTTTTTACATTTTTTGTT-AAACTAGATTACAATTGAATGTTTACC-
66 ATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTTGTTAAAAC-AGATTATAATTGAATGTCTACCT
* * * *
67743 CTAGGAAACATAAAGAAAAAG-ATATTTATTGAGAAGAAAAGTC
130 C-AAGAAACATGAAGAAAAAGCA-ATTCATTGACAAGAAAAGTC
* * ** * *
67786 CATTTATAGTCACCCATACCTTCGAAAGCCTTATTAAGCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCACA
1 CATTTATAGTCACCCATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATA
* * * * * * * * **
67851 ATTGATTTAAAGTTGAATTTGTTTTATATTTTTAGTTTAAATAGATTATATTTAAATGTTTGGCT
66 ATTGATTTTAAGTTGAATTT-TTTTACATTTTTTGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCT
** * * * * * *
67916 -TGGCAAACGTGAAGAAAAAGCTACTCATT-AGCAAAAAAAATT
130 CAAG-AAACATGAAGAAAAAGCAATTCATTGA-CAAGAAAAGTC
* * ** * ** *
67958 TATATATAGTCACTTATGCCTTCAAAAGCCTCATTACTCATTTTAAATGATTTTATAATCTCATA
1 CATTTATAGTCACCCATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATA
* * * * * *
68023 ATTGATTTTAAGTTAAATATTTTTACCA-TTTTTATT-AAACTATATTATGATTGAATGTTTACC
66 ATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTA-CATTTTTTGTTAAAAC-AGATTATAATTGAATGTCTACC
* * * *
68086 TCAGGAAACGTGAAGCAAAAGTC-A-TCTATTGACATGAAAAGTC
129 TCAAGAAACATGAAGAAAAAG-CAATTC-ATTGACAAGAAAAGTC
* * * * * * * * * *
68129 C-TTTCATAGTTACTCAAGTCATCGAAAGCCTAATTACTCCCTTTAAATAGTTTCATAATCTCAT
1 CATTT-ATAGTCACCCATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCAT
* * * ** *
68193 AATTGATTTTAAATTGAATTCTTTT--ATCTTTTTGATTAAAACATATTATGTTTTAATGTCTAC
65 AATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACAT-TTTTTG-TTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTAC
** * * * * * * *
68256 CAGAAGAAACGTGAAGCAAAAGTC-ATCCATAGGCACGAGAAGT-
128 CTCAAGAAACATGAAGAAAAAG-CAATTCATTGACAAGAAAAGTC
* * * * ** *
68299 CTTTTCATAGTCACTC-TAGCCTTCGAAAAG-CTTTTTACTTGCTTTAAATATTTTTATAATTTC
1 CATTT-ATAGTCACCCAT-GCCTTC-AAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTC
* * * * * *
68362 ATAATTAATTTTAAGTTGAATTTTTCTACATTTTTTGTTAAAATAAATTATAATCGAATGTCTGC
63 ATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTTGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTAC
* * **
68427 CT-AGGGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGGGAAGAAAAGTC
128 CTCA-AGAAACATGAAGAAAAAGCAATTCATTGACAAGAAAAGTC
* * * * **
68471 CATTTATAGTCACCCATACTTTCGAAAGGCTTGGTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATA
1 CATTTATAGTCACCCATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATA
* * * * * * *
68536 ATAGATTTTAGGTTGAATGTTTTCACATTTTTTATTAAAATAGATTATAACTGAATGTCTACCTC
66 ATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTTGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTC
* * **
68601 AGGAAACGTGAAGAAAAAGTC-ATTCATT-AGTAGAAAAAGTC
131 AAGAAACATGAAGAAAAAG-CAATTCATTGACAAG-AAAAGTC
** * * *
68642 CATTTATAGTCACCCATGCCTTCGTAAGCCTTAGTACTCGTTTTAAATAGTTTTATAATCTCATA
1 CATTTATAGTCACCCATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATA
*** * * *
68707 ACCAAATTTAGGTTGAATTTTTTTACA-TTGTTGATTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCT
66 ATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTTG-TTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCT
* *
68771 TAAGAAACAT-AGAGAAAAAG-ATATTCATTGGCAAGAAAAGTC
130 CAAGAAACATGA-AGAAAAAGCA-ATTCATTGACAAGAAAAGTC
* * * *********** * *
68813 CATTCATAGTCACTCATACCTTCNNNNNNNNNNNTACTTGCTTTAAATGATTTTATAATCTCATA
1 CATTTATAGTCACCCATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATA
* ** * *******
68878 ATTGATTTTAGGTTGAA-TTTTTTATTTTTTTTGACTAAAACAGATTATAA-T-AANNNNNNNNN
66 ATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTTG-TTAAAACAGATTATAATTGAA--TGTCTAC
* * * * * *
68940 NTTAGGAAACATGAAGAAAAAGCCATTTATTGGCAAGAAAAGTC
128 CTCAAGAAACATGAAGAAAAAGCAATTCATTGACAAGAAAAGTC
* ** * * * *
68984 TATTTATAGTCACCCATATCTTC-GAAGTCCTTATTACTCG-TTTGCAATAGTTTTCTAATCTCA
1 CATTTATAGTCACCCATGCCTTCAAAAG-CCTTATTACTCGCTTT-AAATGGTTTTATAATCTCA
*********** * * *
69047 TAATTGATTNNNNNNNNNNCTTTTTTACATTTTTAGTCAAAACAGATTATATTTGAATGTCTACC
64 TAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTTGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACC
* * * ** * * *
69112 AT-GAGCAACAAGAAGCTAAAGCCATCCATAGGTAC-A-AAAAGT-
129 -TCAAGAAACATGAAGAAAAAGCAATTCAT-TG-ACAAGAAAAGTC
* * * ********** *
69154 C-TTTCCATAGTCACTCAAGCCTTCAAAAG-CTCTCTTACTCGCTTNNNNNNNNNNTATCATCTC
1 CATTT--ATAGTCACCCATGCCTTCAAAAGCCT-TATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTC
* * * * * * ** * *
69217 ATAATTGATTTTAACTAGAAGTTTTTTAACATTTTTAGTTCAAATAGATT-GCATTTAATGTTTG
63 ATAATTGATTTTAAGTTGAA-TTTTTTTACATTTTTTGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCT-
* * * ** * *
69281 GCTTGAA-AAACATGAAGAAAGTG-ATATTCATTGGCAA-AAAAGTT
126 ACCTCAAGAAACATGAAGAAAAAGCA-ATTCATTGACAAGAAAAGTC
* * ** * * *
69325 GACTTATAGTCACTTATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTTGCTTTAAATGATTTTACAATCTCATA
1 CATTTATAGTCACCCATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATA
* * * * * * * * * *
69390 AATGATTTATCTAG-TG-A---TTTTAAATTTTTAGTTAAAACGGGTTAAAATTGAATGTTTGCT
66 ATTGATTT-T-AAGTTGAATTTTTTTACATTTTTTGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACC
* * * * * **
69450 TCAATAAACATTATGAAAAAGTAATTCATTAATTAGAAAAGTC
129 TCAAGAAACATGAAGAAAAAGCAATTCATTGACAAGAAAAGTC
* ** * *
69493 CGTTTATAGTCACCCATGCCTTTGAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATAGTTTTATAATCTCATA
1 CATTTATAGTCACCCATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATA
* * * **
69558 ATTGATTTTAAGTT-AGATTTTTTTATATTTTTTGTTAAAATAGATTAAAATTGAATGTCTGTCT
66 ATTGATTTTAAGTTGA-ATTTTTTTACATTTTTTGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCT
* * * * * * *
69622 CAAAAAATATGAATG-AAAAGCCATCCATCGGCAAGAAAAATC
130 CAAGAAACATGAA-GAAAAAGCAATTCATTGACAAGAAAAGTC
* *
69664 CATTTATAGTCACCCATGCCTTTC-AAAGCCTTATTACTTGATTTAAATGGCTTTT-TAATCTCA
1 CATTTATAGTCACCCATGCC-TTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGG-TTTTATAATCTCA
* ** * * * *
69727 TAATTGATTTTAAATTGAATAATATTAAATTTTTTGTTAAAACTGATTATAATTGAATATCTACC
64 TAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTTGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACC
* * * * *
69792 TCAGGACACATGAAGAAAAA-TATATTCATTGGCAAGTAAAGTC
129 TCAAGAAACATGAAGAAAAAGCA-ATTCATTGACAAGAAAAGTC
* * * * * * **
69835 TATTTATAGGT-ATCCGTTCCTTCAAAAGCCTTATTACTC-ATTTCAAATAGTTTTCCAATCTCA
1 CATTTATA-GTCACCCATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTT-AAATGGTTTTATAATCTCA
* * * * *
69898 TAATTGATTTTAAGTTGAATCTTTTTATATTTTCTGTTAAAAAAGATTATAATTGAATGTCT-GC
64 TAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTTGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACC
* * * *
69962 -CATAGAAAATATGAAGGAAAAG-ATATTCATTGGCAAGAAAAGCC
129 TCA-AG-AAACATGAAGAAAAAGCA-ATTCATTGACAAGAAAAGTC
*********** * *
70006 CATNNNNNNNNNNTCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACAT-GCTTTAAATGGTTTAATAATCTCAT
1 CATTTATAGTCACCCATGCCTTCAAAAGCCTTATTAC-TCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCAT
* * ** * * * * *
70070 AATTGATTTTTTAGTTAAATTGGTTTACATTTTTTGTTAAGACAGATAATAATTCAATGTTTTCC
65 AATTGA-TTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTTGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACC
** * * **********
70135 T-TGGAAAACATAAAGAAAAAGCCATTCATTNNNNNNNNNNGTC
129 TCAAG-AAACATGAAGAAAAAGCAATTCATTGACAAGAAAAGTC
* * * * * *
70178 CATTTATAGTCACCCATACCTTCTAAAGCCTTATAACTTG-TTGTAAATAGTTTTATTATCTCAT
1 CATTTATAGTCACCCATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTT-TAAATGGTTTTATAATCTCAT
* * * * * *
70242 ACTTGATTTTAAGTTTAATTTTTTT--ATGTTTTTGATTAAAACATATTATTATGGAATATCTAC
65 AATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACAT-TTTTTG-TTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTAC
* * * * * * *
70305 CTTAGGTAACATGAAGAAAATGTC-ATTCATTAATACGAAAAGTC
128 CTCAAGAAACATGAAGAAAAAG-CAATTCATTGACAAGAAAAGTC
* * * * * * * *
70349 CATTTATAATCACCTATGCCTTCAAAAGCCTTAGTACACGCTTTAAATGCTATTATAACCTGATA
1 CATTTATAGTCACCCATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATA
* * * * *
70414 ATTGATTTCAGGTTGAATTTTTTAATATTTTTTGATAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTC
66 ATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTTGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTC
* * * ** * *
70479 AGGAAACGTGATGTGAAAG-ACATTCATTAATAAGAAAAGTC
131 AAGAAACATGAAGAAAAAGCA-ATTCATTGACAAGAAAAGTC
********** * * * * *
70520 CANNNNNNNNNNCCCATACCTTCAAAAGCCTTATTGCTCGGTTTACATGGTTTTATAATCTCGTA
1 CATTTATAGTCACCCATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATA
* * * * * *
70585 ATTGATTTTAAGTTGGATTTTTTTATATTTTTTGCTAAAATAGATTATAATTGATTGTCTGCCTC
66 ATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTTGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTC
** * * *
70650 ACTAAACGTGAAGAAAAAGTC-ATTTATT-AGGAAGAAAAGTC
131 AAGAAACATGAAGAAAAAG-CAATTCATTGA-CAAGAAAAGTC
* * * * * * **********
70691 TATTTATAGGCATCGATGCCTTTAAAAGCCTTATTACTCGCTTCAAATNNNNNNNNNNTCTCATA
1 CATTTATAGTCACCCATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATA
* ** * * *
70756 ATTGATTTCAAGTTGAATTTTTTTGTATTTTTTGTTAAAATAAATTACAATTGAATG-CTCACCT
66 ATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTTGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCT-ACCT
* * * ** * * ** *
70820 TAGGACATGTGAAGAAAAAATC-ATTTATTGGTAAGAAAAGTT
130 CAAGAAACATGAAG-AAAAAGCAATTCATTGACAAGAAAAGTC
* * ** * * * *
70862 TATTTATAGTCACCTATGCCTTTGAAAGCGTTATTACTCTCTTTAAATGGTTTTATAACCTAATA
1 CATTTATAGTCACCCATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATA
* * * * * * *
70927 ATTGATTTTAAGTTGAATTTGTTTTACATTTTTAGTTTAAATAGATTATATTTAAATGT-TGGCT
66 ATTGATTTTAAGTTGAATTT-TTTTACATTTTTTGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCT-ACC
* * * *
70991 TGAA-AAACGTG-AG--AAAGTTATATTCATT-AGC-AGAAAAATC
129 TCAAGAAACATGAAGAAAAAG-CA-ATTCATTGA-CAAGAAAAGTC
* ** * * * **********
71031 GATTTATAGTCACTTATACCTTTAAAAGCCTTATTACTTGCTTTAANNNNNNNNNNAATCTCATA
1 CATTTATAGTCACCCATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATA
* * * * * *
71096 ATTGATTTTAGGTTGAATTTGTTAACATTTTTTATT-AAGCAGCTTATAATTGAATGTCTACCTC
66 ATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTTGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTC
* * * * *
71160 AATAAACATGATGAAAAAGCAATTCATTAATAATAAAAGTC
131 AAGAAACATGAAGAAAAAGCAATTCATTGACAAGAAAAGTC
*** * * *
71201 CATTTATAGTCACCCGCACCTTCGAAAGCCTTATTATTCGCTTTAAATGGTTTTATAACCTCATA
1 CATTTATAGTCACCCATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATA
* * * * **
71266 ATTGATTTTAAGTTGGATTTTTTTTACATTTTTTGTTAAAACAGATTGTAATTAAATATCTGTCT
66 ATTGATTTTAAGTT-GAATTTTTTTACATTTTTTGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCT
* * * * *
71331 CAGGAAACATGAAGGAAAAGCCATTAATTGGCAAGAAAAGTC
130 CAAGAAACATGAAGAAAAAGCAATTCATTGACAAGAAAAGTC
* * * * * *
71373 CATTTATAGTCATCCGTGCATTCAAAAGCCTTATTATTTGCTTTAAATGGTTTTCTAATCTCATA
1 CATTTATAGTCACCCATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATA
* * * **
71438 ATTGATTTTAAGTTGAATTGTTTTACATTTTTTGTTAAAACAGATTATAACTAAATGTCTTTCTC
66 ATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTTGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTC
* * *
71503 AAGAAACATAAAGAAAAAG-ATATTCATTGGCAAGAAAAGTT
131 AAGAAACATGAAGAAAAAGCA-ATTCATTGACAAGAAAAGTC
*********** * *
71544 CATTTATAGTNNNNNNNNNNNTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTCAAATGGTTTTCTAATCTCATA
1 CATTTATAGTCACCCATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATA
* * * * * *
71609 ATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTATATTTTTGGTTAAAGCAGATTATAATTGAATGTTTACCAC
66 ATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTTGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTC
* * * *
71674 AGGAAACATGAAGAGAAAG-ATATTTATT-AGCAAGAAAAGCC
131 AAGAAACATGAAGAAAAAGCA-ATTCATTGA-CAAGAAAAGTC
********** * * * *
71715 CATTTATAGTCACNNNNNNNNNNAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGATTTAATAATCCCATA
1 CATTTATAGTCACCCATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATA
* ** * * * *
71780 ATTGGTTTTTTGGTTGAATTTGTTTTACATTGTTTGTTAAAACGGATAATAATTGAATGTCTTCC
66 ATT-GATTTTAAGTTGAATTT-TTTTACATTTTTTGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACC
** * *
71845 T-TGGAAGACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGAGAAGAAAAGTC
129 TCAAGAA-ACATGAAGAAAAAGCAATTCATTGACAAGAAAAGTC
********** * * * *
71888 CATTTNNNNNNNNNNATACCTTCAAAAGGCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTTATA
1 CATTTATAGTCACCCATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATA
* * * * * * * * * *
71953 ATTGATGTTAAATTGAATTTTTTGATATTTTTTATTAAAACAGACTGTAATTGATTGTCTAACTT
66 ATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTTGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTC
* * * **
72018 TAGAAACATGAAAAAAAAGTC-ATTTATTGGGAAGAAAAGTC
131 AAGAAACATGAAGAAAAAG-CAATTCATTGACAAGAAAAGTC
* * ** *
72059 CATTTACAATCACCCATGCCTTCAAAAGCCTTAGAACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCAAA
1 CATTTATAGTCACCCATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATA
* * * * * * *
72124 ATTGATTTTAACTTGAATTGTTTTATATTTTTTATTAAAACAGATTATAATGGAATGTCTGCCTT
66 ATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTTGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTC
** * * * * *
72189 GGGTAACATGAAGAAAACGTC-ATTCATTAATAAGAGAAGTC
131 AAGAAACATGAAGAAAAAG-CAATTCATTGACAAGAAAAGTC
* * *
72230 CATTTATAGTCATCCATGCCTTCAAAA-CTATTAGTT-CACGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCA
1 CATTTATAGTCACCCATGCCTTCAAAAGC-CTTA-TTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCA
* * * * * *
72293 TAATTGATTTT-GGTTTGAATTCTTTAACATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTGC
64 TAATTGATTTTAAG-TTGAATTTTTTTACATTTTTTGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTAC
** * *
72357 CTCAAGAAATGTGATA-AAAAAGCTATTCATTAACAAGAAAAGTC
128 CTCAAGAAACATGA-AGAAAAAGCAATTCATTGACAAGAAAAGTC
** * **
72401 CATTTATAGTCACCATACCATGCCTTTGAAAGTCTTATTACTCGCTTTAAATTATTTTATAATCT
1 CATTTATAGTCA-C---CCATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCT
********** * * * * * * * * *
72466 CANNNNNNNNNNTACGTTAAATTTTTTAATATTTTTAGTTAAAATATATTATAATGGATTGTCTA
62 CATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTTGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTA
* ** ** * *
72531 TCT-AAGGAAATGTGAAGCGAAAG-ACA-TCTATTGGA-GAGAAAAGTT
127 CCTCAA-GAAACATGAAGAAAAAGCA-ATTC-ATT-GACAAGAAAAGTC
* * ** * * * * *
72576 CATTTAAAGTCACTCATGCCTTTGAAAGCATTATTTCTTGCTTTCAAA-GGTTTGATAATCTCAC
1 CATTTATAGTCACCCATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTT-AAATGGTTTTATAATCTCAT
* * *
72640 AATTGATTTTAAGTAGAATTTTTTAACA-TTTTAGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTA-CT
65 AATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTTGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCT
* *
72703 CAGGGAAACATGAAGAAAAAATCAA-TCATTG-CAAAGAAAAGTC
130 CA-AGAAACATGAAG-AAAAAGCAATTCATTGAC-AAGAAAAGTC
* * ** * *
72746 CATTTATAGTCACCCTTACCTTCAAAAGCCTTATTGTTTGCTTTAAATGGTTTTATAAGCTCATA
1 CATTTATAGTCACCCATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATA
* * *** * * * *
72811 ATTAATTTTAAGTTAAATTTTTTGGTATTTTTTGTTAAAATAGACTGTAATTGATTGT-TGACCT
66 ATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTTGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCT-ACCT
***
72875 TGGGAAACATGAAGAAAAAGTC-ATTCATTG-CAAAGAAAAGTC
130 CAAGAAACATGAAGAAAAAG-CAATTCATTGAC-AAGAAAAGTC
* * *********** *
72917 CGTTTTTAGTCA-CCATTGCCTTCAAAAGCCTTATTACTNNNNNNNNNNAGTTTTATAATCTTAT
1 CATTTATAGTCACCCA-TGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCAT
* * * * * *
72981 AATTGATGTTAAGTTAAATTTTTTGGTA-TTTTTTTGTTAAGACAGATTGTAATTGATTGTCTAC
65 AATTGATTTTAAGTTGAATTTTTT--TACATTTTTTGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTAC
** * **
73045 CTTGAGAAACATGAAGAAAAAATC-ATTCATTGGGAAGAAAAGTC
128 CTCAAGAAACATGAAG-AAAAAGCAATTCATTGACAAGAAAAGTC
* * * *
73089 CATTTACTA-TCACCCATGCCTTCGAAAGCCTTATAACTC-CTTTTAAATGGTTTTGTAATCCCA
1 CATTTA-TAGTCACCCATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGC-TTTAAATGGTTTTATAATCTCA
* * * * * **
73152 AAATTGATTTTAAGTTGAATTGTTTTATA-TTTTTGATTGAAACAGATTATAATAGAATGTCTGT
64 TAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTTG-TTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTAC
* * *
73216 CTCAAGTAACATGAA-AAAAA-CACCAGTCATTGATAAGAAAAGTC
128 CTCAAGAAACATGAAGAAAAAGCA--ATTCATTGACAAGAAAAGTC
* *** * * * *
73260 CAGTTATAGTCACCCATGCCTTCAAAAAAATTAGTT-CACGCTTAAAATAGTTTTATAATCTGAT
1 CATTTATAGTCACCCATGCCTTCAAAAGCCTTA-TTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCAT
* * * * * * *
73324 AATTGATTTT-AGGTGAATATTTTAACATTTTTGGTTAAAACAAATTATAATTGAATGTTTGCCT
65 AATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTTGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCT
* * * * *
73388 CAAGAAA-AGTGATGAAAAACCCATTCATTAACAAGAAATGTC
130 CAAGAAACA-TGAAGAAAAAGCAATTCATTGACAAGAAAAGTC
*** * * ************
73430 CATTTATAGTCATTTATACCTTCGAAAGCCTTATTACTTNNNNNNNNNNATTTTATAATCTCATA
1 CATTTATAGTCACCCATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATA
* * ** * * * * *
73495 ATTGATTTTACA-TTGAATTTTTTAATATTTTTAATTAAAATATATTATAATGGACTGTCTATCT
66 ATTGATTTTA-AGTTGAATTTTTTTACATTTTTTGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCT
* * * *
73559 CAAGAAACGTGAAGCAAAAG-ACATCCATT-ACAGAGAAAAGTT
130 CAAGAAACATGAAGAAAAAGCA-ATTCATTGACA-AGAAAAGTC
* * ** * * * * * * *
73601 CATTTAAAGTCACTCATGCCTTTGAAAGCATAATTTCTTGCTTTCAATGGTTTGATAATCTCACA
1 CATTTATAGTCACCCATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATA
* * *
73666 ATTGATTTTAAGTTAAATGTTTTTAC-TTTTTTGGTTAAAACAAATTATAATTGAATGTCTACCA
66 ATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTT-GTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACC-
** * ** * * *
73730 T-GGGAGATGTGCAAAAAAAACCAA-TCATT-ACTAAGAAAATTC
129 TCAAGAAACATG-AAGAAAAAGCAATTCATTGAC-AAGAAAAGTC
* * * * *********
73772 TATTTATAGTCACCCTTGCCTTGAAAAGCTTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATNNNNNNNNN
1 CATTTATAGTCACCCATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATA
* * * * * *
73837 NTTAATTTTAAGTTGAATTTTTTGATA-TTTTTGATT-AAACAGATTATAATTGATTATCTACCT
66 ATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTTG-TTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCT
*** * *
73900 TGGGAAACATGAAGAAAAAGCTATTCAGTGGA-AAGAAAAGTC
130 CAAGAAACATGAAGAAAAAGCAATTCA-TTGACAAGAAAAGTC
* ********** *
73942 CATTTATAGTCACTCATGCCTTCAAANNNNNNNNNNCTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATA
1 CATTTATAGTCACCCATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATA
* * * * * * *
74007 ATTGATTTGAAATAGAATTTTTTTGCATATTTTGTTAAAACAGGTTATAATTGAATGTCTACCTT
66 ATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTTGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTC
** ** **
74072 GGGAAATGTGAAGAAAAAG-ATATTCATTGATGAGAAAAGTC
131 AAGAAACATGAAGAAAAAGCA-ATTCATTGACAAGAAAAGTC
** * * * ********** *
74113 CATTTATAGTCACCCACACTTTCGAAAGCCTTATTACTCACTTTNNNNNNNNNNATGATCTCATA
1 CATTTATAGTCACCCATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATA
* * * * * *
74178 ATTGATTTTAAGTTG-A-CTTTTTATAGTTTTTGTTAAAACAGATTATAATTAAATTTTTACCTC
66 ATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTTGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTC
* *
74241 -AGAAAACATGAAGAAAAAGGC-ATTCATTGGCAAGAAAAGCC
131 AAG-AAACATGAAGAAAAA-GCAATTCATTGACAAGAAAAGTC
* ** * * *
74282 CATTTACAGTCACCCAAACCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTGAAATAG-TTTATAATCTCATA
1 CATTTATAGTCACCCATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATA
* *
74346 ATTGATTTTAAGTTGAATGTTTTTAC-TTTTTTAGTTAAAACAGATTAAAATTGAATGTCTACCT
66 ATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTT-GTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCT
* * * * * *
74410 CAGGAAACGTGCAGAAAAAGTC-ATTCATTAACAAAAAAAGTT
130 CAAGAAACATGAAGAAAAAG-CAATTCATTGACAAGAAAAGTC
* * * * * * *
74452 TATTTGTAGTCACCCACGCCTTAAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTAATAATCTCACA
1 CATTTATAGTCACCCATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATA
* * * * * * * * * *
74517 ATTGATTTGAAGCTAAATATTTTTACATATTTTGTTAAGATATATTATAATTGAATGTCTACATT
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*** * * ***
74582 GTTAAACGTGAAGAAAAAG-ATATTTATTGGTGAGAAAAGTC
131 AAGAAACATGAAGAAAAAGCA-ATTCATTGACAAGAAAAGTC
* * * * * * *
74623 CATTTATAATCTCCTATACCTTCAAAAGCCTT-TTACTTGCTTTTAAATGGTTTTATGATTTCAT
1 CATTTATAGTCACCCATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGC-TTTAAATGGTTTTATAATCTCAT
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74687 AATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACAATTTTTATTAAAACAAATTAAAATTAAATTTCTACCT
65 AATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTTGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCT
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74752 CAGGAAACATGAAGAAAAAGTTATTCATTGGCAAG-AAAGCC
130 CAAGAAACATGAAGAAAAAGCAATTCATTGACAAGAAAAGTC
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74793 CATTTACATTCACCCAAGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCTCTTTCAATGATTTTATAGTCTCATA
1 CATTTATAGTCACCCATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATA
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74858 ATTGATTTTAAGTTGGATGTTTTTAC-TTTTTTAGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTATCT
66 ATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTT-GTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCT
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74964 CATTTATAGTTACCTACACCTTCAAAAGCCTTATTACTCANNNNNNNNNNTTTCATAATCTCATA
1 CATTTATAGTCACCCATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATA
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75135 CATTTATAGTCACCCATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTTGCTTTANNNNNNNNNNTAATCTCATA
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75200 ATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTTGCTAAAATAGATTAGAATTGAATGTCTACCTC
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75306 CATTTATTATTTACCCATACATTCAAAAGCCTTATTATTCAATTTAAATGGTTTTACAATCTCAT
1 CATTTA-TAGTCACCCATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCAT
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65 AATTGATTTTAAGTTGA-ATTTTTTTACATTTTTTGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACC
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75435 TTGAGAGACATGAAGAAAAAGTC-ATTTATTTG-CTAGAAAAGTC
129 TCAAGAAACATGAAGAAAAAG-CAATTCA-TTGACAAGAAAAGTC
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75478 TTTTTATAGTCACGCATGCCTGCCAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATGATCTCATA
1 CATTTATAGTCACCCATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATA
75543 ATTGATTTTAAGT
66 ATTGATTTTAAGT
Statistics
Matches: 5907, Mismatches: 1628, Indels: 470
0.74 0.20 0.06
Matches are distributed among these distances:
166 28 0.00
167 55 0.01
168 115 0.02
169 231 0.04
170 801 0.14
171 3596 0.61
172 792 0.13
173 161 0.03
174 9 0.00
175 117 0.02
176 2 0.00
ACGTcount: A:0.34, C:0.13, G:0.13, T:0.37
Consensus pattern (171 bp):
CATTTATAGTCACCCATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATA
ATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTTGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTC
AAGAAACATGAAGAAAAAGCAATTCATTGACAAGAAAAGTC
Done.