Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: NW_018397884.1 Herrania umbratica cultivar Fairchild unplaced genomic scaffold, ASM216827v2 scaffold_1189.0, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000
Length: 20599
ACGTcount: A:0.28, C:0.09, G:0.10, T:0.27
Warning! 5200 characters in sequence are not A, C, G, or T
Found at i:1958 original size:171 final size:171
Alignment explanation
Indices: 1668--3031 Score: 1518
Period size: 171 Copynumber: 8.0 Consensus size: 171
1658 NNNNNNNNNN
* * * * *
1668 TTTAAAGAGAGTAGTAAGGCTTTTGAGGGAATGGGTAATTATAAATGGACTTTTGC-T-CCTAAT
1 TTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTT-CTTGCC-AAT
* * * * * *
1731 GAATG-GCTTTTTCTACATGTTTCTTAAGGCAGGCATTCAATTATAGTCTGTTTTAACCAAAAAT
64 GAATGCTCTTTTTCTTCATGTTTCTCAAGGTAGACATTCAATTATAGTCTATTTTAACCAAAAAT
*
1795 GCAAAAAATTTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCA
129 GCAAAAAA-TTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACAA
1839 TTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGA
1 TTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGA
* *
1904 AT-CTCTTTTTCTTCATGTTTCTCAAGGTAGACATTTAATTATAGTCTATTTTAACCAAATATGT
66 ATGCTCTTTTTCTTCATGTTTCTCAAGGTAGACATTCAATTATAGTCTATTTTAACCAAAAATG-
* *
1968 AAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTGTGAGATTATAAAACAA
130 CAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACAA
* * * * * *
2010 TTTAAAGCGAGTAATAATGCTTTTGAAGGAATAGGAGACTGTAAATGAACTTCTCTTGCCAATGA
1 TTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGA
* * * * * *
2075 ATGCT-TTTTTCTTTATGTTTCTCAAGGTAAACATTCAATTATAGCCTGTTTCAATCAAAAAT-C
66 ATGCTCTTTTTCTTCATGTTTCTCAAGGTAGACATTCAATTATAGTCTATTTTAACCAAAAATGC
* * *
2138 TAAAAATATTAAACTTAAAATCAATTATGAGATCATAAAACCA
131 -AAAAA-ATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACAA
* * * * *
2181 TTTAAAGCGACTAATAAGGCCTTTAAAGGAGTGGGTGACTATAAATGGACTTTTTTTGCCAATGA
1 TTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGA
2246 ATGC-CTTTTTCTTCATGTTTCTCAAGGTAGACATTCAATTATAGTCTATTTTAACCAAAAATGT
66 ATGCTCTTTTTCTTCATGTTTCTCAAGGTAGACATTCAATTATAGTCTATTTTAACCAAAAATG-
* * * *
2310 TAACAAATTCAACTTAAAATCAACTATGAGTTTATAAAACAA
130 CAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACAA
* * ** * ** * *
2352 -TTAAGAGCGAGTAATATGGCTTTTGAAAGAATAAGAGACTATAAATAAACTTTTCTTACCAATA
1 TTTAA-AGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATG
* * * * * * * *
2416 AATACT-TTTTTCTTTATGTTTCTCGAGGTAAACATTCAACTATAGTATGTTTTTACCAAAAAT-
65 AATGCTCTTTTTCTTCATGTTTCTCAAGGTAGACATTCAATTATAGTCTATTTTAACCAAAAATG
* *
2479 CTAAAAAAATTTAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTA
130 C--AAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACAA
** * * * * * *
2523 TTTAAAATGAGCAATAAGGCCTTTGAAGGAATGGGTGACTAGAAATAGACATTTTTTTACCAATG
1 TTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGAC-TTTTCTTGCCAATG
* * * * *
2588 AATGC-CTTTTTTTTTATGTTTCTCGAGGTAGACATTCAACTATAGTCTATTTTAACTAAAAATG
65 AATGCTCTTTTTCTTCATGTTTCTCAAGGTAGACATTCAATTATAGTCTATTTTAACCAAAAATG
*
2652 TAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACAA
130 -CAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACAA
* * * * * *
2695 TTTAAAGAGAGTAGTAAGACTTTTGAAGGAATGGGTGATTATATATGGACTTTTATT-CTCAATG
1 TTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGC-CAATG
* * ** * ** * * *
2759 AATG-GCTTTTTCTACACCTTTTTTGAGGTA-AGCATTCAATTAAAGTCTGTTTTAAACAAAAAT
65 AATGCTCTTTTTCTTCATGTTTCTCAAGGTAGA-CATTCAATTATAGTCTATTTTAACCAAAAAT
* * *
2822 GTGAAAAAATTCAAGTTAAAATCAATGATGAGATTATAAAACAA
129 G-CAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACAA
** * *
2866 TTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATAAGAGACTATAAATAGACTTTTCTTGCCAATGA
1 TTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGA
* ** ** * * *
2931 ATGCT-TTTTTCTTTACATTTCTTGAGGTAAACATTTAATTATACTCTATTTTAACCAAAAAT-C
66 ATGCTCTTTTTCTTCATGTTTCTCAAGGTAGACATTCAATTATAGTCTATTTTAACCAAAAATGC
*
2994 TAACCAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAA
131 -AA-AAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAA
3032 CGCCATCTAA
Statistics
Matches: 1006, Mismatches: 160, Indels: 54
0.82 0.13 0.04
Matches are distributed among these distances:
170 14 0.01
171 826 0.82
172 166 0.17
ACGTcount: A:0.38, C:0.12, G:0.14, T:0.35
Consensus pattern (171 bp):
TTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGA
ATGCTCTTTTTCTTCATGTTTCTCAAGGTAGACATTCAATTATAGTCTATTTTAACCAAAAATGC
AAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACAA
Found at i:2845 original size:514 final size:509
Alignment explanation
Indices: 1668--3031 Score: 1786
Period size: 514 Copynumber: 2.7 Consensus size: 509
1658 NNNNNNNNNN
* * **
1668 TTTAAAGAGAGTAGTAAGGCTTTTGAGGGAATGGGTAATTATAAATGGACTTTTGCTCCTAATGA
1 TTTAAAGAGAGTAGTAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGATTATAAATGGACTTTTATTCC-AATGA
* *
1733 ATGGCTTTTTCTACATGTTTCTTAAGGCAGGCATTCAATTATAGTCTGTTTTAACCAAAAATG-C
65 ATGGCTTTTTCTACATGTTTCTTAAGGTAAGCATTCAATTATAGTCTGTTTTAACCAAAAATGTC
*
1797 AAAAAATTTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTT
130 AAAAAA-TTCAACTTAAAATCAA-TATGAGATTATAAAA-CAATTAAAGCGAGTAATAAGGCTTT
** * * *
1862 TGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATCTCTTTTTCTTCATGTTTCTC
192 TGAAGGAATAAGAGACTATAAATAGACTTTTCTTGCCAATGAATCT-TTTTTCTTTATGTTTCTC
* * * *
1927 AAGGTAGACATTTAATTATAGTCTATTTTAACCAAATATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAAT
256 GAGGTAAACATTTAATTATAGTCTATTTTAACCAAAAATCTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAAT
* * * * *
1992 TGTGAGATTATAAAACAATTTAAAGCGAGTAATAATGCTTTTGAAGGAATAGGAGACTGTAAATG
321 TATGAGATTATAAAACAATTTAAAACGAGCAATAAGGCCTTTGAAGGAATAGGAGACTGTAAATG
* *
2057 AACTTCTCTTGCCAATGAATGCTTTTTTCTTTATGTTTCTCAAGGTAAACATTCAATTATAGCCT
386 AACTTCTCTTACCAATGAATGCTTTTTTCTTTATGTTTCTCAAGGTAAACATTCAACTATAGCCT
* * *
2122 GTTTCAATCAAAAATCTAAAAATATTAAACTTAAAATCAATTATGAGATCATAAAACCA
451 ATTTCAATCAAAAATCTAAAAAAATTAAACTTAAAATCAATTATGAGATCATAAAACAA
* * * * * * * *
2181 TTTAAAGCGACTAATAAGGCCTTTAAAGGAGTGGGTGACTATAAATGGACTTTTTTTGCCAATGA
1 TTTAAAGAGAGTAGTAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGATTATAAATGGACTTTTATT-CCAATGA
* * * *
2246 ATGCCTTTTTCTTCATGTTTCTCAAGGT-AGACATTCAATTATAGTCTATTTTAACCAAAAATGT
65 ATGGCTTTTTCTACATGTTTCTTAAGGTAAG-CATTCAATTATAGTCTGTTTTAACCAAAAATGT
* * * *
2310 TAACAAATTCAACTTAAAATCAACTATGAGTTTATAAAACAATTAAGAGCGAGTAATATGGCTTT
129 CAAAAAATTCAACTTAAAATCAA-TATGAGATTATAAAACAATTAA-AGCGAGTAATAAGGCTTT
* * * *
2375 TGAAAGAATAAGAGACTATAAATAAACTTTTCTTACCAATAAATACTTTTTTCTTTATGTTTCTC
192 TGAAGGAATAAGAGACTATAAATAGACTTTTCTTGCCAATGAAT-CTTTTTTCTTTATGTTTCTC
* * * * * *
2440 GAGGTAAACATTCAACTATAGTATGTTTTTACCAAAAATCTAAAAAAATTTAACTTAAAATCAAT
256 GAGGTAAACATTTAATTATAGTCTATTTTAACCAAAAATCTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAAT
* * * *
2505 TATGAGATTATAAAACTATTTAAAATGAGCAATAAGGCCTTTGAAGGAATGGGTGACTAG-AAAT
321 TATGAGATTATAAAACAATTTAAAACGAGCAATAAGGCCTTTGAAGGAATAGGAGACT-GTAAAT
* * * *
2569 -AGACATTTTTTTACCAATGAATGCCTTTTTT-TTTATGTTTCTCGAGGTAGACATTCAACTATA
385 GA-AC-TTCTCTTACCAATGAATG-CTTTTTTCTTTATGTTTCTCAAGGTAAACATTCAACTATA
* * * * *
2632 GTCTATTTTAA-CTAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACAA
447 GCCTATTTCAATC-AAAAATCTAAAAAAATTAAACTTAAAATCAATTATGAGATCATAAAACAA
* *
2695 TTTAAAGAGAGTAGTAAGACTTTTGAAGGAATGGGTGATTATATATGGACTTTTATTCTCAATGA
1 TTTAAAGAGAGTAGTAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGATTATAAATGGACTTTTATTC-CAATGA
** * * * * *
2760 ATGGCTTTTTCTACACCTTTTTTGAGGTAAGCATTCAATTAAAGTCTGTTTTAAACAAAAATGTG
65 ATGGCTTTTTCTACATGTTTCTTAAGGTAAGCATTCAATTATAGTCTGTTTTAACCAAAAATGTC
*
2825 AAAAAATTCAAGTTAAAATCAATGATGAGATTATAAAACAATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTT
130 AAAAAATTCAACTTAAAATCAAT-ATGAGATTATAAAACAA-TTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTT
** *
2890 GAAGGAATAAGAGACTATAAATAGACTTTTCTTGCCAATGAATGCTTTTTTCTTTACATTTCTTG
193 GAAGGAATAAGAGACTATAAATAGACTTTTCTTGCCAATGAAT-CTTTTTTCTTTATGTTTCTCG
* **
2955 AGGTAAACATTTAATTATACTCTATTTTAACCAAAAATCTAACCAAATTCAACTTAAAATCAATT
257 AGGTAAACATTTAATTATAGTCTATTTTAACCAAAAATCTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATT
3020 ATGAGATTATAA
322 ATGAGATTATAA
3032 CGCCATCTAA
Statistics
Matches: 730, Mismatches: 107, Indels: 27
0.84 0.12 0.03
Matches are distributed among these distances:
512 8 0.01
513 319 0.44
514 390 0.53
515 13 0.02
ACGTcount: A:0.38, C:0.12, G:0.14, T:0.35
Consensus pattern (509 bp):
TTTAAAGAGAGTAGTAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGATTATAAATGGACTTTTATTCCAATGAA
TGGCTTTTTCTACATGTTTCTTAAGGTAAGCATTCAATTATAGTCTGTTTTAACCAAAAATGTCA
AAAAATTCAACTTAAAATCAATATGAGATTATAAAACAATTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAA
GGAATAAGAGACTATAAATAGACTTTTCTTGCCAATGAATCTTTTTTCTTTATGTTTCTCGAGGT
AAACATTTAATTATAGTCTATTTTAACCAAAAATCTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGA
GATTATAAAACAATTTAAAACGAGCAATAAGGCCTTTGAAGGAATAGGAGACTGTAAATGAACTT
CTCTTACCAATGAATGCTTTTTTCTTTATGTTTCTCAAGGTAAACATTCAACTATAGCCTATTTC
AATCAAAAATCTAAAAAAATTAAACTTAAAATCAATTATGAGATCATAAAACAA
Found at i:5211 original size:171 final size:168
Alignment explanation
Indices: 4763--5349 Score: 501
Period size: 171 Copynumber: 3.4 Consensus size: 168
4753 TGAATGTCTT
*
4763 TTTAAAGCGAGTAATATA-GCTTTTGAAGGAATTG-GTAACTATAAATGGAGTTTTCTTGCTAAT
1 TTTAAAGCGAGTAATA-AGGCTTTTGAAGGAA--GAGTAACTATAAATGGACTTTTCTTGCTAAT
* * **
4826 GAATGTCTTTTTCTTCATGTTTCT-TGAGCTAGACATTTAGTTATAATCTGTTTTAACCAATAAT
63 GAATGTCTTTTTCTTCATGTTTCTCT-AGCTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAATTAATAAT
*
4890 GTAAAAAGAATTGAACCTAAAATCAATTTTAAGGTTATAAAATTA
127 GT-AAAAGAATTGAACCTAAAATCAA--TTAAGGTTATAAAATAA
* * * * * * *
4935 TTTAAAGGGAGCAATAAGGATTTTGAAGGAATAGAAGACTATAAATGGACTTGTCTTGCTAATAA
1 TTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAAGAGTA-ACTATAAATGGACTTTTCTTGCTAATGA
* * * * * *
5000 ATG-CTTGTTTCTTGATGTTTCTC-ATGGTATACCTTCAATTATTATCTGTTTTAATTAAAAATG
65 ATGTCTT-TTTCTTCATGTTTCTCTA-GCTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAATTAATAATG
* * *********
5063 TAAAAGAATTCAACTTAAAATCAATTAAGAGNNNNNNNNNNAA
128 TAAAAGAATTGAACCTAAAATCAATTAAG-G-TTATAAAATAA
* * *
5106 TTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGTAGGAACGAGTAACTATGAATGGACTTTTCTTGCCAATGA
1 TTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAA-GAGTAACTATAAATGGACTTTTCTTGCTAATGA
*** * *
5171 ATGTCTTTTTCTTCACACTTCTCTAGCTAGACAGTCAATTATAATATGTTTTAACTT-ATAATGT
65 ATGTCTTTTTCTTCATGTTTCTCTAGCTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAA-TTAATAATGT
* * **
5235 AAAAAAATTGAACCTAAAATGAATTTTGCGATTATAAAACT-A
129 AAAAGAATTGAACCTAAAATCAATTAAG-G-TTATAAAA-TAA
* * * * * *
5277 TTTAAAGCGAGCAATTAGGC-TTTGAAGAAATAGGATACTATAAATAGACTTTTCTTGC-ATATG
1 TTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAAGAGTA-ACTATAAATGGACTTTTCTTGCTA-ATG
5340 AATG-CTTTTT
64 AATGTCTTTTT
5350 TCTTTACATT
Statistics
Matches: 324, Mismatches: 76, Indels: 33
0.75 0.18 0.08
Matches are distributed among these distances:
169 15 0.05
170 36 0.11
171 166 0.51
172 107 0.33
ACGTcount: A:0.35, C:0.11, G:0.15, T:0.37
Consensus pattern (168 bp):
TTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAAGAGTAACTATAAATGGACTTTTCTTGCTAATGAA
TGTCTTTTTCTTCATGTTTCTCTAGCTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAATTAATAATGTAA
AAGAATTGAACCTAAAATCAATTAAGGTTATAAAATAA
Found at i:7493 original size:171 final size:171
Alignment explanation
Indices: 6919--7839 Score: 660
Period size: 171 Copynumber: 5.4 Consensus size: 171
6909 CAAGGCATGT
* * * *
6919 ATTCAATTATAGTTTGTTTTAACTAAACACTGTAAAAGAATTCAACTTAAAATCAATTAT-AGGA
1 ATTCAATTATAGTCTGTTTTAACCAAA-AATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGA-GA
* * * * *
6983 TTATAAAACCATTTAAAGTGGGTAATAAGGCTTTTGAAGAAATAAGTGATTATAAATGGGCCCTT
64 TTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATAAGTAACTATAAAT-GG-ACTT
* * * ** *
7048 -TTTTCCCAATGAATGGCTTTTTATACATGTTTCCTGAGG-CAAGC
127 GTTTTGCCAATGAAT-GCTTTTTCTTCATGTTTATTGAGGTAAAGC
* * * * *
7092 ATTCAATTATAATCTATTTTAACCAAAAATGTGAAATAATTCAACTTAAAATTAATTATGAGATT
1 ATTCAATTATAGTCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATT
********** * * * * *
7157 ATANNNNNNNNNNAAGCGAGTAATAAAGCTTTTGAAGGAATAAG-AGACCATAAATGGTCTTGTA
66 ATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATAAGTA-ACTATAAATGGACTTGTT
* * *
7221 TTGCCAATGAATGCTTTTTTCTTTACGTTTCTTGAGGTAAA-C
130 TTGCCAATGAATGC-TTTTTCTTCATGTTTATTGAGGTAAAGC
** * **********
7263 ATTCAATTATTCTCTGTTTTAACCAAAAATCTAAAAAANNNNNNNNNNAAATCAATTATGAGATT
1 ATTCAATTATAGTCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATT
** * ** *
7328 ATAAAACCATCGAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAACGAATGGGTAACTATAAATAGACTTGTTT
66 ATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATAAGTAACTATAAATGGACTTGTTT
* *
7393 TGCCAGTGAATATCTTTTTCTTCATGTTTATTGAGGTAAAGC
131 TGCCAATGAAT-GCTTTTTCTTCATGTTTATTGAGGTAAAGC
* * * * *
7435 -TTCAATTATAGTCTGTTTTAACCAAAAATATAAAAAAATTCAGCTTAAACTTAATTATGAGTTT
1 ATTCAATTATAGTCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATT
* * * ********** * *
7499 ATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATATGACTTTTGNNNNNNNNNNTGACTATAAATAGACTT-TTC
66 ATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATAAGTAACTATAAATGGACTTGTT-
* * * *
7563 TTGCCAATGAATTTCTTTTTCTTCATG-TTACCCT-AGCTAGA-C
130 TTGCCAATGAA-TGCTTTTTCTTCATGTTTA--TTGAGGTAAAGC
* * * * * * * * *
7605 ATTCAATTATAATATGTGTTAACCAATAATATAAAAAAAATTAAACCTAAAATCAATTTTGAAAT
1 ATTCAATTATAGTCTGTTTTAACCAAAAATGT-AAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGAT
* * * *
7670 TATAAAACCATTTAATGTGAGTAAAAAGGCTTTTGAAGGAAT-AGGACACTATAGATGGACTTGT
65 TATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATAAGTA-ACTATAAATGGACTTGT
* * * * * *
7734 CTTGCTAATGAATGCTTGTTTCTTCATGTTTTTTAAGAT-AGGC
129 TTTGCCAATGAATGCTT-TTTCTTCATGTTTATTGAGGTAAAGC
* *
7777 ATTCAATTATAGTCTATTTTAACTAAAAATGTAAAAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATG
1 ATTCAATTATAGTCTGTTTTAACCAAAAATGT---AAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATG
7840 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 567, Mismatches: 159, Indels: 43
0.74 0.21 0.06
Matches are distributed among these distances:
170 11 0.02
171 311 0.55
172 192 0.34
173 27 0.05
174 26 0.05
ACGTcount: A:0.37, C:0.12, G:0.13, T:0.35
Consensus pattern (171 bp):
ATTCAATTATAGTCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATT
ATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATAAGTAACTATAAATGGACTTGTTT
TGCCAATGAATGCTTTTTCTTCATGTTTATTGAGGTAAAGC
Found at i:8346 original size:171 final size:171
Alignment explanation
Indices: 8058--9376 Score: 1447
Period size: 171 Copynumber: 7.7 Consensus size: 171
8048 NNNNNNNNNN
* * *
8058 AAAAAATTCAACTTCAAATCAATTATGAGATTATAAAACAATTTAAAGCAAGTAGTAAGGCTTTT
1 AAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACAATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTT
* * *
8123 GCAGGAATGGGTGACTATAAATAGACTTTTCTTGCCAATGAATGTCTTTTTCTTCATGTTTTTCA
66 GAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGTCTTTTTCTTCATGTTTTTCG
8188 AGGTAAACATTCAATTATAGTCTGTTTTAACCAAATATGTA
131 AGGTAAACATTCAATTATAGTCTGTTTTAACCAAATATGTA
* * * *
8229 AAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGACATTATAAAATAATTTAAAGTGAGTAGTAAGGCTTTT
1 AAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACAATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTT
* * * ** * *
8294 GAAGGCACGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTTCCAACAAATGAT-TTTTTCTAT-ACGTTTCT
66 GAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATG-TCTTTTTCT-TCATGTTTTT
* ** * * *
8357 CGAGGCAGGCATTCAATTATAGTTTATTTTAACCATAACTA--CA
129 CGAGGTAAACATTCAATTATAGTCTGTTTTAACCA-AA-TATGTA
* * * * *
8400 AACAATTTCAACTTAAAATCAATTATGATATTATAAAACTATTTAAAGCGAGTAATAAGGATTTT
1 AAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACAATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTT
* * *
8465 GAAGGAATGGGTGACTATAAATGGATTTTTCTTACCAATGAATGTCTTTTTCTTTATGTTTCTT-
66 GAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGTCTTTTTCTTCATGTTT-TTC
* *
8529 GAGGTCAACATTTAATTATAGTCTGTTTTAACCAAATATGTA
130 GAGGTAAACATTCAATTATAGTCTGTTTTAACCAAATATGTA
* * * * * * *
8571 ACACAATTCAACTTAAAATTAATTATGGGACTATAAAACAATTTAAAGTGAGTAGTAAGGCTTTT
1 AAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACAATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTT
* * * * * * *
8636 AAAGGAATAGGTGATTATAAATGGACTTTTCTTCCCAATGAATGGCTTTTTCTACAT-TTTTCCT
66 GAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGTCTTTTTCTTCATGTTTTTC-
* * *
8700 GAGGCAAGCATTCAATTATAGTCTGTTTTAACCAAA-AGTGTG
130 GAGGTAAACATTCAATTATAGTCTGTTTTAACCAAATA-TGTA
* * *
8742 AAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACAATTTAAAGTGAGTAACAAAGCTTTT
1 AAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACAATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTT
* ** * * *
8807 GACGGAATAAGAGACTATAAATGGACTTGTCTTGCCAATGAATG-CTTGTTTCTTCATGTTTCTC
66 GAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGTCTT-TTTCTTCATGTTTTTC
* * * *
8871 GAGGTAGACCTTTAATTATAGTCTGTTTTAACCAGAA-ATGCA
130 GAGGTAAACATTCAATTATAGTCTGTTTTAACCA-AATATGTA
* * * * *
8913 AAAGAATGCAACTTAAAATCAATTATGAGATCATAAAACAATTTAAAGCGAGCAATAAGTCTTTT
1 AAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACAATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTT
* *
8978 GAAGGAATGGATGACTATAAATGGAATTTTCTTGCCAATGAATGTCTTTTTC-TCTATGTTTTTC
66 GAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGTCTTTTTCTTC-ATGTTTTTC
* * * * * * *
9042 TAGCTAGACATTAAATTATAATATGTTTGAACC-AATAATGTAA
130 GAGGTAAACATTCAATTATAGTCTGTTTTAACCAAAT-ATGT-A
* * * * * * * * *
9085 AAAAAATTGAACCTAAAATTAATTTTGACATTATAAAACCATATAAAGCCAGTAACAAGGCTTTT
1 AAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACAATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTT
* ** ** * * * * ** *
9150 GAAGAAATAAGAAACTATAAATGGACTTTTCTTACCAATGAATATCTGTTTCTTTACATTTTTGG
66 GAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGTCTTTTTCTTCATGTTTTTCG
* * * * *
9215 TGGTAAACATTTAATTATACTCTGTTTTAACCAAAAATCTA
131 AGGTAAACATTCAATTATAGTCTGTTTTAACCAAATATGTA
* * * *
9256 AAAAAATTTAACTTGAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATACGGCTTTT
1 AAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACAATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTT
* * *
9321 GAAGGAATGGG-GAACTATAAATGGACTTTTTTTGCCAGTGAATATCTTTTTCTTCA
66 GAAGGAATGGGTG-ACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGTCTTTTTCTTCA
9377 CGTTCTCGAG
Statistics
Matches: 948, Mismatches: 177, Indels: 46
0.81 0.15 0.04
Matches are distributed among these distances:
169 5 0.01
170 13 0.01
171 782 0.82
172 143 0.15
173 5 0.01
ACGTcount: A:0.37, C:0.13, G:0.14, T:0.36
Consensus pattern (171 bp):
AAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACAATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTT
GAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGTCTTTTTCTTCATGTTTTTCG
AGGTAAACATTCAATTATAGTCTGTTTTAACCAAATATGTA
Found at i:9029 original size:513 final size:509
Alignment explanation
Indices: 8058--9388 Score: 1596
Period size: 513 Copynumber: 2.6 Consensus size: 509
8048 NNNNNNNNNN
* *
8058 AAAAAATTCAACTTCAAATCAATTATGAGATTATAAAACAATTTAAAGCAAGTAGTAAGGCTTTT
1 AAAAAATTCAACTTAAAATTAATTATGAGATTATAAAACAATTTAAAGCAAGTAGTAAGGCTTTT
* * * * * *
8123 GCAGGAATGGGTGACTATAAATAGACTTTTCTTGCCAATGAATGTCTTTTTCTTCATGTTTTTCA
66 GAAGGAATAGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTACCAATGAATGTCTTTTTCTACA--TTTTTCG
8188 AGGTAAACATTCAATTATAGTCTGTTTTAACCAAATATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATT
129 AGGTAAACATTCAATTATAGTCTGTTTTAACCAAA-ATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATT
* * * ** *
8253 ATGACATTATAAAATAATTTAAAGTGAGTAGTAAGGCTTTTGAAGGCACGGGTGACTATAAATGG
193 ATGAGATTATAAAACAATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGG-AATGGAGACTATAAATGG
* ** * * * *
8318 ACTTTTCTTTCCAACAAATGATTTTTTCTAT-ACGTTTCTCGAGGCAGGCATTCAATTATAGTTT
257 ACTTTTCTTGCCAATGAATG-CTTTTTCT-TCACGTTTCTCGAGGTAGACATTCAATTATAGTCT
* * * * * * *
8382 ATTTTAACCATAACTACAAACAATTTCAACTTAAAATCAATTATGATATTATAAAACTATTTAAA
320 ATTTTAACCAGAAATACAAACAAATGCAACTTAAAATCAATTATGAGATCATAAAACAATTTAAA
* * *
8447 GCGAGTAATAAGGATTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGATTTTTCTTACCAATGAATGTCT
385 GCGAGCAATAAGGATTTTGAAGGAATGGATGACTATAAATGGAATTTTCTTACCAATGAATGTCT
* * * * * *
8512 TTTTCTTTATGTTTCTT-GAGGTCA-ACATTTAATTATAGTCTGTTTTAACCAA-ATATGT-A
450 TTTTCTCTATGTTT-TTCGAGCT-AGACATTAAATTATAATATGTTTGAACCAATA-ATGTAA
* * * * **
8571 ACACAATTCAACTTAAAATTAATTATGGGACTATAAAACAATTTAAAGTGAGTAGTAAGGCTTTT
1 AAAAAATTCAACTTAAAATTAATTATGAGATTATAAAACAATTTAAAGCAAGTAGTAAGGCTTTT
* * * *
8636 AAAGGAATAGGTGATTATAAATGGACTTTTCTTCCCAATGAATGGCTTTTTCTACATTTTTCCTG
66 GAAGGAATAGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTACCAATGAATGTCTTTTTCTACATTTTT-C-G
* * *
8701 AGGCAAGCATTCAATTATAGTCTGTTTTAACCAAAAGTGTGAAAAAATTCAACTTAAAATCAATT
129 AGGTAAACATTCAATTATAGTCTGTTTTAACCAAAA-TGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATT
* * * *
8766 ATGAGATTATAAAACAATTTAAAGTGAGTAACAAAGCTTTTGACGGAATAAGAGACTATAAATGG
193 ATGAGATTATAAAACAATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAAT-GGAGACTATAAATGG
* * * * *
8831 ACTTGTCTTGCCAATGAATGCTTGTTTCTTCATGTTTCTCGAGGTAGACCTTTAATTATAGTCTG
257 ACTTTTCTTGCCAATGAATGCTT-TTTCTTCACGTTTCTCGAGGTAGACATTCAATTATAGTCTA
*
8896 TTTTAACCAGAAATGCAAA-AGAATGCAACTTAAAATCAATTATGAGATCATAAAACAATTTAAA
321 TTTTAACCAGAAATACAAACA-AATGCAACTTAAAATCAATTATGAGATCATAAAACAATTTAAA
** *
8960 GCGAGCAATAAGTCTTTTGAAGGAATGGATGACTATAAATGGAATTTTCTTGCCAATGAATGTCT
385 GCGAGCAATAAGGATTTTGAAGGAATGGATGACTATAAATGGAATTTTCTTACCAATGAATGTCT
*
9025 TTTTCTCTATGTTTTTCTAGCTAGACATTAAATTATAATATGTTTGAACCAATAATGTAA
450 TTTTCTCTATGTTTTTCGAGCTAGACATTAAATTATAATATGTTTGAACCAATAATGTAA
* * * * * * * **
9085 AAAAAATTGAACCTAAAATTAATTTTGACATTATAAAACCATATAAAGCCAGTAACAAGGCTTTT
1 AAAAAATTCAACTTAAAATTAATTATGAGATTATAAAACAATTTAAAGCAAGTAGTAAGGCTTTT
* * ** * * *
9150 GAAGAAATAAGAAACTATAAATGGACTTTTCTTACCAATGAATATCTGTTTCTTTACATTTTTGG
66 GAAGGAATAGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTACCAATGAATGTCT-TTT-TCTACATTTTTCG
* * * * * *
9215 TGGTAAACATTTAATTATACTCTGTTTTAACCAAAAATCTAAAAAAATTTAACTTGAAATCAATT
129 AGGTAAACATTCAATTATAGTCTGTTTTAACC-AAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATT
* * * *
9280 ATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATACGGCTTTTGAAGGAATGGGGAACTATAAATGG
193 ATGAGATTATAAAACAATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGAG-ACTATAAATGG
* * *
9345 ACTTTTTTTGCCAGTGAATATCTTTTTCTTCACG-TTCTCGAGGT
257 ACTTTTCTTGCCAATGAAT-GCTTTTTCTTCACGTTTCTCGAGGT
9389 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 692, Mismatches: 110, Indels: 32
0.83 0.13 0.04
Matches are distributed among these distances:
511 5 0.01
512 10 0.01
513 435 0.63
514 222 0.32
515 10 0.01
516 10 0.01
ACGTcount: A:0.37, C:0.13, G:0.15, T:0.36
Consensus pattern (509 bp):
AAAAAATTCAACTTAAAATTAATTATGAGATTATAAAACAATTTAAAGCAAGTAGTAAGGCTTTT
GAAGGAATAGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTACCAATGAATGTCTTTTTCTACATTTTTCGAG
GTAAACATTCAATTATAGTCTGTTTTAACCAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATG
AGATTATAAAACAATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGAGACTATAAATGGACTT
TTCTTGCCAATGAATGCTTTTTCTTCACGTTTCTCGAGGTAGACATTCAATTATAGTCTATTTTA
ACCAGAAATACAAACAAATGCAACTTAAAATCAATTATGAGATCATAAAACAATTTAAAGCGAGC
AATAAGGATTTTGAAGGAATGGATGACTATAAATGGAATTTTCTTACCAATGAATGTCTTTTTCT
CTATGTTTTTCGAGCTAGACATTAAATTATAATATGTTTGAACCAATAATGTAA
Found at i:11658 original size:170 final size:161
Alignment explanation
Indices: 11473--11800 Score: 324
Period size: 171 Copynumber: 2.0 Consensus size: 161
11463 TTATAAAGCT
* *
11473 ATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTT-G-AAGAAATAAGACG-CGATAAATGGACTTTTCTTGCCAA
1 ATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAAG-AATAAG-CGACGATAAATGGACTTTTATTACCAA
* * * *
11535 TGAATG-GTTTTTTCTTTATATTTCTTGAGGTAAACATTCAGTTATACTCTATTTTAACCAAAAA
64 TGAATGCCTCTTTT-TTCATATTTCTCGAGGTAAACATTCAGTTATACTCTATTTTAACCAAAAA
*
11599 TATAAACAAATTCAAA-TTAAAATCAATTATGAGG
128 TATAAAAAAATT-AAACTTAAAATCAATTATGAGG
* ** * *
11633 NNNNNNNNNNATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTCGAAAGAATGTGTGACTATAAATGGACTTTT
1 ----------ATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAAGAATAAGCGACGATAAATGGACTTTT
* * * * *
11698 ATTATCAATGAATGCCTCTTTTTTCATGTTTCTCGAGGTAGACATTTAGTTATAGTCTATTTTAA
56 ATTACCAATGAATGCCTCTTTTTTCATATTTCTCGAGGTAAACATTCAGTTATACTCTATTTTAA
* *
11763 CTAAAAATGTAAAAAAATTAAACTTAAAATCAATTATG
121 CCAAAAATATAAAAAAATTAAACTTAAAATCAATTATG
11801 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 134, Mismatches: 19, Indels: 9
0.83 0.12 0.06
Matches are distributed among these distances:
170 27 0.20
171 99 0.74
172 8 0.06
ACGTcount: A:0.37, C:0.11, G:0.14, T:0.35
Consensus pattern (161 bp):
ATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAAGAATAAGCGACGATAAATGGACTTTTATTACCAATG
AATGCCTCTTTTTTCATATTTCTCGAGGTAAACATTCAGTTATACTCTATTTTAACCAAAAATAT
AAAAAAATTAAACTTAAAATCAATTATGAGG
Found at i:13079 original size:171 final size:170
Alignment explanation
Indices: 12767--13881 Score: 1148
Period size: 171 Copynumber: 6.5 Consensus size: 170
12757 NNNNNNNNNN
* *
12767 TTCTTCATGTTTCTC-AAGGTAGACATTCAATTATAGTCTACTTTAACTAAAAATGT-AACAAAT
1 TTCTTCATGTTTCTCGAA-GTAGACATTCAATTATAGTCTATTTTAACTAAAAATGTAAAAAAAT
* * * *
12830 TCAACTTAAAATCAATTATGAAAATATAAAACCATTTAAAGCGATTGATAAGGCTTTTGAAGGAA
65 TCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAA
* *
12895 T-GAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGTCGTT
130 TAG-GAGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATG-CTTT
* * * *
12937 TTCTTCATGTTTCTCAAAGTAGACATTTAATTATAGTCTATTTTAACCAAATATGTAAAAAAATT
1 TTCTTCATGTTTCTCGAAGTAGACATTCAATTATAGTCTATTTTAACTAAAAATGTAAAAAAATT
* * * * * *
13002 CAACTTAAAATCAACTATGAGTTTATTAAA-CAATTAAGAGCGAGTAATATGGCTTTTGAAAGAA
66 CAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAA-AGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAA
* * *
13066 TAGGAGACTATAAATGAATTTTTCTTGCCAATAAATGCTTGT
130 TAGGAGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGCTT-T
* * * * * * *
13108 TTCTTTACGTTTATCGAGGTAAACATTCAATTATAGTCTATTTTTACTAAAAATCTAAAAAAATT
1 TTCTTCATGTTTCTCGAAGTAGACATTCAATTATAGTCTATTTTAACTAAAAATGTAAAAAAATT
* * * * * * * *
13173 TAATTTAAAATGAATTATGAGATTATAAAATCATTTAAAGTGAGCAATAGGGCCTTTGAAGGAAT
66 CAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAAT
* * * *
13238 GGGTGACTAT-AATAGACTTTTTTTGCCAATGAATGTCTTT
131 AGGAGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATG-CTTT
** * * * * *
13278 TTCTTCATGTTAATC-AAGCTAGACATTCAATTATAATCTGTGTTAACCAATAATGTTAAAAAAA
1 TTCTTCATGTTTCTCGAAG-TAGACATTCAATTATAGTCTATTTTAACTAAAAATG-TAAAAAAA
* * * * *
13342 TTGAACTTGAAATCAATTTTGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGATTAATAAGGGTTTTGAAGGA
64 TTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGA
** * ** *
13407 ATAAAAGACTATAAATGGACTTGTCTTGTTAATAAATGCTTAT
129 ATAGGAGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGCTT-T
* * ** * ** *
13450 TTCTTCATGTTTCTTGAGGTAGATC-TTCAATTATAGTCCGTTTTAACTGAAAATCCAAAAGAAT
1 TTCTTCATGTTTCTCGAAGTAGA-CATTCAATTATAGTCTATTTTAACTAAAAATGTAAAAAAAT
* * *
13514 TCAACTTAAAATAAATTATGAGATTATAAAACAATTTAAAGCGAGTAATAAGGCCTTTGAAGGAA
65 TCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAA
* * *
13579 TAGGTGACTACAAATGGACTTTTCTTGTCAATGAATGTCTTT
130 TAGGAGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATG-CTTT
* * * * *
13621 TTCTTCATGTTTCTC-TAGCTAGACATTCAATTATAATATGTTTTAACTAAAAAAGTAAAAAAAA
1 TTCTTCATGTTTCTCGAAG-TAGACATTCAATTATAGTCTATTTTAACTAAAAATGT-AAAAAAA
* * * * * * *
13685 TTGAACCTAAAATCAATTTTGAGACTATAAAACTATTTAAAGCGAGTAATTAGGCTTTTGAAGAA
64 TTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGA
* * * * *
13750 ATGGGAGACTACAAATAGACTTTTCTTGCTAATGAATGGTTT
129 ATAGGAGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGCTTT
* *** * * * * * *
13792 TTGCTTTACACTTCTTGAAGTAAACATTCAAATATACTCTATTTTAACTAAAAATCTAAACAAAT
1 TT-CTTCATGTTTCTCGAAGTAGACATTCAATTATAGTCTATTTTAACTAAAAATGTAAAAAAAT
*
13857 TTAACTTAAAATCAATTATGAGATT
65 TCAACTTAAAATCAATTATGAGATT
13882 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 770, Mismatches: 156, Indels: 37
0.80 0.16 0.04
Matches are distributed among these distances:
169 2 0.00
170 120 0.16
171 441 0.57
172 202 0.26
173 5 0.01
ACGTcount: A:0.39, C:0.12, G:0.14, T:0.36
Consensus pattern (170 bp):
TTCTTCATGTTTCTCGAAGTAGACATTCAATTATAGTCTATTTTAACTAAAAATGTAAAAAAATT
CAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAAT
AGGAGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGCTTT
Found at i:13419 original size:342 final size:339
Alignment explanation
Indices: 12783--13881 Score: 1310
Period size: 342 Copynumber: 3.2 Consensus size: 339
12773 ATGTTTCTCA
* * * *
12783 AGGTAGACATTCAATTATAGTCTACTTTAACTAAAAATGT-AACAAATTCAACTTAAAATCAATT
1 AGGTAAACATTCAATTATAGTCTATTTTAACTAAAAATCTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATT
* * * * * *
12847 ATGAAAATATAAAACCATTTAAAGCGATTGATAAGGCTTTTGAAGGAATGAGTGACTATAAATGG
66 ATGAGATTATAAAA-CATTTAAAGCGAGTAATAAGGCCTTTGAAGGAATGGGTGACTAT-AATGG
* * *
12912 ACTTTTCTTGCCAATGAATGTCGTTTTCTTCATGTTTCTCAAAG-TAGACATTTAATTATAGTCT
129 ACTTTTCTTGCCAATGAATGTCTTTTTCTTCATGTTTCTC-AAGCTAGACATTCAATTATAATCT
* * * * * * *
12976 ATTTTAACCAAATATG-TAAAAAAATTCAACTTAAAATCAACTATGAGTTTATTAAA-CAATTAA
193 GTTTTAACCAAA-ATGTTAAAAAAATTGAACTTAAAATCAATTTTGAGATTATAAAACCATTTAA
* * * *
13039 GAGCGAGTAATATGGCTTTTGAAAGAATAGGAGACTATAAATGAATTTTTCTTGCCAATAAATGC
257 -AGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATAGGAGACTATAAATGAACTTTTCTTGCTAATAAATGC
* *
13104 TTGTTTCTTTACGTTTATCG
321 TT-TTTCTTTACGTTTCTTG
* * * *
13124 AGGTAAACATTCAATTATAGTCTATTTTTACTAAAAATCTAAAAAAATTTAATTTAAAATGAATT
1 AGGTAAACATTCAATTATAGTCTATTTTAACTAAAAATCTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATT
* * * *
13189 ATGAGATTATAAAATCATTTAAAGTGAGCAATAGGGCCTTTGAAGGAATGGGTGACTATAATAGA
66 ATGAGATTATAAAA-CATTTAAAGCGAGTAATAAGGCCTTTGAAGGAATGGGTGACTATAATGGA
* **
13254 CTTTTTTTGCCAATGAATGTCTTTTTCTTCATGTTAATCAAGCTAGACATTCAATTATAATCTGT
130 CTTTTCTTGCCAATGAATGTCTTTTTCTTCATGTTTCTCAAGCTAGACATTCAATTATAATCTGT
* *
13319 GTTAACCAATAATGTTAAAAAAATTGAACTTGAAATCAATTTTGAGATTATAAAACCATTTAAAG
195 TTTAACCAA-AATGTTAAAAAAATTGAACTTAAAATCAATTTTGAGATTATAAAACCATTTAAAG
* * ** * * *
13384 CGATTAATAAGGGTTTTGAAGGAATAAAAGACTATAAATGGACTTGTCTTGTTAATAAATGCTTA
259 CGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATAGGAGACTATAAATGAACTTTTCTTGCTAATAAATGCTT-
* *
13449 TTTCTTCATGTTTCTTG
323 TTTCTTTACGTTTCTTG
* ** * * * *
13466 AGGTAGATC-TTCAATTATAGTCCGTTTTAACTGAAAATCCAAAAGAATTCAACTTAAAATAAAT
1 AGGTA-AACATTCAATTATAGTCTATTTTAACTAAAAATCTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAAT
* *
13530 TATGAGATTATAAAACAATTTAAAGCGAGTAATAAGGCCTTTGAAGGAATAGGTGACTACAAATG
65 TATGAGATTATAAAAC-ATTTAAAGCGAGTAATAAGGCCTTTGAAGGAATGGGTGACTA-TAATG
* * *
13595 GACTTTTCTTGTCAATGAATGTCTTTTTCTTCATGTTTCTCTAGCTAGACATTCAATTATAATAT
128 GACTTTTCTTGCCAATGAATGTCTTTTTCTTCATGTTTCTCAAGCTAGACATTCAATTATAATCT
* * * * * *
13660 GTTTTAACTAAAAAAGTAAAAAAAATTGAACCTAAAATCAATTTTGAGACTATAAAACTATTTAA
193 GTTTTAAC-CAAAATGTTAAAAAAATTGAACTTAAAATCAATTTTGAGATTATAAAACCATTTAA
* * * * * *
13725 AGCGAGTAATTAGGCTTTTGAAGAAATGGGAGACTACAAAT-AGACTTTTCTTGCTAATGAATGG
257 AGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATAGGAGACTATAAATGA-ACTTTTCTTGCTAATAAATGC
**
13789 TTTTTGCTTTACACTTCTTG
321 TTTTT-CTTTACGTTTCTTG
* * * * *
13809 AAGTAAACATTCAAATATACTCTATTTTAACTAAAAATCTAAACAAATTTAACTTAAAATCAATT
1 AGGTAAACATTCAATTATAGTCTATTTTAACTAAAAATCTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATT
13874 ATGAGATT
66 ATGAGATT
13882 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 637, Mismatches: 109, Indels: 22
0.83 0.14 0.03
Matches are distributed among these distances:
340 3 0.00
341 107 0.17
342 281 0.44
343 244 0.38
344 2 0.00
ACGTcount: A:0.39, C:0.12, G:0.14, T:0.36
Consensus pattern (339 bp):
AGGTAAACATTCAATTATAGTCTATTTTAACTAAAAATCTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATT
ATGAGATTATAAAACATTTAAAGCGAGTAATAAGGCCTTTGAAGGAATGGGTGACTATAATGGAC
TTTTCTTGCCAATGAATGTCTTTTTCTTCATGTTTCTCAAGCTAGACATTCAATTATAATCTGTT
TTAACCAAAATGTTAAAAAAATTGAACTTAAAATCAATTTTGAGATTATAAAACCATTTAAAGCG
AGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATAGGAGACTATAAATGAACTTTTCTTGCTAATAAATGCTTTTT
CTTTACGTTTCTTG
Found at i:16795 original size:171 final size:171
Alignment explanation
Indices: 16386--18136 Score: 1911
Period size: 171 Copynumber: 10.2 Consensus size: 171
16376 NNNNNNNNNN
* * * *
16386 ATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATATGACTTTTAAAGGAATGGAG-GACTATAA
1 ATTATGAGATTATAAAACAATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGG-GTGACTATAA
* * * ** * *
16450 ATAGAATTTTCTTGCCAATGAATGTCTTTTTCTTCATGTTACTTGAGCTAGACATTCAATTATAA
65 ATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGTCTTTTTCTTCATGTTTCTCAAGGTAGACATTCAATTATAG
* * * *
16515 TCTGTGTTAACCAATAATGTAAAAAAAAATTGAACCTAAAATCA
130 TCTGTTTTAACCAAAAATGT--AAAAAAATTCAACTTAAAATCA
* * * * * ****
16559 ATTTTGAGATTATAAAACTATTTAATGCTAGTAATAAGGCTTTTGAGGGAATAAAAGACTATAAA
1 ATTATGAGATTATAAAACAATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAA
* * * * * * *
16624 TGAACTTGTCTTGTCAATGAATG-CTTGTTCCTTCATGTTTCTCAATGTAAAAATTCAATTATAG
66 TGGACTTTTCTTGCCAATGAATGTCTT-TTTCTTCATGTTTCTCAAGGTAGACATTCAATTATAG
* *
16688 TCTATTTTAACTAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCA
130 TCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCA
* * * *
16730 ATAATGAGATTATAAAACAATTTAAAGAGAGTAGTAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGATTATAAA
1 ATTATGAGATTATAAAACAATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAA
* * * ** * *
16795 TGGACTTTTCTT-CCAATGAATGATTTTTTTCTACCTGTTTCTTGAGGCA-AGCTTTCAATTATA
66 TGGACTTTTCTTGCCAATGAATG-TCTTTTTCTTCATGTTTCTCAAGGTAGA-CATTCAATTATA
* * *
16858 GTCTATTTTAACCAAAAATGTGAAAAAATTCAACTTCAAATCA
129 GTCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCA
** *
16901 ATTATGAGATTATAAAACAATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATAAGAGACTATAAA
1 ATTATGAGATTATAAAACAATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAA
* ** ** * **
16966 TGGACTTTTCTTGCCAATGAATG-CTTTTTTCTTTACATTTCTTGAGGTAAACATTCAATTATTC
66 TGGACTTTTCTTGCCAATGAATGTC-TTTTTCTTCATGTTTCTCAAGGTAGACATTCAATTATAG
* *
17030 TCTGTTGTAACCAAAAATCTAAAAAAATTCAACTTAAAATCA
130 TCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCA
* * * * *
17072 ATTATGAGATTATAAAACCATCTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAAGAACGGGTAACTATAAA
1 ATTATGAGATTATAAAACAATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAA
* * * * * *
17137 TGGATTTTTTTTGCCAGTGAATATCTTTTTCTTCATATTTCTCAAGGTAAAGC-TTCAATTATAG
66 TGGACTTTTCTTGCCAATGAATGTCTTTTTCTTCATGTTTCTCAAGGTAGA-CATTCAATTATAG
* * *
17201 TCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAAAATTCAGCTTAAACTTA
130 TCTGTTTTAACCAAAAATGT--AAAAAAATTCAACTTAAAATCA
* * *
17245 ATTATGAGGTTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAA-AATGGCTTTTGAAGGAATGAGTGACTATAA
1 ATTATGAGATTATAAAACAATTTAAAGCGAGTAATAA-GGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAA
* * * * * *
17309 ATAGACTTTTCTTGACAATGAATGTCTTTTTCTTCACGTTACTCAAGCTAGACATTCAATTATAA
65 ATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGTCTTTTTCTTCATGTTTCTCAAGGTAGACATTCAATTATAG
* * * * *
17374 TCTGTGTTAACCAATAATGTAAAAAAGATTGAACCTAAAATAA
130 TCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAA-ATTCAACTTAAAATCA
* * * * * **
17417 ATTTTGAGATTATAAAAGC-A-TTAAATGTGAGTAAAAAGGCTTTTAAAGGAAT-AGAAACTATA
1 ATTATGAGATTATAAAA-CAATTTAAA-GCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATA
* * ***
17479 AATAGACTTGTCTTGCCAATGAATG-CTTGTTTCTTCATGTTTCTCAAAACAGACATTCAATTAT
64 AATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGTCTT-TTTCTTCATGTTTCTCAAGGTAGACATTCAATTAT
* * *
17543 AGTCTATTTTAACTAAAAATGAAAAAAAAATTCAACTTAAAATCA
128 AGTCTGTTTTAACCAAAAATG-TAAAAAAATTCAACTTAAAATCA
* * * * * *
17588 ATTATGGGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAAGCTTTTAAAAGAATGGGTGGCTATAAA
1 ATTATGAGATTATAAAACAATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAA
* * *
17653 TGGACTTTTCTTGCCGATGAATGCCTTTTTCTTCATGTTTCTCAAGGTAGATATTCAATTATAGT
66 TGGACTTTTCTTGCCAATGAATGTCTTTTTCTTCATGTTTCTCAAGGTAGACATTCAATTATAGT
* * *
17718 CTGTTTTAA-C-TAAATGGAAAAAAATACAACTTAAAATCA
131 CTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCA
* *
17757 ATTATGAGATAATAAAACAATTTAAAGCGAGTAGTAAGGCTTTT-ACAGGAATGGGTGACTATAA
1 ATTATGAGATTATAAAACAATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGA-AGGAATGGGTGACTATAA
* * * *
17821 ATGGACTTTTCTTACCAATGAATGTCTTTTTCTTCATATTTTTCAAGGTAGACATTCAATTATAC
65 ATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGTCTTTTTCTTCATGTTTCTCAAGGTAGACATTCAATTATAG
* *
17886 TCTGTTTTAACCAAATATGTAAAAAAATTAAACTTAAAATCA
130 TCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCA
* * * *
17928 ATTATGAGACTATAGAACAATTTAAAGCGACTAGTAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAA
1 ATTATGAGATTATAAAACAATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAA
* * * * * * * *
17993 TGGACTTTTCTT-CTGAATAAATGAT-TCTTTCTACACGTTT-TCCTAGGCAGGCATTCAATTAT
66 TGGACTTTTCTTGC-CAATGAATG-TCTTTTTCTTCATGTTTCT-CAAGGTAGACATTCAATTAT
* * *
18055 AGTCTTTTTTAACCAAAAA--TACAACAATTTCAACTTAAAATCA
128 AGTCTGTTTTAACCAAAAATGTA-AAAAAATTCAACTTAAAATCA
* * *
18098 GTTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGCAAGTAATAAGG
1 ATTATGAGATTATAAAACAATTTAAAGCGAGTAATAAGG
18137 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 1327, Mismatches: 219, Indels: 67
0.82 0.14 0.04
Matches are distributed among these distances:
168 1 0.00
169 146 0.11
170 72 0.05
171 692 0.52
172 152 0.11
173 264 0.20
ACGTcount: A:0.39, C:0.12, G:0.14, T:0.35
Consensus pattern (171 bp):
ATTATGAGATTATAAAACAATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAA
TGGACTTTTCTTGCCAATGAATGTCTTTTTCTTCATGTTTCTCAAGGTAGACATTCAATTATAGT
CTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCA
Found at i:17369 original size:344 final size:343
Alignment explanation
Indices: 16386--18136 Score: 1889
Period size: 344 Copynumber: 5.1 Consensus size: 343
16376 NNNNNNNNNN
* *
16386 ATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATATGACTTTTAAAGGAATGGAG-GACTATAA
1 ATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTAAA-GAATGG-GTGACTATAA
* * * * ** * *
16450 ATAGAATTTTCTTGCCAATGAATGTCTTTTTCTTCATGTTACTTGAGCTAGA-CATTCAATTATA
64 ATGGACTTTTCTTGCCAATGAATATCTTTTTCTTCATGTTTCTCAAGGTAAAGCATTCAATTATA
* * * * * * *
16514 ATCTGTGTTAACCAATAATGTAAAAAAAAATTGAACCTAAAATCAATTTTGAGATTATAAAACTA
129 GTCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACAA
* * * * ** * * *
16579 TTTAATGCTAGTAATAAGGCTTTTGAGGGAATAAAAGACTATAAATGAACTTGTCTTGTCAATGA
194 TTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGA
* * * * * *
16644 ATGCTTGTTCCTTCATGTTTCTCAATG-TAAAAATTCAATTATAGTCTATTTTAACTAAAAATGT
259 ATGCTT-TTTCTTCACGTTTCTCAA-GCTAGACATTCAATTATAGTCTGTTTTAACCAAAAATGT
16708 AAAAAAATTCAACTTAAAATCA
322 AAAAAAATTCAACTTAAAATCA
* * * * * *
16730 ATAATGAGATTATAAAACAATTTAAAGAGAGTAGTAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGATTATAAA
1 ATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTT-AAAGAATGGGTGACTATAAA
* * * ** * *
16795 TGGACTTTTCTT-CCAATGAATGATTTTTTTCTACCTGTTTCTTGAGG-CAAGCTTTCAATTATA
65 TGGACTTTTCTTGCCAATGAAT-ATCTTTTTCTTCATGTTTCTCAAGGTAAAGCATTCAATTATA
* * *
16858 GTCTATTTTAACCAAAAATGT--GAAAAAATTCAACTTCAAATCAATTATGAGATTATAAAACAA
129 GTCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACAA
* *
16921 TTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATAAGAGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGA
194 TTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGA
* * ** * * ** * *
16986 ATGCTTTTTTCTTTACATTTCTTGAGGTAAACATTCAATTATTCTCTGTTGTAACCAAAAATCTA
259 ATGC-TTTTTCTTCACGTTTCTCAAGCTAGACATTCAATTATAGTCTGTTTTAACCAAAAATGTA
17051 AAAAAATTCAACTTAAAATCA
323 AAAAAATTCAACTTAAAATCA
* * *
17072 ATTATGAGATTATAAAACCATCTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAAGAACGGGTAACTATAAA
1 ATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTT-AAAGAATGGGTGACTATAAA
* * * *
17137 TGGATTTTTTTTGCCAGTGAATATCTTTTTCTTCATATTTCTCAAGGTAAAGC-TTCAATTATAG
65 TGGACTTTTCTTGCCAATGAATATCTTTTTCTTCATGTTTCTCAAGGTAAAGCATTCAATTATAG
* * * * *
17201 TCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAAAATTCAGCTTAAACTTAATTATGAGGTTATAAAACCAT
130 TCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACAAT
* *
17266 TTAAAGCGAGTAA-AATGGCTTTTGAAGGAATGAGTGACTATAAATAGACTTTTCTTGACAATGA
195 TTAAAGCGAGTAATAA-GGCTTTTGAAGGAATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGA
* * * *
17330 ATGTCTTTTTCTTCACGTTACTCAAGCTAGACATTCAATTATAATCTGTGTTAACCAATAATGTA
259 ATG-CTTTTTCTTCACGTTTCTCAAGCTAGACATTCAATTATAGTCTGTTTTAACCAAAAATGTA
* * *
17395 AAAAAGATTGAACCTAAAATAA
323 AAAAA-ATTCAACTTAAAATCA
* * * * * **
17417 ATTTTGAGATTATAAAAGCA-TTAAATGTGAGTAAAAAGGCTTTTAAAGGAAT-AGAAACTATAA
1 ATTATGAGATTATAAAACCATTTAAA-GCGAGTAATAAGGCTTTTAAA-GAATGGGTGACTATAA
* * *
17480 ATAGACTTGTCTTGCCAATGAAT-GCTTGTTTCTTCATGTTTCTCAA---AACAGACATTCAATT
64 ATGGACTTTTCTTGCCAATGAATATCTT-TTTCTTCATGTTTCTCAAGGTAA-AG-CATTCAATT
* * *
17541 ATAGTCTATTTTAACTAAAAATG-AAAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGGGATTATAAAA
126 ATAGTCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAA
* * * * * * *
17605 CCATTTAAAGCGAGTAATAAAGCTTTTAAAAGAATGGGTGGCTATAAATGGACTTTTCTTGCCGA
191 CAATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAA
* * * *
17670 TGAATGCCTTTTTCTTCATGTTTCTCAAGGTAGATATTCAATTATAGTCTGTTTTAA-C-TAAAT
256 TGAATG-CTTTTTCTTCACGTTTCTCAAGCTAGACATTCAATTATAGTCTGTTTTAACCAAAAAT
* *
17733 GGAAAAAAATACAACTTAAAATCA
320 GTAAAAAAATTCAACTTAAAATCA
* * * *
17757 ATTATGAGATAATAAAACAATTTAAAGCGAGTAGTAAGGCTTTTACAGGAATGGGTGACTATAAA
1 ATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTA-AAGAATGGGTGACTATAAA
* * * * * *
17822 TGGACTTTTCTTACCAATGAATGTCTTTTTCTTCATATTTTTCAAGGTAGA-CATTCAATTATAC
65 TGGACTTTTCTTGCCAATGAATATCTTTTTCTTCATGTTTCTCAAGGTAAAGCATTCAATTATAG
* * * *
17886 TCTGTTTTAACCAAATATGT--AAAAAAATTAAACTTAAAATCAATTATGAGACTATAGAACAAT
130 TCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACAAT
* * * * *
17949 TTAAAGCGACTAGTAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTT-CTGAATAA
195 TTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGC-CAATGA
* * * * *
18013 ATGATTCTTTCTACACGTTT-TCCTAGGC-AGGCATTCAATTATAGTCTTTTTTAACCAAAAA--
259 ATGCTT-TTTCTTCACGTTTCT-C-AAGCTAGACATTCAATTATAGTCTGTTTTAACCAAAAATG
* *
18074 TACAACAATTTCAACTTAAAATCA
321 TA-AAAAAATTCAACTTAAAATCA
* * *
18098 GTTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGCAAGTAATAAGG
1 ATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGG
18137 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 1178, Mismatches: 194, Indels: 73
0.82 0.13 0.05
Matches are distributed among these distances:
339 4 0.00
340 178 0.15
341 146 0.12
342 286 0.24
343 172 0.15
344 339 0.29
345 53 0.04
ACGTcount: A:0.39, C:0.12, G:0.14, T:0.35
Consensus pattern (343 bp):
ATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTAAAGAATGGGTGACTATAAAT
GGACTTTTCTTGCCAATGAATATCTTTTTCTTCATGTTTCTCAAGGTAAAGCATTCAATTATAGT
CTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACAATT
TAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAAT
GCTTTTTCTTCACGTTTCTCAAGCTAGACATTCAATTATAGTCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAA
AAATTCAACTTAAAATCA
Found at i:17369 original size:515 final size:508
Alignment explanation
Indices: 16386--18136 Score: 1921
Period size: 515 Copynumber: 3.4 Consensus size: 508
16376 NNNNNNNNNN
* * * *
16386 ATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATATGACTTTTAAAGGAATGGAGGACTATAAA
1 ATTATGAGATTATAAAACAATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTAAAGGAATAGA-GACTATAAA
* ** *
16451 TAGAATTTTCTTGCCAATGAATG-TCTTTTTCTTCATGTTACTTGA-GCTAGACATTCAATTATA
65 TAGACTTTTCTTGCCAATGAATGCT-TTTTTCTTCACATTTCTTGAGGC-AGACATTCAATTATA
* * * * * *
16514 ATCTG-TGTTAACCAATAATGTAAAAAAAAATTGAACCTAAAATCAATTTTGAGATTATAAAACT
128 GTCTGTTG-TAACCAAAAAT-T--AAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACC
* * ** **** * * * *
16578 ATTTAATGCTAGTAATAAGGCTTTTGAGGGAATAAAAGACTATAAATGAACTTGTCTTGTCAATG
189 ATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAAGAAGGGTA-ACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAGTG
* * * * *
16643 AATGCTTGTTCCTTCATGTTTCTCAATGTAAAAATTCAATTATAGTCTATTTTAACTAAAAATGT
253 AATCCTT-TTTCTTCATGTTTCTCAAGGTAAAAATTCAATTATAGTCTGTTTTAACCAAAAATGT
* *
16708 AAAAAAATTCAACTTAAAATCAATAATGAGATTATAAAACAATTTAAAGAGAGTAGTAAGGCTTT
317 AAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACAATTTAAAGCGAGTAGTAAGGCTTT
* * * *
16773 TGAAGGAATGGGTGATTATAAATGGACTTTTCTTCCAATGAATGATTTTTTTCTAC-CTGTTTCT
382 TGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTACAATGAATG-TCTTTTTCTTCAC-GTTTC-
* * * * * * * * *
16837 TGAGGCAAG-CTTTCAATTATAGTCTATTTTAACCAAAAATGTGAAAAAATTCAACTTCAAATCA
444 TCAAGCTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTAAACTTAAAATCA
*
16901 ATTATGAGATTATAAAACAATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATAAGAGACTATAAA
1 ATTATGAGATTATAAAACAATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTAAAGGAAT-AGAGACTATAAA
* * * * **
16966 TGGACTTTTCTTGCCAATGAATGCTTTTTTCTTTACATTTCTTGAGGTAAACATTCAATTATTCT
65 TAGACTTTTCTTGCCAATGAATGCTTTTTTCTTCACATTTCTTGAGGCAGACATTCAATTATAGT
*
17031 CTGTTGTAACCAAAAATCTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATCTA
130 CTGTTGTAACCAAAAAT-TAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTA
* * *
17096 AAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAAGAACGGGTAACTATAAATGGATTTTTTTTGCCAGTGAATAT
194 AAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAAGAA-GGGTAACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAGTGAAT-C
* **
17161 CTTTTTCTTCATATTTCTCAAGGTAAAGCTTCAATTATAGTCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAA
257 CTTTTTCTTCATGTTTCTCAAGGTAAAAATTCAATTATAGTCTGTTTTAACCAAAAATGT--AAA
* * * * * *
17226 AAAATTCAGCTTAAACTTAATTATGAGGTTATAAAACCATTTAAAGCGAGTA-AAATGGCTTTTG
320 AAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACAATTTAAAGCGAGTAGTAA-GGCTTTTG
* * *
17290 AAGGAATGAGTGACTATAAATAGACTTTTCTTGACAATGAATGTCTTTTTCTTCACGTTACTCAA
384 AAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTT-ACAATGAATGTCTTTTTCTTCACGTTTCTCAA
* * * * *
17355 GCTAGACATTCAATTATAATCTGTGTTAACCAATAATGTAAAAAAGATTGAACCTAAAATAA
448 GCTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAA-ATTAAACTTAAAATCA
* * * *
17417 ATTTTGAGATTATAAAAGC-A-TTAAATGTGAGTAAAAAGGCTTTTAAAGGAATAGAAACTATAA
1 ATTATGAGATTATAAAA-CAATTTAAA-GCGAGTAATAAGGCTTTTAAAGGAATAGAGACTATAA
* * ** ** **
17480 ATAGACTTGTCTTGCCAATGAATGCTTGTTTCTTCATGTTTCTCAAAACAGACATTCAATTATAG
64 ATAGACTTTTCTTGCCAATGAATGCTTTTTTCTTCACATTTCTTGAGGCAGACATTCAATTATAG
* * * * *
17545 TCTATTTTAACTAAAAATGAAAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGGGATTATAAAACCATT
129 TCTGTTGTAACCAAAAAT--TAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATT
* * **
17610 TAAAGCGAGTAATAAAGCTTTTAAAAGAATGGGTGGCTATAAATGGACTTTTCTTGCC-GATGAA
192 TAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAAGAA-GGGTAACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAG-TGAA
* * * *
17674 TGCCTTTTTCTTCATGTTTCTCAAGGTAGATATTCAATTATAGTCTGTTTTAA-C-TAAATGGAA
255 T-CCTTTTTCTTCATGTTTCTCAAGGTAAAAATTCAATTATAGTCTGTTTTAACCAAAAATGTAA
* *
17737 AAAAATACAACTTAAAATCAATTATGAGATAATAAAACAATTTAAAGCGAGTAGTAAGGCTTTT-
319 AAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACAATTTAAAGCGAGTAGTAAGGCTTTTG
** *
17801 ACAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTACCAATGAATGTCTTTTTCTTCATATTTTTCA
384 A-AGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTA-CAATGAATGTCTTTTTCTTCACGTTTCTCA
* * *
17866 AGGTAGACATTCAATTATACTCTGTTTTAACCAAATATGTAAAAAAATTAAACTTAAAATCA
447 AGCTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTAAACTTAAAATCA
* * * * * * *
17928 ATTATGAGACTATAGAACAATTTAAAGCGACTAGTAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAA
1 ATTATGAGATTATAAAACAATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTAAAGGAAT-AGAGACTATAAA
* * * * * * * * *
17993 TGGACTTTTCTT-CTGAATAAATGATTCTTTCTACACGTTTTCCT-AGGCAGGCATTCAATTATA
65 TAGACTTTTCTTGC-CAATGAATGCTTTTTTCTTCAC-ATTTCTTGAGGCAGACATTCAATTATA
* * * * * *
18056 GTCTTTTTTAACCAAAAA-TACAACAATTTCAACTTAAAATCAGTTATGAGATTATAAAACTATT
128 GTCTGTTGTAACCAAAAATTA-AAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATT
*
18120 TAAAGCAAGTAATAAGG
192 TAAAGCGAGTAATAAGG
18137 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 1040, Mismatches: 170, Indels: 57
0.82 0.13 0.04
Matches are distributed among these distances:
509 1 0.00
510 54 0.05
511 52 0.05
512 223 0.21
513 144 0.14
514 17 0.02
515 336 0.32
516 212 0.20
517 1 0.00
ACGTcount: A:0.39, C:0.12, G:0.14, T:0.35
Consensus pattern (508 bp):
ATTATGAGATTATAAAACAATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTAAAGGAATAGAGACTATAAAT
AGACTTTTCTTGCCAATGAATGCTTTTTTCTTCACATTTCTTGAGGCAGACATTCAATTATAGTC
TGTTGTAACCAAAAATTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAA
GCGAGTAATAAGGCTTTTGAAAGAAGGGTAACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAGTGAATCCTTT
TTCTTCATGTTTCTCAAGGTAAAAATTCAATTATAGTCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATT
CAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACAATTTAAAGCGAGTAGTAAGGCTTTTGAAGGAAT
GGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTACAATGAATGTCTTTTTCTTCACGTTTCTCAAGCTAGACA
TTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTAAACTTAAAATCA
Found at i:19183 original size:172 final size:169
Alignment explanation
Indices: 18844--20021 Score: 1102
Period size: 172 Copynumber: 6.9 Consensus size: 169
18834 NNNNNNNNNN
* * * *
18844 AAAATGCAAAAGAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAGCAATTTTAAGCGAGTAATA
1 AAAAT-CAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATA
** * * * * * **
18909 AGGCTTTTGAAGGAACGGGTGACAATAAATGGACTTTTTTTACCAAAGAATG-TCTTTTTCTGCA
65 AGGCTTTTGAAGGAATAGGAGACTATAAATAGACTTTTCTT-CCAATGAATGCT-TTTTTCTTTA
* * * * * * * *
18973 TGTTTTTCTAGCTAGACATTCCATTATACTATGTTTTAACCA
128 CGTTTCTCAAGGTAAACATTCAATTATAGTCTGTTTTAACCA
* * * * * ** *
19015 ATAATGCAAAAAAACTTGAACCTAAAATTAATTTTGTCATTATTAAACCATTTAAAGCGAGTAAT
1 AAAAT-CAAAAAAA-TTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAAT
* * **
19080 AAGGCTTTTAAAGAAATAAAAGACTATAAATAGACTTTTCCTTCCAATGAATGCTTTTTTCTTTA
64 AAGGCTTTTGAAGGAATAGGAGACTATAAATAGACTTTT-CTTCCAATGAATGCTTTTTTCTTTA
* ** * *
19145 CATTTCTTGAGGTAAACATTCAATTATACTCTGTTTTAA-CT
128 CGTTTCTCAAGGTAAACATTCAATTATAGTCTGTTTTAACCA
* *
19186 GAAATCTAAACAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATA
1 AAAATC-AAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATA
* * * *
19251 AGGCTTTTGAAGGAATGGGTA-ACTATAAA-AGGACTTTTTATTCCAGTGAAT-ATCTTTTTCTT
65 AGGCTTTTGAAGGAATAGG-AGACTATAAATA-GAC-TTTTCTTCCAATGAATGCT-TTTTTCTT
* * * * * *
19313 CACGTTTCTCAAAGTAGAGC-TTTAATTATAGTCTATTCTAACCA
126 TACGTTTCTCAAGGTA-AACATTCAATTATAGTCTGTTTTAACCA
* *
19357 AAAATACAAAAACAATTCAGCTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTGAAGCGAGTAAT
1 AAAAT-CAAAAA-AATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAAT
* * * * * *
19422 ATGGTTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATAGACTTTTCTTACCAATGAATG-TCTTTTGCTTC
64 AAGGCTTTTGAAGGAATAGGAGACTATAAATAGACTTTTCTT-CCAATGAATGCT-TTTTTCTTT
* * * * * * *
19486 ATGTTACTCGAGCTAGACATTCAATTATAATCTGTGTTAACCA
127 ACGTTTCTCAAGGTAAACATTCAATTATAGTCTGTTTTAACCA
* * * * * * * *
19529 ATAATGTAAAAAAAATTGAGCTTAAAATCAATTTTGACATTATAAAATCATTTAATA-AGAGTAA
1 A-AA-ATCAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAA-AGCGAGTAA
* * * * * *
19593 TAAGGCTTTTGAAGGAATAGGAGACTACAAATGGACTTGTCTTGCTAATGAATGCTTGTTTCTTC
63 TAAGGCTTTTGAAGGAATAGGAGACTATAAATAGACTTTTCTT-CCAATGAATGCTTTTTTCTTT
* *
19658 ACGTTTCTTAAGGTAAACATTCAATTATAGTCTGTTTTAACTA
127 ACGTTTCTCAAGGTAAACATTCAATTATAGTCTGTTTTAACCA
* * * *
19701 AAAAT-ATAAAAAACTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACAATTTAAAGCAAGTAAAA
1 AAAATCA-AAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATA
* * * * *
19765 AGGCTTTTGAAGAAATAGGAGACTATAAAT-GACTTTTGGTACCAATGAATACTTTTTTCTTTAT
65 AGGCTTTTGAAGGAATAGGAGACTATAAATAGACTTTT-CTTCCAATGAATGCTTTTTTCTTTAC
* * *
19829 GTTTCTCAATGTAAATATTAAATTATAGTCTGTTTTAACCA
129 GTTTCTCAAGGTAAACATTCAATTATAGTCTGTTTTAACCA
*
19870 AAAATCTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCAAGTAATA
1 AAAATC-AAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATA
* * * * * * * *
19935 ATGCTTTTAAAGGAATGGGTA-ACTATAAATGGACTTTTTTTACCAGTGAAT-ATCTTTTTCTTC
65 AGGCTTTTGAAGGAATAGG-AGACTATAAATAGACTTTTCTT-CCAATGAATGCT-TTTTTCTTT
* *
19998 ACGTTTCTTAAGGTAGACATTCAA
127 ACGTTTCTCAAGGTAAACATTCAA
20022 CTNNNNNNNN
Statistics
Matches: 819, Mismatches: 158, Indels: 60
0.79 0.15 0.06
Matches are distributed among these distances:
169 69 0.08
170 271 0.33
171 90 0.11
172 375 0.46
173 13 0.02
174 1 0.00
ACGTcount: A:0.39, C:0.13, G:0.13, T:0.35
Consensus pattern (169 bp):
AAAATCAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAA
GGCTTTTGAAGGAATAGGAGACTATAAATAGACTTTTCTTCCAATGAATGCTTTTTTCTTTACGT
TTCTCAAGGTAAACATTCAATTATAGTCTGTTTTAACCA
Found at i:19206 original size:342 final size:339
Alignment explanation
Indices: 18851--20021 Score: 1290
Period size: 342 Copynumber: 3.4 Consensus size: 339
18841 NNNAAAATGC
* * * *
18851 AAAAGAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAGCAATTTTAAGCGAGTAATAAGGCTTT
1 AAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTT
* * * * * * *
18916 TGAAGGAACGGGTGACAATAAATGGACTTTTTTTACCAAAGAATGTCTTTTTCTGCATGTTTTTC
66 TGAAGGAATGGGTAACTATAAATGGACTTTTTTTACCAATGAATATCTTTTTCTTCACGTTTTTC
* * * * * * * *
18981 TAGCTAGACATTCCATTATACTATGTTTTAACCAATAATGCAAAAAAACTTGAACCTAAAATTAA
131 AAG-TAGACATTCAATTATAGTCTGTTTTAACCAAAAAT-CAAAAAAACTTCAACTTAAAATCAA
* ** * * **
19046 TTTTGTCATTATTAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTAAAGAAATAAAAGACTATAAAT
194 TTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGAAATAGGAGACTATAAAT
* *
19111 AGACTTTTCCTTCCAATGAATGCTTTTTTCTTTACATTTCTTGAGGTAAACATTCAATTATACTC
259 AGACTTTT-CTTCCAATGAATGCTTTTTTCTTTACATTTCTCGAGGTAAACATTCAATTATAATC
**
19176 TGTTTTAACTGAAATCT
323 TGTTTTAACAAAAATCT
*
19193 AAACAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTT
1 AAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTT
* * *
19258 TGAAGGAATGGGTAACTATAAAAGGACTTTTTATT-CCAGTGAATATCTTTTTCTTCACGTTTCT
66 TGAAGGAATGGGTAACTATAAATGGACTTTTT-TTACCAATGAATATCTTTTTCTTCACGTTTTT
* * * *
19322 CAAAGTAGAGC-TTTAATTATAGTCTATTCTAACCAAAAATACAAAAACAA-TTCAGCTTAAAAT
130 C-AAGTAGA-CATTCAATTATAGTCTGTTTTAACCAAAAAT-CAAAAA-AACTTCAACTTAAAAT
* * * * * *
19385 CAATTATGAGATTATAAAACCATTTGAAGCGAGTAATATGGTTTTTGAAGGAATGGGTGACTATA
191 CAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGAAATAGGAGACTATA
* * *
19450 AATAGACTTTTCTTACCAATGAATG-TCTTTTGC-TT-CATGTTACTCGAGCTAGACATTCAATT
256 AATAGACTTTTCTT-CCAATGAATGCT-TTTTTCTTTACAT-TT-CTCGAGGTAAACATTCAATT
* * *
19512 ATAATCTGTGTTAACCAATAATGT
317 ATAATCTGTTTTAA-CAAAAATCT
* * * * * *
19536 AAAAAAAATTGAGCTTAAAATCAATTTTGACATTATAAAATCATTTAATA-AGAGTAATAAGGCT
1 -AAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAA-AGCGAGTAATAAGGCT
* * * * * * *
19600 TTTGAAGGAATAGG-AGACTACAAATGGACTTGTCTTGCTAATGAAT-GCTTGTTTCTTCACGTT
64 TTTGAAGGAATGGGTA-ACTATAAATGGACTTTTTTTACCAATGAATATCTT-TTTCTTCACGTT
* *
19663 TCTT-AAGGTAAACATTCAATTATAGTCTGTTTTAACTAAAAAT-ATAAAAAAC-TCAACTTAAA
127 T-TTCAA-GTAGACATTCAATTATAGTCTGTTTTAACCAAAAATCA-AAAAAACTTCAACTTAAA
* * *
19725 ATCAATTATGAGATTATAAAACAATTTAAAGCAAGTAAAAAGGCTTTTGAAGAAATAGGAGACTA
189 ATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGAAATAGGAGACTA
* * * ** * * * *
19790 TAAAT-GACTTTTGGTACCAATGAATACTTTTTTCTTTATGTTTCTCAATGTAAATATTAAATTA
254 TAAATAGACTTTT-CTTCCAATGAATGCTTTTTTCTTTACATTTCTCGAGGTAAACATTCAATTA
*
19854 TAGTCTGTTTTAACCAAAAATCT
318 TAATCTGTTTTAA-CAAAAATCT
* *
19877 AAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCAAGTAATAATGCTTT
1 AAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTT
* *
19942 TAAAGGAATGGGTAACTATAAATGGACTTTTTTTACCAGTGAATATCTTTTTCTTCACGTTTCTT
66 TGAAGGAATGGGTAACTATAAATGGACTTTTTTTACCAATGAATATCTTTTTCTTCACGTTT-TT
20007 -AAGGTAGACATTCAA
130 CAA-GTAGACATTCAA
20022 CTNNNNNNNN
Statistics
Matches: 687, Mismatches: 116, Indels: 54
0.80 0.14 0.06
Matches are distributed among these distances:
339 1 0.00
340 122 0.18
341 67 0.10
342 339 0.49
343 26 0.04
344 130 0.19
345 2 0.00
ACGTcount: A:0.39, C:0.13, G:0.13, T:0.35
Consensus pattern (339 bp):
AAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTT
TGAAGGAATGGGTAACTATAAATGGACTTTTTTTACCAATGAATATCTTTTTCTTCACGTTTTTC
AAGTAGACATTCAATTATAGTCTGTTTTAACCAAAAATCAAAAAAACTTCAACTTAAAATCAATT
ATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGAAATAGGAGACTATAAATAG
ACTTTTCTTCCAATGAATGCTTTTTTCTTTACATTTCTCGAGGTAAACATTCAATTATAATCTGT
TTTAACAAAAATCT
Found at i:19445 original size:514 final size:512
Alignment explanation
Indices: 18851--19995 Score: 1521
Period size: 514 Copynumber: 2.2 Consensus size: 512
18841 NNNAAAATGC
* * * * *
18851 AAAAGAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAGCAATTTTAAGCGAGTAATAAGGCTTT
1 AAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATATGGCTTT
* * * **
18916 TGAAGGAACGGGTGACAATAAATGGACTTTTTTTACCAAAGAATGTCTTTTTCTGCATGTTTTTC
66 TGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTTTTACCAATGAATGTCTTTTTCTGCATGTTACTC
* * * * * *
18981 TAGCTAGACATTCCATTATACTATGTTTTAACCAATAATGCAAAAAAACTTGAACCTAAAATTAA
131 GAGCTAGACATTCAATTATAATATGTGTTAACCAATAATGCAAAAAAAATTGAACCTAAAATCAA
* * * *
19046 TTTTGTCATTATTAAACCATTTAA-AGCGAGTAATAAGGCTTTTAAAGAAATAAAAGACTATAAA
196 TTTTGACATTATAAAACCATTTAATA-AGAGTAATAAGGCTTTTAAAGAAATAAAAGACTACAAA
* * * *
19110 TAGACTTTTCCTT-CCAATGAATGCTTTTTTCTTTACATTTCTTGAGGTAAACATTCAATTATAC
260 TAGACTTGT-CTTGCCAATGAATGCTTGTTTCTTCACATTTCTTAAGGTAAACATTCAATTATAC
* * * *
19174 TCTGTTTTAACT-GAAATCTAAACAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTT
324 TCTGTTTTAACTAAAAATATAAA-AAACTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACAATTT
* * * * * * *
19238 AAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTA-ACTATAAAAGGACTTTTTATTCCAGTGAAT
388 AAAGCAAGTAAAAAGGCTTTTGAAGAAATAGG-AGACTAT-AAAGGACTTTTGATACCAATGAAT
* * *
19302 A-TCTTTTTCTTCACGTTTCTCAAAGTAGAGCTTTAATTATAGTCTATTCTAACCAAAAATAC-
451 ACT-TTTTTCTTCACGTTTCTCAAAGTAAAGATTAAATTATAGTCTATTCTAACCAAAAAT-CT
* * *
19364 AAAAACAATTCAGCTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTGAAGCGAGTAATATGGTTT
1 AAAAA-AATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATATGGCTT
* * * *
19429 TTGAAGGAATGGGTGACTATAAATAGACTTTTCTTACCAATGAATGTCTTTTGCTTCATGTTACT
65 TTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTTTTACCAATGAATGTCTTTTTCTGCATGTTACT
* * * *
19494 CGAGCTAGACATTCAATTATAATCTGTGTTAACCAATAATGTAAAAAAAATTGAGCTTAAAATCA
130 CGAGCTAGACATTCAATTATAATATGTGTTAACCAATAATGCAAAAAAAATTGAACCTAAAATCA
* * * **
19559 ATTTTGACATTATAAAATCATTTAATAAGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATAGGAGACTACAAA
195 ATTTTGACATTATAAAACCATTTAATAAGAGTAATAAGGCTTTTAAAGAAATAAAAGACTACAAA
* * * *
19624 TGGACTTGTCTTGCTAATGAATGCTTGTTTCTTCACGTTTCTTAAGGTAAACATTCAATTATAGT
260 TAGACTTGTCTTGCCAATGAATGCTTGTTTCTTCACATTTCTTAAGGTAAACATTCAATTATACT
19689 CTGTTTTAACTAAAAATATAAAAAACTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACAATTTAA
325 CTGTTTTAACTAAAAATATAAAAAACTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACAATTTAA
* *
19754 AGCAAGTAAAAAGGCTTTTGAAGAAATAGGAGACTATAAATGACTTTTGGTACCAATGAATACTT
390 AGCAAGTAAAAAGGCTTTTGAAGAAATAGGAGACTATAAAGGACTTTTGATACCAATGAATACTT
* * * * * *
19819 TTTTCTTTATGTTTCTCAATGTAAATATTAAATTATAGTCTGTTTTAACCAAAAATCT
455 TTTTCTTCACGTTTCTCAAAGTAAAGATTAAATTATAGTCTATTCTAACCAAAAATCT
*
19877 AAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCAAGTAATAAT-GCTT
1 AAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAAT-ATGGCTT
* * * *
19941 TTAAAGGAATGGGTAACTATAAATGGACTTTTTTTACCAGTGAATATCTTTTTCT
65 TTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTTTTACCAATGAATGTCTTTTTCT
19996 TCACGTTTCT
Statistics
Matches: 548, Mismatches: 76, Indels: 17
0.85 0.12 0.03
Matches are distributed among these distances:
512 101 0.18
513 83 0.15
514 355 0.65
515 9 0.02
ACGTcount: A:0.39, C:0.13, G:0.13, T:0.35
Consensus pattern (512 bp):
AAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATATGGCTTT
TGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTTTTACCAATGAATGTCTTTTTCTGCATGTTACTC
GAGCTAGACATTCAATTATAATATGTGTTAACCAATAATGCAAAAAAAATTGAACCTAAAATCAA
TTTTGACATTATAAAACCATTTAATAAGAGTAATAAGGCTTTTAAAGAAATAAAAGACTACAAAT
AGACTTGTCTTGCCAATGAATGCTTGTTTCTTCACATTTCTTAAGGTAAACATTCAATTATACTC
TGTTTTAACTAAAAATATAAAAAACTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACAATTTAAA
GCAAGTAAAAAGGCTTTTGAAGAAATAGGAGACTATAAAGGACTTTTGATACCAATGAATACTTT
TTTCTTCACGTTTCTCAAAGTAAAGATTAAATTATAGTCTATTCTAACCAAAAATCT
Done.