Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: NW_018397317.1 Herrania umbratica cultivar Fairchild unplaced genomic scaffold, ASM216827v2 scaffold_46.0, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000
Length: 74951
ACGTcount: A:0.26, C:0.10, G:0.09, T:0.27
Warning! 20677 characters in sequence are not A, C, G, or T
Found at i:7639 original size:171 final size:170
Alignment explanation
Indices: 7055--9434 Score: 1861
Period size: 170 Copynumber: 14.0 Consensus size: 170
7045 NNNNCTTTCA
* * **
7055 AAGGCATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTACCAATGAATGG-TATTTTGTTCA--TTTTTTT
1 AAGGCAT-GGTGACTATAAATGGACTTTTCTTACCAATGAATGGCT-TTTTCTTCACGTTTCTCA
* * * * * *
7117 AGGTAGATATTCAAATATAATCTGTTTTAACCAAAAAGTATAAAAAAATGCAACTTAAAAAT-AA
64 AGGTAGACATTCAATTATAATATATTTTAACCAAAAA-TGTAAAAAAATTCAACTT-AAAATCAA
* * * * *
7181 TTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGTGAGTAACAAGGCTTCAA
127 TTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTAG
* * * *
7225 AAGGCATTAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTACCAATAAATGGCTTTTTCTGCATGTTTC-CTA
1 AAGGCA-TGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTACCAATGAATGGCTTTTTCTTCACGTTTCTC-A
* * * * *
7289 AGGTAAACATTCAATTATAATTTGTTTTAACTAAAAATGT-AAAAAA-TCAAGTTAAAATCAATT
64 AGGTAGACATTCAATTATAATATATTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATT
* * * *
7352 ATAAGATTATGAAACCATTGAAAGCGATTAATAAGGCTTTCA-
129 ATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTT-AG
* * * * ** *
7394 AAGGCTTGGATGACTATAAATGGACTTTTCTTACCAATGGATGACTTTTGT-ATCGTGTTTCATG
1 AAGGCATGG-TGACTATAAATGGACTTTTCTTACCAATGAATGGCTTTT-TCTTCACGTTTC-TC
** * *
7458 AA-ACAGACATTCAATTATAATATATTTTAACCAAAAATGTAAAAAAACTCAACGTAAAATCAAT
63 AAGGTAGACATTCAATTATAATATATTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAAT
* *
7522 TATGAGATTATAAAATCC-TTTAAAGCGTGTAATAAGGCTTTGG
128 TATGAGATTATAAAA-CCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTAG
* * * * *
7565 AAGGTATAGGTGACTATAAGTGGACATTTCTTATCAATGAAAGGCTTTTTCTTCACGTTTCTCAA
1 AAGGCAT-GGTGACTATAAATGGACTTTTCTTACCAATGAATGGCTTTTTCTTCACGTTTCTCAA
* * * *
7630 GGTAGACATTCAAATATAATTTATTTTAACCAAAAATAT-AAAAACTTCAACTTAAAATC-ATTA
65 GGTAGACATTCAATTATAATATATTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATT-
* * * * *
7693 ATG-GCATTCTAAAATCATTTAAAGTGGGTAATAAGGCTTTGG
129 ATGAG-ATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTAG
* * * ** ** *
7735 AAGGCATTAGTGACAATAAATGAAAATTTCTTGTCAATGAATGACTTTTTCTTCACGTTT-TCCA
1 AAGGCA-TGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTACCAATGAATGGCTTTTTCTTCACGTTTCT-CA
* * *** * * *
7799 TGGTAGACATTCAATTATAATATATGTTAGTTAAAAAATGTAAAAAAATTTAGCTTAAAATTAAT
64 AGGTAGACATTCAATTATAATATATTTTA-ACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAAT
* * *
7864 TATGCGATTATAAAA-CATTT-AATCGAGTAATAAGGCTTTCG
128 TATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTAG
** ** * * * * * * *
7905 AAGGTTTGAGCAACTATAAATGAACTTTCCTTACCAATGGATAGCTTTTACTTCATGTTTC-CTG
1 AAGGCATG-GTGACTATAAATGGACTTTTCTTACCAATGAATGGCTTTTTCTTCACGTTTCTC-A
* * * *
7969 AGGTAGACATTCAATTATAATATATTTTAACCATAAATGTAAAAAAGTTTAACTTAAAATCATTT
64 AGGTAGACATTCAATTATAATATATTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATT
* * * *
8034 ATAAGATTATAAAACCGTTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTCG
129 ATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTAG
* * * * ** * *
8076 AAAGCATGGATGACTATAAATGAACTTTTCTTGCTAATGAAT-AATGTTTTCCTCACGTTTCTTA
1 AAGGCATGG-TGACTATAAATGGACTTTTCTTACCAATGAATGGCT-TTTTCTTCACGTTTCTCA
* * * * * * ** * *
8140 AGGCAGACATTCAAATATAATCTGTTTTAACTAAAAAGGTCTAAAAATTTAACTTAAAATCAATA
64 AGGTAGACATTCAATTATAATATATTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATT
* * * * * *
8205 ATAAGATTGTGAAACCATTTAAAGTGGGTAGTAAGGCTTTAG
129 ATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTAG
* * * * ** * *
8247 AAGGCATGGGTGACTATAAATGAACTTTTTTTGCTAATGAATGGCTTTTTCTTCATATTTTTTGA
1 AAGGCAT-GGTGACTATAAATGGACTTTTCTTACCAATGAATGGCTTTTTCTTCA-CGTTTCTCA
* ** * * *
8312 A-GTAGGCATTCAATTATAATATATTTTAATAAAAAATATAAAAATAATTTAACTTAAAATCTAT
64 AGGTAGACATTCAATTATAATATATTTTAACCAAAAATGTAAAAA-AATTCAACTTAAAATCAAT
* ** *
8376 TATGAGATTATAAAACCATTTAACGTAAGTATTAAGGCTTTAG
128 TATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTAG
* * * *
8419 AAAGCATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAGTGGCTTTGTCTTCACGTTTC-CTA
1 AAGGCAT-GGTGACTATAAATGGACTTTTCTTACCAATGAATGGCTTTTTCTTCACGTTTCTC-A
* * * *
8483 ATGTAGACGTTCAATTATAATATATTTAAACC-AAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATT
64 AGGTAGACATTCAATTATAATATATTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATT
* *
8547 ATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAACGCTTTCG
129 ATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTAG
** * * * ** * * *
8589 AAGGTTTGAGTGACCATAAATAGACTTTCCTTGTCAATGGATGGCTTTTGCTTCACGTGTC-CTA
1 AAGGCATG-GTGACTATAAATGGACTTTTCTTACCAATGAATGGCTTTTTCTTCACGTTTCTC-A
* * * * * **
8653 AGGTAGACATTGAATT-TTA-ATCTGTTAA-CTAAAATAAAAAAAAATTC-ACTTAAAATCAATT
64 AGGTAGACATTCAATTATAATATATTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATT
* * ** *
8714 ATGAGACTACAAAACCATTTAAAATGAGTGATAAGGCTTCTA-
129 ATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTT-TAG
* * ** * * *
8756 AAGGCATGAGTGACTATCAATGGACTTTT-TTGCCAATGAATGATTTTTTCTTCATGTTTCCCTA
1 AAGGCATG-GTGACTATAAATGGACTTTTCTTACCAATGAATGGCTTTTTCTTCACGTTTCTCAA
* * * * * * * * ** * *
8820 GGTCGACATTAAATTTTAATCTGTTTTAACTAAAAATGCAACAAAATTTTACTTGAAATCAATAA
65 GGTAGACATTCAATTATAATATATTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTA
* * * * *
8885 TGAGATTATCAAACCATTTAAGGTGACTAATAAAGCTTTAG
130 TGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTAG
* * * **
8926 AAGGCATAGGCGACTATAAATAGACTTTT-TTACCAATGAGTGGCTTTTTCTTCAC-TTCTCTTG
1 AAGGCAT-GGTGACTATAAATGGACTTTTCTTACCAATGAATGGCTTTTTCTTCACGTT-TCTCA
* * * * * *
8989 GGGTAAACATTCAATTATAATCTA-TTTAACTAAAAGTGTAAATAAAATTCAACTTAAAATCATT
64 AGGTAGACATTCAATTATAATATATTTTAACCAAAAATGTAAA-AAAATTCAACTTAAAATCAAT
** * * *
9053 TATGAGATTATAACTCCATTTAAAGCAAGCAATAAGGCTTCCA-
128 TATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTT-TAG
* * ** * *
9096 AAGGTATGAGTGACTATAAACGGACTTTTC-TAGTTAATGAATGACTTTTTC-TCGATGTTTC-C
1 AAGGCATG-GTGACTATAAATGGACTTTTCTTA-CCAATGAATGGCTTTTTCTTC-ACGTTTCTC
* * * * ********** *
9158 TGAGGTCA-AAATTGAATTTTANNNNNNNNNNACCAAAAAT-TAAAAAAA-TCAACTTAAAATCT
63 -AAGGT-AGACATTCAATTATAATATATTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCA
* * * * *
9220 ATAATGAGATTATTACACCATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTAA
126 ATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTAG
* * * ** * *
9265 AAGGTATGAGTGACAATAATTACACTTTTTCTTACCAACGAATGGCTTTTTCTTCACATTTTCTC
1 AAGGCATG-GTGACTATAAATGGAC-TTTTCTTACCAATGAATGGCTTTTTCTTCAC-GTTTCTC
* * * * * * *
9330 -TGGCAAACATTCAATTATAATATGTTTTAACTAAAAATGTAAAAAAACTCAACTTAAAATCACT
63 AAGGTAGACATTCAATTATAATATATTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAAT
* *
9394 TATGAGATTATAAAACTATTTAAAGAGAGTAATAAGGCTTT
128 TATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTT
9435 CAAAGGCTTA
Statistics
Matches: 1760, Mismatches: 379, Indels: 140
0.77 0.17 0.06
Matches are distributed among these distances:
166 38 0.02
167 74 0.04
168 37 0.02
169 276 0.16
170 629 0.36
171 440 0.25
172 262 0.15
173 4 0.00
ACGTcount: A:0.38, C:0.13, G:0.14, T:0.35
Consensus pattern (170 bp):
AAGGCATGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTACCAATGAATGGCTTTTTCTTCACGTTTCTCAAG
GTAGACATTCAATTATAATATATTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTAT
GAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTAG
Found at i:9340 original size:341 final size:334
Alignment explanation
Indices: 7053--9441 Score: 1400
Period size: 341 Copynumber: 7.0 Consensus size: 334
7043 NNNNNNCTTT
* * * *
7053 CAAAGGCATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTA-CCAATGAATG-GTATTTTGTTCAT-TTT-
1 CAAAGGCATGAGTGACTATAAACGGAC-TTT-TTAGCCAATGAATGACT-TTTTCTTCATGTTTC
** * *
7114 TTTAGGT-AGATATTCAAA-TATAATCTGTTTTAACCAAAAAGTATAAAAAAATGCAACTTAAAA
63 CCTAGGTCA-AAATT-AAATTTTAATCTGTTTTAACCAAAAA-TATAAAAAAAT-CAACTT-AAA
* * * * * * * * * *
7177 AT-AATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGTGAGTAACAAGGCTTCAAAAGGCATTAGTGACTA
123 ATCAATAATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAAGCTTTAGAAGGTATGAGTGACAA
* * * *
7241 TAAATGGACTTTTCTTACCAATAAATGGCTTTTTCTGCA-TGTTTCCTAAGGTAAACATTCAATT
188 TAAATAGACTTTTCTTACCAATGAATGGCTTTTTCTTCACT-TTT-CT-TGGTAAACATTCAATT
* * * *
7305 ATAATTTGTTTTAACTAAAAATGT-AAAAAA-TCAAGTTAAAATCAATTATAAGATTATGAAACC
250 ATAA--TCTTTTAACT-AAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACC
* * * *
7368 ATTGAAAGCGATTAATAAGGCTTT
312 ATTTAAAG-AAGTAATAAGGCTTC
* * * * *
7392 CAAAGGCTTG-GATGACTATAAATGGACTTTTCTTA-CCAATGGATGACTTTTGT-ATCGTGTTT
1 CAAAGGCATGAG-TGACTATAAACGGAC-TTT-TTAGCCAATGAATGACTTTT-TCTTCATGTTT
* ** * * * * * * *
7454 -CAT-GAAACAGACATTCAATTATAATATATTTTAACCAAAAATGTAAAAAAACTCAACGTAAAA
62 CCCTAG-GTCA-AAATTAAATTTTAATCTGTTTTAACCAAAAATATAAAAAAA-TCAACTTAAAA
* * * * *
7517 TCAATTATGAGATTATAAAATCC-TTTAAAGCGTGTAATAAGGCTTTGGAAGGTAT-AGGTGACT
124 TCAATAATGAGATTATAAAA-CCATTTAAAGCGAGTAATAAAGCTTTAGAAGGTATGA-GTGACA
* * * * * ** * *
7580 ATAAGTGGACATTTCTTATCAATGAAAGGCTTTTTCTTCACGTTTCTCAAGGTAGACATTCAAAT
187 ATAAATAGACTTTTCTTACCAATGAATGGCTTTTTCTTCAC-TTT-TCTTGGTAAACATTCAATT
* * * * *
7645 ATAATTTATTTTAACCAAAA-ATATAAAAACTTCAACTTAAAATC-ATTAATG-GCATTCTAAAA
250 ATAA--TCTTTTAACTAAAATGTA-AAAAAATTCAACTTAAAATCAATT-ATGAG-ATTATAAAA
* ** *
7707 TCATTTAAAGTGGGTAATAAGGCTTT
310 CCATTTAAAG-AAGTAATAAGGCTTC
** * * * * * * * *
7733 GGAAGGCATTAGTGACAATAAATGAAAATTTCTT-GTCAATGAATGACTTTTTCTTCACGTTTTC
1 CAAAGGCATGAGTGACTATAAACG-GACTTT-TTAGCCAATGAATGACTTTTTCTTCATGTTTCC
* * * * * * *** * * *
7797 C-ATGGT-AGACATTCAATTATAATATATGTTAGTTAAAAAATGTAAAAAAATTTAGCTTAAAAT
64 CTA-GGTCA-AAATTAAATTTTAATCTGTTTTA-ACCAAAAATATAAAAAAA-TCAACTTAAAAT
* * * * * * * ** *
7860 TAATTATGCGATTATAAAA-CATTT-AATCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGTTTGAGCAACTATA
125 CAATAATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAAGCTTTAGAAGGTATGAGTGACAATA
* * * * * *
7923 AAT-GAACTTTCCTTACCAATGGATAGCTTTTACTTCA-TGTTTCCTGAGGTAGACATTCAATTA
190 AATAG-ACTTTTCTTACCAATGAATGGCTTTTTCTTCACT-TTT-CT-TGGTAAACATTCAATTA
* * * * * * *
7986 TAATATATTTTAACCATAAATGTAAAAAAGTTTAACTTAAAATCATTTATAAGATTATAAAACCG
251 T-A-ATCTTTTAACTA-AAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCA
*
8051 TTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTC
313 TTTAAAG-AAGTAATAAGGC-TTC
* * * * * * * *
8075 GAAA-GCATG-GATGACTATAAATGAACTTTTCTTGCTAATGAAT-AATGTTTTCCTCACGTTT-
1 CAAAGGCATGAG-TGACTATAAACGGACTTTT-TAGCCAATGAATGACT-TTTTCTTCATGTTTC
* * * * * * *
8136 CTTAAGG-CAGACATTCAAA-TATAATCTGTTTTAACTAAAAAGGTCT-AAAAATTTAACTTAAA
63 CCT-AGGTCA-AAATT-AAATTTTAATCTGTTTTAACCAAAAA--TATAAAAAAATCAACTTAAA
* * * * * * * * * *
8198 ATCAATAATAAGATTGTGAAACCATTTAAAGTGGGTAGTAAGGCTTTAGAAGGCATGGGTGACTA
123 ATCAATAATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAAGCTTTAGAAGGTATGAGTGACAA
* * * * **
8263 TAAAT-GAACTTTTTTTGCTAATGAATGGCTTTTTCTTCA-TATTTTTTGAAGTAGGCATTCAAT
188 TAAATAG-ACTTTTCTTACCAATGAATGGCTTTTTCTTCACT-TTTCTTG--GTAAACATTCAAT
* * * *
8326 TATAATATATTTTAA-TAAAAAATATAAAAATAATTTAACTTAAAATCTATTATGAGATTATAAA
249 TAT-A-ATCTTTTAACT--AAAATGTAAAAA-AATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAA
* *
8390 ACCATTTAACGTAAGTATTAAGGCTT-
309 ACCATTTAAAG-AAGTAATAAGGCTTC
* * * * * * * * *
8416 TAGAAAGCATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAGTGGCTTTGTCTTCACGTTT-C
1 CA-AAGGCATGAGTGACTATAAACGGACTTTT-TAGCCAATGAATGACTTTTTCTTCATGTTTCC
* ** * * * * *
8480 CTAATGT-AGACGTTCAATTATAATATATTTAAACC-AAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATC
64 CT-AGGTCA-AAATTAAATTTTAATCTGTTTTAACCAAAAATATAAAAAAA-TCAACTTAAAATC
* * * * *
8543 AATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAACGCTTTCGAAGGTTTGAGTGACCATAA
126 AATAATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAAGCTTTAGAAGGTATGAGTGACAATAA
* ** * * * * * * * *
8608 ATAGACTTTCCTTGTCAATGGATGGCTTTTGCTTCACGTGTCCTAAGGTAGACATTGAATTTTAA
191 ATAGACTTTTCTTACCAATGAATGGCTTTTTCTTCAC-TTTTCT-TGGTAAACATTCAATTATAA
* ** * *
8673 TCTGTTAACTAAAATAAAAAAAAATTC-ACTTAAAATCAATTATGAGACTACAAAACCATTTAAA
254 TCTTTTAACTAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAA
*
8737 -ATGAGTGATAAGGCTTC
319 GA--AGTAATAAGGCTTC
* * * * *
8754 TAAAGGCATGAGTGACTATCAATGGACTTTTTTGCCAATGAATGATTTTTTCTTCATGTTTCCCT
1 CAAAGGCATGAGTGACTATAAACGGACTTTTTAGCCAATGAATGACTTTTTCTTCATGTTTCCCT
* * * ** * ** *
8819 AGGTCGACATTAAATTTTAATCTGTTTTAACTAAAAATGCAACAAAATTTTACTTGAAATCAATA
66 AGGTCAAAATTAAATTTTAATCTGTTTTAACCAAAAATATAA-AAAAATCAACTTAAAATCAATA
* * * * * * *
8884 ATGAGATTATCAAACCATTTAAGGTGACTAATAAAGCTTTAGAAGGCAT-AGGCGACTATAAATA
130 ATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAAGCTTTAGAAGGTATGA-GTGACAATAAATA
* *
8948 GACTTTT-TTACCAATGAGTGGCTTTTTCTTCACTTCTCTTGGGGTAAACATTCAATTATAATCT
194 GACTTTTCTTACCAATGAATGGCTTTTTCTTCACTTTTCTT--GGTAAACATTCAATTATAATCT
* **
9012 ATTTAACTAAAAGTGTAAATAAAATTCAACTTAAAATCATTTATGAGATTATAACTCCATTTAAA
257 -TTTAACTAAAA-TGTAAA-AAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAA
*
9077 GCAAGCAATAAGGCTTC
319 G-AAGTAATAAGGCTTC
* **
9094 CAAAGGTATGAGTGACTATAAACGGACTTTTCTAGTTAATGAATGACTTTTTC-TCGATGTTT-C
1 CAAAGGCATGAGTGACTATAAACGGACTTTT-TAGCCAATGAATGACTTTTTCTTC-ATGTTTCC
* ********** *
9157 CTGAGGTCAAAATTGAATTTTANNNNNNNNNNACCAAAAAT-TAAAAAAATCAACTTAAAATCTA
64 CT-AGGTCAAAATTAAATTTTAATCTGTTTTAACCAAAAATATAAAAAAATCAACTTAAAATCAA
* * * * * *
9221 TAATGAGATTATTACACCATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTAAAAGGTATGAGTGACAATAATT
128 TAATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAAGCTTTAGAAGGTATGAGTGACAATAAAT
* * *
9286 ACACTTTTTCTTACCAACGAATGGCTTTTTCTTCACATTTTCTCTGGCAAACATTCAATTATAAT
193 AGAC-TTTTCTTACCAATGAATGGCTTTTTCTTCAC-TTTTCT-TGGTAAACATTCAATTAT-A-
* * * *
9351 ATGTTTTAACTAAAAATGTAAAAAAACTCAACTTAAAATCACTTATGAGATTATAAAACTATTTA
253 ATCTTTTAACT-AAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTA
*
9416 AAGAGAGTAATAAGGCTTT
317 AAGA-AGTAATAAGGCTTC
9435 CAAAGGC
1 CAAAGGC
9442 TTAGGNNNNN
Statistics
Matches: 1634, Mismatches: 318, Indels: 194
0.76 0.15 0.09
Matches are distributed among these distances:
335 4 0.00
336 88 0.05
337 161 0.10
338 18 0.01
339 150 0.09
340 363 0.22
341 417 0.26
342 297 0.18
343 132 0.08
344 4 0.00
ACGTcount: A:0.38, C:0.13, G:0.14, T:0.35
Consensus pattern (334 bp):
CAAAGGCATGAGTGACTATAAACGGACTTTTTAGCCAATGAATGACTTTTTCTTCATGTTTCCCT
AGGTCAAAATTAAATTTTAATCTGTTTTAACCAAAAATATAAAAAAATCAACTTAAAATCAATAA
TGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAAGCTTTAGAAGGTATGAGTGACAATAAATAGA
CTTTTCTTACCAATGAATGGCTTTTTCTTCACTTTTCTTGGTAAACATTCAATTATAATCTTTTA
ACTAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGAAGTAA
TAAGGCTTC
Found at i:13580 original size:26 final size:25
Alignment explanation
Indices: 13551--13666 Score: 72
Period size: 26 Copynumber: 4.3 Consensus size: 25
13541 TTGAATAGGT
13551 GTGTAACAACTTTTTTTAACCATGGC
1 GTGTAACAACTTTTTTTAA-CATGGC
* ** * *
13577 GTGTAATATGTTTTTGT-ACATGAC
1 GTGTAACAACTTTTTTTAACATGGC
13601 GTGTAACAACAATATTTTTTTTTCAACATGGC
1 GTGTAACAAC------TTTTTTT-AACATGGC
* * *
13633 GTGTAACGACCTTTTTTAACCATGGT
1 GTGTAACAACTTTTTTTAA-CATGGC
13659 GTGTAACA
1 GTGTAACA
13667 TATTTTGGGA
Statistics
Matches: 67, Mismatches: 14, Indels: 18
0.68 0.14 0.18
Matches are distributed among these distances:
24 12 0.18
25 3 0.04
26 31 0.46
30 6 0.09
32 15 0.22
ACGTcount: A:0.28, C:0.16, G:0.17, T:0.40
Consensus pattern (25 bp):
GTGTAACAACTTTTTTTAACATGGC
Found at i:13615 original size:30 final size:31
Alignment explanation
Indices: 13581--13639 Score: 75
Period size: 32 Copynumber: 1.9 Consensus size: 31
13571 CATGGCGTGT
13581 AATATGTTTTTGT-ACATGACGTGTAACAAC
1 AATATGTTTTTGTAACATGACGTGTAACAAC
* * *
13611 AATATTTTTTTTTCAACATGGCGTGTAAC
1 AATATGTTTTTGT-AACATGACGTGTAAC
13640 GACCTTTTTT
Statistics
Matches: 24, Mismatches: 3, Indels: 2
0.83 0.10 0.07
Matches are distributed among these distances:
30 11 0.46
32 13 0.54
ACGTcount: A:0.31, C:0.14, G:0.15, T:0.41
Consensus pattern (31 bp):
AATATGTTTTTGTAACATGACGTGTAACAAC
Found at i:13637 original size:82 final size:79
Alignment explanation
Indices: 13551--13767 Score: 235
Period size: 82 Copynumber: 2.7 Consensus size: 79
13541 TTGAATAGGT
* * * * *
13551 GTGTAACAACTTTTTTTAACCATGGCGTGTAATATGTTTTTGTACATGACGTGTAACAACAATAT
1 GTGTAACAAC-TTTTTTAACCATGGTGTGTAACATATTTTTGTACATGGCATGTAACAACAATA-
*
13616 TTTTTTTTCAACATGGC
64 TTGTTTTT-AACATGGC
* * * ** **
13633 GTGTAACGACCTTTTTTAACCATGGTGTGTAACATATTTTGGGACATGGCCCGTAACAACCGTAT
1 GTGTAAC-AACTTTTTTAACCATGGTGTGTAACATATTTTTGTACATGGCATGTAACAACAATAT
13698 TGTTTTTAACATGGC
65 TGTTTTTAACATGGC
**
13713 GCATAACAAC----TTAACCATGGTGTGTAACATATTTTTGTACATGGCATGTAACAAC
1 GTGTAACAACTTTTTTAACCATGGTGTGTAACATATTTTTGTACATGGCATGTAACAAC
13768 CTAATCATGG
Statistics
Matches: 115, Mismatches: 19, Indels: 9
0.80 0.13 0.06
Matches are distributed among these distances:
75 41 0.36
79 2 0.02
80 13 0.11
81 7 0.06
82 50 0.43
83 2 0.02
ACGTcount: A:0.29, C:0.17, G:0.18, T:0.36
Consensus pattern (79 bp):
GTGTAACAACTTTTTTAACCATGGTGTGTAACATATTTTTGTACATGGCATGTAACAACAATATT
GTTTTTAACATGGC
Found at i:13765 original size:45 final size:45
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Period size: 45 Copynumber: 3.6 Consensus size: 45
13706 ACATGGCGCA
* *
13716 TAACAACTTAACCATGGTGTGTAACATATTTTTGTACATGGCATG
1 TAACAACCTAACCATGGCGTGTAACATATTTTTGTACATGGCATG
* * * *
13761 TAACAACCTAATCATGGCGTGTCACATATTTTTATACATGGCATA
1 TAACAACCTAACCATGGCGTGTAACATATTTTTGTACATGGCATG
* * * ** * *
13806 TAACAACCTAACTATGACGTGTCACACGTTTTTGTACATAGCGTG
1 TAACAACCTAACCATGGCGTGTAACATATTTTTGTACATGGCATG
*
13851 TAACAACCTAACCATGGCTTGTAACAT
1 TAACAACCTAACCATGGCGTGTAACAT
13878 GTTTCTATAC
Statistics
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Matches are distributed among these distances:
45 97 1.00
ACGTcount: A:0.32, C:0.20, G:0.15, T:0.32
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TAACAACCTAACCATGGCGTGTAACATATTTTTGTACATGGCATG
Found at i:13859 original size:90 final size:90
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Indices: 13700--13889 Score: 229
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13690 AACCGTATTG
* * ** * *
13700 TTTTTA-ACATGGCGCATAACAACTTAACCATGGTGTGTAACATATTTTTGTACATGGCATGTAA
1 TTTTTATACATGGCACATAACAACCTAACCATGACGTGTAACACATTTTTGTACATAGCATGTAA
* *
13764 CAACCTAATCATGGCGTGTCACATA
66 CAACCTAACCATGGCGTGTAACATA
* * * * *
13789 TTTTTATACATGGCATATAACAACCTAACTATGACGTGTCACACGTTTTTGTACATAGCGTGTAA
1 TTTTTATACATGGCACATAACAACCTAACCATGACGTGTAACACATTTTTGTACATAGCATGTAA
* *
13854 CAACCTAACCATGGCTTGTAACATG
66 CAACCTAACCATGGCGTGTAACATA
*
13879 TTTCTATACAT
1 TTTTTATACAT
13890 AGTGTGTAAC
Statistics
Matches: 84, Mismatches: 16, Indels: 1
0.83 0.16 0.01
Matches are distributed among these distances:
89 6 0.07
90 78 0.93
ACGTcount: A:0.31, C:0.20, G:0.15, T:0.34
Consensus pattern (90 bp):
TTTTTATACATGGCACATAACAACCTAACCATGACGTGTAACACATTTTTGTACATAGCATGTAA
CAACCTAACCATGGCGTGTAACATA
Found at i:13889 original size:45 final size:45
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Indices: 13716--13900 Score: 190
Period size: 45 Copynumber: 4.1 Consensus size: 45
13706 ACATGGCGCA
* * * *
13716 TAACAACTTAACCATGGTGTGTAACATATTTTTGTACATGGCATG
1 TAACAACCTAACCATGGCGTGTAACATATTTTTATACATAGCATG
* * * *
13761 TAACAACCTAATCATGGCGTGTCACATATTTTTATACATGGCATA
1 TAACAACCTAACCATGGCGTGTAACATATTTTTATACATAGCATG
* * * ** * *
13806 TAACAACCTAACTATGACGTGTCACACGTTTTTGTACATAGCGTG
1 TAACAACCTAACCATGGCGTGTAACATATTTTTATACATAGCATG
* * * **
13851 TAACAACCTAACCATGGCTTGTAACATGTTTCTATACATAGTGTG
1 TAACAACCTAACCATGGCGTGTAACATATTTTTATACATAGCATG
13896 TAACA
1 TAACA
13901 TCATAGCGTG
Statistics
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0.84 0.16 0.00
Matches are distributed among these distances:
45 117 1.00
ACGTcount: A:0.32, C:0.19, G:0.16, T:0.33
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TAACAACCTAACCATGGCGTGTAACATATTTTTATACATAGCATG
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16159 AGAAAACGCG
* * * * *
16169 AAGAAAAAGCCATTCATTGGCTAGAAAAAGTGC-AATCATTGTCACTCATACCTTCCAAAGCCTT
1 AAGAAAAAGCCATTCATTGG-TA-AAAAAGT-CTATTTATAGTCACTCATGCCTT-TAAAGCCTT
* *
16233 ATTACTCGCTTTAAATGGTTTAATAATCTCATTATAAATTTTAAATTGATTTTTTTTAATTTTTA
62 ATTACTCGCTTTAAATGGTTT-ATAATCTCATTATAAATTTTAAGTTGATTTTATTTAATTTTTA
*
16298 GTTAAAACAGATTAAAATTCAATTTCGACCTTAGGAAACA-T
126 GTTAAAACAAATTAAAATTCAATTTCGACCTTAGGAAACAGT
**
16339 ACAGAAAAAGCCATTCATTAATCAAAAAAGTCTATTTATAGTCACTCATGCCTTTAGAAGCCTTA
1 A-AGAAAAAGCCATTCATTGGT-AAAAAAGTCTATTTATAGTCACTCATGCCTTTA-AAGCCTTA
* * * * *
16404 TTGCTTGCTTTAAATGAAG-TTATAATCTCA-TA-AATGATTTTAAGTTGAATTTTGTCTACACT
63 TTACTCGCTTTAAATG--GTTTATAATCTCATTATAA--ATTTTAAGTTG-ATTTTATTTA-ATT
* * * * *
16466 TTTGGTT-AAACAAATTATAATTGAATGTTTG-CCCTAGGAAA-AGT
122 TTTAGTTAAAACAAATTAAAATTCAAT-TTCGACCTTAGGAAACAGT
* * * *
16510 GAAGAAAAAGCCATTCATTGGTAAGAAACTCTCTTTATAGTCAC-CTATGCCTTGTAAAGCTTTA
1 -AAGAAAAAGCCATTCATTGGTAAAAAAGTCTATTTATAGTCACTC-ATGCCTT-TAAAGCCTTA
* * * ** **
16574 TTACTCGATTTAAATGGTTTGATAATCTCATTACT-GATTTCAAGTCAAATTTTATTGCATTTTT
63 TTACTCGCTTTAAATGGTTT-ATAATCTCATTA-TAAATTTTAAGT-TGATTTTATTTAATTTTT
* * * *
16638 AGTTAAAACATATTAAAATTCAATATCGACCTTGGGAAACATT
125 AGTTAAAACAAATTAAAATTCAATTTCGACCTTAGGAAACAGT
16681 AAGAAAAA
1 AAGAAAAA
16689 ATCATTCTAT
Statistics
Matches: 280, Mismatches: 46, Indels: 48
0.75 0.12 0.13
Matches are distributed among these distances:
168 3 0.01
169 17 0.06
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ACGTcount: A:0.37, C:0.15, G:0.12, T:0.37
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AAGAAAAAGCCATTCATTGGTAAAAAAGTCTATTTATAGTCACTCATGCCTTTAAAGCCTTATTA
CTCGCTTTAAATGGTTTATAATCTCATTATAAATTTTAAGTTGATTTTATTTAATTTTTAGTTAA
AACAAATTAAAATTCAATTTCGACCTTAGGAAACAGT
Found at i:17927 original size:171 final size:171
Alignment explanation
Indices: 17534--17933 Score: 416
Period size: 172 Copynumber: 2.3 Consensus size: 171
17524 NNNNNNNNNN
* * * * * *
17534 TAAA-ATATATTATAATTGAATGTCTACCTTAAGAAATATGAAGCAAAAGCTATCCATTAGTAAG
1 TAAACATATATTATAATTGAATGTCTACC-TAAGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTAGCAAA
** * *
17598 GGAAGTCCATCTATAGTCGCTTAAGCCTTCCAAAGTCTTATTACTCAATTTAAATGTTTTATAAT
65 AAAAGTCCATCTATAGTCACTTAAGCCTTCCAAAGTCTTATTACTCAATTTAAATGTTTTAGAAT
*
17663 CTCATAATTAATTTTAAGTTAAATTTTTTTTACATTTTTAAA
130 CTCATAATTAATTTTAAGTTAAATGTTTTTTACATTTTTAAA
* * ** *
17705 TGAACATATGTTATAATTGAATGTCTACCATGGGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGGCAAA
1 TAAACATATATTATAATTGAATGTCTACC-TAAGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTAGCAAA
* * * * * *
17770 AAAATTTCATTTATTGTCAC-TAATGCCTTTCAAAG-CTTTATTACTCACTTTAAATGATTTTAG
65 AAAAGTCCATCTATAGTCACTTAA-GCCTTCCAAAGTC-TTATTACTCAATTTAAATG-TTTTAG
* * * * * **
17833 AATGTCATTATTGATTTTAAGTTGAA-GTTTTTTATATTTTTAGTT
127 AATCTCATAATTAATTTTAAGTTAAATGTTTTTTACATTTTTA-AA
* *
17878 TAAACA-A-ATTATATTTGAATGTCTACCTCAAGAAACATGAAGAAAAAGCCTTTCAT
1 TAAACATATATTATAATTGAATGTCTACCT-AAGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCAT
17934 CTATANNNNN
Statistics
Matches: 187, Mismatches: 36, Indels: 12
0.80 0.15 0.05
Matches are distributed among these distances:
170 1 0.01
171 49 0.26
172 105 0.56
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ACGTcount: A:0.37, C:0.13, G:0.12, T:0.39
Consensus pattern (171 bp):
TAAACATATATTATAATTGAATGTCTACCTAAGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTAGCAAAA
AAAGTCCATCTATAGTCACTTAAGCCTTCCAAAGTCTTATTACTCAATTTAAATGTTTTAGAATC
TCATAATTAATTTTAAGTTAAATGTTTTTTACATTTTTAAA
Found at i:19362 original size:23 final size:21
Alignment explanation
Indices: 19322--19363 Score: 57
Period size: 22 Copynumber: 1.9 Consensus size: 21
19312 GATAATCTCA
19322 TTATTGATTTTAAGTCAAATT
1 TTATTGATTTTAAGTCAAATT
*
19343 TTATTGCATTTTTAGTTCAAA
1 TTATTG-ATTTTAAG-TCAAA
19364 CAGATTAAAA
Statistics
Matches: 18, Mismatches: 1, Indels: 2
0.86 0.05 0.10
Matches are distributed among these distances:
21 6 0.33
22 7 0.39
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ACGTcount: A:0.31, C:0.07, G:0.10, T:0.52
Consensus pattern (21 bp):
TTATTGATTTTAAGTCAAATT
Found at i:20646 original size:170 final size:172
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Indices: 20126--20783 Score: 421
Period size: 171 Copynumber: 3.8 Consensus size: 172
20116 NNNNGCATTG
* * * * * * *
20126 GTGACAATAAATGGAATTTTCTTGCCAATGAATGACTTTTTCTTCACGATTTCC-ATGGTAGA-C
1 GTGACTATAAATAGACTTTTCTTACCAATGAATGACTTTTTCTTCAC-TTTTCCTAAGGCA-ACC
* * * * * * * * *
20189 ATTCAATTACAATATATGTT-AATCAAAAAATGTAAA-AAAATTTAGCTTAAAATCAATTATGAG
64 ATTCAATTATAATCTGT-TTGAA-CCAAAAAGGCAAACAAAATTCAACTTAAAATCAATAATGAG
* * * *
20252 ATTATAA-AACATTTAAAGCGAGTAATAAAGCTTTGGAAGGCATGG
127 ATTATAACACCATTTAAAGCGAGCAATATAGCTTTGGAAGGCATGA
*********** **
20297 GTGACTATAAATANNNNNNNNNNGCCAATGAAT-AGC-TTTTCTTCACTTTT-CTTGGGACAACC
1 GTGACTATAAATAGACTTTTCTTACCAATGAATGA-CTTTTTCTTCACTTTTCCTAAGG-CAACC
* * * ** * * ***
20359 ATTCAATTATAATATGTTTTAACC-GAAAGTATAAACAAAATTCAACTTAATATCAATTATGNNN
64 ATTCAATTATAATCTGTTTGAACCAAAAAG-GCAAACAAAATTCAACTTAAAATCAATAATGAGA
******* * * * * * **
20423 NNNNNNNACTATTGATAGTGAGTAATA-AGGCTTTCAAAGGCATGA
128 TTATAACACCATTTAAAGCGAGCAATATA-GCTTTGGAAGGCATGA
* * *
20468 GTGACTATAAATGGAC-TTTCTTACCAATGAATGACTTTTTCTTCATGTTTTCC-AAGGTAGA-C
1 GTGACTATAAATAGACTTTTCTTACCAATGAATGACTTTTTCTTCA-CTTTTCCTAAGGCA-ACC
* * ** * *
20530 ATTGAATTTTAATCTGTTTGAAGTAAAAATGC-AACAAAAATT-GACTTAAAATCAATAATGAGA
64 ATTCAATTATAATCTGTTTGAACCAAAAAGGCAAAC-AAAATTCAACTTAAAATCAATAATGAGA
* *
20593 TTATCAA-ACCATTTAAAGCGAGCAATATAGCTTTGGAAGGGATGG
128 TTAT-AACACCATTTAAAGCGAGCAATATAGCTTTGGAAGGCATGA
* **
20638 GTGACTATAAATAGACTTTTCTTACCAATGAATGGCTTTTTCTTCACTTTTCCTGGGGCAACCAT
1 GTGACTATAAATAGACTTTTCTTACCAATGAATGACTTTTTCTTCACTTTTCCTAAGGCAACCAT
* * *
20703 TCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAAGGTAAACAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTA
66 TCAATTATAATCTGTTTGAACCAAAAAGGCAAACAAAATTCAACTTAAAATCAATAATGAGATTA
*
20768 TAACTCCATTTAAAGC
131 TAACACCATTTAAAGC
20784 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 359, Mismatches: 104, Indels: 47
0.70 0.20 0.09
Matches are distributed among these distances:
168 4 0.01
169 13 0.04
170 130 0.36
171 164 0.46
172 47 0.13
173 1 0.00
ACGTcount: A:0.37, C:0.14, G:0.14, T:0.33
Consensus pattern (172 bp):
GTGACTATAAATAGACTTTTCTTACCAATGAATGACTTTTTCTTCACTTTTCCTAAGGCAACCAT
TCAATTATAATCTGTTTGAACCAAAAAGGCAAACAAAATTCAACTTAAAATCAATAATGAGATTA
TAACACCATTTAAAGCGAGCAATATAGCTTTGGAAGGCATGA
Found at i:21693 original size:171 final size:171
Alignment explanation
Indices: 21405--21724 Score: 433
Period size: 171 Copynumber: 1.9 Consensus size: 171
21395 NNGTTGAATT
* * * *** *
21405 TTTTTTACATTTTTGGTTAAAATAGATTATATTTGAATGTTTTCCTCAAGAAATGTGAAGAAAAA
1 TTTTTTACATTTTCGGTTAAAACAAATTATATTTGAATGTCCACCTCAAGAAACGTGAAGAAAAA
* * * * * * *
21470 GCCATCCATTGGAAAGAAAAGTCCATTAATAGTCATTCATGCCTTTGAAAGCATTATTTCTGACT
66 GCCATCCACTGGAAAGAAAAGTCCATTAATAATCACTCATACCTTCGAAAGCATTATTACTCACT
*
21535 TTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTGTAAGTTAAAA
131 TTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTGTAAGTTAAAA
* * * *
21576 TTTTTTACATTTTCGGTTAAAACAAATTATATTTGAATGTCCAGCTCGAGAAACGTGAGGTAAAA
1 TTTTTTACATTTTCGGTTAAAACAAATTATATTTGAATGTCCACCTCAAGAAACGTGAAGAAAAA
** * *
21641 GCCATCCACTGGAGTGAAAAGTCCATTTATAATCACTCATACCTTCGAAAGCATTGTTACTCACT
66 GCCATCCACTGGAAAGAAAAGTCCATTAATAATCACTCATACCTTCGAAAGCATTATTACTCACT
21706 TTAAATAGTTTTATAATCT
131 TTAAATAGTTTTATAATCT
21725 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 126, Mismatches: 23, Indels: 0
0.85 0.15 0.00
Matches are distributed among these distances:
171 126 1.00
ACGTcount: A:0.35, C:0.14, G:0.14, T:0.37
Consensus pattern (171 bp):
TTTTTTACATTTTCGGTTAAAACAAATTATATTTGAATGTCCACCTCAAGAAACGTGAAGAAAAA
GCCATCCACTGGAAAGAAAAGTCCATTAATAATCACTCATACCTTCGAAAGCATTATTACTCACT
TTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTGTAAGTTAAAA
Found at i:22161 original size:45 final size:45
Alignment explanation
Indices: 22110--22304 Score: 246
Period size: 45 Copynumber: 4.3 Consensus size: 45
22100 CACGCTATGA
* * * * *
22110 TGTTACACACTATGTACAAAAACATGTTACACACTATGGTTAGGT
1 TGTTACACGCCATGTACAAAAACATGTGACACGCCATGGTTAGGT
* * *
22155 TGTTACACGCCATGTACAAAAACGTGTGACATGCCATAGTTAGGT
1 TGTTACACGCCATGTACAAAAACATGTGACACGCCATGGTTAGGT
*
22200 TGTTACACGCCATGTACAAAAATATGTGACACGCCATGGTTAGGT
1 TGTTACACGCCATGTACAAAAACATGTGACACGCCATGGTTAGGT
* * * * *
22245 TGTTAGACGCCATGTACAAAAACATGTTACACTCCATGTTTAAGT
1 TGTTACACGCCATGTACAAAAACATGTGACACGCCATGGTTAGGT
* *
22290 TGTTATACACCATGT
1 TGTTACACGCCATGT
22305 TAAAAATAAT
Statistics
Matches: 130, Mismatches: 20, Indels: 0
0.87 0.13 0.00
Matches are distributed among these distances:
45 130 1.00
ACGTcount: A:0.32, C:0.19, G:0.18, T:0.30
Consensus pattern (45 bp):
TGTTACACGCCATGTACAAAAACATGTGACACGCCATGGTTAGGT
Found at i:25387 original size:171 final size:170
Alignment explanation
Indices: 25143--25632 Score: 518
Period size: 171 Copynumber: 2.9 Consensus size: 170
25133 NNNNNNNNNN
* * ** * * *
25143 ATGTTTCTTGAGGTAGACATTGAATTTTAATCTGTTTGAACCAAAAATATAAAACAATTCAACTT
1 ATGTTTCCTGAGGTAGACATTCAATCATAATATGTTTTAACCAAAAATGTAAAA-AATTCAACTT
* * * * * **
25208 AAAATCAATAATGAGTTTTTTAAACAATTAAAAGCAAGTAATAAGGCTTTGGAAGGTATGGGTGA
65 AAAATCAATTATGAGATTATAAAACAATTAAAAGTAAGTAATAAGGCTTTCAAAGGTATGGGTGA
* * * *
25273 CTATAAATAGACTTTTGTTACCAATAAATGACTTTT-TCTTC
130 CTATAAATGGACTTTTCTCACCAATAAATGACTTTTGT-ATC
* * * * *
25314 ATGTTTCCTGAGGTAAACATTTAATCATAATATGTTTTAACAAAAAATGTAAAAAGATTTAGCTT
1 ATGTTTCCTGAGGTAGACATTCAATCATAATATGTTTTAACCAAAAATGTAAAAA-ATTCAACTT
* * *
25379 AAAATCAATTATAAGATTATAAAACTATTTAAAA-TAAGTAATAAGGCTTTCAAAGGTTTGGGTG
65 AAAATCAATTATGAGATTATAAAAC-AATTAAAAGTAAGTAATAAGGCTTTCAAAGGTATGGGTG
* ** *
25443 ACTAGAAATGGACTTTTCTCACCAATGGATGGCTTTTGTATC
129 ACTATAAATGGACTTTTCTCACCAATAAATGACTTTTGTATC
* * * * * *
25485 ATGTTTCCTGAAGCAGACATTCAA-CTATAATATCTTTTATCCAAAAATGTAGAAAAACTCAATT
1 ATGTTTCCTGAGGTAGACATTCAATC-ATAATATGTTTTAACCAAAAATGTA-AAAAATTCAACT
* * * * * *
25549 TAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGTGAGTTATAAGGTTTTCAAAGGCATGGGTG
64 TAAAATCAATTATGAGATTATAAAACAATTAAAAGTAAGTAATAAGGCTTTCAAAGGTATGGGTG
*
25614 AATATAAATGGACTTTTCT
129 ACTATAAATGGACTTTTCT
25633 TGCTAATGAA
Statistics
Matches: 262, Mismatches: 51, Indels: 12
0.81 0.16 0.04
Matches are distributed among these distances:
170 7 0.03
171 243 0.93
172 12 0.05
ACGTcount: A:0.39, C:0.11, G:0.15, T:0.35
Consensus pattern (170 bp):
ATGTTTCCTGAGGTAGACATTCAATCATAATATGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAATTCAACTTA
AAATCAATTATGAGATTATAAAACAATTAAAAGTAAGTAATAAGGCTTTCAAAGGTATGGGTGAC
TATAAATGGACTTTTCTCACCAATAAATGACTTTTGTATC
Found at i:32966 original size:340 final size:331
Alignment explanation
Indices: 32587--33204 Score: 720
Period size: 340 Copynumber: 1.8 Consensus size: 331
32577 ATAATATTAG
* * * * *
32587 AATGTTTGCATTGAGAAACGTAAAGAAAAAGCTATTCATTGGCAACAAAAGTCCGTCTATAGTCA
1 AATGTTTGCATTGAGAAACGTAAAGAAAAAGCCATTCATTAGAAACAAAAGCCCATCTATAGTCA
* * * * * * *
32652 CCCATACCTTCAAAAGCCTTATTGCTTGCTTTAAATGATTTTATGATCTCATAATTGATTTTAAA
66 CCCATACCTTCAAAAACCTAATTACTTACTCTAAATGATTTTATAATCTAATAATTGATTTTAAA
* * * **
32717 ACAAA-TATTTTTAGA-TTTTGATTAAAATATGTTATAATTGAATGTCTACTTTAG-AAATGTGA
131 ACAAAGT-TTTTTACATTTTTGATTAAAATATATTACAATTGAATGTCTACTTTAGAAAACATGA
* * * * * *
32779 AGTAAAAGTCATCCATTGGTAAGAGAACTCCATTTGTAGTCATTCAAGCCTTTGAAACCTTTATT
195 AGCAAAAGCCATCCATTGATAA-AAAACTCCATTTGTAATCACTCAAGCCTTTGAAACCTTTATT
*
32844 ACTCGCTTTAAATAGTTTNNNNNNNNNNTAATTGATTTTAAGTTAAATTCTTTTACATTTTAGAT
259 ACTCGCCTTAAATAGTTT----------TAATTGATTTTAAGTTAAATTCTTTTACATTTTAGAT
32909 CAGAATAGATTATATTTA
314 CAGAATAGATTATATTTA
* * * *
32927 AATGTTTGCCTTGAGAAACGTGAAGAAAAAGCCATTCATTAGAAACAAAAGCCCATTTCTAGTCA
1 AATGTTTGCATTGAGAAACGTAAAGAAAAAGCCATTCATTAGAAACAAAAGCCCATCTATAGTCA
** ** *
32992 CTTATGTCTTCAAAAACCTAATTACTTACTCTAAATGATTTTATAATCTAATAATTGATTTTAAG
66 CCCATACCTTCAAAAACCTAATTACTTACTCTAAATGATTTTATAATCTAATAATTGATTTTAAA
** * * *
33057 TTAAAGTTTTTTACATTTTTGGTTAAAATATATTACAATTGAATGTCTGCTTTGGAAAACATGAA
131 ACAAAGTTTTTTACATTTTTGATTAAAATATATTACAATTGAATGTCTACTTTAGAAAACATGAA
* * **
33122 GCAAAAGCCATCCATTGATAAAAAAGTCCATTTGTAATCACTCAAGCTTTTGAAGGCTTTATTAC
196 GCAAAAGCCATCCATTGATAAAAAACTCCATTTGTAATCACTCAAGCCTTTGAAACCTTTATTAC
*
33187 TCGCCTTAAATGGTTTTA
261 TCGCCTTAAATAGTTTTA
33205 TAATCTCATA
Statistics
Matches: 232, Mismatches: 43, Indels: 15
0.80 0.15 0.05
Matches are distributed among these distances:
331 2 0.01
340 119 0.51
341 86 0.37
342 25 0.11
ACGTcount: A:0.35, C:0.14, G:0.13, T:0.37
Consensus pattern (331 bp):
AATGTTTGCATTGAGAAACGTAAAGAAAAAGCCATTCATTAGAAACAAAAGCCCATCTATAGTCA
CCCATACCTTCAAAAACCTAATTACTTACTCTAAATGATTTTATAATCTAATAATTGATTTTAAA
ACAAAGTTTTTTACATTTTTGATTAAAATATATTACAATTGAATGTCTACTTTAGAAAACATGAA
GCAAAAGCCATCCATTGATAAAAAACTCCATTTGTAATCACTCAAGCCTTTGAAACCTTTATTAC
TCGCCTTAAATAGTTTTAATTGATTTTAAGTTAAATTCTTTTACATTTTAGATCAGAATAGATTA
TATTTA
Found at i:34133 original size:171 final size:170
Alignment explanation
Indices: 33628--37753 Score: 2743
Period size: 171 Copynumber: 24.2 Consensus size: 170
33618 NNNNNNNNNN
* * * * *
33628 TATAATCTAATAATTGATTTTAAATTGAATTTTTTTACATTTTTTGTTAAAACATATTATGATTG
1 TATAATCTCATAATTGATTTTAAGTT-AATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTG
* * * * * * *
33693 AATGTTTGCCTCAGGAAACATG-AGAAAAATCCATTTATTGACAACAAAAGTCTATTTATAGTCA
65 AATGTCTACCTCAGGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCA
** **
33757 C-CTATA-CCTTCCAAAGCCTTATTACTTACTTTAAATGGTTT
130 CTC-A-AGCCTTTGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTT
* * * ** * * * * *
33798 AATAAACTCATTATAAATTTTAAGTTGAATTTTATTATATTTTTGGTTAAAATAGATTAAAATTC
1 TATAATCTCATAATTGATTTTAAGTT-AATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTG
* * * * * * * **
33863 AATGTCTACATCAAGAATCGTGAAGAAAAAGACATTCATTGATC-ATAAAAGTTTATTTATAGTC
65 AATGTCTACCTCAGGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTG-GCAAGAAAAGTCCATTTATAGTC
********** * *
33927 ACTCANNNNNNNNNNAGACTTATTACTCACTTTAAATGGTTT
129 ACTCAAGCCTTTGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTT
* * * * ** *
33969 TATAATCTTATAATAGATTTTAAGTTAATTTTTTTTACACTTTTGGTTTAAATGGATTATAACTG
1 TATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAA-TTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTG
** * * * * *
34034 AATGTCTACCTCAGGAAATGTGAAGCAAAAGCCATCCATTGGCAAGGAAAGACCATTCATAGTCA
65 AATGTCTACCTCAGGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCA
*
34099 CTCAAGCCTTTGAAAGCCATATTACAT-GCTTTAAATGGTTT
130 CTCAAGCCTTTGAAAGCCTTATTAC-TCGCTTTAAATGGTTT
* * * * * *
34140 TATAATCGCATAATTGATTTTAAGTTGATTTCTTTTTAAATTTTTAGTTAAAACAAATTAAAATT
1 TATAATCTCATAATTGATTTTAAGTT-AATT-TTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATT
* * * * * * ** * ***
34205 CAATGTCGACCTAAGAAAACATGGATAAAAAGCCATTCATTAACTAGAAAAGTTTGTTTATAGTC
64 GAATGTCTACCTCAGGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTC
* * * **
34270 AGTCATA-CCTTTGGAAGCCTTATTGCTCGCTTTAAATGGAGT
129 ACTCA-AGCCTTTGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTT
********** **
34312 TATAATCTCATANNNNNNNNNNAGTTGAATTTTGTTTACCCTTTTGGTTAAAACAGATTATAATT
1 TATAATCTCATAATTGATTTTAAGTT-AATTTT-TTTACATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATT
* * * *
34377 GAATGGT-TGCC-CTAGGAAA-AGTGAAAAAAAAGCCATTCATTGGTAAAAAAAGTCCATTTATA
64 GAAT-GTCTACCTC-AGGAAACA-TGAAGAAAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATA
* * * * * ***
34439 CTCACCCATGCCTTCT-AAAGCTTTATTGCTCGCTTTAAATGGNNN
126 GTCACTCAAGCCTT-TGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTT
******* * * * * * * * *
34484 NNNNNNNTCATTATTGATTTTAAGTCAAATTTTGTTGCATTTTTTGTTCAAACAGATTAAAATTC
1 TATAATCTCATAATTGATTTTAAGT-TAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTG
** * * * *
34549 AATGTCTACCTTTGAAAACGTGAAGAATAAGCCATTCATTGGTAAG-AAAGTCCATTTATAGTCA
65 AATGTCTACCTCAGGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCA
* * * * * *
34613 CTCATA-TCTTTGGAAGCCTTATTACTCACTGTCAATAGTTT
130 CTCA-AGCCTTTGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTT
* * * *
34654 TATAATCTCATAATTAATTTTAAGTTAAATTTTATTTATACTTTGGGTTAAAACAGATTATAATT
1 TATAATCTCATAATTGATTTTAAGTT-AATTTT-TTTACATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATT
* * *
34719 GAATGGT-TATCC-CAGGAGAA-GTGAAG-AAAAGCTATTCATTGGCAAGAAAAGTCTATTTATA
64 GAAT-GTCTA-CCTCAGGA-AACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATA
* * ************************ *
34780 GTCACCCATGCNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTAAATGATTT
126 GTCACTCAAGCCTTTGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTT
* * * * * * *
34825 TATAATCTGATAATTGATTTTAAGTTGAATTGTTTTACATTTTTTGATTAACATATATTGTAATT
1 TATAATCTCATAATTGATTTTAAGTT-AATTTTTTTACA-TTTTTGGTTAAAACAGATTATAATT
* * * * * *
34890 GAATGTTTACCATGA-GAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGCCGAGAAAAGTTCATTTATTGT
64 GAATGTCTACC-TCAGGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGT
* * ** * * *
34954 CACCCATGCCTTCCAAAGCTTTATTACTCACTTTAAATGGTTC
128 CACTCAAGCCTTTGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTT
* * * * * * * * * * * *
34997 TACAGTGTTATTATTAATTTTAAGTTGAAGTTTTTTATAGTTTTGGTTAAAGCAGAATATATTTG
1 TATAATCTCATAATTGATTTTAAGTT-AATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTG
* * * * * *** *
35062 AATGTCTACCT-AGAAAAAAGTAAAGAAGAAA-CCTTTTATCAACAAGAAAAGTACATTTATAGT
65 AATGTCTACCTCAGGAAACA-TGAAGAA-AAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGT
** ** * * *
35125 CACTCATTCCTTCCAAAGCTTTATTACTTGCTTTAAATGATTT
128 CACTCAAGCCTTTGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTT
* * * **
35168 TATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAGTTTGTTTACATTTTTGGTTAAAATATATGGTAATTG
1 TATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAA-TTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTG
* * * * * * * * *
35233 AATGTGTGCTTCATGAAACATGATGCAAAAGCCATCCATTGGTAAGAAAAATCCATTTATAGTCA
65 AATGTCTACCTCAGGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCA
* * *
35298 CCCAAGCCTTT-AAAGGCCTTATTATTTGCTTTAAATGGTTT
130 CTCAAGCCTTTGAAA-GCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTT
* * * * *
35339 TATAATATCATAATTGATTTTAACTTGATTTTTTTTATATTTTTGGTTAAAACAGATTATAGTTG
1 TATAATCTCATAATTGATTTTAAGTT-AATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTG
* * * * * * *
35404 AATGTTTGCATCAGGAAACGT-AA-AAAAAACTAATCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCA
65 AATGTCTACCTCAGGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCA
* * * ** *
35467 CTCATGCCTTCGGAATTCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTT
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* * ** * * *
35508 TATTATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTCAGCT-AAACAGATTATATTTA
1 TATAATCTCATAATTGATTTTAAGTT-AATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTG
* * * * * * * * *
35572 AATGTCCACCT-TGAAAAACATAAAGAAAAAGCTATTAATTGACAAGAAAAGTCTATTTATAATC
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* * * *
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* * * *
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* * ** ** ** * * * *
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* * *
35807 GTTACTCAAGCCTTTGAAAGCGTTATTGCTCGCTTTAAATGGTTT
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* * * * *
35852 CATAATCTCATAACTGATTTTAAGTTGAA-TTTTTTATATTTTTGGTTAAAATAGATTATATTTG
1 TATAATCTCATAATTGATTTTAAGTT-AATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTG
* * * * *
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* * *
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* * * * * * * *
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* * * * * *
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* * * *
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* *
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* ** * * * * * * *
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*
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* * * * ** * *
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* * **
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* * *
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1 TATAATCTCATAATTGATTTTAAGTT-AATTTT-TTTACATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATT
* * * * * * * **
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* * *
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* * * * * * * * *
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1 TATAATCTCATAATTGATTTTAAGT-TAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTG
** ** * *
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* * * * * *
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* * * * * * **
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* * *
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* * * * * *
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1 TATAATCTCATAATTGATTTTAAGTT-AATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTG
* * ** ** * *
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* * * * * *
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130 CTCAAGCCTTT-GAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTT
* * * *
37201 TATAATCTCATAATAGATTTTAAGTTAAATTTTTTTACATTTTTGATTAAAATATATTATAATTG
1 TATAATCTCATAATTGATTTTAAGTT-AATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTG
** * * * * * * *
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* * *
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* * * * ** * * * *
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** * * * * ** * *
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* * * * * * * *
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* * * * *
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* ** * *
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*
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37754 NNNNNNNNNN
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Found at i:36125 original size:156 final size:155
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* * * * *
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* * * *
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* * * *
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* * *
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* * * **
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36128 TTATAGTCAC
Statistics
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CCATCCATTGGACAAAAAAGTCCAT
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* * *
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* * * *
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*
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** * *
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* * * * *
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* * * * *
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* * * * * **
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* * * *
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64 GTTTTATAATCTCATAATCGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTT
40503 NNNNNNNNNN
Statistics
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TTTATAATCTCATAATCGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTAGTTCAAACAGATTATAAT
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Found at i:42000 original size:171 final size:170
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* * * * * *
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* * *
41834 TTTTGCTTAAAACAAAATAAAATTCAATGTTTATCTTGA-GAA
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* * * * *
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*
41941 GTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTAATTTTAAGTTGACTTTTTTTAAATT
65 GTTATTACTCACTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTAATTTTAAGTTGACTTTTTTTAAATT
* * * * * * *
42006 TATGGTCAAAATATATTATAATTGAATGTTTTCTCGAGGCA
130 TATGCTCAAAACAAAATAAAATTCAATGTTTTCTCGAGGAA
* *
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* * * * * * *
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64 CGTTATTACTCACTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTAATTTTAAGTTGACT-TTTTT-TAA
42176 ATTT
127 ATTT
42180 GGTTAAACTA
Statistics
Matches: 254, Mismatches: 43, Indels: 12
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Matches are distributed among these distances:
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ACGTcount: A:0.35, C:0.14, G:0.12, T:0.39
Consensus pattern (170 bp):
ACATGAAGCAAAAGCCATCCATTGGTAAAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGTCTCTAAAAGCG
TTATTACTCACTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTAATTTTAAGTTGACTTTTTTTAAATTT
ATGCTCAAAACAAAATAAAATTCAATGTTTTCTCGAGGAA
Found at i:42229 original size:171 final size:171
Alignment explanation
Indices: 41705--42236 Score: 491
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41695 NNNNNNNNNN
* * * ** * * * * *
41705 ACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGGCGACAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGTCTCTCAAAGC
1 ACATAAAGCAAAAGCCATCCATTGGTAAAAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGCCTCTAAAAGC
* * * * * * ** *
41770 CTTATTATTCATTTTAAATAGT-TTAATAATCTCATTATTAATTTTAAGTTGCTTTTTTTTACAT
66 GTTATTACTAACTCTAAATAGTGTT-ATAATCTCATAATTAATTTTAAGTTGAATTTTTTTAAAT
* * * * * * * * *
41834 TTTTGCTTAAAACAAAATAAAATTCAATGTTTATCTTGA-GAA
130 TTATGGTCAAAATATATTATAATTGAATGTTT-TCTCGAGGAA
* * * * * *
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1 ACATAAAGCAAAAGCCATCCATTGGTAAAAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGCCTCTAAAAGC
** * * *
41941 GTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTAATTTTAAGTTGACTTTTTTTAAATT
66 GTTATTACTAACTCTAAATAGTGTTATAATCTCATAATTAATTTTAAGTTGAATTTTTTTAAATT
*
42006 TATGGTCAAAATATATTATAATTGAATGTTTTCTCGAGGCA
131 TATGGTCAAAATATATTATAATTGAATGTTTTCTCGAGGAA
* * * *
42047 ACGTGAAGCAAAACCCATCCATTGGTAAAAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGTCT-TCAAAAG
1 ACATAAAGCAAAAGCCATCCATTGGTAAAAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGCCTCT-AAAAG
* * *
42111 TGTTATTACTAACTCTAAATGGTGTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATGTTTTTATAA
65 CGTTATTACTAACTCTAAATAGTGTTATAATCTCATAATTAATTTTAAGTTGAAT-TTTTT-TAA
* * * * **
42176 A-TT-TGGTTAAACTATATTATAGTTGAGTGTTTGT-TTTAGGAA
128 ATTTATGGTCAAAATATATTATAATTGAATGTTT-TCTCGAGGAA
42218 ACATAAAGCAAAAGCCATC
1 ACATAAAGCAAAAGCCATC
42237 TACATTTTTG
Statistics
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0.81 0.16 0.03
Matches are distributed among these distances:
170 6 0.02
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172 10 0.03
173 4 0.01
ACGTcount: A:0.36, C:0.14, G:0.13, T:0.38
Consensus pattern (171 bp):
ACATAAAGCAAAAGCCATCCATTGGTAAAAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGCCTCTAAAAGC
GTTATTACTAACTCTAAATAGTGTTATAATCTCATAATTAATTTTAAGTTGAATTTTTTTAAATT
TATGGTCAAAATATATTATAATTGAATGTTTTCTCGAGGAA
Found at i:42631 original size:170 final size:167
Alignment explanation
Indices: 42272--42976 Score: 563
Period size: 171 Copynumber: 4.1 Consensus size: 167
42262 TCGATTTCTC
* ** * * * *
42272 GCTTTAAATGGTTTTACAATCTCATTATCAATTTCAAGTTGAATTTTTTTTCATTTTTAGTTCAA
1 GCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATTATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACA-TTTTGGTTAAA
* * * * *
42337 ATAGATTATATTTGAATGTTTACCTTAAGAAACGTGAAGAAATAGCCATTCATTGGCAAGAAAAG
65 ATATATTATAATTGAATG-TT-CTTTAAGAAACATGAAGAAA-AACCATTCATTGGCAAGAAAAG
* * * * * *
42402 TCCATCTATAGCCACCCATGCCATCGAAAGCATTATTACTT
127 TCCATTTATAGACACCCAAGCCTTTGAAAGCCTTATTACTT
** * * * *
42443 GCTTTAAACAGCTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAGTTTTTCTACATTTATGGTTAAA
1 GCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATTATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTT-TGGTTAAA
* * * * *
42508 ATATATTATAATTGAATGTTGCTTTAGGAAACATGATGTAAAAACCATCCATTGGCGAGAAAAAT
65 ATATATTATAATTGAATGTT-CTTTAAGAAACATGAAG-AAAAACCATTCATTGGCAAGAAAAGT
*
42573 CCATTTATAGTCACCCAAGCCTTTGAAAGCCTTATTACTT
128 CCATTTATAGACACCCAAGCCTTTGAAAGCCTTATTACTT
* * * *
42613 GCTTTAAATGGTTTTATAATCGCATGATTGATATTAAGTTAAATTTTTTTACAGTTTTGGTTAAA
1 GCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATTATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACA-TTTTGGTTAAA
* * * * * * * * *
42678 ACATATTATAATTAAATATTTTTCTCAAAAAACTTGAAGAAAAAGCTATTCATTTGTAAGAAAAG
65 ATATATTATAATTGAATGTTCTT-T-AAGAAACATGAAGAAAAA-CCATTCATTGGCAAGAAAAG
* *
42743 TCC-TATTATAGACATCCATA-CCTTTCAAAGCCTTATTACTT
127 TCCAT-TTATAGACACCCA-AGCCTTTGAAAGCCTTATTACTT
* * ** *
42784 GCTTTAAATGATTTAATAATCTCATTACAGATTTTAAGTTGAATTTTTTTTTTCATTTTTGGTTC
1 GCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATTATTGATTTTAAGTTGAA--TTTTTTTACA-TTTTGGTT-
* * * * ** * * **
42849 AAAA-AGATTAAAATTTAATGTTTACATCGAGAAACATGGAGAAAAAGTCATTCATTGGTTAGAA
62 AAAATATATTATAATTGAATG-TT-CTTTAAGAAACATGAAGAAAAA-CCATTCATTGGCAAGAA
* * *** * * *
42913 AAGTCTATTTATAGTCACTTGTA-CCTTCGAAAGCCTTATTGCTC
124 AAGTCCATTTATAGACAC-CCAAGCCTTTGAAAGCCTTATTACTT
* *
42957 GCATTAAATGATTTTATAAT
1 GCTTTAAATGGTTTTATAAT
42977 TTTAAAATTG
Statistics
Matches: 426, Mismatches: 93, Indels: 28
0.78 0.17 0.05
Matches are distributed among these distances:
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ACGTcount: A:0.35, C:0.14, G:0.13, T:0.39
Consensus pattern (167 bp):
GCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATTATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTGGTTAAAA
TATATTATAATTGAATGTTCTTTAAGAAACATGAAGAAAAACCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCA
TTTATAGACACCCAAGCCTTTGAAAGCCTTATTACTT
Found at i:43540 original size:171 final size:169
Alignment explanation
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Period size: 171 Copynumber: 4.6 Consensus size: 169
43098 ATTAAATATA
* * * * * *
43108 TTACATTTTTTGTTAAAACATATCATAATTGAATATTTACCTCAAGAAATATGAAAAAAAAGCCA
1 TTACATTTTTGGTTAAAACATATTATAATTGAATGTTTA-CTCTAGAAACATGAAGAAAAAGCCA
* * * *
43173 TTCATTGTCAAGAAATGTCCATTTATAGTCACTCATACCTTCCAATGCCTTATTAGTCGCTTTAA
65 TTCATTG-CAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATACCTTCCAAAGCCTTATTACTCGCTTTAA
* * * * *
43238 ATGGTTTTACAATCTTATTACTGA-TTTAAGTTGAATGTTT
129 ATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATGTTT
* * * * * * *
43278 TCACATTTTTAGTTAAAACAGATTATATTTGAATGTTTAC-CTTGAGAAACGTAAAGAAATAGCC
1 TTACATTTTTGGTTAAAACATATTATAATTGAATGTTTACTC-T-AGAAACATGAAGAAAAAGCC
* * ** * *
43342 ATTCATTGCCAAGAATAGTCCATTTATAGTTACCCATACCTTTGAAAGCATTATTACTTGCTTTA
64 ATTCATTG-CAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATACCTTCCAAAGCCTTATTACTCGCTTTA
* *
43407 AACT-GCTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAGT-TTT
128 AA-TAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATGTTT
* * * * *
43448 TCTATATTTGTGGTTAAAATATATTATAATTGAATGTTTACTCTAGTAAACATGATGCAAAAGCC
1 T-TACATTTTTGGTTAAAACATATTATAATTGAATGTTTACTCTAG-AAACATGAAGAAAAAGCC
* * * ** * *
43513 ATCCATTGACAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACCTA-AGCCTTTGAAAGCCTTATTGCTTGCTTT
64 ATTCATTG-CAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATA-CCTTCCAAAGCCTTATTACTCGCTTT
* * *
43577 AAATAGTTTTATAATCGCATAATTTATATTAAGTTGAAT-TGTT
127 AAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATGT-TT
* ** * * * * * *
43620 TTAAATTTTTGACTAAAACATATTATAATTAAATGTTTGCATC-AGGAAACTTGTATAAAAAGCT
1 TTACATTTTTGGTTAAAACATATTATAATTGAATGTTTAC-TCTA-GAAACATGAAGAAAAAGCC
* * * *
43684 ATTCATTTGCAAGAAAAGTCCAGTTATAGCCACCTATACCTTCCAAAGCCTTATTACTCACTTTA
64 ATTCA-TTGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATACCTTCCAAAGCCTTATTACTCGCTTTA
* * * *
43749 AAT-GATTTAATAATCTCATTATAGATTTTCAGTTGAAATGTTT
128 AATAG-TTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTG-AATGTTT
* * * * * * * *
43792 TTACATTTTTGGTTAAAAAAGATTAAAATTTAATGTTTGCAT-TGAGAAACGTGAAGAAAAGGCA
1 TTACATTTTTGGTTAAAACATATTATAATTGAATGTTTAC-TCT-AGAAACATGAAGAAAAAGCC
* * * * * *
43856 ATTCATTGGCTAGAGAATTCTATTTATAGTCACTCATGCCTT
64 ATTCATT-GCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATACCTT
43898 TGAAATNNNN
Statistics
Matches: 496, Mismatches: 104, Indels: 38
0.78 0.16 0.06
Matches are distributed among these distances:
168 1 0.00
169 1 0.00
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172 95 0.19
173 2 0.00
ACGTcount: A:0.35, C:0.14, G:0.12, T:0.39
Consensus pattern (169 bp):
TTACATTTTTGGTTAAAACATATTATAATTGAATGTTTACTCTAGAAACATGAAGAAAAAGCCAT
TCATTGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATACCTTCCAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAAT
AGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATGTTT
Found at i:46878 original size:171 final size:169
Alignment explanation
Indices: 46185--46907 Score: 500
Period size: 171 Copynumber: 4.2 Consensus size: 169
46175 ATATAGAAAC
* * * * * *** *
46185 ATTCAACTTAAAATCAATTATGAGAGTAT-AACACCATTTAGAGTGAGTAATAACATTTTTGAAG
1 ATTCAACTTAAAATCAATAATGAGATTATGAA-ACTATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTAAAG
* ** ** * *
46249 ACTTGAGTGA-TGATAAATGGACTTTTCTTACCAAT-AGATGGGTTT-TGCTTCACGTTGCC-CA
65 GCTTGAGTGACT-ATAAATGGACTTTTCTTGTCAATGA-ATGCCTTTCT-CTTCACGTTTCCTAA
* * * * * * **
46310 GAGAAAACATTCAATTATAATATATTTTGACCATAAATATAAAAAA
127 G-GTAAACATTGAATTTTAATTTGTTTTAACCA-AAAT-GCAAAAA
* * * *
46356 AGTT-AACTTAAAATCAATTATGAGATTATGAAACTATTTAAAGCGAGTAATAACGCTTTTGAAT
1 A-TTCAACTTAAAATCAATAATGAGATTATGAAACTATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTAAAG
* * * * * *
46420 GCTTAAGTGACTATAAATGGAC-TTTCTT-TACCAATGGATAGCTTTTGT-TTCACATTT-CTCA
65 GCTTGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGT--CAATGAAT-GCCTTTCTCTTCACGTTTCCTAA
* * *
46481 GGATAAACATTGAATTTTATTTTGTTTTAAGCAAAAATGTAAAAA
127 GG-TAAACATTGAATTTTAATTTGTTTTAA-CCAAAATGCAAAAA
* * **
46526 ATGCAACTTAAAATTAATAATGAGATTATGAAACTATTTAAAATGAGTAATAAGGC-TTTAAGAG
1 ATTCAACTTAAAATCAATAATGAGATTATGAAACTATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTAA-AG
* * * * * * * * * *
46590 ACATGAGTGACTATAAATGGACTTTTGTCGCCAACGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTCTTGAA-G
65 GCTTGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGTCAATGAATGCCTTTCTCTTCACGTTTCCT-AAGG
* * * * ********
46654 CAAACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAANNNNNNNNNNA
129 TAAACATTGAATTTTAATTTGTTTTAACCAAA--ATGCAAAAA
* * * *
46697 ATTTAACTTAAAATCAATTATTAGATTAT-ACAACTATTTTAAGCGAGTAATAAGGCTTTTAAAG
1 ATTCAACTTAAAATCAATAATGAGATTATGA-AACTATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTAAAG
* * * *
46761 GCTTGGGTGGCTATAAATGGACTTTTCTTGTTAATGAATGCCTTTCTCTACACGTTTCCTAAGGT
65 GCTTGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGTCAATGAATGCCTTTCTCTTCACGTTTCCTAAGGT
* *
46826 AGACATTGAGTTTTAATTTGTTTTAACCAGAAATGCAAAAA
130 AAACATTGAATTTTAATTTGTTTTAACCA-AAATGCAAAAA
* *
46867 CATTCAACTTAAAATCAATAATGAGATTATTAAACCATTTA
1 -ATTCAACTTAAAATCAATAATGAGATTATGAAACTATTTA
46908 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 423, Mismatches: 103, Indels: 52
0.73 0.18 0.09
Matches are distributed among these distances:
169 14 0.03
170 120 0.28
171 268 0.63
172 20 0.05
173 1 0.00
ACGTcount: A:0.37, C:0.12, G:0.14, T:0.35
Consensus pattern (169 bp):
ATTCAACTTAAAATCAATAATGAGATTATGAAACTATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTAAAGG
CTTGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGTCAATGAATGCCTTTCTCTTCACGTTTCCTAAGGTA
AACATTGAATTTTAATTTGTTTTAACCAAAATGCAAAAA
Found at i:47736 original size:170 final size:171
Alignment explanation
Indices: 47463--47822 Score: 451
Period size: 170 Copynumber: 2.1 Consensus size: 171
47453 NNNNNNNGAC
* * * * * * *
47463 TTTTCTTGCAAATGAATAGCTTTTT-CTTCAAGTTTTCT-AAGCAAAATATTTAATTATAATATG
1 TTTTCTTGCCAATGAAT-GGTTTTTGCATCATGTTTCCTAAAG-AAAATATTCAATTATAATATA
* *
47526 TTTTAACCAAAACTGTAAAAAAATTCAACTTAATATCAATTATGCGATTATAAAACCATTTAAAG
64 TTTTAACCAAAACTGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAG
*
47591 CAAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCTTGAATGACTATAAATGGAT
129 CAAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCATGAATGACTATAAATGGAT
*
47634 TTTTCTTGCCAATGGATGGTTTTTGCATCATGTTTCCTAAAGAAAA-ATTCAATTATAATATATT
1 TTTTCTTGCCAATGAATGGTTTTTGCATCATGTTTCCTAAAGAAAATATTCAATTATAATATATT
* * **
47698 TTAACCATAAA-TGTAGAAAAACTT-AACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAGCTTTTTAAAG
66 TTAACCA-AAACTGTA-AAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAG
* ** * ** *
47761 CAAGTAATAATGCTTTTGATGGCATGGGTGACTATAGATGGAT
129 CAAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCATGAATGACTATAAATGGAT
47804 TTTTCTTGCCAATGAATGG
1 TTTTCTTGCCAATGAATGG
47823 CTATTTCTTN
Statistics
Matches: 162, Mismatches: 23, Indels: 9
0.84 0.12 0.05
Matches are distributed among these distances:
170 120 0.74
171 39 0.24
172 3 0.02
ACGTcount: A:0.38, C:0.12, G:0.14, T:0.37
Consensus pattern (171 bp):
TTTTCTTGCCAATGAATGGTTTTTGCATCATGTTTCCTAAAGAAAATATTCAATTATAATATATT
TTAACCAAAACTGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCA
AGTAATAAGGCTTTCAAAGGCATGAATGACTATAAATGGAT
Found at i:51245 original size:171 final size:172
Alignment explanation
Indices: 50875--51268 Score: 485
Period size: 171 Copynumber: 2.3 Consensus size: 172
50865 NNNNNNNNNN
* * * *
50875 TATAGTCACCCATGCCTTCAAAAGTCTTATTACTTGATTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTA
1 TATAGTCACCCATGCCTTCTAAAGCCTTATTACTTGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATCA
* * * *
50940 ATATTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTTGATTGAAATATATTATAATTGAATCTCTACCTCAAG
66 ATATTAAGTTGAACTTTTTTACATTTTTTGATTCAAACATATTATAATTGAATCTCTACCTCAAG
* *
51005 AAATGTGAAGAAAAAGTCATTCATTAACAAGAAAAGTCCACT
131 AAATGTGAAGAAAAAGCCATTCATTAACAAGAAAAATCCACT
* **
51047 TATAGTCACCCATGCC-TCTCGAAGCCTTATTACTTGCGCTAAATAGTTTTATAATCTCATAATC
1 TATAGTCACCCATGCCTTCT-AAAGCCTTATTACTTGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATC
* * * *
51111 GATTTTAAGTT-AGACTTTTTTACA-TTTTTGGTTCAAACATATTATAATTGAATGCT-TGCCTC
65 AATATTAAGTTGA-ACTTTTTTACATTTTTTGATTCAAACATATTATAATTGAAT-CTCTACCTC
** *
51173 AA-AAATTGTGAAGAAAAAGCCATTCATTGGCAA-AAAATATCCATT
128 AAGAAA-TGTGAAGAAAAAGCCATTCATTAACAAGAAAA-ATCCACT
* * * *
51218 TATAGTCATCCATACCTTCTAAAGCCTTGTTACTCGCTTTAAATAGTTTTA
1 TATAGTCACCCATGCCTTCTAAAGCCTTATTACTTGCTTTAAATAGTTTTA
51269 CNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 189, Mismatches: 27, Indels: 13
0.83 0.12 0.06
Matches are distributed among these distances:
170 7 0.04
171 105 0.56
172 77 0.41
ACGTcount: A:0.35, C:0.16, G:0.11, T:0.39
Consensus pattern (172 bp):
TATAGTCACCCATGCCTTCTAAAGCCTTATTACTTGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATCA
ATATTAAGTTGAACTTTTTTACATTTTTTGATTCAAACATATTATAATTGAATCTCTACCTCAAG
AAATGTGAAGAAAAAGCCATTCATTAACAAGAAAAATCCACT
Found at i:52256 original size:22 final size:21
Alignment explanation
Indices: 52218--52258 Score: 55
Period size: 21 Copynumber: 1.9 Consensus size: 21
52208 NGAAAACATA
*
52218 AAGAAAAAGCCATTTATTGGC
1 AAGAAAAAGCCAATTATTGGC
*
52239 AAGAAAAAGTGCAATTATTG
1 AAGAAAAAG-CCAATTATTG
52259 TCACCCATAC
Statistics
Matches: 17, Mismatches: 2, Indels: 1
0.85 0.10 0.05
Matches are distributed among these distances:
21 9 0.53
22 8 0.47
ACGTcount: A:0.46, C:0.10, G:0.20, T:0.24
Consensus pattern (21 bp):
AAGAAAAAGCCAATTATTGGC
Found at i:53551 original size:171 final size:166
Alignment explanation
Indices: 53087--53673 Score: 479
Period size: 171 Copynumber: 3.4 Consensus size: 166
53077 GGTTTAATAA
* * * *
53087 TTTTATAATCTCATAATAGATTTTAAGTTAAATTTTTTTATATTTTTGATTAAAATATATTATAA
1 TTTTATAATCTCATAAT-GATTTTAAGTTGAA-TTTTTTACATTTTTGGTTAAAACATATTATAA
* *
53152 TTGAATG-CTTACCTGAGAAAACATGAAGAAAAAGCTATTCATTAGTAAGAAAAGTTCATTTATA
64 TTGAATGTC-TACCTGAG-AAACATGAA-AAAAAGCTATTCATTAGCAAGAAAAGTCCA-TTATA
* * *
53216 GTCGTCCATACCTTCTAAAGCCTTACTACTCGCTTTAAATAG
125 GTCGACCATACCTTCTAAAGCCTTACTACTCACTTTAAACAG
* * * ** * ** *
53258 TTTTACAATCTCATTATTAATTTTAAGTTGAATGTTTAGACCTTTTTGGTTAAAACGGATTATAT
1 TTTTATAATCTCA-TAATGATTTTAAGTTGAAT-TTTTTACATTTTTGGTTAAAACATATTATAA
* * * * * *
53323 TTGAATGTCTGTCTTAAGAAACGT-AAGGAAAACGTTATTCATTAGCAAGAAAAGTCCATTAGTA
64 TTGAATGTCT-ACCTGAGAAACATGAA--AAAAAGCTATTCATTAGCAAGAAAAGTCCATTA-TA
* * * * * *
53387 GTC-ACC-TATGCTTTTAAAAGCTTTATTATTCACTTTAAACGG
125 GTCGACCATA-CCTTCT-AAAGCCTTACTACTCACTTTAAACAG
* * *
53429 TTTTATAATATTATAAATGATTTTAAGTTGAACTTTTTTACATTTGTGGTTAAAACATATTATAA
1 TTTTATAATCTCAT-AATGATTTTAAGTTGAA-TTTTTTACATTTTTGGTTAAAACATATTATAA
* * *
53494 TTGAATGTCTACCTCGAGAAACATGAAACAAAAGCTATCCATTGGCAAGAGAAGTCCATTTATAG
64 TTGAATGTCTACCT-GAGAAACATGAAA-AAAAGCTATTCATTAGCAAGAAAAGTCCA-TTATAG
* * *
53559 TCG-CTCA-AGCCTTCCAAAGCCTTATTACTCGA-TTTAAA-TG
126 TCGAC-CATA-CCTTCTAAAGCCTTACTACTC-ACTTTAAACAG
* * * * * * *
53599 TTTTATAATCTCATAATTGACTTTAAGCTAAATTTTTTTACATTTTTTGATTAACATATATTGTA
1 TTTTATAATCTCATAA-TGATTTTAAGTTGAA-TTTTTTACA-TTTTTGGTTAAAACATATTATA
53664 ATTGAATGTC
63 ATTGAATGTC
53674 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 327, Mismatches: 69, Indels: 40
0.75 0.16 0.09
Matches are distributed among these distances:
169 4 0.01
170 50 0.15
171 253 0.77
172 20 0.06
ACGTcount: A:0.35, C:0.13, G:0.12, T:0.40
Consensus pattern (166 bp):
TTTTATAATCTCATAATGATTTTAAGTTGAATTTTTTACATTTTTGGTTAAAACATATTATAATT
GAATGTCTACCTGAGAAACATGAAAAAAAGCTATTCATTAGCAAGAAAAGTCCATTATAGTCGAC
CATACCTTCTAAAGCCTTACTACTCACTTTAAACAG
Found at i:56141 original size:171 final size:161
Alignment explanation
Indices: 55924--56256 Score: 314
Period size: 171 Copynumber: 2.0 Consensus size: 161
55914 TTATTGACGA
* * * ** *
55924 GAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATGCCTTCAAAAGTCTTATTACTTGATTTAAATAGTTTTATA
1 GAAAAGTCCACTTATAGTCACCCATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTTGAGCTAAATAGATTTATA
* * * * * *
55989 ATCTCGTAATTAATATTAAGTT-AATTTTTTTATATTTTTTGATTAAAATATATTATAATTGAAT
66 ATCTCATAATCAATATTAAGTTGAATTTTTTTACA-TTTTGGATTAAAACATATTATAATTGAAC
* *
56053 GTCTAT-CTC-AAGAAATGTGAAGAAAAAGCCAT
130 G-CT-TCCTCAAAAAAATATGAAGAAAAAGCCAT
* * *
56085 NNNNNNNNNNGAAAAGTCCACTTATAGTCACCCATGTCTCTC-GAAGCCTTATTACTTGCGCTAA
1 ----------GAAAAGTCCACTTATAGTCACCCATGCCT-TCAAAAGCCTTATTACTTGAGCTAA
* * * *
56149 ATAGATTTATAATCTCATAATCGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTGGGTTCAAACATATT
55 ATAGATTTATAATCTCATAATCAATATTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTGGATTAAAACATATT
56214 ATAATTGAACGCTTGCCTCAAAAAAATATGAAGAAAAAGCCAT
120 ATAATTGAACGCTT-CCTCAAAAAAATATGAAGAAAAAGCCAT
56257 TCATTGGAAA
Statistics
Matches: 136, Mismatches: 21, Indels: 9
0.82 0.13 0.05
Matches are distributed among these distances:
169 1 0.01
170 2 0.01
171 99 0.73
172 34 0.25
ACGTcount: A:0.35, C:0.14, G:0.11, T:0.37
Consensus pattern (161 bp):
GAAAAGTCCACTTATAGTCACCCATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTTGAGCTAAATAGATTTATA
ATCTCATAATCAATATTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTGGATTAAAACATATTATAATTGAACG
CTTCCTCAAAAAAATATGAAGAAAAAGCCAT
Found at i:61195 original size:170 final size:171
Alignment explanation
Indices: 60243--61759 Score: 892
Period size: 171 Copynumber: 8.9 Consensus size: 171
60233 NNNNNNNNNN
* * * ** *
60243 CTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATAGCTTTTTCTTCACATTTCTTAAGG-AAGACATTCA
1 CTATAAATGAACTTTTCTTACCAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTC-TGAGGTAA-ACATTCA
* * * * * * * *
60307 A-TATCATATATTTTAATAAACAAATGTAAAAAAAT-T-GACTTTAAAATTAATTATGAGATTAT
64 ATTTTAATCTGTTTTAATCAA-AAATGTAAAAAAATATCAAC-TTAAAATCAATAATGAGATTAT
* * * * * *
60369 AAAACTATTTAAATCGAGTAATAAGGATTTTGAAGGCATGGGTGA
127 TAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTGGAAGGCATAGGTGA
* *** * * * *** * * *
60414 CTATAAATGGACTTTTCTTGTTAATGAATGACTTGTACTTCATGTCTCTCTCTCG-AGATATTTA
1 CTATAAATGAACTTTTCTTACCAATGAATGGCTTTTTCTTCATGT-T-TCTGAGGTAAACATTCA
* * * * * * * * * ** *
60478 AATATAATCTGTTTTAACCCAAAATATATAACAAT-TCAACTAAAAATTAATTCTGAGATTATAA
64 ATTTTAATCTGTTTTAATCAAAAATGTAAAAAAATATCAACTTAAAATCAATAATGAGATTATTA
* ** * * * * *
60542 AACTATCGAAAGCGAGTGATAAGGGTTTTGAAGG-TTTGAGTGA
129 AACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTGGAAGGCATAG-GTGA
* * * * * * * * * *** *
60585 CTATAAATGGACTTTTCTTGCTAGTGGATGGCCTTTGCTTTATGTTTCCTAAAACAAACACTCAA
1 CTATAAATGAACTTTTCTTACCAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTT-CTGAGGTAAACATTCAA
* * * * * * * * *
60650 CTATAATATATTTTAACCAAATATATAAAAACAT-TCAACTTAAAATCAATTATGAGATTA-TAA
65 TTTTAATCTGTTTTAATCAAAAATGTAAAAAAATATCAACTTAAAATCAATAATGAGATTATTAA
* * * * *
60713 CACCATTTAGAGCGAGTAATAACGCTTTTGAAGAC-TTGAGTGA
130 -ACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTGGAAGGCATAG-GTGA
* * * * * ** * *
60756 TTATAAAT-AGACTTTTCTTACTAATGGATGGGTTTTGCTTCATGTTTCCCAAAGAAAACATTCA
1 CTATAAATGA-ACTTTTCTTACCAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTT-CTGAGGTAAACATTCA
* * * * * * * * *
60820 ATTATAATAT-ATTTAGACCATAAATGTAAAAAAA-ATTAACTTAAAATCAATTATCAGATTATA
64 ATTTTAATCTGTTTTA-ATCAAAAATGTAAAAAAATATCAACTTAAAATCAATAATGAGATTATT
* * * * * * *
60883 AAACTATTTAATGTGAGTAATAACGCTTTCGAAGGCTTAAGTGA
128 AAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTGGAAGGCATAGGTGA
* * ** * *
60927 CTATAAATGGAC-TTTCTTTACCAAT-AGATGG-TTTTTGCTTTACATTTCTTAAGGTAAACATA
1 CTATAAATGAACTTTTC-TTACCAATGA-ATGGCTTTTT-CTTCATGTTTC-TGAGGTAAACATT
* * * * *
60989 GAATTTTATTTTGTTTTAAGCAAAAATGTAAAAAAATAT-AACTTAAAATTAATAATGAGATTAT
62 CAATTTTAATCTGTTTTAATCAAAAATGTAAAAAAATATCAACTTAAAATCAATAATGAGATTAT
* * *
61053 TAAACCATTTAAAGCTAGTAATAAGGCTTTGGGAGGCATGGGTGA
127 TAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTGGAAGGCATAGGTGA
* * * * ** * **
61098 CAATAAGTGAAATTTTGTGGCCAATAAATGGCTTTTTCTTCATGTTTCTGAGCCAAACATTCAAT
1 CTATAAATGAACTTTTCTTACCAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTCTGAGGTAAACATTCAAT
* * ** ** *
61163 TTTAATCTGTTTTAATAAAAAATGTAAAAAAAT-TCAACTTAAAATGAATTGTTTGATTATAAAA
66 TTTAATCTGTTTTAATCAAAAATGTAAAAAAATATCAACTTAAAATCAATAATGAGATTATTAAA
* * ** * * *
61227 CTATTTCAAGCGAGTAATAAGGCTTTTAAAGGCTTAGATGG
131 CCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTGGAAGGCATAGGTGA
* ** * * * * * *
61268 CTATAAATGGACTTTTCTTATTAATGAATGCCTTTCTCTACATGTTTCTTGAGGTAGACATTGAG
1 CTATAAATGAACTTTTCTTACCAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTC-TGAGGTAAACATTCAA
* * * * * * *
61333 TTTTAATTTGATTTAA-CCAGAATATAAAAAAAT-TCAACTTAAAATCAATAATGAAATTATTGA
65 TTTTAATCTGTTTTAATCAAAAATGTAAAAAAATATCAACTTAAAATCAATAATGAGATTATTAA
* * *
61396 ACTATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTGGAAGGTAT-GTGTGA
130 ACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTGGAAGGCATAG-GTGA
* * * *
61438 TTATAAATGGACTTCTCTTACCAATGAATGGCTTTTTCTTCACAT-TTTCTGAGGTAAAAATTCA
1 CTATAAATGAACTTTTCTTACCAATGAATGGCTTTTTCTT--CATGTTTCTGAGGTAAACATTCA
* * * * * **
61502 ATTATAATCTGTTTTAA-CTAAAA-GTACAAAAAAAATTCAAATTCAAATCAATTTTGAGATTAT
64 ATTTTAATCTGTTTTAATCAAAAATGTA-AAAAAATA-TCAACTTAAAATCAATAATGAGATTAT
* * * * *
61565 AAAACCATTTAAAGCGAGCAATAAGGCTTTTGAAGGCATAAGTGT
127 TAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTGGAAGGCATAGGTGA
* * * * * * *
61610 CTATAAAT-AGACTTTTCTAACCAATGAATGGTTTTTTCTCCATGTATCTCGATGTAGACATTAA
1 CTATAAATGA-ACTTTTCTTACCAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTCT-GAGGTAAACATTCA
* * * *
61674 ATTTTAATCT-TTTTGAACCAAAACTG-AAAAAGAAAATTCAACTTAAAATCTATAATGAGATTA
64 ATTTTAATCTGTTTT-AATCAAAAATGTAAAAA-AATA-TCAACTTAAAATCAATAATGAGATTA
*
61737 TTAAATCATTTAAAGCGAGTAAT
126 TTAAACCATTTAAAGCGAGTAAT
61760 NNNNNNNNNN
Statistics
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Matches are distributed among these distances:
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174 1 0.00
ACGTcount: A:0.38, C:0.12, G:0.14, T:0.36
Consensus pattern (171 bp):
CTATAAATGAACTTTTCTTACCAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTCTGAGGTAAACATTCAAT
TTTAATCTGTTTTAATCAAAAATGTAAAAAAATATCAACTTAAAATCAATAATGAGATTATTAAA
CCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTGGAAGGCATAGGTGA
Found at i:61669 original size:342 final size:336
Alignment explanation
Indices: 60243--61759 Score: 1092
Period size: 342 Copynumber: 4.4 Consensus size: 336
60233 NNNNNNNNNN
* * * * * *
60243 CTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATAGCTTTTTCTTCACAT-TTCTTAAGGAAGACATTCA
1 CTATAAATGGACTTTTCTTACCAATGAATGGTTTTTTC-T-ACATGTTCTTGAGGTAGACATTGA
* * * * * * *
60307 ATATCATATATTT-TAATAAAC-AAATGTAAAAAAATT-GACTTTAAAATTAATTATGAGATTAT
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* * * * * * * * *
60369 AAAACTATTTAAATCGAGTAATAAGGATTTTGAAGGCATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTG
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** * * * ** * *** * * * * *
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189 CCAATGAATGGCTTTTTCTTCACAT-TTTCTGAGGAAAAATTCAATTATAATCTGTTTTAA-CTA
* * * * * * ** *
60499 AAA-TATATAACAATTCAACTAAAAATTAATTCTGAGATTATAAAACTATCGAAAGCGAGTGATA
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* * *
60563 AGGGTTTTGAAGGTTTGAGTGA
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* * * * ** * ** * * *** * * *
60585 CTATAAATGGACTTTTCTTGCTAGTGGATGGCCTTTGCTTTATGTTTCCTAAAACAAACACTCAA
1 CTATAAATGGACTTTTCTTACCAATGAATGGTTTTTTCTACATG-TTCTTGAGGTAGACATTGAA
* * * *
60650 CTATAATATAT-TTTAACCAAATATATAAAAACATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTA-TAA
65 TTTTAAT-T-TGTTTAACCAAA-ATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATAATGAGATTATTAA
* * * * *
60713 CACCATTTAGAGCGAGTAATAACGCTTTTGAAGACT-TGAGTGATTATAAATAGACTTTTCTTAC
127 -ACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTGGAAG-GTATGAGTGATTATAAATGGACTTTTCTTAC
* * * * ** * ** * * *
60777 TAATGGATGGGTTTTGCTTCATGTTTCCCAAAGAAAACATTCAATTATAATAT-ATTTAGACCAT
190 CAATGAATGGCTTTTTCTTCACATTTTCTGAGGAAAA-ATTCAATTATAATCTGTTTTA-A-C-T
* * * *
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251 AAAAGTAAAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATT-TTAGATTATAAAACTATTTAAAGCGAGTAAT
* *
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* * * *
60927 CTATAAATGGAC-TTTCTTTACCAAT-AGATGGTTTTTGCTTTACAT-TTCTTAAGGTAAACATA
1 CTATAAATGGACTTTTC-TTACCAATGA-ATGGTTTTT--TCTACATGTTCTTGAGGTAGACATT
* * * *
60989 GAATTTTATTTTGTTTTAAGCAAAAATGTAAAAAAATAT-AACTTAAAATTAATAATGAGATTAT
62 GAATTTTAATTTG-TTTAA-CCAAAATATAAAAAAAT-TCAACTTAAAATCAATAATGAGATTAT
* * * * ** * * * * **
61053 TAAACCATTTAAAGCTAGTAATAAGGCTTTGGGAGGCATGGGTGACAATAAGTGAAATTTTGTGG
124 TAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTGGAAGGTATGAGTGATTATAAATGGACTTTTCTTA
* * * *
61118 CCAATAAATGGCTTTTTCTT--CATGTTTCTGAGCCAAACATTCAATTTTAATCTGTTTTAA-TA
189 CCAATGAATGGCTTTTTCTTCACAT-TTTCTGAG-GAAAAATTCAATTATAATCTGTTTTAACT-
* ** * * *
61180 AAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATGAATTGTTTGATTATAAAACTATTTCAAGCGAGTAAT
251 AAAAGTAAAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATT-TTAGATTATAAAACTATTTAAAGCGAGTAAT
* * *
61245 AAGGCTTTTAAAGGCTTAGATGG
315 AAGGCTTTTGAAGGCTAAG-TGA
** ** * *
61268 CTATAAATGGACTTTTCTTATTAATGAATGCCTTTCTCTACATGTTTCTTGAGGTAGACATTGAG
1 CTATAAATGGACTTTTCTTACCAATGAATGGTTTTTTCTACATG-TTCTTGAGGTAGACATTGAA
* * *
61333 TTTTAATTTGATTTAACCAGAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATAATGAAATTATTGAAC
65 TTTTAATTTG-TTTAACCAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATAATGAGATTATTAAAC
* * * *
61398 TATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTGGAAGGTATGTGTGATTATAAATGGACTTCTCTTACCAAT
129 CATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTGGAAGGTATGAGTGATTATAAATGGACTTTTCTTACCAAT
61463 GAATGGCTTTTTCTTCACATTTTCTGAGGTAAAAATTCAATTATAATCTGTTTTAACTAAAAGTA
194 GAATGGCTTTTTCTTCACATTTTCTGAGG-AAAAATTCAATTATAATCTGTTTTAACTAAAAGTA
* * * *
61528 CAAAAAAAATTCAAATTCAAATCAATTTTGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGCAATAAGGCT
258 -AAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTTT-AGATTATAAAACTATTTAAAGCGAGTAATAAGGCT
*
61593 TTTGAAGGCATAAGTGT
321 TTTGAAGGC-TAAGTGA
* * * * * *
61610 CTATAAATAGACTTTTCTAACCAATGAATGGTTTTTTCTCCATGTATCTCGATGTAGACATTAAA
1 CTATAAATGGACTTTTCTTACCAATGAATGGTTTTTTCTACATGT-TCTTGAGGTAGACATTGAA
* *
61675 TTTTAATCTT-TTTGAACCAAAACTGAAAAAGAAAATTCAACTTAAAATCTATAATGAGATTATT
65 TTTTAAT-TTGTTT-AACCAAAA-T-ATAAA-AAAATTCAACTTAAAATCAATAATGAGATTATT
*
61739 AAATCATTTAAAGCGAGTAAT
125 AAACCATTTAAAGCGAGTAAT
61760 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 913, Mismatches: 213, Indels: 95
0.75 0.17 0.08
Matches are distributed among these distances:
338 1 0.00
339 13 0.01
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ACGTcount: A:0.38, C:0.12, G:0.14, T:0.36
Consensus pattern (336 bp):
CTATAAATGGACTTTTCTTACCAATGAATGGTTTTTTCTACATGTTCTTGAGGTAGACATTGAAT
TTTAATTTGTTTAACCAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATAATGAGATTATTAAACCA
TTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTGGAAGGTATGAGTGATTATAAATGGACTTTTCTTACCAATGA
ATGGCTTTTTCTTCACATTTTCTGAGGAAAAATTCAATTATAATCTGTTTTAACTAAAAGTAAAA
AAAAATTCAACTTAAAATCAATTTTAGATTATAAAACTATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGA
AGGCTAAGTGA
Found at i:62158 original size:171 final size:170
Alignment explanation
Indices: 61861--63386 Score: 1196
Period size: 171 Copynumber: 8.9 Consensus size: 170
61851 NNNNNNNNNC
* * * * * * *
61861 AATGTTTACCTTGAGAAACATGAAGCAAAAGCCATCCATTGGTAAGGAAAGTCTACTTATAATTA
1 AATGTTTACCTAGA-AAACATGAAGCAAAAGCCATCCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCA
** * * * *
61926 CTCAAGCCTTTGAAAGCGTTACTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAA
65 CTCAAGCCTTCAAAAGCATTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAG
* * *
61991 TTGAATTTTTTTACATTTATGGTCAAAACATATTATAATTG
130 TTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAATATATTATAATTG
* *
62032 AATGTTTACTCTAGAAAACGTGAAGCAAAACCCATCCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCA
1 AATGTTTAC-CTAGAAAACATGAAGCAAAAGCCATCCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCA
* * * * * * * * *
62097 CTCAAGTCTTTAAAAACATTATTACTTGCTCTAAATAGTGTTATATTTTCAGAATTGATTTTAAG
65 CTCAAGCCTTCAAAAGCATTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAG
* * ** *
62162 TTAAATTTGTTTATGTTTTTAGTTAAAATATATTATAATTG
130 TTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAATATATTATAATTG
* *** * * * * *
62203 AGTGTTTGTTTTAGGAAACATAAAGTAAAAGTCATCCAGTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCA
1 AATGTTT-ACCTAGAAAACATGAAGCAAAAGCCATCCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCA
* * ** * * * * *
62268 CTCAAGCCATCAAAACCCCTATTACTCACTTTCAATAGTTTTATAATCTCAGAGTTAATTTTAAG
65 CTCAAGCCTTCAAAAGCATTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAG
* * * * * * *
62333 CTCAATTGTTATACA-TTTTGGATCAAAACATATTA-CATTG
130 TTGAATTTTTTTACATTTTTGG-TTAAAATATATTATAATTG
* * * * ** ** **
62373 AAATATCTACCTTGGGAAACATGAAATAAAAGCCATTTATTAATCAA-AAAAGTCCATTTATAGT
1 -AATGTTTACC-TAGAAAACATGAAGCAAAAGCCATCCATT-GGCAAGAAAAGTCCATTTATAGT
* * * ** *
62437 CACCCATGCCTTCAAAATTCA-TATTACTCAATTTAAATAGTTTTATAATCTAATAATTGATTTT
63 CACTCAAGCCTTCAAAA-GCATTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTT
* *
62501 AAGTTGAATTTTTTTATATTTTTTGATTAAAATATATTATAATTG
127 AAGTTGAATTTTTTTACA-TTTTTGGTTAAAATATATTATAATTG
* ** * * * **
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1 AATGTTTACCT-AGA-AAACATGAAGCAAAAGCCATCCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTC
* * * * * * * **
62610 ACCCATGCGTCTT--GAAGCTTTATTACTTGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATACTCAATTTT
64 ACTCAAGC--CTTCAAAAGCATTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTT
* * * *
62673 AAGTTGAATGTTTTTATATTTTTAGTTAAAACATATTATAATTG
127 AAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAATATATTATAATTG
* * * ** * * * *
62717 AATGCTTGCCTCAAAAAATGTGAAGAAAAAGCCATTCATTGGCAA-AAAAATCTATTTATAGTCA
1 AATGTTTACCT-AGAAAACATGAAGCAAAAGCCATCCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCA
* * * * * * *
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65 CT-CAAGCCTTCAAAAGCATTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAA
* * *
62845 GTTGAATTGTTTTT-CATTTTTAGTTAAAATAAATTATATTTG
129 GTTGAATT-TTTTTACATTTTTGGTTAAAATATATTATAATTG
** * * * **
62887 AATGTTTACCTTA-AGAAATGTGAAG-AAATAACCATTCATTGGTAAGAAAAGTCCATCGATAGT
1 AATGTTTACC-TAGA-AAACATGAAGCAAA-AGCCATCCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGT
* * * * * * * * *
62950 CACCCATGCCATCGAAAGTATTATTACTTGCTTTAAACAGCTTTATAATCTCAAAATTGATTTTA
63 CACTCAAGCCTTCAAAAGCATTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTA
* *
63015 AGTTGAATTTTTCTACATTTGTGGTTAAAATATATTATAATTG
128 AGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAATATATTATAATTG
* * * * *
63058 AATGTTTTCTTTAGAAAACATGATGCAAAAGCCATCTATTGGCAAGAAAAATCCATTTATAGTCA
1 AATGTTTAC-CTAGAAAACATGAAGCAAAAGCCATCCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCA
* * * * * * *
63123 -TCCAAGCCATT-GAAAGCCTTATTACTTGCTTTAAATGGTTTTATAATCACATAATTTATATTA
65 CT-CAAGCC-TTCAAAAGCATTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTA
* * *
63186 AGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAAAAAATTATAATTA
128 AGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAATATATTATAATTG
* * * * *** * * *
63229 AATGTTTTCCTTAGGAAACTTGAAGAAAAAGTTGTTCATTTGCTAA-AAAAGTCC-TATTATAGC
1 AATGTTTACC-TAGAAAACATGAAGCAAAAGCCATCCATTGGC-AAGAAAAGTCCAT-TTATAGT
* * * * * * * *
63292 CACCCATGCCGTCTAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAAT-GATTTAATAATCTCATTATAGATTTT
63 CACTCAAGCCTTCAAAAGCATTATTACTCGCTTTAAATAG-TTTTATAATCTCATAATTGATTTT
*
63356 AAGTTGAATTTTTTTTCATTTTTGGTTAAAA
127 AAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAA
63387 AAGATTAAAA
Statistics
Matches: 1085, Mismatches: 232, Indels: 76
0.78 0.17 0.05
Matches are distributed among these distances:
168 3 0.00
169 4 0.00
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173 9 0.01
174 3 0.00
ACGTcount: A:0.36, C:0.14, G:0.12, T:0.38
Consensus pattern (170 bp):
AATGTTTACCTAGAAAACATGAAGCAAAAGCCATCCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCAC
TCAAGCCTTCAAAAGCATTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGT
TGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAATATATTATAATTG
Found at i:63298 original size:342 final size:340
Alignment explanation
Indices: 61861--63386 Score: 1370
Period size: 342 Copynumber: 4.5 Consensus size: 340
61851 NNNNNNNNNC
* ** * * * * * * * *
61861 AATGTTTACCTTGAGAAACATGAAGCAAAAGCCATCCATTGGTAAGGAAAGTCTACTTATAATTA
1 AATGTTTACCTTAAGAAATGTGAAGAAAAAGTCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCA-TTATAGTCA
* * * * * * * *
61926 CTCAAGCCTTTGAAAGCGTTACTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAA
65 CCCATGCCATCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAG
* * *
61991 TTGAATTTTTTTACATTTATGGTCAAAACATATTATAATTGAATGTTTA-CTCTAGAAAACGTGA
130 TTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACATATTATAATTGAATGTTTACCT-TAGAAAACATGA
* * * * * * *
62055 AGCAAAACCCATCCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCA-CTCAAGTCTTTAAAAACATTAT
194 AGCAAAAGCCATCTATTGGCAA-AAAAATCCATTTATAGTCATC-CAAGCCTTCAAAAGCCTTAT
* * * * ** * * * **
62119 TACTTGCTCTAAATAGTGTTATATTTTCAGAATTGATTTTAAGTTAAATTTGTTTATGTTTTTAG
257 TACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCACATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTAG
*
62184 TTAAAATATATTATAATTG
322 TTAAAATAAATTATAATTG
* *** * ** * * * *
62203 AGTGTTTGTTTTAGGAAACATAAAGTAAAAGTCATCCAGTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCA
1 AATGTTTACCTTAAGAAATGTGAAGAAAAAGTCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCA-TTATAGTCA
* * * * * * * * * *
62268 CTCAAGCCATCAAAACCCCTATTACTCACTTTCAATAGTTTTATAATCTCAGAGTTAATTTTAAG
65 CCCATGCCATCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAG
* * * * * * * * * *
62333 CTCAATTGTTATACA-TTTTGGATCAAAACATATTA-CATTGAAATATCTACCTTGGGAAACATG
130 TTGAATTTTTTTACATTTTTGG-TTAAAACATATTATAATTG-AATGTTTACCTTAGAAAACATG
** * ** * * * ** *
62396 AAATAAAAGCCATTTATTAATCAAAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCAAAATTCATAT
193 AAGCAAAAGCCATCTATT-GGCAAAAAAATCCATTTATAGTCATCCAAGCCTTCAAAAGCCTTAT
** * *
62461 TACTCAATTTAAATAGTTTTATAATCTA-ATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTT
257 TACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATC-ACATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTA
*
62525 GATTAAAATATATTATAATTG
321 G-TTAAAATAAATTATAATTG
* * *
62546 AATGTCTACCTCAAGAAATGTGAAGAAAAAGTCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCGCTTATAGTCA
1 AATGTTTACCTTAAGAAATGTGAAGAAAAAGTCATTCATTGGCAAGAAAAGTCC-ATTATAGTCA
* * * * * **
62611 CCCATGCGTC-TTG-AAGCTTTATTACTTGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATACTCAATTTTA
65 CCCATGC--CATCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTA
* * * * * * * **
62674 AGTTGAATGTTTTTATATTTTTAGTTAAAACATATTATAATTGAATGCTTGCCTCAAAAAATGTG
128 AGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACATATTATAATTGAATGTTTACCTTAGAAAACATG
* * * * *
62739 AAGAAAAAGCCAT-TCATTGGCAAAAAAATCTATTTATAGTCATCCATGCCTTCCAAAGCTTTAT
193 AAGCAAAAGCCATCT-ATTGGCAAAAAAATCCATTTATAGTCATCCAAGCCTTCAAAAGCCTTAT
* * * * *
62803 TACTCGCTTTAAATAGTTTTACAAACTCATTATCGATTTTAAGTTGAATTGTTTTT-CATTTTTA
257 TACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCACATAATTGATTTTAAGTTGAATT-TTTTTACATTTTTA
*
62867 GTTAAAATAAATTATATTTG
321 GTTAAAATAAATTATAATTG
* * *
62887 AATGTTTACCTTAAGAAATGTGAAGAAATAA-CCATTCATTGGTAAGAAAAGTCCATCGATAGTC
1 AATGTTTACCTTAAGAAATGTGAAGAAA-AAGTCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCAT-TATAGTC
** * * * *
62951 ACCCATGCCATCGAAAGTATTATTACTTGCTTTAAACAGCTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAA
64 ACCCATGCCATCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAA
* * * * *
63016 GTTGAATTTTTCTACATTTGTGGTTAAAATATATTATAATTGAATGTTTTCTTTAGAAAACATGA
129 GTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACATATTATAATTGAATGTTTACCTTAGAAAACATGA
* *
63081 TGCAAAAGCCATCTATTGGCAAGAAAAATCCATTTATAGTCATCCAAGCCATT-GAAAGCCTTAT
194 AGCAAAAGCCATCTATTGGCAA-AAAAATCCATTTATAGTCATCCAAGCC-TTCAAAAGCCTTAT
* * * * *
63145 TACTTGCTTTAAATGGTTTTATAATCACATAATTTATATTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGG
257 TACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCACATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTAG
* *
63210 TTAAAAAAAATTATAATTA
322 TTAAAATAAATTATAATTG
* * ** * *
63229 AATGTTTTCCTTAGGAAACT-TGAAGAAAAAGTTGTTCATTTGCTAA-AAAAGTCCTATTATAGC
1 AATGTTTACCTTAAGAAA-TGTGAAGAAAAAGTCATTCATTGGC-AAGAAAAGTCC-ATTATAGT
* * * * *
63292 CACCCATGCCGTCTAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAAT-GATTTAATAATCTCATTATAGATTTT
63 CACCCATGCCATCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAG-TTTTATAATCTCATAATTGATTTT
*
63356 AAGTTGAATTTTTTTTCATTTTTGGTTAAAA
127 AAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAA
63387 AAGATTAAAA
Statistics
Matches: 947, Mismatches: 209, Indels: 56
0.78 0.17 0.05
Matches are distributed among these distances:
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340 3 0.00
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344 10 0.01
345 1 0.00
ACGTcount: A:0.36, C:0.14, G:0.12, T:0.38
Consensus pattern (340 bp):
AATGTTTACCTTAAGAAATGTGAAGAAAAAGTCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTATAGTCAC
CCATGCCATCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGT
TGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACATATTATAATTGAATGTTTACCTTAGAAAACATGAAG
CAAAAGCCATCTATTGGCAAAAAAATCCATTTATAGTCATCCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACT
CGCTTTAAATAGTTTTATAATCACATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTAGTTAA
AATAAATTATAATTG
Found at i:63962 original size:171 final size:171
Alignment explanation
Indices: 63526--65705 Score: 1380
Period size: 171 Copynumber: 12.7 Consensus size: 171
63516 ATTTAAACTC
* * * * *
63526 TACCTCGAGAAACGTGAAGTAAAAGCCATTCATTGACGAGAAAAGTCCATTTATAGTCATCCATG
1 TACCTCGAGAAATGTGAAGAAAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATG
* * * **
63591 CC-TTCAAAATCCTTATTACTCGATTTAAATACTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAAGTCAA
66 CCTTTC-AAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTT-AAGTTGA
* ** * *
63655 TTTGTTTTGGATTATTTTA-TTAAAATATATGATAATTGAATGTT
129 TTTTTTTTACA-T-TTTTAGTTAAAACATATTATAATTGAATGTT
* ** * * * * *
63699 TACCTCAAGAAATGTGAAGAAAAAATCATTTATTGGTAAGAAAAGTCCATTTACAGTCACCTATA
1 TACCTCGAGAAATGTGAAGAAAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATG
* * * * * *
63764 CATTTCGAAGCCTTATTACTTGCTTTAAATAGTTTTATAGTCTCATAATCGATTTTAAGTAGATT
66 CCTTTCAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGATT
* * * *
63829 TTTTTTACAATTTTAGTTGAAAGATATTATAATTAAATGTT
131 TTTTTTACATTTTTAGTTAAAACATATTATAATTGAATGTT
* * *
63870 CACCTCGAGAAATGTGAAGAAAAAGCCATTCATTGGCAAGAAATGTCCATTTATAGTCACCCTTG
1 TACCTCGAGAAATGTGAAGAAAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATG
* * * * * * *
63935 CCTTTCAAAGTCGTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTACAATCTCATTATCGATTTTAAGTTGAAT
66 CCTTTCAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGATT
* * * * *
64000 ATTTTTATATTTTTAGTTAAAATAGATTATATTTGAATGTT
131 TTTTTTACATTTTTAGTTAAAACATATTATAATTGAATGTT
* * * * * * *
64041 GAACTTGAGAAACGTGAAGAAATAGCAATTCATTGGCCAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATG
1 TACCTCGAGAAATGTGAAGAAAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATG
* * * *
64106 CC-TTCGAAAGCATTATTACTTGCTTTAAA-CGTCTTTATAATCTCACAATTGATTTTAAGTTGA
66 CCTTTC-AAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGT-TTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGA
* * ** *
64169 GTTTTTCTACATTTTTAGTTAAAGTATATTGTAATTGAATGTT
129 TTTTTTTTACATTTTTAGTTAAAACATATTATAATTGAATGTT
* * * * *
64212 T-GCTCTAGGAA-GCATGATGCAAAAA-CCATCCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCC
1 TACCTCGAGAAATG--TGAAG-AAAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCC
** * * ** * * * *
64274 AAACCTTTGAAAGCTTTATTACTTACTTTAAATGGTTTTATAATCGCATAATTAATATTAAGTTG
63 ATGCCTTTCAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTG
* * * * * *
64339 AATTGTTTTACATTTTTGGTTAAATCAGATTATAATTAAATGTT
128 ATTTTTTTTACATTTTTAGTTAAAACATATTATAATTGAATGTT
* * * * ** * * * * *
64383 TGCGT-TAGGAAACT-TGAAGAGAAAGTAATTCATTTGCAAGAAAAGTCTAGTTATAGCCACCTA
1 TACCTCGA-GAAA-TGTGAAGAAAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCA
* * * * * * * * *
64446 TGCCTTCCAAAACCATATTACTCACTTTAAATAATTTAATAATCTCATTATAGATTTTAAGTTAA
64 TGCCTTTCAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTT-G
* * * * * * *
64511 ATTTTTTTTTGCATTTTTGGTTAAAAAAGATTAGAACAT-AATGTC
128 A-TTTTTTTTACATTTTTAGTTAAAACATATTATAA-TTGAATGTT
* ** * * * *
64556 TGCAACGAGAAATGTGGAGAAAAAGCTATTCATTGGCTAA-AAAAGTCTATTTATAGTCACTCAT
1 TACCTCGAGAAATGTGAAGAAAAAGCCATTCATTGGC-AAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCAT
* * * ** * * *
64620 GCTTTTGAAAGCCTTATTGCTCGCTTTAAACGGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTAAATTTGAA
65 GCCTTTCAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTG-A
* * *
64685 TTTTTTTCACACTTTTGGTTAAAACATATTATAATTGAATGTT
129 TTTTTTTTACATTTTTAGTTAAAACATATTATAATTGAATGTT
* * * * * * * * * * *
64728 TGCTTAG-GAAATATGATGAAAAAGTCATTCATTAGTAAGAGAAGTCCATTTATAATTACCCATG
1 TACCTCGAGAAATGTGAAGAAAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATG
* ********** *
64792 CCTTCCAAAGCCTTATTACTCGCTTTANNNNNNNNNNTAATCTCATTATTGATTTTAAGTTGAAT
66 CCTTTCAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTG-A-
* * * * * * * *
64857 TTTTTTTTATATTTCTAGTTAAAACAAATTAAAACTCAATCTC
129 TTTTTTTTACATTTTTAGTTAAAACATATTATAATTGAATGTT
* ** * ** ** * *
64900 TACCT-TAGGAAACATGTAGAAAAAGGTATTCATTGAAAAGAAAAGTCCTTTTATAGTCACTCAT
1 TACCTCGA-GAAATGTGAAGAAAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCAT
* * *****************
64964 GCCTTT-AGAAGCCTTGTTACTCACTTNNNNNNNNNNNNNNNNNTCATAATTGATTTTAAGTTGA
65 GCCTTTCA-AAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGA
* * * * * * * * *
65028 ATTGTTTTATATTTTTGGTTAAAACAAACTATATTTGAATATC
129 TTTTTTTTACATTTTTAGTTAAAACATATTATAATTGAATGTT
* * * * * * * * *
65071 AACCTCAAAAAATGCGAAGAAAAGGCCATTTATTGGCAAGAAAACTCCATTTATAGGCACCCACG
1 TACCTCGAGAAATGTGAAGAAAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATG
* * * * * *
65136 CC-TTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAGTGGTTTTGTAATCTCATAACTGATTTCT-GGTTGA
66 CCTTTC-AAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTT-TAAGTTGA
* * * * *
65199 GTTTTTTTACA-TTTTAATTAAAATATATTATAGTTGAATGTC
129 TTTTTTTTACATTTTTAGTTAAAACATATTATAATTGAATGTT
* * ** ** * * * *
65241 TGCTTTAAGAAACATGATGCAAAAGCCA-TCTATTGGCAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACCCAA
1 TACCTCGAGAAATGTGAAGAAAAAGCCATTC-ATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCAT
* * ********** * * *
65305 ACCTTTCAAAGCCTTATTACTTGCTTTANNNNNNNNNNTAATCTCATAATTGACTTTAAGTAGAG
65 GCCTTTCAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAT
*** * * * *
65370 TTTTCCCATATTTTTTGTTAAAATATATTATAATTGATTGTT
130 TTTTTTTACATTTTTAGTTAAAACATATTATAATTGAATGTT
* * ** * * * * **********
65412 TACTTCAAGAAACATGATGCAAGAGCCATCCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATNNNNNNNNNNG
1 TACCTCGAGAAATGTGAAGAAAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATG
* * * *
65477 -CTTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAGAT-GATTTTATAATCTCATAAATGATTTTAAGTTGG
66 CCTTTC-AAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAG-TTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGA
* * * * * *
65540 TTTTTTTTATATTTGTGGTTAAAATATATCATAATTGAATGTC
129 TTTTTTTTACATTTTTAGTTAAAACATATTATAATTGAATGTT
* * * ** *
65583 TACCTCAAGAAATGTGAAGCAAAAGCTA-TCAATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCATTCAA
1 TACCTCGAGAAATGTGAAGAAAAAGCCATTC-ATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCAT
* *
65647 GCC-TTCTAAAGCCTTATTACTCGTTTTAAATAATTTTATAATCTCATAATTGATTTTAA
65 GCCTTTC-AAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAA
65706 ATTCAATTTT
Statistics
Matches: 1541, Mismatches: 425, Indels: 84
0.75 0.21 0.04
Matches are distributed among these distances:
169 3 0.00
170 148 0.10
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172 106 0.07
173 314 0.20
174 7 0.00
ACGTcount: A:0.34, C:0.14, G:0.13, T:0.37
Consensus pattern (171 bp):
TACCTCGAGAAATGTGAAGAAAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATG
CCTTTCAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGATT
TTTTTTACATTTTTAGTTAAAACATATTATAATTGAATGTT
Found at i:64163 original size:342 final size:339
Alignment explanation
Indices: 63527--65714 Score: 1144
Period size: 344 Copynumber: 6.4 Consensus size: 339
63517 TTTAAACTCT
* * * * *
63527 ACCTCGAGAAACGTGAAGTAAAAGCCATTCATTGACGAGAAAAGTCCATTTATAGTCATCCATGC
1 ACCTCGAGAAATGTGAAGAAAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGC
* * ** *
63592 C-TTCAAAATCCTTATTACTCGATTTAAATACTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAAG-TCAA
66 CTTTCAAAGT-CTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTT-AAGTTGAA
* * * * * * *
63655 TTTGTTTTGGA-TTATTTTA-TTAAAATATATGATAATTGAATGTTTACCTCAAGAAATGTGAAG
129 TTTGTTTT-GACAT-TTTTAGTTAAAATAGATTATAATTGAATGTTT-GCTTAGGAAACGTGAAG
* * * * * * * *
63718 AAAAAATCATTTATTGGTAAGAAAAGTCCATTTACAGTCACCTATACATTTCG-AAGCCTTATTA
191 -AAAAAGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGC-CTTCGAAAGCATTATTA
* * * *
63782 CTTGCTTTAAATAGTTTTATAGTCTCATAATCGATTTTAAGTAGATTTTTTTTACAATTTTAGTT
254 CTCGCTTT-AA-AGTTTTATAATCTCATAATAGATTTTAAGTAGATTTTTTTTACATTTTTAGTT
63847 GAAAGATATTATAATTAAATGTTC
317 -AAAGATATTATAATTAAATGTTC
* *
63871 ACCTCGAGAAATGTGAAGAAAAAGCCATTCATTGGCAAGAAATGTCCATTTATAGTCACCCTTGC
1 ACCTCGAGAAATGTGAAGAAAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGC
* * * * *
63936 CTTTCAAAGTCGTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTACAATCTCATTATCGATTTTAAGTTGAATA
66 CTTTCAAAGTCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATT
* *
64001 T-TTTT-ATATTTTTAGTTAAAATAGATTATATTTGAATG-TTGAACTT-GAGAAACGTGAAGAA
131 TGTTTTGACATTTTTAGTTAAAATAGATTATAATTGAATGTTTG--CTTAG-GAAACGTGAAGAA
* * *
64062 ATAGCAATTCATTGGCCAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCGAAAGCATTATTACTT
193 AAAGC-ATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCGAAAGCATTATTACTC
* * * * *
64127 GCTTTAAACGTCTTTATAATCTCACAATTGATTTTAAGTTGAGTTTTTCTACATTTTTAGTTAAA
257 GCTTTAAA-GT-TTTATAATCTCATAATAGATTTTAAGTAGATTTTTTTTACATTTTTAGTTAAA
* *
64192 GTATATTGTAATTGAATGTT-
320 G-ATATTATAATTAAATGTTC
** * * * *
64212 TGCTCTAGGAA-GCATGATGCAAAAA-CCATCCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCA
1 ACCTCGAGAAATG--TGAAG-AAAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCA
** * ** * * *
64275 AACCTTTGAAAG-CTTTATTACTTACTTTAAATGGTTTTATAATCGCATAATTAATATTAAGTTG
63 TGCCTTTCAAAGTC-TTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTG
* * *
64339 AA-TTGTTTT-ACATTTTTGGTT-AAATCAGATTATAATTAAATGTTTGCGTTAGGAAACTTGAA
127 AATTTGTTTTGACATTTTTAGTTAAAAT-AGATTATAATTGAATGTTTGC-TTAGGAAACGTGAA
* * * * * * * * *
64401 GAGAAAGTAATTCATTTGCAAGAAAAGTCTAGTTATAGCCACCTATGCCTTCCAAAACCA-TATT
190 GAAAAAG-CATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTT-CGAAAGCATTATT
* * * *
64465 ACTCACTTTAAA-TAATTTAATAATCTCATTATAGATTTTAAGTTAAATTTTTTTTTGCATTTTT
253 ACTCGCTTTAAAGT--TTT-ATAATCTCATAATAGATTTTAAG-TAGA-TTTTTTTTACATTTTT
* * * * *
64529 GGTTAAAAAAGATTAGAA-CATAATGTCTGC
313 AGTT-AAAGATATTATAATTA-AATGT-T-C
* * * * *
64559 A--ACGAGAAATGTGGAGAAAAAGCTATTCATTGGCTAA-AAAAGTCTATTTATAGTCACTCATG
1 ACCTCGAGAAATGTGAAGAAAAAGCCATTCATTGGC-AAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATG
* * * * * * * *
64621 CTTTTGAAAGCCTTATTGCTCGCTTTAAACGGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTAAATTTGAAT
65 CCTTTCAAAGTCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAAT
* * * * * ** *
64686 TT-TTTTCACACTTTTGGTTAAAACATATTATAATTGAATGTTTGCTTAGGAAATATGATGAAAA
130 TTGTTTTGACATTTTTAGTTAAAATAGATTATAATTGAATGTTTGCTTAGGAAACGTGAAGAAAA
* * * * * * *
64750 AGTCATTCATTAGTAAGAGAAGTCCATTTATAATTACCCATGCCTTCCAAAGCCTTATTACTCGC
195 AG-CATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCGAAAGCATTATTACTCGC
******** * * * * *
64815 TTTANNNNNNNNNNTAATCTCATTATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTTTATATTTCTAGTTAAA
259 TTTA--AAGTTTTATAATCTCATAATAGATTTTAAGTAG-A-TTTTTTTTACATTTTTAGTT-AA
* * * * * *
64880 ACAAATTAAAACTCAAT-CTC
319 AGATATTATAATTAAATGTTC
* ** * ** ** * *
64900 TACCT-TAGGAAACATGTAGAAAAAGGTATTCATTGAAAAGAAAAGTCCTTTTATAGTCACTCAT
1 -ACCTCGA-GAAATGTGAAGAAAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCAT
* * * *****************
64964 GCCTTT-AGAAGCCTTGTTACTCACTTNNNNNNNNNNNNNNNNNTCATAATTGATTTTAAGTTGA
64 GCCTTTCA-AAGTCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGA
* * * * * * * *** * ** * *
65028 A-TTGTTTT-ATATTTTTGGTTAAAACAAACTATATTTGAATATCAACCTCAAAAAATGCGAAGA
128 ATTTGTTTTGACATTTTTAGTTAAAATAGATTATAATTGAATGT-TTGCTTAGGAAACGTGAAGA
* * * * * * *
65091 AAAGGCCATTTATTGGCAAGAAAACTCCATTTATAGGCACCCACGCCTTCAAAAGCCTTATTACT
192 AAAAG-CATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCGAAAGCATTATTACT
* * * * * * *
65156 CACTTTAAGTGGTTTTGTAATCTCATAACT-GATTTCT-GGTTGAGTTTTTTTACA-TTTTAATT
256 CGCTTTAA--AGTTTTATAATCTCATAA-TAGATTT-TAAGTAGATTTTTTTTACATTTTTAGTT
* * *
65218 AAAATATATTATAGTTGAATG-TC
317 -AAAGATATTATAATTAAATGTTC
* * ** ** * * * *
65241 TGCTTTAAGAAACATGATGCAAAAGCCA-TCTATTGGCAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACCCAA
1 -ACCTCGAGAAATGTGAAGAAAAAGCCATTC-ATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCAT
* * * ********** * *
65305 ACCTTTCAAAGCCTTATTACTTGCTTTANNNNNNNNNNTAATCTCATAATTGACTTTAAGTAG-A
64 GCCTTTCAAAGTCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAA
* *** * * * * * * * * *
65369 GTT-TTCCCATATTTTTTGTTAAAATATATTATAATTGATTGTTTACTTCAAGAAACATGATGCA
129 TTTGTTTTGACATTTTTAGTTAAAATAGATTATAATTGAATGTTTGCTT-AGGAAACGTGAAGAA
* * ********** * * *
65433 AGAGCCATCCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATNNNNNNNNNNGCTTTCAAAAGCCTTATTACTC
193 AAAG-CATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCGAAAGCATTATTACTC
* * * * * * *
65498 ACTTTAGATGATTTTATAATCTCATAA-ATGATTTTAAGTTGGTTTTTTTTATATTTGTGGTTAA
257 GCTTTA-AAG-TTTTATAATCTCATAATA-GATTTTAAGTAGATTTTTTTTACATTTTTAGTTAA
*
65562 A-ATATATCATAATTGAATG-TC
319 AGATAT-T-ATAATTAAATGTTC
* * * ** *
65583 TACCTCAAGAAATGTGAAGCAAAAGCTA-TCAATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCATTCAA
1 -ACCTCGAGAAATGTGAAGAAAAAGCCATTC-ATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCAT
* * ** * *
65647 GCC-TTCTAAAGCCTTATTACTCGTTTTAAATAATTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAATTCA
64 GCCTTTC-AAAGTCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGA
65711 ATTT
128 ATTT
65715 TTTATATTTT
Statistics
Matches: 1423, Mismatches: 347, Indels: 149
0.74 0.18 0.08
Matches are distributed among these distances:
340 16 0.01
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343 73 0.05
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345 53 0.04
346 4 0.00
ACGTcount: A:0.34, C:0.14, G:0.13, T:0.37
Consensus pattern (339 bp):
ACCTCGAGAAATGTGAAGAAAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGC
CTTTCAAAGTCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATT
TGTTTTGACATTTTTAGTTAAAATAGATTATAATTGAATGTTTGCTTAGGAAACGTGAAGAAAAA
GCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCGAAAGCATTATTACTCGCTT
TAAAGTTTTATAATCTCATAATAGATTTTAAGTAGATTTTTTTTACATTTTTAGTTAAAGATATT
ATAATTAAATGTTC
Found at i:65113 original size:21 final size:21
Alignment explanation
Indices: 65087--65129 Score: 59
Period size: 21 Copynumber: 2.0 Consensus size: 21
65077 AAAAAATGCG
* *
65087 AAGAAAAGGCCATTTATTGGC
1 AAGAAAACGCCATTTATAGGC
*
65108 AAGAAAACTCCATTTATAGGC
1 AAGAAAACGCCATTTATAGGC
65129 A
1 A
65130 CCCACGCCTT
Statistics
Matches: 19, Mismatches: 3, Indels: 0
0.86 0.14 0.00
Matches are distributed among these distances:
21 19 1.00
ACGTcount: A:0.42, C:0.16, G:0.19, T:0.23
Consensus pattern (21 bp):
AAGAAAACGCCATTTATAGGC
Found at i:65383 original size:341 final size:332
Alignment explanation
Indices: 65036--65667 Score: 632
Period size: 341 Copynumber: 1.9 Consensus size: 332
65026 GAATTGTTTT
*
65036 ATATTTTTGGTTAAAACAAACTATATTTGAATATCAACCTCAA-AAA-ATGCGAAGAAA-AGGCC
1 ATATTTTTGGTTAAAACAAACTATAATTGAATATCAACCTCAAGAAACAT--GAAGAAAGA-GCC
**
65098 ATTTATTGGCAAGAAAACTCCATTTATAGGCACCCACGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTA
63 ATCCATTGGCAAGAAAACTCCATTTATAGGCACCCACGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTA
* * * *
65163 -AGTGGTTTTGTAATCTCATAACTGATTTCT-GGTTGAG-TTTTTTTACATTT-TAATTAAAATA
128 GA-TGATTTTATAATCTCATAAATGATTT-TAAGTTG-GTTTTTTTTACATTTGTAATTAAAATA
* * * * * * * *
65224 TATTATAGTTGAATGTCTGCTTTAAGAAACATGATGCAAAAGCCATCTATTGGCAAGAAAAGTCT
190 TATCATAATTGAATGTCTACCTCAAGAAACATGAAGCAAAAGCCATCAATTGGCAAGAAAAGTCC
65289 ATTTATAGTCACCCAAACCTT-TCAAAGCCTTATTACTTGCTTTANNNNNNNNNNTAATCTCATA
255 ATTTATAGTCACCCAAACCTTCT-AAAGCCTTATTACTTGCTTTA----------TAATCTCATA
65353 ATTGACTTTAAGTAGAGTTTTCCC
309 ATTGACTTTAAGTAGAGTTTTCCC
* * * * * * ** * * *
65377 ATATTTTTTGTTAAAATATATTATAATTGATTGTTTACTTCAAGAAACATGATGCAAGAGCCATC
1 ATATTTTTGGTTAAAACAAACTATAATTGAATATCAACCTCAAGAAACATGAAGAAAGAGCCATC
* ********** *
65442 CATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATNNNNNNNNNNGCTTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAGAT
66 CATTGGCAAGAAAACTCCATTTATAGGCACCCACGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAGAT
* **
65507 GATTTTATAATCTCATAAATGATTTTAAGTTGGTTTTTTTTATATTTGTGGTTAAAATATATCAT
131 GATTTTATAATCTCATAAATGATTTTAAGTTGGTTTTTTTTACATTTGTAATTAAAATATATCAT
** *
65572 AATTGAATGTCTACCTCAAGAAATGTGAAGCAAAAGCTATCAATTGGCAAGAAAAGTCCATTTAT
196 AATTGAATGTCTACCTCAAGAAACATGAAGCAAAAGCCATCAATTGGCAAGAAAAGTCCATTTAT
** *
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ATATTTTTGGTTAAAACAAACTATAATTGAATATCAACCTCAAGAAACATGAAGAAAGAGCCATC
CATTGGCAAGAAAACTCCATTTATAGGCACCCACGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAGAT
GATTTTATAATCTCATAAATGATTTTAAGTTGGTTTTTTTTACATTTGTAATTAAAATATATCAT
AATTGAATGTCTACCTCAAGAAACATGAAGCAAAAGCCATCAATTGGCAAGAAAAGTCCATTTAT
AGTCACCCAAACCTTCTAAAGCCTTATTACTTGCTTTATAATCTCATAATTGACTTTAAGTAGAG
TTTTCCC
Found at i:66750 original size:171 final size:170
Alignment explanation
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66432 NNNNNNNNNN
* * * * *
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1 AAAAAATTAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTG
* * * * * * ** * *
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* *
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* * ** *
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1 AAAAAATTAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTG
** *
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66 AAAGCATAGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTACCAATGAATGACTTTTGCATCATGTTTCTTAA
* * *
66743 AGTAGACAATT-AATTATAATATATTTTAATCAAAAATGTAA
131 GGTAAAC-ATTCAATTATAATATATTTTAA-CCAAAATGTAA
* * *
66784 AAAAAGTCT-ACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGTAAGTAATAAGGC-TTT
1 AAAAAAT-TAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTT
* * * * * *
66847 CAAAGGCTTAGGTGACTATAAATAGACTTTTCTTATCAATGGATGGCTTTTGCATCATGTTTCTT
65 GAAA-GCATAGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTACCAATGAATGACTTTTGCATCATGTTTCTT
* * *
66912 AAAGCAAACATTCAACTATAATATATTTTAACCAAAATGTAA
129 AAGGTAAACATTCAATTATAATATATTTTAACCAAAATGTAA
* * * * * * * **
66954 AAAAACTCAACCTGAAATCAGTTATGAGATTACAAAACTATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTTG
1 AAAAAATTAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTG
* * * * * * *
67019 -AAG-ATATGGGTGCCTATAAATGGACATTTCTTGCCAATAAATGGCCTTTT-CTTCATGTTTTT
66 AAAGCATA--GGTGACTATAAATGGACTTTTCTTACCAATGAAT-GACTTTTGCATCATGTTTCT
* ** * * * * *
67081 TGAGGTTGACATTCAAATATAGTTTGTTTTAACCAAACATAT-A
128 TAAGGTAAACATTCAATTATAATATATTTTAACCAAA-ATGTAA
* * *
67124 AAACAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATCATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTCT
1 AAAAAATT-AACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTT
** *
67189 -AAAGGCAT-GAGTGACTATAAAAAGACTTTTCTTTCCAATGAAT-ATCTTTT-C-TACATGTTT
65 GAAA-GCATAG-GTGACTATAAATGGACTTTTCTTACCAATGAATGA-CTTTTGCAT-CATGTTT
* * * * * * * * *
67249 CCTGAGGTAAAGATTGAGTTTTAATTTGTTTTAACTAGAAATGTAA
126 CTTAAGGTAAACATTCAATTATAATATATTTTAACCA-AAATGTAA
* * * *
67295 AAAAAATTCAACTTAAAATCAATAATGAGATTATTAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTG
1 AAAAAATT-AACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTT
* * * * * * * * ** *
67360 GAAGGTATGGGT-AATCATAAGTGGACTTCTCTTACCAATGAATGACTTTTTCATAACATTTCCT
65 GAAAGCATAGGTGACT-ATAAATGGACTTTTCTTACCAATGAATGACTTTTGCATCATGTTTCTT
* * *
67424 AAGGCAAACATTCAATTATAATATGTTTTAACTAAAA
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Statistics
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ACGTcount: A:0.39, C:0.12, G:0.14, T:0.35
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AAAAAATTAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTG
AAAGCATAGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTACCAATGAATGACTTTTGCATCATGTTTCTTAA
GGTAAACATTCAATTATAATATATTTTAACCAAAATGTAA
Found at i:67058 original size:21 final size:21
Alignment explanation
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67019 AAGATATGGG
*
67029 TGCCTATAAATGGACATTTCT
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* *
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1 TGCCAATAAATGGACATTTCT
67071 T
1 T
67072 CATGTTTTTT
Statistics
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TGCCAATAAATGGACATTTCT
Found at i:67170 original size:341 final size:341
Alignment explanation
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Period size: 341 Copynumber: 2.8 Consensus size: 341
66432 NNNNNNNNNN
* * * **
66442 AAAAATTTAACGTAAAATTAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTGG
1 AAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTCA
* * * * ** * *
66507 AAGGCTTGAGTGACAATAAATGGACTTTCCTTACCAATGGATAGCTTTTGCTTCACATTTATCAA
66 AAGGCTTGAGTGACTATAAATAGACTTTTCTTATCAATGGATAGCTTTTGC-TCATGTTTCTTAA
* * * * *
66572 GGTAGACATTCAATTATAATATATTTTAACCACAAATATAAAAAAAATTAACTTAAAATTATTTA
130 GGTAAACATTCAATTATAATATATTTTAACCACAAATGTAAAAAAAATCAACTTAAAATCAATTA
** * *
66637 TGAGATTATAAAACCGCTTAAAGTGAGTAATACGGCTTTTGAAAGCATA--GGTGACTATAAATG
195 TGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTG-AAG-ATATGGGTGACTATAAATG
* * ** *
66700 GACTTTTCTTGTCAATGGATGACTTTTGCATCATGTTTCTTAAAGTAGACAATTAATTATAATAT
258 GACATTTCTTGCCAATAAATGACTTTTGCATCATGTTTCTTAAAGTAGACAATTAAATATAATAT
* *
66765 ATTTTAATCAAAAATGTAA
323 ATTTTAACCAAAAATATAA
* * *
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1 AAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTCA
*
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* * * * * * *
66913 AAGCAAACATTCAACTATAATATATTTTAACCA-AAATGTAAAAAAACTCAACCTGAAATCAGTT
129 AGGTAAACATTCAATTATAATATATTTTAACCACAAATGTAAAAAAAATCAACTTAAAATCAATT
* * * *
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* * * * * * * *
67042 ACATTTCTTGCCAATAAATGGCCTTTT-CTTCATGTTTTTTGAGGTTGAC-ATTCAAATATAGTT
259 ACATTTCTTGCCAATAAAT-GACTTTTGCATCATGTTTCTTAAAGTAGACAATT-AAATATAATA
* *
67105 TGTTTTAACCAAACATATAA
322 TATTTTAACCAAAAATATAA
* * *
67125 AACAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATCATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGC-TTCT
1 AAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTC-
* * * * *
67189 AAAGGCATGAGTGACTATAAAAAGACTTTTCTT-TCCAATGAATATCTTTT-CTACATGTTTCCT
65 AAAGGCTTGAGTGACTATAAATAGACTTTTCTTAT-CAATGGATAGCTTTTGCT-CATGTTTCTT
* * * * * * * * *
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128 AAGGTAAACATTCAATTATAATATATTTTAACCACAAATGTAAAAAAAA-TCAACTTAAAATCAA
* * * * * *
67317 TAATGAGATTATTAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTGGAAGGTATGGGT-AATCATAAG
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* *
67381 TGGAC-TTCTCTTACCAATGAATGACTTTT
256 TGGACATT-TCTTGCCAATAAATGACTTTT
67410 TCATAACATT
Statistics
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Consensus pattern (341 bp):
AAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTCA
AAGGCTTGAGTGACTATAAATAGACTTTTCTTATCAATGGATAGCTTTTGCTCATGTTTCTTAAG
GTAAACATTCAATTATAATATATTTTAACCACAAATGTAAAAAAAATCAACTTAAAATCAATTAT
GAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGATATGGGTGACTATAAATGGAC
ATTTCTTGCCAATAAATGACTTTTGCATCATGTTTCTTAAAGTAGACAATTAAATATAATATATT
TTAACCAAAAATATAA
Found at i:67433 original size:512 final size:512
Alignment explanation
Indices: 66463--67460 Score: 1137
Period size: 512 Copynumber: 1.9 Consensus size: 512
66453 GTAAAATTAA
* ** *
66463 TTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTGGAAGGCTTGAGTGACAATAAAT
1 TTATGAGATTACAAAACTATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTGGAAGGATTGAGTGACAATAAAT
** *
66528 GGACTTTCCTTACCAATGGATAGCTTTTGCTTCACATTTATCAAGGTAGACATTCAATTATAATA
66 GGACTTTCCTTACCAATAAATAGCTTTTGCTTCACATTTATCAAGGTAGACATTCAAATATAATA
* * * *
66593 TATTTTAACCACAAATATAAAAAAAATTAACTTAAAATTATTTATGAGATTATAAAACCGCTTAA
131 TATTTTAACCACAAATATAAAAAAAATTAACTTAAAATCAATTATGAGATCATAAAACCACTTAA
* * ** *
66658 AGTGAGTAATACGGCTTTTGAAAGCATAGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGTCAATGGATGAC
196 AGTGAGTAATAAGGCTTCTGAAAGCATAGGTGACTATAAAAAGACTTTTCTTGTCAATGAATGAC
*
66723 TTTTGCATCATGTTTCTTAAAGTAGACAATTAATTATAATATATTTTAATCAAAAATGTAAAAAA
261 TTTTGCATCATGTTTCCTAAAGTAGACAATTAATTATAATATATTTTAATCAAAAATGTAAAAAA
* * * *
66788 AGTCTACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGTAAGTAATAAGGCTTTCAAAGG
326 AGTCAACTTAAAATCAATAATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTCAAAGG
* * * * * * ** *
66853 CTTAGGTGACTATAAATAGACTTTTCTTATCAATGGATGGCTTTTGCATCATGTTTCTTAAAGCA
391 CTTAGGTAACTATAAATAGACTTCTCTTACCAATGAATGACTTTTGCATAACATTTCCTAAAGCA
66918 AACATTCAACTATAATATATTTTAACCAAAATGTAAAAAAACTCAACCTGAAATCAG
456 AACATTCAACTATAATATATTTTAACCAAAATGTAAAAAAACTCAACCTGAAATCAG
* * * *
66975 TTATGAGATTACAAAACTATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTTGAA-GATATGGGTGCCTATAAA
1 TTATGAGATTACAAAACTATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTGGAAGGAT-TGAGTGACAATAAA
* * ** * ** *
67039 TGGACATTT-CTTGCCAATAAATGGCCTTTT-CTTCATGTTTTTTGAGGTTGACATTCAAATATA
65 TGGAC-TTTCCTTACCAATAAATAG-CTTTTGCTTCACATTTATCAAGGTAGACATTCAAATATA
* * * *
67102 GTTTGTTTTAACCA-AACATAT-AAAACAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATCATAAAACCA
128 ATATATTTTAACCACAA-ATATAAAAAAAATT-AACTTAAAATCAATTATGAGATCATAAAACCA
*
67165 TTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTCT-AAAGGCAT-GAGTGACTATAAAAAGACTTTTCTT-TCCAA
191 CTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTCTGAAA-GCATAG-GTGACTATAAAAAGACTTTTCTTGT-CAA
* * * * * *
67227 TGAAT-ATCTTTT-C-TACATGTTTCCTGAGGTA-A-AGATTGAGTTTTAATTTGTTTTAA-CTA
253 TGAATGA-CTTTTGCAT-CATGTTTCCTAAAGTAGACA-ATT-AATTATAATATATTTTAATC-A
* * * *
67286 GAAATGTAAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATAATGAGATTATTAAACCATTTAAAGCGAGTAAT
313 AAAATGT-AAAAAAAGTCAACTTAAAATCAATAATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCAAGTAAT
** * * * *
67351 AAGGCTTTGGAAGG-TATGGGTAA-TCATAAGTGGACTTCTCTTACCAATGAATGACTTTTTCAT
377 AAGGCTTTCAAAGGCT-TAGGTAACT-ATAAATAGACTTCTCTTACCAATGAATGACTTTTGCAT
* * * *
67414 AACATTTCCTAAGGCAAACATTCAATTATAATATGTTTTAACTAAAA
440 AACATTTCCTAAAGCAAACATTCAACTATAATATATTTTAACCAAAA
67461 GTGTGAAANN
Statistics
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0.80 0.13 0.06
Matches are distributed among these distances:
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ACGTcount: A:0.39, C:0.12, G:0.14, T:0.35
Consensus pattern (512 bp):
TTATGAGATTACAAAACTATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTGGAAGGATTGAGTGACAATAAAT
GGACTTTCCTTACCAATAAATAGCTTTTGCTTCACATTTATCAAGGTAGACATTCAAATATAATA
TATTTTAACCACAAATATAAAAAAAATTAACTTAAAATCAATTATGAGATCATAAAACCACTTAA
AGTGAGTAATAAGGCTTCTGAAAGCATAGGTGACTATAAAAAGACTTTTCTTGTCAATGAATGAC
TTTTGCATCATGTTTCCTAAAGTAGACAATTAATTATAATATATTTTAATCAAAAATGTAAAAAA
AGTCAACTTAAAATCAATAATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTCAAAGG
CTTAGGTAACTATAAATAGACTTCTCTTACCAATGAATGACTTTTGCATAACATTTCCTAAAGCA
AACATTCAACTATAATATATTTTAACCAAAATGTAAAAAAACTCAACCTGAAATCAG
Found at i:68951 original size:170 final size:168
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Indices: 68301--69507 Score: 624
Period size: 171 Copynumber: 7.1 Consensus size: 168
68291 NNNNNNNNNT
* * * * * *
68301 TTTTGGTTAAAACAGAA-TATAATTAAATGTTTGCCTC-AGGAACTTGAAGAAAAAG-CTATTCA
1 TTTTGGTTAAAA-AAAATTAAAATTCAATGTTTACCTCAAGAAACGT-AAGAAAAAGAC-ATTCA
* * * *
68363 TTTG-CTAGAAAAGTCC-TATTATAGCCACCCATACC-TTCGAAAAG-CTTATTACTCACTTTAA
63 -TTGACAAGAAAAGTCCAT-TTATAGTCA-CCAAACCTTTC--AAAGCCTTATTACTCGCTTTAA
* * *********
68424 AT-GCTTTAATAATCTCATTATAGATTTTAAGTTGAATNNNNNNNNNN
123 ATAG-TTTAATAATCTCATTATTGATTTTAAGTTGACT-TTTTTTACA
* * * * * * * *
68471 TTTTGGTTAAAAAAGATTAAAATTTAATGTCTGCATCAAGAAACATAGAGAAAAAGTCACTCATT
1 TTTTGGTTAAAAAAAATTAAAATTCAATGTTTACCTCAAGAAACGTA-AGAAAAAGACATTCATT
* * * * * ** ** * *
68536 GGCTAGAATATTCTATTTATAGTCACTCATGCC-TTCGAAAGCCTTATTGTTTGCTTTAAATGGT
65 GACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCAC-CAAACCTTTC-AAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGT
* ** * * * *
68600 TTTATAATCTCAAAATTGATTTGAATTTGAATTCTTTTTGCA
128 TTAATAATCTCATTATTGATTTTAAGTTGACTT-TTTTTACA
* * * * * *
68642 CTTTTAGTTAAAACAGATTATAATTGAAAT-TTTACCTC-AGAAAATGTGAAGAAAAA-ACCATT
1 -TTTTGGTTAAAAAAAATTAAAATT-CAATGTTTACCTCAAG-AAACGT-AAGAAAAAGA-CATT
* * * * **
68704 CATT-AGTAAGAGAAGTCCATTTTTAATCACCTATGCCTTTCAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAA
61 CATTGA-CAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACC-AAACCTTTCAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAA
* *
68768 TGGTTTAATAATCTCATTATTGATTTTAAGTTGATTTTTTTTACA
124 TAGTTTAATAATCTCATTATTGATTTTAAGTTGACTTTTTTTACA
* * * * *
68813 TTTCTGGTTAAAAAAAATTAAAACTCAATATCTACCCCAAGAAACGTATAGAGAAAGACATTCAT
1 TTT-TGGTTAAAAAAAATTAAAATTCAATGTTTACCTCAAGAAACGTA-AGAAAAAGACATTCAT
* * *
68878 TGACAAGAAAAGTTCATTTATAGCCACCAAACCTTTGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTT
64 TGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCAAACCTTTCAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTT
* *
68943 TTATAATCT-ATTAATTGATTTT-AGTTGACTTTTTTTATA
129 TAATAATCTCATT-ATTGATTTTAAGTTGACTTTTTTTACA
* * * * * * * *
68982 TTTTTGGTTAAAACATATTATAATTGAATGTTTGCCTCAGGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCAT
1 -TTTTGGTTAAAAAAAATTAAAATTCAATGTTTACCTCAAGAAACGT-AAGAAAAAGACATTCAT
* * * * ** *** *
69047 TGACGACAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATACCTTCCAAAGTTTTATTACTTATTTTAAATGGT
64 TGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCA-CCAAACCTTTCAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGT
* *
69112 TTAATAATCTCATTATTAATTTTGAGTT-ACATTTTTTTACA
128 TTAATAATCTCATTATTGATTTTAAGTTGAC-TTTTTTTACA
* ** * **********
69153 TTTTGTCTTAAAACAAAA-TAAAATTCAATGTTTACCTTGAGAAATGTGNNNNNNNNNNCA-TCT
1 TTTTG-GTTAAAA-AAAATTAAAATTCAATGTTTACCTCAAGAAACGT-AAGAAAAAGACATTC-
* * * * *
69216 ATTGGTA-AAG-AAAGTCCATTTATAGTCACTTAAGCCTTTGAAAGCATTATTACTCGTTTTAAA
62 ATT-G-ACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCAC-CAAACCTTTCAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAA
* * *
69279 TAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGACTATTTTTACA
124 TAGTTTAATAATCTCATTATTGATTTTAAGTTGACTTTTTTTACA
* * * * * * * * * ** *
69324 TTTATTGTTAAAATATATTATAATTGAATGTTT-GCTCTAGGAAACTTGAAGCAAAACTCATCCA
1 TTT-TGGTTAAAAAAAATTAAAATTCAATGTTTACCTC-AAGAAACGT-AAGAAAAAGACATTCA
** * ** * * *
69388 TTGGTAAGAAAAATCCATTTATAGTCACTC-AAGTTTTCAAAAGCGTTATTACTAGCTCTAAATA
63 TTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCAC-CAAACCTTTC-AAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATA
* * * * *
69452 GTGTT-AGAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATGTTTTTATA
126 GT-TTAATAATCTCATTATTGATTTTAAGTTGACTTTTTTTACA
*
69495 TATTTGTTTAAAA
1 T-TTTGGTTAAAA
69508 TATATTATAG
Statistics
Matches: 796, Mismatches: 194, Indels: 93
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Matches are distributed among these distances:
169 88 0.11
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Consensus pattern (168 bp):
TTTTGGTTAAAAAAAATTAAAATTCAATGTTTACCTCAAGAAACGTAAGAAAAAGACATTCATTG
ACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCAAACCTTTCAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTA
ATAATCTCATTATTGATTTTAAGTTGACTTTTTTTACA
Found at i:69112 original size:340 final size:337
Alignment explanation
Indices: 68300--69507 Score: 1011
Period size: 342 Copynumber: 3.5 Consensus size: 337
68290 NNNNNNNNNN
* * *
68300 TTTTTGGTTAAAACAGAATATAATTAAATGTTTGCCTCAGG-AACTTGAAGAAAAAGCTATTCAT
1 TTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTGCCTCAGGAAACTTGAAGAAAAAGCCATTCA-
* * *
68364 TTG-CTAGAAAAGTCC-TATTATAGCCACCCATACCTTCGAAAAGCTTATTACTCACTTTAAATG
65 TTGACGA-AAAAGTCCAT-TTATAGTCACCCATACCTTC-CAAAGCTTATTACTCACTTTAAATG
* * ********** *
68427 CTTTAATAATCTCATTATAGATTTTAAGTTGAATNNNNNNNNNNTTTTGGTTAAAAAAGATTAAA
127 GTTTAATAATCTCATTATTGATTTTAAGTTG-ATTTTTTTTACATTTTGGTTAAAAAAAATTAAA
* * * * * * * *
68492 ATTTAATGTCTGCATCAAGAAACATAGAGAAAAAGTCACTCATTGGCTAGAATA-TTCTATTTAT
191 ATTCAATGTCTACCTCAAGAAACGTAGAGAAAAAGACA-TCATTGACAAGAAAAGTTC-ATTTAT
* * ** * * *
68556 AGTCACTCATGCCTTCGAAAGCCTTATTGTTTGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAATTGATT
254 AGTCACTCAAGCCTTTGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATT
* * * *
68621 TGAATTTGAATTCTTTTTGCA
319 T-TAGTTGACTT-TTTTTACA
* * * * *
68642 CTTTTAGTTAAAACAGATTATAATTGAAAT-TTTACCTCA-GAAAATGTGAAGAAAAAACCATTC
1 TTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTG-AATGTTTGCCTCAGGAAACT-TGAAGAAAAAGCCATTC
* * * * * *
68705 ATT-A-GTAAGAGAAGTCCATTTTTAATCACCTATGCCTTTCAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAA
64 ATTGACG-AA-A-AAGTCCATTTATAGTCACCCATACCTTCCAAAG-CTTATTACTCACTTTAAA
68768 TGGTTTAATAATCTCATTATTGATTTTAAGTTGATTTTTTTTACATTTCTGGTTAAAAAAAATTA
125 TGGTTTAATAATCTCATTATTGATTTTAAGTTGATTTTTTTTACATTT-TGGTTAAAAAAAATTA
* * * * *
68833 AAACTCAATATCTACCCCAAGAAACGTATAGAGAAAGACATTCATTGACAAGAAAAGTTCATTTA
189 AAATTCAATGTCTACCTCAAGAAACGTAGAGAAAAAGACA-TCATTGACAAGAAAAGTTCATTTA
* *
68898 TAGCCAC-CAAACCTTTGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCT-ATTAATTGA
253 TAGTCACTCAAGCCTTTGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCA-TAATTGA
*
68961 TTTTAGTTGACTTTTTTTATA
317 TTTTAGTTGACTTTTTTTACA
* *
68982 TTTTTGGTTAAAACATATTATAATTGAATGTTTGCCTCAGGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCAT
1 TTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTGCCTCAGGAAACTTGAAGAAAAAGCCATTCAT
* * *
69047 TGACGACAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATACCTTCCAAAGTTTTATTACTTATTTTAAATGGT
66 TGACGA-AAAAGTCCATTTATAGTCACCCATACCTTCCAAAG-CTTATTACTCACTTTAAATGGT
* * * *
69112 TTAATAATCTCATTATTAATTTTGAGTT-ACATTTTTTTACATTTTGTCTTAAAACAAAA-TAAA
129 TTAATAATCTCATTATTGATTTTAAGTTGA-TTTTTTTTACATTTTG-GTTAAAA-AAAATTAAA
* ** * ********* *
69175 ATTCAATGTTTACCTTGAGAAATGT-GNNNNNNNNNNCATCTATTGGTA-AAG-AAAGTCCATTT
191 ATTCAATGTCTACCTCAAGAAACGTAG-AGAAAAAGACATC-ATT-G-ACAAGAAAAGTTCATTT
* * *
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252 ATAGTCACTCAAGCCTTTGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGA
*
69302 TTTTAAGTTGACTATTTTTACA
317 TTTT-AGTTGACTTTTTTTACA
* * * *
69324 TTTATT-GTTAAAATATATTATAATTGAATGTTTG-CTCTAGGAAACTTGAAGCAAAA-CTCATC
1 TTT-TTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTGCCTC-AGGAAACTTGAAGAAAAAGC-CATT
* * ** * *
69386 CATTGGTAAGAAAAA-TCCATTTATAGTCACTCA-AGTTTTCAAAAGCGTTATTACT-AGCTCTA
63 CATT-G-ACGAAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATA-CCTTCCAAAGC-TTATTACTCA-CTTTA
* * * * * * *
69448 AATAGTGTT-AGAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATGTTTTTATATATTTGTTTAAAA
123 AATGGT-TTAATAATCTCATTATTGATTTTAAGTTGATTTTTTTTACAT-TTTGGTTAAAA
69508 TATATTATAG
Statistics
Matches: 704, Mismatches: 124, Indels: 76
0.78 0.14 0.08
Matches are distributed among these distances:
339 8 0.01
340 191 0.27
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342 244 0.35
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ACGTcount: A:0.35, C:0.13, G:0.12, T:0.38
Consensus pattern (337 bp):
TTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTGCCTCAGGAAACTTGAAGAAAAAGCCATTCAT
TGACGAAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATACCTTCCAAAGCTTATTACTCACTTTAAATGGTTT
AATAATCTCATTATTGATTTTAAGTTGATTTTTTTTACATTTTGGTTAAAAAAAATTAAAATTCA
ATGTCTACCTCAAGAAACGTAGAGAAAAAGACATCATTGACAAGAAAAGTTCATTTATAGTCACT
CAAGCCTTTGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAGTTG
ACTTTTTTTACA
Found at i:69538 original size:171 final size:171
Alignment explanation
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69201 NNNNNNNNNN
* * * * * * *
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* * * *
69275 TAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGACTATTTTTACATTTATTGTTAAAATAT
65 TAAATAGTGTTAGAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATATTTTTACATATATTGTTAAAATAT
* *
69340 ATTATAATTGAATGTTTGCTCTAGGAAACTTGAAGC-AAAAC
130 ATTATAATTGAATGTTTGCTCTAGGAAACATAAAGCGAAAAC
* *
69381 TCATCCATTGGTAAGAAAAATCCATTTATAGTCACTCAAG-TTTTCAAAAGCGTTATTACTAGCT
1 -CATCCATTGGTAAGAAAAATCCATTTATAGTCACTCAAGCCTTT-AAAAGCATTATTACTAGCT
* *
69445 CTAAATAGTGTTAGAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATGTTTTTATATAT-TTGTTTAAAAT
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* * * *
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128 ATATTATAATTGAA-TGTTTGCTCTAGGAAACATAAAGCGAAAAC
* * * * *
69553 CATCCACTGGCAAGAAAAATCCTTTTGTAGTCACTTAAGCCTTTAAA
1 CATCCATTGGTAAGAAAAATCCATTTATAGTCACTCAAGCCTTTAAA
69600 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 185, Mismatches: 27, Indels: 12
0.83 0.12 0.05
Matches are distributed among these distances:
170 8 0.04
171 169 0.91
172 8 0.04
ACGTcount: A:0.35, C:0.13, G:0.13, T:0.39
Consensus pattern (171 bp):
CATCCATTGGTAAGAAAAATCCATTTATAGTCACTCAAGCCTTTAAAAGCATTATTACTAGCTCT
AAATAGTGTTAGAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATATTTTTACATATATTGTTAAAATATA
TTATAATTGAATGTTTGCTCTAGGAAACATAAAGCGAAAAC
Done.