Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: NW_018397893.1 Herrania umbratica cultivar Fairchild unplaced genomic scaffold, ASM216827v2 scaffold_1199.0, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000
Length: 9695
ACGTcount: A:0.26, C:0.10, G:0.10, T:0.29
Warning! 2384 characters in sequence are not A, C, G, or T
Found at i:1142 original size:172 final size:172
Alignment explanation
Indices: 407--2263 Score: 1312
Period size: 172 Copynumber: 10.8 Consensus size: 172
397 GTCTGCCTCA
** * * * * *
407 AGAAACGAAAAGAAAAAGGCTTTCATTGGCAAGAAAAGTCTATTTATAGCCACCCATTCCTTCGA
1 AGAAACGTGAAGAAAAAGGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCTTTCAA
* ** * * * * ** *
472 ATGCCTTATTACTCGTTTTAAATTGTTTTATAATCTCAAAATTCATTTAAATTTGAAT-TCTTTG
66 AAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGATGTATAT-TTTG
* * * * **
536 -TACATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCCACCTCA
130 AT-CTTTTTTGGTTAGAACAAATTATAATTGAATGTCTACCTTG
* * * * * **
579 AGCAACGTGAAGAAAAAGACATTTATTAGCAAGAAAACTCCATTTATAGTCATTCATT-TCTTCA
1 AGAAACGTGAAGAAAAAGGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCT-TTCA
* * * *
643 AAAGCCCTATTACTCATTTTAAATGGTTTTTATAAGT-TCATAATTGAATTTAGGATGTATATTT
65 AAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGG-TTTTATAA-TCTCATAATTGATTTTAAGATGTATATTT
* * * * * * * *
707 TGATGTTGTTAGGTTTGGACAGATTATAATTGAATGTTTGCCTTG
128 TGATCTTTTTTGGTTAGAACAAATTATAATTGAATGTCTACCTTG
* * * * * *
752 AGAAACGTTAAGAAAAAGGTATTCCTTGCCAAGAAAGGTTCATTTATAGTCACCCATTCCTTT-A
1 AGAAACGTGAAGAAAAAGGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATT-CTTTCA
* *
816 AAAGCCTTATTACTCACTTTCAATGGTTTTATAATCTCGA-AA-TGA-TTTAA-ATTTGA-ATTC
65 AAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTC-ATAATTGATTTTAAGATGT-ATATT-
* * * * * * * *
876 TTTACACATTTTTGGTTAAAATAGATTATAATTAAATGTCTAGCTTG
127 TTGA-TCTTTTTTGGTTAGAACAAATTATAATTGAATGTCTACCTTG
* * * * * **
923 AGAAATGTAAAG-AAAAGGCATTCATTGGCAAGAAAACTCTAATTATAGTCACTAATTCTTTCAA
1 AGAAACGTGAAGAAAAAGGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCTTTCAA
* * * *
987 AAGCCTT-TCTACTCATTTTAAATGATTTTTATAACCTCATAATTGATTTTAGGATGTATATTTT
66 AAGCCTTAT-TACTCACTTTAAATG-GTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGATGTATATTTT
* * *
1051 GATGTTTTTTGGTTTGAACAAATTATAATTGAATGTTTACCTTG
129 GATCTTTTTTGGTTAGAACAAATTATAATTGAATGTCTACCTTG
* * ** * ** *
1095 AGTAATGTGAAGAAAAAGATATTCATTGGCAAGAAAGGTCCA-TTATAGTCACGTACTCCTTT-A
1 AGAAACGTGAAGAAAAAGGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCA-TTCTTTCA
* * * * * *
1158 AAAGCCTTATTAGTCACTTTAAATGGTTTTATAA-CTCAAAATTTATTTTAAGTTGAATTTTTTT
65 AAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGATGTA-TATTTT
** * * * *
1222 TTTACATTTTTT-ATTAAAACATAATT-TAATTGAATGTCTAGCTTA
129 GAT-C-TTTTTTGGTTAGAACA-AATTATAATTGAATGTCTACCTTG
*
1267 AGAAACGTGAAGAAAAATGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATT-TCTTCA
1 AGAAACGTGAAGAAAAAGGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCT-TTCA
* * *
1331 AAAGCCTTATTACGCACTTTAAATTGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAG-T-TAAAGTTTT
65 AAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGATGTATA-TTTT
** * * *
1394 TTTACATTTTTGGTTAAAACATAA-TATAATTGAATGTTTAGCC-TG
129 GAT-CTTTTTTGGTTAGAACA-AATTATAATTGAATGTCTA-CCTTG
* ** * * * * * ** *
1439 ACAAACAAGAATAAAAAGGCTTTCATTGGGATGAGAAGTCCATTTATTTTCACCCATTACATT-A
1 AGAAACGTGAAGAAAAAGGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATT-CTTTCA
** * * * * * ** *
1503 AAAGCCACATTACTCATTTTAACTGCTTTTATAATCTCAAAATTGATTTAAATTTGAAT-TCTTT
65 AAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGATGTATAT-TTT
** *** * * *
1567 GCGCATTTTTTGCCGA-AACAGATTATAATTGAATGTCAACCTTA
129 GATC-TTTTTTGGTTAGAACAAATTATAATTGAATGTCTACCTTG
* * * * * * *
1611 AGAAACGTGAGGAAAAAGGTATTCATTGGTAAGAAAACTCTATTTATAATCACCCATTCTTTCAG
1 AGAAACGTGAAGAAAAAGGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCTTTCAA
* * *
1676 AAGCCTTATTACTCACTTTAAAGGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAACT-TTTTG
66 AAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGATGTA-TATTTTG
* * *
1740 A-CTTTTTTAGTTAGAA-AATATTGTAATTGAATGTCTATCTT-
130 ATCTTTTTTGGTTAGAACAA-ATTATAATTGAATGTCTACCTTG
* * ***
1781 AGGAAACCTGTAGAAAAATATATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATT-TCTTC
1 A-GAAACGTGAAGAAAAAGGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCT-TTC
** * * * * *
1845 GGAAGCCTTATCACTCACTTTAAATGGCTTTATAATCTCAAAATCGATTTT---AT-TTTATTTT
64 AAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGATGTATATTTT
** * * ** * *
1906 TTTCATTTTTGGCT-GAA-AACGGCTATAATTGAATGTCTGCC-TC
129 GATCTTTTTTGGTTAGAACAA--ATTATAATTGAATGTCTACCTTG
** * * ** * *
1949 ATGAAACGAAAAGAAAAAGGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCTATTTATAGCCACATATTCCTTCG
1 A-GAAACGTGAAGAAAAAGGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCTTTCA
** * * * ** *
2014 AAAGCCTTATTACTCGTTTTAAATGATTTTATAATCTCAAAATTGATTTAAATTTGAAT-TATTT
65 AAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGATGTATAT-TTT
* * * * * **
2078 GTAT-ATTTTTGGTTAAAATAGATTATAATTGAATGTCGACCTCA
129 G-ATCTTTTTTGGTTAGAACAAATTATAATTGAATGTCTACCTTG
* * * ** * * *
2122 AGGAACGTGAAGAAAAAGGCATTTATTAGCAAGAAAACACCATTTATTGTCACTCGTTCCTTT-A
1 AGAAACGTGAAGAAAAAGGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATT-CTTTCA
* * * *
2186 AAAGCCTTATTATTCATTTTAAATAGTTTTATAA-CTTCATAATTGATTTTAGGATGTATATTTT
65 AAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATC-TCATAATTGATTTTAAGATGTATATTTT
*
2250 GATGTTTTTTGGTT
129 GATCTTTTTTGGTT
2264 TGANNNNNNN
Statistics
Matches: 1310, Mismatches: 308, Indels: 134
0.75 0.18 0.08
Matches are distributed among these distances:
166 1 0.00
167 10 0.01
168 117 0.09
169 11 0.01
170 94 0.07
171 206 0.16
172 599 0.46
173 242 0.18
174 29 0.02
175 1 0.00
ACGTcount: A:0.34, C:0.14, G:0.13, T:0.39
Consensus pattern (172 bp):
AGAAACGTGAAGAAAAAGGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCTTTCAA
AAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGATGTATATTTTGA
TCTTTTTTGGTTAGAACAAATTATAATTGAATGTCTACCTTG
Found at i:1406 original size:344 final size:343
Alignment explanation
Indices: 428--2234 Score: 1678
Period size: 344 Copynumber: 5.3 Consensus size: 343
418 GAAAAAGGCT
* * ** * **
428 TTCATTGGCAAGAAAAGTCTATTTATAGCCACCCATTCCTTCGAATGCCTTATTACTCGTTTTAA
1 TTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTTAAAAGCCTTATTACTCACTTTAA
* *
493 ATTGTTTTATAATCTCAAAATTCATTTAAATTTGAATTCTTTGTACATTTTTGGTTAAAACAGAT
66 ATGGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTAAATTTGAATTCTTTGTACATTTTTGGTTAAAACAGAT
* * * * * * * *
558 TATAATTGAATGTCCACCTCAAGCAACGTGAAGAAAAAGACATTTATTAGCAAGAAAACTCCATT
131 TATAATTGAATGTCTAGCTTAAGAAACGTGAAGAAAAAGGCATTCATTGGCAAGAAAACTCTATT
** * *
623 TATAGTCATTCATTTCTTCAAAAGCCCTATTACTCATTTTAAATGGTTTTTATAAGT-TCATAAT
196 TATAGTCACCCATTTCTTCAAAAGCCTTATTACTCATTTTAAAT-GATTTTATAA-TCTCATAAT
* * * * * * ** * * * * *
687 TGAATTTAGGATGTATATTTTGATGTTGTTAGGTTTGGACAGATTATAATTGAATGTTTGCCTTG
259 TGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATT-TTTGGTTAGAACAAATTATAATTGAATGTTTACCTTG
* *
752 AGAAACGTTAAGAAAAAGGTA
323 AGAAACGTGAAGAAAAAGATA
* * * * *
773 TTCCTTGCCAAGAAAGGTTCATTTATAGTCACCCATTCCTTTAAAAGCCTTATTACTCACTTTCA
1 TTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTTAAAAGCCTTATTACTCACTTTAA
* ** *
838 ATGGTTTTATAATCTCGAAA-TGATTTAAATTTGAATTCTTTACACATTTTTGGTTAAAATAGAT
66 ATGGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTAAATTTGAATTCTTTGTACATTTTTGGTTAAAACAGAT
* * * * *
902 TATAATTAAATGTCTAGCTTGAGAAATGTAAAG-AAAAGGCATTCATTGGCAAGAAAACTCTAAT
131 TATAATTGAATGTCTAGCTTAAGAAACGTGAAGAAAAAGGCATTCATTGGCAAGAAAACTCTATT
* * *
966 TATAGTCA-CTAATTCTTTCAAAAGCCTT-TCTACTCATTTTAAATGATTTTTATAACCTCATAA
196 TATAGTCACCCATTTC-TTCAAAAGCCTTAT-TACTCATTTTAAATGA-TTTTATAATCTCATAA
* * * * * ** *
1029 TTGATTTTAGGATGTATATTTTGATGTTTTTTGGTTTGAACAAATTATAATTGAATGTTTACCTT
258 TTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTA-CATTTTTGGTTAGAACAAATTATAATTGAATGTTTACCTT
* *
1094 GAGTAATGTGAAGAAAAAGATA
322 GAGAAACGTGAAGAAAAAGATA
* ** * *
1116 TTCATTGGCAAGAAAGGTCCA-TTATAGTCACGTACTCCTTTAAAAGCCTTATTAGTCACTTTAA
1 TTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTTAAAAGCCTTATTACTCACTTTAA
* * * * * **
1180 ATGGTTTTATAA-CTCAAAATTTATTTTAAGTTGAATTTTTTTTTTACATTTTTTATTAAAACAT
66 ATGGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTAAATTTGAA--TTCTTTGTACATTTTTGGTTAAAACA-
* * * *
1244 AATT-TAATTGAATGTCTAGCTTAAGAAACGTGAAGAAAAATGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCC
128 GATTATAATTGAATGTCTAGCTTAAGAAACGTGAAGAAAAAGGCATTCATTGGCAAGAAAACTCT
* *
1308 ATTTATAGTCACCCATTTCTTCAAAAGCCTTATTACGCACTTTAAATTG-TTTTATAATCTCATA
193 ATTTATAGTCACCCATTTCTTCAAAAGCCTTATTACTCATTTTAAA-TGATTTTATAATCTCATA
* *
1372 ATTGATTTTAAGTTAAAGTTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACATAA-TATAATTGAATGTTTAGC
257 ATTGATTTTAAGTTGAA-TTTTTTTACATTTTTGGTTAGAACA-AATTATAATTGAATGTTTA-C
* ** * *
1436 C-TGACAAACAAGAATAAAAAGGCT-
319 CTTGAGAAACGTGAAGAAAAA-GATA
* * * ** * * ** *
1460 TTCATTGGGATGAGAAGTCCATTTATTTTCACCCATTACATTAAAAGCCACATTACTCATTTTAA
1 TTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTTAAAAGCCTTATTACTCACTTTAA
* * ** * ***
1525 CTGCTTTTATAATCTCAAAATTGATTTAAATTTGAATTCTTTGCGCATTTTTTGCCGAAACAGAT
66 ATGGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTAAATTTGAATTCTTTGTACATTTTTGGTTAAAACAGAT
* * * * *
1590 TATAATTGAATGTCAACCTTAAGAAACGTGAGGAAAAAGGTATTCATTGGTAAGAAAACTCTATT
131 TATAATTGAATGTCTAGCTTAAGAAACGTGAAGAAAAAGGCATTCATTGGCAAGAAAACTCTATT
* * * * *
1655 TATAATCACCCA-TTCTTTCAGAAGCCTTATTACTCACTTTAAAGGGTTTTATAATCTCATAATT
196 TATAGTCACCCATTTC-TTCAAAAGCCTTATTACTCATTTTAAATGATTTTATAATCTCATAATT
* * * * * * *
1719 GATTTTAAGTTGAACTTTTTGACTTTTTTAGTTAGAA-AATATTGTAATTGAATGTCTATCTT-A
260 GATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAGAACAA-ATTATAATTGAATGTTTACCTTGA
* * *
1782 GGAAACCTGTAGAAAAATATA
324 -GAAACGTGAAGAAAAAGATA
* *** *
1803 TTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTTCTTCGGAAGCCTTATCACTCACTTTAA
1 TTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTTAAAAGCCTTATTACTCACTTTAA
* * * * * * *
1868 ATGGCTTTATAATCTCAAAATCGATTT-TATTT-TATT-TTT-TTCATTTTTGGCTGAAAAC-GG
66 ATGGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTAAATTTGAATTCTTTGTACATTTTTGG-TTAAAACAGA
* * * ** *
1928 CTATAATTGAATGTCT-GCCTCATGAAACGAAAAGAAAAAGGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCTA
130 TTATAATTGAATGTCTAG-CTTAAGAAACGTGAAGAAAAAGGCATTCATTGGCAAGAAAACTCTA
* ** * * * *
1992 TTTATAGCCACATATTCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGTTTTAAATGATTTTATAATCTCAAAAT
194 TTTATAGTCACCCATTTCTTCAAAAGCCTTATTACTCATTTTAAATGATTTTATAATCTCATAAT
* * * * * * * ** **
2057 TGATTTAAATTTGAATTATTTGTATATTTTTGGTTAAAATAGATTATAATTGAATGTCGACCTCA
259 TGATTTTAAGTTGAATT-TTTTTACATTTTTGGTTAGAACAAATTATAATTGAATGTTTACCTTG
* **
2122 AGGAACGTGAAGAAAAAGGCA
323 AGAAACGTGAAGAAAAAGATA
* * ** * * * * *
2143 TTTATTAGCAAGAAAACACCATTTATTGTCACTCGTTCCTTTAAAAGCCTTATTATTCATTTTAA
1 TTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTTAAAAGCCTTATTACTCACTTTAA
* *
2208 ATAGTTTTATAA-CTTCATAATTGATTT
66 ATGGTTTTATAATC-TCAAAATTGATTT
2235 TAGGATGTAT
Statistics
Matches: 1186, Mismatches: 242, Indels: 73
0.79 0.16 0.05
Matches are distributed among these distances:
339 126 0.11
340 128 0.11
341 12 0.01
342 77 0.06
343 289 0.24
344 340 0.29
345 186 0.16
346 28 0.02
ACGTcount: A:0.34, C:0.14, G:0.13, T:0.39
Consensus pattern (343 bp):
TTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTTAAAAGCCTTATTACTCACTTTAA
ATGGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTAAATTTGAATTCTTTGTACATTTTTGGTTAAAACAGAT
TATAATTGAATGTCTAGCTTAAGAAACGTGAAGAAAAAGGCATTCATTGGCAAGAAAACTCTATT
TATAGTCACCCATTTCTTCAAAAGCCTTATTACTCATTTTAAATGATTTTATAATCTCATAATTG
ATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAGAACAAATTATAATTGAATGTTTACCTTGAGA
AACGTGAAGAAAAAGATA
Found at i:1769 original size:515 final size:504
Alignment explanation
Indices: 419--2236 Score: 1733
Period size: 515 Copynumber: 3.5 Consensus size: 504
409 AAACGAAAAG
* * ** * * *
419 AAAAAGGCTTTCATTGGCAAGAAAAGTCTATTTATAGCCACCCATTCCTTCGAATGCCTTATTAC
1 AAAAAGGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACAAATTCATTCAAAAGCC-TATTAC
* *
484 TCGTTTTAAATTGTTTTATAATCTCAAAATTCATTTAAATTTGAATTCTTTGTACATTTTTGGTT
65 TCATTTTAAA-TGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTAAATTTGAATTCTTTGTACATTTTTGGTT
* * *
549 AAAACAGATTATAATTGAATGTCCACCTCAAGCAACGTGAAGAAAAAGACATTTATTAGCAAGAA
129 AAAACAGATTATAATTGAATGTCAACCTCAAGAAACGTGAAGAAAAAGACATTCATTAGCAAGAA
* * * * *
614 AACTCCATTTATAGTCATTCATTTCTTCAAAAGCCCTATTACTCATTTTAAATGGTTTTTATAAG
194 AACTCCATTTATAGTCACTCA-TTCTTTAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAA-GGGTTTTATAA-
* * * * * * * * * *
679 TTCATAATTGAATTTAGGATGTATATTTTGA-TGTTGTTAGGTTTGGACAGATTATAATTGAATG
256 CTCATAATTGATTTTAAGTTGAAT-TTTTGACT-TTTTTA-GTTAGAAAATATT-TAATTGAATG
* * * * * * * *
743 T-TTGCCTTGAGAAACGTTAAGAAAAAGGTATTCCTTGCCAAGAAAGGTTCATTTATAGTCACCC
317 TCTAG-CTTAAGAAACGTGAAGAAAAATGTATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCC
* * * * *
807 ATTCCTTTAAAAGCCTTATTACTCACTTTCAATGGTTTTATAATCTCGAAA-TGATTTAAATTTG
381 ATTTCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTC-AAATTGATTTTAA-TTA
** * * * * * *
871 AATTCTTTACACATTTTTGGTTAAAATAGATTATAATTAAATGTCTAGCTTGAGAA-ATGTAA
444 AATT-TTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGAATATAATTGAATGTCTAGCCTGAAAACAAG-AA
* * * * *
933 AGAAAAGGCATTCATTGGCAAGAAAACTCTAATTATAGTCACTAATTCTTTCAAAAGCCTTTCTA
1 A-AAAAGGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACAAATTCATTCAAAAGCCTAT-TA
* * * *** * **
998 CTCATTTTAAATGATTTTTATAACCTCATAATTGATTTTAGGATGTATAT-TTTG-ATGTTTTTT
64 CTCATTTTAAATG--TTTTATAATCTCAAAATTGATTTAAATTTGAAT-TCTTTGTA-CATTTTT
** * ** ** * * * *
1061 GGTTTGAACAAATTATAATTGAATGTTTACCTTGAGTAATGTGAAGAAAAAGATATTCATTGGCA
125 GGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCAACCTCAAGAAACGTGAAGAAAAAGACATTCATTAGCA
** * * *
1126 AGAAAGGTCCA-TTATAGTCACGT-ACTCCTTTAAAAGCCTTATTAGTCACTTTAAATGGTTTTA
190 AGAAAACTCCATTTATAGTCAC-TCA-TTCTTTAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAAGGGTTTTA
* * *
1189 TAACTCAAAATTTATTTTAAGTTGAATTTTTTTTTTACATTTTTTA-TTA-AAACATAATTTAAT
253 TAACTCATAATTGATTTTAAGTTGAA----TTTTTGAC-TTTTTTAGTTAGAAA-AT-ATTTAAT
*
1252 TGAATGTCTAGCTTAAGAAACGTGAAGAAAAATGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGT
311 TGAATGTCTAGCTTAAGAAACGTGAAGAAAAATGTATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGT
* *
1317 CACCCATTTCTTCAAAAGCCTTATTACGCACTTTAAATTGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTA
376 CACCCATTTCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCA-AATTGATTTTA
* *
1382 AGTTAAAGTTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACATAATATAATTGAATGTTTAGCCTGACAAACAA
440 A-TTAAA-TTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGAATATAATTGAATGTCTAGCCTGA-AAACAA
1447 GAA
502 GAA
* * * * * ** ** *
1450 TAAAAAGGCTTTCATTGGGATGAGAAGTCCATTTATTTTCACCCATTACATT-AAAAGCCACATT
1 -AAAAAGGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACAAATT-CATTCAAAAGCC-TATT
* ** *
1514 ACTCATTTTAACTGCTTTTATAATCTCAAAATTGATTTAAATTTGAATTCTTTGCGCATTTTTTG
63 ACTCATTTTAAATG-TTTTATAATCTCAAAATTGATTTAAATTTGAATTCTTTGTACATTTTTGG
*** * * ** * *
1579 CCGAAACAGATTATAATTGAATGTCAACCTTAAGAAACGTGAGGAAAAAGGTATTCATTGGTAAG
127 TTAAAACAGATTATAATTGAATGTCAACCTCAAGAAACGTGAAGAAAAAGACATTCATTAGCAAG
* * * *
1644 AAAACTCTATTTATAATCACCCATTCTTTCAGAAGCCTTATTACTCACTTTAAAGGGTTTTATAA
192 AAAACTCCATTTATAGTCACTCATTCTTT-AAAAGCCTTATTACTCACTTTAAAGGGTTTTATAA
1709 TCTCATAATTGATTTTAAGTTGAACTTTTTGACTTTTTTAGTTAGAAAATATTGTAATTGAATGT
256 -CTCATAATTGATTTTAAGTTGAA-TTTTTGACTTTTTTAGTTAGAAAATATT-TAATTGAATGT
* * * * *
1774 CTATCTTAGGAAACCTGTAGAAAAATATATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCAT
318 CTAGCTTAAGAAACGTGAAGAAAAATGTATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCAT
** * * * **
1839 TTCTTCGGAAGCCTTATCACTCACTTTAAATGGCTTTATAATCTCAAAATCGATTTT-ATTTTAT
383 TTCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTC-AAATTGATTTTAATTAAAT
* ** *
1903 TTTTTT-CATTTTTGGCTGAAAAC-GGCTATAATTGAATGTCT-GCCTCATGAAACGAA-AA
447 TTTTTTACATTTTTGG-TTAAAACAGAATATAATTGAATGTCTAGCCTGA--AAAC-AAGAA
* * * *
1961 GAAAAAGGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCTATTTATAGCCACATATTCCTTCGAAAGCCTTATTA
1 -AAAAAGGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACAAATTCATTCAAAAGCC-TATTA
* * *
2026 CTCGTTTTAAATGATTTTATAATCTCAAAATTGATTTAAATTTGAATTATTTGTATATTTTTGGT
64 CTCATTTTAAATG-TTTTATAATCTCAAAATTGATTTAAATTTGAATTCTTTGTACATTTTTGGT
* * * * *
2091 TAAAATAGATTATAATTGAATGTCGACCTCAAGGAACGTGAAGAAAAAGGCATTTATTAGCAAGA
128 TAAAACAGATTATAATTGAATGTCAACCTCAAGAAACGTGAAGAAAAAGACATTCATTAGCAAGA
* * * * * **
2156 AAACACCATTTATTGTCACTCGTTCCTTTAAAAGCCTTATTATTCATTTTAAATAGTTTTATAAC
193 AAACTCCATTTATAGTCACTCATT-CTTTAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAAGGGTTTTATAAC
2221 TTCATAATTGATTTTA
257 -TCATAATTGATTTTA
2237 GGATGTATAT
Statistics
Matches: 1059, Mismatches: 205, Indels: 83
0.79 0.15 0.06
Matches are distributed among these distances:
510 9 0.01
511 248 0.23
512 19 0.02
513 19 0.02
514 27 0.03
515 336 0.32
516 262 0.25
517 110 0.10
518 29 0.03
ACGTcount: A:0.34, C:0.14, G:0.13, T:0.39
Consensus pattern (504 bp):
AAAAAGGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACAAATTCATTCAAAAGCCTATTACT
CATTTTAAATGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTAAATTTGAATTCTTTGTACATTTTTGGTTAA
AACAGATTATAATTGAATGTCAACCTCAAGAAACGTGAAGAAAAAGACATTCATTAGCAAGAAAA
CTCCATTTATAGTCACTCATTCTTTAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAAGGGTTTTATAACTCAT
AATTGATTTTAAGTTGAATTTTTGACTTTTTTAGTTAGAAAATATTTAATTGAATGTCTAGCTTA
AGAAACGTGAAGAAAAATGTATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTTCTTCAA
AAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCAAATTGATTTTAATTAAATTTTTTTACA
TTTTTGGTTAAAACAGAATATAATTGAATGTCTAGCCTGAAAACAAGAA
Found at i:4733 original size:171 final size:169
Alignment explanation
Indices: 4352--4782 Score: 407
Period size: 171 Copynumber: 2.5 Consensus size: 169
4342 AGAAAACTAT
* ** * *
4352 ATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTTATCC-ATTTCTTCGAAAGCCTTATTACTCACTTT
1 ATTCATTAGCAAGAAAACACCATTTATAGTCA-CCTATTCCTTCGAAAGCCTTATTACTCA-TTT
* * * * * * *
4416 AAATGGCTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAGTTGATTTTTTTTCATTTTTGGCTAAAAAAGGC
64 TAATGGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTAAAGTTAATTTTTGTACATTTTTGGCTAAAAAAGAC
* * * *
4481 TACAATTGAATGTCTGCCTTAAGAAACGAAAAGAAATAGGC
129 TACAATTCAATGTCTACCTCAAGAAACGAAAAGAAAAAGGC
* * ** * * * * *
4522 ATTCATTGGGAAGAAAAGTCTATTTATAGCCACATATTCCTTCGAAAGCTTTATTACTCGTTTTA
1 ATTCATTAGCAAGAAAACACCATTTATAGTCACCTATTCCTTCGAAAGCCTTATTACTCATTTTA
* * * * *
4587 ATGGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTAAATTTCAATTCTTTGTACATTTTTTGTTAAAATAGAT
66 ATGGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTAAAGTT-AATT-TTTGTACATTTTTGGCTAAAAAAGAC
* * * **
4652 TATAATTCAATGTTTACCTCAAGGAACGTGAAGAAAAAGGC
129 TACAATTCAATGTCTACCTCAAGAAACGAAAAGAAAAAGGC
* ** *
4693 AATT-ATTAGCACGAAAACACCATTTATAGTCACCTATTCCTTTAAAAGCCTTATTATTCATTTT
1 -ATTCATTAGCAAGAAAACACCATTTATAGTCACCTATTCCTTCGAAAGCCTTATTACTCATTTT
* * *
4757 AAATAGTTATTATAACCTCATAATTG
65 -AATGGTT-TTATAATCTCAAAATTG
4783 GTTTTAGGAT
Statistics
Matches: 210, Mismatches: 45, Indels: 9
0.80 0.17 0.03
Matches are distributed among these distances:
169 35 0.17
170 53 0.25
171 98 0.47
172 9 0.04
173 15 0.07
ACGTcount: A:0.35, C:0.15, G:0.12, T:0.38
Consensus pattern (169 bp):
ATTCATTAGCAAGAAAACACCATTTATAGTCACCTATTCCTTCGAAAGCCTTATTACTCATTTTA
ATGGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTAAAGTTAATTTTTGTACATTTTTGGCTAAAAAAGACTA
CAATTCAATGTCTACCTCAAGAAACGAAAAGAAAAAGGC
Found at i:6427 original size:174 final size:173
Alignment explanation
Indices: 5918--6674 Score: 830
Period size: 172 Copynumber: 4.4 Consensus size: 173
5908 NNNNNNNNTC
* * *
5918 ATTCCTTTAAAAGCCTTATTACTCACTTTCAATGGTTTTATAATCTCAAAA-TGATTTAAATTTG
1 ATTCCTTTAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAGTTG
* ** * * * * *
5982 AAT-TCTTCGTACAGTTTTGGTTAAAATATATCATAATTGAATGTCTAGCTTGAGAAATGTAAAG
66 AATATTTTTTTACATTTTTGATTAAAACATATTATAATTGAATGTCTAGCTTGAGAAATGTGAAG
* *
6046 -AAAAGGCATTCACTGGCAAGAAAACTCCAATTATAGTCA-CT
131 AAAAAGGCATTCACTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCT
* * * * * * *
6087 CATTCCTTTAAAAGCCTTATTACTCATTTTAAACGATTTTTATAACCTCATAATTGATTTTAGGA
1 -ATTCCTTTAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATG-GTTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAGT
* ** ** * ** * * * *
6152 TGTATATTTTGAT-GTTTTTTGGTTTCAACAGATTATAATTGAATGTTTACCTTGAGTAATGTGA
64 TGAATATTTTTTTACATTTTTGATTAAAACATATTATAATTGAATGTCTAGCTTGAGAAATGTGA
* ** *
6216 AGAAAAAGGTATTCTTTGGCAAGAAAGGTCCATTTATAGTCACCT
129 AGAAAAAGGCATTCACTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCT
* **
6261 ATTCCTTTAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTTAAAATTTCTTTTAAGTTG
1 ATTCCTTTAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAGTTG
* *
6326 AAATATTTTTTTACATTTTTCATTAAAACATATTATAATTGAATGTCTAGCTTGAGAAACGTGAA
66 -AATATTTTTTTACATTTTTGATTAAAACATATTATAATTGAATGTCTAGCTTGAGAAATGTGAA
* ** *
6391 GAAAAAGGCATTCATTGGCAAGAAAAGTGTATTTATAGTCACCC
130 GAAAAAGGCATTCACTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCT
* * * * *
6435 ATTTCTTCAAAAGCCCTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTC
1 ATTCCTTTAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAGTTG
* * * *
6500 AA-ATTTTTTTACATTTTT-AGTTAAAACATATTATAATTGAATGTTTAGCTCGACAAATATGAA
66 AATATTTTTTTACATTTTTGA-TTAAAACATATTATAATTGAATGTCTAGCTTGAGAAATGTGAA
* * *
6563 GAAAAAGGCATTCACTGACAAGAGAAGTCCATTTATATTCATCC-
130 GAAAAAGGCATTCACTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCA-CCT
* * ** * *
6607 ATTACTTTAAAAGGCACATTACTCACTTTAAATAGG-TTTATAATCTCAAAATTGATTTAAATTT
1 ATTCCTTTAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAAT-GGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAGTT
6671 GAAT
65 GAAT
6675 TCTNNNNNNN
Statistics
Matches: 486, Mismatches: 90, Indels: 19
0.82 0.15 0.03
Matches are distributed among these distances:
170 31 0.06
171 15 0.03
172 219 0.45
173 83 0.17
174 138 0.28
ACGTcount: A:0.35, C:0.13, G:0.12, T:0.39
Consensus pattern (173 bp):
ATTCCTTTAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAGTTG
AATATTTTTTTACATTTTTGATTAAAACATATTATAATTGAATGTCTAGCTTGAGAAATGTGAAG
AAAAAGGCATTCACTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCT
Found at i:6565 original size:346 final size:344
Alignment explanation
Indices: 5917--6677 Score: 915
Period size: 346 Copynumber: 2.2 Consensus size: 344
5907 NNNNNNNNNT
* *
5917 CATTCCTTTAAAAGCCTTATTACTCACTTTCAATGGTTTTATAATCTCAAAA-TGATTTAAATTT
1 CATTCCTTTAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTAAAGTT
** * *
5981 GAATTCTTCGTACAGTTTTGGTTAAAATATATCATAATTGAATGTCTAGCTTGAGAAATGTAAAG
66 GAATTCTTCGTACAGTTTTCATTAAAACATATCATAATTGAATGTCTAGCTTGAGAAACGTAAAG
* * *
6046 AAAAGGCATTCACTGGCAAGAAAACTCCAATTATAGTCACTCATTCCTTTAAAAGCCTTATTACT
131 AAAAGGCATTCACTGGCAAGAAAACTCCAATTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCCTATTACT
* * * * ** *
6111 CATTTTAAACGATTTTTATAACCTCATAATTGATTTTAGGATGTATATTTTGATGTTTTTTGGTT
196 CACTTTAAACGAGTTTTATAACCTCATAATTGATTTTAAGATGTAAATTTTGATCATTTTTAGTT
** * ** * * ** *
6176 TCAACAGATTATAATTGAATGTTTACCTTGAGTAATGTGAAGAAAAAGGTATTCTTTGGCAAGA-
261 AAAACAGATTATAATTGAATGTTTACCTCGACAAATATGAAGAAAAAGGCATTCACTGACAAGAG
6240 AAGGTCCATTTATAGTCA-C
326 AA-GTCCATTTATAGTCATC
* ** *
6259 CTATTCCTTTAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTTAAAATTTCTTTTAAGT
1 C-ATTCCTTTAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTAAAGT
* ** * * *
6324 TGAAATATTTTTTTACATTTTTCATTAAAACATATTATAATTGAATGTCTAGCTTGAGAAACGTG
65 TG-AAT-TCTTCGTACAGTTTTCATTAAAACATATCATAATTGAATGTCTAGCTTGAGAAACGTA
* * ** * *
6389 AAGAAAAAGGCATTCATTGGCAAGAAAAGTGTATTTATAGTCACCCATTTCTTCAAAAGCCCTAT
128 AAG-AAAAGGCATTCACTGGCAAGAAAACTCCAATTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCCTAT
* * **
6454 TACTCACTTTAAATG-GTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAG-T-TCAAATTTTTTTACATTT
192 TACTCACTTTAAACGAGTTTTATAACCTCATAATTGATTTTAAGATGT-AAATTTTGAT-CATTT
* *
6516 TTAGTTAAAACATATTATAATTGAATGTTTAGCTCGACAAATATGAAGAAAAAGGCATTCACTGA
255 TTAGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTACCTCGACAAATATGAAGAAAAAGGCATTCACTGA
*
6581 CAAGAGAAGTCCATTTATATTCATC
320 CAAGAGAAGTCCATTTATAGTCATC
* * ** *
6606 CATTACTTTAAAAGGCACATTACTCACTTTAAATAGG-TTTATAATCTCAAAATTGATTTAAATT
1 CATTCCTTTAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAAT-GGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTAAAGT
6670 TGAATTCT
65 TGAATTCT
6678 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 350, Mismatches: 59, Indels: 18
0.82 0.14 0.04
Matches are distributed among these distances:
342 1 0.00
343 49 0.14
344 12 0.03
345 14 0.04
346 203 0.58
347 71 0.20
ACGTcount: A:0.35, C:0.14, G:0.12, T:0.39
Consensus pattern (344 bp):
CATTCCTTTAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTAAAGTT
GAATTCTTCGTACAGTTTTCATTAAAACATATCATAATTGAATGTCTAGCTTGAGAAACGTAAAG
AAAAGGCATTCACTGGCAAGAAAACTCCAATTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCCTATTACT
CACTTTAAACGAGTTTTATAACCTCATAATTGATTTTAAGATGTAAATTTTGATCATTTTTAGTT
AAAACAGATTATAATTGAATGTTTACCTCGACAAATATGAAGAAAAAGGCATTCACTGACAAGAG
AAGTCCATTTATAGTCATC
Found at i:7229 original size:172 final size:171
Alignment explanation
Indices: 6735--7878 Score: 911
Period size: 172 Copynumber: 6.6 Consensus size: 171
6725 NNNNNNNNNN
* * * * * **
6735 CTTTAAAGGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAACTTTTTG-ACCTTGTTT-GTTCG
1 CTTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTAAATTTGAA-TTTTTGTACATT-TTTGGTTAA
* * * * * * * * *
6798 AATAGATTGTAATTGAATGTCTGCCT-TAGGAAACCT-ATAGAAAAAGGTATTAATTGGTAAGAA
64 AACAGATTATAATTGAATGTTTACCTCAAGG-AACATGA-AGAAAAAGGCATTCATTGGCAAGAA
* * * *
6861 AAGTCCATCTATAGTCATCCATTTCTTCAAAAGTCTTATTACTCA
127 AAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCA
* ** * * * * * *
6906 CTTTTAATGGCATTATAATCTCAAAGTTGATTTTAAGTTG-ATTTTTTTTCATTTTTGGCTAAAA
1 CTTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTAAATTTGAATTTTTGTACATTTTTGGTTAAAA
* ** * * * * **
6970 AAGGCTATAATTGAATGTCTT-CCTTAA-GAA-AAGAAAAGAAATAGGTATTCATTTTCAAGAAA
66 CAGATTATAATTGAATGT-TTACCTCAAGGAACATG--AAGAAAAAGGCATTCATTGGCAAGAAA
* * * *
7032 AGTCTATTTATAGCCACCTATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCG
128 AGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCA
* * *
7076 TTTTAAATGATTTTATAATCTCAAAATTGATTTAAATTTGAATTCTTTGTACATTTTTGGTTCAA
1 CTTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTAAATTTGAATT-TTTGTACATTTTTGGTTAAA
* * * * *
7141 ATAGATTATAATTGAATGTTTACCTCAAGGAACATGAAGAAAAAGGCATTGATTAGCAACAAAAC
65 ACAGATTATAATTGAATGTTTACCTCAAGGAACATGAAGAAAAAGGCATTCATTGGCAAGAAAAG
* * *
7206 TCTATTTATAGTCACCGATTCCTTCAAAAGCCTTATTATTCA
130 TCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCA
* * * * * *
7248 TTTTAAATGGTTTTTATAACCTCATAATTGATTTTAGGATCT-ATATTTTGATGT--GTTTTTGG
1 CTTTAAATGG-TTTTATAATCTCAAAATTGA-TTTA-AATTTGA-ATTTT--TGTACATTTTTGG
** * * * **
7310 TTTGAACAGATTAGAATTGAATGTTTA-C-CATGAGAA-ACGCAAGGAAAAAGATATTCATTGGC
60 TTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTACCTCAAG-GAACATG-AA-GAAAAAGGCATTCATTGGC
*
7372 AAGAAAAGTCCATTTATAGTCCCCCATTCCATT-AAAAGCCTTATTACTCA
122 AAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCC-TTCAAAAGCCTTATTACTCA
* * * * **
7422 CTTTAAATGATTTTATAATCTCAAATTTTACTTT-AAGTTGAATTTTTTGTTTACATTTTTCATT
1 CTTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAATTGA-TTTAAATTTGAA-TTTTTG--TACATTTTTGGTT
* * * * ** * * * *
7486 AAAACATATTATAATAGAATGTCTAGCTTGAGAAACGTAAACAAAAAGGCATTCATTGGCAAGAA
62 AAAACAGATTATAATTGAATGTTTACCTCAAGGAACATGAAGAAAAAGGCATTCATTGGCAAGAA
* * ** * *
7551 AAGTCCATATATAGTCACCAATTTTTTCAAAATCCTTATCACTCA
127 AAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCA
* * ** *
7596 CTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTCAAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAA
1 CTTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAATTGA-TTTAAATTTGAATTTTTGTACATTTTTGGTTAAA
* * * * ** * * * *
7661 ACATAATATAATTGAATGTTTAGCTCGACAAACAAGAACAAAAAGGCTTTCATTGGCAAGAGAAG
65 ACAGATTATAATTGAATGTTTACCTCAAGGAACATGAAGAAAAAGGCATTCATTGGCAAGAAAAG
* * **
7726 TCCATTTATATTCACCCATTACATT-AAAAGCCACATTACTCA
130 TCCATTTATAGTCACCCATT-CCTTCAAAAGCCTTATTACTCA
* *
7768 CTTTAAATGCTTTTATAATCTCAAAATTGATTTAAATTTGAATTCTTTGTGCATTTGTT-GTTAA
1 CTTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTAAATTTGAATT-TTTGTACATTT-TTGGTTAA
** *
7832 AACAGATTATAATTGAATGTCAACCTCAAGAAACATGAAGAAAAAGG
64 AACAGATTATAATTGAATGTTTACCTCAAGGAACATGAAGAAAAAGG
7879 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 771, Mismatches: 166, Indels: 71
0.76 0.16 0.07
Matches are distributed among these distances:
169 10 0.01
170 117 0.15
171 56 0.07
172 296 0.38
173 52 0.07
174 219 0.28
175 17 0.02
176 4 0.01
ACGTcount: A:0.35, C:0.14, G:0.13, T:0.38
Consensus pattern (171 bp):
CTTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTAAATTTGAATTTTTGTACATTTTTGGTTAAAA
CAGATTATAATTGAATGTTTACCTCAAGGAACATGAAGAAAAAGGCATTCATTGGCAAGAAAAGT
CCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCA
Found at i:7412 original size:346 final size:343
Alignment explanation
Indices: 6735--7878 Score: 1017
Period size: 346 Copynumber: 3.3 Consensus size: 343
6725 NNNNNNNNNN
* * * * * * **
6735 CTTTAAAGGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAACTT-TTTG-ACCTTGTTTGTTCG
1 CTTTAAATGATTTTATAATCTCAAAATTGATTTAAATTTGAA-TTCTTTGTACATT-TTTGTTAA
* * * * * * * * * * *
6798 AATAGATTGTAATTGAATGTCTGCCTTAGGAAACCT-ATAGAAAAAGGTATTAATTGGTAAGAAA
64 AACAGATTATAATTGAATGTCTACCTCAAGAAACATGA-AGAAAAAGGCATTCATTAGCAACAAA
* * * * * * ** *
6862 AGTCCATCTATAGTCATCC-ATTTCTTCAAAAGTCTTATTACTCACTTTTAATGGCATTATAATC
128 ACTCCATATATAGTCA-CCAATTCCTTCAAAAGCCTTATCACTCACTTTAAATGGTTTTATAACC
** ** * * * ** *
6926 TCA-AAGTTGATTTTAAG-T-TGATTTTTTTTCATTTTTGGCTAAAAAAGGCTATAATTGAATGT
192 TCATAA-TTGATTTTAAGATCAAATTTTGATACATTTTTGGTTAAAACAGAATAGAATTGAATGT
* * * * * ** *
6988 CTT-CCTTAAGA-AAAGAAAAGAAATAGG-TATTCATTTTCAAGAAAAGTCTATTTATAG-CCAC
256 -TTACC-T-CGACAAACAAGACAAAAAGGATATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCC-C
* *
7049 CTATTCC-TTCAAAAGCCTTATTACTCG
317 CCATTCCATT-AAAAGCCTTATTACTCA
* *
7076 TTTTAAATGATTTTATAATCTCAAAATTGATTTAAATTTGAATTCTTTGTACATTTTTGGTTCAA
1 CTTTAAATGATTTTATAATCTCAAAATTGATTTAAATTTGAATTCTTTGTACATTTTT-GTTAAA
* * * *
7141 ATAGATTATAATTGAATGTTTACCTCAAGGAACATGAAGAAAAAGGCATTGATTAGCAACAAAAC
65 ACAGATTATAATTGAATGTCTACCTCAAGAAACATGAAGAAAAAGGCATTCATTAGCAACAAAAC
* * * * * *
7206 TCTATTTATAGTCACCGATTCCTTCAAAAGCCTTATTATTCATTTTAAATGGTTTTTATAACCTC
130 TCCATATATAGTCACCAATTCCTTCAAAAGCCTTATCACTCACTTTAAATGG-TTTTATAACCTC
* * *** ** *
7271 ATAATTGATTTTAGGATCTATATTTTGATGTGTTTTTGGTTTGAACAGATTAGAATTGAATGTTT
194 ATAATTGATTTTAAGATC-AAATTTTGATACATTTTTGGTTAAAACAGAATAGAATTGAATGTTT
* *
7336 ACCAT-GAGAAACGCAAG-GAAAAA-GATATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCCCCCA
258 ACC-TCGACAAA--CAAGACAAAAAGGATATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCCCCCA
7398 TTCCATTAAAAGCCTTATTACTCA
320 TTCCATTAAAAGCCTTATTACTCA
* * * * *
7422 CTTTAAATGATTTTATAATCTCAAATTTTACTTT-AAGTTGAATTTTTTGTTTACATTTTTCATT
1 CTTTAAATGATTTTATAATCTCAAAATTGA-TTTAAATTTGAATTCTTTG--TACATTTTT-GTT
* * * ** * * * * *
7486 AAAACATATTATAATAGAATGTCTAGCTTGAGAAACGTAAACAAAAAGGCATTCATTGGCAAGAA
62 AAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTCAAGAAACATGAAGAAAAAGGCATTCATTAGCAACAA
* ** * *
7551 AAGTCCATATATAGTCACCAATTTTTTCAAAATCCTTATCACTCACTTTAAATGGTTTTATAATC
127 AACTCCATATATAGTCACCAATTCCTTCAAAAGCCTTATCACTCACTTTAAATGGTTTTATAACC
* ** * *
7616 TCATAATTGATTTTAAGTTCAAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACATAATATAATTGAATGTT
192 TCATAATTGATTTTAAGATCAAATTTTGATACATTTTTGGTTAAAACAGAATAGAATTGAATGTT
* * * * *
7681 TAGCTCGACAAACAAGAACAAAAAGGCT-TTCATTGGCAAGAGAAGTCCATTTATATTCACCCAT
257 TACCTCGACAAACAAG-ACAAAAAGGATATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCCCCCAT
* **
7745 TACATTAAAAGCCACATTACTCA
321 TCCATTAAAAGCCTTATTACTCA
* *
7768 CTTTAAATGCTTTTATAATCTCAAAATTGATTTAAATTTGAATTCTTTGTGCATTTGTTGTTAAA
1 CTTTAAATGATTTTATAATCTCAAAATTGATTTAAATTTGAATTCTTTGTACATTT-TTGTTAAA
*
7833 ACAGATTATAATTGAATGTCAACCTCAAGAAACATGAAGAAAAAGG
65 ACAGATTATAATTGAATGTCTACCTCAAGAAACATGAAGAAAAAGG
7879 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 650, Mismatches: 127, Indels: 49
0.79 0.15 0.06
Matches are distributed among these distances:
340 2 0.00
341 45 0.07
342 101 0.16
343 21 0.03
344 57 0.09
345 12 0.02
346 268 0.41
347 38 0.06
348 106 0.16
ACGTcount: A:0.35, C:0.14, G:0.13, T:0.38
Consensus pattern (343 bp):
CTTTAAATGATTTTATAATCTCAAAATTGATTTAAATTTGAATTCTTTGTACATTTTTGTTAAAA
CAGATTATAATTGAATGTCTACCTCAAGAAACATGAAGAAAAAGGCATTCATTAGCAACAAAACT
CCATATATAGTCACCAATTCCTTCAAAAGCCTTATCACTCACTTTAAATGGTTTTATAACCTCAT
AATTGATTTTAAGATCAAATTTTGATACATTTTTGGTTAAAACAGAATAGAATTGAATGTTTACC
TCGACAAACAAGACAAAAAGGATATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCCCCCATTCCAT
TAAAAGCCTTATTACTCA
Done.