Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: NW_018397900.1 Herrania umbratica cultivar Fairchild unplaced genomic scaffold, ASM216827v2 scaffold_1205.0, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
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Warning! 1806 characters in sequence are not A, C, G, or T
Found at i:1744 original size:171 final size:171
Alignment explanation
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1051 NNNNNNNNNN
* * * * * *
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* * *
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131 ATAAATGGGCTTTTCTTGCCAATGAA-TGAGTTTTTCTTC-AT
* * * * ** * *
1233 -TTT-T-GAGGTAAACTTTCAATTATAATCTGTTTTAACAAAAAATACAAAAATATTAAACTTAA
1 GTTTCTCAAGGCAAACATTCAATTATAATCTGTTTTAACTAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAA
* * * * * *
1295 AATTAATTTTGAGGTTATAAAACCATTTACAA-AGAGAAATAAGGCTTTTGAAGGTTTAGATGAC
66 AATCAATTTTGAGGTTATAAAACCATTTA-AAGAGAGTAATAAGGCTTTTAAAGGCTTGGGTGAC
* * * *
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* * ** * * * * *
1401 ATTTCTTGAGAAAAATACTCAATTACAATCTGTTTCAATTATAATTTATTTTAACCAAAATTATA
1 GTTTC-T------CA-AGGCAA--AC-A-----TTCAATTATAATCTGTTTTAACTAAAAATGTA
* * ** * **
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50 AAAAA-ATTCAACTTAAAATCAATTTTGAGGTTATAAAACCATTTAAAGAGAGTAATAAGGCTTT
* * * ** * *
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114 TAAAGGCT-TGGGTGACTATAAATGGGCTTTTCTTGCCAATGAATGAGTTTTTCTTCAT
*
1589 GTTTCTCAAGGAAAACATTCAATTATAATCT-TCTTTAACTAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTA
1 GTTTCTCAAGGCAAACATTCAATTATAATCTGT-TTTAACTAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTA
* * *
1653 AAATCAATTTTGAGGTTATAAAACCATTTAAAGGGAGTAATAAGGTTTTTAAAGGCTTTGGTGAC
65 AAATCAATTTTGAGGTTATAAAACCATTTAAAGAGAGTAATAAGGCTTTTAAAGGCTTGGGTGAC
* * * * * *
1718 AATAAATGGGCTTCTCATGCCAATGAATGTGTTTATATTCAT
130 TATAAATGGGCTTTTCTTGCCAATGAATGAGTTTTTCTTCAT
* * * * * *
1760 GTTTCCCAATGCAAACATTTAATTACAATCTGTTATAACTAAAAATGT-AAAAAATT-AATCTCA
1 GTTTCTCAAGGCAAACATTCAATTATAATCTGTTTTAACTAAAAATGTAAAAAAATTCAA-CTTA
* * ** * *
1823 AAATCAATTATGAGGTTATAAAACCATTTAAAGAGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCTAAGATAAC
65 AAATCAATTTTGAGGTTATAAAACCATTTAAAGAGAGTAATAAGGCTTTTAAAGGCTTGGGTGAC
**
1888 TATAAATGGGCTTTTCTTGTTAATGAAT-AGGTTTTTCTTCAT
130 TATAAATGGGCTTTTCTTGCCAATGAATGA-GTTTTTCTTCAT
* * * *
1930 GTTTCCCAAGGTC-AACATTTAATTACAATCTGTTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTT
1 GTTTCTCAAGG-CAAACATTCAATTATAATCTG-TTTTAACTAAAAATGTAAAAAAATTCAACTT
* * * *
1994 AAAATCAATTTTGAGGTTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAAG-TTTTCAAAAGCTTAGGTG
64 AAAATCAATTTTGAGGTTATAAAACCATTTAAAGAGAGTAATAAGGCTTTT-AAAGGCTTGGGTG
* * * *
2058 ACTATAAATAGGCTTTTCTTGGCAATGAATTG-CTCTTTCTTCAT
128 ACTATAAATGGGCTTTTCTTGCCAATGAA-TGAGTTTTTCTTCAT
* * *
2102 GTTTCTCAAGGTAAACATTCAATTATAATCTGTTTTAACTAAAAATGTAACAAAATTAAACTTAA
1 GTTTCTCAAGGCAAACATTCAATTATAATCTGTTTTAACTAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAA
* *
2167 AATCAATTTTGAGGTTATAAAACTATTTAAAGAGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCTTGGGTGACT
66 AATCAATTTTGAGGTTATAAAACCATTTAAAGAGAGTAATAAGGCTTTTAAAGGCTTGGGTGACT
2232 ATAAATGGGCTTTTCTTGCCAATGAATTG-GTTTTT-TTCAT
131 ATAAATGGGCTTTTCTTGCCAATGAA-TGAGTTTTTCTTCAT
* ** * * *
2272 -TTTTTTGAGGTAAACTTTCAATTATAATCTGTTTTAA-TAAAAAATG-AAAAAATATTAAACTT
1 GTTTCTCAAGGCAAACATTCAATTATAATCTGTTTTAACT-AAAAATGTAAAAAA-ATTCAACTT
* * * * *
2334 AAAATCAATGTTGAGGTTATAAAACGATTTAAAGAGAGAAATAAGGCTTTTGAAGGTTTGGGTGA
64 AAAATCAATTTTGAGGTTATAAAACCATTTAAAGAGAGTAATAAGGCTTTTAAAGGCTTGGGTGA
* * *
2399 CTATACATGGGCTTCTCTTGCCAATGAAT-ATGTTTTTATTCAT
129 CTATAAATGGGCTTTTCTTGCCAATGAATGA-GTTTTTCTTCAT
* * * *
2442 GTTTCTTAAGGAAAATATTCAATTAGAATCTATTTCAATTGTAATCTATTTTAACTAAAAATATA
1 GTTTCTCAAGG--------C----A-AA-C-A-TTCAATTATAATCTGTTTTAACTAAAAATGTA
* * * ** ********* *
2507 AAAAACATTTAACTTAAAATCAATTATGAGTTTGCAAAACCATTNNNNNNNNNNT-GTAAGGCTT
50 AAAAA-ATTCAACTTAAAATCAATTTTGAGGTTATAAAACCATT-TAAAGAGAGTAATAAGGCTT
* ** * **** *
2571 TTGAAGGAATGGGTGACTATAATTCAATTTTTCTTGCCAATGAATGACTTTTTCTTCAT
113 TTAAAGGCTTGGGTGACTATAAATGGGCTTTTCTTGCCAATGAATGAGTTTTTCTTCAT
* * * ****
2630 CTTTC-CTAAGGCAAACATTCAATTATAAACT-TCTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCANNNN
1 GTTTCTC-AAGGCAAACATTCAATTATAATCTGT-TTTAACTAAAAATGTAAAAAAATTCAACTT
****** * * * * *
2693 NNNNNNAATTTTGAGGTTATAAAACCATTTAAAGGGATTAATAAAGTTTTTGAAGGCTTGGGTGA
64 AAAATCAATTTTGAGGTTATAAAACCATTTAAAGAGAGTAATAAGGCTTTTAAAGGCTTGGGTGA
* ** ** *
2758 CTATAATTGGGCTTCCCATT-CCAATGAATGTCTTTTTATTCAT
129 CTATAAATGGGCTTTTC-TTGCCAATGAATGAGTTTTTCTTCAT
* * * * * *
2801 ATTT-TCCAAGGCAAACATTCAATTACAATCTATTTTAACTAAAAATGTAAAACAATTCATCTTG
1 GTTTCT-CAAGGCAAACATTCAATTATAATCTGTTTTAACTAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTA
* * * * * *
2865 AAATCAATTATGAGGTTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGACTTTCAAAGGCTCGGATGAC
65 AAATCAATTTTGAGGTTATAAAACCATTTAAAGAGAGTAATAAGGCTTTTAAAGGCTTGGGTGAC
* * *
2930 TATAAATGGGCTTTTCTTGTCAATGAATGGGTTTTTCTTCAC
130 TATAAATGGGCTTTTCTTGCCAATGAATGAGTTTTTCTTCAT
* * * *
2972 GTTTCTCGAGGCAAACATTCAATTAAAATCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAN
1 GTTTCTCAAGGCAAACATTCAATTATAATCTGTTTTAACTAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAA
********* * *
3037 NNNNNNNNNTGAGGTTATAAAACCATTTAAAGCA-AGTAATAAGGCTTATGAAGG-TGTGGGTGA
66 AATCAATTTTGAGGTTATAAAACCATTTAAAG-AGAGTAATAAGGCTTTTAAAGGCT-TGGGTGA
* * * * *
3100 CTATAAATAGGCTTTACTTGCCACTAAATTG-GTTTTTCCTCAT
129 CTATAAATGGGCTTTTCTTGCCAATGAA-TGAGTTTTTCTTCAT
3143 GTTT
1 GTTT
3147 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 1536, Mismatches: 300, Indels: 157
0.77 0.15 0.08
Matches are distributed among these distances:
168 11 0.01
169 278 0.18
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178 2 0.00
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181 3 0.00
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189 1 0.00
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GTTTCTCAAGGCAAACATTCAATTATAATCTGTTTTAACTAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAA
AATCAATTTTGAGGTTATAAAACCATTTAAAGAGAGTAATAAGGCTTTTAAAGGCTTGGGTGACT
ATAAATGGGCTTTTCTTGCCAATGAATGAGTTTTTCTTCAT
Found at i:2480 original size:16 final size:16
Alignment explanation
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2449 AAGGAAAATA
2459 TTCAATTAG-AATCTAT
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2475 TTCAATTGTAATCTAT
1 TTCAATTGTAATCTAT
2491 TT
1 TT
2493 TAACTAAAAA
Statistics
Matches: 17, Mismatches: 0, Indels: 2
0.89 0.00 0.11
Matches are distributed among these distances:
15 1 0.06
16 16 0.94
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Consensus pattern (16 bp):
TTCAATTGTAATCTAT
Found at i:2676 original size:528 final size:527
Alignment explanation
Indices: 1061--2998 Score: 2029
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1051 NNNNNNNNNN
* * * * * *
1061 GTTTCTCAAGGGAAACATTCAATTAT-AATTTGTTTTAACCAAAAATGTAATAAAATTGAAGTTA
1 GTTTCTCAAGGAAAACATTCAATTATAAACTT-CTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTA
* *
1125 AAATCAATTTTGAGGTTGTAAAACCATTGAAAGAGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCTTGGGTGAC
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* * ** *
1190 TATAAATGGGCTTTTCTTGCCAATGAAT-TGATTTTTCTTCA-ATTTT-TGAGGTAAACTTTCAA
130 TATAAATGGGCTTCTCTTGCCAATGAATGTG-TTTTTATTCATATTTTCCAAGGCAAACTTTCAA
* * * *
1252 TTATAATCTGTTTTAACAAAAAAT-ACAAAAATATTAAACTTAAAATTAATTTTGAGGTTATAAA
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** * * * *
1316 ACCATTTACAA-AGAGAAATAAGGCTTTTGAAGGTTTAGATGACTATACATGGGGTTCTTTTGCC
257 ACCATTTA-AAGAGAGAAATAAGGCTTTCAAAGGCTTAGATGACTATAAATGGGCTTCTCTTGCC
* ** * * *
1380 AATGAAT-GTGTTTTTATTCATATTTCTTGAGAAAAATACTCAATTACAATCTGTTTCAATTATA
321 AATGAATAG-GTTTTTATTCATGTTTCTCAAGGAAAATATTCAATTA-AATCTATTTCAATTATA
* *
1444 ATTTATTTTAACCAAAATTATAAAAAACATTCAACTTAAAATCAATTATGAGTTTGCAAAACCAT
384 ATCTATTTTAACCAAAAATATAAAAAACATTCAACTTAAAATCAATTATGAGTTTGCAAAACCAT
* ** * * * *
1509 TTAAAGTGAGTTTTAAGGCTTTTAAACGTATGGGTGACTATAATTAGATTTTTCTTGTCAATGAA
449 TAAAAGCAAG-TATAAGGCTTTTAAAAGAATGGGTGACTATAATTAGATTTTTCTTGCCAATGAA
1574 TGACTTTTTCTTCAT
513 TGACTTTTTCTTCAT
* *
1589 GTTTCTCAAGGAAAACATTCAATTATAATCTTCTTTAACTAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAA
1 GTTTCTCAAGGAAAACATTCAATTATAAACTTCTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAA
* * * * *
1654 AATCAATTTTGAGGTTATAAAACCATTTAAAGGGAGTAATAAGGTTTTTAAAGGCTTTGGTGACA
66 AATCAATTTTGAGGTTATAAAACCATTTAAAGAGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCTTGGGTGACT
* * * * *
1719 ATAAATGGGCTTCTCATGCCAATGAATGTGTTTATATTCATGTTTCCCAATGCAAACATTT-AAT
131 ATAAATGGGCTTCTCTTGCCAATGAATGTGTTTTTATTCATATTTTCCAAGGCAAAC-TTTCAAT
* * * *
1783 TACAATCTGTTATAACTAAAAATGTAAAAAATTAATCTCAAAATCAATTATGAGGTTATAAAACC
195 TACAATCTGTTTTAACTAAAAATGAAAAAAATTAAACTTAAAATCAATTATGAGGTTATAAAACC
* * * * **
1848 ATTTAAAGAGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCTAAGATAACTATAAATGGGCTTTTCTTGTTAATG
260 ATTTAAAGAGAGAAATAAGGCTTTCAAAGGCTTAGATGACTATAAATGGGCTTCTCTTGCCAATG
* * * *
1913 AATAGGTTTTTCTTCATGTTTCCCAAGG-------TC-----AA-C-ATTT-AATTACAATCTGT
325 AATAGGTTTTTATTCATGTTTCTCAAGGAAAATATTCAATTAAATCTATTTCAATTATAATCT-A
* * * ** *
1963 TTTTAACCAAAAATGTAAAAAA-ATTCAACTTAAAATCAATTTTGAGGTTATAAAACCATTTAAA
389 TTTTAACCAAAAATATAAAAAACATTCAACTTAAAATCAATTATGAGTTTGCAAAACCATTAAAA
* * ** * * ** *
2027 GCGAGTAATAAAG-TTTTCAAAAGCTTAGGTGACTATAAATAGGCTTTTCTTGGCAATGAATTG-
454 GCAAGT-ATAAGGCTTTT-AAAAGAATGGGTGACTATAATTAGATTTTTCTTGCCAATGAA-TGA
*
2090 CTCTTTCTTCAT
516 CTTTTTCTTCAT
* * * * *
2102 GTTTCTCAAGGTAAACATTCAATTATAATCTGT-TTTAACTAAAAATGTAACAAAATTAAACTTA
1 GTTTCTCAAGGAAAACATTCAATTATAAACT-TCTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTA
*
2166 AAATCAATTTTGAGGTTATAAAACTATTTAAAGAGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCTTGGGTGAC
65 AAATCAATTTTGAGGTTATAAAACCATTTAAAGAGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCTTGGGTGAC
* *** *
2231 TATAAATGGGCTTTTCTTGCCAATGAAT-TGGTTTTT-TTCAT-TTTTTTGAGGTAAACTTTCAA
130 TATAAATGGGCTTCTCTTGCCAATGAATGT-GTTTTTATTCATATTTTCCAAGGCAAACTTTCAA
*
2293 TTATAATCTGTTTTAA-TAAAAAATGAAAAAATATTAAACTTAAAATCAATGT-TGAGGTTATAA
194 TTACAATCTGTTTTAACT-AAAAATGAAAAAA-ATTAAACTTAAAATCAAT-TATGAGGTTATAA
* ** * * * *
2356 AACGATTTAAAGAGAGAAATAAGGCTTTTGAAGGTTTGGGTGACTATACATGGGCTTCTCTTGCC
256 AACCATTTAAAGAGAGAAATAAGGCTTTCAAAGGCTTAGATGACTATAAATGGGCTTCTCTTGCC
* * *
2421 AATGAATATGTTTTTATTCATGTTTCTTAAGGAAAATATTCAATTAGAATCTATTTCAATTGTAA
321 AATGAATAGGTTTTTATTCATGTTTCTCAAGGAAAATATTCAATTA-AATCTATTTCAATTATAA
* *
2486 TCTATTTTAACTAAAAATATAAAAAACATTTAACTTAAAATCAATTATGAGTTTGCAAAACCATT
385 TCTATTTTAACCAAAAATATAAAAAACATTCAACTTAAAATCAATTATGAGTTTGCAAAACCATT
********* * * *
2551 NNNNNNNNNNTGTAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAATTCA-ATTTTTCTTGCCAATGAA
450 -AAAAGCAAGTATAAGGCTTTTAAAAGAATGGGTGACTATAATT-AGATTTTTCTTGCCAATGAA
2615 TGACTTTTTCTTCAT
513 TGACTTTTTCTTCAT
* * *****
2630 CTTTC-CTAAGGCAAACATTCAATTATAAACTTCTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCANNNNN
1 GTTTCTC-AAGGAAAACATTCAATTATAAACTTCTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTA
***** * * * *
2694 NNNNNAATTTTGAGGTTATAAAACCATTTAAAGGGATTAATAAAGTTTTTGAAGGCTTGGGTGAC
65 AAATCAATTTTGAGGTTATAAAACCATTTAAAGAGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCTTGGGTGAC
* * * *
2759 TATAATTGGGCTTCCCATT-CCAATGAATGTCTTTTTATTCATATTTTCCAAGGCAAACATTCAA
130 TATAAATGGGCTTCTC-TTGCCAATGAATGTGTTTTTATTCATATTTTCCAAGGCAAACTTTCAA
* * * * *
2823 TTACAATCTATTTTAACTAAAAATGTAAAACAATTCATCTTGAAATCAATTATGAGGTTATAAAA
194 TTACAATCTGTTTTAACTAAAAATG-AAAAAAATTAAACTTAAAATCAATTATGAGGTTATAAAA
* * * ** * *
2888 CCATTTAAAGCGAGTAATAAGACTTTCAAAGGCTCGGATGACTATAAATGGGCTTTTCTTGTCAA
258 CCATTTAAAGAGAGAAATAAGGCTTTCAAAGGCTTAGATGACTATAAATGGGCTTCTCTTGCCAA
* * * * * *
2953 TGAATGGGTTTTTCTTCACGTTTCTCGAGGCAAACATTCAATTAAA
323 TGAATAGGTTTTTATTCATGTTTCTCAAGGAAAATATTCAATTAAA
2999 ATCTGTTTTA
Statistics
Matches: 1162, Mismatches: 200, Indels: 95
0.80 0.14 0.07
Matches are distributed among these distances:
510 4 0.00
511 37 0.03
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514 26 0.02
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519 2 0.00
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530 189 0.16
531 9 0.01
ACGTcount: A:0.37, C:0.12, G:0.14, T:0.36
Consensus pattern (527 bp):
GTTTCTCAAGGAAAACATTCAATTATAAACTTCTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAA
AATCAATTTTGAGGTTATAAAACCATTTAAAGAGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCTTGGGTGACT
ATAAATGGGCTTCTCTTGCCAATGAATGTGTTTTTATTCATATTTTCCAAGGCAAACTTTCAATT
ACAATCTGTTTTAACTAAAAATGAAAAAAATTAAACTTAAAATCAATTATGAGGTTATAAAACCA
TTTAAAGAGAGAAATAAGGCTTTCAAAGGCTTAGATGACTATAAATGGGCTTCTCTTGCCAATGA
ATAGGTTTTTATTCATGTTTCTCAAGGAAAATATTCAATTAAATCTATTTCAATTATAATCTATT
TTAACCAAAAATATAAAAAACATTCAACTTAAAATCAATTATGAGTTTGCAAAACCATTAAAAGC
AAGTATAAGGCTTTTAAAAGAATGGGTGACTATAATTAGATTTTTCTTGCCAATGAATGACTTTT
TCTTCAT
Found at i:2839 original size:870 final size:862
Alignment explanation
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Period size: 870 Copynumber: 2.4 Consensus size: 862
1052 NNNNNNNNNG
* * * * * * *
1062 TTTCTCAAGGGAAACATTCAATTATAATTTGTTTTAACCAAAAATGTAATAAAATTGAAGTTAAA
1 TTTC-CAAGGCAAACATTCAATTACAATCTATTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAA
* * * * * * *
1127 ATCAATTTTGAGGTTGTAAAACCATTGAAAGAGAGTAATAAGGCTTTT-GAAGGCTTGGGTGACT
65 ATCAATTTTGAGGTTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAAGATTTTCAAAGGCTTAGGTGACT
*
1191 ATAAATGGGCTTTTCTTGCCAATGAATTGATTTTTCTTCAAT-TTT-T-GAGGTAAACTTTCAAT
130 ATAAATGGGCTTTTCTTGCCAATGAATTGATTTTTCTTC-ATGTTTCTCGAGGTAAACATTCAAT
** *
1253 TATAATCTGTTTTAACAAAAAATACAAAAATATTAAACTTAAAATTAATTTTGAGGTTATAAAAC
194 TATAATCTGTTTTAACAAAAAATGTAAAAA-ATTAAACTTAAAATCAATTTTGAGGTTATAAAAC
* * * * *
1318 CATTTACAA-AGAGAAATAAGGCTTTTGAAGGTTTAGATGACTATACATGGGGTTCTT-TTGCCA
258 CATTTA-AAGAGAGTAATAAGGCTTTTGAAGG-TTGGGTGACTATAAATGGGCTT-TTCTTGCCA
1381 ATGAA-TGTGTTTTTATTCATATTTCTTGAGAAAAATACTCAATTACAATCTGTTTCAATTATAA
320 ATGAATTG-GTTTTTATTCATATTTCTTGAGAAAAATACTCAATTACAATCTG-TT--ATTATAA
* * * *
1445 TTTATTTTAACCAAAATTATAAAAAACATTCAACTTAAAATCAATTATGAGTTTGCAAAACCATT
381 --TA--TTAA-CAAAATTAGAAAAAACATTAAACTTAAAATCAATTATGAGGTTACAAAACCATT
* *** * * *
1510 TAAAGTGAGTTTTAAGGCTTTTAAACGTATGGGTGACTATAATTAGATTTTTCTTGTCAATGAAT
441 TAAAGAGAGAAATAAGGCTTTTAAACGTATGGGTGACTATAATTAGACTTCTCTTGCCAATGAAT
* *
1575 GACTTTTTCTTCATGTTTCTCAAGGAAAACATTCAATTATAATCTTCTTTAACTAAAAATGTAAA
506 GACTTTTTATTCATGTTTCTCAAGGAAAACATTCAATTATAATCTTCTTTAACTAAAAATATAAA
* * *
1640 AAAATTCAACTTAAAATCAATTTTGAGGTTATAAAACCATTTAAAGGGAGTAATAAGGTTTTTAA
571 AAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGGTTACAAAACCATTTAAAGGGAGTAATAAGGCTTTTAA
** * *** ** * *
1705 AGGCTTTGGTGACAATAAATGGGCTTCTCATGCCAATGAATGTGTTTATATTCATGTTTCCCAAT
636 AGGAATGGGTGACAATAAATCAACTTCTCATGCCAATGAATGACTTTATATTCATCTTTCCCAAG
* * *
1770 GCAAACATTTAATTACAATCTGTTATAACTAAAAATGTAAAAAATTAATCTCAAAATCAATTATG
701 GCAAACATTCAATTACAAACTGTTATAACCAAAAATGTAAAAAATTAATCTCAAAATCAATTATG
*
1835 AGGTTATAAAACCATTTAAAGAGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCTAAGATAACTATAAATGGGCT
766 AGGTTATAAAACCATTTAAAGAGAGTAATAAAGCTTTCAAAGGCTAAGATAACTATAAATGGGCT
** ** * * *
1900 TTTCTTGTTAATGAATAGGTTTTTCTTCATGT
831 TCCCTTGCCAATGAATAGCTTTTTATTCATAT
* * *
1932 TTCCCAAGGTC-AACATTTAATTACAATCTGTTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAA
1 TTTCCAAGG-CAAACATTCAATTACAATCT-ATTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAA
*
1996 AATCAATTTTGAGGTTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAAG-TTTTCAAAAGCTTAGGTGAC
64 AATCAATTTTGAGGTTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAAGATTTTCAAAGGCTTAGGTGAC
* * * * *
2060 TATAAATAGGCTTTTCTTGGCAATGAATTGCTCTTTCTTCATGTTTCTCAAGGTAAACATTCAAT
129 TATAAATGGGCTTTTCTTGCCAATGAATTGATTTTTCTTCATGTTTCTCGAGGTAAACATTCAAT
*
2125 TATAATCTGTTTTAACTAAAAATGTAACAAAATTAAACTTAAAATCAATTTTGAGGTTATAAAAC
194 TATAATCTGTTTTAACAAAAAATGTAA-AAAATTAAACTTAAAATCAATTTTGAGGTTATAAAAC
*
2190 TATTTAAAGAGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCTTGGGTGACTATAAATGGGCTTTTCTTGCCAAT
258 CATTTAAAGAGAGTAATAAGGCTTTTGAAGG-TTGGGTGACTATAAATGGGCTTTTCTTGCCAAT
* * * * *
2255 GAATTGGTTTTT-TTCAT-TTTTTTGAGGTAAACT-TTCAATTATAATCTG-T-TT-T-A-A-TA
322 GAATTGGTTTTTATTCATATTTCTTGA-GAAAAATACTCAATTACAATCTGTTATTATAATATTA
* * *
2311 A-AAAA-T-GAAAAAATATTAAACTTAAAATCAATGT-TGAGGTTATAAAACGATTTAAAGAGAG
386 ACAAAATTAGAAAAAACATTAAACTTAAAATCAAT-TATGAGGTTACAAAACCATTTAAAGAGAG
* * * * * *
2372 AAATAAGGCTTTTGAAGGTTTGGGTGACTATACA-TGGGCTTCTCTTGCCAATGAAT-ATGTTTT
450 AAATAAGGCTTTTAAACGTATGGGTGACTATA-ATTAGACTTCTCTTGCCAATGAATGA-CTTTT
* * *
2435 TATTCATGTTTCTTAAGGAAAATATTCAATTAGAATCTATTTCAATTGTAATCTATTTTAACTAA
513 TATTCATGTTTCTCAAGG-AAA-A--C-ATT-CAAT-TA--T-AA-TCT--TC---TTTAACTAA
* * * ********* *
2500 AAATATAAAAAACATTTAACTTAAAATCAATTATGAGTTTGCAAAACCATTNNNNNNNNNNT-GT
562 AAATATAAAAAA-ATTCAACTTAAAATCAATTATGAGGTTACAAAACCATT-TAAAGGGAGTAAT
* * * * * * * *
2564 AAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAATTCAATTTTTCTTGCCAATGAATGACTTTTTCTTCA
625 AAGGCTTTTAAAGGAATGGGTGACAATAAATCAACTTCTCATGCCAATGAATGACTTTATATTCA
* * * * ****
2629 TCTTTCCTAAGGCAAACATTCAATTATAAACT-TCTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCANNNN
690 TCTTTCCCAAGGCAAACATTCAATTACAAACTGT-TATAACCAAAAATGT-AAAAAATTAATCTC
****** * * * * ** ** * *
2693 NNNNNNAATTTTGAGGTTATAAAACCATTTAAAGGGATTAATAAAGTTTTTGAAGGCTTGGGTGA
753 AAAATCAATTATGAGGTTATAAAACCATTTAAAGAGAGTAATAAAGCTTTCAAAGGCTAAGATAA
*
2758 CTATAATTGGGCTTCCCATT-CCAATGAAT-GTCTTTTTATTCATAT
818 CTATAAATGGGCTTCCC-TTGCCAATGAATAG-CTTTTTATTCATAT
* * * *
2803 TTTCCAAGGCAAACATTCAATTACAATCTATTTTAACTAAAAATGTAAAACAATTCATCTTGAAA
1 TTTCCAAGGCAAACATTCAATTACAATCTATTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAA
* * *
2868 TCAATTATGAGGTTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAAT-AAGACTTTCAAAGGC-TCGGATGACT
66 TCAATTTTGAGGTTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAAGATTTTCAAAGGCTTAGG-TGACT
* * * * *
2931 ATAAATGGGCTTTTCTTGTCAATGAATGGGTTTTTCTTCACGTTTCTCGAGGCAAACATTCAATT
130 ATAAATGGGCTTTTCTTGCCAATGAATTGATTTTTCTTCATGTTTCTCGAGGTAAACATTCAATT
* * * **********
2996 AAAATCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTANNNNNNNNNNTGAGGTTATAAAACC
195 ATAATCTGTTTTAACAAAAAATGT-AAAAAATTAAACTTAAAATCAATTTTGAGGTTATAAAACC
* * * *
3061 ATTTAAAGCA-AGTAATAAGGCTTATGAAGGTGTGGGTGACTATAAATAGGCTTTACTTGCCACT
259 ATTTAAAG-AGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGT-TGGGTGACTATAAATGGGCTTTTCTTGCCAAT
*
3125 AAATTGGTTTTT
322 GAATTGGTTTTT
3137 CCTCATGTTT
Statistics
Matches: 992, Mismatches: 171, Indels: 84
0.80 0.14 0.07
Matches are distributed among these distances:
852 1 0.00
853 108 0.11
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859 3 0.00
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862 1 0.00
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873 5 0.01
ACGTcount: A:0.37, C:0.12, G:0.14, T:0.36
Consensus pattern (862 bp):
TTTCCAAGGCAAACATTCAATTACAATCTATTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAA
TCAATTTTGAGGTTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAAGATTTTCAAAGGCTTAGGTGACTA
TAAATGGGCTTTTCTTGCCAATGAATTGATTTTTCTTCATGTTTCTCGAGGTAAACATTCAATTA
TAATCTGTTTTAACAAAAAATGTAAAAAATTAAACTTAAAATCAATTTTGAGGTTATAAAACCAT
TTAAAGAGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGTTGGGTGACTATAAATGGGCTTTTCTTGCCAATGAAT
TGGTTTTTATTCATATTTCTTGAGAAAAATACTCAATTACAATCTGTTATTATAATATTAACAAA
ATTAGAAAAAACATTAAACTTAAAATCAATTATGAGGTTACAAAACCATTTAAAGAGAGAAATAA
GGCTTTTAAACGTATGGGTGACTATAATTAGACTTCTCTTGCCAATGAATGACTTTTTATTCATG
TTTCTCAAGGAAAACATTCAATTATAATCTTCTTTAACTAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAA
ATCAATTATGAGGTTACAAAACCATTTAAAGGGAGTAATAAGGCTTTTAAAGGAATGGGTGACAA
TAAATCAACTTCTCATGCCAATGAATGACTTTATATTCATCTTTCCCAAGGCAAACATTCAATTA
CAAACTGTTATAACCAAAAATGTAAAAAATTAATCTCAAAATCAATTATGAGGTTATAAAACCAT
TTAAAGAGAGTAATAAAGCTTTCAAAGGCTAAGATAACTATAAATGGGCTTCCCTTGCCAATGAA
TAGCTTTTTATTCATAT
Found at i:5142 original size:170 final size:170
Alignment explanation
Indices: 4810--5968 Score: 1232
Period size: 172 Copynumber: 6.8 Consensus size: 170
4800 NNNNNNNNNN
* * * *
4810 TTTCTTCATGTTTCTTGAGGCAAACATTCAATTATAATCTGTTTTAATCAAAAAAG-TAAAAATA
1 TTTCTTCATGTTTCTTAAGGCAAACATTCAATTACAATCTGTTTTAACCAAAAATGTTAAAAAT-
* * *
4874 TTAAACTTAAAATCGATTTTGAGGTTATAAAACCATTTTAAAGTGAGTAATAAAGCTTTTAAAGG
65 TT-AACTTAAAATCGATTTTGAGGTTATAAAACCA-TTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGG
* *
4939 CTTAGGTGACTATAAATTGGCTTTTCTTGCCAATGAATTGGTT
128 CTTGGGTGACTATAAATGGGCTTTTCTTGCCAATGAATTGGTT
* * * * * *
4982 TTTCTTAATGTTTCTTGAGGCAAACATTCGATTGCAATCTGCTTTAACCAAAAATTTTAAAAATT
1 TTTCTTCATGTTTCTTAAGGCAAACATTCAATTACAATCTGTTTTAACCAAAAATGTTAAAAATT
* * * * * *
5047 TAACTTAAAATCAATTATGAGGTTATAAAACCGTTTAAAGCGAGTAATAATGCTTTTCAAGACTT
66 TAACTTAAAATCGATTTTGAGGTTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCTT
* * *
5112 GGGTGACCATAAATGGGCTTCTCTTGCCAATGAA-TGTGTC
131 GGGTGACTATAAATGGGCTTTTCTTGCCAATGAATTG-GTT
* ** * *
5152 TTTATTCATGTTTCAAAAGGAAAACATTCAATTACAATCTGTTTGAACCAAAAATG-TAAAAATA
1 TTTCTTCATGTTTCTTAAGGCAAACATTCAATTACAATCTGTTTTAACCAAAAATGTTAAAAAT-
* * * * * * **
5216 TTCAACTTCAATTCAATTATGAGGTTATTAAACCATTTAAACCGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGC
65 TT-AACTTAAAATCGATTTTGAGGTTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGC
* * * * * *
5281 TAGGATAACTACAAATAGGCTTTTCTTGCCAATGAATGGGTT
129 TTGGGTGACTATAAATGGGCTTTTCTTGCCAATGAATTGGTT
* ** * * * ** *
5323 TTTCTTCATATTTCCCAAGGCAAACAATCAACTACAAACTGTTTTAAATAAAAATGTAAAAAATT
1 TTTCTTCATGTTTCTTAAGGCAAACATTCAATTACAATCTGTTTTAACCAAAAATGTTAAAAATT
* * * * *
5388 AAACTTCAAATCGATTATCAGGTTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGACTTTTGAAGGCTT
66 TAACTTAAAATCGATTTTGAGGTTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCTT
*
5453 GGGTGACTATAAATGGGCTTCTCTTGCCAATGAA-TGTGTT
131 GGGTGACTATAAATGGGCTTTTCTTGCCAATGAATTG-GTT
* ** ** * * * * * *
5493 TTTGTTCATGTTTCCAAAGATAAAAATTCAATTACAATCTATTTCAACTACAAATGTAAAACAAT
1 TTTCTTCATGTTTCTTAAGGCAAACATTCAATTACAATCTGTTTTAACCAAAAATGTTAAA-AAT
* * *
5558 TAAACTTAAAATCGATTTTGAGGTTATAAAACTATTTTAAAGCTAGTAATAAGGCTTTTGAAGGC
65 TTAACTTAAAATCGATTTTGAGGTTATAAAACCA-TTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGC
* * * *
5623 TTGGGCGACTATAAGTGGGCTTTACTTGCCAATGAATTAGTT
129 TTGGGTGACTATAAATGGGCTTTTCTTGCCAATGAATTGGTT
* * * * * * *
5665 TTTCTTCATGTTTCTCATGGCAAAAATTCAATTATAATATGTTTTAACAAAAAAAG-TAAAAATA
1 TTTCTTCATGTTTCTTAAGGCAAACATTCAATTACAATCTGTTTTAACCAAAAATGTTAAAAAT-
5729 TTAAACTTAAAATCGATTTTGAGGTTATAAAACCAATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGG
65 TT-AACTTAAAATCGATTTTGAGGTTATAAAACC-ATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGG
* *** * * *
5794 CTTGGGTAACTATAAATTTACTTTTCTTGACAATGAATTAGAT
128 CTTGGGTGACTATAAATGGGCTTTTCTTGCCAATGAATTGGTT
* * * * ** * * *
5837 TTTCTTGACGTTTCTCAAGGTAAACATTCAATTGTAATATGTTTTCACCAAAAATGTAAAACAAT
1 TTTCTTCATGTTTCTTAAGGCAAACATTCAATTACAATCTGTTTTAACCAAAAATGTTAAA-AAT
* * * *
5902 TGAAC-TAAAATCAATTTTGAGGTTGTAAAACCATTTAAAGAGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCT
65 TTAACTTAAAATCGATTTTGAGGTTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCT
5966 TGG
130 TGG
Statistics
Matches: 831, Mismatches: 141, Indels: 32
0.83 0.14 0.03
Matches are distributed among these distances:
169 10 0.01
170 279 0.34
171 221 0.27
172 305 0.37
173 13 0.02
174 3 0.00
ACGTcount: A:0.37, C:0.13, G:0.15, T:0.35
Consensus pattern (170 bp):
TTTCTTCATGTTTCTTAAGGCAAACATTCAATTACAATCTGTTTTAACCAAAAATGTTAAAAATT
TAACTTAAAATCGATTTTGAGGTTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCTT
GGGTGACTATAAATGGGCTTTTCTTGCCAATGAATTGGTT
Found at i:5456 original size:341 final size:338
Alignment explanation
Indices: 4831--5965 Score: 1298
Period size: 341 Copynumber: 3.3 Consensus size: 338
4821 TTCTTGAGGC
* * * *
4831 AAACATTCAATTATAATCTGTTTTAATCAAAAAAGTAAAA-ATATTAAACTTAAAATCGATTTTG
1 AAACATTCAATTACAATCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAACA-ATTAAACTTAAAATCAATTTTG
* * *
4895 AGGTTATAAAACCATTTTAAAGTGAGTAATAAAGCTTTTAAAGGCTTAGGTGACTATAAATTGGC
65 AGGTTATAAAACCATTTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTAAAGGC-TAGGTGACTATAAATAGGC
* ** * * * * *
4960 TTTTCTTGCCAATGAATTGGTTTTTCTTAATGTTTCTTGAGGCAAACATTCGATTGCAATCTGCT
129 TTTTCTTGCCAATGAATTGGTTTTTCTTCATGTTTCTCAAGGCAAACAATCAATTACAAACTGTT
* * * * * *
5025 TTAACCAAAAATTTTAAAAATTTAACTTAAAATCAATTATGAGGTTATAAAACCGTTTAAAGCGA
194 TTAA-AAAAAATGTAAAAAATTAAACTTAAAATCGATTATGAGGTTATAAAACCATTTAAAGCGA
* * *
5090 GTAATAATGCTTTTCAAGACTTGGGTGACCATAAATGGGCTTCTCTTGCCAATGAATGTGTCTTT
258 GTAATAA-GCTTTTGAAGGCTTGGGTGACTATAAATGGGCTTCTCTTGCCAATGAATGTGT-TTT
5155 ATTCATGTTTCAAAAGGA
321 ATTCATGTTTCAAAAGGA
* * * * *
5173 AAACATTCAATTACAATCTGTTTGAACCAAAAATGTAAAA-ATATTCAACTTCAATTCAATTATG
1 AAACATTCAATTACAATCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAACA-ATTAAACTTAAAATCAATTTTG
* * * * *
5237 AGGTTATTAAACCA-TTTAAACCGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCTAGGATAACTACAAATAGGC
65 AGGTTATAAAACCATTTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTAAAGGCTAGG-TGACTATAAATAGGC
* * * *
5301 TTTTCTTGCCAATGAATGGGTTTTTCTTCATATTTCCCAAGGCAAACAATCAACTACAAACTGTT
129 TTTTCTTGCCAATGAATTGGTTTTTCTTCATGTTTCTCAAGGCAAACAATCAATTACAAACTGTT
* *
5366 TTAAATAAAAATGTAAAAAATTAAACTTCAAATCGATTATCAGGTTATAAAACCATTTAAAGCGA
194 TTAAA-AAAAATGTAAAAAATTAAACTTAAAATCGATTATGAGGTTATAAAACCATTTAAAGCGA
5431 GTAATAAGACTTTTGAAGGCTTGGGTGACTATAAATGGGCTTCTCTTGCCAATGAATGTGTTTTT
258 GTAATAAG-CTTTTGAAGGCTTGGGTGACTATAAATGGGCTTCTCTTGCCAATGAATGTG-TTTT
* *
5496 GTTCATGTTTCCAAA-GA
321 ATTCATGTTTCAAAAGGA
* * * * * *
5513 TAAAAATTCAATTACAATCTATTTCAACTACAAATGTAAAACAATTAAACTTAAAATCGATTTTG
1 -AAACATTCAATTACAATCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAACAATTAAACTTAAAATCAATTTTG
* * * * * * *
5578 AGGTTATAAAACTATTTTAAAGCTAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCTTGGGCGACTATAAGTGGGC
65 AGGTTATAAAACCATTTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTAAAGGC-TAGGTGACTATAAATAGGC
* * * *
5643 TTTACTTGCCAATGAATTAGTTTTTCTTCATGTTTCTCATGGCAAA-AATTCAATTATAATA-TG
129 TTTTCTTGCCAATGAATTGGTTTTTCTTCATGTTTCTCAAGGCAAACAA-TCAATTACAA-ACTG
* *
5706 TTTTAACAAAAAAAGTAAAAATATTAAACTTAAAATCGATTTTGAGGTTATAAAACCAATTTAAA
192 TTTTAA-AAAAAATGTAAAAA-ATTAAACTTAAAATCGATTATGAGGTTATAAAACC-ATTTAAA
* *** * *
5771 GCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCTTGGGTAACTATAAATTTACTTTTCTTGACAATGAAT-TAG
254 GCGAGTAATAA-GCTTTTGAAGGCTTGGGTGACTATAAATGGGCTTCTCTTGCCAATGAATGT-G
* * * ** *
5835 ATTTTCTTGACGTTTCTCAAGGT
317 -TTTTATTCATGTTTCAAAAGGA
** * * *
5858 AAACATTCAATTGTAATATGTTTTCACCAAAAATGTAAAACAATTGAAC-TAAAATCAATTTTGA
1 AAACATTCAATTACAATCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAACAATTAAACTTAAAATCAATTTTGA
* * *
5922 GGTTGTAAAACCA-TTTAAAGAGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCT
66 GGTTATAAAACCATTTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTAAAGGCT
5966 TGG
Statistics
Matches: 673, Mismatches: 104, Indels: 33
0.83 0.13 0.04
Matches are distributed among these distances:
340 7 0.01
341 285 0.42
342 202 0.30
343 63 0.09
344 114 0.17
345 2 0.00
ACGTcount: A:0.38, C:0.13, G:0.15, T:0.35
Consensus pattern (338 bp):
AAACATTCAATTACAATCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAACAATTAAACTTAAAATCAATTTTGA
GGTTATAAAACCATTTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTAAAGGCTAGGTGACTATAAATAGGCTT
TTCTTGCCAATGAATTGGTTTTTCTTCATGTTTCTCAAGGCAAACAATCAATTACAAACTGTTTT
AAAAAAAATGTAAAAAATTAAACTTAAAATCGATTATGAGGTTATAAAACCATTTAAAGCGAGTA
ATAAGCTTTTGAAGGCTTGGGTGACTATAAATGGGCTTCTCTTGCCAATGAATGTGTTTTATTCA
TGTTTCAAAAGGA
Done.