Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: NW_018397318.1 Herrania umbratica cultivar Fairchild unplaced genomic scaffold, ASM216827v2 scaffold_387.0, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
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Warning! 9829 characters in sequence are not A, C, G, or T
Found at i:302 original size:171 final size:169
Alignment explanation
Indices: 4--1112 Score: 891
Period size: 171 Copynumber: 6.5 Consensus size: 169
1 CTC
* * * *
4 GCTTTAAATGGTTTTATATTCTCATAATTGATTTTAGGTTGAATTGTTTTAGATTTTTAGTTAAA
1 GCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTAGTTAAA
* ** ** * * *
69 ACATATTACGATT-ATATGTTTTTCTTGGAAAACATGAAGAAAAAGGCATTCAGTGGCAAGAAAA
66 ACAGATTATAATTGA-ATGTTTGCCTTGG-AAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGACAAGAAAA
* * * *
133 GTTCATTGATAGTTACCCATTCCCTCAAAAGTCTTATTACT
129 GTTCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACT
* * * * *
174 GACATTAAATGGTTTTATAATCTCATAAATGATTTTAAATT-AATTTTTTTTATATTTTTTGTTA
1 G-CTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAA-TTTTTTTACATTTTTAGTTA
* * * *
238 CAACAGATTATAATTGAATGTTTGCCATGGAAAACATTAAGACAAAGCCATTCATTGACAAGAAA
64 AAACAGATTATAATTGAATGTTTGCCTTGG-AAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGACAAGAAA
* *
303 AG-TCTATTTATAGTCACCCATAT-CTTCAAAATCCTTATTATT
128 AGTTC-ATTTATAGTCACCCAT-TCCTTCAAAAGCCTTATTACT
* * * *
345 CGCTTTAAATGGTTTTGTAATCTCATAATTAATTTCAGGTTGAATTTTTTTACATTTTTAGTTAA
1 -GCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTAGTTAA
********** * * * * *
410 AACNNNNNNNNNNTGAATGTTTACCTTAGGAAACAT-AGAGAGAAACCCATTCATTGGCAAAAAA
65 AACAGATTATAATTGAATGTTTGCCTT-GGAAACATGA-AGAAAAAGCCATTCATTGAC-AAGAA
* * * **
474 AAGCTCATTTATAGTCACCTAAGT-CTTTGAAAGCCTTATTACT
127 AAGTTCATTTATAGTCACC-CATTCCTTCAAAAGCCTTATTACT
* * *
517 CACTTTAAATGGTTTTATAATCTTATAATTGATTTTAAGTTGAATATTTTTTAC-TTTTTTGATT
1 -GCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAAT-TTTTTTACATTTTTAG-TT
* * * * * * * * * * *
581 AAAATATATTATAATTGAATGTCTG-CTTTGAAAAATTTCAAGCAAAAGCAATCCATTGATATGA
63 AAAACAGATTATAATTGAATGTTTGCCTTGGAAACA--TGAAGAAAAAGCCATTCATTGACAAGA
* * ** *
645 AAAGTCCATTTATAGTCACTCAAACCCTCAAAAGCCTTATTACTT
126 AAAGTTCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTAC-T
*
690 GCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTACATTTTTAGTTAAA
1 GCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTAGTTAAA
** * * ** *
755 ATC-GATTATAATTGAATGCCTGCCTCAGGAAACGTGAA-AAAAAGTGATTCATT-ACAATAAAA
66 A-CAGATTATAATTGAATGTTTGCCT-TGGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGACAAGAAAA
** * *
817 G-TCTATTTATAGTGGCCCATTACTTCAAAAGCTTTATTACT
129 GTTC-ATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACT
* * * * ** * * *
858 CACTTTAAATGATTCTATAGTCTCATACCTGATTTTAGGTTGAATTTTCTTACA-TTTTAGGTTC
1 -GCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTA-GTTA
* * ** * *
922 AAACAGATTATAATT-AAGTGTTTATGTC-AGGAAATGTGAAGAAAAAGACATTCATTGATAAGA
64 AAACAGATTATAATTGAA-TG-TT-TGCCTTGGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGACAAGA
* * * * *
985 AAAGTCCATTTATAGTCACACATGCCTTCGAAAGCCTTATTATTT
126 AAAGTTCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTA-CT
* * * * * *
1030 GCTTTAAATGATTTTATAATCTTATAATTAATTTTAAGTTCAA-TTTTGTACATTTTTGGTTAAA
1 GCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTAGTTAAA
1094 ACAGATTATAATTGAATGT
66 ACAGATTATAATTGAATGT
1113 CTTAGCAAAC
Statistics
Matches: 737, Mismatches: 166, Indels: 73
0.76 0.17 0.07
Matches are distributed among these distances:
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169 109 0.15
170 57 0.08
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174 1 0.00
ACGTcount: A:0.35, C:0.13, G:0.12, T:0.40
Consensus pattern (169 bp):
GCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTAGTTAAA
ACAGATTATAATTGAATGTTTGCCTTGGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGACAAGAAAAGT
TCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACT
Found at i:3722 original size:171 final size:171
Alignment explanation
Indices: 3029--7900 Score: 2008
Period size: 171 Copynumber: 28.4 Consensus size: 171
3019 NNNNNNNNNT
* * * * ** *
3029 CAATGAATGG-TTTTGTCTTGATGTTT-TCCAAGGCAAACATTCAATTAGAATCAATTTTAACAA
1 CAATGAATGGCTTTT-TCTTCATGTTTCTCTAAGGTAAACATTCAATTATAATCTGTTTTAACTA
* * ** * *
3092 AAAATGTAAAAAATTTAACTTAATGTCAATTATGAGATTATAAAATCATTTAAAGTGAGTAATAA
65 AAAATGTAAAAAATTCAACCTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAA
** * * * * *
3157 GATTTTCGAAGGCATGAGTGTCTATAAGTGAACTTTT-TATGC
130 GGCTTTCGAAGGCATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCT-TAC
* * * * * * * * *
3199 CAATGGATGACTTTTGCTTCACGTTTC-CTAAGGCAGATATTCAATTATAATATATTTTAA--AA
1 CAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTCTCTAAGGTAAACATTCAATTATAATCTGTTTTAACTAA
* * * ********** *
3261 AAATATAAAAATATTCAACTTCAAATCAATTNNNNNNNNNNAAAACCATTTTAAAACGAGTAATA
66 AAATGTAAAAA-ATTCAACCTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCA-TTTAAAGCGAGTAATA
** * * *
3326 AAACTTTCGAAGGCTTGGGTGACTATAAATGGGCTTTCCTT-C
129 AGGCTTTCGAAGGCATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTAC
* * *
3368 TCAATGAATGACTTTTTCTTCA-GATTTCTC-AAGGTAGACACTT-AATTATAATCTGCTTTAAC
1 -CAATGAATGGCTTTTTCTTCATG-TTTCTCTAAGGTAAACA-TTCAATTATAATCTGTTTTAAC
* * * * *
3430 CAAAAAAGTAAGAAAATTCAACCTAAAATCAATTATGGGATTATAAAACCATATAAAGTGAGTAA
63 TAAAAATGTAA-AAAATTCAACCTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAA
* * ****************** *
3495 TAAGGCTTTTGAAGGAANNNNNNNNNNNNNNNNNNCTTTTCTTGC
127 TAAGGCTTTCGAAGGCATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTAC
* * ** * * *
3540 AAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTCTCGAA-ACAGACATTCAATTATAATTTGCTTTAACTAA
1 CAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTCTCTAAGGTAAACATTCAATTATAATCTGTTTTAACTAA
* * * * **
3604 AAATGCGAGAAAATTCAACCTAAAATCAATTACGAGATTACAAAACCATTTAAAATGAGTAATAA
66 AAATG-TAAAAAATTCAACCTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAA
* * **
3669 AGCTTTTGAAGAAATGGGTGACTATAAATGGACTTTAT-TTAC
130 GGCTTTCGAAGGCATGGGTGACTATAAATGGACTTT-TCTTAC
* ** * *
3711 CAATAAATGGCTTTTTCTTCATGTTTC-CTAAGGTTGACATTCAATTATAATCTGTTTTAATTAG
1 CAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTCTCTAAGGTAAACATTCAATTATAATCTGTTTTAACTAA
* * *
3775 AAATGTAAAAAAATTCAA-CTTAAATCAATTATGAGATTATTAAACCATTTAAAGCAAGTAATAA
66 AAATGT-AAAAAATTCAACCTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAA
* * * * * * *
3839 GACTTTCGAA-GAATTGAGTAACTATAAATAGACTTTTCATAT
130 GGCTTTCGAAGGCA-TGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTAC
* * * * * ** * * *
3881 CAGTGGATTGCTTTTGCTTCATGCTTC-CTAAGGTAGGCAATCAACTATAA-CATATTTTAA-TA
1 CAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTCTCTAAGGTAAACATTCAATTATAATC-TGTTTTAACTA
* * * * *
3943 AAAAAGTAAACAAATTCAACTTAAAATTAGTTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGCGAGTAATA
65 AAAATGTAAA-AAATTCAACCTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATA
* * * *
4008 AGGCTTTCAAAGGCTTAGGTGACTATAAATTGG-CTTTTCTTGC
129 AGGCTTTCGAAGGCATGGGTGACTATAAA-TGGACTTTTCTTAC
* * * * *
4051 TAATAAATGAGC-TTTTCATCATGTTTC-CTAAGGTAAACATTCAATTACAATCTGTTTCAA-TA
1 CAATGAATG-GCTTTTTCTTCATGTTTCTCTAAGGTAAACATTCAATTATAATCTGTTTTAACT-
*
4113 AAAAATGTAAAACAATTCAACCTAAAATCAATTATGAGATTGTAAAACCATTTAAAGCGAGTAAT
64 AAAAATGTAAAA-AATTCAACCTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAAT
* * **
4178 AAGGCTTTTGAAGGCATGGGTGACTATAAATGGGCTTTTCTTGT
128 AAGGCTTTCGAAGGCATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTAC
* * * * * * * * * *
4222 TAATGTATGGGTTTTTCATCACGTTTC-ATGAGGTAAACAGTCAATTACAATCTGTTTT-AGTCA
1 CAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTCTCTAAGGTAAACATTCAATTATAATCTGTTTTAACT-A
** * * * ** * *
4285 AAAATGTAAACAAATTTGATCTAAAATCAATTATGAGACTGTAAAATTATTTAAAGCAAGAAATA
65 AAAATGTAAA-AAATTCAACCTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATA
** * ** ** **
4350 AGGCTTTCGATTGCATGAGTGACTATAAATACACTTTTAGTGT
129 AGGCTTTCGAAGGCATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTAC
* * * * * *
4393 CAATGAATGGCTTTGTCTTCATGTTTCTC-ATGGCAAACATTCAATTATAATCAGTTTTAACCAG
1 CAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTCTCTAAGGTAAACATTCAATTATAATCTGTTTTAACTAA
* * * * *
4457 AAATATAAACAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTACAAAACCATTTAAAGTGATTAATAA
66 AAATGTAAA-AAATTCAACCTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAA
* * * * *
4522 GGCTTTTC-AGGGGATGGTTGACTATAAATGGAATTTTCTTGC
130 GGC-TTTCGAAGGCATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTAC
* ** * * * *
4564 CAATGAATGCCTTTTTCTTCATGTTT-TCTAAGACAAACAATCAATTACAATCTGTTTTACCCAA
1 CAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTCTCTAAGGTAAACATTCAATTATAATCTGTTTTAACTAA
* * * * * *
4628 AAATATAAAAGAA-TCTAACTTAAAATCAATTATGAGATTACAAAATCATTTAACGTGAGTAATA
66 AAATGTAAAA-AATTC-AACCTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATA
* * * ** **
4692 AGGCTTTCGAAGGCTTGAGCGACTATAAGGGGACTTTGATGT--
129 AGGCTTTCGAAGGCATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCT-TAC
* * * * * * * *
4734 CAATGGATGAC-TTTGCTTCATGGTTC-CCAAGGAAAACATTCAATTATAATTTATTTTAA-TCA
1 CAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTCTCTAAGGTAAACATTCAATTATAATCTGTTTTAACT-A
* * *
4796 AAAATGAAAAAACAAATTCAA-CTTAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCAAGTAA
65 AAAATG--TAAA-AAATTCAACCTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAA
* * * * *
4860 TAAGGCTTTTGAAGGCATTGGTGACTACAAATGGAATTATCTTAC
127 TAAGGCTTTCGAAGGCATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTAC
* * * * * * *
4905 CAATGAAGGGCTTTTTCTTCACGTTTCT-TGAGGCATACATTCAATTATAAT-TTTTTTTACTCA
1 CAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTCTCTAAGGTAAACATTCAATTATAATCTGTTTTAACT-A
** *
4968 AAAATGTAAAAACAATTCAA-CTGAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCAATTTAAAGTAAGTG
65 AAAATGT-AAAA-AATTCAACCT-AAAATCAATTATGAGATTATAAAACC-ATTTAAAGCGAGTA
* * * * * * *
5032 ATAAAGCTTCCAAAGGCTTAGGTGACTATAAATGAACTTTTC-TAT
126 ATAAGGCTTTCGAAGGCATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTAC
** * *
5077 CAATGAATGGCCTTTTT-TTCACATTTCTC-AAGGTAGACATTCAATTATAATCTATTTTAACTA
1 CAATGAATGG-CTTTTTCTTCATGTTTCTCTAAGGTAAACATTCAATTATAATCTGTTTTAACTA
***************************************************
5140 AAAATGTAAAANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
65 AAAATGTAAAA---AATTCAACCTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAA
*********************************************
5205 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
127 TAAGGCTTTCGAAGGCATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTAC
************* ** * * * * ** *
5250 NNNNNNNNNNNNNTAACTACAAATGGACTTTTTTTACCA-ATAAATGGC-TT-TGTCT-TGA-C-
1 CAATGAATGGCTTTTTCTTC--AT-G--TTTCTCTA--AGGTAAA---CATTCAAT-TATAATCT
* * * * ** *
5309 GTTTCCTTAGACAAACATACAAT-TATAATCTATTTTAA-CT-AAA--AATGTAAAACCATTCAA
55 G-TT--TTA-AC-TA-A-A-AATGTA-AA--AAATTCAACCTAAAATCAAT-TATGA-GATT--A
* * * * ** * ** * *
5369 CTTAAAATCAATT-ATGAC-A-TTATAAAACCATTT--AAAGCGA-GTAATAAGGCTTTCAAA-G
105 --TAAAACCATTTAAAG-CGAGTAAT-AAGGC-TTTCGAAGGC-ATG-GGT--GACTAT-AAATG
** *
5427 G-CTTGAGTGATTAT
160 GACTT---TTCTTAC
* *
5441 AAATGAATTTTTTATATCAATAGATGACTTTTTCTTCATGTTTCT-TAAGGTAGACATTCAATTA
1 CAATG-------------AAT-G--G-CTTTTTCTTCATGTTTCTCTAAGGTAAACATTCAATTA
* * * * *
5505 TAATTTGTTTTAA-TCAAAAATATAAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGGGATTATAAAAT
49 TAATCTGTTTTAACT-AAAAATGT--AAAAAATTCAACCTAAAATCAATTATGAGATTATAAAAC
* * * ** * * * *
5569 CATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCTTGACTAACTATAAACGGACTTTTCATAT
111 CATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTAC
* * * *
5630 CAAT-AGATGGCTTTTTCTTC-TCATTTCT-TGAGGTAGACATTCAATTATAATTTGTTTTAA-T
1 CAATGA-ATGGCTTTTTCTTCAT-GTTTCTCTAAGGTAAACATTCAATTATAATCTGTTTTAACT
** ** * * *
5691 CAAAAAAATAAAAAATAT-AAATTAAAATCAATTATGAGATTACAAAACCATTGAAAGTGAGTAA
64 -AAAAATGTAAAAAAT-TCAACCTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAA
* * * * **
5755 TAAGGTTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATAGACATTTT-TTGT
127 TAAGGCTTTCGAAGGCATGGGTGACTATAAATGGAC-TTTTCTTAC
** * ** ** * * * * * *
5800 CAATGAATACCTCTCGCTTCACATTT-TTTGAGGCAGACATTCAATTATAATCTGCTTGAAC-AA
1 CAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTCTCTAAGGTAAACATTCAATTATAATCTGTTTTAACTAA
* * *
5863 AAGATATACAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCAAGTAATA
66 AA-ATGTA-AAAAATTCAACCTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATA
* * * **
5928 AGGCTTTCGAAGGCTTGAGTGACTATAAATGGGCTTTT-TGTGT
129 AGGCTTTCGAAGGCATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCT-TAC
* * * *
5971 CAATGGATGGCTTTTGCTTCACGTTTCTC-AAGGTAGACATTC------AA-C---TTTAA-TAA
1 CAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTCTCTAAGGTAAACATTCAATTATAATCTGTTTTAACTAA
* * * ** *
6024 AAACTGTAAAATAATTTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTAT-AAACCTATTTCACGTAAATAA
66 AAA-TGTAAAA-AA-TTCAACCTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACC-ATTTAAAGCGAGTAA
* * ** ** *
6088 TAAGGCTTTCAAAGGCTTGGAAGACTATAAA-CAAGCTTTTCTTGC
127 TAAGGCTTTCGAAGGCATGGGTGACTATAAATGGA-CTTTTCTTAC
* *
6133 CAATGAATGGCTTTTT-TTGCA--TTTCTC-AAGGTAAACATTTAATTAT--TTTGTTTTAA-TC
1 CAATGAATGGCTTTTTCTT-CATGTTTCTCTAAGGTAAACATTCAATTATAATCTGTTTTAACT-
* * * * * *
6191 AAAAATAG-AAAAAATTCAATCAAAAATCAATTACGAGATTGTAAATCCATTTAAAGTGAGTAAT
64 AAAAAT-GTAAAAAATTCAACCTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAAT
* *
6255 AAGGCTTTCGAAGGCATGGGTGACAATAAATGGACTTTTCTTAT
128 AAGGCTTTCGAAGGCATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTAC
* ** * * * * * *
6299 CAAAGAATTTCTCTTTCTTCACGTTTCT-TAAGGCAGACACTTGC--TTGTAACCTGTTTTAACT
1 CAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTCTCTAAGGTAAACA-TT-CAATTATAATCTGTTTTAACT
* * * * * ** *
6361 TAAAATGTAAGCAAATTCAACCTAAAATCAATTACGAGTTTATAAAATCATTTAAAGTTAGCAAT
64 AAAAATGTAA-AAAATTCAACCTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAAT
* * * * * *
6426 AAAGATTTTGAAGGAATGGGTTACTATAAATGGACTTTTCTTAT
128 AAGGCTTTCGAAGGCATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTAC
* * * *
6470 GAATGAAAGGCTTTTTCTTCATGTTT-TC-AAGGGTAAATATTCAATTTTAATCTGTTTTAA-TC
1 CAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTCTCTAA-GGTAAACATTCAATTATAATCTGTTTTAACT-
* * *
6532 AAAAATGTAAAAAAAATTAAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAATCATTTAAAGCGAGTAA
64 AAAAATGT--AAAAAATTCAACCTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAA
* * * *
6597 TAAGGC-TTCTGAAGACATGGGTGACTATAAATAGTCTTGTCTTAC
127 TAAGGCTTTC-GAAGGCATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTAC
* * ** ** * *
6642 CAATGAATGGCTTTTTCTCCATGTTTC-CTAA-GCAAGACATTCAATTGCAATCTGTTCCAGCCA
1 CAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTCTCTAAGGTAA-ACATTCAATTATAATCTGTTTTAACTA
* * * * * * * *
6705 AAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATTAATGATGAGATTCTAAAACAATTTAAAACAAGTAATA
65 AAAATGT-AAAAAATTCAACCTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATA
** ** *
6770 AGGCTTTCGAAGGTTTGGGTGACTATAAATGGGTTTTTCTTGC
129 AGGCTTTCGAAGGCATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTAC
* *
6813 CAATGAATGGGTTTTTCTTCATGTTT-TCTAA-G-ACACATGTTCAATTATAATC-GATTTTAA-
1 CAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTCTCTAAGGTAAACA--TTCAATTATAATCTG-TTTTAAC
* * * *
6873 TCAACAATGTAAAAGAATTTCAACCTCAAATCAATTATGATATTATAAAACCTTTTAAAGCGAGT
63 T-AAAAATGTAAAA-AA-TTCAACCTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGT
* * * * ** **
6938 AATAAGGTTTTTGAAGGCATAGGTGACGATAAATATACTTTTCTTGT
125 AATAAGGCTTTCGAAGGCATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTAC
* * * * * *
6985 CAATGAATGGCTTTTTTTTCATGTTT-ACTAAGGCAGACAGTT-AATTATAATATGTTTCAACTA
1 CAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTCTCTAAGGTAAACA-TTCAATTATAATCTGTTTTAACTA
** * * * *
7048 AAAATCCAAAACAAATTCAACGTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTACAGAGCGTAAT
65 AAAAT-GTAAA-AAATTCAACCTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAAT
* * * * * **
7113 AAGGTTTTTGAAGGCATGAGTGACTATAAATAGACTTTTTTTTGT
128 AAGGCTTTCGAAGGCATGGGTGACTATAAATGGAC-TTTTCTTAC
* * * * ** * * * *
7158 CAATGAATGACTTTTTCTTTACGTTTC-CTGAGCCAGACATTTAATTAGAATCTGTTTTAAC-CA
1 CAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTCTCTAAGGTAAACATTCAATTATAATCTGTTTTAACTAA
* * *
7221 AAATGTAAAAAACTCAACTTAAAATAAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAG
66 AAATGTAAAAAATTCAACCTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAG
* * * *
7286 GCTTTCGAAAGCATGGGTGACTATAAGTGGATTTTTTTTATAC
131 GCTTTCGAAGGCATGGGTGACTATAAATGGA-CTTTTCT-TAC
* * * * * * **
7329 CAATGGATGACTTTTGCTTCATGTTTC-CTAAGGCAGACATTCAATTATAATATACTTTAATCT-
1 CAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTCTCTAAGGTAAACATTCAATTATAATCTGTTTTAA-CTA
* * * * * *
7392 CAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAA-CTAATTATAAGATTATAAAATCAATTTAAAGTGAGTAG
65 AAAATGT-AAAAAATTCAACCTAAAATC-AATTATGAGATTATAAAA-CCATTTAAAGCGAGTAA
* ** * * * *
7456 TAAGCCTTTAAAAGGCTTGGGTGACTATAAATGGGC-TTCCTTAT
127 TAAGGCTTTCGAAGGCATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTAC
* * * *
7500 CAATGAATGGCTTTTTCTTTA-GATTT-TATAAGGTAGACACTT-AATTATATTCTGTTTTAACT
1 CAATGAATGGCTTTTTCTTCATG-TTTCTCTAAGGTAAACA-TTCAATTATAATCTGTTTTAACT
* * * * * *
7562 GAAAATATAAGAAAATTCAACCTAAAATCAATTATAAGATTATCAAACTATTTAAAGTGAGTAAT
64 AAAAATGTAA-AAAATTCAACCTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAAT
* * * * * *
7627 AAGGCTTTTGAAGGAATTGGTGACTAAAAATAGACTTTTCTTGC
128 AAGGCTTTCGAAGGCATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTAC
* * * * *
7671 CAATCAATGGCTTTTTCTTCATGTTTC-CTAAGGCAGACATTCAATTATAATCTATTTTAACCAA
1 CAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTCTCTAAGGTAAACATTCAATTATAATCTGTTTTAACTAA
* * * ** * *
7735 AAATGTAAGAAAATTTAAACTAAAATCAATTATAACTTTATAAAATCATTTAAAGTGAGTAATAA
66 AAATGTAA-AAAATTCAACCTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAA
* * * * * * *
7800 GGCTTTTGAAGGAATGGGTAATTAAAAATAGACTTTTCTTGC
130 GGCTTTCGAAGGCATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTAC
* * * *
7842 CAATGAATGGTTTTTTCTTCATGTTTC-CTAAGGTAGACATTTAATTATAATCTGCTTTA
1 CAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTCTCTAAGGTAAACATTCAATTATAATCTGTTTTA
7901 TGATAACTCT
Statistics
Matches: 3509, Mismatches: 956, Indels: 473
0.71 0.19 0.10
Matches are distributed among these distances:
160 21 0.01
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179 1 0.00
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* * * * *
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* * * *
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* ** * ** ** * * *
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*
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* * * ** * * *
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* * * ** * * *
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* * * * * * * *
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128 AAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATGGGTG
* * * * * *
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* *
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* * *
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* * * ** * * **
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1 ACTATAAATGGACTTTTCTTGTCAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTCTTAAGGTAGACATTCA
** ** * * * * *
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* *** **
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** * * *
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* * * * * *
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* * * * *
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* ** * *
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* * ** * *
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* * * * * *
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* * * * * * * ** *
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* * * *
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* *
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* * * * * * * * *
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* ** ** *
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* * * ** *
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* * * *
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1 ACTATAAATGGACTTTTCTTGTCAATGAATGGCTTTTTCTTCATG-TTTCT-TAAGGTAGACA-T
* * * * * *
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63 TCAATTATAATCTGTTTTAAC-AAAAATGTAAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTA
* * * * *
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* * * * * *
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1 ACTATAAATGGACTTTTCTTGTCAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTCTTAAGGTAGACATTCA
* * * * * **
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66 ATTATAATCTGTTTTAA-CAAAAATGTAAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAA
* * * *
7778 AATCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTA
130 AACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATGGGTG
* * * * * * *
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1 ACTATAAATGGACTTTTCTTGTCAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTCTTAAGGTAGACATTCA
*
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Statistics
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*
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* * *
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*
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* * * * * * * * * * *
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* * ** *
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* ** ** * * * * *
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* * *
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* * *
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* * ** *
5588 GGCTTTCAAAGGCTTGACTA
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* * * * * *
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* * ** * *
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* *
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** * ** ** * * *
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* *
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* *
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* * * * * *
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* *
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* * * * ** ** ** *
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* * * * *
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* * * * * *
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* * ** * * *
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* * ** ** * * *
6342 C--TTGTAACCTGTTTTAACTTAAAATGTAAGCAAATTCAACCTAAAATCAATTACGAGTTTATA
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* * * * * * * *
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* * * * *
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* * *
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258 AATATAAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAA
*
6600 GGC-TTCTGAAGACATGGGTG
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* * * * *
6620 ACTATAAATAGTCTTGTCTTACCAATGAATGGCTTTTTCTCCATGTTTCCTAA-GCAAGACATTC
1 ACTATAAATGGACTTTTCTTATCAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTCCTAAGGC-AGACATTC
** ** * * * * *
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65 AATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAA
* *** * ** * ** *
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130 AACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATAGACTTTTCTTGTC
* *
6814 AATGAATGGGTTTTTCTTCATGTTTTCTAA-G-ACACATGTTCAATTATAATC-GATTTTAATCA
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* * * * * * * *
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* * *
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* ** * * *
6963 ACGATAAATATACTTTTCTTGTCAATGAATGGCTTTTTTTTCATGTTTACTAAGGCAGACAGTT-
1 ACTATAAATGGACTTTTCTTATCAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTCCTAAGGCAGACA-TTC
* * * ** *
7027 AATTATAATATGTTTCAACTAAAAATCCAAAACAAATTCAACGTAAAATCAATTATGAGATTATA
65 AATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAA-AAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATA
* * * * * * *
7092 AAACCATTTACAGAGCGTAATAAGGTTTTTGAAGGCATGAGTGACTATAAATAGACTTTTTTTTG
129 AAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATAGAC-TTTTCTTG
* * * * * ** * * *
7157 TCAATGAATGACTTTTTCTTTACGTTTCCTGAGCCAGACATTTAATTAGAATCTGTTTTAA-CCA
193 TCAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTTC-AAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAATCAA
* * *
7221 AAATGT--AAAAAACTCAACTTAAAATAAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATA
257 AAATATAAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATA
*
7284 AGGCTTTCGAAAGCATGGGTG
322 AGGCTTTCGAAGGCATGGGTG
* * * * * *
7305 ACTATAAGTGGATTTTTTTTATACCAATGGATGACTTTTGCTTCATGTTTCCTAAGGCAGACATT
1 ACTATAAATGGACTTTTCTTAT--CAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTCCTAAGGCAGACATT
* ** * ** *
7370 CAATTATAATATACTTTAATCTCAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAA-CTAATTATAAGATTAT
64 CAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATC-AATTATGAGATTAT
* * * ** ** * * *
7434 AAAATCAATTTAAAGTGAGTAGTAAGCCTTTAAAAGGCTTGGGTGACTATAAATGGGC-TTCCTT
128 AAAA-CCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATAGACTTTTCTT
* * * *
7498 ATCAATGAATGGCTTTTTCTTTA-GATTTTATAAGGTAGACACTT-AATTATATTCTGTTTTAA-
192 GTCAATGAATGGCTTTTTCTTCATG-TTTT-CAAGGTAGACA-TTCAATTATAATCTGTTTTAAT
* * * * * * *
7560 CTGAAAATAT-AAGAAAATTCAACCTAAAATCAATTATAAGATTATCAAACTATTTAAAGTGAGT
254 C-AAAAATATAAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGT
* * *
7624 AATAAGGCTTTTGAAGGAATTGGTG
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* * ** *
7649 ACTAAAAATAGACTTTTCTTGCCAATCAATGGCTTTTTCTTCATGTTTCCTAAGGCAGACATTCA
1 ACTATAAATGGACTTTTCTTATCAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTCCTAAGGCAGACATTCA
* * * * **
7714 ATTATAATCTATTTTAACCAAAAATGTAAGAAAATTTAAAC-TAAAATCAATTATAACTTTATAA
66 ATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATGTAA-AAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAA
* * * * *
7778 AATCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTAATTAAAAATAGACTTTTCTTGCC
130 AACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATAGACTTTTCTTGTC
* * * *
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7901 TGATAACTCT
Statistics
Matches: 1821, Mismatches: 392, Indels: 161
0.77 0.17 0.07
Matches are distributed among these distances:
327 5 0.00
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335 1 0.00
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ACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATAGACTTTTCTTGTCA
ATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTTCAAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAATCAAAAAT
ATAAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGC
TTTCGAAGGCATGGGTG
Found at i:7077 original size:515 final size:508
Alignment explanation
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5255 NNNNNNNNTA
* * * * * * * * *
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1 ACTATAAATGGA-TTTTTCTTGCCAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTCCTAAGACACACATTC
** * * ** * *
5329 AATTATAATCTATTTTAA-CTAAAAATGTAAAACCATTCAACTTAAAATCAATTATGACATTATA
65 AATTATAATAGACTTTAATC-ACAAATGTAAAAAAATTCAACCTAAAATCAATTATGATATTATA
* * ** * * * * *
5393 AAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCTTGAGTGATTATAAAT-GAATTTTTTATA
129 AAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGATTTTGAAGGCATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCT-TA
* * *
5457 TCAAT-AGATGACTTTTTCTTCATGTTT-CTTAAGGTAGACATTCAATTATAATTTGTTTTAA-T
193 TCAATGA-ATGGCTTTTTTTTCATGTTTAC-TAAGGTAGACATT-AATTATAATCTGTTTTAACT
* * *
5519 CAAAAATATAAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGGGATTATAAAATCATTTAAAGTGAGTA
255 -AAAAATAT-AAAAAAATTCAACCTAAAATCAATTATGAGATTATAAAA-CATTTAAAGAGAGTA
** * * ** * ** * **
5584 ATAAGGCTTTCAAAGGCTTGACTAACTATAAACGGACTTTTCATATCAAT-AGATGGCTTTTTCT
317 ATAAGGCTTTTGAAGACATGGGTGACTATAAATAGACTTTTCTTGCCAATGA-ATGGCTTTTTCT
* * * * * * * **
5648 TC-TCATTTCTTGAGGTAGACATTCAATTATAATTTGTTTTAATCAAAAAAAT-AAAAAATAT-A
381 TCAT-GTTTCCT-AAGCAGACATTCAATT-GAATCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAAT-TCA
* * * * * * *
5710 AATTAAAATCAATTATGAGATTACAAAACCATTGAAAGTGAGTAATAAGGTTTTTGAAGGAATGG
442 ACTTAAAATAAATTATGAGATTATAAAA-CATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGAATGG
5775 GTG
506 GTG
* * * ** * ** ** ** * * *
5778 ACTATAAATAGACATTTT-TTGTCAATGAATACCTCTCGCTTCACATTTTTTGAGGCAGACATTC
1 ACTATAAATGGA-TTTTTCTTGCCAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTCCTAAGACACACATTC
* * * * * * *
5842 AATTATAATCTG-CTTGAA-CAAAAGATATACAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTAT
65 AATTATAAT-AGACTTTAATCACAA-ATGTAAAAAAATTCAACCTAAAATCAATTATGATATTAT
** * * * * *
5905 AAAACCATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCTTGAGTGACTATAAATGGGCTTTT-TGT
128 AAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGATTTTGAAGGCATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCT-T
* * ** * *
5969 GTCAATGGATGGCTTTTGCTTCACGTTT-CTCAAGGTAGAC----ATT-CAA-C---TTTAA-TA
192 ATCAATGAATGGCTTTTTTTTCATGTTTACT-AAGGTAGACATTAATTATAATCTGTTTTAACTA
* * * * * * *
6023 AAAACTGTAAAATAATTTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAACCTATTTCACGTA-AATA
256 AAAA-TATAAAA-AAATTCAACCTAAAATCAATTATGAGATTATAAAAC-ATTTAAAG-AGAGTA
** * * ** *
6087 ATAAGGCTTTCAAAGGCTTGGAAGACTATAAACA-AGCTTTTCTTGCCAATGAATGGCTTTTT-T
317 ATAAGGCTTTTGAAGACATGGGTGACTATAAATAGA-CTTTTCTTGCCAATGAATGGCTTTTTCT
* * * * * *
6150 TGCA--TTT-CTCAAGGTAAACATTTAATT-ATTTTGTTTTAATCAAAAA--TAGAAAAAATTCA
381 T-CATGTTTCCT-AA-GCAGACATTCAATTGAATCTGTTTTAACCAAAAATGTA-AAAAAATTCA
* * * * * * *
6209 A-TCAAAAATCAATTACGAGATTGTAAATCCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATG
442 ACT-TAAAATAAATTATGAGATTATAAA-ACATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGAATG
6273 GGTG
505 GGTG
* * ** * ** * * * * *
6277 ACAATAAATGGACTTTTCTTATCAAAGAATTTCTCTTTCTTCACGTTTCTTAAGGCAGACACTTG
1 ACTATAAATGGATTTTTCTTGCCAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTCCTAAGACACACA-TT-
* * * ** *
6342 C--TTGTAACCT-G-TTTTAACTTA-AAATGTAAGCAAATTCAACCTAAAATCAATTACGAGT-T
64 CAATTATAA--TAGACTTTAA-TCACAAATGTAAAAAAATTCAACCTAAAATCAATTATGA-TAT
* * * * * *
6401 TATAAAATCATTTAAAGTTAGCAATAAAGATTTTGAAGGAATGGGTTACTATAAATGGACTTTTC
125 TATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGATTTTGAAGGCATGGGTGACTATAAATGGACTTTTC
* * * * * * *
6466 TTATGAATGAAAGGCTTTTTCTTCATGTTTTC-AAGGGTAAATATTCAATTTTAATCTGTTTTAA
190 TTATCAATGAATGGCTTTTTTTTCATGTTTACTAA-GGTAGACATT-AATTATAATCTGTTTTAA
* * * *
6530 -TCAAAAATGTAAAAAAAATTAAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAATCATTTAAAGCGAG
253 CT-AAAAATAT-AAAAAAATTCAACCTAAAATCAATTATGAGATTATAAAA-CATTTAAAGAGAG
* * * *
6594 TAATAAGGCTTCTGAAGACATGGGTGACTATAAATAGTCTTGTCTTACCAATGAATGGCTTTTTC
315 TAATAAGGCTTTTGAAGACATGGGTGACTATAAATAGACTTTTCTTGCCAATGAATGGCTTTTTC
* ** * *
6659 TCCATGTTTCCTAAGCAAGACATTCAATTGCAATCTGTTCCAGCCAAAAATATAAAAAAATTCAA
380 TTCATGTTTCCTAAGC-AGACATTCAATTG-AATCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAA
* * * * * **
6724 CTTAAAATTAATGATGAGATTCTAAAACAATTTAAAACAAGTAATAAGGCTTTCGAAGGTTTGGG
443 CTTAAAATAAATTATGAGATTATAAAAC-ATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGAATGGG
6789 TG
507 TG
* * * **
6791 ACTATAAATGGGTTTTTCTTGCCAATGAATGGGTTTTTCTTCATGTTTTCTAAGACACATGTTCA
1 ACTATAAATGGATTTTTCTTGCCAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTCCTAAGACACACATTCA
* * * *
6856 ATTATAATCGATTTTAATCA-ACAATGTAAAAGAATTTCAACCTCAAATCAATTATGATATTATA
66 ATTATAATAGACTTTAATCACA-AATGTAAAA-AAATTCAACCTAAAATCAATTATGATATTATA
* * * * * ** *
6920 AAACCTTTTAAAGCGAGTAATAAGGTTTTTGAAGGCATAGGTGACGATAAATATACTTTTCTTGT
129 AAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGATTTTGAAGGCATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTAT
* * *
6985 CAATGAATGGCTTTTTTTTCATGTTTACTAAGGCAGACAGTTAATTATAATATGTTTCAACTAAA
194 CAATGAATGGCTTTTTTTTCATGTTTACTAAGGTAGACA-TTAATTATAATCTGTTTTAACTAAA
** * * *
7050 AATCCAAAACAAATTCAACGTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTACAGAGCGTAATAA
258 AATATAAAA-AAATTCAACCTAAAATCAATTATGAGATTATAAAA-CATTTAAAGAGAGTAATAA
* * * * * * * *
7115 GGTTTTTGAAGGCATGAGTGACTATAAATAGACTTTTTTTTGTCAATGAATGACTTTTTCTTTAC
321 GGCTTTTGAAGACATGGGTGACTATAAATAGAC-TTTTCTTGCCAATGAATGGCTTTTTCTTCAT
* * *
7180 GTTTCCTGAGCCAGACATTTAATTAGAATCTGTTTTAACC-AAAATGT-AAAAAACTCAACTTAA
385 GTTTCCTAAG-CAGACATTCAATT-GAATCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAA
* *
7243 AATAAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAAGCATGGGTG
448 AATAAATTATGAGATTATAAAA-CATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGAATGGGTG
* * * * * * * *
7305 ACTATAAGTGGATTTTTTTTATACCAATGGATGACTTTTGCTTCATGTTTCCTAAGGCAGACATT
1 ACTATAAATGGA-TTTTTCT-TGCCAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTCCTAAGACACACATT
* * * * *
7370 CAATTATAATATACTTTAATCTCAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAA-CTAATTATAAGATTAT
64 CAATTATAATAGACTTTAATCACAAATGTAAAAAAATTCAACCTAAAATC-AATTATGATATTAT
* * ** ** * * *
7434 AAAATCAATTTAAAGTGAGTAGTAAGCCTTTAAAAGGCTTGGGTGACTATAAATGGGC-TTCCTT
128 AAAA-CCATTTAAAGTGAGTAATAAGGATTTTGAAGGCATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTT
* *
7498 ATCAATGAATGGCTTTTTCTTTAGAT-TTTA-TAAGGTAGACACTTAATTATATTCTGTTTTAAC
192 ATCAATGAATGGCTTTTT-TTT-CATGTTTACTAAGGTAGACA-TTAATTATAATCTGTTTTAAC
* * * * *
7561 TGAAAATATAAGAAAATTCAACCTAAAATCAATTATAAGATTATCAAACTATTTAAAGTGAGTAA
254 TAAAAATATAAAAAAATTCAACCTAAAATCAATTATGAGATTATAAAAC-ATTTAAAGAGAGTAA
* * *
7626 TAAGGCTTTTGAAGGA-ATTGGTGACTAAAAATAGACTTTTCTTGCCAATCAATGGCTTTTTCTT
318 TAAGGCTTTTGAA-GACATGGGTGACTATAAATAGACTTTTCTTGCCAATGAATGGCTTTTTCTT
* * * *
7690 CATGTTTCCTAAGGCAGACATTCAATTATAATCTATTTTAACCAAAAATGTAAGAAAATTTAAAC
382 CATGTTTCCTAA-GCAGACATTCAATT-GAATCTGTTTTAACCAAAAATGTAA-AAAAATTCAAC
* * ** * *
7755 -TAAAATCAATTATAACTTTATAAAATCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGT
444 TTAAAATAAATTATGAGATTATAAAA-CATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGAATGGGT
*
7819 A
508 G
* * * * * ** * *
7820 ATTAAAAATAGACTTTTCTTGCCAATGAATGGTTTTTTCTTCATGTTTCCTAAGGTAGACATTTA
1 ACTATAAATGGATTTTTCTTGCCAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTCCTAAGACACACATTCA
7885 ATTATAAT
66 ATTATAAT
7893 CTGCTTTATG
Statistics
Matches: 1697, Mismatches: 334, Indels: 168
0.77 0.15 0.08
Matches are distributed among these distances:
497 1 0.00
498 8 0.00
499 244 0.14
500 8 0.00
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517 5 0.00
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Consensus pattern (508 bp):
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ACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGATTTTGAAGGCATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTATCA
ATGAATGGCTTTTTTTTCATGTTTACTAAGGTAGACATTAATTATAATCTGTTTTAACTAAAAAT
ATAAAAAAATTCAACCTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACATTTAAAGAGAGTAATAAGGCTT
TTGAAGACATGGGTGACTATAAATAGACTTTTCTTGCCAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTCC
TAAGCAGACATTCAATTGAATCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATAAATT
ATGAGATTATAAAACATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGAATGGGTG
Found at i:13757 original size:171 final size:169
Alignment explanation
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Period size: 171 Copynumber: 21.0 Consensus size: 169
13014 NNNNNNNNNN
* * * * *
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1 AGTCCATTTATAGTCACCTATACCTTCAAAAGCCTTATTACTCA-CTTTAAATGGTTTTATAATC
* * * * * *
13088 TTATAATTGATTGTAAGCTGAA-TTTTTACATATTTTTAGTTAAAATAGATTATAATTGAATATT
65 TCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTAC--ATTTTT-GTTAAAACAGATTATAATTGAATGTC
* * * * *
13152 TACCCTTGAAAACGTGAA-AAAAAG-CTTTCATTGGCAAAAAA
127 TGCCCTAGGAAACGTGAAGAAAAAGCCATTCATTGGCAAGAAA
* * * * * * *
13193 AGTTCATTTATAGCCACCCATTCCTTTAAAAGCCTTATTGCTCACTTTAAATGGTTTTATAAACT
1 AGTCCATTTATAGTCACCTATACCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCT
* * * ** *
13258 CATAATTGATTTTAGGTTGAGTTTTCTTATATTTTAATTAAAACAAATTATAATT-AAGTGTCTG
66 CATAATTGATTTTAAGTTGAATTTT-TTACATTTTTGTTAAAACAGATTATAATTGAA-TGTCTG
* * * * * ** *
13322 CCTTAGGCAACATAAAGAAAAAGCTATTCATTGATAACAAA
129 CCCTAGGAAACGTGAAGAAAAAGCCATTCATTGGCAAGAAA
* * ** * * * * *
13363 AGTCCACTTATTGTCA-CTCAT-GTTGTTAAAAGCCTTGTTACTCTCTTTAAATAGATTTATAAT
1 AGTCCATTTATAGTCACCT-ATACCT-TCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAAT
* * * * *
13426 CCCATAATTGATTTTAGGTTTAATTATTTTACATTTTTGATTAAAATAGAATATAATTGAATGT-
64 CTCATAATTGATTTTAAGTTGAATT-TTTTACATTTTTG-TTAAAACAGATTATAATTGAATGTC
*** * * * **
13490 TTTTCTAAAGAAATGTGAAG--AAAGTCATTCATTCACAAGAAA
127 TGCCCT-AGGAAACGTGAAGAAAAAGCCATTCATTGGCAAGAAA
* * * * *
13532 AGCCCATTTATAGTCTTCC-A-AGCTTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAAT
1 AGTCCATTTATAGTC-ACCTATA-CCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAAT
* * * *
13595 CTCATAATTGATTTTAAGTTTAAGTTTTTTACATATTTTTTTAAAACAGATTATAATTGAATATT
64 CTCATAATTGATTTTAAGTTGAA-TTTTTTACAT-TTTTGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTC
** ** * ** *
13660 TGCCCTAAAAAATATGAACAAAAAGCCATTCATTGGTGAGAGA
127 TGCCCTAGGAAACGTGAAGAAAAAGCCATTCATTGGCAAGAAA
* *
13703 AGTCCATTTATTGTCACCTATACCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTTGTAATC
1 AGTCCATTTATAGTCACCTATACCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGG-TTTTATAATC
* * * * *
13768 TCATAATTGATTTTAAATTGTATTTTTTACTTTTTTAGTTAAAATAAATTATAATTGAATGTCTG
65 TCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTACATTTTT-GTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTG
* * *** *
13833 -CCTCAAGAAACGTGAAGAAAAAGCCA-TCTACTAATATGAAA
129 CCCT-AGGAAACGTGAAGAAAAAGCCATTC-ATTGGCAAGAAA
** * *
13874 AGTCCATTTATAGTCA-CTCA-AGCCTTTGAAAGCCTTATTACTCTCTTTAAATGGTTTTAAAAT
1 AGTCCATTTATAGTCACCT-ATA-CCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAAT
* * * *
13937 CTAATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTTATATTTTTTGTTAAAA-AAATTATAATTGAATGT
64 CTCATAATTGATTTTAAGTTGAA--TTTTTTACA-TTTTTGTTAAAACAGATTATAATTGAATGT
* * ** * *
14001 CTGCCAT-GAGAAACATGAAGAAAAAGCCA-TCTATTGATATGAGA
126 CTGCCCTAG-GAAACGTGAAGAAAAAGCCATTC-ATTGGCAAGAAA
* * * * * * *
14045 ATTTCATTTATAATCACCCATGCCTTCGAAAGCCTTATTACT-AGTGTTAAATGGTTTTATAATC
1 AGTCCATTTATAGTCACCTATACCTTCAAAAGCCTTATTACTCACT-TTAAATGGTTTTATAATC
* * * * * *
14109 TCATAATTGATTTTAAGTTCAATTGATTTTATATTTTTGAGTAAAAAAAATTATAATTGAATGTT
65 TCATAATTGATTTTAAGTTGAATT--TTTTACATTTTTG-TTAAAACAGATTATAATTGAATGTC
* * * * *
14174 TGCCTTAGGAAACATGAAGAAAAAGCCCTTCATTGGTAAGAGA
127 TGCCCTAGGAAACGTGAAGAAAAAGCCATTCATTGGCAAGAAA
* * ** * * *
14217 AGTCCATTTACAGTCACCTATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTTGCATTAAATAGTTTCATAATCT
1 AGTCCATTTATAGTCACCTATACCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCT
* * ** *** **
14282 CATTATTGATTTTAAGTTGAATTTGTTTACA-TCTAATTAAAATTTATTATAATTGAATGTAAGC
66 CATAATTGATTTTAAGTTGAATTT-TTTACATTTTTGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTGC
* * * * * *
14346 CTTGGGAAACGTGAAGCAAAAGTCATCCATTGGTATA-AAA
130 CCTAGGAAACGTGAAGAAAAAGCCATTCATTGGCA-AGAAA
* * ** ** * * * * *
14386 AGTCCACTTGTAGTC-GTTCA-AGCCTTTGAAAGCCTTATTACTCGCGTTAGATAGTTTTACAAT
1 AGTCCATTTATAGTCACCT-ATA-CCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAAT
* * * * * *
14449 TTCATAATTGATTTTACGTTGAATTTTTTTATATTTTTGATTAAAACAGATTGTAATTGATTGTT
64 CTCATAATTGATTTTAAGTTGAA-TTTTTTACATTTTTG-TTAAAACAGATTATAATTGAATGTC
** * * * * *
14514 TGCTTTAGAAAACATGAAGAAAAAAG-CA-TCGATGGGGAACAAA
127 TGCCCTAGGAAACGTGAAG-AAAAAGCCATTC-ATTGGCAAGAAA
* * * * * * * *
14557 AGTCCCTTTATAGTCACCCATCCCCTCAAAAGCCTTATTAATAACTTTAAATGATTTTGTAATCT
1 AGTCCATTTATAGTCACCTATACCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCT
* * * *
14622 CATAATTAATATTCAGTTGAATTTTTTTACATTTTGGGTTAAAACAGATTATAATTG--TGTCTG
66 CATAATTGATTTTAAGTTGAA-TTTTTTACATTTT-TGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTG
* * * * **
14685 CCATGGGAAACGTGAAGGAAAAGCCATTCATTGACAAGGGA
129 CCCTAGGAAACGTGAAGAAAAAGCCATTCATTGGCAAGAAA
* * * * * * * *
14726 AGCCCAATTATAGTAATCC-ATGCCTTCGAAAGCCTTAGTACTCGCTTTAAATGGTTTTACAATC
1 AGTCCATTTATAGTCA-CCTATACCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATC
* * * * ** *
14790 TCATAATTAATTTTAGGTTGAATTTTTTTATATTTTTGGTTAAAATAGATTGCAATTAAATGT-T
65 TCATAATTGATTTTAAGTTGAA-TTTTTTACATTTTT-GTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCT
** * * *
14854 TACCTCAAGAAACGTGATG-AGAAGCCCATTCATTGGCAAGAAA
128 GCCCT-AGGAAACGTGAAGAAAAAG-CCATTCATTGGCAAGAAA
* * * **
14897 AGCCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTTGCTTTAAATGGTTTTATAATCT
1 AGTCCATTTATAGTCACCTATACCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCT
* * * * * * * * * *
14962 CATAATTGATTTTAGGTTGGATTTTTTTATATTTTTGGCTAAAACAGATTGTCATTGATTATTTA
66 CATAATTGATTTTAAGTT-GAATTTTTTACATTTTT-GTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTG
* * * *
15027 CCC-CGAGATACGTGATG-AAAACCCATTCATTGGCAAGAAA
129 CCCTAG-GAAACGTGAAGAAAAAGCCATTCATTGGCAAGAAA
* * * * *
15067 AGCCCATTTATAGTCACCCA-AGCCTTTGAAAAGCCTTATTACTCGCTTAAAATGGTTTTATAAT
1 AGTCCATTTATAGTCACCTATA-CC-TTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAAT
* * ** *
15131 CTTATAATTGATTTTAAGTTGGAATTGTTTTACTTTTTTGATTAAATTATATTATAATTGAATGT
64 CTCATAATTGATTTTAAGTT-GAATT-TTTTACATTTTTG-TTAAAACAGATTATAATTGAATGT
* * * * * * * * **
15196 CTACCTTGGGATACATAAAGCAAAAGTCA-TCTATTGGCATTAAA
126 CTGCCCTAGGAAACGTGAAGAAAAAGCCATTC-ATTGGCAAGAAA
* ** ** * *
15240 AGTCCACTTATAGTCA-CTCA-AGCCTTTGAAAGCCTTATTACTC-GGTTAAATAGTTTTACAAT
1 AGTCCATTTATAGTCACCT-ATA-CCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAAT
* **** * * * * *
15302 ATCATAATTGATTTTAAACCCAATTTTTTTATAGTTCTGGTTAAAACATATTATAATTAAATGTC
64 CTCATAATTGATTTTAAGTTGAA-TTTTTTACA-TTTTTGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTC
* * * **
15367 T-ACCTCAGGAAACGTGATGAAAAAGGCATTCATTGATAAGAAA
127 TGCCCT-AGGAAACGTGAAGAAAAAGCCATTCATTGGCAAGAAA
* * * * * * **
15410 AGTCTATTTATAGTC-CTTCATCCCCTCAAAAGCTTTATTAATCACTTTAAATGGTTTTGCAATC
1 AGTCCATTTATAGTCACCT-ATACCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATC
* * *
15474 TCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTACATTTTTGGTTAAAACATATTGTAATTGAATGTCTA
65 TCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTACATTTTT-GTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTG
* * *
15539 CCTTAGGAAACGTGAAGAAAAAGCTATTCATTAGCAAGAAA
129 CCCTAGGAAACGTGAAGAAAAAGCCATTCATTGGCAAGAAA
* * * * * *
15580 AGTCCATTTATAGTCA-CTCATTCTTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTCTAAATGATTTTACAATC
1 AGTCCATTTATAGTCACCT-ATACCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATC
* * * * * * *
15644 TCATAATTGATTTTAGGTTGATTTTTTTTACATTTATGGTCAAAACAGATTGTAATTGAATATTT
65 TCATAATTGATTTTAAGTTGA-ATTTTTTACATTT-TTGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCT
* * * * * *
15709 ACCTTAGGAAATGTGATGAAAAA-CCTATTCACTGACAAGAAA
128 GCCCTAGGAAACGTGAAGAAAAAGCC-ATTCATTGGCAAGAAA
* * * * * *
15751 AGCCCATCTATAGTCACCCT-TGCCTTCAAAAGCCTTACTACTCGCTCTAAATGGTTTTATAATC
1 AGTCCATTTATAGTCA-CCTATACCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATC
* * *
15815 TCATAATTGATTTTAAGTTGAGTTTTTATTACATTTTTAGTTAAAACAGATTGTAATTAAATGT-
65 TCATAATTGATTTTAAGTTGA-ATTTT-TTACATTTTT-GTTAAAACAGATTATAATTGAATGTC
** * * * * *
15879 TTACCTTGGAAAACATGATGAAAAACCCATTCATTAGCAAGAAA
127 TGCCCTAGG-AAACGTGAAGAAAAAGCCATTCATTGGCAAGAAA
* * ** *
15923 AGCCCATTTATAGTCACGC-A-AGCCTTCGAAAGGATTATTACTCACTTTAAATGGTTTCATAAT
1 AGTCCATTTATAGTCAC-CTATA-CCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAAT
* * * * *
15986 CTCATAACTGATTTTAAGTTGAATTGTTTTACATTTATGGTTAAAACATATTATAATTAAATATC
64 CTCATAATTGATTTTAAGTTGAATT-TTTTACATTT-TTGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTC
** * * *
16051 TG-CCTCAGGAAATATAAAGAAAAAGTCATTCATTGACAAGAAA
127 TGCCCT-AGGAAACGTGAAGAAAAAGCCATTCATTGGCAAGAAA
* * * * * * *
16094 AGTCTATTTATTGTCACCCATCCCTTCAAAAGCCTTATTAATCACTTTAAATAGTTTTGTAATCT
1 AGTCCATTTATAGTCACCTATACCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCT
* * * *
16159 CATAATTAATTTTAAGTT-AGATTTTTTGACATTTCTGGATAAAACAGATTATAATTGAATGCCT
66 CATAATTGATTTTAAGTTGA-ATTTTTT-ACATTT-TTGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCT
* * * ** * *
16223 G-CCTCCGGAGATC-TAAAGAAAAAATCATTCAGTAGCAAGAAA
128 GCCCT-AGGA-AACGTGAAGAAAAAGCCATTCATTGGCAAGAAA
* * ** ** * * *
16265 AGTCCATTTATAGTCACCAATCCCCCCAAAAATCTTGTTAATCACTTTAAATGGTTTTTTAATCT
1 AGTCCATTTATAGTCACCTATACCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCT
* * * *
16330 AATAATTAATTTTAAGTTGAATTTGTTTACATTTGTGGTTAAAACAGATTATAATTAAATGTCTG
66 CATAATTGATTTTAAGTTGAATTT-TTTACATTT-TTGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTG
* * * *
16395 CCTTAAGAAACATGAAG-AAAAGGCATTCATTGGCAAGAAA
129 CCCTAGGAAACGTGAAGAAAAAGCCATTCATTGGCAAGAAA
* * * * *
16435 AGTCCATTTATTGTCACCTATTCTTTCAAAAGCCTTATTACTCATTTTAAATGGTTTTGTAATCT
1 AGTCCATTTATAGTCACCTATACCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCT
* * * * * *
16500 CATAATTAATTTTAGGTTGAATTTTCTTACATTTTTAGTTAAAATATATTGTAATTGAATGTCTA
66 CATAATTGATTTTAAGTTGAATTTT-TTACATTTTT-GTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTG
* * *
16565 CCTTGGGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGGCAAGAA
129 CCCTAGGAAACGTGAAGAAAAAGCCATTCATTGGCAAGAA
16605 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 2740, Mismatches: 557, Indels: 228
0.78 0.16 0.06
Matches are distributed among these distances:
167 2 0.00
168 35 0.01
169 458 0.17
170 586 0.21
171 1228 0.45
172 383 0.14
173 48 0.02
ACGTcount: A:0.35, C:0.14, G:0.13, T:0.38
Consensus pattern (169 bp):
AGTCCATTTATAGTCACCTATACCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCT
CATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTACATTTTTGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTGCC
CTAGGAAACGTGAAGAAAAAGCCATTCATTGGCAAGAAA
Found at i:14560 original size:683 final size:673
Alignment explanation
Indices: 13056--16601 Score: 2710
Period size: 683 Copynumber: 5.2 Consensus size: 673
13046 CTTTCAAAAT
* * * * * **
13056 CCTTGTTACTAGCTTTAAATGGTTTTACAATCTT-ATAATTGATTGTAAGCTGAATTTTTACATA
1 CCTTATTACTCGC-TTAAATGGTTTTATAAT-TTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATA
* * * * *
13120 TTTTT-AGTTAAAATAGATTATAATTGAATATTTACCCTT-GAAAACGTG-A-AAAAAAGCTTTC
64 TTTTTGA-TTAAAACAGATTGTAATTGAATGTTTA-CCTTGGAAAACATGAAGAAAAAAGC-ATC
* * * * ** ** *
13181 ATTGGCAAAAAAAGTTCATTTATAGCCACCCATTCCTTTAAAAGCCTTATTGCTCACTTTAAATG
126 ATTGGCAACAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATG
* * * * * ** *
13246 GTTTTATAAACTCATAATTGATTTTAGGTTGAGTTTTCTTATA-TTTTAATTAAAACAAATTATA
191 GTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACATATTATA
* * * * * * * * * *
13310 ATTAAGTGTCTGCCTTAGGCAACATAAAGAAAAAGCTATTCATTGATAACAAAAGTCCACTTATT
256 ATTAAATGTCTGCCTCAGGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGACAAGAAAAGTCTATTTATA
* ** * * * * * * * * *
13375 GTCACTCAT-GTTGTTAAAAGCCTTGTTACTCTCTTTAAATAGATTTATAATCCCATAATTGATT
321 GTCACCCATCCCT-TCAAAAGCCTTATTAATCACTTTAAATGGTTTTACAATCTCATAATTAATT
* * * * * * ** * *
13439 TTAGGTTTAATTATTTTACATTTTTGATTAAAATAGAA-TATAATTGAATGTTTTTCTAAAGAAA
385 TTAAGTTGAATT-TTTTATATTTTTGGTTAAAA-AAAATTGTAATTGAATGTTTACCTTAGGAAA
* * * ** * * * * *
13503 TGTGAAG--AAAGTCATTCATTCACAAGAAAAGCCCATTTATAGTCTTCC-AAGCTTTCGAAAGC
448 CGTGAAGAAAAAGCCCTTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTC-ACCTATGCCTTCAAAAGC
* * * *
13565 CTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTTAAGTTTTTTACATA
512 CTTATTACTTGC-TTAAAT-GTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAGGTTGAATTTTTTTAC--A
* * * * * *** ** **
13630 TTTTTTTAAAACAGATTATAATTGAATATTTGCCCTAAAAAATATGAACAAAAAGCCATTCATTG
573 TTTATGTAAAACAGATTGTAATTG-A-ATTTACCTTGGGAAACGTGATGAAAAA-CCATTCATTG
** * * * * **
13695 GTGAGAGAAGTCCATTTATTGTCACCTATA-CCTTCAAAAG
635 GCAAGAAAAGCCCA-TTATAGTCACCCA-AGCCTTTGAAAG
* * * * *
13735 CCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTTGTAATCTCATAATTGATTTTAAATTGTA-TTTTTTACT
1 CCTTATTACTCGC-TTAAATGG-TTTTATAATTTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTA-T
* * * * * ** *
13799 -TTTTT-AGTTAAAATAAATTATAATTGAATGTCTGCC-TCAAGAAACGTGAAG-AAAAAGCCAT
63 ATTTTTGA-TTAAAACAGATTGTAATTGAATGTTTACCTTGGA-AAACATGAAGAAAAAAG-CAT
* *** ** * *
13860 CTACTAATATGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGCCTTTGAAAGCCTTATTACTCTCTTTAAA
125 C-ATTGGCAACAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCACTTTAAA
* * * * * *
13925 TGGTTTTAAAATCTAATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTTATATTTTTTGTTAAAA-AAATT
189 TGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAA-TTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACATATT
* * * * * *
13989 ATAATTGAATGTCTGCCATGA-GAAACATGAAGAAAAAGCCA-TCTATTGATATGAGAA-TTTCA
253 ATAATTAAATGTCTGCC-TCAGGAAACATGAAGAAAAAGCCATTC-ATTGACAAGAAAAGTCT-A
* * * * * *
14051 TTTATAATCACCCATGCCTTCGAAAGCCTTATTACT-AGTGTTAAATGGTTTTATAATCTCATAA
315 TTTATAGTCACCCATCCCTTCAAAAGCCTTATTAATCACT-TTAAATGGTTTTACAATCTCATAA
* * * *
14115 TTGATTTTAAGTTCAATTGATTTTATATTTTTGAG-TAAAAAAAATTATAATTGAATGTTTGCCT
379 TTAATTTTAAGTTGAATT--TTTTATATTTTTG-GTTAAAAAAAATTGTAATTGAATGTTTACCT
* * * *
14179 TAGGAAACATGAAGAAAAAGCCCTTCATTGGTAAGAGAAGTCCATTTACAGTCACCTATGCCTTC
441 TAGGAAACGTGAAGAAAAAGCCCTTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCTATGCCTTC
* * * *
14244 AAAAGCCTTATTACTTGCATTAAATAGTTTCATAATCTCATTATTGATTTTAAGTTGAATTTGTT
506 AAAAGCCTTATTACTTGC-TTAAAT-GTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAGGTTGAATTTTTT
* *** * * * ** *
14309 TACATCTAAT-TAAAATTTATTATAATTGAATGTAAGCCTTGGGAAACGTGAAGCAAAAGTCATC
569 TACAT-TTATGTAAAACAGATTGTAATTGAAT-TTA-CCTTGGGAAACGTGATG-AAAAACCATT
* * * ***
14373 CATTGGTATA-AAAAGTCCACTTGTAGTCGTTCAAGCCTTTGAAAG
630 CATTGGCA-AGAAAAGCCCA-TTATAGTCACCCAAGCCTTTGAAAG
* * * *
14418 CCTTATTACTCGCGTTAGATAGTTTTACAATTTCATAATTGATTTTACGTTGAATTTTTTTATAT
1 CCTTATTACTCGC-TTAAATGGTTTTATAATTTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATAT
* * * * *
14483 TTTTGATTAAAACAGATTGTAATTGATTGTTTGCTTTAGAAAACATGAAGAAAAAAGCATCGATG
65 TTTTGATTAAAACAGATTGTAATTGAATGTTTACCTTGGAAAACATGAAGAAAAAAGCATC-ATT
* * * ** * * * * *
14548 GGGAACAAAAGTCCCTTTATAGTCACCCATCCCCTCAAAAGCCTTATTAATAACTTTAAATGATT
129 GGCAACAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTT
* * * * * *
14613 TTGTAATCTCATAATTAATATTCAGTTGAATTTTTTTACATTTTGGGTTAAAACAGATTATAATT
194 TTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACATATTATAATT
* * * * ** * * *
14678 --GTGTCTGCCAT-GGGAAACGTGAAGGAAAAGCCATTCATTGACAAGGGAAGCCCAATTATAGT
259 AAATGTCTGCC-TCAGGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGACAAGAAAAGTCTATTTATAGT
* * * * * * *
14740 AATCCATGCCTTCGAAAGCCTTAGTACTCGCTTTAAATGGTTTTACAATCTCATAATTAATTTTA
323 CACCCATCCCTTCAAAAGCCTTATTAATCACTTTAAATGGTTTTACAATCTCATAATTAATTTTA
* * * * * * *
14805 GGTTGAATTTTTTTATATTTTTGGTTAAAATAGATTGCAATTAAATGTTTACCTCAAGAAACGTG
388 AGTTGAA-TTTTTTATATTTTTGGTTAAAAAAAATTGTAATTGAATGTTTACCTTAGGAAACGTG
* * * *
14870 ATG-AGAAGCCCATTCATTGGCAAGAAAAGCCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCAAAAGCCTTA
452 AAGAAAAAGCCC-TTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCTATGCCTTCAAAAGCCTTA
* * *
14934 TTACTTGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAGGTTGGATTTTTTTATATTTTTG
516 TTACTTGC-TTAAAT-GTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAGGTTGAATTTTTTTACATTTAT-
* ** * * *
14999 GCTAAAACAGATTGTCATTGATTATTTACCCCGAGATACGTGATGAAAACCCATTCATTGGCAAG
578 G-TAAAACAGATTGTAATTGA--ATTTACCTTGGGAAACGTGATGAAAAACCATTCATTGGCAAG
15064 AAAAGCCCATTTATAGTCACCCAAGCCTTTGAAAAG
640 AAAAGCCCA-TTATAGTCACCCAAGCCTTTG-AAAG
*
15100 CCTTATTACTCGCTTAAAATGGTTTTATAATCTT-ATAATTGATTTTAAGTTGGAATTGTTTTAC
1 CCTTATTACTCGCTT-AAATGGTTTTATAAT-TTCATAATTGATTTTAAGTT-GAATTTTTTTA-
** * * * * * * *
15164 T-TTTTTGATTAAATTATATTATAATTGAATGTCTACCTTGGGATACATAAAG-CAAAAGTCATC
62 TATTTTTGATTAAAACAGATTGTAATTGAATGTTTACCTTGGAAAACATGAAGAAAAAAG-CATC
** * * **
15227 TATTGGCATTAAAAGTCCACTTATAGTCACTCAAGCCTTTGAAAGCCTTATTACTC-GGTTAAAT
126 -ATTGGCAACAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCACTTTAAAT
* * * **** * * *
15291 AGTTTTACAATATCATAATTGATTTTAAACCCAATTTTTTTATAGTTCTGGTTAAAACATATTAT
190 GGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACATATTAT
* * * * *
15356 AATTAAATGTCTACCTCAGGAAACGTGATGAAAAAGGCATTCATTGATAAGAAAAGTCTATTTAT
255 AATTAAATGTCTGCCTCAGGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGACAAGAAAAGTCTATTTAT
* * * * *
15421 AGTC-CTTCATCCCCTCAAAAGCTTTATTAATCACTTTAAATGGTTTTGCAATCTCATAATTGAT
320 AGTCAC-CCATCCCTTCAAAAGCCTTATTAATCACTTTAAATGGTTTTACAATCTCATAATTAAT
* * * *
15485 TTTAAGTTGAATTTTTTACATTTTTGGTTAAAACATATTGTAATTGAATGTCTACCTTAGGAAAC
384 TTTAAGTTGAATTTTTTATATTTTTGGTTAAAAAAAATTGTAATTGAATGTTTACCTTAGGAAAC
** * * *
15550 GTGAAGAAAAAGCTATTCATTAGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCA-CTCATTCTTTCAAAAGCC
449 GTGAAGAAAAAGCCCTTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCT-ATGCCTTCAAAAGCC
* * *
15614 TTATTACTCGCTCTAAATGATTTTACAATCTCATAATTGATTTTAGGTTGATTTTTTTTACATTT
513 TTATTACTTGCT-TAAATG-TTTTATAATCTCATAATTGATTTTAGGTTGAATTTTTTTACATTT
* * * *
15679 ATGGTCAAAACAGATTGTAATTGAATATTTACCTTAGGAAATGTGATGAAAAACCTATTCACTGA
576 AT-GT-AAAACAGATTGTAATTG-A-ATTTACCTTGGGAAACGTGATGAAAAACC-ATTCATTGG
** **
15744 CAAGAAAAGCCCATCTATAGTCACCCTTGCCTTCAAAAG
636 CAAGAAAAGCCCAT-TATAGTCACCCAAGCCTTTGAAAG
* * * *
15783 CCTTACTACTCGCTCTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAGTTTTTATTACA
1 CCTTATTACTCGCT-TAAATGGTTTTATAATTTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTT-TTATA
* * **
15848 TTTTT-AGTTAAAACAGATTGTAATTAAATGTTTACCTTGGAAAACATGATGAAAAACCCATTCA
64 TTTTTGA-TTAAAACAGATTGTAATTGAATGTTTACCTTGGAAAACATGAAGAAAAAAGCA-TCA
* * * * **
15912 TTAGCAAGAAAAGCCCATTTATAGTCACGCAAGCCTTCGAAAGGATTATTACTCACTTTAAATGG
127 TTGGCAACAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGG
* * * *
15977 TTTCATAATCTCATAACTGATTTTAAGTTGAATTGTTTTACATTTATGGTTAAAACATATTATAA
192 TTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACATATTATAA
* * * * *
16042 TTAAATATCTGCCTCAGGAAATATAAAGAAAAAGTCATTCATTGACAAGAAAAGTCTATTTATTG
257 TTAAATGTCTGCCTCAGGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGACAAGAAAAGTCTATTTATAG
* **
16107 TCACCCATCCCTTCAAAAGCCTTATTAATCACTTTAAATAGTTTTGTAATCTCATAATTAATTTT
322 TCACCCATCCCTTCAAAAGCCTTATTAATCACTTTAAATGGTTTTACAATCTCATAATTAATTTT
* * * * * * ** * ** *
16172 AAGTT-AGATTTTTTGACATTTCTGGATAAAACAGATTATAATTGAATGCCTGCCTCCGGAGATC
387 AAGTTGA-ATTTTTT-ATATTTTTGGTTAAAAAAAATTGTAATTGAATGTTTACCTTAGGA-AAC
* ** * * * * * ** **
16236 -TAAAGAAAAAATCATTCAGTAGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCAATCCCCCCAAAAATCT
449 GTGAAGAAAAAGCCCTTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCTATGCCTTCAAAAGCCT
* * ** * * * * * *
16300 TGTTAATCACTTTAAATGGTTTTTTAATCTAATAATTAATTTTAAGTTGAATTTGTTTACATTTG
514 TATTACTTGC-TTAAAT-GTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAGGTTGAATTTTTTTACATTTA
* * * ** * * **
16365 TGGTTAAAACAGATTATAATTAAATGTCTGCCTTAAGAAACATGAAGAAAAGGCATTCATTGGCA
577 T-G-TAAAACAGATTGTAATTGAAT-T-TACCTTGGGAAACGTGATGAAAAACCATTCATTGGCA
* * * ** *
16430 AGAAAAGTCCATTTATTGTCA-CCTATTCTTTCAAAAG
638 AGAAAAGCCCA-TTATAGTCACCCAAGCCTTT-GAAAG
** * * * * * *
16467 CCTTATTACTCATTTTAAATGGTTTTGTAATCTCATAATTAATTTTAGGTTGAATTTTCTTACAT
1 CCTTATTACTC-GCTTAAATGGTTTTATAATTTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATAT
* * * *
16532 TTTT-AGTTAAAATATATTGTAATTGAATGTCTACCTTGGGAAACATGAAG-AAAAAGCCATTCA
65 TTTTGA-TTAAAACAGATTGTAATTGAATGTTTACCTTGGAAAACATGAAGAAAAAAG-CA-TCA
16595 TTGGCAA
127 TTGGCAA
16602 GAANNNNNNN
Statistics
Matches: 2301, Mismatches: 479, Indels: 170
0.78 0.16 0.06
Matches are distributed among these distances:
677 1 0.00
678 3 0.00
679 72 0.03
680 179 0.08
681 232 0.10
682 327 0.14
683 768 0.33
684 442 0.19
685 271 0.12
686 6 0.00
ACGTcount: A:0.35, C:0.14, G:0.13, T:0.38
Consensus pattern (673 bp):
CCTTATTACTCGCTTAAATGGTTTTATAATTTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATT
TTTGATTAAAACAGATTGTAATTGAATGTTTACCTTGGAAAACATGAAGAAAAAAGCATCATTGG
CAACAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTT
ATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACATATTATAATTAA
ATGTCTGCCTCAGGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGACAAGAAAAGTCTATTTATAGTCAC
CCATCCCTTCAAAAGCCTTATTAATCACTTTAAATGGTTTTACAATCTCATAATTAATTTTAAGT
TGAATTTTTTATATTTTTGGTTAAAAAAAATTGTAATTGAATGTTTACCTTAGGAAACGTGAAGA
AAAAGCCCTTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCTATGCCTTCAAAAGCCTTATTACT
TGCTTAAATGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAGGTTGAATTTTTTTACATTTATGTAAAACA
GATTGTAATTGAATTTACCTTGGGAAACGTGATGAAAAACCATTCATTGGCAAGAAAAGCCCATT
ATAGTCACCCAAGCCTTTGAAAG
Found at i:15219 original size:854 final size:853
Alignment explanation
Indices: 13024--16604 Score: 3370
Period size: 854 Copynumber: 4.2 Consensus size: 853
13014 NNNNNNNNNN
* * * * *
13024 AGTCCATTTATAGTCAC-CTATTCTTTCAAAATCCTTGTTACTAGCTTTAAATGGTTTTACAATC
1 AGTCCATTTATAGTCACTC-ATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTACAATC
* * * * ** * *
13088 TTATAATTGATTGTAAGCTGAATTTTTACATATTTTTAGTTAAAATAGATTATAATTGAATATTT
65 TCATAATTGATTTTAGGTTGAATTTTTTTATATTTTTAGTTAAAATAGATTGTAATTGAATGTTT
** * * * ** * *
13153 ACC-CTTGAAAACGTGAAAAAAAG-CTTTCATTGGCAAAAAAAGTTCATTTATAGCCACCCATTC
130 ACCTCAAG-AAACGTGAAGAAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAGCCCATTTATAGTCACCCATGC
* * * * *
13216 CTTTAAAAGCCTTATTGCTCACTTTAAATGGTTTTATAAACTCATAATTGATTTTAGGTTGAGTT
194 CTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAGTT
* * * * * * * *
13281 TTCTTATA-TTTTAATTAAAACAAATTATAATTAAGTGTCTGCCTTAGG-CAACATAAAGAAAAA
259 TTTTTATATTTTTAGTTAAAACAAATTATAATTAAATGTTTCCCTGAGGAAAACATGAAGAAAAA
* * ** * * * * * * * * *
13344 GCTATTCATTGATAACAAAAGTCCACTTATTGTCACTCATG--TTGTTAAAAGCCTTGTTACTCT
324 CCCATTCATTGGCAAGAAAAGCCCATTTATAGTCACCCAAGCCTT-TGAAAAGCCTTATTACTCG
* * * *
13407 CTTTAAATAGATTT-ATAATCCCATAATTGATTTTAGGTTTAATTATTTTACATTTTTGATTAAA
388 CTTTAAATAG-TTTCATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTGTTTTACATTTTTGATTAAA
* * * ** * * ** * * *
13471 ATAGAATATAATTGAATGTTTTTCTAAAGAAATGTGAAG--AAAGTCATTCATTCACAAGAAAAG
452 ATATATTATAATTGAATGTCTACCTTAGGAAACATAAAGCAAAAGTCATCCATTGACAAGAAAAG
* * * * * *
13534 CCCATTTATAGTC-TTCCAAG-CTTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCT
517 TCCACTTATAGTCACT-CAAGCCTTT-GAAAGCCTTATTACTCGCGTTAAATAGTTTTACAATCT
* * *
13597 CATAATTGATTTTAAGTTTAAGTTTTTTACATATTTTT--TTAAAACAGATTATAATTGAATATT
580 CATAATTGATTTTAAG-TTAA-TTTTTT-TATATTTTTGATTAAAACAGATTATAATTGAATGTC
* * * * * * * *
13660 TGCCCTAAAAAATATGAA-CAAAAAGCCATTCATTGGTG-AGAGAAGTCCATTTATTGTCACCTA
642 TGCCCCAGAAAACATGAAGAAAAAAG-CATTCA-TGGGGAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCA
* * * * *
13723 TACCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTTGTAATCTCATAATTGATTTTAAATTG
705 TCCCCTCAAAAGCCTTATTAATCACTTTAAATGG-TTTTGTAATCTCATAATTAATTTTAAGTTG
* * ** * * *
13788 TATTTTTTACTTTTTTAGTTAAAATAAATTATAATTGAATGTCTGCCTCAAGAAACGTGAAGAAA
769 AATTTTTTACATTTTGGGTTAAAACAGATTATAATTG-ATGTCTGCCTTAAGAAACGTGAAGAAA
* * * *
13853 AAGCCA-TCTACTAATATGAAA
833 AAGCCATTC-ATTGACAAGAAA
* ** * *
13874 AGTCCATTTATAGTCACTCAAGCCTTTGAAAGCCTTATTACTCTCTTTAAATGGTTTTAAAATCT
1 AGTCCATTTATAGTCACTCATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTACAATCT
* * * * * * *
13939 AATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTTATATTTTTTGTTAAAA-AAATTATAATTGAATGTCT
66 CATAATTGATTTTAGGTTGAA-TTTTTTTATATTTTTAGTTAAAATAGATTGTAATTGAATGTTT
* * * ** * * *** *
14003 GCCAT-GAGAAACATGAAGAAAAAGCCA-TCTATTGATATGAGAATTTCATTTATAATCACCCAT
130 ACC-TCAAGAAACGTGAAG-AAAAGCCATTC-ATTGGCAAGAAAAGCCCATTTATAGTCACCCAT
* * *
14066 GCCTTCGAAAGCCTTATTACTAG-TGTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTCA
192 GCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCT-TTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGA
* * * * * *
14130 ATTGATTTTATATTTTTGAG-TAAAAAAAATTATAATTGAATGTTTGCCTTAGG-AAACATGAAG
256 GTT-TTTTTATATTTTT-AGTTAAAACAAATTATAATTAAATGTTTCCCTGAGGAAAACATGAAG
* * * * * * *
14193 AAAAAGCCC-TTCATTGGTAAGAGAAGTCCATTTACAGTCACCTATGCC-TTCAAAAGCCTTATT
319 AAAAA-CCCATTCATTGGCAAGAAAAGCCCATTTATAGTCACCCAAGCCTTTGAAAAGCCTTATT
* * * * *
14256 ACTTGCATTAAATAGTTTCATAATCTCATTATTGATTTTAAGTTGAATT-TGTTTACA--TCTAA
383 ACTCGCTTTAAATAGTTTCATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTGT-TTTACATTTTTGA
* * * * * **
14318 TTAAAATTTATTATAATTGAATGT-AAGCCTTGGGAAACGTGAAGCAAAAGTCATCCATTGGTAT
447 TTAAAATATATTATAATTGAATGTCTA-CCTTAGGAAACATAAAGCAAAAGTCATCCATTGACA-
* ** *
14382 A-AAAAGTCCACTTGTAGTCGTTCAAGCCTTTGAAAGCCTTATTACTCGCGTTAGATAGTTTTAC
510 AGAAAAGTCCACTTATAGTCACTCAAGCCTTTGAAAGCCTTATTACTCGCGTTAAATAGTTTTAC
* * * *
14446 AATTTCATAATTGATTTTACGTTGAATTTTTTTATATTTTTGATTAAAACAGATTGTAATTGATT
575 AATCTCATAATTGATTTTAAGTT-AATTTTTTTATATTTTTGATTAAAACAGATTATAATTGAAT
* *** * *
14511 GTTTGCTTTAGAAAACATGAAGAAAAAAGCA-TCGATGGGGAACAAAAGTCCCTTTATAGTCACC
639 GTCTGCCCCAGAAAACATGAAGAAAAAAGCATTC-ATGGGGAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACC
* * * *
14575 CATCCCCTCAAAAGCCTTATTAATAACTTTAAATGATTTTGTAATCTCATAATTAATATTCAGTT
703 CATCCCCTCAAAAGCCTTATTAATCACTTTAAATGGTTTTGTAATCTCATAATTAATTTTAAGTT
* ** *
14640 GAATTTTTTTACATTTTGGGTTAAAACAGATTATAATTG-TGTCTGCCATGGGAAACGTGAAGGA
768 GAA-TTTTTTACATTTTGGGTTAAAACAGATTATAATTGATGTCTGCCTTAAGAAACGTGAAGAA
**
14704 AAAGCCATTCATTGACAAGGGA
832 AAAGCCATTCATTGACAAGAAA
* * * * *
14726 AGCCCAATTATAGT-AATCCATGCCTTCGAAAGCCTTAGTACTCGCTTTAAATGGTTTTACAATC
1 AGTCCATTTATAGTCACT-CATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTACAATC
* * * *
14790 TCATAATTAATTTTAGGTTGAATTTTTTTATATTTTTGGTTAAAATAGATTGCAATTAAATGTTT
65 TCATAATTGATTTTAGGTTGAATTTTTTTATATTTTTAGTTAAAATAGATTGTAATTGAATGTTT
* *
14855 ACCTCAAGAAACGTGATGAGAAGCCCATTCATTGGCAAGAAAAGCCCATTTATAGTCACCCATGC
130 ACCTCAAGAAACGTGAAGAAAAG-CCATTCATTGGCAAGAAAAGCCCATTTATAGTCACCCATGC
* *
14920 CTTCAAAAGCCTTATTACTTGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAGGTTG-GAT
194 CTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAG-T
* * * * * * * * * * * *
14984 TTTTTTATATTTTTGGCTAAAACAGATTGTCATTGATTATTTACCCCGA-G-ATACGTGATG-AA
258 TTTTTTATATTTTTAGTTAAAACAAATTATAATTAAATGTTT-CCCTGAGGAAAACATGAAGAAA
15046 AACCCATTCATTGGCAAGAAAAGCCCATTTATAGTCACCCAAGCCTTTGAAAAGCCTTATTACTC
322 AACCCATTCATTGGCAAGAAAAGCCCATTTATAGTCACCCAAGCCTTTGAAAAGCCTTATTACTC
* * * * *
15111 GCTTAAAATGGTTTTATAATCTTATAATTGATTTTAAGTTGGAATTGTTTTACTTTTTTGATTAA
387 GCTTTAAATAGTTTCATAATCTCATAATTGATTTTAAGTT-GAATTGTTTTACATTTTTGATTAA
* * * * * **
15176 ATTATATTATAATTGAATGTCTACCTTGGGATACATAAAGCAAAAGTCATCTATTGGCATTAAAA
451 AATATATTATAATTGAATGTCTACCTTAGGAAACATAAAGCAAAAGTCATCCATTGACAAGAAAA
*
15241 GTCCACTTATAGTCACTCAAGCCTTTGAAAGCCTTATTACTCG-GTTAAATAGTTTTACAATATC
516 GTCCACTTATAGTCACTCAAGCCTTTGAAAGCCTTATTACTCGCGTTAAATAGTTTTACAATCTC
*** * * * * * *
15305 ATAATTGATTTTAAACCCAATTTTTTTATAGTTCTGGTTAAAACATATTATAATTAAATGTCTAC
581 ATAATTGATTTT-AAGTTAATTTTTTTATATTTTTGATTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTGC
* * * * * * ** * *
15370 CTCAGGAAACGTGATGAAAAAGGCATTCATTGATAAGAAAAGTCTATTTATAGTC-CTTCATCCC
645 CCCAGAAAACATGAAGAAAAAAGCATTCATGGGGAAGAAAAGTCCATTTATAGTCAC-CCATCCC
* * *
15434 CTCAAAAGCTTTATTAATCACTTTAAATGGTTTTGCAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTT
709 CTCAAAAGCCTTATTAATCACTTTAAATGGTTTTGTAATCTCATAATTAATTTTAAGTTGAATTT
* * * * * *
15499 TTTACATTTTTGGTTAAAACATATTGTAATTGAATGTCTACCTTAGGAAACGTGAAGAAAAAGCT
774 TTTACATTTTGGGTTAAAACAGATTATAATTG-ATGTCTGCCTTAAGAAACGTGAAGAAAAAGCC
15564 ATTCATT-AGCAAGAAA
838 ATTCATTGA-CAAGAAA
* * * *
15580 AGTCCATTTATAGTCACTCATTCTTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTCTAAATGATTTTACAATCT
1 AGTCCATTTATAGTCACTCATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTACAATCT
* * * * * * *
15645 CATAATTGATTTTAGGTTGATTTTTTTTACATTTATGGTCAAAACAGATTGTAATTGAATATTTA
66 CATAATTGATTTTAGGTTGAATTTTTTTATATTTTTAGTTAAAATAGATTGTAATTGAATGTTTA
* * * * * * * * *
15710 CCTTAGGAAATGTGATGAAAAACCTATTCACTGACAAGAAAAGCCCATCTATAGTCACCCTTGCC
131 CCTCAAGAAACGTGAAGAAAAGCC-ATTCATTGGCAAGAAAAGCCCATTTATAGTCACCCATGCC
* *
15775 TTCAAAAGCCTTACTACTCGCTCTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAGTTT
195 TTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAGTTT
* * * * * *
15840 TTATTACATTTTTAGTTAAAACAGATTGTAATTAAATGTTTACCT-TGGAAAACATGATGAAAAA
260 TT-TTATATTTTTAGTTAAAACAAATTATAATTAAATGTTTCCCTGAGGAAAACATGAAGAAAAA
* * * ** *
15904 CCCATTCATTAGCAAGAAAAGCCCATTTATAGTCACGCAAGCCTTCG-AAAGGATTATTACTCAC
324 CCCATTCATTGGCAAGAAAAGCCCATTTATAGTCACCCAAGCCTTTGAAAAGCCTTATTACTCGC
* * * * *
15968 TTTAAATGGTTTCATAATCTCATAACTGATTTTAAGTTGAATTGTTTTACATTTATGGTTAAAAC
389 TTTAAATAGTTTCATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTGTTTTACATTTTTGATTAAAAT
* * * * * * *
16033 ATATTATAATTAAATATCTGCCTCAGGAAATATAAAGAAAAAGTCATTCATTGACAAGAAAAGTC
454 ATATTATAATTGAATGTCTACCTTAGGAAACATAAAGCAAAAGTCATCCATTGACAAGAAAAGTC
* * * * ** ** * * * **
16098 TATTTATTGTCACCCATCCCTTCAAAAGCCTTATTAATCACTTTAAATAGTTTTGTAATCTCATA
519 CACTTATAGTCACTCAAGCCTTTGAAAGCCTTATTACTCGCGTTAAATAGTTTTACAATCTCATA
* * * * *
16163 ATTAATTTTAAGTTAGATTTTTTGACATTTCTGGA-TAAAACAGATTATAATTGAATGCCTGCCT
584 ATTGATTTTAAGTTA-ATTTTTTTATATTT-TTGATTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTGCC-
* * * * * * * *
16227 CCGGAGATC-TAAAGAAAAAATCATTCA-GTAGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCAATCCCC
646 CCAGAAAACATGAAGAAAAAAGCATTCATG-GGGAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATCCCC
* ** * * *
16290 CCAAAAATCTTGTTAATCACTTTAAATGGTTTTTTAATCTAATAATTAATTTTAAGTTGAATTTG
710 TCAAAAGCCTTATTAATCACTTTAAATGGTTTTGTAATCTCATAATTAATTTTAAGTTGAATTT-
* * *
16355 TTTACA-TTTGTGGTTAAAACAGATTATAATTAAATGTCTGCCTTAAGAAACATGAAG-AAAAGG
774 TTTACATTTTG-GGTTAAAACAGATTATAATT-GATGTCTGCCTTAAGAAACGTGAAGAAAAAGC
*
16418 CATTCATTGGCAAGAAA
837 CATTCATTGACAAGAAA
* * * ** **
16435 AGTCCATTTATTGTCAC-CTATTCTTTCAAAAGCCTTATTACTCATTTTAAATGGTTTTGTAATC
1 AGTCCATTTATAGTCACTC-ATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTACAATC
* * * * *
16499 TCATAATTAATTTTAGGTTGAATTTTCTTACATTTTTAGTTAAAATATATTGTAATTGAATGTCT
65 TCATAATTGATTTTAGGTTGAATTTTTTTATATTTTTAGTTAAAATAGATTGTAATTGAATGTTT
*** *
16564 ACCTTGGGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGGCAAGAA
130 ACCTCAAGAAACGTGAAG-AAAAGCCATTCATTGGCAAGAA
16605 NNNNNNNNNN
Statistics
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Consensus pattern (853 bp):
AGTCCATTTATAGTCACTCATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTACAATCT
CATAATTGATTTTAGGTTGAATTTTTTTATATTTTTAGTTAAAATAGATTGTAATTGAATGTTTA
CCTCAAGAAACGTGAAGAAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAGCCCATTTATAGTCACCCATGCCT
TCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAGTTTT
TTTATATTTTTAGTTAAAACAAATTATAATTAAATGTTTCCCTGAGGAAAACATGAAGAAAAACC
CATTCATTGGCAAGAAAAGCCCATTTATAGTCACCCAAGCCTTTGAAAAGCCTTATTACTCGCTT
TAAATAGTTTCATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTGTTTTACATTTTTGATTAAAATAT
ATTATAATTGAATGTCTACCTTAGGAAACATAAAGCAAAAGTCATCCATTGACAAGAAAAGTCCA
CTTATAGTCACTCAAGCCTTTGAAAGCCTTATTACTCGCGTTAAATAGTTTTACAATCTCATAAT
TGATTTTAAGTTAATTTTTTTATATTTTTGATTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTGCCCCAGA
AAACATGAAGAAAAAAGCATTCATGGGGAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATCCCCTCAAAA
GCCTTATTAATCACTTTAAATGGTTTTGTAATCTCATAATTAATTTTAAGTTGAATTTTTTACAT
TTTGGGTTAAAACAGATTATAATTGATGTCTGCCTTAAGAAACGTGAAGAAAAAGCCATTCATTG
ACAAGAAA
Found at i:16447 original size:21 final size:20
Alignment explanation
Indices: 16409--16447 Score: 51
Period size: 20 Copynumber: 1.9 Consensus size: 20
16399 AAGAAACATG
*
16409 AAGAAAAGGCATTCATTGGC
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*
16429 AAGAAAAGTCCATTTATTG
1 AAGAAAAG-CCATTCATTG
16448 TCACCTATTC
Statistics
Matches: 16, Mismatches: 2, Indels: 1
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Matches are distributed among these distances:
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21 8 0.50
ACGTcount: A:0.41, C:0.13, G:0.21, T:0.26
Consensus pattern (20 bp):
AAGAAAAGCCATTCATTGGC
Found at i:17120 original size:171 final size:168
Alignment explanation
Indices: 16780--22235 Score: 2481
Period size: 171 Copynumber: 32.1 Consensus size: 168
16770 AAGAAACTCT
* ** * ** * * *
16780 ACTTAAAATCAATTATGAGTTTATAAAACCGTTTAAAGTGAGAAATAAGGCTTTTGAAGGAATGA
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* * * * * * *
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* * ** *
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* * * * * * *
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65 GTGACTATAAATGGACTTTTCTTGTCAAAGAATGCGTTTTTCTTCACGTTTC-TAAGGCAGACA-
* *
17081 TTACTTATAA-CTTGTTTTAACTAAAAATGTAAGAAAATTCA
128 TTAATTATAATC-TGTTTTAACTAAAAATGTAAAAAAATTCA
* * * ** * * *
17122 A-TCTAAAATGAATGACAAGTTTATAAAACTATTTAAAGTGAA-CAATAAGGA-TTTTGAAGGAA
1 ACT-TAAAATCAATTATAAAATTATAAAAC-ATTTAAAG-CAAGTAATAA-GACTTTTGAAGGCA
* * * * * * *
17184 TGTGTTACTATAAATGGATTTTTCTTGTCAATGAAAG-GCTTTTTCTTCACGTTTCTAAGGGTAA
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* * * * *
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* * * *
17294 ACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCACGTAATAAGGCTTTTGAAGGCATGA
1 ACTTAAAATCAATTATAAAATTATAAAA-CATTTAAAGCAAGTAATAAGACTTTTGAAGGCATGA
* *
17359 GTGACTATAAATGGACTTTTCTTGT-AAACGAATGAC-TTTTTCTTTACGTTTCCCAAGGCAGAC
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** * *
17422 ATTTGTTAGAATCTGTTTTAACCAAAAATGT-AAAAAATTCA
127 ATTAATTATAATCTGTTTTAACTAAAAATGTAAAAAAATTCA
** * * * *
17463 ACTTAAAATCAATTATTGAATTATAAAACATTTAAAAGCGAGT-ATAAAGACTTCTGATGGTATG
1 ACTTAAAATCAATTATAAAATTATAAAACATTT-AAAGCAAGTAAT-AAGACTTTTGAAGGCATG
* * * * **
17527 -GCT-ACTAT-AAGGAGACCTTTT-TATGCCTAATGGCAA--C--TTTTCGATCTTG-TTCATAA
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*** * * * * * *
17583 AATAGACATTCAACTACAATATATTTTAA-TCAAAAATATAAAAAAATTTA
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** * * * *
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1 ACTTAAAATCAATTATAAAATTATAAAAC--ATTTAAAGCAAGTAATAAGACTTTTGAAGGCAT-
* * * * * *
17697 GGGTGACTATAAATGGGCTTTTCTTGTGAATGAATAGC-TTTTTCTTCAGGTTTC-AA-GTAGTA
63 GAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGTCAAAGAAT-GCGTTTTTCTTCACGTTTCTAAGGCAG-A
* * * ** * * *
17759 -A-AAACT-TAAT-TATAATAACCAAAAATGTAAGAAAATTTA
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* * * *** * * * *
17798 ACCTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAATGAGTAATAAGGCTTTTAAAGGAATGG
1 ACTTAAAATCAATTATAAAATTATAAAAC-ATTTAAAGCAAGTAATAAGACTTTTGAAGGCATGA
* * * * * * ** *
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* * *
17927 TTCAATTAGAATCTGTTTTAACAAAAAATGTAAGAAAATTCA
128 TT-AATTATAATCTGTTTTAACTAAAAATGTAAAAAAATTCA
* * * ** * * * * * *
17969 ACCTAAAATCAATTATAAGATTACAAAACTATTTAAAGTGAGTAATAAGGCCTTCGAAAGAATGG
1 ACTTAAAATCAATTATAAAATTATAAAAC-ATTTAAAGCAAGTAATAAGACTTTTGAAGGCATGA
* ** * * * * * *
18034 GTGACAATAAATAAACTTTTCTTGCCAATAAAAAGC-TTTTTCTTCATGTTTCTTGAGGCAAACA
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* * * *
18098 TTCAATTATAATCTATTTTATCCAAAAATGTAAATAAATTCA
128 TT-AATTATAATCTGTTTTAACTAAAAATGTAAAAAAATTCA
* * * ** * * *
18140 ACTTAAAATCAATTATGAGATTACTAAACCATTTAAAGTGATTAATAAGGCGTTTT-AAGGGATG
1 ACTTAAAATCAATTATAAAATTA-TAAAACATTTAAAGCAAGTAATAAGAC-TTTTGAAGGCATG
* * * * ** * *
18204 AGTGACCATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGCCTTTTT-TT-ATATATTACCTGAGGCAAA
64 AGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGTCAAAGAATGCGTTTTTCTTCACGT-TT--CTAAGGCAGA
* *
18267 CATTCAATTATAATCTG-TTTACACTAGAAATGTAAAACAATTCA
126 CATT-AATTATAATCTGTTTTA-ACTAAAAATGTAAAAAAATTCA
* * * ** * * *
18311 ACTTAAAATCAATTATGAGATTACAAAACTATTTAAAGTGATTAATAAGACTTTTGAGGGGAT-A
1 ACTTAAAATCAATTATAAAATTATAAAAC-ATTTAAAGCAAGTAATAAGACTTTTGAAGGCATGA
* * * * * * *
18375 GATGACTATAAATGGACTTTTCTTCTCAACGAGTGCCTTTTTCTTCACATTTCTTGAA-GTAGGC
65 G-TGACTATAAATGGACTTTTCTTGTCAAAGAATGCGTTTTTCTTCACGTTTC-T-AAGGCAGAC
18439 ATTCAATTATAATCTGTTTTAAGC-AAAAATGTAAAAAAA-TCTA
127 ATT-AATTATAATCTGTTTTAA-CTAAAAATGTAAAAAAATTC-A
* * * * ** * * *
18482 ACTTAAAATCAATTATGAGATTACAAAACCACTTAAAGTGATTAATAAGGCTTTTG-AGAGAATG
1 ACTTAAAATCAATTATAAAATTATAAAA-CATTTAAAGCAAGTAATAAGACTTTTGAAG-GCATG
* * * * * ** * *
18546 CGTGACTATAAATGAACTTTTCTTGCCAATGAATGCCTTTTTCTTCATATTTCCTGAGACAGACA
64 AGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGTCAAAGAATGCGTTTTTCTTCACGTTT-CTAAGGCAGACA
* *
18611 TTCAATTATAATTTGTTTTAACTAGAAATGTAAAAAAATTCA
128 TT-AATTATAATCTGTTTTAACTAAAAATGTAAAAAAATTCA
* * * * * * *
18653 ACTTAAAATTAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGTCTTTCGAAGGCTTTG
1 ACTTAAAATCAATTATAAAATTATAAAA-CATTTAAAGCAAGTAATAAGACTTTTGAAGGC-ATG
** * * * * * *
18718 -GTGACTATAAATGGGTTTTTCTTGTTAATGAATGGGTTTTTCATCACGTTTTCTAAGGTAAACA
64 AGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGTCAAAGAATGCGTTTTTCTTCACG-TTTCTAAGGCAGACA
* * *
18782 TTCAATTACAATCTGCTTTAA-TAAAAAATGTAAAACAATTCA
128 TT-AATTATAATCTGTTTTAACT-AAAAATGTAAAAAAATTCA
* ** * * ** * * *
18824 ACCTAAAATCAATTATAAGCTTGTAAAACCATTTAGAGTGAGTAATAAGGCTTTTCAAGGAAT-A
1 ACTTAAAATCAATTATAAAATTATAAAA-CATTTAAAGCAAGTAATAAGACTTTTGAAGGCATGA
* * * * **
18888 GGTGACTATAAATAGACTTTTCTTGCCAATGAATG-GCTTTTTCTTCACGTTTCCCAAGGTTGAC
65 -GTGACTATAAATGGACTTTTCTTGTCAAAGAATGCG-TTTTTCTTCACGTTT-CTAAGGCAGAC
*
18952 ATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAAATTCA
127 ATT-AATTATAATCTGTTTTAACTAAAAATGT-AAAAAAATTCA
* * * * ** * * * * *
18996 ACTTAAAATCAATTATGACATAACAAAACCATTTAAAGTGATTACTAAGGCTTTTGAGGGGAT-A
1 ACTTAAAATCAATTATAAAATTATAAAA-CATTTAAAGCAAGTAATAAGACTTTTGAAGGCATGA
* * * * *
19060 GGGGACTATAAATGGACTTTTCTTAT-AAATGAATGCTTTTTTCTTCACGTTTCCTAAGGTAAAC
65 -GTGACTATAAATGGACTTTTCTTGTCAAA-GAATGCGTTTTTCTTCACGTTT-CTAAGGCAGAC
* *
19124 ATTCAATTATAATCTGTTTTAAC--CAAA-CTACAAAAAATT--
127 ATT-AATTATAATCTGTTTTAACTAAAAATGTA-AAAAAATTCA
*** * * * * * ** * ** ** *
19163 TGGT-AAATTAATTATGAGATATATACACCATTTAAAGTGAGT-A-AAGGCTTTCAAAATCTTGA
1 ACTTAAAATCAATTATAAAAT-TATAAAACATTTAAAGCAAGTAATAAGACTTTTGAAGGCATGA
* * ** * *
19225 GTGACTATAAGTGGACTTTT-TATGCCAATAG-ATGAC-TTTCGCTTCACGTTTCCTAAGGTAAA
65 GTGACTATAAATGGACTTTTCT-TGTCAA-AGAATG-CGTTTTTCTTCACGTTT-CTAAGGCAGA
* * * * *
19287 TATTTAATTATAATATATTTTAA-TAAAAAAAGTAAAAAAGTTCA
126 CA-TTAATTATAATCTGTTTTAACT-AAAAATGTAAAAAAATTCA
* * * * * * * *
19331 ACGTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTTAAA-CGAGTCATAAGGCTTTTTAAAGGCTT
1 ACTTAAAATCAATTATAAAATTATAAAA-CA-TTTAAAGCAAGTAATAAGAC-TTTTGAAGGCAT
* * * * * * * * * *
19395 GGGTGACTATAAATAGACTTTTCTTGCCAATGAATGGGTTTTTCATAATC-TTTCCCAAGGTAAA
63 GAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGTCAAAGAATGCGTTTTTCTTCA-CGTTT-CTAAGGCAGA
* * **
19459 CATTCAATTACAATTTGTTTTAGGTAAAAATGTAAAAAAATTCA
126 CATT-AATTATAATCTGTTTTAACTAAAAATGTAAAAAAATTCA
* * * * * *
19503 ACCTAAAATCAATTATGAGATTGTAAAACAATTTAAAGCAAGTAATAAGGAC-TTCGAAGGTAT-
1 ACTTAAAATCAATTATAAAATTATAAAAC-ATTTAAAGCAAGTAATAA-GACTTTTGAAGGCATG
* ** * * * *
19566 AGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGTCAATGAATGAC-TTTGCCTTCATGTTTCCAATGACAAA
64 A-GTGACTATAAATGGACTTTTCTTGTCAAAGAATG-CGTTTTTCTTCACGTTTCTAA-GGCAGA
* * *
19630 CATTCAATCATAATCTGTTTTAACTAAAAATATAAAAAAATTTA
126 CATT-AATTATAATCTGTTTTAACTAAAAATGTAAAAAAATTCA
** * * * ** * * *
19674 ACTTAAAATCAATTACGAGATTACAAAATAATTTAAAGTGATTAATAA-AGCTTTTGAGGGGATG
1 ACTTAAAATCAATTATAAAATTATAAAA-CATTTAAAGCAAGTAATAAGA-CTTTTGAAGGCATG
* * * * * * * *
19738 GGTGACTATAAATGAACTTTTGTTGCCAATGAATGCCTTTTTCTTCACGTTTTCCAAGGCAAACA
64 AGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGTCAAAGAATGCGTTTTTCTTCACG-TTTCTAAGGCAGAC-
* * * * *
19803 ATCAATTACAATATGTTTTAACTAAAAATATAAAAAAAATTTA
127 ATTAATTATAATCTGTTTTAACTAAAAATGT-AAAAAAATTCA
* * * * * * * * * *
19846 ACTTAAAATTAATTTTGAGATTATAAAAATATTTAATGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGC-TTA
1 ACTTAAAATCAATTATAAAATTAT-AAAACATTTAAAGCAAGTAATAAGACTTTTGAAGGCATGA
* * * * * *
19910 TGCGACTATAAGT-GACTTTT-TATGCCAATAG-ATGAC-TTTTGCTTCACGTTTTCCAAGGCAA
65 -GTGACTATAAATGGACTTTTCT-TGTCAA-AGAATG-CGTTTTTCTTCACG-TTTCTAAGGCAG
*** * * * *
19971 ACATTCAATTATAATAAATTTTAATTAAAAATGTGAAACAATTTA
125 ACATT-AATTATAATCTGTTTTAACTAAAAATGTAAAAAAATTCA
* ** * * *
20016 ACTTAAAATCAATTATGAGGTTATAAAACTATTTAAAGCAACTAATAA-AGTTTTTGAAGGTATG
1 ACTTAAAATCAATTATAAAATTATAAAAC-ATTTAAAGCAAGTAATAAGA-CTTTTGAAGGCATG
* * * * * * * *
20080 GGTGAATATAAATGGACTTGTCTTATCAATGAA-GGGCTTTTTCTTCATGTTTCCCAAGGCAGAC
64 AGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGTCAAAGAATGCG-TTTTTCTTCACGTTT-CTAAGGCAGAC
* *
20144 ATTCAAGTATAA-CT-TTTTTACTCAAAAATGT-AAAAAATTCTA
127 ATT-AATTATAATCTGTTTTAACT-AAAAATGTAAAAAAATTC-A
** * * * *
20186 ACTTAAAATCAATTACGAGATTATAAAACCATTTAACA-CGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCTTT
1 ACTTAAAATCAATTATAAAATTATAAAA-CATTTAA-AGCAAGTAATAAGACTTTTGAAGGC--A
* * * ** * * * **
20250 TTA-TGCCAATGGAT-GAATTTTGC-T-TC-----AT--G--TTTC-TCAAG----GAA---AAC
62 TGAGTGACTATAAATGGACTTTT-CTTGTCAAAGAATGCGTTTTTCTTCACGTTTCTAAGGCAGA
* * * ** ** * *
20294 CTTCAATTACAAAATACTTTAATC-AGAAATGTAAAAAAATTTA
126 CATTAATTATAATCTGTTTTAA-CTAAAAATGTAAAAAAATTCA
* * * * * ** *
20337 ATTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCAATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGC-TT
1 ACTTAAAATCAATTATAAAATTATAAAA-C-ATTTAAAGCAAGTAATAAGACTTTTGAAGGCATG
* * * * * * *
20401 AGGTAACTAT-AATGGACTTTTCTTATCAATGAATGAC-CTTTTCTTTACATTTCCTAAGGTAGA
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* * * *
20464 CATTCAATTACAATCTATTTTAACCAAAAATCTAAAAAAATTCA
126 CATT-AATTATAATCTGTTTTAACTAAAAATGTAAAAAAATTCA
* * * * ** *
20508 ACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTAAGTAATAAGGCTTTTGAACACATGG
1 ACTTAAAATCAATTATAAAATTATAAAA-CATTTAAAGCAAGTAATAAGACTTTTGAAGGCATGA
** *
20573 GTGACTATAAATGGACTTTTC--GTACTAATA-AATG-GCAATTTCTTAACGTTTCCTGAA-GCA
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* * * * * **
20633 AACGTACAATTATAATCTATTTTAATTAAAAATGTAAAAGCATTCA
124 GACAT-TAATTATAATCTGTTTTAACTAAAAATGTAAAAAAATTCA
* * * * * ** *
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1 ACTTAAAATCAATTAT-AAAATTATAAAAC-ATTTAAAGCAAGTAATAAGACTTTTGAAGGCATG
* * * * *
20743 AGTGATTATAAATAGACTTTTCATATCAATAG-ATG-GCTTTTTCTTCACGTTTCT-AGTGACGG
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* * * *
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* * * ** *
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1 ACTTAAAATCAATTATAAAATTATAAAA-CATTTAAAGCAAGTAATAAGACTTTTGAAGGCATGA
* * * * * *
20916 GTGACTATAAATAGACTTTTCATATCAATAG-ATG-GCTTTTTCTTCACATTTCTTGAGGTAGAC
65 GTGACTATAAATGGACTTTTCTTGTCAA-AGAATGCG-TTTTTCTTCACGTTTC-TAAGGCAGAC
* * * *
20979 ATTCAATTATAATTTATTTTAACCAAAACA-G-AAAAAAATACA
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* * * ** * * * *
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1 ACTTAAAATCAATTATAAAATTATAAAA-CATTTAAAGCAAGTAATAAGACTTTTGAAGGCATGA
* * * * * * * * *
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65 GTGACTATAAATGGACTTTTCTTGTCAAAGAATGCG-TTTTTCTTCACGTTT-CTAAGGCAGACA
* * * *
21150 CTTAATTATAA-CATTTTTTAACCAAAAATGT-AAGAAATTAA
128 -TTAATTATAATC-TGTTTTAACTAAAAATGTAAAAAAATTCA
* * ** * ** * ** *
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1 ACTTAAAATCAATTATAAAATTATAAAA-CATTTAAAGCAAGTAATAAGACTTTTGAAGGCATGA
* * * * * * * * * * * *
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* *
21319 ATTCAATTATAATTTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCA
127 ATT-AATTATAATCTGTTTTAACTAAAAATGTAAAAAAATTCA
* * * ** * *
21362 ACTCAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGGATGA
1 ACTTAAAATCAATTATAAAATTATAAAA-CATTTAAAGCAAGTAATAAGACTTTTGAAGGCATGA
* ** * ** * *
21427 GTGACTATAAATGGACTTGTCTTACCAATGAATG-GCTTTTTCTTCACGTTTCCCGAGGTAAACA
65 GTGACTATAAATGGACTTTTCTTGTCAAAGAATGCG-TTTTTCTTCACGTTT-CTAAGGCAGACA
* * * **
21491 TTCAATTATAATCTATTTTAA-TAAAAAATATAAAACAATTTG
128 TT-AATTATAATCTGTTTTAACT-AAAAATGTAAAAAAATTCA
* * ** * * * * *
21533 ACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGCGTGTAATAAGGCTTTCGAGGGCTTGG
1 ACTTAAAATCAATTATAAAATTATAAAAC-ATTTAAAGCAAGTAATAAGACTTTTGAAGGCATGA
* ** * * * * * * * *
21598 GTGACTGTAAATTAACTTTTCATATCAATGAATAGC-TTTTGCTTCACATTTCTCAACGTAAACA
65 GTGACTATAAATGGACTTTTCTTGTCAAAGAAT-GCGTTTTTCTTCACGTTTCT-AAGGCAGACA
* * * **
21662 TTCAATTATAATATATTTTAA-TCAAAAAAGT-AAAAAACCCA
128 TT-AATTATAATCTGTTTTAACT-AAAAATGTAAAAAAATTCA
* * * * * * * * ** *
21703 ACTTAAAATCAATTATGACATTCTAAAATGATATGAAGCAAGTAATAAGGCTTTTAAAGGGTTGG
1 ACTTAAAATCAATTATAAAATTATAAAA-CATTTAAAGCAAGTAATAAGACTTTTGAAGGCATGA
* * * * * * * *
21768 GTGACTATAAATGGGCTTTT-TTTTACCAATGAATG-GATTTTTTTTCATGTTTTTCAAGGTAAA
65 GTGACTATAAATGGACTTTTCTTGT--CAAAGAATGCG-TTTTTCTTCACGTTTCT-AAGGCAGA
* * *
21831 CATTCAATTATAATCTATTTTAA-TCAAAAATGTAAAACAATTTCT
126 CATT-AATTATAATCTGTTTTAACT-AAAAATGTAAAA-AAATTCA
* * * * * * * * * * * *
21876 ACCTCAAATCAGTTATGAGATTATAAAACCTTTTAATGTAAGTAATAAGGCTTTTAAAGGCTTGG
1 ACTTAAAATCAATTATAAAATTATAAAA-CATTTAAAGCAAGTAATAAGACTTTTGAAGGCATGA
* * * * * * *
21941 GTAACTATAAATGGGCTTTTCTTGTCAATGAATG-GCTTTTTCTTCATGTTCCTTGAGGTAGACA
65 GTGACTATAAATGGACTTTTCTTGTCAAAGAATGCG-TTTTTCTTCACGTTTC-TAAGGCAGACA
* * * ** * **
22005 GTCAATTATAATATGCTTTAACCCACAATCCAAAAAGCAATTCA
128 -TTAATTATAATCTGTTTTAACTAAAAATGTAAAAA--AATTCA
* * * ** **
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1 ACTTAAAATCAATTATAAAATTATAAAAC-A-TTTAAA-GCAAGTAATAAGA-CTTTTGAAGGCA
* ** * * *
22111 TGGGTGACTATAAATATACTTTTCTTATCAATGAATG-GCTTTTTTTTCTACGTTTCTCAAGGCA
62 TGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGTCAAAGAATGCG-TTTTTCTTC-ACGTTTCT-AAGGCA
* * *
22175 GACATTCAATTAAAATCTCTTTTAACCAAAAATGT-AAAAAATTCA
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22220 ACTTAAAATCAATTAT
1 ACTTAAAATCAATTAT
22236 GAGATTNNNN
Statistics
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Alignment explanation
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Period size: 342 Copynumber: 16.1 Consensus size: 339
16745 TAACTGACAC
* * * * * * *
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* *
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* * * ** *
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* * * * * * **
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* * * * * * ***
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* *
17075 AGACACTT-ACTTATAA-CTTGT
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* * * ** * *
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1 TTTAACCAAAAATGTAA-AAAATTCAACT-TAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAG
* * * * * * *
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* * * * *
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*
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* * * * * * *
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256 ATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTATCAATGAATGGCTTTTTCTTCACGTTTCCCAAGGCAA
** *
17420 ACATT-TGTTAGAATCTGT
321 ACATTCAATTATAATCTGT
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* * * * * * *
17501 CGAGT-ATAAAGACTTCTGATGGTATG-GCT-ACTAT-AAGGAGACCTTTT-TATGCC--T-AAT
64 TGAATAAT-AAGGCTTTTGAAGGAATGAG-TGACTATAAATG-GA-CTTTTCT-TGCCAATGAAT
*** * ** * * * * * *
17558 GGCAACTT-TTCGATCTTGTTCATAAAATAGACATTCAACTACAATATATTTTAATCAAAAATAT
124 GGCTTTTTCTTC-A-CGT-TTC-TAAGGTAAACATTCAATTATAATCTGTTTTAATCAAAAATGT
* * *
17622 AAAAAAATTTAACTTAAAATCAATTAT-ACGATTATAAAACTAATTTAAAGCGACTAATAAGGCT
185 AAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGA-GATTATAAAAC-CATTTAAAGC-AGTAATAAGGCT
* * * * * *
17686 TTCGAAGGC-TAGGGTGACTATAAATGGGCTTTTCTTGTGAATGAATAGCTTTTTCTTCAGGTTT
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* *
17750 --CAAGTAGTAAAAACTT-AATTATAA-----
311 CCCAAG--GCAAACA-TTCAATTATAATCTGT
* * * *
17774 --TAACCAAAAATGTAAGAAAATTTAACCTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAAT
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* * * * *
17837 GAGTAATAAGGCTTTTAAAGGAATGGGTGACAATAAGTGGACTTTTCTTGCCAATGAATGGCTTT
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* ** * * *
17902 TTTTTTCTTGTTT-TCAAGGTAGACATTCAATTAGAATCTGTTTTAA-CAAAAAATGTAAGAAAA
129 TTTCTTCACGTTTCT-AAGGTAAACATTCAATTATAATCTGTTTTAATC-AAAAATGTAAAAAAA
* * * * * * * * *
17965 TTCAACCTAAAATCAATTATAAGATTACAAAACTATTTAAAGTGAGTAATAAGGCCTTCGAAAGA
192 TTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAG-CAGTAATAAGGCTTTTGAAGGC
* ** ** * ** * ***
18030 ATGGGTGACAATAAATAAACTTTTCTTGCCAATAAAAAGCTTTTTCTTCATGTTTCTTGAGGCAA
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*
18095 ACATTCAATTATAATCTAT
321 ACATTCAATTATAATCTGT
*
18114 TTTATCCAAAAATGTAAATAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTACT-AAACCATTTAAAG
1 TTTAACCAAAAATGTAAA-AAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTA-TAAAACCATTTAAAG
* * * *
18178 TGATTAATAAGGCGTTTT-AAGGGATGAGTGACCATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGCCT
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** * * *
18242 TTTT-TT-ATATATTACCTGAGGCAAACATTCAATTATAATCTG-TTTACA-CTAGAAATGTAAA
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* * * * * *
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* * * * * * * * * **
18368 GGGGATAGATGACTATAAATGGACTTTTCTTCTCAACGAGTGCCTTTTTCTTCACATTTCTTGAA
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* **
18433 -GTAGGCATTCAATTATAATCTGT
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* * * *
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* * * *
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65 GAATAATAAGGCTTTTGAAG-GAATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGGCTT
** * ** * * *
18585 TTTCTTCATATTTCCTGAGACAGACATTCAATTATAATTTGTTTTAA-CTAGAAATGTAAAAAAA
129 TTTCTTCACGTTT-CTAAGGTAAACATTCAATTATAATCTGTTTTAATC-AAAAATGTAAAAAAA
* * *
18649 TTCAACTTAAAATTAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGTCTTTCGAAGGC
192 TTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGC-AGTAATAAGGCTTTTGAAGGC
* * ** * * * * * * *
18714 TTTGGTGACTATAAATGGGTTTTTCTTGTTAATGAATGGGTTTTTCATCACGTTTTCTAAGGTAA
256 ATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTATCAATGAATGGCTTTTTCTTCACGTTTCCCAAGGCAA
* *
18779 ACATTCAATTACAATCTGC
321 ACATTCAATTATAATCTGT
** * * * * *
18798 TTTAATAAAAAATGTAAAACAATTCAACCTAAAATCAATTATAAGCTTGTAAAACCATTTAGAGT
1 TTTAACCAAAAATGTAAAA-AATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGT
* * *
18863 GAGTAATAAGGCTTTTCAAGGAAT-AGGTGACTATAAATAGACTTTTCTTGCCAATGAATGGCTT
65 GAATAATAAGGCTTTTGAAGGAATGA-GTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGGCTT
* ** *
18927 TTTCTTCACGTTTCCCAAGGTTGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAAA
129 TTTCTTCACGTTT-CTAAGGTAAACATTCAATTATAATCTGTTTTAATCAAAAATGT-AAAAAAA
* * * * * * * *
18992 TTCAACTTAAAATCAATTATGACATAACAAAACCATTTAAAGTGATTACTAAGGCTTTTGAGGGG
192 TTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAG-CAGTAATAAGGCTTTTGAAGGC
* * *
19057 ATAGGG-GACTATAAATGGACTTTTCTTATAAATGAAT-GCTTTTTTCTTCACGTTTCCTAAGGT
256 AT-GGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTATCAATGAATGGC-TTTTTCTTCACGTTTCCCAAGGC
19120 AAACATTCAATTATAATCTGT
319 AAACATTCAATTATAATCTGT
* ** *** * *
19141 TTTAACC-AAACTACAAAAAATT--TGGT-AAATTAATTATGAGA-TATATACACCATTTAAAGT
1 TTTAACCAAAAATGTAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATA-AAACCATTTAAAGT
* ** **** * *
19201 GAGT-A-AAGGCTTTCAAAATCTTGAGTGACTATAAGTGGACTTTT-TATGCCAAT-AGATGACT
65 GAATAATAAGGCTTTTGAAGGAATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCT-TGCCAATGA-ATGGCT
** * * * * * * *
19262 TTCGCTTCACGTTTCCTAAGGTAAATATTTAATTATAATATATTTTAATAAAAAAAGTAAAAAAG
128 TTTTCTTCACGTTT-CTAAGGTAAACATTCAATTATAATCTGTTTTAATCAAAAATGTAAAAAAA
* * *
19327 TTCAACGTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTTAAA-CGAGTCATAAGGCTTTTTAAAG
192 TTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCA-TTTAAAGC-AGTAATAAGGC-TTTTGAAG
* * ** * * *
19391 GCTTGGGTGACTATAAATAGACTTTTCTTGCCAATGAATGGGTTTTTCATAATC-TTTCCCAAGG
254 GCATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTATCAATGAATGGCTTTTTCTTCA-CGTTTCCCAAGG
* * *
19455 TAAACATTCAATTACAATTTGT
318 CAAACATTCAATTATAATCTGT
*** * * *
19477 TTTAGGTAAAAATGTAAAAAAATTCAACCTAAAATCAATTATGAGATTGTAAAACAATTTAAAG-
1 TTTAACCAAAAATGT-AAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGT
* * * * *
19541 CAAGTAATAAGGAC-TTCGAAGGTAT-AGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGTCAATGAATGAC
65 GAA-TAATAAGG-CTTTTGAAGGAATGA-GTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGGC
** * * ** * *
19604 TTTGCCTTCATGTTTCCAATGACAAACATTCAATCATAATCTGTTTTAA-CTAAAAATATAAAAA
127 TTTTTCTTCACGTTTCTAA-GGTAAACATTCAATTATAATCTGTTTTAATC-AAAAATGTAAAAA
* * * ** * * * *
19668 AATTTAACTTAAAATCAATTACGAGATTACAAAATAATTTAAAGTGATTAATAAAGCTTTTGAGG
190 AATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAG-CAGTAATAAGGCTTTTGAAG
* * * ** * *
19733 GGATGGGTGACTATAAATGAACTTTTGTTGCCAATGAATGCCTTTTTCTTCACGTTTTCCAAGGC
254 GCATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTATCAATGAATGGCTTTTTCTTCACGTTTCCCAAGGC
* * *
19798 AAACAATCAATTACAATATGT
319 AAACATTCAATTATAATCTGT
* * * * * ** *
19819 TTTAACTAAAAATATAAAAAAAATTTAACTTAAAATTAATTTTGAGATTATAAAAATATTTAATG
1 TTTAACCAAAAATGT--AAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAG
* * * * * * * *
19884 CGAGTAATAAGGCTTTCGAAGG-CTTATGCGACTATAAGT-GACTTTT-TATGCCAAT-AGATGA
64 TGAATAATAAGGCTTTTGAAGGAATGA-GTGACTATAAATGGACTTTTCT-TGCCAATGA-ATGG
* * * *** * * *
19945 CTTTTGCTTCACGTTTTCCAAGGCAAACATTCAATTATAATAAATTTTAATTAAAAATGTGAAAC
126 CTTTTTCTTCACG-TTTCTAAGGTAAACATTCAATTATAATCTGTTTTAATCAAAAATGTAAAAA
* * * * * *
20010 AATTTAACTTAAAATCAATTATGAGGTTATAAAACTATTTAAAGCAACTAATAAAGTTTTTGAAG
190 AATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGC-AGTAATAAGGCTTTTGAAG
* * * * *
20075 GTATGGGTGAATATAAATGGACTTGTCTTATCAATGAAGGGCTTTTTCTTCATGTTTCCCAAGGC
254 GCATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTATCAATGAATGGCTTTTTCTTCACGTTTCCCAAGGC
* *
20140 AGACATTCAAGTATAA-CT-T
319 AAACATTCAATTATAATCTGT
* *
20159 TTTTACTCAAAAATGTAAAAAATTCTAACTTAAAATCAATTACGAGATTATAAAACCATTTAACA
1 TTTAAC-CAAAAATGTAAAAAATTC-AACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAA-A
* * * * **
20224 -CGAGTAATAAGGCTTTT----G-A--AG-G-C------T----TTTT-ATGCCAATGGATGAAT
63 GTGAATAATAAGGCTTTTGAAGGAATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGGCT
* * * * * ** ** *
20268 TTTGCTTCATGTTTCTCAAGGAAAACCTTCAATTACAAAATACTTTAATCAGAAATGTAAAAAAA
128 TTTTCTTCACGTTTCT-AAGGTAAACATTCAATTATAATCTGTTTTAATCAAAAATGTAAAAAAA
* * **
20333 TTTAATTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCAATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCAAAGG
192 TTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACC-ATTTAAAGC-AGTAATAAGGCTTTTGAAGG
* * * * * * * * *
20398 CTTAGGTAACTAT-AATGGACTTTTCTTATCAATGAATGACCTTTTCTTTACATTTCCTAAGGTA
255 CATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTATCAATGAATGGCTTTTTCTTCACGTTTCCCAAGGCA
* * *
20462 GACATTCAATTACAATCTAT
320 AACATTCAATTATAATCTGT
*
20482 TTTAACCAAAAATCTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGT
1 TTTAACCAAAAATGT-AAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGT
* * * * * * *
20547 -AAGTAATAAGGCTTTTGAA-CACATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCGTACTAATAAATGGCA
65 GAA-TAATAAGGCTTTTGAAGGA-ATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGGCT
* * * * * * * **
20610 ATTTCTTAACGTTTCCTGAA-GCAAACGTACAATTATAATCTATTTTAATTAAAAATGTAAAAGC
128 TTTTCTTCACGTTT-CT-AAGGTAAACATTCAATTATAATCTGTTTTAATCAAAAATGTAAAAAA
* * * * * **
20674 ATTCAACTTAAAATCAACTATGACAATATAAAACTATTTAAAGCGAGCAATAAGGCTTTCCAAGG
191 ATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGC-AGTAATAAGGCTTTTGAAGG
* * * * * *
20739 CTTGAGTGATTATAAATAGACTTTTCATATCAAT-AGATGGCTTTTTCTTCACGTTT--CTAGTG
255 CATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTATCAATGA-ATGGCTTTTTCTTCACGTTTCCCAAG-G
** * *
20801 ACGGACATTCAATTATAATTTCT
318 -CAAACATTCAATTATAATCTGT
*
20824 TTTAACCAAAAATATAAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAG
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20889 CGAGTAATAAGAC-TTTCAAAGACATGAGTGACTATAAATAGACTTTTCATATCAAT-AGATGGC
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* * * * * *
20952 TTTTTCTTCACATTTCTTGAGGTAGACATTCAATTATAATTTATTTTAACCAAAACA-G-AAAAA
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190 AATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAG-CAGTAATAAGGCTTTTGAAG
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*
21145 AAACACTT-AATTATAA-CATTT
319 AAACA-TTCAATTATAATC-TGT
* * * * * *
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** * * * * * * *
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195 AACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAG-CAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCATG
* * * * *
21426 AGTGACTATAAATGGACTTGTCTTACCAATGAATGGCTTTTTCTTCACGTTTCCCGAGGTAAACA
259 GGTGACTATAAATGGACTTTTCTTATCAATGAATGGCTTTTTCTTCACGTTTCCCAAGGCAAACA
*
21491 TTCAATTATAATCTAT
324 TTCAATTATAATCTGT
** * ** * *
21507 TTTAATAAAAAATATAAAACAATTTGACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGC
1 TTTAACCAAAAATGTAAAA-AATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGT
** * * ** * * ** * ** *
21572 GTGTAATAAGGCTTTCGAGGGCTTGGGTGACTGTAAATTAACTTTTCATATCAATGAATAGCTTT
65 GAATAATAAGGCTTTTGAAGGAATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGGCTTT
* * * * * * **
21637 TGCTTCACATTTCTCAACGTAAACATTCAATTATAATATATTTTAATCAAAAAAGT-AAAAAACC
130 TTCTTCACGTTTCT-AAGGTAAACATTCAATTATAATCTGTTTTAATCAAAAATGTAAAAAAATT
* * ** * * * **
21701 CAACTTAAAATCAATTATGACATTCTAAAATGATATGAAGCAAGTAATAAGGCTTTTAAAGGGTT
194 CAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGC-AGTAATAAGGCTTTTGAAGGCAT
* * * * * * ** *
21766 GGGTGACTATAAATGGGCTTTTTTTTACCAATGAATGGATTTTTTTTCATGTTTTTCAAGGTAAA
258 GGGTGACTATAAATGGAC-TTTTCTTATCAATGAATGGCTTTTTCTTCACGTTTCCCAAGGCAAA
*
21831 CATTCAATTATAATCTAT
322 CATTCAATTATAATCTGT
* * * * * * *
21849 TTTAATCAAAAATGTAAAACAATTTCTACCTCAAATCAGTTATGAGATTATAAAACCTTTTAATG
1 TTTAACCAAAAATGTAAAA-AA-TTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAG
* ** * * * *
21914 T-AAGTAATAAGGCTTTTAAAGGCTTGGGTAACTATAAATGGGCTTTTCTTGTCAATGAATGGCT
64 TGAA-TAATAAGGCTTTTGAAGGAATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGGCT
* * * * * * * * * * **
21978 TTTTCTTCATGTTCCTTGAGGTAGACAGTCAATTATAATATGCTTTAACCCACAATCCAAAAAGC
128 TTTTCTTCACGTTTC-TAAGGTAAACATTCAATTATAATCTGTTTTAATCAAAAATGTAAAAA--
* * * * * **
22043 AATTCAACATAAAATCTATTATGAGCTTATAAAACTATTTTAAACGC-GTAATAAAGCTTCCGAA
190 AATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCA-TTTAAA-GCAGTAATAAGGCTTTTGAA
** * *
22107 GGCATGGGTGACTATAAATATACTTTTCTTATCAATGAATGGCTTTTTTTTCTACGTTTCTCAAG
253 GGCATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTATCAATGAATGGCTTTTTCTTC-ACGTTTCCCAAG
* * *
22172 GCAGACATTCAATTAAAATCTCT
317 GCAAACATTCAATTATAATCTGT
22195 TTTAACCAAAAATGTAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATT
1 TTTAACCAAAAATGTAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATT
22242 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 4142, Mismatches: 815, Indels: 375
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321 148 0.04
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Consensus pattern (339 bp):
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TCTTCACGTTTCTAAGGTAAACATTCAATTATAATCTGTTTTAATCAAAAATGTAAAAAAATTCA
ACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCATGGG
TGACTATAAATGGACTTTTCTTATCAATGAATGGCTTTTTCTTCACGTTTCCCAAGGCAAACATT
CAATTATAATCTGT
Found at i:18455 original size:513 final size:509
Alignment explanation
Indices: 16780--22241 Score: 4144
Period size: 513 Copynumber: 10.7 Consensus size: 509
16770 AAGAAACTCT
* * * * *
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* * * * *
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* * * *
16906 GCATTTAATTATAATCT-TTTCTAATC-AAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATAATAA
128 ACATTCAATTATAATCTGTTT-TAA-CAAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGA
* * * ** * ** * *
16969 AATTCTAAAACAATTTAAAGCAAGTAATAAGACTTTAAAAGGCATGGGTGACAATAAATGGACAT
191 GATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATGGGTGACTATAAATGGACTT
* * * * * * * * * *
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256 TTCTTATCAATGAAAGGC-TTTTTCTTCATGTTTCCTGAGGCAAACA-TTCAATTATAATC-TAT
* * * ** * *
17096 TTTAACTAAAAATGTAAGAAAATTCAA-TCTAAAATGAATGACAAGTTTATAAAACTATTTAAAG
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* ** * * * * * * *
17160 TGAACAATAAGGATTTTGAAGGAATGTGTTACTATAAATGGATTTTTCTTGTCAATGAAAGGCTT
381 CGAGTAATAAGGCTTTT-AAGGGATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGGC-T
* * * * * * *
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444 TTT-TTCATGTTTCCTAA-GGTAAACATTCAATTATAATCTG-TTTAATAAAAAATGTAAAAA-A
*
17289 ATTGA
505 ATTCA
* *
17294 ACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAG-CACGTAATAAGGCTTTTGAAGGCAT-
1 ACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGA-GTAATAAGGCTTTTAAAGGCATA
** * * * * *
17357 GAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGTAAACGAATGACTTTTTCTTTACGTTTC-CCAAGGCAGA
65 G-GTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGGCTTTTTCTTCACGTTTCTTCAAGGTAGA
** * *
17421 CATT-TGTTAGAATCTGTTTTAACCAAAAATGT-AAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATTGA-A
129 CATTCAATTATAATCTGTTTTAACAAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTA-TGAGA
* * * * * *
17483 TTATAAAA-CATTTAAAAGCGAGT-ATAAAGAC-TTCTGATGGTATGGCT-ACTAT-AAGGAGAC
193 TTATAAAACCATTT-AAAGTGAGTAAT-AAGGCTTTC-GAAGGCATGGGTGACTATAAATG-GAC
* * * * * * *** * * *
17543 CTTT-TTATGCCTAATGGCAA--C-TTTTCGATCTTG-TTCATAAAATAGACATTCAACTACAAT
254 TTTTCTTAT--C-AAT-GAAAGGCTTTTTC-TTCATGTTTCCTGAGGCAAACATTCAATTATAAT
* * * * *
17603 ATATTTTAATCAAAAATATAAAAAAATTTAACTTAAAATCAATTAT-ACGATTATAAAACTAATT
314 CTATTTTAACCAAAAATGT-AAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGA-GATTATAAAAC-CATT
* * * * * **
17667 TAAAGCGACTAATAAGGCTTTCGAA-GGCTAGGGTGACTATAAATGGGCTTTTCTTGTGAATGAA
376 TAAAGCGAGTAATAAGGCTTT-TAAGGGAT-GAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAA
* * * **
17731 TAGCTTTTTCTTCAGGTTT-C-AAGTAGTAAAAACTT-AATTATAA------TAACCAAAAATGT
439 TGGC-TTTT-TTCATGTTTCCTAAG--GTAAACA-TTCAATTATAATCTGTTTAATAAAAAATGT
* *
17787 AAGAAAATTTA
499 AAAAAAATTCA
* * * * *
17798 ACCTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAATGAGTAATAAGGCTTTTAAAGGAATGG
1 ACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTAAAGGCATAG
* * ** *
17863 GTGACAATAAGTGGACTTTTCTTGCCAATGAATGGCTTTTT-TTTTC-TTGTTTTCAAGGTAGAC
66 GTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGGCTTTTTCTTCACGTT-TCTTCAAGGTAGAC
* * * *
17926 ATTCAATTAGAATCTGTTTTAACAAAAAATGTAAGAAAATTCAACCTAAAATCAATTATAAGATT
130 ATTCAATTATAATCTGTTTTAACAAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATT
* * * * * * **
17991 ACAAAACTATTTAAAGTGAGTAATAAGGCCTTCGAAAGAATGGGTGACAATAAATAAACTTTTCT
195 ATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCT
** * * * *
18056 TGCCAATAAAAAGCTTTTTCTTCATGTTTCTTGAGGCAAACATTCAATTATAATCTATTTTATCC
260 TATCAATGAAAGGCTTTTTCTTCATGTTTCCTGAGGCAAACATTCAATTATAATCTATTTTAACC
* *
18121 AAAAATGTAAATAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTACT-AAACCATTTAAAGTGATTAA
325 AAAAATGTAAA-AAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTA-TAAAACCATTTAAAGCGAGTAA
* * *
18185 TAAGGCGTTTTAAGGGATGAGTGACCATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGCCTTTTTTTAT
388 TAAGGC-TTTTAAGGGATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGGCTTTTTTCAT
* * * * *
18250 ATATTACCTGAGGCAAACATTCAATTATAATCTGTTTACACT-AGAAATGTAAAACAATTCA
452 GT-TT-CCTAAGGTAAACATTCAATTATAATCTGTTTA-A-TAAAAAATGTAAAAAAATTCA
* * * * * * *
18311 ACTTAAAATCAATTATGAGATTACAAAACTATTTAAAGTGATTAATAAGACTTTTGAGGGGATAG
1 ACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTAAAGGCATAG
* * * * * * *
18376 ATGACTATAAATGGACTTTTCTT-CTCAACGAGTGCCTTTTTCTTCACATTTCTTGAA-GTAGGC
66 GTGACTATAAATGGACTTTTCTTGC-CAATGAATGGCTTTTTCTTCACGTTTCTTCAAGGTAGAC
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130 ATTCAATTATAATCTGTTTTAA-CAAAAAATGTAAAAAAATTC-AACTTAAAATCAATTATGAGA
* * * * * * *
18502 TTACAAAACCACTTAAAGTGATTAATAAGGCTTTTG-AGAGAATGCGTGACTATAAATGAACTTT
193 TTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTCGAAG-GCATGGGTGACTATAAATGGACTTT
** * * * * * * *
18566 TCTTGCCAATGAATGCCTTTTTCTTCATATTTCCTGAGACAGACATTCAATTATAATTTGTTTTA
257 TCTTATCAATGAAAGGCTTTTTCTTCATGTTTCCTGAGGCAAACATTCAATTATAATCTATTTTA
* * *
18631 ACTAGAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATTAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGT
322 ACCAAAAATGT-AAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGT
* * ** ** ** *
18696 AATAAGTCTTTCGAAGGCTTTG-GTGACTATAAATGGGTTTTTCTTGTTAATGAATGGGTTTTTC
386 AATAAGGCTTT-TAAGG-GATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGGCTTTTT-
* * * *
18760 ATCACGTTTTCTAAGGTAAACATTCAATTACAATCTGCTTTAATAAAAAATGTAAAACAATTCA
448 -TCATGTTTCCTAAGGTAAACATTCAATTATAATCTG-TTTAATAAAAAATGTAAAAAAATTCA
* * * * * * *
18824 ACCTAAAATCAATTATAAGCTTGTAAAACCATTTAGAGTGAGTAATAAGGCTTTTCAAGGAATAG
1 ACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTAAAGGCATAG
* * *
18889 GTGACTATAAATAGACTTTTCTTGCCAATGAATGGCTTTTTCTTCACGTTTC-CCAAGGTTGACA
66 GTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGGCTTTTTCTTCACGTTTCTTCAAGGTAGACA
* * *
18953 TTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGACATA
131 TTCAATTATAATCTGTTTTAACAAAAAATGT-AAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATT
* * * * * *
19018 ACAAAACCATTTAAAGTGATTACTAAGGCTTTTGAGGGGATAGGG-GACTATAAATGGACTTTTC
195 ATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCAT-GGGTGACTATAAATGGACTTTTC
* * * * * *
19082 TTATAAATG-AATGCTTTTTTCTTCACGTTTCCTAAGGTAAACATTCAATTATAATCTGTTTTAA
259 TTATCAATGAAAGGC-TTTTTCTTCATGTTTCCTGAGGCAAACATTCAATTATAATCTATTTTAA
* ** *** * * *
19146 CC-AAACTACAAAAAATT--TGGT-AAATTAATTATGAGA-TATATACACCATTTAAAGTGAGT-
323 CCAAAAATGTAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATA-AAACCATTTAAAGCGAGTA
* **** * * *
19205 A-AAGGCTTTCAAAATCTTGAGTGACTATAAGTGGACTTTT-TATGCCAAT-AGATGACTTTCGC
387 ATAAGGCTTT-TAAGGGATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCT-TGCCAATGA-ATGGCTTT--T
* * * * * * *
19267 TTCACGTTTCCTAAGGTAAATATTTAATTATAATATATTTTAATAAAAAAAGTAAAAAAGTTCA
447 TTCATGTTTCCTAAGGTAAACATTCAATTATAATCT-GTTTAATAAAAAATGTAAAAAAATTCA
* * * *
19331 ACGTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTTAAA-CGAGTCATAAGGCTTTTTAAAGGCTT
1 ACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCA-TTTAAAGTGAGTAATAAGGC-TTTTAAAGGCAT
* * * * * * *
19395 GGGTGACTATAAATAGACTTTTCTTGCCAATGAATGGGTTTTTCATAATC-TTTC-CCAAGGTAA
64 AGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGGCTTTTTCTTCA-CGTTTCTTCAAGGTAG
* * *** *
19458 ACATTCAATTACAATTTGTTTTAGGTAAAAATGTAAAAAAATTCAACCTAAAATCAATTATGAGA
128 ACATTCAATTATAATCTGTTTTAACAAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGA
* * ** * *
19523 TTGTAAAACAATTTAAAGCAAGTAATAAGGAC-TTCGAAGGTATAGGTGACTATAAATGGACTTT
193 TTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGG-CTTTCGAAGGCATGGGTGACTATAAATGGACTTT
* * * ** * *
19587 TCTTGTCAATGAATGACTTTGCCTTCATGTTTCCAATGA--CAAACATTCAATCATAATCTGTTT
257 TCTTATCAATGAAAGGCTTTTTCTTCATGTTTCC--TGAGGCAAACATTCAATTATAATCTATTT
* * * * * ** *
19650 TAACTAAAAATATAAAAAAATTTAACTTAAAATCAATTACGAGATTACAAAATAATTTAAAGTGA
320 TAACCAAAAATGT-AAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGA
* * * * * * *
19715 TTAATAAAGCTTTTGAGGGGATGGGTGACTATAAATGAACTTTTGTTGCCAATGAATGCCTTTTT
384 GTAATAAGGCTTTT-AAGGGATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGGC-TTTT
* * * * * *
19780 CTTCACGTTTTCC-AAGGCAAACAATCAATTACAATATGTTTTAACTAAAAATAT-AAAAAAAAT
447 -TTCATG-TTTCCTAAGGTAAACATTCAATTATAATCTG-TTTAA-TAAAAA-ATGTAAAAAAAT
*
19843 TTA
507 TCA
* * ** * * ** * *
19846 ACTTAAAATTAATTTTGAGATTATAAAAATATTTAATGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCTTAT
1 ACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTAAAGGCATAG
* * * * * * *
19911 GCGACTATAAGT-GACTTTT-TATGCCAAT-AGATGACTTTTGCTTCACGTTT-TCCAAGGCAAA
66 GTGACTATAAATGGACTTTTCT-TGCCAATGA-ATGGCTTTTTCTTCACGTTTCTTCAAGGTAGA
*** ** * * * *
19972 CATTCAATTATAATAAATTTTAATTAAAAATGTGAAACAATTTAACTTAAAATCAATTATGAGGT
129 CATTCAATTATAATCTGTTTTAACAAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGAT
* ** * * * * * * *
20037 TATAAAACTATTTAAAGCAACTAATAAAGTTTTTGAAGGTATGGGTGAATATAAATGGACTTGTC
194 TATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATGGGTGACTATAAATGGACTTTTC
* ** * * *
20102 TTATCAATGAAGGGCTTTTTCTTCATGTTTCCCAAGGCAGACATTCAAGTATAA-CT-TTTTTAC
259 TTATCAATGAAAGGCTTTTTCTTCATGTTTCCTGAGGCAAACATTCAATTATAATCTATTTTAAC
*
20165 TCAAAAATGTAAAAAATTCTAACTTAAAATCAATTACGAGATTATAAAACCATTTAACA-CGAGT
324 -CAAAAATGTAAAAAATTC-AACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAA-AGCGAGT
* * **
20229 AATAAGGCTTTT----GA--AG-G-C------T----TTTT-ATGCCAATGGATGAATTTTGCTT
386 AATAAGGCTTTTAAGGGATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGGCTTTT--TT
* * * ** * * * *
20275 CATGTTT-CTCAAGGAAAACCTTCAATTACAAAATACTTTAATCAGAAATGTAAAAAAATTTA
449 CATGTTTCCT-AAGGTAAACATTCAATTATAATCT-GTTTAATAAAAAATGTAAAAAAATTCA
* * * *
20337 ATTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCAATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCTTA
1 ACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACC-ATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTAAAGGCATA
* ** * * * * *
20402 GGTAACTAT-AATGGACTTTTCTTATCAATGAATGACCTTTTCTTTACATTTCCT-AAGGTAGAC
65 GGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGGCTTTTTCTTCACGTTTCTTCAAGGTAGAC
* * * *
20465 ATTCAATTACAATCTATTTTAACCAAAAATCTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATT
130 ATTCAATTATAATCTGTTTTAACAAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATT
* * ** *
20530 ATAAAACCATTTAAAGTAAGTAATAAGGCTTTTGAACACATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCG
195 ATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCT
** * * * * *
20595 TA-CTAAT-AAATGGCAATTTCTTAACGTTTCCTGAAGCAAACGTACAATTATAATCTATTTTAA
260 TATC-AATGAAA-GGCTTTTTCTTCATGTTTCCTGAGGCAAACATTCAATTATAATCTATTTTAA
** * * * * * *
20658 TTAAAAATGTAAAAGCATTCAACTTAAAATCAACTATGACAATATAAAACTATTTAAAGCGAGCA
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* ** * * * **
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* * ** *
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448 TCATGTTTCCTAAGGT-A--AACATTCAATTATAA--TCTGTTTAATAAAAAATGT-AAAAAAAT
20848 TCA
507 TCA
* * * *
20851 ACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGACTTTCAAAGACAT-G
1 ACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTAAAGGCATAG
* * ** * *
20915 AGTGACTATAAATAGACTTTTCATATCAAT-AGATGGCTTTTTCTTCACATTTCTT-GAGGTAGA
66 -GTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGA-ATGGCTTTTTCTTCACGTTTCTTCAAGGTAGA
* * * *
20978 CATTCAATTATAATTTATTTTAACCAAAACA-G-AAAAAAATACAACTTAAAATCAATTATGAGA
129 CATTCAATTATAATCTGTTTTAA-CAAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGA
* * * * *
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* * *
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* * * * * ** *
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* * * * * * *
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** * **
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* * *
21362 ACTCAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGGAT-G
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* * * * *
21426 AGTGACTATAAATGGACTTGTCTTACCAATGAATGGCTTTTTCTTCACGTTTC-CCGAGGTAAAC
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130 ATTCAATTATAATCTGTTTTAACAAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATT
* * * * * * ** *
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* ** * * * *
21620 TATCAATGAATA-GCTTTTGCTTCACATTT-CTCAACGTAAACATTCAATTATAATATATTTTAA
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* * ** * * ** * * *
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* * * * * *
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* * * * *
21813 CATGTTT-TTCAAGGTAAACATTCAATTATAATCTATTTTAATCAAAAATGTAAAACAATTTCT
449 CATGTTTCCT-AAGGTAAACATTCAATTATAATCT-GTTTAATAAAAAATGTAAAA-AAATTCA
* * * * * * * *
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* * * * * *
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* * * ** * ** * * *
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* * * * * **
22070 TATAAAACTATTTTAAA-CGCGTAATAAAGCTTCCGAAGGCATGGGTGACTATAAATATACTTTT
194 TATAAAACCA-TTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATGGGTGACTATAAATGGACTTTT
* * * * * * *
22134 CTTATCAATGAATGGCTTTTTTTTCTACGTTT-CTCAAGGCAGACATTCAATTAAAATCTCTTTT
258 CTTATCAATGAAAGGCTTTTTCTTC-ATGTTTCCT-GAGGCAAACATTCAATTATAATCTATTTT
22198 AACCAAAAATGTAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATT
321 AACCAAAAATGTAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATT
22242 NNNNNNNNNN
Statistics
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ACGTcount: A:0.39, C:0.13, G:0.14, T:0.35
Consensus pattern (509 bp):
ACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTAAAGGCATAG
GTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGGCTTTTTCTTCACGTTTCTTCAAGGTAGACA
TTCAATTATAATCTGTTTTAACAAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTA
TAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTT
ATCAATGAAAGGCTTTTTCTTCATGTTTCCTGAGGCAAACATTCAATTATAATCTATTTTAACCA
AAAATGTAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAA
GGCTTTTAAGGGATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGGCTTTTTTCATGTTT
CCTAAGGTAAACATTCAATTATAATCTGTTTAATAAAAAATGTAAAAAAATTCA
Found at i:24974 original size:171 final size:169
Alignment explanation
Indices: 24679--26097 Score: 1254
Period size: 171 Copynumber: 8.3 Consensus size: 169
24669 TCCAAATATC
* * * * *
24679 TCAATTATGAGCTTGTAAAACCATTTAGAGTGAGTAATAAGGCTTTTC-AAGGAATAGGTAACTA
1 TCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGC-TTTCGAAGGGATAGGTGACTA
* * **
24743 TAAATAGACTTTTCTTGTCAATGAATAGCTTTTTCTTCACGTTTCCCAAGGTGGACATTCAATTA
65 TAAATGGACTTTTCTTG-CAATGAAT-GCTTTTTCTTCACGTTTCTCAAGGTAAACATTCAATTA
*
24808 TAATATGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAA
128 TAATATGTTTTAACCAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAA
* * * * * *
24850 TCAATTATGACATAACAAAACCATTTAAAGTGATTAATAAGGCTTTCGAGGGGATAGGAGACTAT
1 TCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGGATAGGTGACTAT
* * *
24915 AAATGAACTTTTCTTACAAATGAATGCTTTTTTCTTCACGTTTCTTAAGGTAAACATTCAATTAT
66 AAATGGACTTTTCTTGC-AATGAATGC-TTTTTCTTCACGTTTCTCAAGGTAAACATTCAATTAT
* * * * * *
24980 AATTTGTTTTAACCAGAACTACAAAAAAATT-TAGTTAAAAA
129 AATATGTTTTAACCAAAAATATAAAAAAATTCAACTT-AAAA
* * * ** *
25021 TTAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTAAGTAATAAGGCTTTC-AAAGTCTTGAGTGACTA
1 TCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGGATAG-GTGACTA
* * *
25085 TAAGTGGACTTTT-TATGCCAAT-AGATGACTTTTGCTTCACGTTT-TCTAAGGTAAATATTCAA
65 TAAATGGACTTTTCT-TG-CAATGA-ATG-CTTTTTCTTCACGTTTCTC-AAGGTAAACATTCAA
* ** * * *
25147 TTATAATATATTTTAATAAAAAAAATAAAAATATTCAACGTAAAA
125 TTATAATATGTTTTAACCAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAA
* * * ** *
25192 TCAATTATGAGATTATAAAACCATTTTAAGTGAGTCATAAGGCTTTTCAAAGGCTTGGGTGACTA
1 TCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGC-TTTCGAAGGGATAGGTGACTA
* * *
25257 TAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATAGGTTTTTCATCACATTTAC-CAAGGTAAACATTCAATT
65 TAAATGGACTTTTCTTG-CAATGAAT-GCTTTTTCTTCACGTTT-CTCAAGGTAAACATTCAATT
* * * * *
25321 ACAATTTGTTTTAGCCAAAAATGTAAAAAAATTCAACCTAAAA
127 ATAATATGTTTTAACCAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAA
* * * * * * * *
25364 TTAATTATGAGATTGTAAAACAATTTAAAGCGAGTAATAAAGATTTCAAAGGTATAGGTGACTAT
1 TCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGGATAGGTGACTAT
* * ** * * * *
25429 AAATAGACTTTTCTTGTCAATAAATGACTTTGCCTTCACGTTTC-CAATGGCAAAAATTTAATCA
66 AAATGGACTTTTCTTG-CAATGAATG-CTTTTTCTTCACGTTTCTCAA-GGTAAACATTCAATTA
* *
25493 TAATCTGTTTTAA-CAAAAATATAAAAAAATTTAACTTAAAA
128 TAATATGTTTTAACCAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAA
* ** * ** * * *
25534 TTAATTACAAGATTACAAAATAATTTAAAGTGATTAATAAGGCTTTTGAGGGGAT-GAGTGACTA
1 TCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGGATAG-GTGACTA
* * * ** *
25598 TAAATGGACTTTTGTTGCCAACGAATGCCTTTTTCTTCATGTTT-TCCAAGGTAGGCAATCAATT
65 TAAATGGACTTTTCTTG-CAATGAATG-CTTTTTCTTCACGTTTCT-CAAGGTAAACATTCAATT
* * *
25662 ACAATCTGTTTTAACTAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAA
127 ATAATATGTTTTAACCAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAA
** * * * * * *
25705 TCAATTATGAGATTATAAAAATATTTAATGCGAGTAACAAGGCTTTCGAA-GGCTTGAGCGACTA
1 TCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGGATAG-GTGACTA
* *
25769 TAAGTGGACTTTT-TATGTCAAT-AGATGACTTTTGCTTCACGTTT-TCCAAGGTAAACATTCAA
65 TAAATGGACTTTTCT-TG-CAATGA-ATG-CTTTTTCTTCACGTTTCT-CAAGGTAAACATTCAA
* ** ** * * * * *
25831 GTATAATAAATTTTAATTAGAAATGTGAAACAATTCAGCTTAAAA
125 TTATAATATGTTTTAACCAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAA
* * ** * * * *
25876 TTAATTATGAGGTTATAAAACCATTTAAAGCAAGTAATAAAGCTTTTGAAGGTATGGGTGACTAT
1 TCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGGATAGGTGACTAT
* * * *
25941 AAATGGACTTGTCCTAT-CAATGAAGGGCTTTTTCTTCACGTTTCTTAAGGTAGACATTCAATTA
66 AAATGGACTT-TTCT-TGCAATGAA-TGCTTTTTCTTCACGTTTCTCAAGGTAAACATTCAATTA
* * *
26005 TAATTTCTTTT-ACTCAAAAATGTAAAAAAA-TCTAACTTAAAA
128 TAATATGTTTTAAC-CAAAAATATAAAAAAATTC-AACTTAAAA
* * *
26047 TCAATTACGAGATTATAAAACCATTTAACGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAG
1 TCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTCGAAG
26098 ACTTAAGCAA
Statistics
Matches: 1003, Mismatches: 210, Indels: 70
0.78 0.16 0.05
Matches are distributed among these distances:
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170 160 0.16
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ACGTcount: A:0.39, C:0.12, G:0.14, T:0.34
Consensus pattern (169 bp):
TCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGGATAGGTGACTAT
AAATGGACTTTTCTTGCAATGAATGCTTTTTCTTCACGTTTCTCAAGGTAAACATTCAATTATAA
TATGTTTTAACCAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAA
Found at i:26033 original size:342 final size:341
Alignment explanation
Indices: 24771--26146 Score: 1421
Period size: 342 Copynumber: 4.0 Consensus size: 341
24761 CAATGAATAG
* * ** * * *
24771 CTTTTTCTTCACGTTTCCCAAGGTGGACATTCAATTATAATATGTTTTAACCAAAAATGTAAAAA
1 CTTTTGCTTCACGTTTTCCAAGGTAAACATTCAATTATAATATATTTTAATCAAAAATATAAAAA
* * * * *
24836 AATTCAACTTAAAATCAATTATGACATAACAAAACCATTTAAAGTGATTAATAAGGCTTTCGAGG
66 AATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTACAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAG
* * * * * *
24901 GGATAGGAGACTATAAATGAACTTTTCTTACAAATGAATGCTTTTTTCTTCACGTTTCTTAAGGT
131 GGATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTACCAATGAAGGC-TTTTTCTTCACGTTTCTCAAGGT
* * * * * * *
24966 AAACATTCAATTATAATTTGTTTTAACCAGAACTACAAAAAAATT-TAGTTAAAAATTAATTATG
195 AAACATTCAATTACAATTTGTTTTAACCAAAAATATAAAAAAATTCAACTT-AAAATCAATTATG
* ** * *
25030 AGATTATAAAACCATTTAAAGTAAGTAATAAGGCTTTCAAAGTCTTGAGTGACTATAAGTGGACT
259 AGATTATAAAAACATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCTTGAGCGACTATAAGTGGACT
25095 TTTTATGCCAATAGATGA
324 TTTTATGCCAATAGATGA
* * * *
25113 CTTTTGCTTCACGTTTTCTAAGGTAAATATTCAATTATAATATATTTTAATAAAAAAAATAAAAA
1 CTTTTGCTTCACGTTTTCCAAGGTAAACATTCAATTATAATATATTTTAATCAAAAATATAAAAA
* * * * * *
25178 TATTCAACGTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTTAAGTGAGTCATAAGGCTTTTCAAA
66 AATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTACAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTT-GAA
** * * *
25243 GGCTTGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATAGG-TTTTTCATCACATTTAC-CAA
130 GGGATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTACCAATG-A-AGGCTTTTTCTTCACGTTT-CTCAA
* * * *
25306 GGTAAACATTCAATTACAATTTGTTTTAGCCAAAAATGTAAAAAAATTCAACCTAAAATTAATTA
192 GGTAAACATTCAATTACAATTTGTTTTAACCAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTA
* * * * *
25371 TGAGATTGT-AAAACAATTTAAAGCGAGTAATAAAGATTTCAAAGG-TAT-AGGTGACTATAAAT
257 TGAGATTATAAAAAC-ATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCT-TGA-GCGACTATAAGT
* * *
25433 AGACTTTTCT-TGTCAATAAATGA
319 GGACTTTT-TATGCCAATAGATGA
* * * * * *
25456 C-TTTGCCTTCACG-TTTCCAATGGCAAAAATTTAATCATAATCTGTTTTAA-CAAAAATATAAA
1 CTTTTG-CTTCACGTTTTCCAA-GGTAAACATTCAATTATAATATATTTTAATCAAAAATATAAA
* * ** ** *
25518 AAAATTTAACTTAAAATTAATTACAAGATTACAAAATAATTTAAAGTGATTAATAAGGCTTTTGA
64 AAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTACAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGA
* * * * * * *
25583 GGGGATGAGTGACTATAAATGGACTTTTGTTGCCAACGAATGCCTTTTTCTTCATGTTT-TCCAA
129 AGGGATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTACCAATGAA-GGCTTTTTCTTCACGTTTCT-CAA
** * * *
25647 GGTAGGCAATCAATTACAATCTGTTTTAACTAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTA
192 GGTAAACATTCAATTACAATTTGTTTTAACCAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTA
* * * *
25712 TGAGATTATAAAAATATTTAATGCGAGTAACAAGGCTTTCGAAGGCTTGAGCGACTATAAGTGGA
257 TGAGATTATAAAAACATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCTTGAGCGACTATAAGTGGA
*
25777 CTTTTTATGTCAATAGATGA
322 CTTTTTATGCCAATAGATGA
* * * * * * *
25797 CTTTTGCTTCACGTTTTCCAAGGTAAACATTCAAGTATAATAAATTTTAATTAGAAATGTGAAAC
1 CTTTTGCTTCACGTTTTCCAAGGTAAACATTCAATTATAATATATTTTAATCAAAAATATAAAAA
* * * * ** *
25862 AATTCAGCTTAAAATTAATTATGAGGTTATAAAACCATTTAAAGCAAGTAATAAAGCTTTTGAAG
66 AATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTACAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAG
* * * * *
25927 GTATGGGTGACTATAAATGGACTTGTCCTATCAATGAAGGGCTTTTTCTTCACGTTTCTTAAGGT
131 GGATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTACCAATGAA-GGCTTTTTCTTCACGTTTCTCAAGGT
* * * * *
25992 AGACATTCAATTATAATTTCTTTT-ACTCAAAAATGTAAAAAAA-TCTAACTTAAAATCAATTAC
195 AAACATTCAATTACAATTTGTTTTAAC-CAAAAATATAAAAAAATTC-AACTTAAAATCAATTAT
* * * * * *
26055 GAGATTATAAAACCATTTAACGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGACTTAAGCAAAC-ATAAGTGGA
258 GAGATTATAAAAACATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCTTGAGC-GACTATAAGTGGA
*
26119 CTTTTTATGCCAATGGATGA
322 CTTTTTATGCCAATAGATGA
*
26139 ATTTTGCT
1 CTTTTGCT
26147 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 847, Mismatches: 161, Indels: 52
0.80 0.15 0.05
Matches are distributed among these distances:
339 1 0.00
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ACGTcount: A:0.39, C:0.13, G:0.14, T:0.34
Consensus pattern (341 bp):
CTTTTGCTTCACGTTTTCCAAGGTAAACATTCAATTATAATATATTTTAATCAAAAATATAAAAA
AATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTACAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAG
GGATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTACCAATGAAGGCTTTTTCTTCACGTTTCTCAAGGTA
AACATTCAATTACAATTTGTTTTAACCAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAG
ATTATAAAAACATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCTTGAGCGACTATAAGTGGACTTT
TTATGCCAATAGATGA
Found at i:27031 original size:171 final size:170
Alignment explanation
Indices: 26450--30227 Score: 3085
Period size: 171 Copynumber: 22.1 Consensus size: 170
26440 TATTTTAATT
* ** * * * *
26450 AAAAATGTAAAAGCATTCAACTTAAAATCAACGATGACAATATAAAACTATTTAAAGCGATTAAT
1 AAAAATGTAAAA-AATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAAT
* * * * * *
26515 AAGACTTTCAAAGGC-TTGAGTAATTATAAATAGACTTTTCATATCAAT-ATATGGCTTTTTCTT
65 AAGGCTTTCGAAGGCATTG-GTGACTATAAATGGACTTTTCTTATCAATGA-ATGGCTTTTTCTT
** * * * * *
26578 CATATTTCCCATGACG--AACATTCAATTATAATTTCTTTTAACC
128 CACGTTT--CTTGAGGTAAACATTCAATTATAATCTGTTTTAACA
* *
26621 AAAAATATAAAAACAATTCAATTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAA
1 AAAAATGT-AAAA-AATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAA
* * ** *
26686 TAAGACTTTCAAAGGC-TTGAGTGACTATAAATGGACTTTTCACATCAAT-AGATGGCCTTTTCT
64 TAAGGCTTTCGAAGGCATTG-GTGACTATAAATGGACTTTTCTTATCAATGA-ATGGCTTTTTCT
* * * * * *
26749 TCACATTTCTTGAAGCAGACATTCAATTATAATTTATTTTAACCA
127 TCACGTTTCTTGAGGTAAACATTCAATTATAATCTGTTTTAA-CA
* * * * *
26794 AAAAA-GAAAAAAATACAACTTAAAATCAATTATTAGATTACAAAACCATTTAAAGTGAGTAATA
1 AAAAATGTAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATA
* * * * *
26858 AGGCTTTCAAAGGCATAGGTGACAATAAATGGA-TGTCTCTTATCAATGAATGGCTTTTTGTTCA
66 AGGCTTTCGAAGGCATTGGTGACTATAAATGGACT-TTTCTTATCAATGAATGGCTTTTTCTTCA
* * *
26922 TGTTT-TATGAGGCAAACACTT-AATTATAACCT-TTTTAAACA
130 CGTTTCT-TGAGGTAAACA-TTCAATTATAATCTGTTTT-AACA
* * * ** *
26963 AAAAATGTAAGAAAATTCAACCTAAAATCAATTATGAGTTTATAAAACCATTTCAAGTTAGCAAT
1 AAAAATGTAA-AAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAAT
* * * ** *
27028 AAGGCTTTTGAAGG-AATGAGTGACTATAAATGGATTTTTCTTGCCAATGAAGGGCTTTTTCTTC
65 AAGGCTTTCGAAGGCATTG-GTGACTATAAATGGACTTTTCTTATCAATGAATGGCTTTTTCTTC
* ** * * *
27092 ACATTTC-CAAGGGTAAATATTCAATTATAATTTGTTTTAACC
129 ACGTTTCTTGA-GGTAAACATTCAATTATAATCTGTTTTAACA
* * *
27134 AAAAATGTAAAAAAATTTAACTTACAATCAATTATGAGATTATAAAATCATTTAAAGCGAGTAAT
1 AAAAATGT-AAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAAT
* * * * * * **
27199 AAGGCTTTTGAAGGGATGGGTGACTATAAATGGACTTGTCTTACCAATGAACGATTTTTTCTTCA
65 AAGGCTTTCGAAGGCATTGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTATCAATGAATGGCTTTTTCTTCA
* **
27264 CGTTTCCTGAGGTAAACATTCAATTATAATCTGTTTTAATG
130 CGTTTCTTGAGGTAAACATTCAATTATAATCTGTTTTAACA
** * *
27305 AAAAATGTAAAACAATTTGACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGTGTAAT
1 AAAAATGTAAAA-AATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAAT
* * * * *
27370 AAGGCTTTCGATGGC-TTGAGTGACTATAAAAT-AACTTTTCATATCAATGGATAGCTTTTGT-T
65 AAGGCTTTCGAAGGCATTG-GTGACTAT-AAATGGACTTTTCTTATCAATGAATGGCTTTT-TCT
* * ** ** * ***
27432 GCAAGTTTCTCAACATAAACATTCAGTTATAATAAATTTTAATCA
127 TCACGTTTCTTGAGGTAAACATTCAATTATAATCTGTTTTAA-CA
* * * * * *
27477 AAAAA-GTAAAAGAA-CCAACTTAAAATCAATTATGACATTCTAAAACGATATAAAGCAAGTAAT
1 AAAAATGTAAAA-AATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAAT
* * * * *
27540 AAGGTTTTCGAAGG-GTTGGATGACTATAAATAGG-CTTTT-TTACCAATAAATGGGTTTTTCTT
65 AAGGCTTTCGAAGGCATTGG-TGACTATAAAT-GGACTTTTCTTATCAATGAATGGCTTTTTCTT
* *
27602 CACGTTTCTCGAGGTAAACATTCAATTACAATCTGTTTTAATC-
128 CACGTTTCTTGAGGTAAACATTCAATTATAATCTGTTTTAA-CA
* * * * * *
27645 AAAAATGTAAAAAAATTTCAACCTCAAATCAATTATGAGATTATAAAACCTTTTAATGCAAATAA
1 AAAAATGT-AAAAAA-TTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAA
* * * *
27710 TAAGGGTTTTGAAGGC-TTGAGTGACTATAAATGGGCTTTTCTTGTCAATGAATGGCTTTTTCTT
64 TAAGGCTTTCGAAGGCATTG-GTGACTATAAATGGACTTTTCTTATCAATGAATGGCTTTTTCTT
* * * * * * *
27774 CATGTTTCTTGAGATAGATAGTCAATTATAATCTGCTTTAACC
128 CACGTTTCTTGAGGTAAACATTCAATTATAATCTGTTTTAACA
* * ** * * *
27817 CACAATCCAAAAAATAATTCAACGTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGCGTGTA
1 AAAAAT--GTAAAA-AATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTA
* * *
27882 ATAAAGC-TTCTGAAGGCA-TGAGTGACTATAAATAGACTTTTCTTGA-AAATGAATGGCTTTTT
63 ATAAGGCTTTC-GAAGGCATTG-GTGACTATAAATGGACTTTTCTT-ATCAATGAATGGCTTTTT
* * ** * * * *
27944 TTTTACGTTTCTCAAGGCATACATTCAATTAAAATCTCTTTTAACA
125 CTTCACGTTTCTTGAGGTAAACATTCAATTATAATCTGTTTTAACA
* *
27990 AAAAATGTAAAAAATTCAACTTAGAATCAATTATGAGATTATAAAACCAATTTAAAGCAAGTAAT
1 AAAAATGTAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACC-ATTTAAAGCGAGTAAT
* * * * *
28055 AAGGCTTTCAAAGGC-TTAGGTGACTATAAATAGACTTTTCTTATCAATGAATGCCCTTTTCTTT
65 AAGGCTTTCGAAGGCATT-GGTGACTATAAATGGACTTTTCTTATCAATGAATGGCTTTTTCTTC
* ** * * * *
28119 ACATTTCTCAAGGCAAACATTCAGTTAGAATCTGTTTTAACC
129 ACGTTTCTTGAGGTAAACATTCAATTATAATCTGTTTTAACA
* * * * *
28161 AAAGATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATTAATTATGATATTATAAAACTATTTAAAGCAAGTAAT
1 AAAAATGT-AAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAAT
* * * * * * * * *
28226 AAGACTTTTGAACGCA-TGGTTGACAATAAATGAACTTTTCTTACCAATAAATGACTTTTTCTTG
65 AAGGCTTTCGAAGGCATTGG-TGACTATAAATGGACTTTTCTTATCAATGAATGGCTTTTTCTTC
** * * *
28290 ACGTTTCCAGAGGTAAACATACAATTATAATCTATTTTAACT
129 ACGTTTCTTGAGGTAAACATTCAATTATAATCTGTTTTAACA
* * * *
28332 AAAAATGTAAAAACATTCAACTTAAAATCAACTATGACATTATAAAACCATTTAAATCAAGTAAT
1 AAAAATGTAAAAA-ATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAAT
* * * * *
28397 AAGGCTTTCAAAGGC-TTGAGTGATTGTAAATGGACTTTTCATATCAAT-AGATGGCTTTTTTTT
65 AAGGCTTTCGAAGGCATTG-GTGACTATAAATGGACTTTTCTTATCAATGA-ATGGCTTTTTCTT
* * * * * * *
28460 CACATTTC-TCATGGCAGATATTCAATTATAATTTGTTTTAACC
128 CACGTTTCTTGA-GGTAAACATTCAATTATAATCTGTTTTAACA
** * * *
28503 AAAAACATAAGAAAACTTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGCAAGTAG
1 AAAAATGTAA-AAAA-TTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAA
* * * * * * **
28568 CAAGGCTTTCAAAGG-TTTGAATGACTAGAAATGGACTTTTCATATCAAT-AGATAACTTTTTCT
64 TAAGGCTTTCGAAGGCATTG-GTGACTATAAATGGACTTTTCTTATCAATGA-ATGGCTTTTTCT
* * * * *
28631 TCACGTCTCTTGAGGCAGACATTCAATTATAATTTGTTTTAATA
127 TCACGTTTCTTGAGGTAAACATTCAATTATAATCTGTTTTAACA
* * * * * * *
28675 AAAAAAGTATAAAATACAATTTAAAATCAATTATGAGATTACAAAACCATTTAAAGTGAATAATA
1 AAAAATGTAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATA
* * * * * *
28740 AAGCTTTCAAAGGCATGGGTGACAATAAATGGACGTTTCTTATCAATGAATTGG-TTTTTGTTCA
66 AGGCTTTCGAAGGCATTGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTATCAATGAA-TGGCTTTTTCTTCA
* * * * * *
28804 TGTTTCCTGAGGTAGACACTT-AATTATGA-CTTGTTTCAACC
130 CGTTTCTTGAGGTAAACA-TTCAATTATAATC-TGTTTTAACA
* * * * *
28845 AAAAATATAATAAAATTCAACCTAAAATCAATTATGAGTTTATAAAACCATTTAAAGTGAGCAAT
1 AAAAATGTAA-AAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAAT
* * * * * ** * *
28910 AAGGCTTTTGAA-GAAATGAGTGACTATAAGTGGGCTTTTCTTGCCAATGAAAGGCTTTTTCTTT
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* ** * **
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*
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1 AAAAATGT-AAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAAT
** * * * * * * **
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65 AAGGCTTTCGAAGGCATTGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTATCAATGAATGGCTTTTTCTTCA
* * * **
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130 CGTTTCTTGAGGTAAACATTCAATTATAATCTGTTTTAACA
** * ** * *
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1 AAAAATGTAAAAA-ATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAAT
*** * * * *
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* * * *
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* * * * *
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1 AAAAATGTAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATA
* ** * *
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66 AGGCTTTCGAAGGCATTGG-TGACTATAAATG-GACTTTTCTTATCAATGAATGGCTTTTTCTTC
* * ** * * **
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129 ACGTTTCTTGAGGTAAACATTCAATTATAATCTGTTTTAACA
* * *
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1 AAAAATGTAAAAA-A-TTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAA
* * * *
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64 TAAGGCTTTCGAAGGCATT-GGTGACTATAAATGGACTTTTCTTATCAATGAATGGCTTTTTCTT
** * * * *
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128 CACGTTTCTTGAGGTAAACATTCAATTATAATCTGTTTTAACA
* * * * * *
29700 CACAATCTAAAAAACAATTCTACGTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGCGTA
1 AAAAATGT--AAAA-AATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTA
* * * * * *
29765 ATAAGGCTTCCAAAGGCATGGGTGACTATAAATAGG-CTTTTCTTGTCATTGAAT-GATTTTTCT
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*** ** * * * * *
29828 TTTTGTTT-TCCAAGGTAGACATTTAATTAGAATATGTTTTAACC
127 TCACGTTTCT-TGAGGTAAACATTCAATTATAATCTGTTTTAACA
* *
29872 AAAAATGTAAAAAATTCAACTTAAAATCAGTTATGAGATTATAGAACCATTTAAAGCGAGTAATA
1 AAAAATGTAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATA
* * * * * * * * * **
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66 AGGCTTTCGAAGGCATTGGTGACTATAAATGGACTTTTCT-TATCAATGAATGGCTTTTTCTTCA
* ** * * * *
30001 CATTT-TCCAAGATAAACATTCAATTATAATATATTTTACTCA
130 CGTTTCT-TGAGGTAAACATTCAATTATAATCTGTTTTA-ACA
* ** *
30043 AAAAA-GTAAAAAAATTGAACTTAAAA-CTAATTATGAGATTATAAAATTATTTAAAGTGAG-AA
1 AAAAATGT-AAAAAATTCAACTTAAAATC-AATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAA
* * * ** * *
30105 TAAGGCTTTCAAAGTC-TTGGGTAACTATAAATGGGGTTTTCTTATCAATGAATGGGTTTTTTTT
64 TAAGGCTTTCGAAGGCATT-GGTGACTATAAATGGACTTTTCTTATCAATGAAT-GG-CTTTTTC
* * * * * *
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* * * * * * * * *
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* *
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* * * * * *
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* * * * * *
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* ** * * * *
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* *
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* * * *
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* * * * * *
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* * * * * * * *
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* * ** *
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* * * * * *
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**
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* ** * *
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* * * * ** *
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* * * ** * * *
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* * * * * * *
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* * * * *
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* * * * * * *
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* * * * *
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* ** * * * *
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* * * * * * *
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* * * **
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* * * * * * *
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* * * *
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* * * * * * *
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* *
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* * * * *
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1 AAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAAT
* * * * *
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* * *
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* * *
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* * * * * *
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* *
28485 TTATAATTTGTTTTAACCAAAAACATAAGAAAACTTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAA
323 TTACAATTTATTTTAACCAAAAA-ATAAGAAAA-TTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAA
** * * * * *
28550 ACTATTTAAAGCAAGTAGCAAGGCTTTCAAAGGTTTGAATGACTAGAAATGGACTTTTCATATCA
386 ACTATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCTTGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTATCA
** * * * *
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451 ATGA-ATGGCTTTTTCTTCATGTTTCTTGAGGCAAACATTCAATTATAATCTGTTTTAATAAAAA
* * ** * * *
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* * * * * *
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* * * *
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* * * ** ** *
28873 CAATTATGAGTTTATAAAACCATTTAAAGTGAGCAATAAGGCTTTTGAAGAAATGAGTGACTATA
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* * ** * * * *
28938 AGTGGGCTTTTCTTGCCAATGAAAGGCTTTTTCTTTATGTTTCTAAAGGTAAATATTCAATTATA
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**
29003 ATCTGTTTTAATT
837 ATCTGTTTTAACC
*
29016 AAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCGATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAAT
1 AAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAAT
** * * * * *
29081 AAGGCTTTTTAAGGGATGGGTGATTATAAATGGACTTGTCTTACCAATAAA-CAGCTTTTTCTTC
66 AAGGCTTTCGAAGGCAT-GGTGACTATAAAT-AACTTTTCTTACCAATAAATGA-CTTTTTCTTC
* ** * * * ** *
29145 ACATTTCTGGAGGTAAACATTCAATTATAATCTATTTTAA-TGAAAAATGTAAAAATATTTGATT
128 ACGTTTCCAGAGATAAACATTCAATTATAATCTATTTTAACTCAAAAATGTAAAAAAATTCAACT
** * *** * * *
29209 TAAAATCAATTATGAGATTATAAAATTATTTAAAGTGAA-TAATAATATTTTCGAGGGCTTAAGT
193 TAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAG-CAAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCTTGAGT
* * * * * *
29273 GA-TAATAAATTGACTTTTTATATCAATATATGGCTTTTGCTTCACGTTTCTGAAGGTAAACATT
257 GACT-ATAAATGGACTTTTCATATCAATAGATGGCTTTTTCTTCACATTTCT-CAGGTAAACATT
* ** * *
29337 CAATTACAATATATTTTAATAAAAAAAGTAA-AAAAATCAACTTAAAATCAATTATGAGATTCTA
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* *
29401 AAACGATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCTTG-GTTGACTATGAATGTG-CTTTTCTT
384 AAACTATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCTTGAG-TGACTATAAATG-GACTTTTCTT
** * * * ** * *
29464 GCCAATGAATGGGTTTTTCTTTATGCTTCTCCAGGCAAACATTCAATTACAATCTGTTTTAATTA
447 ATCAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTCTTGAGGCAAACATTCAATTATAATCTGTTTTAATAA
* * * *
29529 AAAATGTAAAAACATTTCAACCTAATATCAATTATGAGATTATAAAACCTTTTAAAGCGAGTAAT
512 AAAAAGTAAAAA-A-TTCAACCTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAAT
* * * *
29594 AAGGCTTTTGAAGGCTTGGGTGACTATAAATGGGCTTTTCTTGTCAATGAATGACTTTTTCTTCA
575 AAGGCTTTCGAAGGCATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGTCAATGAATGGCTTTTTCTTCA
* * * * * * * ** * * *
29659 CGTTTCTTGAGGTAGGCAGTCAATTATAATTTGTTTAAACCCACAATCTAAAAAACAATTCTACG
640 CGTTTCCTAAGGCAGACA-TTAATTATAACTTGTTTTAA-CCA-AAAATATAAAA-AATTCAACC
* *
29724 TAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGCGTAATAAGGCTTCCAAAGGCATGGGTG
701 TAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCATGGGTG
* * * ** *
29789 ACTATAAATAGG-CTTTTCTTGTCATTGAATGA-TTTTTCTTTTTGTTT-TCCAAGGTAGACATT
766 ACTATAAAT-GGACTTTTCTTATCAATGAAAGACTTTTTCTTTACGTTTCT-CAAGGTAAACATT
* * *
29851 TAATTAGAATATGTTTTAACC
829 CAATTATAATCTGTTTTAACC
* *
29872 AAAAATGT-AAAAAATTCAACTTAAAATCAGTTATGAGATTATAGAACCATTTAAAGCGAGTAAT
1 AAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAAT
* * * * ** **
29936 AAGGCTCTCGAAGGTATAGGTGAGTATAAGTAGACTTTT-TATACCAATGGATGACTTTCGCTTC
66 AAGGCTTTCGAAGGCAT-GGTGACTATAAATA-ACTTTTCT-TACCAATAAATGACTTTTTCTTC
* * * *
30000 ACATTTTCCA-AGATAAACATTCAATTATAATATATTTT-ACTCAAAAAAGTAAAAAAATTGAAC
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** ** * *
30063 TTAAAA-CTAATTATGAGATTATAAAATTATTTAAAGTGAG-AATAAGGCTTTCAAAGTCTTGGG
192 TTAAAATC-AATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCTTGAG
* ** * * * * * *
30126 TAACTATAAATGGGGTTTTCTTATCAAT-GAATGGGTTTTTTTTTTTACTCTTTCTGAGGTAAAC
256 TGACTATAAATGGACTTTTCATATCAATAG-AT-GG-CTTTTTCTTCAC-ATTTCTCAGGTAAAC
* * * * * *
30190 GTTCAATTACAATTTGTTTTAACC-AAAAAT--GTAAA---AA---AAATTCAA-CAT-A-A-CA
317 ATTCAATTACAATTTATTTTAACCAAAAAATAAGAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTA
* * * * *
30242 T--CA-TGTTT----C---T--CAAGGCTTTTGAAGGCATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTT
382 TAAAACTATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCTTGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTT
* ** * * * *
30295 GTCAATGAATGGC-TTTTCTTCATGTTTCTCAAGGTAGACAGTCAATTATAATCTGTTTTAACAA
447 ATCAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTCTTGAGGCAAACATTCAATTATAATCTGTTTTAATAA
* * * * **
30359 AAAATGTAAAAACATTCAACCTAAAATCAATTATGAGATTGTAAATCTATTTAAAGCAAGTAATA
512 AAAAAGTAAAAA-ATTCAACCTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATA
* * * * * * *
30424 AGGCTTTCGAAGGCATAGGTGACTATAAATAGA-TTTTTTTTTCAATAAATGGCTTTGTCTTCAT
576 AGGCTTTCGAAGGCATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGTCAATGAATGGCTTTTTCTTCAC
* * * * * * * *
30488 GTTTCCCATA-GCAGATAGTCAATTACAATTTATTTTAACTAAAAATACAAAAAATTCAACCTAA
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* * **
30552 AATCAATTATGAGATTATAAATCCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTAAAAGGCATGGGCAACT
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* * * * * * * * **
30617 ATAAATGGAC-TTTCTTATCAA-CAAATGACTTTGTCTTCACATTTCCCATGATAGACATTCAGC
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* *
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833 TATAATCTGTTTTAACC
* * * * *
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1 AAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGC-GAGTAA
* * * * *
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65 TAAGGCTTTCGAAGGCAT-GGTGACTATAAAT-AACTTTTCTTACCAATAAATGAC-TTT-TTCT
* * * * * * * *
30824 T-ATGTTT-TACGAGACAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAAC-AAAAAATATAAAAAAATTTA
126 TCACGTTTCCA-GAGATAAACATTCAATTATAATCTATTTTAACTCAAAAATGTAAAAAAATTCA
* * *
30886 ACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCTTAA
190 ACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCTTGA
* * ** * * * *
30951 GTAACTATAAATAGACTTTTTGTGTCAATGGATGGC-TTTGCTTCACATTTCTCAAGGTAGACAT
255 GTGACTATAAATGGACTTTTCATATCAATAGATGGCTTTTTCTTCACATTTCTC-AGGTAAACAT
** ** * * * * *
31015 TCAATTGTAATAAATTTTAA-CAAAAAAT--G-TAA---AAC--AAAATCGACTATCAAATTATA
319 TCAATTACAATTTATTTTAACCAAAAAATAAGAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATA
** * * * * *
31071 AGTCCATTTAAAGCGAGTAATAAAGCTTTCGAAGGCTTGCGTGACTATAAATGGGCTTTTCTTGA
384 AAACTATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCTTGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTT-A
* * * * *
31136 -CAATGAATGGTTTTTTCTTCACGTTTCTTAAGGCAAACAATCAATTATATTCTGTTTTAATTAA
448 TCAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTCTTGAGGCAAACATTCAATTATAATCTGTTTTAA-TAA
* * * * *
31200 AAATA-TAAAAAAATTCAATCAAAAATTAATTATGAGATTGTAAAACCATTTAAAGTGAGTAATA
512 AAAAAGT-AAAAAATTCAACCTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATA
* * * *
31264 AGGCTTTCAAAGGCATGTGTGACTATAATTGGACTTTTCATGTCAATGAATGGCTTTTTCTTCAC
576 AGGCTTTCGAAGGCATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGTCAATGAATGGCTTTTTCTTCAC
* * * * * *
31329 ATTTCCTAAGGCAAACACTTAATTATAACCTATTTTAA--AAAAA-AGTAAGAAAATTCAATCAA
641 GTTTCCTAAGGCAGACA-TTAATTATAACTTGTTTTAACCAAAAATA-TAA-AAAATTCAACCTA
*
31391 AAATCAATTATGAGTTTATAA
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Statistics
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Consensus pattern (849 bp):
AAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAAT
AAGGCTTTCGAAGGCATGGTGACTATAAATAACTTTTCTTACCAATAAATGACTTTTTCTTCACG
TTTCCAGAGATAAACATTCAATTATAATCTATTTTAACTCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAA
AATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCTTGAGTGACT
ATAAATGGACTTTTCATATCAATAGATGGCTTTTTCTTCACATTTCTCAGGTAAACATTCAATTA
CAATTTATTTTAACCAAAAAATAAGAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTAT
TTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCTTGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTATCAATGAA
TGGCTTTTTCTTCATGTTTCTTGAGGCAAACATTCAATTATAATCTGTTTTAATAAAAAAAGTAA
AAAATTCAACCTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTCGA
AGGCATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGTCAATGAATGGCTTTTTCTTCACGTTTCCTAAG
GCAGACATTAATTATAACTTGTTTTAACCAAAAATATAAAAAATTCAACCTAAAATCAATTATGA
GATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCATGGGTGACTATAAATGGACTT
TTCTTATCAATGAAAGACTTTTTCTTTACGTTTCTCAAGGTAAACATTCAATTATAATCTGTTTT
AACC
Found at i:30592 original size:169 final size:169
Alignment explanation
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30243 CATGTTTCTC
*
30253 AAGGCTTTTGAAGGCATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGTCAATGAATGGCTTT-TCTTCA
1 AAGGCTTTCGAAGGCATG-GTGACTATAAATGGACTTTTCTTGTCAATGAATGGCTTTGTCTTCA
* * * * *
30317 TGTTTCTCAAGGTAGACAGTCAATTATAATCTGTTTTAACAAAAAATGTAAAAACATTCAACCTA
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* * * *
30382 AAATCAATTATGAGATTGTAAATCTATTTAAAGCAAGTAAT
129 AAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAAT
* * * *
30423 AAGGCTTTCGAAGGCATAGGTGACTATAAATAGA-TTTTTTTTTCAATAAATGGCTTTGTCTTCA
1 AAGGCTTTCGAAGGCAT-GGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGTCAATGAATGGCTTTGTCTTCA
* * * * * * *
30487 TGTTTCCCATAGCAGATAGTCAATTACAATTTATTTTAACTAAAAATA-CAAAAAATTCAACCTA
65 CGTTTCTCA-AGCAGACAGTCAATTATAATTTGTTTTAACAAAAAATATAAAAAAATTCAACCTA
*
30551 AAATCAATTATGAGATTATAAATCCATTTAAAGCGAGTAAT
129 AAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAAT
** * ** *
30592 AAGGCTTTAAAAGGCATGG-GCAACTATAAATGGAC-TTTCTTATCAACAAATGACTTTGTCTTC
1 AAGGCTTTCGAAGGCATGGTG--ACTATAAATGGACTTTTCTTGTCAATGAATGGCTTTGTCTTC
* * * * * ** * *
30655 ACATTTCCCATGATAGACATTCAGCTATAATTTGTTTTAACAAAAAATATAAAAAAATTCATCTT
64 ACGTTTCTCAAG-CAGACAGTCAATTATAATTTGTTTTAACAAAAAATATAAAAAAATTCAACCT
* * *
30720 AAAATCAATTAAGAGATTACAAAACCCTTT-AAGCTGAGTAAT
128 AAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGC-GAGTAAT
* * * * * * *
30762 AAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTA-AAATGAACTTTTCTTATCAATGAATGCCGTT-TCTTTT
1 AAGGCTTTCGAAGGCAT-GGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGTCAATGAATGGCTTTGTC-TTC
* * * * * *
30825 ATGTTT-TACGAGACAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACAAAAAATATAAAAAAATTTAACT
64 ACGTTTCT-CAAG-CAGACAGTCAATTATAATTTGTTTTAACAAAAAATATAAAAAAATTCAACC
30889 TAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAAT
127 TAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAAT
* * * * *
30932 AAGGCTTTCGAAGGCTTAAGTAACTATAAATAGACTTTT-TGTGTCAATGGATGGCTTTG-CTTC
1 AAGGCTTTCGAAGGCAT-GGTGACTATAAATGGACTTTTCT-TGTCAATGAATGGCTTTGTCTTC
* * * * *** * * *
30995 ACATTTCTCAAGGTAGACATTCAATTGTAATAAATTTTAACAAAAAATGTAAAACAAAATCGA-C
64 ACGTTTCTCAA-GCAGACAGTCAATTATAATTTGTTTTAACAAAAAATATAAAA-AAATTCAACC
**
31059 T---ATC----A--A-ATTATAAGTCCATTTAAAGCGAGTAAT
127 TAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAAT
* * * * * *
31092 AAAGCTTTCGAAGGCTTGCGTGACTATAAATGGGCTTTTCTTGACAATGAATGGTTTTTTCTTCA
1 AAGGCTTTCGAAGGCATG-GTGACTATAAATGGACTTTTCTTGTCAATGAATGGCTTTGTCTTCA
* * * ** * *
31157 CGTTTCTTAAGGCAAACAATCAATTAT-ATTCTGTTTTAATTAAAAATATAAAAAAATTCAATCA
65 CGTTTCTCAA-GCAGACAGTCAATTATAATT-TGTTTTAACAAAAAATATAAAAAAATTCAACCT
* * *
31221 AAAATTAATTATGAGATTGTAAAACCATTTAAAGTGAGTAAT
128 AAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAAT
* * * *
31263 AAGGCTTTCAAAGGCATGTGTGACTATAATTGGACTTTTCATGTCAATGAATGGCTTTTTCTTCA
1 AAGGCTTTCGAAGGCATG-GTGACTATAAATGGACTTTTCTTGTCAATGAATGGCTTTGTCTTCA
* * * * ** * * * * *
31328 CATTTC-CTAAGGCAAACACTTAATTATAACCTATTTTAA-AAAAAA-GTAAGAAAATTCAATCA
65 CGTTTCTC-AA-GCAGACAGTCAATTATAATTTGTTTTAACAAAAAATATAAAAAAATTCAACCT
*
31390 AAAATCAATTATGAGTTTATAA
128 AAAATCAATTATGAGATTATAA
31412 TGTTGGAGAT
Statistics
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0.78 0.14 0.07
Matches are distributed among these distances:
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168 4 0.00
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ACGTcount: A:0.39, C:0.13, G:0.14, T:0.34
Consensus pattern (169 bp):
AAGGCTTTCGAAGGCATGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGTCAATGAATGGCTTTGTCTTCAC
GTTTCTCAAGCAGACAGTCAATTATAATTTGTTTTAACAAAAAATATAAAAAAATTCAACCTAAA
ATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAAT
Found at i:30873 original size:339 final size:336
Alignment explanation
Indices: 30253--31411 Score: 1072
Period size: 339 Copynumber: 3.4 Consensus size: 336
30243 CATGTTTCTC
** *
30253 AAGGCTTTTGAAGGCATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGTCAATGAATGGCTTT-TCTTCA
1 AAGGCTTTCAAAGGCATGAGTAACTATAAATGGACTTTTCTTGTCAATGAATGGCTTTGTCTTCA
** * * * *
30317 TGTTTCTCAAGGTAGACAGTCAATTATAATCTGTTTTAACAAAAAATGTAAAAACATTCAACCTA
66 CATTTCCCAAGGTAGACATTCAATTATAATATGTTTTAACAAAAAATGTAAAAAAATTC-A-CTA
* * * * *
30382 AAATCAATTATGAGATTGTAAATCTATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATAGGTGAC
129 AAATCAATTAAGAGATTATAAATCCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATGGGTGAC
* * * * * ** * * *
30447 TATAAAT-AGA-TTTTTTTTTCAATAAATG-GCTTTGTCTTCATGTTTCCCATAGCAGATAGTCA
194 TATAAATGA-ACTTTTCTTATCAATGAATGCG-TTTCT-TTTATGTTTTACAGA-CAGACAATCA
* * * * *
30509 ATTACAATTTATTTTAACTAAAAATACAAAAAATTCAACCTAAAATCAATTATGAGATTATAAAT
255 ATTATAATCTGTTTTAACAAAAAATA-AAAAAATTCAACCTAAAATCAATTATGAGATTATAAAA
30574 CCATTTAAAGCGAGTAAT
319 CCATTTAAAGCGAGTAAT
* * * * ** *
30592 AAGGCTTTAAAAGGCATGGGCAACTATAAATGGAC-TTTCTTATCAACAAATGACTTTGTCTTCA
1 AAGGCTTTCAAAGGCATGAGTAACTATAAATGGACTTTTCTTGTCAATGAATGGCTTTGTCTTCA
* * ** * *
30656 CATTTCCCATGATAGACATTCAGCTATAATTTGTTTTAACAAAAAATATAAAAAAATTCATCTTA
66 CATTTCCCAAGGTAGACATTCAATTATAATATGTTTTAACAAAAAATGTAAAAAAATTCA-C-TA
* * * * *
30721 AAATCAATTAAGAGATTACAAAACCCTTT-AAGCTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGA
129 AAATCAATTAAGAGATTATAAATCCATTTAAAGC-GAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATGGGTGA
*
30785 CTA-AAATGAACTTTTCTTATCAATGAATGCCGTTTCTTTTATGTTTTACGAGACAGACATTCAA
193 CTATAAATGAACTTTTCTTATCAATGAATG-CGTTTCTTTTATGTTTTAC-AGACAGACAATCAA
* *
30849 TTATAATCTGTTTTAACAAAAAATATAAAAAAATTTAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAA
256 TTATAATCTGTTTTAAC-AAAAA-ATAAAAAAATTCAACCTAAAATCAATTATGAGATTATAAAA
30914 CCATTTAAAGCGAGTAAT
319 CCATTTAAAGCGAGTAAT
* * * * *
30932 AAGGCTTTCGAAGGCTTAAGTAACTATAAATAGACTTTT-TGTGTCAATGGATGGCTTTG-CTTC
1 AAGGCTTTCAAAGGCATGAGTAACTATAAATGGACTTTTCT-TGTCAATGAATGGCTTTGTCTTC
* * ** *
30995 ACATTTCTCAAGGTAGACATTCAATTGTAATAAATTTTAACAAAAAATGTAAAACAAAATCGACT
65 ACATTTCCCAAGGTAGACATTCAATTATAATATGTTTTAACAAAAAATGTAAAA-AAATTC-ACT
* * * *
31060 ---ATC-----A-A-ATTATAAGTCCATTTAAAGCGAGTAATAAAGCTTTCGAAGGCTTGCGTGA
128 AAAATCAATTAAGAGATTATAAATCCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATGGGTGA
** * * * *
31115 CTATAAATGGGCTTTTCTTGA-CAATGAATG-GTTTTTTCTTCACGTTTCTTA-AGGCAAACAAT
193 CTATAAATGAACTTTTCTT-ATCAATGAATGCGTTTCTT-TT-ATG-TT-TTACAGACAGACAAT
* * * * * *
31177 CAATTATATTCTGTTTTAATTAAAAATATAAAAAAATTCAATCAAAAATTAATTATGAGATTGTA
253 CAATTATAATCTGTTTTAA-CAAAAA-ATAAAAAAATTCAACCTAAAATCAATTATGAGATTATA
*
31242 AAACCATTTAAAGTGAGTAAT
316 AAACCATTTAAAGCGAGTAAT
* * * * *
31263 AAGGCTTTCAAAGGCATGTGTGACTATAATTGGACTTTTCATGTCAATGAATGGCTTTTTCTTCA
1 AAGGCTTTCAAAGGCATGAGTAACTATAAATGGACTTTTCTTGTCAATGAATGGCTTTGTCTTCA
* * * ** * * *
31328 CATTTCCTAAGGCAAACACTT-AATTATAACCTATTTTAA-AAAAAA-GTAAGAAAATTCAATCA
66 CATTTCCCAAGGTAGACA-TTCAATTATAATATGTTTTAACAAAAAATGTAAAAAAATTC-A-CT
* *
31390 AAAATCAATTATGAGTTTATAA
128 AAAATCAATTAAGAGATTATAA
31412 TGTTGGAGAT
Statistics
Matches: 664, Mismatches: 120, Indels: 71
0.78 0.14 0.08
Matches are distributed among these distances:
329 12 0.02
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342 1 0.00
ACGTcount: A:0.39, C:0.13, G:0.14, T:0.34
Consensus pattern (336 bp):
AAGGCTTTCAAAGGCATGAGTAACTATAAATGGACTTTTCTTGTCAATGAATGGCTTTGTCTTCA
CATTTCCCAAGGTAGACATTCAATTATAATATGTTTTAACAAAAAATGTAAAAAAATTCACTAAA
ATCAATTAAGAGATTATAAATCCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATGGGTGACTA
TAAATGAACTTTTCTTATCAATGAATGCGTTTCTTTTATGTTTTACAGACAGACAATCAATTATA
ATCTGTTTTAACAAAAAATAAAAAAATTCAACCTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTA
AAGCGAGTAAT
Found at i:37738 original size:170 final size:171
Alignment explanation
Indices: 37486--37844 Score: 454
Period size: 170 Copynumber: 2.1 Consensus size: 171
37476 AAAAATCCAA
* * **
37486 AAAAAAATTCAACGTAAAATTAACTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCTCGTAACAAGGCTTC
1 AAAAAAATTCAACTTAAAATCAACTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAACAAGGCTTC
** * * *
37551 CAAACGCATAGGTGACTATAAATGGGCTTTTCT-TGTCAATGAATGACTTTTTCTCTATGTTTCC
66 CAAACGCATAGGTGACTATAAATGAACTTTT-TATGCCAATGAATGACTTTTGCTCCATGTTTCC
* * * * *
37615 CAAGGCAGACATTCAATTAGATTCTGTTTTAATCAAAAATGT
130 CAAAGCAGACATTCAATTAGAATATATTTTAATAAAAAATGT
* * *
37657 -AAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTT
1 AAAAAAATTCAACTTAAAATCAACTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAACAAGGCTTC
** * * * *
37721 TGAAGGTAT-GAGTGACTATAAATGAACTTTTTATGCCAATGGATTACTTTTGCTCCATGTTTCC
66 CAAACGCATAG-GTGACTATAAATGAACTTTTTATGCCAATGAATGACTTTTGCTCCATGTTTCC
*
37785 CAAAGCAGACATTCAATTATAATATATTTTAATAAAAAATGT
130 CAAAGCAGACATTCAATTAGAATATATTTTAATAAAAAATGT
*
37827 AAAAAAATTTAACTTAAA
1 AAAAAAATTCAACTTAAA
37845 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 160, Mismatches: 25, Indels: 6
0.84 0.13 0.03
Matches are distributed among these distances:
169 2 0.01
170 142 0.89
171 16 0.10
ACGTcount: A:0.40, C:0.14, G:0.13, T:0.33
Consensus pattern (171 bp):
AAAAAAATTCAACTTAAAATCAACTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAACAAGGCTTC
CAAACGCATAGGTGACTATAAATGAACTTTTTATGCCAATGAATGACTTTTGCTCCATGTTTCCC
AAAGCAGACATTCAATTAGAATATATTTTAATAAAAAATGT
Found at i:43363 original size:171 final size:169
Alignment explanation
Indices: 43077--43630 Score: 504
Period size: 171 Copynumber: 3.2 Consensus size: 169
43067 AAAAAACATA
* * * *
43077 AAAGAAAAGTTCATTTTTAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACCCAGC-TTAAAGGATTT
1 AAAGAAAAGTACATTTATAGTCACCCATACCTTCAAAAGCCTTATTACTC-GCTTTAAAGGA-TT
* * * * * *
43141 TGTAATCTCTTAATTGATTTTAAGATGAATTTTTTTACATTTTTAGTTAAAACAGATTATAGCTA
64 TATAATCTCATAATTGATTTTAGGTTGAATGTTTTTACATTTTTAGTTAAAACAGATTATAACTA
* * ** * *
43206 AATGTTTG-TCATGGGAAATGTGAAGATAAAGTCATTTATTG
129 AATATCTGCT-ATGGGAAACATGAAGACAAAGCCATTTATTG
* ** * ** *
43247 ATAAGAAAAGTCCATTTATAGTTGCCCATGCCTTTTAAAGCCTTATTACTCGCTTTAGATGGATT
1 A-AAGAAAAGTACATTTATAGTCACCCATACCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTA-AAGGATT
* * * * *
43312 TATAATCTCATAATTGATTTTAGGTTGAATGTTTTTGCATTTTTAGTTAAAACAAATTGTAATTG
64 TATAATCTCATAATTGATTTTAGGTTGAATGTTTTTACATTTTTAGTTAAAACAGATTATAACTA
*
43377 ACTATCTGCTATGGGAAACATGAAGACAAAGCCATTTATTG
129 AATATCTGCTATGGGAAACATGAAGACAAAGCCATTTATTG
* * * * * * * * * *
43418 AAAAAAAATTATATTTATAGTCACCTATACCTTCGAAAGCTTTATTACTTGTTTTAAAAAGTTTT
1 AAAGAAAAGTACATTTATAGTCACCCATACCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTT-AAAGGATTT
* * * * *
43483 ACAATCTCATAATTGATTTTTGGTTGAATGTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGA
65 ATAATCTCATAATTGATTTTAGGTTGAATGTTTTTACATTTTTAGTTAAAACAGATTATAACTAA
* * * * * * *
43548 TTGTCTACCT-TGAGAAACGTAAAGA-AAATGCCATTCATTG
130 ATATCT-GCTATGGGAAACATGAAGACAAA-GCCATTTATTG
* * * *
43588 ACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATGCCTTTAAAAGCCT
1 A-AAGAAAAGTACATTTATAGTCACCCATACCTTCAAAAGCCT
43631 AGAGAAACGT
Statistics
Matches: 310, Mismatches: 66, Indels: 15
0.79 0.17 0.04
Matches are distributed among these distances:
169 3 0.01
170 135 0.44
171 167 0.54
172 5 0.02
ACGTcount: A:0.34, C:0.13, G:0.14, T:0.39
Consensus pattern (169 bp):
AAAGAAAAGTACATTTATAGTCACCCATACCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAAGGATTTA
TAATCTCATAATTGATTTTAGGTTGAATGTTTTTACATTTTTAGTTAAAACAGATTATAACTAAA
TATCTGCTATGGGAAACATGAAGACAAAGCCATTTATTG
Found at i:43740 original size:144 final size:144
Alignment explanation
Indices: 43505--43774 Score: 350
Period size: 144 Copynumber: 1.9 Consensus size: 144
43495 TTGATTTTTG
* * *
43505 GTTGAATGTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGATTGTCTACCTTGAGAAACGTAA
1 GTTGAATGTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTAGAGAAAAGTAA
* * * *
43570 AGAAAATGCCATTCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATGCCTTTAAAAGCCTAGAG
66 AGAAAATCCCATTCATTGACAAGAAAAGCCCATTTATAGTCACCCAAGCCTTTAAAAGCCTAGAG
43635 AAACGTGATGTTAT
131 AAACGTGATGTTAT
* * *
43649 GTTGAATTTGTTTTACATTTTTGGTTAAAACA-AGTTGTAATTGAATGTTTACCTCAGA-AAAAG
1 GTTGAATGT-TTTTACATTTTTGGTTAAAACAGA-TTATAATTGAATGTCTACCT-AGAGAAAAG
** * *
43712 TGAAA-AAAA-CCCATTCATTGGTAAGAAAAGCCCATTTATAGTCACCCAAGTCTTTGAAAGCCT
63 T-AAAGAAAATCCCATTCATTGACAAGAAAAGCCCATTTATAGTCACCCAAGCCTTTAAAAGCCT
43775 TATTCTCACA
Statistics
Matches: 108, Mismatches: 14, Indels: 8
0.83 0.11 0.06
Matches are distributed among these distances:
144 55 0.51
145 48 0.44
146 5 0.05
ACGTcount: A:0.36, C:0.14, G:0.16, T:0.34
Consensus pattern (144 bp):
GTTGAATGTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTAGAGAAAAGTAA
AGAAAATCCCATTCATTGACAAGAAAAGCCCATTTATAGTCACCCAAGCCTTTAAAAGCCTAGAG
AAACGTGATGTTAT
Found at i:45449 original size:682 final size:674
Alignment explanation
Indices: 43660--45692 Score: 2076
Period size: 682 Copynumber: 3.0 Consensus size: 674
43650 TTGAATTTGT
* ** * *
43660 TTTACATTTTTGGTTAAAACA-AGTTGTAATTGAATGTTTACCTC-AGAAAAAGTGAA-AAAAAC
1 TTTACATTTTTGATTAAAACAGA-TCATAATTGAATGTCTACCTCAAGAAACA-TGAACAAAAAC
* * *
43722 CCATTCATTGGTAAGAAAAGCCCATTTATAGTCACCCAAGTCTTTGAAAGCCTTATT-CTCAC-A
64 ACATTCATTGGTAAGAAAAG-CCATTTATAGTCACCCAAGTCTTCGAAAGCCTTATTACTCACTT
* * * * *
43785 TAAATAATTTTATAATCTAATAATTAATTTTAAGTTCA-ATTTTTTCACTTTTTTGAGTAAAATA
128 TAAATAGTTTTGTAATCTCATAATTGATTTTAAGTTCATATTTTTT-ACTTTTTTGATTAAAATA
* * * * * * *
43849 TATTATAATTGAATGTCTATCTTGGAAAATGTCAAGTAAAAGTCATCTATTGGTATAAAAAGTCC
192 TATTATAATTGAATGTCTACCTTAG-AAACGTGAAGAAAAAGTCATCTATTGATATGAAAAGTCC
* * * *
43914 ACTTATAATCAC-CAATGCCTTTGAGAGCCTTATTACTCGCTTT-AAGTAGTTCTATAATCTCAT
256 ATTTAT-ATCACTCAA-GCCTTTGA-AGCCTTATTACTCACTTTAAATTA-TTTTATAATCTCAT
* * * * * *
43977 AACTGACTTTAAGTTGAATTTTTTACATTTTTT-GTTAAAACAGATTCTAATTAAATGTCTACCT
317 AATTGATTTTAAG-TGAATTTTTT-TATTTTTTAGTTAAAACAAATTATAATTAAATGTTTACC-
* * * * *
44041 TGGGAAACATAAAGAAAAAGTCATTCATTGACAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACCAATGCCTTC
379 TGAGAAACATAAAGAAAAAGTCATTCATTGATAAGAAAAGTCCATTTATAATCACCCATGCCTTC
* * * * *
44106 AGAAAAGTC-TATTACGCGCTTTAAATGATTTTATAATCTCATAATTGATTTGACGTTGAATTAT
444 --AAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAA-T-T
* * ** * ** *
44170 TTTTTAGATTGTGGGTTAAAACAGATTATAATTGACTACCTACCTCAAGAAACATGAAGAAAAAG
505 TTTTTACATTTTTAGTTAAAACAGATTATAATTGAATATTTACCTCAGGAAACATGAAGAAAAAG
* * * * *
44235 CCATTCATTGATAAGAAAAG-CCTATTTATAGTCCCCCAAGCCTTCAAAAGCCTTATCACTCGCT
570 CCATTCATTGGTAAGAAAAGTCC-ATTTATAGTCACCCATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACT
* *
44299 TTAAAAGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTGAGGTTGAAA
634 TTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAGGTTGAAA
* ** * ** * *
44340 TTTACATTTTTGATTAAAACATATTGTAATTGAATGTTTGTCTCAAGAAACATGAAGAAAAACCC
1 TTTACATTTTTGATTAAAACAGATCATAATTGAATGTCTACCTCAAGAAACATGAACAAAAACAC
* * * * * *
44405 ATTCATTGGCATGAAAAGCGCATTCATAGTAAACCAAGTCTTCGAAAGCCTTATTACTTACTTTA
66 ATTCATTGGTAAGAAAAGC-CATTTATAGTCACCCAAGTCTTCGAAAGCCTTATTACTCACTTTA
* *
44470 AATCGTTTTAGT-ATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAT-TTTTTTACTTTTTTGATTAAAATATA
130 AATAGTTTT-GTAATCTCATAATTGATTTTAAGTTCATATTTTTTACTTTTTTGATTAAAATATA
* * * * *
44533 TTGTAATTGAATGTTTACCTTTAGAAACGTGAAGCAAAAGCCATCTATTGATATGAAAAGTCAAT
194 TTATAATTGAATGTCTACC-TTAGAAACGTGAAGAAAAAGTCATCTATTGATATGAAAAGTCCAT
* **** *** * * **
44598 TTATTATCACTTAAGCCCGCAAAAATATTATTATTCACTTGAAATGGTTTTATAATCTCATAATT
258 TTA-TATCACTCAAG-CCTTTGAAGCCTTATTACTCACTTTAAATTATTTTATAATCTCATAATT
* * * * *
44663 GATTTTAAGTCAAATATTTTTACATTTTTCA-TTAAAACATATTATAATTAAATGTTTACCTCCA
321 GATTTTAAGT-GAAT-TTTTT-TATTTTTTAGTTAAAACAAATTATAATTAAATGTTTACCT-GA
* ** * * * *
44727 GAAATATAAAGAAAAAGTTGTTCATTGGTAAGACAAGTCCATTTATAATGACCCATCCCTTCAAA
382 GAAACATAAAGAAAAAGTCATTCATTGATAAGAAAAGTCCATTTATAATCACCCATGCCTTCAAA
*
44792 AGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATCGATTTTAAGTTGAATTTTTTTAC
447 AGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTAC
* **
44857 ATTTTTAGTTAAAACAGATTATACTTGAATATTTACCTTTGGAAACATGAAGAAAAAGCC-TTAC
512 ATTTTTAGTTAAAACAGATTATAATTGAATATTTACCTCAGGAAACATGAAGAAAAAGCCATT-C
* * * *
44921 ATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATTCCTTCAAAAGCCTTATTGCTCACTTTAAATG
576 ATTGGTAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATG
*
44986 GTTTTATAAACTCATAATTGATTTTAGGTTG-AA
641 GTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAGGTTGAAA
* * * * * *
45019 TTTTCTTATAGTTTTGGTTTAAACAGGTCATAATT-AAGTGTCTACCTTAGGAAACATGAACAAA
1 TTTAC--AT--TTTTGATTAAAACAGATCATAATTGAA-TGTCTACCTCAAGAAACATGAACAAA
* * * * * * *
45083 AGCACATTCATTGATAAGAAACGTCCATTTATTGTCACCCATGCCTTCGAAAGCTTTATTACTCA
61 AACACATTCATTGGTAAGAAAAG-CCATTTATAGTCACCCAAGTCTTCGAAAGCCTTATTACTCA
* * *
45148 CTTTAAATGGTTTTGTAATCTCATAATTGATTTTAAATT-ATATTTTATACTTTTTT-ATTAAAA
125 CTTTAAATAGTTTTGTAATCTCATAATTGATTTTAAGTTCATATTTTTTACTTTTTTGATTAAAA
* * * *
45211 TAAATTATTATTGAATGTCTGCCTCAAGAAACGTGAAGAAAAAGTCATCTATTGAT-TGGAAAAG
190 TATATTATAATTGAATGTCTACCT-TAGAAACGTGAAGAAAAAGTCATCTATTGATAT-GAAAAG
*
45275 TCCATTTATAGTCACTCAAGCCTTTGGAAGCCTTGTTACTCACTTTAAATTATTTTATAATCTCA
253 TCCATTTATA-TCACTCAAGCCTTT-GAAGCCTTATTACTCACTTTAAATTATTTTATAATCTCA
* *
45340 TAATTGATTTTAAGATGAATTTTTCTTATGTTTTTAGTTAAAACAAATTATAATTGAATGTTTGC
316 TAATTGATTTTAAG-TGAATTTTT-TTAT-TTTTTAGTTAAAACAAATTATAATTAAATGTTTAC
* * * * * * * *
45405 CATGAGAAACGTGAA-AAAAAGCCA-TCTATTGATATGAAAAGTCCATTTATGATCACTCAAGCT
378 C-TGAGAAACATAAAGAAAAAGTCATTC-ATTGATAAGAAAAGTCCATTTATAATCACCCATGCC
** * * * * * *
45468 TTTGAAAGCCTTATTACTTGCTTTAAATAGTTTTATACTGTCATAGTTGATTTTAAGTTGAATGT
441 TTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTT
* * * * * ** *
45533 TTTTACATTTTTAGTTCAAATAGATTATAATTGTATGTTGACCTCAGGAAAGGTTAAGAAAAAGC
506 TTTTACATTTTTAGTTAAAACAGATTATAATTGAATATTTACCTCAGGAAACATGAAGAAAAAGC
* * * * *
45598 CATTTATTGGTAAGAAAAGTCCATTTATTGTCACCCATGCGTTCAAAAGCTTTATTACTTACTTT
571 CATTCATTGGTAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTT
*
45663 AAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTT
636 AAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTT
45693 NNNNNNNNNN
Statistics
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ACGTcount: A:0.35, C:0.14, G:0.13, T:0.38
Consensus pattern (674 bp):
TTTACATTTTTGATTAAAACAGATCATAATTGAATGTCTACCTCAAGAAACATGAACAAAAACAC
ATTCATTGGTAAGAAAAGCCATTTATAGTCACCCAAGTCTTCGAAAGCCTTATTACTCACTTTAA
ATAGTTTTGTAATCTCATAATTGATTTTAAGTTCATATTTTTTACTTTTTTGATTAAAATATATT
ATAATTGAATGTCTACCTTAGAAACGTGAAGAAAAAGTCATCTATTGATATGAAAAGTCCATTTA
TATCACTCAAGCCTTTGAAGCCTTATTACTCACTTTAAATTATTTTATAATCTCATAATTGATTT
TAAGTGAATTTTTTTATTTTTTAGTTAAAACAAATTATAATTAAATGTTTACCTGAGAAACATAA
AGAAAAAGTCATTCATTGATAAGAAAAGTCCATTTATAATCACCCATGCCTTCAAAAGCCTTATT
ACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTAGT
TAAAACAGATTATAATTGAATATTTACCTCAGGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGGTAAGA
AAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAAT
CTCATAATTGATTTTAGGTTGAAA
Found at i:45597 original size:171 final size:169
Alignment explanation
Indices: 43640--45692 Score: 1626
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43630 TAGAGAAACG
* * * *
43640 TGATGTTATGTTGAATTTGTTTTACATTTTTGGTTAAAACA-AGTTGTAATTGAATGTTTACCTC
1 TGATTTTAAGTTGAA-TT-TTTTACATTTTTAGTTAAAACAGA-TTATAATTGAATG-TTACCTC
* * * * * *
43704 A-GAAAAAGTGAA-AAAAACCCATTCATTGGTAAGAAAAGCCCATTTATAGTCACCCAAGTCTTT
62 AGGAAACA-TGAAGAAAAAGCCATTCATTGATAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCAAGCCTTC
* * *
43767 GAAAGCCTTATT-CTCAC-ATAAATAATTTTATAATCTAATAAT
126 GAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAAT
* * * * * * *
43809 TAATTTTAAGTTCAATTTTTTCACTTTTTTGAG-TAAAATATATTATAATTGAATGTCTATCT-T
1 TGATTTTAAGTTGAATTTTTT-ACATTTTT-AGTTAAAACAGATTATAATTGAATGT-TACCTCA
* * * * *
43872 GGAAA-ATGTCAAGTAAAAGTCA-TCTATTGGTATA-AAAAGTCCACTTATAATCA-CCAATGCC
63 GGAAACATG--AAGAAAAAGCCATTC-ATTGATA-AGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCAA-GCC
* * * * * *
43933 TTTGAGAGCCTTATTACTCGCTTTAAGTAGTTCTATAATCTCATAAC
123 TTCGAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAAT
* * * * **
43980 TGACTTTAAGTTGAATTTTTTACATTTTTTGTTAAAACAGATTCTAATTAAATGTCTACCTTGGG
1 TGATTTTAAGTTGAATTTTTTACATTTTTAGTTAAAACAGATTATAATTGAATGT-TACCTCAGG
* * * *
44045 AAACATAAAGAAAAAGTCATTCATTGACAAGAAAAGTCTATTTATAGTCA-CCAATGCCTTCAGA
65 AAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGATAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCAA-GCCTTC-G-
* * *
44109 AAAGTC-TATTACGCGCTTTAAAT-GATTTTATAATCTCATAAT
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* * * * ** * **
44151 TGATTTGACGTTGAATTATTTTTTAGATTGTGGGTTAAAACAGATTATAATTGACTACCTACCTC
1 TGATTTTAAGTTG-A--ATTTTTTACATTTTTAGTTAAAACAGATTATAATTGAAT-GTTACCTC
* *
44216 AAGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGATAAGAAAAG-CCTATTTATAGTCCCCCAAGCCTTC
62 AGGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGATAAGAAAAGTCC-ATTTATAGTCACCCAAGCCTTC
* * *
44280 AAAAGCCTTATCACTCGCTTTAAA-AGGTTTTATAATCTCATAAT
126 GAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATA-GTTTTATAATCTCATAAT
* * * * * ** *
44324 TGATTTGAGGTTGAA--ATTTACATTTTT-GATTAAAACATATTGTAATTGAATGTTTGTCTCAA
1 TGATTTTAAGTTGAATTTTTTACATTTTTAG-TTAAAACAGATTATAATTGAATG-TTACCTCAG
* ** * * * * *
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* *
44450 AAGCCTTATTACTTACTTTAAATCGTTTTAGT-ATCTCATAAT
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* * * * * *
44492 TGATTTTAAGTTGATTTTTTTAC-TTTTTTGATTAAAATATATTGTAATTGAATGTTTACCTTTA
1 TGATTTTAAGTTGAATTTTTTACATTTTTAG-TTAAAACAGATTATAATTGAATG-TTACC-TCA
* * * * ** **
44556 -GAAACGTGAAGCAAAAGCCA-TCTATTGATATGAAAAGTCAATTTATTA-TCACTTAAGCCCGC
63 GGAAACATGAAGAAAAAGCCATTC-ATTGATAAGAAAAGTCCATTTA-TAGTCACCCAAGCCTTC
* *** * * *
44618 AAAAATATTATTATTCACTTGAAATGGTTTTATAATCTCATAAT
126 GAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAAT
** * *
44662 TGATTTTAAGTCAAATATTTTTACATTTTTCA-TTAAAACATATTATAATTAAATGTTTACCTCC
1 TGATTTTAAGTTGAAT-TTTTTACATTTTT-AGTTAAAACAGATTATAATTGAATG-TTACCT-C
* * *** * * * * ** *
44726 A-GAAATATAAAGAAAAAGTTGTTCATTGGTAAGACAAGTCCATTTATAATGACCCATCCCTTCA
62 AGGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGATAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCAAGCCTTCG
* *
44790 AAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAAT
127 AAAGCCTTATTACTCACTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAAT
* * * **
44833 CGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTAGTTAAAACAGATTATACTTGAATATTTACCTTTG
1 TGATTTTAAGTTGAA-TTTTTTACATTTTTAGTTAAAACAGATTATAATTGAAT-GTTACCTCAG
** * ** *
44898 GAAACATGAAGAAAAAGCC-TTACATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATTCCTTCAA
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* * *
44962 AAGCCTTATTGCTCACTTTAAATGGTTTTATAAACTCATAAT
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* * * * * * * *
45004 TGATTTTAGGTTGAATTTTCTTATAGTTTTGGTTTAAACAGGTCATAATT-AAGTGTCTACCTTA
1 TGATTTTAAGTTGAATTTT-TTACATTTTTAGTTAAAACAGATTATAATTGAA-TGT-TACCTCA
* * * *
45068 GGAAACATGAA-CAAAAGCACATTCATTGATAAGAAACGTCCATTTATTGTCACCCATGCCTTCG
63 GGAAACATGAAGAAAAAGC-CATTCATTGATAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCAAGCCTTCG
* * *
45132 AAAGCTTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTGTAATCTCATAAT
127 AAAGCCTTATTACTCACTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAAT
* * * * * * * *
45175 TGATTTTAAATT-ATATTTTATACTTTTTTA-TTAAAATAAATTATTATTGAATGTCTGCCTCAA
1 TGATTTTAAGTTGA-ATTTTTTACATTTTTAGTTAAAACAGATTATAATTGAATGT-TACCTCAG
* * ** * * *
45238 GAAACGTGAAGAAAAAGTCA-TCTATTGATTGGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGCCTTTGG
64 GAAACATGAAGAAAAAGCCATTC-ATTGATAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCAAGCCTTCGA
*
45302 AAGCCTTGTTACTCACTTTAAATTA-TTTTATAATCTCATAAT
128 AAGCCTTATTACTCACTTTAAA-TAGTTTTATAATCTCATAAT
* ** * **
45344 TGATTTTAAGATGAATTTTTCTTATGTTTTTAGTTAAAACAAATTATAATTGAATGTTTGC-CAT
1 TGATTTTAAGTTGAA-TTTT-TTACATTTTTAGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTTACCTCA-
* * * *
45408 GAGAAACGTGAA-AAAAAGCCA-TCTATTGATATGAAAAGTCCATTTAT-GATCACTCAAGCTTT
63 G-GAAACATGAAGAAAAAGCCATTC-ATTGATAAGAAAAGTCCATTTATAG-TCACCCAAGCCTT
* ** * * *
45470 TGAAAGCCTTATTACTTGCTTTAAATAGTTTTATACTGTCATAGT
125 CGAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAAT
* * *
45515 TGATTTTAAGTTGAATGTTTTTACATTTTTAGTTCAAATAGATTATAATTGTATGTTGACCTCAG
1 TGATTTTAAGTTGAAT-TTTTTACATTTTTAGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTT-ACCTCAG
** * * * * * * *
45580 GAAAGGTTAAGAAAAAGCCATTTATTGGTAAGAAAAGTCCATTTATTGTCACCCATGCGTTCAAA
64 GAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGATAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCAAGCCTTCGAA
* *
45645 AGCTTTATTACTTACTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAAT
129 AGCCTTATTACTCACTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAAT
45686 TGATTTT
1 TGATTTT
45693 NNNNNNNNNN
Statistics
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0.78 0.14 0.08
Matches are distributed among these distances:
166 2 0.00
167 7 0.00
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ACGTcount: A:0.35, C:0.14, G:0.13, T:0.38
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TGATTTTAAGTTGAATTTTTTACATTTTTAGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTTACCTCAGGA
AACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGATAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCAAGCCTTCGAAAG
CCTTATTACTCACTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAAT
Found at i:45613 original size:21 final size:21
Alignment explanation
Indices: 45587--45627 Score: 66
Period size: 21 Copynumber: 2.0 Consensus size: 21
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1 TAAG-AAAAGTCCATTTATTGG
45608 TAAGAAAAGTCCATTTATTG
1 TAAGAAAAGTCCATTTATTG
45628 TCACCCATGC
Statistics
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Matches are distributed among these distances:
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TAAGAAAAGTCCATTTATTGG
Found at i:47889 original size:171 final size:170
Alignment explanation
Indices: 47586--48986 Score: 1302
Period size: 171 Copynumber: 8.2 Consensus size: 170
47576 NNNNNNNNNN
** * * * **
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1 CCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTT-GAAGGCATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTACCA
* * * ** * * *
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65 ATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTC-CAAGATAAACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAA
* * *
47715 TGTAAACAAATTCAACCTAAAATCAATTATAAGATTGTAAAA
129 TGTAAAAAAATTCAACCTAAAATCAATTATGAGATTATAAAA
* *
47757 CTATTTTAAA-TGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTACCA
1 CCA-TTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTACCA
* * * * *
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65 ATGAATGGCTTTTTCTTCATG-TTTCCAAGATAAACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAA
*
47886 TGT-AAAAAATTCAA-CTCAAAATCAATTATGAGATTACAAAA
129 TGTAAAAAAATTCAACCT-AAAATCAATTATGAGATTATAAAA
* * * * * *
47927 TCATTTAAAGTGATTAATAAGGCTTTTG-AGGAGATGTAG-GACTGTAAATGGACATTTCTTACC
1 CCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGG-CATG-GGTGACTATAAATGGACTTTTCTTACC
* * * * * * * *
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* * ***** * *
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128 ATGTAAAAAAATTCAACCTAAAATCAATTATGAGATTATAAAA
* * * * * * * *
48098 TCATTTAAAGGGAGTAATAA-GATTTTCAAAGGCTTGAGTGACTATAAGTGGACATTTTATGT--
1 CCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTT-GAAGGCATGGGTGACTATAAATGGAC-TTTTCT-TAC
* * * * ** * * * * *
48160 CAATGGATGACTTGTGCTTCATGTTTCCTAAGGCAGACATTCAATTAAAATATATTTTAATCAAA
63 CAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTCC-AAGATAAACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAA
* * *
48225 AAAGTAAAAAAATCTTAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAA
127 AATGTAAAAAAAT-TCAACCTAAAATCAATTATGAGATTATAAAA
* * * * *
48270 CCATTTTAAGCGAGTAATAAGGCTTTTCGAAGGCTTGGGCGACTATAAATGGGCTTTTCTTACCA
1 CCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTT-GAAGGCATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTACCA
* ** ** * * * *
48335 ATGAATGGGTTTTTGATCACATTTCCTGACATAAACATTCAATTACAATCTGTTTTAGCCAAAAA
65 ATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTCC-AAGATAAACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAA
* * *
48400 TGTAAAAAACTTTAACCTAAAATCTATTATGAGATTATAAAA
129 TGTAAAAAAATTCAACCTAAAATCAATTATGAGATTATAAAA
* *
48442 CCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCATGAGTGACTATAAATAGG-CTTTTCTTATCA
1 CCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCATGGGTGACTATAAAT-GGACTTTTCTTACCA
* * ** * *
48506 ATGAATGGGC-TTCTCATCATGTTTCTCAAGATAAACATTCAATTGCAATCTATTTTAACCAAAT
65 ATGAAT-GGCTTTTTCTTCATGTTTC-CAAGATAAACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAA
* *
48570 ATCTAAAAAAATTCAACCTAAAATAAATTATGAGATTATAAAA
128 ATGTAAAAAAATTCAACCTAAAATCAATTATGAGATTATAAAA
* * * * * * * **
48613 TCATTTAAAGCGAGTAATAAGACTTTCGAAGGAATGGGTGATTATAAATGGACTTTTTTTGTCAA
1 CCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTACCAA
* * * *
48678 TGAATGGCTTTTTCTTCACAT-TTTCCATGGTAGACATTCAATTATAATCTATTTTAACCAAAAA
66 TGAATGGCTTTTTCTT--CATGTTTCCAAGATAAACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAA
*
48742 TGTAAAAAAATTCAA-CTAAATATCAATTATGAGATTACAAAA
129 TGTAAAAAAATTCAACCTAAA-ATCAATTATGAGATTATAAAA
* * * * *
48784 CCATTTAAAGTGATTAATAAGGCTTTTGAGGGGATGGGTGACTATAAATGGACTTTTGTTGCCAA
1 CCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTACCAA
* * * * * * * *
48849 TCAATGCCTTCTTCTTCACTTTTTCTAAGACAAACAATCAATTATAATCTGTTTTAACTAAAAAT
66 TGAATGGCTTTTTCTTCA-TGTTTCCAAGATAAACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAAT
* * *
48914 -AAAAAAATATTCAACGTAAAATCAATTATGAAATTATAAAA
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* * *
48955 CCATCTAACA-CGAGTAATAAGGCTTTCGAAGG
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48987 TTTGAGCGAC
Statistics
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Matches are distributed among these distances:
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ACGTcount: A:0.38, C:0.13, G:0.14, T:0.34
Consensus pattern (170 bp):
CCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTACCAA
TGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTCCAAGATAAACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATG
TAAAAAAATTCAACCTAAAATCAATTATGAGATTATAAAA
Found at i:48579 original size:515 final size:511
Alignment explanation
Indices: 47587--48986 Score: 1489
Period size: 515 Copynumber: 2.7 Consensus size: 511
47577 NNNNNNNNNC
* ** * * * * * * *
47587 CATTTAAAGCAAGTAATAAGGTTTTAAAAGGCATGGGTGACTATAAATGGGCTTTTTTTGTCAGT
1 CATTTAAAGCGAGTAATAAGACTTTCAAAGGAATGAGTGACTATAAATGGACATTTTATGTCAAT
* * * * ** * * * *
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* * * * *
47715 TGTAAACAAATTCAACCTAAAATCAATTATAAGATTGTAAAACTATTTTAAATGAGTAATAAGGC
128 TGTAAAAAAATTCAA-CTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTTAAGTGAGTAATAAGGC
* * * *
47780 TTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTACCAATGAATAGTTTTTTCCTCATGTTT
192 TTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTACCAATGAATGGCTTTTTCATCA-CTTT
* * *
47845 TCC-AAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAATTCAA-CTCAAAAT
256 TCCTAAGATAAACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAATTTAACCT-AAAAT
* * * * *
47908 CAATTATGAGATTACAAAATCATTTAAAGTGATTAATAAGGCTTTTG-AGGAGATGTAGGACTGT
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* * * * * *
47972 AAATGGACATTTCTTACCAATAAATGCCTTTTTCTTTAAGTTTCCTGAGATAGACATTCAATTGT
385 AAATGGACATTTCTTACCAATAAATGCCTTTCTCATCAAGTTTCCTAAGATAAACATTCAATTGC
* ***** * *
48037 AATCTGTTTTAACCAGAACTATAAAAAAATTGGGTTTAAAATTAATTCTGAGATTATAAAAT
450 AATCTATTTTAACCAGAACTATAAAAAAATTCAACCTAAAATAAATTATGAGATTATAAAAT
* * ** *
48099 CATTTAAAGGGAGTAATAAGATTTTCAAAGGCTTGAGTGACTATAAGTGGACATTTTATGTCAAT
1 CATTTAAAGCGAGTAATAAGACTTTCAAAGGAATGAGTGACTATAAATGGACATTTTATGTCAAT
* * * *
48164 GGATGACTTGTGCTT-CATGTTTCCTAAGGCAGACATTCAATTAAAATATATTTTAATCAAAAAA
66 GAATGACTTGTGCTTACAT-TTTCC-AAGGCAGACATTCAATTAAAATCTATTTTAACCAAAAAT
* *
48228 GTAAAAAAATCTTAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTTAAGCGAGTAATAAGGC
129 GTAAAAAAAT-TCAAC-TAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTTAAGTGAGTAATAAGGC
** * * * * *
48293 TTTTCGAAGGCTTGGGCGACTATAAATGGGCTTTTCTTACCAATGAATGGGTTTTTGATCACATT
192 TTTT-GAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTACCAATGAATGGCTTTTTCATCACTTT
* * * *
48358 TCCTGACATAAACATTCAATTACAATCTGTTTTAGCCAAAAATGTAAAAAACTTTAACCTAAAAT
256 TCCTAAGATAAACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAA-TTTAACCTAAAAT
*
48423 CTATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGG-CATG-AGTGACTA
320 CAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGACATGTAG-GACTA
* * * * *
48486 TAAATAGG-CTTTTCTTATCAATGAATGGGC-TTCTCATCATGTTT-CTCAAGATAAACATTCAA
384 TAAAT-GGACATTTCTTACCAATAAAT-GCCTTTCTCATCAAGTTTCCT-AAGATAAACATTCAA
48548 TTGCAATCTATTTTAACCA-AA-TATCTAAAAAAATTCAACCTAAAATAAATTATGAGATTATAA
446 TTGCAATCTATTTTAACCAGAACTA--TAAAAAAATTCAACCTAAAATAAATTATGAGATTATAA
48611 AAT
509 AAT
* * * * *
48614 CATTTAAAGCGAGTAATAAGACTTTCGAAGGAATGGGTGATTATAAATGGACTTTTTTTGTCAAT
1 CATTTAAAGCGAGTAATAAGACTTTCAAAGGAATGAGTGACTATAAATGGACATTTTATGTCAAT
* * * * * *
48679 GAATGGCTTTTTCTTCACATTTTCCATGGTAGACATTCAATTATAATCTATTTTAACCAAAAATG
66 GAATGACTTGTGCTT-ACATTTTCCAAGGCAGACATTCAATTAAAATCTATTTTAACCAAAAATG
* * *
48744 TAAAAAAATTCAACTAAATATCAATTATGAGATTACAAAACCATTTAAAGTGATTAATAAGGCTT
130 TAAAAAAATTCAACTAAA-ATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTTAAGTGAGTAATAAGGCTT
* * * * * * * * *
48809 TTGAGGGGATGGGTGACTATAAATGGACTTTTGTTGCCAATCAATGCCTTCTTCTTCACTTTTTC
194 TTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTACCAATGAATGGCTTTTTCATCACTTTTCC
* * * * *
48874 TAAGACAAACAATCAATTATAATCTGTTTTAACTAAAAAT-AAAAAAATATTCAACGTAAAATCA
259 TAAGATAAACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAT-TT-AACCTAAAATCA
* * * *
48938 ATTATGAAATTATAAAACCATCTAACA-CGAGTAATAAGGCTTTCGAAGG
322 ATTATGAGATTATAAAACCATTTAA-AGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGG
48987 TTTGAGCGAC
Statistics
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0.81 0.14 0.05
Matches are distributed among these distances:
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511 5 0.01
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516 14 0.02
517 3 0.00
ACGTcount: A:0.38, C:0.13, G:0.14, T:0.34
Consensus pattern (511 bp):
CATTTAAAGCGAGTAATAAGACTTTCAAAGGAATGAGTGACTATAAATGGACATTTTATGTCAAT
GAATGACTTGTGCTTACATTTTCCAAGGCAGACATTCAATTAAAATCTATTTTAACCAAAAATGT
AAAAAAATTCAACTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTTAAGTGAGTAATAAGGCTTTT
GAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTACCAATGAATGGCTTTTTCATCACTTTTCCTA
AGATAAACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAATTTAACCTAAAATCAATTA
TGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGACATGTAGGACTATAAATGG
ACATTTCTTACCAATAAATGCCTTTCTCATCAAGTTTCCTAAGATAAACATTCAATTGCAATCTA
TTTTAACCAGAACTATAAAAAAATTCAACCTAAAATAAATTATGAGATTATAAAAT
Found at i:48936 original size:685 final size:685
Alignment explanation
Indices: 47586--48999 Score: 1678
Period size: 685 Copynumber: 2.1 Consensus size: 685
47576 NNNNNNNNNN
* * ** * * * **
47586 CCATTTAAAGCAAGTAATAAGG-TTTTAAAAGGCATGGGTGACTATAAATGGGCTTTTTTTGTCA
1 CCATTTTAAGCGAGTAATAAGGCTTTTCGAAGGCTTGGGCGACTATAAATGGGCTTTTCTTACCA
* * *
47650 GTGAATGGATTTTTCATCACATTTCTCGAGATAAACATTCAATTACAATCTGTTTTAACCACAAA
66 ATGAATGGATTTTTCATCACATTTCTCGACATAAACATTCAATTACAATCTGTTTTAACCAAAAA
* *
47715 TGTAAACAAATTCAACCTAAAATCAATTATAAGATTGTAAAACTATTTTAAATGAGTAATAAGGC
131 TGTAAACAAATTCAACCTAAAATCAATTATAAGATTATAAAACCATTTTAAATGAGTAATAAGGC
* ** * *
47780 TTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTACCAATGAATAGTTTTTTCCTCATGTTT
196 TTTTGAAGGAATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTACCAATGAATAGGCTTCTCATCATGTTT
* * * * * *
47845 TCCAAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAATTCAACTCAAAATCA
261 TCCAAGATAAACATTCAATTACAATCTATTTTAACCAAAAATCTAAAAAATTCAACTCAAAATAA
* * * * *
47910 ATTATGAGATTACAAAATCATTTAAAGTGATTAATAAGGCTTTTGAGGAGATGTAGGACTGTAAA
326 ATTATGAGATTACAAAATCATTTAAAGCGAGTAATAAGACTTTCGAGGAGATGTAGGACTATAAA
* *
47975 TGGACATTTCTTACCAATAAATGCCTTTTTCTTTAAGTTTCCTGAGATAGACATTCAATTGTAAT
391 TGGACATTTCTTACCAATAAATGCCTTTTTCTTCAAGTTTCCTGAGATAGACATTCAATTATAAT
* * * **** * * * *
48040 CTGTTTTAACCAGAACTATAAAAAAATTGGGTTTAAAATTAATTCTGAGATTATAAAATCATTTA
456 CTATTTTAACCAAAAATATAAAAAAATTGCAACTAAAATCAATTATGAGATTACAAAACCATTTA
* * * **
48105 AAGGGAGTAATAAGATTTTCAAAGGCTTGAGTGACTATAAGTGGACATTTTATGTCAATGGATGA
521 AAGGGAGTAATAAGATTTTCAAAGGCATGAGTGACTATAAATGGACATTTTATGCCAATCAATGA
* * * *
48170 CTTGTGCTTCATGTTTCCTAAGGCAGACATTCAATTAAAATATATTTTAATCAAAAAAGTAAAAA
586 CTTCTGCTTCATGTTTCCTAAGACAAACAATCAATTAAAATATATTTTAATCAAAAAAGTAAAAA
* * *
48235 AATCTTAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAA
651 AATATTAACGTAAAATCAATTATGAAATTATAAAA
48270 CCATTTTAAGCGAGTAATAAGGCTTTTCGAAGGCTTGGGCGACTATAAATGGGCTTTTCTTACCA
1 CCATTTTAAGCGAGTAATAAGGCTTTTCGAAGGCTTGGGCGACTATAAATGGGCTTTTCTTACCA
* * *
48335 ATGAATGGGTTTTTGATCACATTTC-CTGACATAAACATTCAATTACAATCTGTTTTAGCCAAAA
66 ATGAATGGATTTTTCATCACATTTCTC-GACATAAACATTCAATTACAATCTGTTTTAACCAAAA
* * *
48399 ATGTAAA-AAACTTTAACCTAAAATCTATTATGAGATTATAAAACCA-TTTAAAGTGAGTAATAA
130 ATGTAAACAAA-TTCAACCTAAAATCAATTATAAGATTATAAAACCATTTTAAA-TGAGTAATAA
* * *
48462 GGCTTTTGAAGGCATGAGTGACTATAAATAGG-CTTTTCTTATCAATGAATGGGCTTCTCATCAT
193 GGCTTTTGAAGGAATGAGTGACTATAAAT-GGACTTTTCTTACCAATGAATAGGCTTCTCATCAT
* *
48526 G-TTTCTCAAGATAAACATTCAATTGCAATCTATTTTAACCAAATATCTAAAAAAATTCAAC-CT
257 GTTTTC-CAAGATAAACATTCAATTACAATCTATTTTAACCAAAAATCT-AAAAAATTCAACTC-
* *
48589 AAAATAAATTATGAGATTATAAAATCATTTAAAGCGAGTAATAAGACTTTCGAAGGA-ATG-GGT
319 AAAATAAATTATGAGATTACAAAATCATTTAAAGCGAGTAATAAGACTTTCG-AGGAGATGTAG-
* * * ** * * *
48652 GATTATAAATGGACTTTTTTTGTCAATGAATGGCTTTTTCTTCACATTTTCCATG-G-TAGACAT
382 GACTATAAATGGACATTTCTTACCAATAAATGCCTTTTTCTTCA-AGTTTCC-TGAGATAGACAT
*
48715 TCAATTATAATCTATTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATT-CAACTAAATATCAATTATGAGATTA
445 TCAATTATAATCTATTTTAACCAAAAATATAAAAAAATTGCAACTAAA-ATCAATTATGAGATTA
* * * * * * *
48779 CAAAACCATTTAAAGTGATTAATAAGGCTTTT-GAGGGGATGGGTGACTATAAATGGAC-TTTTG
509 CAAAACCATTTAAAGGGAGTAATAA-GATTTTCAAAGGCATGAGTGACTATAAATGGACATTTT-
* * * * * * *
48842 TTGCCAATCAATGCCTTCTTCTTCACT-TTTTCTAAGACAAACAATCAATTATAATCTGTTTTAA
572 ATGCCAATCAATGACTTCTGCTTCA-TGTTTCCTAAGACAAACAATCAATTAAAATATATTTTAA
*
48906 -CTAAAAA-TAAAAAAATATTCAACGTAAAATCAATTATGAAATTATAAAA
636 TCAAAAAAGTAAAAAAATATT-AACGTAAAATCAATTATGAAATTATAAAA
* * * *
48955 CCA-TCTAACACGAGTAATAAGGC-TTTCGAAGGTTTGAGCGACTAT
1 CCATTTTAA-GCGAGTAATAAGGCTTTTCGAAGGCTTGGGCGACTAT
49000 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 616, Mismatches: 96, Indels: 36
0.82 0.13 0.05
Matches are distributed among these distances:
684 69 0.11
685 286 0.46
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688 2 0.00
ACGTcount: A:0.38, C:0.13, G:0.14, T:0.34
Consensus pattern (685 bp):
CCATTTTAAGCGAGTAATAAGGCTTTTCGAAGGCTTGGGCGACTATAAATGGGCTTTTCTTACCA
ATGAATGGATTTTTCATCACATTTCTCGACATAAACATTCAATTACAATCTGTTTTAACCAAAAA
TGTAAACAAATTCAACCTAAAATCAATTATAAGATTATAAAACCATTTTAAATGAGTAATAAGGC
TTTTGAAGGAATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTACCAATGAATAGGCTTCTCATCATGTTT
TCCAAGATAAACATTCAATTACAATCTATTTTAACCAAAAATCTAAAAAATTCAACTCAAAATAA
ATTATGAGATTACAAAATCATTTAAAGCGAGTAATAAGACTTTCGAGGAGATGTAGGACTATAAA
TGGACATTTCTTACCAATAAATGCCTTTTTCTTCAAGTTTCCTGAGATAGACATTCAATTATAAT
CTATTTTAACCAAAAATATAAAAAAATTGCAACTAAAATCAATTATGAGATTACAAAACCATTTA
AAGGGAGTAATAAGATTTTCAAAGGCATGAGTGACTATAAATGGACATTTTATGCCAATCAATGA
CTTCTGCTTCATGTTTCCTAAGACAAACAATCAATTAAAATATATTTTAATCAAAAAAGTAAAAA
AATATTAACGTAAAATCAATTATGAAATTATAAAA
Found at i:50098 original size:171 final size:170
Alignment explanation
Indices: 49728--51278 Score: 1136
Period size: 171 Copynumber: 9.1 Consensus size: 170
49718 NNNNNNNNNN
* ** * * * * *
49728 ATTTATAATCACCCATTCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGATTTTACAATCTAATAA
1 ATTTATAGTCACCCAAGCTTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAA
* * * * *
49793 TTTATGTTAGGTAGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAATAGATTGCAATTGAATGTTTACCTTG
66 TTGATTTTAGGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAATAGATTGTAATTGAATGTTTACCTAG
** * * * *
49858 AGAAATGTGATGAGAAGCCCATTCATTGACAAGAAAAGCCT
131 -GAAACATGATGAAAAACCCATTCATTGGCAAGAAAAGCCC
* *
49899 ATTTATAGTCACTCATG-TCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATA
1 ATTTATAGTCACCCAAGCT-TTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATA
* * * *
49963 ATAGATTTTAGGTTGAATGTTTTTACATTTTTGG-CAAAATAGATTGTAATTGAATGTTTACATC
65 ATTGATTTTAGGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAATAGATTGTAATTGAATGTTTACCT-
* * *
50027 AGGAAACATGATCAAAACCCCATTCATTGGCAAGAAAAACCC
129 AGGAAACATGATGAAAAACCCATTCATTGGCAAGAAAAGCCC
* * * *
50069 ATTTATAGTCACCTAAGCTTTCGAAAAGCCTTATTACTTGCTTAAAATGGTTTTATACTCTCATA
1 ATTTATAGTCACCCAAGCTTTC-AAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATA
* ** ** * * *
50134 ATTGATTTTAAGTTGAGATTTTTTTATTTTTTTTATTAAAATATATTTTAATTGAATGTTTGCCT
65 ATTGATTTTAGGTTGA-ATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAATAGATTGTAATTGAATGTTTACC-
* * ** * * *
50199 TGGGAAACATGA-AACAAAAGTCATCCATTGACATA-AAATA-TCC
128 TAGGAAACATGATGA-AAAACCCATTCATTGGCA-AGAAA-AGCCC
* * * ** * * * *
50242 ACTTATAGTCACTCAAGCCTTT-GAAAGATTTATTACTCCCTTTAAATGGTTTTATACTCTTAGA
1 ATTTATAGTCACCCAAG-CTTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATA
*** * * * * * * * ** * *
50306 ATTGATTTTAAACTCAATTGTTTTATAGTTCTGGTTAAAACATATTACAATAGAATGTCTACCTC
65 ATTGATTTTAGGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAATAGATTGTAATTGAATGTTTACCT-
* * * *** * * * *
50371 AAGAAACATAAAGAAAAGGGCATTCATTAGTAAAAAAAGTCC
129 AGGAAACATGATGAAAAACCCATTCATTGGCAAGAAAAGCCC
** ** * * * * **
50413 ATTTATAGTC-CCACATCCCCTCAAAAGACTTATTAATCACTTTAAATGATTTTGCAATCTCATA
1 ATTTATAGTCACC-CAAGCTTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATA
* * * * * *
50477 GTTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAATAGATTATAATTGAATCTCTACCTT
65 ATTGATTTTAGGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAATAGATTGTAATTGAATGTTTACCTA
** * * * *
50542 GGAAAACATGCGGAAAAAACCATTCATTGGTAAGAAAAGTCT
130 GG-AAACATGATGAAAAACCCATTCATTGGCAAGAAAAGCCC
** * *
50584 ATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTACAATCAT-ATA
1 ATTTATAGTCACCCAAGCTTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATC-TCATA
* * * *
50648 ATTGATTTTAGGTTGAATTTTTTTACATTTGTGGTTAAAACATATTGTAATTGAATATTTACCTC
65 ATTGATTTTAGGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAATAGATTGTAATTGAATGTTTACCT-
** * * *
50713 AGGAAATGTGATGAAAAATCCATTCACTGACAAGAAAAGCCC
129 AGGAAACATGATGAAAAACCCATTCATTGGCAAGAAAAGCCC
* * * * * * *
50755 ATTTATAGCCACCCATGCCTTTTAAAA-CTTTATTACTCACTTTAAATAGTTTTATAATCTAATA
1 ATTTATAGTCACCCAAG-CTTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATA
* *
50819 ATTGATTTTAGGTTGAATTGTTTTTACATTTTTTGTTAAAAAAGATTGTAATTGAATGTTTACCT
65 ATTGATTTTAGGTTGAATT-TTTTTACATTTTTGGTTAAAATAGATTGTAATTGAATGTTTACCT
* * * * *
50884 TGAGAAACGTGATGAAAAACCAATTCATTAGCGAGAAAAGCCC
129 AG-GAAACATGATGAAAAACCCATTCATTGGCAAGAAAAGCCC
* * * * * *
50927 ATTTATAGTTACCCAAGCTTTCAAAAGACTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAGTCTGCCTC
1 ATTTATAGTCACCCAAGCTTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCT-CATA
* * ** * * * * * * * * * *
50992 A-GGA---AAGACT-CATTTTTTTACATTTATGATTAAAACATACTATAATTAAATGTCTGCCTC
65 ATTGATTTTAGGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAATAGATTGTAATTGAATGTTTACCT-
* ** * *
51052 AGGAAACATGAAGAAAAAGGCATTAATTGGCAAGAAAAGTCC
129 AGGAAACATGATGAAAAACCCATTCATTGGCAAGAAAAGCCC
* * * ** ** * * * * *
51094 ATTTGTAGTTACCTATCCCCTCAAAAG-CTGATTAATCACTTTAAATAGTTTTGTAATCTCATAA
1 ATTTATAGTCACCCAAGCTTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAA
* * * * * * * * **
51158 TTAATTTTAAGAT-AGATTTTTTTATATTTCTGGATAAAACAGATTATAATTGAATGCCTACCTC
66 TTGATTTTAGGTTGA-ATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAATAGATTGTAATTGAATGTTTACCT-
** * *** * *
51222 AGGAAATGTGAAGAAAAAGTTATTCATTGACAAGAAAAGTCC
129 AGGAAACATGATGAAAAACCCATTCATTGGCAAGAAAAGCCC
51264 ATTTATAGTCACCCA
1 ATTTATAGTCACCCA
51279 TTCCNNNNNN
Statistics
Matches: 1099, Mismatches: 248, Indels: 67
0.78 0.18 0.05
Matches are distributed among these distances:
165 3 0.00
166 28 0.03
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169 5 0.00
170 171 0.16
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173 67 0.06
174 7 0.01
ACGTcount: A:0.35, C:0.15, G:0.13, T:0.37
Consensus pattern (170 bp):
ATTTATAGTCACCCAAGCTTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAA
TTGATTTTAGGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAATAGATTGTAATTGAATGTTTACCTAG
GAAACATGATGAAAAACCCATTCATTGGCAAGAAAAGCCC
Found at i:50859 original size:514 final size:510
Alignment explanation
Indices: 49728--51279 Score: 1483
Period size: 514 Copynumber: 3.0 Consensus size: 510
49718 NNNNNNNNNN
* * * ** * *
49728 ATTTATAATCACCCATTCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGATTTTACAATCTAATAA
1 ATTTATAGTCACCCATGCCTTTGAAAGATTTATTACTCACTTTAAATG-TTTTATAATCTAATAA
* * * *
49793 TTTATGTTAGGTAGAATT-TTTTTACATTTTTGGTTAAAATAGATTGCAATTGAATGTTTACCTT
65 TTGATTTTAGGTTGAATTGTTTTTACATTTTTGGTTAAAAAAGATTGCAATTGAATGTTTACCTT
* * * * * *
49857 GAGAAATGTGATGAGAAGCCCATTCATT-GACAAGAAAAGCCTATTTATAGTCACTCATGTCTTC
130 GAGAAACGTGATGAAAAGACCATTCATTAGA-AA-AAAAGCC-ATTTATAGTCCCACATGCCTTC
* * * * *
49921 AAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATAGATTTTAGGTTGAATGTTTT
192 AAAAGACTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAGT-GATTTTAAGTTGAATTTTTT
* * * * ** **
49986 TACATTTTTGG-CAAAATAGATTGTAATTGAATGTTTACATCAGGAAACATGATCAAAACCCCAT
256 TACATTTTTGGTTAAAATAGATTATAATTGAATGTCTACCTCAGGAAACATGAAGAAAAAACCAT
** ** * * *
50050 TCATTGGCAAGAAAAACCCATTTATAGTCACCTAAGCTTTCGAAAAGCCTTATTACTTGCTTAAA
321 TCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCTATCCCTTC-AAAAGCCTTATTACTCGCTTTAA
* * * ** *
50115 ATGGTTTTATACTCTCATAATTGATTTTAAGTTGAGATTTTTTTATTTTTTTTATTAAAATATAT
385 ATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAGATTTTTTTATATTTCTGGTTAAAACATAT
* * ** ** * *
50180 TTTAATTGAATGTTTGCCTTGGGAAACATGAAACAAAAGTCATCCATTGACATA-AAATA-TCC
450 TATAATTGAATGTTTACCTCAGGAAATGTGAGA-AAAAGTCATTCATTGACA-AGAAA-AGTCC
* * * * * * *
50242 ACTTATAGTCACTCAAGCCTTTGAAAGATTTATTACTCCCTTTAAATGGTTTTATACTCTTAGAA
1 ATTTATAGTCACCCATGCCTTTGAAAGATTTATTACTCACTTTAAAT-GTTTTATAATCTAATAA
*** * * * * * * * * * *
50307 TTGATTTTAAACTCAATTG-TTTTATAGTTCTGGTTAAAACATATTACAATAGAATGTCTACCTC
65 TTGATTTTAGGTTGAATTGTTTTTACATTTTTGGTTAAAAAAGATTGCAATTGAATGTTTACCTT
* * * * ** * *
50371 AAGAAACATAAAGAAAAGGGCATTCATTAGTAAAAAAAGTCCATTTATAGTCCCACATCCCCTCA
130 GAGAAACGTGATGAAAAGACCATTCATTAG-AAAAAAAG-CCATTTATAGTCCCACATGCCTTCA
* * **
50436 AAAGACTTATTAATCACTTTAAATGATTTTGCAATCTCATAGTTGATTTTAAGTTGAATTTTTTT
193 AAAGACTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAG-TGATTTTAAGTTGAATTTTTTT
* * **
50501 ACATTTTTGGTTAAAATAGATTATAATTGAATCTCTACCT-TGGAAAACATGCGGAAAAAACCAT
257 ACATTTTTGGTTAAAATAGATTATAATTGAATGTCTACCTCAGG-AAACATGAAGAAAAAACCAT
* * * *
50565 TCATTGGTAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAA
321 TCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCTATCCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAA
* * * *
50630 TGGTTTTACAATCAT-ATAATTGATTTTAGGTTGA-ATTTTTTTACATTTGTGGTTAAAACATAT
386 TGGTTTTATAATC-TCATAATTGATTTTAAGTTGAGATTTTTTTATATTTCTGGTTAAAACATAT
* * * *
50693 TGTAATTGAATATTTACCTCAGGAAATGTGATGAAAAA-TCCATTCACTGACAAGAAAAGCCC
450 TATAATTGAATGTTTACCTCAGGAAATGTGA-GAAAAAGT-CATTCATTGACAAGAAAAGTCC
* *
50755 ATTTATAGCCACCCATGCCTTTTAAA-ACTTTATTACTCACTTTAAATAGTTTTATAATCTAATA
1 ATTTATAGTCACCCATGCCTTTGAAAGA-TTTATTACTCACTTTAAAT-GTTTTATAATCTAATA
* *
50819 ATTGATTTTAGGTTGAATTGTTTTTACATTTTTTGTTAAAAAAGATTGTAATTGAATGTTTACCT
64 ATTGATTTTAGGTTGAATTGTTTTTACATTTTTGGTTAAAAAAGATTGCAATTGAATGTTTACCT
* * *
50884 TGAGAAACGTGATGAAAA-ACCAATTCATTAGCGAGAAAAGCCCATTTATAGTTACCCA-A-GCT
129 TGAGAAACGTGATGAAAAGACC-ATTCATTAG-AAAAAAAG-CCATTTATAG-T-CCCACATGCC
* * * *
50946 TTCAAAAGACTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAGTCTGCCTCAG-GA----AAGACT-CAT
189 TTCAAAAGACTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCT-CAT-AGTGATTTTAAG-TTGAAT
* * * * * * *
51005 TTTTTTACATTTATGATTAAAACATACTATAATTAAATGTCTGCCTCAGGAAACATGAAGAAAAA
251 TTTTTTACATTTTTGGTTAAAATAGATTATAATTGAATGTCTACCTCAGGAAACATGAAGAAAAA
** * * * * * * *
51070 GGCATTAATTGGCAAGAAAAGTCCATTTGTAGTTACCTATCCCCTCAAAAG-CTGATTAATCACT
316 ACCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCTATCCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCT
* * * * *
51134 TTAAATAGTTTTGTAATCTCATAATTAATTTTAAGAT-AGATTTTTTTATATTTCTGGATAAAAC
381 TTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAGATTTTTTTATATTTCTGGTTAAAAC
* ** *
51198 AGATTATAATTGAATGCCTACCTCAGGAAATGTGAAGAAAAAGTTATTCATTGACAAGAAAAGTC
446 ATATTATAATTGAATGTTTACCTCAGGAAATGTG-AGAAAAAGTCATTCATTGACAAGAAAAGTC
51263 C
510 C
51264 ATTTATAGTCACCCAT
1 ATTTATAGTCACCCAT
51280 TCCNNNNNNN
Statistics
Matches: 832, Mismatches: 180, Indels: 57
0.78 0.17 0.05
Matches are distributed among these distances:
508 2 0.00
509 130 0.16
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513 135 0.16
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ACGTcount: A:0.35, C:0.15, G:0.13, T:0.37
Consensus pattern (510 bp):
ATTTATAGTCACCCATGCCTTTGAAAGATTTATTACTCACTTTAAATGTTTTATAATCTAATAAT
TGATTTTAGGTTGAATTGTTTTTACATTTTTGGTTAAAAAAGATTGCAATTGAATGTTTACCTTG
AGAAACGTGATGAAAAGACCATTCATTAGAAAAAAAGCCATTTATAGTCCCACATGCCTTCAAAA
GACTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAGTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACAT
TTTTGGTTAAAATAGATTATAATTGAATGTCTACCTCAGGAAACATGAAGAAAAAACCATTCATT
GGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCTATCCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTT
TTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAGATTTTTTTATATTTCTGGTTAAAACATATTATAAT
TGAATGTTTACCTCAGGAAATGTGAGAAAAAGTCATTCATTGACAAGAAAAGTCC
Found at i:56002 original size:171 final size:170
Alignment explanation
Indices: 55676--57159 Score: 1205
Period size: 171 Copynumber: 8.7 Consensus size: 170
55666 NNNNNNNNNN
* * * *
55676 TTGAGAAACGTGAAG-AAAA-CCATTTATT-AGCAAGAAAAG-CTCATTTATTGTTA-TCCAAG-
1 TTGAGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGA-CAAGAAAAGTC-CATTTATAGTCACT-CAAGC
* * * *
55735 CTTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAAT-GGTTTATAAACTCATAATTGATTTTAAGTTCAAT
63 CTTTC-AAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAA-
* * * * * *
55799 TTTTTTTATATTTTTTGTTACAATATATTATAATAGAATGTCTGCT
126 TTTTTTTATA-TTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTGCC
* * * ** ** *
55845 TTGAGAAACATGAAGCAAAAGCCATCCATTGATATCAAAAGTCCATTTACGGTCACTCAACCCTT
1 TTGAGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGCCTT
* * * * * *
55910 TGAAAGCCTTATTACTCGCTATAAATAGTTTTACAATCTTATAATTGATTTTAAGCTGAATATTT
66 TCAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTT
** *
55975 TTGCATTTCTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTGCC
131 TTATATTT-TGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTGCC
** ** * * * *
56016 TCAAGAAACATGAAGAAAAAGATATTTATTGACAAGAAAAGTCTATTTATAGTCGCTCATGCC-T
1 TTGAGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGCCTT
* * * ** *
56080 TCAAAAGCCTTATCACTCGCTTTAAAT-GATTTTATAACCTCAAAATTGATTTTAAACT-AAATT
66 TC-AAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAG-TTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTT
** *
56143 TTTTATATTTTTATTAAAACAGATTATAATTGAATGT-TACC
129 TTTTATATTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTGCC
* * * * ** * *
56184 TCGAGAAACATGATGAAAAACCCATTCATTGGCAAGAAGGGCCCATTTATAGTCACTCAAACCTT
1 TTGAGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGCCTT
* * * * * * *
56249 TAAAAGCTTTATTA-TACACTTTAAATGGCTTTATAACCTCATAATTGATTTTAGGTTGAATTTT
66 TCAAAGCCTTATTACT-CGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTT
** * * * *
56313 CGTATATATTTGGTTAAAACATATTATAATTGTATGTTTGCA
130 TTTATAT-TTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTGCC
* * * * * * * * **
56355 ATGGGAAACATAAAGAAAAAGCCATTCATTGACAAAAAAATTCCACTTATTACT-AATCATTCC-
1 TTGAGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGACAAGAAAAGTCCATTTA-TAGTCACTCAAGCCT
* * * * * * *
56418 ATCATAAGCCTTACTATTTAG-TTAAAATAATTTTATAAACTCATAATTGATTTT-AGATTGAAT
65 TTCA-AAGCCTTATTA-CTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAG-TTGAAT
* * * * * *
56481 TTTCTTACATATTTAGTTAAAACTA-ATTCTAATTGAGTGATC-GTC
127 TTTTTTATAT-TTTGGTTAAAAC-AGATTATAATTGAATG-TCTGCC
* ** * * * * *
56526 TCGAGAAATGTAAAGAAAAA-CCATTCATTGATAAGAAAAGTGCATTTATAGTCACCCATGCCTT
1 TTGAGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGCCTT
* * * * * *
56590 TGAAAGCTTTATTACTTGCTTTATATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTGAAGTTTGAATTTT
66 TCAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAG-TTGAATTTT
** * * *
56655 TTTGCATTTATGGTTAAAACAAATTCTAATT-AACTGTCTGTC
130 TTTATATTT-TGGTTAAAACAGATTATAATTGAA-TGTCTGCC
** * *
56697 TTGAGAAATGTGAAGAAAAAGCCATTCAATGACAACAAAA-TCCAATTTATAGTCAC-CTAAGCC
1 TTGAGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGACAAGAAAAGTCC-ATTTATAGTCACTC-AAGCC
* * * * *
56760 TTTGAAAGCCTTATTACACGCTTTAAATAGTTTTCTAATCTCATAATTAATTTTAAGTTAAATTT
64 TTTCAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTT
** ** * * * *
56825 TTTTATATTTTTTATTAAAGTATATTATAATTGAAAGTATACC
129 TTTTATA-TTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTGCC
* * * * * * * *
56868 TTGGGAAACGTGAAGCAAAAGCCATCCATTAATATGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAACC-T
1 TTGAGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGCCTT
* * *
56932 TCAGAAGCCTTGTTACTCGCTTTAAATAGTTTAATAATCTCATAATTGATTTTTAGTTGAATTTT
66 TCA-AAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTT
* *
56997 TTTATATTTTGGGTTAAGACAGATTATAATTGAATGTTTGCC
130 TTTATATTTT-GGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTGCC
* * * * **
57039 TTGGGAAACGTGAAGAAAAAGCCATTGATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATTCCTT
1 TTGAGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGCCTT
* ** * *
57104 CCAAAGTTTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGT
66 TCAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGT
57160 NNNNNNNNNN
Statistics
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ACGTcount: A:0.36, C:0.14, G:0.12, T:0.38
Consensus pattern (170 bp):
TTGAGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGCCTT
TCAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTT
TTATATTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTGCC
Found at i:58633 original size:170 final size:169
Alignment explanation
Indices: 57794--60044 Score: 1683
Period size: 171 Copynumber: 13.3 Consensus size: 169
57784 NNNNATTGGT
* * ** *
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1 AAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCGAAAACCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTA
* * * * *
57859 TAATATCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTGGTTAAAATAGAATATAATTGAA
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* * * * *
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* * * * * * * *
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1 AAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCGAAAACCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTA
* ** * * * * * *
58030 TAATCTTATTCTTAATTTGAAATT-AATTTTTTTTTAC-TTTTTAATTAAAATATATCATAATTG
66 TAATCTCATAATTGATTT-TAATTGAA---TTTTTTACATTTTTGATTAAAACAGATTATAATTG
* * * * *
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* * * * **
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1 AAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCGAAAA-CCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTT
* ** * * * *
58200 ATAATCTCATAATTGGTTTTAAGTTGAATTATTTTTTATTTTTGGTTACAATAGGTTATAATTGA
65 ATAATCTCATAATTGATTTTAA-TTGAATT-TTTTACATTTTTGATTAAAACAGATTATAATTGA
* * * * * **
58265 ATGTTTGCCATGGGAAACGTGAAGAAAAAGCTATTCATTGGT
128 ATGTCTGCCTTGAGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGAC
* * * *
58307 AAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTC-AAAAGCCTTATGATTCACTTTAAATGG--TT
1 AAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCGAAAA-CCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTT
* * *
58369 ATAATCTCATAATTGATTTTAGGTTGAGTTTTCTT-CTATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTG
65 ATAATCTCATAATTGATTTTA-ATTGAATTTT-TTAC-ATTTTTGATTAAAACAGATTATAATTG
* * * *
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* * * * * *
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1 AAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCGAAAACCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTA
* * * *
58541 TAAACTCGTAATTGATTTTAATTAGAATTTTTTACAATTTTGATTAAAGCAGATTATAATTGAAT
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* *
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* * *
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1 AAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCGAAAA-CCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTT
* * *
58708 ATGATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATGTTTTTACATTTTT-AGTTAAAACAGATCATAATTG
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* * * * * *
58772 AATGTCT-ACTTCAGGAAACATGAAGAAAAGGCCAATCAATGGC
127 AATGTCTGCCTTGA-GAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGAC
* * ** *
58815 AAG-AAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCCTT-AAAAACCTTATTGGTCACTTTAAATGGTTTT
1 AAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCA-TGCCTTCGAAAACCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTT
* * * * *
58878 ATAAACTCATAATTGATTTTTAGTTGGATTTTCTTACATTTTT-AGTTAAAATAGGTTATAATT-
65 ATAATCTCATAATTGA-TTTTAATTGAATTTT-TTACATTTTTGA-TTAAAACAGATTATAATTG
** *
58941 AAGTGTCTGCCTT-AGAAA-ATGTGAAGAAAAAGTAATTC-TTAAAC
127 AA-TGTCTGCCTTGAGAAACA--TGAAGAAAAAGCCATTCATT-GAC
* * ** * *
58985 ATA-AAAAGTCCATTTATAGTCACACACGCCTTC-AAAAGCCTTATTACTCAATTTAAATGATGT
1 A-AGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCGAAAA-CCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTT
* ** *
59048 TACAATCTCATAATTGATTTTTGGTTGAATTTGTTTACATTTTT-ATTTAAAAACAGAATATAAT
64 TATAATCTCATAATTGA-TTTTAATTGAATTT-TTTACATTTTTGA-TT-AAAACAGATTATAAT
* * *
59112 TGAATGT-TTCCTTTGAGAAACATGAAGGAAAAA-CGATTCATTGTC
125 TGAATGTCTGCC-TTGAGAAACATGAA-GAAAAAGCCATTCATTGAC
* * * * * * *
59157 AAAAAAAG-CCAATTTATAGTCACCCAAGCCTTCGAAAGCTTTATTACTCGCCTTAAATGATCTT
1 AAGAAAAGTCC-ATTTATAGTCACCCATGCCTTCGAAAACCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTT
* * ***
59221 ATAATCTCATAATTGA--TT--TTG----TTTTACATTTTTTACTAAAATTTATTATAATTGAAT
65 ATAATCTCATAATTGATTTTAATTGAATTTTTTACATTTTTGATTAAAACAGATTATAATTGAAT
* * ** * * *
59278 GTCTGCCTTAAGCAATGTGAGGCAAAAA-CTATCCATTGGTAC
130 GTCTGCCTTGAGAAACATGAAG-AAAAAGCCATTCATT-G-AC
* * * * * *
59320 -A-AAAAGTTCATTTACAGTCACTCAAGCCTTCGAAAGCTTTATT-CTCGCTTTAAATGGTTTTA
1 AAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCGAAAACCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTA
* * *
59382 TAATCGCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTTATATTTTTTG-TTAAAACAGATTATAATTG
66 TAATCTCATAATTGATTTTAA-TTGAA--TTTTTTACA-TTTTTGATTAAAACAGATTATAATTG
* * * * *
59446 AATGTCAGTCTCGAAAAACATGAA-AGAAAAGACATTCATTGAC
127 AATGTCTGCCTTGAGAAACATGAAGA-AAAAGCCATTCATTGAC
** * *
59489 AAGAAAAGTTTATTTATAGTCACTCATTCCTTC-AAAAGCCTTATTACTCAG-TTTAAA-GGTTT
1 AAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCGAAAA-CCTTATTACTC-GCTTTAAATGG-TT
* * * * *
59551 TTGTAATCTCTTAATTGATTTTAAGATGAATTTTTTATATTTTTTG-TTAAAACAGATTATAACT
63 TTATAATCTCATAATTGATTTTAA-TTGAATTTTTTACA-TTTTTGATTAAAACAGATTATAATT
* ** * * ** * * * * *
59615 GAATATCTATCATGGGAAATGTGAAGACAATGTCATTTATTGAT
126 GAATGTCTGCCTTGAGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGAC
* ** * *
59659 AAGAAAAGTCTATTTATAGTTGCCCATGCCTT-TAGAAACCTTATTACTCGCTTTAAATGGATTT
1 AAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCGA-AAACCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTT
* * * * ** * * *
59723 ATAATCTTATAATTGATTTTAGGTTGTATGCTTTTATGTTTTTGGTTAAAACAAATTGTAATTGA
65 ATAATCTCATAATTGATTTTA-ATTGAAT-TTTTTACATTTTTGATTAAAACAGATTATAATTGA
* * * * *
59788 TTATCTG-C-TGAGGGAAACATAAAGATAAAGCCATTCATTGAA
128 ATGTCTGCCTTGA--GAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGAC
* * * * *
59830 AAAAAAAGTCTATTTATAGTCACCTATGCCTTCGAAAGA-CTTAATACTTGCTTTAAATGGTTTT
1 AAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCGAAA-ACCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTT
* * * * * * *
59894 ACAATCTTATAATTGATTGTAGGTTAAATTTTTTAATATTTTTTTATTAAAACAGATTATAATT-
65 ATAATCTCATAATTGATTTTA-ATTGAATTTTTT-ACA-TTTTTGATTAAAACAGATTATAATTG
* * *
59958 AACTGTCTG-TTTCGAGAAACGTGACGAAAAAGCCATTCATTGAC
127 AA-TGTCTGCCTT-GAGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGAC
* *
60002 AAGAAAAGTCGATTTATAGTCACCCATGCCATC-AAAAGCCTTA
1 AAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCGAAAA-CCTTA
60045 AGAAACGTGG
Statistics
Matches: 1674, Mismatches: 308, Indels: 195
0.77 0.14 0.09
Matches are distributed among these distances:
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165 2 0.00
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174 3 0.00
ACGTcount: A:0.35, C:0.14, G:0.13, T:0.38
Consensus pattern (169 bp):
AAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCGAAAACCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTA
TAATCTCATAATTGATTTTAATTGAATTTTTTACATTTTTGATTAAAACAGATTATAATTGAATG
TCTGCCTTGAGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGAC
Found at i:60664 original size:172 final size:168
Alignment explanation
Indices: 60082--60909 Score: 700
Period size: 172 Copynumber: 4.9 Consensus size: 168
60072 TTACATTTTA
* * ** * * *
60082 GTTAAAACAGATTACAATT-AAGTGTTTACCTTGTGAAACCTAAACAAAAAGCCATTCACTGACA
1 GTTAAAACAGATTATAATTGAA-TGTTTGCC-TAAGAAACATAAAGAAAAAGCCATTCATTGACA
* *
60146 A-AAAAGCCCATTTATAGTCATCCAAGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATTGATTTTA
64 AGAAAAGTCCATTTATAGTCA-CCAAGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAA-TGTTTTTA
* ** **
60210 TAATCTCATAATTGATTTTAAGTT--TCTTTTTTACTTTTTTT
127 TAATCTCATAATTGATTTTAA-TTAATTTTTTTTAAATTTTGG
* * * * * * * * *
60251 ATTAAAATATATTATAATTGAATGTCTGCTTTTAA-AAACATGAAGCAAAAGTCATCCATTGACA
1 GTTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTGC--CTAAGAAACATAAAGAAAAAGCCATTCATTGACA
* * * * *
60315 TA-AAAAGTCCACTTATAGTCACCTATGTCTTCGAAAGCCTCATTACTCGCTTCAAATAG-TTTT
64 -AGAAAAGTCCATTTATAGTCACC-AAGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAAT-GTTTTT
*
60378 ATAATCTCATAATTGA-TTT-A--AA--TTTTTTACATTTTTGG
126 ATAATCTCATAATTGATTTTAATTAATTTTTTTTA-AATTTTGG
* ** * * ** *
60416 GTTAAATATAGGATCCTAATTGAATCTTTGTCTTGGAAA-ATGTAAAG-AAAAGCAATTCATTGA
1 GTTAAA-ACA-GATTATAATTGAATGTTTGCCTAAGAAACA--TAAAGAAAAAGCCATTCATTGA
* * * *
60479 CAAGAAGAGTCCATTTATAGTCATCCATGCCTTCAAAAGCCTTATTACACGCTTTAAATGTTTTT
62 CAAGAAAAGTCCATTTATAGTCA-CCAAGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGTTTTT
* *
60544 ACAATCTCATAATTAATTTTACATTGAATTTTTTTTAAATTTTGG
126 ATAATCTCATAATTGATTTTA-ATT-AATTTTTTTTAAATTTTGG
* * * *
60589 GTTAAAACAGATTATAATTGACTGTCTACCATAAGAAACGTAAAGAAAAAGCCATTCATTGACAA
1 GTTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTGCC-TAAGAAACATAAAGAAAAAGCCATTCATTGACAA
* * * *
60654 GAAAAGTCCATTTATAGTCACACAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTGAAAAGGTTTTATA
65 GAAAAGTCCATTTATAGTCAC-CAAGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGTTTTTATA
* * * **
60719 ATCTCATAATTGATTTGAAGTGAAATTTTTTTTACATTTTTC
129 ATCTCATAATTGATTTTAA-T-TAATTTTTTTTAAATTTTGG
* * * * * **
60761 ATTAAAACAGATTGTAATTGAATGTTTGCCTCGAGAAACATGAAGAAAAATCCATTCATTGGTAA
1 GTTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTGCCT-AAGAAACATAAAGAAAAAGCCATTCATTGACAA
*
60826 GAAAAG-CACATTTATAGTCACCCAAGCCTTCGAAAGCCTTATTACTTGCTTTAAAT-TGTTTTA
65 GAAAAGTC-CATTTATAGTCA-CCAAGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGT-TTTTA
* * *
60889 GAATCTAATAACTGATTTTAA
127 TAATCTCATAATTGATTTTAA
60910 GTTGATTTAT
Statistics
Matches: 530, Mismatches: 94, Indels: 67
0.77 0.14 0.10
Matches are distributed among these distances:
164 7 0.01
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ACGTcount: A:0.36, C:0.16, G:0.12, T:0.36
Consensus pattern (168 bp):
GTTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTGCCTAAGAAACATAAAGAAAAAGCCATTCATTGACAAG
AAAAGTCCATTTATAGTCACCAAGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGTTTTTATAAT
CTCATAATTGATTTTAATTAATTTTTTTTAAATTTTGG
Found at i:60799 original size:822 final size:821
Alignment explanation
Indices: 59328--60866 Score: 1801
Period size: 822 Copynumber: 1.9 Consensus size: 821
59318 ACAAAAAGTT
* *
59328 CATTTACAGTCACTCAAGCCTTCGAAAGCTTTATTCTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCGCATAA
1 CATTTACAGTCACTCAAGCCTTCGAAAGCCTTATTCTCGCTTTAAATGATTTTATAATCGCATAA
* *
59393 TTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTTATATTTTTTGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCAGTCTC
66 TTGATTTTAAGTT--ATCTTTTTTATATTTTTTATTAAAACAGATTATAATTGAATGTCAGTCTC
* ** *
59458 GAAAAACATGAAAGAAAAGACATTCATTGACAAGAAAAGTTTATTTATAGTCACTCATTCCTTCA
129 GAAAAACATGAAAGAAAAGACATCCATTGACAAGAAAAGTCCACTTATAGTCACTCATTCCTTCA
* * * * *
59523 AAAGCCTTATTACTCAGTTTAAAGGTTTTTGTAATCTCTTAATTGATTTTAAGATGAATTTTTTA
194 AAAGCCTCATTACTCAGTTCAAAAGTTTTTATAATCTCATAATTGATTTT-A-A-GAATTTTTTA
* * * * * * *
59588 TATTTTTTGTTAAAACAGATTATAACTGAATATCTATCATGGGAAATGTGAAGACAATGTCATTT
256 CATTTTTGGTTAAAACAGATCATAACTGAATATCTATCATGGAAAATGTAAAGACAAAGTCATTC
* * ** * *
59653 ATTGATAAGAAAAGTCTATTTATAGTTGCCCATGCCTTTAGAAACCTTATTACTCGCTTTAAATG
321 ATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCAGAAACCTTATTACACGCTTTAAATG
* * * ** * ** * *
59718 GATTTATAATCTTATAATTGATTTTAGGTTGTATGCTTTTATGTTTTTGGTTAAAACAAATTGTA
386 GATTTACAATCTCATAATTAATTTTACATTGAATGCTTTTAAATTTTGGGTTAAAACAAATTATA
* * * * *
59783 ATTGATTATCTGCTGAGGGAAACATAAAGATAAAGCCATTCATTGAAAAAAAAAGTCTATTTATA
451 ATTGACTATCTCCTGAGAGAAACATAAAGAAAAAGCCATTCATTGAAAAAAAAAGTCCATTTATA
* * * * * *
59848 GTCACCTATGCCTTCGAAAGACTTAATACTTGCTTTAAATGGTTTTACAATCTTATAATTGATTG
516 GTCACCTAAGCCTTCAAAAGACTTAATACTCGCTTGAAAAGGTTTTACAATCTCATAATTGATTG
* * * * **
59913 TAGGTTAAATTTTTTAATATTTTTTTATTAAAACAGATTATAATTAACTGTCTGTTTCGAGAAAC
581 TAAGTGAAATTTTTTAATAATTTTTCATTAAAACAGATTATAATTAACTGTCTGCCTCGAGAAAC
* * * *
59978 GTGACGAAAAAGCCATTCATTGACAAGAAAAGTC-GATTTATAGTCACCCATGCCATCAAAAGCC
646 ATGAAGAAAAAGCCATTCATTGACAAGAAAAG-CACATTTATAGTCACCCAAGCCATCAAAAGCC
60042 TTAAGAAACGTGGTTTAGGGTTGAATTTTGTTACATTTTAGTTAAAACAGATTACAATTAAGTGT
710 TTAAGAAACGTGGTTTAGGGTTGAATTTTGTTACATTTTAGTTAAAACAGATTACAATTAAGTGT
60107 TTACCTTGTGAAACCTAAACAAAAAGCCATTCACTGACAAAAAAGCC
775 TTACCTTGTGAAACCTAAACAAAAAGCCATTCACTGACAAAAAAGCC
* *
60154 CATTTATAGTCA-TCCAAGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATTGATTTTATAATCTCA
1 CATTTACAGTCACT-CAAGCCTTCGAAAGCCTTATT-CTCGCTTTAAA-TGATTTTATAATCGCA
* * *
60218 TAATTGATTTTAAGTT-TCTTTTTTACT-TTTTTTATTAAAATATATTATAATTGAATGTCTG-C
63 TAATTGATTTTAAGTTATCTTTTTTA-TATTTTTTATTAAAACAGATTATAATTGAATGTCAGTC
** *
60280 TTTTAAAAACATG-AAGCAAAAGTCATCCATTGACATA-AAAAGTCCACTTATAGTCAC-CTATG
127 -TCGAAAAACATGAAAG-AAAAGACATCCATTGACA-AGAAAAGTCCACTTATAGTCACTC-AT-
*
60342 T-CTTCGAAAGCCTCATTACTC-GCTTCAAATAG-TTTTATAATCTCATAATTGA-TTT-A-AAT
187 TCCTTCAAAAGCCTCATTACTCAG-TTCAAA-AGTTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGAAT
* * * * * * *
60401 TTTTTACATTTTTGGGTTAAATATAGGATCCTAATTGAATCTTTGTCTTGGAAAATGTAAAGA-A
250 TTTTTACATTTTT-GGTTAAA-ACA-GATCATAACTGAATATCTATCATGGAAAATGTAAAGACA
* *
60465 AAG-CAATTCATTGACAAGAAGAGTCCATTTATAGTCATCCATGCCTTCA-AAAGCCTTATTACA
312 AAGTC-ATTCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCAGAAA-CCTTATTACA
** **
60528 CGCTTTAAATGTTTTTACAATCTCATAATTAATTTTACATTGAATTTTTTTTAAATTTTGGGTTA
375 CGCTTTAAATGGATTTACAATCTCATAATTAATTTTACATTGAA-TGCTTTTAAATTTTGGGTTA
* * * * *
60593 AAACAGATTATAATTGACTGTCTACCAT-A-AGAAACGTAAAGAAAAAGCCATTCATTGACAAGA
439 AAACAAATTATAATTGACTATCT-CC-TGAGAGAAACATAAAGAAAAAGCCATTCATTGAAAAAA
* * *
60656 AAAGTCCATTTATAGTCACAC-AAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTGAAAAGGTTTTATAA
502 AAAGTCCATTTATAGTCAC-CTAAGCCTTCAAAAGACTTAATACTCGCTTGAAAAGGTTTTACAA
* *
60720 TCTCATAATTGATT-TGAAGTGAAATTTTTT-TTACATTTTTCATTAAAACAGATTGTAATTGAA
566 TCTCATAATTGATTGT-AAGTGAAATTTTTTAATA-ATTTTTCATTAAAACAGATTATAATT-AA
* * **
60783 -TGTTTGCCTCGAGAAACATGAAGAAAAATCCATTCATTGGTAAGAAAAGCACATTTATAGTCAC
628 CTGTCTGCCTCGAGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGACAAGAAAAGCACATTTATAGTCAC
* *
60847 CCAAGCCTTCGAAAGCCTTA
693 CCAAGCCATCAAAAGCCTTA
60867 TTACTTGCTT
Statistics
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0.80 0.13 0.07
Matches are distributed among these distances:
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827 11 0.02
828 30 0.05
ACGTcount: A:0.35, C:0.14, G:0.13, T:0.37
Consensus pattern (821 bp):
CATTTACAGTCACTCAAGCCTTCGAAAGCCTTATTCTCGCTTTAAATGATTTTATAATCGCATAA
TTGATTTTAAGTTATCTTTTTTATATTTTTTATTAAAACAGATTATAATTGAATGTCAGTCTCGA
AAAACATGAAAGAAAAGACATCCATTGACAAGAAAAGTCCACTTATAGTCACTCATTCCTTCAAA
AGCCTCATTACTCAGTTCAAAAGTTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGAATTTTTTACATTT
TTGGTTAAAACAGATCATAACTGAATATCTATCATGGAAAATGTAAAGACAAAGTCATTCATTGA
CAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCAGAAACCTTATTACACGCTTTAAATGGATTT
ACAATCTCATAATTAATTTTACATTGAATGCTTTTAAATTTTGGGTTAAAACAAATTATAATTGA
CTATCTCCTGAGAGAAACATAAAGAAAAAGCCATTCATTGAAAAAAAAAGTCCATTTATAGTCAC
CTAAGCCTTCAAAAGACTTAATACTCGCTTGAAAAGGTTTTACAATCTCATAATTGATTGTAAGT
GAAATTTTTTAATAATTTTTCATTAAAACAGATTATAATTAACTGTCTGCCTCGAGAAACATGAA
GAAAAAGCCATTCATTGACAAGAAAAGCACATTTATAGTCACCCAAGCCATCAAAAGCCTTAAGA
AACGTGGTTTAGGGTTGAATTTTGTTACATTTTAGTTAAAACAGATTACAATTAAGTGTTTACCT
TGTGAAACCTAAACAAAAAGCCATTCACTGACAAAAAAGCC
Found at i:61855 original size:170 final size:170
Alignment explanation
Indices: 61570--63781 Score: 2055
Period size: 170 Copynumber: 13.0 Consensus size: 170
61560 NNNTGTGAAG
* * * *
61570 AAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAGCCCATTTATAGTCATCCAAACCTTCGAAAGCTTTATTACTC
1 AAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATACCTTCGAAAGCCTTATTACTC
* * * * * *
61635 GCTATAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTAAAGTTGAACTTTTTACATTTTTGGTTAAAA
66 ACTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTACATTTTTAGTTAAAA
** * * * *
61700 CAGGTTATAATTGAATATTTGCCCTTGA-AAATGTGAACAA
131 CAAATTATAATTGAATGTCTG-CCTTGAGAAACGTGAAGAA
*
61740 AAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATTGTCACCCATACCTTCGAAAGCCTTATTACTC
1 AAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATACCTTCGAAAGCCTTATTACTC
* * * ** *
61805 ACTTTAACTGGTTTTGTAATCTCATAATTGATTTTAAGTTTTATTTTTTACTTTTTTAGTTAAAA
66 ACTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTACATTTTTAGTTAAAA
* * *
61870 TAAATTATAATTAAATGTCTGCCTTAAGAAACGTGAAGAA
131 CAAATTATAATTGAATGTCTGCCTTGAGAAACGTGAAGAA
* *** * * * *
61910 AAAGCCA-TCTACTAATATGAAAGGTCCATTTATAGTCACTCA-AGCCTACGAAAGCCTTATTAC
1 AAAGCCATTC-ATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATA-CCTTCGAAAGCCTTATTAC
* * * * **
61973 TCGCTTTAAATAGTTTTCTAATCTAATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTTATATTTTAGTTA
64 TCACTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTACAT-TTTTAGTTA
* * *
62038 AAACAAATTATAATTGAATGTCTACCATGAGAAACATGAAGAA
128 AAACAAATTATAATTGAATGTCTGCCTTGAGAAACGTGAAGAA
** * * * * * *
62081 AAAGCCA-TCTATTGATATGAAAAGTCTATTTATAATCACCCATATCTACGAAAGCCTTATAACT
1 AAAGCCATTC-ATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATACCTTCGAAAGCCTTATTACT
* * *
62145 -AGTGTTAAAT--TATTTATAATCTCATAATTGATTTTAACTTCAATTATTTTTACATTTTTGAG
65 CACT-TTAAATAGT-TTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAA-T-TTTTTACATTTTT-AG
*
62207 -TAAAA-AAATTATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACGTGAAGAA
125 TTAAAACAAATTATAATTGAATGTCTGCCTTGAGAAACGTGAAGAA
* * * * * * * *
62251 AAAGCCCTTCATTGGTAAGACAAGTCCATTTACAGTCACCCATACTTTCAAAAACCTTATTACTT
1 AAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATACCTTCGAAAGCCTTATTACTC
* * * * * * *
62316 GCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATTATTGATTTTAAGTTTATTTTTTTTACATGTGTAATTAAA
66 ACTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGA-ATTTTTTACATTTTTAGTTAAA
*** * * * *
62381 ATTTATTATAATTGAATGTATGCCTTGGGAAATGTGAAGCA
130 ACAAATTATAATTGAATGTCTGCCTTGAGAAACGTGAAGAA
** * * * * *
62422 AAATTCATCCATTGGCATA-AAAAGTTCACTTATAGTCGCTCA-AGCCTTCGAAAGCCTTATTAC
1 AAAGCCATTCATTGGCA-AGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATA-CCTTCGAAAGCCTTATTAC
* * * * * *
62485 TCGCATTAGATGGTTTTATAATCTCATAATTAATTTTAAGTTGAATTGTTTTATATTTTTAGTTA
64 TCACTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATT-TTTTACATTTTTAGTTA
* * ** *
62550 AAA-AAATTGTAATTGATTGTCTGTTTTG-GAAAACATGAAGAA
128 AAACAAATTATAATTGAATGTCTGCCTTGAG-AAACGTGAAGAA
* * *
62592 AAATG-CATTTATTGGCAACAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATA--TTCTCAGAAGCCTTATTA
1 AAA-GCCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATACCTTC-GA-AAGCCTTATTA
* * * *
62654 ATCACTTTAAATAGTTTTGTAATCTCATAATTGATATTCAGTTGAATTTTTTTACATTTTTTA-T
63 CTCACTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAA-TTTTTTACA-TTTTTAGT
* * * *
62718 TAAAA-AAGTTTATAATTGAATGT-TGGCCATGGGAAACATGAAGAA
126 TAAAACAA-ATTATAATTGAATGTCT-GCCTTGAGAAACGTGAAGAA
** * * * * * *
62763 AAAATCATTCATTGACAAGGAAAGTCTATTTAGAGTCACCCATGCCTTCGAAAGTCTTATTACTC
1 AAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATACCTTCGAAAGCCTTATTACTC
** * * *
62828 GTTTTAAAT-G-GTTGTAATCTCATAATTAATTTT-AGTTTGAATTTTTTTACATTTTTAGTTAA
66 ACTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAG-TTGAA-TTTTTTACATTTTTAGTTAA
* * * * * * *
62890 AATATATTGTAATTAAATGTTTACCTTAAGAAACGTGAAG--
129 AACAAATTATAATTGAATGTCTGCCTTGAGAAACGTGAAGAA
* * *
62930 AAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAGCCCATTTATAGTCATCCA-AGCCTTTGAAAGCCTTATTACT
1 AAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATA-CCTTCGAAAGCCTTATTACT
* *
62994 CGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTCAGTTGAATTTTTTAACATTTTT-GTTTA
65 CACTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTT-ACATTTTTAG-TTA
* * * * *
63058 AAACAGATTATAATTGAATATTTGCCCTTG-GAAATGTGAACAA
128 AAACAAATTATAATTGAATGTCTG-CCTTGAGAAACGTGAAGAA
* * *
63101 AAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATTGTCAACCATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTC
1 AAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATACCTTCGAAAGCCTTATTACTC
* *
63166 ACTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGTATTTTTTACTTTTTTAGTTAAAA
66 ACTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTACATTTTTAGTTAAAA
* * * ** *
63231 CAAATTATGATTAAATGCCTGCCTCAAGAAACGTAAAGAA
131 CAAATTATAATTGAATGTCTGCCTTGAGAAACGTGAAGAA
* * * * * *
63271 AAAGCTA-TCTATTGGTATGAAAGGTCCATTTATAGTCACTCA-AGCCTTTGAAAGCCTTATTAC
1 AAAGCCATTC-ATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATA-CCTTCGAAAGCCTTATTAC
* * * *
63334 TCACTTTAAATTA-TTTTATAATCTAAAAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTAATATTTTTGGT
64 TCACTTTAAA-TAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAA-TTTTTT-ACATTTTTAGT
* * *
63398 TAAAACAAATTATAATTGAATGTCTGCCATGACAAACATGAAGAA
126 TAAAACAAATTATAATTGAATGTCTGCCTTGAGAAACGTGAAGAA
* ** * * * * * *
63443 AATGCCA-TCTATTGATATGAAAAGTTCATTTATAATCACCCATGCCTTCGAAAGTCTTTTTACT
1 AAAGCCATTC-ATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATACCTTCGAAAGCCTTATTACT
* * * * *
63507 -AGTGTTAAATGGTTTTATAATCTTATAAGTGATTTTAAGTT-ACTTTTTTTACATTTTTGAG-T
65 CACT-TTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGA-ATTTTTTACATTTTT-AGTT
* * * * *
63569 AAAAAAAATTATAATTGAATGTTTGTCTCGGGAAACGTGAAGAGA
127 AAAACAAATTATAATTGAATGTCTGCCTTGAGAAACGTGAAGA-A
* * * * ** * *
63614 AAA-CCCTTCATTGGTAAGACAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTTAAAAACCTTATTACTT
1 AAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATACCTTCGAAAGCCTTATTACTC
* * * * *
63678 ACTTTAAATTGTTTTACAATCTCAAAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTCTAATTAAA
66 ACTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAA-TTTTTTACATTTTTAGTTAAA
*** * *
63743 ATTTATTATAATTGAATGTCTGTCTTGGGAAACGTGAAG
130 ACAAATTATAATTGAATGTCTGCCTTGAGAAACGTGAAG
63782 CAATAGTCAT
Statistics
Matches: 1674, Mismatches: 302, Indels: 131
0.79 0.14 0.06
Matches are distributed among these distances:
167 61 0.04
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170 752 0.45
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172 141 0.08
173 3 0.00
ACGTcount: A:0.35, C:0.14, G:0.13, T:0.39
Consensus pattern (170 bp):
AAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATACCTTCGAAAGCCTTATTACTC
ACTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTACATTTTTAGTTAAAA
CAAATTATAATTGAATGTCTGCCTTGAGAAACGTGAAGAA
Found at i:62230 original size:341 final size:340
Alignment explanation
Indices: 61570--63764 Score: 1972
Period size: 341 Copynumber: 6.4 Consensus size: 340
61560 NNNTGTGAAG
* * * *
61570 AAAGCCAT-TCATTGGCAAGAAAAGCCCATTTATAGTCA-TCCAAACCTTCGAAAGCTTTATTAC
1 AAAGCCATCT-ATTGGTAAG-AAAGTCCATTTATAGTCACT-CAAGCCTTCGAAAGCCTTATTAC
* * * * ** *
61633 TCGCTATAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTAAAGTTGAACTTTTTACAT-TTTTGGTTA
63 TCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTTATATTTTAGTTA
** * * * * ** * *
61697 AAACAGGTTATAATTGAATATTTGCCCTTGA-AAATGTGAACAAAAAGCCATTCATTGGCAAGAA
128 AAACAAATTATAATTGAATGTCTGGCCATGAGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGACAAGAA
* * * * *
61761 AAGTCCATTTATTGTCACCCATACCTTCGAAAGCCTTATTACTCACTTTAACTGGTTTTGTAATC
193 AAGTCTATTTATAGTCACCCATACCTTCGAAAGCCTTATTACT-AGTTTAAAT-GTTTTATAATC
** *
61826 TCATAATTGATTTTAAGTTTTA-TTTTTTACTTTTTTAGTTAAAATAAATTATAATTAAATGTCT
256 TCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTAGTTAAAATAAATTATAATTAAATGTCT
61890 GCCTTAAGAAACGTGAAGAA
321 GCCTTAAGAAACGTGAAGAA
* ** * *
61910 AAAGCCATCTACTAATATGAAAGGTCCATTTATAGTCACTCAAGCCTACGAAAGCCTTATTACTC
1 AAAGCCATCTATTGGTAAGAAA-GTCCATTTATAGTCACTCAAGCCTTCGAAAGCCTTATTACTC
* * *
61975 GCTTTAAATAGTTTTCTAATCTAATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTTATATTTTAGTTAAA
65 GCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTTATATTTTAGTTAAA
* * *
62040 ACAAATTATAATTGAATGTCT-ACCATGAGAAACATGAAGAAAAAGCCA-TCTATTGATATGAAA
130 ACAAATTATAATTGAATGTCTGGCCATGAGAAACATGAAGAAAAAGCCATTC-ATTGACAAGAAA
* * * *
62103 AGTCTATTTATAATCACCCATATCTACGAAAGCCTTATAACTAGTGTTAAAT-TATTTATAATCT
194 AGTCTATTTATAGTCACCCATACCTTCGAAAGCCTTATTACTAGT-TTAAATGT-TTTATAATCT
* * *
62167 CATAATTGATTTTAACTTCAATTATTTTTACATTTTTGAG-TAAAA-AAATTATAATTGAATGTC
257 CATAATTGATTTTAAGTTGAATT-TTTTTACATTTTT-AGTTAAAATAAATTATAATTAAATGTC
* *
62230 TACCTTGAGAAACGTGAAGAA
320 TGCCTTAAGAAACGTGAAGAA
* * * * * *
62251 AAAGCCCT-TCATTGGTAAGACAAGTCCATTTACAGTCACCCATA-CTTTCAAAAACCTTATTAC
1 AAAGCCATCT-ATTGGTAAGA-AAGTCCATTTATAGTCACTCA-AGCCTTCGAAAGCCTTATTAC
* * * * * *
62314 TTGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATTATTGATTTTAAGTT-TATTTTTTTTACATGTGTAATT
63 TCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTTATAT-TTTAGTT
*** * * * ** * ** * *
62378 AAAATTTATTATAATTGAATGTAT-GCCTTGGGAAATGTGAAGCAAAATTCATCCATTGGCATA-
127 AAAACAAATTATAATTGAATGTCTGGCCATGAGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGACA-AG
* * * * * *
62441 AAAAGT-TCACTTATAGTCGCTCA-AGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCATTAGATGGTTTTAT
191 AAAAGTCT-ATTTATAGTCACCCATA-CCTTCGAAAGCCTTATTACTAG-TTTAAAT-GTTTTAT
* * * * * *
62504 AATCTCATAATTAATTTTAAGTTGAATTGTTTTATATTTTTAGTTAAAA-AAATTGTAATTGATT
252 AATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTAGTTAAAATAAATTATAATTAAAT
* ** *
62568 GTCTG-TTTTGGAAAACATGAAGAA
317 GTCTGCCTTAAG-AAACGTGAAGAA
* * * * **
62592 AAATG-CATTTATTGGCAACAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATATTC-TC-AGAAGCCTTATTA
1 AAA-GCCATCTATTGGTAA-GAAAGTCCATTTATAGTCACTCA-AGCCTTCGA-AAGCCTTATTA
* * * * * * *
62654 ATCACTTTAAATAGTTTTGTAATCTCATAATTGATATTCAGTTGAATTTTTTTACATTTTTTA-T
62 CTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTT-TATATTTTAGT
* * **
62718 TAAAA-AAGTTTATAATTGAATGT-TGGCCATGGGAAACATGAAGAAAAAATCATTCATTGACAA
126 TAAAACAA-ATTATAATTGAATGTCTGGCCATGAGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGACAA
* * * * * * *
62781 GGAAAGTCTATTTAGAGTCACCCATGCCTTCGAAAGTCTTATTACTCGTTTTAAATG-GTTGTAA
190 GAAAAGTCTATTTATAGTCACCCATACCTTCGAAAGCCTTATTACTAG-TTTAAATGTTTTATAA
* * *
62845 TCTCATAATTAATTTT-AGTTTGAATTTTTTTACATTTTTAGTTAAAATATATTGTAATTAAATG
254 TCTCATAATTGATTTTAAG-TTGAATTTTTTTACATTTTTAGTTAAAATAAATTATAATTAAATG
* *
62909 TTTACCTTAAGAAACGTGAAG--
318 TCTGCCTTAAGAAACGTGAAGAA
* * *
62930 AAAGCCAT-TCATTGGCAAGAAAAGCCCATTTATAGTCA-TCCAAGCCTTTGAAAGCCTTATTAC
1 AAAGCCATCT-ATTGGTAAG-AAAGTCCATTTATAGTCACT-CAAGCCTTCGAAAGCCTTATTAC
* * * *
62993 TCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTCAGTTGAA-TTTTTTAACATTTTTGTTT
63 TCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTTATATTTTAG-TT
* * * * * ** * *
63057 AAAACAGATTATAATTGAATATTTGCCCTTG-GAAATGTGAACAAAAAGCCATTCATTGGCAAGA
127 AAAACAAATTATAATTGAATGTCTGGCCATGAGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGACAAGA
* * * * *
63121 AAAGTCCATTTATTGTCAACCATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATAGTTTTATAAT
192 AAAGTCTATTTATAGTCACCCATACCTTCGAAAGCCTTATTACT-AGTTTAAAT-GTTTTATAAT
* * * * *
63186 CTCATAATTGATTTTAAGTTGTA-TTTTTTACTTTTTTAGTTAAAACAAATTATGATTAAATGCC
255 CTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTAGTTAAAATAAATTATAATTAAATGTC
* *
63250 TGCCTCAAGAAACGTAAAGAA
320 TGCCTTAAGAAACGTGAAGAA
* * *
63271 AAAGCTATCTATTGGTATGAAAGGTCCATTTATAGTCACTCAAGCCTTTGAAAGCCTTATTACTC
1 AAAGCCATCTATTGGTAAGAAA-GTCCATTTATAGTCACTCAAGCCTTCGAAAGCCTTATTACTC
* * * * *
63336 ACTTTAAATTA-TTTTATAATCTAAAAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTAATATTTTTGGTTA
65 GCTTTAAA-TAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTTATA-TTTTAGTTA
* * * *
63400 AAACAAATTATAATTGAATGTCT-GCCATGACAAACATGAAGAAAATGCCA-TCTATTGATATGA
128 AAACAAATTATAATTGAATGTCTGGCCATGAGAAACATGAAGAAAAAGCCATTC-ATTGACAAGA
* * * *
63463 AAAGT-TCATTTATAATCACCCATGCCTTCGAAAGTCTTTTTACTAGTGTTAAATGGTTTTATAA
192 AAAGTCT-ATTTATAGTCACCCATACCTTCGAAAGCCTTATTACTAGT-TTAAAT-GTTTTATAA
* * * * *
63527 TCTTATAAGTGATTTTAAGTT-ACTTTTTTTACATTTTTGAG-TAAAAAAAATTATAATTGAATG
254 TCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTT-AGTTAAAATAAATTATAATTAAATG
* * ***
63590 TTTGTCTCGGGAAACGTGAAGAGA
318 TCTGCCTTAAGAAACGTGAAGA-A
* * * * ** * *
63614 AAACCCTTC-ATTGGTAAGACAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTTAAAAACCTTATTACTT
1 AAAGCCATCTATTGGTAAGA-AAGTCCATTTATAGTCACTCAAGCCTTCGAAAGCCTTATTACTC
* * * * * *
63678 ACTTTAAATTGTTTTACAATCTCAAAATTGATTTTAAGTTGAA-TTTTTTTACATTTCTAATTAA
65 GCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTTATATTT-TAGTTAA
***
63742 AATTTATTATAATTGAATGTCTG
129 AACAAATTATAATTGAATGTCTG
63765 TCTTGGGAAA
Statistics
Matches: 1516, Mismatches: 267, Indels: 142
0.79 0.14 0.07
Matches are distributed among these distances:
336 5 0.00
337 10 0.01
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339 110 0.07
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341 657 0.43
342 327 0.22
343 21 0.01
ACGTcount: A:0.35, C:0.14, G:0.12, T:0.39
Consensus pattern (340 bp):
AAAGCCATCTATTGGTAAGAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCG
CTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTTATATTTTAGTTAAAA
CAAATTATAATTGAATGTCTGGCCATGAGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGACAAGAAAAG
TCTATTTATAGTCACCCATACCTTCGAAAGCCTTATTACTAGTTTAAATGTTTTATAATCTCATA
ATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTAGTTAAAATAAATTATAATTAAATGTCTGCCTT
AAGAAACGTGAAGAA
Found at i:64851 original size:170 final size:169
Alignment explanation
Indices: 64498--64974 Score: 464
Period size: 170 Copynumber: 2.8 Consensus size: 169
64488 NNNNNNNNCA
* * *
64498 ATAAATGGACTTTTCT-TGCCAATGAATGGCTTTTTG-TTCACATTT-CCAAGGGTAAATATTCA
1 ATAAATGGACTTTT-TATGCCAATGAAT-GC-TTTTGCTTCACGTTTCCCAA-GGCAAACATTCA
*
64560 ATTATAATATATTTTAACAAAAAATGTAAAAAGAAATCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAA
62 ATTATAATATATTTTAATAAAAAATGT-AAAA-AAATCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAA
* * * * *
64625 AACC-TTCTAACGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCTTGAGCAACT
125 AACCATT-TAAAGCAAGTAATAAGACTTTCGAAAGCATGAGCAACT
* * * *
64670 ATAAGTGGACTTTTTATGCCAATGGATGACTTTTGCTTCACGTTTCCCAAAGCATACATTCAATT
1 ATAAATGGACTTTTTATGCCAATGAATG-CTTTTGCTTCACGTTTCCCAAGGCAAACATTCAATT
* * * * *
64735 ATAATAAATTTTAATTAGACATGTCAAAAAAATCAAC-TAAAATCAATAATGAGATTATAAAACC
65 ATAATATATTTTAATAAAAAATGT-AAAAAAATCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACC
* * * * **
64799 ATTTAAAGTAAGTAATAAGATTTTTGAAAGCATGGGTGACT
129 ATTTAAAGCAAGTAATAAGACTTTCGAAAGCATGAGCAACT
* * * * *
64840 GTAAATGGACTTGTCTTA--CCAATGAATGGTTGTTTCTTCATGTTTCCCAAGGCAGACATTCAA
1 ATAAATGGACTT-T-TTATGCCAATGAATGCTT-TTGCTTCACGTTTCCCAAGGCAAACATTCAA
* * * * *
64903 TTATAATTTTTTTTACTCAAAAATGTAAAAACAATTGAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAA
63 TTATAATATATTTTAATAAAAAATGTAAAAA-AA-TCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAA
*
64968 ATCATTT
126 ACCATTT
64975 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 251, Mismatches: 43, Indels: 22
0.79 0.14 0.07
Matches are distributed among these distances:
169 7 0.03
170 120 0.48
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172 98 0.39
173 4 0.02
ACGTcount: A:0.39, C:0.13, G:0.13, T:0.34
Consensus pattern (169 bp):
ATAAATGGACTTTTTATGCCAATGAATGCTTTTGCTTCACGTTTCCCAAGGCAAACATTCAATTA
TAATATATTTTAATAAAAAATGTAAAAAAATCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCAT
TTAAAGCAAGTAATAAGACTTTCGAAAGCATGAGCAACT
Found at i:65446 original size:170 final size:170
Alignment explanation
Indices: 65120--65446 Score: 369
Period size: 170 Copynumber: 1.9 Consensus size: 170
65110 NNNNNNNNNN
* * * *
65120 TCAATTATTAGATTATAAAACTATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCACAGGCTTGAGTGACTAT
1 TCAATTATGAGATTACAAAACTATTTAAAGCGAGAAATAAGGCTTTCACAGGCTTGAGTGACAAT
* ** * **
65185 AAATGGACCTTTCATATCAGTAGATGGCTTTTTCTTCAAGTTTCTTGAGGAAGACATTCAATTAT
66 AAATGGACCTTTCATACCAACAAATGGCTTTTTCTTCAAGTTTCAAGAGGAAGACATTCAATTAT
* *
65250 AATTTGTTTTAACCAAAAAAGTAAAAAATAAAACTTAAAA
131 AACTTGCTTTAACCAAAAAAGTAAAAAATAAAACTTAAAA
* *
65290 TCAATTATGAGATTACAAAACTATTTAAAGTGAGAAATAAGGCTTTCGA-AGG-TATGGGTGACA
1 TCAATTATGAGATTACAAAACTATTTAAAGCGAGAAATAAGGCTTTC-ACAGGCT-TGAGTGACA
* * * * *
65353 ATAAATGGACTTTTCTTGCCAACAAATGGCTTTTTGTTCACA-TTTCCAAG-GGCAA-ATATTCA
64 ATAAATGGACCTTTCATACCAACAAATGGCTTTTTCTTCA-AGTTT-CAAGAGG-AAGACATTCA
* *
65415 ATTATAACCTT-CTTTAATCAAAAATGTAAAAA
126 ATTATAA-CTTGCTTTAACCAAAAAAGTAAAAA
65447 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 130, Mismatches: 21, Indels: 12
0.80 0.13 0.07
Matches are distributed among these distances:
169 1 0.01
170 121 0.93
171 8 0.06
ACGTcount: A:0.39, C:0.13, G:0.15, T:0.33
Consensus pattern (170 bp):
TCAATTATGAGATTACAAAACTATTTAAAGCGAGAAATAAGGCTTTCACAGGCTTGAGTGACAAT
AAATGGACCTTTCATACCAACAAATGGCTTTTTCTTCAAGTTTCAAGAGGAAGACATTCAATTAT
AACTTGCTTTAACCAAAAAAGTAAAAAATAAAACTTAAAA
Found at i:68193 original size:170 final size:170
Alignment explanation
Indices: 67830--68710 Score: 712
Period size: 170 Copynumber: 5.2 Consensus size: 170
67820 GATATTCAGC
* * * * * * *
67830 TATAATCTGTTTTAACAAAAAATATAAAAAAATTCATCTTAAAATCAATCAAGAGATTACAAAAA
1 TATAATCTATTTTAACAAAAAATATAAAAAAATTTAACTAAAAATCAATTATGAGATTA-TAAAA
* * * *
67895 CC-TTTAAA-CTGAGTAATAAAGCTTTTGAAGAG-ATGGGTGACTATAAATGAACTTTTCTTGT-
65 CCATTTAAAGC-GAGTAATAAAGCTTTCGAAG-GCTTGAGTGACTATAAATGGAC-TTT-TTGTA
* * * * * * * *
67956 CAATGAAT-CCCTTTTCTTTCATGTTTTTTGAGACAAACATTCAGT
126 CAATGAATGGCTTTTTC-TTCACGTTTCTTAAGGCAGACATTCAAT
* * *
68001 TATAATCTGTTTTAACAAAAAATATAAAAAAATTTTACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAAC
1 TATAATCTATTTTAACAAAAAATATAAAAAAATTTAACTAAAAATCAATTATGAGATTATAAAAC
* *
68066 TATTTAAAGCGAG-AATAAAGCTTTCGAAGGCTTAAGTGACTATAAATGGACTTTTTGTACCAAT
66 CATTTAAAGCGAGTAATAAAGCTTTCGAAGGCTTGAGTGACTATAAATGGACTTTTTGTA-CAAT
* * * *
68130 GGATGGCTTTTGCTTCACATTGCTTAAGGCAGACATTCAAT
130 GAATGGCTTTTTCTTCACGTTTCTTAAGGCAGACATTCAAT
** * * * *
68171 TATAATAAATTTTAGCAAAAAATGT-----AA---AAC--AAAATCAATTATGAGATTATAAGAT
1 TATAATCTATTTTAACAAAAAATATAAAAAAATTTAACTAAAAATCAATTATGAGATTATAAAAC
* * * *
68226 CATTTAAAGCGAGTAATAAAGCTTTTGAAGGCTTGGGTGACTATAAATGGGCTTTTTGGACAATG
66 CATTTAAAGCGAGTAATAAAGCTTTCGAAGGCTTGAGTGACTATAAATGGACTTTTTGTACAATG
* * * * * * *
68291 AATAGTTTTTTCTTCACGTTTCTCAAGGAAAATATTTAAT
131 AATGGCTTTTTCTTCACGTTTCTTAAGGCAGACATTCAAT
* * * * * * *
68331 TATATTCTATTTTAA-ATAGAAATACAAAAAAATTAAACCAAAAATCAATTATGAGATTGTAACA
1 TATAATCTATTTTAACA-AAAAATATAAAAAAATTTAACTAAAAATCAATTATGAGATTATAAAA
* * * * * *
68395 CCATTTAAA-CTGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATGTGTGACTATAAATGAACTTTTTATATTT
65 CCATTTAAAGC-GAGTAATAAAGCTTTCGAAGGCTTGAGTGACTATAAATGGACTTTTTGTA--C
* * *
68459 AA-GAATGGCTTTTTCTTCATGTTTCCTAAGACAGACACTT-AAT
127 AATGAATGGCTTTTTCTTCACGTTTCTTAAGGCAGACA-TTCAAT
* * * * * *
68502 TATAACCTATTTTAAC-CAAAATGTAAGAAAATATAACTAAAAATCAATTATGAGTTTATAAAAC
1 TATAATCTATTTTAACAAAAAATATAAAAAAATTTAACTAAAAATCAATTATGAGATTATAAAAC
* * * * ** * *
68566 CATTTAAAGTGAGCAATAAGGCTTT-TAAGGGAATGGGTGACTATAAATAGACTTTTCT-TATCA
66 CATTTAAAGCGAGTAATAAAGCTTTCGAA-GGCTTGAGTGACTATAAATGGACTTTT-TGTA-CA
* * * * *
68629 TTGAATGCCTTTTTCTTCATGTTTATTGAA-GTAGACATTCAAT
128 ATGAATGGCTTTTTCTTCACGTTTCTT-AAGGCAGACATTCAAT
* *
68672 TATAATCTGTTTTAACCAAAAATATAAAAAAATTTAACT
1 TATAATCTATTTTAACAAAAAATATAAAAAAATTTAACT
68711 TANNNNNNNN
Statistics
Matches: 570, Mismatches: 110, Indels: 60
0.77 0.15 0.08
Matches are distributed among these distances:
159 1 0.00
160 85 0.15
161 41 0.07
162 2 0.00
165 4 0.01
168 7 0.01
169 11 0.02
170 283 0.50
171 131 0.23
172 5 0.01
ACGTcount: A:0.40, C:0.12, G:0.13, T:0.35
Consensus pattern (170 bp):
TATAATCTATTTTAACAAAAAATATAAAAAAATTTAACTAAAAATCAATTATGAGATTATAAAAC
CATTTAAAGCGAGTAATAAAGCTTTCGAAGGCTTGAGTGACTATAAATGGACTTTTTGTACAATG
AATGGCTTTTTCTTCACGTTTCTTAAGGCAGACATTCAAT
Found at i:68334 original size:160 final size:160
Alignment explanation
Indices: 68041--68334 Score: 403
Period size: 160 Copynumber: 1.8 Consensus size: 160
68031 AATTTTACTT
68041 AAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGCGAGAATAAAGCTTTCGAAGGCTTAAGTGAC
1 AAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGCGAGAATAAAGCTTTCGAAGGCTTAAGTGAC
* * * * * *
68106 TATAAATGGACTTTTTGTACCAATGGATGGCTTTTGCTTCACATTGCTTAAGGCAGACATTCAAT
66 TATAAATGGACTTTTTGGACCAATGAATAGCTTTTGCTTCACATTGCTCAAGGAAAACATTCAAT
68171 TATAATAAATTTTAGCAAAAAATGTAAAAC
131 TATAATAAATTTTAGCAAAAAATGTAAAAC
* * **
68201 AAAATCAATTATGAGATTATAAGA-TCATTTAAAGCGAGTAATAAAGCTTTTGAAGGCTTGGGTG
1 AAAATCAATTATGAGATTATAAAACT-ATTTAAAGCGAG-AATAAAGCTTTCGAAGGCTTAAGTG
* * * * * * *
68265 ACTATAAATGGGCTTTTTGGA-CAATGAATAGTTTTTTCTTCACGTTTCTCAAGGAAAATATTTA
64 ACTATAAATGGACTTTTTGGACCAATGAATAGCTTTTGCTTCACATTGCTCAAGGAAAACATTCA
68329 ATTATA
129 ATTATA
68335 TTCTATTTTA
Statistics
Matches: 115, Mismatches: 17, Indels: 4
0.85 0.12 0.03
Matches are distributed among these distances:
159 1 0.01
160 73 0.63
161 41 0.36
ACGTcount: A:0.38, C:0.11, G:0.17, T:0.34
Consensus pattern (160 bp):
AAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGCGAGAATAAAGCTTTCGAAGGCTTAAGTGAC
TATAAATGGACTTTTTGGACCAATGAATAGCTTTTGCTTCACATTGCTCAAGGAAAACATTCAAT
TATAATAAATTTTAGCAAAAAATGTAAAAC
Found at i:69107 original size:171 final size:168
Alignment explanation
Indices: 68818--70638 Score: 1379
Period size: 171 Copynumber: 10.7 Consensus size: 168
68808 NNNNNACAGA
* * * * ** * *
68818 TTATAATTGAATATTTGCCCTTGAAAACGTGAAG-AAAAGCCTTTCATTGGCAATAAAAGTCTAT
1 TTATAATTGAATGTTTG-CCTTGGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGATAAGAAAAGTCCAT
* * * ** * * *
68882 TTATAGTTACCCATTCCTTTAAAAGCCTTATTGCTCATTTTAAATGGTTTTATAAACTCATAATT
65 TTATAGTCACTCATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATT
* *
68947 GATTTTAGGTTGAGTTTTCTTACATTTTTAGTTAAAACAAG
130 GATTTTAAGTTGAATTTT-TTACATTTTTAGTTAAAA-AAG
* *
68988 TTATAATT-AAGTGTCTGCCTTAGGCAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGATAAGAAAAGTCCA
1 TTATAATTGAA-TGTTTGCCTT-GGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGATAAGAAAAGTCCA
* * * ** **
69052 CTTATTGTCACTCATGTCGTT-GAAAGCCTTATTACTCTTTTTAAATGAATTTATAATCTCATAA
64 TTTATAGTCACTCATG-CCTTCGAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAA
* * * *
69116 TTGATTTTAGGTTGAATTGTTTACATTGTT-GATTAAAATAG
128 TTGATTTTAAGTTGAATTTTTTACATTTTTAG-TTAAAAAAG
* ** * * * *
69157 AATATAATTGAATGTTTTTCTT-GAAAAATGTGAAG-AAAA-CCATTCATTCACAAGAAAAGCCC
1 -TTATAATTGAATGTTTGCCTTGGAAACA--TGAAGAAAAAGCCATTCATTGATAAGAAAAGTCC
* *
69219 A-TTATAGTCA-TCCAAGCCTTCGAAAGCCTTATTTCTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATA
63 ATTTATAGTCACT-CATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATA
*
69282 ATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTT-GTTTAAAATAG
127 ATTGATTTTAAGTTGAA-TTTTTTACATTTTTAG-TTAAAAAAG
* * * ** * * *
69325 ATTATAATTGAATATTTACCCTAGGAAATGTGAACAAAAAGACATTCATTGGTAAGAAAAGTCCA
1 -TTATAATTGAATGTTT-GCCTTGGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGATAAGAAAAGTCCA
* *
69390 TTTATTA-TCA-TCCATACCTTCGAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTGTAATCTCATA
64 TTTA-TAGTCACT-CATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATA
* * * *
69453 ATTGATTTTAAGTTGTATTTTTTACTTTTTTTGTTAAAATAAA
127 ATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTACATTTTTAGTTAAAA-AAG
* ** ** * * * * **
69496 TTATAATTGAATGTCTGCCTCAAGAAATGTTAAGAAAAAGCCATTTACTGATACGAAAAGTGTAT
1 TTATAATTGAATGTTTGCCT-TGGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGATAAGAAAAGTCCAT
* * * * * * *
69561 TTATACTCACTCAAGCCTTTGAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATTGTTTAAAAATCTAATAATT
65 TTATAGTCACTCATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATT
* * *
69626 GATTTTAA-TTTAATTTTTTTTATATTTTTA-TTAAAAAAA
130 GATTTTAAGTTGAA--TTTTTTACATTTTTAGTTAAAAAAG
* * * *
69665 TTATAATTGAATGTTTGCCATGAGAAACATGAAGAAAAAACCATAT-ATTGATATGAAAATTCCA
1 TTATAATTGAATGTTTGCCTTG-GAAACATGAAGAAAAAGCCAT-TCATTGATAAGAAAAGTCCA
* * * **
69729 TTTATAATCACCCATGCCTTCGAAAGCCTTATTACT-AGTGTTAAATTATTTTATAATCTCATAA
64 TTTATAGTCACTCATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCACT-TTAAATGGTTTTATAATCTCATAA
* *
69793 TTGATTTTAAGTTCAATTAATTTTACATTTTTGAG-TAAAAAAA
128 TTGATTTTAAGTTGAATT--TTTTACATTTTT-AGTTAAAAAAG
** * * * *
69836 TTATAATTGAATGTTTTTCTTGGAAAACGTGAAGAAAAAGCCCTTCATTGGTAAGACAAGTCCAT
1 TTATAATTGAATGTTTGCCTTGG-AAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGATAAGAAAAGTCCAT
* * * ** * * * *
69901 TTACAGTCACCCATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTTGCATTAAATAGTTTTATAATCTTATTATT
65 TTATAGTCACTCATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATT
* * * **
69966 GATTTTAAGTTGAATTTGTTTACATGTCTAATTGAAATTTA-
130 GATTTTAAGTTGAATTT-TTTACATTTTTAGTT-AAA-AAAG
* * * * * *
70007 TTATAATTGAATGTATGCCTTGCGAAACGTGAAGCAAAAGTCATCCATTGGCAT-A-AAAAGTTC
1 TTATAATTGAATGTTTGCCTTG-GAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATT-G-ATAAGAAAAGTCC
* * * * * * * * *
70070 ACTTATAGTCGCGCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCGTTAGATGGTTTTATAATCTTATAA
63 ATTTATAGTCACTCATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAA
* * ** *
70135 TTAATTTTAAGATGAATTTTTTTATGTTTTTTA-TTAAAACAG
128 TTGATTTTAAGTTGAA-TTTTTTA-CATTTTTAGTTAAAAAAG
* * * * ** *
70177 ATTGTAATTGATTGTCTT-CTTTGGAAAACATGAAGAAAAAGACATTCATTGGCAACAAAAGTCC
1 -TTATAATTGAATGT-TTGCCTTGG-AAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGATAAGAAAAGTCC
* * * * * * * * * *
70241 CTTTATAGTCACCCATCCCCTCAAAAGCCTTATAAATAACTTTAAATGATTTTGTAATCTCATAA
63 ATTTATAGTCACTCATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAA
* * * *
70306 TTAATATTCAGTTGAATTTTTTTTACATTTTTAGTTAAAACAG
128 TTGATTTTAAGTTGAA--TTTTTTACATTTTTAGTTAAAAAAG
* * *
70349 ATTATAATTGAATGTTTG-CTATGGGAAACATGAAGAAAAAGTCATCCATTGACAAGAAAAG-CT
1 -TTATAATTGAATGTTTGCCT-T-GGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGATAAGAAAAGTC-
* * * * ** * *
70412 CAATTATAGTCACTCATACCTTCGAAAGCTTTAGTACTCGTTTTAAATGGTTTTACAACCTCATA
62 CATTTATAGTCACTCATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATA
* * * * *
70477 ATTAATTTTAGGTTAAATGTTTTTATATTTTTAGTTAAAATAG
127 ATTGATTTTAAGTTGAAT-TTTTTACATTTTTAGTTAAAAAAG
** * * * * ** * ** * *
70520 ATTGCAATTAAATGTTTACCTTAAGAAACATGATG-TGAAGCCCATTCTTTGGCAAAAAAAGCCC
1 -TTATAATTGAATGTTTGCCTT-GGAAACATGAAGAAAAAG-CCATTCATTGATAAGAAAAGTCC
* * * * * *
70584 GTTTATAGTCACCCATGCCTTCAAAAGTCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTAT
63 ATTTATAGTCACTCATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTAT
Statistics
Matches: 1331, Mismatches: 259, Indels: 121
0.78 0.15 0.07
Matches are distributed among these distances:
166 4 0.00
167 64 0.05
168 70 0.05
169 143 0.11
170 249 0.19
171 654 0.49
172 144 0.11
173 3 0.00
ACGTcount: A:0.35, C:0.14, G:0.12, T:0.39
Consensus pattern (168 bp):
TTATAATTGAATGTTTGCCTTGGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGATAAGAAAAGTCCATT
TATAGTCACTCATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTG
ATTTTAAGTTGAATTTTTTACATTTTTAGTTAAAAAAG
Done.