Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: NW_018397906.1 Herrania umbratica cultivar Fairchild unplaced genomic scaffold, ASM216827v2 scaffold_1211.0, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000
Length: 15829
ACGTcount: A:0.23, C:0.08, G:0.08, T:0.23
Warning! 6161 characters in sequence are not A, C, G, or T
Found at i:530 original size:171 final size:171
Alignment explanation
Indices: 241--820 Score: 402
Period size: 171 Copynumber: 3.4 Consensus size: 171
231 TTCTCAAGGT
241 AGACATTCAATTATAATCTATTTTGATAAAAATATAAAAAAAATTCAAATTAAAATCAATTATGA
1 AGACATTCAATTATAATCTATTTTGATAAAAATATAAAAAAAATTCAAATTAAAATCAATTATGA
* * * * * * *
306 GGTTATAAAATCATGAAAAGCGAGTGATGAGGCTTTTGAAGACGTGGGTGACTATAAATGGAATT
66 GGTTATAAAATCATGAAAAGCGAGTAATAAGACTTTCGAAGACATCGGTGACTATAAATAGAATT
* *
371 TTTTTGCCAACGGATATCTTTTTGTTCATGTTTCTTGAGGC
131 TTCTTACCAACGGATATCTTTTTGTTCATGTTTCTTGAGGC
* * * * * *
412 AGACGTTCAATTATAATCTGGTTTT-ATAACAAT-TATACAAAAATTCAACTTCAAA-CTAATTA
1 AGACATTCAATTATAATCT-ATTTTGATAAAAATATA-AAAAAAATTCAAATTAAAATC-AATTA
* ** * ** *
474 TGAGGTTATACAATCATTTAAAGCTAGTAATAAGACTTTCGAAGGTATCTGTGACTATAAATAGA
63 TGAGGTTATAAAATCATGAAAAGCGAGTAATAAGACTTTCGAAGACATCGGTGACTATAAATAGA
* * ********** * *
539 CTTTTCTTACCAATGGATATCTTNNNNNNNNNNTTTCTCGAGGT
128 ATTTTCTTACCAACGGATATCTTTTTGTTCATGTTTCTTGAGGC
* * * * * *
583 AGACATTCAATTATAATATGTTTTAATTAAAAATAT-AAAAAAATTTAACTTAAAATCAACTATG
1 AGACATTCAATTATAATCTATTTTGA-TAAAAATATAAAAAAAATTCAAATTAAAATCAATTATG
* * * ********** * * * *
647 AGATTACAAAAGCATNNNNNNNNNNTAATAAGACTTTCGAAGGCATGGGTGACTATAAATGGACT
65 AGGTTATAAAATCATGAAAAGCGAGTAATAAGACTTTCGAAGACATCGGTGACTATAAATAGA-A
* * * * * *
712 TTTTCTTGCCAATGGATATCTTTTTCTTCACGTTTCCTGAAGC
129 TTTTCTTACCAACGGATATCTTTTTGTTCATGTTTCTTGAGGC
* * * *
755 AGACAATT-AATTATAATCTGTTTTAATAAAAACCAT-AAAAAAGTT-AAACTTAAAA-CTAATT
1 AGAC-ATTCAATTATAATCTATTTTGATAAAAA-TATAAAAAAAATTCAAA-TTAAAATC-AATT
816 ATGAG
62 ATGAG
821 ATTAAANNNN
Statistics
Matches: 315, Mismatches: 82, Indels: 23
0.75 0.20 0.05
Matches are distributed among these distances:
170 8 0.03
171 219 0.70
172 84 0.27
173 4 0.01
ACGTcount: A:0.38, C:0.12, G:0.13, T:0.34
Consensus pattern (171 bp):
AGACATTCAATTATAATCTATTTTGATAAAAATATAAAAAAAATTCAAATTAAAATCAATTATGA
GGTTATAAAATCATGAAAAGCGAGTAATAAGACTTTCGAAGACATCGGTGACTATAAATAGAATT
TTCTTACCAACGGATATCTTTTTGTTCATGTTTCTTGAGGC
Found at i:1937 original size:171 final size:160
Alignment explanation
Indices: 1746--2061 Score: 371
Period size: 171 Copynumber: 1.9 Consensus size: 160
1736 NGCATGGGTT
* ** * * *
1746 ACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGGATATGTTTTTCTTCACGTTTCCCGAGGTAGATATTCA
1 ACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGGATATCTTTTTCTTCACAATTCCCGAGGCAAATATTAA
* * *
1811 ATTATAATCTGTTTTAATAAAATATACAAAAAAAAACAAATTAAAATTAATTATGAGATTATAAA
66 ATTATAATCTGTTTTAAGAAAA-ATACAAAAAAAAACAAATTAAAATCAATTATAAGATTATAAA
**
1876 ATCATTTAAAGCGAGTAATAAACCTTTTNNNNNNNNNNGTG
130 ATCATGAAAAGCGAGTAATAAACCTTTT----------GTG
* *
1917 ACTATAAATGGGCTTTTCTTGCCAATGGATATCTTTTTCTTCACAATTCTCGAGGCAAATATTAA
1 ACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGGATATCTTTTTCTTCACAATTCCCGAGGCAAATATTAA
* * ** *
1982 ATTCTAATCTGTTTTAAGAAAAATATAAAAAAATTCAAATTAAAATCAATTATAAGGTTATAAAA
66 ATTATAATCTGTTTTAAGAAAAATACAAAAAAAAACAAATTAAAATCAATTATAAGATTATAAAA
2047 TCATGAAAAGCGAGT
131 TCATGAAAAGCGAGT
2062 GATGAGGGTT
Statistics
Matches: 127, Mismatches: 18, Indels: 1
0.87 0.12 0.01
Matches are distributed among these distances:
170 50 0.39
171 77 0.61
ACGTcount: A:0.39, C:0.12, G:0.11, T:0.34
Consensus pattern (160 bp):
ACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGGATATCTTTTTCTTCACAATTCCCGAGGCAAATATTAA
ATTATAATCTGTTTTAAGAAAAATACAAAAAAAAACAAATTAAAATCAATTATAAGATTATAAAA
TCATGAAAAGCGAGTAATAAACCTTTTGTG
Found at i:2105 original size:170 final size:169
Alignment explanation
Indices: 1547--2964 Score: 920
Period size: 172 Copynumber: 8.3 Consensus size: 169
1537 NNNNNNNNNN
* * * * * *
1547 GTAATAAGGCTTTCGAAGGCATGGGTGACTATAAATAGACTTTTCTTATCAATGGATATATTTTT
1 GTAATAAGGCTTTTGAA-GTATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTACCAATGGATATCTTTTT
* * * * * * * *
1612 CTTTATGATTCTCAAGGCAGACATTCAATTATAATTTATTTTAATAAAAAATATAAAAAAAGCTC
65 CTTCACGTTTCTCGAGGCAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAA-CAAAAATATAAAAAAA-TTC
* * *
1677 AACTTAAAA-CTAATTATGAGATTAAAAAAGT-ATTTAAAGCGA
128 AAATTAAAATC-AATTATGAGGTTATAAAA-TCATTTAAAGCGA
********* * * * * *
1719 GTAATAAGNNNNNNNNNNGCATGGGTTACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGGATATGTTTTT
1 GTAATAAG-GCTTTTGAAGTATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTACCAATGGATATCTTTTT
* * * * * **
1784 CTTCACGTTTCCCGAGGTAGATATTCAATTATAATCTGTTTTAATAAAATATACAAAAAAAAACA
65 CTTCACGTTTCTCGAGGCAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACAAAA-ATATAAAAAAATTCA
* *
1849 AATTAAAATTAATTATGAGATTATAAAATCATTTAAAGCGA
129 AATTAAAATCAATTATGAGGTTATAAAATCATTTAAAGCGA
** ********* * *
1890 GTAATAAACCTTTTNNNNNNNNNNGTGACTATAAATGGGCTTTTCTTGCCAATGGATATCTTTTT
1 GTAATAAGGCTTTT-GAAGTATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTACCAATGGATATCTTTTT
** * * * * *
1955 CTTCACAATTCTCGAGGCAAATATTAAATTCTAATCTGTTTTAAGAAAAATATAAAAAAATTCAA
65 CTTCACGTTTCTCGAGGCAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACAAAAATATAAAAAAATTCAA
* **
2020 ATTAAAATCAATTATAAGGTTATAAAATCATGAAAAGCGA
130 ATTAAAATCAATTATGAGGTTATAAAATCATTTAAAGCGA
* * * * *
2060 GTGATGAGGGTTTTGAAGTAGTGAGTGACTATAAATAGACTTTTCTTACCAATAGATATCTTTTT
1 GTAATAAGGCTTTTGAAGTA-TGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTACCAATGGATATCTTTTT
* * * * * * * * * * *
2125 GTTAAGGTTTCTTGAGGCGGACGTTCAATTATAATTTGTTTTTATCAAAATTGTAAAAAAAATTT
65 CTTCACGTTTCTCGAGGCAGACATTCAATTATAATCTG-TTTTAACAAAAATAT-AAAAAAATTC
* * * *
2190 AACTTACAACCAATTATGAGGTTATACAATCATTTAAAGCGA
128 AAATTAAAATCAATTATGAGGTTATAAAATCATTTAAAGCGA
** *
2232 GTAATAAGGCTTCCGAAGGTATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTACCAATGGATATCTTTCT
1 GTAATAAGGCTTTTGAA-GTATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTACCAATGGATATCTTTTT
* * * * *************
2297 CTTTACGTTTCTCAAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAATTAAAAATGNNNNNNNNNNNN
65 CTTCACGTTTCTCGAGGCAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAA-CAAAAATATAAAAAAATTCA
* * * *
2362 ACTTAAAACCAATTATGAGATTA-AAAAACTATTTAAAGCGA
129 AATTAAAATCAATTATGAGGTTATAAAATC-ATTTAAAGCGA
* * * * * * *
2403 GTAATAAGGCTTTTGTAGGCATAAGTGACTACAAATGGACCTGTT-TTGCCCATGGATATCTTTT
1 GTAATAAGGCTTTTG-AAGTATGAGTGACTATAAATGGA-CTTTTCTTACCAATGGATATCTTTT
* * * * * * *
2467 TTTTCACGTTTTTCGAGGTAAACATTCAAAATTATAATATGTTTTAATAGAAAATATAAAAAAGT
64 TCTTCACGTTTCTCGAGGCAGACATTC--AATTATAATCTGTTTTAACA-AAAATATAAAAAAAT
* ********** * * *
2532 TCAACTTAAAA-CTANNNNNNNNNNTAAAAAAGCATTTAAAGCAA
126 TCAAATTAAAATC-AATTATGAGGTTATAAAATCATTTAAAGCGA
* * **********
2576 GTAATAA-GCTTTTCGAAGGCATAAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTNNNNNNNNNNATCTTTT
1 GTAATAAGGCTTTT-GAA-GTATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTACCAATGGATATCTTTT
* * * * * * *
2640 TCTTTACGTTTCTTGAGGTAGATATTTAATTATAATCTGTTTTAATAAAAA-ATATAAAAATTCA
64 TCTTCACGTTTCTCGAGGCAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACAAAAATATAAAAAAATTC-
*
2704 AAATTGAAATCAATTATGAGGTT-TGAAAATCATTTAAAGCGA
128 AAATTAAAATCAATTATGAGGTTAT-AAAATCATTTAAAGCGA
* * * ** **
2746 GTAATAAGGCTTTTGAGGGTAT-AGGTGATTATAAATGGACTTTTCCTGTCAACAGATATCTTTT
1 GTAATAAGGCTTTTGA-AGTATGA-GTGACTATAAATGGACTTTTCTTACCAATGGATATCTTTT
* * *
2810 TCTTCAC-TTCTCTCGAGCCAAACATTCAATTATAATCTACTTTAATAA-AAAAATATAAAAAAA
64 TCTTCACGTT-TCTCGAGGCAGACATTCAATTATAATCT-GTTT--TAACAAAAATAT-AAAAAA
*
2873 ATT-AAATTAAAATCAATTAT-AGGGTTATAAAATCATTTAAAGTGA
124 ATTCAAATTAAAATCAATTATGA-GGTTATAAAATCATTTAAAGCGA
* *
2918 GTAATAAGGCTTTCT-AAGGTATGGGTGACTATAAATAGACTTTTCTT
1 GTAATAAGGCTTT-TGAA-GTATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTT
2965 GTCAANNNNN
Statistics
Matches: 958, Mismatches: 250, Indels: 76
0.75 0.19 0.06
Matches are distributed among these distances:
169 13 0.01
170 220 0.23
171 277 0.29
172 325 0.34
173 110 0.11
174 13 0.01
ACGTcount: A:0.37, C:0.11, G:0.14, T:0.35
Consensus pattern (169 bp):
GTAATAAGGCTTTTGAAGTATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTACCAATGGATATCTTTTTC
TTCACGTTTCTCGAGGCAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACAAAAATATAAAAAAATTCAAA
TTAAAATCAATTATGAGGTTATAAAATCATTTAAAGCGA
Found at i:5894 original size:172 final size:170
Alignment explanation
Indices: 5544--6246 Score: 653
Period size: 171 Copynumber: 4.1 Consensus size: 170
5534 NNNNNNNNNN
* *
5544 AGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATACCTTCGAAAGCCTTATTACTCACTTTACATGA-TTTTA
1 AGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATACCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAAT-ACTTTTA
* ********** * *
5608 TAACCTTATAATTAATTTNNNNNNNNNNTTTTTTATATTTTTTATTAAAATAGGTTATAATTGAA
65 TAACCTCATAATT-ATTTTAAGTTGAAATTTTTTATATTTTTTATTAAAACAGATTATAATTGAA
* * * **
5673 TGTTTACATCGAGAGAA-GTGAAGAAAAAGATATCCATTGACA
129 TGTCTACCTAGAGA-AACGTGAAGAAAAAGATATCCATTGGTA
* * * *
5715 GGAAAAGTCCATTTATAATCACCAATACCTTC-AGAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGA-TTTC
1 AGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATACCTTCGA-AAGCCTTATTACTCGCTTTAAAT-ACTTTT
* * * *
5778 ATAACCTCATAATTGATTTTAATTTTGAATTTTTTTAAATTTTTTATTAAAACATATTATAATTG
64 ATAACCTCATAATT-ATTTTAA-GTTGAAATTTTTTATATTTTTTATTAAAACAGATTATAATTG
* * * * *
5843 AATATTTTCCTAGAGAAACGTGAAGAAAAAGATATCTATTAGTA
127 AATGTCTACCTAGAGAAACGTGAAGAAAAAGATATCCATTGGTA
********** * * *
5887 AGAAAAGTCCATTNNNNNNNNNNCATGCCTTCGAAAGGCTTATTACTCGCTTTAAATACTTTTTT
1 AGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATACCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATACTTTTAT
* *
5952 AATCTCATCATTAGTTTTAAGTTGAAATTTTTTATATTTTTTATTAAAACAGATTATAATTTTGA
66 AACCTCATAATTA-TTTTAAGTTGAAATTTTTTATATTTTTTATTAAAACAGATTATAA--TTGA
* * *
6017 ATGTCTACCTCA-AGAAACGTGAAGAAAAATATATACATGGGTA
128 ATGTCTACCT-AGAGAAACGTGAAGAAAAAGATATCCATTGGTA
* * * * *
6060 A-AACAGGTCCATTTGTAGTCACCCATACCTTTGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTT
1 AGAA-AAGTCCATTTATAGTCACCCATACCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATACTTTTA
** * * * *
6124 TATTCTCATAATTGTTTTTAAGTTGAACTTTTTTATGTTTTTAATTAAAACAGATTATAATTGAA
65 TAACCTCATAATT-ATTTTAAGTTGAAATTTTTTATATTTTTTATTAAAACAGATTATAATTGAA
* * * *
6189 TGTCTACCTTGAAAAACATGAAGAAAAAGATATCCATTGGCA
129 TGTCTACCTAGAGAAACGTGAAGAAAAAGATATCCATTGGTA
6231 AGAAAAGTCCATTTAT
1 AGAAAAGTCCATTTAT
6247 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 429, Mismatches: 90, Indels: 26
0.79 0.17 0.05
Matches are distributed among these distances:
170 1 0.00
171 161 0.38
172 129 0.30
173 137 0.32
174 1 0.00
ACGTcount: A:0.35, C:0.13, G:0.11, T:0.38
Consensus pattern (170 bp):
AGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATACCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATACTTTTAT
AACCTCATAATTATTTTAAGTTGAAATTTTTTATATTTTTTATTAAAACAGATTATAATTGAATG
TCTACCTAGAGAAACGTGAAGAAAAAGATATCCATTGGTA
Found at i:7817 original size:171 final size:170
Alignment explanation
Indices: 7499--9235 Score: 1450
Period size: 171 Copynumber: 10.2 Consensus size: 170
7489 NNNNNNNNNN
* * * * *
7499 GAGTAATAAAGTTTTTGAAGGCGTGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTACCAATGGATATCTTT
1 GAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGGATATCTTT
* * * ** * * * * * * * *
7564 GTGCTT-AGGTCTCTTGAGGCAGACGTTCAATTCTAATTTATTTTTATCAAAATTATACAAAAAT
66 -TTCTTCATGTTTCTCAAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAATTAAAAATATA-AAAAAT
* * * *
7628 TCAACTTACAACCAATTATGAGGTTATACAATAATTTAAAGC
129 TCAACTTAAAATCAATTATGAGGTTATAAAATCATTTAAAGC
* * * **********
7670 GAGTAATAAGGCTTTCAAAGGTATGTGTGACTATAAATGNNNNNNNNNNGCCAATGGATATCTTT
1 GAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGGATATCTTT
* *
7735 TTCTTCATGTTTCTCAAGGTAGACAATCAAATATAATCTGTTTTAATTAAAAATATAAAAAAGTT
66 TTCTTCATGTTTCTCAAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAATTAAAAATATAAAAAA-TT
* * *
7800 CAACTTAAAAACAATTATGAGATTA-AAAAACTATTTAAAGC
130 CAACTTAAAATCAATTATGAGGTTATAAAATC-ATTTAAAGC
********************* * * *
7841 GAGNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNGGGTGACTACAAATGGACCTGTT-TTGCCCATGGATATCTT
1 GAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATGGGTGACTATAAATGGA-CTTTTCTTGCCAATGGATATCTT
* *
7905 TTTCTTCATGTTTC-CGAGGTAAACATTCAAAATTATAATCTGTTTTAA-TAAAACATATAAAAA
65 TTTCTTCATGTTTCTCAAGGTAGACATTC--AATTATAATCTGTTTTAATTAAAA-ATATAAAAA
* * * * * *
7968 AGTTCAACTTAAAA-CTAATAACGAGATTAAAAAAGCATTTAAAAC
127 A-TTCAACTTAAAATC-AATTATGAGGTTATAAAATCATTTAAAGC
* * * * * * *
8013 GAGTAATAAGCCTTTCGAATGCATGGGTGACTATAAATAGACTTTTGTTACTAATGGATTTCTTT
1 GAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGGATATCTTT
* * * *
8078 TTCTTCATGTTTCTCTAGGAAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAATAAAAAACATAAAAAATTC
66 TTCTTCATGTTTCTCAAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAATTAAAAATATAAAAAATTC
*
8143 AAAATTAAAATCAATTATGAGGTTATAAAATCATTTAAAGC
131 -AACTTAAAATCAATTATGAGGTTATAAAATCATTTAAAGC
* ************ * * * *
8184 AAGTAATAAGGCTNNNNNNNNNNNNGATCACTATAAATAGACTTTTCTTGCCAATGGATATCTAT
1 GAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGGATATCTTT
* *
8249 TTCTTCATGTTTCAT-AAGATAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAA-TAAAAACTTTTAAAAAA
66 TTCTTCATGTTTC-TCAAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAATTAAAAA--TAT-AAAAA
* * *
8312 ATTTAACTTAAAATCAATTATAAAGTTATAAAAAT-ATTTAAAGC
127 ATTCAACTTAAAATCAATTATGAGGTTAT-AAAATCATTTAAAGC
* * ** * * *
8356 GAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATGGGTGATTATAAATGGACTTATCCCGTCAATGGATAACATT
1 GAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGGATATCTTT
* * * * * * * * *
8421 TTCTTTATGTTTTTTATGGCAGACATTTAATTATAATCTGTATTAATAAAAAATGTAAAAAAGTT
66 TTCTTCATGTTTCTCAAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAATTAAAAATATAAAAAA-TT
* * * * * * *
8486 CAACTGAAAACCAATTACGAGATTAAAAAATTATTTAAAGT
130 CAACTTAAAATCAATTATGAGGTTATAAAATCATTTAAAGC
* * *
8527 GAGTAATAAGGCTTTCAAAGACATGGGTGACTACAAATGGACCTTTT-TTGCCAATGGATATCTT
1 GAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATGGGTGACTATAAATGGA-CTTTTCTTGCCAATGGATATCTT
*
8591 TTTCTTCATGTTTCTCAAGGTAGACATTCAATTA-AAACATGTTTTAATT-AAAATATAAAAAAA
65 TTTCTTCATGTTTCTCAAGGTAGACATTCAATTATAATC-TGTTTTAATTAAAAATAT-AAAAAA
* * * * *
8654 TTCAAATCAAAATCAAGTATGAGGTTATAAAATCAGTCAAAGC
128 TTCAACTTAAAATCAATTATGAGGTTATAAAATCATTTAAAGC
* * * *
8697 AAGTAATAAGCCTTTCGAAGGCATGGGTAACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATATCTTT
1 GAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGGATATCTTT
* * * * * * *
8762 TTCTTCACGTTTCTCGAGGTAAACATTTAATTATAACCTATTTTAA-TAACATATTATAAAAAAT
66 TTCTTCATGTTTCTCAAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAATTAA-A-AATATAAAAAAT
* * * *
8826 TTAAATTAAAATCAATTATGAGGTTAAAAAATCATTTAAAGT
129 TCAACTTAAAATCAATTATGAGGTTATAAAATCATTTAAAGC
* * * *
8868 GAGTAATAAAGTTTTTGAAGGCGTGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGGATATCTTT
1 GAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGGATATCTTT
* * ** * ** * *
8933 TTGTTCAGGTTTCTTGAGGCAGACGCTCAATTATAATCTGTTTTTA-TAAAAATTGTAAACAAAT
66 TTCTTCATGTTTCTCAAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAATTAAAAA-TATAAA-AAAT
* * * * *
8997 TCAACTTAAAACCAATTATAATGTTATACAATCATTGAAAGC
129 TCAACTTAAAATCAATTATGAGGTTATAAAATCATTTAAAGC
* * ** * ** * *
9039 GAGTAATAAGGATTTCGAAGGTATGTATGACCATAAACAGAGTTTTCTTACCAATGGATATCTTT
1 GAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGGATATCTTT
* * *
9104 TTCTTCATGTTTCTCTAGGTAGAAATTCAATTATAATCTGTTTTAATTGAAAATATAAAAAAATT
66 TTCTTCATGTTTCTCAAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAATTAAAAATAT-AAAAAATT
* * ** * *
9169 TAACTTAAAATCAATTATAAAATTACAAAAGCATTTAAAGC
130 CAACTTAAAATCAATTATGAGGTTATAAAATCATTTAAAGC
9210 GAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATGG
1 GAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATGG
9236 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 1222, Mismatches: 309, Indels: 70
0.76 0.19 0.04
Matches are distributed among these distances:
169 7 0.01
170 178 0.15
171 767 0.63
172 236 0.19
173 34 0.03
ACGTcount: A:0.38, C:0.12, G:0.14, T:0.34
Consensus pattern (170 bp):
GAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGGATATCTTT
TTCTTCATGTTTCTCAAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAATTAAAAATATAAAAAATTC
AACTTAAAATCAATTATGAGGTTATAAAATCATTTAAAGC
Found at i:8254 original size:343 final size:340
Alignment explanation
Indices: 7522--9235 Score: 1356
Period size: 343 Copynumber: 5.0 Consensus size: 340
7512 TTTGAAGGCG
* * * * ** *
7522 TGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTACCAATGGATATCTTTGTGCTT-AGGTCTCTTGAGGCAG
1 TGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGGATATCTTT-TTCTTCATGTTTCTCAAGGTAG
* * * * * * * * * * *
7586 ACGTTCAATTCTAATTTATTTTTATCAAAATTATACAAAAATTCAACTTACAACCAA-TTATGAG
65 ACATTCAATTATAATCTGTTTTAAT-AAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAAGTAAT-AA
* * * * * * * ****
7650 GTTATACAATAATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGTATGTGTGACTATAAAT-GNNNNN
128 GTTAAAAAATCATTTAAAGCGAGTAATAAGCCTTTCGAAGGCATGGGTGACTATAAATAG-ACTT
****** * * * *
7714 NNNNNGCCAATGGATATCTTTTTCTTCATGTTTCTCAAGGTAGACAATCAAATATAATCTGTTTT
192 TTCTTACCAATGGATATCTTTTTCTTCATGTTTCTCTAGGAAGACATTCAATTATAATCTGTTTT
* * * *
7779 AATTAAAAATATAAAAAAGTTCAACTTAAAAACAATTATGAGATTAAAAAA-CTATTTAAAGCGA
257 AATAAAAAATATAAAAAA-TTTAAATTAAAATCAATTATGAGATTAAAAAATC-ATTTAAAGCGA
********************
7843 GNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
320 GTAATAAGGCTTTCAAAGACA
* * * * * *
7864 NGGGTGACTACAAATGGACCTGTT-TTGCCCATGGATATCTTTTTCTTCATGTTTC-CGAGGTAA
1 TGGGTGACTATAAATGGA-CTTTTCTTGCCAATGGATATCTTTTTCTTCATGTTTCTCAAGGTAG
* *
7927 ACATTCAAAATTATAATCTGTTTTAATAAAACATATAAAAAAGTTCAACTTAAAA-CTAA-TAAC
65 ACATTC--AATTATAATCTGTTTTAATAAAA-ATATAAAAAAATTCAACTTAAAATC-AAGTAAT
* * * *
7990 GAGATTAAAAAAGCATTTAAAACGAGTAATAAGCCTTTCGAATGCATGGGTGACTATAAATAGAC
126 AAG-TTAAAAAATCATTTAAAGCGAGTAATAAGCCTTTCGAAGGCATGGGTGACTATAAATAGAC
* * *
8055 TTTTGTTACTAATGGATTTCTTTTTCTTCATGTTTCTCTAGGAAGACATTCAATTATAATCTGTT
190 TTTTCTTACCAATGGATATCTTTTTCTTCATGTTTCTCTAGGAAGACATTCAATTATAATCTGTT
* * * * *
8120 TTAATAAAAAACATAAAAAATTCAAAATTAAAATCAATTATGAGGTTATAAAATCATTTAAAGCA
255 TTAATAAAAAATATAAAAAATT-TAAATTAAAATCAATTATGAGATTAAAAAATCATTTAAAGCG
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8185 AGTAATAAGGCTNNNNNNNNNN
319 AGTAATAAGGCTTTCAAAGACA
** * * * * *
8207 NNGATCACTATAAATAGACTTTTCTTGCCAATGGATATCTATTTCTTCATGTTTCAT-AAGATAG
1 TGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGGATATCTTTTTCTTCATGTTTC-TCAAGGTAG
* * *
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65 ACATTCAATTATAATCTGTTTTAATAAAAA--TATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAAGTAAT-A
* * *
8335 AGTTATAAAAAT-ATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATGGGTGATTATAAATGGACT
127 AGTTA-AAAAATCATTTAAAGCGAGTAATAAGCCTTTCGAAGGCATGGGTGACTATAAATAGACT
* **** * * * * * * *
8399 TATCCCGTCAATGGATAACATTTTCTTTATGTTT-TTTATGGCAGACATTTAATTATAATCTGTA
191 TTTCTTACCAATGGATATCTTTTTCTTCATGTTTCTCTA-GGAAGACATTCAATTATAATCTGTT
* * * * * * * *
8463 TTAATAAAAAATGTAAAAAAGTTCAACTGAAAACCAATTACGAGATTAAAAAATTATTTAAAGTG
255 TTAATAAAAAATATAAAAAA-TTTAAATTAAAATCAATTATGAGATTAAAAAATCATTTAAAGCG
8528 AGTAATAAGGCTTTCAAAGACA
319 AGTAATAAGGCTTTCAAAGACA
*
8550 TGGGTGACTACAAATGGACCTTTT-TTGCCAATGGATATCTTTTTCTTCATGTTTCTCAAGGTAG
1 TGGGTGACTATAAATGGA-CTTTTCTTGCCAATGGATATCTTTTTCTTCATGTTTCTCAAGGTAG
* * * * *
8614 ACATTCAATTA-AAACATGTTTTAATTAAAATATAAAAAAATTCAAATCAAAATCAAGT-ATGAG
65 ACATTCAATTATAATC-TGTTTTAATAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAAGTAAT-AA
* * * * * *
8677 GTTATAAAATCAGTCAAAGCAAGTAATAAGCCTTTCGAAGGCATGGGTAACTATAAATGGACTTT
128 GTTAAAAAATCATTTAAAGCGAGTAATAAGCCTTTCGAAGGCATGGGTGACTATAAATAGACTTT
* * * * * * *
8742 TCTTGCCAATGAATATCTTTTTCTTCACGTTTCTCGAGGTAA-ACATTTAATTATAACCTATTTT
193 TCTTACCAATGGATATCTTTTTCTTCATGTTTCTCTAGG-AAGACATTCAATTATAATCTGTTTT
* * * *
8806 AATAACATATTATAAAAAATTTAAATTAAAATCAATTATGAGGTTAAAAAATCATTTAAAGTGAG
257 AATAA-AAAATATAAAAAATTTAAATTAAAATCAATTATGAGATTAAAAAATCATTTAAAGCGAG
* * ** * *
8871 TAATAAAGTTTTTGAAGGCG
321 TAATAAGGCTTTCAAAGACA
* * ** *
8891 TGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGGATATCTTTTTGTTCAGGTTTCTTGAGGCAGA
1 TGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGGATATCTTTTTCTTCATGTTTCTCAAGGTAGA
** * * * * *
8956 CGCTCAATTATAATCTGTTTTTATAAAAATTGTAAACAAATTCAACTTAAAACCAA-TTATAATG
66 CATTCAATTATAATCTGTTTTAATAAAAA-TATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAAGTAATAA-G
* * * ** * ** * * *
9020 TTATACAATCATTGAAAGCGAGTAATAAGGATTTCGAAGGTATGTATGACCATAAACAGAGTTTT
129 TTAAAAAATCATTTAAAGCGAGTAATAAGCCTTTCGAAGGCATGGGTGACTATAAATAGACTTTT
* *
9085 CTTACCAATGGATATCTTTTTCTTCATGTTTCTCTAGGTAGAAATTCAATTATAATCTGTTTTAA
194 CTTACCAATGGATATCTTTTTCTTCATGTTTCTCTAGGAAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAA
** * * * * *
9150 TTGAAAATATAAAAAAATTTAACTTAAAATCAATTATAAAATTACAAAAGCATTTAAAGCGAGTA
259 TAAAAAATAT-AAAAAATTTAAATTAAAATCAATTATGAGATTAAAAAATCATTTAAAGCGAGTA
* *
9215 ATAAGGCTTTCGAAGGCA
323 ATAAGGCTTTCAAAGACA
9233 TGG
1 TGG
9236 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 1100, Mismatches: 237, Indels: 70
0.78 0.17 0.05
Matches are distributed among these distances:
340 10 0.01
341 275 0.25
342 290 0.26
343 498 0.45
344 27 0.02
ACGTcount: A:0.38, C:0.12, G:0.13, T:0.34
Consensus pattern (340 bp):
TGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGGATATCTTTTTCTTCATGTTTCTCAAGGTAGA
CATTCAATTATAATCTGTTTTAATAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAAGTAATAAGTT
AAAAAATCATTTAAAGCGAGTAATAAGCCTTTCGAAGGCATGGGTGACTATAAATAGACTTTTCT
TACCAATGGATATCTTTTTCTTCATGTTTCTCTAGGAAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAATA
AAAAATATAAAAAATTTAAATTAAAATCAATTATGAGATTAAAAAATCATTTAAAGCGAGTAATA
AGGCTTTCAAAGACA
Found at i:12326 original size:20 final size:20
Alignment explanation
Indices: 12301--12341 Score: 73
Period size: 20 Copynumber: 2.0 Consensus size: 20
12291 TCGCTTTTAA
*
12301 TGATTTTATAACCTCATAAT
1 TGATTTTATAACCTCACAAT
12321 TGATTTTATAACCTCACAAT
1 TGATTTTATAACCTCACAAT
12341 T
1 T
12342 CCAGAAATGT
Statistics
Matches: 20, Mismatches: 1, Indels: 0
0.95 0.05 0.00
Matches are distributed among these distances:
20 20 1.00
ACGTcount: A:0.34, C:0.17, G:0.05, T:0.44
Consensus pattern (20 bp):
TGATTTTATAACCTCACAAT
Done.