Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: NW_018397319.1 Herrania umbratica cultivar Fairchild unplaced genomic scaffold, ASM216827v2 scaffold_26.0, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
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Warning! 21740 characters in sequence are not A, C, G, or T
Found at i:434 original size:172 final size:171
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Indices: 1--629 Score: 753
Period size: 171 Copynumber: 3.7 Consensus size: 171
* * * * *
1 ATTCAACTCAAAATCAATTACGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGCCTTTGAAAGG
1 ATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCAAAGG
* * ** ** * * *
66 TATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCAAGTTAATGGATATCTTTTTCTTCATGTTCCTCGAGGTA
66 CATGGGTGACTATAAATTGACTTTTCTTGCCAATGGATACCTTTTTCTTCAAGTTTCTCGAGGTA
* * * **
131 GATATTCAATTATCATCTGTTTTAACTAAACATGTA-AAAAA
131 GACATTCAATTATAATCTGTTTTAA-TAAAAAAATATAAAAA
********** *
172 ATTCAACTTAAAATCNNNNNNNNNNTTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCACAGG
1 ATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCAAAGG
* * * *
237 CATGGGTGATTGTAAATAT-ACTTTTCTTGCCAATGGATACCTTTTTCTTCACGTTTCTCCAGGT
66 CATGGGTGACTATAAAT-TGACTTTTCTTGCCAATGGATACCTTTTTCTTCAAGTTTCTCGAGGT
301 AGACATTCAATTATAATCTGTTTTAATAAAAAAATATAAAATA
130 AGACATTCAATTATAATCTGTTTTAATAAAAAAATATAAAA-A
* * * * *
344 ATTCAACTAAAAATCAATTATTAGATTATAAAACCGTTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTTAAAGG
1 ATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCAAAGG
* * *
409 CATGGATGACTATAAATTGACTTTTCTTGCCAATGGATA-CTTTTATATTCAAGTTTCTTGAGGT
66 CATGGGTGACTATAAATTGACTTTTCTTGCCAATGGATACCTTTT-TCTTCAAGTTTCTCGAGGT
473 AGACATTCAATTATAAAT-TGTTTTAATAAAAAAATATAAAAA
130 AGACATTCAATTAT-AATCTGTTTTAATAAAAAAATATAAAAA
* * * * *
515 ATTCAAGTTAAAATCAACTGTGAGATTATAAAACCACTTAAAGCGAGTATTAAGGCTTTCAAAGG
1 ATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCAAAGG
*
580 CATGGGTGACTATAAATAGACTTTTCTTGCCAATGGATACCTTTTTCTTC
66 CATGGGTGACTATAAATTGACTTTTCTTGCCAATGGATACCTTTTTCTTC
630 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 384, Mismatches: 67, Indels: 14
0.83 0.14 0.03
Matches are distributed among these distances:
170 7 0.02
171 232 0.60
172 142 0.37
173 3 0.01
ACGTcount: A:0.37, C:0.14, G:0.14, T:0.34
Consensus pattern (171 bp):
ATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCAAAGG
CATGGGTGACTATAAATTGACTTTTCTTGCCAATGGATACCTTTTTCTTCAAGTTTCTCGAGGTA
GACATTCAATTATAATCTGTTTTAATAAAAAAATATAAAAA
Found at i:627 original size:343 final size:343
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Indices: 1--629 Score: 841
Period size: 343 Copynumber: 1.8 Consensus size: 343
* **
1 ATTCAACTCAAAATCAATTACGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGCCTTTGAAAGG
1 ATTCAACTAAAAATCAATTACGAGATTATAAAACCATTTAAAGCAAGTAATAAGCCTTTGAAAGG
* * ** * *
66 TATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCAAGTTAATGGATATCTTTTTCTTCATGTTCCTCGAGGTA
66 CATGGATGACTATAAATGGACTTTTCAAGCCAATGGATATCTTTTTATTCAAGTTCCTCGAGGTA
* * * ** *********
131 GATATTCAATTATCATCTGTTTTAACTAAACATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCNNNNNNNNN
131 GACATTCAATTATAATCTGTTTTAACTAAAAAAATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAACTGTGAG
* * * * * *
196 NTTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCACAGGCATGGGTGATTGTAAATATACTTT
196 ATTATAAAACCACTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCATGGGTGACTATAAATAGACTTT
261 TCTTGCCAATGGATACCTTTTTCTTCACGTTTCTCCAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTA
261 TCTTGCCAATGGATACCTTTTTCTTCACGTTTCTCCAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTA
326 ATAAAAAAATATAAAATA
326 ATAAAAAAATATAAAATA
** * * *
344 ATTCAACTAAAAATCAATTATTAGATTATAAAACCGTTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTTAAAGG
1 ATTCAACTAAAAATCAATTACGAGATTATAAAACCATTTAAAGCAAGTAATAAGCCTTTGAAAGG
* ** * *
409 CATGGATGACTATAAATTGACTTTTCTTGCCAATGGATA-CTTTTATATTCAAGTTTCTTGAGGT
66 CATGGATGACTATAAATGGACTTTTCAAGCCAATGGATATCTTTT-TATTCAAGTTCCTCGAGGT
*
473 AGACATTCAATTATAAAT-TGTTTTAA-TAAAAAAATATAAAAAATTCAAGTTAAAATCAACTGT
130 AGACATTCAATTAT-AATCTGTTTTAACTAAAAAAATA-AAAAAATTCAACTTAAAATCAACTGT
*
536 GAGATTATAAAACCACTTAAAGCGAGTATTAAGGCTTTCAAAGGCATGGGTGACTATAAATAGAC
193 GAGATTATAAAACCACTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCATGGGTGACTATAAATAGAC
601 TTTTCTTGCCAATGGATACCTTTTTCTTC
258 TTTTCTTGCCAATGGATACCTTTTTCTTC
630 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 242, Mismatches: 41, Indels: 6
0.84 0.14 0.02
Matches are distributed among these distances:
342 12 0.05
343 228 0.94
344 2 0.01
ACGTcount: A:0.37, C:0.14, G:0.14, T:0.34
Consensus pattern (343 bp):
ATTCAACTAAAAATCAATTACGAGATTATAAAACCATTTAAAGCAAGTAATAAGCCTTTGAAAGG
CATGGATGACTATAAATGGACTTTTCAAGCCAATGGATATCTTTTTATTCAAGTTCCTCGAGGTA
GACATTCAATTATAATCTGTTTTAACTAAAAAAATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAACTGTGAG
ATTATAAAACCACTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCATGGGTGACTATAAATAGACTTT
TCTTGCCAATGGATACCTTTTTCTTCACGTTTCTCCAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTA
ATAAAAAAATATAAAATA
Found at i:1157 original size:172 final size:161
Alignment explanation
Indices: 892--1564 Score: 373
Period size: 172 Copynumber: 4.0 Consensus size: 161
882 TATGAGATTA
* * * *
892 TAAAACGATTTAAAGCGAATAATAAGGCTTTCGAAGGCATGGGTTACTATAAATGGATTTTTCTT
1 TAAAACCATTTAAAGCGAATAATAAGGCTTTCAAAGGCATGAGCTACTATAAATGGATTTTTCTT
* * * * * * **
957 GCCAATGGATATCTTTTTCTTCACGTTTCTAGAGTTAGACATTCAATTACAATCTATTTTAGTAA
66 ACCAATGAATATCTCTTTCTTCACGTTTCTAGAGGTAAACATTCAATCACAATCTATTTTAACAA
*
1022 AAAATGTAAAACAAATTCAACTTAAAATCAAT
131 AAAATATAAAA-AAATTCAACTTAAAATCAAT
** * *
1054 TNNNNNNNNNNAAAACCATTTAAAGCGGGTAATAAGGCTTTTAAATGCATGAGCTACTATAAATG
1 T----------AAAACCATTTAAAGCGAATAATAAGGCTTTCAAAGGCATGAGCTACTATAAAT-
* * * ** * *
1119 GGCTTTTT-TTATCAATGAATATCTCTTTCTTGACGTTTCTCTAGGTAAACATTTAATCATAATC
55 GGATTTTTCTTACCAATGAATATCTCTTTCTTCACGTTTCTAGAGGTAAACATTCAATCACAATC
* **
1183 TGTTTTAACAAAAAATATAAAAAAATTCAACCAAAAATCGAATATGAGAT
120 TATTTTAACAAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATC-------A-AT
* * * * **
1233 TATAAAGCCATTTAAAGC-AAGTGATGAGGCTTTCAAAGGCATG-GGTGACAATAAAT-GAACTT
1 TA-AAA-CCATTTAAAGCGAA-TAATAAGGCTTTCAAAGGCATGAGCT-ACTATAAATGGATTTT
* * * * * * *
1295 TCTTACCATTGGATATCT-TTCTCTTCACGTTTTTTGAGGTAAACATTCAATTACAATATGTTTT
62 TCTTACCAATGAATATCTCTT-TCTTCACGTTTCTAGAGGTAAACATTCAATCACAATCTATTTT
* * *
1359 AATAAAAAATATAAAAAAA-CCAAGTTAAAATCAGTTATGAGATT
126 AACAAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATC-------A-A-T
* * * *
1403 ATAAAACCATTTAACA-C-AAGTAATAAGGCTTTCGAAGG--TG-GGTGACTATAAATGTACTTT
1 -TAAAACCATTTAA-AGCGAA-TAATAAGGCTTTCAAAGGCATGAGCT-ACTATAAATGGATTTT
* * * * * * *
1463 TCTTGCCAATGGATATCT-TTCTCTGCACGTTTCTCA-AGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTT
62 TCTTACCAATGAATATCTCTT-TCTTCACGTTTCT-AGAGGTAAACATTCAATCACAATCTATTT
* ** *
1526 TAATAGCAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAAT
125 TAACAAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAAT
1563 TA
1 TA
1565 TGAGATTATA
Statistics
Matches: 403, Mismatches: 77, Indels: 65
0.74 0.14 0.12
Matches are distributed among these distances:
159 2 0.00
160 1 0.00
161 1 0.00
162 2 0.00
167 14 0.03
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169 61 0.15
170 76 0.19
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173 7 0.02
178 1 0.00
179 3 0.01
ACGTcount: A:0.38, C:0.14, G:0.13, T:0.34
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TAAAACCATTTAAAGCGAATAATAAGGCTTTCAAAGGCATGAGCTACTATAAATGGATTTTTCTT
ACCAATGAATATCTCTTTCTTCACGTTTCTAGAGGTAAACATTCAATCACAATCTATTTTAACAA
AAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAAT
Found at i:1569 original size:338 final size:343
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Indices: 844--1653 Score: 854
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834 NNNNNNNNNN
* * ** *
844 TTAACTAAAAATGTAAAAAAATTTAACTTAAAATTGATTATGAGATTATAAAACGATTTAAAGCG
1 TTAACAAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGC-
* * * ** *
909 AA-TAATAAGGCTTTCGAAGGCATGGGTTACTATAAATGGATTTTTCTTGCCAATGGATATCTTT
65 AAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCATGGGTGACAATAAATGGAACTTTCTTACCAATGGATATCTTT
* * * * * *
973 TTCTTCACGTTTCTAGAGTTAGACATTCAATTACAATCTATTTTAGTAAAAAATGTAAAACAAAT
130 CTCTTCACGTTTCTAGAGGTAAACATTCAATTACAATATATTTTAATAAAAAATATAAAACAAAT
* ********** ** *
1038 TCAACTTAAAATCAATTNNNNNNNNNNAAAACCATTTAAAGCGGGTAATAAGGCTTTTAAATGCA
195 CCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTCAAATGCA
* * * *
1103 TGAGCTACTATAAATGGGCTTTTTTTATCAATGAATATCTCTTTCTTGACGTTTCTCTAGGTAAA
260 TGAGCTACTATAAATGGACTTTTCTTACCAATGAATATCTCTTTCTTGACGTTTCTCAAGGTAAA
*
1168 CATTTAATCATAATCTGTT
325 CATTCAATCATAATCTGTT
* ** *
1187 TTAACAAAAAATATAAAAAAATTCAACCAAAAATCGAA-TATGAGATTATAAAGCCATTTAAAGC
1 TTAACAAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATC-AATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGC
* * *
1251 AAGTGATGAGGCTTTCAAAGGCATGGGTGACAATAAAT-GAACTTTCTTACCATTGGATATCTTT
65 AAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCATGGGTGACAATAAATGGAACTTTCTTACCAATGGATATCTTT
* * *
1315 CTCTTCACGTTTTTTGAGGTAAACATTCAATTACAATATGTTTTAATAAAAAATATAAAA-AAA-
130 CTCTTCACGTTTCTAGAGGTAAACATTCAATTACAATATATTTTAATAAAAAATATAAAACAAAT
* * *
1378 CCAAGTTAAAATCAGTTATGAGATTATAAAACCATTTAACA-CAAGTAATAAGGCTTTCGAA-G-
195 CCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAA-AGCAAGTAATAAGGCTTTCAAATGC
* * * * *
1440 GTG-GGTGACTATAAATGTACTTTTCTTGCCAATGGATA--TCTTTCTCTGCACGTTTCTCAAGG
259 ATGAGCT-ACTATAAATGGACTTTTCTTACCAATGAATATCTCTTTCT-TG-ACGTTTCTCAAGG
* *
1502 TAGACATTCAATTATAATCTGTT
321 TAAACATTCAATCATAATCTGTT
* ** * *
1525 TTAATAGCAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAATCATTTAAAGCC
1 TTAACAAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCA
* * * * * *
1590 AGTAATAAGGCTTTCAAAGGCTTCGGTGACTACAAATAGG--CTCTTCTTGCCAATGAATATCTT
66 AGTAATAAGGCTTTCAAAGGCATGGGTGACAATAAAT-GGAACT-TTCTTACCAATGGATATCTT
1653 T
129 T
1654 TTACTCGTTT
Statistics
Matches: 383, Mismatches: 74, Indels: 24
0.80 0.15 0.05
Matches are distributed among these distances:
336 7 0.02
337 6 0.02
338 145 0.38
339 19 0.05
340 43 0.11
341 4 0.01
342 75 0.20
343 83 0.22
344 1 0.00
ACGTcount: A:0.38, C:0.13, G:0.13, T:0.34
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TTAACAAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCA
AGTAATAAGGCTTTCAAAGGCATGGGTGACAATAAATGGAACTTTCTTACCAATGGATATCTTTC
TCTTCACGTTTCTAGAGGTAAACATTCAATTACAATATATTTTAATAAAAAATATAAAACAAATC
CAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTCAAATGCAT
GAGCTACTATAAATGGACTTTTCTTACCAATGAATATCTCTTTCTTGACGTTTCTCAAGGTAAAC
ATTCAATCATAATCTGTT
Found at i:1968 original size:171 final size:171
Alignment explanation
Indices: 1734--6730 Score: 2454
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1724 ACAGATAAAA
** * * * * * *
1734 ATCCATTGGTAAGAAAAGTCAATTTATAATCACTCATTCCTTCGAAAGCCTTATTATTCGCTTTA
1 ATCCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTA
* * * * *
1799 AATCTTTTTATTAGCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTATATTTTTTATTAAAAGAGAT
66 AATATTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTACATTTTTTATTAAAATAGAT
*
1864 TATAATTGAATGTCTACCTCGAGAAACCTGAAGAAAAAGAT
131 TATAATTGAATGTCTACCTCGAGAAACGTGAAGAAAAAGAT
* * * ** * *
1905 ATCCATTGACTAGAAAAGTCTATTTATTGTCACCCACACCAAT-AAAAGCCTTTTTACTCGCTTT
1 ATCCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCC-TTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTT
* * * * **
1969 AAATATTTTTATAAAT-TCATAATTGATTTTGAGTCAAAATTTTTTACATTTCTGGTTAAAATAG
65 AAATATTTTTAT-AATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTACATTTTTTATTAAAATAG
* * *
2033 ATAATAATTGAATGTCTGCCT-TAGGAAACGTGAAGAAAAAGAT
129 ATTATAATTGAATGTCTACCTCGA-GAAACGTGAAGAAAAAGAT
* * * *
2076 ATCCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATGCCTTCAAAACCCTTATTACTTGTTTTA
1 ATCCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTA
* * * * *
2141 AATGA-ATTTATAACCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTGTTTTATATTTTTTATTAAAAGAGA
66 AAT-ATTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTACATTTTTTATTAAAATAGA
* * *
2205 TTATAATTGAATGTGTACCTCAACAAACGTGAAGAAAAAGAT
130 TTATAATTGAATGTCTACCTCGAGAAACGTGAAGAAAAAGAT
* * * *
2247 ATACATTGGA-AATAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCGAAAGCATTATTACTCGCTTT
1 ATCCATT-GACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTT
* * * * *
2311 AAATGA-TTTCATAA-CGTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTGTTTTACGTTTTTTAGTAAAACA
65 AAAT-ATTTTTATAATC-TCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTACATTTTTTATTAAAATA
* * * *
2374 GATTATAATTGAATGTTTACCT-GAAGAAACATAAAGAAAAAAAT
128 GATTATAATTGAATGTCTACCTCG-AGAAACGTGAAGAAAAAGAT
** * * * * * *
2418 ATTTATTGGCAA-AAAAGTGCATTTATAGTCACCCACGCTTTCAAAAGCCTTTTTACTTGCTTTA
1 ATCCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTA
** * * ** *
2482 AACGTTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAG-TCAAGTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAG-T
66 AATATTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTACATTTTTTATTAAAATAGAT
* * * *
2545 TAATAATTAAATGTCTGCCT-TAGGAAACTTGAAGAAAAAGAT
131 T-ATAATTGAATGTCTACCTCGA-GAAACGTGAAGAAAAAGAT
* * * *
2587 ATCCATTGACAAGGAAAGTCCACTTATAGTCACTCATGCCTTAAAAAGCCTTATTACTCGCTTTA
1 ATCCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTA
** * *
2652 AATATTTTTATAATCTTGTAATT-ATTTTTAAGTTGAATTATTTT-CA-TTTTTAGTTAAAATAG
66 AATATTTTTATAATCTCATAATTGA-TTTTAAGTTAAATTTTTTTACATTTTTTA-TTAAAATAG
* * ****
2714 A-TATTAATTGAATGTATACCTCGAGAAACGTGACGAAAATNNN
129 ATTA-TAATTGAATGTCTACCTCGAGAAACGTGAAGAAAAAGAT
****************************** * * *
2757 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNCCACTCATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTTGCTTTA
1 ATCCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTA
* * * * *
2822 AATGA-TTTTATCA-CGTCACAATTGATTTTAAATCAAATGTTTTTAC-TATTTTTATTAAAATA
66 AAT-ATTTTTATAATC-TCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTACAT-TTTTTATTAAAATA
* * * * * *
2884 GATTATAATTGAATATGTACCTCTAGAAACTTGAAGAAAAAAAA
128 GATTATAATTGAATGTCTACCTCGAGAAACGTGAAGAAAAAGAT
* ** * * *
2928 ATCCATCGGTAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCTATGCCTTCAAAAGTCTTATTACTCGTTTTA
1 ATCCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTA
*
2993 AATGA-TTTTATAA-CGTCATAA-TGA-TTTAAGTTAAATTTTTTTACATTTTTTAGTAAACA-A
66 AAT-ATTTTTATAATC-TCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTACATTTTTTATTAAA-ATA
* * * * *
3053 -AATATAAATGAATGTGTACCTTGAGAAACGTGAAGAAAAAAAT
128 GATTATAATTGAATGTCTACCTCGAGAAACGTGAAGAAAAAGAT
* * ** ** * *
3096 ATTTC-TTGACAAGAAAAGTGCA-TT-TAGTCACTTACACCTTCAAAAGCTTTTTTACTCGCTTT
1 A-TCCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTT
* * * **
3158 AAACATTTTTATAATATCATAATTGATTTTAAATTAAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAATAGA
65 AAATATTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTACATTTTTTATTAAAATAGA
* * * * *
3223 TAATAATTGAATATCTACCTCAAGAAATGTGAAGAAAAAAAT
130 TTATAATTGAATGTCTACCTCGAGAAACGTGAAGAAAAAGAT
* * * * * * * *
3265 ATCCGTAGGCAAGAAAAGTCCTTTTATAATCACTCATGCCTTCAAAAACTTTATTACTCGCTTTA
1 ATCCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTA
* * * * ** * *
3330 AATATTTTTATAATCTTATAAATTGATTTTAAATTAAATTTTTTTATATTATTGGTTAAAACAGG
66 AATATTTTTATAATCTCAT-AATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTACATTTTTTATTAAAATAGA
* * * * **
3395 TGAAAAATGAATGT-TCGCCTC-AGGAAATATGAAGAAAAAGAT
130 TTATAATTGAATGTCT-ACCTCGA-GAAACGTGAAGAAAAAGAT
** * * ** * ** * * * *
3437 ATTTATTGATAAGAAAAATATATTTATAATCACCCACACCTGCAAAAGACTTTTTACTCACTTTA
1 ATCCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTA
* ************
3502 AATATTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTCAAATNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
66 AATATTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAAT---------------TTTTTTACATTT
*************************************** * *
3567 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNAATGTAAAGAAAAAGAT
116 TTTATTAAAATAGATTATAATTGAATGTCTACCTCGAGAAACGTGAAGAAAAAGAT
* * * * *
3623 ATCCATTGACAAGAAAAGTCTATTTATAGCCACCCATTCCTTCGAAAGCCTTATTATTCGCTTTA
1 ATCCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTA
* * * ** *
3688 AATCTTTTTATAAGCTCATAATTGATTTTAAGTCAAATTGATTTATA-TTTTTAGTTAAAATAGA
66 AATATTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTACATTTTTTA-TTAAAATAGA
* * * *
3752 TAATAATTGAATGTCTGCCT-TAGGAAACGTGAAAAAAAAGAT
130 TTATAATTGAATGTCTACCTCGA-GAAACGTGAAGAAAAAGAT
* * ** ** * * *
3794 ATCCATT-AGCAAGAAAAGTCTATTTATTGTCACCCACACCGGCAAAAGTCTTTTTATTCGCTTT
1 ATCCATTGA-CAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTT
* * * * * * *
3858 ACATGTTTTTATAAACTCATAATTGATTTTAAGTCAAATGTTTTTACATTTTTGATTAAAAATCG
65 AAATATTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTACATTTTTTATT-AAAATAG
* * * **
3923 ATAATAATTGAATGTCTGCCTC-ATAAAATATGAAGAAAAAGAT
129 ATTATAATTGAATGTCTACCTCGA-GAAACGTGAAGAAAAAGAT
* * * * * * **
3966 ATCCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTGTAGTCACTCACGCCTTCAAAAACGTTATTACTNNNNNNN
1 ATCCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCAAAAGCCTTATTACT-----CG
*****************************************************************
4031 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
61 CTTTAAATATTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTACATTTTTTATTAAAA
**********************************************
4096 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
126 TAGATTATAATTGAATGTCTACCTCGAGAAACGTGAAGAAAAAGAT
********************************************************
4142 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNCTCGCTTTA
1 ATCCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTA
* * * *
4207 AATATTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTCAAATTTTTTTACA-TTTTTGTTAAAACATAT
66 AATATTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTACATTTTTTATTAAAATAGAT
* * *
4271 TATAATGGAATGTCTACCTCAAGAAACCTGAAGAAAAAGAT
131 TATAATTGAATGTCTACCTCGAGAAACGTGAAGAAAAAGAT
* * * * *
4312 ATCCATTGACAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACACATACCTTCAAAAGCCATATTACTCTCTTTA
1 ATCCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTA
* * *
4377 AATGA-TTTTATAACCTCATAATTGATTTTAAGATAAATTTTTTTATATTTTTTATTAAAATAGA
66 AAT-ATTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTACATTTTTTATTAAAATAGA
* * * *
4441 TTATAATTGAATATGTACCACGAGAAATGTGAAGAAAAAGAT
130 TTATAATTGAATGTCTACCTCGAGAAACGTGAAGAAAAAGAT
** * * * * *
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* *
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* * *
4611 ATTATAATTAAATGTGTACCTCGAGAAACCTGAAGAAAAAGAT
129 ATTATAATTGAATGTCTACCTCGAGAAACGTGAAGAAAAAGAT
** * * *
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1 ATCCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTA
* *
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* * *
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* * * ** *
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* * * * *
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** *
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* * **
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* * * * * * *
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* * * * * ** * *
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* * * ** *
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** * * * * ** * ** * * *
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* * * * * * *
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* * * * *
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* * * * * *
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* *** * *
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1 ATCCATT-GACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTT
* * * * * * *
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65 AAATATTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTACATTTTTTA-TTAAAATAG
* * ** * ** * * *
6146 ATAACAATTGAACATTTTTCTCAAGAAACATGAAGAAAATGAT
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* * * *
6254 AATATTTTTATAATCCCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTATATTTTTTGTTAAAACAGAT
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* * * * *
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131 TATAATTGAATGTCTACCTCGAGAAA-CGTGAAGAAAAAGAT
* * ** * * *
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** *
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* *
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** * * * * * * *
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* * ********** *
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* * *
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129 ATTATAATTGAATGTCTACCTCGAGAAACGTGAAGAAAAAGAT
**
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1 ATCCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGT
6731 NNNNNNNNNN
Statistics
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TATAATTGAATGTCTACCTCGAGAAACGTGAAGAAAAAGAT
Found at i:2384 original size:342 final size:340
Alignment explanation
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* *
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* *
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* *
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* * ** * *
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* * * * * *
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* * **
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* * * * *
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* * * *
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* * * * * * * *
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* * *
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* * *
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* * * * * * *
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* * * * * ** * *
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* * * * * * * *
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* * * * *
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* * * * * * * * **
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* * *
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321 AGAAAAAAATATTCATTGAC
* ** * * * * * * **
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1 AAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCACGCCTTCAAAAGCCTTATTACTTGCTTTAAATGA-TTTT
*********************
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65 ATAATCTCATAATTGATTTTAAGTCAAAT---------------TGTTTTATATTTTTTATTAAA
****************************** * *
3576 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNAATGTAAAGAAAAAGATATCCATT-GACAAGAAAA
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* * * * * *
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* ** * * *
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*
3769 CCTTAGGAAACGTGAA-AAAAAAGATATCCATT-AGC
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* * * * ** * * * *
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* * * *
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65 ATAATCTCATAATTGATTTTAAGTCAAATTG-TTTTATATTTTTTATTAAAAGA--GATTATAAT
* ** * *
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* * * * *****************************
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191 TCACCCATGCCTTCAAAAGCCTTATTACT-------CGCTTTAAATATTTTTATAACTCATAATT
*****************************************************************
4060 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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***************************
4125 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
314 AACGTGAAGAAAAAAATATTCATTGAC
********************************************** *
4152 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNCTCGCTTTAAAT-ATTTTT
1 AAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCACGCCTTCAAAAGCCTTATTACTTGCTTTAAATGA-TTTT
* * * * * *
4216 ATAATCTCATAATTGATTTTAAGTCAAATTTTTTTACA-TTTTTGTTAAAACATATTATAATGGA
65 ATAATCTCATAATTGATTTTAAGTCAAATTGTTTTATATTTTTTATTAAAAGAGATTATAATTGA
* *
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* * * *
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* * * * *
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* * *
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318 TGAAGAAAAAAATATTCATTGAC
* * * * *
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1 AAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTC-ACGCCTTCAAAAGCCTTATTACTTGCTTTAAATGATTTT
* * * * *
4557 ATTA-CGTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTACATTTTTTATTAAAAGAGATTATAATTA
65 ATAATC-TCATAATTGATTTTAAGTCAAATTGTTTTATATTTTTTATTAAAAGAGATTATAATTG
* * * * *
4621 AATGTGTACCTCGAGAAACCTGAAGAAAAAGATA-CCATTGGTAAGAAAAGTCCGTTTATAGTCA
129 AATGTCTACCTCAAGAAACGTGAAGAAAAAGATATCCATTGGAAAGAAAAGTCCATTTATAGTCA
* *
4685 CCCATACCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGA-TTTTATAACGTCATAATTGATTTTAA
194 CCCATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAAT-ATTTTTATAAC-TCATAATTGATTTTAA
* * *
4749 GTTAAATTTTTTTACATTTTTTAG-TAAAACAGATTATAATTGAATTTCTACCAT-GAGAAGCGT
257 GTTAAATTTTTTTAC-TTTTTTAGTTAAAACAGATTATAATTGAATGT-TACCTTAG-GAAACGT
* * * *
4812 GAGGAAAAAGATATCCATTGGC
319 GAAGAAAAAAATATTCATTGAC
* **
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1 AAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTC-A-CGCCTTCAAAAGCCTTATTACT-TGCTTTAAATGATT
* * * * * *
4896 TTATCATATCATAATTGATTTTAAATCGAATTTTTTTACTA-TTTTTATTAAAACAGATTATAAT
63 TTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTCAAATTGTTTTA-TATTTTTTATTAAAAGAGATTATAAT
* * * * *
4960 TGAATGTGTAACTCGAA-AAACGTAAAGCAAAAGATATCCATTGGTAAGAAAAGTCCATTTATAG
127 TGAATGTCTACCTC-AAGAAACGTGAAGAAAAAGATATCCATTGGAAAGAAAAGTCCATTTATAG
* *
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191 TCACCCATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAAT-ATTTTTATAAC-TCATAATTGATTT
* *
5088 TAAGTTAAA-TTTTTTACATTTTTTAG-TAAAACAGATTATAATTGAATGTGTATCTTAAGAAAC
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* *
5151 GTGAAGAAAAAGATATTTATTGAC
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* ** * * * *
5175 AAGAAAAGTGCATTTGCAGTCACCCACGCCTTCAAAAGCCTTTTTACTCGCTTTAAACT-TTTTT
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* * * * * * *
5239 GTAATCTCATAATTGATTTTAAATTAATTTTTTTTATATTTTTTATTAAAATAGATAATAATTGA
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* * ** * * * * * * *
5304 ATATCTAGCTCGGGAAACATGAA-AAGAAAAATATTC-GTAGATAAGAAAAGTCCTTTTGTAGTC
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* *
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* * * * * * * * * **
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319 GAAGAAAAAA-ATATTCATTGAC
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*** * * * *
6052 CATGCCTTCAAAAATGTTATTTCTCACTTTAAATGTTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAATT
196 CATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATATTTTTATAA-CTCATAATTGATTTTAAGTT
* * * * * * * * ** * * *
6117 GAATTGTTTTACGTTGTTAGTTAAGATAGATAACAATTGAACAT-TTTTCTCAAGAAACATGAAG
260 AAATTTTTTTACTTTTTTAGTTAAAACAGATTATAATTG-A-ATGTTACCTTAGGAAACGTGAAG
** *
6181 AAAATGATATTCATTGGC
323 AAAAAAATATTCATTGAC
* * * * * * * * *
6199 AAAAAAAATCTATTTATAGTTACCCACACCTGCAAAAGCCTTTTTACTCGCTTTAAAT-ATTTTT
1 AAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCACGCCTTCAAAAGCCTTATTACTTGCTTTAAATGA-TTTT
* * * * * *
6263 ATAATCCCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTATATTTTTTGTTAAAACAGATTATAATGGA
65 ATAATCTCATAATTGATTTTAAGTCAAATTGTTTTATATTTTTTATTAAAAGAGATTATAATTGA
* * * * *
6328 ATGTCTGCCTCAAGAAATC-TGAAAAAAAATATATTCATT-GACAAGAAAAGTCTATTTATAGTC
130 ATGTCTACCTCAAGAAA-CGTGAAGAAAAAGATATCCATTGGA-AAGAAAAGTCCATTTATAGTC
** * * * ** *
6391 ACATATACCTTCGAAAGCCATATTACTCGCTTTAAA-AGATTTATAACATAATAATTGATTTTAA
193 ACCCATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATATTTTTATAAC-TCATAATTGATTTTAA
* * *
6455 GTTAAATTTTTTTACATTTTTTA-TTAAAATAGATTATAATTGAATGTGTACC-TCGAGAAACAT
257 GTTAAATTTTTTTAC-TTTTTTAGTTAAAACAGATTATAATTGAATGT-TACCTTAG-GAAACGT
* * *
6518 GAAGAAAAAGATATTTATTGCC
319 GAAGAAAAAAATATTCATTGAC
* * * ** * *
6540 AAGAAATGTCCATTGATAGCCAC-CAATACCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGATTTT
1 AAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTC-ACGCCTTCAAAAGCCTTATTACTTGCTTTAAATGATTTT
* * * *********
6604 GTCA-CGTCATAATTGATTTTAAGTTAAATT-TTNNNNNNNNNNTTATTAAAAGAGATTATAATT
65 ATAATC-TCATAATTGATTTTAAGTCAAATTGTT-TTATATTTTTTATTAAAAGAGATTATAATT
* * * * *
6667 GAATTTGTACCTCGAGAAACTTGAAGAAAAAGATATCCATTGGTAAGAAAAGTCCATTTATAGT
128 GAATGTCTACCTCAAGAAACGTGAAGAAAAAGATATCCATTGGAAAGAAAAGTCCATTTATAGT
6731 NNNNNNNNNN
Statistics
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0.71 0.23 0.07
Matches are distributed among these distances:
336 2 0.00
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ACGTcount: A:0.35, C:0.13, G:0.11, T:0.35
Consensus pattern (340 bp):
AAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCACGCCTTCAAAAGCCTTATTACTTGCTTTAAATGATTTTA
TAATCTCATAATTGATTTTAAGTCAAATTGTTTTATATTTTTTATTAAAAGAGATTATAATTGAA
TGTCTACCTCAAGAAACGTGAAGAAAAAGATATCCATTGGAAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACC
CATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATATTTTTATAACTCATAATTGATTTTAAGTTA
AATTTTTTTACTTTTTTAGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTTACCTTAGGAAACGTGAAGAAA
AAAATATTCATTGAC
Found at i:4821 original size:341 final size:339
Alignment explanation
Indices: 4198--6730 Score: 2469
Period size: 341 Copynumber: 7.4 Consensus size: 339
4188 NNNNNNNNNN
*
4198 CTCGCTTTAAATATTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTCAAATTTTTTTACA-TTTTTGTT
1 CTCGCTTTAAATA-TTTTATAA-CTCATAATTGATTTTAAGTCAAATTTTTTTACATTTTTTATT
* * * **
4262 AAAACATATTATAATGGAATGTCTACCTCAAGAAACCTGAAGAAAAAGATATCCATTGACAAGAA
64 AAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTCGAGAAACCTGAAGAAAAAGATATCCATTGGTAAGAA
* * * * * *
4327 AAGTCTATTTATAGTCACACATACCTTCAAAAGCCATATTACTCTCTTTAAATGATTTTATAACC
129 AAGTCCATTTATAGTCACCCATACCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGATTTTATAACG
* * * * * *
4392 TCATAATTGATTTTAAGATAAATTTTTTTATATTTTTTATTAAAATAGATTATAATTGAATATGT
194 TCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTACATTTTTTAGTAAAACAGATTATAATTGAATGTCT
* * * * **
4457 ACCACGAGAAATGTGAAGAAAAAGATATTTATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGCCACCAATGC
259 ACC-TGAGAAACGTGAAGAAAAAGATATTTATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCACAC
* * *
4522 CTTTAAAAGGCTTATTA
323 CTTCAAAAGCCTTTTTA
* *
4539 CTCGCTTTAAATGATTTTATTACGTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTACATTTTTTATT
1 CTCGCTTTAAAT-ATTTTATAAC-TCATAATTGATTTTAAGTCAAATTTTTTTACATTTTTTATT
* * *
4604 AAAAGAGATTATAATTAAATGTGTACCTCGAGAAACCTGAAGAAAAAGATA-CCATTGGTAAGAA
64 AAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTCGAGAAACCTGAAGAAAAAGATATCCATTGGTAAGAA
*
4668 AAGTCCGTTTATAGTCACCCATACCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGATTTTATAACG
129 AAGTCCATTTATAGTCACCCATACCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGATTTTATAACG
*
4733 TCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTACATTTTTTAGTAAAACAGATTATAATTGAATTTCT
194 TCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTACATTTTTTAGTAAAACAGATTATAATTGAATGTCT
* * ** * *
4798 ACCATGAGAAGCGTGAGGAAAAAGATATCCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGCCACCTATC-
259 ACC-TGAGAAACGTGAAGAAAAAGATATTTATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCA-CA
* ** *
4862 GCTTCGGAAGCCTTATTA
322 CCTTCAAAAGCCTTTTTA
* * *
4880 CTCTCTTTAAATGATTTTATCATA-TCATAATTGATTTTAAATCGAATTTTTTTAC-TATTTTTA
1 CTCGCTTTAAAT-ATTTTAT-A-ACTCATAATTGATTTTAAGTCAAATTTTTTTACAT-TTTTTA
* * * * * *
4943 TTAAAACAGATTATAATTGAATGTGTAACTCGAAAAACGTAAAGCAAAAGATATCCATTGGTAAG
62 TTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTCGAGAAACCTGAAGAAAAAGATATCCATTGGTAAG
*
5008 AAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGATTTTATAA
127 AAAAGTCCATTTATAGTCACCCATACCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGATTTTATAA
*
5073 CGTCATAATTAATTTTAAGTTAAA-TTTTTTACATTTTTTAGTAAAACAGATTATAATTGAATGT
192 CGTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTACATTTTTTAGTAAAACAGATTATAATTGAATGT
* * * * * **
5137 GTATCTTAAGAAACGTGAAGAAAAAGATATTTATTGACAAGAAAAGTGCATTTGCAGTCACCCAC
257 CTA-CCTGAGAAACGTGAAGAAAAAGATATTTATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCAC
*
5202 GCCTTCAAAAGCCTTTTTA
321 ACCTTCAAAAGCCTTTTTA
* * * * * *
5221 CTCGCTTTAAACTTTTTTGTAATCTCATAATTGATTTTAAATTAATTTTTTTTATATTTTTTATT
1 CTCGCTTTAAA-TATTTTATAA-CTCATAATTGATTTTAAGTCAAATTTTTTTACATTTTTTATT
* * * * * * * * * * *
5286 AAAATAGATAATAATTGAATATCTAGCTCGGGAAACATGAA-AAGAAAAATATTCGTAGATAAGA
64 AAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTCGAGAAACCTGAAGAA-AAAGATATCCATTGGTAAGA
* * * * *
5350 AAAGTCCTTTTGTAGTCACCCATGCCTTCAAAAACCTTATTACTCGCTTTAAAT-ATTTTTATAA
128 AAAGTCCATTTATAGTCACCCATACCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGA-TTTTATAA
* * * * * * * * *
5414 TC-TTATAAATTGATTTTAAATCAAATTTTTTTATA-TTATTGGTTAAAACACATGATAAATGAA
192 -CGTCAT-AATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTACATTTTTTAG-TAAAACAGATTATAATTGAA
* * ** * ** * *
5477 TGT-TCGCCTCAGGAAATATGAAAAAAAAGATATTTATTGATAAGAAAAGTGCATTTATAATCAC
254 TGTCT-ACCTGA-GAAACGTGAAGAAAAAGATATTTATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCAC
* * **
5541 CTACACCTGCAAAAAACTTTTTA
317 CCACACCTTCAAAAGCCTTTTTA
* * * * * * *
5564 CTTGTTTTAAATATTTTTATAATTTCATAATTAATTTTAAGTCAAATTTTATTACGTTTTTGATT
1 CTCGCTTTAAATA-TTTTATAA-CTCATAATTGATTTTAAGTCAAATTTTTTTACATTTTTTATT
* * * * * *
5629 AAAACAGATGATAATTGAATGTCTTCTTTGAAAAACGTGAAGAAAAAGATATCCATTGGTAAGAA
64 AAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTCGAGAAACCTGAAGAAAAAGATATCCATTGGTAAGAA
* * * * * * **
5694 AAGTCAATTTATAGCCACCAATTCCTTCGAAAGCCTTATTATTCACTTTAAATCTTTTTATAA-G
129 AAGTCCATTTATAGTCACCCATACCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGATTTTATAACG
* * *
5758 CTCATAATTGATTTTAAGTCAAA-TTTTTTACA-TTTTTGGTTAAAACAGATAATAATTGAATGT
194 -TCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTACATTTTTTAG-TAAAACAGATTATAATTGAATGT
* * ** * ** *
5821 CTGCCTTAGAAAACGTGAA-AAAATAGATATCCATTGCCAAGAAAAGTGAATTTATTGTCACCCA
257 CTACCTGAG-AAACGTGAAGAAAA-AGATATTTATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCA
**
5885 CACCAGCAAAAGCCTTTTTA
320 CACCTTCAAAAGCCTTTTTA
* * * * *
5905 CTCGCTTTACATGTTTTTATAAACTCATAATTGATTTTAAGTCAAATTGTTTTACATTTCTGATT
1 CTCGCTTTAAAT-ATTTTAT-AACTCATAATTGATTTTAAGTCAAATTTTTTTACATTTTTTATT
* * * * * ** * *
5970 AAAATAGATAATAATTGAATGTCTGCCTCAAAAAATGTGAA-AAAAAAATATCCATTGG-AAAAA
64 AAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTCGAGAAACCTGAAGAAAAAGATATCCATTGGTAAGAA
* * * *** * * *
6033 AAGTCCATTTATAGTTACCCATGCCTTCAAAAATGTTATTTCTCACTTTAAATGTTTTTATAATC
129 AAGTCCATTTATAGTCACCCATACCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGATTTTATAA-C
* * * * * * * * * **
6098 -TCATAATTGATTTTAAATTGAATTGTTTTAC-GTTGTTAGTTAAGATAGATAACAATTGAACAT
193 GTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTACATTTTTTAG-TAAAACAGATTATAATTGAATGT
* ** * * * * * * * *
6161 TTTTCTCAAGAAACATGAAGAAAATGATATTCATTGGCAAAAAAAATCTATTTATAGTTACCCAC
257 CTACCT-GAGAAACGTGAAGAAAAAGATATTTATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCAC
*
6226 ACCTGCAAAAGCCTTTTTA
321 ACCTTCAAAAGCCTTTTTA
* * * *
6245 CTCGCTTTAAATATTTTTATAATCCCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTATATTTTTTGTT
1 CTCGCTTTAAATA-TTTTATAA-CTCATAATTGATTTTAAGTCAAATTTTTTTACATTTTTTATT
* * * * * * * **
6310 AAAACAGATTATAATGGAATGTCTGCCTCAAGAAATCTGAAAAAAAATATATTCATTGACAAGAA
64 AAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTCGAGAAACCTGAAGAAAAAGATATCCATTGGTAAGAA
* ** * * *
6375 AAGTCTATTTATAGTCACATATACCTTCGAAAGCCATATTACTCGCTTTAAAAGA-TTTATAACA
129 AAGTCCATTTATAGTCACCCATACCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGATTTTATAACG
* * * *
6439 TAATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTACATTTTTTATTAAAATAGATTATAATTGAATGTGT
194 TCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTACATTTTTTAGTAAAACAGATTATAATTGAATGTCT
* * * * * * *
6504 ACCTCGAGAAACATGAAGAAAAAGATATTTATTGCCAAGAAATGTCCATTGATAGCCACCAATAC
259 ACCT-GAGAAACGTGAAGAAAAAGATATTTATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCACAC
* *
6569 CTTCGAAAGCCTTATTA
323 CTTCAAAAGCCTTTTTA
* * * **********
6586 CTCGCTTTAAATGATTTTGTCACGTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTNNNNNNNNNNTTATT
1 CTCGCTTTAAAT-ATTTTATAAC-TCATAATTGATTTTAAGTCAAATTTTTTTACATTTTTTATT
* * * *
6651 AAAAGAGATTATAATTGAATTTGTACCTCGAGAAACTTGAAGAAAAAGATATCCATTGGTAAGAA
64 AAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTCGAGAAACCTGAAGAAAAAGATATCCATTGGTAAGAA
6716 AAGTCCATTTATAGT
129 AAGTCCATTTATAGT
6731 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 1817, Mismatches: 329, Indels: 92
0.81 0.15 0.04
Matches are distributed among these distances:
339 77 0.04
340 209 0.12
341 1036 0.57
342 250 0.14
343 243 0.13
344 2 0.00
ACGTcount: A:0.37, C:0.13, G:0.12, T:0.37
Consensus pattern (339 bp):
CTCGCTTTAAATATTTTATAACTCATAATTGATTTTAAGTCAAATTTTTTTACATTTTTTATTAA
AACAGATTATAATTGAATGTCTACCTCGAGAAACCTGAAGAAAAAGATATCCATTGGTAAGAAAA
GTCCATTTATAGTCACCCATACCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGATTTTATAACGTC
ATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTACATTTTTTAGTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTAC
CTGAGAAACGTGAAGAAAAAGATATTTATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCACACCTT
CAAAAGCCTTTTTA
Found at i:15523 original size:171 final size:171
Alignment explanation
Indices: 15126--16364 Score: 889
Period size: 171 Copynumber: 7.2 Consensus size: 171
15116 NNNNNNNNNN
* * * * *
15126 TTTAAAGCGAGTAAAAAGGTTTTTGCAAGTG--TGGGTGATTATAAATGGACTTTTCTTACCAAT
1 TTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCG-AAG-GAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTACCTAT
* * * * * *
15189 -AAGTATCTTTCTCTTCATGTTTC-CTGAGGTAGACATTCAATTATCATCTGTTTTAACCAATAA
64 GGA-TATCTTTTTCTTCACGTTTCTC-GAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACAAAAAA
* * * *
15252 TA-AAAAAAAATTTAATTTAAAATTAATTTATAAGATTATAAAAACA
127 TATAAAAACAA-TTAACTTAAAATCAA-TTATGAGATTATAAAAACA
* * * * * * *
15298 TTTAAAGCGAGTAATAAGGTTTTTGGAGGTATGGGTGACTATAAAAGGACTTTTCTTGCCTACGG
1 TTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTACCTATGG
* * * *
15363 ATAACTTTTTCTTCACGTTTCTCGAGGTAGATATTCAATTATTATCTATTTTAACAAAAAATATA
66 ATATCTTTTTCTTCACGTTTCTCGAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACAAAAAATATA
* *
15428 AAAACAATTAATTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAAACG
131 AAAACAATTAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAAACA
* ********* *
15469 TTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAANNNNNNNNNNG-CTATAAATGGACTTTTCTTACCAATG
1 TTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAA-GGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTACCTATG
* * * * * * * * * *
15533 AATATCTTTTTCTTCACATTTCTTGCGGCAGACATTCCATTATAATCCGTTTTAATAGAAAATGT
65 GATATCTTTTTCTTCACGTTTCTCGAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACAAAAAATAT
* * * *
15598 --AAACAATTTGACTTAAAATCAATAATGAGATTCTAAAAATA
130 AAAAACAA-TTAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAAACA
* * * *
15639 TTTAAAACGAGTAATAAGGATTTCGAAGGCATGGGTGACTATAAATGGAGTTTTCTTA-CTAATG
1 TTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTACCT-ATG
* * * *
15703 GATATCTTTTTCTTCACGTTTCTCGAGATACACATTCAATTATAATCTCTTTT-ACTAAAAAATG
65 GATATCTTTTTCTTCACGTTTCTCGAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAAC-AAAAAATA
********** * **
15767 TAAAANNNNNNNNNNTAAAATCAATTATGACG-TGATAAAATTA
129 TAAAAACAATTAACTTAAAATCAATTATGA-GATTATAAAAACA
* * * * *
15810 TTTTAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATTGGT-AGCTATAAATGGACTTTTCTTATCAATG
1 TTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGAATGGGTGA-CTATAAATGGACTTTTCTTACCTATG
* * * **
15874 GATATCTTTTTTTTCACGTTTCTCAAGGTACACATTCAATTATAATCTGTTTTAGTAAAAAATAT
65 GATATCTTTTTCTTCACGTTTCTCGAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACAAAAAATAT
* * *
15939 AAAAA-AATTGTACTTAAAATCAATTATGAGGTTATAAAATCA
130 AAAAACAATT-AACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAAACA
********* * * *
15981 TTTAAAGCGAGTNNNNNNNNNNTT-GAAGGTATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTT-GCTAAT
1 TTTAAAGCGAGT-AATAAGGCTTTCGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTACCT-AT
* * * * * * * * *
16044 GGATAACTTTTTCTTTACGTTTCTTGAGGCAGACATTCCATTATAATCTATTTTAGCTAAAAATG
64 GGATATCTTTTTCTTCACGTTTCTCGAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACAAAAAATA
* *
16109 TAAAAA-AATTTGACTTAAAAT-TATTAATGAGATTATAAAAACA
129 TAAAAACAA-TTAACTTAAAATCAATT-ATGAGATTATAAAAACA
* * ** * * * *
16152 TTTAAAGCGAGTAAAAAGGCTTT-TACAGGTGTGGGTGACTATAAATAGACTTTTTTTGCCAATG
1 TTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGA-AGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTACCTATG
********** * * ** * * * * *
16216 NNNNNNNNNNTCTTCATGTTTCTTGAGACAGACATTCAATTATTATCTATTTTAACCAACAATGT
65 GATATCTTTTTCTTCACGTTTCTCGAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACAAAAAATAT
* *
16281 -AAAACAATTGAATTTAAAATCAATTATGATG-TTATAAAATCA
130 AAAAACAATT-AACTTAAAATCAATTATGA-GATTATAAAAACA
* *
16323 TTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGTATGGGTGACTAT
1 TTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGAATGGGTGACTAT
16365 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 845, Mismatches: 192, Indels: 61
0.77 0.17 0.06
Matches are distributed among these distances:
169 9 0.01
170 141 0.17
171 553 0.65
172 133 0.16
173 9 0.01
ACGTcount: A:0.36, C:0.11, G:0.14, T:0.36
Consensus pattern (171 bp):
TTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTACCTATGG
ATATCTTTTTCTTCACGTTTCTCGAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACAAAAAATATA
AAAACAATTAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAAACA
Found at i:16353 original size:342 final size:339
Alignment explanation
Indices: 15126--16364 Score: 1082
Period size: 342 Copynumber: 3.6 Consensus size: 339
15116 NNNNNNNNNN
* * *
15126 TTTAAAGCGAGTAAAAAGGTTTTTGCAAGTG--TGGGTGATTATAAATGGACTTTTCTTACCAAT
1 TTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTT--AAG-GCATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTACCAAT
* * * * * *
15189 -AAGTATCTTTCTCTTCATGTTTCCTGAGGTAGACATTCAATTATCATCTGTTTTAACCAATAAT
63 GAA-TATCTTTTTCTTCACGTTTCTTGAGGCAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAAT
* * * * * * *
15253 AAAAAAAAATTTAATTTAAAATTAATTTATAAGATTATAAAAACATTTAAAGCGAGTAATAAGGT
127 ATAAAAAAATTGAACTTAAAATCAA-TTATGAGATTATAAAATCATTTAAAGCGAGTAATAAGGA
* * * *
15318 TTTTGGAGGTATGGGTGACTATAAAAGGACTTTTCTTGCCT-ACGGATAACTTTTTCTTCACGTT
191 TTTCGAAGGTATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTG-CTAATGGATAACTTTTTCTTCACGTT
* * * * *
15382 TCTCGAGGTAGATATTCAATTATTATCTATTTTAACAAAAAATATAAAAACAATTAATTTAAAAT
255 TCTCGAGGTAGACATTCAATTATAATCTATTTT-ACTAAAAATGTAAAAA-AATTAACTTAAAAT
*
15447 CAATTATGAGATTATAAAAACG
318 CAATTATGAGATTATAAAAACA
*********
15469 TTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAANNNNNNNNNNG-CTATAAATGGACTTTTCTTACCAATG
1 TTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTT-AA-GGCATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTACCAATG
* * * * * *
15533 AATATCTTTTTCTTCACATTTCTTGCGGCAGACATTCCATTATAATCCGTTTTAA-TAGAAAATG
64 AATATCTTTTTCTTCACGTTTCTTGAGGCAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCA-AAAATA
* * * * *
15597 TAAACAATTTG-ACTTAAAATCAATAATGAGATTCTAAAAAT-ATTTAAAACGAGTAATAAGGAT
128 TAAAAAAATTGAACTTAAAATCAATTATGAGATTAT-AAAATCATTTAAAGCGAGTAATAAGGAT
* * * *
15660 TTCGAAGGCATGGGTGACTATAAATGGAGTTTTCTTACTAATGGATATCTTTTTCTTCACGTTTC
192 TTCGAAGGTATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCTAATGGATAACTTTTTCTTCACGTTTC
* * * *********
15725 TCGAGATACACATTCAATTATAATCTCTTTTACTAAAAAATGTAAAANNNNNNNNNNTAAAATCA
257 TCGAGGTAGACATTCAATTATAATCTATTTTACT-AAAAATGTAAAA-AAATTAACTTAAAATCA
* **
15790 ATTATGACG-TGATAAAATTA
320 ATTATGA-GATTATAAAAACA
* * * *
15810 TTTTAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATTGGT-AGCTATAAATGGACTTTTCTTATCAATG
1 TTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTT-TAAGGCATGGGTGA-CTATAAATGGACTTTTCTTACCAATG
* * ** * * ***
15874 GATATCTTTTTTTTCACGTTTCTCAAGGTACACATTCAATTATAATCTGTTTTAGTAAAAAATAT
64 AATATCTTTTTCTTCACGTTTCTTGAGGCAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATAT
* * *********
15939 AAAAAAATTGTACTTAAAATCAATTATGAGGTTATAAAATCATTTAAAGCGAGTNNNNNNNNNNT
129 AAAAAAATTGAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAATCATTTAAAGCGAGT-AATAAGGATT
* *
16004 T-GAAGGTATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCTAATGGATAACTTTTTCTTTACGTTTCT
193 TCGAAGGTATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCTAATGGATAACTTTTTCTTCACGTTTCT
* * * * *
16068 TGAGGCAGACATTCCATTATAATCTATTTTAGCTAAAAATGTAAAAAAATTTGACTTAAAAT-TA
258 CGAGGTAGACATTCAATTATAATCTATTTTA-CTAAAAATGTAAAAAAA-TTAACTTAAAATCAA
16132 TTAATGAGATTATAAAAACA
321 TT-ATGAGATTATAAAAACA
* ** * * * *
16152 TTTAAAGCGAGTAAAAAGGCTTTTACAGGTGTGGGTGACTATAAATAGACTTTTTTTGCCAATGN
1 TTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTA-AGGCATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTACCAATGA
********* * * * * * *
16217 NNNNNNNNNTCTTCATGTTTCTTGAGACAGACATTCAATTATTATCTATTTTAACCAACAATGTA
65 ATATCTTTTTCTTCACGTTTCTTGAGGCAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATATA
* * * *
16282 AAACAATTGAATTTAAAATCAATTATGATG-TTATAAAATCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTT
130 AAAAAATTGAACTTAAAATCAATTATGA-GATTATAAAATCATTTAAAGCGAGTAATAAGGATTT
16346 CGAAGGTATGGGTGACTAT
194 CGAAGGTATGGGTGACTAT
16365 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 695, Mismatches: 176, Indels: 51
0.75 0.19 0.06
Matches are distributed among these distances:
340 4 0.01
341 261 0.38
342 320 0.46
343 107 0.15
344 3 0.00
ACGTcount: A:0.36, C:0.11, G:0.14, T:0.36
Consensus pattern (339 bp):
TTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTAAGGCATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTACCAATGAA
TATCTTTTTCTTCACGTTTCTTGAGGCAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATATAA
AAAAATTGAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAATCATTTAAAGCGAGTAATAAGGATTTCG
AAGGTATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCTAATGGATAACTTTTTCTTCACGTTTCTCGA
GGTAGACATTCAATTATAATCTATTTTACTAAAAATGTAAAAAAATTAACTTAAAATCAATTATG
AGATTATAAAAACA
Found at i:17200 original size:174 final size:171
Alignment explanation
Indices: 16986--17304 Score: 444
Period size: 174 Copynumber: 1.8 Consensus size: 171
16976 AGGCGTGGGT
** * *
16986 GACTATAAATGCAATTTTCTTGTCAATAAATATCTTTTTCTTCATGTTTCTCGAGGTTCACATAC
1 GACTATAAATGCAATTTTCTTACCAATAAATATCTTTTTCTTCATGTTTCTCCAGGTACACATAC
* *
17051 AATTATAATCTGTTTTACTTAAAAAT-GTAAAAAAATTTAACTTAAAATCAATTATGACGTTTAG
66 AATTATAATCTGTTTTA--AAAAAATAGTAAAAAAATTTAACTTAAAATCAATTATGACG-TGA-
17115 TAAAA-CATTTAAACGCGAGGTTTATAAGGCTTATTGAGTATATGG
127 TAAAATCATTTAAA-GCGAGGTTTATAAGGCTTATTGAGTATATGG
* * ** *
17160 GACTATAAATGGACTTTTCTTACCAATGGATATCTTTTTCTTCATGTTTCTCCAGGTACACATTC
1 GACTATAAATGCAATTTTCTTACCAATAAATATCTTTTTCTTCATGTTTCTCCAGGTACACATAC
** * *
17225 AATTATAATCTGTTTTAAAAAAATAGTAAAAACTTTTAATTTAAAATCAATTATGATGTGATAAA
66 AATTATAATCTGTTTTAAAAAAATAGTAAAAAAATTTAACTTAAAATCAATTATGACGTGATAAA
17290 ATCATTTAAAGCGAG
131 ATCATTTAAAGCGAG
17305 TAATAAGGCN
Statistics
Matches: 128, Mismatches: 15, Indels: 7
0.85 0.10 0.05
Matches are distributed among these distances:
171 10 0.08
172 16 0.12
173 29 0.23
174 73 0.57
ACGTcount: A:0.37, C:0.13, G:0.12, T:0.39
Consensus pattern (171 bp):
GACTATAAATGCAATTTTCTTACCAATAAATATCTTTTTCTTCATGTTTCTCCAGGTACACATAC
AATTATAATCTGTTTTAAAAAAATAGTAAAAAAATTTAACTTAAAATCAATTATGACGTGATAAA
ATCATTTAAAGCGAGGTTTATAAGGCTTATTGAGTATATGG
Found at i:17829 original size:340 final size:335
Alignment explanation
Indices: 16892--17855 Score: 834
Period size: 340 Copynumber: 2.8 Consensus size: 335
16882 TTATTATCCA
* * *
16892 TTTTAATCAAAAATGTAAAAAGGTTTGACTTAAAATTAATTATGAGATTATAAGAACGTTTAAAG
1 TTTTAA-CAAAAATGTAAAAA-GTTTGACTTAAAATCAATTAT-AGATTATAAAAACATTTAAAG
* * *
16957 CGAGTAAAAAGGCTTTTGAAGGCGTGGGTGACTATAAATGCAATTTTCTTGTCAATAAATATCTT
63 CGAGT-AAAAGGCTTTGGAAGACGTGGGTGACTATAAATGCACTTTTCTTG-CAATAAATATCTT
* * * * *
17022 TTTCTTCATGTTTCTCGAGGTTCACATACAATTATAATCTGTTTTACTTAAAAATGTAAAAAAAT
126 TTTCTTCATGTTTCTCAAGGTACACATTCAATTATAATCTGTTTTACTAAAAAAT-AAAAAAAAT
* *
17087 TTAACTTAAAATCAATTATGACGTTTAGTAAAA-CATTTAAACGCGAGGTTTATAAGGCTTATTG
190 TTAACTTAAAAT-AATTATGACGATTA-TAAAATCATTTAAA-GCGA-G--TATAAGGCTT-TCG
* * * * *
17151 -A-GTATATGG-GACTATAAATGGACTTTTCTTACCAATGGATATCTTTTTCTTCATGTTTCTCC
248 AAGGTAT-GGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTACCAACGGATAACTTTTTCTTCAAGTTTCTCA
*
17213 AGGTACACATTCAATTATAATCTG
312 AGGCACACATTCAATTATAATCTG
* * * *
17237 TTTTAA-AAAAATAGTAAAAACTTTTAATTTAAAATCAATTAT-GATGTGATAAAATCATTTAAA
1 TTTTAACAAAAAT-GTAAAAA-GTTTGACTTAAAATCAATTATAGAT-T-ATAAAAACATTTAAA
*********** * * **
17300 GCGAGTAATAAGGCNNNNNNNNNNATGGGTGGCTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGGATATCT
62 GCGAGTAA-AAGGCTTTGGAAGACGTGGGTGACTATAAATGCACTTTTCTTG-CAATAAATATC-
* * * * * * ****
17365 TTTTTTTTCATGTTTCTCAAGGTAGACATTCAATTATTATCTATTTTAATCAAAAATAAAANNNN
124 TTTTTCTTCATGTTTCTCAAGGTACACATTCAATTATAATCTGTTTTACTAAAAAATAAAAAAAA
****** * *
17430 NNNNNNTTAAAAATAATTACGA-GATTATAAAAAT-ATTTAAAGCGAGTATAAGACTTTCGAAGG
189 TTTAACTT-AAAATAATTATGACGATTAT-AAAATCATTTAAAGCGAGTATAAGGCTTTCGAAGG
* * * **
17493 CATGGGTGACTTTAAGTGGACTTTTCTTGTCAACGGATAACTTTTTCTTCAAGTTTC-CTAAGGC
252 TATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTACCAACGGATAACTTTTTCTTCAAGTTTCTC-AAGGC
* **********
17557 AGACANNNNNNNNNNATCTG
316 ACACATTCAATTATAATCTG
* * *
17577 TTTTAACCAAAAATGTAAACAA-TTCGACTTAAAATCAATTATAAGATTATAAAAACTTTTAAAC
1 TTTTAA-CAAAAATGTAAA-AAGTTTGACTTAAAATCAATTAT-AGATTATAAAAACATTTAAAG
* * ** *
17641 CGAGTAAACAGGCTTTGGAAGATGTGGGTGACCATAAATATACTTTTCTTGCAAATAAATATCAT
63 CGAGTAAA-AGGCTTTGGAAGACGTGGGTGACTATAAATGCACTTTTCTTGC-AATAAATATCTT
*
17706 TTTCTTCATGTTTCTCAAGGTACACATTGAATTATAATCTGTTTTACTAAAAAATAAAAAAAATT
126 TTTCTTCATGTTTCTCAAGGTACACATTCAATTATAATCTGTTTTACTAAAAAATAAAAAAAATT
*
17771 TAACTTAAAATGAATTATGACG-TTATAAAATCATTTAAAGCCAGTAATAAGGCTTTCGAAGGTA
191 TAACTTAAAAT-AATTATGACGATTATAAAATCATTTAAAGCGAGT-ATAAGGCTTTCGAAGGTA
17835 TGGGTGACTATAAATGGACTT
254 TGGGTGACTATAAATGGACTT
17856 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 478, Mismatches: 118, Indels: 51
0.74 0.18 0.08
Matches are distributed among these distances:
338 12 0.03
339 93 0.19
340 172 0.36
341 7 0.01
342 19 0.04
343 24 0.05
344 92 0.19
345 59 0.12
ACGTcount: A:0.36, C:0.12, G:0.14, T:0.35
Consensus pattern (335 bp):
TTTTAACAAAAATGTAAAAAGTTTGACTTAAAATCAATTATAGATTATAAAAACATTTAAAGCGA
GTAAAAGGCTTTGGAAGACGTGGGTGACTATAAATGCACTTTTCTTGCAATAAATATCTTTTTCT
TCATGTTTCTCAAGGTACACATTCAATTATAATCTGTTTTACTAAAAAATAAAAAAAATTTAACT
TAAAATAATTATGACGATTATAAAATCATTTAAAGCGAGTATAAGGCTTTCGAAGGTATGGGTGA
CTATAAATGGACTTTTCTTACCAACGGATAACTTTTTCTTCAAGTTTCTCAAGGCACACATTCAA
TTATAATCTG
Found at i:19552 original size:171 final size:171
Alignment explanation
Indices: 19263--19607 Score: 442
Period size: 171 Copynumber: 2.0 Consensus size: 171
19253 NNNNNNNNNN
* * * *
19263 TTTTCTTGCCAATAAATATTTTTTTCTTTATGTTTCTCGAGGTTCACAGTCAATTGTAATATGTT
1 TTTTCTTGCCAATAAATATTTTTTTCTTCACGTTTCTCGAGGTTCACAGTCAATTATAATATGTA
**********
19328 TTACTTAAAAATGTAAAAAAATTTAACTTAAAATCANNNNNNNNNNTATAAAATCATTTAAAACG
66 TTACTTAAAAATGTAAAAAAATTTAACTTAAAATCAAATTATGACGTATAAAATCATTTAAAACG
19393 AGTAATAAGGCTTCCGAAGGTATCGGTGACTATAAATGGAC
131 AGTAATAAGGCTTCCGAAGGTATCGGTGACTATAAATGGAC
* * * *
19434 TTTTCTTGTCAATAAATATCTTTTTT-TTCACGTTTCTTGAGGTTCACATTCAATTATAATCTGT
1 TTTTCTTGCCAATAAATAT-TTTTTTCTTCACGTTTCTCGAGGTTCACAGTCAATTATAATATGT
* * *
19498 ATTACTTAAAAATGTAAAAAAATTTAATTTAAAATC-AATTATGACGTGATAAAATTATTTAAAG
65 ATTACTTAAAAATGTAAAAAAATTTAACTTAAAATCAAATTATGACGT-ATAAAATCATTTAAAA
** *
19562 CGAGTAATAAGGCTTTGGAAGGTATGGGTGACTATAAATGGAC
129 CGAGTAATAAGGCTTCCGAAGGTATCGGTGACTATAAATGGAC
19605 TTT
1 TTT
19608 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 148, Mismatches: 24, Indels: 4
0.84 0.14 0.02
Matches are distributed among these distances:
170 1 0.01
171 141 0.95
172 6 0.04
ACGTcount: A:0.35, C:0.11, G:0.13, T:0.38
Consensus pattern (171 bp):
TTTTCTTGCCAATAAATATTTTTTTCTTCACGTTTCTCGAGGTTCACAGTCAATTATAATATGTA
TTACTTAAAAATGTAAAAAAATTTAACTTAAAATCAAATTATGACGTATAAAATCATTTAAAACG
AGTAATAAGGCTTCCGAAGGTATCGGTGACTATAAATGGAC
Found at i:21149 original size:170 final size:169
Alignment explanation
Indices: 20436--21533 Score: 1039
Period size: 170 Copynumber: 6.4 Consensus size: 169
20426 NACTCATACT
* * *
20436 CACCCATGCCTTCGAAAGCCTAATTATTCGCTTTAAAT-ATTTTTATTATC-TCATAATTATTTT
1 CACCCATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGA-TTTTA-TAACGTCATAATTA-TTT
* * * * * * * *
20499 TAAGATGAACTATTTT-CATTTTTGATTAAAATAGATAATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACG
63 TAAG-TTAAATTTTTTATATTTTTTATTAAAACAGATAATAATTGAATGTCTACCTCGAGAAACT
* *
20563 TGAAGAAAAAGATATCCATTGATAAGAAAAGTCCATTTATAGC
127 TGAAGAAAAAGATATCCATTGGTAAGAAAAGTCTATTTATAGC
*
20606 CACCCATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGATTTTATCACGTCATAATTGATTTTG
1 CACCCATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGATTTTATAACGTCATAATT-ATTTT-
* * ** * * *
20671 AA-TTGAAGTTTTTTGCTA-TTTTTATTAAAACAGATTGTAATTGAATGTGTATCTCGAGAAACA
64 AAGTT-AAATTTTTT-ATATTTTTTATTAAAACAGATAATAATTGAATGTCTACCTCGAGAAACT
*
20734 TGAAGAAAAAAGATATCCATTGGTAAGAAAAGT-TCATTTATAGT
127 TGAAG-AAAAAGATATCCATTGGTAAGAAAAGTCT-ATTTATAGC
* ** * * *
20778 CACCGACACCTTCGAAAGCCTTATTACTTGCTTTAAATGATTTTATAAACGTCATAACTGACTTT
1 CACCCATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGATTTTAT-AACGTCATAA-TTATTTT
* * * * * * * ** *
20843 AAGTTACATTTTTTTACATTTTTAAGTAAAATAGATTATAATTAAATGTGAACTTCGAGAAA-TA
64 AAGTTA-AATTTTTTATATTTTTTATTAAAACAGATAATAATTGAATGTCTACCTCGAGAAACT-
* ** ** *
20907 TGAAGAAAAACATATTTATTGACAAGAAAAGTGC-ATTTATAGT
127 TGAAGAAAAAGATATCCATTGGTAAGAAAAGT-CTATTTATAGC
* * *
20950 CACCCGA-GCCTTCAAAAGCCTTTTTACTCGCTTTAAATGTTTTTATAATC-TCATAATTGATTT
1 CACCC-ATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGATTTTATAA-CGTCATAATT-ATTT
* *
21013 TAAGTCAAATTTTTTATATTTTTTATTAAAACAGATAATAATTGAATGTCTACCTC-AGGCAACT
63 TAAGTTAAATTTTTTATATTTTTTATTAAAACAGATAATAATTGAATGTCTACCTCGA-GAAACT
* * * * *
21077 TGAA-AAAGAAGTTATCTATTGGCAATAAAAGTCTACTTATAGC
127 TGAAGAAA-AAGATATCCATTGGTAAGAAAAGTCTATTTATAGC
* * *
21120 CACCCATACTTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAAT-ATTTTTATAATC-TCGTAATTATTTT
1 CACCCATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGA-TTTTATAA-CGTCATAATTA-TTT
* * * *
21183 TAAGTTGAATTATTTT-TATTTTTGATTAAAATAGATAATAATTGAATGTCTACCTCGAGAAACG
63 TAAGTTAAATT-TTTTATATTTTTTATTAAAACAGATAATAATTGAATGTCTACCTCGAGAAACT
* *
21247 TGAAGAAAAAGATATCTATTTGTAAGAAAAGTCTATTTATAGC
127 TGAAGAAAAAGATATCCATTGGTAAGAAAAGTCTATTTATAGC
* * * * *
21290 CACTCATGCCTTCGAAAGCCGTATTACTCGCTTTAAATGATTTTATCACGTCATAATCCATTTGG
1 CACCCATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGATTTTATAACGTCATAAT-TATTT-T
** * *
21355 AA-TCGAATTTTTTCACTA-TTTTTATTAAAACAGATTACAATTGAATG-CGTACCTCGAGAAA-
64 AAGTTAAATTTTTT-A-TATTTTTTATTAAAACAGATAATAATTGAATGTC-TACCTCGAGAAAC
* * *
21416 TATGAA-AAATAAAATATCCATTGGTAAGAAAAGTTTATTTATAGT
126 T-TGAAGAAA-AAGATATCCATTGGTAAGAAAAGTCTATTTATAGC
* * * * **
21461 TACTCATACTTTTAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGATTTTATAACGTCATAATTAGTTTTA
1 CACCCATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGATTTTATAACGTCATAATTA-TTTTA
21526 AGTTAAAT
65 AGTTAAAT
21534 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 769, Mismatches: 117, Indels: 83
0.79 0.12 0.09
Matches are distributed among these distances:
169 15 0.02
170 333 0.43
171 204 0.27
172 153 0.20
173 63 0.08
174 1 0.00
ACGTcount: A:0.36, C:0.14, G:0.12, T:0.38
Consensus pattern (169 bp):
CACCCATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGATTTTATAACGTCATAATTATTTTAA
GTTAAATTTTTTATATTTTTTATTAAAACAGATAATAATTGAATGTCTACCTCGAGAAACTTGAA
GAAAAAGATATCCATTGGTAAGAAAAGTCTATTTATAGC
Found at i:22462 original size:171 final size:171
Alignment explanation
Indices: 22053--22546 Score: 510
Period size: 171 Copynumber: 2.9 Consensus size: 171
22043 NNNNNNNNNN
* * * * * *
22053 TTGATTTTAAGTTAAATTGT-TTTACATTTTTTACTCAAATAGATTATAATTGAAAGTGTACCTT
1 TTGATTTTAAGTTAAATT-TATTTACATTTTCTAGTAAAACAGATTATAATTGAATGTGTACCTC
* *** *
22117 GAG-AACTGTGCGGAAAAAGATATCAATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGCCA-CTAATGCCTT
65 GAGAAAC-ATGAAAAAAAAGATATCAATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCT-ATGCCTT
* *
22180 TGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAAAAATTTTATCACGCCATAA
128 CGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAAAAATTTTATAACGCCATAA
* * *
22224 TTGATTTTAAGTTAACTTTATTTACATTTTCTAGTAAAAGAGATTATAATTGAATGTGTATCTCG
1 TTGATTTTAAGTTAAATTTATTTACATTTTCTAGTAAAACAGATTATAATTGAATGTGTACCTCG
* * *
22289 AGAAACATGAAAAAAAAGATATCCATTGGTAAGAAAAGTCCATTTATAATCACCTATGCCTTCGA
66 AGAAACATGAAAAAAAAGATATCAATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCTATGCCTTCGA
* ** *
22354 AAGCCTTATTACTCACTTTAAATTATTTTATAACGTCATAA
131 AAGCCTTATTACTCGCTTTAAAAAATTTTATAACGCCATAA
* * **********
22395 TTGATTTTAAGTTAAATGTT-TTTATATTTTTTAGTAAAACANNNNNNNNNNGAATGTGTACCTC
1 TTGATTTTAAGTTAAAT-TTATTTACATTTTCTAGTAAAACAGATTATAATTGAATGTGTACCTC
* ** ** * * * *
22459 GAGAAACATGAAGAAAAATTTATTTATTGGCAAGAAAAGTGCATTTATGGTCACCCATGCCTTCA
65 GAGAAACATGAAAAAAAAGATATCAATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCTATGCCTTCG
* *
22524 AAAGCCTTTTTCCTCGCTTTAAA
130 AAAGCCTTATTACTCGCTTTAAA
22547 CGTTTTTATA
Statistics
Matches: 268, Mismatches: 51, Indels: 8
0.82 0.16 0.02
Matches are distributed among these distances:
170 1 0.00
171 260 0.97
172 7 0.03
ACGTcount: A:0.35, C:0.14, G:0.13, T:0.36
Consensus pattern (171 bp):
TTGATTTTAAGTTAAATTTATTTACATTTTCTAGTAAAACAGATTATAATTGAATGTGTACCTCG
AGAAACATGAAAAAAAAGATATCAATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCTATGCCTTCGA
AAGCCTTATTACTCGCTTTAAAAAATTTTATAACGCCATAA
Found at i:24056 original size:171 final size:172
Alignment explanation
Indices: 23741--24066 Score: 402
Period size: 171 Copynumber: 1.9 Consensus size: 172
23731 GAATTATTTT
* * * *
23741 TATTTTTGATTAAAATAGATAATAAATGAATGTCTACCTTGAGAAACGTGAAGAAAAAGATATTC
1 TATTTTTGATTAAAACAGATAATAAATGAATGTCTACCTTGAGAAACATGAAAAAAAAGATATCC
* * * * ***********
23806 ATTGGCAAGCAAAGTCCATTTATAGCCACCCATGCCTTCGAAAGCCTTATTACNNNNNNNNNNTG
66 ATTGGCAAGAAAACTCCATTTATAGCCACCCATACATTCGAAAGCCTTATTAATCACTTTAAATG
*
23871 ATTTTATCACGTCATAATCGATTTTGAATCGAATTTTTTTAC
131 ATTTTATAACGTCATAATCGATTTTGAATCGAATTTTTTTAC
* * * *
23913 TATTTTT-ATTCAAACAGATTATAATTGAATGTGTACCTTGAGAAACATGAAAAAAAAGATATCC
1 TATTTTTGATTAAAACAGATAATAAATGAATGTCTACCTTGAGAAACATGAAAAAAAAGATATCC
* *
23977 ATTGGTAAGAAAACTCCATTTATAGTCACCCATACATTCGAAAGCCTTATTAATCACTTTAAATG
66 ATTGGCAAGAAAACTCCATTTATAGCCACCCATACATTCGAAAGCCTTATTAATCACTTTAAATG
*
24042 ATTTTATAACGTCATAATTGATTTT
131 ATTTTATAACGTCATAATCGATTTT
24067 AAGTTNNNNN
Statistics
Matches: 127, Mismatches: 27, Indels: 1
0.82 0.17 0.01
Matches are distributed among these distances:
171 120 0.94
172 7 0.06
ACGTcount: A:0.36, C:0.15, G:0.12, T:0.34
Consensus pattern (172 bp):
TATTTTTGATTAAAACAGATAATAAATGAATGTCTACCTTGAGAAACATGAAAAAAAAGATATCC
ATTGGCAAGAAAACTCCATTTATAGCCACCCATACATTCGAAAGCCTTATTAATCACTTTAAATG
ATTTTATAACGTCATAATCGATTTTGAATCGAATTTTTTTAC
Found at i:27734 original size:171 final size:171
Alignment explanation
Indices: 27486--27873 Score: 451
Period size: 171 Copynumber: 2.3 Consensus size: 171
27476 TGTGAAAGTT
* * * * *
27486 TTATTACTCGCTTTAAGTGATTTTATAA-CGTCATAATTCATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATT
1 TTATTACTCGCTTTAAATGATTTTATAATC-TCATAATTAATTTTAAATTGAATTGTTTTACATT
* * * * *
27550 TATGGTTAAAACAGAGT-ATAATTGAATGTGTACCT-TGAGAAACATGAAGAAAAAAATATCCAT
65 TATAGTTAAAACAGA-TAACAATTGAATGTCTACCTCT-AGAAACAAGAAGAAAAAAACATCCAT
* * *
27613 TGGCAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACCCATAACTTCAAAAGCC
128 TGGCAAAAAAAGTCTATTTATAGTCACCCACAACTACAAAAGCC
* * *
27657 TTATTACTCACTTTAAATGCTTTTATAATCTCATAATTAATTTTAAATTGAATTGTTTTACGTTG
1 TTATTACTCGCTTTAAATGATTTTATAATCTCATAATTAATTTTAAATTGAATTGTTTTACATT-
** * *
27722 T-TAGTTAAAACAGATAACAATTGAATGTCTGTCTCTAGAAACAAGAAGAAAAAGACATTCATTG
65 TATAGTTAAAACAGATAACAATTGAATGTCTACCTCTAGAAACAAGAAGAAAAAAACATCCATTG
* * * *
27786 TCAAAAAAAGTCTATTTATAGTCACCTACACCTACAAAATCC
130 GCAAAAAAAGTCTATTTATAGTCACCCACAACTACAAAAGCC
* * * * *
27828 TTTTTATTCGCTTTAAATGTTTTTATAATCTCATTATTGATTTTAA
1 TTATTACTCGCTTTAAATGATTTTATAATCTCATAATTAATTTTAA
27874 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 183, Mismatches: 30, Indels: 8
0.83 0.14 0.04
Matches are distributed among these distances:
170 1 0.01
171 179 0.98
172 3 0.02
ACGTcount: A:0.37, C:0.13, G:0.11, T:0.39
Consensus pattern (171 bp):
TTATTACTCGCTTTAAATGATTTTATAATCTCATAATTAATTTTAAATTGAATTGTTTTACATTT
ATAGTTAAAACAGATAACAATTGAATGTCTACCTCTAGAAACAAGAAGAAAAAAACATCCATTGG
CAAAAAAAGTCTATTTATAGTCACCCACAACTACAAAAGCC
Found at i:28334 original size:170 final size:162
Alignment explanation
Indices: 28047--28415 Score: 357
Period size: 170 Copynumber: 2.2 Consensus size: 162
28037 TTTTTCTACT
* * * *
28047 ATTTTTATTAAAACAGATTATAATTGAATGTGTACCTCTAGAAAGATGAAGAAAAAGATATCCAT
1 ATTTTTAGTAAAACAGATTATAATTGAAAGTGAACCTCGAGAAAGATGAAGAAAAAGATATCCAT
* * **
28112 TGGTAAGAAAAGTCCATTTATAGTTACCCATACCTTNNNNNNNNNNATTACTCGCTTTAAATGAT
66 TGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATACCTT--------TTATTACTCGCTTTAAATGAT
* *
28177 TTTATCACGTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTGTTAA
123 TTTATAACATCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTGTTAA
* **
28217 ATTTTTAAGTAAAGCAGATTATAATTGAAAGTGAACCTCGAGAAACG-TGAAGAAAAAGATATTT
1 ATTTTT-AGTAAAACAGATTATAATTGAAAGTGAACCTCGAGAAA-GATGAAGAAAAAGATATCC
**
28281 ATTGGCAAG-AAAGTCCATTTATAGTCACCCATACCNNNNNNNNNNTTATTACTCGCTTTAAATG
64 ATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATACC--------TTTTATTACTCGCTTTAAATG
* *
28345 ATTTTATAACATCATAATTGATTTTAAGTTAAA-CTTGTTTAC
121 ATTTTATAACATCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTG-TTAA
* * *
28387 ATTTTTGGTTAAAATAGATAATAATTGAA
1 ATTTTTAG-TAAAACAGATTATAATTGAA
28416 TGTCTGCCTT
Statistics
Matches: 166, Mismatches: 21, Indels: 24
0.79 0.10 0.11
Matches are distributed among these distances:
169 4 0.02
170 105 0.63
171 56 0.34
172 1 0.01
ACGTcount: A:0.36, C:0.11, G:0.12, T:0.35
Consensus pattern (162 bp):
ATTTTTAGTAAAACAGATTATAATTGAAAGTGAACCTCGAGAAAGATGAAGAAAAAGATATCCAT
TGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATACCTTTTATTACTCGCTTTAAATGATTTTATAAC
ATCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTGTTAA
Found at i:28442 original size:170 final size:161
Alignment explanation
Indices: 28158--28488 Score: 301
Period size: 170 Copynumber: 2.0 Consensus size: 161
28148 NNNNNNNNNN
* * *
28158 ATTACTCGCTTTAAATGATTTTATCACGTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTGTTAAATTTTT
1 ATTACTCGCTTTAAATGATTTTATAACATCATAATTGATTTTAAGTTAAATTGTGTTAAATTTTT
* * * * ** *
28223 AAGTAAAGCAGATTATAATTGAAAGTGAACCTCGAGAAACGTGAAGAAAAAGATATTTATTGGCA
66 AAGTAAAACAGATAATAATTGAAAGTCAACCTAGAGAAACGTGAAGAAAAAGATATCCATTAGCA
* *
28288 AG-AAAGTCCATTTATAGTCACCCATACCNNNNNNNNNNTT
131 AGAAAAGTCCACTCATAGTCACCCATACC----------TT
*
28328 ATTACTCGCTTTAAATGATTTTATAACATCATAATTGATTTTAAGTTAAACTTGT-TTACATTTT
1 ATTACTCGCTTTAAATGATTTTATAACATCATAATTGATTTTAAGTTAAA-TTGTGTTAAATTTT
* * * ** * * * *
28392 T-GGTTAAAATAGATAATAATTGAATGTCTGCCTTAG-GAAACTTTAAGAAAATGTTATCCATTA
65 TAAG-TAAAACAGATAATAATTGAAAGTCAACC-TAGAGAAACGTGAAGAAAAAGATATCCATTA
* *
28455 GCAAGAAAAGTCGACTCATAGTCACCCATGCCTT
128 GCAAGAAAAGTCCACTCATAGTCACCCATACCTT
28489 TGAAAGCCTT
Statistics
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Matches are distributed among these distances:
161 2 0.02
169 1 0.01
170 103 0.77
171 27 0.20
ACGTcount: A:0.35, C:0.13, G:0.13, T:0.35
Consensus pattern (161 bp):
ATTACTCGCTTTAAATGATTTTATAACATCATAATTGATTTTAAGTTAAATTGTGTTAAATTTTT
AAGTAAAACAGATAATAATTGAAAGTCAACCTAGAGAAACGTGAAGAAAAAGATATCCATTAGCA
AGAAAAGTCCACTCATAGTCACCCATACCTT
Found at i:28559 original size:171 final size:161
Alignment explanation
Indices: 28366--28676 Score: 290
Period size: 171 Copynumber: 1.9 Consensus size: 161
28356 TCATAATTGA
** * *
28366 TTTTAAGTTAAACTTGTTTACATTTTTGGTTAAAATAGATAATAATTGAATGTCTGCCT-TAGGA
1 TTTTAAGTTAAACTTGTTTACATTTTTGACTAAAATAGATAATAATTGAATGTCTACCTCAAGG-
* * * * *
28430 AACTTT-AAGAAAATGTTATCCATTA-GCAAGAAAAGTCGACTCATAGTCACCCATGCCTTTGAA
65 AA-TTTAAAGAAAAAGATATCCA-TAGGCAAGAAAAGTCCACTCATAGCCACCCATGCCTTCGAA
28493 AGCCTTATTACTCNNNNNNNNNNTTTTTATAATCTCGTAATTAT
128 AGCCTTATTACTC----------TTTTTATAATCTCGTAATTAT
* * * * *
28537 TTTTAAGTTGAATA-TT-TTTACATTTTTTACTCAAATAGATTATAATTGAATGTGTATCTCAAG
1 TTTTAAGTT-AA-ACTTGTTTACATTTTTGACTAAAATAGATAATAATTGAATGTCTACCTCAAG
* * * *
28600 GAATTTAAAGAAAAAGATATCCATAGGTAAGAAAAGTCCATTTATAGCCACCCATTCCTTCGAAA
64 GAATTTAAAGAAAAAGATATCCATAGGCAAGAAAAGTCCACTCATAGCCACCCATGCCTTCGAAA
28665 GCCTTATTACTC
129 GCCTTATTACTC
28677 GCTTTAAAAG
Statistics
Matches: 117, Mismatches: 18, Indels: 10
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Matches are distributed among these distances:
170 5 0.04
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173 1 0.01
ACGTcount: A:0.34, C:0.14, G:0.12, T:0.36
Consensus pattern (161 bp):
TTTTAAGTTAAACTTGTTTACATTTTTGACTAAAATAGATAATAATTGAATGTCTACCTCAAGGA
ATTTAAAGAAAAAGATATCCATAGGCAAGAAAAGTCCACTCATAGCCACCCATGCCTTCGAAAGC
CTTATTACTCTTTTTATAATCTCGTAATTAT
Found at i:37415 original size:171 final size:170
Alignment explanation
Indices: 37112--37521 Score: 493
Period size: 171 Copynumber: 2.4 Consensus size: 170
37102 NNNNNNNNNN
* * * *
37112 TGAAGAAAAAGATATTCATTAGA-AAAAAAAGTCTATTTATAGTCACCCACACCTACAAAAGCCT
1 TGAAGAAAAAGATATCCATT-GATAAAAAAAGTCCATTTATAGTCA-CCATACCTTCAAAAGCCT
* * * ********** *
37176 TTTTACTCGCTTTAAATATTTTTATAATCTCATTATTAATTTTNNNNNNNNNNTTTTTACCTTTT
64 TATTACTCGCTTTAAATATTTTTATAACCTCATAATTAATTTTAAGTTAATTTTTTTTACCATTT
*
37241 TTACTCAAACAGATTATAATTGAATTTGTACCTCAAGAAACG
129 TTACTCAAACAGATTATAATTGAATTTATACCTCAAGAAACG
*
37283 TGAAGAAAAAGATATCCATTGATAAAAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATACCTTCAAAAGGCTT
1 TGAAGAAAAAGATATCCATTGATAAAAAAAGTCCATTTATAGTCAC-CATACCTTCAAAAGCCTT
* *
37348 ATTACTCG-TTATAAATGA-TTTTATAACCTCATAATTGATTTTAAGTTAATTTTTTTTATCATT
65 ATTACTCGCTT-TAAAT-ATTTTTATAACCTCATAATTAATTTTAAGTTAATTTTTTTTACCATT
*
37411 TTTACTCAAACAGATTATAATTGAATTTATACCTCGAGAAACG
128 TTTACTCAAACAGATTATAATTGAATTTATACCTCAAGAAACG
* * * * *
37454 TGAAAAAAAAGATGTCCATTGATAAGAAAAGTCCATTTATAGCCACCAATACCTTCGAAAGCCTT
1 TGAAGAAAAAGATATCCATTGATAAAAAAAGTCCATTTATAGTCACC-ATACCTTCAAAAGCCTT
37519 ATT
65 ATT
37522 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 205, Mismatches: 29, Indels: 10
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Matches are distributed among these distances:
170 6 0.03
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Consensus pattern (170 bp):
TGAAGAAAAAGATATCCATTGATAAAAAAAGTCCATTTATAGTCACCATACCTTCAAAAGCCTTA
TTACTCGCTTTAAATATTTTTATAACCTCATAATTAATTTTAAGTTAATTTTTTTTACCATTTTT
ACTCAAACAGATTATAATTGAATTTATACCTCAAGAAACG
Found at i:41180 original size:171 final size:162
Alignment explanation
Indices: 41003--41462 Score: 429
Period size: 170 Copynumber: 2.7 Consensus size: 162
40993 NNNNNNNATC
* * * *
41003 TCGAGAAACGTGAAGAAAAAGATATCCATAGGTAAGAAAAGTCCATTTATACCCACCCATGCCAT
1 TCGAGAAACGTGAAGAAAAAGATATCCATTGGTAAGAAAAGTCCATTTATAACCACCCACGCCTT
* * *
41068 CGAAAGCCTTGTTACTCGCTTTAAAAGATTTTATCACGTCATAATTGCTTTTAANNNNNNNNNNT
66 CGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAAAGATTTTATCACGTCATAATTGATTTTAA---------TT
*
41133 TTACATTTTTTAGTAAAAGAGATTATAATTGAATATGTATA
122 TTACATTTTTTAGTAAAACAGATTATAATTGAATATGTATA
* * *
41174 TCGAGAAACATGAAGAAAAAGATATCCATTGGTAAGAAATGTCCATTTATAATCACCCACGCCTT
1 TCGAGAAACGTGAAGAAAAAGATATCCATTGGTAAGAAAAGTCCATTTATAACCACCCACGCCTT
* * * *
41239 CGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGATTTTATAACGTCAT-TTTGATTTTANNNNNNNNNNTT
66 CGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAAAGATTTTATCACGTCATAATTGATTTTA---------ATT
* * *
41303 TTATATTTTTTAGTAAAACAGATTATAATTGAATGTGTATT
122 TTACATTTTTTAGTAAAACAGATTATAATTGAATATGTATA
* * * * ** ** * **
41344 TGGAGAAGCGTGAAGAACAAGATGTTTATTGACAAGAAAAGTGCATTTATGGCCACCCACGCCTT
1 TCGAGAAACGTGAAGAAAAAGATATCCATTGGTAAGAAAAGTCCATTTATAACCACCCACGCCTT
* * * * *
41409 CAAAAACCTTTTTACTCGCTTTAAACGTTTTTATCATC-TCATAATTGATTTTAA
66 CGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAAAGATTTTATCA-CGTCATAATTGATTTTAA
41463 ATTAAATTTT
Statistics
Matches: 238, Mismatches: 40, Indels: 31
0.77 0.13 0.10
Matches are distributed among these distances:
170 131 0.55
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ACGTcount: A:0.34, C:0.15, G:0.14, T:0.33
Consensus pattern (162 bp):
TCGAGAAACGTGAAGAAAAAGATATCCATTGGTAAGAAAAGTCCATTTATAACCACCCACGCCTT
CGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAAAGATTTTATCACGTCATAATTGATTTTAATTTTACATTTT
TTAGTAAAACAGATTATAATTGAATATGTATA
Found at i:42311 original size:171 final size:170
Alignment explanation
Indices: 41703--42723 Score: 752
Period size: 171 Copynumber: 6.0 Consensus size: 170
41693 NNNNNNNNNN
* * *** * * *
41703 TTTTTTTATATTATTGGTTAAAACAGATGATAATTGAATGTCAATCTTAGGAAACAT-AGAGAAA
1 TTTTTTTACATT-TTGGTTAAAACAGATAATAATTGAATGTCTGCCTCAGAAAACGTGA-AGAAA
* * * * * * *
41767 AAGATATTCATTGGTAAGAAAAGTTCATTTATAATCACCCACAACTGCAAAAGCCTTTTTACTTG
64 AAGATATCCATTGATAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCACACCTTCAAAAGCCTTTTTACTCG
* * *
41832 CTTTAAATATTTTTATAATCTCATAAGTAATTTTAAATCAAA
129 CTTTAAATATTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTCAAA
* * * * * *
41874 TTTTATTACATCTTTCGTTAAAATAGATAATAATTGAACGTCTTCCT-TGAGAAACGTGAAGAAA
1 TTTTTTTACAT-TTTGGTTAAAACAGATAATAATTGAATGTCTGCCTCAGA-AAACGTGAAGAAA
* * ** * *
41938 AAGATATCCATTGGTAAGAAAAG-CTAATTTATAGTCA-CCATTCCTTCGAAAG-CTTTATTATT
64 AAGATATCCATTGATAAGAAAAGTC-CATTTATAGTCACCCACACCTTCAAAAGCCTTT-TTACT
********** *
42000 CGCTTTAAATATNNNNNNNNNNTCATACTTGATTTTAAGTCAAA
127 CGCTTTAAATATTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTCAAA
* * * *
42044 TTTTTTTACATTTTTAGTTAAAACAGATAATAGTTAAATGTCTGCCTCATG-AAACATGAAGAAA
1 TTTTTTTACA-TTTTGGTTAAAACAGATAATAATTGAATGTCTGCCTCA-GAAAACGTGAAGAAA
* ********** * ** * * *
42108 AATATATNNNNNNNNNNGAAAAATTAATTTATAGTCACCCACACCGTCAAAAGCCTTTTTACCCA
64 AAGATATCCATTGATAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCACACCTTCAAAAGCCTTTTTACTCG
* * *
42173 CTTTAAATGTTTTTATAAACTCATAATTGATTTTAAGTAAAA
129 CTTTAAATATTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTCAAA
*
42215 TTTTTTTACATTTCTGGTTAAAACAGATAATAATTGAATGTTTGCCTCAGAAAACGTGAAGAAAA
1 TTTTTTTACATTT-TGGTTAAAACAGATAATAATTGAATGTCTGCCTCAGAAAACGTGAAGAAAA
* * * ** *** * *
42280 AGATATCCATTGATAAGAAAAGTCCATTTATACTCATCTATGCCTTCAAAAATGTTATTACTCAC
65 AGATATCCATTGATAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCACACCTTCAAAAGCCTTTTTACTCGC
* * **
42345 TTTAAATATTTTTATAATTTCATAATTGATTTTAAATTGAA
130 TTTAAATATTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTCAAA
* * * * * *
42386 TTGTTTTGCGTTATTGGTTGAAACAGATAACAATTGAATGTCTGTCTCAAGAAATA--TGAAGAA
1 TTTTTTTACATT-TTGGTTAAAACAGATAATAATTGAATGTCTGCCTC-AGAAA-ACGTGAAGAA
********* * * * *
42449 AAAGNNNNNNNNNNG-TAAAAAAAGTCTATTTATAGTCACCCACACCTGCAAAAGCCTTTTGACT
63 AAAG-ATATCCATTGATAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCACACCTTCAAAAGCCTTTTTACT
** * * *
42513 CGCTTTAAACGTTTTTATAATCTTATTATTGCTTTTAAGTCAAA
127 CGCTTTAAATATTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTCAAA
** * * * *
42557 TTTTTTTACATTTTTTATTAAAAAAGATTATAATGGAATGTCTGCCT-AAAGAAACGTGAAGAAA
1 TTTTTTTACA-TTTTGGTTAAAACAGATAATAATTGAATGTCTGCCTCAGA-AAACGTGAAGAAA
* * *** **
42621 AAGATATCCATTGAAAAGAAAAGTCCATTTATACTCACCCATGTCTTCAAAAGCCTTAGTACTCG
64 AAGATATCCATTGATAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCACACCTTCAAAAGCCTTTTTACTCG
42686 CTTTAAATGA-TTTTATAA-CTTCATAATTGATTTTAAGT
129 CTTTAAAT-ATTTTTATAATC-TCATAATTGATTTTAAGT
42724 TCAATTGTTT
Statistics
Matches: 635, Mismatches: 191, Indels: 48
0.73 0.22 0.05
Matches are distributed among these distances:
169 7 0.01
170 125 0.20
171 486 0.77
172 16 0.03
173 1 0.00
ACGTcount: A:0.37, C:0.13, G:0.11, T:0.36
Consensus pattern (170 bp):
TTTTTTTACATTTTGGTTAAAACAGATAATAATTGAATGTCTGCCTCAGAAAACGTGAAGAAAAA
GATATCCATTGATAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCACACCTTCAAAAGCCTTTTTACTCGCT
TTAAATATTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTCAAA
Found at i:51196 original size:171 final size:170
Alignment explanation
Indices: 50894--51712 Score: 857
Period size: 171 Copynumber: 4.8 Consensus size: 170
50884 NNNNNNNNNN
* * * * *
50894 CTTAAAATCAATTTTGAGATTATAATAAT-ATTTAAAGCGAGTAAAAAGGTTTTTGAAAGCATGG
1 CTTAAAATCAATTATGAGATTATAA-AATCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATGG
* ** ** * **
50958 GTGACTATAAATGCACTTTTCTTGTCAATAAATATCTTTTTCTTCACGTTTCCCGAGGTTCACAT
65 GTGACTATAAATGGACTTTTCTTACCAATGGATATCTTTTTCTTCACGTTTCCTGAGGTAGACAT
* * *
51023 TCAATTATAATCTATTTTACTTAAAAATGTAAAACAATTGAA
130 TCAATTATAATCTATTTTAATCAAAAATGTAAAA-AATTTAA
* *
51065 CTTAAAATCAATTATGACG-TTATAAAATCATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTCGAAGGTATGG
1 CTTAAAATCAATTATGA-GATTATAAAATCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATGG
* * * *
51129 GTGAATATAAATGGACTTTTCCTACCGATGGATATCTCTTTCTTCATC-TTTCCTGAGGTAGACA
65 GTGACTATAAATGGACTTTTCTTACCAATGGATATCTTTTTCTTCA-CGTTTCCTGAGGTAGACA
* * * *
51193 TTCAATTA-ATATCTGTTTGAACCAAAAACGTAAAAAAATTTAA
129 TTCAATTATA-ATCTATTTTAATCAAAAATGT-AAAAAATTTAA
* *
51236 -TCGAAAATCAATTATGAGATTATAAAATCATTTAAAGCGAGTAAGAAGGC-TTCTGAAGGCATG
1 CT-TAAAATCAATTATGAGATTATAAAATCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTC-GAAGGCATG
** * * * * ** *
51299 CATGACTAGAAATAGATTTTTATTACCAATGGATATCTTTTTCTTCATTTTTTCTGAGGTAGACA
64 GGTGACTATAAATGGACTTTTCTTACCAATGGATATCTTTTTCTTCACGTTTCCTGAGGTAGACA
* * * * *
51364 TTTAATTATTATCTGTTTTAATAAAAAATATAATAAAATTTAA
129 TTCAATTATAATCTATTTTAATCAAAAATGTAA-AAAATTTAA
* * *
51407 TTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAATCATTTAAAGCGAGTAATAAAGCTTTCGAAGGCATGGA
1 CTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAATCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATGGG
* * * *
51472 CGGCTATAAATGGACTTTTCTTAACAATGGATATCTTTTTCTTTACGTTT-CTCGAGGTAGACAT
66 TGACTATAAATGGACTTTTCTTACCAATGGATATCTTTTTCTTCACGTTTCCT-GAGGTAGACAT
* *
51536 TCAATTATTATCTATTTTAATCAAAAATG-AAAATAA-TCAA
130 TCAATTATAATCTATTTTAATCAAAAATGTAAAA-AATTTAA
** **
51576 CTTAAAAAT-AATTACAAGATTATAAAAAAATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATGG
1 CTT-AAAATCAATTATGAGATTATAAAATCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATGG
* * * * * * * * ** * *
51640 GTGACTATGAGTCGACTTTTCTTGCCAATAGATAACTTTTTTTTCAAGTTTCCAAAGGCAGGCAT
65 GTGACTATAAATGGACTTTTCTTACCAATGGATATCTTTTTCTTCACGTTTCCTGAGGTAGACAT
51705 TCAATTAT
130 TCAATTAT
51713 TATCAATTAC
Statistics
Matches: 540, Mismatches: 91, Indels: 36
0.81 0.14 0.05
Matches are distributed among these distances:
169 111 0.21
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171 396 0.73
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ACGTcount: A:0.37, C:0.13, G:0.14, T:0.36
Consensus pattern (170 bp):
CTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAATCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATGGG
TGACTATAAATGGACTTTTCTTACCAATGGATATCTTTTTCTTCACGTTTCCTGAGGTAGACATT
CAATTATAATCTATTTTAATCAAAAATGTAAAAAATTTAA
Found at i:52396 original size:171 final size:172
Alignment explanation
Indices: 52110--53901 Score: 1811
Period size: 171 Copynumber: 10.5 Consensus size: 172
52100 NNNNNNNNNN
* * * *
52110 CAATTATAATCTCTTTT-ACTAAAAAATGTAAATAAATTTAACTTAAAATCAATTGTGACG-TGA
1 CAATTATAATCTGTTTTAAC-AAAAAATGTAAAAAAATTTAACTTAAAATCAATTATGA-GATTA
* * * *
52173 T-AAAATCATTTAAAGCTAGTAATAAGGCTTTTGAAGGTATTGGTGGCTATAAATAGACTTTTCT
64 TAAAAATCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCATGGGTGACTATAAATAGACTTTTCT
* * * *
52237 TGCCAATGAATATCTTTTTCTTTACGTTTCTCGAGGTACACATT
129 TGCCAATGGATATCTTTTTCTTCACGTTTCTCGAGGCAGACATT
* * ** *
52281 CAATTATAATCTATTTGAGTAAAAAATGTAAAAAAATTTAACTTAAAATCAATTATGAGGTTAT-
1 CAATTATAATCTGTTTTAACAAAAAATGTAAAAAAATTTAACTTAAAATCAATTATGAGATTATA
* * * *
52345 AAAATGATTTAAAACGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCATAGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTG
66 AAAATCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCATGGGTGACTATAAATAGACTTTTCTTG
* * *
52410 CCAATGGATATCTTTTTCTTTACATTTCTTGAGGCAGACATT
131 CCAATGGATATCTTTTTCTTCACGTTTCTCGAGGCAGACATT
* * * * * *
52452 CCATTATGATCTGTTTTAATAAAAAATGTAAAAAAATTTGACTTCAAATCAATAATGAGATTATA
1 CAATTATAATCTGTTTTAACAAAAAATGTAAAAAAATTTAACTTAAAATCAATTATGAGATTATA
* * * ** *
52517 AAAA-CATTTAAAGCGAGTAAAAAGGTTTTTGCAGGTGTGGGTGACTATAAATAGACTTTTTTTG
66 AAAATCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCATGGGTGACTATAAATAGACTTTTCTTG
* ** * * * *
52581 CCAATGAATATCTTTTTCTTCATTTTTTTTGAGACAAACATT
131 CCAATGGATATCTTTTTCTTCACGTTTCTCGAGGCAGACATT
* * * * * * * * * *
52623 CAATTGTTATTTGTTTTAA-ACAACAACGCAAAAGAATTCAATTTAAAATCAATTATCAGATTAT
1 CAATTATAATCTGTTTTAACA-AAAAATGTAAAAAAATTTAACTTAAAATCAATTATGAGATTAT
* *** *
52687 AAAAAT-ATTTAAAGTGAGTAATAACATTTTTGAAGGCATGGGTGACTATAAATAGAGTTTTCTT
65 AAAAATCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCATGGGTGACTATAAATAGACTTTTCTT
52751 GCCAATGGATATCTTTTTCTTCACGTTT-TCTGAGGCAGACATT
130 GCCAATGGATATCTTTTTCTTCACGTTTCTC-GAGGCAGACATT
* * * * *
52794 CAATTATCATATGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTTGACTTAAAATCAATTATGAGTTTATA
1 CAATTATAATCTGTTTTAACAAAAAATGTAAAAAAATTTAACTTAAAATCAATTATGAGATTATA
* * * ** ** * *
52859 AAAAT-ATTTAAAACGAGTAAAAAGACTTTTGACTGTGTGGGTGACTATAACTTA-ATTTTTCTT
66 AAAATCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCATGGGTGACTATAA-ATAGACTTTTCTT
* **
52922 GCCAATGGATATCTTTCTCTTCACGTTT-TATAAGGCAGACATT
130 GCCAATGGATATCTTTTTCTTCACGTTTCT-CGAGGCAGACATT
* * * ** * *
52965 CAACTATTATCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTTGGCTTAAAATAAATTATGAGTTTATA
1 CAATTATAATCTGTTTTAACAAAAAATGTAAAAAAATTTAACTTAAAATCAATTATGAGATTATA
* * * *
53030 AAAAT-ATTTAAAGCGAATAATAAGG-TTTTCGAAGGAATGGGTAACTATAAATTGACTTTTCTT
66 AAAATCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTT-GAAGGCATGGGTGACTATAAATAGACTTTTCTT
* * ** *
53093 GCCAATGGATATC-TTTTCTTGACGTTTCCCGACACAGACGTT
130 GCCAATGGATATCTTTTTCTTCACGTTTCTCGAGGCAGACATT
* * * ** * * *
53135 CAATTATTATATGTTTTAACCAAAAACATAATAAAATTTGACTTAAAATTAATTATGAGATTATA
1 CAATTATAATCTGTTTTAACAAAAAATGTAAAAAAATTTAACTTAAAATCAATTATGAGATTATA
* * ** *
53200 AAAAT-ATTTAAAGCGAGTAAAAAGGCTTTTGCAGGTGTGGGTGATTATAAAT-GAACTTTTCTT
66 AAAATCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCATGGGTGACTATAAATAG-ACTTTTCTT
* * * * *
53263 ACCAATGAATATCTTTTTCTCCATGTTTACT-GAGGTAGACATT
130 GCCAATGGATATCTTTTTCTTCACGTTT-CTCGAGGCAGACATT
* * * * * * *
53306 CAATTATCATCTGTTTTAACCAATAATATAAAAAAATTCAATTTAAAATCAATTTATAAGATTAT
1 CAATTATAATCTGTTTTAACAAAAAATGTAAAAAAATTTAACTTAAAATCAA-TTATGAGATTAT
* * * * *
53371 CAAAA-CACTTAAAGCGAATAATAAGGTTTTTGAAGGCATGGGTGACTATAAA-ATGACTTTTTT
65 AAAAATCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCATGGGTGACTATAAATA-GACTTTTCT
* * * * ** *
53434 TTCCTACGGATATCTTTTTCTTCATGTTTCTCGAGATAGATATT
129 TGCCAATGGATATCTTTTTCTTCACGTTTCTCGAGGCAGACATT
* * * * *
53478 CAATTATTATCTATTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAA-TTCAAAATCAATTATGAGAATAT
1 CAATTATAATCTGTTTTAACAAAAAATGTAAAAAAATTTAACTT-AAAATCAATTATGAGATTAT
* * * * *
53542 AAAAA-CGTTTAAAGCGAGTAAAAAGGCTTTTAAAGGCGTGGGTGACCATAAAT-GAACTTTTCT
65 AAAAATCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCATGGGTGACTATAAATAG-ACTTTTCT
* ** * * * * *
53605 TGTCAATAAATATATTTTTCTTCACATTTCTTGAGGTACACATT
129 TGCCAATGGATATCTTTTTCTTCACGTTTCTCGAGGCAGACATT
* *
53649 CAATTATAATCTGTTTT-ACTAAAAAATGTAAAAAAATTTAACTTAAAATCAATTATGACACTAT
1 CAATTATAATCTGTTTTAAC-AAAAAATGTAAAAAAATTTAACTTAAAATCAATTATGAGATTAT
* * *
53713 -AAAATCATTTAAAGCGAGTAAGAAGGCTTTCGAAGGCATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTT
65 AAAAATCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCATGGGTGACTATAAATAGACTTTTCTT
** ** *
53777 ATCAATGGATATCTTTTTCTTCACGTTTCTCGAGATACACATT
130 GCCAATGGATATCTTTTTCTTCACGTTTCTCGAGGCAGACATT
* * * *
53820 CAATTATAATCTATTTT-ACTAAAAAATATAAATAAATTTAACTTAAAATCAATTATGATG-TGA
1 CAATTATAATCTGTTTTAAC-AAAAAATGTAAAAAAATTTAACTTAAAATCAATTATGA-GATTA
53883 T-AAAATCATTTAAAGCGAG
64 TAAAAATCATTTAAAGCGAG
53902 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 1360, Mismatches: 232, Indels: 58
0.82 0.14 0.04
Matches are distributed among these distances:
169 1 0.00
170 152 0.11
171 1057 0.78
172 149 0.11
173 1 0.00
ACGTcount: A:0.38, C:0.12, G:0.13, T:0.37
Consensus pattern (172 bp):
CAATTATAATCTGTTTTAACAAAAAATGTAAAAAAATTTAACTTAAAATCAATTATGAGATTATA
AAAATCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCATGGGTGACTATAAATAGACTTTTCTTG
CCAATGGATATCTTTTTCTTCACGTTTCTCGAGGCAGACATT
Found at i:53417 original size:684 final size:681
Alignment explanation
Indices: 52131--53901 Score: 2128
Period size: 684 Copynumber: 2.6 Consensus size: 681
52121 TCTTTTACTA
* * * *
52131 AAAAATGTAAATAAATTTAACTTAAAATCAATTGTGACGTGAT-AAAATCATTTAAAGCTAGTAA
1 AAAAATGTAAAAAAATTTAACTTAAAATCAATTATGA-GTTATAAAAAT-ATTTAAAGCGAGTAA
* * * * * *
52195 TAAGGCTTTTGAAGGTATTGGTGGCTATAAATAGACTTTTCTTGCCAATGAATATCTTTTTCTTT
64 AAAGGCTTTTGAAGGTGTGGGTGACTATAATTA-ACTTTTCTTGCCAATGAATATCTTTTTCTTC
* * * **
52260 ACGTTTCTCGAGGTACACATTCAATTATAATCTATTTGAGTAAAAAATGTAAAAAAATTTAACTT
128 ACGTTTCTTGAGGTACACATTCAATTATAATCTGTTTTAACAAAAAATGTAAAAAAATTTAACTT
* * * *
52325 AAAATCAATTATGAGGTTATAAAATGATTTAAAACGAGTAATAAGGCTTTT-GAAGGCATAGGTG
193 AAAATCAATTATGAGATTATAAAATCATTTAAAGCGAGTAATAAGG-TTTTCGAAGGCATGGGTG
* * * * *
52389 ACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGGATATCTTTTTCTTTACATTTCTTGAGGCAGACATTCC
257 ACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGGATATCTTTTTCTTCACGTTTCTCGAGACAGACATTCA
* * * * *
52454 ATTATGATCTGTTTTAATAAAAAATGTAAAAAAATTTGACTTCAAATCAATAATGAGATTATAAA
322 ATTATAATCTGTTTTAACAAAAAA-ATAAAAAAATTTGACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAA
* * * *
52519 AACATTTAAAGCGAGTAAAAAGGTTTTTGCAGGTGTGGGTGACTATAAATAGACTTTTTTTGCCA
386 AATATTTAAAGCGAGTAAAAAGGCTTTTGCAGGTGTGGGTGACTATAAATAGACTTTTCTTACCA
* * ** * * *
52584 ATGAATATCTTTTTCTTCATTTTTTTTGAGACAAACATTCAATTGTTATTTGTTTTAAACAACAA
451 ATGAATATCTTTTTCTCCATGTTTACTGAGACAAACATTCAATTATCATCTGTTTTAAACAACAA
* * * * * * *
52649 CGCAAAAGAATTCAATTTAAAATCAATTATCAGATTATAAAAATATTTAAAGTGAGTAATAACAT
516 CACAAAAAAATTCAATTTAAAATCAATTATAAGATTATAAAAACACTTAAAGCGAATAATAACAT
* *
52714 TTTTGAAGGCATGGGTGACTAT-AAATAGAGTTTTCTTGCCAATGGATATCTTTTTCTTCACGTT
581 TTTTGAAGGCATGGGTGACTATAAAAT-GACTTTTCTTGCCAACGGATATCTTTTTCTTCACGTT
* *
52778 T-TCTGAGGCAGACATTCAATTATCATATGTTTTAACC
645 TCTC-GAGACAGACATTCAATTATCATATATTTTAACC
* *
52815 AAAAATGTAAAAAAATTTGACTTAAAATCAATTATGAGTTTATAAAAATATTTAAAACGAGTAAA
1 AAAAATGTAAAAAAATTTAACTTAAAATCAATTATGAG-TTATAAAAATATTTAAAGCGAGTAAA
* ** * * *
52880 AAGACTTTTGACTGTGTGGGTGACTATAACTTAATTTTTCTTGCCAATGGATATCTTTCTCTTCA
65 AAGGCTTTTGAAGGTGTGGGTGACTATAA-TTAACTTTTCTTGCCAATGAATATCTTTTTCTTCA
* * * * * * **
52945 CGTTT-TATAAGGCAGACATTCAACTATTATCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTTGGCTT
129 CGTTTCT-TGAGGTACACATTCAATTATAATCTGTTTTAACAAAAAATGTAAAAAAATTTAACTT
* * * * *
53009 AAAATAAATTATGAGTTTATAAAAAT-ATTTAAAGCGAATAATAAGGTTTTCGAAGGAATGGGTA
193 AAAATCAATTATGAGATTAT-AAAATCATTTAAAGCGAGTAATAAGGTTTTCGAAGGCATGGGTG
* * * * *
53073 ACTATAAATTGACTTTTCTTGCCAATGGATATC-TTTTCTTGACGTTTCCCGACACAGACGTTCA
257 ACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGGATATCTTTTTCTTCACGTTTCTCGAGACAGACATTCA
* * * * *
53137 ATTATTATATGTTTTAACCAAAAACATAATAAAATTTGACTTAAAATTAATTATGAGATTATAAA
322 ATTATAATCTGTTTTAA-CAAAAAAATAAAAAAATTTGACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAA
*
53202 AATATTTAAAGCGAGTAAAAAGGCTTTTGCAGGTGTGGGTGATTATAAAT-GAACTTTTCTTACC
386 AATATTTAAAGCGAGTAAAAAGGCTTTTGCAGGTGTGGGTGACTATAAATAG-ACTTTTCTTACC
** * * *
53266 AATGAATATCTTTTTCTCCATGTTTACTGAGGTAGACATTCAATTATCATCTGTTTTAACCAATA
450 AATGAATATCTTTTTCTCCATGTTTACTGAGACAAACATTCAATTATCATCTGTTTTAAACAACA
* * * *
53331 ATATAAAAAAATTCAATTTAAAATCAATTTATAAGATTATCAAAACACTTAAAGCGAATAATAAG
515 ACACAAAAAAATTCAATTTAAAATCAA-TTATAAGATTATAAAAACACTTAAAGCGAATAATAAC
* * * * *
53396 GTTTTTGAAGGCATGGGTGACTATAAAATGACTTTTTTTTCCTACGGATATCTTTTTCTTCATGT
579 ATTTTTGAAGGCATGGGTGACTATAAAATGACTTTTCTTGCCAACGGATATCTTTTTCTTCACGT
* * * *
53461 TTCTCGAGATAGATATTCAATTATTATCTATTTTAACC
644 TTCTCGAGACAGACATTCAATTATCATATATTTTAACC
* * **
53499 AAAAATGTAAAAAAATTCAA-TTCAAAATCAATTATGAGAATATAAAAACGTTTAAAGCGAGTAA
1 AAAAATGTAAAAAAATTTAACTT-AAAATCAATTATGAG-TTATAAAAATATTTAAAGCGAGTAA
* * * * * * *
53563 AAAGGCTTTTAAAGGCGTGGGTGACCATAAATGAACTTTTCTTGTCAATAAATATATTTTTCTTC
64 AAAGGCTTTTGAAGGTGTGGGTGACTAT-AATTAACTTTTCTTGCCAATGAATATCTTTTTCTTC
*
53628 ACATTTCTTGAGGTACACATTCAATTATAATCTGTTTT-ACTAAAAAATGTAAAAAAATTTAACT
128 ACGTTTCTTGAGGTACACATTCAATTATAATCTGTTTTAAC-AAAAAATGTAAAAAAATTTAACT
* * * *
53692 TAAAATCAATTATGACACTATAAAATCATTTAAAGCGAGTAAGAAGGCTTTCGAAGGCATGGGTG
192 TAAAATCAATTATGAGATTATAAAATCATTTAAAGCGAGTAATAAGGTTTTCGAAGGCATGGGTG
** * *
53757 ACTATAAATGGACTTTTCTTATCAATGGATATCTTTTTCTTCACGTTTCTCGAGATACACATTCA
257 ACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGGATATCTTTTTCTTCACGTTTCTCGAGACAGACATTCA
* * * *
53822 ATTATAATCTATTTT-ACTAAAAAATATAAATAAATTTAACTTAAAATCAATTATGATG-TGAT-
322 ATTATAATCTGTTTTAAC-AAAAAA-ATAAAAAAATTTGACTTAAAATCAATTATGA-GATTATA
53884 AAAATCATTTAAAGCGAG
384 AAAAT-ATTTAAAGCGAG
53902 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 913, Mismatches: 153, Indels: 41
0.82 0.14 0.04
Matches are distributed among these distances:
682 1 0.00
683 222 0.24
684 589 0.65
685 100 0.11
686 1 0.00
ACGTcount: A:0.38, C:0.12, G:0.13, T:0.37
Consensus pattern (681 bp):
AAAAATGTAAAAAAATTTAACTTAAAATCAATTATGAGTTATAAAAATATTTAAAGCGAGTAAAA
AGGCTTTTGAAGGTGTGGGTGACTATAATTAACTTTTCTTGCCAATGAATATCTTTTTCTTCACG
TTTCTTGAGGTACACATTCAATTATAATCTGTTTTAACAAAAAATGTAAAAAAATTTAACTTAAA
ATCAATTATGAGATTATAAAATCATTTAAAGCGAGTAATAAGGTTTTCGAAGGCATGGGTGACTA
TAAATGGACTTTTCTTGCCAATGGATATCTTTTTCTTCACGTTTCTCGAGACAGACATTCAATTA
TAATCTGTTTTAACAAAAAAATAAAAAAATTTGACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAAATAT
TTAAAGCGAGTAAAAAGGCTTTTGCAGGTGTGGGTGACTATAAATAGACTTTTCTTACCAATGAA
TATCTTTTTCTCCATGTTTACTGAGACAAACATTCAATTATCATCTGTTTTAAACAACAACACAA
AAAAATTCAATTTAAAATCAATTATAAGATTATAAAAACACTTAAAGCGAATAATAACATTTTTG
AAGGCATGGGTGACTATAAAATGACTTTTCTTGCCAACGGATATCTTTTTCTTCACGTTTCTCGA
GACAGACATTCAATTATCATATATTTTAACC
Found at i:54483 original size:171 final size:169
Alignment explanation
Indices: 54191--55657 Score: 1415
Period size: 171 Copynumber: 8.6 Consensus size: 169
54181 NNNNTATATA
* * * * * ** ** *
54191 GACTTTTTTTACCAATGAATATCTTTTTCTTCATGTTTCTTGAGACAGACATTCAATCGTTACCT
1 GACTTTTCTTGCCAATGGATATCTTTTTCTTCACGTTTCTCGAGGTAGACATTCAATTATTATCT
* * * * *
54256 GTTTTAACCAACAACA-TAAAACAATTCAATTTAAAATCAATTATGACATTATAAAATCATTTAA
66 GTTTTAACTAA-AATAGTAAAAAAATTTAACTTAAAATCAATTATG--ATTATAAAATCATTTAA
* * * *
54320 AGCGAGTAATGAGGCTTTCGAAGGTATGGTTGACTATAAATG
128 AGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCATGGGTGACTATAAATG
* * * * * *
54362 GACTTTTCTTACCAATGGATATCTTTTTGTTCAGGTTTCTCGAGGTACACATTTAATTATAATCT
1 GACTTTTCTTGCCAATGGATATCTTTTTCTTCACGTTTCTCGAGGTAGACATTCAATTATTATCT
** * *
54427 GTTTTAA-TACAAATAGTAAAAAAATTCGATTTAAAATCAATTATGACTTGATAAAATTATTTAA
66 GTTTTAACTA-AAATAGTAAAAAAATTTAACTTAAAATCAATTATGA-TT-ATAAAATCATTTAA
* ** * *
54491 AGCGAGTAATAAGCCTTTCAAAGGCATGGGTGGCTATTAATG
128 AGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCATGGGTGACTATAAATG
* * * *
54533 GAGTTTTCTTGTCAATGGATATCCTTTTCTTCACGTTT-TCTGAGGTAAACATTCAATTATTATC
1 GACTTTTCTTGCCAATGGATATCTTTTTCTTCACGTTTCTC-GAGGTAGACATTCAATTATTATC
* *
54597 TGTTTTAACTAGAAAT-GTAAACAAATTTGACTTAAAATCAATTATGAGTTTATAAAAAT-ATTT
65 TGTTTTAACTA-AAATAGTAAAAAAATTTAACTTAAAATCAATTATGA--TTAT-AAAATCATTT
* * ** *
54660 AAAGCGAGTAAAAAGGCTTTTGACGGTGTGGGTGACTATAAATT
126 AAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCATGGGTGACTATAAATG
* * * *
54704 GATTTTTCTTGCCAATGGATATCTTTTTATTCATGTTTCAT-GAGGCAGACATTCAATTATTATC
1 GACTTTTCTTGCCAATGGATATCTTTTTCTTCACGTTTC-TCGAGGTAGACATTCAATTATTATC
* *
54768 TATTTTAACTAAAA-ATGTAAAAAAATTTGACTTAAAATCAATTATGAGTTTATAAAAAT-ATTT
65 TGTTTTAACTAAAATA-GTAAAAAAATTTAACTTAAAATCAATTATGA--TTAT-AAAATCATTT
* * * * * * * *
54831 AAAGCGAATAATAAAGCTTTCGAAAGAATAGGTGATTATAAATT
126 AAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCATGGGTGACTATAAATG
* * * *
54875 GACTTTTCTTGCCAATGGATATCTTTTTGTTCACGTTT-TCTAAGGAAGACGTTCAATTATTATC
1 GACTTTTCTTGCCAATGGATATCTTTTTCTTCACGTTTCTC-GAGGTAGACATTCAATTATTATC
* * *
54939 TGTTTTAACTAAAA-ATGTAATAAAA-TTAGACTTAAAATTACTTATAAGATTATAAAA-CTATT
65 TGTTTTAACTAAAATA-GTAAAAAAATTTA-ACTTAAAATCAATTAT--GATTATAAAATC-ATT
* * ** *
55001 TAAAGCGAGTAAAAAGGCTTTTGCAGGTGTGGGTGATTATAAATG
125 TAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCATGGGTGACTATAAATG
* * * * ** * * *
55046 GACTTTTCTTACTAATGAATATCTTTTTCTCCATATTTCTTGAGGCAGACATTCAATTATCATCT
1 GACTTTTCTTGCCAATGGATATCTTTTTCTTCACGTTTCTCGAGGTAGACATTCAATTATTATCT
* *
55111 GTTTTAACCAATAATA-TAAAAAAATTTAATTTAAAATCAATTTATAAGATTATAAAAAT-ATTT
66 GTTTTAACTAA-AATAGTAAAAAAATTTAACTTAAAATCAA-TTAT--GATTAT-AAAATCATTT
* * *
55174 AAAGCGAGTAATAAGGTTTTTTAAGGCATGGGTGACTATAAAAG
126 AAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCATGGGTGACTATAAATG
* * * * *
55218 GACTTTTCTTGCTTAA-GGATGTCTTTTCCTTCACGTTTCTCAAGGTAGATATTCAATTATTATC
1 GACTTTTCTTGC-CAATGGATATCTTTTTCTTCACGTTTCTCGAGGTAGACATTCAATTATTATC
* * * *
55282 TATTTTAACTAAAATA-TAAAAAAATTTAATTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAAACGTTTAA
65 TGTTTTAACTAAAATAGTAAAAAAATTTAACTTAAAATCAATTAT--GATTATAAAATCATTTAA
* * * *
55346 AGCGAGTAAAAAGGATTTTGAAGGCGTGGGTGACCATAAATG
128 AGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCATGGGTGACTATAAATG
* * ** * * *
55388 CACTTTTATTGCCAATAAATATCTTTTTTTTCACGTTTCTCGAGGTACACATTCAATTATAATCT
1 GACTTTTCTTGCCAATGGATATCTTTTTCTTCACGTTTCTCGAGGTAGACATTCAATTATTATCT
* * *
55453 CTTTT-ACTAAAAAATGTAAATAAATTTAACTTAAAATCAATTATGATGTGATAAAATCATTTAA
66 GTTTTAACTAAAATA-GTAAAAAAATTTAACTTAAAATCAATTATGAT-T-ATAAAATCATTTAA
* *
55517 AGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCATGGGTGGCTTTAAATG
128 AGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCATGGGTGACTATAAATG
** * * * *
55559 GACTTTTCTTGCCAATAAATATCTTTTTCTTCATGTTTCTCAAGGTACACATTCAATTATAATCT
1 GACTTTTCTTGCCAATGGATATCTTTTTCTTCACGTTTCTCGAGGTAGACATTCAATTATTATCT
* * *
55624 ATTTGAA-TAAAA-AATACAAAACAATTTAACTTAA
66 GTTTTAACTAAAATAGTA-AAAA-AATTTAACTTAA
55658 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 1090, Mismatches: 170, Indels: 72
0.82 0.13 0.05
Matches are distributed among these distances:
169 21 0.02
170 128 0.12
171 800 0.73
172 130 0.12
173 11 0.01
ACGTcount: A:0.37, C:0.12, G:0.14, T:0.38
Consensus pattern (169 bp):
GACTTTTCTTGCCAATGGATATCTTTTTCTTCACGTTTCTCGAGGTAGACATTCAATTATTATCT
GTTTTAACTAAAATAGTAAAAAAATTTAACTTAAAATCAATTATGATTATAAAATCATTTAAAGC
GAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCATGGGTGACTATAAATG
Found at i:56381 original size:342 final size:341
Alignment explanation
Indices: 55756--56399 Score: 774
Period size: 342 Copynumber: 1.9 Consensus size: 341
55746 NNNNNNGGTG
* ** * * * *
55756 ACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGGATATCTTTTTCTTCACGTTCCTTGAGGCAGACAATCC
1 ACTATAAATAGACTTTTCTTAACAATGGATATCTTTTTCTTCACGTTCCTCGAGACACACAATCA
* * *
55821 ATTATAATCTGTTTTAATAAAAAATGTAAAAAAATTTGACTTAAAATCAATAATAAGATTATAAA
66 ATTATAATCTCTTTTAATAAAAAATATAAAAAAATTTAACTTAAAATCAAT-ATAAGATTATAAA
* ** * *
55886 AATATTTAAAGCGAGTAAAAAGGCATTTGCAGGTGTTGGTGACTATAAATAGACTTTTTTTGCCA
130 AATATTTAAAGCGAGTAAAAAGGCATTTGAAGGCATGGGTGACTATAAATAGACTTTTCTTGCCA
** * * * * * ** *
55951 ATGAATATCATTTTCTTCATATTTCTCGAGCCAGACATTCAATTGTTATCTGTTTGAACCGACAA
195 ACAAATATCATTTTCTTCATATTTCTCGAGCCACACAGTCAATTATAATCTATTTGAACAAAAAA
*
56016 CACAAAATAATTCAATTTAAAATCAACTATGAGATTATAAAAATATTTAAAGTGAGTAATAACAT
260 CACAAAACAATTCAATTTAAAATCAACTATGAGATTATAAAAATATTTAAAGTGAGTAATAACAT
56081 TTTTGAAGGCATGGCTC
325 TTTTGAAGGCATGGCTC
* * * *
56098 ACTATAAATAGACTTTTCTTAACAATGGATATCTTTTTCTTCATGTTTCTCGAGATACACATTCA
1 ACTATAAATAGACTTTTCTTAACAATGGATATCTTTTTCTTCACGTTCCTCGAGACACACAATCA
* * * *
56163 ATTATAATCTCTTTTACTAAAAAATATAAAAACATTTAACTTAAAATTAAT-TATGACTTGAT-A
66 ATTATAATCTCTTTTAATAAAAAATATAAAAAAATTTAACTTAAAATCAATATAAGA-TT-ATAA
* * * *
56226 AAATCATTTAAAGCGAGTAATAAGGC-TTTCGAAGGCATGGGTGGCTTTAAATGGACTTTTCTTG
129 AAAT-ATTTAAAGCGAGTAAAAAGGCATTT-GAAGGCATGGGTGACTATAAATAGACTTTTCTTG
* * ** **
56290 CCAACAAATATCTTTTTCTTCATGTTTCTCGAGGTACACAGTCAATTATAATCTATTTGAGTAAA
192 CCAACAAATATCATTTTCTTCATATTTCTCGAGCCACACAGTCAATTATAATCTATTTGAACAAA
* * * *
56355 AAATACAAAACAATT-TATCTTAAAATCAATTATGAGGTTATAAAA
257 AAACACAAAACAATTCAAT-TTAAAATCAACTATGAGATTATAAAA
56400 TCATTNNNNN
Statistics
Matches: 249, Mismatches: 48, Indels: 10
0.81 0.16 0.03
Matches are distributed among these distances:
340 4 0.02
341 12 0.05
342 233 0.94
ACGTcount: A:0.38, C:0.14, G:0.12, T:0.36
Consensus pattern (341 bp):
ACTATAAATAGACTTTTCTTAACAATGGATATCTTTTTCTTCACGTTCCTCGAGACACACAATCA
ATTATAATCTCTTTTAATAAAAAATATAAAAAAATTTAACTTAAAATCAATATAAGATTATAAAA
ATATTTAAAGCGAGTAAAAAGGCATTTGAAGGCATGGGTGACTATAAATAGACTTTTCTTGCCAA
CAAATATCATTTTCTTCATATTTCTCGAGCCACACAGTCAATTATAATCTATTTGAACAAAAAAC
ACAAAACAATTCAATTTAAAATCAACTATGAGATTATAAAAATATTTAAAGTGAGTAATAACATT
TTTGAAGGCATGGCTC
Found at i:56404 original size:171 final size:169
Alignment explanation
Indices: 55752--56399 Score: 631
Period size: 171 Copynumber: 3.8 Consensus size: 169
55742 NNNNNNNNNN
* * * * * *
55752 GGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGGATATCTTTTTCTTCACGTTCCTTGAGGCAGACA
1 GGTGACTATAAATAGACTTTTCTTGCCAATGAATATCTTTTTCTTCATGTTTCTCGAGGCACACA
* * * * *
55817 ATCCATTATAATCTGTTTTAATAAAAAATGTA-AAAAAATTTGA-CTTAAAATCAATAATAAGAT
66 TTCAATTATAATCTGTTTGAATAAAAAA--TACAAAAAATTT-ATCTTAAAATCAATTATGAGAT
* * ** *
55880 TATAAAAATATTTAAAGCGAGTAAAAAGGCATTTGCAGGTGTT
128 TATAAAAATATTTAAAGCGAGTAATAAGGC-TTTGAAGGCATG
* * * * *
55923 GGTGACTATAAATAGACTTTTTTTGCCAATGAATATCATTTTCTTCATATTTCTCGAGCCAGACA
1 GGTGACTATAAATAGACTTTTCTTGCCAATGAATATCTTTTTCTTCATGTTTCTCGAGGCACACA
* * *** * * * *
55988 TTCAATTGTTATCTGTTTGAACCGACAACACAAAATAATTCAAT-TTAAAATCAACTATGAGATT
66 TTCAATTATAATCTGTTTGAATAAAAAATACAAAA-AATT-TATCTTAAAATCAATTATGAGATT
* ***
56052 ATAAAAATATTTAAAGTGAGTAATAACATTTTTGAAGGCATG
129 ATAAAAATATTTAAAGCGAGTAATAA-GGCTTTGAAGGCATG
* * ** * **
56094 GCTCACTATAAATAGACTTTTCTTAACAATGGATATCTTTTTCTTCATGTTTCTCGAGATACACA
1 GGTGACTATAAATAGACTTTTCTTGCCAATGAATATCTTTTTCTTCATGTTTCTCGAGGCACACA
* * * * * * *
56159 TTCAATTATAATCTCTTTTACTAAAAAATATAAAAACATTTAACTTAAAATTAATTATGA-CTTG
66 TTCAATTATAATCTGTTTGAATAAAAAATACAAAAA-ATTTATCTTAAAATCAATTATGAGATT-
56223 AT-AAAATCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATG
129 ATAAAAAT-ATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTT-GAAGGCATG
* * * ** *
56265 GGTGGCTTTAAATGGACTTTTCTTGCCAACAAATATCTTTTTCTTCATGTTTCTCGAGGTACACA
1 GGTGACTATAAATAGACTTTTCTTGCCAATGAATATCTTTTTCTTCATGTTTCTCGAGGCACACA
* * * *
56330 GTCAATTATAATCTATTTGAGTAAAAAATACAAAACAATTTATCTTAAAATCAATTATGAGGTTA
66 TTCAATTATAATCTGTTTGAATAAAAAATACAAAA-AATTTATCTTAAAATCAATTATGAGATTA
56395 TAAAA
130 TAAAA
56400 TCATTNNNNN
Statistics
Matches: 382, Mismatches: 82, Indels: 25
0.78 0.17 0.05
Matches are distributed among these distances:
169 1 0.00
170 16 0.04
171 359 0.94
172 6 0.02
ACGTcount: A:0.38, C:0.14, G:0.13, T:0.36
Consensus pattern (169 bp):
GGTGACTATAAATAGACTTTTCTTGCCAATGAATATCTTTTTCTTCATGTTTCTCGAGGCACACA
TTCAATTATAATCTGTTTGAATAAAAAATACAAAAAATTTATCTTAAAATCAATTATGAGATTAT
AAAAATATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTGAAGGCATG
Found at i:56821 original size:171 final size:170
Alignment explanation
Indices: 56460--56989 Score: 480
Period size: 171 Copynumber: 3.1 Consensus size: 170
56450 NNAAAAATTT
* * * * *
56460 AAAA-AAATTTGACTTAAAACCAATAATGAGATTATAAAAATATTTAAAACGAGTAAAAAGGCA-
1 AAAATAAATTTAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAAATATTTAAAGCGAGTAATAA--CAT
* ** * * * *
56523 TTTGCAGGTGTAGGTGACTATAAATGGACTTTTTTTGCCAATGAGTATCTTTTTCTTCATATTTC
64 TTTGAAGGCATGGGTGACAATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGA-TATCTTTTTCTTCATGTTTC
* * * * ** *
56588 TCGAGACAGACATTCAATTATTATCTGTTTTAACCGACAACAC
128 TCGAGATACACATTCAATTATAATCTCTTTTAACAAAAAACAC
* * *
56631 AAAAT-AATTCAATTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAAATATTTAAAGTGAGTAATAACATTT
1 AAAATAAATTTAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAAATATTTAAAGCGAGTAATAACA-TT
*
56695 TTGAAGGCATGGGTGACAATAAATGGACTTTTCTTACCAATGGATATCTTTTTCTTCATGTTTCT
65 TTGAAGGCATGGGTGACAATAAATGGACTTTTCTTGCCAAT-GATATCTTTTTCTTCATGTTTCT
* ***
56760 AGAGATACACATTCAATTATAATCTCTTTT-ACAAAAAATTG
129 CGAGATACACATTCAATTATAATCTCTTTTAACAAAAAACAC
* * * **********
56801 TAATTAAATTTAACTTAAAATCAATTATGACG-TGATAANNNNNNNNNNAGCGAGTAATAAGGC-
1 AAAATAAATTTAACTTAAAATCAATTATGA-GATTATAAAAATATTTAAAGCGAGTAATAA--CA
* * ** *
56864 TTTCGAAGGCATGGGTGGCCTTAAATGGACTTTTCTTGCCAATAAATATCTTTTTCTTCATGTTT
63 TTTTGAAGGCATGGGTGACAATAAATGGACTTTTCTTGCCAAT-GATATCTTTTTCTTCATGTTT
* * * *
56929 CTCGAGATACACATTCAATTATAATCTATTTGAATAAAAAATAC
127 CTCGAGATACACATTCAATTATAATCTCTTTTAACAAAAAACAC
*
56973 AAAA-CAATTTAACTTAA
1 AAAATAAATTTAACTTAA
56990 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 291, Mismatches: 59, Indels: 18
0.79 0.16 0.05
Matches are distributed among these distances:
169 2 0.01
170 8 0.03
171 267 0.92
172 13 0.04
173 1 0.00
ACGTcount: A:0.38, C:0.13, G:0.13, T:0.35
Consensus pattern (170 bp):
AAAATAAATTTAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAAATATTTAAAGCGAGTAATAACATTT
TGAAGGCATGGGTGACAATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGATATCTTTTTCTTCATGTTTCTCG
AGATACACATTCAATTATAATCTCTTTTAACAAAAAACAC
Found at i:58638 original size:16 final size:16
Alignment explanation
Indices: 58619--58649 Score: 62
Period size: 16 Copynumber: 1.9 Consensus size: 16
58609 ATTTTAATAA
58619 AAATTAAAAATAATTC
1 AAATTAAAAATAATTC
58635 AAATTAAAAATAATT
1 AAATTAAAAATAATT
58650 ACGAGATTAT
Statistics
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16 15 1.00
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Consensus pattern (16 bp):
AAATTAAAAATAATTC
Found at i:59650 original size:171 final size:171
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Indices: 59434--59749 Score: 420
Period size: 171 Copynumber: 1.8 Consensus size: 171
59424 NNNNNNNNNN
* ** *
59434 ATAAATGGACTTTTCTTATCAATGGATATCTTTTTCTTCATGTTTCTTGAGGA-AGACATTCCAC
1 ATAAATGGACTTTTCTTACCAATAAATATCTTTTTCTTCATGTTTCTTGA-GACAGACATTCAAC
*
59498 TATAATCTGTTTTAACAAAAAATGTAAAAAAAATT-AACTTAAAATCAATAATAAGATTATAAAA
65 TATAATCTGTTTTAACAAAAAACGT-AAAAAAATTAAACTTAAAATCAATAATAAGATTATAAAA
*
59562 ATATTGAAAGCGAGTAAAAAGGCTTTTGCAAGTGTGGGTGACT
129 ACATTGAAAGCGAGTAAAAAGGCTTTTGCAAGTGTGGGTGACT
* * *
59605 ATAAATGGACTTTTTTTGCCAATAAATATCTTTTTCTTCATGTTTCTTGAGACAGACATTCAATT
1 ATAAATGGACTTTTCTTACCAATAAATATCTTTTTCTTCATGTTTCTTGAGACAGACATTCAACT
* ** * * * * * *
59670 GTTTTCTGTTTTAACCAACAACGTAAAACAATTAAATTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAAAC
66 ATAATCTGTTTTAACAAAAAACGTAAAAAAATTAAACTTAAAATCAATAATAAGATTATAAAAAC
* *
59735 ATTTAAAGTGAGTAA
131 ATTGAAAGCGAGTAA
59750 TAACATTTTT
Statistics
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0.84 0.14 0.03
Matches are distributed among these distances:
170 10 0.08
171 113 0.92
ACGTcount: A:0.39, C:0.12, G:0.13, T:0.36
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ATAAATGGACTTTTCTTACCAATAAATATCTTTTTCTTCATGTTTCTTGAGACAGACATTCAACT
ATAATCTGTTTTAACAAAAAACGTAAAAAAATTAAACTTAAAATCAATAATAAGATTATAAAAAC
ATTGAAAGCGAGTAAAAAGGCTTTTGCAAGTGTGGGTGACT
Found at i:60760 original size:172 final size:170
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60396 NNNNNNNNNN
* *
60406 TTTCTTGCCAATGGATATCTTTTTCTTCACGTTTTCTGATGCAGACATTCAATTATTATCTGTTT
1 TTTCTTGCCAATGGATATCTTTTTCTTCACG-TTTCTAAGGCAGACATTCAATTATTATCTGTTT
* *
60471 TAACCAGAAATGTAAAAAAATTTGACTTAAAATCAGCTATGAGTTTATAAAAACATTTAAAGCGA
65 TAACCAGAAATGTAAAAAAACTTGACTTAAAATCAACTATGAGTTTATAAAAACATTTAAAGCGA
* * * * * *
60536 GTAAAAAGGCTTTTGACGGTATGGGTGACTATAAATTGATT
130 ATAAAAAGGCTTTCGAAGGAATGGATGACTATAAATTGACT
* *
60577 TTTCTTGCCAATGGATATCTTTTTCTTCACGTTTCATAAGGCAGAAATTCAATTATTATTTGTTT
1 TTTCTTGCCAATGGATATCTTTTTCTTCACGTTTC-TAAGGCAGACATTCAATTATTATCTGTTT
* *
60642 TAACCCA-AAATGTAAAAAAAACTTGACTTAAAATCAATTATGAGTTTATAAAAACATTTACAGC
65 TAA-CCAGAAATGT-AAAAAAACTTGACTTAAAATCAACTATGAGTTTATAAAAACATTTAAAGC
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128 GAATAA-AAAGGCTTTCGAAGGAATGGATGACTATAAATTGACT
* * * * *
60749 TTTCTTGCCAATGGATATCTTTTTGTTCATGTTTCCCAAGGAAGACGTTCAATTATTATCTGTTT
1 TTTCTTGCCAATGGATATCTTTTTCTTCACGTTT-CTAAGGCAGACATTCAATTATTATCTGTTT
60814 TAA
65 TAA
60817 TTAAAAACGT
Statistics
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Matches are distributed among these distances:
170 4 0.02
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ACGTcount: A:0.34, C:0.14, G:0.14, T:0.38
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TTTCTTGCCAATGGATATCTTTTTCTTCACGTTTCTAAGGCAGACATTCAATTATTATCTGTTTT
AACCAGAAATGTAAAAAAACTTGACTTAAAATCAACTATGAGTTTATAAAAACATTTAAAGCGAA
TAAAAAGGCTTTCGAAGGAATGGATGACTATAAATTGACT
Found at i:61611 original size:171 final size:169
Alignment explanation
Indices: 60979--62521 Score: 1094
Period size: 170 Copynumber: 9.1 Consensus size: 169
60969 NNNNNNNNNN
* * * * * *
60979 TTCAATTATCATCTGTATTAAC-CAATAATATAAACAAATTCAATTTAAAATCAATTTATGAGAT
1 TTCAATTATAATCTGT-TT-ACTAAAAAATATAAATAAATTTAACTTAAAATCAA-TTATGA-AT
* * * * * ** *
61043 TATAAAAACATTTAAAGCGAGTAATACGGTTTTTGAAAGCATATGTGACTATAAAAGGACTTTTC
62 TATAAAATCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATGGGTGACTATAAATGGACTTTTC
* * * * *
61108 TTGCCTACGGATACCTTTTTCTTCATGTTTCTCGAGGTAAATA
127 TTGCCAATGGATATCTTTTTCTTCATGTTTCTCGAGGTACACA
* * * * *
61151 TTCAATTAT-TTCTATTTTAAC-CAAAAATATAAAAAAATTTAA-TTGAAAATTAATTATGAGAT
1 TTCAATTATAATCT-GTTT-ACTAAAAAATATAAATAAATTTAACTT-AAAATCAATTATGA-AT
* ** * * * * ** *
61213 TATAAAAACGGTTAAAGCGAGTAAAAAGGCTTTTGAAGGCGTGAGTGACTGCAAATGTACTTTTC
62 TATAAAATCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATGGGTGACTATAAATGGACTTTTC
* *** *
61278 TTACCAAAAAATATCTTTTTCTTCACG-TTCTCGAGGTACACA
127 TTGCCAATGGATATCTTTTTCTTCATGTTTCTCGAGGTACACA
* * *
61320 TTCAACTATAATTTCT-TTTACTAAAAAGTATAAA-ACAATTTAACTTAAAATCAATTATGACGT
1 TTCAATTATAA--TCTGTTTACTAAAAAATATAAATA-AATTTAACTTAAAATCAATTATGA-AT
************* * *
61383 TATAAAATCATTTAAAGCGAGNNNNNNNNNNNNNGAAGGCATTGCTGACTATAAATGGACTTTTC
62 TATAAAATCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATGGGTGACTATAAATGGACTTTTC
* * *
61448 TTACCAATGGATATCTTTTTCTTCATGTTTCTGGAGATACACA
127 TTGCCAATGGATATCTTTTTCTTCATGTTTCTCGAGGTACACA
* ****
61491 TTCAATTATAATCTCGTTTACTAAAAAATGTAAATAAATTTAACTTAAAATCAATTATGANNNNN
1 TTCAATTATAATCT-GTTTACTAAAAAATATAAATAAATTTAACTTAAAATCAATTATGA-ATTA
***** * * * *
61556 NNNNNTCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGTATGAGTGGCTGTAAATGGACTTTTCTT
64 TAAAATCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTT
* * *
61621 GCCTATGGATATCTTTTTCTTCATATTTCTCGAGGTAGACA
129 GCCAATGGATATCTTTTTCTTCATGTTTCTCGAGGTACACA
* * * * * * * **
61662 TTCAATTATTATCTATTTTAATTAAAAATAAAAAT-AATTCAACGTAAAAAT-AATTACAAAATT
1 TTCAATTATAATCT-GTTTACTAAAAAATATAAATAAATTTAAC-TTAAAATCAATTA-TGAATT
********* *** *
61725 ATAAAAAT-ATTTAAAGC-ANNNNNNNNNNCTTTCGAAGGCATGGGTGACTATGTGTTGACTTTT
63 AT-AAAATCATTTAAAGCGA-GTAATAAGGCTTTCGAAGGCATGGGTGACTATAAATGGACTTTT
* * * * * * *
61788 CTTGCCAATGGATAACTTTTTCTTAAAGTTT-TCTAAGGCAGACT
126 CTTGCCAATGGATATCTTTTTCTTCATGTTTCTC-GAGGTACACA
* * * * *
61832 TTCAATTACT-ATCTGTTTTAAT-AAAAATGTAAAAAAATTTGAGTTAAAATCAATTATGAGATT
1 TTCAATTA-TAATCTG-TTTACTAAAAAATATAAATAAATTTAACTTAAAATCAATTATGA-ATT
* * * * * * * *
61895 ATAAAAACGTTTCAAGCGAGTAAAAAGGCTTTTGAAGGCGTGGGTGACCATAAATGCACTTTTCT
63 ATAAAATCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCT
* ** **
61960 TGTCAATATATATCTTTTTCTTCATGTTTCTTAAGGTACACA
128 TGCCAATGGATATCTTTTTCTTCATGTTTCTCGAGGTACACA
* * * * * *
62002 TTCAATAATAATCTGTTTTACCAAAAAATATAAAAAAAATTAACTTAACATCAATTATGACAATA
1 TTCAATTATAATCTG-TTTACTAAAAAATATAAATAAATTTAACTTAAAATCAATTATGA-ATTA
** *
62067 TAAAATCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGAAATGGGTGACAATAAATGGACTTTTCTT
64 TAAAATCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTT
* * * *
62132 ACCAATGGATATATTTTTCCTCATGTTTCTCGAGATACACA
129 GCCAATGGATATCTTTTTCTTCATGTTTCTCGAGGTACACA
* * * * **
62173 TTCAATTACAATCTCTTTTACTAAAAAATATAAATAAATTTAACTTAAAATAAATTATGACGTGG
1 TTCAATTATAATCT-GTTTACTAAAAAATATAAATAAATTTAACTTAAAATCAATTATGA-ATTA
* * *
62238 T--AA--ATTTAAAGCGAGTAAGAAGACTTTCGAAGGCATCGGT-ATCTATAAATGGACTTTTCT
64 TAAAATCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATGGGTGA-CTATAAATGGACTTTTCT
** *
62298 TGCCAATGGATATCTTTTT-TTCACATTTCTCGAGGTACAAA
128 TGCCAATGGATATCTTTTTCTTCATGTTTCTCGAGGTACACA
* * * * * *
62339 TTTAATTATAATCTATTAGAGTAAAAAATGTAAA-ACAATTTAACTTAAAATCAATTATGAGGTT
1 TTCAATTATAATCTGTT-TACTAAAAAATATAAATA-AATTTAACTTAAAATCAATTATGA-ATT
********** * * * *
62403 ATAAAATCNNNNNNNNNNAGTAATAAAGCTTTTGAAGGCATGGGTGTCTATAAATAGACTTTTCT
63 ATAAAATCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCT
* * * *
62468 TGCCAATGGATATCTTTTTCTTCATGTTTCTTGACGCAGACA
128 TGCCAATGGATATCTTTTTCTTCATGTTTCTCGAGGTACACA
*
62510 TTCCATTATAAT
1 TTCAATTATAAT
62522 GAGATTATAA
Statistics
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0.75 0.20 0.05
Matches are distributed among these distances:
165 3 0.00
166 69 0.07
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168 2 0.00
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172 14 0.01
ACGTcount: A:0.36, C:0.13, G:0.13, T:0.35
Consensus pattern (169 bp):
TTCAATTATAATCTGTTTACTAAAAAATATAAATAAATTTAACTTAAAATCAATTATGAATTATA
AAATCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGC
CAATGGATATCTTTTTCTTCATGTTTCTCGAGGTACACA
Found at i:61699 original size:16 final size:16
Alignment explanation
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Period size: 16 Copynumber: 2.7 Consensus size: 16
61670 TTATCTATTT
61680 TAATTAAAAATAAAAA
1 TAATTAAAAATAAAAA
* **
61696 TAATTCAACGTAAAAA
1 TAATTAAAAATAAAAA
61712 TAATTACAAAAT
1 TAATTA-AAAAT
61724 TATAAAAATA
Statistics
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Matches are distributed among these distances:
16 18 0.86
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Consensus pattern (16 bp):
TAATTAAAAATAAAAA
Found at i:64098 original size:172 final size:161
Alignment explanation
Indices: 63886--64201 Score: 307
Period size: 172 Copynumber: 1.9 Consensus size: 161
63876 GCAGGTGTGA
* * * *
63886 GTGATTATAAATGGACTTTTCTTACCAATGAATATCTTTTTC-TCTATGTTTC-CTGAGGCAGAC
1 GTGACTATAAAAGGACTTTTCTTACCAATGAATATCTTTTTCTTC-ACGTTTCTC-AAGGCAGAC
* *
63949 ATTCAATTATCATCTGTTTTAACCAATAATATAAAAAA-ATTCAATTGAAAATCAATTTATAAGA
64 ATTCAATTATCATCTATTTTAACCAAAAATATAAAAAAGATTC-ATTGAAAATCAA-TTATAAGA
64013 TTATAAAAATATTTAAANNNNNNNNNNAGGTTTTTGAAGGCATGG
127 TTATAAAAATATTTAAA----------AGGTTTTTGAAGGCATGG
* * * * * * *
64058 GTGACTATAAAAGGACTTTTCTTGCCTAA-GGATGTCTTTTTCTTCACGTTTTTCAATGTAGATA
1 GTGACTATAAAAGGACTTTTCTTACC-AATGAATATCTTTTTCTTCACGTTTCTCAAGGCAGACA
* * * *
64122 TTCAATTATTATCTATTTTAACCAAAAATATAAAAAAGTTTCATTTAAAATCAATTATGAGATTA
65 TTCAATTATCATCTATTTTAACCAAAAATATAAAAAAGATTCATTGAAAATCAATTATAAGATTA
*
64187 TAAAAATGTTTAAAA
130 TAAAAATATTTAAAA
64202 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 122, Mismatches: 18, Indels: 19
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Matches are distributed among these distances:
161 1 0.01
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ACGTcount: A:0.37, C:0.11, G:0.11, T:0.38
Consensus pattern (161 bp):
GTGACTATAAAAGGACTTTTCTTACCAATGAATATCTTTTTCTTCACGTTTCTCAAGGCAGACAT
TCAATTATCATCTATTTTAACCAAAAATATAAAAAAGATTCATTGAAAATCAATTATAAGATTAT
AAAAATATTTAAAAGGTTTTTGAAGGCATGG
Found at i:64632 original size:171 final size:171
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Indices: 64341--64739 Score: 469
Period size: 171 Copynumber: 2.3 Consensus size: 171
64331 NNNNNNNNNN
* *
64341 TGTTTCTCGAGGTACACATTCAATTATAATCTGTTTTACTAAAAAATATAAAAAAATTTAACCTA
1 TGTTTCTCGAGATACACATTCAATTATAATCTATTTTACTAAAAAATATAAAAAAATTTAACCTA
* * * *
64406 AAATCAATTATGACGATATAAAATTATTTGAAGCGAGTAATAAGGCTTCCGAAGGCATGGGTAAC
66 AAATCAATTATGACGATATAAAATCATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTCCGAAGGCAGGGGTAAC
*
64471 TATAAATGGACTTTCCTTACCAATGGATATCTTTTTCTTTA
131 TATAAATGGACTTTCCTTACCAATGGATATCTTTTTCTTCA
* * ********** *
64512 TGTTTCTCGAGATACACATTCAATTATAATCTCTTTTACTAAAAAATGTNNNNNNNNNNAACTTA
1 TGTTTCTCGAGATACACATTCAATTATAATCTATTTTACTAAAAAATATAAAAAAATTTAACCTA
* * **
64577 AAATCAATTATGATG-TGATAAAATCATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCAGGGGTGG
66 AAATCAATTATGACGAT-ATAAAATCATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTCCGAAGGCAGGGGTAA
* * * *
64641 CTTTAAATGGACTTTTCTTAGCTATGGATATCTTTTTCTTCA
130 CTATAAATGGACTTTCCTTACCAATGGATATCTTTTTCTTCA
* * * * * *
64683 TGTTTCTTGAGATAGACATTTAATTATTATCTATTTTAATAAAAAATA-AAAATAATT
1 TGTTTCTCGAGATACACATTCAATTATAATCTATTTTACTAAAAAATATAAAAAAATT
64740 CAACTTANNN
Statistics
Matches: 184, Mismatches: 43, Indels: 3
0.80 0.19 0.01
Matches are distributed among these distances:
170 1 0.01
171 183 0.99
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Consensus pattern (171 bp):
TGTTTCTCGAGATACACATTCAATTATAATCTATTTTACTAAAAAATATAAAAAAATTTAACCTA
AAATCAATTATGACGATATAAAATCATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTCCGAAGGCAGGGGTAAC
TATAAATGGACTTTCCTTACCAATGGATATCTTTTTCTTCA
Found at i:65536 original size:171 final size:171
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Indices: 65228--66066 Score: 587
Period size: 171 Copynumber: 4.9 Consensus size: 171
65218 NNNNNNNNNN
* * * * * * *
65228 ACATTCAATTACAATCTCTTTTACTAAAAAATGTAAATAC-ATTTAACTTAAAATCACTTATGAC
1 ACATTCAATTATAATCTATTTGAATAAAAAATATAAA-ACAATTTAACTTAAAATCAATTATGAG
* * * * *
65292 GTGATAAAATCATTTAAAGCGAGTAATAAGACTTTCT-AAGGCATTGGTGGCTGTAAATGGACTT
65 GTTATAAAATCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTT-TGAAGGCATAGGTGACTATAAATGGACTT
* *
65356 TTCTTGCCAATGGATATCTTTTTCTTCACGTTTCTAGAGATAC
129 TTCTTGCCAATGGATATCTTTTTCTTCACATTTCTAGAGACAC
* * *
65399 ACATTCAATTATAATCTATTTGAGTAGAAAATATAAAACAATTTAACTTAAAATCAGTTATGAGG
1 ACATTCAATTATAATCTATTTGAATAAAAAATATAAAACAATTTAACTTAAAATCAATTATGAGG
* *********
65464 TTATAAAATCATTTAAAGCGAGTAGTAAGGCTTTTGAAGGCATAGGTGACTATAAANNNNNNNNN
66 TTATAAAATCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCATAGGTGACTATAAATGGACTTTT
* * * *
65529 NTTGCCAATGGATATCTTTTTCTTCACATTTCTTGAGGCAG
131 CTTGCCAATGGATATCTTTTTCTTCACATTTCTAGAGACAC
* * * * * *
65570 ACATTCCATTATAATCTATTTGAACAAAAAATAT-AAACAAATTTGACTTAAAATAAATAATAAG
1 ACATTCAATTATAATCTATTTGAATAAAAAATATAAAAC-AATTTAACTTAAAATCAATTATGAG
* * * * *
65634 ATTATAAAAAT-ATTTAAAGCAAGTAAAAAGGCTTTTGCAAGTG--TGGGTGACTCTAAATGGAC
65 GTTAT-AAAATCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTG-AAG-GCATAGGTGACTATAAATGGAC
* * ** * *
65696 TTTTTTTGCCAATGAATATCTTTTTCTTCATGTTTCTTGAGACAG
127 TTTTCTTGCCAATGGATATCTTTTTCTTCACATTTCTAGAGACAC
* * * * * ** * ** * *
65741 ACATTTAATTGTTATCTGTTTTAACCAACAATGCAAAATAATTCAA-TTGAAAATCAATTATGAG
1 ACATTCAATTATAATCTATTTGAATAAAAAATATAAAACAATTTAACTT-AAAATCAATTATGAG
* * ** *** * * * *
65805 ATTATAAAAACATTTAAATTGAGTAATAACATTTTTGAAGGCATGGGTAAGTATAAATAGACTTT
65 GTTATAAAATCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCATAGGTGACTATAAATGGAC-TT
* * * * *
65870 TTCTTGCTAATGAATATCTTTTTCTTCACGTTTTCTA-AGGCAG
129 TTCTTGCCAATGGATATCTTTTTCTTCAC-ATTTCTAGAGACAC
* * ** * * * * ********** *
65913 ACATTCAATTATTATCTATTTTAACCAGAAATGTAAAAAAATTTTANNNNNNNNNNATTATGAGT
1 ACATTCAATTATAATCTATTTGAATAAAAAATATAAAACAATTTAACTTAAAATCAATTATGAGG
* * * * * * * * *
65978 TTATAAAAACATTTAAAGTGAATAATAAAGCTTTCGAAGGAATGGGTGAGTATAAATTGACTTTT
66 TTATAAAATCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCATAGGTGACTATAAATGGACTTTT
**
66043 CTTATCAATGGATATCTTTTTCTT
131 CTTGCCAATGGATATCTTTTTCTT
66067 TACTTTTCCC
Statistics
Matches: 530, Mismatches: 124, Indels: 28
0.78 0.18 0.04
Matches are distributed among these distances:
169 1 0.00
170 16 0.03
171 366 0.69
172 141 0.27
173 6 0.01
ACGTcount: A:0.37, C:0.12, G:0.13, T:0.36
Consensus pattern (171 bp):
ACATTCAATTATAATCTATTTGAATAAAAAATATAAAACAATTTAACTTAAAATCAATTATGAGG
TTATAAAATCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCATAGGTGACTATAAATGGACTTTT
CTTGCCAATGGATATCTTTTTCTTCACATTTCTAGAGACAC
Found at i:66705 original size:170 final size:171
Alignment explanation
Indices: 66402--66709 Score: 379
Period size: 170 Copynumber: 1.8 Consensus size: 171
66392 AAAAGACTTT
* * * * **
66402 TTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCATGGGTGGCTATAAATGGATTCTTTTTACTAATGG
1 TTTAAAGCGAGTAATAAAGCTTTTGAAGGCATGGGTGACTATAAATAGACTCTTTTTACTAATAA
**** * * *
66467 ATATCTTTTTCTTCACGTTTCTTGTGGCAGACATTCCATTATAATCTGTTTTAATAGAAAATGTA
66 ATATCTTTTTCTTCACGTTTCAAAAGGCAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACAGAAAACGTA
66532 AAACAATTTGACTTAAAATCAATAATGAGATTATAAAAATA
131 AAACAATTTGACTTAAAATCAATAATGAGATTATAAAAATA
* ** *
66573 TTTAAAGCGAGTCAA-AAAGCTTTTGCAGGTGTGGGTGACTATAAATAGACT-TTTTTGCTAATA
1 TTTAAAGCGAGT-AATAAAGCTTTTGAAGGCATGGGTGACTATAAATAGACTCTTTTTACTAATA
* * * * *
66636 AATATCTTTTTCTTCATGTTTCAAAAGTCAGACATTCAATTGTTATCTGTTTTAACCA-ACAACG
65 AATATCTTTTTCTTCACGTTTCAAAAGGCAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAA-CAGAAAACG
66700 TAAAACAATT
129 TAAAACAATT
66710 CAATTTAANN
Statistics
Matches: 113, Mismatches: 22, Indels: 5
0.81 0.16 0.04
Matches are distributed among these distances:
170 69 0.61
171 42 0.37
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ACGTcount: A:0.34, C:0.13, G:0.16, T:0.37
Consensus pattern (171 bp):
TTTAAAGCGAGTAATAAAGCTTTTGAAGGCATGGGTGACTATAAATAGACTCTTTTTACTAATAA
ATATCTTTTTCTTCACGTTTCAAAAGGCAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACAGAAAACGTA
AAACAATTTGACTTAAAATCAATAATGAGATTATAAAAATA
Done.