Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: NW_018397913.1 Herrania umbratica cultivar Fairchild unplaced genomic scaffold, ASM216827v2 scaffold_1219.0, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000
Length: 2394
ACGTcount: A:0.25, C:0.09, G:0.09, T:0.24
Warning! 783 characters in sequence are not A, C, G, or T
Found at i:391 original size:172 final size:170
Alignment explanation
Indices: 1--1201 Score: 1162
Period size: 172 Copynumber: 7.0 Consensus size: 170
* * * *
1 AAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAAGAAT-AGGTAACTATAAATGGTCTTTTCTTG
1 AAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGA-GTGACTATAAATAGACTTTTCTTG
* * * * * * * *
65 CCGATGAATGCCTTTTTTTTTACATTTCTCAAGGTAAACATTCAATTATAGTCTATTTCAGCTAA
65 CCAATGAATG-CTTTTTCTTTACGTTTCTCAAGGTAGACATTCAATTATAGTCTGTTTTAACCAA
* * * *
130 AAATGTAAAACAATTCAACTTAAAATCAATTATGACATTAAA
129 AAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTTTGAGATTATA
* * * * * *
172 AAACTATTTAAAGTGAGTAATGA-GCATTTTAAAGGTATGGGTGACTATAAATAGACTTTTCTTA
1 AAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGC-TTTTGAAGGAATGAGTGACTATAAATAGACTTTTCTTG
* * * * *
236 CCAATGAATGCGTTTTTCTTTATGTTTCTAAAGGTAGGCATTCAATTGTAGTCTGTTTTAATCAA
65 CCAATGAATGC-TTTTTCTTTACGTTTCTCAAGGTAGACATTCAATTATAGTCTGTTTTAACCAA
** * * * *
301 AAATGATCGAAGAATTCAAATTTAAATCAATTTTGAGATTACA
129 AAATG-TAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTTTGAGATTATA
* * * * *
344 AAACCTTTTAAATTGAGTAATAAGGCTTTTAAAGGAATGAGTGACTATAATTGGACTTTTCTTGC
1 AAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGAGTGACTATAAATAGACTTTTCTTGC
* * * * * * * * *
409 CAATGAATTTCTTTTT-TCTCACGTTTTTCGAGCTACACATTCAATTATAATATGTTTTAACAAA
66 CAATGAA-TGCTTTTTCT-TTACGTTTCTCAAGGTAGACATTCAATTATAGTCTGTTTTAACCAA
* * * *
473 AAAT-TAAAACAATTTGAACTTAAAATTAATCTTGAGATTATA
129 AAATGTAAAA-AAATTCAACTTAAAATCAATTTTGAGATTATA
* * * * * *
515 AAAGCATTTAAAGTGAGTAATAAGACTTTTGAAGCAATGGGTGACTGTAAATAGAGTTTTCTTGC
1 AAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGAGTGACTATAAATAGACTTTTCTTGC
* * * * * *
580 CAATGAATGCTCTTTTCCTTACATTTCTTAAGGTAGACATTTAATTATAATTTGTTTTAACCAAA
66 CAATGAATGCT-TTTTCTTTACGTTTCTCAAGGTAGACATTCAATTATAGTCTGTTTTAACCAAA
* *
645 AATGTAAAAAAAATTGAACTTAGAATCAATTTTGAGATTATA
130 AATGT-AAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTTTGAGATTATA
* * * **
687 AAACCATTTAAAATGAGCAATAATGCTACTGAAGGAATGAGTGACTATAAATAGACTTTTCTTGC
1 AAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGAGTGACTATAAATAGACTTTTCTTGC
* * * **
752 CAATGAATGCTTTTTTCTTTATGTTTCTCAAGGTAGACATTCAATTATAGTCTATTTCAGTCAAA
66 CAATGAATGC-TTTTTCTTTACGTTTCTCAAGGTAGACATTCAATTATAGTCTGTTTTAACCAAA
* * * *
817 AATGTTAAAAAATTCAACTTAAAATGAATTATGACATTATA
130 AATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTTTGAGATTATA
** * ** * *
858 AAATAATTTCAAGCAAGTAATAAGGCTTTTTGAAGGTATGCGTGACTATAAAT-GCACTTTTCTT
1 AAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGC-TTTTGAAGGAATGAGTGACTATAAATAG-ACTTTTCTT
* * * *
922 GCCAATGAATGCTTTTTTTTTCACGTTTCTCTAGGTAGACATTCAATTGTAGTCTGTGTTAACCA
64 GCCAATGAATGCTTTTTCTTT-ACGTTTCTCAAGGTAGACATTCAATTATAGTCTGTTTTAACCA
* *
987 AAAATGTAAAAAAATTCTACTTAAAATCAATTATT-AGTTTATA
128 AAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATT-TTGAGATTATA
** * ** *
1030 AAACCATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCTTGAGCT-ACTATAAATGGACTTTT-TGT
1 AAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGAG-TGACTATAAATAGACTTTTCT-T
** * * * * * * * *
1093 GCCAATGGTTGGCTTTTGCTTCACGTTCCACATGGCAAGA-ACTCAATTATAGCCAT-TTTTAAC
64 GCCAATGAAT-GCTTTTTCTTTACGTTTCTCAAGG-TAGACATTCAATTATAGTC-TGTTTTAAC
* *
1156 CAAAAATGTAAAACAATTCAACTTAAAATCAATTTTGAGGTTATA
126 CAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTTTGAGATTATA
1201 A
1 A
1202 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 836, Mismatches: 170, Indels: 48
0.79 0.16 0.05
Matches are distributed among these distances:
170 12 0.01
171 393 0.47
172 421 0.50
173 10 0.01
ACGTcount: A:0.37, C:0.13, G:0.14, T:0.36
Consensus pattern (170 bp):
AAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGAGTGACTATAAATAGACTTTTCTTGC
CAATGAATGCTTTTTCTTTACGTTTCTCAAGGTAGACATTCAATTATAGTCTGTTTTAACCAAAA
ATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTTTGAGATTATA
Found at i:647 original size:343 final size:340
Alignment explanation
Indices: 1--1189 Score: 1199
Period size: 343 Copynumber: 3.5 Consensus size: 340
* *
1 AAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAA-GAAT-AGGTAACTATAAATGGTCTTTTCTT
1 AAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTT-AAAGGAATGA-GTGACTATAAATGGACTTTTCTT
* * * * * *
64 GCCGATGAATGCCTTTTTTTTTACATTTCTCAAGGTAAACATTCAATTATAGTCTATTTCAGCTA
64 GCCAATGAATTCCTTTTTTCTTACGTTTCTCAAGGTAAACATTCAATTATAGTCTATTTCAACAA
129 AAAATGTAAAACAATTCAACTTAAAATCAATTATGACATTA-AAAAACTATTTAAAGTGAGTAAT
129 AAAAT-TAAAACAATTCAACTTAAAATCAATTATGACATTATAAAAAC-ATTTAAAGTGAGTAAT
* * *
193 GAGCATTTTAAAGGTATGGGTGACTATAAATAGACTTTTCTTACCAATGAATGCGTTTTTCTTTA
192 AAGCATTTTGAAGGTATGGGTGACTATAAATAGACTTTTCTTGCCAATGAATGC-TTTTTCTTTA
* * * * ** *
258 TGTTTCTAAAGGTAGGCATTCAATTGTAGTCTGTTTTAATCAAAAATGATCGAAGAATTCAAATT
256 CGTTTCTTAAGGTAGACATTCAATTGTAGTCTGTTTTAACCAAAAATG-TAAAAAAATTCAAATT
*
323 TAAATCAATTTTGAGATTACA
320 TAAATCAATTTTGAGATTATA
* * *
344 AAACCTTTTAAATTGAGTAATAAGGCTTTTAAAGGAATGAGTGACTATAATTGGACTTTTCTTGC
1 AAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTAAAGGAATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGC
* * * * * * * * * *
409 CAATGAATTTCTTTTTTCTCACGTTTTTCGAGCTACACATTCAATTATAATATGTTTTAACAAAA
66 CAATGAATTCCTTTTTTCTTACGTTTCTCAAGGTAAACATTCAATTATAGTCTATTTCAACAAAA
* * * *
474 AATTAAAACAATTTGAACTTAAAATTAATCT-TGAGATTATAAAAGCATTTAAAGTGAGTAATAA
131 AATTAAAACAA-TTCAACTTAAAATCAAT-TATGACATTATAAAAACATTTAAAGTGAGTAATAA
** * * *
538 G-ACTTTTGAAGCAATGGGTGACTGTAAATAGAGTTTTCTTGCCAATGAATGCTCTTTTCCTTAC
194 GCA-TTTTGAAGGTATGGGTGACTATAAATAGACTTTTCTTGCCAATGAATGCT-TTTTCTTTAC
* * * * * * *
602 ATTTCTTAAGGTAGACATTTAATTATAATTTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAAATT-GAACTT
257 GTTTCTTAAGGTAGACATTCAATTGTAGTCTGTTTTAACCAAAAATGT-AAAAAAATTCAAATTT
666 AGAATCAATTTTGAGATTATA
321 A-AATCAATTTTGAGATTATA
* * * ** * *
687 AAACCATTTAAAATGAGCAATAATGCTACTGAAGGAATGAGTGACTATAAATAGACTTTTCTTGC
1 AAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTAAAGGAATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGC
* * * *
752 CAATGAA-TGCTTTTTTCTTTATGTTTCTCAAGGTAGACATTCAATTATAGTCTATTTCAGTCAA
66 CAATGAATTCCTTTTTTC-TTACGTTTCTCAAGGTAAACATTCAATTATAGTCTATTTCA-ACAA
* * * **
816 AAATGTTAAAA-AATTCAACTTAAAATGAATTATGACATTATAAAATA-ATTTCAAGCAAGTAAT
129 AAA-ATTAAAACAATTCAACTTAAAATCAATTATGACATTATAAAA-ACATTTAAAGTGAGTAAT
* * *
879 AAGGCTTTTTGAAGGTATGCGTGACTATAAAT-GCACTTTTCTTGCCAATGAATGCTTTTTTTTT
192 AA-GCATTTTGAAGGTATGGGTGACTATAAATAG-ACTTTTCTTGCCAATGAATGCTTTTTCTTT
* * *
943 CACGTTTCTCT-AGGTAGACATTCAATTGTAGTCTGTGTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCTAC
255 -ACGTTTCT-TAAGGTAGACATTCAATTGTAGTCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAAA
* *
1007 TTAAAATCAATTATT-AGTTTATA
318 TTTAAATCAATT-TTGAGATTATA
** ** **
1030 AAACCATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCTTGAGCT-ACTATAAATGGACTTTT-TGT
1 AAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTAAAGGAATGAG-TGACTATAAATGGACTTTTCT-T
* * * * * * * * * *
1093 GCCAATG-GTTGGC-TTTTGCTTCACGTTCCACATGGCAAGA-ACTCAATTATAG-CCATTTTTA
64 GCCAATGAATT-CCTTTTTTCTT-ACGTTTCTCAAGGTAA-ACATTCAATTATAGTCTA-TTTCA
*
1154 ACCAAAAATGTAAAACAATTCAACTTAAAATCAATT
125 ACAAAAAAT-TAAAACAATTCAACTTAAAATCAATT
1190 TTGAGGTTAT
Statistics
Matches: 694, Mismatches: 122, Indels: 60
0.79 0.14 0.07
Matches are distributed among these distances:
341 1 0.00
342 44 0.06
343 532 0.77
344 110 0.16
345 7 0.01
ACGTcount: A:0.37, C:0.13, G:0.14, T:0.36
Consensus pattern (340 bp):
AAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTAAAGGAATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGC
CAATGAATTCCTTTTTTCTTACGTTTCTCAAGGTAAACATTCAATTATAGTCTATTTCAACAAAA
AATTAAAACAATTCAACTTAAAATCAATTATGACATTATAAAAACATTTAAAGTGAGTAATAAGC
ATTTTGAAGGTATGGGTGACTATAAATAGACTTTTCTTGCCAATGAATGCTTTTTCTTTACGTTT
CTTAAGGTAGACATTCAATTGTAGTCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAAATTTAAATC
AATTTTGAGATTATA
Found at i:1143 original size:515 final size:513
Alignment explanation
Indices: 1--1201 Score: 1203
Period size: 515 Copynumber: 2.3 Consensus size: 513
** * * * * *
1 AAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAAG-AATAGG-TAACTATAAATGGTCTTTTCTT
1 AAACCATTTAAAGCAAGTAATAAGACTTTCG-AAGCAAT-GGCTGACTATAAATAGACTTTTCTT
* ** * * * * * *
64 GCCGATGAATGC-CTTTTTTTTTACATTTCTCAAGGTAA-ACATTCAATTATAGTC-TATTTCAG
64 GCCAATGAATGCGC-TTTTCCTTACATTCCACAAGG-AAGACACTCAATTATAGACAT-TTTTAA
* * * * * * *
126 CTAAAAATGTAAAACAATTCAACTTAAAATCAATTATGACATTAAAAAACTATTTAAAGTGAGTA
126 CCAAAAATGTAAAACAATTCAACTTAAAATCAATTTTGAGATTATAAAACCATTTAAAATGAGCA
* ** * *
191 ATGAGCATTTTAAAGGTATGGGTGACTATAAATAGACTTTTCTTACCAATGAATGCGTTTTTCTT
191 ATAAGCATACTAAAGGAATGAGTGACTATAAATAGACTTTTCTTACCAATGAATGCGTTTTTCTT
* * * * * *
256 TATGTTTCTAAAGGTAGGCATTCAATTGTAGTCTGTTTTAATCAAAAATGATCGAAGAATTCAAA
256 TATGTTTCTAAAGGTAGACATTCAATTATAGTCTATTTCAATCAAAAATGATCAAAAAATTCAAA
* * * ** ***
321 TTTAAATCAATTTTGAGATTACAAAACCTTTTAAATTGAGTAATAAGGCTTTTAAAGGAATGAGT
321 TTAAAATCAATTATGACATTACAAAACAATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTTAAAGGAATGAGT
* * *
386 GACTATAATTGGACTTTTCTTGCCAATGAATTTCTTTTTTCTCACGTTTTTCGAGCTACACATTC
386 GACTATAAATGCACTTTTCTTGCCAATGAATTTCTTTTTTCTCACGTTTCTCGAGCTACACATTC
* * *
451 AATTATAATATGTTTTAACAAAAAATTAAAACAATTTGAACTTAAAATTAATCTTGAGATTATA
451 AATTATAATATGTGTTAACAAAAAATTAAAAAAATTT-AACTTAAAATCAATCTTGAGATTATA
* ** * * * *
515 AAAGCATTTAAAGTGAGTAATAAGACTTTTGAAGCAATGGGTGACTGTAAATAGAGTTTTCTTGC
1 AAACCATTTAAAGCAAGTAATAAGACTTTCGAAGCAATGGCTGACTATAAATAGACTTTTCTTGC
* * ** * * * **
580 CAATGAATGCTCTTTTCCTTACATTTCTTAAGGTAGACATTTAATTATA-ATTTGTTTTAACCAA
66 CAATGAATGCGCTTTTCCTTACATTCCACAAGGAAGACACTCAATTATAGACAT-TTTTAACCAA
* * *
644 AAATGTAAAAAAAATTGAACTTAGAATCAATTTTGAGATTATAAAACCATTTAAAATGAGCAATA
130 AAATGT-AAAACAATTCAACTTAAAATCAATTTTGAGATTATAAAACCATTTAAAATGAGCAATA
* * *
709 ATGC-TACTGAAGGAATGAGTGACTATAAATAGACTTTTCTTGCCAATGAATGCTTTTTTCTTTA
194 A-GCATACTAAAGGAATGAGTGACTATAAATAGACTTTTCTTACCAATGAATGCGTTTTTCTTTA
* * * *
773 TGTTTCTCAAGGTAGACATTCAATTATAGTCTATTTCAGTCAAAAATG-TTAAAAAATTCAACTT
258 TGTTTCTAAAGGTAGACATTCAATTATAGTCTATTTCAATCAAAAATGATCAAAAAATTCAAATT
* * * * * * *
837 AAAATGAATTATGACATTATAAAATAATTTCAAGCAAGTAATAAGGCTTTTTGAAGGTATGCGTG
323 AAAATCAATTATGACATTACAAAACAATTTAAAGCAAGTAATAAGGC-TTTTAAAGGAATGAGTG
* * *
902 ACTATAAATGCACTTTTCTTGCCAATGAATGCTT-TTTTTT-TCACGTTTCTCTAGGTAGACATT
387 ACTATAAATGCACTTTTCTTGCCAATGAAT--TTCTTTTTTCTCACGTTTCTCGAGCTACACATT
* * * * * *
965 CAATTGTAGTCTGTGTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCT-ACTTAAAATCAAT-TATTAGTTTA
450 CAATTATAATATGTGTTAACAAAAAAT-TAAAAAAATT-TAACTTAAAATCAATCT-TGAGATTA
1028 TA
512 TA
* * *
1030 AAACCATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTCGAAGGC-TTGAGCT-ACTATAAATGGACTTTT-TG
1 AAACCATTTAAAGCAAGTAATAAGACTTTCGAA-GCAATG-GCTGACTATAAATAGACTTTTCT-
** * * * *
1092 TGCCAATGGTTG-GCTTTTGCTTCACGTTCCACATGGCAAGA-ACTCAATTATAGCCATTTTTAA
63 TGCCAATGAATGCGCTTTTCCTT-ACATTCCACAAGG-AAGACACTCAATTATAGACATTTTTAA
*
1155 CCAAAAATGTAAAACAATTCAACTTAAAATCAATTTTGAGGTTATAA
126 CCAAAAATGTAAAACAATTCAACTTAAAATCAATTTTGAGATTATAA
1202 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 563, Mismatches: 105, Indels: 38
0.80 0.15 0.05
Matches are distributed among these distances:
513 6 0.01
514 194 0.34
515 335 0.60
516 25 0.04
517 3 0.01
ACGTcount: A:0.37, C:0.13, G:0.14, T:0.36
Consensus pattern (513 bp):
AAACCATTTAAAGCAAGTAATAAGACTTTCGAAGCAATGGCTGACTATAAATAGACTTTTCTTGC
CAATGAATGCGCTTTTCCTTACATTCCACAAGGAAGACACTCAATTATAGACATTTTTAACCAAA
AATGTAAAACAATTCAACTTAAAATCAATTTTGAGATTATAAAACCATTTAAAATGAGCAATAAG
CATACTAAAGGAATGAGTGACTATAAATAGACTTTTCTTACCAATGAATGCGTTTTTCTTTATGT
TTCTAAAGGTAGACATTCAATTATAGTCTATTTCAATCAAAAATGATCAAAAAATTCAAATTAAA
ATCAATTATGACATTACAAAACAATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTTAAAGGAATGAGTGACTA
TAAATGCACTTTTCTTGCCAATGAATTTCTTTTTTCTCACGTTTCTCGAGCTACACATTCAATTA
TAATATGTGTTAACAAAAAATTAAAAAAATTTAACTTAAAATCAATCTTGAGATTATA
Done.