Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: NW_018397915.1 Herrania umbratica cultivar Fairchild unplaced genomic scaffold, ASM216827v2 scaffold_1220.0, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000
Length: 22449
ACGTcount: A:0.28, C:0.11, G:0.09, T:0.29
Warning! 5296 characters in sequence are not A, C, G, or T
Found at i:2247 original size:171 final size:161
Alignment explanation
Indices: 1990--2321 Score: 355
Period size: 171 Copynumber: 2.0 Consensus size: 161
1980 TTATAAAACC
* *
1990 ATTTAAAGCAAGTACTAAGACTTTGAAGGAATGAGAGACTATAAATGTACTTTTCTAACTAATGA
1 ATTTAAAGCAAGTAATAAGACTTTGAAGGAATGAGAGACCATAAATGTACTTTTCTAACTAATGA
* * * *
2055 ATGCTTTTTTTCTCATGTTTCTCAATGTAGATATTTAATTATAGTATGTTTTAACCAAAAAAGTA
66 ATGCTTTTTTTCCCATGTTTCTCAAGGTAGACATTGAATTATAGTATGTTTTAACCAAAAAAGTA
*
2120 AAAAAAATTGAACCTAAAATCAATTTTGAGA
131 AAAAAAATTGAACATAAAATCAATTTTGAGA
* * *
2151 NNNNNNNNNNATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAACTG-GTGACCATAAATAG-ACTT
1 ----------ATTTAAAGCAAGTAATAAGAC-TTTGAAGGAA-TGAGAGACCATAAAT-GTACTT
** ** *
2214 TTCTTGCTAATGAATGC-TTTTTTCCCATGTTTCTTGAGGTAGACATTGAATTATAGTCTGTTTT
53 TTCTAACTAATGAATGCTTTTTTTCCCATGTTTCTCAAGGTAGACATTGAATTATAGTATGTTTT
* * * *
2278 AATCAAAATATTAATAAAAATTGAACATAAAATCAATTTTGAGA
118 AACCAAAAAAGTAAAAAAAATTGAACATAAAATCAATTTTGAGA
2322 TAATAAAACG
Statistics
Matches: 139, Mismatches: 19, Indels: 6
0.85 0.12 0.04
Matches are distributed among these distances:
171 97 0.70
172 39 0.28
173 3 0.02
ACGTcount: A:0.37, C:0.11, G:0.14, T:0.35
Consensus pattern (161 bp):
ATTTAAAGCAAGTAATAAGACTTTGAAGGAATGAGAGACCATAAATGTACTTTTCTAACTAATGA
ATGCTTTTTTTCCCATGTTTCTCAAGGTAGACATTGAATTATAGTATGTTTTAACCAAAAAAGTA
AAAAAAATTGAACATAAAATCAATTTTGAGA
Found at i:3277 original size:171 final size:167
Alignment explanation
Indices: 2981--4505 Score: 1358
Period size: 171 Copynumber: 8.9 Consensus size: 167
2971 NNNNNNNNNN
* * * *
2981 CTATAAATAGACTTTTCTTGCTAATGAATGATTTTTTCTACACGTTTCCCTAGACAAGCATTCAA
1 CTATAAATGGACTTTTCTT-CTAATGAATG-CTTTTTCTACACGTTT-CTTAGGCAAGCATTCAA
* * * * *
3046 TTATAGTCTATTGTAATAAAAAATATAAAAAAGTTAAACTT-AAATACAATTATGAGATTATAAA
63 TTATAGTCTGTTTTAATGAAAAATGTAAAAAA-TTCAACTTAAAAT-CAATTATGAGATTATAAA
* * * * *
3110 ACTATTTAAGGGTAATAATATGACTTTTGAAGGTATGAGAGA
126 ACTATTTAAGAGTAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGAGAGA
* * * *
3152 CTGTAAATGTACTTTTCTTCTAACTAAATGGCTTTTTCTACACATTTCCTTAGGCAAGCATTCAA
1 CTATAAATGGACTTTTCTTCTAA-TGAAT-GCTTTTTCTACACGTTT-CTTAGGCAAGCATTCAA
**
3217 TTATAGTCTGTTTTAATGAAAAATGTAAAAATATTCAACTTAAAATCAATTACAAGATTATAAAA
63 TTATAGTCTGTTTTAATGAAAAATGTAAAAA-ATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAA
*
3282 CTATTTAAAGAG-ACTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGAGAGA
127 CTATTT-AAGAGTAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGAGAGA
* * * * * * *
3323 CTATAAATGGATTTTTTTTTTAACAATGAATGCTTTTTTCTTCATGTTTTTTGAGG-TAGACATT
1 CTATAAATGGACTTTTCTTCT---AATGAATGC-TTTTTCTACACGTTTCTT-AGGCAAG-CATT
* * ** * * *
3387 CAATTATGGTTTGTTTTAACCAAAAGTGTAAAAAAAATCAACTTAAAATCAATTATGACATTATA
60 CAATTATAGTCTGTTTTAATGAAAAATGT-AAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATA
* * * *
3452 AAACCATTTAA-AGTCAGTAATAAGGCTTTTGAAGAAATGGGTGA
124 AAACTATTTAAGAGT-AGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGAGAGA
* * * * *
3496 CTATAAATAGACTTTTCTTATCAATGAATGGCTTTTTCTACACGTTTCTAGAGGCAAGTACTCAA
1 CTATAAATGGACTTTTCTTCT-AATGAAT-GCTTTTTCTACACGTTTCT-TAGGCAAGCATTCAA
* * * *
3561 TTATAGTCTATTTTAATGAAAAATATAAAAAAATCAACTTAAAATCAATTATGAGAATATAAAA-
63 TTATAGTCTGTTTTAATGAAAAATGTAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAAC
*
3625 TCATTTAA-AGCAAGTAATAAGG-TTTTGAAGGAATTG-GAGA
128 T-ATTTAAGAG-TAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAA-TGAGAGA
* * * * *
3665 CTATAAATGAACTTTTCTTGCCAATGAATAGCTTTTTCTACATGATTTCCTAGACAAGCATTCAA
1 CTATAAATGGACTTTTCTT-CTAATGAAT-GCTTTTTCTACACG-TTTCTTAGGCAAGCATTCAA
* * * *
3730 TTATAGTCT-ATTTAATTAAAAATGTAAAAACAATTCAACAT-AAATACAATTATGAGATTACAA
63 TTATAGTCTGTTTTAATGAAAAATGT-AAAA-AATTCAACTTAAAAT-CAATTATGAGATTATAA
* * * *
3793 AA-TCATTTAACG-CTAGTAATAAGGCTTTAGAAGGTATGGGAGA
125 AACT-ATTTAA-GAGTAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGAGAGA
* ** * * *
3836 CTGTAAATGGACTTTTCTTCTTAAAAAATAGCTTTCTCTACACGTTTCCTAAGGCAGGCATTCAA
1 CTATAAATGGACTTTTCTTC-TAATGAAT-GCTTTTTCTACACGTTT-CTTAGGCAAGCATTCAA
*
3901 TTATAGTCTATTTTAATGAAAAATGTTAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAA
63 TTATAGTCTGTTTTAATGAAAAATG-TAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAA
*
3966 CCATTTAA-AGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGAGAGA
127 CTATTTAAGAGT-AGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGAGAGA
* * * * * *
4007 TTATAAAGGGACTTTT-TTTTGACAATGAATGCTTTTTTCTTCATGTTTCTTGAGG-TAGACATT
1 CTATAAATGGACTTTTCTTCT---AATGAATGC-TTTTTCTACACGTTTCTT-AGGCAAG-CATT
* * ** * *
4070 CAATTATGGTTTGTTTTAACCAAAAGTGTAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGAATATAA
60 CAATTATAGTCTGTTTTAATGAAAAATGTAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAA
* * * * *
4135 AATTATTTAAAGCGT-GTAATAAGACTTTTAAAGGAAT-AGGTGA
125 AACTATTT-AAGAGTAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGA-GAGA
* * *
4178 CTATAAATGGACTTTTCTTATCAATGAATAGC-TTTTCTTACATGTTTCTTGAGGC-AGACACTC
1 CTATAAATGGACTTTTCTTCT-AATGAAT-GCTTTTTC-TACACGTTTCTT-AGGCAAG-CATTC
* * * *
4241 AATTACACTCTGTTTTAATGAAAAATATAAAAAAAATCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAA
61 AATTATAGTCTGTTTTAATGAAAAATGT-AAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAA
* *
4306 AACCATTTAA-AGCGAGTAATAAGG-TTTTGAAGGAAT-AGGAGA
125 AACTATTTAAGAG-TAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGA-GAGA
** ** ** *
4348 CTATAAATGGACTTTTC-T-T-ACCAATGCTTTTTCTACATATTTCAAATGGCAAGTATTCAATT
1 CTATAAATGGACTTTTCTTCTAATGAATGCTTTTTCTACACGTTTCTTA-GGCAAGCATTCAATT
* * *
4410 ATAGCCTGTTTTAACGAAAAATGTAAAAGCAATTCAACTT-AAATACAATTATGAGATTACAAAA
65 ATAGTCTGTTTTAATGAAAAATGTAAAA--AATTCAACTTAAAAT-CAATTATGAGATTATAAAA
* * *
4474 CCATTTAAG-GCTAGTAACAAGGCTTTTAAAGG
127 CTATTTAAGAG-TAGTAATAAGGCTTTTGAAGG
4506 TATGGGAGNN
Statistics
Matches: 1118, Mismatches: 175, Indels: 126
0.79 0.12 0.09
Matches are distributed among these distances:
164 5 0.00
165 44 0.04
166 57 0.05
167 8 0.01
168 14 0.01
169 86 0.08
170 202 0.18
171 475 0.42
172 94 0.08
173 126 0.11
174 7 0.01
ACGTcount: A:0.39, C:0.12, G:0.14, T:0.35
Consensus pattern (167 bp):
CTATAAATGGACTTTTCTTCTAATGAATGCTTTTTCTACACGTTTCTTAGGCAAGCATTCAATTA
TAGTCTGTTTTAATGAAAAATGTAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTAT
TTAAGAGTAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGAGAGA
Found at i:4191 original size:342 final size:342
Alignment explanation
Indices: 3071--4513 Score: 1563
Period size: 342 Copynumber: 4.2 Consensus size: 342
3061 ATAAAAAATA
* * * * * * *
3071 TAAAAAAGTTAAACTTAAATACAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAGGGTAATAATATGACTT
1 TAAAAAAATTCAACTTAAATACAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCTAGTAATAAGACTT
* * * * * * * *
3136 TTGAAGGTATGAGAGACTGTAAATGTACTTTTCTTCT-AACTAAATGGCTTTTTCTACACATTTC
66 TTAAAGGAATGGGAGACTATAAATGGACTTTTCTTATCAA-TAAATAGCTTTTTCTACACGTTTC
* * * *
3200 CTTAGGCAAGCATTCAATTATAGTCTGTTTTAATGAAAAATG-TAAAAATATTCAACTTAAAATC
130 CTAAGGCAAGCACTCAATTATAGTCTATTTTAATGAAAAATGTTAAAAA-AATCAACTTAAAATC
** * * *
3264 AATTACAAGATTATAAAACTATTTAAAGAGACTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGAGAGACTATAA
194 AATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGG-TTTTGAAGGAATGAGAGACTATAA
* * *
3329 ATGGATTTTTTTTTTAACAATGAATGCTTTTTTCTTCATGTTTTTTGAGGTAGACATTCAATTAT
258 ATGGA-CTTTTTTTTGACAATGAATGCTTTTTTCTTCATGTTTCTTGAGGTAGACATTCAATTAT
3394 GGTTTGTTTTAACCAAAAGTG
322 GGTTTGTTTTAACCAAAAGTG
* * *
3415 TAAAAAAAATCAACTTAAA-ATCAATTATGACATTATAAAACCATTTAAAG-TCAGTAATAAGGC
1 TAAAAAAATTCAACTTAAATA-CAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCT-AGTAATAAGAC
* * * * * *
3478 TTTTGAAGAAATGGGTGACTATAAATAGACTTTTCTTATCAATGAATGGCTTTTTCTACACGTTT
64 TTTTAAAGGAATGGGAGACTATAAATGGACTTTTCTTATCAATAAATAGCTTTTTCTACACGTTT
* *
3543 -CTAGAGGCAAGTACTCAATTATAGTCTATTTTAATGAAAAAT-ATAAAAAAATCAACTTAAAAT
129 CCTA-AGGCAAGCACTCAATTATAGTCTATTTTAATGAAAAATGTTAAAAAAATCAACTTAAAAT
* * *
3606 CAATTATGAGAATATAAAATCATTTAAAGCAAGTAATAAGGTTTTGAAGGAATTG-GAGACTATA
193 CAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGTTTTGAAGGAA-TGAGAGACTATA
* * * * * **
3670 AATGAAC-TTTTCTTGCCAATGAATAGC-TTTTTCTACATGATTTCCT-AGACA-AGCATTCAAT
257 AATGGACTTTTTTTTGACAATGAAT-GCTTTTTTCTTCATG-TTTCTTGAGGTAGA-CATTCAAT
* * * ** *
3731 TATAGTCT-ATTTAATTAAAAATG
319 TATGGTTTGTTTTAACCAAAAGTG
* * * * *
3754 TAAAAACAATTCAACATAAATACAATTATGAGATTACAAAATCATTTAACGCTAGTAATAAGGC-
1 TAAAAA-AATTCAACTTAAATACAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCTAGTAATAAGACT
* * * * * *
3818 TTTAGAAGGTATGGGAGACTGTAAATGGACTTTTCTTCTTAAAAAATAGCTTTCTCTACACGTTT
65 TTTA-AAGGAATGGGAGACTATAAATGGACTTTTCTTATCAATAAATAGCTTTTTCTACACGTTT
* * *
3883 CCTAAGGCAGGCATTCAATTATAGTCTATTTTAATGAAAAATGTTAAAAAATTCAACTTAAAATC
129 CCTAAGGCAAGCACTCAATTATAGTCTATTTTAATGAAAAATGTTAAAAAAATCAACTTAAAATC
* *
3948 AATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGAGAGATTATAA
194 AATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGG-TTTTGAAGGAATGAGAGACTATAA
*
4013 AGGGACTTTTTTTTGACAATGAATGCTTTTTTCTTCATGTTTCTTGAGGTAGACATTCAATTATG
258 ATGGACTTTTTTTTGACAATGAATGCTTTTTTCTTCATGTTTCTTGAGGTAGACATTCAATTATG
4078 GTTTGTTTTAACCAAAAGTG
323 GTTTGTTTTAACCAAAAGTG
* **
4098 T-AAAAAATTCAACTTAAA-ATCAATTATGAGAATATAAAATTATTTAAAGCGT-GTAATAAGAC
1 TAAAAAAATTCAACTTAAATA-CAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGC-TAGTAATAAGAC
* * * *
4160 TTTTAAAGGAATAGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTATCAATGAATAGC-TTTTCTTACATGTT
64 TTTTAAAGGAATGGGAGACTATAAATGGACTTTTCTTATCAATAAATAGCTTTTTC-TACACGTT
* * * * * * *
4224 TCTTGAGGC-AGACACTCAATTACACTCTGTTTTAATGAAAAATATAAAAAAAATCAACTTAAAA
128 TCCTAAGGCAAG-CACTCAATTATAGTCTATTTTAATGAAAAATGTTAAAAAAATCAACTTAAAA
4288 TCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGTTTTGAAGGAAT-AGGAGACTAT
192 TCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGTTTTGAAGGAATGA-GAGACTAT
* * * * ** * *
4352 AAATGGAC-TTTTCTT-AC---CAATGC-TTTTTCTACATATTTC-AAATGGCA-AGTATTCAAT
256 AAATGGACTTTTTTTTGACAATGAATGCTTTTTTCTTCATGTTTCTTGA-GGTAGA-CATTCAAT
* ** * *
4409 TATAGCCTGTTTTAACGAAAAATG
319 TATGGTTTGTTTTAACCAAAAGTG
* * * * *
4433 TAAAAGCAATTCAACTTAAATACAATTATGAGATTACAAAACCATTTAAGGCTAGTAACAAGGCT
1 TAAAA-AAATTCAACTTAAATACAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCTAGTAATAAGACT
*
4498 TTTAAAGGTATGGGAG
65 TTTAAAGGAATGGGAG
4514 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 922, Mismatches: 143, Indels: 75
0.81 0.13 0.07
Matches are distributed among these distances:
334 2 0.00
335 44 0.05
336 9 0.01
337 60 0.07
338 1 0.00
339 23 0.02
340 180 0.20
341 101 0.11
342 240 0.26
343 104 0.11
344 156 0.17
345 2 0.00
ACGTcount: A:0.40, C:0.11, G:0.14, T:0.35
Consensus pattern (342 bp):
TAAAAAAATTCAACTTAAATACAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCTAGTAATAAGACTT
TTAAAGGAATGGGAGACTATAAATGGACTTTTCTTATCAATAAATAGCTTTTTCTACACGTTTCC
TAAGGCAAGCACTCAATTATAGTCTATTTTAATGAAAAATGTTAAAAAAATCAACTTAAAATCAA
TTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGTTTTGAAGGAATGAGAGACTATAAATG
GACTTTTTTTTGACAATGAATGCTTTTTTCTTCATGTTTCTTGAGGTAGACATTCAATTATGGTT
TGTTTTAACCAAAAGTG
Found at i:4212 original size:513 final size:506
Alignment explanation
Indices: 2981--4505 Score: 1620
Period size: 513 Copynumber: 3.0 Consensus size: 506
2971 NNNNNNNNNN
* * ** * *
2981 CTATAAATAGACTTTTCTT-GCTAATGAATGATTTTTTCTACACGTTTCCCTAGA--CAAGCATT
1 CTATAAAGAGACTTTTCTTATC-AATGAATGGCTTTTTCTACACGTTT--CTAGAGGCAAGTACT
* ** * *
3043 CAATTATAGTCTATTGTAATAAAAAATATAAAAAAGTTAAACTT-AAATACAATTATGAGATTAT
63 CAATTATAGTCTATTTTAACCAAAAATATAAAAAA-TTCAACTTAAAAT-CAATTATGAGAATAT
* * * * * * *
3107 AAAACTATTT-AAGGGTAATAATATGACTTTTGAAGGTATGAGAGACTGTAAATGTACTTTTCTT
126 AAAATTATTTAAAGCGT-GTAATAAGACTTTTGAAGGAATG-GAGACTATAAATGAACTTTTCTT
* * * *
3171 CT-AACTAAATGGCTTTTTCTACA-CATTTCCTTAGGCAAGCATTCAATTATAGTCTGTTTTAAT
189 ATCAA-TGAATAGCTTTTTCTACATGATTTCC-TAGGCAAGCATTCAATTATAGTCTGTTTTAAT
* ** * *
3234 GAAAAATGTAAAAATATTCAACTTAAAATCAATTACAAGATTATAAAACTATTTAAAGAGACTAA
252 GAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAAC-ATTTAAAGCGAGTAA
* * *
3299 TAAGGCTTTTGAAGGAATGAGAGACTATAAATGGATTTTTTTTTTAACAATGAATGCTTTTTTCT
316 TAAGGCTTTTGAAGGAATGGGAGACTATAAATGGACTTTTTTCTTAA-AA--AATGC-TTTTTCT
* * * * * * * * * * *
3364 TCATGTTTTTTGAGGTAGACATTCAATTATGGTTTGTTTTAACCAAAAGTGTAAAAAAAATCAAC
377 ACATG-TTTCTAAGGCAGGCATTCAATTATAGTCTGTTTTAACGAAAAATGTTAAAAAATTCAAC
* * * *
3429 TTAAAATCAATTATGACATTATAAAACCATTTAAAGTCAGTAATAAGGCTTTTGAAGAAATGGGT
441 TTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGT-AGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGAGA
3494 GA
505 GA
*
3496 CTATAAATAGACTTTTCTTATCAATGAATGGCTTTTTCTACACGTTTCTAGAGGCAAGTACTCAA
1 CTATAAAGAGACTTTTCTTATCAATGAATGGCTTTTTCTACACGTTTCTAGAGGCAAGTACTCAA
** *
3561 TTATAGTCTATTTTAATGAAAAATATAAAAAAATCAACTTAAAATCAATTATGAGAATATAAAAT
66 TTATAGTCTATTTTAACCAAAAATATAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGAATATAAAAT
* ** * **
3626 CATTTAAAGCAAGTAATAAG-GTTTTGAAGGAATTGGAGACTATAAATGAACTTTTCTTGCCAAT
131 TATTTAAAGCGTGTAATAAGACTTTTGAAGGAA-TGGAGACTATAAATGAACTTTTCTTATCAAT
* * *
3690 GAATAGCTTTTTCTACATGATTTCCTAGACAAGCATTCAATTATAGTCT-ATTTAATTAAAAATG
195 GAATAGCTTTTTCTACATGATTTCCTAGGCAAGCATTCAATTATAGTCTGTTTTAATGAAAAATG
* * * *
3754 TAAAAACAATTCAACAT-AAATACAATTATGAGATTACAAAATCATTTAACGCTAGTAATAAGGC
260 TAAAAA-AATTCAACTTAAAAT-CAATTATGAGATTATAAAA-CATTTAAAGCGAGTAATAAGGC
* * * * *
3818 TTTAGAAGGTATGGGAGACTGTAAATGGACTTTTCTTCTTAAAAAATAGCTTTCTCTACACGTTT
322 TTTTGAAGGAATGGGAGACTATAAATGGACTTTT-TTCTTAAAAAAT-GCTTTTTCTACATGTTT
* *
3883 CCTAAGGCAGGCATTCAATTATAGTCTATTTTAATGAAAAATGTTAAAAAATTCAACTTAAAATC
385 -CTAAGGCAGGCATTCAATTATAGTCTGTTTTAACGAAAAATGTTAAAAAATTCAACTTAAAATC
3948 AATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGAGAGA
449 AATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGT-AGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGAGAGA
* * * * * * *
4007 TTATAAAGGGACTTTT-TTTTGACAATGAAT-GCTTTTTTCTTCATGTTTCTTGAGG-TAG-ACA
1 CTATAAAGAGACTTTTCTTAT--CAATGAATGGC-TTTTTCTACACGTTTCTAGAGGCAAGTAC-
* * * * *
4068 TTCAATTATGGTTTGTTTTAACCAAAAGTGTAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGAATAT
62 -TCAATTATAGTCTATTTTAACCAAAAATATAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGAATAT
* * *
4133 AAAATTATTTAAAGCGTGTAATAAGACTTTTAAAGGAATAGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTA
126 AAAATTATTTAAAGCGTGTAATAAGACTTTTGAAGGAAT-GGAGACTATAAATGAACTTTTCTTA
* * * *
4198 TCAATGAATAGC-TTTTCTTACATG-TTTCTTGAGGC-AGACACTCAATTACACTCTGTTTTAAT
190 TCAATGAATAGCTTTTTC-TACATGATTTCCT-AGGCAAG-CATTCAATTATAGTCTGTTTTAAT
* *
4260 GAAAAATATAAAAAAAATCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAA
252 GAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAA-CATTTAAAGCGAGTAA
* **
4325 TAAGG-TTTTGAAGGAATAGGAGACTATAAATGGAC--TTTTCTT-ACCAATGCTTTTTCTACAT
316 TAAGGCTTTTGAAGGAATGGGAGACTATAAATGGACTTTTTTCTTAAAAAATGCTTTTTCTACAT
* * * * *
4386 ATTTCAAATGGCAAGTATTCAATTATAGCCTGTTTTAACGAAAAATG-TAAAAGCAATTCAACTT
381 GTTTCTAA-GGCAGGCATTCAATTATAGTCTGTTTTAACGAAAAATGTTAAAA--AATTCAACTT
* * * *
4450 -AAATACAATTATGAGATTACAAAACCATTTAAGGCTAGTAACAAGGCTTTTAAAGG
443 AAAAT-CAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAG-TAGTAATAAGGCTTTTGAAGG
4506 TATGGGAGNN
Statistics
Matches: 857, Mismatches: 122, Indels: 69
0.82 0.12 0.07
Matches are distributed among these distances:
506 8 0.01
507 51 0.06
508 59 0.07
509 6 0.01
510 10 0.01
511 135 0.16
512 169 0.20
513 257 0.30
514 73 0.09
515 88 0.10
516 1 0.00
ACGTcount: A:0.39, C:0.12, G:0.14, T:0.35
Consensus pattern (506 bp):
CTATAAAGAGACTTTTCTTATCAATGAATGGCTTTTTCTACACGTTTCTAGAGGCAAGTACTCAA
TTATAGTCTATTTTAACCAAAAATATAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGAATATAAAAT
TATTTAAAGCGTGTAATAAGACTTTTGAAGGAATGGAGACTATAAATGAACTTTTCTTATCAATG
AATAGCTTTTTCTACATGATTTCCTAGGCAAGCATTCAATTATAGTCTGTTTTAATGAAAAATGT
AAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTT
GAAGGAATGGGAGACTATAAATGGACTTTTTTCTTAAAAAATGCTTTTTCTACATGTTTCTAAGG
CAGGCATTCAATTATAGTCTGTTTTAACGAAAAATGTTAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATG
AGATTATAAAACCATTTAAAGTAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGAGAGA
Found at i:5474 original size:171 final size:171
Alignment explanation
Indices: 5120--5479 Score: 390
Period size: 172 Copynumber: 2.1 Consensus size: 171
5110 NNNNNNNNNN
*
5120 TAATCTCATAATTGATTTAAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTCATTAAAACAGATAATAATTGAA
1 TAATCTCATAATTGATTTAAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTCATTAAAACAGATAACAATTGAA
* * * * *
5185 TGCTTACCTTAGGAAACATGTAGAGAAAGCCATTTATTTGGAAGAAAAGACCGTTTACCGTCTCC
66 TGCTTACCTTAGGAAACATGTAGAAAAAGCCATTCATTAGGAAGAAAAGACCATTTACAGTCTCC
********** *
5250 CATACCTTCAAAAGCCTTATTACTAGCNNNNNNNNNNTTTG
131 CATACCTTCAAAAGCCTTATTACTAGCTTTAAATGATTTTA
* *
5291 TAATCTCATAATTGTATTT-AAGTTGAATTGTTTTTACATTTTTCATTAAAACGGGCT-ACAATT
1 TAATCTCATAATTG-ATTTAAAGTTGAATT-TTTTTACATTTTTCATTAAAAC-AGATAACAATT
* * * * *
5354 GAATGCTT-GC-TATGGAAAACATGTAGAAAAAGCCATTCATTAGTAAGAAAAGTCTATTTATAG
63 GAATGCTTACCTTA-GG-AAACATGTAGAAAAAGCCATTCATTAGGAAGAAAAGACCATTTACAG
* *
5417 TCTCCCATTA-CTTTAAAA-CCTTATTACTCGCTTTAAATGATTTTA
126 TCTCCCA-TACCTTCAAAAGCCTTATTACTAGCTTTAAATGATTTTA
5462 TAATCTCATAATTGATTT
1 TAATCTCATAATTGATTT
5480 TANNNNNNNN
Statistics
Matches: 157, Mismatches: 26, Indels: 13
0.80 0.13 0.07
Matches are distributed among these distances:
170 6 0.04
171 56 0.36
172 91 0.58
173 4 0.03
ACGTcount: A:0.34, C:0.14, G:0.12, T:0.37
Consensus pattern (171 bp):
TAATCTCATAATTGATTTAAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTCATTAAAACAGATAACAATTGAA
TGCTTACCTTAGGAAACATGTAGAAAAAGCCATTCATTAGGAAGAAAAGACCATTTACAGTCTCC
CATACCTTCAAAAGCCTTATTACTAGCTTTAAATGATTTTA
Found at i:6053 original size:213 final size:204
Alignment explanation
Indices: 5651--6055 Score: 446
Period size: 214 Copynumber: 1.9 Consensus size: 204
5641 GTCACTCATT
* * *
5651 CCTTCAAAAGCCTTCTTACTCGCTCTAAATGGTTTTATATTCTCATAATTGATTTTAAGTTGAAT
1 CCTTCAAAAGCCTTATTACTAGCTCTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAAT
** *
5716 TTTTGTACACTTTTGGTTAAAACAAACCATAATTGAATGTCGACCTTGAGAAACATGAAGGAAAA
66 TTTTGTACACTTTTCATTAAAACAAACAATAATTGAATGTCGACCTTGAGAAACATGAAGGAAAA
*
5781 AGCATTTATTGTCCAAAAAAAGTCCATTTATAGTCTACTATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCAC
131 AGCATTCATTGTCCAAAAAAAGTCCATTTATAGTCTACTATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCAC
5846 TTTANNNNNNNNNNCCATA
196 TTTA----------CCATA
* * *
5865 CCTTCAAAAGCGTTATTACTAGC-CGTAAATGGTTTTGTAATCTCATAATT-ATTTATAAGTTTA
1 CCTTCAAAAGCCTTATTACTAGCTC-TAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTT-TAAGTTGA
* * * * * *
5928 ATTGTTTTTACATTTTTCATTAAAATAGACAATAATTGAATG-CTTACCTCT-AGAAACATGTA-
64 ATT-TTTGTACACTTTTCATTAAAACAAACAATAATTGAATGTC-GACCT-TGAGAAACATGAAG
* * *
5990 GAAAAAGCCTTCATTG-GCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCT-CTCATTCCTTCAAAAGCCTTATT
126 GAAAAAGCATTCATTGTCCAAAAAAAGTCCATTTATAGTCTACT-ATTCCTTCAAAAGCCTTATT
6053 ACT
190 ACT
6056 TGCTTAAAAT
Statistics
Matches: 166, Mismatches: 19, Indels: 13
0.84 0.10 0.07
Matches are distributed among these distances:
212 2 0.01
213 50 0.30
214 68 0.41
215 45 0.27
216 1 0.01
ACGTcount: A:0.33, C:0.17, G:0.11, T:0.36
Consensus pattern (204 bp):
CCTTCAAAAGCCTTATTACTAGCTCTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAAT
TTTTGTACACTTTTCATTAAAACAAACAATAATTGAATGTCGACCTTGAGAAACATGAAGGAAAA
AGCATTCATTGTCCAAAAAAAGTCCATTTATAGTCTACTATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCAC
TTTACCATA
Found at i:6182 original size:171 final size:171
Alignment explanation
Indices: 5865--9042 Score: 2369
Period size: 171 Copynumber: 18.6 Consensus size: 171
5855 NNNNNCCATA
* * ** * *
5865 CCTTCAAAAGCGTTATTACTAGCCGTAAATGGTTTTGTAATCTCATAATT-ATTTATAAGTTTAA
1 CCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTT-TAAGTTGAA
* * * *
5929 TTGTTTTTACATTTTTCATTAAAATAGACAATAATTGAATG-CTTACCTCT-AGAAACATGTAG-
65 TT-TTTTTACATTTTTCGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTC-TACCT-TGAGAAACATGAAGA
*
5991 AAAAAGCCTTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCTCTCATT
127 AAAAAGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCTCTCATT
* * * *
6036 CCTTCAAAAGCCTTATTACTTGCTTAAAATGGTTTTATAATTTCATAACTGATTTTAAGTTGAAT
1 CCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAAT
* * * * * * * * * *
6101 TTTTTTACACTTTTGGTTAAAACAAATTGTAATTAAATGTCAACTTTGAGAAACGTGAAGAGAAA
66 TTTTTTACATTTTTCGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACATGAAGAAAAA
* *
6166 AGCATTGATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCTCTTATT
131 AGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCTCTCATT
* *
6207 CCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTCTATAATCTCATAATTG-TATTTAAGTTGAA
1 CCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGAT-TTTAAGTTGAA
* * * ** * * *
6271 TTTTTTTTATATCTTTCATTAAAACAGACTATAATTGAATG-CTTGGCTTGGGGAACATGTAGAA
65 -TTTTTTTACATTTTTCGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTC-TACCTTGAGAAACATGAAGAA
* *** * *
6335 AAAACCATTCATTAATAAAAAAAAAAAGTTCATTTATAGTCTCTCATT
128 AAAAGCATTCA-T--T-GGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCTCTCATT
* *
6383 CCTTTAAAAGCCTTATTACTTGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTT-AAT
1 CCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAA-
* * * * * * *
6447 TTTTTTTATAGTTTT-GATTAAAACAAACTTTAATTGAATGTCTACCTCGAGAAATATGAAAAAA
65 TTTTTTTACATTTTTCG-TTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACATG--AAGA
* *
6511 AAAAAGCATTCATTAGCAAGAAAAGTCCATTTTTAGTCTC-CTATT
127 AAAAAGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCTCTC-ATT
* * * * *
6556 CTTTCAAAA-CCTTAGTACTCGTTTTAAATAGTTTTATAATCTCATGATTGATTTTAAGTTGAAT
1 CCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAAT
* * * * * * **
6620 TTGTTTACATTTTTAGTTCAAACAGACTATAATTGATTGTTTACCTCGAGAAATGTGAAGAAAAA
66 TTTTTTACATTTTTCGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACATGAAGAAAAA
* * *
6685 AGCATTCATTTTGCAAGAAAAGTCAATTTAT-GTCTCCCATT
131 AGCATTCA-TTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCTCTCATT
* * * * *
6726 CCTTCGAAAGTCTTATTACTCGCTTTAAATGGATTTATAATCTCATAATTGATATTAAGTTGAAG
1 CCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAAT
* * * * **
6791 TTTTTTACATTTTTAC-TTAAAACAAACTGTACA-TGAATGTCTACCTTGAGAAACGTGTAGGCA
66 TTTTTTACATTTTT-CGTTAAAACAGACTATA-ATTGAATGTCTACCTTGAGAAACATGAAGAAA
** * * * *
6854 AACTCATTTATT-TCAAAGAAAATTCCATTAATAGTCTC-CTATT
129 AAAGCATTCATTGGC-AAGAAAAGTCCATTTATAGTCTCTC-ATT
* * ** * *
6897 CTTTCAAAAACCTTATTACTTTCTTTAAATGGTTTTACAATCTCATAACTGATTTTAAGTTGAAT
1 CCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAAT
* * * ** *
6962 TTTTTTACAGTTTTGGTTAAAACAAACTATAATTGAATGTCTACCTCAAGAAATATGAAGAAAAA
66 TTTTTTACATTTTTCGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACATGAAGAAAAA
*
7027 AGCATTCATTGGCAAGAAAAGCCCATTTATAGTCTC-CTATT
131 AGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCTCTC-ATT
* * * *
7068 TCTTCAAAAACCTTGA-TACTTGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAA
1 CCTTCAAAAGCCTT-ATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAA
* * * * * *
7132 -TTTGTTACATTTTTCTTTCAAACAGACTATACA-CGAATG-CTTACCTTGGGAAACATGTAGAA
65 TTTTTTTACATTTTTCGTTAAAACAGACTATA-ATTGAATGTC-TACCTTGAGAAACATGAAGAA
**** * *** *
7194 AACCTTATTTATTTAAAAGAAAAGTCCATTAATAGTCTCAT-ATT
128 AAAAGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCTC-TCATT
* * * * * *
7238 CCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCAGAACTGATATTAAATAGAAT
1 CCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAAT
* * **
7303 TGTTTTACATTTTTAGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACATGAAGCGAAA
66 TTTTTTACATTTTTCGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACATGAAGAAAAA
* * * * * *
7368 TGCATTTATTGACAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACCCATT
131 AGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCTCTCATT
* * * * *
7409 CCTTTAAAAGCCTTCTTACTCACTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTT-AAA
1 CCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAAT
* * * * * *
7473 TTTTTTACACTTGTAGTTAAAACAAACCATAATTGAATGTCTACCTCGAGAAACATGAAGAAAAA
66 TTTTTTACATTTTTCGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACATGAAGAAAAA
* *
7538 AACATTCATT-GCTAAAAAAAAGTCCATTTATAGTCTCTCATT
131 AGCATTCATTGGC--AAGAAAAGTCCATTTATAGTCTCTCATT
* ********** *
7580 CCTTCAAAAGTCTTATTACTCNNNNNNNNNNGTTTTATAATCTCATAATTAATTTTAAGTTGAAT
1 CCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAAT
* * * * ** *
7645 TTTTTTACATTGTTCATT-AAACAAGACTATAATTGAATGTCTGCC-TCAGGAAACATGTTG-AG
66 TTTTTTACATTTTTCGTTAAAAC-AGACTATAATTGAATGTCTACCTTGA-GAAACATGAAGAAA
* * * *
7707 AAAGCCATTTATTTAG-AAGAAAAGTCCATTTACAGTCTC-CTATA
129 AAAG-CATTCA-TTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCTCTC-ATT
********** * * * *
7751 CCTTCAAAAGCCNNNNNNNNNNCCTTAAATGATTTTGTAATCTCATAATTG-TATTTAAGCTGAA
1 CCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGAT-TTTAAGTTGAA
* * ********** * *
7815 TTTTTTTAATATTTTTCATTAAAACAGACTATAATTGANNNNNNNNNNTGGGAAACATGTAG-AA
65 TTTTTTT-ACATTTTTCGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACATGAAGAAA
*** *
7879 AAAGCCATTCATTTATAA-AAAAGTCCATTTATAGTCTCCCATT
129 AAAG-CATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCTCTCATT
** ******************* * *
7922 CCTTCAAAAGCCTTATTACTCAATTTANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNACTT-ATTTTAAGTTAAA
1 CCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTA-AATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAA
* * * * * *
7986 TTTTTTT-CAATTTTGGTTAAAACAGACTATAATTCAATGTCTACC-TCA-AAATATCTTAAGAA
65 TTTTTTTACATTTTTCGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACA--TGAAGAA
* * *
8048 AAAAGCATTCA-TGCCTAAG-AAAGATCCCA-TTATAGTCAC-CTTT
128 AAAAGCATTCATTGGC-AAGAAAAG-T-CCATTTATAGTCTCTCATT
* * * * * *
8091 CTTTCCTAAA-CTTTCAATT-C-CTCTTAAAATAGTTATTTCTATAATCTCATAATTGATTTTAA
1 CCTT-CAAAAGCCTT--ATTACTCGCTTTAAAT-G--GTTT-TATAATCTCATAATTGATTTTAA
* * * *
8153 GTTGAATTATTTTACATTTTT-GTTAAAACAAACTATAAAATGAATG--TACC-T-CGAAACAT-
59 GTTGAATTTTTTTACATTTTTCGTTAAAACAGACTAT-AATTGAATGTCTACCTTGAGAAACATG
* *
8212 AGAGAAAAAAGCATT-ATTGCCAA-AAAAG-CC-CTTAT-G-CT-TACCATT
123 A-AGAAAAAAGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCTCT--CATT
** * * ** * *
8257 CCTTTGAAAGCCTTATTACTTGATTTAAATGGTTTTATAATCTCGCAATTGATTTTAAGTAGAAG
1 CCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAAT
* * * * * ** **
8322 TTTTTTACATTTTTAGTTAAAACAGATTGTACA-CGAATGCCTACCTCAAGAAATGTGTAAG-AA
66 TTTTTTACATTTTTCGTTAAAACAGACTATA-ATTGAATGTCTACCTTGAGAAACATG-AAGAAA
** * * * * *
8385 AACTCATTTATTTGAAACAAAAGTCCATTAATAGTCTC-CTATT
129 AAAGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCTCTC-ATT
* * *
8428 CCTTCAAAAGCCTTATTAGTCACTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAAT
1 CCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAAT
* * *
8493 TTTTTTACTTTTTTGGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACATAAAGAAAAA
66 TTTTTTACATTTTTCGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACATGAAGAAAAA
* * * * * * *
8558 TGCATTTATTGACAAGAAAAGTCTATTTATTGTCACCCATT
131 AGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCTCTCATT
* ** * * *
8599 CCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATCATTTTCTTATCTCATAATTGATTTTAAGCTGAAT
1 CCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAAT
* * * * ** * ** *
8664 TTTTTTACACTTTTGGTTAAAACAAACCATAATTGAACATTTACCTCT-AGAAATGTGAGGAAAA
66 TTTTTTACATTTTTCGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCT-TGAGAAACATGAAGAAAA
* * * *
8728 AAGCATTCATTGCCAAGAAAAGTCCATTTATAGGCTCCCACT
130 AAGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCTCTCATT
* * *
8770 CCTACAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAAT
1 CCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAAT
* * * ** * *
8835 TTTTTGACATTTTTCATTAAAACATACTATAATTGAATG-CTTGTCTTGAGAAACATGTAG-AGA
66 TTTTTTACATTTTTCGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTC-TACCTTGAGAAACATGAAGAAAA
* ** * *
8898 AAGCCATTTATTTGG-AAGAAAAGTCTGTTTACAGTCTCTCATA
130 AAG-CATTCA-TTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCTCTCATT
* * * * * * ** *
8941 CCTTCAAAAGCCCTACTACTAGCTTTAAATGGTTCTGTAATCTTATAATTG-TATACAAGTTAAA
1 CCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGAT-TTTAAGTTGAA
** * *
9005 TTTTTTTTACATTTTTTATTAAAACAGGCTGTAATTGA
65 -TTTTTTTACATTTTTCGTTAAAACAGACTATAATTGA
9043 GTGCTTGCTT
Statistics
Matches: 2351, Mismatches: 545, Indels: 221
0.75 0.17 0.07
Matches are distributed among these distances:
162 45 0.02
163 16 0.01
164 8 0.00
165 6 0.00
166 34 0.01
167 11 0.00
168 8 0.00
169 67 0.03
170 344 0.15
171 1275 0.54
172 304 0.13
173 74 0.03
174 15 0.01
175 48 0.02
176 82 0.03
177 14 0.01
ACGTcount: A:0.35, C:0.15, G:0.11, T:0.38
Consensus pattern (171 bp):
CCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAAT
TTTTTTACATTTTTCGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACATGAAGAAAAA
AGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCTCTCATT
Found at i:9229 original size:293 final size:292
Alignment explanation
Indices: 8785--9334 Score: 692
Period size: 293 Copynumber: 1.9 Consensus size: 292
8775 AAAAGCCTTA
** * *
8785 TTACTCACTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTGACATTTTTC
1 TTACTCACTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTCAAAGCTGAATTTTTTGACACTTTTC
* * ** ** * * * **
8850 ATTAAAACATACTATAATTGAATGCTTGTCTTGAGAAACATGTAGAGAAAGCCATTTATTTGGAA
66 ATTAAAACAAACCATAATTGAATGCTTACCTCAAGAAACACGAAGAAAAAGCCATTTATTTAAAA
* ** * *
8915 GAAAAGTCTGTTTACAGTCTCTCATACCTTCAAAAGCCCTACTACTAGCTTTAAATGGTTCTGTA
131 AAAAAGTCCATTTACAGTCTCTCATACCTTCAAAAGCCCTACTACTAACTTTAAATGGTTCTATA
* * * * *
8980 ATCTTATAATTG-TATACAAGTTAAATTTTTTTTACATTTTTTATTAAAACAGGCTGTAATTGAG
196 ATCTCATAATTGAT-TACAAGTTAAA-TATTTTTACATTTTTCATTAAAACAGACTATAATTGAG
9044 TGCTTGCTTTGGAAAATGTGTAGAAAAAGAGTTT
259 TGCTTGCTTTGGAAAATGTGTAGAAAAAGAGTTT
* * * *
9078 TTACTCATTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTCAAAGCTGAATTTTTTTACACTTTTG
1 TTACTCACTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTCAAAGCTGAATTTTTTGACACTTTTC
* *
9143 GTTAAAACAAACCATAATTGAATG-TCTACCTCAAGAAACACGAAGAAAAAAG-TATTTATTTAA
66 ATTAAAACAAACCATAATTGAATGCT-TACCTCAAGAAACACGAAG-AAAAAGCCATTTATTTAA
* * * * * *
9206 AAAAAAAGTCCATTTATAGTCTCTCATTCCTTTAAAAGCCTTATTACTAACTTTAAATGGTTTTA
129 AAAAAAAGTCCATTTACAGTCTCTCATACCTTCAAAAGCCCTACTACTAACTTTAAATGGTTCTA
**
9271 TAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATATTTTTACATTTTTCATTAAAACAGACTATAATTGA
194 TAATCTCATAATTGATTACAAGTTAAATATTTTTACATTTTTCATTAAAACAGACTATAATTGA
9335 ATGCCTACCT
Statistics
Matches: 215, Mismatches: 39, Indels: 7
0.82 0.15 0.03
Matches are distributed among these distances:
292 34 0.16
293 175 0.81
294 6 0.03
ACGTcount: A:0.35, C:0.13, G:0.11, T:0.40
Consensus pattern (292 bp):
TTACTCACTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTCAAAGCTGAATTTTTTGACACTTTTC
ATTAAAACAAACCATAATTGAATGCTTACCTCAAGAAACACGAAGAAAAAGCCATTTATTTAAAA
AAAAAGTCCATTTACAGTCTCTCATACCTTCAAAAGCCCTACTACTAACTTTAAATGGTTCTATA
ATCTCATAATTGATTACAAGTTAAATATTTTTACATTTTTCATTAAAACAGACTATAATTGAGTG
CTTGCTTTGGAAAATGTGTAGAAAAAGAGTTT
Found at i:9321 original size:171 final size:171
Alignment explanation
Indices: 9086--9633 Score: 638
Period size: 171 Copynumber: 3.2 Consensus size: 171
9076 TTTTACTCAT
* ** * * * * **
9086 TTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTCAAAGCTGAATTTTTTTACACTTTTGGTTAAAAC
1 TTTAAATGATTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATATTTTTACATTTTTCATTAAAAC
* * * * *
9151 AAACCATAATTGAATGTCTACCTCAAGAAACACGAAGAAAAAAGTATTTATTTAAAAAAAAAGTC
66 AGACTATAATTGAATGTCTACCTCAGGAAACACGTAGAAAAAAGCATTTATTTAAAAAAAAAGTC
*
9216 CATTTATAGTCTCTCATTCCTTTAAAAGCCTTATTACTAAC
131 CATTTATAGTCTCCCATTCCTTTAAAAGCCTTATTACTAAC
*
9257 TTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATATTTTTACATTTTTCATTAAAAC
1 TTTAAATGATTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATATTTTTACATTTTTCATTAAAAC
* ** * * *
9322 AGACTATAATTGAATGCCTACCTCAGGAAACGTGTAG-AGAAAGCCATTTATTTAGAATAAAAGT
66 AGACTATAATTGAATGTCTACCTCAGGAAACACGTAGAAAAAAG-CATTTATTTAAAAAAAAAGT
* * * *
9386 CCATTTACAGTCTCCCATACCTATAAAAGCCTTATTACTAGC
130 CCATTTATAGTCTCCCATTCCTTTAAAAGCCTTATTACTAAC
* * *
9428 CTTAAATGATTTTGTAATCTCATAATTG-TATTTAAGTTGAATTATTTTTACATTTTTCATTAAA
1 TTTAAATGATTTTATAATCTCATAATTGAT-TTTAAGTT-AAATATTTTTACATTTTTCATTAAA
* * ** * * * ***
9492 ATAGACTATAATTGAATGTTTGTCT-AGGAAA-ACGTGTAGAAAATACCATTCATTGGTAAAAAA
64 ACAGACTATAATTGAATGTCTACCTCAGGAAACAC--GTAGAAAAAAGCATTTATTTAAAAAAAA
* *
9555 AGTCCATTTATAGTCTCCCATTCCTTCAAAA-CCTTATTACTCAC
127 AGTCCATTTATAGTCTCCCATTCCTTTAAAAGCCTTATTACTAAC
*
9599 TTTAAATTATTTTATAATCTCATAATTGATTTTAA
1 TTTAAATGATTTTATAATCTCATAATTGATTTTAA
9634 ATTGATTTTT
Statistics
Matches: 318, Mismatches: 52, Indels: 14
0.83 0.14 0.04
Matches are distributed among these distances:
170 6 0.02
171 221 0.69
172 88 0.28
173 3 0.01
ACGTcount: A:0.37, C:0.15, G:0.10, T:0.39
Consensus pattern (171 bp):
TTTAAATGATTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATATTTTTACATTTTTCATTAAAAC
AGACTATAATTGAATGTCTACCTCAGGAAACACGTAGAAAAAAGCATTTATTTAAAAAAAAAGTC
CATTTATAGTCTCCCATTCCTTTAAAAGCCTTATTACTAAC
Found at i:9395 original size:464 final size:464
Alignment explanation
Indices: 8614--9534 Score: 1256
Period size: 464 Copynumber: 2.0 Consensus size: 464
8604 AAAAGCCTTA
* * **
8614 TTACTCACTTTAAATCATTTTCTTATCTCATAATTGATTTTAAGCTGAATTTTTTTACACTTTTG
1 TTACTCACTTTAAATCATTTTATAATCTCATAATTGATTCAAAGCTGAATTTTTTTACACTTTTG
* * *** * **
8679 GTTAAAACAAACCATAATTGAACATTTACCTCTAGAAATGTGAGGAAAAAAGCATTCATTGCCAA
66 GTTAAAACAAACCATAATTGAACATCTACCTCAAGAAACACGAAGAAAAAAGCATTCATTGAAAA
* *
8744 GAAAAGTCCATTTATAGGCTCCCACTCCTACAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATAGTTTTATA
131 AAAAAGTCCATTTATAGGCTCCCACTCCTACAAAAGCCTTATTACTAACTTTAAATAGTTTTATA
* *
8809 ATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTGACATTTTTCATTAAAACATACTATAATTGAATG
196 ATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTGACATTTTTCATTAAAACAGACTATAATTGAATG
* ** * * ** *
8874 CTTGTCTTGAGAAACATGTAGAGAAAGCCATTTATTTGGAAGAAAAGTCTGTTTACAGTCTCTCA
261 CCTACCTAGAGAAACATGTAGAGAAAGCCATTTATTTAGAAGAAAAGTCCATTTACAGTCTCCCA
* * *
8939 TACCT-TCAAAAGCCCTACTACTAGCTTTAAATGGTTCTGTAATCTTATAATTGTATACAAGTTA
326 TACCTAT-AAAAGCCCTACTACTAGCCTTAAATGATTCTGTAATCTCATAATTGTATACAAGTTA
* * * * * * *
9003 AATTTTTTTTACATTTTTTATTAAAACAGGCTGTAATTGAGTGCTTG-CTTTGGAAAATGTGTAG
390 AATTATTTTTACATTTTTCATTAAAACAGACTATAATTGAATGCTTGTC-TAGGAAAACGTGTAG
9067 AAAAAGAGTTT
454 AAAAAGAGTTT
* **
9078 TTACTCATTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTCAAAGCTGAATTTTTTTACACTTTTG
1 TTACTCACTTTAAATCATTTTATAATCTCATAATTGATTCAAAGCTGAATTTTTTTACACTTTTG
** * * *
9143 GTTAAAACAAACCATAATTGAATGTCTACCTCAAGAAACACGAAGAAAAAAGTATTTATTTAAAA
66 GTTAAAACAAACCATAATTGAACATCTACCTCAAGAAACACGAAGAAAAAAGCATTCATTGAAAA
* * * ** *
9208 AAAAAGTCCATTTATAGTCTCTCATTCCTTTAAAAGCCTTATTACTAACTTTAAATGGTTTTATA
131 AAAAAGTCCATTTATAGGCTCCCACTCCTACAAAAGCCTTATTACTAACTTTAAATAGTTTTATA
9273 ATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATATTTTT-ACATTTTTCATTAAAACAGACTATAATTGAAT
196 ATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAAT-TTTTTGACATTTTTCATTAAAACAGACTATAATTGAAT
* *
9337 GCCTACCTCAG-GAAACGTGTAGAGAAAGCCATTTATTTAGAATAAAAGTCCATTTACAGTCTCC
260 GCCTACCT-AGAGAAACATGTAGAGAAAGCCATTTATTTAGAAGAAAAGTCCATTTACAGTCTCC
* * * **
9401 CATACCTATAAAAGCCTTATTACTAGCCTTAAATGATTTTGTAATCTCATAATTGTATTTAAGTT
324 CATACCTATAAAAGCCCTACTACTAGCCTTAAATGATTCTGTAATCTCATAATTGTATACAAGTT
* * *
9466 GAATTATTTTTACATTTTTCATTAAAATAGACTATAATTGAATGTTTGTCTAGGAAAACGTGTAG
389 AAATTATTTTTACATTTTTCATTAAAACAGACTATAATTGAATGCTTGTCTAGGAAAACGTGTAG
9531 AAAA
454 AAAA
9535 TACCATTCAT
Statistics
Matches: 395, Mismatches: 58, Indels: 8
0.86 0.13 0.02
Matches are distributed among these distances:
464 387 0.98
465 8 0.02
ACGTcount: A:0.36, C:0.14, G:0.12, T:0.38
Consensus pattern (464 bp):
TTACTCACTTTAAATCATTTTATAATCTCATAATTGATTCAAAGCTGAATTTTTTTACACTTTTG
GTTAAAACAAACCATAATTGAACATCTACCTCAAGAAACACGAAGAAAAAAGCATTCATTGAAAA
AAAAAGTCCATTTATAGGCTCCCACTCCTACAAAAGCCTTATTACTAACTTTAAATAGTTTTATA
ATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTGACATTTTTCATTAAAACAGACTATAATTGAATG
CCTACCTAGAGAAACATGTAGAGAAAGCCATTTATTTAGAAGAAAAGTCCATTTACAGTCTCCCA
TACCTATAAAAGCCCTACTACTAGCCTTAAATGATTCTGTAATCTCATAATTGTATACAAGTTAA
ATTATTTTTACATTTTTCATTAAAACAGACTATAATTGAATGCTTGTCTAGGAAAACGTGTAGAA
AAAGAGTTT
Found at i:10282 original size:172 final size:170
Alignment explanation
Indices: 9961--11323 Score: 1021
Period size: 171 Copynumber: 8.0 Consensus size: 170
9951 NNNNNNNNNN
* * * * * * * *
9961 TTTTTTTATATTTTTCATTAAAACAGACTATAATTGAATGCCTGCCTCAGGAAACGTGTAGAGAA
1 TTTTTTTACATTTTTCATTAAAACAGACTATAATTGAATGCTTACCTCAAGAAACATATAAAAAA
* * * * * * *
10026 AGCCATTTATTTAG-AAAAAAAGTCTATTTACAGTCTCTCATACCTTTAAAAGCCTTATTAC-AG
66 AACCATTTA-TT-GCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCTC-CATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCG
* * *
10089 CCTTAAATGATTTTGTAATCTCATAATTGTA-TTTAAGTTGAA
128 CTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGTATTTTAAGTTGAA
* * * *
10131 TTTGTTTTACATTTTTTCATTAAAATAGACTATAATTGAATGCTTTCCT-AGGGAAACACATAAA
1 TTT-TTTTACA-TTTTTCATTAAAACAGACTATAATTGAATGCTTACCTCA-AGAAACATATAAA
*
10195 AAAAATCATTTATTAGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCTCCGATTCCTTCAAAA-CCTTATTACT
63 AAAAACCATTTATT-GCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCTCC-ATTCCTTCAAAAGCCTTATTACT
*
10259 CGCTTTATATGGTTTTATAATCTCATAATTG-ATTTTAAGTTG-A
126 CGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGTATTTTAAGTTGAA
* * * **
10302 TTTTTTTACATTTTTCATTAAAACAGACTATAATT-AAGTGCTTGCCTCGAGAAACGTATAGGAA
1 TTTTTTTACATTTTTCATTAAAACAGACTATAATTGAA-TGCTTACCTCAAGAAACATATAAAAA
* * * * * ** * * *
10366 AAGCCATTCATTGACAA-TAAAGTTCATTTATAGTCACCTATTTTTTCAAAACCCTTATTACCCT
65 AAACCATTTATTG-CAAGAAAAGTCCATTTATAGTCTCC-ATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCG
* *
10430 CTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATT-AATTTTAAATTGAA
128 CTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGTATTTTAAGTTGAA
* * ** * ** *
10472 TTTTTTTGCACTTTTGTTTAAAA-AAAGCCGTAATTGAA--CATCTACCTCGAGAAACAT-TAAG
1 TTTTTTTACATTTTTCATTAAAACAGA-CTATAATTGAATGC-T-TACCTCAAGAAACATATAA-
** * * * *
10533 AAAAAAATATTCATTGTTAAAAAAAAGTCCTTTTATAGTCTCTCATTCCTTCAAAAGCCTTATTA
62 AAAAAACCATTTATTG--CAAGAAAAGTCCATTTATAGTCTC-CATTCCTTCAAAAGCCTTATTA
** * *
10598 CTAACTTTAAATGGTTTTATAAGCTCATAATTG-CTTTTAAGTTGAA
124 CTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGTATTTTAAGTTGAA
* * * * * * * ****
10644 TTTGTTTACATTTTTCATTCAAACAAATTATAATTTAATGCTTGCCTCAAGAAACATGTTGGGAA
1 TTTTTTTACATTTTTCATTAAAACAGACTATAATTGAATGCTTACCTCAAGAAACATATAAAAAA
* * * * * * *
10709 AGCCATTTATTTAG-AAAAAAAGGCTATTT-TCAATCTGCCATACCTTCAAAAGCCTTATTACTA
66 AACCATTTA-TT-GCAAGAAAAGTCCATTTAT-AGTCT-CCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTC
* *
10772 GAC-TTAAATGGTTTTGTAATCTCATAATTATA-TTTAAGTTGAA
127 G-CTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGTATTTTAAGTTGAA
* * ** * * * * * * *
10815 TTTGTTTATATTTTT-AGTTAAAACAGACTGCACA-CGAATGTTTGCCTCAGGAAACGTGTAGAA
1 TTTTTTTACATTTTTCA-TTAAAACAGACTATA-ATTGAATGCTTACCTCAAGAAACATATAAAA
* * *
10878 AAACCCATTTATTTGGAAGAAAAGTCCATTAATAGTCTCCTATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTC
64 AAAACCATTTA-TTGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCTCC-ATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTC
* * *
10943 ACTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATT-AATTTTAAGTTTG-A
127 GCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGTATTTTAAG-TTGAA
* *
10986 TTTTTTTATATTTTT-AGTTAAAACAGACTATAATTGAAT-CTCTACCTCGAGAAACATGA-AGA
1 TTTTTTTACATTTTTCA-TTAAAACAGACTATAATTGAATGCT-TACCTCAAGAAACAT-ATA-A
* * * * *
11048 AAAATAA--ATTTATTGATAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACCCATTCCTTAAAAAGCTTTATTA
62 AAAA-AACCATTTATTG-CAAGAAAAGTCCATTTATAGTC-TCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTA
* * * * * *
11111 CTCACTTTAAATTGTTTTATTATC-CTAAAATTG-ATTTTATGTTCAA
124 CTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTC-ATAATTGTATTTTAAGTTGAA
* * * * **
11157 TTTTTATTAATATTTTTTATTAAAACAAACTATAATTCAATG-TCTACCTCAAGAAACAT-GGAA
1 TTTTT-TT-ACATTTTTCATTAAAACAGACTATAATTGAATGCT-TACCTCAAGAAACATATAAA
* * * ** *
11220 AAAAAGCATTCATTGGCTAGAAAAGTATATTTATAGTCTCCTATTCCTTC-AAAGCCGTATTACT
63 AAAAACCATTTATT-GCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCTCC-ATTCCTTCAAAAGCCTTATTACT
*
11284 CGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATT-AATTTTAAGT
126 CGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGTATTTTAAGT
11324 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 965, Mismatches: 167, Indels: 121
0.77 0.13 0.10
Matches are distributed among these distances:
168 32 0.03
169 106 0.11
170 78 0.08
171 410 0.42
172 282 0.29
173 54 0.06
174 3 0.00
ACGTcount: A:0.35, C:0.15, G:0.11, T:0.39
Consensus pattern (170 bp):
TTTTTTTACATTTTTCATTAAAACAGACTATAATTGAATGCTTACCTCAAGAAACATATAAAAAA
AACCATTTATTGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCTCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTT
TAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGTATTTTAAGTTGAA
Found at i:10916 original size:342 final size:336
Alignment explanation
Indices: 9961--11323 Score: 1177
Period size: 342 Copynumber: 4.0 Consensus size: 336
9951 NNNNNNNNNN
* * * * *
9961 TTTTTTTATATTTTTCATTAAAACAGACTATAATTGAATGCCTGCCTCAGGAAACGTGTAGAGAA
1 TTTTTTTACATTTTTCATTAAAACAGACTATAATTGAATGCTTGCCTCAAGAAACATGTAGGGAA
* * * *
10026 AGCCATTTATTTAGAAAAAAAGTCTATTTACAGTCTCTCATACCTTTAAAAGCCTTATTACAGCC
66 AGCCATTTATTTAGAAAAAAAGGCTATTTTCAGTCTC-CATACCTTCAAAAGCCTTATTACAGAC
* *
10091 TTAAATGATTTTGTAATCTCATAATTGTATTTAAGTTGAATTTGTTTTACATTTTTTCA-TTAAA
130 TTAAATGGTTTTGTAATCTCATAATTATATTTAAGTTGAATTTG-TTTACA-TTTTT-AGTTAAA
* * * *
10155 ATAGACTATAATTGAATGCTTTCCT-AGGGAAACACATA-AAAAAAATCATTTATTAGCAAGAAA
192 A-AGACTGTAATTGAATG-TTTCCTCA-GGAAACA-TTAGAAAAAAA-CATTTATTTGAAAGAAA
* *
10218 AGTCCATTTATAGTCTCCGATTCCTTCAAAA-CCTTATTACTCGCTTTATATGGTTTTATAATCT
252 AGTCCATTTATAGTCTCCGATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCT
10282 CATAATTGATTTTAAGTTGA
317 CATAATTGATTTTAAGTTGA
* * * *
10302 TTTTTTTACATTTTTCATTAAAACAGACTATAATT-AAGTGCTTGCCTCGAGAAACGTATAGGAA
1 TTTTTTTACATTTTTCATTAAAACAGACTATAATTGAA-TGCTTGCCTCAAGAAACATGTAGGGA
* * * * *** *
10366 AAGCCATTCA-TT-GACAATAAA-GTTCATTTAT-AGTCACCTATTTTTTCAAAACCCTTATTAC
65 AAGCCATTTATTTAGA-AAAAAAGGCT-ATTT-TCAGTCTCC-ATACCTTCAAAAGCCTTATTAC
*** * * * * *
10427 CCTCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTA-ATTTTAAATTGAATTTTTTTGCACTTTT-GTT
126 AGAC-TTAAATGGTTTTGTAATCTCATAATTATA-TTTAAGTTGAATTTGTTTACATTTTTAG-T
* * ** * * * *
10490 TAAAAAAAGCCGTAATTGAACATCTACCTC-GAGAAACATTAAGAAAAAAATATTCATTGTTAAA
188 TAAAAAGA-CTGTAATTGAATGT-TTCCTCAG-GAAACATT-AGAAAAAAACATTTATT-TGAAA
* * *
10554 AAAAAGTCCTTTTATAGTCTCTC-ATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTAACTTTAAATGGTTTTAT
248 GAAAAGTCCATTTATAGTCTC-CGATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTAT
* *
10618 AAGCTCATAATTGCTTTTAAGTTGAA
312 AATCTCATAATTGATTTTAAGTTG-A
* * * * * *
10644 TTTGTTTACATTTTTCATTCAAACAAATTATAATTTAATGCTTGCCTCAAGAAACATGTTGGGAA
1 TTTTTTTACATTTTTCATTAAAACAGACTATAATTGAATGCTTGCCTCAAGAAACATGTAGGGAA
*
10709 AGCCATTTATTTAGAAAAAAAGGCTATTTTCAATCTGCCATACCTTCAAAAGCCTTATTACTAGA
66 AGCCATTTATTTAGAAAAAAAGGCTATTTTCAGTCT-CCATACCTTCAAAAGCCTTATTAC-AGA
*
10774 CTTAAATGGTTTTGTAATCTCATAATTATATTTAAGTTGAATTTGTTTATATTTTTAGTTAAAAC
129 CTTAAATGGTTTTGTAATCTCATAATTATATTTAAGTTGAATTTGTTTACATTTTTAGTTAAAA-
* * * ** *
10839 AGACTGCACA-CGAATGTTTGCCTCAGGAAACGTGTAGAAAAACCCATTTATTTGGAAGAAAAGT
193 AGACTGTA-ATTGAATGTTT-CCTCAGGAAACAT-TAGAAAAAAACATTTATTTGAAAGAAAAGT
* * *
10903 CCATTAATAGTCTCCTATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATAGTTTTATAATCTCAT
255 CCATTTATAGTCTCCGATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCAT
*
10968 AATTAATTTTAAGTTTGA
320 AATTGATTTTAAG-TTGA
* * * * **
10986 TTTTTTTATATTTTT-AGTTAAAACAGACTATAATTGAAT-CTCTACCTCGAGAAACATGAAGAA
1 TTTTTTTACATTTTTCA-TTAAAACAGACTATAATTGAATGCT-TGCCTCAAGAAACATGTAGGG
*** * * * * * * * * *
11049 AAATAAATTTATTGATAAGAAAAGTCTATTTAT-AGTCACCCATTCCTTAAAAAGCTTTATTACT
64 AAAGCCATTTATTTAGAAAAAAAGGCTATTT-TCAGTC-TCCATACCTTCAAAAGCCTTATTACA
* * * * * * * * *
11113 CACTTTAAATTGTTTTATTATC-CTAAAATTGAT-TTTATGTTCAATTTTTATTAATATTTTTTA
127 GAC-TTAAATGGTTTTGTAATCTC-ATAATT-ATATTTAAGTTGAATTTGT-TT-ACA-TTTTTA
* * * * * * * * **
11176 -TTAAAACAAACTATAATTCAATGTCTACCTCAAGAAACA-TGGAAAAAAAGCATTCATTGGCTA
186 GTTAAAA-AGACTGTAATTGAATGT-TTCCTCAGGAAACATTAGAAAAAAA-CATTTATTTGAAA
** * * *
11239 GAAAAGTATATTTATAGTCTCCTATTCCTTC-AAAGCCGTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATA
248 GAAAAGTCCATTTATAGTCTCCGATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATA
*
11303 ATCTCATAATTAATTTTAAGT
313 ATCTCATAATTGATTTTAAGT
11324 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 824, Mismatches: 150, Indels: 96
0.77 0.14 0.09
Matches are distributed among these distances:
338 5 0.01
339 40 0.05
340 82 0.10
341 156 0.19
342 327 0.40
343 163 0.20
344 44 0.05
345 7 0.01
ACGTcount: A:0.35, C:0.15, G:0.11, T:0.39
Consensus pattern (336 bp):
TTTTTTTACATTTTTCATTAAAACAGACTATAATTGAATGCTTGCCTCAAGAAACATGTAGGGAA
AGCCATTTATTTAGAAAAAAAGGCTATTTTCAGTCTCCATACCTTCAAAAGCCTTATTACAGACT
TAAATGGTTTTGTAATCTCATAATTATATTTAAGTTGAATTTGTTTACATTTTTAGTTAAAAAGA
CTGTAATTGAATGTTTCCTCAGGAAACATTAGAAAAAAACATTTATTTGAAAGAAAAGTCCATTT
ATAGTCTCCGATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGA
TTTTAAGTTGA
Found at i:13668 original size:170 final size:169
Alignment explanation
Indices: 13267--13756 Score: 515
Period size: 171 Copynumber: 2.9 Consensus size: 169
13257 NNNNNNNNNN
* *
13267 TAATCTCATAATTG-ATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTACATTAAAACAGA-TAATAATTG
1 TAATATCATAATTGTA-TTTAAGTT-AATTTTTTTACATTTTTCATTAAAACAGACT-ATAATTG
* * * * * * * *
13330 AATGCTTGCCTT-AGGAAACATGTAGAGAAAGCCATTTATTTGAAAGAAAAGTCCGTTTACAATC
63 AATGCTTTCCTTGA-GAAACGTGTAGAAAAAGCCATTCA-TTGTAAGAAAAGTCCATTTATAGTC
** * *
13394 TCTTATACCTTCAAAAGCCTTATTACTAGCCTTAAATGATTTTG
126 TCCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTAGCCTTAAATGATTTTA
* * *
13438 TAATATCATAATTGTATTTAAGTTAATTTCTTTTACATTTTTTATTAAAACGGGCTATAATTGAA
1 TAATATCATAATTGTATTTAAGTTAATTT-TTTTACATTTTTCATTAAAACAGACTATAATTGAA
13503 TGCTTTCCTTGAGAAACGTGTAGAAAAAGCCATTCATTAGTAAGAAAAGTCCATTTATAGTCTCC
65 TGCTTTCCTTGAGAAACGTGTAGAAAAAGCCATTCATT-GTAAGAAAAGTCCATTTATAGTCTCC
* * *
13568 CATTCCTTCAAAA-CTTTATTACTTGCTTTAAATGATTTTA
129 CATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTAGCCTTAAATGATTTTA
* ******** *
13608 TAATCTCATAATTG-ATTTNNNNNNNNNNTTTTTTATATTTTTCATTAAAACAGACTATAATTGA
1 TAATATCATAATTGTATTT--AAGTTAATTTTTTTACATTTTTCATTAAAACAGACTATAATTGA
* * *
13672 GTGTCTAT-CTTGAGAAACGTGTAAAAAAAAGCCATTCATTGATAAGAAAAGTCCATTTATAGTC
64 ATG-CTTTCCTTGAGAAACGTGT-AGAAAAAGCCATTCATTG-TAAGAAAAGTCCATTTATAGTC
* *
13736 ACCCATTCTTTCAAAAGCCTT
126 TCCCATTCCTTCAAAAGCCTT
13757 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 269, Mismatches: 39, Indels: 21
0.82 0.12 0.06
Matches are distributed among these distances:
169 4 0.01
170 90 0.33
171 169 0.63
172 6 0.02
ACGTcount: A:0.34, C:0.14, G:0.11, T:0.38
Consensus pattern (169 bp):
TAATATCATAATTGTATTTAAGTTAATTTTTTTACATTTTTCATTAAAACAGACTATAATTGAAT
GCTTTCCTTGAGAAACGTGTAGAAAAAGCCATTCATTGTAAGAAAAGTCCATTTATAGTCTCCCA
TTCCTTCAAAAGCCTTATTACTAGCCTTAAATGATTTTA
Found at i:15832 original size:171 final size:170
Alignment explanation
Indices: 15492--15910 Score: 459
Period size: 171 Copynumber: 2.5 Consensus size: 170
15482 CAGAAAAGTA
* * * *
15492 AAGAAAAAAGCATTCATTGGCAAGAAAATTCCATTTATAGTAACCCATTCTTTCAAAA-TCTTAT
1 AAGAAAAAAGCATTCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCTTTCAAAAGCCTTAT
* ** *
15556 TACTAGCTTTAAATGATTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAATTTTTTTTACATTTTTCA
66 TAATAGCTTTAAATGATTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAATTTTTTAAACATTTTGCA
* ** * ** ** *
15621 TTAAAACATACTATAATTTAGTGCTTGCCTCAAGAAACATG
131 -TAAAACAAAAAACAATAGAACGCTTACCTCAAGAAACATG
* * * *
15662 TAG-AAAAAGCCATTCATTGATAAGAAAAGTCCATTTACAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTA
1 AAGAAAAAAG-CATTCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCTTTCAAAAGCCTTA
* *
15726 TTAATCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTGTTTAAACATTTT
65 TTAATAGCTTTAAATGATTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTT-AATTT-TTTAAACATTTT
* * * *
15791 GC-TCAAACAAAAAACAATAGAACGTTTACGTTGAA-AAACATG
128 GCATAAAACAAAAAACAATAGAACGCTTAC-CTCAAGAAACATG
* * * **
15833 AAGAAAAAAGCATTCCTTGCCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCTCTTATTCTTTCAAAAGCCTTAT
1 AAGAAAAAAGCATTCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCTTTCAAAAGCCTTAT
* *
15898 TACTAACTTTAAA
66 TAATAGCTTTAAA
15911 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 204, Mismatches: 39, Indels: 11
0.80 0.15 0.04
Matches are distributed among these distances:
169 6 0.03
170 44 0.22
171 129 0.63
172 14 0.07
173 11 0.05
ACGTcount: A:0.38, C:0.16, G:0.10, T:0.36
Consensus pattern (170 bp):
AAGAAAAAAGCATTCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCTTTCAAAAGCCTTAT
TAATAGCTTTAAATGATTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAATTTTTTAAACATTTTGCA
TAAAACAAAAAACAATAGAACGCTTACCTCAAGAAACATG
Found at i:17554 original size:144 final size:144
Alignment explanation
Indices: 17323--17590 Score: 337
Period size: 144 Copynumber: 1.9 Consensus size: 144
17313 AACAAACCAG
* * *
17323 AATTGAATGTCTACCTTGATAAACATGAAGAAAAAAGCATTCATTGCTAACAAAAAGTTCATTTA
1 AATTGAATGTCTACCTCGAGAAACATGAAGAAAAAAGCATTCATT-CTAACAAAAAGTCCATTTA
* * * * * *
17388 TAGTCTCTCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCA-CTTTAAATGGCTTTATAATCTCATATTTTT
65 CAATCTCCCATACCTTCAAAAGCCTTATTACT-AGCCTTAAATGGCTTTATAATCACATATTTTT
17452 TATTAAATTAGACTAT
129 TATTAAATTAGACTAT
* * *
17468 AATTGAATGTCTAGCTCGAGAAACATGTA-AAAAAAGTCATTTATT-TAGA-AGAAAAGTCCATT
1 AATTGAATGTCTACCTCGAGAAACATGAAGAAAAAAG-CATTCATTCTA-ACA-AAAAGTCCATT
* *
17530 TACAATCTCCCATACCTTCAAAAGCCTTATTACTAGCCTTAAATGGTTTTGTAATCACATA
63 TACAATCTCCCATACCTTCAAAAGCCTTATTACTAGCCTTAAATGGCTTTATAATCACATA
17591 ATTGTATCTA
Statistics
Matches: 105, Mismatches: 14, Indels: 9
0.82 0.11 0.07
Matches are distributed among these distances:
143 4 0.04
144 69 0.66
145 32 0.30
ACGTcount: A:0.37, C:0.17, G:0.10, T:0.35
Consensus pattern (144 bp):
AATTGAATGTCTACCTCGAGAAACATGAAGAAAAAAGCATTCATTCTAACAAAAAGTCCATTTAC
AATCTCCCATACCTTCAAAAGCCTTATTACTAGCCTTAAATGGCTTTATAATCACATATTTTTTA
TTAAATTAGACTAT
Found at i:17903 original size:171 final size:172
Alignment explanation
Indices: 17446--18489 Score: 980
Period size: 170 Copynumber: 6.1 Consensus size: 172
17436 ATAATCTCAT
* ** * * ** ** * *
17446 ATTTTTTATTAAATTAGACTATAATTGAATGTCTAGCTCGAGAAACATGTA-AAAAAAGTCATTT
1 ATTTTTCATTAAAACAGACTATAATTGAATGTTTACCTTAAGAAATGTGAAGAAAAAAG-CATTC
* * * * * *
17510 ATTTAG--AAGAAAAGTCCATTTACAATCTCCCATACCTTCAAAAGCCTTATTACTAGCCTTAAA
65 A-TTAGTCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCTCTCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAA
* * *
17573 TGGTTTTGTAATCACATAATTG-TATCTAAGTTGAATTTTTTTAC
129 TGGTTTTATAATCTCATAATTGAT-TTTAAGTTGAATTTTTTTAC
* * * *
17617 ATTTTTCATTAAAACAG-GTAATAATTGAATTTTTACCTTGAA-AAATGTGTA-AAAAGAGTC-T
1 ATTTTTCATTAAAACAGACT-ATAATTGAATGTTTACCTT-AAGAAATGTGAAGAAAAAAG-CAT
* ** * * * *
17678 TCATTGGT-AAGAAAAGTTTATTCATAGTCTCTCATTCCTTTAAAAGCCTTATTACTTGCTTCAA
63 TCATTAGTCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCTCTCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAA
* * * *
17742 ATGATTTTATAATTTCATAACTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTAT
128 ATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTAC
* * * * * * *
17787 ATTTTTCATTAAAACAAATTGTAATTAAATGTTTACCTTGAGAAACGTGAAGAAAAAAACATTCA
1 ATTTTTCATTAAAACAGACTATAATTGAATGTTTACCTTAAGAAATGTGAAGAAAAAAGCATTCA
*
17852 TT-GTCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCTC-CTATTCCTTTAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAAT
66 TTAGTCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCTCTC-ATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAAT
* *
17915 GGTTCTATAATCTCATAATTG-TATTTAAGTTGAATTTGATTTAC
130 GGTTTTATAATCTCATAATTGAT-TTTAAGTTGAATTT-TTTTAC
* ** ** * * * * *
17959 ATTTTTCATTCAAACAGACTATAATTGAATGCCTGGCTCAGGAAATGAGTAGAAAAAATCATTCA
1 ATTTTTCATTAAAACAGACTATAATTGAATGTTTACCTTAAGAAATGTGAAGAAAAAAGCATTCA
* * * * *
18024 TTAAT-AAAAAAAATCCATTTATAGTCTCTCATTCCTTTAAAAGCCTTATTACTTGCTTTAAATG
66 TTAGTCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCTCTCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATG
* *
18088 GTTTTATAATCTCATAACTGATTTTAAGTT-AATTTTTGTTTC
131 GTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTT-TTAC
* * * * * *
18130 -TGTTTT-AGTTAAAACAAACTATAATTAAATGTCTACCTCAACAAATATGAAGAAAAAAGCATT
1 AT-TTTTCA-TTAAAACAGACTATAATTGAATGTTTACCTTAAGAAATGTGAAGAAAAAAGCATT
* *
18193 CATTAG-CAAGAAAAGTCCATTTATAGTCTC-CTATTCCTTCAAAA-CCTTAGTACTCGATTTAA
64 CATTAGTCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCTCTC-ATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAA
* * * * *
18255 ATAGTTTGATAATCTCATGATTGATTTTAAGTTGAATTTGTTCAC
128 ATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTAC
* * * * * *
18300 ATTTTT-AGTTCAAATAGACTATAATTGGATGTTGACCTCAAGAAATGTGAAGAAAAAAGCACTC
1 ATTTTTCA-TTAAAACAGACTATAATTGAATGTTTACCTTAAGAAATGTGAAGAAAAAAGCATTC
* **
18364 ATTTG-CAAGAAAAGTCCATTTATA-TCTCTCATTCCTTCGTAAGCCTTATTACTCGCTTTAAAT
65 ATTAGTCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCTCTCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAAT
* * * * *
18427 GGCTTTATAATCTCATAATTGATATTAATTTTAAGTTTTTTAC
130 GGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTAC
***
18470 ATTTTTGGCTAAAACAGACT
1 ATTTTTCATTAAAACAGACT
18490 GTACACGAAT
Statistics
Matches: 716, Mismatches: 132, Indels: 51
0.80 0.15 0.06
Matches are distributed among these distances:
169 18 0.03
170 321 0.45
171 238 0.33
172 136 0.19
173 3 0.00
ACGTcount: A:0.35, C:0.14, G:0.11, T:0.39
Consensus pattern (172 bp):
ATTTTTCATTAAAACAGACTATAATTGAATGTTTACCTTAAGAAATGTGAAGAAAAAAGCATTCA
TTAGTCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCTCTCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATG
GTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTAC
Found at i:20994 original size:170 final size:169
Alignment explanation
Indices: 20296--21399 Score: 760
Period size: 171 Copynumber: 6.5 Consensus size: 169
20286 NNNNNNNNNN
* * * *
20296 TCATAATTGATTTTAAGTTGAAGTTTTTTACATTTTTGGTTAAAATAGACTATACA-CGAATGCC
1 TCATAATTGATTTTAAGTTGAA-TTTTTTACATTTTTGATTAAAACAGACTATA-ATTGAATGTC
* * * * * * * * *
20360 TACCT-TAGGAAACAT-ATA-GAAAAACCCATTTATTTGGAGGAAAAGTACATTAATAGTCTCTT
64 TACCTCGA-GAAACGTGA-AGGAAAAA-GCATTCATTTGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCTCTC
* * **********
20422 ATTCCTTTGAAAGCCTTATTACTCACTNNNNNNNNNNTTATAATC
126 ATTCC-TTCAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATC
* * *
20467 TCGTAATTGATTTTAAGTTTAATTTTTTAACATTTTTGATTAAAACAGACTATAATTGAATATCT
1 TCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTT-ACATTTTTGATTAAAACAGACTATAATTGAATGTCT
* * ** * * *
20532 ACCTTGAGCAACGTG-AGGAAAAATTTATTTA-TTGACAAGAAAAGTCTATTTATAGTCTCACAT
65 ACCTCGAGAAACGTGAAGGAAAAA-GCATTCATTTG-CAAGAAAAGTCCATTTATAGTCTCTCAT
* *** *
20595 TCCTTTAAAAGCCTTGCCACTTGCTTTAAATGGTTTTATAATC
128 TCC-TTCAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATC
** * * **********
20638 TCATAATTGATTTTAAGTTGGTTTTTTTACAGTTTTGGTTAAAACAGACNNNNNNNNNNTGTCTA
1 TCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTACATTTTTGATTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTA
** * * *
20703 CCTCGAGAAATATGAA-GAAAAAACATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCTCTTATTCC
66 CCTCGAGAAACGTGAAGGAAAAAGCATTCATTTGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCTCTCATTCC
* * **
20767 TTCAAAACCTTAATACTCGCTTTAAATGGTTTTATAANN
131 TTCAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATC
******** * *
20806 NNNNNNNNGATTTTAAGTTGAATTTGTTTATATTTTTGATTCAAACAGACTATAATTGAATGTCT
1 TCATAATTGATTTTAAGTTGAATTT-TTTACATTTTTGATTAAAACAGACTATAATTGAATGTCT
* *
20871 ACCTCGAGAAATGTGAAGGAAAAAGCATTCATTTGTAAGAAAAGTCCATTTATA-TCTCTCATTC
65 ACCTCGAGAAACGTGAAGGAAAAAGCATTCATTTGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCTCTCATTC
* *
20935 CTTCGAAAGCCTTATTAATCGCTTTAAATGGCTTTATAATC
130 CTTC-AAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATC
* * * * *
20976 TCATAATTGATATTAAGTTGAAGCTTTTTACATTTTTGATTAAAACAGACTGTACA-CGAATGCC
1 TCATAATTGATTTTAAGTTGAA-TTTTTTACATTTTTGATTAAAACAGACTATA-ATTGAATGTC
* * * ** * * * * *
21040 TACCTTGAGAAACGTGTAGGAACACCCATTTATTTGAAAGAAAGGTTCATTAATAGTCTC-CTAT
64 TACCTCGAGAAACGTGAAGGAAAAAGCATTCATTTGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCTCTC-AT
* * *
21104 TCCTTCAAAAGCCTTATTATTTGCTTTAAATGGTTGTATAATC
128 TCCTTC-AAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATC
* ********* * * * *
21147 TCATAACTGATTTTAAGTTGNNNNNNNNNNCAGTTTTGGTTAAAACAAACTATAATGGAATGTCT
1 TCATAATTGATTTTAAGTTG-AATTTTTTACATTTTTGATTAAAACAGACTATAATTGAATGTCT
* * ** * * * *
21212 ATCTCGAAAAATATGATGAAAAAAGTATTCA-TTGCCAAGAAAAGTCCATTTATTGTCTC-CTAT
65 ACCTCGAGAAACGTGAAGGAAAAAGCATTCATTTG-CAAGAAAAGTCCATTTATAGTCTCTC-AT
* ** * *
21275 TCTTTCAAAAAC-TATGGTACTCACTTTAAATGATTTTATAATC
128 TCCTTCAAAGCCTTAT--TACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATC
* * * * *
21318 TCATAATCGATTTTAAGTTGAATTTGTTATATTTTT-AGTTCAAACAGAGTATAATTGAATGTCT
1 TCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTACATTTTTGA-TTAAAACAGACTATAATTGAATGTCT
*
21382 ACCTTGAGAAACGTGAAG
65 ACCTCGAGAAACGTGAAG
21400 AANNNNNNNN
Statistics
Matches: 707, Mismatches: 205, Indels: 43
0.74 0.21 0.05
Matches are distributed among these distances:
168 46 0.07
169 89 0.13
170 252 0.36
171 319 0.45
172 1 0.00
ACGTcount: A:0.33, C:0.14, G:0.13, T:0.37
Consensus pattern (169 bp):
TCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTACATTTTTGATTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTA
CCTCGAGAAACGTGAAGGAAAAAGCATTCATTTGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCTCTCATTCC
TTCAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATC
Done.