Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: NW_018397921.1 Herrania umbratica cultivar Fairchild unplaced genomic scaffold, ASM216827v2 scaffold_1226.0, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000
Length: 12884
ACGTcount: A:0.29, C:0.10, G:0.10, T:0.30
Warning! 2712 characters in sequence are not A, C, G, or T
Found at i:1233 original size:172 final size:172
Alignment explanation
Indices: 538--2408 Score: 1453
Period size: 172 Copynumber: 11.0 Consensus size: 172
528 NNNNNNNNNN
* * * *
538 AAGCCTTATTACTTGTTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGCTGAA-TATTTTT
1 AAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTT
* * * * ** * * *
602 ACATATTTGGTTAAAACAAACTATTGTTGAATGTCTACCTCAAGAAACGTCAAGAAAAAGGTATT
66 ACTTTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTCGAGAAACGTGAAGAAAAAGGCATT
* * * * *
667 CATTGGAAATAAAAGTCCATTTGTAGTCACCTATTCCTTCAA
131 CATTAGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAA
* ** ********** *
709 AAGCCTTATTACTTGCTTTAAACAGTTTTATAATCTCATANNNNNNNNNNAGTTGAA--TTGTTT
1 AAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTT
* ** * * * * * * * *
772 ACATTTTTCATTGAAACAGACTATAATTAAATGTCTACCT-TAAAAAGCATAAAGAAAAAAGCAT
66 ACTTTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTCGAGAAA-CGTGAAGAAAAAGGCAT
* ********** *
836 TCATTGGCAANNNNNNNNNNTTTATAGTCTCCCATTCCTTC-A
130 TCATTAGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAA
* ** * * * *
878 AAGTCCTTATTAGTCTATTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAATTCAACTTTTTT
1 AAG-CCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTT
* * * * ** * * *
943 TACTTCTTTGGTTAAAACATATCATAACTGAATGTCTATTTTGAGAAACATGAAGAAAAATGCAT
65 TACTTTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTCGAGAAACGTGAAGAAAAAGGCAT
* * **********
1008 TTATTAGCAAGAAAAGACCATTTATNNNNNNNNNNTCCTTCAA
130 TCATTAGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAA
* * * * *
1051 AAGCCTTATTACTCGTTTTAAATGGTTTTATAATCGCAAAATTGATTTTAAATTCAATTTTTTTT
1 AAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTT
* * * * * *
1116 ACTTTTTTGATTAAAACAAATTATAATTGAATGTCTACATTGAGAAACGTGAGGAAAAAGGTATT
66 ACTTTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTCGAGAAACGTGAAGAAAAAGGCATT
* * * * *
1181 CATTAACAAGAAAAGTCTATTTTTAGCCACCCATTCCTTTAA
131 CATTAGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAA
** * *
1223 AATG-CTTATTACTCGCTTTAAACAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTCAGTTGAA-CTTTTT
1 AA-GCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTT
* * * * ***
1286 TA-TCTTTTTGGTTAAAACAGACTATAATCGAATGTCTACCTCAAGAAACATGAAGAAAAATATA
65 TACT-TTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTCGAGAAACGTGAAGAAAAAGGCA
* * * *
1350 TTCATTGGCAAAAAAAGTCCATTTATAGTTACCCATTCTTTCAA
129 TTCATTAGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAA
* * **
1394 AAGCCTTATCACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTGGTAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTG
1 AAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTT-
* * * * * *
1459 TA---TTTTGGTTAAAACAGATTATAGTTGAATATCTATCTCGAGAAACGAGAAGAAAAAAGTAT
65 TACTTTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTCGAGAAACGTGAAGAAAAAGGCAT
* * * **********
1521 TTATTGGCAAAAAAAGTCCATTTATAGTCACCCNNNNNNNNNN
130 TCATTAGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAA
* * * *
1564 AATCCTTATTACCCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTAATTTTGAGTTGAA-TTTTTTT
1 AAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTT
* * * * *
1628 -CATTTTTCGTTAAAACAGACTATAATTGAATG-CTTGCCATACGA-AACATGTTGAA-AAAAA-
66 ACTTTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTC-TACC-T-CGAGAA-ACG-TGAAGAAAAAG
* * * * *
1688 -CATTTATTCGGAAGAAAAGTCCATTTATAGTCTCTCATTCCTTCAA
126 GCATTCATTAGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAA
********** ** * * *
1734 AAGCCTTATNNNNNNNNNNAAATTATTTTATAATCTCATAATTGATTTTAACTTAAATTTTTTTC
1 AAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTT
* * * * * *
1799 GCATTTTTT-GTTGAAACAGATTATAATTGACTGTTTACCTCAAGAAACGAGAAGAAAAAGGCAT
66 AC-TTTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTCGAGAAACGTGAAGAAAAAGGCAT
* * ** *
1863 TCATTGGTAAGAAAAGTATATTTATAGTCACCCATTCCTACAA
130 TCATTAGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAA
* * * * *
1906 AAGCCTTATTAGTCG-TTTCAAATAGTTTTATAAGCTCATAATTGATTTTAAGTT-AAATTGTTT
1 AAGCCTTATTACTCGCTTT-AAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTT
* * * * *
1969 TACTTTTTTGGTTAAAATAGACTATAGTTGAAAGTCTACCTCGAGAAATGTGAAGAAAAAGGCAT
65 TACTTTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTCGAGAAACGTGAAGAAAAAGGCAT
* *
2034 TCATT-GACAAAAAAAGTCTC-TTTATAGTCACCCATTCTTTCAA
130 TCATTAG-CAAGAAAAGTC-CATTTATAGTCACCCATTCCTTCAA
* * *
2077 GAGCCTTATTACTCACTTTAAA-GAGTTTTATAATCTCATAATTAATTTTAAGTT-AATTTTTTT
1 AAGCCTTATTACTCGCTTTAAATG-GTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTT
* * * * * *
2140 TA--TTTTTGGTGAAAACAGATAATAATTAAATGTCTACATCAAGAAACGTGAAGAAAAAAGCAT
65 TACTTTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTCGAGAAACGTGAAGAAAAAGGCAT
* * *
2203 TCA-TAGGTAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATTCGTTCAA
130 TCATTA-GCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAA
* * *
2246 AAGCCTTATTACTTGCTTTAAGA-AGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTGTTT
1 AAGCCTTATTACTCGCTTTAA-ATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTT
* ** * * * * * * *
2310 TACATTTAAGGTTAAAACATACTATAATTGAATGTCTACCTTGAAAAACATAAAG-AAAAGACAT
65 TACTTTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTCGAGAAACGTGAAGAAAAAGGCAT
2374 TCATTAGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCAT
130 TCATTAGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCAT
2409 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 1320, Mismatches: 339, Indels: 82
0.76 0.19 0.05
Matches are distributed among these distances:
168 3 0.00
169 148 0.11
170 368 0.28
171 370 0.28
172 412 0.31
173 19 0.01
ACGTcount: A:0.35, C:0.14, G:0.12, T:0.37
Consensus pattern (172 bp):
AAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTT
ACTTTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTCGAGAAACGTGAAGAAAAAGGCATT
CATTAGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAA
Found at i:1767 original size:340 final size:333
Alignment explanation
Indices: 1043--2408 Score: 929
Period size: 340 Copynumber: 4.0 Consensus size: 333
1033 NNNNNNNNNN
* ** * * * * *
1043 TCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGTTTTAAATGGTTTTATAATCGCAAAATTGATTTTAAATTCAA
1 TCCTTCAAAAGCCTTATCACTCACTTTAAATGATTTTATAATCTCATAATTGATTTTAACTTAAA
** * * * * * ** * *
1108 TTTTTTTTACTTTTTTGATTAAAACAAATTATAATTGAATGTCTACATTGAGAAACGTGAGGAAA
66 TTTTTTTCGCATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATATCTACCTCAAGAAACGAGAAGAAA
* * ** * * * * *
1173 AAGGTATTCATTAACAAGAAAAGT-CTATTTTTAGCCACCCATTCCTTTAAAATGCTTATTACTC
131 AAAGCATTCATTGGCAAAAAAAGTAC-ATTTATAGTCA--C---CC-----AATCCTTATTACCC
* *
1237 GCTTTAAACAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTCAGTTGAACTTTTTTATCTTTTTGGTTAAA
185 GCTTTAAACAGTTTTATAATCTCATAATTAATTTTCAGTTGAACTTTTTTATCTTTTTCGTTAAA
* *
1302 ACAGACTATAATCGAATGTCTACCTCAAGAAACATGAAGAAAAATATATTCATTGGCAAAAAAAG
250 ACAGACTATAATCGAATGTCTACCTCAAGAAACATGAAGAAAAAAACATTCATTGGCAAAAAAAG
1367 TCCATTTATAGTTACCCAT
315 TCCATTTATAGTTACCCAT
* * ** * *
1386 TCTTTCAAAAGCCTTATCACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTGGTAATTGATTTTAAGTTGAA
1 TCCTTCAAAAGCCTTATCACTCACTTTAAATGATTTTATAATCTCATAATTGATTTTAACTTAAA
* * * *
1451 TTTTTTT-GTA-TTTTGGTTAAAACAGATTATAGTTGAATATCTATCTCGAGAAACGAGAAGAAA
66 TTTTTTTCGCATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATATCTACCTCAAGAAACGAGAAGAAA
* * *
1514 AAAGTATTTATTGGCAAAAAAAGTCCATTTATAGTCACCCNNNNNNNNNNAATCCTTATTACCCG
131 AAAGCATTCATTGGCAAAAAAAGTACATTTATAGTCACCC----------AATCCTTATTACCCG
** *
1579 CTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTAATTTTGAGTTGAA-TTTTTT-TCATTTTTCGTTAAA
186 CTTTAAACAGTTTTATAATCTCATAATTAATTTTCAGTTGAACTTTTTTATC-TTTTTCGTTAAA
* * * ** * *
1642 ACAGACTATAATTGAATG-CTTGCCAT-ACGAAACATGTTGAAAAAAACATTTATTCGG-AAGAA
250 ACAGACTATAATCGAATGTC-TACC-TCAAGAAACATGAAGAAAAAAACATTCATT-GGCAAAAA
*
1704 AAGTCCATTTATAGTCT-CTCAT
312 AAGTCCATTTATAGT-TACCCAT
********** *
1726 TCCTTCAAAAGCCTTATNNNNNNNNNNAAATTATTTTATAATCTCATAATTGATTTTAACTTAAA
1 TCCTTCAAAAGCCTTATCACTCACTTTAAATGATTTTATAATCTCATAATTGATTTTAACTTAAA
* * * * *
1791 TTTTTTTCGCATTTTTTGTTGAAACAGATTATAATTGACTGTTTACCTCAAGAAACGAGAAGAAA
66 TTTTTTTCGCATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATATCTACCTCAAGAAACGAGAAGAAA
* * * * * **
1856 AAGGCATTCATTGGTAAGAAAAGTATATTTATAGTCACCCATTCCTACAAAAGCCTTATTAGTCG
131 AAAGCATTCATTGGCAAAAAAAGTACATTTATAGT----CA--CC--C--AATCCTTATTACCCG
* * * * * *
1921 -TTTCAAATAGTTTTATAAGCTCATAATTGATTTTAAGTT-AAATTGTTTTA-CTTTTTTGGTTA
186 CTTT-AAACAGTTTTATAATCTCATAATTAATTTTCAGTTGAACTT-TTTTATC-TTTTTCGTTA
* * * * * ** ** *
1983 AAATAGACTATAGTTGAAAGTCTACCTCGAGAAATGTGAAGAAAAAGGCATTCATTGACAAAAAA
248 AAACAGACTATAATCGAATGTCTACCTCAAGAAACATGAAGAAAAAAACATTCATTGGCAAAAAA
*
2048 AGTCTC-TTTATAGTCACCCAT
313 AGTC-CATTTATAGTTACCCAT
* * * * *
2069 TCTTTCAAGAGCCTTATTACTCACTTTAAA-GAGTTTTATAATCTCATAATTAATTTTAAGTT-A
1 TCCTTCAAAAGCCTTATCACTCACTTTAAATGA-TTTTATAATCTCATAATTGATTTTAACTTAA
* * * * * * *
2132 ATTTTTTT--TATTTTTGGTGAAAACAGATAATAATTAAATGTCTACATCAAGAAACGTGAAGAA
65 ATTTTTTTCGCATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATATCTACCTCAAGAAACGAGAAGAA
* * * * * **
2195 AAAAGCATTCATAGGTAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATTCGTTCAAAAGCCTTATTACTT
130 AAAAGCATTCATTGGCAAAAAAAGTACATTTATAGTCA--C---C---C--AATCCTTATTACCC
* * * ***
2260 GCTTTAAGA-AGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTGTTTTA-CATTTAAGGTT
185 GCTTTAA-ACAGTTTTATAATCTCATAATTAATTTTCAGTTGAACTT-TTTTATC-TTTTTCGTT
* * * * * * *
2323 AAAACATACTATAATTGAATGTCTACCTTGAA-AAACATAAAG-AAAAGACATTCATTAGCAAGA
247 AAAACAGACTATAATCGAATGTCTACC-TCAAGAAACATGAAGAAAAAAACATTCATTGGCAAAA
*
2386 AAAGTCCATTTATAGTCACCCAT
311 AAAGTCCATTTATAGTTACCCAT
2409 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 820, Mismatches: 163, Indels: 83
0.77 0.15 0.08
Matches are distributed among these distances:
336 6 0.01
339 6 0.01
340 301 0.37
341 186 0.23
342 133 0.16
343 181 0.22
344 2 0.00
346 2 0.00
348 2 0.00
350 1 0.00
ACGTcount: A:0.36, C:0.14, G:0.12, T:0.37
Consensus pattern (333 bp):
TCCTTCAAAAGCCTTATCACTCACTTTAAATGATTTTATAATCTCATAATTGATTTTAACTTAAA
TTTTTTTCGCATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATATCTACCTCAAGAAACGAGAAGAAA
AAAGCATTCATTGGCAAAAAAAGTACATTTATAGTCACCCAATCCTTATTACCCGCTTTAAACAG
TTTTATAATCTCATAATTAATTTTCAGTTGAACTTTTTTATCTTTTTCGTTAAAACAGACTATAA
TCGAATGTCTACCTCAAGAAACATGAAGAAAAAAACATTCATTGGCAAAAAAAGTCCATTTATAG
TTACCCAT
Found at i:1936 original size:512 final size:501
Alignment explanation
Indices: 1248--2408 Score: 1162
Period size: 512 Copynumber: 2.3 Consensus size: 501
1238 CTTTAAACAG
* * * *
1248 TTTTATAATCTCATAATTGATTTTCAGTTGAACTTTTTTATCTTTTTGGTTAAAACAGACTATAA
1 TTTTATAATCTCATAATTGATTTTAACTTAAACTTTTTTAGCTTTTTGGTTAAAACAGACTATAA
* * *
1313 TCGAATGTCTACCTCAAGAAACATGAAGAAAAATATATTCATTGGCAAAAAAAGTCCATTTATAG
66 TCGAATGTCTACCTCAAGAAACATGAAGAAAAAGACATTCATTGGCAAAAAAAGTACATTTATAG
* * * * * **
1378 TTACCCATTCTTTCAAAAGCCTTATCACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTGGTAATTGATTTT
131 TCACCCATTCCTACAAAAGCCTTATCACTCACTTTAAATAGTTTTATAAGCTCATAATTGATTTT
* ** * *
1443 AAGTTGAATT-TTTTTGTATTTTGGTTAAAACAGATTATAGTTGAATA-TCTATCTCGAGAAACG
196 AAGTTAAATTGTTTTACTATTTTGGTTAAAACAGACTATAGTTGAA-AGTCTACCTCGAGAAACG
* * * ********* *
1506 AGAAGAAAAAAGTATTTATTGGCAAAAAAAGTC-CATTTATAGTCACCCNNNNNNNNNNA-ATCC
260 AGAAGAAAAAAGCATTCATTGACAAAAAAAGTCTC-TTTATAGTCACCC-ATTCTTTCAAGAGCC
* *
1569 TTATTACCCGCTTTAAATG-GTTTTATAATCTCATAATTAATTTTGAGTTGAATTTTTTTCATTT
323 TTATTACCCACTTTAAA-GAGTTTTATAATCTCATAATTAATTTTAAGTT-AATTTTTTTCATTT
* * * * ** *
1633 TTCGTTAAAACAGACT-ATAATTGAATG-CTTGCCAT-ACGAAACATGTTGAAAAAAACATTTAT
386 TTCGTGAAAACAGA-TAATAATTAAATGTC-T-ACATCAAGAAACATGAAGAAAAAAACATTCA-
* *
1695 TCGG-AAGAAAAGTCCATTTATAGTCTCTCATTCCTTCAAAAGCCTTATNNNNNNNNNNAAATTA
447 TAGGTAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATTCCTTCAAAAGCCTTAT----------AAATTA
* * * * *
1759 TTTTATAATCTCATAATTGATTTTAACTTAAATTTTTTTCGCATTTTTTGTTGAAACAGATTATA
1 TTTTATAATCTCATAATTGATTTTAACTTAAACTTTTTTAGC-TTTTTGGTTAAAACAGACTATA
* * * * * * *
1824 ATTGACTGTTTACCTCAAGAAACGA-GAAGAAAAAGGCATTCATTGGTAAGAAAAGTATATTTAT
65 ATCGAATGTCTACCTCAAGAAAC-ATGAAGAAAAAGACATTCATTGGCAAAAAAAGTACATTTAT
* * *
1888 AGTCACCCATTCCTACAAAAGCCTTATTAGTC-GTTTCAAATAGTTTTATAAGCTCATAATTGAT
129 AGTCACCCATTCCTACAAAAGCCTTATCACTCACTTT-AAATAGTTTTATAAGCTCATAATTGAT
* *
1952 TTTAAGTTAAATTGTTTTACTTTTTTGGTTAAAATAGACTATAGTTGAAAGTCTACCTCGAGAAA
193 TTTAAGTTAAATTGTTTTACTATTTTGGTTAAAACAGACTATAGTTGAAAGTCTACCTCGAGAAA
* * *
2017 TGTGAAGAAAAAGGCATTCATTGACAAAAAAAGTCTCTTTATAGTCACCCATTCTTTCAAGAGCC
258 CGAGAAGAAAAAAGCATTCATTGACAAAAAAAGTCTCTTTATAGTCACCCATTCTTTCAAGAGCC
* *
2082 TTATTACTCACTTTAAAGAGTTTTATAATCTCATAATTAATTTTAAGTTAATTTTTTTTATTTTT
323 TTATTACCCACTTTAAAGAGTTTTATAATCTCATAATTAATTTTAAGTTAATTTTTTTCATTTTT
* * *
2147 GGTGAAAACAGATAATAATTAAATGTCTACATCAAGAAACGTGAAGAAAAAAGCATTCATAGGTA
388 CGTGAAAACAGATAATAATTAAATGTCTACATCAAGAAACATGAAGAAAAAAACATTCATAGGTA
* **
2212 AGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATTCGTTCAAAAGCCTTATTACTTGCTTTAAGAA
453 AGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATTCCTTCAAAAGCCTTA-TA--------AATTA
* * * ** *
2270 GTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTGTTTTA-CATTTAAGGTTAAAACATACTA
1 -TTTTATAATCTCATAATTGATTTTAACTTAAACTT-TTTTAGC-TTTTTGGTTAAAACAGACTA
* * * * * *
2334 TAATTGAATGTCTACCTTGAA-AAACATAAAG-AAAAGACATTCATTAGCAAGAAAAGTCCATTT
63 TAATCGAATGTCTACC-TCAAGAAACATGAAGAAAAAGACATTCATTGGCAAAAAAAGTACATTT
2397 ATAGTCACCCAT
127 ATAGTCACCCAT
2409 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 536, Mismatches: 89, Indels: 50
0.79 0.13 0.07
Matches are distributed among these distances:
503 1 0.00
511 89 0.17
512 303 0.57
513 142 0.26
514 1 0.00
ACGTcount: A:0.36, C:0.13, G:0.12, T:0.37
Consensus pattern (501 bp):
TTTTATAATCTCATAATTGATTTTAACTTAAACTTTTTTAGCTTTTTGGTTAAAACAGACTATAA
TCGAATGTCTACCTCAAGAAACATGAAGAAAAAGACATTCATTGGCAAAAAAAGTACATTTATAG
TCACCCATTCCTACAAAAGCCTTATCACTCACTTTAAATAGTTTTATAAGCTCATAATTGATTTT
AAGTTAAATTGTTTTACTATTTTGGTTAAAACAGACTATAGTTGAAAGTCTACCTCGAGAAACGA
GAAGAAAAAAGCATTCATTGACAAAAAAAGTCTCTTTATAGTCACCCATTCTTTCAAGAGCCTTA
TTACCCACTTTAAAGAGTTTTATAATCTCATAATTAATTTTAAGTTAATTTTTTTCATTTTTCGT
GAAAACAGATAATAATTAAATGTCTACATCAAGAAACATGAAGAAAAAAACATTCATAGGTAAGA
AAAGTCCATTTATAGTCACTCATTCCTTCAAAAGCCTTATAAATTA
Found at i:2388 original size:683 final size:673
Alignment explanation
Indices: 1076--2402 Score: 1539
Period size: 683 Copynumber: 2.0 Consensus size: 673
1066 TTTTAAATGG
* *
1076 TTTTATAATCGCAAAATTGATTTTAAATTCAATTTTTTTTACTTTTTTGATTAAAACAAATTATA
1 TTTTATAATCGCAAAATTGATTTTAAATTAAATTTTTTTCACTTTTTTGATTAAAACAAATTATA
** * * * * *
1141 ATTGAATGTCTACATTGAGAAACGTGAGGAAAAAGGTATTCATTAACAAGAAAAGTCTATTTTTA
66 ATTGAATGTCTACATCAAGAAACGAGAAGAAAAAGGCATTCATTAACAAGAAAAGTATATTTATA
** *
1206 GCCACCCATTCCTTTAAAATGCTTATTACTCGCTTTAAACAGTTTTATAATCTCATAATTGATTT
131 GCCACCCATTCCTACAAAATGCTTATTACTCGCTTTAAACAGTTTTATAAGCTCATAATTGATTT
* * *
1271 TCAGTTGAACTTTTTTATCTTTTTGGTTAAAACAGACTATAATCGAATGTCTACCTCAAGAAACA
196 TAAGTTGAAATTTTTTATCTTTTTGGTTAAAACAGACTATAATCGAAAGTCTACCTCAAGAAACA
* * * *
1336 TGAAGAAAAATATATTCATTGGCAAAAAAAGTCCATTTATAGTTACCCATTCTTTCAAAAGCCTT
261 TGAAGAAAAAGACATTCATTGACAAAAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCTTTCAAAAGCCTT
** *
1401 ATCACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTGGTAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTGTATTTTG
326 ATCACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTAATTTTAAGTTGAATTTTTTTGTATTTTG
* * * * * * * *
1466 GTTAAAACAGATTATAGTTGAATATCTATCTCGAGAAACGAGAAGAAAAAAGTATTTATTGGCAA
391 GTGAAAACAGATAATAATTAAATATCTATCTCAAGAAACGAGAAGAAAAAAGCATTCATAGGCAA
********** * *
1531 AAAAAGTCCATTTATAGTCACCCNNNNNNNNNNAATCCTTATTACCCGCTTTAAATGGTTTTATA
456 AAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCGTTCAAAAGCCTTATTACCCGCTTTAAATAGTTTTATA
* **
1596 ATCTCATAATTAATTTTGAGTTGAATTTTTTTCATTTTTCGTTAAAACAGACTATAATTGAATGC
521 ATCTCATAATTAATTTTAAGTTGAATTTTTTTCATTTAACGTTAAAACAGACTATAATTGAATGC
* * *** * * *
1661 TTGCCATACGAAACATGTTGAAAAAAACATTTATTCGGAAGAAAAGTCCATTTATAGTCTCTCAT
586 TTACCATACAAAACATAAAGAAAAAAACATTCATTAGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCTCTCAT
1726 TCCTTCAAAAGCCTTATNNNNNNNNNNAAATTA
651 TCCTTCAAAAGCCTTAT----------AAATTA
* * * * * *
1759 TTTTATAATCTCATAATTGATTTTAACTTAAATTTTTTTCGCATTTTTTG-TTGAAACAGATTAT
1 TTTTATAATCGCAAAATTGATTTTAAATTAAATTTTTTTCAC-TTTTTTGATTAAAACAAATTAT
* * * ***
1823 AATTGACTGTTTACCTCAAGAAACGAGAAGAAAAAGGCATTCATTGGTAAGAAAAGTATATTTAT
65 AATTGAATGTCTACATCAAGAAACGAGAAGAAAAAGGCATTCATTAACAAGAAAAGTATATTTAT
* * *
1888 AGTCACCCATTCCTACAAAA-GCCTTATTAGTCG-TTTCAAATAGTTTTATAAGCTCATAATTGA
130 AGCCACCCATTCCTACAAAATG-CTTATTACTCGCTTT-AAACAGTTTTATAAGCTCATAATTGA
* * * *
1951 TTTTAAGTT-AAATTGTTTTA-CTTTTTTGGTTAAAATAGACTATAGTTGAAAGTCTACCTCGAG
193 TTTTAAGTTGAAATT-TTTTATC-TTTTTGGTTAAAACAGACTATAATCGAAAGTCTACCTCAAG
** * *
2014 AAATGTGAAGAAAAAGGCATTCATTGACAAAAAAAGTCTC-TTTATAGTCACCCATTCTTTCAAG
256 AAACATGAAGAAAAAGACATTCATTGACAAAAAAAGTC-CATTTATAGTCACCCATTCTTTCAAA
*
2078 AGCCTTATTACTCACTTTAAA-GAGTTTTATAATCTCATAATTAATTTTAAGTT-AATTTTTTT-
320 AGCCTTATCACTCACTTTAAATG-GTTTTATAATCTCATAATTAATTTTAAGTTGAATTTTTTTG
* *
2140 TATTTTTGGTGAAAACAGATAATAATTAAATGTCTA-CATCAAGAAACGTGAAGAAAAAAGCATT
384 TA-TTTTGGTGAAAACAGATAATAATTAAATATCTATC-TCAAGAAACGAGAAGAAAAAAGCATT
* * * **
2204 CATAGGTAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATTCGTTCAAAAGCCTTATTACTTGCTTTAAGA
447 CATAGGCAAAAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCGTTCAAAAGCCTTATTACCCGCTTTAA-A
* * *
2269 -AGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTGTTTTACATTTAAGGTTAAAACATACT
511 TAGTTTTATAATCTCATAATTAATTTTAAGTTGAATTT-TTTT-CATTTAACGTTAAAACAGACT
* *
2333 ATAATTGAATG-TCTACCTTGA-AAAACATAAAG-AAAAGACATTCATTAGCAAGAAAAGTCCAT
574 ATAATTGAATGCT-TACCAT-ACAAAACATAAAGAAAAAAACATTCATTAGCAAGAAAAGTCCAT
2395 TTATAGTC
637 TTATAGTC
2403 ACCCATNNNN
Statistics
Matches: 541, Mismatches: 89, Indels: 28
0.82 0.14 0.04
Matches are distributed among these distances:
681 3 0.01
682 149 0.28
683 341 0.63
684 47 0.09
685 1 0.00
ACGTcount: A:0.36, C:0.13, G:0.12, T:0.37
Consensus pattern (673 bp):
TTTTATAATCGCAAAATTGATTTTAAATTAAATTTTTTTCACTTTTTTGATTAAAACAAATTATA
ATTGAATGTCTACATCAAGAAACGAGAAGAAAAAGGCATTCATTAACAAGAAAAGTATATTTATA
GCCACCCATTCCTACAAAATGCTTATTACTCGCTTTAAACAGTTTTATAAGCTCATAATTGATTT
TAAGTTGAAATTTTTTATCTTTTTGGTTAAAACAGACTATAATCGAAAGTCTACCTCAAGAAACA
TGAAGAAAAAGACATTCATTGACAAAAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCTTTCAAAAGCCTT
ATCACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTAATTTTAAGTTGAATTTTTTTGTATTTTG
GTGAAAACAGATAATAATTAAATATCTATCTCAAGAAACGAGAAGAAAAAAGCATTCATAGGCAA
AAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCGTTCAAAAGCCTTATTACCCGCTTTAAATAGTTTTATA
ATCTCATAATTAATTTTAAGTTGAATTTTTTTCATTTAACGTTAAAACAGACTATAATTGAATGC
TTACCATACAAAACATAAAGAAAAAAACATTCATTAGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCTCTCAT
TCCTTCAAAAGCCTTATAAATTA
Found at i:2826 original size:171 final size:171
Alignment explanation
Indices: 2541--2919 Score: 510
Period size: 171 Copynumber: 2.2 Consensus size: 171
2531 NNNNNNNNNN
* * * * *
2541 TATTACTCACTTTAAATAGTTTTATAATCTCCTAATTGATTTTAAGTTGAATTTGTTTATATTTT
1 TATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTAATTTTAAGTTAAATTTGTTTATATTTT
* * * *
2606 TAGTTAAAATAGACTATAATTGAATGTTTACCTTGAAAAAAGTGAAGAAAAAGACATTCATTGAT
66 TAGCTAAAACAAACTATAATTGAATGTCTACCTTGAAAAAAGTGAAGAAAAAGACATTCATTGAT
2671 AAAAAAAGTCCAATTATAG-TGACTCATTCGTTCAAAAGCCT
131 AAAAAAAGTCCAATTATAGTTG-CTCATTCGTTCAAAAGCCT
* * *
2712 TATTACTCGCTATAAATGGTTTTATAGTCTCATAATTAATTTTAAGTTAAATTTTTTTATATTTT
1 TATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTAATTTTAAGTTAAATTTGTTTATATTTT
* * * ** * *
2777 TCGCTAAAACAAACTATAATTGAATGTCTAGCTCT-AGAAACTTGAAGAAAATGACATTCATTGG
66 TAGCTAAAACAAACTATAATTGAATGTCTACCT-TGAAAAAAGTGAAGAAAAAGACATTCATTGA
* * * *
2841 TAAGAAAAGTCCATTTATAGTTGCTTATTCTTTCAAAAGCCT
130 TAAAAAAAGTCCAATTATAGTTGCTCATTCGTTCAAAAGCCT
*
2883 TATTTCTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATT
1 TATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATT
2920 GNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 180, Mismatches: 26, Indels: 4
0.86 0.12 0.02
Matches are distributed among these distances:
171 177 0.98
172 3 0.02
ACGTcount: A:0.36, C:0.12, G:0.11, T:0.41
Consensus pattern (171 bp):
TATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTAATTTTAAGTTAAATTTGTTTATATTTT
TAGCTAAAACAAACTATAATTGAATGTCTACCTTGAAAAAAGTGAAGAAAAAGACATTCATTGAT
AAAAAAAGTCCAATTATAGTTGCTCATTCGTTCAAAAGCCT
Found at i:3315 original size:170 final size:171
Alignment explanation
Indices: 3021--4295 Score: 808
Period size: 170 Copynumber: 7.5 Consensus size: 171
3011 NNNNNNNNNN
* * * * *
3021 AATAGTTTTATACTCTCATAATTGATTTTA-AGTTGAATTTTTTACATTTTTGGTGAAAACGGAC
1 AATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTATAGTTAAATTTTTTACA-TTTTGATTAAAACAGAC
* * * * *
3085 AATAATTGAATGTCTACCTAGAGAAACATGAAGAAAAA-AGTATTCATGGGCAAAAAAAGTCAAT
65 TATAATTGAATGTCTACCTAGAGAAACATGAAGAAAAAGA-CATTCATTGACAAGAAAAGTCAAT
*
3149 TTATAGTCACTTATTCTTTTC-AAAGCCTTATTACTCGCTTTA
129 TTATAGTCACTCATTCTTTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTA
* *
3191 AACAGTTTTATAATCTCATAATTAATTTTATA-TTAAAGTTTTTTACATTTTGATTAAAACAGAC
1 AATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTATAGTTAAA-TTTTTTACATTTTGATTAAAACAGAC
* * * * *
3255 TATAATTGAATGTCTACCTAGATAAATATGAAGAAAAAGACATTCATTAACAAGAAAAGTCCATA
65 TATAATTGAATGTCTACCTAGAGAAACATGAAGAAAAAGACATTCATTGACAAGAAAAGTCAATT
* * ******
3320 TATAGTCACTGATTC-TTTCAAAAGTCTTATTACTCANNNNN
130 TATAGTCACTCATTCTTTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTA
***** * * * * * *
3361 NNNNNTTTTATAATCTCAAAATTGATTTT-TACGTTCAATTTTTTGTATATTTGTGGTCAAAATA
1 AATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTATA-GTT-AAATTTTT-TACATTT-TGATTAAAACA
* * * ** ** *
3425 CGA-TATAATTGAATATTTACCTTGAGAAATGTGAAGAAAAAGGGATTTATTGACAAGAAAAGTC
62 -GACTATAATTGAATGTCTACCTAGAGAAACATGAAGAAAAAGACATTCATTGACAAGAAAAGTC
* * * * *
3489 TATTTATAGTGACTCATT-TGTTT-AAAAACCTTGTTACTCGCTTTC
126 AATTTATAGTCACTCATTCT-TTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTA
* * *
3534 AATGGTTTTATTATCTCATAATTGA-TTT-TA---AAATTTGTTTACATTTTTAGTTAAAACAGA
1 AATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTATAGTTAAATTT-TTTACATTTTGA-TTAAAACAGA
** * * * * *
3594 CTATAATTGAATACCTATCTCGAAAAACGTGAAAAAAAAGACATTCATTGACAAGAAAAGTCCAA
64 CTATAATTGAATGTCTACCTAGAGAAACATGAAGAAAAAGACATTCATTGACAAGAAAAGT-CAA
*
3659 -TTATAGTCACTCATTC-TTTCAAAAGCCTTATTACTTG-TTGTA
128 TTTATAGTCACTCATTCTTTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTT-TA
* * * * *
3701 AATAGTTTTATAGTCTGATAATTGATTTTA-AGTTGAATTTTCTTACATTTT-TTTAAAACAAAC
1 AATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTATAGTTAAATTTT-TTACATTTTGATTAAAACAGAC
* * ** * * * *
3764 TATAATTGTATGTCTACATTTAGAAACATGAAGAAAAAGAGATTCATTAATAAGAAAAGTCCATT
65 TATAATTGAATGTCTACCTAGAGAAACATGAAGAAAAAGACATTCATTGACAAGAAAAGTCAATT
* * * *
3829 TATTGTCAC-CAATT-TGTTCAAAAGCCTTATTACTTGCTTTN
130 TATAGTCACTC-ATTCTTTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTA
********* * * * * * * * *
3870 NNNNNNNNNATAATATCAAAATTGATTTTA-AGTTCAATTTCTTTTATATTTGTGGTCAAAATAT
1 AATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTATAGTT-AAATT-TTTTACATTT-TGATTAAAACAG
* * * * * ** ********
3934 AATATAATTGAAAGTCTACCTTGAGAAACGTGAAGAAAAAGGCATTCATTGGTAAGANNNNNNNN
63 ACTATAATTGAATGTCTACCTAGAGAAACATGAAGAAAAAGACATTCATTGACAAGAAAAGTCAA
** * * * *
3999 NNTATTGTTACCCATTCCTTT-AAAAGCCTTATTACTCGCTTTA
128 TTTATAGTCACTCATTCTTTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTA
** * * * ********* * **
4042 AATAACTTTGTAATCTCATAACTGATTATA-AGNNNNNNNNNNTTATATTTTTCTTTAAAACAGA
1 AATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTATAG-TTAAATTTTTTACA-TTTTGATTAAAACAGA
* * * * * * *
4106 CTATAGTTGAATG-CTTGCCTTG-GAAACATGAAGAAAAATG-CATTCACTGGCAACAAAAGTCC
64 CTATAATTGAATGTC-TACCTAGAGAAACATGAAGAAAAA-GACATTCATTGACAAGAAAAGTCA
* * *
4168 ATTTATACTCACTCATTC-TTTCAAAAGCTTTATTACTCGCTGTA
127 ATTTATAGTCACTCATTCTTTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTA
* * * *
4212 AGTAGTTTGATAATCTCATAATTGATTTTA-AGTTATATTTTTTTACATTTTTAGTTAAAACAGA
1 AATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTATAGTTA-AATTTTTTACATTTTGA-TTAAAACAGA
4276 CTATAATTGAATGTCTACCT
64 CTATAATTGAATGTCTACCT
4296 TAAGAANNNN
Statistics
Matches: 832, Mismatches: 230, Indels: 86
0.72 0.20 0.07
Matches are distributed among these distances:
166 8 0.01
167 117 0.14
168 11 0.01
169 124 0.15
170 275 0.33
171 66 0.08
172 118 0.14
173 108 0.13
174 5 0.01
ACGTcount: A:0.35, C:0.12, G:0.12, T:0.37
Consensus pattern (171 bp):
AATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTATAGTTAAATTTTTTACATTTTGATTAAAACAGACT
ATAATTGAATGTCTACCTAGAGAAACATGAAGAAAAAGACATTCATTGACAAGAAAAGTCAATTT
ATAGTCACTCATTCTTTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTA
Found at i:5243 original size:171 final size:170
Alignment explanation
Indices: 4454--5946 Score: 761
Period size: 171 Copynumber: 8.7 Consensus size: 170
4444 ATTGTTTTAT
* * * * * *
4454 ATTTTTGGTTAAAGCAAACTATAATTGAATGTCTAGC-T-TAAGAAATGTGAAGAAAATGGCATT
1 ATTTTTAGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTA-CATCT-AGAAACGTGAAGAAAAAGACATT
* * * * *
4517 CATTAACAAAAAAAAGTCCATTTATTGCCACCCACTCT-TTCAAAATG-CTTATTACTCGCTTTA
64 CATTGAC-AAGAAAAGTCCATTTATAGTCA-CCA-TTTGTTCAAAA-GCCTTATTACTCGCTTTA
* * **********
4580 AATAATTTTATAATCTCNNNNNNNNNNTTAAGTTGAATTTT-TTAC
125 AATAGTTTTATAGTCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTCTTAC
* * * * * * *
4625 ATTTTTGGTGAAAATAGA-TAATAAATGAATGTCTACCTCGAGAAACGTGAAGAAAAA-AGTATT
1 ATTTTTAGTTAAAACAGACT-ATAATTGAATGTCTACATCTAGAAACGTGAAGAAAAAGA-CATT
* * ** * * *
4688 CATAGGCAAGAAAAGTTAATTTATAGTCACTTATTCT-TTCCAAAGCCTTATTACTCACTTTAAA
64 CATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCAC-CATT-TGTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAA
* * * * * *
4752 CAGTTTTATAATCTCATAAATAATTTTATA-TTAAATTTT-TTAT
127 TAGTTTTATAGTCTCATAATTGATTTTA-AGTTGAATTTTCTTAC
* * *
4795 A-TTTTGGTT-AAACAAACTATAATT-ACATGTCTAC--CTAGATAAACATGAAGAAAAAGACAT
1 ATTTTTAGTTAAAACAGACTATAATTGA-ATGTCTACATCTAG--AAACGTGAAGAAAAAGACAT
********** *
4855 TCATT-AGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCGATTCT-TTCAAAAGNNNNNNNNNNCACTTTA
63 TCATTGA-CAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACC-ATT-TGTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTA
* * * * * * *
4918 AATGGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTTTATGTTCAATTTTTTTTAT
125 AATAGTTTTATAGTCTCATAATTGA-TTTTAAGTTGAA-TTTTCTTAC
* * * * * * * * * *
4966 ATTTGTGGTCAAAATACAATATAATTGAATATTTATCAT-GAGAAATGTGAAGAAAAAG-CGATT
1 ATTTTTAGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTA-CATCTAGAAACGTGAAGAAAAAGAC-ATT
*
5029 CATTGACAAGAAAAGTCCATTTATTA-TGACCCATTTGTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAA
64 CATTGACAAGAAAAGTCCATTTA-TAGTCA-CCATTTGTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAA
**********
5093 TAGTTTTATTA-TCTCATAANNNNNNNNNNGTTGAATTTGT-TTAC
127 TAGTTTTA-TAGTCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTT-TCTTAC
** *
5137 ATTTTTAGTTAAAACAGACTATAATTGAATG-CT-TGTCTCAGAAAACGTGAAAAAAAAGACATT
1 ATTTTTAGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACATCT-AG-AAACGTGAAGAAAAAGACATT
* *
5200 CATTGACAAGAAAAGTCCAATTATAGTCACACATTCT-TTCAAAAGCCTTATTACTC-ATTGTAA
64 CATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCAC-CATT-TGTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTT-TAA
* *
5263 ATAGTTTTATAGTCTGATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTCTTAT
126 ATAGTTTTATAGTCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTCTTAC
* * * *
5308 ATTTTTTGTTAAAACAGACTATAATTGTATGTCTACATCTAGAAACATGAAGAAAAAGAGATTCA
1 ATTTTTAGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACATCTAGAAACGTGAAGAAAAAGACATTCA
* * * *
5373 TTGACAAGAAAAGTCCATTTATTGTCACCAATTTGTTCAAAAGCCCTATTACTTGCTTTAAATGG
66 TTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACC-ATTTGTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAG
********* * * *
5438 TTTNNNNNNNNNNA-AATTGATTTTAAGTTCAATTTGTTTTAT
130 TTT-TATAGTCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTT-TCTTAC
* * * * * * * * **********
5480 ATTTGTGGTCAAAATAGAATATAATTGAAAGTCTACCT-TGAGAAACATGAAGAANNNNNNNNNN
1 ATTTTTAGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACATCT-AGAAACGTGAAGAAAAAGACATTC
* * ** * * *
5544 ATTGACAAGAAAAGTCCATTTATTGTTACCCATTCCTTTAAAAGCCTTATTACTCGTTTTAAATG
65 ATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCA-CCATTTGTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATA
* * * * * * * *
5609 GCTTTGTAATCTCAAAACTGATTATAAATTGAATTTTTTTAC
129 GTTTTATAGTCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTCTTAC
* * * * **
5651 ATTTTT--TTAAAAACAGACTATAATTGCATG-CTTTCCT-TGGAAAATATGAAGAAAAATG-CA
1 ATTTTTAGTT-AAAACAGACTATAATTGAATGTC-TACATCTAG-AAACGTGAAGAAAAA-GACA
* * * *
5711 TTCATTGGCAAAAAAAGTCCATTTATACTCACTCATTCT-TTCAAAAGCCTTATTACTCGCTATA
62 TTCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCAC-CATT-TGTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTA
* * * * ******
5775 AGTGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGTATTTNNNNNN
125 AATAGTTTTATAGTCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTCTTAC
**** * * * * *
5821 NNNNTTGGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTCAAGAAACCTGAAGAAAAAGATATTCA
1 ATTTTTAGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACATCTAGAAACGTGAAGAAAAAGACATTCA
* * *
5886 TTGGCATGAAAAGTCAATTTATAGTCACTCATTCT-TTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAA
66 TTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCAC-CATT-TGTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAA
5947 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 1008, Mismatches: 251, Indels: 126
0.73 0.18 0.09
Matches are distributed among these distances:
166 3 0.00
167 1 0.00
168 100 0.10
169 25 0.02
170 206 0.20
171 416 0.41
172 151 0.15
173 95 0.09
174 9 0.01
175 2 0.00
ACGTcount: A:0.36, C:0.13, G:0.12, T:0.36
Consensus pattern (170 bp):
ATTTTTAGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACATCTAGAAACGTGAAGAAAAAGACATTCA
TTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCATTTGTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGT
TTTATAGTCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTCTTAC
Found at i:6266 original size:28 final size:29
Alignment explanation
Indices: 6234--6293 Score: 77
Period size: 28 Copynumber: 2.1 Consensus size: 29
6224 TTTATAATCT
* *
6234 CATAATTAATTTTAAGTTGAA-TTATTTA
1 CATAACTAATTATAAGTTGAATTTATTTA
* *
6262 CATAACTGATTATAAGTTGAATTTTTTTA
1 CATAACTAATTATAAGTTGAATTTATTTA
6291 CAT
1 CAT
6294 TTTTATTTAA
Statistics
Matches: 27, Mismatches: 4, Indels: 1
0.84 0.12 0.03
Matches are distributed among these distances:
28 18 0.67
29 9 0.33
ACGTcount: A:0.37, C:0.07, G:0.08, T:0.48
Consensus pattern (29 bp):
CATAACTAATTATAAGTTGAATTTATTTA
Found at i:7268 original size:173 final size:171
Alignment explanation
Indices: 6898--7288 Score: 448
Period size: 173 Copynumber: 2.3 Consensus size: 171
6888 NNTAGTCTCT
* * * *
6898 CATTCCTTCAAAAGCTTTATTATTCGATTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAATTGATTCTAAGTT
1 CATTCCTTCAAAAGCTTT-TTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCGCAAAATAGATTCTAAGTT
* * **
6963 CAACTTTTTTTACTTTTTTAGTTAAAACATATTATAACTGAATGTCTATATTGAGAAACATGATT
65 CAACTTTTTTTACTTTTTTAGTTAAAACAAATTATAACTGAATGTCTACATTGAGAAACATGAAG
* * * ** *
7028 AAAAATGTATTTATCAGCAAGAAAAGACCATTTATTATTATC
130 AAAAATGCATTCATCAGCAAAAAAAGACCATTTATTACCACC
* *
7070 CATTCCTTCAAAAGCCTTGTTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCGCAAAATAGATTTTAAGTT
1 CATTCCTTCAAAAG-CTTTTTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCGCAAAATAGATTCTAAGTT
* * * *
7135 CAATTTTTTTTTACTTTTTT-GATTAAAACAAATTATAATTGAATGTCTACATTGGGAAACGTGA
65 CAA-CTTTTTTTACTTTTTTAG-TTAAAACAAATTATAACTGAATGTCTACATTGAGAAACATGA
* * **
7199 AGAAAAA-GACATTCAT-TGATAAAAAAAGTTCATTT-TTAGCCACC
128 AGAAAAATG-CATTCATCAG-CAAAAAAAGACCATTTATTA-CCACC
* *
7243 CATTCCTTTAAAATGCTTTTTACTCGCTTTAAACGGTTTTATAATC
1 CATTCCTTCAAAA-GCTTTTTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATC
7289 TCATAANNNN
Statistics
Matches: 185, Mismatches: 27, Indels: 13
0.82 0.12 0.06
Matches are distributed among these distances:
172 64 0.35
173 120 0.65
174 1 0.01
ACGTcount: A:0.35, C:0.14, G:0.10, T:0.41
Consensus pattern (171 bp):
CATTCCTTCAAAAGCTTTTTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCGCAAAATAGATTCTAAGTTC
AACTTTTTTTACTTTTTTAGTTAAAACAAATTATAACTGAATGTCTACATTGAGAAACATGAAGA
AAAATGCATTCATCAGCAAAAAAAGACCATTTATTACCACC
Found at i:9653 original size:171 final size:168
Alignment explanation
Indices: 9207--10968 Score: 1003
Period size: 171 Copynumber: 10.3 Consensus size: 168
9197 NNNNNNNNNN
** *
9207 ATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTGTTT-ACATTTTCCCTTAAAACATACTATAATTGAAT
1 ATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTT-TTTAAC-TTTT-TGTTAAAACAGACTATAATTGAAT
* * * * ** * * *
9271 GTCTGCCTCAAAAAATATGAAGAAAAAGGCATTCATTGGCATGAAAAGTCTATGTATAGTCACTC
63 GTCTACCTCAGAAACTGTGAAG-AAAAGGCATTCATTGGCAAAAAAAGTCCATTTATAGTCACCC
* * *********
9336 ATTCTTCCAAAAGCCTTATTACTTGCTTTAAATNNNNNNNNNN
127 ATTCTTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAAT-GATTTTATA
*
9379 A-CTCATAATTGGTTTTAAGTTGAATCTTTTTATA-TTTTTGGTTAAAACAGACTATAATTGAAT
1 ATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAAT-TTTTTA-ACTTTTT-GTTAAAACAGACTATAATTGAAT
* * ********** *
9442 GTATACCTTGAGAAACNNNNNNNNNNAGACATTCATTGGCAAAAAAAGTCCATTTATAGTCACCC
63 GTCTACC-TCAGAAACTGTGAAGAAAAGGCATTCATTGGCAAAAAAAGTCCATTTATAGTCACCC
* *
9507 ATTCTTGCAAAAGCCTTATTGA-TCGCTTTAAATGGTTTTATA
127 ATTCTTTCAAAAGCCTTATT-ACTCGCTTTAAATGATTTTATA
* ** * * *
9549 ATTTTTTAATTAATTTTAAGTTGAATTTGTTTGAACTTTTTCTTAAAACAAACTATAATTGAATG
1 ATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTT-TTT-AACTTTTTGTTAAAACAGACTATAATTGAATG
* * * * * *
9614 CCTACCTCAAAAACTGTGAAGAAAAGGGCATTTATTGGC-AAAAAAGTCGATTTATTGTCACCTA
64 TCTACCTCAGAAACTGTGAAGAAAA-GGCATTCATTGGCAAAAAAAGTCCATTTATAGTCACCCA
* * * ***
9678 TTCCTTCAAAAGCTTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTNNN
128 TTCTTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGATTTTATA
******* * *
9719 NNNNNNNAATTGATTTTAAGTTGAATTTATTTACATTTTTTGTTAAAATAGACTATAATTGAATG
1 ATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTT-TTTA-ACTTTTTGTTAAAACAGACTATAATTGAATG
* * * * * *
9784 TCTATCTTGAGAAAC-GTGAAGAAAAAAGCATTCATGGGCAAGAAAAGTCC-TCTTATAGTCACT
64 TCTA-CCTCAGAAACTGTGAAG-AAAAGGCATTCATTGGCAAAAAAAGTCCAT-TTATAGTCACC
** *
9847 TGTTCTTTCAAAAACCTTATTACGT-GCTTTAAATGATTTTATA
126 CATTCTTTCAAAAGCCTTATTAC-TCGCTTTAAATGATTTTATA
** * * *
9890 ATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTTTCTTTTTGGTTAAAACAGACTATAACTAAAAG
1 ATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAA-TTTTTTAACTTTTT-GTTAAAACAGACTATAATTGAATG
* * ** * * *
9955 TCTACCTCGAGAAA-TATAAAGGAAAAGAAATTCATTGGTAAAAAAAGTTCATTTACAGTCACCC
64 TCTACCTC-AGAAACTGTGAA-GAAAAGGCATTCATTGGCAAAAAAAGTCCATTTATAGTCACCC
* *
10019 ATTCTTTCAAGAGCCTTATTACTCGTTTTAAATGATTTTATA
127 ATTCTTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGATTTTATA
********** * *
10061 ATCTCATAATTNNNNNNNNNNTGAATTTTTTACATTTTTTGTTAAAACAGACTATAATTAAAT-T
1 ATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTA-ACTTTTTGTTAAAACAGACTATAATTGAATGT
* * * ** * * * *
10125 TTCACCTTAAGAAA-AGTGAAGAAAAAGGCATTCATTGATAATAAAAGTTCATTTACAGTCACTC
65 CT-ACC-TCAGAAACTGTGAAG-AAAAGGCATTCATTGGCAAAAAAAGTCCATTTATAGTCACCC
* * * *
10189 ATTCTTTCAACAGCTTTATTACTCACTTTGAATGATTTTATA
127 ATTCTTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGATTTTATA
********* * * *
10231 ATCTCATAATTGATTTNNNNNNNNNNTTTTTTATA-TTTTTGGTTAAAACAAATTATAGTTGAAT
1 ATCTCATAATTGATTT-TAAGTTGAATTTTTTA-ACTTTTT-GTTAAAACAGACTATAATTGAAT
* * * ** * * * *
10295 GTCTACCTTGAGAAAC-GTGAAAAAGAAGGCATTCATAGATAAGAGAAGTCAATTTATAGCCACC
63 GTCTACC-TCAGAAACTGTGAAGAA-AAGGCATTCATTGGCAAAAAAAGTCCATTTATAGTCACC
* * *
10359 CATTCCTTCAAAATCCTTATTACTCGCTTTAAA-CAGTTTTATA
126 CATTCTTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGA-TTTTATA
* * * * *
10402 ATCTTATAATTAATTTGAAGTTGAATTTTTTTACTTTTT-TAGTAAAACAGACTATAATTGAATT
1 ATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTAACTTTTTGT--TAAAACAGACTATAATTGAATG
* * ** * * * **
10466 TCTATCTTAAGAAAC-GAAAAGAAAAAGGTATTCATTGGCAAGAAAAGTCGATTTATAGTCACTT
64 TCTA-CCTCAGAAACTGTGAAG-AAAAGGCATTCATTGGCAAAAAAAGTCCATTTATAGTCACCC
* **
10530 ATTCTTTGAAAAGCCTTATTACTTACTTTAAATGATTTTATA
127 ATTCTTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGATTTTATA
* * * *
10572 ATCTCATAATTTATTTTACGTTGAATTTTTTTATA-TTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAGT
1 ATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAA-TTTTTTA-ACTTTTT-GTTAAAACAGACTATAATTGAAT
* * * * **********
10636 GTCTATCTTGAGAAAC-GAGAAGAAAAAGGCTTTCATNNNNNNNNNNAGTCCATTTATAGTCACC
63 GTCTA-CCTCAGAAACTGTGAAG-AAAAGGCATTCATTGGCAAAAAAAGTCCATTTATAGTCACC
** * * * * *
10700 CATTCCATCAAAATCTTTATTACCCACTTTAAAT-AGTTTTGTA
126 CATTCTTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGA-TTTTATA
********** * * * *
10743 ATCTCATAATTNNNNNNNNNNTAAATTTTTTTTACATTTTTAGTTAAAACATATTATAATTGAAT
1 ATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAA-TTTTTTAAC-TTTTT-GTTAAAACAGACTATAATTGAAT
* * * * * * *
10808 GTCTATCTTGAGAAAC-GAGAAGAAAAAGGTAGTCATTGGCAAGAAAATTCCATTTATAGTCACC
63 GTCTA-CCTCAGAAACTGTGAAG-AAAAGGCATTCATTGGCAAAAAAAGTCCATTTATAGTCACC
* * * * * *
10872 TATTCCTACAAAAGCCTTATTAGTCGTTTTAAAT-AGTTTTATG
126 CATTCTTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGA-TTTTATA
* * * *
10915 AGCTCATAAATCATTTTAACTTGAATTGTTTT-ACATTTTTAGTTAAAACAGACT
1 ATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATT-TTTTAAC-TTTTT-GTTAAAACAGACT
10969 NNNNNNNNNN
Statistics
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173 2 0.00
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Consensus pattern (168 bp):
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TACCTCAGAAACTGTGAAGAAAAGGCATTCATTGGCAAAAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTC
TTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGATTTTATA
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Alignment explanation
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Period size: 341 Copynumber: 5.1 Consensus size: 337
9197 NNNNNNNNNN
* * *** *
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1 ATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTGGTTAAAACAAACTATAATTGAATG
* * * * ** * *
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* ********* ** *
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* * * * * *******
9400 GAATCTTTTTATATTTTTGGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTATACCTTGAGAAACNNNNNNN
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*** * * * *
9465 NNNAGACATTCATTGGCAAAAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCTTGCAAAAGCCTTATT--G
254 AAAAGGCATTCATTGGCAAGAAAAGT-CATTTATAGTCACTCATTCTTTCAAAAGCCTTATTACG
* *
9528 ATCGCTTTAAATGGTTTTATA
318 -TCACTTTAAATGATTTTATA
* ** * * *
9549 ATTTTTTAATTAATTTTAAGTTGAATTTGTTTGA-ACTTTTT-CTTAAAACAAACTATAATTGAA
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* * * * * *
9612 TGCCTACCTCAAAAACTGTGAAGAAAAGGGCATTTATTGGCAAAAAAGTCGATTTATTGTCACCT
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* ********** * *
9677 ATTCCTTCAAAAGCTTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTNNNNNNNNNNAATTGATTTTAAGTTG
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* *
9742 AATTTATTTACATTTTTTGTTAAAATAGACTATAATTGAATGTCTATCTTGAGAAACGTGAAGAA
192 AATTT-TTTACATTTTTTGTTAAAACAGACTATAATTGAAT-TCTATCTTAAGAAACGTGAAGAA
* * * ** *
9807 AAAAGCATTCATGGGCAAGAAAAGTCCTCTTATAGTCACTTGTTCTTTCAAAAACCTTATTACGT
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*
9872 -GCTTTAAATGATTTTATA
319 CACTTTAAATGATTTTATA
* * * * * *
9890 ATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTTTCTTTTTGGTTAAAACAGACTATAACTAAAAG
1 ATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTGGTTAAAACAAACTATAATTGAATG
* * ** *
9955 TCTACCTCGAGAAA-TATAAAGGAAAAGAAATTCATTGGTAAAAAAAGTTCATTTACAGTCACCC
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* * * * **********
10019 ATTCTTTCAAGAGCCTTATTACTCGTTTTAAATGATTTTATAATCTCATAATTNNNNNNNNNNTG
127 ATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTAATTTGAAGTTG
* * * *
10084 AATTTTTTACATTTTTTGTTAAAACAGACTATAATTAAATTTTCACCTTAAGAAAAGTGAAGAAA
192 AATTTTTTACATTTTTTGTTAAAACAGACTATAATTGAATTCT-ATCTTAAGAAACGTGAAGAAA
** * * * *
10149 AAGGCATTCATTGATAATAAAAGTTCATTTACAGTCACTCATTCTTTCAACAGCTTTATTAC-TC
256 AAGGCATTCATTGGCAAGAAAAG-TCATTTATAGTCACTCATTCTTTCAAAAGCCTTATTACGTC
*
10213 ACTTTGAATGATTTTATA
320 ACTTTAAATGATTTTATA
********** * *
10231 ATCTCATAATTGATTTNNNNNNNNNNTTTTTTATATTTTTGGTTAAAACAAATTATAGTTGAATG
1 ATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTGGTTAAAACAAACTATAATTGAATG
* * * * *
10296 TCTACCTTGAGAAAC-GTGAAAAAGAAGGCATTCA-TAGATAAGAGAAGTCAATTTATAGCCACC
66 TCTACC-TCAGAAACTGTGAAGAA-AAGGCATTCATTGGA-AA-AAAAGTC-ATTTATAGTCACC
* ** *
10359 CATTCCTTCAAAATCCTTATTACTCGCTTTAAACAGTTTTATAATCTTATAATTAATTTGAAGTT
126 CATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTAATTTGAAGTT
**
10424 GAATTTTTTTAC-TTTTTTAG-TAAAACAGACTATAATTGAATTTCTATCTTAAGAAACGAAAAG
191 GAA-TTTTTTACATTTTTT-GTTAAAACAGACTATAATTGAA-TTCTATCTTAAGAAACGTGAAG
* * *
10487 AAAAAGGTATTCATTGGCAAGAAAAGTCGATTTATAGTCACTTATTCTTTGAAAAGCCTTATTAC
253 AAAAAGGCATTCATTGGCAAGAAAAGTC-ATTTATAGTCACTCATTCTTTCAAAAGCCTTATTAC
*
10552 -TTACTTTAAATGATTTTATA
317 GTCACTTTAAATGATTTTATA
* * * * *
10572 ATCTCATAATTTATTTTACGTTGAATTTTTTTATATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAGTG
1 ATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTGGTTAAAACAAACTATAATTGAATG
* * * * *********
10637 TCTATCTTGAGAAAC-GAGAAGAAAAAGGCTTTCATNNNNNNNNNNAGTCCATTTATAGTCACCC
66 TCTA-CCTCAGAAACTGTGAAG-AAAAGGCATTCAT-TGGAAAAAAAGT-CATTTATAGTCACCC
* * * * * * * ********** *
10701 ATTCCATCAAAATCTTTATTACCCACTTTAAATAGTTTTGTAATCTCATAATTNNNNNNNNNNTA
127 ATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTAATTTGAAGTTG
* * * * *
10766 AATTTTTTTTACATTTTTAGTTAAAACATATTATAATTGAATGTCTATCTTGAGAAACGAGAAGA
192 AA--TTTTTTACATTTTTTGTTAAAACAGACTATAATTGAAT-TCTATCTTAAGAAACGTGAAGA
* * * * *
10831 AAAAGGTAGTCATTGGCAAGAAAATTCCATTTATAGTCAC-CTATTCCTACAAAAGCCTTATTA-
254 AAAAGGCATTCATTGGCAAGAAAAGT-CATTTATAGTCACTC-ATTCTTTCAAAAGCCTTATTAC
** *
10894 GTCGTTTTAAAT-AGTTTTATG
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* * * * * * *
10915 AGCTCATAAATCATTTTAACTTGAATTGTTTTACATTTTTAGTTAAAACA
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10965 GACTNNNNNN
Statistics
Matches: 1113, Mismatches: 262, Indels: 81
0.76 0.18 0.06
Matches are distributed among these distances:
339 1 0.00
340 28 0.03
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344 1 0.00
ACGTcount: A:0.34, C:0.13, G:0.12, T:0.38
Consensus pattern (337 bp):
ATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTGGTTAAAACAAACTATAATTGAATG
TCTACCTCAGAAACTGTGAAGAAAAGGCATTCATTGGAAAAAAAGTCATTTATAGTCACCCATTC
CTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTAATTTGAAGTTGAATT
TTTTACATTTTTTGTTAAAACAGACTATAATTGAATTCTATCTTAAGAAACGTGAAGAAAAAGGC
ATTCATTGGCAAGAAAAGTCATTTATAGTCACTCATTCTTTCAAAAGCCTTATTACGTCACTTTA
AATGATTTTATA
Done.