Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: NW_018397320.1 Herrania umbratica cultivar Fairchild unplaced genomic scaffold, ASM216827v2 scaffold_985.0, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
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tuple sizes 0,4,5,7
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Warning! 13221 characters in sequence are not A, C, G, or T
Found at i:968 original size:171 final size:169
Alignment explanation
Indices: 587--2985 Score: 1913
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577 NNNNNNAAGC
* * **
587 GAGTAATAAGGCTTTTCAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGACAATGAATGTATTT
1 GAGTAATAAGGCTTTTAAAGGAAT-GGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGCCTTT
* * * * * * * *
652 TTTTTCATGTTTCTCGAGGTAAACAGTT-GATTATAATCTGTTTTAACAAAAAATGTATAAAGAA
65 TTCTTCATGTTTCT-AAGGTAGACA-TTCAATTATAATCTGTTCTAACCAAAAATATA-AAAAAA
* * *
716 TTCAAAGTAAAATCAATTTTTAGATTAGAAAACCATTTAAAAG-
127 TTCAAACTAAAATCAATTTTGAGATTATAAAACCATTT-AAAGT
* * * * * * * *
759 AAGCAATATGGCTTTTAATGGAATGGATGACTATAAATGGAGTATTCTTGCCAATAAATACCTTT
1 GAGTAATAAGGCTTTTAAAGGAATGG-TGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGCCTTT
** * * * *
824 TTCTTCACATTGTCTAAGGTAGACATTCAATTATAATATGTTCTAACTAAAAACATCAAAAAATT
65 TTCTTCATGTT-TCTAAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTCTAACCAAAAATATAAAAAAATT
* * * *
889 CAACCTAAAATCAATTATGAGATTGTAAAACTATTTAAAAGT
129 CAAACTAAAATCAATTTTGAGATTATAAAACCATTT-AAAGT
* * *
931 GAGTAATAAGGC-TTTAAAGGAATAGGTGACCATAAATGGGCTTTTCTTACCAATGAATGCCTTT
1 GAGTAATAAGGCTTTTAAAGGAAT-GGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGCCTTT
********* * * * *
995 TTCTTCATGTTTCNNNNNNNNNNCATTCAATTATAATATATTTTAACCAAAAATGTAAACAAAAT
65 TTCTTCATGTTTC-TAAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTCTAACCAAAAATATAAA-AAAAT
** * * *
1060 T-GGACTTAAAATCAATTTGGAGATTATAAAACCATTTAGAGC
128 TCAAAC-TAAAATCAATTTTGAGATTATAAAACCATTTAAAGT
* * * * **
1102 GAGTAATAAGACTTTTAAAGGTATAAGTGACTATAAATAGACTTTTCTTGATAATGAATGCCTTT
1 GAGTAATAAGGCTTTTAAAGGAAT-GGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGCCTTT
* * ** * * *
1167 TCCTTCACGTTTCTTAATCTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTCA-TAAAAATATAAAAAAA-T
65 TTCTTCATGTTTC-TAAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTCTAACCAAAAATATAAAAAAATT
***
1230 C-AACGTAAAATCAATTTTGAGATTATAAAACCA-TTAANNNN
129 CAAAC-TAAAATCAATTTTGAGATTATAAAACCATTTAA-AGT
****** * * * * * **
1271 NNNNNNTAAGACTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAAGGGGCTTTCCTTGCCAATGAATTTCTTT
1 GAGTAATAAGGCTTTTAAAGGAAT-GGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGCCTTT
* * *
1336 TTCTTCACGTTTCCTAAGGCAGACATTTAATTATAATCTGTTCTAACCAAAAATATAAAAAAATT
65 TTCTTCATGTTT-CTAAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTCTAACCAAAAATATAAAAAAATT
* * * * * *
1401 CAATCTAAAATGAAATATGAGATTATAAAGCCATTTAATGT
129 CAAACTAAAATCAATTTTGAGATTATAAAACCATTTAAAGT
* * * *** * * *
1442 TACTAATAAGGATTTTAAAGGAACAAATTA-TAATTAAATGGACTTTTTTTTGCCAATAAATGCC
1 GAGTAATAAGGCTTTTAAAGGAA-TGGTGACT-A-TAAATGGAC-TTTTCTTGCCAATGAATGCC
* * * *
1506 TTTCTCTTCATGTTTTCCAAGGAAGACATTCAATTATAATCTG-TCTTAACCAAAAATGTATAAA
62 TTTTTCTTCATG-TTTCTAAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTC-TAACCAAAAATATA-AAA
* ** *
1570 GAATTCAAACTAAAATCAATTTTGACTTTATAAGACCATTTAAAGT
124 AAATTCAAACTAAAATCAATTTTGAGATTATAAAACCATTTAAAGT
* * ** **
1616 GAATAATAAGGCTTTTGAAGGAATGG-GACTATAAATGGACTTTTCTTGGTAATGAATATCTTTT
1 GAGTAATAAGGCTTTTAAAGGAATGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGCCTTTT
* * * * * * *
1680 TTTTCATGTTTCTGAGGGCAGACATTCAATTGTAATATGTTCTAGCCAAAAATGTAAAAAAAAAA
66 TCTTCATGTTTCT-AAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTCTAACCAAAAA--T-ATAAAAAAA
* * * * * * *
1745 TTCAATCTCAAATCAATTATGATATTATAAAGCTATTTAATGT
127 TTCAAACTAAAATCAATTTTGAGATTATAAAACCATTTAAAGT
* *
1788 AAGTAATAAGGCTTTTAAAGGAATGGATGACTATAAATGGACTTTTCTTACCAATGAATGCCTTT
1 GAGTAATAAGGCTTTTAAAGGAATGG-TGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGCCTTT
* * * * * *
1853 TTCTTCATGTTTCTTAAGGTAGACATTCAATTATAACCTGTTTTAACTAAAAATGTTCAAAGAAT
65 TTCTTCATGTTTC-TAAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTCTAACCAAAAAT-ATAAAAAAAT
* * * * **
1918 ACAAACTTAAATCAATTTTGAAAGTATAAAAATATTTAAAGT
128 TCAAACTAAAATCAATTTTGAGATTATAAAACCATTTAAAGT
* *
1960 GAGTAATAAGGCTTTTAAAGAAATAGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGCTTTT
1 GAGTAATAAGGCTTTTAAAGGAAT-GGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGCCTTT
* * * * * * ** * * *
2025 TTCTGCAAGTTGCTCGAGGAAGACATTTAATTATAATCACTTTTAACCAAAAATGTACAAAGAAT
65 TTCTTCATGTTTCT-AAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTCTAACCAAAAATATA-AAAAAAT
*
2090 TCAAACTAAAATCAATTTTGAGATTATAAATCCATTTAAAGT
128 TCAAACTAAAATCAATTTTGAGATTATAAAACCATTTAAAGT
* * * * * * **
2132 GAGTAAGAAGACTTTTGAAGGAATGTGTGACTATAAATGAACTTTTATTGCCAATAAATGTATTT
1 GAGTAATAAGGCTTTTAAAGGAATG-GTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGCCTTT
* * * * *
2197 TTCTTCATGTTTCTCGAGGTA-AGCAATCAATTATAATCTGTT-TAACCAAAAATGTCCAAACAA
65 TTCTTCATGTTTCT-AAGGTAGA-CATTCAATTATAATCTGTTCTAACCAAAAATAT-AAAAAAA
*
2260 TTCAAACTAAAATTAATTTTGAGATTATTAAAA-CATTTAAAGT
127 TTCAAACTAAAATCAATTTTGAGATTA-TAAAACCATTTAAAGT
* * * * * ** *
2303 GAGTAGTAAGGCTTTTGAAA-AAATGTGTGACCATAAATGGACTTTTATTACCAACAAATGCATT
1 GAGTAATAAGGCTTTT-AAAGGAATG-GTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGCCTT
** * * * * * * * * * * *
2367 TTTCTTTTTGTTTCTCGAGATAAACATTCAATTAAAATTTGTTTTAGCTAAAAATGTTCAAAGAA
64 TTTCTTCATGTTTCT-AAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTCTAACCAAAAAT-ATAAAAAAA
* * * * *
2432 TTTAAAATAAAGTCAATTTTGATATGATAAAACCATTTAAAGT
127 TTCAAACTAAAATCAATTTTGAGATTATAAAACCATTTAAAGT
* * * * * * *
2475 GTGTAATAAGGTTTTTGAAGGAATGAGTGACGATAAGTGGACTTTTCTTGTCAATGAATACCTTT
1 GAGTAATAAGGCTTTTAAAGGAATG-GTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGCC-TT
* * * * * * * * *
2540 TTTTTTCACGTTTCCTAGGGCATACATTTAATTATAATCTATTCTAACCGAAAATACAAAAAAAA
64 TTTCTTCATGTTT-CTAAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTCTAACCAAAAATA-TAAAAAAA
* * * *
2605 TTCAACCTAAAATCAATTATGAGATTATAAAGCCATTT-AATT
127 TTCAAACTAAAATCAATTTTGAGATTATAAAACCATTTAAAGT
* * * ** *
2647 CAAGTAATAAGGCTTTTAAAAGAATGGGTGACTATAAATGGGA-TTTTCTTGCCAATGAGTATCA
1 -GAGTAATAAGGCTTTTAAAGGAAT-GGTGACTATAAAT-GGACTTTTCTTGCCAATGAATGCCT
* * * *
2711 TTTTCTTCACGTTTCCCAAGGTAGACATTCAATTATAATATGTTCTAACCAAAAATGTAAAAAAA
63 TTTTCTTCATGTTT-CTAAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTCTAACCAAAAATATAAAAAAA
* * * * * * *
2776 TTCAATCTAAAATGAAATATGAGATTATAAAGCTATTTAATGT
127 TTCAAACTAAAATCAATTTTGAGATTATAAAACCATTTAAAGT
* * * *
2819 GAGTAAT-AGGACTTTTGAAGGAATGAATGACTATAAATGGGCTTTTCTTGCCAATGAATACCTT
1 GAGTAATAAGG-CTTTTAAAGGAATG-GTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGCC-T
** * * * * *
2883 TTTTCTTCACATTTCCCAAAGCT-GACACTCAATTATAATCTGTTCTAACGAAAAATGTAAAAAA
63 TTTTCTTCATGTTT--CTAAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTCTAACCAAAAATATAAAAAA
* *
2947 ATTC-ATCTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTT
126 ATTCAAAC-TAAAATCAATTTTGAGATTATAAAACCATTT
2986 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 1771, Mismatches: 398, Indels: 116
0.78 0.17 0.05
Matches are distributed among these distances:
168 3 0.00
169 118 0.07
170 83 0.05
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174 141 0.08
175 1 0.00
ACGTcount: A:0.38, C:0.12, G:0.13, T:0.35
Consensus pattern (169 bp):
GAGTAATAAGGCTTTTAAAGGAATGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGCCTTTT
TCTTCATGTTTCTAAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTCTAACCAAAAATATAAAAAAATTCA
AACTAAAATCAATTTTGAGATTATAAAACCATTTAAAGT
Found at i:3543 original size:172 final size:169
Alignment explanation
Indices: 3251--3940 Score: 733
Period size: 171 Copynumber: 4.0 Consensus size: 169
3241 NNNNNNNNNN
* * * * *
3251 ATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTAAAGGAATGGGTGACTATAAATGGAATTTGCTTGCCAATG
1 ATTTAAAGAGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATA
* * *
3316 AATGCTTTGTTCTTCATGTTTCTCATGGTAGACATTCAATTATAATGTGTTTTAACCAAAAATGT
66 AATGCTTT-TTCTTCATGTTTCT-AGGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTCTAACCAAAAATGT
* * *
3381 AAACAAAATTGAGCTTAAAATCAATTTTGAGATTATAAAACC
129 AAA-AAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACC
* *
3423 ATTTAAAGAGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGTATAGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATA
1 ATTTAAAGAGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATA
* ** * * *
3488 AATGCCTTTTTCTTCATGTTTCTTGAGGTAGACATTCAATTATGTTCTTTTTTAACAAAAAATGT
66 AATG-CTTTTTCTTCATGTTTCTAG-GGTAGACATTCAATTATAATCTGTTCTAACCAAAAATGT
* * *
3553 AAAAAAATTCAACTTCAAATAAATTTTGAGATTATAAAACC
129 AAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACC
* * * *
3594 ATTTAAAGTGAGTAATAAGACTTTTGAAGGAATGAGTGACTATAAATGGACTTTTTTTGCCAATG
1 ATTTAAAGAGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAAT-
* ** *** *** * *
3659 AATATGC-TTTTCCTCGCGTTTCATAGGGCCTACATTCAATTATAATCAACTCTAACTAAAAAAG
65 AA-ATGCTTTTTCTTCATGTTTC-TAGGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTCTAACCAAAAATG
* * *
3723 T-AAAAAATTTAACCTAAAATCAATTATGAGATTATAAAGCC
128 TAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACC
* ** * * * *
3764 ATTTAATGCAG-GTAATAAGGCTTTTGAAAAAACGGGTGGCTATAAATGGGCTTTTCTTGCTAAT
1 ATTTAAAG-AGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAAT
* * * *
3828 GAATACCTTTTTTCTT-ATGTTTCCCAAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTCTAACCAAAAAT
65 AAAT-GC-TTTTTCTTCATGTTT-CTAGGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTCTAACCAAAAAT
* * * *
3892 TTAAAAAAATTCAA-TCTAAAATGAAATATGAGATTATAAAGCC
127 GTAAAAAAATTCAACT-TAAAATCAATTATGAGATTATAAAACC
3935 ATTTAA
1 ATTTAA
3941 TGTGAGTGAC
Statistics
Matches: 430, Mismatches: 76, Indels: 25
0.81 0.14 0.05
Matches are distributed among these distances:
168 2 0.00
169 2 0.00
170 120 0.28
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172 118 0.27
173 7 0.02
ACGTcount: A:0.38, C:0.12, G:0.15, T:0.35
Consensus pattern (169 bp):
ATTTAAAGAGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATA
AATGCTTTTTCTTCATGTTTCTAGGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTCTAACCAAAAATGTAA
AAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACC
Found at i:3899 original size:341 final size:343
Alignment explanation
Indices: 3251--3947 Score: 827
Period size: 341 Copynumber: 2.0 Consensus size: 343
3241 NNNNNNNNNN
* *
3251 ATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTAAAGGAATGGGTGACTATAAATGGAATTTGCTTGCCAATG
1 ATTTAAAGTGAGTAATAAGACTTTTAAAGGAATGAGTGACTATAAATGGAATTTGCTTGCCAATG
* * * * **** * *
3316 AATGCTTTGTTCTTCATGTTTCTCATGGTAGACATTCAATTATAATGTGTTTTAACCAAAAATGT
66 AATGCTTTGTTCCTCACGTTTCTCAGGGCAGACATTCAATTATAATCAACTCTAACCAAAAAAGT
* * *
3381 AAACAAAATTGAGCTTAAAATCAATTTTGAGATTATAAAACCATTTAAAGAGAGTAATAAGGCTT
131 AAACAAAATTGAACCTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGAGAGTAATAAGGCTT
*** * * *
3446 TTGAAGGTATAGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATAAATGCCTTTTTCTTCATGTTTCT
196 TTGAAAAAACAGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATAAATACCTTTTTCTTCATGTTTCC
** ** * * *
3511 TGAGGTAGACATTCAATTATGTTCTTTTTTAACAAAAAATGTAAAAAAATTCAA-CTTCAAAT-A
261 CAAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTCTAACAAAAAATGTAAAAAAATTCAATC-TAAAATGA
*
3574 AATTTTGAGATTATAAAACC
325 AA-TATGAGATTATAAAACC
* * **
3594 ATTTAAAGTGAGTAATAAGACTTTTGAAGGAATGAGTGACTATAAATGGACTTTTTTTGCCAATG
1 ATTTAAAGTGAGTAATAAGACTTTTAAAGGAATGAGTGACTATAAATGGAATTTGCTTGCCAATG
* ** *
3659 AATATGC-TT-TTCCTCGCGTTTCAT-AGGGCCTACATTCAATTATAATCAACTCTAACTAAAAA
66 -A-ATGCTTTGTTCCTCACGTTTC-TCAGGGCAGACATTCAATTATAATCAACTCTAACCAAAAA
* * *
3721 AGT-AA-AAAATTTAACCTAAAATCAATTATGAGATTATAAAGCCATTTAATGCAG-GTAATAAG
128 AGTAAACAAAATTGAACCTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAG-AGAGTAATAAG
* * * * *
3783 GCTTTTGAAAAAACGGGTGGCTATAAATGGGCTTTTCTTGCTAATGAATACCTTTTTTCTT-ATG
192 GCTTTTGAAAAAACAGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATAAATACC-TTTTTCTTCATG
* *
3847 TTTCCCAAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTCTAACCAAAAATTTAAAAAAATTCAATCTAAA
256 TTTCCCAAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTCTAACAAAAAATGTAAAAAAATTCAATCTAAA
*
3912 ATGAAATATGAGATTATAAAGCC
321 ATGAAATATGAGATTATAAAACC
*
3935 ATTTAATGTGAGT
1 ATTTAAAGTGAGT
3948 GACTATAAAT
Statistics
Matches: 298, Mismatches: 49, Indels: 16
0.82 0.13 0.04
Matches are distributed among these distances:
341 175 0.59
342 16 0.05
343 99 0.33
344 4 0.01
345 4 0.01
ACGTcount: A:0.37, C:0.12, G:0.15, T:0.35
Consensus pattern (343 bp):
ATTTAAAGTGAGTAATAAGACTTTTAAAGGAATGAGTGACTATAAATGGAATTTGCTTGCCAATG
AATGCTTTGTTCCTCACGTTTCTCAGGGCAGACATTCAATTATAATCAACTCTAACCAAAAAAGT
AAACAAAATTGAACCTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGAGAGTAATAAGGCTT
TTGAAAAAACAGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATAAATACCTTTTTCTTCATGTTTCC
CAAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTCTAACAAAAAATGTAAAAAAATTCAATCTAAAATGAA
ATATGAGATTATAAAACC
Found at i:4299 original size:171 final size:171
Alignment explanation
Indices: 3946--7521 Score: 3280
Period size: 171 Copynumber: 20.9 Consensus size: 171
3936 TTTAATGTGA
* * * * * * *
3946 GTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGCTTTTTTCTTCATATTTCTCATGGCAAAGAT
1 GTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATACCTTTTTCTTCATGTTTCTCAAGGTAGACAT
** * * * * * * *
4011 TCAATTCCAGTCTATTTTAACTAAAAATGTACAAAGAATTCAAATTTAAATCAATTTTGAAATTA
66 TCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATGTA-AAAAAATTCAACTTAAAATCAATTTTGAGATTA
4076 TAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGC-TTT-AAAGGAATGG
130 TAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAA-GAATGG
* * ** *
4117 GTTG-TTATAAATAGACTTTTCTTATCAATGAATACCTTTTTCTTCACGTTTCTCAAGGTAGACA
1 G-TGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATACCTTTTTCTTCATGTTTCTCAAGGTAGACA
* * * *
4181 TTCAATTATAGTCTATTTTAACCACAAATGTAAAAAAATTGAACTTAAAATCAATTTTGAGATTA
65 TTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTTTGAGATTA
* * * **
4246 CAAAACC-TTTAAAAATGAGTAATAAGGCTTTTGAAAGTATAA
130 TAAAACCATTT-AAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAAGAATGG
* * * * *
4288 GTGACTATAAATGGACTTTTCTTGACAATGAATGCTTTTTTCTTCACGTTTCTTAAGGTAGACAT
1 GTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATACCTTTTTCTTCATGTTTCTCAAGGTAGACAT
* * * ** *
4353 TCAATTATAATCTATTTAAACAAAAAATACAAAAAAAAATT-AACTTAAAATGAATTTTGAGATT
66 TCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAAT--GTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTTTGAGATT
* *
4417 ATAAAACCATTTAAAGTCAGTAATAAGGCTTTTG-AAGTAATGT
129 ATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAAG-AATGG
* * * * * *
4460 GTGACTATAAATAGACGTTTT-TAGTCAATGAATACCTTTTTCTTCATGTTTC-CTAGGGCAAAC
1 GTGACTATAAATGGAC-TTTTCTTGCCAATGAATACCTTTTTCTTCATGTTTCTC-AAGGTAGAC
* ** * *
4523 ATTCAATTATAATCTGTTCTAACCAAAAATACAAAAAAATTCAACCTAAAATCAATTATGAGATT
64 ATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTTTGAGATT
** ** *
4588 ATAATGCCATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGG
129 ATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAAGAATGG
* * * * *
4631 GTGACTA-CAATGGGCTTTTCTTGCCAATGATTATCTTTTTCTTCATGTTTCCCAAGGTAGACAT
1 GTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATACCTTTTTCTTCATGTTTCTCAAGGTAGACAT
* * * * * * *
4695 TCAATTATAATCGGTTCTAACC-AAAATGTAAACAAATTTAA-TCTAAAATGAAATATGAGATTA
66 TCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACT-TAAAATCAATTTTGAGATTA
* * * ***
4758 TAAAGCCATTTAATGTGAGTAATAAGGATTTT-AAAGGAACAT
130 TAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAA-GAATGG
* * * * * *
4800 ATTA-TAATTAAATGGACATTTT-TTGCCAATAAATGCATTTTTCTTCATGTTTCTCAAGGTAAA
1 GTGACT-A-TAAATGGAC-TTTTCTTGCCAATGAATACCTTTTTCTTCATGTTTCTCAAGGTAGA
* * * ** **
4863 CATTTAATTATAATCTGTCTTAACCAAAAATGTATAAAGAATTCAAAATAAAATCAATTTTGACT
63 CATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATGTA-AAAAAATTCAACTTAAAATCAATTTTGAGA
* * * *
4928 TTATAAGACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAAT-A
127 TTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAAGAATGG
* * * * * * *
4972 G-GACTATAAATGTACTTTTCTTGCTAATGAATATCTTTTTCTTCACT-TTTTTGAGGGCAGACA
1 GTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATACCTTTTTCTTCA-TGTTTCTCAAGGTAGACA
* * * * *
5035 TTCAATTGTAATCTGTTCTAGCCAAAAATGTAAAAAAAATTCAA-TCTAAAATTAATTATGAGAT
65 TTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATGT-AAAAAAATTCAACT-TAAAATCAATTTTGAGAT
* ***********
5099 TATAAAGCCATTTAATNNNNNNNNNNAGGCTTTT-AAAGGAATGG
128 TATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAA-GAATGG
* * * *
5143 ATGACTATAAATGGACTTTTATTGCCGATGAATACCTTTTTCTTCATGTTTCTTGAA-GTAGACA
1 GTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATACCTTTTTCTTCATGTTTC-TCAAGGTAGACA
* * * * *
5207 TTCAATTATAACCTGTTTTAACTAAAAATGTACAAAGAATACAAAC-TAAAATTAATTTTGAGAT
65 TTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATGTA-AAAAAATTC-AACTTAAAATCAATTTTGAGAT
* * *
5271 TATAAAACTATTTAAAGTGAGTAATAGGGCTTTT-AAAGAAATAG
128 TATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAAG-AATGG
* * * * * * * *
5315 GTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCGAATGAATGCTTTTTTCTGCAAGTTGCTCGAGGAAGACAT
1 GTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATACCTTTTTCTTCATGTTTCTCAAGGTAGACAT
* ** *
5380 TTAATTATAATCACTTTTAACCAAAAATGTACAAAGAATTCAAAC-TAAAATCAATTTTGAGATT
66 TCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATGTA-AAAAAATTC-AACTTAAAATCAATTTTGAGATT
*
5444 ATAAATCCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTT-AAAGGAATGG
129 ATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAA-GAATGG
* * * * * *** * * * *
5487 GTAACTATAAATGAACTTTTATTGTCAATAAATGTATTTTTCTTCATATTTCTCGAGGTAGGCAA
1 GTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATACCTTTTTCTTCATGTTTCTCAAGGTAGACAT
* * *
5552 TCAATTATAATCTG-TTGAACCAAAAATGTCCAAAGAATTCAAAC-TAAAATCAATTTTGAGATT
66 TCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATGT-AAAAAAATTC-AACTTAAAATCAATTTTGAGATT
* * * * *
5615 ATTAAACTATTTAAAGTGAGTAGTAAGGCTTTTGAAAAAATGT
129 ATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAAGAATGG
* * ** * * ** *
5658 GTGACTATAAATGGACTTTTATTACCAACAAATGCATTTTTCTCTC-TGTTTCTTGAGATAGACA
1 GTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATACCTTTTTCT-TCATGTTTCTCAAGGTAGACA
* * * * * * * ** *
5722 TTCAATTAAAATTTGTTTTAGCCAAAAATGTTTAGAGAATTTAAAATAAAGTCAATTTTGAGATT
65 TTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATG-TAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTTTGAGATT
* * *
5787 ACAAAACCATTTAAAGTGTGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGG
129 ATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAAGAATGG
* * * * * ** * *
5830 GTGACGATAATTGGACTTTTCTTGCCAATGAACACCTTTTTATTCACGTTTC-CTGGGGCATACA
1 GTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATACCTTTTTCTTCATGTTTCTC-AAGGTAGACA
* * * * * ** * *
5894 TTTAGTTATAATCTATTCTAACCGAAAATACAAAAAAATTCAACCTAAAATCAATTATGAGATTA
65 TTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTTTGAGATTA
* * *
5959 TAAAGCCATTT-AATTCAAGTAATAAGGCTTTTTGAAAGAATGG
130 TAAAACCATTTAAAGT-GAGTAATAAGGC-TTTTGAAAGAATGG
* * * * * * * *
6002 GTGACTGTAAATAGTA-TTTTCTTACCAATGAATACCATTTTCTTCACGTTTCCCAAGGTAAACT
1 GTGACTATAAAT-GGACTTTTCTTGCCAATGAATACCTTTTTCTTCATGTTTCTCAAGGTAGACA
* * * * *
6066 TTCAATTATAATCTGTTCTAACC-AAAATATAAAAAAATTCAA-TCTAAAATGAAATATGAGATT
65 TTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACT-TAAAATCAATTTTGAGATT
* * * *
6129 ATAAAACCAGTTAATGTGAGTACTAAGGCTTTTG-AAGAAATGA
129 ATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAAG-AATGG
* ** * * * * * **
6172 ATGACTATAAATGGGTTTTTCTTGTCAATAAATACATTTTTCTTCACGTTTCCCACAACT-GACA
1 GTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATACCTTTTTCTTCATGTTTCTCA-AGGTAGACA
* * * * *
6236 TTCAATTATAATCTGTTTTAACTAAAAATGTAAAAAAATTCATCCTAAAATTAATTATGAGATTA
65 TTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTTTGAGATTA
*
6301 TAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTAAAAGAATGG
130 TAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAAGAATGG
* * * * * *
6343 GTGACTATAAATTGACATTTCTTGCTAGTGAATATCTTTTTCTTCATGTTTACT-AAGGCAGACA
1 GTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATACCTTTTTCTTCATGTTT-CTCAAGGTAGACA
* ** * * *
6407 TTCAATTATAATCTGTTCTAACCAAAAACATCAAAAAATTTC-ACCTAAAATCAATTATGAGATT
65 TTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATGT-AAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTTTGAGATT
*
6471 ATAAAATCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTT-AAAGGAATGG
129 ATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAA-GAATGG
* * * * ***
6514 GTGACTATAAATGGAATTTTCTTGCCAATGAATGCCTTGTTCTTTATGTTTCTTGTGGTAGACAT
1 GTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATACCTTTTTCTTCATGTTTCTCAAGGTAGACAT
* * * *
6579 TCAATTATAATCTGTTTTAACTAAAAATGTAAACAAAATTGAGCTTAAAATTAATTTTGAGATTA
66 TCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATGTAAA-AAAATTCAACTTAAAATCAATTTTGAGATTA
* * * * *
6644 GAAAACCATTTAAAGAGAGTAATAAGACTTTTGAAGGTATGG
130 TAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAAGAATGG
* * * * *
6686 GTGACTATAAATGAACTTTTCTTACTAATGAAATA-CTTTTTCTTCATGTTTCTCGAGGTATACA
1 GTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATG-AATACCTTTTTCTTCATGTTTCTCAAGGTAGACA
* * * *
6750 TTCAATTATAATATGTTTTAACAAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTTTGAGAATA
65 TTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTTTGAGATTA
** * * * *
6815 GGAAACCATTTAAAATGAGTAATAAGACTTTTGAAGGAATAG
130 TAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAAGAATGG
* * * * * * *
6857 GTGACTATAAATGGACTTTTTTTGCCAATGAATACTTTTTTCTTAATATTTCAT-AGGGCATACA
1 GTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATACCTTTTTCTTCATGTTTC-TCAAGGTAGACA
* * * ** ** * * ** *
6921 TTCAATTATAACCTGCTTGAATAAAAAATACAAAAAAATTTAAATTAAGCTCAATTATGAGATTA
65 TTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTTTGAGATTA
* ** * *
6986 TAAAGCCATTTAATACAGA-TAATAAGGCTTTTAAAAGAATGA
130 TAAAACCATTTAA-AGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAAGAATGG
* * * * *
7028 GTGACTATAAATTGACATTTCTTGCTAGTGAATACCTTTTTCTTCATGTTTAC-CAAGGCAGACA
1 GTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATACCTTTTTCTTCATGTTT-CTCAAGGTAGACA
* ** * * *
7092 TTCAATTATAATCTGTTCTAACCAAAAACATCAAAAAATTTCATC-TAAAATCAATTATGAGATT
65 TTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATGT-AAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTTTGAGATT
* *
7156 ATAAAATCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTT-ACAGGAATGG
129 ATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGA-AAGAATGG
* * * * *
7199 GTGACTATAAATGAAATTTTCTTGCCAATGAATACCTTGTTCTTTATGTTTCTCATGGTAGACAT
1 GTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATACCTTTTTCTTCATGTTTCTCAAGGTAGACAT
* * * *
7264 TCAATTATAATCTGTTTTAACTAAAAATGTAAACAAAATTGAGCTTAAAATTAATTTTGAGATTA
66 TCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATGTAAA-AAAATTCAACTTAAAATCAATTTTGAGATTA
* * * * *
7329 GAAAACCATTTAAAGAGAGTAATAAGACTTTTGAAGGTATGG
130 TAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAAGAATGG
* * * * *
7371 ATGACTATAAATGAACTTTTCTTGCTAATGAAATA-CTTTTTCTTCATGTTTCTCGAGGTATACA
1 GTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATG-AATACCTTTTTCTTCATGTTTCTCAAGGTAGACA
* * * * *
7435 TTCAATTATAATATGTTTTAACAAAAAATATAAAACAATTCAACTTAAAATCAATTTTGAGAATA
65 TTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTTTGAGATTA
** *
7500 GGAAACCATTTAAAATGAGTAA
130 TAAAACCATTTAAAGTGAGTAA
7522 ATTGAATGTC
Statistics
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Matches are distributed among these distances:
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ACGTcount: A:0.39, C:0.12, G:0.13, T:0.35
Consensus pattern (171 bp):
GTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATACCTTTTTCTTCATGTTTCTCAAGGTAGACAT
TCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTTTGAGATTAT
AAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAAGAATGG
Found at i:4389 original size:489 final size:488
Alignment explanation
Indices: 3458--4430 Score: 1157
Period size: 489 Copynumber: 2.0 Consensus size: 488
3448 GAAGGTATAG
* * * *
3458 GTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATAAATGCCTTTTTCTTCATGTTTCTTGAGGTAGACAT
1 GTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATAAATGCCTTTTTCTTCATATTTCTTCAGGCAAACAT
* * *
3523 TCAATTATGTTCTTTTTTAACAAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTCAAATAAATTTTGAGATTAT
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* * * *
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* * * ** *
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196 CCAATGAATATCCTTTTCCTCACGTTTCATAAGGCAGACATTCAATTATAATCAACTCTAACCAA
* * *
3718 AAAAGTAAAAAATTTAACCTAAAATCAATTATGAGATTATAAAGCCATTTAATGCAGGTAATAAG
261 AAAAGTAAAAAATTGAACCTAAAATCAATTATGAGATTACAAAACCATTTAATGCAGGTAATAAG
** * * *
3783 GCTTTTGAAAAAACGGGTGGCTATAAATGGGCTTTTCTTGCTAATGAATACCTTTTTTCTTATGT
326 GCTTTTGAAAAAACAAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCTAATGAATACCTTTTTTCTTACGT
* * **
3848 TTCCCAAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTCTAACCAAAAAT-TTAAAAAAATTCAA-TCTAA
391 TTCCCAAGGTAGACATTCAATTATAATCTATTCTAACAAAAAATACAAAAAAAATT-AACT-TAA
*
3911 AATGAAATATGAGATTATAAAGCCATTTAATGTGA
454 AATGAAATATGAGATTATAAAACCATTTAATGTGA
* * *
3946 GTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGCTTTTTTCTTCATATTTC-TCATGGCAAAGA
1 GTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATAAATGCCTTTTTCTTCATATTTCTTCA-GGCAAACA
* * * *
4010 TTCAATTCCA-G-TCTATTTTAACTAAAAATGTACAAAGAATTCAAATTTAAATCAATTTTGAAA
65 TTCAATT--ATGTTCTATTTTAACAAAAAATGTA-AAAAAATTCAAATTCAAATAAATTTTGAAA
* * *
4073 TTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGC-TTTAAAGGAATGGGTTG-TTATAAATAGACTTT
127 TTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGACTTTTAAAGGAATGAG-TGACTATAAATAGACTTT
* * * * * * *
4136 TCTTATCAATGAATA-CCTTTTTCTTCACGTTTC-TCAAGGTAGACATTCAATTATAGTCTATTT
191 TCTTACCAATGAATATCC-TTTTCCTCACGTTTCAT-AAGGCAGACATTCAATTATAATCAACTC
* * * *
4199 TAACCACAAATGTAAAAAAATTGAACTTAAAATCAATTTTGAGATTACAAAACC-TTTAAAAATG
254 TAACCAAAAAAGT-AAAAAATTGAACCTAAAATCAATTATGAGATTACAAAACCATTT---AATG
** * *
4263 -A-GTAATAAGGCTTTTGAAAGTATAAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGAC-AATGAAT-GCT
315 CAGGTAATAAGGCTTTTGAAAAAACAAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTG-CTAATGAATACCT
**
4324 TTTTTCTTCACGTTTCTTAAGGTAGACATTCAATTATAATCTATT-TAAACAAAAAATACAAAAA
379 TTTTTCTT-ACGTTTCCCAAGGTAGACATTCAATTATAATCTATTCT-AACAAAAAATAC-AAAA
* *
4388 AAAATTAACTTAAAATGAATTTTGAGATTATAAAACCATTTAA
441 AAAATTAACTTAAAATGAAATATGAGATTATAAAACCATTTAA
4431 AGTCAGTAAT
Statistics
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0.82 0.12 0.06
Matches are distributed among these distances:
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ACGTcount: A:0.38, C:0.13, G:0.13, T:0.36
Consensus pattern (488 bp):
GTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATAAATGCCTTTTTCTTCATATTTCTTCAGGCAAACAT
TCAATTATGTTCTATTTTAACAAAAAATGTAAAAAAATTCAAATTCAAATAAATTTTGAAATTAT
AAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGACTTTTAAAGGAATGAGTGACTATAAATAGACTTTTCTTA
CCAATGAATATCCTTTTCCTCACGTTTCATAAGGCAGACATTCAATTATAATCAACTCTAACCAA
AAAAGTAAAAAATTGAACCTAAAATCAATTATGAGATTACAAAACCATTTAATGCAGGTAATAAG
GCTTTTGAAAAAACAAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCTAATGAATACCTTTTTTCTTACGT
TTCCCAAGGTAGACATTCAATTATAATCTATTCTAACAAAAAATACAAAAAAAATTAACTTAAAA
TGAAATATGAGATTATAAAACCATTTAATGTGA
Found at i:6214 original size:685 final size:676
Alignment explanation
Indices: 3946--7521 Score: 3359
Period size: 685 Copynumber: 5.2 Consensus size: 676
3936 TTTAATGTGA
* * * * *
3946 GTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGCTTTTTTCTTCATATTTCTC-ATGGCAAAGA
1 GTGACTATAAATGAACTTTTCTTGCCAATGAATAC-TTTTTCTTCATGTTTCTCGA-GGTAAACA
** * * * * * * * * * *
4010 TTCAATTCCAGTCTATTTTAACTAAAAATGTACAAAGAATTCAAATTTAAATCAATTTTGAAATT
64 TTCAATTATAATCTGTTTTAAC-CAAAATATA-AAAAAATTC-AACTAAAATCAAATATGAGATT
** * *
4075 ATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGC-TTTAAAGGAATGGGTTG-TTATAAATAGACTTTTC
126 ATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTAAAGGAAT-GAATGACTATAAATGGACTTTT-
* * * * * *
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189 TTGTCAATAAATACATTTTTCTTCATGTTTCTCAAGGTAGACATTCAATTATAATCT-GTTTAAC
* * * *
4203 CACAAATGTAAAAAAATT-GAACTTAAAATCAATTTTGAGATTACAAAACC-TTTAAAAATGAGT
253 CAAAAATGTAAAAAAATTCAAAC-TAAAATCAATTTTGAGATTA-TAAACCATTT-AAAGTGAGT
** *
4266 AATAAGGCTTTTGAAAGTATAAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGAC-AATG-AATGCTTTTTT
315 AATAAGGCTTTTGAAAAAATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTG-CTAA-GAAAT-C-TTTTT
* * * * *
4329 CTTCACGTTTCTTAAGGTAGACATTCAATTATAATCTATT-TAAACAAAAAATACA-AAAAAAAA
376 CTTCATGTTTCTTAAGGCAGACATTCAATTATAATCTGTTCT-AACCAAAAAT-CATAAAAAAAT
* * * * * *
4392 TTAACTTAAAATGAATTTTGAGATTATAAAACCATTTAAAGTCAGTAATAAGGCTTTTGAAGTAA
439 TTAACCTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTAAAGGAA
* * * * * * *
4457 TGTGTGACTATAAATAGACGTTTT-TAGTCAATGAATACCTTTTTCTTCATGTTTCCTAGGGCAA
504 TGGGTGACTATAAATGGAC-TTTTCTTGCCAATGAATACCTTTTTCTTCATGTTTCCTGGGGTAG
* * * *
4521 ACATTCAATTATAATCTGTTCTAACCAAAAATACAAAAAAATTCAACCTAAAATCAATTATGAGA
568 ACATTCAATTATAATCTGTTTTAACTAAAAATACAAAAAAATTCAACCTAAAATTAATTTTGAGA
**
4586 TTATAATGCCATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGG
633 TTATAAAACCATTTAAA-CAAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGG
* ** * * * *
4631 GTGACTA-CAATGGGCTTTTCTTGCCAATGATTATCTTTTTCTTCATGTTTCCCAAGGTAGACAT
1 GTGACTATAAATGAACTTTTCTTGCCAATGAATA-CTTTTTCTTCATGTTTCTCGAGGTAAACAT
* * * * * *
4695 TCAATTATAATCGGTTCTAACCAAAATGTAAACAAATTTAATCTAAAATGAAATATGAGATTATA
65 TCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAATATAAAAAAATTCAA-CTAAAATCAAATATGAGATTATA
* * * * *
4760 AAGCCATTTAATGTGAGTAATAAGGATTTTAAAGGAA-CATATTA-TAATTAAATGGACATTTTT
129 AAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTAAAGGAATGA-ATGACT-A-TAAATGGAC-TTTTT
* * * *
4823 TGCCAATAAATGCATTTTTCTTCATGTTTCTCAAGGTAAACATTTAATTATAATCTGTCTTAACC
190 TGTCAATAAATACATTTTTCTTCATGTTTCTCAAGGTAGACATTCAATTATAATCTGT-TTAACC
* * ** *
4888 AAAAATGTATAAAGAATTCAAAATAAAATCAATTTTGACTTTATAAGACCATTTAAAGCGAGTAA
254 AAAAATGTA-AAAAAATTCAAACTAAAATCAATTTTGAGATTATAA-ACCATTTAAAGTGAGTAA
** *
4953 TAAGGCTTTTGAAGGAAT-AG-GACTATAAATGTACTTTTCTTGCTAATGAATATCTTTTTCTTC
317 TAAGGCTTTTGAAAAAATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCTAA-GAA-ATCTTTTTCTTC
* * * * *
5016 ACT-TTT-TTGAGGGCAGACATTCAATTGTAATCTGTTCTAGCCAAAAAT-GTAAAAAAAATTCA
380 A-TGTTTCTT-AAGGCAGACATTCAATTATAATCTGTTCTAACCAAAAATCAT-AAAAAAATTTA
* * * ***********
5078 ATCTAAAATTAATTATGAGATTATAAAGCCATTTAATNNNNNNNNNNAGGCTTTTAAAGGAATGG
442 ACCTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTAAAGGAATGG
* * * * **
5143 ATGACTATAAATGGACTTTTATTGCCGATGAATACCTTTTTCTTCATGTTTCTTGAAGTAGACAT
507 GTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATACCTTTTTCTTCATGTTTCCTGGGGTAGACAT
* * * *
5208 TCAATTATAACCTGTTTTAACTAAAAATGTAC-AAAGAATACAAACTAAAATTAATTTTGAGATT
572 TCAATTATAATCTGTTTTAACTAAAAA--TACAAAAAAATTCAACCTAAAATTAATTTTGAGATT
* ** * * * *
5272 ATAAAACTATTTAAAGTGAGTAATAGGGCTTTTAAAGAAATAG
635 ATAAAACCATTTAAA-CAAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGG
* * * * * *
5315 GTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCGAATGAATGCTTTTTTCTGCAAGTTGCTCGAGG-AAGACA
1 GTGACTATAAATGAACTTTTCTTGCCAATGAATAC-TTTTTCTTCATGTTTCTCGAGGTAA-ACA
* ** * * * *
5379 TTTAATTATAATCACTTTTAACCAAAAATGTACAAAGAATTCAAACTAAAATCAATTTTGAGATT
64 TTCAATTATAATCTGTTTTAACC-AAAATATA-AAAAAATTC-AACTAAAATCAAATATGAGATT
* ** * *
5444 ATAAATCCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTAAAGGAATGGGTAACTATAAATGAACTTTTAT
126 ATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTAAAGGAATGAATGACTATAAATGGACTTTT-T
** * * * * *
5509 TGTCAATAAATGTATTTTTCTTCATATTTCTCGAGGTAGGCAATCAATTATAATCTGTTGAACCA
190 TGTCAATAAATACATTTTTCTTCATGTTTCTCAAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTAACCA
* * * *
5574 AAAATGTCCAAAGAATTCAAACTAAAATCAATTTTGAGATTATTAAACTATTTAAAGTGAGTAGT
255 AAAATGT-AAAAAAATTCAAACTAAAATCAATTTTGAGATTA-TAAACCATTTAAAGTGAGTAAT
* * * * *
5639 AAGGCTTTTGAAAAAATGTGTGACTATAAATGGACTTTTATTACCAACAAATGCATTTTTCTCTC
318 AAGGCTTTTGAAAAAATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCTAAGAAAT-C-TTTTTCT-TC
* ** * * * * ** * * * **
5704 -TGTTTCTTGAGATAGACATTCAATTAAAATTTGTTTTAGCCAAAAATGTTTAGAGAATTTAAAA
380 ATGTTTCTTAAGGCAGACATTCAATTATAATCTGTTCTAACCAAAAATCATAAAAAAATTTAACC
* * * * *
5768 TAAAGTCAATTTTGAGATTACAAAACCATTTAAAGTGTGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTG
445 TAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTAAAGGAATGGGTG
* * * * * * * *
5833 ACGATAATTGGACTTTTCTTGCCAATGAACACCTTTTTATTCACGTTTCCTGGGGCATACATTTA
510 ACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATACCTTTTTCTTCATGTTTCCTGGGGTAGACATTCA
* * * ** * *
5898 GTTATAATCTATTCTAACCGAAAATACAAAAAAATTCAACCTAAAATCAATTATGAGATTATAAA
575 ATTATAATCTGTTTTAACTAAAAATACAAAAAAATTCAACCTAAAATTAATTTTGAGATTATAAA
* * *
5963 GCCATTTAATTCAAGTAATAAGGCTTTTTGAAAGAATGG
640 ACCATTTAA-ACAAGTAATAAGGC-TTTTGAAGGAATGG
* * * * * * * *
6002 GTGACTGTAAATAGTA-TTTTCTTACCAATGAATACCATTTTCTTCACGTTTCCCAAGGTAAACT
1 GTGACTATAAAT-GAACTTTTCTTGCCAATGAATA-CTTTTTCTTCATGTTTCTCGAGGTAAACA
* *
6066 TTCAATTATAATCTGTTCTAACCAAAATATAAAAAAATTCAATCTAAAATGAAATATGAGATTAT
64 TTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAATATAAAAAAATTCAA-CTAAAATCAAATATGAGATTAT
* * * * * **
6131 AAAACCAGTTAATGTGAGTACTAAGGCTTTTGAAGAAATGAATGACTATAAATGGGTTTTTCTTG
128 AAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTAAAGGAATGAATGACTATAAATGGACTTTT-TTG
* * ** *
6196 TCAATAAATACATTTTTCTTCACGTTTCCCACAACT-GACATTCAATTATAATCTGTTTTAACTA
192 TCAATAAATACATTTTTCTTCATGTTTCTCA-AGGTAGACATTCAATTATAATCTG-TTTAACCA
** * *
6260 AAAATGTAAAAAAATTCATCCTAAAATTAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATA
255 AAAATGTAAAAAAATTCAAACTAAAATCAATTTTGAGATTAT-AAACCATTTAAAGTGAGTAATA
* * * *
6325 AGGCTTTT-AAAAGAATGGGTGACTATAAATTGACATTTCTTGCTAGTGAATATCTTTTTCTTCA
319 AGGCTTTTGAAAA-AATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCTA-AGAA-ATCTTTTTCTTCA
* *
6389 TGTTTAC-TAAGGCAGACATTCAATTATAATCTGTTCTAACCAAAAA-CATCAAAAAATTTCACC
381 TGTTT-CTTAAGGCAGACATTCAATTATAATCTGTTCTAACCAAAAATCATAAAAAAATTTAACC
*
6452 TAAAATCAATTATGAGATTATAAAATCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTAAAGGAATGGGTG
445 TAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTAAAGGAATGGGTG
* * * * * *
6517 ACTATAAATGGAATTTTCTTGCCAATGAATGCCTTGTTCTTTATGTTTCTTGTGGTAGACATTCA
510 ACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATACCTTTTTCTTCATGTTTCCTGGGGTAGACATTCA
** * * * *
6582 ATTATAATCTGTTTTAACTAAAAATGTAAACAAAATTGAGCTTAAAATTAATTTTGAGATTAGAA
575 ATTATAATCTGTTTTAACTAAAAATACAAA-AAAATTCAACCTAAAATTAATTTTGAGATTATAA
* * *
6647 AACCATTTAAAGAGAGTAATAAGACTTTTGAAGGTATGG
639 AACCATTTAAACA-AGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGG
* * *
6686 GTGACTATAAATGAACTTTTCTTACTAATGAAATACTTTTTCTTCATGTTTCTCGAGGTATACAT
1 GTGACTATAAATGAACTTTTCTTGCCAATG-AATACTTTTTCTTCATGTTTCTCGAGGTAAACAT
* * * * * *
6751 TCAATTATAATATGTTTTAACAAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTTTGAGAATAG
65 TCAATTATAATCTGTTTTAAC-CAAAATATAAAAAAATTCAAC-TAAAATCAAATATGAGATTAT
* * * * *
6816 GAAACCATTTAAAATGAGTAATAAGACTTTTGAAGGAAT-AGGTGACTATAAATGGACTTTTTTT
128 AAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTAAAGGAATGA-ATGACTATAAATGGAC-TTTTTT
* * * * * * * * * * **
6880 GCCAATGAATACTTTTTTCTTAATATTTCAT-AGGGCATACATTCAATTATAACCTGCTTGAATA
191 GTCAATAAATACATTTTTCTTCATGTTTC-TCAAGGTAGACATTCAATTATAATCTG-TTTAACC
** * * ** * **
6944 AAAAATACAAAAAAATTTAAATTAAGCTCAATTATGAGATTATAAAGCCATTTAATACAGA-TAA
254 AAAAATGTAAAAAAATTCAAACTAAAATCAATTTTGAGATTATAAA-CCATTTAA-AGTGAGTAA
* * * *
7008 TAAGGCTTTT-AAAAGAATGAGTGACTATAAATTGACATTTCTTGCTAGTGAATACCTTTTTCTT
317 TAAGGCTTTTGAAAA-AATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCTA-AGAA-ATCTTTTTCTT
* * *
7072 CATGTTTAC-CAAGGCAGACATTCAATTATAATCTGTTCTAACCAAAAA-CATCAAAAAATTTCA
379 CATGTTT-CTTAAGGCAGACATTCAATTATAATCTGTTCTAACCAAAAATCATAAAAAAATTTAA
* * *
7135 TCTAAAATCAATTATGAGATTATAAAATCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTACAGGAATGGG
443 CCTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTAAAGGAATGGG
* * * *
7200 TGACTATAAATGAAATTTTCTTGCCAATGAATACCTTGTTCTTTATGTTTCTCAT--GGTAGACA
508 TGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATACCTTTTTCTTCATGTTTC-C-TGGGGTAGACA
** * * *
7263 TTCAATTATAATCTGTTTTAACTAAAAATGTAAACAAAATTGAGCTTAAAATTAATTTTGAGATT
571 TTCAATTATAATCTGTTTTAACTAAAAATACAAA-AAAATTCAACCTAAAATTAATTTTGAGATT
* * * *
7328 AGAAAACCATTTAAAGAGAGTAATAAGACTTTTGAAGGTATGG
635 ATAAAACCATTTAAACA-AGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGG
* * *
7371 ATGACTATAAATGAACTTTTCTTGCTAATGAAATACTTTTTCTTCATGTTTCTCGAGGTATACAT
1 GTGACTATAAATGAACTTTTCTTGCCAATG-AATACTTTTTCTTCATGTTTCTCGAGGTAAACAT
* * * * * * *
7436 TCAATTATAATATGTTTTAACAAAAAATATAAAACAATTCAACTTAAAATCAATTTTGAGAATAG
65 TCAATTATAATCTGTTTTAAC-CAAAATATAAAAAAATTCAAC-TAAAATCAAATATGAGATTAT
* *
7501 GAAACCATTTAAAATGAGTAA
128 AAAACCATTTAAAGTGAGTAA
7522 ATTGAATGTC
Statistics
Matches: 2404, Mismatches: 414, Indels: 146
0.81 0.14 0.05
Matches are distributed among these distances:
681 2 0.00
682 55 0.02
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684 442 0.18
685 1184 0.49
686 162 0.07
687 327 0.14
688 13 0.01
ACGTcount: A:0.39, C:0.12, G:0.13, T:0.35
Consensus pattern (676 bp):
GTGACTATAAATGAACTTTTCTTGCCAATGAATACTTTTTCTTCATGTTTCTCGAGGTAAACATT
CAATTATAATCTGTTTTAACCAAAATATAAAAAAATTCAACTAAAATCAAATATGAGATTATAAA
ACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTAAAGGAATGAATGACTATAAATGGACTTTTTTGTCAA
TAAATACATTTTTCTTCATGTTTCTCAAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTAACCAAAAATG
TAAAAAAATTCAAACTAAAATCAATTTTGAGATTATAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTT
TGAAAAAATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCTAAGAAATCTTTTTCTTCATGTTTCTTAA
GGCAGACATTCAATTATAATCTGTTCTAACCAAAAATCATAAAAAAATTTAACCTAAAATCAATT
ATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTAAAGGAATGGGTGACTATAAATGG
ACTTTTCTTGCCAATGAATACCTTTTTCTTCATGTTTCCTGGGGTAGACATTCAATTATAATCTG
TTTTAACTAAAAATACAAAAAAATTCAACCTAAAATTAATTTTGAGATTATAAAACCATTTAAAC
AAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGG
Found at i:7806 original size:171 final size:170
Alignment explanation
Indices: 7509--8699 Score: 1265
Period size: 171 Copynumber: 7.0 Consensus size: 170
7499 AGGAAACCAT
* * * *
7509 TTAAAAT-GAGTA-AATTGAATGTCTGTCTCAAGAAACATGAAGCAAAAGCCATCCATGGGAGAG
1 TTAAAATATAGTATAATTGAATGTCTGCCTTAGGAAACATGAAGCAAAAGCCATCCATGGGAGAG
*
7572 AAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGCCTTTGAAAG-TTGTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATA
66 -AAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGCCTTTGAAAGCCT-TATTACTCACTTTAAATGGTTTTATA
* * * *
7636 GTCTCATAATTAATTTTAAGTTAGATTTTTTTACATTTCTAA
129 TTCTCATAATTGATTTTAAGTTAGATTTTTTTACATTTTTGA
* * *
7678 TTAAAATATAGTATAATTGAATGTCTGCCTTGGGAGACATGAACCAAAAGCCATCCATGGGAGAG
1 TTAAAATATAGTATAATTGAATGTCTGCCTTAGGAAACATGAAGCAAAAGCCATCCATGGGAGAG
*
7743 AGAAGTCCATTTATAGTCACTGAAGCCTTTGAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAT
66 A-AAGTCCATTTATAGTCACTCAAGCCTTTGAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAT
* * * *
7808 TCTCATAATTGATTTCAAGTTGGATTTTTTTAGATTTTTGG
130 TCTCATAATTGATTTTAAGTTAGATTTTTTTACATTTTTGA
* * * * **
7849 TTAAAATAT-GCTATAGTTGAATGTTTGCCTT-GGAAAACATGATGCAAAAGCCATCCAACGTTA
1 TTAAAATATAG-TATAATTGAATGTCTGCCTTAGG-AAACATGAAGCAAAAGCCATCC-ATGGGA
** * *
7912 -AGAATAACCCATTTACAGTCA-TACAAGCCTTTGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTT
63 GAGAA-AGTCCATTTATAGTCACT-CAAGCCTTTGAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTT
*
7975 ATGTTCTCATAATTGATTTTAAGTTAGATTTTTTTACATTTTTTG-
126 ATATTCTCATAATTGATTTTAAGTTAGATTTTTTTACA-TTTTTGA
* * * * * *
8020 TTAAAATAT-GCTATAATAGAATGTTTTCCTTAGGAAACATTAAGTAAAAGCCATCCATTGGAGA
1 TTAAAATATAG-TATAATTGAATGTCTGCCTTAGGAAACATGAAGCAAAAGCCATCCATGGGAGA
* * ** * *
8084 GAAATATCCATTTATAGTCACTCAAGCCTTAGAAAGCCTTATTACTTGCTTTAGATAGTTTTATA
65 GAAA-GTCCATTTATAGTCACTCAAGCCTTTGAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATA
* * * * *
8149 TTTTCATAATTGATTCTAAGTCAGATTTGTTTACATTTTTGG
129 TTCTCATAATTGATTTTAAGTTAGATTTTTTTACATTTTTGA
* * ** * * * * *
8191 TTAAAAGAT-GTTATAATTGATTGTCCACCTCAAGAATCGT-AGAGCAAAAGCCATCCAAT-GAA
1 TTAAAATATAG-TATAATTGAATGTCTGCCTTAGGAAACATGA-AGCAAAAGCCATCC-ATGGGA
* *
8253 GAGAAAAGTACATTTATATTCACTCAAGCCTTTGAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTA
63 GAG-AAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGCCTTTGAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTA
* * *
8318 TATTTTCATAATTGATTCTAAGTTAAATTTTTTTACATTTTTGA
127 TATTCTCATAATTGATTTTAAGTTAGATTTTTTTACATTTTTGA
* * * * * ***
8362 TTAAAATATATTATAATTGAATGACTGCCTCATGAAACATGAAGGAAAAGCCATCCAACAGAGAG
1 TTAAAATATAGTATAATTGAATGTCTGCCTTAGGAAACATGAAGCAAAAGCCATCCATGGGAGAG
* * * *
8427 AAATGTACATTTATAGTCACTCAAGCCTTAGAAAGCCATATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAT
66 AAA-GTCCATTTATAGTCACTCAAGCCTTTGAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAT
* * * * * * *
8492 TTTCATAATTGATTCTAAATTGGATTCTTTTATATTTTTTA
130 TCTCATAATTGATTTTAAGTTAGATTTTTTTACATTTTTGA
* ** * * * * *
8533 TTAAAATATACTATAATAAAATGTTTTCCATGGGAAACATGAAGCAAAAACCATCCATGGGAGAG
1 TTAAAATATAGTATAATTGAATGTCTGCCTTAGGAAACATGAAGCAAAAGCCATCCATGGGAGAG
* * * * * *
8598 AAAAGCCCATTTATAGTCACTCAAGCCCTTAAAAGCGTTATTACTCACTTTAAATGGCTTTATAG
66 -AAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGCCTTTGAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAT
* * * *
8663 CCCCATAATTGATTTTAAG-TGGAATATTTTTACATTT
130 TCTCATAATTGATTTTAAGTTAG-ATTTTTTTACATTT
8700 CTCACTAAAA
Statistics
Matches: 862, Mismatches: 136, Indels: 46
0.83 0.13 0.04
Matches are distributed among these distances:
169 7 0.01
170 27 0.03
171 806 0.94
172 22 0.03
ACGTcount: A:0.34, C:0.15, G:0.14, T:0.37
Consensus pattern (170 bp):
TTAAAATATAGTATAATTGAATGTCTGCCTTAGGAAACATGAAGCAAAAGCCATCCATGGGAGAG
AAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGCCTTTGAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATATT
CTCATAATTGATTTTAAGTTAGATTTTTTTACATTTTTGA
Found at i:8697 original size:513 final size:510
Alignment explanation
Indices: 7540--8701 Score: 1436
Period size: 513 Copynumber: 2.3 Consensus size: 510
7530 TCTGTCTCAA
* *
7540 GAAACATGAAGCAAAAGCCATCCATGGGAGAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGCCTTTGAA
1 GAAACATGAAGCAAAAGCCATCCATGGGAGAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGCCCTTAAA
* * *
7605 AG-TTGTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAGTCTCATAATTAATTTTAAGTTAGATTTTTTTA
66 AGCCT-TATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAGTCTCATAATTGATTTTAAGTCAGA-TTTTTTA
* ** **
7669 CATTTCTAATTAAAATATAGTATAATTGAATGTCTGCCTTGGGAGACATGAACCAAAAGCCATCC
129 CATTTCTAATTAAAAGATAGTATAATTGAATGTCCACCTTGCAAGACATGAACCAAAAGCCATCC
* * * *
7734 ATGGGAGAGAGAAGTCCATTTATAGTCACTGAAGCCTTTGAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATG
194 ATGGAAGAGAAAAGTACATTTATAGTCACTCAAGCCTTTGAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATG
** * * *
7799 GTTTTATATTCTCATAATTGATTTCAAGTTGGATTTTTTTAGATTTTTGGTTAAAATATGCTATA
259 GTTTTATATTCTCATAATTGATTTCAAGTTAAATTTTTTTACATTTTTGATTAAAATATACTATA
* ** *
7864 GTTGAATGTTTGCCTTGGAAAACATGATGCAAAAGCCATCCAACGTTAAGAATAACCCATTTACA
324 ATTGAATGACTGCCTTGGAAAACATGAAGCAAAAGCCATCCAACG-TAAGAATAA-CCATTTACA
* * * *
7929 GTCATACAAGCCTTTGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATGTTCTCATAATTGATTT
387 GTCATACAAGCCTTAGAAAGCCATATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATATTCTCATAATTGATTC
* * * * * *
7994 TAAGTTAGATTTTTTTACATTTTTTGTTAAAATATGCTATAATAGAATGTTTTCCTTAG
452 TAAATTAGATTCTTTTACATTTTTTATTAAAATATACTATAATAAAATGTTTTCCATAG
* * *
8053 GAAACATTAAGTAAAAGCCATCCATTGGAGAGAAATA-TCCATTTATAGTCACTCAAG-CCTTAG
1 GAAACATGAAGCAAAAGCCATCCATGGGAGAGAAA-AGTCCATTTATAGTCACTCAAGCCCTTA-
** * * * * *
8116 AAAGCCTTATTACTTGCTTTAGATAGTTTTATATTTTCATAATTGATTCTAAGTCAGATTTGTTT
64 AAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAGTCTCATAATTGATTTTAAGTCAGATTT-TTT
* ** * *
8181 ACATTTTTGGTTAAAAGAT-GTTATAATTGATTGTCCACC-T-CAAGA-ATCGTAGAGCAAAAGC
128 ACATTTCTAATTAAAAGATAG-TATAATTGAATGTCCACCTTGCAAGACAT-G-A-ACCAAAAGC
*
8242 CATCCAAT-GAAGAGAAAAGTACATTTATATTCACTCAAGCCTTTGAAAGCCTTATTACTCACTT
189 CATCC-ATGGAAGAGAAAAGTACATTTATAGTCACTCAAGCCTTTGAAAGCCTTATTACTCACTT
*
8306 TAAATGGTTTTATATTTTCATAATTGA-TTCTAAGTTAAATTTTTTTACATTTTTGATTAAAATA
253 TAAATGGTTTTATATTCTCATAATTGATTTC-AAGTTAAATTTTTTTACATTTTTGATTAAAATA
* *
8370 TATTATAATTGAATGACTGCCTCAT-G-AAACATGAAGGAAAAGCCATCCAACAG-AGAGAAATG
317 TACTATAATTGAATGACTGCCT--TGGAAAACATGAAGCAAAAGCCATCCAAC-GTA-AG-AAT-
* * *
8432 TA-CATTTATAGTCACT-CAAGCCTTAGAAAGCCATATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATATTTT
376 AACCATTTACAGTCA-TACAAGCCTTAGAAAGCCATATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATATTCT
* *
8495 CATAATTGATTCTAAATTGGATTCTTTTATATTTTTTATTAAAATATACTATAATAAAATGTTTT
440 CATAATTGATTCTAAATTAGATTCTTTTACATTTTTTATTAAAATATACTATAATAAAATGTTTT
*
8560 CCATGG
505 CCATAG
* *
8566 GAAACATGAAGCAAAAACCATCCATGGGAGAGAAAAGCCCATTTATAGTCACTCAAGCCCTTAAA
1 GAAACATGAAGCAAAAGCCATCCATGGGAGAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGCCCTTAAA
* * * * *
8631 AGCGTTATTACTCACTTTAAATGGCTTTATAGCCCCATAATTGATTTTAAGT-GGAATATTTTTA
66 AGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAGTCTCATAATTGATTTTAAGTCAG-AT-TTTTTA
8695 CATTTCT
129 CATTTCT
8702 CACTAAAATA
Statistics
Matches: 552, Mismatches: 76, Indels: 42
0.82 0.11 0.06
Matches are distributed among these distances:
510 2 0.00
511 4 0.01
512 15 0.03
513 512 0.93
514 17 0.03
515 2 0.00
ACGTcount: A:0.34, C:0.15, G:0.14, T:0.37
Consensus pattern (510 bp):
GAAACATGAAGCAAAAGCCATCCATGGGAGAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGCCCTTAAA
AGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAGTCTCATAATTGATTTTAAGTCAGATTTTTTACA
TTTCTAATTAAAAGATAGTATAATTGAATGTCCACCTTGCAAGACATGAACCAAAAGCCATCCAT
GGAAGAGAAAAGTACATTTATAGTCACTCAAGCCTTTGAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGT
TTTATATTCTCATAATTGATTTCAAGTTAAATTTTTTTACATTTTTGATTAAAATATACTATAAT
TGAATGACTGCCTTGGAAAACATGAAGCAAAAGCCATCCAACGTAAGAATAACCATTTACAGTCA
TACAAGCCTTAGAAAGCCATATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATATTCTCATAATTGATTCTAAA
TTAGATTCTTTTACATTTTTTATTAAAATATACTATAATAAAATGTTTTCCATAG
Found at i:10337 original size:171 final size:170
Alignment explanation
Indices: 9888--10457 Score: 588
Period size: 171 Copynumber: 3.3 Consensus size: 170
9878 ATTCCTTTAA
* * ** ** *
9888 TTGAATTCTTTGTACATTTTTGGTTAAAACAGGCTGGAATTGAATCTCTACCTTGAGAAACATGA
1 TTGAATT-TTTTTATATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACATGA
* * * * * *
9953 AGAAAAAAGCATTCATTGGTAAGAAAAGTCCATTTATAATCACCCATACCTTTGAAAGCCTCATT
65 AGAAAAAGGCATTCATTGGTAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCTAT-TCTTTAAAAGCCTAATT
* * *
10018 ACTCTCTTTAAATGGTTTCATAATGC-CATAATTCATTTTAAG
129 ACTCACTTTAAATGGTTTTATAAT-CTCATAATTCATTTTAGG
* * * * * ** *
10060 TTGAATTTTTTTTTATATTTTTGGGTAAAACAGACTATAATTGAATATCTATCTTAAGAAATGTA
1 TTGAA--TTTTTTTATATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACATG
* * ** * *
10125 AAGAAAAAGGCATTCATTAGCAAGGAAAA-TTTATATATAGTCACCTATTCTTTCAAAAGCCTTA
64 AAGAAAAAGGCATTCATTGGTAA-GAAAAGTCCATTTATAGTCACCTATTCTTT-AAAAGCCTAA
* *
10189 TTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATTTCATAATTGATTTTAGG
127 TTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTCATTTTAGG
* ** * * * *
10233 CTGAATAGTTTTACACTTTTGGTTAGAACAGATTATAATTGAATGT-TAGCCTTGGGAAACATGA
1 TTGAATTTTTTTATATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTA-CCTTGAGAAACATGA
* * **
10297 AGAAAAAGGTATTCATTGGTAAGAAAAGCCCATTTATAGTCATATATTCCTTTAAAAGCCTAATT
65 AGAAAAAGGCATTCATTGGTAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCTATT-CTTTAAAAGCCTAATT
* * * * *
10362 ACTCACATTAAATGGCTTTATAATCTCATATTTCATTTGAGA
129 ACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTCATTTTAGG
**
10404 TTGAATTTTTTTATATTTTTTATTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTTG
1 TTGAATTTTTTTATATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTTG
10458 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 321, Mismatches: 68, Indels: 19
0.79 0.17 0.05
Matches are distributed among these distances:
170 7 0.02
171 164 0.51
172 15 0.05
173 128 0.40
174 7 0.02
ACGTcount: A:0.35, C:0.13, G:0.13, T:0.39
Consensus pattern (170 bp):
TTGAATTTTTTTATATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACATGAA
GAAAAAGGCATTCATTGGTAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCTATTCTTTAAAAGCCTAATTAC
TCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTCATTTTAGG
Found at i:11481 original size:171 final size:171
Alignment explanation
Indices: 11177--11540 Score: 428
Period size: 171 Copynumber: 2.1 Consensus size: 171
11167 NNNNNNNNNN
* * * *
11177 TATAATCTCATATTTCATTTTAGATTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAGAACAGATTATAATTG
1 TATAATCTCATAATTGATTTTAGATTAAAGTTTTTTACATTTTTGGTTAGAACAGATTATAATTG
* * * * ** *
11242 AATACTTGCCTTGGGAAATGTGAAGAAAATGGTATTCATTGGCAAGAAAATCCTATTAATCGTCA
66 AATACTTGCCCTAGGAAACGTGAAGAAAAAGGTATTCATTAACAAGAAAATCCTATTAATCATCA
* ***
11307 CCCAATCTTTCAAAAGCCTTATTACTTGCATTAAATGGTTT
131 CCCAATCCTTCAAAAGCCTTATTACACACATTAAATGGTTT
* * * *
11348 TATAATCACATAATTGATTTTAGGTTAAAGTTTTTTATATTTTTGGTTAGAATAGATTATAATTG
1 TATAATCTCATAATTGATTTTAGATTAAAGTTTTTTACATTTTTGGTTAGAACAGATTATAATTG
* * *
11413 AAT-GTATGCCCTAGGAAACGTGAATAAAAAGGTATTCATTAACAAGCAAAGTCC-ACTT-ATCA
66 AATACT-TGCCCTAGGAAACGTGAAGAAAAAGGTATTCATTAACAAG-AAAATCCTA-TTAATCA
* * * *
11475 TCACCCATTCCTTCATAATCCTTATTACACACTTTAAATGGTTT
128 TCACCCAATCCTTCAAAAGCCTTATTACACACATTAAATGGTTT
* *
11519 TATAATCTCAAAATTGACTTTA
1 TATAATCTCATAATTGATTTTA
11541 TTTTAAATTC
Statistics
Matches: 161, Mismatches: 29, Indels: 6
0.82 0.15 0.03
Matches are distributed among these distances:
170 1 0.01
171 152 0.94
172 8 0.05
ACGTcount: A:0.34, C:0.14, G:0.13, T:0.39
Consensus pattern (171 bp):
TATAATCTCATAATTGATTTTAGATTAAAGTTTTTTACATTTTTGGTTAGAACAGATTATAATTG
AATACTTGCCCTAGGAAACGTGAAGAAAAAGGTATTCATTAACAAGAAAATCCTATTAATCATCA
CCCAATCCTTCAAAAGCCTTATTACACACATTAAATGGTTT
Found at i:11809 original size:172 final size:172
Alignment explanation
Indices: 11177--12191 Score: 750
Period size: 172 Copynumber: 5.9 Consensus size: 172
11167 NNNNNNNNNN
* * * * * * *
11177 TATAATCTCATATTTCATTTTAGATTGAATT-TTTTTACATTTTTGGTTAGAACAGATTATAATT
1 TATAATCTCAAAATTGATTTTAGTTTGAATTCTTTGTACATTTTTAG-TAAAACAGATTATAATT
* * * * ** * * * * * *
11241 GAAT-ACTTGCCTTGGGAAATGTGAAG-AAAATGGTATTCATTGGCAAGAAAA-TCCTATTAATC
65 GAATGTC-TACCTCGAGAAACATGAAGAAAAAT-GCATTTATTGACAATAAAAGTCC-ATTTATA
* ** *
11303 GTCACCCAA--TCTTTCAAAAGCCTTATTACTTGCATTAAATGGTTT
127 GTCA-CAAATTTCTTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTT
* * * * * * * *
11348 TATAATCACATAATTGATTTTAGGTTAAAGTT-TTT-TATATTTTTGGTTAGAATAGATTATAAT
1 TATAATCTCAAAATTGATTTTAGTTTGAA-TTCTTTGTACATTTTTAG-TAAAACAGATTATAAT
* * * * * * * * * ** *
11411 TGAATGTATGCC-CTAGGAAACGTGAATAAAAAGGTATTCATTAACAAGCAAAGTCCACTTATCA
64 TGAATGTCTACCTCGA-GAAACATGAAGAAAAATGCATTTATTGACAATAAAAGTCCATTTAT-A
** * * * *
11475 -TCACCCA-TTCCTTCATAATCCTTATTACACACTTTAAATGGTTT
127 GTCACAAATTTCTTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTT
* * * * * *
11519 TATAATCTCAAAATTGACTTTATTTTAAATTCTTTGAACTTTTTTAGCTAAAACAGATTTTAATT
1 TATAATCTCAAAATTGATTTTAGTTTGAATTCTTTGTACATTTTTAG-TAAAACAGATTATAATT
* ** * *
11584 GAATGTCTACCTCGAGAAATA-GAAAGAAAAATGCATTGGTTGGCAATAAAAGTCTATTTATAGT
65 GAATGTCTACCTCGAGAAACATG-AAGAAAAATGCATTTATTGACAATAAAAGTCCATTTATAGT
* *
11648 CACAAATTTTTTTCAAAAGCCTTATTTCTCACTTTAAATGGTTT
129 CACAAATTTCTTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTT
* * * *
11692 AATAATCTAAAAATTGATTTTGGTTTGAATTCTTTGTACATTTTTAGTTAAACAGATTATAATTG
1 TATAATCTCAAAATTGATTTTAGTTTGAATTCTTTGTACATTTTTAGTAAAACAGATTATAATTG
*
11757 ATTG-CTTACCTCGAGAAACATGAAGAAAAATGCATTTATTGACAATAAAAGTCCATTTATAGTC
66 AATGTC-TACCTCGAGAAACATGAAGAAAAATGCATTTATTGACAATAAAAGTCCATTTATAGTC
********** **
11821 A-NNNNNNNNNNCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGAATT
130 ACAAATTTCTTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTT
* *
11863 TATAATCTCAAAATTGATTTTAGTTTGAATTCTTTGTACATTTTTGGTGAAAACAGGTTATAATT
1 TATAATCTCAAAATTGATTTTAGTTTGAATTCTTTGTACATTTTTAGT-AAAACAGATTATAATT
* * * * *** * *
11928 GAATGTCTTCCTCAAGCAACTTGAAGAAAAAAATATTTATTGGCAAAAAAAGTCCATTTATAGTC
65 GAATGTCTACCTCGAGAAACATGAAGAAAAATGCATTTATTGACAATAAAAGTCCATTTATAGTC
** ********** *
11993 ACCTATTTCTTT-AAAAGCCTNNNNNNNNNNTTTAAATAGTTT
130 ACAAATTTCTTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTT
* * *
12035 TATAATCTCAAAATTGATTTTAGTTT-ATATTCTTTGTACATTTTTAGTTAAAATAGGTTGTAAT
1 TATAATCTCAAAATTGATTTTAGTTTGA-ATTCTTTGTACATTTTTAG-TAAAACAGATTATAAT
* * * *
12099 TGAATGTCTACCTCGAGAAACATGAAGCAAAAGGTATTTATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGT
64 TGAATGTCTACCTCGAGAAACATGAAGAAAAATGCATTTATTGACAATAAAAGTCCATTTATAGT
*** *
12164 CATTCATTCCTTT-AAAAGCCTTATTACT
129 CACAAATTTCTTTCAAAAGCCTTATTACT
12192 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 667, Mismatches: 157, Indels: 39
0.77 0.18 0.05
Matches are distributed among these distances:
170 5 0.01
171 223 0.33
172 364 0.55
173 75 0.11
ACGTcount: A:0.35, C:0.13, G:0.12, T:0.38
Consensus pattern (172 bp):
TATAATCTCAAAATTGATTTTAGTTTGAATTCTTTGTACATTTTTAGTAAAACAGATTATAATTG
AATGTCTACCTCGAGAAACATGAAGAAAAATGCATTTATTGACAATAAAAGTCCATTTATAGTCA
CAAATTTCTTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTT
Found at i:12183 original size:344 final size:343
Alignment explanation
Indices: 11312--12191 Score: 887
Period size: 344 Copynumber: 2.6 Consensus size: 343
11302 CGTCACCCAA
* ** * * * *
11312 TCTTTCAAAAGCCTTATTACTTGCATTAAATGGTTTTATAATCACATAATTGATTTTAGGTTAAA
1 TCTTTCAAAAGCCTTATTTCTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTTA-GTTTAA
* * * * * * * *
11377 GTT-TTT-TATATTTTTGGTTAGAATAGATTATAATTGAATGTATGCC-CTAGGAAACGTGAATA
65 -TTCTTTGTACATTTTTAGTTAAAATAGATTATAATTGAATGTCTACCTCGA-GAAACATGAAGA
* * * * * *
11439 AAAAGGTATTCATTAACAAGCAAAGTCCACTTATCA-TCACCCATTCCTTCATAATCCTTATTAC
128 AAAAGGTATTTATTGACAAGAAAAGTCCATTTAT-AGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTAC
* ** * *
11503 ACACTTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAATTGACTTTATTTTAAATTCTTTGAACTTTTTTAGCT
192 TCACTTTAAATGAATTTATAATCTCAAAATTGACTTTAGTTTAAATTCTTTGAACATTTTTAGCT
* * * * *
11568 AAAACAGATTTTAATTGAATGTCTACCTCGAGAAATAGAAAGAAAAATGCATTGGTTGGCAATAA
257 AAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTCAAGAAATAGAAAAAAAAAT-CATTGATTGGCAAAAA
*
11633 AAGTCTATTTATAGTCACAAATT
321 AAGTCCATTTATAGTCACAAATT
* * * *
11656 TTTTTCAAAAGCCTTATTTCTCACTTTAAATGGTTTAATAATCTAAAAATTGATTTTGGTTTGAA
1 TCTTTCAAAAGCCTTATTTCTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAGTTT-AA
* *
11721 TTCTTTGTACATTTTTAGTT-AAACAGATTATAATTGATTG-CTTACCTCGAGAAACATGAAGAA
65 TTCTTTGTACATTTTTAGTTAAAATAGATTATAATTGAATGTC-TACCTCGAGAAACATGAAGAA
* * * **********
11784 AAATGCATTTATTGACAATAAAAGTCCATTTATAGTCANNNNNNNNNNCAAAAGCCTTATTACTC
129 AAAGGTATTTATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTC
* * * *
11849 ACTTTAAATGAATTTATAATCTCAAAATTGATTTTAGTTTGAATTCTTTGTACATTTTT-GGTGA
194 ACTTTAAATGAATTTATAATCTCAAAATTGACTTTAGTTTAAATTCTTTGAACATTTTTAGCT-A
* * * * *
11913 AAACAGGTTATAATTGAATGTCTTCCTCAAGCAACTTGAAGAAAAAAAT-ATTTATTGGCAAAAA
258 AAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTCAAG-AAATAGAA-AAAAAAATCATTGATTGGCAAAAA
**
11977 AAGTCCATTTATAGTCACCTATT
321 AAGTCCATTTATAGTCACAAATT
********** *
12000 TCTTT-AAAAGCCTNNNNNNNNNNTTTAAATAGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAGTTTATA
1 TCTTTCAAAAGCCTTATTTCTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAGTTTA-A
* * *
12064 TTCTTTGTACATTTTTAGTTAAAATAGGTTGTAATTGAATGTCTACCTCGAGAAACATGAAGCAA
65 TTCTTTGTACATTTTTAGTTAAAATAGATTATAATTGAATGTCTACCTCGAGAAACATGAAGAAA
** *
12129 AAGGTATTTATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCATTCATTCCTTTAAAAGCCTTATTACT
130 AAGGTATTTATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACT
12192 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 428, Mismatches: 96, Indels: 24
0.78 0.18 0.04
Matches are distributed among these distances:
342 1 0.00
343 71 0.17
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345 20 0.05
346 7 0.02
ACGTcount: A:0.35, C:0.13, G:0.12, T:0.38
Consensus pattern (343 bp):
TCTTTCAAAAGCCTTATTTCTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAGTTTAAT
TCTTTGTACATTTTTAGTTAAAATAGATTATAATTGAATGTCTACCTCGAGAAACATGAAGAAAA
AGGTATTTATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCAC
TTTAAATGAATTTATAATCTCAAAATTGACTTTAGTTTAAATTCTTTGAACATTTTTAGCTAAAA
CAGATTATAATTGAATGTCTACCTCAAGAAATAGAAAAAAAAATCATTGATTGGCAAAAAAAGTC
CATTTATAGTCACAAATT
Found at i:12762 original size:171 final size:171
Alignment explanation
Indices: 12375--12778 Score: 401
Period size: 171 Copynumber: 2.4 Consensus size: 171
12365 NNNNNNNNNN
* *
12375 AGAAAAAGATATTCA-TGAGCAAGAAAAGTCTATTTATAGT--CTCATTCCTTCAAAAAC-CTTA
1 AGAAAAAGA-ATTCATTG-GCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTT-AAAAACTCTTA
* * * * * *
12436 TTACTCGCTTTAAATAGTCTTATAAAGTCAAAATTGATTTTAGTTTGAATTCTTTCTAAATTTTT
63 TTACTCACATTAAATAGTCTTATAAACTCAAAATTCATTTTAGATTGAATTCTTTCTAAATTATT
*
12501 GGTTAAGACAGATTATAATTGAATGTCTGCCTTGGGAAACATGA
128 GGTTAAGACAGATTATAATTGAATGTCTGCCTTGGAAAACATGA
* * * ********** *
12545 AGAAAAAGGTATTTATTGGCAAAAAAAGTCNNNNNNNNNNCACCCATTCCTTTAAAACTCTTATT
1 AGAAAAA-GAATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTAAAAACTCTTATT
* * * * *
12610 ACTCACATTAAAT-GGCTTTATAATCTC-ATATGTCATTTTAGATTGAATT-TTTTTACATTATT
65 ACTCACATTAAATAGTC-TTATAAACTCAAAAT-TCATTTTAGATTGAATTCTTTCTAAATTATT
*
12672 GGTT-AGAACATATTATAATTGAATGTCTGCCTTGGAAAACATGA
128 GGTTAAG-ACAGATTATAATTGAATGTCTGCCTTGGAAAACATGA
* *
12716 AGAGAAAAGAATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGTCTTA
1 AGA-AAAAGAATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTAAAAACTCTTA
12779 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 182, Mismatches: 43, Indels: 17
0.75 0.18 0.07
Matches are distributed among these distances:
170 24 0.13
171 105 0.58
172 53 0.29
ACGTcount: A:0.35, C:0.14, G:0.13, T:0.35
Consensus pattern (171 bp):
AGAAAAAGAATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTAAAAACTCTTATTA
CTCACATTAAATAGTCTTATAAACTCAAAATTCATTTTAGATTGAATTCTTTCTAAATTATTGGT
TAAGACAGATTATAATTGAATGTCTGCCTTGGAAAACATGA
Found at i:12976 original size:172 final size:159
Alignment explanation
Indices: 12797--13131 Score: 345
Period size: 171 Copynumber: 2.0 Consensus size: 159
12787 NNNNNNNNNT
*
12797 TTTATAATCTCAAAATTAATTTTAAGTTGAATTTGTTTTACATTATTTA-TTAAAAAAAATTATA
1 TTTATAATCTCAAAATTAATTTCAAGTTGAATTTG-TTTACATT-TTTAGTTAAAAAAAATTATA
*
12861 ATTGAATGTCTACA-CTAAGAAACGTGAAGAAAAAGACATTCATT-ATCAAGAAAAG-TCTATTT
64 ATTGAATGTCTA-AGCTAAGAAACATGAAGAAAAAGACATTCATTGAT-AAG-AAAGCT-TATTT
**
12923 ATAGTCACTTATACCTTTAAAAGCCTTATTACTCGC
125 ATAGTCACCCATACCTTT-AAAGCCTTATTACTCGC
* ** *
12959 TNNNNNNNNNNTTATAATCTCAAAATTGATTTCAAGTTTTATTTGTTTACATTTTTAGTTAAAAT
1 T----------TTATAATCTCAAAATTAATTTCAAGTTGAATTTGTTTACATTTTTAGTTAAAAA
* * * * *
13024 ATATTATAATTGAATGTCTAAGTTGAGAAACATGAAGAAAAAGGCATTCATTGGTAAGAAAGCTT
56 AAATTATAATTGAATGTCTAAGCTAAGAAACATGAAGAAAAAGACATTCATTGATAAGAAAGCTT
* * *
13089 ATTTATAGTCACCCATTCCTTTCAAGCCTTATTACTCAC
121 ATTTATAGTCACCCATACCTTTAAAGCCTTATTACTCGC
13128 TTTA
1 TTTA
13132 AATAGTTTNN
Statistics
Matches: 143, Mismatches: 16, Indels: 31
0.75 0.08 0.16
Matches are distributed among these distances:
159 3 0.02
162 1 0.01
169 16 0.11
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171 63 0.44
172 31 0.22
ACGTcount: A:0.37, C:0.12, G:0.10, T:0.38
Consensus pattern (159 bp):
TTTATAATCTCAAAATTAATTTCAAGTTGAATTTGTTTACATTTTTAGTTAAAAAAAATTATAAT
TGAATGTCTAAGCTAAGAAACATGAAGAAAAAGACATTCATTGATAAGAAAGCTTATTTATAGTC
ACCCATACCTTTAAAGCCTTATTACTCGC
Found at i:14117 original size:170 final size:171
Alignment explanation
Indices: 13778--14961 Score: 1080
Period size: 171 Copynumber: 6.9 Consensus size: 171
13768 NNNNNNNNNN
* * * *
13778 TCATAATTGATTATAGGTTGAATTTTTTGA-AGTTTTTGGTTAGAACAGATTAAAATTGAATGTC
1 TCATAATTGATTTTAGTTTGAATTTTTTTACA-TTTTTGGTTAGAACAGATTATAATTGAATGTC
** * * * * *
13842 TGTCTTGGGAAA-TATGAAGAAAAAAGTATTTATTGACAACAAAAGC-CCATTTATAGTCACCCA
65 TACCTTGAGAAACGA-GAAGAAAAAGGTATTCATTGACAAGAAAA-CTCCATTTATAGTCACCCA
* * * **
13905 TTCCTTCAAAAGCCTCATTACTCACATTAAATGACTTTATAATC
128 TTCCTTTAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATC
* *
13949 TCATAATTTATTTTAGATTGAATTTTTTTACATGTTTT-GTTAGAACAGATTATAATTGAATGTC
1 TCATAATTGATTTTAGTTTGAATTTTTTTACAT-TTTTGGTTAGAACAGATTATAATTGAATGTC
* *
14013 TACCTTGAGAAACGAGAAG-AAAAGGTATTCATTGGCAAGAAAACTCAATTTATAGTCACCCATT
65 TACCTTGAGAAACGAGAAGAAAAAGGTATTCATTGACAAGAAAACTCCATTTATAGTCACCCATT
14077 CCTTTAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATC
130 CCTTTAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATC
* * ** * * *
14119 TCATAATTGATTTTAGGTTAAATTTTTTTGTATTTTTGATTATAACAAATTATAATTGAATGTC-
1 TCATAATTGATTTTAGTTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAGAACAGATTATAATTGAATGTCT
* * * * * * *
14183 AGTCTTGAAAAATGTGAAGAAAAAGGTATTCACTGGCAAGAAAAGC-CCATTTATAGTC-CTTCA
66 A-CCTTGAGAAACGAGAAGAAAAAGGTATTCATTGACAAGAAAA-CTCCATTTATAGTCAC-CCA
* *
14246 TT-CTTTCAAAAGCCTTATTACTCACATTAAATGGCTTTATAATC
128 TTCCTTT-AAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATC
* * *
14290 TCATAATTGATTTTAGATTGAATTTTTTTACATTTTT--TTAGAACAAATTATAATTGAATGCCT
1 TCATAATTGATTTTAGTTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAGAACAGATTATAATTGAATGTCT
* * * * * * * *
14353 ACCCTAAGAAATGTGAAGAAAAAGGTATTCATTGATAAAAAAAAGTCTATTTATCA-TCACCCAT
66 ACCTTGAGAAACGAGAAGAAAAAGGTATTCATTGA-CAAGAAAACTCCATTTAT-AGTCACCCAT
* * * *
14417 TCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTGAAATGGATTTATAATA
129 TCCTTTAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATC
* * * * * *
14460 TCAAAATTGATTTTA-TTTAAATTTTTTGATATTTTTGGTTAGAACAGATTATAATTGATTATCT
1 TCATAATTGATTTTAGTTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAGAACAGATTATAATTGAATGTCT
* * * *
14524 ACCTTGGGAAAC-ATGAAGAAAAAGGTATTCCTTGACAAAAAAAAGC-CCATTTATAGTCGCCCA
66 ACCTTGAGAAACGA-GAAGAAAAAGGTATTCATTGAC-AAGAAAA-CTCCATTTATAGTCACCCA
* *
14587 TT-CTTTCAAAAGCCTTATTACTCATTTTAAATGATTTTATAATC
128 TTCCTTT-AAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATC
* * * *** *
14631 TTATAATTGACTTTA-TTCTGAATTCTTTGTACATTTTTAACTAAAACAGATTATAATTGAATGT
1 TCATAATTGATTTTAGTT-TGAATT-TTTTTACATTTTTGGTTAGAACAGATTATAATTGAATGT
** * * * * * * *
14695 CTACCTCAAGAAA-TAGAAAGAAAAATGCATTTATTGAAAATG-AAAGTCCATTTATAGTCACTC
64 CTACCTTGAGAAACGAG-AAGAAAAAGGTATTCATTGACAA-GAAAACTCCATTTATAGTCACCC
* * * *
14758 ATTCCTTCAAAAGCCTAATTACTCACTTTAAATCGTTTTAGAATC
127 ATTCCTTTAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATC
* * * * ** * * *
14803 TCAAAATTTATTTTAGTTTCAATTCATTGCACATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATCGAATGTT
1 TCATAATTGATTTTAGTTTGAATT-TTTTTACATTTTTGGTTAGAACAGATTATAATTGAATGTC
* ** * * * ** * * *
14868 TATCTCAAAAAACGTGAAGAAAAA--TACCTTTATTG-GTAGAAAAAGTCTATTTATAGTCACCT
65 TACCTTGAGAAACGAGAAGAAAAAGGTA--TTCATTGACAAG-AAAACTCCATTTATAGTCACCC
*
14930 ATTCCTTTAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAA
127 ATTCCTTTAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAA
14962 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 838, Mismatches: 139, Indels: 71
0.80 0.13 0.07
Matches are distributed among these distances:
169 74 0.09
170 217 0.26
171 295 0.35
172 189 0.23
173 63 0.08
ACGTcount: A:0.36, C:0.14, G:0.12, T:0.38
Consensus pattern (171 bp):
TCATAATTGATTTTAGTTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAGAACAGATTATAATTGAATGTCT
ACCTTGAGAAACGAGAAGAAAAAGGTATTCATTGACAAGAAAACTCCATTTATAGTCACCCATTC
CTTTAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATC
Found at i:14415 original size:341 final size:339
Alignment explanation
Indices: 13782--14866 Score: 1288
Period size: 341 Copynumber: 3.2 Consensus size: 339
13772 NNNNNNTCAT
* * * * *
13782 AATTGATTATAGGTTGAATTTTTTGAAGTTTTTGGTTAGAACAGATTAAAATTGAATGTCTGTCT
1 AATTGATTTTAGGTTAAATTTTTTGTA-TTTTTGGTTAGAACAGATTATAATTGAATGTCAGTCT
* * * * *
13847 TGGGAAATATGAAGAAAAAAGTATTTATTGACAACAAAAGCCCATTTATAGTCACCCATTCCTTC
65 TGGGAAATATGAAGAAAAAGGTATTCACTGACAAAAAAAGCCCATTTATAGTCACCCATTCTTTC
* *
13912 AAAAGCCTCATTACTCACATTAAATGACTTTATAATCTCATAATTTATTTTAGATTGAATTTTTT
130 AAAAGCCTTATTACTCACATTAAATGACTTTATAATCTCATAATTGATTTTAGATTGAATTTTTT
* * * *
13977 TACATGTTTTGTTAGAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACGAGAAG-AAAAGGTAT
195 TACAT-TTTTATTAGAACAGATTATAATTGAATGTCTACCCTAAGAAATG-GAAGAAAAAGGTAT
** * * *
14041 TCATTGGCAAGAAAACTCAATTTATAGTCACCCATTCCTTTAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAA
258 TCATTGAAAAAAAAAGTCAATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAA
*
14106 TGGTTTTATAATCTCAT
323 TGGTTTTATAATCTCAA
* * *
14123 AATTGATTTTAGGTTAAATTTTTTTGTATTTTTGATTATAACAAATTATAATTGAATGTCAGTCT
1 AATTGATTTTAGGTTAAA-TTTTTTGTATTTTTGGTTAGAACAGATTATAATTGAATGTCAGTCT
** * * * *
14188 TGAAAAATGTGAAGAAAAAGGTATTCACTGGCAAGAAAAGCCCATTTATAGTC-CTTCATTCTTT
65 TGGGAAATATGAAGAAAAAGGTATTCACTGACAAAAAAAGCCCATTTATAGTCAC-CCATTCTTT
*
14252 CAAAAGCCTTATTACTCACATTAAATGGCTTTATAATCTCATAATTGATTTTAGATTGAATTTTT
129 CAAAAGCCTTATTACTCACATTAAATGACTTTATAATCTCATAATTGATTTTAGATTGAATTTTT
* *
14317 TTACATTTTT-TTAGAACAAATTATAATTGAATGCCTACCCTAAGAAATGTGAAGAAAAAGGTAT
194 TTACATTTTTATTAGAACAGATTATAATTGAATGTCTACCCTAAGAAATG-GAAGAAAAAGGTAT
* *
14381 TCATTGATAAAAAAAAGTCTATTTATCA-TCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTGA
258 TCATTGA-AAAAAAAAGTCAATTTAT-AGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTA
* *
14445 AATGGATTTATAATATCAA
321 AATGGTTTTATAATCTCAA
* * * *
14464 AATTGATTTTA-TTTAAATTTTTTGATATTTTTGGTTAGAACAGATTATAATTGATTATCTA-CC
1 AATTGATTTTAGGTTAAATTTTTTG-TATTTTTGGTTAGAACAGATTATAATTGAATGTC-AGTC
* *
14527 TTGGGAAACATGAAGAAAAAGGTATTC-CTTGACAAAAAAAAGCCCATTTATAGTCGCCCATTCT
64 TTGGGAAATATGAAGAAAAAGGTATTCAC-TGAC-AAAAAAAGCCCATTTATAGTCACCCATTCT
** * * * *
14591 TTCAAAAGCCTTATTACTCATTTTAAATGATTTTATAATCTTATAATTGACTTTA-TTCTGAATT
127 TTCAAAAGCCTTATTACTCACATTAAATGACTTTATAATCTCATAATTGATTTTAGAT-TGAATT
* * * *
14655 CTTTGTACATTTTTAACTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTA-CCTCAAGAAATAGAAAGAAAA
191 -TTTTTACATTTTT-ATTAGAACAGATTATAATTGAATGTCTACCCT-AAGAAAT-GGAAGAAAA
* * * ** * * *
14719 ATGCATTTATTGAAAATGAAAGTCCATTTATAGTCACTCATTCCTTCAAAAGCCTAATTACTCAC
252 AGGTATTCATTGAAAAAAAAAGTCAATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCAC
* *
14784 TTTAAATCGTTTTAGAATCTCAA
317 TTTAAATGGTTTTATAATCTCAA
* * * ** * * *
14807 AATTTATTTTAGTTTCAATTCATTGCACATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATCGAATGT
1 AATTGATTTTAGGTTAAATTTTTTG--TATTTTTGGTTAGAACAGATTATAATTGAATGT
14867 TTATCTCAAA
Statistics
Matches: 639, Mismatches: 86, Indels: 34
0.84 0.11 0.04
Matches are distributed among these distances:
339 46 0.07
340 82 0.13
341 325 0.51
342 23 0.04
343 76 0.12
344 57 0.09
345 30 0.05
ACGTcount: A:0.36, C:0.14, G:0.12, T:0.38
Consensus pattern (339 bp):
AATTGATTTTAGGTTAAATTTTTTGTATTTTTGGTTAGAACAGATTATAATTGAATGTCAGTCTT
GGGAAATATGAAGAAAAAGGTATTCACTGACAAAAAAAGCCCATTTATAGTCACCCATTCTTTCA
AAAGCCTTATTACTCACATTAAATGACTTTATAATCTCATAATTGATTTTAGATTGAATTTTTTT
ACATTTTTATTAGAACAGATTATAATTGAATGTCTACCCTAAGAAATGGAAGAAAAAGGTATTCA
TTGAAAAAAAAAGTCAATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGG
TTTTATAATCTCAA
Found at i:16209 original size:171 final size:169
Alignment explanation
Indices: 15673--16217 Score: 506
Period size: 171 Copynumber: 3.2 Consensus size: 169
15663 NNNNNNNNNN
* * *
15673 TTACTCACTTTAAATGGTTTTACAATCTCATAATTGATTTTAGGTTGAATTTTTGAAGTTTTTGG
1 TTACTCACATTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAGGTTGAATTTTTTAA-TTTTTGG
* * * * *
15738 TTAGAACAGATTAAAATTGAATGTCTGTCTTGAGAAACAAGAAGAAAAAAGTATTCATTGACAAC
65 TTAGAACAGATTATAATTGAATGTCAGTCTTGAGAAACAAGAAGAAAAAGGTATTCATTGGCAAG
*
15803 AAAAGCCTATTTATAGTCACCCATT-TCTTCAAAAGCCTTA
130 AAAAGCCCATTTATAGTCACCCATTCT-TTCAAAAGCCTTA
********** * *
15843 TTACTCACATTAAATGGNNNNNNNNNNTCATAATTTATTTTAGATTGAATTTTTTTACATGTTTT
1 TTACTCACATTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAGGTTGAA-TTTTTTA-AT-TTTT
* *
15908 -GTTAGAATAGATTATAATTGAATGTCTA-CCTTGAGAAACAAGAAGAAAAAGGTATTCATTGGC
63 GGTTAGAACAGATTATAATTGAATGTC-AGTCTTGAGAAACAAGAAGAAAAAGGTATTCATTGGC
** *
15971 AAGAAAAATCCATTTATAGTCACCCATTCCTTT-AAAAGCCTTN
127 AAGAAAAGCCCATTTATAGTCACCCATT-CTTTCAAAAGCCTTA
*************** *
16014 NNNNNNNNNNNNNNNGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAGGTTAAATGTTTTTATATTTTTG
1 TTACTCACATTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAGGTTGAAT-TTTTTA-ATTTTTG
* * * * *
16079 GTTATAACAAATTATAATTGAATGTCAGTCTTGA-AAATTATGAAGAAAAAGGTATTCACTGGCA
64 GTTAGAACAGATTATAATTGAATGTCAGTCTTGAGAAA-CAAGAAGAAAAAGGTATTCATTGGCA
***
16143 AGAAAAGCCCATTTATAGTCTTTCATTCTTTCAAAAGCCTTA
128 AGAAAAGCCCATTTATAGTCACCCATTCTTTCAAAAGCCTTA
*
16185 TTACTCACATTAAATGGCTTTATAATCTCATAA
1 TTACTCACATTAAATGGTTTTATAATCTCATAA
16218 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 281, Mismatches: 83, Indels: 21
0.73 0.22 0.05
Matches are distributed among these distances:
170 49 0.17
171 224 0.80
172 7 0.02
173 1 0.00
ACGTcount: A:0.34, C:0.12, G:0.13, T:0.36
Consensus pattern (169 bp):
TTACTCACATTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAGGTTGAATTTTTTAATTTTTGGT
TAGAACAGATTATAATTGAATGTCAGTCTTGAGAAACAAGAAGAAAAAGGTATTCATTGGCAAGA
AAAGCCCATTTATAGTCACCCATTCTTTCAAAAGCCTTA
Found at i:17282 original size:170 final size:170
Alignment explanation
Indices: 16387--17341 Score: 543
Period size: 170 Copynumber: 5.6 Consensus size: 170
16377 NNNNNNNNNN
* * * * **
16387 AAAGCCTTATTACTCAC-TTGAAATGGATTTATAATATCAAAATTGATTTTATTTTGAATTTTTT
1 AAAGCCTTATTACTCACATT-AAATAGCTTTATAATCTCATAATTGATTTTAGATTGAATTTTTT
* * * * * * ** * *
16451 GATATTTTTAGTTAGAACAGATTATAATTGAATATCTACCTTGGGAAATATGAAGAAAAAGGTAT
65 TATATTTTTGGCTA-AACAGATTACAATTGAATGTCTGCCTTGAAAAACAAGAAGAAAAAGGTAT
* * * *
16516 TCCTTGATAAAAAAAGCCTATTTATAGTCGCCCATTCTTTCA
129 TCATTGACAAAAAAAGCATATTTATAGTCACCCATTCTTTCA
** ** * ** *
16558 AAAGCCTTATTACTCATTTTAAATAATTTTATAATCTCATAATTGACTTTATTTTGAATTCTTTG
1 AAAGCCTTATTACTCACATTAAATAGCTTTATAATCTCATAATTGATTTTAGATTGAATT-TTTT
* ** * * * * * *
16623 TACATTTTTAACTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTCGAGAAAC-AGAAAGAAAAATGCA
65 TATATTTTTGGCT-AAACAGATTACAATTGAATGTCTGCCTTGAAAAACAAG-AAGAAAAAGGTA
* * * *
16687 TTTATTGA-AAATAAAAGTC-CA-TT-TAGTCACTCATTCCTTCA
128 TTCATTGACAAA-AAAAG-CATATTTATAGTCACCCATTCTTTCA
* * ** * * * ********** *
16728 AAAGCCTAATTATTCATTTTAAATCGTTTTATAATCTCAAAATTGATTNNNNNNNNNNTTCTTTG
1 AAAGCCTTATTACTCACATTAAATAGCTTTATAATCTCATAATTGATTTTAGATTGAATT-TTTT
* * * * * ** **
16793 TACATTTTTTGTTAAAGCAGATTATAATCGAATGT-T-CATCTCAAAAAACGTGAAGAAAAA--T
65 TATATTTTTGGCTAAA-CAGATTACAATTGAATGTCTGC--CTTGAAAAACAAGAAGAAAAAGGT
* ** * * *
16854 ACCTTTATTGGTAGAAAAAGTCA-ATTTATAATCACCTATTCCTTT-A
127 A--TTCATTGACAAAAAAAG-CATATTTATAGTCACCCATT-CTTTCA
********** * * * * * *
16900 AAAGCCTTATTNNNNNNNNNNAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTCTAGGTTCAATTGTTTT
1 AAAGCCTTATTACTCACATTAAATAGCTTTATAATCTCATAATTGATTTTAGATTGAATTTTTTT
* * **
16965 ATATTTTTGGCTAGAACAGATTAGAATTGAATATCTGCCTTGAAAAACTTGAAGAAAAAGGTATT
66 ATATTTTTGGCTA-AACAGATTACAATTGAATGTCTGCCTTGAAAAACAAGAAGAAAAAGGTATT
* * *
17030 CATTGGCAAAAAAAGCCTATTTATTGTCACCCATTCTTTCA
130 CATTGACAAAAAAAGCATATTTATAGTCACCCATTCTTTCA
* *
17071 AAAGCCTTATTACTCACTTTAAATAGCTTTATAAGCTCATAATTGATTTTAGATTGAATTTTTTT
1 AAAGCCTTATTACTCACATTAAATAGCTTTATAATCTCATAATTGATTTTAGATTGAATTTTTTT
* * * * ** * *
17136 ACATTTTT-GTTAAACCATATTATAATTGAATGTCTGCCTTGGGAAACAAGGAGAAAGAGGTATT
66 ATATTTTTGGCTAAA-CAGATTACAATTGAATGTCTGCCTTGAAAAACAAGAAGAAAAAGGTATT
* * * *
17200 CATTGACAAGAATAGTATATTTATAGTCATCCATTTCTTT-A
130 CATTGACAAAAAAAGCATATTTATAGTCACCCA-TTCTTTCA
**********
17241 AAAGCCTTATTACTCACATTANNNNNNNNNNTAATCTCATAATTGATTTTAGATTGAATTTTTTT
1 AAAGCCTTATTACTCACATTAAATAGCTTTATAATCTCATAATTGATTTTAGATTGAATTTTTTT
*
17306 ATATTTTTGGCTAGAGCAGATTACAATTGAATGTCT
66 ATATTTTTGGCTA-AACAGATTACAATTGAATGTCT
17342 AACCTAAGAA
Statistics
Matches: 608, Mismatches: 148, Indels: 56
0.75 0.18 0.07
Matches are distributed among these distances:
168 2 0.00
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173 8 0.01
ACGTcount: A:0.34, C:0.13, G:0.12, T:0.38
Consensus pattern (170 bp):
AAAGCCTTATTACTCACATTAAATAGCTTTATAATCTCATAATTGATTTTAGATTGAATTTTTTT
ATATTTTTGGCTAAACAGATTACAATTGAATGTCTGCCTTGAAAAACAAGAAGAAAAAGGTATTC
ATTGACAAAAAAAGCATATTTATAGTCACCCATTCTTTCA
Found at i:19280 original size:171 final size:170
Alignment explanation
Indices: 18787--19613 Score: 709
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18777 TGGTCTAACT
* * * *
18787 AAAAAAGTA-AAAAAAATTCAATCTAAAATGAAATATGAGATTATAAAGCCATTTAATGTTAGTA
1 AAAAAA-TATAAAAAAATTCAATCTAAAATCAATTATAAGATTATAAAGCCATTTAATGTGAGTA
** * * * * *
18851 ATAAGATTTTTTAAGTAATGGGTGACTATAAATAGGCTTTTCTTGACAATGAATATTTTTTTCTT
65 ATAAGGCTTTTGAAGAAAT-GGTGACTATAAATGGGCTTTTCTTGCCAATGAATA-CTTTTTCTT
********** * *
18916 CATGTTTCCCAAGG-CNNNNNNNNNNTTATAATTTGTTCTAAC
128 CATGTTTCCCAAGGCCAGACATTCAATTATAATCTGTTCTAGC
* ** * * * *
18958 TAAAAATATAAAAAAATT-AAAATAAAATCAATTTTGATATTATAAATCCATTTCAA-GTGAGTA
1 AAAAAATATAAAAAAATTCAATCTAAAATCAATTATAAGATTATAAAGCCATTT-AATGTGAGTA
* * * ** *
19021 ATAAGGCTTGTGAAGGAATGGGTGA-TGATAAATAGAG-TTTTCTTATCAATGAATACCTTTTTT
65 ATAAGGCTTTTGAAGAAAT-GGTGACT-ATAAAT-GGGCTTTTCTTGCCAATGAATA-CTTTTTC
* ** ** **
19084 TTGACATTT-CTTAGGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTCTAGC
126 TTCATGTTTCCCAAGGCCAGACATTCAATTATAATCTGTTCTAGC
**********
19128 AAAAAATATAAAAAAATTCAATCTAAAATCAATTANNNNNNNNNNAAGCCATTTAATGTGAGTAA
1 AAAAAATATAAAAAAATTCAATCTAAAATCAATTATAAGATTATAAAGCCATTTAATGTGAGTAA
* * * *
19193 TAAGGCTTTTGAAGAAATGAATGACTATAAATGGGTTTTTCTTGCCAGTGAATATCTTTTACTTC
66 TAAGGCTTTTGAAGAAATG-GTGACTATAAATGGGCTTTTCTTGCCAATGAATA-CTTTTTCTTC
* *
19258 ATGTTTCCCAAGGCCA-ACATTCAATTATAATTTGTTCTAAC
129 ATGTTTCCCAAGGCCAGACATTCAATTATAATCTGTTCTAGC
* * * * ** * *
19299 CAAAAATACAAAAAAGTTCAACCTAAAATCAATTATAAGATTATAAAATCATTTAAAGTGAATAA
1 AAAAAATATAAAAAAATTCAATCTAAAATCAATTATAAGATTATAAAGCCATTTAATGTGAGTAA
* * * * * * *
19364 TAAGGTTTTTAAAGGAATTGGTGGCTATAAATGGACTTTTCTTGTCAACGAATACCTTTTTCTTC
66 TAAGGCTTTTGAA-GAAATGGTGACTATAAATGGGCTTTTCTTGCCAATGAATA-CTTTTTCTTC
* ** *
19429 TTGTTTTTCAAGG-TAGACATTCAATTATAATCTGTTCTAGC
129 ATGTTTCCCAAGGCCAGACATTCAATTATAATCTGTTCTAGC
* * *
19470 AAAACATCTAAAAAAATTCAATCTAAAATAAATTATAAGATTATAAAGCCATTTAATGTGAGTAA
1 AAAAAATATAAAAAAATTCAATCTAAAATCAATTATAAGATTATAAAGCCATTTAATGTGAGTAA
* *
19535 TAAGGCTTTTGAAGGAATGTGTGACTATAAATGGGCTTTTGTTGCCAATGAATACTTTTTTCTTC
66 TAAGGCTTTTGAAGAAATG-GTGACTATAAATGGGCTTTTCTTGCCAATGAATAC-TTTTTCTTC
*
19600 ATATTTCCCAAGGC
129 ATGTTTCCCAAGGC
19614 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 507, Mismatches: 133, Indels: 31
0.76 0.20 0.05
Matches are distributed among these distances:
169 5 0.01
170 132 0.26
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172 11 0.02
ACGTcount: A:0.38, C:0.11, G:0.13, T:0.35
Consensus pattern (170 bp):
AAAAAATATAAAAAAATTCAATCTAAAATCAATTATAAGATTATAAAGCCATTTAATGTGAGTAA
TAAGGCTTTTGAAGAAATGGTGACTATAAATGGGCTTTTCTTGCCAATGAATACTTTTTCTTCAT
GTTTCCCAAGGCCAGACATTCAATTATAATCTGTTCTAGC
Found at i:19497 original size:342 final size:340
Alignment explanation
Indices: 18787--19613 Score: 955
Period size: 342 Copynumber: 2.4 Consensus size: 340
18777 TGGTCTAACT
* *
18787 AAAAAAGTA-AAAAAAATTCAATCTAAAATGAAA-TATGAGATTATAAAGCCATTTAATGTTAGT
1 AAAAAA-TATAAAAAAATTCAATCTAAAAT-AAATTATAAGATTATAAAGCCATTTAATGTGAGT
** * * * * * *
18850 AATAAGATTTTTTAAGTAATGGGTGACTATAAATAGGCTTTTCTTGACAATGAATATTTTTTTCT
64 AATAAGGCTTTTGAAGAAATGAGTGACTATAAATGGGCTTTTCTTGCCAATGAATATCTTTTTCT
********** * *
18915 TCATGTTTCCCAAGGCNNNNNNNNNNTTATAATTTGTTCTAACTAAAAATATAAAAAAATTAAAA
129 TCATGTTTCCCAAGGCCAACATTCAATTATAATTTGTTCTAACCAAAAATACAAAAAAATTAAAA
* * * * * *
18980 TAAAATCAATTTTGATATTATAAATCCATTTCAAGTGAGTAATAAGGCTTGTGAAGGAATGGGTG
194 TAAAATCAATTATAAGATTATAAATCCATTTAAAGTGAATAATAAGGCTTGTAAAGGAATGGGTG
* * * *
19045 ATGATAAATAGAGTTTTCTTATCAATGAATACCTTTTTTTTGACATTTCTTAGGGTAGACATTCA
259 ATGATAAATAGACTTTTCTTATCAACGAATACCTTTTTCTT-ACATTTCTTAAGGTAGACATTCA
19110 ATTATAATCTGTTCTAGC
323 ATTATAATCTGTTCTAGC
* **********
19128 AAAAAATATAAAAAAATTCAATCTAAAATCAATTANNNNNNNNNNAAGCCATTTAATGTGAGTAA
1 AAAAAATATAAAAAAATTCAATCTAAAATAAATTATAAGATTATAAAGCCATTTAATGTGAGTAA
* * * *
19193 TAAGGCTTTTGAAGAAATGAATGACTATAAATGGGTTTTTCTTGCCAGTGAATATCTTTTACTTC
66 TAAGGCTTTTGAAGAAATGAGTGACTATAAATGGGCTTTTCTTGCCAATGAATATCTTTTTCTTC
* **
19258 ATGTTTCCCAAGGCCAACATTCAATTATAATTTGTTCTAACCAAAAATACAAAAAAGTTCAACCT
131 ATGTTTCCCAAGGCCAACATTCAATTATAATTTGTTCTAACCAAAAATACAAAAAAATT-AAAAT
* * *
19323 AAAATCAATTATAAGATTATAAAAT-CATTTAAAGTGAATAATAAGGTTTTTAAAGGAATTGGTG
195 AAAATCAATTATAAGATTAT-AAATCCATTTAAAGTGAATAATAAGGCTTGTAAAGGAATGGGT-
* * * * *
19387 GCT-ATAAATGGACTTTTCTTGTCAACGAATACCTTTTTCTT-CTTGTTTTTCAAGGTAGACATT
258 GATGATAAATAGACTTTTCTTATCAACGAATACCTTTTTCTTACAT-TTCTT-AAGGTAGACATT
19450 CAATTATAATCTGTTCTAGC
321 CAATTATAATCTGTTCTAGC
* *
19470 AAAACATCTAAAAAAATTCAATCTAAAATAAATTATAAGATTATAAAGCCATTTAATGTGAGTAA
1 AAAAAATATAAAAAAATTCAATCTAAAATAAATTATAAGATTATAAAGCCATTTAATGTGAGTAA
* * *
19535 TAAGGCTTTTGAAGGAATGTGTGACTATAAATGGGCTTTTGTTGCCAATGAATA-CTTTTTTCTT
66 TAAGGCTTTTGAAGAAATGAGTGACTATAAATGGGCTTTTCTTGCCAATGAATATC-TTTTTCTT
*
19599 CATATTTCCCAAGGC
130 CATGTTTCCCAAGGC
19614 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 400, Mismatches: 78, Indels: 15
0.81 0.16 0.03
Matches are distributed among these distances:
340 6 0.01
341 151 0.38
342 237 0.59
343 6 0.01
ACGTcount: A:0.38, C:0.11, G:0.13, T:0.35
Consensus pattern (340 bp):
AAAAAATATAAAAAAATTCAATCTAAAATAAATTATAAGATTATAAAGCCATTTAATGTGAGTAA
TAAGGCTTTTGAAGAAATGAGTGACTATAAATGGGCTTTTCTTGCCAATGAATATCTTTTTCTTC
ATGTTTCCCAAGGCCAACATTCAATTATAATTTGTTCTAACCAAAAATACAAAAAAATTAAAATA
AAATCAATTATAAGATTATAAATCCATTTAAAGTGAATAATAAGGCTTGTAAAGGAATGGGTGAT
GATAAATAGACTTTTCTTATCAACGAATACCTTTTTCTTACATTTCTTAAGGTAGACATTCAATT
ATAATCTGTTCTAGC
Found at i:20129 original size:172 final size:169
Alignment explanation
Indices: 19729--21834 Score: 1762
Period size: 172 Copynumber: 12.3 Consensus size: 169
19719 NNNNNNNNNN
* * * *
19729 AGATTGTAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTAAAGGAATGGGCGACCATAAATGGGCT
1 AGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTT-AAGGAATGGGTGACTATAAATGGACT
* * * * * *
19794 TTTATT-ACCAGTGAATGCCTATTTCTTCATGTTTCTCGAGATAGATATTCAATTATAATCTGTT
65 TTTCTTGA-CAATGAATGCCTTTTTCTTCATGTTTCTCAAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTT
* * * *
19858 TTAACAAAAAATGTAAAAAAAAATTCAACCTAAAATCAATTATN
129 TAAAC-AAAAATGT--AAAAAAATTCAAACTAAAATCAATTTTG
********* ** * *
19902 NNNNNNNNNAACCATTTAAAACGAGTAATAAGGCTTTTCAAGGAATGGATGACTATAAATGAACT
1 AGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTT-AAGGAATGGGTGACTATAAATGGACT
** * * *
19967 TTTCTTGACAATGAATGTATTTTTTTTCATGTTTCTCGAGGTAGACAGTCAATTATAATCTGTTT
65 TTTCTTGACAATGAATGCCTTTTTCTTCATGTTTCTCAAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTT
* * *
20032 AAACAAAATATGTATAAAGAATTCAAACTAAAATTAATTTTT
130 AAACAAAA-ATGTA-AAAAAATTCAAACTAAAATCAATTTTG
* * * *
20074 AGATTAGAAAACCATTTAAAAG-AAGTAATATGGCTTTTAATGGAATGGGTGACTATAAATGGAG
1 AGATTATAAAACCATTT-AAAGTGAGTAATAAGGCTTTTAA-GGAATGGGTGACTATAAATGGAC
* *
20138 TTTTCTTG-CAAATAAATACCTTTTTCTTCCCAT-TTTCT-AAGGTAGACATTCAATTATAATCT
64 TTTTCTTGAC-AATGAATGCCTTTTTCTT--CATGTTTCTCAAGGTAGACATTCAATTATAATCT
* * *
20200 GTTCT-AACTAAAAACCT-TCAAAAAATTCAACCTAAAATCAATTATG
126 GTT-TAAAC-AAAAA--TGTAAAAAAATTCAAACTAAAATCAATTTTG
* * * * * * *
20246 AGATTGTAAAACTATTTAAAGTGACTAATAAGGCTTTAAAGGAATAGGTGACCATAAATGGGCTT
1 AGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTT
* * * *
20311 TCCTT-ACCAATGAATGCCTTTTTCTT-ATGTTTCTCAAGGTAGACATTTAATTATAATATATTT
66 TTCTTGA-CAATGAATGCCTTTTTCTTCATGTTTCTCAAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTT
* * * *
20374 TAACTAAAAATATAAACAAAATT-GAACTTAAAATTAATTTTG
130 AAAC-AAAAATGTAAA-AAAATTCAAAC-TAAAATCAATTTTG
* * * * * * * **
20416 AAATTATAAAACTATTTAGAGCGAGTAATAAGACTTTTGAAAGTATAAGTGACTATAAATGGACT
1 AGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTT-AAGGAATGGGTGACTATAAATGGACT
* * * * * *
20481 TTTCTTGATAATGAATGCCTTTTCCTTCACGTTTCTTAATGTAGACATTCAATTATAATATGTTT
65 TTTCTTGACAATGAATGCCTTTTTCTTCATGTTTCTCAAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTT
* * * *
20546 TAATAGAAAATATAAAAAAAAATC-AACTTAAAATCAATTTTG
130 AAACA-AAAATGT-AAAAAAATTCAAAC-TAAAATCAATTTTG
* * * * *
20588 AGATTATAAAATCATTTAAAGTGAGTAATAAGACTTTAGAATGAATGGGT-AGCTATAAA-GGGC
1 AGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTT-TAAGGAATGGGTGA-CTATAAATGGAC
* * * * *
20651 TTTTCTTGCCAATGAATTCTTTTTTCTTCACGTTT-TCTAAGGCAGACATTCAATTATAATCTGT
64 TTTTCTTGACAATGAATGCCTTTTTCTTCATGTTTCTC-AAGGTAGACATTCAATTATAATCTG-
* * * * *
20715 TTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAAATTAAAATGAAATATG
127 TTTAAACAAAAATGTAAAAAAATTCAAACTAAAATCAATTTTG
* * * *
20758 AGATTATAAAGCCATTTAATGTGAGTAATAAGGATTTTAAAGGAATGGGTGATTATAAATGGA-T
1 AGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTT-AAGGAATGGGTGACTATAAATGGACT
* * * * *
20822 TTTTTTGGTCAATAAATGCCTTTTTCTTCATATTT-TCCAAGATAGACATTCAATTATAATCTGT
65 TTTCTT-GACAATGAATGCCTTTTTCTTCATGTTTCT-CAAGGTAGACATTCAATTATAATCTGT
*
20886 CTT-AACTAAAAATGTATAAATAATTCAAACTAAAATCAATTTTG
128 -TTAAAC-AAAAATGTA-AAAAAATTCAAACTAAAATCAATTTTG
** * * *
20930 ACTTTATAAGACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAAGAAT-GG-GACTATAAAAT-AAC
1 AGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTT-AAGGAATGGGTGACTAT-AAATGGAC
* * * * *
20992 TTTTCTTG-CTAATGAATATCC-TTTTCTTCACGTTTCTAAAGGCAGACATTCAATTGTAATCTG
64 TTTTCTTGAC-AATGAAT-GCCTTTTTCTTCATGTTTCTCAAGGTAGACATTCAATTATAATCTG
** * * ** **
21055 TTCTAGCCAAAAATATAAAACGAATTCAATTTAAAATCAATTAGG
127 TT-TAAACAAAAATGTAAAA-AAATTCAAACTAAAATCAATTTTG
* * * *
21100 AGATTATAAAGCCATTTAATGTGAGTAATAAGGCTTTTAAAGGAATGGATGACTATAAATAGACT
1 AGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTT-AAGGAATGGGTGACTATAAATGGACT
* * * ** * ** *
21165 TATCTT-ACCAATGAATGCCTTTTTGTTTATGTTTCTTGAGGTAGATATTCAATTATAGCCTATT
65 TTTCTTGA-CAATGAATGCCTTTTTCTTCATGTTTCTCAAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTT
* * * *
21229 TTAACTAAAAATGTACAAAGAATACAAACTAAAATTAATTTTG
129 TAAAC-AAAAATGTA-AAAAAATTCAAACTAAAATCAATTTTG
* * *
21272 AGACTATAAAACTATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTAAGGAAATAGGTGACTATAAATGGACT
1 AGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTAAGG-AATGGGTGACTATAAATGGACT
* * * * * *
21337 TTTCTTGCCAATGAATGCTTTTTTCTTCAAGTTGCTTAAGGAAGACATTCAATTATAATCTGTTT
65 TTTCTTGACAATGAATGCCTTTTTCTTCATGTTTCTCAAGGTAGACATTCAATTATAATCTG-TT
* * *
21402 TAACCAAAAATGTACAAAGAATTTAAACTAAAATCAATTTTG
129 TAAACAAAAATGTA-AAAAAATTCAAACTAAAATCAATTTTG
* * * *
21444 AGATTATAAATCTATTTAAACTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGAACT
1 AGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTT-AAGGAATGGGTGACTATAAATGGACT
* * * ** * * * * *
21509 TTTATTGTCAATAAATGTATTTTTCTTCACGTTTCTCTAGGTAGGCAATCAATTATAATCTATTT
65 TTTCTTGACAATGAATGCCTTTTTCTTCATGTTTCTCAAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTT
* *
21574 -AACTAAAAATGTCCAAAGAATTCAAACTAAAATCAATTTTG
130 AAAC-AAAAATGT-AAAAAAATTCAAACTAAAATCAATTTTG
* * * * * ** * *
21615 AGATTATTAAACTAGTTAAAGTGAGTAGTAAGGCTTCTGAAAAAATGTGTGACTATAAATAGACT
1 AGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTT-TTAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACT
* * ** * * * * * *
21680 TTTATTGCCAACAAATGCATTTTCCTTTC-TGTTTC-CTGAGATAGACAATCAATTAAAATCTGT
65 TTTCTTGACAATGAATGCCTTTTTC-TTCATGTTTCTC-AAGGTAGACATTCAATTATAATCTGT
** * * * * *
21743 ATTAGTCAAAAATGTTGAAAGAATTTAAAATAAAGTCAATTTTG
128 -TTAAACAAAAATG-TAAAAAAATTCAAACTAAAATCAATTTTG
* * *
21787 AGATTATAAAGCCATTTAAAGTGTGTATTAAGGCTTTTGAAGGAATGG
1 AGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTT-AAGGAATGG
21835 TGANNNNNNN
Statistics
Matches: 1564, Mismatches: 300, Indels: 139
0.78 0.15 0.07
Matches are distributed among these distances:
168 3 0.00
169 16 0.01
170 278 0.18
171 383 0.24
172 738 0.47
173 141 0.09
174 5 0.00
ACGTcount: A:0.39, C:0.11, G:0.14, T:0.35
Consensus pattern (169 bp):
AGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTT
TTCTTGACAATGAATGCCTTTTTCTTCATGTTTCTCAAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTA
AACAAAAATGTAAAAAAATTCAAACTAAAATCAATTTTG
Found at i:20470 original size:342 final size:341
Alignment explanation
Indices: 19729--21690 Score: 1627
Period size: 342 Copynumber: 5.7 Consensus size: 341
19719 NNNNNNNNNN
* * * * * * * * *
19729 AGATTGTAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTAAAGGAATGGGCGACCATAAATGGGCT
1 AGATTATAAAGCCATTTAATGCGAGTAATAAGACTTTTAAA-GAATAGGTGACTATAAATGGACT
* * * * * * * *
19794 TTTATTACCAGTGAATGCCTATTTCTT--CATGTTTCTCGAGATAGATATTCAATTATAATCTGT
65 TTTCTT-GCAATAAATGCCTTTTTCTTCACAT-TTTCT-AAGGTAGACATTCAATTATAATCTGT
* * * * * ********** *
19857 TTTAACAAAAAATGTAAAAAAAAATTCAACCTAAAATCAATTATNNNNNNNNNNAACCATTTAAA
127 TCTAACTAAAAATGT-ACAAAAAATTCAAACTAAAATCAATTTTGAGATTATAAAACTATTTAAA
** * * * **
19922 ACGAGTAATAAGGCTTTTCAAGGAAT-GGATGACTATAAATGAACTTTTCTTGACAATGAATGTA
191 GTGAGTAATAAGGC-TTTAAAGGAATAGG-TGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGCC
* * * * * * *
19986 TTTTTTTTCATGTTTCTCGAGGTAGACAGTCAATTATAATCTG-TTTAAACAAAATATGTATAAA
254 TTTTTCTTCACGTTTCTCAAGGCAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAA-ATATA-AAA
* * * *
20050 -GAATTCAAAC-TAAAATTAATTTTT
317 CAAATTC-AACTTAAAATCAATTATG
* * * * * * * * *
20074 AGATTAGAAAACCATTTAAAAG-AAGTAATATGGCTTTTAATGGAATGGGTGACTATAAATGGAG
1 AGATTATAAAGCCATTT-AATGCGAGTAATAAGACTTTTAA-AGAATAGGTGACTATAAATGGAC
* *
20138 TTTTCTTGCAAATAAATACCTTTTTCTTCCCATTTTCTAAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTT
64 TTTTCTTGC-AATAAATGCCTTTTTCTTCACATTTTCTAAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTT
** * * * *
20203 CTAACTAAAAACCTTCAAAAAATTCAACCTAAAATCAATTATGAGATTGTAAAACTATTTAAAGT
128 CTAACTAAAAATGTACAAAAAATTCAAACTAAAATCAATTTTGAGATTATAAAACTATTTAAAGT
* * * * *
20268 GACTAATAAGGCTTTAAAGGAATAGGTGACCATAAATGGGCTTTCCTTACCAATGAATGCCTTTT
193 GAGTAATAAGGCTTTAAAGGAATAGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGCCTTTT
* * * * * *
20333 TCTT-ATGTTTCTCAAGGTAGACATTTAATTATAATATATTTTAACTAAAAATAT-AAACAAAAT
258 TCTTCACGTTTCTCAAGGCAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATATAAAAC-AAAT
* * *
20396 TGAACTTAAAATTAATTTTG
322 TCAACTTAAAATCAATTATG
* * * * *
20416 AAATTATAAAACTATTTAGA-GCGAGTAATAAGACTTTTGAAAGTATAAGTGACTATAAATGGAC
1 AGATTATAAAGCCATTTA-ATGCGAGTAATAAGACTTTT-AAAGAATAGGTGACTATAAATGGAC
* * * * * *
20480 TTTTCTTGATAATGAATGCCTTTTCCTTCAC-GTTTCTTAATGTAGACATTCAATTATAATATGT
64 TTTTCTTG-CAATAAATGCCTTTTTCTTCACATTTTC-TAAGGTAGACATTCAATTATAATCTGT
* * * *
20544 TTTAA-TAGAAAATATAAAAAAAAATC-AACTTAAAATCAATTTTGAGATTATAAAA-TCATTTA
127 TCTAACTA-AAAATGTACAAAAAATTCAAAC-TAAAATCAATTTTGAGATTATAAAACT-ATTTA
* * * * *
20606 AAGTGAGTAATAAGACTTTAGAATGAATGGGT-AGCTATAAA-GGGCTTTTCTTGCCAATGAATT
189 AAGTGAGTAATAAGGCTTTA-AAGGAATAGGTGA-CTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATG
* *
20669 CTTTTTTCTTCACGTTT-TCTAAGGCAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATGTAAA
252 CCTTTTTCTTCACGTTTCTC-AAGGCAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATATAAA
* * *
20733 A-AAATTCAAATTAAAATGAAATATG
316 ACAAATTCAACTTAAAATCAATTATG
* * *
20758 AGATTATAAAGCCATTTAATGTGAGTAATAAGGA-TTTTAAAGGAATGGGTGATTATAAATGGA-
1 AGATTATAAAGCCATTTAATGCGAGTAATAA-GACTTTTAAA-GAATAGGTGACTATAAATGGAC
* * * *
20821 TTTTTTTGGTCAATAAATGCCTTTTTCTTCATATTTTCCAAGATAGACATTCAATTATAATCTG-
64 TTTTCTT-G-CAATAAATGCCTTTTTCTTCACATTTTCTAAGGTAGACATTCAATTATAATCTGT
* * ** * *
20885 TCTTAACTAAAAATGTATAAATAATTCAAACTAAAATCAATTTTGACTTTATAAGACCATTTAAA
127 TC-TAACTAAAAATGTACAAAAAATTCAAACTAAAATCAATTTTGAGATTATAAAACTATTTAAA
* * *
20950 GTGAGTAATAAGGCTTTTGAAA-GAAT-GG-GACTATAAAAT-AACTTTTCTTGCTAATGAATAT
191 GTGAGTAATAAGGC-TTT-AAAGGAATAGGTGACTAT-AAATGGACTTTTCTTGCCAATGAAT-G
* * * *
21011 CC-TTTTCTTCACGTTTCTAAAGGCAGACATTCAATTGTAATCTGTTCTAGCCAAAAATATAAAA
252 CCTTTTTCTTCACGTTTCTCAAGGCAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATATAAAA
* * *
21075 CGAATTCAATTTAAAATCAATTAGG
317 CAAATTCAACTTAAAATCAATTATG
* * *
21100 AGATTATAAAGCCATTTAATGTGAGTAATAAGGCTTTTAAAGGAAT-GGATGACTATAAATAGAC
1 AGATTATAAAGCCATTTAATGCGAGTAATAAGACTTTTAAA-GAATAGG-TGACTATAAATGGAC
* * * * * * * ** *
21164 TTATCTTACCAATGAATGCCTTTTTGTT--TATGTTTCTTGAGGTAGATATTCAATTATAGCCTA
64 TTTTCTT-GCAATAAATGCCTTTTTCTTCACAT-TTTC-TAAGGTAGACATTCAATTATAATCTG
* * * * *
21227 TTTTAACTAAAAATGTACAAAGAATACAAACTAAAATTAATTTTGAGACTATAAAACTATTTAAA
126 TTCTAACTAAAAATGTACAAAAAATTCAAACTAAAATCAATTTTGAGATTATAAAACTATTTAAA
* *
21292 GTGAGTAATAAGGCTTTTAAGGAAATAGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGCTT
191 GTGAGTAATAAGGCTTTAAAGG-AATAGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGCCT
* * * * * *
21357 TTTTCTTCAAGTTGCTTAAGGAAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATGTACAAAGA
255 TTTTCTTCACGTTTCTCAAGGCAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATATA-AAACA
* * *
21422 ATTTAAAC-TAAAATCAATTTTG
319 AATTCAACTTAAAATCAATTATG
* * * * * * *
21444 AGATTATAAATCTATTTAA-ACTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGAAC
1 AGATTATAAAGCCATTTAATGC-GAGTAATAAGACTTTT-AAAGAATAGGTGACTATAAATGGAC
* ** * * * *
21508 TTTTATTGTCAATAAATGTATTTTTCTTCACGTTTCTCT-AGGTAGGCAATCAATTATAATCTAT
64 TTTTCTTG-CAATAAATGCCTTTTTCTTCACATTT-TCTAAGGTAGACATTCAATTATAATCTGT
* * * *
21572 T-TAACTAAAAATGTCCAAAGAATTCAAACTAAAATCAATTTTGAGATTATTAAACTAGTTAAAG
127 TCTAACTAAAAATGTACAAAAAATTCAAACTAAAATCAATTTTGAGATTATAAAACTATTTAAAG
* * * *
21636 TGAGTAGTAAGGCTTCTGAAA-AAAT-GTGTGACTATAAATAGACTTTTATTGCCAA
192 TGAGTAATAAGGCTT-T-AAAGGAATAG-GTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAA
21691 CAAATGCATT
Statistics
Matches: 1325, Mismatches: 229, Indels: 128
0.79 0.14 0.08
Matches are distributed among these distances:
340 12 0.01
341 114 0.09
342 592 0.45
343 239 0.18
344 233 0.18
345 120 0.09
346 12 0.01
347 3 0.00
ACGTcount: A:0.39, C:0.12, G:0.14, T:0.35
Consensus pattern (341 bp):
AGATTATAAAGCCATTTAATGCGAGTAATAAGACTTTTAAAGAATAGGTGACTATAAATGGACTT
TTCTTGCAATAAATGCCTTTTTCTTCACATTTTCTAAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTCTA
ACTAAAAATGTACAAAAAATTCAAACTAAAATCAATTTTGAGATTATAAAACTATTTAAAGTGAG
TAATAAGGCTTTAAAGGAATAGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGCCTTTTTCT
TCACGTTTCTCAAGGCAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATATAAAACAAATTCAA
CTTAAAATCAATTATG
Found at i:20893 original size:514 final size:512
Alignment explanation
Indices: 19729--21837 Score: 1954
Period size: 514 Copynumber: 4.1 Consensus size: 512
19719 NNNNNNNNNN
* * * *
19729 AGATTGTAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTAAAGGAATGGGCGACCATAAATGGGCT
1 AGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTAAAGGAATAGGTGACCATAAATGGGAT
* * * * *
19794 TTTATTACCAGTGAATGCCTATTTCTTCATGTTTCTCGAGATAGATATTCAATTATAATCTGTTT
66 TTTCTTACCAATGAATGCCTTTTTCTTCATGTTTCTCAAGATAGACATTCAATTATAATCTGTTT
* * * * **********
19859 TAACAAAAAATGTAAAAAAAAATTCAACCTAAAATCAATTATNNNNNNNNNNAACCATTTAAAAC
131 TAACTAAAAATGT-ACAAAAAATT-AAACTAAAATCAATTTTGAAATTATAAAACCATTTAAAAC
* * * *
19924 GAGTAATAAGGCTTTTCAAGGAAT-GGATGACTATAAATGAACTTTTCTTGACAATGAATGTATT
194 GAGTAATAAGGCTTTTGAAAGAATAGG-TGACTATAAATGAACTTTTCTTGATAATGAATGCATT
* * ** * * * * *
19988 TTTTTTCATGTTTCTCGAGGTAGACAGTCAATTATAATCTGTTTAAACAAAATATGTATAAAGAA
258 TTTCTTCACGTTTCTTAAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAATAAAA-ATATAAAAAGAA
* * * * * *
20053 TTCAAACTAAAATTAATTTTTAGATTAGAAAACCATTTAAAAG-AAGTAATATGGCTTTTAATGG
322 TTCAAACTAAAATCAATTTTGAGATTATAAAACCATTT-AAAGTGAGTAATAAGGCTTTAAAT-G
* * * *
20117 AATGGGTGACTATAAATGGAG-TTTTCTTGCAAATAAATACCTTTTTCTTCCCATTTTCTAAGGT
385 AATGGGTGACTATAAATGG-GCTTTTCTTGCCAATGAATACCTTTTTCTTCACGTTTTCTAAGGT
* * *
20181 AGACATTCAATTATAATCTGTTCTAACTAAAAACCT-TCAAAAAATTCAACCTAAAATCAATTAT
449 AGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACTAAAAA--TGTAAAAAAATTCAAACTAAAATCAATTAT
20245 G
512 G
* * * *
20246 AGATTGTAAAACTATTTAAAGTGACTAATAAGGC-TTTAAAGGAATAGGTGACCATAAATGGGCT
1 AGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTAAAGGAATAGGTGACCATAAATGGGAT
* * * * *
20310 TTCCTTACCAATGAATGCCTTTTTCTT-ATGTTTCTCAAGGTAGACATTTAATTATAATATATTT
66 TTTCTTACCAATGAATGCCTTTTTCTTCATGTTTCTCAAGATAGACATTCAATTATAATCTGTTT
* * * * * *
20374 TAACTAAAAATATA-AACAAAATTGAACTTAAAATTAATTTTGAAATTATAAAACTATTTAGAGC
131 TAACTAAAAATGTACAA-AAAATTAAAC-TAAAATCAATTTTGAAATTATAAAACCATTTAAAAC
* * * * *
20438 GAGTAATAAGACTTTTGAAAGTATAAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGATAATGAATGCCTTT
194 GAGTAATAAGGCTTTTGAAAGAATAGGTGACTATAAATGAACTTTTCTTGATAATGAATGCATTT
* * * * *
20503 TCCTTCACGTTTCTTAATGTAGACATTCAATTATAATATGTTTTAATAGAAAATATAAAAAAAAA
259 TTCTTCACGTTTCTTAAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAATA-AAAATATAAAAAGAAT
* *
20568 TC-AACTTAAAATCAATTTTGAGATTATAAAATCATTTAAAGTGAGTAATAAGACTTTAGAATGA
323 TCAAAC-TAAAATCAATTTTGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTA-AATGA
* * *
20632 ATGGGT-AGCTATAAA-GGGCTTTTCTTGCCAATGAATTCTTTTTTCTTCACGTTTTCTAAGGCA
386 ATGGGTGA-CTATAAATGGGCTTTTCTTGCCAATGAATACCTTTTTCTTCACGTTTTCTAAGGTA
* * * *
20695 GACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAAATTAAAATGAAATATG
450 GACATTCAATTATAATCTGTTTTAACTAAAAATGTAAAAAAATTCAAACTAAAATCAATTATG
* * * * **
20758 AGATTATAAAGCCATTTAATGTGAGTAATAAGGATTTTAAAGGAATGGGTGATTATAAAT-GGAT
1 AGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTAAAGGAATAGGTGACCATAAATGGGAT
* ** * *
20822 TTTTTTGGTCAATAAATGCCTTTTTCTTCATATTT-TCCAAGATAGACATTCAATTATAATCTGT
66 TTTCTT-ACCAATGAATGCCTTTTTCTTCATGTTTCT-CAAGATAGACATTCAATTATAATCTGT
* * * ** * *
20886 CTTAACTAAAAATGTATAAATAATTCAAACTAAAATCAATTTTGACTTTATAAGACCATTTAAAG
129 TTTAACTAAAAATGTACAAAAAATT-AAACTAAAATCAATTTTGAAATTATAAAACCATTTAAAA
* *
20951 TGAGTAATAAGGCTTTTGAAAGAAT-GG-GACTATAAAAT-AACTTTTCTTGCTAATGAAT--AT
193 CGAGTAATAAGGCTTTTGAAAGAATAGGTGACTAT-AAATGAACTTTTCTTGATAATGAATGCAT
* * * * ** *
21011 CCTTTTCTTCACGTTTCTAAAGGCAGACATTCAATTGTAATCTGTTCTAGCCAAAAATATAAAAC
257 --TTTTCTTCACGTTTCTTAAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTA-ATAAAAATATAAAAA
** ** * *
21076 GAATTCAATTTAAAATCAATTAGGAGATTATAAAGCCATTTAATGTGAGTAATAAGGCTTTTAAA
319 GAATTCAAACTAAAATCAATTTTGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGC-TTTAAA
* * * * * * * * * * *
21141 GGAATGGATGACTATAAATAGACTTATCTTACCAATGAATGCCTTTTTGTTTATG-TTTCTTGAG
383 TGAATGGGTGACTATAAATGGGCTTTTCTTGCCAATGAATACCTTTTTCTTCACGTTTTC-TAAG
* ** * * * * *
21205 GTAGATATTCAATTATAGCCTATTTTAACTAAAAATGTACAAAGAATACAAACTAAAATTAATTT
447 GTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACTAAAAATGTA-AAAAAATTCAAACTAAAATCAATTA
21270 TG
511 TG
* * *
21272 AGACTATAAAACTATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTT-AAGGAAATAGGTGACTATAAAT-GGA
1 AGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTAAAGG-AATAGGTGACCATAAATGGGA
* * * * *
21335 CTTTTCTTGCCAATGAATGCTTTTTTCTTCAAGTTGCTTAAGGA-AGACATTCAATTATAATCTG
65 -TTTTCTTACCAATGAATGCCTTTTTCTTCATGTTTCTCAA-GATAGACATTCAATTATAATCTG
* * * * *
21399 TTTTAACCAAAAATGTACAAAGAATTTAAACTAAAATCAATTTTGAGATTATAAATCTATTT-AA
128 TTTTAACTAAAAATGTACAAA-AAATTAAACTAAAATCAATTTTGAAATTATAAAACCATTTAAA
* * * * *
21463 ACTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGAACTTTTATTG-TCAATAAATGT
192 AC-GAGTAATAAGGCTTTTGAAAGAATAGGTGACTATAAATGAACTTTTCTTGAT-AATGAATGC
* * * * **
21527 ATTTTTCTTCACGTTTCTCT-AGGTAGGCAATCAATTATAATCT-ATTTAACTAAAAATGTCCAA
255 ATTTTTCTTCACGTTTCT-TAAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAA-TAAAAATATAAAA
* * * *
21590 AGAATTCAAACTAAAATCAATTTTGAGATTATTAAACTAGTTAAAGTGAGTAGTAAGGCTTCTGA
318 AGAATTCAAACTAAAATCAATTTTGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTT-T-A
* * * * * ** * * * * * *
21655 AA-AAATGTGTGACTATAAATAGACTTTTATTGCCAACAAATGCATTTTCCTTTC-TGTTTCCTG
381 AATGAATGGGTGACTATAAATGGGCTTTTCTTGCCAATGAATACCTTTTTC-TTCACGTTTTCTA
* * * * * * * * * *
21718 AGATAGACAATCAATTAAAATCTGTATT-AGTCAAAAATGTTGAAAGAATTTAAAATAAAGTCAA
445 AGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACT-AAAAATG-TAAAAAAATTCAAACTAAAATCAA
*
21782 TTTTG
508 TTATG
* * * *
21787 AGATTATAAAGCCATTTAAAGTGTGTATTAAGGCTTTTGAAGGAAT-GGTGA
1 AGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTAAAGGAATAGGTGA
21838 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 1300, Mismatches: 245, Indels: 97
0.79 0.15 0.06
Matches are distributed among these distances:
510 1 0.00
511 1 0.00
512 201 0.15
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515 260 0.20
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517 32 0.02
518 2 0.00
ACGTcount: A:0.39, C:0.11, G:0.14, T:0.35
Consensus pattern (512 bp):
AGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTAAAGGAATAGGTGACCATAAATGGGAT
TTTCTTACCAATGAATGCCTTTTTCTTCATGTTTCTCAAGATAGACATTCAATTATAATCTGTTT
TAACTAAAAATGTACAAAAAATTAAACTAAAATCAATTTTGAAATTATAAAACCATTTAAAACGA
GTAATAAGGCTTTTGAAAGAATAGGTGACTATAAATGAACTTTTCTTGATAATGAATGCATTTTT
CTTCACGTTTCTTAAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAATAAAAATATAAAAAGAATTCA
AACTAAAATCAATTTTGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTAAATGAATGGG
TGACTATAAATGGGCTTTTCTTGCCAATGAATACCTTTTTCTTCACGTTTTCTAAGGTAGACATT
CAATTATAATCTGTTTTAACTAAAAATGTAAAAAAATTCAAACTAAAATCAATTATG
Found at i:21069 original size:684 final size:680
Alignment explanation
Indices: 19735--21690 Score: 1921
Period size: 684 Copynumber: 2.9 Consensus size: 680
19725 NNNNAGATTG
* * * * ** * * * * *
19735 TAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTAAAGGAATGGGCGACCATAAATGGGCTTTTATT
1 TAAAACCATTTAATGCGAGTAATAAGACTTTTAAAGGAATAGATGACTATAAATAGACTTATCTT
* * ** * * *
19800 ACCAGTGAATGCCTATTT-CTTCATGTTTCTCGAGATAGATATTCAATTATAATC-TGTTTTAAC
66 ACCAATGAATGCCT-TTTCCTTCACGTTTCTTAAGGTAGACATTCAATTATAA-CATATTTTAAC
* * * * * ********** * **
19863 AAAAAATGTAAAAAAAAATTCAACCTAAAATCAATTATNNNNNNNNNNAACCATTTAAAACGAGT
129 TAAAAATAT-AAAAAAAATACAAACTAAAATCAATTTTGAGACTATAAAACTATTTAAAGTGAGT
* * * * *
19928 AATAAGGCTTTTCAAGG-AAT-GGATGACTATAAATGAACTTTTCTTGACAATGAATGTATTTTT
193 AATAAGAC-TTTGAAGGAAATAGG-TGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAAT-TCTTTTT
* * * * * *
19991 T-TTCATGTTTCTCGAGGTAGACAGTCAATTATAATCTG-TTTAAACAAAATATGTATAAAGAAT
255 TCTTCAAGTTTCT-AAGGAAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAA-ATGTACAAAGAAT
* * * * * *
20054 TCAAACTAAAATTAATTTTTAGATTAGAAAACCATTTAAAAG-AAGTAATATGGCTTTTAATGGA
318 TCAAACTAAAATCAATTTTGAGATTATAAAACCATTT-AAAGTGAGTAATAAGGCTTTTAAAGGA
* * * * *
20118 ATGGGTGACTATAAATGGAGTTTTCTTG-CAAATAAATACCTTTTTCTTCCCATTTTCTAAGGTA
382 ATGGGTGACTATAAATGGACTTTTATTGTC-AATAAATGCCTTTTTCTT-CAATTTTCCAAGGTA
** * *
20182 GACATTCAATTATAATCTGTTCTAACTAAAAACCTTCAAAAAATTCAACCTAAAATCAATTATGA
445 GACATTCAATTATAATCTGTT-TAACTAAAAATGTT-AAAAAATTCAAACTAAAATCAATTTTGA
* * * **
20247 GATTGTAAAACTATTTAAAGTGACTAATAAGGC-TTT-AAAGGAATAGGTGACCATAAATGGGCT
508 GATTAT-AAACTATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAA-GAAT-GGTGACTATAAAT-AACT
* * * * * * *
20310 TTCCTTACCAATGAATGCCTTTTTCTTATGTTTCTCAAGGTAGACATTTAATTATAATATATTTT
569 TTTCTTGCCAATGAATGCCTTTTTCTTACGTTTCTAAAGGCAGACATTCAATTATAATATATTCT
* * * **
20375 AACTAAAAATAT-AAACAAAATTGAACTTAAAATTAATTTTGAAATTA
634 AACCAAAAATATAAAAC-AAATTCAACTTAAAATCAATTAGGAAATTA
* * * *
20422 TAAAACTATTTAGA-GCGAGTAATAAGACTTTTGAAA-GTATA-AGTGACTATAAATGGACTTTT
1 TAAAACCATTTA-ATGCGAGTAATAAGACTTTT-AAAGGAATAGA-TGACTATAAATAGACTTAT
* * * *
20484 CTTGA-TAATGAATGCCTTTTCCTTCACGTTTCTTAATGTAGACATTCAATTATAATATGTTTTA
63 CTT-ACCAATGAATGCCTTTTCCTTCACGTTTCTTAAGGTAGACATTCAATTATAACATATTTTA
*
20548 A-TAGAAAATATAAAAAAAA-ATC-AACTTAAAATCAATTTTGAGATTATAAAA-TCATTTAAAG
127 ACTA-AAAATATAAAAAAAATA-CAAAC-TAAAATCAATTTTGAGACTATAAAACT-ATTTAAAG
* * *
20609 TGAGTAATAAGACTTTAGAATG-AATGGGT-AGCTATAAA-GGGCTTTTCTTGCCAATGAATTCT
188 TGAGTAATAAGACTTT-GAAGGAAATAGGTGA-CTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATTCT
* * *
20671 TTTTTCTTCACGTTTTCTAAGGCAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATGTA-AAAA
251 TTTTTCTTCAAG-TTTCTAAGGAAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATGTACAAAG
* * * * * * *
20735 AATTCAAATTAAAATGAAATATGAGATTATAAAGCCATTTAATGTGAGTAATAAGGATTTTAAAG
315 AATTCAAACTAAAATCAATTTTGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTAAAG
* * *
20800 GAATGGGTGATTATAAATGGA-TTTTTTTGGTCAATAAATGCCTTTTTCTTCATATTTTCCAAGA
380 GAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTATT-GTCAATAAATGCCTTTTTCTTCA-ATTTTCCAAGG
*
20864 TAGACATTCAATTATAATCTGTCTTAACTAAAAATGTATAAATAATTCAAACTAAAATCAATTTT
443 TAGACATTCAATTATAATCTGT-TTAACTAAAAATGT-TAAAAAATTCAAACTAAAATCAATTTT
** *
20929 GACTTTATAAGACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAAGAATGG-GACTATAAAATAACT
506 GAGATTATAA-ACTATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAAGAATGGTGACTAT-AAATAACT
* * * * *
20993 TTTCTTGCTAATGAATATCC-TTTTCTTCACGTTTCTAAAGGCAGACATTCAATTGTAATCTGTT
569 TTTCTTGCCAATGAAT-GCCTTTTTCTT-ACGTTTCTAAAGGCAGACATTCAATTATAATATATT
* * * *
21057 CTAGCCAAAAATATAAAACGAATTCAATTTAAAATCAATTAGGAGATTA
632 CTAACCAAAAATATAAAACAAATTCAACTTAAAATCAATTAGGAAATTA
* * * *
21106 TAAAGCCATTTAATGTGAGTAATAAGGCTTTTAAAGGAATGGATGACTATAAATAGACTTATCTT
1 TAAAACCATTTAATGCGAGTAATAAGACTTTTAAAGGAATAGATGACTATAAATAGACTTATCTT
** * * * * * *
21171 ACCAATGAATGCCTTTTTGTTTATGTTTCTTGAGGTAGATATTCAATTATAGCCTATTTTAACTA
66 ACCAATGAATGCCTTTTCCTTCACGTTTCTTAAGGTAGACATTCAATTATAACATATTTTAACTA
* * * *
21236 AAAATGTACAAAGAATACAAACTAAAATTAATTTTGAGACTATAAAACTATTTAAAGTGAGTAAT
131 AAAATATAAAAAAAATACAAACTAAAATCAATTTTGAGACTATAAAACTATTTAAAGTGAGTAAT
* * *
21301 AAGGCTTTTAAGGAAATAGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGCTTTTTTCTTCA
196 AAGACTTTGAAGGAAATAGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATTCTTTTTTCTTCA
* *
21366 AGTTGCTTAAGGAAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATGTACAAAGAATTTAAACT
261 AGTTTC-TAAGGAAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATGTACAAAGAATTCAAACT
* * * *
21431 AAAATCAATTTTGAGATTATAAATCTATTTAAACTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGA
325 AAAATCAATTTTGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTAAAGGAATGGGTGA
* ** ** * * *
21496 CTATAAATGAACTTTTATTGTCAATAAATGTATTTTTCTTCACGTTTCTCTAGGTAGGCAATCAA
390 CTATAAATGGACTTTTATTGTCAATAAATGCCTTTTTCTTCAATTTTC-CAAGGTAGACATTCAA
* * *
21561 TTATAATCTATTTAACTAAAAATGTCCAAAGAATTCAAACTAAAATCAATTTTGAGATTATTAAA
454 TTATAATCTGTTTAACTAAAAATGT-TAAAAAATTCAAACTAAAATCAATTTTGAGATTA-TAAA
* * * * *
21626 CTAGTTAAAGTGAGTAGTAAGGCTTCTGAAAAAATGTGTGACTATAAATAGACTTTTATTGCCAA
517 CTATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAAGAATG-GTGACTATAAATA-ACTTTTCTTGCCAA
21691 CAAATGCATT
Statistics
Matches: 1049, Mismatches: 172, Indels: 96
0.80 0.13 0.07
Matches are distributed among these distances:
683 47 0.04
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687 126 0.12
688 5 0.00
ACGTcount: A:0.39, C:0.12, G:0.14, T:0.35
Consensus pattern (680 bp):
TAAAACCATTTAATGCGAGTAATAAGACTTTTAAAGGAATAGATGACTATAAATAGACTTATCTT
ACCAATGAATGCCTTTTCCTTCACGTTTCTTAAGGTAGACATTCAATTATAACATATTTTAACTA
AAAATATAAAAAAAATACAAACTAAAATCAATTTTGAGACTATAAAACTATTTAAAGTGAGTAAT
AAGACTTTGAAGGAAATAGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATTCTTTTTTCTTCA
AGTTTCTAAGGAAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATGTACAAAGAATTCAAACTA
AAATCAATTTTGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTAAAGGAATGGGTGAC
TATAAATGGACTTTTATTGTCAATAAATGCCTTTTTCTTCAATTTTCCAAGGTAGACATTCAATT
ATAATCTGTTTAACTAAAAATGTTAAAAAATTCAAACTAAAATCAATTTTGAGATTATAAACTAT
TTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAAGAATGGTGACTATAAATAACTTTTCTTGCCAATGAATG
CCTTTTTCTTACGTTTCTAAAGGCAGACATTCAATTATAATATATTCTAACCAAAAATATAAAAC
AAATTCAACTTAAAATCAATTAGGAAATTA
Found at i:22280 original size:171 final size:171
Alignment explanation
Indices: 21967--22534 Score: 486
Period size: 171 Copynumber: 3.3 Consensus size: 171
21957 NNNNNNNNAC
* * * *
21967 AAAAAAATTCAACCTAAAATCAATTATGAGATTATAAAGCCATTTAAT-TCAATTAATAAGGCTT
1 AAAAAAATTCAATCTAAAATCAATTATGAGATTATAAAGCCATTTAATGT-GAGTAACAAGGCTT
** * *
22031 TTGAAAGAATGGGTGACTATAAATGGGATTTTCTTACCAATGAATATCATTTTGTTCAAGTTTCC
65 TTGAAAGAATGAATGACTATAAATGGGATTTTCTTACCAATGAATACCATTTTCTTCAAGTTTCC
* * *
22096 GAAGGAAGACATTCAATTATAATCTGTTCTAA-CAAAAAATGT
130 GAAAGAAGACATTCAATTATAATCTATTATAACCAAAAAA-GT
* * * *
22138 AAAAAAATTCAATCTAAAATGAAATATGAGATTATACAGCTATTTAATGTGAGTAACAAGGCTTT
1 AAAAAAATTCAATCTAAAATCAATTATGAGATTATAAAGCCATTTAATGTGAGTAACAAGGCTTT
* * * * * **
22203 TGAAGGAATGAATGACTATATATGGGCTTTTCTTGCCAATGAATACCTTTTTCTTCTCGTTTTCC
66 TGAAAGAATGAATGACTATAAATGGGATTTTCTTACCAATGAATACCATTTTCTTCAAG-TTTCC
**
22268 -AAAGCTGACATTCAATTATAATCTATTATAACCAAAAAAGT
130 GAAAGAAGACATTCAATTATAATCTATTATAACCAAAAAAGT
* * * * * **********
22309 AAAAACATT-TATCCTAAAATTAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTNNNNNNNNNN
1 AAAAAAATTCAAT-CTAAAATCAATTATGAGATTATAAAGCCATTTAATGTGAGTAACAAGGCTT
* * * * * * *
22373 TTAAAAGAATGAGTGACTATAAAT-TGACTTTTCTTGCCAGTGAAT-CTCTTTTTCTTCACGTTT
65 TTGAAAGAATGAATGACTATAAATGGGA-TTTTCTTACCAATGAATAC-CATTTTCTTCAAGTTT
* * ** * *
22436 ACC-AAGGTAGACATTTTATTATAATCTGTTCTAACCAAAAACA-T
128 -CCGAAAGAAGACATTCAATTATAATCTATTATAACCAAAAA-AGT
* * * * * *
22480 CAAAACATTTAACCTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTA
1 AAAAAAATTCAATCTAAAATCAATTATGAGATTATAAAGCCATTTAATGTGAGTA
22535 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 326, Mismatches: 62, Indels: 18
0.80 0.15 0.04
Matches are distributed among these distances:
170 7 0.02
171 304 0.93
172 15 0.05
ACGTcount: A:0.39, C:0.13, G:0.12, T:0.34
Consensus pattern (171 bp):
AAAAAAATTCAATCTAAAATCAATTATGAGATTATAAAGCCATTTAATGTGAGTAACAAGGCTTT
TGAAAGAATGAATGACTATAAATGGGATTTTCTTACCAATGAATACCATTTTCTTCAAGTTTCCG
AAAGAAGACATTCAATTATAATCTATTATAACCAAAAAAGT
Found at i:23790 original size:171 final size:171
Alignment explanation
Indices: 23482--26066 Score: 2329
Period size: 171 Copynumber: 15.1 Consensus size: 171
23472 NNNNNNNNNN
* * * * * *
23482 ATTCAACTTAAAATAAATTATGAGATTATAAAACCGTTTAAAGTGAATAATAAGACTTTT-CAAG
1 ATTCAACCTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAAG
* * * ** * * ** *
23546 AAATTGGTGACTATAAATGGGCTTTTTTTGCCAATGAATATGTTTTTCCTCACGTTTCATAAGGC
66 -AATAGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATACCTTTTTCTTCATGTTTCCCAAGGT
* ***
23611 ATACATTCAATTATAATCAAATCTAACCAAAAATGTAAAAAA
130 AGACATTCAATTATAATCTGTTCTAACCAAAAATGTAAAAAA
* *
23653 ATTCAACCTAAAATCAATTATGAGATTATAAAGCCATTT-AA-TGCAGGTAATAAGGTTTTTGAA
1 ATTCAACCTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTG-A-GTAATAAGGCTTTTGAA
* * * * * *
23716 AGAACAGGTGACTATAAATGGGCTTTACTTGTCAATGAATACCTTTTTCTTTATATTTCCCAAGG
64 AGAATAGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATACCTTTTTCTTCATGTTTCCCAAGG
* * * *
23781 TAGACATTCAATTATAATATGTTCTAACTAAAAATTTTAAAAA
129 TAGACATTCAATTATAATCTGTTCTAACCAAAAATGTAAAAAA
* * * * ** * *
23824 ATTCAATCTAAAATGAAATATGAGATCATAAAGTCATTTAATGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGG
1 ATTCAACCTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAAG
* * *
23889 AAT-GGATGACTATGAAT-GACCTTTGT-TTGCTAATGAATACCTTTTTCTTCATGTTTTCCAAG
66 AATAGG-TGACTATAAATGGA-CTTT-TCTTGCCAATGAATACCTTTTTCTTCATGTTTCCCAAG
* * *
23951 ACT-GATATTCAATTATATTCTGTTCTAACCAAAAATGTAAAAAA
128 -GTAGACATTCAATTATAATCTGTTCTAACCAAAAATGTAAAAAA
* * * *
23995 ATTCAACCTAAAATGAATTATCAAATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAA-G-TTTATTAAA
1 ATTCAACCTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTT-TGAAA
* * * * * * *
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* * * * * *
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* * *
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1 ATTCAACCTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAA-
* * *
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* * * * *
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129 TAGACATTCAATTATAATCTGTTCTAACCAAAAATGT-AAAAAA
* * * * * *
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1 ATTCAACCTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAAG
* * * * * ** * *
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66 AATAGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATACCTTTTTCTTCATGTTTCCCAAGGTA
* * * *
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131 GACATTCAATTATAATCTG-TTCTAACCAAAAATGTAAAAAA
* ** * * *
24512 ATTCAACTTAAGCTCAATTTTGAGATTATAGAGCCATTT-AA-TGCAGGTAATAAGGCTTTTG-A
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* * * * * *
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* * * * *
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** * * *
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1 ATTCAACCTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAAG
* * *
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* * *
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129 TAGACATTCAATTATAATCTGTTCTAACCAAAAATGTAAAAAA
*
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1 ATTCAACCTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAAG
* * * * * * * * *
24917 AACAGGTGACTATAAATGAACTTTCCTTGCCAATGAATGCTTTTTTCTTTACGTTTCTCAAGATA
66 AATAGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATACCTTTTTCTTCATGTTTCCCAAGGTA
* * * * *
24982 GATATTCAATTATAGTCTATTTTAACCAAAAATATAAAAAA
131 GACATTCAATTATAATCTGTTCTAACCAAAAATGTAAAAAA
* * * * *
25023 ATTCAACTTAACATGAATTATG-GCATTATGAAACCATTTAAAGTGGGTAATGAA-GCTTTTGAA
1 ATTCAACCTAAAATCAATTATGAG-ATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAAT-AAGGCTTTTGAA
* * * * * * ** * *
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* ** * * * * *
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** * * * *
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* ** * ***
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* ** * * *
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129 TAGACATTCAATTATAATCTGTTCTAACCAAAAATGTAAAAAA
* * * * * * * *
25363 ATTGAACTTAAAATCAATTTTGAGGTTACAAAACC-TTTAAAAATGAGTAATAAGGCGTTTCAAA
1 ATTCAACCTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTT-AAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAA
* * * * * ***
25427 GTATAAGTGATTATAAATGGACTTTTCTTGACAATGAATGA-CTTTTTCTTCACGTTTCTTGAGG
65 GAATAGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAAT-ACCTTTTTCTTCATGTTTCCCAAGG
* * * ** *
25491 TCGACATTCAAATATAATCTATT-TAAATAAAAAATATAAAAAA
129 TAGACATTCAATTATAATCTGTTCT-AACCAAAAATGTAAAAAA
* * * * *
25534 ATTTAACGTAAAATGAATTTTGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAACAAGGCTTTTG-AAG
1 ATTCAACCTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAAG
* * * *
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66 -AATAGGTGACTATAAATGGACTTTTCTT-GCCAATGAATACCTTTTTCTTCATGTTTCCCAAGG
* * * * *
25662 CAAACATTCAGTTATAATCTGCTCTAACCAAAAATGTAAAAAC
129 TAGACATTCAATTATAATCTGTTCTAACCAAAAATGTAAAAAA
* * * ** *
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1 ATTCAACCTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAAG
* * * * * * *
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66 AATAGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATACCTTTTTCTTCATGTTTCCCAAGGTA
** *
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* * * * ********** *
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1 ATTCAACCTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAA-
* * * * ***
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* * *
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*
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Found at i:24992 original size:511 final size:509
Alignment explanation
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* * * * * *
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* * * *
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508 AA
* * * * * *
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* * * * *
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* * * * *
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* * * * * *
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* * * * * * *
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508 AA
** * * *
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** * * * * *
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* * * *
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129 CAAACATTCAATTATAATATGTTCTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAA-ATAAAATCAATTATG
*
24704 AGATTATAAAGCCATTTAATGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGATGACTATAAATGGGCT
193 AGATTATAAAGCCATTTAATGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGG-TGACTATAAATGGACT
*
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* * *
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* * * * *
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* * * * *
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* * * *
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** * * * *
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64 GAAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAAT-TCCTTTTTCTTCATGTTTCCT-AA
* * * * ** * * * * *
25149 AGTAGAGATTCAATTCCAGTATGTTTTAACC-AAAATGTACACAGAATTCAAAGTTAAATCAATT
127 GGCAAACATTCAATTATAATATGTTCTAACCAAAAATGTA-AAAAAATTCAAA-TAAAATCAATT
* * * * * * *
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* * ** **
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* * ** * * * * *
25339 TATTTTAGCCAAAAATGTAAAAAAATTGAACTTAAAATCAATTTTGAGGTTACAAAACC-TTTAA
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* * * * * * *
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380 AAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAAGAATAGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAAT-A
** * * * * ** *
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444 CCTTTTTCTTCACGTTTCTCAAGGTAGATATTCAATTATAATCTCTTT-AACCAAAAATGTAAAA
25532 AA
508 AA
* * * *
25534 ATTTAACGTAAAATGAATTTTGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAACAAGGCTTTTGAAGT
1 ATTCAACTTAAAATGAATTTTGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGA
* * *
25599 AATGGGTGACTATAAATGGACTTTT-TTAGTCAATGAATACCTTTTTCTTCATGTTTCCTAGGGC
66 AATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTT-GCCAATGAATTCCTTTTTCTTCATGTTTCCTAAGGC
* * * *
25663 AAACATTCAGTTATAATCTGCTCTAACCAAAAATGTAAAAACATTCAAACTAAAATCAATTATGA
130 AAACATTCAATTATAATATGTTCTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAAA-TAAAATCAATTATGA
** * *
25728 GATTATAAAGCCATTTAATGCAAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTACAAATGGTCTT
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* * *
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** * * * * * **********
25858 AATTAAAAATGTAAACAAATTTAATCTAAAATGAAATATGAGATTATAAANNNNNNNNNNGTGAG
322 AAACAAAAATGTAAAAAAATTCAACCTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAG
* * * *
25923 TAATAAGGATTTT-AAAGGAATAGGTGATTATAAATGGACTTTTCTTGCAAATAAATACCTTTTT
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** *
25987 CTTCACGTTTCTTGAGGTAGATATTCAATTATAATCTCTCTTAACCAAAAATGTACAAAGA
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*
26048 ATTCAAAC-TAAAATCAATTTTGA
1 ATTC-AACTTAAAATGAATTTTGA
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Statistics
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Consensus pattern (509 bp):
ATTCAACTTAAAATGAATTTTGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGA
AATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATTCCTTTTTCTTCATGTTTCCTAAGGCA
AACATTCAATTATAATATGTTCTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAAATAAAATCAATTATGAGA
TTATAAAGCCATTTAATGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGTGACTATAAATGGACTTTTC
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AAAAATGTAAAAAAATTCAACCTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAAT
AAGGCTTTTGAAAGAATAGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATACCTTTTTCTTCA
CGTTTCTCAAGGTAGATATTCAATTATAATCTCTTTAACCAAAAATGTAAAAAA
Found at i:25533 original size:682 final size:678
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Indices: 23490--25878 Score: 2044
Period size: 682 Copynumber: 3.5 Consensus size: 678
23480 NNATTCAACT
* * * * * *
23490 TAAAATAAATTATGAGATTATAAAACCGTTTAAAGTGAATAATAAGACTTTT-CAAGAAATTGGT
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* * * * * * *
23554 GACTATAAATGGGCTTTTTTTGCCAATGAATATG-TTTTTCCTCACGTTTCAT-AAGGCATACAT
65 GACTATAAATGGAC-TTTCTTGCCAATG-A-ATGCTTTTTCTTCATGTTTC-TCAAGGTAAATAT
*** * *
23617 TCAATTATAATCAAATCTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACCTAAAATCAATTATGAGATTAT
126 TCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTAT
* * ** * *
23682 -AAAGCCATTT-AA-TGCAGGTAATAAGGTTTTTGAAAGAACAGGTGACTATAAATGGGCTTTAC
191 GAAA-CCATTTAAAGTG-A-GTAATAA-GCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTC
** * * * ** * * * *
23744 TTGTCAATGAATACCTTTTTCTTTATATTTCCCAAGGTAGACATTCAATTATAATATG-TTCTAA
252 TTACCAATGAATA-TTTTTTCTTCATGTTTCATAAAGCAGAGATTCAATTACAATATGCTT-TAA
*** * * * * * * ** *
23808 CTAAAAATTTTAAAAAATTCAA-TCTAAAATGAAATATGAGATCATAAAGTCATTTAATG-TGAG
315 CTAAAAATGCAAAAAAATTCAACT-TAAGATCAATTTTGAAATTATAAAACCATTTAATGCAG-G
* * * * * * * * *
23871 TAATAAGGCTTTTGAAGGAAT-GGATGACTATGAATGACCTTTGT-TTGCTAATGAATACCTTTT
378 TAATAAGGCTTTTAAAGAAATAAG-TGACTATAAATAAACTTT-TCGTGCCAAAGAATACCTTTT
** * * * * * * *
23934 TCTTCATGTTTTCCAAGACTGATATTCAATTATATTC-TGTTCTAACCAAAAATGTAAAAAAATT
441 T-TTCACATTTCCCAAGGCAGACATTCAATTATA-ACATATTCTAGCCAAAAATGTAAAAAAATT
** * * * * * * *
23998 CAACCTAAAATGAATTATCAAATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAA-G-TTTATTAAAGGA
504 CAATATAAAATCAATTATGAGATTACAAAACCATTTAAAATGAGTAATAAGGCGTT-TCAAA-GA
* * * * * *
24061 ATGGGTGACGACTGTGAATGGACTTTTCTTGTCAATCAATACCTTTTTCTTC-C-TGTTTCCTAA
567 AT---AGATGACTATAAATGGACTTTTCTTGACAATGAATA-CTTTTTCTTCACGT-TTTCC-AA
* ** * * * ***
24124 AGCAAACATTTAATTATAATCTGTTCTACCCAAAAATATAAAAAAATTTAACC
626 GGCTGACATTCAAATATAATCTATTCTAAAAAAAAATATAAAAAAATTTAACC
* *
24177 TAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAATAATATGGCTTTT-AAAGGAATAGGT
1 TAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAA-GAATAGGT
* * *
24241 GACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAAAGACTTTTTCTTCATGTTTCTCGAGGTATATATTC
65 GACTATAAATGGAC-TTTCTTGCCAATGAATG-CTTTTTCTTCATGTTTCTCAAGGTAAATATTC
* * * *
24306 AATTATAATATGTTTTAACAAAAAATGTAAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTTTGAGAATATG
128 AATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATGT-AAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATG
* * *
24371 AAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGACTTTTGAAGGAATAGGTGACTATAAACGGACTTTTTTTAC
192 AAACCATTTAAAGTGAGTAATAAG-CTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTAC
* ** * * * *
24436 CAATAAATACTTTTTTCTTCATGTTTCATAGGGCATATATTCAATTATAATCTGCTTTAACTAAA
256 CAATGAATA-TTTTTTCTTCATGTTTCATAAAGCAGAGATTCAATTACAATATGCTTTAACTAAA
* * * *
24501 AATGCAAAAAAATTCAACTTAAGCTCAATTTTGAGATTATAGAGCCATTTAATGCAGGTAATAAG
320 AATGCAAAAAAATTCAACTTAAGATCAATTTTGAAATTATAAAACCATTTAATGCAGGTAATAAG
* *** * *
24566 GCTTTTGAAGAAATAAGTGACTATAAATGGTCTTTTCGTGCCAAAGAATTCCTTTTTTTCATATT
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* *
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450 TCCCAAGGCAGACATTCAATTATAACATATTCTAGCCAAAAATGTAAAAAAATTCAATATAAAAT
* * ** * * * *
24696 CAATTATGAGATTATAAAGCCATTTAATGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGATGACTATA
515 CAATTATGAGATTACAAAACCATTTAAAATGAGTAATAAGGCGTTTCAAAGAATAGATGACTATA
* * * * *
24761 AATGGGCTTTTCTTGCCAGTGAATACTTTTTCTTCATGTTTTCCAAGGCTGACATTCAATTATAA
580 AATGGACTTTTCTTGACAATGAATACTTTTTCTTCACGTTTTCCAAGGCTGACATTCAAATATAA
* * * * * *
24826 TCTGTTCTAAACAACAGTGTAAAAAAATTCAACC
645 TCTATTCTAAAAAAAAATATAAAAAAATTTAACC
* *
24860 TAAAATCAATTATGAAATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAAGAACAGGTG
1 TAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAAGAATAGGTG
* * * * *
24925 ACTATAAATGAACTTTCCTTGCCAATGAATGCTTTTTTCTTTACGTTTCTCAAGATAGATATTCA
66 ACTATAAATGGACTTT-CTTGCCAATGAATGC-TTTTTCTTCATGTTTCTCAAGGTAAATATTCA
* * * * *
24990 ATTATAGTCTATTTTAACCAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAACATGAATTATG-GCATTATGA
129 ATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAG-ATTATGA
* * * *
25054 AACCATTTAAAGTGGGTAATGAAGCTTTTGAAGGTATGGGTGATTATAAATTGACTTTTCTTACC
193 AACCATTTAAAGTGAGTAAT-AAGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTACC
* * * * *
25119 AATGAATATATTTTTCTTCATGTTTC-TCAAAGTAGAGATTCAATTCCAGTATGTTTTAAC-CAA
257 AATGAATAT-TTTTTCTTCATGTTTCAT-AAAGCAGAGATTCAATTACAATATGCTTTAACTAAA
* * * * *
25182 AATGTACACAGAATTCAAAGTTAA-ATCAATTTTGAAATTATAAAACTATTTAAAGTG-A-GTAA
320 AATGCA-AAAAAATTC-AACTTAAGATCAATTTTGAAATTATAAAACCATTT-AA-TGCAGGTAA
* ** * *
25244 TAAGGC-TTTAAAGGAATGGGTTG-CTATAAATAAACTTTTCTTGCCAATGAATACCTTTTTTTC
381 TAAGGCTTTTAAAGAAATAAG-TGACTATAAATAAACTTTTCGTGCCAAAGAATACCTTTTTTTC
* *** ** * * * *
25307 ACGTTTCTTGAGGTTGACATTCAATTATAGCCTATTTTAGCCAAAAATGTAAAAAAATTGAACT-
445 ACATTTCCCAAGGCAGACATTCAATTATAACATATTCTAGCCAAAAATGTAAAAAAATTCAA-TA
* * *
25371 TAAAATCAATTTTGAGGTTACAAAACC-TTTAAAAATGAGTAATAAGGCGTTTCAAAGTATA-AG
509 TAAAATCAATTATGAGATTACAAAACCATTT-AAAATGAGTAATAAGGCGTTTCAAAGAATAGA-
* **
25434 TGATTATAAATGGACTTTTCTTGACAATGAATGACTTTTTCTTCACG-TTTCTTGAGG-TCGACA
572 TGACTATAAATGGACTTTTCTTGACAATGAAT-ACTTTTTCTTCACGTTTTC-CAAGGCT-GACA
*
25497 TTCAAATATAATCTATT-TAAATAAAAAATATAAAAAAATTTAACG
634 TTCAAATATAATCTATTCTAAA-AAAAAATATAAAAAAATTTAACC
* * * *
25542 TAAAATGAATTTTGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAACAAGGCTTTTG-AAGTAATGGGT
1 TAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAAG-AATAGGT
* * * * * *
25606 GACTATAAATGGACTTTTTTAGTCAATGAATACCTTTTTCTTCATGTTTC-CTAGGGCAAACATT
65 GACTATAAATGGACTTTCTT-GCCAATGAAT-GCTTTTTCTTCATGTTTCTC-AAGGTAAATATT
* * * *
25670 CAGTTATAATCTGCTCTAACCAAAAATGTAAAAACATTCAAAC-TAAAATCAATTATGAGATTAT
127 CAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTC-AACTTAAAATCAATTATGAGATTAT
* ** * *
25734 -AAAGCCATTTAATGCAAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTACAAATGGTCTTTTCTT
191 GAAA-CCATTTAAAGTGAGTAATAA-GCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTT
* * * * * * * *
25798 GCCAATGATTATCTTTTTCTTCATGTTTTC-CAAGGCAGACATTCAATTATAATCTG-TTCTAAT
254 ACCAATGAATAT-TTTTTCTTCATG-TTTCATAAAGCAGAGATTCAATTACAATATGCTT-TAAC
* *
25861 TAAAAATGTAAACAAATT
316 TAAAAATGCAAAAAAATT
25879 TAATCTAAAA
Statistics
Matches: 1403, Mismatches: 250, Indels: 103
0.80 0.14 0.06
Matches are distributed among these distances:
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689 14 0.01
690 2 0.00
ACGTcount: A:0.38, C:0.13, G:0.14, T:0.35
Consensus pattern (678 bp):
TAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAAGAATAGGTG
ACTATAAATGGACTTTCTTGCCAATGAATGCTTTTTCTTCATGTTTCTCAAGGTAAATATTCAAT
TATAATCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATGAAAC
CATTTAAAGTGAGTAATAAGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTACCAATG
AATATTTTTTCTTCATGTTTCATAAAGCAGAGATTCAATTACAATATGCTTTAACTAAAAATGCA
AAAAAATTCAACTTAAGATCAATTTTGAAATTATAAAACCATTTAATGCAGGTAATAAGGCTTTT
AAAGAAATAAGTGACTATAAATAAACTTTTCGTGCCAAAGAATACCTTTTTTTCACATTTCCCAA
GGCAGACATTCAATTATAACATATTCTAGCCAAAAATGTAAAAAAATTCAATATAAAATCAATTA
TGAGATTACAAAACCATTTAAAATGAGTAATAAGGCGTTTCAAAGAATAGATGACTATAAATGGA
CTTTTCTTGACAATGAATACTTTTTCTTCACGTTTTCCAAGGCTGACATTCAAATATAATCTATT
CTAAAAAAAAATATAAAAAAATTTAACC
Found at i:26755 original size:172 final size:167
Alignment explanation
Indices: 26261--26847 Score: 554
Period size: 171 Copynumber: 3.5 Consensus size: 167
26251 TGTTTTCTAG
* * * *
26261 GGCAAACATTTAATTATAATCTGCTCTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAA-ACTAAAATCAATT
1 GGCAGACATTCAATTATAATATGTTCTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAATA-TAAAATCAATT
* * * *
26325 GTGAGATTATAAAACCATTTAATGCAAGCAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGGCTACAAATGG
65 GTGACATTAT-AAACCATTTAATGCAAGTAATAAGGCTTTTAAAGG-ATGGGT-GCTATAAATGG
* * * * * **
26390 GCTTTTCTTGCCAATGATTATCTTTTTCTTCATGTTTCCCAA
127 ACTTTTCTTGCCAATAAATACCTTTTTCTTCACGTTT-CTTA
** * * * ***
26432 GGCAGACATTCAATTATAATATGTTCTAATAAAAAATGTAAACAAATTTAATATAAAATGAANNN
1 GGCAGACATTCAATTATAATATGTTCTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAATATAAAATCAATTG
******* * ** * ***
26497 NNNNNNNATAAAGCTATTTAATGTGAGTAATAAGGATTTTAAAGGAACAG-G-TATAAATGGACT
66 TGACATTATAAA-CCATTTAATGCAAGTAATAAGGCTTTTAAAGGATGGGTGCTATAAATGGACT
26560 TTTCTTGCCAATAAATACCTTTTTCTTCACGTTTCTTGA
130 TTTCTTGCCAATAAATACCTTTTTCTTCACGTTTCTT-A
* * *
26599 GGTAGACATTCAATTATAATCTG-TCTTAACCAAAAATGTACAAAGAATTCAA-ACTAAAATCAA
1 GGCAGACATTCAATTATAATATGTTC-TAACCAAAAATGTA-AAAAAATTCAATA-TAAAATCAA
* * * *
26662 TTTTGACTTTATAAGACCATTTAAAGCAAGTAATAAAGCTTTTAAAGGAGTGGGTGACTATAAAT
63 TTGTGACATTATAA-ACCATTTAATGCAAGTAATAAGGCTTTTAAAGGA-TGGGTG-CTATAAAT
* *
26727 GGACTTTTCCTGCTAATAAATACCTTTTTCTTCACGTTTCTTA
125 GGACTTTTCTTGCCAATAAATACCTTTTTCTTCACGTTTCTTA
* * *
26770 GGGCAAACATTCAATTGTAATATGTTCTAGCCAAAAATGTAAAAAAATTCAATATAAAATCAATT
1 -GGCAGACATTCAATTATAATATGTTCTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAATATAAAATCAATT
* *
26835 ATGAGATTATAAA
65 GTGACATTATAAA
26848 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 328, Mismatches: 74, Indels: 29
0.76 0.17 0.07
Matches are distributed among these distances:
166 3 0.01
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173 2 0.01
ACGTcount: A:0.39, C:0.13, G:0.13, T:0.33
Consensus pattern (167 bp):
GGCAGACATTCAATTATAATATGTTCTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAATATAAAATCAATTG
TGACATTATAAACCATTTAATGCAAGTAATAAGGCTTTTAAAGGATGGGTGCTATAAATGGACTT
TTCTTGCCAATAAATACCTTTTTCTTCACGTTTCTTA
Found at i:27235 original size:172 final size:171
Alignment explanation
Indices: 26949--27990 Score: 855
Period size: 172 Copynumber: 6.1 Consensus size: 171
26939 NNNNNNNNNN
* *
26949 TTTTCTTCATGTTTCTCGAGGT-AGACATTCAATTATAATCTGTTTTAA-CTAAAATCGTACAAA
1 TTTTCTTCACGTTTCTCGAGGTAAG-CATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAAT-GTA-AAA
* * * * *
27012 GAATACACACTAAAGTCAATTTTGAGATTATAAAACCATTTAAGGTGAGTAATAAGGCTATTAAA
63 GAATTCAAACTAAAATCAATTTTGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTAAA
* * *
27077 GAAATAGGTGA-TCATAAATAGACTTTTCTTGCCAGTGAATGCAT
128 GGAATGGGTGACT-ATAAATAGACTTTTCTTGCCAATGAATGCAT
* * *
27121 TTTTCTTCAAGTTTCTCGAGGTAAGCATTCAATTATAATCTGTTTTAACAAAAAATGTAGAACGA
1 TTTTCTTCACGTTTCTCGAGGTAAGCATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATGTA-AAAGA
* * * * *
27186 ATTCAAACTGAAATCAATTTTGATATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGCCTTTTGAAGA
65 ATTCAAACTAAAATCAATTTTGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTAAAGG
* * * *
27251 AATGTGTGACTATAAATGGACTTTTATTGCCAATAAATGCAT
130 AATGGGTGACTATAAATAGACTTTTCTTGCCAATGAATGCAT
* * * * *
27293 TTGTTTTTC-TGTTTCTTGAGGTAAACATTCAATTATAATCTGTTTT-ACCTAAAAATGTTCAAA
1 TT-TTCTTCACGTTTCTCGAGGTAAGCATTCAATTATAATCTGTTTTAACC-AAAAATG-TAAAA
* * * ********** *
27356 GAATTCAAAATAAAGTCAATTTTGAGATTATAAAACTATNNNNNNNNNNTAATAAGGCTTTTGAA
63 GAATTCAAACTAAAATCAATTTTGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTAAA
* * *
27421 GGAATGGGTTA-TGATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAAT-AACT
128 GGAATGGGTGACT-ATAAATAGACTTTTCTTGCCAATGAATGCA-T
* * * ** * * *
27465 TTCTCTTCACGTTTC-CTAGGGCATA-CATTCAATTATAATCTACTCTAACCAAAAATATAAAAA
1 TTTTCTTCACGTTTCTCGA-GGTA-AGCATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAG
* ** * * * * *
27528 AATTCAACCTAAAATC-ATTTACAAGATTATAAATCCAATT-AATTCAAGTAACAAGGCTTTTGA
64 AATTCAAACTAAAATCAATTT-TGAGATTATAAAACCATTTAAAGT-GAGTAATAAGGCTTTT-A
* * *
27591 AA-GAATGGGTGACTATAAATAGGCTTTTCTTGCCAATGAATACCT
126 AAGGAATGGGTGACTATAAATAGACTTTTCTTGCCAATGAATGCAT
* * * * *
27636 TTTTCTTCACGTTTCACAAGGCTGA-CATTCAATTATAATTTGTTCTAACCAAAAATGTAAAA-A
1 TTTTCTTCACGTTTCTCGAGG-TAAGCATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAGA
* * * ************
27699 TATTCAACCTAAAATCGATTATT-AGATTGTAAAACCATTTAAAGTGAGNNNNNNNNNNNNTAAA
65 -ATTCAAACTAAAATCAATT-TTGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTAAA
* * *
27763 GGAATGGGTGAGTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGCCT
128 GGAATGGGTGACTATAAATAGACTTTTCTTGCCAATGAATGCAT
* * *
27807 TTTTC-TCACGTATCTTGAGGT-AGACATTCAATTATAATTTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAG
1 TTTTCTTCACGTTTCTCGAGGTAAG-CATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATGT-AAAAG
* * * ** *
27870 AA-T-GAACTTAAAATCAATTTTGAGATTATAAAACTATTAAAAACGAGTAATAAGGCTTTTGAA
64 AATTCAAAC-TAAAATCAATTTTGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTAAA
* * * *
27933 GGTATAGGTGACTATAAATAGACTTTTTTTGACAATGAATGTC-T
128 GGAATGGGTGACTATAAATAGACTTTTCTTGCCAATGAATG-CAT
27977 TTTTCTTCACGTTT
1 TTTTCTTCACGTTT
27991 TCTGNNNNNN
Statistics
Matches: 690, Mismatches: 148, Indels: 65
0.76 0.16 0.07
Matches are distributed among these distances:
168 1 0.00
169 5 0.01
170 126 0.18
171 224 0.32
172 315 0.46
173 19 0.03
ACGTcount: A:0.37, C:0.13, G:0.14, T:0.35
Consensus pattern (171 bp):
TTTTCTTCACGTTTCTCGAGGTAAGCATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAGAA
TTCAAACTAAAATCAATTTTGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTAAAGGA
ATGGGTGACTATAAATAGACTTTTCTTGCCAATGAATGCAT
Found at i:27770 original size:171 final size:158
Alignment explanation
Indices: 27593--27903 Score: 340
Period size: 170 Copynumber: 1.9 Consensus size: 158
27583 GCTTTTGAAA
*
27593 GAATGGGTGACTATAAATAGG-CTTTTCTTGCCAATGAATACCTTTTTCTTCACGTTTCACAAGG
1 GAATGGGTGACTATAAAT-GGACTTTTCTTGCCAATGAATACCTTTTTC-TCACGTATCACAAGG
* * *
27657 CT-GACATTCAATTATAATTTGTTCTAACCAAAAATGTAAAAATATTCAACCTAAAATCGATTAT
64 -TAGACATTCAATTATAATTTGTTCTAACCAAAAATGTAAAAAGAATCAACCTAAAATCAATT-T
*
27721 T-AGATTGTAAAACCATTTAAAGTGAGNNNNNNNNNNNNTAAAG
127 TGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAG------------TAAAG
* * ***
27764 GAATGGGTGAGTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGCCTTTTTCTCACGTATCTTGAGGTA
1 GAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATACCTTTTTCTCACGTATCACAAGGTA
* * *
27829 GACATTCAATTATAATTTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAGAATGAACTTAAAATCAATTTTGAG
66 GACATTCAATTATAATTTGTTCTAACCAAAAATGTAAAAAGAATCAACCTAAAATCAATTTTGAG
27894 ATTATAAAAC
131 ATTATAAAAC
27904 TATTAAAAAC
Statistics
Matches: 124, Mismatches: 13, Indels: 7
0.86 0.09 0.05
Matches are distributed among these distances:
169 3 0.02
170 78 0.63
171 43 0.35
ACGTcount: A:0.36, C:0.13, G:0.14, T:0.33
Consensus pattern (158 bp):
GAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATACCTTTTTCTCACGTATCACAAGGTA
GACATTCAATTATAATTTGTTCTAACCAAAAATGTAAAAAGAATCAACCTAAAATCAATTTTGAG
ATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAAAG
Found at i:28665 original size:169 final size:170
Alignment explanation
Indices: 28148--29557 Score: 1116
Period size: 171 Copynumber: 8.3 Consensus size: 170
28138 NNNNNNNNNA
* * ** *
28148 CCTTTTTCTTCATGTTTCCTAGGGCAT-ACATTCAATTATAATCTGCTCTAACCAAAAATATAAA
1 CCTTTTTCTTCACGTTTCCCAAAGC-TGACATTCAATTATAATCTGTTCTAACCAAAAATATAAA
* * *
28212 AAACTTCAA-CATAAAATCAATTATGAGGTTATAAAGCTATTT-AA-TGCAGGTAATAATGCTTT
65 AAA-TTCAATC-TAAAATCAATTATGAGATTATAAAGCCATTTAAAGTG-A-GTAATAAGGCTTT
* * * * * *
28274 CGAAGGAATGGATGACTATAAATGGGCTTTTTTTGTCAATGAATA
126 TGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATG
* ** ** * * * *
28319 CCTTTTTCTTCATGTTTTTC-AAGACAAACATTCAATTATAATCTATTCTAACTAACAATGTAAA
1 CCTTTTTCTTCACGTTTCCCAAAG-CTGACATTCAATTATAATCTGTTCTAACCAAAAATATAAA
* * ********** * *
28383 AAATTCAATCTAAAATGAAATNNNNNNNNNNAAAGCCATTTAATGTGAGTAATAAAGCTTTTGAA
65 AAATTCAATCTAAAATCAATTATGAGATTATAAAGCCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAA
* * *
28448 GGAATGGATGACTATAAATGGGCTTTTCTTGTCAATGAATG
130 GGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATG
* *
28489 CCTTTTTCTTTACATTTCCCAAAGCTGACATAT-AATTATAATCTGTTCTAACCAAAAATATAAA
1 CCTTTTTCTTCACGTTTCCCAAAGCTGACAT-TCAATTATAATCTGTTCTAACCAAAAATATAAA
* * * * *
28553 AAATTCAA-CAAAAATCAATTATGAGATTATAAATCCATTTAAAGTGAGTAGTTAGGCTTTTAAA
65 AAATTCAATCTAAAATCAATTATGAGATTATAAAGCCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAA
* * * * *
28617 GGAAGGGGTGATTATAAATAGACTTTTGTTGTCAATGAATG
130 GGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATG
* * * * * * *
28658 TCTTTTTCTTCTCGTTTCTC-GAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACAAAAAATATAAA
1 CCTTTTTCTTCACGTTTCCCAAAGCT-GACATTCAATTATAATCTGTTCTAACCAAAAATATAAA
* * * * * * *
28722 AACAATC-AGCTTAAAATCAATTTTGAGAATACGAAA-CCATTTAAAGTGAATAATAAGACTTTT
65 AA-ATTCAATC-TAAAATCAATTATGAGATTA-TAAAGCCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTT
* * ****
28785 GAACGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTTTTGCCAATGNNNN
127 GAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATG
****** ** ** * * * *
28829 NNNNNNTCTTCACGTTTCATAGGGCAT-ACATTCAATTATAATTTGCTGTAACCAAAAATACAAA
1 CCTTTTTCTTCACGTTTCCCAAAGC-TGACATTCAATTATAATCTGTTCTAACCAAAAATA-TAA
** *
28893 AAAATTCAA-CTTAAGCTCAATTATGAGATTATAAAGCCATTTAATGT-AGGTAATAAGGCTTTT
64 AAAATTCAATC-TAAAATCAATTATGAGATTATAAAGCCATTTAAAGTGA-GTAATAAGGCTTTT
** * *
28956 GAAGGAATAAGTGACTATAAATGGTCTTTTCTTGCCAATGAATA
127 GAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATG
* * * * *
29000 CCTTTTTCTTCATGTTTCCTAAGGCAGACATTCAAATATAATCTGTTCTAACCAAAAATATAAAA
1 CCTTTTTCTTCACGTTTCCCAAAGCTGACATTCAATTATAATCTGTTCTAACCAAAAATATAAAA
* * * **
29065 AATTCAATCTAAAATGAAATATGAGATTATAAAGCCATTTAATGTGA-TAATAAGATTTTTGAAG
66 AATTCAATCTAAAATCAATTATGAGATTATAAAGCCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAG
* ** * * *
29129 GAATGGATGACTATAAATGGGTTTTTCTTACCAATAAATA
131 GAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATG
* * * * * *
29169 CCTTCTTCTTTACATTTCCCAAGGCT-ACCATAT-AATTATAATCTGTTCTAA-CTAAAATGTAA
1 CCTTTTTCTTCACGTTTCCCAAAGCTGA-CAT-TCAATTATAATCTGTTCTAACCAAAAATATAA
* * * *
29231 AAAATTCAACCTAAAATCAGTTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTAA
64 AAAATTCAATCTAAAATCAATTATGAGATTATAAAGCCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGA
* * *
29296 AGGAA-GGGTTGGCTATAAGTGAACTTTTCTTGCCAATGAATG
129 AGGAATGGG-TGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATG
** * * * * * * * *
29338 TATTTTTCTTCACGTTTCTC-AAGGTAAACATTCAATTATAATTTATTTTAACTAAAAATGTTAA
1 CCTTTTTCTTCACGTTTCCCAAAGCT-GACATTCAATTATAATCTGTTCTAACCAAAAA---TAT
* * * ** * *
29402 AAAAAAAT-AAGCTTAAAATCAATTTTGAGATTATAAAATCATTAAAAATGAGTAATAAGGCTTT
62 AAAAAATTCAATC-TAAAATCAATTATGAGATTATAAAGCCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTT
* * * **
29466 TGAAGGTATAGGTGACTATAAATAGACTTTTCTTAACAATGAATG
126 TGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATG
* * ** *
29511 CCTTTTTCTTCATGTTT-TCTGAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTT
1 CCTTTTTCTTCACGTTTCCCAAAGCT-GACATTCAATTATAATCTGTT
29558 TTAATAAANN
Statistics
Matches: 982, Mismatches: 221, Indels: 70
0.77 0.17 0.05
Matches are distributed among these distances:
168 63 0.06
169 286 0.29
170 190 0.19
171 298 0.30
172 18 0.02
173 125 0.13
174 2 0.00
ACGTcount: A:0.37, C:0.13, G:0.13, T:0.35
Consensus pattern (170 bp):
CCTTTTTCTTCACGTTTCCCAAAGCTGACATTCAATTATAATCTGTTCTAACCAAAAATATAAAA
AATTCAATCTAAAATCAATTATGAGATTATAAAGCCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAG
GAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATG
Found at i:29146 original size:511 final size:509
Alignment explanation
Indices: 28414--29557 Score: 1234
Period size: 511 Copynumber: 2.2 Consensus size: 509
28404 NNNNNNNNNN
* *
28414 AAAGCCATTTAATGT-GAGTAATAAAGCTTTTGAAGGAAT-GGATGACTATAAATGGGCTTTTCT
1 AAAGCCATTTAATGTAG-GTAATAAGGCTTTTGAAGGAATAGG-TGACTATAAATGGACTTTTCT
* * ** * * *
28477 TGTCAATGAATGCCTTTTTCTTTACATTTCCCAAAGCTGACATAT-AATTATAATCTGTTCTAAC
64 TGACAATGAATGCCTTTTTCTTCATGTTTCCTAAGGCAGACAT-TCAATTATAATCTGTTCTAAC
* * * *
28541 CAAAAATATAAAAAATTCAACAAAAATCAATTATGAGATTATAAATCCATTTAAAGTGAGTAGTT
128 CAAAAATATAAAAAATTCAACAAAAATCAAATATGAGATTATAAAGCCATTTAAAGTGAGTAATA
* * * * ** * ** *
28606 AGGCTTTTAAAGGAAGGGGTGATTATAAATAGACTTTTGTTGTCAATGAATGTCTTTTTCTTCT-
193 AGACTTTTAAAGGAAGGGATGACTATAAATAGACTTTTCTTACCAATAAATACCTTCTTCTT-TA
* * * * * *
28670 CGTTTCTCGAGG-TAGACAT-TCAATTATAATCTGTTTTAACAAAAAATATAAAAACAATCAGCT
257 CATTTCCCAAGGCTA-ACATAT-AATTATAATCTGTTCTAAC-AAAAATATAAAAA-AATCAACC
* * *
28733 TAAAATCAATTTTGAGAATACGAAACCATTTAAAGTGAATAATAAGACTTTTGAACGAATGGG-T
318 TAAAATCAATTATGAGAATACAAAACCATTTAAAGTGAATAATAAGACTTTTAAACGAA-GGGTT
* * ********** * *
28797 GACTATAAATGGACTTTTTTTGCCAATGNNNNNNNNNNTCTTCACGTTTCAT-AGGGCATACATT
382 GACTATAAATGAACTTTTCTTGCCAATGAATGTATTTTTCTTCACGTTTC-TCAAGGCAAACATT
* * **
28861 CAATTATAATTTGCTGTAACCAAAAA-TACAAAAAAATTCAA-CTTAAGCTCAATTATGAGATTA
446 CAATTATAATTTACTGTAACCAAAAATTA-AAAAAAAAT-AAGCTTAAAATCAATTATGAGATTA
28924 T
509 T
* *
28925 AAAGCCATTTAATGTAGGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATAAGTGACTATAAATGGTCTTTTCTTG
1 AAAGCCATTTAATGTAGGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATAGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTG
* * *
28990 CCAATGAATACCTTTTTCTTCATGTTTCCTAAGGCAGACATTCAAATATAATCTGTTCTAACCAA
66 ACAATGAATGCCTTTTTCTTCATGTTTCCTAAGGCAGACATTCAATTATAATCTGTTCTAACCAA
* * *
29055 AAATATAAAAAATTCAATCTAAAATGAAATATGAGATTATAAAGCCATTTAATGTGA-TAATAAG
131 AAATATAAAAAATTCAA-CAAAAATCAAATATGAGATTATAAAGCCATTTAAAGTGAGTAATAAG
* * * * **
29119 ATTTTTGAAGGAATGGATGACTATAAATGGGTTTTTCTTACCAATAAATACCTTCTTCTTTACAT
195 ACTTTTAAAGGAAGGGATGACTATAAATAGACTTTTCTTACCAATAAATACCTTCTTCTTTACAT
* * * *
29184 TTCCCAAGGCTACCATATAATTATAATCTGTTCTAACTAAAATGTAAAAAATTCAACCTAAAATC
260 TTCCCAAGGCTAACATATAATTATAATCTGTTCTAACAAAAATATAAAAAAATCAACCTAAAATC
* * * * * * *
29249 AGTTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTAAAGGAAGGGTTGGCTATAA
325 AATTATGAGAATACAAAACCATTTAAAGTGAATAATAAGACTTTTAAACGAAGGGTTGACTATAA
* *
29314 GTGAACTTTTCTTGCCAATGAATGTATTTTTCTTCACGTTTCTCAAGGTAAACATTCAATTATAA
390 ATGAACTTTTCTTGCCAATGAATGTATTTTTCTTCACGTTTCTCAAGGCAAACATTCAATTATAA
* * * *
29379 TTTATTTTAACTAAAAATGTTAAAAAAAAATAAGCTTAAAATCAATTTTGAGATTAT
455 TTTACTGTAACCAAAAA--TTAAAAAAAAATAAGCTTAAAATCAATTATGAGATTAT
** * * *
29436 AAAATCATTAAAAATG-A-GTAATAAGGCTTTTGAAGGTATAGGTGACTATAAATAGACTTTTCT
1 AAAGCCATT--TAATGTAGGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATAGGTGACTATAAATGGACTTTTCT
* * * *
29499 TAACAATGAATGCCTTTTTCTTCATGTTTTCTGAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTT
64 TGACAATGAATGCCTTTTTCTTCATGTTTCCTAAGGCAGACATTCAATTATAATCTGTT
29558 TTAATAAANN
Statistics
Matches: 525, Mismatches: 93, Indels: 30
0.81 0.14 0.05
Matches are distributed among these distances:
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513 4 0.01
ACGTcount: A:0.38, C:0.13, G:0.14, T:0.35
Consensus pattern (509 bp):
AAAGCCATTTAATGTAGGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATAGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTG
ACAATGAATGCCTTTTTCTTCATGTTTCCTAAGGCAGACATTCAATTATAATCTGTTCTAACCAA
AAATATAAAAAATTCAACAAAAATCAAATATGAGATTATAAAGCCATTTAAAGTGAGTAATAAGA
CTTTTAAAGGAAGGGATGACTATAAATAGACTTTTCTTACCAATAAATACCTTCTTCTTTACATT
TCCCAAGGCTAACATATAATTATAATCTGTTCTAACAAAAATATAAAAAAATCAACCTAAAATCA
ATTATGAGAATACAAAACCATTTAAAGTGAATAATAAGACTTTTAAACGAAGGGTTGACTATAAA
TGAACTTTTCTTGCCAATGAATGTATTTTTCTTCACGTTTCTCAAGGCAAACATTCAATTATAAT
TTACTGTAACCAAAAATTAAAAAAAAATAAGCTTAAAATCAATTATGAGATTAT
Found at i:30322 original size:343 final size:340
Alignment explanation
Indices: 29650--32263 Score: 1561
Period size: 343 Copynumber: 7.5 Consensus size: 340
29640 NNNNNNAAAG
* * * * **
29650 TGAGTAATAAGACTTTTAAAGGAATGAGTGACTATAAATGGACTTTTTTTGCCAATGAATATATT
1 TGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAAGGA-TGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATACCTT
* * * * * * * *
29715 TTTCTACACGTTTCCTAAGGCAGACATACAATTATAATCTGCTCGAACCAAAAATACAAAACAAT
65 TTTCTTCACGTTTCCCAAAGCAGACATTCAATTATAATCTGTTCTAACCAAAAATATAAAAAAAT
* * * * * ** * *
29780 TCAGCTTAAAATCAATTATTACG-TTATAAAGCCATTTAATGT-AACAACTAAGGCTTTTGAAGG
130 TCAACCTAAAATCAATTATGA-GATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAA-TAAGACTTTTAAAGG
* * * *
29843 AATGGGTGACTATAAATGGGCTTTTCTTG-ACAATAAATAC-TTTTTCTTCACGTTTC-TCGAGA
193 AATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCA-AATGAATACTTTTTTCTTCATGTTTCTTAG-GA
* * * * *
29905 CAAACATTCAATTACT-ATCTGTTCTAACTAAAAATTTAAAAAAATTCAATCTAAAATC-ATATA
256 TAGACATTCAATTA-TAATCTGTTCTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAAACTAAAATCAAT-TA
*
29968 TGAGATTATAAAGCCATTTAATA
319 TGAGATTATAAAACCATTTAA-A
* * *
29991 TGAGCAATAAGGCTTTTGAAGGAACGGATGACTATAAATGGGCTTTTCTTGCTAATGAATACCTT
1 TGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAA-GGATGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATACCTT
* * * * *
30056 TTTCTTCACATTTCTCAAAGCAAATATTCAATTATAATATGTTCTAACCAAAAATATAAAAAAAA
65 TTTCTTCACGTTTCCCAAAGCAGACATTCAATTATAATCTGTTCTAACCAAAAATAT-AAAAAAA
** * * *
30121 TTCAAAATAAAATCAATTTTGAGATTATAAATCCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTAAAGGA
129 TTCAACCTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGACTTTTAAAGGA
30186 ATGGGTGA-TAATAAATGGACTTTTCTTGCAAATGAATACTTTTTTCTTCATGTTTCTTAGGATA
194 ATGGGTGACT-ATAAATGGACTTTTCTTGCAAATGAATACTTTTTTCTTCATGTTTCTTAGGATA
* * * *
30250 GACATTCAATTATAATCTGTTCTAACTAAAAATGTAAAAAAATTTAATCTAAAATCAGTTATGAG
258 GACATTCAATTATAATCTGTTCTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAAACTAAAATCAATTATGAG
* *
30315 ATTATAAAGCCATTTAATG
323 ATTATAAAACCATTTAA-A
* * * ** * * * *
30334 TGACTAATAAGGCTTTCGAACGAATGGGCGGCTAT-AATTGAGCTTTTCTTGCTAATGAATATCT
1 TGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAA-GGATGACTATAAATGGA-CTTTTCTTGCCAATGAATACCT
* * * * * *
30398 TTTTCTTCATGTTTCCCAAGGTAGGCATTCAATTATAATTTGTTCTGACCAAAAATATAAAAAAA
64 TTTTCTTCACGTTTCCCAAAGCAGACATTCAATTATAATCTGTTCTAACCAAAAATATAAAAAAA
* * ********
30463 TTCAACCTAAAATCAATTATGAAATTATAAAATCATNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
129 TTCAACCTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCAT---------------------TTAAAGTG
**************************************************** * *
30528 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNATGAATGCATTTT
173 AGTAATAAGACTTTTAAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCAAATGAATACTTTTT
* * * * * * * * * *
30593 CCTTTACGTTTCCTAAGATAGACATTCGATTATAAACTATTTTAACCAAAAATGTACAAAGAATT
238 TCTTCATGTTTCTTAGGATAGACATTCAATTATAATCTGTTCTAACCAAAAATGTA-AAAAAATT
* * ** * *
30658 CAAACTAAAATCAATTTTAAGATTGGATAACTATTTAAA
302 CAAACTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAA
* * ** * * *
30697 GTGAGCAA-AATAGCTTTT-AATGGAATAAGTGACTATAAATGAACTTTTTTTGCCAATAAATAC
1 -TGAGTAATAA-GGCTTTTGAA-GGAAGGA-TGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATAC
* * *
30760 CTTTTTCTTCACGTTT-CCTAAGACAGACATTCAATTCTAATCTG-TCTTAACCGAAAAAT-TCA
62 CTTTTTCTTCACGTTTCCCAAAG-CAGACATTCAATTATAATCTGTTC-TAACC-AAAAATATAA
* * * * *
30822 AAACATTCAACCTAAAATCAATTATGAGATTGTAAAACCATTTAAAGTGAGTAACAAGGCTTTTC
124 AAAAATTCAACCTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGACTTTTA
** * * * * * * * *
30887 AAGGAATGCATGACTGTAAATGGACTTTTCTTACCAATGAATGCCTTTTTCTTCATTTTTCTCAT
189 AAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCAAATGAATACTTTTTTCTTCATGTTTCTTAG
* * * ** *
30952 TATAGACATTCAATTATAATCCGTTTTAACCCCAAATGTAAATAAAATT-AAACTTAAAATCTAT
254 GATAGACATTCAATTATAATCTGTTCTAACCAAAAATGTAAA-AAAATTCAAAC-TAAAATCAAT
* *
31016 TTTGAGATTATAAAATCATTTAAA
317 TATGAGATTATAAAACCATTTAAA
* * *
31040 -GCAAGTAATAAGGCTTTTGAAGGTATTGG-TGACTATAAATGAACTTTTCTTGCCAATGAATGT
1 TG--AGTAATAAGGCTTTTGAAGG-A-AGGATGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAAT-A
* * *
31103 CTTTTTTTTCATGTTTCTCGAGGTAGATATTCAATCATGTTTCTCAAGGTAGACATTCAATTATA
61 C--------C-T-TTT-TC----------TTC-A-C--GTTTCCCAAAGCAGACATTCAATTATA
* * * * * * * * *
31168 ATATGTTTTAACAAAAAATGTAAAAAAAATTCAACTTAAAATTAATTTTGAGAATATGAAACCAT
101 ATCTGTTCTAACCAAAAATATAAAAAAA-TTCAACCTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCAT
* * * ** *
31233 TTAAAGTGAGAAATAAGACTTTTGAACGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTT-TTTTATCAATA
165 TTAAAGTGAGTAATAAGACTTTTAAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCA--AATG
* ** * * * *
31297 AATAATTTTTTTCTTCACATTTCATTGGGCAT--ACATTCAATTAAAATCTGCTCTAACAAAAAA
228 AAT-ACTTTTTTCTTCATGTTTC-TTAGG-ATAGACATTCAATTATAATCTGTTCTAACCAAAAA
** *
31360 TGTAAAAAAATTC-AACTTAAGCTCAATTATGAGATTATAAAGCCATTT-AA
290 TGTAAAAAAATTCAAAC-TAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAA
* * * *
31410 TACAGGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATAGG-TGACTATAAATGGTCTTTTCTTACCAATGAATAA
1 T-GA-GTAATAAGGCTTTTGAAGG-A-AGGATGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATAC
* * * * * *
31474 CTTTTTCTTCATGTTTCCCAAGGCAGACATTCAACTATAATTTGTTATAACAAAAAATAT-AAAA
62 CTTTTTCTTCACGTTTCCCAAAGCAGACATTCAATTATAATCTGTTCTAACCAAAAATATAAAAA
* * * ** * * *
31538 AATTCAATCTAAAATGAAATATGAGATTATAAAGTCATTTAATGTGAGTAATACGACTTTTTAAG
127 AATTCAACCTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGACTTTTAAAG
* * * * *
31603 GAATGAAG-GACTATAAATAGG-CTTTTCTTACCAATGAATACCTTTTTT-TTCATATTTCCTAA
192 GAATG-GGTGACTATAAAT-GGACTTTTCTTGCAAATGAATA-CTTTTTTCTTCATGTTT-CTTA
* ** * *
31665 GGCTA-ACATTCAATTATAATCTAATCTAACCAAAAGTGTACAAAAAATTCAACCTAAAATCAAT
253 GGATAGACATTCAATTATAATCTGTTCTAACCAAAAATGTA-AAAAAATTCAAACTAAAATCAAT
* *
31729 TATAAAATTATAAAACCATTTAAA
317 TATGAGATTATAAAACCATTTAAA
* * * * * *
31753 GTGAGTAATAAGGCTATTAAAGCAATGGGTGACTATAAATAGACTTTTCTTGTCAATGAATACCT
1 -TGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAA-GGATGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATACCT
* * *
31818 TTTTCTTCACGTTT-CTAAAGGCAGACATTCAATTATAATCTGTTCTAACCAAAAACATCAAAAA
64 TTTTCTTCACGTTTCCCAAA-GCAGACATTCAATTATAATCTGTTCTAACCAAAAATATAAAAAA
* * *
31882 ATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGACCTTTAAAAG
128 ATTCAACCTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGACTTTTAAAGG
* * * * *
31947 AATGAGTGACTATAAATGGACTTTTTTTGCCAATGAAT-GTATTTTTCTAT-ATGTTTCTCGAGG
193 AATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCAAATGAATACT-TTTTTCT-TCATGTTTCT-TAGG
* * * *
32010 -TATACATTCAATTATAATCTGTTTTAACAAAAAATGTAAAAAGAATTCAAACTAAAATCAATTT
255 ATAGACATTCAATTATAATCTGTTCTAACCAAAAATGTAAAAA-AATTCAAACTAAAATCAATTA
* *
32074 TGAGATTAGAAAACTATTTAAA
319 TGAGATTATAAAACCATTTAAA
* * * * * * *
32096 GAGAGTAGTAAGGCTTTTAAAGGAATGAGTGACAATAAGTGGACTTTTCTTGGCAATGAATACCT
1 -TGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAAGGA-TGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATACCT
* * * * * * *
32161 TTTTCTTCATGTTTCCCAGAGCA-AAATATCAATTCTATTCTGTTCTAACCAAAAATGTAACAAA
64 TTTTCTTCACGTTTCCCAAAGCAGACAT-TCAATTATAATCTGTTCTAACCAAAAATATAAAAAA
*
32225 ATTCAATC-AAAAGTCAATTATGAGATTATAAAACCATTT
128 ATTCAACCTAAAA-TCAATTATGAGATTATAAAACCATTT
32264 GGAGATTATA
Statistics
Matches: 1720, Mismatches: 438, Indels: 228
0.72 0.18 0.10
Matches are distributed among these distances:
340 2 0.00
341 150 0.09
342 304 0.18
343 691 0.40
344 25 0.01
345 42 0.02
348 1 0.00
349 3 0.00
352 1 0.00
353 1 0.00
354 3 0.00
355 2 0.00
359 2 0.00
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362 1 0.00
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366 1 0.00
367 1 0.00
368 6 0.00
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373 1 0.00
374 2 0.00
ACGTcount: A:0.38, C:0.13, G:0.12, T:0.34
Consensus pattern (340 bp):
TGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAAGGATGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATACCTTT
TTCTTCACGTTTCCCAAAGCAGACATTCAATTATAATCTGTTCTAACCAAAAATATAAAAAAATT
CAACCTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGACTTTTAAAGGAAT
GGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCAAATGAATACTTTTTTCTTCATGTTTCTTAGGATAGAC
ATTCAATTATAATCTGTTCTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAAACTAAAATCAATTATGAGATT
ATAAAACCATTTAAA
Found at i:30382 original size:171 final size:170
Alignment explanation
Indices: 29655--30493 Score: 894
Period size: 171 Copynumber: 4.9 Consensus size: 170
29645 NAAAGTGAGT
* * * * * *
29655 AATAAGACTTTTAAAGGAATGAGTGACTATAAATGGACTTTTTTTGCCAATGAATA-TATTTTTC
1 AATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGGCTTTTCTTGCAAATGAATACT-TTTTTC
* * * * * *
29719 TACACGTTTCCTAAGG-CAGACATACAATTATAATCTGCTCGAACCAAAAATACAAAACAATTC-
65 TTCACGTTT-CTAAGGACAGACATTCAATTATAATCTGTTCTAACCAAAAATATAAAAAAATTCA
* * *
29782 AGCTTAAAATCAATTATTACG-TTATAAAGCCATTTAATGTAAC
129 ATC-TAAAATCAATTATGA-GATTATAAAGCCATTTAATGTGAC
*
29825 AACTAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGGCTTTTCTTG-ACAATAAATAC-TTTTT
1 AA-TAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGGCTTTTCTTGCA-AATGAATACTTTTTT
* * * *
29888 CTTCACGTTTCT-CGAGACAAACATTCAATTACT-ATCTGTTCTAACTAAAAATTTAAAAAAATT
64 CTTCACGTTTCTAAG-GACAGACATTCAATTA-TAATCTGTTCTAACCAAAAATATAAAAAAATT
*
29951 CAATCTAAAATC-ATATATGAGATTATAAAGCCATTTAATATGAGC
127 CAATCTAAAATCAAT-TATGAGATTATAAAGCCATTTAATGTGA-C
* * * *
29996 AATAAGGCTTTTGAAGGAACGGATGACTATAAATGGGCTTTTCTTGCTAATGAATACCTTTTTCT
1 AATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGGCTTTTCTTGCAAATGAATACTTTTTTCT
* * * * *
30061 TCACATTTCTCAAAG-CAAATATTCAATTATAATATGTTCTAACCAAAAATATAAAAAAAATTCA
66 TCACGTTTCT-AAGGACAGACATTCAATTATAATCTGTTCTAACCAAAAATAT-AAAAAAATTCA
** * * * *
30125 AAATAAAATCAATTTTGAGATTATAAATCCATTTAAAGTGAGT
129 ATCTAAAATCAATTATGAGATTATAAAGCCATTTAATGTGA-C
* *
30168 AATAAGGCTTTTAAAGGAATGGGTGA-TAATAAATGGACTTTTCTTGCAAATGAATACTTTTTTC
1 AATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACT-ATAAATGGGCTTTTCTTGCAAATGAATACTTTTTTC
* * * * * *
30232 TTCATGTTTCTTAGGATAGACATTCAATTATAATCTGTTCTAACTAAAAATGTAAAAAAATTTAA
65 TTCACGTTTCTAAGGACAGACATTCAATTATAATCTGTTCTAACCAAAAATATAAAAAAATTCAA
*
30297 TCTAAAATCAGTTATGAGATTATAAAGCCATTTAATGTGAC
130 TCTAAAATCAATTATGAGATTATAAAGCCATTTAATGTGAC
* * * * * * *
30338 TAATAAGGCTTTCGAACGAATGGGCGGCTATAATTGAGCTTTTCTTGCTAATGAATA-TCTTTTT
1 -AATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGGCTTTTCTTGCAAATGAATACT-TTTTT
* * * * * *
30402 CTTCATGTTTCCCAAGG-TAGGCATTCAATTATAATTTGTTCTGACCAAAAATATAAAAAAATTC
64 CTTCACGTTT-CTAAGGACAGACATTCAATTATAATCTGTTCTAACCAAAAATATAAAAAAATTC
* *
30466 AACCTAAAATCAATTATGAAATTATAAA
128 AATCTAAAATCAATTATGAGATTATAAA
30494 ATCATNNNNN
Statistics
Matches: 563, Mismatches: 83, Indels: 45
0.81 0.12 0.07
Matches are distributed among these distances:
168 1 0.00
169 6 0.01
170 135 0.24
171 273 0.48
172 146 0.26
173 2 0.00
ACGTcount: A:0.39, C:0.14, G:0.13, T:0.35
Consensus pattern (170 bp):
AATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGGCTTTTCTTGCAAATGAATACTTTTTTCT
TCACGTTTCTAAGGACAGACATTCAATTATAATCTGTTCTAACCAAAAATATAAAAAAATTCAAT
CTAAAATCAATTATGAGATTATAAAGCCATTTAATGTGAC
Found at i:31137 original size:172 final size:170
Alignment explanation
Indices: 30580--32263 Score: 723
Period size: 172 Copynumber: 9.7 Consensus size: 170
30570 NNNNNNNNNN
* * * * * * * ** *
30580 ATGAATGCATTTTCCTTTACGTTTCCTAAGATAGACATTCGATTATAAACTATTTTAACC-AAAA
1 ATGAATGCCTTTTTCTTCATGTTT-CTCAGATAGACATTCAATTATAATCCGTCTTAACCGAAAA
* * * ** * * ** *
30644 ATGTACAAAGAATTCAAA-CTAAAATCAATTTTAAGATTGGATAACTATTTAAAGTGAGCAA-AA
65 AT-TA-AAAAAATT-AAACCTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCAAGTAACAA
* ** *
30707 TAGCTTTT-AATGGAATAAGTGACTATAAATGAACTTTTTTTGCCA
127 -GGCTTTTCAA-GGAATGCGTGACTATAAATGAACTTTTCTTGCCA
* * * * * * *
30752 ATAAATACCTTTTTCTTCACGTTTCCTAAGACAGACATTCAATTCTAATCTGTCTTAACCGAAAA
1 ATGAATGCCTTTTTCTTCATGTTT-CTCAGATAGACATTCAATTATAATCCGTCTTAACCGAAAA
* * * * **
30817 ATTCAAAACATTCAACCTAAAATCAATTATGAGATTGTAAAACCATTTAAAGTGAGTAACAAGGC
65 ATTAAAAAAATTAAACCTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCAAGTAACAAGGC
* * * *
30882 TTTTCAAGGAATGCATGACTGTAAATGGACTTTTCTTACCA
130 TTTTCAAGGAATGCGTGACTATAAATGAACTTTTCTTGCCA
* * * **
30923 ATGAATGCCTTTTTCTTCATTTTTCTCATTATAGACATTCAATTATAATCCGTTTTAACC-CCAA
1 ATGAATGCCTTTTTCTTCATGTTTCTCA-GATAGACATTCAATTATAATCCGTCTTAACCGAAAA
* * * * *
30987 ATGTAAATAAAATTAAACTTAAAATCTATTTTGAGATTATAAAATCATTTAAAGCAAGTAATAAG
65 AT-TAAA-AAAATTAAACCTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCAAGTAACAAG
* *
31052 GCTTTTGAAGGTATTG-GTGACTATAAATGAACTTTTCTTGCCA
128 GCTTTTCAAGG-AATGCGTGACTATAAATGAACTTTTCTTGCCA
* * * * * **
31095 ATGAATGTCTTTTTTTTCATGTTTCTCGAGGTAGATATTCAATCATGTTTCTCAAGGTAGACATT
1 ATGAATGCCTTTTTCTTCATGTTTCTC-AGATAGACATTCAATTAT-AATC-C---GT---C-TT
** * * *
31160 CAA-TTATAATATGTTTTAACAAAAAATGTAAA--AAAAATTCAACTTAAAATTAATTTTGAGAA
56 -AACCGA-AA-A---ATT-A-AAAAAAT-TAAACCTAAAA-TC-------AATT-A---TGAGAT
* ** * * * * * * *
31222 TATGAAACCATTTAAAGTGAGAAATAAGACTTTTGAACGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTT
100 TATAAAACCATTTAAAGCAAGTAACAAGGCTTTTCAAGGAATGCGTGACTATAAATGAAC-TTTT
* **
31287 TTTATCA
164 CTTGCCA
* *** ** ** ** * * * *
31294 ATAAATAATTTTTTTCTTCACATTTCATTGGGCATACATTCAATTAAAATCTG-CTCTAA-CAAA
1 ATGAAT-GCCTTTTTCTTCATGTTTC-TCAGATAGACATTCAATTATAATCCGTCT-TAACCGAA
* * ** * * *
31357 AAATGTAAAAAAATTCAACTTAAGCTCAATTATGAGATTATAAAGCCATTTAATA-CAGGTAATA
63 AAAT-TAAAAAAATTAAACCTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAA-AGCAAGTAACA
* ** *
31421 AGGCTTTTGAAGGAATAG-GTGACTATAAATGGTCTTTTCTTACCA
126 AGGCTTTTCAAGGAAT-GCGTGACTATAAATGAACTTTTCTTGCCA
** * ** * **
31466 ATGAATAACTTTTTCTTCATGTTTCCCAAGGCAGACATTCAACTATAATTTGT-TATAA-C-AAA
1 ATGAATGCCTTTTTCTTCATGTTTCTC-AGATAGACATTCAATTATAATCCGTCT-TAACCGAAA
* * * * * ** * ** * *
31528 AAATATAAAAAATTCAATCTAAAATGAAATATGAGATTATAAAGTCATTTAATGTGAGTAATACG
64 AATTA-AAAAAATTAAACCTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCAAGTAACAAG
* * * * *
31593 ACTTTTTAAGGAATGAAG-GACTATAAAT-AGGCTTTTCTTACCA
128 GCTTTTCAAGGAATG-CGTGACTATAAATGA-ACTTTTCTTGCCA
* * * * * **
31636 ATGAATACCTTTTTTTTCATATTTCCTAAGGCTA-ACATTCAATTATAATCTAATC-TAACC-AA
1 ATGAATGCCTTTTTCTTCATGTTT-CTCA-GATAGACATTCAATTATAATC-CGTCTTAACCGAA
* * * * ** *
31698 AAGTGTACAAAAAATTCAACCTAAAATCAATTATAAAATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATA
63 AAAT-TA-AAAAAATTAAACCTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCAAGTAACA
* * * * *
31763 AGGCTATTAAAGCAATGGGTGACTATAAAT-AGACTTTTCTTGTCA
126 AGGCTTTTCAAGGAATGCGTGACTATAAATGA-ACTTTTCTTGCCA
* * * ** *
31808 ATGAATACCTTTTTCTTCACGTTTCTAAAGGCAGACATTCAATTATAATCTGT-TCTAACC-AAA
1 ATGAATGCCTTTTTCTTCATGTTTCT-CAGATAGACATTCAATTATAATCCGTCT-TAACCGAAA
* * * * ** *
31871 AACATCAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAG
64 AA-TTAAAAAAATTAAACCTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCAAGTAACAAG
* * * * * * *
31936 ACCTTTAAAAGAATGAGTGACTATAAATGGACTTTTTTTGCCA
128 GCTTTTCAAGGAATGCGTGACTATAAATGAACTTTTCTTGCCA
** * * * * *
31979 ATGAATGTATTTTTCTAT-ATGTTTCTCGAGGTATACATTCAATTATAATCTGTTTTAA-CAAAA
1 ATGAATGCCTTTTTCT-TCATGTTTCTC-AGATAGACATTCAATTATAATCCGTCTTAACCGAAA
* * * **
32042 AATGTAAAAAGAATTCAAA-CTAAAATCAATTTTGAGATTAGAAAACTATTTAAAG-AGAGTAGT
64 AAT-TAAAAA-AATT-AAACCTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCA-AGTAAC
* * * * * *
32105 AAGGCTTTTAAAGGAATGAGTGACAATAAGTGGACTTTTCTTGGCA
125 AAGGCTTTTCAAGGAATGCGTGACTATAAATGAACTTTTCTTGCCA
* * * * * * *
32151 ATGAATACCTTTTTCTTCATGTTTCCCAGAGCA-AAATATCAATTCTATTCTGT-TCTAACC-AA
1 ATGAATGCCTTTTTCTTCATGTTTCTCAGA-TAGACAT-TCAATTATAATCCGTCT-TAACCGAA
* * *
32213 AAATGTAACAAAATTCAATC-AAAAGTCAATTATGAGATTATAAAACCATTT
63 AAAT-TAAAAAAATTAAACCTAAAA-TCAATTATGAGATTATAAAACCATTT
32264 GGAGATTATA
Statistics
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201 1 0.00
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ATGAATGCCTTTTTCTTCATGTTTCTCAGATAGACATTCAATTATAATCCGTCTTAACCGAAAAA
TTAAAAAAATTAAACCTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCAAGTAACAAGGCT
TTTCAAGGAATGCGTGACTATAAATGAACTTTTCTTGCCA
Found at i:31147 original size:26 final size:26
Alignment explanation
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31101 GTCTTTTTTT
* *
31111 TCATGTTTCTCGAGGTAGATATTCAA
1 TCATGTTTCTCAAGGTAGACATTCAA
31137 TCATGTTTCTCAAGGTAGACATTCAA
1 TCATGTTTCTCAAGGTAGACATTCAA
31163 T
1 T
31164 TATAATATGT
Statistics
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TCATGTTTCTCAAGGTAGACATTCAA
Found at i:31994 original size:171 final size:171
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Indices: 31137--32263 Score: 1148
Period size: 172 Copynumber: 6.6 Consensus size: 171
31127 AGATATTCAA
* * *
31137 TCATGTTTCTCAAGGTAGACATTCAATTATAATATGTTTTAACAAAAAATGTAAAAAAAATTCAA
1 TCATGTTTCTCAAGGCAGACATTCAATTATAATCTGTTCTAACAAAAAATGT-AAAAAAATTCAA
* * * * * * * *
31202 CTTAAAATTAATTTTGAGAATATGAAACCATTTAAAGTGAGAAATAAGACTTTTGAACGAATGGG
65 CTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGACTTTTAAAGGAATGAG
* * * **
31267 TGACTATAAATGGACTTTTTTTTATCAATAAATAATTTTTTTCT
130 TGACTATAAATGGAC-TTTTCTTACCAATGAAT-ACCTTTTTCT
** ** * * *
31311 TCACATTTCAT-TGGGCATACATTCAATTAAAATCTGCTCTAACAAAAAATGTAAAAAAATTCAA
1 TCATGTTTC-TCAAGGCAGACATTCAATTATAATCTGTTCTAACAAAAAATGTAAAAAAATTCAA
** * ** * *
31375 CTTAAGCTCAATTATGAGATTATAAAGCCATTTAATACAG-GTAATAAGGCTTTTGAAGGAAT-A
65 CTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAA-AGTGAGTAATAAGACTTTTAAAGGAATGA
* *
31438 GGTGACTATAAATGGTCTTTTCTTACCAATGAATAACTTTTTCT
129 -GTGACTATAAATGGACTTTTCTTACCAATGAATACCTTTTTCT
* * * * *
31482 TCATGTTTCCCAAGGCAGACATTCAACTATAATTTGTTATAACAAAAAATAT-AAAAAATTCAA-
1 TCATGTTTCTCAAGGCAGACATTCAATTATAATCTGTTCTAACAAAAAATGTAAAAAAATTCAAC
* * ** * * *
31545 TCTAAAATGAAATATGAGATTATAAAGTCATTTAATGTGAGTAATACGACTTTTTAAGGAATGAA
66 T-TAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGACTTTTAAAGGAATG-A
*
31610 G-GACTATAAATAGG-CTTTTCTTACCAATGAATACCTTTTTTT
129 GTGACTATAAAT-GGACTTTTCTTACCAATGAATACCTTTTTCT
* ** * *
31652 TCATATTTC-CTAAGGCTA-ACATTCAATTATAATCTAATCTAACCAAAAGTGTACAAAAAATTC
1 TCATGTTTCTC-AAGGC-AGACATTCAATTATAATCTGTTCTAACAAAAAATGTA-AAAAAATTC
* * * * * *
31715 AACCTAAAATCAATTATAAAATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTATTAAAGCAATG
63 AACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGACTTTTAAAGGAATG
* * **
31780 GGTGACTATAAATAGACTTTTCTTGTCAATGAATACCTTTTTCT
128 AGTGACTATAAATGGACTTTTCTTACCAATGAATACCTTTTTCT
* * * ** *
31824 TCACGTTTCTAAAGGCAGACATTCAATTATAATCTGTTCTAACCAAAAACATCAAAAAATTCAAC
1 TCATGTTTCTCAAGGCAGACATTCAATTATAATCTGTTCTAACAAAAAATGTAAAAAAATTCAAC
* *
31889 TTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGACCTTTAAAAGAATGAGT
66 TTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGACTTTTAAAGGAATGAGT
* * ***
31954 GACTATAAATGGACTTTTTTTGCCAATGAATGTATTTTTCT
131 GACTATAAATGGACTTTTCTTACCAATGAATACCTTTTTCT
* * * *
31995 AT-ATGTTTCTCGAGGTATACATTCAATTATAATCTGTTTTAACAAAAAATGTAAAAAGAATTCA
1 -TCATGTTTCTCAAGGCAGACATTCAATTATAATCTGTTCTAACAAAAAATGTAAAAA-AATTC-
* * * * * *
32059 AAC-TAAAATCAATTTTGAGATTAGAAAACTATTTAAAGAGAGTAGTAAGGCTTTTAAAGGAATG
63 AACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGACTTTTAAAGGAATG
* * **
32123 AGTGACAATAAGTGGACTTTTCTTGGCAATGAATACCTTTTTCT
128 AGTGACTATAAATGGACTTTTCTTACCAATGAATACCTTTTTCT
* * * * * *
32167 TCATGTTTC-CCAGAGCA-AAATATCAATTCTATTCTGTTCTAACCAAAAATGTAACAAAATTCA
1 TCATGTTTCTCAAG-GCAGACAT-TCAATTATAATCTGTTCTAACAAAAAATGTAAAAAAATTCA
*
32230 A-TCAAAAGTCAATTATGAGATTATAAAACCATTT
64 ACTTAAAA-TCAATTATGAGATTATAAAACCATTT
32264 GGAGATTATA
Statistics
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0.80 0.14 0.06
Matches are distributed among these distances:
169 3 0.00
170 139 0.18
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ACGTcount: A:0.41, C:0.13, G:0.12, T:0.34
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TCATGTTTCTCAAGGCAGACATTCAATTATAATCTGTTCTAACAAAAAATGTAAAAAAATTCAAC
TTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGACTTTTAAAGGAATGAGT
GACTATAAATGGACTTTTCTTACCAATGAATACCTTTTTCT
Found at i:32294 original size:17 final size:16
Alignment explanation
Indices: 32272--32309 Score: 67
Period size: 17 Copynumber: 2.3 Consensus size: 16
32262 TTGGAGATTA
32272 TAAAAGGAATTCAAAT
1 TAAAAGGAATTCAAAT
32288 GTAAAAGGAATTCAAAT
1 -TAAAAGGAATTCAAAT
32305 TAAAA
1 TAAAA
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Statistics
Matches: 21, Mismatches: 0, Indels: 1
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Matches are distributed among these distances:
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ACGTcount: A:0.58, C:0.05, G:0.13, T:0.24
Consensus pattern (16 bp):
TAAAAGGAATTCAAAT
Found at i:32659 original size:415 final size:415
Alignment explanation
Indices: 31881--32667 Score: 984
Period size: 415 Copynumber: 1.9 Consensus size: 415
31871 AACATCAAAA
*
31881 AATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGACCTTTAAAA
1 AATTCAAATTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGACCTTTAAAA
* * ** * * * * * * **
31946 GAATGAGTGACTATAAATGGACTTTTTTTGCCAATGAATGTATTTTTCTATATGTTTCTCGAGGT
66 GAATGAGAGACCATAAATAAACTTCTCTTCCCAATGAATGGATTTTTCTACACGTTTCTCGAGAC
*
32011 ATACATTCAATTATAATCTGTTTTAACAAAAAATGTAAAAAGAATTCAAACTAAAATCAATTTTG
131 ATACATTCAATTATAATCTGTTTTAACAAAAAATGTAAAAAGAATTCAAACTAAAATCAATTTGG
* *
32076 AGATTAGAAAACTATTTAAAGAGAGTAGTAAGGCTTTTAAAGGAATGAGTGACAATAAGTGGACT
196 AGATTAGAAAACCATTTAAAGAGAGTAATAAGGCTTTTAAAGGAATGAGTGACAATAAGTGGACT
* *** * *
32141 TTTCTTGGCAATGAATACCTTTTTCTTCATGTTTCCCAGAGCAAAATATCAATTCTATTCTGTTC
261 TTTCTTGGCAATGAATACATTTTTCTTCACCCTTCCCAGAGCAAAATATCAATTATAATCTGTTC
32206 TAACCAAAAATGTAACAAAATTCAATCAAAAGTCAATTATGAGATTATAAAACCATTTGGAGATT
326 TAACCAAAAATGTAACAAAATTCAATCAAAAGTCAATTATGAGATTATAAAACCATTTGGAGATT
32271 ATAAAAGGAATTCAAATGTAAAAGG
391 ATAAAAGGAATTCAAATGTAAAAGG
* * *
32296 AATTCAAATTAAAATCAATT-TGGAGATTATAAAACTATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTAAA
1 AATTCAAATTAAAATCAATTAT-GAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGACCTTTAAA
* * * * *
32360 GGAATTAGAGACCATAAATAAACTTCTCTTCCCAATGAATGGCTTTTTGTACGCGTTTC-CTGAG
65 AGAATGAGAGACCATAAATAAACTTCTCTTCCCAATGAATGGATTTTTCTACACGTTTCTC-GAG
** * * *
32424 ACA-AGCATTCAATTATAATCTGTTTTGTCCAAAAATGTAAAAAGAATTCATATTAAAATCAATT
129 ACATA-CATTCAATTATAATCTGTTTTAACAAAAAATGTAAAAAGAATTCAAACTAAAATCAATT
* * *
32488 TGGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTAAAGGAGTG-GATGACTGAA-AA-
193 TGGAGATTAGAAAACCATTTAAAGAGAGTAATAAGGCTTTTAAAGGAATGAG-TGAC--AATAAG
* * * **
32550 TGGACTTTTCTT-GCAAATGAATGCATTTTTCTTCACCCTTCTCA-ATGTAGACCT-TCAATTAT
255 TGGACTTTTCTTGGC-AATGAATACATTTTTCTTCACCCTTCCCAGA-GCA-AAATATCAATTAT
* * *
32612 AATCTGTTTTAACCAAAAATTTAA-ACAAATTCAACTTAAAA-TCAATTATGAGATTA
317 AATCTGTTCTAACCAAAAATGTAACA-AAATTCAA-TCAAAAGTCAATTATGAGATTA
32668 CGAAACCTTT
Statistics
Matches: 315, Mismatches: 46, Indels: 22
0.82 0.12 0.06
Matches are distributed among these distances:
414 8 0.03
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416 9 0.03
417 2 0.01
ACGTcount: A:0.40, C:0.12, G:0.14, T:0.34
Consensus pattern (415 bp):
AATTCAAATTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGACCTTTAAAA
GAATGAGAGACCATAAATAAACTTCTCTTCCCAATGAATGGATTTTTCTACACGTTTCTCGAGAC
ATACATTCAATTATAATCTGTTTTAACAAAAAATGTAAAAAGAATTCAAACTAAAATCAATTTGG
AGATTAGAAAACCATTTAAAGAGAGTAATAAGGCTTTTAAAGGAATGAGTGACAATAAGTGGACT
TTTCTTGGCAATGAATACATTTTTCTTCACCCTTCCCAGAGCAAAATATCAATTATAATCTGTTC
TAACCAAAAATGTAACAAAATTCAATCAAAAGTCAATTATGAGATTATAAAACCATTTGGAGATT
ATAAAAGGAATTCAAATGTAAAAGG
Found at i:32724 original size:171 final size:170
Alignment explanation
Indices: 32296--34051 Score: 1396
Period size: 171 Copynumber: 10.2 Consensus size: 170
32286 ATGTAAAAGG
* * * *
32296 AATTCAAATTAAAATCAATT-TGGAGATTATAAAACTATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTAAA
1 AATTCAACTTAAAATCAATTAT-GAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAA
* * * ** * * * * * * *
32360 GGAATTAGAGACCATAAATAAACTTCTCTTCCCAATGAATGGCTTTTTGTACGCGTTTC-CTGAG
65 GGAATGAAAGACTATAAATGGACTTTTCTTACAAATGAAT-GCTTTTTCTTCACGTTTCTC-AAG
** ** *
32424 ACA-AGCATTCAATTATAATCTGTTTTGTCCAAAAATGTAAAAA
128 GTAGA-CATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATTTAAAAA
* *
32467 GAATTCATA-TTAAAATCAATT-TGGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTA
1 -AATTCA-ACTTAAAATCAATTAT-GAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTG
* * * * **
32530 AAGGAGTGGATGACTGA-AAATGGACTTTTCTTGCAAATGAATGCATTTTTCTTCACCCTTCTCA
63 AAGGAATGAAAGACT-ATAAATGGACTTTTCTTACAAATGAATGC-TTTTTCTTCACGTTTCTCA
* * *
32594 ATGTAGACCTTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATTTAAACA
126 AGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATTTAAAAA
** * *
32639 AATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTACGAAACCTTTTAAAGCGCGTAATAAGGCTTTTGAAG
1 AATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAG
* * * * * * * * *
32704 GAATGAAAAACTATAAATGGACTTTTTTTTCAAATGAATGACGTTTTCTACATGTTTCCCGAGGC
66 GAATGAAAGACTATAAATGGACTTTTCTTACAAATGAATG-CTTTTTCTTCACGTTTCTCAAGGT
* * * *
32769 A-AGCATTTAATTATAATTTGTTTTAACAAAAAATGTAAAAAA
130 AGA-CATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAAT-TTAAAAA
* * * ** *
32811 CAATTTAACCTAAAATCAATTATGAGATTATAAAATCATTTAAATTGAGTATTAAGGCTTTTGAA
1 -AATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAA
* * * * * *
32876 GGAATGAGAGA-TCATAAATGGACTTTTCTTCCAAATGAATAGTTTTTTC-TAAAGTTTC-CCAG
65 GGAATGAAAGACT-ATAAATGGACTTTTCTTACAAATGAAT-GCTTTTTCTTCACGTTTCTCAAG
* ** ** *
32938 GTAGGCATTCAATATATGGTCTGTTTTAATGAAAAATATAAAAA
128 GTAGACATTCAAT-TATAATCTGTTTTAACCAAAAATTTAAAAA
* * * * *
32982 AATTCAACTTAAAATCAATGATGAGATTACAAAACCATTAAAAACGAGTAATAAGGCTTTTGGAG
1 AATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAG
* ** * * * *
33047 GAATGACAGACTATAAATGGACTTTTCTTACTGATGAATGCTTGTTTCGTCATGTTTCTTAAAGT
66 GAATGAAAGACTATAAATGGACTTTTCTTACAAATGAATGCTT-TTTCTTCACGTTTCTCAAGGT
* **
33112 AGACATTCAATTATAGTCTGTTTTAATTAAAAATTTTAAAAAAA
130 AGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAA-TTT--AAAAA
* * * *
33156 AATTCAACTTAAAATCAATTATTAGTTTACAAAACCATTTAAAGCGAGCAATAAGGCTTTTGAAG
1 AATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAG
* * * *
33221 GAATGAAAGACTATAAATGAAATTTTCTTACCAATGAATGTCTTTTTCTTCACCTTTCTCAAGGT
66 GAATGAAAGACTATAAATGGACTTTTCTTACAAATGAATG-CTTTTTCTTCACGTTTCTCAAGGT
* * *
33286 AGACATTCAACTATAATCTGTTTTAACCAAAACTTTTAAAA
130 AGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATTTAAAAA
* * * * **
33327 AATTCAACTTAAAATCAATTTTAAGGTTATAAAATCATTCGAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAG
1 AATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAG
* * * * * **
33392 GAATGAGAGACTATGAATGGACTTTTCTTCCCAATGAATGGCTTTCTCTAT-ATATTTC-CAGAG
66 GAATGAAAGACTATAAATGGACTTTTCTTACAAATGAAT-GCTTTTTCT-TCACGTTTCTCA-AG
* ** * * * *
33455 ATAGGTATTCAATTATAATTTGTTTAAACTAAAAATATAAAAAA
128 GTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAAT-TTAAAAA
* * * * * * *
33499 AATTGAACTTAAAATCAATTTTAAGATAATAAAACCATTTAAAGTGAGAAATAAGGCTTCTGAAG
1 AATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAG
*** * * *
33564 GAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGCCTTTTTCTTCACGTTTCTTTAA-G
66 GAATGAAAGACTATAAATGGACTTTTCTTACAAATGAATG-CTTTTTCTTCACGTTTC-TCAAGG
* ** * *
33628 TATATTTTCAATTATAGTCTGTTTTAACC-AAAATGTAAAAA
129 TAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATTTAAAAA
* * * * ** * * *
33669 AATTCAACTTAAAATCAATTATTAGCTTTTGAATTCATTTAAAGCAAGTAATAGGGCTTTCGAAG
1 AATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAG
* * * * * * * * *
33734 G-CTTAAGTGACTATAAATAGATTTTTCGTGT-C-AATGGATGGCTTTTCCTTCCCG-TTCCCTA
66 GAATGAA-AGACTATAAATGGACTTTTC-T-TACAAATGAAT-GCTTTTTCTTCACGTTTCTC-A
* * *** * * *
33795 AGGCAAACATTCAATTATTGCCTTTTTTAACTAAAAATTTTAAAA
126 AGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATTTAAAAA
* * * ** * * * *
33840 AATTCAACTGAAAATTAATTTTGACG-TTGGAAAATCATTTAAAGTGAGTAATAATGTTTTTGAA
1 AATTCAACTTAAAATCAATTATGA-GATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAA
* * * * * *
33904 GGAAT-AGAAGACTATAAACGGACTTTTCTTAGC-AATGAATACTTTTTTCTTTACATTTTTTGA
65 GGAATGA-AAGACTATAAATGGACTTTTCTTA-CAAATGAATGC-TTTTTCTTCAC-GTTTCTCA
* * * * * *
33967 A-ATAGACAATCAATTATAATCTATTTTAGCCCAATATTTAAAAAA
126 AGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATTT-AAAAA
* *
34012 AATTGAACTTAAAATCAATTTTGAGATTATAAAACCATTT
1 AATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTT
34052 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 1269, Mismatches: 266, Indels: 98
0.78 0.16 0.06
Matches are distributed among these distances:
169 10 0.01
170 212 0.17
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172 355 0.28
173 103 0.08
174 144 0.11
175 3 0.00
ACGTcount: A:0.39, C:0.13, G:0.13, T:0.35
Consensus pattern (170 bp):
AATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAG
GAATGAAAGACTATAAATGGACTTTTCTTACAAATGAATGCTTTTTCTTCACGTTTCTCAAGGTA
GACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATTTAAAAA
Found at i:32963 original size:343 final size:343
Alignment explanation
Indices: 32296--34051 Score: 1590
Period size: 343 Copynumber: 5.1 Consensus size: 343
32286 ATGTAAAAGG
* * * * *
32296 AATTCAAATTAAAATCAATT-TGGAGATTATAAAACTATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTAAA
1 AATTCAACTTAAAATCAATTAT-GAGATTACAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAA
* * ** * * **
32360 GGAATTAGAGACCATAAATAAACTTCTCTTCCCAATGAATGGCTTTTTGTACGCGTTTCCTGAGA
65 GGAATGAGAGACTATAAATGGACTTTTCTTCCCAATGAATGGCTTTTTCTACATGTTTCCTGAGA
** * *
32425 CAAGCATTCAATTATAATCTGTTTTGTCCAAAAATGTAAAAAGAATTCATA-TTAAAATCAATT-
130 CAAGCATTCAATTATAATCTGTTTTAACAAAAAATGTAAAAAAAATTCA-ACTTAAAATCAATTA
* *
32488 TGGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTAAAGGAGTG-GATGACTGA-AAAT
194 T-GAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGAGA-GACT-ATAAAT
* * * * * *
32551 GGACTTTTCTTGCAAATGAATGCATTTTTCTTCACCCTTCTCAATGTAGACCTTCAATTATAATC
256 GGACTTTTCTTACCAATGAATGCTTTTTTCTTCACCTTTCTCAAGGTAGACATTCAATTATAATC
*
32616 TGTTTTAACCAAAAATTTAAACA
321 TGTTTTAACCAAAAATTTAAAAA
* * *
32639 AATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTACGAAACCTTTTAAAGCGCGTAATAAGGCTTTTGAAG
1 AATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTACAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAG
* * * * * * * * *
32704 GAATGAAAAACTATAAATGGACTTTTTTTTCAAATGAATGACGTTTTCTACATGTTTCCCGAGGC
66 GAATGAGAGACTATAAATGGACTTTTCTTCCCAATGAATGGCTTTTTCTACATGTTTCCTGAGAC
* * * *
32769 AAGCATTTAATTATAATTTGTTTTAACAAAAAATGTAAAAAACAATTTAACCTAAAATCAATTAT
131 AAGCATTCAATTATAATCTGTTTTAACAAAAAATGTAAAAAA-AATTCAACTTAAAATCAATTAT
* * *
32834 GAGATTATAAAATCATTTAAATTGAGTATTAAGGCTTTTGAAGGAATGAGAGA-TCATAAATGGA
195 GAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGAGAGACT-ATAAATGGA
* ** * * **
32898 CTTTTCTT-CCAAATGAATAG-TTTTTTC-TAAAGTTTC-CCAGGTAGGCATTCAATATATGGTC
259 CTTTTCTTACC-AATGAAT-GCTTTTTTCTTCACCTTTCTCAAGGTAGACATTCAAT-TATAATC
** *
32959 TGTTTTAATGAAAAATATAAAAA
321 TGTTTTAACCAAAAATTTAAAAA
* * * *
32982 AATTCAACTTAAAATCAATGATGAGATTACAAAACCATTAAAAACGAGTAATAAGGCTTTTGGAG
1 AATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTACAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAG
* * ** * *
33047 GAATGACAGACTATAAATGGACTTTTCTTACTGATGAAT-GCTTGTTTCGT-CATGTTT-CTTAA
66 GAATGAGAGACTATAAATGGACTTTTCTTCCCAATGAATGGCTT-TTTC-TACATGTTTCCTGAG
** * * * *
33109 AGTAGACATTCAATTATAGTCTGTTTTAATTAAAAATTTTAAAAAAAAATTCAACTTAAAATCAA
129 ACAAG-CATTCAATTATAATCTGTTTTAA-CAAAAAATGT-AAAAAAAATTCAACTTAAAATCAA
* * * * * *
33174 TTATTAGTTTACAAAACCATTTAAAGCGAGCAATAAGGCTTTTGAAGGAATGAAAGACTATAAAT
191 TTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGAGAGACTATAAAT
* * *
33239 GAAATTTTCTTACCAATGAATG-TCTTTTTCTTCACCTTTCTCAAGGTAGACATTCAACTATAAT
256 GGACTTTTCTTACCAATGAATGCT-TTTTTCTTCACCTTTCTCAAGGTAGACATTCAATTATAAT
* *
33303 CTGTTTTAACCAAAACTTTTAAAA
320 CTGTTTTAACCAAAAATTTAAAAA
* * * * * **
33327 AATTCAACTTAAAATCAATTTTAAGGTTATAAAATCATTCGAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAG
1 AATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTACAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAG
* * * * * *
33392 GAATGAGAGACTATGAATGGACTTTTCTTCCCAATGAATGGCTTTCTCTATATATTTCCAGAGAT
66 GAATGAGAGACTATAAATGGACTTTTCTTCCCAATGAATGGCTTTTTCTACATGTTTCCTGAGAC
* * * * * * * * *
33457 AGGTATTCAATTATAATTTGTTTAAACTAAAAATATAAAAAAAATTGAACTTAAAATCAATTTTA
131 AAGCATTCAATTATAATCTGTTTTAACAAAAAATGTAAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATG
* * * * *
33522 AGATAATAAAACCATTTAAAGTGAGAAATAAGGCTTCTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACT
196 AGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGAGAGACTATAAATGGACT
* * * * * ** *
33587 TTTCTTGCCAATGAATGCCTTTTTCTTCACGTTTCTTTAA-GTATATTTTCAATTATAGTCTGTT
261 TTTCTTACCAATGAATGCTTTTTTCTTCACCTTTC-TCAAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTT
*
33651 TTAACC-AAAATGTAAAAA
325 TTAACCAAAAATTTAAAAA
* * *** ** * * *
33669 AATTCAACTTAAAATCAATTATTAGCTTTTGAATTCATTTAAAGCAAGTAATAGGGCTTTCGAAG
1 AATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTACAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAG
** * * * * * ** * * * ** * * *
33734 GCTTAAGTGACTATAAATAGATTTTTCGTGTCAATGGATGGCTTTTCCTTCCCGTTCCCTAAGGC
66 GAATGAGAGACTATAAATGGACTTTTCTTCCCAATGAATGGCTTTTTCTACATGTTTCCTGAGAC
* *** * * ** * * *
33799 AAACATTCAATTATTGCCTTTTTTAACTAAAAAT-TTTAAAAAATTCAACTGAAAATTAATTTTG
131 AAGCATTCAATTATAATCTGTTTTAACAAAAAATGTAAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATG
** * * * *
33863 ACG-TTGGAAAATCATTTAAAGTGAGTAATAATGTTTTTGAAGGAAT-AGAAGACTATAAACGGA
196 A-GATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGAG-AGACTATAAATGGA
* * * * * * * * *
33926 CTTTTCTTAGCAATGAATACTTTTTTCTTTACATTTTTTGAA-ATAGACAATCAATTATAATCTA
259 CTTTTCTTACCAATGAATGCTTTTTTCTTCAC-CTTTCTCAAGGTAGACATTCAATTATAATCTG
* * *
33990 TTTTAGCCCAATATTTAAAAAA
323 TTTTAACCAAAAATTT-AAAAA
* * *
34012 AATTGAACTTAAAATCAATTTTGAGATTATAAAACCATTT
1 AATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTACAAAACCATTT
34052 NNNNNNNNNN
Statistics
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0.79 0.17 0.04
Matches are distributed among these distances:
340 1 0.00
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ACGTcount: A:0.39, C:0.13, G:0.13, T:0.35
Consensus pattern (343 bp):
AATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTACAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAG
GAATGAGAGACTATAAATGGACTTTTCTTCCCAATGAATGGCTTTTTCTACATGTTTCCTGAGAC
AAGCATTCAATTATAATCTGTTTTAACAAAAAATGTAAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATG
AGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGAGAGACTATAAATGGACT
TTTCTTACCAATGAATGCTTTTTTCTTCACCTTTCTCAAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTT
TAACCAAAAATTTAAAAA
Found at i:34363 original size:172 final size:170
Alignment explanation
Indices: 34062--37486 Score: 2792
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34052 NNNNNNNNNN
* * * * *
34062 TAAATAGACTTTTCTTGCTAATGAATGTCTTTTTCTTCATGTTTCTCGAGGTAGACATCCAATTT
1 TAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGCCTTTTTCTTCATGTTTCTCGAGGTAGACATTCAATTA
* * * ********** *
34127 TAATATGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTTAACTTNNNNNNNNNNTTGAGATTATAAAACTA
66 TAATCTGTTTTAACTAAAAATGT-AAAAAATTCAACTTAAAATCAATTTTGAGATTATAAAACCA
* * *
34192 TTTAAAGTGAGTAATAGGGCTTCTGAAGAAATGAGTGACTA
130 TTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGAGTGACTA
* * * * *
34233 TAAATGGACATTTCTTGTCAATGAATACCTTTCTCTTCATGTTTCTCGAGGTAAAACATTCAATT
1 TAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGCCTTTTTCTTCATGTTTCTCGAGGT-AGACATTCAATT
* * ** * *
34298 ATAATCTGTTTTAACTAAAAATATAATAAAATTTAGGTTAAAATCAGTTTTGAGATTATAAAACT
65 ATAATCTGTTTTAACTAAAAATGTAA-AAAATTCAACTTAAAATCAATTTTGAGATTATAAAACC
* **********
34363 ATTTAAAGTGAGTAATAGGGCTTTTGNNNNNNNNNNTGACTA
129 ATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGAGTGACTA
* * * * ** *
34405 TAAATGGAC-TTTCTTGCCAATGAATACCGTTTTT-TTCATGCTTCCCAAGACAGGCATTCAATT
1 TAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGCC-TTTTTCTTCATGTTTCTCGAGGTAGACATTCAATT
* * * * * * * *
34468 ATAATCTGTTCATATC-AAAAATGTAAAAAATTTAACATAAAATCAGTTATGAGATTAGAGAACC
65 ATAATCTGTT-TTAACTAAAAATGTAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTTTGAGATTATAAAACC
* * * * *
34532 ACTTAAAGCGAGTGATAAAGCTTTTGAAGGAATGAGAGACTA
129 ATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGAGTGACTA
* * * ** **
34574 TAAATGGACTTTTCTT-CTAAATGAATG-GTTTTCTCTGCACATTTCTC-ATGACAAGA-ATTCA
1 TAAATGGACTTTTCTTGC-CAATGAATGCCTTTT-TCTTCATGTTTCTCGA-G-GTAGACATTCA
* * *
34635 ATTATAATCTGTTTTAACTAAAAATATAAAAGGAATTCAAATTAAAATCAATTTGGAGATTATAA
62 ATTATAATCTGTTTTAACTAAAAATGTAAAA--AATTCAACTTAAAATCAATTTTGAGATTATAA
* **
34700 AACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGAGAGACCC
125 AACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGAGTGACTA
* * * * * * * * *
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1 TAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGCCTTTTTCTTCATGTTTCTCGAGGTA-GA-CATTCAAT
* * * *
34809 TATAATCTGTTTTATCTAAAAATGTAAAAAAAATTCAAATTAAAATCAATTTGGGGATTATAAAA
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* * * *
34874 CCATTTAAAGTGATTAATAAGGCTTTTAAAAGAAT-AGATGACCA
127 CCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGAG-TGACTA
* * * * * * *
34918 TAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATACCTTTCTTTTTGCA--TTTCCCAAGGTAGATAATGAAT
1 TAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGCCTTT-TTCTT-CATGTTTCTCGAGGTAGACATTCAAT
* * * *
34981 TATAATCTGTTCTT-ACCATAAATGTAAAAAAATTCAGA-TTAAAATCAATTATAAGATTATAAA
64 TATAATCTGTT-TTAACTAAAAATGT-AAAAAATTCA-ACTTAAAATCAATTTTGAGATTATAAA
* * * *
35044 ACCATTCAAAGTGAGTAATAAGTCTTTTGAAGGAATGTGTGAATA
126 ACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGAGTGACTA
* * * * * *
35089 TAAAAGGATTTTTCTTACCAATGGATACCTTTTTCTTTATGTTTCTCGAGGTAGACATTCAATTA
1 TAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGCCTTTTTCTTCATGTTTCTCGAGGTAGACATTCAATTA
* * * * *
35154 TAGTTTGTTTCAATTAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATT-AGTTTATAAAACC
66 TAATCTGTTTTAACTAAAAATGT-AAAAAATTCAACTTAAAATCAATT-TTGAGATTATAAAACC
*** * * **
35218 ATTTAAACCAAGTAATAAGGCTTTCGAAAGCTTGAGTGACTA
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* * * * * * * *
35260 TAAATGGACTTTTCATACCAATGGATGGCTTTTGCCTCATGTTCCTCAAGGTAGACATTCAATTA
1 TAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGCCTTTTTCTTCATGTTTCTCGAGGTAGACATTCAATTA
** * * * * * *
35325 TAGCCT-TTTTAACCAAAATTGCAAAAAATTTCAACCTAAAATCAATTTTGATATTATAAAATCA
66 TAATCTGTTTTAACTAAAAATGTAAAAAA-TTCAACTTAAAATCAATTTTGAGATTATAAAACCA
* * * * * *
35389 TTTGAAGCT-AGTAAAAAGGCTTTTGAAGAAATAACTGACAA
130 TTTAAAG-TGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGAGTGACTA
*** * * * * *
35430 TAAAAATACTTTTCTTGCCAATGAATGACTTTTTCTCCATATTTCTAGAGGTAAACATTCAATTA
1 TAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGCCTTTTTCTTCATGTTTCTCGAGGTAGACATTCAATTA
* * * * *
35495 TAATATGTTTTAACTAAAAATTTACAAACAATTCAAATTAAAATCAATTTTAAGATTATAAATCC
66 TAATCTGTTTTAACTAAAAATGTA-AAA-AATTCAACTTAAAATCAATTTTGAGATTATAAAACC
* * * * * * * *
35560 ATTTAAAGCGAGTAACAAGGGTTTTAAAAGAATGGGTAAATA
129 ATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGAGTGACTA
* ** * *
35602 TAAATGGACTTTTCTTACCAATGAATGCCTTTTTCTTCACATTTCTTGATGTAGACATTCAATTA
1 TAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGCCTTTTTCTTCATGTTTCTCGAGGTAGACATTCAATTA
* * * * * * * * *
35667 TAATTTGTTTTAGCCAAAAATTTACAAAAATTCAAATTTAATTTAATTTTGAGATTATAAAACTA
66 TAATCTGTTTTAACTAAAAATGTA-AAAAATTCAACTTAAAATCAATTTTGAGATTATAAAACCA
* * *
35732 TTTAAAGTGAGTAATAAGGCGTTTAAAGGAATGGGTGACTA
130 TTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGAGTGACTA
* * * * *
35773 TAAATGGACTTTTCTTGCTAATGAATGCCTTTTTCTTCACGTTTGTTGAGGTAGATATTCAATTA
1 TAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGCCTTTTTCTTCATGTTTCTCGAGGTAGACATTCAATTA
* * * *
35838 TAAT-TCGTTTTAACTGAAAATGTACAAAGAATTCAAATTTAAATCAATTTTGAGATTATAAAAT
66 TAATCT-GTTTTAACTAAAAATGTA-AAA-AATTCAACTTAAAATCAATTTTGAGATTATAAAAC
* *
35902 CATTTAAAGTGAGTAATCAA-GCTTTTAAAGGAATGACTGACTA
128 CATTTAAAGTGAGTAAT-AAGGCTTTTGAAGGAATGAGTGACTA
** * *
35945 TAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATATCTTTTTCTTCACGTTTCTC-ACGCTAGACATTCAATT
1 TAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGCCTTTTTCTTCATGTTTCTCGA-GGTAGACATTCAATT
* * * *
36009 ATAATCTGTTTTAACCAAATATGTAAAAATATTTGAACTTAAAATCAATTTTGAGATTATAAAAT
65 ATAATCTGTTTTAACTAAAAATGTAAAAA-A-TTCAACTTAAAATCAATTTTGAGATTATAAAAC
* ** *
36074 AATTTAAAGTGAAAAATAAGGCTTTTGAAGCAATCGA-TGACTA
128 CATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAAT-GAGTGACTA
* * * * * * *
36117 TAAATAGACTTTTCTTGCTAATAAATGTCTTTTTCTTTATATTTCTAGTA-GTAGACATTCAATT
1 TAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGCCTTTTTCTTCATGTTTCTCG-AGGTAGACATTCAATT
* * * *
36181 ATAATCTGTTTTAACTAAAAATGTTAAAACATTGAACTAAAAATCAATTTTGAGATAATAAAACC
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* ** *
36246 ATTTAAAGTGAGTAATGAGGCTTCCGAAAGAAT-AGGTGACTA
129 ATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGA-GTGACTA
* * * * * * * *
36288 TAAATAGACCTTTCTTGCTAATGATTGCATTTTTCTTCACGTTTCTCAATGTAGACATTCAATTA
1 TAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGCCTTTTTCTTCATGTTTCTCGAGGTAGACATTCAATTA
* * * * *
36353 TAGTCTATGTTAACTAAAAATATAAAAATATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCA
66 TAATCTGTTTTAACTAAAAATGTAAAAA-ATTCAACTTAAAATCAATTTTGAGATTATAAAACCA
* * * *
36418 TTGAAAGTGACTAATAAGGCTTTTGAAGGAAT-AGGAGACCA
130 TTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGA-GTGACTA
* * * *** *
36459 TAAATGGACTTTTCTTCCCAATGAATGGCTTTTTCTACACAT-TTTCT-GATACAGGCATTCAAT
1 TAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGCCTTTTTCT--TCATGTTTCTCGAGGTAGACATTCAAT
* * * * * *
36522 TATAATCTATTTTAACAAAAAATGTAAAAAAATTTAAATTGAAAATCAATTTTGAGGTAATAAAA
64 TATAATCTGTTTTAACTAAAAATGT-AAAAAATTCAACTT-AAAATCAATTTTGAGATTATAAAA
* * *
36587 CCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGATTGTGTGACTA
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* * * * ** * * * *
36631 CAAATGGACTTTTTTTAG-CAATGAATACCTTTTTCTTTACATTTCTCGAGATTGATATTCAACT
1 TAAATGGACTTTTCTT-GCCAATGAATGCCTTTTTCTTCATGTTTCTCGAGGTAGACATTCAATT
* *
36695 ATAATCTGTTTTAACTAAAAATGTACAAAGAATTCAACTTAAAATCAATTCTGAGATTATAAAAT
65 ATAATCTGTTTTAACTAAAAATGTA-AAA-AATTCAACTTAAAATCAATTTTGAGATTATAAAAC
* ** * *
36760 TATTT-AA-T-A--AAT--GGACTTTT-------T-TTTCA-AA
128 CATTTAAAGTGAGTAATAAGG-CTTTTGAAGGAATGAGTGACTA
* * * * * * **
36788 TGAATGG-CTTTTTTTTCAAATGAATGGCTTTTTCTACAAATTTC-CTGAGGT-GAACATTCAAT
1 TAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGCCTTTTTCTTCATGTTTCTC-GAGGTAG-ACATTCAAT
* * * * * * *
36850 TATAATCTGTTTT-AGTCAAAAATATAAAAAAAAATTGAACTAAAAATCAAATTTGAGGTAATAA
64 TATAATCTGTTTTAACT-AAAAATGT---AAAAAATTCAACTTAAAATCAATTTTGAGATTATAA
* * *
36914 AACCATTTAAAATGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATAAGTGACCA
125 AACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGAGTGACTA
** * * ** * * * *
36960 TAAACAGACTTTTCTTGTCAATCAATATCTTTTTCTTCACGTTTCTCGAAGTTGATATTCAATTA
1 TAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGCCTTTTTCTTCATGTTTCTCGAGGTAGACATTCAATTA
* * * *
37025 TAATCTATTTTAACTAAAAATATACAAAGAATTCAACTTAAAATTAATTATGAGATTATAAAACC
66 TAATCTGTTTTAACTAAAAATGTA-AAA-AATTCAACTTAAAATCAATTTTGAGATTATAAAACC
* * *
37090 ATTTAAAGCGAGTAATAACGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTA
129 ATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGAGTGACTA
* * * *
37132 TAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAAAGCCTTTTTCTTCATGTTTCTTGAGGCA-AAAGTTCAATT
1 TAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGCCTTTTTCTTCATGTTTCTCGAGGTAGACA-TTCAATT
* * * * * *
37196 ATAATCTGTTCTAATTTAAAATGTAAAAAAATTCAATTTAAAATCAATTATGAGATTATAGAACC
65 ATAATCTGTTTTAACTAAAAATGT-AAAAAATTCAACTTAAAATCAATTTTGAGATTATAAAACC
* * * *
37261 ATTTAAAGTGAGTAATAAAGCTTTTCG-AGTAATGGGTGACGA
129 ATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTT-GAAGGAATGAGTGACTA
* ** * * ** * * *
37303 TAAATGGACTTCTCTTATCAATTAATGCTTTTTTCTTCACATATCTCGAGGTAGATATTCAATTC
1 TAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGCCTTTTTCTTCATGTTTCTCGAGGTAGACATTCAATTA
* * * * * * *
37368 TAGTCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTTAACTTGAAATAAATTATT-AGTTTATAAAACT
66 TAATCTGTTTTAACTAAAAATGT-AAAAAATTCAACTTAAAATCAATT-TTGAGATTATAAAACC
*** * ** * **
37432 ATTTAAACCAAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCTTCAGTGGTTA
129 ATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGAGTGACTA
37474 TAAATGGACTTTT
1 TAAATGGACTTTT
37487 AGTATCAATG
Statistics
Matches: 2613, Mismatches: 538, Indels: 206
0.78 0.16 0.06
Matches are distributed among these distances:
155 4 0.00
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ACGTcount: A:0.38, C:0.12, G:0.13, T:0.36
Consensus pattern (170 bp):
TAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGCCTTTTTCTTCATGTTTCTCGAGGTAGACATTCAATTA
TAATCTGTTTTAACTAAAAATGTAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTTTGAGATTATAAAACCAT
TTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGAGTGACTA
Found at i:35076 original size:343 final size:339
Alignment explanation
Indices: 34177--37573 Score: 2512
Period size: 343 Copynumber: 10.0 Consensus size: 339
34167 NNNNNNNNTT
* * * *
34177 GAGATTATAAAACTATTTAAAGTGAGTAATAGGGCTTCT-GAAGAA-ATGAGTGACTATAAATGG
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* * * * *
34240 ACATTTCTTGTCAATGAATACCTTTCTCTTCATGTTTCTCGAGGTAAAACATTCAATTATAATCT
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* * * * ** * * *
34305 GTTTTAACTAAAAATATAATAAAATTTAGGTTAAAATCAGTTTTGAGATTATAAAACTATTTAAA
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* ********** *
34370 GTGAGTAATAGGGCTTTTGNNNNNNNNNNTGACTATAAATGGAC-TTTCTTGCCAATGAATACCG
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** * * * *
34434 TTTTT-TTCATGCTTCCCAAGACAGGCATTCAATTATAATCTGTTCATATC-AAAAATGT-AAAA
255 TTTTTCTTCATATTTCCTAAGACA-ACATTCAATTATAATCTGTT-TTAACTAAAAATGTAAAAA
* *
34496 AATTTAACA-TAAAATCAGTTAT-
318 AATTCAA-ATTAAAATCAATT-TG
* * * * * * * *
34518 GAGATTAGAGAACCACTTAAAGCGAGTGATAAAGCTTTTGAAGGAATGAGA-GACTATAAATGGA
1 GAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTAAAAGAAT-AGATGACTATAAATGGA
* ** * * **
34582 CTTTTCTT-CTAAATGAAT-GGTTTTCTCTGCACATTTCTCATGACAAGA-ATTCAATTATAATC
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* * * *
34644 TGTTTTAACTAAAAATATAAAAGGAATTCAAATTAAAATCAATT-TGGAGATTATAAAACCATTT
125 TGTTTTAACCAAAAATGTAAAA-AAATTCAACTTAAAATCAATTAT-GAGATTATAAAACCATTT
* *** * *
34708 AAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGAGAGACCCCAAATGGGCTTTTCTTCCCAATGAATG
188 AAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATG
* * * * *
34773 GCTTTTTCTACATGTTTCCTAAGACAACCATTAAATTATAATCTGTTTTATCTAAAAATGTAAAA
253 CCTTTTTCTTCATATTTCCTAAGACAA-CATTCAATTATAATCTGTTTTAACTAAAAATGT-AAA
34838 AAAATTCAAATTAAAATCAATTTG
316 AAAATTCAAATTAAAATCAATTTG
* * *
34862 GGGATTATAAAACCATTTAAAGTGATTAATAAGGCTTTTAAAAGAATAGATGACCATAAATGGAC
1 GAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTAAAAGAATAGATGACTATAAATGGAC
* * * * *
34927 TTTTCTTGCCAATGAATACCTTTCTTTTTGCATTTCCCAAGGTAGATAATGAATTATAATCTGTT
66 TTTTCTTGCCAATGAATACCTTT-TTCTT-CATTTCTCAAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTT
* * *
34992 CTT-ACCATAAATGTAAAAAAATTCAGA-TTAAAATCAATTATAAGATTATAAAACCATTCAAAG
129 -TTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCA-ACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAG
* * * * * * * *
35055 TGAGTAATAAGTCTTTTGAAGGAATGTGTGAATATAAAAGGATTTTTCTTACCAATGGATACCTT
192 TGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGCCTT
* * * * * * * * *
35120 TTTCTTTATGTTTCTCGAGGTA-GACATTCAATTATAGTTTGTTTCAATTAAAAATGTAAAAAAA
257 TTTCTTCATATTTC-CTAAG-ACAACATTCAATTATAATCTGTTTTAACTAAAAATGTAAAAAAA
*
35184 TTCAACTTAAAATCAATTAT-
320 TTCAAATTAAAATCAATT-TG
* * *** ** * *
35204 TAGTTTATAAAACCATTTAAACCAAGTAATAAGGCTTTCGAAAG-CTTGAGTGACTATAAATGGA
1 GAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTAAAAGAATAGA-TGACTATAAATGGA
* * * ** * * **
35268 CTTTTCATACCAATGGATGGCTTTTGCCTCATGTTCCTCAAGGTAGACATTCAATTATAGCCT-T
65 CTTTTCTTGCCAATGAATACCTTTTTCTTCAT-TT-CTCAAGGTAGACATTCAATTATAATCTGT
* * * * * * * *
35332 TTTAACCAAAATTGCAAAAAATTTCAACCTAAAATCAATTTTGATATTATAAAATCATTTGAAGC
128 TTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAG-
* * * * * *** *
35397 T-AGTAAAAAGGCTTTTGAAGAAATAACTGACAATAAAAATACTTTTCTTGCCAATGAATGACTT
192 TGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGCCTT
* * * *
35461 TTTCTCCATATTT-CTAGAGGTA-AACATTCAATTATAATATGTTTTAACTAAAAATTTACAAAC
257 TTTCTTCATATTTCCTA-A-G-ACAACATTCAATTATAATCTGTTTTAACTAAAAATGTA-AAAA
*
35524 AATTCAAATTAAAATCAATTTT
318 AATTCAAATTAAAATCAATTTG
* * * * * * * * *
35546 AAGATTATAAATCCATTTAAAGCGAGTAACAAGGGTTTTAAAAGAATGGGTAAATATAAATGGAC
1 GAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTAAAAGAATAGATGACTATAAATGGAC
* * ** * *
35611 TTTTCTTACCAATGAATGCCTTTTTCTTCACATTTCTTGATGTAGACATTCAATTATAATTTGTT
66 TTTTCTTGCCAATGAATACCTTTTTCTT--CATTTCTCAAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTT
* * * * * * * * *
35676 TTAGCCAAAAATTTACAAAAATTCAAATTTAATTTAATTTTGAGATTATAAAACTATTTAAAGTG
129 TTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTG
* * * *
35741 AGTAATAAGGCGTTTAAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCTAATGAATGCCTTTT
194 AGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGCCTTTT
** ** * ** * * *
35806 TCTTCACGTTTGTTGAGGTAGATATTCAATTATAAT-TCGTTTTAACTGAAAATGTACAAAGAAT
259 TCTTCATATTTCCTAAGACA-ACATTCAATTATAATCT-GTTTTAACTAAAAATGTA-AAAAAAT
* *
35870 TCAAATTTAAATCAATTTT
321 TCAAATTAAAATCAATTTG
* *
35889 GAGATTATAAAATCATTTAAAGTGAGTAATCAA-GCTTTTAAAGGAAT-GACTGACTATAAATGG
1 GAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAAT-AAGGCTTTTAAAAGAATAGA-TGACTATAAATGG
* * *
35952 ACTTTTCTTGCCAATGAATATCTTTTTCTTCACGTTTCTCACGCTAGACATTCAATTATAATCTG
64 ACTTTTCTTGCCAATGAATACCTTTTTCTTCA--TTTCTCAAGGTAGACATTCAATTATAATCTG
* * * * **
36017 TTTTAACCAAATATGTAAAAATATTTGAACTTAAAATCAATTTTGAGATTATAAAATAATTTAAA
127 TTTTAACCAAAAATGTAAAAA-AATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAA
** * * * * *
36082 GTGAAAAATAAGGCTTTTGAAGCAATCGA-TGACTATAAATAGACTTTTCTTGCTAATAAATGTC
191 GTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAAT-GAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGCC
* * *
36146 TTTTTCTTTATATTT-CTAGTAGTA-GACATTCAATTATAATCTGTTTTAACTAAAAATGTTAAA
255 TTTTTCTTCATATTTCCTA--AG-ACAACATTCAATTATAATCTGTTTTAACTAAAAATGTAAAA
* * * * *
36209 ACATTGAACTAAAAATCAATTTT
317 AAATTCAAATTAAAATCAATTTG
* * *** * *
36232 GAGATAATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATGAGGCTTCCGAAAGAATAGGTGACTATAAATAGAC
1 GAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTAAAAGAATAGATGACTATAAATGGAC
* * * * * * * * *
36297 CTTTCTTGCTAATGATTGCATTTTTCTTCACGTTTCTCAATGTAGACATTCAATTATAGTCTATG
66 TTTTCTTGCCAATGAATACCTTTTTCTTCA--TTTCTCAAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTT
* * * *
36362 TTAACTAAAAATATAAAAATATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTGAAAGTG
129 TTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTG
* * * * *
36427 ACTAATAAGGCTTTTGAAGGAAT-AGGAGACCATAAATGGACTTTTCTTCCCAATGAATGGCTTT
194 AGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGA-GTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGCCTTT
* * * * * * * *
36491 TTCTACACATTTTCTGATACAGGCATTCAATTATAATCTATTTTAACAAAAAATGTAAAAAAATT
258 TTCTTCATATTTCCTAAGACA-ACATTCAATTATAATCTGTTTTAACTAAAAATGTAAAAAAATT
* *
36556 TAAATTGAAAATCAATTTT
322 CAAATT-AAAATCAATTTG
* * * * * * * *
36575 GAGGTAATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTT-GAAGGATTGTGTGACTACAAATGGA
1 GAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTAAAAGAATAG-ATGACTATAAATGGA
* * * * * *
36639 CTTTTTTTAG-CAATGAATACCTTTTTCTTTACATTTCTCGAGATTGATATTCAACTATAATCTG
65 CTTTTCTT-GCCAATGAATACCTTTTTC-TT-CATTTCTCAAGGTAGACATTCAATTATAATCTG
* * * **
36703 TTTTAACTAAAAATGTACAAAGAATTCAACTTAAAATCAATTCTGAGATTATAAAATTATTT-AA
127 TTTTAACCAAAAATGTA-AAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAA
** * * * * * * *
36767 -T-A--AAT--GGACTTTT-------T-TTTCA-AATGAATGG-CTTTTTTTTCAAATGAATGGC
191 GTGAGTAATAAGG-CTTTTGAAGGAATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGCC
* * * ** * *
36816 TTTTTCTACAAATTTCCTGAGGTGAACATTCAATTATAATCTGTTTT-AGTCAAAAATATAAAAA
255 TTTTTCTTCATATTTCCT-AAGACAACATTCAATTATAATCTGTTTTAACT-AAAAATGT--AAA
* * *
36880 AAAATTGAACTAAAAATCAAATTT-
316 AAAATTCAAATTAAAATC-AATTTG
* * * * * * **
36904 GAGGTAATAAAACCATTTAAAATGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATA-AGTGACCATAAACAGA
1 GAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTAAAAGAATAGA-TGACTATAAATGGA
* * * * * *
36968 CTTTTCTTGTCAATCAATATCTTTTTCTTCACGTTTCTCGAA-GTTGATATTCAATTATAATCTA
65 CTTTTCTTGCCAATGAATACCTTTTTCTTCA--TTTCTC-AAGGTAGACATTCAATTATAATCTG
* * * *
37032 TTTTAACTAAAAATATACAAAGAATTCAACTTAAAATTAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAA
127 TTTTAACCAAAAATGTA-AAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAA
* * * *
37097 GCGAGTAATAACGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAAAGCCT
191 GTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGCCT
* * * * * * * *
37162 TTTTCTTCATGTTTCTTGAGGCAAAAGTTCAATTATAATCTGTTCTAATTTAAAATGTAAAAAAA
256 TTTTCTTCATATTTCCTAAGACAACA-TTCAATTATAATCTGTTTTAACTAAAAATGTAAAAAAA
*
37227 TTCAATTTAAAATCAATTAT-
320 TTCAAATTAAAATCAATT-TG
* * ** * * *
37247 GAGATTATAGAACCATTTAAAGTGAGTAATAAAGCTTTT-CGAGTAATGGGTGACGATAAATGGA
1 GAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTAAAAG-AATAGATGACTATAAATGGA
* ** * * * * * * * *
37311 CTTCTCTTATCAATTAATGCTTTTTTCTTCACATATCTCGAGGTAGATATTCAATTCTAGTCTGT
65 CTTTTCTTGCCAATGAATACCTTTTTCTT--CATTTCTCAAGGTAGACATTCAATTATAATCTGT
* * * * * * **
37376 TTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTTAACTTGAAATAAATTATTAGTTTATAAAACTATTTAAACC
128 TTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGT
* * ** * ** ** ** ** *
37441 AAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCTTCAGTGGTTATAAATGGACTTTTAGTATCAATGGTTGGCTTT
193 GAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGCCTTT
* * * * ** * * *
37506 TGCTTCACATTTCCCAAGGCAAACATTCAATTATAGCCT-TTTTAAATAAAAAATATAAAAAAAG
258 TTCTTCATATTTCCTAAGAC-AACATTCAATTATAATCTGTTTTAACT-AAAAATGTAAAAAAAT
37570 TCAA
321 TCAA
37574 CTTNNNNNNN
Statistics
Matches: 2421, Mismatches: 524, Indels: 221
0.76 0.17 0.07
Matches are distributed among these distances:
327 3 0.00
328 64 0.03
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332 1 0.00
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Consensus pattern (339 bp):
GAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTAAAAGAATAGATGACTATAAATGGAC
TTTTCTTGCCAATGAATACCTTTTTCTTCATTTCTCAAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTT
AACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAG
TAATAAGGCTTTTGAAGGAATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGCCTTTTTC
TTCATATTTCCTAAGACAACATTCAATTATAATCTGTTTTAACTAAAAATGTAAAAAAATTCAAA
TTAAAATCAATTTG
Found at i:35443 original size:170 final size:166
Alignment explanation
Indices: 35007--36616 Score: 538
Period size: 171 Copynumber: 9.4 Consensus size: 166
34997 CATAAATGTA
* * * * ** * *
35007 AAAAAATTCAGA-TTAAAATCAATTATAAGATTATAAAACCATTCAAAGTGAGTAATAAGTCTTT
1 AAAAAATTCA-ACTTAAAATCAATT-TTATATTATAAAATCATTTAAAGCAAGTAAAAAGGCTTT
* *** * * * *
35071 TGAAGGAATGTGTGA-ATATAAAAGGATTTTTCTTACCAATGGAT-ACCTTTTTCTTTATGTTTC
64 TGAAAGAATAACTGACA-ATAAAAAGACTTTTCTTACCAATGGATGA-C-TTTTCCTCATGTTTC
* * * *
35134 TCGAGGTAGACATTCAATTATAGTTTGTTTCAATTAAAAA-TGTA
126 TCAAGGTAGACATTCAATTATAGATT-TTT-AA-CAAAAATTG-C
* * *
35178 AAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATTAGT-TTATAAAACCATTTAAACCAAGTAATAAGGCTTT
1 AAAAAATTCAACTTAAAATCAATT-TTA-TATTATAAAATCATTTAAAGCAAGTAAAAAGGCTTT
* ** * * * ** * * *
35242 CGAAAGCTTGAGTGACTATAAATGGACTTTTCATACCAATGGATGGCTTTTGCCTCATGTTCCTC
64 TGAAAGAATAACTGACAATAAAAAGACTTTTCTTACCAATGGATGACTTTT-CCTCATGTTTCTC
* *
35307 AAGGTAGACATTCAATTATAGCCTTTTTAACCAAAATTGC
128 AAGGTAGACATTCAATTATAG-ATTTTTAACAAAAATTGC
* * *
35347 AAAAAATTTCAACCTAAAATCAATTTTGATATTATAAAATCATTTGAAGCTAGTAAAAAGGCTTT
1 AAAAAA-TTCAACTTAAAATCAATTTT-ATATTATAAAATCATTTAAAGCAAGTAAAAAGGCTTT
* * * * *
35412 TG-AAGAAATAACTGACAATAAAAATACTTTTCTTGCCAATGAATGACTTTTTCTCCATATTTCT
64 TGAAAG-AATAACTGACAATAAAAAGACTTTTCTTACCAATGGATGACTTTTCCT-CATGTTTCT
* * *
35476 -AGAGGTAAACATTCAATTATAATATGTTTTAACTAAAAATTTAC
127 CA-AGGTAGACATTCAATTAT-AGAT-TTTTAAC-AAAAA-TTGC
* * * * * *
35520 AAACAATTCAAATTAAAATCAATTTTAAGATTAT-AAATCCATTTAAAGCGAGTAACAAGGGTTT
1 AAAAAATTCAACTTAAAATCAATTTT-ATATTATAAAAT-CATTTAAAGCAAGTAAAAAGGCTTT
* *** * * * * **
35584 TAAAAGAATGGGT-A-AATATAAATGGACTTTTCTTACCAATGAATGCCTTTTTCTTCACATTTC
64 TGAAAGAATAACTGACAATA-AAA-AGACTTTTCTTACCAATGGATGAC-TTTTCCTCATGTTTC
** * * *
35647 TTGATGTAGACATTCAATTATA-ATTTGTTTTAGCCAAAAATT-T
126 TCAAGGTAGACATTCAATTATAGA--T-TTTTA-ACAAAAATTGC
* * * * * ** * *
35690 ACAAAAATTCAAATTTAATTTAATTTTGAGATTATAAAA-CTATTTAAAGTGAGTAATAAGGCGT
1 A-AAAAATTCAACTTAAAATCAATTTT-ATATTATAAAATC-ATTTAAAGCAAGTAAAAAGGCTT
*** * ** * * * * * * *
35754 TT-AAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCTAATGAATGCCTTTTTCTTCACGTTTG
63 TTGAAA-GAATAACTGACAATAAAAAGACTTTTCTTACCAATGGATGAC-TTTTCCTCATGTTTC
** * * *
35818 TTGAGGTAGATATTCAATTATA-ATTCGTTTTAACTGAAAATGTAC
126 TCAAGGTAGACATTCAATTATAGA-T--TTTTAAC-AAAAAT-TGC
* * * * ** *
35863 AAAGAATTCAAATTTAAATCAATTTTGAGATTATAAAATCATTTAAAGTGAGTAATCAA-GCTTT
1 AAAAAATTCAACTTAAAATCAATTTT-ATATTATAAAATCATTTAAAGCAAGTAA-AAAGGCTTT
* * ** * * * *
35927 T-AAAGGAATGACTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAAT-ATCTTTTTCTTCACGTTTC
64 TGAAA-GAATAACTGACAATAAAAAGACTTTTCTTACCAATGGATGA-C-TTTTCCTCATGTTTC
* * * *
35990 TCACGCTAGACATTCAATTATA-ATCTGTTTTAAC-CAAATATGT
126 TCAAGGTAGACATTCAATTATAGA--T-TTTTAACAAAAAT-TGC
* * * *
36033 AAAAATATTTGAACTTAAAATCAATTTTGAGATTATAAAATAATTTAAAGTGAA--AAATAAGGC
1 AAAAA-A-TTCAACTTAAAATCAATTTT-ATATTATAAAATCATTTAAAG-CAAGTAAA-AAGGC
* * * * * ** * * * *
36096 TTTTG-AAGCAATCGA-TGACTATAAATAGACTTTTCTTGCTAATAAATGTCTTTTTCTTTATAT
61 TTTTGAAAG-AAT-AACTGACAATAAAAAGACTTTTCTTACCAATGGATGAC-TTTTCCTCATGT
*
36159 TTCT--AGTAGTAGACATTCAATTATA-ATCTGTTTTAACTAAAAA-TGTT
123 TTCTCAAG--GTAGACATTCAATTATAGA--T-TTTTAAC-AAAAATTG-C
* * * * * * ** ** **
36206 AAAACATTGAACTAAAAATCAATTTTGAGATAATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATGAGGCTTCC
1 AAAAAATTCAACTTAAAATCAATTTT-ATATTATAAAATCATTTAAAGCAAGTAAAAAGGCTTTT
** * * * * * * * *
36271 GAAAGAATAGGTGACTATAAATAGACCTTTCTTGCTAAT-GATTGCATTTTTCTTCACGTTTCTC
65 GAAAGAATAACTGACAATAAAAAGACTTTTCTTACCAATGGA-TG-ACTTTTCCTCATGTTTCTC
*
36335 AATGTAGACATTCAATTATAG-TCTATGTTAACTAAAAATAT--
128 AAGGTAGACATTCAATTATAGAT-T-T-TTAAC-AAAAAT-TGC
* * * * ** * *
36376 AAAAATATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTGAAAGTGACTAATAAGGCTTT
1 AAAAA-ATTCAACTTAAAATCAATT-TTATATTATAAAATCATTTAAAGCAAGTAAAAAGGCTTT
* *** * ** * * * *
36441 TGAAGGAATAGGAGACCATAAATGGACTTTTCTTCCCAATGAATGGCTTTTTCTACACAT-TTTC
64 TGAAAGAATAACTGACAATAAAAAGACTTTTCTTACCAATGGATGAC-TTTTC--CTCATGTTTC
* * * * *
36505 TGATA--CAGGCATTCAATTATA-ATCTATTTTAACAAAAAATGTA
126 TCA-AGGTAGACATTCAATTATAGA--T-TTTTAACAAAAATTG-C
* * ** * * * *
36548 AAAAAATTTAAATTGAAAATCAATTTTGAGGTAATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTT
1 AAAAAATTCAACTT-AAAATCAATTTT-ATATTATAAAATCATTTAAAGCAAGTAAAAAGGCTTT
36613 TGAA
64 TGAA
36617 GGATTGTGTG
Statistics
Matches: 1164, Mismatches: 193, Indels: 163
0.77 0.13 0.11
Matches are distributed among these distances:
169 22 0.02
170 150 0.13
171 505 0.43
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173 40 0.03
174 3 0.00
ACGTcount: A:0.39, C:0.12, G:0.13, T:0.36
Consensus pattern (166 bp):
AAAAAATTCAACTTAAAATCAATTTTATATTATAAAATCATTTAAAGCAAGTAAAAAGGCTTTTG
AAAGAATAACTGACAATAAAAAGACTTTTCTTACCAATGGATGACTTTTCCTCATGTTTCTCAAG
GTAGACATTCAATTATAGATTTTTAACAAAAATTGC
Found at i:36828 original size:20 final size:20
Alignment explanation
Indices: 36769--36820 Score: 95
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36759 TTATTTAATA
36769 AATGGACTTTTTTTTCAAATG
1 AATGG-CTTTTTTTTCAAATG
36790 AATGGCTTTTTTTTCAAATG
1 AATGGCTTTTTTTTCAAATG
36810 AATGGCTTTTT
1 AATGGCTTTTT
36821 CTACAAATTT
Statistics
Matches: 31, Mismatches: 0, Indels: 1
0.97 0.00 0.03
Matches are distributed among these distances:
20 26 0.84
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ACGTcount: A:0.25, C:0.10, G:0.15, T:0.50
Consensus pattern (20 bp):
AATGGCTTTTTTTTCAAATG
Found at i:37495 original size:171 final size:171
Alignment explanation
Indices: 36843--37461 Score: 609
Period size: 171 Copynumber: 3.6 Consensus size: 171
36833 TGAGGTGAAC
* * * *
36843 ATTCAATTATAATCTGTTTT-AGTCAAAAATATAAAAAAAAATTGAACTAAAAATCAAATT-TGA
1 ATTCAATTATAATCTGTTTTAACT-AAAAATGT--AAAAAAATTCAACTTAAAAT-AAATTATGA
* * ** * * ** * **
36906 GGTAATAAAACCATTTAAAATGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATAAGTGACCATAAACAGACTT
62 GATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAAGCTTTCGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTT
* * * * *
36971 TTCTTGTCAATCAATA-TCTTTTTCTTCACGTTTCTCGAAGTTGAT
127 TTCTTATCAATGAA-AGCCTTTTTCTTCACGTTTCTCGAGGTAGAT
* * * *
37016 ATTCAATTATAATCTATTTTAACTAAAAATATACAAAGAATTCAACTTAAAATTAATTATGAGAT
1 ATTCAATTATAATCTGTTTTAACTAAAAATGTA-AAAAAATTCAACTTAAAATAAATTATGAGAT
* *
37081 TATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAACGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTC
65 TATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAAGCTTTCGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTC
** * * * *
37146 TTGCCAATGAAAGCCTTTTTCTTCATGTTTCTTGAGGCA-AA
130 TTATCAATGAAAGCCTTTTTCTTCACGTTTCTCGAGGTAGAT
* * * * *
37187 AGTTCAATTATAATCTGTTCTAATTTAAAATGTAAAAAAATTCAATTTAAAATCAATTATGAGAT
1 A-TTCAATTATAATCTGTTTTAACTAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATAAATTATGAGAT
* * * * *
37252 TATAGAACCATTTAAAGTGAGTAATAAAGCTTTTCG-AGTAATGGGTGACGATAAATGGACTTCT
65 TATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAAGC-TTTCGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTT
* * * * *
37316 CTTATCAATTAATGCTTTTTTCTTCACATATCTCGAGGTAGAT
129 CTTATCAATGAAAGCCTTTTTCTTCACGTTTCTCGAGGTAGAT
* * * * * * *
37359 ATTCAATTCTAGTCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTTAACTTGAAATAAATTATTAGTTT
1 ATTCAATTATAATCTGTTTTAACTAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATAAATTATGAGATT
* * * *
37424 ATAAAACTATTTAAACCAAGTAATAAGGCTTTCGAAGG
66 ATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAAGCTTTCGAAGG
37462 CTTCAGTGGT
Statistics
Matches: 368, Mismatches: 70, Indels: 18
0.81 0.15 0.04
Matches are distributed among these distances:
170 5 0.01
171 195 0.53
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ACGTcount: A:0.40, C:0.12, G:0.13, T:0.36
Consensus pattern (171 bp):
ATTCAATTATAATCTGTTTTAACTAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATAAATTATGAGATT
ATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAAGCTTTCGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCT
TATCAATGAAAGCCTTTTTCTTCACGTTTCTCGAGGTAGAT
Found at i:38407 original size:171 final size:171
Alignment explanation
Indices: 37677--40621 Score: 2161
Period size: 171 Copynumber: 17.2 Consensus size: 171
37667 NNNNNNNNNN
* * * * * *
37677 TGAGATTATAAAACCATTTAAGGTGAGTAATAAGGCTTTTAAAGAAATAGGTGATTATAAATGGA
1 TGAGATTATAAAACCATTTAAAGTAAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGA
* * * * * * * * * * *
37742 CTTTTCTTGTCAATGAATGCATTTTTCTTCAAGTTT-TTCGAGGAAGACATTCAATTCTAATCTA
66 TTTTTCTTGCCAATGAATACCTTTTTCTTCACGTTTCCT-AAGGCATACATTCAATTATAATCTG
* * * *
37806 TTTTAACTAAAAATGTACAAAGAATTCAAACTAAAATCAATTT
130 TTCTAACTAAAAATGTA-AAAAAATTCAACCTAAAATCAATTA
* * * * * *
37849 TGAGGTTATAAATCCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTAGAAGGAATGGATGACTATAAATAGA
1 TGAGATTATAAAACCATTTAAAGTAAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGA
* * ** * * * * * ** *
37914 TTTTTATTACCAAAAAATGCATTTTTCTTCATGTTT-CTCGAGGTAGGCATTCAATTATAATTTG
66 TTTTTCTTGCCAATGAATACCTTTTTCTTCACGTTTCCT-AAGGCATACATTCAATTATAATCTG
* * * * * *
37978 TTTTAA-TAAAAAAATGTAGAAAGAATTGAAACTAATATCAATTT
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* * * * * * * *
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1 TGAGATTATAAAACCATTTAAAGTAAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGA
* * * * * * * * * * * *
38087 CTGTTATTGCCAGTAAATGCATTTTTCTTTC-TGTTT-CTCGACGCAGACATTTAATTATAATCT
66 TTTTTCTTGCCAATGAATACCTTTTTC-TTCACGTTTCCT-AAGGCATACATTCAATTATAATCT
* * * * ** * *
38150 GTTTTAGCTAAAAATGTTCAAAGAATTCAAAATAAAGTCAATTT
129 GTTCTAACTAAAAATG-TAAAAAAATTCAACCTAAAATCAATTA
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1 TGAGATTATAAAACCATTTAAAGTAAGTAATAAG-GCTTTTGAAGGAATGGGTGACT-ATAAATG
* * * *
38257 GATTTTTCATGCCAATGAATACTTTTTTCTTGACGTTTCCTAGGGCATACATTCAATTATAA-CA
64 GATTTTTCTTGCCAATGAATACCTTTTTCTTCACGTTTCCTAAGGCATACATTCAATTATAATC-
** * *
38321 TACTCTAACCAAAAATATAAAAAAATTCAACCTAAAATCAATTA
128 TGTTCTAACTAAAAATGTAAAAAAATTCAACCTAAAATCAATTA
* * * * *
38365 TGAGATTATAAACCCAATT-AATTCAAGTAATAAGGCTTTTGAAAGAATGCGTGACTATAAATGG
1 TGAGATTATAAAACCATTTAAAGT-AAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGG
** * *
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65 ATTTTTCTTGCCAATGAATACCTTTTTCTTCACGTTTC-CTAAGGCAT-ACATTCAATTATAATC
* **
38492 TGTTCTAACTAAAAATGTAAAAATATTCAACCTAAAATTGATTA
128 TGTTCTAACTAAAAATGTAAAAAAATTCAACCTAAAATCAATTA
* * * * * * *
38536 TTAGATTGTAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTAAAAGAATGGGTGAGTGTAAATGGA
1 TGAGATTATAAAACCATTTAAAGTAAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGA
* * * * * *
38601 CTTTTCTTGCCAATGAATATCTTTTTCTTCACGTTTCTTAAGGTAGACATTCAATTATAATTTGT
66 TTTTTCTTGCCAATGAATACCTTTTTCTTCACGTTTCCTAAGGCATACATTCAATTATAATCTGT
* * * * *
38666 TTTAACTAAAAATGTAAAAAAAAT-GACTTAAAATCAATTT
131 TCTAACTAAAAATGTAAAAAAATTCAACCTAAAATCAATTA
* * * * ** * * *
38706 TGAGATTATAAAACTA-TTAAAATCGATTAATAAAACTTTTGAAGGTATAGGTGACTATAAATAG
1 TGAGATTATAAAACCATTTAAAGT-AAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGG
* * * * * * ** * * * *
38770 ACTTTTCTTGACAATAAATGCCTTTTTCTTTA-TTTTTTTGAGGTAGACATTCAATTATAATTTG
65 ATTTTTCTTGCCAATGAATACCTTTTTCTTCACGTTTCCTAAGGCATACATTCAATTATAATCTG
* * * * *
38834 TTTTTA-TAAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTT
130 TTCTAACT-AAAAATGTAAAAAAATTCAACCTAAAATCAATTA
* **
38876 TGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAA-TAATAAGACTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATAA
1 TGAGATTATAAAACCATTTAAAGT-AAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGG
* * * * * *
38940 ATTTTTTTTTCCAATGAATACTTTTTTCTTCACGTTTCATAAGGCATGCATTCAATTATAATCTA
65 ATTTTTCTTGCCAATGAATACCTTTTTCTTCACGTTTCCTAAGGCATACATTCAATTATAATCTG
* * * **
39005 TTCTAACCAAAAATGCAAAAAAATTCAACTTAAGCTCAATTA
130 TTCTAACTAAAAATGTAAAAAAATTCAACCTAAAATCAATTA
* * * * * *
39047 TGAGATTATAAAGCCCTTTAATGCAGGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATAGGTGACTATAAATGGT
1 TGAGATTATAAAACCATTTAAAGTAAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGG-
* * * * * * *
39112 CTTTTTCTTGCCAATAAATACTTTTTTGTTCATGTTTCC-AAGGTAGACATTCAATTATAATCTG
65 ATTTTTCTTGCCAATGAATACCTTTTTCTTCACGTTTCCTAAGGCATACATTCAATTATAATCTG
* * ** *
39176 TTCTAACTAAAAATATAAAAAAA-TCAATCT-AAAGGAAATA
130 TTCTAACTAAAAATGTAAAAAAATTCAACCTAAAATCAATTA
* * * * *
39216 TGAGATTATAAAGCCATTT-AA-TATGATAATAAGGTTTTTGAAGGAATAGATGACTATAAATGG
1 TGAGATTATAAAACCATTTAAAGTAAG-TAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGG
*** ** * * * * **
39279 GCATTTCTTATCAATGAATACC-TTCTCTTTCATGTTTCCCAAGG-TTGACATAGAATTATAATC
65 ATTTTTCTTGCCAATGAATACCTTTTTC-TTCACGTTTCCTAAGGCAT-ACATTCAATTATAATC
* *
39342 TGTTCTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACCTACAATCAATTA
128 TGTTCTAACTAAAAATGTAAAAAAATTCAACCTAAAATCAATTA
* * * *
39386 TGAGATTATAAAATCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTAAAGGAATGGGTGAGTATAAATGGA
1 TGAGATTATAAAACCATTTAAAGTAAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGA
* * * * * * *
39451 CTTTTCTTGCCAATGAATGCCTTTTTCTTCACATTT-CTCAATGTAAACATTCAATTATAATTTG
66 TTTTTCTTGCCAATGAATACCTTTTTCTTCACGTTTCCT-AAGGCATACATTCAATTATAATCTG
* * *
39515 TTTTAACTAAAAATGTTAAAAAAAATT-AAGCTTAAAATCAATTT
130 TTCTAACTAAAAATG-T-AAAAAAATTCAA-CCTAAAATCAATTA
* * * *** * * * ** * *
39559 TGAGATTATCAAACTATTAAAAACGAGTAATAAAGCTTTTAAAGGTATAAGTGACTATGAATAGA
1 TGAGATTATAAAACCATTTAAAGTAAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGA
* *** * * * * ** * * *
39624 CTTTTCTCAACAATGAATGCCCTTTTCTTCATGTTTTCTGTGGTAGACATTCAATTATAATTTGT
66 TTTTTCTTGCCAATGAATACCTTTTTCTTCACGTTTCCTAAGGCATACATTCAATTATAATCTGT
* * * * *
39689 TTTTA-TAAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATTAATTT
131 TCTAACT-AAAAATGTAAAAAAATTCAACCTAAAATCAATTA
* * *
39730 TGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGACTTTTGAAGGAATGAGTGACTATAAATGGA
1 TGAGATTATAAAACCATTTAAAGTAAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGA
* * * *
39795 CTTTTT-TTGCCAATGAATACGTTTTTCTTCATGTTTCCTAGGGCATATATTCAATTATAATCTG
66 -TTTTTCTTGCCAATGAATACCTTTTTCTTCACGTTTCCTAAGGCATACATTCAATTATAATCTG
** *
39859 CCCTAACTAAAAATATAAAAAAATTCAACCTAAAATCAATTA
130 TTCTAACTAAAAATGTAAAAAAATTCAACCTAAAATCAATTA
* * * * * * * * *
39901 TGAGATTATAAAGCTATTTAATGTAGGTAATAATGCTTTCGAAGGAATAGGTAACTATAAATGGG
1 TGAGATTATAAAACCATTTAAAGTAAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGA
* * * *
39966 CTTTTCTTGCCAATGAATACCTTTTTCTTCACGTTTTCC-AAGGCAAATATTCAATTATAATCTA
66 TTTTTCTTGCCAATGAATACCTTTTTCTTCACG-TTTCCTAAGGCATACATTCAATTATAATCTG
* * *
40030 TTCTAACTAAAAATG-AAAAAAATTCAATCTAAAATGAAATA
130 TTCTAACTAAAAATGTAAAAAAATTCAACCTAAAATCAATTA
* * * * * **********
40071 TGAGATTATAAAGCCATTTCATGTGAGTAATAAAGCTTTTGAAGGAATGNNNNNNNNNNAATGGA
1 TGAGATTATAAAACCATTTAAAGTAAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGA
* * * * * * *
40136 CTTTTCTTGCTAATGAATGCCTTCTTCTTCACATTTTCC-AAGG-TTGACATAT-AATTATAATT
66 TTTTTCTTGCCAATGAATACCTTTTTCTTCAC-GTTTCCTAAGGCAT-ACAT-TCAATTATAATC
* ***********
40198 TGTTCTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAGNNNNNNNNNNATTA
128 TGTTCTAACTAAAAATGTAAAAAAATTCAACCTAAAATCAATTA
* ** * * * *
40242 TGAGATTATAAAACCATTTAACGTGTGTAGTCAGGTTTTTAAAGGAA-GGGTGACTATAAATGGA
1 TGAGATTATAAAACCATTTAAAGTAAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGA
* ** ********** * *
40306 CTTTTCTTGCCAATGAATGTCTNNNNNNNNNNGTTT-CTCAAGGTAGACATTCAATTATAATCTG
66 TTTTTCTTGCCAATGAATACCTTTTTCTTCACGTTTCCT-AAGGCATACATTCAATTATAATCTG
* * * * *
40370 TTTTAA-AAAAAATATAAAAAAATTCAACCTAAAAACAATTT
130 TTCTAACTAAAAATGTAAAAAAATTCAACCTAAAATCAATTA
* * *
40411 TGAGAATATAAAACCATGTAAAGTGAA-TAATAAGACTTTTGAAGGAAT-GGTGACTATAAATGG
1 TGAGATTATAAAACCATTTAAAGT-AAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGG
********** * * *
40474 ACTTTTT-TTNNNNNNNNNNACTTTTTTCTTCACGTTTCAT-AGTGCATGCATTCAATTATAATC
65 A-TTTTTCTTGCCAATGAATACCTTTTTCTTCACGTTTCCTAAG-GCATACATTCAATTATAATC
** * * * ** * **
40537 TACTATAACCAAAAGTACAAAAAAATTCAACTTAAGCTCAATTA
128 TGTTCTAACTAAAAATGTAAAAAAATTCAACCTAAAATCAATTA
* * *
40581 TGAGATTATAAAGCCATTTAATGCAAGTAATAAGGCTTTTG
1 TGAGATTATAAAACCATTTAAAGTAAGTAATAAGGCTTTTG
40622 NNNNNNNNNN
Statistics
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Matches are distributed among these distances:
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Consensus pattern (171 bp):
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TCTAACTAAAAATGTAAAAAAATTCAACCTAAAATCAATTA
Found at i:39908 original size:854 final size:850
Alignment explanation
Indices: 37677--40324 Score: 3117
Period size: 854 Copynumber: 3.1 Consensus size: 850
37667 NNNNNNNNNN
* * * *
37677 TGAGATTATAAAACCATTTAAGGTGAGTAATAAGGCTTTTAAAGAAATAGGTGATTATAAATGGA
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* * * * * * * *
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* * * * *
37806 TTTTAACTAAAAATGTACAAAGAATTCAAAC-TAAAATCAATTTTGAGGTTATAAATCCATTTAA
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** * * * * * *
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* * *
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* * * * * *
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* * * * * * * *
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* * * * * * * * * * *
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* * * * *
38189 AATTTTGAGATTATAAAACCATTTAAAGTAAGTAATAAGAG-TTTTGAAGGAATGGGTGA-TGAT
507 AATTATGAGATTATAAAGCCATTTAATGTAGGTAATAAG-GCTTTTGAAGGAATAGGTGACT-AT
* * * * *
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570 AAATGGCTTTTTCTTGCCAATGAATACTTTTTTCTTCACGTTTCC-AAGGCAAACATTCAATTAT
* * * * * *
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* * * *
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* * * ** * *
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* **
38510 AAAAATATTCAACCTAAAATTGATTA
825 AAAAAAATTCAACCTAAAATCAATTA
* * * *
38536 TTAGATTGTAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTAAAAGAATGGGTGAGTGTAAATGGA
1 TGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTAAAGGAATGGGTGAGTATAAATGGA
** * * *
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* *
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* * * *
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* * *
38795 TTCTTTAT-TTTTTTGAGGTAGACATTCAATTATAATTTGTTTTTATAAAAAATATAAAAAAATT
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*
38859 CAACTTAAAATCAATTTTGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAATAATAAGACTTTTGAAGGAAT
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* * * * * * * * *
38924 GGGTGACTATAAATAAATTTTTTTTTCCAATGAATACTTTTTTCTTCACGTTTCATAAGGCATGC
389 GAGTGACTATAAATGAACTTTTTTTGCCAATGAATACATTTTTCTTCATGTTTCCTAGGGCATAC
* * ** * **
38989 ATTCAATTATAATCTATTCTAACCAAAAATGCAAAAAAATTCAACTTAAGCTCAATTATGAGATT
454 ATTCAATTATAATCTGTTCTAACTAAAAATATAAAAAAATTCAACATAAAATCAATTATGAGATT
* *
39054 ATAAAGCCCTTTAATGCAGGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATAGGTGACTATAAATGGTCTTTTTC
519 ATAAAGCCATTTAATGTAGGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATAGGTGACTATAAATGG-CTTTTTC
* * * * * *
39119 TTGCCAATAAATACTTTTTTGTTCATGTTTCCAAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTCTAACT
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*
39184 AAAAATATAAAAAAATCAATCT-AAAGGAAATATGAGATTATAAAGCCATTTAATATGA-TAATA
648 AAAAATATAAAAAAATCAATCTAAAATGAAATATGAGATTATAAAGCCATTTAAT-TGAGTAATA
* * *
39247 AGGTTTTTGAAGGAATAG-ATGACTATAAATGGGCATTTCTTATCAATGAATACCTTCTCTTTCA
712 AGGCTTTTGAAGGAAT-GCATGACTATAAATGGGCTTTTCTTACCAATGAATACCTTCTCTTTCA
*
39311 TGTTTCCCAAGGTTGACATAGAATTATAATCTGTTCTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACCTA
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*
39376 CAATCAATTA
841 AAATCAATTA
*
39386 TGAGATTATAAAATCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTAAAGGAATGGGTGAGTATAAATGGA
1 TGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTAAAGGAATGGGTGAGTATAAATGGA
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66 CTTTTCTTGCCAATGAATGCCTTTTTCTTCACATTTCTCAA-GTAAACATTCAATTATAATTTGT
39516 TTTAACTAAAAATGTTAAAAAAAATTAAGCTTAAAATCAATTTTGAGATTATCAAACTATTAAAA
130 TTTAACTAAAAATG-TAAAAAAAATTAA-CTTAAAATCAATTTTGAGATTAT-AAACTATTAAAA
* * * * *
39581 ACGAGTAATAAAGCTTTTAAAGGTATAAGTGACTATGAATAGACTTTTCTCAACAATGAATGCCC
192 ACGAGTAATAAAGCTTTTAAAGGTATAGGTGACTATAAATAGACTTTTCTTAACAATAAATGCCT
*
39646 TTTTCTTCATGTTTTCTGTGGTAGACATTCAATTATAATTTGTTTTTATAAAAAATGTAAAAAAA
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*
39711 TTCAACTTAAAATTAATTTTGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGACTTTTGAAGGA
322 TTCAACTTAAAATCAATTTTGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGACTTTTGAAGGA
* *
39776 ATGAGTGACTATAAATGGACTTTTTTTGCCAATGAATACGTTTTTCTTCATGTTTCCTAGGGCAT
387 ATGAGTGACTATAAATGAACTTTTTTTGCCAATGAATACATTTTTCTTCATGTTTCCTAGGGCAT
* ** *
39841 ATATTCAATTATAATCTGCCCTAACTAAAAATATAAAAAAATTCAACCTAAAATCAATTATGAGA
452 ACATTCAATTATAATCTGTTCTAACTAAAAATATAAAAAAATTCAACATAAAATCAATTATGAGA
* * * *
39906 TTATAAAGCTATTTAATGTAGGTAATAATGCTTTCGAAGGAATAGGTAACTATAAATGGGC-TTT
517 TTATAAAGCCATTTAATGTAGGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATAGGTGACTATAAAT-GGCTTTT
* *
39970 TCTTGCCAATGAATACCTTTTTCTTCACGTTTTCCAAGGCAAATATTCAATTATAATCTATTCTA
581 TCTTGCCAATGAATACTTTTTTCTTCACG-TTTCCAAGGCAAACATTCAATTATAATCTATTCTA
* *
40035 ACTAAAAATGA-AAAAAATTCAATCTAAAATGAAATATGAGATTATAAAGCCATTTCATGTGAGT
645 ACTAAAAAT-ATAAAAAAATCAATCTAAAATGAAATATGAGATTATAAAGCCATTTAAT-TGAGT
* ********** * * * *
40099 AATAAAGCTTTTGAAGGAATGNNNNNNNNNNAATGGACTTTTCTTGCTAATGAATGCCTTCTTCT
708 AATAAGGCTTTTGAAGGAATGCATGACTATAAATGGGCTTTTCTTACCAATGAATACCTTC-TCT
* * *
40164 TCACAT-TTT-CCAAGGTTGACATATAATTATAATTTGTTCTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCA
772 T-TCATGTTTCCCAAGGTTGACATACAATTATAATCTGTTCTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCA
***********
40227 GNNNNNNNNNNATTA
836 ACCTAAAATCAATTA
* * * * * *
40242 TGAGATTATAAAACCATTTAACGTGTGTAGTCAGGTTTTTAAAGGAA-GGGTGACTATAAATGGA
1 TGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTAAAGGAATGGGTGAGTATAAATGGA
40306 CTTTTCTTGCCAATGAATG
66 CTTTTCTTGCCAATGAATG
40325 TCTNNNNNNN
Statistics
Matches: 1528, Mismatches: 232, Indels: 62
0.84 0.13 0.03
Matches are distributed among these distances:
850 255 0.17
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ACGTcount: A:0.38, C:0.12, G:0.13, T:0.36
Consensus pattern (850 bp):
TGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTAAAGGAATGGGTGAGTATAAATGGA
CTTTTCTTGCCAATGAATGCCTTTTTCTTCACATTTCTCAAGTAAACATTCAATTATAATTTGTT
TTAACTAAAAATGTAAAAAAAATTAACTTAAAATCAATTTTGAGATTATAAACTATTAAAAACGA
GTAATAAAGCTTTTAAAGGTATAGGTGACTATAAATAGACTTTTCTTAACAATAAATGCCTTTTT
CTTCATGTTTTCTGAGGTAGACATTCAATTATAATTTGTTTTTATAAAAAATGTAAAAAAATTCA
ACTTAAAATCAATTTTGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGACTTTTGAAGGAATGA
GTGACTATAAATGAACTTTTTTTGCCAATGAATACATTTTTCTTCATGTTTCCTAGGGCATACAT
TCAATTATAATCTGTTCTAACTAAAAATATAAAAAAATTCAACATAAAATCAATTATGAGATTAT
AAAGCCATTTAATGTAGGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATAGGTGACTATAAATGGCTTTTTCTTG
CCAATGAATACTTTTTTCTTCACGTTTCCAAGGCAAACATTCAATTATAATCTATTCTAACTAAA
AATATAAAAAAATCAATCTAAAATGAAATATGAGATTATAAAGCCATTTAATTGAGTAATAAGGC
TTTTGAAGGAATGCATGACTATAAATGGGCTTTTCTTACCAATGAATACCTTCTCTTTCATGTTT
CCCAAGGTTGACATACAATTATAATCTGTTCTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACCTAAAATC
AATTA
Found at i:41112 original size:171 final size:170
Alignment explanation
Indices: 40935--42637 Score: 1359
Period size: 171 Copynumber: 10.0 Consensus size: 170
40925 NNNNNNNNNT
* *
40935 AATTGATTTTATATTGAATTTTTTTACATTTTTAGTTAGAACAGATTACAATTGAATGTCTGCCC
1 AATTGATTTTA-ATTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAGAACAGATTATAATTGAATGTCT-CCC
* * * * **
41000 TCAGATACGTGAAGAAAAAGGTATTTATTAGCAAAAAAAGTTCATTTATAGTCACCCCCTCCTTC
64 TCAGAAACGTGAAGAAAAAGGTATTCATTAGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTC
** ** * *
41065 AAAAGTTTTATTACTTGCTTTAAATGGTCTTATAAAGC-CAA
129 AAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAAATCTCAA
* * * **
41106 AATTGATTTTAGTTTGAATTCGTTGTACA-TTTTGGTTA-AGACAGATTATAATTGAATGTCTAT
1 AATTGATTTTA-ATTGAATT-TTTTTACATTTTTGGTTAGA-ACAGATTATAATTGAATGTCTCC
* * * * ***
41169 CTCAAGAAACGTGAAGAAAAAGGCATTTATTGGTAAGAAAAGTCCATTTATAGTCATTTATTCCT
63 CTC-AGAAACGTGAAGAAAAAGGTATTCATTAGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCT
* * * * *
41234 TTAAAATCCTTATTACTCACATTAAATGGCTTTAT-AATCTCAT
127 TCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAAATCTCAA
* * * * * * * *
41277 ATTTCATTTCAGATTAAATTTTTTTACA-TGTTGGTTAGAACAAATTATAATTGAATATCTGCCT
1 AATTGATTTTA-ATTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAGAACAGATTATAATTGAATGTCTCCCT
* * * * *
41341 TAGGAAACGTGAAGAAAAAGATAATCATTAGCAAGAAAAGCCCATTTGTAGTCACCCATTCCTTC
65 CA-GAAACGTGAAGAAAAAGGTATTCATTAGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTC
** * *
41406 AAAAGCCTTATTACTTGCATTAAATGGTTTTAT-AATCTCAC
129 AAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAAATCTCAA
* * * ** * *
41447 AATTGATTTTAGGTAGAGTTTTTTGGCATTTTTGGTTAGAGCAGATTATAATTGAATGTTTGCCC
1 AATTGATTTTA-ATTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAGAACAGATTATAATTGAATGTCT-CCC
* * * *
41512 T-AGGAAACGTGAAGAAAAAGGTACTCA-TCGACTAA-AAGAGTCCATTTATAGTCACCCATTAC
64 TCA-GAAACGTGAAGAAAAAGGTATTCATTAG-C-AAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCC
*
41574 TTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATAGTTTTAT-AATCTCAA
126 TTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAAATCTCAA
* * * ** ** * *
41618 AATTCATTTTAAGCTAAATTTTTTTGTATTTTTTTATTTA-AACAGATTATAATTGATTGTCTAC
1 AATTGATTTTAA-TTGAA-TTTTTT-TACATTTTTGGTTAGAACAGATTATAATTGAATGTCTCC
* * * * *
41682 CTCAAGAAATGTGAAGAAAAAGGCATTCATT-GTCAAAAAAAGTCCATTTATAGTCACCTATACC
63 CTC-AGAAACGTGAAGAAAAAGGTATTCATTAG-CAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCC
* * ** ** * *
41746 TTCAAAAACCTTATTAATCGTTTTTTATGGTTTTGT-AAGCTCAA
126 TTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAAATCTCAA
* * * * * * * *
41790 AA-TGTATTTTAAGTTCAATTTTTTTGCATTTTTGATTAAAATAGACTATAATTAAATGTATACC
1 AATTG-ATTTTAA-TTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAGAACAGATTATAATTGAATGTCT-CC
* * * * * *
41854 TTGAGAAACGTGAAGAAAAA-CTCATTCATTAGCAAGAAAAGTCTATTTATAG-CAATCCATTCG
63 CTCAGAAACGTGAAGAAAAAGGT-ATTCATTAGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTC-ACCCATTCC
* * *
41917 TT-TAAAGCCTTATTACTCACTTTAATTGGTTTTAT-AATTTCAA
126 TTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAAATCTCAA
* * * * ** *
41960 AATTGATTTAAATTTGAATTCTTTGTACATTTTTGGTTAAAACAGACTGGAATTGAATCTCTACC
1 AATTGATTTTAA-TTGAATT-TTTTTACATTTTTGGTTAGAACAGATTATAATTGAATGTCT-CC
* * ** * * * *
42025 TTGAGAAATATGAAGAAAAAAGTATTCATTAGTAAGAAAAGTCCATTTATAATCACCCATACCTT
63 CTCAGAAACGTGAAGAAAAAGGTATTCATTAGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTT
* * * * * *
42090 CAAAAGCCTCATTACTTACTTTAAATGGTTTCAT-AGTGTCAT
128 CAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAAATCTCAA
* * * * * * ***
42132 AATTCATTTTAAGTTGAATTATTTTATATTTTTGGTTAAAACAGACTATAATTGAATATCTATAT
1 AATTGATTTTAA-TTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAGAACAGATTATAATTGAATGTCTCCCT
* * * * * * *** *
42197 CAAGAAACATAAAGAAAAAGGCATTCATTGGCAAGAAAAGTTCTTTTATAGTCACTTGTTCTTTC
65 C-AGAAACGTGAAGAAAAAGGTATTCATTAGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTC
* * * *
42262 AAAAGCCTTATTACTCACTTTAAACGATTTTATAATTC-CAT
129 AAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAAATCTCAA
** * * *
42303 AATTGATTTTTGGTTGAATTTTTTTACACTTTTGGTTAGAACAGATTAGAATTGAATGTCATCCT
1 AATTGA-TTTTAATTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAGAACAGATTATAATTGAATGTC-TCCC
** * * * * * *
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64 TCAGAAACGTGAAGAAAAAGGTATTCATTAGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTC
* * * *
42433 AAAAGCCTTATTACTCACATTAAATGGCTTTGT-AATCTCAT
129 AAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAAATCTCAA
* * * *
42474 ATTTCATTTTAGATTGAA-TTTTTTATATTTTTGGTTAGAACAGATTATAATTGAATGTCTACCT
1 AATTGATTTTA-ATTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAGAACAGATTATAATTGAATGTCTCCCT
* * * * * * *
42538 CGGGAAACATGAAGAAAAAGGTATTTC-TTGGCACGAAAAGACCATTTCTAGTCACCTATTCCTT
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* *
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* * ** * * *
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**** * * **
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* * *
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** * *
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1 AAGCATTTAATTATAATCTGTTATAACAAAAAATGTAAAAAGAATTCAAATTAAAATCAATATGG
* * *
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*
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TTTTTTTTCAAATGAATGCATTTTTCTTCACCTTTCTCGAGG
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52665 GTAGATTTTT
* * * * *
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* * * * * ** * * *
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* * * * * *
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*** * * * *
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* * * * * *
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** ** *
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* * *
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* * *
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** * * ** *
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* * * * *
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* * * *
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* ** *
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** * * * * *
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* ** *
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* * * *
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* * * *
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* * * * *
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* * *
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** * *
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* * * *
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* * * * * ** * *
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*
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* * * * *
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** ** * ** *
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* * * * * * *
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* * * * * * * *
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* * * ** *
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* * ** * * *
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1 AATTATAATCTGTTTTAACTAAAAATGTAAA-AAAATTCAACTTAAAATCAATTTTGAGATTATA
* * * * *
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* * *
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* * *
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1 AATTATAATCTGTTTTAACTAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTTTGAGATTATAA
* * * * *
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66 AACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGAGATGACTATAAATGGACTTTTCTTTC
* ** * * * *
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131 CAATGAATGGC-TTTT-TTTAC-ATG-TTTCTTAA-G-A--CA--AGCA-TTC
* * * * * *
54556 AACTATAATTTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTTAACTTAAAATGAATTTTAAGATTATAA
1 AATTATAATCTGTTTTAACTAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTTTGAGATTATAA
* * *
54621 AACCATTTAAGGCGAGCAATAAGGCTTTTGAAGGAATGAGA-GACTATAAATGGACTTTTCTTT-
66 AACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGAGATGACTATAAATGGACTTTTCTTTC
* * * * * *
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* * * * * *
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1 AATTATAATCTGTTTTAACT-AAAAATGTAAAAAAATTCAACT-TAAAATCAATTTTGAGATTAT
*
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* * * * * *
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* ** * * *
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1 AATTATAATCTGTTTTAACTAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATT-TTGAGATTATA
* ** ** ** * ** * * * *
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* * * * * * * *
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130 CCAATGAATGGCTTTT-TTTACATGTTTCTTAAGACAAGCATTC
* * * *
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* * * * *
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* ** ** *
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* * * * *
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1 AATTATAATCTGTTTTAACT-AAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTTTGAGATTATA
* * * * * * **
55311 AAACCAATTAAAGCGAGTGATAAGGCTTTTGAGGGAATG-GGTGAATATAAATTTACTTTTCTTG
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* ** * ** *
55375 T-CAATGAATGCCTTTTTCTT-CACCTTTCTCAAGGTAAACATTC
129 TCCAATGAATGGCTTTTT-TTACATGTTTCTTAAGACAAGCATTC
* * * *
55418 AATTATAATCTATTTGAA-TCAAAAAT-TAAAAAAGAAATTGAACTTAAAATCAATTATGAGATT
1 AATTATAATCTGTTTTAACT-AAAAATGT--AAAA-AAATTCAACTTAAAATCAATTTTGAGATT
* * * * * *
55481 ATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAAGAAT-AGGTAACTATAAATGAACTTTTC
62 ATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGAGATGACTATAAATGGACTTTTC
* * * * * **
55545 TTGCCAATTAATGCCTTTTTCTT-CACGTTTCTCAAG-GTAGACATTC
127 TTTCCAATGAATGGCTTTTT-TTACATGTTTCTTAAGACAAG-CATTC
* * * * *
55591 AATTATAATATGTTTTAACCAAAAATATAAAAAATTTCAAGTTAAAATCAATTTTGAGATTATAA
1 AATTATAATCTGTTTTAACTAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTTTGAGATTATAA
* ** * *
55656 AACTATTCGAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGAGCA--ACTATAAATAGACTTTTCTTG
66 AACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGAG-ATGACTATAAATGGACTTTTCTTT
* * * * * * * *
55719 CCAATGAACT-CCTTTCTCTGCAAGTTTCATAAGGC-AGACATTT
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* * * * * *
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* * * *
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* * * * * *
55887 TCAAAATAAATGGCTTTTCTTGGACA--TTTCTCAAGATAAGAATTC
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* * *
55932 AATTATAATCTATTTTAACTAAAAATGTAAAAAGAATTCAAATTAAAATCAATTTGGAGATTATA
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65 AAACCATTT
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Statistics
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Found at i:53819 original size:344 final size:340
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52823 TCGTTCCCTA
* *** * * *
52833 AGACAAACATTCAATTATTGCCTTTTTTAACTAAAAATTTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATT
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* * * * * *
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66 TTGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAAGCTTTTGAAGGAATGAGAGACTATAAATGG
* * * *
52963 ACTTTTCTTGCCAATGAATGGCTTTTTCTTCACATTTCTCGAGGTAAACATTCAATTATAATCTA
131 ACTTTTCTT-CCAATGAATGGCTTTTTCTT-ACGTTTCTCAAGGCAAGCATTCAATTATAATCT-
* * * * *
53028 G-TTTAACTGAAAATGTAAAAA-AGTTCAACTTCAAATCAATTTTGAGATTATAAAACCATTTAA
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* * * * *
53091 AGTGAGTAATAGGGCTTTTGAAGGAAT-GACTGACTATAAATGGACTTTTCTTACCAATGAATAC
258 AGTCAGTAATAAGGCTTTTAAAGGAATGGA-TGACTATAAATGGACTTTT-TTTCCAATGAATAG
* **
53155 CTCTTTCTT-CACATTTCTTG
321 CT-TTTTTTGCATGTTTCTTG
** * * * * ** *
53175 AGGTAAACATTCAATTATAATCTGTTTTAACTCAAAATATAATAAAATTCTGATTAAAATCACTT
1 AGACAAGCATTCAATTATAATCTGTTTTAACTAAAAATGTAAAAAAATTCAAATTAAAATCAATT
* ** * **
53240 TTGAGATTATAAAACTATTTAAAGTGAGTAATTGAGCTTTTGAAGCAATGATTGACTATAAATGG
66 TTGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAAGCTTTTGAAGGAATGAGAGACTATAAATGG
** * *
53305 AC-TTTCTTGCCAATGAATACCTTTTTCTTCACGTTTCTTAAGAC-AGACATTCAATTATAATCT
131 ACTTTTCTT-CCAATGAATGGCTTTTTCTT-ACGTTTCTCAAGGCAAG-CATTCAATTATAATCT
* * * * * * *
53368 GTTCTTAT-AAAAAATGTAAAATG--TTCAACCTAAAATTAGTTATGAGATTAGAGAACCATTTA
193 GTT-TTATCTAAAAATGTAAAAAGAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTA
* *
53430 AAG-CAAGTGATAAGGCTTTTGAAGGAATGAGATG-CTATAAATGGACTTTTTTTCCAAATGAAT
257 AAGTC-AGTAATAAGGCTTTTAAAGGAATG-GATGACTATAAATGGACTTTTTTTCC-AATGAAT
*
53493 AGCTTTTTTTGCATGTGTCTTG
319 AGCTTTTTTTGCATGTTTCTTG
* *
53515 AGACAAGCATTCAATTATAATCTGTTTTAACTACAAATGCAAAAAGAATTCAAATTAAAATCAAT
1 AGACAAGCATTCAATTATAATCTGTTTTAACTAAAAATGTAAAAA-AATTCAAATTAAAATCAAT
* * * * *
53580 TTGGAGATTATAAAACCATTTAGAGTGAATAATAAAGATTTTGAAGGAATGAGAGACCCA-AAAT
65 TTTGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAAGCTTTTGAAGGAATGAGAGA-CTATAAAT
* * * *
53644 GGACTTTTCTTCTCAATAAATGGCTTTTTCTATATGTTTTTCAAGACAAGCATTCAATTATAATC
129 GGACTTTTCTTC-CAATGAATGGCTTTTTCT-TACGTTTCTCAAGGCAAGCATTCAATTATAATC
* * *
53709 TGTTTTGTCTAAAAATATAAAAAGAATTCAAATTAAAATCAATT-TGAGGATTATAAAACCATTT
192 TGTTTTATCTAAAAATGTAAAAAGAATTCAACTTAAAATCAATTATGA-GATTATAAAACCATTT
* * * *
53773 AAAGTCATTAATAAGGCTTTTAAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTACCAATG-ATT
256 AAAGTCAGTAATAAGGCTTTTAAAGGAATGGATGACTATAAATGGACTTTT-TTTCCAATGAATA
* **
53837 GTCTTTTTTT-CACGTTTCTCA
320 G-CTTTTTTTGCATGTTTCTTG
** * * *
53858 AG-GTAGATATTTAATTATAATCTATTTTAACTAAAAATGT----AAA---AAATTAAAATCAAT
1 AGACAAG-CATTCAATTATAATCTGTTTTAACTAAAAATGTAAAAAAATTCAAATTAAAATCAAT
* * * * * *
53915 TTTGAGATTATAAAACCCTTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAAGAATGAGTGATTATAAATA
65 TTTGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAAGCTTTTGAAGGAATGAGAGACTATAAATG
** * * * * * *
53980 GACTTTTCTTGCCAATGAATACCTTTTTCTTCACATGTCCCATGG-TAGACATTGAATTATAATC
130 GACTTTTCTT-CCAATGAATGGCTTTTTCTT-ACGTTTCTCAAGGCAAG-CATTCAATTATAATC
* * * * * * *
54044 TGTTCTTATC-AAAAATGTAAAACAG--TTTAACCTAAAATCATTTATGAGATGAGAGAATCATT
192 TGTT-TTATCTAAAAATGTAAAA-AGAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATT
* * * * ** * * * *
54106 TAAAGTGAGTAGTAAGGTTTTTGAAGGAATAAAAGAATATAAATAGACTTTTTTTCCAAATGGAT
255 TAAAGTCAGTAATAAGGCTTTTAAAGGAATGGATGACTATAAATGGACTTTTTTTCC-AATGAAT
* * *
54171 GGCTTTTTCTGCATGTTTCTCG
319 AGCTTTTTTTGCATGTTTCTTG
* * * **
54193 AGACAAGCACTCAATTATAATCTATTTTAACTAAATATGTAAAGCGAATTCAAATTAAAATCAAT
1 AGACAAGCATTCAATTATAATCTGTTTTAACTAAAAATGTAAA-AAAATTCAAATTAAAATCAAT
* * * *
54258 TTAGAAATTATAACACCATTTAAAGTGAGTAATAAAGCTTTTGAAGGAAT-AGGAGAAC-CTAAA
65 TTTGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAAGCTTTTGAAGGAATGA-GAG-ACTATAAA
* * ** *
54321 TCGACTTTCCTTCTCAATGAATGGCTTTTTC-TACATGTTTCTCAAGATACA-CATTCAATTATT
128 TGGACTTTTCTTC-CAATGAATGGCTTTTTCTTAC--GTTTCTCAAGGCA-AGCATTCAATTATA
* * * * *
54384 ATCTGTTTTAACTAAAAATTTAAAAA-AATTGAACTTAAAATCAATTTTGAGATTATAAAATCAT
189 ATCTGTTTTATCTAAAAATGTAAAAAGAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCAT
* * * *
54448 TTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTAAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCCTGCCAATGAA
254 TTAAAGTCAGTAATAAGGCTTTTAAAGGAATGGATGACTATAAATGGACTTTT-TTTCCAATGAA
** ** *
54513 T-GCATTTTCCTGCCAATGAATGCCAATG
318 TAGC-TTTTTTTG-C-ATG--TTTC-TTG
* * * * * *
54541 A-ATGCATTA-TAGTTCAACTATAATTTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTTAACTTAAAAT
1 AGA--CA--AGCA-TTCAATTATAATCTGTTTTAACTAAAAATGTAAAAAAATTCAAATTAAAAT
* * * * * *
54604 GAATTTTAAGATTATAAAACCATTTAAGGCGAGCAATAAGGCTTTTGAAGGAATGAGAGACTATA
61 CAATTTTGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAAGCTTTTGAAGGAATGAGAGACTATA
* * * *
54669 AATGGACTTTTCTTTCAAGTGAATGGCATTTTC-TACATGTTTC-CTGAGGCAGGCATTCAATTA
126 AATGGACTTTTCTTCCAA-TGAATGGCTTTTTCTTAC--GTTTCTC-AAGGCAAGCATTCAATTA
* * * * * *
54732 TAGTTTGTTTTAAT-AAAAAATGT-AAAACAATTTAA-TCTAAAATGAATTATGAGATTATAAAA
187 TAATCTGTTTT-ATCTAAAAATGTAAAAAGAATTCAACT-TAAAATCAATTATGAGATTATAAAA
* * *
54794 CTCATTTAAAGTGTAGTAGTACATTAAGG-TTTT-AAGGTAA-GGAAGACTAT-AATGGACTTTC
250 C-CATTTAAA--GT--CAGTA-A-TAAGGCTTTTAAAGG-AATGGATGACTATAAATGGACTTTT
* * * * *
54855 TTCCCTAATTGAATGGCTTTTTCTACACCTTTTTC-T-
307 TTTCC-AA-TGAATAGCTTTTTTTGCA--TGTTTCTTG
* * * * ** * * *
54891 AGATAAACTTTCAATTATAGTCTGTTTTAACTAAAAAACTAAAAAAATTTAACTTAAAATCAGTT
1 AGACAAGCATTCAATTATAATCTGTTTTAACTAAAAATGTAAAAAAATTCAAATTAAAATCAATT
* * ** * ** * ** * **
54956 ATT-AGCTTATAAAACCATTTAGAGCAAGTAATAAAACTTTCAAAAGCTTAAGTCACTATAAATG
66 -TTGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAAGCTTTTGAAGGAATGAGAGACTATAAATG
* * * * * *
55020 GACTTTTCGTGCCTATGGATGGCTTTTGCTTCACG-TTCCCTAAGGCAAACATTCAATTAT-ATC
130 GACTTTTC-TTCCAATGAATGGCTTTTTCTT-ACGTTTCTC-AAGGCAAGCATTCAATTATAAT-
* * * * * * *
55083 CT-TTTTCAACCAAAAATTTTAAAAACAATTCAACTTAAAATCAATTTTAACATTATAAAACCAT
191 CTGTTTT-ATCTAAAAA-TGTAAAAAGAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCAT
* * * * * * * *
55147 TTAAAGTAAGTAATAACGCTTTTAGAGGAATAGAAGACTATAAAAGTACTTTTTTTACCAACGAA
254 TTAAAGTCAGTAATAAGGCTTTTAAAGGAATGGATGACTATAAATGGACTTTTTTT-CCAATGAA
* **
55212 TACCTTTTTCTT-CATGTTT-TCC
318 TAGCTTTTT-TTGCATGTTTCTTG
* * * * * * *
55234 AAAGTAAGCATTCAATTATAGTTTGTTTTAA-TAAAAAATATAAAATAATTCAACTTAAAATCAA
1 AGA-CAAGCATTCAATTATAATCTGTTTTAACT-AAAAATGTAAAAAAATTCAAATTAAAATCAA
* * * * * * * * *
55298 TTATGAGATTATAAAACCAATTAAAGCGAGTGATAAGGCTTTTGAGGGAATGGGTGAATATAAAT
64 TTTTGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAAGCTTTTGAAGGAATGAGAGACTATAAAT
** * * * * *
55363 TTACTTTTCTTGTCAATGAATGCCTTTTTCTTCACCTTTCTCAAGGTAAACATTCAATTATAATC
129 GGACTTTTCTT-CCAATGAATGGCTTTTTCTT-ACGTTTCTCAAGGCAAGCATTCAATTATAATC
* * *
55428 TATTTGAATC-AAAAAT-TAAAAAAGAAATTGAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCAT
192 TGTTT-TATCTAAAAATGT-AAAAAG-AATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCAT
* * * *
55491 TTAAAG-CGAGTAATAAGGCTTTCGAAA-GAATAGG-TAACTATAAATGAACTTTTCTTGCCAAT
254 TTAAAGTC-AGTAATAAGGCTTT-TAAAGGAAT-GGATGACTATAAATGGACTTTT-TTTCCAAT
* * **
55553 TAAT-GCCTTTTTCTT-CACGTTTCTCA
315 GAATAG-CTTTTT-TTGCATGTTTCTTG
** * * * * *
55579 AG-GTAGACATTCAATTATAATATGTTTTAACCAAAAATATAAAAAATTTCAAGTTAAAATCAAT
1 AGACAAG-CATTCAATTATAATCTGTTTTAACTAAAAATGTAAAAAAATTCAAATTAAAATCAAT
* ** *
55643 TTTGAGATTATAAAACTATTCGAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGAGCA-ACTATAAAT
65 TTTGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAAGCTTTTGAAGGAATGAG-AGACTATAAAT
* * * * * *
55707 AGACTTTTCTTGCCAATGAACT-CCTTTCTCTGCAAGTTTCAT-AAGGC-AGACATTTAATTATA
129 GGACTTTTCTT-CCAATGAA-TGGCTTTTTCT-TACGTTTC-TCAAGGCAAG-CATTCAATTATA
* * * * *
55769 TTCTGTTGTTATC--AAAATGTAAAAA-AATTTAAGC-TAAAATCAATTATGAGATCAGAGAACC
189 ATCTGTT-TTATCTAAAAATGTAAAAAGAATTCAA-CTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACC
*
55830 ATTTAAAG-CGAGTAATAAGGCTTTTGAAA-GAATGGGA-GACTATAAATGGACTTTTTTTCAAA
252 ATTTAAAGTC-AGTAATAAGGCTTTT-AAAGGAAT-GGATGACTATAAATGGACTTTTTTTC-CA
* * * * ** **
55892 ATAAATGGCTTTTCTTGGACATTTCTCA
313 ATGAATAGCTTTTTTTGCATGTTTCTTG
* * *
55920 AGATAAGAATTCAATTATAATCTATTTTAACTAAAAATGTAAAAAGAATTCAAATTAAAATCAAT
1 AGACAAGCATTCAATTATAATCTGTTTTAACTAAAAATGTAAAAA-AATTCAAATTAAAATCAAT
*
55985 TTGGAGATTATAAAACCATTT
65 TTTGAGATTATAAAACCATTT
56006 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 2253, Mismatches: 439, Indels: 278
0.76 0.15 0.09
Matches are distributed among these distances:
333 4 0.00
334 81 0.04
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338 2 0.00
339 10 0.00
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ACGTcount: A:0.39, C:0.13, G:0.13, T:0.35
Consensus pattern (340 bp):
AGACAAGCATTCAATTATAATCTGTTTTAACTAAAAATGTAAAAAAATTCAAATTAAAATCAATT
TTGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAAGCTTTTGAAGGAATGAGAGACTATAAATGG
ACTTTTCTTCCAATGAATGGCTTTTTCTTACGTTTCTCAAGGCAAGCATTCAATTATAATCTGTT
TTATCTAAAAATGTAAAAAGAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGT
CAGTAATAAGGCTTTTAAAGGAATGGATGACTATAAATGGACTTTTTTTCCAATGAATAGCTTTT
TTTGCATGTTTCTTG
Found at i:54522 original size:20 final size:20
Alignment explanation
Indices: 54497--54535 Score: 78
Period size: 20 Copynumber: 1.9 Consensus size: 20
54487 ATAAATGGAC
54497 TTTTCCTGCCAATGAATGCA
1 TTTTCCTGCCAATGAATGCA
54517 TTTTCCTGCCAATGAATGC
1 TTTTCCTGCCAATGAATGC
54536 CAATGAATGC
Statistics
Matches: 19, Mismatches: 0, Indels: 0
1.00 0.00 0.00
Matches are distributed among these distances:
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Consensus pattern (20 bp):
TTTTCCTGCCAATGAATGCA
Found at i:59121 original size:172 final size:170
Alignment explanation
Indices: 58366--59126 Score: 747
Period size: 172 Copynumber: 4.4 Consensus size: 170
58356 NNNNNNNNNT
*
58366 ATTCCTTCAAAAGCCTCATTACTCACTTTAAAT-AGTTTTATAATCTCAAAATTAATTTTTATTT
1 ATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGA-TTTTATAATCTCAAAATTAA-TTTTATTT
* * ** * *
58430 AAATTCTTTTATGTTTTT-GTTTAAAAGAGATTATAATTGAATGTCTACCTCAAGAAACATAAAG
64 GAATTTTTTTACATTTTTAG-TTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTCAAGAAACATGAAG
* * * * *
58494 AAAAAAGTATTCATTGGCAAAAAAAGTCTATTTATAGTCACCC
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* * * ********** *
58537 GTTGCTTCAAAAGCCTTATTTCTCACTTTAAATTG-TTTTATANNNNNNNNNNTGATTTTAAGTT
1 ATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAA-TGATTTTATAATCTCAAAATTAATTTT-A-TT
** * * *
58601 CAAATTGTTTTACATTTTTAGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTCAACAAACGTGAAG
63 TGAATTTTTTTACATTTTTAGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTCAAGAAACATGAAG
* * * *
58666 AAAAAGGCATTCATTGGCAAGAAAATTCCGTTTATAGTCAGCC
128 AAAAAGGCATTCATTAGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCC
* * * **
58709 ATTCTTTTAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGATTTCATAATCTCAAAATTGAATTAAATTTG
1 ATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGATTTTATAATCTCAAAATT-AATTTTATTTG
** * * * **
58774 AATTCTTTGCACATTTTTACTTAAAACAGATTATAATTAAATGTTTACC-CTAAGAAATGTGAAG
65 AATT-TTTTTACATTTTTAGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTC-AAGAAACATGAAG
* * *
58838 AAAATGGCATTTATTAGAAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCC
128 AAAAAGGCATTCATTAGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCC
* * * * *
58881 ATTCCTTTAAAAGCCTTGTTACTCGCTTTGAATGATTTTATAATCTCAAAATTTATTTTAATTTG
1 ATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGATTTTATAATCTCAAAATTAATTTT-ATTTG
* * * * * *
58946 AATTTTTTGTTCCTTTTTGGTTAAAAAAGATTATAATTGAATGTCTACCTCAAGAAATATGGAGA
65 AATTTTTT-TACATTTTTAGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTCAAGAAACATGAAGA
* * *
59011 AAAAGGCATTCATTAGCAAGAAAAGTCTATTTGTAGTAACCC
129 AAAAGGCATTCATTAGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCC
* * * * * * *
59053 GTTCCTTCAAAAGTCTTATTACTCTCTTTAAATGATTTTATAATGTTATAATTCATTTTATGTTG
1 ATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGATTTTATAATCTCAAAATTAATTTTAT-TTG
59118 AATTTTTTT
65 AATTTTTTT
59127 TTATTAAAAA
Statistics
Matches: 476, Mismatches: 101, Indels: 26
0.79 0.17 0.04
Matches are distributed among these distances:
170 4 0.01
171 56 0.12
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ACGTcount: A:0.35, C:0.13, G:0.11, T:0.39
Consensus pattern (170 bp):
ATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGATTTTATAATCTCAAAATTAATTTTATTTGA
ATTTTTTTACATTTTTAGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTCAAGAAACATGAAGAAA
AAGGCATTCATTAGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCC
Found at i:63839 original size:171 final size:161
Alignment explanation
Indices: 63516--63844 Score: 311
Period size: 171 Copynumber: 2.0 Consensus size: 161
63506 ATTATAAAAT
* * *
63516 CATTTAAAGCGAGCAATAAGTCCTTTGAAGGAATGGGAGACTATAAATAGACTTTTCTTTCAAAT
1 CATTTAAAGCGAGCAATAAGGCCTTTGAAGGAATGGAAGACTATAAATAGACTTTTCTTCCAAAT
* ** * * *
63581 GCATGAAATTTTCTACATGTTTCTTGAGGCAAGCATTCAATTATAGTTTGTTTTAACAAAAAATG
66 GAATGAAATTTTCTACACCTTTCTTGAGGCAAACATTCAATTATAGTCTGTTTTAACAAAAAATC
** *
63646 TAAAACAATTTAATCTAAAATCAATTATGNNNNNNNNNNAC
131 TAAAACAAAATAAGCTAAAATCAATTATG----------AC
* * * *
63687 CATTTAAAGTGAGTACTAAGGCTTTTGAAGGAATGGAAGACTATAAATAGACTTTTCTTCCAAAT
1 CATTTAAAGCGAGCAATAAGGCCTTTGAAGGAATGGAAGACTATAAATAGACTTTTCTTCCAAAT
*** * * * *
63752 GAATGCCTTTTTCTACACCTTTCTT-AGGGTAAACTTTCAATTATAGTCTGTTTTGACTAAAAAT
66 GAATGAAATTTTCTACACCTTTCTTGA-GGCAAACATTCAATTATAGTCTGTTTTAACAAAAAAT
* *
63816 CTAAAA-AAAATCAGCTGAAAATCAGTTAT
130 CTAAAACAAAATAAGCT-AAAATCAATTAT
63845 TAGCTTATAA
Statistics
Matches: 131, Mismatches: 25, Indels: 4
0.82 0.16 0.03
Matches are distributed among these distances:
170 7 0.05
171 124 0.95
ACGTcount: A:0.36, C:0.13, G:0.14, T:0.33
Consensus pattern (161 bp):
CATTTAAAGCGAGCAATAAGGCCTTTGAAGGAATGGAAGACTATAAATAGACTTTTCTTCCAAAT
GAATGAAATTTTCTACACCTTTCTTGAGGCAAACATTCAATTATAGTCTGTTTTAACAAAAAATC
TAAAACAAAATAAGCTAAAATCAATTATGAC
Found at i:65929 original size:171 final size:172
Alignment explanation
Indices: 65364--66026 Score: 557
Period size: 171 Copynumber: 3.9 Consensus size: 172
65354 TAAAATAGAC
* * * * * * * *
65364 TATAATTGAATGTCTACCTTAAGAGATGTGAAGAAAAATGCAATCATTAGCAAGAAAGGTCTATT
1 TATAATTAAATGTCTACCTCAACAAATGTGAAGAAAAAGGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCTATT
* * ** * * *
65429 TATAGTCACTTATTCCTTCAAAAGCCTCATTATTCACTTTAAAT-AGTTTTATTATCTCAAAATT
66 TATAGTCACCTATTCCTTTAAAAGCCTTGTTAATCACTTTAAATGA-TTTCATAATCTCAAAATT
* * * * * * *
65493 GATTTTCATTTAAATT-TTTTTACATTTTTGGTTAAAAGAGAT
130 GATATTAATTTGAATTCTTTGTACATTTTTAGTTAAAAAAAAT
* ** * **********
65535 TATAATTAAATGTCTACCTCAAGAAACATAAAGANNNNNNNNNNCATTGGCAAGAAAAGTCTATT
1 TATAATTAAATGTCTACCTCAACAAATGTGAAGAAAAAGGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCTATT
** * * * ** * * *****
65600 TATAGTCACC-CGTCGCTTCAAAAGTCTTATTTCTCACTTTAAATTATTTTATAATCTCANNNNN
66 TATAGTCACCTATTC-CTTTAAAAGCCTTGTTAATCACTTTAAATGATTTCATAATCTCAAAATT
***** ** * * * *
65664 NNNNNTAAGTTCAAATTGTTT-TATATTTTTAGTTAAAACAGAT
130 GATATTAA-TTTGAATTCTTTGTACATTTTTAGTTAAAAAAAAT
* * *
65707 TATAATTGAATGTCTACCTCAACAAATGTGAAGAAAAAGGCATTCATTGGCAAGAAAGGTCTGTT
1 TATAATTAAATGTCTACCTCAACAAATGTGAAGAAAAAGGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCTATT
* * *
65772 TATAGTCAGCC-ATTCTTTTAAAAGCCTTGTTACTCACTTTAAATGATTTCATAATCTCAACATT
66 TATAGTCA-CCTATTCCTTTAAAAGCCTTGTTAATCACTTTAAATGATTTCATAATCTCAAAATT
*
65836 GA-ATTAATTTGAATTCTTTGTACATTTTTGGTTAAAAAAAAT
130 GATATTAATTTGAATTCTTTGTACATTTTTAGTTAAAAAAAAT
* * *
65878 TTTAATTAAATGTCTACCTCAGA-AAATGTGAAGAAAAAGGCATTTATTGGCAAGAAAAGTTTAT
1 TATAATTAAATGTCTACCTCA-ACAAATGTGAAGAAAAAGGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCTAT
* * *
65942 TTATAGTCACCTATTCCTTTAAAAGCCTTGTTAATCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAATT
65 TTATAGTCACCTATTCCTTTAAAAGCCTTGTTAATCACTTTAAATGATTTCATAATCTCAAAATT
*
66007 GATTTTAATTTGAATTCTTT
130 GATATTAATTTGAATTCTTT
66027 TTANNNNNNN
Statistics
Matches: 387, Mismatches: 96, Indels: 17
0.77 0.19 0.03
Matches are distributed among these distances:
170 13 0.03
171 230 0.59
172 137 0.35
173 7 0.02
ACGTcount: A:0.35, C:0.13, G:0.12, T:0.38
Consensus pattern (172 bp):
TATAATTAAATGTCTACCTCAACAAATGTGAAGAAAAAGGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCTATT
TATAGTCACCTATTCCTTTAAAAGCCTTGTTAATCACTTTAAATGATTTCATAATCTCAAAATTG
ATATTAATTTGAATTCTTTGTACATTTTTAGTTAAAAAAAAT
Found at i:65985 original size:343 final size:333
Alignment explanation
Indices: 65334--66001 Score: 693
Period size: 343 Copynumber: 2.0 Consensus size: 333
65324 NNNNNAGTTG
* * * * *
65334 AATTTTTTTATATTTTTGATTAAAATAGACTATAATTGAATGTCTACCTTAAGAGATGTGAAGAA
1 AATTGTTTTATATTTTTGATTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTCAACAAATGTGAAGAA
* * *
65399 AAATGCAATCATTAGCAAGAAAGGTCTATTTATAGTCACTTATTCCTTCAAAAGCCTCATTATTC
66 AAAGGCAATCATTAGCAAGAAAGGTCTATTTATAGTCACTCATTCCTTCAAAAGCCTCATTACTC
* * * * *
65464 ACTTTAAATAGTTTTATTATCTCAAAATTGATTTTCATTTAAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAA
131 ACTTTAAATAGTTTCATAATCTCAAAATTGATATTAATTTAAATTTTTGTACATTTTTGGTTAAA
* * **********
65529 AGAGATTATAATTAAATGTCTACCTCAAGAAACATAAAGANNNNNNNNNNCATTGGCAAGAAAAG
196 AAAAATTATAATTAAATGTCTACCTCAAGAAACATAAAGAAAAAGGCATTCATTGGCAAGAAAAG
* * ** *
65594 TCTATTTATAGTCACCCGTCGCTTCAAAAGTCTTATTTCTCACTTTAAATTATTTTATAATCTCA
261 TCTATTTATAGTCACCAGTCGCTTCAAAAGCCTTATTAATCACTTTAAATGATTTTATAATCTCA
65659 NNNNNNNNNNTAAGTTCA
326 ----------TAAGTTCA
*
65677 AATTGTTTTATATTTTT-AGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTCAACAAATGTGAAGA
1 AATTGTTTTATATTTTTGA-TTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTCAACAAATGTGAAGA
* * * * * **
65741 AAAAGGCATTCATTGGCAAGAAAGGTCTGTTTATAGTCAGC-CATTCTTTTAAAAGCCTTGTTAC
65 AAAAGGCAATCATTAGCAAGAAAGGTCTATTTATAGTCA-CTCATTCCTTCAAAAGCCTCATTAC
* *
65805 TCACTTTAAAT-GATTTCATAATCTCAACATTGA-ATTAATTTGAATTCTTTGTACATTTTTGGT
129 TCACTTTAAATAG-TTTCATAATCTCAAAATTGATATTAATTTAAATT-TTTGTACATTTTTGGT
* * *
65868 TAAAAAAAATTTTAATTAAATGTCTACCTC-AGAAA-ATGTGAAGAAAAAGGCATTTATTGGCAA
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* * * * * *
65931 GAAAAGTTTATTTATAGTCACCTATTC-CTTTAAAAGCCTTGTTAATCGCTTTAAATGGTTTTAT
255 GAAAAGTCTATTTATAGTCACC-AGTCGCTTCAAAAGCCTTATTAATCACTTTAAATGATTTTAT
65995 AATCTCA
319 AATCTCA
66002 AAATTGATTT
Statistics
Matches: 269, Mismatches: 49, Indels: 14
0.81 0.15 0.04
Matches are distributed among these distances:
341 1 0.00
342 17 0.06
343 248 0.92
344 3 0.01
ACGTcount: A:0.35, C:0.13, G:0.12, T:0.38
Consensus pattern (333 bp):
AATTGTTTTATATTTTTGATTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTCAACAAATGTGAAGAA
AAAGGCAATCATTAGCAAGAAAGGTCTATTTATAGTCACTCATTCCTTCAAAAGCCTCATTACTC
ACTTTAAATAGTTTCATAATCTCAAAATTGATATTAATTTAAATTTTTGTACATTTTTGGTTAAA
AAAAATTATAATTAAATGTCTACCTCAAGAAACATAAAGAAAAAGGCATTCATTGGCAAGAAAAG
TCTATTTATAGTCACCAGTCGCTTCAAAAGCCTTATTAATCACTTTAAATGATTTTATAATCTCA
TAAGTTCA
Done.