Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: NW_018397321.1 Herrania umbratica cultivar Fairchild unplaced genomic scaffold, ASM216827v2 scaffold_1934.0, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
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ACGTcount: A:0.31, C:0.13, G:0.12, T:0.33
Warning! 7863 characters in sequence are not A, C, G, or T
Found at i:1256 original size:169 final size:168
Alignment explanation
Indices: 102--1477 Score: 848
Period size: 171 Copynumber: 8.1 Consensus size: 168
92 NNNNNNNNNN
* * * * *
102 ATAATTGATTTTAAGTTGAATTCTTTTTAAATTTTTAGTTAAAAAATATTATAATTGAATATTTA
1 ATAATTGATTTTAAGTTGAATT-TTTTT--ATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTG
** * ** * * * *
167 CCTTGAGAAACATGAACAAAAAGCTATTTATTGGTAAGAAAAGTTC-ATTTATA-TAGACACATG
63 CCTCAAGAAACATGAAC-AAAAGCCATCCATTGGAAAGAAAA-ATCAATTTATAGT-CACCCATG
* * * *
230 CCTTCGAATGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATATTCTC
125 CCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTC
* * * * * * * *
274 ATAATTGATTTGAAGTTAAATTTATTTACATTTCTAGTTAAAATATATTATAATTGAATGTTTAC
1 ATAATTGATTTTAAGTTGAATTT-TTT-TATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTGC
* * * ** * * ** * * *
339 CTTAAGAAACGTGAAGAAAAAGTTATTCATTAGTTAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGTCT
64 CTCAAGAAACATGAA-CAAAAGCCATCCATTGGAAAGAAAAATCAATTTATAGTCACCCATGCCT
* * * * *
404 TCGAAATCCTTATTACTTACTTTAAATGGTTTCATAATCTT
128 TCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTC
* * * * * * * * **
445 AAAATTAATTTTAAGTTGAATTCTTTTCCATTTTTGCTTAAAATATATAATAATTGAATGTCTAT
1 ATAATTGATTTTAAGTTGAATT-TTTT-TATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTGC
* * * * * ** * *
510 CTCATGAAACATGAAGTAAAAGTCATCCATTAGAGAGGAAAGTTC-ATTTATAGTCACTCATACC
64 CTCAAGAAACATGAA-CAAAAGCCATCCATTGGA-AAGAAAAATCAATTTATAGTCACCCATGCC
* * ***
574 TTCAAAAGCATTATTACTCATTTTAAACAATTTTATAATCTC
127 TTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTC
* ** ** * * * * * *
616 ATAATTGATTTTAAGTTTAAAATTTTTACATTTTTTATTAAAATAAATAATAGTTGAAAGTTTGG
1 ATAATTGATTTTAAG-TT-GAATTTTTTTATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTGC
* * * * * * ********
681 CTCAAGAAACCTAAAGCAAAAGCCATCTATTGGTAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACTNNNNNNN
64 CTCAAGAAACATGAA-CAAAAGCCATCCATTGGAAAGAAAAATCAATTTATAGTCACCCATGCCT
*** * *
746 NNNAAAGCCTTATTGCTCGCTTTAAATGGTTTTGA-AATCTC
128 TCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTT-ATAATCTC
******** ** * * *
787 ATAATTGATTTTAAGTTGNNNNNNNNNNTATTTTTTATTAAAACAGATTATAGTTGAATGTCTAC
1 ATAATTGATTTTAAGTTG--AATTTTTTTATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTGC
* * * * *
852 CTCAAGAACCATGAAACAAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAATCCATTTATAGTCACCCATACCT
64 CTCAAGAAACATG-AACAAAAGCCATCCATTGGAAAGAAAAATCAATTTATAGTCACCCATGCCT
** * * *
917 TTGACAGGCTTATTACTCATTTTAAATGGTTTTATAATCTC
128 TCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTC
** * *
958 ATAACAGATTTTAAGTT-AGATTTTTTTATATTTCTGGTTAAAACAGATAATATTTGAATGTCTT
1 ATAATTGATTTTAAGTTGA-ATTTTTTTAT-TTT-TGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGT-TT
* * * * ** * ** * *
1022 TCCT-AAGAAACATGAAAAGAAAACTATTTATT-GACAAGAGAGGTCAATTTATAGTCGCTCATG
62 GCCTCAAGAAACATGAACA-AAAGCCATCCATTGGA-AAGAAAAATCAATTTATAGTCACCCATG
**********
1085 CCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAANNNNNNNNNNATCTC
125 CCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTC
*
1129 ATAATTGATTTTAAATTGAATTTTTTTATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTGCCT
1 ATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTGCCT
* * *
1194 CAAGAAACATGAACCAAAAGCCATCCATTGGAAAAAAAAATCAATTTACAGTCACCCATGCCTTT
66 CAAGAAACATGAA-CAAAAGCCATCCATTGGAAAGAAAAATCAATTTATAGTCACCCATGCCTTC
* * *
1259 AAAAACATTATTCCT-AGCTTTAAATGGTTTTATAATCTC
130 AAAAGCCTTATTACTCA-CTTTAAATGGTTTTATAATCTC
** * * *
1298 ATAATTCCTTTTAGGTTGAATTTTTTATATTTTTGG-TATAA-TGTATTATAATTGAATGTTTGC
1 ATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTT-TATTTTTGGTTAAAACAG-ATTATAATTGAATGTTTGC
* * * * * * * * *
1361 CTCGAGAAACATGAAGCAAAA-CCATCTATTGGCAAGAATAGTCCATTTATAGTCACTCAAGCTT
64 CTCAAGAAACATGAA-CAAAAGCCATCCATTGGAAAGAAAAATCAATTTATAGTCACCCATGCCT
* * ** * *
1425 TCGAAAGCCTTATTAATTGCTTTAAATAGTTTTATAATCTT
128 TCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTC
1466 ATAATTGATTTT
1 ATAATTGATTTT
1478 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 930, Mismatches: 245, Indels: 62
0.75 0.20 0.05
Matches are distributed among these distances:
168 81 0.09
169 162 0.17
170 34 0.04
171 605 0.65
172 44 0.05
173 4 0.00
ACGTcount: A:0.35, C:0.13, G:0.11, T:0.38
Consensus pattern (168 bp):
ATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTGCCT
CAAGAAACATGAACAAAAGCCATCCATTGGAAAGAAAAATCAATTTATAGTCACCCATGCCTTCA
AAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTC
Found at i:2313 original size:152 final size:152
Alignment explanation
Indices: 2037--2313 Score: 394
Period size: 152 Copynumber: 1.8 Consensus size: 152
2027 CCCATTGACA
* *
2037 AGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCTAACCTTTAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTAA
1 AGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCTAACCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTAA
* * * **
2102 AAACTCATAATTGATTTTAAGTTGATTTTTTTTACATTTTTGGTTAAAATAAATTATAATTAAAA
66 AAACTCATAATTGATTTTAAGCTAAATTTTTTTACATTGCTGGTTAAAATAAATTATAATTAAAA
2167 GTTTATCTTAGGAAATATATAG
131 GTTTATCTTAGGAAATATATAG
* * * * *
2189 AGAAAAGTCTATTTATAGTCACCC-ATACCTTCGAAAGTCTTATTACTCGCTTTGAATGGTTTTA
1 AGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCTA-ACCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTA
* * * *
2253 TAATCTCATAATTGATTTTAAGCTAAATTTTTTTATATTGCTGGTTAAAATAGATTATAAT
65 AAAACTCATAATTGATTTTAAGCTAAATTTTTTTACATTGCTGGTTAAAATAAATTATAAT
2314 GGAATGTTTG
Statistics
Matches: 108, Mismatches: 16, Indels: 2
0.86 0.13 0.02
Matches are distributed among these distances:
151 1 0.01
152 107 0.99
ACGTcount: A:0.35, C:0.12, G:0.11, T:0.42
Consensus pattern (152 bp):
AGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCTAACCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTAA
AAACTCATAATTGATTTTAAGCTAAATTTTTTTACATTGCTGGTTAAAATAAATTATAATTAAAA
GTTTATCTTAGGAAATATATAG
Found at i:2562 original size:170 final size:170
Alignment explanation
Indices: 2189--7748 Score: 3522
Period size: 171 Copynumber: 32.8 Consensus size: 170
2179 AAATATATAG
* * * * * *
2189 AGAAAAGTCTATTTATAGTCACCCATA-CCTTCGAAAGTCTTATTACTCGCTTTGAATGGTTTTA
1 AGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCA-AGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTA
* * * * * *
2253 TAATCTCATAATTGATTTTAAGCTAAATTTTTTTATATTGCTGGTTAAAATAGATTATAATGGAA
65 TAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATT-TTTGTTAAAATAGATTATAATTGAA
* * ** * *
2318 TGTTTGCCTC-AGAAAATATAAAGTGAATGCCATCGATTGG-A
129 TGTTTGCCTCGAG-AAACATGAAGAAAAAGCCATCCATTGGCA
* * * * * * *
2359 GAGAAAACTCAATTTAAAGTCACTCATGCCTTCAAAAGCGTTATTACTCGCTTTAAATGGTGTTA
1 -AGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTA
* * * * *
2424 TAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATGTTTTTACATTTTTTTTAAAACAGATTATATTTGAAT
65 TAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGTTAAAATAGATTATAATTGAAT
* * ***
2489 GTTTGTCTCGAGAAACATGAAGTAAAAGCCATCCATTAATA
130 GTTTGCCTCGAGAAACATGAAGAAAAAGCCATCCATTGGCA
*
2530 AGAAAAGTCAATTTATAGTCACTCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAAAT-GTTTTA
1 AGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTT-AAATGGTTTTA
* * * * * ** *
2594 TAATCTCATAACTCATTTT-A----AATTTTTTTATATTTTTGGTTAAAAAAAATTATTTTTAAA
65 TAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTT-GTTAAAATAGATTATAATTGAA
* * * ** * *
2654 TGTCTGCTTTGAGAAATGTGAAGCAAAAGCCATCCATTGGTA
129 TGTTTGCCTCGAGAAACATGAAGAAAAAGCCATCCATTGGCA
* ** * * * *
2696 AGAAAATTTTATTTATAGTCACACAAGCTTTCGAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTAC
1 AGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTAT
* ** * * * *
2761 AATCTTATAATTGATTTTAAGCAGAATTTTTGTACATTTTTTATTAAAATAGAATATAACTGAAT
66 AATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACA-TTTTTGTTAAAATAGATTATAATTGAAT
* * * * * *
2826 G--T--AT---G-----TGAAGCAAAAGCTATCGATTAGAA
130 GTTTGCCTCGAGAAACATGAAGAAAAAGCCATCCATTGGCA
* * *** ** * * * *
2855 AGAAAAGTCCATTTATAGTTACTCAGGC-CTTTGAAAAATGT-ATTA--CTCACTGTAAATGATT
1 AGAAAAGTCC----AT--TTA-T-AGTCAC--TCAAGCCT-TCAAAAGCCTTA-T-T-ACTCACT
* * * * * ** * * ** *
2916 TTATAA---TCTCAAAAT-T-A-ATTTTAAGTTAAATT--TTTTAA---CATTTTTAGTTAAAAC
52 TTA-AATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTT-GTTAAAAT
* * * * * * * ** *
2970 AGATTATATTTGAATGTCTAGCTTAG-GAAATATAAAAAAAAAATCATTCATTGGCA
115 AGATTATAATTGAATGT-TTGCCTCGAGAAACATGAAGAAAAAGCCATCCATTGGCA
* ** *** * ** **
3026 GGAAAAGTCCATTTATAGTCAC-CATTCCTTTGGAAGCCTTACTACTTGCTTTAAATCATTTTAT
1 AGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTAT
** * * *
3090 AATCTCATAATCAATTGTAAGTTGAATTTTTTTACACTTTTAGTTAAAAT--ATAAT-ATT---T
66 AATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACA-TTTTTGTTAAAATAGATTATAATTGAAT
* ** * * *
3149 GTTT---TGGA-AAATGTGTAA-CAAAAGCAATCCACTGGCA
130 GTTTGCCTCGAGAAACATG-AAGAAAAAGCCATCCATTGGCA
* ** * * *
3186 AGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGCATTTGAAACCCTTATTACTCGCTTTAAAAGGTTTTAT
1 AGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTAT
* * * *
3251 AATCTCATAATTAATTTTAAGTTGAATTGTTTTATATTTTTTATTAAAAT--ATTATACAATTGA
66 AATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACA-TTTTTGTTAAAATAGATTAT--AATTGA
* * * * ** * *
3314 ATGCTTGGCTC-AGGAAACGTGAAGCAAAAGCCATCTGTTGTCG
128 ATGTTTGCCTCGA-GAAACATGAAGAAAAAGCCATCCATTGGCA
* * * * **
3357 ATAAAAGTCCATATGTAGTCACTTAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTTGCTTTAAATGGTTTTAT
1 AGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTAT
* * * *
3422 AATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTGGTTCAAATATATTATAATTAAAT
66 AATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTT-GTTAAAATAGATTATAATTGAAT
* * * * * * *
3487 -TTCTACATTG-GAAAACATTAAGTAAAAGCCATCCACTGACA
130 GTT-TGCCTCGAG-AAACATGAAGAAAAAGCCATCCATTGGCA
* * * * * *
3528 GGAAAAGTCCATTTATAGTCACTC-A-CTTTTAAAAGCCTTATTACTCGCTTGAAATAGTTTTAT
1 AGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTAT
* * * * *
3591 AATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATATTTTTACATTTTTAGTTAAAACATATTATATTTAAAT
66 AATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTT-GTTAAAATAGATTATAATTGAAT
* * * * * *
3656 G-CTGCCT-GAGAAAACGTGAAGAAAAAACTATTCATTGGTA
130 GTTTGCCTCGAG-AAACATGAAGAAAAAGCCATCCATTGGCA
** * * *
3696 AGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCACA-CCTTTGAAATCCTTATTACTAACTTTAAATAGTTTTA
1 AGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCA-AGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTA
* * * * * * *
3760 AAATCTCATAATTGATTTTGAGTTGAATTCTTTTACATTTTTGGCTAAAACAAATTATAATTAAA
65 TAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTT-GTTAAAATAGATTATAATTGAA
* * * * ** *** ***
3825 AGTCTACCTCAAGAAATGTGAAG-AAAAGCCATTTTTTAATA
129 TGTTTGCCTCGAGAAACATGAAGAAAAAGCCATCCATTGGCA
* * ** * *
3866 AGAAAAGT-C--TT-TAGT-ACTGATGCCTTCTTAAGCATTATTTACTCACTTT-AATGATATTT
1 AGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGCCTTCAAAAGCCTTA-TTACTCACTTTAAATGGT-TTT
* * *
3925 ATAATCTCATAATTGATTTTAAATTGAATTTTTTTACACTTTTGGTTAAAATATATTATAATTGA
64 ATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACA-TTTTTGTTAAAATAGATTATAATTGA
* *
3990 ATGTTTGTCTC-AGAAAACATGAACG-AAAAGCTATCCATTGG-A
128 ATGTTTGCCTCGAG-AAACATGAA-GAAAAAGCCATCCATTGGCA
* * * * *
4032 GAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAACCTTCAAAAGCTTTATTGCTCGCTTTGAATGGTTTTA
1 -AGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTA
* ** * *
4097 TAATCTCAT-ATCTG-TATTTAAGTTGAATTCTTTTACATTTTTGATTAAACCAGAATATAATAG
65 TAATCTCATAAT-TGAT-TTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTG-TTAAAATAGATTATAATTG
** * ** * * ** *
4160 TTTGTCTATCTTG-GGAACTATG-AGAAGAAAGCCATTTATTAGCA
127 AATGTTTGCCTCGAGAAAC-ATGAAGAA-AAAGCCATCCATTGGCA
* * * * * * *
4204 AGAAAAGTTCATTTATAATCACCCAAGCCTTTGAAAAGTCTTAATACTCACATTAAATGGTTTTA
1 AGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGCC-TTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTA
* * * *
4269 TAATCTCATAATTGATTTGAACTTGAATTTTTTTACATTTCTATTGAAAATAGATTATAATTGAA
65 TAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGTT-AAAATAGATTATAATTGAA
* * * * * *
4334 TGTCTACCT-TACGAAACATGAAGAGAAAA-CTATTCATTGACA
129 TGTTTGCCTCGA-GAAACATGAAGA-AAAAGCCATCCATTGGCA
* * * * *
4376 AGAAAAGTTCATTTATAGTTAC-CTATG-CTTGCGAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTC
1 AGAAAAGTCCATTTATAGTCACTC-AAGCCTT-CAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTT
* * *
4439 ATAATCTCATAATTAATTTTAAGTTGAATTTTTTTTATATTTTTGCTTAAAATATATTATAATTG
64 ATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAA-TTTTTTTACATTTTTG-TTAAAATAGATTATAATTG
* * * ** *
4504 AATGTCTAT-CTTAG-GAAACGTGAAGTCAAAGCCATCCA-TGGGA
127 AATGT-T-TGCCTCGAGAAACATGAAGAAAAAGCCATCCATTGGCA
* * * * *
4547 GAGGAAAGTTCATTTATAATCACTCATA-ACTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAACGGTTTT
1 -AGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCA-AGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTT
* * * * *
4611 ATAATCACATAATTGATTTTATA-TTCAATTTTTTTAC-TTATT-TTAAAATAGATAATAATTAA
64 ATAATCTCATAATTGATTTTA-AGTTGAATTTTTTTACATTTTTGTTAAAATAGATTATAATTGA
** ** * * * **
4673 ACATCTT-ATTCGGGAAACGTGAAGTAAAAGCCATCCATTGGGG
128 ATGT-TTGCCTCGAGAAACATGAAGAAAAAGCCATCCATTGGCA
* * * * * * *
4716 AGAAAAGTCCATTTATAG-CACTTAAGCCTTCGAAAGCTTTATTGCTCGCTTTAAATAGTTTTGT
1 AGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTAT
* * * *
4780 AATCTCAAAATTGATTTTAAGTTGAATTATTTTACATTTTAT-TTAAAATAGATTATAGTTAAAT
66 AATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTT-TGTTAAAATAGATTATAATTGAAT
* * * * *
4844 GTCTT-CCATAG-GAACCATGAAAAAAAAACCATTCATTGGCA
130 GT-TTGCC-TCGAGAAACATGAAGAAAAAGCCATCCATTGGCA
* * * * * ** * ** *
4885 AGAAAAATCTATTTATAGTCGCCCATA-TCTTTGAAAGCGTTATTACTCGTTTTAAATAGTTTTA
1 AGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCA-AGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTA
* * * * *
4949 TAATCTTATAATTCATTTTAAGTT-AGATTTTTTTACATTTTTAAG-TAAAACAGATAATATTTG
65 TAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGA-ATTTTTTTACATTTTT--GTTAAAATAGATTATAATTG
* * * * *
5012 AATGTATTTCTTGGA-AAACATGAAGAAAAAGCTATTCATTGGCA
127 AATGT-TTGCCTCGAGAAACATGAAGAAAAAGCCATCCATTGGCA
* ** * * * *
5056 AGAAAA-TCCATTTATAGTGACTCATA-CCTTTGAAGGCTTTATTACTTACTTTAAATGATTTTA
1 AGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCA-AGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTA
* * * ** * *
5119 TAATCTCACAATTGATTTCAAGTTGAATGTTTTCT-CAATGATGGTTAAAATAGATTCTAATTGA
65 TAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAAT-TTTTTTAC-ATTTTTGTTAAAATAGATTATAATTGA
* * * ** * *
5183 ATGTCTACCTCAAGAAATGTGAAGCAAAAGCCATCCATTAG-A
128 ATGTTTGCCTCGAGAAACATGAAGAAAAAGCCATCCATTGGCA
* * * * ** * * ** * * *
5225 AAAAAAGTCAATTTATAGTCACCCATGCCTTTGAAAGCCTCATTTCTTGCTTTACATAGCTTTAT
1 AGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTAT
* *
5290 AATCTCATAATTGATTTTAAGTT-AATTTTTTTTAAAATTTTT-TAATAAAATACATTATAATTG
66 AATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAA-TTTTTTT-ACATTTTTGT--TAAAATAGATTATAATTG
*** * * * * *
5353 AATGTCCACCTTGAGAAACGTTAA-ACAAAAGTCATTCATTGGCA
127 AATGTTTGCCTCGAGAAACATGAAGA-AAAAGCCATCCATTGGCA
* * **
5397 TGAAAAGTACATTTATAGTCACTCAAGCCTTTGAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTAT
1 AGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTAT
* * * * * *
5462 AATCTCATAAATGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTCATAAAAAAATATTATAATTGAAT
66 AATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTT-GTTAAAATAGATTATAATTGAAT
* * * * * * * *
5527 CTCTGCTTTGGGAAACATGAAGAAAATGCCATTCATTTGCA
130 GTTTGCCTCGAGAAACATGAAGAAAAAGCCATCCATTGGCA
* * * * *
5568 GGAAAAGTGCATTTATGGTCACTCATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATCGTTTTAT
1 AGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTAT
* * * * *
5633 AATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTGTTTTACTTTTTTTATTAAAACAGATTGTAATTGAAT
66 AATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTAC-ATTTTTGTTAAAATAGATTATAATTGAAT
* * * * * *
5698 GTTTTCCTTGAGAAACTTGAAGAAAAAGCTATTCATTAG-A
130 GTTTGCCTCGAGAAACATGAAGAAAAAGCCATCCATTGGCA
* * * ** *
5738 GAGAAAAGTCCATTTATAGTCAC-CTATGACTTAAAAAGCCTTATTACTTGCTTTGAATGGTTTT
1 -AGAAAAGTCCATTTATAGTCACTC-AAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTT
* ** *
5802 ATAATCGCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTTGTATTTTTGGTTAAAATATATTATAATTG
64 ATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAA-TTTTTTTACATTTTT-GTTAAAATAGATTATAATTG
* * * *
5867 AATGTTTGTCTC-AGGCAGCATGAAGCAAAAG-CATCCATTGG-A
127 AATGTTTGCCTCGA-GAAACATGAAGAAAAAGCCATCCATTGGCA
* * * * **
5909 GAGGAAAGTTCATTTATAGTCACTCATGCCTTTAAAAGCCTTATTTTTCACTTTAAATGGTTTTA
1 -AGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTA
* * * *
5974 TAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAAATTTTTTACATTTTTTATTAAAATACATTATAATTGAA
65 TAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACA-TTTTTGTTAAAATAGATTATAATTGAA
* * ** * **
6039 TGTGTCCCTTAAGAAACATGAAGTATAAA-CCATCCATTGGTG
129 TGTTTGCCTCGAGAAACATGAAG-AAAAAGCCATCCATTGGCA
* * * * *
6081 AGAAAAGTCTATTTGTAGTCACTCAAGCCTTCCATAA-CATTATTGCTCACTTTAAATGGTTTTA
1 AGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGCCTT-CAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTA
* ********** * *
6145 TAATCACATAATTGATTTTNNNNNNNNNNTTTTTACATTTTTGGTTAAAATATATTATAGTTGAA
65 TAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTT-GTTAAAATAGATTATAATTGAA
* * * *
6210 TGTCTGCCTTC-TGAACCAT-AAGAAAAAAGCCATCCATTGGTA
129 TGTTTGCC-TCGAGAAACATGAAG-AAAAAGCCATCCATTGGCA
* * * * **********
6252 AGAGAAGTCCATTTATAATCACCCAAGGCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTT-NNNNNNNNNNT
1 AGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTAT
* * *
6316 AATCTCATAATTGATTTTAAGTTGGATTTTTTTACATTTTTAGTTAAAATAGATAATATTTGAAT
66 AATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTT-GTTAAAATAGATTATAATTGAAT
* * * * **
6381 GTCTGCTTTTGA-AAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTTACA
130 GTTTGC-CTCGAGAAACATGAAGAAAAAGCCATCCATTGGCA
* * * * ** ** ***
6422 AGAAAAG-CCAATTTATAGCCACCCATA-CCTTCGAAAGCTTTATTACTGTCTAAAAATAACTTT
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* * *
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* * ** * *
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128 ATGTTTGCCTCGA-GAAACATGAAGAAAAAGCCATCCATTGGCA
* * * * ** * *
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1 AGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCA-AGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTA
* * * * * * *
6656 TATTCTCATAACTAATTTTAAGTTGAATTTATTTACATTTTTTGTTAAAACAGATAATATTTGAA
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* * * * *
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* * * * * * *
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1 AGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCA-AGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTA
* * * * *
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65 TAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTT-GTTAAAATAGATTATAATTGAA
* * * * *
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** * * *
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1 AGAAAAGTCCATTTATAGTCA-CTCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTAC-TCACTTTAAATGGTTTT
* ** * *
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** * * *** * *
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* * * *
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1 AGAAAAGTCCATTTATAG-TCACTCA-AGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTT
* * * * * *
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64 ATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTT-TTTTACAT-TTTTGTTAAAATAGATTATAATTG
* * * * * * **
7233 AATGTCTTCCCT-AAAAAATATAAAGAAAAAGTCATTTATTGGCA
127 AATGT-TTGCCTCGAGAAACATGAAGAAAAAGCCATCCATTGGCA
* ** * ** ***
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1 AGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTAT
* * * * * **
7342 AATCTCATAATTGATTTTAAATTGGATTTTTTTATATTTTTGGTTAAAACAGATAAT-ATTGGGT
66 AATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTT-GTTAAAATAGATTATAATT-GAA
* * * *
7406 TGTCTACCTTG-GAAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTTGG-A
129 TGTTTGCCTCGAG-AAACATGAAGAAAAAGCCATCCA-TTGGCA
* * * *
7448 AGAAAAGTCAATTTATAGTCAC-CTATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTTAATGGCTTTA
1 AGAAAAGTCCATTTATAGTCACTC-AAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTA
* * * * * *
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* * * * *
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* ** * * ** * * * *
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1 AGAAAAGTCCATTTATAGTCAC-TCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTA
* **
7682 TAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTGTTAAAATTTATTATAATTGAAT
65 TAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGTTAAAATAGATTATAATTGAAT
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130 GT
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Statistics
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* * * * * *
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* * * * * *
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* * *
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**
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* * * * * * ** *
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** * * * ***
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* * * *
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191 CCCATA-CCTTCGAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAA
** * ** * * * *
2781 GCAGAATTTTTGTACATTTTTTATTAAAATAGAATATAACTGAATG------TATG-----TGAA
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*
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* ** ** * *
2855 AGAAAAGTCCATTTATAGTTACTCAGGCCTTTGAAA-AATGTATTACTCACTGTAAATGATTTTA
1 AGAAAAGT-CATTTATAGTCACTCATACCTTTGAAAGCCT-TATTACTCACTTTAAATGGTTTTA
* * * * * *
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* * * * * ** *
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129 TGTCT-GCTTTTGAAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAG-CCATTTATAGTCAC
* * * * ** ** ** *
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* * * *
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* * * * *
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319 AGAAAAGCCATTCATTGACA
* * * *
3186 AGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCA-AGCATTTGAAACCCTTATTACTCGCTTTAAAAGGTTTTA
1 AGAAAAGT-CATTTATAGTCACTCATA-CCTTTGAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTA
* * *
3250 TAATCTCATAATTAATTTTAAGTTGAATTGTTTTATATTTTTTA-TTAAAAT--ATTATACAATT
64 TAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACA-TTTTTAGTTAAAATAGATTAT--AATT
** * * * * * * * * *
3312 GAATG-CTTGGC-TCAGGAAACGTGAAGCAAAAGCCA-TCTGTTGTCGATAAAAGTCCATATGTA
126 GAATGTC-T-GCTTTTGAAAACATGAAGAAAAAGCCATTC-ATTGGCAAGAAAAG-CCATTTATA
** * **
3374 GTCACTTA-AGCCTTCAAAAGCCTTATTACTTGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATT
187 GTCACCCATA-CCTTCGAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATT
* * * * * *
3438 TTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTGGTTCAAATATATTATAATTAAAT-TTCTACATT-GGAAA
251 TTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTT-T-CCTTAGG-AA
* * *
3501 ACATTAAGTAAAAGCCATCCACTGACA
313 ACATGAAG-AAAAGCCATTCATTGACA
* * * * * *
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1 AGAAAAGT-CATTTATAGTCACTCATACCTTTGAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTAT
* * * * *
3591 AATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATATTTTTACATTTTTAGTTAAAACATATTATATTTAAAT
65 AATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTAGTTAAAATAGATTATAATTGAAT
* ** * * * * *
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* * * * * * *
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* * * * * * * * **
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259 AATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGT-TTCCTTAGGAAACATGAAGAA
** * *
3850 AAGCCATTTTTTAATA
323 AAGCCATTCATTGACA
* * * * *
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1 AGAAAAGTCATTTATAGTCACTCATACCTT-TGAAAGCCTTA-TTACTCACTTTAAATGGT-TTT
* * * *
3925 ATAATCTCATAATTGATTTTAAATTGAATTTTTTTACACTTTTGGTTAAAATATATTATAATTGA
63 ATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTAGTTAAAATAGATTATAATTGA
* ** * *
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* * * * * * *
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189 CACCCATACCTTCGAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAAT-TGAT-TT
* * * * * ** *
4115 TAAGTTGAATTCTTTTACATTTTTGATTAAACCAGAATATAATAGTTTGTCTAT-CTT-GGGAAC
252 TAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGT-T-TCCTTAGGAAAC
*
4178 TATG-AGAAGAAAGCCATTTATT-AGCA
315 -ATGAAG-A-AAAGCCATTCATTGA-CA
* * * * *
4204 AGAAAAGTTCATTTATAATCACCCA-AGCCTTTGAAAAGTCTTAATACTCACATTAAATGGTTTT
1 AGAAAAG-TCATTTATAGTCACTCATA-CCTTTG-AAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTT
* * *
4268 ATAATCTCATAATTGATTTGAACTTGAATTTTTTTACATTTCTA-TTGAAAATAGATTATAATTG
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* ** * * *
4332 AATGTCTACCTTACG-AAACATGAAGAGAAAA-CTATTCATTGACAAGAAAAGTTCATTTATAGT
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* * * * *
4395 TACCTAT-GCTTGCGAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTCATAATCTCATAATTAATTTT
189 CACCCATACCTT-CGAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTT
* * * *
4459 AAGTTGAATTTTTTTTATATTTTTGCTTAAAATATATTATAATTGAATGTCTAT-CTTAGGAAAC
253 AAGTTGAA-TTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGT-T-TCCTTAGGAAAC
* * * * *
4523 GTGAAGTCAAAGCCATCCATGGGA-G
315 ATGAAG-AAAAGCCATTCAT-TGACA
* * * ** *
4548 AGGAAAGTTCATTTATAATCACTCATAACTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAACGGTTTTAT
1 AGAAAAG-TCATTTATAGTCACTCATACCTTTGAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTAT
* * * * *
4613 AATCACATAATTGATTTTATA-TTCAATTTTTTTAC-TTATT--TTAAAATAGATAATAATTAAA
65 AATCTCATAATTGATTTTA-AGTTGAATTTTTTTACATTTTTAGTTAAAATAGATTATAATTGAA
** ** ** * * * * ** *
4674 CATCTTATTCGGGAAACGTGAAGTAAAAGCCATCCATTGGGGAGAAAAGTCCATTTATAG-CACT
129 TGTCTGCTTTTGAAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAG-CCATTTATAGTCACC
* * * * * * *
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193 CATA-CCTTCGAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGT
* * * * * *
4802 TGAATTATTTTACATTTTAT--TTAAAATAGATTATAGTTAAATGTCTTCCATAGGAACCATGAA
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* * *
4865 AAAAAAACCATTCATTGGCA
319 AGAAAAGCCATTCATTGACA
* * * * * ** *
4885 AGAAAAATCTATTTATAGTCGCCCATATCTTTGAAAGCGTTATTACTCGTTTTAAATAGTTTTAT
1 AGAAAAGTC-ATTTATAGTCACTCATACCTTTGAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTAT
* * * * *
4950 AATCTTATAATTCATTTTAAGTT-AGATTTTTTTACATTTTTAAG-TAAAACAGATAATATTTGA
65 AATCTCATAATTGATTTTAAGTTGA-ATTTTTTTACATTTTT-AGTTAAAATAGATTATAATTGA
* * * *
5013 ATGTAT--TTCTTGGAAAACATGAAGAAAAAGCTATTCATTGGCAAGAAAATCCATTTATAGTGA
128 ATGTCTGCTT-TT-GAAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAGCCATTTATAGTCA
* * * * * * * *
5076 CTCATACCTTTGAAGGCTTTATTACTTACTTTAAATGATTTTATAATCTCACAATTGATTTCAAG
191 CCCATACCTTCGAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAG
* * ** * * * * * **
5141 TTGAATGTTTTCT-CAATGATGGTTAAAATAGATTCTAATTGAATGTCTACCTCAAGAAATGTGA
256 TTGAAT-TTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGT-TTCCTTAGGAAACATGA
*
5205 AGCAAAAGCCATCCATTAGA-A
319 AG-AAAAGCCATTCATT-GACA
* * * * ** * * *
5226 A-AAAAGTCAATTTATAGTCACCCATGCCTTTGAAAGCCTCATTTCTTGCTTTACATAGCTTTAT
1 AGAAAAGTC-ATTTATAGTCACTCATACCTTTGAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTAT
* * *
5290 AATCTCATAATTGATTTTAAGTT-AATTTTTTTTAAAATTTTTTA-ATAAAATACATTATAATTG
65 AATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAA-TTTTTTT-ACA-TTTTTAGTTAAAATAGATTATAATTG
** * * * * * *
5353 AATGTCCAC-CTTGAGAAACGTTAA-ACAAAAGTCATTCATTGGCATGAAAAGTACATTTATAGT
127 AATGTCTGCTTTTGA-AAACATGAAGA-AAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAG-CCATTTATAGT
* * *
5416 CACTCA-AGCCTTTGAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAAATGATTTT
189 CACCCATA-CCTTCGAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTT
* ** * * * * * * *
5480 AAGTTGAATTTTTTTATATTTTTCATAAAAAAATATTATAATTGAATCTCTGCTTTGGGAAACAT
253 AAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGT-TTCCTTAGGAAACAT
5545 GAAGAAAATGCCATTCATTTG-CA
317 GAAGAAAA-GCCATTCA-TTGACA
* * * ** *
5568 GGAAAAGTGCATTTATGGTCACTCATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATCGTTTTAT
1 AGAAAAGT-CATTTATAGTCACTCATACCTTTGAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTAT
* * * *
5633 AATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTGTTTTACTTTTTTTA-TTAAAACAGATTGTAATTGAA
65 AATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTAC-ATTTTTAGTTAAAATAGATTATAATTGAA
* * * * * *
5697 TGTTTTC-CTTGAGAAACTTGAAGAAAAAGCTATTCATTAG-AGAGAAAAGTCCATTTATAGTCA
129 TGTCTGCTTTTGA-AAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGGCA-AGAAAAG-CCATTTATAGTCA
* ** ** * *
5760 CCTATGA-CTTAAAAAGCCTTATTACTTGCTTTGAATGGTTTTATAATCGCATAATTGATTTTAA
191 CCCAT-ACCTTCGAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAA
** * * * * * *
5824 GTTGAATTTTTTTTGTATTTTTGGTTAAAATATATTATAATTGAATGTTTGTCTCAGGCAGCATG
255 GTTGAA-TTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTTT-CCTTAGGAAACATG
* *
5889 AAGCAAAAG-CATCCATTGGA-G
318 AAG-AAAAGCCATTCATT-GACA
* * * **
5910 AGGAAAGTTCATTTATAGTCACTCATGCCTTTAAAAGCCTTATTTTTCACTTTAAATGGTTTTAT
1 AGAAAAG-TCATTTATAGTCACTCATACCTTTGAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTAT
* * *
5975 AATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAAATTTTTTACATTTTTTA-TTAAAATACATTATAATTGAA
65 AATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACA-TTTTTAGTTAAAATAGATTATAATTGAA
* ** * * * ** * *
6039 TGTGT-CCCTTAAGAAACATGAAGTATAAA-CCATCCATTGGTGAGAAAAGTCTATTTGTAGTCA
129 TGTCTGCTTTTGA-AAACATGAAG-AAAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAG-CCATTTATAGTCA
* * * * * *
6102 CTCA-AGCCTTCCATAA-CATTATTGCTCACTTTAAATGGTTTTATAATCACATAATTGATTTTN
191 CCCATA-CCTTCGA-AAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTA
********* * * * * ** *
6165 NNNNNNNNNTTTTTACATTTTTGGTTAAAATATATTATAGTTGAATGTCTGCCTTCTGAACCAT-
254 AGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGT-TTCCTTAGGAAACATG
* **
6229 AAGAAAAAAGCCATCCATTGGTA
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* * * * ** **********
6252 AGAGAAGTCCATTTATAATCACCCA-AGGCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTT-NNNNNNNNNN
1 AGAAAAGT-CATTTATAGTCACTCATA-CCTTTGAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTA
* * *
6315 TAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGGATTTTTTTACATTTTTAGTTAAAATAGATAATATTTGAA
64 TAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTAGTTAAAATAGATTATAATTGAA
** *
6380 TGTCTGCTTTTGAAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTTACAAGAAAAGCCAATTTATAGCCACC
129 TGTCTGCTTTTGAAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAGCC-ATTTATAGTCACC
* ** ** ***
6445 CATACCTTCGAAAGCTTTATTACTGTCTAAAAATAACTTTATAATCTCATAATTGA-TTTAAGTT
193 CATACCTTCGAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTT
* * * **
6509 GAATTTTTTTATATTTTTAGTTAAAACAGATTATATTTGAATGTTTGCCCCAGGAAACATGAAGA
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**
6574 GAAAGTTATTCATTGACA
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* * * * *
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* * * * * * * *
6657 ATTCTCATAACTAATTTTAAGTTGAATTTATTTACATTTTTTGTTAAAACAGATAATATTTGAAT
65 AATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTAGTTAAAATAGATTATAATTGAAT
* * * * *
6722 GTTTGC-CTTGAGAAACATAAAAAAAAAGCCATTCAATT-TCAAGAAAA-CTCAATTTATAGTCA
130 GTCTGCTTTTGA-AAACATGAAGAAAAAGCCATTC-ATTGGCAAGAAAAGC-C-ATTTATAGTCA
* * * * * *
6784 CCCATACCTTCAAAAGCCCTGTTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTTATAATTGA-TTTAAG
191 CCCATACCTTCGAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAG
* * * * *
6848 TTAAATTTTTTTACATTTTTAGTTTAAACAGATTGTAATTGAATGTTTGCCTT-GAGAGAA-GTG
256 TTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTTT-CCTTAG-GA-AACATG
*
6911 AAGAAAAAGCTATTCATTGGA-A
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* * * *
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* * * * *
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63 ATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAA---TTTTTTTACATTTTTAGTTAAAATAGATTATAAT
** **** *** * *
7059 TGAATGTTCACCCCAAG-AAACATGAAGGGTAAGTCATTCATTGGCAAGAAAAGTCAATTTAT-G
125 TGAATG-TCTGCTTTTGAAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAG-CCATTTATAG
* * * *
7122 ATCACCCATACCTTCAAAAGCTTTATTACTCACTTTAAATAGTTTTATAGTCTCATAATTGATTT
188 -TCACCCATACCTTCGAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTT
* * * * * ** *
7187 TAAGTTGGATTTGTTTTACATGTTTGGTTAAAACAGATTATATTTAAATGTCTTCCCTAAAAAAT
252 TAAGTTGAATTT-TTTTACATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGT-TTCCTTAGGAAAC
* * * *
7252 ATAAAGAAAAAGTCATTTATTGGCA
315 ATGAAG-AAAAGCCATTCATTGACA
* * * * * ***
7277 AGAAATGTGAATTTATAGTCACTCATGCCTTCGTAAGCCTTATTACTTGTTTTAAATGGTTTTAT
1 AGAAAAGT-CATTTATAGTCACTCATACCTTTGAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTAT
* * * * * * **
7342 AATCTCATAATTGATTTTAAATTGGATTTTTTTATATTTTTGGTTAAAACAGATAAT-ATTGGGT
65 AATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTAGTTAAAATAGATTATAATT-GAA
* * * *
7406 TGTCTACCTTGGAAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTTGG-AAGAAAAGTCAATTTATAGTCAC
129 TGTCTGCTTTTGAAAACATGAAGAAAAAGCCATTCA-TTGGCAAGAAAAG-CCATTTATAGTCAC
* * * * *
7470 CTATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTTAATGGCTTTATAATCTCATAATTGATTTT-AGT
192 CCATACCTTCGAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGT
* * * * * * *
7534 TGAATTCTTTTACATTTTTTGTTTAAACAAATTGTAATTAAATGTTTACCTT-GAGAAA-AGTAA
257 TGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTTT-CCTTAG-GAAACA-TGA
* *
7597 AGAAAAAGCTATCCATT-AGCA
319 AG-AAAAGCCATTCATTGA-CA
* * * * * * *
7618 AAAAAAGTTTATTTATAGTCTCTTC-TACCTTTGAAACCCTTATTACTTACTTTAAATGATTTTG
1 AGAAAAG-TCATTTATAGTCAC-TCATACCTTTGAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTA
* **
7682 TAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTT-GTTAAAATTTATTATAATTGAA
64 TAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTAGTTAAAATAGATTATAATTGAA
7746 TGTC
129 TGTC
7750 ATCTTATATC
Statistics
Matches: 4125, Mismatches: 870, Indels: 451
0.76 0.16 0.08
Matches are distributed among these distances:
323 2 0.00
324 6 0.00
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326 6 0.00
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346 1 0.00
ACGTcount: A:0.35, C:0.13, G:0.12, T:0.39
Consensus pattern (338 bp):
AGAAAAGTCATTTATAGTCACTCATACCTTTGAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATA
ATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTAGTTAAAATAGATTATAATTGAATG
TCTGCTTTTGAAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAGCCATTTATAGTCACCCAT
ACCTTCGAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAA
TTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTCCTTAGGAAACATGAAGAAAAG
CCATTCATTGACA
Found at i:13035 original size:171 final size:171
Alignment explanation
Indices: 12721--15750 Score: 2388
Period size: 171 Copynumber: 17.8 Consensus size: 171
12711 GCAATTGGAG
* * * * ** * *
12721 AGAAAAATCCATTTATAGTCACTCATGCCTTCGAAAGCATTATTATTTATTTTAAATTGTTTTGT
1 AGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGCCTTCGAAAGCCTTATTACTTGCTTTAAATGGTTTTAT
* * * *
12786 AATCTCATAATTAACTTTAAGTT-AATTTTTTTTATATTTTTGGTTAATATATATTATAATTGAA
66 AATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAA-TTTTTTTATATTTTTGATTAAAATATATTATAATTGAA
** * * *
12850 CAT-T-TACTTTAAGAAACTTGAAGCAGAAA-CGATCCATTGGCA
130 TGTCTGT-C-TTAAGAAACTTGAAG-AAAAAGCCATTCATTGGCA
* * * *
12892 AGAAAAGTCCAATTATAGTCATTCAAGCCTTTC-AAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATTGTTTTA
1 AGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGCC-TTCGAAAGCCTTATTACTTGCTTTAAATGGTTTTA
** * * * * * *
12956 TAATCTTGTAATTGATTTTAAGTTGCATTTTTTTACATTTTTGATTAAAACAGATTCTATTTGAA
65 TAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTGATTAAAATATATTATAATTGAA
* * **
13021 TGTCTGTCTTAAGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCGTTGGTT
130 TGTCTGTCTTAAGAAACTTGAAGAAAAAGCCATTCATTGGCA
* * * * * **
13063 A-AAAAGTCCATTTACAATCACTCATA-CCTTCAAAAG-CGTAGTTACTTACTTTAAATAATTTT
1 AGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCA-AGCCTTCGAAAGCCTTA-TTACTTGCTTTAAATGGTTTT
* * * * ** * * *
13125 ATAAT-TCCATAATTAATTTTTAGTTAAATTTTTTTCA-ATTTATGACAAAAACAGATTGTAATT
64 ATAATCT-CATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTT-ATATTTTTGATTAAAATATATTATAATT
* * * *
13188 GAATGTCTGTCTTAAGAAACATAAAGAAAAAGCCATTCACTAGCA
127 GAATGTCTGTCTTAAGAAACTTGAAGAAAAAGCCATTCATTGGCA
* ** * * * * * * *
13233 AGAAAAGTCCATCTATAACCACCCATGCCTTCCAAAGCCTTATTACTTACTTGAAATAGTTTTCT
1 AGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGCCTTCGAAAGCCTTATTACTTGCTTTAAATGGTTTTAT
* *
13298 AATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTT-AGTTAAAATAGATTATAATTGAA
66 AATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTGA-TTAAAATATATTATAATTGAA
* * * * *
13362 TGTTTGCTCTTGA-AAACGTGAAGCAATAGCCATTCATTGGCA
130 TGTCTG-TCTTAAGAAACTTGAAGAAAAAGCCATTCATTGGCA
* * * * *
13404 AGAAATGTCCATTTATAGTCACCCAAGCCTTCGAAAGCCTTATTACTTTCTTTGAATGATTTTAT
1 AGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGCCTTCGAAAGCCTTATTACTTGCTTTAAATGGTTTTAT
* * * *
13469 AATTTCATAATTGATTTTAA-TTAAAATATTTTTATATTTTTTATTAAAATATATTATAATTGAA
66 AATCTCATAATTGATTTTAAGTT-GAATTTTTTTATATTTTTGATTAAAATATATTATAATTGAA
* * * * ** * *
13533 TATCTATCTTGAA-AAATTTTGAAGCAGTAGACATCCATTGG-A
130 TGTCTGTCTT-AAGAAA-CTTGAAGAAAAAGCCATTCATTGGCA
* * * *
13575 GAGAAAAGT-CATTTATAGTCACTCATA-CCTTTGAAAGCCCTT-GTGCTTACTTTAAATGGTTT
1 -AGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCA-AGCCTTCGAAAG-CCTTATTACTTGCTTTAAATGGTTT
* * * * * *
13637 TATAATCTCATAATTGATTTCAGGTTAAATTTTTTTATATTGTTCGA-TAAAACAGATTATAATT
63 TATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATT-TTTGATTAAAATATATTATAATT
*** * * * *
13701 GAATGTCCACCTCAGGAAACGTAAAGAAAAAGCCATAT-ATTGG-A
127 GAATGTCTGTCTTAAGAAACTTGAAGAAAAAGCCAT-TCATTGGCA
* ** * * * * ** *
13745 GAGAAAGGTTTATTTATAGTCACTTATGCCTTCAAAAGCATTATTACTCACTGTAAATGGTTTTA
1 -AGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGCCTTCGAAAGCCTTATTACTTGCTTTAAATGGTTTTA
* * * * * * * *
13810 TAATTTCATAATTAATTTTAAGTTAAATTTTTCTATATTTTTGGTTAAAACATATTATAAATAAA
65 TAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTGATTAAAATATATTATAATTGAA
* * * * *
13875 TGTCTATCTCAAGAAA-TGTAAAGAAAAAGCCATTCATTAGAA
130 TGTCTGTCTTAAGAAACT-TGAAGAAAAAGCCATTCATTGGCA
** * * * * * *
13917 AGAAAAGTTAATTTAT-GATCAC-CTATGCTTTCGAAAGCCTAATTGCTTACTTTAAATAGTTTT
1 AGAAAAGTCCATTTATAG-TCACTC-AAGCCTTCGAAAGCCTTATTACTTGCTTTAAATGGTTTT
* * * * * *
13980 ATAATCTCATAATTAATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGATTAAACTTTATTACAATTAA
64 ATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTGATTAAAATATATTATAATTGA
* * * *
14045 AT-ACT-TGCTTAGGGAAA-TGTGAAGCAAAAGCCATCCATTGGCA
129 ATGTCTGT-CTTA-AGAAACT-TGAAGAAAAAGCCATTCATTGGCA
* * * *
14088 AGAAAAGACCTTTTATAGTCACTCAAGCCTTCGAAAGCCTTATTACTTGTTTTAAATAGTTTTAT
1 AGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGCCTTCGAAAGCCTTATTACTTGCTTTAAATGGTTTTAT
* * * *
14153 AATCTCATAATCGATTTTGAGTTAAATTTTTTTATATTTTT-ATTAAAATATATTATAATTAAAT
66 AATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTGATTAAAATATATTATAATTGAAT
** * * * *
14217 G-CT-TGCTTCGGGAAACATGAAGAAAAAACCATTCTTTGGTA
131 GTCTGT-CTT-AAGAAACTTGAAGAAAAAGCCATTCATTGGCA
* * * * * * * * * * *
14258 AGAAATGACCTTTTATAATCACTCAAACTTTCAAAAGCATTGTTACTCGCTTTAAAGGGTTTTAT
1 AGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGCCTTCGAAAGCCTTATTACTTGCTTTAAATGGTTTTAT
* * * *
14323 AATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTATTACATTTTTTATTAAAATATATTGTAATTGAAT
66 AATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTGATTAAAATATATTATAATTGAAT
* * * * * *
14388 GTTTGGT-TTAGGAAACGTGAAGAAAATGCTATAT-ATTAGCA
131 GTCT-GTCTTAAGAAACTTGAAGAAAAAGCCAT-TCATTGGCA
* * **
14429 AGAAAAGACC-TTGTATAGTCACTCAAGCCTTTGAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTA
1 AGAAAAGTCCATT-TATAGTCACTCAAGCCTTCGAAAGCCTTATTACTTGCTTTAAATGGTTTTA
* * * * * * *
14493 TAATCTAATAATTGATTTCAACTTGAATTTTTATATTTTTTTAATTAAAATATATTACAATTGAA
65 TAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTGATTAAAATATATTATAATTGAA
* * * * *
14558 TGTTTG-CTTTAGGAAA-TGTGAAGTAAAAGCAATCCATTGGCA
130 TGTCTGTC-TTAAGAAACT-TGAAGAAAAAGCCATTCATTGGCA
* * * * * *
14600 AAAAAAGACCTTTTATAGTCACTCAAGCCTTCGAAAGTCTTATTACTAGCTTTAAATGATTTTAT
1 AGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGCCTTCGAAAGCCTTATTACTTGCTTTAAATGGTTTTAT
* * * * ** *
14665 AATCTCAAAATTAATTTTGAGTTAAAAGTTTTTATATTTTT-ATTAAAATATATTATAATTCAAT
66 AATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTGATTAAAATATATTATAATTGAAT
* * *
14729 GCCTG-CTTCAGGAAACTTGAAGAAAAAGCCATCCATTGGTC-
131 GTCTGTCTT-AAGAAACTTGAAGAAAAAGCCATTCATTGG-CA
* * * * *
14770 AGAAAAGGCCTTTTATAGTCACTCAAACCTTCGAAAGCATTGTTA-TTCGCTTTAAATGGTTTTA
1 AGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGCCTTCGAAAGCCTTATTACTT-GCTTTAAATGGTTTTA
* * * * * *
14834 TAACCTCATAATTGATTTTAACTTGAATTGTTTTACATTTCT-ACTTAAAATATATTGTAATTGA
65 TAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTGA-TTAAAATATATTATAATTGA
** * * * * * * *
14898 ACATTTG-CTTGAGGAAACATAAAGCAAAAGCTATAT-ATTGGTA
129 ATGTCTGTCTT-AAGAAACTTGAAGAAAAAGCCAT-TCATTGGCA
* * ** * * * *
14941 AGAAAAG-ACTTGTTATAGTCACTCAAGCCTTTAAAAGTCTTATCACTCGCTATAAATGGTTTTA
1 AGAAAAGTCCAT-TTATAGTCACTCAAGCCTTCGAAAGCCTTATTACTTGCTTTAAATGGTTTTA
* * * *
15005 TAATCTCGTAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGATGAAAATATATTATAATTAAA
65 TAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTGATTAAAATATATTATAATTGAA
* *
15070 T-TCT-TGCTTCGAGGAA-TCT-AAGGAAAAAGCCA-TCTATTGGCA
130 TGTCTGT-CTT-AAGAAACT-TGAA-GAAAAAGCCATTC-ATTGGCA
* * * *
15112 AGAAAAGACCTTTTATAGTCACTCAAGCCTTCGAAAGCATTACTACTTGCTTTAAATGGTTTTAT
1 AGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGCCTTCGAAAGCCTTATTACTTGCTTTAAATGGTTTTAT
* *
15177 AATCTCAT-A---ATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTT-AGTTAAAATATATAATAATTGAA
66 AATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTGA-TTAAAATATATTATAATTGAA
* ** * * * *
15237 TGTCTATCTTGGGAAATTTTGAAGCAAAAGACGTTCATTGG-A
130 TGTCTGTCTTAAGAAA-CTTGAAGAAAAAGCCATTCATTGGCA
* * * ** * * * *
15279 GAAAAAAGT-CATTTATAGTTACTCATA-CCTTTGAAAGCCACAATGCTTGCTTTAACTAGTTTT
1 -AGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCA-AGCCTTCGAAAGCCTTATTACTTGCTTTAAATGGTTTT
* * * * * * *
15342 ATAATCTCATAATTGATTTCAGGTTAAATTTTTTTATATTGTTGGTTAAAATAGATTCTAATTGA
64 ATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTGATTAAAATATATTATAATTGA
** * * ** * *
15407 ACATTTG-CCTCCGAAAATGTGAAGTAAAAGCCATTCATTGG-A
129 ATGTCTGTCTTAAGAAACT-TGAAGAAAAAGCCATTCATTGGCA
* * * **
15449 GAGAAAAGTCCATATATTGTCACTCATA-CCTTC-AAAGGCATTATTACTCACTTTAAATGGTTT
1 -AGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCA-AGCCTTCGAAA-GCCTTATTACTTGCTTTAAATGGTTT
* * * * *
15512 TATAATTTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTCTATATTTTTGGTTAGAACATATTATAATTG
63 TATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTGATTAAAATATATTATAATTG
** * * *
15577 AATGTCTACCTTAAGAAA-TATAAAGAAAAAGCCATTCATTAGAA
128 AATGTCTGTCTTAAGAAACT-TGAAGAAAAAGCCATTCATTGGCA
* * * * *
15621 AAAAAAGTCGATTTAT-GATCACTTATGCCTTCGAAAGCCTTATTGCTTGCTTTAAAT-GTTTTA
1 AGAAAAGTCCATTTATAG-TCACTCAAGCCTTCGAAAGCCTTATTACTTGCTTTAAATGGTTTTA
*
15684 TAATCTCATAATTAATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTGATTAAAATATATTATAATTGAA
65 TAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTGATTAAAATATATTATAATTGAA
15749 TG
130 TG
15751 CTTGCTTTGG
Statistics
Matches: 2311, Mismatches: 454, Indels: 189
0.78 0.15 0.06
Matches are distributed among these distances:
166 1 0.00
167 104 0.05
168 27 0.01
169 19 0.01
170 574 0.25
171 1508 0.65
172 76 0.03
173 1 0.00
174 1 0.00
ACGTcount: A:0.36, C:0.13, G:0.12, T:0.40
Consensus pattern (171 bp):
AGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGCCTTCGAAAGCCTTATTACTTGCTTTAAATGGTTTTAT
AATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTGATTAAAATATATTATAATTGAAT
GTCTGTCTTAAGAAACTTGAAGAAAAAGCCATTCATTGGCA
Found at i:14432 original size:341 final size:339
Alignment explanation
Indices: 12732--15776 Score: 2359
Period size: 341 Copynumber: 8.9 Consensus size: 339
12722 GAAAAATCCA
* * * * *
12732 TTTATAGTCACTCATGCCTTCGAAAGCATTATTATTTATTTTAAATTGTTTTGTAATCTCATAAT
1 TTTATAGTCACTCAAGCCTTCGAAAGCATTATTACTTACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAAT
* * * * * *
12797 TAACTTTAAGTTAATTTTTTTTATATTTTTGGTTAATATATATTATAATTGAACAT--TTACTTT
66 TGATTTTAAGTTAAATTTTTTTATATTTTT-ATTAAAATATATTATAATT-AA-ATGCTTGC-TT
* * * * * *
12860 AAGAAACT-TGAAGCAGAAA-CGATCCATTGGCAAGAAAAGTCCAATTATAGTCATTCAAGCCTT
127 AAGAAA-TATGAAG-AAAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAGACCATTTATAGTCACTCAA-CCTT
* * ** *
12923 TC-AAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATTGTTTTATAATCTTGTAATTGATTTTAAGTTGCATTTT
189 TCGAAAGCCTTATTACTTGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTT
* * * * * * *
12987 TTTACATTTTTGATTAAAACAGATTCTATTTGAATGTCTG-TCTTAAGAAACATGAAGAAAAAGC
254 TTTACATTTTTGATTAAAATATATTATAATTGAATGTTTGCT-TTAGGAAACGTGAAGAAAAAGC
* ** * *
13051 CATTCGTTGGTTA-AAAAGTCCA
318 CATT-ATTGGCAAGAAAAGACCT
* * * * **
13073 TTTACAATCACTCATA-CCTTCAAAAGC-GTAGTTACTTACTTTAAATAATTTTATAAT-TCCAT
1 TTTATAGTCACTCA-AGCCTTCGAAAGCATTA-TTACTTACTTTAAATGGTTTTATAATCT-CAT
* * * ** * * * *
13135 AATTAATTTTTAGTTAAATTTTTTTCA-ATTTATGACAAAAACAGATTGTAATTGAATG-TCTGT
63 AATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTT-ATATTT-TTATTAAAATATATTATAATTAAATGCT-TG-
* * * * * * ** * *
13198 CTTAAGAAACATAAAGAAAAAGCCATTCACTAGCAAGAAAAGTCCATCTATAACCACCCATGCC-
124 CTTAAGAAATATGAAGAAAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAGACCATTTATAGTCACTCA-ACCT
* * * * *
13262 TTCCAAAGCCTTATTACTTACTTGAAATAGTTTTCTAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTT
188 TTCGAAAGCCTTATTACTTGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTT
* * * *
13327 TTTTACATTTTT-AGTTAAAATAGATTATAATTGAATGTTTGCTCTT-GAAAACGTGAAGCAATA
253 TTTTACATTTTTGA-TTAAAATATATTATAATTGAATGTTTGCT-TTAGGAAACGTGAAGAAAAA
* * *
13390 GCCATTCATTGGCAAGAAATGTCCA
316 GCCATT-ATTGGCAAGAAAAGACCT
* * * * * *
13415 TTTATAGTCACCCAAGCCTTCGAAAGCCTTATTACTTTCTTTGAATGATTTTATAATTTCATAAT
1 TTTATAGTCACTCAAGCCTTCGAAAGCATTATTACTTACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAAT
*
13480 TGATTTTAA-TTAAAATATTTTTATATTTTTTATTAAAATATATTATAATTGAATAT-CTAT-CT
66 TGATTTTAAGTT-AAATTTTTTTATA-TTTTTATTAAAATATATTATAATT-AA-ATGCT-TGCT
* * ** * * *
13542 TGAA-AAATTTTGAAGCAGTAGACATCCATTGG-AGAGAAAAG-TCATTTATAGTCACTCATACC
126 T-AAGAAA-TATGAAGAAAAAGCCATTCATTGGCA-AGAAAAGACCATTTATAGTCACTCA-ACC
* * * * * *
13604 TTT-GAAAGCCCTT-GTGCTTACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTCAGGTTAAAT
187 TTTCGAAAG-CCTTATTACTTGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAAT
* * * * *** * * *
13667 TTTTTTATATTGTTCGA-TAAAACAGATTATAATTGAATGTCCACCTCAGGAAACGTAAAGAAAA
251 TTTTTTACATT-TTTGATTAAAATATATTATAATTGAATGTTTGCTTTAGGAAACGTGAAGAAAA
***
13731 AGCCATATATTGG--AGAGAAAGGTTT
315 AGCCAT-TATTGGCAAGA-AAAGACCT
* * * * * *
13756 ATTTATAGTCACTTATGCCTTCAAAAGCATTATTACTCACTGTAAATGGTTTTATAATTTCATAA
1 -TTTATAGTCACTCAAGCCTTCGAAAGCATTATTACTTACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAA
* * * * * *
13821 TTAATTTTAAGTTAAATTTTTCTATATTTTTGGTTAAAACATATTATAAATAAATGTCTAT-CTC
65 TTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTATATTTTT-ATTAAAATATATTATAATTAAATG-CT-TGCTT
* * * * *** **
13885 AAGAAATGTAAAGAAAAAGCCATTCATTAGAAAGAAAAGTTAATTTAT-GATCAC-CTATGCTTT
127 AAGAAATATGAAGAAAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAGACCATTTATAG-TCACTC-AACCTTT
* * * * *
13948 CGAAAGCCTAATTGCTTACTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTAATTTTAAGTTGAATTTTT
190 CGAAAGCCTTATTACTTGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTT
* * * * ** * *
14013 TTACATTTTTGATTAAACTTTATTACAATTAAATACTTGC-TTAGGGAAATGTGAAGCAAAAGCC
255 TTACATTTTTGATTAAAATATATTATAATTGAATGTTTGCTTTA-GGAAACGTGAAGAAAAAGCC
*
14077 ATCCATTGGCAAGAAAAGACCT
319 AT-TATTGGCAAGAAAAGACCT
* ** *
14099 TTTATAGTCACTCAAGCCTTCGAAAGCCTTATTACTTGTTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAAT
1 TTTATAGTCACTCAAGCCTTCGAAAGCATTATTACTTACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAAT
* * **
14164 CGATTTTGAGTTAAATTTTTTTATATTTTTATTAAAATATATTATAATTAAATGCTTGCTTCGGG
66 TGATTTTAAGTTAAATTTTTTTATATTTTTATTAAAATATATTATAATTAAATGCTTGCTT-AAG
* * * * * * * * *
14229 AAACATGAAGAAAAAACCATTCTTTGGTAAGAAATGACCTTTTATAATCACTCAAACTTTCAAAA
130 AAATATGAAGAAAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAGACCATTTATAGTCACTCAACCTTTCGAAA
* * * * *
14294 GCATTGTTACTCGCTTTAAAGGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTATTACA
195 GCCTTATTACTTGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACA
* * * * *
14359 TTTTTTATTAAAATATATTGTAATTGAATGTTTGGTTTAGGAAACGTGAAGAAAATGCTATATAT
260 TTTTTGATTAAAATATATTATAATTGAATGTTTGCTTTAGGAAACGTGAAGAAAAAGCCAT-TAT
*
14424 TAGCAAGAAAAGACCT
324 TGGCAAGAAAAGACCT
* * * * *
14440 TGTATAGTCACTCAAGCCTTTGAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTAATAAT
1 TTTATAGTCACTCAAGCCTTCGAAAGCATTATTACTTACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAAT
* * * * * * * * *
14505 TGATTTCAACTTGAATTTTTATATTTTTTTAATTAAAATATATTACAATTGAATGTTTGCTTTAG
66 TGATTTTAAGTTAAATTTTTTTATATTTTT-ATTAAAATATATTATAATTAAATGCTTGC-TTAA
* * * * * *
14570 GAAATGTGAAGTAAAAGCAATCCATTGGCAAAAAAAGACCTTTTATAGTCACTCAAGCC-TTCGA
129 GAAATATGAAGAAAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAGACCATTTATAGTCACTCAA-CCTTTCGA
* * * * * * * **
14634 AAGTCTTATTACTAGCTTTAAATGATTTTATAATCTCAAAATTAATTTTGAGTTAAAAGTTTTTA
193 AAGCCTTATTACTTGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTA
* * ** * * *
14699 TATTTTT-ATTAAAATATATTATAATTCAATGCCTGCTTCAGGAAACTTGAAGAAAAAGCCATCC
258 CATTTTTGATTAAAATATATTATAATTGAATGTTTGCTTTAGGAAACGTGAAGAAAAAGCCAT-T
*
14763 ATTGGTC-AGAAAAGGCCT
322 ATTGG-CAAGAAAAGACCT
* * * *
14781 TTTATAGTCACTCAAACCTTCGAAAGCATTGTTA-TTCGCTTTAAATGGTTTTATAACCTCATAA
1 TTTATAGTCACTCAAGCCTTCGAAAGCATTATTACTT-ACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAA
* * * * * *
14845 TTGATTTTAACTTGAATTGTTTTACATTTCTACTTAAAATATATTGTAATTGAACAT--TTGCTT
65 TTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTATATTTTTA-TTAAAATATATTATAATT-AA-ATGCTTGCTT
* * * * * * *
14908 GAGGAAACATAAAGCAAAAGCTATAT-ATTGGTAAGAAAAGA-CTTGTTATAGTCACTCAAGCCT
127 -AAGAAATATGAAGAAAAAGCCAT-TCATTGGCAAGAAAAGACCAT-TTATAGTCACTCAA-CCT
* * * * * *
14971 TT-AAAAGTCTTATCACTCGCTATAAATGGTTTTATAATCTCGTAATTGATTTTAAGTTGAATTT
188 TTCGAAAGCCTTATTACTTGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTT
* * * *
15035 TTTTACATTTTTGATGAAAATATATTATAATTAAAT-TCTTGCTTCGAGGAATC-T-AAGGAAAA
253 TTTTACATTTTTGATTAAAATATATTATAATTGAATGT-TTGCTT-TAGGAAACGTGAA-GAAAA
15097 AGCCATCTATTGGCAAGAAAAGACCT
315 AGCCAT-TATTGGCAAGAAAAGACCT
* *
15123 TTTATAGTCACTCAAGCCTTCGAAAGCATTACTACTTGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCAT-A-
1 TTTATAGTCACTCAAGCCTTCGAAAGCATTATTACTTACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAAT
* * * * *
15186 --ATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTAGTTAAAATATATAATAATTGAATGTCTAT-CTTG
66 TGATTTTAAGTTAAATTTTTTTATATTTTTA-TTAAAATATATTATAATTAAATG-CT-TGCTTA
* * * * * * * *
15248 GGAAATTTTGAAGCAAAAGACGTTCATTGG--AGAAAAAAGTCATTTATAGTTACTCATACCTTT
128 AGAAA-TATGAAGAAAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAGA-CCATTTATAGTCACTCA-ACCTTT
** * * * * * * *
15311 -GAAAGCCACAATGCTTGCTTTAACTAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTCAGGTTAAATTTTT
190 CGAAAGCCTTATTACTTGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTT
* * * * * ** * ** * * *
15375 TTATATTGTTGGTTAAAATAGATTCTAATTGAACATTTGCCTCCGAAAATGTGAAGTAAAAGCCA
255 TTACATTTTTGATTAAAATATATTATAATTGAATGTTTGCTTTAGGAAACGTGAAGAAAAAGCCA
* *
15440 TTCATTGG-AGAGAAAAGTCCA
320 TT-ATTGGCA-AGAAAAGACCT
* * * *
15461 TATATTGTCACTCATA-CCTTC-AAAGGCATTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATTTCATA
1 TTTATAGTCACTCA-AGCCTTCGAAA-GCATTATTACTTACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATA
* * * * * * **
15524 ATTGATTTTAAGTTGAATTTTTCTATATTTTTGGTTAGAACATATTATAATTGAATGTCTACCTT
64 ATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTATATTTTT-ATTAAAATATATTATAATTAAATG-CTTGCTT
* * * * * * * *
15589 AAGAAATATAAAGAAAAAGCCATTCATTAGAAAAAAAAGTCGATTTAT-GATCACTTATGCC-TT
127 AAGAAATATGAAGAAAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAGACCATTTATAG-TCACTCA-ACCTTT
* *
15652 CGAAAGCCTTATTGCTTGCTTTAAAT-GTTTTATAATCTCATAATTAATTTTAAGTTGAATTTTT
190 CGAAAGCCTTATTACTTGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTT
* * * * *
15716 TTATATTTTTGATTAAAATATATTATAATTGAATGCTTGCTTTGGGAAATGTGAAGTAAAA
255 TTACATTTTTGATTAAAATATATTATAATTGAATGTTTGCTTTAGGAAACGTGAAGAAAAA
15777 TGTTGGCTCT
Statistics
Matches: 2161, Mismatches: 444, Indels: 198
0.77 0.16 0.07
Matches are distributed among these distances:
336 2 0.00
337 16 0.01
338 220 0.10
339 31 0.01
340 30 0.01
341 935 0.43
342 855 0.40
343 64 0.03
344 8 0.00
ACGTcount: A:0.35, C:0.13, G:0.12, T:0.40
Consensus pattern (339 bp):
TTTATAGTCACTCAAGCCTTCGAAAGCATTATTACTTACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAAT
TGATTTTAAGTTAAATTTTTTTATATTTTTATTAAAATATATTATAATTAAATGCTTGCTTAAGA
AATATGAAGAAAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAGACCATTTATAGTCACTCAACCTTTCGAAAG
CCTTATTACTTGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACAT
TTTTGATTAAAATATATTATAATTGAATGTTTGCTTTAGGAAACGTGAAGAAAAAGCCATTATTG
GCAAGAAAAGACCT
Found at i:14467 original size:512 final size:507
Alignment explanation
Indices: 12714--15764 Score: 2370
Period size: 512 Copynumber: 6.0 Consensus size: 507
12704 ATGTCAAGCA
* ** * * ***
12714 ATTGGAGAGAAAA-ATCCATTTATAGTCACTCATGCCTTCGAAAGCATTATTATTTATTTTAAAT
1 ATTGGA-AGAAAAGA-CCTTTTATAGTCACTCAAACCTTCAAAAGCATTATTACTCGCTTTAAAT
* * * * * ** *
12778 TGTTTTGTAATCTCATAATTAACTTTAAGTT-AATTTTTTTTATATTTTTGGTTAATATATATTA
64 GGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAA--TTTTTTACATTTTTTATTAAAATATATTA
** * * * * * * * * *
12842 TAATTGAACATTTACTTTAAGAAACTTGAAGCAGAAA-CGATCCATTGGCAAGAAAAGTCCAATT
127 TAATTGAATGTTTGCTTCAGGAAACGTGAAG-A-AAAGCCATTCATTAGCAAGAAAAGACC-TTT
* * * * **
12906 ATAGTCATTCAAGCCTTTCAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATTGTTTTATAATCTTGTAATTGA
189 ATAGTCACTCAAGCCTTTGAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGA
* * * * * * * *
12971 TTTTAAGTTGCATTTTTTTACATTTTTGATTAAAACAGATTCTATTTGAAT-GTCTGTCTTA-AG
254 TTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTGATTAAAATATATTATAATTGAATACT-TG-CTTAGGG
** * * ** * * * * *
13034 AAACATGAAGAAAAAGCCATTCGTTGGTTA-AAAAGTCCATTTACAATCACTCATA-CCTTCAAA
317 AAATGTGAAGAAAAAGCCATCCATTGGCAAGAAAAGACCTTTTATAGTCACTCA-AGCCTTCGAA
* * * *
13097 AG-CGTAGTTACTTACTTTAAATAATTTTATAAT-TCCATAATTAATTTTTAGTTAAATTTTTTT
381 AGCCTTA-TTACTTGCTTTAAAT-GTTTTATAATCT-CATAATTAATTTTAAGTTAAATTTTTTT
* ** * * * ** * * *
13160 CA-ATTTATGACAAAAACAGATTGTAATTGAATG-TCTGTCTT-AAGAAACATAAAGAAAAAGCC
443 -ATATTT-TTATTAAAATATATTATAATTGAATGCT-TG-CTTCGGGAAACTTGAAGAAAAAACC
13222 ATTC
504 ATTC
* * * * * ** * ** * * ** * *
13226 ACTAGCAAGAAAAGTCCATCTATAACCACCCATGCCTTCCAAAGCCTTATTACTTACTTGAAATA
1 A-TTGGAAGAAAAGACCTTTTATAGTCACTCAAACCTTCAAAAGCATTATTACTCGCTTTAAATG
* *
13291 GTTTTCTAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACA-TTTTTAGTTAAAATAGATTAT
65 GTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAA-TTTTTTACATTTTTTA-TTAAAATATATTAT
* * * * * *
13355 AATTGAATGTTTGC-TCTTGAAAACGTGAAGCAATAGCCATTCATTGGCAAGAAATGTCCATTTA
128 AATTGAATGTTTGCTTC-AGGAAACGTGAAG-AAAAGCCATTCATTAGCAAGAAAAGACC-TTTA
* * ** * * *
13419 TAGTCACCCAAGCCTTCGAAAGCCTTATTACTTTCTTTGAATGATTTTATAATTTCATAATTGAT
190 TAGTCACTCAAGCCTTTGAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGAT
* * * **
13484 TTTAA-TTAAAATATTTTTATATTTTTTATTAAAATATATTATAATTGAATATCTAT-CTT-GAA
255 TTTAAGTT-GAATTTTTTTATATTTTTGATTAAAATATATTATAATTGAATA-CT-TGCTTAGGG
* * ** * * * *
13546 AAATTTTGAAGCAGTAGACATCCATTGG-AGAGAAAAG-TCATTTATAGTCACTCATA-CCTTTG
317 AAA-TGTGAAGAAAAAGCCATCCATTGGCA-AGAAAAGACCTTTTATAGTCACTCA-AGCCTTCG
* * * * * *
13608 AAAGCCCTT-GTGCTTACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTCAGGTTAAATTTTTT
379 AAAG-CCTTATTACTTGCTTTAAAT-GTTTTATAATCTCATAATTAATTTTAAGTTAAATTTTTT
* * * ** * * * * *
13672 TATATTGTTCGA-TAAAACAGATTATAATTGAATG-TCCACCTCAGGAAACGTAAAGAAAAAGCC
442 TATATT-TT-TATTAAAATATATTATAATTGAATGCT-TGCTTCGGGAAACTTGAAGAAAAAACC
13735 ATAT-
504 AT-TC
*** * ** * *
13739 ATTGG-AGAGAAAGGTTTATTTATAGTCACTTATGCCTTCAAAAGCATTATTACTCACTGTAAAT
1 ATTGGAAGA-AAAGACCT-TTTATAGTCACTCAAACCTTCAAAAGCATTATTACTCGCTTTAAAT
* * * * ** *
13803 GGTTTTATAATTTCATAATTAATTTTAAGTTAAATTTTTCTATATTTTTGGTTAAAACATATTAT
64 GGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTT-TACATTTTTTATTAAAATATATTAT
* * * * * * *
13868 AAATAAATGTCTAT-C-TCAAGAAATGTAAAGAAAAAGCCATTCATTAGAAAGAAAAGTTA-ATT
128 AATTGAATGT-T-TGCTTCAGGAAACGTGAAG-AAAAGCCATTCATTAGCAAGAAAAG--ACCTT
* * * * *
13930 TAT-GATCAC-CTATG-CTTTCGAAAGCCTAATTGCTTACTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAA
188 TATAG-TCACTC-AAGCCTTT-GAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAA
* * * * * *
13992 TTAATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGATTAAACTTTATTACAATTAAATACTTGCTTAG
250 TTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTGATTAAAATATATTATAATTGAATACTTGCTTAG
*
14057 GGAAATGTGAAGCAAAAGCCATCCATTGGCAAGAAAAGACCTTTTATAGTCACTCAAGCCTTCGA
315 GGAAATGTGAAGAAAAAGCCATCCATTGGCAAGAAAAGACCTTTTATAGTCACTCAAGCCTTCGA
* ** *
14122 AAGCCTTATTACTTGTTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATCGATTTTGAGTTAAATTTTTTTA
380 AAGCCTTATTACTTGCTTTAAAT-GTTTTATAATCTCATAATTAATTTTAAGTTAAATTTTTTTA
* *
14187 TATTTTTATTAAAATATATTATAATTAAATGCTTGCTTCGGGAAACATGAAGAAAAAACCATTC
444 TATTTTTATTAAAATATATTATAATTGAATGCTTGCTTCGGGAAACTTGAAGAAAAAACCATTC
* * * * * *
14251 TTTGGTAAGAAATGACCTTTTATAATCACTCAAACTTTCAAAAGCATTGTTACTCGCTTTAAAGG
1 ATTGG-AAGAAAAGACCTTTTATAGTCACTCAAACCTTCAAAAGCATTATTACTCGCTTTAAATG
*
14316 GTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTATTACATTTTTTATTAAAATATATTGTA
65 GTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTT-TTACATTTTTTATTAAAATATATTATA
* * *
14381 ATTGAATGTTTGGTTTAGGAAACGTGAAGAAAATGCTATAT-ATTAGCAAGAAAAGACCTTGTAT
129 ATTGAATGTTTGCTTCAGGAAACGTGAAGAAAA-GCCAT-TCATTAGCAAGAAAAGACCTT-TAT
*
14445 AGTCACTCAAGCCTTTGAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTAATAATTGATT
191 AGTCACTCAAGCCTTTGAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATT
* * * * * * **
14510 TCAACTTGAATTTTTATATTTTTTTAATTAAAATATATTACAATTGAATGTTTGCTTTA-GGAAA
256 TTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTGATTAAAATATATTATAATTGAATACTTGC-TTAGGGAAA
* * * *
14574 TGTGAAGTAAAAGCAATCCATTGGCAAAAAAAGACCTTTTATAGTCACTCAAGCCTTCGAAAGTC
320 TGTGAAGAAAAAGCCATCCATTGGCAAGAAAAGACCTTTTATAGTCACTCAAGCCTTCGAAAGCC
* * * **
14639 TTATTACTAGCTTTAAATGATTTTATAATCTCAAAATTAATTTTGAGTTAAAAGTTTTTATATTT
385 TTATTACTTGCTTTAAATG-TTTTATAATCTCATAATTAATTTTAAGTTAAATTTTTTTATATTT
* * * * *
14704 TTATTAAAATATATTATAATTCAATGCCTGCTTCAGGAAACTTGAAGAAAAAGCCATCC
449 TTATTAAAATATATTATAATTGAATGCTTGCTTCGGGAAACTTGAAGAAAAAACCATTC
* * * * *
14763 ATTGGTCAGAAAAGGCCTTTTATAGTCACTCAAACCTTCGAAAGCATTGTTATTCGCTTTAAATG
1 ATTGG-AAGAAAAGACCTTTTATAGTCACTCAAACCTTCAAAAGCATTATTACTCGCTTTAAATG
* * * *
14828 GTTTTATAACCTCATAATTGATTTTAACTTGAATTGTTTTACA-TTTCTACTTAAAATATATTGT
65 GTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATT-TTTTACATTTTTTA-TTAAAATATATTAT
** * * * * * * *
14892 AATTGAACATTTGCTTGAGGAAACATAAAGCAAAAGCTATAT-ATTGGTAAGAAAAGACTTGTTA
128 AATTGAATGTTTGCTTCAGGAAACGTGAAG-AAAAGCCAT-TCATTAGCAAGAAAAGACCT-TTA
* * * * * *
14956 TAGTCACTCAAGCCTTTAAAAGTCTTATCACTCGCTATAAATGGTTTTATAATCTCGTAATTGAT
190 TAGTCACTCAAGCCTTTGAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGAT
* * * * *
15021 TTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGATGAAAATATATTATAATTAAATTCTTGCTTCGAGG-A
255 TTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTGATTAAAATATATTATAATTGAATACTTGCTTAG-GGAA
* *
15085 ATCT-AAGGAAAAAGCCATCTATTGGCAAGAAAAGACCTTTTATAGTCACTCAAGCCTTCGAAAG
319 ATGTGAA-GAAAAAGCCATCCATTGGCAAGAAAAGACCTTTTATAGTCACTCAAGCCTTCGAAAG
* * * *
15149 CATTACTACTTGCTTTAAATGGTTTTATAATCTC---A-TAATTTTAAGTTGAATTTTTTTACAT
383 CCTTATTACTTGCTTTAAAT-GTTTTATAATCTCATAATTAATTTTAAGTTAAATTTTTTTATAT
* * * *
15210 TTTTAGTTAAAATATATAATAATTGAATGTCTAT-CTT-GGGAAATTTTGAAGCAAAAGA-CGTT
447 TTTTA-TTAAAATATATTATAATTGAATG-CT-TGCTTCGGGAAA-CTTGAAG-AAAAAACCATT
15272 C
507 C
* * * * * ** * * * * *
15273 ATTGG-AGAAAAAAGTCATTTATAGTTACTCATACCTTTGAAAGCCA-CAATGCTTGCTTTAACT
1 ATTGGAAGAAAAGA-CCTTTTATAGTCACTCAAACCTTCAAAAG-CATTATTACTCGCTTTAAAT
* * * * * * ** * *
15336 AGTTTTATAATCTCATAATTGATTTCAGGTTAAATTTTTTTATATTGTTGGTTAAAATAGATTCT
64 GGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAA-TTTTTTACATTTTTTATTAAAATATATTAT
** * * * * * * *
15401 AATTGAACATTTGCCTCCGAAAATGTGAAGTAAAAGCCATTCATT-GGAGAGAAAAGTCCATATA
128 AATTGAATGTTTGCTTCAGGAAACGTGAAG-AAAAGCCATTCATTAGCA-AGAAAAGACC-TTTA
* * * *
15465 TTGTCACTCATA-CC-TTCAAAGGCATTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATTTCATAATTG
190 TAGTCACTCA-AGCCTTTGAAA-GCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTG
* * * * * ** *
15528 ATTTTAAGTTGAATTTTTCTATATTTTTGGTTAGAACATATTATAATTGAATGTCTACCTTA-AG
253 ATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTGATTAAAATATATTATAATTGAAT-ACTTGCTTAGGG
* * * * * * * ** * *
15592 AAATATAAAGAAAAAGCCATTCATTAGAAAAAAAAGTCGATTTAT-GATCACTTATGCCTTCGAA
317 AAATGTGAAGAAAAAGCCATCCATTGGCAAGAAAAGACCTTTTATAG-TCACTCAAGCCTTCGAA
* *
15656 AGCCTTATTGCTTGCTTTAAATGTTTTATAATCTCATAATTAATTTTAAGTTGAATTTTTTTATA
381 AGCCTTATTACTTGCTTTAAATGTTTTATAATCTCATAATTAATTTTAAGTTAAATTTTTTTATA
*
15721 TTTTTGATTAAAATATATTATAATTGAATGCTTGCTTTGGGAAA
446 TTTTT-ATTAAAATATATTATAATTGAATGCTTGCTTCGGGAAA
15765 TGTGAAGTAA
Statistics
Matches: 2069, Mismatches: 381, Indels: 178
0.79 0.14 0.07
Matches are distributed among these distances:
508 55 0.03
509 308 0.15
510 37 0.02
511 43 0.02
512 1142 0.55
513 456 0.22
514 25 0.01
515 3 0.00
ACGTcount: A:0.35, C:0.13, G:0.12, T:0.39
Consensus pattern (507 bp):
ATTGGAAGAAAAGACCTTTTATAGTCACTCAAACCTTCAAAAGCATTATTACTCGCTTTAAATGG
TTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTACATTTTTTATTAAAATATATTATAAT
TGAATGTTTGCTTCAGGAAACGTGAAGAAAAGCCATTCATTAGCAAGAAAAGACCTTTATAGTCA
CTCAAGCCTTTGAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAG
TTGAATTTTTTTATATTTTTGATTAAAATATATTATAATTGAATACTTGCTTAGGGAAATGTGAA
GAAAAAGCCATCCATTGGCAAGAAAAGACCTTTTATAGTCACTCAAGCCTTCGAAAGCCTTATTA
CTTGCTTTAAATGTTTTATAATCTCATAATTAATTTTAAGTTAAATTTTTTTATATTTTTATTAA
AATATATTATAATTGAATGCTTGCTTCGGGAAACTTGAAGAAAAAACCATTC
Found at i:17425 original size:171 final size:170
Alignment explanation
Indices: 16989--19238 Score: 1588
Period size: 171 Copynumber: 13.3 Consensus size: 170
16979 TGAGACCAAC
* * * *
16989 ATAAAAGCCATTCATTGGCAAGTAAAGACCTTTTATAGTCACTCAAGCTTTTGAAAGCCTTATTA
1 ATAAAAGCCATCCATTGGCAAGAAAAGACCTTTTATAGTCACTCAAGCCTTCGAAAGCCTTATTA
* *
17054 CTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTCATTTTAAATTGATTTTTTCTATATTTTTGGTT
66 CTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAATTGATTTTTT-TATATTTTTGATT
* * * **
17119 AAAACAGATTATAATTGAATG-TCTACCTCAAGAAACATGAA
130 AAAATATATTATAATTGAATGCT-TACTTTGAGAAACATGAA
* ** * * ** * * * * *
17160 GA-AAAA-TCATTAATTAGAAAGAAAA-ATCGATTTATGGCCAC-CTATGCCTTCGTAAGCCTCA
1 -ATAAAAGCCATCCATTGGCAAGAAAAGA-CCTTTTATAGTCACTC-AAGCCTTCGAAAGCCTTA
* * * * * * *
17221 TTGCTTGCTTTAAATAGTTTTATAATATCATAATTAATTTTAAATTTACCTTTTTTATATTTTTT
63 TTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAATTGA-TTTTTTTATATTTTTG
* **
17286 ATTAAAATATATTATAATTGAATGCTTGCTTTGAGAAATGTGAA
127 ATTAAAATATATTATAATTGAATGCTTACTTTGAGAAACATGAA
* * * *
17330 ATAGAAGCCATCCATTGACAAGAAAAGACCTTTTATAGTCACTCAAGCCTTTGAAAGCCTTATTG
1 ATAAAAGCCATCCATTGGCAAGAAAAGACCTTTTATAGTCACTCAAGCCTTCGAAAGCCTTATTA
*** * * *
17395 CTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTGCGTTGAATTGTTTTGTATTTTTTATT
66 CTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAATTG-ATTTTTTTATATTTTTGATT
* * *
17460 AAAATATATTATAATTGAATGCTTGCTTAGGGAAACATGAA
130 AAAATATATTATAATTGAATGCTTACTTTGAGAAACATGAA
** * * * * * *
17501 GGAAAATCCATCCATTGGTAAGAAAAGACCTTTTATAGTCACTCAAACCTTCAAAAGCATTGTTA
1 ATAAAAGCCATCCATTGGCAAGAAAAGACCTTTTATAGTCACTCAAGCCTTCGAAAGCCTTATTA
* * *
17566 CTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTGAAATTGAATTTTTTTACATTTTTGGTT
66 CTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAATTG-ATTTTTTTATATTTTTGATT
* ** *
17631 AAAATATATTGTAATTGAATATTTACTTTGAGAAACGTGAA
130 AAAATATATTATAATTGAATGCTTACTTTGAGAAACATGAA
* * ** * *
17672 GTAAAAGCTATATATTGGCAAGAAAAGATCATTTATAG----TC-A--C-T-------C--ATTA
1 ATAAAAGCCATCCATTGGCAAGAAAAGACCTTTTATAGTCACTCAAGCCTTCGAAAGCCTTATTA
* * * * *
17720 CTCACTTTAAATAGTTTTATAATTTCATAATTAATTTTAAGTTGAATTTTTTTGTATGTTTTG-T
66 CTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAATTG-ATTTTTTTATAT-TTTTGAT
* * * * *
17784 TAAAACAGATTATAATTGAATG-TCTACCTCGAAAAACATGAA
129 TAAAATATATTATAATTGAATGCT-TACTTTGAGAAACATGAA
* * * ***** * * *
17826 GA-AAAAGCCATTCATTAGAAAGAAAATTTGATTTATGGTCAC-CTATGCCTTTGAAAGCCTTAT
1 -ATAAAAGCCATCCATTGGCAAGAAAAGACCTTTTATAGTCACTC-AAGCCTTCGAAAGCCTTAT
* ** * * * * * * * *
17889 TGCTTACGTTAAATGGTTTTATAATTTCATAATTAATTTTAAGTTAAATTTTTTAATATTTTTTA
64 TACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAATT-GATTTTTTTATATTTTTGA
* * *
17954 TTAAAACATATTATAATTGCATG-TCTGCTTTCG-GAAACATGAA
128 TTAAAATATATTATAATTGAATGCT-TACTTT-GAGAAACATGAA
** * * * ** *
17997 GGAAAAGCCATCCATTGGTTAA-AAAAAACCTTTTATAGTCACTTAAGCCTTCGAAAGCAGTGTT
1 ATAAAAGCCATCCATTGG-CAAGAAAAGACCTTTTATAGTCACTCAAGCCTTCGAAAGCCTTATT
* * * *
18061 ACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTACATTTTT-AG
65 ACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAATT-GATTTTTTTATATTTTTGA-
* * * *
18125 TTAAAATATATTGTAATTCAATG-TCTGCTTTGGGAAACATGAA
128 TTAAAATATATTATAATTGAATGCT-TACTTTGAGAAACATGAA
* * ** * * *
18168 GTAAAAGCTATATATTGGTAAGAAAAGACCTTTTATAGTCACTCAAGCCTTTGAAAGCCTTATTT
1 ATAAAAGCCATCCATTGGCAAGAAAAGACCTTTTATAGTCACTCAAGCCTTCGAAAGCCTTATTA
* * *
18233 CTCGCTTTAAATGGTTTTATAATTTCATAATTGATTTTAAATTGATTTTTTTTGTATTTTT-AGT
66 CTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAATTGA-TTTTTTTATATTTTTGA-T
* * * * * **
18297 TAAAATAGATTATAATTGAATGTTTACCTTAAAAAATGTGAA
129 TAAAATATATTATAATTGAATGCTTACTTTGAGAAACATGAA
* * * * * * * *
18339 A-AAAATGCAATTCATTAGAAAGAAATTTTGA-TTTATTATTG-C-CT-ATGCCTTCGAAAGCC-
1 ATAAAA-GCCATCCATTGGCAAGAAA---AGACCTT-TTATAGTCACTCAAGCCTTCGAAAGCCT
** * * *
18398 TATTACTTACTTTAAAT-GATTTTATAATCTCATAATT-AGTTTTAAGTAGAATTATTTTATATT
61 TATTACTCGCTTTAAATAG-TTTTATAATCTCATAATTGA-TTTTAAATTG-ATTTTTTTATATT
* * * * *
18461 TTTTATTAAAATATATTATAATTAAATACTTGCTTTG-GAAAATATGAA
123 TTTGATTAAAATATATTATAATTGAATGCTTACTTTGAG-AAACATGAA
* * *
18509 GTAAAAGCCATCCATTGGCAAGAAAAGACATTTTATAGTCACTCAAGCCTTC-AGAAGTCTTATT
1 ATAAAAGCCATCCATTGGCAAGAAAAGACCTTTTATAGTCACTCAAGCCTTCGA-AAGCCTTATT
* * *
18573 ACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTGAGTTGAATTTTTTTATATTTTTTAT
65 ACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAATTG-ATTTTTTTATATTTTTGAT
*
18638 TAAAATATATTATAATTGAATG-TCTGCTTTG-GAAAACATG-A
129 TAAAATATATTATAATTGAATGCT-TACTTTGAG-AAACATGAA
* * * * * * * * * *
18679 AGAAAAGACATCAATTGGTATGAAAGGACCTTTTATAGTCACTCAAGCTTTCAAAAGCATTGTTA
1 ATAAAAGCCATCCATTGGCAAGAAAAGACCTTTTATAGTCACTCAAGCCTTCGAAAGCCTTATTA
* * *
18744 CTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTCT-AGT
66 CTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAATTG-ATTTTTTTATATTTTTGA-T
* * **
18808 TAAAATATATTATAATTGAATG-TCTGCTTTGGGAAATGTGAA
129 TAAAATATATTATAATTGAATGCT-TACTTTGAGAAACATGAA
** ** ** ** * *
18850 GCAAAAGTAATATATTGATAAGAAAAGACCTTTTATAGTGACTCAAGCCTTCGGAAGCCTTATTA
1 ATAAAAGCCATCCATTGGCAAGAAAAGACCTTTTATAGTCACTCAAGCCTTCGAAAGCCTTATTA
* * * * * *
18915 CTCACTTTCAAT-GTATTTATAA-CTTCATAATTGATTTTAACTTAAATCTTTCTATATTTTT-A
66 CTCGCTTTAAATAGT-TTTATAATC-TCATAATTGATTTTAAATT-GATTTTTTTATATTTTTGA
* * *
18977 GTTAAAATATATTATAATTGAATG-TCTA-TCTCA-AAAAATGTAA
128 -TTAAAATATATTATAATTGAATGCT-TACTTTGAGAAACATG-AA
* * * * * ** * * *
19020 AGAAAAAGCCATTCATTAGAAAGAAAAGTCGATTTATGGTCACGT-ATGCCTTGGAAAGCCTTAT
1 A-TAAAAGCCATCCATTGGCAAGAAAAGACCTTTTATAGTCAC-TCAAGCCTTCGAAAGCCTTAT
* * * ********** * * * *
19084 TGCTTGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATNNNNNNNNNNAAGTTAAATGTTTTTATATTTTTTA
64 TACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAATT-GATTTTTTTATATTTTTGA
* * ** *
19149 TTAAAATATATTATATTTGAATGATTGGTTTG-GGAA-ATGTAA
128 TTAAAATATATTATAATTGAATGCTTACTTTGAGAAACATG-AA
** *
19191 AGTAAAAGCCATCCATTAACAAGAAAAGATCTTTTATAGTCACTCAAG
1 A-TAAAAGCCATCCATTGGCAAGAAAAGACCTTTTATAGTCACTCAAG
19239 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 1668, Mismatches: 332, Indels: 157
0.77 0.15 0.07
Matches are distributed among these distances:
153 1 0.00
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155 5 0.00
157 1 0.00
161 1 0.00
162 1 0.00
163 1 0.00
164 1 0.00
166 1 0.00
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174 7 0.00
ACGTcount: A:0.35, C:0.12, G:0.13, T:0.40
Consensus pattern (170 bp):
ATAAAAGCCATCCATTGGCAAGAAAAGACCTTTTATAGTCACTCAAGCCTTCGAAAGCCTTATTA
CTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAATTGATTTTTTTATATTTTTGATTA
AAATATATTATAATTGAATGCTTACTTTGAGAAACATGAA
Found at i:17867 original size:154 final size:154
Alignment explanation
Indices: 17563--17851 Score: 366
Period size: 154 Copynumber: 1.9 Consensus size: 154
17553 AAAAGCATTG
* *
17563 TTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTGAAATTGAATTTTTTTACATTTTTG
1 TTACTCACTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTAATTTGAAATTGAATTTTTTTACATTTTTG
* * * * * * * * * * * *
17628 GTTAAAATATATTGTAATTGAATATTTACTTTGAGAAACGTGAAGTAAAAGCTATATATTGGCAA
66 GTTAAAACAGATTATAATTGAATATCTACCTCGAAAAACATGAAGAAAAAGCCATATATTAGAAA
17693 GAAAAGATCATTTATAGTCACTCA
131 GAAAAGATCATTTATAGTCACTCA
* * * **
17717 TTACTCACTTTAAATAGTTTTATAATTTCATAATTAATTTTAAGTTGAATTTTTTTGTATGTTTT
1 TTACTCACTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTAATTTGAAATTGAATTTTTTTACAT-TTTT
*
17782 -GTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTCGAAAAACATGAAGAAAAAGCCAT-TCATTAGA
65 GGTTAAAACAGATTATAATTGAATATCTACCTCGAAAAACATGAAGAAAAAGCCATAT-ATTAGA
17845 AAGAAAA
129 AAGAAAA
17852 TTTGATTTAT
Statistics
Matches: 113, Mismatches: 20, Indels: 4
0.82 0.15 0.03
Matches are distributed among these distances:
153 1 0.01
154 108 0.96
155 4 0.04
ACGTcount: A:0.38, C:0.09, G:0.12, T:0.40
Consensus pattern (154 bp):
TTACTCACTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTAATTTGAAATTGAATTTTTTTACATTTTTG
GTTAAAACAGATTATAATTGAATATCTACCTCGAAAAACATGAAGAAAAAGCCATATATTAGAAA
GAAAAGATCATTTATAGTCACTCA
Found at i:18535 original size:341 final size:339
Alignment explanation
Indices: 17711--19238 Score: 1222
Period size: 341 Copynumber: 4.5 Consensus size: 339
17701 CATTTATAGT
* * * * **
17711 CACTCATTACTCACTTTAAAT-AGTTTTATAATTTCATAATTAATTTTAAGTTGAATTTTTTTGT
1 CACT-ATTACTCGCTTTAAATGA-TTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTAC
* * * * * ** * * *
17775 ATGTTTT-GTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTCGAAAAACATGAAGAAAAAGCCATTC
64 AT-TTTTAGTTAAAATATATTATAATTGAATGTCTGCTTTGGGAAATATGAAGTAAAAGCCATAC
***** * * * ** *
17839 ATTAGA-AAGAAAATTTGATTTATGGTCAC-CTATGCCTTTGAAAGCCTTATTGCTTACGTTAAA
128 ATT-GACAAGAAAAGACCTTTTATAGTCACTC-AAGCCTTTGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAA
* * * * *
17902 TGGTTTTATAATTTCATAATTAATTTTAAGTTAAATTTTTTAATATTTTTTA-TTAAAACATATT
191 T-GTTTTATAATTTCATAATTGATTTTAAATTGAATTTTTTTATA-TTTTTAGTTAAAATATATT
* * * *** ** * * * * * *
17966 ATAATTGCATGTCTGCTTTCGGAAACATGAAGGAAAA-GCCATCCATTGGTTAAAAAAAACCT--
254 ATAATTGAATGTCTACCTTAAAAAATGTGAA-AAAAATGCAATTCATTAG---AAAGAAACTTGA
* *
18028 TTTA-TAGTCACTTAAGCCTTCGAAAG
315 TTTATTATTC-C-TATGCCTTCGAAAG
* * *
18054 CAGTGTTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTACAT
1 CACTATTACTCGCTTTAAATGATTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTACAT
* * * * *
18119 TTTTAGTTAAAATATATTGTAATTCAATGTCTGCTTTGGGAAACATGAAGTAAAAGCTATATATT
66 TTTTAGTTAAAATATATTATAATTGAATGTCTGCTTTGGGAAATATGAAGTAAAAGCCATACATT
** *
18184 GGTAAGAAAAGACCTTTTATAGTCACTCAAGCCTTTGAAAGCCTTATTTCTCGCTTTAAATGGTT
131 GACAAGAAAAGACCTTTTATAGTCACTCAAGCCTTTGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAAT-GTT
* * *
18249 TTATAATTTCATAATTGATTTTAAATTGATTTTTTTTGTATTTTTAGTTAAAATAGATTATAATT
195 TTATAATTTCATAATTGATTTTAAATTGAATTTTTTTATATTTTTAGTTAAAATATATTATAATT
* *
18314 GAATGTTTACCTTAAAAAATGTGAAAAAAATGCAATTCATTAGAAAGAAATTTTGATTTATTATT
260 GAATGTCTACCTTAAAAAATGTGAAAAAAATGCAATTCATTAGAAAGAAA-CTTGATTTATTATT
18379 GCCTATGCCTTCGAAAG
324 -CCTATGCCTTCGAAAG
** * *
18396 C-CTATTACTTACTTTAAATGATTTTATAATCTCATAATT-AGTTTTAAG-TAGAATTATTTTAT
1 CACTATTACTCGCTTTAAATGATTTTATAATCTCATAATTGA-TTTTAAGTTA-AATTTTTTTAC
* * * *
18458 ATTTTTTA-TTAAAATATATTATAATTAAAT-ACTTGCTTTGGAAAATATGAAGTAAAAGCCATC
64 A-TTTTTAGTTAAAATATATTATAATTGAATGTC-TGCTTTGGGAAATATGAAGTAAAAGCCATA
* * * *
18521 CATTGGCAAGAAAAGACATTTTATAGTCACTCAAGCC-TTCAGAAGTCTTATTACTCGCTTTAAA
127 CATTGACAAGAAAAGACCTTTTATAGTCACTCAAGCCTTTGA-AAGCCTTATTACTCGCTTTAAA
* * *
18585 TAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTGAGTTGAATTTTTTTATATTTTTTA-TTAAAATATATT
191 T-GTTTTATAATTTCATAATTGATTTTAAATTGAATTTTTTTATA-TTTTTAGTTAAAATATATT
* * * * * ** * *
18649 ATAATTGAATGTCTGCTTTGGAAAACATGAAGAAAAGACAT-CAATT-GGTATGAAAG-GACCT-
254 ATAATTGAATGTCTACCTT--AAAAAATG-TGAAAA-AAATGCAATTCATTA-GAAAGAAACTTG
* * * *
18710 -TTTA-TAGTCACTCAAGCTTTCAAAAG
314 ATTTATTATTC-CT-ATGCCTTCGAAAG
* * *
18736 CATTGTTACTCGCTTTAAAT-AGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACA
1 CACTATTACTCGCTTTAAATGA-TTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTACA
* * * ** *
18800 TTTCTAGTTAAAATATATTATAATTGAATGTCTGCTTTGGGAAATGTGAAGCAAAAGTAATATAT
65 TTTTTAGTTAAAATATATTATAATTGAATGTCTGCTTTGGGAAATATGAAGTAAAAGCCATACAT
* * * * * *
18865 TGATAAGAAAAGACCTTTTATAGTGACTCAAGCCTTCGGAAGCCTTATTACTCACTTTCAATGTA
130 TGACAAGAAAAGACCTTTTATAGTCACTCAAGCCTTTGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGT-
* * * * *
18930 TTTATAACTTCATAATTGATTTTAACTTAAATCTTTCTATATTTTTAGTTAAAATATATTATAAT
194 TTTATAATTTCATAATTGATTTTAAATTGAATTTTTTTATATTTTTAGTTAAAATATATTATAAT
* * * * * * *
18995 TGAATGTCTATCTCAAAAAATGT-AAAGAAAAAGCCATTCATTAGAAAGAAAAGTCGATTTA-TG
259 TGAATGTCTACCTTAAAAAATGTGAAA-AAAATGCAATTCATTAGAAAG-AAACTTGATTTATTA
* *
19058 GTCACGTATGCCTTGGAAAG
322 TTC-C-TATGCCTTCGAAAG
* * * ********** * *
19078 C-CTTATTGCTTGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATNNNNNNNNNNAAGTTAAATGTTTTTATA
1 CAC-TATTACTCGCTTTAAATGATTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTACA
* * * * *
19142 TTTTTTA-TTAAAATATATTATATTTGAATGAT-TGGTTTGGGAAATGTAAAGTAAAAGCCATCC
65 -TTTTTAGTTAAAATATATTATAATTGAATG-TCTGCTTTGGGAAATATGAAGTAAAAGCCATAC
* *
19205 ATTAACAAGAAAAGATCTTTTATAGTCACTCAAG
128 ATTGACAAGAAAAGACCTTTTATAGTCACTCAAG
19239 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 953, Mismatches: 187, Indels: 91
0.77 0.15 0.07
Matches are distributed among these distances:
337 5 0.01
338 11 0.01
339 20 0.02
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342 397 0.42
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344 16 0.02
345 3 0.00
ACGTcount: A:0.35, C:0.11, G:0.12, T:0.40
Consensus pattern (339 bp):
CACTATTACTCGCTTTAAATGATTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTACAT
TTTTAGTTAAAATATATTATAATTGAATGTCTGCTTTGGGAAATATGAAGTAAAAGCCATACATT
GACAAGAAAAGACCTTTTATAGTCACTCAAGCCTTTGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGTTT
TATAATTTCATAATTGATTTTAAATTGAATTTTTTTATATTTTTAGTTAAAATATATTATAATTG
AATGTCTACCTTAAAAAATGTGAAAAAAATGCAATTCATTAGAAAGAAACTTGATTTATTATTCC
TATGCCTTCGAAAG
Found at i:18916 original size:512 final size:510
Alignment explanation
Indices: 16991--18999 Score: 1989
Period size: 512 Copynumber: 4.0 Consensus size: 510
16981 AGACCAACAT
* * ** *
16991 AAAAGCCATTCATTGGCAAGTAAAGACCTTTTATAGTCACTCAAG-CTTTTGAAAGCCTTATTAC
1 AAAAGCCATCCATTGGCAAGAAAAGACCTTTTATAGTCACTCAAGCCTTCAGAAAGCATTATTAC
* * *
17055 TCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTCATTTTAAATTG-ATTTTTTCTATATTTTTGGTT
66 TCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAATTGAATTTTTT-TACATTTTTGATT
* * * ** * * * *
17119 AAAACAGATTATAATTGAATGTCTAC-CTCAAGAAACATGAAGAAAAATC-AT-TAATTAGAAAG
130 AAAATATATTATAATTGAATGTCTACTTTGGAGAAACATGAAGTAAAAGCTATAT-ATTGGTAAG
* * * * * * * * * *
17181 AAAA-ATCGATTTATGGCCAC-CTATGCCTTCGTAAGCCTCATTGCTTGCTTTAAATAGTTTTAT
194 AAAAGA-CCATTTATAGTCACTC-AAG-CTTTGAAAGCATTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTAT
* * ** *
17244 AATATCATAATTAATTTTAAATTTACCTTTTTTATATTTTTTA-TTAAAATATATTATAATTGAA
256 AATTTCATAATTAATTTTAAATTGAATTTTTTTATA-TTTTTAGTTAAAATAGATTATAATTGAA
* * * * * * *
17308 TG-CTTGCTTTGAGAAATGTGAA-ATAGAAGCCATCCATT-GACAAGAAAAGACCTTTTATAGTC
320 TGTC-TACCTTGAAAAATGTGAAGA-AAAAGCAATTCATTAGA-AAGAAAAGACCATTTATAGTC
* * * *
17370 ACTCAAGCCTTTGAAAGCCTTATTGCTCGCTTTAAAT-AGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTG
382 ACTCAAGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGA-TTTTATAATCTCATAATTGATTTTA
* * * *
17434 CGTTGAATTGTTTTGTATTTTTTATTAAAATATATTATAATTGAATGCTTGCTTAGGGAAACATG
446 AG-TAAATT-TTTTATATTTTTTATTAAAATATATTATAATTGAAT-CTTGCTT-TGGAAACATG
17499 AAGG
507 AAGG
* * * *
17503 AAAATCCATCCATTGGTAAGAAAAGACCTTTTATAGTCACTCAAACCTTCA-AAAGCATTGTTAC
1 AAAAGCCATCCATTGGCAAGAAAAGACCTTTTATAGTCACTCAAGCCTTCAGAAAGCATTATTAC
* *
17567 TCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTGAAATTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTA
66 TCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAATTGAATTTTTTTACATTTTTGATTA
* * * * *
17632 AAATATATTGTAATTGAATATTTACTTT-GAGAAACGTGAAGTAAAAGCTATATATTGGCAAGAA
131 AAATATATTATAATTGAATGTCTACTTTGGAGAAACATGAAGTAAAAGCTATATATTGGTAAGAA
* *
17696 AAGATCATTTATAG----TC-A-C--T-----C---ATTACTCACTTTAAATAGTTTTATAATTT
196 AAGACCATTTATAGTCACTCAAGCTTTGAAAGCATTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATTT
* * *
17745 CATAATTAATTTTAAGTTGAATTTTTTTGTATGTTTT-GTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCT
261 CATAATTAATTTTAAATTGAATTTTTTTATAT-TTTTAGTTAAAATAGATTATAATTGAATGTCT
* ** * **** * *
17809 ACCTCGAAAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTAGAAAGAAAATTTGATTTATGGTCAC-CTATG
325 ACCTTGAAAAATGTGAAGAAAAAGCAATTCATTAGAAAGAAAAGACCATTTATAGTCACTC-AAG
* * * * * * *
17873 CCTTTGAAAGCCTTATTGCTTACGTTAAATGGTTTTATAATTTCATAATTAATTTTAAGTTAAAT
389 CCTTCGAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGATTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAG-TAAAT
* * *
17938 TTTTTAATATTTTTTATTAAAACATATTATAATTGCATGTCTGCTTTCGGAAACATGAAGG
453 TTTTT-ATATTTTTTATTAAAATATATTATAATTGAATCT-TGCTTT-GGAAACATGAAGG
* * * * *
17999 AAAAGCCATCCATTGGTTAA-AAAAAACCTTTTATAGTCACTTAAGCCTTC-GAAAGCAGTGTTA
1 AAAAGCCATCCATTGG-CAAGAAAAGACCTTTTATAGTCACTCAAGCCTTCAGAAAGCATTATTA
* * *
18062 CTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTACATTTTT-AGT
65 CTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAATTGAATTTTTTTACATTTTTGA-T
* * *
18126 TAAAATATATTGTAATTCAATGTCTGCTTTGG-GAAACATGAAGTAAAAGCTATATATTGGTAAG
129 TAAAATATATTATAATTGAATGTCTACTTTGGAGAAACATGAAGTAAAAGCTATATATTGGTAAG
* * * *
18190 AAAAGACCTTTTATAGTCACTCAAGCCTTTGAAAGCCTTATTTCTCGCTTTAAATGGTTTTATAA
194 AAAAGACCATTTATAGTCACTCAAG-CTTTGAAAGCATTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAA
* * *
18255 TTTCATAATTGATTTTAAATTGATTTTTTTTGTATTTTTAGTTAAAATAGATTATAATTGAATGT
258 TTTCATAATTAATTTTAAATTGAATTTTTTTATATTTTTAGTTAAAATAGATTATAATTGAATGT
* * ***** *
18320 TTACCTTAAAAAATGTGAA-AAAAATGCAATTCATTAGAAAGAAATTTTGATTTATTATTGC-CT
323 CTACCTTGAAAAATGTGAAGAAAAA-GCAATTCATTAGAAAGAAAAGACCATTTA-TAGT-CACT
* *
18383 -ATGCCTTCGAAAGCC-TATTACTTACTTTAAATGATTTTATAATCTCATAATT-AGTTTTAAGT
385 CAAGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGATTTTATAATCTCATAATTGA-TTTTAAGT
* *
18445 AGAATTATTTTATATTTTTTATTAAAATATATTATAATTAAATACTTGCTTTGGAAAATATGAAG
449 A-AATT-TTTTATATTTTTTATTAAAATATATTATAATTGAAT-CTTGCTTTGG-AAACATGAAG
*
18510 T
510 G
*
18511 AAAAGCCATCCATTGGCAAGAAAAGACATTTTATAGTCACTCAAGCCTTCAG-AAGTC-TTATTA
1 AAAAGCCATCCATTGGCAAGAAAAGACCTTTTATAGTCACTCAAGCCTTCAGAAAG-CATTATTA
* * * *
18574 CTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTGAGTTGAATTTTTTTATATTTTTTATT
65 CTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAATTGAATTTTTTTACATTTTTGATT
* *
18639 AAAATATATTATAATTGAATGTCTGCTTTGGA-AAACATGAAG-AAAAGAC-ATCA-ATTGGTAT
130 AAAATATATTATAATTGAATGTCTACTTTGGAGAAACATGAAGTAAAAG-CTAT-ATATTGGTAA
* * * *
18700 GAAAGGACCTTTTATAGTCACTCAAGCTTTCAAAAGCATTGTTACTCGCTTTAAATAGTTTTATA
193 GAAAAGACCATTTATAGTCACTCAAGCTTT-GAAAGCATTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATA
* * * * * *
18765 ATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTCTAGTTAAAATATATTATAATTGAATG
257 ATTTCATAATTAATTTTAAATTGAATTTTTTTATATTTTTAGTTAAAATAGATTATAATTGAATG
* * ** * * * *
18830 TCTGCTTTGGGAAATGTGAAGCAAAAGTAATAT-ATT-GATAAGAAAAGACCTTTTATAGTGACT
322 TCTACCTTGAAAAATGTGAAGAAAAAGCAAT-TCATTAGA-AAGAAAAGACCATTTATAGTCACT
* *
18893 CAAGCCTTCGGAAGCCTTATTACTCACTTTCAATG-TATTTATAA-CTTCATAATTGATTTTAAC
385 CAAGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGAT-TTTATAATC-TCATAATTGATTTTAA-
* *
18956 TTAAATCTTTCTATA-TTTTTAGTTAAAATATATTATAATTGAAT
447 GTAAAT-TTTTTATATTTTTTA-TTAAAATATATTATAATTGAAT
19000 GTCTATCTCA
Statistics
Matches: 1266, Mismatches: 163, Indels: 136
0.81 0.10 0.09
Matches are distributed among these distances:
495 7 0.01
496 403 0.32
497 8 0.01
499 1 0.00
500 2 0.00
501 1 0.00
503 1 0.00
505 1 0.00
506 1 0.00
510 13 0.01
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515 1 0.00
ACGTcount: A:0.35, C:0.12, G:0.12, T:0.41
Consensus pattern (510 bp):
AAAAGCCATCCATTGGCAAGAAAAGACCTTTTATAGTCACTCAAGCCTTCAGAAAGCATTATTAC
TCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAATTGAATTTTTTTACATTTTTGATTA
AAATATATTATAATTGAATGTCTACTTTGGAGAAACATGAAGTAAAAGCTATATATTGGTAAGAA
AAGACCATTTATAGTCACTCAAGCTTTGAAAGCATTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATTT
CATAATTAATTTTAAATTGAATTTTTTTATATTTTTAGTTAAAATAGATTATAATTGAATGTCTA
CCTTGAAAAATGTGAAGAAAAAGCAATTCATTAGAAAGAAAAGACCATTTATAGTCACTCAAGCC
TTCGAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGATTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTAAATTTT
TTATATTTTTTATTAAAATATATTATAATTGAATCTTGCTTTGGAAACATGAAGG
Found at i:19618 original size:167 final size:169
Alignment explanation
Indices: 19339--19685 Score: 396
Period size: 167 Copynumber: 2.1 Consensus size: 169
19329 NNNNNNNNNN
* * * * *
19339 AACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCTTGAGTGACTATAAATAGAATTTTTGTGCC
1 AACCATTTAAAACGAGAAATAAGGCTTTCAAAAGCATGAGTGACTATAAATAGAATTTTTGTGCC
* * *
19404 AATGGATAGCTTTGCTTCATGTTTCAAGAGGTAGACAATCAATTATAATATATTTTAATAAAAAA
66 AATGGATAGCTTTGCTTCATGTTTCAAGAGGAAGACAATAAATTATAATATATTTTAACAAAAAA
* * * ** *
19469 TATAAAAATATTCAAGTTAAAATTAA-TATTTGATTATAA
131 TACAAAAA-ATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTACAA
* * * * **
19508 AACCATTTAAAACTAGAAATAATGCTTTCAAAAGCATGGGTGACTATAAAT-TAATTTTT-T-TT
1 AACCATTTAAAACGAGAAATAAGGCTTTCAAAAGCATGAGTGACTATAAATAGAATTTTTGTGCC
* ** * * * *
19570 AATGGATGGCTTTTGCTTCATGTTTCTTGAGGAAGACATTAAATTATAATCTATTTTAACCAACA
66 AATGGATAGC-TTTGCTTCATGTTTCAAGAGGAAGACAATAAATTATAATATATTTTAACAAAAA
19635 ATACAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTACAA
130 ATACAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTACAA
*
19675 AACTATTTAAA
1 AACCATTTAAA
19686 GTGAGTANNN
Statistics
Matches: 148, Mismatches: 28, Indels: 6
0.81 0.15 0.03
Matches are distributed among these distances:
166 24 0.16
167 74 0.50
168 7 0.05
169 43 0.29
ACGTcount: A:0.41, C:0.11, G:0.13, T:0.35
Consensus pattern (169 bp):
AACCATTTAAAACGAGAAATAAGGCTTTCAAAAGCATGAGTGACTATAAATAGAATTTTTGTGCC
AATGGATAGCTTTGCTTCATGTTTCAAGAGGAAGACAATAAATTATAATATATTTTAACAAAAAA
TACAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTACAA
Found at i:20465 original size:342 final size:339
Alignment explanation
Indices: 19823--21121 Score: 1228
Period size: 342 Copynumber: 3.8 Consensus size: 339
19813 NNTGAGAAAG
* * * * * * * * *
19823 ACATTCAAATATTATCTGTTTTAACCAGAAATGTCAAAAA-ATCCAATTTAAAATCAATTATGAT
1 ACATTCAATTATAATTTATTTTAATCAAAAATGT-AAAAATATTCAACTTAAAATCAATTATGAG
* * * * *
19887 ATTATAAAACCATTTAAAATGGGTAATAAGGCTTCCAAAGCCATGGGTGACTATAAATAGATTTT
65 ATTATAAAACCATTTAAAATGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCATGAGTGACTATAAATAGACTTT
* * ** * * * * * *
19952 TC-TTGCCAATGAATGACTTTTTTTTCATGGTTGCCAT-TGCAGGCATTCAACTATAATCTGTTT
130 TCTTTGCCAATGGATGGCTTTTACTTCA-CGTT-TCATGAGCAGACATTCAATTATAATCTATTT
* * *
20015 TAA--CAAAAAATGTAAACCAATTCTACTTAAAATCAATGATGAGATT-TCAAAAGC-ATTTAAA
193 TAAGTC-AAAAATGTAAA-AAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTAT-AAAA-CTATTTAAA
* * * *
20076 ACGAGCAATAAGGCTTTCGAAGGCTTGAGTGAGTGTAAATAGACTTTTCTCACCAATGGATGGCG
254 GCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCTTGAGTGAGTATAAATAGACTTTTCT-ACCAATGGATAGC-
**
20141 TTTGCTTCATGTTTCCTAAGCCAA
317 TTTGCTTCATGTTTCCT-AGGTAA
* * *
20165 ACATTCAATTATTATTTATTTTAATCAAAAATGTAAAAATATTGAACTTAAAATTAATTATGAGA
1 ACATTCAATTATAATTTATTTTAATCAAAAATGTAAAAATATTCAACTTAAAATCAATTATGAGA
* * * * *
20230 TTATAAAGCCGTTTAAAATGAGTAATAACGCTTTTAAAGGTATGAGTGACTATAAAT-GAACTTT
66 TTATAAAACCATTTAAAATGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCATGAGTGACTATAAATAG-ACTTT
* * *
20294 TCTCT-CCAATGGATGGCTTTTACTTCACGTTTCATGAGACAGACATTCAATTATTATATATTTT
130 TCTTTGCCAATGGATGGCTTTTACTTCACGTTTCATGAG-CAGACATTCAATTATAATCTATTTT
20358 AAGT-AAAAATGTAAAATAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGCGA
194 AAGTCAAAAATGTAAAA-AATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGCGA
* ** * **
20422 GTAATAAGGCTTTCGAAGGCATTG-GTTAGTATAAACGGACTTTTTTTACCAATAAATAGCTTTT
258 GTAATAAGGCTTTCGAAGGC-TTGAGTGAGTATAAATAGAC-TTTTCTACCAATGGATAGC--TT
* * *
20486 TG-TTCACGTTTTTCTGGGTAA
319 TGCTTCATG-TTTCCTAGGTAA
* * *
20507 ACATTCAATTACAATATT-TTTTAA-CTAAAAATGTAAAAAGAATTCAACTTAAAATTAATTATG
1 ACATTCAATTATAAT-TTATTTTAATC-AAAAATGTAAAAA-TATTCAACTTAAAATCAATTATG
* * * * *
20570 AGATTATAAAACTAGTTAAAGTGAGTAAAAAGGCTTTCAAAGGCAT-AGGTGACTATAAATATAC
63 AGATTATAAAACCATTTAAAATGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCATGA-GTGACTATAAATAGAC
* * * *
20634 TTTT-TTTGCCAATGGATGGCTTTTTCTTCATGTTTGCCAAG-GTC-GACATTCAATTGTAATCT
127 TTTTCTTTGCCAATGGATGGCTTTTACTTCACGTTT--CATGAG-CAGACATTCAATTATAATCT
* * * * *
20696 ATTTT-AGTCAAAAATGTAAAAAAATT-GACTAAAAATTAATTATGAGATTATAAAACCACTTAA
189 ATTTTAAGTCAAAAATGT-AAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAA
** * * * *
20759 AGTAAGAAATAAGGCTTTCGAAGTCTTGAGTGACTATAAATAGACTTTTCATGCCAATGGATAGC
253 AGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCTTGAGTGAGTATAAATAGACTTTTC-TACCAATGGATAGC
** *
20824 TTTGCTTCATGTTTCAGGAGGTAG
317 TTTGCTTCATGTTTC-CTAGGTAA
* * *
20848 ACAATCAATTATAATATATTTTAATAAAAAATGTAAAAATATTCAACTTAAAATCAA-TATGAGA
1 ACATTCAATTATAATTTATTTTAATCAAAAATGTAAAAATATTCAACTTAAAATCAATTATGAGA
* * * * * * *
20912 TTATATAACCATTTAAAGCT-AGAAATAATGCTTTCAACGGCATGGGTGACTATAAATTGACTTT
66 TTATAAAACCATTTAAA-ATGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCATGAGTGACTATAAATAGACTTT
* * * * * *
20976 T-TTTTCTAATGGATGGCTTTTGA-TTTACGTTTCTTGAGGTAGGCATTCAATTATAATCTATTT
130 TCTTTGCCAATGGATGGCTTTT-ACTTCACGTTTCATGA-GCAGACATTCAATTATAATCTATTT
* * * * *
21039 TAA-TGAACAATACT-AAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTACAAAACTATTTAAAGTG
193 TAAGTCAAAAAT-GTAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGCG
21102 AGTAATAAGGCTTTCGAAGG
257 AGTAATAAGGCTTTCGAAGG
21122 TCTGGGCCAG
Statistics
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Matches are distributed among these distances:
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338 7 0.01
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344 6 0.01
345 3 0.00
ACGTcount: A:0.38, C:0.12, G:0.14, T:0.35
Consensus pattern (339 bp):
ACATTCAATTATAATTTATTTTAATCAAAAATGTAAAAATATTCAACTTAAAATCAATTATGAGA
TTATAAAACCATTTAAAATGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCATGAGTGACTATAAATAGACTTTT
CTTTGCCAATGGATGGCTTTTACTTCACGTTTCATGAGCAGACATTCAATTATAATCTATTTTAA
GTCAAAAATGTAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGCGAGTA
ATAAGGCTTTCGAAGGCTTGAGTGAGTATAAATAGACTTTTCTACCAATGGATAGCTTTGCTTCA
TGTTTCCTAGGTAA
Found at i:21138 original size:170 final size:169
Alignment explanation
Indices: 19859--21149 Score: 1054
Period size: 171 Copynumber: 7.6 Consensus size: 169
19849 AGAAATGTCA
* * * * * * *
19859 AAAAATCCAATTTAAAATCAATTATGATATTATAAAACCATTTAAAATGGGTAATAAGGCTTCCA
1 AAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTCG
* * * * * * ** * *
19924 AAGCCATGGGTGACTATAAATAGATTTTTCTTGCCAATGAATGACTTTTTTTTCATGGTTGCCAT
66 AAGGCATGGGTGACTATAAATTGACTTTTCTTACCAATGGATGGCTTTTGCTTCA-CGTT-TCAT
* * * * * * *
19989 --TGCAGGCATTCAACTATAATCTGTTTTAACAAAAAATGT
129 GAGGTAGACATTCAATTATAATATATTTTAATAAAAAATGT
* * * ** *
20028 AAACCAATTCTACTTAAAATCAATGATGAGATT-TCAAAAGCATTTAAAACGAGCAATAAGGCTT
1 AAA--AATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTAT-AAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTT
* * * * * * * * *
20092 TCGAAGGCTTGAGTGAGTGTAAATAGACTTTTCTCACCAATGGATGGCGTTTGCTTCATGTTTCC
63 TCGAAGGCATGGGTGACTATAAATTGACTTTTCTTACCAATGGATGGCTTTTGCTTCACGTTTCA
* ** * * * *
20157 TAAGCCAAACATTCAATTATTATTTATTTTAATCAAAAATGT
128 TGAGGTAGACATTCAATTATAATATATTTTAATAAAAAATGT
* * * * * *
20199 AAAAATATTGAACTTAAAATTAATTATGAGATTATAAAGCCGTTTAAAATGAGTAATAACGCTTT
1 -AAAA-ATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTT
** * * *
20264 TAAAGGTATGAGTGACTATAAA-TGAACTTTTCTCT-CCAATGGATGGCTTTTACTTCACGTTTC
64 CGAAGGCATGGGTGACTATAAATTG-ACTTTTCT-TACCAATGGATGGCTTTTGCTTCACGTTTC
** *
20327 ATGAGACAGACATTCAATTATTATATATTTTAAGT-AAAAATGT
127 ATGAGGTAGACATTCAATTATAATATATTTTAA-TAAAAAATGT
* *
20370 AAAATAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTT
1 -AAA-AATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTT
* * * ** * ** *
20435 CGAAGGCATTGGTTAGTATAAACGGACTTTTTTTACCAATAAATAGCTTTTTG-TTCACGTTTTT
64 CGAAGGCATGGGTGACTATAAATTGACTTTTCTTACCAATGGATGGC-TTTTGCTTCACG--TTT
* * *
20499 C-TG-GGTAAACATTCAATTACAATATTTTTTAACT-AAAAATGT
126 CATGAGGTAGACATTCAATTATAATATATTTTAA-TAAAAAATGT
* * * *
20541 AAAAAGAATTCAACTTAAAATTAATTATGAGATTATAAAACTAGTTAAAGTGAGTAAAAAGGCTT
1 --AAA-AATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTT
* * * * * *
20606 TCAAAGGCATAGGTGACTATAAATAT-ACTTTTTTTGCCAATGGATGGCTTTTTCTTCATGTTTG
63 TCGAAGGCATGGGTGACTATAAAT-TGACTTTTCTTACCAATGGATGGCTTTTGCTTCACGTTT-
* * * * *
20670 CCA--AGGTCGACATTCAATTGTAATCTATTTTAGTCAAAAATGT
126 -CATGAGGTAGACATTCAATTATAATATATTTTAATAAAAAATGT
* * * * * *
20713 AAAAAAATT-GACTAAAAATTAATTATGAGATTATAAAACCACTTAAAGTAAGAAATAAGGCTTT
1 --AAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTT
* * * * * * * * *
20777 CGAAGTCTTGAGTGACTATAAATAGACTTTTCATGCCAATGGATAGC-TTTGCTTCATGTTTCAG
64 CGAAGGCATGGGTGACTATAAATTGACTTTTCTTACCAATGGATGGCTTTTGCTTCACGTTTCAT
*
20841 GAGGTAGACAATCAATTATAATATATTTTAATAAAAAATGT
129 GAGGTAGACATTCAATTATAATATATTTTAATAAAAAATGT
* * *
20882 AAAAATATTCAACTTAAAATCAA-TATGAGATTATATAACCATTTAAAGCT-AGAAATAATGCTT
1 -AAAA-ATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAG-TGAGTAATAAGGCTT
* * * * *
20945 TC-AACGGCATGGGTGACTATAAATTGACTTTTTTTTCTAATGGATGGCTTTTGATTTACGTTTC
63 TCGAA-GGCATGGGTGACTATAAATTGACTTTTCTTACCAATGGATGGCTTTTGCTTCACGTTTC
* * * * * *
21009 TTGAGGTAGGCATTCAATTATAATCTATTTTAATGAACAATACT
127 ATGAGGTAGACATTCAATTATAATATATTTTAATAAAAAAT-GT
* *
21053 AAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTACAAAACTATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTCG
1 AAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTCG
** * *
21118 AAGGTC-TGGGCCAGTATAAATTGACCTTTCTT
66 AAGG-CATGGGTGACTATAAATTGACTTTTCTT
21150 GTCAATCATG
Statistics
Matches: 910, Mismatches: 174, Indels: 75
0.79 0.15 0.06
Matches are distributed among these distances:
167 2 0.00
168 7 0.01
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172 150 0.16
173 4 0.00
ACGTcount: A:0.38, C:0.13, G:0.14, T:0.35
Consensus pattern (169 bp):
AAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTCG
AAGGCATGGGTGACTATAAATTGACTTTTCTTACCAATGGATGGCTTTTGCTTCACGTTTCATGA
GGTAGACATTCAATTATAATATATTTTAATAAAAAATGT
Found at i:24124 original size:18 final size:19
Alignment explanation
Indices: 24090--24133 Score: 63
Period size: 18 Copynumber: 2.3 Consensus size: 19
24080 NNNNNNNNNA
24090 TATTTTATTCATAAAAATAT
1 TATTTTATT-ATAAAAATAT
24110 TATTTTATT-TAAAAATAT
1 TATTTTATTATAAAAATAT
*
24128 TGTTTT
1 TATTTT
24134 TACCTATCAT
Statistics
Matches: 23, Mismatches: 1, Indels: 2
0.88 0.04 0.08
Matches are distributed among these distances:
18 14 0.61
20 9 0.39
ACGTcount: A:0.39, C:0.02, G:0.02, T:0.57
Consensus pattern (19 bp):
TATTTTATTATAAAAATAT
Found at i:24794 original size:171 final size:170
Alignment explanation
Indices: 24599--25918 Score: 980
Period size: 171 Copynumber: 7.7 Consensus size: 170
24589 TTCCTAAGCC
* * * * *
24599 AAACATTCAATTATTATTTATTTTAATCAAAAATGTAAAAATACTGAACTTAAAATCAATTATGA
1 AAACATTCAATTATAATATATTTTAATCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGA
* * * *
24664 GATTATAAAACCGTTTAAAATGAGTAATAACGCTTTTGAAGGTATGAGTGACTATAAATGAACTT
66 GATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGTATGAGTGACTATAAATGAACTT
* * * * **
24729 TCCTCT-CTAATATATGGCTTTTACTTCACATTTCATGAGAT
131 T-TTCTGCCAATA-ATAGCTTTTTCTTCATGTTTCATGAGAT
* * *
24770 AAACATTCAATTATTATATATTTTAAGCAAAAATGTAAAATAATTCAACTTAAAATCAATTATGA
1 AAACATTCAATTATAATATATTTTAATCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGA
* * * * * * *
24835 GATTACAAAATCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATTG-GTTAGTATAAACGGAC-
66 GATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGTA-TGAGTGACTATAAATGAACT
* *
24898 TTTTCTTACCAATGAATAGCTTTTTTGTTCATGTTT-ATCGAGAT
130 TTTTC-TGCCAAT-AATAGC-TTTTTCTTCATGTTTCAT-GAGAT
* * * *
24942 AAACACTCAATTATAATATTTTTTAA-CTAAAAATGTAAAAAGAATTCAACCTAAAATTAATTAT
1 AAACATTCAATTATAATATATTTTAATC-AAAAATGTAAAAA-AATTCAACTTAAAATCAATTAT
* * * *
25006 GAGATTATAAAATCATTTAAAGCGAGTAAAAAGGCTTTCGAAGGTAT-AGGTGACTATAAATGTA
64 GAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGTATGA-GTGACTATAAATGAA
* * * * * *
25070 CTTTTTTTGCCCATGGATGGCTTTTTCTTCATGTTT-ATCAAGGT
128 CTTTTTCTGCCAAT-AATAGCTTTTTCTTCATGTTTCAT-GAGAT
* * * * **
25114 AAACATTCAATTATAATCTGTTTTAGTCAAAAATATAAAAAAATTTGACTTAAAATCAATTATGA
1 AAACATTCAATTATAATATATTTTAATCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGA
********** *
25179 GATTNNNNNNNNNNTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTCGAAAGCT-TGAGTGACTATAAAT-AGAC
66 GATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTCG-AAGGTATGAGTGACTATAAATGA-AC
* * * * *
25242 -TTTTCGTGCCAATGGATAGC-TTTGCTTCATGTTTGAAGAGGT
129 TTTTTC-TGCCAAT-AATAGCTTTTTCTTCATGTTTCATGAGAT
* * * * *
25284 AGACAATCAATTACAATATATTTTAATCAAAAATGTAAAAATATTCAACTAAAAATCAA-TATGA
1 AAACATTCAATTATAATATATTTTAATCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGA
* * * * * * * *
25348 GATTATAAAACCATTTAAAACT-AGAAATAATGCTTTCAAAAGCATGGGTAACTATAAATTG-AC
66 GATTATAAAACCATTT-AAAGTGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGTATGAGTGACTATAAA-TGAAC
* ** * * * * *
25411 TTTTTTTTTCAATGAATGGCTTTTGCTTCACGTTTCTTGAGGT
129 TTTTTCTGCCAAT-AATAGCTTTTTCTTCATGTTTCATGAGAT
* * * * *
25454 AGACATTCAATTATAATCTATTTTAATCAACAGTATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGA
1 AAACATTCAATTATAATATATTTTAATCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGA
* * * * * * *
25519 GATTACAAAACTATTTAAAGTGAGTAATAAAGCTTTCGAAGGTTTGGGTCACTATAAATTGACCT
66 GATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGTATGAGTGACTATAAA-TGAACT
* * * *
25584 TTCT-TGTCAATAAATAGCTTTTTCTTCATGTTTCCTGGGA-
130 TTTTCTGCCAAT-AATAGCTTTTTCTTCATGTTTCATGAGAT
* * * * * * * * *
25624 AAGACATTCAAATATTATCTTTTTTAA-CTAGAAATGTAAAAAACTCCAACTTCAAATTAATTAT
1 AA-ACATTCAATTATAATATATTTTAATC-AAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTAT
* * * * * * *
25688 GACATTATAAAACCATTTAGAA-CGAGTCATAAGGCTTTCAAAGGCATGGGTGACTATAAATGGA
64 GAGATTATAAAACCATTTA-AAGTGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGTATGAGTGACTATAAATGAA
* * * *
25752 -TTTTTTTGCCAATGAAT-GACTTTTTTTTCATAGTTCCCAT-AG-C
128 CTTTTTCTGCCAAT-AATAG-CTTTTTCTTCAT-GTT-TCATGAGAT
** * * ** * * * *
25795 AGGCATTCAACTATAATATGTTTTAAT-AAAAACAATAAAACAATTCTACTCAAAATCAATGATG
1 AAACATTCAATTATAATATATTTTAATCAAAAA-TGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATG
* ** *
25859 AAATT-TCAAAACCATTTAAAGCCAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCT-TGAGTGAGTATAAAT
65 AGATTAT-AAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTCGAAGG-TATGAGTGACTATAAAT
25919 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 913, Mismatches: 197, Indels: 79
0.77 0.17 0.07
Matches are distributed among these distances:
168 2 0.00
169 62 0.07
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172 123 0.13
173 85 0.09
174 4 0.00
ACGTcount: A:0.39, C:0.12, G:0.13, T:0.35
Consensus pattern (170 bp):
AAACATTCAATTATAATATATTTTAATCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGA
GATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGTATGAGTGACTATAAATGAACTT
TTTCTGCCAATAATAGCTTTTTCTTCATGTTTCATGAGAT
Found at i:26873 original size:25 final size:24
Alignment explanation
Indices: 26844--26900 Score: 78
Period size: 25 Copynumber: 2.3 Consensus size: 24
26834 GCCATGGTCT
*
26844 GTGATATATGTGGCAAGGCCACAG
1 GTGATATATGTGGCAAGGCCACAA
* *
26868 GTTGATATATGTGGCTAGGCGACAA
1 G-TGATATATGTGGCAAGGCCACAA
26893 GTGATATA
1 GTGATATA
26901 CATGGTTGAA
Statistics
Matches: 29, Mismatches: 3, Indels: 2
0.85 0.09 0.06
Matches are distributed among these distances:
24 8 0.28
25 21 0.72
ACGTcount: A:0.30, C:0.12, G:0.32, T:0.26
Consensus pattern (24 bp):
GTGATATATGTGGCAAGGCCACAA
Found at i:28313 original size:171 final size:171
Alignment explanation
Indices: 27937--30393 Score: 1586
Period size: 171 Copynumber: 14.4 Consensus size: 171
27927 AAGGTCGTTA
* * * *
27937 CACTCATGCCTTTGAAAGCGTTATTACTTGCTTTAAACA-TTTTAATAATCTAATAATTGATTTT
1 CACTCAAGCCTTTGAAAGCCTTATTACTTGCTTTAAATAGTTTT-ATAATCTCATAATTGATTTT
* * **
28001 AAGTTAAATTTTTTTATA-TTTTTGATTAAAATATATTATAACT-ACACGTCTGCCTT-GAGAAA
65 AAGTTAAATTTTTTTATATTTTTTG-TTAAAATATATTATAATTGA-ATGTCTATCTTAGA-AAA
* * * *
28063 CG-AAAGCAAATGCCATCCATTGGTAAGAAAAGTTCATGTATAGT
127 CGTGAAGCAAAAGCCATCCATTGGTAAGAAAAGTCCATTTATAGT
* * * * * * *
28107 CACTTATGCCTTCGAAAGTCTTACTACTTGCTTTAAATAATTTTATAACCTCATAATTGATTTTA
1 CACTCAAGCCTTTGAAAGCCTTATTACTTGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTA
* * * * *
28172 AGTTAAATTTTTTTACATTTTTTGTTAAAAAATATTACAATTGAATATCTATCTTAGAAAATGTG
66 AGTTAAATTTTTTTATATTTTTTGTTAAAATATATTATAATTGAATGTCTATCTTAGAAAACGTG
* * * *
28237 AAGCGAAAGCTATCCATTGGCAAGAAAAGTTCATTTATAGT
131 AAGCAAAAGCCATCCATTGGTAAGAAAAGTCCATTTATAGT
* * * * *
28278 CACTCAAGCCATCGAAAGCCTTATTGCTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCAT-ATTTATTTTA
1 CACTCAAGCCTTTGAAAGCCTTATTACTTGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTA
* * * ** * * * *
28342 AGTTGAATGGTTTTTATATTTTTGGTTAAAATAGCTTATAATTGAATGTTTACCTT-GAGAACCT
66 AGTTAAAT-TTTTTTATATTTTTTGTTAAAATATATTATAATTGAATGTCTATCTTAGA-AAACG
* *
28406 TGAAGAAAAAGCCATTCATTGGTAAGAAAAGTCCATTTATAGT
129 TGAAGCAAAAGCCATCCATTGGTAAGAAAAGTCCATTTATAGT
* * * *
28449 CAC-CTAAGCATTTGAAAGCCTTATTAGTTGCTTTTAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTT
1 CACTC-AAGCCTTTGAAAGCCTTATTACTTGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTT
* * ** * *
28513 AAGTTGATTTTTTTTGCA-TTTTTGATTAAAATATATTATAATTGAATGTTTAGT-TTAGGAAAC
65 AAGTTAAATTTTTTTATATTTTTTG-TTAAAATATATTATAATTGAATGTCTA-TCTTAGAAAAC
* * * * * *
28576 ATGAAGCAAAAACCATCCCTAGGCAAAAAAAGTCCATTTATAGT
128 GTGAAGCAAAAGCCATCCATTGGTAAGAAAAGTCCATTTATAGT
* * * *
28620 CACTCAAACCTTTGGAAGCCTTGTTACTTACTTT-AAT-GATTTTATAATCTCATAATTGATTTT
1 CACTCAAGCCTTTGAAAGCCTTATTACTTGCTTTAAATAG-TTTTATAATCTCATAATTGATTTT
* * * * * ** * *
28683 AAGTTGAAA-TTTTTTACAGTTTTTGGTTAAAATAGATTAT-ATTCAAATGTTTGCCTTTGGAAA
65 AAGTT-AAATTTTTTTATA-TTTTTTGTTAAAATATATTATAATT-GAATGTCTATCTTAGAAAA
* * * * *
28746 CTTGATA-AAAAAACTATTCATTGGTAAGAAAAGTCCATTTATAGT
127 CGTGA-AGCAAAAGCCATCCATTGGTAAGAAAAGTCCATTTATAGT
* ** * * *
28791 CACCCATTCCTTTAAAAGCCTTGTTACTTGCTTTAAATAGTTTTATAATATCATAATTGATTTTA
1 CACTCAAGCCTTTGAAAGCCTTATTACTTGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTA
* * * * *
28856 AGTTGAACTCTTTTTTTATATTTCTAGTTAAAATATATTATAATTAAATG-CT-TGTTTAGAGAA
66 AGTT-AA--ATTTTTTTATATTTTTTGTTAAAATATATTATAATTGAATGTCTAT-CTTAGA-AA
* ** * * *
28919 ACGCGAAGCAAAAGTAATTCACTGGTAAGAAAACTCCATTTATAGT
126 ACGTGAAGCAAAAGCCATCCATTGGTAAGAAAAGTCCATTTATAGT
* * * *
28965 CACTCAAGCGTTTGAAACCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTCA
1 CACTCAAGCCTTTGAAAGCCTTATTACTTGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTA
* * ** * * * * * * * * *
29030 GGTTACATTTTTTTATATTTTGGGTCAAAACAAATTATATTTAAATATCTACCTCAGAAAACATG
66 AGTTAAATTTTTTTATATTTTTTGTTAAAATATATTATAATTGAATGTCTATCTTAGAAAACGTG
* * * *** * * *
29095 AAGAAAAAGTCATTCATAAATAGGAAATGCCCATTTATAGT
131 AAGCAAAAGCCATCCATTGGTAAGAAAAGTCCATTTATAGT
** *
29136 CACTCAAG-CTTTCGAAAGCCTTATTACCAGCTTTAAATAGTTTTACAATCTCATAATTGATTTT
1 CACTCAAGCCTTT-GAAAGCCTTATTACTTGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTT
************ * * * * * *
29200 AAGTTGNNNNNNNNNNCATTTTTTGTTAAAACAGATTATATTTAAATGTCT-TCCTTGGAAAACA
65 AAGTTAAATTTTTTTATATTTTTTGTTAAAATATATTATAATTGAATGTCTAT-CTTAGAAAACG
* * * * * *
29264 TAAAGAAAAAGCCATTCATTAGCAAGAAAAGTCCATTTATAGC
129 TGAAGCAAAAGCCATCCATTGGTAAGAAAAGTCCATTTATAGT
* * * * * *
29307 CACCCATGCCTTTAAAAGCCTTATTAATTACTTTAAATA-TTTTATAATCTCATAATTTATTTTA
1 CACTCAAGCCTTTGAAAGCCTTATTACTTGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTA
* * * ** *
29371 AGATGAATTATTTTATATTTTTCATTAAAATATATTATAATTGAATGTCT-GCTTTAGAAAACGT
66 AGTTAAATTTTTTTATATTTTTTGTTAAAATATATTATAATTGAATGTCTATC-TTAGAAAACGT
* * * * *
29435 AAAGCAATAGCCATCTATTGGCAAGAAAAATCCATTTATAGT
130 GAAGCAAAAGCCATCCATTGGTAAGAAAAGTCCATTTATAGT
* * * * *
29477 CACTTAAGCCTTTAAAAGCCTTATTA-TTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTTATAATTGACTTT
1 CACTCAAGCCTTTGAAAGCCTTATTACTT-GCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTT
************ * * * * *
29541 AAGNNNNNNNNNNNNATATTTTTAGTTAAAACAGATTATATTTGAATGTGC-ACCTTA-AGAAAC
65 AAGTTAAATTTTTTTATATTTTTTGTTAAAATATATTATAATTGAATGT-CTATCTTAGA-AAAC
* *
29604 ATGAA--AAAAGACCATCCATTGGTAGGAAAAGTCCATTTATAGT
128 GTGAAGCAAAAG-CCATCCATTGGTAAGAAAAGTCCATTTATAGT
* * * * * *
29647 CACTTATTG-CTTCGAAACCCTTATTACTTGCTTTAAAT-GATTTTATAATCTTATAATCGATTT
1 CACTCA-AGCCTTTGAAAGCCTTATTACTTGCTTTAAATAG-TTTTATAATCTCATAATTGATTT
* * * * * * * * *
29710 TAAGTT-AATTTTTTTACA-TTTTTGATTAAAATATGTTATAATTCAATGTTTGTTTTTGGAAAT
64 TAAGTTAAATTTTTTTATATTTTTTG-TTAAAATATATTATAATTGAATGTCTATCTTAGAAAAC
* * * * *** *
29773 GTTAAGTAAAAGCAATCCACTAACAAGAAAAGTCCACTTATAGT
128 GTGAAGCAAAAGCCATCCATTGGTAAGAAAAGTCCATTTATAGT
* * * * ** * *
29817 CACTCAAGCGTTCGAAACCCTTCTTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTTATTTTA
1 CACTCAAGCCTTTGAAAGCCTTATTACTTGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTA
********** ** * * * * * * *
29882 AGTTANNNNNNNNNNTATTTTGGGTTAAAACAGATTATATTTAAATGTCTACCTTAGGAAACATG
66 AGTTAAATTTTTTTATATTTTTTGTTAAAATATATTATAATTGAATGTCTATCTTAGAAAACGTG
* ** * * *
29947 AAGAAAAAATCATTCATTGGT-AGAAAAGCCCATTTATAAT
131 AAGCAAAAGCCATCCATTGGTAAGAAAAGTCCATTTATAGT
* * **********
29987 CACTC-AGGCTTTCGGAAGCCTTATTACTTGCTTTAANNNNNNNNNNAATCTCATAATTGATTTT
1 CACTCAAGCCTTT-GAAAGCCTTATTACTTGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTT
* * * * * * * * *
30051 -AGATTGAAGTTTTTTATATTTTTAGTTAAAATAAATTATATTTAAATGTCTACCTCAGAAAACA
65 AAG-TTAAATTTTTTTATATTTTTTGTTAAAATATATTATAATTGAATGTCTATCTTAGAAAACG
* * ** *
30115 TGAA-CAAAAAGCTATTCATTGACAAGAAAAGTCCACTTATAGT
129 TGAAGC-AAAAGCCATCCATTGGTAAGAAAAGTCCATTTATAGT
* * * * **********
30158 CACCCATGCCTTTCAAAGCTTTATTACTTGCTTTNNNNNNNNNNATAATCTCATAATTGATTTTA
1 CACTCAAGCCTTTGAAAGCCTTATTACTTGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTA
* * ** * * * * * *
30223 AGTTGAATTCTTTTACT-TTTTGGGTTAAAACAAATAATATTTGAATGTCTATCTTAGGAAACAT
66 AGTTAAATTTTTTTA-TATTTTTTGTTAAAATATATTATAATTGAATGTCTATCTTAGAAAACGT
* * ** * *
30287 GAAGAAAAAGCCATTCATT-ACAAGAAAAGTCTATTTATGGT
130 GAAGCAAAAGCCATCCATTGGTAAGAAAAGTCCATTTATAGT
* * * * * *
30328 CA-TCCATGTCTTTGAAAGGCTTCTTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTT
1 CACT-CAAGCCTTTGAAAGCCTTATTACTTGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTT
30392 AA
65 AA
30394 NNNNNNNNNN
Statistics
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0.76 0.19 0.05
Matches are distributed among these distances:
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174 119 0.07
175 11 0.01
ACGTcount: A:0.34, C:0.13, G:0.12, T:0.38
Consensus pattern (171 bp):
CACTCAAGCCTTTGAAAGCCTTATTACTTGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTA
AGTTAAATTTTTTTATATTTTTTGTTAAAATATATTATAATTGAATGTCTATCTTAGAAAACGTG
AAGCAAAAGCCATCCATTGGTAAGAAAAGTCCATTTATAGT
Found at i:28616 original size:342 final size:341
Alignment explanation
Indices: 27937--30393 Score: 1602
Period size: 341 Copynumber: 7.2 Consensus size: 341
27927 AAGGTCGTTA
* * * *
27937 CACTCATGCCTTTGAAAGCGTTATTACTTGCTTTAAACA-TTTTAATAATCTAATAATTGATTTT
1 CACTCAAGCCTTTGAAAGCCTTATTACTTGCTTTAAATAGTTTT-ATAATCTCATAATTGATTTT
* * * * * * *
28001 AAGTTAAATTTTTTTATATTTTTGATTAAAATATATTATAACTACACGTCTGCCTTGAGAAAC--
65 AAGTTGAA-TTTTTTATATTTTTGGTTAAAATAGATTATAATTAAATGTCTACCTTGAGAAACTT
* * * * * * * * *
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129 G-AAGAAAAAGCCATTCATTGGTAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCTAAGCCTTTGAAAGCCTT
* * * * *
28129 ACTACTTGCTTTAAATAATTTTATAACCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTACATTTTT
193 ATTACTTGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGATTTTTTTTACATTTTT
* * * * * * * ** * * * * *
28194 TGTTAAAAAATATTACAATTGAATATCTATCTTAGAAAATGTGAAGCGAAAGCTATCCA-TTGGC
258 TGTTAAAATATATTATAATTAAATGTTTGT-TTAGGAAACATGAAGCAAAAACCATTCACTAGGC
*
28258 AAGAAAAGTTCATTTATAGT
322 AAGAAAAGTCCATTTATAGT
* * * * *
28278 CACTCAAGCCATCGAAAGCCTTATTGCTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCAT-ATTTATTTTA
1 CACTCAAGCCTTTGAAAGCCTTATTACTTGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTA
* * * *
28342 AGTTGAATGGTTTTTATATTTTTGGTTAAAATAGCTTATAATTGAATGTTTACCTTGAGAACCTT
66 AGTTGAAT--TTTTTATATTTTTGGTTAAAATAGATTATAATTAAATGTCTACCTTGAGAAACTT
*
28407 GAAGAAAAAGCCATTCATTGGTAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCTAAGCATTTGAAAGCCTTA
129 GAAGAAAAAGCCATTCATTGGTAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCTAAGCCTTTGAAAGCCTTA
* * * *
28472 TTAGTTGCTTTTAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGATTTTTTTTGCA-TTTTT
194 TTACTTGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGATTTTTTTTACATTTTTT
* *
28536 GATTAAAATATATTATAATTGAATGTTTAGTTTAGGAAACATGAAGCAAAAACCA-TCCCTAGGC
259 G-TTAAAATATATTATAATTAAATGTTT-GTTTAGGAAACATGAAGCAAAAACCATTCACTAGGC
*
28600 AAAAAAAGTCCATTTATAGT
322 AAGAAAAGTCCATTTATAGT
* * * *
28620 CACTCAAACCTTTGGAAGCCTTGTTACTTACTTT-AAT-GATTTTATAATCTCATAATTGATTTT
1 CACTCAAGCCTTTGAAAGCCTTATTACTTGCTTTAAATAG-TTTTATAATCTCATAATTGATTTT
* * *
28683 AAGTTGAAATTTTTTACAGTTTTTGGTTAAAATAGATTAT-ATTCAAATGTTTGCCTTTG-GAAA
65 AAGTTG-AATTTTTTATA-TTTTTGGTTAAAATAGATTATAATT-AAATGTCTACC-TTGAGAAA
* * * ** *
28746 CTTGATA-AAAAAACTATTCATTGGTAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTTAAAAGC
126 CTTGA-AGAAAAAGCCATTCATTGGTAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCTAAGCCTTTGAAAGC
* * *
28810 CTTGTTACTTGCTTTAAATAGTTTTATAATATCATAATTGATTTTAAGTTGAACTCTTTTTTTAT
190 CTTATTACTTGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTG-A-T-TTTTTTTAC
* * * ** ***
28875 ATTTCTAGTTAAAATATATTATAATTAAATGCTTGTTTAGAGAAACGCGAAGCAAAAGTAATTCA
252 ATTTTTTGTTAAAATATATTATAATTAAATGTTTGTTTAG-GAAACATGAAGCAAAAACCATTCA
* *
28940 CT-GGTAAGAAAACTCCATTTATAGT
316 CTAGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGT
* * * *
28965 CACTCAAGCGTTTGAAACCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTCA
1 CACTCAAGCCTTTGAAAGCCTTATTACTTGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTA
* * * * * * * * *
29030 GGTT-ACATTTTTTTATATTTTGGGTCAAAACAAATTATATTTAAATATCTACC-TCAGAAAACA
66 AGTTGA-A-TTTTTTATATTTTTGGTTAAAATAGATTATAATTAAATGTCTACCTTGAG-AAACT
* *** * * *
29093 TGAAGAAAAAGTCATTCATAAATAGGAAATGCCCATTTATAGTCA-CTCAAG-CTTTCGAAAGCC
128 TGAAGAAAAAGCCATTCATTGGTAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCT-AAGCCTTT-GAAAGCC
** * **********
29156 TTATTACCAGCTTTAAATAGTTTTACAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGNNNNNNNNNNCATTT
191 TTATTACTTGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGATTTTTTTTACATTT
* * * ** * *
29221 TTTGTTAAAACAGATTATATTTAAATGTCTTCCTT-GGAAAACATAAAG-AAAAAGCCATTCATT
256 TTTGTTAAAATATATTATAATTAAATGT-TTGTTTAGG-AAACATGAAGCAAAAA-CCATTCACT
*
29284 A-GCAAGAAAAGTCCATTTATAGC
318 AGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGT
* * * * * *
29307 CACCCATGCCTTTAAAAGCCTTATTAATTACTTTAAATA-TTTTATAATCTCATAATTTATTTTA
1 CACTCAAGCCTTTGAAAGCCTTATTACTTGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTA
* ** * * * * *
29371 AGATGAATTATTTTATATTTTTCATTAAAATATATTATAATTGAATGTCT-GCTTTAGAAAACGT
66 AGTTGAATT-TTTTATATTTTTGGTTAAAATAGATTATAATTAAATGTCTACCTTGAG-AAACTT
* * * * * * *
29435 AAAGCAATAGCCA-TCTATTGGCAAGAAAAATCCATTTATAGTCACTTAAGCCTTTAAAAGCCTT
129 GAAGAAAAAGCCATTC-ATTGGTAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCTAAGCCTTTGAAAGCCTT
* * * ************ *
29499 ATTA-TTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTTATAATTGACTTTAAGNNNNNNNNNNNNATATTTT
193 ATTACTT-GCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGATTTTTTTTACATTTT
* * * * * **** * * *
29563 TAGTTAAAACAGATTATATTTGAATGTGCACCTTAAGAAACATGAA--AAAAGACCATCCA-TTG
257 TTGTTAAAATATATTATAATTAAATGT-TTGTTTAGGAAACATGAAGCAAAA-ACCATTCACTAG
* *
29625 GTAGGAAAAGTCCATTTATAGT
320 GCAAGAAAAGTCCATTTATAGT
* * * * * *
29647 CACTTATTG-CTTCGAAACCCTTATTACTTGCTTTAAAT-GATTTTATAATCTTATAATCGATTT
1 CACTCA-AGCCTTTGAAAGCCTTATTACTTGCTTTAAATAG-TTTTATAATCTCATAATTGATTT
* * * * ***
29710 TAAGTT-AATTTTTTTACATTTTTGATTAAAATATG-TTATAATTCAATGTTTGTTTTTG-GAAA
64 TAAGTTGAA-TTTTTTATATTTTTGGTTAAAATA-GATTATAATTAAATGTCT-ACCTTGAGAAA
* * * * * *** * * * *
29772 -TGTTAAGTAAAAGCAATCCACTAACAAGAAAAGTCCACTTATAGTCA-CTCAAGCGTTCGAAAC
126 CT-TGAAGAAAAAGCCATTCATTGGTAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCT-AAGCCTTTGAAAG
* ** * * **********
29835 CCTTCTTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTTATTTTAAGTT-ANNNNNNNNNNTA
189 CCTTATTACTTGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGA-TTTTTTTTACA
** * * * *** * *
29899 TTTTGGGTTAAAACAGATTATATTTAAATGTCTACCTTAGGAAACATGAAGAAAAAATCATTCA-
253 TTTTTTGTTAAAATATATTATAATTAAATGT-TTGTTTAGGAAACATGAAGCAAAAACCATTCAC
* * * *
29963 TTGG-TAGAAAAGCCCATTTATAAT
317 TAGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGT
* * **********
29987 CACTC-AGGCTTTCGGAAGCCTTATTACTTGCTTTAANNNNNNNNNNAATCTCATAATTGATTTT
1 CACTCAAGCCTTT-GAAAGCCTTATTACTTGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTT
* * * *
30051 -AGATTGAAGTTTTTTATATTTTTAGTTAAAATAAATTATATTTAAATGTCTACC-TCAGAAAAC
65 AAG-TTGAA-TTTTTTATATTTTTGGTTAAAATAGATTATAATTAAATGTCTACCTTGAG-AAAC
* * * ** * * * * *
30114 ATGAACAAAAAGCTATTCATTGACAAGAAAAGTCCACTTATAGTCACCCATGCCTTTCAAAGCTT
127 TTGAAGAAAAAGCCATTCATTGGTAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCTAAGCCTTTGAAAGCCT
********** * *
30179 TATTACTTGCTTTNNNNNNNNNNATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTCTTTTAC-TTTT
192 TATTACTTGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGATTTTTTTTACATTTT
* * * * * * * * *
30243 TGGGTTAAAACAAATAATATTTGAATGTCTATCTTAGGAAACATGAAG-AAAAAGCCATTCATTA
257 T-TGTTAAAATATATTATAATTAAATGTTTGT-TTAGGAAACATGAAGCAAAAA-CCATTCACTA
* *
30307 --CAAGAAAAGTCTATTTATGGT
319 GGCAAGAAAAGTCCATTTATAGT
* * * * * *
30328 CA-TCCATGTCTTTGAAAGGCTTCTTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTT
1 CACT-CAAGCCTTTGAAAGCCTTATTACTTGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTT
30392 AA
65 AA
30394 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 1659, Mismatches: 379, Indels: 155
0.76 0.17 0.07
Matches are distributed among these distances:
338 1 0.00
339 9 0.01
340 324 0.20
341 581 0.35
342 455 0.27
343 15 0.01
344 15 0.01
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347 1 0.00
ACGTcount: A:0.34, C:0.13, G:0.12, T:0.38
Consensus pattern (341 bp):
CACTCAAGCCTTTGAAAGCCTTATTACTTGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTA
AGTTGAATTTTTTATATTTTTGGTTAAAATAGATTATAATTAAATGTCTACCTTGAGAAACTTGA
AGAAAAAGCCATTCATTGGTAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCTAAGCCTTTGAAAGCCTTATT
ACTTGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGATTTTTTTTACATTTTTTGT
TAAAATATATTATAATTAAATGTTTGTTTAGGAAACATGAAGCAAAAACCATTCACTAGGCAAGA
AAAGTCCATTTATAGT
Found at i:31278 original size:172 final size:170
Alignment explanation
Indices: 30535--31492 Score: 692
Period size: 172 Copynumber: 5.6 Consensus size: 170
30525 NNNNNNNNNN
* ** * * * * * **
30535 GAAATATGAA-AAAAAATTATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTACAATCACACATTCCTTTAAA
1 GAAACATGAACAAAAAGCTATTCATTGGTAAGAAAAGTCCATTTA-TATTACCCATGCCTTCGAA
* * * * * *
30599 AGCTTTATTACTTGCTTTAAATGGTTTTATCATCTCAAAATCGATTTTAAGTTCAATTC-TTTTA
65 AGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTCATTTTA
* * * * * *
30663 TATTTCTACTTAAAATATATTATAAGTGAATGTTTGCCT-TA
130 CATTT-TAGTTAAAAAATATTATAATTGAATGTTTACCTCGA
** * * * * ** * * * * * ** **
30704 GGAAACAAAAAGAAAAAGCCATCCAATGCCAAAAAAAGACTATTTAGAGTCACCCATATCTTTAA
1 -GAAACATGAACAAAAAGCTATTCATTGGTAAGAAAAGTCCATTTATA-TTACCCATGCCTTCGA
* * *
30769 AAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATTTCAT-ATTAATTTCAAGTTGAA-T-ATTTT
64 AAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTCA-TTT
********** * * **
30831 TACATTTTTNNNNNNNNNNTATTATAATTGATTGTCTACCTCTT
128 TACA-TTTTAGTTAAAAAATATTATAATTGAATGTTTACCTCGA
* ** * * * * * * * * *
30875 GAAACATGGA-GTAAATCTATCCATTGGCATGAAAAGTCAATTTATAGTCACTCAAGCTTTCGAA
1 GAAACATGAACAAAAAGCTATTCATTGGTAAGAAAAGTCCATTTATA-TTACCCATGCCTTCGAA
** * * **
30939 AGCCTTATTGTTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTAATAATTGATTTTAAGTCAAATT-ATTTTA
65 AGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTCATTTTA
* ** * * * *
31003 TTATTTTAACTAAAACATATTATAATTGAATGTCTACATTGA
130 -CATTTTAGTTAAAAAATATTATAATTGAATGTTTACCTCGA
** * * * ** * *
31045 GAAACATGAGTAGAAAGCCATTCATTGGTAAAAAAAGTAAATTTATAGTCACCTATGCCTTCGAA
1 GAAACATGAACAAAAAGCTATTCATTGGTAAGAAAAGTCCATTTATA-TTACCCATGCCTTCGAA
********** *
31110 AGCCTTATTACTCGNNNNNNNNNNTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTCTTTTTA
65 AGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTCATTTTA
* * *
31175 CACTTTCAGTTAAAAAATATTCTAATTGAATTTTTACCTCGA
130 CA-TTTTAGTTAAAAAATATTATAATTGAATGTTTACCTCGA
*
31217 GAAACATGAACAAAAAGCTATTCATTAGTAAGAAAAGTCCATTTATATTGACCCATGCCTTCGAA
1 GAAACATGAACAAAAAGCTATTCATTGGTAAGAAAAGTCCATTTATATT-ACCCATGCCTTCGAA
* * * *
31282 AGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTCTTATAATCTCATAATCT-ATTTTAAGTTGAATCCCTTTT
65 AGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAAT-TGATTTTAAGTTGAATTCATTTT
* *
31346 ACATTTTTGGTTAAAAACTATTATAATTGAATGTTTACCTCGA
129 ACA-TTTTAGTTAAAAAATATTATAATTGAATGTTTACCTCGA
* * **
31389 GAAACATGAACAAAAAGCTATTCATTGGTAAGAAAAGTCCATTTATGCTTACTCATATCTTCGAA
1 GAAACATGAACAAAAAGCTATTCATTGGTAAGAAAAGTCCATTTAT-ATTACCCATGCCTTCGAA
31454 AGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATA
65 AGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATA
31493 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 607, Mismatches: 166, Indels: 28
0.76 0.21 0.03
Matches are distributed among these distances:
169 70 0.12
170 103 0.17
171 164 0.27
172 267 0.44
173 3 0.00
ACGTcount: A:0.35, C:0.15, G:0.11, T:0.37
Consensus pattern (170 bp):
GAAACATGAACAAAAAGCTATTCATTGGTAAGAAAAGTCCATTTATATTACCCATGCCTTCGAAA
GCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTCATTTTAC
ATTTTAGTTAAAAAATATTATAATTGAATGTTTACCTCGA
Found at i:32453 original size:168 final size:169
Alignment explanation
Indices: 32149--32966 Score: 627
Period size: 172 Copynumber: 4.8 Consensus size: 169
32139 NNNNNNNNNN
* * ** *
32149 CTTTAAATAGTTTTGTAATCTCGTAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTGTATTGTTAGTTAAAAC
1 CTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTACATTTTTAGTTAAAAC
* * * * * *
32214 AGATTATAATTGATTATTTGCCTCAAGAAACATGAAGTAAAAAAC-ATCCATT-GAAAAAAAAG-
66 AGATTATAATTGATTGTCTACCTCTAGAAACATGAAG-AAAAAGCTATCCATTGGTAAAAAAAGT
* * *
32276 TCAATTTATAATCACCCATGCCTTTGAAAGCATTATTCCTAA
130 TC-ATTTATAGTCACCCATGCCTTTGAAAGC-TTATTACTCA
* * *
32318 CTTTAAATGGTTTTATAATCTCAT-ATTGATTTGAAGTTGAATATTTTTATATTTTTA-TTAAAA
1 CTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAAT-TTTTTACATTTTTAGTTAAAA
* * * * * **
32381 TATATTATAATTGATTGTCAACCTCTTGAAACATGAAG-CAAAGCTATCCATTGGTACGAAAAGT
65 CAGATTATAATTGATTGTCTACCTCTAGAAACATGAAGAAAAAGCTATCCATTGGTAAAAAAAGT
* * ** * **
32445 TCATTTATAGTCACTCAAGCCTTCAAAAGCCTATTGTTCA
130 TCATTTATAGTCACCCATGCCTTTGAAAGCTTATTACTCA
* * * * ** * *
32485 TTTTAAATGGTTTTATAATCTGATAATT-AATTTAAGTCAAATTTTTTTACA-TTTTGGACTAAA
1 CTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAA-TTTTTTACATTTTTAG-TTAAA
*
32548 ACAGATTATAATTGAATGTCTACCT-TAGGAAACATGAAGAAAAAGCTATCCATTGGTAAAAAAA
64 ACAGATTATAATTGATTGTCTACCTCTA-GAAACATGAAGAAAAAGCTATCCATTGGTAAAAAAA
* *
32612 GTAT-ATTTATAGTCACCTATGCCTTTGAAAGCCTTATTACTCG
128 GT-TCATTTATAGTCACCCATGCCTTTGAAAG-CTTATTACTCA
* *
32655 TTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATT-AGTTTTAAGTTGAATTCTTTTTACATTTTTAGTCAA
1 CTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGA-TTTTAAGTTGAA-T-TTTTTACATTTTTAGTTAA
* * * * * * * * *
32719 AAAATATTATAATTGAATGTTTACGT-TGAGAAACATAAACAAAAATG-TATTCATTGGTAAGAA
63 AACAGATTATAATTGATTGTCTACCTCT-AGAAACATGAAGAAAAA-GCTATCCATTGGTAAAAA
*** * * ** * *
32782 AAGTTTGGTTATACTAACAGATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCG
126 AAGTTCATTTATAGTCACCCATGCCTTTGAAAG-CTTATTACTCA
********** * *
32827 CTTTAAATAGTNNNNNNNNNNCATAATTGATTTTAAGTTAAATTGTTTTTACATTTTTAGCTAAA
1 CTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAA-T-TTTTTACATTTTTAGTTAAA
* * * * * * * * * *
32892 AAATATTATAATTTAATGTTTACCTCAAGAAACATGAACAAAAAGCTATTCATTGATAAGAAAAG
64 ACAGATTATAATTGATTGTCTACCTCTAGAAACATGAAGAAAAAGCTATCCATTGGTAAAAAAAG
*
32957 TCCATTTATA
129 TTCATTTATA
32967 CTGACNNNNN
Statistics
Matches: 527, Mismatches: 101, Indels: 39
0.79 0.15 0.06
Matches are distributed among these distances:
166 8 0.02
167 52 0.10
168 123 0.23
169 80 0.15
170 35 0.07
171 13 0.02
172 208 0.39
173 8 0.02
ACGTcount: A:0.37, C:0.12, G:0.12, T:0.39
Consensus pattern (169 bp):
CTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTACATTTTTAGTTAAAAC
AGATTATAATTGATTGTCTACCTCTAGAAACATGAAGAAAAAGCTATCCATTGGTAAAAAAAGTT
CATTTATAGTCACCCATGCCTTTGAAAGCTTATTACTCA
Found at i:45439 original size:171 final size:169
Alignment explanation
Indices: 44846--54918 Score: 3931
Period size: 171 Copynumber: 59.0 Consensus size: 169
44836 ACCAATGATC
* * * * *
44846 CATTGGCAAGACAAGTCCATTTATAAT-AGCTCAAACCTTTGAAAGCCTTATTAC-TCACTTTAA
1 CATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCA-CTCAAGCCTTTGAAAGCCTTATTACTTCGCTTTAA
* *
44909 ATGATTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTGGTTAAAACT-TAT
65 ATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAA-TTTTTTACATTTTTGGTTAAAA-TATAT
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* *
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130 TATTT-AATGT-TTCTTTGGAAAACGTGAAGAAAAAGCCATT
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1 CATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGCCTTTGAAAGCCTTATTACTTCGCTTTAAA
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* * * *
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131 ATTT-AATGT-T-TCTTTGGAAAACGTGAAGAA-AAAG-CCATT
* * * *
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1 CATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAA-GCCTTTGAAAGCCTTATTACTTCGCTTTAA
* *
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128 TATATTT-AATGT-TTCTTTGGAAAACGTGAAGAAAAAGCCATT
* * *
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1 CATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGCCTTTGAAAGCCTTATTACTTCGCTTTAAA
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** *
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131 ATTT-AATG--TTTCTTTGGAAAACGTGAAGAAAAAG-CCATT
* * * *
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1 CAT-TGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAA-GCCTTTGAAAGCCTTATTACTTCGCTTTA
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128 TAT-ATTTAATGTTTCTT-TGGAAAACGTGAAGAAAAAGCCATT
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131 ATT-TAATGT-TTCTTTGGAAAACGTGAA-GAAAAAGCCATT
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1 CATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGCCTTTGAAAGCCTTATTACTTCGCTTTAAA
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1 C-ATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGCCTTTGAAAGCCTTATTACTTCGCTTTAA
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47938 CTTTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCAC-CAATTCCTTCAAAAGCCTTATT-NNNNNNNNNNA
1 CATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAA-GCCTTTGAAAGCCTTATTACTTCGCTTTAA
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128 TATATTT-AATGT-TTCTTTGGAAAACGTGAAGAAAAAGCCATT
* *
48108 CATTGACAAGAAAAGCCCATTTATAGTCACTTAAGCC-TT---A--C-TATTCACTT-G----AA
1 CATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGCCTTTGAAAGCCTTATT-ACTTCGCTTTAA
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48161 ATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTT-ANNNNNNNNNNATTTTTGGTTAAAATAGATT
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48225 ATATTTAAATGCCTGCTTTTGGAAAA-ATGAA-AAAAAGGACTACT
129 ATATTT-AATG-TTTC-TTTGGAAAACGTGAAGAAAAA-G-CCATT
*** * *
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1 CATT-GACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTC-AAGCCTTTGAAAGCCTTATTACTTC-GCTTT
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* * * * *
48395 TTATAATTGAATTTTTGTTGTGGGAAACGTGAA-ACAAAAGCCATC
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1 CATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGCCTTTGAAAGCCTTATTACT-TCGCTTTAA
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65 ATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGA-ATTTTTTACATTTTTGGTTAAAATATATT
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48568 ATATTTAAATGTCTGCATTGGGAAACATGAAGGAAAAGCTATT
129 ATATTT-AATGT-TTCTTTGGAAAACGTGAAGAAAAAGCCATT
* * * * * *
48611 CATTAATAGGAAAAGCCCATTTATAGTCACTCAAGTCTTTGAAAGCCTTATTAC-CCGCTTTAAA
1 CATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGCCTTTGAAAGCCTTATTACTTCGCTTTAAA
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48675 TGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTGAAG-TGAAATGTTTTTATATTTTTAGTTAAAATAGATT
66 TGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTG-AAT-TTTTTACATTTTTGGTTAAAATATATT
********** * *
48739 ATATTTAAATGTCTNNNNNNNNNNACATGAAGAAAGAGCCATT
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* * * *
48782 TATT-AGCATGAAGAGTCCATTTATAGTCACCCATA-CCTTTGAAAGCCTTATTACTTC-CTTTA
1 CATTGA-CAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCA-AGCCTTTGAAAGCCTTATTACTTCGCTTTA
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128 TAT-ATTTAATGTTTCTT--TGGAAAACGTGAAGAAAAAGCCATT
* * * * * * *
48953 CAATGGCAAGAAAAGTCCAGTTATAGTCACTTAAGCCTTTGAAATCTTTATTAC-TCGCTTTTAA
1 CATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGCCTTTGAAAGCCTTATTACTTCGCTTTAAA
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49082 TATTTGAGTGTGTACCTTAAGAAAA-ATGAAAAAAAAACCATT
130 TATTT-AATGT-T-TCTTTGGAAAACGTGAAGAAAAAGCCATT
** * * * *** ** * *
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1 CATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACT-CAAGCCTTTGAAAG-CCTTATTACTTCGCTTTA
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49186 AATGACTTTATAATTTCATAATCAATTTTAAGTTGAATTNNNNNNNNNNTTTTAGTTAAAATATA
64 AATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATT--TTTTACATTTTTGGTTAAAATATA
* ** * * * *
49251 TTATAATTCAATG-TTCATTTCTAGAAACATGAAGCAATAG-CAAT
127 TTAT-ATTTAATGTTTC-TTTGGA-AAACGTGAAGAAAAAGCCATT
* * * ** * *
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1 C-ATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGCCTTTGAAAGCCTTATTACTTCGCTTTAA
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* **
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128 TATATTT-AATGT-T-TCTTTGGAAAACGTGAAGAAAAAGCCATT
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1 CATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGCCTTTGAAAGCCTTATTACTTCGCTTTAAA
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49596 TATTTAAGTGTATTCCTTAGAAAACATGAAGAAAAAGTCATT
130 TATTTAA-TGT-TTCTTTGGAAAACGTGAAGAAAAAGCCATT
* * ** * ** * *
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1 CATTGACAAGAA-AAGTCCATTTATAGTCACTC-AAGCCTTTGAAAGCCTTATTACTTCGCTTTA
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49700 AATAGTTTTANNNNNNNNNNATTGATTTTAAGTTGAATTCTTTTACTTTTTTTATTAAAATATAT
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49765 TATAATTGAATGCTTGCTTTAGAAAACATGAAGCAATAGCCATC
128 TAT-ATTTAATG-TTTCTTTGGAAAACGTGAAGAAAAAGCCATT
* * *
49809 CATT-AGCAAGAAAAGTTCATTTATAGTCACTCTAGCCTTTGAAAGCCTTATTAC-TCGCTTTAC
1 CATTGA-CAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGCCTTTGAAAGCCTTATTACTTCGCTTTAA
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49872 ATGGTTTTNNNNNNNNNNAATTGATTTTAAGTTGATTTTTTTTACATTTTAAGTTAAAACATATT
65 ATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGA-ATTTTTTACATTTTTGGTTAAAATATATT
* * *
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** ** * * *
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1 CATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTC-AAGCCTTTGAAAGCCTTATTACTTCGCTTTAA
* *
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65 ATGGTTTTATAATCTCATAATTGATT-TTAAGTTGAA-TTTTTTACATTTTTGGTTAAAATATAT
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* * * * * * * *
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1 CATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGCCTTTGAAAGC-CTTATTACTTCGCTTTAA
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* * * **
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* * * * * *
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********** * * * *
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64 AATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAA-TTTTTTACATTTTTGGTTAAAATATAT
* * ** * *
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** ** ** ** **********
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* *
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1 CATTGACAAGAA-AAGTCCATTTATAGTCACTC-AAGCCTTTGAAAGCCTTATTACTTCGCTTTA
* * * * * *
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* * * * **
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* * ********** * *
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* * ** * * * *
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* ** ** * *
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1 CATT-GACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGCCTT-TGAAAGCCTTATTACTTCGCTTTA
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64 AATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATT-TTTTACATTTTTGGTTAAAATATAT
* * * ** * *
51130 AATATTTGAATGTCTAC-CTCAAGAAATGTGAAGAAAAAGTCATT
128 TATATTT-AATGT-TTCTTTGGA-AAACGTGAAGAAAAAGCCATT
* * * * * * *
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1 CATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGCCTTTGAAAGCCTTATTACTTCGCTTTAAA
* * ** ** *
51238 TGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAAATTTTTTATATTTTTTATTAAACCAGATTA
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* * * * * *
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130 T-ATTTAATGTTT-CTTTGGAAAACGTGAAGAAAAAGCCATT
* * *
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* * * ***
51408 ATGGTTTTATAATCTTATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATATTTGATTAAAACGGATT
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51473 ATAATTGAATGTCTATATCAGGAGAGAAAAGTAAAGAAAAAGCTATT
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* * * * * **
51520 CATTGGA-GAGAAAAG-CTATTGATAGTCACCCATGCCTTCAAAAGCCTTATTAC-TCGCTTTAA
1 CATT-GACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGCCTTTGAAAGCCTTATTACTTCGCTTTAA
* * * *
51582 ATGG-TTTATAATCTAATAATTAATTTTAAGTTGAATTTTTTAGTATTTTTGGTTCAAATATATT
65 ATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTA-CATTTTTGGTTAAAATATATT
* * ** * *
51646 ATAATTGAATGTCTATATCAGG-AAACGTGAAGCAAAAGCCATC
129 AT-ATTTAATGT-T-TCTTTGGAAAACGTGAAGAAAAAGCCATT
* * ** * * * *
51689 CATTGGA-GAGGAAAGTTTATTTATAGCCACT-AATGCCTTTGAAAGCTTTATTGC-TCACTTTA
1 CATT-GACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAA-GCCTTTGAAAGCCTTATTACTTCGCTTTA
** * *
51751 AATGGTTTTATAATCTCATAATTGATCGTAAGTTGAATTTTTTTAC-TTTTTGGGTTAAAACAGA
64 AATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAA-TTTTTTACATTTTT-GGTTAAAATATA
* * * * *
51815 -AATATTTGAATGTTTGCCTTGGGAAACATGAAGAAAAAACCATT
127 TTATATTT-AATGTTT-CTTTGGAAAACGTGAAGAAAAAGCCATT
* ** * * * * * * *
51859 CCTTGGTAA-AAAAGTCCATTTACAATCTCCCAAG-CGTTGAAAAGCTTTATTAC-TCACTTTAA
1 CATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGCCTTTG-AAAGCCTTATTACTTCGCTTTAA
** * * * * *
51921 ATGGTTTTATCTTCTCGTAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTAAAAATTCTGGTTAAAATAGATT
65 ATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTT-ACATTTTTGGTTAAAATATATT
* * *
51986 ATGATTAAATGTTTACCTT-GAGAAACATGAAGAAAAAGCCATT
129 AT-ATTTAATGTTT-CTTTGGA-AAACGTGAAGAAAAAGCCATT
* * * *
52029 TATTGACAAGAAAAATCCATTTATAGTCAC-CTAAGCCTTCGAAAGCCTTATTAC-TCTCTTTAA
1 CATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTC-AAGCCTTTGAAAGCCTTATTACTTCGCTTTAA
* * * * * * ** *
52092 ATGATTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAACTTTTTTATATTGTTGGTTCAATTGGAAT
65 ATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAA-TTTTTTACATTTTTGGTTAAAATATATT
* * ** * * * **
52157 ATAATTAAATGTTTGCCTCAGTAAACGTGAAGCAAAAGCTACC
129 AT-ATTTAATGTTT-CTTTGGAAAACGTGAAGAAAAAGCCATT
* * * *
52200 CATTGGA-GAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATGTCTTTGAAAGCATTATTA-TTCGCTTTAA
1 CATT-GACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGCCTTTGAAAGCCTTATTACTTCGCTTTAA
* * * *
52263 ATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTCTTTTACATTTTTGGTTAGAACAAATA
65 ATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATT-TTTTACATTTTTGGTTAAAATATATT
* *** * ** *
52328 ATATTTGAATGTCTGCCTCAAGAAATATGAAAAAAAAAAGCCATT
129 ATATTT-AATGT-T-TCTTTGGAAA-ACGTGAAGAAAAAGCCATT
* * * *
52373 CATT-AGCAAGAAAAGTCCATCTATAGTCACCCATGCCTTT-CAAGCCTTATTA-TTCGCTTTAA
1 CATTGA-CAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGCCTTTGAAAGCCTTATTACTTCGCTTTAA
* * *** *
52435 ATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTGTTTATATTTTTAACT-AAATCAGATT
65 ATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTACATTTTTGGTTAAAAT-ATATT
* * * * *
52499 ATATTTGAATGTCTGTTTCGAGAAACAT-AAAAAAAATG--ATT
129 ATATTT-AATGTTTCTTTGGA-AAACGTGAAGAAAAA-GCCATT
* * * * ** * * *
52540 CATTGGCGAGAAAAG-CTCATTTATAGTCGCCCATTCCTTCGAAAGTCTTACTACTT-GCTTTAA
1 CATTGACAAGAAAAGTC-CATTTATAGTCACTCAAGCCTTTGAAAGCCTTATTACTTCGCTTTAA
* * * * * **
52603 ATAGTTTTATAAGCTCATAATTAATTTTAAGTTGAATTTATTATATTTTTTATTAAAATATATTA
65 ATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTACATTTTTGGTTAAAATATATTA
* * * *
52668 TAATTGATTGTTTTCTTTGAAAAACGTGAAGGAAAAGCC---
130 T-ATTTAATG-TTTCTTTGGAAAACGTGAAGAAAAAGCCATT
* * * * *
52707 CATTGAC--GTAAAAGGTCTATTTATTGTCACTCAAGCCTTCGAAAGCCTT-TCTAC-GCACTTT
1 CATTGACAAG-AAAA-GTCCATTTATAGTCACTCAAGCCTTTGAAAGCCTTAT-TACTTCGCTTT
* * * *
52768 AAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTATATTTTT-GATAAAATAGAT
63 AAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTACATTTTTGGTTAAAATATAT
* * * ** *
52832 TATAATTGAATGTTTGTCTTGGGAAACGTGGGGAATAAA-CTATT
128 TAT-ATTTAATGTTTCT-TTGGAAAACGTGAAGAA-AAAGCCATT
** * * *
52876 CATTTCCAAGAAAAGTGCATTTATAGTCACTCATGCCTTCGAAAGCCTTATTA-TTCGCTTTAAA
1 CATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGCCTTTGAAAGCCTTATTACTTCGCTTTAAA
********** * * * * * *
52940 NNNNNNNNNNATCTCATAATTGATTTTAAGTTTAATTTTTTTATATATTTGGTTGAAACAAATTA
66 TGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAA-TTTTTTACATTTTTGGTTAAAATATATTA
* ** *
53005 TAATTGAATGTCTGTCTTAAG-AAACGTGAAGAAAAAGCTATT
130 T-ATTTAATGT-T-TCTTTGGAAAACGTGAAGAAAAAGCCATT
* * * * *****
53047 CATTAGA-GAGAAAAGT-CATTTACAGTCACCCATA--CTTTCAAAAGCCTTATTAC-TCNNNNN
1 CATT-GACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCA-AGCCTTT-GAAAGCCTTATTACTTCGCTTT
***** * * **
53107 NNNNNGTTTTATAATCTCATAATTGATATTAAGTTGAGTTTTTTTGTATTTTTGGTTAAAATATA
63 AAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGA-ATTTTTTACATTTTTGGTTAAAATATA
* * ** ** * * *
53172 TTATAATTGAATGTCTATATCAGG-AAATTTGAAGCAAAAGCTATC
127 TTAT-ATTTAATGT-T-TCTTTGGAAAACGTGAAGAAAAAGCCATT
* * * *
53217 CATTGGA-GAGGAAAGTTCATTTATAGTCACT-AATGCCTTTGAAAGCTTTATTAC-TCGCTTTA
1 CATT-GACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAA-GCCTTTGAAAGCCTTATTACTTCGCTTTA
* ********** * * * **
53279 AATAGTTTNNNNNNNNNNTAATTAATTTTAAATTAAATTTTTTTACATTTTTTATTAAAATATAT
64 AATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAA-TTTTTTACATTTTTGGTTAAAATATAT
* * * ** * * * *
53344 TATGATTGAATCTCTACCTCAGG-AAACATGAAGCAAAAGGCATC
128 TAT-ATTTAATGT-T-TCTTTGGAAAACGTGAAGAAAAAGCCATT
** ** * *
53388 CATTGATGAGAAAAGTCTGTTTATAGTCACTCAAACCTTCGAAAGCCTTATTAC-TCGCTTTAAA
1 CATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGCCTTTGAAAGCCTTATTACTTCGCTTTAAA
* * * * * * **
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66 TGGTTTTATAATC-TCATAATTGATTTTAAGTTGAA-TTTTTTACATTTTTGGTTAAAATATATT
* * * * * *
53516 ATAGTTGAATGTCTACCTTGGGAACCATGAA-AAGAAAGCCATT
129 ATA-TTTAATGT-TTCTTTGGAAAACGTGAAGAA-AAAGCCATT
* * * * * *
53559 CATTGGCATGAAAAGTCTATTTATAGTCATTCAAGCGTTTGAAAGCTTTATTAC-TCGCTTTAAA
1 CATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGCCTTTGAAAGCCTTATTACTTCGCTTTAAA
* * * ** * * * * *
53623 TAGTTTTATAATCTTATAATCGATTTTAAAATGAATTTGTTTATATTTTGGGTCAAAACAGATTA
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** * * *
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* * * * * * ***********************
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* *
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* ** *
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128 TATATTT-AATGT-TTCTTTGGAAA-ACGTGAAGAAAAAGCCATT
* * * * * * *
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1 CATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGCCTTT-GAAAGCCTTATTACTTCGCTTTAA
* * * * *
53963 ATAGTTTTTTAATCTCATAATTGATTTTAAATTGAATTCTTTCACATTTTTGATTAAAATATATT
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* * * * * ** *
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** * * * *
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1 CATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGCCTTTGAAAGCCTTATTACTTCGCTTTAAA
********** * *
54135 TGG-TTTATAATCTCATNNNNNNNNNNAAGTTGAACTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGATTA
66 TGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAA-TTTTTTACATTTTTGGTTAAAATATATTA
* *
54199 TATTTGAATGTGTGTCTTAGG-AAACATG-A-AAAAAGACCATT
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** ** ** *
54240 CATTGGTAAGAAAAGT-CATTTATAGTCAC-CTATTCCTTCAAAACCCTTATTACTT-GCTTTAA
1 CATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTC-AAGCCTTTGAAAGCCTTATTACTTCGCTTTAA
* * * *
54302 ATGATTTCATAATCTCATAATCGATTTTAAGTTGAATTTTCTTGACATTCTTGGTTAAAATATAT
65 ATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTT-TT-ACATTTTTGGTTAAAATATAT
* * * ** * * ** *
54367 TATGATTCAATCTTTGTTTTGGAAAATATTAAGTAAAAGTAATC
128 TAT-ATTTAATGTTT-CTTTGGAAAACGTGAAGAAAAAGCCATT
* * * * * * * *
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1 CATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGCCTTTGAAAGCCTTATTACTTCGCTTTAAA
* ********** * * *
54473 TAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGNNNNNNNNNNTACATTTTTAGTTAAAACATATTTT
66 TGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTACATTTTTGGTTAAAATATATTAT
* * * *
54538 ATTTAAATGTCTACCTTAGG-AAACATGAAGAAAAAGTCATT
131 ATTT-AATGT-T-TCTTTGGAAAACGTGAAGAAAAAGCCATT
* * * * * * * * * * *
54579 CATTCATAGGAAAAGCCCATTTACAATCAATTAAG-CTTTCAAAAGCCTTATTAC-TCACTTTNN
1 CATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGCCTTT-GAAAGCCTTATTACTTCGCTTT-A
******** * * *
54642 NNNNNNNNT-TAATCTCATAATTGATTTTAAGTTTAAGTTTTTTTACAGTTTTGGTTAAAACATA
64 AATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAA--TTTTTTACATTTTTGGTTAAAATATA
* *** * *
54706 TTATATTTAAATGTTTGCCTCAAAAAACATGAACAAAAAG-C-TT
127 TTATATTT-AATGTTT-CTTTGGAAAACGTGAAGAAAAAGCCATT
* * * *
54749 -ATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCAC-CTATA-CCTTTCAAAGCTTTATTACTT-GCTTTG
1 CATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTC-A-AGCCTTTGAAAGCCTTATTACTTCGCTTTA
* * * *
54810 AATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTCTTT-CACTTTTTGAGTTAAAACAGA
64 AATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTACA-TTTTTG-GTTAAAATATA
* * * * *
54874 TAACATTTGAATGTGTGGC-TTGGAAAACCTAAAGAAAAAGCCATT
127 TTATATTT-AATGT-T-TCTTTGGAAAACGTGAAGAAAAAGCCATT
54919 TATGGTCACT
Statistics
Matches: 7344, Mismatches: 2103, Indels: 909
0.71 0.20 0.09
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TGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTACATTTTTGGTTAAAATATATTAT
ATTTAATGTTTCTTTGGAAAACGTGAAGAAAAAGCCATT
Found at i:46059 original size:342 final size:339
Alignment explanation
Indices: 44843--58893 Score: 4586
Period size: 342 Copynumber: 41.2 Consensus size: 339
44833 GGGACCAATG
* * * *
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* * *
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* * *
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* * * *
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* * * * ***
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* * *
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* * * * *
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1 ATCCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGCCTTTGAAAGCCTTATTACTCGCTTTA
* * * * * *
45252 AACGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTG-AATTTGTTTACACTTTAGGTTAAAACAAA
66 AATGATTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAG-TGAAATTT-TTTACATTTTTGGTTAAAATAGA
* * * *
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129 TTATATTTAAATGTCTT-CCTTAGGAAACA--TGAAGAAAAAGCCATTCTTTG-CAAGAAAAGTC
* * * *
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190 C-ATTTATAGTCA-CCAATCCTTCGAAAGCCTTATTACTT-GCTTTAAATGGTTTTATAATCTCA
* * * *
45441 TAATTGATTTTAAGTTGAATTGTTTTACATTTT-TAATTAAAACAGATTATATTTGAATG-CTTG
252 TAATTGATTTTAAGTTGAATTATTTTACATTTTAT-ATTAAAATATATTATAATTGAATGTC-TG
* * * *
45504 CCTT-TGGAAACATGAAAAAGAAAA-TC
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* * * * * *
45530 ATTCATTGGTAAGAAAAGTCCATTTATAGTCA-TCAATTCCTTCGAAGGCCTTATTACTTGCTTT
1 ATCCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAA-GCCTTTGAAAGCCTTATTACTCGCTTT
* *
45594 AAATGGTTTTATAATCTCATAATCGATTTTAAGCTG-AATTATTTT-CTATTTTTGGTTAAAATA
65 AAATGATTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAG-TGAAATT-TTTTAC-ATTTTTGGTTAAAATA
* * * * ** * * * * * * *
45657 TATTATAATTGAACGT-TTGTTGTGGGAAACGTGAAGCAAAAGCCATCCACTGGTAAGAAAAGT-
127 GATTATATTTAAATGTCTTCCT-TAGGAAACATGAAGAAAAAGCCATTC-TTTGCAAGAAAAGTC
* * * * * * * *
45720 TAGTTTATAGCCACTTAAGCCTTTGAAACCCTTATTACTTACTTTAAATGGTTGTATAATCTCAT
190 CA-TTTATAGTCAC-CAATCCTTCGAAAGCCTTATTACTTGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCAT
* ** * * * * *
45785 AATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTAGGTTAAAAGAAAATATATTTAAATGTCTGCAT
253 AATTGATTTTAAGTTGAATTATTTTACATTTTATATTAAAATATATTATAATTGAATGTCTGCAT
45850 TGTGAAACGTGAAGGAAAAGCC
318 TGTGAAACGTGAAGGAAAAGCC
* * * *
45872 ATTCATTGACAAGAAAAGCCCATTTATAATCACTCAAGCCTTTGAAAGCCTTATTACTCGCTTTA
1 ATCCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGCCTTTGAAAGCCTTATTACTCGCTTTA
* * *
45937 AATAATTTTATAATCTCATAAATAATTTTAAGATGAAATTTTTTACATTTTTGGTTAAAATAGAT
66 AATGATTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAG-TGAAATTTTTTACATTTTTGGTTAAAATAGAT
* * ** * *
46002 TATTTTTAAATGTCTTCCTCACAAAACATGAAGGAAGAGCCATTCGTTTGCAAGAAAAGTCCATT
130 TATATTTAAATGTCTTCCTTAGGAAACATGAAGAAAAAGCCATTC-TTTGCAAGAAAAGTCCATT
* * **********
46067 TACAGTCACCCATACCTTCGAAAGCCTTATTACTTGCTTTAAATGGTTTTATAATNNNNNNNNNN
194 TATAGTCACCAAT-CCTTCGAAAGCCTTATTACTTGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTG
* * * * *
46132 ATTTTAAGTTGAATTCTTTTATATTTTTTATTAAAATATATTATAATTGAATG-CTGCTACT-AG
258 ATTTTAAGTTGAATTATTTTACATTTTATATTAAAATATATTATAATTGAATGTCTGC-ATTGTG
* * ** *
46195 CAACCTGAAGTCATAGCC
322 AAACGTGAAGGAAAAGCC
* * **********
46213 ATCCAATGGCAAGAAAAGTCCATTTATTGTCANNNNNNNNNNTGAAAGCCTTATTACTCGCTTTA
1 ATCCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGCCTTTGAAAGCCTTATTACTCGCTTTA
* * * * **
46278 AATGATTTTAAAATCTTATAATTGATTTGAAGTTAAATTTTTTTACATTTTTTATTAAAATAGAT
66 AATGATTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTGAAA-TTTTTTACATTTTTGGTTAAAATAGAT
* * * * * *
46343 TATATTTCAATGTCTTCGTTAGAAAACATGAAGAAAAAGCCATTCGTTAGTAAGAAAAGTCTATT
130 TATATTTAAATGTCTTCCTTAGGAAACATGAAGAAAAAGCCATTC-TTTGCAAGAAAAGTCCATT
*** * * *
46408 TATAGTCACTTGTACCTTCAAAAGCCTTATTACTT-CTTTTAAATAGTTTTATAATCTCTTAATT
194 TATAGTCACCAAT-CCTTCGAAAGCCTTATTACTTGC-TTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATT
********** * * * **
46472 GATTTTNNNNNNNNNNCA-TTTACATTTTTTATTAAAATATACTATAATTGAATGTCTAC-TTCA
257 GATTTT-AAGTTGAATTATTTTACATTTTATATTAAAATATATTATAATTGAATGTCTGCATTGT
* * * *
46535 GAAAACATGATGTAATAGCC
321 G-AAACGTGAAGGAAAAGCC
* * ********** ** *
46555 ATGCAATGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCANNNNNNNNNNATTCTTATTACTTGCTTTA
1 ATCCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGCCTTTGAAAGCCTTATTACTCGCTTTA
* * * * * * *
46620 AATGGTTTTATAATCACATAATTAATTTTAAGTTAAATTTTTTAAATTTTT-ATTAAAACAGATT
66 AATGATTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTGAAATTTTTTACATTTTTGGTTAAAATAGATT
* * * *
46684 ATATTTGAATGTCTGCCTTCGGAAACATGAA-AAGAAAGACCACTCTTTGGCAAGAAAAGTCCAT
131 ATATTTAAATGTCTTCCTTAGGAAACATGAAGAA-AAAG-CCATTCTTT-GCAAGAAAAGTCCAT
46748 TTATAG-CACCAATTCCTTCGAAAGCCTTATTACTTGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATT
193 TTATAGTCACCAA-TCCTTCGAAAGCCTTATTACTTGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATT
* *** * * *
46812 GATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTGGGTT-AAATCAAATAATATTTGAATGTCTGCATTG-
257 GATTTTAAGTTGAATTATTTTACATTTTATATTAAAAT-ATATTATAATTGAATGTCTGCATTGT
*
46875 GAAACGTGAAGGAAAAGTC
321 GAAACGTGAAGGAAAAGCC
* * * * *
46894 ATTCATTGACAAGAAAAGCCCATTTATAGTCACTTAAGCC-TT---A--C-TA-T--TCACTTTA
1 ATCCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGCCTTTGAAAGCCTTATTACTCGCTTTA
*
46949 AATGATTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTACATTTTTGGTTAAAATAGATT
66 AATGATTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTGAAATTTTTTACATTTTTGGTTAAAATAGATT
* * * ** *
47014 ATATTTAAATGCCTGCCTTTGGAAACATGAA-AAAAAGACCATTCATCGGAAAGAAAAGTCCATT
131 ATATTTAAATGTCTTCCTTAGGAAACATGAAGAAAAAG-CCATTC-TTTGCAAGAAAAGTCCATT
* **
47078 TATAGTCACCAATTCCTTCGAAAGCCTTATTACTTGGTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATCA
194 TATAGTCACCAA-TCCTTCGAAAGCCTTATTACTTGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTG
* * * * *
47143 ATTTTAAGATGAATTATTTTATATTTT-TAGTTAAAATATTTTATAATTGAACGTTTG--TTGTG
258 ATTTTAAGTTGAATTATTTTACATTTTATA-TTAAAATATATTATAATTGAATGTCTGCATTGT-
* *
47205 GGAAATGTGAAGCAAAAGCC
321 -GAAACGTGAAGGAAAAGCC
* * * * * *
47225 ATCCACTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTTAAACTTTTGAAACCCTTATTACTCACTTTA
1 ATCCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGCCTTTGAAAGCCTTATTACTCGCTTTA
* * * * * *
47290 AAT-AGTTTTTTAATCTTATAATTGATTTTAAGTTG-ATTTTTTTACATTTTAGGTTAAAAGAAA
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* * * * * *
47353 ATATATTGAAATGTCTGCATT-GGAAAACATGAAGGAAAAA-CCATT-TATT-AATAGGAAAAGC
129 TTATATTTAAATGTCTTCCTTAGG-AAACATGAA-GAAAAAGCCATTCT-TTGCA-A-GAAAAGT
* * * **
47414 CCATTTATAGTCACTCAAACCTTTGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAATTTTATNNNNNNNN
189 CCATTTATAGTCAC-CAATCCTTCGAAAGCCTTATTACTTGCTTTAAATGGTTTTAT--------
***************************************************
47479 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
245 --------------AATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTATTTTACATTTTATATTAAAATA
***************************** ** * **
47544 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNCAGAAAACATGAAGAA-AG
296 TATTATAATTGAATGTCTGCATTGTGAAAC-G-TGA-AGGAA-AAGCC
* * * * *
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1 ATCCA----TTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCA-AGCCTTTGAAAGCCTTATTACTCG
* * * **
47651 CTTTAAATGGTTTTATAATCTCTTAATTGATTTTAAGTTG-AATTCATTTACATTTTTTATTAAA
61 CTTTAAATGATTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAG-TGAAATT-TTTTACATTTTTGGTTAAA
* * ** * * * * * * *
47715 ATATATTATAATCGAATGT-TTGCTTCAAGAAACATGATGCAATAGCCATCCAATTGCAAGAAAA
124 ATAGATTATATTTAAATGTCTTCCTT-AGGAAACATGAAGAAAAAGCCATTC-TTTGCAAGAAAA
* * ** * *
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187 GTCCATTTATAGTCAC-CAATCCTTCGAAAGCCTTATTACTTGCTTTAAATGGTTTTATAATCTC
* * * * * * *
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251 ATAATTGATTTTAAGTTGAAT-TATTTTACATTTTATATTAAAATATATTATAATTGAATGTCTG
* * * **
47908 CCTT-TGGAAACATAAAAAAAAAAGACC
315 CATTGT-GAAACGT-GAAGGAAAAG-CC
* * ** ********
47935 A-CTCTTTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCAC-CAATTCCTTCAAAAGCCTTATTNNNNNNNN
1 ATC-CATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAA-GCCTTTGAAAGCCTTATTACTCGCTT
** * *
47998 NNAATGATTTTATAATATCATAATTGATTTTAAGTTG-AATCTTTTTACA-TTTTGGATTAAAAC
64 TAAATGATTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAG-TGAAAT-TTTTTACATTTTTGG-TTAAAAT
* * * * * * * * *
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126 AGATTATATTTAAATGTCTTCCTTAGGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCTTTG-CAAGAAAAGTC
* * *
48125 CATTTATAGT---C-A--CTT---AAGCCTTACTA-TTCACTTGAAATGGTTTTATAATCTCATA
190 CATTTATAGTCACCAATCCTTCGAAAGCCTTATTACTT-GCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATA
********** * * * * *
48180 ATTGATTTTAAGTT-ANNNNNNNNNNATTTT-TGGTTAAAATAGATTATATTTAAATGCCTGC-T
254 ATTGATTTTAAGTTGAATTATTTTACATTTTAT-ATTAAAATATATTATAATTGAATGTCTGCAT
* ** * *
48242 TTTGGAAAAATGAA-AAAAAG-G
318 TGT-GAAACGTGAAGGAAAAGCC
* *** * *
48263 ACTACTCATTCGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCAC-CGATTTCTTCGAAAGCCTTATTAGTCAG
1 A-T-C-CATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTC-AAGCCTTTGAAAGCCTTATTACTC-G
* * **
48327 -TTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATCGATTTTAAGATG-AATTATTTTGTATTTTTGGTTAAA
61 CTTTAAATGATTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAG-TGAAATT-TTTTACATTTTTGGTTAAA
** * * * ** * * * * *
48390 ATATTTTATAATTGAAT-TTTTGTTGTGGGAAACGTGAA-ACAAAAGCCATCCATTGGTAAGAAA
124 ATAGATTATATTTAAATGTCTTCCT-TAGGAAACATGAAGA-AAAAGCCATTC-TTTGCAAGAAA
* * * * * *********** *
48453 AGTCCATTTATAGTCACTTAAGCTTTTGAAACCCTTATTACTNNNNNNNNNNAGTTTTTTAATCT
186 AGTCCATTTATAGTCAC-CAATCCTTCGAAAGCCTTATTACTTGCTTTAAATGGTTTTATAATCT
* * ** * * * * *
48518 CATAATTGATTTTAAGTTGATTTTTTTTACATTTTAGGTTAAAAGAAAATATATTTAAATGTCTG
250 CATAATTGATTTTAAGTTGAATTATTTTACATTTTATATTAAAATATATTATAATTGAATGTCTG
* * *
48583 CATTGGGAAACATGAAGGAAAAGCT
315 CATTGTGAAACGTGAAGGAAAAGCC
* *** * * * *
48608 ATTCATTAATAGGAAAAGCCCATTTATAGTCACTCAAGTCTTTGAAAGCCTTATTACCCGCTTTA
1 ATCCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGCCTTTGAAAGCCTTATTACTCGCTTTA
* * * *
48673 AATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTGAAGTGAAATGTTTTTATATTTTTAGTTAAAATAGAT
66 AATGATTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTGAAAT-TTTTTACATTTTTGGTTAAAATAGAT
********** * * *
48738 TATATTTAAATGTCTNNNNNNNNNNACATGAAGAAAGAGCCATT-TATTAGCATGAAGAGTCCAT
130 TATATTTAAATGTCTTCCTTAGGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCT-TT-GCAAGAAAAGTCCAT
* * * * ****
48802 TTATAGTCACCCATACCTTTGAAAGCCTTATTACTTCCTTTAAATGGTTTTATAATCTCTTNNNN
193 TTATAGTCACCAAT-CCTTCGAAAGCCTTATTACTTGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATT
****** * * * * * * *
48867 NNNNNNAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTTATTAAAATCTATTATAATTAAATGTTTG--TTACT
257 GATTTTAAGTTGAATTATTTTACATTTTATATTAAAATATATTATAATTGAATGTCTGCATT-GT
* * *
48930 AGAAACCTGAAGTAATAGCC
321 -GAAACGTGAAGGAAAAGCC
* * * * * *
48950 ATCCAATGGCAAGAAAAGTCCAGTTATAGTCACTTAAGCCTTTGAAATCTTTATTACTCGCTTTT
1 ATCCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGCCTTTGAAAGCCTTATTACTCGCTTTA
* ** * * * *
49015 AATGTTTTTATAATCTTGTAATGGATTTTAAGTTAAATTTTTTTACATTTTTAGTTAAAACAGAT
66 AATGATTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTGAAA-TTTTTTACATTTTTGGTTAAAATAGAT
* * * * * * * * * * * * *
49080 TATATTTGAGTGTGTACCTTAAGAAAAATGAAAAAAAAACCATTCATTGGTAGGAAAAGTCAAGT
130 TATATTTAAATGTCTTCCTTAGGAAACATGAAGAAAAAGCCATTC-TTTGCAAGAAAAGTCCATT
* * * * * * ** * *
49145 TATAGTCATGCATTTCTTCAAAAGTAC-TATTACTTACTTTAAATGACTTTATAATTTCATAATC
194 TATAGTCA-CCAATCCTTCGAAAG-CCTTATTACTTGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATT
* ******** * *
49209 AATTTTAAGTTGAATTNNNNNNNNNNTTTTA-GTTAAAATATATTATAATTCAATGT-T-CATTT
257 GATTTTAAGTTGAATT--ATTTTACATTTTATATTAAAATATATTATAATTGAATGTCTGCA-TT
* * * * *
49271 CTAGAAACATGAAGCAATAGCA
319 GT-GAAACGTGAAGGAAAAGCC
* * * * * ** * *
49293 ATCTACTGACAAGAAAAGTCCATTTAAAGTGACTCAAGTATTTGAAACCCTTATTACTCGCATTA
1 ATCCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGCCTTTGAAAGCCTTATTACTCGCTTTA
* * * ** *
49358 AATGGTTTTATAATCTCGTAATTGATTTTAAATTTAATTTTTT-CATATTTTGGGTAAAAATAGA
66 AATGATTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTGAAATTTTTTACAT-TTTT-GGTTAAAATAGA
* * ** **
49422 TTATATTTAAATGTCTAT-CTTGGGAAACGTGAAGAAAAAATCATT-TATTG-ATAGGAAAAACC
129 TTATATTTAAATGTCT-TCCTTAGGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCT-TTGCA-A-GAAAAGTC
** * * * * * *
49484 CATTTATAGTCATTTAAGCATTCGAAAGCCTTATCACTCGCTTTCAATGGTTTTACAATCTCATA
190 CATTTATAGTCA-CCAATCCTTCGAAAGCCTTATTACTTGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATA
** * * * * * *
49549 ATTGATTTTAAGTTGAATTCGTTTACATTTT-TGCTTAAAATAGATTAT-ATTTAAGTGTATTCC
254 ATTGATTTTAAGTTGAATTATTTTACATTTTAT-ATTAAAATATATTATAATTGAA-TGTCTGCA
* * * *
49612 TTAG-AAAACATGAAGAAAAAGTC
317 TT-GTGAAACGTGAAGGAAAAGCC
* * ** * ** * **
49635 ATTCATTGGCAA-AACAAATCCATTTATAACCAC-CTATGCCTTCAAAAGCCTTATTAATTACTT
1 ATCCATTGGCAAGAA-AAGTCCATTTATAGTCACTC-AAGCCTTTGAAAGCCTTATTACTCGCTT
********** * **
49698 TAAAT-AGTTTTANNNNNNNNNNATTGATTTTAAGTTG-AATTCTTTTACTTTTTTTATTAAAAT
64 TAAATGA-TTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAG-TGAAATT-TTTTACATTTTTGGTTAAAAT
* * * * * * * * *
49761 ATATTATAATTGAATG-CTTGCTTTAGAAAACATGAAGCAATAGCCATCCATTAGCAAGAAAAGT
126 AGATTATATTTAAATGTCTT-CCTTAGGAAACATGAAGAAAAAGCCATTC-TTTGCAAGAAAAGT
* * * * * * **********
49825 TCATTTATAGTCACTCTAGCCTTTGAAAGCCTTATTACTCGCTTTACATGGTTTTNNNNNNNNNN
189 CCATTTATAGTCAC-CAATCCTTCGAAAGCCTTATTACTTGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCAT
* * * * * * *
49890 AATTGATTTTAAGTTGATTTTTTTTACATTTTA-AGTTAAAACATATTATATTTAAATGTGTGCC
253 AATTGATTTTAAGTTGAATTATTTTACATTTTATA-TTAAAATATATTATAATTGAATGTCTGCA
* *
49954 TT-TGGAAACATGAA--AAAAGATC
317 TTGT-GAAACGTGAAGGAAAAG-CC
*** * ** * * **
49976 ATTGGTTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCAC-CTATTCCTTCGAAAGCCTTATTGCTTACTTT
1 ATCCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTC-AAGCCTTTGAAAGCCTTATTACTCGCTTT
* * * *
50040 AAATGGTTTTATAATCTTATAATTGATTCTT-AGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAATAC
65 AAATGATTTTATAATCTCATAATTGATT-TTAAG-TGAAATTTTTTACATTTTTGGTTAAAATAG
* * * * * * * * * * *
50104 ATTATAATTCAATATCTAT-TTTGGGAAACATTAAGTAAAAGCAATCCACTGGCAAGAAAAGTCC
128 ATTATATTTAAATGTCT-TCCTTAGGAAACATGAAGAAAAAGCCATTC-TTTGCAAGAAAAGTCC
* * * * * * * ** **
50168 ATTTATACTCACTTAAGCATTTGAAA-CACTTCTCACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCANN
191 ATTTATAGTCAC-CAATCCTTCGAAAGC-CTTATTACTTGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATA
******** * * *** * * * * * * *
50232 NNNNNNNNTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTCGGTTAAGACATATCATATTTAAATGTCTACCTT
254 ATTGATTTTAAGTTGAATTATTTTACATTTTATATTAAAATATATTATAATTGAATGTCTGCATT
* * * **
50297 GAGAAACATGAA-AAAAAGTT
319 GTGAAACGTGAAGGAAAAGCC
* * * * * * *
50317 ATTCATTGTCAAGAAAGGCCCATTTACAATCACTCAAG--TTTACGAAATCCTTATTACTCGCTT
1 ATCCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGCCTTT--GAAAGCCTTATTACTCGCTT
* ********** * * * * *
50380 TAAATGGTTTTATAATCTCATNNNNNNNNNNAAATTAAATTTTTTTATATTTTTGATTAAAATAT
64 TAAATGATTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTGAAA-TTTTTTACATTTTTGGTTAAAATAG
* * * * *** *
50445 ATTATATTTAAATGT-TGACCTCAGAAAACATGAAGAGAAAA-CTATTCATCCACAAGAAAAGTT
128 ATTATATTTAAATGTCT-TCCTTAGGAAACATGAAGA-AAAAGCCATTC-TTTGCAAGAAAAGTC
* * * ********** * *
50508 TATTTATAGTCACTCATTCCTTCCAANNNNNNNNNNCTTGCTTTAAATGATTTTATAATCTTATA
190 CATTTATAGTCAC-CAATCCTTCGAAAGCCTTATTACTTGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATA
* * * ** * * * * * *
50573 ATTGATTGTAAGTTGAATTCTTTTACTTTTTAGGTTAAAACAGATAATATTTGAATGTTTGCCTT
254 ATTGATTTTAAGTTGAATTATTTTACATTTTATATTAAAATATATTATAATTGAATGTCTGCATT
* * *
50638 GAGAAACATGAAGAAAAAGCC
319 GTGAAACGTGAAGGAAAAGCC
* * * * * * * * *
50659 ATTCATTGGGAA-AACAATTCCACTTACAGTCTC-CGAAGCCTTCGAAAGCCGTATTACTCACTT
1 ATCCATTGGCAAGAA-AAGTCCATTTATAGTCACTC-AAGCCTTTGAAAGCCTTATTACTCGCTT
* * * * * *
50722 TATATGGTTTTATCATCTCGTAATTGATTTTAAGTTG-AATTTTTTGAAATTTTTGGTTAAAACA
64 TAAATGATTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAG-TGAAATTTTTT-ACATTTTTGGTTAAAATA
* * * * * **
50786 AATTATAATTACATGTTTTCCTTAGAAAACATGAAGAAAAAGTTATT-TATTGGCAAGAAAAGTC
127 GATTATATTTAAATGTCTTCCTTAGGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCT-TT-GCAAGAAAAGTC
********* * *
50850 CATTTANNNNNNNNNNAGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCT-CTTTAAATAGTTTTATAATCAT-A
190 CATTTA-TAGTCACCAATCCTTCGAAAGCCTTATTACT-TGCTTTAAATGGTTTTATAATC-TCA
* ** ** * * * * *
50913 TAATTGATTTTAAGTTAAATT-TTTTTTATTGTT-GGTTAAATTAGACTATAATTCAATGTTTGC
252 TAATTGATTTTAAGTTGAATTATTTTACATT-TTATATTAAAATATATTATAATTGAATGTCTGC
** **
50976 -TTAAGAAAATATGAAGGAAAAGCC
316 ATTGTG-AAACGTGAAGGAAAAGCC
* * * * * *
51000 ATCCATTGG-AGAGAAAAGTCTATTTATAATCACTCATGCCTTCT-AAAGCATGATTACTCGTTT
1 ATCCATTGGCA-AGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGCCTT-TGAAAGCCTTATTACTCGCTT
* * * * * * *
51063 TGAATGGTTTTATAATCTCATAACTAATTTTAAGTTG-AATTCTTTTACATTTTTGATTAGAACA
64 TAAATGATTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAG-TGAAATT-TTTTACATTTTTGGTTAAAATA
* * * * * ** * * * *
51127 GATAATATTTGAATGTCTACCTCAAGAAATGTGAAGAAAAAGTCATTCATTGGCATGAAAAGTCT
127 GATTATATTTAAATGTCTTCCTTAGGAAACATGAAGAAAAAGCCATTC-TTTGCAAGAAAAGTCC
* * * **
51192 ATTTATAGTCACTCAAGCCTTCGAAAGCCTTCTTGCTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAA
191 ATTTATAGTCAC-CAATCCTTCGAAAGCCTTATTACTTGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAA
* * * ** * * * *
51257 TTGATTTTAAGTTAAAATT-TTTTATATTTTTTATTAAACCAGATTATAATTGAATCTTTGCCTT
255 TTGATTTTAAGTT-GAATTATTTTACATTTTATATTAAAATATATTATAATTGAATGTCTGCATT
* *
51321 G-GAAAACATGGA-GAATAAGCC
319 GTG-AAACGTGAAGGAA-AAGCC
* * * * *
51342 ATTCATTAGCAAGAAAAGTGCATTTATAGTCACTCATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTA
1 ATCCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGCCTTTGAAAGCCTTATTACTCGCTTTA
* * * * * **
51407 AATGGTTTTATAATCTTATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATATTTGATTAAAACGGAT
66 AATGATTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAG-TGAAATTTTTTACATTTTTGGTTAAAATAGAT
* * * * * * * * *
51472 TATAATTGAATGTCTAT-ATCAGGAGAGAAAAGTAAAGAAAAAGCTATTCATTGGAGAGAAAAG-
130 TATATTTAAATGTCT-TCCTTA-G-GA-AACA-TGAAGAAAAAGCCATTCTTTGCA-AGAAAAGT
* * * * * *
51535 CTATTGATAGTCACCCATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGG-TTTATAATCTAAT
189 CCATTTATAGTCACCAAT-CCTTCGAAAGCCTTATTACTTGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCAT
* * * * **
51599 AATTAATTTTAAGTTGAATT-TTTTAGTATTTT-TGGTTCAAATATATTATAATTGAATGTCTAT
253 AATTGATTTTAAGTTGAATTATTTTA-CATTTTAT-ATTAAAATATATTATAATTGAATGTCTGC
* *
51662 ATCAG-GAAACGTGAAGCAAAAGCC
316 AT-TGTGAAACGTGAAGGAAAAGCC
* ** * * * *
51686 ATCCATTGG-AGAGGAAAGTTTATTTATAGCCACT-AATGCCTTTGAAAGCTTTATTGCTCACTT
1 ATCCATTGGCA-AGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAA-GCCTTTGAAAGCCTTATTACTCGCTT
* ** * *
51749 TAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATCGTAAGTTGAATTTTTTTAC-TTTTTGGGTTAAAACA
64 TAAATGATTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAG-TGAAATTTTTTACATTTTT-GGTTAAAATA
* * * * * *
51813 GA-AATATTTGAATGT-TTGCCTTGGGAAACATGAAGAAAAAACCATTCCTTGGTAA-AAAAGTC
127 GATTATATTTAAATGTCTT-CCTTAGGAAACATGAAGAAAAAGCCATT-CTTTGCAAGAAAAGTC
* * * * * * ** ** *
51875 CATTTACAATCTCCCAAGCGTT-GAAAAGCTTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATCTTCTCGT
190 CATTTATAGTC-ACCAATCCTTCG-AAAGCCTTATTACTTGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCAT
* ** * * * * * * * *
51939 AATTGATTTTAAGTTGAATT-TTTTAAAAATTCTGGTTAAAATAGATTATGATTAAATGTTTACC
253 AATTGATTTTAAGTTGAATTATTTTACATTTTAT-ATTAAAATATATTATAATTGAATGTCTGCA
* * *
52003 TTGAGAAACATGAAGAAAAAGCC
317 TTGTGAAACGTGAAGGAAAAGCC
** * * * *
52026 ATTTATTGACAAGAAAAATCCATTTATAGTCAC-CTAAGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCTCTTT
1 ATCCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTC-AAGCCTTTGAAAGCCTTATTACTCGCTTT
* * * * * *
52090 AAATGATTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAACTTTTTTATATTGTTGGTTCAATTGGA
65 AAATGATTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTGAAA-TTTTTTACATTTTTGGTTAAAATAGA
* * * * * * * ** * *
52155 ATATAATTAAATGT-TTGCCTCAGTAAACGTGAAGCAAAAGCTACCCATTGGAGAGAAAAGTCCA
129 TTATATTTAAATGTCTT-CCTTAGGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCTTTGCA-AGAAAAGTCCA
* * *
52219 TTTATAGTCACTC-ATGTCTTTGAAAGCATTATTA-TTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATA
192 TTTATAGTCAC-CAAT-CCTTCGAAAGCCTTATTACTT-GCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATA
* * * * * * * *
52282 ATTGATTTTAAGTTGAATTCTTTTACATTTT-TGGTTAGAACAAATAATATTTGAATGTCTGCCT
254 ATTGATTTTAAGTTGAATTATTTTACATTTTAT-ATTAAAATATATTATAATTGAATGTCTGCAT
*** ** **
52346 CAAGAAATATGAAAAAAAAAAGCC
318 TGTGAAACGTG--AAGGAAAAGCC
* * * * * * *
52370 ATTCATTAGCAAGAAAAGTCCATCTATAGTCACCCATGCCTTT-CAAGCCTTATTATTCGCTTTA
1 ATCCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGCCTTTGAAAGCCTTATTACTCGCTTTA
* * * ***
52434 AATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTG-AATTGTTTATATTTTTAACT-AAATCAGA
66 AATGATTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAG-TGAAATTTTTTACATTTTTGGTTAAAAT-AGA
* * * * *
52497 TTATATTTGAATGTCTGT--TTCGAGAAACAT-AAAAAAAATG--ATTCATTGGCGAGAAAAG-C
129 TTATATTTAAATGTCT-TCCTTAG-GAAACATGAAGAAAAA-GCCATTC-TTTGCAAGAAAAGTC
* * * * * *
52556 TCATTTATAGTCGCCCATTCCTTCGAAAGTCTTACTACTTGCTTTAAATAGTTTTATAAGCTCAT
190 -CATTTATAGTC-ACCAATCCTTCGAAAGCCTTATTACTTGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCAT
* * * * * * * *
52621 AATTAATTTTAAGTTGAATT-TATTATATTTTTTATTAAAATATATTATAATTGATTGTTTTCTT
253 AATTGATTTTAAGTTGAATTATTTTACATTTTATATTAAAATATATTATAATTGAATGTCTGCAT
**
52685 TGAAAAACGTGAAGGAAAAG-C
318 TGTGAAACGTGAAGGAAAAGCC
* * * * * *
52706 --CCATT-G-ACGTAAAAGGTCTATTTATTGTCACTCAAGCCTTCGAAAGCCTT-TCTACGCACT
1 ATCCATTGGCAAG-AAAA-GTCCATTTATAGTCACTCAAGCCTTTGAAAGCCTTAT-TACTCGCT
* * * *
52766 TTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTATATTTTT-GATAAAATAG
63 TTAAATGATTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTGAAATTTTTTACATTTTTGGTTAAAATAG
* * * * * ** * * *
52830 ATTATAATTGAATGT-TTGTCTTGGGAAACGTGGGGAATAAA-CTATTCATTTCCAAGAAAAGTG
128 ATTATATTTAAATGTCTT-CCTTAGGAAACATGAAGAA-AAAGCCATTC-TTTGCAAGAAAAGTC
**********
52893 CATTTATAGTCACTC-ATGCCTTCGAAAGCCTTATTA-TTCGCTTTAAANNNNNNNNNNATCTCA
190 CATTTATAGTCAC-CAAT-CCTTCGAAAGCCTTATTACTT-GCTTTAAATGGTTTTATAATCTCA
* * * ** * * *
52956 TAATTGATTTTAAGTTTAATTTTTTTATATATTT-GGTTGAAACAAATTATAATTGAATGTCTGT
252 TAATTGATTTTAAGTTGAATTATTTTACAT-TTTATATTAAAATATATTATAATTGAATGTCTG-
** * *
53020 C-TTAAGAAACGTGAAGAAAAAGCT
315 CATTGTGAAACGTGAAGGAAAAGCC
* * * * * **
53044 ATTCATTAG-AGAGAAAAGT-CATTTACAGTCACCCATA--CTTTCAAAAGCCTTATTACTCNNN
1 ATCCATTGGCA-AGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCA-AGCCTTT-GAAAGCCTTATTACTC-GC
******* * ** **
53105 NNNNNNNG-TTTTATAATCTCATAATTGATATTAAGTTGAGTTTTTTTGTATTTTTGGTTAAAAT
62 TTTAAATGATTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAG-TGAAATTTTTTACATTTTTGGTTAAAAT
* * * * * ** * * * * * *
53169 ATATTATAATTGAATGTCTAT-ATCAGGAAATTTGAAGCAAAAGCTATCCATTGGAGAGGAAAGT
126 AGATTATATTTAAATGTCT-TCCTTAGGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCTTTGCA-AGAAAAGT
* * * * * * **********
53233 TCATTTATAGTCACTAATGCCTTTGAAAGCTTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTNNNNNNNNNNT
189 CCATTTATAGTCACCAAT-CCTTCGAAAGCCTTATTACTTGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCAT
* * * * * * * * *
53298 AATTAATTTTAAATTAAATTTTTTTACATTTTTTATTAAAATATATTATGATTGAATCTCTACCT
253 AATTGATTTTAAGTTGAATTATTTTACATTTTATATTAAAATATATTATAATTGAATGTCTGCAT
* * * *
53363 CAG-GAAACATGAAGCAAAAGGC
318 -TGTGAAACGTGAAGGAAAAGCC
*** ** * *
53385 ATCCATTGATGAGAAAAGTCTGTTTATAGTCACTCAAACCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTA
1 ATCCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGCCTTTGAAAGCCTTATTACTCGCTTTA
* * * * * * * *
53450 AATGGTTTTATGA-CTTCAGAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTATATTATTGGTTAAAACAGC
66 AATGATTTTATAATC-TCATAATTGATTTTAAGTGAAA-TTTTTTACATTTTTGGTTAAAATAGA
* * * * * * * *
53514 TTATAGTTGAATGTCTACCTTGGGAACCATGAA-AAGAAAGCCATTCATTGGCATGAAAAGTCTA
129 TTATATTTAAATGTCTTCCTTAGGAAACATGAAGAA-AAAGCCATTC-TTTGCAAGAAAAGTCCA
* * * * * * * *
53578 TTTATAGTCATTCAAGCGTTTGAAAGCTTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTTATAAT
192 TTTATAGTCA-CCAATCCTTCGAAAGCCTTATTACTTGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAAT
* ** * *** * * * * * * *
53643 CGATTTTAAAATGAATT-TGTTTATATTTTGGGTCAAAACAGATTATATTTAAATGT-GGACCTT
256 TGATTTTAAGTTGAATTAT-TTTACATTTTATATTAAAATATATTATAATTGAATGTCTG-CATT
** * *
53706 AAGAAACGAGAAGAAAAAGCC
319 GTGAAACGTGAAGGAAAAGCC
* * ** * * * * **********************
53727 ATTCATAGATAGGAAAAGCCCATTTATAGTCATTTAAG-CTTNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
1 ATCCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGCCTT-TGAAAGCCTTATTACTCGCTTT
* * * *
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65 AAATGATTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAG-TGAAATTTTTTACATTTTTGGT-TA-AAATA
* * * *
53854 -ATTATATTTAAATGTCTTCCTCA-AAATACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGGCAAGAAATGTC
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* * * * * * *
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* * * * *
53982 ATTGATTTTAAATTGAATTCTTTCACATTTT-TGATTAAAATATATTATAATTGAATATTTGC-T
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* * **
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318 T--GTGAAACGTGAAGGAAAAGCC
* * * * *
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1 ATCCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGCCTTTGAAAGCCTTATTACTCGCTTTA
* ********** * *
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66 AATGATTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAG-TGAAATTTTTTACATTTTTGGTTAAAATAGAT
* * * *
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* * * * *
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192 TTTATAGTCACC-AATCCTTCGAAAGCCTTATTACTTGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAAT
* ** * * * * **
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256 TGATTTTAAGTTGAATTATT-TT-ACATT-TTATATTAAAATATATTATAATTGAATGTCTGCAT
** * * **
54386 TG-GAAAATATTAAGTAAAAGTA
318 TGTG-AAACGTGAAGGAAAAGCC
* * * * * * *
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1 ATCCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGCCTTTGAAAGCCTTATTACTCGCTTTA
********** * * *
54471 AAT-AGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGNNNNNNNNNNTACATTTTTAGTTAAAACATAT
66 AATGA-TTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTGAAATTTTTTACATTTTTGGTTAAAATAGAT
* * * * *
54535 TTTATTTAAATGTCTACCTTAGGAAACATGAAGAAAAAGTCATTCATT-CATAGGAAAAGCCCAT
130 TATATTTAAATGTCTTCCTTAGGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCTTTGCA-A-GAAAAGTCCAT
* * ** * * * ** *********
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193 TTATAGTC-ACCAATCCTTCGAAAGCCTTATTACTTGCTTT-AAATGGTTTTATAATCTCATAAT
* * ** * * * * * *
54663 TGATTTTAAGTTTAAGTTTTTTTACAGTTTT-GGTTAAAACATATTATATTTAAATGTTTGCCTC
256 TGATTTTAAGTTGAA-TTATTTTACA-TTTTATATTAAAATATATTATAATTGAATGTCTGCATT
*** * **
54727 AAAAAACATGAACAAAAAG-C
319 GTGAAACGTGAAGGAAAAGCC
* * * *
54747 -T-TATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCAC-CTATA-CCTTTCAAAGCTTTATTACTTGCTT
1 ATCCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTC-A-AGCCTTTGAAAGCCTTATTACTCGCTT
* *
54808 TGAAT-AGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTG-AATTCTTT-CACTTTTTGAGTTAAAA
64 TAAATGA-TTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAG-TGAAATTTTTTACA-TTTTTG-GTTAAAA
* * * * * ** * * *
54870 CAGATAACATTTGAATGTGTGGCTT-GGAAAACCTAAAGAAAAAGCCATT-TATGGTCACTCATG
125 TAGATTATATTTAAATGTCTTCCTTAGG-AAACATGAAGAAAAAGCCATTCT-TTG-CA---A-G
* * * **** ** * * * * * ****
54933 CCTTCGAAAG-GCTTCTTACTAGTTTTAAATGGATT-TATAA-TCTCA-TAATTGATTNNNNNNN
183 -----AAAAGTCCAT-TTA-TAGTCACCAAT-CCTTCGA-AAGCCTTATTACTTGCTT---TAAA
*** * * ** **** * ** *
54994 NNNTTTT-T-TTAT-ATTTTTGA--TTAAAACAAATTATATTTGA-ATGTTTATCTTGGGAA-AC
236 TGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTAT-TTT-ACAT-TTTATATT-AAAATAT
* *** *
55052 ATGA-AA---AAAAAC--CATT-T-ATTA-GT-AA-GAAAAGTCC
297 ATTATAATTGAATGTCTGCATTGTGA-AACGTGAAGGAAAAG-CC
* *** ** * * ** * * * * *
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1 ATCCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTC-ACTCAAGCCTT-TGA-AAGCCTTATTACTCGCT
* *** * * *
55137 TTATAAT-CTCAAAATCAAT-T-TTAA---A-TTTAA-T----TCTTTTACATTTTTAGTTAAAA
63 TTA-AATGAT-TTTAT-AATCTCATAATTGATTTTAAGTGAAATTTTTTACATTTTTGGTTAAAA
* * * * ** *** * * * * *
55190 TATATTATAATTGAATGTCTACCTTACTAAACGCAAAG-AAAAGATCATCCATTGGTAAAAAAAA
125 TAGATTATATTTAAATGTCTTCCTTAGGAAACATGAAGAAAAAG-CCATTC-TTTG-CAAGAAAA
* * * * * *
55254 TTCTATTTATAATCAGCC-ATACCTTCAAAAGCCTTATTACTTACATTAAATGGTTTTATAATCT
187 GTCCATTTATAGTCA-CCAAT-CCTTCGAAAGCCTTATTACTTGCTTTAAATGGTTTTATAATCT
** * * * *
55318 CGCAATTGATTTTGACTTGAATTATTTTATATTTT-TAATTAAAATATATTATAATTAAATGTCT
250 CATAATTGATTTTAAGTTGAATTATTTTACATTTTAT-ATTAAAATATATTATAATTGAATGTCT
* * ** *
55382 --ATCTCTTGAAATGTGATA--CCAAGCT
314 GCAT-T-GTGAAACGTGA-AGGAAAAGCC
* * * * * * * * *
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1 ATCCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGCCTTTGAAAGCCTTATTACTC-GCTTT
* * * * ******** *
55471 AAATGGTTTTATAATCTCATAATTAATTTTAAATTAAANNNNNNNNNNATTTTTGATTAAAATAG
65 AAATGATTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTGAAA--TTTTTTACATTTTTGGTTAAAATAG
* * * * * * * * * *
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* * * * *
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190 CATTTATAGTCACCAAT-CCTTCGAAAGCCTTATTACTTGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATA
* * * * * * *
55664 ATTGATTTGAAGTTTAATTCTTTTACATTTT-TGGTTAAAACATATTATGATTGAATGTCTACAT
254 ATTGATTTTAAGTTGAATTATTTTACATTTTAT-ATTAAAATATATTATAATTGAATGTCTGCAT
* * * *
55728 TGAGAAACATGAA-AAAAAGCT
318 TGTGAAACGTGAAGGAAAAGCC
* * * *
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1 ATCCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGCCTTTG-AAAGCCTTATTACTCGCTTT
* * * * * * * **
55812 AAATGGTTTTACAA--TCGTAATTAATTTTAATGTTAATTTTTTTTACATTTTTGATTTGCAATA
65 AAATGATTTTATAATCTCATAATTGATTTTAA-GTGAA-ATTTTTTACATTTTTG-GTTAAAATA
* * * * * * * *
55875 TATTATAATT-GATGTCTTACTTAGGAAACGTGAAGCAAAAGTCA-TCTATTAG-AGAGGAAAGT
127 GATTATATTTAAATGTCTTCCTTAGGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCT-TT-GCA-AGAAAAGT
* *** ** * * * ** *
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* * * * * * *
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* * *
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316 ATTGTGAAACGTGAAGGAAAAGCC
** * ** * * *
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* * * * * ** *
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66 AATGATTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTGAAA-TTTTTTACATTTTTGGTTAAAATAGAT
* * * * * ********************* ** *
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130 TATATTTAAATGTCTTCCTTAG-GA-AACATGAAGAAAAAGCCATTCTTTGCAAGAAAAGTCCAT
* * * ** *
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193 TTATAG-TCAC-CAATCCTTCGAAAGCCTTATTACTTGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAAT
* * * * * *
56345 TGATTGTAAGTTGAATT-TTTTAAAATTTT-TGGTTAAAAGAGATTATAATTGAATGTTTG-ACT
256 TGATTTTAAGTTGAATTATTTT-ACATTTTAT-ATTAAAATATATTATAATTGAATGTCTGCA-T
* * **
56407 TGGGAAATGTG-A-GAAAAATC
318 TGTGAAACGTGAAGGAAAAGCC
* * * * * * *
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1 ATCCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGCCTTTGAAAGCCTTATTACTCGCT-TT
** * * * * * *
56491 AAATGGCTGTATAATTTCATAATTGATTTTAAGTTG-AATTTTTTATATATTTGATTAAAACAGA
65 AAATGATTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAG-TGAAATTTTTTACATTTTTGGTTAAAATAGA
* * * * ********** * *
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* * * ** * * *
56620 TTATAGTCACTAATACCTT-AAAAGCCTTATTTCTCACTGTAAATGATTTTATAATCTCGTAATT
193 TTATAGTCACCAAT-CCTTCGAAAGCCTTATTACTTGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATT
* * * * ** * *
56684 GATTGTAAGTTAAAATT-TTTTACATTTT-TGGTTAAAACATACAATAATTGAATGTTTGCTTTA
257 GATTTTAAGTT-GAATTATTTTACATTTTAT-ATTAAAATATATTATAATTGAATGTCTGCATT-
* *
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319 GTGAAACGTGA-AGGAAAAGCC
* * * ** ** * **
56767 ATCCATT-G-ATAGAAAAAGTTCGTTTGTAGTCACTCAAGTATTCAAAAGCCTTACTACTTACTT
1 ATCCATTGGCA-AG-AAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGCCTTTGAAAGCCTTATTACTCGCTT
********** * * **
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* * * * * * * * * * *
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* * * * * *
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* * * *
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* *** * *
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316 ATTGTGAAACGTGAAGGAAAAGCC
* * * * * * **
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* * * * *
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* * * ** * *** * *
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* * * * * **
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* * * * * * * **
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256 TGATTTTAAGTTGAATTATTTTACATTTTAT-ATTAAAATATATTATAATTGAATGTCTGCATTG
* * * *
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* * *
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1 ATCCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGCCTTTGAAAGCCTTATTACTCGCTTTA
** * *** * * * *
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66 AATGATTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTGAAATTTTT-TACATTTTTGGTTAAAATAGAT
* * * * * *
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* * *
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* * * ** * * **
57702 TTAATTTTAAGTTTAATTTTTTTACATTTTA-GCT-AAATCTTATTATAATTGAATGTTTGGTTT
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* * **
57765 AG-GAAACAT--AGTGTGAAAGAA
319 -GTGAAACGTGAAG-G-AAAAGCC
* * * *
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* * * * * * *
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* * * * * * *
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* * * * * *
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255 TTGATTTTAAGTTGAATTATTT-TACATTTTATATTAAAATATATTATAATTGAATGTCTGCAT-
* ** *
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* * * * * *
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*********** * * *
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66 AATGATTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAG-TGAAATTTTT-TACATTTTTGGTTAAAATAGA
* * * ** * * * **
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* * * * *
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193 TTATAGTCACCAAT-CCTTCGAAAGCCT-TATTACTTGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAAT
* * * ** * * * * *
58385 TAATTTTATGTTGATTTATTTTACATTTT-TGGCTGAAACATATTATAATTGAATATCTACCTTG
256 TGATTTTAAGTTGAATTATTTTACATTTTAT-ATTAAAATATATTATAATTGAATGTCTGCATTG
* * * * *
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* * * * ** * **********
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1 ATCCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCA-AGCCTT-TGAAAGCCTTATTACTCGCTT
* * *
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64 TAAATGA-TTTTATAATCTCATAATTGATTTTA-AGTGAAA-TTTTTTACATTTTTGGTTAAAAT
* * * * ** ** * * ** *
58595 ATATTATAATTGAATGTCCAT-CTT-GAGAAACACAAAGCGAAAGCCATCCATTGGGGAGGAAAG
126 AGATTATATTTAAATGT-CTTCCTTAG-GAAACATGAAGAAAAAGCCATTC-TTTGCAAGAAAAG
* * * * ** * **
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* * * * *
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251 ATAATTGATT-TTAAGTTGAATTA-TTTTACATTTTATATTAAAATATATTATAATTGAATGTCT
* * * *
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314 G-CATTGTGAAACGTGAAGGAAAAGCC
* *** * ** * * * *
58811 ATCTATTGATGAGAAAAATTAATTTATAGTCACCCAAGCCTTCGAAAGCCTTATCACTCTCTTTA
1 ATCCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGCCTTTGAAAGCCTTATTACTCGCTTTA
*
58876 AATGGTTTTATAATCTCA
66 AATGATTTTATAATCTCA
58894 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 10165, Mismatches: 2893, Indels: 1300
0.71 0.20 0.09
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Consensus pattern (339 bp):
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TTAAGTTGAATTATTTTACATTTTATATTAAAATATATTATAATTGAATGTCTGCATTGTGAAAC
GTGAAGGAAAAGCC
Found at i:52563 original size:511 final size:503
Alignment explanation
Indices: 47607--58893 Score: 2786
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47597 TTATTGGCAT
* * *
47607 GAAAAGTCTATTTATAGTCACCCATA-CCTTTGAAAACCTTA-T--T-ACTTTAAATGGTTTTAT
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* * * ** * * *
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* * *** * *
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127 TGTTTGCCT-AGGAAACATGAAAAAAAAAGCCATTC-ATTAGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCA
* * * ** * * *
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190 CCCATGCCTTT-CAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAG
* ** * *
47859 TTAAATGTTTTTACTTTTTTTATTAAAAT-AGATTATATTTGAATGCCTACCTTT-G-GAAACAT
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* * * * * *
47921 AAAAAAAAAAGACCACTCTTTGGCAAGAAAAG-TCCATTTATAGTCACCAATTCCTTCAAAAGCC
314 --AAAAAAAAG--CATTCATTGGCGAGAAAAGCT-CATTTATAGTCACCCATGCCTTCGAAAGCC
********** * * *
47985 TTATTNNNNNNNNNNAATGATTTTATAATATCATAATTGATTTTAAGTTGAATCTTTTTACA-TT
374 TTATTACTCTCTTTAAATGATTTTATAATCTCATAATTAATTTTAAGTTGAAT-TTTTTATATTT
* * * * * * * * * * * * **
48049 TTGGATTAAAACAAATCATATTTAAATGTCTGCAT-TGGAAACGTGAAGGAAAATCCATTCATT-
438 TTGG-TTCAAATATATTATAATTGAATGTTTTC-TCAGAAAACGTGAAGCAAAA-GCACCCATTG
*
48112 GACAA
500 GA-GA
* * * *
48117 GAAAAGCCCATTTATAGTCACTTAAGCCTT----A--C-TA-T--TCACTTGAAATGGTTTTATA
1 GAAAAGTCTATTTATAGTCACTCAAGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATA
********** * * * *
48172 ATCTCATAATTGATTTTAAGTTANNNNNNNNNNATTTTTGGTTAAAATAGATTATATTTAAATGC
66 ATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTACATTTTTGGTT-AAACAGATAATATTTGAATGT
* * * * * * * * *
48237 CTGCTTTTGGAAAAATG-AAAAAAAGGACTACTCATTCGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCG
130 TTGC-CTAGGAAACATGAAAAAAAAAG-CCATTCATTAGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCC
** * * *
48301 ATTTC-TTCGAAAGCCTTATTAGTCAG-TTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATCGATTTTAAGA
193 ATGCCTTTC--AAGCCTTATTACTC-GCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGT
** * ** * * * * *
48364 TGAATTATTTTGTATTTTTGGTTAAAAT-ATTTTATAATTGAATTTTTGTTGT-GGGAAACGTGA
255 TGAATT-TTTTAAATTTTTGATT-AAATCAGATTAT-ATTGAATGTCTATT-TCGAGAAACAT-A
* * ** ** * * * *
48427 AACAAAAGCCATCCATTGGTAAGAAAAG-TCCATTTATAGTCACTTAAGCTTTTGAAACCCTTAT
315 AAAAAAAG-CATTCATTGGCGAGAAAAGCT-CATTTATAGTCACCCATGCCTTCGAAAGCCTTAT
******** * * * * *
48491 TACTNNNNNNNNNNA-G-TTTTTTAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGATTTTTTTTACATTTTA
378 TACT--CTCTTTAAATGATTTTATAATCTCATAATTAATTTTAAGTTGA-ATTTTTTATATTTTT
* * * * * * * * ** * * * ** * *
48554 GGTTAAAAGAAAATATATTTAAATGTCTGCATTGGGAAACATGAAGGAAAAGCTATTCATT-AAT
440 GGTTCAAATATATTATAATTGAATGTTTTC-TCAGAAAACGTGAAGCAAAAGC-ACCCATTGGAG
48618 A
503 A
* * * * * *
48619 GGAAAAGCCCATTTATAGTCACTCAAGTCTTTGAAAGCCTTATTACCCGCTTTAAATGGTTTTAT
1 -GAAAAGTCTATTTATAGTCACTCAAGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTAT
* * * * * * *
48684 AATCTCATAATTGATTTGAAGTGAAATGTTTTTATATTTTTAGTTAAAATAGATTATATTTAAAT
65 AATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAAT-TTTTTACATTTTTGGTT-AAACAGATAATATTTGAAT
********** * * * * *
48749 GTCTNNNNNNNNNNACATG-AAGAAAGAGCCATTTATTAGCATGAAGAGTCCATTTATAGTCACC
128 GT-TTGCCTAGGAAACATGAAAAAAAAAGCCATTCATTAGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACC
* * * **********
48813 CATACCTTTGAAAGCCTTATTACTTC-CTTTAAATGGTTTTATAATCTCTTNNNNNNNNNNAAGT
192 CATGCCTTT-CAAGCCTTATTAC-TCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGT
* * * * * * * * *
48877 TGAATTTTTTTATATTTTTTATTAAAATC-TATTATAATTAAATGTTTGTTACTAGAAACCTGAA
255 TGAA-TTTTTTAAATTTTTGATT-AAATCAGATTAT-ATTGAATGTCTATTTCGAGAAACAT-AA
** * * * * * ** * * * *
48941 GTAATAGCCATCCAATGGCAAGAAAAG-TCCAGTTATAGTCACTTAAGCCTTTGAAATCTTTATT
316 AAAAAAG-CATTCATTGGCGAGAAAAGCT-CATTTATAGTCACCCATGCCTTCGAAAGCCTTATT
* * * ** ** * * *
49005 ACTCGCTTTTAATGTTTTTATAATCTTGTAATGGATTTTAAGTTAAATTTTTTTACATTTTTAGT
379 ACTCTCTTTAAATGATTTTATAATCTCATAATTAATTTTAAGTTGAA-TTTTTTATATTTTTGGT
* * * * * ** * * ** * **
49070 TAAAACAGATTATATTTGAGTGTGTACCTTAAGAAAA-ATGAAAAAAAAACCATTCATTGGTAG-
443 TCAAATATATTATAATTGAATGT-TTTC-TCAGAAAACGTG-AAGCAAAAGCACCCATTGG-AGA
* * *** * * * **
49133 GAAAAGTCAAGTTATAGTCA-TGCATTTCTTCAAAAGTAC-TATTACTTACTTTAAATGACTTTA
1 GAAAAGTCTATTTATAGTCACT-CAAGCCTTCGAAAG-CCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTA
* ** * ******** * * * *
49196 TAATTTCATAATCAATTTTAAGTTGAATTNNNNNNNNNNTTTTAGTTAAA-ATATATTATAATTC
64 TAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATT--TTTTACATTTTTGGTTAAACAGATA--ATATTTG
** ** * * * *
49260 AATGTTCATTTCTA-GAAACATG-AAGCAATAG-CAATCTACT-GACAAGAAAAGTCCATTTAAA
125 AATGTT--TGCCTAGGAAACATGAAAAAAAAAGCCATTC-ATTAG-CAAGAAAAGTCCATTTATA
* * * ** * * * *
49321 GTGACTCAAGTATTTGAAACCCTTATTACTCGCATTAAATGGTTTTATAATCTCGTAATTGATTT
186 GTCACCCATGCCTTT-CAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTT
* * * * * * * *
49386 TAAATTTAATTTTTTCATATTTTGGGTAAAAAT-AGATTATATTTAAATGTCTATCTT-GGGAAA
250 TAAGTTGAATTTTTT-AAATTTTTGAT-TAAATCAGATTATA-TTGAATGTCTAT-TTCGAGAAA
* * * ** * * *** * *
49449 CGTGAAGAAAAAATCATTTATT-GATAGGAAAAACCCATTTATAGTCATTTAAGCATTCGAAAGC
311 CAT-AA-AAAAAAGCATTCATTGGCGA-GAAAAGCTCATTTATAGTCACCCATGCCTTCGAAAGC
* * * * * * * *
49513 CTTATCACTCGCTTTCAATGGTTTTACAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTCGTTTACATT
373 CTTATTACTCTCTTTAAATGATTTTATAATCTCATAATTAATTTTAAGTTGAATT-TTTTATATT
* * * * * * * * **
49578 TTTGCTTAAAATAGATTAT-ATTTAAGTGTATTCCTTAGAAAACATGAAGAAAAAGTCATTCATT
437 TTTGGTTCAAATATATTATAATTGAA-TGT-TTTCTCAGAAAACGTGAAGCAAAAG-CACCCATT
49642 GGCA-A
499 GG-AGA
* * ** * * * * *
49647 -AACAAATCCATTTATAACCAC-CTATGCCTTCAAAAGCCTTATTAATTACTTTAAATAGTTTTA
1 GAA-AAGTCTATTTATAGTCACTC-AAGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTA
********** * * ** * *
49710 NNNNNNNNNNATTGATTTTAAGTTGAATTCTTTTACTTTTTTTATTAAA-ATATATTATAATTGA
64 TAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATT-TTTTACATTTTTGGTTAAACAGATA--ATATTTGA
* * * ** * * *
49774 ATGCTTGCTTTAGAAAACATG-AAGCAATAGCCATCCATTAGCAAGAAAAGTTCATTTATAGTCA
126 ATGTTTGC-CTAGGAAACATGAAAAAAAAAGCCATTCATTAGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCA
* * * **********
49838 CTC-TAGCCTTTGAAAGCCTTATTACTCGCTTTACATGGTTTTNNNNNNNNNNAATTGATTTTAA
190 CCCAT-GCCTTT-CAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAA
* * * * * * * *
49902 GTTGATTTTTTTTACA-TTTTAAGTTAAAACATATTATATTTAAATGTGTGCCTTT-G-GAAACA
253 GTTGA-ATTTTTTAAATTTTTGA-TTAAATCAGATTATA-TTGAATGTCT--ATTTCGAGAAACA
* * ** * * * *
49964 TGAAAAAAGATCATTGGTTGACAAGAAAAG-TCCATTTATAGTCACCTATTCCTTCGAAAGCCTT
313 T-AAAAAAAAGCATTCATTGGCGAGAAAAGCT-CATTTATAGTCACCCATGCCTTCGAAAGCCTT
* * * * *
50028 ATTGCT-TACTTTAAATGGTTTTATAATCTTATAATTGATTCTT-AGTTGAATTTTTTTACATTT
376 ATTACTCT-CTTTAAATGATTTTATAATCTCATAATTAATT-TTAAGTTGAA-TTTTTTATATTT
* * * * ** * * * * * *
50091 TTGGTTAAAATACATTATAATTCAATATCTATT-TTGGGAAACATTAAGTAAAAGCAATCCACTG
438 TTGGTTCAAATATATTATAATTGAATGT-T-TTCTCAGAAAACGTGAAGCAAAAGC-ACCCATTG
50155 GCA-A
500 G-AGA
* * * * * * *
50159 GAAAAGTCCATTTATACTCACTTAAGCATTTGAAA-CACTTCTCACTCACTTTAAATGGTTTTAT
1 GAAAAGTCTATTTATAGTCACTCAAGCCTTCGAAAGC-CTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTAT
********** * * * * * *
50223 AATCTCANNNNNNNNNNTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTCGGTTAAGACATATCATATTTAAAT
65 AATCTCATAATTGATTTTAAGTT-AAATTTTTTACATTTTTGGTTAA-ACAGATAATATTTGAAT
* * * ** * * * *
50288 GTCTACCTTGAGAAACATG--AAAAAAAGTTATTCATT-GTCAAGAAAGGCCCATTTACAATCAC
128 GTTTGCCTAG-GAAACATGAAAAAAAAAGCCATTCATTAG-CAAGAAAAGTCCATTTATAGTCAC
* * * **********
50350 TCAAG--TTTACGAAATCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATNNNNNNNNNNAA
191 CCATGCCTTT-C--AAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAA
* * * * * **
50413 ATTAAATTTTTTTATATTTTTGATTAAAAT-ATATTATATTTAAATGT-TGACCTC-AGAAAACA
253 GTTGAA-TTTTTTAAATTTTTGATT-AAATCAGATTATA-TTGAATGTCT-ATTTCGAG-AAACA
* *** * * * * * * *****
50475 TGAAGAGAAAA-CTATTCATCCACAAGAAAAGTTTATTTATAGTCACTCATTCCTTCCAANNNNN
313 T-AA-AAAAAAGC-ATTCATTGGCGAGAAAAGCTCATTTATAGTCACCCATGCCTTCGAAAGCCT
***** * * *
50539 NNNNNCT-TGCTTTAAATGATTTTATAATCTTATAATTGATTGTAAGTTGAATTCTTTTACT-TT
375 TATTACTCT-CTTTAAATGATTTTATAATCTCATAATTAATTTTAAGTTGAATT-TTTTA-TATT
* * * * * * * * * * **
50602 TTAGGTTAAAACAGATAATATTTGAATGTTTGC-CTTGAGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATT
437 TTTGGTTCAAATATATTATAATTGAATGTTTTCTC-AGA-AAACGTGAAGCAAAAG-CACCCATT
50666 GG-GA
499 GGAGA
* * * * * * * *
50670 AAACAATTCCACTTACAGTCTC-CGAAGCCTTCGAAAGCCGTATTACTCACTTTATATGGTTTTA
1 GAA-AAGTCTATTTATAGTCACTC-AAGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTA
* * * * * * *
50734 TCATCTCGTAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTGAAATTTTTGGTTAAAACAAATTATAATT-AC
64 TAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTT-ACATTTTTGGTT-AAACAGATAATATTTGA-
* * * ** * * *****
50798 ATGTTTTCCTTAGAAAACATG-AAGAAAAAGTTATTTATTGGCAAGAAAAGTCCATTTANNNNNN
126 ATGTTTGCC-TAGGAAACATGAAAAAAAAAGCCATTCATTAGCAAGAAAAGTCCATTTA-TAGTC
**** * *
50862 NNNNA-GCC-TTCGAAAGCCTTATTACTCTCTTTAAATAGTTTTATAATCAT-ATAATTGATTTT
189 ACCCATGCCTTTC--AAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATC-TCATAATTGATTTT
* ** * * * * * * ** *
50924 AAGTTAAATTTTTTTTATTGTTGGTTAAATTAGACTATAATTCAATGTTTGCTT-AAGAAA-ATA
251 AAGTTGAATTTTTTAAATTTTTGATTAAATCAGATTAT-ATTGAATGTCTATTTCGAGAAACATA
* * * * * * *
50987 TGAAGGAAAAGCCATCCATTGGAGAGAAAAG-TCTATTTATAATCACTCATGCCTTCTAAAGCAT
315 --AA-AAAAAG-CATTCATTGGCGAGAAAAGCTC-ATTTATAGTCACCCATGCCTTCGAAAGCCT
* * * * *
51051 GATTACTCGT-TTTGAATGGTTTTATAATCTCATAACTAATTTTAAGTTGAATTCTTTTACATTT
375 TATTACTC-TCTTTAAATGATTTTATAATCTCATAATTAATTTTAAGTTGAATT-TTTTATATTT
* * * * * ** * * **
51115 TTGATT-AGAACAGATAATATTTGAATGTCTACCTCA-AGAAATGTGAAGAAAAAGTCATTCATT
438 TTGGTTCA-AATATATTATAATTGAATGT-TTTCTCAGA-AAACGTGAAGCAAAAG-CACCCATT
*
51178 GGCA-T
499 GG-AGA
* *
51183 GAAAAGTCTATTTATAGTCACTCAAGCCTTCGAAAGCCTTCTTGCTCACTTTAAATGGTTTTATA
1 GAAAAGTCTATTTATAGTCACTCAAGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATA
* ** * * *
51248 ATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAAATTTTTTATATTTTTTATTAAACCAGATTATAATTGAATC
66 ATCTCATAATTGATTTTAAGTT-AAATTTTTTACATTTTTGGTTAAA-CAGATAATATTTGAATG
* * * * * *
51313 TTTGCCTTGGAAAACATG-GAGAATAAGCCATTCATTAGCAAGAAAAGTGCATTTATAGTCACTC
129 TTTGCCTAGG-AAACATGAAAAAAAAAGCCATTCATTAGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCC
*
51377 ATGCC-TTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTTATAATTGATTTTAAGTT
193 ATGCCTTTC--AAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTT
* * * * * *
51441 GAATTTTTTTACATATTTGATTAAAACGGATTATAATTGAATGTCTATATCAGGAGAGAAAAGTA
256 GAA-TTTTTTAAATTTTTGATTAAATCAGATTAT-ATTGAATGTCTATTTC--GAGA-AACA-TA
* * *
51506 AAGAAAAAGCTATTCATTGGAGAGAAAAGCT-ATTGATAGTCACCCATGCCTTCAAAAGCCTTAT
315 AA-AAAAAGC-ATTCATTGGCGAGAAAAGCTCATTTATAGTCACCCATGCCTTCGAAAGCCTTAT
* * *
51570 TACTCGCTTTAAATG-GTTTATAATCTAATAATTAATTTTAAGTTGAATTTTTTAGTATTTTTGG
378 TACTCTCTTTAAATGATTTTATAATCTCATAATTAATTTTAAGTTGAATTTTTTA-TATTTTTGG
* * * *
51634 TTCAAATATATTATAATTGAATGTCTATATCAGGAAACGTGAAGCAAAAGCCATCCATTGGAGA
442 TTCAAATATATTATAATTGAATGT-TTTCTCAGAAAACGTGAAGCAAAAG-CACCCATTGGAGA
* * * * * *
51698 GGAAAGTTTATTTATAGCCACT-AATGCCTTTGAAAGCTTTATTGCTCACTTTAAATGGTTTTAT
1 GAAAAGTCTATTTATAGTCACTCAA-GCCTTCGAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTAT
** *
51762 AATCTCATAATTGATCGTAAGTTGAATTTTTTTAC-TTTTTGGGTTAAAACAGA-AATATTTGAA
65 AATCTCATAATTGATTTTAAGTT-AAATTTTTTACATTTTT-GGTT-AAACAGATAATATTTGAA
* * * * * * * *
51825 TGTTTGCCTTGGGAAACATGAAGAAAAAA-CCATTCCTTGGTAA-AAAAGTCCATTTACAATCTC
127 TGTTTGCC-TAGGAAACATGAAAAAAAAAGCCATTCATTAGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCAC
* * ** * * ** *
51888 CCAAGCGTTGAAAAGCTTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATCTTCTCGTAATTGATTTTAAGT
191 CCATGCCTT-TCAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGT
* * * * * *
51953 TGAATTTTTTAAAAATTCTGGTTAAAAT-AGATTATGATTAAATGTTTACCTT-GAGAAACATGA
255 TGAATTTTTT-AAATTTTTGATT-AAATCAGATTAT-ATTGAATGTCTA-TTTCGAGAAACAT-A
* * * * * * *
52016 AGAAAAAGCCATTTATTGACAAGAAAA-ATCCATTTATAGTCACCTAAGCCTTCGAAAGCCTTAT
315 AAAAAAAG-CATTCATTGGCGAGAAAAGCT-CATTTATAGTCACCCATGCCTTCGAAAGCCTTAT
* * *
52080 TACTCTCTTTAAATGATTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAACTTTTTTATATTGTTGG
378 TACTCTCTTTAAATGATTTTATAATCTCATAATTAATTTTAAGTTGAA-TTTTTTATATTTTTGG
* ** * * * *
52145 TTCAATTGGAATATAATTAAATGTTTGCCTCAGTAAACGTGAAGCAAAAGCTACCCATTGGAGA
442 TTCAAATATATTATAATTGAATGTTT-TCTCAGAAAACGTGAAGCAAAAGC-ACCCATTGGAGA
* * * * * * *
52209 GAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATGTCTTTGAAAGCATTATTATTCGCTTTAAATGGTTTTATA
1 GAAAAGTCTATTTATAGTCACTCAAGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATA
* *
52274 ATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTCTTTTACATTTTTGGTTAGAACAAATAATATTTGAATG
66 ATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATT-TTTTACATTTTTGGTTA-AACAGATAATATTTGAATG
* * * *
52339 TCTGCCTCAAGAAATATGAAAAAAAAAAGCCATTCATTAGCAAGAAAAGTCCATCTATAGTCACC
129 TTTGCCT-AGGAAACATG-AAAAAAAAAGCCATTCATTAGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACC
*
52404 CATGCCTTTCAAGCCTTATTATTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTG
192 CATGCCTTTCAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTG
* * * * *
52469 AATTGTTTATATTTTTAACTAAATCAGATTATATTTGAATGTCTGTTTCGAGAAACATAAAAAAA
257 AATTTTTTAAATTTTTGATTAAATCAGATTATA-TTGAATGTCTATTTCGAGAAACATAAAAAAA
* * * *
52534 ATG-ATTCATTGGCGAGAAAAGCTCATTTATAGTCGCCCATTCCTTCGAAAGTCTTACTACT-TG
321 A-GCATTCATTGGCGAGAAAAGCTCATTTATAGTCACCCATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCT-
* * ** *
52597 CTTTAAAT-AGTTTTATAAGCTCATAATTAATTTTAAGTTGAATTTATTATATTTTTTATTAAAA
384 CTTTAAATGA-TTTTATAATCTCATAATTAATTTTAAGTTGAATTTTTTATATTTTTGGTTCAAA
* ** *
52661 TATATTATAATTGATTGTTTTCTTTGAAAAACGTGAAGGAAAAG--CCCATT-GACGTA
448 TATATTATAATTGAATGTTTTCTCAG-AAAACGTGAAGCAAAAGCACCCATTGGA-G-A
* * *
52717 -AAAGGTCTATTTATTGTCACTCAAGCCTTCGAAAGCCTT-TCTACGCACTTTAAATGGTTTTAT
1 GAAAAGTCTATTTATAGTCACTCAAGCCTTCGAAAGCCTTAT-TACTCACTTTAAATGGTTTTAT
* * * * * *
52780 AATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTATATTTTTGATAAAATAGATTATAATTGAATGT
65 AATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTACATTTTTGGTTAAACAGATAATATTTGAATGT
* * * *** * * ** * *
52845 TTGTCTTGGGAAACGTGGGGAATAAA-CTATTCATTTCCAAGAAAAGTGCATTTATAGTCACTCA
130 TTG-CCTAGGAAACATGAAAAAAAAAGCCATTCATTAGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCA
* ********** *
52909 TGCC-TTCGAAAGCCTTATTATTCGCTTTAAANNNNNNNNNNATCTCATAATTGATTTTAAGTTT
194 TGCCTTTC--AAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTG
* * * * * * * *
52973 AATTTTTTTATATATTTGGTTGAAA-CAAATTATAATTGAATGTCTGTCTT-AAGAAACGTGAAG
257 AA-TTTTTTAAATTTTTGATT-AAATCAGATTAT-ATTGAATGTCTAT-TTCGAGAAACAT-AAA
* * * * * *
53036 AAAAAGCTATTCATTAGAGAGAAAAG-TCATTTACAGTCACCCATACTTTCAAAAGCCTTATTAC
317 AAAAAGC-ATTCATTGGCGAGAAAAGCTCATTTATAGTCACCCATGCCTTCGAAAGCCTTATTAC
********* * * * *
53100 TCNNNNNNNNNNG-TTTTATAATCTCATAATTGATATTAAGTTGAGTTTTTTTGTATTTTTGGTT
381 TC-TCTTTAAATGATTTTATAATCTCATAATTAATTTTAAGTTGA-ATTTTTTATATTTTTGGTT
* * * * ** *
53164 AAAATATATTATAATTGAATGTCTATATCAGGAAATTTGAAGCAAAAGCTATCCATTGGAGA
444 CAAATATATTATAATTGAATGT-TTTCTCAGAAAACGTGAAGCAAAAGC-ACCCATTGGAGA
* * * * * **
53226 GGAAAGT-TCATTTATAGTCACT-AATGCCTTTGAAAGCTTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTNN
1 GAAAAGTCT-ATTTATAGTCACTCAA-GCCTTCGAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTA
******** * * ** * *
53289 NNNNNNNNTAATTAATTTTAAATTAAATTTTTTTACATTTTTTATTAAA-ATATATTATGATTGA
64 TAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAA-TTTTTTACATTTTTGGTTAAACAGATAATAT--TTGA
* * * ** * * **
53353 ATCTCTACCTCAGGAAACATG-AAGCAAAAGGCATCCATT-G-ATGAGAAAAGTCTGTTTATAGT
126 ATGTTTGCCT-AGGAAACATGAAAAAAAAAGCCATTCATTAGCA--AGAAAAGTCCATTTATAGT
* ** * *
53415 CACTCAAACC-TTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATGA-CTTCAGAATTGATTT
188 CACCCATGCCTTTC--AAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATC-TCATAATTGATTT
* * * * * * * * *
53478 TAAGTTAAATTTTTTTATATTATTGGTTAAAACAGCTTATAGTTGAATGTCTACCTT-GGGAACC
250 TAAGTTGAA-TTTTTTAAATTTTTGATTAAATCAGATTATA-TTGAATGTCTA-TTTCGAGAAAC
* ** * * *
53542 ATGAAAAGAAAGCCATTCATTGGC-ATGAAAAG-TCTATTTATAGTCATTCAAGCGTTTGAAAGC
312 AT-AAAAAAAAG-CATTCATTGGCGA-GAAAAGCTC-ATTTATAGTCACCCATGCCTTCGAAAGC
* * * ** **
53605 TTTATTACTCGCTTTAAAT-AGTTTTATAATCTTATAATCGATTTTAAAATGAATTTGTTTATA-
373 CTTATTACTCTCTTTAAATGA-TTTTATAATCTCATAATTAATTTTAAGTTGAATTT-TTTATAT
* * * * * *** * * * **
53668 TTTTGGGTCAAAACAGATTATATTTAAATGTGGACCTTA-AGAAACGAGAAGAAAAAGCCATTCA
436 TTTTGGTTC-AAATATATTATAATTGAATGT-TTTCTCAGA-AAACGTGAAGCAAAAG-CACCCA
* *
53732 -TAGATA
497 TTGGAGA
* * * * **********************
53738 GGAAAAGCCCATTTATAGTCATTTAAG-CTTNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNAAATGGTTTTA
1 -GAAAAGTCTATTTATAGTCACTCAAGCCTT-CGAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTA
* * * * * *
53802 CAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTT-GTATAGAA-AAATTATATTTAA
64 TAATCTCATAATTGATTTTAAGTT-AAATTTTTTACATTTTTGGT-TA-AACAGATAATATTTGA
* * * * *
53865 ATGTCTT-CCTCA-AAATACATG-AAGAAAAAGCCATTCATTGGCAAGAAATGTCCATTTATAGC
126 ATGT-TTGCCT-AGGAA-ACATGAAAAAAAAAGCCATTCATTAGCAAGAAAAGTCCATTTATAGT
* * * * *
53927 CACCCATG-CTTTCGAAAGTCTTATTAATTGCTTTAAATAGTTTTTTAATCTCATAATTGATTTT
188 CACCCATGCCTTTC--AAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTT
* * * * * * **
53991 AAATTGAATTCTTTCACATTTTTGATTAAAAT-ATATTATAATTGAATATTTGCTTC-AGGAAAC
251 AAGTTGAATT-TTTTAAATTTTTGATT-AAATCAGATTAT-ATTGAATGTCTATTTCGA-GAAAC
** ** * ** * * * **
54054 ATGAAGCAATGGCCATCCATTGGTAAGAAAA-ATACATTTATAGTCACTCAAGCCTTTAAAAGCC
312 AT-AAAAAAAAG-CATTCATTGGCGAGAAAAGCT-CATTTATAGTCACCCATGCCTTCGAAAGCC
* * * ********** *
54118 TTATTACTCGCTTTCAATG-GTTTATAATCTCATNNNNNNNNNNAAGTTGAACTTTTTTACATTT
374 TTATTACTCTCTTTAAATGATTTTATAATCTCATAATTAATTTTAAGTTGAA-TTTTTTATATTT
* * * * * * * *
54182 TTGGTTAAAACAGATTATATTTGAATGTGTGTCTTAGGAAACATGAA--AAAAG-ACCATTCATT
438 TTGGTTCAAATATATTATAATTGAATGT-TTTCTCAGAAAACGTGAAGCAAAAGCACC---CATT
54244 GGTA-A
499 GG-AGA
** * * ** * *
54249 GAAAAGTC-ATTTATAGTCAC-CTATTCCTTCAAAACCCTTATTACTTGCTTTAAATGATTTCAT
1 GAAAAGTCTATTTATAGTCACTC-AAGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTAT
* * * * * *
54312 AATCTCATAATCGATTTTAAGTTGAATTTTCTTGACATTCTTGGTTAAA-ATATATTATGATTCA
65 AATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTT-TT-ACATTTTTGGTTAAACAGATAATAT--TTGA
* ** * ** ** * * * * * *
54376 ATCTTTGTTTTGGAAA-AT-ATTAAGTAAAAGTAATCCACTGGCAAGAAAAGTCTATTGATAGAC
126 ATGTTTGCCTAGGAAACATGA--AAAAAAAAGCCATTCATTAGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTC
* * * * * * *
54439 ACTCAAGCGTTTGAAACCCTTCTTACT--CTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAA
189 ACCCATGCCTTT-CAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAA
********** * * * * * * *
54502 GNNNNNNNNNNTACATTTTT-AGTTAAAACATATTTTATTTAAATGTCTACCTTAG-GAAACATG
253 GTTGAATTTTTTAAATTTTTGA-TTAAATCAGATTATA-TTGAATGTCTA-TTTCGAGAAACAT-
* * * * * *** * * *
54565 AAGAAAAAGTCATTCATT--CATAGGAAAAGCCCATTTACAATCAATTAAGCTTTCAAAAGCCTT
314 AAAAAAAAG-CATTCATTGGC-GA-GAAAAGCTCATTTATAGTCACCCATGCCTTCGAAAGCCTT
* ********* * * * *
54628 ATTACTCACTTTNNNNNNNNNNT-TAATCTCATAATTGATTTTAAGTTTAAGTTTTTTTACAGTT
376 ATTACTCTCTTT-AAATGATTTTATAATCTCATAATTAATTTTAAGTTGAA--TTTTTTATATTT
* * * * * * * **
54692 TTGGTTAAAACATATTATATTTAAATGTTTGCCTCAAAAAACATGAA-CAAAA--AGCTTATTGG
438 TTGGTTCAAATATATTATAATTGAATGTTT-TCTCAGAAAACGTGAAGCAAAAGCA-CCCATTGG
54754 CA-A
501 -AGA
* * ** * *
54757 GAAAAGTCCATTTATAGTCAC-CTATA-CCTTTC-AAAGCTTTATTACTTGCTTTGAATAGTTTT
1 GAAAAGTCTATTTATAGTCACTC-A-AGCC-TTCGAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTT
* * *
54819 ATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTCTTT-CACTTTTTGAGTTAAAACAGATAACATTTG
63 ATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTACA-TTTTTG-GTT-AAACAGATAATATTTG
* * * *
54883 AATG--TG--T-GG---CTTG----GAAAA-CC--T-A-AAG--A-AAAAG-CCATTTATGGTCA
125 AATGTTTGCCTAGGAAACATGAAAAAAAAAGCCATTCATTAGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCA
* * * * * * ***
54927 CTCATGCC-TTCGAAAGGCTTCTTACTAGTTTTAAATGGATTTATAATCTCATAATTGATTNNNN
190 CCCATGCCTTTC--AAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATT-TTA
******* * * * * *
54991 NNNNNNTTTTTTTATATTTTTGATTAAAACAAATTATATTTGAATGTTTATCTT-GGGAAACATG
252 AGTTGAATTTTTTAAATTTTTGATTAAATCAGATTATA-TTGAATGTCTAT-TTCGAGAAACAT-
* * * ** * * * * * *
55055 AAAAAAAACCATTTATTAGTAAGAAAAG-TCCATCTATATTTATCCATTCCTTCGAAAGCTTTAT
314 AAAAAAAAGCATTCATTGGCGAGAAAAGCT-CATTTATAGTCACCCATGCCTTCGAAAGCCTTAT
* * * * * * * *
55119 TACT-TGGTTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAATCAATTTTAAATTTAATTCTTTTACATTTTTA
378 TACTCT-CTTTAAATGATTTTATAATCTCATAATTAATTTTAAGTTGAATT-TTTTATATTTTTG
* ** * ** ** *
55183 GTTAAAATATATTATAATTGAATGTCTACCTTACTAAACGCAAAG-AAAAGATCATCCATTGGTA
441 GTTCAAATATATTATAATTGAATGT-TTTCTCAGAAAACGTGAAGCAAAAG--CACCCATTGG-A
*
55247 AA
502 GA
* * * * * *
55249 AAAAATTCTATTTATAATCAGC-CATA-CCTTCAAAAGCCTTATTACTTACATTAAATGGTTTTA
1 GAAAAGTCTATTTATAGTCA-CTCA-AGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTA
** * * * * ** * * *
55312 TAATCTCGCAATTGATTTTGACTTGAATTATTTTATATTTTTAATTAAA-ATATATTATAATTAA
64 TAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATT-TTTTACATTTTTGGTTAAACAGATA--ATATTTGA
* ** * ** * * * * * *
55376 ATGTCTAT-CTCT-TG-AA-ATGTGATACCAAGCTATCCATTAGCATGAAAAGTTCATATATATT
126 ATGT-T-TGC-CTAGGAAACATGAAAAAAAAAGCCATTCATTAGCAAGAAAAGTCCATTTATAGT
** * * * * *
55437 CAATCAAGCCTTTAAAAGCCTTATTACTCAAC-CTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTAATTTT
188 CACCCATGCCTTT-CAAGCCTTATTACTC-GCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTT
* * ******** * *
55501 AAATTAAANNNNNNNNNNATTTTTGATTAAAAT-AGATTATAATTGAATGTTTGTATT-GA-AAA
251 AAGTTGAA--TTTTTTAAATTTTTGATT-AAATCAGATTAT-ATTGAATGTCTAT-TTCGAGAAA
* * * *
55563 TCATGAAGAAAAAA-CTATTCATTGGCAAGAGAAG-TACATTTATAGTCACCCATACCTTCAAAA
311 -CAT-AA-AAAAAAGC-ATTCATTGGCGAGAAAAGCT-CATTTATAGTCACCCATGCCTTCGAAA
* * ** * * * *
55626 GCCTTATAACTCGCTTTAAATGGCTTTATAATCTCATAATTGATTTGAAGTTTAATTCTTTTACA
371 GCCTTATTACTCTCTTTAAATGATTTTATAATCTCATAATTAATTTTAAGTTGAATT-TTTTATA
* * * * * * * * **
55691 TTTTTGGTTAAAACATATTATGATTGAATGTCTACAT-TGAGAAACATGAA-AAAAAGCTATTCA
435 TTTTTGGTTCAAATATATTATAATTGAATGTTTTC-TCAGA-AAACGTGAAGCAAAAGC-ACCCA
55754 TTGGCA-A
497 TTGG-AGA
* * * * *
55761 GAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCGAAAAG-CTTATTACTCGC-TTAAATGGTTTTAC
1 GAAAAGTCTATTTATAGTCACTCAAGCCTTCG-AAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTAT
* * * * * * * * *
55824 AA--TCGTAATTAATTTTAATGTTAATTTTTTTTACATTTTTGATTTGCAATATATTATAATTG-
65 AATCTCATAATTGATTTTAA-GTTAA-ATTTTTTACATTTTTG-GTT-AAACAGATAATATTTGA
* * * ** * * *
55886 ATGTCTTACTTAGGAAACGTG-AAGCAAAAGTCA-TCTATTAG-AGAGGAAAGTTCATTTATAGT
126 ATGT-TTGCCTAGGAAACATGAAAAAAAAAGCCATTC-ATTAGCA-AGAAAAGTCCATTTATAGT
*** * * * ** *
55948 CATTTATAG--ATTCGAAAGCTTTATTACTCGCTTTAAATGCTTTTATAGCCCCATAATTGATTT
188 CACCCAT-GCCTTTC--AAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTT
* * * * * * *
56011 TAAGTTAAATTTTTTTAAGTATTTTTAATAAAAT-ATATTGTAATTGAATGGC----TCCAGGAA
250 TAAGTTGAA-TTTTTTAA--ATTTTTGATTAAATCAGATTAT-ATTGAATGTCTATTTCGA-GAA
** ** * * * ** * * * *
56071 ATGTGAAGCAAATGCCATCCATTGGTGAGAAAAG-TCAATTCCTAATCGCTCAAGCCTTCGAAAG
310 ACAT-AAAAAAAAG-CATTCATTGGCGAGAAAAGCTC-ATTTATAGTCACCCATGCCTTCGAAAG
* * * * * *
56135 CCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTGATAATTGATTTTGAGTTAAATTTTTTTATAT
372 CCTTATTACTCTCTTTAAATGATTTTATAATCTCATAATTAATTTTAAGTTGAA-TTTTTTATAT
** * * ** *********************
56200 TTTTTATTAAAATATATTATAATTGAATATCTACCTCGAGANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNATT
436 TTTTGGTTCAAATATATTATAATTGAATGT-TTTCTC-AGAAAACGTGAAGCAAAAGCACCCATT
* *
56265 -AACAA
499 GGA-GA
* * * * *
56270 GAAAGGTCCATTTAT-GATCACTCAAGCCTTTGAAAGCCTTAGTACTCACTTTAAATAGTTTTAT
1 GAAAAGTCTATTTATAG-TCACTCAAGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTAT
* * * * * *
56334 AATCTCATAATTGATTGTAAGTTGAATTTTTTAAAATTTTTGGTTAAAAGAGATTATAATTGAAT
65 AATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTT-ACATTTTTGGTT-AAACAGATAATATTTGAAT
* * * ** * * * * * *
56399 GTTTGACTTGGGAA-ATGTGAGAAAAA-TCATTCATTGGTAAGAAAAATCCACTTATAGTCACCC
128 GTTTGCCTAGGAAACATGAAAAAAAAAGCCATTCATTAGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCC
* * * * *
56462 AAGCC-TTCGAAAGCCTTATTACTC-ATATTAAATGGCTGTATAATTTCATAATTGATTTTAAGT
193 ATGCCTTTC--AAGCCTTATTACTCGCT-TTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGT
* * * * ** * ******
56525 TGAATTTTTTATATATTTGATTAAAACAGATAATATTTGAATGTCTGCCTT-GGGAAANNNNNNN
255 TGAATTTTTTAAATTTTTGATTAAATCAGATTATA-TTGAATGTCT-ATTTCGAGAAA-CATAAA
*** * ** * * *
56589 NNNAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAG-TCAATTTATAGTCACTAATACCTT-AAAAGCCTTATTT
317 AAAAAG-CATTCATTGGCGAGAAAAGCTC-ATTTATAGTCACCCATGCCTTCGAAAGCCTTATTA
* * * * * * *
56652 CTCACTGTAAATGATTTTATAATCTCGTAATTGATTGTAAGTTAAAATTTTTTACATTTTTGGTT
380 CTCTCTTTAAATGATTTTATAATCTCATAATTAATTTTAAGTT-GAATTTTTTATATTTTTGGTT
* * ** * * * * * * *
56717 AAAACATACAATAATTGAATGTTTGCTTTAGGAAATGT-AGAGTAAAAGCCATCCATT-GATA
444 CAAATATATTATAATTGAATGTTTTC-TCAGAAAACGTGA-AGCAAAAG-CACCCATTGGAGA
* * ** * * * *
56778 GAAAAAGT-TCGTTTGTAGTCACTCAAGTATTCAAAAGCCTTACTACTTACTTTAAATAGTTTTA
1 G-AAAAGTCT-ATTTATAGTCACTCAAGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTA
********** * * * * *
56842 TAATCTCANNNNNNNNNNTAAGTTGAATTATTTTATATTTTTGATTAAAGCAGATTATAATTGAA
64 TAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATT-TTTTACATTTTTGGTTAAA-CAGATAATATTTGAA
* * * * * * * * * *
56907 TGTCTGCATCAAGAAAC-T-CAAAGAAAAGACATCCATT-GACAAAAAAAGTCTATCTATAGTCA
127 TGTTTGCCT-AGGAAACATGAAAAAAAAAGCCATTCATTAG-CAAGAAAAGTCCATTTATAGTCA
* * * * *
56969 ACCATACC-TTCAAAAGCCTTATTGCTCGCTTTAATTGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTGA
190 CCCATGCCTTTC--AAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAA
* * * ** **
57033 GTTGATTTTTTTATATTTTT-AGTTAAAAT-ATATTATAATTGAATGTCTACCTAAAGAAACATG
253 GTTGAATTTTTTAAATTTTTGA-TT-AAATCAGATTAT-ATTGAATGTCTATTTCGAGAAACAT-
** * * * * * * *
57096 AAGCAAAAGCCA-TCTATTAG-TA-AGAAGGTCCATTTATAGTCACTCAAGTCTTCGAAAGCCTT
314 AAAAAAAAG-CATTC-ATTGGCGAGAAAAGCT-CATTTATAGTCACCCATGCCTTCGAAAGCCTT
** * * *
57158 ATTACTCAATTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTATTTTAAATTTTT
376 ATTACTCTCTTTAAATGATTTTATAATCTCATAATTAATTTTAAGTTGAATT-TTTTATATTTTT
* * * * ** * * * ** **
57223 AGTTC-AAGAGATTATAATTGAGTGTCTAACTCTAG-AAACATGAGGAAAAAATAATTCATTGGC
440 GGTTCAAATATATTATAATTGAATGT-TTTCTC-AGAAAACGTGAAG-CAAAAGCACCCATTGG-
57286 A-A
501 AGA
* * ** * * * * **
57288 GAAAGGTCCATTTATAGTCAC-CATTTCATTTGAAAGCCTTATTACTTACTTTTAATAATTTTAT
1 GAAAAGTCTATTTATAGTCACTCA-AGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTAT
* * * * * * *
57352 AATCTCATAATCGATTTCAAATTGAATTGTTTTACATTTTTGGTGAAA-ATATATTATAATTGAA
65 AATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATT-TTTTACATTTTTGGTTAAACAGATA--ATATTTGAA
** * ** * * *
57416 TGTTTGTTTTGGAAAACATG-AAGCAAAATCTATTCATTGGCAAG-AAAGTCCATTTATAGTCAC
127 TGTTTGCCTAGG-AAACATGAAAAAAAAAGCCATTCATTAGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCAC
* * * * * * *
57479 TCAAGCCTTTGAAAGCCTTCTTACTCGCTTGAAATGGGTTTATAATCTCATAATTGATTTCAAGT
191 CCATGCCTTT-CAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGT
** * * * * * *
57544 TTTATTTTTCTATAGTATTGGTTAAAAT-ATATTATAATTGAATGTCTATCTTC-AGAAACATGT
255 TGAATTTTT-TAAATTTTTGATT-AAATCAGATTAT-ATTGAATGTCTAT-TTCGAGAAACAT-A
* * * * * *
57607 AGAAAAAGTCATTCATTGGCAAGAAAAG-TCTTTTATAGTCACCCAAGTCTTCAAAAGCCTTATT
315 AAAAAAAG-CATTCATTGGCGAGAAAAGCTCATTTATAGTCACCCATGCCTTCGAAAGCCTTATT
* * * *
57671 ACTCGCTTTAAAT-AGTTTTATAATCTCATAATTAATTTTAAGTTTAATTTTTT-TACATTTTAG
379 ACTCTCTTTAAATGA-TTTTATAATCTCATAATTAATTTTAAGTTGAATTTTTTATA-TTTTTGG
* * * * * * ** * *
57734 CT-AAATCTTATTATAATTGAATGTTTGGT-TTAGGAAACAT-AGTGTGAAAGAAATCCATTGGC
442 TTCAAAT-ATATTATAATTGAATGTTT--TCTCAGAAAACGTGA-AGCAAAAG-CACCCATTGG-
57796 A-A
501 AGA
* * * ** *
57798 GAAAAGTCCATTTGTATTCACTCAAGCCTTCGAAAGCCTTATTACTTGCTTTAAATAGTTTTATA
1 GAAAAGTCTATTTATAGTCACTCAAGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATA
* * * * * * * * * *
57863 GTCACATAATTGATTTTAAATTGAATTCTTTTATATTATTAGTTAAAACAGATTATAATTAAATG
66 ATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATT-TTTTACATTTTTGGTT-AAACAGATAATATTTGAATG
* * * * * * * * * *
57928 TCTACATTAAGAAACGTG-AAGAAAAAGCCATCCATTAGCAAGAAAAGTCCAGTTATAGTAAACC
129 TTTGC-CTAGGAAACATGAAAAAAAAAGCCATTCATTAGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCC
* * * * *
57992 ATGCC-TTCAAAAGCCCTATTATTTGCTTTAATTGGTTTTACAATCTCATAATTGATTTTAAGTT
193 ATGCCTTTC--AAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTT
* * * * * ** *** * *
58056 AAATATTTCTT-CATTTTAGATTAAAAT-ATATTATAATTGAATGTTTACCTCTTTAAACGTGAA
256 GAAT-TTT-TTAAATTTTTGATT-AAATCAGATTAT-ATTGAATGTCTATTTCGAGAAACATAAA
*** * * ** * *
58119 GCCAAGC-TATCGATTGGC-ACGAAAAG-TCCATTTATAGTCACTCAAGCCTTTAAAAACTTTAT
317 AAAAAGCAT-TC-ATTGGCGA-GAAAAGCT-CATTTATAGTCACCCATGCCTTCGAAAGCCTTAT
* *********** *
58181 TACTCACTTTAAATGGNNNNNNNNNNTCATAATTAATTTTAAGTTGAATTTTTGTATATTTTTGA
378 TACTCTCTTTAAATGATTTTATAATCTCATAATTAATTTTAAGTTGAATTTTT-TATATTTTTGG
* * ** * * ** ** **
58246 TTAAAATAGATTATAATTGAATGTCTGCCTTAGGAAAC-AAAAATAGAAAGCCATTCATTGGCA-
442 TTCAAATATATTATAATTGAATGT-TTTCTCAGAAAACGTGAAGCA-AAAG-CACCCATTGG-AG
58309 A
503 A
* * * * ** *
58310 GAAAAGGAC-ATTTATAGTCACCCATGCCTTCAAAAG-CTATATTACTCGTTTTAAATAGTTTTA
1 GAAAA-GTCTATTTATAGTCACTCAAGCCTTCGAAAGCCT-TATTACTCACTTTAAATGGTTTTA
* * * * * * * *
58373 TAATCTCATAATTAATTTTATGTTGATTTATTTTACATTTTTGGCTGAAACATATTATAATTGAA
64 TAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATT-TTTTACATTTTTGG-TTAAACAGATAATATTTGAA
* * * * * * * * *
58438 TATCTACCT-TGAGAA-ATGTAAAGAAAAAGCTATTCATTGGTAAGAAAATTCCATTTATAGTCA
127 TGTTTGCCTAGGA-AACATG-AAAAAAAAAGCCATTCATTAGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCA
* * ********** * *
58501 CCCATACC-TTCAAAAAG-TTTANNNNNNNNNNTAAATAGTTTTATAATCTCATAATT-AATTTA
190 CCCATGCCTTTC---AAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTA
* * * *
58563 GAGTTAAATTTTTTTACATTTTTGATTAAAAT-ATATTATAATTGAATGTCCATCTT-GAGAAAC
252 -AGTTGAA-TTTTTTAAATTTTTGATT-AAATCAGATTAT-ATTGAATGTCTAT-TTCGAGAAAC
* ** * * * * * * * *
58626 ACAAAGCGAAAGCCATCCATTGGGGAGGAAAGTTCATTTATAGTCACTCATGACTTCGGAAGCTT
312 ATAAA-AAAAAG-CATTCATTGGCGAGAAAAGCTCATTTATAGTCACCCATGCCTTCGAAAGCCT
* * ** * * *
58691 TATTACTCACTTTAAATGCTTTTATAGCCTCATAATT-TTTCTTAAGTTAAATATTTTTACATTT
375 TATTACTCTCTTTAAATGATTTTATAATCTCATAATTAATT-TTAAGTTGAAT-TTTTTATATTT
** * * * * * * * * * *
58755 TTTATTAAAATATATTATAATTAAATATCTGC-CATAGGAAACATAAAGCAAAAGCCATCTATT-
438 TTGGTTCAAATATATTATAATTGAATGTTTTCTC--AGAAAACGTGAAGCAAAAG-CACCCATTG
58818 GATGA
500 GA-GA
* * * *
58823 GAAAAAT-TAATTTATAGTCACCCAAGCCTTCGAAAGCCTTATCACTCTCTTTAAATGGTTTTAT
1 GAAAAGTCT-ATTTATAGTCACTCAAGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTAT
58887 AATCTCA
65 AATCTCA
58894 NNNNNNNNNN
Statistics
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ATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTACATTTTTGGTTAAACAGATAATATTTGAATGTT
TGCCTAGGAAACATGAAAAAAAAAGCCATTCATTAGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATG
CCTTTCAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATT
TTTTAAATTTTTGATTAAATCAGATTATATTGAATGTCTATTTCGAGAAACATAAAAAAAAGCAT
TCATTGGCGAGAAAAGCTCATTTATAGTCACCCATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCTCTTTAAA
TGATTTTATAATCTCATAATTAATTTTAAGTTGAATTTTTTATATTTTTGGTTCAAATATATTAT
AATTGAATGTTTTCTCAGAAAACGTGAAGCAAAAGCACCCATTGGAGA
Found at i:56079 original size:169 final size:168
Alignment explanation
Indices: 55623--56227 Score: 449
Period size: 169 Copynumber: 3.6 Consensus size: 168
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* * * * * *
55623 AAAGCCTTATAACTCGCTTTAAATGGC-TTTATAATCTCATAATTGATTTGAAGTTTAATTCTTT
1 AAAGCCTTATTACTCGCTTTAAAT-GCTTTTATAACCCCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTT
* *** * * * * * * *
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* * * * * * * *
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* * * * * *
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* * * ** * * *
55854 TTACATTTTTGATTTGCAATATATTATAATTG-ATGTCTTACTTAGGAAACGTGAAGCAAAAGTC
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* * * * * *
55918 ATCTATTAGAGAGGAAAGTTC-ATTTATAGTCATTTATAG-ATTCG
125 ATCCATTAGAGAGAAAAG-TCAATTCATAATCACTCA-AGCATTCG
* *
55962 AAAGCTTTATTACTCGCTTTAAATGCTTTTATAGCCCCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTT
1 AAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGCTTTTATAACCCCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTT
* * *
56027 A-AGTATTTTTAATAAAATATATTGTAATTGAATGGCTCCAGGAAATGTGAAGCAAATGCCATCC
66 ATA-T-TTTTTAATAAAATATATTATAATTGAATGGCTCCAGGAAACGTGAAGCAAAAGCCATCC
* * * * *
56091 ATTGGTGAGAAAAGTCAATTCCTAATCGCTCAAGCCTTCG
129 ATTAGAGAGAAAAGTCAATTCATAATCACTCAAGCATTCG
* * ** *
56131 AAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTGATAATTGATTTTGAGTTAAATTTTTTT
1 AAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGCTTTTATAACCCCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTT
*
56196 ATATTTTTTATTAAAATATATTATAATTGAAT
66 ATATTTTTTAATAAAATATATTATAATTGAAT
56228 ATCTACCTCG
Statistics
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Matches are distributed among these distances:
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ACGTcount: A:0.34, C:0.12, G:0.13, T:0.40
Consensus pattern (168 bp):
AAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGCTTTTATAACCCCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTT
ATATTTTTTAATAAAATATATTATAATTGAATGGCTCCAGGAAACGTGAAGCAAAAGCCATCCAT
TAGAGAGAAAAGTCAATTCATAATCACTCAAGCATTCG
Found at i:57752 original size:510 final size:509
Alignment explanation
Indices: 56267--58194 Score: 1228
Period size: 510 Copynumber: 3.8 Consensus size: 509
56257 NNNNNATTAA
* * * * * *
56267 CAAGAAAGGTCCATTTAT-GATCACTCAAGCCTTTGAAAGCCTTAGTACTCACTTTAAATAGTTT
1 CAAGAAAAGTCCATTTATAG-TCACTCAAGCATTCGAAAGCCTTATTACTTACTTTAAATAATTT
* * * * * * * *
56331 TATAATCTCATAATTGATTGT-AAGTTGAATT-TTTTAAAATTTTTGGTTAAAAGAGATTATAAT
65 TATAATCACATAATCGATT-TCAAATTGAATTCTTTT-ACATTATTAGTGAAAACAGATTATAAT
* ** * ** * * * *
56394 TGAATGTTTGACTTGGGAAATGTG-AGAAAAATC-ATTCATTGGTAAGAAAAATCCACTTATAGT
128 TAAATGTTTGTTTTGGAAAACATGAAGCAAAATCTATTCATTGGCAAG-AAAGTCCATTTATAGT
* * * * * * * *
56457 CACCCAAGCCTTCGAAAGCCTTATTACTC-ATATTAAATGGCTGTATAATTTCATAATTGATTTT
192 CACTCAAGCCTTTGAAAGCCTTATTACTCGCT-TGAAATGGGTTTATAATCTCATAATTGATTTC
* * * * * * *** **
56521 AAGTTGAATTTTT-TATA-TATTTGATTAAAACAGATAATATTTGAATGTCTGCCTTGGGAAANN
256 AAGTTG-ATTTTTCTATAGTATTAG-TTAAAATATATTATAATTGAATGTCTACCTAAAGAAACA
******** * * *
56584 NNNNNNNNAAGCCAT-TCATTGGCAAGAAAAGTCAATTTATAGTCA-CTAA-TACCTT-AAAAGC
319 TGAAGAAAAAGCCATCT-ATTAGCAAG-AAAGTCCATTTATAGTCACCCAAGT--CTTCAAAAGC
* * * * * * * *
56645 CTTATTTCTCACTGTAAAT-GATTTTATAATCTCGTAATTGATTGTAAGTTAAAATT-TTTTACA
380 CTTATTACTCAATTTAAATAG-TTTTATAATCTCATAATTAATTTTAAGTT-GAATTATTTTAAA
* * * ** ** * ** * ***
56708 TTTTTGGTTAAAACATACAATAATTGAATGTTTGCTTTAGGAAATGTAGAGTAAAAGCCATCCAT
443 TTTTTAGCT-AAACAGATTATAATTGAATGTTAACTCTAGGAAACATAGTGTAAAAAAAATCCAT
56773 T-G
507 TGG
* * * * * * *
56775 -ATAGAAAAAGTTCGTTTGTAGTCACTCAAGTATTCAAAAGCCTTACTACTTACTTTAAATAGTT
1 CA-AG-AAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGCATTCGAAAGCCTTATTACTTACTTTAAATAATT
* ********* * * * * * *
56839 TTATAATCTCANNNNNNNNNNT-AAGTTGAATTATTTTATATT-TTTGATTAAAGCAGATTATAA
64 TTATAATCACA-TAATCGATTTCAAATTGAATTCTTTTACATTATTAG-TGAAAACAGATTATAA
* * ** ** * * * * * * *
56902 TTGAATGTCTG-CATCAAGAAAC-TCAAAG-AAAAGAC-ATCCATTGACAAAAAAAGTCTATCTA
127 TTAAATGTTTGTTTTGGA-AAACAT-GAAGCAAAA-TCTATTCATTGGC-AAGAAAGTCCATTTA
** * * * *
56963 TAGTCAAC-CATA-CCTTCAAAAGCCTTATTGCTCGCTTTAATTGGTTTTATAATCTCATAATTG
188 TAGTC-ACTCA-AGCCTTTGAAAGCCTTATTACTCGCTTGAAATGGGTTTATAATCTCATAATTG
** * * *
57026 ATTTTGAGTTGATTTTTTTATATTTTTAGTTAAAATATATTATAATTGAATGTCTACCTAAAGAA
251 ATTTCAAGTTGATTTTTCTATAGTATTAGTTAAAATATATTATAATTGAATGTCTACCTAAAGAA
* * * * *
57091 ACATGAAGCAAAAGCCATCTATTAGTAAGAAGGTCCATTTATAGTCACTCAAGTCTTCGAAAGCC
316 ACATGAAGAAAAAGCCATCTATTAGCAAGAAAGTCCATTTATAGTCACCCAAGTCTTCAAAAGCC
* *
57156 TTATTACTCAATTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTATTTTAAATTT
381 TTATTACTCAATTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTAATTTTAAGTTGAATTATTTTAAATTT
* * * * *
57221 TTAGTTCAAGAGATTATAATTGAGTGTCTAACTCTA-GAAACATGAG-G-AAAAAATAATTCATT
446 TTAGCTAAACAGATTATAATTGAATGT-TAACTCTAGGAAACAT-AGTGTAAAAAA-AATCCATT
57283 GG
508 GG
* ** * *
57285 CAAGAAAGGTCCATTTATAGTCAC-CATTTCATTTGAAAGCCTTATTACTTACTTTTAATAATTT
1 CAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCA-AGCATTCGAAAGCCTTATTACTTACTTTAAATAATTT
* * * * * * *
57349 TATAATCTCATAATCGATTTCAAATTGAATTGTTTTACATTTTTGGTGAAAATATATTATAATTG
65 TATAATCACATAATCGATTTCAAATTGAATTCTTTTACATTATTAGTGAAAACAGATTATAATTA
57414 AATGTTTGTTTTGGAAAACATGAAGCAAAATCTATTCATTGGCAAGAAAGTCCATTTATAGTCAC
130 AATGTTTGTTTTGGAAAACATGAAGCAAAATCTATTCATTGGCAAGAAAGTCCATTTATAGTCAC
*
57479 TCAAGCCTTTGAAAGCCTTCTTACTCGCTTGAAATGGGTTTATAATCTCATAATTGATTTCAAGT
195 TCAAGCCTTTGAAAGCCTTATTACTCGCTTGAAATGGGTTTATAATCTCATAATTGATTTCAAG-
* * * ** *
57544 TTTATTTTTCTATAGTATTGGTTAAAATATATTATAATTGAATGTCTATCTTCAGAAACATGTAG
259 TTGATTTTTCTATAGTATTAGTTAAAATATATTATAATTGAATGTCTACCTAAAGAAACATGAAG
* * *
57609 AAAAAGTCAT-TCATTGGCAAGAAAAGT-CTTTTATAGTCACCCAAGTCTTCAAAAGCCTTATTA
324 AAAAAGCCATCT-ATTAGCAAG-AAAGTCCATTTATAGTCACCCAAGTCTTCAAAAGCCTTATTA
** * * *
57672 CTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTAATTTTAAGTTTAATTTTTTTACA-TTTTAGCT
387 CTCAATTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTAATTTTAAGTTGAATTATTTTAAATTTTTAGCT
** *** * * *
57736 AAATCTTATTATAATTGAATGTTTGGTTTAGGAAACATAGTGTGAAAGAAATCCATTGG
452 AAA-CAGATTATAATTGAATGTTAACTCTAGGAAACATAGTGTAAAAAAAATCCATTGG
* * * * *
57795 CAAGAAAAGTCCATTTGTATTCACTCAAGCCTTCGAAAGCCTTATTACTTGCTTTAAATAGTTTT
1 CAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGCATTCGAAAGCCTTATTACTTACTTTAAATAATTTT
* * * * *
57860 ATAGTCACATAATTGATTTTAAATTGAATTCTTTTATATTATTAGTTAAAACAGATTATAATTAA
66 ATAATCACATAATCGATTTCAAATTGAATTCTTTTACATTATTAGTGAAAACAGATTATAATTAA
* *** * * * * * * * * *
57925 ATGTCTACATT-AAGAAACGTGAAGAAAAAGCCATCCATTAGCAAGAAAAGTCCAGTTATAGTAA
131 ATGTTTGTTTTGGA-AAACATGAAGCAAAATCTATTCATTGGCAAG-AAAGTCCATTTATAGT-C
* ** * * * * * * * *
57989 AC-CATGCCTTCAAAAGCCCTATTATTTGCTTTAATTGGTTTTACAATCTCATAATTGATTTTAA
193 ACTCAAGCCTTTGAAAGCCTTATTACTCGCTTGAAATGGGTTTATAATCTCATAATTGATTTCAA
* * * * **** *
58053 GTTAAATATTTCT-TCA-TTTTAGATTAAAATATATTATAATTGAATGTTTACCTCTTTAAACGT
258 GTT-GATTTTTCTAT-AGTATTAG-TTAAAATATATTATAATTGAATGTCTACCTAAAGAAACAT
** * * * * * * * * *
58116 GAAG-CCAAGCTATCGATTGGCACGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGCCTTTAAAAACTTTA
320 GAAGAAAAAGCCATCTATTAGCAAG-AAAGTCCATTTATAGTCACCCAAGTCTTCAAAAGCCTTA
*
58180 TTACTCACTTTAAAT
384 TTACTCAATTTAAAT
58195 GGNNNNNNNN
Statistics
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0.76 0.17 0.07
Matches are distributed among these distances:
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512 2 0.00
ACGTcount: A:0.35, C:0.13, G:0.13, T:0.38
Consensus pattern (509 bp):
CAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGCATTCGAAAGCCTTATTACTTACTTTAAATAATTTT
ATAATCACATAATCGATTTCAAATTGAATTCTTTTACATTATTAGTGAAAACAGATTATAATTAA
ATGTTTGTTTTGGAAAACATGAAGCAAAATCTATTCATTGGCAAGAAAGTCCATTTATAGTCACT
CAAGCCTTTGAAAGCCTTATTACTCGCTTGAAATGGGTTTATAATCTCATAATTGATTTCAAGTT
GATTTTTCTATAGTATTAGTTAAAATATATTATAATTGAATGTCTACCTAAAGAAACATGAAGAA
AAAGCCATCTATTAGCAAGAAAGTCCATTTATAGTCACCCAAGTCTTCAAAAGCCTTATTACTCA
ATTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTAATTTTAAGTTGAATTATTTTAAATTTTTAGCTAAAC
AGATTATAATTGAATGTTAACTCTAGGAAACATAGTGTAAAAAAAATCCATTGG
Found at i:58430 original size:341 final size:336
Alignment explanation
Indices: 55103--58893 Score: 2053
Period size: 340 Copynumber: 11.1 Consensus size: 336
55093 TTTATCCATT
* *** * ** * *
55103 CCTTCGAAAGCTTTATTACTTGGTTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAATCAATTTTAAATTTAAT
1 CCTTCGAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAAT
* * * * * ***
55168 TCTTTTACATTTTT-AGTTAAAATATATTATAATTGAATGTCTACCTTACTAAACGCAAAG-AAA
66 TATTTTATATTTTTGA-TTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTTA-GAAACATGAAGAAAA
* * * * ** * * * * *
55231 AGATCATCCATTGGTAAAAAAAATTCTATTTATAATCAGCCATACCTTCAAAAGCCTTATTACTT
129 AG-CCATTCATTGG-CAAGAAAAGGCCATTTATAGTCAACCATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTC
* * * ** * * * * ***
55296 ACATTAAATGGTTTTATAATCTCGCAATTGATTTTGACTTGAATTATTTTATATTTTTAATTAAA
192 GCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTG-ATTTTTTTACATTTTTGGCTAAA
* ** * * *
55361 ATATATTATAATTAAATGTCTAT-CTCTTGAAATGTGATA-C-CAAGCTATCCATTAGCATGAAA
256 ATATATTATAATTGAATGT-T-TCCT-TTGAAACATGA-AGCAAAAGCTAT-CATTGGCAAG-AA
* * * *
55423 AGTTCATATATATTCAATCAAG
315 AGTCCATTTATAGTCACTCAAG
** * * * *
55445 CCTTTAAAAGCCTTATTACTCAAC-CTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTAATTTTAAATTAAA
1 CCTTCGAAAGCCTTATTACTC-ACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAA
********* * * ***
55509 NNNNNNNNNNATTTTTGATTAAAATAGATTATAATTGAATGTTTGTATT-GAAAATCATGAAGAA
65 -TTATTTTATATTTTTGATTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTTAG-AAA-CATGAAGAA
* * * ** * * *
55573 AAAACTATTCATTGGCAAGAGAAGTACATTTATAGTCACCCATACCTTCAAAAGCCTTATAACTC
127 AAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAGGCCATTTATAGTCAACCATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTC
* * * * * *
55638 GCTTTAAATGGCTTTATAATCTCATAATTGATTTGAAGTTTAATTCTTTTACATTTTTGGTTAAA
192 GCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAG-TTGATTTTTTTACATTTTTGGCTAAA
* * * * * *
55703 ACATATTATGATTGAATGTCTACATTGAGAAACATGAA-AAAAAGCTATTCATTGGCAAGAAAAG
256 ATATATTATAATTGAATGT-TTCCTT-TGAAACATGAAGCAAAAGCTA-TCATTGGCAAG-AAAG
* *
55767 TCCATTTATAGTCACCCATG
317 TCCATTTATAGTCACTCAAG
* * * *
55787 CCTTCGAAAAG-CTTATTACTCGC-TTAAATGGTTTTACAA--TCGTAATTAATTTTAATGTT-A
1 CCTTCG-AAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAA-GTTGA
* * ** * * *
55847 ATTTTTTTTACATTTTTGATTTGCAATATATTATAATTG-ATGTCTTA-CTTAGGAAACGTGAAG
64 A-TTATTTTATATTTTTGA-TTAAAACAGATTATAATTGAATGTC-TACCTTA-GAAACATGAAG
* * * * ** *** * * *
55910 CAAAAGTCA-TCTATTAG-AGAGGAAAGTTCATTTATAGTCATTTATAG-ATTCGAAAGCTTTAT
125 AAAAAGCCATTC-ATTGGCA-AGAAAAGGCCATTTATAGTCAACCAT-GCCTTCAAAAGCCTTAT
** * *
55972 TACTCGCTTTAAAT-GCTTTTATAGCCCCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTA-AGTATTT
187 TACTCGCTTTAAATAG-TTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTT-GATTTTTTTACA-T-TTT
*** * ** ** ** * * **
56035 TTAATAAAATATATTGTAATTGAATGGCTCC-AGGAAATGTGAAGCAAATGCCATCCATTGGTGA
248 TGGCTAAAATATATTATAATTGAATGTTTCCTTTGAAACATGAAGCAAAAGCTAT-CATTGGCAA
* ** * *
56099 GAAAAGTCAATTCCTAATCGCTCAAG
312 G-AAAGTCCATTTATAGTCACTCAAG
* * * *
56125 CCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTGATAATTGATTTTGAGTTAAAT
1 CCTTCGAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAAT
* * * * * * **************
56190 TTTTTTATATTTTTTATTAAAATATATTATAATTGAATATCTACCTCGAGANNNNNNNNNNNNNN
66 TATTTTATATTTTTGATTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCT-TAGAAACATGAAGAAAAA
******* ** * ** *
56255 NNNNNNNATTAACAAG-AAAGGTCCATTTAT-GATC-ACTCAAGCCTTTGAAAGCCTTAGTACTC
130 GCCATTCATTGGCAAGAAAAGG-CCATTTATAG-TCAAC-CATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTC
* * * * *
56317 ACTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTGTAAGTTGAATTTTTTAAAATTTTTGGTTAAA
192 GCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTG-ATTTTTTTACATTTTTGGCTAAA
* * * * * * * * * *
56382 AGAGATTATAATTGAATGTTTGACTTGGGAA-ATGTGAGAAAAATC-ATTCATTGGTAAGAAAAA
256 ATATATTATAATTGAATGTTT-CCTTTGAAACATG-AAGCAAAAGCTA-TCATTGGCAAG-AAAG
* *
56445 TCCACTTATAGTCACCCAAG
317 TCCATTTATAGTCACTCAAG
* * *
56465 CCTTCGAAAGCCTTATTACTCA-TATTAAATGGCTGTATAATTTCATAATTGATTTTAAGTTGAA
1 CCTTCGAAAGCCTTATTACTCACT-TTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAA
* * * * * **********
56529 TT-TTTTATATATTTGATTAAAACAGATAATATTTGAATGTCTGCCTTGGGAAANNNNNNNNNNA
65 TTATTTTATATTTTTGATTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTT-AGAAACATGAAGAAAA
* * * * * *
56593 AGCCATTCATTGGCAAGAAAAGTCAATTTATAGTC-ACTAATACCTT-AAAAGCCTTATTTCTCA
129 AGCCATTCATTGGCAAGAAAAGGCCATTTATAGTCAAC-CATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCG
* * * * * *
56656 CTGTAAAT-GATTTTATAATCTCGTAATTGATTGTAAGTTAAAATTTTTTACATTTTTGGTTAAA
193 CTTTAAATAG-TTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTT-GATTTTTTTACATTTTTGGCTAAA
* ** * * * * ** *
56720 ACATACAATAATTGAATGTTTGCTTTAGGAA-ATGTAGAGTAAAAGCCATCCATTGATAGAAAAA
256 ATATATTATAATTGAATGTTTCCTTT-GAAACATG-A-AGCAAAAGCTAT-CATTGGCA-AGAAA
* * *
56784 GTTCGTTTGTAGTCACTCAAG
316 GTCCATTTATAGTCACTCAAG
** * * * * **********
56805 TATTCAAAAGCCTTACTACTTACTTTAAATAGTTTTATAATCTCANNNNNNNNNNTAAGTTGAAT
1 CCTTCGAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAAT
* * * * *
56870 TATTTTATATTTTTGATTAAAGCAGATTATAATTGAATGTCTGCATCAAGAAAC-TCAA-AGAAA
66 TATTTTATATTTTTGATTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCT-TAGAAACATGAAGA-AAA
* * * * * * * * *
56933 AGACATCCATTGACAAAAAAAGTCTATCTATAGTCAACCATACCTTCAAAAGCCTTATTGCTCGC
129 AGCCATTCATTGGCAAGAAAAGGCCATTTATAGTCAACCATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGC
* * * * * *
56998 TTTAATTGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTGAGTTGATTTTTTTATATTTTTAGTTAAAATA
194 TTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGATTTTTTTACATTTTTGGCTAAAATA
* ** * * * *
57063 TATTATAATTGAATGTCTACCTAAAGAAACATGAAGCAAAAGCCATCTATTAGTAAGAAGGTCCA
259 TATTATAATTGAATGT-TTCCT-TTGAAACATGAAGCAAAAGCTATC-ATTGGCAAGAAAGTCCA
57128 TTTATAGTCACTCAAG
321 TTTATAGTCACTCAAG
* *
57144 TCTTCGAAAGCCTTATTACTCAATTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAAT
1 CCTTCGAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAAT
* * * * * *
57209 TATTTTAAATTTTT-AGTT-CAAGAGATTATAATTGAGTGTCTAACTCTAGAAACATGAGGAAAA
66 TATTTTATATTTTTGA-TTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCT-TAGAAACATGAAGAAAA
*** * * ** *
57272 AATAATTCATTGGCAAG-AAAGGTCCATTTATAGTC-ACCATTTCATTTGAAAGCCTTATTACTT
129 AGCCATTCATTGGCAAGAAAAGG-CCATTTATAGTCAACCA-TGCCTTCAAAAGCCTTATTACTC
* * * * * * *
57335 ACTTTTAATAATTTTATAATCTCATAATCGATTTCAAATTGAATTGTTTTACATTTTTGG-TGAA
192 GCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTG-ATTTTTTTACATTTTTGGCT-AA
** *
57399 AATATATTATAATTGAATGTTTGTTTTGGAAAACATGAAGCAAAATCTATTCATTGGCAAGAAAG
255 AATATATTATAATTGAATGTTTCCTTT-G-AAACATGAAGCAAAAGCTA-TCATTGGCAAGAAAG
57464 TCCATTTATAGTCACTCAAG
317 TCCATTTATAGTCACTCAAG
* * * * * * **
57484 CCTTTGAAAGCCTTCTTACTCGCTTGAAATGGGTTTATAATCTCATAATTGATTTCAAGTTTTAT
1 CCTTCGAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAAT
* * * * * * *
57549 T-TTTCTATAGTATTGGTTAAAATATATTATAATTGAATGTCTATCTTCAGAAACATGTAGAAAA
66 TATTT-TATATTTTTGATTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTT-AGAAACATGAAGAAAA
* * * * * *
57613 AGTCATTCATTGGCAAGAAAA-GTCTTTTATAGTCACCCAAGTCTTCAAAAGCCTTATTACTCGC
129 AGCCATTCATTGGCAAGAAAAGGCCATTTATAGTCAACCATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGC
* * *
57677 TTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTAATTTTAAGTTTAATTTTTTTACA-TTTTAGCT-AAAT
194 TTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAG-TTGATTTTTTTACATTTTTGGCTAAAAT
* ** * ** **
57740 CTTATTATAATTGAATGTTTGGTTTAGGAAACAT-AGTGTGAAAGAAATCCATTGGCAAGAAAAG
258 -ATATTATAATTGAATGTTTCCTTT--GAAACATGA-AGCAAAAGCTAT-CATTGGCAAG-AAAG
* *
57804 TCCATTTGTATTCACTCAAG
317 TCCATTTATAGTCACTCAAG
** * * * *
57824 CCTTCGAAAGCCTTATTACTTGCTTTAAATAGTTTTATAGTCACATAATTGATTTTAAATTGAAT
1 CCTTCGAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAAT
* * * * *
57889 TCTTTTATATTATT-AGTTAAAACAGATTATAATTAAATGTCTACATTAAGAAACGTGAAGAAAA
66 TATTTTATATTTTTGA-TTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTT-AGAAACATGAAGAAAA
* * * * * * * *
57953 AGCCATCCATTAGCAAGAAAAGTCCAGTTATAGTAAACCATGCCTTCAAAAGCCCTATTATTTGC
129 AGCCATTCATTGGCAAGAAAAGGCCATTTATAGTCAACCATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGC
* * * * * * **
58018 TTTAATTGGTTTTACAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATATTTCTT-CATTTTAGATTAAAA
194 TTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTT-GAT-TTTTTTACATTTTTGGCTAAAA
* * * *
58082 TATATTATAATTGAATGTTTACCTCTTTAAACGTGAAGC-CAAGCTATCGATTGGCACGAAAAGT
257 TATATTATAATTGAATGTTT-CCT-TTGAAACATGAAGCAAAAGCTATC-ATTGGCAAG-AAAGT
58146 CCATTTATAGTCACTCAAG
318 CCATTTATAGTCACTCAAG
** * * ********** *
58165 CCTTTAAAAACTTTATTACTCACTTTAAATGGNNNNNNNNNNTCATAATTAATTTTAAGTTGAAT
1 CCTTCGAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAAT
* * ** * *
58230 T-TTTGTATATTTTTGATTAAAATAGATTATAATTGAATGTCTGCCTTAGGAAACAAAAATAGAA
66 TATTT-TATATTTTTGATTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTTA-GAAACATGAAGAAAA
* *
58294 AGCCATTCATTGGCAAGAAAAGGACATTTATAGTCACCCATGCCTTCAAAAG-CTATATTACTCG
129 AGCCATTCATTGGCAAGAAAAGGCCATTTATAGTCAACCATGCCTTCAAAAGCCT-TATTACTCG
* * * *
58358 TTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTAATTTTATGTTGATTTATTTTACATTTTTGGCTGAAA
193 CTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGATTT-TTTTACATTTTTGGCTAAAA
* * * * *
58423 CATATTATAATTGAATATCTACC-TTGAGAA-ATGTAAAGAAAAAGCTATTCATTGGTAAGAAAA
257 TATATTATAATTGAATGT-TTCCTTTGA-AACATG--AAGCAAAAGCTA-TCATTGGCAAG-AAA
* *
58486 TTCCATTTATAGTCACCCATA-
316 GTCCATTTATAGTCACTCA-AG
* * ********** * * *
58507 CCTTCAAAAAG-TTTANNNNNNNNNNTAAATAGTTTTATAATCTCATAATT-AATTTAGAGTTAA
1 CCTTC-GAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTA-AGTTGA
* * * * * * ** **
58570 ATTTTTTTACATTTTTGATTAAAATATATTATAATTGAATGTCCATCTTGAGAAACACAAAGCGA
64 ATTATTTTATATTTTTGATTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTT-AGAAACATGAAGAAA
* ** * ** * ** *
58635 AAGCCATCCATTGGGGAGGAAAGTTCATTTATAGTC-ACTCATGACTTCGGAAGCTTTATTACTC
128 AAGCCATTCATTGGCAAGAAAAGGCCATTTATAGTCAAC-CATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTC
* ** * * * ***
58699 ACTTTAAAT-GCTTTTATAGCCTCATAATT-TTTCTTAAGTTAAATATTTTTACATTTTTTATTA
192 GCTTTAAATAG-TTTTATAATCTCATAATTGATT-TTAAGTT-GATTTTTTTACATTTTTGGCTA
* * * ** * * ***
58762 AAATATATTATAATTAAATATCTGCCATAGGAAACATAAAGCAAAAGCCATCTATTGATGAGAAA
254 AAATATATTATAATTGAATGT-TTCC-TTTGAAACATGAAGCAAAAGCTATC-ATTGGCAAG-AA
* ** *
58827 AATTAATTTATAGTCACCCAAG
315 AGTCCATTTATAGTCACTCAAG
* *
58849 CCTTCGAAAGCCTTATCACTCTCTTTAAATGGTTTTATAATCTCA
1 CCTTCGAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCA
58894 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 2650, Mismatches: 668, Indels: 262
0.74 0.19 0.07
Matches are distributed among these distances:
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ACGTcount: A:0.35, C:0.13, G:0.12, T:0.38
Consensus pattern (336 bp):
CCTTCGAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAAT
TATTTTATATTTTTGATTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTTAGAAACATGAAGAAAAAG
CCATTCATTGGCAAGAAAAGGCCATTTATAGTCAACCATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTT
TAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGATTTTTTTACATTTTTGGCTAAAATATA
TTATAATTGAATGTTTCCTTTGAAACATGAAGCAAAAGCTATCATTGGCAAGAAAGTCCATTTAT
AGTCACTCAAG
Found at i:58432 original size:171 final size:169
Alignment explanation
Indices: 54998--58893 Score: 2227
Period size: 171 Copynumber: 22.9 Consensus size: 169
54988 NNNNNNNNNT
* * * * * * * *
54998 TTTTTTATATTTTTGATTAAAACAAATTATATTTGAATGTTTATCTTGGGAAACATGAAA-AAAA
1 TTTTTTACATTTTTGGTTAAAATATATTATAATTGAATGTCTACCTTAGGAAACAT-AAAGAAAA
* * * * * * * * ** * * * *
55062 ACCATTTATTAGTAAGAAAAGTCCATCTATATTTATCCATTCCTTCGAAAGCTTTATTACTTGGT
65 GCCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCT
* ** * *
55127 TTAAATGGTTTTATAATCTCAAAATCAATTTTAAATTTAA
130 TTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAA
* ** **
55167 TTCTTTTACATTTTTAGTTAAAATATATTATAATTGAATGTCTACCTTACTAAACGCAAAGAAAA
1 TT-TTTTACATTTTTGGTTAAAATATATTATAATTGAATGTCTACCTTAGGAAACATAAAGAAAA
* * * * * * * * *
55232 GATCATCCATTGGTAAAAAAAATTCTATTTATAATCAGCCATA-CCTTCAAAAGCCTTATTACTT
65 G-CCATTCATTGG-CAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCA-AGCCTTCAAAAGCCTTATTACTC
* * ** * *
55296 ACATTAAATGGTTTTATAATCTCGCAATTGATTTTGACTTGAA
127 GCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAA
* ** * ** * *
55339 TTATTTTATATTTTTAATTAAAATATATTATAATTAAATGTCTATCTCTT--GAAATGTGATA-C
1 TT-TTTTACATTTTTGGTTAAAATATATTATAATTGAATGTCTA-C-CTTAGGAAACAT-AAAGA
* * * * * * * * ** *
55401 CAAGCTATCCATTAGCATGAAAAGTTCATATATATTCAATCAAGCCTTTAAAAGCCTTATTACTC
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* * * * *
55466 AAC-CTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTAATTTTAAATTAAA
127 -GCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAA
******** * * * *** * *
55509 NNNNNNNNNNATTTTTGATTAAAATAGATTATAATTGAATGTTTGTATT-GAAAATCATGAAGAA
1 --TTTTTTACATTTTTGGTTAAAATATATTATAATTGAATGTCTACCTTAGGAAA-CATAAAG-A
* * * * *
55573 AAAACTATTCATTGGCAAGAGAAGTACATTTATAGTCACCCATA-CCTTCAAAAGCCTTATAACT
62 AAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCA-AGCCTTCAAAAGCCTTATTACT
* * *
55637 CGCTTTAAATGGCTTTATAATCTCATAATTGATTTGAAGTTTAA
126 CGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAA
* * *
55681 TTCTTTTACATTTTTGGTTAAAACATATTATGATTGAATGTCTACATT-GAGAAACATGAAA-AA
1 TT-TTTTACATTTTTGGTTAAAATATATTATAATTGAATGTCTACCTTAG-GAAACAT-AAAGAA
* *
55744 AAGCTATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCGAAAAG-CTTATTACTC
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* * *
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* ** * *
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1 --TTTTTTACATTTTTG-GTTAAAATATATTATAATTGAATGTC-TACCTTAGGAAACATAAAG-
* * * * *** * * *
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* ** * *
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123 ACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAA
*** * * ** *
56020 TTTTTTTA-AGTATTTTTAATAAAATATATTGTAATTGAATGGCT-CC--AGGAAATGTGAAGCA
1 -TTTTTTACA-T-TTTTGGTTAAAATATATTATAATTGAATGTCTACCTTAGGAAACATAAAG-A
* * ** * ** * * * *
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* * *
56146 GCTTTAAATGGTTTTATAATCTGATAATTGATTTTGAGTTAAA
127 GCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAA
* ** * * ***********
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1 -TTTTTTACATTTTTGGTTAAAATATATTATAATTGAATGTCTACCTTAG-GA-AACATAAAGAA
********* ** * * ** *
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* * *
56317 ACTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTGTAAGTTGAA
127 GCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAA
* * * * * ** *
56360 TTTTTTAAAATTTTTGGTTAAAAGAGATTATAATTGAATGTTTGA-CTTGGGAAATGT-GAGAAA
1 TTTTTT-ACATTTTTGGTTAAAATATATTATAATTGAATGTCT-ACCTTAGGAAACATAAAGAAA
** * * * * *
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* * *
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129 T-TTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAA
* * * * * * * * * *********
56529 TTTTTTATATATTTGATTAAAACAGATAATATTTGAATGTCTGCCTTGGGAAANNNNNNNNNNAA
1 TTTTTTACATTTTTGGTTAAAATATATTATAATTGAATGTCTACCTTAGGAAA-CATAAAGAAAA
* * * * *
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* * * * *
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* ** * * * ** *
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* * * * * ** * **
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* **********
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* * * * * * * *
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* * *
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* * * * *
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* * * * * * **
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* * * * * * * * *
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*** * ** * ** *
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* * ** * * *
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* *** * *
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* * * ** *
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* * * * * *
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* * * * * *
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** *
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* * * * **
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* * * * *****
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63 AAGCCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCA-AGCCTTC-AAAAGCCTTATTACT
***** * * *
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* * * * *
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** * * * *
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*** * ** * * *
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* * * *
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* *
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* * * *
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** * * * *
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* **
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* * * *
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* * * *
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** * * * * * **
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** * *
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*
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* * * * *
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* * * * *
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* * *
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* ** * * * * ***
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* *
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* * * *
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* * * * * * ***
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* * * *
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* *
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** * * * * * * * *
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*
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* * *
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* *
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* * * ** * *
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* * ** * ** *
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* ** *
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* ** * *
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* * * * * * **
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* ** * *
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* ** * * *
63584 ATAAAATCATTTAAAGCAAGTAATAAGACTTTCGAAGG-TATGG
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* * * * *
63627 GT-AGCTATAAAT-GACTTTTCTT-GCTAATGAATGGCTTCTT-CTATATATTTCTCAAGGAA-A
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** * *
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* * *
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123 GATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTC-AAAGGCTTGA
* * * * * * *
63797 GTGACTCTAAATGGAC-TTTCTTACCAATGGATGCATTTTGCTTCATGTTTCTTAGAACAAACAT
1 GTGACTATAAATGGACTTTTCTTATCAATGAATGGATTTTGCTTC-TGTTTCTTAAAATAGACAT
* * * * *
63861 TCCATTATAATATATTTTCACTAAAAATGTAAAAGAATTCAACTTCAAATCGATTATGAGATTAT
65 TCAATTATAATATATTTTAACCAAAAATGTAAAA-AATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTAT
* * **
63926 AAAACCATTTAAAGTAAGTAATAAGGCTTTTAAAGG-TAAA
129 AAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCTTGA
* * * * * * * * *
63966 GGTGACTATAAATGGACTTTTCTTACCAATGAATAGTTTTTTCTTTATGCTTC-CAAAGTCAAAC
1 -GTGACTATAAATGGACTTTTCTTATCAATGAATGGATTTTGC-TTCTGTTTCTTAAAAT-AGAC
* * * * ** * **
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63 ATTCAATTATAATATATTTTAACCAAAAATGTAAAAA-ATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATT
** * * * *
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* * * * * * *** *
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1 GTGACTATAAATGGACTTTTCTTATCAATGAATGGA-TTTTGCTTCT-GTTTCTTAAAATAGACA
* * * * * * *
64202 TTCAAATATAATCTGTTTTAACCTAAAATATAAAAAAATCAACTTAAAATCAATTGTGAGATTAT
64 TTCAATTATAATATATTTTAACCAAAAATGTAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTAT
* * * * ** **
64267 AAAACTATTTGAAGGGAGTAATAAGCCTTTTGAA-TATATGA
129 AAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCT-TGA
* * * * * * ** * * *
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1 GTGACTATAAATGGACTTTTCT-TATCAATGAATGGATTTTGCTTC-TGTTTCTTAAAATAGACA
* **
64372 TTCAATTATAATATATTTTAAGCAAAAATACAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTA
64 TTCAATTATAATATATTTTAACCAAAAAT-GTAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTA
* * ** * * *
64437 TTAAATCATTTAAAGCAATTAATAAGGCTTTCGAAGGCAT-A
128 TAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCTTGA
* ** ** * * **
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1 -GTGACTATAAATGGACTTTTCTTATCAATGAAT-GGATTTTGCTTC-TGTTTCTTAAAATAGAC
* ** *
64543 ATTCAATTATAATCTATTTTAATAAAAAATGTAAAAAATTCAACTTCAAATCAATTATGAGATTA
63 ATTCAATTATAATATATTTTAACCAAAAATGTAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTA
* * *
64608 TAAAATCATTTAAAGAGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCATGA
128 TAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCTTGA
* ** * * **
64650 GTGACTATAAATTGACTTTTCTTGCCAATGAAT-GACTTTTTCTTCATGTTTCCTAAGGTAGACA
1 GTGACTATAAATGGACTTTTCTTATCAATGAATGGA-TTTTGCTTC-TGTTTCTTAAAATAGACA
* * * *
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* * * * * * *
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* * * * * *
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1 GTGACTATAAATGGACTTTTCTTATCAATGAATGGATTT-TGCTTC-TGTTTCTTAAA-ATAGAC
* * * ** *
64887 ATTTAATTATAATCTATTCTAATGAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAAT-AATTTAAGAGAT
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* * *
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** * * * * * ** * * **
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1 GTGACTATAAATGGACTTTTCTTATCAATGA-ATGGATTTTGCTTC-TGTTTCTTAAAATAGACA
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* ** * * * * *
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126 TATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCTTGA
* ** * * * * * * * * *
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* * **********
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* * * *
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* * * * * ** * * ** *
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* * *************
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65 TCAATTATAATATATTTTAACCAAAAATGTAAAAAA-TTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTAT
***** * *
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* ** * * ** ** *
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1 GTGACTATAAATGGACTTTTCTTATCAATGAAT-GGATTTTGCTTC-TGTTTCTTAA--AATAGA
* ** * * *
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********** *
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* * * * *
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1 -GTGACTATAAATGGACTTTTCTTATC-AATGAATGGA-TTTTGCTTC-TGTTTCTTA-AAATAG
* * * *
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* * *** * * * * * *
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* *
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** * * ** * *
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* * * *
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* * * *
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* ** * * * *** *
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* * * ** * ****
66223 TCAAATAT-A-ATATGTTAAGCAAAAATACAAAAACGTTCAACTTAAAATCAATTATGAGANNNN
65 TCAATTATAATATATTTTAACCAAAAATGTAAAAA-ATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTAT
****** * * *
66286 NNNNNNATTTAAAGTAAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCAT-A
129 AAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCTTGA
* * ** * * * ** *
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1 G-TGACTATAAATGGACTTTTCTTATCAATGAATGGATTTTGCTTC-TGTTTCTTAAAATAGACA
* * * * * * *
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*********** *
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* * * * *
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1 GTGACTATAAATGGACTTTTCTTATCAATGAATGGATTTT-GCTTC-TGTTTCTTA--AAATAGA
* * * * * * *
66558 CATTCAAATATTATCTGTTTTAACAAAAAAACGTAAAAAATCCAACTTAAAATCAATTATGAGAT
62 CATTCAATTATAATATATTTTAAC-CAAAAATGTAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGAT
** *
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Statistics
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61409 GTTACAATAT
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* * * * * ** *
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* * * * * *
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* * * ** *** *
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* * * *
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* ** * ** * *
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* * * * *
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*
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* * * * *
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** * *
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* *
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** * * **
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* * * * *
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* * *
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* ** *** * * * **
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* *
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* ** * **
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* * * * * *
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* * * *
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* *
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** * * * * * * * * * *
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*
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*
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* ** * * * * * * *
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* *
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* * * * * * *
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* * ** * ** * ** *
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* * * * *
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* *
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* * * * *
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* * *
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* * * * * * * *
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* * * * * * * * *
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* * * *
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* * * * * * *
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** * *
63688 CATTCAATTATAATCA-ATTTTAATAAAAAATATAAGAAAATACAACTTAAAATCAATTATGAGA
63 CATTCAATTATAAT-ATATTTTAACCAAAAATGTAA-AAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGA
* * * * *
63752 TTACAAACCCATTTAAAGTGAGTAAGAAGGCTTTCGAAAGCT-TGA
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* * ** *
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* * * * *
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** ** *
63923 TATAAAACCATTTAAAGTAAGTAATAAGGCTTTTAAAGGTA-AA
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* * * * * * * *
63966 GGTGACTATAAATGGACTTTTCTTACCAATGAATAGTTTTTTCTT-TATGCTTC-CAAAGTCAAA
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* * * * ** * **
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** ** * *
64094 TATAAAACTGTTTAAATTGTGTAATAAGGCTTACGAAGGCT-TGA
127 TATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGG-TATGA
* * * * * * * * * *
64138 GTGATTGTAAATAGACTTTTCTCATCAATGAAAGGATTTTTG-TTCTCGTTTCTCAAGGCAAACA
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* * * * * * *
64202 TTCAAATATAATCTGTTTTAACCTAAAATATAAAAAAATCAACTTAAAATCAATTGTGAGATTAT
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* * * * * **
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* * * * *** * * *
64308 GTGACTATAAATGAACTTTTCTCT-CCACTGGATGGCTTTTACTTCAAATTTCCTAAGATAGATA
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* **
64372 TTCAATTATAATATATTTTAAGCAAAAATACAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTA
65 TTCAATTATAATATATTTTAACCAAAAAT-GTAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTA
* * * * *
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* * ** * *
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* * * * * * *
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* * * * * * *
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* * * * *
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1 GTGACTATAAATGGACTTTTCTTACTCAATGAATGATTTTTTCTTCATGTTTCCTAAGG-AAGAC
* * * * * * *
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* ** *
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* * * ** ** *
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* ** * *
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* * * * *
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* * *
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* * * * **
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* * * *
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* * * * * *
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* * *
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* *
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* * * *
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* *
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** * * * *
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** * *** * *
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* ** *
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* *
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* * * * *
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** * * * * *
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* * * *
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*
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* * * *
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* * * *
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** * *
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* * *
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* * * *
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* * * *
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* * *
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* * * *
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* * * * * * *
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570 CAAATATAATCTATTTTAAC-CAAAAATGTAAAAAAAT-TAACTTAAAATCAATTATGAGATTAT
* * ** *
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**
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* *
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* * * * *
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* * * *
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* * * * **
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* * *
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* * * * * * * *
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* * * ** *
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** ** * * *
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* * * ** * *
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** * * *
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* * ** * * * * * * *
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* * *
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* * ** * ** ** *
64265 ATAAAACTATTTGAAGGGAGTAATAAGCCTTTTGAA-TATATGAGTGACTATAAATGAACTTTTC
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* * * * ** * * *
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** ** * * *
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* * * * **
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* * * *
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* * * * * *
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* * * * * * *
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507 TGACTATAAATGGACTTTTCTTACCAATGAATGGC-TTTTCTT-ACGTTTCCTAAAGAAAACATT
* * *
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* * *
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* * * * ** * *
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1 GTGACTATAAATGAACTTTTCTTGTCAATAAATGACTTT-TTCTCATTTTTTC-TAGGTAGACAT
* * * *
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* * * *
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* * * * ** * ** ** * * * *
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* * *
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* * * * * * * * * * *
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* * * * ** * * *
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**********
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* * * * * * * * *
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* * * ********
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565 ACATTCAAATATAATCTATTTTAACCAAAAATGTAAAAAA-ATTAACTTAAAATCA-ATTATGAG
********* * *
65462 NNNNNNNNNC-ATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTCGAAGACTTGA
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* * * * ** ** * ** * *
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* *
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* * ********** * * *
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* * * * *
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* * * * * *
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** * * * *
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** ** * * * * * * *
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* * * *
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* ** ** * *
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* * * * * *
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*
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* * * * * * *
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* * * * ** ****
66222 TTCAAATATAATATGTTAAGC-AAAAATACAAAAACGTTCAACTTAAAATCAATTATGAGANNNN
63 TTCAATTATAATTTTTTAA-CTAAAAATATAAAAAAATT-AACTTAAAATCAATTATGAGATTAC
****** * * * * *
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* * * * * * * * *
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* * * * * *******
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*** * *
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* * * * * * * * * * *
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380 ATGTTTCTTGATG-CAGACATTCAATTATAATATTTTTTAAC-AAAAAATGTAAAAAAATTCAAC
** *
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TATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCTTAAGTGACTATAAATGACTTTTCTTGACAATG
GATGGATTTTGCTTCATGTTTCTCAAAATAAACATTCAATTATAATATATTTTAATAAAAAATGT
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Done.