Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: NW_018397937.1 Herrania umbratica cultivar Fairchild unplaced genomic scaffold, ASM216827v2 scaffold_1241.0, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
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Warning! 611 characters in sequence are not A, C, G, or T
Found at i:1303 original size:171 final size:170
Alignment explanation
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* *
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* ** * * *
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* * * * * *
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* ** *
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* * * *
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* * *
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130 ATAATTGAATGTCTACCTCGAAAAACGTGAA-AAAAAGGCAT
* * ** *
1513 TCATTGATAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAACCTTATTACTTACTTTAAG
1 TCATTGAAAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAA
* * * *
1578 TGGTTTTATAATCTCATAATTGAATTTAAGTTGAGTTTTTCTACATTTTTAGTTAAAATAGATTA
66 TGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTAGTTAAAACAGATTA
* * * * *
1643 TAATTAAATATCTACCTCCAAAAACGTGTAGAAAAAGCCAT
131 TAATTGAATGTCTACCTCGAAAAACGTG-AAAAAAAGGCAT
* * * * *** * *
1684 ACATTGAAAAGAAAAGCCCATTAATATTCTGTCATTCCTTCAAAAGTCTTATTACTCCCTTTAAA
1 TCATTGAAAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAA
* * * * * *
1749 AGGTTTTATAAACTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTGAAATAGAATA
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* * *
1814 TAATTGAATATCTACC-CTGAGAAACGTAAAGAAAAAGGCAT
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* * * * * * *
1855 TCACTGACAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACCCATT-TTGTTAAAAGCTTTATTACTCACTTTAA
1 TCATTGAAAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCT-TCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAA
* ** *
1919 ATGGTTTTATAATCTCATAATTAATTTTAAGTTGAATTTTAATACATTTTTTA-TTAAAACAGAC
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* * * * * * * *
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129 TATAATTGAATGTCTACCTCGA-AAAACGTG-AAAAAAAGGCAT
* * * * * * * *
2026 TCATT-AGGAACAAAAGTCTATTTACAGTCTCTCATTCGTTCAAAAGCCTTATTATTCGCTTTAA
1 TCATTGA-AAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAA
*** * * * * * *
2090 AAAATTTTACAATCTTATAATTGATTTTGAGTTAAATTGTTTTTACATTTTTAGTTTAAATAGAT
65 ATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATT-TTTTTACATTTTTAGTTAAAACAGAT
* * * * * ***
2155 TATATTTGAATATCTATCTC-AGGAAACATGAAAAAAAAAAAGT
129 TATAATTGAATGTCTACCTCGA-AAAACGTGAAAAAAAGGCA-T
** * *
2198 TCATTGGTAAGACAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCGTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAA
1 TCATTGAAAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAA
** *
2263 TTATTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAA-TTTTTTAGATTTTTCA-TTAAAACAG-TT
66 TGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTT-AGTTAAAACAGATT
* * * * *
2325 AATAATTGAATG-CTTGCCTC-AGTAAACAT-ATAGAGAAA-GCTAG
130 -ATAATTGAATGTC-TACCTCGA-AAAACGTGA-A-AAAAAGGC-AT
* ** * * * * *
2368 TCATTCAGGAGAAAAATTCATTTATAGTCTCTCATTCCTTCAAAAACCTTATTACTCGCTTTAAA
1 TCATTGAAAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAA
* * * *
2433 AGGTTTTATAATCTCATAATTAATTTTAAGTTGAATTTTTTTTACATTTTTAGTTAGAACGGATT
66 TGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAA-TTTTTTTACATTTTTAGTTAAAACAGATT
** ** * *
2498 ATAATTGGTTGT-TTGCTAGGAAAAACATGAAAAAGAAGGCAT
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* ** ** * * *
2540 TGATT-AAGAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACATATTTTTTCAAAAGCCTTACTACCCCCTTTAA
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* * * **
2604 ATAGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAGTTGAA-TTTTTTACATTTTTAGTTAAAATAGGCT
65 ATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTAGTTAAAACAGATT
* * * * *
2668 ATAATTGAATGTCAACCTTGAGAAATGTTAAGAAAAAGGCAT
130 ATAATTGAATGTCTACCTCGAAAAACGTGAA-AAAAAGGCAT
** * * * * *
2710 TCATTGGTAAGAAAAGTCCATTTATAGTTACTCATTCTTTTAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAG
1 TCATTGAAAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAA
* * * * * * *
2775 TAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGGATTTTTTTACATTTTTGGCTCAAACATACTA
66 TGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTAGTTAAAACAGATTA
* * ** * *
2840 CAATTGAATGTCAACCTTTAGAAACGTAAAGAAAAAGGCAT
131 TAATTGAATGTCTACCTCGAAAAACGTGAA-AAAAAGGCAT
* * * * *
2881 TCATT-AGCAAG-AAAGTCCATTTACAGTAACCAATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTAAA
1 TCATTGA-AAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAA
* * * * * * *
2944 ATGGTTTTAGAATCTGATAATTGATTTTATGTTTATTTTTTTTATATTTTT-GATTAAAACAGAC
65 ATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTAG-TTAAAACAGAT
* * **
3008 TATAATTGAATGTCAACCTCGAGAAATAT-AAAGAAAGAGGCAT
129 TATAATTGAATGTCTACCTCGAAAAACGTGAAA-AAA-AGGCAT
* ** * *
3051 TCATT-AGCAAGAAAAGTTAATTTATAGTCACCCATTTCTTCAAATGCCTTATTACTCGCTTTAA
1 TCATTGA-AAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAA
** * * *
3115 ATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGCAGAATTGTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGACT
65 ATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTAGTTAAAACAGATT
* * * *
3180 ATAATTAAATGTCAACCTC-AAGAAACATAAAGAAAAAGGCAT
130 ATAATTGAATGTCTACCTCGAA-AAACGTGAA-AAAAAGGCAT
* * * *
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1 TCATTGAAAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAA
* * * * * * *
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* * *
3351 ATAATTGAATGTCTAGCTCGAGAAACAT-ATAGAAAAA-GCTAT
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* * * * * ** * **
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1 TCATT-G-AAAAGAAAAGTCCATTTATA-GTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTT
* * *
3455 AAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAAG-TGAATTTTTTCACATTTTTAATTAAAATAG
63 AAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTT-AAGTTGAATTTTTTTACATTTTTAGTTAAAACAG
* * *
3519 ACTATAATTGAATGTCTACCTCAAAAAACGTGTAGAGAAAA-GCAT
127 ATTATAATTGAATGTCTACCTCGAAAAACGTG-A-AAAAAAGGCAT
* ** * * * * * *
3564 TCATTGAGAAGAAAAGTTTATTTATAGTCTCTCATTGCTTCAAAGGCCTTATTATTCACTTTAAA
1 TCATTGAAAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAA
* * * * * ** *
3629 AGGTTTTATAATCTCAAAATTAATTTTATGTTGAATTCTTTTATGTTTTTAGTTAAAAGACGA-T
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* * ** * * *
3693 ATAATTGAATGTCTGCCT-TAGTGAACTTGAAGCAAAAGCCA-
130 ATAATTGAATGTCTACCTCGA-AAAACGTGAA-AAAAAGGCAT
** * * * * ** * *
3734 TCTATTGGCACGAAAAGTCTATTTATAGTCACGCAAGT-CTTTGAAAGCATTATTACTTGCTTTA
1 TC-ATTGAAAAGAAAAGTCCATTTATAGTCAC-CCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTA
* * * * * * * *
3798 AATGATTTTATAAACTAATAATTAACTTTAAGGTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAGAA-AGG
64 AATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTAGTTAA-AACAGA
* * * **
3862 CTATAATTGAATGTCTACCT-TAGAAAACTTGAAGAAAAAATCAT
128 TTATAATTGAATGTCTACCTCGA-AAAACGTGAA-AAAAAGGCAT
** * * *
3906 TCATTGGCAAGAAAAGTCTATTTATACTCACCCATTCCTTCAAAAGTCTTATTACTCGC-TTAAA
1 TCATTGAAAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAA
* * * *
3970 TGGTTTTATAATCTCATATTTGATTTTAAGTTGAATGTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGGTTA
66 TGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTAGTTAAAACAGATTA
* * * *
4035 TAATTGAATGTCTATCTC-AAGAAATGTAAAGAAAAAGACAT
131 TAATTGAATGTCTACCTCGAA-AAACGTGAA-AAAAAGGCAT
* * * * * * *
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1 TCATTGAAAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAA
* * * *
4141 GGGTTTTATAATCTCATAATTGAATTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGACTA
66 TGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTAGTTAAAACAGATTA
* * * * ****
4206 TAATTGAATATTTACCTCGAGAAACATGAAGAAAAATATTT
131 TAATTGAATGTCTACCTCGAAAAACGTGAA-AAAAAGGCAT
* * * *
4247 TCATT-AGCAAGAAAAGTCCATTTATACTCACTCATTCTTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAA
1 TCATTGA-AAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAA
* * * * *
4311 ATGGTTTTATAATCTAAAAATTGCTTTTAAGCTGAATTTTTTTTACATTTTTAGTTAAAACATAT
65 ATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAA-TTTTTTTACATTTTTAGTTAAAACAGAT
* * * * * * *
4376 TACAATTGGATGTATACTTCGAGAAACATGAAGAAAAAGACA-
129 TATAATTGAATGTCTACCTCGAAAAACGTGAA-AAAAAGGCAT
** * * ** * *
4418 TCTATTGGTAACAAAAGTCTATTTATAGTCACTTATTCCTTTGAAATG-CTTATTACTCGCTTTA
1 TC-ATTGAAAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCC-TTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTA
* * * *
4482 AATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTGTTTTACACTTTTT-GGTAAAATAGA
64 AATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACA-TTTTTAGTTAAAACAGA
* * * * * * * * *
4546 CTATACTTAAAGGTCAACCTC-AATAAACATCTAGAAAAAGCCAT
128 TTATAATTGAATGTCTACCTCGAA-AAACGT-GAAAAAAAGGCAT
** * *
4590 TCATTGGGAAGAAGAGTCCATTTGTAGTCTA-CCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAA
1 TCATTGAAAAGAAAAGTCCATTTATAGTC-ACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAA
** * * * *
4654 AAAGTTTTTTAATCTCATAATTAATTTTAAGTTGAATATGTTTACATTTTT-GCTTAAAACAGAT
65 ATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTAG-TTAAAACAGAT
* * * * **
4718 TATAATTGAGTGTCTACATTGAGAAACAAGAAGAAAAAGGCAT
129 TATAATTGAATGTCTACCTCGAAAAACGTGAA-AAAAAGGCAT
4761 TCATTG
1 TCATTG
4767 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 2922, Mismatches: 582, Indels: 186
0.79 0.16 0.05
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168 1 0.00
169 17 0.01
170 586 0.20
171 1723 0.59
172 577 0.20
173 18 0.01
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Consensus pattern (170 bp):
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TGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTAGTTAAAACAGATTA
TAATTGAATGTCTACCTCGAAAAACGTGAAAAAAAGGCAT
Found at i:2139 original size:514 final size:508
Alignment explanation
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Period size: 514 Copynumber: 7.3 Consensus size: 508
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* * * * *
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* * * *
1063 ATAGTTTTATAATCTCATAATTGAATTTAAGTTGAGTTTTTCTACAATTTTAGTTAAAATAGATT
63 ATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTAGTTAAAATAGATT
** * * *
1128 ATAATTGAATGTCTACCTCGAAAAATGTGTAA-AAAAAGTCATTCATTGAAAAGAAATGTCCATT
128 ATAATTGAATGTCTACCTC-AAAAACATG-AAGAAAAAGACATTCATTGACAAGAAAAGTCCATT
** * * *
1192 TATAGTTTCTCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTCAAAAGGTTTTATAATCTCATAATTG
191 TATAGTCACTCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTG
* * * * * * * * *
1257 ATTTTAAGCTGAACTGTTTTATATTTTTAGTTAAAATAGTTTATAATTAAATGTCTACTTTGAGA
256 ATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTAC-CTGAGA
** * * * * **
1322 AATGTGAAGAAGAAGGCATTCATTGATAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTATTTCAAAAG
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* * * *
1387 CCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTCATAATCTCATAATTGATTTTAGGTTGAGTTTGTTTTACA
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* * * * *
1452 -TTTTTAGTTTAAACAGATTATATTTGAATGTCTACC-TCGAGAAACGTGAACAAAAAGACAT
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* * * * * *
1513 TCATTGATAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAACCTTATTACTTACTTTAAG
1 TCATTG-GAAGAAAAGTCTATTTATAGTCTCCCATT-CTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAA
* * * *
1578 TGGTTTTATAATCTCATAATTGAATTTAAGTTGAGTTTTTCTACATTTTTAGTTAAAATAGATTA
64 TAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTAGTTAAAATAGATTA
* * * * * * * * *
1643 TAATTAAATATCTACCTCCAAAAACGTGTAGAAAAAGCCATACATTGAAAAGAAAAGCCCATTAA
129 TAATTGAATGTCTACCT-CAAAAACATGAAGAAAAAGACATTCATTGACAAGAAAAGTCCATTTA
* ** * * * *
1708 TATTCTGTCATTCCTTCAAAAGTCTTATTACTCCCTTTAAAAGGTTTTATAAACTCATAATTGAT
193 TAGTCACTCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGAT
* * * *
1773 TTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTGAAATAGAATATAATTGAATATCTACCCTGAGAAA
258 TTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTA-CCTGAGAAA
* * * *
1838 CGTAAAGAAAAAGGCATTCACTGACAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACCCATT-TTGTTAAAAGC
322 CATAAAGAAAAAGGCATTCATTGACAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACCCATTCCT-TCAAAAGC
* * * *
1902 TTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTAATTTTAAGTTGAATTTTAATACATT
386 CTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTT-TTACATT
* * * * * *
1967 TTTTATTAAAACAGACTGTAATTGAATGTTTGCCTTAGGAAACGTGTAGACAAAGCCAT
450 TTTTATTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTTAGGAAACGTGAAGAAAAAGACAT
* * * * *
2026 TCATTAGGAACAAAAGTCTATTTACAGTCTCTCATTCGTTCAAAAGCCTTATTATTCGCTTTAAA
1 TCATT-GGAAGAAAAGTCTATTTATAGTCTCCCATTC-TTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAA
* * * * * * *
2091 AAATTTTACAATCTTATAATTGATTTTGAGTTAAATTGTTTTTACATTTTTAGTTTAAATAGATT
64 TAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATT-TTTTTACATTTTTAGTTAAAATAGATT
* * * * * * ** *
2156 ATATTTGAATATCTATCTCAGGAAACATGAA-AAAAAAAAAGTTCATTGGTAAGACAAGTCCATT
128 ATAATTGAATGTCTACCTCA-AAAACATGAAGAAAAAGACA-TTCATTGACAAGAAAAGTCCATT
* * **
2220 TATAGTCACCCATTCCGTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATTATTTTATAATCTCATAATTG
191 TATAGTCACTCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTG
* ** * *
2285 ATTTTAAGTTGAA-TTTTTTAGATTTTTCATTAAAACAG-TTAATAATTGAATG-CTTGCCTCAG
256 ATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGATT-ATAATTGAATGTC-TACCTGAG
* * * * ** * * *
2347 TAAACATATAGAGAAA-GCTAGTCATTCAGGAGAAAAAT-TCATTTATAGTCTCTCATTCCTTCA
319 -AAACATAAAGAAAAAGGC-ATTCATTGACAAGAAAAGTCT-ATTTATAGTCACCCATTCCTTCA
* * *
2410 AAAACCTTATTACTCGCTTTAAAAGGTTTTATAATCTCATAATTAATTTTAAGTTGAATTTTTTT
381 AAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAA--TTTTT
* * * ** ** *
2475 TACA-TTTTTAGTTAGAACGGATTATAATTGGTTGT-TTGC-TAGGAAAAACATGAA-AAAGAAG
444 TACATTTTTTA-TTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTTAGG--AAACGTGAAGAAA-AAG
*
2536 GCAT
505 ACAT
* * * * ** * * * *
2540 TGATTAAGAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACATATTTTTTCAAAAGCCTTACTACCCCCTTTAAA
1 TCATT-GGAAGAAAAGTCTATTTATAGTCTCCCA-TTCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAA
* **
2605 TAGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAGTTGAA-TTTTTTACATTTTTAGTTAAAATAGGCTA
64 TAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTAGTTAAAATAGATTA
* ** * * **
2669 TAATTGAATGTCAACCTTGAGAA-ATGTTAAGAAAAAGGCATTCATTGGTAAGAAAAGTCCATTT
129 TAATTGAATGTCTACCTCAAAAACATG--AAGAAAAAGACATTCATTGACAAGAAAAGTCCATTT
* * * * *
2733 ATAGTTACTCATTCTTTTAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAGTAGTTTTATAATCTCATAATTGA
192 ATAGTCACTCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGA
* * * * * * * *
2798 TTTTAAGTTGGATTTTTTTACATTTTTGGCTCAAACATACTACAATTGAATGTCAACCTTTAGAA
257 TTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACC-TGAGAA
* * * * *
2863 ACGTAAAGAAAAAGGCATTCATT-AGCAAG-AAAGTCCATTTACAGTAACCAATTCCTTCAAAAG
321 ACATAAAGAAAAAGGCATTCATTGA-CAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAG
* * * * * * *
2926 CCTTATTACTCGCTTAAAATGGTTTTAGAATCTGATAATTGATTTTATGTTTATTTTTTTTATAT
385 CCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGA-ATTTTTTACAT
* * * ** * * *
2991 TTTTGATTAAAACAGACTATAATTGAATGTCAACC-TCGAGAAATATAAAGAAAGAGGCAT
449 TTTTTATTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTTAG-GAAACGTGAAGAAAAAGACAT
* * * *
3051 TCATTAGCAAGAAAAGT-TAATTTATAGTCACCCATTTCTTCAAATGCCTTATTACTCGCTTTAA
1 TCATT-GGAAGAAAAGTCT-ATTTATAGTCTCCCA-TTCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAA
* ** * * * *
3115 ATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGCAGAATTGTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGACT
63 ATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTAGTTAAAATAGATT
* * * *
3180 ATAATTAAATGTCAACCTCAAGAAACATAAAGAAAAAGGCATTCATTGACAAGAAAAGTCCATTT
128 ATAATTGAATGTCTACCTCAA-AAACATGAAGAAAAAGACATTCATTGACAAGAAAAGTCCATTT
* * * * * *
3245 ATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCTTTATTGCTCACTTTAAATGGTTTTATAATTTCAAAATTGA
192 ATAGTCACTCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGA
* * * ** * * *
3310 TTTTAAGTTCAATTTGTTTACATATTTCATAAAAATAGATTATAATTGAATGTCTAGCTCGAGAA
257 TTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCT-GAGAA
* ** * * * *
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** * **
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3501 CATTTTTAATTAAAATAGACTATAATTGAATGTCTACCTCAAAAAACGTGTAGAGAAAAG-CAT
446 CATTTTTTATTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTTAGGAAACGTGAAGA-AAAAGACAT
* * * *
3564 TCATTGAGAAGAAAAGTTTATTTATAGTCTCTCATTGCTTCAAAGGCCTTATTATTCACTTTAAA
1 TCATTG-GAAGAAAAGTCTATTTATAGTCTCCCATT-CTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAA
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3629 -AGGTTTTATAATCTCAAAATTAATTTTATGTTGAATTCTTTTATGTTTTTAGTTAAAAGACGA-
64 TA-GTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTAGTTAAAATA-GAT
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3692 TATAATTGAATGTCTGCCTTAGTGAACTTGAAGCAAAAGCCA-TCTATTGGCACGAAAAGTCTAT
127 TATAATTGAATGTCTACCTCA-AAAACATGAAGAAAAAGACATTC-ATTGACAAGAAAAGTCCAT
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3756 TTATAGTCACGCAAGT-CTTTGAAAGCATTATTACTTGCTTTAAATGATTTTATAAACTAATAAT
190 TTATAGTCACTC-ATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAAT
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3820 TAACTTTAAGGTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAGAA-AGGCTATAATTGAATGTCTACCTTA
254 TGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAA-AACAGATTATAATTGAATGTCTACCTGA
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3884 GAAAACTTGAAGAAAAAATCATTCATTGGCAAGAAAAGTCTATTTATACTCACCCATTCCTTCAA
318 G-AAACATAAAGAAAAAGGCATTCATTGACAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACCCATTCCTTCAA
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3949 AAGTCTTATTACTCGC-TTAAATGGTTTTATAATCTCATATTTGATTTTAAGTTGAATGTTTTTA
382 AAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAAT-TTTTTA
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4013 CATTTTTGGTTAAAACAGGTTATAATTGAATGTCTATCTCAAGAAATGTAAAGAAAAAGACAT
446 CATTTTTTATTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTTAGGAAACGTGAAGAAAAAGACAT
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4076 TCATTGGAAAGAAAAGT-TCATTTAAAAT-TACCCATTTCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTA
1 TCATTGG-AAGAAAAGTCT-ATTTATAGTCT-CCCA-TTCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTA
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4139 AAGGGTTTTATAATCTCATAATTGAATTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGAC
62 AATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTAGTTAAAATAGAT
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4204 TATAATTGAATATTTACCTCGAGAAACATGAAGAAAAATATTTTCATT-AGCAAGAAAAGTCCAT
127 TATAATTGAATGTCTACCTC-AAAAACATGAAGAAAAAGACATTCATTGA-CAAGAAAAGTCCAT
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4268 TTATACTCACTCATTCTTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTAAAAATT
190 TTATAGTCACTCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATT
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4333 GCTTTTAAGCTGAATTTTTTTTACATTTTTAGTTAAAACATATTACAATTGGATGTATACTTCGA
255 GATTTTAAGTTGAA-TTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCT-GA
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4398 GAAACATGAAGAAAAAGACA-TCTATTGGTAACAAAAGTCTATTTATAGTCACTTATTCCTTTGA
318 GAAACATAAAGAAAAAGGCATTC-ATTGACAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACCCATTCC-TTCA
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4462 AATG-CTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTGTTTT
381 AAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATT-TTTT
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4526 ACACTTTTTGGTAAAATAGACTATACTTAAAGGTCAACCTCAATAAACATCTAGAAAAAGCCAT
445 ACATTTTTTATTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTTAGGAAACGTGAAGAAAAAGACAT
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4590 TCATTGGGAAGAAGAGTCCATTTGTAGTCTACCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAA
1 TCATT-GGAAGAAAAGTCTATTTATAGTCTCCCATT-CTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAA
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4655 AAGTTTTTTAATCTCATAATTAATTTTAAGTTGAATATGTTTACATTTTT-GCTTAAAACAGATT
64 TAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTAG-TTAAAATAGATT
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4719 ATAATTGAGTGTCTACATTGAGAAACAAGAAGAAAAAGGCATTCATTG
128 ATAATTGAATGTCTAC-CTCAAAAACATGAAGAAAAAGACATTCATTG
4767 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 2642, Mismatches: 515, Indels: 193
0.79 0.15 0.06
Matches are distributed among these distances:
510 3 0.00
511 144 0.05
512 737 0.28
513 846 0.32
514 897 0.34
515 15 0.01
ACGTcount: A:0.36, C:0.13, G:0.12, T:0.38
Consensus pattern (508 bp):
TCATTGGAAGAAAAGTCTATTTATAGTCTCCCATTCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATA
GTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTAGTTAAAATAGATTATA
ATTGAATGTCTACCTCAAAAACATGAAGAAAAAGACATTCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAG
TCACTCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTT
AAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTGAGAAACATA
AAGAAAAAGGCATTCATTGACAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTAT
TACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTACATTTTTTAT
TAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTTAGGAAACGTGAAGAAAAAGACAT
Done.