Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: NW_018397938.1 Herrania umbratica cultivar Fairchild unplaced genomic scaffold, ASM216827v2 scaffold_1242.0, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000
Length: 6305
ACGTcount: A:0.24, C:0.09, G:0.08, T:0.26
Warning! 2103 characters in sequence are not A, C, G, or T
Found at i:5450 original size:171 final size:171
Alignment explanation
Indices: 5165--6300 Score: 1201
Period size: 171 Copynumber: 6.6 Consensus size: 171
5155 NNNNAAAAGT
* * **
5165 CATTCATTGGCAAGAAAAGTCTATTTACAG-C-CTCTCATTCCTTCAAAAAGCCTTATTACTTAC
1 CATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCAC-CT-ATTCCTTC-AAAAGCCTTATTACTCGC
* * **
5228 TTTAAGTGGTTTTATAATCTAATAATTGATTTT-CCTTG-ATGTTTTTTACATTTTTGATTAAAA
63 TTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAAT-TTTTTTACATTTTTGATTAAAA
* * *
5291 TAGA-TAATAATTGAATGCCTATCTTGAGAAACATGAAGAAAAGAG
127 CAGACT-ATAATTGAATGTCTATCTTAAGAAACATGAAGAAAAGAG
* *
5336 CATTCATTGGCAAGAAAATTCCATTTATAGTCACCTATTCCTTCAAAAGACTTATTACTCGCTTT
1 CATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCTATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTT
* *
5401 AAATGGTTTTCTAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTCATTAAAACAGA
66 AAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGATTAAAACAGA
* ** * * * *
5466 CTATAATTGAATGTTTGCCTCAAGAAACAGGAAGAAAAAAC
131 CTATAATTGAATGTCTATCTTAAGAAACATGAAGAAAAGAG
* ** * * * *
5507 CATTCACTGATACGAAAAGTCCATTTATAG-CATCCCATTCCTTCAACAGCCTTTTTACTCG-TT
1 CATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCA-CCTATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTT
* * * * **
5570 CCAAATGGTTTTATAATCTCATAATTAATTTCAAGTTCAATTTTTTTACAATTTTTCCTTAAAAC
65 -TAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTAC-ATTTTTGATTAAAAC
* * * *
5635 AGACTATAATTGAATGT-TTTCCTTGAGAAGCATAAAG-AAAGAAG
128 AGACTATAATTGAATGTCTAT-CTTAAGAAACATGAAGAAAAG-AG
* * * * * *
5679 CATTCATTGGCAAGAAAAGTCTATTTATAGCCTCCTATTGCTTCAAAAGTCTTATTACTCACTTT
1 CATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCTATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTT
* *
5744 AAATGGTTTTATAATCTAATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTAGATTTTT-ATTAAAACAGA
66 AAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGATTAAAACAGA
* * * *
5808 CTATAATTGAATGTCGAACATAAGAAACGTGAAGAAAAGAG
131 CTATAATTGAATGTCTATCTTAAGAAACATGAAGAAAAGAG
* * * * * *
5849 CATTCATTGGCAAGAAAAGTTCATATATAGCCTC-CCAATT-CTTGAAAAGGCTTATTACTAGCT
1 CATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAG--TCACCTATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCT
* * * *
5912 TTAAATGGTTTTATAATCTAATAATTGATTTTAAGTTGAGTTTTTTTATATTTTTGGTTAAAACA
64 TTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGATTAAAACA
* * **
5977 GACAATAATTAAATGTCTAT-TTCAAGAAATGTGAAGGAAAA-AG
129 GACTATAATTGAATGTCTATCTT-AAGAAACATGAA-GAAAAGAG
* * * * * *
6020 CATTCATTGGCAAGAAAAGTCTATTTATAGCCTCCCACTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTT
1 CATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCTATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTT
* *
6085 AAATGGTTTTATAATCTCGTAATTCATTTTAAGTTGAATTTTTTTTACATTTTTGATTAAAACAG
66 AAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAA-TTTTTTTACATTTTTGATTAAAACAG
*
6150 A-TA-ATATTGGAATGTCTATCTCT-AGAAACGTGAAGGAAAA-AG
130 ACTATA-ATT-GAATGTCTATCT-TAAGAAACATGAA-GAAAAGAG
* * * ** * * * **
6192 TATTTACTATCAAGAAAAGTCAATTTATAGTCACTTATTCCTTCAAAAGCCTTATTTCAGGCTTT
1 CATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCTATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTT
* *
6257 GAATGGTTTTATAATGTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTT
66 AAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTT
6301 AACAA
Statistics
Matches: 810, Mismatches: 129, Indels: 52
0.82 0.13 0.05
Matches are distributed among these distances:
169 1 0.00
170 191 0.24
171 332 0.41
172 280 0.35
173 5 0.01
174 1 0.00
ACGTcount: A:0.35, C:0.14, G:0.12, T:0.38
Consensus pattern (171 bp):
CATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCTATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTT
AAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGATTAAAACAGA
CTATAATTGAATGTCTATCTTAAGAAACATGAAGAAAAGAG
Found at i:6208 original size:513 final size:514
Alignment explanation
Indices: 5165--6300 Score: 1363
Period size: 513 Copynumber: 2.2 Consensus size: 514
5155 NNNNAAAAGT
* * * *
5165 CATTCATTGGCAAGAAAAGTCTATTTACAGCCT-CTCATTCCTTCAAAAAGCCTTATTACTTACT
1 CATTCACTAGCAAGAAAAGTCTATTTATAGCCTCCT-ATTCCTTC-AAAAGCCTTATTACTCACT
* ** *
5229 TTAAGTGGTTTTATAATCTAATAATTGATTTT-CCTTG-ATGTTTTTTACATTTTTGATTAAAAT
64 TTAAATGGTTTTATAATCTAATAATTGATTTTAAGTTGAAT-TTTTTTACATTTTTGATTAAAAC
* * * *
5292 AGATAATAATTGAATGCCTATCTTGAGAAACATGAAGAAAAGAGCATTCATTGGCAAGAAAATTC
128 AGATAATAATTGAATGCCGAACATAAGAAACATGAAGAAAAGAGCATTCATTGGCAAGAAAATTC
* * * * *
5357 CATTTATAGTCACCTATTCCTTCAAAAGACTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTCTAATCTCATA
193 CATATATAGTCACCAATTCCTTCAAAAGACTTATTACTAGCTTTAAATGGTTTTATAATCTAATA
* * * *
5422 ATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTCATTAAAACAGACTATAATTGAATGTTTGCCTC
258 ATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTCATTAAAACAGACAATAATTAAATGTCTACCTC
* * *
5487 AAGAAACAGGAAGAAAAAACCATTCACTGATACGAAAAGTCCATTTATAGCATCCCATTCCTTCA
323 AAGAAACAGGAAGAAAAAACCATTCACTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGCATCCCACTCCTTCA
* * *
5552 ACAGCCTTTTTACTCGTTCCAAATGGTTTTATAATCTCATAATTAATTTCAAGTTCAATTTTTTT
388 AAAGCCTTATTACTCCTTCCAAATGGTTTTATAATCTCATAATTAATTTCAAGTTCAATTTTTTT
* * *
5617 ACAATTTTTCCTTAAAACAGACTATAATTGAATGTTTTCCTTGAGAAGCATAAAGAAAGAAG
453 ACAATTTTTCATTAAAACAGACTATAATTGAATGTTATCCTTGAGAAACATAAAGAAAGAAG
* * * *
5679 CATTCATTGGCAAGAAAAGTCTATTTATAGCCTCCTATTGCTTCAAAAGTCTTATTACTCACTTT
1 CATTCACTAGCAAGAAAAGTCTATTTATAGCCTCCTATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTT
*
5744 AAATGGTTTTATAATCTAATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTAGATTTTT-ATTAAAACAGA
66 AAATGGTTTTATAATCTAATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGATTAAAACAGA
* *
5808 CT-ATAATTGAATGTCGAACATAAGAAACGTGAAGAAAAGAGCATTCATTGGCAAGAAAAGTT-C
131 -TAATAATTGAATGCCGAACATAAGAAACATGAAGAAAAGAGCATTCATTGGCAAGAAAA-TTCC
* *
5871 ATATATAGCCTC-CCAATT-CTTGAAAAGGCTTATTACTAGCTTTAAATGGTTTTATAATCTAAT
194 ATATATAG--TCACCAATTCCTTCAAAAGACTTATTACTAGCTTTAAATGGTTTTATAATCTAAT
* * ** **
5934 AATTGATTTTAAGTTGAGTTTTTTTATATTTTTGGTTAAAACAGACAATAATTAAATGTCTATTT
257 AATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTCATTAAAACAGACAATAATTAAATGTCTACCT
* * * * * * *
5999 CAAGAAA-TGTGAAGGAAAAAGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCTATTTATAGCCTCCCACTCCTT
322 CAAGAAACAG-GAAGAAAAAACCATTCACTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGCATCCCACTCCTT
* * * * *
6063 CAAAAGCCTTATTACTCACTT-TAAATGGTTTTATAATCTCGTAATTCATTTTAAGTTGAATTTT
386 CAAAAGCCTTATTACTC-CTTCCAAATGGTTTTATAATCTCATAATTAATTTCAAGTTCAA-TTT
* * *
6127 TTTTAC-ATTTTTGATTAAAACAGA-TA-ATATTGGAATGTCTAT-CTCT-AGAAACGTGAAGGA
449 TTTTACAATTTTTCATTAAAACAGACTATA-ATT-GAATGT-TATCCT-TGAGAAACAT-AAAGA
6187 AA-AAG
509 AAGAAG
* * * * * * *
6192 TATTTACTATCAAGAAAAGTCAATTTATAGTCACTTATTCCTTCAAAAGCCTTATT--TCAGGCT
1 CATTCACTAGCAAGAAAAGTCTATTTATAGCCTCCTATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCA--CT
* * *
6255 TTGAATGGTTTTATAATGTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTT
64 TTAAATGGTTTTATAATCTAATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTT
6301 AACAA
Statistics
Matches: 535, Mismatches: 70, Indels: 35
0.84 0.11 0.05
Matches are distributed among these distances:
511 4 0.01
512 6 0.01
513 436 0.81
514 83 0.16
515 6 0.01
ACGTcount: A:0.35, C:0.14, G:0.12, T:0.38
Consensus pattern (514 bp):
CATTCACTAGCAAGAAAAGTCTATTTATAGCCTCCTATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTT
AAATGGTTTTATAATCTAATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGATTAAAACAGA
TAATAATTGAATGCCGAACATAAGAAACATGAAGAAAAGAGCATTCATTGGCAAGAAAATTCCAT
ATATAGTCACCAATTCCTTCAAAAGACTTATTACTAGCTTTAAATGGTTTTATAATCTAATAATT
GATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTCATTAAAACAGACAATAATTAAATGTCTACCTCAAG
AAACAGGAAGAAAAAACCATTCACTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGCATCCCACTCCTTCAAAA
GCCTTATTACTCCTTCCAAATGGTTTTATAATCTCATAATTAATTTCAAGTTCAATTTTTTTACA
ATTTTTCATTAAAACAGACTATAATTGAATGTTATCCTTGAGAAACATAAAGAAAGAAG
Done.