Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: NW_018397322.1 Herrania umbratica cultivar Fairchild unplaced genomic scaffold, ASM216827v2 scaffold_455.0, whole genome shotgun sequence
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Warning! 9327 characters in sequence are not A, C, G, or T
Found at i:1644 original size:171 final size:170
Alignment explanation
Indices: 892--3971 Score: 2221
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882 NNNNNNNGGT
** * * *
892 TTTTTCTTCACGTTTCTCAAGATAGACATTCAATTATAAT-TTTGTTTGATCAAAAATGTAAAAC
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* * * **
956 AATTCAGCTTAAAATCAATCATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGTGTAATAATGCTTTTAAAG
64 AATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAATGCTTTCGAAG
* *
1021 GCATGAGTGACTATAAATGCACTTTTCTTGGTAATGAAT-AGC
129 GCATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCTAATGAATGA-C
* * * * * * * * *
1063 TTTATCCTCACATTTCTCAAGACAAACTTTCAATTATAATATATTTTAA-GAAAAATATAAAAAA
1 TTTTTCTTCACGTTTCTCAAGGCAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAATCAAAAATATAAAAAA
* * ********** * *
1127 TTTAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAAGCANNNNNNNNNNGTAATAATACTTTCGAAGGT
66 TTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAATGCTTTCGAAGGC
* * * * *
1192 ATGGGTGACTATAAATGGACTTTACCTGCTAATGAAAGGC
131 ATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCTAATGAATGAC
* ** * *
1232 TTTTTCTTGACGTTTCTCAAGATAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAATAAAAAATGTAAAAAT
1 TTTTTCTTCACGTTTCTCAAGGCAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAATCAAAAATATAAAAA-
* ********************************* *
1297 ATTTAACTTAANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNGAGTAATAATACTTTCGAAGG
65 ATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAATGCTTTCGAAGG
* * *
1362 CAT-AGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTCCCAATAAATGA-
130 CATGA-GTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCTAATGAATGAC
* * * * *
1402 TTTTT-TTTATGTTTCTCAAGGCAGACAATCAATTATAATCTATTTTAACCCAAAACATA-AAAA
1 TTTTTCTTCACGTTTCTCAAGGCAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAA-TCAAAA-ATATAAAA
* * * ** * *
1465 AATTTAACTTCAAATCAATTATGAGATTAGAATCCCATTTAAAGCGGGTAATAATGCATTCGAAG
64 AATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAATGCTTTCGAAG
* * *
1530 GTATGTGTGACTATAAATGCACTTTT-TCTGCTAATGAATGAC
129 GCATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCT-TGCTAATGAATGAC
* * * * * * *
1572 TTTTTCTTCACGTTTCTCATGACAAACATTCAATTATAATATATTTTAATGAGAAATATAAAAAA
1 TTTTTCTTCACGTTTCTCAAGGCAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAATCAAAAATATAAAAAA
* * * ** * * *
1637 TTTTAACTTAAAATCAATTATGAGATTATCAAGCTTTTTAAAGCGAGTAATAATACTTTCGATGC
66 -TTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAATGCTTTCGAAGG
* * * *
1702 CATGGGTAACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGGC
130 CATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCTAATGAATGAC
* * * * *
1743 TTTTTCTTCATGTTCCTCTAGGCAGACATTTAGA-TATAATCTATTTTAATCAAAAATATAGAAA
1 TTTTTCTTCACGTTTCTCAAGGCAGACATTCA-ATTATAATCTGTTTTAATCAAAAATATA-AAA
* * * *
1807 CATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAAGCTTTTGAAG
64 AATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAATGCTTTCGAAG
* * * * * **
1872 GCTTGAGTGACTATAATTGGACTGTTCGTG-TCAA-CAGATGGG
129 GCATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCT-AATGA-ATGAC
* * ** * **
1914 TTTTGCTTCACATTTCTCAAGATAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAA-CTAACAACGTGAAAA
1 TTTTTCTTCACGTTTCTCAAGGCAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAATC-AAAAATAT-AAAA
* * * * * *
1978 AATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATCAAACTAATTAAAGCGAGTAATAAAGCTTTCAAAA
64 AATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAATGCTTTCGAAG
** * * * * * * **
2043 GTTTGAGTGACTATACATAGG-CCTTTCGTGCCAACGGATGGG
129 GCATGAGTGACTATAAAT-GGACTTTTCTTGCTAATGAATGAC
* * * * * * * * *
2085 TTGTCCTTCATGTTT-TCTAAGGTAAACATTCAATTAGAATCTATTTTAACCAAAAATGTAAAAC
1 TTTTTCTTCACGTTTCTC-AAGGCAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAATCAAAAATATAAAA-
* ** * * * * *
2149 AATTCAACTTAAAGTCAATTATGCCATTATAAAATCGTTTACAGCGAGTAATAATACTTTAGAAG
64 AATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAATGCTTTCGAAG
* * * * * * *
2214 GCATGGGTCACTATAAATAGACTTTACTTGCCAATGAAAGGC
129 GCATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCTAATGAATGAC
* * * ** ** * *
2256 TTTTTCTTAATGTTTTTTGAGATAGACATTCAATTATAATTTGTTTTAATCAAAAATGTAAAAAA
1 TTTTTCTTCACGTTTCTCAAGGCAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAATCAAAAATAT-AAAAA
* * * * *
2321 ATTCATCTTAAAACCAATTATGATATTATCAAACCATTTAAAGCGTGTAATAATGCTTTCGAAGG
65 ATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAATGCTTTCGAAGG
* * *
2386 CATGAGTGACTATAAATGGACTTTTTTTTACCAATGAAT-AGC
130 CATGAGTGACTATAAATGGAC-TTTTCTTGCTAATGAATGA-C
* * * *
2428 TTTTTCTTTACGTTTCTCAAGGAAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAACATAAAAAA
1 TTTTTCTTCACGTTTCTCAAGGCAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAATCAAAAATAT-AAAAA
* * * * * * * * *
2493 ATTTAACTTAAAATCAATTATGAAATTATAACACTAATTAAATCAAGTAACAAGGCTTTCGAAGG
65 ATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAATGCTTTCGAAGG
* * * *
2558 -ATTGAGTAACTATAAA-GGAACTTTTCGTG-TCAACGGATGAC
130 CA-TGAGTGACTATAAATGG-ACTTTTCTTGCT-AATGAATGAC
* * * ** * * * * * * *
2599 TTTTGCTTCACATTTTTTTAGGTAAATATTCAATTCTAATATATTTTAATAAAAAATATAAAAAA
1 TTTTTCTTCACGTTTCTCAAGGCAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAATCAAAAATAT-AAAAA
* * * * * *
2664 ATTTAACTTAAAATCAATTCTAAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAATGGTTTCAAAGA
65 ATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAATGCTTTCGAAGG
* * *
2729 CATGGGTGACTATAAATAGACTTTTCTT-CTGAATGAATGGC
130 CATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCT-AATGAATGAC
* * * * *
2770 TTTTTCTTCACATTTCTC-ATGCTAGACATTCAATTATAATATGTTTTAACCATAAACGTA-AAA
1 TTTTTCTTCACGTTTCTCAAGGC-AGACATTCAATTATAATCTGTTTTAATCA-AAA-ATATAAA
* * * *
2833 AAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAATCATTTAAAACGAGTAATAAAGCTTTCAAA
63 AAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAATGCTTTCGAA
* *
2898 GGCAT-AGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCTAACGAATGGC
128 GGCATGA-GTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCTAATGAATGAC
* * * * * *
2941 TTTTTCTAT-ATGTATGTCAAGACAGACATTCAATTATAATATGTTTTAA-CTAAAAATGTAAAA
1 TTTTTCT-TCACGTTTCTCAAGGCAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAATC-AAAAATATAAAA
* * * * * * *
3004 TAATTTAACTTAAAATCAATTATGAGACTATAAAACTATTTAAAGTGAGTAATAAAGCTTTTGGA
64 -AATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAATGCTTTCGAA
* * * * *
3069 GGCTTGAGTGACTATAAATGGGCTTTTCATGAC-AACGAATGGC
128 GGCATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTG-CTAATGAATGAC
* ** ** * * * * * * *
3112 TTTTGCTTCACACCTT-TCAAGGTGGATATTTAAATATAATATATTTTAATAAAAAATATATAAA
1 TTTTTCTTCAC-GTTTCTCAAGGCAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAATCAAAAATATAAAAA
* * * * **
3176 ATTTAACTTAAAATAAATTATGATATTATAAAACTATTTAAAGCGAGTAATAATGCTTTTAAAGG
65 ATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAATGCTTTCGAAGG
* * * * *
3241 TATGGGTGACTATAAATGCACTTTT-TTG-TCAAT-AATAAT
130 CATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCT-AATGAATGAC
* * * * * * * ** * *
3280 TTTTTCTTCACGTTACTCAAGGTAAATATTCAATTATAATTTATTTTAACCCTAAACA-AAATAC
1 TTTTTCTTCACGTTTCTCAAGGCAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAATCAAAAATATAAA-AA
* * * *
3344 ATTAAACCTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTGAAGCGGGTAATAATGCTTT-GTAAG
65 ATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAATGCTTTCG-AAG
* * *
3408 GTATGGGTGACTATAAATAGACTTTTCTT-CTTAATGAAT-AGC
129 GCATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGC-TAATGAATGA-C
*
3450 TTTTTCTTCAC-TATTCTCAAGACAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAA-CAAAAAATATAAAG
1 TTTTTCTTCACGT-TTCTCAAGGCAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAATC-AAAAATATAAA-
* * * * * *
3513 AAATTCATCTTAAAATCAATTATGAAATTATAACACTATTTAAACCGAGTAATAA-GACTTTTGA
63 AAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAATG-CTTTCGA
* * *
3577 AGGCTTGAGTGACTATAAATGGACTTTTC--GCTCCAACGAA-CAGC
127 AGGCATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCT--AATGAATGA-C
* * * * * * * * * *
3621 TTTTACTTTATGTTTTTTAAGCCAGATATGCAATTATAATCTGTTGTAA-CAAAAAATGTAAAAC
1 TTTTTCTTCACGTTTCTCAAGGCAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAATC-AAAAATATAAAA-
* * * * * * *
3685 AATTTAGCTTAAAATCAATTATGACATTATAAAACCGTTTAAAACGAGTAATGATGCTTCCGAAG
64 AATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAATGCTTTCGAAG
* * * * * * *
3750 GCATGGGTGACTATAAATGCATTTTTCTTGCCAATAAAAGGC
129 GCATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCTAATGAATGAC
* * * * * * * *
3792 TTCTCCTTCACATTTATCAAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTCAATCAATAATGTAAAATA
1 TTTTTCTTCACGTTTCTCAAGGCAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAATCAAAAATATAAAA-A
* * *
3857 ATTCAACTTAAAATCAATTATAAGATTATAAAACTATTTAAAGCGAGTAATAATACTTTCGAAGG
65 ATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAATGCTTTCGAAGG
** *
3922 CATG-GTGACTATAAATGGACTTTTAATG-TGAATGAATGAT
130 CATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCT-AATGAATGAC
3962 TTTTTCTTCA
1 TTTTTCTTCA
3972 TNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 2279, Mismatches: 549, Indels: 163
0.76 0.18 0.05
Matches are distributed among these distances:
167 3 0.00
168 126 0.06
169 234 0.10
170 236 0.10
171 1506 0.66
172 170 0.07
173 4 0.00
ACGTcount: A:0.38, C:0.13, G:0.13, T:0.35
Consensus pattern (170 bp):
TTTTTCTTCACGTTTCTCAAGGCAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAATCAAAAATATAAAAAA
TTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAATGCTTTCGAAGGC
ATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCTAATGAATGAC
Found at i:2197 original size:513 final size:512
Alignment explanation
Indices: 892--3971 Score: 2517
Period size: 513 Copynumber: 6.0 Consensus size: 512
882 NNNNNNNGGT
* * * * * **
892 TTTTTCTTCACGT-TTCTCAAGATAGACATTCAATTATAATTTTGTTTGATC-AAAAATGTAAAA
1 TTTTTCTTCACATATTCTCAAGACAGACATTCAATTATAA-TCTGTTTTAACTAAAAACATAAAA
* * * * * * * * **
955 CAATTCAGCTTAAAATCAATCATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGTGTAATAATGCTTTTAAA
65 -AATTCAACTTAAAATCAATTATGAAATTATAACACTAATTAAAGCGAGTAATAAAGCTTTCGAA
* * * ** * * * **
1020 GGCATGAGTGACTATAAAT-GCACTTTTCTTGGTAATGAATAGCTTTAT-CCTCA-CATTTCTCA
129 GGCTTGAGTGACTATAAATAGGACTTTTCGTGCCAACGAATGGCTTT-TGCTTCATGTTTTCT-A
** *
1082 AGACAAACT-TTCAATTATAATATATTTTAA-GAAAAATATAAAAAATTTAACTTAAAATCAATT
192 AGGTAAA-TATTCAATTATAATATATTTTAATAAAAAATATAAAAAATTTAACTTAAAATCAATT
* * ********** * *
1145 ATGAGATTATAAAAGCANNNNNNNNNNGTAATAATACTTTCGAAGGTATGGGTGACTATAAATGG
256 ATGACATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAATGCTTTCGAAGGCATGGGTGACTATAAATGG
* * * * * *
1210 ACTTTACCTGCTAATGAAAGGCTTTTTCTTGACGTTTCTCAAGATAGACATTCAATTATAATCTG
321 ACTTTTCTTGCCAATGAATGGCTTTTTCTTCACGTTTCTCAAGGTAGACATTCAATTATAATCTG
* * ********************************
1275 TTTTAATAAAAAATGTAAAAATATTTAACTTAANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
386 TTTTAATCAAAAATGTAAAAA-ATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAG
* ** * *
1340 NGAGTAATAATA-CTTTCGAAGGCAT-AGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTCCCAATAAAT-GA
450 CGAGTAATAA-AGCTTTCGAAGGCATGA-GTGACTATAAATGGACTTTTCTTGTCAATGAATAGC
* ** * * * **
1402 TTTTT-TTTATGT-TTCTCAAGGCAGACAATCAATTATAATCTATTTTAACCCAAAACATAAAAA
1 TTTTTCTTCACATATTCTCAAGACAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACTAAAAACAT-AAAA
* * * * * * * * *
1465 AATTTAACTTCAAATCAATTATGAGATTAGAATC-CCATTTAAAGCGGGTAATAATGCATTCGAA
65 AATTCAACTTAAAATCAATTATGAAATTATAA-CACTAATTAAAGCGAGTAATAAAGCTTTCGAA
* * * * * * *
1529 GG-TATGTGTGACTATAAAT-GCACTTTTTC-TGCTAATGAATGACTTTTTCTTCACG-TTTCTC
129 GGCT-TGAGTGACTATAAATAGGAC-TTTTCGTGCCAACGAATGGCTTTTGCTTCATGTTTTCT-
* ** * * *
1590 ATGACAAACATTCAATTATAATATATTTTAATGAGAAATATAAAAAATTTTAACTTAAAATCAAT
191 AAGGTAAATATTCAATTATAATATATTTTAATAAAAAATATAAAAAA-TTTAACTTAAAATCAAT
* * * ** * * * *
1655 TATGAGATTATCAAGCTTTTTAAAGCGAGTAATAATACTTTCGATGCCATGGGTAACTATAAATG
255 TATGACATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAATGCTTTCGAAGGCATGGGTGACTATAAATG
* * * * *
1720 GACTTTTCTTGCCAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTCCTCTAGGCAGACATTTAGA-TATAATC
320 GACTTTTCTTGCCAATGAATGGCTTTTTCTTCACGTTTCTCAAGGTAGACATTCA-ATTATAATC
* * *
1784 TATTTTAATCAAAAATATAGAAACATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAA
384 TGTTTTAATCAAAAATGTA-AAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAA
* * * * * * * *
1849 AGTGAGTAATAAAGCTTTTGAAGGCTTGAGTGACTATAATTGGACTGTTCGTGTCAA-CAGATGG
448 AGCGAGTAATAAAGCTTTCGAAGGCATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGTCAATGA-ATAG
*
1913 G
512 C
* * * *
1914 TTTTGCTTCACAT-TTCTCAAGATAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACTAACAACGTGAAAA
1 TTTTTCTTCACATATTCTCAAGACAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACTAAAAACAT-AAAA
* *
1978 AATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATCAA-ACTAATTAAAGCGAGTAATAAAGCTTTCAAA
65 AATTCAACTTAAAATCAATTATGAAATTAT-AACACTAATTAAAGCGAGTAATAAAGCTTTCGAA
* * * * * * * *
2042 AGTTTGAGTGACTATACATAGG-CCTTTCGTGCCAACGGATGGGTTGTCCTTCATGTTTTCTAAG
129 GGCTTGAGTGACTATAAATAGGACTTTTCGTGCCAACGAATGGCTTTTGCTTCATGTTTTCTAAG
* * * ** * * *
2106 GTAAACATTCAATTAGAATCTATTTTAACCAAAAATGTAAAACAATTCAACTTAAAGTCAATTAT
194 GTAAATATTCAATTATAATATATTTTAATAAAAAATATAAAA-AATTTAACTTAAAATCAATTAT
* * * * * * * *
2171 GCCATTATAAAATCGTTTACAGCGAGTAATAATACTTTAGAAGGCATGGGTCACTATAAATAGAC
258 GACATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAATGCTTTCGAAGGCATGGGTGACTATAAATGGAC
* * * * * ** * *
2236 TTTACTTGCCAATGAAAGGCTTTTTCTTAATGTTTTTTGAGATAGACATTCAATTATAATTTGTT
323 TTTTCTTGCCAATGAATGGCTTTTTCTTCACGTTTCTCAAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTT
* * * *
2301 TTAATCAAAAATGTAAAAAAATTCATCTTAAAACCAATTATGATATTATCAAACCATTTAAAGCG
388 TTAATCAAAAATGT-AAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCG
* * *
2366 TGTAATAATGCTTTCGAAGGCATGAGTGACTATAAATGGACTTTT-TTTTACCAATGAATAGC
452 AGTAATAAAGCTTTCGAAGGCATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGT--CAATGAATAGC
* * *
2428 TTTTTCTTTACGT-TTCTCAAGGA-AGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAACATAAAA
1 TTTTTCTTCACATATTCTCAA-GACAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACTAAAAACAT-AAA
* * * * *
2491 AAATTTAACTTAAAATCAATTATGAAATTATAACACTAATTAAATCAAGTAACAAGGCTTTCGAA
64 AAATTCAACTTAAAATCAATTATGAAATTATAACACTAATTAAAGCGAGTAATAAAGCTTTCGAA
* * * * * ** * *
2556 GGATTGAGTAACTAT-AA-AGGAACTTTTCGTGTCAACGGATGACTTTTGCTTCACATTTTTTTA
129 GGCTTGAGTGACTATAAATAGG-ACTTTTCGTGCCAACGAATGGCTTTTGCTTCATGTTTTCTAA
* *
2619 GGTAAATATTCAATTCTAATATATTTTAATAAAAAATATAAAAAAATTTAACTTAAAATCAATTC
193 GGTAAATATTCAATTATAATATATTTTAATAAAAAATAT-AAAAAATTTAACTTAAAATCAATTA
* * * * * *
2684 TAAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAATGGTTTCAAAGACATGGGTGACTATAAATAGA
257 TGACATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAATGCTTTCGAAGGCATGGGTGACTATAAATGGA
* * * * *
2749 CTTTTCTT-CTGAATGAATGGCTTTTTCTTCACATTTCTCATGCTAGACATTCAATTATAATATG
322 CTTTTCTTGC-CAATGAATGGCTTTTTCTTCACGTTTCTCAAGGTAGACATTCAATTATAATCTG
* * * * *
2813 TTTTAACCATAAACGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAATCATTTAAAA
386 TTTTAATCAAAAATGT-AAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAG
* * *
2878 CGAGTAATAAAGCTTTCAAAGGCAT-AGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTG-CTAACGAATGGC
450 CGAGTAATAAAGCTTTCGAAGGCATGA-GTGACTATAAATGGACTTTTCTTGTC-AATGAATAGC
* * * * **
2941 TTTTTC-T-ATATGTATGTCAAGACAGACATTCAATTATAATATGTTTTAACTAAAAATGTAAAA
1 TTTTTCTTCACATAT-TCTCAAGACAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACTAAAAACATAAAA
* * * * * * * *
3004 TAATTTAACTTAAAATCAATTATGAGACTATAAAACTATTTAAAGTGAGTAATAAAGCTTTTGGA
65 -AATTCAACTTAAAATCAATTATGAAATTATAACACTAATTAAAGCGAGTAATAAAGCTTTCGAA
* * * ***
3069 GGCTTGAGTGACTATAAAT-GGGCTTTTCATGACAACGAATGGCTTTTGCTTCACACCTTTC-AA
129 GGCTTGAGTGACTATAAATAGGACTTTTCGTGCCAACGAATGGCTTTTGCTTCA-TGTTTTCTAA
** * * * *
3132 GGTGGATATTTAAATATAATATATTTTAATAAAAAATATATAAAATTTAACTTAAAATAAATTAT
193 GGTAAATATTCAATTATAATATATTTTAATAAAAAATATAAAAAATTTAACTTAAAATCAATTAT
* * ** * *
3197 GATATTATAAAACTATTTAAAGCGAGTAATAATGCTTTTAAAGGTATGGGTGACTATAAATGCAC
258 GACATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAATGCTTTCGAAGGCATGGGTGACTATAAATGGAC
* *** * * * * *
3262 TTTT-TTGTCAAT-AATAATTTTTTCTTCACGTTACTCAAGGTAAATATTCAATTATAATTTATT
323 TTTTCTTGCCAATGAATGGCTTTTTCTTCACGTTTCTCAAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTT
* ** * * * *
3325 TTAACCCTAAA--CAAAATACATTAAACCTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTGAAGC
388 TTAATCAAAAATGTAAAA-A-ATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGC
* * * * * * *
3388 GGGTAATAATGCTTT-GTAAGGTATGGGTGACTATAAATAGACTTTTCTTCTTAATGAATAGC
451 GAGTAATAAAGCTTTCG-AAGGCATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGTCAATGAATAGC
* *
3450 TTTTTCTTCAC-TATTCTCAAGACAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACAAAAAATATAAAGA
1 TTTTTCTTCACATATTCTCAAGACAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACTAAAAACATAAA-A
* * * *
3514 AATTCATCTTAAAATCAATTATGAAATTATAACACTATTTAAACCGAGTAAT-AAGACTTTTGAA
65 AATTCAACTTAAAATCAATTATGAAATTATAACACTAATTAAAGCGAGTAATAAAG-CTTTCGAA
** * * *
3578 GGCTTGAGTGACTATAAAT-GGACTTTTCGCT-CCAACGAACAGCTTTTACTTTATGTTTTTTAA
129 GGCTTGAGTGACTATAAATAGGACTTTTCG-TGCCAACGAATGGCTTTTGCTTCATGTTTTCTAA
** * * * * * * * *
3641 GCCAGATATGCAATTATAATCTGTTGTAACAAAAAATGTAAAACAATTTAGCTTAAAATCAATTA
193 GGTAAATATTCAATTATAATATATTTTAATAAAAAATATAAAA-AATTTAACTTAAAATCAATTA
* * * * *
3706 TGACATTATAAAACCGTTTAAAACGAGTAATGATGCTTCCGAAGGCATGGGTGACTATAAATGCA
257 TGACATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAATGCTTTCGAAGGCATGGGTGACTATAAATGGA
* * * * * * *
3771 TTTTTCTTGCCAATAAAAGGCTTCTCCTTCACATTTATCAAGGTAGACATTCAATTATAATCTGT
322 CTTTTCTTGCCAATGAATGGCTTTTTCTTCACGTTTCTCAAGGTAGACATTCAATTATAATCTGT
* * * *
3836 TTCAATCAATAATGTAAAATAATTCAACTTAAAATCAATTATAAGATTATAAAACTATTTAAAGC
387 TTTAATCAAAAATGTAAAA-AATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGC
** * *
3901 GAGTAATAATA-CTTTCGAAGGCATG-GTGACTATAAATGGACTTTTAATGTGAATGAAT-GAT
451 GAGTAATAA-AGCTTTCGAAGGCATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGTCAATGAATAG-C
3962 TTTTTCTTCA
1 TTTTTCTTCA
3972 TNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 2070, Mismatches: 435, Indels: 128
0.79 0.17 0.05
Matches are distributed among these distances:
507 4 0.00
508 15 0.01
509 425 0.21
510 164 0.08
511 201 0.10
512 194 0.09
513 624 0.30
514 434 0.21
515 9 0.00
ACGTcount: A:0.38, C:0.13, G:0.13, T:0.35
Consensus pattern (512 bp):
TTTTTCTTCACATATTCTCAAGACAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACTAAAAACATAAAAA
ATTCAACTTAAAATCAATTATGAAATTATAACACTAATTAAAGCGAGTAATAAAGCTTTCGAAGG
CTTGAGTGACTATAAATAGGACTTTTCGTGCCAACGAATGGCTTTTGCTTCATGTTTTCTAAGGT
AAATATTCAATTATAATATATTTTAATAAAAAATATAAAAAATTTAACTTAAAATCAATTATGAC
ATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAATGCTTTCGAAGGCATGGGTGACTATAAATGGACTTT
TCTTGCCAATGAATGGCTTTTTCTTCACGTTTCTCAAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTA
ATCAAAAATGTAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTA
ATAAAGCTTTCGAAGGCATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGTCAATGAATAGC
Found at i:4433 original size:170 final size:170
Alignment explanation
Indices: 4083--4465 Score: 439
Period size: 170 Copynumber: 2.3 Consensus size: 170
4073 AGGCAGACAA
* * ** *
4083 TCAATTATAATCTATTTTGACCCAAAACATAAAAAAATTCAACTTTAAATCAATTATGAGATTAT
1 TCAATTATAATATATTTTAACTAAAAACATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTAT
* ** *
4148 AAACCCATTTAAAGTGAGTAATAATGCATTCGAAGGTATGGGTGACTATAATGCACTTTTCTTGC
66 AAACACATTTAAAACGAGTAATAATGCATTCGAAGGCATGGGTGACTATAATGCACTTTTCTTGC
* *
4213 AAATGAATAGCTTTTTCTTCACGTTTCTCAAGATAAATAT
131 AAATGAATAGCTTTTTCTTCACGTTTCTCAAGACAAACAT
* * * * *
4253 TTAATTATAATATATTTTAA-TGAGAAATATAAAAAAATTTAACTTAAAATCAATTGTGAGATTA
1 TCAATTATAATATATTTTAACT-AAAAACATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTA
* * ** * * * *
4317 TTAAGATTTTTAAAACGAGTAATAATGCTTTTGATGGCATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTT
65 TAAACACATTTAAAACGAGTAATAATGCATTCGAAGGCATGGGTGACTAT-AATGCACTTTTCTT
* * * *
4382 GTC-AATTAATGGC-TTTTCTTCATGTTTCTCAAGGCAAACAT
129 G-CAAATGAATAGCTTTTTCTTCACGTTTCTCAAGACAAACAT
* * *
4423 TCAGTTATAATCTGTTTTAACTAAAAACATAAAAAAATTCAAC
1 TCAATTATAATATATTTTAACTAAAAACATAAAAAAATTCAAC
4466 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 174, Mismatches: 35, Indels: 8
0.80 0.16 0.04
Matches are distributed among these distances:
170 150 0.86
171 23 0.13
172 1 0.01
ACGTcount: A:0.39, C:0.12, G:0.12, T:0.37
Consensus pattern (170 bp):
TCAATTATAATATATTTTAACTAAAAACATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTAT
AAACACATTTAAAACGAGTAATAATGCATTCGAAGGCATGGGTGACTATAATGCACTTTTCTTGC
AAATGAATAGCTTTTTCTTCACGTTTCTCAAGACAAACAT
Found at i:5205 original size:170 final size:168
Alignment explanation
Indices: 4655--5537 Score: 559
Period size: 171 Copynumber: 5.2 Consensus size: 168
4645 NNNNNNNNNN
* * * ** * * * *
4655 AATCAATTATGAGATTATCAAACTAATTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGTTTGAGTAACT
1 AATCAATTATGAAATTAT-AAACCATTTAAAACGAGTAATAATGCTTTCGAAGGTATGAGTGACT
* * * ** * * * * *
4720 ATACATAGACTTTTCGTGCCAACGGATGGCTTTTACTTCA-AGTTTTTCAAGGTAGACATTCAAT
65 ATAAATGGACTTTTCTTATCAATGAATGGCTTTTTCTTCACA-TTTATCAAGG-AAACATTCAAT
* * * *
4784 TAGAATCTATTTTAA-TAAAAAATATAAAACAATTCAGCTTAA
128 TATAATCTATTTTAACT-AAAAACATAAAA-AATTTAACTTAA
* * * * * * ** * * *
4826 AGTTAATTATGACATTATAAAATCGTTTACAGTGAATAATAATGCTTTCGAGGGTAT-AGGTCAC
1 AATCAATTATGAAATTAT-AAACCATTTAAAACGAGTAATAATGCTTTCGAAGGTATGA-GTGAC
* * * * * * *
4890 TATAAATAGA-TTTTATT-TGCCAATGAAAGGCTTTTTCTTCACATTTTTTGATA-TAGACATTC
64 TATAAATGGACTTTTCTTAT--CAATGAATGGCTTTTTCTTCACA-TTTATCA-AGGAAACATTC
* * * ********* * *
4952 AATTATAATATGTTTTAACCANNNNNNNNNNAAAATTCAGCTTAA
125 AATTATAATCTATTTTAACTA-AAAACATAAAAAATTTAACTTAA
* * * *
4997 AATCATTTATGACATTATTAAACCATTTAAAACGAGTAATAATGCTTTTGAAGGTATAAGTGACT
1 AATCAATTATGAAATTA-TAAACCATTTAAAACGAGTAATAATGCTTTCGAAGGTATGAGTGACT
* * *
5062 ATAAATGGACTTTT-TTATCAATGAATAGG-TTTTTTTTCACATTTCTCAAGGAAGACAATCAAT
65 ATAAATGGACTTTTCTTATCAATGAAT-GGCTTTTTCTTCACATTTATCAAGGAA-ACATTCAAT
* *
5125 TATAATCTATTTTAACCAAAAACATAAAAACATTTAACTGAA
128 TATAATCTATTTTAACTAAAAACATAAAAA-ATTTAACTTAA
** * * * * * *
5167 AATTGATTATGAAATTATAACACCAATTAAAGCGAGTAACAAGGCTTTCGAAGGCT-TGAGGGAT
1 AATCAATTATGAAATTATAA-ACCATTTAAAACGAGTAATAATGCTTTCGAAGG-TATGAGTGAC
* ** * * * * * *
5231 TATAAATGGACTTTTCGTGCCAACGGATGGCTTTTGCTTCA-AGTTTTTCTAGGAAAATATTCAA
64 TATAAATGGACTTTTCTTATCAATGAATGGCTTTTTCTTCACA-TTTATCAAGG-AAACATTCAA
* * * *
5295 TTATAATATATTTTAATTAAAAATATAAAAAATATAACTTAA
127 TTATAATCTATTTTAACTAAAAACATAAAAAATTTAACTTAA
* * * * *
5337 AATCAATTAT-AAGATTGTAAAACCATTTAAAATGAGTAATAATACTTTCGAAAGTATGGGTGAC
1 AATCAATTATGAA-ATTAT-AAACCATTTAAAACGAGTAATAATGCTTTCGAAGGTATGAGTGAC
* * **
5401 TATAAATGGACTTTTCTTCTGAATGAATGGCTTTTTCTTCACATTTAAT-ACACTAAACATTCAA
64 TATAAATGGACTTTTCTTATCAATGAATGGCTTTTTCTTCACATTT-ATCA-AGGAAACATTCAA
* *
5465 TTATAATAC-ATTTTAACTATAAACATAAAAAAATTCAACTTAA
127 TTATAAT-CTATTTTAACTAAAAACAT-AAAAAATTTAACTTAA
* *
5508 AATCAATTATGAGATTATAAATCATTTAAA
1 AATCAATTATGAAATTATAAACCATTTAAA
5538 GTGAGNNNNN
Statistics
Matches: 546, Mismatches: 136, Indels: 61
0.73 0.18 0.08
Matches are distributed among these distances:
168 1 0.00
169 15 0.03
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171 260 0.48
172 19 0.03
173 1 0.00
ACGTcount: A:0.40, C:0.12, G:0.12, T:0.35
Consensus pattern (168 bp):
AATCAATTATGAAATTATAAACCATTTAAAACGAGTAATAATGCTTTCGAAGGTATGAGTGACTA
TAAATGGACTTTTCTTATCAATGAATGGCTTTTTCTTCACATTTATCAAGGAAACATTCAATTAT
AATCTATTTTAACTAAAAACATAAAAAATTTAACTTAA
Found at i:6234 original size:171 final size:169
Alignment explanation
Indices: 6057--6531 Score: 429
Period size: 171 Copynumber: 2.8 Consensus size: 169
6047 TAAGGTACGG
* * *
6057 GTGACTATAAATAGACTTTTCTTGCTAATGAATGGCTTTTTCTTTACTATTCTCAAGACAGACAT
1 GTGACTATAAAT-GACTTTTCTT-CTAATGAATGGCTTTTCCTTCACTATTATCAAGACAGACAT
* * *
6122 TCAATTATAATCTGTTTTAA-CTAAAAATGTAAAGAAATTCA-ACTTAAAATCGATTATAAAATT
64 TCAATTATAATCTGTTTTAATC-AAAAATATAAAAAAATTCAGA-TTAAAATCAATTATAAAATT
* * * *
6185 ATAACACCATTTAAAGCGAATAATGAGGCTTTTGAAGGCTTCA
127 ATAAAACAATTTAAAGCGAATAATGAGGCTTTCGAAGGCATCA
* * * * * * * * *
6228 GTGACTATAAATGGACTTTTCGCTCTGACGAATGGCTTTTGCTTCA-TGTTTTTTAAGTCAGATA
1 GTGACTATAAAT-GACTTTTC-TTCTAATGAATGGCTTTTCCTTCACT-ATTATCAAGACAGACA
* * * * * *
6292 TGCAATTATAATATGTTGTAATCAAAAGTATAAAAAAATTCAGATTAAAATCAATTATGACATTA
63 TTCAATTATAATCTGTTTTAATCAAAAATATAAAAAAATTCAGATTAAAATCAATTATAAAATTA
* * * **
6357 TAAAACAATTTAAAGTGAGTAATGATGCTTTCGAAGGCATGG
128 TAAAACAATTTAAAGCGAATAATGAGGCTTTCGAAGGCATCA
* * * *
6399 GTGACTATAAATGCACTTTTCTTACTAATGAAAGGATTGTCCTTCAC-ATTTATCAAGGCAGACA
1 GTGACTATAAATG-ACTTTTCTT-CTAATGAATGGCTTTTCCTTCACTA-TTATCAAGACAGACA
* ** * * * * * *
6463 TTCAATTATAATCTGTTTCAATCAACGATGTAGAATAATTCA-ACTTGAAATCAATTATGAGATT
63 TTCAATTATAATCTGTTTTAATCAAAAATATAAAAAAATTCAGA-TTAAAATCAATTATAAAATT
6527 ATAAA
127 ATAAA
6532 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 242, Mismatches: 53, Indels: 18
0.77 0.17 0.06
Matches are distributed among these distances:
170 4 0.02
171 235 0.97
172 3 0.01
ACGTcount: A:0.37, C:0.13, G:0.14, T:0.35
Consensus pattern (169 bp):
GTGACTATAAATGACTTTTCTTCTAATGAATGGCTTTTCCTTCACTATTATCAAGACAGACATTC
AATTATAATCTGTTTTAATCAAAAATATAAAAAAATTCAGATTAAAATCAATTATAAAATTATAA
AACAATTTAAAGCGAATAATGAGGCTTTCGAAGGCATCA
Found at i:8286 original size:171 final size:169
Alignment explanation
Indices: 7953--8310 Score: 406
Period size: 171 Copynumber: 2.1 Consensus size: 169
7943 NNNNNNNNNN
* * *
7953 TTTATAATCTT-ATAATTGATTTTAAGTTAAATGTTTTTATATTTTTTATTAAAATATATTATAA
1 TTTATAAT-TTCATAATTAATTTTAAGTTAAATGTTTTTATATTTTTTATTAAAACAGATTATAA
* * *
8017 TTGAATATCTGCTTAAAAAAAGTGAAGCAAAAGCCATCCGTTGACACAAAAAGTCCATTTATAGT
65 TTGAATATCTCCTTAAAAAAAGTGAAGAAAAAGCCATCCATTGACACAAAAAGTCCATTTATAGT
* * *
8082 CACTCAAGCCTTCAAAAACCTTGTTACTCGCTTTAATTGG
130 CACTCAAGCCTTCAAAAACATTATTACTCGCTTTAAATGG
*
8122 TGTTATAATTTCATAATTAATTTTAAGTTGAAT-TTTTT-TATGTTTTTAGTTAAAACAGATTAT
1 T-TTATAATTTCATAATTAATTTTAAGTTAAATGTTTTTATAT-TTTTTA-TTAAAACAGATTAT
* * * *
8185 AATTGAATGTCTTCCTTAAGAAACA-TGAAGAAAAAGCCATTCATTAGTA-A-AAAAAGTCTATT
63 AATTGAATATC-TCCTTAA-AAAAAGTGAAGAAAAAGCCATCCATT-G-ACACAAAAAGTCCATT
** * *
8247 TATAGTTTCTCATA-CCTTCGAAAGCATTATTACTCGCTTTAAATGG
124 TATAGTCACTCA-AGCCTTCAAAAACATTATTACTCGCTTTAAATGG
*
8293 TTTGATAATGTCATAATT
1 TTT-ATAATTTCATAATT
8311 GATTNNNNNN
Statistics
Matches: 160, Mismatches: 19, Indels: 18
0.81 0.10 0.09
Matches are distributed among these distances:
168 3 0.02
169 14 0.09
170 50 0.31
171 85 0.53
172 7 0.04
173 1 0.01
ACGTcount: A:0.36, C:0.12, G:0.11, T:0.41
Consensus pattern (169 bp):
TTTATAATTTCATAATTAATTTTAAGTTAAATGTTTTTATATTTTTTATTAAAACAGATTATAAT
TGAATATCTCCTTAAAAAAAGTGAAGAAAAAGCCATCCATTGACACAAAAAGTCCATTTATAGTC
ACTCAAGCCTTCAAAAACATTATTACTCGCTTTAAATGG
Found at i:8963 original size:171 final size:161
Alignment explanation
Indices: 8654--8973 Score: 309
Period size: 171 Copynumber: 1.9 Consensus size: 161
8644 NNNNNNNNTG
* * *
8654 ATTTTAAGTTGAATTTTTTCATGTTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTCAAGA
1 ATTTTAAGTTGAATTTTTTCATGTTTTTGGTTAAAACAAATTATAACTGAATGTCTACATCAAGA
** * * * * * * *
8719 AATGTGAAGCAAAACCCATCTGTTGGCACGAAAAGTTCAATTATAGTCACTCAAGCCTTCAAAAG
66 AACATGAAGAAAAACCCATCTATTGGCAAGAAAAGTCCAATTATAGTCACCCAAGCCATCAAAAC
*
8784 CTTTATTACTAACTTTAAATGGTTTTATAAT
131 CATTATTACTAACTTTAAATGGTTTTATAAT
*
8815 NNNNNNNNNNATTTTAAGTTGAATTTTTTTATGTTTTTGGTTAAAACAAATTATAACTGAATGTC
1 ----------ATTTTAAGTTGAATTTTTTCATGTTTTTGGTTAAAACAAATTATAACTGAATGTC
** ** * * * *
8880 TGTATTGAGAAACATGAAGAAAAAGCCAT-TCATTGGCAATAAAAGTCCATTTATAGTCACCCAT
56 TACATCAAGAAACATGAAGAAAAACCCATCT-ATTGGCAAGAAAAGTCCAATTATAGTCACCCAA
* * *
8944 GGCATCGAAACCATTATTACTCACTTTAAA
120 GCCATCAAAACCATTATTACTAACTTTAAA
8974 AAGCTTNNNN
Statistics
Matches: 123, Mismatches: 25, Indels: 2
0.82 0.17 0.01
Matches are distributed among these distances:
170 1 0.01
171 122 0.99
ACGTcount: A:0.35, C:0.14, G:0.13, T:0.35
Consensus pattern (161 bp):
ATTTTAAGTTGAATTTTTTCATGTTTTTGGTTAAAACAAATTATAACTGAATGTCTACATCAAGA
AACATGAAGAAAAACCCATCTATTGGCAAGAAAAGTCCAATTATAGTCACCCAAGCCATCAAAAC
CATTATTACTAACTTTAAATGGTTTTATAAT
Found at i:9868 original size:169 final size:169
Alignment explanation
Indices: 9311--9898 Score: 504
Period size: 169 Copynumber: 3.4 Consensus size: 169
9301 NNNNNNNNNN
* * * * * * *
9311 CTTCGAATGCATTATTACTCGCTTTAAATGGGTTTATAATCTCATAATTGATTTAAAGTTGAATT
1 CTTCGAAAGTATTATTGCTCTCTTTAAATAGTTTTAT-ATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAA-T
* ** * * * * * * ** * *
9376 TTTTTACGTTTTGGGT-TAAACTAGATTATAATTGATTGTCTACCA-CAAGAAGCATAAAGAAAA
64 TTTTTACATTTTGTATGAAAAC-ATATTAGAATTGAATGTTTA-TATTGAGAAACATCAAGAAAA
* * * *
9439 AACCATTTATTGAG-AAGCAAAGTCCATTTATAGTTACCTATGC
127 AACCATTCATT-AGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGC
* * * *
9482 CTTCGAAAGTGTTATTGCTCTCTTTAAGTGGTTTTATAATCCCATAATTGATTTTAAGTTGAATT
1 CTTCGAAAGTATTATTGCTCTCTTTAAATAGTTTTAT-ATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAA-T
*
9547 GTTTTTACATTTTTTATGAAAACATATTAGAATTGAATGTTTATATTGAGAAACATCAAGAAAAA
64 -TTTTTACATTTTGTATGAAAACATATTAGAATTGAATGTTTATATTGAGAAACATCAAGAAAAA
* * * *
9612 ACCTTTCATTGGCAAGTAAAGTCCATTTATAGTC-CCCTATAC
128 ACCATTCATTAGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCC-ATGC
* * *********
9654 CTTCGAAAGTATTATTACTCGCTTTAAANNNNNNNNNNATCTCATAATTGATTTT-AGTTTGAAT
1 CTTCGAAAGTATTATTGCTCTCTTTAAA-TAGTTTTATATCTCATAATTGATTTTAAG-TTGAAT
* * * * * * * * *
9718 TTTTTATA-TTTGTATTAAAATATATTATAATTGAATGTTTGTCTTGAGAAACATGAAGATAAAG
64 TTTTTACATTTTGTATGAAAACATATTAGAATTGAATGTTTATATTGAGAAACATCAAGAAAAAA
**
9782 CCATTCATTAGCAAGAAAAGTGTATTTATAGTCACCCATGC
129 CCATTCATTAGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGC
* *
9823 CTTCGAAAGTATTATTGCACTCTTTAAATAGTTTTATACTCTCATAATTAATTTTAAGTTGAATT
1 CTTCGAAAGTATTATTGCTCTCTTTAAATAGTTTTATA-TCTCATAATTGATTTTAAGTTGAA-T
9888 TTTTTACATTT
64 TTTTTACATTT
9899 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 331, Mismatches: 74, Indels: 24
0.77 0.17 0.06
Matches are distributed among these distances:
168 1 0.00
169 123 0.37
170 20 0.06
171 65 0.20
172 118 0.36
173 4 0.01
ACGTcount: A:0.33, C:0.12, G:0.13, T:0.40
Consensus pattern (169 bp):
CTTCGAAAGTATTATTGCTCTCTTTAAATAGTTTTATATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTT
TTTACATTTTGTATGAAAACATATTAGAATTGAATGTTTATATTGAGAAACATCAAGAAAAAACC
ATTCATTAGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGC
Found at i:10978 original size:171 final size:169
Alignment explanation
Indices: 10675--11084 Score: 443
Period size: 171 Copynumber: 2.4 Consensus size: 169
10665 NNNNNNNNGA
* ** * *
10675 TTCATTAGCAAGAAAAGTGTATTAATAGTCACCCATGCTTTCGAAAGCATTATTACTCCTTTTAA
1 TTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGC-TTCGAAAGAATTATTACTCC-TTTAA
*
10740 ATGGGTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACGTTTTGAGTTAAAATAGATT
64 ATGGGTTTATAATCTCATAATTAATTTTAAGTTGAATTTTTTTACGTTTTGAGTTAAAATAGATT
* * * *
10805 ATAATTGATTGTC-CGCCTCAAGAAACATGAGGGAAAAATCAT
129 ATAATTGAATGTCTAGCCTCAA-AAACATGA-AGAAAAAACAT
** *
10847 TT-ATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTGATGTCTTGGAAAGAATTATTACTCTCTTTAA
1 TTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATG-CTTCGAAAGAATTATTACTC-CTTTAA
* * * *
10911 GTGGTTTTATAATCTCATAATTAATTTTAAGTT-AATTGTTTTTACATTTTTTA-TTAAAACT-G
64 ATGGGTTTATAATCTCATAATTAATTTTAAGTTGAATT-TTTTTAC-GTTTTGAGTTAAAA-TAG
* * * * *
10973 ATTATAGTTGAATGTCTATCTTCAAAAACGTGAAGAAAAAACCT
126 ATTATAATTGAATGTCTAGCCTCAAAAACATGAAGAAAAAACAT
* ** * *
11017 TTCATTGGCAGGTGAAGTCCATTTATAGTCACCCATACCTTCGAAAGTATTATTACTCGCTTTAA
1 TTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCAT-GCTTCGAAAGAATTATTACTC-CTTTAA
11082 ATG
64 ATG
11085 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 198, Mismatches: 32, Indels: 17
0.80 0.13 0.07
Matches are distributed among these distances:
170 14 0.07
171 169 0.85
172 15 0.08
ACGTcount: A:0.33, C:0.13, G:0.14, T:0.39
Consensus pattern (169 bp):
TTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCTTCGAAAGAATTATTACTCCTTTAAAT
GGGTTTATAATCTCATAATTAATTTTAAGTTGAATTTTTTTACGTTTTGAGTTAAAATAGATTAT
AATTGAATGTCTAGCCTCAAAAACATGAAGAAAAAACAT
Found at i:15502 original size:171 final size:167
Alignment explanation
Indices: 15092--18675 Score: 869
Period size: 171 Copynumber: 21.1 Consensus size: 167
15082 NNNTGTTTGA
* * * * * *
15092 GTGACTATAAATGGACTTTTCGTGCTAACGGATGGCTTTTGCTTCACTTTTTTCAAGGTAGACAT
1 GTGACTATAAATAGACTTTTCTTACCAACGGATGGCTTTTACTTCAC--TTTTCTAGGTAGACAT
* *
15157 TCAATTATAATATATTTTAAAGAAAAATTATAAAATAATTTAACTTAAAATCAATTATGATATTA
64 TCAATTATAATATATTTT-AACAAAAA-TATAAAATAA-TTAACTTAAAATCAATTATGACATTA
* * *
15222 TAAAACCATTTGAAGTGAGTAATAATGCTTTTGAAGGCACGG
126 TAAAAACATTTGAAGTGAGTAATAATGCTTTCGAAGGCACAG
* * * * * * * * *
15264 GTGACTATAAATAGACTTTT-TTAACCAATGAATGGATTTTTCTTTATGTTTTTCGAGATAAACA
1 GTGACTATAAATAGACTTTTCTT-ACCAACGGATGGCTTTTACTTCA--CTTTTCTAGGTAGACA
* * * * * *
15328 TTCAAATATAGTCTGTTTTAATCAAAAATCTAAAATAATTCAGCTTAAAATCAATTATGACATTA
63 TTCAATTATAATATATTTTAA-CAAAAATATAAAATAATT-AACTTAAAATCAATTATGACATTA
* ********* * *
15393 TAAAAATATTT-ANNNNNNNNNNTAATGCTTTCGAAGGTATAG
126 TAAAAACATTTGA-AGTGAGTAATAATGCTTTCGAAGGCACAG
15435 GTGACTATAAATAGACTTTTCTTACCAACGGATGGCTTTTACTTCACTTTCTCTAGGGTAGACAT
1 GTGACTATAAATAGACTTTTCTTACCAACGGATGGCTTTTACTTCACTTT-TCTA-GGTAGACAT
* * *
15500 TCAATTATAATAAATTTTAACAAAAAATATAAAAT-ATTATACTTAAAATCAACTATGAGATTAT
64 TCAATTATAATATATTTTAAC-AAAAATATAAAATAATTA-ACTTAAAATCAATTATGACATTAT
* * * * * * **
15564 AAAACCATTTAAAGCGAGTGATAATGCTTTCAAAGACATGG
127 AAAAACATTTGAAGTGAGTAATAATGCTTTCGAAGGCACAG
* * * *** * * ** * * * * * *
15605 GTGAGTATAAATGGACTTTTATTGTTAATGAATGAATTTTTCTTTACGTTTCTCGAGGCAAATAT
1 GTGACTATAAATAGACTTTTCTTACCAACGGATGGCTTTTACTTCAC-TTT-TCTAGGTAGACAT
* * * * * *
15670 GCAATTATAATCAT-TTTAAAGCAAAAATGTAAAAGAATTCAACTTCAAATCAATTATGAGATTA
64 TCAATTATAAT-ATATTTTAA-CAAAAATATAAAATAATT-AACTTAAAATCAATTATGACATTA
********************** **
15734 T-AAAACTATTTNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTAAGGC-TTG
126 TAAAAAC-ATTTGAAGTGAGTAATAATGCTTTCGAAGGCACAG
* * * * * * * * *
15775 AGTGACTATAAGTGGACTTTTCGTGCCAACGGATGGCTTTTGCTTTACGTTTTTTAAGGCAGATA
1 -GTGACTATAAATAGACTTTTCTTACCAACGGATGGCTTTTACTTCAC-TTTTCT-AGGTAGACA
* * * * *
15840 TTCAATTATAATCTGTTTTAATAAAAAATATAAAAAAATCAACTTAAAATCAA-T-TGACATTAT
63 TTCAATTATAATATATTTTAA-CAAAAATATAAAATAATTAACTTAAAATCAATTATGACATTAT
* * * **
15903 -AAAACTATTTAAAGTGAGTAATAATGTTTTTGAAGGCATGG
127 AAAAAC-ATTTGAAGTGAGTAATAATGCTTTCGAAGGCACAG
* * * * *
15944 GTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAACGGATGGCTTTTGCTTAACTTTTTCTGGGCTAGACAT
1 GTGACTATAAATAGACTTTTCTTACCAACGGATGGCTTTTACTTCAC-TTTTCTAGG-TAGACAT
* * * * *
16009 TCAATTATAATAAATTTTAATAAAAA-ATACAAATAATTGAACTTCAAATCAACTATGAGATTAT
64 TCAATTATAATATATTTTAACAAAAATATA-AAATAATT-AACTTAAAATCAATTATGACATTAT
* * * * * **
16073 -AAAACTATTTAAAATGATTAATAATGCTTTCAAAGGTATGG
127 AAAAAC-ATTTGAAGTGAGTAATAATGCTTTCGAAGGCACAG
* **** * * ** * * * * * *
16114 GTGACTATAAATAGACTTTTATGGTTAATGAATGAATTTTTCTTTACATTGCTCAAGGCAGATAT
1 GTGACTATAAATAGACTTTTCTTACCAACGGATGGCTTTTACTTCAC-TT-TTCTAGGTAGACAT
* * * * * * * *
16179 GCAATTATAATCTTTTTTAACCAAAAACATAAAAAAATTCAACTTCAAATCAATTATAAGATTAT
64 TCAATTATAATATATTTTAA-CAAAAATATAAAATAATT-AACTTAAAATCAATTATGACATTAT
********** * * * *
16244 AANNNNNNNNNNAGCGAGTAATAAGGCTTTCTAA-G-ACTTG
127 AAAAACATTTGAAGTGAGTAATAATGCTTTCGAAGGCAC-AG
* * * * * * *
16284 AGTGACTATAGATGGACTTTTCGTGCCAACGGAT-GCTTTTGCTTCA-TGTTTTTGAAGGCAGAC
1 -GTGACTATAAATAGACTTTTCTTACCAACGGATGGCTTTTACTTCACT-TTTCT--AGGTAGAC
* * * * * * * *
16347 ATTTAATTATAATCTGTTTGAATAAAAAATATAAAAAAATCAACTCAAAATCAATTATGACATTA
62 ATTCAATTATAATATATTTTAA-CAAAAATATAAAATAATTAACTTAAAATCAATTATGACATTA
* * *
16412 T-AAAACTATTTAAAGCGAGTAATAATGCTTTCGAAGGCA-TG
126 TAAAAAC-ATTTGAAGTGAGTAATAATGCTTTCGAAGGCACAG
* * * * * *
16453 AGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGGATGGCTTTTGCTTCACTTTTTCTGGGCTAGACG
1 -GTGACTATAAATAGACTTTTCTTACCAACGGATGGCTTTTACTTCAC-TTTTCTAGG-TAGACA
* * * * * * *
16518 TTCAACTATAATATATTTTAATAAAAAATACAAAAAAATCAAACTTAAAATCAACTATGAGATTA
63 TTCAATTATAATATATTTTAA-CAAAAATATAAAATAAT-TAACTTAAAATCAATTATGACATTA
* ** * **
16583 T-AAAACTATTTAAAGCAAGTAATAATGCTTTCAAAGGCATGG
126 TAAAAAC-ATTTGAAGTGAGTAATAATGCTTTCGAAGGCACAG
********** * * * * * ** * * *
16625 GTGACTATANNNNNNNNNNTATTGCTAATGAATGAATTTTTA-TTTA-TGTTTCTTAAGGCAGAT
1 GTGACTATAAATAGACTTTTCTTACCAACGGATG-GCTTTTACTTCACT-TTTC-T-AGGTAGAC
* * * * *
16688 ATTCAATTATAATATTTTTTAACTAAAAAAATAAAA-ATATTCAACTTCAAATCAATTATGAAAN
62 ATTCAATTATAATATATTTTAAC-AAAAATATAAAATA-ATT-AACTTAAAATCAATTATGACAT
********* * * * ** **
16752 NNNNNNNNNATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTTAAGG-ATTG
124 TATAAAAACATTTGAAGTGAGTAATAATGCTTTCGAAGGCACAG
* * * * * * *
16795 AGTGACTATAAATGGACTTTCCGTGCCAACAGATGGCTTTTACTTTA-TGTTTTTGAAGGTAGAC
1 -GTGACTATAAATAGACTTTTCTTACCAACGGATGGCTTTTACTTCACT-TTTCT--AGGTAGAC
* * * * * * *
16859 ATTCAATTATAATATGTTTTAATGAGAAATGTAAAAAAAATCAGCTTAAAATCAATTATGACATT
62 ATTCAATTATAATATATTTTAA-CAAAAATAT-AAAATAATTAACTTAAAATCAATTATGACATT
* * * **
16924 AT-AAAACAATTTAAAGCGAGTAATAATGCTTTCGAAGACATGG
125 ATAAAAAC-ATTTGAAGTGAGTAATAATGCTTTCGAAGGCACAG
********** * * * * * * * * ***
16967 GTGACTNNNNNNNNNNTTTGCTTGCCAATGAAAGGCTTTTTCTTCATGTTTATCAAAACAGACAT
1 GTGACTATAAATAGACTTTTCTTACCAACGGATGGCTTTTACTTCA-CTTT-TCTAGGTAGACAT
* * * * * * **********
17032 TTAATTATAATCTGTTTTAATCAAAAATGTAAAAAAATCAACTNNNNNNNNNNTATGACATTATA
64 TCAATTATAATATATTTTAA-CAAAAATATAAAATAATTAACTTAAAATCAATTATGACATTATA
* * ** * *
17097 AAACCATTTAAAGCAAGTAATAATGCTTTCAAAGGCA-TG
128 AAAACATTTGAAGTGAGTAATAATGCTTTCGAAGGCACAG
* * * *
17136 GATGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAACGGATGACTTTTGCTTCACTTTTTCTAGGCTAGACA
1 G-TGACTATAAATAGACTTTTCTTACCAACGGATGGCTTTTACTTCAC-TTTTCTAGG-TAGACA
* * * *
17201 ATCAATTATAATATCA-TTT-ATAAAAATA-AAAA-AATTAAACTT-AAATCAATTATAAGATTA
63 TTCAATTATAATAT-ATTTTAACAAAAATATAAAATAATT-AACTTAAAATCAATTATGACATTA
* * * * * * **
17261 TAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAATACTTTCAAAGCCATGG
126 TAAAAACATTTGAAGTGAGTAATAATGCTTTCGAAGGCACAG
* *** * * **
17303 GTGACTATAAATGGACTTTTCTTGTTAACGGATGGCTTTTTCTTCA-TGTTTCTCGAGGCAGGTA
1 GTGACTATAAATAGACTTTTCTTACCAACGGATGGCTTTTACTTCACT-TTTCT--AGGTAGACA
* * * * * * * *
17367 GTCAATTATAATTTGTTTTAGCCAATATATAACAA-AATTCAGTTGAAAATCAATTATGACATTA
63 TTCAATTATAATATATTTTAACAAAAATATAA-AATAATTAACTT-AAAATCAATTATGACATTA
* * * ** * * **
17431 TAAAACCTTTTAAAGAAAGTAATAATACTTTTGAAGGCATGG
126 TAAAAACATTTGAAGTGAGTAATAATGCTTTCGAAGGCACAG
* * ** * * *
17473 GTGACTATAAATGGACTTTTCTT-TCTTC--AT-G-------TT---TTTT-GAGATAAACATTC
1 GTGACTATAAATAGACTTTTCTTACCAACGGATGGCTTTTACTTCACTTTTCTAGGTAGACATTC
* * * * * ********** *
17523 AATTATAATATGTTTTAATCAAAAATGTAAAACAATTCAGCTTAAAATTANNNNNNNNNNTATCA
66 AATTATAATATATTTTAA-CAAAAATATAAAATAATT-AACTTAAAATCAATTATGACATTATAA
* * * * *
17588 AACCATTTAAAGCGAGTAATAATGCTTTTGAAGGCATAG
129 AAACATTTGAAGTGAGTAATAATGCTTTCGAAGGCACAG
* * * ** * * * * ***
17627 GTGACTATAAATGGAGTTTTTTTGTCAATGAATGGCTTTTTCTTCA-TGTTTCTCGAGGAAGNNN
1 GTGACTATAAATAGACTTTTCTTACCAACGGATGGCTTTTACTTCACT-TTTCT--AGGTAGACA
*************** * * *
17691 NNNNNNNNNNNNNNGTTTTAACTAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATTAATTATGAGATTA
63 TTCAATTATAATATATTTTAAC-AAAAATATAAAATAATT-AACTTAAAATCAATTATGACATTA
* * * * * *
17756 TAACACCATTTAAAGTGAGTAACAAGGCTTTCGAA-G-ACTTG
126 TAAAAACATTTGAAGTGAGTAATAATGCTTTCGAAGGCAC-AG
* * * * * * * ***
17797 AGTGACTATAAATGGACTTTT-TGTTCTAATGGATGGTTTTTGCTTCATGTTTTTCTAAACAGAC
1 -GTGACTATAAATAGACTTTTCT-TACCAACGGATGGCTTTTACTTCA--CTTTTCTAGGTAGAC
********* * * * *
17861 ATTCAATTATAATATATTNNNNNNNNNNATATAAAAAAATCTAACTTAAAATTAATTATAAGATT
62 ATTCAATTATAATATATT-TTAACAAAAATATAAAATAAT-TAACTTAAAATCAATTATGACATT
* * ** **
17926 AT-AAAACTATTTAAAGCGAGTAATAATGCTTTCGAAGATATGG
125 ATAAAAAC-ATTTGAAGTGAGTAATAATGCTTTCGAAGGCACAG
* * * * * ** **
17969 GTGACTATAAATGGACTTTTCTTTCGAATGAATGGCTTTTTTTTCA-TGTTTCTTAAGCCAGACA
1 GTGACTATAAATAGACTTTTCTTACCAACGGATGGCTTTTACTTCACT-TTTC-T-AGGTAGACA
* * * * * * * *
18033 TTCAATTATAATCTGTTTTAACTAAAAATGTAAAACAATTTAGCTTAAAATTAATTATAACGTTA
63 TTCAATTATAATATATTTTAAC-AAAAATATAAAATAA-TTAACTTAAAATCAATTATGACATTA
* * * * * **
18098 TAAAACCATTTAAAGCGAGTAAGAATGCTTTCGAAGGTATGG
126 TAAAAACATTTGAAGTGAGTAATAATGCTTTCGAAGGCACAG
* * * * * * * ** *
18140 GTGACTATAAATGGACTTTTCTTACTAAAGAATGACTTTTTCTTCACATTTCTCAAGACAAACAT
1 GTGACTATAAATAGACTTTTCTTACCAACGGATGGCTTTTACTTCAC-TTT-TCTAGGTAGACAT
* * * * * * *
18205 TCAATTATAATATGTTTTAACCATAAACATAAAAAAATTTAACTTAAAATTAAATATGAGATTAT
64 TCAATTATAATATATTTTAA-CAAAAATATAAAATAA-TTAACTTAAAATCAATTATGACATTAT
** * * * ** **
18270 AAAATTATTTAAAGCGAGTAATAATGTTTTTC-AAGATATGG
127 AAAAACATTTGAAGTGAGTAATAATG-CTTTCGAAGGCACAG
* * *** * * * * * *
18311 GTGACTATGAAT-GTACTTTTTTTACCAATAAAAGGCTTTTTCTTTA-TGTTTATTAAGGCAAAC
1 GTGACTATAAATAG-ACTTTTCTTACCAACGGATGGCTTTTACTTCACT-TTT-CT-AGGTAGAC
* * * * * *
18374 ATTCAATTTTAATATAGTTTAATAAAAAATATTAAAAAAAATTCAACTTGAAATCAATTATGAGA
62 ATTCAATTATAATATATTTTAA-CAAAAATA-T-AAAATAATT-AACTTAAAATCAATTATGACA
* * * * * * * * *
18439 CTATAAAACCATTTAAAGCGAATAATAAAGTTTTCGATGGCA-TG
123 TTATAAAAACATTTGAAGTGAGTAATAATGCTTTCGAAGGCACAG
* * * * ** * *
18483 AGTGACTATAAATCGACTTTTCGTGCTAATAGATGGCTTTTGCTTCACATTTCTTGAGGTAGACA
1 -GTGACTATAAATAGACTTTTCTTACCAACGGATGGCTTTTACTTCACTTTTC-T-AGGTAGACA
* * * * * *
18548 TACAATTATAATATGTTTTAACAAAAAACATAAAAAAATTCAACTTAAAATAAATTATGAGATTA
63 TTCAATTATAATATATTTTAAC-AAAAATATAAAATAATT-AACTTAAAATCAATTATGACATTA
* * * * **
18613 T-GAAACTATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGG-ATTG
126 TAAAAAC-ATTTGAAGTGAGTAATAATGCTTTCGAAGGCACAG
*
18654 AGTGACTATAGATAGACTTTTC
1 -GTGACTATAAATAGACTTTTC
18676 ATGCTAANNN
Statistics
Matches: 2546, Mismatches: 727, Indels: 279
0.72 0.20 0.08
Matches are distributed among these distances:
153 24 0.01
154 77 0.03
155 4 0.00
156 3 0.00
157 3 0.00
158 1 0.00
159 2 0.00
164 1 0.00
165 7 0.00
166 110 0.04
167 34 0.01
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169 108 0.04
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172 118 0.05
173 134 0.05
174 2 0.00
ACGTcount: A:0.37, C:0.11, G:0.13, T:0.35
Consensus pattern (167 bp):
GTGACTATAAATAGACTTTTCTTACCAACGGATGGCTTTTACTTCACTTTTCTAGGTAGACATTC
AATTATAATATATTTTAACAAAAATATAAAATAATTAACTTAAAATCAATTATGACATTATAAAA
ACATTTGAAGTGAGTAATAATGCTTTCGAAGGCACAG
Found at i:15806 original size:341 final size:327
Alignment explanation
Indices: 15088--15963 Score: 828
Period size: 341 Copynumber: 2.6 Consensus size: 327
15078 NNNNNNNTGT
*
15088 TTGAGTGACTATAAATGGACTTTTCGTGCTAACGGATGGCTTTTGCTTCACTTTTTTCAAGGTAG
1 TTGAGTGACTATAAATGGACTTTTCGTGCCAACGGATGGCTTTTGCTTCACTTTTTT-AAGGTAG
15153 ACATTCAATTATAATATATTTTAAAGAAAAATTATAAAATAATT-TAACTTAAAATCAATTATGA
65 ACATTCAATTATAATATATTTTAAA-AAAAA-TATAAAAT-ATTAT-ACTTAAAATCAA-TATGA
* * * *
15217 TATTATAAAACCATTTGAAGTGAGTAATAATGCTTTTGAAGGCACGGGTGACTATAAATAGACTT
125 CATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAATGCTTTTGAAGGCATGGGTGACTATAAATGGACTT
* * * * * * *
15282 TTTTAACCAATGAATGGATTTTTCTTTATGTTTTTCGAGATAAACATTCAAATATAGTCTGTTTT
190 TTTTAACCAATGAATGAATTTTTCTTTACGTTTCTCGAGACAAACATGCAAATATAATCTGTTTA
* * *
15347 AATCAAAAATCTAAAATAATTCAGCTTAAAATCAATTATGACATTATAAAAATATTTANNNNNNN
255 AAGCAAAAATCTAAAAGAATTCAACTTAAAATCAATTATGACATTATAAAAATATTTA-------
15412 NNNTAATGCTTTCGAAGG
313 ---TAATGCTTTCGAAGG
* * * * * *
15430 TAT-AGGTGACTATAAATAGACTTTTCTTACCAACGGATGGCTTTTACTTCACTTTCTCTAGGGT
1 T-TGA-GTGACTATAAATGGACTTTTCGTGCCAACGGATGGCTTTTGCTTCACTTT-TTTAAGGT
* *
15494 AGACATTCAATTATAATAAATTTTAACAAAAAATATAAAATATTATACTTAAAATCAACTATGAG
63 AGACATTCAATTATAATATATTTTAA-AAAAAATATAAAATATTATACTTAAAATCAA-TATGAC
* * ** * *
15559 ATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTGATAATGCTTTCAAAGACATGGGTGAGTATAAATGGACTTT
126 ATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAATGCTTTTGAAGGCATGGGTGACTATAAATGGACTTT
*** * * *
15624 TATT-GTTAATGAATGAATTTTTCTTTACGTTTCTCGAGGCAAATATGCAATTATAATCAT-TTT
191 T-TTAACCAATGAATGAATTTTTCTTTACGTTTCTCGAGACAAACATGCAAATATAATC-TGTTT
* * * *
15687 AAAGCAAAAATGTAAAAGAATTCAACTTCAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTNNNNNNN
254 AAAGCAAAAATCTAAAAGAATTCAACTTAAAATCAATTATGACATTATAAAAATATTT-------
************
15752 NNNNNNNNNNNNNNTAAGG
312 ---ATAATGCTTTCGAAGG
* * *
15771 CTTGAGTGACTATAAGTGGACTTTTCGTGCCAACGGATGGCTTTTGCTTTACGTTTTTTAAGGCA
1 -TTGAGTGACTATAAATGGACTTTTCGTGCCAACGGATGGCTTTTGCTTCAC-TTTTTTAAGGTA
* * * * *
15836 GATATTCAATTATAATCTGTTTTAATAAAAAATATAAAAAAATCA-ACTTAAAATCAAT-TGACA
64 GACATTCAATTATAATATATTTTAA-AAAAAATAT-AAAATATTATACTTAAAATCAATATGACA
* *
15899 TTATAAAACTATTTAAAGTGAGTAATAATGTTTTTGAAGGCATGGGTGACTATAAATGGACTTTT
127 TTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAATGCTTTTGAAGGCATGGGTGACTATAAATGGACTTTT
15964 CTTGCCAACG
Statistics
Matches: 437, Mismatches: 76, Indels: 45
0.78 0.14 0.08
Matches are distributed among these distances:
339 61 0.14
340 1 0.00
341 266 0.61
342 26 0.06
343 80 0.18
344 3 0.01
ACGTcount: A:0.37, C:0.11, G:0.13, T:0.35
Consensus pattern (327 bp):
TTGAGTGACTATAAATGGACTTTTCGTGCCAACGGATGGCTTTTGCTTCACTTTTTTAAGGTAGA
CATTCAATTATAATATATTTTAAAAAAAATATAAAATATTATACTTAAAATCAATATGACATTAT
AAAACCATTTAAAGTGAGTAATAATGCTTTTGAAGGCATGGGTGACTATAAATGGACTTTTTTAA
CCAATGAATGAATTTTTCTTTACGTTTCTCGAGACAAACATGCAAATATAATCTGTTTAAAGCAA
AAATCTAAAAGAATTCAACTTAAAATCAATTATGACATTATAAAAATATTTATAATGCTTTCGAA
GG
Found at i:16017 original size:509 final size:504
Alignment explanation
Indices: 15325--18674 Score: 2071
Period size: 513 Copynumber: 6.6 Consensus size: 504
15315 TTCGAGATAA
* * * * * * * *
15325 ACATTCAAATATAGTCTGTTTTAATCAAAAATCTAAAATAATTCAGCTTAAAATCAATTATGACA
1 ACATTCAATTATAATCTGTTTGAATAAAAAATATAAAA-AAATCAACTCAAAATCAATTATGACA
* ********** * * *
15390 TTATAAAAATATTTANNNNNNNNNNTAATGCTTTCGAAGGTATAGGTGACTATAAATAGACTTTT
65 TTATAAAACTATTTAAAGCGAGTAATAATGCTTTCGAAGGCATGGGTGACTATAAATGGACTTTT
* * *
15455 CTTACCAACGGATGGCTTTTACTTCACTTTCTCTAGGG-TAGACATTCAATTATAATAAATTTTA
130 CTTGCCAACGGATGGCTTTTGCTTCACTTTTTCT-GGGCTAGACATTCAATTATAATAAATTTTA
* * *
15519 ACAAAAAATATAAAATATTATACTTAAAATCAACTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTG
194 ATAAAAAATA-AAAATATTA-ACTTAAAATCAACTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGCGAGTA
* * *
15584 ATAATGCTTTCAAAGACATGGGTGAGTATAAATGGACTTTTATTGTTAATGAATGAATTTTTCTT
257 ATAATGCTTTCAAAGGCATGGGTGACTATAAATAGACTTTTATTGTTAATGAATGAATTTTTCTT
* * * **
15649 TACGTTTCTCGAGGCAAATATGCAATTATAATCATTTTAAAGCAAAAATGTAAAAGAATTCAACT
322 TACGTTTCTCAAGGCAGATATGCAATTATAATCATTTTTAA-CAAAAAAATAAAA-AATTCAACT
******************* *
15714 TCAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTAAGGCTTGAGTG
385 TCAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTT--AGCGAGTAATAAGGCTTTCTAAGACTTGAGTG
* *
15779 ACTATA-AGTGGACTTTTCGTGCCAACGGATGGCTTTTGCTTTACGTTTTTTAAGGCAG
448 ACTATAGA-TGGACTTTTCGTGCCAACGGAT-GCTTTTGCTTCACGTTTTTGAAGGCAG
* * *
15837 ATATTCAATTATAATCTGTTTTAATAAAAAATATAAAAAAATCAACTTAAAATCAA-T-TGACAT
1 ACATTCAATTATAATCTGTTTGAATAAAAAATATAAAAAAATCAACTCAAAATCAATTATGACAT
* * *
15900 TATAAAACTATTTAAAGTGAGTAATAATGTTTTTGAAGGCATGGGTGACTATAAATGGACTTTTC
66 TATAAAACTATTTAAAGCGAGTAATAATGCTTTCGAAGGCATGGGTGACTATAAATGGACTTTTC
*
15965 TTGCCAACGGATGGCTTTTGCTTAACTTTTTCTGGGCTAGACATTCAATTATAATAAATTTTAAT
131 TTGCCAACGGATGGCTTTTGCTTCACTTTTTCTGGGCTAGACATTCAATTATAATAAATTTTAAT
* * ** *
16030 AAAAAATACAAATAATTGAACTTCAAATCAACTATGAGATTATAAAACTATTTAAAATGATTAAT
196 AAAAAATAAAAAT-ATT-AACTTAAAATCAACTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGCGAGTAAT
* *
16095 AATGCTTTCAAAGGTATGGGTGACTATAAATAGACTTTTATGGTTAATGAATGAATTTTTCTTTA
259 AATGCTTTCAAAGGCATGGGTGACTATAAATAGACTTTTATTGTTAATGAATGAATTTTTCTTTA
* * * *
16160 CATTGCTCAAGGCAGATATGCAATTATAATCTTTTTTAACCAAAAACATAAAAAAATTCAACTTC
324 CGTTTCTCAAGGCAGATATGCAATTATAATCATTTTTAA-CAAAAAAAT-AAAAAATTCAACTTC
* ********
16225 AAATCAATTATAAGATTATAANNNNNNNNNNAGCGAGTAATAAGGCTTTCTAAGACTTGAGTGAC
387 AAATCAATTATGAGATTATAA--AACTATTTAGCGAGTAATAAGGCTTTCTAAGACTTGAGTGAC
*
16290 TATAGATGGACTTTTCGTGCCAACGGATGCTTTTGCTTCATGTTTTTGAAGGCAG
450 TATAGATGGACTTTTCGTGCCAACGGATGCTTTTGCTTCACGTTTTTGAAGGCAG
*
16345 ACATTTAATTATAATCTGTTTGAATAAAAAATATAAAAAAATCAACTCAAAATCAATTATGACAT
1 ACATTCAATTATAATCTGTTTGAATAAAAAATATAAAAAAATCAACTCAAAATCAATTATGACAT
*
16410 TATAAAACTATTTAAAGCGAGTAATAATGCTTTCGAAGGCATGAGTGACTATAAATGGACTTTTC
66 TATAAAACTATTTAAAGCGAGTAATAATGCTTTCGAAGGCATGGGTGACTATAAATGGACTTTTC
* * * *
16475 TTGCCAATGGATGGCTTTTGCTTCACTTTTTCTGGGCTAGACGTTCAACTATAATATATTTTAAT
131 TTGCCAACGGATGGCTTTTGCTTCACTTTTTCTGGGCTAGACATTCAATTATAATAAATTTTAAT
* * *
16540 AAAAAATACAAAAAAATCAAACTTAAAATCAACTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGCAAGTAA
196 AAAAAAT--AAAAATAT-TAACTTAAAATCAACTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGCGAGTAA
********** * *
16605 TAATGCTTTCAAAGGCATGGGTGACTATANNNNNNNNNNTATTGCTAATGAATGAATTTTTATTT
258 TAATGCTTTCAAAGGCATGGGTGACTATAAATAGACTTTTATTGTTAATGAATGAATTTTTCTTT
* * *
16670 ATGTTTCTTAAGGCAGATATTCAATTATAAT-ATTTTTTAACTAAAAAAATAAAAATATTCAACT
323 ACGTTTCTCAAGGCAGATATGCAATTATAATCA-TTTTTAAC-AAAAAAATAAAAA-ATTCAACT
* ********** *
16734 TCAAATCAATTATGAAANNNNNNNNNNATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTTAAGGA-TTGAGT
385 TCAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTT--AGCGAGTAATAAGGCTTTCTAA-GACTTGAGT
* * * * * * *
16798 GACTATAAATGGACTTTCCGTGCCAACAGATGGCTTTTACTTTATGTTTTTGAAGGTAG
447 GACTATAGATGGACTTTTCGTGCCAACGGAT-GCTTTTGCTTCACGTTTTTGAAGGCAG
* * * * * * *
16857 ACATTCAATTATAATATGTTTTAATGAGAAATGTAAAAAAAATCAGCTTAAAATCAATTATGACA
1 ACATTCAATTATAATCTGTTTGAATAAAAAATAT-AAAAAAATCAACTCAAAATCAATTATGACA
* * ********** *
16922 TTATAAAACAATTTAAAGCGAGTAATAATGCTTTCGAAGACATGGGTGACTNNNNNNNNNNTTTG
65 TTATAAAACTATTTAAAGCGAGTAATAATGCTTTCGAAGGCATGGGTGACTATAAATGGACTTTT
* * * * **** * ***
16987 CTTGCCAATGAAAGGCTTTTTCTTCA-TGTTTATCAAAAC-AGACATTTAATTATAATCTGTTTT
130 CTTGCCAACGGATGGCTTTTGCTTCACT-TTT-TCTGGGCTAGACATTCAATTATAATAAATTTT
* * * ********** * * *
17050 AATCAAAAATGTAAAAAAATCAACTNNNNNNNNNNTATGACATTATAAAACCATTTAAAGCAAGT
193 AAT-AAAAA-ATAAAAATATTAACTTAAAATCAACTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGCGAGT
* * * ** * * * *
17115 AATAATGCTTTCAAAGGCATGGATGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAACGGATGACTTTTGCT
256 AATAATGCTTTCAAAGGCATGGGTGACTATAAATAGACTTTTATTGTTAATGAATGAATTTTTCT
* * * * * * * *
17180 TCAC-TTTTTCTAGGCTAGACAAT-CAATTATAAT-ATCATTT-ATAAAAATA-AAAAAATTAAA
321 TTACGTTTCTCAAGGC-AGA-TATGCAATTATAATCAT-TTTTAACAAAAAAATAAAAAATTCAA
* * ** * * * *
17240 CTT-AAATCAATTATAAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAATACTTTCAAAGCCATGGG
383 CTTCAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTT--AGCGAGTAATAAGGCTTTCTAAGACTTGAG
* * ** * * *
17304 TGACTATAAATGGACTTTTCTTGTTAACGGATGGCTTTTTCTTCATGTTTCTCG-AGGCAG
446 TGACTATAGATGGACTTTTCGTGCCAACGGAT-GCTTTTGCTTCACGTTT-TTGAAGGCAG
** * * * *** * * ** *
17364 GTAGTCAATTATAATTTGTTT-TAGCCAATATATAACAAAATTCAGTTGAAAATCAATTATGACA
1 ACATTCAATTATAATCTGTTTGAATAAAAAATATAA-AAAAATCAACTCAAAATCAATTATGACA
** * *
17428 TTATAAAACCT-TTTAAAGAAAGTAATAATACTTTTGAAGGCATGGGTGACTATAAATGGACTTT
65 TTATAAAA-CTATTTAAAGCGAGTAATAATGCTTTCGAAGGCATGGGTGACTATAAATGGACTTT
* * * * * **
17492 TCTT---------T--C--TT-CAT--GTTTTT-TGAGATAAACATTCAATTATAATATGTTTTA
129 TCTTGCCAACGGATGGCTTTTGCTTCACTTTTTCTGGGCTAGACATTCAATTATAATAAATTTTA
* * * ********** * *
17540 ATCAAAAATGTAAAACA-ATTCAGCTTAAAATTANNNNNNNNNNTATCAAACCATTTAAAGCGAG
194 AT-AAAAA-ATAAAA-ATATT-AACTTAAAATCAACTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGCGAG
** * * * * * **
17604 TAATAATGCTTTTGAAGGCATAGGTGACTATAAATGGAGTTTTTTTGTCAATGAATGGCTTTTTC
255 TAATAATGCTTTCAAAGGCATGGGTGACTATAAATAGACTTTTATTGTTAATGAATGAATTTTTC
* * * * ****************** *
17669 TTCATGTTTCTCGAGGAAGNNNNNNNNNNNNNNNNNGTTTTAACTAAAAATATAAAAAAATTCAA
320 TTTACGTTTCTCAAGGCAGATATGCAATTATAATCATTTTTAAC-AAAAAAAT-AAAAAATTCAA
* * * * * * *
17734 CTTAAAATTAATTATGAGATTATAACACCATTTAAAGTGAGTAACAAGGCTTTCGAAGACTTGAG
383 CTTCAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTT--AGCGAGTAATAAGGCTTTCTAAGACTTGAG
* * * * * * * * *
17799 TGACTATAAATGGACTTTTTGTTCTAATGGATGGTTTTTGCTTCATGTTTTTCTAA-ACAG
446 TGACTATAGATGGACTTTTCGTGCCAACGGAT-GCTTTTGCTTCACGTTTTT-GAAGGCAG
* * ********** * * * *
17859 ACATTCAATTATAATATATTNNNNNNNNNNATATAAAAAAATCTAACTTAAAATTAATTATAAGA
1 ACATTCAATTATAATCTGTTTGAATAAAAAATATAAAAAAATC-AACTCAAAATCAATTATGACA
**
17924 TTATAAAACTATTTAAAGCGAGTAATAATGCTTTCGAAGATATGGGTGACTATAAATGGACTTTT
65 TTATAAAACTATTTAAAGCGAGTAATAATGCTTTCGAAGGCATGGGTGACTATAAATGGACTTTT
* * * * ** * ** * ***
17989 CTTTCGAATGAATGGCTTTTTTTTCA-TGTTTCTTAAGCCAGACATTCAATTATAATCTGTTTTA
130 CTTGCCAACGGATGGCTTTTGCTTCACTTTTTC-TGGGCTAGACATTCAATTATAATAAATTTTA
* * * * * *
18053 ACTAAAAATGTAAAACA-ATTTAGCTTAAAATTAATTATAACG-TTATAAAACCATTTAAAGCGA
194 A-TAAAAA-ATAAAA-ATA-TTAACTTAAAATCAACTATGA-GATTATAAAACTATTTAAAGCGA
* * * * * ** * *
18116 GTAAGAATGCTTTCGAAGGTATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTACTAAAGAATGACTTTTT
254 GTAATAATGCTTTCAAAGGCATGGGTGACTATAAATAGACTTTTATTGTTAATGAATGAATTTTT
* * * * * * * * *
18181 CTTCACATTTCTCAAGACAAACATTCAATTATAAT-ATGTTTTAACCATAAACATAAAAAAATTT
319 CTTTACGTTTCTCAAGGCAGATATGCAATTATAATCAT-TTTTAA-CAAAAAAAT-AAAAAATTC
* * * * * *
18245 AACTTAAAATTAAATATGAGATTATAAAATTATTTAAAGCGAGTAATAATG-TTTTTCAAGA-TA
381 AACTTCAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTT--AGCGAGTAATAAGGCTTTCT-AAGACT-
* * ** * *** * * * *
18308 TGGGTGACTAT-GAATGTACTTTTTTTACCAATAAAAGGCTTTTTCTTTATGTTTATT-AAGGCA
442 TGAGTGACTATAG-ATGGACTTTTCGTGCCAA-CGGATGCTTTTGCTTCACGTTT-TTGAAGGCA
*
18371 A
504 G
* * **
18372 ACATTCAATTTTAATATAGTTT-AATAAAAAATATTAAAAAAAATTCAACTTGAAATCAATTATG
1 ACATTCAATTATAATCT-GTTTGAATAAAAAATA-T-AAAAAAA-TCAACTCAAAATCAATTATG
* * * * * * * * *
18436 AGACTATAAAACCATTTAAAGCGAATAATAAAGTTTTCGATGGCATGAGTGACTATAAATCGACT
62 ACATTATAAAACTATTTAAAGCGAGTAATAATGCTTTCGAAGGCATGGGTGACTATAAATGGACT
* * ** * * **
18501 TTTCGTGCTAATAGATGGCTTTTGCTTCAC-ATTTCTTGAGG-TAGACATACAATTATAATATGT
127 TTTCTTGCCAACGGATGGCTTTTGCTTCACTTTTTC-TG-GGCTAGACATTCAATTATAATAAAT
* * * * *
18564 TTTAACAAAAAACATAAAAAAATTCAACTTAAAATAAATTATGAGATTATGAAACTATTTAAAGC
190 TTTAA-TAAAAA-ATAAAAATATT-AACTTAAAATCAACTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGC
* * * *
18629 GAGTAATAAGGCTTTCGAAGG-ATTGAGTGACTATAGATAGACTTTT
252 GAGTAATAATGCTTTCAAAGGCA-TGGGTGACTATAAATAGACTTTT
18675 CATGCTAANN
Statistics
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ACATTCAATTATAATCTGTTTGAATAAAAAATATAAAAAAATCAACTCAAAATCAATTATGACAT
TATAAAACTATTTAAAGCGAGTAATAATGCTTTCGAAGGCATGGGTGACTATAAATGGACTTTTC
TTGCCAACGGATGGCTTTTGCTTCACTTTTTCTGGGCTAGACATTCAATTATAATAAATTTTAAT
AAAAAATAAAAATATTAACTTAAAATCAACTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGCGAGTAATAA
TGCTTTCAAAGGCATGGGTGACTATAAATAGACTTTTATTGTTAATGAATGAATTTTTCTTTACG
TTTCTCAAGGCAGATATGCAATTATAATCATTTTTAACAAAAAAATAAAAAATTCAACTTCAAAT
CAATTATGAGATTATAAAACTATTTAGCGAGTAATAAGGCTTTCTAAGACTTGAGTGACTATAGA
TGGACTTTTCGTGCCAACGGATGCTTTTGCTTCACGTTTTTGAAGGCAG
Found at i:18584 original size:344 final size:342
Alignment explanation
Indices: 17705--18675 Score: 1091
Period size: 342 Copynumber: 2.8 Consensus size: 342
17695 NNNNNNNNNN
* *
17705 GTTTTAACTAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATTAATTATGAGATTATAACACCATTTAAA
1 GTTTTAACTAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATTAATTATGAGACTATAAAACCATTTAAA
* * * * * * * *
17770 GTGAGTAACAAGGCTTTCGAAGACTTGAGTGACTATAAATGGACTTTTTGTTCTAATGGATGGTT
66 GCGAGTAACAAAGCTTTCGAAGGCATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCGTACTAATAGATGGCT
** * * ********** *
17835 TTTGCTTCATGTTTTTCTAA-ACAGACATTCAATTATAATATATTNNNNNNNNNNATATAAAAAA
131 TTTGCTTCACATTTCT-TAAGACAGACATTCAATTATAATATGTTTTAACAAAAAACATAAAAAA
* * *
17899 ATCTAACTTAAAATTAATTATAAGATTATAAAACTATTTAAAGCGAGTAATAATGCTTTCGAAGA
195 ATTTAACTTAAAATTAAATATGAGATTATAAAACTATTTAAAGCGAGTAATAATGCTTTCGAAGA
* * * *
17964 TATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTTCGAATGAATGGCTTTTTTTTCATGTTTCTTAAGCCA
260 TATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTTCCAATAAAAGGCTTTTTTTTCATGTTTATTAAGCCA
* *
18029 GACATTCAATTATAATCT
325 AACATTCAATTATAATAT
* * * *
18047 GTTTTAACTAAAAATGTAAAACAATTTAGCTTAAAATTAATTAT-A-ACGTTATAAAACCATTTA
1 GTTTTAACTAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATTAATTATGAGAC--TATAAAACCATTTA
* * * * *
18110 AAGCGAGTAAGAATGCTTTCGAAGGTATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTACTAA-AGAATG
64 AAGCGAGTAACAAAGCTTTCGAAGGCATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCGTACTAATAG-ATG
* * * * * *
18174 ACTTTTTCTTCACATTTCTCAAGACAAACATTCAATTATAATATGTTTTAACCATAAACATAAAA
128 GCTTTTGCTTCACATTTCTTAAGACAGACATTCAATTATAATATGTTTTAACAAAAAACATAAAA
* *
18239 AAATTTAACTTAAAATTAAATATGAGATTATAAAATTATTTAAAGCGAGTAATAATGTTTTTC-A
193 AAATTTAACTTAAAATTAAATATGAGATTATAAAACTATTTAAAGCGAGTAATAATG-CTTTCGA
* *
18303 AGATATGGGTGACTATGAATGTACTTTT-TTTACCAATAAAAGGCTTTTTCTTT-ATGTTTATTA
257 AGATATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTT-CCAATAAAAGGCTTTTT-TTTCATGTTTATTA
* *
18366 AGGCAAACATTCAATTTTAATAT
320 AGCCAAACATTCAATTATAATAT
* *
18389 AG-TTTAA-TAAAAAATATTAAAAAAAATTCAACTTGAAATCAATTATGAGACTATAAAACCATT
1 -GTTTTAACT-AAAAATA-T-AAAAAAATTCAACTTAAAATTAATTATGAGACTATAAAACCATT
* * * * * *
18452 TAAAGCGAATAATAAAGTTTTCGATGGCATGAGTGACTATAAATCGACTTTTCGTGCTAATAGAT
62 TAAAGCGAGTAACAAAGCTTTCGAAGGCATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCGTACTAATAGAT
* ** *
18517 GGCTTTTGCTTCACATTTCTTGAGGTAGACATACAATTATAATATGTTTTAACAAAAAACATAAA
127 GGCTTTTGCTTCACATTTCTTAAGACAGACATTCAATTATAATATGTTTTAACAAAAAACATAAA
* * *
18582 AAAATTCAACTTAAAA-TAAATTATGAGATTATGAAACTATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCG
192 AAAATTTAACTTAAAATTAAA-TATGAGATTATAAAACTATTTAAAGCGAGTAATAATGCTTTCG
* * *
18646 AAGGAT-TGAGTGACTATAGATAGACTTTTC
256 AA-GATATGGGTGACTATAAATGGACTTTTC
18676 ATGCTAANNN
Statistics
Matches: 523, Mismatches: 88, Indels: 33
0.81 0.14 0.05
Matches are distributed among these distances:
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ACGTcount: A:0.40, C:0.11, G:0.13, T:0.36
Consensus pattern (342 bp):
GTTTTAACTAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATTAATTATGAGACTATAAAACCATTTAAA
GCGAGTAACAAAGCTTTCGAAGGCATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCGTACTAATAGATGGCT
TTTGCTTCACATTTCTTAAGACAGACATTCAATTATAATATGTTTTAACAAAAAACATAAAAAAA
TTTAACTTAAAATTAAATATGAGATTATAAAACTATTTAAAGCGAGTAATAATGCTTTCGAAGAT
ATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTTCCAATAAAAGGCTTTTTTTTCATGTTTATTAAGCCAA
ACATTCAATTATAATAT
Found at i:19544 original size:171 final size:171
Alignment explanation
Indices: 19227--24135 Score: 4170
Period size: 171 Copynumber: 28.8 Consensus size: 171
19217 NNNNNNNNNN
** * *
19227 AACATGAAGAAAAAATCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTCCGAAAG
1 AACATGAAGAAAAAGCCTTTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCGAAAG
* * ** *
19292 CATTATTAAC-CGCTTTAAATTG-TTTTATAATCTTATAATTGATTTCAAGTTGAATCGTTCTAT
66 CATTATT-ACTCGCTTTAAA-TGATTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTAT
** * * *
19355 ATCGTT-GATTGAAACAGATTATAATTGAATGTTTGTCTTGATA
129 ATTTTTAG-TTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTATCTTGAGA
** * * * * * * **
19398 AATGTGAGGGAGAAGCTTTTAATTGGCAAGAAAAGTGCATTTATAGTCATTCATGCCTTCGAAAG
1 AACATGAAGAAAAAGCCTTTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCGAAAG
* * * **
19463 CATCATTACTCGCTTTAAACGATTTTATAATATCATAATTGATTTTAAACTGAATTTTTTTATAT
66 CATTATTACTCGCTTTAAATGATTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATAT
* ** * * * *
19528 TTTTAGTTACAACAGATTATAATTTCATATCTGA-CTTTAAA
131 TTTTAGTTAAAACAGATTATAATTGAATGT-TTATCTTGAGA
* * * * * * * * * *
19569 AATATGAAGCAAGAGCCATTCGTTGG-AGTGAAAAGTCCATTTATAGTTACTCAAGCCTTCAAAA
1 AACATGAAGAAAAAGCCTTTCATTGGCA-AGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCGAAA
* * * * * * *
19633 GCCTTATTACTCGCTTTAAATGATGTTATAATTTCATAATCGATTTTAAGTTAAATTTCTTTACA
65 GCATTATTACTCGCTTTAAATGATTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATA
* * * * *
19698 TTTTTGGTTAAAACATATTATAGTTGAATGTCTGTCTTGAGA
130 TTTTTAGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTATCTTGAGA
* * * * * ** * * *
19740 ATA-GTGAAGAAAAAACCATTCATTAGTAAGAAAAGTGTATTTATAGTCACTCATACCTTAGAAA
1 A-ACATGAAGAAAAAGCCTTTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCGAAA
* * *
19804 GCATTATTACCCGCTTTAAAT-AGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAGGTTTAA-TTTTTTAT
65 GCATTATTACTCGCTTTAAATGA-TTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTAT
* *** * * * **
19867 GTTTAGGGTTAAAACAAATTATAATTGAATATTTACCTCAAGA
129 ATTTTTAGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTATCTTGAGA
* * * * * ** * *
19910 AATATGAAGAAAAAACCATTCATTGGCAAAAAAAGTGCATTTATAGTCACTTATACCTTCAAAAG
1 AACATGAAGAAAAAGCCTTTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCGAAAG
* * * * * * * *
19975 CATTATTACTTGCTTTAAATGGTTTTATAATATCATAATTAATTTTAAGCTAAATGTTTTATAAA
66 CATTATTACTCGCTTTAAATGATTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAAT-TTTTTTATA
* * * * * * *
20040 TTTTT-GTTAAAATATATTATAATTAAATATCTATCTTAAAA
130 TTTTTAGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTATCTTGAGA
** * * * * ** * *
20081 AATGTGAAGTAAAAGCCATTCGTTAGCACA-AAAAACCCATTTATAGTCACTCAAGCCTTCGAAA
1 AACATGAAGAAAAAGCCTTTCATTGGCA-AGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCGAAA
* *** * * *
20145 GCTTTATTACTTATTTTAAAT-AGTTTTATAGTCTCATAATTGATTTTAAATTGAATTTTTTTAC
65 GCATTATTACTCGCTTTAAATGA-TTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTAT
* * * **
20209 GTTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTT-CCTCAAGA
129 ATTTTTAGTTAAAACAGATTATAATTGAATGT-TTATCTTGAGA
* * * *
20252 AACGTGAAGAAAAAATG-ATTT-ATTGGTAA-AAATAGTCCATTTATAGTCACTCATGCCTTCGA
1 AACATGAAG-AAAAA-GCCTTTCATTGGCAAGAAA-AGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCGA
* * * *
20314 AAGCATTATTACTCGCTTTAAATGGTTTGATAAAT-TCATAATTGATTTTAAGCTGAATTGTTTT
63 AAGCATTATTACTCGCTTTAAATGATTTTAT-AATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTT
* * * ** *
20378 ACATTTTTTGTTAAAACAAATTATAATTGAAT-TTCTATCTCAAAA
127 ATATTTTTAGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTT-TATCTTGAGA
* * * *
20423 AACATGAAGCAAAAGCCTTTCATTTGCAAGTAAAGTCCATTTATAGTAACCCATGCCTTCGAAAG
1 AACATGAAGAAAAAGCCTTTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCGAAAG
* * * * **
20488 CATTATTACTCGCTATAAACGATTTTATAATCTCATAATTGCTTTTAAGTTGAATTTTTTCACGT
66 CATTATTACTCGCTTTAAATGATTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATAT
* * *
20553 TTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTACCTCGAGA
131 TTTTAGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTATCTTGAGA
* * ** * ** * * * * *
20594 AACATTAAGCAAAA-CCCATCTGTTGGCGTGAAAAGTCTAATTATAATCACTCAAGCCTTC-AAC
1 AACATGAAGAAAAAGCCTTTC-ATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCGAA-
* * * * *
20657 AGCTTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTTAGTTGAATTTTTTTAC
64 AGCATTATTACTCGCTTTAAATGATTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTAT
* * * * *
20722 GTTTTTGGTTAAAACAGATTATAACTGAATGTATGTCTTGAGA
129 ATTTTTAGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTATCTTGAGA
* * * * * *
20765 AACGTGAA-AAAAAGTCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGCCAACCATGCCATCGAAAG
1 AACATGAAGAAAAAGCCTTTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCGAAAG
* * * * * *
20829 CATTATTACTCGCTTTAAA-AAGCTTGATAATCTCATAATCGATTTTAAGTTAAATTGTTTTATA
66 CATTATTACTCGCTTTAAATGA-TTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATA
* * * * *
20893 TTTTTAATTAAAATATATTATAATT-ATATATTTATCATGAGA
130 TTTTTAGTTAAAACAGATTATAATTGA-ATGTTTATCTTGAGA
* * * * * * *
20935 AACGTGAAGAAAAAACCATTCATTAGCAAGAAAAGTGCATTTATAGTCACCCATACCTTCGAATG
1 AACATGAAGAAAAAGCCTTTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCGAAAG
** *
21000 CATTATTACTCGCTTTAAATGGGTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTATAT
66 CATTATTACTCGCTTTAAATGATTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATAT
** * * * * ** **
21065 TTTGGGCTAAAATAGATTATAATTGATTGTCTGCCTCAAGA
131 TTTTAGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTATCTTGAGA
* * *
21106 AACATGAAGCAATA-CTCATTT-ATTGGGAAGAAAAGTCCATTTATAGT----CA--CCTTCGAA
1 AACATGAAGAAAAAGC-C-TTTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCGAA
* * *
21163 AGCATTATTACTCTCTTTAAGTGATTTTATAATATCATAATTGATTTTAAGTTAAGTTAAATTTT
64 AGCATTATTACTCGCTTTAAATGATTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTT--G---AATTTT
* *
21228 TTTACATTTTTGAG-TAAAACAGATTATAATTGAATGTCTATCTTGAGA
124 TTTATATTTTT-AGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTATCTTGAGA
* * * * * * * *
21276 AATATGAAGAAAAAGCATTTTATTGGTAGGTAAAGTCCATTTATAGTCACCCATACCTTCAAAAG
1 AACATGAAGAAAAAGCCTTTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCGAAAG
* *
21341 TATTATTACTCGCTTTAAAT-AGTTCTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAA-TTTTTTATA
66 CATTATTACTCGCTTTAAATGA-TTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATA
* * * *
21404 TTTTTTA-TTAAAATATATTATAATTGAATGTTTCTTTTGAGA
130 -TTTTTAGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTATCTTGAGA
** * * * * * ** *
21446 AATGTGAAGATAAAA-CCATTCATTAGTAAGAAAAATGCATTTATAGTCA-CCAAACCTTCGAAG
1 AACATGAAGA-AAAAGCCTTTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCGAAA
* * * * *
21509 GCATTATTACACGCATTT-AATGGTTTTATAATCTTATAATTGATTTTAAGTTGAATATTTTTAC
65 GCATTATTACTCGC-TTTAAATGATTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTAT
* *
21573 ATTTTTAATTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTATCTTGAGA
129 ATTTTTAGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTATCTTGAGA
* * * * * * *
21616 AACCTAAAGAAAAAGCCTTTCATTGGC-GGTAAAGTCCATTTATAGTCACCCATACTTTCGGAAG
1 AACATGAAGAAAAAGCCTTTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCGAAAG
* * *
21680 TATTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTGAGTTGAA-TTTTTTATAT
66 CATTATTACTCGCTTTAAATGATTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATAT
** *
21744 TTTTTCTTAAAA-TGTATTATAATTGAATGTTTATCTTGAGA
131 TTTTAGTTAAAACAG-ATTATAATTGAATGTTTATCTTGAGA
* *** * * *
21785 AACATGAAGAAACAGTGATTCATTAGCAAGAAAAGTGCATTTATAGTCACCCATGCCTTCAAAAG
1 AACATGAAGAAAAAGCCTTTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCGAAAG
* ** * * *
21850 CATTATTACTCGTTTTAAATGGGTTTATAATCTCATAATTCATTTTAAGTTAAATTTTTTTATGT
66 CATTATTACTCGCTTTAAATGATTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATAT
** * * ** * ** *
21915 TTTGGGTTAAAATAGATTACAATTGGTTGTCTGCCTTAAGA
131 TTTTAGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTATCTTGAGA
* * * * *
21956 AACATGAAGAAACACCCATTT-ATTGGTAAGAAAAGTCCATTTATAGTAACCTATGCCTTCGAAA
1 AACATGAAGAAAAAGCC-TTTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCGAAA
* * * * *
22020 GCATTATAACTCTCTTTAAGTGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACA
65 GCATTATTACTCGCTTTAAATGATTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATA
* * *
22085 TTTTTTA-TTAAAACAAATTATAATTGAATGTCTATCTT-AAA
130 -TTTTTAGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTATCTTGAGA
** * * * *
22126 AGACATGAAGAAAAAGCCTGTT-ATTGATAGGTAAAGTCCATTTATAGTCACCCATACCTTCAAA
1 A-ACATGAAGAAAAAGCCT-TTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCGAA
* * * * *
22190 AGTATTATTACTCGATTTAAATAATTTTATAATCTCATAATTAATTTTAAGTT-AAATTTTTTAT
64 AGCATTATTACTCGCTTTAAATGATTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTAT
* *
22254 ATTTTTTA-TTAAAATATATTATAATTGAATGTTTATCTTGAGA
129 A-TTTTTAGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTATCTTGAGA
* * * **
22297 AACGTGAAGAAAAAAAGCCATTCATTAGCAAGAAAAGTATATTTATAGTCACCCATGCCTTCGAA
1 AACATGAAG--AAAAAGCCTTTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCGAA
* * * * * *
22362 AGCATTATTACTCTCTATAACTGGTTTTATAATGTCATAATTGATTTTTAGTT-AAGTTTTTTTA
64 AGCATTATTACTCGCTTTAAATGATTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAA-TTTTTTTA
* * * *
22426 TATTTTT-GACTAAAACAGATTATAATTG-AT-TTTCTGCCTCAGA
128 TATTTTTAG-TTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTAT-CTTGAGA
* * * * * * *
22469 AACGTAAAG-AAAAGCCGTTT-ATTGGCAAGAAAAGTGCAATTATAGTCACCTATACCTTCAAAA
1 AACATGAAGAAAAAGCC-TTTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCGAAA
* * * * * * * *
22532 GTATAATTACTCGCTTT-AATGTTTTTATAATCTTATAGTTAATTTCAAGTTGAATTTTTTTTAC
65 GCATTATTACTCGCTTTAAATGATTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAA-TTTTTTTAT
** * ** *
22596 ATTTTT-GATTAAAACAGATTATAATTGAATGCCTACCTCAATA
129 ATTTTTAG-TTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTATCTTGAGA
* * *
22639 AATATGAAGAAAAAGCCTTTCATTGGTAAGAAAAGTGCATTTATAGTCACCCATGCCTTCGAAAG
1 AACATGAAGAAAAAGCCTTTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCGAAAG
* * * * * * *
22704 CACTATTAGTTGCTTTAAATGGTTTTATAATGC-CATAATTGATTTCAAGCTGAGTTTTTTTATA
66 CATTATTACTCGCTTTAAATGATTTTATAAT-CTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATA
* * * * *
22768 TTTTTATTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCT-GCCTGATAA
130 TTTTTAGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTATCTTGA-GA
* * *
22810 AACATAAAGAAAAAGCCTTTCATTGGTAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCAAAAG
1 AACATGAAGAAAAAGCCTTTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCGAAAG
* * * * *
22875 CATTATTACTTGCTTTAAATGGTTTTATAATATCATAATTGATTTTAAGCTGAATTGTTTTATAT
66 CATTATTACTCGCTTTAAATGATTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATAT
* * * ** **
22940 TTTTTG-CAAAACAGATTATAATTGAATGTCTGCCTCAAGA
131 TTTTAGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTATCTTGAGA
* * * * * * *
22980 AACATGAAAAAAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAGTGCAATTATAATCACCCATACCTTCTAAAG
1 AACATGAAGAAAAAGCCTTTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCGAAAG
* * * * * *
23045 TATTATTACTTGCTTTAAATGATTTTATAATTTTATAATTGATTTCAAGGTT-AATTTTTTTACA
66 CATTATTACTCGCTTTAAATGATTTTATAATCTCATAATTGATTTTAA-GTTGAATTTTTTTATA
* * * ** *
23109 TTTTT-GATTAAAACAGATTATAATTGAGTGTGTACCTCAATA
130 TTTTTAG-TTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTATCTTGAGA
* * * ** ** * *
23151 AATACGAAGAAAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAGTGTATTTATAGTCACTTATACCTTCAAAAG
1 AACATGAAGAAAAAGCCTTTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCGAAAG
* * * * * * * *
23216 CATTATTATTGGTTTTAAACGATTTTATAATATCATAGTCGATTTTAAGTTGAATTGTTTTATAT
66 CATTATTACTCGCTTTAAATGATTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATAT
* * *
23281 TTTCT-GTTAAAACAGTTTATAATTGAATGTTTACCTTGAAA
131 TTT-TAGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTATCTTGAGA
* * * * * ** ** * *
23322 AACATGAAGGAAAAGCC-ATCTGTTAGCACGAAAAGTTTATCCATAGTCACTCAAT-CCTTTGAA
1 AACATGAAGAAAAAGCCTTTC-ATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCAC-CCATGCCTTCGAA
* * * *
23385 AGCCTTATTACTCGCTTTAAAT-AGTTTGATAATCTCATCATTGATTTTACGTTGAATTTTTTTA
64 AGCATTATTACTCGCTTTAAATGA-TTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTA
* * * * ** *
23449 TGTTTTTAGTTAAAACATATTGTAATTGTATGTTTGCCTCGAGA
128 TATTTTTAGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTATCTTGAGA
** * * * * * * *
23493 AATGTGAAGCAAAAG-CTATCTGTTGGCAGGAAAAGTCGATTTATTGTCACTCATGCCTTCGAAA
1 AACATGAAGAAAAAGCCTTTC-ATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCGAAA
* * * * * *
23557 GCTTTATTACACACTTTAAATGGTTTTATAGTCTCATAATTGATTTCAAGTTGAATTTTTTTAAT
65 GCATTATTACTCGCTTTAAATGATTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTT-AT
* * *
23622 ATTTTTTA-TTAAAACAGATTA-AATTGAATGTTTACCTCGATA
129 A-TTTTTAGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTATCTTGAGA
* * * * ** *
23664 AATATAAAGAAAAAGCCTTTCATTGGTAAGAAAAG-CACATTCATAGTCACGTATACCTT-GAAA
1 AACATGAAGAAAAAGCCTTTCATTGGCAAGAAAAGTC-CATTTATAGTCACCCATGCCTTCGAAA
* * * * *
23727 CGCATTATTACTCGTTTTAAACGATTTTATAATCTCATATTTGATTTTAAGTTAAATATTTTTAT
65 -GCATTATTACTCGCTTTAAATGATTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTAT
* * * * * * * * * *
23792 GTATATGGTTCAAACATATTATAATCGAATGTCTGTCTTAAGA
129 ATTTTTAGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTATCTTGAGA
* * * * *
23835 AACGA-GAAGAAAAAGCCATTCTTTAGTAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATGCCTTCGAAA
1 AAC-ATGAAGAAAAAGCCTTTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCGAAA
* * * * * * * * *
23899 GTATTATTACTCGCTTTAAATGGTCTTAAAATGTTATAATTAATTTTCAA-TTAAATTTTTTTAC
65 GCATTATTACTCGCTTTAAATGATTTTATAATCTCATAATTGATTTT-AAGTTGAATTTTTTTAT
* * **
23963 ATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAGTGTTTGGCTTGAGA
129 ATTTTTAGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTATCTTGAGA
* * * * *
24006 AACATGAAGAAAAAGCCATTCATTCTG-AA-ATAAAGTCTATTTATAGTCACCCATGTCTTCAAA
1 AACATGAAGAAAAAGCCTTTCATT-GGCAAGA-AAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCGAA
* *
24069 AGTATTATTACTCGCTTTAAAT-AGTTTTATAATCTGATAATTGATTTTAAGTT-AGATTTTTTT
64 AGCATTATTACTCGCTTTAAATGA-TTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGA-ATTTTTTT
24132 ATAT
127 ATAT
24136 NNNNNNNNNN
Statistics
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Matches are distributed among these distances:
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Consensus pattern (171 bp):
AACATGAAGAAAAAGCCTTTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCGAAAG
CATTATTACTCGCTTTAAATGATTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATAT
TTTTAGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTATCTTGAGA
Found at i:20216 original size:512 final size:510
Alignment explanation
Indices: 19231--24132 Score: 4498
Period size: 512 Copynumber: 9.6 Consensus size: 510
19221 NNNNNNAACA
* * *
19231 TGAAGAAAAAATCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTCCGAAAGCATT
1 TGAAGAAAAAACCATTCATTAGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCGAAAGCATT
* * * * * **
19296 ATTAAC-CGCTTTAAATTGTTTTATAATCTTATAATTGATTTCAAGTTGAATCGTTCTATATCGT
66 ATT-ACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAAT-TTTTTATATTTT
* * * ** * ** * * * ** *
19360 TGATTGAAACAGATTATAATTGAATGTTTGTCTTGATAAATGTGAGGGAGAAGCTTTTAATTGGC
129 TGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTGCCTCAAGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGGC
** * * * *
19425 AAGAAAAGTGCATTTATAGTCATTCATGCCTTCGAAAGCATCATTACTCGCTTTAAACGATTTTA
194 AAGAAAAGTGCATTTATAGTCACCCATACCTTCGAAAGCATTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTA
* ** * * **
19490 TAATATCATAATTGATTTTAAACTGAATTTTTTTATATTTTTAGTTACAACAGATTATAATTTCA
259 TAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTT-GTTAAAACAGATTATAATTGAA
* ** * * * * *
19555 TATCTGA-CTTTAAAAATATGAAGCAAGAGCCATTCGTTGG-AGTGAAAAGTCCATTTATAGTTA
323 TGTCT-ACCTCAAAAAATATGAAGAAAAAGCCATTCATTGGCA-AGAAAAGTCCATTTATAGTCA
* * * * * *
19618 CTCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGATGTTATAATTTCATAATCGATTTTAAG
386 CTCAA-CCTTCGAAAGCATTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAG
* * * *
19683 TTAAATTTCTTTACATTTTTGGTTAAAACATATTATAGTTGAATGTCTGTCTTGAGAATA-G
450 TTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACATATTATAATTGAATGTCTATCTTGAGAA-ACG
* ** * * *
19744 TGAAGAAAAAACCATTCATTAGTAAGAAAAGTGTATTTATAGTCACTCATACCTTAGAAAGCATT
1 TGAAGAAAAAACCATTCATTAGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCGAAAGCATT
* * * * * **
19809 ATTACCCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAGGTTTAATTTTTTATGTTTAGG
66 ATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTATATTTTTG
* * * * *
19874 GTTAAAACAAATTATAATTGAATATTTACCTCAAGAAATATGAAGAAAAAACCATTCATTGGCAA
131 GTTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTGCCTCAAGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGGCAA
* ** * *
19939 AAAAAGTGCATTTATAGTCACTTATACCTTCAAAAGCATTATTACTTGCTTTAAATGGTTTTATA
196 GAAAAGTGCATTTATAGTCACCCATACCTTCGAAAGCATTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATA
* * * * * * * * * *
20004 ATATCATAATTAATTTTAAGCTAAATGTTTTATAAATTTTTGTTAAAATATATTATAATTAAATA
261 ATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAAT-TTTTTTACATTTTTGTTAAAACAGATTATAATTGAATG
* * * * * * **
20069 TCTATCTTAAAAAATGTGAAGTAAAAGCCATTCGTTAGCACA-AAAAACCCATTTATAGTCACTC
325 TCTACCTCAAAAAATATGAAGAAAAAGCCATTCATTGGCA-AGAAAAGTCCATTTATAGTCACTC
* *** * * *
20133 AAGCCTTCGAAAGCTTTATTACTTATTTTAAATAGTTTTATAGTCTCATAATTGATTTTAAATTG
389 AA-CCTTCGAAAGCATTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTG
* * **
20198 AATTTTTTTACGTTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCT-TCCTCAAGAAACG
453 AATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACATATTATAATTGAATGTCTAT-CTTGAGAAACG
** * * * *
20256 TGAAGAAAAAATGATTTATTGGTAA-AAATAGTCCATTTATAGTCACTCATGCCTTCGAAAGCAT
1 TGAAGAAAAAACCATTCATTAGCAAGAAA-AGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCGAAAGCAT
* * *
20320 TATTACTCGCTTTAAATGGTTTGATAAAT-TCATAATTGATTTTAAGCTGAATTGTTTTACATTT
65 TATTACTCGCTTTAAATGGTTTTAT-AATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATT-TTTTATATTT
* * ** * * * *
20384 TTTGTTAAAACAAATTATAATTGAAT-TTCTATCTCAAAAAACATGAAGCAAAAGCCTTTCATTT
128 TTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTT-TGCCTCAAGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTG
* * * * * * *
20448 GCAAGTAAAGTCCATTTATAGTAACCCATGCCTTCGAAAGCATTATTACTCGCTATAAACGATTT
192 GCAAGAAAAGTGCATTTATAGTCACCCATACCTTCGAAAGCATTATTACTCGCTTTAAATGGTTT
* * *
20513 TATAATCTCATAATTGCTTTTAAGTTGAATTTTTTCACGTTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTG
257 TATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTT-GTTAAAACAGATTATAATTG
* * * * * * * * ** * * *
20578 AATGTTTACCTCGAGAAACATTAAGCAAAACCCA-TCTGTTGGCGTGAAAAGTCTAATTATAATC
321 AATGTCTACCTCAAAAAATATGAAGAAAAAGCCATTC-ATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTC
* * *
20642 ACTCAAGCCTTC-AACAGCTTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTT
385 ACTCAA-CCTTCGAA-AGCATTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTA
* * * * *
20706 AGTTGAATTTTTTTACGTTTTTGGTTAAAACAGATTATAACTGAATGTATGTCTTGAGAAACG
448 AGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACATATTATAATTGAATGTCTATCTTGAGAAACG
** * * * *
20769 TGAA-AAAAAGTCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGCCAACCATGCCATCGAAAGCATT
1 TGAAGAAAAAACCATTCATTAGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCGAAAGCATT
** * * * *
20833 ATTACTCGCTTTAAAAAGCTTGATAATCTCATAATCGATTTTAAGTTAAATTGTTTTATATTTTT
66 ATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATT-TTTTATATTTTT
** * * * * * * *
20898 AATTAAAATATATTATAATT-ATATATTT--ATCATGAGAAACGTGAAGAAAAAACCATTCATTA
130 GGTTAAAACAGATTATAATTGA-ATGTTTGCCTCA--AGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTG
* *
20960 GCAAGAAAAGTGCATTTATAGTCACCCATACCTTCGAATGCATTATTACTCGCTTTAAATGGGTT
192 GCAAGAAAAGTGCATTTATAGTCACCCATACCTTCGAAAGCATTATTACTCGCTTTAAATGGTTT
* * * * *
21025 TATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTATATTTTGGGCTAAAATAGATTATAATTG
257 TATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTT-TGTTAAAACAGATTATAATTG
* * * * * * * *
21090 ATTGTCTGCCTCAAGAAACATGAAGCAATA-CTCATTTATTGGGAAGAAAAGTCCATTTATAG--
321 AATGTCTACCTCAAAAAATATGAAGAAAAAGC-CATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTC
* * * *
21152 --TC-ACCTTCGAAAGCATTATTACTCTCTTTAAGTGATTTTATAATATCATAATTGATTTTAAG
385 ACTCAACCTTCGAAAGCATTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAG
*
21214 TTAAGTTAAATTTTTTTACATTTTTGAG-TAAAACAGATTATAATTGAATGTCTATCTTGAGAAA
450 TT--G---AATTTTTTTACATTTTTG-GTTAAAACATATTATAATTGAATGTCTATCTTGAGAAA
**
21278 TA
509 CG
* * * * * * * * *
21280 TGAAG-AAAAAGCATTTTATTGGTAGGTAAAGTCCATTTATAGTCACCCATACCTTCAAAAGTAT
1 TGAAGAAAAAACCA-TTCATTAGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCGAAAGCAT
* *
21344 TATTACTCGCTTTAAATAGTTCTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTATATTTTT
65 TATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTATATTTTT
** * * * ** ** *
21409 TATTAAAATATATTATAATTGAATGTTT-CTTTTGAGAAATGTGAAGATAAAA-CCATTCATTAG
130 GGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTGC-CTCAAGAAACATGAAGA-AAAAGCCATTCATTGG
* * * * *
21472 TAAGAAAAATGCATTTATAGTCA-CCAAACCTTCGAAGGCATTATTACACGCATTT-AATGGTTT
193 CAAGAAAAGTGCATTTATAGTCACCCATACCTTCGAAAGCATTATTACTCGC-TTTAAATGGTTT
* * *
21535 TATAATCTTATAATTGATTTTAAGTTGAATATTTTTACATTTTTAATTAAAACAGATTATAATTG
257 TATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTT-GTTAAAACAGATTATAATTG
* ** * ** * * * *
21600 AATGTCTATCTTGAGAAACCTAAAGAAAAAGCCTTTCATTGGC-GGTAAAGTCCATTTATAGTCA
321 AATGTCTACCTCAAAAAATATGAAGAAAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCA
* * * * *
21664 CCCATACTTTCGGAAGTATTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTGAG
386 CTCA-ACCTTCGAAAGCATTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAG
* ** ** * *
21729 TTGAA-TTTTTTATATTTTTTCTTAAAATGTATTATAATTGAATGTTTATCTTGAGAAACA
450 TTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACATATTATAATTGAATGTCTATCTTGAGAAACG
* *** * *
21789 TGAAGAAACAGTGATTCATTAGCAAGAAAAGTGCATTTATAGTCACCCATGCCTTCAAAAGCATT
1 TGAAGAAAAAACCATTCATTAGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCGAAAGCATT
* * * *
21854 ATTACTCGTTTTAAATGGGTTTATAATCTCATAATTCATTTTAAGTTAAATTTTTT-TATGTTTT
66 ATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTATAT-TTTT
* * ** * * * * * *
21918 GGGTTAAAATAGATTACAATTGGTTGTCTGCCTTAAGAAACATGAAGAAACACCCATTTATTGGT
130 -GGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTGCCTCAAGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGGC
* * * * * * *
21983 AAGAAAAGTCCATTTATAGTAACCTATGCCTTCGAAAGCATTATAACTCTCTTTAAGTGGTTTTA
194 AAGAAAAGTGCATTTATAGTCACCCATACCTTCGAAAGCATTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTA
* *
22048 TAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTTATTAAAACAAATTATAATTGAA
259 TAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACA-TTTTTGTTAAAACAGATTATAATTGAA
* * * * * ** * *
22113 TGTCTATCTTAAAAGACATGAAGAAAAAGCC-TGTTATTGATAGGTAAAGTCCATTTATAGTCAC
323 TGTCTACCTCAAAAAATATGAAGAAAAAGCCAT-TCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCAC
* * * * ** *
22177 CCATACCTTCAAAAGTATTATTACTCGATTTAAATAATTTTATAATCTCATAATTAATTTTAAGT
387 TCA-ACCTTCGAAAGCATTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGT
* * ** * *
22242 T-AAATTTTTTATATTTTTTATTAAAATATATTATAATTGAATGTTTATCTTGAGAAACG
451 TGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACATATTATAATTGAATGTCTATCTTGAGAAACG
**
22301 TGAAGAAAAAAAGCCATTCATTAGCAAGAAAAGTATATTTATAGTCACCCATGCCTTCGAAAGCA
1 TGAAG-AAAAAA-CCATTCATTAGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCGAAAGCA
* * * * *
22366 TTATTACTCTCTATAACTGGTTTTATAATGTCATAATTGATTTTTAGTT-AAGTTTTTTTATATT
64 TTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAA--TTTTTTATATT
** * * * * *
22430 TTTGACTAAAACAGATTATAATTG-ATTTTCTGCCTC-AGAAACGTAAAG-AAAAGCCGTTTATT
127 TTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTT-TGCCTCAAGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATT
* * * * * *
22492 GGCAAGAAAAGTGCAATTATAGTCACCTATACCTTCAAAAGTATAATTACTCGCTTT-AATGTTT
191 GGCAAGAAAAGTGCATTTATAGTCACCCATACCTTCGAAAGCATTATTACTCGCTTTAAATGGTT
* * * *
22556 TTATAATCTTATAGTTAATTTCAAGTTGAATTTTTTTTACATTTTTGATTAAAACAGATTATAAT
256 TTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAA-TTTTTTTACATTTTTG-TTAAAACAGATTATAAT
* * * * *
22621 TGAATGCCTACCTCAATAAATATGAAGAAAAAGCCTTTCATTGGTAAGAAAAGTGCATTTATAGT
319 TGAATGTCTACCTCAAAAAATATGAAGAAAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGT
* * * * * *
22686 CACCCATGCCTTCGAAAGCACTATTAGTTGCTTTAAATGGTTTTATAATGC-CATAATTGATTTC
384 CACTCA-ACCTTCGAAAGCATTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAAT-CTCATAATTGATTTT
* * * ** * * * * *
22750 AAGCTGAGTTTTTTTATATTTTTATTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCT-GCCTGATAAAACA
447 AAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACATATTATAATTGAATGTCTATCTTGA-GAAACG
* * * * * *
22814 TAAAGAAAAAGCCTTTCATTGGTAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCAAAAGCATT
1 TGAAGAAAAAACCATTCATTAGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCGAAAGCATT
* * *
22879 ATTACTTGCTTTAAATGGTTTTATAATATCATAATTGATTTTAAGCTGAATTGTTTTATATTTTT
66 ATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATT-TTTTATATTTTT
* * * *
22944 TG-CAAAACAGATTATAATTGAATGTCTGCCTCAAGAAACATGAAAAAAAAGCCATTCATTGGCA
130 GGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTGCCTCAAGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGGCA
* * * * * *
23008 AGAAAAGTGCAATTATAATCACCCATACCTTCTAAAGTATTATTACTTGCTTTAAATGATTTTAT
195 AGAAAAGTGCATTTATAGTCACCCATACCTTCGAAAGCATTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTAT
* * * *
23073 AATTTTATAATTGATTTCAAGGTT-AATTTTTTTACATTTTTGATTAAAACAGATTATAATTGAG
260 AATCTCATAATTGATTTTAA-GTTGAATTTTTTTACATTTTTG-TTAAAACAGATTATAATTGAA
* * * **
23137 TGTGTACCTCAATAAATACGAAGAAAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAGTGTATTTATAGTCACT
323 TGTCTACCTCAAAAAATATGAAGAAAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACT
* * * * * * * * * *
23202 TATACCTTCAAAAGCATTATTATTGGTTTTAAACGATTTTATAATATCATAGTCGATTTTAAGTT
388 CA-ACCTTCGAAAGCATTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTT
* * * * * *
23267 GAATTGTTTTATATTTTCT-GTTAAAACAGT-TTATAATTGAATGTTTACCTTGAAAAACA
452 GAATTTTTTTACATTTT-TGGTTAAAACA-TATTATAATTGAATGTCTATCTTGAGAAACG
* * * * ** ** * * *
23326 TGAAGGAAAAGCCA-TCTGTTAGCACGAAAAGTTTATCCATAGTCACTCAAT-CCTTTGAAAGCC
1 TGAAGAAAAAACCATTC-ATTAGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCAC-CCATGCCTTCGAAAGCA
* * * * *
23389 TTATTACTCGCTTTAAATAGTTTGATAATCTCATCATTGATTTTACGTTGAATTTTTTTATGTTT
64 TTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAA-TTTTTTATATTT
* * * * * ** * * *
23454 TTAGTTAAAACATATTGTAATTGTATGTTTGCCTCGAGAAATGTGAAGCAAAAGCTA-TCTGTTG
128 TTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTGCCTCAAGAAACATGAAGAAAAAGCCATTC-ATTG
* * * * * * *
23518 GCAGGAAAAGT-CGATTTATTGTCACTCATGCCTTCGAAAGCTTTATTACACACTTTAAATGGTT
192 GCAAGAAAAGTGC-ATTTATAGTCACCCATACCTTCGAAAGCATTATTACTCGCTTTAAATGGTT
* * * *
23582 TTATAGTCTCATAATTGATTTCAAGTTGAATTTTTTTAATATTTTTTATTAAAACAGATTA-AAT
256 TTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTT-ACA-TTTTTGTTAAAACAGATTATAAT
* * * * * * *
23646 TGAATGTTTACCTCGATAAATATAAAGAAAAAGCCTTTCATTGGTAAGAAAAG-CACATTCATAG
319 TGAATGTCTACCTCAAAAAATATGAAGAAAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAGTC-CATTTATAG
* * * *
23710 TCACGT-ATACCTT-GAAACGCATTATTACTCGTTTTAAACGATTTTATAATCTCATATTTGATT
383 TCAC-TCA-ACCTTCGAAA-GCATTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATT
* * ** * * * * * *
23773 TTAAGTTAAATATTTTTATGTATATGGTTCAAACATATTATAATCGAATGTCTGTCTTAAGAAAC
445 TTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACATATTATAATTGAATGTCTATCTTGAGAAAC
23838 G
510 G
* * * * * *
23839 AGAAGAAAAAGCCATTCTTTAGTAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATGCCTTCGAAAGTATT
1 TGAAGAAAAAACCATTCATTAGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCGAAAGCATT
* * * * * * *
23904 ATTACTCGCTTTAAATGGTCTTAAAATGTTATAATTAATTTTCAA-TTAAATTTTTTTACATTTT
66 ATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTT-AAGTTGAA-TTTTTTATATTTT
* * ** *
23968 TGGTTAAAACAGATTATAATTGAGTGTTTGGCTTGAGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTCTG
129 TGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTGCCTCAAGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATT-GG
** * * *
24033 -AA-ATAAAGT-CTATTTATAGTCACCCATGTCTTCAAAAGTATTATTACTCGCTTTAAATAGTT
193 CAAGA-AAAGTGC-ATTTATAGTCACCCATACCTTCGAAAGCATTATTACTCGCTTTAAATGGTT
*
24095 TTATAATCTGATAATTGATTTTAAGTT-AGATTTTTTTA
256 TTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGA-ATTTTTTTA
24133 TATNNNNNNN
Statistics
Matches: 3639, Mismatches: 648, Indels: 205
0.81 0.14 0.05
Matches are distributed among these distances:
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ACGTcount: A:0.36, C:0.13, G:0.13, T:0.39
Consensus pattern (510 bp):
TGAAGAAAAAACCATTCATTAGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCGAAAGCATT
ATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTATATTTTTG
GTTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTGCCTCAAGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGGCAA
GAAAAGTGCATTTATAGTCACCCATACCTTCGAAAGCATTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATA
ATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGTTAAAACAGATTATAATTGAATGT
CTACCTCAAAAAATATGAAGAAAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAA
CCTTCGAAAGCATTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAAT
TTTTTTACATTTTTGGTTAAAACATATTATAATTGAATGTCTATCTTGAGAAACG
Found at i:24442 original size:284 final size:284
Alignment explanation
Indices: 23932--24451 Score: 659
Period size: 284 Copynumber: 1.8 Consensus size: 284
23922 TCTTAAAATG
*
23932 TTATAATTAATTTTCAATTAAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAGTGTTT
1 TTATAATTAATTTTCAATTAAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTTT
* * * * * * *
23997 GGCTTGAGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTCTGAAATAAAGTCTATTTATAGTCACCCATGT
66 GCCTCGAAAAACATGAAAAAAAAGCCATTCATTCTGAAAAAAACTCCATTTATAGTCACCCATGT
* * * *
24062 CTTCAAAAGTATTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTGATAATTGATTTTAAGTTAGATT
131 CTTCAAAAGTATTATTACTCGCTTTAAATAGTTTGATAATCTCATAATTGATTTTAAGATAAATT
* * ********** * *
24127 TTTTTATATNNNNNNNNNNAATATATTATAATTGAATGTCTGTATAGAAAAACGTGAAGCAAAAG
196 GTTTTACATTTTTAGTTTAAACAAATTATAATTGAATGTCTGTATAGAAAAACGTGAAGCAAAAG
24192 CCTTCCGTTAAGATGAAAAATATA
261 CCTTCCGTTAAGATGAAAAATATA
* ** *
24216 TTATAATTAATTTT-AAGTTGAATTTTTTTATGTTTTTGGTTAAAACAGATTATTATTGAATGTC
1 TTATAATTAATTTTCAA-TTAAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGT-
* * *
24280 TT-CCTCGAAAAACATGAAAAAAAAGTCATTCATT-GGTAAAAAAACTCCATTTATAGTCACCTA
64 TTGCCTCGAAAAACATGAAAAAAAAGCCATTCATTCTG-AAAAAAACTCCATTTATAGTCACCCA
* * * *
24343 TGTCTTCGAAAGTATTATTACTCGCTTTAAATGGTTTGATAATGTCATCATTGATTTTAAGATAA
128 TGTCTTCAAAAGTATTATTACTCGCTTTAAATAGTTTGATAATCTCATAATTGATTTTAAGATAA
24408 ATTGTTTTACATTTTTAGTTTAAACAAATTATAATTGAATGTCT
193 ATTGTTTTACATTTTTAGTTTAAACAAATTATAATTGAATGTCT
24452 ATCTTAAAAA
Statistics
Matches: 196, Mismatches: 37, Indels: 6
0.82 0.15 0.03
Matches are distributed among these distances:
283 3 0.02
284 191 0.97
285 2 0.01
ACGTcount: A:0.36, C:0.10, G:0.12, T:0.40
Consensus pattern (284 bp):
TTATAATTAATTTTCAATTAAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTTT
GCCTCGAAAAACATGAAAAAAAAGCCATTCATTCTGAAAAAAACTCCATTTATAGTCACCCATGT
CTTCAAAAGTATTATTACTCGCTTTAAATAGTTTGATAATCTCATAATTGATTTTAAGATAAATT
GTTTTACATTTTTAGTTTAAACAAATTATAATTGAATGTCTGTATAGAAAAACGTGAAGCAAAAG
CCTTCCGTTAAGATGAAAAATATA
Found at i:24533 original size:171 final size:171
Alignment explanation
Indices: 24218--24914 Score: 695
Period size: 171 Copynumber: 4.1 Consensus size: 171
24208 AAAATATATT
* * ** * *
24218 ATAATTAATTTTAAGTTGAATTTTTTTATGTTTTTGGTTAAAACAGATTATTATTGAATGTCTTC
1 ATAATTGATTTTAAGTTGAATTGTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTGC
** * * * * * *
24283 CTCGAAAAACATGAA-AAAAAAGTCATTCATTGGTAAAAAAACTCCATTTATAGTCACCTATGTC
66 CTTAAAAAACATGAAGAAAAAA-CCATTCATTGATAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCC
* * *
24347 TTCGAAAGTATTATTACTCGCTTTAAATGGTTTGATAATGTC
130 TTCGAAAGCATTATTACTCGCTTTAAATGATTTGATAATCTC
* * * * * * **
24389 ATCATTGATTTTAAGATAAATTGTTTTACATTTTTAGTTTAAACAAATTATAATTGAATGTCTAT
1 ATAATTGATTTTAAGTTGAATTGTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTGC
* * * *
24454 CTTAAAAAACATGAAGAAAAAACCTTTCATTGACAAGTAAAGTCCATTTATGGTCACCCATGCCT
66 CTTAAAAAACATGAAGAAAAAACCATTCATTGATAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCT
* * * *
24519 TCAAAAGCATTATTACTTGCTTTAAATGATTTTATAATATC
131 TCGAAAGCATTATTACTCGCTTTAAATGATTTGATAATCTC
* * * * * *
24560 ATAACTAACTTTAAGCTGAATTGTTTTACATTTTTGGTTCAAACAGATTATAATTGAATGTTTGC
1 ATAATTGATTTTAAGTTGAATTGTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTGC
* * * * * * * * * * *
24625 CTTGAAAAACATAAAGCAAAAGCCATCCATTGGTACGAAAAGTCTATGTATAGTCACTCAGGCCT
66 CTTAAAAAACATGAAGAAAAAACCATTCATTGATAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCT
* * * *
24690 TTGAAAGCCTTATTACTCGC-TTAAATTAGTTTGATAATCTT
131 TCGAAAGCATTATTACTCGCTTTAAATGA-TTTGATAATCTC
* *
24731 ATAATTGATTTTAAGTTGAATT-TTTCACATTTTTGGTTAAAACGGATTATAATTGAATGTCTGC
1 ATAATTGATTTTAAGTTGAATTGTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTGC
* * * * * * * * *
24795 CCTAAGAAACGTGAAG-CAAAACTGA-TCTACTGGA-ATGAAAAGTCCAATTATAGTCACCCAAG
66 CTTAAAAAACATGAAGAAAAAAC-CATTC-A-TTGATAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATG
* * *
24857 CCTTCGAAAGCTTTATTACTTGCTTTAAATGATTTTATAATCTC
128 CCTTCGAAAGCATTATTACTCGCTTTAAATGATTTGATAATCTC
24901 ATAATTGATTTTAA
1 ATAATTGATTTTAA
24915 CTTNNNNNNN
Statistics
Matches: 423, Mismatches: 97, Indels: 13
0.79 0.18 0.02
Matches are distributed among these distances:
169 5 0.01
170 124 0.29
171 288 0.68
172 6 0.01
ACGTcount: A:0.35, C:0.14, G:0.13, T:0.38
Consensus pattern (171 bp):
ATAATTGATTTTAAGTTGAATTGTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTGC
CTTAAAAAACATGAAGAAAAAACCATTCATTGATAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCT
TCGAAAGCATTATTACTCGCTTTAAATGATTTGATAATCTC
Found at i:24634 original size:455 final size:455
Alignment explanation
Indices: 23770--24648 Score: 1022
Period size: 455 Copynumber: 1.9 Consensus size: 455
23760 CTCATATTTG
* * *
23770 ATTTTAAGTTAAATATTTTTATGTATATGGTTCAAACATATTATAATCGAATGTCTGTCTTAAGA
1 ATTTTAAGTTAAATATTTTTATGTATATGGTTAAAACAGATTATAATCGAATGTCTGTCTGAAGA
* * * *
23835 AACGAGAAGAAAAAGCCATTCTTTAGTAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATGCCTTCGAAAG
66 AACGAGAAAAAAAAGCCATTCATTAGTAAAAAAACTCCATTTATAGTCACTCATGCCTTCGAAAG
* * *
23900 TATTATTACTCGCTTTAAATGGTCTTAAAATGTTATAATTAATTTTCAATTAAATTTTTTTACAT
131 TATTATTACTCGCTTTAAATGGTCTTAAAATGTCATAATTAATTTTCAAATAAATTGTTTTACAT
* * * * * * * *
23965 TTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAGTGTTTGGCTTGAGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATT
196 TTTTAGTTAAAACAAATTATAATTGAATGTCTAGCTTAAAAAACATGAAGAAAAAACCATTCATT
* * *
24030 CTGAAATAAAGTCTATTTATAGTCACCCATGTCTTCAAAAGTATTATTACTCGCTTTAAATAGTT
261 CTGAAATAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCAAAAGCATTATTACTCGCTTTAAATAGTT
* * * * * * * * ********** * *
24095 TTATAATCTGATAATTGATTTTAAGTTAGATTTTTTTATATNNNNNNNNNNAATATATTATAATT
326 TTATAATATCATAACTAACTTTAAGTGAGATTGTTTTACATTTTTGGTTCAAACAGATTATAATT
* * *
24160 GAATGTCTGTATAGAAAAACGTGAAGCAAAAGCCTTCCGTTAAGATGAAAAATATATTATAATTA
391 GAATGTCTGCATAGAAAAACATAAAGCAAAAGCCTTCCGTTAAGATGAAAAATATATTATAATTA
* * * * * *
24225 ATTTTAAGTTGAATTTTTTTATGTTTTTGGTTAAAACAGATTATTATTGAATGTCT-TCCTCGAA
1 ATTTTAAGTTAAATATTTTTATGTATATGGTTAAAACAGATTATAATCGAATGTCTGT-CT-GAA
* * *
24289 -AAAC-ATGAAAAAAAAGTCATTCATTGGTAAAAAAACTCCATTTATAGTCAC-CTATGTCTTCG
64 GAAACGA-GAAAAAAAAGCCATTCATTAGTAAAAAAACTCCATTTATAGTCACTC-ATGCCTTCG
* * *
24351 AAAGTATTATTACTCGCTTTAAATGGT-TTGATAATGTCATCATTGATTTT-AAGATAAATTGTT
127 AAAGTATTATTACTCGCTTTAAATGGTCTT-AAAATGTCATAATTAATTTTCAA-ATAAATTGTT
* * *
24414 TTACATTTTTAGTTTAAACAAATTATAATTGAATGTCTATCTTAAAAAACATGAAGAAAAAACCT
190 TTACATTTTTAGTTAAAACAAATTATAATTGAATGTCTAGCTTAAAAAACATGAAGAAAAAACCA
* *
24479 TTCA-T-TGACAAGTAAAGTCCATTTATGGTCACCCATGCCTTCAAAAGCATTATTACTTGCTTT
255 TTCATTCTGA-AA-TAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCAAAAGCATTATTACTCGCTTT
24542 AAAT-GATTTTATAATATCATAACTAACTTTAAGCTGA-ATTGTTTTACATTTTTGGTTCAAACA
318 AAATAG-TTTTATAATATCATAACTAACTTTAAG-TGAGATTGTTTTACATTTTTGGTTCAAACA
* * *
24605 GATTATAATTGAATGTTTGCCTTGAAAAACATAAAGCAAAAGCC
381 GATTATAATTGAATGTCTGCATAGAAAAACATAAAGCAAAAGCC
24649 ATCCATTGGT
Statistics
Matches: 350, Mismatches: 64, Indels: 20
0.81 0.15 0.05
Matches are distributed among these distances:
453 3 0.01
454 11 0.03
455 332 0.95
456 4 0.01
ACGTcount: A:0.37, C:0.12, G:0.12, T:0.38
Consensus pattern (455 bp):
ATTTTAAGTTAAATATTTTTATGTATATGGTTAAAACAGATTATAATCGAATGTCTGTCTGAAGA
AACGAGAAAAAAAAGCCATTCATTAGTAAAAAAACTCCATTTATAGTCACTCATGCCTTCGAAAG
TATTATTACTCGCTTTAAATGGTCTTAAAATGTCATAATTAATTTTCAAATAAATTGTTTTACAT
TTTTAGTTAAAACAAATTATAATTGAATGTCTAGCTTAAAAAACATGAAGAAAAAACCATTCATT
CTGAAATAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCAAAAGCATTATTACTCGCTTTAAATAGTT
TTATAATATCATAACTAACTTTAAGTGAGATTGTTTTACATTTTTGGTTCAAACAGATTATAATT
GAATGTCTGCATAGAAAAACATAAAGCAAAAGCCTTCCGTTAAGATGAAAAATATATTATAATTA
Found at i:25451 original size:171 final size:169
Alignment explanation
Indices: 25027--26138 Score: 906
Period size: 171 Copynumber: 6.6 Consensus size: 169
25017 NNNNNNNNNN
* * *
25027 GCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCATCGAAAGCATTATTACT-TGCTTTAAATAGG-
1 GCAAGAAAAGTTCATTTATAGTCACCCATGCCTTCGAAAGTATTATTACTCT-CTTTAAAT-GGT
* * * *
25090 TTGATAATCTCATAATTGACTTTAAGTTGAATTTTTTTGTATTTTTT-ATTAAAATATATTATAA
64 TTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTT-AA-ATTTTT-TATTTTTTGATTAAAATAGATTATAA
* * * * *
25154 TTGAATTTTTGTCTTGAGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTA
126 TTGAATTTCTGCCTTAAGAAACATGAAGAAAAAACCATTCATTG
* * * * * * *
25198 GTAAGAAAAGTGCATTTATAGTCACCCATGCCTTCGAAAATACTATTACTCGCTTTTAATGGGTT
1 GCAAGAAAAGTTCATTTATAGTCACCCATGCCTTCGAAAGTATTATTACTCTCTTTAAATGGTTT
********** * * *
25263 TNNNNNNNNNNAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTGTATGTTTTGGGTTAGAATAGATTATAATT-
66 TATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTT-TAT-TTTTTGATTAAAATAGATTATAATTG
* *
25327 AATTGTCTGCCTCAAGAAACATGAAGAAAAAACCATTTATTG
129 AATT-TCTGCCTTAAGAAACATGAAGAAAAAACCATTCATTG
* *
25369 GCAAGAAAAATTCATTTATAGTCACCTATGCCTTCGAAAGTATTATTACTCTCTTTAAGA-GGTT
1 GCAAGAAAAGTTCATTTATAGTCACCCATGCCTTCGAAAGTATTATTACTCTCTTTAA-ATGGTT
********
25433 TTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTNNNNNNNNNNTATATTTTTGATTAAAATAGATTATAAT
65 TTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTT--AAATTTTTTAT-TTTTTGATTAAAATAGATTATAAT
*** * * **
25498 TGAATTTCCATCTTGAGAAACATGAAGAAAAAGCTTTTCATTG
127 TGAATTTCTGCCTTAAGAAACATGAAGAAAAAACCATTCATTG
* * * * * * *
25541 GTAGGTAAAG-TCTATTTATAGTCACCCATACCTTCAAAAGTATTATTACTCGCTTTAAATGATT
1 GCAAGAAAAGTTC-ATTTATAGTCACCCATGCCTTCGAAAGTATTATTACTCTCTTTAAATGGTT
* * **
25605 TTATAATCTCAATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTATATTTTTTATTAAAATATCTTTATAAT
65 TTATAATCTC-ATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTAT-TTTTTGATTAAAATA-GATTATAAT
* * * * * ** *
25670 TGAATTTTTGGC---GGAAACGTGAAG-AAGAGTCATTCATTA
127 TGAATTTCTGCCTTAAGAAACATGAAGAAAAAACCATTCATTG
* * * * * * *
25709 GTAAGAAAAGTGCATTTATAGCCACCCATGGCTT-GAAAGCATTATTACACGT-TTTAAATAG-T
1 GCAAGAAAAGTTCATTTATAGTCACCCATGCCTTCGAAAGTATTATTACTC-TCTTTAAATGGTT
* * *
25771 TTATAATCTTATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTATTTTTTGGTTAAAA-AGATTAT-ATTA
65 TTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAA-TTTTTTATTTTTTGATTAAAATAGATTATAATTG
*
25834 AATGTCTGCCTTAAGAAACATGAAGAAAAAACCATTCA-TG
129 AATTTCTGCCTTAAGAAACATGAAGAAAAAACCATTCATTG
* *
25874 GCAAG-AAAG-TCAATTTAT-GTCACCCATG-CTTCGAAAGTA-TATTACTCACTTTAAATGATT
1 GCAAGAAAAGTTC-ATTTATAGTCACCCATGCCTTCGAAAGTATTATTACTCTCTTTAAATGGTT
* * * * ** * * *
25934 TTAT-ATATCA-AATTGATTTTAAGCTGAATTATTTTACATTTTTGGGTAAAACAAATTATATTT
65 TTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATT-TTTTA-TTTTTTGATTAAAATAGATTATAATT
* * * ** *
25997 AAACGTT-TGCCTT-AGAAAATATGAAGAAAAAGTCTTTCATTG
128 GAA-TTTCTGCCTTAAG-AAACATGAAGAAAAAACCATTCATTG
* * *
26039 GCAAGAAAAGTTCATTTATAGTCACCCATGCCTTCGAATGCATTATTACTCACTTTAAATGGTTT
1 GCAAGAAAAGTTCATTTATAGTCACCCATGCCTTCGAAAGTATTATTACTCTCTTTAAATGGTTT
* * *
26104 TATAATCTGATACTTGATTTTAAGTTGAATTTTTT
66 TATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTT
26139 TATGTCTGCC
Statistics
Matches: 743, Mismatches: 160, Indels: 77
0.76 0.16 0.08
Matches are distributed among these distances:
160 2 0.00
161 21 0.03
162 43 0.06
163 33 0.04
164 41 0.06
165 53 0.07
166 37 0.05
167 32 0.04
168 45 0.06
169 44 0.06
170 20 0.03
171 222 0.30
172 129 0.17
173 21 0.03
ACGTcount: A:0.35, C:0.12, G:0.13, T:0.39
Consensus pattern (169 bp):
GCAAGAAAAGTTCATTTATAGTCACCCATGCCTTCGAAAGTATTATTACTCTCTTTAAATGGTTT
TATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTATTTTTTGATTAAAATAGATTATAATTGAA
TTTCTGCCTTAAGAAACATGAAGAAAAAACCATTCATTG
Found at i:26720 original size:171 final size:171
Alignment explanation
Indices: 26280--30196 Score: 2249
Period size: 171 Copynumber: 22.7 Consensus size: 171
26270 TGAATTTTTA
* * * * * *
26280 TTAAAACATATTATTATTGAATGTCTACCTTGATAAACATGAAGAAAAAGCTATTCATTGGCATG
1 TTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGACAAG
* * * *
26345 AAAAGTTCATTTATAGTCACCAATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAA
66 AAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCGAAAGCATTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAA
26410 TCTCATAATTGATTTTAAGTTGAA-TTTTTTACATTTTTGG
131 TCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGG
* * * * * * *
26450 TTAAAATAGGTTATAATTGAATGTCTGCC-TCAGGAAACATCAAGAAAAAACCATTCATTGGCAA
1 TTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTTGA-GAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGACAA
* * * * *
26514 GAAAAGTCCATTTATAGTCACCTATGCCGTCGAAAGCATTATTACTTATTTTAAATGGTTTGATA
65 GAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCGAAAGCATTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATA
* * *
26579 ATATCATAATTGATTTTAATTTGAATTTTTTTACAATTTTGG
130 ATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGG
* ** * *
26621 TTAAAACATATTATAATTTG-ATGTCTACCTTGAGAAATGTGAAGAAAAAGCCTTTCATTGACAC
1 TTAAAACAGATTATAA-TTGAATGTCTACCTTGAGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGACAA
* ** ** *
26685 GTAAAGTCCATTTATAGTCATTCATGCCTTCGAAAGCATTATTACTCGTTTTAAACGGTTTTATA
65 GAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCGAAAGCATTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATA
* * * *
26750 ATTTCATAATTAATTTTAA-TCTGAATATTTTTACATTTTTAG
130 ATCTCATAATTGATTTTAAGT-TGAATTTTTTTACATTTTTGG
* * * * * * * *
26792 TTAAAATAGATTATAATTGAATGTCTGCCTTGAAAAATATGAAGCAAAATCCA-TCTGTTGACAT
1 TTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACATGAAGAAAAAGCCATTC-ATTGACAA
* ** * * * * * * *
26856 GCAAAGTTTATCTATAGTCACTCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATAGTTTGATA
65 GAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCGAAAGCATTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATA
* * * *
26921 ATCTCATAATTAATTTTAAGTTGAAGTTTTTCACATTTTTAG
130 ATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGG
* * * * * *
26963 TTAAAACATATTATAATTAAATGTCTACCTTGAGAAACATGAAGCAAAAGTCA-TCTTTTGGCAC
1 TTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACATGAAGAAAAAGCCATTC-ATTGACA-
* * * * *** *
27027 A-AAAA-TCTATTTATAGTCACTCAAGCCTTCAAAATTTTTATTACTCACTTTAAATAGTTTTAT
64 AGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCGAAAGCATTATTACTCACTTTAAATGGTTTTAT
* * *
27090 AATCTCATAATTGATTTTAAGTAGAATTTGTTTA-AGTTTTTAG
129 AATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACA-TTTTTGG
* * * * * *
27133 TTAAAATAGATAATAATTGAATG-CTATCTTGAGAAACATGAAGAAGAAGCCTTTCATT-AGTAA
1 TTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGA-CAA
* * * * * * *
27196 GAAAAGTCCATTTATAGTCACCAATGCCATCGAAAGAATTGTTACTCGCTTTAAATAGTTTGATA
65 GAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCGAAAGCATTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATA
* * * * **
27261 ATCTCATAATTGATTTGAGGTTAAATTTTTTTATATTTTTTA
130 ATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGG
* * * * * *
27303 TTAAAATATATTCTAATTGAATGTCTATCTTGAGAAACATGAAGAAAAAACCGTTCATT-AGCAA
1 TTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGA-CAA
* * ** * * * *
27367 GAAAAGTTCGTTTATAGTCACCCATGCCTTTAAAAACTTTATTACTCATTTTAAATGGTTCTATA
65 GAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCGAAAGCATTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATA
* * ** *
27432 ATATCATAATTGAATTTAAGTTGAATTTTTTTATGTTTATGG
130 ATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGG
* * * * * * *
27474 TTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTATCTCGAGAAACGTGCA-AAAAAGTCATTCATTAATAAG
1 TTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGACAAG
* * * * *
27538 AAAAGTCTATTTATAGTCACCCATACCTTTGAAAGGATTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAA
66 AAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCGAAAGCATTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAA
* * * * * **
27603 TGTCATAATTAATTTTGAGCT-AATTGTTTTTATATTTTTTA
131 TCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATT-TTTTTACATTTTTGG
* * * * *
27644 TTAAAGCAGATTATAATTGAATGTCTAGCTTGAGAAACGTGAAG-AAAAGTCATTTATT-AGCAA
1 TTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGA-CAA
* * *
27707 GAAAAGTCTATTTATAGTCACCTATGCCTTTGAAAGCATTA-T--T-AC------T--TTTTATA
65 GAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCGAAAGCATTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATA
* * *
27760 ATCTTATAATTGATTTCAAGTAGAATTTTTTTTTACA-TTTTGG
130 ATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAA--TTTTTTTACATTTTTGG
* * ** * ** *
27803 ATTAAAACATATTATAATTGAATGTCTACCTTGATAAATGTGAAGAAAAAGCCATCCGCT-AGTA
1 -TTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGA-CA
* * ** * * *
27867 GGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAACCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTAT
64 AGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCGAAAGCATTATTACTCACTTTAAATGGTTTTAT
* * *
27932 AATTTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTGTTTTACGTTTTTGG
129 AATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGG
* * * * ** * * **
27975 TTAAAATAGGTTATAATTGAATGTTTGCCTCAAGAAACATGAAGAAAAAACCATTAATTGGTAAG
1 TTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGACAAG
* * * *
28040 AAAAGTCCATTTATAGTCACCCATACCTTCGAGAGTATTATTACTCACTTTAAATAGTTTTATAA
66 AAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCGAAAGCATTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAA
* * * * * * **
28105 TGTCATAATTTATTTCAAGCTGAAGTTTTTTACATTCTTCA
131 TCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGG
* * * * * *
28146 TTAAAATAGATTATAATTAAATGTCTATCTAGGGAAACGA-GAAGAAAAA-CCATTCATTGGCAA
1 TTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAAC-ATGAAGAAAAAGCCATTCATTGACAA
* * * * * * **
28209 GAAAAGTTCATTTATAGTCATCCATGCTTTCGAAAGCATTATTATTCGCTTCAAATTATTTTATA
65 GAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCGAAAGCATTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATA
* * **
28274 ATCTCATAATTGATTTTAGGTT-AAGTTTTTTTATATTTTTCA
130 ATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAA-TTTTTTTACATTTTTGG
* * * * * ** * * *
28316 TTAAAATATATTATAGTTGAATGTTTGCCTTGAGAAATGTGAAGCAAAAA-CCATCCGTTGGCAT
1 TTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACATGAAG-AAAAAGCCATTCATTGACA-
* * * * ** * * *
28380 A-AAAAATCTATTTATAGTCACTCAAGTATTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTGTTAT
64 AGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCGAAAGCATTATTACTCACTTTAAATGGTTTTAT
** *
28444 AATCTCATAATTGATTTTTAA-TTGAATTTTTTTATGTTTTTTG
129 AATCTCATAATTGA-TTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGG
* * * ** * * * *
28487 TT-ATACAGATTATTATTGAATGTCTATCTT-AGAAAGTGTGAAGCAAAAGACTTTCATTG--GA
1 TTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAA-CATGAAGAAAAAGCCATTCATTGACAA
* * * ***** * * *
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** * * ** * ** * *
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118 AATGGT---TTTATAATCTCATAATTG-ATT-TTAAG--TTGAATT--T--TTTTACA---TTTT
**
28668 ATAA
169 -TGG
* ** * * ** * * * ** ** **
28672 TCTCATAATTGATTTTGAGTTGAAT-T-T-TTTTTATATATTTTTAGTTAAAACAGATTATAATT
1 T-T-AAAACAGATTAT-AATTGAATGTCTACCTTGAGAAACATGAAG--AAAA-AG----CCA-T
* * * * ** *** * * ** * **
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55 -T-CAT-T-G-ACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGC-CTTCG-AAAG-C-A-TTAT--T
* * * * * * * *
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*
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153 AA--T---TTTTTTAC-ATTTTTGG
* * * * * ** ** *
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1 TTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAA-CATGAAGAAAAAGCCATTCATTGACAA
* * * * * * * *
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65 GAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCGAAAGCATTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATA
* * ** * *
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* * * * * * * *
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1 TTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGACAAG
* * * ** * *
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* * * * ** * **
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* * * * * * * * *
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1 TTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGA-CAA
* * * * * *
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* *
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130 ATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGG
* * * ** * * *
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1 TTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCAT-TGA-CA
* * ** * * * * *
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** *
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* * * * * * * *
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1 TTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGACAAG
* * * ** * *
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66 AAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCGAAAGCATTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAA
* * * * **
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131 TCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGG
** * * * * *
29740 TTAAAACAGATTATAATTGAATGTCCGCCTTGATAAACGTAAAGAAAACA-CCTTTCATTGGCAA
1 TTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACATGAAGAAAA-AGCCATTCATTGACAA
* * * **
29804 GCAAAGTACATTTATAGTCACCTATGCCTTCGAAAGCATTATTACTCACTTTAAA-CATTTGTAT
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* ** * * * **
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129 AATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGG
* * * ** * * ** * * * *
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1 TTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGACAAG
* * * * * * * *
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66 AAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCGAAAGCATTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAA
* *********
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** * *
30082 TTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTGTCTTGAGAAACGTGAAGAAAAACCCATTCATT-AGCAA
1 TTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGA-CAA
* * *
30146 AAAAAGTCCATTTATAGTAACCCATGCCTTTGAAAGCATTATTACTCACTT
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30197 NNNNNNNNNN
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TCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGG
Found at i:31287 original size:171 final size:170
Alignment explanation
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* * * * * *
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* * *
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* * * * * * **
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*
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* * * ** ** *
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1 ACTTAAAATCAATTATGAAATTATA-AAACATTTAAAGCGAGTAATAATGCTTTCGAAGGCT-TG
* * **
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* * ** *
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* ********** * * * *
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* * * * *
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* *
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* * * * *
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1 ACTTAAAATCAATTATGAAATTATAAAA-CATTTAAAGCGAGTAATAATGCTTTCGAAGGCTTGA
* * * ** * *
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* * * *
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128 ATTCAATTATAATATGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCT
********* * * * * *
32180 ANNNNNNNNNNAATTATGAGATTATCAAACTATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAAGCTTG
1 A-CTTAAAATCAATTATGAAATTATAAAAC-ATTTAAAGCGAGTAATAATGCTTTCGAAGGCTTG
* * * * * ** * * * * *
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* * * ***
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127 CATTCAATTATAATATGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCT
******* * * *
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1 ACTTAAAATCAATTATGAAATTATAAAA-CATTTAAAGCGAGTAATAATGCTTTCGAAGGCTTGA
* * ** ** ***
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*********************** ** * *
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127 CATTCAATTATAATATGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCT
* ** * * *
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1 ACTTAAAATCAATTATGAAATTAT-AAAACATTTAAAGCGAGTAATAATGCTTTCGAAGGCTTGA
* * * * * * * ** * * * **
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** *
32647 TTCAATTATAATAT-TCTTTAATAAAAAATGTAAAACAATT-T
129 TTCAATTATAATATGT-TTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCT
** * * * ** * *
32688 AGCTTTCAGTCAATTATGACATTATAAAATCATTTAAAGCAAGTAATAATGCTTTTAAAGCCATG
1 A-CTTAAAATCAATTATGAAATTATAAAA-CATTTAAAGCGAGTAATAATGCTTTCGAAGGCTTG
* * * * * * * * **
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* * *
32817 ATTCAATTATAATCTGTTTTAATCAAAAATGTAAAACAATTC-
128 ATTCAATTATAATATGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCT
* ********** * *
32859 AGCTTAAAATTAANNNNNNNNNNATCAAACCATTTAAAGCGAGTAATAATGCTTTTGAAGG-TAT
1 A-CTTAAAATCAATTATGAAATTAT-AAAACATTTAAAGCGAGTAATAATGCTTTCGAAGGCT-T
* * * ** * * *
32923 CG-GTGACTATAAATGAAGTTCTT-TTGCCAATGAATGAATTTTTCTTCATGTTTCTCGAGGA-A
63 -GAGTGACTATAAATGGACTT-TTCTTGCTAATGAATGGCTTTTTTTTCACGTTTCTC-AAGATA
* * * * **
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* * * ** * *
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* * * ** * * * * * *
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* * *
33159 ATTCAATTATAATATATTTTAA-TAAAATATATAAAAAAA-TCT
128 ATTCAATTATAATATGTTTTAACCAAAA-ATGTAAAAAAATTCT
* * *
33201 AACTTAAAATCAATTAT-AAGATTATAAAACTATTTAAACCGAGTAATAATGCTTTTGAAGACAT
1 -ACTTAAAATCAATTATGAA-ATTATAAAAC-ATTTAAAGCGAGTAATAATGCTTTCGAAGGC-T
* * * * **
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* * *
33329 CATTCAATTATAATCTGTTTTAA-CTAAAATGTAAAACAATT-T
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* * * * ***********
33371 AGATTAAAATTAATTAT-AACGTTATAAAACCATTTAAAGCAAGTAATAATGCNNNNNNNNNNAT
1 A-CTTAAAATCAATTATGAA-ATTATAAAA-CATTTAAAGCGAGTAATAATGCTTTCGAAGGCTT
* * * * * *
33435 GGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTACTACAT-AATAGCTTTTTGTTCACGTTTCTCGAGACAGA
63 GAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCTA-ATGAATGGCTTTTTTTTCACGTTTCTCAAGATAGA
* ** *
33499 CATTCAATTATAATATGTTTTAACCATAAACAT-AAAAAATTCA
127 CATTCAATTATAATATGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCT
* * * * *
33542 ACTTAAAATTAAATATGAGATTATAAAATTATTTAAAGCGAGTAATAATGCTTTTC-AA-GATAT
1 ACTTAAAATCAATTATGAAATTATAAAA-CATTTAAAGCGAGTAATAATGC-TTTCGAAGGCT-T
* * * * * * * * * * ** *
33605 GGGTGACTATGAATGTACTTTTTTTACCAATGAAAGGCTTTTTCTTT-ATGTTTATTAAGGCAAA
63 GAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCTAATGAATGGCTTTTT-TTTCACGTTTCTCAAGATAGA
* * *
33669 CATTCAATTTTAATTTGTTTTAA-TAAAAGATGTTAAAAAAATT-T
127 CATTCAATTATAATATGTTTTAACCAAAA-ATG-TAAAAAAATTCT
* * * * ** * * *
33713 AACTTGAAATCAATCATGAGACTATAAAATCATTTAAAGCGAAAAATAAAGCTTTCAAAGGCATG
1 -ACTTAAAATCAATTATGAAATTATAAAA-CATTTAAAGCGAGTAATAATGCTTTCGAAGGCTTG
* * * * ** * ** *
33778 AGTGACTATAGATCGACTTTTCGTG-TCAA-CAGATGGCTTTTGCTTCACATTTCTTGAGGTAGA
64 AGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCT-AATGA-ATGGCTTTTTTTTCACGTTTCTCAAGATAGA
* * * * *
33841 CATACAATTACAATATGTTTTAACAAAAAATATAAAAAAATTCA
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*
33885 ACTTAAAATGAATTATGA
1 ACTTAAAATCAATTATGA
33903 GATTNNNNNN
Statistics
Matches: 2173, Mismatches: 640, Indels: 212
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Matches are distributed among these distances:
165 1 0.00
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ACGTcount: A:0.37, C:0.12, G:0.13, T:0.35
Consensus pattern (170 bp):
ACTTAAAATCAATTATGAAATTATAAAACATTTAAAGCGAGTAATAATGCTTTCGAAGGCTTGAG
TGACTATAAATGGACTTTTCTTGCTAATGAATGGCTTTTTTTTCACGTTTCTCAAGATAGACATT
CAATTATAATATGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCT
Found at i:33862 original size:512 final size:503
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* * *
32961 TTTTTCTTCATGTTTCTCGAGGAAGATATTCAAAAGTAATCTGTTTTAACAAAAAATACAAAAAA
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* * * *
33026 ATTTAACTTAAAATTAATTATGAGATTATAACACCATTTAAAGCGAGTAACCAGGCTTTCGAAGA
66 ATTCAACTTAAAATTAAATATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAACAAGGCTTTCGAAGA
* * * *
33091 CTTGAGTGACTATAAATAGACTTTTTGTTCTAATGGATGGCTTTTGCTTCATGTTTTTCTATACA
131 CTTGAGTGACTATAAATAGACTTTTTGTTCCAATGAAAGGCTTTTGCTTCATGTTTATCTATACA
** * *
33156 GGCATTCAATTATAATATATTTTAATAAAATATATAAAAAAATCTAACTTAAAATCAATTATAAG
196 AACATTCAATTATAATATATTTTAATAAAAGATATAAAAAAATCTAACTTAAAATCAATCATAAG
* ** * ** *
33221 ATTATAAAACTATTTAAACCGAGTAATAATGCTTTTGAAGACATTGGTGACTATAAATGGACTTT
261 ACTATAAAACTATTTAAACCGAAAAATAAAGCTTTCAAAGACATTGGTGACTATAAATCGACTTT
* ** * * * *
33286 TCTTTCAAATGAATGACTTTTTTTTCACGTTTCTGAAGCCAGACATTCAATTATAATCTGTTTTA
326 TCTGTCAAATGAATGACTTTTGCTTCACATTTCTGAAGCCAGACATACAATTACAATATGTTTTA
* * * * *
33351 AC-TAAAATGTAAAACAATTTAGA-TTAAAATTAATTATAACGTTATAAAACCATTTAAAGCAAG
391 ACAAAAAATATAAAAAAATTCA-ACTTAAAATGAATTATAACGTTATAAAACCATTTAAAGCAAG
33414 TAATAATGCNNNNNNNNNNATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTACTACATAATAGC
455 TAATAATGC----------ATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTACTACATAATAGC
* * * *
33473 TTTTTGTTCACGTTTCTCGA-GACAGACATTCAATTA-TAATATGTTTTAAC-CATAA-ACATAA
1 TTTTTCTTCACGTTTCTCGAGGA-AGACATTCAA-AAGTAATATGTTTTAACAAAAAATACA-AA
** * *
33534 AAAATTCAACTTAAAATTAAATATGAGATTATAAAATTATTTAAAGCGAGTAATAATGCTTTTC-
63 AAAATTCAACTTAAAATTAAATATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAACAAGGC-TTTCG
* * * *
33598 AAGA-TATGGGTGACTATGAAT-GTACTTTTT-TTACCAATGAAAGGCTTTTTCTTTATGTTTAT
127 AAGACT-TGAGTGACTATAAATAG-ACTTTTTGTT-CCAATGAAAGGCTTTTGCTTCATGTTTAT
* * * * * *
33660 -TA-AGGCAAACATTCAATTTTAATTTGTTTTAATAAAAGATGTTAAAAAAATTTAACTTGAAAT
189 CTATA--CAAACATTCAATTATAATATATTTTAATAAAAGAT-ATAAAAAAATCTAACTTAAAAT
* * *
33723 CAATCATGAGACTATAAAA-TCATTTAAAGCGAAAAATAAAGCTTTCAAAGGCA-TGAGTGACTA
251 CAATCATAAGACTATAAAACT-ATTTAAACCGAAAAATAAAGCTTTCAAAGACATTG-GTGACTA
* * **
33786 TAGATCGACTTTTCGTGTCAACA-G-ATGGCTTTTGCTTCACATTTCTTG-AGGTAGACATACAA
314 TAAATCGACTTTTC-TGTCAA-ATGAATGACTTTTGCTTCACATTTC-TGAAGCCAGACATACAA
33848 TTACAATATGTTTTAACAAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATGAATTAT
376 TTACAATATGTTTTAACAAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATGAATTAT
33901 GAGATTNNNN
Statistics
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510 9 0.03
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514 1 0.00
ACGTcount: A:0.39, C:0.12, G:0.12, T:0.36
Consensus pattern (503 bp):
TTTTTCTTCACGTTTCTCGAGGAAGACATTCAAAAGTAATATGTTTTAACAAAAAATACAAAAAA
ATTCAACTTAAAATTAAATATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAACAAGGCTTTCGAAGA
CTTGAGTGACTATAAATAGACTTTTTGTTCCAATGAAAGGCTTTTGCTTCATGTTTATCTATACA
AACATTCAATTATAATATATTTTAATAAAAGATATAAAAAAATCTAACTTAAAATCAATCATAAG
ACTATAAAACTATTTAAACCGAAAAATAAAGCTTTCAAAGACATTGGTGACTATAAATCGACTTT
TCTGTCAAATGAATGACTTTTGCTTCACATTTCTGAAGCCAGACATACAATTACAATATGTTTTA
ACAAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATGAATTATAACGTTATAAAACCATTTAAAGCAAGT
AATAATGCATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTACTACATAATAGC
Found at i:34936 original size:170 final size:169
Alignment explanation
Indices: 34566--35153 Score: 642
Period size: 170 Copynumber: 3.5 Consensus size: 169
34556 NNNNNNNNNN
* * * * * * *
34566 CAATTATAATCTGTTTTAACGAAAAATATAAAAAACTCAGCTTGAAGTCAATTATGACATTATAA
1 CAATTATAATCTCTTTTAGCTAAAAATATAAAAAATTCAACTAGAAATCAATTATGACATTATAA
* * * *
34631 AACCGTTTAAAGT-AACTAATAATGCTTTCGAAGGCATGGGTGACTATAAATGCAATTTTCTTAC
66 AACCATTTAAAGTGAGC-AATAATGCTTTCGAAGGCATAGGTGACTATAAATGCACTTTTCTTAC
* *
34695 CAATGAAAGGCTTTTTCTTCACATTTATTGAGGCAGATATT
130 CAATGAAAGGC-TTTTCTTCACATTTATCGAGGCAGACATT
* * * * * * *
34736 CAGTTATAATTTCTTTTA-ATAAAAAATATAAAAAAATTTAACTAGAAATTAATTATAAGATTAT
1 CAATTATAATCTCTTTTAGCT-AAAAATAT-AAAAAATTCAACTAGAAATCAATTATGACATTAT
** * *
34800 AAAAATATTTAAAGTGAGCAATAATACTTTCGAAGGCATAGGTGACTATAATTGCACTTTTCTTA
64 AAAACCATTTAAAGTGAGCAATAATGCTTTCGAAGGCATAGGTGACTATAAATGCACTTTTCTTA
* * ** *
34865 CCAATGAATGGCTTTTCTTTATGTTTCTCGAGGCAGACATT
129 CCAATGAAAGGCTTTTCTTCACATTTATCGAGGCAGACATT
* * *
34906 CAATTATAATCTGTTTTAGCTAAAAATATAAAAACATTCAGCTAAAAATCAATTATGACATTATA
1 CAATTATAATCTCTTTTAGCTAAAAATATAAAAA-ATTCAACTAGAAATCAATTATGACATTATA
** ** * * * * *
34971 AAACCGGTTAAAAAGAGTAATAATGCTTTCGAAGGTATAGGTAAATATAAATGGACTTTTCTTAC
65 AAACCATTTAAAGTGAGCAATAATGCTTTCGAAGGCATAGGTGACTATAAATGCACTTTTCTTAC
* * * *
35036 CAATGAAAGGATTTTTCCTCACATTTTTCAAGGCAGACATT
130 CAATGAAAGG-CTTTTCTTCACATTTATCGAGGCAGACATT
* * * * *
35077 CAATTATAATATCTTTTAGCCAAACACATAAAAAATTCAACTTA-AAATCAATTATGAGATTATA
1 CAATTATAATCTCTTTTAGCTAAAAATATAAAAAATTCAAC-TAGAAATCAATTATGACATTATA
35141 AAACCATTTAAAG
65 AAACCATTTAAAG
35154 CAAGNNNNNN
Statistics
Matches: 342, Mismatches: 69, Indels: 14
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Matches are distributed among these distances:
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Consensus pattern (169 bp):
CAATTATAATCTCTTTTAGCTAAAAATATAAAAAATTCAACTAGAAATCAATTATGACATTATAA
AACCATTTAAAGTGAGCAATAATGCTTTCGAAGGCATAGGTGACTATAAATGCACTTTTCTTACC
AATGAAAGGCTTTTCTTCACATTTATCGAGGCAGACATT
Found at i:35605 original size:174 final size:170
Alignment explanation
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Period size: 174 Copynumber: 2.4 Consensus size: 170
35282 NNNNNAATTT
* *
35292 GACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGCGAGTAATAATACTTACGAAGGCATA
1 GACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAATACTTTCGAAGGCAT-
* ** * *
35357 GGTGACTATAAACAAACTTTTCTTACCAACGGATGGCTTGTGCTTCACCTTTTCTAAGGTAGACG
65 GGTGACTATAAACAAACCTTTCTTACCAACGGATGGCTTGTGCTTCACCTTCCCTAAGATAGACA
*
35422 TTTAATTATAATATATTTTAATAAAAAATACAAAAAAAAAACTA
130 TTCAATTATAATATATTTTAA-AAAAAAT--AAAAAAAAAACTA
*
35466 GACTTAAAATCAATGATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAATACTTTCGAAGGCATG
1 GACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAATACTTTCGAAGGCATG
** * * *********
35531 CGTGACTATAAATGAACCTTTCTCT-CCAATGGATGTCTTNNNNNNNNNNC-TCCCTAAGATAGA
66 -GTGACTATAAACAAACCTTTCT-TACCAACGGATGGCTT-GTGCTTCACCTTCCCTAAGATAGA
** * **
35594 CATTCAATTATAATATATTTTAACCAAAATATAAAAAAATTTA
128 CATTCAATTATAATATATTTTAAAAAAAATAAAAAAAAAACTA
* * * * * ** * * *
35637 -ACTTAAATTCAATTATGGGATTATAACATCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTCAAAAGCTTG
1 GACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAATACTTTCGAAGGCATG
35701 AGTGACTATAAA
66 -GTGACTATAAA
35713 NNNNNNNNNN
Statistics
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Matches are distributed among these distances:
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ACGTcount: A:0.41, C:0.13, G:0.13, T:0.31
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GACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAATACTTTCGAAGGCATG
GTGACTATAAACAAACCTTTCTTACCAACGGATGGCTTGTGCTTCACCTTCCCTAAGATAGACAT
TCAATTATAATATATTTTAAAAAAAATAAAAAAAAAACTA
Found at i:36806 original size:171 final size:170
Alignment explanation
Indices: 36005--37668 Score: 1064
Period size: 171 Copynumber: 9.7 Consensus size: 170
35995 NNAAGGTATA
* ** * * * * * * ** *
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1 GGTGATTATAAATTCACTTTTCTTGCCAATGAAAGACTTTTTCTTCATGTTTATTGAGGCAAACA
* * * * *
36070 TTCAATTATAAT-TTTTGTTAACCCTAAACA--T-AAAAAATTAAACTTAAAATCAAGTATGAGA
66 TTCAATTATAATCTGTT-TTAA---TAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGACA
** *
36131 TTATAAAACCATTTAAAGCGGGTAATAATGCTTTCGAAGGTATG
127 TTATAAAACCATTTAAAGCAAGTAATAATGCTTTCGAAGGCATG
* * * ** * * * ** *
36175 AGTGACTATTAATAGACTTTTCTTACTAATGAATAG-CTTTTTCTTCACT-TTTCTCAAGACAAA
1 GGTGATTATAAATTCACTTTTCTTGCCAATGAA-AGACTTTTTCTTCA-TGTTTATTGAGGCAAA
* * * * *****
36238 CATTCAATTATAATCTATTTTAACCAAAAACGTAAAGAAATTCAACTTAAAATCAATTATNNNNN
64 CATTCAATTATAATCTGTTTTAA-TAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGACAT
****** * * * *
36303 NNNNNCACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGATTTCGAAGGCTTG
128 TATAAAACCATTTAAAGCAAGTAATAATGCTTTCGAAGGCATG
* ** * ** * * * * * ** * * * * * *
36346 AGTGACAATAGATGGATTTTTCGTGCCAACGGATGGGTTTTGCTTCATGTTTTTTTATGCAGATA
1 GGTGATTATAAATTCACTTTTCTTGCCAATGAAAGACTTTTTCTTCATGTTTATTGAGGCAAACA
* * * *
36411 TGT-AATTATAATCTGTTTTAAAAAAAATATAAAAAAATTCAGCTTAAAATCAATTATGATATTA
66 T-TCAATTATAATCTGTTTTAATAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGACATTA
* ** * * *
36475 TAAAACCGTTTAAAGTGAGTAATGATCCTTTCGAAGCCATG
130 TAAAACCATTTAAAGCAAGTAATAATGCTTTCGAAGGCATG
* * * **
36516 GGTGACTATAAATTCACTTTTTCTTGCCCATGAAAGACTTCTTCTTCACATTTATTGAGG-AAGA
1 GGTGATTATAAATTCAC-TTTTCTTGCCAATGAAAGACTTTTTCTTCATGTTTATTGAGGCAA-A
* * * * * *
36580 CATTCAATTATAATTTGTTTCAATCAAAAATGTAAAAAACTTCAACTTGAAATCAATTATAAGAT
64 CATTCAATTATAATCTGTTTTAAT-AAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGACAT
* *
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128 TATAAAACCATTTAAAGCAAGTAATAATGCTTTCGAAGGCATG
** * * * * *
36688 GACGATTATAATTTCAATTTTCTTGCCACT-AAATGACTTTTTCTTCATGTTTCTTGAGGTAAAC
1 GGTGATTATAAATTCACTTTTCTTGCCAATGAAA-GACTTTTTCTTCATGTTTATTGAGGCAAAC
* * * *
36752 ATTCAATTATAATCTATTTTAGCTAAAAATGTAAAACAATTCATCTTAAAATCAATTATGACATT
65 ATTCAATTATAATCTGTTTTA-ATAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGACATT
*
36817 ATAAAACCATTTAAAGCAAGTAACAATGCTTTCGAAGGCATG
129 ATAAAACCATTTAAAGCAAGTAATAATGCTTTCGAAGGCATG
* * *
36859 GGTGATTATAAATTGACTTTTCTTGCTC-ATGAAAGA-TATTTTCTTCATGTTT-TCTAAGGCAG
1 GGTGATTATAAATTCACTTTTCTTGC-CAATGAAAGACT-TTTTCTTCATGTTTAT-TGAGGCAA
* * * *
36921 ACATTGAATTATAATCTGTTTAAATCAAAAACGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGATA
63 ACATTCAATTATAATCTGTTTTAAT-AAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGACA
* * * **
36986 TTATAAAACCGTTTAAAG-AGAGCAATAATGCTTTCAAAGGTTTG
127 TTATAAAACCATTTAAAGCA-AGTAATAATGCTTTCGAAGGCATG
* * * * ** * ** *
37030 GGTCACTATGAATGCACTTTTCTTGCCAATGAAAGGGTTTTTTTTCATGTTTATCAAGGTAAACA
1 GGTGATTATAAATTCACTTTTCTTGCCAATGAAAGACTTTTTCTTCATGTTTATTGAGGCAAACA
* * * * * * *
37095 TTCAATTATAATCTATTTTAATTAAAAATGTTAAAAAAATTTAACCTGAAATTAATTATAAGATT
66 TTCAATTATAATCTGTTTTAA-TAAAAATG-TAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGACATT
* * *
37160 ATTAAACCATTTAAAGCAATTAATAATGCTTTCGAAAGG-ATA
129 ATAAAACCATTTAAAGCAAGTAATAATGCTTTCG-AAGGCATG
* * * * * *
37202 GGTGATTAT-AATTGCACTTTTCTGGTCAAT-AAATGACTTTTTTTTTTCACGTTTCTCGAGGCA
1 GGTGATTATAAATT-CACTTTTCTTGCCAATGAAA-GAC--TTTTTCTTCATGTTTATTGAGGCA
* * * *
37265 AACATTCAATTATCATCTGTTTTAGCTAAAAATATAAAAAAATTCAGC-TAAAATTCAATTATGA
62 AACATTCAATTATAATCTGTTTTA-ATAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAA-TCAATTATGA
* * * * * * *
37329 CATTAGATAACTAGTTAAAGCAAGTAATATTGCTTTCGAAAGTATG
125 CATTATAAAACCATTTAAAGCAAGTAATAATGCTTTCGAAGGCATG
* * * ** * * * *
37375 AGTAACTATAAATGGACTTTTCTTGCCGAT-AAAAATCTTTTTCCTCATGTTT-TCTGAGGCAGA
1 GGTGATTATAAATTCACTTTTCTTGCCAATGAAAGA-CTTTTTCTTCATGTTTAT-TGAGGCAAA
********** * * *
37438 CNNNNNNNNNNAATCTGTTTTAACTAAAAAAGTAAAAAAATTCAACTTAAAATAAATTATGAGAT
64 CATTCAATTATAATCTGTTTTAA-TAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGACAT
* * ** ***********
37503 CATAAAACTATTTAAAGTGAGTAANNNNNNNNNNAAAGGCATG
128 TATAAAACCATTTAAAGCAAGTAATAATGCTTTCGAAGGCATG
* * ** * * * * * * * *
37546 GGTGACTATGAATGGACTTTTCTTAG-GAATGAATGGCCTTTTCTTTATGTTTATCGAGACATAC
1 GGTGATTATAAATTCACTTTTCTT-GCCAATGAAAGACTTTTTCTTCATGTTTATTGAGGCAAAC
* *
37610 ATTCAATTATAATCTGTTTTAATTAAAAATATAAAAAAATTCAACTAAAAATCAATTAT
65 ATTCAATTATAATCTGTTTTAA-TAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTAT
37669 NNNNNNNNNN
Statistics
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0.75 0.19 0.06
Matches are distributed among these distances:
168 5 0.00
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174 52 0.05
ACGTcount: A:0.37, C:0.13, G:0.13, T:0.35
Consensus pattern (170 bp):
GGTGATTATAAATTCACTTTTCTTGCCAATGAAAGACTTTTTCTTCATGTTTATTGAGGCAAACA
TTCAATTATAATCTGTTTTAATAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGACATTAT
AAAACCATTTAAAGCAAGTAATAATGCTTTCGAAGGCATG
Found at i:37098 original size:513 final size:506
Alignment explanation
Indices: 36009--37438 Score: 1433
Period size: 513 Copynumber: 2.8 Consensus size: 506
35999 GGTATAGGTG
* * * * *
36009 ACTATAAATGAACTTTTCTTGCAAATGAATGGCTTTTTCTTT-ACGTTTCTCAAGGCAAGCATTC
1 ACTATAAATGCACTTTTCTTGCCAATGAAAGGCTTTTT-TTTCACGTTTATCAAGG-AAACATTC
* ** ** * * *
36073 AATTATAATTTTTGTTAACCCTAAACATAAAAAATTAAACTTAAAATCAAGTATGAGATTATAAA
64 AATTATAATTTTT-TTAATCAAAAATGTAAAAAATTAAACTTGAAATCAATTATAAGATTATAAA
* * * *
36138 ACCATTTAAAGCGGGTAATAATGCTTTCGAAGGTAT-GAGTGACTATTAA-TAGACTTTTCTTAC
128 ACCATTTAAAGCGAGTAATAATGCTTTCGAAGG-ATGGA-TGATTA-TAATTACACTTTTCTTGC
* * * * * *
36201 TAATGAAT-AGCTTTTTCTTCACT-TTTCTCAAGACAAACATTCAATTATAATCTATTTTAACCA
190 CAATAAATGA-CTTTTTCTTCA-TGTTTCTCGAGGCAAACATTCAATTATAATCTATTTTAGCTA
* *********** *
36264 AAAACGTAAAGAAATTCAACTTAAAATCAATTATNNNNNNNNNNCACCATTTAAAGCGAGTAATA
253 AAAATGTAAA-AAATTCAACTTAAAATCAATTATGACATTAGAAAACCATTTAAAGCAAGTAATA
* * * * * * * ** *
36329 AGGATTTCGAAGGCTTGAGTGACAATAGATGGATTTTTCGTGCCA-ACGGATGGGTTTTGCTTCA
317 ATGCTTTCGAAGGCATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCATAAAGAT-GATTTT-CTTCA
* * * * * *
36393 TGTTTTTTTATGCAGATATGTAATTATAATCTGTTTTAAAAAAAATATAAAAAAATTCAGCTTAA
380 TGTTTTCTAAGGCAGACATGTAATTATAATCTGTTTTAAAAAAAACATAAAAAAATTCAACTTAA
* * * * *
36458 AATCAATTATGATATTATAAAACCGTTTAAAGTGAGTAATGATCCTTTCGAAGCCATGGGTG
445 AATCAATTATGATATTATAAAACCGTTTAAAGAGAGCAATAATCCTTTCAAAGCCATGGGTC
* * * * * * **
36520 ACTATAAATTCACTTTTTCTTGCCCATGAAAGACTTCTTCTTCACATTTATTGAGGAAGACATTC
1 ACTATAAATGCAC-TTTTCTTGCCAATGAAAGGCTTTTTTTTCACGTTTATCAAGGAA-ACATTC
* *
36585 AATTATAATTTGTTTCAATCAAAAATGTAAAAAACTTCAACTTGAAATCAATTATAAGATTATAA
64 AATTATAATTT-TTTTAATCAAAAATGTAAAAAA-TTAAACTTGAAATCAATTATAAGATTATAA
* * * *
36650 AACCATTTAAAGCGAGTAATAATACTTTCGAAGGCATGGACGATTATAATTTCAATTTTCTTGCC
127 AACCATTTAAAGCGAGTAATAATGCTTTCGAAGG-ATGGATGATTATAATTACACTTTTCTTGCC
* * *
36715 ACTAAATGACTTTTTCTTCATGTTTCTTGAGGTAAACATTCAATTATAATCTATTTTAGCTAAAA
191 AATAAATGACTTTTTCTTCATGTTTCTCGAGGCAAACATTCAATTATAATCTATTTTAGCTAAAA
* * *
36780 ATGTAAAACAATTCATCTTAAAATCAATTATGACATTATAAAACCATTTAAAGCAAGTAACAATG
256 ATGTAAAA-AATTCAACTTAAAATCAATTATGACATTAGAAAACCATTTAAAGCAAGTAATAATG
* * *
36845 CTTTCGAAGGCATGGGTGATTATAAATTGACTTTTCTTGCTCATGAAAGAT-ATTTTCTTCATGT
320 CTTTCGAAGGCATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGC-CAT-AAAGATGATTTTCTTCATGT
*
36909 TTTCTAAGGCAGACAT-TGAATTATAATCTG-TTTAAATCAAAAACGTAAAAAAATTCAACTTAA
383 TTTCTAAGGCAGACATGT-AATTATAATCTGTTTTAAA--AAAAACATAAAAAAATTCAACTTAA
* ***
36972 AATCAATTATGATATTATAAAACCGTTTAAAGAGAGCAATAATGCTTTCAAAGGTTTGGGTC
445 AATCAATTATGATATTATAAAACCGTTTAAAGAGAGCAATAATCCTTTCAAAGCCATGGGTC
* * *
37034 ACTATGAATGCACTTTTCTTGCCAATGAAAGGGTTTTTTTTCATGTTTATCAAGGTAAACATTCA
1 ACTATAAATGCACTTTTCTTGCCAATGAAAGGCTTTTTTTTCACGTTTATCAAGG-AAACATTCA
* * * * * *
37099 ATTATAATCTATTTTAATTAAAAATGTTAAAAAAATTTAACCTGAAATTAATTATAAGATTATTA
65 ATTATAAT-TTTTTTAATCAAAAATG-T-AAAAAATTAAACTTGAAATCAATTATAAGATTATAA
* * * * *
37164 AACCATTTAAAGCAATTAATAATGCTTTCGAAAGGATAGG-TGATTATAATTGCACTTTTCTGGT
127 AACCATTTAAAGCGAGTAATAATGCTTTCG-AAGGAT-GGATGATTATAATTACACTTTTCTTGC
* * * *
37228 CAATAAATGACTTTTTTTTTTCACGTTTCTCGAGGCAAACATTCAATTATCATCTGTTTTAGCTA
190 CAATAAATGAC--TTTTTCTTCATGTTTCTCGAGGCAAACATTCAATTATAATCTATTTTAGCTA
* * * * *
37293 AAAATATAAAAAAATTCAGC-TAAAATTCAATTATGACATTAGATAACTAGTTAAAGCAAGTAAT
253 AAAATGT-AAAAAATTCAACTTAAAA-TCAATTATGACATTAGAAAACCATTTAAAGCAAGTAAT
* * * * * ** *
37357 ATTGCTTTCGAAAGTATGAGTAACTATAAATGGACTTTTCTTGCCGATAAAAATCTTTTTCCTCA
316 AATGCTTTCGAAGGCATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCC-ATAAAGATGATTTTCTTCA
*
37422 TGTTTTCTGAGGCAGAC
380 TGTTTTCTAAGGCAGAC
37439 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 755, Mismatches: 136, Indels: 51
0.80 0.14 0.05
Matches are distributed among these distances:
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ACGTcount: A:0.37, C:0.14, G:0.13, T:0.36
Consensus pattern (506 bp):
ACTATAAATGCACTTTTCTTGCCAATGAAAGGCTTTTTTTTCACGTTTATCAAGGAAACATTCAA
TTATAATTTTTTTAATCAAAAATGTAAAAAATTAAACTTGAAATCAATTATAAGATTATAAAACC
ATTTAAAGCGAGTAATAATGCTTTCGAAGGATGGATGATTATAATTACACTTTTCTTGCCAATAA
ATGACTTTTTCTTCATGTTTCTCGAGGCAAACATTCAATTATAATCTATTTTAGCTAAAAATGTA
AAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGACATTAGAAAACCATTTAAAGCAAGTAATAATGCTTTCG
AAGGCATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCATAAAGATGATTTTCTTCATGTTTTCTAAG
GCAGACATGTAATTATAATCTGTTTTAAAAAAAACATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATG
ATATTATAAAACCGTTTAAAGAGAGCAATAATCCTTTCAAAGCCATGGGTC
Found at i:37556 original size:516 final size:512
Alignment explanation
Indices: 36005--37668 Score: 1326
Period size: 516 Copynumber: 3.2 Consensus size: 512
35995 NNAAGGTATA
* * * * * * * *
36005 GGTGACTATAAATGAACTTTTCTTGCAAATGAATGGCTTTTTCTTT-ACGTTTCTCAAGGCAAGC
1 GGTGACTATGAATGCACTTTTCTTGCCAATGAAAGGCTTTTT-TTTCATGTTTATCGAGG-AAAC
* * * * * * * *
36069 ATTCAATTATAAT-TTTTGTTAACCCTAAACA--T-AAAAAATTAAACTTAAAATCAAGTATGAG
64 ATTCAATTATAATCTGTT-TTAA--TTAAAAATGTAAAAAAATTCAACCTGAAATCAATTATAAG
** * * * * * *
36130 ATTATAAAACCATTTAAAGCGGGTAATAATGCTTTCGAAGGTAT-GAGTGACTATTAATAG-ACT
126 ATTATAAAACCATTTAAAGCAAGTAATAATACTTTCGAAGGCATGGA-CGATTA-TAATTGCAAT
** * * * * *
36193 TTTCTTACTAATGAAT-AGCTTTTTCTTCACTTTTCTCAAGACAAACATTCAATTATAATCTATT
189 TTTCTGGCCAATAAATGA-CTTTTTCTTCACGTTTCTCGAGGCAAACATTCAATTATAATCTATT
* * ** * * *********** * *
36257 TTAACCAAAAACGTAAAGAAATTCAACTTAAAATCAATTATNNNNNNNNNNCACCATTTAAAGCG
253 TTAGCTAAAAATATAAAAAAATTCAGCTTAAAATCAATTATGACATTAGAAAACCAGTTAAAGCA
* * * * * * * * * * *** *
36322 AGTAATAAGGATTTCGAAGGCTTGAGTGACAATAGATGGATTTTTCGTGC-CA--ACGGATGGGT
318 AGTAACAATGCTTTCGAAAGCATGAGTAACTATAAATGGACTTTTCTTGCTCATGAAAAAT--AT
* * * * *
36384 TTTGCTTCATGTTTTTTTATGCAGATA-TGTAATTATAATCTGTTTTAAA--AAAAATA-TAAAA
381 TTT-CCTCATGTTTTCTAAGGCAGACATTG-AATTATAATCTG-TTTAAATCAAAAA-AGTAAAA
* * * * * * * * * *
36445 AAATTCAGCTTAAAATCAATTATGATATTATAAAACCGTTTAAAGTGAGTAATGATCCTTTCGAA
442 AAATTCAACTTAAAATAAATTATGAGATCATAAAACCATTTAAAGAGAGCAATAATGCTTTCAAA
*
36510 GCCATG
507 GGCATG
* * * * * * ** *
36516 GGTGACTATAAATTCACTTTTTCTTGCCCATGAAAGACTTCTTCTTCACATTTATTGAGGAAGAC
1 GGTGACTATGAATGCAC-TTTTCTTGCCAATGAAAGGCTTTTTTTTCATGTTTATCGAGGAA-AC
* * * * *
36581 ATTCAATTATAATTTGTTTCAATCAAAAATGTAAAAAACTTCAACTTGAAATCAATTATAAGATT
64 ATTCAATTATAATCTGTTTTAATTAAAAATGTAAAAAAATTCAACCTGAAATCAATTATAAGATT
* *
36646 ATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAATACTTTCGAAGGCATGGACGATTATAATTTCAATTTTCT
129 ATAAAACCATTTAAAGCAAGTAATAATACTTTCGAAGGCATGGACGATTATAATTGCAATTTTCT
* * * * *
36711 TGCCACTAAATGACTTTTTCTTCATGTTTCTTGAGGTAAACATTCAATTATAATCTATTTTAGCT
194 GGCCAATAAATGACTTTTTCTTCACGTTTCTCGAGGCAAACATTCAATTATAATCTATTTTAGCT
* * * * *
36776 AAAAATGTAAAACAATTCATCTTAAAATCAATTATGACATTATAAAACCATTTAAAGCAAGTAAC
259 AAAAATATAAAAAAATTCAGCTTAAAATCAATTATGACATTAGAAAACCAGTTAAAGCAAGTAAC
* * * * * * *
36841 AATGCTTTCGAAGGCATGGGTGATTATAAATTGACTTTTCTTGCTCATGAAAGATATTTTCTTCA
324 AATGCTTTCGAAAGCATGAGTAACTATAAATGGACTTTTCTTGCTCATGAAAAATATTTTCCTCA
*
36906 TGTTTTCTAAGGCAGACATTGAATTATAATCTGTTTAAATCAAAAACGTAAAAAAATTCAACTTA
389 TGTTTTCTAAGGCAGACATTGAATTATAATCTGTTTAAATCAAAAAAGTAAAAAAATTCAACTTA
* * * * **
36971 AAATCAATTATGATATTATAAAACCGTTTAAAGAGAGCAATAATGCTTTCAAAGGTTTG
454 AAATAAATTATGAGATCATAAAACCATTTAAAGAGAGCAATAATGCTTTCAAAGGCATG
* * *
37030 GGTCACTATGAATGCACTTTTCTTGCCAATGAAAGGGTTTTTTTTCATGTTTATCAAGGTAAACA
1 GGTGACTATGAATGCACTTTTCTTGCCAATGAAAGGCTTTTTTTTCATGTTTATCGAGG-AAACA
* * *
37095 TTCAATTATAATCTATTTTAATTAAAAATGTTAAAAAAATTTAACCTGAAATTAATTATAAGATT
65 TTCAATTATAATCTGTTTTAATTAAAAATG-TAAAAAAATTCAACCTGAAATCAATTATAAGATT
* * * * *
37160 ATTAAACCATTTAAAGCAATTAATAATGCTTTCGAAAGG-ATAGG-TGATTATAATTGCACTTTT
129 ATAAAACCATTTAAAGCAAGTAATAATACTTTCG-AAGGCAT-GGACGATTATAATTGCAATTTT
* * * *
37223 CTGGTCAATAAATGACTTTTTTTTTTCACGTTTCTCGAGGCAAACATTCAATTATCATCTGTTTT
192 CTGGCCAATAAATGAC--TTTTTCTTCACGTTTCTCGAGGCAAACATTCAATTATAATCTATTTT
* *
37288 AGCTAAAAATATAAAAAAATTCAGC-TAAAATTCAATTATGACATTAGATAACTAGTTAAAGCAA
255 AGCTAAAAATATAAAAAAATTCAGCTTAAAA-TCAATTATGACATTAGAAAACCAGTTAAAGCAA
* * * *
37352 GTAATATTGCTTTCGAAAGTATGAGTAACTATAAATGGACTTTTCTTGC-CGAT-AAAAATCTTT
319 GTAACAATGCTTTCGAAAGCATGAGTAACTATAAATGGACTTTTCTTGCTC-ATGAAAAAT-ATT
* ********** *
37415 TTCCTCATGTTTTCTGAGGCAGACNNNNNNNNNNAATCTGTTTTAA-CTAAAAAAGTAAAAAAAT
382 TTCCTCATGTTTTCTAAGGCAGACATTGAATTATAATCTGTTTAAATC-AAAAAAGTAAAAAAAT
* * * **********
37479 TCAACTTAAAATAAATTATGAGATCATAAAACTATTTAAAGTGAGTAANNNNNNNNNNAAAGGCA
446 TCAACTTAAAATAAATTATGAGATCATAAAACCATTTAAAGAGAGCAATAATGCTTTCAAAGGCA
37544 TG
511 TG
* * * *
37546 GGTGACTATGAATGGACTTTTCTTAG-GAATGAATGGCCTTTTCTTT-ATGTTTATCGA-GACAT
1 GGTGACTATGAATGCACTTTTCTT-GCCAATGAAAGG-CTTTTTTTTCATGTTTATCGAGGA-A-
* *
37608 ACATTCAATTATAATCTGTTTTAATTAAAAATATAAAAAAATTCAA-CTAAAAATCAATTAT
62 ACATTCAATTATAATCTGTTTTAATTAAAAATGTAAAAAAATTCAACCT-GAAATCAATTAT
37669 NNNNNNNNNN
Statistics
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ACGTcount: A:0.37, C:0.13, G:0.13, T:0.35
Consensus pattern (512 bp):
GGTGACTATGAATGCACTTTTCTTGCCAATGAAAGGCTTTTTTTTCATGTTTATCGAGGAAACAT
TCAATTATAATCTGTTTTAATTAAAAATGTAAAAAAATTCAACCTGAAATCAATTATAAGATTAT
AAAACCATTTAAAGCAAGTAATAATACTTTCGAAGGCATGGACGATTATAATTGCAATTTTCTGG
CCAATAAATGACTTTTTCTTCACGTTTCTCGAGGCAAACATTCAATTATAATCTATTTTAGCTAA
AAATATAAAAAAATTCAGCTTAAAATCAATTATGACATTAGAAAACCAGTTAAAGCAAGTAACAA
TGCTTTCGAAAGCATGAGTAACTATAAATGGACTTTTCTTGCTCATGAAAAATATTTTCCTCATG
TTTTCTAAGGCAGACATTGAATTATAATCTGTTTAAATCAAAAAAGTAAAAAAATTCAACTTAAA
ATAAATTATGAGATCATAAAACCATTTAAAGAGAGCAATAATGCTTTCAAAGGCATG
Found at i:39292 original size:171 final size:168
Alignment explanation
Indices: 39115--39703 Score: 463
Period size: 171 Copynumber: 3.5 Consensus size: 168
39105 ATGTCTACCT
* *
39115 TGAAAAACGTGAAGAAAAAGCCTTTCATTGGCAAGTAAAGTCTATTTATAGTCACTCATGCCTTC
1 TGAAAAACGTGAAGAAAAAGCCTTTCATTGGCAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACTCAAGCCTTC
* * * * **
39180 GAAAGTATTGTTACTTGCTTTAAACGGTTTTATAATGTCATAATTAATTTTAAACTGAATGTTTT
66 GAAAGTATTATTACTT-CTTTAAATGGTTTGATAATATCATAATTAATTTTAAGTTGAAT-TTTT
39245 TACATTTTTAGTTAAAACAGATTATAATTGAATGCCTGCC
129 TACATTTTTAGTTAAAACAGATTATAATTGAATGCCTGCC
* * * * * * ** * * *
39285 ATGAAAAATGTAAAGCAAAAGCCATCCGTTGATATGAAAAGTCTATCTATAGTCGCTCAAGCCTT
1 -TGAAAAACGTGAAGAAAAAGCCTTTCATTGGCAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACTCAAGCCTT
* ** * * *
39350 TGAAAGCCTTATTAGTCACTTTAAATAGTTTGATAATATCATAATTAATTTTAAGTTGAACTTTT
65 CGAAAGTATTATTACT-TCTTTAAATGGTTTGATAATATCATAATTAATTTTAAGTTGAA-TTTT
* * *
39415 TCACA-TTTTGGTTAAAACATG-TTATAATTGAATGTCTGCC
128 TTACATTTTTAGTTAAAACA-GATTATAATTGAATGCCTGCC
* * * * * *
39455 TTAAGAAACGTGAAGTAAAAGTCATCTT--TTGGCACA-AAAAGTCAATTTCTAGTCACTCAAAC
1 TGAA-AAACGTGAAGAAAAAG-CCT-TTCATTGGCA-AGAAAAGTCTATTTATAGTCACTCAAGC
* * ********** *
39517 CTTC-AAAATCTTTATTACTCTCTTTAAATGGTNNNNNNNNNNCATAATTGATTTTAAGTTGAAT
62 CTTCGAAAGT-ATTATTACT-TCTTTAAATGGTTTGATAATATCATAATTAATTTTAAGTTGAA-
* *
39581 TTTTTTA-AGTTTTTAGTTAAAACAGATTATAATTGAATGCCTATCG
124 TTTTTTACA-TTTTTAGTTAAAACAGATTATAATTGAATGCCT-GCC
* * * * * * * * *
39627 TGAGAGACTTGAAAAAAAACCCTTTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCATC
1 TGAAAAACGTGAAGAAAAAGCCTTTCATTGGCAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACTCAAGCCTTC
*
39692 GAAAGCATTATT
66 GAAAGTATTATT
39704 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 318, Mismatches: 84, Indels: 32
0.73 0.19 0.07
Matches are distributed among these distances:
169 9 0.03
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ACGTcount: A:0.35, C:0.14, G:0.14, T:0.35
Consensus pattern (168 bp):
TGAAAAACGTGAAGAAAAAGCCTTTCATTGGCAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACTCAAGCCTTC
GAAAGTATTATTACTTCTTTAAATGGTTTGATAATATCATAATTAATTTTAAGTTGAATTTTTTA
CATTTTTAGTTAAAACAGATTATAATTGAATGCCTGCC
Found at i:39544 original size:170 final size:171
Alignment explanation
Indices: 39151--39545 Score: 366
Period size: 170 Copynumber: 2.3 Consensus size: 171
39141 ATTGGCAAGT
* * ** * ** * ** ** *
39151 AAAGTCTATTTATAGTCACTCATGCCTTCGAAAGTATTGTTACTTGCTTTAAACGGTTTTATAAT
1 AAAGTCAATCTATAGTCACTCAAACCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATAGTTTGATAAT
* *
39216 GTCATAATTAATTTTAAACTGAATGTTTTTACATTTTTAGTTAAAACAGATTATAATTGAATGCC
66 ATCATAATTAATTTTAAACTGAATGTTTTCACATTTTTAGTTAAAACAGATTATAATTGAATGCC
* * **
39281 TGCCATGAAAAATGTAAAGCAAAAGCCATCCGTTGATATGA
131 TGCCATGAAAAACGTAAAGCAAAAGCCATCCGTTGACACAA
* * * ** *
39322 AAAGTCTATCTATAGTCGCTCAAGCCTTTGAAAGCCTTATTAGTCACTTTAAATAGTTTGATAAT
1 AAAGTCAATCTATAGTCACTCAAACCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATAGTTTGATAAT
** *
39387 ATCATAATTAATTTTAAGTTGAACT-TTTTCACA-TTTTGGTTAAAACATG-TTATAATTGAATG
66 ATCATAATTAATTTTAAACTGAA-TGTTTTCACATTTTTAGTTAAAACA-GATTATAATTGAATG
* * * * * ** *
39449 TCTGCC-TTAAGAAACGTGAAGTAAAAGTCATCTTTTGGCACAA
129 CCTGCCATGAA-AAACGTAAAGCAAAAGCCATCCGTTGACACAA
* * * * *
39492 AAAGTCAATTTCTAGTCACTCAAACCTTCAAAATCTTTATTACTCTCTTTAAAT
1 AAAGTCAATCTATAGTCACTCAAACCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAAT
39546 GGTNNNNNNN
Statistics
Matches: 180, Mismatches: 41, Indels: 7
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Matches are distributed among these distances:
169 3 0.02
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172 1 0.01
ACGTcount: A:0.35, C:0.15, G:0.13, T:0.38
Consensus pattern (171 bp):
AAAGTCAATCTATAGTCACTCAAACCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATAGTTTGATAAT
ATCATAATTAATTTTAAACTGAATGTTTTCACATTTTTAGTTAAAACAGATTATAATTGAATGCC
TGCCATGAAAAACGTAAAGCAAAAGCCATCCGTTGACACAA
Found at i:39956 original size:142 final size:143
Alignment explanation
Indices: 39727--39985 Score: 324
Period size: 142 Copynumber: 1.8 Consensus size: 143
39717 NNNNNNNNNA
* ** * * *
39727 TCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTTATTAAAATATATTTTAATTAAATGT
1 TCTCATAATTGATTTTAAGTTGAAGTTTTTTATATTTTGGATGAAAATAGATTATAATTAAATGT
* * * * *
39792 TTATCTTGAGAAACGTGAAGAAAAAGCCATTCATTAGCAAGAAAAGTGCATTATTACTCGCTTTA
66 TTAGCTTAAGAAACATGAAGAAAAAACCATTCATTAGCAAGAAAAGTCCATTATTACTCGCTTTA
39857 AATAGTTTTATAT
131 AATAGTTTTATAT
* * *
39870 TCTCATAATTGATTTTAAGTTG-AGTTTTTTATGTTTTGGATGAAAATAGATTATAATTGATTGT
1 TCTCATAATTGATTTTAAGTTGAAGTTTTTTATATTTTGGATGAAAATAGATTATAATTAAATGT
* * * * *
39934 TT-GCATTAAGAAATATGAAGAAAAAATCATTTATTGGTAAGAAAAGTCCATT
66 TTAGC-TTAAGAAACATGAAGAAAAAACCATTCATTAGCAAGAAAAGTCCATT
39986 TATAGTCACC
Statistics
Matches: 96, Mismatches: 19, Indels: 3
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Matches are distributed among these distances:
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Consensus pattern (143 bp):
TCTCATAATTGATTTTAAGTTGAAGTTTTTTATATTTTGGATGAAAATAGATTATAATTAAATGT
TTAGCTTAAGAAACATGAAGAAAAAACCATTCATTAGCAAGAAAAGTCCATTATTACTCGCTTTA
AATAGTTTTATAT
Found at i:41328 original size:342 final size:338
Alignment explanation
Indices: 40524--41386 Score: 914
Period size: 342 Copynumber: 2.5 Consensus size: 338
40514 NNNNNNNNNN
* * * *
40524 AGTAATAATGCTTTTGAAGGCATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATC-AAAGCCTTT
1 AGTAATAATGCTTTCGAAGGCATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAA-CGAATGGC-TT
* * * * *
40588 TTCTTTACGTTTTCTAAGGCAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACAAAAAATATAAAAAACTC
64 TTCTTTATG-TTTCCAAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACAAAAAATATAAAAAAATT
* * * *
40653 AGCTTGAAATCAATTATGACATTATAAAAC-CGTTTAAAGCAACTAATAATGCTTTCGAAGGCAT
128 AGCTTAAAATCAATTATGACATTATAAAACTAG-TTAAAGCAAGTAATAATGCTCTCGAAGGCAT
* * * * *
40717 GGGTAACTATAAATGCAATTTTCTTGCCAATGAAAGGCTTTTTCTTTACGTTTATTAAGGCAGAA
192 GAGTAAATATAAATGCAATTTTCTTACCAATGAAAGGCTTTTTCTTCACGTTTATTAAGGCAAAA
* * * * ** * *
40782 TTCAGTTATAATTTGTTTTAATTAAAAATGTAAAAAAAAATTTAACTTGAAATTAATTATAAGAT
257 TTCAATTATAATATCTTTGAACCAAAAA--TAAAAAAAAATTCAACTTGAAATCAATTATAAGAT
**
40847 TATAAAAACATTTAAAATG
320 TATAAAAACATTTAAAACA
* * * * * *
40866 AGCAATAATACTTTCGAAGGCAT-AGGTGACTATAATTGCACTTTTCTTGGCAATGAATGGCTTT
1 AGTAATAATGCTTTCGAAGGCATGA-GTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAACGAATGGCTTT
* * *
40930 TCTTTATGTTTCTTGAA-GTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAGCCAAAAATATAAAAACAAT
65 TCTTTATGTTTC--CAAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACAAAAAATATAAAAA-AAT
* * *
40994 TAGCTAAAAATCAATTATGACATTATAAAACTAGTTAAAGAAAGTAATAATGCTCTCGAAGGTAT
127 TAGCTTAAAATCAATTATGACATTATAAAACTAGTTAAAGCAAGTAATAATGCTCTCGAAGGCAT
* * * *
41059 GAGTAAATATAAATGGACTTTTCTTACCAATTAAAGGCTTTTT-TCTCATGTTT-TTCAAGGCAA
192 GAGTAAATATAAATGCAATTTTCTTACCAATGAAAGGCTTTTTCT-TCACGTTTATT-AAGGCAA
* *
41122 ACATTCAATTATAATATCTTTGAACCAAAAA-ACATAAAAAATTCAACTT-AATATCAATTATGA
255 A-ATTCAATTATAATATCTTTGAACCAAAAATA-AAAAAAAATTCAACTTGAA-ATCAATTATAA
* **
41185 GATTATAAAACCATTTAAGGCA
317 GATTATAAAAACATTTAAAACA
* ** *
41207 AGTAATAACGCTTTCGAAGGCATGAGTGACTATAAATGGACTTTTGGTGCCAACGGATGGCTGTT
1 AGTAATAATGCTTTCGAAGGCATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAACGAATGGCT-TT
* * * * ** * *
41272 ACTTCATGTTGTCCAAGGTAGACATTCAATTATAATATATTTTAATGAAGAATATAAAAAAATTT
65 TCTTTATGTT-TCCAAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACAAAAAATATAAAAAAATTA
* * * * *
41337 GACTTAAAATCAATTATAAGATTATAAAACTATTTAGAGCGAGTAATAAT
129 G-CTTAAAATCAATTATGACATTATAAAACTAGTTAAAGCAAGTAATAAT
41387 ACTTACAGAG
Statistics
Matches: 430, Mismatches: 75, Indels: 32
0.80 0.14 0.06
Matches are distributed among these distances:
340 7 0.02
341 150 0.35
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343 26 0.06
ACGTcount: A:0.39, C:0.13, G:0.14, T:0.35
Consensus pattern (338 bp):
AGTAATAATGCTTTCGAAGGCATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAACGAATGGCTTTT
CTTTATGTTTCCAAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACAAAAAATATAAAAAAATTAGC
TTAAAATCAATTATGACATTATAAAACTAGTTAAAGCAAGTAATAATGCTCTCGAAGGCATGAGT
AAATATAAATGCAATTTTCTTACCAATGAAAGGCTTTTTCTTCACGTTTATTAAGGCAAAATTCA
ATTATAATATCTTTGAACCAAAAATAAAAAAAAATTCAACTTGAAATCAATTATAAGATTATAAA
AACATTTAAAACA
Found at i:41384 original size:171 final size:169
Alignment explanation
Indices: 40524--41602 Score: 809
Period size: 171 Copynumber: 6.3 Consensus size: 169
40514 NNNNNNNNNN
* * * *
40524 AGTAATAATGCTTTTGAAGGCATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATCAAAGCCTTTT
1 AGTAATAATGCTTTCGAAGGCATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAAAGGC-TTT
* * * * * *
40589 TCTTTACGTTTTCTAAGGCAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACAAAAAATATAAAAAACTCA
65 TCTTTATG-TTTCCAAGGCAGACATTCAATTATAATATGTTTTAACCAAAAATATAAAAAAATTA
* * *
40654 G-CTTGAAATCAATTATGACATTATAAAACCGTTTAAAGCA
129 GACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCA
* * * * *
40694 ACTAATAATGCTTTCGAAGGCATGGGTAACTATAAATGCAATTTTCTTGCCAATGAAAGGCTTTT
1 AGTAATAATGCTTTCGAAGGCATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAAAGGC-TTT
* ** * * ** *
40759 TCTTTACGTTTATTAAGGCAGA-ATTCAGTTATAATTTGTTTTAATTAAAAATGTAAAAAAAAAT
65 TCTTTATGTTT-CCAAGGCAGACATTCAATTATAATATGTTTTAACCAAAAA--TATAAAAAAA-
* * * * ***
40823 TTA-ACTTGAAATTAATTATAAGATTATAAAAACATTTAAAATG
126 TTAGACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCA
* * * * * *
40866 AGCAATAATACTTTCGAAGGCAT-AGGTGACTATAATTGCACTTTTCTTGGCAATGAATGGCTTT
1 AGTAATAATGCTTTCGAAGGCATGA-GTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAAAGGCTTT
* * * *
40930 TCTTTATGTTTCTTGAA-GTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAGCCAAAAATATAAAAACAAT
65 TCTTTATGTTTC--CAAGGCAGACATTCAATTATAATATGTTTTAACCAAAAATATAAAAA-AAT
* * * * *
40994 TAG-CTAAAAATCAATTATGACATTATAAAACTAGTTAAAGAA
127 TAGACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCA
* * * * * *
41036 AGTAATAATGCTCTCGAAGGTATGAGTAAATATAAATGGACTTTTCTTACCAATTAAAGGCTTTT
1 AGTAATAATGCTTTCGAAGGCATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAAAGGCTTTT
* * * * *
41101 -TTCTCATGTTTTTCAAGGCAAACATTCAATTATAATATCTTTGAACCAAAAA-ACATAAAAAAT
66 CTT-T-ATG-TTTCCAAGGCAGACATTCAATTATAATATGTTTTAACCAAAAATATA-AAAAAAT
* *
41164 TCA-ACTTAATATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAGGCA
127 T-AGACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCA
* ** * * *
41207 AGTAATAACGCTTTCGAAGGCATGAGTGACTATAAATGGACTTTTGGTGCCAACGGATGGCTGTT
1 AGTAATAATGCTTTCGAAGGCATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAAAGGCT-TT
* * * * ** * *
41272 ACTTCATGTTGTCCAAGGTAGACATTCAATTATAATATATTTTAATGAAGAATATAAAAAAATTT
65 TCTTTATGTT-TCCAAGGCAGACATTCAATTATAATATGTTTTAACCAAAAATATAAAAAAATTA
* * * *
41337 GACTTAAAATCAATTATAAGATTATAAAACTATTTAGAGCG
129 GACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCA
* * * * *** ***********
41378 AGTAATAATACTTAC-AGAGGTATAAGTGACTATAAACAAACTTTTCTNNNNNNNNNNTGGCTTG
1 AGTAATAATGCTTTCGA-AGGCATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAAAGGCTT-
* * * * * * * * * *
41442 TGCTTCACCT-TTTCTAGGGTAGACGTTCAATTATAATATATTTTAA-AAAAAACATAAAAAAAC
64 TTCTTTA--TGTTTCCAAGGCAGACATTCAATTATAATATGTTTTAACCAAAAATATAAAAAAAT
* * * *
41505 TGGACTTAAAATCAATGATGAGATTATAAAATCATTTAAAGCG
127 TAGACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCA
* * * *
41548 AGTAATAATACTTTCAAAGGCATGCA-TGACTATAAATGAACCTTTCTCT-CCAATG
1 AGTAATAATGCTTTCGAAGGCATG-AGTGACTATAAATGGACTTTTCT-TGCCAATG
41603 GATGTCTTTT
Statistics
Matches: 720, Mismatches: 158, Indels: 62
0.77 0.17 0.07
Matches are distributed among these distances:
169 30 0.04
170 264 0.37
171 304 0.42
172 119 0.17
173 3 0.00
ACGTcount: A:0.39, C:0.13, G:0.14, T:0.34
Consensus pattern (169 bp):
AGTAATAATGCTTTCGAAGGCATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAAAGGCTTTT
CTTTATGTTTCCAAGGCAGACATTCAATTATAATATGTTTTAACCAAAAATATAAAAAAATTAGA
CTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCA
Found at i:41501 original size:512 final size:511
Alignment explanation
Indices: 40524--41571 Score: 1076
Period size: 512 Copynumber: 2.0 Consensus size: 511
40514 NNNNNNNNNN
* * * * * *
40524 AGTAATAATGCTTTTGAAGGCATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATCAAAGCCTTTT
1 AGTAATAATGCTCTCGAAGGCATGAGTAAATATAAATGGACTTTTCTTACCAATCAAAGCCTTTT
* * * * * *
40589 TCTTTACGTTTTCTAAGGCAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACAAAAAATATAAAAAACTCA
66 TCTTCACGTTTTCTAAGGCAAACATTCAATTATAATATCTTTGAACAAAAAACATAAAAAACTCA
* * * *
40654 GCTTGAAATCAATTATGACATTATAAAACCGTTTAAAGCAACTAATAATGCTTTCGAAGGCATGG
131 ACTTGAAATCAATTATGACATTATAAAACCATTTAAAGCAACTAATAACGCTTTCGAAGGCATGA
* * * * * **
40719 GTAACTATAAATGCAATTTTCTTGCCAATGAAAGGCTTTTTCTTTACGTTTATTAAGGCAGAATT
196 GTAACTATAAATGCAATTTTCGTGCCAACGAAAGGCTGTTACTTCACGTTTACCAAGGCAGAATT
* * * * * *
40784 CAGTTATAATTTGTTTTAATTAAAAATGTAAAAAAAAATTTAACTTGAAATTAATTATAAGATTA
261 CAATTATAATATATTTTAATGAAAAA-GTAAAAAAAAATTTAACTTAAAATCAATTATAAGATTA
* * * ****
40849 TAAAAACATTTAAAATGAGCAATAATACTTTCGAAGGCATAGGTGACTATAATTGCACTTTTCTT
325 TAAAAACATTTAAAACGAGCAATAATACTTACGAAGGCATAAGTGACTATAAACAAACTTTTCTT
* * * * * **
40914 GGCAATGAATGGCTTTTCTTTATGTTTCTTGAAGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAGCCAA
390 GGCAATGAATGGCTTTGCTTCATGTTTCTAGAAGTAGACATTCAATTATAATATATTTTAGAAAA
* * *
40979 AAATATAAAAACAATTAG-CTAAAAATCAATTATGACATTATAAAACTAGTTAAAGAA
455 AAACATAAAAA-AACTAGACTAAAAATCAATGATGACATTATAAAACTAGTTAAAGAA
* * *
41036 AGTAATAATGCTCTCGAAGGTATGAGTAAATATAAATGGACTTTTCTTACCAATTAAAGGCTTTT
1 AGTAATAATGCTCTCGAAGGCATGAGTAAATATAAATGGACTTTTCTTACCAATCAAAGCCTTTT
* *
41101 T-TCTCATGTTTT-TCAAGGCAAACATTCAATTATAATATCTTTGAACCAAAAAACATAAAAAAT
66 TCT-TCACGTTTTCT-AAGGCAAACATTCAATTATAATATCTTTGAA-CAAAAAACATAAAAAAC
* * *
41164 TCAACTT-AATATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAGGCAAGTAATAACGCTTTCGAAGGC
128 TCAACTTGAA-ATCAATTATGACATTATAAAACCATTTAAAGCAACTAATAACGCTTTCGAAGGC
* * * * * * * *
41228 ATGAGTGACTATAAATGGACTTTTGGTGCCAACGGATGGCTGTTACTTCATGTTGT-CCAAGGTA
192 ATGAGTAACTATAAATGCAATTTTCGTGCCAACGAAAGGCTGTTACTTCACGTT-TACCAAGGCA
* * *
41292 GACATTCAATTATAATATATTTTAATGAAGAA-TATAAAAAAATTTGACTTAAAATCAATTATAA
256 GA-ATTCAATTATAATATATTTTAATGAAAAAGTAAAAAAAAATTTAACTTAAAATCAATTATAA
* * * *
41356 GATTAT-AAAACTATTTAGAGCGAGTAATAATACTTAC-AGAGGTATAAGTGACTATAAACAAAC
320 GATTATAAAAAC-ATTTAAAACGAGCAATAATACTTACGA-AGGCATAAGTGACTATAAACAAAC
********** * *
41419 TTTTCTNNNNNNNNNNTGGCTTGTGCTTCACCT-TTTCTAG-GGTAGACGTTCAATTATAATATA
383 TTTTCTTGGCAATGAATGGCTT-TGCTTCA--TGTTTCTAGAAGTAGACATTCAATTATAATATA
* * * *
41482 TTTTA-AAAAAAACATAAAAAAACTGGACTTAAAATCAATGATGAGATTATAAAA-TCATTTAAA
445 TTTTAGAAAAAAACATAAAAAAACTAGACTAAAAATCAATGATGACATTATAAAACT-AGTTAAA
**
41545 GCG
509 GAA
* * *
41548 AGTAATAATACTTTCAAAGGCATG
1 AGTAATAATGCTCTCGAAGGCATG
41572 CATGACTATA
Statistics
Matches: 432, Mismatches: 91, Indels: 26
0.79 0.17 0.05
Matches are distributed among these distances:
511 13 0.03
512 240 0.56
513 147 0.34
514 31 0.07
515 1 0.00
ACGTcount: A:0.39, C:0.12, G:0.14, T:0.34
Consensus pattern (511 bp):
AGTAATAATGCTCTCGAAGGCATGAGTAAATATAAATGGACTTTTCTTACCAATCAAAGCCTTTT
TCTTCACGTTTTCTAAGGCAAACATTCAATTATAATATCTTTGAACAAAAAACATAAAAAACTCA
ACTTGAAATCAATTATGACATTATAAAACCATTTAAAGCAACTAATAACGCTTTCGAAGGCATGA
GTAACTATAAATGCAATTTTCGTGCCAACGAAAGGCTGTTACTTCACGTTTACCAAGGCAGAATT
CAATTATAATATATTTTAATGAAAAAGTAAAAAAAAATTTAACTTAAAATCAATTATAAGATTAT
AAAAACATTTAAAACGAGCAATAATACTTACGAAGGCATAAGTGACTATAAACAAACTTTTCTTG
GCAATGAATGGCTTTGCTTCATGTTTCTAGAAGTAGACATTCAATTATAATATATTTTAGAAAAA
AACATAAAAAAACTAGACTAAAAATCAATGATGACATTATAAAACTAGTTAAAGAA
Found at i:42162 original size:170 final size:170
Alignment explanation
Indices: 41814--43236 Score: 1062
Period size: 170 Copynumber: 8.3 Consensus size: 170
41804 NNNNNNNNNN
* * * * * *
41814 TTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCT-TGAGTGACTATAAATGGACTTTTCGTGCCAACGA
1 TTAAAGCGAGTAATAATGCTTTCAAAGG-TATGGGTGACTATAAATGCACTTTTCTTGCCAATGA
* * * * ** * * * * * *** *
41878 ATGGCTTTTGCTTCATGTTTTTTGAGG-TAGATATTTAATTATAATATATTTTAATAAAAAATAT
65 ATGACTTTTTCTTCACGTTTCTCAAGGAAAGACATTCAATTATAATCT-GTTTAACCTAAAACAT
* * *
41942 AAAATAATTTAACTTAAAATAAATTATGATATTATAAAACCAT
129 AAAA-AATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCAT
** *
41985 TTAAAGCGAGTAATAATGCTTTTGAAGGTATGGGTGACTATAAATACACTTTTCTTGCCAATGAA
1 TTAAAGCGAGTAATAATGCTTTCAAAGGTATGGGTGACTATAAATGCACTTTTCTTGCCAATGAA
* * *
42050 TGACTTTTTCTTTACGTTTCTCAAGGAAAG-CATTCAATTATAATTTGATTTAACCTTAAACATA
66 TGACTTTTTCTTCACGTTTCTCAAGGAAAGACATTCAATTATAATCTG-TTTAACCTAAAACATA
* **
42114 AAAAATTAAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAATTAT
130 AAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCAT
* * * * * ** * * *
42155 TTAAAGCGGGTAATAATACTTTCGAAGGCATGGGTGACTATTAATAAAATTTTCTTACTAATGAA
1 TTAAAGCGAGTAATAATGCTTTCAAAGGTATGGGTGACTATAAATGCACTTTTCTTGCCAATGAA
* * * *
42220 T-AGCTTTTTCTTCACTTTTCTCAA-GACAGACATTCAATTATAATCTGTTGT-ACCAAAAACGT
66 TGA-CTTTTTCTTCACGTTTCTCAAGGAAAGACATTCAATTATAATCTGTT-TAACCTAAAACAT
* * *
42282 AAAGAAATTCAACTTAAAATCAATTCTGAGATTCTAACACCAT
129 AAA-AAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCAT
* * * * ** * * * *
42325 TTAAGGCGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCT-TGAGTGACAATAGGTGGATTTTTCGTGCCAACGA
1 TTAAAGCGAGTAATAATGCTTTCAAAGG-TATGGGTGACTATAAATGCACTTTTCTTGCCAATGA
* * * * ** * * * *
42389 ATGGCTTTTGCTTCATGTTTTTTGAGGCAA-ACATTCAATTATAATCTATTTTAGCTAAAA-ATG
65 ATGACTTTTTCTTCACGTTTCTCAAGGAAAGACATTCAATTATAATCTGTTTAACCTAAAACA--
* *
42452 TAAAACAATTCATCTTAAAATCAATTATGACATTATAAAACCAT
128 TAAAA-AATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCAT
** * * * * **
42496 TTAAAGTAAGTAATAATGCTTTCGAAGGCATGAGTGATTATAAATTG-ACTTTTCTTGATAATGA
1 TTAAAGCGAGTAATAATGCTTTCAAAGGTATGGGTGACTATAAA-TGCACTTTTCTTGCCAATGA
* * * * *
42560 AAGATTTTTTCTTCATGTTT-TCTAAGG-CAGACATTCAATTATAATCTGTTTAA-ATGAAAAAC
65 ATGACTTTTTCTTCACGTTTCTC-AAGGAAAGACATTCAATTATAATCTGTTTAACCT--AAAAC
* * *
42622 GTAAAAAATTCAGCTTAAAATCAATTATGATATTATAAAACCAT
127 ATAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCAT
** * * * *
42666 TTAAAGAAAGTAATAATGCTCTCAAAGGTTTGGGTGACTATGAATGCATTTTTCTTGCCAATGAA
1 TTAAAGCGAGTAATAATGCTTTCAAAGGTATGGGTGACTATAAATGCACTTTTCTTGCCAATGAA
* ** * * * *
42731 AGGGTTTTTCTTCACGTTTATCAAGGTAA-ACATTCAATTATAATCTATTTTAA--TAAAAAATG
66 TGACTTTTTCTTCACGTTTCTCAAGGAAAGACATTCAATTATAATCT-GTTTAACCTAAAACA--
* * * *
42793 TTAAAAAAAATT-AACCTGAAATCAATTATAAGATTATTAAACCAT
128 -T--AAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCAT
* * * * * * *
42838 TTAAAGCGAGTAATAATACTTTTAAAGGGATGGGTGATTATAATTGCACTTTTTTTGTCAA-GAA
1 TTAAAGCGAGTAATAATGCTTTCAAAGGTATGGGTGACTATAAATGCACTTTTCTTGCCAATG-A
* * * * * *
42902 ATGACTTTTTCTTCACGTTTCTCAA-GACAGACATTCAATTATCATTTGTTTTAGCTAAAAATAT
65 ATGACTTTTTCTTCACGTTTCTCAAGGAAAGACATTCAATTATAATCTGTTTAACCT-AAAACAT
* * * * *
42966 AAAAACAATTCAGC-TAAAATTCAATTATGACATTAGAAAACTAG
129 -AAAA-AATTCAACTTAAAA-TCAATTATGAGATTATAAAACCAT
* * * * * *
43010 TTAAAGCAAGTAATATTGCTTTCGAAA-GTATGGGTAACTATAAATGGACTTTTCGTGCCGAT-A
1 TTAAAGCGAGTAATAATGCTTTC-AAAGGTATGGGTGACTATAAATGCACTTTTCTTGCCAATGA
** * * * * * *
43073 AAAAGCTTTTTCCTCATGTTT-TCTGAGG-TAGACATTCAATTATAATATGTTTTAACCAAAAAC
65 ATGA-CTTTTTCTTCACGTTTCTC-AAGGAAAGACATTCAATTATAATCTG-TTTAACCTAAAAC
* ** * *
43136 TTAAAAAAATTTGACTTAAAAT-AACTTATGAGATCATAAAACTAT
127 AT-AAAAAATTCAACTTAAAATCAA-TTATGAGATTATAAAACCAT
* * *
43181 TTAAAGTGAGTAATAATACTTTTAAAGGTATGGGTGACTATAAATGGC-CTTTTCTT
1 TTAAAGCGAGTAATAATGCTTTCAAAGGTATGGGTGACTATAAAT-GCACTTTTCTT
43237 TATGTTTATT
Statistics
Matches: 990, Mismatches: 214, Indels: 96
0.76 0.16 0.07
Matches are distributed among these distances:
168 4 0.00
169 21 0.02
170 386 0.39
171 323 0.33
172 233 0.24
173 18 0.02
174 5 0.01
ACGTcount: A:0.38, C:0.12, G:0.14, T:0.36
Consensus pattern (170 bp):
TTAAAGCGAGTAATAATGCTTTCAAAGGTATGGGTGACTATAAATGCACTTTTCTTGCCAATGAA
TGACTTTTTCTTCACGTTTCTCAAGGAAAGACATTCAATTATAATCTGTTTAACCTAAAACATAA
AAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCAT
Found at i:42523 original size:341 final size:334
Alignment explanation
Indices: 41954--43221 Score: 1140
Period size: 341 Copynumber: 3.7 Consensus size: 334
41944 AATAATTTAA
* * * **
41954 CTTAAAATAAATTATGATATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAATGCTTTTGAAGGTATGGG
1 CTTAAAATCAATTATGACATTATAAAACCATTTAAAGCAAGTAATAATGCTTTCAAAGGT-TGGG
* ** * * * * * * * **
42019 TGACTATAAATACACTTTTCTTGCCAATGAATGACTTTTTCTTTACGTTTCTCAAGG-AAAGCAT
65 TGACTATAGATGGATTTTTCGTGCCAATGAAAGGCTTTTTCTTCATGTTTTTTGAGGTAAA-CAT
* * *
42083 TCAATTATAATTTGATTTAACCTTAAACA--T-AAAAAATTAAACTTAAAATCAATTATGAGATT
129 TCAATTATAATCT-ATTTTA-C-TAAAAATGTAAAAAAATT--ACTTAAAATCAATTATGAGATT
** * * *
42145 ATAAAATTATTTAAAGCGGGTAATAATACTTTCGAAGGCATGGGTGACTATTAATAAAATTTTCT
189 ATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAATACTTTCAAAGGCATGGGTGACTATTAATAAACTTTTCT
42210 TACTAATGAATAG-CTTTTTCTTCACTTTTCTCAAGACAGACATTCAATTATAATCTGTTGTACC
254 TA-TAATGAA-AGACTTTTTCTTCACTTTTCTCAAGACAGACATTCAATTATAATCTGTT-TACC
*
42274 AAAAACGTAAAGAAATTCAA
316 AAAAACGTAAA-AAATTCAG
* * * * * * * *
42294 CTTAAAATCAATTCTGAGATTCTAACACCATTTAAGGCGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCTTGAG
1 CTTAAAATCAATTATGACATTATAAAACCATTTAAAGCAAGTAATAATGCTTTCAAAGG-TTGGG
* * * * * *
42359 TGACAATAGGTGGATTTTTCGTGCCAACGAATGGCTTTTGCTTCATGTTTTTTGAGGCAAACATT
65 TGACTATAGATGGATTTTTCGTGCCAATGAAAGGCTTTTTCTTCATGTTTTTTGAGGTAAACATT
* *
42424 CAATTATAATCTATTTTAGCTAAAAATGTAAAACAATTCATCTTAAAATCAATTATGACATTATA
130 CAATTATAATCTATTTTA-CTAAAAATGTAAAAAAATT-A-CTTAAAATCAATTATGAGATTATA
** * * * * * **
42489 AAACCATTTAAAGTAAGTAATAATGCTTTCGAAGGCATGAGTGATTATAAATTGACTTTTCTTGA
192 AAACCATTTAAAGCGAGTAATAATACTTTCAAAGGCATGGGTGACTATTAATAAACTTTTCTT-A
* * * **
42554 TAATGAAAGATTTTTTCTTCATGTTTTCT-AAGGCAGACATTCAATTATAATCTGTTTAAATGAA
256 TAATGAAAGACTTTTTCTTCA-CTTTTCTCAAGACAGACATTCAATTATAATCTGTTT--ACCAA
42618 AAACGTAAAAAATTCAG
318 AAACGTAAAAAATTCAG
* * *
42635 CTTAAAATCAATTATGATATTATAAAACCATTTAAAGAAAGTAATAATGCTCTCAAAGGTTTGGG
1 CTTAAAATCAATTATGACATTATAAAACCATTTAAAGCAAGTAATAATGCTTTCAAAGG-TTGGG
* * * * * **
42700 TGACTAT-GAATGCATTTTTCTTGCCAATGAAAGGGTTTTTCTTCACGTTTATCAAGGTAAACAT
65 TGACTATAG-ATGGATTTTTCGTGCCAATGAAAGGCTTTTTCTTCATGTTTTTTGAGGTAAACAT
* * * *
42764 TCAATTATAATCTATTTTAATAAAAAATGTTAAAAAAAATTAACCTGAAATCAATTATAAGATTA
129 TCAATTATAATCTATTTTACT-AAAAATG-T-AAAAAAATT-ACTTAAAATCAATTATGAGATTA
* * * * ** *
42829 TTAAACCATTTAAAGCGAGTAATAATACTTTTAAAGGGATGGGTGATTA-TAATTGCACTTTTTT
190 TAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAATACTTTCAAAGGCATGGGTGACTATTAA-TAAACTTTTCT
* * * *
42893 TGTCAA-GAAATGACTTTTTCTTCACGTTTCTCAAGACAGACATTCAATTATCATTTGTTTTAGC
254 TAT-AATGAAA-GACTTTTTCTTCACTTTTCTCAAGACAGACATTCAATTATAATCTG-TTTA-C
* **
42957 TAAAAATATAAAAACAATTCAG
315 CAAAAACGT-AAAA-AATTCAG
* * * *
42979 C-TAAAATTCAATTATGACATTAGAAAACTAGTTAAAGCAAGTAATATTGCTTTCGAAA-GTATG
1 CTTAAAA-TCAATTATGACATTATAAAACCATTTAAAGCAAGTAATAATGCTTTC-AAAGGT-TG
* * * * * * * * *
43042 GGTAACTATAAATGGACTTTTCGTGCCGATAAAAAGCTTTTTCCTCATGTTTTCTGAGGTAGACA
63 GGTGACTATAGATGGATTTTTCGTGCCAATGAAAGGCTTTTTCTTCATGTTTTTTGAGGTAAACA
* * *
43107 TTCAATTATAATATGTTTTAACCAAAAACT-TAAAAAAATTTGACTTAAAAT-AACTTATGAGAT
128 TTCAATTATAATCTATTTT-ACTAAAAA-TGTAAAAAAA-TT-ACTTAAAATCAA-TTATGAGAT
* * * * *
43170 CATAAAACTATTTAAAGTGAGTAATAATACTTTTAAAGGTATGGGTGACTAT
188 TATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAATACTTTCAAAGGCATGGGTGACTAT
43222 AAATGGCCTT
Statistics
Matches: 755, Mismatches: 141, Indels: 60
0.79 0.15 0.06
Matches are distributed among these distances:
338 5 0.01
339 6 0.01
340 117 0.15
341 277 0.37
342 139 0.18
343 85 0.11
344 121 0.16
345 5 0.01
ACGTcount: A:0.38, C:0.13, G:0.13, T:0.36
Consensus pattern (334 bp):
CTTAAAATCAATTATGACATTATAAAACCATTTAAAGCAAGTAATAATGCTTTCAAAGGTTGGGT
GACTATAGATGGATTTTTCGTGCCAATGAAAGGCTTTTTCTTCATGTTTTTTGAGGTAAACATTC
AATTATAATCTATTTTACTAAAAATGTAAAAAAATTACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAAC
CATTTAAAGCGAGTAATAATACTTTCAAAGGCATGGGTGACTATTAATAAACTTTTCTTATAATG
AAAGACTTTTTCTTCACTTTTCTCAAGACAGACATTCAATTATAATCTGTTTACCAAAAACGTAA
AAAATTCAG
Found at i:43373 original size:150 final size:150
Alignment explanation
Indices: 43104--43377 Score: 358
Period size: 150 Copynumber: 1.8 Consensus size: 150
43094 TCTGAGGTAG
* **
43104 ACATTCAATTATAATATGTTTTAACCAAAAACTTAAAAAAATTTGACTTAAAATAACTTATGAGA
1 ACATTCAATTAAAATATGTTTTAACCAAAAACTTAAAAAAATTCAACTTAAAATAACTTATGAGA
* * **
43169 TCATAAAACTATTTAAAGTGAGTAATAATACTTTTAAAGGTATGGGTGACTATAAATGGCCTTTT
66 TCATAAAACTATTTAAAGCGAGTAATAATACTTTCAAAGGTATAAGTGACTATAAATGGCCTTTT
43234 CTTTATGTTTATTGAGACAT
131 CTTTATGTTTATTGAGACAT
* **
43254 ACATTCAATTAAAATCTGTTTTAATTAAAAA-TATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAA-TTATGA
1 ACATTCAATTAAAATATGTTTTAACCAAAAACT-TAAAAAAATTCAACTTAAAAT-AACTTATGA
* * * *
43317 GATTATAAAACTATTTAAAGCGAGTGATAA-AGCTTTCAAAGGCT-TAAGTTAGTATAAATGG
64 GATCATAAAACTATTTAAAGCGAGTAATAATA-CTTTCAAAGG-TATAAGTGACTATAAATGG
43378 ATTTTTCATG
Statistics
Matches: 106, Mismatches: 14, Indels: 8
0.83 0.11 0.06
Matches are distributed among these distances:
149 2 0.02
150 101 0.95
151 3 0.03
ACGTcount: A:0.43, C:0.09, G:0.12, T:0.35
Consensus pattern (150 bp):
ACATTCAATTAAAATATGTTTTAACCAAAAACTTAAAAAAATTCAACTTAAAATAACTTATGAGA
TCATAAAACTATTTAAAGCGAGTAATAATACTTTCAAAGGTATAAGTGACTATAAATGGCCTTTT
CTTTATGTTTATTGAGACAT
Found at i:44122 original size:169 final size:171
Alignment explanation
Indices: 43836--44193 Score: 436
Period size: 170 Copynumber: 2.1 Consensus size: 171
43826 NNNNNNNAGT
* * *
43836 TTATAAAACCATTAAAAGCGAGTGATAATGCTTTTGAAGGCATGGGTGACTATAAATGATCTCTT
1 TTATAAAACCATTTAAAGCAAGTAATAATGCTTTTGAAGGCATGGGTGACTATAAATGATCTCTT
* * * **
43901 CTTGCCAATGAATGGCTTTTTCCTCACGTTTCTCGAGGCAAACATTCAATTATAATCTG-TTTTA
66 CTTGCAAATAAAAGGCTTTTTCAGCACGTTTCTCGAGGCAAACATTCAATTATAATCTGTTTTTA
*** * * *
43965 GCTAAAATGTAAAAATATTCAGCTTAAAATTAATTATGACA
131 AAAAAAAGGTAAAAAAATTCAACTTAAAATTAATTATGACA
* * * * * * *
44006 TTATAAAACTATTTAAAGCAAGTAATTATTCTTTTGAAGGTATTGGTTACTATAAATAGA-CTTT
1 TTATAAAACCATTTAAAGCAAGTAATAATGCTTTTGAAGGCATGGGTGACTATAAAT-GATCTCT
* *
44070 TC-TGCAAATAAAAGGCTTTTTCAGCACGTTT-TCTGAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTT
65 TCTTGCAAATAAAAGGCTTTTTCAGCACGTTTCTC-GAGGCAAACATTCAATTATAATCTGTTTT
* * *
44133 TAAAAAAAAGGTAAAAAAATTTAACTTAAAATTATTTATGAGA
129 TAAAAAAAAGGTAAAAAAATTCAACTTAAAATTAATTATGACA
44176 TTATAAAACCATTTAAAG
1 TTATAAAACCATTTAAAG
44194 TGAGTANNNN
Statistics
Matches: 158, Mismatches: 27, Indels: 6
0.83 0.14 0.03
Matches are distributed among these distances:
168 2 0.01
169 47 0.30
170 107 0.68
171 2 0.01
ACGTcount: A:0.38, C:0.12, G:0.14, T:0.36
Consensus pattern (171 bp):
TTATAAAACCATTTAAAGCAAGTAATAATGCTTTTGAAGGCATGGGTGACTATAAATGATCTCTT
CTTGCAAATAAAAGGCTTTTTCAGCACGTTTCTCGAGGCAAACATTCAATTATAATCTGTTTTTA
AAAAAAAGGTAAAAAAATTCAACTTAAAATTAATTATGACA
Found at i:45346 original size:171 final size:168
Alignment explanation
Indices: 44759--46158 Score: 698
Period size: 171 Copynumber: 8.2 Consensus size: 168
44749 NNNAATTTAA
* * * ** * *
44759 CTTAAAATTAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCAAGTAATAATGCTTCCAAAGGCATGGG
1 CTTAAAATCAATTATGACATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAATGCTTTTAAAGACATGGA
* ** ** * * * * * *
44824 TGACTAAAAATACACTTTTCTTATTAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTCTCAAGGAAAACATT
66 TGACTATAAATGGAC-TTT-TTGCTAACGAAAGGC-TTTTCTTCATGTTTTTCGAGGCAGACATT
* * * * * * * * *
44889 CAATTTTAATTTGTTCTAGCCAAAAATATAAAACAATTTAA
128 CAATTATAATCTATTTTAGTCAAAAATGTAAAAAAATTCAG
********** * * ** *
44930 CTTAAAATNNNNNNNNNNATTATAAAACTATTTAAAGTGAGTAATAATG-TTTCGGAAGGCAT-G
1 CTTAAAATCAATTATGACATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAATGCTTT-TAAAGACATGG
* * * * * * **
44993 AGTTACAATAAATGGACTTTTCTTG-TAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTCTCAAGATAGACA
65 A-TGACTATAAATGGAC-TTT-TTGCTAACGAAAGGC-TTTTCTTCATGTTTTTCGAGGCAGACA
* * ** * * *
45057 TTCAATTATAATATGTTTTAACCAAAAACGTAAATAAATTCAA
126 TTCAATTATAATCTATTTTAGTCAAAAATGTAAAAAAATTCAG
* * * * * * * * ** * *
45100 CTTAAAATCAATTATGAGATTCTAACACCATCTAGAGCAAGTAATAAGGATTTCGAAGGC-TTGA
1 CTTAAAATCAATTATGACATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAATGCTTTTAAAGACATGGA
* * * * * * *
45164 GTGAGTATAAATGGACTTTTTGCCCCAACGGATGGGTTTTGCTTCATGTTTTTTGAGGCAGATAT
66 -TGACTATAAATGGACTTTTTG--CTAACGAAAGGCTTTT-CTTCATGTTTTTCGAGGCAGACAT
* * * *
45229 TCAATTACAATCTCTTTTTAGT-AAAAATGTAAAATAATTTAG
127 TCAATTATAATCT-ATTTTAGTCAAAAATGTAAAAAAATTCAG
* *
45271 CTTAAAATCAATTATGACATTGTAAAACCGTTTAAAGCGAGTAATAATGCTTTTAAAGACATGGA
1 CTTAAAATCAATTATGACATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAATGCTTTTAAAGACATGGA
* * * * * ** *
45336 TGACTATAAATGTACTTTTCTTACTGATGAAAGGCTTTTTTTCATGTTCATCAAGGCAGACATTC
66 TGACTATAAATGGAC-TTT-TTGCTAACGAAAGGCTTTTCTTCATGTTTTTCGAGGCAGACATTC
* * * * *
45401 AATTATAATATATTTTAATCAAAAATATAAAAAAACTCAA
129 AATTATAATCTATTTTAGTCAAAAATGTAAAAAAATTCAG
* * * * * * *
45441 CTTGAAATCAATTATAAGATTATAAAACCACTTAAAGCGAGTAATAATGCTTTTGAAGGCATGGG
1 CTTAAAATCAATTATGACATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAATGCTTTTAAAGACATGGA
* * **********
45506 TGATTATAACTGGACTTTTCTTGCTAATNNNNNNNNNNTTCTTCATGTTTTTCGAGGCAGACATT
66 TGACTATAAATGGAC-TTT-TTGCTAA-CGAAAGGCTTTTCTTCATGTTTTTCGAGGCAGACATT
* *
45571 CAATTATAATCTGTTTTAGTCAAAAATGTAAAACAATTCAG
128 CAATTATAATCTATTTTAGTCAAAAATGTAAAAAAATTCAG
* ********** ** * *
45612 CTCAAAATCAATTATGACATTATAAAACCATTTAAAGCGNNNNNNNNNNCTTTCGAAGGCAT-AA
1 CTTAAAATCAATTATGACATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAATGCTTTTAAAGACATGGA
* * * * * * * **
45676 GTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCAAATGAATGGGTTTT-TTCACGTTTCTCAAGGTGGACATT
66 -TGACTATAAATGGAC-TTT-TTGCTAACGAAAGGCTTTTCTTCATGTTTTTCGAGGCAGACATT
* * * ***********
45740 CAATTATAATCTGTTTTA-ACTAGAAATGTANNNNNNNNNNN
128 CAATTATAATCTATTTTAGTC-AAAAATGTAAAAAAATTCAG
***** * * ** * *
45781 NNNNNAATCAATTATGACATTGTAAAACTATTTAAAGCGAGTAATAATGCTTTCGAAGGCATGGG
1 CTTAAAATCAATTATGACATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAATGCTTTTAAAGACATGGA
*** * * * * *
45846 TGACTATGCGTGGACTTTTCTTGCAAATGAAAGGCTTTTTCTTCATGTTTCTCAAGCCAGACATT
66 TGACTATAAATGGAC-TTT-TTGCTAACGAAAGGC-TTTTCTTCATGTTTTTCGAGGCAGACATT
* * * *
45911 CAATTATAATCTGTTTTA-ACTAAAAATATAAAAAAATTTAG
128 CAATTATAATCTATTTTAGTC-AAAAATGTAAAAAAATTCAG
* * ** *
45952 CTTAAAATTAATTATGACATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAATGCTTTTCAAGGTATGGG
1 CTTAAAATCAATTATGACATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAATGCTTTTAAAGACATGGA
* * * * **
46017 TAACTATAAATGGACTTTTCTAGCTAATGAATGGCTTTTTCTTCATATTTCTT-GAGATAGACAT
66 TGACTATAAATGGACTTTT-T-GCTAACGAAAGGC-TTTTCTTCATGTTT-TTCGAGGCAGACAT
* ** * *
46081 TCAATTATAATCTGTTTTAACCATAAATATAAAAAAATTCAAG
127 TCAATTATAATCTATTTTAGTCAAAAATGTAAAAAAATTC-AG
*
46124 -TTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAA
1 CTTAAAATCAATTATGACATTATAAAACCATTTAAA
46159 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 939, Mismatches: 266, Indels: 48
0.75 0.21 0.04
Matches are distributed among these distances:
168 4 0.00
169 131 0.14
170 261 0.28
171 526 0.56
172 15 0.02
173 2 0.00
ACGTcount: A:0.36, C:0.13, G:0.13, T:0.34
Consensus pattern (168 bp):
CTTAAAATCAATTATGACATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAATGCTTTTAAAGACATGGA
TGACTATAAATGGACTTTTTGCTAACGAAAGGCTTTTCTTCATGTTTTTCGAGGCAGACATTCAA
TTATAATCTATTTTAGTCAAAAATGTAAAAAAATTCAG
Found at i:45399 original size:341 final size:340
Alignment explanation
Indices: 44752--46158 Score: 1157
Period size: 341 Copynumber: 4.1 Consensus size: 340
44742 NNNNNNNNNN
* * * * * *
44752 AATTTAACTTAAAATTAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCAAGTAATAATGCTTCCAAAG
1 AATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATCTAAAGCGAGTAATAATGCTTTCGAAG
* ** *** * * * * *
44817 GCATGGGTGACTAAAAATACACTTTTCTTATTAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTCTCAAGGA
66 GCATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCAAACGAAAGGC-TTTTCTTCATGTTTTTCGAGGC
* * * * * * * ********
44882 AAACATTCAATTTTAAT-TTGTTCTAGCCAAAAATATAAAACAATTTAACTTAAAATNNNNNNNN
130 AGACATTCAATTATAATCTT-TTTTAG-TAAAAATGTAAAAAAATTTAGCTTAAAATCAATTATG
** * * ** * *
44946 NNATTATAAAACTATTTAAAGTGAGTAATAATG-TTTCGGAAGGCAT-GAGTTACAATAAATGGA
193 ACATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAATGCTTT-TAAAGGCATGGA-TGACTATAAATGGA
*
45009 CTTTTCTT-GTAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTCTCAAGATAGACATTCAATTATAATATGT
256 CTTTTCTTACTAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTCTCAAGATAGACATTCAATTATAATATGT
** *
45073 TTTAACCAAAAACGTAAATA
321 TTTAACCAAAAATATAAAAA
* * * * * *
45093 AATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTCTAACACCATCTAGAGCAAGTAATAAGGATTTCGAAG
1 AATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATCTAAAGCGAGTAATAATGCTTTCGAAG
* * * * * * * *
45158 GCTTGAGTGAGTATAAATGGAC-TTT-TTGCCCCAACGGATGGGTTTTGCTTCATGTTTTTTGAG
66 GCATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTG--CAAACGAAAGGCTTTT-CTTCATGTTTTTCGAG
* * *
45221 GCAGATATTCAATTACAATCTCTTTTTAGTAAAAATGTAAAATAATTTAGCTTAAAATCAATTAT
128 GCAGACATTCAATTATAATCT-TTTTTAGTAAAAATGTAAAAAAATTTAGCTTAAAATCAATTAT
* * * *
45286 GACATTGTAAAACCGTTTAAAGCGAGTAATAATGCTTTTAAAGACATGGATGACTATAAATGTAC
192 GACATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAATGCTTTTAAAGGCATGGATGACTATAAATGGAC
* * ** *
45351 TTTTCTTACTGATGAAAGGCTTTTT-TTCATG-TTCATCAAGGCAGACATTCAATTATAATATAT
257 TTTTCTTACTAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTC-TCAAGATAGACATTCAATTATAATATGT
*
45414 TTTAATCAAAAATATAAAAA
321 TTTAACCAAAAATATAAAAA
* * * *
45434 AACTCAACTTGAAATCAATTATAAGATTATAAAACCA-CTTAAAGCGAGTAATAATGCTTTTGAA
1 AATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATC-TAAAGCGAGTAATAATGCTTTCGAA
* * ***********
45498 GGCATGGGTGATTATAACTGGACTTTTCTTGCTAATNNNNNNNNNNTTCTTCATGTTTTTCGAGG
65 GGCATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGC-AAACGAAAGGCTTTTCTTCATGTTTTTCGAGG
* * * *
45563 CAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAGTCAAAAATGTAAAACAATTCAGCTCAAAATCAATTATG
129 CAGACATTCAATTATAATCTTTTTTAGT-AAAAATGTAAAAAAATTTAGCTTAAAATCAATTATG
********** ** *
45628 ACATTATAAAACCATTTAAAGCGNNNNNNNNNNCTTTCGAAGGCAT-AAGTGACTATAAATGGAC
193 ACATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAATGCTTTTAAAGGCATGGA-TGACTATAAATGGAC
* * * * * * *
45692 TTTTCTTGCAAATGAATGG-GTTTT-TTCACGTTTCTCAAGGTGGACATTCAATTATAATCTGTT
257 TTTTCTTACTAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTCTCAAGATAGACATTCAATTATAATATGTT
* * * ****
45755 TTAACTAGAAATGTANNNN
322 TTAACCAAAAATATAAAAA
************ * * * *
45774 NNNNNNNNNNNNAATCAATTATGACATTGTAAAACTATTTAAAGCGAGTAATAATGCTTTCGAAG
1 AATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATCTAAAGCGAGTAATAATGCTTTCGAAG
*** * * * *
45839 GCATGGGTGACTATGCGTGGACTTTTCTTGCAAATGAAAGGCTTTTTCTTCATGTTTCTCAAGCC
66 GCATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCAAACGAAAGGC-TTTTCTTCATGTTTTTCGAGGC
* * * *
45904 AGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACTAAAAATATAAAAAAATTTAGCTTAAAATTAATTATGA
130 AGACATTCAATTATAATCT-TTTTTAGTAAAAATGTAAAAAAATTTAGCTTAAAATCAATTATGA
* * * *
45969 CATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAATGCTTTTCAAGGTATGGGTAACTATAAATGGACTT
194 CATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAATGCTTTTAAAGGCATGGATGACTATAAATGGACTT
* ** *
46034 TTC-TAGCTAATGAATGGCTTTTTCTTCATATTTCTTGAGATAGACATTCAATTATAATCTGTTT
259 TTCTTA-CTAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTCTCAAGATAGACATTCAATTATAATATGTTT
*
46098 TAACCATAAATATAAAAA
323 TAACCAAAAATATAAAAA
* *
46116 AATTCAAGTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAA
1 AATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATCTAAA
46159 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 819, Mismatches: 224, Indels: 45
0.75 0.21 0.04
Matches are distributed among these distances:
339 5 0.01
340 266 0.32
341 440 0.54
342 104 0.13
343 4 0.00
ACGTcount: A:0.36, C:0.13, G:0.13, T:0.35
Consensus pattern (340 bp):
AATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATCTAAAGCGAGTAATAATGCTTTCGAAG
GCATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCAAACGAAAGGCTTTTCTTCATGTTTTTCGAGGCA
GACATTCAATTATAATCTTTTTTAGTAAAAATGTAAAAAAATTTAGCTTAAAATCAATTATGACA
TTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAATGCTTTTAAAGGCATGGATGACTATAAATGGACTTTT
CTTACTAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTCTCAAGATAGACATTCAATTATAATATGTTTTAA
CCAAAAATATAAAAA
Found at i:46824 original size:171 final size:171
Alignment explanation
Indices: 46314--47255 Score: 711
Period size: 172 Copynumber: 5.5 Consensus size: 171
46304 NNNNNNNNNN
* * * * * *
46314 CAATTATGAGATTATAGAACCATTTAAAGTGAGTAATAATGCTTTCAAAGGCATGGGTTATTATA
1 CAATTATAACATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAATGCTTTCAAAGGCATGGGTGACTATA
* * * ** * * * **
46379 AATGGACTTTTCTTACTAATGAATTACT-TTTTCTTTACATTT-TTGAA-GACAAATGTTCAATT
66 AATAGACTTTTCTTGCCAATGAA-TGGTGTTTTCTTCACGTTTATT-AAGGA-AGACATTCAATT
* * * * *
46441 ATAATCTGTTTTAATTAAAAACATAAAAAATTTCAACTTAAAAT
128 ATAATATATTTTAATCAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAAT
* ** * * * * * * * * * *
46485 CAATTATGAGGTGATAAAATCATTTAAAGCAAGTGATAAGGCTTTCACAGGCTTGAGTTAGTATA
1 CAATTATAACATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAATGCTTTCAAAGGCATGGGTGACTATA
* * * * * * * * * * *
46550 AATAAACTTTTCATGCCAACGGATGGCT-TTTGCAT-A--TTTTTTGAGGTAGAAATTCAATTAC
66 AATAGACTTTTCTTGCCAATGAATGG-TGTTTTCTTCACGTTTATTAAGGAAGACATTCAATTAT
* * * * *
46611 CATCTATATTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAGCTTAAAAT
130 AATATAT-TTTAATCAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAAT
* * *
46654 CCATTATAACATTATAAAACCGTTTAAAGCGAGTAATAATGCTTTCAAAGGCATGGGTGACAATA
1 CAATTATAACATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAATGCTTTCAAAGGCATGGGTGACTATA
* * * * *
46719 AATATACTTTGCTTGCCAATGAAAGGTGTTTTCTTCACGTTTATCAAGGCAGACATTCAATTATA
66 AATAGACTTTTCTTGCCAATGAATGGTGTTTTCTTCACGTTTATTAAGGAAGACATTCAATTATA
* * **
46784 ATCTGTTTTAATCAAAAATATAAAAAAATTCAGTTTAAAAT
131 ATATATTTTAATCAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAAT
* * * * * *
46825 CAATTATGACATTATCAAATCATTTAAAGCGAGTAATAATACTTTCAAAAGCATGGGTGACTGTA
1 CAATTATAACATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAATGCTTTCAAAGGCATGGGTGACTATA
* *** * * * * *
46890 AATAGACTTTTTTTTTATAATGAATGGCT-TTTTCTTTATGTTTCTTAAGGAAGGCGTTCAATTA
66 AATAGAC-TTTTCTTGCCAATGAATGG-TGTTTTCTTCACGTTTATTAAGGAAGACATTCAATTA
* * *
46954 TAATATACTTTAA-CTAAAAAGATAAAAAAATTTAACTTAAAAT
129 TAATATATTTTAATC-AAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAAT
* * * * * * ** **
46997 CAATTATGAGATTATAATACCATTTTAACCGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGTTTAAGTGACTATA
1 CAATTATAACATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAATGCTTTCAAAGGCATGGGTGACTATA
* * * * *
47062 AATGGACTTTTCGTGCCAACGGATGG-GTTTTGCTTCACGTTTTTTAAGGTAA-ACATTCAATTA
66 AATAGACTTTTCTTGCCAATGAATGGTGTTTT-CTTCACGTTTATTAAGG-AAGACATTCAATTA
** * *
47125 TAATATATTTTAATGTAAAATATAAAACCAATTTAACTTAAAAT
129 TAATATATTTTAATCAAAAATATAAAA-AAATTCAACTTAAAAT
* * * * * * * *
47169 TAATTATAAGATTGTAAAACCATTTGAAGCGAGTAATAATGCTTCCGAAA-GTATGAGCGACTAT
1 CAATTATAACATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAATGCTTTC-AAAGGCATGGGTGACTAT
* *
47233 AAATAGACTTTTATTACCAATGA
65 AAATAGACTTTTCTTGCCAATGA
47256 TAATCTGTTT
Statistics
Matches: 603, Mismatches: 151, Indels: 33
0.77 0.19 0.04
Matches are distributed among these distances:
168 20 0.03
169 106 0.18
170 7 0.01
171 227 0.38
172 239 0.40
173 4 0.01
ACGTcount: A:0.39, C:0.12, G:0.13, T:0.36
Consensus pattern (171 bp):
CAATTATAACATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAATGCTTTCAAAGGCATGGGTGACTATA
AATAGACTTTTCTTGCCAATGAATGGTGTTTTCTTCACGTTTATTAAGGAAGACATTCAATTATA
ATATATTTTAATCAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAAT
Found at i:47120 original size:343 final size:343
Alignment explanation
Indices: 46615--47244 Score: 771
Period size: 343 Copynumber: 1.8 Consensus size: 343
46605 AATTACCATC
* * *
46615 TATATTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAGCTTAAAATCCATTATAACATTATAAAACCGTTTA
1 TATATTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATAACATTATAAAACCATTTA
* * ** * * *
46680 AAGCGAGTAATAATGCTTTCAAAGGCATGGGTGACAATAAATATACTTTGCTTGCCAATGAAAGG
66 AACCGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCATAAGTGACAATAAATAGACTTTGCGTGCCAACGAAAGG
* * *
46745 TGTTTTCTTCACGTTTATCAAGGCAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAATCAAAAATATAAAA-
131 TGTTTTCTTCACGTTTATCAAGGCAAACATTCAATTATAATATATTTTAATCAAAAATATAAAAC
** * * * *
46809 AAATTCAGTTTAAAATCAATTATGACATTATCAAATCATTTAAAGCGAGTAATAATACTTTCAAA
196 AAATTCAACTTAAAATCAATTATAACATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAATACTTCCAAA
* * *
46874 AGCATGGGTGACTGTAAATAGACTTTTTTTTTATAATGAATGGCTTTTTCTTTATGTTTCTTAAG
261 AGCATGAGCGACTATAAATAGACTTTTTTTTTATAATGAATGGCTTTTTCTTTATGTTTCTTAAG
46939 GAAGGCGTTCAATTATAA
326 GAAGGCGTTCAATTATAA
* * * * *
46957 TATACTTTAACTAAAAA-GATAAAAAAATTTAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAATACCATT
1 TATA-TTTAACCAAAAATG-TAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATAACATTATAAAACCATT
* ** * * * * *
47021 TTAACCGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGTTTAAGTGACTATAAATGGACTTTTCGTGCCAACGGAT
64 TAAACCGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCATAAGTGACAATAAATAGACTTTGCGTGCCAACGAAA
* * * **
47086 GG-GTTTTGCTTCACGTTTTTTAAGGTAAACATTCAATTATAATATATTTTAATGTAAAATATAA
129 GGTGTTTT-CTTCACGTTTATCAAGGCAAACATTCAATTATAATATATTTTAATCAAAAATATAA
* * * * * * *
47150 AACCAATTTAACTTAAAATTAATTATAAGATTGTAAAACCATTTGAAGCGAGTAATAATGCTTCC
193 AACAAATTCAACTTAAAATCAATTATAACATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAATACTTCC
* *
47215 GAAAGTATGAGCGACTATAAATAGACTTTT
258 AAAAGCATGAGCGACTATAAATAGACTTTT
47245 ATTACCAATG
Statistics
Matches: 235, Mismatches: 49, Indels: 6
0.81 0.17 0.02
Matches are distributed among these distances:
342 10 0.04
343 151 0.64
344 74 0.31
ACGTcount: A:0.40, C:0.12, G:0.13, T:0.35
Consensus pattern (343 bp):
TATATTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATAACATTATAAAACCATTTA
AACCGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCATAAGTGACAATAAATAGACTTTGCGTGCCAACGAAAGG
TGTTTTCTTCACGTTTATCAAGGCAAACATTCAATTATAATATATTTTAATCAAAAATATAAAAC
AAATTCAACTTAAAATCAATTATAACATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAATACTTCCAAA
AGCATGAGCGACTATAAATAGACTTTTTTTTTATAATGAATGGCTTTTTCTTTATGTTTCTTAAG
GAAGGCGTTCAATTATAA
Found at i:50169 original size:341 final size:340
Alignment explanation
Indices: 47263--59008 Score: 8645
Period size: 341 Copynumber: 34.5 Consensus size: 340
47253 TGATAATCTG
* * * * *
47263 TTTTAACCAAAAACT-TAAAAAAACTCAATTTAAAATGAATTATGAGATTATAAAACCATTCAAA
1 TTTTAATCAAAAA-TATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAA
* * * ** **
47327 GTGAGTAATAATACTTTCGAAGGCATGGGTGACTATAAATAGACTTTTCTTTTGAATGAATATCT
65 GCGAGTAATAATACTTTCGAAGGTATGGGTGACTATAAATGGACTTTTC-TTCCAATGAATGGCT
* * * * * * * * *
47392 TTTTCATCACATTTCTTGAGGAAACATTCAATTA-AATCTGTTTT-AGTCAAAAATGTAAAAAAA
129 TTTTCTTCACGTTTCTTAAGTAGACATTCAATTATAATATATTTTAACT-AAAAATATAAAAAAA
* * * *
47455 TTCAGCTTAAAATCAATTATGATATTATAAAA-TCATTTAAAGTGAGTAATAATGCTTTTGATA-
193 TTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACT-ATTTAAAGCGAGTAATAATGCTTTCGA-AG
* * * * * * * * *
47518 GCATGAGTGTCTAGAAATAGACTTTTCTTACCAA-CAGATGGCTTTTGCTTCATC-TTTCCTAAG
256 GCTTGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGA-ATGGCTTTTTCTTCA-CGTTTCTTAAG
* *
47581 GTAGACATTAAATTATAATATA
319 ATAGACATTCAATTATAATATA
* * * * * *
47603 -TTTAATGAAAAATACAAAAAAGTTCAACATAAAATCAACTATGATATTATAAAACCATTTAAAG
1 TTTTAATCAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAG
* ** * * * *
47667 CGAGTAATAATGCTTTTAAAGGTATGGGTGACTATAAATGAACCTTTCTCTCCAATGCATGTCTT
66 CGAGTAATAATACTTTCGAAGGTATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCT-TCCAATGAATGGCTT
* * *
47732 TTGCTTCACGTTT-TCCAAGATAGACATTCAATTATAATATATTTTAATTAAAAATATAAAAAAA
130 TTTCTTCACGTTTCT-TAAG-TAGACATTCAATTATAATATATTTTAACTAAAAATATAAAAAAA
* * *
47796 TTTAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAA-GTATTTCGAAGG
193 TTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGCGAGTAATAATG-CTTTCGAAGG
* * * * * * *
47860 CATGGGTGACTATAAATAGACTTTTCTTGCCAATGAAATGTCTTTTTCTTCATGTTTATTGAGAC
257 CTTGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATG-AATGGCTTTTTCTTCACGTTTCTTAAGAT
* * *
47925 AAACATTCAATTATAATCTG
321 AGACATTCAATTATAATATA
* * * * * *
47945 TTTT-AGCTAAAAATGTAAAAAAAAATT-AATTTAAAATCAATTATGAAATTATAAAATCATTAA
1 TTTTAATC-AAAAA--TATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTA
** * * ** *
48008 AAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAA-CTCTTGATTGACTATAAATGGACTTTTCGTGCCAAT-AGAT
63 AAGCGAGTAATAATACTTTCGAAGGT-ATGGGTGACTATAAATGGACTTTTC-TTCCAATGA-AT
* * * * * *
48071 TGCTTTTGCTTTACGTTTTTTAAGATAGATATTTAATTATAATATATTTTAA-TAAAAA-ATATA
125 GGCTTTTTCTTCACGTTTCTTAAG-TAGACATTCAATTATAATATATTTTAACTAAAAATATA-A
* *
48134 AAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATGAAA-TCATTTAAATCGAGTAATAATGCTTTC
188 AAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACT-ATTTAAAGCGAGTAATAATGCTTTC
* ** * * * *
48198 GAAGGCATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTATCAAAGGATAGG-TTTTTCTTCACCTTTTTT
252 GAAGGCTTGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAAT-GGCTTTTTCTTCACGTTTCTT
* *
48262 GAGATAGATATTCAATTATAATATA
316 AAGATAGACATTCAATTATAATATA
* * * *
48287 TTTTAATAAAAAATATTAAAAAA-T-AACTTAAAATCAACTATAAGATTATAAAACCATTTAAAG
1 TTTTAATCAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAG
* * * ** * *
48350 CAAGTAATAATATTTTCAAAGGTATGGGTGACTATAAATAAACTTTTATCTT-TAATGAATGTCT
66 CGAGTAATAATACTTTCGAAGGTATGGGTGACTATAAATGGAC-TTT-TCTTCCAATGAATGGCT
* * * * * * *
48414 TTTGCCTCTCGTTT-TCTAATATAGACATTCAATAATAATCTA-TTTAAC-AAGAAAGA-AAAAA
129 TTTTCTTCACGTTTCT-TAA-GTAGACATTCAATTATAATATATTTTAACTAA-AAATATAAAAA
* * * * * * *
48475 AATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAACACCATTTAAAGTGAGCAATAAGGCTTTTGAAT
191 AATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGCGAGTAATAATGCTTTCGAAG
* * ** ** * ** * * * *
48540 GTTTGAGTGACTATAAATACACTTTTAATGCCAACGGTTGGCTTTTGCTTCACATTTCTCAAGGT
256 GCTTGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGGCTTTTTCTTCACGTTTCTTAAGAT
48605 -GAACATTCAATTATAATATA
321 AG-ACATTCAATTATAATATA
*
48625 TTTTAAT-AAAAGATATAAAAAAATTTAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAA
1 TTTTAATCAAAA-ATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAA
* * * * * * * *
48689 GTGAATAACAATACTTTCGAAGGCATGAGTGACTATAAACGAACTTTTCTTGCCAATGAATAGCT
65 GCGAGTAATAATACTTTCGAAGGTATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTT-CCAATGAATGGCT
* * * * * * * *
48754 TTTTCTTCACATTTCTTGAGGCAGACAATCAATTATAGTCTGTTTTAA-TCAAAAATGTAAAAAA
129 TTTTCTTCACGTTTCTT-AAGTAGACATTCAATTATAATATATTTTAACT-AAAAATATAAAAAA
* * * * * * *
48818 CTTCAGCTTAAAATCAATTATGACATTATAAAACTATTTAAGGCAAGTAATAATGCTTCCAAAGG
192 ATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGCGAGTAATAATGCTTTCGAAGG
* * * * * * **
48883 CCTAGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTACCAATGAAAGACTTTTTCTTCACGTTTATTAAGCCA
257 CTTGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGGCTTTTTCTTCACGTTTCTTAAGATA
* *
48948 GACAATCAATTATAATCTA
322 GACATTCAATTATAATATA
* * *
48967 TTTTAATAAAAAATATATAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATAAGATTATAAAACCATTTAAAG
1 TTTTAATCAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAG
* * * * * * * *
49032 CTAGTAATAATACCTTCGAAGGCATGGGTGACTATAAAT-CAGC-TTTCTTTGCCGATTAATAGT
66 CGAGTAATAATACTTTCGAAGGTATGGGTGACTATAAATGGA-CTTTTC-TT-CCAATGAATGGC
* * * * ** *
49095 TTTTTCTTCATGTTTCTTGAGGCAAACATTCAATTATAACCTATTTTAAC-AAAAACTATAAAAC
128 TTTTTCTTCACGTTTCTT-AAGTAGACATTCAATTATAATATATTTTAACTAAAAA-TATAAAAA
* *
49159 AATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAG
191 AATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGCGAGTAATAATGCTTTCGAAG
* * * * * * * * ** *
49224 GCTTGAGTGACTATAAATAGACTTTTTTTACTAACGGATGGCTTTTTCTTCACGTTTATCGAGGT
256 GCTTGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGGCTTTTTCTTCACGTTTCTTAAGAT
* * *
49289 AGAGATTTAATTATAATATG
321 AGACATTCAATTATAATATA
* * * * * *
49309 TTTTAATAAAAAATGTAAAAACAAATTCTACTTGAAATCAATCATAAGATTATAAAACCATTTAA
1 TTTTAATCAAAAATAT-AAAA-AAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAA
* * * * * * ** *
49374 AGCAAGTAATAATGCTTTCGAAGGCATGGATTACTATAAATAGACTTTTCTTATTAATAAATGGC
64 AGCGAGTAATAATACTTTCGAAGGTATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTT-CCAATGAATGGC
* * * * * * * **
49439 TTTTTCTTCACATTTCTCAAGCCAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAATC
128 TTTTTCTTCACGTTTCTTAAG-TAGACATTCAATTATAATATATTTTAACTAAAAATATAAAAAA
* * * * * *
49504 ATTTAGCTTAAAATTAATTATGACATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAATGCTTTCGAAGG
192 ATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGCGAGTAATAATGCTTTCGAAGG
* * * * * * * * *
49569 CATGGGTAACTATAAATGGACTTTTCTTACTAATAAATAGTTTTTTCTTCACATTTCTTGAGATA
257 CTTGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGGCTTTTTCTTCACGTTTCTTAAGATA
* *
49634 GACATTCAATTATAATCTG
322 GACATTCAATTATAATATA
* * * * *
49653 TTTTAA-CAATAAACATAAAAAAATTCAACTTAAAATTAATTATGAGATTATAAAATCTTTTGAA
1 TTTTAATCAA-AAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAA
** * * * * * * *
49717 GCGAGTAATAA-AGCTTTTAAAGGCATGAGTAATTATAAATGGATTTTTCATGCTAATGAATGGC
65 GCGAGTAATAATA-CTTTCGAAGGTATGGGTGACTATAAATGGACTTTTC-TTCCAATGAATGGC
* * * ** * * **
49781 TTTTTCTTTACGTTTGTCAAAACAGACATTCAATTATAATTTGTTTTAACTAAAAACGTAAAAAA
128 TTTTTCTTCACGTTTCT-TAAGTAGACATTCAATTATAATATATTTTAACTAAAAATATAAAAAA
* * ** *
49846 ATTTAACTTAAAATCAATTATGAGACTATAAAACTATTTAAAGTTAGTAATAAGGCTTTCGAAGG
192 ATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGCGAGTAATAATGCTTTCGAAGG
** * * * * *
49911 CTTAAGTGACTATAAATAGACTTTTCATGCCAAT-AGATGGCTTTTGCTTCACATTT-TTAAGGT
257 CTTGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGA-ATGGCTTTTTCTTCACGTTTCTTAAGAT
49974 AGACATTCAATTATAATATA
321 AGACATTCAATTATAATATA
* * * *
49994 TTTTAATAAAAAATATAAAAAAACTT-AACTTAAAATCAATCATAAGAGTATAAAACCATTTAAA
1 TTTTAATCAAAAATATAAAAAAA-TTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAA
** * * *
50058 GCGAGTAATAATACTTTTAAAGGTATAGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTCCAAACGAACGGCT
65 GCGAGTAATAATACTTTCGAAGGTATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTCC-AATGAATGGCT
* * * * * * *
50123 TTTTCTTCACGTTTCTTAGGCCAAACGTTCAATTATAATATGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAA
129 TTTTCTTCACGTTTCTTAAG-TAGACATTCAATTATAATATATTTTAACTAAAAATATAAAAAAA
* * * * * * *
50188 TTTAGCTTAAAATTAATTATGACATTATAAAA-TGCTTTAAAGTGAGTAATAATGCTTTTGAAGG
193 TTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACT-ATTTAAAGCGAGTAATAATGCTTTCGAAGG
* * * *
50252 CATAGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCTAATGAATGACTTTTTCTTCACGTTTC-TAGAGAT
257 CTTGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGGCTTTTTCTTCACGTTTCTTA-AGAT
* * *
50316 AAACATTCAATTATAATTTT
321 AGACATTCAATTATAATATA
* * * * * * *
50336 TTTTAACCATAAATATAAAGAAATTCAAGTCAAAATCAATTATGAGATTATAAAATCATATAAAG
1 TTTTAATCAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAG
* * * * * * * * * *
50401 TGAGTGATAATGCTTTTGATGGCATAGGTGACTACAAATGGACTTTACTTGCCAATGAAAGGCTT
66 CGAGTAATAATACTTTCGAAGGTATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTT-CCAATGAATGGCTT
* * * * * *
50466 TTTCTTTACGTTT-TTCAATATAGATATTCAATTATAATCTATTTTAA-TCCAAAACATAAAAAA
130 TTTCTTCACGTTTCTT-AA-GTAGACATTCAATTATAATATATTTTAACT-AAAAATATAAAAAA
* * *
50529 ACTCAACTTAAAATCAATTATGAGAATATAAAACTATTTAAAACGAGTAATAATGCACTTT----
192 ATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGCGAGTAATAATG--CTTTCGAA
* * * * * ** ** *
50590 -TCTT-GCT-A--ATGAAT-GACTTGTTCTT--C-----A-CG-TTTCTCAAGACAAATAT-TTA
255 GGCTTGGGTGACTATAAATGGACTT-TTCTTGCCAATGAATGGCTTTTTC--TTCACGTTTCTTA
* * * *
50639 A-TTA-A-A-ACATATTTTAATGAAAA
317 AGATAGACATTCA-ATTATAAT--ATA
* * * * * * * * * *
50662 ATATAA--AAAAATTTAACTTAAAA-TCAA-TT---ATGAGATTATCAAACTATTTAAAGCGAGT
1 TTTTAATCAAAAATATAA--AAAAATTCAACTTAAAATCA-ATTATGAGA-T-TATAAAACCA-T
* * ** ** * * * *** * * *
50720 AATAATGCTTTCGATGGCATGGGTGACTAT-AAATGGACTTTTCTTGCCAATGGAA-GG-CTTTT
60 -TTAAAG----CGA-GTAAT-AAT-ACTTTCGAA-GG--TATGGGTGACTAT-AAATGGACTTTT
* * ** ** * ** ** * * ** * *
50782 TTTTC-ATGTCTCTCATGATAGTCA---TTC--AATTATA-A-TCTGTTTTAACTA-A---AAAC
113 CTTCCAATGAATGGCTTTTTCTTCACGTTTCTTAAGTAGACATTCAATTATAA-TATATTTTAAC
*** * * *
50835 TTAAAAA-A-ATTTAACTT-AA---AA--TAAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTA
177 -TAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGCGAGTA
* * * * * ** * *
50892 ATAAGGATTTTGAAGGCTTGAGTGACTATAAATGGACTTTT-TGTGCCAA-AAGATTACCTTTGC
241 ATAATGCTTTCGAAGGCTTGGGTGACTATAAATGGACTTTTCT-TGCCAATGA-ATGGCTTTTTC
* * * * *
50955 TTCACGTTTCTCAAGGTGGACATTCAATTATAACATG
304 TTCACGTTTCTTAAGATAGACATTCAATTATAATATA
* ** * * * * * *
50992 TTTTAACCAAAAACGTGAAAAACTTCAACTTAAAATCACTTATGAGATTATCAAGCTATTTAAAG
1 TTTTAATCAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAG
** * ** * * * * *
51057 TAACTAATAAGGCTTTCAAAGGCT-TGAGTGACTATAAATAGACTTTTCATGT-CAACGGATGGC
66 CGAGTAATAATACTTTCGAAGG-TATGGGTGACTATAAATGGACTTTTC-T-TCCAATGAATGGC
* * * * * * *
51120 TTTTGCTTTACATTT-TTCATGGCAGACATTCAATTATAATATGTTTTAA-TCAAAAATGTAAAA
128 TTTTTCTTCACGTTTCTT-A-AGTAGACATTCAATTATAATATATTTTAACT-AAAAATATAAAA
* * * ** * *
51183 ACATTCAATTTAAAATCAACTATG-GCATTATAAAACCGTTTAAAGCAAGTAACAATGCTTTCGA
190 AAATTCAACTTAAAATCAATTATGAG-ATTATAAAACTATTTAAAGCGAGTAATAATGCTTTCGA
* * ** * ** * *
51247 AGGCATGAGTGACTATAAATAAACTTTACGCGCCAATGAAGGGCTTTTTCTTCACATTT-TTCAA
254 AGGCTTGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGGCTTTTTCTTCACGTTTCTT-AA
* * *
51311 GGTAGACATTGAATTATAATCTA
318 GATAGACATTCAATTATAATATA
* * * ** *
51334 TTTTAATCAAAAATTTAAAAAAA--AAAGCTTAAAATCAATTATGACATTACCAAACTATTTAAA
1 TTTTAATCAAAAATATAAAAAAATTCAA-CTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAA
* * * * * **
51397 GCAAGTAATAATGCTTTTGAAGGTATGGGTGACTATATATGAACTTTTCTTACCAATGAATGATT
65 GCGAGTAATAATACTTTCGAAGGTATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTT-CCAATGAATGGCT
* * * * * * **
51462 TTTTCTTGATGTTTCTTAAGGCAGACATTCTATTATAA-ATTATTTGAACCAAAAACGTAAAAAA
129 TTTTCTTCACGTTTCTTAA-GTAGACATTCAATTATAATA-TATTTTAACTAAAAATATAAAAAA
* * *
51526 ATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATGAAA-TCATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTCGAAG
192 ATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACT-ATTTAAAGCGAGTAATAATGCTTTCGAAG
* * * * * ** * ** *
51590 G-TATAGGTAACTATAAATGCACTTTTCATGCCAATGAATGGCCTTTTCTTCTTGTTTATCGAGG
256 GCT-TGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGGCTTTTTCTTCACGTTTCTTAAGA
***
51654 TAGACATTCAATTATAATCCG
320 TAGACATTCAATTATAATATA
* * * * * *
51675 TTTTAATAAAAAATGTAAAAAAATTCAGCTTGAAATCAATTATAAGATTAGAAAACCATTTAAAG
1 TTTTAATCAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAG
* * * **
51740 CGAGTAATAA-AGCTTTTGAAGGCATGGGTGACTATAAATGGATTTTTCTTGCCAATGAATGATT
66 CGAGTAATAATA-CTTTCGAAGGTATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTT-CCAATGAATGGCT
* * * * *
51804 TTTTCTTC-CTGTTTCTCTAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTACCTAAAAACATAAAAAA
129 TTTTCTTCAC-GTTTCT-TAAGTAGACATTCAATTATAATATATTTTAACTAAAAATATAAAAAA
* * * **
51868 ATGCAACTTAAAATTAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGCAAGTAATAATGGATTCGAAGG
192 ATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGCGAGTAATAATGCTTTCGAAGG
* * * **
51933 CATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAAAAAGGCTTTTTCTTCATGGTTT-TTGTG
257 CTTGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATG--AATGGCTTTTTCTTCA-CGTTTCTTAAG
* * * * *
51997 GTAAACATTCAAATATAATTTG
319 ATAGACATTCAATTATAATATA
** * * * * * *
52019 TTTTACCCAAAAATGTAAAATAATTTAGCTTAAAATCAATTTTGACATTATAAAACCATTTAAAG
1 TTTTAATCAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAG
* * * * * *
52084 TGAGTAATAATGCTTTCGAAGG-AGTGGGTGACTATAAATGAACTCTTCTTCACAATGAATAGTT
66 CGAGTAATAATACTTTCGAAGGTA-TGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTC-CAATGAATGGCT
* * * * * * * *
52148 TTTTCTTCATG-TTCTTTGAGCCAGACATTTAATTATAATCTACTTGAACCAAAAATATAAAAAA
129 TTTTCTTCACGTTTC-TTAAG-TAGACATTCAATTATAATATATTTTAACTAAAAATATAAAAAA
* * * *
52212 ATTTAA-TATAGAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGTGTAATAATGCTTTCGAAG
192 ATTCAACT-TAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGCGAGTAATAATGCTTTCGAAG
* * * * *
52276 G-TATAGGTGACTATAAATGCACTTTTCTTGCTAATGAATGACTTTTTCTTTACGTTTCTCT-AG
256 GCT-TGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGGCTTTTTCTTCACGTTTCT-TAAG
* * *
52339 ACAAACATTCAATTAAAATATA
319 ATAGACATTCAATTATAATATA
* *
52361 TTTTAATAAAAAATAT-AAAAAATTTAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAG
1 TTTTAATCAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAG
* * * * *
52425 CGAGTAATAATACTTTTGAAGGTATGAGTGACTATAAATGGACTTTACCTGCCAAT-AACAGGCT
66 CGAGTAATAATACTTTCGAAGGTATGGGTGACTATAAATGGACTTT-TCTTCCAATGAA-TGGCT
* * * * *
52489 TTTTCTTCACGTTTCTCAAGATAAACATTCAATTATAATCTACTTTAA-TCAAAAATGTAAAAAA
129 TTTTCTTCACGTTTCTTAAG-TAGACATTCAATTATAATATATTTTAACT-AAAAATATAAAAAA
* * *
52553 ATTTAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTACTTAAAGAGAGTAATAATGCTTTCGAAGG
192 ATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGCGAGTAATAATGCTTTCGAAGG
* * * * * * *
52618 CATAGGTGATTATAAAT-GACCTTTTCTTGCCAATAAATGGTTTTTTCTAT-ATGTTTCTTAAGG
257 CTTGGGTGACTATAAATGGA-CTTTTCTTGCCAATGAATGGCTTTTTCT-TCACGTTTCTTAAGA
* * *
52681 CAGACAATCAATTATAATCTA
320 TAGACATTCAATTATAATATA
* * ** * * *
52702 TTTTAACCCAAAACGTAAAAAAATTCAACTTAAAATGAATTATGAGATTATAAACCCATTTAAAA
1 TTTTAATCAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAG
* * * * * * * *
52767 TGAGTAATAATGCTTTGGAAGGCATGAGTGACTATAAATGTACTTTTCTTGCTAATGAATCGCTT
66 CGAGTAATAATACTTTCGAAGGTATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTT-CCAATGAATGGCTT
* * * ** *
52832 TTTCTTCATGTTTCTGAAGATAAACATTCAACCATAATATATTTTAA-TAAAAATA-GAAAAAAT
130 TTTCTTCACGTTTCTTAAG-TAGACATTCAATTATAATATATTTTAACTAAAAATATAAAAAAAT
* * * * *
52895 TTAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTGAAAGCGAGTGATAATACTTTCGAAGG-T
194 TCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGCGAGTAATAATGCTTTCGAAGGCT
* * * * * *
52959 ATGGGTGACTATAAATGGACTTTACTTACCAATGAAAGGCTTTTTTTTCACGTTTCTCAAGATAA
259 -TGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGGCTTTTTCTTCACGTTTCTTAAGATAG
* *
53024 ACATCCAATTATAATCTA
323 ACATTCAATTATAATATA
* * * * * * * *
53042 TTTTAATTAAACATGTAAACAAATTGAACTTAAAATCAATTATAAGATTATAAAACTATTTAATG
1 TTTTAATCAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAG
* * ** *
53107 CGTGTAATAATACCTTCGAAGGTATGGGTGACTATAAATACACTTTTCTTGCTAATGAATGGCTT
66 CGAGTAATAATACTTTCGAAGGTATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTT-CCAATGAATGGCTT
* * * * * *
53172 TATCCTCACGTTTCTCAAGAAAAACAATCAATTATAATATATTTTAA-TAAAAA-ATATAAAAAA
130 TTTCTTCACGTTTCTTAAG-TAGACATTCAATTATAATATATTTTAACTAAAAATATA-AAAAAA
* * *
53235 TTCAAATTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAATACTTTCGAAGG-
193 TTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGCGAGTAATAATGCTTTCGAAGGC
* * * * * *
53299 TATGGGTGACTATAAATAGACTTTACTTGCCAATGAAAGGGTTTTTCTTCATGTTTCTCAAGATA
258 T-TGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGGCTTTTTCTTCACGTTTCTTAAGATA
* *
53364 GACTTTCAATTATAATATG
322 GACATTCAATTATAATATA
* * * *
53383 TTTTAATAAAAAATGTAAAAAAATTTAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAG
1 TTTTAATCAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAG
* * * * *
53448 CGTGTAATAATGCTTTCGAAGGCATGGGTGACTATAAAATGCACTTTTCTTGCTAATGAATGGCT
66 CGAGTAATAATACTTTCGAAGGTATGGGTGACTAT-AAATGGACTTTTCTT-CCAATGAATGGCT
* * * ** *
53513 TTATCTTCACGTTTCTTAAATTAAATTTTTAATTATAATATA-TTTAA-TAAAAA-ATATAAAAA
129 TTTTCTTCACGTTTCTT-AAGTAGACATTCAATTATAATATATTTTAACTAAAAATATA-AAAAA
* * * * *
53575 ATTCAACCTAAAATCAATTATGAGATTAGAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAATACTTTCGAAGG
192 ATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGCGAGTAATAATGCTTTCGAAGG
* * * * * * * * *
53640 -TATGGGTAACTATAAATAGACTTTACCTGTCAATGAAAGGTTTTTTCTTCACATTTCTCAAGAT
257 CT-TGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGGCTTTTTCTTCACGTTTCTTAAGAT
* * *
53704 AGACATTCAACTATAATTTG
321 AGACATTCAATTATAATATA
* * ********** *
53724 TTTTAATAAAAAATGTAAAAANNNNNNNNNNAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCACTTAAAG
1 TTTTAATCAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAG
* * * * * * * * * * *
53789 AGAGTAATAATGCTTACAAAGGCATAGGTGACTTTAAATGAACTTTTCTTCCCAATCAATAGTTT
66 CGAGTAATAATACTTTCGAAGGTATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTT-CCAATGAATGGCTT
* * * * ********** * ** *
53854 TTTCTTCATGTTTCTTGAGGCAGACAATCAATTNNNNNNNNNNTTGACCCAAAACATAAAAAAAT
130 TTTCTTCACGTTTCTT-AAGTAGACATTCAATTATAATATATTTTAACTAAAAATATAAAAAAAT
* * * * * **********
53919 TTAACTTCAAATCAATTATGAGTTTATAAACCCATTTAAAGCGAGNNNNNNNNNNTTCGAAGG-T
194 TCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGCGAGTAATAATGCTTTCGAAGGCT
* * * * *
53983 ATGGGTGACTAT-AATGTACTTTTCTTGCTAATGAATGACTTTTTCTTCACGTTTCTTAAGACAA
259 -TGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGGCTTTTTCTTCACGTTTCTTAAGATAG
*
54047 ACATTTAATTATAATATA
323 ACATTCAATTATAATATA
* * * * * * * **
54065 TTTTAATGAGAAATATAAAAAAATTTAACTTAAAATTAATTGTGAGATTATCAAGCTTTTTAAAG
1 TTTTAATCAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAG
* * * * * * * *
54130 CGAGTAATAAT-TTTTCGATGGTATAGGTTACTATAAAAT-GACTTTTTTTGTCAATTAAAGG-T
66 CGAGTAATAATACTTTCGAAGGTATGGGTGACTAT-AAATGGACTTTTCTT-CCAATGAATGGCT
* * * * * * * **
54192 TTTTCTTCAAGTTTCTCAAGGTAAATATTCAGTTATAATCTGTTTTAACTAAAAACGTAAAAAAA
129 TTTTCTTCACGTTTCTTAA-GTAGACATTCAATTATAATATATTTTAACTAAAAATATAAAAAAA
* * * * **
54257 TTCAACTTAAAATCGATTATAAGATTATAAAACTATTTAAAGTGAGTAATAAAGCTTTTAAAGGC
193 TTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGCGAGTAATAATGCTTTCGAAGGC
* * * ** * * * *
54322 TTGAGTGACTATAATTGGACTTTTCATG--GTTGTAGATGGGTTTTGCTTCATGTTTCTTAAGGT
258 TTGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATG-A-ATGGCTTTTTCTTCACGTTTCTTAAGAT
********** * *
54385 NNNNNNNNNNTTATAATTTG
321 AGACATTCAATTATAATATA
* * * ** * * * * * *
54405 CTTTAACCAATAACGTGAAAAAACTCAACTCAAAATCAATTATGAGATTATCAAACTAATTAAAG
1 TTTTAATCAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAG
** * * * * * * * *
54470 CGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGTTTGAGTGACTATACATAGACCTTTCATGCCAA-CAGATGGC-
66 CGAGTAATAATACTTTCGAAGGTATGGGTGACTATAAATGGACTTTTC-TTCCAATGA-ATGGCT
* * * * * *
54533 TTTTCTTTCGA-GTTTCTTAAGGCAGACATTCAATTAGAATCTGTTTTAA-TAAAAATATTAAAC
129 TTTTC-TTC-ACGTTTCTTAA-GTAGACATTCAATTATAATATATTTTAACTAAAAATATAAAAA
* * * * * ** *
54596 AATTCAGCTTAAAGTTAATTATGATATTATAAAA-TCATTTATATTGTGTAATAATGCTTTCGAA
191 AATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACT-ATTTAAAGCGAGTAATAATGCTTTCGAA
* * ** * * * * * * *
54660 GGCATGGGTCACTATAAATAAACTTTAT-TTTCCAATGAAAGGCTTTTTCTTTAAGTTTTTTGAT
255 GGCTTGGGTGACTATAAATGGACTTT-TCTTGCCAATGAATGGCTTTTTCTTCACGTTTCTTAAG
*
54724 ATAGACATTCAATTATAATATG
319 ATAGACATTCAATTATAATATA
* * * * *
54746 TTTTAGTCAGAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGACATTATCAAACCATTTCAAA
1 TTTTAATCAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTT-AAA
*
54811 -CGAGTAATAATACTTTCGAAGGTATGGGTGACTATAAATGGA-TATTTTTTACCAATGAATAGG
65 GCGAGTAATAATACTTTCGAAGGTATGGGTGACTATAAATGGACT-TTTCTT-CCAATGAAT-GG
* * * * * * * * *
54874 -TCTTTCTTCACATTTCTCAAGGAAGACAATCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAACATAAAAA
127 CTTTTTCTTCACGTTTCTTAA-GTAGACATTCAATTATAATATATTTTAACTAAAAATAT-AAAA
* * * *
54938 AAATTCAACTTAAAATCAATTATGAAATTATAACACTAATTAAAGCGAGTAACAA-GACTTTCGA
190 AAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGCGAGTAATAATG-CTTTCGA
* * * * * * * * *
55002 AGGCTTAAGG-GATTATAAATGGACTTTTCGTGTCAACGGATGGCTTTTGCTTCAAGTTT-TTCT
254 AGGCTT-GGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGGCTTTTTCTTCACGTTTCTT-A
** *
55065 AGGCAGATATTCAATTATAATATA
317 AGATAGACATTCAATTATAATATA
********** * * * *
55089 TTTTAATNNNNNNNNNNAAAACATTTAACTTAAAATCAATTATAAGATTGTAAAACCATTTAAAG
1 TTTTAATCAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAG
* * * * *
55154 TGAGTAATAATGCTTTCAAAGGTATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTCTGAATGAATGACTT
66 CGAGTAATAATACTTTCGAAGGTATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTC-CAATGAATGGCTT
* * * * * * *
55219 TTTCTTCACGTTTCTCACACTAGACATTCAATTATAATACATTTTAACCATAAACATAAAAATAT
130 TTTCTTCACGTTTCTTA-AGTAGACATTCAATTATAATATATTTTAACTAAAAATATAAAAAAAT
* * * **
55284 TCAACTTAAAATCAATTATGATATTATAAAA-TCATTTAAAGTGAGTAATAAAG-TTTTTAATGG
194 TCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACT-ATTTAAAGCGAGTAATAATGCTTTCGAA-GG
* * * * * * * * *
55347 CATGGGTGACTATAAATGCACTTTTCTTACTAATGAATGGCTTTTTCTTCACATATGTCAAGACA
257 CTTGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGGCTTTTTCTTCACGTTTCTTAAGATA
* * * *
55412 AATATTCAATTATAATCTG
322 GACATTCAATTATAATATA
* * * * *
55431 TTTTAA-CTAAAAACATAAAAAAATTCAACTAAAAATCATTTATGAGACTATAAAACTATTTAAA
1 TTTTAATC-AAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAA
* * * * *
55495 GCGAGTAATAA-AGCTTTCGAAGGCT-TGAGTGACTATAAATGGGCTTTTCATGCTAACGAATGG
65 GCGAGTAATAATA-CTTTCGAAGG-TATGGGTGACTATAAATGGACTTTTC-TTCCAATGAATGG
* * *
55558 CTTTTGCTTCACGTTT-TTCAAGGTAGATATTTAATTATAATATATTTTAA-TAAAAA-ATATAA
127 CTTTTTCTTCACGTTTCTT-AA-GTAGACATTCAATTATAATATATTTTAACTAAAAATATA-AA
* * * ** * * *
55620 AAAATTAAAATTAAAATAAATTATGCTATTATAAAACCATTTGAAGCGAGTAATAATGCTTTTGA
189 AAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGCGAGTAATAATGCTTTCGA
* * * * ** * **
55685 AAG-TATGGGTGACTATAAATGCACTTTTCTTTCTAATGAATGATTTTTTCTTCATGTTTCTCGA
254 AGGCT-TGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGGCTTTTTCTTCACGTTTCTTAA
* * * * *
55749 GGTAAATATTCAATTATAATTTG
318 GATAGACATTCAATTATAATATA
* ** * * * * *
55772 TTTTAACCCTAAACAT-AAAAAATTAAACATAAAATCAATTATGAGATTCTAAAGCCATTTAAAG
1 TTTTAATCAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAG
** * * * *
55836 TAAGTAATAATGCTTTCTAAGGTATGGGTGACTATAAATAGACTTTTCTTGCTAATGAATGGCTT
66 CGAGTAATAATACTTTCGAAGGTATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTT-CCAATGAATGGCTT
* * * * * *
55901 TTTCTTCAC-TATTCTCAAGATAGACATTTAATTATAATCTGTTTTAACTAAAAACATAAAGAAA
130 TTTCTTCACGT-TTCTTAAG-TAGACATTCAATTATAATATATTTTAACTAAAAATATAAAAAAA
* * * * * *
55965 TTCAACTTAAAATCGATTATGAAATTATAACACCATTTAAAGC--G-AATAAGGCTTTTGAAGGC
193 TTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGCGAGTAATAATGCTTTCGAAGGC
* * * * * * * *
56027 TTGAGTGACTATAAATGGACTTTTCGCT-CCGACGAATGGCTTTTGCTTCATGTTTTTTGAG-TC
258 TTGGGTGACTATAAATGGACTTTTC-TTGCCAATGAATGGCTTTTTCTTCACGTTTCTTAAGAT-
* * * *
56090 AGATATGCAATTCTAATATG
321 AGACATTCAATTATAATATA
* * ** *
56110 TTGTAACCAAAAGCATAAAAAAATTCAGA-TTAAAATCAATTATGACATTATAAAA-CAGTTTAA
1 TTTTAATCAAAAATATAAAAAAATTCA-ACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCA-TTTAA
* * * * * * *
56173 AGCGAGTAATGATGCTTTCGAAGGCATGGGTGACTATAAATGCACTTTTTTTGCTAATGAAAGGC
64 AGCGAGTAATAATACTTTCGAAGGTATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTT-CCAATGAATGGC
* * * * * ** * ** * *
56238 TTCTCCTTCACATTTATCAAGGTAGACATTCAATTATAATCGATTTCAA-TCAACGATATAGAAC
128 TTTTTCTTCACGTTTCTTAA-GTAGACATTCAATTATAATATATTTTAACT-AAAAATATAAAAA
* * *
56302 AATTCAACTTGAAATTAATTATGAGATTATAAAA-TCGTTTAAAGCGAGTAATAATGCTTTCGAA
191 AATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACT-ATTTAAAGCGAGTAATAATGCTTTCGAA
* * *
56366 GG-TATGGGTGACTATAAATAGACTTTTCTTGCCAATGAAT-GATTTCTT-TTCATGTTTCTCT-
255 GGCT-TGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGGCTTT-TTCTTCACGTTTCT-TA
* *
56427 AGACAGACATTCAATTATAATCTA
317 AGATAGACATTCAATTATAATATA
* * * *
56451 TTTTAA-CTAAAAATGTAAAAAAATTCAACTT-CAATCAATTATGAGATTACAAAATCATTTAAA
1 TTTTAATC-AAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAA
* * * *
56514 GCGAGTAATAATACATTCGAAGGTATGGGTGCCTATAAATGAACTTTTCTTGCCAATGAAAGGCT
65 GCGAGTAATAATACTTTCGAAGGTATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTT-CCAATGAATGGCT
* * * * * * * * * ** * *
56579 TTTTCTTCATGTTTTCTGAGGCAGATAATCAACTATAATTTGTTTT-ACCCAAAATGTAAAACAA
129 TTTTCTTCACG-TTTCTTAAGTAGACATTCAATTATAATATATTTTAACTAAAAATATAAAAAAA
** * * * ** *
56643 TTCAGTTTAAAATCAATTTTGACATTATACAACTATTTAAAGCGAGTAATAATGCTTTTAAAAGC
193 TTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGCGAGTAATAATGCTTTCGAAGGC
* * * * * * **
56708 ATGGGTGACAATAAATGGACTTTTCTTCCCAATGAATGG-TTTTTCCTTCATGTTCCTTGAGGCA
258 TTGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGGCTTTTT-CTTCACGTTTCTTAAGATA
*
56772 GACACTT-AATTATAATCTA
322 GACA-TTCAATTATAATATA
* * ** * *
56791 ATCTAGCCAAAAACAT-AAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAA
1 TTTTAATCAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAG
* * * * * *
56855 C--GTAATAATACTTTTGAAAGCATGGGTGACTATAAATGCAGTTTTCTTGCTAATGAATGGCTT
66 CGAGTAATAATACTTTCGAAGGTATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTT-CCAATGAATGGCTT
* * * *
56918 TATCTTCACATTT-TCTAAG-ACAAGCATTCAATTATATTATATTTTAA-TAAAAGATATAAAAA
130 TTTCTTCACGTTTCT-TAAGTA-GA-CATTCAATTATAATATATTTTAACTAAAA-ATATAAAAA
* * * * *
56980 AGTT-AACTTAAAATTAATTATGATATTATAAAA-TCATTTAAAGCGAGTAATAATACTTTCAAA
191 AATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACT-ATTTAAAGCGAGTAATAATGCTTTCGAA
* * * * * * * *
57043 GG-TATGGGTGACTATATATGGACTTTACCTGCCAATGAAAGGTTTTTTCTCCACTTTTCTCAAG
255 GGCT-TGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGGCTTTTTCTTCACGTTTCTTAAG
* * *
57107 ATAAACATTCAATTATAATCTG
319 ATAGACATTCAATTATAATATA
* *
57129 TTTTAATCAAAACTATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCACTTAAAG
1 TTTTAATCAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAG
* * * * * * *
57194 AGAGTAATAATACTTTTGAAGGCATAGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTACCAATAAATAGTTT
66 CGAGTAATAATACTTTCGAAGGTATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTT-CCAATGAATGGCTT
** * * * * *
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130 TTTCTTCACGTTTCTT-AAGTAGACATTCAATTATAATATATTTTAACTAAAAATATAAAAAAAT
* * * * *
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194 TCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGCGAGTAATAATGCTTTCGAAGGCT
* * * * * * *
57387 ATGGGTGACTATAAATGTACTTTTCTTACTAATGAATCG-TTTTTCTTCATGTTTCTCAAGATAA
259 -TGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGGCTTTTTCTTCACGTTTCTTAAGATAG
57451 ACATTCAATTATAATATA
323 ACATTCAATTATAATATA
* *
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1 TTTTAATCAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAG
* * * * * *
57533 CGAGTAATAATACTTTCGAAAGTATAGGTGGCTATAAATGGACTTTACCTGCCAATGAAAGGCTT
66 CGAGTAATAATACTTTCGAAGGTATGGGTGACTATAAATGGACTTT-TCTTCCAATGAATGGCTT
* * * * * *
57598 TTT-TTGACGTTTCTCAAGATAGGCATTCAATTATAATCTGTTTTAA-TCAAAAATTTAAAAAAA
130 TTTCTTCACGTTTCTTAAG-TAGACATTCAATTATAATATATTTTAACT-AAAAATATAAAAAAA
* * * ** * *
57661 CTT-AACTTAAAATCAATTATGAGATTATACAACCACTTAAAGAAAGTAATATTACTTTCGAAGG
193 -TTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGCGAGTAATAATGCTTTCGAAGG
* * * * * * * ***
57725 CATAGGTCACTAT-AATGGACTTTTCTTACCAATAAATGGTTTTTTCTTCATGTTTCTTAAGGCG
257 CTTGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGGCTTTTTCTTCACGTTTCTTAAGATA
***
57789 GACAAAGAATTATAATATA
322 GACATTCAATTATAATATA
* * ** * * * *
57808 TTTTAACCCAAAACGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGACATTATAAACCCAATTAAAA
1 TTTTAATCAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAG
* * * * * * *
57873 CGAGTAATAAAACTGTCGAAGGTAAGGGTGACTATAAATGCACTTTTCTTGCTAATAAATCGCTT
66 CGAGTAATAATACTTTCGAAGGTATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTT-CCAATGAATGGCTT
* * * * * *
57938 TTTCTTCCCGTTTCTCAAGATAAATATTTAATTATAATATATTTTAA-TAAAAA-ATATAAAAAC
130 TTTCTTCACGTTTCTTAAG-TAGACATTCAATTATAATATATTTTAACTAAAAATATA-AAAAAA
* * * *
58001 TTTAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAACGAGTAATAATACTTTTGAAGG-
193 TTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGCGAGTAATAATGCTTTCGAAGGC
* * * * *
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258 T-TGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGGCT-TTTTCTTCACGTTTCTT-AAGA
* * *
58128 TAGATATTCAATTATAAGATG
320 TAGACATTCAATTATAATATA
* * * * *
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1 TTTTAATCAAA-AATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAA
* * * * *
58214 GCGTGTAATAATGCCTTCGAAGGTATGGGTGACTATAAATAGACTTTTCTTGCTAATGAATGGCT
65 GCGAGTAATAATACTTTCGAAGGTATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTT-CCAATGAATGGCT
* ** * * * * * *
58279 TTATCTTCTTGTTTCTCAAAAG-AAATATTCAAATATAATATCTTTTAA-TGAAAAATAT-TAAA
129 TTTTCTTCACGTTTCT--TAAGTAGACATTCAATTATAATATATTTTAACT-AAAAATATAAAAA
* *
58341 AATTCAACTTACAATCAATTATGAGATTATAAAA-TCATTTGAAA-CGAGTAATAATACTTTCGA
191 AATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACT-ATTT-AAAGCGAGTAATAATGCTTTCGA
** * * * * * * * *
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254 AGGCT-TGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGGCTTTTTCTTCACGTTTCTTAA
* *
58468 TATAGACATTCAATTATAATTTA
318 GATAGACATTCAATTATAATATA
*
58491 TTTTAATCAAAAATATAAAAAAATTTAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAG
1 TTTTAATCAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAG
* * * * * * *
58556 CGTGTAATAATGCTTTC-AGAGGCATGAGTGACTATAAATGTACTTTTTTTGCTAATGAATGGCT
66 CGAGTAATAATACTTTCGA-AGGTATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTT-CCAATGAATGGCT
* * ** * * *
58620 TTATCTTCATGTTTCGCAAGACAAACATTCAATT-TAATATATTTTAA-TAAAAA-ATATAAAAT
129 TTTTCTTCACGTTTCTTAAG-TAGACATTCAATTATAATATATTTTAACTAAAAATATA-AAAAA
* *
58682 ATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAATACTTTCGAAGG
192 ATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGCGAGTAATAATGCTTTCGAAGG
* * *
58747 -TATGGGTGACTATAAATGGACTTTACTTGCCAATGAAAGGCTTTTTCTTCACGTTTCTGAAGAT
257 CT-TGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGGCTTTTTCTTCACGTTTCTTAAGAT
* * *
58811 AGACATTCAACTATAATCTG
321 AGACATTCAATTATAATATA
* * *
58831 TTTTAATCAAAAATGTAAAAAAAATT-AACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTACTTAAA
1 TTTTAATCAAAAATAT-AAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAA
* * * ** * * * * * * *
58895 GAGAGTAATAATTCCTTCGAAGACATAGGTGCCTATAAATGGATTTTTTTTGCCAATAAAGGGTT
65 GCGAGTAATAATACTTTCGAAGGTATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTT-CCAATGAATGGCT
* * * *
58960 TTTTCTTCATGTTTCTTGAA-TCGGACAATCAATTATAATCTATTTTAAC
129 TTTTCTTCACGTTTCTT-AAGT-AGACATTCAATTATAATATATTTTAAC
59009 CNNNNNNNNN
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TTCTTCACGTTTCTTAAGTAGACATTCAATTATAATATATTTTAACTAAAAATATAAAAAAATTC
AACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGCGAGTAATAATGCTTTCGAAGGCTTG
GGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGGCTTTTTCTTCACGTTTCTTAAGATAGACA
TTCAATTATAATATA
Found at i:50584 original size:171 final size:171
Alignment explanation
Indices: 47250--50584 Score: 2866
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47240 CTTTTATTAC
* * * * * *
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* * * * * *
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** * * * * *
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* * * * *
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* * * * * * *
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* * * * *
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* * * * * * * *
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* * * *
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* * * * *
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* * *
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*
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* * * * *
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* * * * *
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* * * * ** * ** *
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** * * * *
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* * * *
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1 CAATTATAATCTATTTTAATCAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATA
* * * *
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* * * * ** *
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130 CCAATGAAAGGCTTTTTCTTCACGTTTTTCAAGATAGACATT
* * * * *
48274 CAATTATAATATATTTTAATAAAAAATATTAAAAAA-T-AACTTAAAATCAACTATAAGATTATA
1 CAATTATAATCTATTTTAATCAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATA
* * * * **
48337 AAACCATTTAAAGCAAGTAATAAT-ATTTTCAAAGGTATGGGTGACTATAAATAAACTTTTATCT
66 AAACCATTTAAAGCGAGTAATAATGCTTTT-GAAGGCATGGGTGACTATAAATGGAC-TTT-TCT
* * * * * * *
48401 T--TAATGAATGTCTTTTGCCTCTCG-TTTTCTAATATAGACATT
128 TGCCAATGAAAGGCTTTTTCTTCACGTTTTTC-AAGATAGACATT
* *
48443 CAATAATAATCTA-TTTAA-CAAGAAAGA-AAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTAT
1 CAATTATAATCTATTTTAATCAA-AAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTAT
* * * * * ** * ** **
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* *** * * * *
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130 CCAATGAAAGGCTTTTTCTTCACGTTTTTCAAGATAG-ACATT
* *
48612 CAATTATAATATATTTTAAT-AAAAGATATAAAAAAATTTAACTTAAAATCAATTATGAGATTAT
1 CAATTATAATCTATTTTAATCAAAA-ATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTAT
* * * * * * * *
48676 AAAACCATTTAAAGTGAATAACAATACTTTCGAAGGCATGAGTGACTATAAACGAACTTTTCTTG
65 AAAACCATTTAAAGCGAGTAATAATGCTTTTGAAGGCATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTG
* * ** *
48741 CCAATGAATA-GCTTTTTCTTCACATTTCTT-GAGGCAGACAAT
130 CCAATGAA-AGGCTTTTTCTTCACGTTT-TTCAAGATAGACATT
* * * * * *
48783 CAATTATAGTCTGTTTTAATCAAAAATGTAAAAAACTTCAGCTTAAAATCAATTATGACATTATA
1 CAATTATAATCTATTTTAATCAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATA
* * * *** * * *
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66 AAACCATTTAAAGCGAGTAATAATGCTTTTGAAGGCATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGC
* ** *
48913 CAATGAAAGACTTTTTCTTCACGTTTATT-AAGCCAGACAAT
131 CAATGAAAGGCTTTTTCTTCACGTTT-TTCAAGATAGACATT
* * *
48954 CAATTATAATCTATTTTAATAAAAAATATATAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATAAGATTATA
1 CAATTATAATCTATTTTAATCAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATA
* * * * *
49019 AAACCATTTAAAGCTAGTAATAATACCTTCGAAGGCATGGGTGACTATAAAT-CAGC-TTTCTTT
66 AAACCATTTAAAGCGAGTAATAATGCTTTTGAAGGCATGGGTGACTATAAATGGA-CTTTTC-TT
* * * * * *
49082 GCCGATTAATA-GTTTTTTCTTCATGTTTCTTGAGGCA-A-ACATT
129 GCCAATGAA-AGGCTTTTTCTTCACGTTT-TTCAAG-ATAGACATT
* *
49125 CAATTATAACCTATTTTAA-CAAAAACTATAAAACAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTAT
1 CAATTATAATCTATTTTAATCAAAAA-TATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTAT
* * * * * * *
49189 AAAACTATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCTTGAGTGACTATAAATAGACTTTTTTTA
65 AAAACCATTTAAAGCGAGTAATAATGCTTTTGAAGGCATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTG
* * * * * * * *
49254 CTAACGGATGGCTTTTTCTTCACGTTTATCGAGGTAGAGATT
130 CCAATGAAAGGCTTTTTCTTCACGTTTTTCAAGATAGACATT
* * * * * * * * *
49296 TAATTATAATATGTTTTAATAAAAAATGTAAAAACAAATTCTACTTGAAATCAATCATAAGATTA
1 CAATTATAATCTATTTTAATCAAAAATAT-AAAA-AAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTA
* * * * *
49361 TAAAACCATTTAAAGCAAGTAATAATGCTTTCGAAGGCATGGATTACTATAAATAGACTTTTCTT
64 TAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAATGCTTTTGAAGGCATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTT
*** * * **
49426 ATTAAT-AAATGGCTTTTTCTTCACATTTCTCAAGCCAGACATT
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* * * ** * * * *
49469 CAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAATCATTTAGCTTAAAATTAATTATGACATTATA
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* * * *
49534 AAACCATTTAAAGTGAGTAATAATGCTTTCGAAGGCATGGGTAACTATAAATGGACTTTTCTTAC
66 AAACCATTTAAAGCGAGTAATAATGCTTTTGAAGGCATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGC
* * * * *
49599 TAAT-AAATAGTTTTTTCTTCACATTTCTT-GAGATAGACATT
131 CAATGAAA-GGCTTTTTCTTCACGTTT-TTCAAGATAGACATT
* * *
49640 CAATTATAATCTGTTTTAA-CAATAAACATAAAAAAATTCAACTTAAAATTAATTATGAGATTAT
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* * * * * * * * * *
49704 AAAATCTTTTGAAGCGAGTAATAAAGCTTTTAAAGGCATGAGTAATTATAAATGGATTTTTCATG
65 AAAACCATTTAAAGCGAGTAATAATGCTTTTGAAGGCATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTG
* * * * * *
49769 CTAATGAATGGCTTTTTCTTTACGTTTGTCAAAACAGACATT
130 CCAATGAAAGGCTTTTTCTTCACGTTTTTCAAGATAGACATT
* * ** * *
49811 CAATTATAATTTGTTTTAA-CTAAAAACGTAAAAAAATTTAACTTAAAATCAATTATGAGACTAT
1 CAATTATAATCTATTTTAATC-AAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTAT
* ** * * * ** * *
49875 AAAACTATTTAAAGTTAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCTTAAGTGACTATAAATAGACTTTTCATG
65 AAAACCATTTAAAGCGAGTAATAATGCTTTTGAAGGCATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTG
* * * *
49940 CCAAT-AGATGGCTTTTGCTTCACATTTTT-AAGGTAGACATT
130 CCAATGA-AAGGCTTTTTCTTCACGTTTTTCAAGATAGACATT
* * * * *
49981 CAATTATAATATATTTTAATAAAAAATATAAAAAAACTT-AACTTAAAATCAATCATAAGAGTAT
1 CAATTATAATCTATTTTAATCAAAAATATAAAAAAA-TTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTAT
* * * *
50045 AAAACCATTTAAAGCGAGTAATAATACTTTTAAAGGTATAGGTGACTATAAATGGACTTTTCTT-
65 AAAACCATTTAAAGCGAGTAATAATGCTTTTGAAGGCATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTG
* * * ** * *
50109 CCAAACGAACGGCTTTTTCTTCACGTTTCTT-AGGCCAAACGTT
130 CC-AATGAAAGGCTTTTTCTTCACGTTT-TTCAAGATAGACATT
* * * * * * * *
50152 CAATTATAATATGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTTAGCTTAAAATTAATTATGACATTATA
1 CAATTATAATCTATTTTAATCAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATA
* * *
50217 AAATGC-TTTAAAGTGAGTAATAATGCTTTTGAAGGCATAGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTG
66 AAA-CCATTTAAAGCGAGTAATAATGCTTTTGAAGGCATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTG
* * * * *
50281 CTAATGAATGACTTTTTCTTCACGTTTCT-AGAGATAAACATT
130 CCAATGAAAGGCTTTTTCTTCACGTTTTTCA-AGATAGACATT
* * * * * * *
50323 CAATTATAATTTTTTTTAACCATAAATATAAAGAAATTCAAGTCAAAATCAATTATGAGATTATA
1 CAATTATAATCTATTTTAATCAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATA
* * * * * * * *
50388 AAATCATATAAAGTGAGTGATAATGCTTTTGATGGCATAGGTGACTACAAATGGACTTTACTTGC
66 AAACCATTTAAAGCGAGTAATAATGCTTTTGAAGGCATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGC
* * *
50453 CAATGAAAGGCTTTTTCTTTACGTTTTTCAATATAGATATT
131 CAATGAAAGGCTTTTTCTTCACGTTTTTCAAGATAGACATT
* * * *
50494 CAATTATAATCTATTTTAATCCAAAACATAAAAAAACTCAACTTAAAATCAATTATGAGAATATA
1 CAATTATAATCTATTTTAATCAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATA
* *
50559 AAACTATTTAAAACGAGTAATAATGC
66 AAACCATTTAAAGCGAGTAATAATGC
50585 ACTTTTCTTG
Statistics
Matches: 2572, Mismatches: 507, Indels: 171
0.79 0.16 0.05
Matches are distributed among these distances:
167 12 0.00
168 32 0.01
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ACGTcount: A:0.40, C:0.12, G:0.12, T:0.36
Consensus pattern (171 bp):
CAATTATAATCTATTTTAATCAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATA
AAACCATTTAAAGCGAGTAATAATGCTTTTGAAGGCATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGC
CAATGAAAGGCTTTTTCTTCACGTTTTTCAAGATAGACATT
Found at i:50608 original size:20 final size:21
Alignment explanation
Indices: 50576--50614 Score: 55
Period size: 21 Copynumber: 1.9 Consensus size: 21
50566 TTAAAACGAG
50576 TAATAATGCACTT-TTCTTGC
1 TAATAATGCACTTGTTCTTGC
50596 TAATGAATG-ACTTGTTCTT
1 TAAT-AATGCACTTGTTCTT
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Statistics
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* *** * * * * *
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* * * * * * * **
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* * * *
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* * * * *
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** * ** ** * * *
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* * * ** *
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* *
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* * * ** * * ** *
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* * * * * *
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* * * *
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* * * * * * *
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* ** * * *
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* * * * *
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* ** *
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*** * * *
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*
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** * * * *
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* *
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* * *
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* * * * *
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** * * *
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* * * *
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* * * ** *
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* * ** * *
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** * * *
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* * * * * **
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* *
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* * * * * *
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* * * * * *
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* * * *
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** * * * * * * *
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* * * *
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*
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* * * *
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* * *
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* *
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* * * * * * ** *
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* * * * *
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* * * * * ** *
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* * * * * *
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* * * * * ** ** * **
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******* * ** * * * *
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**********
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* * * * * * * * **
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* * * * * * * *
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* * ** *
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* * **** * * * * * **********
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* * * *
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* * * * * * * **
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*
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* * ******** * * * *
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* *
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* * * * *
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* * ** *
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124 CATTTAAAGCGAGTAATAATGCTTTCGAA-GGTATGGGTGACTATA
* * * ** * * * * *
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* * * * *
55426 ATCTGTTTTAACTAAAAACATAAAAAAATTCAACTAAAAATCATTTATGAGACTATAAAACTATT
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* *
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* * * * * * * * * *
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* * * * * * **
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* * *
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* * * ** * * * *
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** *
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* * * * *
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* * * * *
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1 AATGGACTTTTCTTGCCAATGAAGGCTTT-TTCTTCATGTTTCTCAAGATAGACATTCAATTATA
* * * *
56446 ATCTATTTTAACTAAAAATGTAAAAAAATTCAACTT-CAATCAATTATGAGATTACAAAATCATT
65 ATCTGTTTTAA-TAAAAAT-TAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATT
* * *
56510 TAAAGCGAGTAATAATACATTCGAAGGTATGGGTGCCTATA
128 TAAAGCGAGTAATAATGCTTTCGAAGGTATGGGTGACTATA
* * ** * * *
56551 AATGAACTTTTCTTGCCAATGAAAGGCTTTTTCTTCATGTTT-TCTGAGGCAGATAATCAACTAT
1 AATGGACTTTTCTTGCCAATG-AAGGCTTTTTCTTCATGTTTCTC-AAGATAGACATTCAATTAT
* *** * ** * * * *
56615 AATTTGTTTTACCCAAAATGTAAAACAATTCAGTTTAAAATCAATTTTGACATTATACAACTATT
64 AATCTGTTTTAATAAAAAT-TAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATT
** * * *
56680 TAAAGCGAGTAATAATGCTTTTAAAAGCATGGGTGACAATA
128 TAAAGCGAGTAATAATGCTTTCGAAGGTATGGGTGACTATA
* * ** **
56721 AATGGACTTTTCTTCCCAATGAATGG-TTTTTCCTTCATGTTCCTTGAGGCAGACACTT-AATTA
1 AATGGACTTTTCTTGCCAATGAA-GGCTTTTT-CTTCATGTTTCTCAAGATAGACA-TTCAATTA
** * ** *
56784 TAATCTAATCTAGCCAAAAA-CATAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCA
63 TAATCTGTTTTA-ATAAAAATTA-AAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCA
* * * * *
56848 TTTAAAAC--GTAATAATACTTTTGAAAGCATGGGTGACTATA
126 TTTAAAGCGAGTAATAATGCTTTCGAAGGTATGGGTGACTATA
* * * * *
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1 AATGGACTTTTCTTGCCAATGAA-GGCTTTTTCTT--CATGTTTCTCAAGATAGA-CATTCAATT
* * * * * * *
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62 ATAATCTGTTTTAATAAAA-AT-TAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACC
* *
57015 ATTTAAAGCGAGTAATAATACTTTCAAAGGTATGGGTGACTATA
125 ATTTAAAGCGAGTAATAATGCTTTCGAAGGTATGGGTGACTATA
* * * * * *
57059 TATGGACTTTACCTGCCAATGAAAGGTTTTTTCTCCACT-TTTCTCAAGATAAACATTCAATTAT
1 AATGGACTTTTCTTGCCAATG-AAGGCTTTTTCTTCA-TGTTTCTCAAGATAGACATTCAATTAT
* *
57123 AATCTGTTTTAATCAAAACTATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCAC
64 AATCTGTTTTAAT-AAAAAT-TAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCAT
* * * * *
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127 TTAAAGCGAGTAATAATGCTTTCGAAGGTATGGGTGACTATA
* * * * * * * *
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1 AATGGACTTTTCTTGCCAATGAA-GGCTTTTTCTTCATGTTTC-TCAAGATAGACATTCAATTAT
* * *
57294 AATCTATTTTAACTCAAAATGTAAAAAAA-TCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAACCCAT
64 AATCTGTTTTAA-TAAAAAT-TAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCAT
* * *
57358 TTAAAACGAGTAATAATACTTTTGAAGGTATGGGTGACTATA
127 TTAAAGCGAGTAATAATGCTTTCGAAGGTATGGGTGACTATA
* * * * *
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1 AATGGACTTTTCTTGCCAATGAAGGC-TTTTTCTTCATGTTTCTCAAGATAGACATTCAATTATA
* * *
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* * * *
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128 TAAAGCGAGTAATAATGCTTTCGAAGGTATGGGTGACTATA
* * * * *
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1 AATGGACTTTTCTTGCCAATG-AAGGCTTTTTCTTCATGTTTCTCAAGATAGACATTCAATTATA
* *
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65 ATCTGTTTTAAT-AAAAA-TTAAAAAAA-TTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCAT
** * * * * *
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127 TTAAAGCGAGTAATAATGCTTTCGAAGGTATGGGTGACTATA
* * * * *** ***
57738 AATGGACTTTTCTTACCAATAAATGGTTTTTTCTTCATGTTTCTTAAGGCGGACAAAGAATTATA
1 AATGGACTTTTCTTGCCAATGAA-GGCTTTTTCTTCATGTTTCTCAAGATAGACATTCAATTATA
* * * ** * * *
57803 ATATATTTTAACCCAAAACGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGACATTATAAACCCAAT
65 ATCTGTTTTAA--TAAAAATTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATT
* ** * *
57868 TAAAACGAGTAATAAAACTGTCGAAGGTAAGGGTGACTATA
128 TAAAGCGAGTAATAATGCTTTCGAAGGTATGGGTGACTATA
* * * * ** * * *
57909 AATGCACTTTTCTTGCTAATAAATCGCTTTTTCTTCCCGTTTCTCAAGATAAATATTTAATTATA
1 AATGGACTTTTCTTGCCAATGAA-GGCTTTTTCTTCATGTTTCTCAAGATAGACATTCAATTATA
* * * * * *
57974 ATATATTTTAATAAAAAATATAAAAACTTTAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTT
65 ATCTGTTTTAATAAAAATTA-AAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTT
* * * *
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* * * * * *
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1 AATGGACTTTTCTTGCCAATG-AAGGCT-TTTTCTTCATGTTTCTCAAGATAGACATTCAATTAT
** * * * *
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64 AATCTGTTTTAAT-AAA-AAT-TAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCA
* *
58208 TTTAAAGCGTGTAATAATGCCTTCGAAGGTATGGGTGACTATA
126 TTTAAAGCGAGTAATAATGCTTTCGAAGGTATGGGTGACTATA
* * * * * * * * *
58251 AATAGACTTTTCTTGCTAATGAATGGCTTTATCTTCTTGTTTCTCAAAAGAAATATTCAAATATA
1 AATGGACTTTTCTTGCCAATGAA-GGCTTTTTCTTCATGTTTCTCAAGATAGACATTCAATTATA
* * * * *
58316 ATATCTTTTAATGAAAAA-TATTAAAAATTCAACTTACAATCAATTATGAGATTATAAAATCATT
65 ATCTGTTTTAAT-AAAAATTA-AAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATT
* **
58380 TGAAA-CGAGTAATAATACTTTCGAAGGTATAAGTGACTATA
128 T-AAAGCGAGTAATAATGCTTTCGAAGGTATGGGTGACTATA
* * * * * * *
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1 AATGGACTTTTCTTGCCAATG-AAGGCTTTTTCTTCATGTTTCTCAAGATAGACATTCAATTATA
* * *
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65 ATCTGTTTTAAT-AAAAAT-TAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATT
* * *
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128 TAAAGCGAGTAATAATGCTTTCGA-AGGTATGGGTGACTATA
* * * * * * *
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1 AATGGACTTTTCTTGCCAATGAA-GGCTTTTTCTTCATGTTTCTCAAGATAGACATTCAATTATA
* * * *
58656 ATATATTTTAATAAAAAATATAAAATATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTT
65 ATCTGTTTTAATAAAAATTA-AAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTT
*
58721 AAAGCGAGTAATAATACTTTCGAAGGTATGGGTGACTATA
129 AAAGCGAGTAATAATGCTTTCGAAGGTATGGGTGACTATA
* * * *
58761 AATGGACTTTACTTGCCAATGAAAGGCTTTTTCTTCACGTTTCTGAAGATAGACATTCAACTATA
1 AATGGACTTTTCTTGCCAATG-AAGGCTTTTTCTTCATGTTTCTCAAGATAGACATTCAATTATA
* *
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* * * ** * *
58890 TTAAAGAGAGTAATAATTCCTTCGAAGACATAGGTGCCTATA
127 TTAAAGCGAGTAATAATGCTTTCGAAGGTATGGGTGACTATA
* * * * ** * *
58932 AATGGATTTTTTTTGCCAATAAAGGGTTTTTTCTTCATGTTTCTTGA-ATCGGACAATCAATTAT
1 AATGGACTTTTCTTGCCAATGAA-GGCTTTTTCTTCATGTTTCTCAAGAT-AGACATTCAATTAT
*
58996 AATCTATTTTAA
64 AATCTGTTTTAA
59008 CCNNNNNNNN
Statistics
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Matches are distributed among these distances:
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AATGGACTTTTCTTGCCAATGAAGGCTTTTTCTTCATGTTTCTCAAGATAGACATTCAATTATAA
TCTGTTTTAATAAAAATTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAA
AGCGAGTAATAATGCTTTCGAAGGTATGGGTGACTATA
Found at i:58963 original size:20 final size:21
Alignment explanation
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Period size: 21 Copynumber: 2.0 Consensus size: 21
58914 AAGACATAGG
*
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*
58945 TGCCAATAAA-GGGTTTTTT
1 TGCCAATAAATGGATTTTTT
58964 CTTCATGTTT
Statistics
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Matches are distributed among these distances:
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Consensus pattern (21 bp):
TGCCAATAAATGGATTTTTTT
Found at i:60348 original size:170 final size:172
Alignment explanation
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59740 TTAGCTTGAG
* * * * * * *
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** * * *
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* * * * *
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* * * * * * *
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* ********** *
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* *
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* * * * * * * *
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* * *
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64 AAGCATTATTACTTGCTTTAAATAGTTTTATAATCTTATAATTGATTTCAAGTTGAATTGTTTTA
* * ** *
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129 -TCATTTTTTATTAAAATAGATTATAATTGAATGTTTACCTCAAT
* *
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* * *
60330 GCATTATTACTTGCTTTAAATAGTTTTATAATATCATAATTGATTTCAAGCTGAA
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60385 GTTTTTNNNN
Statistics
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Matches are distributed among these distances:
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AAACGTGAAGAAAAAGTCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCTATGCCTTTGAAA
GCATTATTACTTGCTTTAAATAGTTTTATAATCTTATAATTGATTTCAAGTTGAATTGTTTTATC
ATTTTTTATTAAAATAGATTATAATTGAATGTTTACCTCAAT
Found at i:62244 original size:170 final size:170
Alignment explanation
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61678 ATCTGTTGGT
* * * *
61688 AAGAAAAGTCTATTTCTAGACACCCTTGCCATCGAAAGCATTATTACTCACTTTAAATGATTTTA
1 AAGAAAAGTCTATTTATAGTCACCCATGCCTTCGAAAGCATTATTACTCACTTTAAATGATTTTA
** * * * * * * *
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* * * * *
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* * * * * * **
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* * *
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* * * * * * *
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* * *** ** ** *
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1 AAGAAAAGTCTATTTATAGTCACCCATGCCTTCGAAAGCATTATTACTCACTTTAAATGATTTTA
* * *
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* * * ** *
62158 TGTTTTCCTCAAGAAATGTGATGAAAAAGCCATTCATTCGA
131 TGTCTGCCTCAAAAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATT-GA
* * * *
62199 AAGAAAAGTCTATTTATATTTACCCATGCCTTCGAAAGCATTATTACTCACTTTGAATGGTTTTA
1 AAGAAAAGTCTATTTATAGTCACCCATGCCTTCGAAAGCATTATTACTCACTTTAAATGATTTTA
* *
62264 TAATCTCATAATTGAGTTTAAGTTAAA-TTTTTTAAAGTTTTTGATTAAAACAGATTATAATTGA
66 TAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTACA-TTTTTGATTAAAACAGATTATAATTGA
** **
62328 ATGTCTGCCTTGAAAAACATGGTGAAAAAGCC
130 ATGTCTGCCTCAAAAAACATGAAGAAAAAGCC
62360 TTTCNNNNNN
Statistics
Matches: 398, Mismatches: 92, Indels: 23
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Matches are distributed among these distances:
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TAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTACATTTTTGATTAAAACAGATTATAATTGAA
TGTCTGCCTCAAAAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGA
Found at i:64789 original size:171 final size:169
Alignment explanation
Indices: 64543--64979 Score: 559
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64533 NNNNTTAATA
* * * *
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1 AAAAACATAAAAAAATTT-AACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGAGAGTAA
* *
64608 TAATGCTTCCGAAGGCATGGGTAACTAAAAATACACTTTTCTTATTAATGAATGGCTTTTTCTTC
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* *
64673 ACATTTCTCAAGGCAAACATTCAATTAAAATTTGTTCTAGCC
128 ACATTTCTCAAGACAAACATTCAATTAAAATCTGTTCTAGCC
* * *
64715 AAAAACATAAAAAAATTTAACTTGAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGTGAGTAAT
1 AAAAACATAAAAAAATTTAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGAGAGTAAT
* * ** **
64780 AATGCTTCCGAAGGCATGAGTTACTATAATGGACTTTTCTTGTAATGAATGGCTTTTTCTTCATG
66 AATGCTTCCGAAGGCATGAGTAACTAAAATACACTTTTCTTGTAATGAATGGCTTTTTCTTCACA
* * * *
64845 TTTCTTAAGATAAACATTCAATTATAATCTGTTTTAGCC
131 TTTCTCAAGACAAACATTCAATTAAAATCTGTTCTAGCC
* * * * * *
64884 AAAAACGTAAATAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAACACCATCTAGAGAGAGTAAT
1 AAAAACATAAAAAAATTTAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGAGAGTAAT
* * * *
64949 AAGGCTTTCGAAGGCTTGAGTGACTATAAAT
66 AATGCTTCCGAAGGCATGAGTAACTA-AAAT
64980 GGACTTTTTG
Statistics
Matches: 230, Mismatches: 34, Indels: 4
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Matches are distributed among these distances:
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ACGTcount: A:0.41, C:0.13, G:0.13, T:0.34
Consensus pattern (169 bp):
AAAAACATAAAAAAATTTAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGAGAGTAAT
AATGCTTCCGAAGGCATGAGTAACTAAAATACACTTTTCTTGTAATGAATGGCTTTTTCTTCACA
TTTCTCAAGACAAACATTCAATTAAAATCTGTTCTAGCC
Found at i:64914 original size:169 final size:169
Alignment explanation
Indices: 64550--65102 Score: 592
Period size: 171 Copynumber: 3.2 Consensus size: 169
64540 ATAAAAAATA
* * *
64550 TAAAAAAATTTCAACTTAAAATTAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAATAATAATGCT
1 TAAAAAAA-TTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGAGAGTAATAATGCT
* * ** * **
64615 TCCGAAGGCATGGGTAACTAAAAATACACTTTTCTTATTAATGAATGGCTTTTTCTTCACATTTC
65 TCCGAAGGCATGAGTAACT-ATAATGGACTTTTCTT-GTAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTC
* * * * *
64680 TCAAGGCAAACATTCAATTAAAATTTGTTCTAGCCAAAAACA
128 TTAAGGTAAACATTCAATTAAAATCTGTTTTAGCCAAAAACG
* * * *
64722 TAAAAAAATTTAACTTGAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGTGAGTAATAATGCTT
1 TAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGAGAGTAATAATGCTT
*
64787 CCGAAGGCATGAGTTACTATAATGGACTTTTCTTGTAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTCTTA
66 CCGAAGGCATGAGTAACTATAATGGACTTTTCTTGTAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTCTTA
* *
64852 AGATAAACATTCAATTATAATCTGTTTTAGCCAAAAACG
131 AGGTAAACATTCAATTAAAATCTGTTTTAGCCAAAAACG
* * * * *
64891 TAAATAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAACACCATCTAGAGAGAGTAATAAGGCTT
1 TAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGAGAGTAATAATGCTT
* * * * * * *
64956 TCGAAGGCTTGAGTGACTATAAATGGAC-TTT-TTGCCCCAA-CAGATGGGTTTTGCTTCATGTT
66 CCGAAGGCATGAGTAACTAT-AATGGACTTTTCTTG---TAATGA-ATGGCTTTTTCTTCATGTT
* * * * * * *
65018 TTTTGAGGTAGATATTCAATTACACTCTGTTTTAAG-CAAAAATG
126 TCTTAAGGTAAACATTCAATTAAAATCTGTTTT-AGCCAAAAACG
* * * *
65062 TAAAATAATTCAGCTTAAAATCAATTATGACATTGTAAAAC
1 TAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAAC
65103 TGTTGAAGTC
Statistics
Matches: 324, Mismatches: 51, Indels: 13
0.84 0.13 0.03
Matches are distributed among these distances:
168 3 0.01
169 136 0.42
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171 154 0.48
172 10 0.03
ACGTcount: A:0.39, C:0.14, G:0.13, T:0.35
Consensus pattern (169 bp):
TAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGAGAGTAATAATGCTT
CCGAAGGCATGAGTAACTATAATGGACTTTTCTTGTAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTCTTA
AGGTAAACATTCAATTAAAATCTGTTTTAGCCAAAAACG
Done.