Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: NW_018397943.1 Herrania umbratica cultivar Fairchild unplaced genomic scaffold, ASM216827v2 scaffold_1247.0, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000
Length: 7469
ACGTcount: A:0.30, C:0.13, G:0.14, T:0.36
Warning! 568 characters in sequence are not A, C, G, or T
Found at i:467 original size:172 final size:171
Alignment explanation
Indices: 6--3808 Score: 2372
Period size: 171 Copynumber: 22.4 Consensus size: 171
1 TATAC
* * *
6 CAAAAGCCATCCA-TAGGAAAAAAAAGTCCATTTGTAGTCACTCAAGCCTTTGAAAGCCTTATTA
1 CAAAAGCCATCCATTA-GAGAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGCCTTTGAAAGCCTTATTA
* * * ** * *
70 CTCGGTTTAAATGGTTTCATATCCTTTTAATTGATTTGAAGTTGGATTTTTTTACATTTTTAGTT
65 CTCGCTTTAAATGGTTTTATATTCTCATAATTGATTTTAAGTTGGATTTTTTTACATTTTTGGTT
* * * ** *
135 AAAATTTGTTATAATGGAATCTCTGCCCCAAGAAAC-GTGAAG
130 AAAATATGTTATAATTGAATGTCTGCTTC-AGGAACTGTGAAG
* * * * * * * *
177 CAAAAACCATCTATTGGAGCGAAACGTCCATTTATATTCACTCAAGTCGTTGAAAGCCTTATTAC
1 CAAAAGCCATCCATTAGAGAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGCCTTTGAAAGCCTTATTAC
* * * * * * * *
242 TAGCCTCAAATAGTTTTGTATTCTCATAATTGATTTAAAGTTGGATGTTTTTACATTTTTGGCTA
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307 AAATATGTTATAATTGAATGTCTGCTTCAGGAACTGTGAAG
131 AAATATGTTATAATTGAATGTCTGCTTCAGGAACTGTGAAG
* * * * * * *
348 CACATGGCATCCATTAGAGAGAAAAGTCTATTTATAGTTACACAAGCCTTTTAAAAGCCTTATTA
1 CAAAAGCCATCCATTAGAGAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGCC-TTTGAAAGCCTTATTA
* *
413 CTCGCTTTAAATGGTTTTATATTCTCATAATTGATTTTAAGTTAGATTTTTTTACATTTATGGTT
65 CTCGCTTTAAATGGTTTTATATTCTCATAATTGATTTTAAGTTGGATTTTTTTACATTTTTGGTT
* * * * * *
478 AAAAAATGTTATAATTGGATGTCTTCCTT-GGGAAATGTGAAT
130 AAAATATGTTATAATTGAATGTC-TGCTTCAGGAACTGTGAAG
* * * * *
520 CAAAGGCCATCCA-TAGGAGAGAAAAGTCCATTTGTAGTCACTCTAGCCTTTAAAAGTCTTATTA
1 CAAAAGCCATCCATTA-GAGAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGCCTTTGAAAGCCTTATTA
* * * ** * *
584 CTCGATTTAAATGGTTTTATATCCTCTTAATTGA-TTTAAGGTTAAATTTTTTTTACGTTTTTGA
65 CTCGCTTTAAATGGTTTTATATTCTCATAATTGATTTTAA-GTTGGA-TTTTTTTACATTTTTGG
* * * * * * *
648 TTAAAATTTATTATAATGGCATCTCTGCCTC-GAGAAATGTGAAG
128 TTAAAATATGTTATAATTGAATGTCTGCTTCAG-GAACTGTGAAG
* * * * * *
692 CAAAATCCATCTATTGGAGTGAAACA-TCTATTTATATTCACTCAAGCCTTTGAAAGCCTTATTA
1 CAAAAGCCATCCATTAGAGAGAAA-AGTCCATTTATAGTCACTCAAGCCTTTGAAAGCCTTATTA
* * * * * **
756 CTCGCCTTAAATGGTTTTGTATTCACATAATAT-ATTTAAAGTTGGATGTTTTTACA-TTTTGAC
65 CTCGCTTTAAATGGTTTTATATTCTCATAAT-TGATTTTAAGTTGGATTTTTTTACATTTTTGGT
* *
819 TAAAATATGTTATAATTGAATGTCTACTTCAGGAACCGTGAAG
129 TAAAATATGTTATAATTGAATGTCTGCTTCAGGAACTGTGAAG
* * *
862 CAAATGCCATCCATTAGAGAGAAAAGTCTATTTATAGTCACACAAGCCTTTGAAAGCCTTATTAC
1 CAAAAGCCATCCATTAGAGAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGCCTTTGAAAGCCTTATTAC
** * *
927 TCGCTTTAAATGGTTTTATATTCTCATAATTGATTTTTAAGTTATATTTTTTTACATTTATAGTT
66 TCGCTTTAAATGGTTTTATATTCTCATAATTGA-TTTTAAGTTGGATTTTTTTACATTTTTGGTT
* * * * **
992 AAAATATATTATAATTGAATGTCTACTT-TGGAAAATGCAAAG
130 AAAATATGTTATAATTGAATGTCTGCTTCAGG-AACTGTGAAG
** * * * *
1034 CAAAAGCCATCCATGGGA-AGAAAAGTCTATTTATAGTCACTTAAGCCTTTGATAGCCTTATTAT
1 CAAAAGCCATCCATTAGAGAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGCCTTTGAAAGCCTTATTAC
* * * *
1098 TCGATTTAAATAGTTTTATATTCTCATAATTGATTTGAAGTTGGATTTTTTTTCATTTTTGGTTA
66 TCGCTTTAAATGGTTTTATATTCTCATAATTGATTTTAAGTTGGATTTTTTTACATTTTTGGTTA
* * * *
1163 AAATTTGTTATAATTGAATCTTTGCCTT-AGGAAAC-GTAAAG
131 AAATATGTTATAATTGAATGTCTG-CTTCAGG-AACTGTGAAG
* * * * *
1204 TAAAAGCCATCCATT-GA-ATGGAAAAGCCCATTTATAGTCAATCAAGCCTTTGAATGGCTTATT
1 CAAAAGCCATCCATTAGAGA--GAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGCCTTTGAAAGCCTTATT
* * * * *
1267 ACTCGCTATAAATGGTTTTATATTCACATAATCGATTTTAAGTTGCATTTTTTTATACTTTTT-G
64 ACTCGCTTTAAATGGTTTTATATTCTCATAATTGATTTTAAGTTGGATTTTTTTACA-TTTTTGG
* * * *
1331 TTAAAATCTGTTATAATTGAATGTTTACCTT--GGAAAAC-ATGAAG
128 TTAAAATATGTTATAATTGAATGTCT-GCTTCAGG--AACTGTGAAG
* * * * ** * *
1375 CAAAAGCTAGCCATTTGAGAGAAAAATCCATTTATAGTTGCTCAACCCTTTAAAAGCCTTATTAC
1 CAAAAGCCATCCATTAGAGAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGCCTTTGAAAGCCTTATTAC
** ** *
1440 TTACTTTAAATGGTTTTATATTCTCATAATTGGCTTTAAGTTGGAGTTTTTTACATTTTTGGTTA
66 TCGCTTTAAATGGTTTTATATTCTCATAATTGATTTTAAGTTGGATTTTTTTACATTTTTGGTTA
* * * * * * *
1505 GAATATGTTATAATTGACTCTCTACCTCAAGAAATGTGAAG
131 AAATATGTTATAATTGAATGTCTGCTTCAGGAACTGTGAAG
** * * *
1546 CAAAAGCCATCCATTAGAGAGAAAAGTGTACTGATAGTCACTCAAGCGTTTGAAAGCCTTATTAC
1 CAAAAGCCATCCATTAGAGAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGCCTTTGAAAGCCTTATTAC
** * * * *
1611 TTACTTTAAACGGTTTTGTATTATCATAATTGATTTTAAGTTGGATTGTTTTTCCATTTTTGGTT
66 TCGCTTTAAATGGTTTTATATTCTCATAATTGATTTTAAGTTGGATT-TTTTTACATTTTTGGTT
* * * * *
1676 AATATATGTTATAATTGAATGTTTTCCTTGA-GACAC-ATGAAG
130 AAAATATGTTATAATTGAATG-TCTGCTTCAGGA-ACTGTGAAG
* * * * *
1718 CGAAAGCCATCCATTGGAGAGAAAAGTCCATTTATAATCACTCAAGCCTTTAAAAGCTTTATTAC
1 CAAAAGCCATCCATTAGAGAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGCCTTTGAAAGCCTTATTAC
** * *
1783 TCGCTTTAAATAATTTTATATTCTCATAATTG-TTTTGATGTTGGACTTTTGTTT-CATTTTTAG
66 TCGCTTTAAATGGTTTTATATTCTCATAATTGATTTT-AAGTTGGA-TTTT-TTTACATTTTTGG
* ** *
1846 TTAAAATATGTTGTAATTGAATGTAAGCCTT-GGGAAAC-GTGAAG
128 TTAAAATATGTTATAATTGAATGTCTG-CTTCAGG-AACTGTGAAG
* * ** * * *
1890 CAAAAGCCATCCATT-GAAGAGAGAAGTCAATTTATAGTTGCTAAAGCTTTTGAAAGCCTTATTG
1 CAAAAGCCATCCATTAG-AGAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGCCTTTGAAAGCCTTATTA
* * *
1954 CTCGCTTTAAATGGTTTTATATTCTCATAATTGCTTTTAAGTAGGATTTTTTTACATTTTTGATT
65 CTCGCTTTAAATGGTTTTATATTCTCATAATTGATTTTAAGTTGGATTTTTTTACATTTTTGGTT
* * ** * * **
2019 AAAATATGTTGTAATTGAACGTCCACCTCAGGAAGTGCAAAG
130 AAAATATGTTATAATTGAATGTCTGCTTCAGGAACTGTGAAG
*** * *
2061 CATTTG-CATCCA-TAGGAGAGAAAAGTCTATTTATAGTCACTCAAGCTTTTGAAAGCCTTATTA
1 CAAAAGCCATCCATTA-GAGAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGCCTTTGAAAGCCTTATTA
* ** * * * * **
2124 CTCGATTTAAATAATTTTATACTCTCATAATTGA-TTTGAGTTGGATATTTTTATATTTTTAATT
65 CTCGCTTTAAATGGTTTTATATTCTCATAATTGATTTTAAGTTGGATTTTTTTACATTTTTGGTT
* * * * **
2188 AAAATTTATTATAATTGAATGTCTTCTTTAGGAAAC-AAGAAG
130 AAAATATGTTATAATTGAATGTCTGCTTCAGG-AACTGTGAAG
* * * * * * ** * * ** * *
2230 TAAAAGCCTTCCATTTGAGTA-AAAAATTCATTTATAGTCACTTTAAAGGGTTTTATATTCTCAA
1 CAAAAGCCATCCATTAGAG-AGAAAAGTCCATTTATAGTCAC--TCAAGCCTTTGAAAGCCTTAT
* * * * ** * * ** ** * *
2294 AATTC-ATTTTAA--GTTGCATATT-T-TTACA-T--TTTT-GGTTAAAATATGCTATA-ATTGA
63 TACTCGCTTTAAATGGTTTTATATTCTCATA-ATTGATTTTAAGTT-GGAT-TTTTTTACATT-T
* ** ** * * * *** *
2349 AT-GTCT-ACCT-TGGGA-AATTTG-AGGCAACAGC--CATCCATTG-GCAAG
124 TTGGT-TAAAATATGTTATAA-TTGAATG--TCTGCTTCAGGAACTGTG-AAG
** ** *** * * * ** *
2394 -AAAAGCCATTTA-TAGTCACTCAAG-CC-TTTGAAAAGCCTTATTACTTG-CTTT-AAATG-GT
1 CAAAAGCCATCCATTAGAGAGAAAAGTCCATTT--ATAG--TCACT-CAAGCCTTTGAAA-GCCT
* * * * * * * * ** **
2452 TTTATACTCTC-GTAATTGATTTTA-A-GCT-A-GATT-TTTTTACA-TT---TTTAGTTA-AAA
60 TAT-TACTCGCTTTAAATGGTTTTATATTCTCATAATTGATTTTA-AGTTGGATTTTTTTACATT
* * ** * * *
2506 TCT-GTTATAAT-TG----AA-TGTTTGTCT--TACAGAAACATGAAGCAA-
123 TTTGGTTAAAATATGTTATAATTGAATGTCTGCTTCAGGAAC-TG-TG-AAG
* * * * ** *** * * * * *
2548 -AAGCTATCTAT-TA-TAGAGA-AAAGTTTATTTATAGTCGCTCAAACCTTTGAAACCCTTAGTA
1 CAA--AAGCCATCCATTAGAGAGAAAAGTCCATT-TA-TAG-TC--A-C--T-CAAGCCTTTGAA
** * * * * * * * * * * *
2609 CTCGC-TATAAAT-GGTTT-TAT-GTTCTCATAAT-TAAT-TTTGA-GTT-AGAT---TTTT-TC
55 AGC-CTTATTACTCGCTTTAAATGGTT-TTATATTCTCATAATTGATTTTAAGTTGGATTTTTTT
** * * * * *
2662 ACATTTTTGGTTCGAATATGTCATAATTGAATGCCTACCTT-GGGAAATGTGAAG
118 ACATTTTTGGTTAAAATATGTTATAATTGAATGTCT-GCTTCAGGAACTGTGAAG
* * *
2716 CAAAAGCCATCCA-TAGGAGAGAAAAGTACATTTATAGTCACTTAAACCTTTGAAAGCCTTATTA
1 CAAAAGCCATCCATTA-GAGAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGCCTTTGAAAGCCTTATTA
* * * *
2780 CAT-GCTTTAAAAGGTTTTATATTCTCATAATTGATTTTAAGTGGGATTTTTTTATAGTTTTGGT
65 C-TCGCTTTAAATGGTTTTATATTCTCATAATTGATTTTAAGTTGGATTTTTTTACATTTTTGGT
* * *
2844 TAAAATATCTTATAATTGAATGCCTGCCTT-AGGAAAC-ATGAAG
129 TAAAATATGTTATAATTGAATGTCTG-CTTCAGG-AACTGTGAAG
* * * * * *
2887 CAAAAGCTATCCAATGGAGAGAAAAGTCCAGTCATAGTCACTCAAGCTTTTGAAAGCCTTATTAC
1 CAAAAGCCATCCATTAGAGAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGCCTTTGAAAGCCTTATTAC
* * * * * * * *
2952 TCCCTTTGAATGGTTTTATATTCTCATAATCGATTTGAAGTTGAAATTTTTTACAGTTTTGATTA
66 TCGCTTTAAATGGTTTTATATTCTCATAATTGATTTTAAGTTGGATTTTTTTACATTTTTGGTTA
* * *
3017 AAATATGTTATAATTGATTGTCTG-TCTCGGGAAATGTGAAG
131 AAATATGTTATAATTGAATGTCTGCT-TCAGGAACTGTGAAG
* ** * ** *
3058 CAAAAGCTATCCATGGGAGAGAAAAGTCTATTTATTTTCACTTAAGCCTTTGAAAGCCTTATTAC
1 CAAAAGCCATCCATTAGAGAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGCCTTTGAAAGCCTTATTAC
* * * * *
3123 TCGCTTTAAATAGTTTTATATTTTCATAATTTATTTTAAGTTGG-GTTTTTCACATTTTTTGGTT
66 TCGCTTTAAATGGTTTTATATTCTCATAATTGATTTTAAGTTGGATTTTTTTACA-TTTTTGGTT
* * * * * * *
3187 AAAATTTGTTATAATTAAATGTTTGCCTC-GAAAAATGTGAAA
130 AAAATATGTTATAATTGAATGTCTGCTTCAG-GAACTGTGAAG
* * * * *
3229 CAAAAGCCA-CCTATTAAAGAGTAAAGTCTATTTACAGTCACTCAAGCCTTTGAATGCCTTATTA
1 CAAAAGCCATCC-ATTAGAGAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGCCTTTGAAAGCCTTATTA
* * * * * * *
3293 CTCGTTTTAAATAG-TTTGTATTCACATAATTGATTTTAAGATGG-TTTTTTTCACAATTTTAGT
65 CTCGCTTTAAATGGTTTTATATTCTCATAATTGATTTTAAGTTGGATTTTTTT-ACATTTTTGGT
* * * *
3356 TAAAATATGTTATAATTGAATGTCTGCCTCGGGAGAC-GTTATG
129 TAAAATATGTTATAATTGAATGTCTGCTTCAGGA-ACTGTGAAG
* *
3399 CAAAAGCCATCCATTAGAGAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAATCCTTTGAAAGCCCTATTAC
1 CAAAAGCCATCCATTAGAGAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGCCTTTGAAAGCCTTATTAC
* ** *
3464 TCACTTTAAATTATTTTATATTCTCATAATTGATTTTAAGTTGGATTTTTTTACATTTATGGTTA
66 TCGCTTTAAATGGTTTTATATTCTCATAATTGATTTTAAGTTGGATTTTTTTACATTTTTGGTTA
* * * * *
3529 AAAAATGTTATAATTGAATGTCTTCCTT-GGGAAATGTGAAC
131 AAATATGTTATAATTGAATGTC-TGCTTCAGGAACTGTGAAG
* * * *
3570 CAAAGGCCATCCA-TAGGAGAGAAAAGTCCATTTGTAGTCACTCAAGCCTTTAAAAGTCTTATTA
1 CAAAAGCCATCCATTA-GAGAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGCCTTTGAAAGCCTTATTA
* * * * * ** * *
3634 CTCGATTTAAATGGTTTTATATCCTCTTAATTGATTTGAGGTTCAATTTTTTTATATTTTTGATT
65 CTCGCTTTAAATGGTTTTATATTCTCATAATTGATTTTAAGTTGGATTTTTTTACATTTTTGGTT
* * * * * *
3699 AAAATTTATTATAATGGAATCTCT-ATCTCGAGAAAC-GTGAAG
130 AAAATATGTTATAATTGAATGTCTGCT-TC-AGGAACTGTGAAG
* * * * * *
3741 CAAAAGCCATCTATTGGTGTGAAACA-TCCATTTATATTCACTCAAGCCTCTGAAAGCCTTATTA
1 CAAAAGCCATCCATTAGAGAGAAA-AGTCCATTTATAGTCACTCAAGCCTTTGAAAGCCTTATTA
3805 CTCG
65 CTCG
3809 TCGTAAATGA
Statistics
Matches: 2791, Mismatches: 678, Indels: 326
0.74 0.18 0.09
Matches are distributed among these distances:
152 4 0.00
153 4 0.00
154 4 0.00
155 15 0.01
156 7 0.00
157 3 0.00
158 6 0.00
159 6 0.00
160 12 0.00
161 34 0.01
162 37 0.01
163 26 0.01
164 22 0.01
165 13 0.00
166 15 0.01
167 20 0.01
168 14 0.01
169 78 0.03
170 480 0.17
171 1353 0.48
172 610 0.22
173 28 0.01
ACGTcount: A:0.32, C:0.14, G:0.15, T:0.39
Consensus pattern (171 bp):
CAAAAGCCATCCATTAGAGAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGCCTTTGAAAGCCTTATTAC
TCGCTTTAAATGGTTTTATATTCTCATAATTGATTTTAAGTTGGATTTTTTTACATTTTTGGTTA
AAATATGTTATAATTGAATGTCTGCTTCAGGAACTGTGAAG
Found at i:928 original size:342 final size:339
Alignment explanation
Indices: 6--3808 Score: 3146
Period size: 342 Copynumber: 11.2 Consensus size: 339
1 TATAC
* * * * * *
6 CAAAAGCCATCCATAGGAAAAAAAAGTCCATTTGTAGTCACTCAAGCCTTTGAAAGCCTTATTAC
1 CAAAAGCCATCCATTGGAGAGAAAAGTCTATTTATATTCACTCAAGCCTTTGAAAGCCTTATTAC
* * * ** * *
71 TCGGTTTAAATGGTTTCATATCCTTTTAATTGATTTGAAGTTGGATTTTTTTACATTTTTAGTTA
66 TCGCTTTAAATGGTTTTATATTCTCATAATTGATTTTAAGTTGGATTTTTTTACA-TTTTGGTTA
* * * ** * * * * *
136 AAATTTGTTATAATGGAATCTCTGCCCCAAGAAACGTGAAGCAAAAACCATCTATTGGAGCGAAA
130 AAATATGTTATAATTGAATGTCT-CCTTAGGAAACGTGAAGCAAAAGCCATCCATTAGAGAGAAA
* * * * * * * * *
201 CGTCCATTTATATTCACTCAAGTCGTTGAAAGCCTTATTACTAGCCTCAAATAGTTTTGTATTCT
194 AGTCCATTTATAGTCACTCAAGCCTTTGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATATTCT
* * ** *
266 CATAATTGATTTAAAGTTGGATGTTTTTACATTTTTGGCTAAAATATGTTATAATTGAATGTCTG
259 CATAATTGATTT-AAGTTAGATTTTTTTACATTTTTGATTAAAATATGTTATAATTGAATGTCTA
* *
331 CTTC-AGGAACTGTGAAG
323 CCTCGA-GAAATGTGAAG
* * * * * *
348 CACATGGCATCCATTAGAGAGAAAAGTCTATTTATAGTT-ACACAAGCCTTTTAAAAGCCTTATT
1 CAAAAGCCATCCATTGGAGAGAAAAGTCTATTTATA-TTCACTCAAGCC-TTTGAAAGCCTTATT
*
412 ACTCGCTTTAAATGGTTTTATATTCTCATAATTGATTTTAAGTTAGATTTTTTTACATTTATGGT
64 ACTCGCTTTAAATGGTTTTATATTCTCATAATTGATTTTAAGTTGGATTTTTTTACATTT-TGGT
* * * * * *
477 TAAAAAATGTTATAATTGGATGTCTTCCTTGGGAAATGTGAATCAAAGGCCATCCA-TAGGAGAG
128 TAAAATATGTTATAATTGAATGTC-TCCTTAGGAAACGTGAAGCAAAAGCCATCCATTA-GAGAG
* * * * *
541 AAAAGTCCATTTGTAGTCACTCTAGCCTTTAAAAGTCTTATTACTCGATTTAAATGGTTTTATAT
191 AAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGCCTTTGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAT
* * * * * * * * *
606 CCTCTTAATTGATTTAAGGTTAAATTTTTTTTACGTTTTTGATTAAAATTTATTATAATGGCATC
256 TCTCATAATTGATTTAA-GTTAGA-TTTTTTTACATTTTTGATTAAAATATGTTATAATTGAATG
*
671 TCTGCCTCGAGAAATGTGAAG
319 TCTACCTCGAGAAATGTGAAG
* * *
692 CAAAATCCATCTATTGGAGTGAAACA-TCTATTTATATTCACTCAAGCCTTTGAAAGCCTTATTA
1 CAAAAGCCATCCATTGGAGAGAAA-AGTCTATTTATATTCACTCAAGCCTTTGAAAGCCTTATTA
* * * * * **
756 CTCGCCTTAAATGGTTTTGTATTCACATAATAT-ATTTAAAGTTGGATGTTTTTACATTTTGACT
65 CTCGCTTTAAATGGTTTTATATTCTCATAAT-TGATTTTAAGTTGGATTTTTTTACATTTTGGTT
* * *
820 AAAATATGTTATAATTGAATGTCTACTTCAGGAACCGTGAAGCAAATGCCATCCATTAGAGAGAA
129 AAAATATGTTATAATTGAATGTCTCCTT-AGGAAACGTGAAGCAAAAGCCATCCATTAGAGAGAA
* *
885 AAGTCTATTTATAGTCACACAAGCCTTTGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATATTC
193 AAGTCCATTTATAGTCACTCAAGCCTTTGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATATTC
* * *
950 TCATAATTGATTTTTAAGTTATATTTTTTTACATTTAT-AGTTAAAATATATTATAATTGAATGT
258 TCATAATTGA--TTTAAGTTAGATTTTTTTACATTTTTGA-TTAAAATATGTTATAATTGAATGT
* * **
1014 CTACTTTG-GAAAATGCAAAG
320 CTACCTCGAG-AAATGTGAAG
* * * * *
1034 CAAAAGCCATCCATGGGA-AGAAAAGTCTATTTATAGTCACTTAAGCCTTTGATAGCCTTATTAT
1 CAAAAGCCATCCATTGGAGAGAAAAGTCTATTTATATTCACTCAAGCCTTTGAAAGCCTTATTAC
* * * *
1098 TCGATTTAAATAGTTTTATATTCTCATAATTGATTTGAAGTTGGATTTTTTTTCATTTTTGGTTA
66 TCGCTTTAAATGGTTTTATATTCTCATAATTGATTTTAAGTTGGATTTTTTTACA-TTTTGGTTA
* * * * *
1163 AAATTTGTTATAATTGAATCTTTGCCTTAGGAAACGTAAAGTAAAAGCCATCCATT-GA-ATGGA
130 AAATATGTTATAATTGAATGTCT-CCTTAGGAAACGTGAAGCAAAAGCCATCCATTAGAGA--GA
* * * * *
1226 AAAGCCCATTTATAGTCAATCAAGCCTTTGAATGGCTTATTACTCGCTATAAATGGTTTTATATT
192 AAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGCCTTTGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATATT
* * * *
1291 CACATAATCGATTTTAAGTT-GCATTTTTTTATACTTTTTG-TTAAAATCTGTTATAATTGAATG
257 CTCATAATTGA-TTTAAGTTAG-ATTTTTTTACA-TTTTTGATTAAAATATGTTATAATTGAATG
* * **
1354 TTTACCTTG-GAAAACATGAAG
319 TCTACCTCGAG-AAATGTGAAG
* * * * * * * *
1375 CAAAAGCTAGCCATTTGAGAGAAAAATCCATTTATAGTT-GCTCAACCCTTTAAAAGCCTTATTA
1 CAAAAGCCATCCATTGGAGAGAAAAGTCTATTTATA-TTCACTCAAGCCTTTGAAAGCCTTATTA
** ** *
1439 CTTACTTTAAATGGTTTTATATTCTCATAATTGGCTTTAAGTTGGAGTTTTTTACATTTTTGGTT
65 CTCGCTTTAAATGGTTTTATATTCTCATAATTGATTTTAAGTTGGATTTTTTTACA-TTTTGGTT
* * * * * *
1504 AGAATATGTTATAATTGACTCTCTACCTCAAGAAATGTGAAGCAAAAGCCATCCATTAGAGAGAA
129 AAAATATGTTATAATTGAATGTCT-CCTTAGGAAACGTGAAGCAAAAGCCATCCATTAGAGAGAA
** * * * ** * * *
1569 AAGTGTACTGATAGTCACTCAAGCGTTTGAAAGCCTTATTACTTACTTTAAACGGTTTTGTATTA
193 AAGTCCATTTATAGTCACTCAAGCCTTTGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATATTC
* * * * *
1634 TCATAATTGATTTTAAGTTGGATTGTTTTTCCATTTTTGGTTAATATATGTTATAATTGAATGTT
258 TCATAATTGA-TTTAAGTTAGATT-TTTTTACATTTTTGATTAAAATATGTTATAATTGAATGTC
* * * **
1699 TTCCTTGAGACACATGAAG
321 TACCTCGAGAAATGTGAAG
* * * * *
1718 CGAAAGCCATCCATTGGAGAGAAAAGTCCATTTATAATCACTCAAGCCTTTAAAAGCTTTATTAC
1 CAAAAGCCATCCATTGGAGAGAAAAGTCTATTTATATTCACTCAAGCCTTTGAAAGCCTTATTAC
** * *
1783 TCGCTTTAAATAATTTTATATTCTCATAATTG-TTTTGATGTTGGACTTTTGTTT-CATTTTTAG
66 TCGCTTTAAATGGTTTTATATTCTCATAATTGATTTT-AAGTTGGA-TTTT-TTTACA-TTTTGG
* ** *
1846 TTAAAATATGTTGTAATTGAATGTAAGCCTTGGGAAACGTGAAGCAAAAGCCATCCATT-GAAGA
127 TTAAAATATGTTATAATTGAATGT-CTCCTTAGGAAACGTGAAGCAAAAGCCATCCATTAG-AGA
* * ** * * *
1910 GAGAAGTCAATTTATAGTTGCTAAAGCTTTTGAAAGCCTTATTGCTCGCTTTAAATGGTTTTATA
190 GAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGCCTTTGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATA
* * *
1975 TTCTCATAATTGCTTTTAAG-TAGGATTTTTTTACATTTTTGATTAAAATATGTTGTAATTGAAC
255 TTCTCATAATTG-ATTTAAGTTA-GATTTTTTTACATTTTTGATTAAAATATGTTATAATTGAAT
* *
2039 GTCCACCTC-AGGAA-GTGCAAAG
318 GTCTACCTCGAGAAATGTG--AAG
*** * * *
2061 CATTTG-CATCCATAGGAGAGAAAAGTCTATTTATAGTCACTCAAGCTTTTGAAAGCCTTATTAC
1 CAAAAGCCATCCATTGGAGAGAAAAGTCTATTTATATTCACTCAAGCCTTTGAAAGCCTTATTAC
* ** * * * * **
2125 TCGATTTAAATAATTTTATACTCTCATAATTGA-TTTGAGTTGGATATTTTTATATTTTTAATTA
66 TCGCTTTAAATGGTTTTATATTCTCATAATTGATTTTAAGTTGGATTTTTTTACA-TTTTGGTTA
* * * ** * * *
2189 AAATTTATTATAATTGAATGTCTTCTTTAGGAAACAAGAAGTAAAAGCCTTCCATTTGAGTA-AA
130 AAATATGTTATAATTGAATGTC-TCCTTAGGAAACGTGAAGCAAAAGCCATCCATTAGAG-AGAA
* * ** ** ** **
2253 AAATTCATTTATAG----TC-A--CTTT-AAAGGGTT-TTA-TATTCTCAAAATTCATTTTA-AG
193 AAGTCCATTTATAGTCACTCAAGCCTTTGAAAGCCTTATTACT-CGCTTTAAA-TGGTTTTATA-
* ** ** * * * *
2307 TT-GCAT-ATT--TTTACA-TT---TTTGGTTA-AAATATG-CTATAAT-TG----AA-TG--TC
255 TTCTCATAATTGATTTA-AGTTAGATTTTTTTACATTTTTGATTAAAATATGTTATAATTGAATG
* * * *
2354 TAC--CTTGGGA-AATTTGAGGCAA-
319 T-CTACCT-CGAGAA-ATG-TG-AAG
** * * * *** *
2376 CAGCCATCCAT---TGGCAAGA-AAAGCC--ATTTATAGTCACTCAAGCCTTTGAAAAGCCTTAT
1 CA-AAAGCCATCCATTG-GAGAGAAAAGTCTATTTATATTCACTCAAGCCTTTG-AAAGCCTTAT
* * * * * *
2435 TACTTGCTTTAAATGGTTTTATACTCTCGTAATTGATTTTAAGCTAGATTTTTTTACATTTTTAG
63 TACTCGCTTTAAATGGTTTTATATTCTCATAATTGATTTTAAGTTGGATTTTTTTACA-TTTTGG
* * * * * * * *
2500 TTAAAATCTGTTATAATTGAATGTTTGTCTTACAGAAACATGAAGCAAAAGCTATCTATTATAGA
127 TTAAAATATGTTATAATTGAATGTCT-CCTTA-GGAAACGTGAAGCAAAAGCCATCCATTAGAGA
** * * * * * *
2565 GAAAAGTTTATTTATAGTCGCTCAAACCTTTGAAACCCTTAGTACTCGCTATAAATGGTTTTATG
190 GAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGCCTTTGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATA
* * * * ** *
2630 TTCTCATAATTAATTTTGAGTTAGATTTTTTCACATTTTTGGTTCGAATATGTCATAATTGAATG
255 TTCTCATAATTGA-TTTAAGTTAGATTTTTTTACATTTTTGATTAAAATATGTTATAATTGAATG
* * *
2695 CCTACCTTGGGAAATGTGAAG
319 TCTACCTCGAGAAATGTGAAG
* * * *
2716 CAAAAGCCATCCATAGGAGAGAAAAGTAC-ATTTATAGTCACTTAAACCTTTGAAAGCCTTATTA
1 CAAAAGCCATCCATTGGAGAGAAAAGT-CTATTTATATTCACTCAAGCCTTTGAAAGCCTTATTA
* * *
2780 CAT-GCTTTAAAAGGTTTTATATTCTCATAATTGATTTTAAGTGGGATTTTTTTATAGTTTTGGT
65 C-TCGCTTTAAATGGTTTTATATTCTCATAATTGATTTTAAGTTGGATTTTTTTACA-TTTTGGT
* * * * * *
2844 TAAAATATCTTATAATTGAATGCCTGCCTTAGGAAACATGAAGCAAAAGCTATCCAATGGAGAGA
128 TAAAATATGTTATAATTGAATGTCT-CCTTAGGAAACGTGAAGCAAAAGCCATCCATTAGAGAGA
* * * * *
2909 AAAGTCCAGTCATAGTCACTCAAGCTTTTGAAAGCCTTATTACTCCCTTTGAATGGTTTTATATT
192 AAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGCCTTTGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATATT
* * * *
2974 CTCATAATCGATTTGAAGTT-GAAATTTTTTACAGTTTTGATTAAAATATGTTATAATTGATTGT
257 CTCATAATTGATTT-AAGTTAG-ATTTTTTTACATTTTTGATTAAAATATGTTATAATTGAATGT
** *
3038 CTGTCTCGGGAAATGTGAAG
320 CTACCTCGAGAAATGTGAAG
* * * *
3058 CAAAAGCTATCCATGGGAGAGAAAAGTCTATTTATTTTCACTTAAGCCTTTGAAAGCCTTATTAC
1 CAAAAGCCATCCATTGGAGAGAAAAGTCTATTTATATTCACTCAAGCCTTTGAAAGCCTTATTAC
* * * * *
3123 TCGCTTTAAATAGTTTTATATTTTCATAATTTATTTTAAGTTGG-GTTTTTCACATTTTTTGGTT
66 TCGCTTTAAATGGTTTTATATTCTCATAATTGATTTTAAGTTGGATTTTTTTACA--TTTTGGTT
* * * * * * * *
3187 AAAATTTGTTATAATTAAATGTTTGCC-TCGAAAAATGTGAAACAAAAGCCA-CCTATTAAAGAG
129 AAAATATGTTATAATTGAATGTCT-CCTTAG-GAAACGTGAAGCAAAAGCCATCC-ATTAGAGAG
* * * * * * *
3250 TAAAGTCTATTTACAGTCACTCAAGCCTTTGAATGCCTTATTACTCGTTTTAAATAG-TTTGTAT
191 AAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGCCTTTGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAT
* * * *
3314 TCACATAATTGATTTTAAGAT-GGTTTTTTTCACAATTTT-AGTTAAAATATGTTATAATTGAAT
256 TCTCATAATTGA-TTTAAGTTAGATTTTTTT-ACATTTTTGA-TTAAAATATGTTATAATTGAAT
* * * * * *
3377 GTCTGCCTCGGGAGACGTTATG
318 GTCTACCTCGAGAAATGTGAAG
* * * * *
3399 CAAAAGCCATCCATTAGAGAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAATCCTTTGAAAGCCCTATTAC
1 CAAAAGCCATCCATTGGAGAGAAAAGTCTATTTATATTCACTCAAGCCTTTGAAAGCCTTATTAC
* **
3464 TCACTTTAAATTATTTTATATTCTCATAATTGATTTTAAGTTGGATTTTTTTACATTTATGGTTA
66 TCGCTTTAAATGGTTTTATATTCTCATAATTGATTTTAAGTTGGATTTTTTTACATTT-TGGTTA
* * * * *
3529 AAAAATGTTATAATTGAATGTCTTCCTTGGGAAATGTGAACCAAAGGCCATCCA-TAGGAGAGAA
130 AAATATGTTATAATTGAATGTC-TCCTTAGGAAACGTGAAGCAAAAGCCATCCATTA-GAGAGAA
* * * * *
3593 AAGTCCATTTGTAGTCACTCAAGCCTTTAAAAGTCTTATTACTCGATTTAAATGGTTTTATATCC
193 AAGTCCATTTATAGTCACTCAAGCCTTTGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATATTC
* * * * * * *
3658 TCTTAATTGATTTGAGGTTCA-ATTTTTTTATATTTTTGATTAAAATTTATTATAATGGAATCTC
258 TCATAATTGATTT-AAGTT-AGATTTTTTTACATTTTTGATTAAAATATGTTATAATTGAATGTC
* *
3722 TATCTCGAGAAACGTGAAG
321 TACCTCGAGAAATGTGAAG
* * * * *
3741 CAAAAGCCATCTATTGGTGTGAAACA-TCCATTTATATTCACTCAAGCCTCTGAAAGCCTTATTA
1 CAAAAGCCATCCATTGGAGAGAAA-AGTCTATTTATATTCACTCAAGCCTTTGAAAGCCTTATTA
3805 CTCG
65 CTCG
3809 TCGTAAATGA
Statistics
Matches: 2767, Mismatches: 563, Indels: 262
0.77 0.16 0.07
Matches are distributed among these distances:
312 22 0.01
313 44 0.02
314 55 0.02
315 44 0.02
316 5 0.00
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320 1 0.00
321 2 0.00
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345 5 0.00
ACGTcount: A:0.32, C:0.14, G:0.15, T:0.39
Consensus pattern (339 bp):
CAAAAGCCATCCATTGGAGAGAAAAGTCTATTTATATTCACTCAAGCCTTTGAAAGCCTTATTAC
TCGCTTTAAATGGTTTTATATTCTCATAATTGATTTTAAGTTGGATTTTTTTACATTTTGGTTAA
AATATGTTATAATTGAATGTCTCCTTAGGAAACGTGAAGCAAAAGCCATCCATTAGAGAGAAAAG
TCCATTTATAGTCACTCAAGCCTTTGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATATTCTCA
TAATTGATTTAAGTTAGATTTTTTTACATTTTTGATTAAAATATGTTATAATTGAATGTCTACCT
CGAGAAATGTGAAG
Found at i:978 original size:514 final size:510
Alignment explanation
Indices: 6--3817 Score: 3600
Period size: 514 Copynumber: 7.5 Consensus size: 510
1 TATAC
* * * *
6 CAAAAGCCATCCATAGGAAAAAAAAGTCCATTTGTAGTCACTCAAGCCTTTGAAAGCCTTATTAC
1 CAAAAGCCATCCATAGGAGAGAAAAGTCTATTTATAGTCACTCAAGCCTTTGAAAGCCTTATTAC
* * **
71 TCGGTTTAAATGGTTTCATATCCTTTTAATTGATTTGAAGTTGGA-TTTTTTTACATTTTT-AGT
66 TCGATTTAAATGGTTTTATATCCTCATAATTGATTT-AAGTTGGATTTTTTTTACATTTTTGA-T
* * * * * *
134 TAAAATTTGTTATAATGGAATCTCTGCCCCAAGAAACGTGAAGCAAAAACCATCTATTGGAGCGA
129 TAAAATTTGTTATAATTGAATCTCTGCCTCGAGAAACGTGAAGCAAAAGCCATCCATTGGAGTGA
* * * * * * * *
199 AACGTCCATTTATATTCACTCAAGTCGTTGAAAGCCTTATTACTAGCCTCAAATAGTTTTGTATT
194 AA-ATCCATTTATAGTCACTCAAGCCTTTGAAAGCCTTATTACTCGCCTTAAATGGTTTTATATT
* * **
264 CTCATAATTGATTTAAAGTTGGATGTTTTTACATTTTTGGCTAAAATATGTTATAATTGAATGTC
258 CTCATAATTGATTTTAAGTTGGATTTTTTTACA-TTTTGATTAAAATATGTTATAATTGAATGTC
* * * * * * *
329 TGCTTCAGG-AACTGTGAAGCACATGGCATCCATTAGAGAGAAAAGTCTATTTATAGTTACACAA
322 TACTT-AGGAAAC-GTGAAGCAAAAGCCATCCATTAGAGAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAA
*
393 GCCTTTTAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATATTCTCATAATTGATTTTAAGTTAG
385 GCC-TTTGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATATTCTCATAATTGATTTTAAGTTAG
* * *
458 ATTTTTTTACATTTATGGTTAAAAAATGTTATAATTGGATGTCTTCCTTGGGAAATGTGAAT
449 ATTTTTTTACATTTATGGTTAAAATATGTTATAATTGAATGTCTTCCTTGGGAAATGTGAAG
* * * * * *
520 CAAAGGCCATCCATAGGAGAGAAAAGTCCATTTGTAGTCACTCTAGCCTTTAAAAGTCTTATTAC
1 CAAAAGCCATCCATAGGAGAGAAAAGTCTATTTATAGTCACTCAAGCCTTTGAAAGCCTTATTAC
* ** *
585 TCGATTTAAATGGTTTTATATCCTCTTAATTGATTTAAGGTTAAATTTTTTTTACGTTTTTGATT
66 TCGATTTAAATGGTTTTATATCCTCATAATTGATTTAA-GTTGGATTTTTTTTACATTTTTGATT
* * * * * *
650 AAAATTTATTATAATGGCATCTCTGCCTCGAGAAATGTGAAGCAAAATCCATCTATTGGAGTGAA
130 AAAATTTGTTATAATTGAATCTCTGCCTCGAGAAACGTGAAGCAAAAGCCATCCATTGGAGTGAA
* * *
715 ACATCTATTTATATTCACTCAAGCCTTTGAAAGCCTTATTACTCGCCTTAAATGGTTTTGTATTC
195 A-ATCCATTTATAGTCACTCAAGCCTTTGAAAGCCTTATTACTCGCCTTAAATGGTTTTATATTC
* * * *
780 ACATAATAT-ATTTAAAGTTGGATGTTTTTACATTTTGACTAAAATATGTTATAATTGAATGTCT
259 TCATAAT-TGATTTTAAGTTGGATTTTTTTACATTTTGATTAAAATATGTTATAATTGAATGTCT
* * * *
844 ACTTCAGGAACCGTGAAGCAAATGCCATCCATTAGAGAGAAAAGTCTATTTATAGTCACACAAGC
323 ACTT-AGGAAACGTGAAGCAAAAGCCATCCATTAGAGAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGC
*
909 CTTTGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATATTCTCATAATTGATTTTTAAGTTATAT
387 CTTTGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATATTCTCATAATTGA-TTTTAAGTTAGAT
* * * * * **
974 TTTTTTACATTTATAGTTAAAATATATTATAATTGAATGTCTACTTTGGAAAATGCAAAG
451 TTTTTTACATTTATGGTTAAAATATGTTATAATTGAATGTCTTCCTTGGGAAATGTGAAG
* * * *
1034 CAAAAGCCATCCATGGGA-AGAAAAGTCTATTTATAGTCACTTAAGCCTTTGATAGCCTTATTAT
1 CAAAAGCCATCCATAGGAGAGAAAAGTCTATTTATAGTCACTCAAGCCTTTGAAAGCCTTATTAC
* * *
1098 TCGATTTAAATAGTTTTATATTCTCATAATTGATTTGAAGTTGGATTTTTTTT-CATTTTTGGTT
66 TCGATTTAAATGGTTTTATATCCTCATAATTGATTT-AAGTTGGATTTTTTTTACATTTTTGATT
* * * * *
1162 AAAATTTGTTATAATTGAATCTTTGCCT-TAGGAAACGTAAAGTAAAAGCCATCCATT-GAATGG
130 AAAATTTGTTATAATTGAATCTCTGCCTCGA-GAAACGTGAAGCAAAAGCCATCCATTGGAGT-G
* * * *
1225 AAAAGCCCATTTATAGTCAATCAAGCCTTTGAATGGCTTATTACTCG-CTATAAATGGTTTTATA
193 AAAA-TCCATTTATAGTCACTCAAGCCTTTGAAAGCCTTATTACTCGCCT-TAAATGGTTTTATA
* * * * *
1289 TTCACATAATCGATTTTAAGTTGCATTTTTTTATACTTTTTG-TTAAAATCTGTTATAATTGAAT
256 TTCTCATAATTGATTTTAAGTTGGA-TTTTTT-TACATTTTGATTAAAATATGTTATAATTGAAT
* * * * * * **
1353 GTTTACCTT-GGAAAACATGAAGCAAAAGCTAGCCATTTGAGAGAAAAATCCATTTATAGTTGCT
319 GTCTA-CTTAGG-AAACGTGAAGCAAAAGCCATCCATTAGAGAGAAAAGTCCATTTATAGTCACT
* * ** **
1417 CAACCCTTTAAAAGCCTTATTACTTACTTTAAATGGTTTTATATTCTCATAATTGGCTTTAAGTT
382 CAAGCCTTTGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATATTCTCATAATTGATTTTAAGTT
* * * * * * * ***
1482 GGAGTTTTTTACATTTTTGGTTAGAATATGTTATAATTGACTCTCTACCTCAAGAAATGTGAAG
447 AGATTTTTTTACATTTATGGTTAAAATATGTTATAATTGAATGTCTTCCTTGGGAAATGTGAAG
* * * *
1546 CAAAAGCCATCCATTA-GAGAGAAAAGTGTACTGATAGTCACTCAAGCGTTTGAAAGCCTTATTA
1 CAAAAGCCATCCA-TAGGAGAGAAAAGTCTATTTATAGTCACTCAAGCCTTTGAAAGCCTTATTA
* * * ** * * *
1610 CT-TACTTTAAACGGTTTTGTATTATCATAATTGATTTTAAGTTGGATTGTTTTTCCATTTTTGG
65 CTCGA-TTTAAATGGTTTTATATCCTCATAATTGA-TTTAAGTTGGATTTTTTTTACATTTTTGA
* * * * * * * * * *
1674 TTAATATATGTTATAATTGAATGTTTTCCTTGAGACACATGAAGCGAAAGCCATCCATTGGAGAG
128 TTAAAATTTGTTATAATTGAATCTCTGCCTCGAGAAACGTGAAGCAAAAGCCATCCATTGGAGTG
* * * * **
1739 AAAAGTCCATTTATAATCACTCAAGCCTTTAAAAGCTTTATTACTCGCTTTAAATAATTTTATAT
193 AAAA-TCCATTTATAGTCACTCAAGCCTTTGAAAGCCTTATTACTCGCCTTAAATGGTTTTATAT
* * *
1804 TCTCATAATTG-TTTTGATGTTGGACTTTTGTTT-CATTTTTAGTTAAAATATGTTGTAATTGAA
257 TCTCATAATTGATTTT-AAGTTGGA-TTTT-TTTACATTTTGA-TTAAAATATGTTATAATTGAA
* * * * **
1867 TGT-AAGCCTTGGGAAACGTGAAGCAAAAGCCATCCATT-GAAGAGAGAAGTCAATTTATAGTTG
318 TGTCTA--CTTAGGAAACGTGAAGCAAAAGCCATCCATTAG-AGAGAAAAGTCCATTTATAGTCA
* * * *
1930 CTAAAGCTTTTGAAAGCCTTATTGCTCGCTTTAAATGGTTTTATATTCTCATAATTGCTTTTAAG
380 CTCAAGCCTTTGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATATTCTCATAATTGATTTTAAG
* * * * ** ** * **
1995 -TAGGATTTTTTTACATTTTTGATTAAAATATGTTGTAATTGAACGTCCACCTCAGGAAGTGCAA
445 TTA-GATTTTTTTACATTTATGGTTAAAATATGTTATAATTGAATGTCTTCCTTGGGAAATGTGA
2059 AG
509 AG
*** *
2061 CATTTG-CATCCATAGGAGAGAAAAGTCTATTTATAGTCACTCAAGCTTTTGAAAGCCTTATTAC
1 CAAAAGCCATCCATAGGAGAGAAAAGTCTATTTATAGTCACTCAAGCCTTTGAAAGCCTTATTAC
** * * * *
2125 TCGATTTAAATAATTTTATA-CTCTCATAATTGATTTGAGTTGGA-TATTTTTATATTTTTAATT
66 TCGATTTAAATGGTTTTATATC-CTCATAATTGATTTAAGTTGGATTTTTTTTACATTTTTGATT
* * * ** ** * * *
2188 AAAATTTATTATAATTGAATGTCT-TCTTTAGGAAACAAGAAGTAAAAGCCTTCCATTTGAGT--
130 AAAATTTGTTATAATTGAATCTCTGCCTCGA-GAAACGTGAAGCAAAAGCCATCCATTGGAGTGA
* * *
2250 AAA---A---A-A-T---TC-A---TTT-ATAG-----TCACT----TTAAAGGGTTTTATATTC
194 AAATCCATTTATAGTCACTCAAGCCTTTGAAAGCCTTATTACTCGCCTTAAATGGTTTTATATTC
* * * * * *
2290 TCAAAATTCATTTTAAGTTGCATATTTTTACATTTTTGGTTAAAATATGCTATAATTGAATGTCT
259 TCATAATTGATTTTAAGTTGGATTTTTTTACA-TTTTGATTAAAATATGTTATAATTGAATGTCT
* ** * * *
2355 ACCTTGGGAAATTTGAGGCAACAGCCATCCATTGGCA-AGAAAAG-CCATTTATAGTCACTCAAG
323 A-CTTAGGAAACGTGAAGCAAAAGCCATCCATTAG-AGAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAG
* * * *
2418 CCTTTGAAAAGCCTTATTACTTGCTTTAAATGGTTTTATACTCTCGTAATTGATTTTAAGCTAGA
386 CCTTTG-AAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATATTCTCATAATTGATTTTAAGTTAGA
* * * * ** **
2483 TTTTTTTACATTTTTAGTTAAAATCTGTTATAATTGAATGT-TTGTCTTACAGAAACATGAAG
450 TTTTTTTACATTTATGGTTAAAATATGTTATAATTGAATGTCTT-CCTT-GGGAAATGTGAAG
* * * * * * * *
2545 CAAAAGCTATCTATTA-TAGAGAAAAGTTTATTTATAGTCGCTCAAACCTTTGAAACCCTTAGTA
1 CAAAAGCCATCCA-TAGGAGAGAAAAGTCTATTTATAGTCACTCAAGCCTTTGAAAGCCTTATTA
* * * * * * * * *
2609 CTCGCTATAAATGGTTTTATGTTCTCATAATTAATTTTGAGTTAGA-TTTTTTCACATTTTTGGT
65 CTCGATTTAAATGGTTTTATATCCTCATAATTGA-TTTAAGTTGGATTTTTTTTACATTTTTGAT
** * * * * * * * *
2673 TCGAATATGTCATAATTGAATGC-CTACCTTGGGAAATGTGAAGCAAAAGCCATCCATAGGAGAG
129 TAAAATTTGTTATAATTGAAT-CTCTGCCTCGAGAAACGTGAAGCAAAAGCCATCCATTGGAGTG
* * * * *
2737 AAAAGTACATTTATAGTCACTTAAACCTTTGAAAGCCTTATTACAT-GCTTTAAAAGGTTTTATA
193 AAAA-TCCATTTATAGTCACTCAAGCCTTTGAAAGCCTTATTAC-TCGCCTTAAATGGTTTTATA
* * * *
2801 TTCTCATAATTGATTTTAAGTGGGATTTTTTTATAGTTTTGGTTAAAATATCTTATAATTGAATG
256 TTCTCATAATTGATTTTAAGTTGGATTTTTTTACA-TTTTGATTAAAATATGTTATAATTGAATG
* * * * * * * *
2866 CCTGCCTTAGGAAACATGAAGCAAAAGCTATCCAATGGAGAGAAAAGTCCAGTCATAGTCACTCA
320 TCT-ACTTAGGAAACGTGAAGCAAAAGCCATCCATTAGAGAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCA
* * * * *
2931 AGCTTTTGAAAGCCTTATTACTCCCTTTGAATGGTTTTATATTCTCATAATCGATTTGAAGTT-G
384 AGCCTTTGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATATTCTCATAATTGATTTTAAGTTAG
* * * *
2995 AAATTTTTTACAGTTT-TGATTAAAATATGTTATAATTGATTGTCTGT-CTCGGGAAATGTGAAG
449 -ATTTTTTTACA-TTTATGGTTAAAATATGTTATAATTGAATGTCT-TCCTTGGGAAATGTGAAG
* * ** *
3058 CAAAAGCTATCCATGGGAGAGAAAAGTCTATTTATTTTCACTTAAGCCTTTGAAAGCCTTATTAC
1 CAAAAGCCATCCATAGGAGAGAAAAGTCTATTTATAGTCACTCAAGCCTTTGAAAGCCTTATTAC
* * ** * * * *
3123 TCGCTTTAAATAGTTTTATATTTTCATAATTTATTTTAAGTTGG--GTTTTTCACATTTTTTGGT
66 TCGATTTAAATGGTTTTATATCCTCATAATTGA-TTTAAGTTGGATTTTTTTTACA-TTTTTGAT
* * * * * * *
3186 TAAAATTTGTTATAATTAAATGTTTGCCTCGAAAAATGTGAAACAAAAGCCA-CCTATTAAAGAG
129 TAAAATTTGTTATAATTGAATCTCTGCCTCGAGAAACGTGAAGCAAAAGCCATCC-ATT--GGAG
* * * * ** * *
3250 T-AAAGTCTATTTACAGTCACTCAAGCCTTTGAATGCCTTATTACTCGTTTTAAATAG-TTTGTA
191 TGAAAATCCATTTATAGTCACTCAAGCCTTTGAAAGCCTTATTACTCGCCTTAAATGGTTTTATA
* *
3313 TTCACATAATTGATTTTAAGATGG-TTTTTTTCACAATTTT-AGTTAAAATATGTTATAATTGAA
256 TTCTCATAATTGATTTTAAGTTGGATTTTTTT-AC-ATTTTGA-TTAAAATATGTTATAATTGAA
* ** * * *
3376 TGTCTGCCTCGGGAGACGTTATGCAAAAGCCATCCATTAGAGAGAAAAGTCCATTTATAGTCACT
318 TGTCT-ACTTAGGAAACGTGAAGCAAAAGCCATCCATTAGAGAGAAAAGTCCATTTATAGTCACT
* * * **
3441 CAATCCTTTGAAAGCCCTATTACTCACTTTAAATTATTTTATATTCTCATAATTGATTTTAAGTT
382 CAAGCCTTTGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATATTCTCATAATTGATTTTAAGTT
* * *
3506 GGATTTTTTTACATTTATGGTTAAAAAATGTTATAATTGAATGTCTTCCTTGGGAAATGTGAAC
447 AGATTTTTTTACATTTATGGTTAAAATATGTTATAATTGAATGTCTTCCTTGGGAAATGTGAAG
* * * * *
3570 CAAAGGCCATCCATAGGAGAGAAAAGTCCATTTGTAGTCACTCAAGCCTTTAAAAGTCTTATTAC
1 CAAAAGCCATCCATAGGAGAGAAAAGTCTATTTATAGTCACTCAAGCCTTTGAAAGCCTTATTAC
* * * * *
3635 TCGATTTAAATGGTTTTATATCCTCTTAATTGATTTGAGGTT-CAATTTTTTTATATTTTTGATT
66 TCGATTTAAATGGTTTTATATCCTCATAATTGATTT-AAGTTGGATTTTTTTTACATTTTTGATT
* * ** * *
3699 AAAATTTATTATAATGGAATCTCTATCTCGAGAAACGTGAAGCAAAAGCCATCTATTGGTGTGAA
130 AAAATTTGTTATAATTGAATCTCTGCCTCGAGAAACGTGAAGCAAAAGCCATCCATTGGAGTGAA
* * * *
3764 ACATCCATTTATATTCACTCAAGCCTCTGAAAGCCTTATTACTCGTCGTAAATG
195 A-ATCCATTTATAGTCACTCAAGCCTTTGAAAGCCTTATTACTCGCCTTAAATG
3818 ATTNNNNNNN
Statistics
Matches: 2711, Mismatches: 482, Indels: 212
0.80 0.14 0.06
Matches are distributed among these distances:
482 23 0.01
483 149 0.05
484 46 0.02
485 75 0.03
486 66 0.02
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488 7 0.00
492 1 0.00
493 3 0.00
494 3 0.00
495 1 0.00
496 1 0.00
497 2 0.00
498 2 0.00
500 1 0.00
501 2 0.00
502 1 0.00
503 1 0.00
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505 3 0.00
506 1 0.00
510 9 0.00
511 29 0.01
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516 5 0.00
ACGTcount: A:0.32, C:0.14, G:0.15, T:0.39
Consensus pattern (510 bp):
CAAAAGCCATCCATAGGAGAGAAAAGTCTATTTATAGTCACTCAAGCCTTTGAAAGCCTTATTAC
TCGATTTAAATGGTTTTATATCCTCATAATTGATTTAAGTTGGATTTTTTTTACATTTTTGATTA
AAATTTGTTATAATTGAATCTCTGCCTCGAGAAACGTGAAGCAAAAGCCATCCATTGGAGTGAAA
ATCCATTTATAGTCACTCAAGCCTTTGAAAGCCTTATTACTCGCCTTAAATGGTTTTATATTCTC
ATAATTGATTTTAAGTTGGATTTTTTTACATTTTGATTAAAATATGTTATAATTGAATGTCTACT
TAGGAAACGTGAAGCAAAAGCCATCCATTAGAGAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGCCTTT
GAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATATTCTCATAATTGATTTTAAGTTAGATTTTTT
TACATTTATGGTTAAAATATGTTATAATTGAATGTCTTCCTTGGGAAATGTGAAG
Found at i:2386 original size:143 final size:141
Alignment explanation
Indices: 2138--2413 Score: 302
Period size: 143 Copynumber: 1.9 Consensus size: 141
2128 ATTTAAATAA
* * * * * * *
2138 TTTTATACTCTCATAATTGATTTGAGTTGGATATTTTTATATTTTTAATTAAAATTTATTATAAT
1 TTTTATACTCTCAAAATTCATTTAAGTTGCATATTTTTACATTTTTAATTAAAATATACTATAAT
* * * * * **
2203 TGAATGTCTTCTTTAGGAAACAAGAAGTAAAAGCCTTCCATTTGAGTAA-AAAATTCATTTATAG
66 TGAATGTCTACCTTAGGAAACAAGAAGCAAAAGCCATCCA-TTG-GCAAGAAAAGCCATTTATAG
2267 TCACTTTAAAGGG
129 TCACTTTAAAGGG
* ** *
2280 TTTTATATTCTCAAAATTCATTTTAAGTTGCATATTTTTACATTTTTGGTTAAAATATGCTATAA
1 TTTTATACTCTCAAAATTCA-TTTAAGTTGCATATTTTTACATTTTTAATTAAAATATACTATAA
* *** * *
2345 TTGAATGTCTACCTTGGGAAATTTGAGGCAACAGCCATCCATTGGCAAGAAAAGCCATTTATAGT
65 TTGAATGTCTACCTTAGGAAACAAGAAGCAAAAGCCATCCATTGGCAAGAAAAGCCATTTATAGT
2410 CACT
130 CACT
2414 CAAGCCTTTG
Statistics
Matches: 108, Mismatches: 24, Indels: 4
0.79 0.18 0.03
Matches are distributed among these distances:
141 3 0.03
142 38 0.35
143 67 0.62
ACGTcount: A:0.34, C:0.12, G:0.13, T:0.41
Consensus pattern (141 bp):
TTTTATACTCTCAAAATTCATTTAAGTTGCATATTTTTACATTTTTAATTAAAATATACTATAAT
TGAATGTCTACCTTAGGAAACAAGAAGCAAAAGCCATCCATTGGCAAGAAAAGCCATTTATAGTC
ACTTTAAAGGG
Found at i:3516 original size:512 final size:511
Alignment explanation
Indices: 2270--3670 Score: 1563
Period size: 512 Copynumber: 2.7 Consensus size: 511
2260 TTTATAGTCA
* * * * * * * *
2270 CTTTAAAGGGTTTTATATTCTCAAAATTCATTTTAAGTTGCATATTTTTACATTTTTGGTTAAAA
1 CTTTAAAAGGTTTTATATTCACATAATTGATTTTAAGTGGGATTTTTTTACAATTTTGGTTAAAA
* * * *
2335 TATGCTATAATTGAATGTCTACCTTGGGAA-ATTTGAGGCAACAGCCATCCATTGGCA-AGAAAA
66 TATGTTATAATTGAATGTCTGCCTTGGGAACA-TT-AAGCAAAAGCCATCCATTGG-AGAGAAAA
** *
2398 G-CCATTTATAGTCACTCAAGCCTTTGAAAAGCCTTATTACTTGCTTTAAATGGTTTTATACTCT
128 GTCCATTTATAGTCACTCAAGCCTTTG-AAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATATTCT
* * * * * *
2462 CGTAATTGATTTTAAGCTAGATTTTTTTACATTTTTAGTTAAAATCTGTTATAATTGAATGTTTG
192 CATAATTGATTTTAAGTTGGATTTTTTTACATTTTGA-TTAAAATATGTTATAATTGAATGTCTG
* ** * * * *
2527 TCTTAC-AGAAACATGAAGCAAAAGCTATCTATTA-TAGAGAAAAGTTTATTTATAGTCGCTCAA
256 TC-T-CGGGAAATGTGAAGCAAAAGCTATCCA-TAGGAGAGAAAAGTCTATTTATAGTCACTCAA
* * * * * *
2590 ACCTTTGAAACCCTTAGTACTCGCTATAAATGGTTTTATGTTCTCATAATTAATTTTGAGTTAGA
318 GCCTTTGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATATTCTCATAATTAATTTTAAGTTAGA
* ** * * ** *
2655 TTTTTTCACATTTTTGGTTCGAATATGTCATAATTGAATGCCTACCTTGGGAAATGTGAAGCAAA
383 GTTTTTCACATTTTTGGTTAAAATATGTCATAATTAAATGCCTACCTCGAAAAATGTGAAACAAA
* * *
2720 AGCCATCCATAGGAGAGAAAAGTACATTTATAGTCACTTAAACCTTTGAAAGCCTTATTACATG
448 AGCCATCCATAGAAGAGAAAAGTACATTTACAGTCACTCAAACCTTTGAAAGCCTTATTACATG
* * *
2784 CTTTAAAAGGTTTTATATTCTCATAATTGATTTTAAGTGGGATTTTTTTATAGTTTTGGTTAAAA
1 CTTTAAAAGGTTTTATATTCACATAATTGATTTTAAGTGGGATTTTTTTACAATTTTGGTTAAAA
* * * * * *
2849 TATCTTATAATTGAATGCCTGCCTTAGGAAACATGAAGCAAAAGCTATCCAATGGAGAGAAAAGT
66 TATGTTATAATTGAATGTCTGCCTT-GGGAACATTAAGCAAAAGCCATCCATTGGAGAGAAAAGT
* * * * *
2914 CCAGTCATAGTCACTCAAGCTTTTGAAAGCCTTATTACTCCCTTTGAATGGTTTTATATTCTCAT
130 CCATTTATAGTCACTCAAGCCTTTGAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATATTCTCAT
* * * * *
2979 AATCGATTTGAAGTTGAAATTTTTTACAGTTTTGATTAAAATATGTTATAATTGATTGTCTGTCT
195 AATTGATTTTAAGTTGGATTTTTTTACA-TTTTGATTAAAATATGTTATAATTGAATGTCTGTCT
* ** *
3044 CGGGAAATGTGAAGCAAAAGCTATCCATGGGAGAGAAAAGTCTATTTATTTTCACTTAAGCCTTT
259 CGGGAAATGTGAAGCAAAAGCTATCCATAGGAGAGAAAAGTCTATTTATAGTCACTCAAGCCTTT
* * * *
3109 GAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATATTTTCATAATTTATTTTAAGTT-GGGTTTTT
324 GAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATATTCTCATAATTAATTTTAAGTTAGAGTTTTT
* * ** *
3173 CACATTTTTTGGTTAAAATTTGTTATAATTAAATGTTTGCCTCGAAAAATGTGAAACAAAAGCCA
389 CACA-TTTTTGGTTAAAATATGTCATAATTAAATGCCTACCTCGAAAAATGTGAAACAAAAGCCA
* * *
3238 -CCTATTA-AAGAGTAAAGT-CTATTTACAGTCACTCAAGCCTTTGAATGCCTTATTAC-TCG
453 TCC-A-TAGAAGAGAAAAGTAC-ATTTACAGTCACTCAAACCTTTGAAAGCCTTATTACAT-G
* * *
3297 TTTTAAATA-G-TTTGTATTCACATAATTGATTTTAAGAT-GG-TTTTTTTCACAATTTTAGTTA
1 CTTTAAA-AGGTTTTATATTCACATAATTGATTTTAAG-TGGGATTTTTTT-ACAATTTTGGTTA
* * * *
3358 AAATATGTTATAATTGAATGTCTGCCTCGGGAGACGTTATGCAAAAGCCATCCATTAGAGAGAAA
63 AAATATGTTATAATTGAATGTCTGCCTTGGGA-ACATTAAGCAAAAGCCATCCATTGGAGAGAAA
* * **
3423 AGTCCATTTATAGTCACTCAATCCTTTGAAAGCCCTATTACTCACTTTAAATTATTTTATATTCT
127 AGTCCATTTATAGTCACTCAAGCCTTTGAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATATTCT
* *
3488 CATAATTGATTTTAAGTTGGATTTTTTTACATTTATGGTTAAAAAATGTTATAATTGAATGTCT-
192 CATAATTGATTTTAAGTTGGATTTTTTTACATTT-TGATTAAAATATGTTATAATTGAATGTCTG
* * * * * *
3552 TCCTTGGGAAATGTGAACCAAAGGCCATCCATAGGAGAGAAAAGTCCATTTGTAGTCACTCAAGC
256 T-CTCGGGAAATGTGAAGCAAAAGCTATCCATAGGAGAGAAAAGTCTATTTATAGTCACTCAAGC
* * * * * *
3617 CTTTAAAAGTCTTATTACTCGATTTAAATGGTTTTATATCCTCTTAATTGATTT
320 CTTTGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATATTCTCATAATTAATTT
3671 GAGGTTCAAT
Statistics
Matches: 743, Mismatches: 126, Indels: 38
0.82 0.14 0.04
Matches are distributed among these distances:
511 14 0.02
512 311 0.42
513 198 0.27
514 187 0.25
515 32 0.04
516 1 0.00
ACGTcount: A:0.32, C:0.14, G:0.15, T:0.39
Consensus pattern (511 bp):
CTTTAAAAGGTTTTATATTCACATAATTGATTTTAAGTGGGATTTTTTTACAATTTTGGTTAAAA
TATGTTATAATTGAATGTCTGCCTTGGGAACATTAAGCAAAAGCCATCCATTGGAGAGAAAAGTC
CATTTATAGTCACTCAAGCCTTTGAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATATTCTCATA
ATTGATTTTAAGTTGGATTTTTTTACATTTTGATTAAAATATGTTATAATTGAATGTCTGTCTCG
GGAAATGTGAAGCAAAAGCTATCCATAGGAGAGAAAAGTCTATTTATAGTCACTCAAGCCTTTGA
AAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATATTCTCATAATTAATTTTAAGTTAGAGTTTTTCA
CATTTTTGGTTAAAATATGTCATAATTAAATGCCTACCTCGAAAAATGTGAAACAAAAGCCATCC
ATAGAAGAGAAAAGTACATTTACAGTCACTCAAACCTTTGAAAGCCTTATTACATG
Found at i:4371 original size:170 final size:170
Alignment explanation
Indices: 4080--4817 Score: 761
Period size: 171 Copynumber: 4.3 Consensus size: 170
4070 NNNNNNNNNN
* ***
4080 AAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATATTCTCATAATTGATTTTTAAGTAATATTTTTTT
1 AAGCCTTATTATTCGCTTTAAATGGTTTTATATTCTCATAATTGA-TTTTAAGTTGGATTTTTTT
* * * * * *
4145 ACATTTATGGTTAAAATATGTTATAATTGAATGTCTGCCTTGAAAATGTGAAGCAAAAGCCAACC
65 ACATTTTTGGTTAAAATATGTTATAATTGAATCTCTTCCTCGGAAACGTGAAGCAAAAGCCAACC
**
4210 ATGGGA-AGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGCCTTTGA
130 ATTTGAGAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGCCTTTGA
* * * *
4250 GAGCCTTATTATTCGATTTAAATGGTTTTATATTCTCATAATTGATTTGAAGTTGGATTTTTTTT
1 AAGCCTTATTATTCGCTTTAAATGGTTTTATATTCTCATAATTGATTTTAAGTTGGATTTTTTTA
* * * *
4315 CATTTTTGGTTAAAATTTGTTATAATTGAATCTTTTCCTCAGGAAACGTAAAGCAAAAGCCATCC
66 CATTTTTGGTTAAAATATGTTATAATTGAATCTCTTCCTC-GGAAACGTGAAGCAAAAGCCAACC
* * * * *
4380 A-TTGA-ATGGAAAGCCCGTTTATAGTCAATAAAGCCTTTGA
130 ATTTGAGA-GAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGCCTTTGA
* * * * * * *
4420 ATAG-CTTATTACTCGCTATAAACGGTTTTAAATTCACATAATCGATTTTAAGTTAGATTTTTTT
1 A-AGCCTTATTATTCGCTTTAAATGGTTTTATATTCTCATAATTGATTTTAAGTTGGATTTTTTT
* * * * * * * * * *
4484 ATACTTCTT-GTTAAAATCTATTATAATTGAATGTTTGTCTTGGGAAACATGAAGCAAAAGCTAA
65 ACA-TTTTTGGTTAAAATATGTTATAATTGAATCTCT-TCCTCGGAAACGTGAAGCAAAAGCCAA
* ** * *
4548 CCATTTGAGAGAAAAATCCATTTATAGTTGCTCAACCCTTTAA
128 CCATTTGAGAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGCCTTTGA
* * *
4591 AAGCCTTATTACTT-GCTTTAAATAGTTTTATATTCTCATAATTGGTTTTAAGTTGGAGTTTTTT
1 AAGCCTTATTA-TTCGCTTTAAATGGTTTTATATTCTCATAATTGATTTTAAGTTGGATTTTTTT
* * * *
4655 ACATTTTTGGTTAGAATATGTTATAATTGAATCTCTACCTCGAGAAATGTGAAGCAAAAGCCATC
65 ACATTTTTGGTTAAAATATGTTATAATTGAATCTCTTCCTCG-GAAACGTGAAGCAAAAGCCAAC
* * ** * * *
4720 AATTAGAGAGAAAAGTGTACTGATAGTCACGCAAGCCTTTGA
129 CATTTGAGAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGCCTTTGA
* * * *
4762 AAGCCTTATTACTT-GCTTTAAACGATTTTGTATTCTCATAATTCATTTTAAGTTGG
1 AAGCCTTATTA-TTCGCTTTAAATGGTTTTATATTCTCATAATTGATTTTAAGTTGG
4818 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 458, Mismatches: 99, Indels: 21
0.79 0.17 0.04
Matches are distributed among these distances:
169 52 0.11
170 197 0.43
171 207 0.45
172 2 0.00
ACGTcount: A:0.32, C:0.13, G:0.15, T:0.39
Consensus pattern (170 bp):
AAGCCTTATTATTCGCTTTAAATGGTTTTATATTCTCATAATTGATTTTAAGTTGGATTTTTTTA
CATTTTTGGTTAAAATATGTTATAATTGAATCTCTTCCTCGGAAACGTGAAGCAAAAGCCAACCA
TTTGAGAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGCCTTTGA
Found at i:4712 original size:341 final size:340
Alignment explanation
Indices: 4084--4719 Score: 864
Period size: 341 Copynumber: 1.9 Consensus size: 340
4074 NNNNNNAAGC
* * * * * * *
4084 CTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATATTCTCATAATTGATTTTTAAGTAATATTTTTTTACAT
1 CTTATTACTCGCTATAAACGGTTTTAAATTCACATAATCGATTTTTAAGTAAGATTTTTTTACAC
* **
4149 TTATGGTTAAAATATGTTATAATTGAATGTCTGCCTTGAAAATGTGAAGCAAAAGCCAACCATGG
66 TTATGGTTAAAATATATTATAATTGAATGTCTGCCTTGAAAACATGAAGCAAAAGCCAACCATGG
* * * * *
4214 GAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGCCTTTGAGAGCCTTATTATTCGATTTAAATGGTTTT
131 GAAGAAAAATCCATTTATAGTCACTCAACCCTTTAAAAGCCTTATTATTCGATTTAAATAGTTTT
* * *
4279 ATATTCTCATAATTGATTTGAAGTTGGATTTTTTTTCATTTTTGGTTAAAATTTGTTATAATTGA
196 ATATTCTCATAATTGATTTGAAGTTGGAGTTTTTTACATTTTTGGTTAAAATATGTTATAATTGA
* *
4344 ATCTTTTCCTCAGGAAACGTAAAGCAAAAGCCATCCATTGAATGGAAAGCCCGTTTATAGTCAAT
261 ATCTCTACCTCAGGAAACGTAAAGCAAAAGCCATCCATTGAATGGAAAGCCCGTTTATAGTCAAT
4409 AAAGCCTTTGAATAG
326 AAAGCCTTTGAATAG
* *
4424 CTTATTACTCGCTATAAACGGTTTTAAATTCACATAATCGA-TTTTAAGTTAGATTTTTTTATAC
1 CTTATTACTCGCTATAAACGGTTTTAAATTCACATAATCGATTTTTAAGTAAGATTTTTTTACAC
* * * * * * * *
4488 TTCTTGTTAAAATCTATTATAATTGAATGTTTGTCTTGGGAAACATGAAGCAAAAGCTAACCATT
66 TTATGGTTAAAATATATTATAATTGAATGTCTGCCTT-GAAAACATGAAGCAAAAGCCAACCATG
* ** *
4553 TGAGAGAAAAATCCATTTATAGTTGCTCAACCCTTTAAAAGCCTTATTACTT-GCTTTAAATAGT
130 GGA-AGAAAAATCCATTTATAGTCACTCAACCCTTTAAAAGCCTTATTA-TTCGATTTAAATAGT
* * *
4617 TTTATATTCTCATAATTGGTTTTAAGTTGGAGTTTTTTACATTTTTGGTTAGAATATGTTATAAT
193 TTTATATTCTCATAATTGATTTGAAGTTGGAGTTTTTTACATTTTTGGTTAAAATATGTTATAAT
* *
4682 TGAATCTCTACCTC-GAGAAATGTGAAGCAAAAGCCATC
258 TGAATCTCTACCTCAG-GAAACGTAAAGCAAAAGCCATC
4720 AATTAGAGAG
Statistics
Matches: 253, Mismatches: 39, Indels: 7
0.85 0.13 0.02
Matches are distributed among these distances:
339 50 0.20
340 61 0.24
341 140 0.55
342 2 0.01
ACGTcount: A:0.32, C:0.13, G:0.15, T:0.40
Consensus pattern (340 bp):
CTTATTACTCGCTATAAACGGTTTTAAATTCACATAATCGATTTTTAAGTAAGATTTTTTTACAC
TTATGGTTAAAATATATTATAATTGAATGTCTGCCTTGAAAACATGAAGCAAAAGCCAACCATGG
GAAGAAAAATCCATTTATAGTCACTCAACCCTTTAAAAGCCTTATTATTCGATTTAAATAGTTTT
ATATTCTCATAATTGATTTGAAGTTGGAGTTTTTTACATTTTTGGTTAAAATATGTTATAATTGA
ATCTCTACCTCAGGAAACGTAAAGCAAAAGCCATCCATTGAATGGAAAGCCCGTTTATAGTCAAT
AAAGCCTTTGAATAG
Found at i:5236 original size:172 final size:170
Alignment explanation
Indices: 5008--5333 Score: 404
Period size: 172 Copynumber: 1.9 Consensus size: 170
4998 GAAGCAAAAG
* * * ** * * * **
5008 CCATTCATTGGAGAGAGAAGTCCATTTATAGTTGCTAAAGCTTTTGAAAGCCTTATTGCTCGTTT
1 CCATCCATAGGAGAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTAAAGCCTTTAAAAGCCTTATTACTCAATT
* * * * *
5073 TAAATGGTTTTATATTCTCATAATTGCTTTTAAG-TAGGATTTTTTTTTACATTTTTAAATAAAA
66 TAAATGATTTTATACTCTCATAATTGATTTGAAGTTA-GA--TATTTTTACATTTTTAAATAAAA
* *
5137 TATGTTGTAATTGAATGTCTACCTCAGAATGTGCAAAGCATTT
128 TATATTATAATTGAATGTCTACCTCAGAATGTGCAAAGCATTT
5180 CCATCCATAGGAGAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAA-CCTTTAAAAGCCTTATTACTCAAT
1 CCATCCATAGGAGAGAAAAGTCCATTTATAGTCACT-AAAGCCTTTAAAAGCCTTATTACTCAAT
* * *
5244 TTAAGTGATTTTATACTCTCATAATTGATTTGAAGTTAGATATTTTTACATTTTTAATTAAAATT
65 TTAAATGATTTTATACTCTCATAATTGATTTGAAGTTAGATATTTTTACATTTTTAAATAAAATA
* *
5309 TATTATAATTGAATGTTTGCCTCAG
130 TATTATAATTGAATGTCTACCTCAG
5334 GAAACAAGAA
Statistics
Matches: 130, Mismatches: 22, Indels: 6
0.82 0.14 0.04
Matches are distributed among these distances:
170 43 0.33
172 82 0.63
173 5 0.04
ACGTcount: A:0.32, C:0.13, G:0.13, T:0.41
Consensus pattern (170 bp):
CCATCCATAGGAGAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTAAAGCCTTTAAAAGCCTTATTACTCAATT
TAAATGATTTTATACTCTCATAATTGATTTGAAGTTAGATATTTTTACATTTTTAAATAAAATAT
ATTATAATTGAATGTCTACCTCAGAATGTGCAAAGCATTT
Found at i:5863 original size:171 final size:170
Alignment explanation
Indices: 5560--7469 Score: 1793
Period size: 171 Copynumber: 11.2 Consensus size: 170
5550 NNNNNNNNNA
* * * * *
5560 AATTGATTTTGAGCTAGATTTTTTTACATTTTT-AGTTAAAATCTGTTATAATTGAATGTTTGTC
1 AATTGATTTTAAGTTGGATTTTTTTACATTTTTGA-TTAAAATATGTTATAATTGAATGTTTGCC
* * * * * * *
5624 TCTGGGAAACATGAATCAAAAGCCATCCCTTATAGAGAAAAGTCTATTTATAGTCGCTCAAACCT
65 T-TGGGAAATATGAAGCAAAAGCCAT-CCATAGAGAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGCCT
* * * * *
5689 TTGAAACCCTTAGTATTTGCTATAAATAGTTTTATATTCTCAT
128 TTGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATATTCTCAT
* * * ** *
5732 AATTAATTTTAAGTTTGATTTTTTTACATTTTTGATTCAAATATGTCGTAATTGAATGCTTGCCT
1 AATTGATTTTAAGTTGGATTTTTTTACATTTTTGATTAAAATATGTTATAATTGAATGTTTGCCT
* ** *
5797 TGGGAAATGTGAAGCAAAAGCCATCCATAGGAGAGAAAAGTATATTTATAGTCACTTAAGCCTTT
66 TGGGAAATATGAAGCAAAAGCCATCCATA-GAGAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGCCTTT
* * *
5862 GAAAGCCTTGTTACACGCTTCAAA-AGTTTCTATATTCTCAT
130 GAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTT-TATATTCTCAT
* * * * * **
5903 AATTGATTTTAAGTAGAATTTTTTTACAGTTTT-AGTTAAAATATCTTATACTTGAATGCCTGCC
1 AATTGATTTTAAGTTGGATTTTTTTACATTTTTGA-TTAAAATATGTTATAATTGAATGTTTGCC
* * * * * * *
5967 TTGAGAAATATGAAGCAGAAGCTATCCAATGGAGAGAAAAGTCCAGTCATAGTCACTCAAGCTTT
65 TTGGGAAATATGAAGCAAAAGCCATCC-ATAGAGAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGCCTT
*
6032 TGAAAGCCTTATTACTCGCTTTGAAT-GATTTTATATTCTCAT
129 TGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAG-TTTTATATTCTCAT
* * * * * * * *
6074 AATCGATTTGAAGTTGGAATTTTTTACAGTTTTGGTTAAAATATGTTATAATTGATTATTTGTCT
1 AATTGATTTTAAGTTGGATTTTTTTACATTTTTGATTAAAATATGTTATAATTGAATGTTTGCCT
* * * * * * * *
6139 AGGGAAATGTGAAGCAAAAGCTATCCATGGGAAAGAAAAGTCTATTTATATTCACTTAAGCCTTT
66 TGGGAAATATGAAGCAAAAGCCATCCAT-AGAGAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGCCTTT
* *
6204 GAAAGCCTTATTACTCTCTTTAAATAGTTTTATATTTTCAT
130 GAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATATTCTCAT
* * * * *
6245 AATTGATTTTAAGTTGGGTTTTTTCACATTTTTTGGTTAAAATTTGTTATAATTGAATGTTTTCC
1 AATTGATTTTAAGTTGGATTTTTTTACA-TTTTTGATTAAAATATGTTATAATTGAATGTTTGCC
*** * * * * * *
6310 TCAAGAAATGTGAAGCAAAAGCCA-CCTATTAAAGAGTAAAGTACATTTATACTTACTCAAGCCT
65 TTGGGAAATATGAAGCAAAAGCCATCC-A-TAGAGAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGCCT
* * * *
6374 TTGAATA-CCTAATTACTCGTTTTAAATAGTTTTGTATTCACAT
128 TTGAA-AGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATATTCTCAT
* * * *
6417 AATTGATTTTAAGCT-GATTTTTTTCACAATTTTGGTTAAAATATGTTATAATTGAATGTCTGCC
1 AATTGATTTTAAGTTGGATTTTTTT-ACATTTTTGATTAAAATATGTTATAATTGAATGTTTGCC
** * * * * * *
6481 TCAGGAGACATTAAGCGAAAGCCATCCATTAGAGAGAAAAGTCAATTTATAGTCACTCAAGTCTT
65 TTGGGAAATATGAAGCAAAAGCCATCCA-TAGAGAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGCCTT
*
6546 TGAAAGCCCTATTACTCGCTTTAAATTA-TTTTATATTCTCAT
129 TGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAA-TAGTTTTATATTCTCAT
* * * *
6588 AATTGGTTTTAAGGTGGACTTTTTTAC-TTTTTTAGTT-AAATATGTTATAATTGAATGTTTGCC
1 AATTGATTTTAAGTTGGATTTTTTTACATTTTTGA-TTAAAATATGTTATAATTGAATGTTTGCC
* * * * * * *
6651 CTGAGAAACATGAAGTAAAAGCCATCCACTA-ACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACGCAAGTCT
65 TTGGGAAATATGAAGCAAAAGCCATCCA-TAGA-GAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGCCT
** * *
6715 CCGAAAGCTTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATATTCTCAT
128 TTGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATATTCTCAT
* * * * * **
6758 AATTGATTTTAAGTTAGATTTTTTTATATTATTGGTTAAAATATGCTATAATTGAATGGCTGCCT
1 AATTGATTTTAAGTTGGATTTTTTTACATTTTTGATTAAAATATGTTATAATTGAATGTTTGCCT
* * *
6823 TGGGAAACATGAAGCAAAAGCCATCCATTAGAGAGAAAAGTCTATTTATAGTCACTCAAGTCTTT
66 TGGGAAATATGAAGCAAAAGCCATCCA-TAGAGAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGCCTTT
* * * *
6888 GAAATCCGTATTACTTGCCTTAAATAGTTTTATATTCTCAT
130 GAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATATTCTCAT
* * * * **
6929 AATTGATTTTAAATTGAATTTTTTTCCCATTTTT-AGTTAAAATATGTTATAATTGAATGTCTAT
1 AATTGATTTTAAGTTGGATTTTTTT-ACATTTTTGA-TTAAAATATGTTATAATTGAATGTTTGC
* ** * * * * * *** *
6993 TTTAAGAAACATGAAGCAAAAGCCAGCCGTCATAGAGAGAAGTCCATTTATAGTTGTTCAA-ACT
64 CTTGGGAAATATGAAGCAAAAGCCATCCAT-AGAGAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGCCT
* * * *
7057 TTGAAAGCCATATTTCTCGCTTTAAATGGTTTTATATTGTCAT
128 TTGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATATTCTCAT
* * * * * * ** *
7100 AATTCATTGTAAGTTGGATATTTATACATTTTTGGTTAAAATATGTTGTAATAAAATGTCTGCCT
1 AATTGATTTTAAGTTGGATTTTTTTACATTTTTGATTAAAATATGTTATAATTGAATGTTTGCCT
* ** * * * * * *
7165 TGGAAAATGCGAAGTAAAAGCCACCCATTAGAGGGAAAAGTCAATTTATAGTCACTCAAGTCGTT
66 TGGGAAATATGAAGCAAAAGCCATCCA-TAGAGAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGCCTTT
* * * *
7230 AAAAGCCTTATTACTTGCCTTAAAT-GGTTTATATTCTCAT
130 GAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATATTCTCAT
** * *
7270 AATTGATTTTAAGTTGGATTTTTTTTTATTTTT-AGTTAAAATAGGTTATAATTGAATGTTTGTC
1 AATTGATTTTAAGTTGGATTTTTTTACATTTTTGA-TTAAAATATGTTATAATTGAATGTTTGCC
**** ** * ** *
7334 TCAACAAACGTGAAGCAAAAGCCATCCATCATAGAGAAAAGTCCATTTATAGTTGCTTAAG-CTT
65 TTGGGAAATATGAAGCAAAAGCCATCCAT-AGAGAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGCCTT
*
7398 TGAAAGCCATATTACTCGCTTTAAAT-GATTTTATATTCTCAT
129 TGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAG-TTTTATATTCTCAT
* * *
7440 AATTCATTTTAAGTTGGATATTTATACATT
1 AATTGATTTTAAGTTGGATTTTTTTACATT
Statistics
Matches: 1412, Mismatches: 292, Indels: 70
0.80 0.16 0.04
Matches are distributed among these distances:
169 28 0.02
170 370 0.26
171 734 0.52
172 277 0.20
173 3 0.00
ACGTcount: A:0.33, C:0.13, G:0.15, T:0.39
Consensus pattern (170 bp):
AATTGATTTTAAGTTGGATTTTTTTACATTTTTGATTAAAATATGTTATAATTGAATGTTTGCCT
TGGGAAATATGAAGCAAAAGCCATCCATAGAGAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGCCTTTG
AAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATATTCTCAT
Done.