Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: NW_018397949.1 Herrania umbratica cultivar Fairchild unplaced genomic scaffold, ASM216827v2 scaffold_1253.0, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000
Length: 8534
ACGTcount: A:0.33, C:0.11, G:0.11, T:0.31
Warning! 1236 characters in sequence are not A, C, G, or T
Found at i:914 original size:172 final size:170
Alignment explanation
Indices: 709--1022 Score: 414
Period size: 172 Copynumber: 1.8 Consensus size: 170
699 NNNNNNNNNN
* ** ** *
709 AATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGAATATAAAT-GAGCTTTTTTTGTCAATGAATGCCTTTTTC
1 AATAAGGCTTTTAAAGGAATGGGTGAATATAAATGGA-CTTTGCTTACCAATGAATGCCTTATTC
* * * * * *
773 TTTACATTTCTCGAAGTAAACTTTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATGTAATAAAAATTCT
65 TTCACATTTCTCGAAGTAAACATTCAATTAAAATCTGTTTAAACAAAAAAAGTAA-AAAAATTC-
*
838 ACCTTAAAATCAATTTGAGATTATAGAACCACTTAAAGTGAGT
128 AACTTAAAATCAATTTGAGATTATAGAACCACTTAAAGTGAGT
* * *
881 AATAAGGCTTTTAAAGGAATGGGTTACTATAAATGGACTTTGCTTACCAATGAATGCCTTATTGT
1 AATAAGGCTTTTAAAGGAATGGGTGAATATAAATGGACTTTGCTTACCAATGAATGCCTTATTCT
* * * *
946 TCACATTTCTCGAGGTAGACATTCACTTAAAATCTGTTTAAATAAAAAAAGTAAAAAAATTCAAC
66 TCACATTTCTCGAAGTAAACATTCAATTAAAATCTGTTTAAACAAAAAAAGTAAAAAAATTCAAC
1011 TTAAAATCAATT
131 TTAAAATCAATT
1023 ATTAGTTTNN
Statistics
Matches: 121, Mismatches: 20, Indels: 4
0.83 0.14 0.03
Matches are distributed among these distances:
170 14 0.12
171 8 0.07
172 97 0.80
173 2 0.02
ACGTcount: A:0.38, C:0.13, G:0.14, T:0.35
Consensus pattern (170 bp):
AATAAGGCTTTTAAAGGAATGGGTGAATATAAATGGACTTTGCTTACCAATGAATGCCTTATTCT
TCACATTTCTCGAAGTAAACATTCAATTAAAATCTGTTTAAACAAAAAAAGTAAAAAAATTCAAC
TTAAAATCAATTTGAGATTATAGAACCACTTAAAGTGAGT
Found at i:3451 original size:171 final size:170
Alignment explanation
Indices: 2313--5700 Score: 2096
Period size: 171 Copynumber: 19.9 Consensus size: 170
2303 NNAGGCTTGA
* * * *
2313 GTGACTATAAATAGACTTTTCATGTCAAT-AGATGACTTTTACTTTAC-GTTCTTCAAGGTAGAC
1 GTGACTATAAATAGACTTTTCTTGTCAATGA-ATGCCTTTTTCTTTACATTTCTT-AAGGTAGAC
** * * * * ***
2376 ATTCAATTATAGCCTTTTTTAAGCGAAAGA-GTAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTTTGAGNNN
64 ATTCAATTATAATCTGTTTTAA-CCAAAAATGTAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATT
******** * * * *
2440 NNNNNNNTATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTCTAAAGGAATAGA
128 ATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAAT-GG
* * * * ** *
2484 G-GACTATAAATAGACTTTACTTGTCAATGAATACCTTTTTGTTCACATTTCTCGATGTAGACAT
1 GTGACTATAAATAGACTTTTCTTGTCAATGAATGCCTTTTTCTTTACATTTCTTAAGGTAGACAT
* * * * * * *
2548 TCACTTA-AAGTCTCTTTAAACTAAAAATGTAAAAAAATTTAACTTAAAATCAATTATTAGTTTA
66 TCAATTATAA-TCTGTTTTAACCAAAAATGT-AAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTA
** ** * ** *
2612 TAAAGGCATTTAAAGCAAGTAATAATGCTTTTGAAGGCTTGA
129 TAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGG
* * * ** * * * * *** **
2654 GTGATTGTAAATGGACTTTTCGTAAT-AAT-AGATGGCTTTTGCTTCACATTCCCCGAGACAGAC
1 GTGACTATAAATAGACTTTTC-TTGTCAATGA-ATGCCTTTTTCTTTACATTTCTTAAGGTAGAC
* * * * * * * * *
2717 ATTTAATCAT-AGCTTTTTTGAACAAAAAATATATAAAAAATCAACTTAAAATCAATTTTGAAAT
64 ATTCAATTATAATCTGTTTT-AACCAAAAATGTA-AAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGAT
* * *
2781 TATAAAACCATTTAACGCGAGTAATAAGGCTTTTGAGGGAATGG
127 TATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGG
********** * * * ** * **
2825 GTGACTATAAATAGACTTNNNNNNNNNNTGAATACATTTTTCTTCATTTTTCTTGAGACAGACAT
1 GTGACTATAAATAGACTTTTCTTGTCAATGAATGCCTTTTTCTTTACATTTCTTAAGGTAGACAT
* ** * * * * * *
2890 TTAATTATAGCCTATTTTGACTAAAAACGT-GAAAA--C--CTTAAAATCAATTATGTGATTATA
66 TCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATA
* ** * **
2950 AAATCATTTAAAACGAGTAACAACACTTTTGAAGGAATGG
131 AAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGG
* * * ** * ** **
2990 GTGACTATAAATGGACTTTACGTGAAAATAAATATCTTTTT-TTT-CATGTTTCTCGAGGTAGAC
1 GTGACTATAAATAGACTTTTCTTGTCAATGAATGCCTTTTTCTTTACA--TTTCTTAAGGTAGAC
* ** * * * *
3053 ATTCAATTATAATCTGTTTTGATGAAAAATGTAAAAAAGCTAAACTTAAAATCAATTATCAGCTT
64 ATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAA-TTCAACTTAAAATCAATTATGAGATT
* ********** * ** *
3118 ATAAAACCTTTTAANNNNNNNNNNAAGGCTTTCGAAGGCTTTG
128 ATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGG
* ** * * ** * *
3161 GTGACTATAAATAGAATTTTGGTGTCAATGGATGGCTTTTTC-TT-CATGTTCACCAAGGCATAC
1 GTGACTATAAATAGACTTTTCTTGTCAATGAATGCCTTTTTCTTTACAT-TTC-TTAAGGTAGAC
** * ********** *
3224 ATTCAATTATAGCCTTTTTTAACCAAAAATGTAAAAGANNNNNNNNNNAAATCAATTATGAGCTT
64 ATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAA-AATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATT
* * * *
3289 ATAAAACTATTTAAAATGATTAATAAGGCTTTTGAAGGAAAGG
128 ATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGG
* * * * * *
3332 CTGACTATAAATAGATTTTTCTTGTGAATGAATACCTTTTTCTTTACCTTTTTTAAGGTAGACAT
1 GTGACTATAAATAGACTTTTCTTGTCAATGAATGCCTTTTTCTTTACATTTCTTAAGGTAGACAT
* * ** * *
3397 TGAATTATAATCTATTTTAATTAAAAATGTAAATTAATTCAACTTAAGATCAATTATGAGATTAT
66 TCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATGTAAA-AAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTAT
* * * *
3462 AAAACCATTTTAGGCGAGTAATAAAGCTTTTGAAGGAATGG
130 AAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGG
* * * * * * *
3503 GTGAATATAAAT-GAACTTTTCTT-ACTAATGAATGTCTTTTTCTTCACGTTTCTCAAGGAAGAC
1 GTGACTATAAATAG-ACTTTTCTTGTC-AATGAATGCCTTTTTCTTTACATTTCTTAAGGTAGAC
* * * * * *
3566 ATTCAATTATAATCTGTTTTAACTAAAAATATAAAAAAATTTAATTTAAAATCAATTATGAGGTN
64 ATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATGT-AAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATT
********* ** *
3631 NNNNNNNNNTTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCATGG
128 ATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGG
* * *** * ** *
3674 GTGACTATTAGT-GAACTTTTCCAATCAATGAATGACTTTTTC-TTA-ATGTTCTCGAGGTAGAT
1 GTGACTATAAATAG-ACTTTTCTTGTCAATGAATGCCTTTTTCTTTACAT-TTCTTAAGGTAGAC
* * * *
3736 ATTCAATTATAATTTGTTTTAACCAAAAATATAAAAAGAAATTTAACTTAAAATCAATTTTGAGA
64 ATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATGT--AAA-AAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGA
* *** *
3801 ATATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATACTTCTTTTGAAGGAATAG
126 TTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGG
* * * * *
3846 ATGACTACAAAT-GAACTTTTCTTAG-CAATGAATGCCTTTTTCTTTACGTTTCTTGATGTAGAC
1 GTGACTATAAATAG-ACTTTTCTT-GTCAATGAATGCCTTTTTCTTTACATTTCTTAAGGTAGAC
* * * ** * * *
3909 ATTCAATGATAGTCCGTTTTAATGAAAAATGTAAAAAAATTCAATTTAAAATTAATTATTAGATT
64 ATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATGT-AAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATT
* *
3974 ATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAACGTTTTTGAAGGAATGG
128 ATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGG
* * * * * *
4017 GTGAATATAAATTA-ACTTTTCTTGCCAAGGAATGCCTTTTTCTTCATATTTCTTGAGGTAGACA
1 GTGACTATAAA-TAGACTTTTCTTGTCAATGAATGCCTTTTTCTTTACATTTCTTAAGGTAGACA
* * * *
4081 TTCAATTACAATCTGTTTTAGCCAGAAATGTAAAACAAATTCAACTTAAAATCAATTTTGAGATT
65 TTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATGT-AAA-AAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATT
* * *
4146 ATAAAACCATTTAAAATGAGTAATAAGTCTTTTAAAGGAATGG
128 ATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGG
* * * *
4189 GTGACTATAAATGGACTTTTCTTAG-CAATAAATGCCCTTTTCTTTACATTTCTCGAA-GTAGAC
1 GTGACTATAAATAGACTTTTCTT-GTCAATGAATGCCTTTTTCTTTACATTTCT-TAAGGTAGAC
* * * * * * * * *
4252 ATTCGATTATAGTCTATGTTAACAAAAAATGTAAAAGAATTGAGCCTAAAATCAATTTTGAGATT
64 ATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAA-AATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATT
* * *
4317 ATAAAACGATTAAAAGTGAGTAATAAAGCTTTTGAAAGG-ATGG
128 ATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTG-AAGGAATGG
** * * * * *
4360 GTGAGAATAAACAGACATTTCTTATCAATGAATG-CTTTTT-TTCTCACATTTCTTAAGGGAAAC
1 GTGACTATAAATAGACTTTTCTTGTCAATGAATGCCTTTTTCTT-T-ACATTTCTTAAGGTAGAC
* * ** *
4423 ATTTAATTATAA-CTTGTTTTAACTAAAAAAATAAAAATATTCAACTTAAAGTCAATTATGAGAT
64 ATTCAATTATAATC-TGTTTTAACCAAAAATGTAAAAA-ATTCAACTTAAAATCAATTATGAGAT
* * * *
4487 TCTAAAACCATTTAAAGTGAGTAGTAAGGCTTTTGAAGGGATGT
127 TATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGG
* * * * ***
4531 GTGACTATAAATAGACTTTTCTTGTCAATGAATCCCTTTTTATTTACGTTTCTCAATACAGACAA
1 GTGACTATAAATAGACTTTTCTTGTCAATGAATGCCTTTTTCTTTACATTTCTTAAGGTAGAC-A
* * ** * * *
4596 TT-AATTATTATTTGTTTTAATAAAAAATGTAAAACAAATTCAACTTCAAATCAATTTTAAGATT
65 TTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATGT-AAA-AAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATT
* * *
4660 GTAAAACCATTTAAAGGGAGTAATAAGGCTTTTGAAGAAATGG
128 ATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGG
* * * ** * * * * * ** * *
4703 CTAACTGTACGTGGACTTTACTTGCCAATGAATGCC-TTTT-TTCACGTTTCTCGAGGTGGACAA
1 GTGACTATAAATAGACTTTTCTTGTCAATGAATGCCTTTTTCTTTACATTTCTTAAGGTAGACAT
* * * * * *
4766 TCACTTA-AAGCTTGTTTTAACCAAAAATGCATAAAAATTCAACTTAAAATCAACTATTAGTTTA
66 TCAATTATAATC-TGTTTTAACCAAAAATGTA-AAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTA
* ** ** ** *
4830 TAAAGCCATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCTTGA
129 TAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGG
* * * * * * * * *
4872 GCGACTATAAATGGACATTTCGTGCCAATGGATG-GTTTTTGCTTCACATTCCTTAAGGTAGACA
1 GTGACTATAAATAGACTTTTCTTGTCAATGAATGCCTTTTT-CTTTACATTTCTTAAGGTAGACA
** * * ** *
4936 TTCAATTATAGCCTTTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTTAACTTAAAATCAAAGATGGGATTA
65 TTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATGT-AAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTA
* * *
5001 TAAAACCATTTAACGTGACTAATAAGACTTTTGAAGGAATGG
129 TAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGG
* * * ** *
5043 GTGACTATAAATAGTAC-TTTCTTGCCATTTAATGCCTTTTTCTTTATGTTTCTTGAGGTAGACA
1 GTGACTATAAATAG-ACTTTTCTTGTCAATGAATGCCTTTTTCTTTACATTTCTTAAGGTAGACA
* * * * * *
5107 TTCAATTA-AAGTCTATTTTAACTAAAAATGTGAAAACATTCACCTTAAAATCAATTATTAGATC
65 TTCAATTATAA-TCTGTTTTAACCAAAAATGT-AAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATT
* *
5171 ATAAAACCATTTAAAATGAGTAATAAGGCTTTTGACA-GAATAG
128 ATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGA-AGGAATGG
* ** ** * *
5214 GTGACTATAAATGGACTTGACTTGAAAATGAATGCCTTTTTCTTCACATTTCTCAAGGTAGACAT
1 GTGACTATAAATAGACTTTTCTTGTCAATGAATGCCTTTTTCTTTACATTTCTTAAGGTAGACAT
** * * * * * *
5279 TGTATTATAGTCTGTTTTGACCAAAAATGTAAAAATATTCAATTTAAAATTAATTATTAGTTTAT
66 TCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAA-ATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTAT
**
5344 AAAACCATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTT--A--AA-GG
130 AAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGG
* * * * * * ** ** *
5380 CT---TATAAATGGACCTTTCTTGTCAATGGATGGCTTTTGC-TT-CATGTTCCCCAACATAAAC
1 GTGACTATAAATAGACTTTTCTTGTCAATGAATGCCTTTTTCTTTACAT-TT-CTTAAGGTAGAC
* ** * *
5440 ATTCCATTATAGCCTTTTTTAACCAAAAAAGTAAAATAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATT
64 ATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAA-AATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATT
* ** * ** *
5505 ATAATATTATTTAACA-CGAGTAATAAGGCTTTT-AAAAAATGA
128 ATAAAACCATTTAA-AGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGG
* * ** * * * *
5547 GTGACTAGAAAT-GAACTTTTTTTACCATTGAATGCCTTTTT-TTTCACATTTTTTGAGATAGAC
1 GTGACTATAAATAG-ACTTTTCTTGTCAATGAATGCCTTTTTCTTT-ACATTTCTTAAGGTAGAC
* * ** * *
5610 AGT-AATTTATAGTCTGTTTTAAGTAAAAATATGAAACAAATTCACCTTAAAATCAATTATGAGA
64 ATTCAA-TTATAATCTGTTTTAACCAAAAATGT-AAA-AAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGA
* *
5674 TTATAAAACTATTTAAAATGAGTAATA
126 TTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATA
5701 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 2463, Mismatches: 659, Indels: 190
0.74 0.20 0.06
Matches are distributed among these distances:
161 3 0.00
162 3 0.00
163 117 0.05
164 5 0.00
165 118 0.05
166 8 0.00
167 5 0.00
168 1 0.00
169 105 0.04
170 232 0.09
171 1456 0.59
172 362 0.15
173 47 0.02
174 1 0.00
ACGTcount: A:0.37, C:0.12, G:0.14, T:0.35
Consensus pattern (170 bp):
GTGACTATAAATAGACTTTTCTTGTCAATGAATGCCTTTTTCTTTACATTTCTTAAGGTAGACAT
TCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATA
AAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGG
Found at i:3997 original size:514 final size:510
Alignment explanation
Indices: 2448--5700 Score: 1711
Period size: 514 Copynumber: 6.4 Consensus size: 510
2438 NNNNNNNNNT
* * * * * * * *
2448 ATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTCTAAAGGAATAGAG-GACTATAAATAGACTTTACTTGTCAAT
1 ATTTAAAGTGAGTAATAAAGCTTTTGAAGGAAT-GGGTGAATATAAATA-ACTTTTCTTCT-AAT
* * * * * * * * *
2512 GAATACCTTTTTGTTCACATTTCTCGATGTAGACATTCACTTA-AAGTCTCTTTAAACTAAAAAT
63 GAATGCCTTTTTCTTCACGTTTCTCAAGGAAGACATTCAATTATAA-TCTGTTTTAACTAAAAAT
* * * ** *** *
2576 GTAAAA-AAATTTAACTTAAAATCAATTATTAGTTTATAAAGGCATTTAAAGCAAGTAATAATGC
127 GTAAAACAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAATGAGTAATAAGGC
** ** * * * * * * * * *
2640 TTTTGAAGGCTTGAGTGATTGTAAATGGACTTTTCGTAA-TAATAGATG-GCTTTTGCTTCACAT
192 TTTCAAAGGAATGGGTGACTATAAATGAACTTTTC-CAAGCAATAAATGACCTTTT-CTTTACAT
* * * * * * * * * * *
2703 TCCCCG-AGACAGACATTTAATCAT-AGCTTTTTTGAACAAAAAATATATAAA-AAATCAACTTA
255 TTCTCGAAG-TAGACATTCAATTATAATCTATGTT-AACAAAAAATATA-AAAGAATTGAACCTA
* * * * * * *
2765 AAATCAATTTTGAAATTATAAAACCATTTAACGCGAGTAATAAGGCTTTTGAGGGAATGGGTGAC
317 AAATCAATTTTGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAAGCTTTTGAAGGAATAGATGAC
********** * * * ** * ** *
2830 TATAAATAGACTTNNNNNNNNNNTGAATACATTTTTCTTCATTTTTCTTGAGACAGACATTTAAT
382 TATAAATAGACTTTTCTTAGCAATGAATGCCTTTTTCTTTACATTTCTTAAGGTAGACATTCAAT
* * * * * * *
2895 TATAGCCTATTTTGACTAAAAACGT--GAAAA--C--CTTAAAATCAATTATGTGATTATAAAAT
447 TATA-TCTGTTTT-AATAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAAC
2954 C
510 C
** * * * * ***
2955 ATTTAAAACGAGTAACAACA-CTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTACGTGAAAAT
1 ATTTAAAGTGAGTAATAA-AGCTTTTGAAGGAATGGGTGAATATAAAT-AACTTTTC-TTCTAAT
* ** * * * * *
3019 AAATATCTTTTTTTTCATGTTTCTCGAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTGA-TGAAAAAT
63 GAATGCCTTTTTCTTCACGTTTCTCAAGGAAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACT-AAAAAT
** * * * * **********
3083 GTAAAA-AAGCTAAACTTAAAATCAATTATCAGCTTATAAAACCTTTTAANNNNNNNNNNAAGGC
127 GTAAAACAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAATGAGTAATAAGGC
* ** * *** ** * *
3147 TTTCGAAGGCTTTGGTGACTATAAATAGAA-TTTT-GGTGTCAATGGATGGCTTTTTC-TT-CAT
192 TTTCAAAGGAATGGGTGACTATAAAT-GAACTTTTCCAAG-CAATAAATGACCTTTTCTTTACAT
* * * * ** * * * * **********
3208 GTTCACCAAGGCATACATTCAATTATAGCCTTTTTTAACCAAAAATGTAAAAGANNNNNNNNNNA
255 -TTCTCGAA-GTAGACATTCAATTATAATCTATGTTAACAAAAAATATAAAAGAATTGAACCTAA
* * * * * * *
3273 AATCAATTATGAGCTTATAAAACTATTTAAAATGATTAATAAGGCTTTTGAAGGAA-AGGCTGAC
318 AATCAATTTTGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAAGCTTTTGAAGGAATA-GATGAC
* * * * * *
3337 TATAAATAGATTTTTCTT-GTGAATGAATACCTTTTTCTTTACCTTTTTTAAGGTAGACATTGAA
382 TATAAATAGACTTTTCTTAG-CAATGAATGCCTTTTTCTTTACATTTCTTAAGGTAGACATTCAA
* ** *
3401 TTATAATCTATTTTAATTAAAAATGTAAATTAATTCAACTTAAGATCAATTATGAGATTATAAAA
446 TTAT-ATCTGTTTTAA-TAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAA
3466 CC
509 CC
* * *
3468 ATTTTAGGCGAGTAATAAAGCTTTTGAAGGAATGGGTGAATATAAATGAACTTTTCTTACTAATG
1 ATTTAAAGTGAGTAATAAAGCTTTTGAAGGAATGGGTGAATATAAAT-AACTTTTCTT-CTAATG
* *
3533 AATGTCTTTTTCTTCACGTTTCTCAAGGAAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACTAAAAATAT
64 AATGCCTTTTTCTTCACGTTTCTCAAGGAAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACTAAAAATGT
* * * ********** *
3598 AAAA-AAATTTAATTTAAAATCAATTATGAGGTNNNNNNNNNNTTTAAAGTGAGTAATAAGGCTT
129 AAAACAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAATGAGTAATAAGGCTT
* * * * * *
3662 TCAAAGGCATGGGTGACTATTAGTGAACTTTTCCAATCAATGAATGACTTTTTC-TTA-ATGTTC
194 TCAAAGGAATGGGTGACTATAAATGAACTTTTCCAAGCAATAAATGACCTTTTCTTTACAT-TTC
* * * * * * * *
3725 TCGAGGTAGATATTCAATTATAATTTGTTTTAACCAAAAATATAAAAAGAAATTTAACTTAAAAT
258 TCGAAGTAGACATTCAATTATAATCTATGTTAACAAAAAATAT-AAAAG-AATTGAACCTAAAAT
* *** *
3790 CAATTTTGAGAATATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATACTTCTTTTGAAGGAATAGATGACTACA
321 CAATTTTGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAAGCTTTTGAAGGAATAGATGACTATA
* * * *
3855 AAT-GAACTTTTCTTAGCAATGAATGCCTTTTTCTTTACGTTTCTTGATGTAGACATTCAATGAT
386 AATAG-ACTTTTCTTAGCAATGAATGCCTTTTTCTTTACATTTCTTAAGGTAGACATTCAATTAT
* * * *
3919 AGTCCGTTTTAATGAAAAATGTAAAAAAATTCAATTTAAAATTAATTATTAGATTATAAAACC
450 A-TCTGTTTTAAT-AAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACC
* * * *
3982 ATTTAAAGTGAGTAATAACGTTTTTGAAGGAATGGGTGAATATAAATTAACTTTTCTTGCCAAGG
1 ATTTAAAGTGAGTAATAAAGCTTTTGAAGGAATGGGTGAATATAAA-TAACTTTTCTT-CTAATG
** ** * * * * *
4047 AATGCCTTTTTCTTCATATTTCTTGAGGTAGACATTCAATTACAATCTGTTTTAGCCAGAAATGT
64 AATGCCTTTTTCTTCACGTTTCTCAAGGAAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACTAAAAATGT
* *
4112 AAAACAAATTCAACTTAAAATCAATTTTGAGATTATAAAACCATTTAAAATGAGTAATAAGTCTT
129 AAAACAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAATGAGTAATAAGGCTT
* * ** *
4177 TTAAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTAGCAATAAATGCCCTTTTCTTTACATTTCT
194 TCAAAGGAATGGGTGACTATAAATGAACTTTTCCAAGCAATAAATGACCTTTTCTTTACATTTCT
* * * *
4242 CGAAGTAGACATTCGATTATAGTCTATGTTAACAAAAAATGTAAAAGAATTGAGCCTAAAATCAA
259 CGAAGTAGACATTCAATTATAATCTATGTTAACAAAAAATATAAAAGAATTGAACCTAAAATCAA
* * * * **
4307 TTTTGAGATTATAAAACGATTAAAAGTGAGTAATAAAGCTTTTGAAAGG-ATGGGTGAGAATAAA
324 TTTTGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAAGCTTTTG-AAGGAATAGATGACTATAAA
* * * * * *
4371 CAGACATTTCTTATCAATGAATG-CTTTTT-TTCTCACATTTCTTAAGGGAAACATTTAATTATA
388 TAGACTTTTCTTAGCAATGAATGCCTTTTTCTT-T-ACATTTCTTAAGGTAGACATTCAATTATA
* ** * * *
4434 ACTTGTTTTAACTAAAAAAATAAAAATATTCAACTTAAAGTCAATTATGAGATTCTAAAACC
451 TC-TGTTTTAA-TAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACC
* * * * * *
4496 ATTTAAAGTGAGTAGTAAGGCTTTTGAAGGGATGTGTGACTATAAATAGACTTTTCTTGTCAATG
1 ATTTAAAGTGAGTAATAAAGCTTTTGAAGGAATGGGTGAATATAAATA-ACTTTTCTTCT-AATG
* * * * * *
4561 AATCCCTTTTTATTTACGTTTCTCAA-TACAGACAATT-AATTATTATTTGTTTTAA-TAAAAAA
64 AATGCCTTTTTCTTCACGTTTCTCAAGGA-AGAC-ATTCAATTATAATCTGTTTTAACT-AAAAA
* * * * **
4623 TGTAAAACAAATTCAACTTCAAATCAATTTTAAGATTGTAAAACCATTTAAAGGGAGTAATAAGG
126 TGTAAAACAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAATGAGTAATAAGG
** * * * * ** * * ** * * *
4688 CTTTTGAAGAAATGGCTAACTGTACGTGGAC-TTTACTTGCCAATGAATG-CCTTTT-TTCACGT
191 CTTTCAAAGGAATGGGTGACTATAAATGAACTTTTCCAAG-CAATAAATGACCTTTTCTTTACAT
* * * * * * * *
4750 TTCTCGAGGTGGACAATCACTTA-AAGCT-TGTTTTAACCAAAAATGCAT-AAA-AATTCAACTT
255 TTCTCGAAGTAGACATTCAATTATAATCTATG--TTAACAAAAAAT--ATAAAAGAATTGAACCT
* * * ** * ** * * *
4811 AAAATCAACTATT-AGTTTATAAAGCCATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTCAAAGG-CTTGAGC
316 AAAATCAA-TTTTGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAAGCTTTTGAAGGAATAGA-T
* * * * * * *
4874 GACTATAAATGGACATTTCGT-GCCAATGGATG-GTTTTTGCTTCACATTCCTTAAGGTAGACAT
379 GACTATAAATAGACTTTTCTTAG-CAATGAATGCCTTTTT-CTTTACATTTCTTAAGGTAGACAT
* * * * ** *
4937 TCAATTATAGCCTTTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTTAACTTAAAATCAAAGATGGGATTAT
442 TCAATTATA-TCTGTTTTAA-TAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTAT
5002 AAAACC
505 AAAACC
* * * * *
5008 ATTTAACGTGACTAAT-AAGACTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATAGTAC-TTTCTTGCCAT
1 ATTTAAAGTGAGTAATAAAG-CTTTTGAAGGAATGGGTGAATATAAATA--ACTTTTCTT-CTAA
* * * ** * *
5071 TTAATGCCTTTTTCTTTATGTTTCTTGAGGTAGACATTCAATTA-AAGTCTATTTTAACTAAAAA
62 TGAATGCCTTTTTCTTCACGTTTCTCAAGGAAGACATTCAATTATAA-TCTGTTTTAACTAAAAA
* * *
5135 TGTGAAAAC--ATTCACCTTAAAATCAATTATTAGATCATAAAACCATTTAAAATGAGTAATAAG
126 TGT-AAAACAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAATGAGTAATAAG
* * * * * *
5198 GCTTTTGACA-GAATAGGTGACTATAAATGGACTTGACTT-GAA--AATGAATG-CCTTTTTCTT
190 GC-TTTCAAAGGAATGGGTGACTATAAATGAACTT---TTCCAAGCAATAAATGACC-TTTTCTT
* ** * * * * * * *
5258 CACATTTCTC-AAGGTAGACATTGTATTATAGTCTGTTTTGACCAAAAATGTAAAA-ATATTCAA
250 TACATTTCTCGAA-GTAGACATTCAATTATAATCTATGTTAACAAAAAATATAAAAGA-ATTGAA
** * * ** *
5321 TTTAAAATTAATTATT-AGTTTATAAAACCATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTT-----AA-AG
313 CCTAAAATCAATT-TTGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAAGCTTTTGAAGGAATAG
* * * * * ** ** *
5379 --G-CTTATAAATGGACCTTTCTT-GTCAATGGATGGCTTTTGC-TT-CATGTTCCCCAACATAA
377 ATGAC-TATAAATAGACTTTTCTTAG-CAATGAATGCCTTTTTCTTTACAT-TT-CTTAAGGTAG
* * * * * *
5438 ACATTCCATTATAGCCTTTTTTAACCAAAAAAGTAAAATAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGA
438 ACATTCAATTATA-TCTGTTTTAA-TAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGA
* **
5503 TTATAATATT
501 TTATAAAACC
* * ** * * * * * *
5513 ATTTAACA-CGAGTAATAAGGCTTTT-AAAAAATGAGTGACTAGAAATGAACTTTTTTTACCATT
1 ATTTAA-AGTGAGTAATAAAGCTTTTGAAGGAATGGGTGAATATAAAT-AACTTTTCTT-CTAAT
* * * ** * * *
5576 GAATGCCTTTTTTTTCACATTTTTTGA-GATAGACAGT-AATTTATAGTCTGTTTTAAGTAAAAA
63 GAATGCCTTTTTCTTCACGTTTCTCAAGGA-AGACATTCAA-TTATAATCTGTTTTAACTAAAAA
* * * *
5639 TATGAAACAAATTCACCTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAATGAGTAATA
126 TGTAAAACAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAATGAGTAATA
5701 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 2139, Mismatches: 508, Indels: 200
0.75 0.18 0.07
Matches are distributed among these distances:
503 12 0.01
504 77 0.04
505 169 0.08
506 17 0.01
507 315 0.15
508 19 0.01
509 2 0.00
510 2 0.00
511 90 0.04
512 326 0.15
513 347 0.16
514 614 0.29
515 107 0.05
516 40 0.02
517 2 0.00
ACGTcount: A:0.38, C:0.12, G:0.14, T:0.35
Consensus pattern (510 bp):
ATTTAAAGTGAGTAATAAAGCTTTTGAAGGAATGGGTGAATATAAATAACTTTTCTTCTAATGAA
TGCCTTTTTCTTCACGTTTCTCAAGGAAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACTAAAAATGTAA
AACAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAATGAGTAATAAGGCTTTC
AAAGGAATGGGTGACTATAAATGAACTTTTCCAAGCAATAAATGACCTTTTCTTTACATTTCTCG
AAGTAGACATTCAATTATAATCTATGTTAACAAAAAATATAAAAGAATTGAACCTAAAATCAATT
TTGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAAGCTTTTGAAGGAATAGATGACTATAAATAG
ACTTTTCTTAGCAATGAATGCCTTTTTCTTTACATTTCTTAAGGTAGACATTCAATTATATCTGT
TTTAATAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACC
Found at i:6088 original size:171 final size:169
Alignment explanation
Indices: 5794--6933 Score: 780
Period size: 171 Copynumber: 6.8 Consensus size: 169
5784 NNNNNNNNNN
* * * * * *
5794 AGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAAAAATTCAACTTCAAATCAATTT
1 AGACATTCAATTATAGTATGTTTTAACCAAAAA--T-ATAAAAAAATTTAACTTAAAATCAATAT
* ** * * *
5859 TGAGATTATAAAATCATTTAAAGTAAGTAATAAGTCTTTTGAAGGAAT-ATGTGACTATAAATAG
63 T-AGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGAATGA-GTGACTATAAATGG
** * *
5923 ACTTTTCTTACCAATGAATGCCTTTTTCTTCACATTTCTGAAGAT
126 ACTTTTCTTACCAATGAATATCTTTTTCTTCACGTTTCTG-AGAC
*
5968 AGACACTCAATTATAGTATGTTTTAACCAAAAATATAAAAAAATTTAACTTAAAATCAACTATTA
1 AGACATTCAATTATAGTATGTTTTAACCAAAAATATAAAAAAATTTAACTTAAAATCAA-TATTA
* * ** *
6033 GTTTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGACTTTCGAAGGCTTGAGTGACTATAAATAGACTT
65 GATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGAATGAGTGACTATAAATGGACTT
* * * * * * *
6098 TTCATGCCAATGGATGA-CTTTTGCTTCACGTTCCCTAAAAC
130 TTCTTACCAATGAAT-ATCTTTTTCTTCACGTT-TCTGAGAC
** * * ** *
6139 AGACATTCAATTATAGCCCTTTTTTAAACAAAAA-AGTAAAAAAAAAATAACTTAAAATCAATTT
1 AGACATTCAATTATAG-TATGTTTTAACCAAAAATA-T-AAAAAAATTTAACTTAAAATCAATAT
* * * * * * *
6203 TGAAATTATAAAACCAGTTAAAGCTAGTACTAAGGC-TTCTAAAGGAAT-AGGGGACCATAAATG
63 T-AGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTC-GAAGGAATGA-GTGACTATAAATG
* * * * *
6266 GACTTTTCTTACAAATAAATATCTTTTTCTTCATGTTTCTCAAGGC
125 GACTTTTCTTACCAATGAATATCTTTTTCTTCACGTTTCT-GAGAC
* * *
6312 ATACATTTAATTATAGTATGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTTAACTTAAAATCAATTATTA
1 AGACATTCAATTATAGTATGTTTTAACCAAAAATATAAAAAAATTTAACTTAAAATCAA-TATTA
* ** * ** * *
6377 GTTTATAAAGTCATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCTTAAGTGA-TGTAAATGGACTT
65 GATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGAATGAGTGACTATAAATGGACTT
** * *
6441 TTGGTAACAAT--AGA----TTTC--C-C----C-GAGAC
130 TTCTTACCAATGAATATCTTTTTCTTCACGTTTCTGAGAC
* * * * * *
6467 AAACATTCAATTATAGTATGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAAATCAACTTGAAATCAATTTTGA
1 AGACATTCAATTATAGTATGTTTTAACCAAAAATATAAAAAAATTTAACTTAAAATCAATATT-A
* ** * *
6532 GATTATAAAACCATTTAACGCGAGTAATAAGGCTTTTTAGGGAATGGGTGACTATAAATGGACTT
65 GATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGAATGAGTGACTATAAATGGACTT
* * * * *
6597 TTCTTGCTATTGAATATCTTTTTCTTCATGTTTCTTGAGGC
130 TTCTTACCAATGAATATCTTTTTCTTCACGTTTC-TGAGAC
* * * * * * * *
6638 ACACATTTAATTATAGTCTATTTTAACTAAAAATGT--GAAAA-CT---TTAAAATCAAT-TATA
1 AGACATTCAATTATAGTATGTTTTAACCAAAAATATAAAAAAATTTAACTTAAAATCAATAT-TA
* * * **
6696 TGATTATAAAGCCATTTAAAACGAGTATTATTGCTCTT-GAAGGAATG-GATGACTATAAATGGA
65 -GATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCT-TTCGAAGGAATGAG-TGACTATAAATGGA
* * * * **
6759 CTTTACGTGA-AAATGAATATCTTTTTCTTCATGTTTCTCGAGGT
127 CTTTTC-TTACCAATGAATATCTTTTTCTTCACGTTTCT-GAGAC
* * * * * *
6803 ACACATTCAATTGT--TATTGGTTTTGACGAAAAATACAAAAAAATTTAACTTAAATTCAATTAT
1 AGACATTCAATTATAGTA-T-GTTTTAACCAAAAATATAAAAAAATTTAACTTAAAATCAA-TAT
* * ** * * ** *
6866 CAGTTTAT-AAACTTTTTAAAGCTAGTAATAAGGATTTCGAAGGCTTGAGTGACTGTAAATGGAC
63 TAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGAATGAGTGACTATAAATGGAC
6930 TTTT
128 TTTT
6934 GGTAACAATG
Statistics
Matches: 752, Mismatches: 163, Indels: 106
0.74 0.16 0.10
Matches are distributed among these distances:
154 3 0.00
155 97 0.13
156 17 0.02
157 1 0.00
158 2 0.00
162 5 0.01
163 1 0.00
164 10 0.01
165 118 0.16
166 3 0.00
167 4 0.01
168 3 0.00
169 7 0.01
170 60 0.08
171 227 0.30
172 54 0.07
173 110 0.15
174 30 0.04
ACGTcount: A:0.39, C:0.13, G:0.13, T:0.35
Consensus pattern (169 bp):
AGACATTCAATTATAGTATGTTTTAACCAAAAATATAAAAAAATTTAACTTAAAATCAATATTAG
ATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGAATGAGTGACTATAAATGGACTTT
TCTTACCAATGAATATCTTTTTCTTCACGTTTCTGAGAC
Found at i:6565 original size:326 final size:335
Alignment explanation
Indices: 5796--6678 Score: 1005
Period size: 344 Copynumber: 2.6 Consensus size: 335
5786 NNNNNNNNAG
* *
5796 ACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAAAAATTCAACTTCAAATCAATTTTG
1 ACATTCAATTATAGTCTGTTTTAACCAAAAATGT-AAAAAAAAA-TCAACTTAAAATCAATTTTG
* * * * * * *
5861 AGATTATAAAATCATTTAAAGTAAGTAATAAGTCTTTTGAAGGAATATGTGACTATAAATAGACT
64 AGATTATAAAACCATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTTAAAGGAATAGGGGACTATAAATGGACT
* ** ** * ** * * *
5926 TTTCTTACCAATGAATGCCTTTTTCTTCACATTTCTGAAGATAGACACTCAATTATAGTATGTTT
129 TTTCTTACAAATGAATATCTTTTTCTTCATGTTTCTCAAGGCACACATTTAATTATAGTATGTTT
* *
5991 TAACCAAAAATATAAAAAAATTTAACTTAAAATCAACTATTAGTTTATAAAACCATTTAAAGCGA
194 TAACCAAAAATGTAAAAAAATTTAACTTAAAATCAACTATTAGTTTATAAAACCATTTAAAGCAA
* **
6056 GTAATAAGACTTTCGAAGGCTTGAGTGACTATAAATAGACTTTTCATGCCAATGGATGACTTTTG
259 GTAATAAGACTTTCGAAGGCTTAAGTGACTATAAATAGACTTTTCATAACAAT-GATGA---TT-
*
6121 CTTCACGTTCCCTAAAACAG
319 CTT-AC--TCCCTAAAACAA
* * * *
6141 ACATTCAATTATAGCCCTTTTTTAAACAAAAAAGTAAAAAAAAAAT-AACTTAAAATCAATTTTG
1 ACATTCAATTATAG-TCTGTTTTAACCAAAAATGT-AAAAAAAAATCAACTTAAAATCAATTTTG
* * * * * *
6205 AAATTATAAAACCAGTTAAAGCTAGTACTAAGGCTTCTAAAGGAATAGGGGACCATAAATGGACT
64 AGATTATAAAACCATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTTAAAGGAATAGGGGACTATAAATGGACT
* *
6270 TTTCTTACAAATAAATATCTTTTTCTTCATGTTTCTCAAGGCATACATTTAATTATAGTATGTTT
129 TTTCTTACAAATGAATATCTTTTTCTTCATGTTTCTCAAGGCACACATTTAATTATAGTATGTTT
* **
6335 TAACCAAAAATGTAAAAAAATTTAACTTAAAATCAATTATTAGTTTATAAAGTCATTTAAAGCAA
194 TAACCAAAAATGTAAAAAAATTTAACTTAAAATCAACTATTAGTTTATAAAACCATTTAAAGCAA
* * * **
6400 GTAATAAGGCTTTCGAAGGCTTAAGTGA-TGTAAATGGACTTTTGGTAACAAT-A-GA-T-TT-C
259 GTAATAAGACTTTCGAAGGCTTAAGTGACTATAAATAGACTTTTCATAACAATGATGATTCTTAC
* *
6459 -CCC-GAGACAA
324 TCCCTAAAACAA
* *
6469 ACATTCAATTATAGTATGTTTTAACCAAAAATGT-AAAAAAAATCAACTTGAAATCAATTTTGAG
1 ACATTCAATTATAGTCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAAAATCAACTTAAAATCAATTTTGAG
* * * *
6533 ATTATAAAACCATTTAACGCGAGTAATAAGGCTTTTTAGGGAAT-GGGTGACTATAAATGGACTT
66 ATTATAAAACCATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTTAAAGGAATAGGG-GACTATAAATGGACTT
* * * ** * *
6597 TTCTTGCTATTGAATATCTTTTTCTTCATGTTTCTTGAGGCACACATTTAATTATAGTCTATTTT
130 TTCTTACAAATGAATATCTTTTTCTTCATGTTTCTCAAGGCACACATTTAATTATAGTATGTTTT
* *
6662 AACTAAAAATGTGAAAA
195 AACCAAAAATGTAAAAA
6679 CTTTAAAATC
Statistics
Matches: 462, Mismatches: 73, Indels: 25
0.82 0.13 0.04
Matches are distributed among these distances:
325 12 0.03
326 141 0.31
327 15 0.03
328 18 0.04
329 3 0.01
332 1 0.00
334 2 0.00
336 1 0.00
340 2 0.00
341 1 0.00
343 18 0.04
344 208 0.45
345 14 0.03
346 26 0.06
ACGTcount: A:0.40, C:0.13, G:0.12, T:0.34
Consensus pattern (335 bp):
ACATTCAATTATAGTCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAAAATCAACTTAAAATCAATTTTGAG
ATTATAAAACCATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTTAAAGGAATAGGGGACTATAAATGGACTTT
TCTTACAAATGAATATCTTTTTCTTCATGTTTCTCAAGGCACACATTTAATTATAGTATGTTTTA
ACCAAAAATGTAAAAAAATTTAACTTAAAATCAACTATTAGTTTATAAAACCATTTAAAGCAAGT
AATAAGACTTTCGAAGGCTTAAGTGACTATAAATAGACTTTTCATAACAATGATGATTCTTACTC
CCTAAAACAA
Found at i:8530 original size:171 final size:169
Alignment explanation
Indices: 7702--8534 Score: 641
Period size: 171 Copynumber: 4.9 Consensus size: 169
7692 NNNNNNNNNN
* ** * *
7702 TGTAAAAGAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGCTTATAAAACCATTTAAAATGAATAATAAGGC
1 TGTAAAA-AATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAACGC
* * ** * * *
7767 CTTTGAAGGAAAT-GCTGACTATAAATAGATTTTTTCTTGCGAATGAATACCTTTTTCTTCACCT
65 TTTTGAA-GAAATGGGTGACTATAAAT-GAACTTTTCTTACCAATGAATA-CTTTTTCTTCACGT
* * * *
7831 TTTTTGAGGTAGACATTGAATTATAATCCGTTTTAATTAAAAA
127 TTCTTGAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAATCAAAAA
* *
7874 TGTAAATCAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTT-TAGACGAGTAATAACG
1 TGTAAA-AAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAG-CGAGTAATAACG
* * *
7938 CTTTTGAAGAAATGAGTGAATATAAATGAACTTTTCTTACCAATGAATTCTTTTTTCTTCACGTT
64 CTTTTGAAGAAATGGGTGACTATAAATGAACTTTTCTTACCAATGAATAC-TTTTTCTTCACGTT
* ** * * *
8003 TCTTAAGACAAACATTCAATTATAATCTATTTTAACCAAAAA
128 TCTTGAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAATCAAAAA
* * * ********** *
8045 TATAAAAAAGTTTAACTTAAAATCAATTATGAGGTTANNNNNNNNNNTAAAGCGAGTAATAAGGC
1 TGTAAAAAA-TTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAACGC
** ** * * * ** * * *
8110 TTTCAAAGGCATGGGTGACTATTAGTAAACTTTTCCAATCAATGAATGACTTTTTCTTAATGTTT
65 TTTTGAAGAAATGGGTGACTATAAATGAACTTTTCTTACCAATGAAT-ACTTTTTCTTCACGTTT
* * * * *****
8175 CTCGAGCTAAATATTCAATTATAATCTGTTTTAA-CNNNNNNNN
129 CTTGAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAATC---AAAAA
*** * * * ** **
8218 NNAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTTTGAGATTGTAAAACTATTTAAATTGAGTAATAATTCT
1 TGTAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAACGCT
* * * * * * * *
8283 TTTAAAGGAATAGGCGACTACAAATAAACTTTTCTTGA-CAATGAATACTTTTTTCTTTACATTT
66 TTTGAAGAAATGGGTGACTATAAATGAACTTTTCTT-ACCAATGAATAC-TTTTTCTTCACGTTT
** * * *
8347 CTCCATGTAGACATTCAATTATAGT-TCGTTTTAATGAAAAA
129 CTTGAGGTAGACATTCAATTATAATCT-GTTTTAATCAAAAA
* * * * *
8388 TGTAAAACGATTTAACTTAAAATCTATTATGAAATTATAAAACCATTTAAAGCAAGTAATAACGC
1 TGTAAAA-AATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAACGC
* * *
8453 TTTTGAAGAAATGGGTGAATATAAATGAACTTTTCTTACCAATGAATGTCTTTTTCTTCATGTTT
65 TTTTGAAGAAATGGGTGACTATAAATGAACTTTTCTTACCAATGAAT-ACTTTTTCTTCACGTTT
8518 CTTGAGGTAGACATTCA
129 CTTGAGGTAGACATTCA
Statistics
Matches: 501, Mismatches: 143, Indels: 35
0.74 0.21 0.05
Matches are distributed among these distances:
170 9 0.02
171 299 0.60
172 186 0.37
173 7 0.01
ACGTcount: A:0.38, C:0.12, G:0.12, T:0.36
Consensus pattern (169 bp):
TGTAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAACGCT
TTTGAAGAAATGGGTGACTATAAATGAACTTTTCTTACCAATGAATACTTTTTCTTCACGTTTCT
TGAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAATCAAAAA
Done.