Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: NW_018397951.1 Herrania umbratica cultivar Fairchild unplaced genomic scaffold, ASM216827v2 scaffold_1255.0, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000
Length: 31337
ACGTcount: A:0.27, C:0.10, G:0.10, T:0.27
Warning! 8091 characters in sequence are not A, C, G, or T
Found at i:1759 original size:171 final size:171
Alignment explanation
Indices: 1356--2999 Score: 1550
Period size: 171 Copynumber: 9.6 Consensus size: 171
1346 TTCCCGAAGC
* * * *
1356 AAACATTCAATT-CAATCTGTTTTAACTAAAAACGTAAAAGA-ATTCAACCTAAAATAAATTATA
1 AAACATTCAATTATAATCTGTTTTAACTAAAAATGTAAAA-ACATTCAACCTAAAATCAATTATG
* * * ***
1419 AGATTATAAACCTATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGACATGGGTGACTATAAATAAACT
65 AGATTATAAAACTATTTAAATCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCATGGGTGACTATAAATGGGCT
** * *
1484 TTTGTTGCCAATGAATGGCTTTTTCTTCAC-ATTTTCAAGGT
130 TTTGTTATCAATGAATGGCTTTTTCTTCACGTTTTTCAAGGA
* * *
1525 AAACATTCAATTATAATTTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAACATTCAACTTAAAATCAATTATGA
1 AAACATTCAATTATAATCTGTTTTAACTAAAAATGTAAAAACATTCAACCTAAAATCAATTATGA
* ** *
1590 GATTATAAAACTA-TTACAATCGAGTAATAAAGCTTGCGAAGGCATGAGTGACTATAAATGGGCT
66 GATTATAAAACTATTTA-AATCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCATGGGTGACTATAAATGGGCT
*
1654 TTTGTCATCAATGAATGGCTTTTTCTTCACGTTTTTCAAGGA
130 TTTGTTATCAATGAATGGCTTTTTCTTCACGTTTTTCAAGGA
* * * * *
1696 AAACATTCAATTATAATCTATTTTAACAAAAAATGTAAAAACATTTAACTTAAAATTAATTATGA
1 AAACATTCAATTATAATCTGTTTTAACTAAAAATGTAAAAACATTCAACCTAAAATCAATTATGA
* * * * * * *
1761 GATTATAAAGCCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCTTGAGTGGCTATAAATGGGCTT
66 GATTATAAAACTATTTAAATCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCATGGGTGACTATAAATGGGCTT
** * * * * * * * *
1826 TTCCT-GCAAATGAATGGGTTGTTCTTGATG-TTTCCTGAGGC
131 TTGTTATC-AATGAATGGCTTTTTCTTCACGTTTTTC-AAGGA
*
1867 AAACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAACATTCAACCTAAAATCAATTATGA
1 AAACATTCAATTATAATCTGTTTTAACTAAAAATGTAAAAACATTCAACCTAAAATCAATTATGA
* * ** * *
1932 TATTATAAAACTATTTAGAGAGAGTAATAAGGCTTTTGAACGCATGGGCGACTATAAATGGGCTT
66 GATTATAAAACTATTTAAATCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCATGGGTGACTATAAATGGGCTT
* * * * * * * *
1997 TTCTTATAAATCAATGGCTTTGTCTTTACATTTCTCAAGGC
131 TTGTTATCAATGAATGGCTTTTTCTTCACGTTTTTCAAGGA
* ** * * *
2038 AGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACTAAAAATGTAAAAACATTCTTCCAAAAATCAATTTTAA
1 AAACATTCAATTATAATCTGTTTTAACTAAAAATGTAAAAACATTCAACCTAAAATCAATTATGA
* * * * * * * * *
2103 GATTCTAAAACCATTTAAAGT-GAGTAATAAGTCTTTCGAAGGCTTGAGTGACTGTAAGTGGAC-
66 GATTATAAAACTATTTAAA-TCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCATGGGTGACTATAAATGGGCT
* * * *
2166 TTT-TTAGGCTAAT-AGA-GGATTTTTACTTCATG-TTTTCTAAGGT
130 TTTGTTA-TC-AATGA-ATGGCTTTTT-CTTCACGTTTTTC-AAGGA
* * * * *
2209 AGACATTCAATTATAA-CATATTTTAA-TCAAAAATATAAAAAAATTTAACCTAAAATCAATTAT
1 AAACATTCAATTATAATC-TGTTTTAACT-AAAAATGTAAAAACATTCAACCTAAAATCAATTAT
* * * * * * *
2272 GAGATTATAAAACTATTTAAAGCGAATAATAAGTCTTTTGAAGACATTGGTGACTATAAATAGAC
64 GAGATTATAAAACTATTTAAATCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCATGGGTGACTATAAATGGGC
** * * *
2337 TTTTGTTGCCAATGAATGGCTTTTTCTTCACCTCTTTCAAGGT
129 TTTTGTTATCAATGAATGGCTTTTTCTTCACGTTTTTCAAGGA
* * *
2380 AAATATTCAATTATAATCTATTTTAACTAAAAATGTAAAAACATTCAACTTAAAATCAATTATGA
1 AAACATTCAATTATAATCTGTTTTAACTAAAAATGTAAAAACATTCAACCTAAAATCAATTATGA
* * * *
2445 GATTATAAAACCATTGAAATCGAGTAATAAGGCTTTTGAAAGCATGGGTGATTATAAATGGGCTT
66 GATTATAAAACTATTTAAATCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCATGGGTGACTATAAATGGGCTT
** * * *
2510 TTGTTGCCAATGAATGGCTTTTGCTTCATGTTTCTCAA-GA
131 TTGTTATCAATGAATGGCTTTTTCTTCACGTTTTTCAAGGA
* * * *
2550 CAAACATTTAATTATAATCTGTTTTAAC-CAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATG
1 -AAACATTCAATTATAATCTGTTTTAACTAAAAATGTAAAAACATTCAACCTAAAATCAATTATG
* *
2614 AGATTATAAAACTATTGAAATCGAGTAATAAGGCTTTTAAAGGCATGGGTGACTATAAATGGGCT
65 AGATTATAAAACTATTTAAATCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCATGGGTGACTATAAATGGGCT
* * * * * * *
2679 TTTCTTATCAATTAAAGGCTTTGTCTTCACATTTCTAAAGGCA
130 TTTGTTATCAATGAATGGCTTTTTCTTCACGTTTTTCAAGG-A
* * * * * * *
2722 AACCA-TCAATTATAATATGTTTTAACCAAAAAAGTAAAAACAATTCATCTTAAAATCAATTAGG
1 AAACATTCAATTATAATCTGTTTTAACTAAAAATGTAAAAAC-ATTCAACCTAAAATCAATTATG
* * * * ** * *
2786 A-AGTTGTAAAACCATTTAAAACGAGTAATAAGACTTTCAAAGGCTTGGGTGACTGTAAATGGGC
65 AGA-TTATAAAACTATTTAAATCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCATGGGTGACTATAAATGGGC
** * ********** * **
2850 TTTTCCT-GCAAATGAATGNNNNNNNNNNCATGTTTCCCAAGGA
129 TTTTGTTATC-AATGAATGGCTTTTTCTTCACGTTTTTCAAGGA
* * * **
2893 AAACATTCAATTATATTCTATTTTAA-TGAAAAATGT-AAAACAATTTAACCTAAAATCCGTTAT
1 AAACATTCAATTATAATCTGTTTTAACT-AAAAATGTAAAAAC-ATTCAACCTAAAATCAATTAT
2956 GAGATTATAAAACTATTTAAAGT-GAGTAATAAGGCTTTTGAAGG
64 GAGATTATAAAACTATTTAAA-TCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGG
3000 TATGAGNNNN
Statistics
Matches: 1214, Mismatches: 225, Indels: 70
0.80 0.15 0.05
Matches are distributed among these distances:
169 19 0.02
170 285 0.23
171 762 0.63
172 146 0.12
173 2 0.00
ACGTcount: A:0.39, C:0.13, G:0.14, T:0.34
Consensus pattern (171 bp):
AAACATTCAATTATAATCTGTTTTAACTAAAAATGTAAAAACATTCAACCTAAAATCAATTATGA
GATTATAAAACTATTTAAATCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCATGGGTGACTATAAATGGGCTT
TTGTTATCAATGAATGGCTTTTTCTTCACGTTTTTCAAGGA
Found at i:1944 original size:342 final size:343
Alignment explanation
Indices: 1356--2999 Score: 1760
Period size: 342 Copynumber: 4.8 Consensus size: 343
1346 TTCCCGAAGC
* * * * *
1356 AAACATTCAATT-CAATCTGTTTTAACTAAAAACGTAAAAGA-ATTCAACCTAAAATAAATTATA
1 AAACATTCAATTATAATCTGTTTTAACTAAAAATGTAAAA-ACATTCAACTTAAAATCAATTATG
* * * ***
1419 AGATTAT-AAACCTATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGACATGGGTGACTATAAATAAAC
65 AGATTATAAAACC-ATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCTTGGGTGACTATAAATGGGC
** * ** * *
1483 TTTTGTTGCCAATGAATGGCTTTTT-CTTCACATTTTC-AAGGTAAACATTCAATTATAATTTGT
129 TTTTCCTGCAAATGAATGGCTTTTTACTTCATGTTTTCTAAGGCAAACATTCAATTATAATCTGT
* *
1546 TTTAACCAAAAATGTAAAAACATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTA-TTACAAT
194 TTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACCTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTA-AAT
** * * *
1610 CGAGTAATAAAGCTTGCGAAGGCATGAGTGACTATAAATGGGCTTTTGTCATCAATGAATGGCTT
258 CGAGTAATAAAGCTTTTGAAGGCATGGGTGACTATAAATGGGCTTTTCTTATCAATGAATGGCTT
* * *
1675 TTTCTTCACGTTTTTCAAGGA
323 TGTCTTCACATTTCTCAAGGA
* * * *
1696 AAACATTCAATTATAATCTATTTTAACAAAAAATGTAAAAACATTTAACTTAAAATTAATTATGA
1 AAACATTCAATTATAATCTGTTTTAACTAAAAATGTAAAAACATTCAACTTAAAATCAATTATGA
* * *
1761 GATTATAAAGCCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCTTGAGTGGCTATAAATGGGCTT
66 GATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCTTGGGTGACTATAAATGGGCTT
* * * * *
1826 TTCCTGCAAATGAATGGGTTGTT-CTTGATGTTTCCTGAGGCAAACATTCAATTATAATCTGTTT
131 TTCCTGCAAATGAATGGCTTTTTACTTCATGTTTTCTAAGGCAAACATTCAATTATAATCTGTTT
* * * **
1890 TAACCAAAAATGTAAAAACATTCAACCTAAAATCAATTATGATATTATAAAACTATTTAGAGAGA
196 TAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACCTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAATCGA
* * * * *
1955 GTAATAAGGCTTTTGAACGCATGGGCGACTATAAATGGGCTTTTCTTATAAATCAATGGCTTTGT
261 GTAATAAAGCTTTTGAAGGCATGGGTGACTATAAATGGGCTTTTCTTATCAATGAATGGCTTTGT
* *
2020 CTTTACATTTCTCAAGGC
326 CTTCACATTTCTCAAGGA
* ** ** * *
2038 AGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACTAAAAATGTAAAAACATTCTTCCAAAAATCAATTTTAA
1 AAACATTCAATTATAATCTGTTTTAACTAAAAATGTAAAAACATTCAACTTAAAATCAATTATGA
* * * * * * *
2103 GATTCTAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGTCTTTCGAAGGCTTGAGTGACTGTAAGTGGACTT
66 GATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCTTGGGTGACTATAAATGGGCTT
*** * * * * *
2168 TTTAGGCTAAT-AGA-GGATTTTTACTTCATGTTTTCTAAGGTAGACATTCAATTATAA-CATAT
131 TTCCTGCAAATGA-ATGGCTTTTTACTTCATGTTTTCTAAGGCAAACATTCAATTATAATC-TGT
* * * *
2230 TTTAATCAAAAATATAAAAAAATTTAACCTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGC
194 TTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACCTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAATC
* * * * * * **
2295 GAATAAT-AAGTCTTTTGAAGACATTGGTGACTATAAATAGACTTTTGTTGCCAATGAATGGCTT
259 GAGTAATAAAG-CTTTTGAAGGCATGGGTGACTATAAATGGGCTTTTCTTATCAATGAATGGCTT
* * *
2359 TTTCTTCACCTCTT-TCAAGGT
323 TGTCTTCACAT-TTCTCAAGGA
* *
2380 AAATATTCAATTATAATCTATTTTAACTAAAAATGTAAAAACATTCAACTTAAAATCAATTATGA
1 AAACATTCAATTATAATCTGTTTTAACTAAAAATGTAAAAACATTCAACTTAAAATCAATTATGA
* * * * * *
2445 GATTATAAAACCATTGAAATCGAGTAATAAGGCTTTTGAAAGCATGGGTGATTATAAATGGGCTT
66 GATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCTTGGGTGACTATAAATGGGCTT
** * * * *
2510 TTGTTGCCAATGAATGGC-TTTTGCTTCATG-TTTCTCAAGACAAACATTTAATTATAATCTGTT
131 TTCCTGCAAATGAATGGCTTTTTACTTCATGTTTTCT-AAGGCAAACATTCAATTATAATCTGTT
* *
2573 TTAACC-AAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTGAAATCG
195 TTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACCTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAATCG
* * * *
2637 AGTAATAAGGCTTTTAAAGGCATGGGTGACTATAAATGGGCTTTTCTTATCAATTAAAGGCTTTG
260 AGTAATAAAGCTTTTGAAGGCATGGGTGACTATAAATGGGCTTTTCTTATCAATGAATGGCTTTG
*
2702 TCTTCACATTTCTAAAGGCA
325 TCTTCACATTTCTCAAGG-A
* * * * * *
2722 AACCA-TCAATTATAATATGTTTTAACCAAAAAAGTAAAAACAATTCATCTTAAAATCAATTAGG
1 AAACATTCAATTATAATCTGTTTTAACTAAAAATGTAAAAAC-ATTCAACTTAAAATCAATTATG
* * * * *
2786 A-AGTTGTAAAACCATTTAAAACGAGTAATAAGACTTTCAAAGGCTTGGGTGACTGTAAATGGGC
65 AGA-TTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCTTGGGTGACTATAAATGGGC
********** * * * * *
2850 TTTTCCTGCAAATGAAT-GNNNNNNNNNNCATGTTTCCCAAGGAAAACATTCAATTATATTCTAT
129 TTTTCCTGCAAATGAATGGCTTTTTACTTCATGTTTTCTAAGGCAAACATTCAATTATAATCTGT
** * * **
2914 TTTAATGAAAAATGTAAAACAATTTAACCTAAAATCCGTTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGT
194 TTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACCTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAA-T
*
2979 -GAGTAATAAGGCTTTTGAAGG
258 CGAGTAATAAAGCTTTTGAAGG
3000 TATGAGNNNN
Statistics
Matches: 1076, Mismatches: 205, Indels: 43
0.81 0.15 0.03
Matches are distributed among these distances:
340 15 0.01
341 283 0.26
342 696 0.65
343 81 0.08
344 1 0.00
ACGTcount: A:0.39, C:0.13, G:0.14, T:0.34
Consensus pattern (343 bp):
AAACATTCAATTATAATCTGTTTTAACTAAAAATGTAAAAACATTCAACTTAAAATCAATTATGA
GATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCTTGGGTGACTATAAATGGGCTT
TTCCTGCAAATGAATGGCTTTTTACTTCATGTTTTCTAAGGCAAACATTCAATTATAATCTGTTT
TAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACCTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAATCGA
GTAATAAAGCTTTTGAAGGCATGGGTGACTATAAATGGGCTTTTCTTATCAATGAATGGCTTTGT
CTTCACATTTCTCAAGGA
Found at i:2353 original size:513 final size:506
Alignment explanation
Indices: 1323--2998 Score: 1819
Period size: 513 Copynumber: 3.3 Consensus size: 506
1313 NNNNNNNGTC
* * * *
1323 AATGAATGAGTTTTTCTTTATGTTTCCCGAA-GCAAACATTCAATT-CAATCTGTTTTAACTAAA
1 AATGAATGGGTTTTTCTTCATGTTTCCC-AAGGCAAACATTCAATTATAATCTATTTTAACTAAA
* * * *
1386 AACGTAAAAGA-ATTCAACCTAAAATAAATTATAAGATTATAAACCTATTTAAAGCGAGTAATAA
65 AATGTAAAA-ACATTCAACCTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGCGAGTAATAA
***
1450 GGCTTTTGAAGACATGGGTGACTATAAATAAACTTTTGTTGCCAATGAATGGCTTTTTCTTCACA
129 GGCTTTTGAAG-CATGGGTGACTATAAATGGGCTTTTGTTGCCAATGAATGGC-TTTTCTTCACA
* *
1515 TTT-TCAAGGTAAACATTCAATTATAATTTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAACATTCAACTTAAA
192 TTTCTCAAGGCAAACATTCAATTATAATCTGTTTTAA-CAAAAATGTAAAAACATTCAACTTAAA
*
1579 ATCAATTATGAGATTATAAAACTA-TTACAATCGAGTAATAAAGCTTGCGAAGGCATGAGTGACT
256 ATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTA-AATCGAGTAAT-AAGCTTTCGAAGGCATGAGTGACT
*
1643 ATAAATGGGC-TTTT-GTCATCAAT-GAATGGCTTTTTCTTCACGTTTT-TCAAGGAAAACATTC
319 ATAAATGGGCTTTTTAGTC-T-AATAG-A-GGCTTTTTCTTCA-GTTTTCTAAAGGAAAACATTC
* * *
1704 AATTATAATC-TATTTTAACAAAAAATGTAAAAACATTTAACTTAAAATTAATTATGAGATTATA
379 AATTATAA-CATATTTTAAC-AAAAATATAAAAAAATTTAACTTAAAATCAATTATGAGATTATA
* * *
1768 AAGCCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCTTGAGTGGCTATAAATGGGCTTTTCCTGC
442 AAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGACTTTCGAAGGCTTG-GTGACTATAAATGGGCTTTTCCTGC
1833 A
506 A
* * ** * *
1834 AATGAATGGGTTGTTCTTGATGTTTCCTGAGGCAAACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAA
1 AATGAATGGGTTTTTCTTCATGTTTCCCAAGGCAAACATTCAATTATAATCTATTTTAACTAAAA
* * *
1899 ATGTAAAAACATTCAACCTAAAATCAATTATGATATTATAAAACTATTTAGAGAGAGTAATAAGG
66 ATGTAAAAACATTCAACCTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGCGAGTAATAAGG
* * *** * *
1964 CTTTTGAACGCATGGGCGACTATAAATGGGCTTTTCTTATAAATCAATGGCTTTGTCTTTACATT
131 CTTTTGAA-GCATGGGTGACTATAAATGGGCTTTTGTTGCCAATGAATGGCTTT-TCTTCACATT
* ** **
2029 TCTCAAGGCAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACTAAAAATGTAAAAACATTCTTCCAAAAAT
194 TCTCAAGGCAAACATTCAATTATAATCTGTTTTAAC-AAAAATGTAAAAACATTCAACTTAAAAT
* * * * * *
2094 CAATTTTAAGATTCTAAAACCATTTAAAGT-GAGTAATAAGTCTTTCGAAGGCTTGAGTGACTGT
258 CAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAA-TCGAGTAATAAG-CTTTCGAAGGCATGAGTGACTAT
* * * * * *
2158 AAGTGGACTTTTTAGGCTAATAGAGGATTTTTACTTCATGTTTTCT-AAGGTAGACATTCAATTA
321 AAATGGGCTTTTTAGTCTAATAGAGGCTTTTT-CTTCA-GTTTTCTAAAGGAAAACATTCAATTA
* *
2222 TAACATATTTTAATCAAAAATATAAAAAAATTTAACCTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTA
384 TAACATATTTTAA-CAAAAATATAAAAAAATTTAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCA
* * * * * * ** *
2287 TTTAAAGCGAATAATAAGTCTTTTGAAGACATTGGTGACTATAAATAGACTTTTGTTGCC
448 TTTAAAGCGAGTAATAAGACTTTCGAAGGC-TTGGTGACTATAAATGGGCTTTTCCTGCA
* * * *
2347 AATGAATGGCTTTTTCTTCACCTCTTT--CAAGGTAAATATTCAATTATAATCTATTTTAACTAA
1 AATGAATGGGTTTTTCTTCA--TGTTTCCCAAGGCAAACATTCAATTATAATCTATTTTAACTAA
* * * *
2410 AAATGTAAAAACATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTGAAATCGAGTAATAA
64 AAATGTAAAAACATTCAACCTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGCGAGTAATAA
* **
2475 GGCTTTTGAAAGCATGGGTGATTATAAATGGGCTTTTGTTGCCAATGAATGGCTTTTGCTTCATG
129 GGCTTTTG-AAGCATGGGTGACTATAAATGGGCTTTTGTTGCCAATGAATGGCTTTT-CTTCACA
* * * *
2540 TTTCTCAAGACAAACATTTAATTATAATCTGTTTTAACCAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAA
192 TTTCTCAAGGCAAACATTCAATTATAATCTGTTTTAACAAAAATGTAAAAACATTCAACTTAAAA
* ** *
2605 TCAATTATGAGATTATAAAACTATTGAAATCGAGTAATAAGGCTTTTAAAGGCATGGGTGACTAT
257 TCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAATCGAGTAATAA-GCTTTCGAAGGCATGAGTGACTAT
* * ** *
2670 AAATGGGCTTTTCTTA-TC-AATTAAAGGCTTTGTCTTCACATTTCTAAAGGCAAACCA-TCAAT
321 AAATGGGC-TTT-TTAGTCTAA-TAGAGGCTTTTTCTTCAGTTTTCTAAAGG-AAAACATTCAAT
* * * * * *
2732 TATAATATGTTTTAACCAAAAA-AGTAAAAACAATTCATCTTAAAATCAATTAGGA-AGTTGTAA
382 TATAACATATTTTAA-CAAAAATA-TAAAAA-AATTTAACTTAAAATCAATTATGAGA-TTATAA
* * *
2795 AACCATTTAAAACGAGTAATAAGACTTTCAAAGGCTTGGGTGACTGTAAATGGGCTTTTCCTGCA
443 AACCATTTAAAGCGAGTAATAAGACTTTCGAAGGCTT-GGTGACTATAAATGGGCTTTTCCTGCA
********** * *
2860 AATGAATGNNNNNNNNNNCATGTTTCCCAAGGAAAACATTCAATTATATTCTATTTTAA-TGAAA
1 AATGAATGGGTTTTTCTTCATGTTTCCCAAGGCAAACATTCAATTATAATCTATTTTAACT-AAA
* ** *
2924 AATGT-AAAACAATTTAACCTAAAATCCGTTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGTGAGTAATAA
65 AATGTAAAAAC-ATTCAACCTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGCGAGTAATAA
2988 GGCTTTTGAAG
129 GGCTTTTGAAG
2999 GTATGAGNNN
Statistics
Matches: 967, Mismatches: 161, Indels: 73
0.81 0.13 0.06
Matches are distributed among these distances:
510 1 0.00
511 53 0.05
512 267 0.28
513 620 0.64
514 20 0.02
515 6 0.01
ACGTcount: A:0.38, C:0.13, G:0.14, T:0.34
Consensus pattern (506 bp):
AATGAATGGGTTTTTCTTCATGTTTCCCAAGGCAAACATTCAATTATAATCTATTTTAACTAAAA
ATGTAAAAACATTCAACCTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGCGAGTAATAAGG
CTTTTGAAGCATGGGTGACTATAAATGGGCTTTTGTTGCCAATGAATGGCTTTTCTTCACATTTC
TCAAGGCAAACATTCAATTATAATCTGTTTTAACAAAAATGTAAAAACATTCAACTTAAAATCAA
TTATGAGATTATAAAACTATTTAAATCGAGTAATAAGCTTTCGAAGGCATGAGTGACTATAAATG
GGCTTTTTAGTCTAATAGAGGCTTTTTCTTCAGTTTTCTAAAGGAAAACATTCAATTATAACATA
TTTTAACAAAAATATAAAAAAATTTAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGC
GAGTAATAAGACTTTCGAAGGCTTGGTGACTATAAATGGGCTTTTCCTGCA
Found at i:3416 original size:171 final size:169
Alignment explanation
Indices: 3115--4337 Score: 985
Period size: 171 Copynumber: 7.2 Consensus size: 169
3105 NGTCTTTACA
* * * ** **
3115 TTTCTCAAGGCAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAA-CTAAAAATATAAAAATAATTCTTCCAA
1 TTTCT-AAGGCAAACATTCAATTATAATATGTTTTAATC-AAAAATGTAAAAA-AATTCAACTTA
* * * * *
3179 AAATCAATTATAAGATTGTAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGTCTTTCGAAGGC-TTGAGTGA
63 AAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCATTG-GTGA
* *
3243 CTATAAGTGGACTTTTTAGGCTAATAGAA-GACTTTTGCTTCATGT
127 CTATAAATGGACTTTTT--GCCAAT-GAATGACTTTTGCTTCATGT
* * * * * * *
3288 TTTCTAAGGTATACATTCAATTATAATATATTTTAATCAAAAATATAAAAACATTTAACCTAAAA
1 TTTCTAAGGCAAACATTCAATTATAATATGTTTTAATCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAA
* * * *
3353 TCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAATAACAAGTCTTTTGAAGACATTGGTGACTAT
66 TCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCATTGGTGACTAT
* ** * **
3418 AAATAGACTTTTGTTGCCAATGAATGGTTTTTTCTTCACCT
131 AAATGGAC-TTT-TTGCCAATGAATGACTTTTGCTTCATGT
* * * * * *
3459 CTTTC-AAGGTAGATATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAACATTCAACTTAAA
1 -TTTCTAAGGCAAACATTCAATTATAATATGTTTTAATCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAA
* * * * * * *
3523 ATCAATTATGAGATTATAAAACCATTGAAATCGAGTAATAAGGCTTTCGAAAGCATGGGCGATTA
65 ATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCATTGGTGACTA
* * * *
3588 TAAATGGGCTTTGTTGCCAATGAATGGCTTTTACTTAATG-
130 TAAATGGACTTT-TTGCCAATGAATGACTTTTGCTTCATGT
* * *
3628 TTTCTCAAGACAAACATTTAATTATAATATGTTTTAA-CTAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAA
1 TTTCT-AAGGCAAACATTCAATTATAATATGTTTTAATCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAA
* * * *
3692 ATCAATTATGAGATTATAAAACTATTGAAATCGAGTAATAAGGCTTTTAAAGGCA-TGG-G--TA
65 ATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCATTGGTGACTA
* ** * * * *
3753 TAAATGGGCTTTTCTTATCAATTAAAGGC-TTTGCCTTCACGT
130 TAAATGGAC-TTT-TTGCCAATGAATGACTTTTG-CTTCATGT
* * * *
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* * * * **
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* * ** *
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* * * * * * * * * *
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** *
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** *
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130 TAAAT-GG---ACTTTTTG-CCAATGAATGA-CTTTTGCTTCATGT
* * * * * * *
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* * * * * * *
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* * *
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* *
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* *
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** * *
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* * * * * * *
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* *
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* * * * * ** * *
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* ** * * * * *
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* * *
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* *
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* * *
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* * *
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********* *
10070 TTGTG-AANNNNNNNNNNAATTGAATATTTACCTTGGAAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGA
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* * * *
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*
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9654 NNNNNNNNNN
* * * ** * *
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* ** * * * * *
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* * * *
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*
9835 TACTCGCTTTTAATGATTTTATAATATTAT-AGTGAATTTTAAATTGAATTTTTGTTAGTTTTTT
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* * * *
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* * * *
9963 AAGAAAAATACATTTATAGTCACCTAAGCCTTTGAAAGCCATAT
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* * ** *
10007 TACTCACTTTTAATAGTTTTATAATATCATAGCTGATTTTAATTTGAATTTTTGTTAGTTTTTTT
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* **********
10072 GTGAANNNNNNNNNNAATTGAATATTTACCTTGGAAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGACAA
64 GTTAAAACAGATTATAATTGAATATTTACCTTGGAAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGACAA
* * *
10137 GAAAAGTGCATTTATAGTCACTTAACCCTTCGAAAGCCTTCT
129 GAAAAGTACATTTATAGTCACTTAAGCCTTCGAAAGCCTTAT
* * * * *
10179 TACTCGTTTTAAATTGTTTTTATAAT-TTCATAATTGATTTTAACTTAAATGTTT-TCA-TATTT
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* * * * * *
10241 TTGCTTAAAATATATTATAATTGAATGTCTACATTGTG-AAACATGAAGCAAAAG
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TAAAACAGATTATAATTGAATATTTACCTTGGAAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGACAAGA
AAAGTACATTTATAGTCACTTAAGCCTTCGAAAGCCTTAT
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10915 NNNNNNNNNN
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* * * * * * * *
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* * *
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* * * * * *
11096 AAATGGTTTTACAACCTCATAATTGATTTTAGGCTAAATTGTTTTACATTTTTTGTTAAAACAGA
1 AAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAGGTTGAATTGTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGA
* * * * * * * *
11161 TTATGATTGAATGTTTTCCTTTAGAAACGTGAAGACAAAGCCATTGATTGATAAGAAAAGCCCAT
66 TTATAATTGAATGTTTGCCTTGAGAAACATGAAGAAAAAACCATTCATTGACAAGAAAAGCCCAT
* * *
11226 TTATAGTTACCCATA-CCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTT
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* * * *
11267 AAATAGTTTTATAATCTCATAATTGAGTTTAGGTTGAATTTTTTTACATTTTTAGTTAAAATAGA
1 AAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAGGTTGAATTGTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGA
* ** * * *
11332 TTATAATTGATTGTTTGCCTCAAGAAACATGAAG-ACAAACTTATTCATTCG-C-AGAAAAATCC
66 TTATAATTGAATGTTTGCCTTGAGAAACATGAAGAAAAAAC-CATTCATT-GACAAG-AAAAGCC
* *
11394 CATTTATAGTCACTCAAGCCTTTGAAAGCCTTATTACTCGCTTT
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* * * * * *
11438 AAATGGTTTTACAAACTCATAATTGATTTTAAGATGAATT-TTTATATATTTTTGGTTAAAACAG
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* * * * * * * *
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* * * **
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* * * *
11608 AAATAATTTTATAATCTCATAATTGAGTTTAGGTTGAATTTTTTTTATATTTTTGGTTAAAACAG
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* * *
11673 GTTATAATTGATTGTTTGCCTCAT-A-AAACATGAAG-AAAAACTCATTCATTTG-CAAGAAATG
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* * * ** **
11734 CCTATTTATAGTTACCAAAGCCTTCGAAAGCCTTGCTACTCGCTTT
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* * * * * * *
11780 AACTGGCTTTATAATCTCATAAGTGATTTTAAGTTGAATAT-TTTTACATTTTTAGTTAAAATAG
1 AAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAGGTTGAAT-TGTTTTACATTTTTGGTTAAAACAG
* * ** * *
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65 ATTATAATTGAATGTTTGCCTTGAGAAACATGAAGAAAAAACCATTCATTGACAAGAAAAGCCCA
* * * *
11909 TATATAGTCACCCAAGCCTTCAAAAACCTTATTACTCACTTT
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* * * * *
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* * * * * * **
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* * *
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* * * *
12122 CAATGGTTTTATAAAT-TTATAATTGATTTTATGTTGAA-TGTTTTTACATTTTTGGTTAAAACA
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* * ** * *
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* *
12250 ATTTAAAGTCACCCATG-CTTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTT
129 ATTTATAGTCACCCAAGCCTTT-AAAAGCCTTATTACTCGCTTT
* * * * *
12293 AAATAGTTTTACAATCTCATAATTGATTTTAGGTT-AAATGTTTTTATACTTTTGGTTAAAATAG
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* * * * *
12357 ATTGTAATAGACTGCTTT-CCTTGAGAAACATGAAG-AAAAACTCATTCATTTG-CAGGAAATGC
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* * * * *
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* * * * * * *** **
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* * * ** * *
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* * ** *************** *
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* * * *
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* *** * *
12698 -ATTATAATTGATTGTTTATGTTGAGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGACAAGAAAAGCCT
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* ** * *** *
12762 ATTTATAATCATTCATGCCTTCGTAAGCCTTATTACTCTCTTT
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* * * * *
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* * *
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Statistics
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TTATAGTCACCCAAGCCTTTAAAAGCCTTATTACTCGCTTT
Found at i:11653 original size:342 final size:340
Alignment explanation
Indices: 10925--12890 Score: 1933
Period size: 342 Copynumber: 5.8 Consensus size: 340
10915 NNNNNNNNNN
* * * *
10925 AAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTATGTTCAATTTTTTTACATTTTTCGTTAACATAGA
1 AAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAGGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAATAGA
* * * * * *
10990 ATACAATTGAATGTTTACCTTGGGAAACATGAAGACAAACTCATTCATTTGTAGGAAAAA-CCCA
66 TTATAATTGAATGTTTGCCTTGAGAAACATGAAGAAAAACTCATTCATTTGCA-GAAAAATCCCA
* * * *
11054 TTTATAGTCACCCAAGCCTTTGAAAGCCTTATTATTCGTTTTAAATGGTTTTACAACCTCATAAT
130 TTTATAGTCA-CCAAGCCTTTGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAAACTCATAAT
* * * * * *
11119 TGATTTTAGGCTAAATTGTTTTACATTTTTTGTTAAAACAGATTATGATTGAATGTTTTCCTTTA
194 TGATTTTAAGTTGAATT-TTTTACATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTGCCTTTA
* * * * *
11184 GAAACGTGAAGACAAAGCCATTGATTGATAAGAAAAGCCCATTTATAGTTACCCATACCTTCAAA
258 AAAACGTGAAGAAAAAGCCATTCATTGACAAGAAAAGCCCATTTATAGTCACCCATACCTTCAAA
11249 AGCCTTATTACTCACTTT
323 AGCCTTATTACTCACTTT
* *
11267 AAATAGTTTTATAATCTCATAATTGAGTTTAGGTTGAATTTTTTTACATTTTTAGTTAAAATAGA
1 AAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAGGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAATAGA
* ** * * *
11332 TTATAATTGATTGTTTGCCTCAAGAAACATGAAGACAAACTTATTCATTCGCAGAAAAATCCCAT
66 TTATAATTGAATGTTTGCCTTGAGAAACATGAAGAAAAACTCATTCATTTGCAGAAAAATCCCAT
*
11397 TTATAGTCACTCAAGCCTTTGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTACAAACTCATAATT
131 TTATAGTCAC-CAAGCCTTTGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAAACTCATAATT
* * * * * *
11462 GATTTTAAGATGAATTTTTATATATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGACTATTTTCCTTTAG
195 GATTTTAAGTTGAATTTTT-TACATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTGCCTTTAA
* * * *
11527 AAACGTGAAGAAAAAGCCA-TGATTGATAAGAAAAGCCCATTTATAGTCACTCATATCTTCAAAA
259 AAACGTGAAGAAAAAGCCATTCATTGACAAGAAAAGCCCATTTATAGTCACCCATACCTTCAAAA
*
11591 GCCTTATTACTCATTTT
324 GCCTTATTACTCACTTT
* * * *
11608 AAATAATTTTATAATCTCATAATTGAGTTTAGGTTGAATTTTTTTTATATTTTTGGTTAAAACAG
1 AAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAGGTTGAA-TTTTTTTACATTTTTGGTTAAAATAG
* * *
11673 GTTATAATTGATTGTTTGCCTCAT-A-AAACATGAAGAAAAACTCATTCATTTGCA-AGAAATGC
65 ATTATAATTGAATGTTTGCCT--TGAGAAACATGAAGAAAAACTCATTCATTTGCAGAAAAAT-C
* * * ** * * *
11735 CTATTTATAGTTACCAAAGCCTTCGAAAGCCTTGCTACTCGCTTTAACTGGCTTTATAATCTCAT
127 CCATTTATAGTCACC-AAGCCTTTGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAAACTCAT
* * *
11800 AAGTGATTTTAAGTTGAATATTTTTACATTTTTAGTTAAAATAGATTATAATTGAATGTTTGCCT
191 AATTGATTTTAAGTTGAAT-TTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTGCCT
* * * * * *
11865 TAAAAAACATGAAGAAAAAGTCATTCATTAACAACAAAAGCCCATATATAGTCACCCA-AGCCTT
255 TTAAAAACGTGAAGAAAAAGCCATTCATTGACAAGAAAAGCCCATTTATAGTCACCCATA-CCTT
*
11929 CAAAAACCTTATTACTCACTTT
319 CAAAAGCCTTATTACTCACTTT
* * * * * * *
11951 AAATATTTTTATAATCCCATAATTGATTTTAAGTCGAATTGTTTTAAATTTTTGGTTAAAACAGA
1 AAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAGGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAATAGA
* * * *** * *
12016 TTATAATTGAATGTTTGCCTTGATAAA-AGTGAAGAGAAACCCATTCATTCATAAAAAAAGT-AC
66 TTATAATTGAATGTTTGCCTTGAGAAACA-TGAAGAAAAACTCATTCATTTGCAGAAAAA-TCCC
* * * * * * *
12079 ATTTATAGTTACCCTTA-CCTTTAAAAGCCTTATTACTCGATTTCAATGGTTTTATAAATTTATA
129 ATTTATAGTCA-CC-AAGCCTTTGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAAACTCATA
* *
12143 ATTGATTTTATGTTGAATGTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGCTTATAATTGAATGTTTGCCTT
192 ATTGATTTTAAGTTGAAT-TTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTGCCTT
* * * * * * * *
12208 GAAAAATGTGAAGAAAAAACCATTCATTGACAAAAAAAACCCATTTAAAGTCACCCATGCTTTCA
256 TAAAAACGTGAAGAAAAAGCCATTCATTGACAAGAAAAGCCCATTTATAGTCACCCATACCTTCA
*
12273 AAAGCCTTATTACTCGCTTT
321 AAAGCCTTATTACTCACTTT
* * * * *
12293 AAATAGTTTTACAATCTCATAATTGATTTTAGGTTAAATGTTTTTATACTTTTGGTTAAAATAGA
1 AAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAGGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAATAGA
* * * *
12358 TTGTAATAGACTGCTTT-CCTTGAGAAACATGAAGAAAAACTCATTCATTTGCAG-GAAATGCCC
66 TTATAATTGAATG-TTTGCCTTGAGAAACATGAAGAAAAACTCATTCATTTGCAGAAAAAT-CCC
* * * * * *
12421 ATTTATAGTTAACCAAGCCATTGAAAGCCTTATTACTTGCTTTAAATGGCTTTATAATCTCATAG
129 ATTTATAG-TCACCAAGCCTTTGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAAACTCATAA
* *** ** *
12486 TTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTTATATTTTCATTTAAAATGGATTATAATTAAAT-TTCTG-CT
193 TTGATTTTAAGTTGAA--TTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTT-TGCCT
* * * * * * * * **
12549 TGGAAAAA-GTAAAGAAAAAGGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACTCATTCCNN
255 T-TAAAAACGTGAAGAAAAAGCCATTCATTGACAAGAAAAGCCCATTTATAGTCACCCATACCTT
*************
12613 NNNNNNNNNNNNNACT-AGCTTT
319 CAAAAGCCTTATTACTCA-CTTT
* * *
12635 AAATAGTTTTGTAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTAGC-TTTTCGGTTAACAA-A
1 AAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAGGTTGAATTTTTTTA-CATTTTTGGTTAA-AATA
* *** *
12698 -ATTATAATTGATTGTTTATGTTGAGAAACATGAAGAAAAAGC-CATTCA-TTGACA-AGAAAAG
64 GATTATAATTGAATGTTTGCCTTGAGAAACATGAAGAAAAA-CTCATTCATTTG-CAGA-AAAAT
* * * * * * * ** *
12759 CCTATTTATAATCATTCATGCCTTCGTAAGCCTTATTACTCTCTTTAAATAATTTTATAATCT-A
126 CCCATTTATAGTCA-CCAAGCCTTTGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAAACTCA
* * * * * *
12823 TTAATTGATTTTAGGTTGAATTTTTTTATATTTTTTGTTAAAACATATTACAATTGAATATTTGC
190 -TAATTGATTTTAAGTTGAA-TTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTGC
12888 CTT
253 CTT
12891 GGGAAACATG
Statistics
Matches: 1353, Mismatches: 231, Indels: 81
0.81 0.14 0.05
Matches are distributed among these distances:
340 44 0.03
341 225 0.17
342 941 0.70
343 141 0.10
344 2 0.00
ACGTcount: A:0.35, C:0.13, G:0.12, T:0.39
Consensus pattern (340 bp):
AAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAGGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAATAGA
TTATAATTGAATGTTTGCCTTGAGAAACATGAAGAAAAACTCATTCATTTGCAGAAAAATCCCAT
TTATAGTCACCAAGCCTTTGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAAACTCATAATTG
ATTTTAAGTTGAATTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTGCCTTTAAAA
ACGTGAAGAAAAAGCCATTCATTGACAAGAAAAGCCCATTTATAGTCACCCATACCTTCAAAAGC
CTTATTACTCACTTT
Found at i:11917 original size:513 final size:507
Alignment explanation
Indices: 10925--12900 Score: 1821
Period size: 513 Copynumber: 3.9 Consensus size: 507
10915 NNNNNNNNNN
* * * * * * *
10925 AAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTATGTTCAATTTTTTTACATTTTTCGTTAACATAGA
1 AAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAG-TGAA-TTTTTTATATTTTTGGTTAAAACAGA
* * * * * * * ** * *
10990 ATACAATTGAATGTTTACCTTGGGAAACA-TGAAGACAAACTCATTCATTTGTAGGAAAAACCCA
64 TTATAATTGAATATTTGCCTTGAGAAA-AGTGAAGAAAAACCCATTCATTCATAAGAAAAGCCCA
* * * * *
11054 TTTATAGTCACCCA-AGCCTTTGAAAGCCTTATTATTCGTTTTAAATGGTTTTACAACCTCATAA
128 TTTATAGTCACCCATA-CCTTTAAAAGCCTTATTACTCATTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAA
* * * * * * *
11118 TTGATTTTAGGCTAAATTGTTTTACATTTTTTGTTAAAACAGATTATGATTGAATGTTTTCCTTT
192 TTGATTTTAGGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTGCCTAT
* * * *
11183 AGAAACGTGAAGACAAAGCCATTGATTGATAAGAAAAGCCCATTTATAGTTACCCATA-CCTTCA
257 A-AAACGTGAAGA-AAAACCATTCATTGACAAGAAAAGCCCATTTATAGTTA-CCAAAGCCTTCA
* * *
11247 AAAGCCTTATTACTCACTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGAGTTTAGGTTGAATTTTTTT
319 AAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAGGTTGAATATTTTT
* * * *
11312 ACATTTTTAGTTAAAATAGATTATAATTGATTGTTTGCCTCAAGAAACATGAAGACAAACTTATT
384 ACATTTTTAGTTAAAATAGATTATAATTGAATGTTTGCCTTAAGAAACATGAAGAAAAACTCATT
* *
11377 CATTCGCAGAAAAATCCCATTTATAGTCACTCAAGCCTTTGAAAGCCTTATTACTCGCTTT
449 CATTAGCA-AAAAAGCCCATTTATAGTCAC-CAAGCCTTTGAAAGCCTTATTACTCGCTTT
* *
11438 AAATGGTTTTACAAACTCATAATTGATTTTAAGATGAATTTTTATATATTTTTGGTTAAAACAGA
1 AAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAG-TGAATTTTT-TATATTTTTGGTTAAAACAGA
* * * * * * *
11503 TTATAATTGACTATTTTCCTTTAGAAACGTGAAGAAAAAGCCA-TGATTGATAAGAAAAGCCCAT
64 TTATAATTGAATATTTGCCTTGAGAAAAGTGAAGAAAAACCCATTCATTCATAAGAAAAGCCCAT
* * * **
11567 TTATAGTCACTCATATCTTCAAAAGCCTTATTACTCATTTTAAATAATTTTATAATCTCATAATT
129 TTATAGTCACCCATACCTTTAAAAGCCTTATTACTCATTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATT
* * * *
11632 GAGTTTAGGTTGAATTTTTTTTATATTTTTGGTTAAAACAGGTTATAATTGATTGTTTGCCTCAT
194 GATTTTAGGTTGAA-TTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTGCCT-AT
* * * *
11697 AAAACATGAAGAAAAACTCATTCATTTG-CAAGAAATGCCTATTTATAGTTACCAAAGCCTTCGA
257 AAAACGTGAAGAAAAAC-CATTCA-TTGACAAGAAAAGCCCATTTATAGTTACCAAAGCCTTCAA
** * * * * *
11761 AAGCCTTGCTACTCGCTTTAACTGGCTTTATAATCTCATAAGTGATTTTAAGTTGAATATTTTTA
320 AAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAGGTTGAATATTTTTA
* *
11826 CATTTTTAGTTAAAATAGATTATAATTGAATGTTTGCCTTAAAAAACATGAAGAAAAAGTCATTC
385 CATTTTTAGTTAAAATAGATTATAATTGAATGTTTGCCTTAAGAAACATGAAGAAAAACTCATTC
* * ** * *
11891 ATTAACAACAAAAGCCCATATATAGTCACCCAAGCCTTCAAAAACCTTATTACTCACTTT
450 ATTAGCAA-AAAAGCCCATTTATAGTCA-CCAAGCCTTTGAAAGCCTTATTACTCGCTTT
** * *
11951 AAATATTTTTATAATCCCATAATTGATTTTAAGTCGAATTGTTTTAAATTTTTGGTTAAAACAGA
1 AAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGT-GAATT-TTTTATATTTTTGGTTAAAACAGA
* * * * **
12016 TTATAATTGAATGTTTGCCTTGATAAAAGTGAAGAGAAACCCATTCATTCATAAAAAAAGTACAT
64 TTATAATTGAATATTTGCCTTGAGAAAAGTGAAGAAAAACCCATTCATTCATAAGAAAAGCCCAT
* * * *
12081 TTATAGTTACCCTTACCTTTAAAAGCCTTATTACTCGA-TTTCAATGGTTTTATAAAT-TTATAA
129 TTATAGTCACCCATACCTTTAAAAGCCTTATTACTC-ATTTTAAATGGTTTTAT-AATCTCATAA
* * *
12144 TTGATTTTATGTTGAATGTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGCTTATAATTGAATGTTTGCCT-T
192 TTGATTTTAGGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTGCCTAT
* * * * * * * *
12208 GAAAAATGTGAAGAAAAAACCATTCATTGACAAAAAAAACCCATTTAAAGTCACCCATGCTTTCA
257 --AAAACGTGAAG-AAAAACCATTCATTGACAAGAAAAGCCCATTTATAGTTACCAAAGCCTTCA
* * *
12273 AAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTACAATCTCATAATTGATTTTAGGTTAAATGTTTTT
319 AAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAGGTTGAATATTTTT
* * * * * * *
12338 ATACTTTTGGTTAAAATAGATTGTAATAGACTGCTTT-CCTTGAGAAACATGAAGAAAAACTCAT
384 ACATTTTTAGTTAAAATAGATTATAATTGAATG-TTTGCCTTAAGAAACATGAAGAAAAACTCAT
* * * * * *
12402 TCATTTGCAGGAAATGCCCATTTATAGTTAACCAAGCCATTGAAAGCCTTATTACTTGCTTT
448 TCATTAGCA-AAAAAGCCCATTTATAG-TCACCAAGCCTTTGAAAGCCTTATTACTCGCTTT
* * *** **
12464 AAATGGCTTTATAATCTCATAGTTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTTATATTTTCATTTAAAATGG
1 AAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAG-TGAA--TTTTTTATATTTTTGGTTAAAACAG
* * ** *** *
12529 ATTATAATTAAAT-TTCTG-CTTG-GAAAAAGTAAAGAAAAAGGCATTCATTGGCAAGAAAAGTC
63 ATTATAATTGAATATT-TGCCTTGAG-AAAAGTGAAGAAAAACCCATTCATTCATAAGAAAAGCC
* * * *************** * * *
12591 TATTTATAGTCACTCATTCCNNNNNNNNNNNNNNNACT-AGCTTTAAATAGTTTTGTAATCTCAT
126 CATTTATAGTCACCCATACCTTTAAAAGCCTTATTACTCA-TTTTAAATGGTTTTATAATCTCAT
* * * **
12655 AATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTAGC-TTTTCGGTTAACAA-A-ATTATAATTGATTGTTTAT
190 AATTGATTTTAGGTTGAATTTTTTTA-CATTTTTGGTTAA-AACAGATTATAATTGAATGTTTGC
* * * * * * *
12717 GT-TGAGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGACAAGAAAAGCCTATTTATAATCATTC-ATGC
253 CTAT-A-AAACGTGAAGAAAAA-CCATTCATTGACAAGAAAAGCCCATTTATAGTTA-CCAAAGC
** * *
12780 CTTCGTAAGCCTTATTACTCTCTTTAAATAATTTTATAATCT-ATTAATTGATTTTAGGTTGAAT
314 CTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCA-TAATTGATTTTAGGTTGAAT
* * * * * * * **
12844 TTTTTTATATTTTTTGTTAAAACATATTACAATTGAATATTTGCCTTGGGAAACATG
378 ATTTTTACATTTTTAGTTAAAATAGATTATAATTGAATGTTTGCCTTAAGAAACATG
12901 TAGACAATCT
Statistics
Matches: 1189, Mismatches: 237, Indels: 75
0.79 0.16 0.05
Matches are distributed among these distances:
511 12 0.01
512 256 0.22
513 782 0.66
514 133 0.11
515 6 0.01
ACGTcount: A:0.35, C:0.13, G:0.12, T:0.39
Consensus pattern (507 bp):
AAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTGAATTTTTTATATTTTTGGTTAAAACAGATT
ATAATTGAATATTTGCCTTGAGAAAAGTGAAGAAAAACCCATTCATTCATAAGAAAAGCCCATTT
ATAGTCACCCATACCTTTAAAAGCCTTATTACTCATTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGA
TTTTAGGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTGCCTATAAAA
CGTGAAGAAAAACCATTCATTGACAAGAAAAGCCCATTTATAGTTACCAAAGCCTTCAAAAGCCT
TATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAGGTTGAATATTTTTACATTTT
TAGTTAAAATAGATTATAATTGAATGTTTGCCTTAAGAAACATGAAGAAAAACTCATTCATTAGC
AAAAAAGCCCATTTATAGTCACCAAGCCTTTGAAAGCCTTATTACTCGCTTT
Found at i:13481 original size:169 final size:171
Alignment explanation
Indices: 13160--13490 Score: 413
Period size: 169 Copynumber: 1.9 Consensus size: 171
13150 NNNNNTTAGG
* * * * * *
13160 TTGAATTGTTTTACATTTTTTGTTAAAACAGATTGTAATAGAATGCTTGCCTAGGAAAACATGAA
1 TTGAATTGTTTTACATTTTTAGTTAAAACAAATTATAATAGAATACTTACCTAGAAAAACATGAA
** * * * * *
13225 GAAAAACTCATTCATTTGAAAGAAAAGCCCATTTATAGTCACCCAAGCCTTCGAAAGCCTTATTA
66 GAAAAAAACATTCATTTGAAACAAAAGCCCATATACAGTCACCCAAGCATTCAAAAGCCTTATTA
13290 CTCGCATTAAATGGCTTTATAATCTCATAATTAAGTTTAAC
131 CTCGCATTAAATGGCTTTATAATCTCATAATTAAGTTTAAC
* * *
13331 TTGAATTTTTTTACATTTTTAGTTAAAACAAATTATAATTGAATATTTACCTTA-AAAAACAT-A
1 TTGAATTGTTTTACATTTTTAGTTAAAACAAATTATAATAGAATACTTACC-TAGAAAAACATGA
*
13394 A-AAAAAAACATTCA-TTGATAACAAAAGCCCATATACAGTCACCCATGCATTCAAAAGCCTTAT
65 AGAAAAAAACATTCATTTGA-AACAAAAGCCCATATACAGTCACCCAAGCATTCAAAAGCCTTAT
* *
13457 TCCTCG-ATTTTAATGG-TGTTATAATCTCATAATT
129 TACTCGCA-TTAAATGGCT-TTATAATCTCATAATT
13491 GATTTTAAGN
Statistics
Matches: 137, Mismatches: 19, Indels: 10
0.83 0.11 0.06
Matches are distributed among these distances:
168 6 0.04
169 77 0.56
170 2 0.01
171 50 0.36
172 2 0.01
ACGTcount: A:0.38, C:0.16, G:0.11, T:0.35
Consensus pattern (171 bp):
TTGAATTGTTTTACATTTTTAGTTAAAACAAATTATAATAGAATACTTACCTAGAAAAACATGAA
GAAAAAAACATTCATTTGAAACAAAAGCCCATATACAGTCACCCAAGCATTCAAAAGCCTTATTA
CTCGCATTAAATGGCTTTATAATCTCATAATTAAGTTTAAC
Found at i:15499 original size:171 final size:170
Alignment explanation
Indices: 14887--15917 Score: 881
Period size: 170 Copynumber: 6.0 Consensus size: 170
14877 NNNNNNNNNN
* * * * * *
14887 AATCAATTATGAGATTGTAAAACTATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAAGCAGGGGTGACT
1 AATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGCGAGTAATAAGGGTTTAGAAGGCATGGGTGACT
* **
14952 ATAAATGGGCTTTTTTTGTCAATGAATG-GATTTTTCTTCACATTTTTCAAGGCAAACATTCAAT
66 ATAAATGGGCTTTTATTGTCAATGAATGAG-TTTTTCTTCATGTTTTTCAAGGCAAACATTCAAT
* * *
15016 TATAA-GTGTTTTAAC-AAAAAATGTAACAACATTCAACTTAA
130 TATAATCTGTTTTAACTAAAAAA--TAAAAAAATTCAACTTAA
* * * *
15057 AGTCAATTATGA-ATTTATAAAACTATTAAAATCGAGTAAT-AGGGCTTTCA-AAGGCAAGGGTG
1 AATCAATTATGAGA-TTATAAAACTATTTAAAGCGAGTAATAAGGG-TTT-AGAAGGCATGGGTG
* * * *
15119 ACTATAAATAGACTTTTATTATCAATGAATGGGTTTTTCTTCATGTTTTTCAAGGCAAACATTCA
63 ACTATAAATGGGCTTTTATTGTCAATGAATGAGTTTTTCTTCATGTTTTTCAAGGCAAACATTCA
* *
15184 ATTATAATCTGTTTTAACTAAAATATAAAAAAATTTAACTTAA
128 ATTATAATCTGTTTTAACTAAAAAATAAAAAAATTCAACTTAA
* * * * * * * *
15227 AATCAATTATGGGATTATAAAAATATTTAAAGCGAGAAATAAGGGTTTTGAAGACTTAGGCGACT
1 AATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGCGAGTAATAAGGGTTTAGAAGGCATGGGTGACT
* * * * *
15292 ATATATGGGCTTTTAATGTCAATGAATAACTTTTTCTTCATGTTTTTTAAGGCAAACATTCAATT
66 ATAAATGGGCTTTTATTGTCAATGAATGAGTTTTTCTTCATGTTTTTCAAGGCAAACATTCAATT
* *
15357 ATAATCTGTTGTAACTAAAAAAGTAAAAATATTCAACTTAA
131 ATAATCTGTTTTAACTAAAAAA-TAAAAAAATTCAACTTAA
* * * * * *
15398 AATTAATTATGAGATTATAAAGCTATTTAAAGCGAGTAACATGGGTTTCAG-AGGCTTGGGTAAC
1 AATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGCGAGTAATAAGGGTTT-AGAAGGCATGGGTGAC
* * * * * *
15462 TATAAATGGGCATTTCTTGTAAATGAATGAGTTTTTCTTTATG--TTTCATGAGGTAAACAATCA
65 TATAAATGGGCTTTTATTGTCAATGAATGAGTTTTTCTTCATGTTTTTCA--AGGCAAACATTCA
15525 ATTATAATCTGTTTTAACTAAAAATATAAAAAAATTCAA-TCTAA
128 ATTATAATCTGTTTTAACTAAAAA-ATAAAAAAATTCAACT-TAA
* * * * *
15569 ACTCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGCGAGTAGTAAGGCTTTTGAAGGCATGAGTGACT
1 AATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGCGAGTAATAAGGGTTTAGAAGGCATGGGTGACT
* * * * * *** * * * * *
15634 ATAAATGGTCTTTTCTTATCAAT-CATG-GCTTTGTCTTTGCGTTTCTAAAGGAAAATAGTCAAT
66 ATAAATGGGCTTTTATTGTCAATGAATGAG-TTTTTCTTCATGTTTTTCAAGGCAAACATTCAAT
* * * * * *
15697 TATAATCTATTTTAATTAAAAATGTATAAAAATTCATCCTAA
130 TATAATCTGTTTTAACTAAAAA-ATAAAAAAATTCAACTTAA
* * * * ********** * *
15739 AATCAATTTTGAGTTTGTAAAACCATTTNNNNNNNNNNATAAGGCTTTCA-AAGGCTTGGGTGAC
1 AATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGCGAGTAATAAGGGTTT-AGAAGGCATGGGTGAC
* * * **
15803 TATAAATAGGCTTTT-TCTG-CAAATGAATGAGTTTGTCTTCATGTTTCTTGACA--CAAACAAC
65 TATAAATGGGCTTTTAT-TGTC-AATGAATGAGTTTTTCTTCATGTTT-TTCA-AGGCAAACATT
* * *
15864 CAATTATAATCTATTTTAACTAAAAATATAAAAATATTCAACCTAA
126 CAATTATAATCTGTTTTAACTAAAAA-ATAAAAAAATTCAACTTAA
*
15910 ACTCAATT
1 AATCAATT
15918 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 696, Mismatches: 138, Indels: 53
0.78 0.16 0.06
Matches are distributed among these distances:
169 11 0.02
170 368 0.53
171 303 0.44
172 13 0.02
173 1 0.00
ACGTcount: A:0.38, C:0.11, G:0.14, T:0.36
Consensus pattern (170 bp):
AATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGCGAGTAATAAGGGTTTAGAAGGCATGGGTGACT
ATAAATGGGCTTTTATTGTCAATGAATGAGTTTTTCTTCATGTTTTTCAAGGCAAACATTCAATT
ATAATCTGTTTTAACTAAAAAATAAAAAAATTCAACTTAA
Found at i:15698 original size:341 final size:338
Alignment explanation
Indices: 14889--15917 Score: 1066
Period size: 341 Copynumber: 3.0 Consensus size: 338
14879 NNNNNNNNAA
* * * * *
14889 TCAATTATGAGATTGTAAAACTATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAAGCAGGGGTGACTAT
1 TCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCATGAGTGACTAT
* * * *
14954 AAATGGGCTTTTTTTGTCAATGAATGGATTTTTCTTCACATTTTTCAAGGCAAACATTCAATTAT
66 AAATGGGCTTTTATTGTCAATGAATGGCTTTTTCTTCACGTTTTTAAAGGCAAACATTCAATTAT
* * *
15019 AA-GTGTTTTAAC-AAAAAATGTAACAACATTCAACTTAAAGTCAATTATGA-ATTTATAAAACT
131 AATCTGTTTTAACTAAAAAA-GTAA-AAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGA-TTATAAAACT
* * ** * * *
15081 ATTAAAATCGAGTAATAGGGCTTTCAAAGGCAAGGGTGACTATAAATAGACTTTTATTATCAATG
193 ATTTAAAGCGAGTAATAGGG-TTTCAAAGGCTTGGGTGACTATAAATAGGC-TTTATTGTAAATG
* *
15146 AATGGGTTTTTCTTCATGTTTTTCA--AGGCAAACATTCAATTATAATCTGTTTTAACT-AAAAT
256 AATGAGTTTTTCTTCATG--TTTCATGAGGCAAACAATCAATTATAATCTGTTTTAACTAAAAAT
* *
15208 ATAAAAAAATTTAACTTAAAA
319 ATAAAAAAATTCAAC-TAAAC
* * * * * * *
15229 TCAATTATGGGATTATAAAAATATTTAAAGCGAGAAATAAGGGTTTTGAAGAC-TTAGGCGACTA
1 TCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCATGA-GTGACTA
* * ** * *
15293 TATATGGGCTTTTAATGTCAATGAATAACTTTTTCTTCATGTTTTTTAAGGCAAACATTCAATTA
65 TAAATGGGCTTTTATTGTCAATGAATGGCTTTTTCTTCACGTTTTTAAAGGCAAACATTCAATTA
* * *
15358 TAATCTGTTGTAACTAAAAAAGTAAAAATATTCAACTTAAAATTAATTATGAGATTATAAAGCTA
130 TAATCTGTTTTAACTAAAAAAGTAAAAA-ATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTA
* * * * *
15423 TTTAAAGCGAGTAACATGGGTTTCAGAGGCTTGGGTAACTATAAATGGGCATTTCTTGTAAATGA
194 TTTAAAGCGAGTAATA-GGGTTTCAAAGGCTTGGGTGACTATAAATAGGC-TTTATTGTAAATGA
* *
15488 ATGAGTTTTTCTTTATGTTTCATGAGGTAAACAATCAATTATAATCTGTTTTAACTAAAAATATA
257 ATGAGTTTTTCTTCATGTTTCATGAGGCAAACAATCAATTATAATCTGTTTTAACTAAAAATATA
15553 AAAAAATTCAATCTAAAC
322 AAAAAATTCAA-CTAAAC
*
15571 TCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGCGAGTAGTAAGGCTTTTGAAGGCATGAGTGACTAT
1 TCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCATGAGTGACTAT
* * * * * ** * * * *
15636 AAATGGTCTTTTCTTATCAAT-CATGGCTTTGTCTTTGCGTTTCTAAAGGAAAATAGTCAATTAT
66 AAATGGGCTTTTATTGTCAATGAATGGCTTTTTCTTCACGTTTTTAAAGGCAAACATTCAATTAT
* * * * * * * * *
15700 AATCTATTTTAATTAAAAATGTATAAAAATTCATCCTAAAATCAATTTTGAGTTTGTAAAACCAT
131 AATCTGTTTTAACTAAAAAAGTA-AAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTAT
********** * * *
15765 TTNNNNNNNNNNATAAGGCTTTCAAAGGCTTGGGTGACTATAAATAGGCTTTTTCTGCAAATGAA
195 TTAAAGCGAGTAAT-AGGGTTTCAAAGGCTTGGGTGACTATAAATAGGCTTTAT-TGTAAATGAA
* * ** * *
15830 TGAGTTTGTCTTCATGTTTCTTGACACAAACAACCAATTATAATCTATTTTAACTAAAAATATAA
258 TGAGTTTTTCTTCATGTTTCATGAGGCAAACAATCAATTATAATCTGTTTTAACTAAAAATATAA
*
15895 AAATATTCAACCTAAAC
323 AAAAATTCAA-CTAAAC
15912 TCAATT
1 TCAATT
15918 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 565, Mismatches: 110, Indels: 27
0.80 0.16 0.04
Matches are distributed among these distances:
339 5 0.01
340 116 0.21
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342 107 0.19
343 3 0.01
ACGTcount: A:0.38, C:0.11, G:0.14, T:0.36
Consensus pattern (338 bp):
TCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCATGAGTGACTAT
AAATGGGCTTTTATTGTCAATGAATGGCTTTTTCTTCACGTTTTTAAAGGCAAACATTCAATTAT
AATCTGTTTTAACTAAAAAAGTAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATT
TAAAGCGAGTAATAGGGTTTCAAAGGCTTGGGTGACTATAAATAGGCTTTATTGTAAATGAATGA
GTTTTTCTTCATGTTTCATGAGGCAAACAATCAATTATAATCTGTTTTAACTAAAAATATAAAAA
AATTCAACTAAAC
Found at i:20578 original size:171 final size:169
Alignment explanation
Indices: 20162--21055 Score: 875
Period size: 171 Copynumber: 5.2 Consensus size: 169
20152 NNNNNNNNNN
* * * * *
20162 TAAAATCAATTATGATATTACAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGATGGAATAAGTG
1 TAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCATGAGTG
* * * * ** * *
20227 ACTATAAATAGACTTTTCTTCCTAATGAATGCCTTTTTCTTCACTTTTTCTAG-GGTAGACATTC
66 ACTATAAATGGGCTTTTCTTGC-AATGAATGGC-TTTTCTTCA-TGCTTCTCGAGGTAGACAGTC
* * *
20291 AATTATAATCCGTTTTAACTAAAAGTATAAAACAAATTCAA-C
128 AATTATAATCTGTTTTAACGAAAAATATAAAA-AAATTCAACC
* * * * * * *
20333 TAAAAATCAATTATGACATTATAAAGCCATTTAAAACGAGTAATAAGACTTTCGAAGGCTTGGGT
1 T-AAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCATGAGT
* * * * * * *
20398 AACTATAAATAGGCATTTCTTGCAAATGAATTGGCTTTTCTTCATGCTTCTTGAGGTAAATAGTA
65 GACTATAAATGGGCTTTTCTTGC-AATGAA-TGGCTTTTCTTCATGCTTCTCGAGGTAGACAGTC
*
20463 AATTATAATCTGTTTTAACGAAAAATAGAAAAAAATTCAACC
128 AATTATAATCTGTTTTAACGAAAAATATAAAAAAATTCAACC
* * *
20505 TAAAATAAATTATGAGATTATAAAACTATTTTAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCATGAGTG
1 TAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCATGAGTG
* * * ** * *
20570 ACTATAAATGGGCTTTTGTTATCAATCAATGGCTTTGTCTTCATATTTCTCAAGGCAGACAGTCA
66 ACTATAAATGGGCTTTTCTT-GCAATGAATGGCTTT-TCTTCATGCTTCTCGAGGTAGACAGTCA
* *
20635 ATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATATAAAAAAATTCAATC
129 ATTATAATCTGTTTTAACGAAAAATATAAAAAAATTCAACC
* * * * * * * *
20676 TAAAATCAGTTATGAGGTTGTAAAACTATTTAAAGCAAGTAATAAGG-TTTTCTAAAGCTTGAGT
1 TAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTT-GAAGGCATGAGT
* * * * *
20740 GACTATAAATGGGCTTTTCCTGCAAATGAATGAG-TTTGCCTTCATGCTTC-CTGAGGCAAACAT
65 GACTATAAATGGGCTTTTCTTGC-AATGAATG-GCTTT-TCTTCATGCTTCTC-GAGGTAGACAG
* * *
20803 TCAATTGTAATCTATTTTAATGAAAAATATAAAAAAATTCAACC
126 TCAATTATAATCTGTTTTAACGAAAAATATAAAAAAATTCAACC
* * * * * * * * *
20847 TCAAATTAGTTATGAGATCATAGAACTATTTAAAGCGAGTAATACGACTTTTGAAGGTATGAGTG
1 TAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCATGAGTG
* * * * *
20912 ACTATAAATGGGCTTTTCTTATCAATAAATGGCTTTT-TCTCA-CCTTTCTCAAGGTAGACAATC
66 ACTATAAATGGGCTTTTCTT-GCAATGAATGGCTTTTCT-TCATGC-TTCTCGAGGTAGACAGTC
* ** * *
20975 AATTATAATTTGTTTTAATTAAAAATATAAAAAAAGTCAACT
128 AATTATAATCTGTTTTAACGAAAAATATAAAAAAATTCAACC
*
21017 TACAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAG
1 TAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAG
21056 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 593, Mismatches: 114, Indels: 33
0.80 0.15 0.04
Matches are distributed among these distances:
169 2 0.00
170 97 0.16
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173 3 0.01
ACGTcount: A:0.39, C:0.13, G:0.14, T:0.34
Consensus pattern (169 bp):
TAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCATGAGTG
ACTATAAATGGGCTTTTCTTGCAATGAATGGCTTTTCTTCATGCTTCTCGAGGTAGACAGTCAAT
TATAATCTGTTTTAACGAAAAATATAAAAAAATTCAACC
Found at i:20831 original size:342 final size:341
Alignment explanation
Indices: 20162--21052 Score: 1090
Period size: 342 Copynumber: 2.6 Consensus size: 341
20152 NNNNNNNNNN
* * * * * *
20162 TAAAATCAATTATGATATTACAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGATGGAATAAGTG
1 TAAAATAAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGAGTG
* * * * * * * *
20227 ACTATAAATAGACTTTTCTT-CCTAATGAATGCCTTTTTCTTCACTTTTTCT-AGGGTAGACATT
66 ACTATAAATGGGCTTTTCTTATC-AATAAATGGCTTTTTCTTCA-TATTTCTCAAGGTAGACAAT
* * *
20290 CAATTATAATCCGTTTTAACTAAAAGTATAAAACAAATTCAACTAAAAATCAATTATGACATTAT
129 CAATTATAATCTGTTTTAACTAAAAATATAAAA-AAATTCAACT-AAAATCAATTATGAGATTAT
* * * * * *
20355 AAAGCCATTTAAAACGAGTAATAAGACTTTCGAAGGCTTGGGTAACTATAAATAGGCATTTCTTG
192 AAAACCATTTAAAGCAAGTAATAAGACTTTCGAAAGCTTGAGTAACTATAAATAGGCATTTCCTG
* * * * *
20420 CAAATGAATTGGCTTTTCTTCATGCTTCTTGAGGTAAATAGTAAATTATAATCTGTTTTAACGAA
257 CAAATGAATTGGCTTTCCTTCATGCTTCCTGAGGCAAACAGTAAATTATAATCTATTTTAACGAA
20485 AAATAGAAAAAAATTCAACC
322 AAATAGAAAAAAATTCAACC
* *
20505 TAAAATAAATTATGAGATTATAAAACTATTTTAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCATGAGTG
1 TAAAATAAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGAGTG
* * * * *
20570 ACTATAAATGGGCTTTTGTTATCAATCAATGGCTTTGTCTTCATATTTCTCAAGGCAGACAGTCA
66 ACTATAAATGGGCTTTTCTTATCAATAAATGGCTTTTTCTTCATATTTCTCAAGGTAGACAATCA
* * * *
20635 ATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATATAAAAAAATTCAATCTAAAATCAGTTATGAGGTTGTAAA
131 ATTATAATCTGTTTTAACTAAAAATATAAAAAAATTCAA-CTAAAATCAATTATGAGATTATAAA
* ** * * * *
20700 ACTATTTAAAGCAAGTAATAAGGTTTTCTAAAGCTTGAGTGACTATAAATGGGCTTTTCCTGCAA
195 ACCATTTAAAGCAAGTAATAAGACTTTCGAAAGCTTGAGTAACTATAAATAGGCATTTCCTGCAA
* * * *
20765 ATGAA-TGAG-TTTGCCTTCATGCTTCCTGAGGCAAACATTCAATTGTAATCTATTTTAATGAAA
260 ATGAATTG-GCTTT-CCTTCATGCTTCCTGAGGCAAACAGTAAATTATAATCTATTTTAACGAAA
*
20828 AATATAAAAAAATTCAACC
323 AATAGAAAAAAATTCAACC
* * * * * * * *
20847 TCAAATTAGTTATGAGATCATAGAACTATTTAAAGCGAGTAATACGACTTTTGAAGGTATGAGTG
1 TAAAATAAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGAGTG
**
20912 ACTATAAATGGGCTTTTCTTATCAATAAATGGCTTTTTC-TCACCTTTCTCAAGGTAGACAATCA
66 ACTATAAATGGGCTTTTCTTATCAATAAATGGCTTTTTCTTCATATTTCTCAAGGTAGACAATCA
* * * *
20976 ATTATAATTTGTTTTAATTAAAAATATAAAAAAAGTCAACTTACAATCAATTATGAGATTATAAA
131 ATTATAATCTGTTTTAACTAAAAATATAAAAAAATTCAAC-TAAAATCAATTATGAGATTATAAA
21041 ACCATTTAAAGC
195 ACCATTTAAAGC
21053 GAGNNNNNNN
Statistics
Matches: 468, Mismatches: 74, Indels: 14
0.84 0.13 0.03
Matches are distributed among these distances:
340 1 0.00
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344 1 0.00
ACGTcount: A:0.39, C:0.13, G:0.14, T:0.34
Consensus pattern (341 bp):
TAAAATAAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGAGTG
ACTATAAATGGGCTTTTCTTATCAATAAATGGCTTTTTCTTCATATTTCTCAAGGTAGACAATCA
ATTATAATCTGTTTTAACTAAAAATATAAAAAAATTCAACTAAAATCAATTATGAGATTATAAAA
CCATTTAAAGCAAGTAATAAGACTTTCGAAAGCTTGAGTAACTATAAATAGGCATTTCCTGCAAA
TGAATTGGCTTTCCTTCATGCTTCCTGAGGCAAACAGTAAATTATAATCTATTTTAACGAAAAAT
AGAAAAAAATTCAACC
Found at i:22167 original size:171 final size:170
Alignment explanation
Indices: 21882--28031 Score: 5382
Period size: 171 Copynumber: 36.1 Consensus size: 170
21872 NNNNNNNNNN
* * * * ** *
21882 AGTAATAAGGCTTTTAAAGACATGGGTGACTATAAATGAGCGTTTCTTGCCAATGAATGACTTTT
1 AGTAATAAGGCTTTTGAAGGCATGGGTGACTATAAATGGGCTTTTCTTATCAATGAATG-GTTTT
* * * * * *
21947 TCTTCATATTTTTCATGGCAGACATTCAATTATAATTTGTTTTAACCAAAAATTTAAAAATATTC
65 TCTTCATGTTTTTCAAGGCAAACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTC
* * * * **
22012 AACTTAGAATCAATTAAGAGATTATAAAACCACTAAAATTG
130 AACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCG
* *
22053 AGTAATAAGGCTTTCGAAGGTATGGGTGACTATAAATGGGC-TTTCGTTATCAATGAATAGGTTT
1 AGTAATAAGGCTTTTGAAGGCATGGGTGACTATAAATGGGCTTTTC-TTATCAATGAAT-GGTTT
* * * * * *
22117 TTCTACATATTTTTCAAGGCAAACAATCAATTATAATCTATTTTAACCAAAAAGGTAAAAACATT
64 TTCTTCATGTTTTTCAAGGCAAACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATT
* * * *
22182 TAACCT-AAATCAATTATAAGATTATAAAACCATTTAAAGAG
129 CAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCG
** * * * *
22223 AGTAATAAGGCTTTTGAACACATGGGTGACTATAAATGGACTTTTGTTGA-GAATGAATAGTTTT
1 AGTAATAAGGCTTTTGAAGGCATGGGTGACTATAAATGGGCTTTTCTT-ATCAATGAAT-GGTTT
* * ** * * * * * * *
22287 TTGTTTATGTTTTTCAAGGCCGACATTTAAGTATAATTTGTTTTAATCAAACATATAAAAACATT
64 TTCTTCATGTTTTTCAAGGCAAACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATT
* * *
22352 CAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTAAAATCG
129 CAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCG
* *
22394 AGTAATAAGGCTTTTGAATGCATGGGTGACTGTAAATGGGCTTTTCTTATCAATGAATGGCTTTT
1 AGTAATAAGGCTTTTGAAGGCATGGGTGACTATAAATGGGCTTTTCTTATCAATGAATGG-TTTT
* * * *
22459 TCTTCATGTTTTTTAAGGCAAACATTCAATTATAATCTGTTTTAACTAAAAATTTAAGAAAATTC
65 TCTTCATGTTTTTCAAGGCAAACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTC
* * *
22524 AAGTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAGCCATTTAAAACG
130 AACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCG
* * * *
22565 AGTAATAAGGCTTTCGAAGGCTTGGGTGACTATAGATGGGCTTTTCTT-GCAAATGAATGGGTTT
1 AGTAATAAGGCTTTTGAAGGCATGGGTGACTATAAATGGGCTTTTCTTATC-AATGAAT-GGTTT
* * * * * * * *
22629 TTCTTCATGTTTTCCTATGCAAGCATTCTATTACAATCTGTTTTAACAAAAAATGTAAAAACATT
64 TTCTTCATGTTTTTCAAGGCAAACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATT
* * * * *
22694 CAACCTAAAATCAATTACGAGATTTTAAAACTATTTAAAGCA
129 CAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCG
* * * * * * *
22736 AGTAATAAAGTTTTTGAAGGTATCGCTGACTATAAATGGGCTTTTCTTATCAATCAATGGCTTTG
1 AGTAATAAGGCTTTTGAAGGCATGGGTGACTATAAATGGGCTTTTCTTATCAATGAATGG-TTTT
* * * * **
22801 TCTTC-TCGTTTCTCAAGGAAAACAGTCAATTATAATCTATTTTAGTCAAAAATGTAAAAAAATT
65 TCTTCAT-GTTTTTCAAGGCAAACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATT
* *
22865 C-ATTATAAAATCAATTATGA-AGTTGTAAAACCATTTAAAGCG
129 CAACT-TAAAATCAATTATGAGA-TTATAAAACCATTTAAAGCG
* * * * * *
22907 AGTAATAAGGCTTTCGAGGGCTTGGGTGACTATAAATGGGCTTTTCCTA-CAAATGAATTAGATT
1 AGTAATAAGGCTTTTGAAGGCATGGGTGACTATAAATGGGCTTTTCTTATC-AATGAA-TGGTTT
* ** ** * * * *
22971 GTCTTCATGTTTCCCAAGGCAAACATTCAATCGTAATATGTTTTAACGAAAAATTTAAAAAACTT
64 TTCTTCATGTTTTTCAAGGCAAACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATT
* * *
23036 CAACCTAAAATCAGTTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGCG
129 CAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCG
* ** * * **
23078 AGTAATAAGGCTTTTGAAAGCATAAGTGACTATAAATGAGCTTTTCTTGTCAATGAATAATTTTT
1 AGTAATAAGGCTTTTGAAGGCATGGGTGACTATAAATGGGCTTTTCTTATCAATGAAT-GGTTTT
* * * * * *
23143 TATTCACGTTTCTCAAGGTAAACAATCAATTATAAT-TGATTTTAACCAAAAAGGTAAAAAAATT
65 TCTTCATGTTTTTCAAGGCAAACATTCAATTATAATCTG-TTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATT
* *
23207 CAACTTAAAATTAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCT
129 CAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCG
* * ** * * * * * *
23249 AGTAATAAGGCTTTTGAGGGAATGAATAACTATAAATGGACTTTTATGACCAATGAATGCCTTTT
1 AGTAATAAGGCTTTTGAAGGCATGGGTGACTATAAATGGGCTTTTCTTATCAATGAATG-GTTTT
* * * * *
23314 TCTTCACT-TTTTTCAAGGCAGATATTCAATTATAATCCGTTTGAACCAAAAATATAAAACAAAT
65 TCTTCA-TGTTTTTCAAGGCAAACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAA-AAAT
* * *
23378 TCAACTAAAAATCAATTATGAGATTATAAAGCTATTTAAAGCG
128 TCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCG
* * * * * * * *
23421 AGTAATAAGG-GTTTCAATGGCTTGGTTAACTATAAATGGGCATTTCCT-GCAAATGAATGAGTT
1 AGTAATAAGGCTTTTGAA-GGCATGGGTGACTATAAATGGGCTTTTCTTATC-AATGAATG-GTT
** * * * * * * *
23484 TTTCTTCACATTTCTCAAGGCAAACAGTCTATTACAATCTATTTTAACCCAAAATATAAAAAAAT
63 TTTCTTCATGTTTTTCAAGGCAAACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAAT
* * * * *
23549 TTAACCTAAAATCAATTAT--G---ATAAAACTACTTAAAGTG
128 TCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCG
* * * * * *
23587 AGTAACAAGGCTTTTGAAGGCATGAGTGATTATAAATGGGCTTTTATTGTCAATGAATGACTTTT
1 AGTAATAAGGCTTTTGAAGGCATGGGTGACTATAAATGGGCTTTTCTTATCAATGAATG-GTTTT
* * * *
23652 TCTTCCCAT-TTTTT-AAGGCAAACATTCAATTATAAGCTATTTTAACCAAAAAGGTAAAAACAT
65 TCTT--CATGTTTTTCAAGGCAAACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAAT
* * * **
23715 TCAACTTAAAATCAATCATGAGTTTATAAAACCATTGAAATTG
128 TCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCG
* * * * *
23758 AGTAATAAGGCTTTTCGAAGGCAAGGGTGGCTGTAAATGGACTTTTGTTATCAATGAATGAGTTT
1 AGTAATAAGGCTTTT-GAAGGCATGGGTGACTATAAATGGGCTTTTCTTATCAATGAATG-GTTT
** * * *
23823 TT-TTCACATTTTTCAAGGCAAACATTCAATTAAAATCTGTTTTAACTAAAAATATAAAAAAATT
64 TTCTTCATGTTTTTCAAGGCAAACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATT
* * *
23887 CAACTTAAAATCAATTATAAGATTATAAAGCCATTTAAAGTG
129 CAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCG
* * * * * *
23929 AGTAATAAGACTTTTAAAGGCTTGGGTGACTATAAATGGGCTTTTGTTGTCAATGAATGACTTTT
1 AGTAATAAGGCTTTTGAAGGCATGGGTGACTATAAATGGGCTTTTCTTATCAATGAATG-GTTTT
* * *
23994 TCTTCATGTTTTTTAAGGCAAACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCTAAAATGTAAAAATATTC
65 TCTTCATGTTTTTCAAGGCAAACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTC
* *
24059 AACTTAAAATTAATTATGAGATTATAAAGCCATTTAAAGCG
130 AACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCG
* * * * * *
24100 AGTAACAAAGCTTTCGAAGGCTTGGGTAACTATAAATGGGCATTTCTTA-CAAATGAATGAGTTT
1 AGTAATAAGGCTTTTGAAGGCATGGGTGACTATAAATGGGCTTTTCTTATC-AATGAATG-GTTT
* * * * *
24164 TTCTTCATG--TTTCATGAGGAAAACAATCAATTATAATCTTTTTTAACTAAAAAAGT-AAAAAA
64 TTCTTCATGTTTTTCA--AGGCAAACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAA
* * *
24226 TTTAACCTAAACTCAATTATGAGATTAT-AAACCTATTTAAAGCG
127 TTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACC-ATTTAAAGCG
* * * * * *
24270 AGTAATAAGACTTTTGAAAGCATGGATGACTATAAATAGGCTTTTCTTATCAAT-CATGGCTTTG
1 AGTAATAAGGCTTTTGAAGGCATGGGTGACTATAAATGGGCTTTTCTTATCAATGAATGG-TTTT
* * * ** *
24334 TCTTCATGTTTCTAAAGGGAAACAGCCAATTATAATCTGTTTTAACTAAAAATGTAAAAAAATTC
65 TCTTCATGTTTTTCAAGGCAAACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTC
* * *
24399 ATCTTAAAATCAATTATGATG-TTATAAAACTATTTAAAGTG
130 AACTTAAAATCAATTATGA-GATTATAAAACCATTTAAAGCG
** * * * *
24440 AGTAATAAGGCTTTCAAAGACCTGGGTGACTATAAATAGACTTTT-TCT-TCAAATGAATGAGTT
1 AGTAATAAGGCTTTTGAAGGCATGGGTGACTATAAATGGGCTTTTCT-TATC-AATGAATG-GTT
* * * * * *
24503 TGTCTTCATGTTTCTT-GAGACAAACACTCAATTATAATCTATTTTAACTAAAAATGTAAAAAAA
63 TTTCTTCATGTTT-TTCAAGGCAAACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATGT-AAAAAA
* * * *
24567 ACTCAACCTAAACTCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGCG
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* * * * *
24612 AGTAATAAGGCTTTTGAAGGCATAGGTAACTATAAATGGACTTTTCTTATCAATCAATGGCTTTG
1 AGTAATAAGGCTTTTGAAGGCATGGGTGACTATAAATGGGCTTTTCTTATCAATGAATGG-TTTT
* * * * * *
24677 TCTTCATGTTTCTAAAGGTAAACAGTCAATTATAATCTATTTTAACCAAAAATAT-AAAAAATTC
65 TCTTCATGTTTTTCAAGGCAAACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTC
* * * * * *
24741 ATCCTAAAATCAATTATAAGGTTGTAAAACTATTTAAAGCG
130 AACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCG
* * *
24782 AGTAATAAGGCTTTCGAAGGCTTGGGTGACTATAAATGGGCTTTT-TCT-GCAAATGAATGAGTT
1 AGTAATAAGGCTTTTGAAGGCATGGGTGACTATAAATGGGCTTTTCT-TATC-AATGAATG-GTT
* ** * * * *
24845 TGTCTTCATGTTTCCCAAGGCAAACATTCAATTGTATTCTGTTTTAA-TAAAAAGTGTAAAAACA
63 TTTCTTCATGTTTTTCAAGGCAAACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAA-TGTAAAAAAA
* * * * * *
24909 TTCAACCTAAAATTAGTTATGAGATTAAAAAACTATTTAAAGTG
127 TTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCG
* * * ** *
24953 AGTGATAAGGCATTTGAAGGCATGAGTGACTATAAATGGGCTTTTCTTGCCAATGAATGACTTTT
1 AGTAATAAGGCTTTTGAAGGCATGGGTGACTATAAATGGGCTTTTCTTATCAATGAATG-GTTTT
* * * * * * * * * * * *
25018 TCTTCACGTTTCTCAAGGTAGACAATT-AATTATAATTTCTTTGAATCAAAAATATCAATAAAGT
65 TCTTCATGTTTTTCAAGGCAAAC-ATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATT
* * * * * *
25082 CAACTTACAAGCAGTTATGAAATTACAAAACCATTTAAAGCC
129 CAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCG
* ** * * * * *
25124 AGTAGTAAGGCTTTCAAAGGCATGAGTGACTATAAATGGCCTTTTGTCATCAATGAATGACTTTT
1 AGTAATAAGGCTTTTGAAGGCATGGGTGACTATAAATGGGCTTTTCTTATCAATGAATG-GTTTT
* * * *
25189 TCTTCAT-ATTTTCAAGGTAAACATTCAATTATAATCTATTTTAACCAAAAATATAAAAGAAA-T
65 TCTTCATGTTTTTCAAGGCAAACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAA-AAATT
* * *
25252 CCACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAGCCATTTAAAGAG
129 CAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCG
* * * ** *
25294 AGTAAAAAGGCTTTAGAAGGCTTGGGTGGTTATAAATGGGCTTTTCTT-GCAAATGAATGGGTTT
1 AGTAATAAGGCTTTTGAAGGCATGGGTGACTATAAATGGGCTTTTCTTATC-AATGAAT-GGTTT
* * * * *
25358 TTCTTCATG-TTTCCTGAGGCAAACATTTAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATATAAAAATAT
64 TTCTTCATGTTTTTC-AAGGCAAACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAAT
* * *
25422 TCAACCTAAAATTAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGCG
128 TCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCG
* * * * * * *
25465 AGTAAAAAGGCTTTTAAAGGCATGAGCGACTATAAATGGGCTTTTCTTATCAATCAATAGCTTTG
1 AGTAATAAGGCTTTTGAAGGCATGGGTGACTATAAATGGGCTTTTCTTATCAATGAAT-GGTTTT
** * * * *
25530 TCTTCACATTTTTCAAGGTAGACAGTCAATTATAATCTGTTTTAACAAAAAATGTAAAAAAA-TC
65 TCTTCATGTTTTTCAAGGCAAACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTC
** * * ** * *
25594 TTCCTAAAATCAATTATAAGATTCCAGAACCATTTAAAGAG
130 AACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCG
* * ** * * * * **
25635 AGTAATAAGTCTTTCGAAGGTTTGAGTGACTATAAGTGGAG--TTT-TTAGGCTAATAGATTACT
1 AGTAATAAGGCTTTTGAAGGCATGGGTGACTATAAATGG-GCTTTTCTTA-TC-AAT-GAATGGT
* * *** * * * * *
25697 TTTGCTTCATGTTTTCCAAGGTGGACATTCAATTATATTATATTTTAATCAAAAATATAAAAAAA
62 TTTTCTTCATGTTTTTCAAGGCAAACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAA
*
25762 TTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGCG
127 TTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCG
* * * * * * *
25806 AGTAATAAGTCTTTTGAAGACATAGGTGACTATAAATGGACTTTTTTTGTCAATGAATGACTTTT
1 AGTAATAAGGCTTTTGAAGGCATGGGTGACTATAAATGGGCTTTTCTTATCAATGAATG-GTTTT
* * ** * * * * * *
25871 TCCTCACGCCTTTCAAGGTAGATAGTCAATTGA-AATCTGTTTTAACC-AAAATATAAAAACATT
65 TCTTCATGTTTTTCAAGGCAAACATTCAATT-ATAATCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATT
* * * *
25934 CAACTTAAAATCAATTATGAGATTGTAAAATCATTGAAATCG
129 CAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCG
** * * *
25976 AGTAATAAGGCTTTTGAAGGCATTAGCGACTATAAATGGG---TT-GT-T-AATGAATGGCCTTT
1 AGTAATAAGGCTTTTGAAGGCATGGGTGACTATAAATGGGCTTTTCTTATCAATGAATGG-TTTT
* * ** * * * *
26035 GCTTCACGTTTTTCAAGAAAAATATTCAATAATAATCCGTTTTAA-CTAAAATGTAAAAAAATTC
65 TCTTCATGTTTTTCAAGGCAAACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTC
* *
26099 AACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAGCCATTTAAAGTG
130 AACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCG
* * * * * *
26140 AGTAATAGGGCTTTTGAATGCTTAGGCGACTATAAATGGGGTTTT-TCTA-CAAATGAATGAG-T
1 AGTAATAAGGCTTTTGAAGGCATGGGTGACTATAAATGGGCTTTTCT-TATC-AATGAATG-GTT
* ** * * * * * * * * * *
26202 TTTCTTTACATTTCTCGAGGTAGACAGTCAAGTACAATCTATTTTAACCAAAAATATAGAAAAAT
63 TTTCTTCATGTTTTTCAAGGCAAACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAAT
* * * * * *
26267 TTAACCTAAAATCAATTACGAGATTGTAAAGCTATTTAAAGCG
128 TCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCG
* * * * *
26310 AGTAATAGGGCTTTTGAAGGCATAGGTGACTCTAAATGGGCTTTTCTTATCAATCAATGGCTTTG
1 AGTAATAAGGCTTTTGAAGGCATGGGTGACTATAAATGGGCTTTTCTTATCAATGAATGG-TTTT
* * ** * * * * *
26375 TCTTCA-GATTTCTCTAGGCGTATAGTCAATTATAATATCTTTTAACTAAAAATGTAAAAAAATT
65 TCTTCATG-TTTTTCAAGGCAAACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATT
* * * *
26439 CATCCTAAAATCAATTATGAGGTTGT-AAACCTATTTAAAGCG
129 CAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACC-ATTTAAAGCG
* * * * * *
26481 AGTAATAAGGCTTTCGAAGGCTTGGGTGACTACAAATAGGCTTTTCCT-GCAAATGAATGAGTTT
1 AGTAATAAGGCTTTTGAAGGCATGGGTGACTATAAATGGGCTTTTCTTATC-AATGAATG-GTTT
* ** * * * **
26545 GTCTTCATGTTTCCCAAGGTAAACATTCAATTCTAATATGTTTTAATAAAAAATGTAAAAAAATT
64 TTCTTCATGTTTTTCAAGGCAAACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATT
* * * * *
26610 CATCCTAAAATCAGTTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGTG
129 CAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCG
* * * *
26652 AGTAATAAGGCTTTTGAAGGCATGAGTGACTGTAAATGAGCTTTTCTTGTCAATGAATGGGTTTT
1 AGTAATAAGGCTTTTGAAGGCATGGGTGACTATAAATGGGCTTTTCTTATCAATGAAT-GGTTTT
* * * * * * **
26717 TCTTCACGTTTCTCAAGGTAGACAATCAATTATAATATGTTTTAA-TGAAAATGTAAAAAAATTC
65 TCTTCATGTTTTTCAAGGCAAACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTC
* *
26781 AACTTAAAATAAATTATGAGATTACAAAACCATTTAAAGCG
130 AACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCG
* * * * * * * *
26822 AGTAATAACGCTTTTGAGGGAATGAGTGACTATAAACGGACTTTTCTTACCAATGAATGCCTTTT
1 AGTAATAAGGCTTTTGAAGGCATGGGTGACTATAAATGGGCTTTTCTTATCAATGAATG-GTTTT
* * * * * *
26887 TATTCA-CTTTTTCTAAGGCAAACATTCAATTATAAGCCGTTTGAACCAAAAATATAAAAAAATT
65 TCTTCATGTTTTTC-AAGGCAAACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAA-T
* * * *
26951 TCAACTTGAAATCAATTGTGAGATTATAAAGCCATTTAAAGTG
128 TCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCG
* * ** * * * * * * * *
26994 AGCAATAAGTCTTTCAAAGGCATGAGTGACTTATGAGTGGACTTTT-TATGTTAATGGATGACTT
1 AGTAATAAGGCTTTTGAAGGCATGGGTGAC-TATAAATGGGCTTTTCT-TATCAATGAATG-GTT
** * * * * * *
27058 TTGGTTCAGGTTTCTT-AAGG-AAGATATTCAATTATAATATATTTTAATCAAAAATGTAAAAAC
63 TTTCTTCATGTTT-TTCAAGGCAA-ACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAA
** **
27121 ATTCATGTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAAATAATTTAAAGCG
126 ATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTAT-AAAACCATTTAAAGCG
* ** * * * * **
27167 AGTAATAAGGCTTTCGAAGGTTTAGATGACTATAAATAGACTTTTCTGGTCAATGAATGGCTTTT
1 AGTAATAAGGCTTTTGAAGGCATGGGTGACTATAAATGGGCTTTTCTTATCAATGAATGG-TTTT
* * * * * *
27232 TCTTTATG-TTTCCAAGGCAGACATTCAATTATAATCTATTTTAACTAAAAATGTAAAAACATTC
65 TCTTCATGTTTTTCAAGGCAAACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTC
* * *
27296 AACTTAAAATCAATTATTAGATTATAAAACCATTGAAATCG
130 AACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCG
* * * * * * * *
27337 AGTAATAAGGCTTTCGAAGGTATTGGCGACTACAAGTGGGCTTTTGTTGTCAATGAATGGATTTT
1 AGTAATAAGGCTTTTGAAGGCATGGGTGACTATAAATGGGCTTTTCTTATCAATGAATGG-TTTT
* * * * * * * *
27402 GCTTTACGTTTCTCAAGCCAAACATTCAATTATAATCTATTTTAATC-AAAATATAAAAAAATTC
65 TCTTCATGTTTTTCAAGGCAAACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTC
* * * *
27466 AACTTTAAATCGATTATGAGATTATAAAGCCATTTAAAGGG
130 AACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCG
* * * * *
27507 AGTAACAAGGCTTTTAAAGGCTTGGGTGACTATAAATAGGCTTTTCTT-GCAAATGAATGAGTTT
1 AGTAATAAGGCTTTTGAAGGCATGGGTGACTATAAATGGGCTTTTCTTATC-AATGAATG-GTTT
** * * * ** * * *
27571 TTCTTCACATTTCTCAAGGAAAACAGTCAATTATAATCAATTTTAACTAAAAATATAAAACAATT
64 TTCTTCATGTTTTTCAAGGCAAACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATT
* * * *
27636 CAGCTTAAAATCATTTATGAGATTGTAAAACTATTTAAAGCG
129 CAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCG
* * * *
27678 AGTAATAAGGCTTTTGAAGGCATGGGTGACTATAAATGGACTCTTCTTATAAATCAATGGCTTTT
1 AGTAATAAGGCTTTTGAAGGCATGGGTGACTATAAATGGGCTTTTCTTATCAATGAATGG-TTTT
* * * * * * * ** *
27743 TCTTCACGTTTCTCCAA-GTAGACAATCAATTATAATTTATTTTAATAAAAAATTTAAAAAAATT
65 TCTTCATGTTT-TTCAAGGCAAACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATT
* * *
27807 CAACTTAAAATAAATTACGAGATTACAAAACCATTTAAAGCG
129 CAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCG
* * * * * ** * * *
27849 AGTAATAAGGCTTTTGAGGGAATGTGTAATTATAAATGAACTTTTTTTTTGCCAATGAATGCCTT
1 AGTAATAAGGCTTTTGAAGGCATGGGTGACTATAAATGGGCTTTTCTTAT--CAATGAATG-GTT
* * * * * * *
27914 TTT-TTCACT-TTTTCCAAGGTAGACATTCAATTATAATCCGTTTGAACTAAAAATATAAAAAAC
63 TTTCTTCA-TGTTTTTCAAGGCAAACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAA-
* * *
27977 ATTTCAACTTAAAATTAATTATGAGATTATAAAGCCATTTAAAGTG
126 A-TTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCG
28023 AGTAATAAG
1 AGTAATAAG
28032 TNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 4864, Mismatches: 971, Indels: 285
0.79 0.16 0.05
Matches are distributed among these distances:
163 2 0.00
164 129 0.03
165 1 0.00
166 121 0.02
167 14 0.00
168 8 0.00
169 119 0.02
170 1291 0.27
171 2489 0.51
172 519 0.11
173 118 0.02
174 51 0.01
175 2 0.00
ACGTcount: A:0.38, C:0.13, G:0.14, T:0.35
Consensus pattern (170 bp):
AGTAATAAGGCTTTTGAAGGCATGGGTGACTATAAATGGGCTTTTCTTATCAATGAATGGTTTTT
CTTCATGTTTTTCAAGGCAAACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCA
ACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCG
Done.