Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: NW_018397260.1 Herrania umbratica cultivar Fairchild unplaced genomic scaffold, ASM216827v2 scaffold_51.0, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
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ACGTcount: A:0.32, C:0.17, G:0.17, T:0.33
Warning! 70252 characters in sequence are not A, C, G, or T
File 1 of 20
Found at i:1553 original size:172 final size:172
Alignment explanation
Indices: 1236--2537 Score: 827
Period size: 171 Copynumber: 7.6 Consensus size: 172
1226 NNNNNNNNNN
* * *
1236 TTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAGTTTTTTTATATTTTTGATTAAAA-TGTACTATAAT
1 TTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGATTAAAACAG-ACTATAAT
* * * * *
1300 TGAATGTCTGCCT-TAAGAAACGTGAAGAAACAAGTATTGATTGATAAGAAAAGTCTATTTAGAG
65 TGAATGTCTACCTCT-AGAAACATGAAGAAACAAGCATTCATTGACAAGAAAAGTCTATTTAGAG
********** * *
1364 TNNNNNNNNNNTTCAAAAAGCTTATTACTCGCTTTAAAAGAGTT
129 TCACCCATTCCTTCAAAAAGCTTATTACTCGATTTAAATGAGTT
* * *
1408 TTATAATCTCATAATTAATTTTAAGTTGAATATTTTTT-CATTTTTGATTAAAACAGACTACAAG
1 TTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAAT-TTTTTTACATTTTTGATTAAAACAGACTATAAT
* * ** * *
1472 TGATTGTCTACGTCTAGAAATGTGAAGAAACAACCATTCATTGACAAGAAAAGTCTAGTTAGAGT
65 TGAATGTCTACCTCTAGAAACATGAAGAAACAAGCATTCATTGACAAGAAAAGTCTATTTAGAGT
1537 CACCCATTCCTTC-AAAAGTCTTATTACTCGATTTAAATGA-TT
130 CACCCATTCCTTCAAAAAG-CTTATTACTCGATTTAAATGAGTT
********** *
1579 TTATAATCNNNNNNNNNNTTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTT-AGTTAGAACAGACTATAAT
1 TTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGA-TTAAAACAGACTATAAT
** * * * *
1643 CAAATG-CTTATCT-TGAGAAACATG--CAAACAAAGCCATTCATTGAGAAGAAAAGTCCATTTA
65 TGAATGTC-TACCTCT-AGAAACATGAAGAAAC-AAG-CATTCATTGACAAGAAAAGTCTATTTA
* * *
1704 TG-GTCACCCTTTCCTTTAAAAGGCTTATTACTCGATTTAAATG-GTT
126 -GAGTCACCCATTCCTTCAAAAAGCTTATTACTCGATTTAAATGAGTT
* ********** * *
1750 TTATAATTTCATAATTGATNNNNNNNNNNATTTTTTTATATTTTTGATTAAAACATACTATAATT
1 TTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGATTAAAACAGACTATAATT
* * * * *
1815 GAATCTCTACCTCAAGAAACATGAAGAAACAGGCATTCATTGACAAGAAAAATGC-ATTTAG-TT
66 GAATGTCTACCTCTAGAAACATGAAGAAACAAGCATTCATTGACAAGAAAAGT-CTATTTAGAGT
* *
1878 CACCAATTTCTTCAAAAAGCTTATTACTCG-TTCTAAATG-G--
130 CACCCATTCCTTCAAAAAGCTTATTACTCGATT-TAAATGAGTT
* ********** *
1918 TTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTNNNNNNNNNNTTAAAACATACTATAATT
1 TTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGATTAAAACAGACTATAATT
** * * * *
1983 GAATGTCTACCTAAAGAAACATGAGGAAACAAGTATTCATTGACAAGGAAAGTCTAGTTAGAGTC
66 GAATGTCTACCTCTAGAAACATGAAGAAACAAGCATTCATTGACAAGAAAAGTCTATTTAGAGTC
** * * * *
2048 ACCCATTTGTTTAAAAGGCTTATTACTCGCTCTAAAT-AGTT
131 ACCCATTCCTTCAAAAAGCTTATTACTCGATTTAAATGAGTT
* ********** *
2089 TTATGATCTCATAATTGATTTNNNNNNNNNNTTTTTTATATTTTTTG-TTAAAACAGACTATAAT
1 TTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACA-TTTTTGATTAAAACAGACTATAAT
** * * * ********** *
2153 TGAATGTCTA-CTGGAGAAACGTGCTA-AAA-AAGCCATTCATTGAGAAGAANNNNNNNNNNATA
65 TGAATGTCTACCTCTAGAAACATG-AAGAAACAAG-CATTCATTGACAAGAAAAGTCTATTTAGA
* * * **
2215 GTCACCCATTCCTTTAAAAGGCCTATTACTCGCCTTAAATG-GTT
128 GTCACCCATTCCTTCAAAAAGCTTATTACTCGATTTAAATGAGTT
* * * * **
2259 TTATAATCCCATAATTGATTTTAAGTTGAGTTTTTTTGCATTTTTGATTAAAATATTCTATAATT
1 TTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGATTAAAACAGACTATAATT
* *****************
2324 GAATGTCTACCTCAAGAAACATGAAGAAACAAGCATTCATTGACAANNNNNNNNNNNNNNNNNTC
66 GAATGTCTACCTCTAGAAACATGAAGAAACAAGCATTCATTGACAAGAAAAGTCTATTTAGAGTC
* *
2389 ACTCATTCCTTCAAAAAGCTTATTACTCGCTTTAAATG-GTT
131 ACCCATTCCTTCAAAAAGCTTATTACTCGATTTAAATGAGTT
* * * * * * * *
2430 TTATAATCTCACATTTAATTTTAAGTTGAATTGTTTTATATTTTTTATTAAAATATACTATAATT
1 TTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGATTAAAACAGACTATAATT
* * *
2495 GAATGTCGACCTCAAGAAACGTGAAGAAACAAGCATTCATTGA
66 GAATGTCTACCTCTAGAAACATGAAGAAACAAGCATTCATTGA
2538 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 876, Mismatches: 220, Indels: 69
0.75 0.19 0.06
Matches are distributed among these distances:
167 1 0.00
168 95 0.11
169 48 0.05
170 163 0.19
171 419 0.48
172 138 0.16
173 12 0.01
ACGTcount: A:0.34, C:0.13, G:0.12, T:0.36
Consensus pattern (172 bp):
TTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGATTAAAACAGACTATAATT
GAATGTCTACCTCTAGAAACATGAAGAAACAAGCATTCATTGACAAGAAAAGTCTATTTAGAGTC
ACCCATTCCTTCAAAAAGCTTATTACTCGATTTAAATGAGTT
Found at i:1972 original size:168 final size:161
Alignment explanation
Indices: 1797--2109 Score: 355
Period size: 168 Copynumber: 1.9 Consensus size: 161
1787 ATATTTTTGA
* *
1797 TTAAAACATACTATAATTGAATCTCTACCTCAAGAAACATGAAGAAACAGGCATTCATTGACAAG
1 TTAAAACATACTATAATTGAATCTCTACCTAAAGAAACATGAAGAAACAAGCATTCATTGACAAG
* * *
1862 AAAAATGC-ATTTAG-TTCACCAATTTCTTCAAAAAGCTTATTACTCGTTCTAAAT-G-GTTATA
66 AAAAAT-CTAGTTAGAGTCACCAATTTCTTCAAAAAGCTTATTACTCGCTCTAAATAGTGTTATA
1923 ATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTT
130 ATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTT
* * *
1955 NNNNNNNNNNTTAAAACATACTATAATTGAATGTCTACCTAAAGAAACATGAGGAAACAAGTATT
1 ----------TTAAAACATACTATAATTGAATCTCTACCTAAAGAAACATGAAGAAACAAGCATT
* * * * * *
2020 CATTGACAAGGAAAGTCTAGTTAGAGTCACCCATTTGTTTAAAAGGCTTATTACTCGCTCTAAAT
56 CATTGACAAGAAAAATCTAGTTAGAGTCACCAATTTCTTCAAAAAGCTTATTACTCGCTCTAAAT
* *
2085 AGTTTTATGATCTCATAATTGATTT
121 AGTGTTATAATCTCATAATTGATTT
2110 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 125, Mismatches: 16, Indels: 5
0.86 0.11 0.03
Matches are distributed among these distances:
167 1 0.01
168 69 0.55
169 34 0.27
170 1 0.01
171 20 0.16
ACGTcount: A:0.37, C:0.14, G:0.12, T:0.34
Consensus pattern (161 bp):
TTAAAACATACTATAATTGAATCTCTACCTAAAGAAACATGAAGAAACAAGCATTCATTGACAAG
AAAAATCTAGTTAGAGTCACCAATTTCTTCAAAAAGCTTATTACTCGCTCTAAATAGTGTTATAA
TCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTT
Found at i:5901 original size:513 final size:513
Alignment explanation
Indices: 4772--9497 Score: 4269
Period size: 513 Copynumber: 9.2 Consensus size: 513
4762 NNNNNNNNNA
* * * * *
4772 ATTTATAGTCACACATGCCTTTGAAAGCCTTATTAGTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCAAAG
1 ATTTATAGTCACCCATGCCTTTGAAAGCCTTATAACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCACAG
* * ** * *
4837 TTGATTTTAACTTGAAATTTTTGATTTTTTTTGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTTG
66 TTGATTTTAACTTGAATTTTTTTACATTTTTTATTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTCG
** * * * * *
4902 TTAAACCTTAA-GAAAAAGGTATCCGTTGGCAAGAAAAG-TCAGTTATAGTCACCCATACCTTTG
131 AGAAACATGAATG-AAAAGGTATCCATTGGCAAGAAAAGTTCATTTATAGTCACCCATGCCTTTG
* * * * * *
4965 AAAACCTTATTATTCGCTTTATATGGATTTATAATCTCATAATTGATTTTAAATTAAATTTTTTT
195 AAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTT
* ** * * * * * * ** *
5030 ACATATTTGGTTAAAACAGATAATAATTAAAAGTTTGCCT-AGGGAAATGTGAAGAAGAAGATAT
260 ACATTTTTTATTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTCA-GAAAACATGAAGAAAAAGATAT
* * * * * * ** * *
5094 CCATTGACAAGAAAAATTCATTTATAGTCACCCATG-CCTTGCAATGCATTGTTAATCACTTTAA
324 CCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCCTT-AAAAGCCTTAATACTCGCTTTAA
* * * * *
5158 AAG-TATTTATAA--T---A---GATTTTAAGTTTAATTTTTCTACCTTTTTTTTATTAAAACAG
388 ATGAT-TTTATAATCTCACAGTTGATTTTAACTTGAATTTTTTTA-C-ATTTTTTATTAAAACAG
* * ** ** *
5214 ATTATAATTGAATGTCTACCTCGAAAAACACCAA-GAAAAAAATATCCATTAGCAAGAAAAGTCC
450 ATTATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACATGAATG-AAAAGGTATCCATTGGCAAGAAAAGTCC
* * * * *
5278 ATTTATAGTCACCCATGCCCTTAAAAGTCTTA-ATACTAGCTTTAAAAGGTTTTATAATCTCACA
1 ATTTATAGTCACCCATGCCTTTGAAAGCCTTATA-ACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCACA
* * * * ********** * **
5342 ATTAATTGTAACTTGAATTTTTTTATATTTNNNNNNNNNNCAGATTATAATTGAATATCTACAGC
65 GTTGATTTTAACTTGAATTTTTTTACATTTTTTATTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTC
* * *
5407 GAGAAACATGAATGAAAAGGTATCCATTGGCAAGAAAAGTTCATTTATAGTCACCGATACTTTTG
130 GAGAAACATGAATGAAAAGGTATCCATTGGCAAGAAAAGTTCATTTATAGTCACCCATGCCTTTG
** * **********
5472 AAAGTTTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTNNNNNNNNNNN
195 AAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGT-TGAATTTTTT
*********** * *
5537 NNNNNNNNNNNTTAAAATAGATTATAATTGAATGTCTACCTCAGAAAATATGAAGAAAAAGATAT
259 TACATTTTTTATTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTCAGAAAACATGAAGAAAAAGATAT
* *
5602 CCGTTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCCTTAAAAGCCTTAATACTCGCTTCAAA
324 CCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCCTTAAAAGCCTTAATACTCGCTTTAAA
* * *
5667 TGATTTTATAATCTTACAGTTGATTTTAACTTGAATTTTTTTCCATTGTTTATTAAAA-AGGATT
389 TGATTTTATAATCTCACAGTTGATTTTAACTTGAATTTTTTTACATTTTTTATTAAAACA-GATT
* *
5731 ATAATTGACTGTTTACCTTGAGAAACATGAATGAAAAGGTATCCATTGGCAAGAAAAGTCC
453 ATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACATGAATGAAAAGGTATCCATTGGCAAGAAAAGTCC
* * *
5792 A-TTATAGTCACTCATGCCTTTGAAAGGCTTATAACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCACAG
1 ATTTATAGTCACCCATGCCTTTGAAAGCCTTATAACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCACAG
* * * * * *
5856 TTGATTTTAACTTGAATTGTTTTACATCTTTTATTAAAACAGATTATAATTCATTATCTACCTTG
66 TTGATTTTAACTTGAATTTTTTTACATTTTTTATTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTCG
* * *
5921 AGAAACAT-AAAGAAAAAGGTATCCATTAGCAAGAAAAG-TCAATTTATAGTCACACATGCCTTT
131 AGAAACATGAATG-AAAAGGTATCCATTGGCAAGAAAAGTTC-ATTTATAGTCACCCATGCCTTT
* * * * * *
5984 AAAAGCCTTATTAGTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAACTTGAAATTTTT
194 GAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTT
* * ********** * * *
6049 GACATTTTTTGTTAAAACAGANNNNNNNNNNATGTCTACCT-TGTGAAACATGAAGAAAAAGGTA
259 TACATTTTTTATTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTCAG-AAAACATGAAGAAAAAGATA
* * * * * **
6113 TCCGTTGACAAAAAAAGTCAATTTATAGTCACCCATG-CCTGTGAAAA-CCTTATTTTTCGCTTT
323 TCCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCCT-T-AAAAGCCTTAATACTCGCTTT
********** * * * * **
6176 AAATGGA-TTTATAATCTNNNNNNNNNNTTTAAATTAAATTTTTTTAGATATTTGGTTAAAACAG
386 AAAT-GATTTTATAATCTCACAGTTGATTTTAACTTGAATTTTTTTACATTTTTTATTAAAACAG
* * * * * * * * *
6240 ATAATAATTAAAAGT-TGCC-TAAGGAA-ATGTAAAGAAGAAGATATCCATTGGCAAGAAAAAAT
450 ATTATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACATG-AATGAA-AAGGTATCCATTGGCAAG-AAAAGT
6302 -C
512 CC
* * * * * * * * * *
6303 ATTTATAGTCATCGATGCCTTCT-AATGCCTTATTAGTAGCTTTAAAAGTTTTTATAATTTCATA
1 ATTTATAGTCACCCATGCCTT-TGAAAGCCTTATAACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCACA
* * * * *
6367 ATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTTACATTTTTTTCATTAAAATAGATTATAATTGAATGTTTAT
65 GTTGATTTTAACTTGAA-TTTTTTTACA-TTTTTT-ATTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTAC
* * * * * *
6432 CTTGAAAAACACGAA-GAAAAAGATATCCATTAGCAAGAAAAG-TCTATTTATAGTCGCCCATGC
127 CTCGAGAAACATGAATG-AAAAGGTATCCATTGGCAAGAAAAGTTC-ATTTATAGTCACCCATGC
* * * * * * ** * *
6495 CCTTAAAAGGCTTAATACTAGCTTTAAAAGGTTTTATAATCTCACCATTGATTTTAACTTGAGTT
190 CTTTGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATT
* * *
6560 TTTTTATATTTTTTATTAAAACATATTATAATTGAATATCTACCTCA-AGAAACATGAATG-AAA
255 TTTTTACATTTTTTATTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTCAGA-AAACATGAA-GAAAA
* * * * * * *
6623 AGGTATCCATTGGTAAGAGAAGTTCATTTATAATCACCCATAG-CTTTGAAAA-CCTTATTACTC
318 AGATATCCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCAT-GCCCTT-AAAAGCCTTAATACTC
* * * * * *
6686 GCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTATTTTATATTTTTTATTAAA
381 GCTTTAAATGATTTTATAATCTCACAGTTGATTTTAACTTGAATTTTTTTACATTTTTTATTAAA
* * * * * **
6751 ATAGATTATAATTAAATATCTACC-TCAGAAAACATGAATAAAAAGGTATCTGTTGG-AAGGAAA
446 ACAGATTATAATTGAATGTCTACCTTGAG-AAACATGAATGAAAAGGTATCCATTGGCAA-GAAA
6814 AGTCC
509 AGTCC
* ** * *
6819 ATTTATAGTCACCCATGCCTTTAAAAGCCTTA-ATACTCGCTTCCAATGGTTTTAAAATCTCAGA
1 ATTTATAGTCACCCATGCCTTTGAAAGCCTTATA-ACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCACA
* * *
6883 GTTGATTTTAACTTGAATTTTTTTATATTTTTTATTAAAATAGATTATAATTGAATGTCTACCTT
65 GTTGATTTTAACTTGAATTTTTTTACATTTTTTATTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTC
* * ** *
6948 GATAAACATGAATGAAAAGGTATCCATTGGTAAGAAAAGTTCATTTATAGTTGCCAATGCCTTTG
130 GAGAAACATGAATGAAAAGGTATCCATTGGCAAGAAAAGTTCATTTATAGTCACCCATGCCTTTG
* * * ** * * *
7013 TAAGCCTGATTACTCGCTCTAAAAAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTTAGTTAAATTGTTTT
195 AAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTT
* * * *
7078 ATATTTTTTATTAAAACAGATTCTAATTAAATTTCTACCTCAAGAAACACA--AAG-AAAAGATA
260 ACATTTTTTATTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTC-AGAAA-ACATGAAGAAAAAGATA
* *
7140 TCCATTGGTAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCCTTAAAAGCCTTAATACTCACTTTAA
323 TCCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCCTTAAAAGCCTTAATACTCGCTTTAA
* * * *
7205 ATGGTTTTATAATCTCACAGTTGATTTTAACTTGAATTATTTTATATTTTTTATTCAAACAGATT
388 ATGATTTTATAATCTCACAGTTGATTTTAACTTGAATTTTTTTACATTTTTTATTAAAACAGATT
* * * *
7270 ATAATTGATTATCTACCTTGAGACACATGAA-GAAAAAGGTATCCATTGG-AATGAAAAGTCT
453 ATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACATGAATG-AAAAGGTATCCATTGGCAA-GAAAAGTCC
* * * *
7331 ATTTATAGTCACCAATGCCCTTGAAAGCCTTA-ATACTCGTTTTAAATGGTTTTATAATCTGACA
1 ATTTATAGTCACCCATGCCTTTGAAAGCCTTATA-ACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCACA
* *
7395 GTTGATTTTAACTAGAATTTTTTTATATTTTTTATTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTC
65 GTTGATTTTAACTTGAATTTTTTTACATTTTTTATTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTC
* * ** *
7460 GATAAACATGAATGAAAAGGTATCTATTGATAAGAAAAGTTCATTTATAGTCTCCCATGCCTTTG
130 GAGAAACATGAATGAAAAGGTATCCATTGGCAAGAAAAGTTCATTTATAGTCACCCATGCCTTTG
*
7525 AAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAACTGATTTTAAGTTGAATTTTTTT
195 AAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTT
* * * *
7590 AAATTTTTTTATTAAAATATATTATAATTGAATGTCTACCTCAGAAAACATGAAGAAAAAGGTAT
260 ACA-TTTTTTATTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTCAGAAAACATGAAGAAAAAGATAT
* * * * * *
7655 CCGTTGGCAAGAAAAGTCCATTCATAGTCACCCATG-CCTTCGAAAGCCTTATTATTCGTTTTAA
324 CCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCCTT-AAAAGCCTTAATACTCGCTTTAA
* * * * * *
7719 AT-ATTTTTATAATCTCATAATTCATTCTAAGTTCAATTTTTTTACATTTTTTATTAAAATCA-A
388 ATGA-TTTTATAATCTCACAGTTGATTTTAACTTGAATTTTTTTACATTTTTTATTAAAA-CAGA
* * * ** * * ** * * * * *
7782 TAATAATTTAATATCTGTCTTGAGAAACGTAAAAAAAAAGATATCTATTGGTAAGAGAAGTCT
451 TTATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACATGAATGAAAAGGTATCCATTGGCAAGAAAAGTCC
* * *
7845 ATTTATAGTCACCCATGCCTTTAAAAGCCTTA-ATACTCGCTTTAAATAGTTTCATAATCTCACA
1 ATTTATAGTCACCCATGCCTTTGAAAGCCTTATA-ACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCACA
* * *
7909 GTTGATTTTAACTT-AGATTTTTTTACATTTTTTATTAAAACAAATTATAATTGATTGTCTACCC
65 GTTGATTTTAACTTGA-ATTTTTTTACATTTTTTATTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCT
* * *
7973 CAAGAAACATGAATGAAAAGGTATCCATTGGCAACAAAAG-TCTATTTATAGTCACCAATGCCTT
129 CGAGAAACATGAATGAAAAGGTATCCATTGGCAAGAAAAGTTC-ATTTATAGTCACCCATGCCTT
** * * *** * *
8037 CAAAAGCCTCATTACTTC-CTTTTAAATGGTTTTATAGTCTCACCGTT-ATTTTAACTTGAATTG
193 TGAAAGCCTTATTAC-TCGC-TTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTT
* * * * *
8100 TTTTACATTTTTTATTAAAACAGATTATAATTCG-TTATCCACCTTA-AGAAATATGAAGAAAAA
256 TTTTACATTTTTTATTAAAACAGATTATAATT-GAATGTCTACCTCAGA-AAACATGAAGAAAAA
* * * * * * * * * *
8163 GGTATCAATTGGGAAGAAAAGTCAATTTATAGTCACACATGCCTTTGAAAGCCTTATTAGTCGTT
319 GATATCCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCCTTAAAAGCCTTAATACTCGCT
** * * * *
8228 TTAAAT-AGTTTTATTCTCTCAAAGTTGATTTTAACTTGAAATTTTTGACATTTTTTGTTAAAAC
384 TTAAATGA-TTTTATAATCTCACAGTTGATTTTAACTTGAATTTTTTTACATTTTTTATTAAAAC
*
8292 AGATTATAATTGAATGTCTACCTT-ATGAAACATGAA-GAAAAAGGTATCCGTTGGCAAGAAAAG
448 AGATTATAATTGAATGTCTACCTTGA-GAAACATGAATG-AAAAGGTATCCATTGGCAAGAAAAG
*
8355 TCA
511 TCC
* * * * * * * *
8358 ATTTATCA-TCACCCATACCTTTAAAAACTTTATTATTCGCTTTAAATGGATTTATAATCTCATA
1 ATTTAT-AGTCACCCATGCCTTTGAAAGCCTTATAACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCACA
* * * * ** * * * * * * *
8422 ATTGATTTTAAATTCAATTTTTTTACATATTTGGTTAAAACAAATGATAATTAAAAGTTTGCCTA
65 GTTGATTTTAACTTGAATTTTTTTACATTTTTTATTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTC
* * * * * * * *
8487 GGGAAACGTGAA-GAAGAAGATATTCATTGGCAAAAAAAATTCATTTATAATCACCCATGCCTTC
130 GAGAAACATGAATGAA-AAGGTATCCATTGGCAAGAAAAGTTCATTTATAGTCACCCATGCCTTT
* * * * * * *
8551 CAATGCATTATTAGTCGCTTTAAAAGTTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTTAATTTTTT
194 GAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTT
* * * **
8616 TACTTTTTTTATTAAAACAGATTATAATTGAATGTCGACCT-TGAAAAACACAAAGAAAAAGATA
259 TACATTTTTTATTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTCAG-AAAACATGAAGAAAAAGATA
* * ** *
8680 TCCATTAGCAAGGAAAGTCCATTTATAGTCACTTATGCCCTTAAAAGCCTTAATACTAGCTTTAA
323 TCCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCCTTAAAAGCCTTAATACTCGCTTTAA
* * * * * *
8745 AAGGTTTTATAATCTAACAATTGATTTTAACTTGAATTTTTTTATATTTTTTATTAAAATAGATT
388 ATGATTTTATAATCTCACAGTTGATTTTAACTTGAATTTTTTTACATTTTTTATTAAAACAGATT
* ** * * * * *
8810 ATAATTGAATATCTACCTCAAGAAATATAAATGAAAAGATATCCATTGGTAAGAAAAGTTC
453 ATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACATGAATGAAAAGGTATCCATTGGCAAGAAAAGTCC
* * * * * *
8871 TTTTATAGTCACCCATACCTTTGAAAGCCTTATTACTCTCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAA
1 ATTTATAGTCACCCATGCCTTTGAAAGCCTTATAACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCACAG
* * * *
8936 TTGATTTTAAGTTGAATTGTTTTACATTTTTTTATTAAAATATATTATAATTGAATGTCTACCTC
66 TTGATTTTAACTTGAATTTTTTTACA-TTTTTTATTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTC
* *
9001 -AGAAAACATGAA-GAAAAAGGTATCCGTTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATG-CTT
130 GAG-AAACATGAATG-AAAAGGTATCCATTGGCAAGAAAAGTTCATTTATAGTCACCCATGCCTT
* * * ** * * *
9063 TCGAAAACCTTATTACTCACTTGAAATATTTTTATAATCTCATAATTCATTCTAAGTTCAATTTT
193 T-GAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTT
* * * * *
9128 CTTAC-TTTTTTATTAAAATCA-ATAATAATTGAATATCTATCTC-GAGAAACGTGCAA-AAAAA
257 TTTACATTTTTTATTAAAA-CAGATTATAATTGAATGTCTACCTCAGA-AAACATG-AAGAAAAA
* * * * **
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* * * * *
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9383 C
513 C
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* * * *
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* * * *
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* * * * * *
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* * * *
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* *
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* * * * * *
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** * *
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* * *
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* * * *
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* ** * * * * * * * * * * * * *
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* * * *
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* * ** * * *
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* *
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* * ** * *
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1 TTTTTTATTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACATAAA-GAAAAAGGTATCCA
* * * * * * *
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65 TTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTTAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAG
* * *
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* * * *
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* * *
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* * * * * * *
9089 TATTTTTATAATCTCATAATTCATTCTAAGTTCAATTTTCTTAC-
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* * * * * * * *
9133 TTTTTTATTAAAATCA-ATAATAATTGAATATCTATCTCGAGAAACGTGCAA-AAAAAGATATCT
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* * * * * **
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* * *
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* * * * * * *
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* * ** * * * *
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*
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Found at i:6872 original size:342 final size:341
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** * * * *
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* * **************************
4709 TTATTAAAACAGATTATAATTCATTATCTA-C-------NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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*****
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* * * * **** * *
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* * *
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* * * * * * **
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* * * * * ** * *
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* *
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** * * * * * *
5122 CACCCATGCCTTGCAATGCATTGTTAATCACTTTAAA-AGTATTTATAA--T---A---GATTTT
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* * * *
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** ** * * * *
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* * * * * * *
5306 CTTAATACTAGCTTTAAAAGGTTTTATAATCTCACAATTAATTGTAACTTGAATTTTTTTATATT
191 CTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAACTTGAATTTTTTTACATT
********** *** *
5371 TNNNNNNNNNNCAGATTATAATTGAATATCTACAGCGAGAAACATGAATG-AAAAGGTATCCATT
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*
5435 GGCAAGAAAAGTTCATTTATAGT
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* * * * ** *
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* ********************* * *
5522 AAGTNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTTAAAATAGATTATAATTGAATGTCTACCTC-AGAAAAT
65 AACT-TGAATTTTTTTATATTTTTTATTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTCAAG-AAAC
* * * *
5586 ATGAAGAAAAAGATATCCGTTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCCTT-AAAAGCC
128 ATGAAGAAAAAGGTATCCATTGGCAAGAAAAGTTCATTTATAGTCACCCATGCCTTTGAAAA-CC
* * * * * * * *
5650 TTAATACTCGCTTCAAATGATTTTATAATCTTACAGTTGATTTTAACTTGAATTTTTTTCCATTG
192 TTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAACTTGAATTTTTTTACATTT
* * * * *
5715 TTTATTAAAA-AGGATTATAATTGACTGTTTACCTTGAGAAACATGAATG-AAAAGGTATCCATT
257 TTTATTAAAACA-GATTATAATTGAATATCTACCTAGAGAAACATGAA-GAAAAAGATATCCATT
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* *
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TATAAATATAAATAAAATAATAATAAACCACATTAATGTCCATCTTAAAAAAAATTAAGAAAAAT
TACTTATAATTCTCTTCAATCTTACTTGCTTCCTCTGCTTGCTAGAATTAC
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27267 TTAATTAATATAAAAAAA-TAATTT
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*
27291 TTAATCTAAGGT-TAAAATAAATTAATTT
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*
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1 TTAA
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TTAATTAATATAAAAAAACTAATTT
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AG
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AT
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*
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* * * * * *
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*
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*
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ATTTTAGGAATTACTTTTAAAGTAGGAAACAATTTCCT
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* *
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* *
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* *
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* *
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** * * ** *
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** *
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*
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* *
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** *
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* * *
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*
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TCACTATTTAAACTCATCCCAAGCTTCATTATAGGGTACCCTAACTTAATATAATCATCAAATAT
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* * * * * *
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* *
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*
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*
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* * *
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* * *
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*
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* *
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* *
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* * *
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** * * * * *
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* * * *
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* * *
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*
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** *
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* * *
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* * *
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* * *
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* *
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76864 GAGGTTGTCA
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*
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* *
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1 TTAATTTACT
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1 TT
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* *
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*
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1 AT
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* * * *
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* * *
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*
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*
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* *
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* * * **
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* **
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* * ** *
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AATTTAATTAATTAGGCCCAATAACTTAATTAAAC
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108577 TTAATTGTTT
* * * * ** *
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*
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* * * *
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*
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* * * * *
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64 ATTAAACA
* * * *
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*
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AATTTAATCAATTAAGCCTAATAACATAATTAAATAATTTAATCAATTAGGCCCAATAACTTGAT
TAAACA
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108577 TTAATTGTTT
* * ** *
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* *
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** * *
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* *
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* * * *
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108852 ACAACTTAAT
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AATTTAATCAATTAGGCCCAATAACTTAATTAAACAATTTAATCAATTAGGCCCAATAACTGAAT
TAAATAATTTGATCAATTAAGCCTAATAACTAGATTAAACA
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*
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* *
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* *
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* * * *
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* * * * *
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GACAAGAAAATATGTTTGTATTAATTTAA
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130999 ATGTTTGGTA
* * * * *
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*
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TTAATCTAGACAAGAAAACATATTTGTCTCAATTTAGACTAGAGAAAATATTTTTTATC
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130979 TCTTATTTTG
* * * *
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* *
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* * * * *
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1 GACAAGAAAACATATTTTGTCTCAATTTA
* *
131103 GACTAGATAAA-ATATTTTTGTCTCAATTAAA
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GACAAGAAAACATATTTTGTCTCAATTTA
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* *
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*
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* *
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*
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65 CAAAAAATTCTTTCACTCACAAGGTAACCGAAAAGGGAAAGGTAAAAAGAAAACTAATGATTCTT
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138394 AATCAAATGC
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ATCACATTCTCCCAAAAGGAAAAGAAACC
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158102 CATAATCATC
* * *
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* *
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*
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*
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*
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*
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* *
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1 T
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171079 ATGTTGAGAA
171089 AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT
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AT
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* *
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*
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* * * * *
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* **
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* * * *
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*
171595 AGCTGAAAGAAAAAAAGAAGCAACAAGAGTA
66 AGCTGAAAGAAAAAGAGAAGCAACAAGAGTA
*
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*
171690 AAGTTGAAAGAAAAAGAGAAGCAACAAGAGTA
65 AAGCTGAAAGAAAAAGAGAAGCAACAAGAGTA
* * * *
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* *
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65 AAGCTGAAAGAAAAAGAGAAGCAACAAGAGTA
171817 T
1 T
171818 GATGTTTTCA
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174918 GGGGGGACAA
* *
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* *
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175047 AGGACAGCGC
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180137 AACATAAACA
* * *
180147 TGTGAGAGTTAACGTAATAAGTTAATTAAGTAAAAACAATATAAATTTAATG-AAAGTAAATATT
1 TGTGAGAGTTAACGTAACAAGTCAATTAAGTAAAAACAATGTAAATTTAATGAAAAGTAAATATT
* *
180211 TAAATTTATACTCTCGAGCTGAAAGTATTTAACGATATAAAAATTTTAATTTTTAAATAAAAGAT
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* *
180276 AATAAGGATAAAAATAATTATAGTTCAAAGTTGACATAGAAAAGCCTTGGCGTAAAACTGTAAGA
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* * *
180341 ATTAACGTAAAAGCTTGTAAAGATGAAATAATGAAATTTTAAATCTTAACGTAAGTG
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180398 TGTGAGAGTTAACGTAACAAGTCAATTAAGTAAAAACAATGTAAATTTAATGAAAAGTAAATATT
1 TGTGAGAGTTAACGTAACAAGTCAATTAAGTAAAAACAATGTAAATTTAATGAAAAGTAAATATT
* *
180463 TAAATTTATATTCTCGGGTTGAAAGTATTTAACGATATAAAAATTTTAATTTTTAAATAAAGGAT
66 TAAATTTATATTCTCGGGCTGAAAGTATTTAACGATATAAAAATTTTAATTTTTAAATAAAAGAT
* *
180528 AATAAGGATAAAAATAATTATAGGTT-AAAGTTGACATGGAAAAGCCTTGACATAAAACTGTGAG
131 AATAAGGATAAAAATAATTATA-GTTCAAAGTTGACATGGAAAAGCCTTGACGTAAAACTGTAAG
** * *
180592 AATTGATGTAAAAACTTGTAAAGGTGAAATAATTAAATTTTAAATCTTAACGTAAGTG
195 AATTGACATAAAAGCTTGTAAAGATGAAATAATTAAATTTTAAATCTTAACGTAAGTG
* * * *
180650 TGTGAGAATTAACGTAACAAGTCAATTAAGTAAAAACAATATAAATTTAATGAAAAGAAAACATT
1 TGTGAGAGTTAACGTAACAAGTCAATTAAGTAAAAACAATGTAAATTTAATGAAAAGTAAATATT
* * * *
180715 TAAATTTATATTCTTGGGCTGAAAGTGTTTAACGATATAAAAATTTTAATTTTTAAGT-TAAGAA
66 TAAATTTATATTCTCGGGCTGAAAGTATTTAACGATATAAAAATTTTAATTTTTAAATAAAAG-A
* * * *
180779 TAATAAGGATAAAAATAATTATAGTTCAAAGTTGACATAGAAAAGTCTTAACGT-AAATTGTAAG
130 TAATAAGGATAAAAATAATTATAGTTCAAAGTTGACATGGAAAAGCCTTGACGTAAAACTGTAAG
* * *
180843 AATTGACATAAAAACTTGTAAA-AGTGAAATAACTAAATTTTAAATCTTAAAGTAAGTG
195 AATTGACATAAAAGCTTGTAAAGA-TGAAATAATTAAATTTTAAATCTTAACGTAAGTG
* * *
180901 TGTGAAAGTTAACGTAACAAGTTAATTAAGTAAAAATAATGTAAATTTAATGAAAAGTAAATATT
1 TGTGAGAGTTAACGTAACAAGTCAATTAAGTAAAAACAATGTAAATTTAATGAAAAGTAAATATT
* * * *
180966 TAAATTTATATTCTTGGGGTGAAAGTATTCAATGATAT-AAAATTTTAATTTTTAAATAAAAGAT
66 TAAATTTATATTCTCGGGCTGAAAGTATTTAACGATATAAAAATTTTAATTTTTAAATAAAAGAT
* * * * *
181030 AATAAGAATAAAAAAATAATTATAGTTCAAAGTTGACAT-AAAAAGGCTTTAACGTAAAACCTAT
131 AATAAGGAT--AAAAATAATTATAGTTCAAAGTTGACATGGAAAA-GCCTTGACGTAAAA-CTGT
* * * * *
181094 AAGAATTGACATAAAATCTTGTAAAG-TGGAATAACTAAATTTTAAATCATAACATAAGTG
192 AAGAATTGACATAAAAGCTTGTAAAGATGAAATAATTAAATTTTAAATCTTAACGTAAGTG
* * *
181154 TGCGGAGAGTT-ATGTAACAAGTCAATTAAGTAAAATA-AATAT-AA-TTAAT-AAAA--AATAT
1 TG-TGAGAGTTAACGTAACAAGTCAATTAAGTAAAA-ACAATGTAAATTTAATGAAAAGTAA-AT
* ** * *
181212 AATTAAATTTATATTCTTAGGTTGAAAGTATTTAATGATATAAAAATTTTAATTTTTAAATAAAA
63 ATTTAAATTTATATTCTCGGGCTGAAAGTATTTAACGATATAAAAATTTTAATTTTTAAATAAAA
*
181277 GATAATAAGGAT-AAAATAATTATAGTTCAAAGTTGACATGGAAAAGCCTTGACGTAAAACAGTA
128 GATAATAAGGATAAAAATAATTATAGTTCAAAGTTGACATGGAAAAGCCTTGACGTAAAACTGTA
* * * *
181341 AGAA-TAACGTAAAAGCTTGTAAAGGT-AGAATAATTAAA-TTTAAATCTTAATGTAAGTG
193 AGAATTGACATAAAAGCTTGTAAAGATGA-AATAATTAAATTTTAAATCTTAACGTAAGTG
* * * * * *
181399 TGTGAGACTGAACATAATAAGTCAATT-AGTAAACACAATGTAAA-TTAATGAAAAATAAATA-T
1 TGTGAGAGTTAACGTAACAAGTCAATTAAGTAAAAACAATGTAAATTTAATGAAAAGTAAATATT
* *
181461 TAAATTTATATTCTTGGGCTGAAAGT-GTTAAC--TATAAAAATTTTAA-TTTTAAATAAAAGAT
66 TAAATTTATATTCTCGGGCTGAAAGTATTTAACGATATAAAAATTTTAATTTTTAAATAAAAGAT
* * * *
181522 AATAAGGATAAAAA-AATTATAGTTTAAAGTTGAAATGGAAAAGCCTTAACGT-AAATTGTAAGA
131 AATAAGGATAAAAATAATTATAGTTCAAAGTTGACATGGAAAAGCCTTGACGTAAAACTGTAAGA
* * * *
181585 ATTGACGTAACAGCTTGTAAATG-TAAAATAATTAAATTTTAAA----AACATAAGTG
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* *
181638 TGTGAGACTTAACGTAACAAGTCAATTAAGCAAAAACAATGTAAA-TTAATG-AAAGTAAA-ATT
1 TGTGAGAGTTAACGTAACAAGTCAATTAAGTAAAAACAATGTAAATTTAATGAAAAGTAAATA-T
***
181700 TTAAATTTATATTCTCGAATTGAAAGTATTTAACGATATAAAAATTTTAATTTTTAAATAAAAGA
65 TTAAATTTATATTCTCGGGCTGAAAGTATTTAACGATATAAAAATTTTAATTTTTAAATAAAAGA
* * *
181765 TAATAAGGATAAAAATAGTTATAGTTCAAAATTGACGT-GAACAAGCCTTGACGTAAAACTGTAA
130 TAATAAGGATAAAAATAATTATAGTTCAAAGTTGACATGGAA-AAGCCTTGACGTAAAACTGTAA
* *
181829 GAATTGACATAAAAGGTTGTAAAGGT-AGAATAATTAAATTTTAAATCTTAACGTAA---
194 GAATTGACATAAAAGCTTGTAAAGATGA-AATAATTAAATTTTAAATCTTAACGTAAGTG
*
181885 --T---A---AA--T----A---AATTAAGTAAAAATAATGTAAATTTAATGAAAAGTAAATATT
1 TGTGAGAGTTAACGTAACAAGTCAATTAAGTAAAAACAATGTAAATTTAATGAAAAGTAAATATT
* * *
181933 TAAATTTATATTCTCGGACTAAAAATATTTAACGATATAAAAA-TTTAATTTTTAAATAAAAGAT
66 TAAATTTATATTCTCGGGCTGAAAGTATTTAACGATATAAAAATTTTAATTTTTAAATAAAAGAT
* * ** * * * * *
181997 AATAAGGATAAAAATAATTATAATTCAAAATTGATGTGAAAAAACTTTGACGTAAAACTATAGGA
131 AATAAGGATAAAAATAATTATAGTTCAAAGTTGACATGGAAAAGCCTTGACGTAAAACTGTAAGA
*
182062 ATTGACATAAAAGCTTGTAAA-ATGAAAT-ATTAAATTTTAAATCTTAACTTAAGT
196 ATTGACATAAAAGCTTGTAAAGATGAAATAATTAAATTTTAAATCTTAACGTAAGT
182116 AAAAATAATG
Statistics
Matches: 1521, Mismatches: 144, Indels: 126
0.85 0.08 0.07
Matches are distributed among these distances:
229 23 0.02
230 24 0.02
231 102 0.07
232 51 0.03
233 2 0.00
237 1 0.00
238 1 0.00
239 41 0.03
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ACGTcount: A:0.48, C:0.06, G:0.14, T:0.32
Consensus pattern (252 bp):
TGTGAGAGTTAACGTAACAAGTCAATTAAGTAAAAACAATGTAAATTTAATGAAAAGTAAATATT
TAAATTTATATTCTCGGGCTGAAAGTATTTAACGATATAAAAATTTTAATTTTTAAATAAAAGAT
AATAAGGATAAAAATAATTATAGTTCAAAGTTGACATGGAAAAGCCTTGACGTAAAACTGTAAGA
ATTGACATAAAAGCTTGTAAAGATGAAATAATTAAATTTTAAATCTTAACGTAAGTG
Found at i:182268 original size:217 final size:218
Alignment explanation
Indices: 181663--182335 Score: 1005
Period size: 217 Copynumber: 3.0 Consensus size: 218
181653 AACAAGTCAA
* * * * *
181663 TTAAGCAAAAACAATGTAAA-TTAATG-AAAGTAAA-ATTTTAAATTTATATTCTCGAATTGAAA
1 TTAAGTAAAAATAATGTAAATTTAATGAAAAGTAAATA-TTTAAATTTATATTCTCGGACTAAAA
* * *
181725 GTATTTAACGATATAAAAATTTTAATTTTTAAATAAAAGATAATAAGGATAAAAATAGTTATAGT
65 ATATTTAACGATATAAAAA-TTTAATTTTTAAATAAAAGATAATAAGGATAAAAATAATTATAAT
* * * * * * * *
181790 TCAAAATTGACGTGAACAAGCCTTGACGTAAAACTGTAAGAATTGACATAAAAGGTTGT-AAAGG
129 TCAAAATTGATGTGAAAAAACTTTGACGTAAAACTATAGGAATTGACATAAAAGCTTGTAAAATG
181854 TAGAATAATTAAATTTTAAATCTTAAC
194 -A-AATAATTAAATTTTAAATCTTAAC
181881 GTAATAAATAAATTAAGTAAAAATAATGTAAATTTAATGAAAAGTAAATATTTAAATTTATATTC
1 ------------TTAAGTAAAAATAATGTAAATTTAATGAAAAGTAAATATTTAAATTTATATTC
181946 TCGGACTAAAAATATTTAACGATATAAAAATTTAATTTTTAAATAAAAGATAATAAGGATAAAAA
54 TCGGACTAAAAATATTTAACGATATAAAAATTTAATTTTTAAATAAAAGATAATAAGGATAAAAA
182011 TAATTATAATTCAAAATTGATGTGAAAAAACTTTGACGTAAAACTATAGGAATTGACATAAAAGC
119 TAATTATAATTCAAAATTGATGTGAAAAAACTTTGACGTAAAACTATAGGAATTGACATAAAAGC
182076 TTGTAAAATGAAAT-ATTAAATTTTAAATCTTAAC
184 TTGTAAAATGAAATAATTAAATTTTAAATCTTAAC
182110 TTAAGTAAAAATAATGTAAATTTAATGAAAAGTAAATATTTAAATTTATATTCTCGGACTAAAAA
1 TTAAGTAAAAATAATGTAAATTTAATGAAAAGTAAATATTTAAATTTATATTCTCGGACTAAAAA
182175 TATTTAACGATATAAAAATTTAATTTTTAAATAAAAGATAATAAGGATAAAAATAATTATAATTC
66 TATTTAACGATATAAAAATTTAATTTTTAAATAAAAGATAATAAGGATAAAAATAATTATAATTC
182240 AAAATTGATGTGAAAAAACTTTGACGTAAAACTATAGGAATTGACATAAAAGCTTGTAAAGATGA
131 AAAATTGATGTGAAAAAACTTTGACGTAAAACTATAGGAATTGACATAAAAGCTTGTAAA-ATGA
182305 AATAATTAAATTTTAAATCTTAAC
195 AATAATTAAATTTTAAATCTTAAC
*
182329 GTAAGTA
1 TTAAGTA
182336 TGTGAGACTT
Statistics
Matches: 420, Mismatches: 17, Indels: 23
0.91 0.04 0.05
Matches are distributed among these distances:
217 190 0.45
218 7 0.02
219 26 0.06
229 20 0.05
230 21 0.05
231 102 0.24
232 53 0.13
233 1 0.00
ACGTcount: A:0.50, C:0.06, G:0.11, T:0.33
Consensus pattern (218 bp):
TTAAGTAAAAATAATGTAAATTTAATGAAAAGTAAATATTTAAATTTATATTCTCGGACTAAAAA
TATTTAACGATATAAAAATTTAATTTTTAAATAAAAGATAATAAGGATAAAAATAATTATAATTC
AAAATTGATGTGAAAAAACTTTGACGTAAAACTATAGGAATTGACATAAAAGCTTGTAAAATGAA
ATAATTAAATTTTAAATCTTAAC
Found at i:182903 original size:18 final size:20
Alignment explanation
Indices: 182864--182905 Score: 54
Period size: 18 Copynumber: 2.2 Consensus size: 20
182854 AACAAGTCAA
182864 TTAAGTAAAATAATATAAAT
1 TTAAGTAAAATAATATAAAT
182884 TTAA-TAAAA-AATA-AATAT
1 TTAAGTAAAATAATATAA-AT
182902 TTAA
1 TTAA
182906 ATTTATATTC
Statistics
Matches: 21, Mismatches: 0, Indels: 4
0.84 0.00 0.16
Matches are distributed among these distances:
17 2 0.10
18 10 0.48
19 5 0.24
20 4 0.19
ACGTcount: A:0.62, C:0.00, G:0.02, T:0.36
Consensus pattern (20 bp):
TTAAGTAAAATAATATAAAT
Found at i:183232 original size:252 final size:252
Alignment explanation
Indices: 182110--184455 Score: 2738
Period size: 252 Copynumber: 9.5 Consensus size: 252
182100 AAATCTTAAC
* * *
182110 TTAAGTAAAAATAATGTAAATTTAATGAAAAGTAAATATTTAAATTTATATTCTCGGACTAAAAA
1 TTAAGTAAAAATAATGTAAATTTAATGAAAAATAAATATTTAAATTTATATTCTCGGACTGAAAG
*
182175 TATTTAACGATATAAAAA-TTTAATTTTTAAATAAAAGATAATAAGGATAAAAATAATTATAATT
66 TATTTAACGATATAAAAATTTTAATTTTTAAATAAAAGATAATAAGGATAAAAATAATTATAGTT
* ** * * * * *
182239 CAAAATTGATGTGAAAAAACTTTGACGTAAAACTA-TAGGAATTGACATAAAAGCTTGTAAAGAT
131 CAAAGTTGACATGAAAAAGCCTTAACGTAAAAC-AGTAAGAATTGACATAAAAGCTTGTAAAGGT
* *
182303 -GAAATAATTAAATTTTAAATCTTAACGTAAGTATGTGAGACTTAATGTAACAAGTCAA
195 AG-AATAATTAAATTTTAAATCTTAACGTAAGTGTGTGAGACTTAACGTAACAAGTCAA
* * *
182361 TTAAGTAAAAATAATATAAATTTAACG-AAAA-AAATATTTAAATTTATATTCTCGAACTGAAAG
1 TTAAGTAAAAATAATGTAAATTTAATGAAAAATAAATATTTAAATTTATATTCTCGGACTGAAAG
* * * *
182424 TGTTTAACGATATAAAAATTTTAATTTTTAAACTAAGA-ATAATAAGGATAAGAATAGTTATAGT
66 TATTTAACGATATAAAAATTTTAATTTTTAAA-TAAAAGATAATAAGGATAAAAATAATTATAGT
* ** * * *
182488 TCAAAGTTGACATTAAAAAATCTTAACGTAAAACTGTAAGAATTGACGTAAAAACTTGTAAAGGT
130 TCAAAGTTGACATGAAAAAGCCTTAACGTAAAACAGTAAGAATTGACATAAAAGCTTGTAAAGGT
* * * *
182553 AGAATAACTAAATTTTAAATCTTAACGTAAGTATGTGAGAGTTAACGTTAACAAGTTAA
195 AGAATAATTAAATTTTAAATCTTAACGTAAGTGTGTGAGACTTAACG-TAACAAGTCAA
* * **
182612 TTAAGTAAAAATAATGATAAATTTAATGAAAAGTAAATATTTAAATTTATATTCTTGGGGTGAAA
1 TTAAGTAAAAATAATG-TAAATTTAATGAAAAATAAATATTTAAATTTATATTCTCGGACTGAAA
* * *
182677 GTATTCAATGATAT-AAAATTTTAATTTTTAAAATAAAAGATAATAAGAAT-AAAATAATTATAG
65 GTATTTAACGATATAAAAATTTTAATTTTT-AAATAAAAGATAATAAGGATAAAAATAATTATAG
* * *
182740 TTCAAAGTTGACAT-AAAAAGGCTTTAACGTAAACCTA-TAAGAATTGACATAAAATCTTGTAAA
129 TTCAAAGTTGACATGAAAAA-GCCTTAACGTAAAAC-AGTAAGAATTGACATAAAAGCTTGTAAA
* * * * * * *
182803 GGTGGAATAACTAAATTTTAAATCATAACATAAGTGTGCGAGAGTTAATGTAACAAGTCAA
192 GGTAGAATAATTAAATTTTAAATCTTAACGTAAGTGTGTGAGACTTAACGTAACAAGTCAA
* * * *
182864 TTAAGT-AAAATAATATAAATTTAATAAAAAATAAATATTTAAATTTATATTCTTAGG-TTGAAA
1 TTAAGTAAAAATAATGTAAATTTAATGAAAAATAAATATTTAAATTTATATTC-TCGGACTGAAA
*
182927 GTATTTAATGATATAAAAATTTTAATTTTTAAATAAAAGATAATAAGGATAAAAATAATTATAGT
65 GTATTTAACGATATAAAAATTTTAATTTTTAAATAAAAGATAATAAGGATAAAAATAATTATAGT
* * * *
182992 TCAAAGTTGACATGGAAAAGCCTTGACGTAAAACAGTAAGAATTAACGTAAAAGCTTGTAAAGGT
130 TCAAAGTTGACATGAAAAAGCCTTAACGTAAAACAGTAAGAATTGACATAAAAGCTTGTAAAGGT
* * * *
183057 AGAATAATTAAATTTTAAATCTTAATGTAAGTGTGTGAGACTGAACATAATAAGTCAA
195 AGAATAATTAAATTTTAAATCTTAACGTAAGTGTGTGAGACTTAACGTAACAAGTCAA
* * * *
183115 TTAAGTAAACACAATGTAAATTTAATGAAAAATAAATATTTAAATTTATATTCTTGGGCTGAAAG
1 TTAAGTAAAAATAATGTAAATTTAATGAAAAATAAATATTTAAATTTATATTCTCGGACTGAAAG
*
183180 TGTTTAACGATATAAAAATTTTAATTTTTAAATAAAAGATAATAAGGATAAAAATAATTATAGTT
66 TATTTAACGATATAAAAATTTTAATTTTTAAATAAAAGATAATAAGGATAAAAATAATTATAGTT
* * * ** * * *
183245 TAAAGTTGAAATGGAAAAGCCTTAACGTAAAATTGTAAGAATTGACGTAACAGCTTGTAAATGTA
131 CAAAGTTGACATGAAAAAGCCTTAACGTAAAACAGTAAGAATTGACATAAAAGCTTGTAAAGGTA
* * *
183310 AAATAATTAAATTTTAAATTTTAACATAAGTGTGTGAGACTTAACGTAACAAGTCAA
196 GAATAATTAAATTTTAAATCTTAACGTAAGTGTGTGAGACTTAACGTAACAAGTCAA
* * * * *
183367 TTAAGCAAAAACAATGTAAATTTAATGAAAAGTAAATATTTAAATTTATATTCTCGAATTGAAAG
1 TTAAGTAAAAATAATGTAAATTTAATGAAAAATAAATATTTAAATTTATATTCTCGGACTGAAAG
*
183432 TATTTAACGATAT-AAAATTTTAATTTTTAAATAAAAGAT-ATAAGGATAAAAATAGTTATAGTT
66 TATTTAACGATATAAAAATTTTAATTTTTAAATAAAAGATAATAAGGATAAAAATAATTATAGTT
* * * * *
183495 -ACAA-TTGACGTGAACAAGCCTTGACGTAAAACTGTAAGAATTGACATAAAAGGTTGTAAAGGT
131 CA-AAGTTGACATGAAAAAGCCTTAACGTAAAACAGTAAGAATTGACATAAAAGCTTGTAAAGGT
183558 AGAATAATTAAATTTTAAATCTTAACGTAA-----T---A---AA--T----A---AA
195 AGAATAATTAAATTTTAAATCTTAACGTAAGTGTGTGAGACTTAACGTAACAAGTCAA
* *
183596 TTAAGT-AAAATAATGT-AATTTAATGAAAAGTAAATA-TTAAATTTATATTCTCGGACT-AAAA
1 TTAAGTAAAAATAATGTAAATTTAATGAAAAATAAATATTTAAATTTATATTCTCGGACTGAAAG
* *
183657 TATTTAACGATATAAAAA--TTAATTTATAATTAAAAGATAATAAGGA-AAAAAT-A-TA-A-TT
66 TATTTAACGATATAAAAATTTTAATTTTTAAATAAAAGATAATAAGGATAAAAATAATTATAGTT
* ** * * * * *
183715 CAAAATTGATGTGAAAAAACTTTGACGTAAAACTA-TAGGAATTGACAT-AAAGCTTGT-AAGAT
131 CAAAGTTGACATGAAAAAGCCTTAACGTAAAAC-AGTAAGAATTGACATAAAAGCTTGTAAAGGT
* *
183777 -GAAATAATTAAATTTTAAATCTTAACGTAAGTATGTGAGACTTAATGTAACAAGT-AA
195 AG-AATAATTAAATTTTAAATCTTAACGTAAGTGTGTGAGACTTAACGTAACAAGTCAA
* * *
183834 TTAAGTAAAAATAATATAAATTTAACG--AAA-AAATATTTAAATTTATATTCTC-GAATG-AAG
1 TTAAGTAAAAATAATGTAAATTTAATGAAAAATAAATATTTAAATTTATATTCTCGGACTGAAAG
* * * *
183894 TGTTTAACGATATAAAAATTTTAATTTTTTAA-ACAAGAATAATAAGGAT-AAAATAGTTATAGT
66 TATTTAACGATATAAAAATTTTAATTTTTAAATAAAAG-ATAATAAGGATAAAAATAATTATAGT
* * * * *
183957 TCAAAGTTGACATTAAAAA-TCTTAACGTAAAACTGT-AGAATTGACGTAAAAACTTGTAAAGGT
130 TCAAAGTTGACATGAAAAAGCCTTAACGTAAAACAGTAAGAATTGACATAAAAGCTTGTAAAGGT
* * *
184020 AGAATAACTAAATTTTAAATCTTAACGTAAGTATGTGAGAGTTAACGTAACAAGTCAA
195 AGAATAATTAAATTTTAAATCTTAACGTAAGTGTGTGAGACTTAACGTAACAAGTCAA
* * **
184078 TTAAGTAGAAACT-ATGTAAATTTAATGAAAAGTAAATATTTAAATTTATATTCTCAAACTGAAA
1 TTAAGTA-AAAATAATGTAAATTTAATGAAAAATAAATATTTAAATTTATATTCTCGGACTGAAA
* * * * **
184142 GTGTTTAACGATATAAAATTTTTAATTTTTAAATAAAAAACAATAATAATAAAAATAATTATAGT
65 GTATTTAACGATATAAAAATTTTAATTTTTAAATAAAAGATAATAAGGATAAAAATAATTATAGT
* * * * * *
184207 TTAAAATTGACGTGAAAAA-ACTTCAACGTAAAACTA-TAAGAATTGACGTAAAAACTTGTAAAG
130 TCAAAGTTGACATGAAAAAGCCTT-AACGTAAAAC-AGTAAGAATTGACATAAAAGCTTGTAAAG
* * * * *
184270 GTAGAATAACTAAATTTCAAATCTTAACTTAAGTAG-GTGAGAGTTAACATAACAAGTCAA
193 GTAGAATAATTAAATTTTAAATCTTAACGTAAGT-GTGTGAGACTTAACGTAACAAGTCAA
* * *
184330 TTAAGTAAAAACAATGTAAATTTAATG-AAAGTAAATATTTAAATTTATATTCTTTGG-CTGAAA
1 TTAAGTAAAAATAATGTAAATTTAATGAAAAATAAATATTTAAATTTATATTC-TCGGACTGAAA
* ** * * *
184393 GTGTTTAACGATATAAAAATTTTAATTTTTGTATTAAGGATAATAAAGATAAAAATAATTATA
65 GTATTTAACGATATAAAAATTTTAATTTTTAAATAAAAGATAATAAGGATAAAAATAATTATA
184456 ATTTAAAATT
Statistics
Matches: 1814, Mismatches: 205, Indels: 152
0.84 0.09 0.07
Matches are distributed among these distances:
218 1 0.00
219 32 0.02
220 12 0.01
221 38 0.02
222 2 0.00
224 25 0.01
225 23 0.01
226 23 0.01
227 21 0.01
228 9 0.00
229 7 0.00
230 2 0.00
232 2 0.00
236 2 0.00
237 27 0.01
238 32 0.02
239 33 0.02
240 8 0.00
241 12 0.01
242 21 0.01
243 70 0.04
244 23 0.01
245 4 0.00
246 2 0.00
247 22 0.01
248 3 0.00
249 164 0.09
250 265 0.15
251 327 0.18
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254 51 0.03
ACGTcount: A:0.48, C:0.06, G:0.12, T:0.33
Consensus pattern (252 bp):
TTAAGTAAAAATAATGTAAATTTAATGAAAAATAAATATTTAAATTTATATTCTCGGACTGAAAG
TATTTAACGATATAAAAATTTTAATTTTTAAATAAAAGATAATAAGGATAAAAATAATTATAGTT
CAAAGTTGACATGAAAAAGCCTTAACGTAAAACAGTAAGAATTGACATAAAAGCTTGTAAAGGTA
GAATAATTAAATTTTAAATCTTAACGTAAGTGTGTGAGACTTAACGTAACAAGTCAA
Found at i:183804 original size:219 final size:228
Alignment explanation
Indices: 183349--183806 Score: 616
Period size: 221 Copynumber: 2.0 Consensus size: 228
183339 GTGTGTGAGA
* *
183349 CTTAACGTAACAAGTCAATTAAGCAAAAACAATGTAAATTTAATGAAAAGTAAATATTTAAATTT
1 CTTAACGTAACAAATAAATTAAGCAAAAACAATGTAAATTTAATGAAAAGTAAATATTTAAATTT
* * * *
183414 ATATTCTCGAATTGAAAGTATTTAACGATATAAAATTTTAATTTTTAAATAAAAGATATAAGGAT
66 ATATTCTCGAACTGAAAATATTTAACGATATAAAATATTAATTTATAAATAAAAGATATAAGGAT
* * * *
183479 AAAAATAGTTATAGTTACAATTGACGTGAACAAGCCTTGACGTAAAACTGTAAGAATTGACATAA
131 AAAAATAG-TATAGTTAAAATTGACGTGAAAAAACCTTGACGTAAAACTATAAGAATTGACATAA
*
183544 AAGGTTGTAAAGGTAGAATAATTAAATTTTAAAT
195 AAGCTTGTAAAGGTAGAATAATTAAATTTTAAAT
* * *
183578 CTTAACGTAATAAATAAATTAAG-TAAAATAATGT-AATTTAATGAAAAGTAAATA-TTAAATTT
1 CTTAACGTAACAAATAAATTAAGCAAAAACAATGTAAATTTAATGAAAAGTAAATATTTAAATTT
* *
183640 ATATTCTCGGACT-AAAATATTTAACGATATAAAA-ATTAATTTATAATTAAAAGATAATAAGGA
66 ATATTCTCGAACTGAAAATATTTAACGATATAAAATATTAATTTATAAATAAAAGAT-ATAAGGA
* * *
183703 -AAAAATA-TA-A-TTCAAAATTGATGTGAAAAAACTTTGACGTAAAACTATAGGAATTGACAT-
130 TAAAAATAGTATAGTT-AAAATTGACGTGAAAAAACCTTGACGTAAAACTATAAGAATTGACATA
*
183763 AAAGCTTGT-AAGAT-GAAATAATTAAATTTTAAAT
194 AAAGCTTGTAAAGGTAG-AATAATTAAATTTTAAAT
183797 CTTAACGTAA
1 CTTAACGTAA
183807 GTATGTGAGA
Statistics
Matches: 206, Mismatches: 20, Indels: 16
0.85 0.08 0.07
Matches are distributed among these distances:
218 1 0.00
219 32 0.16
220 10 0.05
221 41 0.20
222 2 0.01
224 25 0.12
225 27 0.13
226 19 0.09
227 20 0.10
228 9 0.04
229 20 0.10
ACGTcount: A:0.49, C:0.07, G:0.12, T:0.33
Consensus pattern (228 bp):
CTTAACGTAACAAATAAATTAAGCAAAAACAATGTAAATTTAATGAAAAGTAAATATTTAAATTT
ATATTCTCGAACTGAAAATATTTAACGATATAAAATATTAATTTATAAATAAAAGATATAAGGAT
AAAAATAGTATAGTTAAAATTGACGTGAAAAAACCTTGACGTAAAACTATAAGAATTGACATAAA
AGCTTGTAAAGGTAGAATAATTAAATTTTAAAT
Found at i:184039 original size:963 final size:993
Alignment explanation
Indices: 182110--184455 Score: 3063
Period size: 963 Copynumber: 2.4 Consensus size: 993
182100 AAATCTTAAC
* * *
182110 TTAAGTAAAAATAATGTAAATTTAATGAAAAGTAAATATTTAAATTTATATTCTCGGACTAAAAA
1 TTAAGT-AAAACAATGTAAATTTAATGAAAAGTAAATATTTAAATTTATATTCTCGGACTGAAAG
* *
182175 TATTTAACGATATAAAAA-TTTAATTTTTAAATAAAAGATAATAAGGATAAAAATAATTATAATT
65 TGTTTAACGATATAAAAATTTTAATTTTTAAATAAAAGATAATAAGGATAAAAATAATTATAGTT
* * * * * * * *
182239 CAAAATTGATGTGAAAAAACTTTGACGTAAAACTATAGGAATTGACATAAAAGCTTGTAAAGATG
130 TAAAATTGAAGTGGAAAAACCTTAACGTAAAACTATAAGAATTGACGTAAAAGCTTGTAAAG-TA
* * *
182304 AAATAATTAAATTTTAAATCTTAACGTAAGTATGTGAGACTTAATGTAACAAGTCAATTAAGTAA
194 AAATAATTAAATTTTAAATCTTAACATAAGTGTGTGAGACTTAACGTAACAAGTCAATTAAGTAA
* * *
182369 AAATAATATAAATTTAACGAAAA--AAATATTTAAATTTATATTCTCGAACTGAAAGTGTTTAAC
259 AAACAATGTAAATTTAATGAAAAGTAAATATTTAAATTTATATTCTCGAACTGAAAGTGTTTAAC
* *
182432 GATATAAAAATTTTAATTTTTAAACTAAGA-ATAATAAGGATAAGAATAGTTATAGTTCAAAGTT
324 GATATAAAAATTTTAATTTTTAAA-TAAAAGATAATAAGGATAAAAATAGTTATAGTTCAAAGTT
* * *
182496 GACATTAAAAAATCTTAACGTAAAACTGTAAGAATTGACGTAAAAACTTGTAAAGGTAGAATAAC
388 GACATGAAAAAACCTTAACGTAAAACTGTAAGAATTGACATAAAAACTTGTAAAGGTAGAATAAC
182561 TAAATTTTAAATCTTAACGTAAGTATGTGAGAGTTAACGTTAACAAGTTAATTAAGTAAAAATAA
453 TAAATTTTAAATCTTAACGTAAG-A-GT--GA--TAAC--T---AA--TAATTAAGTAAAAATAA
* ** * *
182626 TGATAAATTTAATGAAAAGTAAATATTTAAATTTATATTCTTGGGGTGAAAGTATTCAATGATAT
505 TGATAAATTTAATGAAAAGTAAATATTTAAATTTATATTCTCGGACTGAAAATATTCAACGATAT
* * *
182691 AAAATTTTAATTTTTAAAATAAAAGATAATAAGAATAAAATAATTATAGTTCAAAGTTGACATAA
570 AAAATATTAATTTATAAAATAAAAGATAATAAGAATAAAATAATTATAGTTCAAAATTGACATAA
* * * * *
182756 AAAGGCTTTAACGTAAACCTATAAGAATTGACATAAAATCTTGTAAAGGTGGAATAACTAAATTT
635 AAAGACTTTAACGTAAAACTATAAGAATTGACATAAAAGCTTGTAAAGATGAAATAACTAAATTT
* *
182821 TAAATCATAACATAAGTGTGCGAGAGTTAATGTAACAAGTCAATTAAGTAAAATAATATAAATTT
700 TAAATCATAACATAAGTATGCGAGACTTAATGTAACAAGTCAATTAAGTAAAATAATATAAATTT
** *
182886 AATAAAAAATAAATATTTAAATTTATATTCTTAGGTTGAAAGTATTTAATGATATAAAAATTTTA
765 AATAAAAAATAAATATTTAAATTTATATTCTTAGAATGAAAGTATTTAACGATATAAAAATTTTA
* *
182951 ATTTTTAAATAAAAGATAATAAGGATAAAAATAATTATAGTTCAAAGTTGACATGGAAAAGCCTT
830 ATTTTTAAACAAAAGATAATAAGGATAAAAATAATTATAGTTCAAAGTTGACATGGAAAAACCTT
* * *
183016 GACGTAAAACAGTAAGAATTAACGTAAAAGCTTGTAAAGGTAGAATAATTAAATTTTAAATCTTA
895 AACGTAAAACAGTAAGAATTAACGTAAAAACTTGTAAAGGTAGAATAACTAAATTTTAAATCTTA
* * *
183081 ATGTAAGTGTGTGAGACTGAACATAATAAGTCAA
960 ACGTAAGTATGTGAGACTGAACATAACAAGTCAA
* * *
183115 TTAAGTAAACACAATGTAAATTTAATGAAAAATAAATATTTAAATTTATATTCTTGGGCTGAAAG
1 TTAAGTAAA-ACAATGTAAATTTAATGAAAAGTAAATATTTAAATTTATATTCTCGGACTGAAAG
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65 TGTTTAACGATATAAAAATTTTAATTTTTAAATAAAAGATAATAAGGATAAAAATAATTATAGTT
* * * * * *
183245 TAAAGTTGAAATGGAAAAGCCTTAACGTAAAATTGTAAGAATTGACGTAACAGCTTGTAAATGTA
130 TAAAATTGAAGTGGAAAAACCTTAACGTAAAACTATAAGAATTGACGTAAAAGCTTGTAAA-GTA
* *
183310 AAATAATTAAATTTTAAATTTTAACATAAGTGTGTGAGACTTAACGTAACAAGTCAATTAAGCAA
194 AAATAATTAAATTTTAAATCTTAACATAAGTGTGTGAGACTTAACGTAACAAGTCAATTAAGTAA
* *
183375 AAACAATGTAAATTTAATGAAAAGTAAATATTTAAATTTATATTCTCGAATTGAAAGTATTTAAC
259 AAACAATGTAAATTTAATGAAAAGTAAATATTTAAATTTATATTCTCGAACTGAAAGTGTTTAAC
183440 GATAT-AAAATTTTAATTTTTAAATAAAAGAT-ATAAGGATAAAAATAGTTATAGTT-ACAA-TT
324 GATATAAAAATTTTAATTTTTAAATAAAAGATAATAAGGATAAAAATAGTTATAGTTCA-AAGTT
* * * * ** *
183501 GACGTGAACAAGCCTTGACGTAAAACTGTAAGAATTGACATAAAAGGTTGTAAAGGTAGAATAAT
388 GACATGAAAAAACCTTAACGTAAAACTGTAAGAATTGACATAAAAACTTGTAAAGGTAGAATAAC
183566 TAAATTTTAAATCTTAACGT-A-A-T-A-AA-T-A-AATTAAGT-AAAATAATG-T-AATTTAAT
453 TAAATTTTAAATCTTAACGTAAGAGTGATAACTAATAATTAAGTAAAAATAATGATAAATTTAAT
*
183620 GAAAAGTAAATA-TTAAATTTATATTCTCGGACT-AAAATATTTAACGATATAAAA-ATTAATTT
518 GAAAAGTAAATATTTAAATTTATATTCTCGGACTGAAAATATTCAACGATATAAAATATTAATTT
* ** *
183682 AT-AATTAAAAGATAATAAGGAA-AAAAT-A-TA-A-TTCAAAATTGATGTGAAAAA-ACTTTGA
583 ATAAAATAAAAGATAATAA-GAATAAAATAATTATAGTTCAAAATTGACAT-AAAAAGACTTTAA
* * *
183740 CGTAAAACTATAGGAATTGACAT-AAAGCTTGT-AAGATGAAATAATTAAATTTTAAATCTTAAC
646 CGTAAAACTATAAGAATTGACATAAAAGCTTGTAAAGATGAAATAACTAAATTTTAAATCATAAC
* * **
183803 GTAAGTATGTGAGACTTAATGTAACAAGT-AATTAAGTAAAAATAATATAAATTT-A-ACGAAA-
711 ATAAGTATGCGAGACTTAATGTAACAAGTCAATTAAGT-AAAATAATATAAATTTAATAAAAAAT
* *
183864 AAATATTTAAATTTATATTC-TCGAATG-AAGTGTTTAACGATATAAAAATTTTAATTTTTTAAA
775 AAATATTTAAATTTATATTCTTAGAATGAAAGTATTTAACGATATAAAAATTTTAA-TTTTTAAA
* * * *
183927 CAAGA-ATAATAAGGAT-AAAATAGTTATAGTTCAAAGTTGACAT-TAAAAATCTTAACGTAAAA
839 CAAAAGATAATAAGGATAAAAATAATTATAGTTCAAAGTTGACATGGAAAAACCTTAACGTAAAA
* *
183989 CTGT-AGAATTGACGTAAAAACTTGTAAAGGTAGAATAACTAAATTTTAAATCTTAACGTAAGTA
904 CAGTAAGAATTAACGTAAAAACTTGTAAAGGTAGAATAACTAAATTTTAAATCTTAACGTAAGTA
* * *
184053 TGTGAGAGTTAACGTAACAAGTCAA
969 TGTGAGACTGAACATAACAAGTCAA
* **
184078 TTAAGTAGAAACTATGTAAATTTAATGAAAAGTAAATATTTAAATTTATATTCTCAAACTGAAAG
1 TTAAGTA-AAACAATGTAAATTTAATGAAAAGTAAATATTTAAATTTATATTCTCGGACTGAAAG
* * * **
184143 TGTTTAACGATATAAAATTTTTAATTTTTAAATAAAAAACAATAATAATAAAAATAATTATAGTT
65 TGTTTAACGATATAAAAATTTTAATTTTTAAATAAAAGATAATAAGGATAAAAATAATTATAGTT
* * *
184208 TAAAATTGACGT-GAAAAAACTTCAACGTAAAACTATAAGAATTGACGTAAAAACTTGTAAAGGT
130 TAAAATTGAAGTGGAAAAACCTT-AACGTAAAACTATAAGAATTGACGTAAAAGCTTGTAAA-GT
* * * * * *
184272 AGAATAACTAAATTTCAAATCTTAACTTAAGTAG-GTGAGAGTTAACATAACAAGTCAATTAAGT
193 AAAATAATTAAATTTTAAATCTTAACATAAGT-GTGTGAGACTTAACGTAACAAGTCAATTAAGT
* *
184336 AAAAACAATGTAAATTTAATG-AAAGTAAATATTTAAATTTATATTCTTTG-GCTGAAAGTGTTT
257 AAAAACAATGTAAATTTAATGAAAAGTAAATATTTAAATTTATATTC-TCGAACTGAAAGTGTTT
** * * * *
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184456 ATTTAAAATT
Statistics
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GTTTAACGATATAAAAATTTTAATTTTTAAATAAAAGATAATAAGGATAAAAATAATTATAGTTT
AAAATTGAAGTGGAAAAACCTTAACGTAAAACTATAAGAATTGACGTAAAAGCTTGTAAAGTAAA
ATAATTAAATTTTAAATCTTAACATAAGTGTGTGAGACTTAACGTAACAAGTCAATTAAGTAAAA
ACAATGTAAATTTAATGAAAAGTAAATATTTAAATTTATATTCTCGAACTGAAAGTGTTTAACGA
TATAAAAATTTTAATTTTTAAATAAAAGATAATAAGGATAAAAATAGTTATAGTTCAAAGTTGAC
ATGAAAAAACCTTAACGTAAAACTGTAAGAATTGACATAAAAACTTGTAAAGGTAGAATAACTAA
ATTTTAAATCTTAACGTAAGAGTGATAACTAATAATTAAGTAAAAATAATGATAAATTTAATGAA
AAGTAAATATTTAAATTTATATTCTCGGACTGAAAATATTCAACGATATAAAATATTAATTTATA
AAATAAAAGATAATAAGAATAAAATAATTATAGTTCAAAATTGACATAAAAAGACTTTAACGTAA
AACTATAAGAATTGACATAAAAGCTTGTAAAGATGAAATAACTAAATTTTAAATCATAACATAAG
TATGCGAGACTTAATGTAACAAGTCAATTAAGTAAAATAATATAAATTTAATAAAAAATAAATAT
TTAAATTTATATTCTTAGAATGAAAGTATTTAACGATATAAAAATTTTAATTTTTAAACAAAAGA
TAATAAGGATAAAAATAATTATAGTTCAAAGTTGACATGGAAAAACCTTAACGTAAAACAGTAAG
AATTAACGTAAAAACTTGTAAAGGTAGAATAACTAAATTTTAAATCTTAACGTAAGTATGTGAGA
CTGAACATAACAAGTCAA
Found at i:184376 original size:251 final size:250
Alignment explanation
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183569 ATTTTAAATC
* * * *
183579 TTAACGTAATAAATAAATTAAGT-AAAATAATGT-AATTTAATGAAAAGTAAATA-TTAAATTTA
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* * * * * * *
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** * * *
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* * * *
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* * * *
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1 TTAACGTAACAAGTCAATTAAGTAAAAACAATGTAAATTTAATGAAAAGTAAATATTTAAATTTA
*
183879 TATTCTCGAA-TG-AAGTGTTTAACGATATAAAAATTTTAATTTTT--TAAACAAGAATAATAAG
66 TATTCTCGAACTGAAAGTGTTTAACGATATAAAAATTTTAATTTTTAATAAA-AAAAATAATAA-
* * * * * *
183940 GATAAAATAGTTATAGTTCAAAGTTGACATTAAAAATC-TTAACGTAAAACTGT-AGAATTGACG
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193 TAAAAACTTGTAAAGGTAGAATAACTAAATTTTAAATCTTAACGTAAGTATGTGAGAG
* *
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1 TTAACGTAACAAGTCAATTAAGTAAAAACAATGTAAATTTAATGAAAAGTAAATATTTAAATTTA
* *
184126 TATTCTCAAACTGAAAGTGTTTAACGATATAAAATTTTTAATTTTTAAATAAAAAACAATAATAA
66 TATTCTCGAACTGAAAGTGTTTAACGATATAAAAATTTTAATTTTT-AATAAAAAA-AATAATAA
* * * * *
184191 TAAAAATAATTATAGTTTAAAATTGACGTGAAAAAACTTCAACGTAAAACTATAAGAATTGACGT
129 GAAAAATAATTATAATTCAAAATTGACATGAAAAAACTTTAACGTAAAACTATAAGAATTGACGT
* * *
184256 AAAAACTTGTAAAGGTAGAATAACTAAATTTCAAATCTTAACTTAAGTAGGTGAGAG
194 AAAAACTTGTAAAGGTAGAATAACTAAATTTTAAATCTTAACGTAAGTATGTGAGAG
*
184313 TTAACATAACAAGTCAATTAAGTAAAAACAATGTAAATTTAATG-AAAGTAAATATTTAAATTTA
1 TTAACGTAACAAGTCAATTAAGTAAAAACAATGTAAATTTAATGAAAAGTAAATATTTAAATTTA
* * * ** *
184377 TATTCTTTG-GCTGAAAGTGTTTAACGATATAAAAATTTTAATTTTTGTATTAAGGATAATAA-A
66 TATTC-TCGAACTGAAAGTGTTTAACGATATAAAAATTTTAA-TTTT-TAATAAAAAAAATAATA
* * * * * * * *
184440 GATAAAAATAATTATAATTTAAAATT-ACTATTAGAAAAGTTTGACGTAAAATTATTAGAATTGA
128 -AGAAAAATAATTATAATTCAAAATTGAC-ATGAAAAAACTTTAACGTAAAACTATAAGAATTGA
* * * * * * * * * * *
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191 CGTAAAAACTTGTAAAGGTAGAAT-AACTAAATTTTAAATCTTAACGTAAGTATGTGAGAG
184564 TTAACGTAAC
1 TTAACGTAAC
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Statistics
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Matches are distributed among these distances:
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TTAACGTAACAAGTCAATTAAGTAAAAACAATGTAAATTTAATGAAAAGTAAATATTTAAATTTA
TATTCTCGAACTGAAAGTGTTTAACGATATAAAAATTTTAATTTTTAATAAAAAAAATAATAAGA
AAAATAATTATAATTCAAAATTGACATGAAAAAACTTTAACGTAAAACTATAAGAATTGACGTAA
AAACTTGTAAAGGTAGAATAACTAAATTTTAAATCTTAACGTAAGTATGTGAGAG
Found at i:193847 original size:20 final size:20
Alignment explanation
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Period size: 20 Copynumber: 3.2 Consensus size: 20
193814 ATTATAATAA
193824 ATTATAATAAAATATATGAG
1 ATTATAATAAAATATATGAG
193844 ATTATAATAAAA-A-AT-A-
1 ATTATAATAAAATATATGAG
193860 A--A-AATAAAATATATGAG
1 ATTATAATAAAATATATGAG
193877 ATTA
1 ATTA
193881 AAAAATAATT
Statistics
Matches: 31, Mismatches: 0, Indels: 13
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Matches are distributed among these distances:
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ATTATAATAAAATATATGAG
Found at i:194112 original size:15 final size:15
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194084 TATTCTTAAC
194094 AATCACATTCTTTT-T
1 AATCACATT-TTTTGT
194109 AATCACATTTTTTGT
1 AATCACATTTTTTGT
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1 AAT
194127 GCGAATGCAT
Statistics
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Matches are distributed among these distances:
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AATCACATTTTTTGT
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Period size: 222 Copynumber: 2.2 Consensus size: 221
195290 AAATTAAAAT
* * * * *
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*
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*
195651 TTTTAATTATAAATTATTAATATTTTGAATAAACTGTAAATTATTAATATTTTACTATTTTAAAA
130 TTTTAATTATAAATTATTAATATTTTGAATAAACTGTAAATTATTAATATTTTAATATTTTAAAA
* * * *
195716 ATGAAAATAGAGAAAACAATAAAATTAAA
195 ATGAAATTACAG-ATAGAATAAAA-TAAA
* * * * *
195745 TAATAA-A-ATTTAA--TTTAATTA-AAATTATTAATGTTTTTAATAAA
1 AAAAAATACATTAAAGTTTTAATTATAAATTATTAATATTTTAAATAAA
195789 TTATCCAAAA
Statistics
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Matches are distributed among these distances:
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Consensus pattern (221 bp):
AAAAAATACATTAAAGTTTTAATTATAAATTATTAATATTTTAAATAAACTGTAAATTATTAATA
TTTTAATATTTTTAAAAAATGAAATTACAGATAGAATAAAATAAAAATAAAAATCACATTAAAGT
TTTAATTATAAATTATTAATATTTTGAATAAACTGTAAATTATTAATATTTTAATATTTTAAAAA
TGAAATTACAGATAGAATAAAATAAA
Found at i:195771 original size:112 final size:112
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Indices: 195290--195721 Score: 746
Period size: 112 Copynumber: 3.9 Consensus size: 112
195280 TAATAAGATG
* * * * * *
195290 AAATTAAAATAAAAAAT-ATATTAAATTTTTAATTCTAAATTATTAATATTTTAAATAAATTGTA
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*
195354 AATTTTTAATATTTTAATATTTTTAAAAAATGAAATTACAGATAGAATA
65 AATTATTAATATTTTAATA-TTTTAAAAAATGAAATTACAGATAGAATA
195403 AAATAAAAATAAAAATCACATTAAAGTTTTAATTATAAATTATTAATATTTTGAATAAACTGTAA
1 AAATAAAAATAAAAATCACATTAAAGTTTTAATTATAAATTATTAATATTTTGAATAAACTGTAA
195468 ATTATTAATATTTTAATATTTTAAAAAATGAAATTACAGATAGAATA
66 ATTATTAATATTTTAATATTTTAAAAAATGAAATTACAGATAGAATA
195515 AAAT-AAAA-AAAAATCACATTAAAGTTTTAATTATAAATTATTAATATTTTGAATAAACTGTAA
1 AAATAAAAATAAAAATCACATTAAAGTTTTAATTATAAATTATTAATATTTTGAATAAACTGTAA
195578 ATTATTAATATTTTAATATTTTAAAAAATGAAATTACAGATAGAATA
66 ATTATTAATATTTTAATATTTTAAAAAATGAAATTACAGATAGAATA
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*
195690 ATTATTAATATTTTACTATTTT-AAAAATGAAA
66 ATTATTAATATTTTAATATTTTAAAAAATGAAA
195722 ATAGAGAAAA
Statistics
Matches: 308, Mismatches: 8, Indels: 8
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Matches are distributed among these distances:
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AAATAAAAATAAAAATCACATTAAAGTTTTAATTATAAATTATTAATATTTTGAATAAACTGTAA
ATTATTAATATTTTAATATTTTAAAAAATGAAATTACAGATAGAATA
Found at i:198968 original size:6 final size:6
Alignment explanation
Indices: 198905--198967 Score: 94
Period size: 6 Copynumber: 10.8 Consensus size: 6
198895 TGAAGTGAGG
198905 ATATAC ATATAC ATATAC ATATAC ATATAC ATATAC ATATAC --ATAC
1 ATATAC ATATAC ATATAC ATATAC ATATAC ATATAC ATATAC ATATAC
* *
198951 ATATAT ATATAT ATATA
1 ATATAC ATATAC ATATA
198968 TCAGCTAACC
Statistics
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Matches are distributed among these distances:
4 4 0.07
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ATATAC
Found at i:210967 original size:15 final size:15
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210929 TAGAGTTATC
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210969 AAA
1 AAA
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Statistics
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Found at i:212327 original size:23 final size:22
Alignment explanation
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*
212286 ATTTCAATATTTATAATTATTT
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*
212308 ATTTCATATATTTACGATTAT
1 ATTTCA-ATATTTACAATTAT
212329 AATTCATCAT
Statistics
Matches: 18, Mismatches: 2, Indels: 1
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Matches are distributed among these distances:
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*
212680 TTA TTA TTA TTG TTA TTA TTA TTA TTA TTA
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Statistics
Matches: 25, Mismatches: 2, Indels: 0
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Matches are distributed among these distances:
3 25 1.00
ACGTcount: A:0.30, C:0.00, G:0.03, T:0.67
Consensus pattern (3 bp):
TTA
Found at i:212695 original size:9 final size:9
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Indices: 212656--212708 Score: 52
Period size: 9 Copynumber: 5.9 Consensus size: 9
212646 AACAAACTAT
212656 TTATTATTG
1 TTATTATTG
* *
212665 TTGTTGTTG
1 TTATTATTG
* * *
212674 TTGTTGTTA
1 TTATTATTG
212683 TTATTATTG
1 TTATTATTG
*
212692 TTATTATTA
1 TTATTATTG
212701 TTATTATT
1 TTATTATT
212709 AATTTTTTTA
Statistics
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Matches are distributed among these distances:
9 37 1.00
ACGTcount: A:0.19, C:0.00, G:0.13, T:0.68
Consensus pattern (9 bp):
TTATTATTG
Found at i:214094 original size:35 final size:37
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Indices: 214024--214108 Score: 131
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214014 GTCACTACGT
*
214024 TTTTAA-GATCAAGCATAAGCTTTACAACCAAAATGCC
1 TTTTAAGGATCAAGCATAA-CTCTACAACCAAAATGCC
214061 TTTTAAGGATCAAGCATAA-TCT-CAACCAAAATGCC
1 TTTTAAGGATCAAGCATAACTCTACAACCAAAATGCC
214096 TTTTAAGGATCAA
1 TTTTAAGGATCAA
214109 ATACAACCTC
Statistics
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0.90 0.02 0.08
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35 26 0.57
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TTTTAAGGATCAAGCATAACTCTACAACCAAAATGCC
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Indices: 215419--215560 Score: 214
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215409 GACAGAGAAT
* **
215419 ACTTAATTGACTAAGAAGTTTTATTAGTCGACTAAGAG-CTTACTGTCAAAAACTAGGTTCAGAG
1 ACTTAATCGACTAAGAAGTTTTATTAGTCGACTAAGAGTC-TACTACCAAAAACTAGGTTCAGAG
215483 ACAGAAACG
65 ACAGAAACG
* * *
215492 ACTTAATCGACTAAGAAGTTTTGTTAGTCGACTAAGAGTCTACTACCAGAAACTGGGTTCAGAGA
1 ACTTAATCGACTAAGAAGTTTTATTAGTCGACTAAGAGTCTACTACCAAAAACTAGGTTCAGAGA
215557 CAGA
66 CAGA
215561 GTTAATCGAC
Statistics
Matches: 62, Mismatches: 6, Indels: 2
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Matches are distributed among these distances:
73 61 0.98
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Consensus pattern (73 bp):
ACTTAATCGACTAAGAAGTTTTATTAGTCGACTAAGAGTCTACTACCAAAAACTAGGTTCAGAGA
CAGAAACG
Found at i:224387 original size:73 final size:73
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Period size: 73 Copynumber: 2.7 Consensus size: 73
224271 AAGCAGACTG
* * *
224281 GAGACAGAGAAC-ACTTAATCAAC-ATCGAAGTTTTGTTAGTCGACTAAGAGCTTACTGCCAGAA
1 GAGACAGAG-ACGACTTAATCGACTA-AGAAGTTTTGTTAGTCGACTAAGAGCCTACTGCCAGAA
224344 ACTAAGTTCA
64 ACTAAGTTCA
* * *
224354 GAGATAGA-AGCGACTTAATTGACTAAGAAGTTTTGTTAGTCGACTAAGAGCCTACTGCTAGAAA
1 GAGACAGAGA-CGACTTAATCGACTAAGAAGTTTTGTTAGTCGACTAAGAGCCTACTGCCAGAAA
* **
224418 CTAGGTTTT
65 CTAAGTTCA
* *** *
224427 GAGACAGAGACGACTTAATCGACTAAGTAGCAATGTTTGTCGACTAAGAG
1 GAGACAGAGACGACTTAATCGACTAAGAAGTTTTGTTAGTCGACTAAGAG
224477 TATTCTATCT
Statistics
Matches: 103, Mismatches: 16, Indels: 8
0.81 0.13 0.06
Matches are distributed among these distances:
71 1 0.01
72 1 0.01
73 99 0.96
74 2 0.02
ACGTcount: A:0.35, C:0.16, G:0.22, T:0.26
Consensus pattern (73 bp):
GAGACAGAGACGACTTAATCGACTAAGAAGTTTTGTTAGTCGACTAAGAGCCTACTGCCAGAAAC
TAAGTTCA
Found at i:225904 original size:22 final size:21
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225869 TTAGAATGAG
*
225879 TTTTGTTTTAATCTTTTTTTA
1 TTTTGTTTTAATCTTGTTTTA
* *
225900 CTTTTATTTTAGTCTTGTTTTA
1 -TTTTGTTTTAATCTTGTTTTA
225922 TTTTG
1 TTTTG
225927 GTTGTGCTTT
Statistics
Matches: 22, Mismatches: 4, Indels: 1
0.81 0.15 0.04
Matches are distributed among these distances:
21 4 0.18
22 18 0.82
ACGTcount: A:0.12, C:0.06, G:0.08, T:0.73
Consensus pattern (21 bp):
TTTTGTTTTAATCTTGTTTTA
Found at i:226364 original size:58 final size:58
Alignment explanation
Indices: 226213--226548 Score: 241
Period size: 58 Copynumber: 5.7 Consensus size: 58
226203 CAAAGTTGAA
* * * * *
226213 TGAAGTTCCTAAACTTAATCTAGGCTTGACCTAGCTCAAAATAGATATGA-TTTAAACT
1 TGAAATTCCTAGACTTAATCTAGGCTTGACTTATCTCAAAATA-ATATGACTTAAAACT
* * * * * * *
226271 TGAAATTCCTAGGCTTAAGT-TAAGCTTTACCTATCTCAAATTAGATTTGA-TTTAAACT
1 TGAAATTCCTAGACTTAA-TCTAGGCTTGACTTATCTCAAAATA-ATATGACTTAAAACT
* * *
226329 TGAAATTTCTAGACTTAATCTAGGCTTGACTTATCT-AAAAGCTAAAACGACTTAAAACT
1 TGAAATTCCTAGACTTAATCTAGGCTTGACTTATCTCAAAA--TAATATGACTTAAAACT
*** * * * *
226388 TG-AATTCCTAGACTTAATCTTCACTCGACTTATCTCAAAACAAGTTTGACTTAAAATT
1 TGAAATTCCTAGACTTAATCTAGGCTTGACTTATCTCAAAATAA-TATGACTTAAAACT
* * * * * ** * *
226446 TGAAATTCTTAGACTTAATTTAGGCTTGACTTATCCCATAACAAGTACAATTTGAAAATT
1 TGAAATTCCTAGACTTAATCTAGGCTTGACTTATCTCAAAATAA-TATGACTT-AAAACT
* * * * *
226506 TGAGATTCCTAGACTTAATTTAGGTTTGACCTATTTCAAAATA
1 TGAAATTCCTAGACTTAATCTAGGCTTGACTTATCTCAAAATA
226549 GGCTCGATTT
Statistics
Matches: 221, Mismatches: 48, Indels: 16
0.78 0.17 0.06
Matches are distributed among these distances:
57 6 0.03
58 120 0.54
59 54 0.24
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ACGTcount: A:0.35, C:0.17, G:0.12, T:0.36
Consensus pattern (58 bp):
TGAAATTCCTAGACTTAATCTAGGCTTGACTTATCTCAAAATAATATGACTTAAAACT
Found at i:226564 original size:60 final size:58
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Indices: 226440--227417 Score: 228
Period size: 60 Copynumber: 16.4 Consensus size: 58
226430 AGTTTGACTT
* ** * * * *
226440 AAAATTTGAAATTCTTAGACTTAATTTAGGCTTGACTTATCCCATAACAAGTACAATTTG
1 AAAATTTG-AATTCTTAGACTTAATTTAGGCTTGACCTATTTCAAAACAGGT-CGATTTA
* * *
226500 AAAATTTGAGATTCCTAGACTTAATTTAGGTTTGACCTATTTCAAAATAGGCTCGATTTA
1 AAAATTTGA-ATTCTTAGACTTAATTTAGGCTTGACCTATTTCAAAACAGG-TCGATTTA
* * *
226560 AAAATTGTGAAGTTCTTAAACTTAATCTAGGCTTGACCTACCTT-AAAACAGGTTCGATTTAAAA
1 AAAATT-TGAA-TTCTTAGACTTAATTTAGGCTTGACCTA-TTTCAAAACAGG-TCGATTT---A
* ** * * * * *
226624 AAAAATAAAATTCTTTGACTTAATCTAGGATTGACTTATCTT-AAAACAAGTTCGA-TT-
1 AAAATTTGAATTCTTAGACTTAATTTAGGCTTGACCTAT-TTCAAAAC-AGGTCGATTTA
* *** * ** *
226681 ----TTTGAAATTCTTAGACTTAATATACATTTGACCTATCTT-AAAAGAAATTCAATTT-
1 AAAATTTG-AATTCTTAGACTTAATTTAGGCTTGACCTAT-TTCAAAA-CAGGTCGATTTA
* * * * * * * *
226736 ACAATTGGAAGTTCCTAGATTTAATTTAGGCTCGACTTA-TCCAAAAATAGGTTCGATTTGA
1 AAAATTTGAA-TTCTTAGACTTAATTTAGGCTTGACCTATTTC-AAAACAGG-TCGATTT-A
* * * * ** * * *
226797 AAAAATTGAAATTCCTAGACTAAATCTAGGCTCAACCTATCTCAAAATAGGTTTGATTTA
1 AAAATTTG-AATTCTTAGACTTAATTTAGGCTTGACCTATTTCAAAACAGG-TCGATTTA
* * * * *
226857 AAAATTTGAAATTCCT--AC--ACTTT-GGCTCTG-CCTATTTCAAAGCATGTTTGATTTAAAA
1 AAAATTTG-AATTCTTAGACTTAATTTAGGCT-TGACCTATTTCAAAACA-GGTCGATTT---A
** * * ** ** * * *
226915 AAAATTAAAATTCCTAGATTTAACCTAGGCTCAACTTATCTCAAAACAGGTTCAATTTA
1 AAAATTTGAATTCTTAGACTTAATTTAGGCTTGACCTATTTCAAAACAGG-TCGATTTA
* * * * *
226974 AAAATTTGAAGTTATTAGGCTTAATCCT-GGCTTGACTTATCTT-AAAATAGGTTCGATTT-
1 AAAATTTGAA-TTCTTAGACTTAAT-TTAGGCTTGACCTAT-TTCAAAACAGG-TCGATTTA
* * * * * * * *
227033 AAAATTTGAAAATTCCTAAATTTAATCTAGG-TTCAACCTATCTCAATACAGGTTCGA-TTC
1 AAAATTTG--AATTCTTAGACTTAATTTAGGCTT-GACCTATTTCAAAACAGG-TCGATTTA
* * * ** * * *
227093 AAAA-TTAAACTTCTTAGACTTAATCTAAGCTCAAACTATCTCAAAATAGGTTTC-ATTTTAA
1 AAAATTTGAA-TTCTTAGACTTAATTTAGGCTTGACCTATTTCAAAACAGG--TCGA-TTT-A
* * * * * *
227154 AAAATTTGAAGTTCTTAGACTTAATCTAGACTTGACGTATGTCAAAACAGATTTGATTTA
1 AAAATTTGAA-TTCTTAGACTTAATTTAGGCTTGACCTATTTCAAAACAG-GTCGATTTA
* * * * * ** * * * *
227214 AAAAATTGAAAGTCCTAGACTTAATCTAGACTTGATGTATGTCAAAATAGATTTGATTTA
1 AAAATTTG-AATTCTTAGACTTAATTTAGGCTTGACCTATTTCAAAACAG-GTCGATTTA
* * ** * *
227274 AAAAATTGAATTTCTTAGACTTAATCTATGG-TTGACCTATAACAAAATAAGTTCGATTTA
1 AAAATTTGAA-TTCTTAGACTTAATTTA-GGCTTGACCTATTTCAAAA-CAGGTCGATTTA
* * * * * * * * *
227334 AAATTTTAAAATTCATATACTTAATCTAGG-TTCAACTTATCTCAAAACAAGTTCGA-TTA
1 AAAATTT-GAATTCTTAGACTTAATTTAGGCTT-GACCTATTTCAAAAC-AGGTCGATTTA
* * *
227393 AAAAATTGAACTTCCTAGCCTTAAT
1 AAAATTTGAA-TTCTTAGACTTAAT
227418 ATAAGCTCGA
Statistics
Matches: 695, Mismatches: 160, Indels: 127
0.71 0.16 0.13
Matches are distributed among these distances:
53 1 0.00
54 37 0.05
55 24 0.03
56 4 0.01
57 10 0.01
58 45 0.06
59 90 0.13
60 268 0.39
61 110 0.16
62 96 0.14
63 4 0.01
64 6 0.01
ACGTcount: A:0.37, C:0.15, G:0.12, T:0.36
Consensus pattern (58 bp):
AAAATTTGAATTCTTAGACTTAATTTAGGCTTGACCTATTTCAAAACAGGTCGATTTA
Found at i:226856 original size:120 final size:119
Alignment explanation
Indices: 226328--227417 Score: 476
Period size: 120 Copynumber: 9.2 Consensus size: 119
226318 TGATTTAAAC
* ** * *** * *
226328 TTGAAATTTCTAGACTTAATCTAGGCTTGACTTATCT-AAAAGCTA-AAACGACTTAAAACTT-G
1 TTGAAATTCCTAGACTTAATCTAGGCTCAACCTATCTCAAAA-C-AGGTTCGATTTAAAAATTGG
*** * * * * *
226390 AA-TTCCTAGACTTAATCTTCACTCGACTTATCTCAAAACAAGTTTGACTT-AAAAT
64 AAGTTCCTAGACTTAATCTAGGCTCGACTTATC-CAAAATAGGTTCGATTTAAAAAA
* * ** * * * * * * * *
226445 TTGAAATTCTTAGACTTAATTTAGGCTTGACTTATCCCATAACAAGTACAATTTGAAAATTTG-A
1 TTGAAATTCCTAGACTTAATCTAGGCTCAACCTATCTCAAAACAGGTTCGATTTAAAAATTGGAA
* * * * * * *
226509 GATTCCTAGACTTAATTTAGGTTTGACCTATTTCAAAATAGGCTCGATTTAAAAAT
66 G-TTCCTAGACTTAATCTAGGCTCGACTTA-TCCAAAATAGGTTCGATTTAAAAAA
* * * ** * * *
226565 TGTGAAGTTCTTAAACTTAATCTAGGCTTGACCTACCTTAAAACAGGTTCGATTTAAAAAAAAAT
1 T-TGAAATTCCTAGACTTAATCTAGGCTCAACCTATCTCAAAACAGGTTCGATTT---AAAAATT
* * * * * * * * *
226630 -AAAATTCTTTGACTTAATCTAGGATTGACTTATCTTAAAACAAGTTCGATTT------
62 GGAAGTTCCTAGACTTAATCTAGGCTCGACTTATC-CAAAATAGGTTCGATTTAAAAAA
* * *** ** * * ** * *
226682 TTGAAATTCTTAGACTTAATATACATTTGACCTATCTTAAAAGAAATTCAATTT-ACAATTGGAA
1 TTGAAATTCCTAGACTTAATCTAGGCTCAACCTATCTCAAAACAGGTTCGATTTAAAAATTGGAA
* *
226746 GTTCCTAGATTTAATTTAGGCTCGACTTATCCAAAAATAGGTTCGATTTGAAAAAA
66 GTTCCTAGACTTAATCTAGGCTCGACTTATCC-AAAATAGGTTCGATTT-AAAAAA
* * * *
226802 TTGAAATTCCTAGACTAAATCTAGGCTCAACCTATCTCAAAATAGGTTTGATTTAAAAATTTGAA
1 TTGAAATTCCTAGACTTAATCTAGGCTCAACCTATCTCAAAACAGGTTCGATTTAAAAATTGGAA
* * * * ** * *
226867 ATTCCTACAC-T--T-T-GGCTCTG-CCTATTTCAAAGCATGTTTGATTTAAAAAAAA
66 GTTCCTAGACTTAATCTAGGCTC-GACTTA-TCCAAAATAGGTTCGATTT--AAAAAA
* * * * * *
226919 TTAAAATTCCTAGATTTAACCTAGGCTCAACTTATCTCAAAACAGGTTCAATTTAAAAATTTGAA
1 TTGAAATTCCTAGACTTAATCTAGGCTCAACCTATCTCAAAACAGGTTCGATTTAAAAATTGGAA
** * * * *
226984 GTTATTAGGCTTAATCCT-GGCTTGACTTATCTTAAAATAGGTTCGATTT-AAAAT
66 GTTCCTAGACTTAAT-CTAGGCTCGACTTATC-CAAAATAGGTTCGATTTAAAAAA
* * * * * *
227038 TTGAAAATTCCTAAATTTAATCTAGGTTCAACCTATCTCAATACAGGTTCGA-TTCAAAATT-AA
1 TTG-AAATTCCTAGACTTAATCTAGGCTCAACCTATCTCAAAACAGGTTCGATTTAAAAATTGGA
* * * *
227101 ACTTCTTAGACTTAATCTAAGCTCAAAC-TATCTCAAAATAGGTTTC-ATTTTAAAAAA
65 AGTTCCTAGACTTAATCTAGGCTC-GACTTATC-CAAAATAGG-TTCGA-TTTAAAAAA
* * * ** * * * * *
227158 TTTGAAGTTCTTAGACTTAATCTAGACTTGACGTATGTCAAAACAGATTTGATTTAAAAAATTGA
1 -TTGAAATTCCTAGACTTAATCTAGGCTCAACCTATCTCAAAACAGGTTCGATTT-AAAAATTGG
* * * * *
227223 AAG-TCCTAGACTTAATCTAGACTTGA-TGTATGTCAAAATAGATTTGATTTAAAAAA
64 AAGTTCCTAGACTTAATCTAGGCTCGACT-TAT-CCAAAATAGGTTCGATTTAAAAAA
* * ** ** * * * **
227279 TTGAATTTCTTAGACTTAATCTATGG-TTGACCTATAACAAAATAAGTTCGATTTAAAATTTTAA
1 TTGAAATTCCTAGACTTAATCTA-GGCTCAACCTATCTCAAAACAGGTTCGATTTAAAAATTGGA
* * * * * * *
227343 AATTCATATACTTAATCTAGGTTCAACTTATCTCAAAACAAGTTCGA-TTAAAAAA
65 AGTTCCTAGACTTAATCTAGGCTCGACTTATC-CAAAATAGGTTCGATTTAAAAAA
* *
227398 TTGAACTTCCTAGCCTTAAT
1 TTGAAATTCCTAGACTTAAT
227418 ATAAGCTCGA
Statistics
Matches: 735, Mismatches: 187, Indels: 100
0.72 0.18 0.10
Matches are distributed among these distances:
112 4 0.01
113 40 0.05
116 63 0.09
117 120 0.16
118 37 0.05
119 89 0.12
120 203 0.28
121 78 0.11
122 56 0.08
123 39 0.05
124 6 0.01
ACGTcount: A:0.37, C:0.15, G:0.12, T:0.36
Consensus pattern (119 bp):
TTGAAATTCCTAGACTTAATCTAGGCTCAACCTATCTCAAAACAGGTTCGATTTAAAAATTGGAA
GTTCCTAGACTTAATCTAGGCTCGACTTATCCAAAATAGGTTCGATTTAAAAAA
Found at i:226891 original size:55 final size:58
Alignment explanation
Indices: 226762--227468 Score: 234
Period size: 60 Copynumber: 11.9 Consensus size: 58
226752 AGATTTAATT
* * * *
226762 TAGGCTCGACTTATC-CAAAAATAGGTTCGATTTGAAAAAATTGAAATTCCTAGACTAAATC
1 TAGGCTCAACCTATCTC-AAAATAGGTTTGATTT-AAAAAATTGAAATTCCTACACT--ATC
*
226823 TAGGCTCAACCTATCTCAAAATAGGTTTGATTTAAAAATTTGAAATTCCTACACT-T-
1 TAGGCTCAACCTATCTCAAAATAGGTTTGATTTAAAAAATTGAAATTCCTACACTATC
** * ** * * * * *
226879 T-GGCTCTGCCTATTTCAAAGCATGTTTGATTTAAAAAAAATTAAAATTCCTAGATTTAACC
1 TAGGCTCAACCTATCTCAAAATAGGTTTGATTT--AAAAAATTGAAATTCCTACA-CT-ATC
* * ** * * ** **
226940 TAGGCTCAACTTATCTCAAAACAGGTTCAATTTAAAAATTTGAAGTTATTAGGCTTAATCC
1 TAGGCTCAACCTATCTCAAAATAGGTTTGATTTAAAAAATTGAAATTCCTACAC-T-AT-C
** * * * * * *
227001 T-GGCTTGACTTATCTTAAAATAGGTTCGATTT-AAAATTTGAAAATTCCTAAATTTAATC
1 TAGGCTCAACCTATCTCAAAATAGGTTTGATTTAAAAAATTG-AAATTCCTACA-CT-ATC
* * * * * * *
227060 TAGGTTCAACCTATCTCAATACAGGTTCGA-TT-CAAAATT-AAACTTCTTAGACTTAATC
1 TAGGCTCAACCTATCTCAAAATAGGTTTGATTTAAAAAATTGAAA-TTCCTACAC-T-ATC
* * * * * *
227118 TAAGCTCAAACTATCTCAAAATAGGTTTCATTTTAAAAAATTTGAAGTTCTTAGACTTAATC
1 TAGGCTCAACCTATCTCAAAATAGGTTTGA-TTTAAAAAA-TTGAAATTCCTACAC-T-ATC
* ** * * * * * *
227180 TAGACTTGACGTATGTCAAAACAGATTTGATTTAAAAAATTGAAAGTCCTAGACTTAATC
1 TAGGCTCAACCTATCTCAAAATAGGTTTGATTTAAAAAATTGAAATTCCTACAC-T-ATC
* ** ** * * * * *
227240 TAGACTTGATGTATGTCAAAATAGATTTGATTTAAAAAATTGAATTTCTTAGACTTAATC
1 TAGGCTCAACCTATCTCAAAATAGGTTTGATTTAAAAAATTGAAATTCCTACAC-T-ATC
** ** * * ** * * *
227300 TATGG-TTGACCTATAACAAAATAAGTTCGATTTAAAATTTTAAAATTCATATACTTAATC
1 TA-GGCTCAACCTATCTCAAAATAGGTTTGATTTAAAAAATTGAAATTCCTACAC-T-ATC
* * * * * * *
227360 TAGGTTCAACTTATCTCAAAACAAGTTCGA-TTAAAAAATTGAACTTCCTAGC-CTTAATA
1 TAGGCTCAACCTATCTCAAAATAGGTTTGATTTAAAAAATTGAAATTCCTA-CAC-T-ATC
* * ** * *
227419 TAAGCTCGACCCGTC-CTTAAATTGGTTTGATTTAAAAAATTGAAATTCCT
1 TAGGCTCAACCTATCTC-AAAATAGGTTTGATTTAAAAAATTGAAATTCCT
227469 CGACTTAATA
Statistics
Matches: 500, Mismatches: 121, Indels: 51
0.74 0.18 0.08
Matches are distributed among these distances:
55 25 0.05
56 1 0.00
57 21 0.04
58 36 0.07
59 57 0.11
60 252 0.50
61 45 0.09
62 61 0.12
63 2 0.00
ACGTcount: A:0.37, C:0.15, G:0.12, T:0.36
Consensus pattern (58 bp):
TAGGCTCAACCTATCTCAAAATAGGTTTGATTTAAAAAATTGAAATTCCTACACTATC
Found at i:227144 original size:58 final size:60
Alignment explanation
Indices: 227011--227144 Score: 155
Period size: 58 Copynumber: 2.3 Consensus size: 60
227001 TGGCTTGACT
* * * * * *
227011 TATCTTAAAATAGGTTCGATTTAAAATTTGAAAATTCCTAAATTTAATCTAGGTTCAACC
1 TATCTCAAAATAGGTTCGATTCAAAATTTGAAAATTCCTAAACTTAATCTAAGCTCAAAC
* * * * *
227071 TATCTCAATACAGGTTCGATTCAAAA-TT-AAACTTCTTAGACTTAATCTAAGCTCAAAC
1 TATCTCAAAATAGGTTCGATTCAAAATTTGAAAATTCCTAAACTTAATCTAAGCTCAAAC
227129 TATCTCAAAATAGGTT
1 TATCTCAAAATAGGTT
227145 TCATTTTAAA
Statistics
Matches: 61, Mismatches: 13, Indels: 2
0.80 0.17 0.03
Matches are distributed among these distances:
58 37 0.61
59 2 0.03
60 22 0.36
ACGTcount: A:0.38, C:0.16, G:0.10, T:0.36
Consensus pattern (60 bp):
TATCTCAAAATAGGTTCGATTCAAAATTTGAAAATTCCTAAACTTAATCTAAGCTCAAAC
Found at i:227214 original size:180 final size:178
Alignment explanation
Indices: 226915--227242 Score: 410
Period size: 180 Copynumber: 1.8 Consensus size: 178
226905 TGATTTAAAA
* *
226915 AAAATTAAAATTCCTAGATTTAACCTAGGCTCAACTTATCTCAAAACAGGTTCAATTTAAAAATT
1 AAAATTAAAATTCCTAGACTTAACCTAAGCTCAACTTATCTCAAAACAGGTTCAATTTAAAAATT
* * * * * * *
226980 TGAAGTTATTAGGCTTAATCCTGGCTTGACTTATCTTAAAATAGGTTCGATTT-AAAATTTGAAA
66 TGAAGTTATTAGACTTAATCCTGACTTGACGTATCTCAAAACAGATTCGATTTAAAAAATTG-AA
* *
227044 ATTCCTAAATTTAATCTAGGTTCAACCTATCTCAATACAGGTTCGATTC
130 AGTCCTAAACTTAATCTAGGTTCAACCTATCTCAATACAGGTTCGATTC
* * * * *
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1 AAAATTAAAATTCCTAGACTTAACCTAAGCTC-AACTTATCTCAAAACAGG-TTCAATTT-AAAA
* * *
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*
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* ** *
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*
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********** ****
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* *
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66 T
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TATTAA
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* *
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* * **
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* **** *
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********* *
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** *
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234453 NNNNNNNNNN
*
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** *
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TTAATTAAGTTATTGGGCCTAATTGATTAAATTTGT
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131 TG
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66 AATTGAACTTGATGTGGTTCCTAGCATTGTTGATCCTATAACTTTGTACTATGACAACAATGAAG
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TG
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TATAAA
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* *
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* *
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*
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1 TTTTTT
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267183 TTTATTATTTTTTATTATATTA
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1 TTTTTTT
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TTTTTTTTTC
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*
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* *
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* * * * * *
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* * *
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* * * * * * ** * * *
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* * *
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* * *
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* * * **
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* * *
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* * * * * ** * * * *
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1 TGCCAACATAACTGGACTTATACATCTTGGATGCCAGCTAAATTGGGCTTAAACTCTTTTG
* * * * * **
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* * * * * * * *
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* * * * * * *
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* * * * * *
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** * * ** * * *
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* * * * *
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*** * * * * *
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* * * * * *
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* * * * * *
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* * * * *
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* * * ** *
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267546 TAAACATTTC
** * * * * ** * *
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* *
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* * * *
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* * * **
267744 GTGCCAACGTAACTAGA-TTATAC-TACTTGAATGCTTGCTAAATTGGGCTTAAA-T-C-
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* * * * *
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** * * * * * ** * * *
267862 TTATGCCAACACAACTAGATTTATACTTCTTGGATACCAATTTAATTGGGTTTAAACT-CA
63 TCGTGCCAACATAACTGGACTTATACATCTTGGATGCCAGCTAAATTGGGCTTAAACTCCT
** *** * * *
267922 TTCGTGCCAATACAACTGGACTTATACATCTTGGATGCCAGTTTAATTGGGCTTAAACTCATTCA
1 TTTATGCCAACGTAACTGGACTTATACATCTTGGATGCCAGTTAAATTGGGCTTAAACTCTTTCG
* * * * * * * *
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* * * * * * * *
268045 TTTATGCCAACGTAACTAGATTTACACTTCTTGGATGCCCGCTAAATTGGGCTTAACCTCTTTTT
1 TTTATGCCAACGTAACTGGACTTATACATCTTGGATGCCAGTTAAATTGGGCTTAAACTC-TTTC
* * * * * *
268110 GTGCCAACATAACTAGACTTATACTTCTTAGATGCCAGTTTAATTAGGCTTAAACTCCT
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* * * * * * *
268169 TTTGTGCCAATGTAACTAGACTTATACTTCTTGGATGCCAATTTAATTGGGCTTAAACTCATTCG
1 TTTATGCCAACGTAACTGGACTTATACATCTTGGATGCCAGTTAAATTGGGCTTAAACTCTTTCG
* * * * *
268234 TGCCAACACAACTGGACTTATGCATCTTGGAAGCTAGCTAAATTGGGCTTAAACTCTT
66 TGCCAACATAACTGGACTTATACATCTTGGATGCCAGCTAAATTGGGCTTAAACTCCT
* * * * * * * *
268292 TTTATGCCAATGCAACTAGACTTATACTTATTGGATTCCAGTCAAATTGGGCTTAAAATCTTTTC
1 TTTATGCCAACGTAACTGGACTTATACATCTTGGATGCCAGTTAAATTGGGCTTAAACTC-TTTC
* * * * * *
268357 GTGCCAACATAATTGGACTTACACATCTTGGATGCTAGATAAACTGGGCTTAAACTCTT
65 GTGCCAACATAACTGGACTTATACATCTTGGATGCCAGCTAAATTGGGCTTAAACTCCT
* * * * * *
268416 TTTATGCTAGCGTAGCTAGG-CTTAAACAT-TTAGGATGCTAGCTAAATTGGGCTTAAACTCTTT
1 TTTATGCCAACGTAACT-GGACTTATACATCTT-GGATGCCAGTTAAATTGGGCTTAAACTCTTT
* * * * * *
268479 TGTGTCAACATAACTGGAATTATACTTCTTGGATGCTAGCTTAATTGGGCTTAATA-T-CT
64 CGTGCCAACATAACTGGACTTATACATCTTGGATGCCAGCTAAATTGGGCTTAA-ACTCCT
* * * * *
268538 TTTGTGCCAACGTAACTAGACTTATACTTCTTGGATGCCAATTAACTTGGGCTTAAA
1 TTTATGCCAACGTAACTGGACTTATACATCTTGGATGCCAGTTAAATTGGGCTTAAA
268595 ACCTCTCATG
Statistics
Matches: 741, Mismatches: 156, Indels: 39
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Matches are distributed among these distances:
119 2 0.00
120 68 0.09
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TGCCAACATAACTGGACTTATACATCTTGGATGCCAGCTAAATTGGGCTTAAACTCCT
Found at i:267990 original size:30 final size:30
Alignment explanation
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267888 TTCTTGGATA
* *
267898 CCAATTTAATTGGGTTTAAACTCATTCGTG
1 CCAATTTAATTGGGCTTAAACTCATTCATG
** * * * *
267928 CCAATACAACTGGACTTATACATC-TTGGATG
1 CCAATTTAATTGGGCTTAAAC-TCATT-CATG
*
267959 CCAGTTTAATTGGGCTTAAACTCATTCATG
1 CCAATTTAATTGGGCTTAAACTCATTCATG
267989 CCAA
1 CCAA
267993 CACAACTTGA
Statistics
Matches: 46, Mismatches: 16, Indels: 6
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Matches are distributed among these distances:
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Found at i:268292 original size:247 final size:245
Alignment explanation
Indices: 267601--268594 Score: 980
Period size: 247 Copynumber: 4.0 Consensus size: 245
267591 TGCTAGTTTC
* * * * * *
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* *
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66 GGGCTTAAACTCCTTTTATGCCAACATAACTAGACTTATACATCTTGGATGCCAGTTAAATTGGG
** * ** * *
267730 CTTAAACGTTTTTTGTGCCAACGTAACTAGA-TTATAC-TACTT-GAATGCTTGCTAAATTGGGC
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* * * * * *
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** * * * * * *
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1 ATTGGGCTTAAACTCTTTTCGTGCCAACATAACTAGACTTATACATCTTGGATGCCAGTTAAATT
* * ** * * * *
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66 GGGCTTAAACTCCTTTTATGCCAACATAACTAGACTTATACATCTTGGATGCCAGTTAAATTGGG
* * * * * * * * *
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131 CTTAAACTCATTCGTGCCAACACAACTGGACTTATACATCTTGGAAGCTAGCTAAATTGGGCTTA
* * *
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* * * * *
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1 ATTGGGCTTAAACTCTTTTCGTGCCAACATAACTAGACTTATACATCTTGGATGCCAGTTAAATT
* * ** * * *
268155 AGGCTTAAACTCCTTTTGTGCCAATGTAACTAGACTTATACTTCTTGGATGCCAATTTAATTGGG
66 GGGCTTAAACTCCTTTTATGCCAACATAACTAGACTTATACATCTTGGATGCCAGTTAAATTGGG
*
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131 CTTAAACTCATTCGTGCCAACACAACTGGACTTATACATCTTGGAAGCTAGCTAAATTGGGCTTA
* * * *
268285 AACTCTTTTTATGCCAATGCAACTAGACTTATACTTATTGGATTCCAG-TCAA
196 AA-TC-TTTTATGCCAACGTAACTAGACTTATACTTCTTGGATGCCAGCT-AA
* * * * * * *
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1 ATTGGGCTTAAACTCTTTTCGTGCCAACATAACTAGACTTATACATCTTGGATGCCAGTTAAATT
* * * * * * * * *
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66 GGGCTTAAACTCCTTTTATGCCAACATAACTAGACTTATACATCTT-GGATGCCAGTTAAATTGG
* * * * * * * *
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130 GCTTAAACTCATTCGTGCCAACACAACTGGACTTATACATCTTGGAAGCTAGCTAAATTGGGCTT
* **
268531 AATATCTTTTGTGCCAACGTAACTAGACTTATACTTCTTGGATGCCAATTAA
195 AA-ATCTTTTATGCCAACGTAACTAGACTTATACTTCTTGGATGCCAGCTAA
*
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ATTGGGCTTAAACTCTTTTCGTGCCAACATAACTAGACTTATACATCTTGGATGCCAGTTAAATT
GGGCTTAAACTCCTTTTATGCCAACATAACTAGACTTATACATCTTGGATGCCAGTTAAATTGGG
CTTAAACTCATTCGTGCCAACACAACTGGACTTATACATCTTGGAAGCTAGCTAAATTGGGCTTA
AATCTTTTATGCCAACGTAACTAGACTTATACTTCTTGGATGCCAGCTAA
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TTTTTTCTTT
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*
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TCTTATTTTTCCTCTTTTT
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**
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* * * *
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* ***
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*
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AGAAGTTT
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* * *
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TTTAAGTTATTTTAGTTAAAT
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* * *
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* * * * *
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** * *
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* *
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TACTCAATCCACTTTACAAAAAATCATGAGAAATAGAGACA
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* * * * *
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*
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* * *
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* * * * * * * *
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* *
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TGATGCCACTCATTAGGAGATTACTTGGGTGATGACTATCATTA
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* * * * *
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*
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* * *
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* *
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* *
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TACTCTGGGTGATGACTACATCA
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**
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1 AATAAAATAATAAATT
293271 AA
1 AA
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* *
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* *
297219 AAATATTAGTTATTGGTCATCCAATTTATCTCTAAATAAATCAAAATAATTTGGAGATAATTATC
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* ** * * *
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AAAATTAGTTATTGGTCATCCAATTTATCTCTAAATAAATTAAAATAATTTAGAGATAATTATCA
TATTTTTGACCAATC
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*
297622 TTGGGAGGTATTCGAAG
1 TTGGGAGGCATTCGAAG
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*
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* *
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* * *
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* *
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*
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* * * *
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* * *
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*
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* * *
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1 AAAAAAAAAG
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Statistics
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Found at i:305873 original size:36 final size:37
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305809 TCTAAATTGT
*
305819 GTGCTAGTATAAAGAGCA-CCTCCCAAGGATCAA-CAA
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* *
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*
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*
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Statistics
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305801 ATGGTGATTC
* *
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* *
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* ***
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Statistics
Matches: 94, Mismatches: 9, Indels: 1
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TCCAAGGATAA
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* *
306717 ATAGTTTTACTACAATATACTTCTTTAA
1 ATAGTTTTATTGCAATATACTTCTTTAA
****
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1 ATAGTTTTATTGCAATATACTTCTTTAA
* * *
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*
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ATAGTTTTATTGCAATATACTTCTTTAA
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* *
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* * * *
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ATTTGAGATAATATTTATATTTTGACCAATCAAAATTAGTTATTGGTCATCCAATTTATCTCTAA
ATAAATCAAAATA
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* * ** * * * * ** **
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AAAATTAGTTATTGGTCATCCAATTTATCTCTAAATAAATC
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* *
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* * *
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* * *
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* **
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* * **
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* *********
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** *
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* ** ** *
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* * *
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66 AAACTT
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308955 ATNNNNNNNN
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AAACTT
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* ** *
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*
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*
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**
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* *
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* * *
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*
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* * * * *
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1 CATCACATAATTAGTT
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Statistics
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Done.