Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: NW_018397323.1 Herrania umbratica cultivar Fairchild unplaced genomic scaffold, ASM216827v2 scaffold_416.0, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000
Length: 65171
ACGTcount: A:0.29, C:0.10, G:0.09, T:0.30
Warning! 14410 characters in sequence are not A, C, G, or T
Found at i:717 original size:170 final size:170
Alignment explanation
Indices: 346--1143 Score: 788
Period size: 170 Copynumber: 4.7 Consensus size: 170
336 NNNNNNNNNN
* * * *
346 TGATTTTAAGTTA-AATTTTTTTATATTTTTTATTAAAATAGATTATAATTGATTCTCTATCTCA
1 TGATTTTAAG-TAGAA-TTTTTTATATTTTTTATTAAAATAGATTATAATTGAATGTCTACCTTA
* * * *
410 AGAAACATAAAGAAAAAGATATCCATTGTCAAGAAAAG-TCTATTTATAGTCACCCATGACTACG
64 AGAAACATGAAGAAAAAGATATCCATTGGCAAGAAAAGTTC-ATTTATAGTCACCCATGACTTCA
*
474 AAAGCCTTATTACATGCTTTAAATAATTTTATAAATGC--ATAAT
128 AAAGCCTTATTACACGCTTTAAATAATTTTAT-AAT-CTTATAAT
* * * * * *
517 TTATTTTAACTTGAACTTTTTCACATTTTTTATTAAAATAGATTATAATTGAATGTTTACCTTAA
1 TGATTTTAAGTAGAA-TTTTTTATATTTTTTATTAAAATAGATTATAATTGAATGTCTACCTTAA
* * * *
582 GAAACATGAAG-AAAAGATAGCCATTGGCAAGATAAGTTCATTTATAGCCACCCATGCCTTCAAA
65 GAAACATGAAGAAAAAGATATCCATTGGCAAGAAAAGTTCATTTATAGTCACCCATGACTTCAAA
********** **
646 AGCCTTANNNNNNNNNNTAAATGTTTTTATAATCTTATAAT
130 AGCCTTATTACACGCTTTAAATAATTTTATAATCTTATAAT
* *
687 TGATTTTAAGTAGAATTCTTTTATATTTTTTATTAAAATAGATTATAATTGAATATCTACCTCAA
1 TGATTTTAAGTAGAATT-TTTTATATTTTTTATTAAAATAGATTATAATTGAATGTCTACCTTAA
* * * * * * * **
752 AAAACATGAA-AATAAAGATATCCATTCGTAAGAAAAGTCCATTTACAGTTACCTATGACTTTGA
65 GAAACATGAAGAA-AAAGATATCCATTGGCAAGAAAAGTTCATTTATAGTCACCCATGACTTCAA
* **
816 AAGCCTTATTACACGCTTTATATAATTTTATAATCGCATAAT
129 AAGCCTTATTACACGCTTTAAATAATTTTATAATCTTATAAT
* * * *
858 TGATTTTAAGTTGAATTTTTT-TACTTTTTTATTAAAACAAATTATAATTGAATGTCTA-CTTCT
1 TGATTTTAAGTAGAATTTTTTATA-TTTTTTATTAAAATAGATTATAATTGAATGTCTACCTT-A
** * * *
921 AGAAATGTGAAGAAAAAGTTATCCATTGGCAAGAAAAGTTCATTTATAGTCACTCATGCCTTCAA
64 AGAAACATGAAGAAAAAGATATCCATTGGCAAGAAAAGTTCATTTATAGTCACCCATGACTTCAA
* * * ** *
986 AAACCTTATTACTCACTTTAAATGTTTTTATAATCTTCTAAT
129 AAGCCTTATTACACGCTTTAAATAATTTTATAATCTTATAAT
* * * * *
1028 TGATTTTAAGTTA-AATTCTTTCAT-TATTTTTATTAAAACATATGATAATTGAATGTCTACCAT
1 TGATTTTAAG-TAGAATT-TTTTATAT-TTTTTATTAAAATAGATTATAATTGAATGTCTACCTT
* * * *
1091 GAGAAACGTGAAGAAAAAGATATCCATTGGTAAGAAAAGTCCATTTATAGTCA
63 AAGAAACATGAAGAAAAAGATATCCATTGGCAAGAAAAGTTCATTTATAGTCA
1144 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 506, Mismatches: 106, Indels: 30
0.79 0.17 0.05
Matches are distributed among these distances:
168 1 0.00
169 9 0.02
170 262 0.52
171 231 0.46
172 3 0.01
ACGTcount: A:0.38, C:0.12, G:0.10, T:0.39
Consensus pattern (170 bp):
TGATTTTAAGTAGAATTTTTTATATTTTTTATTAAAATAGATTATAATTGAATGTCTACCTTAAG
AAACATGAAGAAAAAGATATCCATTGGCAAGAAAAGTTCATTTATAGTCACCCATGACTTCAAAA
GCCTTATTACACGCTTTAAATAATTTTATAATCTTATAAT
Found at i:969 original size:341 final size:339
Alignment explanation
Indices: 346--1143 Score: 1005
Period size: 341 Copynumber: 2.3 Consensus size: 339
336 NNNNNNNNNN
* * * *
346 TGATTTTAAGTTAAATTTTTTTATATTTTTTATTAAAATAGATTATAATTGATTCTCTATCTCAA
1 TGATTTTAAGTTAAATTCTTTTATATTTTTTATTAAAATAGATTATAATTGAATATCTACCTCAA
* * *
411 GAAACATAAAGAAAAAGATATCCATTGTCAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACCCATGACTACGAA
66 GAAACATGAA-AAAAAGATATCCATTGT-AAGAAAAGTCCATTTACAGTCACCCATGACTACGAA
* *
476 AGCCTTATTACATGCTTTAAATAATTTTATAAATGCATAATTTATTTTAACTTGAACTTTTTCAC
129 AGCCTTATTACACGCTTTAAATAATTTTATAAATGCATAATTGATTTTAACTTGAACTTTTTCAC
* * *
541 ATTTTTTATTAAAATAGATTATAATTGAATGTTTACCTTAAGAAACATGAAGAAAAGATAGCCAT
194 ATTTTTTATTAAAACAAATTATAATTGAATGTCTACCTTAAGAAACATGAAGAAAAGATAGCCAT
* * **********
606 TGGCAAGATAAGTTCATTTATAGCCACCCATGCCTTCAAAAGCCTTANNNNNNNNNNTAAATGTT
259 TGGCAAGAAAAGTTCATTTATAGCCACCCATGCCTTCAAAAACCTTATTACTCACTTTAAATGTT
671 TTTATAATCTTATAAT
324 TTTATAATCTTATAAT
687 TGATTTTAAG-TAGAATTCTTTTATATTTTTTATTAAAATAGATTATAATTGAATATCTACCTCA
1 TGATTTTAAGTTA-AATTCTTTTATATTTTTTATTAAAATAGATTATAATTGAATATCTACCTCA
* * * **
751 AAAAACATGAAAATAAAGATATCCATTCGTAAGAAAAGTCCATTTACAGTTACCTATGACTTTGA
65 AGAAACATGAAAA-AAAGATATCCATT-GTAAGAAAAGTCCATTTACAGTCACCCATGACTACGA
* * * *
816 AAGCCTTATTACACGCTTTATATAATTTTAT-AATCGCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTT
128 AAGCCTTATTACACGCTTTAAATAATTTTATAAAT-GCATAATTGATTTTAACTTGAACTTTTTC
* ** * *
880 AC-TTTTTTATTAAAACAAATTATAATTGAATGTCTA-CTTCTAGAAATGTGAAGAAAAAGTTAT
192 ACATTTTTTATTAAAACAAATTATAATTGAATGTCTACCTT-AAGAAACATGAAG-AAAAGATAG
* *
943 CCATTGGCAAGAAAAGTTCATTTATAGTCACTCATGCCTTCAAAAACCTTATTACTCACTTTAAA
255 CCATTGGCAAGAAAAGTTCATTTATAGCCACCCATGCCTTCAAAAACCTTATTACTCACTTTAAA
*
1008 TGTTTTTATAATCTTCTAAT
320 TGTTTTTATAATCTTATAAT
* * * * *
1028 TGATTTTAAGTTAAATTCTTTCAT-TATTTTTATTAAAACATATGATAATTGAATGTCTACCAT-
1 TGATTTTAAGTTAAATTCTTTTATAT-TTTTTATTAAAATAGATTATAATTGAATATCTACC-TC
* * *
1091 GAGAAACGTGAAGAAAAAGATATCCATTGGTAAGAAAAGTCCATTTATAGTCA
64 AAGAAACATGAA-AAAAAGATATCCATT-GTAAGAAAAGTCCATTTACAGTCA
1144 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 395, Mismatches: 52, Indels: 20
0.85 0.11 0.04
Matches are distributed among these distances:
339 3 0.01
340 49 0.12
341 336 0.85
342 7 0.02
ACGTcount: A:0.38, C:0.12, G:0.10, T:0.39
Consensus pattern (339 bp):
TGATTTTAAGTTAAATTCTTTTATATTTTTTATTAAAATAGATTATAATTGAATATCTACCTCAA
GAAACATGAAAAAAAGATATCCATTGTAAGAAAAGTCCATTTACAGTCACCCATGACTACGAAAG
CCTTATTACACGCTTTAAATAATTTTATAAATGCATAATTGATTTTAACTTGAACTTTTTCACAT
TTTTTATTAAAACAAATTATAATTGAATGTCTACCTTAAGAAACATGAAGAAAAGATAGCCATTG
GCAAGAAAAGTTCATTTATAGCCACCCATGCCTTCAAAAACCTTATTACTCACTTTAAATGTTTT
TATAATCTTATAAT
Found at i:4650 original size:172 final size:162
Alignment explanation
Indices: 4462--4795 Score: 348
Period size: 172 Copynumber: 2.0 Consensus size: 162
4452 TTTTCATGAA
*
4462 AATAGATTACAATTGAATGTCTACCTCAAGAAACGTAAAGAAAAAGATATCTATTGGCAA-AAAT
1 AATAGACTACAATTGAATGTCTACCTCAAGAAACGTAAAGAAAAAGATATCTATTGGCAAGAAA-
* * * * *
4526 ATATCCATTTATAATCACTCATGCCTTTGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGA-TTTTCTAAC
65 A-ATCCATTTATAACCACCCATGCCTTCGAAAACCTTATTACTCGCTTTAAATGATTTTTATAAC
* * *
4590 CTCATAATTGATTTTATGTTGAATTTTTTTATAT
129 CTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTCTTTTATAT
* * * * * *
4624 NNNNNNNNNNAATAGACTATAATTGAATGTCTACCTTAGGAAACGTCAGGAAAGAGATATCTATT
1 ----------AATAGACTACAATTGAATGTCTACCTCAAGAAACGTAAAGAAAAAGATATCTATT
* * * * *
4689 GGTAAGAAAAGTCTATTTATAGCCACCCATGCCTTCGAAAACCTTGTTACTCGCTTTAAATGATT
56 GGCAAGAAAAATCCATTTATAACCACCCATGCCTTCGAAAACCTTATTACTCGCTTTAAATGATT
* *
4754 TTTATAATCTTATAATTGATTTTAAGTTAAATTCTTTTATAT
121 TTTATAACCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTCTTTTATAT
4796 TTTTCATTAA
Statistics
Matches: 138, Mismatches: 22, Indels: 4
0.84 0.13 0.02
Matches are distributed among these distances:
171 45 0.33
172 90 0.65
173 3 0.02
ACGTcount: A:0.34, C:0.14, G:0.12, T:0.37
Consensus pattern (162 bp):
AATAGACTACAATTGAATGTCTACCTCAAGAAACGTAAAGAAAAAGATATCTATTGGCAAGAAAA
ATCCATTTATAACCACCCATGCCTTCGAAAACCTTATTACTCGCTTTAAATGATTTTTATAACCT
CATAATTGATTTTAAGTTAAATTCTTTTATAT
Found at i:4824 original size:172 final size:172
Alignment explanation
Indices: 3991--5605 Score: 1081
Period size: 171 Copynumber: 9.5 Consensus size: 172
3981 NNNNNNNNNN
**
3991 AAAAGATATCTATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAACCACCCATGCCTTCAAAATCCTTATTACT
1 AAAAGATATCTATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCAAAA-CCTTATTACT
* * * ***********
4056 TGCTTTAAATAATTTTTATAACCTTATAATTGATTTTNNNNNNNNNNCTTTTATATTTTTTATTA
65 CGCTTTAAATGATTTTTATAATCTTATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTTATTA
* * * *
4121 AAACAGATTATAATTGAATATGTACC-TCGAGAAACAT-AAGGA
130 AAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTTAGAGAAACGTGAA-GA
* ********** *
4163 AAAAGATAT-TCATTGGTAAGAAAAGTNNNNNNNNNNTCACCCATGCCTTCGAAAGCCTTATTAC
1 AAAAGATATCT-ATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTC-AAAACCTTATTAC
* * ** * * **********
4227 AT-GCTTT-AAGGAATTTTATAATCGCATAATTAATTTTAAGTTAAATTTTNNNNNNNNNNTTAT
64 -TCGCTTTAAATGATTTTTATAATCTTATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTTAT
* *
4290 TAAAACAGATTATAATTGAATTTCGACCTTA-AGAAACGTGAAGA
128 TAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTTAGAGAAACGTGAAGA
********** ** *
4334 AAAAGATANNNNNNNNNNAGAAAAGTCCATTTATAACCACCCATGCTTTCAAAAGCCTTATTACT
1 AAAAGATATCTATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCAAAA-CCTTATTACT
* * * * *
4399 CGC--TAAAT-ATTTTTCTTAT-TTGATAGTTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTCATG
65 CGCTTTAAATGATTTTTATAATCTT-ATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTTATT
* * * *
4460 AAAATAGATTACAATTGAATGTCTACCTCA-AGAAACGTAAAGA
129 AAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTTAGAGAAACGTGAAGA
* * * * *
4503 AAAAGATATCTATTGGCAA-AAATATATCCATTTATAATCACTCATGCCTTTGAAAGCCTTATTA
1 AAAAGATATCTATTGGCAAGAAA-A-GTCCATTTATAGTCACCCATGCC-TTCAAAACCTTATTA
* * * * *******
4567 CTCGCTTTAAATGA-TTTTCTAACCTCATAATTGATTTTATGTTGAATTTTTTTATATNNNNNNN
63 CTCGCTTTAAATGATTTTTATAATCTTATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTTAT
*** * * * *
4631 NNNAATAGACTATAATTGAATGTCTACCTTAG-GAAACGTCAGGA
128 TAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTTAGAGAAACGTGAAGA
* * * * *
4675 AAGAGATATCTATTGGTAAGAAAAGTCTATTTATAGCCACCCATGCCTTCGAAAACCTTGTTACT
1 AAAAGATATCTATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTC-AAAACCTTATTACT
* * *
4740 CGCTTTAAATGATTTTTATAATCTTATAATTGATTTTAAGTTAAATTCTTTTATATTTTTCATTA
65 CGCTTTAAATGATTTTTATAATCTTATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTTATTA
* * * * *
4805 AAACAGATTATAGTTGAATGTCTACC-TCGATAAACATGAAAA
130 AAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTTAGAGAAACGTGAAGA
* * * **
4847 AAAAGATATCCATTGGCAAGAAAACTCCATTTATAGTCACCCACAG-CTTCAAAAGTTTTATTAC
1 AAAAGATATCTATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCA-TGCCTTCAAAA-CCTTATTAC
* ********** *
4911 TCGCTTTAAAT-ATTTTTTTAAT-TTCATAATTNNNNNNNNNNTGACTTTTTTTATATTTTTTAT
64 TCGCTTTAAATGATTTTTATAATCTT-ATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTTAT
* ** *
4974 TCAAACAGATTATAATTGAATGTCTGGCTT-GAGAAATGTGAAGA
128 TAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTTAGAGAAACGTGAAGA
* * * *********
5018 AAAAGATAT-TCATTGGTAAGAAAAGTCCATTTATAGCCACCCATACCTNNNNNNNNNNTATTAC
1 AAAAGATATCT-ATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCT-TCAAAACCTTATTAC
* *
5082 TCACTTTAAATG-TTTTTATAATCTTATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATA-ATTTTATT
64 TCGCTTTAAATGATTTTTATAATCTTATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTTATT
**
5145 AAAACAGATTATAATTGAATACCTACCTT-GAGAAACGTGAAGA
129 AAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTTAGAGAAACGTGAAGA
* * * ** **
5188 AAAGGATAT-TCATTGACAAGAAAAGTCTC-TTT-TTGTCACCCACACCTTCAAAGGTCTTATTA
1 AAAAGATATCT-ATTGGCAAGAAAAGTC-CATTTATAGTCACCCATGCCTTCAAA-ACCTTATTA
** * * *
5250 CTCGCTTGGAAT-ATTTTTCTAAT-TTCATAATTGATTTAAAGTTGAGTTTTTTTATATTTTTTA
63 CTCGCTTTAAATGATTTTTATAATCTT-ATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTTA
* * *
5313 TTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTTCCTCA-AGAAACGTGAAGG
127 TTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTTAGAGAAACGTGAAGA
* * * * * * *
5358 CAAAGATATCTATT-G-ATAGAAAAAGTCCATTTACAGTCATCCAAGCCTTCGAAAGCCTTGTAA
1 AAAAGATATCTATTGGCA-AG-AAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTC-AAAACCTTATTA
* * ** * * *
5421 CTCACTTTAAATGA-TTTTATAATCTCATAATCAATTTTAAGTTGAAATGTTTTACATTTTTTAT
63 CTCGCTTTAAATGATTTTTATAATCTTATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTTAT
* * * *
5485 TAAAATAGATTATAACTGAATGTCTACCTT-GAGAGACATGAA-A
128 TAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTTAGAGAAACGTGAAGA
* * * ** * *
5528 AAAA-ATATCCATTGACAAGAAAAGTCCAATTAT-GATCACCCACACCTACAAAATCTTTATTAC
1 AAAAGATATCTATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAG-TCACCCATGCCTTCAAAA-CCTTATTAC
5591 TCGCTTTAAAT-ATTT
64 TCGCTTTAAATGATTT
5606 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 1087, Mismatches: 305, Indels: 105
0.73 0.20 0.07
Matches are distributed among these distances:
168 11 0.01
169 194 0.18
170 182 0.17
171 411 0.38
172 279 0.26
173 10 0.01
ACGTcount: A:0.35, C:0.14, G:0.11, T:0.36
Consensus pattern (172 bp):
AAAAGATATCTATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCAAAACCTTATTACTC
GCTTTAAATGATTTTTATAATCTTATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTTATTAA
AACAGATTATAATTGAATGTCTACCTTAGAGAAACGTGAAGA
Found at i:5309 original size:340 final size:337
Alignment explanation
Indices: 4286--5605 Score: 1071
Period size: 340 Copynumber: 3.9 Consensus size: 337
4276 NNNNNNNNNN
* * *******
4286 TTATTAAAACAGATTATAATTGAATTTC-GACCTTAAGAAACGTGAAGAAAAAGATANNNNNNNN
1 TTATTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTG-CCTCAAGAAACGTGAAGAAAAAGATA-TCTATTG
** * * * * * * *
4350 NNAG-AAAAGTCCATTTATAACCACCCATGCTTTCAAAAGCCTTATTACTCGC--TAAATATTTT
64 ATAGAAAAAGTCCATTTACAGCCACCCAAGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGTTTT
* * * * * * *
4412 TCTTAT-TTGATAGTTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTCATGAAAATAGATTACAATT
129 TATAATCTT-ATAATTGATTTTAAGTTGAATTCTTTTATATTTTT-ATTAAAACAGATTATAATT
** * * * * * **
4476 GAATGTCTACCTCAAGAAACGTAAAGAAAAAGATATCTATTGGCAA-AAATATATCCATTTATAA
192 GAATGTCTACCTTGAGAAACAT-GA-AAAAAGATATCCATTGACAAGAAA-A-GTCCATTT-TTG
* ** * * **
4540 TCACTCATGCCTTTGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGA-TTTTCTAACCTCATAATTGATTT
252 TCACCCACACC-TTCAAAGTCTTATTACTCGCTTTAAAT-ATTTTTCTAATTTCATAATTGATTT
* * * ***
4604 TATGTTGAATTTTTTTATATNNN
315 AAAGTTGACTTTTTTTATATTTT
******* * * * * * * * * *
4627 NNNNNNNAATAGACTATAATTGAATGTCTACCTTAGGAAACGTCAGGAAAGAGATATCTATTGGT
1 TTATTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTGCCTCAAGAAACGTGAAGAAAAAGATATCTATTGAT
* * * * * *
4692 A-AGAAAAGTCTATTTATAGCCACCCATGCCTTCGAAAACCTTGTTACTCGCTTTAAATGATTTT
66 AGA-AAAAGTCCATTTACAGCCACCCAAGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATG-TTTT
* *
4756 TATAATCTTATAATTGATTTTAAGTTAAATTCTTTTATATTTTTCATTAAAACAGATTATAGTTG
129 TATAATCTTATAATTGATTTTAAGTTGAATTCTTTTATATTTTT-ATTAAAACAGATTATAATTG
* * * * *
4821 AATGTCTACCTCGATAAACATGAAAAAAAAGATATCCATTGGCAAGAAAACTCCATTTATAGTCA
193 AATGTCTACCTTGAGAAACATG--AAAAAAGATATCCATTGACAAGAAAAGTCCATTT-TTGTCA
* * * *********
4886 CCCACAGCTTCAAAAGTTTTATTACTCGCTTTAAATATTTTTTTAATTTCATAATTNNNNNNNNN
255 CCCACACCTTC-AAAGTCTTATTACTCGCTTTAAATATTTTTCTAATTTCATAATTGATTTAAAG
*
4951 NTGACTTTTTTTATATTTT
319 TTGACTTTTTTTATATTTT
* * ** * *
4970 TTATTCAAACAGATTATAATTGAATGTCTGGCTTGAGAAATGTGAAGAAAAAGATAT-TCATTGG
1 TTATTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTGCCTCAAGAAACGTGAAGAAAAAGATATCT-ATTGA
* **********
5034 TA-AGAAAAGTCCATTTATAGCCACCCATA-CCTNNNNNNNNNNTATTACTCACTTTAAATGTTT
65 TAGA-AAAAGTCCATTTACAGCCACCCA-AGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGTTT
* *
5097 TTATAATCTTATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATAATTTTATTAAAACAGATTATAATTG
128 TTATAATCTTATAATTGATTTTAAGTTGAATTCTTTTATATTTTTATTAAAACAGATTATAATTG
** * *
5162 AATACCTACCTTGAGAAACGTGAAGAAAAGGATATTCATTGACAAGAAAAGTCTC-TTTTTGTCA
193 AATGTCTACCTTGAGAAACATGAA-AAAA-GATATCCATTGACAAGAAAAGTC-CATTTTTGTCA
**
5226 CCCACACCTTCAAAGGTCTTATTACTCGCTTGGAATATTTTTCTAATTTCATAATTGATTTAAAG
255 CCCACACCTTCAAA-GTCTTATTACTCGCTTTAAATATTTTTCTAATTTCATAATTGATTTAAAG
*
5291 TTGAGTTTTTTTATATTTT
319 TTGACTTTTTTTATATTTT
* **
5310 TTATTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTTCCTCAAGAAACGTGAAGGCAAAGATATCTATTGAT
1 TTATTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTGCCTCAAGAAACGTGAAGAAAAAGATATCTATTGAT
* * * * *
5375 AGAAAAAGTCCATTTACAGTCATCCAAGCCTTCGAAAGCCTTGTAACTCACTTTAAATGATTTTA
66 AGAAAAAGTCCATTTACAGCCACCCAAGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGTTTTTA
* ** * * * * *
5440 TAATCTCATAATCAATTTTAAGTTGAAATGTTTTACATTTTTTATTAAAATAGATTATAACTGAA
131 TAATCTTATAATTGATTTTAAGTTGAATTCTTTTATA-TTTTTATTAAAACAGATTATAATTGAA
* * * *
5505 TGTCTACCTTGAGAGACATGAAAAAAAATATCCATTGACAAGAAAAGTCCAATTATGATCACCCA
195 TGTCTACCTTGAGAAACATGAAAAAAGATATCCATTGACAAGAAAAGTCCATTTTTG-TCACCCA
* *
5570 CACCTACAAAATCTTTATTACTCGCTTTAAATATTT
259 CACCTTCAAAGTC-TTATTACTCGCTTTAAATATTT
5606 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 777, Mismatches: 177, Indels: 51
0.77 0.18 0.05
Matches are distributed among these distances:
338 1 0.00
339 33 0.04
340 244 0.31
341 185 0.24
342 50 0.06
343 163 0.21
344 95 0.12
345 6 0.01
ACGTcount: A:0.35, C:0.14, G:0.11, T:0.37
Consensus pattern (337 bp):
TTATTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTGCCTCAAGAAACGTGAAGAAAAAGATATCTATTGAT
AGAAAAAGTCCATTTACAGCCACCCAAGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGTTTTTA
TAATCTTATAATTGATTTTAAGTTGAATTCTTTTATATTTTTATTAAAACAGATTATAATTGAAT
GTCTACCTTGAGAAACATGAAAAAAGATATCCATTGACAAGAAAAGTCCATTTTTGTCACCCACA
CCTTCAAAGTCTTATTACTCGCTTTAAATATTTTTCTAATTTCATAATTGATTTAAAGTTGACTT
TTTTTATATTTT
Found at i:7780 original size:171 final size:161
Alignment explanation
Indices: 7486--7801 Score: 330
Period size: 171 Copynumber: 1.9 Consensus size: 161
7476 NNNNNNNTTT
* * *
7486 TTTATTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTATCTTGTGAAACATGAAGAAAAAGATATCCATTGG
1 TTTATTAAAACAGATTATAATTGAATATCTATCTCGAGAAACATGAAGAAAAAGATATCCATTGG
* * * * * *
7551 CAAAAAAAGTCCATTTATAGCCACTCATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCTATTTAAAT-ATTTT
66 CAAAAAAAGTCCATTTACAGCCACCCATGACTTCAAAAGCCATATTACACGATTTAAATGA-TTT
*
7615 TATAATCTTATAATTGNNNNNNNNNNGAATTCTTTTATATTC
130 TATAATCGTATAATTG----------GAATTCTTTTATATTC
* * ** *
7657 TTTATTAAAACAGATTTTAATTGAATAT-TTTCCTCGAGAAATGTGAAGAAAAAGATATGCATTG
1 TTTATTAAAACAGATTATAATTGAATATCTAT-CTCGAGAAACATGAAGAAAAAGATATCCATTG
* * * * *
7721 GTAAGAAAATTCCATTTACAGTCACCCATGACTTCAAAAGCCATATTACACGCTTTAAATGATTT
65 GCAAAAAAAGTCCATTTACAGCCACCCATGACTTCAAAAGCCATATTACACGATTTAAATGATTT
7786 TATAATCGTATAATTG
130 TATAATCGTATAATTG
7802 ATTTTAAGTT
Statistics
Matches: 123, Mismatches: 20, Indels: 4
0.84 0.14 0.03
Matches are distributed among these distances:
170 2 0.02
171 120 0.98
172 1 0.01
ACGTcount: A:0.37, C:0.14, G:0.11, T:0.35
Consensus pattern (161 bp):
TTTATTAAAACAGATTATAATTGAATATCTATCTCGAGAAACATGAAGAAAAAGATATCCATTGG
CAAAAAAAGTCCATTTACAGCCACCCATGACTTCAAAAGCCATATTACACGATTTAAATGATTTT
ATAATCGTATAATTGGAATTCTTTTATATTC
Found at i:9440 original size:170 final size:170
Alignment explanation
Indices: 9056--10745 Score: 997
Period size: 171 Copynumber: 10.0 Consensus size: 170
9046 NNNNNNNAGG
** * * *
9056 CATGGGTGGTTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATAGATATCTTTTTCTTCACGTTTCTCGACATA
1 CATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTACCAATGGATATCTTTTTCTTCACGTTTCTCGACGTA
* * *
9121 GACATTCAATTATAATCCGTTTTAATAAAAAATATAAAAAAAATTCAACTTGAAATCAATTATGT
66 GACATTCAATTATAAT-TGTTTTAATAAAAAATAT-AAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGA
* * * *
9186 GGTTATAAAATCATTTAAAGTGAGTAACAAAGCTTTCGAAGA
129 GATTATAAAATCATTTAAAGAGAGTAATAAGGCTTTCGAAGA
** * * * *
9228 CATGGGTGGTTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATATCTTTTTCTTCACATTTC-CTGATGT
1 CATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTACCAATGGATATCTTTTTCTTCACGTTTCTC-GACGT
* *
9292 AGACATTCAATTATAACTTGTTTTAAT-AAAAATATAAAAAAATTTAACTTAAAATCAATTATGC
65 AGACATTCAATTATAA-TTGTTTTAATAAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGA
*** *
9356 GATTATAAAATCATTTAAAGCCTGTAATAAGGCTTTCGAAGT
129 GATTATAAAATCATTTAAAGAGAGTAATAAGGCTTTCGAAGA
* ********** * *
9398 CATGGGTGACTGTAANNNNNNNNNNCTTACCAATGGATATCTTTTTCTTCATGTTTCTCGAGGTA
1 CATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTACCAATGGATATCTTTTTCTTCACGTTTCTCGACGTA
* * * * ** *
9463 AATAATCAATTAAAATTGCTTTTAATAAAAAATATAAATGAATTCAACTTAAAATCAATTATAAG
66 GACATTCAATTATAATTG-TTTTAATAAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAG
* * *
9528 ATTATAAAAACGTTTAAAGAGAGTAATAAGGCTTTTGAA-A
130 ATTATAAAATCATTTAAAGAGAGTAATAAGGCTTTCGAAGA
* * * * * * * *
9568 GCATGAGTGGCTATAAATGAAATTTTCTTGCCAATGGATATCTTTTTCTTCATGTTTCT-TAAG-
1 -CATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTACCAATGGATATCTTTTTCTTCACGTTTCTCGACGT
****************************
9631 -GNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNAA-AT-------TT-AACTTAAAATCAATTAT-AC
65 AGACATTCAATTATAATTGTTTTAATAAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGA-
* * *
9685 GATTATAAAATCATTTAAAGCGTGTAATAAGGCTTTCGAAGT
129 GATTATAAAATCATTTAAAGAGAGTAATAAGGCTTTCGAAGA
* ** * *
9727 TATGGGTGACCGTAAATGGACTTTTCTTATCAATGGATATCTTATTT-TTCACATTTCTCGA-GA
1 CATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTACCAATGGATATCTT-TTTCTTCACGTTTCTCGACG-
* * * * * * *
9790 TAAATATTCAATTAAAATATATTTCAATAAAAAATATAAAAAAATTCAAATTAAAATCAATTATA
64 TAGACATTCAATTATAAT-TGTTTTAATAAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATG
* * ** *
9855 AGATTATAAAAACATGTAAAGAGAGTAATAAGGCTTTTAAAGG
128 AGATTATAAAATCATTTAAAGAGAGTAATAAGGCTTTCGAAGA
* * * * * * * *
9898 CATGAGTGGCTATAAATCGACATTTCTTGCCAATGGATATCTTTTTTTTCATGTTTCTC-AAGAT
1 CATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTACCAATGGATATCTTTTTCTTCACGTTTCTCGACG-T
* * *
9962 AGACATTCAATTATAATCTGTTTTAATAAACAATGTAAAAAAATTCTAA-TTCAAATCAATTATG
65 AGACATTCAATTATAAT-TGTTTTAATAAAAAATATAAAAAAATTC-AACTTAAAATCAATTATG
* * * * *
10026 CGTTTATAAAATCATTTAAAGCA-TGTAATAAGGCTTTCGTAGT
128 AGATTATAAAATCATTTAAAG-AGAGTAATAAGGCTTTCGAAGA
* * * * * ** * *
10069 CATGGATGTCTATAAGTAGACTTTTCTTACCAATGGATATCTTTTTCTTTATATTTCTCAAGGTA
1 CATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTACCAATGGATATCTTTTTCTTCACGTTTCTCGACGTA
* * ********** *
10134 GACAGTCAATTATAATCTATTTTAATAAAAAATATAANNNNNNNNNNCTTAAAATCAATTATAAG
66 GACATTCAATTATAAT-TGTTTTAATAAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAG
* * * * *
10199 ATTATAAAAAT-ATTAAAAGCGAGTAATAAGGGTTTTGAAGG
130 ATTAT-AAAATCATTTAAAGAGAGTAATAAGGCTTTCGAAGA
* * ********** * * *
10240 TATGGGTGACTATAAATGAACNNNNNNNNNNAATGGATATCTTTTTCTTCATGTTTC-CTGATGC
1 CATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTACCAATGGATATCTTTTTCTTCACGTTTCTC-GACGT
* * * * * ** ** * *
10304 AGATATTTAATTGTTATCTGTTTTAACAAAAAACGTAGCAAAATTCAATTTAAAATCAATTATTA
65 AGACATTCAATTATAAT-TGTTTTAATAAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGA
********* * *
10369 GATTATAANNNNNNNNNNAA-CGAGTAATAAGGCTTTCGAAGT
129 GATTATAA-AATCATTTAAAGAGAGTAATAAGGCTTTCGAAGA
* * * * * * * * *
10411 CTTAGATAACTATAAATAGAATTTTCTTGCCAATGGATAT-ATTTT-TTCACGTTTCTCGAGGTA
1 CATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTACCAATGGATATCTTTTTCTTCACGTTTCTCGACGTA
* * * * * *
10474 GATATTCACTTATAATCTGTTCTAATAAAATATATAAAAAAATTCTACTTAAAATCAATTATGAA
66 GACATTCAATTATAAT-TGTTTTAATAAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAG
* * * * * * *
10539 ATTAAAAAAAT-ATTTAAGGCGAGTAATAAAGATTTTGAAGG
130 ATT-ATAAAATCATTTAAAGAGAGTAATAAGGCTTTCGAAGA
** * * ** * * * *
10580 TGTGGGTGACCATAAATGGACTTTCCTTGTCAATTGATATCTTTTTTTTCACGTTTCTCAAGGTA
1 CATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTACCAATGGATATCTTTTTCTTCACGTTTCTCGACGTA
* * *
10645 GACATTCAATTATAACCTGTTTTAATACAAAATATAAAAAAATTCAACCTAAAATCAATTATGCA
66 GACATTCAATTATAA-TTGTTTTAATAAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATG-A
* *
10710 -ATTATAAAATCATTTAAAGCGTGTAATAAGGCTTTC
129 GATTATAAAATCATTTAAAGAGAGTAATAAGGCTTTC
10746 AANNNNNNNN
Statistics
Matches: 1127, Mismatches: 348, Indels: 87
0.72 0.22 0.06
Matches are distributed among these distances:
157 1 0.00
158 96 0.09
159 6 0.01
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163 2 0.00
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168 1 0.00
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170 153 0.14
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173 1 0.00
ACGTcount: A:0.37, C:0.11, G:0.12, T:0.35
Consensus pattern (170 bp):
CATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTACCAATGGATATCTTTTTCTTCACGTTTCTCGACGTA
GACATTCAATTATAATTGTTTTAATAAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGA
TTATAAAATCATTTAAAGAGAGTAATAAGGCTTTCGAAGA
Found at i:10188 original size:342 final size:337
Alignment explanation
Indices: 9066--10745 Score: 1196
Period size: 342 Copynumber: 5.0 Consensus size: 337
9056 CATGGGTGGT
* * * * ** *
9066 TATAAATGGACTTTTCTTGCCAATAGATATCTTTTTCTTCACGTTTCTCGACATAGACATTCAAT
1 TATAAATAGACTTTTCTTACCAATGGATATCTTTTT-TTCACATTTCTCGAGGTAGATATTCAAT
** * ** *
9131 TATAATCCGTTTTAATAAAAAATATAAAAAAAATTCAACTTGAAATCAATTATGTGGTTAT-AAA
65 TATAATCTATTTTAATAAAAAATAT-AAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATAAGATTATAAAA
* * * * * ** **
9195 ATCATTTAAAGTGAGTAACAAAGCTTTCGAAGACATGGGTGGTTATAAATGGACTTTTCTTGCCA
129 AT-A-TTAAAGCGAGTAATAAGGATTTTGAAGGTATGGGTGACTATAAAT-GAC-TTTCTTGCCA
* * ** * *
9260 ATGAATATCTTTTTCTTCACATTTCCTGATG-TAGACATTCAATTATAA-CTTGTTTTAATAAAA
190 ATGGATATCTTTTTTTTCATGTTT-CTCAAGATAGACATTCAATTATAATC-TGTTTTAATAAAA
* * *
9323 ATATAAAAAAATTTAACTTAAAATCAATTATGCGATTATAAAATCATTTAAAGCCTGTAATAAGG
253 ATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGCGATTATAAAATCATTTAAAGCATGTAATAAGG
*
9388 CTTTCGAAGTCATGGGTGAC
318 CTTTCGAAGTCATGGATGAC
* ********** ** * *
9408 TGTAANNNNNNNNNNCTTACCAATGGATATCTTTTTCTTCATGTTTCTCGAGGTAAATAATCAAT
1 TATAAATAGACTTTTCTTACCAATGGATATCTTTTT-TTCACATTTCTCGAGGTAGATATTCAAT
* * **
9473 TAAAAT-TGCTTTTAATAAAAAATATAAATGAATTCAACTTAAAATCAATTATAAGATTATAAAA
65 TATAATCT-ATTTTAATAAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATAAGATTATAAAA
* * * * * * *
9537 ACGT-TTAAAGAGAGTAATAAGGCTTTTGAAAGCATGAGTGGCTATAAATGAAATTTTCTTGCCA
129 A--TATTAAAGCGAGTAATAAGGATTTTGAAGGTATGGGTGACTATAAATG--ACTTTCTTGCCA
* * ***************************
9601 ATGGATATCTTTTTCTTCATGTTTCTTAAG---GNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNAAA
190 ATGGATATCTTTTTTTTCATGTTTCTCAAGATAG-ACATTCAATTATAATCTGTTTTAATAAAAA
* *
9663 --T-------TT-AACTTAAAATCAATTATACGATTATAAAATCATTTAAAGCGTGTAATAAGGC
254 TGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGCGATTATAAAATCATTTAAAGCATGTAATAAGGC
* *
9718 TTTCGAAGTTATGGGTGAC
319 TTTCGAAGTCATGGATGAC
** * * * *
9737 CGTAAATGGACTTTTCTTATCAATGGATATCTTATTTTTCACATTTCTCGAGATAAATATTCAAT
1 TATAAATAGACTTTTCTTACCAATGGATATCTT-TTTTTCACATTTCTCGAGGTAGATATTCAAT
* * * *
9802 TAAAATATATTTCAATAAAAAATATAAAAAAATTCAAATTAAAATCAATTATAAGATTATAAAAA
65 TATAATCTATTTTAATAAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATAAGATTATAAAAA
* * * * * * *
9867 CATGTAAAGAGAGTAATAAGGCTTTTAAAGGCATGAGTGGCTATAAATCGACATTTCTTGCCAAT
130 TAT-TAAAGCGAGTAATAAGGATTTTGAAGGTATGGGTGACTATAAAT-GAC-TTTCTTGCCAAT
9932 GGATATCTTTTTTTTCATGTTTCTCAAGATAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAATAAACAATG
192 GGATATCTTTTTTTTCATGTTTCTCAAGATAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAATAAA-AATG
* *
9997 TAAAAAAATTCTAA-TTCAAATCAATTATGCGTTTATAAAATCATTTAAAGCATGTAATAAGGCT
256 TAAAAAAATTC-AACTTAAAATCAATTATGCGATTATAAAATCATTTAAAGCATGTAATAAGGCT
* *
10061 TTCGTAGTCATGGATGTC
320 TTCGAAGTCATGGATGAC
* * * * * *
10079 TATAAGTAGACTTTTCTTACCAATGGATATCTTTTTCTTTATATTTCTCAAGGTAGACAGTCAAT
1 TATAAATAGACTTTTCTTACCAATGGATATCTTTTT-TTCACATTTCTCGAGGTAGATATTCAAT
**********
10144 TATAATCTATTTTAATAAAAAATATAANNNNNNNNNNCTTAAAATCAATTATAAGATTATAAAAA
65 TATAATCTATTTTAATAAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATAAGATTATAAAAA
* *********
10209 TATTAAAAGCGAGTAATAAGGGTTTTGAAGGTATGGGTGACTATAAATGAACNNNNNNNNNNAAT
130 TATT-AAAGCGAGTAATAAGGATTTTGAAGGTATGGGTGACTATAAATG-AC-TTTCTTGCCAAT
* * * * * * *
10274 GGATATCTTTTTCTTCATGTTTC-C-TGATGCAGATATTTAATTGTTATCTGTTTTAACAAAAAA
192 GGATATCTTTTTTTTCATGTTTCTCAAGAT--AGACATTCAATTATAATCTGTTTTAA-TAAAAA
* ** * ** *********
10337 CGTAGCAAAATTCAATTTAAAATCAATTATTAGATTATAANNNNNNNNNNAA-CGA-GTAATAAG
254 TGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGCGATTATAA-AATCATTTAAAGC-ATGTAATAAG
* * *
10400 GCTTTCGAAGTCTTAGATAAC
317 GCTTTCGAAGTCATGGATGAC
* * * * *
10421 TATAAATAGAATTTTCTTGCCAATGGATAT-ATTTTTTCACGTTTCTCGAGGTAGATATTCACTT
1 TATAAATAGACTTTTCTTACCAATGGATATCTTTTTTTCACATTTCTCGAGGTAGATATTCAATT
* * * * *
10485 ATAATCTGTTCTAATAAAATATATAAAAAAATTCTACTTAAAATCAATTATGAA-ATTAAAAAAA
66 ATAATCTATTTTAATAAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTAT-AAGATTATAAAAA
* * * * *
10549 TATTTAAGGCGAGTAATAAAGATTTTGAAGGTGTGGGTGACCATAAATGGACTTTCCTTGTCAAT
130 TA-TTAAAGCGAGTAATAAGGATTTTGAAGGTATGGGTGACTATAAAT-GACTTT-CTTGCCAAT
* * * * *
10614 TGATATCTTTTTTTTCACGTTTCTCAAGGTAGACATTCAATTATAACCTGTTTTAATACAAAATA
192 GGATATCTTTTTTTTCATGTTTCTCAAGATAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAATA-AAAATG
* * *
10679 TAAAAAAATTCAACCTAAAATCAATTATGCAATTATAAAATCATTTAAAGCGTGTAATAAGGCTT
256 TAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGCGATTATAAAATCATTTAAAGCATGTAATAAGGCTT
10744 TC
321 TC
10746 AANNNNNNNN
Statistics
Matches: 1018, Mismatches: 273, Indels: 96
0.73 0.20 0.07
Matches are distributed among these distances:
328 2 0.00
329 251 0.25
330 7 0.01
331 1 0.00
332 3 0.00
334 1 0.00
337 1 0.00
338 1 0.00
339 6 0.01
340 213 0.21
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343 8 0.01
344 1 0.00
ACGTcount: A:0.37, C:0.11, G:0.12, T:0.35
Consensus pattern (337 bp):
TATAAATAGACTTTTCTTACCAATGGATATCTTTTTTTCACATTTCTCGAGGTAGATATTCAATT
ATAATCTATTTTAATAAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATAAGATTATAAAAAT
ATTAAAGCGAGTAATAAGGATTTTGAAGGTATGGGTGACTATAAATGACTTTCTTGCCAATGGAT
ATCTTTTTTTTCATGTTTCTCAAGATAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAATAAAAATGTAAAA
AAATTCAACTTAAAATCAATTATGCGATTATAAAATCATTTAAAGCATGTAATAAGGCTTTCGAA
GTCATGGATGAC
Found at i:13439 original size:171 final size:171
Alignment explanation
Indices: 13029--14568 Score: 1114
Period size: 171 Copynumber: 9.0 Consensus size: 171
13019 NNNNNNNNNN
* * * ** *
13029 ATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTTATTGAAACAGATTATAATTGAATGTCTATGTCAGGA
1 ATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTTATTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTCAAGA
* * * * * *
13094 CACGTGAAGCAAAAGATATCTATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAACCACCCATGCCTTCAAAAN
66 AACGTGAAGAAAAAGATATCTATTGGTAAGAAAAGTCCATTTATAGCCACCCATGCCTTCGAAAG
********** * * *
13159 NNNNNNNNNNCGCTTTAAATAATTTTTATAACCTTATAATTG
131 CCTTATTACTCGCTTTAAATGA-TTTTATAATCTCATAATTG
* * * * *
13201 ATTTTAAGTTGAATTCTTTTAT-TATTTTTATTAAAACATATTATAATTGAATATGTACCTCAAG
1 ATTTTAAGTTGAATTTTTTTATAT-TTTTTATTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTCAAG
* * * * *
13265 AAACATGAGGAAAAAGATATCCATTGGTAAGAAAAGTCCATTTACAGTCACCCATGCCTTCGAAA
65 AAACGTGAAGAAAAAGATATCTATTGGTAAGAAAAGTCCATTTATAGCCACCCATGCCTTCGAAA
*
13330 GCCTTATTA-TACGCTTTAAATGATTTTATAATCACATAATTG
130 GCCTTATTACT-CGCTTTAAATGATTTTATAATCTCATAATTG
* ********** *
13372 ATTTTAAGTTGAATTTTTTTAAATTTTTTATNNNNNNNNNNTATAATTGAATGTCTACCTGAAGA
1 ATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTTATTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTCAAGA
* * *
13437 AACGTGAAGAAAAAGGTATCTATTGGTAAGAAAAGTCCATTTATAACCACCCATGCCTTCGAAGG
66 AACGTGAAGAAAAAGATATCTATTGGTAAGAAAAGTCCATTTATAGCCACCCATGCCTTCGAAAG
* ** *
13502 CCTTATTACTCGTTTTAAATGATTTTCCAACCTCATAATTG
131 CCTTATTACTCGCTTTAAATGATTTTATAATCTCATAATTG
* * * *
13543 ATTTTGTA-TTGAATTTTTTTATATCTTTTATTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTTAGG
1 ATTTT-AAGTTGAATTTTTTTATATTTTTTATTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTCAAG
* * * * *
13607 AAACGTCAAGAAAAGGATATCTATTGGTAAAAAAAGTCCATTTATGGCCACCAATGCCTTCGAAA
65 AAACGTGAAGAAAAAGATATCTATTGGTAAGAAAAGTCCATTTATAGCCACCCATGCCTTCGAAA
* * *
13672 GCCTTGTTACTCTCTTTAAATGATTTTTATAATCTTATAATTG
130 GCCTTATTACTCGCTTTAAATGA-TTTTATAATCTCATAATTG
* ** * * * ** *
13715 ATTTTAAGTTGTATCCTTTTATATTTTTTTATTAAAACAAATTATAATTGAATGTTTACCTTGAT
1 ATTTTAAGTTGAATTTTTTTATA-TTTTTTATTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTCAAG
* * * * * * ** *
13780 AAACTTGAATAAAAAGATATCCATTAGCAAGAAAAGTCCATTTAT-GATCACCCACACCTTCAAA
65 AAACGTGAAGAAAAAGATATCTATTGGTAAGAAAAGTCCATTTATAG-CCACCCATGCCTTCGAA
* * * *
13844 ATCCTTATTA-TCCGCTTTAAAT-ATTTTTCTACTTTCATAATTG
129 AGCCTTATTACT-CGCTTTAAATGA-TTTTATAATCTCATAATTG
********** * * * * * *
13887 ATTTTANNNNNNNNNNTTTTATATTTTTTATTAAAACATATTATAATTGAATATTTGCCTCAAGC
1 ATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTTATTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTCAAGA
* * ** * * * *
13952 AACGTGAAGAAAAAGTTATCCATTGACAAGAAAAGTCTATTTATAGTCATCCAAGCCTTCGAAAG
66 AACGTGAAGAAAAAGATATCTATTGGTAAGAAAAGTCCATTTATAGCCACCCATGCCTTCGAAAG
* * * * * *
14017 CCTTATCACTGGTTTTAAAT-ATTTTTGTAATCTTATAATTA
131 CCTTATTACTCGCTTTAAATGA-TTTTATAATCTCATAATTG
* *** * * * * * * * * *
14058 ATTTTGAA-TTGAATTTTGTT-GCGTTTCTGTTAAAATA-AATAATAATTAAATGTTTGCCTTAG
1 ATTTT-AAGTTGAATTTTTTTATATTTTTTATTAAAACAGACT-ATAATTGAATGTCTACCTCAA
* * * ************* **
14120 GAAACATGAAGAAAAAGATATCCATTGGTAAGAAAAGTTCATTTATNNNNNNNNNNNNNTTTAAA
64 GAAACGTGAAGAAAAAGATATCTATTGGTAAGAAAAGTCCATTTATAGCCACCCATGCCTTCGAA
* *
14185 AGCCTTATTACTCGCTTTAAAT-ATTTTTATAATCTTATAATTA
129 AGCCTTATTACTCGCTTTAAATGA-TTTTATAATCTCATAATTG
* * * * * *
14228 ATTTTCAGTTGAATTTTTTTATATTTTTTATTAAAATAGATTATAATT-AGTTATCTACCTCGAG
1 ATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTTATTAAAACAGACTATAATTGA-ATGTCTACCTCAAG
* ** * * * * * *
14292 AAACATGAAGAAAAAGATATAC-ATTGACAAAAAAAGTCGATTTATAGTCACCCATGACTACAAA
65 AAACGTGAAGAAAAAGATAT-CTATTGGTAAGAAAAGTCCATTTATAGCCACCCATGCCTTCGAA
* * *
14356 AGCCTTATTACAT-ACTTTAAATGATTTTATAAACGCATAATTG
129 AGCCTTATTAC-TCGCTTTAAATGATTTTATAATCTCATAATTG
* * * * ** * * ***
14399 A-TTTAACTTGAACTTTTTTACATTTTTTTATTAAAACAGATTATAATCCAATATCTGCCTTGGG
1 ATTTTAAGTTGAATTTTTTTATA-TTTTTTATTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTCAAG
* * * ** *
14463 AAACATGAAGAAAAAGATATCTATTGGCAAGACAAGTTTATTTATAGCCACCCATGCCTTCAAAA
65 AAACGTGAAGAAAAAGATATCTATTGGTAAGAAAAGTCCATTTATAGCCACCCATGCCTTCGAAA
* *
14528 GCCTTATTACTCTCTTTAAAT-ATTTTATAATCTTATAATTG
130 GCCTTATTACTCGCTTTAAATGATTTTATAATCTCATAATTG
14569 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 1076, Mismatches: 267, Indels: 52
0.77 0.19 0.04
Matches are distributed among these distances:
169 3 0.00
170 163 0.15
171 615 0.57
172 195 0.18
173 100 0.09
ACGTcount: A:0.35, C:0.13, G:0.11, T:0.38
Consensus pattern (171 bp):
ATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTTATTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTCAAGA
AACGTGAAGAAAAAGATATCTATTGGTAAGAAAAGTCCATTTATAGCCACCCATGCCTTCGAAAG
CCTTATTACTCGCTTTAAATGATTTTATAATCTCATAATTG
Found at i:14012 original size:515 final size:512
Alignment explanation
Indices: 13029--14553 Score: 1319
Period size: 515 Copynumber: 3.0 Consensus size: 512
13019 NNNNNNNNNN
* * ** *
13029 ATTTT-AAGTTGAATTTTTTTACATTTTTTATTGAAACAGATTATAATTGAATGTCTATGTCAGG
1 ATTTTGAA-TTGAATTTTTTTACA-TTTTTATTAAAACAGAATATAATTGAATGTCTACCTTAGG
* * *
13093 ACACGTGAAGCAAAAGATATCTATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAACCACCCATGCCTTCAAAA
64 AAACGTGAAG-AAAAGATATCTATTGGTAAGAAAAGTCCATTTATAACCACCAATGCCTTCAAAA
*********** *
13158 NNNNNNNNNNNCGCTTTAAATAATTTTTATAACCTTATAATTGATTTTAAGTTGAATTCTTTTAT
128 GCCTTGTTACTCGCTTTAAATAATTTTTATAACCTTATAATTGATTTTAAGTTGAATCCTTTTAT
* *
13223 TATTTTTATTAAAACATATTATAATTGAATATGTACCTCAAGAAACATGAGGAAAAAGATATCCA
193 TATTTTTATTAAAACAAATTATAATTGAATATGTACCTCAAGAAACATGAAGAAAAAGATATCCA
* * ** *
13288 TTGGTAAGAAAAGTCCATTTACAGTCACCCATGCCTTCGAAAGCCTTATTATACGCTTTAAATGA
258 TTAGCAAGAAAAGTCCATTTACAGTCACCCACACCTTCAAAAGCCTTATTATACGCTTTAAATGA
**********
13353 TTTTATAATCACATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTAAATTTTTTATNNNNNNNNNNTATAA
323 TTTTATAATCACATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTAAATTTTTTATTAAAACATATTATAA
* * * **
13418 TTGAATGTCTACCTGAAGAAACGTGAAGAAAAAGGTATCTATTGGTAAGAAAAGTCCATTTATAA
388 TTGAATATCTACCTCAAGAAACGTGAAGAAAAAGGTATCCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAA
* * * *
13483 CCACCCATGCCTTCGAAGGCCTTATTACTCGTTTTAAATGA-TTTTCCAACCTCATAATTG
453 CCACCCAAGCCTTCGAAAGCCTTATCACTCGTTTTAAAT-ATTTTTCCAACCTCATAATTA
* * *
13543 ATTTTGTATTGAATTTTTTTATATCTTTTATTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTTAGGA
1 ATTTTGAATTGAATTTTTTTACAT-TTTTATTAAAACAGAATATAATTGAATGTCTACCTTAGGA
* * ** *
13608 AACGTCAAGAAAAGGATATCTATTGGTAAAAAAAGTCCATTTATGGCCACCAATGCCTTCGAAAG
65 AACGTGAAGAAAA-GATATCTATTGGTAAGAAAAGTCCATTTATAACCACCAATGCCTTCAAAAG
* * * *
13673 CCTTGTTACTCTCTTTAAATGATTTTTATAATCTTATAATTGATTTTAAGTTGTATCCTTTTATA
129 CCTTGTTACTCGCTTTAAATAATTTTTATAACCTTATAATTGATTTTAAGTTGAATCCTTTTAT-
* * * ** * * *
13738 TTTTTTTATTAAAACAAATTATAATTGAATGTTTACCTTGATAAACTTGAATAAAAAGATATCCA
193 TATTTTTATTAAAACAAATTATAATTGAATATGTACCTCAAGAAACATGAAGAAAAAGATATCCA
* * *
13803 TTAGCAAGAAAAGTCCATTTA-TGATCACCCACACCTTCAAAATCCTTATTATCCGCTTTAAAT-
258 TTAGCAAGAAAAGTCCATTTACAG-TCACCCACACCTTCAAAAGCCTTATTATACGCTTTAAATG
* * ** ********** *
13866 ATTTTTCTACTTTCATAATTGATTTTANNNNNNNNNNTTTTATATTTTTTATTAAAACATATTAT
322 A-TTTTATAATCACATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTAAATTTTTTATTAAAACATATTAT
* * * * *
13931 AATTGAATATTTGCCTCAAGCAACGTGAAGAAAAAGTTATCCATTGACAAGAAAAGTCTATTTAT
386 AATTGAATATCTACCTCAAGAAACGTGAAGAAAAAGGTATCCATTGACAAGAAAAGTCCATTTAT
** * * ** * *
13996 AGTCATCCAAGCCTTCGAAAGCCTTATCACTGGTTTTAAATATTTTTGTAATCTTATAATTA
451 AACCACCCAAGCCTTCGAAAGCCTTATCACTCGTTTTAAATATTTTTCCAACCTCATAATTA
* * * * * * * * *
14058 ATTTTGAATTGAATTTTGTTGCGTTTCTGTTAAAATA-AATAATAATTAAATGTTTGCCTTAGGA
1 ATTTTGAATTGAATTTTTTTACATTTTTATTAAAACAGAAT-ATAATTGAATGTCTACCTTAGGA
* * * ************* *
14122 AACATGAAGAAAAAGATATCCATTGGTAAGAAAAGTTCATTTATNNNNNNNNNNNNNTTTAAAAG
65 AACGTGAAG-AAAAGATATCTATTGGTAAGAAAAGTCCATTTATAACCACCAATGCCTTCAAAAG
* * * * **
14187 CCTTATTACTCGCTTTAAAT-ATTTTTATAATCTTATAATTAATTTTCAGTTGAATTTTTTTA-T
129 CCTTGTTACTCGCTTTAAATAATTTTTATAACCTTATAATTGATTTTAAGTTGAATCCTTTTATT
* * * * * *
14250 ATTTTTTATTAAAATAGATTATAATT-AGTTATCTACCTCGAGAAACATGAAGAAAAAGATATAC
194 A-TTTTTATTAAAACAAATTATAATTGA-ATATGTACCTCAAGAAACATGAAGAAAAAGATATCC
* * * * * * **
14314 ATT-GACAAAAAAAGTCGATTTATAGTCACCCATGA-CTACAAAAGCCTTATTACATACTTTAAA
257 ATTAG-CAAGAAAAGTCCATTTACAGTCACCCA-CACCTTCAAAAGCCTTATTATACGCTTTAAA
* * * * * *
14377 TGATTTTATAAACGCATAATTGA-TTTAACTTGAACTTTTTTACATTTTTTTATTAAAACAGATT
320 TGATTTTATAATCACATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTA-AATTTTTTATTAAAACATATT
** * *** * * * * * **
14441 ATAATCCAATATCTGCCTTGGGAAACATGAAGAAAAAGATATCTATTGGCAAGACAAGTTTATTT
384 ATAATTGAATATCTACCTCAAGAAACGTGAAGAAAAAGGTATCCATTGACAAGAAAAGTCCATTT
* * * *
14506 ATAGCCACCCATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTC-TCTTTAAATATTTT
449 ATAACCACCCAAGCCTTCGAAAGCCTTATCACTCGT-TTTAAATATTTT
14554 ATAATCTTAT
Statistics
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0.78 0.19 0.03
Matches are distributed among these distances:
511 13 0.02
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514 245 0.31
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ACGTcount: A:0.35, C:0.13, G:0.11, T:0.38
Consensus pattern (512 bp):
ATTTTGAATTGAATTTTTTTACATTTTTATTAAAACAGAATATAATTGAATGTCTACCTTAGGAA
ACGTGAAGAAAAGATATCTATTGGTAAGAAAAGTCCATTTATAACCACCAATGCCTTCAAAAGCC
TTGTTACTCGCTTTAAATAATTTTTATAACCTTATAATTGATTTTAAGTTGAATCCTTTTATTAT
TTTTATTAAAACAAATTATAATTGAATATGTACCTCAAGAAACATGAAGAAAAAGATATCCATTA
GCAAGAAAAGTCCATTTACAGTCACCCACACCTTCAAAAGCCTTATTATACGCTTTAAATGATTT
TATAATCACATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTAAATTTTTTATTAAAACATATTATAATTG
AATATCTACCTCAAGAAACGTGAAGAAAAAGGTATCCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAACCA
CCCAAGCCTTCGAAAGCCTTATCACTCGTTTTAAATATTTTTCCAACCTCATAATTA
Found at i:14036 original size:344 final size:340
Alignment explanation
Indices: 13029--14553 Score: 1110
Period size: 341 Copynumber: 4.5 Consensus size: 340
13019 NNNNNNNNNN
* * * * *
13029 ATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTTATTGAAACAGATTATAATTGAATGTCTA--TGTCAG
1 ATTTTAAGTTGAATTTTTATA-ATTTTTTATTAAAACAAATTATAATTGAATGTTTACCT-TGA-
* * * * * **
13092 GACACGTGAAGCAAAAGATATCTATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAACCACCCATGCCTTCAAA
63 GAAACATGAAGAAAAAGATATCCATTGGTAAGAAAAGTCCATTTATAACCACCCACACCTTCAAA
*********** * ** * *
13157 ANNNNNNNNNNNCGCTTTAAATAATTTTTATAACCTTATAATTGATTTTA-AGTTGAATTCTTTT
128 AGCCTTATTACTCGCTTTAAATGA-TTTTCCAACCTCATAATTGATTTTATA-TTGAATTTTTTT
* * *
13221 AT-TATTTTTATTAAAACATATTATAATTGAATATGTACCTCAAGAAACATGAGGAAAAAGATAT
191 ATAT-TTTTTATTAAAACATATTATAATTGAATATCTACCTCAAGAAACGTGAAGAAAAAGATAT
* * *
13285 CCATTGGTAAGAAAAGTCCATTTACAGTCACCCATGCCTTCGAAAGCCTTATTA-TACGCTTTAA
255 CCATTGGTAAGAAAAGTCCATTTATAGTCA-CCAAGCCTTCGAAAGCCTTATTACT--GTTTTAA
**
13349 ATGA-TTTTATAATCACATAATTG
317 ATGATTTTTATAATCTTATAATTG
* ********** *
13372 ATTTTAAGTTGAATTTTTTTAAATTTTTTATNNNNNNNNNNTATAATTGAATGTCTACC-TGAAG
1 ATTTTAAGTTGAATTTTTAT-AATTTTTTATTAAAACAAATTATAATTGAATGTTTACCTTG-AG
* * * ** * *
13436 AAACGTGAAGAAAAAGGTATCTATTGGTAAGAAAAGTCCATTTATAACCACCCATGCCTTCGAAG
64 AAACATGAAGAAAAAGATATCCATTGGTAAGAAAAGTCCATTTATAACCACCCACACCTTCAAAA
* *
13501 GCCTTATTACTCGTTTTAAATGATTTTCCAACCTCATAATTGATTTTGTATTGAATTTTTTTATA
129 GCCTTATTACTCGCTTTAAATGATTTTCCAACCTCATAATTGATTTTATATTGAATTTTTTTATA
* * * * * * * * *
13566 TCTTTTATTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTTAGGAAACGTCAAGAAAAGGATATCTAT
194 TTTTTTATTAAAACATATTATAATTGAATATCTACCTCAAGAAACGTGAAGAAAAAGATATCCAT
* * * * *
13631 TGGTAAAAAAAGTCCATTTATGGCCACCAATGCCTTCGAAAGCCTTGTTACTCTCTTTAAATGAT
259 TGGTAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCAA-GCCTTCGAAAGCCTTATTACTGT-TTTAAATGAT
13696 TTTTATAATCTTATAATTG
322 TTTTATAATCTTATAATTG
* * *
13715 ATTTTAAGTTGTATCCTTTTATATTTTTTTATTAAAACAAATTATAATTGAATGTTTACCTTGAT
1 ATTTTAAGTTGAAT--TTTTATAATTTTTTATTAAAACAAATTATAATTGAATGTTTACCTTGAG
* * * * * *
13780 AAACTTGAATAAAAAGATATCCATTAGCAAGAAAAGTCCATTTATGATCACCCACACCTTCAAAA
64 AAACATGAAGAAAAAGATATCCATTGGTAAGAAAAGTCCATTTATAACCACCCACACCTTCAAAA
* * * * **********
13845 TCCTTATTA-TCCGCTTTAAAT-ATTTTTCTACTTTCATAATTGATTTTANNNNNNNNNNTTTTA
129 GCCTTATTACT-CGCTTTAAATGATTTTCCAAC-CTCATAATTGATTTTATATTGAATTTTTTTA
* * * *
13908 TATTTTTTATTAAAACATATTATAATTGAATATTTGCCTCAAGCAACGTGAAGAAAAAGTTATCC
192 TATTTTTTATTAAAACATATTATAATTGAATATCTACCTCAAGAAACGTGAAGAAAAAGATATCC
** * *
13973 ATTGACAAGAAAAGTCTATTTATAGTCATCCAAGCCTTCGAAAGCCTTATCACTGGTTTTAAAT-
257 ATTGGTAAGAAAAGTCCATTTATAGTCA-CCAAGCCTTCGAAAGCCTTATTACT-GTTTTAAATG
* *
14037 ATTTTTGTAATCTTATAATTA
320 ATTTTTATAATCTTATAATTG
*** * * * * * *
14058 ATTTTGAA-TTGAATTTTGT-TGCGTTTCTGTTAAAATAAATAATAATTAAATGTTTGCCTT-AG
1 ATTTT-AAGTTGAATTTT-TATAATTTTTTATTAAAACAAATTATAATTGAATGTTTACCTTGA-
* ************* *
14120 GAAACATGAAGAAAAAGATATCCATTGGTAAGAAAAGTTCATTTATNNNNNNNNNNNNNTTTAAA
63 GAAACATGAAGAAAAAGATATCCATTGGTAAGAAAAGTCCATTTATAACCACCCACACCTTCAAA
** * * * *
14185 AGCCTTATTACTCGCTTTAAAT-ATTTTTATAATCTTATAATTAATTTTCA-GTTGAATTTTTTT
128 AGCCTTATTACTCGCTTTAAATGA-TTTTCCAACCTCATAATTGATTTT-ATATTGAATTTTTTT
* * * * *
14248 ATATTTTTTATTAAAATAGATTATAATT-AGTTATCTACCTCGAGAAACATGAAGAAAAAGATAT
191 ATATTTTTTATTAAAACATATTATAATTGA-ATATCTACCTCAAGAAACGTGAAGAAAAAGATAT
* ** * * * * * * **
14312 ACATTGACAAAAAAAGTCGATTTATAGTCACCCATGACTACAAAAGCCTTATTACATACTTTAAA
255 CCATTGGTAAGAAAAGTCCATTTATAGTCA-CCAAGCCTTCGAAAGCCTTATTAC-TGTTTTAAA
* **
14377 TGA-TTTTATAAACGCATAATTG
318 TGATTTTTATAATCTTATAATTG
* * ** * * * *
14399 A-TTTAACTTGAACTTTTT-TACATTTTTTTATTAAAACAGATTATAATCCAATATCTGCCTTGG
1 ATTTTAAGTTGAA-TTTTTATA-A-TTTTTTATTAAAACAAATTATAATTGAATGTTTACCTTGA
* * * ** * **
14462 GAAACATGAAGAAAAAGATATCTATTGGCAAGACAAGTTTATTTATAGCCACCCATGCCTTCAAA
63 GAAACATGAAGAAAAAGATATCCATTGGTAAGAAAAGTCCATTTATAACCACCCACACCTTCAAA
*
14527 AGCCTTATTACTCTCTTTAAAT-ATTTT
128 AGCCTTATTACTCGCTTTAAATGATTTT
14554 ATAATCTTAT
Statistics
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0.76 0.19 0.05
Matches are distributed among these distances:
339 2 0.00
340 12 0.01
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345 12 0.01
ACGTcount: A:0.35, C:0.13, G:0.11, T:0.38
Consensus pattern (340 bp):
ATTTTAAGTTGAATTTTTATAATTTTTTATTAAAACAAATTATAATTGAATGTTTACCTTGAGAA
ACATGAAGAAAAAGATATCCATTGGTAAGAAAAGTCCATTTATAACCACCCACACCTTCAAAAGC
CTTATTACTCGCTTTAAATGATTTTCCAACCTCATAATTGATTTTATATTGAATTTTTTTATATT
TTTTATTAAAACATATTATAATTGAATATCTACCTCAAGAAACGTGAAGAAAAAGATATCCATTG
GTAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCAAGCCTTCGAAAGCCTTATTACTGTTTTAAATGATTTTT
ATAATCTTATAATTG
Found at i:16269 original size:171 final size:170
Alignment explanation
Indices: 15772--16302 Score: 596
Period size: 171 Copynumber: 3.1 Consensus size: 170
15762 NNNNTTTTTG
* * * *
15772 CCAATGGATATCTTTTTCTTCATGTTTCTCAAGATAGACATTCAATTACATTCTGTTTTAATAAA
1 CCAATGGATATCTTTTTCTTTATGTTTCTCAAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAATAAA
* * *
15837 AAATAAAAAAAATTTAACTTAAAATCAATTATGCGATTATAAAATTATTTAAAACGTGTAATAAG
66 AAATAAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGCGATTATAAAATCATTTAAAACCTGTAATAAG
* * * *
15902 GCTTTCGAAGTTATGGGAGACTGTAAATGGACTTTTCTTA
131 GCTTTCGAAGTCATGGGTGACTATAAATGAACTTTTCTTA
* * * * * * *
15942 CTAGTGGATATCTTTTTTTTTCATGTTTCTCGAGGTAGATATTCAATTATAATATGTTTTAAT-C
1 CCAATGGATATCTTTTTCTTT-ATGTTTCTCAAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAATAA
** * ** * **********
16006 AAAATAAAAAAAAAACTACTTAAAATCAATTATAAGATTATAAAAACATTTAAANNNNNNNNNNA
65 AAAATAAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGCGATTATAAAATCATTTAAAACCTGTAATAA
* * *
16071 GGCTTTTGAAGGCATGGGTGGCTATAAATGAACTTTTCTTA
130 GGCTTTCGAAGTCATGGGTGACTATAAATGAACTTTTCTTA
*
16112 CCAATGGATATCTTTTTCTTTATGTTTCTCAAGGTAGGCATTCAATTATAATCTGTTTTAATAAA
1 CCAATGGATATCTTTTTCTTTATGTTTCTCAAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAATAAA
* * * * * ** *
16177 AAATGTAAAAAAGTTCAAGTGAAAATGAATTATGCTTTTATAAAATCATTTAAAGCCTGTAATAA
66 AAAT-AAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGCGATTATAAAATCATTTAAAACCTGTAATAA
* * *
16242 CGCTTTCGATGTCATGGGTGACTATAAATGAACTTTTCTTG
130 GGCTTTCGAAGTCATGGGTGACTATAAATGAACTTTTCTTA
16283 CCAATGGATATCTTTTTCTT
1 CCAATGGATATCTTTTTCTT
16303 CATNNNNNNN
Statistics
Matches: 285, Mismatches: 73, Indels: 5
0.79 0.20 0.01
Matches are distributed among these distances:
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ACGTcount: A:0.36, C:0.11, G:0.13, T:0.38
Consensus pattern (170 bp):
CCAATGGATATCTTTTTCTTTATGTTTCTCAAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAATAAA
AAATAAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGCGATTATAAAATCATTTAAAACCTGTAATAAG
GCTTTCGAAGTCATGGGTGACTATAAATGAACTTTTCTTA
Found at i:18308 original size:171 final size:171
Alignment explanation
Indices: 18010--18448 Score: 544
Period size: 171 Copynumber: 2.6 Consensus size: 171
18000 NNNNNTTTTT
* * *
18010 AAGGTAGACATTCAATTATAATCA-ACTTTAATAAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCTA
1 AAGGTAGACATTCAATTATAAT-ATATTTTAATAAAAAATATAAAAAAATTTAACTTAAAATCAA
* * ** * *
18074 TTATGGAATTAGAAAAATATTTAAAGCAAGTAATAAAGCTTTTGAAGGTGTGGGTGGCTATAAAT
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* * * * * *
18139 GGACTTTTCTT-CTCAAAGGATATCTTTTTCTTCACGTTTTTG
130 GAACTTTCCTTAC-CAAACGATATCTTTTTCTTCACATTTCTC
* * * *
18181 GAGGTAGATATTCAATTATAATATGTTTTAAT-AAAAATAATAAAAGAATTTAACTTAAAATCAA
1 AAGGTAGACATTCAATTATAATATATTTTAATAAAAAAT-ATAAAAAAATTTAACTTAAAATCAA
* * **
18245 TTAT-AATATTATAAAAATATTTAAAGTGAGTAATATGGCTTTTGAAGGCATGAGTGACTATAAA
65 TTATGAA-ATTAGAAAAATATTTAAAGCGAGTAATAAAGCTTTTGAAGGCATGAGTGACTATAAA
*
18309 TGAACTTTCCTTACCAATCGATATCTTTTTCTTCACATTTCTC
129 TGAACTTTCCTTACCAAACGATATCTTTTTCTTCACATTTCTC
* * * *
18352 AAGGCAAACATTCAATTATAATCTATTTTATTAAAAAAATATAAAAAAATTTAACTTAAAATCAA
1 AAGGTAGACATTCAATTATAATATATTTTAAT-AAAAAATATAAAAAAATTTAACTTAAAATCAA
*
18417 TTATGAAAGTAGAAAAATATTTAAAGCGAGTA
65 TTATGAAATTAGAAAAATATTTAAAGCGAGTA
18449 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 226, Mismatches: 35, Indels: 13
0.82 0.13 0.05
Matches are distributed among these distances:
170 8 0.04
171 159 0.70
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ACGTcount: A:0.43, C:0.10, G:0.12, T:0.36
Consensus pattern (171 bp):
AAGGTAGACATTCAATTATAATATATTTTAATAAAAAATATAAAAAAATTTAACTTAAAATCAAT
TATGAAATTAGAAAAATATTTAAAGCGAGTAATAAAGCTTTTGAAGGCATGAGTGACTATAAATG
AACTTTCCTTACCAAACGATATCTTTTTCTTCACATTTCTC
Found at i:21912 original size:172 final size:171
Alignment explanation
Indices: 21732--22116 Score: 450
Period size: 172 Copynumber: 2.2 Consensus size: 171
21722 NNNNNNNNNN
* * ** *
21732 GACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGGATATCTTTTTCTTCACATTTCTTGAA-GTAGACATT
1 GACTATAAATAGACTTTTCTTGCCAATGGATATCTTTTTCTTCACATCTC-CCAAGGAAGACATT
* * * **********
21796 GAATTATAATCTGTTTTGATAAAAAATATAAAAAAATTTAACTTAAAANNNNNNNNNNGATTATA
65 CAATTATAATCTGTTTTAACAAAAAATATAAAAAAATTTAACTTAAAATTAATTATAAGATTATA
* *
21861 AAAATCATATAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATGCGT
130 AAAAT-ATATAAAGCGAGTAAGAAGGCTTTCGAAGACATGCGT
* * *
21904 GGCTATAAATAGACTTTTCTTGCCAATGGATATCTTTTGT-TTTACGTCTCCCAAGGAAGACATT
1 GACTATAAATAGACTTTTCTTGCCAATGGATATCTTTT-TCTTCACATCTCCCAAGGAAGACATT
* * * *
21968 CAATTATAATCTGTTTTAACAAAAAATGTAATATAATTTAATTTAAAATTAATTATAAGATTATA
65 CAATTATAATCTGTTTTAACAAAAAATATAAAAAAATTTAACTTAAAATTAATTATAAGATTATA
* *
22033 AAAATATTTAGAGCGAGTAAGAAGGCTTTCGAAGACATGCGT
130 AAAATATATAAAGCGAGTAAGAAGGCTTTCGAAGACATGCGT
* *
22075 GACTATAAATAGATTTTTCTTGCCAATGGATATATTTTTCTT
1 GACTATAAATAGACTTTTCTTGCCAATGGATATCTTTTTCTT
22117 TATTTTTTCT
Statistics
Matches: 178, Mismatches: 32, Indels: 7
0.82 0.15 0.03
Matches are distributed among these distances:
170 1 0.01
171 72 0.40
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173 1 0.01
ACGTcount: A:0.36, C:0.11, G:0.14, T:0.36
Consensus pattern (171 bp):
GACTATAAATAGACTTTTCTTGCCAATGGATATCTTTTTCTTCACATCTCCCAAGGAAGACATTC
AATTATAATCTGTTTTAACAAAAAATATAAAAAAATTTAACTTAAAATTAATTATAAGATTATAA
AAATATATAAAGCGAGTAAGAAGGCTTTCGAAGACATGCGT
Found at i:24176 original size:171 final size:169
Alignment explanation
Indices: 23798--25858 Score: 1947
Period size: 171 Copynumber: 12.1 Consensus size: 169
23788 NNNNNNNNNN
* ** * * *
23798 TTATTACTCACTTTAAATGCTTTTATAATCTTATAATTGATTTTAAGTTGAATTCTTTTATAATT
1 TTATTACTCGCTTTAAATATTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTT
* * * * * * *
23863 TTTATTAAAACAGATTACAATCGAAAGTCTACCTCGAGAAACATGAAGAAGAGGATATTCATTGG
66 TTTATTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTTCCTCGAGAAACATGAAGAAAAAGATATCCATT-G
* ** * *
23928 TAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCGCAACTTCAAAGGCC
130 AAAGAAAAGTCCATTTATAGTCA-CCATACCTTCAAAAGCC
* * * * * **********
23969 TTATCACTGGCTTCAAATATTTTTCTAATTTCATAATNNNNNNNNNNTTGAATTTTTTTATATTT
1 TTATTACTCGCTTTAAATATTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTT
* * *
24034 TTTATTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTTCTTCGAGAAACGTGAAGGCAAAA-ATATCCATTG
66 TTTATTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTTCCTCGAGAAACATGAA-GAAAAAGATATCCATTG
* * * * *
24098 ATAGAAAAAGTCCATTTACAGTCATCCATGCCTTCGAAAGCT
130 AAAG-AAAAGTCCATTTATAGTCA-CCATACCTTCAAAAGCC
* * ** * *
24140 TTATAACTCACTTTAAATGA-TTTTATAATCTCATAATCAATTTTAAGCTGAAATTTTTTATATT
1 TTATTACTCGCTTTAAAT-ATTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATT
* * * * * *
24204 TTTTATTAAAACAGATTATAATTGATTGTCTACCTTGGGAGACGTGAA-AAAAAGATATCCATTG
65 TTTTATTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTTCCTCGAGAAACATGAAGAAAAAGATATCCATTG
* * * *
24268 ACAAGAAAAGTCCATTTATGGTCACCCACACCTTCAAAATCT
130 A-AAGAAAAGTCCATTTATAGTCA-CCATACCTTCAAAAGCC
* * * *
24310 TTATTA-TCCGCTTTAAATATTTTTCTAATTTCATAATTGATTTTAAGTTAAATGTTTTTATATT
1 TTATTACT-CGCTTTAAATATTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATT
* * * * * * *
24374 TTTTATTAAAATAGATTATAATTGAATATCTGCTTCGAGAAACGTGAAGAAAAAGTTATCCGTTG
65 TTTTATTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTTCCTCGAGAAACATGAAGAAAAAGATATCCATTG
* * *
24439 ACAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACCAAAGCCTTCGAAAGCC
130 A-AAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCATA-CCTTCAAAAGCC
* * * * * **
24481 TTATCACTAGTTTTAAATATTTTTATAATCTCATAACTGATTTTGAA-TTGAATTTTGTTA-CGT
1 TTATTACTCGCTTTAAATATTTTTATAATCTCATAATTGATTTT-AAGTTGAATTTTTTTATATT
* * * * * *
24544 TTCTGTTAAAACAAATAATAATTAAATAT-TTACCTC-AGGAAACATGAAGAAAAAGATATCCAT
65 TTTTATTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTT-CCTCGA-GAAACATGAAGAAAAAGATATCCAT
* * *
24607 TGGTAAGAAAAGTTCATTTATAGTCACTCATACCTTTAAAAGCC
128 T-GAAAGAAAAGTCCATTTATAGTCAC-CATACCTTCAAAAGCC
* *
24651 TTATTACTCGCTTTAAATATTTTTATAATCTTATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTATATTT
1 TTATTACTCGCTTTAAATATTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTT
** * * *
24716 TTTATTAAAGTAGATTATAATT-AATTGTCTACCTCGAGAAACATGAAGAAAAAAATATACATTG
66 TTTATTAAAACAGATTATAATTGAA-TGTCTTCCTCGAGAAACATGAAGAAAAAGATATCCATT-
* * * *
24780 GCAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACCCATGA--TTATAAAACCC
129 GAAAGAAAAGTCCATTTATAGTCA-CCAT-ACCTT-CAAAAGCC
* * * * * * *
24822 TTATTACAT-ACTTTAAATGA-TTTTATAAACGCATAATTAATTTTTACTTGAACTTTTTTATAT
1 TTATTAC-TCGCTTTAAAT-ATTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATAT
* * *
24885 ATTTTT-TTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACATAAAGAAAAAGATATCCAT
64 -TTTTTATTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTTCCTCGAGAAACATGAAGAAAAAGATATCCAT
* * * * * *
24949 TGGCAAGACAAGTTCATTTATAGCCACCCATGCCTTTAAAAGCC
128 T-GAAAGAAAAGTCCATTTATAGTCA-CCATACCTTCAAAAGCC
* * *
24993 TTATTACTCTCTTTAAATA-TTTTATAATCTTATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTATATTT
1 TTATTACTCGCTTTAAATATTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTT
* * * * * * * *
25057 TTTATTAAAACAGGTTGTAATTGAATATCTACCTCGGGAGACATGACGAAAAAGATCTCCATTGG
66 TTTATTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTTCCTCGAGAAACATGAAGAAAAAGATATCCATT-G
* * *
25122 TAAGAAAAGTCCATTTATAGCCACCCATACCTTCGAAAGCC
130 AAAGAAAAGTCCATTTATAGTCA-CCATACCTTCAAAAGCC
* * * * *
25163 TTATTACTTGCTTTAAATATTTTTCTACTTTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATAGTT
1 TTATTACTCGCTTTAAATATTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTT
* *
25228 TTTATTAAAACATATTATAATTGAATGTCTGTCCT-GAGAAATATGAAGAAAAAGATATCCATTG
66 TTTATTAAAACAGATTATAATTGAATGTCT-TCCTCGAGAAACATGAAGAAAAAGATATCCATTG
**
25292 ACAAGAAAAGTTTATTTATAGTCACTCATACCTTCAAAAGCC
130 A-AAGAAAAGTCCATTTATAGTCAC-CATACCTTCAAAAGCC
* * * * * *
25334 TTATTACTCACTTTAAATGTTTTTATAATATTATAATTAATTTTAAGTTGAATTCTTTTAT-TAT
1 TTATTACTCGCTTTAAATATTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATAT-T
* * * *
25398 TTTTATTAAAACATATTATAATTGAATATCTACCTCGAGAAACGTGAAGAAAAAGATATCCATTG
65 TTTTATTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTTCCTCGAGAAACATGAAGAAAAAGATATCCATT-
* * *
25463 GAAAGAAAAGTCCATTTATAGCCACCTACACCTTCAAAAGCT
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* * * * *
25505 TTATTACTTGCTCTAAATATTTTTCTAATTTCATAATTGATTTTAAGTTGACTTTTTTTATATTT
1 TTATTACTCGCTTTAAATATTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTT
* * * * **
25570 TATATTATAGCTGATTATAATTGAATGTCTGT-CTTAAGAAACGA-GAA-AGAAAAGATATCCAT
66 TTTATTAAAACAGATTATAATTGAATGTCT-TCCTCGAGAAAC-ATGAAGA-AAAAGATATCCAT
* *
25632 TGCCAAGAAATA-TCCATTTATAGTCATC-TAAGCCTTCAAAAGCC
128 TG-AAAGAAA-AGTCCATTTATAGTCACCAT-A-CCTTCAAAAGCC
* * * * * *
25676 TTATTACTCGCTTTAAATGTTTTTAAAATCTCATAATTAATTTT-AGATTTAATTTTGTTATGTT
1 TTATTACTCGCTTTAAATATTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAG-TTGAATTTTTTTATATT
* * * * *
25740 TTCTATTAAAACATATAATAATTGAATGT-TTGCCTCAAGTAACATGAAGAAAAAGATATCCATT
65 TTTTATTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTT-CCTCGAGAAACATGAAGAAAAAGATATCCATT
** * *
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1 TTATTACTCGCT
25859 NNNNNNNNNN
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TTTATTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTTCCTCGAGAAACATGAAGAAAAAGATATCCATTGA
AAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCATACCTTCAAAAGCC
Found at i:24450 original size:341 final size:342
Alignment explanation
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Period size: 341 Copynumber: 6.0 Consensus size: 342
23788 NNNNNNNNNN
** * *
23798 TTATTACTCACTTTAAATGCTTTTATAATCTTATAATTGATTTTAAGTTG-AATTCTTTTATAAT
1 TTATTACTCACTTTAAATATTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAAATT-TTTTATATT
* * * * * * *
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* ** * * * * *
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130 GCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATACCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATATTTT
* ********** *
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195 TATAATCTT-ATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTATATTTTTTATTAAAACAGATTATAATT
* * * * * * *
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* * *
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322 TCACCCATGCCTTCAAAAGCC
* ** *
24140 TTATAACTCACTTTAAATGA-TTTTATAATCTCATAATCAATTTTAAGCTGAAATTTTTTATATT
1 TTATTACTCACTTTAAAT-ATTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAAATTTTTTATATT
* * * *
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* * * * *
24268 ACAAGAAAAGTCCATTTATGGTCACCCACACCTTCAAAATCTTTATTA-TCCGCTTTAAATATTT
130 GCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATACCTTCAAAAGCCTTATTACT-CGCTTTAAATATTT
* * *
24332 TTCTAAT-TTCATAATTGATTTTAAGTTAAATGTTTTTATATTTTTTATTAAAATAGATTATAAT
194 TTATAATCTT-ATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTATATTTTTTATTAAAACAGATTATAAT
* * * * * *
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* * *
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323 CACCCATGCCTTCAAAAGCC
* * * *
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1 TTATTACTCA-CTTTAAATATTTTTATAATCTCATAATTGATTTT-AAGTTGAAATTTT-TTATA
* * * * * * * * *
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* * * *
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**
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* * * * *
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* * *
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* * * * * *
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1 TTATTAC-TCACTTTAAAT-ATTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAAATTTTTTATAT
*
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* * * * * *
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* *
25013 TTTATAATCTTATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTATATTTTTTATTAAAACAGGTTGTAAT
193 TTTATAATCTTATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTATATTTTTTATTAAAACAGATTATAAT
* * * * ** *
25078 TGAATATCTACCTCGGGAGACATGACGAAAAAGATCTCCATTGGTAAGAAAAGTCCATTTATAGC
258 TGAATATCTACCTCGAGAAACATGAAGAAAAAGATATCCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGT
* *
25143 CACCCATACCTTCGAAAGCC
323 CACCCATGCCTTCAAAAGCC
** * * * * *
25163 TTATTACTTGCTTTAAATATTTTTCTACTTTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATAGTT
1 TTATTACTCACTTTAAATATTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAAATTTTTTATATTT
* * *
25228 TTTATTAAAACATATTATAATTGAATGTCTGTCC-TGAGAAATATGAAGAAAAAGATATCCATTG
66 TTTATTAAAACAGATTATAATTGAATGTCT-ACCTTGAGAAACATGAAGAAAAAGATATCCATTG
* ** * * *
25292 ACAAGAAAAGTTTATTTATAGTCACTCATACCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGTTTT
130 GCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATACCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATATTTT
* * * * *
25357 TATAATATTATAATTAATTTTAAGTTGAATTCTTTTAT-TATTTTTATTAAAACATATTATAATT
195 TATAATCTTATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTATAT-TTTTTATTAAAACAGATTATAATT
* *
25421 GAATATCTACCTCGAGAAACGTGAAGAAAAAGATATCCATTGGA-AAGAAAAGTCCATTTATAGC
259 GAATATCTACCTCGAGAAACATGAAGAAAAAGATATCCATT-GACAAGAAAAGTCCATTTATAGT
* ** *
25485 CACCTACACCTTCAAAAGCT
323 CACCCATGCCTTCAAAAGCC
** * * * **
25505 TTATTACTTGCTCTAAATATTTTTCTAATTTCATAATTGATTTTAAGTTGACTTTTTTTATATTT
1 TTATTACTCACTTTAAATATTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAAATTTTTTATATTT
* * * * ** *
25570 TATATTATAGCTGATTATAATTGAATGTCTGTCTTAAGAAACGA-GAA-AGAAAAGATATCCATT
66 TTTATTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAAC-ATGAAGA-AAAAGATATCCATT
* * * *
25633 GCCAAGAAATA-TCCATTTATAGTCATCTA-AGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGT
129 GGCAAGAAA-AGTCCATTTATAGTCACCCATA-CCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAT
* * * * * * * * *
25696 TTTTAAAATCTCATAATTAATTTT-AGATTTAATTTTGTTATGTTTTCTATTAAAACATATAATA
192 TTTTATAATCTTATAATTGATTTTAAG-TTAAATTTTTTTATATTTTTTATTAAAACAGATTATA
* * * * * * * *
25760 ATTGAATGTTTGCCTCAAGTAACATGAAGAAAAAGATATCCATTGGCGAGAAAAGTTCATTTATA
256 ATTGAATATCTACCTCGAGAAACATGAAGAAAAAGATATCCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATA
25825 GTCACCCATGCCTTCAAAAGCC
321 GTCACCCATGCCTTCAAAAGCC
25847 TTATTACTC
1 TTATTACTC
25856 GCTNNNNNNN
Statistics
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ACGTcount: A:0.36, C:0.14, G:0.11, T:0.39
Consensus pattern (342 bp):
TTATTACTCACTTTAAATATTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAAATTTTTTATATTT
TTTATTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACATGAAGAAAAAGATATCCATTGG
CAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATACCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATATTTTT
ATAATCTTATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTATATTTTTTATTAAAACAGATTATAATTGA
ATATCTACCTCGAGAAACATGAAGAAAAAGATATCCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCAC
CCATGCCTTCAAAAGCC
Found at i:26689 original size:171 final size:171
Alignment explanation
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Period size: 171 Copynumber: 8.3 Consensus size: 171
26183 NNNNNNNNNN
* * * * **
26193 ATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCTCTTTAAATGTTTTTATAATCTTGTAATTGATTTTAAGTAT
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* * * * * *
26258 -AATTTTTTTAT-TTTTTTTATTAAAATAGATTATAATTGAATATCTTCCTCGAGAAACATGAA-
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* **
26320 AAAAAGATATCCATT-GAGAAGAAAAGTCCATTTACAATCACCC
129 AAAAAGATATCCATTAG-GAAGAAAAGTCCATTTATAGCCACCC
** * * *
26363 ATAACTTCGAAAGCCTTATTACACGCTTTAAATGATTTTATAATCGCATAATTGATTTTAAGTT-
1 ATGCCTT-GAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGATTTTATAACCTCATAATTGATTTTAAGTTG
**************************
26427 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNCAGATTATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACATGAAGA
65 AAATTTTTTATACTTTTTTATTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACATGAAGA
* * *
26492 AAATGATATCCATT-GATAAGAAAAGTCCATATATAGCCACCC
130 AAAAGATATCCATTAG-GAAGAAAAGTCCATTTATAGCCACCC
* * *
26534 ATGCCTCTGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAACTGATTTTATAACCTCGTAATTGATTTTAAGTTA
1 ATGCCT-TGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGATTTTATAACCTCATAATTGATTTTAAGTTG
* * * * *
26599 AAACTTTTTATATTTTTTTATTAAAACAGATTAAAATTGTATGTCTACCTTGAGAAACGTGAAGA
65 AAATTTTTTATACTTTTTTATTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACATGAAGA
* * * *
26664 AAAAGATATCTACTAGCAA-AAAAGTCCATTTATAGCCACCT
130 AAAAGATATCCATTAGGAAGAAAAGTCCATTTATAGCCACCC
* * * *
26705 ATGCCTTTGAAAGCCCTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAACCTCGTAATTGATTTTAAATTG
1 ATGCC-TTGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGATTTTATAACCTCATAATTGATTTTAAGTTG
* * * *
26770 AAAGTTTTTACA-TTTTTTATTAAAACAGATTAAAATTGAATGTCTACCTCGAGAAACATGAAGA
65 AAATTTTTTATACTTTTTTATTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACATGAAGA
* * * * * *
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130 AAAAGATATCCATTAGGAAGAAAAGTCCATTTATAGCCACCC
* * *
26876 ATGCCTTCGAAAGCCCTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAACCTCGTAATTGATTTTAAGTTG
1 ATGCCTT-GAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGATTTTATAACCTCATAATTGATTTTAAGTTG
* * * ** *
26941 AAATTTTTTATATTTTTTTTATTAAAATAGATTAAAATTGAATGTCTACCTCAAAAAACATGAAG
65 AAATTTTTTATA-CTTTTTTATTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACATGAAG
* * * *
27006 AAAAAGATATTCATTGGGAAGAGAAGTCCATTTATAACCACCC
129 AAAAAGATATCCATTAGGAAGAAAAGTCCATTTATAGCCACCC
* * * *
27049 ATGGCTTCGAAAGCTTTATTACACGCTTTAAATGATTTTATAACCTCATAAGTGATTTTAAGTT-
1 ATGCCTT-GAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGATTTTATAACCTCATAATTGATTTTAAGTTG
* * *
27113 AAATTTTTT-TACGTCTTTTATTAAAACAGATTATAATTGAATGTCCACCTTGACAAACATGAAG
65 AAATTTTTTATAC-TTTTTTATTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACATGAAG
*
27177 AAAAAGATATCCATTAGGAAGAGAAGTCCATTTATAGCCA--C
129 AAAAAGATATCCATTAGGAAGAAAAGTCCATTTATAGCCACCC
* *
27218 -T--CATG--AGCCTTATTACTCGCTTTAAATGATTTTATAACCTCATAAGTGATTTTAAGTT-A
1 ATGCCTTGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGATTTTATAACCTCATAATTGATTTTAAGTTGA
* * * ** *
27277 AATTTTTTTTACGTCTTTTATTAAAACAGATTATAATTAAATGTCCGCCTTGACAAACATGAAGA
66 AATTTTTTATAC-TTTTTTATTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACATGAAGA
*
27342 AAAAGATATCCATTGGGAAGAAAAGTCCATTTATAGCCACCC
130 AAAAGATATCCATTAGGAAGAAAAGTCCATTTATAGCCACCC
* * *
27384 ATGGCTTTGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGATTTTATAACCTCATAATTAATTTTAATTTG
1 AT-GCCTTGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGATTTTATAACCTCATAATTGATTTTAAGTTG
* * * * * ** * * *
27449 AATTTTTTTATA-TTTTCTGTTAAAACATATTATAATTGAATGTTTATTTTAAGAAACGTTAAGA
65 AAATTTTTTATACTTTTTTATTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACATGAAGA
* * * * * * * **
27513 AAATGATTTTCATT-GGCTACAAAAGTCTATTTATAGTCAATC
130 AAAAGATATCCATTAGG-AAGAAAAGTCCATTTATAGCCACCC
* * * * *
27555 ATGCCTTCAAAAGCCTTATTGCTCACTTTAAATG-TTGTTGTAATCTCATAATT
1 ATGCCTT-GAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGATT-TTATAACCTCATAATT
27608 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 1047, Mismatches: 174, Indels: 47
0.83 0.14 0.04
Matches are distributed among these distances:
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167 1 0.00
168 1 0.00
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ACGTcount: A:0.35, C:0.15, G:0.12, T:0.36
Consensus pattern (171 bp):
ATGCCTTGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGATTTTATAACCTCATAATTGATTTTAAGTTGA
AATTTTTTATACTTTTTTATTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACATGAAGAA
AAAGATATCCATTAGGAAGAAAAGTCCATTTATAGCCACCC
Found at i:28482 original size:171 final size:171
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27968 NNNNNNNNNN
* * * *
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* * ** *
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** * * *
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130 TATTACTCGCTTTAAATGATTTTAT--AACTTCATAATTGATTT
* * * * * *
28149 TAACTTGAATTTTTTTATATTTTTTATTAAAATATATTATAATTGAATGCCTGCC-TCAGGAAAC
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* * * * * ** *
28213 ATGGAGAGAGAGATATCCATTGG-AAAAAAAGTCTTTTTATAGCCACCCATGCCTTCAAAAGCCT
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* * *
28277 TATTACTCGCGTTAAATAATTTTATAATTTCATAATT-AGTTT
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* * * * * **
28319 GAAGTTGAATTGTTTTACATTTTTTATTAAAACAGAATATAATTGAATGTCTACCTTGTGAAATA
1 TAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTTATTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACG
* *
28384 TGAAGAAAAAGATATCCATTGGCAAGAAAAGTGCATTTATAGCCACCCATGTCTTGAAAAGCCTT
66 TGAAGAAAAAGATATCCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGCCACCCATGCCTTGAAAAGCCTT
* *
28449 ATTACTCTCTTTCAATGATTTTATAACTTCATAATTGATTT
131 ATTACTCGCTTTAAATGATTTTATAACTTCATAATTGATTT
* * * * * * * * *
28490 GAAGTAGAA-TTTTTTACATTTTTTATTCAAACAGAATATAATTGAATATCTACCTCGTGAAATG
1 TAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTTATTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACG
* * ** * *
28554 TGAAGAAAAATATATCCATTGGTAAGAAAAGTCCATTTATAGGAACGCATGCCATCG-AAAGCCT
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* * *
28618 TATTACTTGCTTTAAATGATTTTATAACGTCATAATTAATTT
130 TATTACTCGCTTTAAATGATTTTATAACTTCATAATTGATTT
* * * * * * *
28660 TGAGTTGAATTGTTTTACATTTTTTGTTAAAATAGATTCTAATTGAATGTCTACCTTGAGAAATG
1 TAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTTATTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACG
* * * * *
28725 TGAA-AAGGAAGATATTCATTGGTAAGAAAAGTCTATTTATAGCCACCCATGTCTTCG-AAAGCC
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* *
28788 TTATTACTCGCTTTAAATAATTTTATAACCTCATAATTGATTT
129 TTATTACTCGCTTTAAATGATTTTATAACTTCATAATTGATTT
* * * * *
28831 TAAGTTGAATTCTTTTATATTTCTTATTAAAACAGATGATAATTGAATGTCTACCTCGAGAAACA
1 TAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTTATTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACG
* * * * * **
28896 TGAA-AAAAAAAAATCCGTTGGTAAGAAAAGTCCATTTATAACCACTTATGCCTTCGAAAA-CCT
66 TGAAGAAAAAGATATCCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGCCACCCATGCCTT-GAAAAGCCT
28959 TATTACTCGCTTTAAATGATTTTATAACTTCATAATTGATTT
130 TATTACTCGCTTTAAATGATTTTATAACTTCATAATTGATTT
* * * * * * *
29001 TAAGTAGAACTTTTTTATATTTTTTATTAAAAAAAATTATAATTGAACGTCTACCTTGGGAAATG
1 TAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTTATTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACG
* * * * * * * *
29066 TGAAGAAAAATATATCTATTGACAAGAAAAGTCCATATATAGCTACCAATGCCTTCAAAACCCTT
66 TGAAGAAAAAGATATCCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGCCACCCATGCCTTGAAAAGCCTT
* *
29131 ATTACTTGCTTTGAATGATTTTTATAATCTT-ATAATTGATTT
131 ATTACTCGCTTTAAATGA-TTTTATAA-CTTCATAATTGATTT
* * * * *
29173 TAAGTTGAATTCTTTTATATTTTCTATTAAAACAGATTATAATTGAATATCTACCTTAAGAAACA
1 TAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTTATTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACG
* * * * * * **
29238 TCAAGAAAAAGATATTCATTGGTAAGAAAAGTCTATTTACAGTCACCCATAACTTCG-AAAGCCT
66 TGAAGAAAAAGATATCCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGCCACCCATGCCTT-GAAAAGCCT
* *
29302 TTTTACACGCTTTAAATGATTTTATAATCTT-ATAATTGATTT
130 TATTACTCGCTTTAAATGATTTTATAA-CTTCATAATTGATTT
* * * * * *
29344 TCAGTTGAATTGTTTTACATTTTTTATTAAAATAGATTATAATCGAATGTCTGCCTTGAGAAACG
1 TAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTTATTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACG
* * *
29409 TGAAGAAAAAGATATCCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCA-CCATGCCTTCAAAAGCCTC
66 TGAAGAAAAAGATATCCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGCCACCCATGCCTTGAAAAGCCTT
*
29473 ATTACTCACTTTAAAT-ATTTTTATAAACTT-ATAATTGATTT
131 ATTACTCGCTTTAAATGA-TTTTAT-AACTTCATAATTGATTT
* * * *
29514 TAAGTTGAATTCTTTTATATTTTTTATTAAAACAGATTATAATTGAATGCCCAGCTTG-GAAAAC
1 TAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTTATTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTTGAG-AAAC
* * * *
29578 ATGAAGAAAAATATATCTATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGCCACCTATGCCTTCG-AAAGCC
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* * * *
29642 TTATCACTTGCTTTAAATGATTTTTATGATCTT-ATAAGTGATTT
129 TTATTACTCGCTTTAAATGA-TTTTAT-AACTTCATAATTGATTT
* * * * *
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1 TAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTTATTAAAACAGATTATAATTGA-ATGTCTACCTTGA-GAAA
* * * * * *
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* * * *
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* * * * * ** * *
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* ** * * *
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* *
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* * *
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* ** * *
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*
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* * * ** *
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* *
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* * * * *
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* * ** *
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* * * *
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* * ** * *
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** * * * * *
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* * *
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129 TTATTACTCGCTTTAAATGATTTTATAACTTCATAATTGATTT
* * * * * * *
30714 TAAGTTGATTTTTTTTATA-TTTTTATTACAACATATTATAAATAAATGTCTACC-TGGGAAACA
1 TAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTTATTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACG
*
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* * * *
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129 TTATTACTCGCTTTAAATGATTTTATAACTTCATAATTGATTT
* * * ** *
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1 TAAGTTGAA-TTTTTTTATATTTTTTATTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTTGA-GAAA
* * **********
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* *****
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***** * * * * * ** * *
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1 TAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTTATTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACG
* * * * *** *
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66 TGAAGAAAAAGATATCCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGCCACCCATGCCTT-GAAAAGCCT
* *
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130 TATTAC-TCGCTTTAAATGATTTTATA-ACTTCATAATTGATTT
********** * * * * * *
31227 TNNNNNNNNNNTTTTTATATTATTTATTAAAACAGATTATAGTTGAATGTTTACCTAGATAAACA
1 TAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTTATTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACG
* * *
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* * *
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* ** * * *
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* * * * * **
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* * *
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* * * *** ** *
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* *
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* *
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* * * ** * *
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* * * * * *
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* ** * *
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* * * * * *
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* * * *
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* *
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324 TATAATCTTATAATTGATTT
* * * *
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* * * *
29749 TGTTAAGAAAAAGATATCCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTACAG-TCACCCATACCTTCAAAAGC
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* * * * *
29813 CTTATTA-TTCGCTTTAAATATTTATCTAATTTTATAATTGATTTTGAGTTGAATTTTTTTACAT
129 CTTATTACTT-GCTTTAAATATTTTTATAATCTTATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATAT
* * * ** * * *
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* * * * *
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*
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* * *
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1 TAAGTTGAATTCTTTTATA-TTTTTTATTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAAC
* ** * * *
30094 GTTAAGAAAAAGATATTAATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGC-CACCTATGCCTTCGAAAGCC
65 GTGAAGAAAAAGATATCCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGCTCACCCATGCCTTCAAAAGCC
* * ** *
30158 TTATTACTCGCTTTAAATGA-TTTTATAAACTCGTAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATT
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* * * * * **
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194 TTTTATTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTTAAGAAACATGAAGAAAAAGATATCCATTG
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*
30352 TTATAATTTTATAATTGATTT
323 TTATAATCTTATAATTGATTT
* * * * * *
30373 GAAGTTCAATTTTTTTATATTTTTCATTACAACAGATTATAATTGAATGTTTACCTTGAGAAACG
1 TAAGTTGAATTCTTTTATATTTTTTATTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACG
* **
30438 TGAAGAAAAAGATATCCATTGGAAAGAAAAGTCCATTTATAG-TCACCCACACCTTCAAAAG-CT
66 TGAAGAAAAAGATATCCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGCTCACCCATGCCTTCAAAAGCCT
* * *
30501 GTATTACTTG-TCTTAAATATTTTTCTAATTTTATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTATATT
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* ** * *
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194 TTTTATTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTTAAGAAACATGAAGAAAAAGATATCCATTG
* * * * * * *
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* * *
30693 TTACAACCTCATAATTGATTT
323 TTATAATCTTATAATTGATTT
* * * * * * * *
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1 TAAGTTGAATTCTTTTATATTTTTTATTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACG
*
30777 TGAAGAAAAAGATATCCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAAG--CACCCATACCTTCGAAAA-C
66 TGAAGAAAAAGATATCCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTAT-AGCTCACCCATGCCTTC-AAAAGC
* ** *
30839 CTTACTACTCACTTTCAATGA-TTTTATAA-CTTAATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTTAT
129 CTTATTACTTGCTTTAAAT-ATTTTTATAATCTT-ATAATTGATTTTAAGTTGAA-TTTTTTTAT
* * * ** * * * * *
30902 ATTTTTTATTAAAATAAATTATAATTAAACATTTACCTTAGGAAACGTGAAGAAAAAAATATCTA
191 ATTTTTTATTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTTAAGAAACATGAAGAAAAAGATATCCA
* ********** *
30967 TTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGNNNNNNNNNNCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTGAAATGA
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*****
31032 TTTTTATAATCTTATAATTNNNNN
321 -TTTTATAATCTTATAATTGATTT
***** * * * * ** * *
31056 NNNNNTGAATTCTTTTATATTTTCTATTCAAACAGATTATAATTGAATATTTACCTCAAGGAACA
1 TAAGTTGAATTCTTTTATATTTTTTATTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACG
* * * * * * * *
31121 TGAAGAAAAAGATATACATTGGTAAGAAAAGTCTATTTACA-ATAACCCATGACTTCGAAAGCCT
66 TGAAGAAAAAGATATCCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGCTCACCCATGCCTTCAAAAGCCT
* * * ********** *
31185 TTTTACATGCTTTAAATGA-TTTTATATTCTTATAATTGATTTTNNNNNNNNNNTTTTTATATTA
131 TATTACTTGCTTTAAAT-ATTTTTATAATCTTATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTT
* * *
31249 TTTATTAAAACAGATTATAGTTGAATGTTTACC-TAGATAAACATGAAGAAAAAGATATCCATTG
195 TTTATTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTTA-AGAAACATGAAGAAAAAGATATCCATTG
* * * * *
31313 GCAAGAAAAGTCTATTTATAGTCA-CCA-GCACCTTCAAAAGCCTTATTACTCTCTTTAAAT-AT
259 GTAAGAAAAGTCCATTTATAGCCACCCATG--CCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGAT
31375 TTT
322 TTT
31378 TCTAATTTCA
Statistics
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TTATTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTTAAGAAACATGAAGAAAAAGATATCCATTGGT
AAGAAAAGTCCATTTATAGCCACCCATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGATTTTA
TAATCTTATAATTGATTT
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* * * *
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* * * * * *
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* *
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* * * *
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* *
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*
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Statistics
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Consensus pattern (171 bp):
CATTTATAGTCACCCATGCCTTCAAAAGCCTTATTACCAACTTTAAATGTTGTTATAATCTTATA
ATTGATTTTAAGTTAAATTCTTTTATATTTTTAATTAAAACAGATTATAATTGAATATCTACCTT
GAAAAACATGAAGAAAAAGATATCCATTGACAGGAAAAGTC
Found at i:33248 original size:171 final size:171
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Indices: 32961--34223 Score: 1348
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32951 NNNNNNNNNN
* * * * * * * * *
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* *
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* * * * * *
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* * *
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* * *
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* *
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129 TCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTATATTTTTTATT
* * * * *
33472 AAAACAGGTAATAATTGAATGTCTACCAT-AAGAAATATGAAGAAAACGATATCCATTAGCATG-
1 AAAACAGATAATAATTGAATGTCTACC-TCAAGAAACATGAAGAAAAAGATATCCATTGGCAAGA
* *
33535 AAAGATCTATTTATAGTCACCCATGCCTTCAAAAG-CATTTTTACTCGCTTTAAACG-TTGTTAT
65 AAAG-TCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCAAAAGCCA-TTTTACTCGCTTTAAATGATT-TTAT
* * * * *
33598 GATCTCATAATTGATTTTAAGTTCAATTTTTTTTTTGCATTTTTGACT
127 AATCTCATAATTGATTTTAAGTT-AAATTTTTTTAT--ATTTTTTATT
* ** * * * *
33646 AAAACAGATAATAATTTAATGTCTGTCTTATGAAACATGAAGAAAAAGATATCCATTGGTAGGAA
1 AAAACAGATAATAATTGAATGTCTACCTCAAGAAACATGAAGAAAAAGATATCCATTGGCAAGAA
* * * *
33711 AAGTCCATTTATAGTCACTCATACCTTCAAAAGCC-TTATTACTCGCTTTAAATGTTTTTACAAT
66 AAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCAAAAGCCATT-TTACTCGCTTTAAATGATTTTATAAT
* * * * **
33775 C-CATAATTGATTTTAAATTGAATTTTGTTACGA-TTTTGGTT
130 CTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTA-TATTTTTTATT
* * * * *
33816 AAAACAAATAATAATTAAATGTCTGCCT-TAGAAAACATGAATAAAAAGATATCCATTGGCAAGA
1 AAAACAGATAATAATTGAATGTCTACCTCAAG-AAACATGAAGAAAAAGATATCCATTGGCAAGA
* * * *
33880 AAAGTCAATTTATAGTCACCCATGCCTTCAAAAGTCATATTACTCGCTTTAAATGTTTTTATAAT
65 AAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCAAAAGCCATTTTACTCGCTTTAAATGATTTTATAAT
*
33945 CTCATAATTGATTTTATA-TTGAA-----TT-T-TTTTTTAGTT
130 CTCATAATTGATTTTA-AGTTAAATTTTTTTATATTTTTTA-TT
* * * * *
33981 AAAACAGATAATAATTGAATGTCTGCCCCAGGAAACATGAAGAAAACGATATTCATTGGCAAGAA
1 AAAACAGATAATAATTGAATGTCTACCTCAAGAAACATGAAGAAAAAGATATCCATTGGCAAGAA
* * *
34046 AAGTCCATTTATAATCACCCATGCCTTCAACAGCC-TTATTACTCACTTTAAATGATTTTATAAT
66 AAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCAAAAGCCATT-TTACTCGCTTTAAATGATTTTATAAT
* * * *
34110 CTTATAATTGATTTTAAGCTGAATTGTTTTATATTTTTTATT
130 CTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTATATTTTTTATT
* * * * *
34152 AAAATAGATTATAATTGGATGTCTACCTCGAGAAACATGAAGAAAAAGATATCCATTGACAAGAA
1 AAAACAGATAATAATTGAATGTCTACCTCAAGAAACATGAAGAAAAAGATATCCATTGGCAAGAA
34217 AAGTCCA
66 AAGTCCA
34224 NNNNNNNNNN
Statistics
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ACGTcount: A:0.37, C:0.15, G:0.12, T:0.36
Consensus pattern (171 bp):
AAAACAGATAATAATTGAATGTCTACCTCAAGAAACATGAAGAAAAAGATATCCATTGGCAAGAA
AAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCAAAAGCCATTTTACTCGCTTTAAATGATTTTATAATC
TCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTATATTTTTTATT
Found at i:35427 original size:172 final size:172
Alignment explanation
Indices: 34980--36765 Score: 1437
Period size: 172 Copynumber: 10.4 Consensus size: 172
34970 NNNNNNNNTT
* * *
34980 AAAAGCCTTATTGCTCGCTTTAAATGA--TTTATAA-CGTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTT
1 AAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGATTTTTATAATC-TTATAATTGATTTTAAGTTGAATTCT
* * * * **********
35042 TTTACATTTTTTGTTAAAATAGATTCTAATTGAATGTCTACCTTGAGAANNNNNNNNNNAAAGAT
65 TTTATATTTTTTATTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAATGTGAAGAAAAAGAT
* ** * * * **
35107 ATTCATTGGCAAGAAAAGTCTATTTCTAGCCACCCATGTCTTC
130 ATCCATTGATAAGAAAAGTCCATTTATAGCTACCCATACCTTC
* * * **************** *
35150 GAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAAT-AATTTTATAACCNNNNNNNNNNNNNNNNGTTGAATTTTT
1 AAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGATTTTTATAATCTTATAATTGATTTTAAGTTGAATTCTT
* * * * * *
35214 TTACATTTCTTATTAAAACAGATTATAATTTAATGTCTACCTCGAAAAATGTGAAGAAAGAGATA
66 TTATATTTTTTATTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAATGTGAAGAAAAAGATA
* * * *
35279 TCTATTGACAAGAAAAGTCCATATATAGCTACCCATGCCTTC
131 TCCATTGATAAGAAAAGTCCATTTATAGCTACCCATACCTTC
* * * * ******
35321 AAAACCCTTATTACTTGCTCTGAATGATTTTTATAATCTTATAATTGATTTTAAGTTGANNNNNN
1 AAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGATTTTTATAATCTTATAATTGATTTTAAGTTGAATTCTT
**** * * ** ** *
35386 NNNNATTTTCTATTAAAACAGATTATAATTGAATATCTACCTCAAGAAACATGATGAAAAAGATA
66 TTATATTTTTTATTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAATGTGAAGAAAAAGATA
* * * * *
35451 TTCATTGGTAAGAAAAGTCTATTTATAG-TCACCCATATCTGC
131 TCCATTGATAAGAAAAGTCCATTTATAGCT-ACCCATACCTTC
* * * * *
35493 GAAAGCCTTTTTACACGCTTTAAATGA-TTTTATAATCTTATAATTGATTTTTTAA-TTAAATTA
1 AAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGATTTTTATAATCTTATAATTGA--TTTTAAGTTGAATTC
* * * * *
35556 TTTTACATTTTTTATTAAAACAAATTATAATCGAATGTCTACCTAGAGAAACGTGAAGAAAAAGA
64 TTTTATATTTTTTATTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAATGTGAAGAAAAAGA
********** *
35621 TATCCATTGNNNNNNNNNNTCCATTTATAG-TCACCCATGCCTTC
129 TATCCATTGATAAGAAAAGTCCATTTATAGCT-ACCCATACCTTC
* * * *
35665 AAAAGCCTCATTACTCACTTTAAAT-ATCTTTATAAACTTATAATTGATTTTAAGTTGAATTCTT
1 AAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGATTTTTATAATCTTATAATTGATTTTAAGTTGAATTCTT
* * * ** * ** *
35729 TTATATTTTTTATTAAAAAAGATTATAATTGAATGCCCAGGTTGGGAAACATGAAGAAAAATATA
66 TTATATTTTTTATTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAATGTGAAGAAAAAGATA
* * *
35794 TCTATTGGA-AAGAAAAGTCCATTTATAGCCACCTATACCTTC
131 TCCATT-GATAAGAAAAGTCCATTTATAGCTACCCATACCTTC
* * * * *
35836 GAAAGCCTTATCACTTGCTTTAAATGATTTTTATGATCTTATAATTGATTTTAAGTTGCATTCTT
1 AAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGATTTTTATAATCTTATAATTGATTTTAAGTTGAATTCTT
* * * * *
35901 TTATATTTTTTATTAAAATAGATTATAATTGAATGTCTACCGTGACAAATGTTAAGAAACAGATA
66 TTATATTTTTTATTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAATGTGAAGAAAAAGATA
* * * *
35966 TCCATTGGTAAGAAAAGTCCATTTACAG-TCACCTATACCTGC
131 TCCATTGATAAGAAAAGTCCATTTATAGCT-ACCCATACCTTC
* * * * * * *
36008 AAAAGCCTTATTATTCGCTTTAAAT-ATTTCTCTAATTTTATAATTGATTTTGAGTTAAATTTTT
1 AAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGATTTTTATAATCTTATAATTGATTTTAAGTTGAATTCTT
* * * * ** ** *
36072 TTACATTTTTTACTAAAATAGATTATAATTGAATGTTTGTCTTGAGAAACATGAAGAAAAGGATA
66 TTATATTTTTTATTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAATGTGAAGAAAAAGATA
* * * * *
36137 TCCATCGATAAGAAAAGTCCATTTATAGCCACTCATTCGTTC
131 TCCATTGATAAGAAAAGTCCATTTATAGCTACCCATACCTTC
* * *
36179 AAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGATTTTTATAATATTATAATAGATTTTCAGTTGAATTCTT
1 AAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGATTTTTATAATCTTATAATTGATTTTAAGTTGAATTCTT
* * * *
36244 TTATATTTATTATTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTGCTTTGAGAAATGTTAAGAAAAAGATA
66 TTATATTTTTTATTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAATGTGAAGAAAAAGATA
* * * *
36309 TCAATTGACAAGAAAAGTCTATTTATAGCCACCCATACCTTC
131 TCCATTGATAAGAAAAGTCCATTTATAGCTACCCATACCTTC
* * * * * *
36351 GAAAGCCTGATTACTCACTTTAAATGA-TTTTATAACCTTGTAATTGATTTTAAGTTGAATTTTT
1 AAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGATTTTTATAATCTTATAATTGATTTTAAGTTGAATTCTT
* ********** * ** * *
36415 TTACATTTTNNNNNNNNNNAGATTATAATTGAATGTCTACC-TCAGGAAACATAAAGAAAAATAT
66 TTATATTTTTTATTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTTGA-GAAATGTGAAGAAAAAGAT
* * * ********
36479 ATCTATTGGTAAGAAAAGTCCATTTATAGCCACCCNNNNNNNN
130 ATCCATTGATAAGAAAAGTCCATTTATAGCTACCCATACCTTC
** * * *
36522 NNAAGCCTTGTTACTCGCTTTAAATGATTTTTATAATCCTATAATTGATTTGAAGTTGAATTCTT
1 AAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGATTTTTATAATCTTATAATTGATTTTAAGTTGAATTCTT
* * * *
36587 TTATATTTTTTATTACAACAGATTATAATTGAATGTTTACCTTGAGAAATGCGAAAAAAAAGATA
66 TTATATTTTTTATTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAATGTGAAGAAAAAGATA
* *
36652 TCAATTGGA-AAGAAAAGTCCATTTATAG-TCACCCACACCTTC
131 TCCATT-GATAAGAAAAGTCCATTTATAGCT-ACCCATACCTTC
* * * * * *
36694 AAAAGCCTTATTACTTGCCTTAAAT-ATTTTTCTAATTTTATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTT
1 AAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGATTTTTATAATCTTATAATTGATTTTAAGTTGAATTCTT
36758 TTATATTT
66 TTATATTT
36766 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 1247, Mismatches: 348, Indels: 41
0.76 0.21 0.03
Matches are distributed among these distances:
169 1 0.00
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173 9 0.01
ACGTcount: A:0.35, C:0.13, G:0.11, T:0.38
Consensus pattern (172 bp):
AAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGATTTTTATAATCTTATAATTGATTTTAAGTTGAATTCTT
TTATATTTTTTATTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAATGTGAAGAAAAAGATA
TCCATTGATAAGAAAAGTCCATTTATAGCTACCCATACCTTC
Found at i:35699 original size:343 final size:342
Alignment explanation
Indices: 34980--36765 Score: 1568
Period size: 343 Copynumber: 5.2 Consensus size: 342
34970 NNNNNNNNTT
* * * *
34980 AAAAGCCTTATTGCTCGCTTTAAATGA-TTTATAA-CGTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTT
1 AAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGATTTTATAATC-TTATAATTGATTTTAAGTTGAATTCTT
* * * **********
35043 TTACATTTTTTGTTAAAATAGATTCTAATTGAATGTCTACCTTGAGAANNNNNNNNNNAAAGATA
65 TTACATTTTTTATTAAAAAAGATTATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACATGAAGAAAAAGATA
* * * *
35108 TTCATTGGCAAGAAAAGTCTATTTCTAGCCACCCATGTCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAA
130 TTCATTGGTAAGAAAAGTCCATTTATAGCCACCCATATCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAA
* * ***************** * * *
35173 AT-AATTTTATAACCNNNNNNNNNNNNNNNNGTTGAATTTTTTTACATTTCTTATTAAAACAGAT
195 ATGATTTTTATAATCTTATAATTGATTTTTAATTGAATTCTTTTATATTTTTTATTAAAACAGAT
* * * * * *
35237 TATAATTTAATGTCTACCTCGAAAAATGTGAAGAAAGAGATATCTATTGACAAGAAAAGTCCATA
260 TATAATTGAATGTCTACCT-GAGAAATGTTAAGAAAAAGATATCCATTGACAAGAAAAGTCCATT
*
35302 TATAG-CTACCCATGCCTTC
324 TATAGTC-ACCCATACCTTC
* ** * * ******
35321 AAAACCCTTATTACTTGCTCTGAATGATTTTTATAATCTTATAATTGATTTTAAGTTGANNNNNN
1 AAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGA-TTTTATAATCTTATAATTGATTTTAAGTTGAATTCTT
**** * * * ** *
35386 NNNNATTTTCTATTAAAACAGATTATAATTGAATATCTACCTCAAGAAACATGATGAAAAAGATA
65 TTACATTTTTTATTAAAAAAGATTATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACATGAAGAAAAAGATA
* * * * *
35451 TTCATTGGTAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACCCATATCTGCGAAAGCCTTTTTACACGCTTTAA
130 TTCATTGGTAAGAAAAGTCCATTTATAGCCACCCATATCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAA
* * * *
35516 ATGA-TTTTATAATCTTATAATTGATTTTTTAATTAAATTATTTTACATTTTTTATTAAAACAAA
195 ATGATTTTTATAATCTTATAATTGA-TTTTTAATTGAATTCTTTTATATTTTTTATTAAAACAGA
* * * **********
35580 TTATAATCGAATGTCTACCTAGAGAAACGTGAAGAAAAAGATATCCATTGNNNNNNNNNNTCCAT
259 TTATAATTGAATGTCTACCT-GAGAAATGTTAAGAAAAAGATATCCATTGACAAGAAAAGTCCAT
*
35645 TTATAGTCACCCATGCCTTC
323 TTATAGTCACCCATACCTTC
* *
35665 AAAAGCCTCATTACTCACTTTAAAT-ATCTTTATAAACTTATAATTGATTTTAAGTTGAATTCTT
1 AAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGAT-TTTATAATCTTATAATTGATTTTAAGTTGAATTCTT
* * * ** * *
35729 TTATATTTTTTATTAAAAAAGATTATAATTGAATGCCCAGGTTGGGAAACATGAAGAAAAATATA
65 TTACATTTTTTATTAAAAAAGATTATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACATGAAGAAAAAGATA
* * * * *
35794 -TCTATTGGAAAGAAAAGTCCATTTATAGCCACCTATACCTTCGAAAGCCTTATCACTTGCTTTA
130 TTC-ATTGGTAAGAAAAGTCCATTTATAGCCACCCATATCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTA
* * *
35858 AATGATTTTTATGATCTTATAATTGA-TTTTAAGTTGCATTCTTTTATATTTTTTATTAAAATAG
194 AATGATTTTTATAATCTTATAATTGATTTTTAA-TTGAATTCTTTTATATTTTTTATTAAAACAG
* * **
35922 ATTATAATTGAATGTCTACCGTGACAAATGTTAAGAAACAGATATCCATTGGTAAGAAAAGTCCA
258 ATTATAATTGAATGTCTACC-TGAGAAATGTTAAGAAAAAGATATCCATTGACAAGAAAAGTCCA
* * *
35987 TTTACAGTCACCTATACCTGC
322 TTTATAGTCACCCATACCTTC
* * * * * * *
36008 AAAAGCCTTATTATTCGCTTTAAAT-ATTTCTCTAATTTTATAATTGATTTTGAGTTAAATTTTT
1 AAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGATTT-TATAATCTTATAATTGATTTTAAGTTGAATTCTT
* * * ** *
36072 TTACATTTTTTACTAAAATAGATTATAATTGAATGTTTGTCTTGAGAAACATGAAGAAAAGGATA
65 TTACATTTTTTATTAAAAAAGATTATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACATGAAGAAAAAGATA
* * * * *
36137 TCCATCGATAAGAAAAGTCCATTTATAGCCACTCAT-TCGTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTA
130 TTCATTGGTAAGAAAAGTCCATTTATAGCCACCCATATC-TTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTA
* * * * *
36201 AATGATTTTTATAATATTATAATAGATTTTCAGTTGAATTCTTTTATATTTATTATTAAAACAGA
194 AATGATTTTTATAATCTTATAATTGATTTTTAATTGAATTCTTTTATATTTTTTATTAAAACAGA
* * * *
36266 TTATAATTGAATGTCTGCTTTGAGAAATGTTAAGAAAAAGATATCAATTGACAAGAAAAGTCTAT
259 TTATAATTGAATGTCTAC-CTGAGAAATGTTAAGAAAAAGATATCCATTGACAAGAAAAGTCCAT
*
36331 TTATAGCCACCCATACCTTC
323 TTATAGTCACCCATACCTTC
* * * * *
36351 GAAAGCCTGATTACTCACTTTAAATGATTTTATAACCTTGTAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTT
1 AAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGATTTTATAATCTTATAATTGATTTTAAGTTGAATTCTTT
********** * * *
36416 TACATTTTNNNNNNNNNNAGATTATAATTGAATGTCTACC-TCAGGAAACATAAAGAAAAATATA
66 TACATTTTTTATTAAAAAAGATTATAATTGAATGTCTACCTTGA-GAAACATGAAGAAAAAGATA
********** *
36480 -TCTATTGGTAAGAAAAGTCCATTTATAGCCACCCNNNNNNNNNNAAGCCTTGTTACTCGCTTTA
130 TTC-ATTGGTAAGAAAAGTCCATTTATAGCCACCCATATCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTA
* * *
36544 AATGATTTTTATAATCCTATAATTGA-TTTGAAGTTGAATTCTTTTATATTTTTTATTACAACAG
194 AATGATTTTTATAATCTTATAATTGATTTTTAA-TTGAATTCTTTTATATTTTTTATTAAAACAG
* ** * *
36608 ATTATAATTGAATGTTTACCTTGAGAAATGCGAAAAAAAAGATATCAATTGGA-AAGAAAAGTCC
258 ATTATAATTGAATGTCTACC-TGAGAAATGTTAAGAAAAAGATATCCATT-GACAAGAAAAGTCC
*
36672 ATTTATAGTCACCCACACCTTC
321 ATTTATAGTCACCCATACCTTC
** * * * * *
36694 AAAAGCCTTATTACTTGCCTTAAAT-ATTTTTCTAATTTTATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTT
1 AAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGA-TTTTATAATCTTATAATTGATTTTAAGTTGAATTCTT
*
36758 TTATATTT
65 TTACATTT
36766 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 1157, Mismatches: 264, Indels: 46
0.79 0.18 0.03
Matches are distributed among these distances:
341 22 0.02
342 20 0.02
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344 145 0.13
345 1 0.00
ACGTcount: A:0.35, C:0.13, G:0.11, T:0.38
Consensus pattern (342 bp):
AAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGATTTTATAATCTTATAATTGATTTTAAGTTGAATTCTTT
TACATTTTTTATTAAAAAAGATTATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACATGAAGAAAAAGATAT
TCATTGGTAAGAAAAGTCCATTTATAGCCACCCATATCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAA
TGATTTTTATAATCTTATAATTGATTTTTAATTGAATTCTTTTATATTTTTTATTAAAACAGATT
ATAATTGAATGTCTACCTGAGAAATGTTAAGAAAAAGATATCCATTGACAAGAAAAGTCCATTTA
TAGTCACCCATACCTTC
Found at i:36335 original size:686 final size:685
Alignment explanation
Indices: 35203--36765 Score: 1779
Period size: 686 Copynumber: 2.3 Consensus size: 685
35193 NNNNNNNNNN
* * * *
35203 GTTGAATTTTTTTACATTTCTTATTAAAACAGATTATAATTTAATGTCTACCTCGAAAAATGTGA
1 GTTGAATTCTTTTATATTTTTTATTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCT-GAAAAATGTGA
* * * * *
35268 AGAAAGAGATATCTATT-GACAAGAAAAGTCCATATATAG-CTACCCATGCCTTCAAAACCCTTA
65 AGAAAAAGATATCAATTGGA-AAGAAAAGTCCATTTATAGTC-ACCCATACCTTCAAAAGCCTTA
* * * * * **********
35331 TTACTTGCTCTGAATGATTTTTATAATCTTATAATTGATTTTAAGTTGANNNNNNNNNNATTTTC
128 TTACTTGCTTTAAAT-ATTTTTCTAATTTTATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTACATTTTC
* * * * *
35396 TATTAAAACAGATTATAATTGAATATCTACCTCAAGAAACATGATGAAAAAGATATTCATTGGTA
192 TACTAAAACAGATTATAATTGAATATCTACCTCAAGAAACATGAAGAAAAAGATATCCATCGATA
* * * *
35461 AGAAAAGTCTATTTATAGTCACCCATATCTGCGAAAGCCTTTTTACACGCTTTAAATGATTTTAT
257 AGAAAAGTCCATTTATAGCCACCCATATCTGCAAAAGCCTTATTACACGCTTTAAATGATTTTAT
* * * *
35526 AATCTTATAATTGATTTTTTAATTAAATTATTTTACATTTTTTATTAAAACAAATTATAATCGAA
322 AATATTATAATAGATTTTTCAATTAAATTATTTTACATTTATTATTAAAACAAATTATAATCGAA
* ********** *
35591 TGTCTACCTAGAGAAACGTGAAGAAAAAGATATCCATTGNNNNNNNNNNTCCATTTATAGTCACC
387 TGTCTACCTAGAGAAACGTGAAGAAAAAGATATCAATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGCCACC
*
35656 CATGCCTTCAAAAGCCTCATTACTCACTTTAAAT-ATCTTTATAAACTTATAATTGATTTTAAGT
452 CATACCTTCAAAAGCCTCATTACTCACTTTAAATGAT-TTTATAAACTTATAATTGATTTTAAGT
* ** ** *
35720 TGAATTCTTTTATATTTTTTATTAAAAAAGATTATAATTGAATGCCCAGGTTGGGAAACATGAAG
516 TGAATTCTTTTACATTTTTTATTAAAAAAGATTATAATTGAATGCCCACCTCAGGAAACATAAAG
*
35785 AAAAATATATCTATTGGAAAGAAAAGTCCATTTATAGCCACCTATACCTTCGAAAGCCTTATCAC
581 AAAAATATATCTATTGGAAAGAAAAGTCCATTTATAGCCACCCATACCTTCGAAAGCCTTATCAC
* * * *
35850 TTGCTTTAAATGATTTTTATGATCTTATAATTGATTTTAA
646 TCGCTTTAAATGATTTTTATAATCCTATAATTGATTTGAA
* * * *
35890 GTTGCATTCTTTTATATTTTTTATTAAAATAGATTATAATTGAATGTCTACCGTGACAAATGTTA
1 GTTGAATTCTTTTATATTTTTTATTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACC-TGAAAAATGTGA
* * * * * *
35955 AGAAACAGATATCCATTGGTAAGAAAAGTCCATTTACAGTCACCTATACCTGCAAAAGCCTTATT
65 AGAAAAAGATATCAATTGGAAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATACCTTCAAAAGCCTTATT
* * *
36020 A-TTCGCTTTAAATATTTCTCTAATTTTATAATTGATTTTGAGTTAAATTTTTTTACATTTTTTA
130 ACTT-GCTTTAAATATTTTTCTAATTTTATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTACATTTTCTA
* * * ** ** *
36084 CTAAAATAGATTATAATTGAATGTTTGTCTTGAGAAACATGAAGAAAAGGATATCCATCGATAAG
194 CTAAAACAGATTATAATTGAATATCTACCTCAAGAAACATGAAGAAAAAGATATCCATCGATAAG
* * *
36149 AAAAGTCCATTTATAGCCACTCAT-TCGTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGATTTTTAT
259 AAAAGTCCATTTATAGCCACCCATATC-TGCAAAAGCCTTATTACACGCTTTAAATGA-TTTTAT
* * * * * *
36213 AATATTATAATAGA-TTTTCAGTTGAATTCTTTTATATTTATTATTAAAACAGATTATAATTGAA
322 AATATTATAATAGATTTTTCAATTAAATTATTTTACATTTATTATTAAAACAAATTATAATCGAA
* * * * * *
36277 TGTCTGCTTTGAGAAATGTTAAGAAAAAGATATCAATTGACAAGAAAAGTCTATTTATAGCCACC
387 TGTCTACCTAGAGAAACGTGAAGAAAAAGATATCAATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGCCACC
* * * *
36342 CATACCTTCGAAAGCCTGATTACTCACTTTAAATGATTTTATAACCTTGTAATTGATTTTAAGTT
452 CATACCTTCAAAAGCCTCATTACTCACTTTAAATGATTTTATAAACTTATAATTGATTTTAAGTT
* ********** * *
36407 GAATTTTTTTACATTTTNNNNNNNNNNAGATTATAATTGAATGTCTACCTCAGGAAACATAAAGA
517 GAATTCTTTTACATTTTTTATTAAAAAAGATTATAATTGAATGCCCACCTCAGGAAACATAAAGA
* ********** * *
36472 AAAATATATCTATTGGTAAGAAAAGTCCATTTATAGCCACCCNNNNNNNNNNAAGCCTTGTTACT
582 AAAATATATCTATTGGAAAGAAAAGTCCATTTATAGCCACCCATACCTTCGAAAGCCTTATCACT
36537 CGCTTTAAATGATTTTTATAATCCTATAATTGATTTGAA
647 CGCTTTAAATGATTTTTATAATCCTATAATTGATTTGAA
* * * *
36576 GTTGAATTCTTTTATATTTTTTATTACAACAGATTATAATTGAATGTTTACCTTGAGAAATGCGA
1 GTTGAATTCTTTTATATTTTTTATTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACC-TGAAAAATGTGA
* *
36641 AAAAAAAGATATCAATTGGAAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCACACCTTCAAAAGCCTTATT
65 AGAAAAAGATATCAATTGGAAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATACCTTCAAAAGCCTTATT
* *
36706 ACTTGCCTTAAATATTTTTCTAATTTTATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTATATTT
130 ACTTGCTTTAAATATTTTTCTAATTTTATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTACATTT
36766 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 723, Mismatches: 145, Indels: 17
0.82 0.16 0.02
Matches are distributed among these distances:
685 2 0.00
686 581 0.80
687 137 0.19
688 3 0.00
ACGTcount: A:0.35, C:0.13, G:0.11, T:0.38
Consensus pattern (685 bp):
GTTGAATTCTTTTATATTTTTTATTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTGAAAAATGTGAA
GAAAAAGATATCAATTGGAAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATACCTTCAAAAGCCTTATTA
CTTGCTTTAAATATTTTTCTAATTTTATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTACATTTTCTACT
AAAACAGATTATAATTGAATATCTACCTCAAGAAACATGAAGAAAAAGATATCCATCGATAAGAA
AAGTCCATTTATAGCCACCCATATCTGCAAAAGCCTTATTACACGCTTTAAATGATTTTATAATA
TTATAATAGATTTTTCAATTAAATTATTTTACATTTATTATTAAAACAAATTATAATCGAATGTC
TACCTAGAGAAACGTGAAGAAAAAGATATCAATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGCCACCCATA
CCTTCAAAAGCCTCATTACTCACTTTAAATGATTTTATAAACTTATAATTGATTTTAAGTTGAAT
TCTTTTACATTTTTTATTAAAAAAGATTATAATTGAATGCCCACCTCAGGAAACATAAAGAAAAA
TATATCTATTGGAAAGAAAAGTCCATTTATAGCCACCCATACCTTCGAAAGCCTTATCACTCGCT
TTAAATGATTTTTATAATCCTATAATTGATTTGAA
Found at i:38715 original size:171 final size:171
Alignment explanation
Indices: 38288--38727 Score: 478
Period size: 170 Copynumber: 2.6 Consensus size: 171
38278 NNNATAGATT
* * * * * **
38288 ATAATTGAATGTCTACCTTAAGAAACATAAAGAAAAAGATATCCATTGTCTTGAAAAAG-CCATT
1 ATAATTGAATGTATGCCTTAGGAAACATAGAGAAAAAGATATCCATTGGCAAG-AAAAGTCCATT
** *
38352 TACAGTCACCCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGTTGTTATAATCTCATAATAC
65 TTTAGTCACCCATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGTTGTTATAATCTCATAATAC
38417 ATTTTAAGTTAAATTGTTTTACATTTTTGACTAAAACAGAAA
130 ATTTTAAGTTAAATTGTTTTACATTTTTGACTAAAACAGAAA
* * * * * * * *
38459 ATAATTGACTATTTGCCTCAGAAAACAT-GA-AGAAAAGATATCCATTGGTAAGAAAAATACATT
1 ATAATTGAATGTATGCCTTAGGAAACATAGAGA-AAAAGATATCCATTGGCAAGAAAAGTCCATT
* * * * *
38522 TATAGTCACCCATGCCTTCAAAAGTCTCATTACTCGCTTTAAATGTT-TTCATAATCTTATAATT
65 TTTAGTCACCCATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGTTGTT-ATAATCTCATAATA
* * * * * * ** *
38586 GATTTT-AGATTGATTTTTTTTACGTTTTTGGCTAAAATTGATA
129 CATTTTAAG-TTAAATTGTTTTACATTTTTGACTAAAACAGAAA
* *
38629 ATATTTGAATGTATGCCTTAGGAAACATAGAGAAAAAGATATCCATTGGCAAGAAATGTCCATTT
1 ATAATTGAATGTATGCCTTAGGAAACATAGAGAAAAAGATATCCATTGGCAAGAAAAGTCCATTT
*
38694 TT-GATCACTCATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTC
66 TTAG-TCACCCATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTC
38728 ANNNNNNNNN
Statistics
Matches: 219, Mismatches: 43, Indels: 14
0.79 0.16 0.05
Matches are distributed among these distances:
169 9 0.04
170 130 0.59
171 79 0.36
172 1 0.00
ACGTcount: A:0.37, C:0.16, G:0.12, T:0.35
Consensus pattern (171 bp):
ATAATTGAATGTATGCCTTAGGAAACATAGAGAAAAAGATATCCATTGGCAAGAAAAGTCCATTT
TTAGTCACCCATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGTTGTTATAATCTCATAATACA
TTTTAAGTTAAATTGTTTTACATTTTTGACTAAAACAGAAA
Found at i:39245 original size:171 final size:172
Alignment explanation
Indices: 38195--39267 Score: 720
Period size: 171 Copynumber: 6.3 Consensus size: 172
38185 NNNNNNCATA
* * * *
38195 CCTTCGAAAGCCTTATTACTCACTTTAAAT-TGTTTTATAACCTTATAATTAATTTTA-AGTTAA
1 CCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGT-TTTTATAATCTTATAATTGATTTTAGAGTTAA
** ********** * * * * * *
38258 ATTTTTTTATATTNNNNNNNNNNATAGATTATAATTGAATGTCTACCTTAAGAAACATAAAGAAA
65 ATTTTTTTACGTTTTTAGCTAAAATTGATAATAATTGAATGTCTGCCTCAGGAAACATGAAGAAA
* ** * *
38323 AAGATATCCATTGTCTTGAAAAAG-CCATTTACAGTCACCCAAG
130 AAGATATCCATTGGCAAG-AAAAGTCCATTTATAGTCACCCATG
* * **
38366 CCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGTTGTTATAATCTCATAATACATTTTA-AGTTAAA
1 CCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGTTTTTATAATCTTATAATTGATTTTAGAGTTAAA
* * ** * * * * *
38430 TTGTTTTACATTTTT-GACTAAAACAGAAAATAATTGACTATTTGCCTCAGAAAACATGAAG-AA
66 TTTTTTTACGTTTTTAG-CTAAAATTGATAATAATTGAATGTCTGCCTCAGGAAACATGAAGAAA
* * *
38493 AAGATATCCATTGGTAAGAAAAATACATTTATAGTCACCCATG
130 AAGATATCCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATG
* * * * *
38536 CCTTCAAAAGTCTCATTACTCGCTTTAAATGTTTTCATAATCTTATAATTGATTTTAGA-TTGAT
1 CCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGTTTTTATAATCTTATAATTGATTTTAGAGTTAAA
* * * *
38600 TTTTTTTACGTTTTTGGCTAAAATTGATAATATTTGAATGTATGCCTTAGGAAACAT-AGAGAAA
66 TTTTTTTACGTTTTTAGCTAAAATTGATAATAATTGAATGTCTGCCTCAGGAAACATGA-AGAAA
* * *
38664 AAGATATCCATTGGCAAGAAATGTCCATTT-TTGATCACTCATG
130 AAGATATCCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAG-TCACCCATG
*********** * *
38707 CCTTCAAAAGCCTTATTACTCANNNNNNNNNNTCTTATAATCTTATAATTGATTTTA-TGTTAAA
1 CCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGTTTTTATAATCTTATAATTGATTTTAGAGTTAAA
* * * * * * * *
38771 TGTTTTTTA-TTTTTTA-TTAAAACAT-ATTATAATTCAATGTCTCCCTCAAGAAACGTGAAGAA
66 T-TTTTTTACGTTTTTAGCTAAAA-TTGATAATAATTGAATGTCTGCCTCAGGAAACATGAAGAA
**********
38833 AAAGATATCCNNNNNNNNNNAAAGTCCATTTATAGTCACCCATG
129 AAAGATATCCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATG
* * * * *
38877 CCTTTC-GAAGCCTTGTTTCTCACTTTAAATGTTCTTATAATCTTATAATTGATTTTA-AGTTAA
1 CC-TTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGTTTTTATAATCTTATAATTGATTTTAGAGTTAA
************ * * * *
38940 ATTTTTTTANNNNNNNNNNNNAAATAGATTATAATTGAATGTTTGCCTCAAGAAACATGAAGAAA
65 ATTTTTTTACGTTTTTAGCTAAAATTGATAATAATTGAATGTCTGCCTCAGGAAACATGAAGAAA
* * * *
39005 AAGATATCCACTGGTAAGAAAAATACATTTATAGTCACCCATG
130 AAGATATCCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATG
********** * * *
39048 CCTTCAAAAGNNNNNNNNNNCGCTTTAAATATTTTTATAATCTTATAATTGATTTTAGA-TGAAG
1 CCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGTTTTTATAATCTTATAATTGATTTTAGAGTTAAA
* * ** *
39112 TTTTTTTACGTTTTTAGTTAAAATTGATAATATTTGAATGTCTGTTTCAGGAAACATGAGGAAAA
66 TTTTTTTACGTTTTTAGCTAAAATTGATAATAATTGAATGTCTGCCTCAGGAAACATGAAGAAAA
* * * *
39177 AGATATCCATTGGCAAGAAAAGTCCGTTTATAGTCATCTAAG
131 AGATATCCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATG
* ** * *
39219 CCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAATTTTATAACCTCATAAT
1 CCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGTTTTTATAATCTTATAAT
39268 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 677, Mismatches: 206, Indels: 38
0.74 0.22 0.04
Matches are distributed among these distances:
169 12 0.02
170 243 0.36
171 413 0.61
172 9 0.01
ACGTcount: A:0.34, C:0.14, G:0.11, T:0.36
Consensus pattern (172 bp):
CCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGTTTTTATAATCTTATAATTGATTTTAGAGTTAAA
TTTTTTTACGTTTTTAGCTAAAATTGATAATAATTGAATGTCTGCCTCAGGAAACATGAAGAAAA
AGATATCCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATG
Found at i:39954 original size:171 final size:170
Alignment explanation
Indices: 39636--42744 Score: 1588
Period size: 171 Copynumber: 18.3 Consensus size: 170
39626 ATTCATTGGT
* * * * *
39636 AAGAAAAGTCCATTTATAGCCACTCATGCCTTCGAAAA-CCATT-TTACTCGCTTTAAATGATTT
1 AAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATACCTTC-AAAAGCC-TTATTACTCACTTTAAATGTTTT
* * ******
39699 TATAA-CATCATAGA-TGATTTTAAGTTAAATATTTTTATATTTTTTATTAAAACA-GANNNNNN
64 TATAATC-TCATA-ATTGATTTTAAGTTGAAT-TTTTTACATTTTTTATTAAAACATG-TTATAA
**** * **
39761 NNNNATGTTTACCTCAAGAAACGTGAAGAAAAAGATATCCATTGAC
125 TTGAATGTCTACCTTGAGAAACGTGAAGAAAAAGATATCCATTGAC
* * * * * * *
39807 GAGAAAAGTCCATTTATAG-CTACCTATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTATATGATTTT
1 AAGAAAAGTCCATTTATAGTC-ACCCATACCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGTTTTT
* * * * *
39871 ACAACCTCATAATTGAGTTTAGGTTGAAGTTTTTTACATTTTTTATTGAAACATGTTATAATTGA
65 ATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAA-TTTTTTACATTTTTTATTAAAACATGTTATAATTGA
* * *
39936 ATGTCTACCTTGAGAAACGTGAAAAAAAATATATCCATTGGC
129 ATGTCTACCTTGAGAAACGTGAAGAAAAAGATATCCATTGAC
* * * * *
39978 ATG-AAAGATCTATTTATAGTCACCCATACCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAACGTTGTT
1 AAGAAAAG-TCCATTTATAGTCACCCATACCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGTTTTT
* * * ** * *
40042 ATAATCTCATAATTGATTTTAAGCTCAATTTTTTTAC-TTTTTTGACTAAAACAAATAATAATTT
65 ATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAA-TTTTTTACATTTTTT-ATTAAAACATGTTATAATTG
* **
40106 AATGTCTACCTT-AGGAAACATGAAGAAAAAGGCATCCATTGAC
128 AATGTCTACCTTGA-GAAACGTGAAGAAAAAGATATCCATTGAC
* * *
40149 AGGAAAAGTCCATTTATGGTCACCCATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGTTTTTA
1 AAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATACCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGTTTTTA
* * * * * *
40214 CAGTCTTATAATTGATTTTAATTTGAATTTTGTTACA-TTTTTAGTTAAAACATATAATAATTGA
66 TAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTT-TTACATTTTTTA-TTAAAACATGTTATAATTGA
* ** * **
40278 ATGTCTGCCTT-AGAAAACAAGAATAAAAAGATATCCATTGGT
129 ATGTCTACCTTGAG-AAACGTGAAGAAAAAGATATCCATTGAC
* * * *
40320 AAGAAAAAT-CAGTTTACAGTCACCCATGCCTTCGAAAG-CTATATTACTCACTTTAAATGTTTT
1 AAGAAAAGTCCA-TTTATAGTCACCCATACCTTCAAAAGCCT-TATTACTCACTTTAAATGTTTT
********** * *
40383 TATAATCTCANNNNNNNNNNT-AGATTGAATTTTTTTACA-TTTTTAGTTAAAATA-GATAATAA
64 TATAATCTCATAATTGATTTTAAG-TTGAA-TTTTTTACATTTTTTA-TTAAAACATG-TTATAA
* * ** *****
40445 TTGAATGTCTGCC-TCAGGAAATATGAAGAAAAAGATATCCANNNNN
125 TTGAATGTCTACCTTGA-GAAACGTGAAGAAAAAGATATCCATTGAC
***** * * * *
40491 NNNNNAAGTCCATTTATAGTCACCCATAACTTTAGAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGTTCTTA
1 AAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATACCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGTTTTTA
* * * * * * * *
40556 TAATCTTATAATTGTTTTTAAGTTGACTTTTTTTATACTTTTTATTCAAATA-GATTGTAATTGA
66 TAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGA-ATTTTTTACATTTTTTATTAAAACATG-TTATAATTGA
* * *********
40620 ATGTTTACCTTGAGAAACGTGAAGAAAAATATANNNNNNNNN
129 ATGTCTACCTTGAGAAACGTGAAGAAAAAGATATCCATTGAC
* * * * * *
40662 NAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATATCTTTAAAAGCTTTGTAACTCACTTTAAATGTTTTTA
1 AAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATACCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGTTTTTA
********** * * *
40727 TAATNNNNNNNNNNATTTTAAGTTGAATTCTTTTATAGTTTTTATT-AAA-ATGGATTACAATTG
66 TAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATT-TTTTACATTTTTTATTAAAACAT-G-TTATAATTG
* * * * *
40790 AATGTTTACCTCGAGAAACATGAAGAAAAAGATATTCATTGAT
128 AATGTCTACCTTGAGAAACGTGAAGAAAAAGATATCCATTGAC
* * * * * * * *
40833 AAGAAAAGTCAATTTATAGTTACCCACACCTTTAAAAGCTTTACTACTC-GTCTTAAATATTTTT
1 AAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATACCTTCAAAAGCCTTATTACTCACT-TTAAATGTTTTT
* * **
40897 CTAAT-TACATAATTGATTTTAAGTTAAATTTGTTTACATTTTTTATTAAAACAAATTATAATTG
65 ATAATCT-CATAATTGATTTTAAGTTGAATTT-TTTACATTTTTTATTAAAACATGTTATAATTG
** * * *
40961 AATGTCTGA-CTCAAGAAACGTGAAGAAAATGATACCCATTGGC
128 AATGTCT-ACCTTGAGAAACGTGAAGAAAAAGATATCCATTGAC
* * * * *
41004 AAGAAAAGTCTATTTATAGTCATCCA-AGCCTTCGAAAGCCTTGTTACTCACTTTAAATGTTCTT
1 AAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATA-CCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGTTTTT
* ** * *
41068 ATAATCTTATAATTGATTTTAAGTT-AATTTTTTTTATTTTTTATTAAAACAGGTTGTAATTGAA
65 ATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTACATTTTTTATTAAAACATGTTATAATTGAA
* * * * *
41132 TGTCTATCTTGGGAAACGTAAAGACAAAGATATCTATT-AGC
130 TGTCTACCTTGAGAAACGTGAAGAAAAAGATATCCATTGA-C
* * * * * * * * *
41173 AAGAAAAATCCATTTATAGCCACCTATGCCTTCGAAAGTCTTATTGCTCGCTTTAAATTTTTTTA
1 AAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATACCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGTTTTTA
* ********* *
41238 TAACCTCATAATTGATTTTAAGTNNNNNNNNNNTATATTTTTTATTAAAACA-GATTATAATTGA
66 TAATCTCATAATTGATTTTAAGT-TGAATTTTTTACATTTTTTATTAAAACATG-TTATAATTGA
*
41302 ATGTCTACCTTTG-GAAACGTGAAGAAAAAGATATCCATTGGC
129 ATGTCTACC-TTGAGAAACGTGAAGAAAAAGATATCCATTGAC
* * * * * *
41344 ATGAAAAATCCATTTATAGTCACCCATACCTTCAAAAACCCTATTACTCGCTTTAAATGTTATTA
1 AAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATACCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGTTTTTA
* * * * *** * ****
41409 TAATATCATAATGGATTTTAACTTAAATTTTTTTACATTTTTGGCTAAACCAAAAAATAATTGAA
66 TAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAA-TTTTTTACATTTTTTATTAAAACATGTTATAATTGAA
* * * *
41474 TGTCTGCC-TCAGAAA-AT-ATG-AAAA-ATAT--ATT---
130 TGTCTACCTTGAGAAACGTGAAGAAAAAGATATCCATTGAC
* * *** ** * * *
41505 ---TATAGT-CACCCAT-G---CCTTTA---A---AAGCCTTTTTACTCGCTTTAAATGTTTTTA
1 AAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATACCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGTTTTTA
* ** * *
41556 TATA-CTCATAATTGATTTT-AGATTGAATTTTTTTACGTTTTTGGTT--AACATTGATAATATT
66 TA-ATCTCATAATTGATTTTAAG-TTGAA-TTTTTTACATTTTTTATTAAAACA-TG-TTATAAT
* * * * * * **
41617 TGAATGTTTGCC-TCAGAAAACATGAGGGAAAAGATATCCATTGGT
126 TGAATGTCTACCTTGAG-AAACGTGAAGAAAAAGATATCCATTGAC
* * * * * *
41662 AAGAAATGTCTATTTATAGTCACCTATGCCTTCAAAAGCCTTATTAAT-ACTTTAAATGTTCTTA
1 AAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATACCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGTTTTTA
* ********* * *
41726 TAATCTTATAATTGATTTTANNNNNNNNNNTTTTATATTTTTTATTAAAACA-GCTTGTAATTGA
66 TAATCTCATAATTGATTTTA-AGTTGAATTTTTTACATTTTTTATTAAAACATG-TTATAATTGA
* * *
41790 ATATCTACCTTGAGAAACATGAAGAAAAAGAT-TGCCATTGGC
129 ATGTCTACCTTGAGAAACGTGAAGAAAAAGATAT-CCATTGAC
********** * * *
41832 AAGAAAAGTCCATTTATNNNNNNNNNNACCTTCAAAAGCCTTGTTACTCATTTTAAATGTTCTTA
1 AAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATACCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGTTTTTA
* * * * **************
41897 TAATCTTATAATTGATTTTAAATTAAATTTTTTTATATTTTTTATTAAAACNNNNNNNNNNNNNN
66 TAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAA-TTTTTTACATTTTTTATTAAAACATGTTATAATTGAA
********* *
41962 NNNNNNNNNTGAGAAACGTGAAGAAAAAGATATCCATTGGC
130 TGTCTACCTTGAGAAACGTGAAGAAAAAGATATCCATTGAC
* * * * * * *
42003 AGGAAAAGTCCATTTATAGTTATCAATGCCTTCAAAAGCCTTATTACCCACTTTAAATATTTTTA
1 AAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATACCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGTTTTTA
** * * *
42068 TAAAGTTATAATTGATTTTAAGTTGAATTCTTTTATATTTTTTTATTAAAACA-GATTACAATTG
66 TAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATT-TTTTACA-TTTTTTATTAAAACATG-TTATAATTG
* * * *
42132 AATGTCTGCCTTGAGAAACATGAAGAAAAAGATATCTATTGGC
128 AATGTCTACCTTGAGAAACGTGAAGAAAAAGATATCCATTGAC
* * * * **
42175 AAGAAAAGCCCATTTATAGTCATCCA-AGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAATTTT
1 AAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATA-CCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGTTTTT
* * * * * *
42239 ATAACCTCATAATTGATTTTACGTTGAATTTTTTTATATTTTTTGTTAAAATA-GATTATAATTA
65 ATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAA-TTTTTTACATTTTTTATTAAAACATG-TTATAATTG
* * * * * * * * ** *
42303 AATGCCAACATAGGGAATCGTGAAAAATATATATATATATATTCACTAGC
128 AATGTCTACCTTGAGAAACGTGAAGAA-A-A-AGATATCCATT---GA-C
* * ** * * * *
42353 AAGAAAAGTCCATTTATAG-CTACCCATGCTTTTGAAAGCCATATTATTCGCTTTAAATGATTTT
1 AAGAAAAGTCCATTTATAGTC-ACCCATACCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGTTTTT
* * * *
42417 ATAACCTCATAATTGATTTTACGTT-ATATTGTTTTATATTTTTTATTAAAATA-GTTTATAATT
65 ATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGA-ATT-TTTTACATTTTTTATTAAAACATG-TTATAATT
* * * **
42480 GAATG-CTAACCTTGAGAAACATGAAAAAAAAAGATATTCATTGGT
127 GAATGTCT-ACCTTGAGAAACGTG-AAGAAAAAGATATCCATTGAC
********** * * * * * *
42525 AAGANNNNNNNNNNTATAGCCACTCATGCCTTCGAAAGCCATT-TTACTCGCTTTAAATGATTTT
1 AAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATACCTTCAAAAGCC-TTATTACTCACTTTAAATGTTTTT
* * * * ** * *
42589 AAAATCTCATAATTAATTTTAAATTAAATTATTTTATGTTTTTAATTAAAATA-GATTATAATTG
65 ATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATT-TTTTACATTTTTTATTAAAACATG-TTATAATTG
* ** *
42653 AACGTCTACCTCAAGAAACATGAAGAAAAAGATATCCATCTG-C
128 AATGTCTACCTTGAGAAACGTGAAGAAAAAGATATCCAT-TGAC
* * **
42696 AAGAAAAGTCCATTTATAGCCACCCATGCCTTTGAAAGCCTTATTACTC
1 AAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATACCTTCAAAAGCCTTATTACTC
42745 GCTTNNNNNN
Statistics
Matches: 2260, Mismatches: 563, Indels: 230
0.74 0.18 0.08
Matches are distributed among these distances:
145 3 0.00
146 1 0.00
147 82 0.04
148 4 0.00
149 2 0.00
150 2 0.00
151 4 0.00
152 4 0.00
153 4 0.00
154 3 0.00
156 1 0.00
157 4 0.00
158 3 0.00
160 3 0.00
161 3 0.00
162 1 0.00
164 3 0.00
165 4 0.00
166 4 0.00
167 4 0.00
168 3 0.00
169 136 0.06
170 164 0.07
171 1369 0.61
172 287 0.13
173 9 0.00
174 9 0.00
176 8 0.00
177 6 0.00
178 125 0.06
179 5 0.00
ACGTcount: A:0.35, C:0.13, G:0.11, T:0.37
Consensus pattern (170 bp):
AAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATACCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGTTTTTA
TAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTACATTTTTTATTAAAACATGTTATAATTGAAT
GTCTACCTTGAGAAACGTGAAGAAAAAGATATCCATTGAC
Found at i:41620 original size:147 final size:147
Alignment explanation
Indices: 41343--41641 Score: 381
Period size: 147 Copynumber: 2.0 Consensus size: 147
41333 TATCCATTGG
*
41343 CATGAAAAATCCATTTATAGTCACCCATACCTTCAAAAACCCTATTACTCGCTTTAAATGTTATT
1 CATGAAAAATACATTTATAGTCACCCATACCTTCAAAAACCCTATTACTCGCTTTAAATGTTATT
41408 ATAATATCATAATGGATTTTAACTTAAATTTTTTTACATTTTTGGCTAAACCAAAAAATAATTGA
66 ATAATATCATAATGGATTTTAACTTAAATTTTTTTACATTTTTGGCTAAACCAAAAAATAATTGA
41473 ATGTCTGCCTCAGAAAA
131 ATGTCTGCCTCAGAAAA
* * * * * * * *
41490 TATGAAAAATATATTTATAGTCACCCATGCCTTTAAAAGCCTTTTTACTCGCTTTAAATGTTTTT
1 CATGAAAAATACATTTATAGTCACCCATACCTTCAAAAACCCTATTACTCGCTTTAAATGTTATT
* * * * * * *
41555 AT-ATACTCATAATTGATTTTAGA-TTGAATTTTTTTACGTTTTTGG-TTAA-CATTGATAATAT
66 ATAATA-TCATAATGGATTTTA-ACTTAAATTTTTTTACATTTTTGGCTAAACCA--AAAAATAA
*
41616 TTGAATGTTTGCCTCAGAAAA
127 TTGAATGTCTGCCTCAGAAAA
41637 CATGA
1 CATGA
41642 GGGAAAAGAT
Statistics
Matches: 130, Mismatches: 18, Indels: 8
0.83 0.12 0.05
Matches are distributed among these distances:
145 2 0.02
146 6 0.05
147 121 0.93
148 1 0.01
ACGTcount: A:0.35, C:0.15, G:0.10, T:0.40
Consensus pattern (147 bp):
CATGAAAAATACATTTATAGTCACCCATACCTTCAAAAACCCTATTACTCGCTTTAAATGTTATT
ATAATATCATAATGGATTTTAACTTAAATTTTTTTACATTTTTGGCTAAACCAAAAAATAATTGA
ATGTCTGCCTCAGAAAA
Found at i:42507 original size:178 final size:172
Alignment explanation
Indices: 41971--42748 Score: 712
Period size: 172 Copynumber: 4.5 Consensus size: 172
41961 NNNNNNNNNN
* * ** * * * *
41971 TGAGAAACGTGAAGAAAAAGATATCCAT-TGGCAGGAAAAGTCCATTTATAGTTATCAATGCCTT
1 TGAGAAACATGAAAAAAAAGATATATATCTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGCTACCCATGCCTT
* * * ** * *
42035 CAAAAGCCTTATTACCCACTTTAAAT-ATTTTTATAAAGTTATAATTGATTTTAAGTTGAATTCT
66 CGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGA-TTTTATAACCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTAT
* * *
42099 TTTATATTTTTTTATTAAAACAGATTACAATTGAATGTCTGCCT
130 TTTATA-TTTTTTATTAAAATAGATTATAATTGAATGTCTACCT
* * * * *
42143 TGAGAAACATGAAGAAAAAGATATCTAT-TGGCAAGAAAAGCCCATTTATAG-TCATCCAAGCCT
1 TGAGAAACATGAAAAAAAAGATATATATCTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGCT-ACCCATGCCT
* * *
42206 TCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAATTTTATAACCTCATAATTGATTTTACGTTGAATTTT
65 TCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGATTTTATAACCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTAT
* * * * *
42271 TTTATATTTTTTGTTAAAATAGATTATAATTAAATGCCAACAT
130 TTTATATTTTTTATTAAAATAGATTATAATTGAATGTCTACCT
* * * * * *
42314 AGGGAATCGTGAAAAATATATATATATATATTCACTAGCAAGAAAAGTCCATTTATAGCTACCCA
1 TGAGAAACATGAAAAA-A-A-AGATATATA-T--CTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGCTACCCA
* * * * *
42379 TGCTTTTGAAAGCCATATTATTCGCTTTAAATGATTTTATAACCTCATAATTGATTTTACGTT-A
60 TGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGATTTTATAACCTCATAATTGATTTTAAGTTGA
* *
42443 TATTGTTTTATATTTTTTATTAAAATAGTTTATAATTGAATG-CTAACCT
125 -ATTATTTTATATTTTTTATTAAAATAGATTATAATTGAATGTCT-ACCT
* ********** * *
42492 TGAGAAACATGAAAAAAAAAGATAT-TCAT-TGGTAAGANNNNNNNNNNTATAGCCACTCATGCC
1 TGAGAAACATG-AAAAAAAAGATATAT-ATCTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGCTACCCATGCC
* * * * *
42555 TTCGAAAGCCATT-TTACTCGCTTTAAATGATTTTAAAATCTCATAATTAATTTTAAATTAAATT
64 TTCGAAAGCC-TTATTACTCGCTTTAAATGATTTTATAACCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATT
* * *
42619 ATTTTATGTTTTTAATTAAAATAGATTATAATTGAACGTCTACCT
128 ATTTTATATTTTTTATTAAAATAGATTATAATTGAATGTCTACCT
** * ** *
42664 CAAGAAACATGAAGAAAAAGATATCCATCT-GCAAGAAAAGTCCATTTATAGCCACCCATGCCTT
1 TGAGAAACATGAAAAAAAAGATATATATCTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGCTACCCATGCCTT
*
42728 TGAAAGCCTTATTACTCGCTT
66 CGAAAGCCTTATTACTCGCTT
42749 NNNNNNNNNN
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TGAGAAACATGAAAAAAAAGATATATATCTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGCTACCCATGCCTT
CGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGATTTTATAACCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTATT
TTATATTTTTTATTAAAATAGATTATAATTGAATGTCTACCT
Found at i:42515 original size:350 final size:350
Alignment explanation
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41995 CCATTGGCAG
* * *
42005 GAAAAGTCCATTTATAGTTATCAATGCCTTCAAAAGCCTTATTACCCACTTTAAATATTTTTATA
1 GAAAAGTCCATTTATAGCTACCAATGCCTTCAAAAGCCATATTACCCACTTTAAATATTTTTATA
* *
42070 AAGTTATAATTGATTTTAAGTTGAATTCTTTTATATTTTTTTATTAAAACAGATTACAATTGAAT
66 AACTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTCTTTTATATTTTTTTATTAAAACAGATTACAATTGAAT
* * *
42135 GTCTGCCTTGAGAAACATGAAGAAAAAGATA-TCTATTGGCAAGAAAAGCCCATTTATAGTCA-T
131 GTCTACCTTGAGAAACATGAAAAAAAAGATATTC-ATTGGCAAGAAAAGCCCATTTATAGCCACT
* * **
42198 CCAAGCCTTCGAAAGCC-TTATTACTCGCTTTAAATAATTTTATAACCTCATAATTGATTTTACG
195 -CAAGCCTTCGAAAGCCATT-TTACTCGCTTTAAATAATTTTAAAACCTCATAATTAATTTTAAA
* * **
42262 TTGAATTTTTTTATATTTTTTGTTAAAATAGATTATAATTAAATGCCAACATAGGGAATCGTGAA
258 TTAAATTATTTTATATTTTTAATTAAAATAGATTATAATTAAATGCCAACATAGGGAATCGTGAA
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323 AAATATATATATATATATTCACTAGCAA
* * ** ** *
42355 GAAAAGTCCATTTATAGCTACCCATGCTTTTGAAAGCCATATTATTCGCTTTAAATGA-TTTTAT
1 GAAAAGTCCATTTATAGCTACCAATGCCTTCAAAAGCCATATTACCCACTTTAAAT-ATTTTTAT
* * * * * *
42419 AACCTCATAATTGATTTTACGTT-ATATTGTTTTATA-TTTTTTATTAAAATAGTTTATAATTGA
65 AAACTCATAATTGATTTTAAGTTGA-ATTCTTTTATATTTTTTTATTAAAACAGATTACAATTGA
* **********
42482 ATG-CTAACCTTGAGAAACATGAAAAAAAAAGATATTCATTGGTAAGANNNNNNNNNNTATAGCC
129 ATGTCT-ACCTTGAGAAACATG-AAAAAAAAGATATTCATTGGCAAGAAAAGCCCATTTATAGCC
* * *
42546 ACTCATGCCTTCGAAAGCCATTTTACTCGCTTTAAATGATTTTAAAATCTCATAATTAATTTTAA
192 ACTCAAGCCTTCGAAAGCCATTTTACTCGCTTTAAATAATTTTAAAACCTCATAATTAATTTTAA
*
42611 ATTAAATTATTTTATGTTTTTAATTAAAATAGATTATAATT
257 ATTAAATTATTTTATATTTTTAATTAAAATAGATTATAATT
42652 GAACGTCTAC
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GAAAAGTCCATTTATAGCTACCAATGCCTTCAAAAGCCATATTACCCACTTTAAATATTTTTATA
AACTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTCTTTTATATTTTTTTATTAAAACAGATTACAATTGAAT
GTCTACCTTGAGAAACATGAAAAAAAAGATATTCATTGGCAAGAAAAGCCCATTTATAGCCACTC
AAGCCTTCGAAAGCCATTTTACTCGCTTTAAATAATTTTAAAACCTCATAATTAATTTTAAATTA
AATTATTTTATATTTTTAATTAAAATAGATTATAATTAAATGCCAACATAGGGAATCGTGAAAAA
TATATATATATATATTCACTAGCAA
Found at i:43054 original size:171 final size:170
Alignment explanation
Indices: 42769--43218 Score: 591
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42759 NNNNNNNNNN
* * * ** * *
42769 TTTTATTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACATGAAGACAAAGATAGCCATTG
1 TTTTATTAAAATAGATTATAATTGAATGTCTGCCTAGAGAAATGTGAAGAAAAAGATATCCATTG
* *
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66 -CAAGAAAAGTCCATTTATAGTCATCCA-AGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGTTCTAAATATTT
* * * * *
42898 TTTTAATTTTA-TAATTGATTTTAAGTCAAAATTTT-TTATATT
129 TTATAA-TCTAGTAATTCATTTTAAAT-AAAATTTTGTTAAATT
* * *
42940 TTTTATTAAAATAGATTATAATTGAACGTTTGTCTAGAGAAATGTGAAGAAAAAGATATCCATTG
1 TTTTATTAAAATAGATTATAATTGAATGTCTGCCTAGAGAAATGTGAAGAAAAAGATATCCATTG
* * * *
43005 CCAAGGAAAGCCCATTTATAGTCATCCAAGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGTTTTAAATGTTTT
66 -CAAGAAAAGTCCATTTATAGTCATCCAAGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGTTCTAAATATTTT
**
43070 TATAATCTAGTAATTCATTTTAAATTGAATTTTGTTAAATT
130 TATAATCTAGTAATTCATTTTAAATAAAATTTTGTTAAATT
* * *
43111 TTTTATTAAAATAGATAATAATTGATTGTCTGCCTCGAGAAATGTGAAGAAAAAGATATCCATTT
1 TTTTATTAAAATAGATTATAATTGAATGTCTGCCTAGAGAAATGTGAAGAAAAAGATATCCA-TT
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65 GCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCATCCAAGCCTTCGAAAGCCT
43219 AGGAAAATAG
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TTTTATTAAAATAGATTATAATTGAATGTCTGCCTAGAGAAATGTGAAGAAAAAGATATCCATTG
CAAGAAAAGTCCATTTATAGTCATCCAAGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGTTCTAAATATTTTT
ATAATCTAGTAATTCATTTTAAATAAAATTTTGTTAAATT
Found at i:43659 original size:171 final size:169
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43222 AAAATAGATT
* * * * *
43232 ATAATTCATTTTATGTTGAATTGTTTTACATTTTTTATTAAAACAGATTATAATTGAATG-CTAA
1 ATAATTGATTTTAAGTT-AATTTTTTTATATTTTTTATTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTGA
* ** * ** *
43296 CCT-AGGGAAATGTGAA-AAAAAAATAGGCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGT
65 CCTCA--AAAACATGAAGAAAAAGATATCCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGC
** * * *
43359 CTTTAAAAGCCTT-TTAGTCACTTTAAATGTTCTTATAATCTT
128 CTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGTT-TTATAATCTC
* *
43401 ATAATTGATTTTAAGTTAATTTTTTTATA-TTTTTATTAAAATAGATTGTAATTGAATGTCT-AC
1 ATAATTGATTTTAAGTTAATTTTTTTATATTTTTTATTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTGAC
* * * * * * * *
43464 CTCGGAAAACGTAAAGAGAAAGATATCTATTGGCAAGAAAAATCTATTTATAGCCACCCATGCCT
66 CTC-AAAAACATGAAGAAAAAGATATCCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCT
* *
43529 TCGAAAGCCTTATTACTCGCTTAAAATTGTTTTATAACCTC
130 TCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAA-TGTTTTATAATCTC
* ********* *
43570 ATAATTAATTTTAAGTTAANNNNNNNNNNATTTTTTATTAAAACATATTATAATTGAATGT-TGA
1 ATAATTGATTTTAAGTTAA-TTTTTTTATATTTTTTATTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTGA
* * * * *
43634 CATCTAAAAACGTGAAGAAAAAGATATCCATTGGCATGAAATA-TCTATTTATAGTCACCCATAC
65 CCTC-AAAAACATGAAGAAAAAGATATCCATTGGCAAGAAA-AGTCCATTTATAGTCACCCATGC
* *
43698 CTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAAAGTTGTTATAATCTC
128 CTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGTT-TTATAATCTC
* * * ** *
43741 ATAATAGATTTTAAGTTAAATTTTTTTATATTTTTGGA-TAAAATAGAAAAAAATTGAATGTCTG
1 ATAATTGATTTTAAGTT-AATTTTTTTATATTTTT-TATTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTG
* * ** *
43805 -CCTCCAAAAACATGAAGAAAAAG-TATCCATTGACAAGAAAAATATAATTATAGTCACCCATGC
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* **********
43868 CTTCAAAAGCCTTATTNNNNNNNNNNAATGTTTTTATAATCTC
128 CTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATG-TTTTATAATCTC
* ** ** * * * *
43911 ATAATTGATTTT-AGATGAAATTTTTTTA-CGTTTTTAGTTAAAATTGATAATATTTAAAAGTCT
1 ATAATTGATTTTAAG-T-TAATTTTTTTATATTTTTTA-TTAAAACAGATTATAATTGAATGTCT
* * * * * *
43974 G-CCTCAGGAAACATGAGGAAAAAGATATCCATTGGTAAGAAATGTCCATTTATAGTCATCCATA
63 GACCTCA-AAAACATGAAGAAAAAGATATCCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATG
* * *
44038 CCTTCGGAAGCCTTATTACTTGCTTTAAATGGATTTATAATCTC
127 CCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAAT-GTTTTATAATCTC
* * *
44082 ATATTTGATTTTAAGTCAAATTTTTTTATATATTTTT-TTGAAAA-AGATTGTAATTGAATGTCT
1 ATAATTGATTTTAAGT-TAATTTTTTTATAT-TTTTTATT-AAAACAGATTATAATTGAATGTCT
** * * * * *
44145 -ACCT-AGAGAAATGTGAA-AAAAATATAGCCACTGACAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACCCAT
63 GACCTCA-A-AAACATGAAGAAAAAGATATCCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCAT
* ** * * * * *
44207 ACCTTTAAAAACCTTGTTGCTCACTTTAAATGTTCTTATAATCTT
126 GCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGTT-TTATAATCTC
* * * *
44252 ATAATTGATTTTAAGTTATATTTTTTTATATTTTTTATTAAAATATATTTTAATTGAATGT-TTA
1 ATAATTGATTTTAAGTTA-ATTTTTTTATATTTTTTATTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTGA
* * * * *
44316 CCTTGAGAAACGTGAAGAAAAAGATATCCATTGGCAGGAAAAGTCCATTTATAGTTACCCATGCC
65 CC-TCAAAAACATGAAGAAAAAGATATCCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCC
* * * * *
44381 TTCAAAAGCCTTATTACCCACTTTAAATATTTTTATAATCTT
129 TTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAAT-GTTTTATAATCTC
*
44423 ATAATTGATTTTAAGTTGAATTCTTTTATATTTTTTATTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTG-
1 ATAATTGATTTTAAGTT-AATTTTTTTATATTTTTTATTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTGA
* * * * *
44487 CCTCAAGAAACATGAAGAAAAAGATATCCATTGACAAGAAAAGTACATTTATAGTTATCCAAGCC
65 CCTCAA-AAACATGAAGAAAAAGATATCCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCC
* * * * *
44552 TTTGAAAGTCTTATTACTCGCTTTAAATTATTTTATAACCTA
129 TTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAA-TGTTTTATAATCTC
* **
44594 ATAATTGATTTTACA-TTGAATGTTTTTATATTTTTTATTAAAACAGATTATAATTGAATG-CCA
1 ATAATTGATTTTA-AGTT-AATTTTTTTATATTTTTTATTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTG
* * * * * * * *
44657 ACCTACGAACACGTGAAAAAAAATATATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGCCACCCATGT
64 ACCT-CAAAAACATGAAGAAAAAGATATCCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGC
* * * * * *
44722 GTTCAAAAGCCATATTATTCGGTTTAAATGATTTTATAACCTC
128 CTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATG-TTTTATAATCTC
* * *
44765 ATAATTGATTTTACGTTAAATATTTTTATATTTTTTATTAAAACAGATTATAATTGAATGTC-AA
1 ATAATTGATTTTAAGTT-AATTTTTTTATATTTTTTATTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTGA
* * * * **
44829 CCTCAAGAAACATGAA-AAAAAGACATTCATTGGTAAGAAAAGTCCATTTATAGCCACTTATGCC
65 CCTCAA-AAACATGAAGAAAAAGATATCCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCC
* * *
44893 TTCGAAAG-CTATTTTACTCGCTTTAAATGATTTTAGAACCTC
129 TTCGAAAGCCT-TATTACTCGCTTTAAATG-TTTTATAATCTC
* * * * * *
44935 ATAACTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTATATTTTTTATTAAAATATATTGTAATTGAATATTTG-
1 ATAATTGATTTTAAGTT-AATTTTTTTATATTTTTTATTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTGA
* * * *
44999 CCTCAAGAAACATGAAGAAAAAAATATCCATTGTCAAGAAAAGTCCA-TTATAGTCATCCAAGCC
65 CCTCAA-AAACATGAAGAAAAAGATATCCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCC
* * * * *
45063 TTCGAGAGCTTTTTTACTCACTTTAAATATTTTTATAATCTC
129 TTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAAT-GTTTTATAATCTC
* * * ** * * *
45105 GTAATTGATTTTAAATTGAATTTTGTTACGTTTTCTATTAAAACAGATAATAATTGAATGT-TTA
1 ATAATTGATTTTAAGTT-AATTTTTTTATATTTTTTATTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTGA
* * ** * * * *
45169 TCTCTAGAAATGTGAAGAAAAAGATATCCATTGCCAAGAAAAGTCCATTTAAAGTCATCCAAG-C
65 CCTC-AAAAACATGAAGAAAAAGATATCCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCC
* *
45233 TATTGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATATTTTTATAATCTC
129 T-TCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAAT-GTTTTATAATCTC
* * * ** * * *
45276 GTAATTGATTTTAAATTGAATTTTGTTACGTTTTCTGTTAAAACAGATAATAATTGAATGTCTG-
1 ATAATTGATTTTAAGTT-AATTTTTTTATATTTTTTATTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTGA
* * * *
45340 TCTCATGAAACATGAAGAAAAAGATATACATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGCCACCCATGCC
65 CCTCA-AAAACATGAAGAAAAAGATATCCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCC
* * *
45405 TTTGAAAGCCTTATTACTCGTTTTAAATGATTTTATAATCTT
129 TTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATG-TTTTATAATCTC
* * * * *
45447 ATAATTGATTTTAAGCTGAATTATTTTATATTTTTTATTAAAATATATTGTAATTGAATGTCT-A
1 ATAATTGATTTTAAG-TTAATTTTTTTATATTTTTTATTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTGA
* * * * * * *
45511 CCTTGAGAAACATGAGGAAAAAAATATCAATTGGCAAGAAAAGTTCATTTATAGTCACCCATGTC
65 CC-TCAAAAACATGAAGAAAAAGATATCCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCC
* * * *
45576 TTCAAAAGCCTTGTTACTCACTTTAAATGTTCTTATAATCTT
129 TTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGTT-TTATAATCTC
* * * * *
45618 AAAATTAATTTTAAG-CAACTTTTTTTTATATTTTTTATTAAAGCAGATTGTAATTGAATGTCT-
1 ATAATTGATTTTAAGTTAA--TTTTTTTATATTTTTTATTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTG
** * * * * *
45681 ACCTCAGGAA-ATGTAAAGAGAAAGATATCTATTGGCAAGAAAAATCCATTTATAGCCACCCATA
64 ACCTCAAAAACATG--AAGAAAAAGATATCCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATG
****************** *
45745 CCTTCGAAAGCCTTNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTTTATAACCTC
127 CCTTCGAAAGCCTT-ATTACTCGCTTTAAATGTTTTATAATCTC
* * * *
45789 ATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTGTATTAAAAGAGATTATAATTGAATGT-TTA
1 ATAATTGATTTTAAGTT-AATTTTTTTATATTTTTTATTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTGA
** * * * * *****
45853 CCTCAAGAAACGCGAAGAAAAAGATATCCATTAGTATGAAAAATCCATTTATAGTCACCCNNNNN
65 CCTCAA-AAACATGAAGAAAAAGATATCCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCC
***** *
45918 NNNNNAAGCCTTATTACTCGTTTTAAATGTTTATATAATCTC
129 TTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGTTT-TATAATCTC
* * * *** ** *
45960 ATAATAGATTTTAAGTTAAATTTTTTTACATTTGTGGGTAAAACAGAAAATAATTGAATGTTTG-
1 ATAATTGATTTTAAGTT-AATTTTTTTATATTTTTTATTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTGA
* * * **
46024 TCTCAGAAAACATGAAAAAAAAAGATATCCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATTGTCACCCACAC
65 CCTCA-AAAACATG-AAGAAAAAGATATCCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGC
* * *
46089 CTTCAAAAGCCTTATTACTCGC---------CTTATAGTCTC
128 CTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGTTTTATAATCTC
** ** * * *
46122 ATAATTGATTTTGAA-TTGAATTTCGTTACGTTTTCTATTAAAACAGATAATAATTAAATGTCTG
1 ATAATTGATTTT-AAGTT-AATTTTTTTATATTTTTTATTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTG
* *************************************
46186 -CCTCAGGAAACNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
64 ACCTCA-AAAAC----------------ATGAAGAAAAAGATATCCATTGGCAAGAAAAGTCCAT
**********************************************************
46250 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
112 TTATAGTCACCCATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGTTTTATAATCTC
**************************************************** * * *
46308 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTT-ATTTTAT-AT
1 ATAATTGATTTTAAGTTAATTTTTTTATATTTTTTATTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTGA-
** * * ** ** * * * * * *** *
46371 TTTTTATTAAA-ATAGATTATAATTGAATGTCTACCT--CAAAAAACAAG--AAGAAAAAGAT-A
65 -CCTCA-AAAACAT-GAAGA-AAAAG-ATATCCA-TTGGC-AAGAA-AAGTCCATTTATAG-TCA
* * * * ** * ** *
46430 TCCATTGGCC--AGAAAAGTCCAT-TTA-TAGCCACT-CATGCCTTGGA-AAGC-C
121 CCCA-T-GCCTTCG-AAAG-CCTTATTACTCG-CTTTAAATG--TTTTATAATCTC
* * * * * * * * * *
46479 -TTATTGCTCGCTTTAA-ATAATTTTATAATCTTATAATTTATTTAAAGCTGAATTCT--TTTAT
1 ATAATTGAT---TTTAAGTTAATTTTTTTATATT-T--TTTA-TTAAAACAG-ATTATAATTGA-
* * * * * ** * * ** *** *
46540 ATTTTTTA--T-TAAAACA--AATTATAATTGAATGTCTACATT-G--AGAAACGTGAAGAAAAA
57 ATGTCTGACCTCAAAAACATGAA-GA-AAAAG-ATATC--CATTGGCAAGAAAAGTCCA-TTTAT
* * * ** * * * ** *
46597 AAT-AGCCATTGAC-AAGAAAGGTCCATTTATAGTCACCCACACCTTCAAAAACCTTATTACTCA
116 AGTCACCCA-TGCCTTCGAAA-G-CC--TTAT--T-A--CTC-GCTT--TAAATGTT-TTA-TAA
* *
46660 CCGTAA
166 TC-T-C
* * * * *
46666 ATATTTTTTAATTTCATAATTGATCTTAAGTTAAATTTTTTTACATTTGTTATTAAAACAGATTA
1 ATA---ATTGATTT--TAA--G---TTAA-TT--TTTTTAT---ATTTTTTATTAAAACAGATTA
* * * * * *
46731 TAATCGAATGTCT-ACCTCGAGAAACGTCAAGAAAAAGATATCCATTGTCAAGAAAAGTCTATTT
50 TAATTGAATGTCTGACCTC-AAAAACATGAAGAAAAAGATATCCATTGGCAAGAAAAGTCCATTT
* * * **
46795 ATAGTCATCCAAGCGTTTAAAAGCCTTATTACTCGCTTTTAATAT-TTTTATAATCTC
114 ATAGTCACCCATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGC-TTTAA-ATGTTTTATAATCTC
* * * * * * * *
46852 GTAATTAAATTTAAATTGAATTTTGTTACATTTTTTGTTAAAACAGA-AATTAATTGAATGTCTG
1 ATAATTGATTTTAAGTT-AATTTTTTTATATTTTTTATTAAAACAGATTA-TAATTGAATGTCTG
* * * *
46916 -CCTTAAGAATCATGAAGAAAAAGATATCCATTGGCAAGAAAAGTTCATTTATAGTCGCCCATGC
64 ACCTCAA-AAACATGAAGAAAAAGATATCCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGC
* * *
46980 CTT-TAGAAGCCTTATTGCTCGCTTTAAATGTTTTTATAATCTT
128 CTTCGA-AAGCCTTATTACTCGCTTTAAATG-TTTTATAATCTC
*
47023 ATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTTATTAAAACAGATTATAATTGTATGTCT-A
1 ATAATTGATTTTAAGTT-AATTTTTTTATATTTTTTATTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTGA
* * * * * *
47087 CCTCGAGAAACATGAAGAAAAAGAAATCCATTGGCAAGAAAAGTCTATTTATTA-ACACCAATGA
65 CCTC-AAAAACATGAAGAAAAAGATATCCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTA-TAGTCACCCATGC
* *
47151 GTTCGAAAGCCTTATTACAT-GCTTTAAATGATTTTATAATCGC
128 CTTCGAAAGCCTTATTAC-TCGCTTTAAATG-TTTTATAATCTC
* * **
47194 ATAATTGATTTTAAGATACATTTTTTTATATTTTTTATTAAAACATATTATAATTGAACATCT-A
1 ATAATTGATTTTAAGTTA-ATTTTTTTATATTTTTTATTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTGA
* ** * * * *
47258 CCTTGAAAAATGTGAA-AAAAA-ATATCTATTGGAAAGAAAAGTCCATTTATAGTCATCCATACC
65 CC-TCAAAAACATGAAGAAAAAGATATCCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCC
* *
47321 TTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAAGGATTTTTATAATCTT
129 TTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATG--TTTTATAATCTC
* * * * * * * *
47364 ATAGTTGACTTTAAGTTGAATTCTTTTATATTTGTTATTTAAACAAATTATAATTGAATAT-TAA
1 ATAATTGATTTTAAGTT-AATTTTTTTATATTTTTTATTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTGA
* * * * * * * * * *
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*
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129 TTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGTT-TTATAATCTC
* * *** * ** *
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1 ATAATTGATTTTAAGTT-AATTTTTTTATATTTTTTATTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTGA
* * * * * *
47599 CCTTAGAAAACATCAAGAAAAAGATATCCATTGGCAAGAAAAATACATTTATAATCACCCATACC
65 CCTCA-AAAACATGAAGAAAAAGATATCCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCC
* * *
47664 TTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAATTTTTTTTATAATCTC
129 TTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAA-ATGTTTTATAATCTC
* * ** * *
47706 ATAATTGATTTT-AGATTGAATTTTTTAACA-TTTTTAGTTAAAATTGATAATATTTGAATGTCT
1 ATAATTGATTTTAAG-TT-AATTTTTTTATATTTTTTA-TTAAAACAGATTATAATTGAATGTCT
* * ** * * * * ** *
47769 G-CCTCAGGATACAT-AAGGAAAAAGATAGACATTGGTAAGAAACGTTCATTTATTGTCACTTAC
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* * * * * *
47832 ACTTTCAAAAGCCTTATTACTCG-TCTTAAATATTTTTCTAATTTC
126 GCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCT-TTAAAT-GTTTTATAATCTC
* *
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1 ATAATTGATTTTAAGTT-AATTTTTTTATATTTTTTATTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTGA
* * * * * *** *
47940 CCAT-GAGAACGTGAAGAAAAAGATATCCATTGCCAAGAAAGGTCCATTTATAGTCTTTCAAGCC
65 CC-TCAAAAACATGAAGAAAAAGATATCCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCC
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129 TTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATG-TTTTATAATCTC
* * * ** * * *
48046 ATAATTAATTTTAAATTGAATTTTGTTACGTTTTTTATTAAAACAAATAATAATTAAATGTCT-A
1 ATAATTGATTTTAAGTT-AATTTTTTTATATTTTTTATTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTGA
* * * * * * * *
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********** *
48175 TTCGAANNNNNNNNNNCTCGCTTTAAATGATTTTACAATCTC
129 TTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATG-TTTTATAATCTC
* * * *
48217 ATAATGGATTTTAAATTGAATTTTTTTACT-TTTTTTATTAAAACAGATTATAATTAAATGTAT-
1 ATAATTGATTTTAAGTT-AATTTTTTTA-TATTTTTTATTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTG
* * * * * * **
48280 ACCTTTGAGAAACGTGAAGAAAAAGATATGCATTGGTAAGAAAAGTCCATTTATAGCCACCCACA
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* * * * * *
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* * * *
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1 ATAATTGATTTTA-AGTT-AATTTTTTTATATTTTTTATTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTG
* * * * * ********** * *
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64 ACC-TCAAAAACATGAAGAAAAAGATATCCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGC
* *
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* * * *****
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1 ATAATTGATTTTAAG-TTAATTTTTTTATATTTTTTATTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTGA
****** * * * *
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* * * *
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129 TTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATG-TTTTATAATCTC
* * *
48731 ATAATTGATTTAAAGTTGAATTCTTTTACATTTTTTTTATTAAAACAGATTATAATTGAATGTCT
1 ATAATTGATTTTAAGTT-AATT-TTTT-TATATTTTTTATTAAAACAGATTATAATTGAATGTCT
* * * * * * ** **
48796 -ACCTTAAGAAACGTGATGAAAAAGATAGCCGTTAGCAAGAAAAGTAAATTTATAGTCACCCACA
63 GACCTCAA-AAACATGAAGAAAAAGATATCCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATG
** * * * * *
48860 CCTTTAAAAGCCTTATTACTCGCCTTAAATATTTTTTTAATTTT
127 CCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAAT-GTTTTATAATCTC
* *
48904 ATAATTGATTTTAAGTTGAA-TTTTTTACATTTTTTATTAAAACAGATTATAATGGAATGTCTG-
1 ATAATTGATTTTAAGTT-AATTTTTTTATATTTTTTATTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTGA
** * * * *
48967 CCTCAAGAAACATGAAGAAAAAGATATCCATTGATAAGAAAAGTCCATTTATAGTGATCTAAGCC
65 CCTCAA-AAACATGAAGAAAAAGATATCCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCC
* *
49032 TTCAAAACCCTTATTACTCGCTTTAAATGTTTTTATAATCTC
129 TTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATG-TTTTATAATCTC
* * * * * * * ***
49074 AAAATAGGTTTT-AGATTGAATTTTCTTACATTTTTTGTTAAAACAGATAATAATTGAATGTNNN
1 ATAATTGATTTTAAG-TT-AATTTTTTTATATTTTTTATTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTG
******* * * * **
49138 NNNNNNNAAACATGAAGAAAAAGATATCCACTAGCAAGAAAAGTACATTTATAGTCACCCACACC
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* * * *
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129 TTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATG---TTTTATAATCTC
********* * * *
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1 ATAATTGATTTT-AAGTTAATTTTTTTATATTTTTTATTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTGA
* * * * ** *
49311 CCATGAGAAACATGAA-AAAAA-A-ATTCATTGGCAAGAAATGTCCATTTATAAACACCCATGAC
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* * *********
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* * * *
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* * * * ** *
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* * *
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********** * * *
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1 ATAATTGATTTTAAGTT-AATTTTTTTATATTTTTTATTAAAACAGATTATAATTGAATG-TCTG
* * * * **
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* * * * * *
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* * *
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1 ATAATTGATTTTAAGTTAA-TTTTTTT-ATATTTTTTATTAAAACAGATTATAATTGAAT-GTCT
*** * * * * * * *
49820 -ACCTCGGGTAGCATGAAAAAAAAGATATCCATT-GTAGGAAAAGTCCATTTATAGTCATCTAAG
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*
49883 CCTTCGGAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGTTTTTATAATCTC
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********** * * * *
49927 ANNNNNNNNNNTAAATTAAATTTTTTTATATTTTTTATTAAAACAGATTACAATTGAATATAT-A
1 ATAATTGATTTTAAGTT-AATTTTTTTATATTTTTTATTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTGA
* * * * *
49991 CATCGAGAAACGTGAAGAAAAAGATATCTATTGGCAAGAAACA-TGCATTTATAGTCACCCAT-C
65 CCTC-AAAAACATGAAGAAAAAGATATCCATTGGCAAGAAA-AGTCCATTTATAGTCACCCATGC
* ** *********
50054 TCTTAGAAAGCCTTATTACTCATTTTAAATGATTTNNNNNNNNN
128 -CTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATG-TTTTATAATCTC
* * *
50098 NTAATTCATTTTAAGTTAAATTTTTTTATATTTTTTTATTAAAACAGATTATAATCGAATGTCT-
1 ATAATTGATTTTAAGTT-AATTTTTTTATA-TTTTTTATTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTG
* * *** * * * ** *
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* * * * *
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128 CTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATG-TTTTATAATCTC
* *
50270 ATAATTGATTTTAAGATGATTTTTTTATATTTTTTATTAAAACAGATTATAATTGAATGTCT-AC
1 ATAATTGATTTTAAGTTAATTTTTTTATATTTTTTATTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTGAC
50334 CT
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Statistics
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42759 NNNNNNNNNN
* * * *
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* *
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* * * *
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* * ** * * ** * * *
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* * * * *
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* * * *
43091 AAATTG-AATTTTGTTAAATTTTTTATTAAAATAGATAATAATTGATTGTCTGCCTC-GAGAAAT
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* * *
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** * * *
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* * * *
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**
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*
43396 ATCTTATAATTGATTTTAAGTTAATTTTTTTATA-TTTTTATTAAAATAGATTGTAATTGAATGT
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* * * * * * * *
43460 CTACCTCG-GAAAACGTAAAGAGAAAGATATCTATTGGCAAGAAAAATCTATTTATAGCCACCCA
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* * *
43524 TGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTAAAAT-TGTTTTATAACCTCATAATTAATTTTAAGTT-
766 TGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAT-TTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTG
********
43587 AANNNNNNNNNNATT
830 AA--TTTTTTACATT
* * *
43602 TTTTATTAAAACATATTATAATTGAATGT-TGACATCTAAAAACGTGAAGAAAAAGATATCCATT
1 TTTTATTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTGACCTC-AAAAACATGAAGAAAAAGATATCCATT
* * * *
43666 GGCATGAAATA-TCTATTTATAGTCACCCATACCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAA-AGT
65 GACAAGAAA-AGTCCATTTATAGTCACCCATACCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATA-T
* * * ** *
43729 TGTTATAATCTCATAATAGATTTTAAGTTAAATTTTTTTATATTTTTGGA-TAAAATAGAAAAAA
128 T-TTATAATCTTATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTATATTTTT-TATTAAAATAGATTATA
* * * * * ** *
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**********
43858 TCACCCATGCCTTCAAAAGCCTTATTNNNNNNNNNNAATGTTTTTATAATCTCATAATTGATTTT
256 TCACCCATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGGTTTAAATGTTTTTATAATCTCATAATTGATTTT
* * * * *
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321 AGATGAAATTTTTTTA-TTTTTTA-TTAAAATAGATAATAATTGAATGTCTGCCTCAGGAAACAT
* *
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44053 TTACTTGCTTTAAATGGATTTATAATCTCATATTTGATTTTAAGTCAAATTTTTTTATATATTTT
447 TTAC-TGCTTTAAAT-GATTTATAATCTCATATTTGATTTTAAGT-AAATTTTTTTATAT-TTTT
* *
44118 T-TTGAAAA-AGATTGTAATTGAATGTCTACCTAGAGAAATGTGAAAAAAATATAGCCACTGACA
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* *
44181 AGAAAAGTCTATTTATAGTCACCCATACCTTTAAAAACCTTGTTGCTCACTTTAAATGTTCTTAT
572 AGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATACCTTTAAAAGCCTT-TTGCTCACTTTAAATGTTCTTAT
* *
44246 AATCTTATAATTGATTTTAAGTTATATTTTTTTATATTTTTTATTAAAATATATTTTAATTGAAT
636 AATCTTATAATTGATTTTAAGTTA-ATTTTTTTATATTTTTTATTAAAATAGATTATAATTGAAT
* *
44311 GTTTACCTTGAGAAACGTGAAGAAAAAGATATCCATTGGCAGGAAAAGTCCATTTATAGTTACCC
700 GTTTACCTTGAGAAACGTGAAGAAAAAGATATCCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCC
* * * *
44376 ATGCCTTCAAAAGCCTTATTACCCACTTTAAATATTTTTATAATCTTATAATTGATTTTAAGTTG
765 ATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATATTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTG
*
44441 AATTCTTTTATATT
830 AATT-TTTTACATT
44455 TTTTATTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTG-CCTCAAGAAACATGAAGAAAAAGATATCCATT
1 TTTTATTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTGACCTCAA-AAACATGAAGAAAAAGATATCCATT
* * * * *
44519 GACAAGAAAAGTACATTTATAGTTATCCA-AGCCTTTGAAAGTCTTATTACTCGCTTTAAATTAT
65 GACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATA-CCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAA-TAT
* * * * *
44583 TTTATAACCTAATAATTGATTTTACA-TTGAATGTTTTTATATTTTTTATTAAAACAGATTATAA
128 TTTATAATCTTATAATTGATTTTA-AGTTAAATTTTTTTATATTTTTTATTAAAATAGATTATAA
* * * * * * *
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192 TTGAATGTCTACCTACAAAAACATGAAGAAAAA-ATATCCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAG
* ** * * * *
44712 CCACCCATGTGTTCAAAAGCCATATTATTCGGTTTAAATGATTTTATAACCTCATAATTGATTTT
256 TCACCCATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGGTTTAAATGTTTTTATAATCTCATAATTGATTTT
* * * ** *
44777 ACG-TTAAATATTTTTATATTTTTTATTAAAACAGATTATAATTGAATGTCAACCTCAAGAAACA
321 A-GATGAAAT-TTTTT-TATTTTTTATTAAAATAGATAATAATTGAATGTCTGCCTCAGGAAACA
* * * * * * *
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383 TGAGAAAAAGATATCCATTGGTAAGAAAAGTCCATTTATAGTCATC-CATACCTTCGAAAGC-CT
* * **
44905 TTTACTCGCTTTAAATGATTTTAGAACCTCATAACTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTATATTTTT
446 TTTACT-GCTTTAAATGA-TTTATAATCTCATATTTGATTTTAAG-TAAATTTTTTTATATTTTT
* * * * * ** * *
44970 TATTAAAATATATTGTAATTGAATATTTGCCTCA-AGAAACATGAAGAAAAAAATATCCATTGTC
508 TATTAAAACAGATTGTAATTGAATGTCTACCT-AGAGAAATGTGAA-AAAAAAATAGCCATTGAC
* ** * * * * *
45034 AAGAAAAGTCCA-TTATAGTCATCCA-AGCCTTCGAGAGCTTTTTTACTCACTTTAAATATTTTT
571 AAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATA-CCTTTAAAAGC-CTTTTGCTCACTTTAAATGTTCTT
** * * ** * * *
45097 ATAATCTCGTAATTGATTTTAAATTGAATTTTGTTACGTTTTCTATTAAAACAGATAATAATTGA
634 ATAATCTTATAATTGATTTTAAGTT-AATTTTTTTATATTTTTTATTAAAATAGATTATAATTGA
* * * *
45162 ATGTTTATCTCT-AGAAATGTGAAGAAAAAGATATCCATTGCCAAGAAAAGTCCATTTAAAGTCA
698 ATGTTTACCT-TGAGAAACGTGAAGAAAAAGATATCCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCA
* * * *
45226 TCCAAG-CTATTGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATATTTTTATAATCTCGTAATTGATTTTAA
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* *
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* * * * * *
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1 TTTTATTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTGACCTCA-AAAACATGAAGAAAAAGATATCCATT
* * * * *
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** * * * *
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* ** ** * **
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447 --TTACTGCTTTAAATGATTTATAATCTCATATTTGATTTTAAG-TAAATTTTTTTATATTTTTT
* * * * * * * *
45825 ATTAAAAGAGATTATAATTGAATGTTTACCTCA-AGAAACGCGAAGAAAAAGATATCCATT-AGT
509 ATTAAAACAGATTGTAATTGAATGTCTACCT-AGAGAAATGTGAA-AAAAAAATAGCCATTGA-C
* * ********** * **
45888 ATGAAAAATCCATTTATAGTCACCCNNNNNNNNNNAAGCCTTATTACTCGTTTTAAATGTT-TAT
571 AAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATACCTTTAAAAGCCTT-TTGCTCACTTTAAATGTTCT-T
* * * * *** * **
45952 ATAATCTCATAATAGATTTTAAGTTAAATTTTTTTACATTTGTGGGTAAAACAGAAAATAATTGA
634 ATAATCTTATAATTGATTTTAAGTT-AATTTTTTTATATTTTTTATTAAAATAGATTATAATTGA
** * * * *
46017 ATGTTTGTC-TCAGAAAACATGAAAAAAAAAGATATCCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATTGTC
698 ATGTTTACCTTGAG-AAACGTG-AAGAAAAAGATATCCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTC
** * * *
46081 ACCCACACCTTCAAAAGCCTTATTACTCGC----------CTTATAGTCTCATAATTGATTTTGA
761 ACCCATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATATTTTTATAATCTCATAATTGATTTT-A
* *
46136 A-TTGAATTTCGTTACGTT
825 AGTTGAATTT-TTTACATT
* * * *
46154 TTCTATTAAAACAGATAATAATTAAATGTCTG-CCTCAGGAAACNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
1 TTTTATTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTGACCTCA-AAAAC---------------------
************************************************
46218 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
44 -----------------ATGAAGAAAAAGATATCCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACC
*****************************************************************
46283 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
92 CATACCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATATTTTATAATCTTATAATTGATTTTAAGTTA
************ *** ** * * * * * * *** *
46348 NNNNNNNNNNNNTTATTTTA-TATTTTTTATTAAAATAGATTATAAT-TGA-ATGTCTACCTCAA
157 AATTTTTTTATATT-TTTTATTAAAATAGATTATAATTGA--AT-GTCT-ACCT-ACAAAAACAT
* * * * * **
46410 AAAACAAGAAGAAAAAGATATCCATTGGCCAGAAAAGTCCATTTATAGCCACTCATGCCTTGGAA
216 GAAG-------AAAAA-ATATCCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCAAA
* * ** * * * *
46475 AGCCTTATTGCTCGCTTTAAATAATTTTATAATCTTATAATTTATTTAAAGCTG-AATTCTTTTA
273 AGCCTTATTACTCGGTTTAAATGTTTTTATAATCTCATAATTGATTT-TAGATGAAATT-TTTT-
* * * * * * * * *
46539 TATTTTTTATTAAAACAAATTATAATTGAATGTCTACAT-TGAGAAACGTGAAGAAAAAAATAGC
335 TATTTTTTATTAAAATAGATAATAATTGAATGTCTGCCTCAG-GAAACATG-AGAAAAAGATATC
** * * * * * * **
46603 CATTGACAAGAAAGGTCCATTTATAGTCACCCACACCTTCAAAAACCTTATTACTCACCGTAAAT
398 CATTGGTAAGAAAAGTCCATTTATAGTCATCCATACCTTCGAAAGCCTT-TTACT-GCTTTAAAT
* * * * * * *
46668 -ATTTTTTAATTTCATAATTGATCTTAAGTTAAATTTTTTTACATTTGTTATTAAAACAGATTAT
461 GA-TTTATAATCTCATATTTGATTTTAAG-TAAATTTTTTTATATTTTTTATTAAAACAGATTGT
* * * * * * * *
46732 AATCGAATGTCTACCTCGAGAAACGTCAAGAAAAAGATATCCATTGTCAAGAAAAGTCTATTTAT
524 AATTGAATGTCTACCTAGAGAAATGTGAA-AAAAAAATAGCCATTGACAAGAAAAGTCCATTTAT
* * * * * * * ** * *
46797 AGTCATCCA-AGCGTTTAAAAGCCTTATTACTCGCTTTTAATATTTTTATAATCTCGTAATTAAA
588 AGTCACCCATA-CCTTTAAAAGCCTT-TTGCTCACTTTAAATGTTCTTATAATCTTATAATTGAT
* * * * * * * * *
46861 TTTAAATTGAATTTTGTTACATTTTTTGTTAAAACAGA-AATTAATTGAATGTCTGCCTTAAGAA
651 TTTAAGTT-AATTTTTTTATATTTTTTATTAAAATAGATTA-TAATTGAATGTTTACCTTGAGAA
* * * * *
46925 TCATGAAGAAAAAGATATCCATTGGCAAGAAAAGTTCATTTATAGTCGCCCATGCCTT-TAGAAG
714 ACGTGAAGAAAAAGATATCCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCGA-AAG
* * * *
46989 CCTTATTGCTCGCTTTAAATGTTTTTATAATCTTATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATAT
778 CCTTATTACTCGCTTTAAATATTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAA-TTTTTTACAT
47054 T
842 T
* * *
47055 TTTTATTAAAACAGATTATAATTGTATGTCT-ACCTCGAGAAACATGAAGAAAAAGAAATCCATT
1 TTTTATTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTGACCTC-AAAAACATGAAGAAAAAGATATCCATT
* * * * *
47119 GGCAAGAAAAGTCTATTTATTA-ACACCAATGA-GTTCGAAAGCCTTATTACAT-GCTTTAAATG
65 GACAAGAAAAGTCCATTTA-TAGTCACCCAT-ACCTTCGAAAGCCTTATTAC-TCGCTTTAAAT-
** * * * *
47181 ATTTTATAATCGCATAATTGATTTTAAGATACATTTTTTTATATTTTTTATTAAAACATATTATA
126 ATTTTATAATCTTATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTATATTTTTTATTAAAATAGATTATA
** ** ** * *
47246 ATTGAACATCTACCTTGAAAAATGTGAA-AAAAAATATCTATTGGAAAGAAAAGTCCATTTATAG
191 ATTGAATGTCTACCTACAAAAACATGAAGAAAAAATATCCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAG
* * * * * * *
47310 TCATCCATACCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAAGGATTTTTATAATCTTATAGTTGACTT
256 TCACCCATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGGTTTAAATG-TTTTTATAATCTCATAATTGA-TT
* * * * * * * * * *
47375 TAAGTTG-AATTCTTTTATATTTGTTATTTAAACAAATTATAATTGAATAT-TAACCT-TGAGAA
319 TTAGATGAAATT-TTTT-TATTTTTTATTAAAATAGATAATAATTGAATGTCT-GCCTCAG-GAA
* * * ** * * * * *
47437 ATATGA-ATATAAAGATGTCCGTTGACAAGAAAAGTCTATTTATAATCACCCATGCCTTCAAAAG
380 ACATGAGA-A-AAAGATATCCATTGGTAAGAAAAGTCCATTTATAGTCATCCATACCTTCGAAAG
* * * *
47501 CCTTATTACTCGCTTTAAATGTTGTTATAATCTCATAATTGATTTTCAGTTAAATTTTTTTACAT
443 CCTT-TTACT-GCTTTAAATGAT-TTATAATCTCATATTTGATTTTAAG-TAAATTTTTTTATAT
*** * *** * ** * * *
47566 TTTTGGGTAAAATAGAAAATAATTGTATGTCTACCTTAGA-AAACATCAAGAAAAAGATATCCAT
504 TTTTTATTAAAACAGATTGTAATTGAATGTCTACC-TAGAGAAATGTGAA-AAAAAAATAGCCAT
* * * * * * * * *
47630 TGGCAAGAAAAATACATTTATAATCACCCATACCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAATTTTT
567 TGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATACCTTTAAAAGCCTT-TTGCTCACTTTAAATGTT
* * * * * *
47695 TTTATAATCTCATAATTGATTTT-AGATTGAATTTTTTAACA-TTTTTAGTTAAAATTGATAATA
631 CTTATAATCTTATAATTGATTTTAAG-TT-AATTTTTTTATATTTTTTA-TTAAAATAGATTATA
* * * * * * ** * * *
47758 TTTGAATGTCTGCC-TCAGGATACAT-AAGGAAAAAGATAGACATTGGTAAGAAACGTTCATTTA
693 ATTGAATGTTTACCTTGA-GAAACGTGAA-GAAAAAGATATCCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTA
* ** ** * * * *
47821 TTGTCACTTACACTTTCAAAAGCCTTATTACTCG-TCTTAAATATTTTTCTAATTTCATAATTGA
756 TAGTCACCCATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCT-TTAAATATTTTTATAATCTCATAATTGA
47885 TTTTAAGTTGAATTTTTTTACATT
820 TTTTAAGTTGAA-TTTTTTACATT
* * * *
47909 TTTT-TTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTG-CCAT-GAGAACGTGAAGAAAAAGATATCCATT
1 TTTTATTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTGACC-TCAAAAACATGAAGAAAAAGATATCCATT
* * *** *
47971 GCCAAGAAAGGTCCATTTATAGTCTTTCA-AGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGTT
65 GACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATA-CCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAAT-AT
* * * * * ** * * *
48035 TTTATAATCTCATAATTAATTTTAAATTGAATTTTGTTACGTTTTTTATTAAAACAAATAATAAT
128 TTTATAATCTTATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTATATTTTTTATTAAAATAGATTATAAT
* ** * * * *
48100 TAAATGTCTACCTTA-GGAAATATGAAGAAAAAGATATTCATTGGTAAGAAATGTCCATTTATAG
193 TGAATGTCTACC-TACAAAAACATGAAGAAAAA-ATATCCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAG
* * * ********** * * * *
48164 CCTCCCATGCCTTCGAANNNNNNNNNNCTCGCTTTAAATGATTTTACAATCTCATAATGGATTTT
256 TCACCCATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGGTTTAAATGTTTTTATAATCTCATAATTGATTTT
* * * * * * **
48229 AAATTG-AATTTTTTTACTTTTTTTATTAAAACAGATTATAATTAAATGTATACCTTTGAGAAAC
321 AGA-TGAAATTTTTTTA--TTTTTTATTAAAATAGATAATAATTGAATGTCTGCCTCAG-GAAAC
* * * * * *
48293 GTGAAGAAAAAGATATGCATTGGTAAGAAAAGTCCATTTATAGCCACCCACAACTTCGAAAGCCA
382 ATG-AGAAAAAGATATCCATTGGTAAGAAAAGTCCATTTATAGTCATCCATACCTTCGAAAGCC-
* * * * * * *
48358 TATTACTCACTTTCAATGATTTCATAAGCTCATAATTGATTTTACATTAAATATTTTTATATTTT
445 TTTTACT-GCTTTAAATGATTT-ATAATCTCATATTTGATTTTA-AGTAAATTTTTTTATATTTT
* * * * ** ** *
48423 TTATTAAAATAGTTTATAATTGAATGT-TAACCTTGAGAAACATGAAAAAAAAGATATTCATTGG
507 TTATTAAAACAGATTGTAATTGAATGTCT-ACCTAGAGAAATGTGAAAAAAAA-ATAGCCATTGA
* ********** * * * ** * * *
48487 TAAGANNNNNNNNNNTATAGCCACTCATGCCTTCGAAAGCTATTTTACTCGCTTTAAATGATT-T
570 CAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATACCTTTAAAAGC-CTTTTGCTCACTTTAAATG-TTCT
* * * *
48551 TAAAATCTCATAATTAATTTTAAGCTAAATTTTTTTATATTTTTTATTAAAATAGATTATAATTG
633 TATAATCTTATAATTGATTTTAAG-TTAATTTTTTTATATTTTTTATTAAAATAGATTATAATTG
********** * *
48616 AATGNNNNNNNNNNGAAACGTGAAGAAAAAGATATCCATTGGTAAGAAAAGCCCATTTATAG-CG
697 AATGTTTACCTTGAGAAACGTGAAGAAAAAGATATCCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTC-
* * * * * *
48680 ACCCATACCTTTGAAAGCTTTATTACTCGCTTTAAATGA-TTTTATGATCTTATAATTGATTTAA
761 ACCCATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAAT-ATTTTTATAATCTCATAATTGATTTTA
48744 AGTTGAATTCTTTTACATTTT
825 AGTTGAATT-TTTTACA--TT
* * * * *
48765 TTTTATTAAAACAGATTATAATTGAATGTCT-ACCTTAAGAAACGTGATGAAAAAGATAGCCGTT
1 TTTTATTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTGACCTCAA-AAACATGAAGAAAAAGATATCCATT
** * ** *
48829 -AGCAAGAAAAGTAAATTTATAGTCACCCACACCTTTAAAAGCCTTATTACTCGCCTTAAATATT
65 GA-CAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATACCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATA-T
* * * * *
48893 TTTTTAATTTTATAATTGATTTTAAGTTGAA-TTTTTTACATTTTTTATTAAAACAGATTATAAT
128 TTTATAATCTTATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTATATTTTTTATTAAAATAGATTATAAT
* * **
48957 GGAATGTCTGCCT-CAAGAAACATGAAGAAAAAGATATCCATTGATAAGAAAAGTCCATTTATAG
193 TGAATGTCTACCTACAA-AAACATGAAGAAAAA-ATATCCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAG
* * * * * * * * *
49021 TGATCTAAGCCTTCAAAACCCTTATTACTCGCTTTAAATGTTTTTATAATCTCAAAATAGGTTTT
256 TCACCCATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGGTTTAAATGTTTTTATAATCTCATAATTGATTTT
* * * **********
49086 AGATTG-AATTTTCTTACATTTTTTGTTAAAACAGATAATAATTGAATGTNNNNNNNNNNAAACA
321 AGA-TGAAATTTT-TT-TATTTTTTATTAAAATAGATAATAATTGAATGTCTGCCTCAGGAAACA
* * * * * * *
49150 TGAAGAAAAAGATATCCACTAGCAAGAAAAGTACATTTATAGTCACCCACACCTTCAAAAGCCTT
383 TG-AGAAAAAGATATCCATTGGTAAGAAAAGTCCATTTATAGTCATCCATACCTTCGAAAGCCTT
* * * * ********* *
49215 ATTACTTGCTTTAAATGTTTTTTTATAATTTTATAATTGATTTTNNNNNNNNNNTTTTAATATTT
447 -TTAC-TGCTTTAAATG---ATTTATAATCTCATATTTGATTTT-AAGTAAATTTTTTTATATTT
* * * ** * *
49280 TTTATTAAAACAGATTATAATTGTATGTATACC-ATGAGAAACATGAAAAAAAAAT--TCATTGG
506 TTTATTAAAACAGATTGTAATTGAATGTCTACCTA-GAGAAATGTGAAAAAAAAATAGCCATTGA
* ** * * * * *********
49342 CAAGAAATGTCCATTTATAAACACCCATGA-CTTTGAAAGCCTTATTACACGCNNNNNNNNNNT-
570 CAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCAT-ACCTTTAAAAGCCTT-TTGCTCAC-TTTAAATGTTC
* * * * *
49405 TTATAAT-TGCATAATTGATTTTAAGTTGAACTGTTTAATATTTTTTATTAAAACAGATTATAAT
632 TTATAATCT-TATAATTGATTTTAAGTT-AATTTTTTTATATTTTTTATTAAAATAGATTATAAT
* * ** * ** * * * **
49469 AGAATGTCTACCTCAAAAAATATGAAGAAAAACATATCCATTGACAAGAATAGTCCATTTATAAC
695 TGAATGTTTACCTTGAGAAACGTGAAGAAAAAGATATCCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGT
* * * *
49534 CACTCATGCCTTTGAAAGCCTTATTACTCGCTTTTAATGA-TTTTATAACCTCATAATTGATTTT
760 CACCCATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAAT-ATTTTTATAATCTCATAATTGATTTT
*********
49598 AAGTTGAANNNNNNNNNNTT
824 AAGTTGAA-TTTTTTACATT
* * * * * *
49618 TTTTAGTAAAACAGATTATAA-TCAAAGATCT-ACCACAAGAAACTTGAAGAGAAAGATATCCAT
1 TTTTATTAAAACAGATTATAATTGAATG-TCTGACCTCAA-AAACATGAAGAAAAAGATATCCAT
* * ** * * * * * **
49681 TGGCAAGAAAAGTCCATTTACAACCACCCATGCCTTCAAAAGCCTTATTATTCACTTCAAGCAGT
64 TGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATACCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATA-T
* * * * * *
49746 TTTCTAAT-TTCATAATTGATTTTAAGGTAAGTTTTTTTCA-ATTTTTTAATAAAACAGAATATA
128 TTTATAATCTT-ATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTT-ATATTTTTTATTAAAATAGATTATA
*** * * * *
49809 ATTGAATAG-CTACCT-CGGGTAGCATGAAAAAAAAGATATCCATT-GTAGGAAAAGTCCATTTA
191 ATTGAAT-GTCTACCTAC-AAAAACATGAAGAAAAA-ATATCCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTA
* * * ** * ********
49871 TAGTCATCTAAGCCTTCGGAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGTTTTTATAATCTCANNNNNNNN
253 TAGTCACCCATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGGTTTAAATGTTTTTATAATCTCATAATTGAT
** * * * * * * * * *
49936 NNTAAATTAAATTTTTTTATATTTTTTATTAAAACAGATTACAATTGAATATATACATC-GAGAA
318 TTTAGATGAAA-TTTTTT-TATTTTTTATTAAAATAGATAATAATTGAATGTCTGCCTCAG-GAA
* * * * * *
50000 ACGTGAAGAAAAAGATATCTATTGGCAAGAAACA-TGCATTTATAGTCACCCAT-CTCTTAGAAA
380 ACATG-AGAAAAAGATATCCATTGGTAAGAAA-AGTCCATTTATAGTCATCCATAC-CTTCGAAA
********* * *
50063 GCCTTATTACT-CATTTTAAATGATTTNNNNNNNNNNTAATTCATTTTAAGTTAAATTTTTTTAT
442 GCCTT-TTACTGC--TTTAAATGATTT-ATAATCTCATATTTGATTTTAAG-TAAATTTTTTTAT
* * * * * * * *
50127 ATTTTTTTATTAAAACAGATTATAATCGAATGTCTATCTCGAGAATTGTGAAGAGAAATATATCC
502 A-TTTTTTATTAAAACAGATTGTAATTGAATGTCTACCTAGAGAAATGTGAA-AAAAAAATAGCC
** ** * * ** ** ***
50192 ATTGGTAAGAAAAGTCCATTTATAACCACCTATGCCTTCGAAAGCCTTATTATTTGGTTTAAATG
565 ATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATACCTTTAAAAGCCTT-TTGCTCACTTTAAATG
* * * *
50257 ATT-TTATAACCTTATAATTGATTTTAAGATGATTTTTTTATATTTTTTATTAAAACAGATTATA
629 -TTCTTATAATCTTATAATTGATTTTAAGTTAATTTTTTTATATTTTTTATTAAAATAGATTATA
* *
50321 ATTGAATGTCTACCTAGAGAA
693 ATTGAATGTTTACCTTGAGAA
50342 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 5111, Mismatches: 1348, Indels: 541
0.73 0.19 0.08
Matches are distributed among these distances:
830 1 0.00
831 11 0.00
832 170 0.03
833 181 0.04
834 4 0.00
836 2 0.00
839 1 0.00
841 6 0.00
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844 3 0.00
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846 74 0.01
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864 14 0.00
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896 1 0.00
900 2 0.00
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ACGTcount: A:0.36, C:0.13, G:0.11, T:0.36
Consensus pattern (842 bp):
TTTTATTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTGACCTCAAAAACATGAAGAAAAAGATATCCATTG
ACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATACCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATATTTT
ATAATCTTATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTATATTTTTTATTAAAATAGATTATAATTGA
ATGTCTACCTACAAAAACATGAAGAAAAAATATCCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACC
CATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGGTTTAAATGTTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAGATG
AAATTTTTTTATTTTTTATTAAAATAGATAATAATTGAATGTCTGCCTCAGGAAACATGAGAAAA
AGATATCCATTGGTAAGAAAAGTCCATTTATAGTCATCCATACCTTCGAAAGCCTTTTACTGCTT
TAAATGATTTATAATCTCATATTTGATTTTAAGTAAATTTTTTTATATTTTTTATTAAAACAGAT
TGTAATTGAATGTCTACCTAGAGAAATGTGAAAAAAAAATAGCCATTGACAAGAAAAGTCCATTT
ATAGTCACCCATACCTTTAAAAGCCTTTTGCTCACTTTAAATGTTCTTATAATCTTATAATTGAT
TTTAAGTTAATTTTTTTATATTTTTTATTAAAATAGATTATAATTGAATGTTTACCTTGAGAAAC
GTGAAGAAAAAGATATCCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCGAAAGCCT
TATTACTCGCTTTAAATATTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTACATT
Found at i:45845 original size:342 final size:339
Alignment explanation
Indices: 43249--50335 Score: 3410
Period size: 341 Copynumber: 20.7 Consensus size: 339
43239 ATTTTATGTT
* * *
43249 GAATTGTTTTACATTTTTTATTAAAACAGATTATAATTGAATG-CTAACCT-AGGGAAATGTGAA
1 GAATTTTTTTATATTTTTTATTAAAACAGATTATAATTGAATGTCT-ACCTCA-GGAAACGTGAA
* ** * * **
43312 -AAAAAAATAGGCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGTCTTTAAAAGCCTT-TTA
64 GAAAAAGATATCCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGCCACCCATGCCTTCGAAAGCCTTATTA
* * *
43375 GTCACTTTAAAT-GTTCTTATAATCTTATAATTGATTTTAAGTT-AATTTTTTTATA-TTTTTAT
129 CTCACTTTAAATAATT-TTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTTAT
* * * * * * * *
43437 TAAAATAGATTGTAATTGAATGTCTACCTC-GGAAAACGTAAAGAGAAAGATATCTATTGGCAAG
193 TAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTCAAG-AAACATGAAGAAAAAAATATCCATTGGCAAG
* * * * *
43501 AAAAATCTATTTATAGCCACCCATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTAAAATTGTT-TTATA
257 AAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTTGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAA-TGTTCTTATA
* * *
43565 ACCTCATAATTAATTTTAA
321 ATCTTATAATTGATTTTAA
********* * * *
43584 GTTAANNNNNNNNNNATTTTTTATTAAAACATATTATAATTGAATGT-TGACATCTA-AAAACGT
1 G--AA-TTTTTTTATATTTTTTATTAAAACAGATTATAATTGAATGTCT-ACCTC-AGGAAACGT
* * * * *
43647 GAAGAAAAAGATATCCATTGGCATGAAATA-TCTATTTATAGTCACCCATACCTTCAAAAGCCTT
61 GAAGAAAAAGATATCCATTGGCAAGAAA-AGTCCATTTATAGCCACCCATGCCTTCGAAAGCCTT
* * * *
43711 ATTACTCGCTTTAAA-AGTTGTTATAATCTCATAATAGATTTTAAGTTAAATTTTTTTATATTTT
125 ATTACTCACTTTAAATAATT-TTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTT
* * ** * * *
43775 TGGA-TAAAATAGAAAAAAATTGAATGTCTGCCTCCAA-AAACATGAAG-AAAAAGTATCCATTG
189 T-TATTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCT-CAAGAAACATGAAGAAAAAAATATCCATTG
* * ** * ** ********** *
43837 ACAAGAAAAATATAATTATAGTCACCCATGCCTTCAAAAGCCTTATTNNNNNNNNNNAATGTTTT
252 GCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTTGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGTTCT
*
43902 TATAATCTCATAATTGATTTTAGA
317 TATAATCTTATAATTGATTTTA-A
** ** * * * * * *
43926 TGAAATTTTTTTA-CGTTTTTAGTTAAAATTGATAATATTTAAAAGTCTGCCTCAGGAAACATGA
1 -G-AATTTTTTTATATTTTTTA-TTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTCAGGAAACGTGA
* * * * * * *
43990 GGAAAAAGATATCCATTGGTAAGAAATGTCCATTTATAGTCATCCATACCTTCGGAAGCCTTATT
63 AGAAAAAGATATCCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGCCACCCATGCCTTCGAAAGCCTTATT
** * * **
44055 ACTTGCTTTAAATGGA-TTTATAATCTCATATTTGATTTTAAGTCAAATTTTTTTATATATTTTT
128 ACTCACTTTAAAT-AATTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATAT-TTTTT
* ** * * * *
44119 -TTGAAAA-AGATTGTAATTGAATGTCTACCT-AGAGAAATGTGAA-AAAAATATAGCCACTGAC
191 ATT-AAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTCA-AGAAACATGAAGAAAAAAATATCCATTGGC
* * * * * * *
44180 AAGAAAAGTCTATTTATAGTCACCCATACCTTTAAAAACCTTGTTGCTCACTTTAAATGTTCTTA
254 AAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTTGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGTTCTTA
44245 TAATCTTATAATTGATTTTAA
319 TAATCTTATAATTGATTTTAA
* * * * *
44266 GTTATATTTTTTTATATTTTTTATTAAAATATATTTTAATTGAATGTTTACCT-TGAGAAACGTG
1 G--A-ATTTTTTTATATTTTTTATTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTCAG-GAAACGTG
* ** *
44330 AAGAAAAAGATATCCATTGGCAGGAAAAGTCCATTTATAGTTACCCATGCCTTCAAAAGCCTTAT
62 AAGAAAAAGATATCCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGCCACCCATGCCTTCGAAAGCCTTAT
* * * *
44395 TACCCACTTTAAATATTTTTATAATCTTATAATTGATTTTAAGTTGAATTCTTTTATATTTTTTA
127 TACTCACTTTAAATAATTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTTA
* * *
44460 TTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTGCCTCAAGAAACATGAAGAAAAAGATATCCATTGACAAG
192 TTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTCAAGAAACATGAAGAAAAAAATATCCATTGGCAAG
* * * * * *
44525 AAAAGTACATTTATAGTTATCCAAGCCTTTGAAAGTCTTATTACTCGCTTTAAAT-TATTTTATA
257 AAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTTGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGT-TCTTATA
* *
44589 ACCTAATAATTGATTTTACA
321 ATCTTATAATTGATTTTA-A
* * * *
44609 TTGAATGTTTTTATATTTTTTATTAAAACAGATTATAATTGAATGCCAACCT-ACGAACACGTGA
1 --GAATTTTTTTATATTTTTTATTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTCAGGAA-ACGTGA
* * * ** * *
44673 AAAAAAATATATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGCCACCCATGTGTTCAAAAGCCATATT
63 AGAAAAAGATATCCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGCCACCCATGCCTTCGAAAGCCTTATT
* ** * * * * *
44738 ATTCGGTTTAAATGATTTTATAACCTCATAATTGATTTTACGTTAAATATTTTTATATTTTTTAT
128 ACTCACTTTAAATAATTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTTAT
* * * * *
44803 TAAAACAGATTATAATTGAATGTCAACCTCAAGAAACATGAA-AAAAAGACATTCATTGGTAAGA
193 TAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTCAAGAAACATGAAGAAAAAAATATCCATTGGCAAGA
* ** * * *
44867 AAAGTCCATTTATAGCCACTTATGCCTTCGAAAG-CTATTTTACTCGCTTTAAATGATT-TTAGA
258 AAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTTGAAAGCCT-TATTACTCGCTTTAAATG-TTCTTATA
* * *
44930 ACCTCATAACTGATTTTAA
321 ATCTTATAATTGATTTTAA
* * * * * * * *
44949 GTTAAATTTTTTTATATTTTTTATTAAAATATATTGTAATTGAATATTTGCCTCAAGAAACATGA
1 G---AATTTTTTTATATTTTTTATTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTCAGGAAACGTGA
* * * * * * * *
45014 AGAAAAAAATATCCATTGTCAAGAAAAGTCCA-TTATAGTCATCCAAGCCTTCGAGAGCTTTTTT
63 AGAAAAAGATATCCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGCCACCCATGCCTTCGAAAGCCTTATT
* * * * ** *
45078 ACTCACTTTAAATATTTTTATAATCTCGTAATTGATTTTAAATTGAATTTTGTTACGTTTTCTAT
128 ACTCACTTTAAATAATTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTTAT
* * * * ** * *
45143 TAAAACAGATAATAATTGAATGTTTATCTCTAGAAATGTGAAGAAAAAGATATCCATTGCCAAGA
193 TAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTCAAGAAACATGAAGAAAAAAATATCCATTGGCAAGA
* * * * *
45208 AAAGTCCATTTAAAGTCATCCAAG-CTATTGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATATTTTTATAA
258 AAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCT-TTGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGTTCTTATAA
**
45272 TCTCGTAATTGATTTTAAA
322 TCTTATAATTGATTTT-AA
* ** * * * ** * *
45291 TTGAATTTTGTTACGTTTTCTGTTAAAACAGATAATAATTGAATGTCTGTCTCATGAAACATGAA
1 --GAATTTTTTTATATTTTTTATTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTCAGGAAACGTGAA
* *
45356 GAAAAAGATATACATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGCCACCCATGCCTTTGAAAGCCTTATTA
64 GAAAAAGATATCCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGCCACCCATGCCTTCGAAAGCCTTATTA
** * * * *
45421 CTCGTTTTAAATGATTTTATAATCTTATAATTGATTTTAAGCTGAATTATTTTATATTTTTTATT
129 CTCACTTTAAATAATTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTTATT
* * * ** * *
45486 AAAATATATTGTAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACATGAGGAAAAAAATATCAATTGGCAAGAA
194 AAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTCAAGAAACATGAAGAAAAAAATATCCATTGGCAAGAA
* * ** * *
45551 AAGTTCATTTATAGTCACCCATGTCTTCAAAAGCCTTGTTACTCACTTTAAATGTTCTTATAATC
259 AAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTTGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGTTCTTATAATC
* *
45616 TTAAAATTAATTTTAA
324 TTATAATTGATTTTAA
* * * *
45632 GCAACTTTTTTTTATATTTTTTATTAAAGCAGATTGTAATTGAATGTCTACCTCAGGAAATGTAA
1 G-AA--TTTTTTTATATTTTTTATTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTCAGGAAACGTGA
* * * * ***
45697 AGAGAAAGATATCTATTGGCAAGAAAAATCCATTTATAGCCACCCATACCTTCGAAAGCCTTNNN
63 AGAAAAAGATATCCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGCCACCCATGCCTTCGAAAGCCTTATT
**************** * * *
45762 NNNNNNNNNNNNNNNNTTTATAACCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTGTAT
128 ACTCACTTTAAATAATTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTTAT
* * ** * * * *
45827 TAAAAGAGATTATAATTGAATGTTTACCTCAAGAAACGCGAAGAAAAAGATATCCATTAGTATGA
193 TAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTCAAGAAACATGAAGAAAAAAATATCCATTGGCAAGA
* ********** *
45892 AAAATCCATTTATAGTCACCCNNNNNNNNNNAAGCCTTATTACTCGTTTTAAATGTT-TATATAA
258 AAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTTGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGTTCT-TATAA
* *
45956 TCTCATAATAGATTTTAA
322 TCTTATAATTGATTTTAA
* * *** ** * ** * *
45974 GTTAAATTTTTTTACATTTGTGGGTAAAACAGAAAATAATTGAATGTTTGTCTCAGAAAACATGA
1 G---AATTTTTTTATATTTTTTATTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTCAGGAAACGTG-
* * * ** *
46039 AAAAAAAAGATATCCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATTGTCACCCACACCTTCAAAAGCCTTAT
62 AAGAAAAAGATATCCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGCCACCCATGCCTTCGAAAGCCTTAT
* * * ** ** *
46104 TACTCGC----------CTTATAGTCTCATAATTGATTTTGAA-TTGAATTTCGTTACGTTTTCT
127 TACTCACTTTAAATAATTTTATAATCTCATAATTGATTTT-AAGTTGAATTTTTTTATATTTTTT
* * * *
46158 ATTAAAACAGATAATAATTAAATGTCTGCCTCAGGAAACNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
191 ATTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTCAAGAAAC--------------------------
*****************************************************************
46223 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
230 ATGAAGAAAAAAATATCCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTTGAAAGCCT
*********************************************
46288 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
295 TATTACTCGCTTTAAATGTTCTTATAATCTTATAATTGATTTTAA
***************************** * *
46333 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTTATTTTATATTTTTTATTAAAATAGATTATAATTGAA
1 GAATTTTTTTATATTTTTTATTAAAACAGAT--TATA------ATT-GAAT-G----T--CT--A
* *** **** * * * ** * *
46398 TGTCTACCTCAAAAAACAAGAAGAAAAAGATATCCATTGGCCAGAAAAGTCCATTTATAGCCACT
48 --CCT-CAGGAAACGTGAAGAA-AAAGATAT-CCATT-GGCAAGAAAAGTCCATTTATAGCCACC
* * * * * * *
46463 CATGCCTTGGAAAGCCTTATTGCTCGCTTTAAATAATTTTATAATCTTATAATTTATTTAAAGCT
107 CATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATAATTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTT
* * * ** *
46528 GAATTCTTTTATATTTTTTATTAAAACAAATTATAATTGAATGTCTACATTGAGAAACGTGAAGA
172 GAATTTTTTTATATTTTTTATTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTCAAGAAACATGAAGA
* * * ** ** *
46593 AAAAAATAGCCATTGACAAGAAAGGTCCATTTATAGTCACCCACACCTTCAAAAACCTTATTACT
237 AAAAAATATCCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTTGAAAGCCTTATTACT
* ** * * *
46658 CACCGTAAATATT-TTTTAAT-TTCATAATTGATCTTAA
302 CGCTTTAAATGTTCTTATAATCTT-ATAATTGATTTTAA
* * * *
46695 GTTAAATTTTTTTACATTTGTTATTAAAACAGATTATAATCGAATGTCTACCTC-GAGAAACGTC
1 G---AATTTTTTTATATTTTTTATTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTCAG-GAAACGTG
* * * * * * **
46759 AAGAAAAAGATATCCATTGTCAAGAAAAGTCTATTTATAGTCATCCAAGCGTTTAAAAGCCTTAT
62 AAGAAAAAGATATCCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGCCACCCATGCCTTCGAAAGCCTTAT
* * * * * * * * * *
46824 TACTCGCTTTTAATATTTTTATAATCTCGTAATTAAATTTAAATTGAATTTTGTTACATTTTTTG
127 TACTCACTTTAAATAATTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTTA
* * * * *
46889 TTAAAACAGA-AATTAATTGAATGTCTGCCTTAAGAATCATGAAGAAAAAGATATCCATTGGCAA
192 TTAAAACAGATTA-TAATTGAATGTCTACCTCAAGAAACATGAAGAAAAAAATATCCATTGGCAA
* * * *
46953 GAAAAGTTCATTTATAGTCGCCCATGCCTTT-AGAAGCCTTATTGCTCGCTTTAAATGTTTTTAT
256 GAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTTGA-AAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGTTCTTAT
47017 AATCTTATAATTGATTTTAA
320 AATCTTATAATTGATTTTAA
* *
47037 GTTGAATTTTTTTATATTTTTTATTAAAACAGATTATAATTGTATGTCTACCTC-GAGAAACATG
1 ---GAATTTTTTTATATTTTTTATTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTCAG-GAAACGTG
* * * * **
47101 AAGAAAAAGAAATCCATTGGCAAGAAAAGTCTATTTATTA-ACACCAATGAGTTCGAAAGCCTTA
62 AAGAAAAAGATATCCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTA-TAGCCACCCATGCCTTCGAAAGCCTTA
* * * *
47165 TTACAT-GCTTTAAATGATTTTATAATCGCATAATTGATTTTAAGAT-ACATTTTTTTATATTTT
126 TTAC-TCACTTTAAATAATTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGA-ATTTTTTTATATTTT
* ** * * * *
47228 TTATTAAAACATATTATAATTGAACATCTACCT--TGAAAAATG-TGAAAAAAAATATCTATTGG
189 TTATTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTCAAGAAACATGAAG-AAAAAAATATCCATTGG
* * * * * *
47290 AAAGAAAAGTCCATTTATAGTCATCCATACCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAAGGATTTT
253 CAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTTGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATG-TTCT
* *
47355 TATAATCTTATAGTTGACTTTAA
317 TATAATCTTATAATTGATTTTAA
* * * * * * **
47378 GTTGAATTCTTTTATATTTGTTATTTAAACAAATTATAATTGAATAT-TAACCT-TGAGAAATAT
1 ---GAATTTTTTTATATTTTTTATTAAAACAGATTATAATTGAATGTCT-ACCTCAG-GAAACGT
* * * * * * ** *
47441 GAATATAAAGATGTCCGTTGACAAGAAAAGTCTATTTATAATCACCCATGCCTTCAAAAGCCTTA
61 GAAGAAAAAGATATCCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGCCACCCATGCCTTCGAAAGCCTTA
* * * * *
47506 TTACTCGCTTTAAAT-GTTGTTATAATCTCATAATTGATTTTCAGTTAAATTTTTTTACATTTTT
126 TTACTCACTTTAAATAATT-TTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTT
*** * ** * * * *
47570 GGGTAAAATAGAAAATAATTGTATGTCTACCT-TAGAAAACATCAAGAAAAAGATATCCATTGGC
190 TATTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTCAAG-AAACATGAAGAAAAAAATATCCATTGGC
* * * * ** * * *
47634 AAGAAAAATACATTTATAATCACCCATACCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAATTTTTTTTA
254 AAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTTGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGTTCTTA
*
47699 TAATCTCATAATTGATTTTAGA
319 TAATCTTATAATTGATTTTA-A
* * ** * * * * *
47721 TTGAATTTTTTAACA-TTTTTAGTTAAAATTGATAATATTTGAATGTCTGCCTCAGGATACAT-A
1 --GAATTTTTTTATATTTTTTA-TTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTCAGGAAACGTGA
** * * * * * ** ** * *
47784 AGGAAAAAGATAGACATTGGTAAGAAACGTTCATTTATTGTCACTTACACTTTCAAAAGCCTTAT
63 A-GAAAAAGATATCCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGCCACCCATGCCTTCGAAAGCCTTAT
* * * * *
47849 TACTC-GTCTTAAATATTTTTCTAATTTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTT
127 TACTCACT-TTAAATAATTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTT
** * * * *
47913 -TTAAAACAGATTATAATTGAATGT-TTGC-CATGAGAACGTGAAGAAAAAGATATCCATTGCCA
191 ATTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTCAAGA-AACATGAAGAAAAAAATATCCATTGGCA
* *** * * *
47975 AGAAAGGTCCATTTATAGTCTTTCAAGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGTTTTTAT
255 AGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTTGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGTTCTTAT
* *
48040 AATCTCATAATTAATTTTAAA
320 AATCTTATAATTGATTTT-AA
* ** * * * * **
48061 TTGAATTTTGTTACGTTTTTTATTAAAACAAATAATAATTAAATGTCTACCTTAGGAAATATGAA
1 --GAATTTTTTTATATTTTTTATTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTCAGGAAACGTGAA
* * * * **********
48126 GAAAAAGATATTCATTGGTAAGAAATGTCCATTTATAGCCTCCCATGCCTTCGAANNNNNNNNNN
64 GAAAAAGATATCCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGCCACCCATGCCTTCGAAAGCCTTATTA
* * * * *
48191 CTCGCTTTAAATGATTTTACAATCTCATAATGGATTTTAAATTGAATTTTTTTACT-TTTTTTAT
129 CTCACTTTAAATAATTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTA-TATTTTTTAT
* * ** * * * *
48255 TAAAACAGATTATAATTAAATGTATACCTTTGAGAAACGTGAAGAAAAAGATATGCATTGGTAAG
193 TAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACC-TCAAGAAACATGAAGAAAAAAATATCCATTGGCAAG
* *** * * * * *
48320 AAAAGTCCATTTATAGCCACCCACAACTTCGAAAGCCATATTACTCACTTTCAATGATT-TCATA
257 AAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTTGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATG-TTCTTATA
* *
48384 AGCTCATAATTGATTTTACA
321 ATCTTATAATTGATTTTA-A
* * * * * *
48404 TTAAATATTTTTATATTTTTTATTAAAATAGTTTATAATTGAATGT-TAACCT-TGAGAAACATG
1 --GAATTTTTTTATATTTTTTATTAAAACAGATTATAATTGAATGTCT-ACCTCAG-GAAACGTG
* * * ********** * *
48467 AAAAAAAAGATATTCATTGGTAAGANNNNNNNNNNTATAGCCACTCATGCCTTCGAAAG-CTATT
62 AAGAAAAAGATATCCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGCCACCCATGCCTTCGAAAGCCT-TA
* * * * * *
48531 TTACTCGCTTTAAATGATTTTAAAATCTCATAATTAATTTTAAGCTAAATTTTTTTATATTTTTT
126 TTACTCACTTTAAATAATTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTT
* ********** * * *
48596 ATTAAAATAGATTATAATTGAATGNNNNNNNNNNGAAACGTGAAGAAAAAGATATCCATTGGTAA
191 ATTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTCAAGAAACATGAAGAAAAAAATATCCATTGGCAA
* * *
48661 GAAAAGCCCATTTATAG-CGACCCATACCTTTGAAAGCTTTATTACTCGCTTTAAATGATT-TTA
256 GAAAAGTCCATTTATAGTC-ACCCATGCCTTTGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATG-TTCTTA
* *
48724 TGATCTTATAATTGATTTAAA
319 TAATCTTATAATTGATTTTAA
* * * *
48745 GTTGAATTCTTTTACATTTTTTTTATTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTTAAGAAACGT
1 ---GAATT-TTTT-TATATTTTTTATTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTCAGGAAACGT
* * * * ** * ** **
48810 GATGAAAAAGATAGCCGTTAGCAAGAAAAGTAAATTTATAGTCACCCACACCTTTAAAAGCCTTA
61 GAAGAAAAAGATATCCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGCCACCCATGCCTTCGAAAGCCTTA
* * * * * * *
48875 TTACTCGCCTTAAATATTTTTTTAATTTTATAATTGATTTTAAGTTGAA-TTTTTTACATTTTTT
126 TTACTCACTTTAAATAATTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTT
* * * **
48939 ATTAAAACAGATTATAATGGAATGTCTGCCTCAAGAAACATGAAGAAAAAGATATCCATTGATAA
191 ATTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTCAAGAAACATGAAGAAAAAAATATCCATTGGCAA
* * * * ** * *
49004 GAAAAGTCCATTTATAGTGATCTAAGCCTTCAAAACCCTTATTACTCGCTTTAAATGTTTTTATA
256 GAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTTGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGTTCTTATA
* * * *
49069 ATCTCAAAATAGGTTTTAGA
321 ATCTTATAATTGATTTTA-A
* * * * ********** *
49089 TTGAATTTTCTTACATTTTTTGTTAAAACAGATAATAATTGAATGTNNNNNNNNNNAAACATGAA
1 --GAATTTTTTTATATTTTTTATTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTCAGGAAACGTGAA
* * * * ** *
49154 GAAAAAGATATCCACTAGCAAGAAAAGTACATTTATAGTCACCCACACCTTCAAAAGCCTTATTA
64 GAAAAAGATATCCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGCCACCCATGCCTTCGAAAGCCTTATTA
** ** * * ********** *
49219 CTTGCTTTAAATGTTTTTTTATAATTTTATAATTGATTTTNNNNNNNNNNTTTTAATATTTTTTA
129 CTCACTTTAAA--TAATTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTTA
* * *
49284 TTAAAACAGATTATAATTGTATGTATACCAT-GAGAAACATGAA-AAAAAAAT-T-CATTGGCAA
192 TTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACC-TCAAGAAACATGAAGAAAAAAATATCCATTGGCAA
* ** * * *********
49345 GAAATGTCCATTTATAAACACCCATGACTTTGAAAGCCTTATTACACGCNNNNNNNNNNT-TTAT
256 GAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTTGAAAGCCTTATTACTCGC-TTTAAATGTTCTTAT
*
49409 AAT-TGCATAATTGATTTTAA
320 AATCT-TATAATTGATTTTAA
* * * * ** **
49429 GTTGAACTGTTTAATATTTTTTATTAAAACAGATTATAATAGAATGTCTACCTCAAAAAATATGA
1 ---GAATTTTTTTATATTTTTTATTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTCAGGAAACGTGA
* * * * * *
49494 AGAAAAACATATCCATTGACAAGAATAGTCCATTTATAACCACTCATGCCTTTGAAAGCCTTATT
63 AGAAAAAGATATCCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGCCACCCATGCCTTCGAAAGCCTTATT
* * * * ********** *
49559 ACTCGCTTTTAATGATTTTATAACCTCATAATTGATTTTAAGTTGAANNNNNNNNNNTTTTTTAG
128 ACTCACTTTAAATAATTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTTAT
* * * * * *
49624 TAAAACAGATTATAA-TCAAAGATCTACCACAAGAAACTTGAAGAGAAAGATATCCATTGGCAAG
193 TAAAACAGATTATAATTGAATG-TCTACCTCAAGAAACATGAAGAAAAAAATATCCATTGGCAAG
* ** ** * * * *
49688 AAAAGTCCATTTACAACCACCCATGCCTTCAAAAGCCTTATTATTCACTTCAAGCA-GTT-TTCT
257 AAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTTGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAA--ATGTTCTTAT
49751 AAT-TTCATAATTGATTTTAA
320 AATCTT-ATAATTGATTTTAA
* * * * * *
49771 GGTAAGTTTTTTTCA-ATTTTTTAATAAAACAGAATATAATTGAATAG-CTACCTCGGGTAGCAT
1 -G-AA-TTTTTTT-ATATTTTTTATTAAAACAGATTATAATTGAAT-GTCTACCTCAGGAAACGT
* * * * * * * *
49834 GAAAAAAAAGATATCCATT-GTAGGAAAAGTCCATTTATAGTCATCTAAGCCTTCGGAAGCCTTA
61 GAAGAAAAAGATATCCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGCCACCCATGCCTTCGAAAGCCTTA
* ** ********** * *
49898 TTACTCGCTTTAAATGTTTTTATAATCTCANNNNNNNNNNTAAATTAAATTTTTTTATATTTTTT
126 TTACTCACTTTAAATAATTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTT
* * * * * * * *
49963 ATTAAAACAGATTACAATTGAATATATACATCGAGAAACGTGAAGAAAAAGATATCTATTGGCAA
191 ATTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTCAAGAAACATGAAGAAAAAAATATCCATTGGCAA
* * ** *
50028 GAAACA-TGCATTTATAGTCACCCAT-CTCTTAGAAAGCCTTATTACTCATTTTAAATGATT-TN
256 GAAA-AGTCCATTTATAGTCACCCATGC-CTTTGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATG-TTCTT
********* *
50090 NNNNNNNNNTAATTCATTTTAA
318 ATAATCTTATAATTGATTTTAA
* * **
50112 GTTAAATTTTTTTATATTTTTTTATTAAAACAGATTATAATCGAATGTCTATCTC-GAGAATTGT
1 G---AATTTTTTTATA-TTTTTTATTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTCAG-GAAACGT
* * * * *
50176 GAAGAGAAATATATCCATTGGTAAGAAAAGTCCATTTATAACCACCTATGCCTTCGAAAGCCTTA
61 GAAGAAAAAGATATCCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGCCACCCATGCCTTCGAAAGCCTTA
* *** * * * *
50241 TTATTTGGTTTAAATGATTTTATAACCTTATAATTGATTTTAAGATG-ATTTTTTTATATTTTTT
126 TTACTCACTTTAAATAATTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTT
50305 ATTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCT
191 ATTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCT
50336 AGAGAANNNN
Statistics
Matches: 5027, Mismatches: 1501, Indels: 441
0.72 0.22 0.06
Matches are distributed among these distances:
333 70 0.01
334 2 0.00
335 1 0.00
337 2 0.00
338 46 0.01
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340 508 0.10
341 1729 0.34
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343 650 0.13
344 186 0.04
345 8 0.00
347 1 0.00
349 1 0.00
351 1 0.00
355 1 0.00
356 4 0.00
357 2 0.00
358 3 0.00
359 10 0.00
363 4 0.00
364 3 0.00
365 5 0.00
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370 1 0.00
372 2 0.00
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377 11 0.00
378 2 0.00
379 45 0.01
388 2 0.00
389 63 0.01
ACGTcount: A:0.35, C:0.13, G:0.11, T:0.36
Consensus pattern (339 bp):
GAATTTTTTTATATTTTTTATTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTCAGGAAACGTGAAGA
AAAAGATATCCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGCCACCCATGCCTTCGAAAGCCTTATTACT
CACTTTAAATAATTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTTATTAA
AACAGATTATAATTGAATGTCTACCTCAAGAAACATGAAGAAAAAAATATCCATTGGCAAGAAAA
GTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTTGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGTTCTTATAATCTT
ATAATTGATTTTAA
Found at i:47356 original size:512 final size:509
Alignment explanation
Indices: 46363--50335 Score: 3091
Period size: 512 Copynumber: 7.8 Consensus size: 509
46353 NNNNNNNTTA
* * * *
46363 TTTTATATTTTTTATTAAAATAGATTATAATTGAATGTCTACCTCAAAAAACAAGAAGAAAAAGA
1 TTTTATATTTTTTATTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTTAAGAAACATGAAGAAAAAGA
* * * * *
46428 TATCCATTGGCCAGAAAAGTCCATTTATAGCCACTCATGCC-TTGGAAAGCCTTATTGCTCGCTT
66 TATCCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTTAGAAAGCCTTATTACTCGCTT
* * * * * * *
46492 TAAATAATTTTATAATCTTATAATTTATTTAAAGCTGAATTCTTTTATATTTTTTATTAAAACAA
131 TAAATGATTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTTATTAAAACAG
* * * * * * *
46557 ATTATAATTGAATGTCTACATTGAGAAACGTGAAGAAAAAAATAGCCATTGACAAGAAAGGTCCA
196 ATTATAATTGAATGTCTACCTCGAGAAACATGAAGAAAAAGATATCCATTGGCAAGAAAAGTCCA
* * * * ** * *
46622 TTTATAGTCACCCA-CACCTTCAAAAACCTTATTACTCACCGTAAAT-ATTTTTTAATTTCATAA
261 TTTATA-ACACCCATGACCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGATTTTATAATCTCATAA
* * * * * *
46685 TTGATCTTAAGTTAAATTTTTTTACATTTGTTATTAAAACAGATTATAATCGAATGTCTACCTCG
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* * * * * * * **
46750 AGAAACGTCAAGAAAAAGATATCCATTGTCAAGAAAAGTCTATTTATAGTCATCCA-AGCGTTTA
389 AAAAATGTGAA-AAAAA-ATAT-CATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATA-CCTTCG
* * * * * *
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450 AAAGCCTTATTACTCGCTTTAAAGATTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATT
* * * * *
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1 TT-TTATATTTTTTATTAAAACAGATTA-TAATTGAATGTCTACCTTAAGAAACATGAAGAAAAA
* * *
46938 GATATCCATTGGCAAGAAAAGTTCATTTATAGTCGCCCATGCCTTTAG-AAGCCTTATTGCTCGC
64 GATATCCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTTAGAAAGCCTTATTACTCGC
* *
47002 TTTAAATGTTTTTATAATCTTATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTTATTAAAAC
129 TTTAAATGATTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTTATTAAAAC
* *
47067 AGATTATAATTGTATGTCTACCTCGAGAAACATGAAGAAAAAGAAATCCATTGGCAAGAAAAGTC
194 AGATTATAATTGAATGTCTACCTCGAGAAACATGAAGAAAAAGATATCCATTGGCAAGAAAAGTC
* * * * *
47132 TATTTATTAACACCAATGA-GTTCGAAAGCCTTATTACAT-GCTTTAAATGATTTTATAATCGCA
259 CATTTA-TAACACCCATGACCTTCAAAAGCCTTATTAC-TCGCTTTAAATGATTTTATAATCTCA
* **
47195 TAATTGATTTTAAGATACATTTTTTTATATTTTTTATTAAAACATATTATAATTGAACATCTACC
322 TAATTGATTTTAAGATA-ATTTTTTTATATTTTTTATTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACC
* *
47260 TTGAAAAATGTGAAAAAAAATATCTATTGGAAAGAAAAGTCCATTTATAGTCATCCATACCTTCG
386 TTGAAAAATGTGAAAAAAAATATC-ATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATACCTTCG
* * *
47325 AAAGCCTTATTACTCGCTTTAAAGGATTTTTATAATCTTATAGTTGACTTTAAGTTGAATT
450 AAAGCCTTATTACTCGCTTTAAA-GATTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATT
* * * * * * * *
47386 CTTTTATATTTGTTATTTAAACAAATTATAATTGAATAT-TAACCTTGAGAAATATGAATATAAA
1 -TTTTATATTTTTTATTAAAACAGATTATAATTGAATGTCT-ACCTTAAGAAACATGAAGAAAAA
* * * * * *
47450 GATGTCCGTTGACAAGAAAAGTCTATTTATAATCACCCATGCCTTCA-AAAGCCTTATTACTCGC
64 GATATCCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTTAGAAAGCCTTATTACTCGC
* * * ***
47514 TTTAAATG-TTGTTATAATCTCATAATTGATTTTCAGTTAAATTTTTTTACATTTTTGGGTAAAA
129 TTTAAATGATT-TTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTTATTAAAA
* ** * * * *
47578 TAGAAAATAATTGTATGTCTACCT-TAGAAAACATCAAGAAAAAGATATCCATTGGCAAGAAAAA
193 CAGATTATAATTGAATGTCTACCTCGAG-AAACATGAAGAAAAAGATATCCATTGGCAAGAAAAG
* * **
47642 TACATTTATAATCACCCAT-ACCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAATTTTTTTTATAATCTC
257 TCCATTTATAA-CACCCATGACCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGATTTTATAATCTC
* * ** * *
47706 ATAATTGATTTT-AGATTGAATTTTTTAACA-TTTTTAGTTAAAATTGATAATATTTGAATGTCT
321 ATAATTGATTTTAAGA-T-AATTTTTTTATATTTTTTA-TTAAAACAGATTATAATTGAATGTCT
* * * * ** * * * * * * * ** *
47769 GCCTCAGGATACATAAGGAAAAAGATAGACATTGGTAAGAAACGTTCATTTATTGTCACTTACAC
383 ACCT--TGAAAAATGTGAAAAAAAATA-TCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATAC
* * * * *
47834 TTTCAAAAGCCTTATTACTCG-TCTTAAATATTTTTCTAATTTCATAATTGATTTTAAGTTGAAT
445 CTTCGAAAGCCTTATTACTCGCT-TTAAAGATTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAA-
47898 TT
508 TT
* * * * * *
47900 TTTTACATTTTTT-TTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTGCCATGAG-AACGTGAAGAAAAAGA
1 TTTTATATTTTTTATTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTTAAGAAACATGAAGAAAAAGA
* * *** * *
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66 TATCCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTTAGAAAGCCTTATTACTCGCTT
* * * * ** *
48027 TAAATGTTTTTATAATCTCATAATTAATTTTAAATTGAATTTTGTTACGTTTTTTATTAAAACAA
131 TAAATGATTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTTATTAAAACAG
* * * * * * *
48092 ATAATAATTAAATGTCTACCT-TAGGAAATATGAAGAAAAAGATATTCATTGGTAAGAAATGTCC
196 ATTATAATTGAATGTCTACCTCGA-GAAACATGAAGAAAAAGATATCCATTGGCAAGAAAAGTCC
* * * ********** *
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* * *
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324 ATTGATTTTAAGA-T-AATTTTTTTA-TATTTTTTATTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACC
* * * * * *
48283 TTTGAGAAACGTGAAGAAAAAGATATGCATTGGTAAGAAAAGTCCATTTATAGCCACCCACAACT
386 -TTGAAAAATGTGAA-AAAAA-ATAT-CATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATACCT
* * * * * *
48348 TCGAAAGCCATATTACTCACTTTCAATGA-TTTCATAAGCTCATAATTGATTTTACA-TTAAATA
447 TCGAAAGCCTTATTACTCGCTTT-AAAGATTTTTATAATCTCATAATTGATTTTA-AGTTGAAT-
48411 T
509 T
* * * *
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* * ********** * * * *
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* * * * *
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259 CATTTATAAC-ACCCATGACCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGATTTTATAATCTCAT
* * * *
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323 AATTGATTTTAAGAT-AATT-TTTT-TATATTTTTTATTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTAC
* * * * * ** *
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** * * * * *
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* * * *
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1 TTTTATATTTTTTATTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTTAAGAAACATGAAGAAAAAGA
** * * * * * *
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* * * * * * *
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* ********** * * *
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* * * * * *
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********* * * *
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* * * **
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* * ********** *
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* * * * * *
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* * ** *
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* * * * * *
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196 ATTATAATTGAATG-TCTACCTCGAGAAACATGAAGAAAAAGATATCCATTGGCAAGAAAAGTCC
* * * * * *
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* * *
49758 TAATTGATTTTAAGGTAAGTTTTTTTCA-ATTTTTTAATAAAACAGAATATAATTGAATAG-CTA
322 TAATTGATTTTAAGATAA-TTTTTTT-ATATTTTTTATTAAAACAGATTATAATTGAAT-GTCTA
* * ** * * * * *
49821 CCTCGGGTAGCATG-AAAAAAAAGATATCCATT-GTAGGAAAAGTCCATTTATAGTCATCTA-AG
384 CCT--TGAAAAATGTGAAAAAAA-ATAT-CATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATA-
* ********** * *
49883 CCTTCGGAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATG-TTTTTATAATCTCANNNNNNNNNNTAAATTAAA
444 CCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAA-GATTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAA
49947 TTT
508 -TT
* * * * ** *
49950 TTTTATATTTTTTATTAAAACAGATTACAATTGAATATATACATCGAGAAACGTGAAGAAAAAGA
1 TTTTATATTTTTTATTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTTAAGAAACATGAAGAAAAAGA
* * **
50015 TATCTATTGGCAAGAAACA-TGCATTTATAGTCACCCAT--CTCTTAGAAAGCCTTATTACTCAT
66 TATCCATTGGCAAGAAA-AGTCCATTTATAGTCACCCATGCCT-TTAGAAAGCCTTATTACTCGC
********** * *
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129 TTTAAATGATTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATA-TTTTTTATTAAAA
* * *** * * *
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* * * * * * *
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258 CCATTTATAA-CACCCATGACCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGATTTTATAATCTCA
*
50271 TAATTGATTTTAAGATGATTTTTTTATATTTTTTATTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCT
322 TAATTGATTTTAAGATAATTTTTTTATATTTTTTATTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCT
50336 AGAGAANNNN
Statistics
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TAAATGATTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTTATTAAAACAG
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Found at i:47675 original size:683 final size:684
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42759 NNNNNNNNNN
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* * * ** *
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* * *
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* * * * *
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* * * * ** * **
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* * * * * * * *
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* * *
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* *** ** * * * *
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* * * * * *
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* * ********* * *
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* * * * *
43622 ATTGAATGT-TGACATCTAAAAACGTGAAGAAAAAGATATCCATTGGCATGAAATA-TCTATTTA
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* * * * *
43685 TAGTCACCCAT-ACCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAAAG-TTGTTATAATCTCATAATAG
255 TAGCCACTCATGA-CTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGATT-TTATAATCTCATAATTG
* * * * ** * * **
43748 ATTTTAAGTTAAATTTTTTTATATTTTTGGA-TAAAATAGAAAAAAATTGAATGTCTGCCTCCAA
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* * ** * * *
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********** * * * *
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* *** * * * * * * *
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** * * * * ** *
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*** * * ** *
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*** ** * * *
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* * * * * * *
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* * * *
44241 CTTATAATCTTATAATTGATTTTA-AGTT-ATATTTTTTTATATTTTTTATTAAAATATATTTTA
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* * * * *
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** * * * * * *
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* * * *
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* * * * *
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* * * *
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* * * * * * * *
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* * * * ** * * *
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* ** * * *
44750 TGA-TTTTATAACCTCATAATTGATTTTACGTTAAATATTTTTATATT
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** * * * *
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* * ** * * * *
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* * * * * *
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130 TTATAATCTCATAATTGATTTTAGA-TTGAATTTTTTTATATTTTTTATTAAAATAGATTATAAT
* * * * * * * *
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* * * * * * *
45053 CA-TCCAAGCCTTCGAGAGCTTTTTTACTCACTTTAAAT-ATTTTTATAATCTCGTAATTGATTT
259 CACT-CATGACTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGA-TTTTATAATCTCATAATTGATTT
** * ** * * * * * *
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322 TAAGCTGAATTTTTTTATATTTTTTATTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCT-TGAAAAAC
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* * * ** * *
45307 TT-TCTGTTAAAACAGATAATAATTGAATGTCTGTC-TCATGAAACATGAAGAAAAAGATATACA
513 TTGT-TATTAAAACAAATTATAATTGAATGTCTACCTTGA-GAAACATGAAGAAAAAGATATCCA
* * * ** *
45370 TTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGCCACCCATGCCTTTGAAAGCCTTATTACTCGTTTTAAATGA
576 TTGACAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACCCATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAAT-A
* ** * *
45435 -TTTTATAATCTTATAATTGATTTTAAGCTGAATTATTTTATATT
640 TTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAATTGAATTTTTTTACATT
* * *** * * * *
45479 TTTTATTAAAATATATTGTAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACATGAGGAAAAAAATATCAATTG
1 TTTTATTAAAACAGAAAATAATTGAATGTCTACCTTAAGAAACATGAAGAAAAAGATATCCATTG
* ** * * *
45544 GCAAGAAAAGTTCATTTATAGTCACCCATGTCTTCAAAAGCCTTGTTACTCACTTTAAATGTTCT
66 GCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATACCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGTTTT
* * * ** *
45609 TATAATCTTAAAATTAATTTTA-A--GCAACTTTTTTTTATATTTTTTATTAAAGCAGATTGTAA
131 TATAATCTCATAATTGATTTTAGATTG-AA--TTTTTTTATATTTTTTATTAAAATAGATTATAA
* * * * *
45671 TTGAATGTCTACCTC-AGGAA-ATGTAAAGAGAAAGATATCTATTGGCAAGAAAAATCCATTTAT
193 TTGAATGTCTACCTCGAGAAACATG--AAGAAAAAGATATCCATTGGCAAGAAAAGTCTATTTAT
* ******************* *
45734 AGCCACCCAT-ACCTTCGAAAGCCTTNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTTTATAACCTCATAATTGAT
256 AGCCACTCATGA-CTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGATTTTATAATCTCATAATTGAT
* * * * * *
45798 TTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTGTATTAAAAGAGATTATAATTGAATGTTTACC-TCAAGAA
320 TTTAAGCTGAATTTTTTTATATTTTTTATTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTTGAA-AA
* * * * * **********
45862 ACGCGAAGAAAAAGATATCCATTAGTATGAAAAATCCATTTATAGTCACCCNNNNNNNNNNAAGC
384 ACGTGAAGAAAAAGATATCCATTGGAAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATACCTTCGAAAGC
* * * * * *
45927 CTTATTACTCGTTTTAAATG-TTTATATAATCTCATAATAGATTTTAAGTTAAATTTTTTTACAT
449 CTTATTACTCGCTTTAAATGATTTTTATAATCTTATAATTGA-TTTAAGTTGAATTCTTTTACAT
*** * * ** * *
45991 TTGTGGGTAAAACAGAA-AATAATTGAATGTTTGTC-TCAGAAAACATGAAAAAAAAAGATATCC
513 TTGTTATTAAAACA-AATTATAATTGAATGTCTACCTTGAG-AAACATG-AAGAAAAAGATATCC
* * * **
46054 ATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATTGTCACCCACACCTTCAAAAGCCTTATTACTCGC--------
575 ATTGACAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACCCATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATA
* * * ** *
46111 --CTTATAGTCTCATAATTGATTTTGAATTGAATTTCGTTACGTT
640 TTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAATTGAATTTTTTTACATT
* * * * * *
46154 TTCTATTAAAACAGATAATAATTAAATGTCTGCCTCAGGAAACNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
1 TTTTATTAAAACAGAAAATAATTGAATGTCTACCTTAAGAAAC----------------------
**************************************************
46219 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
44 ---------------ATGAAGAAAAAGATATCCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCA
*****************************************************************
46284 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
94 TACCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGTTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAGATTGA
*********** * *
46349 NNNNNNNNNNNTTATTTTATATTTTTTATTAAAATAGATTATAATTGAATGTCTACCTCAAAAAA
159 ATTTTTTTATATT-TTTTAT---------TAAAATAGATTATAATTGAATGTCTACCTCGAGAAA
* * * * *
46414 CAAGAAGAAAAAGATATCCATTGGCCAGAAAAGTCCATTTATAGCCACTCATGCCTTGGAAAGCC
214 CATGAAGAAAAAGATATCCATTGGCAAGAAAAGTCTATTTATAGCCACTCATGACTTCGAAAGCC
* * * * * *
46479 TTATTGCTCGCTTTAAATAATTTTATAATCTTATAATTTATTTAAAGCTGAATTCTTTTATATTT
279 TTATTACTCGCTTTAAATGATTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGCTGAATTTTTTTATATTT
* * * * *
46544 TTTATTAAAACAAATTATAATTGAATGTCTACATTGAGAAACGTGAAGAAAAAAATAGCCATT-G
344 TTTATTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTTGAAAAACGTGAAGAAAAAGATATCCATTGG
* * * * * **
46608 ACAAGAAAGGTCCATTTATAGTCACCCACACCTTCAAAAACCTTATTACTCACCGTAAAT-ATTT
409 A-AAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATACCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGATTT
* * *
46672 TT-TAAT-TTCATAATTGATCTTAAGTTAAATTTTTTTACATTTGTTATTAAAACAGATTATAAT
473 TTATAATCTT-ATAATTGAT-TTAAGTTGAATTCTTTTACATTTGTTATTAAAACAAATTATAAT
* * * * *
46735 CGAATGTCTACCTCGAGAAACGTCAAGAAAAAGATATCCATTGTCAAGAAAAGTCTATTTATAGT
536 TGAATGTCTACCTTGAGAAACATGAAGAAAAAGATATCCATTGACAAGAAAAGTCTATTTATAGT
* * * * * * * *
46800 CATCCAAGCGTTTAAAAGCCTTATTACTCGCTTTTAATATTTTTATAATCTCGTAATTAAATTTA
601 CACCCATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATATTTTTATAATCTCATAATTGATTTTA
*
46865 AATTGAATTTTGTTACATT
666 AATTGAATTTTTTTACATT
* * * *
46884 TTTTGTTAAAACAGAAATTAATTGAATGTCTGCCTTAAGAATCATGAAGAAAAAGATATCCATTG
1 TTTTATTAAAACAGAAAATAATTGAATGTCTACCTTAAGAAACATGAAGAAAAAGATATCCATTG
* * * * * *
46949 GCAAGAAAAGTTCATTTATAGTCGCCCATGCCTTTAGAAGCCTTATTGCTCGCTTTAAATGTTTT
66 GCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATACCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGTTTT
* *
47014 TATAATCTTATAATTGATTTTA-AGTTGAATTTTTTTATATTTTTTATTAAAACAGATTATAATT
131 TATAATCTCATAATTGATTTTAGA-TTGAATTTTTTTATATTTTTTATTAAAATAGATTATAATT
* * *
47078 GTATGTCTACCTCGAGAAACATGAAGAAAAAGAAATCCATTGGCAAGAAAAGTCTATTTATTA-A
195 GAATGTCTACCTCGAGAAACATGAAGAAAAAGATATCCATTGGCAAGAAAAGTCTATTTA-TAGC
* *
47142 CAC-CAATGAGTTCGAAAGCCTTATTACAT-GCTTTAAATGATTTTATAATCGCATAATTGATTT
259 CACTC-ATGACTTCGAAAGCCTTATTAC-TCGCTTTAAATGATTTTATAATCTCATAATTGATTT
* * ** *
47205 TAAGAT-ACATTTTTTTATATTTTTTATTAAAACATATTATAATTGAACATCTACCTTGAAAAAT
322 TAAGCTGA-ATTTTTTTATATTTTTTATTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTTGAAAAAC
* *
47269 GTGAA-AAAAA-ATATCTATTGGAAAGAAAAGTCCATTTATAGTCATCCATACCTTCGAAAGCCT
386 GTGAAGAAAAAGATATCCATTGGAAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATACCTTCGAAAGCCT
* * *
47332 TATTACTCGCTTTAAAGGATTTTTATAATCTTATAGTTGACTTTAAGTTGAATTCTTTTATATTT
451 TATTACTCGCTTTAAATGATTTTTATAATCTTATAATTGA-TTTAAGTTGAATTCTTTTACATTT
* * * * * * *
47397 GTTATTTAAACAAATTATAATTGAATAT-TAACCTTGAGAAATATGAATATAAAGATGTCCGTTG
515 GTTATTAAAACAAATTATAATTGAATGTCT-ACCTTGAGAAACATGAAGAAAAAGATATCCATTG
* * *
47461 ACAAGAAAAGTCTATTTATAATCACCCATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGTTGT
579 ACAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACCCATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATATTTT
* * *
47526 TATAATCTCATAATTGATTTTCAGTTAAATTTTTTTACATT
644 TATAATCTCATAATTGATTTTAAATTGAATTTTTTTACATT
*** * * *
47567 TTTGGGTAAAATAGAAAATAATTGTATGTCTACCTT-AGAAAACATCAAGAAAAAGATATCCATT
1 TTTTATTAAAACAGAAAATAATTGAATGTCTACCTTAAG-AAACATGAAGAAAAAGATATCCATT
* * * * *
47631 GGCAAGAAAAATACATTTATAATCACCCATACCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAATTTTTT
65 GGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATACCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGTTT
* * * * *
47696 TTATAATCTCATAATTGATTTTAGATTGAATTTTTTAACA-TTTTTAGTTAAAATTGATAATATT
130 TTATAATCTCATAATTGATTTTAGATTGAATTTTTTTATATTTTTTA-TTAAAATAGATTATAAT
* * ** * *
47760 TGAATGTCTGCCTC-AGGATACAT-AAGGAAAAAGATAGACATTGGTAAGAAACGT-TCATTTAT
194 TGAATGTCTACCTCGA-GAAACATGAA-GAAAAAGATATCCATTGGCAAGAAAAGTCT-ATTTAT
* * * * * * *
47822 TGTCACTTA-CACTTTCAAAAGCCTTATTACTCG-TCTTAAAT-ATTTTTCTAATTTCATAATTG
256 AGCCACTCATGAC-TTCGAAAGCCTTATTACTCGCT-TTAAATGA-TTTTATAATCTCATAATTG
* * * * * *
47884 ATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTT-TTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTGCCATG-AG
318 ATTTTAAGCTGAATTTTTTTATATTTTTTATTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTTGAAA
** * ***
47947 AACGTGAAGAAAAAGATATCCATTGCCAAGAAAGGTCCATTTATAGTCTTTCA-AGCCTTCGAAA
383 AACGTGAAGAAAAAGATATCCATTGGAAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATA-CCTTCGAAA
* * *
48011 GCCTTATTACTCGCTTTAAATG-TTTTTATAATCTCATAATTAATTTTAAATTGAATT-TTGTTA
447 GCCTTATTACTCGCTTTAAATGATTTTTATAATCTTATAATTGA-TTTAAGTTGAATTCTT-TTA
* * * * * *
48074 CGTTTTTTATTAAAACAAATAATAATTAAATGTCTACCTT-AGGAAATATGAAGAAAAAGATATT
510 CATTTGTTATTAAAACAAATTATAATTGAATGTCTACCTTGA-GAAACATGAAGAAAAAGATATC
** * * * * * **********
48138 CATTGGTAAGAAATGTCCATTTATAGCCTCCCATGCCTTCGAANNNNNNNNNNCTCGCTTTAAAT
574 CATTGACAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACCCATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAAT
* * *
48203 GA-TTTTACAATCTCATAATGGATTTTAAATTGAATTTTTTTACTTT
639 -ATTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAATTGAATTTTTTTACATT
** * * * * *
48249 TTTTATTAAAACAGATTATAATTAAATGTATACCTTTGAGAAACGTGAAGAAAAAGATATGCATT
1 TTTTATTAAAACAGAAAATAATTGAATGTCTACC-TTAAGAAACATGAAGAAAAAGATATCCATT
* * * * * * * * *
48314 GGTAAGAAAAGTCCATTTATAGCCACCCACAACTTCGAAAGCCATATTACTCACTTTCAATGATT
65 GGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATACCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGTTT
* * * * * *
48379 TCATAAGCTCATAATTGATTTTACATTAAATATTTTTATATTTTTTATTAAAATAGTTTATAATT
130 TTATAATCTCATAATTGATTTTAGATTGAATTTTTTTATATTTTTTATTAAAATAGATTATAATT
* * * * **********
48444 GAATGT-TAACCTTGAGAAACATGAAAAAAAAGATATTCATTGGTAAGANNNNNNNNNNTATAGC
195 GAATGTCT-ACCTCGAGAAACATGAAGAAAAAGATATCCATTGGCAAGAAAAGTCTATTTATAGC
* * * *
48508 CACTCATGCCTTCGAAAG-CTATTTTACTCGCTTTAAATGATTTTAAAATCTCATAATTAATTTT
259 CACTCATGACTTCGAAAGCCT-TATTACTCGCTTTAAATGATTTTATAATCTCATAATTGATTTT
* * ***********
48572 AAGCTAAATTTTTTTATATTTTTTATTAAAATAGATTATAATTGAATGNNNNNNNNNNGAAACGT
323 AAGCTGAATTTTTTTATATTTTTTATTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTTGAAAAACGT
* * * *
48637 GAAGAAAAAGATATCCATTGGTAAGAAAAGCCCATTTATAG-CGACCCATACCTTTGAAAGCTTT
388 GAAGAAAAAGATATCCATTGGAAAGAAAAGTCCATTTATAGTC-ACCCATACCTTCGAAAGCCTT
*
48701 ATTACTCGCTTTAAATGA-TTTTATGATCTTATAATTGATTTAAAGTTGAATTCTTTTACATTTT
452 ATTACTCGCTTTAAATGATTTTTATAATCTTATAATTGATTT-AAGTTGAATTCTTTTACA--TT
* * * * * * *
48765 TTTTATTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTTAAGAAACGTGATGAAAAAGATAGCCGTT-
514 TGTTATTAAAACAAATTATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACATGAAGAAAAAGATATCCATTG
** ** * *
48829 AGCAAGAAAAGTAAATTTATAGTCACCCACACCTTTAAAAGCCTTATTACTCGCCTTAAATATTT
579 A-CAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACCCATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATATTT
* * * *
48894 TTTTAATTTTATAATTGATTTTAAGTTGAA-TTTTTTACATT
643 TTATAATCTCATAATTGATTTTAAATTGAATTTTTTTACATT
** * * *
48935 TTTTATTAAAACAGATTATAATGGAATGTCTGCCTCAAGAAACATGAAGAAAAAGATATCCATTG
1 TTTTATTAAAACAGAAAATAATTGAATGTCTACCTTAAGAAACATGAAGAAAAAGATATCCATTG
** * * * *
49000 ATAAGAAAAGTCCATTTATAGTGATCTA-AGCCTTCAAAACCCTTATTACTCGCTTTAAATGTTT
66 GCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATA-CCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGTTT
* * * * * * * *
49064 TTATAATCTCAAAATAGGTTTTAGATTGAATTTTCTTACATTTTTTGTTAAAACAGATAATAATT
130 TTATAATCTCATAATTGATTTTAGATTGAATTTTTTTATATTTTTTATTAAAATAGATTATAATT
********** * * *
49129 GAATGTNNNNNNNNNNAAACATGAAGAAAAAGATATCCACTAGCAAGAAAAGTAC-ATTTATAGT
195 GAATGTCTACCTCGAGAAACATGAAGAAAAAGATATCCATTGGCAAGAAAAGT-CTATTTATAGC
* * * * * * *
49193 CACCCA-CACCTTCAAAAGCCTTATTACTTGCTTTAAATGTTTTTTTATAATTTTATAATTGATT
259 CACTCATGA-CTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATG--ATTTTATAATCTCATAATTGATT
********** * * * * *
49257 TTNNNNNNNNNNTTTTAATATTTTTTATTAAAACAGATTATAATTGTATGTATACCATGAGAAAC
321 TTAAGCTGAATTTTTTTATATTTTTTATTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTTGAAAAAC
* * * * ** *
49322 ATGAA-AAAAA-A-ATTCATTGGCAAGAAATGTCCATTTATAAACACCCATGA-CTTTGAAAGCC
386 GTGAAGAAAAAGATATCCATTGGAAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCAT-ACCTTCGAAAGCC
* ********** * * * * *
49383 TTATTACACGC-NNNNNNNNNNTTTATAAT-TGCATAATTGATTTTAAGTTGAACTGTTTAATAT
450 TTATTACTCGCTTTAAATGATTTTTATAATCT-TATAATTGA-TTTAAGTTGAATTCTTTTACAT
* * * ** * * *
49446 TTTTTATTAAAACAGATTATAATAGAATGTCTACCTCAAAAAATATGAAGAAAAACATATCCATT
513 TTGTTATTAAAACAAATTATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACATGAAGAAAAAGATATCCATT
* * ** * ** *
49511 GACAAGAATAGTCCATTTATAACCACTCATGCCTTTGAAAGCCTTATTACTCGCTTTTAATGA-T
578 GACAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACCCATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAAT-ATT
* * **********
49575 TTTATAACCTCATAATTGATTTTAAGTTGAANNNNNNNNNNTT
642 TTTATAATCTCATAATTGATTTTAAATTGAATTTTTTTACATT
* ** * * ** * *
49618 TTTTAGTAAAACAGATTATAA-TCAAAGATCTACCACAAGAAACTTGAAGAGAAAGATATCCATT
1 TTTTATTAAAACAGAAAATAATTGAATG-TCTACCTTAAGAAACATGAAGAAAAAGATATCCATT
* ** * * * *
49682 GGCAAGAAAAGTCCATTTACAACCACCCATGCCTTCAAAAGCCTTATTATTCACTTCAAGCA-G-
65 GGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATACCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAA--ATGT
* * * * * *
49745 TTTTCTAATTTCATAATTGATTTTA-A-GGTAAGTTTTTTTCA-ATTTTTTAATAAAACAGAATA
128 TTTTATAATCTCATAATTGATTTTAGATTG-AA-TTTTTTT-ATATTTTTTATTAAAATAGATTA
* * * * * * *
49807 TAATTGAATAG-CTACCTCGGGTAGCATGAAAAAAAAGATATCCATT-GTAGGAAAAGTCCATTT
190 TAATTGAAT-GTCTACCTCGAGAAACATGAAGAAAAAGATATCCATTGGCAAGAAAAGTCTATTT
* * * * * ******
49870 ATAGTCA-TCTAAGCCTTCGGAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGTTTTTATAATCTCANNNNNN
254 ATAGCCACTC-ATGACTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGATTTTATAATCTCATAATTG
**** ** * * * * * * *
49934 NNNNTAAATTAAATTTTTTTATATTTTTTATTAAAACAGATTACAATTGAATATATACATCGAGA
318 ATTTTAAGCTGAATTTTTTTATATTTTTTATTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTTGAAA
* * * *
49999 AACGTGAAGAAAAAGATATCTATTGGCAAGAAACA-TGCATTTATAGTCACCCAT-CTCTTAGAA
383 AACGTGAAGAAAAAGATATCCATTGGAAAGAAA-AGTCCATTTATAGTCACCCATAC-CTTCGAA
** ********** * * *
50062 AGCCTTATTACTCATTTTAAATGA-TTTNNNNNNNNNNTAATTCATTTTAAGTTAAATTTTTTTA
446 AGCCTTATTACTCGCTTTAAATGATTTTTATAATCTTATAATTGA-TTTAAGTTGAATTCTTTTA
* * * * * * *** * *
50126 TATTTTTTTATTAAAACAGATTATAATCGAATGTCTATCTCGAGAATTGTGAAGAGAAATATATC
510 CA-TTTGTTATTAAAACAAATTATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACATGAAGAAAAAGATATC
** * ** * * * * *
50191 CATTGGTAAGAAAAGTCCATTTATAACCACCTATGCCTTCGAAAGCCTTATTATTTGGTTTAAAT
574 CATTGACAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACCCATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAAT
* * *
50256 GA-TTTTATAACCTTATAATTGATTTTAAGA-TG-ATTTTTTTATATT
639 -ATTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAA-ATTGAATTTTTTTACATT
**
50301 TTTTATTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCT
1 TTTTATTAAAACAGAAAATAATTGAATGTCTACCT
50336 AGAGAANNNN
Statistics
Matches: 5222, Mismatches: 1426, Indels: 493
0.73 0.20 0.07
Matches are distributed among these distances:
660 1 0.00
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724 2 0.00
730 70 0.01
ACGTcount: A:0.36, C:0.13, G:0.11, T:0.36
Consensus pattern (684 bp):
TTTTATTAAAACAGAAAATAATTGAATGTCTACCTTAAGAAACATGAAGAAAAAGATATCCATTG
GCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATACCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGTTTT
TATAATCTCATAATTGATTTTAGATTGAATTTTTTTATATTTTTTATTAAAATAGATTATAATTG
AATGTCTACCTCGAGAAACATGAAGAAAAAGATATCCATTGGCAAGAAAAGTCTATTTATAGCCA
CTCATGACTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGATTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAG
CTGAATTTTTTTATATTTTTTATTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTTGAAAAACGTGAA
GAAAAAGATATCCATTGGAAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATACCTTCGAAAGCCTTATTA
CTCGCTTTAAATGATTTTTATAATCTTATAATTGATTTAAGTTGAATTCTTTTACATTTGTTATT
AAAACAAATTATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACATGAAGAAAAAGATATCCATTGACAAGAA
AAGTCTATTTATAGTCACCCATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATATTTTTATAATC
TCATAATTGATTTTAAATTGAATTTTTTTACATT
Found at i:51043 original size:159 final size:161
Alignment explanation
Indices: 50786--51201 Score: 412
Period size: 171 Copynumber: 2.5 Consensus size: 161
50776 NNNNNTTTTC
* * * * * * *
50786 TTAAAACAGATTATAATTAAATATCTGCCCCAAGAAACGTGAA-GAAAAGATGTCCATTAGC-AG
1 TTAAAACAGATGATAATTGAATGTCTACCTCGAGAAACGTGAAGGAAAAGATATCCATTAGCAAG
* * * * *
50849 AAAAAGTCCATTTATAGTCATCCAAGCGTTCAAAAGCCTTAGTATTCGC-T--ATAATCTCATAA
66 -AAAAGTCCATTTATAGCCA-CCAACCCTTCAAAAGCCTTAGTACTCGCTTAAATAAACTCATAA
* * *
50911 TTGATTTTAAGTTCAATTGTTTTATATTTTTTA
129 TTGATTTTAAGTTAAATTGTTTTACATTTGTTA
* *
50944 TTAAAACATATGATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACGTGAAGGAAAAGATATCCATTAGCAAG
1 TTAAAACAGATGATAATTGAATGTCTACCTCGAGAAACGTGAAGGAAAAGATATCCATTAGCAAG
* **
51009 AAAAGTCCATTTATAGCCACGCATACCCTT-AAAAGCCTTATTACTCGCTTTAANNNNNNNNNNA
66 AAAAGTCCATTTATAGCCAC-CA-ACCCTTCAAAAGCCTTAGTACTCGC-TTAA--------ATA
*
51073 AACTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTACATTTGTTA
120 AACTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTGTTTTACATTTGTTA
* * * * * * * *
51115 TTAAAATAGATTATAATTGAATGTCTACCTCGTGAAACGTAAAGAAAAAGATATCAATTGGCAAA
1 TTAAAACAGATGATAATTGAATGTCTACCTCGAGAAACGTGAAGGAAAAGATATCCATTAGCAAG
51180 AAAAGTCCATTTATAGCCACCA
66 AAAAGTCCATTTATAGCCACCA
51202 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 211, Mismatches: 31, Indels: 20
0.81 0.12 0.08
Matches are distributed among these distances:
158 36 0.17
159 53 0.25
160 6 0.03
161 1 0.00
170 2 0.01
171 113 0.54
ACGTcount: A:0.38, C:0.15, G:0.12, T:0.32
Consensus pattern (161 bp):
TTAAAACAGATGATAATTGAATGTCTACCTCGAGAAACGTGAAGGAAAAGATATCCATTAGCAAG
AAAAGTCCATTTATAGCCACCAACCCTTCAAAAGCCTTAGTACTCGCTTAAATAAACTCATAATT
GATTTTAAGTTAAATTGTTTTACATTTGTTA
Found at i:52921 original size:159 final size:160
Alignment explanation
Indices: 52649--53273 Score: 559
Period size: 171 Copynumber: 3.8 Consensus size: 160
52639 AATAATTTTT
* * * *
52649 TAATTTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTGTTTTGTA-TTTTTCTTAAAACAGATTATAATTAAA
1 TAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTGTTTTATATTTTTTATTAAAATAGATTATAATTAAA
* * * * * * *
52713 TGTCTGCCCCAAGAAACGTGAAGAAAAAGATGTCCATTGG-TAGAAAAAGTCCATTTATAGTCAT
66 TGTCTACCTCGAGAAACATGAAGAAAAAGATATCCATTGGCAAG-AAAAGTCCATTTATAGCCA-
*
52777 C-CAAGCCTTGAAAAGCCTTATTACTCGC-TA
129 CGCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTA
* * * *
52807 TAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGGATTGTTTTATATTTTTTATTCAAATATATTATAATTGAA
1 TAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTGTTTTATATTTTTTATTAAAATAGATTATAATTAAA
* * *
52872 TGTCTACCTTGAGAAACATGAAGGAAAAGATATCCATTGGTAAGAAAAGTCCATTTATAGCCACG
66 TGTCTACCTCGAGAAACATGAAGAAAAAGATATCCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGCCACG
**
52937 CATA-TATTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTA
131 CA-AGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGC-----------TTA
* * * * * *
52978 TAAAT-TCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTACAATTGTTATTAAAATAGATTATAATTGA
1 T-AATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTGTTTTATATTTTTTATTAAAATAGATTATAATTAA
* * * * * *
53042 ATGTCTATCTCGCGAAACGTAAAGAAAAAGATATCAATTGGCAAAAAAAGTCCATTTATAGCCAC
65 ATGTCTACCTCGAGAAACATGAAGAAAAAGATATCCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGCCAC
*
53107 TG-ATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGATTTTA
130 -GCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGC-----------TTA
* * *
53149 TAATCTCATAATTGCTTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTCATTAAAATAGATTATAATTAAA
1 TAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTGTTTTATATTTTTTATTAAAATAGATTATAATTAAA
* *
53214 TGTCTACCAT-G-GAAA-ATGTTGAGAAAAAGATATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAG
66 TGTCTACC-TCGAGAAACATG--AAGAAAAAGATATCCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAG
53274 TCACCCANNN
Statistics
Matches: 389, Mismatches: 55, Indels: 33
0.82 0.12 0.07
Matches are distributed among these distances:
158 35 0.09
159 95 0.24
160 3 0.01
169 1 0.00
170 7 0.02
171 243 0.62
172 5 0.01
ACGTcount: A:0.37, C:0.12, G:0.13, T:0.38
Consensus pattern (160 bp):
TAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTGTTTTATATTTTTTATTAAAATAGATTATAATTAAA
TGTCTACCTCGAGAAACATGAAGAAAAAGATATCCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGCCACG
CAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTA
Found at i:53097 original size:171 final size:167
Alignment explanation
Indices: 52805--53273 Score: 591
Period size: 171 Copynumber: 2.7 Consensus size: 167
52795 TATTACTCGC
* * * * *
52805 TATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGGATTGTTTTATATTTTTTATTCAAATATATTATAATTG
1 TATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTA-AATTTTTATTAAAATAGATTATAATTG
* * * *
52870 AATGTCTACCTTGAGAAACATGAAGGAAAAGATATCCATTGGTAAGAAAAGTCCATTTATAGCCA
65 AATGTCTACC-TG-GAAACGTAAAGAAAAAGATAT-CATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGCCA
* *
52935 C-GCATATATTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTT
127 CTG-ATACATTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGATTT
* *
52976 TATAAAT-TCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTACAATTGTTATTAAAATAGATTATAATT
1 TAT-AATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTA-AATTTTTATTAAAATAGATTATAATT
* *
53040 GAATGTCTATCTCGCGAAACGTAAAGAAAAAGATATCAATTGGCAAAAAAAGTCCATTTATAGCC
64 GAATGTCTACCT-G-GAAACGTAAAGAAAAAGATATC-ATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGCC
* *
53105 ACTGATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGATTT
126 ACTGATACATTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGATTT
* * *
53147 TATAATCTCATAATTGCTTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTCATTAAAATAGATTATAATTA
1 TATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTAAATTTTT-ATTAAAATAGATTATAATTG
* **
53212 AATGTCTACCATGGAAAATGTTGAGAAAAAGATATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAG
65 AATGTCTACC-TGG-AAACGTAAAGAAAAAGATA-TCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAG
53274 TCACCCANNN
Statistics
Matches: 260, Mismatches: 29, Indels: 18
0.85 0.09 0.06
Matches are distributed among these distances:
170 11 0.04
171 242 0.93
172 7 0.03
ACGTcount: A:0.37, C:0.12, G:0.13, T:0.39
Consensus pattern (167 bp):
TATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTAAATTTTTATTAAAATAGATTATAATTGA
ATGTCTACCTGGAAACGTAAAGAAAAAGATATCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGCCACTGA
TACATTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGATTT
Found at i:53160 original size:500 final size:501
Alignment explanation
Indices: 52305--53218 Score: 1209
Period size: 500 Copynumber: 1.8 Consensus size: 501
52295 TAAATGATTT
* *
52305 TATAACCTTATAATTGATTTTAAGATTATTTTTTTATATTTTTTATTAAAACAGATTATAATTGA
1 TATAACCTCATAATTGATTTTAAGATTATTGTTTTATATTTTTTATTAAAACAGATTATAATTGA
* * * * *
52370 ATGTCTACCTAGAGAAACGTTAAGAAAAAGATATTCTTTGGTAAGAAAAGTCCATTTATAGTCAC
66 ATGTCTACCTAGAGAAACATGAAGAAAAAGATATCCATTGGTAAGAAAAGTCCATTTATAGCCAC
* * * * * *
52435 CCACGCCTTCAAAAACTTTATTACTCACTTTTAATTGAATTTATAATCTTATACTTGATTTTAAG
131 CCACACATTCAAAAACCTTATTACTCACTTTTAAATGAATTTATAATCTCATAATTGATTTTAAG
* * * * *
52500 TTGAATTCTTTTATATATTTTATTAAAACATATTTTAATTGAATGTTTACATCGAGAAACGTGAA
196 TTAAATTCTTTTACATATTTTATTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACATCGAGAAACGTGAA
* * * *
52565 AAAAAATATATCCATTGGAAGGAAAAGCCCATTTATAGTCACCTACACATTCAAAAACCATATTA
261 AAAAAAGATATCAATTGGAAGAAAAAGCCCATTTATAGCCACCTACACATTCAAAAACCATATTA
* * * *
52630 TTGCCTTTAAATAATTTTTTAATTTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTGTTTTGTATTTTTC-TT
326 TCGCCTTTAAATAATTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTGTTTTATATTTTTCATT
52694 AAAACAGATTATAATTAAATGTCTGCCCCAAGAAACGTGAAGAAAAAGATGTCCATTGGTAGAAA
391 AAAACAGATTATAATTAAATGTCTGCCCCAAGAAACGTGAAGAAAAAGATGTCCATTGGTAGAAA
52759 AAGTCCATTTATAGTCATCCAAGCCTTGAAAAGCCTTATTACTCGC
456 AAGTCCATTTATAGTCATCCAAGCCTTGAAAAGCCTTATTACTCGC
* * * *
52805 TATAATCTCATAATTGATTTTAAG-TTGGATTGTTTTATATTTTTTATTCAAATATATTATAATT
1 TATAACCTCATAATTGATTTTAAGATT--ATTGTTTTATATTTTTTATTAAAACAGATTATAATT
* *
52869 GAATGTCTACCTTGAGAAACATGAAGGAAAAGATATCCATTGGTAAGAAAAGTCCATTTATAGCC
64 GAATGTCTACCTAGAGAAACATGAAGAAAAAGATATCCATTGGTAAGAAAAGTCCATTTATAGCC
* * * * * **
52934 ACGCATATATTCAAAAGCCTTATTACTCGC-TTTAAATGGTTTTATAAAT-TCATAATTGATTTT
129 ACCCACACATTCAAAAACCTTATTACTCACTTTTAAATGAATTTAT-AATCTCATAATTGATTTT
* * *
52997 AAGTTAAATTTTTTTACA-ATTGTTATTAAAATAGATTATAATTGAATGTCTATC-TCGCGAAAC
193 AAGTTAAATTCTTTTACATATT-TTATTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTA-CATCGAGAAAC
* ** * *
53060 GT-AAAGAAAAAGATATCAATTGGCAA-AAAAAGTCCATTTATAGCCA-CTGATGCCTTCAAAAG
256 GTGAAA-AAAAAGATATCAATTGG-AAGAAAAAGCCCATTTATAGCCACCT-ACACATTCAAAAA
* * * *
53122 CCTTATTACTCG-CTTTAAATGATTTTATAATCTCATAATTGCTTTTAAGTTGAATTTTTTTATA
318 CCATATTA-TCGCCTTTAAATAATTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTGTTTTATA
*
53186 TTTTTCATTAAAATAGATTATAATTAAATGTCT
382 TTTTTCATTAAAACAGATTATAATTAAATGTCT
53219 ACCATGGAAA
Statistics
Matches: 352, Mismatches: 52, Indels: 19
0.83 0.12 0.04
Matches are distributed among these distances:
499 10 0.03
500 197 0.56
501 145 0.41
ACGTcount: A:0.37, C:0.13, G:0.11, T:0.39
Consensus pattern (501 bp):
TATAACCTCATAATTGATTTTAAGATTATTGTTTTATATTTTTTATTAAAACAGATTATAATTGA
ATGTCTACCTAGAGAAACATGAAGAAAAAGATATCCATTGGTAAGAAAAGTCCATTTATAGCCAC
CCACACATTCAAAAACCTTATTACTCACTTTTAAATGAATTTATAATCTCATAATTGATTTTAAG
TTAAATTCTTTTACATATTTTATTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACATCGAGAAACGTGAA
AAAAAAGATATCAATTGGAAGAAAAAGCCCATTTATAGCCACCTACACATTCAAAAACCATATTA
TCGCCTTTAAATAATTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTGTTTTATATTTTTCATT
AAAACAGATTATAATTAAATGTCTGCCCCAAGAAACGTGAAGAAAAAGATGTCCATTGGTAGAAA
AAGTCCATTTATAGTCATCCAAGCCTTGAAAAGCCTTATTACTCGC
Found at i:53261 original size:342 final size:336
Alignment explanation
Indices: 52144--53278 Score: 1178
Period size: 342 Copynumber: 3.4 Consensus size: 336
52134 NNNNNNNNNN
* * *
52144 ATAATTCATTTTAAGTTAAATTTTTTTATATTTTTTATTAAAACAGATTATAATCG-ATGTCTAC
1 ATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTTATTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTAC
* * * * * * *
52208 C-TCTAGAATTGTAAAGAGAAAGATATCCATTGGTAAGAAAAATCTATTTATAACCACCCATACC
66 CATCGAGAAATGT-AAGAAAAAGATATCCATTGGTAAGAAAAGTCCATTTATAGCCA-CCATACA
* *
52272 TTCGAAAGCCTTATTATTCGCTTTAAATGATTTTATAACCTT-ATAATTGATTTTAAGATT-ATT
129 TTCAAAAGCCTTATTA-TCGCTTTAAATGATTTTATAA-ATTCATAATTGATTTTAAG-TTAATT
* * * *
52335 TTTTTATATTTTTTATTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTAGAGAAACGTTAAGAAAAAG
191 TTTTTACAATTTTTATTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTCGAGAAACGTAAAGAAAAAG
* * * * * * *
52400 ATATTCTTTGGTAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCACGCCTTCAAAAACTTTATTACTCACTT
256 ATA-TCATTGGTAAAAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGC-T
*
52465 TTAATTGAATTTATAATCTT
319 TTAA-TG-ATTTATAATCTC
* * * * * *
52485 ATACTTGATTTTAAGTTGAATTCTTTTATATATTTTATTAAAACATATTTTAATTGAATGTTTA-
1 ATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTTATTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTAC
* * * * * *
52549 CATCGAGAAACGTGAAAAAAAATATATCCATTGG-AAGGAAAAGCCCATTTATAGTCACCTACAC
66 CATCGAGAAATGT-AAGAAAAAGATATCCATTGGTAA-GAAAAGTCCATTTATAGCCACC-ATAC
* * * * * *
52613 ATTCAAAAACCATATTATTGCCTTTAAATAATTTTTTAATTTCATAATTGATTTTAAGTTGAATT
128 ATTCAAAAGCCTTATTATCG-CTTTAAATGATTTTATAAATTCATAATTGATTTTAAGTT-AATT
* ** * * * * * *
52678 GTTTT-GTATTTTTCTTAAAACAGATTATAATTAAATGTCTGCCCCAAGAAACGTGAAGAAAAAG
191 TTTTTACAATTTTTATTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTCGAGAAACGTAAAGAAAAAG
* * *
52742 ATGTCCATTGGTAGAAAAAGTCCATTTATAGTCA-TCCAAGCCTTGAAAAGCCTTATTACTCGC-
256 ATAT-CATTGGTAAAAAAAGTCCATTTATAGTCACT-CAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCT
52805 ---------TATAATCTC
319 TTAATGATTTATAATCTC
* * * * *
52814 ATAATTGATTTTAAGTTGGATTGTTTTATATTTTTTATTCAAATATATTATAATTGAATGTCTAC
1 ATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTTATTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTAC
* * *
52879 C-TTGAGAAACATG-AAGGAAAAGATATCCATTGGTAAGAAAAGTCCATTTATAGCCACGCATAT
66 CATCGAG-AA-ATGTAAGAAAAAGATATCCATTGGTAAGAAAAGTCCATTTATAGCCAC-CATAC
*
52942 ATTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAAATTCATAATTGATTTTAAGTTAAATT
128 ATTCAAAAGCCTTATTA-TCGCTTTAAATGATTTTATAAATTCATAATTGATTTTAAGTT-AATT
* * * *
53007 TTTTTACAATTGTTATTAAAATAGATTATAATTGAATGTCTATCTCGCGAAACGTAAAGAAAAAG
191 TTTTTACAATTTTTATTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTCGAGAAACGTAAAGAAAAAG
* * * *
53072 ATATCAATTGGCAAAAAAAGTCCATTTATAGCCACTGATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTT
256 ATATC-ATTGGTAAAAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTT
53137 TAAATGATTTTATAATCTC
320 T-AATGA-TTTATAATCTC
* * * *
53156 ATAATTGCTTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTCATTAAAATAGATTATAATTAAATGTCTAC
1 ATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTTATTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTAC
* * * * *
53221 CATGGA-AAATGTTGAGAAAAAGATATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACC
66 CATCGAGAAATG-TAAGAAAAAGATATCCATTGGTAAGAAAAGTCCATTTATAGCCACC
53279 CANNNNNNNN
Statistics
Matches: 650, Mismatches: 110, Indels: 68
0.79 0.13 0.08
Matches are distributed among these distances:
329 165 0.25
330 107 0.16
331 3 0.00
340 3 0.00
341 63 0.10
342 299 0.46
343 10 0.02
ACGTcount: A:0.37, C:0.13, G:0.12, T:0.39
Consensus pattern (336 bp):
ATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTTATTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTAC
CATCGAGAAATGTAAGAAAAAGATATCCATTGGTAAGAAAAGTCCATTTATAGCCACCATACATT
CAAAAGCCTTATTATCGCTTTAAATGATTTTATAAATTCATAATTGATTTTAAGTTAATTTTTTT
ACAATTTTTATTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTCGAGAAACGTAAAGAAAAAGATATC
ATTGGTAAAAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAATGA
TTTATAATCTC
Found at i:54551 original size:172 final size:172
Alignment explanation
Indices: 54160--54598 Score: 436
Period size: 172 Copynumber: 2.6 Consensus size: 172
54150 AGGTAGACAT
* * * * * *
54160 TCAATTATAATCTATTTTAATAAAAAATATAAAATAATTCAGCTTAAAATTAATTATAAGATTTT
1 TCAATTATAATATATTTCAATAAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATAAGATTAT
* * * * * * *
54225 AAAATCATTTAAAGTGAGTAATAAAG-CTTCGAAAGGTGTGGGTGGCTATAAATAGACTTTTCTT
66 AAAATCATTAAAAGCGAGTAATAAGGTTTTCGAAAGGTATGAGTGACTATAAATAGACTTTTCTT
* * * *
54289 GCCAATGGATATCTTTTTTTTCATGTTTCTCAAGGTAAATAT
131 GCCAATAGATATCTTTTTTTTCACGTTTCCCAAGGTAAATAC
* ***********
54331 TCAATTATAATCTATTTCAATAAAAAATATANNNNNNNNNNNCTTAAAATCAATTATAAGATTAT
1 TCAATTATAATATATTTCAATAAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATAAGATTAT
* *
54396 AAAAATCATTAAAAGCGAGTAATAAGGTTTTC-AAATGTATGAGTGACTATAAATAGATTTTTCT
66 -AAAATCATTAAAAGCGAGTAATAAGGTTTTCGAAAGGTATGAGTGACTATAAATAGACTTTTCT
* * * * *
54460 TGTCAATAGATATTTTTTTTTTCACGTTTCCCGAGGTAGATGC
130 TGCCAATAGATATCTTTTTTTTCACGTTTCCCAAGGTAAATAC
* * * **
54503 TCAATTATAATATGTTT-ACCTAAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAGTTATGTGATTA
1 TCAATTATAATATATTTCA-ATAAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATAAGATTA
*
54567 TAAAATCATTTAAAA-CGTGTAATAAGGCTTTT
65 TAAAATCA-TTAAAAGCGAGTAATAAGG-TTTT
54599 GAAGTCATTG
Statistics
Matches: 213, Mismatches: 50, Indels: 9
0.78 0.18 0.03
Matches are distributed among these distances:
171 70 0.33
172 140 0.66
173 3 0.01
ACGTcount: A:0.39, C:0.10, G:0.11, T:0.37
Consensus pattern (172 bp):
TCAATTATAATATATTTCAATAAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATAAGATTAT
AAAATCATTAAAAGCGAGTAATAAGGTTTTCGAAAGGTATGAGTGACTATAAATAGACTTTTCTT
GCCAATAGATATCTTTTTTTTCACGTTTCCCAAGGTAAATAC
Found at i:55332 original size:171 final size:159
Alignment explanation
Indices: 55155--55480 Score: 330
Period size: 171 Copynumber: 2.0 Consensus size: 159
55145 TTGTCGTCAC
* * *********
55155 GTTTCTCAAGGTGGACATTCAATTATAATTTATTTTAATAAAAAATATAAA-AAANNNNNNNNNN
1 GTTTCTCAAGGTAGACATTCAATTATAATCTATTTTAATAAAAAATATAAACAAA-TTCAGCTTA
** *
55219 AAATAAATTATAAGATTAAAAAACCATTTAAAGCAAGCAATAAGGTTTTCGAAGGCATGGGTGGC
65 AAATAAATTATAAGATTAAAAAACCATTTAAAGCAAGCAATAAGGCCTTCGAAGGCATGAGTGGC
55284 TATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGGANNNNNNNNNNNNCAT
130 TATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGGA------------CAT
*
55326 GTTTCTCTAGGTAGACATTCAATTATAATCTATTTTAATAAAAAATATAAACAAATTCAGCTTAA
1 GTTTCTCAAGGTAGACATTCAATTATAATCTATTTTAATAAAAAATATAAACAAATTCAGCTTAA
* * * * * * *
55391 AATTAATTATAAGATTATAAAATCATTTGAAGCGAGTAATAAGGCCTTCGAAGGCGTGAGTGGCT
66 AATAAATTATAAGATTAAAAAACCATTTAAAGCAAGCAATAAGGCCTTCGAAGGCATGAGTGGCT
55456 ATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGG
131 ATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGG
55481 GTATCTNNNN
Statistics
Matches: 132, Mismatches: 22, Indels: 2
0.85 0.14 0.01
Matches are distributed among these distances:
171 129 0.98
172 3 0.02
ACGTcount: A:0.37, C:0.11, G:0.15, T:0.30
Consensus pattern (159 bp):
GTTTCTCAAGGTAGACATTCAATTATAATCTATTTTAATAAAAAATATAAACAAATTCAGCTTAA
AATAAATTATAAGATTAAAAAACCATTTAAAGCAAGCAATAAGGCCTTCGAAGGCATGAGTGGCT
ATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGGACAT
Found at i:57031 original size:172 final size:160
Alignment explanation
Indices: 56744--57073 Score: 351
Period size: 172 Copynumber: 2.0 Consensus size: 160
56734 ATGTAAACAT
* *
56744 ATTATAATTGAACATCTACCTCGAGAAACGTGAAAAAAAAACATATCTATTGACAAGAAAAATCT
1 ATTATAATTGAACATCTACCTCGAGAAACATGAAAAAAAAACATATCCATTGACAAGAAAAATCT
* * * * *
56809 ATTTATAGTCACCTATACCTTTGAAAACCTTATTACTCACTTTTAATGATTTTTATAATCTTATA
66 ATTTATAGCCACCTACACCTTCGAAAACCTTATTACTCACTTTAAATGA-TTTTAAAATCTTATA
* *
56874 ATTGATTTTAAGTTGAATTCTTTTATATNNNNNNNNNNNNTAG
130 ATTAATTTTAAGTTGAATTATTTTATAT------------TAG
* * * * *
56917 ATTATAATTGAATATTTACCTTGAGAAACATG-AAGAAAAAGATATCCATTGACAA-AAAAAGTC
1 ATTATAATTGAACATCTACCTCGAGAAACATGAAAAAAAAACATATCCATTGACAAGAAAAA-TC
* * *
56980 TATTTATAGCCA-CTCACGCCTTCGGAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGATTTTAAAATCTTAT
65 TATTTATAGCCACCT-ACACCTTCGAAAACCTTATTACTCACTTTAAATGATTTTAAAATCTTAT
57044 AATTAATTTTAAGTTGAATTATTTTATATT
129 AATTAATTTTAAGTTGAATTATTTTATATT
57074 CTTTATTAAA
Statistics
Matches: 138, Mismatches: 17, Indels: 18
0.80 0.10 0.10
Matches are distributed among these distances:
159 1 0.01
171 47 0.34
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ACGTcount: A:0.37, C:0.13, G:0.09, T:0.37
Consensus pattern (160 bp):
ATTATAATTGAACATCTACCTCGAGAAACATGAAAAAAAAACATATCCATTGACAAGAAAAATCT
ATTTATAGCCACCTACACCTTCGAAAACCTTATTACTCACTTTAAATGATTTTAAAATCTTATAA
TTAATTTTAAGTTGAATTATTTTATATTAG
Found at i:57093 original size:171 final size:170
Alignment explanation
Indices: 55918--57682 Score: 955
Period size: 171 Copynumber: 10.3 Consensus size: 170
55908 NNNNNNNNNA
* * *
55918 TGAAGAAAAAGATATCCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGCCACTCATGCCTTCGAAAGCCTT
1 TGAAGAAAAAGATATCCATTGACAAAAAAAGTCCATTTATAGTCAC-CATGCCTTCGAAAGCCTT
* ** * * **********
55983 ATTGCTTGCTTTAAATGATTTTTTAATCTTATAATTTATTTNNNNNNNNNNTTTTTTATATTTTT
65 ATTACTCACTTTAAATGATTTTATAATCTTATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTT
* * *
56048 TATTAAAA-TGAGTTATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACG
130 TATTAAAACAGA-TTATAATTGAATGTTTACCTCGAGAAACG
* * * ********** ** * *
56089 TGACGAAAAAGATAGCCATTGACAAGAAAANNNNNNNNNNAGTCACCCACACCTTCAAAAGCTTT
1 TGAAGAAAAAGATATCCATTGACAAAAAAAGTCCATTTATAGTCA-CCATGCCTTCGAAAGCCTT
* ** * * * *
56154 ATTACTCAGCTTAAATATTTTTTTCTAAT-TTCATAATTGATTTTAAGTTGAAGTTTTCTACATT
65 ATTACTCA-CTTTAA-ATGATTTTATAATCTT-ATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATT
* * *
56218 TTTTATTAAAACATATTATAATCGAATGTCTACCTCGAGAAACG
127 TTTTATTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTACCTCGAGAAACG
* * * * * ********* * * *
56262 TCAAGAAAATGATATCCATTGGCAAGAAAAGTTCATNNNNNNNNNNCCAAGTCTTCAAAAGCCTT
1 TGAAGAAAAAGATATCCATTGACAAAAAAAGTCCAT-TTATAGTCACCATGCCTTCGAAAGCCTT
* ** * * * * *
56327 ATTACTCACTTTAAATGTTTTTATAATCTCGTAATTAATTTTAAATTGAATTTTGTTATGTTTTC
65 ATTACTCACTTTAAATGATTTTATAATCTTATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTT
* * * * * * *
56392 TGTTAAAACAGATAATAATTAAATGTCTGCCTC-AAAAATG
130 TATTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTACCTCGAGAAACG
* * * * *******************
56432 ATGAAGAAAAAGATAACCATTG-CGAGAAAAGTTCATTTATNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNGCCT
1 -TGAAGAAAAAGATATCCATTGACAAAAAAAGTCCATTTAT-AGTCACCATGCCTTCGAAAGCCT
* *
56496 TATTACTCGCTTTAAATGTTTTTATAATCTTATAATTGATTTTAAGTTG-ATTTTTTTAATATTT
64 TATTACTCACTTTAAATGATTTTATAATCTTATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTT-ATATTT
* * * *
56560 TTTCTTAAAACAGATTATAATTGTATGTCTACCTCGAGAAACN
128 TTTATTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTACCTCGAGAAACG
********* * * * * * *
56603 NNNNNNNNNAGATATCTATTGAGAAGAAAACTCCATTTATTA-ACACCCATGACTTCGAAAGCCT
1 TGAAGAAAAAGATATCCATTGACAAAAAAAGTCCATTTA-TAGTCA-CCATGCCTTCGAAAGCCT
* * ** * *
56667 TATTAC-AAGTTTTAAATGATTTTATAATCACATAACTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTATATTT
64 TATTACTCA-CTTTAAATGATTTTATAATCTTATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTT
* ** *
56731 TTTATGT-AAACATATTATAATTGAACATCTACCTCGAGAAACG
128 TTTAT-TAAAACAGATTATAATTGAATGTTTACCTCGAGAAACG
* * * * * * *
56774 TGAAAAAAAAACATATCTATTGACAAGAAAAA-TCTATTTATAGTCACCTATACCTTTGAAAACC
1 TG-AAGAAAAAGATATCCATTGACAA-AAAAAGTCCATTTATAGTCACC-ATGCCTTCGAAAGCC
* * *
56838 TTATTACTCACTTTTAATGATTTTTATAATCTTATAATTGATTTTAAGTTGAATTCTTTTATATN
63 TTATTACTCACTTTAAATGA-TTTTATAATCTTATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATT
************ * * *
56903 NNNNNNNNNNNTAGATTATAATTGAATATTTACCTTGAGAAACA
127 TTTTATTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTACCTCGAGAAACG
* * * *
56947 TGAAGAAAAAGATATCCATTGACAAAAAAAGTCTATTTATAGCCACTCACGCCTTCGGAAGCCTT
1 TGAAGAAAAAGATATCCATTGACAAAAAAAGTCCATTTATAGTCAC-CATGCCTTCGAAAGCCTT
* * * *
57012 ATTACTCACTTTAAATGATTTTAAAATCTTATAATTAATTTTAAGTTGAATTATTTTATATTCTT
65 ATTACTCACTTTAAATGATTTTATAATCTTATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTT
* ********** *
57077 TATTAAAATAGATTATAATTGAATGNNNNNNNNNNGAAACA
130 TATTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTACCTCGAGAAACG
* * * * **
57118 TAAAGAAAAAGATATCCATTGGCCAGAAAAGTATATTTATAGTCACCTATGCCTTCGAAAGCCTT
1 TGAAGAAAAAGATATCCATTGACAAAAAAAGTCCATTTATAGTCACC-ATGCCTTCGAAAGCCTT
* * * * * **********
57183 ATTGCTTACTTTAAATAATTTTATAATCTTATAATTTATTTAAAGNNNNNNNNNNTTATATTTTT
65 ATTACTCACTTTAAATGATTTTATAATCTTATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTT
* * *
57248 TATTAAAACAAATTATAATTGAATGTTTACCTTGAGAAATG
130 TATTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTACCTCGAGAAACG
* * ** * * *
57289 TGAAGAAAAAGATAGCCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCACACCTACAAAAACCTT
1 TGAAGAAAAAGATATCCATTGACAAAAAAAGTCCATTTATAGTCA-CCATGCCTTCGAAAGCCTT
* * * * *
57354 ATTACTCACCTTAAAT-ATTTTTTTCAT-TTCATAATTGATTTTAAGTTGAATCTTTTTACATTT
65 ATTACTCACTTTAAATGA-TTTTATAATCTT-ATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTT
* * *
57417 GTTATTAAAACAGATTATAATCGAATGTTTATCTCGAGAAACG
128 TTTATTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTACCTCGAGAAACG
* * * *
57460 TCAAGAAAAAGATATCCATTGTA-AAAAAAAGTCCATTTATAGTCATCCAAGCGTTCAAAAGCCT
1 TGAAGAAAAAGATATCCATTG-ACAAAAAAAGTCCATTTATAGTCA-CCATGCCTTCGAAAGCCT
* * ********** * * *
57524 TATTGCTCGCTTTAAAT-ATTTTTATAATNNNNNNNNNNATTTTAAATTGAATTTTGTTACATTT
64 TATTACTCACTTTAAATGA-TTTTATAATCTTATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTT
* * * ** * * * *
57588 TCTGTTAAAATAGAAAATAATTGAATGTCTACCTCAAGAATCA
128 TTTATTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTACCTCGAGAAACG
* * *
57631 TGAAGAAAAAGATATCCATTGGCAAGAAAAGTTCATTTATAGTCACCCATGC
1 TGAAGAAAAAGATATCCATTGACAAAAAAAGTCCATTTATAGTCA-CCATGC
57683 NNNNNNNNNN
Statistics
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TTACTCACTTTAAATGATTTTATAATCTTATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTT
ATTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTACCTCGAGAAACG
Found at i:58517 original size:172 final size:168
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* * *
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* * * * * * * *
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* * * * *
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* **********
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1 -ATTTATAGTCACCCATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGTT-TTATAATCTCATA
* * * *
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* *
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127 -AGAAAACATGAAGAAAAAGATATCCATTGGCAAGAAAAGTTC
* * **
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1 ATTTATAGTCACCCATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATG-TTTTATAATCTCATAA
*** * ** *
58533 TTGATTTTAAATTGAATTTTTTTTGTGTTTTTGGCTAAAATTGATAATATTTGAATGTCTGCCTC
65 TTGATTTTAAATTGAA-TTTTTTTACATTTTT-GTTAAAACAGATAATAATTGAATGTCTGCCT-
*
58598 AG-AAACATG-AGAAAAAAGATAGCCATTGGCAAGAAACA-TTC
127 AGAAAACATGAAG-AAAAAGATATCCATTGGCAAGAAA-AGTTC
* * ** ** * * * * *
58639 ATTTATTGTCTCCCACACCTTTAAAAGCTTTATTACTCG-TCTTAAATATTTTTCTAATTTCATG
1 ATTTATAGTCACCCATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCT-TTAAAT-GTTTTATAATCTCATA
* ******** * *
58703 ATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTT-TNNNNNNNNNNATTATAATTGAATGTTTGCCT
64 ATTGATTTTAAATTGAATTTTTTTACATTTTTGT--TAAAACAGATAATAATTGAATGTCTGCCT
* * * ** * *
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127 AGA-AAACATGAAGAAAAAGATATCCATTGGCAAGAAAAGTTC
*** * *********
58810 ATTTATAGTCTTTCAAGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTNNNNNNNNNNTTATAATCTCATAA
1 ATTTATAGTCACCCATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCT-TTAAATGTTTTATAATCTCATAA
* * * *
58875 TTGATTTTAAATTGAATTTTGTTACGTTTTCTGTTAAAACAAATAATAATTAAATGTCTGCCTTA
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* * * * *
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128 GAAAACATGAAGAAAAAGATATCCATTGGCAAGAAAAGTTC
* * * * *
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*
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65 TTGATTTTAAATTGAATTTTTTTAC
59071 NNNNNNNNNN
Statistics
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AACATGAAGAAAAAGATATCCATTGGCAAGAAAAGTTC
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Alignment explanation
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59357 NNNNNNNNNN
* * * * *
59367 TTATATTTTTTATTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTACCTTAAGAAACGTGATGAAAAAGATA
1 TTATATTTTTTATTAAAATAGATTATAATTGAATGTTTGCCTCAAGAAACATGAAGAAAAAGATA
* * * *
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* * *
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* * *
59538 TTATATTTTTTATTAAAATAGATTATAATGGAATGTCTGTCTCAAGAAACATGAAGAAAAAGATA
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* * * * *
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* * *
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* * * * *
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* * *
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59834 NNNNNNNNNN
Statistics
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TATTTTTATAATTTCAGAATTGATTTTAGATTAAATTTTG
Found at i:60220 original size:171 final size:171
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59924 NNNNNNNNNN
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1 TTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTTATTAAAACAGATTATAAT
* * *
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* *
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* * * *
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** * * * * * *
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******* *
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* *
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* * * *
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* * * * *
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131 CACCCATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGAT
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* * ** ** * * *
60502 TTAAATGTCTGCCTCAAGAATGATGAAGAAAAAGATAACCATT-GCGAGAAAAGTTCATTTATAG
65 TTGAATGTCTACCTTGAGAAACATGAAGAAAAAGATATCCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAG
************** *
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* * *
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* * * * * *
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* *
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130 TCACCCATGCCTTCGAAAGCCTTATTAC-TCGCTTTAAATGAT
* * * * *
60777 TTTATAATCGCATAACTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTAT-TTTTTT-TTAAAACATATTGTAAT
1 TTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTTATTAAAACAGATTATAAT
** * * * * * **********
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* * *
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128 AGTCACCCATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGC-TTTAAATGA-T
* * * * * *
60949 TTTATAATCTTATACTTGATTTTAATTTGAATTCTTTTATATTTTTTATTGAAATAGATTATAAT
1 TTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTTATTAAAACAGATTATAAT
* * ********** *
61014 TGAATATTTACCNNNNNNNNNNTGAAGAAAAAGATATCCATTGGCAAGAAAAGTTCATTTATAGT
66 TGAATGTCTACCTTGAGAAACATGAAGAAAAAGATATCCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGT
* ** * * ******
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131 CACCCATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGAT
**** * * *
61120 NNNNTAATTTCATAATTGATTTTAAGTT-AAATTTTTTAT-TTCTTTTGTTAAAACAGATTATAA
1 TTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATT-TTTTATTAAAACAGATTATAA
********** * * * *
61183 TTGAATGNNNNNNNNNNGAAACGTGAAGAAAAAGATATCCATTGCCAAGAAAGGTCCATTTAGAG
65 TTGAATGTCTACCTTGAGAAACATGAAGAAAAAGATATCCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAG
*** * *
61248 TCTTTCAAGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGTT
130 TCACCCATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGAT
* * ** * * *
61290 TTTATAATCTCATAATTGATTTTAAATTGAATTTTATTACGTTTTCTATTAAAACAAATAATAAT
1 TTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTTATTAAAACAGATTATAAT
* * * * * * **
61355 TAAATGTCTGCCTT-AGAAAATATGACGAAAAAGATATTCATTGGTAAGAATTGTCCATTTATAG
66 TGAATGTCTACCTTGAG-AAACATGAAGAAAAAGATATCCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAG
* * *
61419 CCTCCCATGCCTTCGAAAGCTTTATTACTCGCTTTAAATGAT
130 TCACCCATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGAT
* * *
61461 TTTACAATCTCATAATTGATTTTAAATTAAATTTTTTTACT-TTTTTTATTAAAACAGATTATAA
1 TTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTA-TATTTTTTATTAAAACAGATTATAA
**
61525 TTGAATGTCTACCTTGAGAAATGTGAAGAAAAAGATATCCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAG
65 TTGAATGTCTACCTTGAGAAACATGAAGAAAAAGATATCCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAG
* * *
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130 TCACCCATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGAT
* * * *
61632 TTTATGATCTTATAATTGATTTAAAGTTGAATTCTTTTATATTTTTTATTAAAACAGATTATAAT
1 TTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTTATTAAAACAGATTATAAT
* * * *
61697 TGAATGTCTACCTTGAGAAACATGAAGAAAAAGATAGCCATTGGTAACAAAAGTACATTTATAGT
66 TGAATGTCTACCTTGAGAAACATGAAGAAAAAGATATCCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGT
** ** ** * *
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131 CACCCATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGAT
* * * *
61798 TTGAT--T-T--TAA--G---TTAAATTG---TTTTT-ACATTTTTTATTAAAACAAATTATAAT
1 TTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTTATTAAAACAGATTATAAT
* * ** * * * *
61849 TGAATGTCTGCCTCGAGAAATGTAAAGAAAAAGATATCTATTGACAAAAATAAGTCCATTTATAG
66 TGAATGTCTACCTTGAGAAACATGAAGAAAAAGATATCCATTGGCAAGAA-AAGTCCATTTATAG
** * * *
61914 TCATTCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGTT
130 TCACCCATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGAT
* * * * * * *
61956 TTTATAATCTCAGAATTGGTTTT-AGATTGAATTTTGTTATGTTTTCTATTAAAATAGATAATAA
1 TTTATAATCTCATAATTGATTTTAAG-TTGAATTTTTTTATATTTTTTATTAAAACAGATTATAA
* * * * *
62020 TTAAATGTCTGCC-TCAGGAAACATGAAGAAAAAGATATCCATTGGCAAGAAAAGTTCTTTTATA
65 TTGAATGTCTACCTTGA-GAAACATGAAGAAAAAGATATCCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATA
* * * *
62084 GTC-CCTCATGCCTTCAAAAGCGTTATTACTCGCTTTAACTGCT
129 GTCACC-CATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGAT
* *
62127 TTTATAAT-TCTATAATTGATTTTAAGCTAAATTTTTTTATATTTTTTATTAAAACAGATTATAA
1 TTTATAATCTC-ATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTTATTAAAACAGATTATAA
* * * * *
62191 TTGTATATCT-CCCTGAAGGAACATGAAGAAAAAGATATCCATTGGCAAGAAAAGTCTATTTATA
65 TTGAATGTCTACCTTG-AGAAACATGAAGAAAAAGATATCCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATA
** * * * * *
62255 AACACCCATGACTTCAAAAGCCTTATTACACGTTTTAAATAAT
129 GTCACCCATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGAT
** * * *
62298 TTTATAATCGAATAATTGATTTTATGCTGAATTTTTTTATATTTTTTATTAAAACATATTATAAT
1 TTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTTATTAAAACAGATTATAAT
* *
62363 TGAATGTCTACC-TCATGAAACACGAAGAAAAAGATATCCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAG
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* * * * *
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* * * * *
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*
62534 TTGAATGTCTACCTCAT-A-AAACGTGAAGAAAAAGATATCCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTAT
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* * *
62597 --T-ACCTATACCTTCGAAAGCTTTATTACTCGCTTTAAATGAT
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* * * * *
62638 TTTATAACCTCATAATTGATTTTACGTTGATTTTTTTTATATTTGTTTATTAAAATAGTTTATAA
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** ** * * *
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* *
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* * * *
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* ** * *
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131 CACCCATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGAT
* * * * *
62973 TTTATAATCTTATAATTGATTTTTAGTCGAATTCTTTTATATCTTTTATTAAAACAGATTATAAT
1 TTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTTATTAAAACAGATTATAAT
********** * * * *
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* ** ** * * * *
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131 CACCCATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGAT
* *
63144 TTTATAATCTTATAATTGATTGTAAGTTGAATTTTTTT-TATTTTTTATTAAAACAGATTATAAT
1 TTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTTATTAAAACAGATTATAAT
* * * * * * ** *
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********** *
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* * * * *
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1 TTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTTATTAAAACAGATTATAAT
* * * * * * *
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** ********** *
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* * * *** * *
63481 TATTGTAATTTCATAATTGATTTTAAGTT-AAATTTTTTACT-TTTTTGGCT-AAACATATAATA
1 T-TTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTA-TATTTTTTATTAAAACAGATTATA
* * * * *
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* * **
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********* * * *
63650 TNNNNNNNNNNCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTGTTAT-GTTTTTAGTTAAAACAGATAATA
1 T-TTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTTA-TTAAAACAGATTATA
* * * *
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* * * *
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** ** * *
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1 TTTATAATCTCATAATTGATTTTAAG-TTGAATTTTTTTATATTTTTTATTAAAACAGATTATAA
* * * ** ******
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********** * *
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* * * * * * *
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* * * *
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* **
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* * * * * * * *
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* * *
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********* * * *
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* * *
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64 ATTGAATGTCTACCTTGA-GAAACATGAAGAAAAAGATATCCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTAT
* * * * *
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* * *
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1 TTTATAATCTCAT-AATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTTATTAAAACAGATTATAA
* * * * *
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65 TTGA-ATGTCTACCTTGAGAAACATGAAGAAAAAGATATCCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATA
* * * *
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129 GTCACCCATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGAT
* * * * *
64846 TATTATAATCTCATAATTTATTTTAAGCTAAATTTTTTTATA-TTTTTATTAAAACATATTGTAA
1 T-TTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTTATTAAAACAGATTATAA
* * * * * * *
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* *
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* * * * *
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1 TTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTTATTAAAACAGATTATAAT
* * * * *
65082 TGAATGTTTACCATGAGAAACGTCAAGAAAAAGATGTCCATT-GCTAAGAAAAGTCCATTTATAG
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* *
65146 TCATCCATACCTTCGAAAGCCTTATT
130 TCACCCATGCCTTCGAAAGCCTTATT
Statistics
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59924 NNNNNNNNNN
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*
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* *
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* * * * * * * * *
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* ** * * * * * * *
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* * * * * * * *
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** ***************
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* * * * *
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** ** * * * * * *
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* * * *
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* * * * *
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* * *
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* * * * *********** *
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* * * **** * * *
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** * * * * * *
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*********** * * *
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* *
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* * * *
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* * * **
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* * *
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* * **
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* *
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* *
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* * *
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*
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* *
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* * * *
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*
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* * *
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1 TTTATAATCTCATAATTGATTTTAGATTGAATTTTATTATGTTTTCTATTAAAATAGATAATAAT
* *
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* * * * *
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* * * *
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* * *
62213 ATGAAGAAAAAGATATCCATTGGCAAGAAAAGTCTATTTATAAACACCCATGACTTCAAAAGCCT
255 ATGAAGAAAAAGATATCCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGACACCCAT-ACTTTAAAAGCCT
* * * ** * * *
62278 TATTACACGTTTTAAATAATTTTATAATCGAATAATTGATTTTATGCTGAATTTTTTTATATTTT
319 TATTACTCGCTTTAAATGATTTTATAATCTTATAATTGATTTTAAGTTGAATTCTTTTATATTTT
* *
62343 TTATTAAAACATATTATAATTGAATGTCTACCTCATGAAACACGAAGAAAAAGATATCCATTGGC
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* * * *
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* * * *
62473 TAACCTCATAATTAATTTTACGTTGAATTTTTTTCATATTTTTTATTAAAACATATTATAATTGA
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* *
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* * *
62599 CCTATA-CCTTCGAAAGCTTTATTACTCGCTTTAAATGAT
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* * * * * * *
62638 TTTATAACCTCATAATTGATTTTACG-TTGATTTTTTTTATATTTGTTTATTAAAATAGTTTATA
1 TTTATAATCTCATAATTGATTTTA-GATTGAATTTTATTATGTTT-TCTATTAAAATAGATAATA
* *** * * * *
62702 ATTGAATGTCTATATTGAGAAATGTAAAGAAAAAGATATCCATTCGTAA-AAAAG-----ATAGC
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* * *
62761 CACCCATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTTGCTTTAAATGATTTTATAACCTCATAATTAATTTTA
128 CACCCATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGATTTTATAATCTCATAATTGATTTTA
* * * * *
62826 AGTTGAATTTTTTTATATTTTTTATTAAAGCAAATTATAATTGAATATCTATCTAGAGAAACATG
193 AGTTAAATTTTTTTATATTTTTTATTAAAACAGATTATAATTGAATATCTACCTTGAGAAACATG
* * * * * *
62891 AAGAAAAATATATCCATTGGTAAGAGAAGTTCATTTATAGTCACCCATGGCTTTAAAAGCCTTAT
258 AAGAAAAAGATATCCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGACACCCAT-ACTTTAAAAGCCTTAT
* * * * *
62956 TACTCACTTTAAATGTTTTTATAATCTTATAATTGATTTTTAGTCGAATTCTTTTATATCTTTTA
322 TACTCGCTTTAAATGATTTTATAATCTTATAATTGATTTTAAGTTGAATTCTTTTATATTTTTTA
********* * ** * * *
63021 TTAAAACAGATTATAATTGANNNNNNNNNNTGA-GAAACGTGAAGAAAAAGATATCTATTGACAA
387 TTAAAACAGATTATAATTGA-ATGTCTACCTCATGAAACACGAAGAAAAAGATAGCCATTGGCAA
* ** * * * * *
63085 GAAAAGCCCATTTATAGTCACCGACACCTTTAAAAGTCTTTTTACTTGCTTTAAATGTTTTTATA
451 CAAAAGTACATTTATAGTCACCCACACCTTTAAAAGCCTTGTTA--TAC-TT--A-G--ATTAT-
* * * * * *
63150 ATCTTATAATTGATTGTAAGTTGAATTTTTTT--TATTTTTTATTAAAACAGATTATAATCGAAT
507 ATC--ATAATTAATTTTAAGTTAAATTTTTTTCACATTTTTTATTAAAACAAATTATAATTGAAT
* * * * * * * *
63213 ATCTACCTCGA-GAAACGTGAAGAGAAAGATACCCATTGATAAGAAAAGTCCATTTATAGCCA-C
570 GTCTACCTC-ATAAAACGTAAAGAAAAAGATATCCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCATT
********* * *
63276 CNNNNNNNNNNAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATATT
634 C-AAGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGTT
* * * * * * * *
63314 TTTATATTCTTATAACTGATTTTAAATTGAATTTTTTTTAT-TTTT-TATTAAAACATATTATAA
1 TTTATAATCTCATAATTGATTTTAGATTGAA-TTTTATTATGTTTTCTATTAAAATAGATAATAA
* * * ** * * * *
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* ** ********** * * *
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*** * *
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190 TTAAGTTAAATTTTTTTA-TATTTTTTATTAAAACAGATTATAATTGAA-TATCTACCTTGA-GA
* * * * * * * * *
63563 AACGTGAAGAAAAA-ATTATCCATTGGCAGGAAAAGTTCACTTATCGTCACCTATGCCTTAAAAA
252 AACATGAAGAAAAAGA-TATCCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGACACCCAT-ACTTTAAAA
**********
63627 GCCTTATTACTCGCTTTAAAT-ATTNNNNNNNNNNCATAATTGATTTTAAGTTGAATT-TTGTTA
315 GCCTTATTACTCGCTTTAAATGATT-TTATAATCTTATAATTGATTTTAAGTTGAATTCTT-TTA
* * * * * *
63690 T-GTTTTTAGTTAAAACAGATAATAATTGAATGTCTACCTCA-GAAAACATGATGAAAAAGGTAT
378 TATTTTTTA-TTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTCATG-AAACACGAAGAAAAAGATAG
* * * * ** * * * *
63753 CCATTAGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACGCATGCCTTCAAAAGCTTTATTAATCGCTTTAAA
441 CCATTGGCAACAAAAGTACATTTATAGTCACCCACACCTTTAAAAGCCTTGTT-AT-AC-TT--A
* * * ** ** *
63818 TATTTTTATAATCTCATAATTGATTTT-AGATTGAATTTTTTT-AGGTTTTTGGTTAAAACAGAT
501 GA---TTAT-A--TCATAATTAATTTTAAG-TTAAATTTTTTTCACATTTTTTATTAAAACAAAT
* * * * * * * *
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559 TATAATTGAATGTCTACCTCATA-AAACGTAAAGAAAAAGATATCCATTGACAAGAAAAGTCCAT
**************** * * *
63945 NNNNNNNNNNNNNNNNCTTTGAAAGCCTTATTACTCGTTTTAAATGAT
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* * * * * * * *
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* * * * ** * * * *
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1 TTTATAATCTCAT-AATTGATTTTAGA-TTGAATTTTATTATGTTTTCT-ATTAAAATAGATAAT
* ** * * * *
64738 AATTATATGTCTATCTCGAGAAACATGAAAAAAAATATATCCATTGGTAAGAAAAGTCCATTTAT
63 AATTAAATGTCTGCCTAG-GAAATATGAAGAAAAAGATATCCATTGGTAAGAAAAGT-C-TTTAT
** * * * *
64803 AGTTAACCAAGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCTCTTTAAATG-TTATTATAATCTCATAATTTAT
125 AGCCACCCATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGATT-TTATAATCTCATAATTGAT
* * * * *
64867 TTTAAGCTAAATTTTTTTATA-TTTTTATTAAAACATATTGTAATTGAATATCTTCTTTGAGAAA
189 TTTAAGTTAAATTTTTTTATATTTTTTATTAAAACAGATTATAATTGAATATCTACCTTGAGAAA
* * * ** **
64931 CATGAAGAAAAAGATATCCATTGGTAAGAAAGGTGCATTTATA-ATCACCCACGCCTTCGAAAGC
254 CATGAAGAAAAAGATATCCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGA-CACCCA-TACTTTAAAAGC
* *
64995 CTTTTTACTCGCTTTAAAT-ATTTTTATAACCTTATAATTGATTTTAAGTTGAAGTT-TTTTATA
317 CTTATTACTCGCTTTAAATGA-TTTTATAATCTTATAATTGATTTTAAGTTGAA-TTCTTTTATA
* * *
65058 TTTGTTATTAAAATAGATTATAATTGAATGTTTA-C-CATGAGAA-ACGTCAAGAAAAAGAT-GT
380 TTTTTTATTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTCATGA-AACACG--AAGAAAAAGATAG-
* * * * **
65119 CCATT-GCTAAGAAAAGTCCATTTATAGTCATCCATACCTTCGAAAGCCTT
441 CCATTGGC-AACAAAAGTACATTTATAGTCACCCACACCTTTAAAAGCCTT
65169 ATT
Statistics
Matches: 3624, Mismatches: 741, Indels: 384
0.76 0.16 0.08
Matches are distributed among these distances:
663 21 0.01
664 2 0.00
665 71 0.02
666 471 0.13
667 5 0.00
668 2 0.00
669 2 0.00
670 35 0.01
671 9 0.00
672 190 0.05
673 126 0.03
674 79 0.02
675 338 0.09
676 70 0.02
677 28 0.01
678 247 0.07
679 139 0.04
680 106 0.03
681 125 0.03
682 494 0.14
683 437 0.12
684 467 0.13
685 37 0.01
686 117 0.03
687 2 0.00
690 4 0.00
ACGTcount: A:0.35, C:0.13, G:0.11, T:0.38
Consensus pattern (670 bp):
TTTATAATCTCATAATTGATTTTAGATTGAATTTTATTATGTTTTCTATTAAAATAGATAATAAT
TAAATGTCTGCCTAGGAAATATGAAGAAAAAGATATCCATTGGTAAGAAAAGTCTTTATAGCCAC
CCATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGATTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGT
TAAATTTTTTTATATTTTTTATTAAAACAGATTATAATTGAATATCTACCTTGAGAAACATGAAG
AAAAAGATATCCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGACACCCATACTTTAAAAGCCTTATTACT
CGCTTTAAATGATTTTATAATCTTATAATTGATTTTAAGTTGAATTCTTTTATATTTTTTATTAA
AACAGATTATAATTGAATGTCTACCTCATGAAACACGAAGAAAAAGATAGCCATTGGCAACAAAA
GTACATTTATAGTCACCCACACCTTTAAAAGCCTTGTTATACTTAGATTATATCATAATTAATTT
TAAGTTAAATTTTTTTCACATTTTTTATTAAAACAAATTATAATTGAATGTCTACCTCATAAAAC
GTAAAGAAAAAGATATCCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCATTCAAGCCTTCGAAAGCCT
TATTACTCGCTTTAAATGTT
Done.