Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: NW_018397960.1 Herrania umbratica cultivar Fairchild unplaced genomic scaffold, ASM216827v2 scaffold_1265.0, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000
Length: 2621
ACGTcount: A:0.29, C:0.10, G:0.11, T:0.29
Warning! 568 characters in sequence are not A, C, G, or T
Found at i:1571 original size:173 final size:173
Alignment explanation
Indices: 1119--1941 Score: 542
Period size: 172 Copynumber: 4.8 Consensus size: 173
1109 NNNNNNNNAC
* * * * * *
1119 AAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAAGCTTTTGAATG-AATGGGTGACTATAAATAGA-GTTCTCT
1 AAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTT-AAAGAAATAGGTGACTATTAATGGACTTTCT-T
** * * * * * * *
1182 CACCAATTAATGCCTTTT-TCTTCACGTTT-TTCAAGGTAGACATTTAATTATAATATGTTTTAA
64 TGCCAATGAATACCTTTTCT-TTCATGTTTCTCCACGTTAGACATTCAATTATAATATGTTTTAA
* * *
1245 GTAAAAATGTATAAAGAATTAAAATTTAAATCAATTTTGAGATAGT
128 CTAAAAATGTACAAAGAATTAAAATTTAAATCAATTTTGAGATAGA
* * * *
1291 AAAACCATTTAAAGTGTGTAATAAGGGTTTTGAAGGAATAGGTGACTATTAATGGACTTTCTTTG
1 AAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTAAAGAAATAGGTGACTATTAATGGACTTTCTTTG
* ** * * *
1356 CCAATGAATGCCTTTTCTTTCATGTTTCTTGACGTT-GACATTCAATTATAGTCTTTTTTAACTA
66 CCAATGAATACCTTTTCTTTCATGTTTCTCCACGTTAGACATTCAATTATAATATGTTTTAACTA
* *
1420 AAAATGTACAAAGAATTCAAATTTCAATCAATTTTGAGATCA-A
131 AAAATGTACAAAGAATTAAAATTTAAATCAATTTTGAGAT-AGA
* * **********
1463 AAAACCCATTTAAATTGAGTAATAAGGCTTTTAAAGAAATGGGTNNNNNNNNNNGGACTTT-TCT
1 AAAA-CCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTAAAGAAATAGGTGACTATTAATGGACTTTCT-T
* *
1527 TGCCAATGAATATCTTTT-TATTCATTTTTCTCCA-GTTAGACATTCAATTATAATATGTTTTAA
64 TGCCAATGAATACCTTTTCT-TTCATGTTTCTCCACGTTAGACATTCAATTATAATATGTTTTAA
* * * * * *
1590 CCAAAAATGTA-AAA-ATATTTAACTTAAAATGAATTATT-AGATTA-T
128 CTAAAAATGTACAAAGA-ATTAAAATTTAAATCAATT-TTGAGA-TAGA
* ********** * * *
1635 AAAACTATTTAAAGTGAGTAANNNNNNNNNNGAAAG-AATGGGTGACTATAAATGGAGTTTTCTT
1 AAAACCATTTAAAGTGAGTAA-TAAGGCTTTTAAAGAAATAGGTGACTATTAATGGA-CTTTCTT
* * * * * *
1699 AT--CAATGAATGCCTTTT-TCTTCACGTTTC-CCAAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTCA
64 -TGCCAATGAATACCTTTTCT-TTCATGTTTCTCCACGTTAGACATTCAATTATAATATGTTTTA
* * *
1760 AGTAAAAATGTACAAAGAATTAAAATTTCAATCAATTTTGAGATTA-T
127 ACTAAAAATGTACAAAGAATTAAAATTTAAATCAATTTTGAGA-TAGA
* * * * * *
1807 AAGACTATTTAAAGTGTGTAA-AAGGCTTTTGAAGGAATAGGTGAATATTAATGGACTTT-TCTT
1 AAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTAAAGAAATAGGTGACTATTAATGGACTTTCT-TT
* ** * * *
1870 ACCAATGAATGA-CTTTTAC-TTCATGTTTCTTGATGTT-GACATTCAATTATAATCTTTTTTAA
65 GCCAATGAAT-ACCTTTT-CTTTCATGTTTCTCCACGTTAGACATTCAATTATAATATGTTTTAA
*
1932 CCAAAAATGT
128 CTAAAAATGT
1942 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 503, Mismatches: 120, Indels: 57
0.74 0.18 0.08
Matches are distributed among these distances:
169 2 0.00
170 10 0.02
171 157 0.31
172 217 0.43
173 117 0.23
ACGTcount: A:0.36, C:0.11, G:0.14, T:0.37
Consensus pattern (173 bp):
AAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTAAAGAAATAGGTGACTATTAATGGACTTTCTTTG
CCAATGAATACCTTTTCTTTCATGTTTCTCCACGTTAGACATTCAATTATAATATGTTTTAACTA
AAAATGTACAAAGAATTAAAATTTAAATCAATTTTGAGATAGA
Found at i:1869 original size:171 final size:172
Alignment explanation
Indices: 685--1941 Score: 806
Period size: 171 Copynumber: 7.3 Consensus size: 172
675 NNNNNNNCTA
* * * * * * *
685 TTTTCTTCACGTTTCTCAAAGTAGAGATTCAATTCTAGTCTTTTTTAA-TCAAAAAGGTA-AAAG
1 TTTTCTTCATGTTTCTCAAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACT-AAAAATGTACAAAG
* * * * ** *
748 AATTCAACTTAAAATTC-ATTATT-AGTTTATAAAACCATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTCGA
65 AATTAAAATTTAAA-TCAATT-TTGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGA
* * * ** ** *
811 AGG-CTAGAGTGACTGTAAATGGACTTTT-TGTGTCAATGGTTGGCT
128 AGGAAT-GGGTGACTATAAATGGACTTTTCT-TACCAATGAATGCCT
* * ** ** * *
856 TTTACTTCACG-TTCTCCAAGGTAGACATTCAATTATAGCCT-TTTTAAACCGAAAGTGTAAAAA
1 TTTTCTTCATGTTTCT-CAAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTT-AACTAAAAATGTACAAA
* * * ** **********
919 AAATT-AACTTAAAATCAATTTTGAGATTATAAAGTCATTTAAAGNNNNNNNNNNGGCTTTTGAA
64 GAATTAAAATTTAAATCAATTTTGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAA
** * *
983 AAAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTTTTTCCAATGAA-GACCT
129 GGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTACCAATGAATG-CCT
* * * * * * * * * *
1027 TTTTCCTCAT-TTTTTCAAGGCAGACATTCAATTACAACCTATTCTAACCAAAAACGT-CAAAAA
1 TTTTCTTCATGTTTCTCAAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACTAAAAATGTACAAAGA
* ** * ********** * * *
1090 ATTCAACCTAAAATCAANNNNNNNNNNACAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAAGCTTTTGAATG
66 ATTAAAATTTAAATCAATTTTGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGG
* * * * *
1155 AATGGGTGACTATAAATAGAGTTCTCTCACCAATTAATGCCT
131 AATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTACCAATGAATGCCT
* * * * * *
1197 TTTTCTTCACGTTTTTCAAGGTAGACATTTAATTATAATATGTTTTAAGTAAAAATGTATAAAGA
1 TTTTCTTCATGTTTCTCAAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACTAAAAATGTACAAAGA
* *
1262 ATTAAAATTTAAATCAATTTTGAGA-TAGTAAAACCATTTAAAGTGTGTAATAAGGGTTTTGAAG
66 ATTAAAATTTAAATCAATTTTGAGATTA-TAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAG
* * *
1326 GAATAGGTGACTATTAATGGAC-TTTCTTTGCCAATGAATGCC-
130 GAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTC-TTACCAATGAATGCCT
** * * * *
1368 TTTTCTTTCATGTTTCTTGACGTTGACATTCAATTATAGTCTTTTTTAACTAAAAATGTACAAAG
1 TTTTC-TTCATGTTTCTCAAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACTAAAAATGTACAAAG
* * * * * *
1433 AATTCAAATTTCAATCAATTTTGAGATCAAAAAACCCATTTAAATTGAGTAATAAGGCTTTTAAA
65 AATTAAAATTTAAATCAATTTTGAGATTATAAAA-CCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAA
* ********** * **
1498 GAAATGGGTNNNNNNNNNNGGACTTTTCTTGCCAATGAATATCT
129 GGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTACCAATGAATGCCT
* * * * * *
1542 TTTTATTCATTTTTCTCCAGTTAGACATTCAATTATAATATGTTTTAACCAAAAATGTA-AAA-A
1 TTTTCTTCATGTTTCTCAAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACTAAAAATGTACAAAGA
* * * * * **********
1605 TATTTAACTTAAAATGAATTATT-AGATTATAAAACTATTTAAAGTGAGTAANNNNNNNNNNGAA
66 -ATTAAAATTTAAATCAATT-TTGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAA
* * *
1669 AGAATGGGTGACTATAAATGGAGTTTTCTTATCAATGAATGCCT
129 GGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTACCAATGAATGCCT
* * * *
1713 TTTTCTTCACGTTTCCCAAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTCAAGTAAAAATGTACAAAGA
1 TTTTCTTCATGTTTCTCAAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACTAAAAATGTACAAAGA
* * * *
1778 ATTAAAATTTCAATCAATTTTGAGATTATAAGACTATTTAAAGTGTGTAA-AAGGCTTTTGAAGG
66 ATTAAAATTTAAATCAATTTTGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGG
* * * *
1842 AATAGGTGAATATTAATGGACTTTTCTTACCAATGAATGACT
131 AATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTACCAATGAATGCCT
* ** * * * *
1884 TTTACTTCATGTTTCTTGATGTTGACATTCAATTATAATCTTTTTTAACCAAAAATGT
1 TTTTCTTCATGTTTCTCAAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACTAAAAATGT
1942 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 813, Mismatches: 246, Indels: 54
0.73 0.22 0.05
Matches are distributed among these distances:
169 8 0.01
170 119 0.15
171 349 0.43
172 231 0.28
173 98 0.12
174 8 0.01
ACGTcount: A:0.35, C:0.12, G:0.13, T:0.36
Consensus pattern (172 bp):
TTTTCTTCATGTTTCTCAAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACTAAAAATGTACAAAGA
ATTAAAATTTAAATCAATTTTGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGG
AATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTACCAATGAATGCCT
Done.