Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: NW_018397962.1 Herrania umbratica cultivar Fairchild unplaced genomic scaffold, ASM216827v2 scaffold_1269.0, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 658
Length: 1098
ACGTcount: A:0.48, C:0.05, G:0.10, T:0.35
Warning! 20 characters in sequence are not A, C, G, or T
Found at i:441 original size:16 final size:16
Alignment explanation
Indices: 388--441 Score: 54
Period size: 16 Copynumber: 3.2 Consensus size: 16
378 AGATTTAAGG
**
388 TAAAAAATTAATTAAG
1 TAAAAAATTAATTATT
*
404 TAAAATAATATAATTTTT
1 TAAAA-AAT-TAATTATT
*
422 TAAAAAATTAAATATT
1 TAAAAAATTAATTATT
438 TAAA
1 TAAA
442 TTTATAGTTT
Statistics
Matches: 31, Mismatches: 5, Indels: 4
0.77 0.12 0.10
Matches are distributed among these distances:
16 15 0.48
17 6 0.19
18 10 0.32
ACGTcount: A:0.59, C:0.00, G:0.02, T:0.39
Consensus pattern (16 bp):
TAAAAAATTAATTATT
Found at i:526 original size:249 final size:239
Alignment explanation
Indices: 156--718 Score: 512
Period size: 249 Copynumber: 2.3 Consensus size: 239
146 GTAACAAGTC
* * * * * **
156 AATTAAGTTAAATAAAAATAATTTATTTAGAAAATTAAACATTTAAATTTATATTCTTGAGTTTA
1 AATTAAGTAAAATAAATATAACTT-TTTA-AAAATTAAATATTTAAATTTATATTATCAAGTTTA
* ** * **
221 AATTAAGT-ATTTAATGGTTTATAAATAAATAATAGTAAAGATAAAAATACTTATAGTGAAAAAT
64 AAGTATTTAATTT-TTAATTTATAAATAAATAATAGTAAAGATAAAAATACTTATAGTGAAAAAT
* * *
285 AGTAGTTTAAAAACCTTAATGTAAAACTGTAAAAATT-A-ACATAAAATTATAAATGTAGAACAA
128 AGTAG-TTAAAAACCTTAACGTAAAACTGTAAAAATTAATACATAAAATTATAAAAGGAGAACAA
* ** * * * *
348 -ACACTGTTAGAATATTAAGGTAAACGTGTGAGATTTAAGGTAAAAAATT
192 GA-ACTGTTAAAATATTAACCTAAACATATAAGATTT-ACGTAAAAAATT
*
397 AATTAAGTAAAAT-AATATAATTTTTTAAAAAATTAAATATTTAAATTTATAGTT-TCAAGTTTA
1 AATTAAGTAAAATAAATATAACTTTTT-AAAAATTAAATATTTAAATTTATA-TTATCAAGTTTA
* *
460 AAGTATTTAATNNNNNNNNNNTTTTAATTTATAAA-AGAATAATAGTAAGGGTAAAAAT-CATTA
64 AAGTATTTAAT----------TTTTAATTTATAAATA-AATAATAGTAAAGATAAAAATAC-TTA
* * * * ** * *
523 TAGTGAAAATTAGTAGTTGAAAGCCTTGACGTAAAGGTGTAAGAATTAATATATAAAATTATAAA
117 TAGTGAAAAATAGTAGTTAAAAACCTTAACGTAAAACTGTAAAAATTAATACATAAAATTATAAA
* * * *
588 AGGGGAACAAGAATTGTTAAAATATTAACCTAAACATATAAGATTTACGTAACAAGTT
182 AGGAGAACAAGAACTGTTAAAATATTAACCTAAACATATAAGATTTACGTAAAAAATT
* * **
646 AATTACGTCAAATAAATATAACTTTTTAAAAATTAAATATTTAAATTTATATTATTGAGTTTAAA
1 AATTAAGTAAAATAAATATAACTTTTTAAAAATTAAATATTTAAATTTATATTATCAAGTTTAAA
711 GTATTTAA
66 GTATTTAA
719 CGTTTTCAAA
Statistics
Matches: 262, Mismatches: 40, Indels: 32
0.78 0.12 0.10
Matches are distributed among these distances:
239 37 0.14
240 14 0.05
241 12 0.05
248 28 0.11
249 108 0.41
250 62 0.24
251 1 0.00
ACGTcount: A:0.48, C:0.04, G:0.11, T:0.35
Consensus pattern (239 bp):
AATTAAGTAAAATAAATATAACTTTTTAAAAATTAAATATTTAAATTTATATTATCAAGTTTAAA
GTATTTAATTTTTAATTTATAAATAAATAATAGTAAAGATAAAAATACTTATAGTGAAAAATAGT
AGTTAAAAACCTTAACGTAAAACTGTAAAAATTAATACATAAAATTATAAAAGGAGAACAAGAAC
TGTTAAAATATTAACCTAAACATATAAGATTTACGTAAAAAATT
Found at i:831 original size:248 final size:250
Alignment explanation
Indices: 238--846 Score: 615
Period size: 249 Copynumber: 2.4 Consensus size: 250
228 TATTTAATGG
* * *
238 TTTATAAATAAATAATAGTAAAGATAAAAATACTTATAGTGAAAAATAGTAGTTTAAAAACCTTA
1 TTTATAAATAAATAATAGTAAAGATAAAAATAATTATAGTGAAAATTAGTAGTTGAAAAACCTTA
* * * * *
303 ATGTAAAACTGTAAAAATTAA-CATAAAATTATAAATGTAGAACAAACACTGTTAGAATATTAAG
66 ATGTAAAACTGTAAAAATTAATTATAAAATTATAAAAGGAGAACAAACACTGTTAAAATATTAAC
* * * * * *
367 GTAAACGTGTGAGATTTAAGGTAAAAAATTAATTAAGTAAAATAATATAATTTTTTAAAAAATTA
131 CTAAACATATAAGATTTAACGTAAAAAATTAATTAAGTAAAATAATATAACTTTTTAAAAAATTA
**********
432 AATATTTAAATTTATAGTTTCAAGTTTAAAGTATTTAATNNNNNNNNNNTTTTAA
196 AATATTTAAATTTATAGTTTCAAGTTTAAAGTATTTAATCGTTTTCAAATTTTAA
* * * *
487 TTTATAAA-AGAATAATAGTAAGGGTAAAAATCATTATAGTGAAAATTAGTAGTTG-AAAGCCTT
1 TTTATAAATA-AATAATAGTAAAGATAAAAATAATTATAGTGAAAATTAGTAGTTGAAAAACCTT
* * ** * * *
550 GACGTAAAGGTGTAAGAATTAATATATAAAATTATAAAAGGGGAACAAGA-ATTGTTAAAATATT
65 AATGTAAAACTGTAAAAATTAAT-TATAAAATTATAAAAGGAGAACAA-ACACTGTTAAAATATT
* * * *
614 AACCTAAACATATAAGATTT-ACGTAACAAGTTAATTACGTCAAATAAATATAACTTTTT-AAAA
128 AACCTAAACATATAAGATTTAACGTAAAAAATTAATTAAGTAAAAT-AATATAACTTTTTAAAAA
**
677 ATTAAATATTTAAATTTATA-TTATTGAGTTTAAAGTATTTAA-CGTTTTCAAATTTTAA
192 ATTAAATATTTAAATTTATAGTT-TCAAGTTTAAAGTATTTAATCGTTTTCAAATTTTAA
* ** * * * *
735 TTTTTAAATAAATAATAAAAAATATAAAAATAATTATAGTG-AAATTAATAGTTGAAAAACTTTC
1 TTTATAAATAAATAATAGTAAAGATAAAAATAATTATAGTGAAAATTAGTAGTTGAAAAACCTTA
** * * *
799 ATGTAAATTTGTAACAATTAATGTAAAAAATTATAAAAGTGAAAACAA
66 ATGTAAAACTGTAAAAATTAAT-TATAAAATTATAAAAG-GAGAACAA
847 TATTACTAAA
Statistics
Matches: 291, Mismatches: 60, Indels: 18
0.79 0.16 0.05
Matches are distributed among these distances:
247 12 0.04
248 104 0.36
249 115 0.40
250 59 0.20
251 1 0.00
ACGTcount: A:0.49, C:0.05, G:0.11, T:0.34
Consensus pattern (250 bp):
TTTATAAATAAATAATAGTAAAGATAAAAATAATTATAGTGAAAATTAGTAGTTGAAAAACCTTA
ATGTAAAACTGTAAAAATTAATTATAAAATTATAAAAGGAGAACAAACACTGTTAAAATATTAAC
CTAAACATATAAGATTTAACGTAAAAAATTAATTAAGTAAAATAATATAACTTTTTAAAAAATTA
AATATTTAAATTTATAGTTTCAAGTTTAAAGTATTTAATCGTTTTCAAATTTTAA
Found at i:882 original size:248 final size:252
Alignment explanation
Indices: 511--971 Score: 524
Period size: 248 Copynumber: 1.8 Consensus size: 252
501 ATAGTAAGGG
* * * * *
511 TAAAAATCATTATAGTGAAAATTAGTAGTTGAAAGCCTTGACGTAAAGGTGTAAGAATTAATATA
1 TAAAAATAATTATAGTGAAAATTAATAGTTGAAAACCTTCACGTAAAGGTGTAACAATTAATATA
* ** ** * *
576 TAAAATTATAAAAGGGGAACAAGAATTGTTAAAATATTAACCTAAACATATAAGATTTACGT-AA
66 AAAAATTATAAAAGGAAAACAAGAATTACTAAAATATCAACCTAAACATATAAGATTTAAGTAAA
* ** * *
640 CAAGTTAATTACGTCAAATAAATATAA-C-TTTTT-AAAAATTAAATATTTAAATTTATATTATT
131 CAAGTCAATTAAATCAAAGAAATATAATCTTTTTTGAAAAATTAAATATTTAAATCTATATT-TT
702 -GAGTTTAA-AGTATTTAACGTTTTCAAATTTTAATTTTTAAATAAATAATAAAAAATA
195 CGAGTTTAACA-TATTTAACGTTTTCAAATTTTAATTTTTAAATAAATAATAAAAAATA
* * ** *
759 TAAAAATAATTATAGTG-AAATTAATAGTTGAAAAACTTTCATGTAAATTTGTAACAATTAATGT
1 TAAAAATAATTATAGTGAAAATTAATAGTTG-AAAACCTTCACGTAAAGGTGTAACAATTAATAT
* *** * * *
823 AAAAAATTATAAAAGTGAAAACAA-TATTACTAAAATATCAGTGTAAACGTATGAGATTTAATTA
65 AAAAAATTATAAAAG-GAAAACAAGAATTACTAAAATATCAACCTAAACATATAAGATTTAAGTA
* * * *
887 AATAAGTCAATTAAATCAAAGGAGTATAATTCTTTTTTGAACAATTAAATATTTAAATCTATATT
129 AACAAGTCAATTAAATCAAAGAAATATAA-TCTTTTTTGAAAAATTAAATATTTAAATCTATATT
952 TTCGAGTTTAACATATTTAA
193 TTCGAGTTTAACATATTTAA
972 TAATTTGCAA
Statistics
Matches: 171, Mismatches: 33, Indels: 13
0.79 0.15 0.06
Matches are distributed among these distances:
247 12 0.07
248 83 0.49
249 28 0.16
251 1 0.01
252 7 0.04
253 39 0.23
254 1 0.01
ACGTcount: A:0.47, C:0.06, G:0.10, T:0.36
Consensus pattern (252 bp):
TAAAAATAATTATAGTGAAAATTAATAGTTGAAAACCTTCACGTAAAGGTGTAACAATTAATATA
AAAAATTATAAAAGGAAAACAAGAATTACTAAAATATCAACCTAAACATATAAGATTTAAGTAAA
CAAGTCAATTAAATCAAAGAAATATAATCTTTTTTGAAAAATTAAATATTTAAATCTATATTTTC
GAGTTTAACATATTTAACGTTTTCAAATTTTAATTTTTAAATAAATAATAAAAAATA
Done.