Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: NW_018397963.1 Herrania umbratica cultivar Fairchild unplaced genomic scaffold, ASM216827v2 scaffold_127.0, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000
Length: 43634
ACGTcount: A:0.31, C:0.12, G:0.12, T:0.32
Warning! 5872 characters in sequence are not A, C, G, or T
Found at i:794 original size:170 final size:170
Alignment explanation
Indices: 480--944 Score: 531
Period size: 170 Copynumber: 2.7 Consensus size: 170
470 NNNNNNNNNN
* * * * *
480 TAATTAATTTTAAGTTAAATTTTTTTATATTTTTTCTTAAAATATATTATAATTGAATGTTTGCC
1 TAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACA-TTTTTGTTAAAATATATTATAATTGAATGTCTGCC
* * *** * *
545 TTGAGAAACGTGAAGCAAAAGTTATCCGTTGGTAAGGGAAGTCCATTTACAGTCGTTTAAGTCTT
65 TTGGGAAACGTGAAGCAAAAGTTATCCATTGGTAAAAAAAGTCCATTTATAGTCGCTTAAGTCTT
* **
610 TGAAAGCTTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTCATACTCTCA
130 TGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAATTTCATACTCTCA
* * *
651 TGATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTGAAA-ATATTATAATTGAATGTCTACC
1 TAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTT-GTTAAAATATATTATAATTGAATGTCTGCC
* * * *
715 TTGGGAAATGTGAAGCAAAACTTATCCATTGGCAATAAAAGTCCATTTATAGTCGCTTAAGT-TT
65 TTGGGAAACGTGAAGCAAAAGTTATCCATTGGTAAAAAAAGTCCATTTATAGTCGCTTAAGTCTT
**********
779 TCGTAAA-CCTTATTACTCGCTTTAAATAATTTTNNNNNNNNN
130 T-G-AAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAATTTCATACTCTCA
* * *
821 NAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTAGATTATTTGTTAAAATATATTATAATTGAATGTCTGCT
1 TAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATT-TTTGTTAAAATATATTATAATTGAATGTCTGCC
* *
886 TTAGGAAACGTGAAGGAAAAGTTATCCATTGGTAAAAAAAGTCCATTTATAGTCGCTTA
65 TTGGGAAACGTGAAGCAAAAGTTATCCATTGGTAAAAAAAGTCCATTTATAGTCGCTTA
945 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 246, Mismatches: 43, Indels: 10
0.82 0.14 0.03
Matches are distributed among these distances:
169 3 0.01
170 134 0.54
171 109 0.44
ACGTcount: A:0.32, C:0.10, G:0.15, T:0.41
Consensus pattern (170 bp):
TAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGTTAAAATATATTATAATTGAATGTCTGCCT
TGGGAAACGTGAAGCAAAAGTTATCCATTGGTAAAAAAAGTCCATTTATAGTCGCTTAAGTCTTT
GAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAATTTCATACTCTCA
Found at i:2347 original size:343 final size:341
Alignment explanation
Indices: 1656--2606 Score: 869
Period size: 343 Copynumber: 2.8 Consensus size: 341
1646 ACTTAAGTCT
* * * * * *
1656 ATCCATAGTCACCCATGTGTTCGAAACCCTTATTACTCGGTTTCAATGGTTTTATAATCTCATAA
1 ATCCATAGTCACCCATGCGTTCGAAAGCCATATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAACCTCATAA
* * * * * * * * * * ** *
1721 TTGATTTTACA-TTGAATTTTTTTAC-TTTTTTAGTTGAAATATATTATAATTGAATGTTTTTCT
66 TTAATTGTA-AGTTAAATTTTTTTACATTCTTTA-TTAAAACAGATAATAGTTGAATGTCTACCA
* ** *** * * * * * * *
1784 CAGAAAACATG-AAGCAAAAGTTATCCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATATTCGCTTAA-GTC-
129 CAAAAAACGGGTAA--AAAAACCATTCATTGGTAAAAAAAGTCCATCTATAGTCAC-CAATG-CA
* *
1846 TTCGAAAGCCTTATTACTCG-TCTTAAATAGTTTTATAATCTCATGATTGATTTTAACTTGAATT
190 TTCGAAAGCCTTATTACTCGCT-TTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATT
* * * * ** * * **
1910 TTTTTATATTTTTTATTAAAATATATTATAACTGAATGTTTGCCTCAAGAAACATAAGGCAAAAG
254 TTTTTACATTTTTTATTAAAACAGATAATAACTGAATGCCTACATCAAGAAACATAAGAAAAAAG
* ** *
1975 TCATTTTTTTGCACAAAAAATCC
319 ACATTCATTGGCACAAAAAATCC
* * * *
1998 ATCCATAGTCTCCCATGCCGTT-GAAAGGCATATTAGTTGCTTTAAATGGTTTTATAACCTCATA
1 ATCCATAGTCACCCATG-CGTTCGAAAGCCATATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAACCTCATA
* ** * *
2062 ATTGATTGTAAGTTTCATTTTTTTACATTTTTTATTAAAACAGATGATAGTTGAATGTCTACCAC
65 ATTAATTGTAAGTTAAATTTTTTTACATTCTTTATTAAAACAGATAATAGTTGAATGTCTACCAC
**
2127 AAAAAACGGG-AAGAAAAAGCCATTCATTGGTAAAAAAAAGTCCATCTATAGTCACCAATGTGTT
130 AAAAAACGGGTAA-AAAAA-CCATTCATTGGT-AAAAAAAGTCCATCTATAGTCACCAATGCATT
* * * *
2191 CGAAAGTCTTACTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTCTAAGTTGAATTGTT
192 CGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTT
** * * *
2256 TTACATTTTTTATTAAAACAGATAATATTTGGATGCCTACATCAGGAAACGTTAA-AAAAAAGAC
257 TTACATTTTTTATTAAAACAGATAATAACTGAATGCCTACATCAAGAAAC-ATAAGAAAAAAGAC
* *
2320 ATTCATTGGCA-AGAAAAGTCT
321 ATTCATTGGCACA-AAAAATCC
* * * *
2341 ATCCATAGTCACGCATGCGTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATTGTTTTATAATCTCATAA
1 ATCCATAGTCACCCATGCGTTCGAAAGCCATATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAACCTCATAA
* * * * * **
2406 TTAATTTTAAGTTAAATTTTTTTACATTCTTTCTTAAAACAGATAATATTTGACTGTCTATCTTA
66 TTAATTGTAAGTTAAATTTTTTTACATTCTTTATTAAAACAGATAATAGTTGAATGTCTACCACA
* * * * * * **
2471 AAAAATGGGTAAAAAAATCATTTATTGGTAAGAAAAGTCTATCTATAGTCACCCATGCATTTAAA
131 AAAAACGGGTAAAAAAACCATTCATTGGTAAAAAAAGTCCATCTATAGTCACCAATGCATTCGAA
* * * * *
2536 AGCCTTTTTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTACGTTAAATTTTTTTAC
196 AGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTAC
2601 ATTTTT
261 ATTTTT
2607 GGTTGAAATA
Statistics
Matches: 494, Mismatches: 103, Indels: 25
0.79 0.17 0.04
Matches are distributed among these distances:
341 96 0.19
342 127 0.26
343 265 0.54
344 6 0.01
ACGTcount: A:0.34, C:0.14, G:0.12, T:0.40
Consensus pattern (341 bp):
ATCCATAGTCACCCATGCGTTCGAAAGCCATATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAACCTCATAA
TTAATTGTAAGTTAAATTTTTTTACATTCTTTATTAAAACAGATAATAGTTGAATGTCTACCACA
AAAAACGGGTAAAAAAACCATTCATTGGTAAAAAAAGTCCATCTATAGTCACCAATGCATTCGAA
AGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTAC
ATTTTTTATTAAAACAGATAATAACTGAATGCCTACATCAAGAAACATAAGAAAAAAGACATTCA
TTGGCACAAAAAATCC
Found at i:2574 original size:170 final size:168
Alignment explanation
Indices: 1650--2606 Score: 757
Period size: 171 Copynumber: 5.6 Consensus size: 168
1640 ATAGTCACTT
* * * * *
1650 AAGTCTATCCATAGTCACCCATGTGTTCGAAACCCTTATTACTCGGTTTCAATGGTTTTATAATC
1 AAGTCTATCTATAGTCACCCATGCGTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATC
* * * * * *
1715 TCATAATTGATTTTACA-TTGAATTTTTTTAC-TTTTTTAGTTGAAATATATTATAATTGAATGT
66 TCATAATTGATTTTA-AGTTAAATTTTTTTACATTTTTTA-TTAAAACAGATAATATTTG-ATG-
* * * * ** * *
1778 TTTTCTCAGAAAACA-TG-AAGCAAAAGTTATCCATTGGCAAGAA
127 TCTACTCA-AAAA-AGGGTAA-AAAAAGACATTCATTGGTAAGAA
* * * * ** * *
1821 AAGTCCATTTATATTCGCTTAAGTC-TTCGAAAGCCTTATTACTCG-TCTTAAATAGTTTTATAA
1 AAGTCTATCTATAGTCACCCATG-CGTTCGAAAGCCTTATTACTCGCT-TTAAATGGTTTTATAA
* * * * * * * **
1884 TCTCATGATTGATTTTAACTTGAATTTTTTTATATTTTTTATTAAAATATATTATAACTGAATGT
64 TCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTACATTTTTTATTAAAACAGATAATATTTG-ATGT
* * * ** * * ** * *
1949 TTGCCTCAAGAAA-CATAAGGCAAAAGTCATTTTTTTGCACA-AA
128 CT-ACTCAAAAAAGGGTAA--AAAAAGACATTCATTGGTA-AGAA
* * * * * * * * *
1992 AAATCCATCCATAGTCTCCCATGCCGTT-GAAAGGCATATTAGTTGCTTTAAATGGTTTTATAAC
1 AAGTCTATCTATAGTCACCCATG-CGTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAAT
* ** * *
2056 CTCATAATTGATTGTAAGTTTCATTTTTTTACATTTTTTATTAAAACAGATGATAGTTGAATGTC
65 CTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTACATTTTTTATTAAAACAGATAATATTTG-ATGTC
* * *
2121 TACCACAAAAAACGGG-AAGAAAAAGCCATTCATTGGTAAAAAA
129 TA-CTCAAAAAA-GGGTAA-AAAAAGACATTCATTGGT-AAGAA
* * * * * *
2164 AAGTCCATCTATAGTCACCAATGTGTTCGAAAGTCTTACTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATC
1 AAGTCTATCTATAGTCACCCATGCGTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATC
* * * *
2229 TCATAATTGATTCTAAGTTGAATTGTTTTACATTTTTTATTAAAACAGATAATATTTGGATGCCT
66 TCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTACATTTTTTATTAAAACAGATAATATTT-GATGTCT
** * * *
2294 ACATCAGGAAACGTTAAAAAAAAGACATTCATTGGCAAGAA
130 AC-TCAAAAAAGGGT-AAAAAAAGACATTCATTGGTAAGAA
* * *
2335 AAGTCTATCCATAGTCACGCATGCGTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATTGTTTTATAATC
1 AAGTCTATCTATAGTCACCCATGCGTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATC
* * *
2400 TCATAATTAATTTTAAGTTAAATTTTTTTACATTCTTTCTTAAAACAGATAATATTTGACTGTCT
66 TCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTACATTTTTTATTAAAACAGATAATATTTGA-TGTCT
* * *
2465 ATCTTAAAAAATGGGTAAAAAAA-TCATTTATTGGTAAGAA
130 A-CTCAAAAAA-GGGTAAAAAAAGACATTCATTGGTAAGAA
* ** * *
2505 AAGTCTATCTATAGTCACCCATGCATTTAAAAGCCTTTTTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATC
1 AAGTCTATCTATAGTCACCCATGCGTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATC
*
2570 TCATAATTGATTTTACGTTAAATTTTTTTACATTTTT
66 TCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTACATTTTT
2607 GGTTGAAATA
Statistics
Matches: 639, Mismatches: 124, Indels: 47
0.79 0.15 0.06
Matches are distributed among these distances:
169 1 0.00
170 117 0.18
171 372 0.58
172 146 0.23
173 3 0.00
ACGTcount: A:0.34, C:0.14, G:0.12, T:0.39
Consensus pattern (168 bp):
AAGTCTATCTATAGTCACCCATGCGTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATC
TCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTACATTTTTTATTAAAACAGATAATATTTGATGTCTA
CTCAAAAAAGGGTAAAAAAAGACATTCATTGGTAAGAA
Found at i:3572 original size:171 final size:171
Alignment explanation
Indices: 3287--4008 Score: 727
Period size: 171 Copynumber: 4.2 Consensus size: 171
3277 NNNNNNNNNN
* *
3287 TTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTCGAATGCATGGGTGACTATAGATAAACTTTT
1 TTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAATGCATGGGTGACTATAGATAGACTTTT
* * * * **
3352 CTTGCCAATAAATATTTTTTTCTACTCGTTTTTTGAGGTAGGTATTCAAATATTATCTGTTTTAA
66 CTTGCCAATAAATGTCTTTTTCTTCACGTTTTTTGAGGTAGACATTCAAATATTATCTGTTTTAA
* * * *
3417 GAAAGAATGTAAAACAATTTAACTTAAAATCAATTATAAGA
131 TAAAAAATGTAAAACAATTAAACTTAAAATCAATTATGAGA
* * * * *
3458 TTATAAAACTATTTCAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAATGCATGCGAGACTAT-GATTAGACTTT
1 TTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAATGCATGGGTGACTATAGA-TAGACTTT
* * * * *
3522 TCTTGTCAATAAATGTCTTTTTCTTCACGTTTCTTGATGTATACATTCAAATACTATCTGTTTTA
65 TCTTGCCAATAAATGTCTTTTTCTTCACGTTTTTTGAGGTAGACATTCAAATATTATCTGTTTTA
* *
3587 ATAAAAAATGTAAAACAATTCAACTTAGAATCAATTATGAGA
130 ATAAAAAATGTAAAACAATTAAACTTAAAATCAATTATGAGA
* * * * * ** *
3629 TTATAAAACCATTTAAAGTGAGCAGTAAGACTTTCGCACACATGGGTGACTATAGATGGACTTTT
1 TTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAATGCATGGGTGACTATAGATAGACTTTT
* * * * * *
3694 TTTACCAATGAATGGCTTTTTCTTCCCGTTTTTTGAGGTAGACATTCAACTATTATCTGTTTTAA
66 CTTGCCAATAAATGTCTTTTTCTTCACGTTTTTTGAGGTAGACATTCAAATATTATCTGTTTTAA
* * * *
3759 TAAAAAATGTAAAA-ACATGAAACTTACAATTAATTATGAGG
131 TAAAAAATGTAAAACA-ATTAAACTTAAAATCAATTATGAGA
* * * * * *
3800 TTATAAAACCATTTAAAGCAACTAATATGCCTTTC-AATGGCATGGGTGACTATGGATGGA-TTT
1 TTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAT-GCATGGGTGACTATAGATAGACTTT
* * * * ** * * ** * * *
3863 TTTGTGCCAA-AAGATGACTTTTGCCTT-ATGTTTCCTGAGGGAAACATTCAGTTATAATATATT
65 TCT-TGCCAATAA-ATGTCTTTT-TCTTCACGTTTTTTGAGGTAGACATTCAAATATTATCTGTT
* * * * * *
3926 TTAATAAAAAATATAAAAAAATTCAAGTTAAAATTAATCATGAGA
127 TTAATAAAAAATGTAAAACAATTAAACTTAAAATCAATTATGAGA
* *
3971 TTATAAAACCATTTAAGGAGAGTAATAAGGCTTTCGAA
1 TTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAA
4009 GACTTAAGCG
Statistics
Matches: 451, Mismatches: 91, Indels: 17
0.81 0.16 0.03
Matches are distributed among these distances:
170 11 0.02
171 432 0.96
172 8 0.02
ACGTcount: A:0.37, C:0.12, G:0.15, T:0.36
Consensus pattern (171 bp):
TTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAATGCATGGGTGACTATAGATAGACTTTT
CTTGCCAATAAATGTCTTTTTCTTCACGTTTTTTGAGGTAGACATTCAAATATTATCTGTTTTAA
TAAAAAATGTAAAACAATTAAACTTAAAATCAATTATGAGA
Found at i:4024 original size:342 final size:342
Alignment explanation
Indices: 3287--4011 Score: 811
Period size: 342 Copynumber: 2.1 Consensus size: 342
3277 NNNNNNNNNN
**
3287 TTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTCGAATG-CATGGGTGACTATAGATAAACTTT
1 TTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTCGAA-GACATGGGTGACTATAGATGGACTTT
* * * ** * **
3351 TCTTGCCAATAAATATTTTTTTCTACTCGTTTTTTGAGGTAGGTATTCAAATATTATCTGTTTTA
65 TTTTACCAATGAATAGCTTTTTCTACCCGTTTTTTGAGGTAGACATTCAAATATTATCTGTTTTA
* ** * * * *
3416 AGAAAGAATGTAAAACAATTTAACTTAAAATCAATTATAAGATTATAAAACTATTTCAAGCGAGT
130 AGAAAAAATGTAAAACAATGAAACTTAAAATCAATTATAAGATTATAAAACCATTTAAAGCAACT
* * * *
3481 AATAAGGCTTTTGAATGCATGCGAGACTATGATTAGACTTTTCTTGTCAATAAATGTCTTTTTCT
195 AATAAGGCCTTTCAATGCATGCGAGACTATGATTAGACTTTTCTTGTCAATAAATGACTTTTCCT
* * * * * * * *
3546 TCACGTTTCTTGATGTATACATTCAAATACTATCTGTTTTAATAAAAAATGTAAAACAATTCAAC
260 TCACGTTTCCTGAGGGAAACATTCAAATACTATATATTTTAATAAAAAATATAAAAAAATTCAAC
* *
3611 TTAGAATCAATTATGAGA
325 TTAAAATCAATCATGAGA
* * * * *
3629 TTATAAAACCATTTAAAGTGAGCAGTAAGACTTTCGCACACATGGGTGACTATAGATGGACTTTT
1 TTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTCGAAGACATGGGTGACTATAGATGGACTTTT
* * *
3694 TTTACCAATGAATGGCTTTTTCTTCCCGTTTTTTGAGGTAGACATTCAACTATTATCTGTTTTAA
66 TTTACCAATGAATAGCTTTTTCTACCCGTTTTTTGAGGTAGACATTCAAATATTATCTGTTTTAA
* * * * *
3759 TAAAAAATGTAAAA-ACATGAAACTTACAATTAATTATGAGGTTATAAAACCATTTAAAGCAACT
131 GAAAAAATGTAAAACA-ATGAAACTTAAAATCAATTATAAGATTATAAAACCATTTAAAGCAACT
* * * *
3823 AAT-ATGCCTTTCAATGGCATGGGTGACTATGGA-TGGA-TTTT-TTGTGCCAA-AAGATGACTT
195 AATAAGGCCTTTCAAT-GCATGCGAGACTAT-GATTAGACTTTTCTTGT--CAATAA-ATGACTT
* **
3883 TTGCCTT-ATGTTTCCTGAGGGAAACATTCAGTTA-TAATATATTTTAATAAAAAATATAAAAAA
255 TT-CCTTCACGTTTCCTGAGGGAAACATTCAAATACT-ATATATTTTAATAAAAAATATAAAAAA
* *
3946 ATTCAAGTTAAAATTAATCATGAGA
318 ATTCAACTTAAAATCAATCATGAGA
* *
3971 TTATAAAACCATTTAAGGAGAGTAATAAGGCTTTCGAAGAC
1 TTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTCGAAGAC
4012 TTAAGCGACT
Statistics
Matches: 314, Mismatches: 60, Indels: 18
0.80 0.15 0.05
Matches are distributed among these distances:
340 4 0.01
341 17 0.05
342 288 0.92
343 5 0.02
ACGTcount: A:0.37, C:0.12, G:0.15, T:0.36
Consensus pattern (342 bp):
TTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTCGAAGACATGGGTGACTATAGATGGACTTTT
TTTACCAATGAATAGCTTTTTCTACCCGTTTTTTGAGGTAGACATTCAAATATTATCTGTTTTAA
GAAAAAATGTAAAACAATGAAACTTAAAATCAATTATAAGATTATAAAACCATTTAAAGCAACTA
ATAAGGCCTTTCAATGCATGCGAGACTATGATTAGACTTTTCTTGTCAATAAATGACTTTTCCTT
CACGTTTCCTGAGGGAAACATTCAAATACTATATATTTTAATAAAAAATATAAAAAAATTCAACT
TAAAATCAATCATGAGA
Found at i:4032 original size:171 final size:171
Alignment explanation
Indices: 3411--4179 Score: 409
Period size: 171 Copynumber: 4.5 Consensus size: 171
3401 ATATTATCTG
* * * * * * *
3411 TTTTAAGAAAGAATGTAAAACAATTTAACTTAAAATCAATTATAAGATTATAAAACTATTTCAAG
1 TTTTAATAAAAAATGTAAAAAAATTCAA-TTAAAATTAATTATGAGATTATAAAACCATTT-AAG
* ** * * * * * *
3476 C-GAGTAATAAGGCTTTTGAATG-CATGCGAGACTATGATTAGACTTTTCTT-GTCAATAA-ATG
64 CAGAGTAATAAGGCTTTCGAATGACATAAGCGACTATAAATGGATTTTTCTTAG-CAA-AAGATA
* ** * * * * * * * *
3537 TCTTTTTCTTCACGTTTCTTGATG-TATACATTCAAATACT-ATCTG
127 ACTTTGCCTTCATGTTTCCT-AAGACAAACATTCAATTA-TAATATA
* * *
3582 TTTTAATAAAAAATGTAAAACAATTCAACTTAGAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAG
1 TTTTAATAAAAAATGTAAAAAAATTCAA-TTAAAATTAATTATGAGATTATAAAACCATTT-AAG
* * * * * * ** * * * * *
3647 -TGAGCAGTAAGACTTTCGCA-CACATGGGTGACTATAGATGGACTTTTT-TTA-CCAATGAATG
64 CAGAGTAATAAGGCTTTCGAATGACATAAGCGACTATAAATGGA-TTTTTCTTAGCAAAAG-ATA
* ** ** ** * ** * * * * *
3708 GCTTTTTCTTCCCGTTTTTTGAGGTAGACATTCAACTATTATCTG
127 ACTTTGCCTTCATGTTTCCTAAGACAAACATTCAATTATAATATA
* ** * *
3753 TTTTAATAAAAAATGTAAAAACATGAAACTTACAATTAATTATGAGGTTATAAAACCATTTAAAG
1 TTTTAATAAAAAATGTAAAAAAATTCAA-TTAAAATTAATTATGAGATTATAAAACCATTT-AAG
* * * * ** * ** *
3818 CA-ACTAATATGCCTTTC-AATGGCATGGGTGACTATGGATGGATTTTT-TGT-GCCAAAAGATG
64 CAGAGTAATAAGGCTTTCGAATGACATAAGCGACTATAAATGGATTTTTCT-TAG-CAAAAGATA
* ** *
3879 ACTTTTGCCTT-ATGTTTCCTGAGGGAAACATTCAGTTATAATATA
127 AC-TTTGCCTTCATGTTTCCTAAGACAAACATTCAATTATAATATA
* * *
3924 TTTTAATAAAAAATATAAAAAAATTCAAGTTAAAATTAATCATGAGATTATAAAACCATTTAAGG
1 TTTTAATAAAAAATGTAAAAAAATTCAA-TTAAAATTAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAGC
* **
3989 AGAGTAATAAGGCTTTCGAA-GACTTAAGCGACTATAAATGGATTTTTCTTAGCAATGGATAACT
65 AGAGTAATAAGGCTTTCGAATGACATAAGCGACTATAAATGGATTTTTCTTAGCAAAAGATAACT
*
4053 TTGGCTTCATGTTTCCTAAGACAAACATTCAATTATAATATA
130 TTGCCTTCATGTTTCCTAAGACAAACATTCAATTATAATATA
* *** * * * * * *
4095 TTTCAACCCAAAAGGTAAAAAAATTCAATGTAAAATCAATTATGAGATTATTAAACTATTGAAAC
1 TTTTAATAAAAAATGTAAAAAAATTCAAT-TAAAATTAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAGC
* *
4160 CGAGTAATAAGGGTTTCGAA
65 AGAGTAATAAGGCTTTCGAA
4180 CACATGGGTG
Statistics
Matches: 474, Mismatches: 104, Indels: 40
0.77 0.17 0.06
Matches are distributed among these distances:
169 1 0.00
170 23 0.05
171 432 0.91
172 18 0.04
ACGTcount: A:0.38, C:0.13, G:0.14, T:0.35
Consensus pattern (171 bp):
TTTTAATAAAAAATGTAAAAAAATTCAATTAAAATTAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAGCA
GAGTAATAAGGCTTTCGAATGACATAAGCGACTATAAATGGATTTTTCTTAGCAAAAGATAACTT
TGCCTTCATGTTTCCTAAGACAAACATTCAATTATAATATA
Found at i:6858 original size:171 final size:171
Alignment explanation
Indices: 6568--8536 Score: 1536
Period size: 171 Copynumber: 11.6 Consensus size: 171
6558 GGGATTAACA
* * * * *
6568 AAAAGTCCATCTATAGTCACCCATACT-TTTGAAAGGCATATTAGTCGCTTTAAATGGTTTTATA
1 AAAAGTCCATCTATAGTCACCCAT-GTGTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATA
* * * ** * *
6632 ACCTTATAATTGATTGTAAGTTTCATTTTTTTACATTTTTTGTTAAAATAGATAATATTTGAATG
65 ATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTTATTAAAATAGATAATATTTGAATG
* * * *
6697 TATACCTTAAAAAACGGGAAGAAAAAGCCATTGATTGGCCTA-
130 TCTACCTTAAAAAACGTGAAGAAAAAGACATTCATTGG-CTAG
* * **
6739 AAAAGTCCATCTATAGTCACCCATGTGTTCGAAAGCCTTACTACTCACTTTAAATAATTTTATAA
1 AAAAGTCCATCTATAGTCACCCATGTGTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAA
* * *
6804 TCTCATAATTGATTCTAAGTTGAATTGTTTTATATTTTTTATTAAAACAGATAATATTTGAATGT
66 TCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTTATTAAAATAGATAATATTTGAATGT
* * * * *
6869 CTACATTAAGAAGCATGAAGAAAAAGACATTCATTGGCAAG
131 CTACCTTAAAAAACGTGAAGAAAAAGACATTCATTGGCTAG
* * *
6910 AAAAGTCCATCTATAGTCACGCATGGGTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGATTTTATAA
1 AAAAGTCCATCTATAGTCACCCATGTGTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAA
* * * *
6975 TCTC-TAAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTACATTTTTTGTTAAAATAGATAATATTTGAACG
66 TCTCAT-AATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTTATTAAAATAGATAATATTTGAATG
* * * * * *
7039 TTTACATTAGGAAAA-GTGAAGAAAAAGATACTCATT-GATGAG
130 TCTACCTTA-AAAAACGTGAAGAAAAAGACATTCATTGGCT-AG
* * * * *
7081 AAAAGTTCATCTTTAGTCACCCATGTATTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAA
1 AAAAGTCCATCTATAGTCACCCATGTGTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAA
* *
7146 TCTTATAATT-AGTTTTAAGTTGAA-TTTTTTATATATTTTT-TTAAAACAGATAATATTTGAAT
66 TCTCATAATTGA-TTTTAAGTTGAATTTTTTTATAT-TTTTTATTAAAATAGATAATATTTGAAT
* * *
7208 GTCTACCTTGAAAAA--TGAGAGAAAAAGCCATTCATT-GATAAG
129 GTCTACCTTAAAAAACGTGA-AGAAAAAGACATTCATTGGCT-AG
* * * ** * * * * **
7250 AGAAGTCCATCTATAATTAGTCATGCGTTTGAAAGCTTTATTACCCATTTTAAATGGTTTTATAA
1 AAAAGTCCATCTATAGTCACCCATGTGTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAA
* * * * * * * ** * * * *
7315 TCTCTTAATTGATTTCAGGTTAAATGTTTCTACATTTTTGGTTCAAACAGATAATACTTGAACGT
66 TCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTTATTAAAATAGATAATATTTGAATGT
* * ** * *
7380 TTA-CATAGGAAACGTGAAGAAAAAGAGATTCATT-GATGAG
131 CTACCTTAAAAAACGTGAAGAAAAAGACATTCATTGGCT-AG
* * * ** ** *
7420 AAAAGTCTATCTCTAGTCACTCATGCATTCGAAAGCCTTATTTTTCACTTTAAATGGTTTTATAA
1 AAAAGTCCATCTATAGTCACCCATGTGTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAA
* *
7485 TCTCAAAATTGATTTTAAGTTGAA-TTTTTT-TACTTTTT-TTAAAATAGATAATATTTGAATGT
66 TCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTTATTAAAATAGATAATATTTGAATGT
* * * *
7547 CTACCTCAAAAAACATGAAGAAAAAGTCATTCATTGGC-AA
131 CTACCTTAAAAAACGTGAAGAAAAAGACATTCATTGGCTAG
* * * * * * *
7587 AAGAACTTCATCTATAGTCACCCCTGTTTTCGAAAGTCTTATTACCCGCTTTAAATAGTTTTATA
1 AA-AAGTCCATCTATAGTCACCCATGTGTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATA
* * * * * *
7652 ATCTCATAATTGATATTAAGTTAAATTTTTTTAT-TTTTTTATTAAAATATATTACAATTGAATG
65 ATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTTATTAAAATAGATAATATTTGAATG
*** ** * * * * * * *
7716 TCGGTCTCGAGAAACATAAAGCAAAAGTCA-CCATTGGCAAG
130 TCTACCTTAAAAAACGTGAAGAAAAAGACATTCATTGGCTAG
** * * ** *
7757 AAAAGTCCAT-TGATAGT-AGCTTAAGTCTTTAAAAGCATTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTAT
1 AAAAGTCCATCT-ATAGTCA-CCCATGTGTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTAT
* * * * **
7820 AATCTCATAACTGATTTT-AGATTCAATTTTTTTTATATTTTTGATTAAAATATATAATATTTCT
64 AATCTCATAATTGATTTTAAG-TTGAA-TTTTTTTATATTTTTTATTAAAATAGATAATATTTGA
* * * *
7884 CTGTCTA--TATAGAAAAATGTGAAGAAAAAGCCATTCATTGG-TAAC
127 ATGTCTACCT-TA-AAAAACGTGAAGAAAAAGACATTCATTGGCT-AG
* * ** * *
7929 AAAAGTCAATTTATAGTCACCCATGCCTTCGAAAGCCTTGTTTCTCGCTTTAAATGGTTTTATAA
1 AAAAGTCCATCTATAGTCACCCATGTGTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAA
* *
7994 TCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTTATTAAAATATAGT-ATAATTGAATG
66 TCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTTATTAAAATAGA-TAATATTTGAATG
* * * * * * * * *
8058 CCTACCTCAAGAAACATGAAGCAAAAGTCATCCATT-CCAAG
130 TCTACCTTAAAAAACGTGAAGAAAAAGACATTCATTGGCTAG
**** * * ***
8099 AAAAGTCCAT-TATAGTCGTTTAAGTCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTANNN
1 AAAAGTCCATCTATAGTCACCCATGTGTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAA
******* * * **
8163 NNNNNNNATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACT-GATAATATTTGAAT
66 TCTCATAATTGATTTTAAGTTGAA-TTTTTTTATATTTTTTATTAAAA-TAGATAATATTTGAAT
* * * * * *
8227 GTCTACATCT-GAAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGTCAAG
129 GTCTACCT-TAAAAAACGTGAAGAAAAAGACATTCATTGGCTAG
* * * * ** * *
8270 AAAAGTCTATTTATAGTCAGCTATGCCTACGAAAGCCTTATTAGTCGCTTTAAATGG-TTTATAA
1 AAAAGTCCATCTATAGTCACCCATGTGTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAA
* * * * * * * * * *
8334 TATCATAATAGATTTTAAGTTGAATTGTTTTACATTTTTTGTCAAAATATATTATAATTGAAAGT
66 TCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTTATTAAAATAGATAATATTTGAATGT
* * ** * ** *
8399 TTGCCTTAGGAAACGTGAAGGAAAAGTTATCCATTGG-TAAG
131 CTACCTTAAAAAACGTGAAGAAAAAGACATTCATTGGCT-AG
* * * * ** * * * * * *
8440 AGAAGTCTATTTATAGTCGCTTAAGTCTTCGAAAACCTTATTACTCTCTATAAATAGTTTTATAA
1 AAAAGTCCATCTATAGTCACCCATGTGTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAA
*
8505 TCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTA
66 TCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTA
8537 CTTTTNNNNN
Statistics
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Matches are distributed among these distances:
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Consensus pattern (171 bp):
AAAAGTCCATCTATAGTCACCCATGTGTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAA
TCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTTATTAAAATAGATAATATTTGAATGT
CTACCTTAAAAAACGTGAAGAAAAAGACATTCATTGGCTAG
Found at i:8536 original size:341 final size:339
Alignment explanation
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Period size: 342 Copynumber: 5.8 Consensus size: 339
6558 GGGATTAACA
* * * * * * *
6568 AAAAGTCCATCTATAGTCACCCATACTTTTGAAAGGCATATTAGTCGCTTTAAATGGTTTTATAA
1 AAAAGTCCATCTATAGTCAGCCATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAA
* * * ** * * *
6633 CCTTATAATTGATTGTAAGTTTCATTTTTTTACATTTTTTGTTAAAATAGATAATATTTGAATGT
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* ** * * ** * *
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* * * * ** * *
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* * *
6826 AATTGTTTTATATTTTTTATTAAAACAGATAATATTTGAATGTCTACATT-AAGAAGCATGAAGA
259 AATTTTTTTACA-TTTTT-TTAAAACTGATAATATTTGAATGTCTACATTGAA-AA-CATGAAGA
* *
6890 AAAAGACATTCATTGGCAAG
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** *
6910 AAAAGTCCATCTATAGTCA-CGCATGGGTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGATTTTATA
1 AAAAGTCCATCTATAGTCAGC-CATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATA
* * * *
6974 ATCTC-TAAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTACATTTTTTGTTAAAATAGATAATATTTGAAC
65 ATCTCAT-AATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTACATTTTTTGTTAAAATATATTATAATTGAAT
* * * * *
7038 GTTTACATTAGGAAAAGTGAAGAAAAAG--ATACTCATTGATGAGAAAAGTTCATCTT-TAGTCA
129 GTTTACCTTAGGAAACGTGAAGAAAAAGTCAT-C-CATTGGTAAGAAAAGTCCAT-TTATAGTCA
* * * *
7100 CCCATGTATTC-AAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTTATAATT-AGTTTTA
191 CTCAAGTCTTCGAAAA-CCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGA-TTTTA
* * * *
7163 AGTTGAATTTTTTATATATTTTTTTAAAACAGATAATATTTGAATGTCTACCTTGAAAA-ATGAG
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* * * * * * * * **
7250 AGAAGTCCATCTATAATTAGTCATGCGTTTGAAAGCTTTATTACCCATTTTAAATGGTTTTATAA
1 AAAAGTCCATCTATAGTCAGCCATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAA
* * * * * * * * * * * *
7315 TCTCTTAATTGATTTCAGGTTAAATGTTTCTACATTTTTGGTTCAAACAGATAATACTTGAACGT
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* ** * * * * * * *
7380 TTA-CATAGGAAACGTGAAGAAAAAGAGATTCATTGATGAGAAAAGTCTATCTCTAGTCACTCAT
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* ** * *
7444 G-CATTCGAAAGCCTTATTTTTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAGTTGA
196 GTC-TTCGAAAACCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAA
* **
7508 ATTTTTTTAC-TTTTTTTAAAA-TAGATAATATTTGAATGTCTACCTCAAAAAACATGAAGAAAA
260 ATTTTTTTACATTTTTTTAAAACT-GATAATATTTGAATGTCTACAT-TGAAAACATGAAGAAAA
* *
7571 AGTCATTCATTGGCAA-
323 AGCCATTCATTGTCAAG
* * * * ** * * *
7587 AAGAACTTCATCTATAGTCACCCCTGTTTTCGAAAGTCTTATTACCCGCTTTAAATAGTTTTATA
1 AA-AAGTCCATCTATAGTCAGCCATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATA
* * * *
7652 ATCTCATAATTGATATTAAGTTAAATTTTTTTA-TTTTTTTATTAAAATATATTACAATTGAATG
65 ATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTACATTTTTTGTTAAAATATATTATAATTGAATG
**** * * * * * *
7716 TCGGTC-TCGAGAAACATAAAGCAAAAGTCA-CCATTGGCAAGAAAAGTCCATTGATAGT-AGCT
130 TTTACCTTAG-GAAACGTGAAGAAAAAGTCATCCATTGGTAAGAAAAGTCCATTTATAGTCA-CT
* * * * *
7778 TAAGTCTT-TAAAAGCATTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAACTGATTTT-AGA
193 CAAGTCTTCGAAAA-CCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAG-
* * * *** * *
7841 TTCAATTTTTTTTATATTTTTGATTAAAA-TATATAATATTTCTCTGTCTATATAGAAAA-ATGT
256 TT-AAATTTTTTTACATTTTT--TTAAAACT-GATAATATTTGAATGTCTACATTGAAAACA--T
*
7904 GAAGAAAAAGCCATTCATTGGT-AAC
315 GAAGAAAAAGCCATTCATT-GTCAAG
* * * * *
7929 AAAAGTCAATTTATAGTCACCCATGCCTTCGAAAGCCTTGTTTCTCGCTTTAAATGGTTTTATAA
1 AAAAGTCCATCTATAGTCAGCCATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAA
* * * * *
7994 TCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTTATTAAAATATAGTATAATTGAATGC
66 TCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTACATTTTTTGTTAAAATATATTATAATTGAATGT
* * * * * ** ** *
8059 CTACCTCAAGAAACATGAAGCAAAAGTCATCCATT-CCAAGAAAAGTCCA-TTATAGTCGTTTAA
131 TTACCTTAGGAAACGTGAAGAAAAAGTCATCCATTGGTAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAA
* * **********
8122 GTCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTANNNNNNNNNNATTGATTTTAAGTTAAA
196 GTCTTCGAAAACCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAA
8187 TTTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACTGATAATATTTGAATGTCTACATCTGAAAACATGAAGAAA
261 -TTTTTTTACATTTTT--TTAAAACTGATAATATTTGAATGTCTACAT-TGAAAACATGAAGAAA
8252 AAGCCATTCATTGTCAAG
322 AAGCCATTCATTGTCAAG
* * * * *
8270 AAAAGTCTATTTATAGTCAGCTATGCCTACGAAAGCCTTATTAGTCGCTTTAAATGG-TTTATAA
1 AAAAGTCCATCTATAGTCAGCCATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAA
* * * * * *
8334 TATCATAATAGATTTTAAGTTGAATTGTTTTACATTTTTTGTCAAAATATATTATAATTGAAAGT
66 TCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTACATTTTTTGTTAAAATATATTATAATTGAATGT
* * * * * * *
8399 TTGCCTTAGGAAACGTGAAGGAAAAGTTATCCATTGGTAAGAGAAGTCTATTTATAGTCGCTTAA
131 TTACCTTAGGAAACGTGAAGAAAAAGTCATCCATTGGTAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAA
* * *
8464 GTCTTCGAAAACCTTATTACTCTCTATAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAA
196 GTCTTCGAAAACCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAA
8529 TTTTTTTAC-TTTT
261 TTTTTTTACATTTT
8542 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 1338, Mismatches: 241, Indels: 108
0.79 0.14 0.06
Matches are distributed among these distances:
336 6 0.00
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ACGTcount: A:0.35, C:0.13, G:0.13, T:0.39
Consensus pattern (339 bp):
AAAAGTCCATCTATAGTCAGCCATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAA
TCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTACATTTTTTGTTAAAATATATTATAATTGAATGT
TTACCTTAGGAAACGTGAAGAAAAAGTCATCCATTGGTAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAA
GTCTTCGAAAACCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAA
TTTTTTTACATTTTTTTAAAACTGATAATATTTGAATGTCTACATTGAAAACATGAAGAAAAAGC
CATTCATTGTCAAG
Found at i:9915 original size:171 final size:170
Alignment explanation
Indices: 9568--14104 Score: 2839
Period size: 171 Copynumber: 26.6 Consensus size: 170
9558 NNNNNNNNNN
* * * * *
9568 GATTTTAAGTTAAATTTTTTTATATTTTTTATTAAAAAATATTATAATTAAATGCCTACCTCAGG
1 GATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTTATTAAAATATATTATAATTGAATGTCTACCTTAGG
* * *
9633 AAACATGAAGCAAAAGTCATCCATTCGCAAGAAAAGTCCA-TTATAGTCACTTAAGTCTTCAAAA
66 AAACATGAAG-AAAAATCATCCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTTAAGTCTTCGAAA
* *
9697 GGCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATA
130 GCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATT
* * * * * *
9738 GATTTTAAGTTGAATTGTTTTACATTTTTTATCAAAATATATTATAATTGAAAGTTTGCCTTAGG
1 GATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTTATTAAAATATATTATAATTGAATGTCTACCTTAGG
* * * * *
9803 AAACATGAAGCAAAAATTATCCATTGGTAAGAGAAGTCTATTTATAGTCGCTTAAGTCTTCGAAA
66 AAACATGAAG-AAAAATCATCCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTTAAGTCTTCGAAA
**
9868 GCCTTATTACTCGCTTTAAATACTTTTATAATCTCATAATT
130 GCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATT
* ** * * * *
9909 GATTTTAAGTTGAATTTTTTTA-CTTTTTGGTTAAAAT-TGATAATATTTGAATGTCTACATTGG
1 GATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTTATTAAAATAT-ATTATAATTGAATGTCTACCTTAG
* ** * ** * * *
9972 GAAACATGAAGAAAAAGAT-ATTCATTGGCAAGAAAAGTCTGTCTATAGTCACCCATGACTTTGA
65 GAAACATGAAG-AAAA-ATCATCCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTTAAGTCTTCGA
* * * *
10036 AAGCCTTATTACACACTTTAAATAGTTTTATAATCTCAGAATT
128 AAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATT
* * * *
10079 GATTTTAAGTTAAATTTTTTTTATATTTTTT-TTAAAATAGATAATATTTGAATGTCTACCTCTA
1 GATTTTAAGTTGAA-TTTTTTTATATTTTTTATTAAAATATATTATAATTGAATGTCTACCT-TA
* * * * ** *
10143 --AAA-ATGAAAAGAAAAAGCCATTCATTGGTAAGAAAAGTCCATCTATAGTCACCCATG-CGTT
64 GGAAACATG--AAGAAAAA-TCATCCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTTAAGTC-TT
* * * * *
10204 TGAAAGGCTTATTACTTGTTTTAAATGGTTTTCTAATCTCATAATT
125 CGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATT
* * * * * * *
10250 GATTTTAAGTTGAATTTTTTTTTACATTTTATGTTAAAACATATTATAATTAAATGTCTGCCAT-
1 GATTTTAAGTTGAA--TTTTTTTATATTTTTTATTAAAATATATTATAATTGAATGTCTACCTTA
* * * ** * **
10314 GGTAA-ATGAGAAGCAAAAGTTATCCATTGATAAGAAAAGTCCATTTGTAGTTGCTTAAGTCTTC
64 GGAAACAT--GAAG-AAAAATCATCCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTTAAGTCTTC
* * * *
10378 GAAAG-CTTAATTTCTCGCTTTAAATGATTTTACAATCTTATAATT
126 GAAAGCCTT-ATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATT
** * * * * * * * * *
10423 GATTTTAAGTTGAAAATTTTTATGTTCTTCATCAAAATATCTTATAACTGAATCTTTACCTTGGG
1 GATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTTATTAAAATATATTATAATTGAATGTCTACCTTAGG
* * ** * * * * * *
10488 AAACGTG-AGACGAAAGTCATCTTTTGACAAAAAAAGTCCA-TCATAGTCA-TCCATGCCTTCGA
66 AAACATGAAGA--AAAATCATCCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACT-TAAGTCTTCGA
* * * * *
10550 AAGACATATTAATCGCTTTAAACGGTTTTATTATCTCATAATT
128 AAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATT
* * ** * * * ** * *
10593 AATTTTAAGTTTACCTTTTTTATATATTTT-TTAAAATATATTATAACTGAATGTTTGTCTCAAG
1 GATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTTATTAAAATATATTATAATTGAATGTCTACCTTAGG
* * ** * ** * * ** * *
10657 AAACATGAGGCAAAAGTCAT-C-TT---TTGATAAGTCCACCTCTAGTCTCCCATGCCTTCGAAA
66 AAACATGAAG-AAAAATCATCCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTTAAGTCTTCGAAA
* *
10717 GCCTTATTATTCG-TCTTAAATGATTTTATAATCTCATAATT
130 GCCTTATTACTCGCT-TTAAATGGTTTTATAATCTCATAATT
* * * * * * *
10758 GAATTTAAGTTTAATTGTTTTATATTTTTTATTACAATAGATTATAATTGAATGTTTACCTTAAG
1 GATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTTATTAAAATATATTATAATTGAATGTCTACCTTAGG
* * *
10823 AAACGTGAAGGAAAAATTATCCATTGCCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTTAAGTCTTCGAAA
66 AAACATGAA-GAAAAATCATCCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTTAAGTCTTCGAAA
*
10888 GCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATT
130 GCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATT
* ** ** * * * *
10929 CATTTTAAGTTGAATTTTTTTACCTTTTTTGCTAAGATATATTGTAATTGAATGTCTGCC-TCGA
1 GATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTTATTAAAATATATTATAATTGAATGTCTACCTTAG-
* * * * * *
10993 GAAACATGAAGCAAAAGTTATCTATTGGCAAGAAAAGTCCATTGATAGTCGCTTAAGTCTTCGTA
65 GAAACATGAAG-AAAAATCATCCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTTAAGTCTTCGAA
*
11058 AGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATT
129 AGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATT
* * * * * * * * **
11100 AATTTTAAGTTAAATTGTTTTACATTTTTTGTTAAAATAGATCATATTTGAATGTCTACCTTAAA
1 GATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTTATTAAAATATATTATAATTGAATGTCTACCTTAGG
* * * * ** * *
11165 AAACGA-GAAGAAAAAGTCATTCACTGGCAAGAAATA-TCCATCTATAATCACCCATG-CGTTTG
66 AAAC-ATGAAGAAAAA-TCATCCATTGGCAAGAAA-AGTCCATTTATAGTCACTTAAGTC-TTCG
* * *
11227 TAAGCCTTATTACTCG-TTTTAA-GGTTTTATAATCTCTTAATT
127 AAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATT
* *** * * * * * * * **
11269 GATTTTAAGTTGAATTTTATTACCCTTTTTGTTGAAACAGATAATATTTGAATGTCTACCTCAAA
1 GATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTTATTAAAATATATTATAATTGAATGTCTACCTTAGG
* * * * * **
11334 AAACAAGAAGAAAAAGCTATTCATTGACAAG-AAAGATCCATCTATAGTCAC-CCA-TACGTTCG
66 AAACATGAAGAAAAATC-ATCCATTGGCAAGAAAAG-TCCATTTATAGTCACTTAAGT-C-TTCG
* * * * * *
11396 AATGCCTTATTACTCACTTTAAATAGTTTTATAATTTCTTGATT
127 AAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATT
* * * * * * * * **
11440 GACTTTAAGTTAAATTTTTTTACATTTTTTATCAAAATAGATAATATTTAAATGTCTATATT-GA
1 GATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTTATTAAAATATATTATAATTGAATGTCTACCTTAG-
* * * * * * * * *
11504 GAAACGTGAAGAAAAAGGCATTCATTAGTAAGAAAAGTCCATATATAGTCGCATT-TG-CATTCA
65 GAAACATGAAGAAAAA-TCATCCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCAC-TTAAGTC-TTCG
* * *
11567 AAAGCCTTATTACTAGCTTTAAATGGTTTTCTAATCTCAGAATT
127 AAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATT
* * * * *
11611 AATTTTAAGTTAAATTTTTTTATATTTTTTATTAAAATATTTTATAATTGAATGTCTGCC-TCGG
1 GATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTTATTAAAATATATTATAATTGAATGTCTACCTTAGG
* * * * *
11675 AAA-ACGCAAGGTAAAAGTCATCTATTGGCAAGAAAAGTCCATTTAAAGTCACTTAAGTATTCGA
66 AAACATG-AA-G-AAAAATCATCCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTTAAGTCTTCGA
* * *
11739 AAGCCTTATTACTTGCTTTGAGA-GGTTTTATAATCTCATAAGT
128 AAGCCTTATTACTCGCTTT-AAATGGTTTTATAATCTCATAATT
* * * ** * * * * * *
11782 GATTTTCAGTTGAATTTTTTTACATTTGTGGTTAAAACAAATAATATTTGAATATCTA-CATAGG
1 GATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTTATTAAAATATATTATAATTGAATGTCTACCTTAGG
* * * * * *** * * *
11846 AAACATGAAG-AAAAGCATTCATTGGCAAGTAAAGACTAAGGATATTCAC-TAATGCCTTTGAAA
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11909 GCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATT
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* * *
11950 AATTTTAAGTTAAATTTTTTTATATTTTTTATTAAAATATATTATAATTGAATGTTTACCTT-GA
1 GATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTTATTAAAATATATTATAATTGAATGTCTACCTTAG-
** * * *** * * ** *
12014 GAAATGTGAAAGAAAAGTTATCCATCAACAAGATAAGTCCATTGATAGTTGCTTAAGTCTTCGTA
65 GAAACATG-AAGAAAAATCATCCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTTAAGTCTTCGAA
* * *
12079 AGCCTTATTACCCGCTTTAAATGCTTTTATAATTTCATAATT
129 AGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATT
* * * * * ** * *
12121 GATTTTAAG-TGAAATGTTTTTACATTTTTTGTTAAAACAGAAAATATTTGAATGTCT-TCTTCA
1 GATTTTAAGTTG-AATTTTTTTATATTTTTTATTAAAATATATTATAATTGAATGTCTACCTT-A
* * * * * * * * *
12184 --AAAAATGGAAAGAAAAAGCCATTCATTGGCAAAAAAAGTCTATCTATAGTCA-TCCATGCGCT
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* * * * *
12246 T-GGAAGCCTTGTTACTTGTTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATT
124 TCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATT
* * * * * * * * * * *
12292 AATTTCAAGTTGAATTTTTTTA-ACTTTTTTGTTAAAACAGATAATATTTAAATTTTTTCCTT-G
1 GATTTTAAGTTGAATTTTTTTATA-TTTTTTATTAAAATATATTATAATTGAATGTCTACCTTAG
* * ** * * ** *
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65 GAAA-C-ATGAAGAAAAA-TCATCCATTG--GCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTTAAGTC-T
*
12418 TCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGATTTATAATCTCATAATT
124 TCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATT
*** * * * * * * * *
12465 GATTTTAAGTTGAATTTTTTTACCCTTTTTGTTAAAACAGATAATATTTAAATGTTTACCTCA--
1 GATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTTATTAAAATATATTATAATTGAATGTCTACCTTAGG
* * ** * * * * *
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* * * **
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* * ** * * * * ** * *
12636 GATTTTAAGTTAAATGTTTTTATATTTTTGGTTCAAACAAATAATGTTTGAATGTCTACATTGGG
1 GATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTTATTAAAATATATTATAATTGAATGTCTACCTTAGG
* * * * * ** * * *
12701 AAACGTGAAGAAAAAGACATTCATTGACAAGAAAGGTCCATTTATAGTCACCCATGTGTTTGAAA
66 AAACATGAAGAAAAA-TCATCCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTTAAGTCTTCGAAA
** *
12766 GTATTATTACTCGCTTTAAATGATTTTATAATCTCATAATT
130 GCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATT
* * * * *
12807 GATTTTAAGTTGACTTTTTTTATATTTTTTATTAAAACAGATAATATTTGAATGTCTACCTCTA-
1 GATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTTATTAAAATATATTATAATTGAATGTCTACCT-TAG
* ** * * * * * ** *
12871 -AAAGCA-GAAAGAAAAAGCCATTTATTTGTAGGAAGAGTCC-TTCTATATTCACCCATG-CGTT
65 GAAA-CATG-AAGAAAAA-TCATCCATTGGCAAGAAAAGTCCATT-TATAGTCACTTAAGTC-TT
*
12932 CGAAAGCCTTATTACTTGCTTTAAATGG-TTTATAATCTCATAATT
125 CGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATT
* *
12977 AGA-TTTAAGTTG-ATTTTTTTATATTTTTT-TATCAAATATATTATAATTAAATGTCTACCTT-
1 -GATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTTAT-TAAAATATATTATAATTGAATGTCTACCTTA
* * * * * * *
13038 GAGAAACAT-AAGGTAAAAGTTATCCATTGGTAAGAAAAATCTATTTAGAGTCGCTTAAGTCTTC
64 G-GAAACATGAA-G-AAAAATCATCCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTTAAGTCTTC
* * * *
13102 -AAAGGCCTTATTACTCG-TATTCAATGGTTTTATACTTTTATAATT
126 GAAA-GCCTTATTACTCGCT-TTAAATGGTTTTATAATCTCATAATT
* * * * * * * * * *
13147 GATTTTAAGTTAAATTGTTTTATA-TATTTAGTTAAAACAGATAATATTTGAATGTCTATCTCAA
1 GATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTTA-TTAAAATATATTATAATTGAATGTCTACCTTAG
* * * * * * * * **
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* * *
13272 CGAAAGCTTTATTACCCGCTTTAAATGGTTTTGTAATCTCATAATTT
125 CGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAA-TT
** * * *
13319 G-TTTTAAGTCAAATTTTTTTATATTTTTTGTTAAAATATATTATAATT-AGATGTCTGCTTTAG
1 GATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTTATTAAAATATATTATAATTGA-ATGTCTACCTTAG
* * * * *
13382 GGAACATGAAGGAAAAGTCATCCATTTGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCGCTTAAGTCTTTGAA
65 GAAACATGAA-GAAAAATCATCCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTTAAGTCTTCGAA
* * **
13447 AGCCCTATTACTC-ATCTTAAAAAGTTTTATAATCTCATAATT
129 AGCCTTATTACTCGCT-TTAAATGGTTTTATAATCTCATAATT
* ********** * * * *
13489 AATTTNNNNNNNNNNTTTTTTATATTTTTTATTAAAATGTATTATAACTGAATGTTTGA-CTCAG
1 GATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTTATTAAAATATATTATAATTGAATGTCT-ACCTTAG
** * * ** * * * *
13553 GAAACATG-AGACAAAAGTCATCTTTTGGCAAGAAAAGTCTATCTATA-TTTCTCCATGCCTTCA
65 GAAACATGAAGA-AAAA-TCATCCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACT-TAAGTCTTCG
**********
13616 AAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGNNNNNNNNNNTCATAATT
127 AAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATT
* * * * *
13660 GATTTTAAGTTAAATTTTTTTTACATTTTCTATTAAAATATATTATAATTGAATGTCTGCTTTAG
1 GATTTTAAGTTGAA-TTTTTTTATATTTTTTATTAAAATATATTATAATTGAATGTCTACCTTAG
* * * * * * * *
13725 GAAACGTAAAGGAAAAGTCATCCATTGACAAGAAAAGTCTATTTATAGTCGCTTAAATCTTTGAA
65 GAAACATGAA-GAAAAATCATCCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTTAAGTCTTCGAA
* **
13790 AGCCTTATTACTCGCCTTAAATGGTTTTATAATCTCATAANN
129 AGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATT
******** * * * * * * **
13832 NNNNNNNNGTTGAATTTTTTTACATTTTTTGTTGAAATACATTATAACTGAATGTTTACCTCGGG
1 GATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTTATTAAAATATATTATAATTGAATGTCTACCTTAGG
** * ** ** * * * * ** * *
13897 AAACATGTGGCAAAAGTCATCTTTTCACACGAGAAGTCCATCTATAGTCCCCCATGCCTTCGAAA
66 AAACATGAAG-AAAAATCATCCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTTAAGTCTTCGAAA
*
13962 GCCTTATTACTCGCTTTAAATGGCTTTATAAT-TACATAATT
130 GCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCT-CATAATT
* * * *
14003 GATTTTAAGTTAAATTTTTTTATATTTTCTATTAGAATATATTATAAAT-AGATGTCTACCTTAG
1 GATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTTATTAAAATATATTATAATTGA-ATGTCTACCTTAG
* * * *
14067 GAAACGT-AGAGCAAAAGTTATACATTGGCAAGAAAAGT
65 GAAACATGA-AG-AAAAATCATCCATTGGCAAGAAAAGT
14105 NNNNNNNNNN
Statistics
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Found at i:11119 original size:342 final size:341
Alignment explanation
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Period size: 342 Copynumber: 13.2 Consensus size: 341
9558 NNNNNNNNNN
* * * * *
9568 GATTTTAAGTTAAATTTTTTTATATTTTTTATTAAAAAATATTATAATTAAATGCCTACC-TCAG
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* * *
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* * *
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* * * * * * * * * ** *
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* * * * * * *
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**
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* * * * * * *
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* ** ** * * *
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* * * * *
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* * **
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* * * * * *
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*
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* * * * * * *
10250 GATTTTAAGTTGAATTTTTTTTTACATTTTATGTTAAAACATATTATAATTAAATGTCTGCCATG
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* * * * * * **
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* * * * *
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** * * * ** * ** * * ** * *
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* * * * * * *
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* *
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316 TTAAATGGTTTTATAATCTCATAATT
* * ** * * * ** **
10593 AATTTTAAGTTTACCTTTTTTATATATTTT-TTAAAATATATTATAACTGAATGTTTGTCTCAAG
1 GATTTTAAGTTAAATTTTTTTATATTTTTTGTTAAAATATATTATAATTGAATGTCTACCTTGAG
* * * * * * * ** * *
10657 AAACATGAGGCAAAAGTCATCT-TT----TGATAAGTCCACCTCTAGTCTCCCATGCCTTCGAAA
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* * * * *
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* * * * ** *
10781 ATTTTTTATTACAATAGATTATAATTGAATGTTTACCTTAAGAAACGTGAAGGAAAAA-TTATCC
194 ATTTTTTATTAAAATAGATAATATTTGAATGTCTACCTTAAGAAACGTGAA-GAAAAAGCCATTC
* * * * *
10845 ATTGCCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTTAAGTC-TTCGAAAGCCTTATTACTCACTTTAAAT
258 ATTGGCAAGAAAAGTCCATCTATAGTCACTCATG-CGTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAAT
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322 GGTTTTATAATCTCATAATT
* * ** * * * * *
10929 CATTTTAAGTTGAATTTTTTTACCTTTTTTGCTAAGATATATTGTAATTGAATGTCTGCCTCGAG
1 GATTTTAAGTTAAATTTTTTTATATTTTTTGTTAAAATATATTATAATTGAATGTCTACCTTGAG
* * * * *
10994 AAACATGAAGCAAAAGTTATCTATTGGCAAGAAAAGTCCATTGATAGTCGCTTAAGTCTTCGTAA
66 AAACATGAAGAAAAAGTCATCTATTGACAAGAAAAGTCCATT-ATAGTCACTTAAGTCTTCGAAA
* *
11059 GCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTAATTTTAAGTTAAATTGTTTTACA
130 GCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTGTTTTACA
* * * * * *
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* * * * *
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*
11251 TTTTATAATCTCTTAATT
324 TTTTATAATCTCATAATT
* * *** * * * * * ** *
11269 GATTTTAAGTTGAATTTTATTACCCTTTTTGTTGAAACAGATAATATTTGAATGTCTACCTCAAA
1 GATTTTAAGTTAAATTTTTTTATATTTTTTGTTAAAATATATTATAATTGAATGTCTACCTTGAG
* **
11334 AAACAAGAAGAAAAAG-CTAT-TCATTGACAAG-AAAGATCCATCTATAGTCAC-CCA-TACGTT
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* * * * * * * *
11394 CGAATGCCTTATTACTCACTTTAAATAGTTTTATAATTTCTTGATTGACTTTAAGTTAAATTTTT
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* * ** * *
11459 TTACATTTTTTATCAAAATAGATAATATTTAAATGTCTATATTGAGAAACGTGAAGAAAAAGGCA
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* * * * * * * *
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255 TTCATTGGCAAGAAAAGTCCATCTATAGTCAC-TCATGCGTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTA
* *
11588 AATGGTTTTCTAATCTCAGAATT
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* * * * *
11611 AATTTTAAGTTAAATTTTTTTATATTTTTTATTAAAATATTTTATAATTGAATGTCTGCCTCG-G
1 GATTTTAAGTTAAATTTTTTTATATTTTTTGTTAAAATATATTATAATTGAATGTCTACCTTGAG
* * * * *
11675 AAA-ACGCAAGGTAAAAGTCATCTATTGGCAAGAAAAGTCCATTTAAAGTCACTTAAGTATTCGA
66 AAACATG-AA-GAAAAAGTCATCTATTGACAAGAAAAGTCCA-TTATAGTCACTTAAGTCTTCGA
* * * * * *
11739 AAGCCTTATTACTTGCTTTGAGA-GGTTTTATAATCTCATAAGTGATTTTCAGTTGAATTTTTTT
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* ** * * * * * *
11803 ACATTTGTGGTTAAAACAAATAATATTTGAATATCTA-CATAGGAAACATGAAG-AAAAG-CATT
192 ACATTTTTTATTAAAATAGATAATATTTGAATGTCTACCTTAAGAAACGTGAAGAAAAAGCCATT
* * * *** * * * *
11865 CATTGGCAAGTAAAGACTAAGGATATTCACTAATGCCTTTGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAAT
257 CATTGGCAAGAAAAGTCCATCTATAGTCACTCATGCGTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAAT
11930 GGTTTTATAATCTCATAATT
322 GGTTTTATAATCTCATAATT
* * *
11950 AATTTTAAGTTAAATTTTTTTATATTTTTTATTAAAATATATTATAATTGAATGTTTACCTTGAG
1 GATTTTAAGTTAAATTTTTTTATATTTTTTGTTAAAATATATTATAATTGAATGTCTACCTTGAG
** * * ** * ** *
12015 AAATGTGAA-AGAAAAGTTATCCATCAACAAGATAAGTCCATTGATAGTTGCTTAAGTCTTCGTA
66 AAACATGAAGA-AAAAGTCATCTATTGACAAGAAAAGTCCATT-ATAGTCACTTAAGTCTTCGAA
* * * *
12079 AGCCTTATTACCCGCTTTAAATGCTTTTATAATTTCATAATTGATTTTAAGTGAAA-TGTTTTTA
129 AGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTG-TTTTA
* * * * * *
12143 CATTTTTTGTTAAAACAGAAAATATTTGAATGTCT-TCTTCAAAAAATG-GAAAGAAAAAGCCAT
193 CATTTTTTATTAAAATAGATAATATTTGAATGTCTACCTT-AAGAAACGTG-AAGAAAAAGCCAT
* * * * * *
12206 TCATTGGCAAAAAAAGTCTATCTATAGTCA-TCCATGCGCTT-GGAAGCCTTGTTACTTGTTTTA
256 TCATTGGCAAGAAAAGTCCATCTATAGTCACT-CATGCG-TTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTA
*
12269 AATAGTTTTATAATCTCATAATT
319 AATGGTTTTATAATCTCATAATT
* * * * * * * * * * *
12292 AATTTCAAGTTGAATTTTTTTA-ACTTTTTTGTTAAAACAGATAATATTTAAATTTTTTCCTTGA
1 GATTTTAAGTTAAATTTTTTTATA-TTTTTTGTTAAAATATATTATAATTGAATGTCTACCTTGA
* * ** *
12356 -AAATCGA-GAAGAAAAAGTCAT-TCATTGATAAAAAAAAAGTCCATCTATAGTCACCGATG-CA
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* * *
12417 TTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGATTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTT
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** * * * * * **
12482 TTTTACCCTTTTTGTTAAAACAGATAATATTTAAATGTTTACCTCAA-AAAATTAGAAGAAAAAG
188 TTTTACATTTTTTATTAAAATAGATAATATTTGAATGTCTACCTTAAGAAACGT-GAAGAAAAAG
* * * * * * *
12546 CCATTTATTGACAAGAAAAGTCTATTTATAGTCGC-CTATGCGTTCGAAAGCTTTGTTACTCGCT
252 CCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATCTATAGTCACTC-ATGCGTTCGAAAGCCTTATTACTCGCT
* **
12610 TTGAATGGTTCGATAATCTC-TCAATT
316 TTAAATGGTTTTATAATCTCAT-AATT
* * * * * * ** * *
12636 GATTTTAAGTTAAATGTTTTTATATTTTTGGTTCAAACAAATAATGTTTGAATGTCTACATTGGG
1 GATTTTAAGTTAAATTTTTTTATATTTTTTGTTAAAATATATTATAATTGAATGTCTACCTTGAG
* * * ** * * *
12701 AAACGTGAAGAAAAAGACAT-TCATTGACAAGAAAGGTCCATTTATAGTCACCCATGTGTTTGAA
66 AAACATGAAGAAAAAGTCATCT-ATTGACAAGAAAAGTCCA-TTATAGTCACTTAAGTCTTCGAA
** * * * * *
12765 AGTATTATTACTCGCTTTAAATGATTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGACTTTTTTTAT
129 AGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTGTTTTAC
* * *
12830 ATTTTTTATTAAAACAGATAATATTTGAATGTCTACCTCTAA-AAGCAG-AAAGAAAAAGCCATT
194 ATTTTTTATTAAAATAGATAATATTTGAATGTCTACCT-TAAGAAAC-GTGAAGAAAAAGCCATT
* * * * * * * * *
12893 TATTTGTAGGAAGAGTCCTTCTATATTCACCCATGCGTTCGAAAGCCTTATTACTTGCTTTAAAT
257 CATTGGCAAGAAAAGTCCATCTATAGTCACTCATGCGTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAAT
12958 GG-TTTATAATCTCATAATT
322 GGTTTTATAATCTCATAATT
* * *
12977 AGA-TTTAAGTT-GATTTTTTTATATTTTTT-TATCAAATATATTATAATTAAATGTCTACCTTG
1 -GATTTTAAGTTAAATTTTTTTATATTTTTTGT-TAAAATATATTATAATTGAATGTCTACCTTG
* * * ** * * * *
13039 AGAAACAT-AAGGTAAAAGTTATCCATTGGTAAGAAAAATCTATTTAGAGTCGCTTAAGTCTTC-
64 AGAAACATGAA-GAAAAAGTCATCTATTGACAAGAAAAGTCCA-TTATAGTCACTTAAGTCTTCG
* * * *
13102 AAAGGCCTTATTACTCG-TATTCAATGGTTTTATACTTTTATAATTGATTTTAAGTTAAATTGTT
127 AAA-GCCTTATTACTCGCT-TTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTGTT
* * * * * * **
13166 TTATA-TATTTAGTTAAAACAGATAATATTTGAATGTCTATCTCAAAAAACGAAAAGAAAAAGCC
190 TTACATTTTTTA-TTAAAATAGATAATATTTGAATGTCTACCTTAAGAAACGTGAAGAAAAAGCC
* * * * * * * *
13230 ATTCATTAGCAA-ATAAAGTCTATCTATATTCACCCATACATTCGAAAGCTTTATTACCCGCTTT
254 ATTCATTGGCAAGA-AAAGTCCATCTATAGTCACTCATGCGTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTT
*
13294 AAATGGTTTTGTAATCTCATAATTT
318 AAATGGTTTTATAATCTCATAA-TT
* * *
13319 G-TTTTAAGTCAAATTTTTTTATATTTTTTGTTAAAATATATTATAATT-AGATGTCT-GCTTTA
1 GATTTTAAGTTAAATTTTTTTATATTTTTTGTTAAAATATATTATAATTGA-ATGTCTACCTTGA
* * * * *
13381 GGGAACATGAAGGAAAAGTCATCCATTTG-CAAGAAAAGTCCATTTATAGTCGCTTAAGTCTTTG
65 -GAAACATGAAGAAAAAGTCATCTA-TTGACAAGAAAAGTCCA-TTATAGTCACTTAAGTCTTCG
* * ** * *********
13445 AAAGCCCTATTACTC-ATCTTAAAAAGTTTTATAATCTCATAATTAATTTNNNNNNNNNNTT-TT
127 AAAGCCTTATTACTCGCT-TTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTT-TAAGTTAAATTGTT
* * ** * * * *
13508 TTATATTTTTTATTAAAAT-GTATTATAACTGAATGTTTGA-CTCAGGAAACATG-AGACAAAAG
190 TTACATTTTTTATTAAAATAG-ATAATATTTGAATGTCT-ACCTTAAGAAACGTGAAGA-AAAAG
* * * ** * *
13570 TCA-TCTTTTGGCAAGAAAAGTCTATCTATA-TTTCTCCATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGC
252 CCATTC-ATTGGCAAGAAAAGTCCATCTATAGTCACT-CATGCGTTCGAAAGCCTTATTACTCGC
**********
13633 TTTAAATGGNNNNNNNNNNTCATAATT
315 TTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATT
* * * * *
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* * * * ** * *** * ** * *
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** * * * *
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*
13982 TGGCTTTATAAT-TACATAATT
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* * * *
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TTATAATCTCATAATT
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* * * ** ** * ** * *
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* * * * * * * * * *
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* * * * * * * * * *
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10592 T
513 T
* ** * * * ** * ** *
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* * * * ** * * * * * *
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* * * * *
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* * * * * ** *
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* *
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* * * *
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* * * *
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* *
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* * *
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** * * * * *
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* ** * *
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* * *
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11610 T
513 T
* * * ** * * * ***
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* * * * * * * * * *
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* * * *
11927 AATGGTTTTATAATCTCATAATTAATTTTAAGTTAAATTTTTTTATATTTTTTATTAAAATATAT
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* ** * *** *
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* * * * * * *
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* * * * * * *
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255 ATCCATTGA-CAAGAAAGAGTCCATTTATAGTCACTTAAGTC-TTCGAAAGCCTTATTACTCGCT
* ** *
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* * * * * * * ** * *
12504 GATAATATTTAAATGTTTACC-TCA-AAAAATTAGAAGAAAAAGCCATTTATTGACAAGAAAAGT
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* * * * * * **
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446 CCA-TTATAGTCGCTTATGTC-TTCGAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCA
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* * * * * * **
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1 GATTTTAAGTTAAATTG-TTTTATATTTTTTGTTAAAATAGATAATATTTGAATGTCTACCTTAA
* * * * * * *
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** * *
12765 AGTATTATTACTCGCTTTAAATGATTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGACTTTTTTTAT
130 AGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTAT
* * * * *
12830 ATTTTTTATTAAAACAGATAATATTTGAATGTCTACCTCTAA-AAGC-AGAAAGAAAAAGCCATT
195 ATTTTTTGTTAAAACAGATAATAATTGAATGTCTACCT-TAAGAAACAAG-AAGAAAAAGCTATC
* * * * ** * *
12893 TATTTG--TAGGAAGAGTCC-TTCTATATTCACCCATG-CGTTCGAAAGCCTTATTACTTGCTTT
258 CA-TTGACAAGAAAGAGTCCATT-TATAGTCACTTAAGTC-TTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTT
* *
12954 AAATGG-TTTATAATCTCATAATTAGA-TTTAAGTTG-ATTTTTTTATATTTTTT-TATCAAATA
320 AAATGGTTTTATAATCTCATAATT-GATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTTGT-TAAAATA
* * * * *
13015 TATTATAATTAAATGTCTACCTTGAGAAACAT-AAGGTAAAAGTTATCCATTGGTAAGAAAAATC
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* * * * * * * *
13079 TATTTAGAGTCGCTTAAGTCTTC-AAAGGCCTTATTACTC-GTATTCAATGGTTTTATACTTTTA
447 CA-TTATAGTCGCTTATGTCTTCGAAA-GCCTTATTACTCACT-TTAAATGGTTTTATAATCTCA
13142 TAATT
509 TAATT
* * * * *
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* * * * * * *
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* * * **
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* * * * * * * * *
13340 TATTTTTTGTTAAAATATATTATAATT-AGATGTCTGCTTTAGGGAACATGAAGGAAAAG-TCAT
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* * * *
13403 CCATTTG-CAAGAAA-AGTCCATTTATAGTCGCTTAAGTCTTTGAAAGCCCTATTACTC-ATCTT
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13465 AAAAAGTTTTATAATCTCATAATTAATTTNNNNNNNNNNTTTTTTATATTTTTTATTAAAATGTA
320 AAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTTGTTAAAATATA
* * * * *
13530 TTATAACTGAATGTTTGA-C-TCAGGAAACATG-AGACAAAAGTCATCTTTTGGCAAGAAAAGTC
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* * ** * * * * * *
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** * * * * * * * *
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* * * * * * * * * *
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* * * * ** *
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* * * *
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****************
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14772 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNAAAAAAGCC
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* * * *
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* * * * ** *
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* * * * * ** * * *
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* * *** * * * *
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* * ** * * *
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342 TTGATTTTAAGTTGAA-TTTTTTTACATTTTTTG-TTAAAATATATTATAATTGAATGTCTACCT
* * * ** ** * * **
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* * *
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* ** * * * * *
15330 AAA-TAGGAAGAAAAAATCATTCATTGGGAATAAAAGTCCACCTATAGTCACCTATGTGTTTGAA
66 AAACGA-GAAGAAAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATCTATAGTCACCCATGCGTTTGAA
** * * *
15394 AGCCTTATTACTTACTTTAAATAGTTTTATAATCTGATAATTGATTTTAAACTT-AATTTTTTTA
130 AGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTT-AAGTTGAATTTTTTTA
* * * * ** ** * * * *
15458 TATTTTTTCTTAAAATATA-ATATAATTGAATGTTTGTC-TCGGAAAACATGATGCAAAAGTTAT
194 TATTTTTTGTTAAAACAGATA-ATAATTGAATGTCTACCTTAAG-AAACAAGAAGAAAAAGCTAT
** * ** *
15521 CCATTGGTAAGAGA-AGTCCATTTATAGTTGCTTAAGTCTTC-AAAGCCTTATTACTCACTTTAA
257 CCATTGACAAGAAAGAGTCCATTTATAGTCACTTAAGTCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAA
*** * * * * * * * * * *
15584 AAATTTTTATAACCTCAAAAGTGATTTTAAGTTTAACTTTGTTTACATTTTTGGTCAAAACAGAA
322 ATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAA-TTTTTTTACATTTTTTGTTAAAATATAT
* * * * ** * *
15649 AATATTTGAATGCCTACATT-AGAAA-ATGTGAAG-AAAAGACAT-TCATTAGCAA-AGAAAGTA
386 TATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACA--TGAAGAAAAAGTTATCT-ATTGGCAAGA-AAAGTC
* * ** * * * *
15709 GATCTATAGTCACCCATG-CATTTGAAAGCCGTATTACTTACTTTAAATGGTTTTATACTCTCAT
447 CAT-TATAGTCGCTTATGTC-TTCGAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCAT
15773 AATT
510 AATT
* * * * * * * * *
15777 GATTTTAAGTTGAATTGTTTTACATTTTTTGTTAGAACAGATAAAATTGGAATATCAACCTCAAA
1 GATTTTAAGTTAAATTGTTTTATATTTTTTGTTAAAATAGATAATATTTGAATGTCTACCTTAAA
* * * * * * *
15842 AAA-TAGAAAGAAAAAGCCATTCATTGGTAAGAAAAGTCTATCTCTAGTCGCCCATGCATTCGAA
66 AAACGAG-AAGAAAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATCTATAGTCACCCATGCGTTTGAA
* * * *
15906 AGCTTTATTACTCACTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTAT
130 AGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTAT
* * * * * * ** *
15971 ATTTTTTATTAAAATATATTATAATTGAATGTCTGCCTCAAGAAACGTGAAGCAAAAG-TCATCC
195 ATTTTTTGTTAAAACAGATAATAATTGAATGTCTACCTTAAGAAACAAGAAGAAAAAGCT-ATCC
* * * * * * **
16035 ATT-AGTAAGAAA-AGACTACTTATAGTCGCTTAAGTCTTCGAAAGCCATATTACTTTCTTTAAA
259 ATTGA-CAAGAAAGAGTCCATTTATAGTCACTTAAGTCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAA
* * * * * * *
16098 TGGTTTTATAATCTCGTAATTGATTCTAAGTTGAGTTATTTTTACATTTTTAGTTAAAACAGATA
323 TGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATT-TTTTTACATTTTTTGTTAAAATATATT
* ** * * * * ** **
16163 ATATTTGAATGTCTATATGGGGAAACGTTAAGAAAAAGACAT-TCATTGGCAAGAAAAGTAGATC
387 ATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACATGAAGAAAAAGTTATCT-ATTGGCAAGAAAAGTCCAT-
* ** * * * *
16227 TATAGTCACCCATCTATTCGAAAGCCTTATTACTTACTTTAAATGATTTTATAATCTCATAATT
450 TATAGTCGCTTATGTCTTCGAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATT
* * * * * ** *
16291 GATTTTAAATTGAATATT-TTTT-CATTTTTTGTTCAGACAGATAATATTTGAATACCTACCTCA
1 GATTTTAAGTT-AA-ATTGTTTTATATTTTTTGTTAAAATAGATAATATTTGAATGTCTACCTTA
* * * * *
16354 AAAAAGGA-AAGAAAAAGCCATTCATTAGCAATAAAAGTCCATCTATAGTCACCTATACGTTT
64 AAAAACGAGAAGAAAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATCTATAGTCACCCATGCGTTT
16416 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 4813, Mismatches: 1237, Indels: 572
0.73 0.19 0.09
Matches are distributed among these distances:
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ACGTcount: A:0.34, C:0.13, G:0.12, T:0.38
Consensus pattern (513 bp):
GATTTTAAGTTAAATTGTTTTATATTTTTTGTTAAAATAGATAATATTTGAATGTCTACCTTAAA
AAACGAGAAGAAAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATCTATAGTCACCCATGCGTTTGAAA
GCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATA
TTTTTTGTTAAAACAGATAATAATTGAATGTCTACCTTAAGAAACAAGAAGAAAAAGCTATCCAT
TGACAAGAAAGAGTCCATTTATAGTCACTTAAGTCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGG
TTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTTGTTAAAATATATTATAA
TTGAATGTCTACCTTGAGAAACATGAAGAAAAAGTTATCTATTGGCAAGAAAAGTCCATTATAGT
CGCTTATGTCTTCGAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATT
Found at i:14369 original size:30 final size:30
Alignment explanation
Indices: 14335--14396 Score: 115
Period size: 30 Copynumber: 2.1 Consensus size: 30
14325 AATTTTATAA
14335 TTGATTTTAAGTCCAATATTTTTACATTTT
1 TTGATTTTAAGTCCAATATTTTTACATTTT
*
14365 TTGATTTTAAGTCTAATATTTTTACATTTT
1 TTGATTTTAAGTCCAATATTTTTACATTTT
14395 TT
1 TT
14397 ATTAAAATAT
Statistics
Matches: 31, Mismatches: 1, Indels: 0
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Matches are distributed among these distances:
30 31 1.00
ACGTcount: A:0.26, C:0.08, G:0.06, T:0.60
Consensus pattern (30 bp):
TTGATTTTAAGTCCAATATTTTTACATTTT
Found at i:15405 original size:171 final size:169
Alignment explanation
Indices: 14836--16406 Score: 1077
Period size: 171 Copynumber: 9.2 Consensus size: 169
14826 NNAAAAAAGC
* ** * *
14836 CATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATCTATCGTCACCCATACATTTGAAAGCCTTATTACTCACTTT
1 CATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATCTATAGTCACCCATGTATTCGAAAGCCTTATTACTTACTTT
* * * * * * ** *
14901 AAATAGTTTTATAATCTCATAACTAATTTTAAATT-AATTTTTTTCATATTTTTTGTTAAATTAT
66 AAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTATTTT-ATATTTTTTATTAAAACAG
* * * * ** * **
14965 ATTATAATTGAATGTTTGCCAT-AGGAAACGTGAAGCAAAAGC
130 ATAATATTTGAATGTCTACC-TCAAAAAAAG-GAAG-AAAAAA
* * * * * ***** * * *
15007 CATCCATTCGTAAG-AAAGACCA-CTTAGAGTTGTTTAAGTCTTCGAAAGCCTTATTACTTGCTT
1 CATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATC-TATAGTCACCCATGTATTCGAAAGCCTTATTACTTACTT
* * * * * * * * * **
15070 TAAATGGTTTTCTAATCCCGTAATTGATTATAAGTTGAATTTTTTTTACATTTTTGATCAAAATG
65 TAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTT-AAATTATTTTATATTTTTTATTAAAACA
* * * *
15135 GATAATATTTGAATGTCTACAT-AGGGAAACATGAA-AAAAAA
129 GATAATATTTGAATGTCTACCTCA--AAAAAAGGAAGAAAAAA
** * *
15176 CATTCATTGGCAAGAAAAGTAGATCTATACTCACCCATGCATTCGAAAGCCTTATTACTTACTTT
1 CATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATCTATAGTCACCCATGTATTCGAAAGCCTTATTACTTACTTT
* *
15241 AAATGGTTCTATAATCTCGTAATTGATTTTAAGTTAAATTATTTTATATTTTTTATTAAAACAGA
66 AAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTATTTTATATTTTTTATTAAAACAGA
* *
15306 GAATATTTGAATGCCTACCTCAAAAAATAGGAAGAAAAAA
131 TAATATTTGAATGTCTACCTCAAAAAA-AGGAAGAAAAAA
* * * * * *
15346 TCATTCATTGGGAATAAAAGTCCACCTATAGTCACCTATGTGTTTGAAAGCCTTATTACTTACTT
1 -CATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATCTATAGTCACCCATGTATTCGAAAGCCTTATTACTTACTT
* * * * *
15411 TAAATAGTTTTATAATCTGATAATTGATTTTAAACTT-AATTTTTTTATATTTTTTCTT-AAA-A
65 TAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTT-AAGTTAAATTATTTTATATTTTTTATTAAAACA
* * ** * * * * **
15473 TATAATATAATTGAATGTTTGTCTCGGAAAACATGATGCAAAAGT
129 GATAATAT--TTGAATGTCTACCTC-AAAAAAAGGAAG-AAAAAA
* * * * * ** ** * * *
15518 TATCCATTGGTAAGAGAAGTCCATTTATAGTTGCTTAAGTCTTC-AAAGCCTTATTACTCACTTT
1 CATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATCTATAGTCACCCATGTATTCGAAAGCCTTATTACTTACTTT
*** * * * * * ** *
15582 AAAAATTTTTATAACCTCAAAAGTGATTTTAAGTTTAACTT-TGTTTACATTTTTGGTCAAAACA
66 AAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAG-TTAAATTAT-TTTATATTTTTTATTAAAACA
* * * * * * *
15646 GAAAATATTTGAATGCCTACATTAGAAAATGTGAAGAAAAGA
129 GATAATATTTGAATGTCTACCTCAAAAAAAG-GAAGAAAAAA
* ** * * *
15688 CATTCATTAGCAA-AGAAAGTAGATCTATAGTCACCCATGCATTTGAAAGCCGTATTACTTACTT
1 CATTCATTGGCAAGA-AAAGTCCATCTATAGTCACCCATGTATTCGAAAGCCTTATTACTTACTT
* * * * * *
15752 TAAATGGTTTTATACTCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTGTTTTACATTTTTTGTTAGAACAG
65 TAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTATTTTATATTTTTTATTAAAACAG
* * * * * *
15817 ATAAAATTGGAATATCAACCTCAAAAAATAGAAAGAAAAAGC
130 ATAATATTTGAATGTCTACCTCAAAAAA-AGGAAGAAAAA-A
* * * * * * *
15859 CATTCATTGGTAAGAAAAGTCTATCTCTAGTCGCCCATGCATTCGAAAGCTTTATTACTCACTTT
1 CATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATCTATAGTCACCCATGTATTCGAAAGCCTTATTACTTACTTT
* * * *
15924 AAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTATATTTTTTATTAAAATATA
66 AAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTATTTTATATTTTTTATTAAAACAGA
* * * * * **
15989 TTATAATTGAATGTCTGCCTCAAGAAACGTGAAGCAAAAGT
131 TAATATTTGAATGTCTACCTCAAAAAAAG-GAAG-AAAAAA
* * * * * * ** * * * *
16030 CATCCATTAGTAAGAAAAGACTA-CTTATAGTCGCTTAAGTCTTCGAAAGCCATATTACTTTCTT
1 CATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATC-TATAGTCACCCATGTATTCGAAAGCCTTATTACTTACTT
* * * * *
16094 TAAATGGTTTTATAATCTCGTAATTGATTCTAAGTTGAGTTATTTT-TACATTTTTAGTTAAAAC
65 TAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTATTTTATA-TTTTTTA-TTAAAAC
** **** * *
16158 AGATAATATTTGAATGTCTATATGGGGAAACGTTAAGAAAAAGA
128 AGATAATATTTGAATGTCTACCTCAAAAAAAG-GAAGAAAAA-A
** *
16202 CATTCATTGGCAAGAAAAGTAGATCTATAGTCACCCATCTATTCGAAAGCCTTATTACTTACTTT
1 CATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATCTATAGTCACCCATGTATTCGAAAGCCTTATTACTTACTTT
* * * * * * *
16267 AAATGATTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAATTGAA-TATTTTTTCATTTTTTGTTCAGACAG
66 AAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTATTTTAT-ATTTTTTATTAAAACAG
** *
16331 ATAATATTTGAATACCTACCTC-AAAAAAGGAAAGAAAAAGC
130 ATAATATTTGAATGTCTACCTCAAAAAAAGG-AAGAAAAA-A
* *
16372 CATTCATTAGCAATAAAAGTCCATCTATAGTCACC
1 CATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATCTATAGTCACC
16407 TATACGTTTN
Statistics
Matches: 1069, Mismatches: 293, Indels: 77
0.74 0.20 0.05
Matches are distributed among these distances:
168 3 0.00
169 70 0.07
170 315 0.29
171 520 0.49
172 152 0.14
173 9 0.01
ACGTcount: A:0.36, C:0.14, G:0.13, T:0.38
Consensus pattern (169 bp):
CATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATCTATAGTCACCCATGTATTCGAAAGCCTTATTACTTACTTT
AAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTATTTTATATTTTTTATTAAAACAGA
TAATATTTGAATGTCTACCTCAAAAAAAGGAAGAAAAAA
Found at i:15584 original size:341 final size:342
Alignment explanation
Indices: 14829--16409 Score: 1249
Period size: 341 Copynumber: 4.6 Consensus size: 342
14819 NNNNNNNNNA
* * * * * *
14829 AAAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATCTATCGTCACCCAT-ACATTTGAAAGCCTTATTA
1 AAAAAGACATTCATTGGTAAGAAAAGTCCATCTATAGTCGCCCATGTC-TTCGAAAGCCTTATTA
* * * * *
14893 CTCACTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAACTAATTTTAAATT-AATTTTTTTCATATTTTTTGT
65 CTCACTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTATTTT-ATATTTTTTAT
** * * * ** * ** * * ** * * *
14957 TAAATTATATTATAATTGAATGTTTGCCAT-AGGAAACGTGAAGCAAAAGCCATCCATTCGTAA-
129 TAAAACAGATAATATTTGAATGCCTACC-TCAAAAAAAGTGAAGAAAAAATCATTCATTAGCAAT
* * * * **** * * * * * *
15020 GAAAGACCACTTAGAGTTGTTTAAGTCTTCGAAAGCCTTATTACTTGCTTTAAATGGTTTTCTAA
193 AAAAGTCCACCTATAGTCACCTATGTATTTGAAAGCCATATTACTTACTTTAAATGGTTTTATAA
* * * *
15085 TCCCG-TAATTGATTATAAGTTGAATTTTTTTTACA-TTTTTGATCAAAATGGATAATAT--TTG
258 T-CTGATAATTGATTTTAAGTTGAA-TTTTTTTACATTTTTTG-TTAAAA--CATAATATAATTG
* *
15146 AATGTCTA-CATAGGGAAACATGAA-
318 AATGTCTATC-TCGGAAAACATGAAG
* ** * *
15170 AAAAA-ACATTCATTGGCAAGAAAAGTAGATCTATACTCACCCATG-CATTCGAAAGCCTTATTA
1 AAAAAGACATTCATTGGTAAGAAAAGTCCATCTATAGTCGCCCATGTC-TTCGAAAGCCTTATTA
* * * *
15233 CTTACTTTAAATGGTTCTATAATCTCGTAATTGATTTTAAGTTAAATTATTTTATATTTTTTATT
65 CTCACTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTATTTTATATTTTTTATT
* * *
15298 AAAACAGAGAATATTTGAATGCCTACCTCAAAAAATAG-GAAGAAAAAATCATTCATTGGGAATA
130 AAAACAGATAATATTTGAATGCCTACCTCAAAAAA-AGTGAAGAAAAAATCATTCATTAGCAATA
* * *
15362 AAAGTCCACCTATAGTCACCTATGTGTTTGAAAGCCTTATTACTTACTTTAAATAGTTTTATAAT
194 AAAGTCCACCTATAGTCACCTATGTATTTGAAAGCCATATTACTTACTTTAAATGGTTTTATAAT
* * * *
15427 CTGATAATTGATTTTAAACTT-AATTTTTTTATATTTTTTCTTAAAATATAATATAATTGAATGT
259 CTGATAATTGATTTT-AAGTTGAATTTTTTTACATTTTTTGTTAAAACATAATATAATTGAATGT
* * *
15491 TTGTCTCGGAAAACATGATG
323 CTATCTCGGAAAACATGAAG
* ** * * * * ** *
15511 CAAAAGTTATCCATTGGTAAGAGAAGTCCATTTATAGTTGCTTAAGTCTTC-AAAGCCTTATTAC
1 AAAAAGACATTCATTGGTAAGAAAAGTCCATCTATAGTCGCCCATGTCTTCGAAAGCCTTATTAC
* * * * * * * **
15575 TCACTTTAAAAATTTTTATAACCTCAAAAGTGATTTTAAGTTTAACTT-TGTTTACATTTTTGGT
66 TCACTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAG-TTAAATTAT-TTTATATTTTTTAT
* * * * * * *
15639 CAAAACAGAAAATATTTGAATGCCTACATTAGAAAATGTGAAGAAAAGA-CATTCATTAGCAA-A
129 TAAAACAGATAATATTTGAATGCCTACCTCAAAAAAAGTGAAGAAAAAATCATTCATTAGCAATA
** * * * * *
15702 GAAAGTAGATCTATAGTCACCCATGCATTTGAAAGCCGTATTACTTACTTTAAATGGTTTTATAC
194 -AAAGTCCACCTATAGTCACCTATGTATTTGAAAGCCATATTACTTACTTTAAATGGTTTTATAA
* * * * * *
15767 TCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTGTTTTACATTTTTTGTTAGAACA-GATAAAATTGGAATA
258 TCTGATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTTGTTAAAACATAATATAATT-GAATG
* * *
15831 TCAACCTC--AAAAAATAGAAAG
322 TCTATCTCGGAAAACAT-G-AAG
* * * *
15852 AAAAAGCCATTCATTGGTAAGAAAAGTCTATCTCTAGTCGCCCATG-CATTCGAAAGCTTTATTA
1 AAAAAGACATTCATTGGTAAGAAAAGTCCATCTATAGTCGCCCATGTC-TTCGAAAGCCTTATTA
*
15916 CTCACTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTATATTTTTTATT
65 CTCACTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTATTTTATATTTTTTATT
* * * * * * * * * * * * *
15981 AAAATATATTATAATTGAATGTCTGCCTCAAGAAACGTGAAGCAAAAGTCATCCATTAGTAAGAA
130 AAAACAGATAATATTTGAATGCCTACCTCAAAAAAAGTGAAGAAAAAATCATTCATTAGCAATAA
* * * * * * * * *
16046 AAGACTACTTATAGTCGCTTAAGTCTTCGAAAGCCATATTACTTTCTTTAAATGGTTTTATAATC
195 AAGTCCACCTATAGTCACCTATGTATTTGAAAGCCATATTACTTACTTTAAATGGTTTTATAATC
* * *
16111 TCG-TAATTGATTCTAAGTTGAGTTATTTTTACATTTTTAGTTAAAACAGATAATAT--TTGAAT
260 T-GATAATTGATTTTAAGTTGAATT-TTTTTACATTTTTTGTTAAAAC--ATAATATAATTGAAT
* * * * *
16173 GTCTATATGGGGAAACGTTAAG
321 GTCTATCTCGGAAAACATGAAG
* ** * * *
16195 AAAAAGACATTCATTGGCAAGAAAAGTAGATCTATAGTCACCCATCTATTCGAAAGCCTTATTAC
1 AAAAAGACATTCATTGGTAAGAAAAGTCCATCTATAGTCGCCCATGTCTTCGAAAGCCTTATTAC
* * * * *
16260 TTACTTTAAAT-GATTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAATTGAA-TATTTTTTCATTTTTTGT
66 TCACTTTAAATAG-TTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTATTTTAT-ATTTTTTAT
* * * **
16323 TCAGACAGATAATATTTGAATACCTACCTC-AAAAAAG-GAAAGAAAAAGCCATTCATTAGCAAT
129 TAAAACAGATAATATTTGAATGCCTACCTCAAAAAAAGTG-AAGAAAAAATCATTCATTAGCAAT
*
16386 AAAAGTCCATCTATAGTCACCTAT
193 AAAAGTCCACCTATAGTCACCTAT
16410 ACGTTTNNNN
Statistics
Matches: 971, Mismatches: 231, Indels: 75
0.76 0.18 0.06
Matches are distributed among these distances:
338 7 0.01
339 7 0.01
340 188 0.19
341 335 0.35
342 268 0.28
343 156 0.16
344 2 0.00
345 5 0.01
346 3 0.00
ACGTcount: A:0.36, C:0.14, G:0.13, T:0.37
Consensus pattern (342 bp):
AAAAAGACATTCATTGGTAAGAAAAGTCCATCTATAGTCGCCCATGTCTTCGAAAGCCTTATTAC
TCACTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTATTTTATATTTTTTATTA
AAACAGATAATATTTGAATGCCTACCTCAAAAAAAGTGAAGAAAAAATCATTCATTAGCAATAAA
AGTCCACCTATAGTCACCTATGTATTTGAAAGCCATATTACTTACTTTAAATGGTTTTATAATCT
GATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTTGTTAAAACATAATATAATTGAATGTCTA
TCTCGGAAAACATGAAG
Found at i:15925 original size:512 final size:510
Alignment explanation
Indices: 14829--16406 Score: 2035
Period size: 512 Copynumber: 3.1 Consensus size: 510
14819 NNNNNNNNNA
* *
14829 AAAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATCTATCGTCACCCATACATTTGAAAGCCTTATTAC
1 AAAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATCTATAGTCACCCATGCATTTGAAAGCCTTATTAC
* * *
14894 TCACTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAACTAATTTTAAATTAATTTTTTTCATATTTTTTGTTA
66 TCACTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAATTAATTTTTTT-ATATTTTTTATTA
* * * *
14959 AATTATATTATAATTGAATGTTTGCCATAGG-AAACGTGAAGCAAAAGCCATCCATTCGTAAGAA
130 AAATATATTATAATTGAATGTTTGCC-TCGGAAAACGTGAAGCAAAAGTCATCCATTAGTAAGAA
* * * *
15023 AGACCACTTAGAGTTGTTTAAGTCTTCGAAAGCCTTATTACTTGCTTTAAATGGTTTTCTAATCC
194 AGACCACTTATAGTTGCTTAAGTCTTCGAAAGCCTTATTACTTACTTTAAATGGTTTTATAA-CC
* * * **
15088 -CGTAATTGATTATAAGTTGAATTTTTTTTACATTTTTGATCAAAATGGATAATATTTGAATGTC
258 TCGTAATTGATTATAAGTTTAACTTTTTTTACATTTTTGGTCAAAACAGATAATATTTGAATGTC
* * *
15152 TACA-TAGGGAAACATGAA-AAAAAACATTCATTGGCAAGAAAAGTAGATCTATACTCACCCATG
323 TACATTA-GGAAACGTGAAGAAAAGACATTCATTGGCAAGAAAAGTAGATCTATAGTCACCCATG
* * *
15215 CATTCGAAAGCCTTATTACTTACTTTAAATGGTTCTATAATCTCGTAATTGATTTTAAGTTAAAT
387 CATTCGAAAGCCTTATTACTTACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAAT
* * * * * *
15280 TATTTTATATTTTTTATTAAAACAGAGAATATTTGAATGCCTACCTCAAAAAATAGGAAG
452 T-TTTTACATTTTTTGTTAGAACAGATAATATTTGAATACCTACCTCAAAAAATAGAAAG
** * * * * **
15340 AAAAAATCATTCATTGGGAATAAAAGTCCACCTATAGTCACCTATGTGTTTGAAAGCCTTATTAC
1 AAAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATCTATAGTCACCCATGCATTTGAAAGCCTTATTAC
* * *
15405 TTACTTTAAATAGTTTTATAATCTGATAATTGATTTTAAACTTAATTTTTTTATATTTTTTCTTA
66 TCACTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAA-TTAATTTTTTTATATTTTTTATTA
* * * * * *
15470 AAATATAATATAATTGAATGTTTGTCTCGGAAAACATGATGCAAAAGTTATCCATTGGTAAGAGA
130 AAATATATTATAATTGAATGTTTGCCTCGGAAAACGTGAAGCAAAAGTCATCCATTAGTAAGA-A
* * * ***
15535 AGTCCATTTATAGTTGCTTAAGTCTTC-AAAGCCTTATTACTCACTTTAAAAATTTTTATAACCT
194 AGACCACTTATAGTTGCTTAAGTCTTCGAAAGCCTTATTACTTACTTTAAATGGTTTTATAACCT
** * * * * *
15599 CAAAAGTGATTTTAAGTTTAACTTTGTTTACATTTTTGGTCAAAACAGAAAATATTTGAATGCCT
259 CGTAATTGATTATAAGTTTAACTTTTTTTACATTTTTGGTCAAAACAGATAATATTTGAATGTCT
* * *
15664 ACATTAGAAAATGTGAAGAAAAGACATTCATTAGCAA-AGAAAGTAGATCTATAGTCACCCATGC
324 ACATTAGGAAACGTGAAGAAAAGACATTCATTGGCAAGA-AAAGTAGATCTATAGTCACCCATGC
* * *
15728 ATTTGAAAGCCGTATTACTTACTTTAAATGGTTTTATACTCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATT
388 ATTCGAAAGCCTTATTACTTACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATT
* * * *
15793 GTTTTACATTTTTTGTTAGAACAGATAAAATTGGAATATCAACCTCAAAAAATAGAAAG
453 -TTTTACATTTTTTGTTAGAACAGATAATATTTGAATACCTACCTCAAAAAATAGAAAG
* * * * * *
15852 AAAAAGCCATTCATTGGTAAGAAAAGTCTATCTCTAGTCGCCCATGCATTCGAAAGCTTTATTAC
1 AAAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATCTATAGTCACCCATGCATTTGAAAGCCTTATTAC
*
15917 TCACTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTATATTTTTTATTA
66 TCACTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAATT-AATTTTTTTATATTTTTTATTA
* *
15982 AAATATATTATAATTGAATGTCTGCCTC-AAGAAACGTGAAGCAAAAGTCATCCATTAGTAAGAA
130 AAATATATTATAATTGAATGTTTGCCTCGGA-AAACGTGAAGCAAAAGTCATCCATTAGTAAG-A
* * * * *
16046 AAGACTACTTATAGTCGCTTAAGTCTTCGAAAGCCATATTACTTTCTTTAAATGGTTTTATAATC
193 AAGACCACTTATAGTTGCTTAAGTCTTCGAAAGCCTTATTACTTACTTTAAATGGTTTTATAACC
* * * * *
16111 TCGTAATTGATTCTAAG-TTGAGTTATTTTTACATTTTTAGTTAAAACAGATAATATTTGAATGT
258 TCGTAATTGATTATAAGTTTAACTT-TTTTTACATTTTTGGTCAAAACAGATAATATTTGAATGT
* ** *
16175 CTATATGGGGAAACGTTAAGAAAAAGACATTCATTGGCAAGAAAAGTAGATCTATAGTCACCCAT
322 CTACATTAGGAAACGTGAAG-AAAAGACATTCATTGGCAAGAAAAGTAGATCTATAGTCACCCAT
* *
16240 -CTATTCGAAAGCCTTATTACTTACTTTAAATGATTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAATTGA
386 GC-ATTCGAAAGCCTTATTACTTACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGA
* *
16304 ATATTTTTTCATTTTTTGTTCAG-ACAGATAATATTTGAATACCTACCTCAAAAAA-GGAAAG
450 AT-TTTTTACATTTTTTGTT-AGAACAGATAATATTTGAATACCTACCTCAAAAAATAGAAAG
* *
16365 AAAAAGCCATTCATTAGCAATAAAAGTCCATCTATAGTCACC
1 AAAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATCTATAGTCACC
16407 TATACGTTTN
Statistics
Matches: 910, Mismatches: 140, Indels: 32
0.84 0.13 0.03
Matches are distributed among these distances:
510 5 0.01
511 249 0.27
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513 133 0.15
514 143 0.16
515 4 0.00
ACGTcount: A:0.36, C:0.14, G:0.13, T:0.37
Consensus pattern (510 bp):
AAAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATCTATAGTCACCCATGCATTTGAAAGCCTTATTAC
TCACTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAATTAATTTTTTTATATTTTTTATTAA
AATATATTATAATTGAATGTTTGCCTCGGAAAACGTGAAGCAAAAGTCATCCATTAGTAAGAAAG
ACCACTTATAGTTGCTTAAGTCTTCGAAAGCCTTATTACTTACTTTAAATGGTTTTATAACCTCG
TAATTGATTATAAGTTTAACTTTTTTTACATTTTTGGTCAAAACAGATAATATTTGAATGTCTAC
ATTAGGAAACGTGAAGAAAAGACATTCATTGGCAAGAAAAGTAGATCTATAGTCACCCATGCATT
CGAAAGCCTTATTACTTACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTT
TACATTTTTTGTTAGAACAGATAATATTTGAATACCTACCTCAAAAAATAGAAAG
Found at i:19692 original size:73 final size:73
Alignment explanation
Indices: 19554--19693 Score: 208
Period size: 73 Copynumber: 1.9 Consensus size: 73
19544 CAAGAGACAA
* * * **
19554 TGTTAGTCAACTAAGAGCTTACTGCCAGAAACTGGGTTCAGAGATAGAAAAGACTTAATTGACTA
1 TGTTAGTCAACAAAGAGCTTACTGCCAGAAACTGAGTTCAGAGACAGAAAAGACTTAATCAACTA
19619 AGAAGTTT
66 AGAAGTTT
* * *
19627 TGTTAGTCAACAAAGAGCTTACTGCCAGAAACTGAGTTTAGAGACAGAGACGACTTAATCAACTA
1 TGTTAGTCAACAAAGAGCTTACTGCCAGAAACTGAGTTCAGAGACAGAAAAGACTTAATCAACTA
19692 AG
66 AG
19694 TGGCAATGCT
Statistics
Matches: 59, Mismatches: 8, Indels: 0
0.88 0.12 0.00
Matches are distributed among these distances:
73 59 1.00
ACGTcount: A:0.38, C:0.16, G:0.21, T:0.25
Consensus pattern (73 bp):
TGTTAGTCAACAAAGAGCTTACTGCCAGAAACTGAGTTCAGAGACAGAAAAGACTTAATCAACTA
AGAAGTTT
Found at i:19707 original size:73 final size:73
Alignment explanation
Indices: 19524--19717 Score: 201
Period size: 73 Copynumber: 2.7 Consensus size: 73
19514 AAATCGTGAA
* * * *
19524 ACAGAAAACACTTAGTCGACCAAG-AGACAATGTTAGTCAACTAAGAGCTTACTGCCAGAAACTG
1 ACAGAAAAGACTTAATCAACTAAGAAG-CAATGTTAGTCAACTAAGAGCTTACTGCCAGAAACTG
*
19588 GGTTCAGAG
65 AGTTCAGAG
* ** *** *
19597 ATAGAAAAGACTTAATTGACTAAGAAGTTTTGTTAGTCAACAAAGAGCTTACTGCCAGAAACTGA
1 ACAGAAAAGACTTAATCAACTAAGAAGCAATGTTAGTCAACTAAGAGCTTACTGCCAGAAACTGA
*
19662 GTTTAGAG
66 GTTCAGAG
* * ** * *
19670 ACAGAGACGACTTAATCAACTAAGTGGCAATGCTAGTCGACTAAGAGC
1 ACAGAAAAGACTTAATCAACTAAGAAGCAATGTTAGTCAACTAAGAGC
19718 ATTCTGTCTG
Statistics
Matches: 96, Mismatches: 24, Indels: 2
0.79 0.20 0.02
Matches are distributed among these distances:
73 94 0.98
74 2 0.02
ACGTcount: A:0.39, C:0.18, G:0.22, T:0.22
Consensus pattern (73 bp):
ACAGAAAAGACTTAATCAACTAAGAAGCAATGTTAGTCAACTAAGAGCTTACTGCCAGAAACTGA
GTTCAGAG
Found at i:21797 original size:171 final size:172
Alignment explanation
Indices: 21415--21884 Score: 491
Period size: 171 Copynumber: 2.7 Consensus size: 172
21405 NNNNNAAATT
* * * * * * * * *
21415 GATAATATTTGAATGTCTACATTAGAAAACGTGAAGGAAAAGACATTCATTGGCAAGAAAAGTCC
1 GATAATATTTGAAAGCCTACCTAAAAAAATGAGAAGAAAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAGTCC
* * * *
21480 ATCTATAGTCACCCATGCGTTCGGAAGCCTTATTACTAATTTTAAATAGTTTTATATTCTCATAA
66 ATCTATAGTCACCCATGCGTTCGAAAACCTTATTACTAACTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAA
*
21545 TTGATTTTAAGCTGAATTTTTTATATATTTTTTGTTAAAACA
131 TTGATTTTAAGCTGAAGTTTTTATATATTTTTTGTTAAAACA
** * *
21587 GATAATATTTGAAAGTTTACCTAAAAAAATGGGAAGAAAAAGCCATTCATTGGCCAA-AAAGGTC
1 GATAATATTTGAAAGCCTACCTAAAAAAATGAGAAGAAAAAGCCATTCATTGG-CAAGAAAAGTC
* * * * * * *
21651 TATCTATAGTCACCTATGCGTTTGAAATACTTTATTACTCACTTTAAATAGTTTTCTAATCTTAT
65 CATCTATAGTCACCCATGCGTTCGAAA-ACCTTATTACTAACTTTAAATAGTTTTATAATCTCAT
* *
21716 AATTGATTTTAAGTTGAAGTTTTT-TA-CTTTTTTGTTAAAACA
129 AATTGATTTTAAGCTGAAGTTTTTATATATTTTTTGTTAAAACA
* * ** * * **
21758 GATAATATTTGAATGCCTATCTCGAAAAATGATAAGAAAAAGCTATTCATTGATAAGAAAAGTCC
1 GATAATATTTGAAAGCCTACCTAAAAAAATGAGAAGAAAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAGTCC
* * ** * **
21823 ATCCAAAGTCACGTATGCCTTC-AAAAGCCTTATTACTCTCTTTAAAT-GATTTTATAATCTCA
66 ATCTATAGTCACCCATGCGTTCGAAAA-CCTTATTACTAACTTTAAATAG-TTTTATAATCTCA
21885 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 247, Mismatches: 46, Indels: 12
0.81 0.15 0.04
Matches are distributed among these distances:
169 2 0.01
170 34 0.14
171 81 0.33
172 75 0.30
173 55 0.22
ACGTcount: A:0.36, C:0.14, G:0.13, T:0.37
Consensus pattern (172 bp):
GATAATATTTGAAAGCCTACCTAAAAAAATGAGAAGAAAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAGTCC
ATCTATAGTCACCCATGCGTTCGAAAACCTTATTACTAACTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAA
TTGATTTTAAGCTGAAGTTTTTATATATTTTTTGTTAAAACA
Found at i:22243 original size:164 final size:165
Alignment explanation
Indices: 22018--22323 Score: 386
Period size: 164 Copynumber: 1.9 Consensus size: 165
22008 AAATCTTCTT
* * * *
22018 AAGCCTTGTTACTTGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCAAATTAATTTTAAGTTGAATTTTTTCA-
1 AAGCCTTATTACTTGCCTTAAAAGGTTTTATAATCTCAAATTAATTTTAAATTGAATTTTTTCAT
* * *** * *
22082 GATTTGTTATTAAAATACATTATAATTGGTTGTTTGCTTCAGAAAACGTGAAGAAAAAG-CATCC
66 G-TTTATTATTAAAATACAATATAATTAAATGTTTGCCTCAGAAAACATGAAGAAAAAGTCATCC
22146 ATTGACAAGAAAAGTCCATTTAACATAAGTCTTCGA
130 ATTGACAAGAAAAGTCCATTTAACATAAGTCTTCGA
* * *
22182 AAGCCTTATTACTCT-CCTTAAAAGGTTTTATAATCTCATATTTGATTTTAAATTG-ATTTTTTT
1 AAGCCTTATTACT-TGCCTTAAAAGGTTTTATAATCTCA-AATTAATTTTAAATTGAATTTTTTC
* * *
22245 ATGTTTATTATTAAAATATAATATAATTAAATGTTTGCCTCAGAAAACATGAGGCAAAAGTCATC
64 ATGTTTATTATTAAAATACAATATAATTAAATGTTTGCCTCAGAAAACATGAAGAAAAAGTCATC
**
22310 TTTTGACAAGAAAA
129 CATTGACAAGAAAA
22324 ATCTATCCAT
Statistics
Matches: 119, Mismatches: 19, Indels: 7
0.82 0.13 0.05
Matches are distributed among these distances:
164 88 0.74
165 31 0.26
ACGTcount: A:0.36, C:0.12, G:0.12, T:0.40
Consensus pattern (165 bp):
AAGCCTTATTACTTGCCTTAAAAGGTTTTATAATCTCAAATTAATTTTAAATTGAATTTTTTCAT
GTTTATTATTAAAATACAATATAATTAAATGTTTGCCTCAGAAAACATGAAGAAAAAGTCATCCA
TTGACAAGAAAAGTCCATTTAACATAAGTCTTCGA
Found at i:23482 original size:171 final size:170
Alignment explanation
Indices: 23273--23882 Score: 609
Period size: 171 Copynumber: 3.6 Consensus size: 170
23263 AAGTCTTCGT
* * * *
23273 AAGCCTTAATACTCGCTTTAAAT-GATTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAATTAAATTTTTTT
1 AAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGA-TTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTT
* *
23337 ATATTTTTTGTTAAAACAGATAATATTTGAATGTCTACCTTGAAAAACGAGAAGAAAAAGTCATT
65 ATATTTTTTGTTAAAACAGATAATATTTGAATGTATACCTT-AAAAACGAGAAGAAAAAGCCATT
* *
23402 CATTGACAAGAAATGTCCATTCATAATCACCCATGCGTTTGA
129 CATTGACAAGAAAAGTCCATTCATAGTCACCCATGCGTTTGA
* * ********** *
23444 AAGCCTTATTACTTATTTTAAANNNNNNNNNNATCTCATAATTGATTTTAAGTTGATTTTTTTTA
1 AAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGATTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTA
* * * * * * *
23509 TCTTTTTTATTAAAAAAGATAATATTTGAATTTATATCTCAAAAAACAAGAAGAAAAAGCCATTC
66 TATTTTTTGTTAAAACAGATAATATTTGAATGTATACCT-TAAAAACGAGAAGAAAAAGCCATTC
* * * **
23574 ATAGGCAAAAAAAGTCCA-TCTATAGTCACCCATGCGTTCAA
130 ATTGACAAGAAAAGTCCATTC-ATAGTCACCCATGCGTTTGA
* * * * *
23615 AAGTCTTATTGCTCGCTTTAAATGGATTTATAATCTCATAAGTAATTTTAAGTTGAATTTTTTTA
1 AAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGATTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTA
* * * * * * * *
23680 -ACCTTTGTGCTAAAACAAAAAATATTTAAATGTTTACCTTAACAAATGAGAAGAAAAAGCCATT
66 TA-TTTTTTGTTAAAACAGATAATATTTGAATGTATACCTTAA-AAACGAGAAGAAAAAGCCATT
* * * *
23744 CATTGAAAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCTATGCATTTGA
129 CATTGACAAGAAAAGTCCATTCATAGTCACCCATGCGTTTGA
* *
23786 AAGCCTTATTACTCACTTTAAAT-GCTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTA
1 AAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGATTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTA
* * * * *
23850 CATTTTTGGTGAAAATTA-ATAGTATTTGAATGT
66 TATTTTTTGTTAAAA-CAGATAATATTTGAATGT
23883 CAACATTAGA
Statistics
Matches: 341, Mismatches: 90, Indels: 17
0.76 0.20 0.04
Matches are distributed among these distances:
170 61 0.18
171 279 0.82
172 1 0.00
ACGTcount: A:0.37, C:0.12, G:0.11, T:0.38
Consensus pattern (170 bp):
AAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGATTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTA
TATTTTTTGTTAAAACAGATAATATTTGAATGTATACCTTAAAAACGAGAAGAAAAAGCCATTCA
TTGACAAGAAAAGTCCATTCATAGTCACCCATGCGTTTGA
Found at i:24722 original size:97 final size:96
Alignment explanation
Indices: 24551--24771 Score: 354
Period size: 97 Copynumber: 2.3 Consensus size: 96
24541 TTTTTTACTC
24551 TTTTT-GTTAAAACAGATAATATTTGAATATCTATCTCTAAAAAAAAAAGAAGAAAAAGCCATTC
1 TTTTTAGTTAAAACAGATAATATTTGAATATCTATCTCTAAAAAAAAAAGAAGAAAAAGCCATTC
*
24615 ATTGATAAGATAACATTTGAATTTTTTCATA
66 ATTGACAAGATAACATTTGAATTTTTTCATA
* * *
24646 TTTTTAGTTAAAACAGATAATATTTGAATATCTATCTCTCTAAAAAAAAAGAAGAAGAAGCCCTT
1 TTTTTAGTTAAAACAGATAATATTTGAATATCTATCTCT-AAAAAAAAAAGAAGAAAAAGCCATT
* *
24711 CATTGACAAGATAACATTTGATTTTTTTTATA
65 CATTGACAAGATAACATTTGAATTTTTTCATA
* *
24743 TTTTTACTTACAACAGATAATATTTGAAT
1 TTTTTAGTTAAAACAGATAATATTTGAAT
24772 GTTTATATTA
Statistics
Matches: 116, Mismatches: 8, Indels: 2
0.92 0.06 0.02
Matches are distributed among these distances:
95 5 0.04
96 33 0.28
97 78 0.67
ACGTcount: A:0.43, C:0.10, G:0.10, T:0.38
Consensus pattern (96 bp):
TTTTTAGTTAAAACAGATAATATTTGAATATCTATCTCTAAAAAAAAAAGAAGAAAAAGCCATTC
ATTGACAAGATAACATTTGAATTTTTTCATA
Found at i:25105 original size:171 final size:170
Alignment explanation
Indices: 24887--26184 Score: 692
Period size: 171 Copynumber: 7.6 Consensus size: 170
24877 NNNNNNNNNN
* * * ** *
24887 TTAATTTTAAGTTAAATTTTTTTACATTTTTGGTTGAAATATATTATAATTGAATGTCTACCTCT
1 TTAATTTTAAGTT-GATATTTTTAGATTTTTTATTAAAATATATTATAATTGAATGTCTACCTCT
** ** *
24952 AGAAACGTGAAGCAAAAGTTTTCTGTTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCGCTTAAGTCTTCGT
65 AGAAACGTGAAGCAAAAGTCATCCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCGCTTAAGTCTTCGA
**********
25017 AAGCCTNNNNNNNNNNTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAA
130 AAGCCTTTTTAACCCGTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAA
* * * * * *
25058 TTGATTTTAAATTGATATTTTTGAGATTTTTTCTTAAAATATATTATAATTGGATGTCTA-TTTT
1 TTAATTTTAAGTTGATATTTTT-AGATTTTTTATTAAAATATATTATAATTGAATGTCTACCTCT
* * * *
25122 AGAAAATGTGAAGGAAAAGTCATCCATTGGTAAGAAAAGTCCATTTATAGTTGCTTAAGTCTTCG
65 AG-AAACGTGAAGCAAAAGTCATCCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCGCTTAAGTCTTCG
* ********** * *
25187 AAAGCCTTATTNNNNNNNNNNAATGGTTTTATAATCTAATAA
129 AAAGCCTTTTTAACCCGTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAA
* * * *
25229 TTGATTTTAAGTTGA-ATTTTTCA-ATATTTTT-TT-AAATATATTTTAATTGAATGTTTGCCTC
1 TTAATTTTAAGTTGATATTTTT-AGAT-TTTTTATTAAAATATATTATAATTGAATGTCTACCTC
* * * ** * * * * * *
25290 TAGAAATGTGAGGCCAAAGTCATCTTTTGGCAAG-TAAGATCCATCTATAGTTTGC-CATGCCTT
64 TAGAAACGTGAAGCAAAAGTCATCCATTGGCAAGAAAAG-TCCATTTATAG-TCGCTTAAGTCTT
* * * *
25353 TGAAAGCCTTTTT-ACTCGTTTTAAATATTTTTATCATCTCATAA
127 CGAAAGCCTTTTTAACCCG-TTTAAATAGTTTTATAATCTCATAA
* * * * * *
25397 TCAATTTTAAGTTAATTTTTTTAAAATTTTTTATTAAAATATATTATAATTGAATGTTTGCCT-T
1 TTAATTTTAAGTTGATATTTTT-AGATTTTTTATTAAAATATATTATAATTGAATGTCTACCTCT
* * ** * * *
25461 GGGAAACGTGAAGCAAAAGTTATCCATTGATAAGAAAAGTCTATTTATAGTCGCTTATGTCTTCA
65 -AGAAACGTGAAGCAAAAGTCATCCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCGCTTAAGTCTTCG
* * *
25526 AAAGCCTTATT-ACTCGTTCTAAATAGTTTTATAATCTTATAA
129 AAAGCCTTTTTAACCCGTT-TAAATAGTTTTATAATCTCATAA
* * ***
25568 TTAATTTTAAGTTGAATATTTTTAGATTTTTTATTAAAATATATTATAACT-AAT-TATTTTTCT
1 TTAATTTTAAGTTG-ATATTTTTAGATTTTTTATTAAAATATATTATAATTGAATGTCTACCTC-
* * * * ** * * * * *
25631 TGGAAAACATGAGGCAAAAGCCATCGTTTAGTAAGAAAAGTCCATCTATAGTTACCCAT-A--CT
64 TAG-AAACGTGAAGCAAAAGTCATCCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAG-T-CGCTTAAGTCT
* * * * *
25693 TCGAAAGGCATATTAGTCACG-TTAAATAGTTTTATAATCTCATAA
126 TCGAAAGCCTTTTTA-ACCCGTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAA
* * * * * * * * *
25738 TT-ATTTTAAGTTAAATTTTTTTTACA-TTTTTGTTAGAACAGATAATATTTGAATGTCTACCT-
1 TTAATTTTAAGTT-GA-TATTTTTAGATTTTTTATTAAAATATATTATAATTGAATGTCTACCTC
** * * ** * * * * ** *
25800 T-GAAAAATAAGAAGAAAAAGCCATTTATTGGTAAGACAAGTCCATCTATAGTCACCCATG-CGT
64 TAGAAACGT--GAAGCAAAAGTCATCCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCGCTTAAGTC-T
* **
25863 TCGAAAGCCTTATT-ACTTGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAA
126 TCGAAAGCCTTTTTAACCCG-TTTAAATAGTTTTATAATCTCATAA
* * * * * * *
25908 TTGATTTGTAAGTT-AAATTGTTTTACATTTTTTATTAGAATATATTGTAATTGATTGTTTACCT
1 TTAATTT-TAAGTTGATA-T-TTTTAGATTTTTTATTAAAATATATTATAATTGAATGTCTACCT
* * * * *
25972 C-AGAAAATGTGAAGGAAAAGTCATCTATTGGTAAGAGAAGTCCATTTATAGTCGCTTAAGTCTT
63 CTAG-AAACGTGAAGCAAAAGTCATCCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCGCTTAAGTCTT
** * * * *
26036 CGAAAATCTTATT-ACTCGCTTTAAATGGTTTTACAAAT-TCATAA
127 CGAAAGCCTTTTTAACCCG-TTTAAATAGTTTTA-TAATCTCATAA
* * * * * * * * *
26080 TTCATTTTAAGTTGA-ATTTTCTTACATTTTTAATCAAAACAGATAATAATTGAATGTATACAT-
1 TTAATTTTAAGTTGATA-TTT-TTAGATTTTTTATTAAAATATATTATAATTGAATGTCTACCTC
* * * *
26143 TGAGAAACGGGAAAG-AAAAGCCATTCATTGGCAAGAACAGTC
64 T-AGAAACGTG-AAGCAAAAGTCATCCATTGGCAAGAAAAGTC
26185 AACCTATAGT
Statistics
Matches: 883, Mismatches: 195, Indels: 98
0.75 0.17 0.08
Matches are distributed among these distances:
167 10 0.01
168 104 0.12
169 90 0.10
170 129 0.15
171 400 0.45
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174 4 0.00
ACGTcount: A:0.34, C:0.11, G:0.13, T:0.40
Consensus pattern (170 bp):
TTAATTTTAAGTTGATATTTTTAGATTTTTTATTAAAATATATTATAATTGAATGTCTACCTCTA
GAAACGTGAAGCAAAAGTCATCCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCGCTTAAGTCTTCGAA
AGCCTTTTTAACCCGTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAA
Found at i:25557 original size:339 final size:338
Alignment explanation
Indices: 24890--27953 Score: 1229
Period size: 341 Copynumber: 9.1 Consensus size: 338
24880 NNNNNNNTTA
* ** *
24890 ATTTTAAGTTAAATTTTTTTACATTTTTGGTTGAAATATATTATAATTGAATGTCTACCTCTAG-
1 ATTTTAAGTTGAA-TTTTTTACATTTTTTATT-AAATATATTATAATTGAATGTTTACCTCTAGA
* * ** * * * * *
24954 AAACGTGAAGCAAAAGTTTTCTGTTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAG-T-CGCTTAAGTCTTCGT
64 AAATGTGAGGCAAAAGTCATCTTTTGGCAAGAAAAGTCCATCTATAGTTACCCAT-A--CTTCGA
********* * * * * *
25017 AAGCC-TNNNNNNNNNNTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAATTGATATTTTTG
126 AAGCCAT-ATTACTCACTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAA-TAATTTTAAGTTAATTTTTTTA
* * * ** * *
25081 AGATTTTTTCTTAAAATATATTATAATTGGATGTCTATTTTAGAAAATGTGAAGGAAAAGTCATC
189 AAATTTTTTATTAAAATATATTATAATTGAATGTCTACCTTGGAAAATGTGAAGAAAAAGTCATC
* * *********
25146 CATTGGTAAGAAAAGTCCATTTATAGTTGCTTAAGTCTTCGAAAGCCTTATTNNNNNNNNNNAAT
254 CATTGGTAAGAAAAGTCCATTTATAGTCGCTTATGTCTTCGAAAGCCTTATT-ACTCGTTTAAAT
*
25211 GGTTTTATAATCTAATAATTG
318 AGTTTTATAATCTAATAATTG
* * *
25232 ATTTTAAGTTGAATTTTTCA-ATATTTTT-TTAAATATATTTTAATTGAATGTTTGCCTCTAG-A
1 ATTTTAAGTTGAATTTTTTACAT-TTTTTATTAAATATATTATAATTGAATGTTTACCTCTAGAA
* * ** * *
25294 AATGTGAGGCCAAAGTCATCTTTTGGCAAG-TAAGATCCATCTATAGTTTGCCATGCCTTTGAAA
65 AATGTGAGGCAAAAGTCATCTTTTGGCAAGAAAAG-TCCATCTATAGTTACCCAT-ACTTCGAAA
* * ** * *
25358 GCCTTTTTACTCGTTTTAAATATTTTTATCATCTCATAATCAATTTTAAGTTAATTTTTTTAAAA
128 GCCATATTACTCACTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAAT-AATTTTAAGTTAATTTTTTTAAAA
* * * * * *
25423 TTTTTTATTAAAATATATTATAATTGAATGTTTGCCTTGGGAAACGTGAAGCAAAAGTTATCCAT
192 TTTTTTATTAAAATATATTATAATTGAATGTCTACCTTGGAAAATGTGAAGAAAAAGTCATCCAT
* * *
25488 TGATAAGAAAAGTCTATTTATAGTCGCTTATGTCTTCAAAAGCCTTATTACTCGTTCTAAATAGT
257 TGGTAAGAAAAGTCCATTTATAGTCGCTTATGTCTTCGAAAGCCTTATTACTCGTT-TAAATAGT
* *
25553 TTTATAATCTTATAATTA
321 TTTATAATCTAATAATTG
* * * ** *
25571 ATTTTAAGTTGAATATTTTTAGATTTTTTATTAAAATATATTATAACT-AATTATTTTTCT-TGG
1 ATTTTAAGTTGAAT-TTTTTACATTTTTTATT-AAATATATTATAATTGAA-TGTTTACCTCTAG
** * * * *
25634 AAAACATGAGGCAAAAGCCATCGTTTAGTAAGAAAAGTCCATCTATAGTTACCCATACTTCGAAA
63 AAAATGTGAGGCAAAAGTCATCTTTTGGCAAGAAAAGTCCATCTATAGTTACCCATACTTCGAAA
* * * * * *
25699 GGCATATTAGTCACGTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTATTTTAAGTTAAATTTTTTTTACA
128 GCCATATTACTCACTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATAATTTTAAGTT-AATTTTTTTAAAA
* * * * * * * ** * **
25764 -TTTTTGTTAGAACAGATAATATTTGAATGTCTACCTTGAAAAATAAGAAGAAAAAGCCATTTAT
192 TTTTTTATTAAAATATATTATAATTGAATGTCTACCTTGGAAAATGTGAAGAAAAAGTCATCCAT
* * * ** *
25828 TGGTAAGACAAGTCCATCTATAGTCACCCATG-CGTTCGAAAGCCTTATTACTTGCTTTAAATAG
257 TGGTAAGAAAAGTCCATTTATAGTCGCTTATGTC-TTCGAAAGCCTTATTACTCG-TTTAAATAG
*
25892 TTTTATAATCTCATAATTG
320 TTTTATAATCTAATAATTG
* * *
25911 ATTTGTAAGTTAAATTGTTTTACATTTTTTATTAGAATATATTGTAATTGATTGTTTACCTC-AG
1 ATTT-TAAGTTGAATT-TTTTACATTTTTTATTA-AATATATTATAATTGAATGTTTACCTCTAG
* * * * * *
25975 AAAATGTGAAGG-AAAAGTCATCTATTGGTAAGAGAAGTCCATTTATAG-T-CGCTTAAGTCTTC
63 AAAATGTG-AGGCAAAAGTCATCTTTTGGCAAGAAAAGTCCATCTATAGTTACCCAT-A--CTTC
** * * * * * *
26037 GAAAATCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTACAAAT-TCATAATTCATTTTAAGTTGAATTTTC
124 GAAAGCCATATTACTCACTTTAAATAGTTTTA-TAATCTCATAA-TAATTTTAAGTT-AATTTTT
* * * * * * * * * *
26101 TT-ACATTTTTAATCAAAACAGATAATAATTGAATGTATACATT-GAGAAACGGGAA-AGAAAAG
186 TTAAAATTTTTTATTAAAATATATTATAATTGAATGTCTACCTTGGA-AAATGTGAAGA-AAAAG
* * * * *
26163 CCATTCATTGGCAAGAACAGT-C----A-A--C-C-TATAG---TC---A-CC----CA-T-GTT
249 TCATCCATTGGTAAGAAAAGTCCATTTATAGTCGCTTAT-GTCTTCGAAAGCCTTATTACTCGTT
* ** *
26205 TAAATGGTTTTATAATCTCGTAATTA
313 TAAATAGTTTTATAATCTAATAATTG
* * * *
26231 ATTTTAAGTTGAATTTTTTACATTTTTTGTTAAAATATATTATAATTGAATGTTTGCCT-TGGGA
1 ATTTTAAGTTGAATTTTTTACATTTTTTATT-AAATATATTATAATTGAATGTTTACCTCTAGAA
** * * * * ** * *
26295 AACATGAGGCAAAAGTCACCCATTAGG-AAGAAAAGTCCATTTATAGTCGCCTAAATCTTC-AAA
65 AATGTGAGGCAAAAGTCA-TCTTTTGGCAAGAAAAGTCCATCTATAGTTACCCATA-CTTCGAAA
* * * * * * * *
26358 GACCTTATTACTCGCATTCAAT-GACTTTATAATCTTATAACTGATTTTAAGTTGAATTGTTTT-
128 G-CCATATTACTCACTTTAAATAG-TTTTATAATCTCATAA-TAATTTTAAGTT-AATTTTTTTA
** *** * * * * * * * * * *
26421 GCATTTTTGGCTAAAACAGATAATATTTGAATGTCTACATAGGGAAACGTGAAAAAAAAGCCATT
189 AAATTTTTTATTAAAATATATTATAATTGAATGTCTACCTTGGAAAATGTGAAGAAAAAGTCA-T
** ** * * * * *
26486 CC-TTGACAAGAAAAGTCCAACTATAGTCACCTATGCCTTTGAAAACCTT-TTACTCGCTTTAAA
253 CCATTGGTAAGAAAAGTCCATTTATAGTCGCTTATGTCTTCGAAAGCCTTATTACTCG-TTTAAA
*
26549 TAGTTTTATAATCTTATAATTG
317 TAGTTTTATAATCTAATAATTG
* * * * * * *
26571 ATTTTAAGTTAAATTTTTTTACATTTGTTGTTAAAATATATCATAATTGAATGTTTGCCT-TGGG
1 ATTTTAAGTTGAA-TTTTTTACATTTTTTATT-AAATATATTATAATTGAATGTTTACCTCTAGA
** * * ** * * * * *
26635 AAACATGAAGCAAAAGTTATCCATTAGTAAGAAAAGTCCATTTGTAGTCGGTTA-AC-T-CTTCG
64 AAATGTGAGGCAAAAGTCATCTTTTGGCAAGAAAAGTCCA--TCTA-T-AGTTACCCATACTTCG
* * * * * * *
26697 TAAGCCTTATTATTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCACAATTAATTTTGAGTTGAATGTTTTT
125 AAAGCCATATTACTCACTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAA-TAATTTTAAGTT-AATTTTTTT
** * * * * * * * * * ** *
26762 -GCAGTTTTTGTTAAAACAGATAATATTTGAATGTCTACATAGGGAAACATAAAGAAAAA-TCTA
188 AAAATTTTTTATTAAAATATATTATAATTGAATGTCTACCTTGGAAAATGTGAAGAAAAAGTC-A
* * ** ** * *
26825 TTCATTGAT-AGAAAAAGTCCAACTATAGT-GACCCATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCACTTT
252 TCCATTGGTAAG-AAAAGTCCATTTATAGTCG-CTTATGTCTTCGAAAGCCTTATTACTC-GTTT
* *
26888 AAAT-GATTTTATAATTTCATAATTG
314 AAATAG-TTTTATAATCTAATAATTG
* * **
26913 ATTTTAAGTTGAAATTTTTACATTTTTGTCA--AAATATATTGTAATTGAATGTTTGTC-CTA-A
1 ATTTTAAGTTGAATTTTTTACATTTTT-T-ATTAAATATATTATAATTGAATGTTTACCTCTAGA
* * * ** * * ** *
26974 GAAACGTGAAGCAAAAGTTATCCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTTA-ACTCTTCGC
64 -AAATGTGAGGCAAAAGTCATCTTTTGGCAAGAAAAGTCCATCTATAGTTACCCATA--CTTCGA
* * * * *
27038 AAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTTATAATTGATTTTAAGTT--TTTTTTTTA
126 AAGCCATATTACTCACTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAA-TAATTTTAAGTTAATTTTTTTAA
* * * * * * ** * * ** *
27101 CATTTTTTGTTAAAACAGATAATACTTTG-ATGTCTATATAGGGAAATGTGAAGAAAAAACCATT
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* * * ** * ** * * *
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* * **
27229 TGGTTTTATAGTCTCTTAATTG
317 TAGTTTTATAATCTAATAATTG
* * * * * * * * ** * * *
27251 ATTATAAGTTAAATTTTTTTATATTTTTTGTTAAAAAAAATAATATTTGAATGCCTACAT-TGGG
1 ATTTTAAGTTGAA-TTTTTTACATTTTTTATT-AAATATATTATAATTGAATGTTTACCTCTAGA
* * * * ** * * *
27315 AAACGTGAAGCAAAAAGACAT-TCATTGGCAAGAAATTTTCATCTATAGTCACCCATGCATTCGA
64 AAATGTGAGGC-AAAAGTCATCT-TTTGGCAAGAAAAGTCCATCTATAGTTACCCATAC-TTCGA
* * * * * *
27379 AAGCCTTATTACTCACTTTAACTGGTTTTATAATCTCTTAATTGA-TTTAAGTAGAATTTTTTT-
126 AAGCCATATTACTCACTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAA-TAATTTTAAGT-TAATTTTTTTA
* * ********** * * * * * * *
27442 ATATTTTTTGTTAANNNNNNNNNNATTTGAATGTCTACCTTGAAAAAAGGGAAGAAAATGACATT
189 AAATTTTTTATTAAAATATATTATAATTGAATGTCTACCTTGGAAAATGTGAAGAAAAAGTCATC
* * * ** *
27507 CATTGGCAAGAAAAGTCCATCTATAGTCACCCATG-CATTCGAAAGCCTTATTACTCACTTTAAA
254 CATTGGTAAGAAAAGTCCATTTATAGTCGCTTATGTC-TTCGAAAGCCTTATTACTC-GTTTAAA
********* *
27571 TANNNNNNNNNNT-TCATAATTG
317 TA-GTTTTATAATCTAATAATTG
* * ** * * * *
27593 ATTTTAAGTTGAATTGTTTTACATTTTTTCTTAAAATAAAAAATATTTGAATGTCTACTTC-AAA
1 ATTTTAAGTTGAATT-TTTTACATTTTTTATT-AAATATATTATAATTGAATGTTTACCTCTAGA
* * * * ** * *
27657 AAACTG-GAAAG-AAAAGCCAT-TCATTGGTAAGAAAAGTTTATCTATAGTCACCCATGCATTCG
64 AAA-TGTG-AGGCAAAAGTCATCT-TTTGGCAAGAAAAGTCCATCTATAGTTACCCATAC-TTCG
* ** * * * *
27719 AAAG-CATTATCACTCGTTTTAAAT-GATTTGATAAACCCATAGTTAATTTTAAGTTGAATTTTT
125 AAAGCCA-TATTACTCACTTTAAATAG-TTTTATAATCTCATA-ATAATTTTAAGTT-AATTTTT
* * * * * * * *
27782 TT-ACATTTTTTGTTAAAATATACTAGAATTGAATATCCACCATTAGAAACA--TGAAGCAAAAG
186 TTAAAATTTTTTATTAAAATATATTATAATTGAATGTCTACC-TTGGAAA-ATGTGAAGAAAAAG
* * * * * * *
27844 TTATCCATTGGCTAA-AAGAGTCCATTTATAGTTGCTTAAGTCTTCGTAAGCCTTCTTATTCGGT
249 TCATCCATTGG-TAAGAAAAGTCCATTTATAGTCGCTTATGTCTTCGAAAGCCTTATTACTC-GT
* *
27908 TTAAATAATTTTATAATCTCATAATTG
312 TTAAATAGTTTTATAATCTAATAATTG
*
27935 ATTTTAAGTTAAATTTTTT
1 ATTTTAAGTTGAATTTTTT
27954 TNNNNNNNNN
Statistics
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AAGAAAAGTCCATTTATAGTCGCTTATGTCTTCGAAAGCCTTATTACTCGTTTAAATAGTTTTAT
AATCTAATAATTG
Found at i:26933 original size:341 final size:339
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Period size: 341 Copynumber: 3.6 Consensus size: 339
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* * * *
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* * * *
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* * * * **
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* *
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* * * *
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*
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* *
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* *
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* * * * * * *
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* *
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* * * * *
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*
26867 GAAAGCCTTATTACTCAC
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* *
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1 TTTAAATGATTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTT-AAATTTTTTACATTTTTTGTTAAAAT
* ** * *
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65 ATATTATAATTGAATGTTTG-CCTTGGGAAACATGAAGCAAAAGTTATCCATTAGCAAGAAAAGT
* * *
27012 CCATTTATAGTCACTTAACTCTTCGCAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTTAT
129 CCATTTATAGTCGCTTAACTCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTTAT
** * *
27077 AATTGATTTTAAGTT-TTTTTTTTACATTTTTTGTTAAAACAGATAATACTTTG-ATGTCTATAT
194 AATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTGCA-TTTTTGTTAAAACAGATAATA-TTTGAATGTCTACAT
* * * * *
27140 AGGGAAATGTGAAGAAAAAACCATTCATTGGCAT-G-AAAAGTCTAGCTATAGTCACCCATGCAT
257 AGGGAAACGTAAAGAAAAAACCATTCATT-G-ATAGAAAAAGTCCAACTATAGTCACCCATGCCT
* *
27203 TTGAAAGGCTTATTACTGGC
320 TTGAAAGCCTTATTACTCGC
* * * * * *
27223 TTTAAATGGTTTTATAGTCTCTTAATTGATTATAAGTTAAATTTTTTTATATTTTTTGTTAAAAA
1 TTTAAATGATTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAA-TTTTTTACATTTTTTGTTAAAAT
* * * ** * * * ** * * **
27288 AAATAATATTTGAATGCCTACATTGGGAAACGTGAAGCAAAAAGACATTCATTGGCAAGAAATTT
65 ATATTATAATTGAATGTTTGCCTTGGGAAACATGAAGC-AAAAGTTATCCATTAGCAAGAAAAGT
* * * ** * *
27353 TCATCTATAGTCAC-CCA-TGCATTCGAAAGCCTTATTACTCACTTTAACTGGTTTTATAATCTC
129 CCATTTATAGTCGCTTAACT-C-TTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCT-
*
27416 T-TAATTGA-TTTAAGTAGAATTTTTT
191 TATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTT
27441 TATATTTTTT
Statistics
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Matches are distributed among these distances:
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ACGTcount: A:0.34, C:0.13, G:0.14, T:0.39
Consensus pattern (339 bp):
TTTAAATGATTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTACATTTTTTGTTAAAATA
TATTATAATTGAATGTTTGCCTTGGGAAACATGAAGCAAAAGTTATCCATTAGCAAGAAAAGTCC
ATTTATAGTCGCTTAACTCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTTATAA
TTGATTTTAAGTTGAATTTTTTGCATTTTTGTTAAAACAGATAATATTTGAATGTCTACATAGGG
AAACGTAAAGAAAAAACCATTCATTGATAGAAAAAGTCCAACTATAGTCACCCATGCCTTTGAAA
GCCTTATTACTCGC
Found at i:27171 original size:169 final size:170
Alignment explanation
Indices: 26203--27954 Score: 1067
Period size: 171 Copynumber: 10.3 Consensus size: 170
26193 GTCACCCATG
** * *
26203 TTTAAATGGTTTTATAATCTCGTAATTAATTTTAAGTTGAA-TTTTTTACATTTTTTGTTAAAAT
1 TTTAAATGGTTTTATAATCTTATAATTGATTTTAAGTT-AATTTTTTTACATTTTTTGTTAAAAC
* * * * * * * * * * ** **
26267 ATATTATAATTGAATGTTTGCCTTGGGAAACATGAGGCAAAAGTCACCCATTAGG-AAGAAAAGT
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* * *
26331 CCATTTATAGTCGCCTAAATCTTC-AAAGACCTTATTACTCGC
129 CCATCTATAGTCACCTAACTCTTCGAAAG-CCTTATTACTCGC
* * ** * * * * *
26373 ATTCAATGACTTTATAATCTTATAACTGATTTTAAGTTGAATTGTTTTGCATTTTTGGCTAAAAC
1 TTTAAATGGTTTTATAATCTTATAATTGATTTTAAGTT-AATTTTTTTACATTTTTTGTTAAAAC
* *
26438 AGATAATATTTGAATGTCTACATAGGGAAACGTGAA-AAAAAAGCCATTCCTTGACAAGAAAAGT
65 AGATAATATTTGAATGTCTACATAGGGAAACGTGAAGAAAAAA-CCATTCATTGGCAAGAAAAGT
* * * *
26502 CCAACTATAGTCACCTATGC-CTTTGAAAACCTT-TTACTCGC
129 CCATCTATAGTCACCTA-ACTCTTCGAAAGCCTTATTACTCGC
* * *
26543 TTTAAATAGTTTTATAATCTTATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTACATTTGTTGTTAAAAT
1 TTTAAATGGTTTTATAATCTTATAATTGATTTTAAGTT-AATTTTTTTACATTTTTTGTTAAAAC
* * * * * * * * * *** * * *
26608 ATATCATAATTGAATGTTTGCCTTGGGAAACATGAAGCAAAAGTTATCCATTAGTAAGAAAAGTC
65 AGATAATATTTGAATGTCTACATAGGGAAACGTGAAGAAAAAACCATTCATTGGCAAGAAAAGTC
* * *** * * *
26673 CATTTGTAGTCGGTTAACTCTTCGTAAGCCTTATTATTCAC
130 CATCTATAGTCACCTAACTCTTCGAAAGCCTTATTACTCGC
* * * * * * *
26714 TTTAAATGGTTTTATAATCTCACAATTAATTTTGAGTTGAATGTTTTTGCAGTTTTTGTTAAAAC
1 TTTAAATGGTTTTATAATCTTATAATTGATTTTAAGTT-AATTTTTTTACATTTTTTGTTAAAAC
* * * *
26779 AGATAATATTTGAATGTCTACATAGGGAAACATAAAGAAAAATCTATTCATT-G-ATAGAAAAAG
65 AGATAATATTTGAATGTCTACATAGGGAAACGTGAAGAAAAAACCATTCATTGGCA-AG-AAAAG
* * * * *
26842 TCCAACTATAGTGACCCATGC-CTTCGAAAGCCTTATTACTCAC
128 TCCATCTATAGTCACCTA-ACTCTTCGAAAGCCTTATTACTCGC
* * *
26885 TTTAAATGATTTTATAAT-TTCATAATTGATTTTAAGTTGAA-ATTTTTACA-TTTTTGTCAAAA
1 TTTAAATGGTTTTATAATCTT-ATAATTGATTTTAAGTT-AATTTTTTTACATTTTTTGTTAAAA
* * ** * * * * * * *** *
26947 TATATTGTAATTGAATGTTTGTCCTA-AGAAACGTGAAGCAAAAGTTATCCATTGGCAAGAAAAG
64 CAGATAATATTTGAATGTCT-ACATAGGGAAACGTGAAGAAAAAACCATTCATTGGCAAGAAAAG
* * *
27011 TCCATTTATAGTCACTTAACTCTTCGCAAGCCTTATTACTCGC
128 TCCATCTATAGTCACCTAACTCTTCGAAAGCCTTATTACTCGC
* *
27054 TTTAAATAGTTTTATAATCTTATAATTGATTTTAAGTT-TTTTTTTTACATTTTTTGTTAAAACA
1 TTTAAATGGTTTTATAATCTTATAATTGATTTTAAGTTAATTTTTTTACATTTTTTGTTAAAACA
* * *
27118 GATAATACTTTG-ATGTCTATATAGGGAAATGTGAAGAAAAAACCATTCATTGGCATGAAAAGTC
66 GATAATA-TTTGAATGTCTACATAGGGAAACGTGAAGAAAAAACCATTCATTGGCAAGAAAAGTC
* * * * * *
27182 TAGCTATAGTCACC-CA-TGCATTTGAAAGGCTTATTACTGGC
130 CATCTATAGTCACCTAACT-C-TTCGAAAGCCTTATTACTCGC
* * *
27223 TTTAAATGGTTTTATAGTCTCT-TAATTGATTATAAGTTAAATTTTTTTATATTTTTTGTTAAAA
1 TTTAAATGGTTTTATAATCT-TATAATTGATTTTAAGTT-AATTTTTTTACATTTTTTGTTAAAA
* * * * *
27287 AAAATAATATTTGAATGCCTACATTGGGAAACGTGAAGCAAAAAGA-CATTCATTGGCAAGAAAT
64 CAGATAATATTTGAATGTCTACATAGGGAAACGTGAAG-AAAAA-ACCATTCATTGGCAAGAAAA
* * * *
27351 TTTCATCTATAGTCACC-CA-TGCATTCGAAAGCCTTATTACTCAC
127 GTCCATCTATAGTCACCTAACT-C-TTCGAAAGCCTTATTACTCGC
* * * **
27395 TTTAACTGGTTTTATAATCTCT-TAATTGA-TTTAAGTAGAATTTTTTTATATTTTTTGTTAANN
1 TTTAAATGGTTTTATAATCT-TATAATTGATTTTAAGT-TAATTTTTTTACATTTTTTGTTAAAA
******** * * ** * * *
27458 NNNNNNNNATTTGAATGTCTACCTTGAAAAAAGGGAAGAAAATGA-CATTCATTGGCAAGAAAAG
64 CAGATAATATTTGAATGTCTACATAGGGAAACGTGAAGAAAA-AACCATTCATTGGCAAGAAAAG
* *
27522 TCCATCTATAGTCACC-CA-TGCATTCGAAAGCCTTATTACTCAC
128 TCCATCTATAGTCACCTAACT-C-TTCGAAAGCCTTATTACTCGC
********** * * *
27565 TTTAAATANNNNNNNNNNT-TCATAATTGATTTTAAGTTGAATTGTTTTACATTTTTTCTTAAAA
1 TTTAAAT-GGTTTTATAATCTTATAATTGATTTTAAGTT-AATTTTTTTACATTTTTTGTTAAAA
* * * * ** * *
27629 TAAAAAATATTTGAATGTCTACTTCA-AAAAAC-TGGAA-AGAAAAGCCATTCATTGGTAAGAAA
64 CAGATAATATTTGAATGTCTACAT-AGGGAAACGT-GAAGA-AAAAACCATTCATTGGCAAGAAA
** * * * *
27691 AGTTTATCTATAGTCACC-CA-TGCATTCGAAAGCATTATCACTCGT
126 AGTCCATCTATAGTCACCTAACT-C-TTCGAAAGCCTTATTACTCGC
* * * ** * * *
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1 TTTAAATGGTTTTATAATCTTATAATTGATTTTAAGTT-AATTTTTTTACATTTTTTGTTAAAAC
* * * * * *** *
27801 ATACTAGA-A-TTGAATATCCACCATTA--GAAACATGAAGCAAAAGTTATCCATTGGCTAA-AA
65 AGA-TA-ATATTTGAATGTCTA-CA-TAGGGAAACGTGAAGAAAAAACCATTCATTGGC-AAGAA
* * ** * * * * * *
27861 GAGTCCATTTATAGTTGCTTAAGTCTTCGTAAGCCTTCTTATTCGG
125 AAGTCCATCTATAGTCACCTAACTCTTCGAAAGCCTTATTACTCGC
** *
27907 TTTAAATAATTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTT
1 TTTAAATGGTTTTATAATCTTATAATTGATTTTAAGTT-AATTTTTTT
27955 NNNNNNNNNN
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TTTAAATGGTTTTATAATCTTATAATTGATTTTAAGTTAATTTTTTTACATTTTTTGTTAAAACA
GATAATATTTGAATGTCTACATAGGGAAACGTGAAGAAAAAACCATTCATTGGCAAGAAAAGTCC
ATCTATAGTCACCTAACTCTTCGAAAGCCTTATTACTCGC
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28031 NNNNNNNNNN
* * * * * * **
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*
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* * **
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*
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1 ATAGTCACCCATACGTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGATTTTAAAATCTCTTAATCAA
* * *
28276 TTTTAAGTTGAATTTTTTATATTTTTAGTTAAAACATATAATATTTGAATGTTAATATCAGGAAA
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* * * *
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* * * *
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28421 NNNNNNNNNN
Statistics
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TTTTAAGTTGAATTTTTTACATTTTTAGTTAAAACAAATAATATTTGAATGTTAACATCAGGAAA
CGTGAACAAAAAGACATTCAGTGGCAAAAAAAGTCCATCT
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28031 NNNNNNNNNN
* * ** * * * * * * *
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1 ATAGTCACCCATACATTCAAAAGCCTTATTACACGCTATAAATGA-TTTTAAAATCTCATAATTG
* * * * *
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* * * *
28170 AA-TTGAACAAAAAGATATTCAGTGGCAAGGAAAGTCCATCT
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* * * * **
28211 ATAGTCACCCATACGTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTATAAATGATTTTAAAATCTCTTAATCAA
1 ATAGTCACCCATACATTCAAAAGCCTTATTACACGCTATAAATGATTTTAAAATCTCATAATTGA
28276 TTTTAAGTTGAATTTTTTATATTTTTAGTTAAAACATATAATATTTGAATGT-TAATATCAGGAA
66 TTTTAAGTTGAATTTTTTATATTTTTAGTTAAAACATATAATATTTGAATGTCT-ATATCAGGAA
* * *
28340 ACGTGAAGAACAAGACATTCATTGGTAAAAAAAGTCCATCT
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* * ***********
28381 ATAGTCACCCATGCATTCAAAAGCCTTATTACACGCTTTANNNNNNNNNNTAATCTCATAATTGA
1 ATAGTCACCCATACATTCAAAAGCCTTATTACACGCTATAAATGATTTTAAAATCTCATAATTGA
* * * * * * *
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66 TTTTAAGTTGAATT-TTTTATA-TTTTTAGTTAAAACATATAATATTTGAATGTCTATATCAGGA
* * *
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28551 ATAGT
1 ATAGT
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Statistics
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ATAGTCACCCATACATTCAAAAGCCTTATTACACGCTATAAATGATTTTAAAATCTCATAATTGA
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CGTGAAGAAAAGATATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATCT
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29830 CTAATAATTT
* * * * * *
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* * * * *
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65 GTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTTGTTAAAATAGATAATA
* * *
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* ** * * * **
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* * * *
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65 GTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTTGTTAAAATAGATAATA
*
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* * * * * * *
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* ** *
30247 GTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGATGAATTTTTTTATTTTTTTTGTTAAAACAGATAATA
65 GTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTTGTTAAAATAGATAATA
* *
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* * * * * * *
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* * * * * *
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65 GTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAA-TTTTTTTACATTTTTTGTTAAAATA-GATAA
** * * * * ** *
30482 TAACTGAATGT-TCGCCATGGGTAACATGAA-ACAAAAGTTATCC
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* * * * ** ** *
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1 ATTGGCAAGAAAAGTCCATCTATAGTCACCCATG-CTTCGA-AAGCCTTATTACTCGCTTTAAAT
* * * * * *
30589 GAG-TTTCTAATTTCATAATTAATTTTAAGCTGAATTGTTTTTACATATTTGGTTAAAATAGATA
64 G-GTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATT-TTTTTACATTTTTTGTTAAAATAGATA
* * ** * *
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* * * * * * * **
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1 ATTGGCAAGAAAAGTCCATCTATAGTCACCCATGC-TTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATG
* * * * * * *
30763 ATTTTAGAATATCTTAATTGATTTTAACTTCAATTGTTTTACATTTTTTGTTAAAATAGATAATA
65 GTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTTGTTAAAATAGATAATA
* * ** * *
30828 TTTGAATCTCTACATTGGGAAACGTAA-ACAAAAGGCATTC
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* * **
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1 ATTGGCAAGAAAAGTCCATCTATAGTCACCCATGC-TTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATG
* * * * *
30932 GTTTTATAATCTCTTAATTAATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGCTAACA-A-ATAATA
65 GTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTTGTTAAAATAGATAATA
* * ** ** *
30995 TTTGAATGCCAATATCGAGAAATTTGAAGAAAAAGACATTC
130 TTTGAATGTC--TACCTTGAAAAATGAAGAAAAAGCCATTC
* * *
31036 ATTCGCAAGAAAAGTCTATCTATAGGT-ACCTATGCATTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAAT
1 ATTGGCAAGAAAAGTCCATCTATA-GTCACCCATGC-TTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAAT
* *
31100 GATTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTTGTTAAAATAGATAAT
64 GGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTTGTTAAAATAGATAAT
* ***
31165 ATTTGAATGTTTACCTTGATGAACGGGAAGAAAAAGCCATTC
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* * * * *
31207 ATTAGCAAGAAATGTCCAACTATAGCCACCCATGCGTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAGTG
1 ATTGGCAAGAAAAGTCCATCTATAGTCACCCATGC-TTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATG
* * * *
31272 GTTTTATAATCTCATAATTAATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTCTGTTAAAACAAATAATA
65 GTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTTGTTAAAATAGATAATA
* ** * * *
31337 TTTCAATGTCTACCTCAAAAAATAAAAATAAAAAGGCATTC
130 TTTGAATGTCTACCTTGAAAAAT--GAAGAAAAAGCCATTC
* * * * *
31378 ATT-GCTAAAAAAAGTCCATCTATTGTCACCCATGCGTTCGAAAGTCGTATTACTCGTTTTAAAT
1 ATTGGC-AAGAAAAGTCCATCTATAGTCACCCATGC-TTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAAT
* * * * * * *
31442 AGTTTTATAATCTCATAATTTATTTTAAGTTGAATGTTTTTATA-TTTTTATTAAAATATATTAT
64 GGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTTGTTAAAATAGATAAT
* * * * * * * * * *
31506 AATTAAATGTTTTCCTCAGAAACATCAAGCAAAAGTCATCC
129 ATTTGAATGTCTACCT-TGAAAAATGAAGAAAAAGCCATTC
* * * ** * * * *
31547 ATTGAG-AAGAAAAGTCTATTTATAGTCGCTTAAGTCTTC-AAAGGCCTTATTACTTGCATTCAA
1 ATTG-GCAAGAAAAGTCCATCTATAGTCACCCATG-CTTCGAAA-GCCTTATTACTCGCTTTAAA
* * * * * *
31610 TGGTTTTATAATTTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTATTTTATATTTTTTATTAAAACAGATAA
63 TGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTTGTTAAAATAGATAA
** * * * *
31675 TATTTGAATGTCTATATAGAGAAACGTGAAGGAAAAGCTATTC
128 TATTTGAATGTCTACCTTGA-AAA-ATGAAGAAAAAGCCATTC
* * * * *
31718 GTTGGTAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATGCCTTCGAAAGCCTTATTGA-TTGCTTTAAAT
1 ATTGGCAAGAAAAGTCCATCTATAGTCACCCATG-CTTCGAAAGCCTTATT-ACTCGCTTTAAAT
* * * *
31782 GGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTAGAATATTTTTACATTTTTTGTTAAAATATATTAT
64 GGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTTGTTAAAATAGATAAT
* * * * * *
31847 AATTGAATCTCTACCTTAGGAAACATGAAGCAAAAGTCATCC
129 ATTTGAATGTCTACCTT--GAAAAATGAAGAAAAAGCCATTC
* * * * ***** * *
31889 ATTGGTAATAAAAGTCCATTTACAGTTGGTTAAGTCTTC-AACAACCTTATTACTCGCTTTAAAT
1 ATTGGCAAGAAAAGTCCATCTATAGTCACCCATG-CTTCGAA-AGCCTTATTACTCGCTTTAAAT
* * *
31953 GGTTTTATAATCACATAATTGATTTTAAGTTGAATTTGTTTTACATTTTTAGCTAAAAATA-ATA
64 GGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTT-TTTTACATTTTTTG-TTAAAATAGATA
* *
32017 ATATTTGAATGTCTA-CATAAAGAAATGTAAAGAAAAAGCCATTC
127 ATATTTGAATGTCTACCTTGAA-AAATG--AAGAAAAAGCCATTC
* * * * *
32061 ATTGGTAAGAAAAGTCCATCCATAGTCACCCATATCTTCGAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATA
1 ATTGGCAAGAAAAGTCCATCTATAGTCACCCAT-GCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATG
* * * * * * * * * * *
32126 ATTTTATAACCTAATAATAGACTTTAAGTTGAATTGTTTTGCTTTTTTTGTTAAAGTATATTATA
65 GTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTTGTTAAAATAGATAATA
* * * * * * ** *
32191 ATTAAAAGTTTACCTTGGGAAACATGAAGGAAAAGTTATCC
130 TTTGAATGTCTACCTT--GAAAAATGAAGAAAAAGCCATTC
* * * ** * * *
32232 ATTGCCAA-ATGAAGTCCATTTATAGTCACTTAAGTCTTCGAAAGCCTTATTGCTCACTTTAAAT
1 ATTGGCAAGA-AAAGTCCATCTATAGTCACCCATG-CTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAAT
* * * * * * *
32296 GGTTTTACAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATATTTTTATATTTTTTCTTAAAATATATTAT
64 GGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTTGTTAAAATAGATAAT
* * ** * * *
32361 AATTGAGTGTCTGTCTT-AAGAAACGTGAAGCAAAAGTCATCC
129 ATTTGAATGTCTACCTTGAA-AAA--TGAAGAAAAAGCCATTC
*** * * * * ** * *
32403 ATTGATGAGAAAAGTTCATTTATAATCGCTTAAGTCTTCGAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATG
1 ATTGGCAAGAAAAGTCCATCTATAGTCACCCATG-CTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATG
* * * * *** *
32468 GCTTTATAATCTCATAATTGATTTAAAATTGAGTTTTTTTAC-TTTTTTAACCAAAACAGATAAT
65 GTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTT-GTTAAAATAGATAAT
* * *
32532 ATTTGAATGCCTACATCGAGAAACATGAAGAAAAAGCCATTC
129 ATTTGAATGTCTACCTTGA-AAA-ATGAAGAAAAAGCCATTC
* * * **
32574 ATTGGCAAAAAAAGTCTATCTATAGTCACCCATGCCATT-AAAAATCTTATTACTCGCTTTAAAT
1 ATTGGCAAGAAAAGTCCATCTATAGTCACCCATG-C-TTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAAT
* * * * * * * * * *
32638 GATTTTATAATCTTATAAGTCATTTTAAATCGAATATTTTT-CGA-TTTTTGATTGAAATATATT
64 GGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTAC-ATTTTTTG-TTAAAATAGATA
* ** ** * * ** *
32701 ATAATTGAATGT-TTGCTTGGGAACCAGGAAGCAAAAGATATCC
127 ATATTTGAATGTCTACCTT--GAAAAATGAAGAAAAAGCCATTC
* * * * ** *
32744 ATCGGCAAGAAAAATCCATTTATAGTCGGCTTAAGTCTTC-ATAAGCCTTATTACTCGCTTTAAA
1 ATTGGCAAGAAAAGTCCATCTATAGTC-ACCCATG-CTTCGA-AAGCCTTATTACTCGCTTTAAA
* * * * * * * *
32808 TGGTTTTGTAATCTCATAATTGATTTTAAATTAAATGTTTTTAGATTTTTTATTAAAATATATTA
63 TGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTTGTTAAAATAGATAA
* *** * * * *
32873 TAATTGAATGTCTGTTTTAGAAAACGTGAAGGAAAAGTCATCC
128 TATTTGAATGTCTACCTT-GAAAA-ATGAAGAAAAAGCCATTC
* * ** * **
32916 ATTGGCAAGAAAAGTACATTTATAGTCACTTAAGTCTTTAAAAGCCTTATTAGTCTC-CTTT-AA
1 ATTGGCAAGAAAAGTCCATCTATAGTCACCCATG-CTTCGAAAGCCTTATTA--CTCGCTTTAAA
* * *
32979 TGGTTTTATAATCACATAATTGATTTTAAGTTAAATTGTTTTACATTTTTTGTTAA
63 TGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTTGTTAA
33035 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 2384, Mismatches: 547, Indels: 185
0.77 0.18 0.06
Matches are distributed among these distances:
167 14 0.01
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Consensus pattern (168 bp):
ATTGGCAAGAAAAGTCCATCTATAGTCACCCATGCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGG
TTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTTGTTAAAATAGATAATAT
TTGAATGTCTACCTTGAAAAATGAAGAAAAAGCCATTC
Found at i:32249 original size:854 final size:846
Alignment explanation
Indices: 29880--33034 Score: 2851
Period size: 854 Copynumber: 3.7 Consensus size: 846
29870 CATGCATTTG
* *
29880 AAAGGCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCTTAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTC
1 AAAGGCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTT-
** * * * *
29945 ACATTTTTGGTAAAAATAAATAATATTTGAATGTCTACATTGGGAAACATGAAGAAAAAAGACAT
65 ACATTTTTTATTAAAACAGATAATATTTGAATGTCTACATTGAGAAACATGAAG-AAAAAG-CAT
* ** * * *
30010 TCAATGATAAGAAAAGTTCATCTATAGTCACCCATGTATTTGAAAGCCTTATTACTCAATTTAAA
128 TCATTGGCAAGAAAAGTCCATCTATAGTCACCCATGCATTCGAAAGCCTTATTACTC-ATTTAAA
* * * * * *
30075 TGGTTTTATAATCTCATAATTGA-TTTAAGTTGTATTTTTTTACATTTTTTCTTAAAACAGATAA
192 TGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATATTTTTACATTTTTTGTTAAAATATATTA
* * * * * * *
30139 T-GTGTGAATGTCTACCTT-GAAAAATGGGAAGAAAAAGCCATTCATTGCCAAGAAGAGTCCATT
257 TAAT-TGAATCTCTACCTTGGAAACAT--GAAGAAAAAGTCATCCATTGGCAAGAAAAGTCCATT
* * * * * *
30202 TAGAGTCACCCATGCAATCGAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTG
319 TATAGTCACCTAAGCATTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTG
* * * *
30267 ATTTTAAGATGAATTTTTTTATTTTTTTTGTTAAAACAGATAATATTTGAATGTCTACCTTGAA-
384 ATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTTGTAAAAATA-ATAATATTTGAATGTCTACCTTGAAG
* * * * *
30331 AAACCAGAAGAAAAAACCATTCATCGGTAAGAAAAGTTCATCTATAGTCACCCATACATTCGGAA
448 AAAGCA-AAGAAAAAGCCATTCATTGGTAAGAAAAGTCCATCTATAGTCACCCATACATTCGAAA
* * * * * *
30396 GCCCTGTTACTCGCTTTAAATGGTTTGATAATCTCACAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTTA-
512 GCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATAGATTTTAAGTTGAA-TTTTTTTAC
* * * ** * * *
30460 TATTTTTTGTTAACATATGTTATAACTGAATGTTCGCCATGGGTAACATGAAACAAAAGTTATCC
576 T-TTTTTTGTTAA-ATATATTATAATTAAATGTTTACCTTGGGAAACATGAAAAAAAAGTTATCC
* * * **
30525 ATTGGCAAAAAAATTTCATTTATAGTTGCTTAAGTCTTC-ATAAGCCTTATTACTCGCTTTAAAT
639 ATTGCCAAAAAAAGTCCATTTATAGTCACTTAAGTCTTCGA-AAGCCTTATTACTCGCTTTAAAT
* * * * ** * *
30589 GAG-TTTCTAATTTCATAATTAATTTTAAGCTGAATTGTTTTTACATATTTGGTTAAAATAGATA
703 -AGTTTTATAATCTCATAATTAATTTTAAGTTGAA-TGTTTTTATAT-TTTTATTAAAATATATT
* * * * * * * *
30653 ATATTTGAATGTCTACGTAGGGAAACGTAAAGAAAAAGGTCATTCATTGACAAGAAAAGTCTATC
765 ATAATTGAATGTTTTCCTA--GAAACGTAAAGCAAAA-GTCATCCATTGAGAAGAAAAGTCTATT
* ** *
30718 TATAGTCACCCACG-CGTTCA
827 TATAGTCGCTTAAGTC-TTCA
* * ** * * * * * *
30738 AAAGGCTAATTACTAGCTTTAAGCGATTTTAGAATATCTTAATTGATTTTAACTTCAATTGTTTT
1 AAAGGCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATT-TTTT
* * * * * * * *
30803 ACATTTTTTGTTAAAATAGATAATATTTGAATCTCTACATTGGGAAACGTAAACAAAAGGCATTC
65 ACATTTTTTATTAAAACAGATAATATTTGAATGTCTACATTGAGAAACATGAAGAAAAAGCATTC
* *
30868 ATTGGCAAGAAAAGTCCATCTATAGTCACCTATGCATTC-AAAGTCTTATTACTCATTTTAAATG
130 ATTGGCAAGAAAAGTCCATCTATAGTCACCCATGCATTCGAAAGCCTTATTACTCA-TTTAAATG
* * * * *
30932 GTTTTATAATCTCTTAATTAATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGCTAACAA-ATA--AT
194 GTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATATTTTTACATTTTTTGTTAA-AATATATTAT
* * ** * ** * * * * *
30994 ATTTGAATGC-CAATATCGAGAAATTTGAAGAAAAAGACATTCATTCGCAAGAAAAGTCTATCTA
258 AATTGAAT-CTCTACCTTG-GAAACATGAAGAAAAAGTCATCCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTA
* *
31058 TAGGT-ACCTATGCATTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGATTTTATAATCTCATAATTGA
321 TA-GTCACCTAAGCATTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGA
* * *
31122 TTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTTGTTAAAATAGATAATATTTGAATGTTTACCTTGATGA
385 TTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTTGTAAAAATA-ATAATATTTGAATGTCTACCTTGAAGA
* ** * * * * * * *
31187 ACGGGAAGAAAAAGCCATTCATTAGCAAGAAATGTCCAACTATAGCCACCCATGCGTTCGAAAGC
449 AAGCAAAGAAAAAGCCATTCATTGGTAAGAAAAGTCCATCTATAGTCACCCATACATTCGAAAGC
* *
31252 CTTATTACTCGCTTTAAGTGGTTTTATAATCTCATAATTA-ATTTTAAGTTGAATTTTTTTACAT
514 CTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAA-TAGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACTT
* * * * * * * ** * * ** *
31316 TTTCTGTTAAAACAAATAATATTTCAATGTCTACC-T-CAAAAAATAAAAATAAAAAGGCATTCA
578 TTTTTGTT-AAATATATTATAATTAAATGTTTACCTTGGGAAACAT-GAAA-AAAAAGTTATCCA
* * * ** * * * *
31379 TTGCTAAAAAAAGTCCATCTATTGTCACCCATG-CGTTCGAAAGTCGTATTACTCGTTTTAAATA
640 TTGCCAAAAAAAGTCCATTTATAGTCACTTAAGTC-TTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATA
*
31443 GTTTTATAATCTCATAATTTATTTTAAGTTGAATGTTTTTATATTTTTATTAAAATATATTATAA
704 GTTTTATAATCTCATAATTAATTTTAAGTTGAATGTTTTTATATTTTTATTAAAATATATTATAA
* * *
31508 TTAAATGTTTTCCTCAGAAACATCAAGCAAAAGTCATCCATTGAGAAGAAAAGTCTATTTATAGT
769 TTGAATGTTTTCCT-AGAAACGTAAAGCAAAAGTCATCCATTGAGAAGAAAAGTCTATTTATAGT
31573 CGCTTAAGTCTTC-
833 CGCTTAAGTCTTCA
* * * * *
31586 AAAGGCCTTATTACTTGCATTCAATGGTTTTATAATTTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTATTT
1 AAAGG-CTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATT-TTT
* * * * *
31651 TATATTTTTTATTAAAACAGATAATATTTGAATGTCTATATAGAGAAACGTGAAGGAAAAGCTAT
64 TACATTTTTTATTAAAACAGATAATATTTGAATGTCTACATTGAGAAACATGAAGAAAAAGC-AT
* * * * * *
31716 TCGTTGGTAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATGCCTTCGAAAGCCTTATTGATTGC-TTTAA
128 TCATTGGCAAGAAAAGTCCATCTATAGTCACCCATGCATTCGAAAGCCTTATT-ACT-CATTTAA
*
31780 ATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTAGAATATTTTTACATTTTTTGTTAAAATATATT
191 ATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATATTTTTACATTTTTTGTTAAAATATATT
* * *
31845 ATAATTGAATCTCTACCTTAGGAAACATGAAGCAAAAGTCATCCATTGGTAATAAAAGTCCATTT
256 ATAATTGAATCTCTACCTT-GGAAACATGAAGAAAAAGTCATCCATTGGCAAGAAAAGTCCATTT
* **** * *
31910 ACAGTTGGTTAAGTC-TTC-AACAACCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCACATAATT
320 ATAGTCACCTAAG-CATTCGAA-AGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATT
* * * *
31973 GATTTTAAGTTGAATTTGTTTTACATTTTTAGCTAAAAATAATAATATTTGAATGTCTA-CATAA
383 GATTTTAAGTTGAATTT-TTTTATATTTTTTG-TAAAAATAATAATATTTGAATGTCTACCTTGA
* *
32037 AGAAATGTAAAGAAAAAGCCATTCATTGGTAAGAAAAGTCCATCCATAGTCACCCATATC-TTCG
446 AGAAA-GCAAAGAAAAAGCCATTCATTGGTAAGAAAAGTCCATCTATAGTCACCCATA-CATTCG
* ** * * * *
32101 AAAGCCTTATTACTCACTTTAAATAATTTTATAACCTAATAATAGACTTTAAGTTGAATTGTTTT
509 AAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATAGATTTTAAGTTGAATTTTTTT
* * **
32166 GCTTTTTTTGTTAAAGTATATTATAATTAAAAGTTTACCTTGGGAAACATGAAGGAAAAGTTATC
574 ACTTTTTTTGTTAAA-TATATTATAATTAAATGTTTACCTTGGGAAACATGAAAAAAAAGTTATC
** * *
32231 CATTGCCAAATGAAGTCCATTTATAGTCACTTAAGTCTTCGAAAGCCTTATTGCTCACTTTAAAT
638 CATTGCCAAAAAAAGTCCATTTATAGTCACTTAAGTCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAAT
* * * * * *
32296 GGTTTTACAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATATTTTTATATTTTTTCTTAAAATATATTAT
703 AGTTTTATAATCTCATAATTAATTTTAAGTTGAATGTTTTTATA-TTTTTATTAAAATATATTAT
* * * *
32361 AATTGAGTGTCTGTCTTAAGAAACGTGAAGCAAAAGTCATCCATTGATG-AGAAAAGT-TCATTT
767 AATTGAATGT-TTTCCT-AGAAACGTAAAGCAAAAGTCATCCATTGA-GAAGAAAAGTCT-ATTT
* *
32424 ATAATCGCTTAAGTCTTCG
828 ATAGTCGCTTAAGTCTTCA
* * * * * *
32443 AAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGCTTTATAATCTCATAATTGATTTAAAATTGAGTTTTTTT
1 AAAGGCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGA-ATTTTTT
** * *
32508 AC-TTTTTTAACCAAAACAGATAATATTTGAATGCCTACATCGAGAAACATGAAGAAAAAGCCAT
65 ACATTTTTT-ATTAAAACAGATAATATTTGAATGTCTACATTGAGAAACATGAAGAAAAAG-CAT
* * * ** *
32572 TCATTGGCAAAAAAAGTCTATCTATAGTCACCCATGCCATT-AAAAATCTTATTACTCGCTTTAA
128 TCATTGGCAAGAAAAGTCCATCTATAGTCACCCATG-CATTCGAAAGCCTTATTACTC-ATTTAA
* * * * * * *
32636 ATGATTTTATAATCTTATAAGTCATTTTAAATCGAATATTTTT-CGA-TTTTTGATTGAAATATA
191 ATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATATTTTTAC-ATTTTTTG-TTAAAATATA
* ** * * * * *
32699 TTATAATTGAATGT-TTGCTTGGGAACCAGGAAGCAAAAGAT-ATCCATCGGCAAGAAAAATCCA
254 TTATAATTGAATCTCTACCTT-GGAAACATGAAGAAAAAG-TCATCCATTGGCAAGAAAAGTCCA
* * *
32762 TTTATAGTCGGCTTAAGTC-TTC-ATAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTGTAATCTCAT
317 TTTATAGTC-ACCTAAG-CATTCGA-AAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCAT
* * * * * * * * ***
32825 AATTGATTTTAAATTAAATGTTTTTAGATTTTTTATTAAAATATATTATAATTGAATGTCTGTTT
379 AATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTTGTAAAAATA-ATAATATTTGAATGTCTACCT
* ** * * * * * * **
32890 TAGAA-AACGTGAAGGAAAAGTCATCCATTGGCAAGAAAAGTACATTTATAGTCACTTA-AGTC-
443 T-GAAGAAAGCAAAGAAAAAGCCATTCATTGGTAAGAAAAGTCCATCTATAGTCACCCATA--CA
** * * *
32952 TTTAAAAGCCTTATTAGTCTC-CTTT-AATGGTTTTATAATCACATAATTGATTTTAAGTTAAAT
505 TTCGAAAGCCTTATTA--CTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATAGATTTTAAGTTGAAT
* *
33015 TGTTTTACATTTTTTGTTAA
568 TTTTTTACTTTTTTTGTTAA
33035 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 1873, Mismatches: 360, Indels: 131
0.79 0.15 0.06
Matches are distributed among these distances:
848 5 0.00
849 134 0.07
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858 97 0.05
859 4 0.00
ACGTcount: A:0.35, C:0.13, G:0.13, T:0.39
Consensus pattern (846 bp):
AAAGGCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTA
CATTTTTTATTAAAACAGATAATATTTGAATGTCTACATTGAGAAACATGAAGAAAAAGCATTCA
TTGGCAAGAAAAGTCCATCTATAGTCACCCATGCATTCGAAAGCCTTATTACTCATTTAAATGGT
TTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATATTTTTACATTTTTTGTTAAAATATATTATAAT
TGAATCTCTACCTTGGAAACATGAAGAAAAAGTCATCCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTC
ACCTAAGCATTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAA
GTTGAATTTTTTTATATTTTTTGTAAAAATAATAATATTTGAATGTCTACCTTGAAGAAAGCAAA
GAAAAAGCCATTCATTGGTAAGAAAAGTCCATCTATAGTCACCCATACATTCGAAAGCCTTATTA
CTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATAGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACTTTTTTTGTT
AAATATATTATAATTAAATGTTTACCTTGGGAAACATGAAAAAAAAGTTATCCATTGCCAAAAAA
AGTCCATTTATAGTCACTTAAGTCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCT
CATAATTAATTTTAAGTTGAATGTTTTTATATTTTTATTAAAATATATTATAATTGAATGTTTTC
CTAGAAACGTAAAGCAAAAGTCATCCATTGAGAAGAAAAGTCTATTTATAGTCGCTTAAGTCTTC
A
Found at i:35166 original size:171 final size:171
Alignment explanation
Indices: 34950--35605 Score: 643
Period size: 171 Copynumber: 3.8 Consensus size: 171
34940 TGACTCTTTG
* * * * *** *
34950 AAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTACAATCTCTTAATTGATTTTGGGTTGAAATATTTT
1 AAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGATTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAATTGAAATTTTTT
* * * *
35015 ACATTTTTTGTTAAGATAGATAATATTTGAATGTCTA-CTTAGGGAAACATGAAGAAAAAGTCAT
66 ACATTTTTGGTTAAAACAGATAATATTTGAATGTCTAGCTTAGGAAAACATGAAGAAAAAGTCAT
*
35079 TCATTGGTAAGAAAAGTCCGTCTATAGTCATCCATGCCTTCA
131 TCATTGGTAAGAAAAGTCCATCTATAGTCA-CCATGCCTTCA
*
35121 AAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGATTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAACTG-AATTGTTT
1 AAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGATTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAATTGAAATT-TTT
* *
35185 TACATTTTTGGTTAAAACAGATAATATTTGAATGTCTA-CATAGTAAAAC-TCGAAGAAAAA-TC
65 TACATTTTTGGTTAAAACAGATAATATTTGAATGTCTAGCTTAGGAAAACAT-GAAGAAAAAGT-
* **
35247 CATTCATTGATAAGGGAAGTCCATCTATAGTCACCCATGCCTTCA
128 CATTCATTGGTAAGAAAAGTCCATCTATAGTCA-CCATGCCTTCA
* *
35292 AAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTTATAATTGATTTTAAATTG-AATTTTTT
1 AAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGATTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAATTGAAATTTTTT
* * * * * * * * * * *
35356 CACTTTTTTTGTTAAAATATATTATAATTGAATGTC-AGCCT-CGAGAAACATAAAGCAAAAGTT
66 -ACATTTTTGGTTAAAACAGATAATATTTGAATGTCTAGCTTAGGA-AAACATGAAGAAAAAGTC
** * * * * * *
35419 AGCCAGTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTTAAGTCTTCA
129 ATTCATTGGTAAGAAAAGTCCATCTATAGTCAC-CATGCCTTCA
* * * * * * *
35463 AAACCCTTATTACTTGCTTTTAATGATTTTATGAA-CCCATTATTCATTTTAAGTT-AAATTTTC
1 AAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGATTTTAT-AATCTCATAATTGATTTTAAATTGAAATTTT-
* ** ** *
35526 TTACATTTTTGGCT-AAACAGATAATATTTGAATGTCTATATTA-GAAAATGTGAAGAAAAAGCC
64 TTACATTTTTGGTTAAAACAGATAATATTTGAATGTCTAGCTTAGGAAAACATGAAGAAAAAGTC
* *
35589 ATTCATCGGTAGGAAAA
129 ATTCATTGGTAAGAAAA
35606 TGTTAGTCCA
Statistics
Matches: 394, Mismatches: 77, Indels: 29
0.79 0.15 0.06
Matches are distributed among these distances:
170 53 0.13
171 335 0.85
172 6 0.02
ACGTcount: A:0.35, C:0.14, G:0.13, T:0.38
Consensus pattern (171 bp):
AAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGATTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAATTGAAATTTTTT
ACATTTTTGGTTAAAACAGATAATATTTGAATGTCTAGCTTAGGAAAACATGAAGAAAAAGTCAT
TCATTGGTAAGAAAAGTCCATCTATAGTCACCATGCCTTCA
Found at i:35514 original size:342 final size:341
Alignment explanation
Indices: 34950--35594 Score: 802
Period size: 342 Copynumber: 1.9 Consensus size: 341
34940 TGACTCTTTG
***
34950 AAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTACAATCTCTTAATTGATTTTGGGTTGAAATATTTT
1 AAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTACAATCTCTTAATTGATTTTAAATTGAAATATTTT
* * * * * **
35015 ACATTTTTTGTTAAGATAGATAATATTTGAATGTCTACTTAGGGAAACATGAAGAAAAAGTCATT
66 ACATTTTTTGTTAAAATAGATAATAATTGAATGTCTACCTAGAGAAACATAAAGAAAAAGTCAGC
* * * * *
35080 CATTGGTAAGAAAAGTCCGTCTATAGTCATCCATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAAT
131 CAGTGGCAAGAAAAGTCCATCTATAGTCATCCAAGCCTTCAAAACCCTTATTACTCGCTTTAAAT
* * * *
35145 GATTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAACTGAATTGTT-TTACATTTTTGGTTAAAACAGATAA
196 GATTTTATAATCCCATAATTCATTTTAAACTAAATT-TTCTTACATTTTTGGCT-AAACAGATAA
*
35209 TATTTGAATGTCTACA-TAGTAAAACT-CGAAGAAAAATCCATTCATTGATAAGGGAAGTCCATC
259 TATTTGAATGTCTACATTAG-AAAA-TGCGAAGAAAAAGCCATTCATTGATAAGGGAAGTCCATC
35272 TATAGTCACCCATGCCTTCA
322 TATAGTCACCCATGCCTTCA
* * *
35292 AAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCT-TATAATTGATTTTAAATTG-AATTTTT
1 AAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTACAATCTCT-TAATTGATTTTAAATTGAAATATTT
* * * * * *
35355 TCACTTTTTTTGTTAAAATATATTATAATTGAATGTC-AGCCTCGAGAAACATAAAGCAAAAGTT
65 T-ACATTTTTTGTTAAAATAGATAATAATTGAATGTCTA-CCTAGAGAAACATAAAGAAAAAGTC
* * * *
35419 AGCCAGTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCA-CTTAAGTCTTCAAAACCCTTATTACTTGCTTT
128 AGCCAGTGGCAAGAAAAGTCCATCTATAGTCATC-CAAGCCTTCAAAACCCTTATTACTCGCTTT
* * **
35483 TAATGATTTTATGAA-CCCATTATTCATTTTAAGTTAAATTTTCTTACATTTTTGGCTAAACAGA
192 AAATGATTTTAT-AATCCCATAATTCATTTTAAACTAAATTTTCTTACATTTTTGGCTAAACAGA
* *
35547 TAATATTTGAATGTCTATATTAGAAAATGTGAAGAAAAAGCCATTCAT
256 TAATATTTGAATGTCTACATTAGAAAATGCGAAGAAAAAGCCATTCAT
35595 CGGTAGGAAA
Statistics
Matches: 256, Mismatches: 39, Indels: 17
0.82 0.12 0.05
Matches are distributed among these distances:
340 1 0.00
341 58 0.23
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343 2 0.01
ACGTcount: A:0.35, C:0.14, G:0.13, T:0.38
Consensus pattern (341 bp):
AAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTACAATCTCTTAATTGATTTTAAATTGAAATATTTT
ACATTTTTTGTTAAAATAGATAATAATTGAATGTCTACCTAGAGAAACATAAAGAAAAAGTCAGC
CAGTGGCAAGAAAAGTCCATCTATAGTCATCCAAGCCTTCAAAACCCTTATTACTCGCTTTAAAT
GATTTTATAATCCCATAATTCATTTTAAACTAAATTTTCTTACATTTTTGGCTAAACAGATAATA
TTTGAATGTCTACATTAGAAAATGCGAAGAAAAAGCCATTCATTGATAAGGGAAGTCCATCTATA
GTCACCCATGCCTTCA
Found at i:36529 original size:73 final size:73
Alignment explanation
Indices: 36396--36532 Score: 179
Period size: 73 Copynumber: 1.9 Consensus size: 73
36386 AACATTGCCA
* ** * *
36396 TTTAGTCGATTAAGTCATCTCTGTCTTTGGACTCAGTTTTTGGCAGTAGACTCTTCGTCAACTAA
1 TTTAGTCGATTAAGTCATCTCTGTCTCTAAACTCAGTTTTTGGCAGTAGACACTTAGTCAACTAA
36461 CAAAACTT
66 CAAAACTT
* *
36469 TTTAGTCGATTAAGTCGTTTCTGTCTCTAAAC-CTAGTTTTTGGCAGTA-AGCACTTAGTCAACT
1 TTTAGTCGATTAAGTCATCTCTGTCTCTAAACTC-AGTTTTTGGCAGTAGA-CACTTAGTCAACT
36532 A
64 A
36533 GCACTGTCTC
Statistics
Matches: 55, Mismatches: 7, Indels: 4
0.83 0.11 0.06
Matches are distributed among these distances:
72 2 0.04
73 53 0.96
ACGTcount: A:0.25, C:0.20, G:0.17, T:0.39
Consensus pattern (73 bp):
TTTAGTCGATTAAGTCATCTCTGTCTCTAAACTCAGTTTTTGGCAGTAGACACTTAGTCAACTAA
CAAAACTT
Found at i:37059 original size:171 final size:170
Alignment explanation
Indices: 36805--38025 Score: 923
Period size: 171 Copynumber: 7.1 Consensus size: 170
36795 CTATGCCTTC
* * * * *
36805 GAAAGCCTTGTTACTCACTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAGTAGACTTTAAGTTGAATTGTTT
1 GAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATA-TTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTT
* * * * * *
36870 TGCATTTTTTGTTAAAATATACTATAATTGAAAGTTTACCTTGGGAAACATAAAGCAAAAGTTAT
65 TACATTTTTTGTTAAAATATATTATAATTGAATGTCTACCTTAGGAAACATAAAGCAAAAGTCAT
* * * *
36935 CCATTGGCAATAGAAGCCCATTTATAGTTGCTTAAGTCTTT
130 CCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCGCTTAAGTCTTT
* * * *
36976 GAAAGCCTTATTGCTCACTTTAAATGATTTTATAATCTCATAATTAATTTTAAGTTGAATTTGTA
1 GAAAGCCTTATTACTCACTTTAAAT-ATTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTT
* * * * * * * * *
37041 TACAGTTTTTGCTAAAATATATTATAATTGAGTGTCTGCCTTAAGAAACGTGAAGTAAAAATCAT
65 TACATTTTTTGTTAAAATATATTATAATTGAATGTCTACCTTAGGAAACATAAAGCAAAAGTCAT
* * * *
37106 CCATTGGTAAAAAAAATCTATTTATAGTCGCTTAAGTCTTT
130 CCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCGCTTAAGTCTTT
* * * * * **********
37147 AAAAGCCTTGTTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCACAATTGNNNNNNNNNNGAATTTTTT
1 GAAAGCCTTATTACTCACTTTAAAT-ATTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTT
* * ** *
37212 TATATTTTTTGTTAAAATATATTATAATTAAATGTCTACCTCGGGAAACATAAAGCAAAAGTTAT
65 TACATTTTTTGTTAAAATATATTATAATTGAATGTCTACCTTAGGAAACATAAAGCAAAAGTCAT
* *
37277 CCATCGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTTGCTTAAGTC-TT
130 CCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCGCTTAAGTCTTT
* * * * *
37317 CATAGGCCTTATTACTCGCTTTAAATAATTTTTTAATCTCATAATTGATTTTAAATTGAATTTTT
1 GA-AAGCCTTATTACTCACTTTAAAT-ATTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTT
* * * ** * * * *
37382 TTAGATTTTTTATTAAAATGTATTATAATTCCATGTCTGCTTTAGGAAACATGAAGGAAAAGTCA
64 TTACATTTTTTGTTAAAATATATTATAATTGAATGTCTACCTTAGGAAACATAAAGCAAAAGTCA
*
37447 TCCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATGGTCGCTTAAGTCTTT
129 TCCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCGCTTAAGTCTTT
* * *
37489 GAAAGCCTTATTACTTACTTTAAATAGTTTTATAATCACATAATTGATTTTAAGTTGACTTTTTT
1 GAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATA-TTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTT
* * * * * * *
37554 TATATTTTTTCTTAAAATATATTATAACTGAATGTTTACCTTAGGAAACGTGAGGCAAAAGTCAT
65 TACATTTTTTGTTAAAATATATTATAATTGAATGTCTACCTTAGGAAACATAAAGCAAAAGTCAT
** * * * * * ** * * *
37619 CTTTTGACAAGAAAAATCTATCTATAGTCACCCATGCCTTC
130 CCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCGCTTAAGTCTTT
* * * ** * *
37660 AAAAGCGTTATTATTCGTTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAATT-AAATTTTT
1 GAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATA-TTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTT
* * * * * ** *
37724 AATATATTTTT-TTAAATTATATTATAACTGAATGTTTTTCTT-GGAAAACAT-GAG-ATAAGAG
65 TACAT-TTTTTGTTAAAATATATTATAATTGAATGTCTACCTTAGG-AAACATAAAGCA-AA-AG
* * ** * * * * * * ** *
37785 TGAACTTTTAGCTAGAAAAGTTCATCTATGGTCACCCATGTCTTT
126 TCATCCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCGCTTAAGTCTTT
* ** * ********** *
37830 GAAAGCCATATTGGTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTNNNNNNNNNNTTTAAGTTGAAATTTTT
1 GAAAGCCTTATTACTCACTTTAAAT-ATTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTT
** * * *
37895 TACATTGTTTTG-TAAAATATATTATAATTGAATGTCTGTCTCAGG-AA-ATGAGAGGCAGAAGT
65 TACATT-TTTTGTTAAAATATATTATAATTGAATGTCTACCTTAGGAAACAT-A-AAGCAAAAGT
* * * *
37957 CATCTATTGGCAA-AACAAGTCCATTTATTGTCACTTAAGTCTTC
127 CATCCATTGGCAAGAA-AAGTCCATTTATAGTCGCTTAAGTCTTT
* *
38001 AAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAAT
1 GAAAGCCTTATTACTCACTTTAAAT
38026 GNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 823, Mismatches: 209, Indels: 36
0.77 0.20 0.03
Matches are distributed among these distances:
168 1 0.00
169 7 0.01
170 124 0.15
171 682 0.83
172 8 0.01
173 1 0.00
ACGTcount: A:0.33, C:0.12, G:0.13, T:0.40
Consensus pattern (170 bp):
GAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATATTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTT
ACATTTTTTGTTAAAATATATTATAATTGAATGTCTACCTTAGGAAACATAAAGCAAAAGTCATC
CATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCGCTTAAGTCTTT
Found at i:37450 original size:342 final size:341
Alignment explanation
Indices: 36806--37750 Score: 1016
Period size: 342 Copynumber: 2.8 Consensus size: 341
36796 TATGCCTTCG
* * * * * * *
36806 AAAGCCTTGTTACTCACTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAGTAGACTTTAAGTTGAATTGTTTT
1 AAAGCCTTATTACTCACTTTAAATAGTTTTATAATCACACAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTT
** *
36871 GCATTTTTTGTTAAAATATACTATAATTGAAA-GTTTACCTTGGGAAACATAAAGCAAAAGTTAT
66 ATATTTTTTGTTAAAATATATTATAATT-AAATGTTTACCTTGGGAAACATAAAGCAAAAGTTAT
* * * * * *
36935 CCATTGGCAATAGAAGCCCATTTATAGTTGCTTAAGTCTTTGAAAGCCTTATTGCTCACTTTAAA
130 CCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTTGCTTAAGTC-TTCAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAA
* * * * *
37000 TGATTTTATAATCTCATAATTAATTTTAAGTTGAATTTGTATACAGTTTTTGCTAAAATATATTA
194 TAATTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAATTGAATTTTTATACAGTTTTTACTAAAATATATTA
* * * * *
37065 TAATTGAGTGTCTGCCTTAAGAAACGTGAAGTAAAAATCATCCATTGGTAAAAAAAATCTATTTA
259 TAATTCAGTGTCTGCCTTAAGAAACATGAAGGAAAAATCATCCATTGGCAAAAAAAATCCATTTA
37130 TAGTCGCTTAAGTCTTTA
324 TAGTCGCTTAAGTCTTTA
* * * * **********
37148 AAAGCCTTGTTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCACAATTGNNNNNNNNNNGAATTTTTTT
1 AAAGCCTTATTACTCACTTTAAATAGTTTTATAATCACACAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTT
* *
37213 ATATTTTTTGTTAAAATATATTATAATTAAATGTCTACCTCGGGAAACATAAAGCAAAAGTTATC
66 ATATTTTTTGTTAAAATATATTATAATTAAATGTTTACCTTGGGAAACATAAAGCAAAAGTTATC
* *
37278 CATCGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTTGCTTAAGTCTTCATAGGCCTTATTACTCGCTTTAAAT
131 CATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTTGCTTAAGTCTTCA-AAGCCTTATTACTCGCTTTAAAT
* * * * * *
37343 AATTTTTTAATCTCATAATTGATTTTAAATTGAATTTTTTTAGATTTTTTATTAAAATGTATTAT
195 AATTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAATTGAATTTTTATACAGTTTTTACTAAAATATATTAT
* * * * *
37408 AATTCCA-TGTCTGCTTTAGGAAACATGAAGGAAAAGTCATCCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTA
260 AATT-CAGTGTCTGCCTTAAGAAACATGAAGGAAAAATCATCCATTGGCAAAAAAAATCCATTTA
* *
37472 TGGTCGCTTAAGTCTTTG
324 TAGTCGCTTAAGTCTTTA
* * *
37490 AAAGCCTTATTACTTACTTTAAATAGTTTTATAATCACATAATTGATTTTAAGTTGACTTTTTTT
1 AAAGCCTTATTACTCACTTTAAATAGTTTTATAATCACACAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTT
* * * * * * * *
37555 ATATTTTTTCTTAAAATATATTATAACTGAATGTTTACCTTAGGAAACGTGAGGCAAAAGTCATC
66 ATATTTTTTGTTAAAATATATTATAATTAAATGTTTACCTTGGGAAACATAAAGCAAAAGTTATC
** * * * * ** ** * * * * *
37620 TTTTGACAAGAAAAATCTATCTATAGTCACCCATGCCTTCAAAAGCGTTATTATTCGTTTTAAAT
131 CATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTTGCTTAAGTCTTC-AAAGCCTTATTACTCGCTTTAAAT
* * * * *
37685 AGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAATTAAATTTTTAATATA-TTTTT-TTAAATTATATTA
195 AATTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAATTGAATTTTT-ATACAGTTTTTACTAAAATATATTA
37748 TAA
259 TAA
37751 CTGAATGTTT
Statistics
Matches: 495, Mismatches: 103, Indels: 11
0.81 0.17 0.02
Matches are distributed among these distances:
341 20 0.04
342 470 0.95
343 5 0.01
ACGTcount: A:0.34, C:0.12, G:0.12, T:0.41
Consensus pattern (341 bp):
AAAGCCTTATTACTCACTTTAAATAGTTTTATAATCACACAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTT
ATATTTTTTGTTAAAATATATTATAATTAAATGTTTACCTTGGGAAACATAAAGCAAAAGTTATC
CATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTTGCTTAAGTCTTCAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATA
ATTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAATTGAATTTTTATACAGTTTTTACTAAAATATATTATA
ATTCAGTGTCTGCCTTAAGAAACATGAAGGAAAAATCATCCATTGGCAAAAAAAATCCATTTATA
GTCGCTTAAGTCTTTA
Found at i:37723 original size:513 final size:512
Alignment explanation
Indices: 36809--37750 Score: 1136
Period size: 513 Copynumber: 1.8 Consensus size: 512
36799 GCCTTCGAAA
* * * *
36809 GCCTTGTTACTCACTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAGTAGACTTTAAGTTGAATTGTTTTGCA
1 GCCTTATTACTCACTTTAAATAATTTTATAATCTCATAATAGACTTTAAATTGAATTGTTTTGCA
* * * * *
36874 TTTTTTGTTAAAATATACTATAATTGAAAGTTTACCTTGGGAAACATAAAGCAAAAGTTATCCAT
66 TTTTTTATTAAAATATACTATAATTCAAAGTCTACCTTAGGAAACATAAAGCAAAAGTCATCCAT
* * * *
36939 TGGCAATAGAAGCCCATTTATAGTTGCTTAAGTCTTTGAAAGCCTTATTGCTCACTTTAAATGAT
131 TGGCAAGAAAAGCCCATTTATAGTCGCTTAAGTCTTTGAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGAT
* *
37004 TTTATAATCTCATAATTAATTTTAAGTTGAATTTGTATACAGTTTTTGCTAAAATATATTATAAT
196 TTTATAATCACATAATTAATTTTAAGTTGAATTTGTATACAGTTTTTGCTAAAATATATTATAAC
* * * ** *
37069 TGAGTGTCTGCCTTAAGAAACGTGAAGTAAAAATCATCCATTGGTAAAAAAAATCTATTTATAGT
261 TGAATGTCTACCTTAAGAAACGTGAAGCAAAAATCATCCATTGACAAAAAAAATCTATCTATAGT
* ** * * * * ******
37134 CGCTTAAGTCTTTAAAAGCCTTGTTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCACAATTGNNNNNN
326 CACCCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCACAATTGATTTTA
***** *
37199 NNNNGAATTTTT-TTATATTTTTTGTTAAAATATATTATAATTAAATGTCTACCTCGGGAAACAT
391 AATTAAATTTTTAATATA-TTTTT-TTAAAATATATTATAATTAAATGTCTACCTCGGGAAACAT
37263 AAAGCAAAAGTTATCCATCGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTTGCTTAAGTCTTCATAG
454 AAAGCAAAAGTTATCCATCGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTTGCTTAAGTCTTCATAG
* * * * *
37322 GCCTTATTACTCGCTTTAAATAATTTTTTAATCTCATAATTGATTTTAAATTGAATTTTTTTAG-
1 GCCTTATTACTCACTTTAAATAATTTTATAATCTCATAATAGACTTTAAATTGAATTGTTTT-GC
* * * * * * * *
37386 ATTTTTTATTAAAATGTATTATAATTCCATGTCTGCTTTAGGAAACATGAAGGAAAAGTCATCCA
65 ATTTTTTATTAAAATATACTATAATTCAAAGTCTACCTTAGGAAACATAAAGCAAAAGTCATCCA
* * *
37451 TTGGCAAGAAAAGTCCATTTATGGTCGCTTAAGTCTTTGAAAGCCTTATTACTTACTTTAAAT-A
130 TTGGCAAGAAAAGCCCATTTATAGTCGCTTAAGTCTTTGAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGA
* * * * * *
37515 GTTTTATAATCACATAATTGATTTTAAGTTGACTTTTTTTATA-TTTTTTCTTAAAATATATTAT
195 -TTTTATAATCACATAATTAATTTTAAGTTGAATTTGTATACAGTTTTTGC-TAAAATATATTAT
* * * * ** *
37579 AACTGAATGTTTACCTTAGGAAACGTGAGGCAAAAGTCATCTTTTGACAAGAAAAATCTATCTAT
258 AACTGAATGTCTACCTTAAGAAACGTGAAGCAAAAATCATCCATTGACAAAAAAAATCTATCTAT
* * * * *
37644 AGTCACCCATGCCTTCAAAAGCGTTATTATTCGTTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATT
323 AGTCACCCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCACAATTGATT
*
37709 TTAAATTAAATTTTTAATATATTTTTTTAAATTATATTATAA
388 TTAAATTAAATTTTTAATATATTTTTTTAAAATATATTATAA
37751 CTGAATGTTT
Statistics
Matches: 350, Mismatches: 75, Indels: 9
0.81 0.17 0.02
Matches are distributed among these distances:
512 22 0.06
513 323 0.92
514 5 0.01
ACGTcount: A:0.34, C:0.12, G:0.12, T:0.41
Consensus pattern (512 bp):
GCCTTATTACTCACTTTAAATAATTTTATAATCTCATAATAGACTTTAAATTGAATTGTTTTGCA
TTTTTTATTAAAATATACTATAATTCAAAGTCTACCTTAGGAAACATAAAGCAAAAGTCATCCAT
TGGCAAGAAAAGCCCATTTATAGTCGCTTAAGTCTTTGAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGAT
TTTATAATCACATAATTAATTTTAAGTTGAATTTGTATACAGTTTTTGCTAAAATATATTATAAC
TGAATGTCTACCTTAAGAAACGTGAAGCAAAAATCATCCATTGACAAAAAAAATCTATCTATAGT
CACCCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCACAATTGATTTTA
AATTAAATTTTTAATATATTTTTTTAAAATATATTATAATTAAATGTCTACCTCGGGAAACATAA
AGCAAAAGTTATCCATCGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTTGCTTAAGTCTTCATAG
Found at i:39061 original size:171 final size:170
Alignment explanation
Indices: 38705--40073 Score: 1150
Period size: 171 Copynumber: 8.0 Consensus size: 170
38695 NNNNNNNNNN
* * * * * *
38705 AAATAGTTTTATAATCTCATAATTAATTTTAAGTAGAATTTTTTTACA-TTTTGGTTGAAATATA
1 AAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTTGTTAAAATATA
* * * ** * ** * * *
38769 TTATCATTAAATATCTGCCTCAAGAAACATGGGGTAAAAGTCATCCATTTG-AATGAAAAGTCCA
66 TTATAATTGAATGTCTGCCTTGAGAAACGTGAAGCAAAAGT-ATCCATTAGTAA-GAAAAGTCTA
* * * *
38833 TTTATAGTCGCTTAAGTCTTTGAAAGCTTTATTAGTCGCTTC
129 TTTATAGTCGCTTAAGTCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTT
* * * * * *
38875 AAAAGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAATTGAGTTTTTTTATATTTTTGGTCAAAATAGA
1 AAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTTGTTAAAATATA
* * * * * * * * * *
38940 TAATATTTGAATGCCTACATTGAGAAACGTAAAGAAAAAGCTATTCATTAGCAAGAAAAGTATAT
66 TTATAATTGAATGTCTGCCTTGAGAAACGTGAAGCAAAAG-TATCCATTAGTAAGAAAAGTCTAT
* * * * * * *
39005 CTATAGTCGCTCATGCCTTCAAAAGTCTTATTATTCGCTTT
130 TTATAGTCGCTTAAGTCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTT
* * **
39046 AAATGATTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACA-TTTTTGTTTGTAATAT
1 AAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTTG-TTAAAATAT
* * * * * ** *
39110 TTTATAATTAAATGTCTGCCTCTG-GAAACATAAAGCGAAAGTTATCCATCGGTAAGAAAAGTTT
65 ATTATAATTGAATGTCTGCCT-TGAGAAACGTGAAGCAAAAG-TATCCATTAGTAAGAAAAGTCT
* * *
39174 ATTTATAGTTGCTTAAGTCTTC-ACAGGCCTTATTACTGGCTTT
128 ATTTATAGTCGCTTAAGTCTTCGA-AAGCCTTATTACTCGCTTT
** * * *
39217 AAATAATCTTT-TAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGACTTTTTTTAGATTTTTTATTAAAATAT
1 AAATGGT-TTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTTGTTAAAATAT
* * * * * * *
39281 TTTATAAATGTATGTCTG-CTTTAGGAAACGTGAAGGAAAAGTCATCCATTATTAAGAAAAGTCC
65 ATTATAATTGAATGTCTGCCTTGA-GAAACGTGAAGCAAAAGT-ATCCATTAGTAAGAAAAGTCT
*
39345 ATTTATAGTCGCTTAAGTCTTTGAAAGCCTTATTACTCGCTTT
128 ATTTATAGTCGCTTAAGTCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTT
* *
39388 AAATGGTTTTATAATCACATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATATTTT-TTAAAATATA
1 AAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTTGTTAAAATATA
* * * * * * ** * *
39452 TTATAACTGAATGTTTACCTTGGGAAATGTGAGGCAAAAGTCATCTTTTTGTAAGAAAAATCTAT
66 TTATAATTGAATGTCTGCCTTGAGAAACGTGAAGCAAAAGT-ATCCATTAGTAAGAAAAGTCTAT
* * ** * * * *
39517 CTATAGTCACCCATA-CCTTTGAAAGCTTTATTA-TCCACTTT
130 TTATAGTCGCTTA-AGTCTTCGAAAGCCTTATTACT-CGCTTT
* *
39558 AAATGGTTTAATAATCTCATAATTGATTTTAGGTTGAATTTTTTTACT-TTTTTTGTTAAAATAT
1 AAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTA-TATTTTTTGTTAAAATAT
* * * * *
39622 ATTATAATTGAATGTCTGCCTTAAGAAAAGTGAAGCAAAAGTTATCCATTGGTAA-AAACAATCC
65 ATTATAATTGAATGTCTGCCTTGAGAAACGTGAAGCAAAAG-TATCCATTAGTAAGAAA-AGTCT
* * *
39686 ATTTATAGTTG-TTAGGTCTTCGAAAGCCTTATAACTCGCTTT
128 ATTTATAGTCGCTTAAGTCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTT
* *
39728 AAATGGTTTTATAATCTCATAATTTATTTTAAGTTGAATTTTTTTAAATTTTTTGTTAAAATATA
1 AAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTTGTTAAAATATA
* * * * * * * ** *
39793 TTACAATTGAATGTTTGTCTTGGGAAACATG-GGTAAAAGTATACTTTTAGTAAGAAAAGTCCAT
66 TTATAATTGAATGTCTGCCTTGAGAAACGTGAAGCAAAAGTAT-CCATTAGTAAGAAAAGTCTAT
* * ** ** * * * *
39857 CTATGGTTACCCATGTCTTCGAAAGTCATATTAGTCGCTTT
130 TTATAGTCGCTTAAGTCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTT
* * * * *
39898 AAATAGTTTTATAATCTCATAATTCATTTGAAGTTGAAGTTTTTTATATTTTTTG-CAAAATATA
1 AAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTTGTTAAAATATA
* ** * ** * * * * *
39962 TATGATAATTGAATGTTTGCCTCAAGAATCGACAGGCAGAAGTCATCCATTGGCAAAAAAAGTCT
66 T-T-ATAATTGAATGTCTGCCTTGAGAAACGTGAAGCAAAAGT-ATCCATTAGTAAGAAAAGTCT
* * *
40027 ATTTATTA-TCGCTTAAGTCATCCAAAGCCTTATTACTTGCTTT
128 ATTTA-TAGTCGCTTAAGTCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTT
40070 AAAT
1 AAAT
40074 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 953, Mismatches: 215, Indels: 60
0.78 0.18 0.05
Matches are distributed among these distances:
168 3 0.00
169 36 0.04
170 371 0.39
171 473 0.50
172 67 0.07
173 3 0.00
ACGTcount: A:0.34, C:0.12, G:0.13, T:0.41
Consensus pattern (170 bp):
AAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTTGTTAAAATATA
TTATAATTGAATGTCTGCCTTGAGAAACGTGAAGCAAAAGTATCCATTAGTAAGAAAAGTCTATT
TATAGTCGCTTAAGTCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTT
Found at i:39689 original size:341 final size:339
Alignment explanation
Indices: 38862--40073 Score: 1005
Period size: 341 Copynumber: 3.5 Consensus size: 339
38852 TTGAAAGCTT
* * * * *
38862 TATTAGTCGCTTCAAA-AGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAATTGAGTTTTTTTATATTT
1 TATTAGTCACTTTAAATA-GTTTAATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTAT-TTT
* * * * * * * * * * * * *
38926 TTGGTCAAAATAGATAATATTTGAATGCCTACATTGAGAAACGTAAAGAAAAAG-CTATTCATTA
64 TTTGTTAAAATATATTATAATTGAATGTCTGCCTTAAGAAACGTGAAGCAAAAGTC-ATCCATTG
* * ** * * * * * * * *
38990 GCAAGAAAAGTATATCTATAGTCGCTCATGCCTTCAAAAGTCTTATTATTCGCTTTAAATGATTT
128 GTAA-AAAAATCCATTTATAGTCGCTTAAGTCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTT
* * ** * * *
39055 TATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACAT-TTTTGTTTGTAATATTTTATAATT
192 TATAATCACATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTAAATATTTTG-TTAAAATATATTACAACT
* * * ** * ** ** * ** *
39119 AAATGTCTGCCTCT-GGAAACATAAAGCGAAAGT-TATCCATCGGTAAGAAAAGTTTATTTATAG
256 GAATGTTTACCT-TGGGAAACAT-GGGCAAAAGTATA-CTTTTAGTAAGAAAAATCCATCTATAG
** ** * * * *
39182 TTGCTTA-AGTCTTC-ACAGGCCT
318 TCACCCATA-CCTTCGA-AAGTCA
* ** * * * *
39204 TATTACTGGCTTTAAATAATCTT-TTAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGACTTTTTTTAGATTT
1 TATTAGTCACTTTAAATAGT-TTAATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTA-TTTT
* * * * * * * **
39268 TTTATTAAAATATTTTATAAATGTATGTCTGCTTTAGGAAACGTGAAGGAAAAGTCATCCATTAT
64 TTTGTTAAAATATATTATAATTGAATGTCTGCCTTAAGAAACGTGAAGCAAAAGTCATCCATTGG
* *
39333 TAAGAAAAGTCCATTTATAGTCGCTTAAGTCTTTGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTT
129 TAA-AAAAATCCATTTATAGTCGCTTAAGTCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTT
* *
39398 ATAATCACATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATATTTT-TTAAAATATATTATAACTGA
193 ATAATCACATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTAAATATTTTGTTAAAATATATTACAACTGA
** * *
39462 ATGTTTACCTTGGGAAATGTGAGGCAAAAGTCAT-CTTTTTGTAAGAAAAATCTATCTATAGTCA
258 ATGTTTACCTTGGGAAACATG-GGCAAAAGT-ATACTTTTAGTAAGAAAAATCCATCTATAGTCA
* *
39526 CCCATACCTTTGAAAG-CTT
321 CCCATACCTTCGAAAGTC-A
* *
39545 TATTA-TCCACTTTAAATGGTTTAATAATCTCATAATTGATTTTAGGTTGAATTTTTTTACTTTT
1 TATTAGT-CACTTTAAATAGTTTAATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTA-TTTT
* *
39609 TTTGTTAAAATATATTATAATTGAATGTCTGCCTTAAGAAAAGTGAAGCAAAAGTTATCCATTGG
64 TTTGTTAAAATATATTATAATTGAATGTCTGCCTTAAGAAACGTGAAGCAAAAGTCATCCATTGG
* * *
39674 TAAAAACAATCCATTTATAGTTG-TTAGGTCTTCGAAAGCCTTATAACTCGCTTTAAATGGTTTT
129 TAAAAA-AATCCATTTATAGTCGCTTAAGTCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTT
* * * *
39738 ATAATCTCATAATTTATTTTAAGTTGAATTTTTTTAAATTTTTTGTTAAAATATATTACAATTGA
193 ATAATCACATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTAAATATTTTGTTAAAATATATTACAACTGA
** * * * *
39803 ATGTTTGTCTTGGGAAACATGGGTAAAAGTATACTTTTAGTAAGAAAAGTCCATCTATGGTTACC
258 ATGTTTACCTTGGGAAACATGGGCAAAAGTATACTTTTAGTAAGAAAAATCCATCTATAGTCACC
**
39868 CATGTCTTCGAAAGTCA
323 CATACCTTCGAAAGTCA
* * * * *
39885 TATTAGTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTCATTTGAAGTTGAAGTTTTTTATATTTT
1 TATTAGTCACTTTAAATAGTTTAATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTAT-TTTT
* * * * ** * *
39950 TTG-CAAAATATATATGATAATTGAATGTTTGCCTCAAGAATCGACAGGCAGAAGTCATCCATTG
65 TTGTTAAAATATAT-T-ATAATTGAATGTCTGCCTTAAGAAACGTGAAGCAAAAGTCATCCATTG
* * * * *
40014 GCAAAAAAAGTCTATTTATTA-TCGCTTAAGTCATCCAAAGCCTTATTACTTGCTTTAAAT
128 GTAAAAAAA-TCCATTTA-TAGTCGCTTAAGTCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAAT
40074 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 709, Mismatches: 136, Indels: 50
0.79 0.15 0.06
Matches are distributed among these distances:
339 12 0.02
340 192 0.27
341 277 0.39
342 219 0.31
343 9 0.01
ACGTcount: A:0.33, C:0.12, G:0.13, T:0.41
Consensus pattern (339 bp):
TATTAGTCACTTTAAATAGTTTAATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATTTTTT
TGTTAAAATATATTATAATTGAATGTCTGCCTTAAGAAACGTGAAGCAAAAGTCATCCATTGGTA
AAAAAATCCATTTATAGTCGCTTAAGTCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATA
ATCACATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTAAATATTTTGTTAAAATATATTACAACTGAATG
TTTACCTTGGGAAACATGGGCAAAAGTATACTTTTAGTAAGAAAAATCCATCTATAGTCACCCAT
ACCTTCGAAAGTCA
Found at i:41201 original size:171 final size:171
Alignment explanation
Indices: 40468--43634 Score: 2418
Period size: 171 Copynumber: 18.6 Consensus size: 171
40458 CCTAAGGCAA
** * *
40468 ACATTCAATTATAATATATTTTGTCAAAACATGTAAACAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGA
1 ACATTCAATTATAATATATTTTAACAAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGA
* * * * * * * * *
40533 TTAT-AAACTCATTTAAAGCAACTAATATGGCTTTTAAAGACATGAGTGACCATAGATAGACTTT
66 TTATAAAAC-CATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGACTTAAGTGACTATAAATGGACTTT
*** * * * * * * *
40597 TCTTATTAA-AAATTCACTTTTGCCTCATGTTTCCT-AAGACAA
130 TCTTGCCAATGAA-TGACTTTTTCTTCACGTTTCCTCAAG-TAG
* * * *
40639 ACATTCAGTTATAATATA-TTTAACAAAAAATGCAAAAAAAATT-AACTTAAAATTAACTATGAG
1 ACATTCAATTATAATATATTTTAACAAAAAATG-TAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAG
* * **
40702 ATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGACTTCTGAAGACTTAAACGACTATAAATGGACTTT
65 ATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGACTTAAGTGACTATAAATGGACTTT
* * * *
40767 TCTTGCCAAT-AGATAACTTTTGCTTCACGTTTTCT-AAGGTAA
130 TCTTGCCAATGA-ATGACTTTTTCTTCACGTTTCCTCAA-GTAG
* * * *
40809 ACATTCAATTATAATATATTTTAATAAAAAA-AT-AAAAAATTTAATTTAAAATCAATTATGAGA
1 ACATTCAATTATAATATATTTTAACAAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGA
* * * * * * * * *
40872 TTATAAAATCATTTAGAGCGAGTAATAAAGCTTTCGAAGGCATGAGTGACTATAGATGGATTTTT
66 TTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGACTTAAGTGACTATAAATGGACTTTT
* * * * *
40937 CTGGCCAA-AAGATGACTTTTGCCTCACATTT-CTCAAG-A-
131 CTTGCCAATGA-ATGACTTTTTCTTCACGTTTCCTCAAGTAG
** * * **
40975 A-AAAC-ATTATAATAT-TTTTAATAAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGTCA
1 ACATTCAATTATAATATATTTTAACAAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGA
* * * * *
41037 TTATAAAACCATTTAAAGTGAATAATAAGGTTTTTGAAGACTTAAGCGACTATAAGTGGACTTTT
66 TTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGACTTAAGTGACTATAAATGGACTTTT
* *
41102 CTTGCCAATGAATGACTTTTTCTTCACGTTTCCTGAAGCAG
131 CTTGCCAATGAATGACTTTTTCTTCACGTTTCCTCAAGTAG
* * * * * *
41143 ACATGCAATTATTACATATTTTAACAAAAAATTTAAAAAAAATCAA-TTGAAAATCAATTATGAA
1 ACATTCAATTATAATATATTTTAACAAAAAATGTAAAAAAATTCAACTT-AAAATCAATTATGAG
* ** * * *
41207 ATTAAAAAATTATTTAAAGCGAGTAATAAGGCCTATGAAGACTTAAGCGACTATAAAT-GATCTT
65 ATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGACTTAAGTGACTATAAATGGA-CTT
* * * * * * * *
41271 TTCTTGCCAAAGGATAACTTTTATATT-ATGTTTCTTGAGGTAG
129 TTCTTGCCAATGAATGACTTTT-TCTTCACGTTTCCTCAAGTAG
* * * * ** * * * *
41314 ATATTTAATTATAATAAATATTGGCCAAGAATGCAAAAAAAATCAACTTAAAATCAATTATGAGA
1 ACATTCAATTATAATATATTTTAACAAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGA
* * * ** *
41379 TTATAAAACCATTTCAAGTGAGCAATAAGG-TTTCTGAAGACTTAAGCAACTATAAATGGGCTTT
66 TTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTT-TGAAGACTTAAGTGACTATAAATGGACTTT
* * * * *
41443 TCTTTCCAATGGATGACTTTTCCTTCACATTTCCTAAAGTAG
130 TCTTGCCAATGAATGACTTTTTCTTCACGTTTCCTCAAGTAG
* * * * * *
41485 ACATGCAATTATAACATATTTTAAC-AAAAATCTAAAAAAATTCAACTT-AAATCCTATTAAGTG
1 ACATTCAATTATAATATATTTTAACAAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAAT-CAATTATGAG
* * * * * ** *
41548 ATTATAAAACCATTTCAAGCAATTAATAAGG-TTTTCGAAGGCATGGGTGACTATAGATGGACTT
65 ATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTT-GAAGACTTAAGTGACTATAAATGGACTT
* * * *
41612 TTTTTGACAATGAAT-AGCTTTTTCTTCATGTTTCC-CTATGTAG
129 TTCTTGCCAATGAATGA-CTTTTTCTTCACGTTTCCTC-AAGTAG
* * * * *
41655 ACATCCCAA-TACT-ATTTGTTTTAACCAAAAATGTAAAATAATTCAACTTAAAATCAATTATGA
1 ACAT-TCAATTA-TAATATATTTTAACAAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGA
* *
41718 GAATATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGACTTAAGTGACTTTAAATGGACCT
64 GATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGACTTAAGTGACTATAAATGGA-CT
* * * * * * *
41783 TTT-TTACAAAT-AGATTAGTTTTAC-CCTACATTTCC-CAAGGTAG
128 TTTCTTGCCAATGA-ATGACTTTTTCTTC-ACGTTTCCTCAA-GTAG
* * * * *
41826 ACATTCAAGTGTAATATATTTTAACAACAAATGTAAAAAAATACAACTTAAAATCAATTATAAGA
1 ACATTCAATTATAATATATTTTAACAAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGA
* ** * ** * *
41891 TTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTAAAACG-CATGGGTGATTATAGATGGACTTT
66 TTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAA-GACTTAAGTGACTATAAATGGACTTT
* * ** ** *
41955 TCTTGTCAATGAATGGCTTTTTCTTCATATTTTTTCAGGTAG
130 TCTTGCCAATGAATGACTTTTTCTTCACGTTTCCTCAAGTAG
* * * * * *
41997 ACATTCAAATATTATCTATTTTAACAACAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATAAATTATGAGA
1 ACATTCAATTATAATATATTTTAACAAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGA
* * * * * * *
42062 TTATAAAACTATTTAAAGCTAGTAATAAAGATTATGAAGACTTAAGCGACTATAAATGAACTTTT
66 TTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGACTTAAGTGACTATAAATGGACTTTT
* * * * * * * * *
42127 TTTGTCAATGGAA-AACTTTTACTTCACATTTCCTGAGGCAA
131 CTTGCCAAT-GAATGACTTTTTCTTCACGTTTCCTCAAGTAG
* * * *
42168 ACATTCAATTTTAATATATTTTAATAAAATAGGTAAAAAAATAT-AACTTAAAATCAATTATGAG
1 ACATTCAATTATAATATATTTTAACAAAAAATGTAAAAAAAT-TCAACTTAAAATCAATTATGAG
* * *
42232 ATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTCGAAGA--TATTGTGACAATAGATGGACT
65 ATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTT-GAAGACTTA-AGTGACTATAAATGGACT
* * * *
42295 TTTCTTGCTAATGAAT-AGTTTTTTCTTCACATTTCC-CTATGTAG
128 TTTCTTGCCAATGAATGA-CTTTTTCTTCACGTTTCCTC-AAGTAG
* * * * *
42339 ACATTCAAGTATTAT-TTTCTTTAATAAAAAATATAAAAAAGA-TCAACTTAAAATCAATTATGA
1 ACATTCAATTATAATATAT-TTTAACAAAAAATGTAAAAAA-ATTCAACTTAAAATCAATTATGA
* * * *
42402 GATTATAAAACTATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTGGATGACTTAA-TCGA-TAATAAATAGAC
64 GATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGACTTAAGT-GACT-ATAAATGGAC
* * * * * ** * * * *
42465 TTTTTTTGTCAATGGATGACTTTTGCCTGTCGATTCCTGAGGCAG
127 TTTTCTTGCCAATGAATGACTTTTTCTTCACGTTTCCTCAAGTAG
* ** * * * *
42510 ACAGTCAATTATCATATATATTTTGCCAAAAAAATATAAAAAACTTCAACTTCAAATGAATTATG
1 ACATTCAATTAT-A-ATATATTTTAAC-AAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATG
* * * * **
42575 AGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTTATAAAGCTTTCGAAGACCTAA-CAACTATAAATGGA-T
63 AGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGACTTAAGTGACTATAAATGGACT
* * * * ** * *
42638 TGTTTTTGCTAATGGATAACTTTCGCTTCACGTTTCCT-ATGGCAG
128 T-TTCTTGCCAATGAATGACTTTTTCTTCACGTTTCCTCA-AGTAG
* *
42683 ACATTCAATTATAATATATTTTAACAGAAAAA-GTAAAAAAATTCAACCTAATATCAATTATGAG
1 ACATTCAATTATAATATATTTTAACA-AAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAG
* * ** * ** * * * *
42747 ATTATAAAACTATTTCAAGAG-GA-TAATAAAGCTTTCAAAG-GTATGGGTGGCTATAGATAGAT
65 ATTATAAAACCATTT-AA-AGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGACT-TAAGTGACTATAAATGGAC
* ** * * *
42809 TTTTCTT-ACAAAAAGATGACTTTTGCCTCACGTTTCC-CAAGGTAA
127 TTTTCTTGCCAATGA-ATGACTTTTTCTTCACGTTTCCTCAA-GTAG
* * * *
42854 ACATTCAGTTATAATATATTTTAA-AAAATATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATTAATTATGTGA
1 ACATTCAATTATAATATATTTTAACAAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGA
**
42918 TTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCAAAGACTTAAGTGACTATAAATGGACTTTT
66 TTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGACTTAAGTGACTATAAATGGACTTTT
** * * * *
42983 CTTAACAATGGATGACTTTTTTTTCATGTTTCCTAAAGTAG
131 CTTGCCAATGAATGACTTTTTCTTCACGTTTCCTCAAGTAG
* * * * *
43024 ACATACATTTATAAAATATTTTAACAAAAAATCTAAAAAAACTCAACTTAAAATCAATTATGAGA
1 ACATTCAATTATAATATATTTTAACAAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGA
** * * **
43089 TTA-AAAGATTATTTAAAGCCAGTAATAAGGCTTGTGAAGACTTAAGTGACTATAAATAAACTTT
66 TTATAAA-ACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGACTTAAGTGACTATAAATGGACTTT
* * * * * * * * *
43153 TCTTACCGATGGATAACTTTTGCTTTATGTTTCC-AAAGGCAG
130 TCTTGCCAATGAATGACTTTTTCTTCACGTTTCCTCAA-GTAG
* * ** * * *
43195 ACATTTAATTATAAAATATTACAA-ACAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATTACTTATGAG
1 ACATTCAATTATAATATATTTTAACA-AAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAG
* * * * * * * * * **
43259 ATTATAAAACCATTTAAATCAAATAATAAGACTTTTGAAGGCATGAGCGACTATAGATATACTTT
65 ATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGACTTAAGTGACTATAAATGGACTTT
*** * *
43324 TCTTATTAATGAATGGCTTTTTCTTTACGTTT-CTCAATGTAG
130 TCTTGCCAATGAATGACTTTTTCTTCACGTTTCCTCAA-GTAG
* * * * * * * *
43366 GCATTCAAATATTATCTATTTTGACCAAAAATGTAAAAAAACTCAATTTAAAATCAATTATGAGA
1 ACATTCAATTATAATATATTTTAACAAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGA
* * ** * * *
43431 TTATAAAACCTTTTTAAGCGAGTAATAAATCTTTTAAAGACTTAAGTAACTATAAATAGACTTTT
66 TTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGACTTAAGTGACTATAAATGGACTTTT
* * * * * * * * *
43496 CATT-CAAATGGATGACTTTTAC-CCAATGTTTCTTGAGGTAA
131 C-TTGCCAATGAATGACTTTTTCTTC-ACGTTTCCTCAAGTAG
* * * * * * * **
43537 ATATTTAATGATAATATATTTCAGCCAAAAATGTAAAAATATTTTACTTAAAATCAATTATGAGA
1 ACATTCAATTATAATATATTTTAACAAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGA
*
43602 TTATAAAACCATTTCAAGCGAGTAATAAGGCTT
66 TTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTT
Statistics
Matches: 2375, Mismatches: 525, Indels: 192
0.77 0.17 0.06
Matches are distributed among these distances:
163 13 0.01
164 12 0.01
165 103 0.04
166 7 0.00
167 2 0.00
168 14 0.01
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170 474 0.20
171 1447 0.61
172 53 0.02
173 58 0.02
174 78 0.03
ACGTcount: A:0.41, C:0.13, G:0.12, T:0.35
Consensus pattern (171 bp):
ACATTCAATTATAATATATTTTAACAAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGA
TTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGACTTAAGTGACTATAAATGGACTTTT
CTTGCCAATGAATGACTTTTTCTTCACGTTTCCTCAAGTAG
Found at i:41679 original size:512 final size:504
Alignment explanation
Indices: 40501--43496 Score: 1435
Period size: 512 Copynumber: 5.9 Consensus size: 504
40491 TCAAAACATG
* * ** *
40501 TAAACAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTAT-AAACTCATTTAAAG-CAACTAATATGGC
1 TAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTAAGTCATTATAAAAC-CATTTAAAGTCAA-TAATAAGG-
* * * * * * * * * * *
40564 TTTT-AAAGACATGAGTGACCAT-AGATAGACTTTTCTT-ATTAA-AAATTCACTTTTGCCTCAT
63 TTTTCGAAGACATAAGCGACTATAAG-TGGACTTTTCTTGA-CAATGAA-TGACTTTTTCTTCAC
* * * * *
40625 GTTTCCT-AAGACAAACATTCAGTTA-TA-ATATATTTAACAAAAAATGCAAAAAAAATTAACTT
125 GTTTCCTGAAG-CAGACATCCAATTACTACATAT-TTTAACAAAAAATGTAAAAAAAATCAACTT
* * * * * *
40687 AAAATTAACTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGACTTCTGAAGACTTAAACGA
188 AAAATCAATTATGAAATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTATGAAGACTTAAGCGA
*
40752 CTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATAGATAACTTTTGCTTCACGTTTTCTAAGGTAAACATTCAA
253 CTATAAAT-GACTTTTCTTGCCAATAGATAACTTTTGATTCACGTTTTCTAAGGTAAACATTCAA
** * * * *
40817 TTATAATATATTTTAATAAAAAAATAAAAAATTTAATTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAATC
317 TTATAATATATTCCAAGAAAAAAATAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACC
* * * ** * *
40882 ATTTAGAGCGAGTAATAAAGCTTTCGAAGGCATGAGTGACTATAGATGGATTTTTCTGGCCAAAA
382 ATTTAGAGCGAGCAATAAAGCTTTCGAAGACATAAGCAACTATAAATGGACTTTTCTGGCCAAAA
* *
40947 GATGACTTTTGCCTCACATTTCTCAAGAAAAACATTATAATATTTTTAATAAAAAATA
447 GATGACTTTTGCCTCACATTTCTAAAGAAAAACATTATAACATTTTTAATAAAAAATA
* *
41005 TAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGTCATTATAAAACCATTTAAAGTGAATAATAAGGTTT
1 TAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTAAGTCATTATAAAACCATTTAAAGTCAATAATAAGGTTT
* * *
41070 TTGAAGACTTAAGCGACTATAAGTGGACTTTTCTTGCCAATGAATGACTTTTTCTTCACGTTTCC
66 TCGAAGACATAAGCGACTATAAGTGGACTTTTCTTGACAATGAATGACTTTTTCTTCACGTTTCC
* * *
41135 TGAAGCAGACATGCAATTATTACATATTTTAACAAAAAATTTAAAAAAAATCAA-TTGAAAATCA
131 TGAAGCAGACATCCAATTACTACATATTTTAACAAAAAATGTAAAAAAAATCAACTT-AAAATCA
* ** *
41199 ATTATGAAATTAAAAAATTATTTAAAGCGAGTAATAAGGCCTATGAAGACTTAAGCGACTATAAA
195 ATTATGAAATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTATGAAGACTTAAGCGACTATAAA
* * * * * *
41264 TGATCTTTTCTTGCCAA-AGGATAACTTTT-ATATTATG-TTTCTTGAGGTAGATATTTAATTAT
260 TGA-CTTTTCTTGCCAATA-GATAACTTTTGAT-TCACGTTTTC-TAAGGTAAACATTCAATTAT
***
41326 AATAAATATTGGCCAAGAATGCAA-AAAAAA-TCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACC
321 AAT--ATATT--CCAAGAAAAAAATAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACC
* * * * **
41389 ATTTCA-AGTGAGCAAT-AAGGTTTCTGAAGACTTAAGCAACTATAAATGGGCTTTTCTTTCCAA
382 ATTT-AGAGCGAGCAATAAAGCTTTC-GAAGACATAAGCAACTATAAATGGACTTTTCTGGCCAA
** ** *
41452 TGGATGACTTTT-CCTTCACATTTCCTAAAGTAGACATGCAATTATAACATATTTTAA-CAAAAA
445 AAGATGACTTTTGCC-TCACATTT-CTAAAG-A-A-AAAC-ATTATAACAT-TTTTAATAAAAAA
*
41515 TC
503 TA
* * *
41517 TAAAAAAATTCAACTT-AAATCCTATTAAGTGATTATAAAACCATTTCAAG-CAATTAATAAGGT
1 TAAAAAAATTCAACTTAAAAT-CAATTAAGTCATTATAAAACCATTTAAAGTCAA-TAATAAGGT
* ** * * *
41580 TTTCGAAGGCATGGGTGACTAT-AGATGGACTTTTTTTGACAATGAAT-AGCTTTTTCTTCATGT
64 TTTCGAAGACATAAGCGACTATAAG-TGGACTTTTCTTGACAATGAATGA-CTTTTTCTTCACGT
* * ** * * * *
41643 TTCCCT-ATGTAGACATCCCAA-TACTATTTGTTTTAACCAAAAATGTAAAATAATTCAACTTAA
127 TT-CCTGAAGCAGACAT-CCAATTACTACATATTTTAACAAAAAATGTAAAAAAAATCAACTTAA
* *
41706 AATCAATTATGAGAA-TATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGACTTAAGTGAC
190 AATCAATTATGA-AATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTATGAAGACTTAAGCGAC
* * * * * ** * * * *
41770 TTTAAATGGACCTTTT-TTACAAATAGATTAGTTTT-ACCCTACATTTCCCAAGGTAGACATTCA
254 TATAAAT-GA-CTTTTCTTGCCAATAGATAACTTTTGATTC-ACGTTTTCTAAGGTAAACATTCA
* * ** * ** * *
41833 AGTGTAATATATTTTAACAACAAATGTAAAAAAATACAACTTAAAATCAATTATAAGATTATAAA
316 ATTATAATATATTCCAAGAA-AAAAAT-AAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAA
* * * * ** ** ** * * * *
41898 ACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTAAAACG-CATGGGTGATTATAGATGGACTTTTCTTGTC
379 ACCATTTAGAGCGAGCAATAAAGCTTTCGAA-GACATAAGCAACTATAAATGGACTTTTCTGGCC
* * * * * * ** ** * * *
41962 -AATGAATGGCTTTTTCTTCATATTTTTTCAGGTAGACATTCAAATATTATC-TATTTTAACAAC
443 AAAAG-ATGACTTTTGCCTCACATTTCTAAAGAAAAACATT---ATA--A-CAT-TTTTAATAAA
42025 AAATA
500 AAATA
* * ** * * *
42030 TAAAAAAATTCAACTTAAAATAAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAG-CTAGTAATAAAGAT
1 TAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTAAGTCATTATAAAACCATTTAAAGTC-AATAAT-AAGGT
* * * * * * * * *
42094 TAT-GAAGACTTAAGCGACTATAAATGAACTTTTTTTGTCAATGGAA-AACTTTTACTTCACATT
64 TTTCGAAGACATAAGCGACTATAAGTGGACTTTTCTTGACAAT-GAATGACTTTTTCTTCACGTT
* * * * * * * *
42157 TCCTGAGGCAAACATTCAATT-TTAATATATTTTAATAAAATAGGTAAAAAAATAT-AACTTAAA
128 TCCTGAAGCAGACATCCAATTACT-ACATATTTTAACAAAAAATGTAAAAAAA-ATCAACTTAAA
* * * *
42220 ATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTCGAAGA--TATTGTGAC
191 ATCAATTATGAAATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTAT-GAAGACTTA-AGCGAC
* * * ** ** * * * *
42283 AATAGATGGACTTTTCTTGCTAAT-GAATAGTTTTTTCTTCACATTTCCCT-ATGTAGACATTCA
254 TATAAAT-GACTTTTCTTGCCAATAG-ATAACTTTTGATTCACGTTT-TCTAAGGTAAACATTCA
* * * * *
42346 AGTAT--TATTTTCTTTAATAAAAAATATAAAAAAGATCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATA
316 ATTATAATATATTC--CAAGAAAAAA-ATAAAAAA-TTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATA
* * * * * * * * * * * *
42409 AAACTATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTGGATGACTTAATCGA-TAATAAATAGACTTTTTTTG
377 AAACCATTTAGAGCGAGCAATAAAGCTTTCGAAGACATAAGCAACT-ATAAATGGACTTTTCTGG
* ** ** * * * ** * *
42473 TCAATGGATGACTTTTGCCTGTCGATTCCTGAGGCAGACAGTCAATTATCATATATATTTTGCCA
441 CCAAAAGATGACTTTTGCCTCAC-ATTTCT-A--AAGAAAAAC-ATTAT-A-ACAT-TTTT--AA
42538 -AAAAAATA
496 TAAAAAATA
* * * * ** * * * *
42546 TAAAAAACTTCAACTTCAAATGAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAG-CGAGTTATAAAGCT
1 TAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTAAGTCATTATAAAACCATTTAAAGTC-AATAATAAGGTT
* * * * * * **
42610 TTCGAAGACCTAA-CAACTATAAATGGA-TTGTTTTTG-CTAATGGATAACTTTCGCTTCACGTT
65 TTCGAAGACATAAGCGACTATAAGTGGACTT-TTCTTGAC-AATGAATGACTTTTTCTTCACGTT
* * * * *
42672 TCCT-ATGGCAGACATTCAATTA-TAATATATTTTAACAGAAAAA-GTAAAAAAATTCAACCTAA
128 TCCTGA-AGCAGACATCCAATTACT-ACATATTTTAACA-AAAAATGTAAAAAAAATCAACTTAA
* * * * * * ** *
42734 TATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTCAAGAG-GA-TAATAAAGCTT-TCAA-AGGTATGGGT
190 AATCAATTATGAAATTATAAAACCATTT-AA-AGCGAGTAATAAGGCTTATGAAGA-CT-TAAGC
* * * * * * * ** * *
42795 GGCTATAGATAGATTTTTCTTACAAAAAGATGACTTTTGCCTCACGTTTCCCAAGGTAAACATTC
251 GACTATAAAT-GACTTTTCTTGCCAATAGATAACTTTTGATTCACGTTTTCTAAGGTAAACATTC
* ** ** * *
42860 AGTTATAATATATTTTAA-AAAATATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATTAATTATGTGATTATAA
315 AATTATAATATATTCCAAGAAAA-AAAT-AAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAA
* * * * * ** ***
42924 AACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCAAAGACTTAAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTAAC
378 AACCATTTAGAGCGAGCAATAAAGCTTTCGAAGACATAAGCAACTATAAATGGACTTTTCTGGCC
** *** ** * * *
42989 AATGGATGACTTTTTTTTCATGTTTCCTAAAGTAGACATACATTTATAAAATATTTTAACAAAAA
443 AAAAGATGACTTTTGCCTCACATTT-CTAAAG-A-A-AAACA-TTATAACAT-TTTTAATAAAAA
*
43054 ATC
502 ATA
* * ** ** * *
43057 TAAAAAAACTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTA-AAAGATTATTTAAAGCCAGTAATAAGGCT
1 TAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTAAGTCATTATAAA-ACCATTTAAAGTCAATAATAAGG-T
* * * * ** * * * * * *
43121 TGT-GAAGACTTAAGTGACTATAAATAAACTTTTCTT-ACCGATGGATAACTTTTGCTTTATGTT
64 TTTCGAAGACATAAGCGACTATAAGTGGACTTTTCTTGA-CAATGAATGACTTTTTCTTCACGTT
* ** * * * * *
43184 TCC-AAAGGCAGACATTTAATTA-TA-AAATATTACAAACAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAA
128 TCCTGAA-GCAGACATCCAATTACTACATATTTTA-ACA-AAAAATGTAAAAAAAATCAACTTAA
* * * * * * * * * * *
43246 AATTACTTATGAGATTATAAAACCATTTAAATCAAATAATAAGACTTTTGAAGGCATGAGCGACT
190 AATCAATTATGAAATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTATGAAGACTTAAGCGACT
*** ** ** * * **
43311 ATAGATAT-ACTTTTCTTATTAAT-GAATGGCTTTTTCTTTACG-TTTCTCAATGTAGGCATTCA
255 ATA-A-ATGACTTTTCTTGCCAATAG-ATAACTTTTGATTCACGTTTTCT-AAGGTAAACATTCA
* * * ** ** ** * *
43373 AATATTATCTATTTTGACCAAAAATGTAAAAAAACTCAATTTAAAATCAATTATGAGATTATAAA
316 ATTATAATATA-TTCCAAGAAAAAAAT-AAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAA
* * * ** * * *
43438 ACCTTTTTA-AGCGAGTAATAAATCTTTTAAAGACTTAAGTAACTATAAATAGACTTTTC
379 ACC-ATTTAGAGCGAGCAATAAAGCTTTCGAAGACATAAGCAACTATAAATGGACTTTTC
43497 ATTCAAATGG
Statistics
Matches: 1957, Mismatches: 398, Indels: 265
0.75 0.15 0.10
Matches are distributed among these distances:
503 4 0.00
504 114 0.06
505 147 0.08
506 13 0.01
507 96 0.05
508 18 0.01
509 7 0.00
510 20 0.01
511 109 0.06
512 533 0.27
513 448 0.23
514 159 0.08
515 193 0.10
516 79 0.04
517 14 0.01
518 3 0.00
ACGTcount: A:0.41, C:0.13, G:0.12, T:0.34
Consensus pattern (504 bp):
TAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTAAGTCATTATAAAACCATTTAAAGTCAATAATAAGGTTT
TCGAAGACATAAGCGACTATAAGTGGACTTTTCTTGACAATGAATGACTTTTTCTTCACGTTTCC
TGAAGCAGACATCCAATTACTACATATTTTAACAAAAAATGTAAAAAAAATCAACTTAAAATCAA
TTATGAAATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTATGAAGACTTAAGCGACTATAAAT
GACTTTTCTTGCCAATAGATAACTTTTGATTCACGTTTTCTAAGGTAAACATTCAATTATAATAT
ATTCCAAGAAAAAAATAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAGAGC
GAGCAATAAAGCTTTCGAAGACATAAGCAACTATAAATGGACTTTTCTGGCCAAAAGATGACTTT
TGCCTCACATTTCTAAAGAAAAACATTATAACATTTTTAATAAAAAATA
Done.