Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: NW_018397325.1 Herrania umbratica cultivar Fairchild unplaced genomic scaffold, ASM216827v2 scaffold_63.0, whole genome shotgun sequence
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Warning! 8345 characters in sequence are not A, C, G, or T
Found at i:920 original size:170 final size:170
Alignment explanation
Indices: 296--1787 Score: 909
Period size: 170 Copynumber: 8.7 Consensus size: 170
286 NNNNNNNNNN
**
296 GATTATAATTGAATGTCTACCTT-AGGAAATGTGAAGAAAAAGATATTCATTGGCAAGAAAAGTC
1 GATTATAATTGAATGTCTACCTTGA-GAAACATGAAGAAAAAGATATTCATTGGCAAGAAAAGTC
* * * ** * *
360 TATTTACAGAT-ACCTATAG-CTTCAAAAGCATTATTACTCATTTTAAGTGGCTTTACAATCTCA
65 TATTTATA-ATCACCTAT-GCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGCTTTATAATCTCA
* * * *
423 TAATTAACTTTAAGTTGAATTTTTTTTCATTTTTGGTGAAAACA
128 TAATTGACTTTAAGTTTAATTTTTTTT-ATTTTTAGTTAAAACA
* * * ** * **
467 AATTATAGTTGAATGTCAAAATTGAGAAACATGAAGAAAATG-TGATTCATTGGTGAGAAAAGT-
1 GATTATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACATGAAGAAAAAGAT-ATTCATTGGCAAGAAAAGTC
* * * * *
530 TCATTTATAATCACCTATGCCTCCGAAAGCCATATTA-TTGCCTTTAAATAGTTTTATAATCTCA
65 T-ATTTATAATCACCTATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCG-CTTTAAATGGCTTTATAATCTCA
********** * * * **
594 TAATTNNNNNNNNNNTGAATGTTTTTATATTTTTTGTTAAAATG
128 TAATTGACTTTAAGTTTAAT-TTTTTTTATTTTTAGTTAAAACA
* * * *
638 GATTATAATTGAATGTCTACCTT-AGAAAACATAAAAAAAAAAGATATTCATTAGCAAGAAGAGT
1 GATTATAATTGAATGTCTACCTTGAG-AAACAT-GAAGAAAAAGATATTCATTGGCAAGAAAAGT
* * * * * * *
702 CCATTTATAGTTACCTATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGTTTTAAATGGCTTTACAATCTCTT
64 CTATTTATAATCACCTATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGCTTTATAATCTCAT
* *
767 AATTGACTTTAAGTTTAATTTTTTTTATTTTTAGTGAAAATA
129 AATTGACTTTAAGTTTAATTTTTTTTATTTTTAGTTAAAACA
** * *
809 TG-TTATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACATGAAGAAAAAGCCATTTATTGGCCAGAAAAGTC
1 -GATTATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACATGAAGAAAAAGATATTCATTGGCAAGAAAAGTC
* * *
873 TACTTATAATCACCTATGCCTTCGAAAGCCTTATTACT-GCCTTTAAATAGTTTTATAATCTCAT
65 TATTTATAATCACCTATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCG-CTTTAAATGGCTTTATAATCTCAT
* ** * *
937 ATTTGA-TTTGAAGTCGAACTTTTTTATATTTGTTA-TTAAAATA
129 AATTGACTTT-AAGTTTAA-TTTTTTTTATTT-TTAGTTAAAACA
* * * ** * * * ** *
980 TATTATAATTGAATATCTATCTCAAGAAACGTGAAGAAAAAAATATTCATGGGTGAGAAAAGTCC
1 GATTATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACATGAAGAAAAAGATATTCATTGGCAAGAAAAGTCT
* * * * * *
1045 ATTTAT-GTCACCCATGCCTTTGAAAACCTTATTACTTGCTTCAAAT-GCTTTTATAATCTCATA
66 ATTTATAATCACCTATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGC-TTTATAATCTCATA
* *
1108 ATTGATTTTAGGCTCAATTTTTTTATATTTTTTTATATTTTTTTA-TTAAAACA
130 ATTGA-CTT----T-AA---GTTTA-ATTTTTTT-TA--TTTTTAGTTAAAACA
* * * * ** **
1161 GATTATAATTGAATGTCCACCCTAAGAAAC-TCAAAGAAAAAGCCATTCATTGATAAGAAAAGTC
1 GATTATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACAT-GAAGAAAAAGATATTCATTGGCAAGAAAAGTC
* * * * * **********
1225 CATTTATCATCACCCATGCCTTCAAAAGCCTTATTGCTCGCTNNNNNNNNNNTTATAATCTCATA
65 TATTTATAATCACCTATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGCTTTATAATCTCATA
1290 ATTGA-TTTGAAG-TTAATTTTTTTTTATTTTTTA-TTAAAACA
130 ATTGACTTT-AAGTTTAA-TTTTTTTTA-TTTTTAGTTAAAACA
* * **********
1331 GATTATAATTGAATGTTTA-CTTCAGGAAACATGAAGAAAAAGATATTCATTGGTNNNNNNNNNN
1 GATTATAATTGAATGTCTACCTTGA-GAAACATGAAGAAAAAGATATTCATTGG-CAAGAAAAGT
* * * *
1395 C-ATTTATAGTCACCTATGCCTTC-AGAAGCCTTATTACTCGTTTTAAATGGCTTTACAATCTCT
64 CTATTTATAATCACCTATGCCTTCGA-AAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGCTTTATAATCTCA
* * * *
1458 TAGTTGACTTTAA--TTAA---ATTTT-TTTTTGGTGAAAACA
128 TAATTGACTTTAAGTTTAATTTTTTTTATTTTTAGTTAAAACA
* * ** * *
1495 GATTATAATTGAATGTCTACCTTGAAAAACATGAAGAGAAAGCCATTCATTGACGAGAAAAGTCT
1 GATTATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACATGAAGAAAAAGATATTCATTGGCAAGAAAAGTCT
* * ********** *
1560 ATTTATACTCACCCATGCCTTCGAAAGCCTTANNNNNNNNNNTAAATGGTTTTATAATCTCATAA
66 ATTTATAATCACCTATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGCTTTATAATCTCATAA
* * * ** * * *
1625 TTGATTTTAAGTTGAAGTTGTTTACATTTTTGGGT-AAATA
131 TTGACTTTAAGTTTAA-TTTTTTTTATTTTTAGTTAAAACA
* ** * * * ** * * *
1665 GATAATAATTGAACATTTACCTCGAAAAATGTGAAGAAAACGATATTCATTAGTAAGAAAAGTCT
1 GATTATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACATGAAGAAAAAGATATTCATTGGCAAGAAAAGTCT
* * * *
1730 ATTTATAGTC-CCTTATGCTTTCGAAAGCATTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAAT
66 ATTTATAATCACC-TATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGCTTTATAAT
1788 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 1000, Mismatches: 266, Indels: 111
0.73 0.19 0.08
Matches are distributed among these distances:
163 6 0.01
164 104 0.10
165 9 0.01
166 3 0.00
169 15 0.01
170 348 0.35
171 273 0.27
172 104 0.10
173 3 0.00
176 6 0.01
179 8 0.01
180 6 0.01
181 66 0.07
182 49 0.05
ACGTcount: A:0.34, C:0.13, G:0.13, T:0.37
Consensus pattern (170 bp):
GATTATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACATGAAGAAAAAGATATTCATTGGCAAGAAAAGTCT
ATTTATAATCACCTATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGCTTTATAATCTCATAA
TTGACTTTAAGTTTAATTTTTTTTATTTTTAGTTAAAACA
Found at i:921 original size:342 final size:339
Alignment explanation
Indices: 296--1783 Score: 1168
Period size: 342 Copynumber: 4.4 Consensus size: 339
286 NNNNNNNNNN
* ** * * *
296 GATTATAATTGAATGTCTACCTTAGGAAATGTGAAGAAAAAGATATTCATTGGCAAGAAAAGTCT
1 GATTATAATTGAATGTCTACCTTAGAAAACATAAAAAAAAAGATATTCATTGGCAAGAAAAGTCC
* * * *
361 ATTTACAGAT-ACCTATAG-CTTCAAAAGCATTATTACTCATTTTAAGTGGCTTTACAATCTCAT
66 ATTTATAG-TCACCTAT-GCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGTTTTAAATGGCTTTACAATCTCAT
* * * * * * **
424 AATTAACTTTAAGTTGAATTTTTTTTCATTTTTGGTGAAAACAAATTATAGTTGAATGTCAAAAT
129 AATTGACTTTAAGTTTAATTTTTTTT-ATTTTTAGTGAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCT
* ** ** * *
489 TGAGAAACATGAAGAAAATGTGATTCATTGGTGAGAAAAGT-TCATTTATAATCACCTATGCCTC
193 TGAGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGACGAGAAAAGTCT-ATTTATAATCACCCATGCCTT
* * *********
553 CGAAAGCCATATTATTGCCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTNNNNNNNNNNTGAATGTTT
257 CGAAAGCCTTATTACTGCCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATT-GATTTGAAGTGAAT-TTT
* *
618 TTATATTTTTTGTTAAAATG
320 TTATATTTTTTATTAAAATA
* *
638 GATTATAATTGAATGTCTACCTTAGAAAACATAAAAAAAAAAGATATTCATTAGCAAGAAGAGTC
1 GATTATAATTGAATGTCTACCTTAGAAAACAT-AAAAAAAAAGATATTCATTGGCAAGAAAAGTC
* *
703 CATTTATAGTTACCTATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGTTTTAAATGGCTTTACAATCTCTTA
65 CATTTATAGTCACCTATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGTTTTAAATGGCTTTACAATCTCATA
*
768 ATTGACTTTAAGTTTAATTTTTTTTATTTTTAGTGAAAATATG-TTATAATTGAATGTCTACCTT
130 ATTGACTTTAAGTTTAATTTTTTTTATTTTTAGTGAAAACA-GATTATAATTGAATGTCTACCTT
* * * * *
832 GAGAAACATGAAGAAAAAGCCATTTATTGGCCAGAAAAGTCTACTTATAATCACCTATGCCTTCG
194 GAGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGACGAGAAAAGTCTATTTATAATCACCCATGCCTTCG
*
897 AAAGCCTTATTACTGCCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATATTTGATTTGAAGTCGAACTTTTTT
259 AAAGCCTTATTACTGCCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTGAAGT-GAA-TTTTTT
*
962 ATATTTGTTATTAAAATA
322 ATATTTTTTATTAAAATA
* * * * * * * **
980 TATTATAATTGAATATCTATCTCA-AGAAACGTGAAGAAAAAA-ATATTCATGGGTGAGAAAAGT
1 GATTATAATTGAATGTCTACCTTAGA-AAACAT-AAAAAAAAAGATATTCATTGGCAAGAAAAGT
* * * * * *
1043 CCATTTAT-GTCACCCATGCCTTTGAAAA-CCTTATTACTTGCTTCAAAT-GCTTTTATAATCTC
64 CCATTTATAGTCACCTATGCC-TTCAAAAGCCTTATTACTCGTTTTAAATGGC-TTTACAATCTC
* * *
1105 ATAATTGATTTTAGGCTCAATTTTTTTATATTTTTTTATATTTTTTTA-TTAAAACAGATTATAA
127 ATAATTGA-CTT----T-AA---GTTTA-ATTTTTTT-TA--TTTTTAGTGAAAACAGATTATAA
* * * * ** * *
1169 TTGAATGTCCACCCTAAGAAAC-TCAAAGAAAAAGCCATTCATTGATAAGAAAAGTCCATTTATC
179 TTGAATGTCTACCTTGAGAAACAT-GAAGAAAAAGCCATTCATTGACGAGAAAAGTCTATTTATA
* * **********
1233 ATCACCCATGCCTTCAAAAGCCTTATTGCT-CGCTNNNNNNNNNNTTATAATCTCATAATTGATT
243 ATCACCCATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTGC-CTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATT
* * *
1297 TGAAGTTAATTTTTTTTTATTTTTTATTAAAACA
307 TGAAGTGAA-TTTTTTATATTTTTTATTAAAATA
* * * * ***********
1331 GATTATAATTGAATGTTTA-CTTCAGGAAACATGAAGAAAAAGATATTCATTGGTNNNNNNNNNN
1 GATTATAATTGAATGTCTACCTT-AGAAAACATAAAAAAAAAGATATTCATTGGCAAGAAAAGTC
* *
1395 CATTTATAGTCACCTATGCCTTCAGAAGCCTTATTACTCGTTTTAAATGGCTTTACAATCTCTTA
65 CATTTATAGTCACCTATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGTTTTAAATGGCTTTACAATCTCATA
* * *
1460 GTTGACTTTAA--TTAA---ATTTT-TTTTTGGTGAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTTG
130 ATTGACTTTAAGTTTAATTTTTTTTATTTTTAGTGAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTTG
* * *
1519 AAAAACATGAAGAGAAAGCCATTCATTGACGAGAAAAGTCTATTTATACTCACCCATGCCTTCGA
195 AGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGACGAGAAAAGTCTATTTATAATCACCCATGCCTTCGA
********** * * *
1584 AAGCCTTANNNNNNNNNNTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAAGTTGTTTA
260 AAGCCTTATTACTGCCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTGAAG-TGAA-TTTTTTA
* ***
1649 CATTTTTGGGT-AAATA
323 TATTTTTTATTAAAATA
* ** * * * * * * *
1665 GATAATAATTGAACATTTACC-TCGAAAA-ATGTGAAGAAAACGATATTCATTAGTAAGAAAAGT
1 GATTATAATTGAATGTCTACCTTAGAAAACA--TAAAAAAAAAGATATTCATTGGCAAGAAAAGT
* * * * * *
1728 CTATTTATAGTC-CCTTATGCTTTCGAAAGCATTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTA
64 CCATTTATAGTCACC-TATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGTTTTAAATGGCTTTA
1784 TAATNNNNNN
Statistics
Matches: 911, Mismatches: 195, Indels: 88
0.76 0.16 0.07
Matches are distributed among these distances:
332 1 0.00
333 11 0.01
334 202 0.22
335 17 0.02
336 1 0.00
337 3 0.00
339 2 0.00
340 45 0.05
341 37 0.04
342 214 0.23
343 108 0.12
345 1 0.00
346 4 0.00
347 1 0.00
349 4 0.00
350 16 0.02
351 75 0.08
352 161 0.18
353 8 0.01
ACGTcount: A:0.34, C:0.13, G:0.13, T:0.37
Consensus pattern (339 bp):
GATTATAATTGAATGTCTACCTTAGAAAACATAAAAAAAAAGATATTCATTGGCAAGAAAAGTCC
ATTTATAGTCACCTATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGTTTTAAATGGCTTTACAATCTCATAA
TTGACTTTAAGTTTAATTTTTTTTATTTTTAGTGAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTTGA
GAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGACGAGAAAAGTCTATTTATAATCACCCATGCCTTCGAA
AGCCTTATTACTGCCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTGAAGTGAATTTTTTATAT
TTTTTATTAAAATA
Found at i:1139 original size:10 final size:10
Alignment explanation
Indices: 1124--1153 Score: 60
Period size: 10 Copynumber: 3.0 Consensus size: 10
1114 TTTAGGCTCA
1124 ATTTTTTTAT
1 ATTTTTTTAT
1134 ATTTTTTTAT
1 ATTTTTTTAT
1144 ATTTTTTTAT
1 ATTTTTTTAT
1154 TAAAACAGAT
Statistics
Matches: 20, Mismatches: 0, Indels: 0
1.00 0.00 0.00
Matches are distributed among these distances:
10 20 1.00
ACGTcount: A:0.20, C:0.00, G:0.00, T:0.80
Consensus pattern (10 bp):
ATTTTTTTAT
Found at i:3869 original size:171 final size:170
Alignment explanation
Indices: 2041--4766 Score: 1457
Period size: 171 Copynumber: 16.0 Consensus size: 170
2031 NNNNAAATGT
* * *
2041 TTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATATTCTATTAAAATAGATTATAA
1 TTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTT-CATTTTTTATTAAAACAGATTATAA
* * * * * * * *
2106 TTCAATGTCTATCTTAAGAAATATGAAGAAAAAGATATCCATTGACAAGAAAAGTCTATTTATAC
65 TTGAATGTCTACCTTAAGAAACATGAAGAAAAAGCTATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAG
* * * ** *
2171 TTAGCCATGCCTTCAAAAGCCTTGTTACTCATTTTAAATAT
130 TCACCCATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAG
* ********* *
2212 TTTTATAACCTCATAATTGATTTTAAGTTGNNNNNNNNNNCA-TTTTTAGTTAAAACAGATAATA
1 TTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTG-AATTTTTTTCATTTTTTA-TTAAAACAGATTATA
* * * * * * * *
2276 ATTAAATGTCTACCTCAAGAAACATGAAGAAGAAA-CCATTCATTTGAAAGAAAAGTCTAGTTGT
64 ATTGAATGTCTACCTTAAGAAACATGAAGAA-AAAGCTATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTAT
* ** * * *
2340 AGTCACCCAAGTGTTCGAAGGCCTTATTACTCGCTTGAAATAG
128 AGTCACCCATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAG
** * * * * * *
2383 TTTTCGAATCTCATATTTGATGTTAAGTTGAATGTTTTTACATTTTTTGTTAAAATAGATCATAA
1 TTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAAT-TTTTTTCATTTTTTATTAAAACAGATTATAA
* * * ********** *
2448 TTGAATGTTTACCTTAAGAAATATGAAGAAAAAGCCATTCATTGGCNNNNNNNNNNCATTTGTAG
65 TTGAATGTCTACCTTAAGAAACATGAAGAAAAAGCTATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAG
* * * * *
2513 TCACTCATGCCTTCAAAAACCTTATTACTTGCTTCAAATGG
130 TCACCCATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAG
* * *
2554 TTTTATAATCTCATATTTGATTATAAGTTGAATTTTTTTACGTTTTTTATTCAAAA-AGATTATA
1 TTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTT-CATTTTTTATT-AAAACAGATTATA
* * * * *
2618 ATTAAATGTCT-CCTTTAAGAAACATGAAGAGAAAGCTATTCGTTAGCAAGAAAAGTCTATTTAT
64 ATTGAATGTCTACC-TTAAGAAACATGAAGAAAAAGCTATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTAT
* * * * *
2682 GGTGACCCATGCCTTCGAAGGCCTTATTACTCACTTTAAAT-G
128 AGTCACCCATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAG
* * *
2724 TTTTTATAATCTGATACTGGATTTTAAGTTG-ATTTTTTTACATTTTTTATTAAAACAGATTATA
1 -TTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTT-CATTTTTTATTAAAACAGATTATA
* * ** * * * * * *
2788 ATTGAATGCCTACCTCGAA-AAATGTGAGGAAAAAGATATCCATTAGCAAGAATAGTCCATTTCT
64 ATTGAATGTCTACCT-TAAGAAACATGAAGAAAAAGCTATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTAT
* * * * * *
2852 ACTTAGCCATGACTTCAAAAGCCTTATTGCTCGCTTTAAATAT
128 AGTCACCCATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAG
* * * ** *
2895 TTTTATAATCTCATAATTAATTTTAAGTTAAATTTTTTTTC-TTTCATGGTTAAAAGAGATTATA
1 TTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAA-TTTTTTTCATTT-TTTATTAAAACAGATTATA
** * * * * * * * * *
2959 ATAAAATGTCGA-CTTCGAGAAATATAAAGAAAAAGCTATTTATTTGTAATAAAAGTCCATTTGT
64 ATTGAATGTCTACCTT-AAGAAACATGAAGAAAAAGCTATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTAT
* * *
3023 AGTCACCCATACCTTCGAAAA-CCTTATTACTTGCTTTAAATGG
128 AGTCACCCATGCCTTC-AAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAG
********** * * * *
3066 TNNNNNNNNNNCATATTTGATTTTAAGTTGAATGTTTTTACGTTTTTT-TTAAAAAAGATTATAA
1 TTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAAT-TTTTTTCATTTTTTATTAAAACAGATTATAA
* * * * * *
3130 TTGAATGT-TTCTCTCAAGAAACATGAAGAAAATGATATTCATTCGCAAGAAAAGTCTATTTATA
65 TTGAATGTCTAC-CTTAAGAAACATGAAGAAAAAGCTATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATA
* ** *
3194 GTCACCCATGCTTTTGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAA-GG
129 GTCACCCATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAG
********* * *
3235 NNNNNNNNNNCTCATAATTGATTTTAAGTTGAA---TTTT--TTTTAT-TTAAAATAGATTATAA
1 -TTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTCATTTTTTATTAAAACAGATTATAA
* * * * * *
3294 TTGAATATCTACCTTAAAAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATCGACGAGAAAAGTCCATTTAT-G
65 TTGAATGTCTACCTTAAGAAACATGAAGAAAAAGCTATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAG
** * * *
3358 ATCACGTATGCCGTCGAAATCCTTATTACTAC-CTTTAAAT-G
130 -TCACCCATGCCTTCAAAAGCCTTATTACT-CGCTTTAAATAG
********** * **
3399 ATTTTATAATCTCATNNNNNNNNNNAAGTTGAACTTTTTTAT-ATTTTTTGTTAAAATGGATTAT
1 -TTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAA-TTTTTT-TCATTTTTTATTAAAACAGATTAT
* * ** * * * ** *
3463 AATTGAATGCCTACCTTGAGAAATGTGAAGAAAATGATATTCATGGGTGAGAAAAGTCTATTTAT
63 AATTGAATGTCTACCTTAAGAAACATGAAGAAAAAGCTATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTAT
* * * * * *
3528 AGTCACTCATACCTTCAAAAACCTTATTATTTGCTTTAAATAT
128 AGTCACCCATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAG
*********
3571 TTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTNNNNNNNNNNTTTTATTAAAACAGATTATAA
1 TTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATT-TTTTTCATTTTTTATTAAAACAGATTATAA
* * * * ** * * *
3636 TTGAATGTTTACCTT-GGAAAACGTGAAGAAAAACCCGTTCATTGACAAGAAAAGTTCATTTATC
65 TTGAATGTCTACCTTAAG-AAACATGAAGAAAAAGCTATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATA
* * *
3700 GTCACCTATGCCTTCAAAAGCCATATTACTCGCTTTCAATAG
129 GTCACCCATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAG
* * * *
3742 TTTTATAATCTCATAATGGATTTTAAGTTGAATATTTTTTTATTTTTTATTAAAACGGATTCTAA
1 TTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAAT-TTTTTTCATTTTTTATTAAAACAGATTATAA
* ** * *
3807 TTGAATGTCTACTTTGGGAAACATGAAGAAAAAGATATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAN
65 TTGAATGTCTACCTTAAGAAACATGAAGAAAAAGCTATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAG
**********************************
3872 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTAAAT-G
130 TCACCCATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAG
* * * *
3912 ATTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAATTGAATTTTTTTATATTTTTTTGTTAAAATAGATTAT
1 -TTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTT-CA-TTTTTTATTAAAACAGATTAT
* * * * **********
3977 ACTTGAATGTCTACCTTGAGAAACATGAAAAAAAAGCCATTCNNNNNNNNNNAAAGTCCATTTAT
63 AATTGAATGTCTACCTTAAGAAACATGAAGAAAAAGCTATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTAT
* * * * * * *
4042 AGTCACCTATGTCTTTAAAAGCGTTATTATTCACTTTAAATAT
128 AGTCACCCATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAG
********** * *
4085 TTTTATAATCTCATNNNNNNNNNNAAGTTGAATGTTTTTAT-ATTTTTTATGAAAACAGATAATA
1 TTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAAT-TTTTT-TCATTTTTTATTAAAACAGATTATA
* ** * * * *
4149 ATTGAATGTCTACCTCAAGAAATGTGAAGAAAAAGCCATTTATTAGCAACAAAAG-CCTATTTAT
64 ATTGAATGTCTACCTTAAGAAACATGAAGAAAAAGCTATTCATTGGCAAGAAAAGTCC-ATTTAT
* *********** *
4213 AGTCACCCAAGCCTTNNNNNNNNNNGTTACTCGCTTTAAATGG
128 AGTCACCCATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAG
* * * * *
4256 TTTTATAATCTAATAATTGATTTGAAGTTGAGTTTTTTT-ATATTTTATTAAAATAGATTATAAT
1 TTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTCATTTTTTATTAAAACAGATTATAAT
** * ** * * * *
4320 TGAACATCTGCCTTGGGAAACTTAAAGAAAAAGCTATTCATTGACAAGAAAAGTTCATTTATAGT
66 TGAATGTCTACCTTAAGAAACATGAAGAAAAAGCTATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGT
* * **********
4385 AACCCATGCCTTCGAAAGCCNNNNNNNNNNCTTTAAATAG
131 CACCCATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAG
* * * *
4425 TTTTATAATCTCATAATTGAGTTGAAGTTG-ATTTTTTTTATTTTTTATTAAAATAGATTATAAT
1 TTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTCATTTTTTATTAAAACAGATTATAAT
* * * * *
4489 TGAATATCTACCTCACA-AAACATGAAGAAAAAGATATTCATTGGCAAGAAAAGTCTATTTATAT
66 TGAATGTCTACCTTA-AGAAACATGAAGAAAAAGCTATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAG
* * * ** ******
4553 TAACCAATGGCTTCAAAAGCCTTATTACTCATTTTNNNNNN
130 TCACCCATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAG
**** * * * ** *
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* * * * * * * *
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* * * *
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* * *
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* *
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* * *
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* * *
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* *
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TTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTA
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7349 NNNNNNNNNN
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* * **
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**
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** * * * * *
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* * * * * *
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********** *
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* * * * * * * *
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* * * * * * *
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* * * * *
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* * * ** ** * * *
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* * * * ******
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**** * * **
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* * * **
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* * * * * * * * * * * *
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* *
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* * * * **
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* * * * * * * *
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* * *
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** * * *** * *
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* * * **********
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* * *
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* * * * * ** * * *
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* * * * * *
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* * * **
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** * * *
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** * * * **
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* *
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********** * * * *
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1 AAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAAT-G
* * * * *
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* *
9193 AAAATTCAAGTTAAAATTAATTATGAGATTATAAAGA-CATTTA
128 AAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAA-ACCATTTA
* * * * * *
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1 AAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAAT-G
* ** ** * *
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65 CTTTTTCTTCACATTTTCTCAAGGTAGACATTCAATTATAATCTATTTTAA-AAAAAATATTAAA
* ********** *
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* * **
9407 AAGTGACTAATAAGGCTTTCAAAGGCATGGGTGACTATAAATGGAC-TTTCTTGCCAAT-AGATA
1 AAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGA-AT-
* * * ** *
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64 GCTTTTTCTTCACATTTTCTCAAGGTAGACATTCAATTATAATCT-ATTTTAAAAAAAATATTAA
*********
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128 AAAATTCAACTTAAA-ATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTA
** * * * *
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1 AAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAAT-GA-AT
* * * ** *
9641 -CTTTCTCTTCAC-GTCTCTTGAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAATAAAAAATA-TAA
64 GCTTTTTCTTCACATTTTCTCAAGGTAGACATTCAATTATAATCTATTTTAA-AAAAAATATTAA
* *
9703 AAATATTTC-ACTTAAAATCAATTATAAGATTATGAAAA-TATTTA
128 AAA-A-TTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTAT-AAAACCATTTA
* * ** * * * *
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1 AAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATG-
* * ** * * ** * *
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* * *
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* * * ** * *
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1 AAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGC
* * * * * *
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* ********** *
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** * * * * * *
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1 AAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAAT-G
* * * * * * * *
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*
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* * *
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* ** * *
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* * ** *
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* * ** * * * * *
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* * * *
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** * * * ** * * *
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* * * * *
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* * * * * *
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* * *
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* **********
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* * * * * * *
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* * * * *
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* ** *
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* * * * *
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** * * **
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* * * * * * **
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127 AAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTA
** * ** * * * *
11794 AAGTAAGTTATAAGATTTTTAAAGGCATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTACCCATGAATAT
1 AAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAAT-G
** *
11859 CTTTTTCTT--CATGTTTCTTTAGGTAGACATTCAATTATAATCCATTTTAACAAAAGAATA-TA
65 CTTTTTCTTCACAT-TTTCTCAAGGTAGACATTCAATTATAATCTATTTTAA-AAAA-AATATTA
* * ** * *
11921 AAAAAGTTGACCTTCGAATCAATTACGAAATTATAAAACCATTTA
127 AAAAA-TTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTA
* * * *
11966 AAGCGAAG-AATATGGCTTTTGAAGGCATGGGTGACTGTAAATAGACTTTTCTTGCCAATGGATT
1 AAGCG-AGTAATAAGGCTTTTGAAGGCATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAAT-GAAT
* ** * * * * *
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* *
12093 AAAAATTCGACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAA-AATTTA
127 AAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTA
* * * * * ** **
12136 AAGCAAGTAATAAAGG-TTTCGAAAGCATAGGTGATTATAAATAAACTTTTCTCACCAATGAATA
1 AAGCGAGTAAT-AAGGCTTTTGAAGGCATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAAT-
* * ** * * **
12200 GTTTTTTCTTCAC-GTTTCTTGAGGTAGACATTCAACTATAATCTGATTTCACCAAAAATA--AA
64 GCTTTTTCTTCACATTTTCTCAAGGTAGACATTCAATTATAATCT-ATTTTAAAAAAAATATTAA
* **********
12262 AAAA-TCAACTTAAAGTCAATTATGAGATTANNNNNNNNNNTA
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** * * * * * *
12304 AAATGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGTATAGCTCAGTATAAATGGACTTTTCTTGTCAATGAATGA
1 AAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATG-
* * * *
12369 CTTTTTCTTCACATTTTC-CAAGGTTGATATTCAATTATAATCTGTTTTAAGAAAAAATA-AAAA
65 CTTTTTCTTCACATTTTCTCAAGGTAGACATTCAATTATAATCTATTTTAA-AAAAAATATTAAA
* * *********
12432 CAAATTCAACTTCAAATTAATTATGAGATTATAANNNNNNNNN
129 -AAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTA
* ** * *
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1 AAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCATGGGTGACT-ATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAAT-
* * ** * * ** **
12539 GCTTTTTTTTCAC-GTTTCTTGAGGTAGACATTCAATTATAATATGTTTTCACCAAAAATGAAAA
64 GCTTTTTCTTCACATTTTCTCAAGGTAGACATTCAATTATAATCTATTTT-AAAAAAAAT-ATTA
* * * * *
12603 AAAAAATGAGCTTAAAGTCAATTATGAGATTATAAAGCCATTTA
127 AAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTA
** * * * * * * * **
12647 AAATGAGTAATAAGGTTTTTGAAGACATAGGTGGCTATAAGTAGTCTTTTCTTGTGAATGAATGG
1 AAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAAT-G
* * * * **
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* **
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126 AAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTA
** * * * * *
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1 AAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATG-
* * * * * * ** * *
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* * * * *
12942 AAATT-AACTCAAAATTAATTATGATATTCTAAAAACATTTA
129 AAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTA
* * * * * * *
12983 AAGCAAGTTATAAGGTTTTTGAAGGCATGTGTGACTATAAATGAACTTTTCTTACCCATGATAT-
1 AAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGA-ATG
* * *
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* * * *
13108 AAAAAAGTTGAACTTCAAATCAATTATGAAATTATAAAACTATTTA
126 AAAAAA-TTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTA
* * * * ***********
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1 AAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAAT-G
* * * * * ** *
13219 TTTTTTCTTCAC-GTTTCT-AGAGGTAGACATTCAATCATAATCTGTTCTAATAAAAAAGGTAAA
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* * **
13282 AAAATTCAACTAAAAATCAATTATGGGATTATAAAAATATTTA
128 AAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTA
* * * * * *
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1 AAGCGAGTAATAAGGCTTTTGA-AGGCATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAA-TGAAT
* * * * * * ** *
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* * *******
13451 AAAAATTTAACTTAAAATTAATTATGAGATTATAAAATNNNNNN
127 AAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTA
**** * * * *
13495 NNNNGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATAGGTGACTATAAATGGA-TTTT-TTTCTCAATGAAGG
1 AAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGC-CAATGAATG
* ** * * * *
13558 GTTTTTCTT--CATGTTTCTCAAGACAAACATTCAATTATTATCTGTTTTAACTAAAAATA-TAA
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* * * *
13620 AACAAGTCAACATAAAATCAATTATAAGATTATAAAAACATTTA
128 AA-AATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTA
** * * * * * *
13664 AAGAAAGTAATAAGGCTTTTGAAGTCATGGGTGGCTATAAATGGACCTTTCTTACCTATGAAAGA
1 AAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATG-
* ** * * **
13729 CTTTTTCGTT---ATGTTTGTTGAGATAGACATTCAATTATTATCTATTTTACTGAAAAAT-TTA
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* * * *
13790 AAAAAATTCAATTTAAAATCAGTTATGTGATTATAAAACCGTTTA
126 AAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTA
* * *
13835 AAGCGAATAATAA-GCTTTTTGAAGGTATGGGTGACTATAAAAGGACTTTTCTTGCCAATGAATG
1 AAGCGAGTAATAAGGC-TTTTGAAGGCATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATG
* * * * * * * *
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********* ** *
13962 ANNNNNNNNNNTAAAATCAATTATGAGATTATAAAGGCATTAA
129 A-AATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTA
* ********** * * *
14005 AAGCAAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCATGGGTGACTANNNNNNNNNNTTTCTTACCAATAAATAT
1 AAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAAT-G
* * * * * * * *
14070 CTTTTTCTTCAC-GTTTCCCAAGATAAACATTCAATTACAATATATTTTAATAAAAATA-AAAAA
65 CTTTTTCTTCACATTTTCTCAAGGTAGACATTCAATTATAATCTATTTTAAAAAAAATATTAAAA
* *
14133 GAATTCAACTTCAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTA
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1 AAGCGAGT
14183 NNNNNNNNNN
Statistics
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ATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTA
Found at i:7870 original size:341 final size:339
Alignment explanation
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6835 NNNNNNNNNN
* * * * * *
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** * *
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* * *
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* * * * * * * * * * *
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* ** * * * * *** *
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* * ********** *
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131 T-AAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTT
* * * * * ** *
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* * * **
7440 CCAAGGTAGACAATCAATTATTATCTA-TTTTAACCCAAAATATTAAAAAATTCAACTTAAAATC
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**
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* * * * *
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1 CATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAAT
* ** * * *
7588 GGATATCTTTTACTTCATATTTCTCGAGGTAGACATTCAATTATAAT-TAATTATATTAAAAAAT
66 GGATATCTTTTTCTTCACGTTTCTTGAGGTAGACATTCAATTATAATCT-GTTTTATTAAAAAAT
* * * * *
7652 ATAAAAAATTTAATTTAAAATCAATTATGAGATCATAAAACCATTTAAAGCGGGTAATAAGGCTT
130 ATAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTT
*** * * * * * * **
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195 TCGAAGGCATAGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGTCAATGAATATCTTTTTCTTCACGTTTCT
* * *
7782 CGAGATAGACATTCAATTATAAACAGTTTTAATAAAAAGTATAAAACAATTCAACTTAAAATCAN
260 CGAGGTAGACATTCAATTATAATCAGTTTTAATAAAAA-TATAAAA-AATTCAACTTAAAATCAA
********* *
7847 NNNNNNNNNTATAAAAT
323 TTATGAGATTATAAAAC
* * * * * * * *
7864 CATTTAATGTGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGTATGGGT-AGTAAAAAATAGACTTTTCTTGCAAA
1 CATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATGAGTGACT-ATAAATGGACTTTTCTTGCCAA
* * * * * * * *
7928 TAGATATCTTTTTCTTCATGTTTCTAGAGGCAAACATTCAATTATCATCTGTTTGAAATTAAAAT
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* * * * * * *
7993 GTA-AAAAAATTCAACTTAAAATTAAATATAAGATTATAAAAAC-ATTTAAAGTGACTAATGAGG
128 ATATAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTAT-AAAACTATTTAAAGCGAGTAATAAGG
* ** * *
8056 CTTTTGAAGATAAAGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGTCAATCAATATCTTTTT-TATCACGT
192 CTTTCGAAGGCATAGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGTCAATGAATATCTTTTTCT-TCACGT
* * *********
8120 TT-TCAGGGGTAGACATTCAATTATTATCTA-TTTTAATCAAAANNNNNNNNNNATTCAACTTAA
256 TTCTC-GAGGTAGACATTCAATTATAATC-AGTTTTAAT-AAAA-ATATAAAAAATTCAACTTAA
* * *
8183 AATCAATTATGAAATTACAAAAA
317 AATCAATTATGAGATTATAAAAC
* * * * **
8206 TATTTAAAGCGACTAATAAGGCTTTTGAAGGTATGAGTGGTTATAAATGGACTTTTCTTGCCAAT
1 CATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAAT
* * * * * * *** *
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* * *
8335 GTGAAAAAATTCAACTTAAAATCAATGATGAGATTATAAAACTATTTAACA-CGAGAAATAAGGC
130 AT-AAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAA-AGCGAGTAATAAGGC
* * * **
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193 TTTCGAAGGCATAGG-TGACTATAAATGGACTTTTCTTGTCAATGAATATCTTTTTCTTCACGTT
* * * * * * *
8462 TCTCGAGGTAAATATTCAATTATAATCTGATTTAACAAAAAACATAAAAAACAATTCAACTAAAA
257 TCTCGAGGTAGACATTCAATTATAATCAG-TTTTA-ATAAAA-ATATAAAA-AATTCAACTTAAA
* *
8527 ATCAAATATGAGATTATAAAGC
318 ATCAATTATGAGATTATAAAAC
** * * * * *
8549 CATTTAAAGTAAGTGATAAGGCTTTCGAAGGCATCACTGACAATAAATAGACTTTTCTTGCCAAT
1 CATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAAT
* * * ** * ********
8614 AGATATCTTTCTCTTCATGTTTCTCAAGGTAGACATTCAATTATAATATGTTTTAATNNNNNNNN
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** * * * * *
8679 NNAAAAAATTTAAATTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAACGGGAGCAATAAGGCTT
130 ATAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTT
* ** * *
8744 TCGAAAGCATTTGTGACTATAAATGGACTTTTTTTGTCAATGAATATCTTTTTATTCACGTTTCT
195 TCGAAGGCATAGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGTCAATGAATATCTTTTTCTTCACGTTTCT
* * * * * * *
8809 CGAGGTAAACATTCAATTATAATCTGATTTAACAAAAAACATAAAAACAATTCAA-TCAAAAATT
260 CGAGGTAGACATTCAATTATAATCAGTTTTAA-TAAAAATAT-AAAA-AATTCAACT-TAAAATC
* *
8873 AATTATGAGACTATAAAAA
321 AATTATGAGATTATAAAAC
* * * * * *
8892 TATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCATGACTAAGTATAAATAGAC-TTTCTTGCCAAT
1 CATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAAT
* * * * *
8956 GGATATCTTTTTCTTCACATTTCTTTAGGTAGACAATCAATTATAATTTGTTTTAATAAAAAATA
66 GGATATCTTTTTCTTCACGTTTCTTGAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTATTAAAAAAT-
* * *********
9021 AAAAAAAATT-AACTTAAAATCGATTATGAGATTATAAAAAC-ATTTAAAGCGAGNNNNNNNNNN
130 ATAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTAT-AAAACTATTTAAAGCGAG-TAATAAGGC
* * ** * * *
9084 TTT-GAAGGCATGGGTGACTATAAATAGACTTTTCTTACCATTGAATATCTTTTTCCTCATGTTT
193 TTTCGAAGGCATAGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGTCAATGAATATCTTTTTCTTCACGTTT
* * *
9148 C-CCATGGTAGATATTCAATTATAATCTA-TTTTAATAGAAAATA-AAAAAATTCAAGTTAAAAT
258 CTCGA-GGTAGACATTCAATTATAATC-AGTTTTAATA-AAAATATAAAAAATTCAACTTAAAAT
*
9210 TAATTATGAGATTATAAAGA-
320 CAATTATGAGATTATAAA-AC
* * * * * *
9230 CATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTAGAAGGCATGGGTGACAATAAATGGACTTTTCTTACTAAT
1 CATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAAT
* * * ** **
9295 GAATATCTTTTTCTTAACATTTCTTGATTTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACAAAAAATA
66 GGATATCTTTTTCTTCACGTTTCTTGAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTATTAAAAAATA
* ********** * *
9360 TAAAAAAAATCANNNNNNNNNNAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGTGACTAATAAGGCTT
131 T-AAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTT
* * * *
9425 TCAAAGGCATGGGTGACTATAAATGGAC-TTTCTTGCCAAT-AGATAACTTTTTCTTCACGTTTC
195 TCGAAGGCATAGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGTCAATGA-ATATCTTTTTCTTCACGTTTC
* * * ****
9488 TCGAGGTAGACATTCAATTATAATTAATTTTATTAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAANNNNN
259 TCGAGGTAGACATTCAATTATAATCAGTTTTAATAAAAATAT-AAAAAATTCAACTTAAA-ATCA
*****
9553 NNNNNG-GATTATAAAAC
322 ATTATGAGATTATAAAAC
** * * * *
9570 CATTTAAAGCGAGTAGCAAGACTTTCGAAGGCATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTACTAAT
1 CATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAAT
* * * *
9635 AGATATCTTTCTCTTCACGTCTCTTGAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAATAAAAAATA
66 GGATATCTTTTTCTTCACGTTTCTTGAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTATTAAAAAATA
* * * **
9700 TAAAAATATTTC-ACTTAAAATCAATTATAAGATTATGAAAA-TATTTAAATCGAGTAATACGAT
131 TAAAAA-A-TTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTAT-AAAACTATTTAAAGCGAGTAATAAGGC
* * * * * **
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193 TTTCGAAGGCATAGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGTCAATGAATATCTTTTTCTTCACGTTT
* * ** * * * * *
9828 GTTGAGACAGACATTCAACTATTATCTA-TTTTACCTAAAAATGTAAAAAAAAATCAACTTAAAA
258 CTCGAGGTAGACATTCAATTATAATC-AGTTTTA-ATAAAAA--TATAAAAAATTCAACTTAAAA
*
9892 TCAATTATGAGATTATATAAC
319 TCAATTATGAGATTATAAAAC
* * * * * * *
9913 TATTTAAAGCAAGTAATAAAGCTTTTGAAGGGATGAATGACTATAAATAGACTTTTCTTGCCAAT
1 CATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAAT
* * * * * * *
9978 -GA-ATGATTTTTCTTTACGTTT-TCTAAGGCAGACATTCAATTATTATCTATTTTAAGTAAAAA
66 GGATAT-CTTTTTCTTCACGTTTCT-TGAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTT-ATTAAAAA
* * ********** * **
10040 A-GTAAAAAATTCAATTTAAAATCAANNNNNNNNNNATAAAACAATTTAAAGCGAGTAATACTGC
128 ATATAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGCGAGTAATAAGGC
* * * * * *
10104 TTTCGAAGACATGGGTGAGTATAAATGGACTTTTCTTG-CTAATGGATACCTTTTTCTTCA-GAC
193 TTTCGAAGGCATAGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGTC-AATGAATATCTTTTTCTTCACG-T
* * * * * * *
10167 TTC-CTAAGGCAAACATTTAATTATAATCTA-TTTGACTAAAAAAATAAAAAATTCAACTTAAAA
256 TTCTC-GAGGTAGACATTCAATTATAATC-AGTTTTAATAAAAATATAAAAAATTCAACTTAAAA
*
10230 TCAATTATGAGATTATGAAA-
319 TCAATTATGAGATTATAAAAC
* *
10250 C--TTAAAGCGAGT-ATAGAGTCTTTCGAAGTG-AGGAGTGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGC
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* ** *
10311 CAATGGATATCTTTTTCTTCACGTTTCTTGAGATAGACATTCAATTATAATCAATTTTAATAAAA
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* * * * *
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* ** * ** *** *
10656 GAATGGC-TTTTCATCATATTTCCCAAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAGTAAAAAATG
66 GGATATCTTTTTCTTCACGTTTCTTGAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTATTAAAAAAT-
* * * * *
10720 AAAAAAAAAATTCAATTTTAAATTAATTATAAGATTATAAAACTATTTAAAGCGAGTAATAAGGC
130 --ATAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGCGAGTAATAAGGC
* * * * **
10785 TTTAGAAGGTATAGGTGACGATAAATAGACTTTTCTTG-CTAATGAATGA-CTTTTT-TT-ATAT
193 TTTCGAAGGCATAGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGTC-AATGAAT-ATCTTTTTCTTCACGT
* *
10846 ATTGCTC-AGGATAGACATTCAATTATAATCTA-TTTTAAAAAAATATATAAAAAAATTTAACTT
256 -TT-CTCGAGG-TAGACATTCAATTATAATC-AGTTTTAATAAAA-ATAT-AAAAAATTCAACTT
**********
10909 AAAATCANNNNNNNNNNTATAAAAC
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* * * *
10934 CATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTCGAAGACATGAGTGATTATAAATGGACTTTTCTTGCTAAT
1 CATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAAT
* * * ** * *
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66 GGATATCTTTTTCTTCACGTTTCTTGAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTT-ATTAAAAAAT
* * * * *
11062 ATAAAAAAATTTAACTTAAAATCAATTACGAGATTA-AAAAATCGTTTAAAGCGAGTAATAAGAC
130 AT-AAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACT-ATTTAAAGCGAGTAATAAGGC
** * * * * * *
11126 TTTCGAAGATATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTATCAATGGATATCTTGTTCTTTATGTTT
193 TTTCGAAGGCATAGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGTCAATGAATATCTTTTTCTTCACGTTT
** * *
11191 CTTAAGGTAGACACTCAATTATAATCTGTTTTAATAAAGAATATAAAAAATTCAACTTAAAATCA
258 CTCGAGGTAGACATTCAATTATAATCAGTTTTAATAAA-AATATAAAAAATTCAACTTAAAATCA
* *
11256 ATTATTAGATTATAAAAA
322 ATTATGAGATTATAAAAC
* * * * * * *
11274 TAATTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTCGACA-GCATGGGTGAGTATAAATGGACCTCTCTTGCCAA
1 CATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGA-AGGCATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAA
* * ** **
11338 T-GATTATCTTTTTCTTCATGTTTCTTGAGTTAGACATTCAATTATAATCAATTTTCA-CCAAAA
65 TGGA-TATCTTTTTCTTCACGTTTCTTGAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTT-ATTAAAAA
* * * * * *
11401 ATGA-AACAAAATTCAACTTGAAATCAATTCTGAGGTTATAAAGCCATTTAAAACGAGTAATAAG
128 AT-ATAA-AAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGCGAGTAATAAG
* * * * * * * * *
11465 GCTTTTGAGGGCATAGCTGACTATAAATAGACTTTTCCTATCAATGAATGA-CATTTTCTTAACA
191 GCTTTCGAAGGCATAGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGTCAATGAAT-ATCTTTTTCTTCACG
* * * * * * *
11529 TTTCTCAAGATAGACATTTAATTACAATCTGTTTTAACAAAAAAAATATAAAAAATTTAACTTAA
255 TTTCTCGAGGTAGACATTCAATTATAATCAGTTTT---AATAAAAATATAAAAAATTCAACTTAA
**********
11594 AATCAATTANNNNNNNNNNAAAC
317 AATCAATTATGAGATTATAAAAC
* ** * * * * **
11617 CATTTAAAGCGAGTAACAAGGCTTTTAAAAGCATGGGTGCCTATAAATGGACTTTTTTTGTGAAT
1 CATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAAT
* ********** * * *** *
11682 GGATATCTTTTTCTTCATGTTTCNNNNNNNNNNCATTCAATTATTATTTGTTTTAACCAAAAATG
66 GGATATCTTTTTCTTCACGTTTCTTGAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTATTAAAAAATA
* * * ** * **
11747 TAAAAAAATTCAACTTAAAATTAATTAGGAGATTTTAAAAAC-ATTTAAAGTAAGTTATAAGATT
131 T-AAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTAT-AAAACTATTTAAAGCGAGTAATAAGGCT
** * ** * *
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** * * * **
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* *
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* * * * *
11960 CATTTAAAGCGAAG-AATATGGCTTTTGAAGGCATGGGTGACTGTAAATAGACTTTTCTTGCCAA
1 CATTTAAAGCG-AGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAA
* * * * * * * * *
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* * * *
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130 ATA-AAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGCGAGTAAT-AAGGC
* * ** ***
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* * * * ** *
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******
12279 AATTATGAGATTANNNNNN
321 AATTATGAGATTATAAAAC
**** ** * * * * *
12298 NNNNTAAAATGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGTAT-AGCTCAGTATAAATGGACTTTTCTTGTCAA
1 CATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATGAG-TGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAA
* * ** * * **
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* * * **********
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* ** * * * *
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* *
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** * * * * * * * **
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1 CATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATGA-GTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAA
* ** * * * * *
12705 TGAATGGCTTTTTTTTCATGTTTCATGAGGTAGACATTCAATTACAATCTGTTTTAATAAAAAAT
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* * * **
12770 TAAAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTAGAAAAATATTTAAAGCGAGTAATAACAC
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* * * * *
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* * ** * *
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* * * *
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320 CAATTATGAGATTATAAAAC
* * * * * * * *
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1 CATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAAT
* * * * * **
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* * * * * * *
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* *********** * *
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* * * * *
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* *
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* * * * * * * *
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* ** * * * * * * ***
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* * * * *** *
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* ** * * * * *
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* *
13638 CAATTATAAGATTATAAAAA
320 CAATTATGAGATTATAAAAC
** * * * * * * *
13658 CATTTAAAGAAAGTAATAAGGCTTTTGAAGTCATGGGTGGCTATAAATGGACCTTTCTTACCTAT
1 CATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAAT
* * * * * * * * *
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* * * * ** *
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129 TAT-AAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGCGAGTAATAAGGC
* * * * * **
13850 TTTTTGAAGGTATGGGTGACTATAAAAGGACTTTTCTTGCCAATGAAT-GGTTTTTCTTCACGTT
193 -TTTCGAAGGCATAGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGTCAATGAATATCTTTTTCTTCACGTT
* * * * * * *********
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**
13978 TCAATTATGAGATTATAAAGG
319 TCAATTATGAGATTATAAAAC
* * * * ********** *
13999 CATTAAAAGCAAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCATGGGTGACTANNNNNNNNNNTTTCTTACCAAT
1 CATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAAT
** *** * * * * * *
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** * * * ** *
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* * *
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* * * * * **
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* * *
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* ** ** * * * *
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** * *
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* *
17342 AGTAATAAGGCTTTTGAAGGCATGGGTGA-TGATAAATGGAT
130 AGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATGGGTGACT-ATAAATGGAC
* ** * *
17383 TTTTCTTGTCAATGAATGA-CTTTTTCTTCACGGTTCCTAAGGTAGACATTCAATTATAATCTTT
1 TTTTCTTGCCAATGAAT-ATCTTTTTCTTCA-TTTTCTTAAGGTAGACATTCAATTATAATCTGT
* * * * * * * **
17447 TTTAATAAACAATATAAAAAAGTTTAACTTAAAATGAATTATGAGGTTATAAAAGTATTTAAAGC
64 TTTAACAAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGC
* **
17512 AAGTAATAAGGTTTTCGAAGGCATGGGTGACTATAAATAAAC
129 AAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATGGGTGACTATAAATGGAC
********** * * * * * *
17554 TTTTCNNNNNNNNNNATATCTTTTTCTTCACGTTTCTTGATGTAAACATTCAATTATAATATATT
1 TTTTCTTGCCAATGAATATCTTTTTCTTCA-TTTTCTTAAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTT
* * * * * * ** *
17619 TTAACAAAAGATATAAAAGAGTTTATCTGCAAATCAATTATGAGATTATAAAATCATTTAAAGGC
65 TTAACAAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAA-GC
* * * *
17684 -AGTAATAAGGCTTTCGAAGGTATAGGTGATTATAAATAGAC
129 AAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATGGGTGACTATAAATGGAC
* ** * * * *
17725 TTTTCTT-CACAATAAATGGCTTTTCCTTCATGTTTCTCT-AGGTAGACTTTTAATTCTAATCTG
1 TTTTCTTGC-CAATGAATATCTTTTTCTTCAT-TTTCT-TAAGGTAGACATTCAATTATAATCTG
* * * **
17788 TTTTAACTAAAAATGAAAAAAAATTCAACATAAAATCAATTATGAGATTATAAAAATATTTAAAG
63 TTTTAACAAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAG
*
17853 CAAGTAATAAGGCTTT-GAAAAGCATGGGTGACTATAAATGGAC
128 CAAGTAATAAGGCTTTCG-AAGGCATGGGTGACTATAAATGGAC
* * * *
17896 TTTTCTTGCCAATGAATATCTTTTTCTTCATGTTTCTTGAGGTAAACATTCAATTATGATCTATT
1 TTTTCTTGCCAATGAATATCTTTTTCTTCAT-TTTCTTAAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTT
* * * * * * **
17961 TAAACAAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAGATCAACTATGAAATTAGAAAACTATTTAAAGTG
65 TTAACAAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCA
* * * * *
18026 TGTAATAAGGCCTTCGAAAGCTTGGGTGACTATAAATGTAC
130 AGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATGGGTGACTATAAATGGAC
* * * ** * *
18067 TTTTCTTGCCAATAAATGA-CTTTCTCTTTATGTTTCTCGAGGTACACATTTAATTATAATCTGT
1 TTTTCTTGCCAATGAAT-ATCTTTTTCTTCAT-TTTCTTAAGGTAGACATTCAATTATAATCTGT
* * * ** *
18131 TTTAACCAAAAATG-AAAAAAATTGAACTTAAAATCAATTATGAGACTATAAAAAGATTTGAAG-
64 TTTAACAAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGC
18194 AGAGTAATAAGGCTTT
129 A-AGTAATAAGGCTTT
18210 TAAAGGCANN
Statistics
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0.75 0.20 0.04
Matches are distributed among these distances:
166 78 0.03
167 45 0.02
168 104 0.04
169 180 0.07
170 368 0.15
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172 294 0.12
173 2 0.00
ACGTcount: A:0.38, C:0.11, G:0.13, T:0.35
Consensus pattern (170 bp):
TTTTCTTGCCAATGAATATCTTTTTCTTCATTTTCTTAAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTT
TAACAAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCAA
GTAATAAGGCTTTCGAAGGCATGGGTGACTATAAATGGAC
Found at i:17741 original size:21 final size:21
Alignment explanation
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Period size: 21 Copynumber: 1.9 Consensus size: 21
17705 ATAGGTGATT
17715 ATAAATAGACTTTT-CTTCACA
1 ATAAAT-GACTTTTCCTTCACA
*
17736 ATAAATGGCTTTTCCTTCA
1 ATAAATGACTTTTCCTTCA
17755 TGTTTCTCTA
Statistics
Matches: 17, Mismatches: 1, Indels: 2
0.85 0.05 0.10
Matches are distributed among these distances:
20 6 0.35
21 11 0.65
ACGTcount: A:0.33, C:0.20, G:0.07, T:0.40
Consensus pattern (21 bp):
ATAAATGACTTTTCCTTCACA
Found at i:19268 original size:10 final size:10
Alignment explanation
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19243 AGGCAAACAT
19253 TCAGTTATAA
1 TCAGTTATAA
19263 TCAGTTATAA
1 TCAGTTATAA
19273 TCAGTTATAA
1 TCAGTTATAA
19283 ATAGACTTTT
Statistics
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Matches are distributed among these distances:
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Consensus pattern (10 bp):
TCAGTTATAA
Found at i:19338 original size:85 final size:85
Alignment explanation
Indices: 19193--19349 Score: 242
Period size: 85 Copynumber: 1.8 Consensus size: 85
19183 CTTGGGTGGC
* * *
19193 TATAAATAGACTTTTCTTGCCATTGAATGGCTTTCTCTTCATATTTCTCAAGGCAAACATTCAGT
1 TATAAATAGACTTTTCTTACCAATGAATGGCTTTCTCTTCATATTTCTCAAGGCAAACATTCAAT
19258 TATAATCAGTTATAATCAGT
66 TATAATCAGTTATAATCAGT
* * * * *
19278 TATAAATAGACTTTTCTTACCAATGAATGGCTTTTTCTTTATGTTTCTCAAGGTAGACATTCAAT
1 TATAAATAGACTTTTCTTACCAATGAATGGCTTTCTCTTCATATTTCTCAAGGCAAACATTCAAT
19343 TATAATC
66 TATAATC
19350 TGTTTTCATC
Statistics
Matches: 64, Mismatches: 8, Indels: 0
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Matches are distributed among these distances:
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ACGTcount: A:0.31, C:0.17, G:0.11, T:0.41
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TATAAATAGACTTTTCTTACCAATGAATGGCTTTCTCTTCATATTTCTCAAGGCAAACATTCAAT
TATAATCAGTTATAATCAGT
Found at i:19368 original size:85 final size:85
Alignment explanation
Indices: 19194--19368 Score: 224
Period size: 85 Copynumber: 2.1 Consensus size: 85
19184 TTGGGTGGCT
* * *
19194 ATAAATAGACTTTTCTTGCCATTGAATGGCTTTCTCTTCATATTTCTCAAGGCAAACATTCAGTT
1 ATAAATAGACTTTTCTTACCAATGAATGGCTTTCTCTTCATATTTCTCAAGGCAAACATTCAATT
***
19259 ATAATCAGTTATAATCAGTT
66 ATAATCAGTTATAATCAAAA
* * * * *
19279 ATAAATAGACTTTTCTTACCAATGAATGGCTTTTTCTTTATGTTTCTCAAGGTAGACATTCAATT
1 ATAAATAGACTTTTCTTACCAATGAATGGCTTTCTCTTCATATTTCTCAAGGCAAACATTCAATT
* * *
19344 ATAATCTGTTTTCATCAAAA
66 ATAATCAGTTATAATCAAAA
19364 ATAAA
1 ATAAA
19369 AAGAAATTCA
Statistics
Matches: 76, Mismatches: 14, Indels: 0
0.84 0.16 0.00
Matches are distributed among these distances:
85 76 1.00
ACGTcount: A:0.33, C:0.16, G:0.11, T:0.41
Consensus pattern (85 bp):
ATAAATAGACTTTTCTTACCAATGAATGGCTTTCTCTTCATATTTCTCAAGGCAAACATTCAATT
ATAATCAGTTATAATCAAAA
Found at i:19519 original size:256 final size:255
Alignment explanation
Indices: 19021--19519 Score: 531
Period size: 256 Copynumber: 1.9 Consensus size: 255
19011 NNNNNNNNNC
* * *
19021 TATAAATGGACTTTTCTTACCAATGAATATCTTTTACTTTATGTTTCTCGAGGTAAACATTCAAT
1 TATAAATAGACTTTTCTTACCAATGAATAGCTTTTACTTTATGTTTCTCAAGGTAAACATTCAAT
* *
19086 AATGATCTGTTTTAACAAAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAAATATGAGATTAGAAAA
66 AATAATCTGTTTTAACAAAAAAA--TAAAAAAATTCAAATTAAAATCAAATATGAGATTAGAAAA
* * * * *
19151 TAATTTAAAGCGAGTAATAAGGCCTTCGAAGGCTTGGGTGGCTATAAATAGACTTTTCTTGCCAT
129 TAATTTAAAGCGAGTAATAAGGCCTTCGAAGGCGTAGGTGACTATAAATAGACTTTTCTTGCAAA
* * * *
19216 TGAATGGCTTTCTCTTCATATTTCTCAAGGCAAACATTCAGTTATAATCAGTTATAATCAGT
194 TCAATGGATTTCTCTTCACATTTCTCAAGGCAAACATTCAATTATAATCAGTTATAATCAGT
* * *
19278 TATAAATAGACTTTTCTTACCAATGAATGGCTTTTTCTTTATGTTTCTCAAGGTAGACATTCAAT
1 TATAAATAGACTTTTCTTACCAATGAATAGCTTTTACTTTATGTTTCTCAAGGTAAACATTCAAT
* * * * * *
19343 TATAATCTGTTTTCATCAAAAATAA-AAAGAAATTCAAATTAAAGTCAATTATGAGATT-GTANN
66 AATAATCTGTTTT-AACAAAAA-AATAAAAAAATTCAAATTAAAATCAAATATGAGATTAG-A-A
******** * * * *
19406 NNNNNNNNAAA-TGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCGTAGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCA
127 AATAATTTAAAGCGAGTAATAAGGCCTTCGAAGGCGTAGGTGACTATAAATAGACTTTTCTTGCA
* * * * *
19470 AATCAATATGATTT-TGTTCACATTTC-CTGAGGTAGACATTCAATTATAAT
192 AATCAAT-GGATTTCTCTTCACATTTCTC-AAGGCAAACATTCAATTATAAT
19520 TTTTTTAATA
Statistics
Matches: 196, Mismatches: 40, Indels: 13
0.79 0.16 0.05
Matches are distributed among these distances:
255 2 0.01
256 108 0.55
257 77 0.39
258 7 0.04
259 2 0.01
ACGTcount: A:0.35, C:0.13, G:0.14, T:0.36
Consensus pattern (255 bp):
TATAAATAGACTTTTCTTACCAATGAATAGCTTTTACTTTATGTTTCTCAAGGTAAACATTCAAT
AATAATCTGTTTTAACAAAAAAATAAAAAAATTCAAATTAAAATCAAATATGAGATTAGAAAATA
ATTTAAAGCGAGTAATAAGGCCTTCGAAGGCGTAGGTGACTATAAATAGACTTTTCTTGCAAATC
AATGGATTTCTCTTCACATTTCTCAAGGCAAACATTCAATTATAATCAGTTATAATCAGT
Found at i:19805 original size:341 final size:339
Alignment explanation
Indices: 19278--20729 Score: 1506
Period size: 341 Copynumber: 4.3 Consensus size: 339
19268 TATAATCAGT
* *
19278 TATAAATAGACTTTTCTTACCAATGAATGGCTTTTTCTTTATGTTTCTCAAGGTAGACATTCAAT
1 TATAAATGGACTTTTCTTACCAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTCTCAAGGTAGACATTCAAT
* * * * * **
19343 TATAATCTGTTTTCATCAAAAATAAAAAGAAATTCAAATTAAAGTCAATTATGAGATTGTANNNN
66 TATAATCTGTTTTAATAAAAAATAAAAA-AAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATA--AA
****** * * * *
19408 NNNNNNAAA-TGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCGTAGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCAAA
128 ATATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCATAGGTGACTATAAATAGACTTTTCTTGCCAA
* ** * * *
19472 TCAATATGATTTTGTTCACATTTCCTGAGGTAGACATTCAATTATAAT-TTTTTTAATAAAAAAT
193 TGAATATCTTTTTCTTCACATTTCTTGAGGTAGACATTCAATTATAATATGTTTTAATAAAAAAT
* * * *
19536 A-AAAAAAATTCAACTTCAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAATGAGTAATAAGACT
258 ATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAAATATGAGATTATAAAACTATTTAAAACGAGTAATAAGGCT
* *
19600 TTTGAAGGCATGGGTGA
323 TTCGAAGGCATAGGTGA
* * *
19617 TGATAAATGGACTTTTTTTATCAATGAATGGCTTTTTCTTCACGTTTC-CTAAGGTAGACATTCA
1 T-ATAAATGGACTTTTCTTACCAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTCTC-AAGGTAGACATTCA
* * * *
19681 ATTATAATCTATTTTAATAAAAAAATATAAAAAAATTTAACTTAAAATCAATTATGAGGTTGTAA
64 ATTATAATCTGTTTTAAT-AAAAAATA-AAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAA
* * **
19746 AAGTATTTAAAGCAAGTAATAAGG-TTTTCGAAGGCATAGGTGACTATAAATAAACTTTTCTCAC
127 AA-TATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTT-GAAGGCATAGGTGACTATAAATAGACTTTTCTTGC
* * * * * *
19810 CCATGAATATCTTTTTCTTCACGTTTCTTTAGGTAGATATTCAATTATAATATATTTTAATCAAA
190 CAATGAATATCTTTTTCTTCACATTTCTTGAGGTAGACATTCAATTATAATATGTTTTAATAAAA
* * * * * *
19875 AATATAAAAGAGTTTATCTTCAAATCAAATATAAGATTATAAAACTATTTAAAGAC-AGTAATAA
255 AATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAAATATGAGATTATAAAACTATTTAAA-ACGAGTAATAA
*
19939 GGCTTTCGAAGGTATAGGTGA
319 GGCTTTCGAAGGCATAGGTGA
* * * * * * * *
19960 TTATAAATGGACTTTTTTTCCCAATAAATGGCTTTTTCTTCATGTGTCTCGAGGTAAACTTTTAA
1 -TATAAATGGACTTTTCTTACCAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTCTCAAGGTAGACATTCAA
* * *
20025 TTATAATCT-ATTTAACT-AAAAATAAAAAAAA-TCAACATAGAATCAATTATGAGATTATAAAC
65 TTATAATCTGTTTTAA-TAAAAAATAAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAA-
* ** * *
20087 ACATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTAAAAGGCATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAA
128 ATATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCATAGGTGACTATAAATAGACTTTTCTTGCCAA
*** * * * * * * *
20152 TGAATATCTTTTTCTTCGTGTTTCTTAAGGTAAATATTCAATGATGATCTGTTTAAATAAAAAAT
193 TGAATATCTTTTTCTTCACATTTCTTGAGGTAGACATTCAATTATAATATGTTTTAATAAAAAAT
* * * * * * *
20217 GTAAAAAAATTTAACTTAAAATCAAATATGAGATTAGAAAACTATTTAAAGCGTGTAATCAGGCC
258 ATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAAATATGAGATTATAAAACTATTTAAAACGAGTAATAAGGCT
* * *
20282 TTCGAAGCCTTCGGTGA
323 TTCGAAGGCATAGGTGA
* * * * * *
20299 CTATAAATGGACTTTTCATGCCAATGAATGGCTTTCTC-TCTATGTTTCTCAAGGTACATATTTA
1 -TATAAATGGACTTTTCTTACCAATGAATGGCTTTTTCTTC-ATGTTTCTCAAGGTAGACATTCA
** * * * * *
20363 ATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATGAAAAAAAATTAAATTTACAATTAATTATGAGACTATAAA
64 ATTATAATCTGTTTTAATAAAAAAT-AAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTAT-AA
* * * * *
20428 AATATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGGAGGTAT-GGCTAAGTATAAATAGAC-TTTCTTGGC
127 AATATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCATAGG-TGACTATAAATAGACTTTTCTTGCC
* *
20491 AATGGATATCTTTTTCTTCACATTTCTTGAGGTAGACATTCAATTATAATATGTTTTAATACAAA
191 AATGAATATCTTTTTCTTCACATTTCTTGAGGTAGACATTCAATTATAATATGTTTTAATAAAAA
* * * *
20556 ATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCGATTATGAGATTATAAAAATATTTAAAGCGAGTAATAAGG
256 ATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAAATATGAGATTATAAAACTATTTAAAACGAGTAATAAGG
* * *
20621 CTTTTGAAGGCATTGGTGGC
321 CTTTCGAAGGCATAGGT-GA
* * ** * * ** *
20641 TATAAATAGACTTTTCTTGCCAATGAATATCTTTTGCTTCATGTTTCCCATTGTAGATATTCAAT
1 TATAAATGGACTTTTCTTACCAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTCTCAAGGTAGACATTCAAT
20706 TATAATCTGTTTTAATAAAAAATA
66 TATAATCTGTTTTAATAAAAAATA
20730 TNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 921, Mismatches: 167, Indels: 49
0.81 0.15 0.04
Matches are distributed among these distances:
338 3 0.00
339 257 0.28
340 101 0.11
341 335 0.36
342 90 0.10
343 132 0.14
344 3 0.00
ACGTcount: A:0.38, C:0.11, G:0.13, T:0.36
Consensus pattern (339 bp):
TATAAATGGACTTTTCTTACCAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTCTCAAGGTAGACATTCAAT
TATAATCTGTTTTAATAAAAAATAAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAATA
TTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCATAGGTGACTATAAATAGACTTTTCTTGCCAATGA
ATATCTTTTTCTTCACATTTCTTGAGGTAGACATTCAATTATAATATGTTTTAATAAAAAATATA
AAAAAATTCAACTTAAAATCAAATATGAGATTATAAAACTATTTAAAACGAGTAATAAGGCTTTC
GAAGGCATAGGTGA
Found at i:19958 original size:171 final size:171
Alignment explanation
Indices: 19278--20730 Score: 1383
Period size: 171 Copynumber: 8.5 Consensus size: 171
19268 TATAATCAGT
* * ** * * * *
19278 TATAAATAGACTTTTCTTACCAATGAATGGCTTTTTCTTTATGTTTCTCAAGGTAGACATTCAAT
1 TATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATATCTTTTTCTTCACGTTTCTTAAGGTAGATATTCAAT
* * * * * **
19343 TATAATCTGTTTTCATCAAAAATA-AAAAGAAATTCAAATTAAAGTCAATTATGAGATTGTANNN
66 TATAATCTGTTTTAATAAAAAATATAAAA-AAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATA-AA
******* * *
19407 NNNNNNNAAA-TGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCGTAGGTGAC
129 ACTATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCATAGGTGAC
* * ** * * * * *
19449 TATAAATGGACTTTTCTTGCAAATCAATATGATTTTGTTCACATTTCCTGAGGTAGACATTCAAT
1 TATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATATCTTTTTCTTCACGTTTCTTAAGGTAGATATTCAAT
* *
19514 TATAAT-TTTTTTAATAAAAAATA-AAAAAAATTCAACTTCAAATCAATTATGAGATTATAAAAC
66 TATAATCTGTTTTAATAAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAAC
** * *
19577 TATTTAAAATGAGTAATAAGACTTTTGAAGGCATGGGTGA-
131 TATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCATAGGTGAC
* ** ** * *
19617 TGATAAATGGACTTTTTTTATCAATGAATGGCTTTTTCTTCACGTTTCCTAAGGTAGACATTCAA
1 T-ATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATATCTTTTTCTTCACGTTTCTTAAGGTAGATATTCAA
* * * *
19682 TTATAATCTATTTTAATAAAAAAATATAAAAAAATTTAACTTAAAATCAATTATGAGGTTGTAAA
65 TTATAATCTGTTTTAAT-AAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAA
* *
19747 AGTATTTAAAGCAAGTAATAAGG-TTTTCGAAGGCATAGGTGAC
129 ACTATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTT-GAAGGCATAGGTGAC
** ** * *
19790 TATAAATAAACTTTTCTCACCCATGAATATCTTTTTCTTCACGTTTCTTTAGGTAGATATTCAAT
1 TATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATATCTTTTTCTTCACGTTTCTTAAGGTAGATATTCAAT
* * * * * * * * * *
19855 TATAATATATTTTAATCAAAAATATAAAAGAGTTTATCTTCAAATCAAATATAAGATTATAAAAC
66 TATAATCTGTTTTAATAAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAAC
* * *
19920 TATTTAAAGAC-AGTAATAAGGCTTTCGAAGGTATAGGTGAT
131 TATTTAAAG-CGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCATAGGTGAC
* * * ** * * ** * *
19961 TATAAATGGACTTTTTTTCCCAATAAATGGCTTTTTCTTCATGTGTCTCGAGGTAAACT-TTTAA
1 TATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATATCTTTTTCTTCACGTTTCTTAAGGTAGA-TATTCAA
* * *
20025 TTATAATCT-ATTTAACT-AAAAATA-AAAAAAA-TCAACATAGAATCAATTATGAGATTATAAA
65 TTATAATCTGTTTTAA-TAAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAA
** *
20086 CAC-ATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTAAAAGGCATGGGTGAC
129 -ACTATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCATAGGTGAC
** *
20129 TATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATATCTTTTTCTTCGTGTTTCTTAAGGTAAATATTCAAT
1 TATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATATCTTTTTCTTCACGTTTCTTAAGGTAGATATTCAAT
* * * * * * *
20194 GATGATCTGTTTAAATAAAAAATGTAAAAAAATTTAACTTAAAATCAAATATGAGATTAGAAAAC
66 TATAATCTGTTTTAATAAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAAC
* * * * * * *
20259 TATTTAAAGCGTGTAATCAGGCCTTCGAAGCCTTCGGTGAC
131 TATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCATAGGTGAC
* ** * * * * *
20300 TATAAATGGACTTTTCATGCCAATGAATGGCTTTCTC-TCTATGTTTCTCAAGGTACATATTTAA
1 TATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATATCTTTTTCTTC-ACGTTTCTTAAGGTAGATATTCAA
** * * * * *
20364 TTATAATCTGTTTTAACCAAAAATGA-AAAAAAATTAAATTTACAATTAATTATGAGACTATAAA
65 TTATAATCTGTTTTAATAAAAAAT-ATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAA
* * * * *
20428 AATATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGGAGGTAT-GGCTAAG
129 ACTATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCATAGG-TGAC
* * * * * *
20471 TATAAATAGAC-TTTCTTGGCAATGGATATCTTTTTCTTCACATTTCTTGAGGTAGACATTCAAT
1 TATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATATCTTTTTCTTCACGTTTCTTAAGGTAGATATTCAAT
* * * *
20535 TATAATATGTTTTAATACAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCGATTATGAGATTATAAAAA
66 TATAATCTGTTTTAATAAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAAC
* *
20600 TATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCATTGGTGGC
131 TATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCATAGGTGAC
* * * ** **
20641 TATAAATAGACTTTTCTTGCCAATGAATATCTTTTGCTTCATGTTTCCCATTGTAGATATTCAAT
1 TATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATATCTTTTTCTTCACGTTTCTTAAGGTAGATATTCAAT
20706 TATAATCTGTTTTAATAAAAAATAT
66 TATAATCTGTTTTAATAAAAAATAT
20731 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 1041, Mismatches: 215, Indels: 52
0.80 0.16 0.04
Matches are distributed among these distances:
167 2 0.00
168 120 0.12
169 132 0.13
170 185 0.18
171 463 0.44
172 138 0.13
173 1 0.00
ACGTcount: A:0.38, C:0.11, G:0.13, T:0.36
Consensus pattern (171 bp):
TATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATATCTTTTTCTTCACGTTTCTTAAGGTAGATATTCAAT
TATAATCTGTTTTAATAAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAAC
TATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCATAGGTGAC
Found at i:20594 original size:680 final size:680
Alignment explanation
Indices: 19418--20684 Score: 1555
Period size: 680 Copynumber: 1.9 Consensus size: 680
19408 NNNNNNAAAT
** * *
19418 GAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCGTAGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCAAATCAATATGATT
1 GAGTAATAAGGCTTTAAAAGGCATAGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCAAATCAATATCATT
* * * * * *
19483 TTGTTCACATTTCCTGAGGTAGACATTCAATTATAATTTTTTTAATAAAAAATAAAAAAAATTCA
66 TTCTTCACATTTCCTAAGGTAAACATTCAATGATAATTGTTTAAATAAAAAATAAAAAAAATTCA
* * * * * * * *
19548 ACTTCAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAATGAGTAATAAGACTTTTGAAGGCATGG
131 ACTTAAAATCAAATATGAGATTAGAAAACTATTTAAAACGAGTAATAAGACCTTCGAAGCCATCG
** * * *
19613 GTGATGATAAATGGACTTTTTTTATCAATGAATGGCTTTTTCTTCACGTTTCCTAAGGTAGACAT
196 GTGATGATAAATGGACTTTTCATACCAATGAATGGCTTTCTCTTCACGTTTCCTAAGGTACACAT
* ** *
19678 TCAATTATAATCTATTTTAATAAAAAAATATAAAAAAATTTAACTTAAAATCAATTATGAGGTTG
261 TCAATTATAATCTATTTTAATAAAAAAATATAAAAAAATTAAACTTAAAATCAATTATGAGACTA
* *
19743 TAAAAGTATTTAAAGCAAGTAATAAGGTTTTCGAAGGCATAGGTGACTATAAATAAACTTTTCTC
326 TAAAAATATTTAAAGCAAGTAATAAGGTTTTCGAAGGCATAGGTAACTATAAATAAACTTTTCTC
* * * *
19808 ACCCATGAATATCTTTTTCTTCACGTTTCTTTAGGTAGATATTCAATTATAATATATTTTAATCA
391 ACCAATGAATATCTTTTTCTTCACATTTCTTGAGGTAGACATTCAATTATAATATATTTTAATCA
* * * * * *
19873 AAAATATAAAAGAGTTTATCTTCAAATCAAATATAAGATTATAAAACTATTTAAAGAC-AGTAAT
456 AAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAAATATAAGATTATAAAAATATTTAAAG-CGAGTAAT
* * * * * *
19937 AAGGCTTTCGAAGGTATAGGTGATTATAAATGGACTTTTTTTCCCAATAAATGGCTTTTTCTTCA
520 AAGGCTTTCGAAGGCATAGGTGACTATAAATAGACTTTTCTTCCCAATAAATAGCTTTTGCTTCA
20002 TGTGTCTCGAGGTAAACTTTTAATTATAATCTATTTAACTAAAAATAAAAAAAATCAACATAGAA
585 TGTGTCTCGAGGTAAACTTTTAATTATAATCTATTTAACTAAAAATAAAAAAAATCAACATAGAA
20067 TCAATTATGAGATTATAAACACATTTAAAGC
650 TCAATTATGAGATTATAAACACATTTAAAGC
* * * *
20098 GAGTAATAAGGCTTTAAAAGGCATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATATCTTT
1 GAGTAATAAGGCTTTAAAAGGCATAGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCAAATCAATATCATT
*** * * * *
20163 TTCTTCGTGTTTCTTAAGGTAAATATTCAATGATGATCTGTTTAAATAAAAAATGTAAAAAAATT
66 TTCTTCACATTTCCTAAGGTAAACATTCAATGATAAT-TGTTTAAATAAAAAAT-AAAAAAAATT
* * * * * *
20228 TAACTTAAAATCAAATATGAGATTAGAAAACTATTTAAAGCGTGTAATCAGGCCTTCGAAGCCTT
129 CAACTTAAAATCAAATATGAGATTAGAAAACTATTTAAAACGAGTAATAAGACCTTCGAAGCCAT
* *
20293 CGGTGACT-ATAAATGGACTTTTCATGCCAATGAATGGCTTTCTC-TCTATGTTT-CTCAAGGTA
194 CGGTGA-TGATAAATGGACTTTTCATACCAATGAATGGCTTTCTCTTC-ACGTTTCCT-AAGGTA
* * * ** * * *
20355 CATATTTAATTATAATCTGTTTTAA-CCAAAAATGA-AAAAAAATTAAATTTACAATTAATTATG
256 CACATTCAATTATAATCTATTTTAATAAAAAAAT-ATAAAAAAATTAAACTTAAAATCAATTATG
* * * * *
20418 AGACTATAAAAATATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTT-GGAGGTAT-GGCTAAGTATAAATAGA
320 AGACTATAAAAATATTTAAAGCAAGTAATAAGG-TTTTCGAAGGCATAGG-TAACTATAAATAAA
*** * *
20481 C-TTTCTTGGCAATGGATATCTTTTTCTTCACATTTCTTGAGGTAGACATTCAATTATAATATGT
383 CTTTTCTCACCAATGAATATCTTTTTCTTCACATTTCTTGAGGTAGACATTCAATTATAATATAT
* * *
20545 TTTAAT-ACAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCGATTATGAGATTATAAAAATATTTAAAG
448 TTTAATCA-AAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAAATATAAGATTATAAAAATATTTAAAG
* * * * * *
20609 CGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCATTGGTGGCTATAAATAGACTTTTCTTGCCAATGAATATCTT
512 CGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATAGGTGACTATAAATAGACTTTTCTTCCCAATAAATAGCTT
20674 TTGCTTCATGT
577 TTGCTTCATGT
20685 TTCCCATTGT
Statistics
Matches: 486, Mismatches: 91, Indels: 20
0.81 0.15 0.03
Matches are distributed among these distances:
679 2 0.00
680 255 0.52
681 94 0.19
682 134 0.28
683 1 0.00
ACGTcount: A:0.38, C:0.11, G:0.14, T:0.36
Consensus pattern (680 bp):
GAGTAATAAGGCTTTAAAAGGCATAGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCAAATCAATATCATT
TTCTTCACATTTCCTAAGGTAAACATTCAATGATAATTGTTTAAATAAAAAATAAAAAAAATTCA
ACTTAAAATCAAATATGAGATTAGAAAACTATTTAAAACGAGTAATAAGACCTTCGAAGCCATCG
GTGATGATAAATGGACTTTTCATACCAATGAATGGCTTTCTCTTCACGTTTCCTAAGGTACACAT
TCAATTATAATCTATTTTAATAAAAAAATATAAAAAAATTAAACTTAAAATCAATTATGAGACTA
TAAAAATATTTAAAGCAAGTAATAAGGTTTTCGAAGGCATAGGTAACTATAAATAAACTTTTCTC
ACCAATGAATATCTTTTTCTTCACATTTCTTGAGGTAGACATTCAATTATAATATATTTTAATCA
AAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAAATATAAGATTATAAAAATATTTAAAGCGAGTAATA
AGGCTTTCGAAGGCATAGGTGACTATAAATAGACTTTTCTTCCCAATAAATAGCTTTTGCTTCAT
GTGTCTCGAGGTAAACTTTTAATTATAATCTATTTAACTAAAAATAAAAAAAATCAACATAGAAT
CAATTATGAGATTATAAACACATTTAAAGC
Found at i:20709 original size:680 final size:680
Alignment explanation
Indices: 19278--20726 Score: 1544
Period size: 680 Copynumber: 2.1 Consensus size: 680
19268 TATAATCAGT
* * * * * * * * *
19278 TATAAATAGACTTTTCTTACCAATGAATGGCTTTTTCTTTATGTTTCTCAAGGTAGACATTCAAT
1 TATAAATAGACTTTTCTTCCCAATAAATAGCTTTTGCTTCATGTGTCTCCAGGTAAACTTTCAAT
* * * *
19343 TATAATCTGTTTTCATCAAAAATAAAAAGAAATTCAA-ATTA-AAGTCAATTATGAGATTGTANN
66 TATAATCTGATTTAAT-AAAAATAAAAA-AAA-TCAACA-TAGAA-TCAATTATGAGATTATA-A
******** * ** *
19406 NNNNNNNNAAA-TGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCGTAGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCA
125 ACACATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTAAAAGGCATAGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCA
* * * * * * *
19470 AATCAATATGATTTTGTTCACATTTCCTGAGGTAGACATTCAATTATAATTTTTTTAATAAAAAA
190 AATCAATATCATTTTCTTCACATTTCCTAAGGTAAACATTCAATGATAATTGTTTAAATAAAAAA
* * * * *
19535 TAAAAAAAATTCAACTTCAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAATGAGTAATAAGACT
255 TAAAAAAAATTCAACTTAAAATCAAATATGAGATTAGAAAACTATTTAAAACGAGTAATAAGACC
* * * ** * *
19600 TTTGAAGGCATGGGTGATGATAAATGGACTTTTTTTATCAATGAATGGCTTTTTCTTCACGTTTC
320 TTCGAAGCCATCGGTGATGATAAATGGACTTTTCATACCAATGAATGGCTTTCTCTTCACGTTTC
* *
19665 CTAAGGTAGACATTCAATTATAATCTATTTTAATAAAAAAATATAAAAAAATTTAACTTAAAATC
385 CTAAGGTACACATTCAATTATAATCTATTTTAATAAAAAAATATAAAAAAATTAAACTTAAAATC
** * * *
19730 AATTATGAGGTTGTAAAAGTATTTAAAGCAAGTAATAAGGTTTTCGAAGGCATAGGTGACTATAA
450 AATTATGAGACTATAAAAATATTTAAAGCAAGTAATAAGGTTTTCGAAGGCATAGGTAACTATAA
* * * *
19795 ATAAACTTTTCTCACCCATGAATATCTTTTTCTTCACGTTTCTTTAGGTAGATATTCAATTATAA
515 ATAAACTTTTCTCACCAATGAATATCTTTTTCTTCACATTTCTTGAGGTAGACATTCAATTATAA
* * * * * *
19860 TATATTTTAATCAAAAATATAAAAGAGTTTATCTTCAAATCAAATATAAGATTATAAAACTATTT
580 TATATTTTAATCAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAAATATAAGATTATAAAAATATTT
* *
19925 AAAGACAGTAATAAGGCTTTCGAAGGTATAGGTGAT
645 AAAGACAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATAGGTGAC
* * * * * *
19961 TATAAATGGACTTTTTTTCCCAATAAATGGCTTTTTCTTCATGTGTCTCGAGGTAAACTTTTAAT
1 TATAAATAGACTTTTCTTCCCAATAAATAGCTTTTGCTTCATGTGTCTCCAGGTAAACTTTCAAT
20026 TATAATCT-ATTTAACTAAAAATAAAAAAAATCAACATAGAATCAATTATGAGATTATAAACACA
66 TATAATCTGATTTAA-TAAAAATAAAAAAAATCAACATAGAATCAATTATGAGATTATAAACACA
* * *
20090 TTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTAAAAGGCATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGA
130 TTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTAAAAGGCATAGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCAAATCA
* *** * * * *
20155 ATATCTTTTTCTTCGTGTTTCTTAAGGTAAATATTCAATGATGATCTGTTTAAATAAAAAATGTA
195 ATATCATTTTCTTCACATTTCCTAAGGTAAACATTCAATGATAAT-TGTTTAAATAAAAAAT-AA
* * * * *
20220 AAAAAATTTAACTTAAAATCAAATATGAGATTAGAAAACTATTTAAAGCGTGTAATCAGGCCTTC
258 AAAAAATTCAACTTAAAATCAAATATGAGATTAGAAAACTATTTAAAACGAGTAATAAGACCTTC
* * *
20285 GAAGCCTTCGGTGACT-ATAAATGGACTTTTCATGCCAATGAATGGCTTTCTC-TCTATGTTT-C
323 GAAGCCATCGGTGA-TGATAAATGGACTTTTCATACCAATGAATGGCTTTCTCTTC-ACGTTTCC
* * * ** * *
20347 TCAAGGTACATATTTAATTATAATCTGTTTTAA-CCAAAAATGA-AAAAAAATTAAATTTACAAT
386 T-AAGGTACACATTCAATTATAATCTATTTTAATAAAAAAAT-ATAAAAAAATTAAACTTAAAAT
* * * * *
20410 TAATTATGAGACTATAAAAATATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTT-GGAGGTAT-GGCTAAGTA
449 CAATTATGAGACTATAAAAATATTTAAAGCAAGTAATAAGG-TTTTCGAAGGCATAGG-TAACTA
* *** *
20473 TAAATAGAC-TTTCTTGGCAATGGATATCTTTTTCTTCACATTTCTTGAGGTAGACATTCAATTA
512 TAAATAAACTTTTCTCACCAATGAATATCTTTTTCTTCACATTTCTTGAGGTAGACATTCAATTA
* * * *
20537 TAATATGTTTTAAT-ACAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCGATTATGAGATTATAAAAAT
577 TAATATATTTTAATCA-AAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAAATATAAGATTATAAAAAT
* * *
20601 ATTTAAAG-CGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCATTGGTGGC
641 ATTTAAAGAC-AGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATAGGTGAC
* * * * * *
20641 TATAAATAGACTTTTCTTGCCAATGAATATCTTTTGCTTCATGTTTC-CCATTGTAGA-TATTCA
1 TATAAATAGACTTTTCTTCCCAATAAATAGCTTTTGCTTCATGTGTCTCCA-GGTAAACT-TTCA
*
20704 ATTATAATCTGTTTTAATAAAAA
64 ATTATAATCTGATTTAATAAAAA
20727 ATATNNNNNN
Statistics
Matches: 629, Mismatches: 120, Indels: 37
0.80 0.15 0.05
Matches are distributed among these distances:
679 8 0.01
680 302 0.48
681 105 0.17
682 149 0.24
683 65 0.10
ACGTcount: A:0.38, C:0.11, G:0.13, T:0.36
Consensus pattern (680 bp):
TATAAATAGACTTTTCTTCCCAATAAATAGCTTTTGCTTCATGTGTCTCCAGGTAAACTTTCAAT
TATAATCTGATTTAATAAAAATAAAAAAAATCAACATAGAATCAATTATGAGATTATAAACACAT
TTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTAAAAGGCATAGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCAAATCAA
TATCATTTTCTTCACATTTCCTAAGGTAAACATTCAATGATAATTGTTTAAATAAAAAATAAAAA
AAATTCAACTTAAAATCAAATATGAGATTAGAAAACTATTTAAAACGAGTAATAAGACCTTCGAA
GCCATCGGTGATGATAAATGGACTTTTCATACCAATGAATGGCTTTCTCTTCACGTTTCCTAAGG
TACACATTCAATTATAATCTATTTTAATAAAAAAATATAAAAAAATTAAACTTAAAATCAATTAT
GAGACTATAAAAATATTTAAAGCAAGTAATAAGGTTTTCGAAGGCATAGGTAACTATAAATAAAC
TTTTCTCACCAATGAATATCTTTTTCTTCACATTTCTTGAGGTAGACATTCAATTATAATATATT
TTAATCAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAAATATAAGATTATAAAAATATTTAAAGAC
AGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATAGGTGAC
Found at i:20726 original size:512 final size:504
Alignment explanation
Indices: 19278--20730 Score: 1569
Period size: 512 Copynumber: 2.8 Consensus size: 504
19268 TATAATCAGT
*
19278 TATAAATAGACTTTTCTTACCAATGAATGGCTTTTTCTTTATGTTTCTCAAGGTAGACATTCAAT
1 TATAAATAGACTTTTC-TACCAATGAATGGCTTTTTC-TTATGTTTCTCAAGGTAGATATTCAAT
* * *
19343 TATAATCTGTTTTCATCAAAAATAAAAAGAAATTCAAA-TTA-AAGTCAATTATGAGATTGTANN
64 TATAATCTGTTTTAATCAAAAATAAAAA-AAATT-AAATTTACAA-TCAATTATGAGATTATA-A
******** *
19406 NNNNNNNNAAA-TGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCGTA-GGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGC
125 AAATATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAA-G-GTATGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGC
* ** * *
19469 AAATCAATATGATTTTGTTCACATTTCCTGAGGTAGACATTCAATTATAATTTTTTTAATAAAAA
188 -AATAAATATCTTTTTCTTCACATTTCTTGAGGTAGACATTCAATTATAA-TTTTTTAAT-AAAA
* * ** *
19534 ATAAAAAAAATTCAACTTCAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAATGAGTAATAAGAC
250 ATAAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAAATATTTAAAGCGAGTAATAAGGC
* * ** ** *
19599 TTTTGAAGGCATGGGT-GATGATAAATGGACTTTTTTTATCAATGAATGGCTTTTTCTTCACGTT
315 TTTTGAAGGCATGGGTGGCT-ATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATATCTTTTTCTTCATGTT
* *
19663 TCCTAAGGTAGACATTCAATTATAATCTATTTTAATAAAAAAATATAAAAAAATTTAACTTAAAA
379 TCCTAAGGTAGATATTCAATTATAATCTGTTTTAAT-AAAAAATATAAAAAAATTTAACTTAAAA
* * * ** *
19728 TCAATTATGAGGTTGTAAAAGTATTTAAAGCAAGTAATAAGGTTTTCGAAGGCATAGGTGAC
443 TCAAATATGAGATTGTAAAACTATTTAAAGCAAGTAATAAGGCCTTCGAAGCCATAGGTGAC
* * ** * **
19790 TATAAATAAACTTTTCTCACCCATGAATATCTTTTTCTTCACGTTTCTTTAGGTAGATATTCAAT
1 TATAAATAGACTTTTCT-ACCAATGAATGGCTTTTTCTT-ATGTTTCTCAAGGTAGATATTCAAT
* * * * * * *
19855 TATAATATATTTTAATCAAAAATATAAAAGAGTT-TATCTT-CAAATCAAATATAAGATTATAAA
64 TATAATCTGTTTTAATCAAAAATA-AAAAAAATTAAAT-TTAC-AATCAATTATGAGATTATAAA
* * * * *
19918 ACTATTTAAAGAC-AGTAATAAGGCTTTCGAAGGTATAGGTGATTATAAATGGACTTTTTTTCCC
126 AATATTTAAAG-CGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGTAT-GGTGACTATAAATGGACTTTTCTT-GC
** ** * * * * * *
19982 AATAAATGGCTTTTTCTTCATGTGTCTCGAGGTAAACTTTTAATTATAATCTATTTAACTAAAAA
188 AATAAATATCTTTTTCTTCACATTTCTTGAGGTAGACATTCAATTATAAT-TTTTTAA-TAAAAA
* * * *
20047 TAAAAAAAA-TCAACATAGAATCAATTATGAGATTATAAACACATTTAAAGCGAGTAATAAGGCT
251 TAAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAAATATTTAAAGCGAGTAATAAGGCT
** * *
20111 TTAAAAGGCATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATATCTTTTTCTTCGTGTTTC
316 TTTGAAGGCATGGGTGGCTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATATCTTTTTCTTCATGTTTC
* * * * * *
20176 TTAAGGTAAATATTCAATGATGATCTGTTTAAATAAAAAATGTAAAAAAATTTAACTTAAAATCA
381 CTAAGGTAGATATTCAATTATAATCTGTTTTAATAAAAAATATAAAAAAATTTAACTTAAAATCA
** * * *
20241 AATATGAGATTAG-AAAACTATTTAAAGCGTGTAATCAGGCCTTCGAAGCCTTCGGTGAC
446 AATATGAGATT-GTAAAACTATTTAAAGCAAGTAATAAGGCCTTCGAAGCCATAGGTGAC
* * * * *
20300 TATAAATGGACTTTTCATGCCAATGAATGGCTTTCTCTCTATGTTTCTCAAGGTACATATTTAAT
1 TATAAATAGACTTTTC-TACCAATGAATGGCTTTTTCT-TATGTTTCTCAAGGTAGATATTCAAT
* * *
20365 TATAATCTGTTTTAACCAAAAATGAAAAAAAATTAAATTTACAATTAATTATGAGACTATAAAAA
64 TATAATCTGTTTTAATCAAAAAT-AAAAAAAATTAAATTTACAATCAATTATGAGATTATAAAAA
* * * *
20430 TATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGGAGGTATGGCTAAGTATAAATAGAC-TTTCTTGGCAAT
128 TATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGTATGG-TGACTATAAATGGACTTTTCTT-GCAAT
**
20494 GGATATCTTTTTCTTCACATTTCTTGAGGTAGACATTCAATTATAATATGTTTTAATACAAAATA
191 AAATATCTTTTTCTTCACATTTCTTGAGGTAGACATTCAATTATAAT-T-TTTTAATA-AAAATA
*
20559 TAAAAAAATTCAACTTAAAATCGATTATGAGATTATAAAAATATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTT
253 -AAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAAATATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTT
* * *
20624 TTGAAGGCATTGGTGGCTATAAATAGACTTTTCTTGCCAATGAATATCTTTTGCTTCATGTTTCC
317 TTGAAGGCATGGGTGGCTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATATCTTTTTCTTCATGTTTCC
* **
20689 CATTGTAGATATTCAATTATAATCTGTTTTAATAAAAAATAT
382 TAAGGTAGATATTCAATTATAATCTGTTTTAATAAAAAATAT
20731 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 764, Mismatches: 150, Indels: 54
0.79 0.15 0.06
Matches are distributed among these distances:
509 51 0.07
510 229 0.30
511 147 0.19
512 329 0.43
513 8 0.01
ACGTcount: A:0.38, C:0.11, G:0.13, T:0.36
Consensus pattern (504 bp):
TATAAATAGACTTTTCTACCAATGAATGGCTTTTTCTTATGTTTCTCAAGGTAGATATTCAATTA
TAATCTGTTTTAATCAAAAATAAAAAAAATTAAATTTACAATCAATTATGAGATTATAAAAATAT
TTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGTATGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCAATAAATA
TCTTTTTCTTCACATTTCTTGAGGTAGACATTCAATTATAATTTTTTAATAAAAATAAAAAAAAT
TCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAAATATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCA
TGGGTGGCTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATATCTTTTTCTTCATGTTTCCTAAGGTAGA
TATTCAATTATAATCTGTTTTAATAAAAAATATAAAAAAATTTAACTTAAAATCAAATATGAGAT
TGTAAAACTATTTAAAGCAAGTAATAAGGCCTTCGAAGCCATAGGTGAC
Found at i:21251 original size:164 final size:168
Alignment explanation
Indices: 20898--21257 Score: 412
Period size: 164 Copynumber: 2.1 Consensus size: 168
20888 NNNNNNNNNG
* *
20898 GTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATATCGTTTTCTTCACGTTTCCTAAGATAAGCAT
1 GTGACTATAAATGGACTTTTCTTACCAATGAATAGCGTTTTCTTCACGTTTCCTAAGATAAGCAT
* * *
20963 TCAATTATTATCTGTTTTACCCAAAAATGCAAAAACTGTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTAT
66 TCAATTATAATCTATTTTACCC-AAAA--CAAAAACTGTCAAATTAAAATCAATTATGAGATTAT
** **
21028 AATTCCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGAATGA
128 AAAGCCATTTAAAAAGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGAATGA
* * * * *
21069 GTGAGTATAAATGGACTTTTCTTACTAATGAATGGCTTTTTCTTCACGTTT-CTCAAGGT-AGAC
1 GTGACTATAAATGGACTTTTCTTACCAATGAATAGCGTTTTCTTCACGTTTCCT-AAGATAAG-C
* * *
21132 ATTGAATTATAATCTATTTT-CACC-AAA-AAAAA-T-TCAAATTAAAGTCAATTATGAGATTGT
64 ATTCAATTATAATCTATTTTAC-CCAAAACAAAAACTGTCAAATTAAAATCAATTATGAGATTAT
* * *
21192 AAAGCCATTTAAAAAGAGTAATAAGTCTTTTGAAGGCAT-A
128 AAAGCCATTTAAAAAGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGAATGA
*
21232 GGTTACTATAAATGGACTTTTCTTAC
1 -GTGACTATAAATGGACTTTTCTTAC
21258 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 163, Mismatches: 22, Indels: 15
0.81 0.11 0.08
Matches are distributed among these distances:
163 1 0.01
164 79 0.48
165 1 0.01
166 5 0.03
169 3 0.02
170 5 0.03
171 69 0.42
ACGTcount: A:0.36, C:0.14, G:0.14, T:0.36
Consensus pattern (168 bp):
GTGACTATAAATGGACTTTTCTTACCAATGAATAGCGTTTTCTTCACGTTTCCTAAGATAAGCAT
TCAATTATAATCTATTTTACCCAAAACAAAAACTGTCAAATTAAAATCAATTATGAGATTATAAA
GCCATTTAAAAAGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGAATGA
Found at i:21890 original size:171 final size:169
Alignment explanation
Indices: 21544--25952 Score: 3775
Period size: 171 Copynumber: 26.0 Consensus size: 169
21534 NNNNNNNNNN
* * * * * *
21544 GCGAGTAATAAGGAC-TTCGCAGGCTTAGGTGACTATAAGTGGACTTTTCTTGCCATTGAATGA-
1 GCGAGTAATAAGG-CTTTTGAAGGCAT-GGTGACTATAAATGAACTTTTCTTGCCAATGAAT-AT
* ** * * **
21607 CTTTCTCTTCATATTTCTCGAGGTAGACATTCAGTTATAATCTGTTTTAACCAAAAATA-AAAAA
63 CTTTTTCTTCACGTTTCTCAAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAATAAAAAATATAAAAA
* * * *
21671 AA---AATTTAAAATCACTTATGAGATTTTAAAAACATTTCAA
128 AATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTAT-AAAACATTTAAA
* * * * * *
21711 GCGAGTAATAAGGCTTTCGAGGGCATGGCTAAGTATAAATGAACTTTTCTTACCAATGGATATCT
1 GCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCATGG-TGACTATAAATGAACTTTTCTTGCCAATGAATATCT
* * * * **
21776 TTTTCTTCACATTTCTCAAGGTAAACATTCAATTATAATTTATTTTAATAAAAAAGGTAAAAAAA
65 TTTTCTTCACGTTTCTCAAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAATAAAAAATATAAAAAAA
21841 TTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAGAAACATTTAAA
130 TTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATA-AAACATTTAAA
* * * *
21882 GCGAGTAATAAGGCTTTTGCAGGCATGGGTGGCTATAAAT-AGACCTTTCTTGCCAATGAGTATC
1 GCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCAT-GGTGACTATAAATGA-ACTTTTCTTGCCAATGAATATC
* * * * * *
21946 CTTTTCTTCATGTTTCCCATGGTAGATATTCAACTATAATCTGTTTTAATAAAAAATATAAAAAA
64 TTTTTCTTCACGTTTCTCAAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAATAAAAAATATAAAAAA
* *
22011 ATTCAA-GTAAAATCAATTATGAGATTATAAAATCTTTTAAA
129 ATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAA-CATTTAAA
* * * * *
22052 GCAAATAATAAAGCTTTCGAAGGCATAGGTGACTATAAAT-AGACTTTTCTTGTCAATGAATATC
1 GCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCAT-GGTGACTATAAATGA-ACTTTTCTTGCCAATGAATATC
* ** * * * ** * * * * **
22116 ATTTTCTTCATATTT-TCCAAAGAAAATGTTTAATTATTATCTGTTTTACCTAAAAAA-ACAATG
64 TTTTTCTTCACGTTTCT-CAAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTA-ATAAAAAATATAAAA
* * *
22179 AACTTCAACTTAAAATCAATTATGATATTATAAAACCATTTGAA
127 AAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAA-CATTTAAA
* * * *
22223 GCGAGTAATAACGCTTTCGAAGGCATGGGTGAGTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGAT-
1 GCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCAT-GGTGACTATAAATGAACTTTTCTTGCCAATGAAT-ATC
* * * * * **
22287 TTTTTCTTTATGTTTCTCAAAGTAGACATTCAATTATAATTTGTTTTGATCCAAAATA-AAAAAA
64 TTTTTCTTCACGTTTCTCAAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAATAAAAAATATAAAAAA
* * * * *
22351 A-TCAAATTAAAGTCAATTATGAGAATGTAAAGCCATTTAAA
129 ATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAA-ACATTTAAA
** * * * * * **
22392 ATGAGTAATAAAGTTTTTGAAGGCATAGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCAAATCAATATGA
1 GCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCAT-GGTGACTATAAATGAACTTTTCTTGCCAATGAATATCT
* * * *
22457 TTTTCTTCCCATTT-TCCGAGG-ATGACATTCAATTATAAT-TTTTTTAAT-AAAAA-ATAAAAA
65 TTTTCTTCACGTTTCT-CAAGGTA-GACATTCAATTATAATCTGTTTTAATAAAAAATATAAAAA
* * *
22517 ATTTCAACTTCAAATCAATTATGAGAATATAAAACCATTTAAA
128 AATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAA-CATTTAAA
* * ** * * *
22560 GTGAGTAATAAGGTTTTTGAAGATATGGGTGA-TGATAAATGGACTTTTCTTGTCAATGAATAGC
1 GCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCAT-GGTGACT-ATAAATGAACTTTTCTTGCCAATGAATATC
* * * *
22624 TTTTTCTTCACGTTTC-CTAGGGTAGACGTTCAATTATAATATGTTTTAATAAAAAATGTAAAAA
64 TTTTTCTTCACGTTTCTC-AAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAATAAAAAATATAAAAA
*
22688 AATTCAACTTAAAATCAATTATGAGGTTATAAAAGCATTTAAA
128 AATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAA-CATTTAAA
* * * **
22731 GCAAGTAATAAGG-TTTTCGAAGGCATGGGTGACTCTAAATAAACTTTTCTCACCAATGAATATC
1 GCGAGTAATAAGGCTTTT-GAAGGCAT-GGTGACTATAAATGAACTTTTCTTGCCAATGAATATC
* * * * * * * * *
22795 CTTTTCCTCACATTTCTTAAGGTAGATATTCAATTATAATATATTTTAACAAAAAATATAAAAGA
64 TTTTTCTTCACGTTTCTCAAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAATAAAAAATATAAAAAA
* * *
22860 GTTTAACTTCAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAA
129 ATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAAC-ATTTAAA
* ** * ** * *
22902 TGC-AGTAATAAGGCTTTCGAAGGGGTAGGTGATTATAAAT-AGACTTTTCTCACCAATAAATAG
1 -GCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCAT-GGTGACTATAAATGA-ACTTTTCTTGCCAATGAATAT
* ** * * *
22965 CTTTTTCTTCATGTTTCTTGAGGTAGACTTTTAATTATAATCTGTTTTAAGT-AAAAAT-GAAAA
63 CTTTTTCTTCACGTTTCTCAAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAA-TAAAAAATATAAAA
** * * *
23028 GCATTCAA-TATAAAATCAATTAAGAGTTTATAAAAATATTTAAA
127 AAATTCAACT-TAAAATCAATTATGAGATTAT-AAAACATTTAAA
* * ** * *
23072 GCAAGTAATAATGCTTTAAAAGGTATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATATCT
1 GCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCAT-GGTGACTATAAATGAACTTTTCTTGCCAATGAATATCT
* * * * * *
23137 TTTTCTTCATGTTTCTTAAGGTAAACATTCAATTATGATCTGTTCTAATAAAAAAGTGT-AAAAA
65 TTTTCTTCACGTTTCTCAAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAATAAAAAA-TATAAAAAA
* *
23201 ATTCAACTTAAAATCAAATATGAGATTAGAAAACTATTTAAA
129 ATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAAC-ATTTAAA
* * * * * **
23243 GCGAGTAATAAGGCCTTTGAAGGCTTAGGTGACTATAAATGGACATTTCTTACCAATGAATGGCT
1 GCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCAT-GGTGACTATAAATGAACTTTTCTTGCCAATGAATATCT
* * ** * * * * ** *
23308 TTCTCTTTATATTTCTTAAGGTAGACATTTAATTACAATCTGTTTCAACCAAAAATGA-AAAAAC
65 TTTTCTTCACGTTTCTCAAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAATAAAAAAT-ATAAAAAA
* * * * *
23372 TTTGAACTTAAAATTAATTATGAGACTATGAAAAGATTTAAA
129 ATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTAT-AAAACATTTAAA
* * * *
23414 GCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCATGGCTAAGTATAAATGGAC-TTTCTTGCCAATGGATATCT
1 GCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCATGG-TGACTATAAATGAACTTTTCTTGCCAATGAATATCT
* ** *
23478 TTTTCTTCACATTTCTTGAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTGAATAAAAAAATATAAAAAA
65 TTTTCTTCACGTTTCTCAAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAAT-AAAAAATATAAAAAA
* * *
23543 GTTCAACTTAAAATCAATTATGAGAGTATAAAAATATTTAAA
129 ATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTAT-AAAACATTTAAA
* *
23585 GCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCATTAGTGGCTATAAAT-AGACTTTTCTTGCCAATGAATATC
1 GCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCA-TGGTGACTATAAATGA-ACTTTTCTTGCCAATGAATATC
* * ** *
23649 TTTTTCTTCATGTTTCCCATTGTAGATATTCAATTATAATCTGTTTTAATAAAAAATATAAAAAA
64 TTTTTCTTCACGTTTCTCAAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAATAAAAAATATAAAAAA
*
23714 ATTCAAGTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAA
129 ATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAA-CATTTAAA
* * ** * *
23756 ACGAGTTATAAGGCTTTCAAAGGCATAGGTGACTATATATGGACTTTTCTTGCCAATGAATATCT
1 GCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCAT-GGTGACTATAAATGAACTTTTCTTGCCAATGAATATCT
** * * ** * *** * * *
23821 TTTTCTTCACGTTTCTTGAGATAAATGTTCAATTATTATCTGTTTTACCCAAAACTACAAAAAAC
65 TTTTCTTCACGTTTCTCAAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAATAAAAAATATAAAAAAA
23886 TTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAATCATTTAAA
130 TTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAA-CATTTAAA
* * * * ** ***
23927 GCAAGTAATAAGGCTTTCGAAGGTATGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTATCAATGAATGGATT
1 GCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCATGGTGACTATAAATGAACTTTTCTTGCCAATGAATATCTT
* * * * * ** *
23992 TTTCTTCACGTTTCTCAA-GTAAACTTTCTATTATAATCTATTTTCACCAAAAATAAAAAAAAAT
66 TTTCTTCACGTTTCTCAAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAATAAAAAATATAAAAAAAT
* * * *
24056 TCAAATTAAAGTCAATTATGAGATTGTAAAGCCATTTAAA
131 TCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAA-ACATTTAAA
* * * *********
24096 ACGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCGTAGGTAACTATAAAT-AGACTTTTCTTGCCANNNNNNNNN
1 GCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCAT-GGTGACTATAAATGA-ACTTTTCTTGCCAATGAATATC
* * ** * * * * *
24160 NTTTTCTTCATGTTTCTTGAGGTAGATATTTAATTATAATATATTTTAACAAAAAATATAAAAAA
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* * *
24225 ATTTAACTTCAAATCAATTATGAGATTGTAAAACCATTTAAA
129 ATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAA-CATTTAAA
* * * * * *
24267 G-GCAATAATAAGGCTTTCGAAGGCATAGGTGATTATAAAT-AGACTGTTCTCGCCAATGAATGG
1 GCG-AGTAATAAGGCTTTTGAAGGCAT-GGTGACTATAAATGA-ACTTTTCTTGCCAATGAAT-A
* * ** * * * * * **
24330 T-ATTTTCTTCATGTTTCTTGACGTAAACATTCAACTATAATATGTTTTCACCAAAAATA-AAAA
62 TCTTTTTCTTCACGTTTCTCAAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAATAAAAAATATAAAA
* * *
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* * *
24438 TC-AGTAATAAGGCTTTTGAAGGCATAGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATAAATATCT
1 GCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCAT-GGTGACTATAAATGAACTTTTCTTGCCAATGAATATCT
*
24502 TTTTCTTCACGTTT-TCATAGGTAGACATTTAATTATAATCTGTTTTAATAAAAAATA-AAAACA
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* **
24565 CATTCAACTTCGAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAA
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* * * * * * * **
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* * * ** * * *
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* * *
24737 CTTCAACTTCAAATCAAGTATGAGATTATAAAACTATTTAAA
129 ATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAAC-ATTTAAA
* * * * **
24779 GCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGACTTGGGTGACTATAAAT-AGGCTTTTCTTGGCAATG-ATGGC
1 GCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCAT-GGTGACTATAAATGA-ACTTTTCTTGCCAATGAATATC
* * * * * * **
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* *
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* * * * * *
24949 GCGAGTAATAAGGTTTTTGAAGGCACGGGTGACTATAAATAAACTTTTTTTTGTCAATGAATGGT
1 GCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCA-TGGTGACTATAAATGAAC-TTTTCTTGCCAATGAAT-AT
* * ** * *
25014 -TTTTTCTTCACATTTTTTGAGGTCGACATTCAATTATAATCTGTTTTATTAAAAAATATAAAAA
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* * * *
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* * * * * ** ***
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1 GCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCAT-GGTGACTATAAATGAACTTTTCTTGCCAATGAATATCT
* * * ** *
25186 TTTTCTTCACATTTC-CTTAGGTAGACATTCAACTCCAATCTGTTTTAATAAAAAATGTAAAAAA
65 TTTTCTTCACGTTTCTC-AAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAATAAAAAATAT-AAAAA
* * *
25250 AAATCAACTTAAAATTAATTATGAGACTATAAAACCATTTAAA
128 AATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAA-CATTTAAA
* * * **
25293 GGGAGTAATTAGGCTTTTGAAGGCACGGATGACTATAAAT-AGACTTTTCTTGCCAATGAAT-GG
1 GCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCATGG-TGACTATAAATGA-ACTTTTCTTGCCAATGAATATC
* * * * *
25356 TTTTTCTTCATGTTTC-CTAAGGCAGACATTCAATTATTATCTATTTTAACT-AGAAATATAAAA
64 TTTTTCTTCACGTTTCTC-AAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAA-TAAAAAATATAAAA
* * ** *
25419 AATTTTAACGAAAAATCAATTATAAGATTAT---AC-----AA
127 AAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACATTTAAA
* * * *
25454 -C----CATAAGGCTTTTGAAAGCATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGGATATCT
1 GCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCAT-GGTGACTATAAATGAACTTTTCTTGCCAATGAATATCT
* *
25514 TTTTCTTCATGTTTCTCAAGGTAGACATTCAATCATAATCTGTTTTAATAAAAAATATAAAAAAA
65 TTTTCTTCACGTTTCTCAAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAATAAAAAATATAAAAAAA
* * * *
25579 TTCAACTCAAATTCAATTATGAGCTTATAAAAATATTTAAA
130 TTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTAT-AAAACATTTAAA
* * * * *
25620 GCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGTATAGGTAACTATATAA-GGACTTTTCATGCTAATGAATATC
1 GCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCAT-GGTGACTATA-AATGAACTTTTCTTGCCAATGAATATC
* * * ** ** * * *
25684 TTTTTCCTCACATTTATTGAGACAGACATTCAATTATAATCTGTTTTACTCAAAAATGTAAAAAA
64 TTTTTCTTCACGTTTCTCAAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAATAAAAAATATAAAAAA
*
25749 ATTCAACTTCAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAA
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* * * * * * * * *
25791 GTGAGTAAAAAGGCTTTCGACGGTATAGGTGGCTATAAATGGACTTTTCTTGCTAATGAACAGT-
1 GCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCAT-GGTGACTATAAATGAACTTTTCTTGCCAATGAATA-TC
* * * * * * * *
25855 TTTTTCTTCATGTTTCCCAAGGTAGATATTCAAATATAATTTGTTTAAATAAGAAATGTAAAAAA
64 TTTTTCTTCACGTTTCTCAAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAATAAAAAATATAAAAAA
*
25920 ATTCAACTTAAAATGAATTATGAGATTATAAAA
129 ATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAA
25953 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 3459, Mismatches: 657, Indels: 248
0.79 0.15 0.06
Matches are distributed among these distances:
156 46 0.01
157 80 0.02
158 1 0.00
161 3 0.00
166 8 0.00
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173 2 0.00
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Consensus pattern (169 bp):
GCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCATGGTGACTATAAATGAACTTTTCTTGCCAATGAATATCTT
TTTCTTCACGTTTCTCAAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAATAAAAAATATAAAAAAAT
TCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACATTTAAA
Found at i:22189 original size:341 final size:339
Alignment explanation
Indices: 21544--33016 Score: 4567
Period size: 342 Copynumber: 33.5 Consensus size: 339
21534 NNNNNNNNNN
* * * * * * *
21544 GCGAGTAATAAGGAC-TTCGCAGGCTTAGGTGACTATAAGTGGACTTTTCTTGCCATTGAATGA-
1 GCGAGTAATAAGG-CTTTTGAAGGCATGGGTGACTATAAATAGACTTTTCTTGCCAATGAAT-AT
* * * * **
21607 CTTTCTCTTCATATTTCTCGAGGTAGACATTCAGTTATAATCTGTTTTAACCAAAAATA-AAAAA
64 CTTTTTCTTCATGTTTC-CCAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAATAAAAAATATAAAAA
* * * * * *
21671 AA---AATTTAAAATCACTTATGAGATTTTAAAAACATTTCAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAGG
128 AATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAG
* * * *
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* * * **
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21861 GAGATTATAGAAACATTTAAA
320 GAGATTATA-AAACATTTAAA
* * * * *
21882 GCGAGTAATAAGGCTTTTGCAGGCATGGGTGGCTATAAATAGACCTTTCTTGCCAATGAGTATCC
1 GCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCATGGGTGACTATAAATAGACTTTTCTTGCCAATGAATATCT
* *
21947 TTTTCTTCATGTTTCCCATGGTAGATATTCAACTATAATCTGTTTTAATAAAAAATATAAAAAAA
66 TTTTCTTCATGTTTCCCA-GGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAATAAAAAATATAAAAAAA
* * * * * *
22012 TTCAA-GTAAAATCAATTATGAGATTATAAAATCTTTTAAAGCAAATAATAAAGCTTTCGAAGGC
130 TTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGC
* * * * * *
22076 ATAGGTGACTATAAATAGACTTTTCTTGTCAATGAATATCATTTTCTTCATATTTTCCAAAGAAA
195 ATAGGTGACTATAAATAGACTTTTCTTGCCAATGAATATCTTTTTCTTCACA-TTTCCAAGGTAG
** * * * * ** * *
22141 ATGTTTAATTATTATCTGTTTTACCTAAAAAA-ACAATGAACTTCAACTTAAAATCAATTATGAT
259 ACATTCAATTATAATCTGTTTTA-ATAAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAG
*
22205 ATTATAAAACCATTTGAA
323 ATTATAAAA-CATTTAAA
* * * *
22223 GCGAGTAATAACGCTTTCGAAGGCATGGGTGAGTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGAT-
1 GCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCATGGGTGACTATAAATAGACTTTTCTTGCCAATGAAT-ATC
* * * * * **
22287 TTTTTCTTTATGTTTCTCAAAGTAGACATTCAATTATAATTTGTTTTGATCCAAAATA-AAAAAA
65 TTTTTCTTCATGTTTC-CCAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAATAAAAAATATAAAAAA
* * * * * ** * * *
22351 A-TCAAATTAAAGTCAATTATGAGAATGTAAAGCCATTTAAAATGAGTAATAAAGTTTTTGAAGG
129 ATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGG
* * * ** * *
22415 CATAGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCAAATCAATATGATTTTCTTCCCATTTTCCGAGG-A
194 CATAGGTGACTATAAATAGACTTTTCTTGCCAATGAATATCTTTTTCTTCACA-TTTCCAAGGTA
* * *
22479 TGACATTCAATTATAAT-TTTTTTAAT-AAAAA-ATAAAAAATTTCAACTTCAAATCAATTATGA
258 -GACATTCAATTATAATCTGTTTTAATAAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGA
*
22541 GAATATAAAACCATTTAAA
322 GATTATAAAA-CATTTAAA
* * ** * * *
22560 GTGAGTAATAAGGTTTTTGAAGATATGGGTGA-TGATAAATGGACTTTTCTTGTCAATGAATAGC
1 GCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCATGGGTGACT-ATAAATAGACTTTTCTTGCCAATGAATATC
* * * * *
22624 TTTTTCTTCACGTTTCCTAGGGTAGACGTTCAATTATAATATGTTTTAATAAAAAATGTAAAAAA
65 TTTTTCTTCATGTTTCCCA-GGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAATAAAAAATATAAAAAA
* * * *
22689 ATTCAACTTAAAATCAATTATGAGGTTATAAAAGCATTTAAAGCAAGTAATAAGGTTTTCGAAGG
129 ATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGG
* * * ** * * *
22754 CATGGGTGACTCTAAATAAACTTTTCTCACCAATGAATATCCTTTTCCTCACATTTCTTAAGGTA
194 CATAGGTGACTATAAATAGACTTTTCTTGCCAATGAATATCTTTTTCTTCACATTTC-CAAGGTA
* * * * * * * *
22819 GATATTCAATTATAATATATTTTAACAAAAAATATAAAAGAGTTTAACTTCAAATCAATTATGAG
258 GACATTCAATTATAATCTGTTTTAATAAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAG
22884 ATTATAAAACTATTTAAA
323 ATTATAAAAC-ATTTAAA
* ** * * ** * *
22902 TGC-AGTAATAAGGCTTTCGAAGGGGTAGGTGATTATAAATAGACTTTTCTCACCAATAAATAGC
1 -GCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCATGGGTGACTATAAATAGACTTTTCTTGCCAATGAATATC
** * * * *
22966 TTTTTCTTCATGTTTCTTGAGGTAGACTTTTAATTATAATCTGTTTTAAGT-AAAAAT-GAAAAG
65 TTTTTCTTCATGTTTC-CCAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAA-TAAAAAATATAAAAA
* * * ** * * **
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128 AATTCAACT-TAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAA
* * * ** *
23093 GGTATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATATCTTTTTCTTCATGTTTCTTAAGG
192 GGCATAGGTGACTATAAATAGACTTTTCTTGCCAATGAATATCTTTTTCTTCACATTTC-CAAGG
* * * * *
23158 TAAACATTCAATTATGATCTGTTCTAATAAAAAAGTGT-AAAAAATTCAACTTAAAATCAAATAT
256 TAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAATAAAAAA-TATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTAT
*
23222 GAGATTAGAAAACTATTTAAA
320 GAGATTATAAAAC-ATTTAAA
* * * * * * **
23243 GCGAGTAATAAGGCCTTTGAAGGCTTAGGTGACTATAAATGGACATTTCTTACCAATGAATGGCT
1 GCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCATGGGTGACTATAAATAGACTTTTCTTGCCAATGAATATCT
* * * ** * * * ** *
23308 TTCTCTTTATATTTCTTAAGGTAGACATTTAATTACAATCTGTTTCAACCAAAAATGA-AAAAAC
66 TTTTCTTCATGTTTC-CCAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAATAAAAAAT-ATAAAAAA
* * * * * *
23372 TTTGAACTTAAAATTAATTATGAGACTATGAAAA-GATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAG
129 ATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTAT-AAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAG
* * * * **
23436 GCAT-GGCTAAGTATAAATGGAC-TTTCTTGCCAATGGATATCTTTTTCTTCACATTTCTTGAGG
193 GCATAGG-TGACTATAAATAGACTTTTCTTGCCAATGAATATCTTTTTCTTCACATTTC-CAAGG
* *
23499 TAGACATTCAATTATAATCTGTTTGAATAAAAAAATATAAAAAAGTTCAACTTAAAATCAATTAT
256 TAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAAT-AAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTAT
* *
23564 GAGAGTATAAAAATATTTAAA
320 GAGATTAT-AAAACATTTAAA
** *
23585 GCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCATTAGTGGCTATAAATAGACTTTTCTTGCCAATGAATATCT
1 GCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCATGGGTGACTATAAATAGACTTTTCTTGCCAATGAATATCT
* *
23650 TTTTCTTCATGTTTCCCATTGTAGATATTCAATTATAATCTGTTTTAATAAAAAATATAAAAAAA
66 TTTTCTTCATGTTTCCCA-GGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAATAAAAAATATAAAAAAA
* * * *
23715 TTCAAGTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAACGAGTTATAAGGCTTTCAAAGGC
130 TTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGC
* * * ** * *
23780 ATAGGTGACTATATATGGACTTTTCTTGCCAATGAATATCTTTTTCTTCACGTTTCTTGAGATAA
195 ATAGGTGACTATAAATAGACTTTTCTTGCCAATGAATATCTTTTTCTTCACATTTC-CAAGGTAG
** * *** * * *
23845 ATGTTCAATTATTATCTGTTTTACCCAAAACTACAAAAAACTTCAACTTAAAATCAATTATGAGA
259 ACATTCAATTATAATCTGTTTTAATAAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGA
23910 TTATAAAATCATTTAAA
324 TTATAAAA-CATTTAAA
* * * * ** ***
23927 GCAAGTAATAAGGCTTTCGAAGGTAT-GGTGACTATAAATGGACTTTTCTTATCAATGAATGGAT
1 GCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCATGGGTGACTATAAATAGACTTTTCTTGCCAATGAATATCT
* * * * * * * * ** *
23991 TTTTCTTCACGTTTCTCAAGTAAACTTTCTATTATAATCTATTTTCACCAAAAATAAAAAAAAAT
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* * * * * * *
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* ********** ** **
24121 TAGGTAACTATAAATAGACTTTTCTTGCCANNNNNNNNNNTTTTCTTCATGTTTCTTGAGGTAGA
196 TAGGTGACTATAAATAGACTTTTCTTGCCAATGAATATCTTTTTCTTCACATTTC-CAAGGTAGA
* * * * * * *
24186 TATTTAATTATAATATATTTTAACAAAAAATATAAAAAAATTTAACTTCAAATCAATTATGAGAT
260 CATTCAATTATAATCTGTTTTAATAAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGAT
*
24251 TGTAAAACCATTTAAA
325 TATAAAA-CATTTAAA
* * * * * * *
24267 G-GCAATAATAAGGCTTTCGAAGGCATAGGTGATTATAAATAGACTGTTCTCGCCAATGAATGGT
1 GCG-AGTAATAAGGCTTTTGAAGGCATGGGTGACTATAAATAGACTTTTCTTGCCAATGAAT-AT
* ** * * * * * **
24331 -ATTTTCTTCATGTTTCTTGACGTAAACATTCAACTATAATATGTTTTCACCAAAAATA-AAAAA
64 CTTTTTCTTCATGTTTC-CCAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAATAAAAAATATAAAAA
* * * * *
24394 AAATCAACTTAAAGA-CAATTATGAGATTGTAAAGCCATTTAAAATC-AGTAATAAGGCTTTTGA
128 AATTCAACTTAAA-ATCAATTATGAGATTATAAAACCATTT-AAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGA
* * * *
24457 AGGCATAGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATAAATATCTTTTTCTTCACGTTTTCATAG
191 AGGCATAGGTGACTATAAATAGACTTTTCTTGCCAATGAATATCTTTTTCTTCACATTTCCA-AG
* * **
24522 GTAGACATTTAATTATAATCTGTTTTAATAAAAAATA-AAAACACATTCAACTTCGAATCAATTA
255 GTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAATAAAAAATATAAAA-AAATTCAACTTAAAATCAATTA
24586 TGAGATTATAAAACTATTTAAA
319 TGAGATTATAAAAC-ATTTAAA
* * * * * * * **
24608 GCGAGCAATAAGGCTTTTTAAGGTATGAGTGATTATAAATAGGA-TTTTCTTGACATTGAATGGC
1 GCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCATGGGTGACTATAAATA-GACTTTTCTTGCCAATGAATATC
* * * * *
24672 TTTTTCTTTACATCTCTT--GAGGGAGACATTCAATTATAATCTATTTTAATAAAAAATATAAAC
65 TTTTTC-TT-CATGT-TTCCCAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAATAAAAAATATAAAA
* * * * *
24735 AACTTCAACTTCAAATCAAGTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAA
127 AAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAA
* * * * * **
24800 GACTTGGGTGACTATAAATAGGCTTTTCTTGGCAATG-ATGGCTTTTTCTTCACATTT-CATGAG
192 GGCATAGGTGACTATAAATAGACTTTTCTTGCCAATGAATATCTTTTTCTTCACATTTCCA--AG
* * * * ** *
24863 TTAGACATTCAATTATTATCGGTTTAAACCAAAAATATAAAAAAATTGAACTTAAAATCAATTAT
255 GTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAATAAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTAT
*
24928 GAGATTATTAAAATATTTAAA
320 GAGATTA-TAAAACATTTAAA
* * * * * *
24949 GCGAGTAATAAGGTTTTTGAAGGCACGGGTGACTATAAATAAACTTTTTTTTGTCAATGAATGGT
1 GCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCATGGGTGACTATAAATAGAC-TTTTCTTGCCAATGAAT-AT
*** * *
25014 -TTTTTCTTCACAT-TTTTTGAGGTCGACATTCAATTATAATCTGTTTTATTAAAAAATATAAAA
64 CTTTTTCTT--CATGTTTCCCAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAATAAAAAATATAAAA
* * * * * *
25077 AAATTTAACTTCAAATCAAATATAAGATTATAAAACTATTTAAAGCGAGTGATAAGGCTTTCGAA
127 AAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAA
* * ** *** *
25142 GGCTTGGGTGACTATAAATTAG-CTTTTCTTATCAATGAATGGGTTTTTCTTCACATTTCCTTAG
192 GGCATAGGTGACTATAAA-TAGACTTTTCTTGCCAATGAATATCTTTTTCTTCACATTTCC-AAG
* ** * * *
25206 GTAGACATTCAACTCCAATCTGTTTTAATAAAAAATGTAAAAAAAAATCAACTTAAAATTAATTA
255 GTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAATAAAAAATAT-AAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTA
*
25271 TGAGACTATAAAACCATTTAAA
319 TGAGATTATAAAA-CATTTAAA
* * * * **
25293 GGGAGTAATTAGGCTTTTGAAGGCACGGATGACTATAAATAGACTTTTCTTGCCAATGAAT-GGT
1 GCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCATGGGTGACTATAAATAGACTTTTCTTGCCAATGAATATCT
* * * * *
25357 TTTTCTTCATGTTTCCTAAGGCAGACATTCAATTATTATCTATTTTAACT-AGAAATATAAAAAA
66 TTTTCTTCATGTTTCC-CAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAA-TAAAAAATATAAAAAA
* * ** * * * *
25421 TTTTAACGAAAAATCAATTATAAGATTAT---A-C-----AA-C----CATAAGGCTTTTGAAAG
129 ATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGG
* * * **
25472 CATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGGATATCTTTTTCTTCATGTTTCTCAAGGTA
194 CATAGGTGACTATAAATAGACTTTTCTTGCCAATGAATATCTTTTTCTTCACATTTC-CAAGGTA
* * *
25537 GACATTCAATCATAATCTGTTTTAATAAAAAATATAAAAAAATTCAACTCAAATTCAATTATGAG
258 GACATTCAATTATAATCTGTTTTAATAAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAG
* *
25602 CTTATAAAAATATTTAAA
323 ATTAT-AAAACATTTAAA
* * * * * *
25620 GCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGTATAGGTAACTATATAA-GGACTTTTCATGCTAATGAATATC
1 GCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCATGGGTGACTATA-AATAGACTTTTCTTGCCAATGAATATC
* ** *** ** * * *
25684 TTTTTCCTCACATTTATTGAGACAGACATTCAATTATAATCTGTTTTACTCAAAAATGTAAAAAA
65 TTTTTCTTCATGTTT-CCCAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAATAAAAAATATAAAAAA
* * * *
25749 ATTCAACTTCAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAAAAAGGCTTTCGACGG
129 ATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGG
* * * * * **
25814 TATAGGTGGCTATAAATGGACTTTTCTTGCTAATGAACAGT-TTTTTCTTCATGTTTCCCAAGGT
194 CATAGGTGACTATAAATAGACTTTTCTTGCCAATGAATA-TCTTTTTCTTCACATTT-CCAAGGT
* * * * * * *
25878 AGATATTCAAATATAATTTGTTTAAATAAGAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATGAATTATGA
257 AGACATTCAATTATAATCTGTTTTAATAAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGA
********
25943 GATTATAAAANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
322 GATTATAAAA--------------CATTTAAA
*****************************************************************
25975 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
1 GCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCATGGGTGACTATAAATAGACTTTTCTTGCCAATGAATATCT
*****************************************************************
26040 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
66 TTTTCTTCATGTTTCCCAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAATAAAAAATATAAAAAAAT
*****************************************************************
26105 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
131 TCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCA
*********** * ** *** * * *
26170 NNNNNNNNNNNAAATCA-A-TTAT-GAGATTAT-AA-AACTATTTAAAATGAGTAATAAGGC-TT
196 TAGGTGACTATAAAT-AGACTTTTCTTGCCAATGAATATCT-TTT----T--CT--TCA--CATT
* * * ** *** ******
26229 TCGAAAGCATGGGT-GAC-TAT-AAATAT-ATGT-TTCTTGCTAATGGATA-ACTTTTTCTTCAT
249 TC-----CA-AGGTAGACAT-TCAATTATAATCTGTT-TTAATAAAAAATATA-AAAAAATTCA-
** * ** * * * * * *
26288 GTTTCTCAAGGCAGAGATTTAATTATTATCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAA
304 -ACT-TAAAATCA-A-TTATGA-GATTA-------T-A--AAACAT-TTAAA
* * * * *
26340 CACGAGTAATAAGACTTTCGAAGGCATGCGTGACTATAAATGGACTTTAT-TTGCCAATGAATAT
1 -GCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCATGGGTGACTATAAATAGACTTT-TCTTGCCAATGAATAT
* * * * * * ** *
26404 CTTTTTCTACATGTTCCCCAACGCAGACATTTAATTATAATCTCTTTTAACCAAAAATGTAAAAA
64 CTTTTTCTTCATGTTTCCC-AGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAATAAAAAATATAAAAA
********** ** * * *
26469 AATTCNNNNNNNNNNCAATTATGAGATTATAAAAATATTTAAAGCAAGTAATAAGACTTT-TAAG
128 AATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAG
* * * * * * ** *
26533 GACATGGGTGACTATAAAT-GAACATTTCTCGCTAATGGATATCTTTTTCCTCATGTTTTTCAAG
193 G-CATAGGTGACTATAAATAG-ACTTTTCTTGCCAATGAATATCTTTTTCTTCA-CATTTCCAAG
* * ** * * **********
26597 GTAAACTTTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATGTAAGANNNNNNNNNNTAAAATCAATTAT
255 GTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAATAAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTAT
26662 GAGATTATAAAACCATTTAAA
320 GAGATTATAAAA-CATTTAAA
* ****************************************
26683 -CAAGNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
1 GCGAG--------------------TAATAAGGCTTTTGAAGGCATGGGTGACTATAAATAGACT
**************************************** *** *
26747 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTTTTCTTATC-ATTGGAT-ATCT-T
46 TTTCTTGCCAATGAATATCTTTTTCTTCATGTTTCCCAGGTAGACAT-TCAATT--ATAATCTGT
** * **** * * * * * * ** * *
26809 TTTCTTCATGTTTCTTGAAGGAGACACTCAA-TCATAATCTGTT-TTA-A-TA-AAAA--ATGTA
108 TTTAATAAAAAAT-AT-AA--AAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTA
* * * ** * * * * ***
26867 AA---A--AATTCA--CCTT-AAAATCAATTATGAGATTATAAA-A-A-TAATTAAAG-CAA-GC
169 AAGCGAGTAA-TAAGGCTTTCGAAGGC-A-TAGGTGACTATAAATAGACT-TTTCTTGCCAATG-
*** * ** ** * * * *
26919 AATAAGATTTTCGATGGCATGGGTGAGTATAA-ATGGACCTTTCTCGCCAATGA-ATATCT-TTT
229 AATATCTTTTTC-TTCACAT---T---TCCAAGGTAGA-C-AT-T---CAATTATA-ATCTGTTT
** **** * * ** * ** * * * * * *
26981 TCTTAATGTTTCTTGAGGTAGGAATTCAA-TTATAATCTGTTTTCACCGAAAATAAAAAAAAATT
280 TAATAAAAAAT-AT-A--AAAAAATTCAACTTAAAATC--AATT-A-TGAGATTATAAAACATTT
*
27045 CAA
337 AAA
* * * * * * * ** * *** **
27048 -CTTAAAGTCAATTATGAGATTATAAAGCCAT---TTAAAATGAGTAATAAGGCTTTTGAGGGTA
1 GC---GAGT-AA-TAAG-GCTTTTGAAGGCATGGGTGACTAT-A--AAT-AGACTTTTCTTGCCA
*
27109 TAGGTGACTATAAATGGACTTGTCCTATCAATGAATAGCAT-TTTCTTAACATTTCTCAAGGTAG
56 -A--TGA--AT--AT---CTT-T--T-TC--T---T--CATGTTTC----C--C-----AGGTAG
** *
27173 ACATTCAATTACGATCTGTTTTAATAAAAAATAT-AAAAAATTCAACTCAAAATCAATTATGAGA
89 ACATTCAATTATAATCTGTTTTAATAAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGA
* * *
27237 TTATAAAACCATTTAAGGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCAT-GAGTGACTATAAATAGACTTC
154 TTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATAG-GTGACTATAAATAGACTTT
* * ** * ** * *
27301 TCTTAG-GAATGGATATCTTTTTCTTCATGTTTCCTGAGGCGGACATTCAATTATTATTTGTTTT
218 TCTT-GCCAATGAATATCTTTTTCTTCACATTTCC-AAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTT
* * * *
27365 AAGT-AAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTAGGAGATTTTAAAAATATTTAAA
281 AA-TAAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTAT-AAAACATTTAAA
* * * * * * * *
27425 GCAAATTATAAGGTTTTTGAAGACATGGGTGATTATAAATGGACTTTTCTTACTC-ATGAATATC
1 GCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCATGGGTGACTATAAATAGACTTTTCTTGC-CAATGAATATC
* * * ** * *
27489 TTTTTCTTCAAGTTTTCCGAGGTAGACATTCAATTATAGTCCATTTTAACAAAAGAGTATAAAAA
65 TTTTTCTTCATG-TTTCCCAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAATAAAA-AATATAAAAA
* * ** * * *
27554 AGTTGAACTTCGAATCAATTATGAAATTATAAAACCATTTAAAGCGAAG-AATAAGGCTTTTGAT
128 AATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCG-AGTAATAAGGCTTTCGAA
* * * * * ** **
27618 GGCATGGGTAACTATAAATGGACTTTTCTTACCAATGGATATCTTTTTCTTCATGTTTCTTGAGG
192 GGCATAGGTGACTATAAATAGACTTTTCTTGCCAATGAATATCTTTTTCTTCACATTTC-CAAGG
* * * * * ** * *
27683 CACAAATTCAATTATTATCTATTTTAATAAAAAATATGTAATAATTCAACTTAAAATTAATTATG
256 TAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAATAAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATG
*
27748 AGATTATAAAAATATTTAAA
321 AGATTAT-AAAACATTTAAA
* * * * * * ** *
27768 TCGAATAGTAAGGCTTTCGAAGGCATAGGTGATTATAAATAGACTTTTCTAACCAATGAATGGT-
1 GCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCATGGGTGACTATAAATAGACTTTTCTTGCCAATGAAT-ATC
** * **
27832 TTTTTCTTCATGTTTCGTGAGGTAGACATTCAACTT-TAATCTGTTTTCACCAAAAATGA-AAAA
65 TTTTTCTTCATGTTTC-CCAGGTAGACATTCAA-TTATAATCTGTTTTAATAAAAAAT-ATAAAA
* * * * ** *
27895 CAAA-TCAACTTAAAGTCAATTATAAGATTGTAAAGCCATTTAAAATGAGTAATAAGGCTTTTGA
127 -AAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGA
* * * * *** * *
27959 AGGTATAGCTGACTATAAAT-GAACTTTTCTTGTCAATGACTGGATTTTTCTTTAC-TTTCCTCT
191 AGGCATAGGTGACTATAAATAG-ACTTTTCTTGCCAATGAATATCTTTTTCTTCACATTT-C-CA
* * * * * * *
28022 AGGTAGATATTTAATTATTATCTATTTTAATAAAAAATA-AAAAAAATTCAGCTTCAAATTAATT
253 AGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAATAAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATT
* * *
28086 CTAAGATTATAAAATCATATAAA
318 ATGAGATTATAAAA-CATTTAAA
* * * * * **
28109 GCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGACATGGGTGACGACAAAT-GAACTTTTCTAGTCAATGAATGGC
1 GCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCATGGGTGACTATAAATAG-ACTTTTCTTGCCAATGAATATC
** * * * *
28173 TTTTTCTTCACATTTCCTGAGGTAGACATTCAATTATAATATGTTTTCACT-GAAAATGA-AAAA
65 TTTTTCTTCATGTTTCC-CAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTT-AATAAAAAAT-ATAAAA
* * * * * *
28236 AAAATCAACTTAAAGTCAATTATGAGATTATAAAGCCATTTAAAACAAGTAATAAGGCTTTTGAA
127 AAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAA
* * * * * ** * ** * * ** * * *
28301 GGTATAAGTGACTATAAGTAGTCTATTCTTGTGAATAAATGGCTTTTTTTTTATGTTTTACGAGA
192 GGCATAGGTGACTATAAATAGACTTTTCTTGCCAATGAATATCTTTTTCTTCA-CATTTCCAAGG
* * * *
28366 TAGACAATCAATTATAATCTGTTTTAATAAAAAATTAAAAAAAAATT-AGCTTAAAATTAATTAT
256 TAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAATAAAAAA-TATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTAT
28430 GAGATTATAAAAACATTTAAA
320 GAGATTAT-AAAACATTTAAA
* ** * * * * **
28451 TCGAGTAATAACACTTTTGACGGCATAGGTGACTACAAATGGACTTTTCTTATCAATGAATGA-C
1 GCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCATGGGTGACTATAAATAGACTTTTCTTGCCAATGAAT-ATC
** * * *
28515 TTTTTCTTCATGTTTTCTGAGGTACACATTAAATTATAATCTGTTTTAACAAAAAATA-AAAAAC
65 TTTTTCTTCATG-TTTCCCAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAATAAAAAATATAAAAA-
* * * * *
28579 AATTCAGCTTCAAATTAATTCTGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAG
128 AATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAG
* * * * * *** ** * *
28644 GTATGGGTGACCATCAATAAACTTTTCTAATCAATGAATGGCTTTTTCTTCACGTTT-----GTT
193 GCATAGGTGACTATAAATAGACTTTTCTTGCCAATGAATATCTTTTTCTTCACATTTCCAAGGTA
* * * *
28704 GAC-GT-AGA-CAT--TC------AAT------TAT--AAAAATTCAACTTAAAGTCAATTATAA
258 GACATTCA-ATTATAATCTGTTTTAATAAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGA
*
28750 GATTATAAAGCCATTTAAA
322 GATTATAAA-ACATTTAAA
* * * * * * ** * **
28769 ACGAGTAATAAGACTTTTGAAGGCATAGGTGACTATAAGTAGTCTTTTTTTGTGAATAAATGGCT
1 GCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCATGGGTGACTATAAATAGACTTTTCTTGCCAATGAATATCT
* * * ** * *
28834 TTTTTTTAACGTTTCATGAGGTAGACAATCAATTATAATCTATTTTAATAAAAAAT-TAAAAAAA
66 TTTTCTTCATGTTTC-CCAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAATAAAAAATATAAAAAAA
* * ** * *
28898 TTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAAACATTTAAAGTGAGTAATAACACTTTTGACGGC
130 TTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGC
** * ** ** * *
28963 ATAGGTGACTGCAAATGGACTTTT-TTATCAATGAATGGCTTTTTCTTTA-AGTTTTCTGAA-GT
195 ATAGGTGACTATAAATAGACTTTTCTTGCCAATGAATATCTTTTTCTTCACA--TTTC-CAAGGT
* * * *
29025 ACACGTTAAATTATAATCT-ATTT--T----AATA-AAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGA
257 AGACATTCAATTATAATCTGTTTTAATAAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGA
29082 GATTATAAAAACATTTAAA
322 GATTAT-AAAACATTTAAA
** * * * * * * * *
29101 GTAACTTATAAGGGTTTTGAAGGCATGAGTGACTATAAATGGGCTTTTCTTTCCCATG-ATATCT
1 GCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCATGGGTGACTATAAATAGACTTTTCTTGCCAATGAATATCT
* * * * * * *
29165 TTTTCTTCATGTTTCTCGAAGTAGACATTTAATTATAATCCGTGTTAACCAAAAAATGTAAAAAA
66 TTTTCTTCATGTTTC-CCAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAA-TAAAAAATATAAAAAA
* ** * * * * * *
29230 GTTGGACTTCAAATCAATTATGAAATTATAAAACTATTTAAAGCGAGGAATAAGGCTTTTGAAGA
129 ATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGG
* ** * ** * *
29295 CAT-GGATGACTATAAATGGACTTTTCTT-CCTAATGAATGGCTTTTGCTTTGCGTTTTCAAAGG
194 CATAGG-TGACTATAAATAGACTTTTCTTGCC-AATGAATATCTTTTTCTTCAC-ATTTCCAAGG
* * * ** * *
29358 TAGACATTCAATCATAATTTGTTCTAATAAAAAAGGTAAAAAAATTTAACTAAAAATCAATTATG
256 TAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAATAAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATG
*
29423 GGATTATAAAAACATTTAAA
321 AGATTAT-AAAACATTTAAA
* * * * * * * *
29443 GCGAGTAAAAAGGCTTCTGAAGGTA-AGGTGGCTATAAGT-GAACTTTT-TCTGTCAATGAATAG
1 GCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCATGGGTGACTATAAATAG-ACTTTTCT-TGCCAATGAATAT
** ** * *** *
29505 CTTTTTCTTCATGTTTGTC-GAAACTGACATTCAATTATTATCTGTTTTACCCAAAAATGTAAAA
64 CTTTTTCTTCATGTTTCCCAGGTA--GACATTCAATTATAATCTGTTTTAATAAAAAATATAAAA
* * * * *
29569 ATATTCAACTTAAAATTAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGCAATAAGGCTTTTGAA
127 AAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAA
* * * * * * ** *
29634 GGAAT-GAATGACTATAAAT-GAATTTTTTTGCCAATGAAGA-GTTTTTCTTCATGTTTTCTAAG
192 GGCATAG-GTGACTATAAATAGACTTTTCTTGCCAATGAATATCTTTTTCTTCA-CATTTCCAAG
* * * * *
29696 GCAGACATTCAATTATTATCTGTTTT-ATCCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATTAATTA
255 GTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAAT-AAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTA
29760 TGAGATTATAAAACCATTTAAA
319 TGAGATTATAAAA-CATTTAAA
* * * * * ***
29782 GCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGAGTGACTATAAAT-GAATTTTCATACCAATGAA-GGGT
1 GCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCATGGGTGACTATAAATAGACTTTTCTTGCCAATGAATATCT
* * *
29845 TTTTCTTCATGTTTCCTACGGTAGACATTCAATTATTATCTGTTTTAACT-AAAAATGTAAAAAA
66 TTTTCTTCATGTTTCCCA-GGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAA-TAAAAAATATAAAAAA
* * ** * ** *
29909 TTTCAACATAAAATCAATTATGAGATTATAAAAATATATAAAGTAAGTAATAAGGCTTTTGAAGG
129 ATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGG
** * * * * * ** *
29974 TGTAGGTGGCTATAAAT-GACCTTTCTTGGCAATGAATGA-CTTTTTCATCATATTTATAGAGAT
194 CATAGGTGACTATAAATAGACTTTTCTTGCCAATGAAT-ATCTTTTTCTTCACATTTCCA-AGGT
* * * * * *
30037 AGACATTCAATTATTATCTATTTTACA-AAAAATTTTGAAAAAATT-AAATGTAAAATCAATTAT
257 AGACATTCAATTATAATCTGTTTTA-ATAAAAAATATAAAAAAATTCAACT-TAAAATCAATTAT
* *
30100 GTGATTATAAAACCGTTTAAA
320 GAGATTATAAAA-CATTTAAA
* * * * **
30121 GTGAATAATAA-GCTTTTTGAAGGCATGGGTAACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAAT-GG
1 GCGAGTAATAAGGC-TTTTGAAGGCATGGGTGACTATAAATAGACTTTTCTTGCCAATGAATATC
* * * * * *
30184 TTCTTCTTCATGTTTCCCAAGGTAAACATTCAATTATTATCTATTTTAACT-GAAAATGTAAAAA
65 TTTTTCTTCATGTTTCCC-AGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAA-TAAAAAATATAAAAA
* * ** * * *
30248 AAGTCAACTTAAAATCAATTATCAGATTATAAAGGCATTAAAAGCAAGTAATAAGGCTTTTGAAG
128 AATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAG
* * * *
30313 GTATGGGTGACTATAAAT-GAACTTTTCTTGCCAATGAATATCTTTTTCTTCATGA-TTCTCGAG
193 GCATAGGTGACTATAAATAG-ACTTTTCTTGCCAATGAATATCTTTTTCTTCA-CATTTC-CAAG
* * * * ** * * * *
30376 GTAGACATTCAATTACAATATGTTTAAATAAAAAATAGAAAGCAATTCAACCTCAAATTAATTTT
255 GTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAATAAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTAT
30441 GAGATTATAAAACCATTTAAA
320 GAGATTATAAAA-CATTTAAA
** * * **
30462 GCGAGTAATAAGGCTTCCGAAGGCATGGGTGACAATAAATGGACTTTTCTTGTTAATGAATGA-C
1 GCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCATGGGTGACTATAAATAGACTTTTCTTGCCAATGAAT-ATC
* ** * * * * * *
30526 TTTTTCTTCACGTTTCTTGAGGTCGACATTCAATTATAATTTATTTTAATAAGAAATGTAAAACA
65 TTTTTCTTCATGTTTC-CCAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAATAAAAAATATAAAAAA
* * * *
30591 ATTCAACTTCAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGTGAGTAATAAGACTTTCGAAGG
129 ATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGG
* * * * ** * * **
30656 CTTGGGTGACTATATATAGCCTTTTCTTGCCAATGAATGGCATTTTCTTTACATTT-CATGAGAA
194 CATAGGTGACTATAAATAGACTTTTCTTGCCAATGAATATCTTTTTCTTCACATTTCCA--AGGT
* * * * ** * * * *
30720 AGAAATTTATTTGTAATCCATTTTAATAAAAAATATAAAACATTTTAACTTCAAATCAATTATGA
257 AGACATTCAATTATAATCTGTTTTAATAAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGA
* *
30785 GATTAAAAAACCAGTTAAA
322 GATTATAAAA-CATTTAAA
* ** * * *
30804 G-GCAGTAATAAGGCTTTTTCAAGGCATACGT-AATCATAAATGGATTTTTTCATTG---ATGAA
1 GCG-AGTAATAAGGC-TTTTGAAGGCATGGGTGACT-ATAAATAGA-CTTTTC-TTGCCAATGAA
* * * * * **
30864 TGGT-TTTTTCTTCACGTTTCTCGATGTATACA-TCTAATTATAAAT-TGTTTTAACCAAAAATA
61 T-ATCTTTTTCTTCATGTTTC-CCAGGTAGACATTC-AATTAT-AATCTGTTTTAATAAAAAATA
30926 -AGAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAAACC-TTTAAAGCGAGTAATAAGGC
122 TA-AAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTAT-AAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGC
* * * * * **
30989 TTTCAAAGGCAT-GAGCGACTATAAATGGACTTTTCTTGTCAATGAATATCATTTTCTTCATGTT
185 TTTCGAAGGCATAG-GTGACTATAAATAGACTTTTCTTGCCAATGAATATCTTTTTCTTCACATT
* * * * * *
31053 TCTCGAGATAAACATTCAATTATAATCTCTTTTTAACAAAAAA-AGTAAAAAAATTTAACTTAAA
249 TC-CAAGGTAGACATTCAATTATAATCT-GTTTTAATAAAAAATA-TAAAAAAATTCAACTTAAA
*
31117 ATCAATTATGAGATTTTAAAACCATTTAAA
311 ATCAATTATGAGATTATAAAA-CATTTAAA
* * * * **
31147 GCTAGTAATAAGG-TTTTCGAAAGGCATGGGTGACTACAAATGGACTTTTCTTGTCAATGAATGG
1 GCGAGTAATAAGGCTTTT-G-AAGGCATGGGTGACTATAAATAGACTTTTCTTGCCAATGAATAT
* * * * * *
31211 CTTTTTCTTTATGTTTCTCGATGTAGACATTTAATTATAATCTGTTTTAATGAACAATGA-AAAA
64 CTTTTTCTTCATGTTTC-CCAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAATAAAAAAT-ATAAAA
* * *
31275 AAATT-AACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAAACATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAA
127 AAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAA
** * * * * * * * *
31339 GTTAT-GCCTAAGTATAAATGGACTTTTCTTACCAATGGATATCTTTTTCTTTA-AGTTTCTCGA
192 GGCATAG-GTGACTATAAATAGACTTTTCTTGCCAATGAATATCTTTTTCTTCACA-TTTC-CAA
* * * *
31402 GGTAAACATTCAATTATAATCTGTTTTTA-AAAAAATATAAAGAAATTCAACTTAAAATCAACTA
254 GGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAATAAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTA
* *
31466 TAAGATTATAAAAACAGTTAAA
319 TGAGATTAT-AAAACATTTAAA
* * * * *
31488 GTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCATAGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCTAATGGATATCT
1 GCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCATGGGTGACTATAAATAGACTTTTCTTGCCAATGAATATCT
* * *** * * * * * *
31553 TTTGCTTCACTTTTTTTAAGGTAAACATTCAATTATAATCTATTTGAACAAAAAACATAAAATAA
66 TTTTCTTCA-TGTTTCCCAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAATAAAAAATATAAAAAAA
* * * *
31618 TTCAACTTAAAATCAAATATGAGTTTATAAAACTATTTAAAGCGAGTAATCAA-GCTTTTGAAGG
130 TTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAAT-AAGGCTTTCGAAGG
* ** * * ** *
31682 TATAGGTGAAAATAAATGGACTTTTCTTGCCAATCAATGAAT-TTTTT-TTCATGTTTGTCGAA-
194 CATAGGTGACTATAAATAGACTTTTCTTGCCAATGAAT--ATCTTTTTCTTCA-CATT-TCCAAG
** * * * * * * *
31744 ACAGACATTTAATTATTATCTATTTTACAAAAAAAATGTAAAACAATTTAACTTAAAATCAATTA
255 GTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTA-ATAAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTA
*
31809 TGAGAGTATAAAACTATTTAAA
319 TGAGATTATAAAAC-ATTTAAA
* * * * **
31831 GCAAGTAATAAGACTTTTAAAGGCATGGGTGACTATAAATGGACTTTT-TGTGCCAATGAAT-GG
1 GCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCATGGGTGACTATAAATAGACTTTTCT-TGCCAATGAATATC
* * * * * *
31894 TTTATCTTCACAT-TTTCTGC-GGCAGACATTCAATTACT-ACCTGTTTTAATCAAACATATAAA
65 TTTTTCTT--CATGTTTC-CCAGGTAGACATTCAATTA-TAATCTGTTTTAATAAAAAATATAAA
* * * * * * * *
31956 AAAATTCAACTTGAAACCAATTATAAGATTAAAAAAACATTTTAAGCGAGTAATAAAGCTTTTGA
126 AAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGA
* * *
32021 AGCCATGGGTGACTATAAATAGACTTTT-TCTACCAATGAATGA-CTTTTTCCTT-ACATATAT-
191 AGGCATAGGTGACTATAAATAGACTTTTCT-TGCCAATGAAT-ATCTTTTT-CTTCACAT-T-TC
** ** ** * * * *
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251 CAAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAATAAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAA
32146 TTATGAGATTATAAAACCATTTAAA
316 TTATGAGATTATAAAA-CATTTAAA
* * * *
32171 GCGGGTAATAAGGCTTTTGAAGGTAT-GGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAAT-TGT
1 GCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCATGGGTGACTATAAATAGACTTTTCTTGCCAATGAATATCT
** ** *** * * * * * * *
32234 TGCTCTTCACATTTTTTAGGGAAAAGATTCAATTATTATCTATTTTAAGT-AAAGATGTAAAAAA
66 TTTTCTTCATGTTTCCCA-GGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAA-TAAAAAATATAAAAAA
* * * * * **
32298 TTTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAAACATTCAAAGCAAATAATAAGGCTTTTAAAGG
129 ATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGG
* * * ** * * ** * * *
32363 CATCGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTCCCAATGAATGGCCTTTTCTTTAGGTTTCCCTATGCA
194 CATAGGTGACTATAAATAGACTTTTCTTGCCAATGAATATCTTTTTCTTCACATTT-CCAAGGTA
** * * * *
32428 GGTATTCAATTATTATCTATTTTAATAGAAAATATAAAAAAATTCAACTTGAAATCAATTATGAG
258 GACATTCAATTATAATCTGTTTTAATAAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAG
32493 ATTATAAAACTATTTAAA
323 ATTATAAAAC-ATTTAAA
* ** * * * *
32511 CCGAGTAATAAGGCTTTCAAAGACATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCTAATGAATGTCT
1 GCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCATGGGTGACTATAAATAGACTTTTCTTGCCAATGAATATCT
** * * * * *
32576 TTTTCTTCATGTTTCTTGAGATAAACATTCAATTATAATCTGTTTTAACAAAAAACATGAAAAAA
66 TTTTCTTCATGTTTC-CCAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAATAAAAAATATAAAAAAA
* ** * * * *
32641 TTCAACTTATAATCAAACATGAGATTATAAGACTATTTAAAGCGAGTAACAAGGCTTTCAAAGGC
130 TTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGC
* * * *** * **
32706 ATGGGTCACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGGATATTTCTTCATGTTTCTCAAGGTAG
195 ATAGGTGACTATAAATAGACTTTTCTTGCCAATGAATATCTTTTTCTTCACATTTC-CAAGGTAG
* * * * *
32771 ACATT-TATTATAATCTTTTTTAACT--AAAAT-GAAAAAAATTCACCATAAAATCAATTATGAG
259 ACATTCAATTATAATCTGTTTTAA-TAAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAG
32832 ATTATAAAAACATTTAAA
323 ATTAT-AAAACATTTAAA
** * * * *
32850 GCGAGTAATAAGGC-TTTGAAAGGCATGGACGACTAGAAATGGACTTTTCTTACCAATAAATATC
1 GCGAGTAATAAGGCTTTTG-AAGGCATGGGTGACTATAAATAGACTTTTCTTGCCAATGAATATC
* ** * * * *
32914 TTTTTCTTCATATTTCTTGAGGTAAACATTCAATTATGATCTATTTTAA-AAAAAATGTAAAAAA
65 TTTTTCTTCATGTTTC-CCAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAATAAAAAATATAAAAAA
* *
32978 ATTCAACTTAAAATCAAATATGAGATTAGAAAACCATTT
129 ATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTT
33017 NNNNNNNNNN
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TTTTCTTCATGTTTCCCAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAATAAAAAATATAAAAAAAT
TCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCA
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ATTCAATTATAATCTGTTTTAATAAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATT
ATAAAACATTTAAA
Found at i:25595 original size:157 final size:156
Alignment explanation
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Period size: 157 Copynumber: 1.9 Consensus size: 156
25293 GGGAGTAATT
* *
25303 AGGCTTTTGAAGGCACGGATGACTATAAATAGACTTTTCTTGCCAATGAATGGTTTTTCTTCATG
1 AGGCTTTTGAAAGCACGGATGACTATAAATAGACTTTTCTTGCCAATGAATGCTTTTTCTTCATG
* * * * *
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* * *
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* * *
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* * * *
25586 CAAATTCAATTATGAGCTTATA
127 AAAAATCAATTATAAGATTATA
25608 AAAATATTTA
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TTTCCTAAGGCAGACATTCAATCATAATCTATTTTAACTAAAAATATAAAAAAATTCAACGAAAA
ATCAATTATAAGATTATACAACCATA
Found at i:26452 original size:128 final size:128
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26205 TATTTAAAAT
* * * * *
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* * * * * * *
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* * *
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64 TTTTCTACATGTTCCCCAACGCAGACATTTAATTATAATCTCTTTTAACCAAAAATGTAAAA
26468 AAATTCNNNN
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TTCTACATGTTCCCCAACGCAGACATTTAATTATAATCTCTTTTAACCAAAAATGTAAAACAC
Found at i:27123 original size:171 final size:171
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26777 NNNNNNNNNN
* * * *
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** * ** *
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* * * * * *
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* *** *
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* *** * * **
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* *
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* * * * * ** ** **
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* * *
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*
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* ** * * ** * *
27298 TTCTCTTAGGAATGGATATCTTTTTCTTCATGTTTCCTGAGGCGGACATTCAATTATTATTTGTT
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** * * **
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66 TTAA-TAAAAAATAAAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGC
* * * * * * *
27427 AAATTATAAGGTTTTTGAAGACATGGGTGATTATAAATGGAC
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* * * **
27469 TTTTCTTACTC-ATGAATATCTTTTTCTTCAAGTTT-TCCGAGGTAGACATTCAATTATAGTCCA
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* * * * * ** *
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64 TTTTAATAAAA-AATAAAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAA
* * *
27597 GCGAAG-AATAAGGCTTTTGATGGCATGGGTAACTATAAATGGAC
128 GCG-AGTAATAAGGCTTTTGAAGGCATAGGTGACTATAAATGGAC
* * * * * * *
27641 TTTTCTTACCAATGGATATCTTTTTCTTCATGTTTCTTGAGGCACAAATTCAATTATTATCTATT
1 TTTTCTTATCAATGAATATCTTTTTCTTCATGTTTCTTGAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTT
*** * * ** *
27706 TTAATAAAAAATATGTAATAATTCAACTTAAAATTAATTATGAGATTATAAAAATATTTAAATCG
66 TTAATAAAAAATAAAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCG
* * * * *
27771 AATAGTAAGGCTTTCGAAGGCATAGGTGATTATAAATAGAC
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* * * *
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* ** * * * * *
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** * * *
27939 ATGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGTATAGCTGACTATAAATGAAC
128 GCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCATAGGTGACTATAAATGGAC
* * *** * * * * * *
27983 TTTTCTTGTCAATGACTGGATTTTTCTTTACT-TTCCTCT-AGGTAGATATTTAATTATTATCTA
1 TTTTCTTATCAATGAATATCTTTTTCTTCA-TGTTTCT-TGAGGTAGACATTCAATTATAATCTG
* * * * * * *
28046 TTTTAATAAAAAAT-AAAAAAAATTCAGCTTCAAATTAATTCTAAGATTATAAAATCATATAAAG
64 TTTTAATAAAAAATAAAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAG
* * * * *
28110 CGAGTAATAAGGCTTTTGAAGACATGGGTGACGACAAATGAAC
129 CGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCATAGGTGACTATAAATGGAC
** ** * *
28153 TTTTC-TAGTCAATGAATGGCTTTTTCTTCACATTTCCTGAGGTAGACATTCAATTATAATATGT
1 TTTTCTTA-TCAATGAATATCTTTTTCTTCATGTTTCTTGAGGTAGACATTCAATTATAATCTGT
* * * *
28217 TTTCACT-GAAAATGAAAAAAAAA-TCAACTTAAAGTCAATTATGAGATTATAAAGCCATTTAAA
65 TTT-AATAAAAAAT-AAAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAA
* * * * * * *
28280 ACAAGTAATAAGGCTTTTGAAGGTATAAGTGACTATAAGTAGTC
128 GCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCATAGGTGACTATAAATGGAC
* * * * ** * * * * *
28324 TATTCTTGTGAATAAATGGCTTTTTTTTTATGTTT-TACGAGATAGACAATCAATTATAATCTGT
1 TTTTCTTATCAATGAATATCTTTTTCTTCATGTTTCT-TGAGGTAGACATTCAATTATAATCTGT
* * * *
28388 TTTAATAAAAAATTAAAAAAAAATT-AGCTTAAAATTAATTATGAGATTATAAAAACATTTAAAT
65 TTTAATAAAAAA-TAAAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAG
** * *
28452 CGAGTAATAACACTTTTGACGGCATAGGTGACTACAAATGGAC
129 CGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCATAGGTGACTATAAATGGAC
* *
28495 TTTTCTTATCAATGAATGA-CTTTTTCTTCATGTTT-TCTGAGGTACACATTAAATTATAATCTG
1 TTTTCTTATCAATGAAT-ATCTTTTTCTTCATGTTTCT-TGAGGTAGACATTCAATTATAATCTG
* * * * * *
28558 TTTTAACAAAAAATAAAAAACAATTCAGCTTCAAATTAATTCTGAGATTATAAAACCATTTAAAG
64 TTTTAATAAAAAATAAAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAG
* * * * **
28623 CGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGTATGGGTGACCATCAATAAAC
129 CGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCATAGGTGACTATAAATGGAC
* ** * * *
28666 TTTTCTAATCAATGAATGGCTTTTTCTTCACGTTTGTTGACGTAGACATTCAATTATAA
1 TTTTCTTATCAATGAATATCTTTTTCTTCATGTTTCTTGAGGTAGACATTCAATTATAA
28725 AAATTCAACT
Statistics
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Matches are distributed among these distances:
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170 336 0.24
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173 2 0.00
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Consensus pattern (171 bp):
TTTTCTTATCAATGAATATCTTTTTCTTCATGTTTCTTGAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTT
TTAATAAAAAATAAAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCG
AGTAATAAGGCTTTTGAAGGCATAGGTGACTATAAATGGAC
Found at i:28846 original size:147 final size:147
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28592 ATTAATTCTG
* * * *
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* * ** *
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28732 ACTTAAAGTCAATTATA
131 ACTTAAAGTCAATTATA
* * **
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TTTCTAATCAATAAATGGCTTTTTCTTAACGTTTCATGACGTAGACAATCAATTATAAAAATTCA
ACTTAAAGTCAATTATA
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** * * *
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** * * *
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* * * ***
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* * * * *
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* * * * * * *
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* * * *
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* * *
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* ** * * ** *
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* * * *
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*
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* * * * * **
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* *
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127 AAGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACAAAAAATGTA
* **
29904 AAAAATTTCAACATAAAATCAATTATGAGATTATAAAA-ATATATAAAGTAAGTAATAAGGCTTT
1 AAAAA-TTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACAT-T-TAAAGCGAGTAATAAGGCTTT
** * * * * * * * *
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* * *
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* * * * *
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* * * *
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* * * **
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* * * * *
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* * *
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* * * * *
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* * * * * **
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* ** * *
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* * * * * *
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* * * *
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* * * * * * **
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* * * * * ** * *
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* * * * *
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* ** * * * *
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* * *
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* **
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* * * *
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* * *
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* * *
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* * ** * *
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*
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* * * *
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* * * *
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* * * *
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* * * * **
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* *
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* * ** * * * *
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** * * * *
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* * * *
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* * *
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* * * *
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* * * * * *
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* * * * *
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* ** * *
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* * *
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* * * * * * ** *
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* * *
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* * * * * * * *
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* * ** * * * * *
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* * **
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1 AAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAAC-ATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTG
* * *
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*
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* ** * * **
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1 AAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAAC-ATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTG
* * *
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* * * *
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* *
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** * * * * *
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* * * *
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* *
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Found at i:33541 original size:171 final size:171
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* *** * * * *
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* **** * *
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* * ** *
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*
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* * * * * * *
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* * * *** *
33929 CAATTATAATATGTTTTCACCGAAAATAAAAAAGAAATTCAACTT
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* * * ** * * * *
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* * * * ** * * *
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* *
34102 T-AATTATAATCTGTTTTAATAAAAAAT-TAAAAAAATTTAACTT
127 TCAATTATAATCTATTTTAATAAAAAATATAAAAAAATTCAACTT
* * ** * *
34145 AAAATCAATTATGAGATTATAAAAATATTTAAAGCGAGTAATAACACATTTGACA-GCATATGTG
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** * * * ** * * * *
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* *
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* * * * *
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* * * *
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* * * * *
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* * * ** * * *
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* * * * * *
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* ** * * * * *
34614 CAATCATAATCGGTTCTAATAAAAAAGATTAAAAAATTTAACTA
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* * * * *
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* * * * * * *
34784 CAATTATTATCTGTTTT-GTCCAAAAATGTAAAAATATTTAACTT
128 CAATTATAATCTATTTTAAT-AAAAAATATAAAAAAATTCAACTT
* * ** * *
34828 AAAATTAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATCAGGCTTTTGAAGGAAT-GAGTG
1 AAAATCAATTATGAGATTATAAAAACATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCATAG-GTG
* ** * *
34892 ACTATAAAT-GAATTTTCTTGCCAATGAA-AGATTTTTCTTCATGTTTTCC-AAAGCAGACATTC
65 ACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATATCTTTTTCTTCATG-TTTCCTAAGGTAGACATTC
* * *
34954 AATTATTATCTGTTATAACT-AAAAATATAAAAAAATTCAACTT
129 AATTATAATCTATTTTAA-TAAAAAATATAAAAAAATTCAACTT
* * * * *
34997 AAAAAT-AATTATGAGATTATAAAAATATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTCTGGAGGTATGGGTG
1 -AAAATCAATTATGAGATTATAAAAACATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCATAGGTG
* * * * * ** * *
35061 GCTATAAATGGACCTTTCCTGCCAATGAATGA-CTTTTTCATCACGTTTGTTGAGATAGACATTC
65 ACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAAT-ATCTTTTTCTTCATGTTTCCTAAGGTAGACATTC
* ** ** * * * * *
35125 AATTATTATAAATTTTTTTGAAAAATTTGAAAAAATTTAATTT
129 AATTATAATCTATTTTAATAAAAAATATAAAAAAATTCAACTT
* * * * *
35168 AAAATCAATTACGTGATTAT-AAAACTGTTTAAAGCAAATGATAA-GCTTTTTGAAGGCAT-GGA
1 AAAATCAATTATGAGATTATAAAAAC-ATTTAAAGCAAGTAATAAGGC-TTTTGAAGGCATAGG-
** * * * * *
35230 AAACTATAAATGGACTTTTCTTGTCAATGAATGGT-TTTTT-TTCACGTTTCCCAAGGTAAACAT
63 TGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAAT-ATCTTTTTCTTCATGTTTCCTAAGGTAGACAT
* * * **
35293 TTAATTATTATCTATTTAAACCAAAAATATAAAAAAATTCAACTT
127 TCAATTATAATCTATTTTAATAAAAAATATAAAAAAATTCAACTT
* ** * * *
35338 AAAATCAATTATTAGATTATAAAGGCATTAAAAGCAAGTAATAAGACTTTTGAAGGCATGGGTGA
1 AAAATCAATTATGAGATTATAAAAACATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCATAGGTGA
* * ** * * * *
35403 CTATAAATGGACTTTT-TTACCAATGAATTTCTTTTTCTTCACATTTCTTGAGGCAGACATTTAA
66 CTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATATCTTTTTCTTCATGTTTCCTAAGGTAGACATTCAA
* * * *
35467 TTACAATATGTTTTAATAAAAAATAGAAAAAAATTCAACTT
131 TTATAATCTATTTTAATAAAAAATATAAAAAAATTCAACTT
*
35508 CAAATCAATTA
1 AAAATCAATTA
35519 NNNNNNNNNN
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AAAATCAATTATGAGATTATAAAAACATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCATAGGTGA
CTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATATCTTTTTCTTCATGTTTCCTAAGGTAGACATTCAA
TTATAATCTATTTTAATAAAAAATATAAAAAAATTCAACTT
Found at i:34469 original size:685 final size:675
Alignment explanation
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Period size: 685 Copynumber: 3.3 Consensus size: 675
33285 ACTTCGAATC
* * * * * *
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1 AATTATGAGATTATAAAAAC-ATTTAAAAC-AAGCAATAAGGCTTCTGAAGGTA-GGGTGACTAT
* * * * ** * *
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63 AAGTAAACTTTTCTT-CTCAATGAATGA-CTTTTTCTTCACG-TTTGTAGAGACAGACATTCAAT
* * *
33420 TATTATCTATTTTAATAAAAAATATACAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAAA
125 TATTATCTGTTTTAATAAAAAATATAAAAAAATTTAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAAA
* * * ***
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* * * * * * ***
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* * * * ** * * *
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313 AAAAA-AAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAAACATTTAAAGTAACTAATAAGGCT
* *
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* * * * * * *
33744 CTAAGGTATACATTCAATTATAATCTATTTTAATAAAAAAT-AAAAACAAATTCAGCTTCAAATT
441 CGAAGGTAGACATTCAATTATAATCTATGTTAAAAAAAAATGAAAAA-AAATTAAACTTCAAATC
* * * * * * *
33808 AATTCTGAGATT-TGAAAACCATTTAAAACAAGTAATAAGGCTTTTAAAGGCATGGGTGCCGATA
505 AATTATGAAATTAT-AAAACCATTTAAAACAAGGAATAAGACTTTTAAAGACATGGATGACGATA
* * * * * *
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* * * ** * * *
33935 TAATATGTTTTCACCGAAAATAAAAAAGAAATTCAACTTAAAGTT
632 TAATAGGTTCTAACAAAAAAGAAAAAA-AAATTCAACTAAAAATT
* ** * *
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1 AATTATGAGATTATAAAAACATTTAAAACAAGCAATAAGGCTTCTGAAGG--TAGGGTGACTATA
** * * ** **
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64 AGTAAACTTTTCTTCTCAATGAATGACTTTTTCTTCACGT-TTGT-A-GAGACAGAC-ATTCAAT
*
34106 TATAATCTGTTTTAATAAAAAAT-TAAAAAAATTTAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAAA
125 TATTATCTGTTTTAATAAAAAATATAAAAAAATTTAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAAA
* ** *
34170 TATTTAAAGCGAGTAATAACACATTTGACAGCATATGTGACTGCAAATGGACCTTTCTTGCCAAT
190 CATTTAAAGCGAGTAATAA-AC-TTTGA-AGCATATGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAAT
* * *
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252 AAATGA-TTTTTCTTCACT--TTATGAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAAT-AAAAATA
* *
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313 AAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAAACATTTAAAGTAACTAATAAGGCTT
* * * * * **
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* * *
34428 TCGAA-GTAGACATTTAATTATAAT-TCATGTTAACAAAAAAATGTAAAAAAGTTAAACTTCAAA
441 -CGAAGGTAGACATTCAATTATAATCT-ATGTTAA-AAAAAAATGAAAAAAAATTAAACTTCAAA
*** * *
34491 TCAATTATGAAATTATAAAACCATTTAAAGTGAGGAATAAGACTTTTGAAGACATGGATGACTAT
503 TCAATTATGAAATTATAAAACCATTTAAAACAAGGAATAAGACTTTTAAAGACATGGATGACGAT
* ** * *
34556 AAATGGACTTTTCGTGCTAATGAATGACTTTTTCTTCACGTTTCCAGAGGTAAAAAATCAATCAT
568 AAATGAACTTTTCGTAATAATAAATGACTTTTTCTACACGTTTCCAGAGGTAAAAAATCAATCAT
* * ** *
34621 AATCGGTTCTAATAAAAAAGATTAAAAAATTTAACTAAAAATT
633 AATAGGTTCTAACAAAAAAGAAAAAAAAATTCAACTAAAAATT
* * * **
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1 AATTATGAGATTATAAAAACATTTAAAACAAGCAATAAGGCTTCTGAAGGTAGGGTGACTATAAG
* *
34729 TAAACTTTTTTTGTCAATGAATGACTTTTTCTTCACGTTTGTAGAGACAGACATTCAATTATTAT
66 TAAACTTTTCTTCTCAATGAATGACTTTTTCTTCACGTTTGTAGAGACAGACATTCAATTATTAT
* * * * * *
34794 CTGTTTT-GTCCAAAAATGTAAAAATATTTAACTTAAAATTAATTATGAGATTATAAAACCATTT
131 CTGTTTTAAT-AAAAAATATAAAAAAATTTAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAAACATTT
* ** * *
34858 AAAGTGAGTAATCAGGCTTTTGAAGGA-ATGAGTGACTATAAAT-GAATTTTCTTGCCAATGAAA
195 AAAGCGAGTAAT-AAAC-TTTGAAGCATAT--GTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAAT-AAA
* * * * * * *
34921 -GATTTTTCTTCA-TGTTTTCCAAAGCAGACATTCAATTATTATCTGTTATAACTAAAAATATAA
255 TGATTTTTCTTCACT-TTAT--GAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAA-TAAAAATAAAA
* * * *
34984 AAAAATTCAACTTAAAAAT-AATTATGAGATTATAAAAATATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTCT
316 AAAAATTCAACTT-AAAATCAATTATGAGATTATAAAAACATTTAAAGTAACTAATAAGGCTTTT
* * * * * * * * * **
35048 GGAGGTATGGGTGGCTATAAATGGACCTTTCCTGCCAATGAATGACTTTTTCAT-CACGTTTGTT
380 GAAGGCATAGCTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGA-TTTTT-TTGCACATTT-CC
* * ** * **** *** * * *
35112 G-AGATAGACATTCAATTATTATAAATTTTTTTGAAAAATTTGAAAAAATTTAATTTAAAATCAA
442 GAAGGTAGACATTCAATTATAATCTATGTTAAAAAAAAATGAAAAAAAATTAAACTTCAAATCAA
* ** ** * * * * ** *
35176 TTACGTGATTATAAAACTGTTTAAAGCAAATG-ATAAG-CTTTTTGAAGGCATGGAAAACTATAA
507 TTATGAAATTATAAAACCATTTAAAAC-AAGGAATAAGAC-TTTTAAAGACATGGATGACGATAA
* ** * * * * * * * *
35239 ATGGACTTTTC-TTGTCAATGAATG-GTTTTTTTTCACGTTTCCCA-AGGTAAACATTTAATTAT
570 ATGAACTTTTCGTAAT-AATAAATGACTTTTTCTACACGTTT-CCAGAGGTAAAAAATCAATCAT
* *** * * * * *
35301 TATCTATT-TAAACCAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATC
633 AATAGGTTCT-AACAAAAAAGAAAAAAAAATTCAACTAAAAATT
* ** * * * *
35344 AATTATTAGATTATAAAGGCA-TTAAAAGCAAGTAATAAGACTTTTGAAGGCATGGGTGACTATA
1 AATTATGAGATTATAAAAACATTTAAAA-CAAGCAATAAGGCTTCTGAAGGTA-GGGTGACTATA
* ** ** * * * * * *
35408 AATGGACTTTT-TTAC-CAATGAATTTCTTTTTCTTCACATTTCTTGAGGCAGACATTTAATTAC
64 AGTAAACTTTTCTT-CTCAATGAATGACTTTTTCTTCACGTTTGTAGAGACAGACATTCAATTAT
* * * * *
35471 AATATGTTTTAATAAAAAATAGAAAAAAATTCAACTTCAAATCAATTA
128 TATCTGTTTTAATAAAAAATATAAAAAAATTTAACTTAAAATCAATTA
35519 NNNNNNNNNN
Statistics
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0.77 0.16 0.08
Matches are distributed among these distances:
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ACGTcount: A:0.40, C:0.12, G:0.13, T:0.36
Consensus pattern (675 bp):
AATTATGAGATTATAAAAACATTTAAAACAAGCAATAAGGCTTCTGAAGGTAGGGTGACTATAAG
TAAACTTTTCTTCTCAATGAATGACTTTTTCTTCACGTTTGTAGAGACAGACATTCAATTATTAT
CTGTTTTAATAAAAAATATAAAAAAATTTAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAAACATTTA
AAGCGAGTAATAAACTTTGAAGCATATGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATAAATGATTT
TTCTTCACTTTATGAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAATAAAAATAAAAAAAAATTCAA
CTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAAACATTTAAAGTAACTAATAAGGCTTTTGAAGGCATAGC
TGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGATTTTTTTGCACATTTCCGAAGGTAGACATTC
AATTATAATCTATGTTAAAAAAAAATGAAAAAAAATTAAACTTCAAATCAATTATGAAATTATAA
AACCATTTAAAACAAGGAATAAGACTTTTAAAGACATGGATGACGATAAATGAACTTTTCGTAAT
AATAAATGACTTTTTCTACACGTTTCCAGAGGTAAAAAATCAATCATAATAGGTTCTAACAAAAA
AGAAAAAAAAATTCAACTAAAAATT
Found at i:35911 original size:171 final size:169
Alignment explanation
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Period size: 171 Copynumber: 2.5 Consensus size: 169
35563 NNNNNNNNNN
* * * *** * *
35573 TTTTCTTCACGTTTCCTGAGGTAGACATTCAATTATAATTTGTTTTAATAAGAAATGTAAAACAA
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* * *
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* ** *
35703 TTGGGTGACTATATATAGCCTTTTCTTGCCAATGAATGACA
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* *
35744 TTTTCTTCACATTTCATGAGGAAGACATTCATTTATAATCCATTTTGATAAAAAATATAAAA-AG
1 TTTTCTTCACATTTCATGAGGAAGACATTCAATTATAATCCATTTTAATAAAAAATATAAAACA-
*
35808 ATTCAACTTCAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTGAAAGG-TAGTAATAA-AGCTTTTCGA
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* * *
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127 AGGCATACGTGACT-ATAAATAG-CCTTTTC-TTGCATGAATGACA
** * * * * * * *
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1 TTTTCTTCACATTTCAT-GAGGAAGACATTCAATTATAATCCATTTTAA-TAAAAAATATAAAAC
* *
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64 AATTCAACTTCAAATCAA
35996 NNNNNNNNNN
Statistics
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Matches are distributed among these distances:
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ACGTcount: A:0.38, C:0.13, G:0.13, T:0.35
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TTTTCTTCACATTTCATGAGGAAGACATTCAATTATAATCCATTTTAATAAAAAATATAAAACAA
TTCAACTTCAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTAAAGGAGAGTAATAAGACTTTCGAAGGC
ATACGTGACTATAAATAGCCTTTTCTTGCATGAATGACA
Found at i:36752 original size:172 final size:170
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Period size: 170 Copynumber: 6.8 Consensus size: 170
36264 NNNNNNTTCT
* * * * *
36274 TGAGGTAGACATTAAATTATAATCTGTTTTAATAAAAATATAAAAAAATTTAACTTAAAATCGAT
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* * * * * * *
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* ** * *
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* * * *
36444 TAAGGTC-GACACTCAATTATAATCTATTTTAATAAAAA-ATATAAAAAATTCAACTTAAAATCA
1 TGAGG-CAGACATTCAATTATTATCTATTTTAATAAAAATATA-AAAAAATTTAACTTAAAATCA
* *
36507 ATTATGAGATTAT-AAAACTATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGTATGGGTGACTATAA
64 ATTATGAGATTATAAAAAC-ATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCATGGGTGACTATAA
**
36571 ATGGACTTTTCTTGTGAATGGATATCTTTTTCTTCATGTTTCC
128 ATGGACTTTTCTTGCCAATGGATATCTTTTTCTTCATGTTTCC
* * * * * *
36614 TGAGGCAGACATTCAATTGTTATTTTTTTTAACTAAAAATGTAAAAAAAAATCAACTTAAAATCA
1 TGAGGCAGACATTCAATTATTATCTATTTTAA-TAAAAATAT-AAAAAAATTTAACTTAAAATCA
* * * * * * *
36679 ATTAAGAGATTTTAAAAACATTTAAAGCAAGTTATAAGGTTTTTGAAAGCATGAGTGAGTATAAA
64 ATTATGAGATTATAAAAACATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCATGGGTGACTATAAA
* * *
36744 TAGACTTTTCTTGCCTATGAATATCTTTTTCTTCATGTTT-C
129 TGGACTTTTCTTGCCAATGGATATCTTTTTCTTCATGTTTCC
* * * * * * ***
36785 TCGAGGTAGACATTCAATTATAATCCATTTTAAGAAAAAAATATAAAAAAGTTGAACTTTGGATC
1 T-GAGGCAGACATTCAATTATTATCTATTTT-A-ATAAAAATATAAAAAAATTTAACTTAAAATC
* * *
36850 AATTATGAAATTATAAAACCATTTAAAGCGAAG-AATAAGG-TTTTCGACGGCATGGGTGACTAT
63 AATTATGAGATTATAAAAACATTTAAAGC-AAGTAATAAGGCTTTT-GAAGGCATGGGTGACTAT
* * * * *
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* * * * *
36958 TGAGGCACACGTTCAATTATTATCTATTTTAATAAAAAATGTATAAAAATTTAACATAAAATCAA
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* * * ** * *
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65 TTATGAGATTATAAAAACATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCATGGGTGACTATAAAT
* * * **
37088 GGACCTTTCTTGCCAATGAATGA-CTTTTTCGTT-ACGTTTGT
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** * * * * * * *
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* * * * * *
37194 TTATGTGATTATAAAACCGTTTAAAGTGAA-TAATAA-GCTTTTTG-AGGATATGGGTAACTATA
65 TTATGAGATTATAAAAACATTTAAAG-CAAGTAATAAGGC-TTTTGAAGG-CATGGGTGACTATA
* * *
37256 AATAGACTTTTCTTGCCAAT-GA-ATGATTTTTCTTCACGTTTTCC
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* * * * *
37300 -AAGACAAACATTCAATTATTATCTACTTTAACTAAAAATGTAAAAACAA-TTAACTTAAAATCA
1 TGAGGCAGACATTCAATTATTATCTATTTTAA-TAAAAATATAAAAA-AATTTAACTTAAAATCA
* * * *
37363 ATTATGAGATTATAAAAGCATTAAAAGTAAGTAATAAGGCTTTTAAAGGCATGGGTGACTATAAA
64 ATTATGAGATTATAAAAACATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCATGGGTGACTATAAA
37428 TGGACTTTTCTTGCCA
129 TGGACTTTTCTTGCCA
37444 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 819, Mismatches: 148, Indels: 66
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Matches are distributed among these distances:
168 1 0.00
169 12 0.01
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ACGTcount: A:0.38, C:0.11, G:0.14, T:0.37
Consensus pattern (170 bp):
TGAGGCAGACATTCAATTATTATCTATTTTAATAAAAATATAAAAAAATTTAACTTAAAATCAAT
TATGAGATTATAAAAACATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCATGGGTGACTATAAATG
GACTTTTCTTGCCAATGGATATCTTTTTCTTCATGTTTCC
Found at i:38051 original size:170 final size:170
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Indices: 37544--39976 Score: 2214
Period size: 171 Copynumber: 14.3 Consensus size: 170
37534 NNNNNNNNNN
* *
37544 TTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTGTATAATCTCATAATTGATTTTGAGTTGAATTT
1 TTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTT
* * * * ** *
37609 AATTATATTTTTTATTAAAATAGA-T-TAATTGAATGTCTAACTTAGGAAATGTTAAGAAAATGC
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* * * *
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* * * * *
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* * * *
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* * * * * *
37840 AGATATTCATTGGCGAGAAAGGTCCATTTATACTCACCCATGCC
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* * * * ** *
37884 ATCGAAAGCCTTATTACTTGCTTTAATTATTTTTATAATCTCATAATTGATTCTAAGTTGAATTT
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* *
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66 TTTATATTTTTTATTAAAATAGATTATAATTGAATGTCTACCTCAAGAAACATGAAGAAAATGCT
* *
38014 ATCCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTTACCCATGCC
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*
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* * * ** * *
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* *
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* * * *
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* * *
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65 TTTTATATTTTTTA-TTAAAATAGATTATAATTG-AATGTCTACCTCAAGAAACATGAA-GAAAA
* **
38353 -G-TCATTCA-T--CAATGAAAAAGTCTATTTAT-GATCACGTATGCC
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* * * *
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1 TTC-AAAAGCCTTATTACT-CGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAA-
* * * * * *
38459 TTTTTTATATTTTTTATTAAAATGGAATATAAATAAATGTCTTCCTCATGAAACATGAAGAAAAT
63 TTTTTTATATTTTTTATTAAAATAGATTATAATTGAATGTCTACCTCAAGAAACATGAAGAAAAT
* * * * *
38524 GCCATTCATTGGA-AAGAAAAGGCTATATATAGTCACCCAAGCC
128 GCTATTCATT-GACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCC
* * * * * *
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1 TTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATT-
* * * * * *
38632 TTTTACATTTCTTATTAAAACAAATTATAATTGAACGTCTACCTCATGAAACATGAAGAAAATG-
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* * * * *
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1 TTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTT
* * * * * * * * * *
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* ** *
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131 ATTCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCC
* ** *** *
38908 TTCAAAAGCCTTATTACTTGCTTTTTATAACTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTG
1 TTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATT-
* * * * * * * * *
38973 TTTTACATTTTTTATTAAAATAGATAAGAATTGAATGTTTTCCTTAAAAAACGTGAAGAAAA-AC
65 TTTTATATTTTTTATTAAAATAGATTATAATTGAATGTCTACCTCAAGAAACATGAAGAAAATGC
** *
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130 TATTCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCC
* * * * * *
39078 TTCAAAAAG-CTTATTATTTGCTTTAAACGGTTTTATAATCACATAATTGATTTTAAATTAAAAT
1 TTC-AAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTT-GAAT
* * *** * * * * * * *
39142 TTTTCAAATTTTTCGGTAAAATAGATAATAATTGAATGTCTATCACAACAAACGTGACGAAAAAG
64 TTTTTATATTTTTTATTAAAATAGATTATAATTGAATGTCTACCTCAAGAAACATGAAGAAAATG
* * * *
39207 -TCATTCATTGACAGGAAAGGTCCATTTATAGCCACCCATACC
129 CT-ATTCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCC
* * * * **
39249 TTCAAAAGACTTATTAC-CTGCTTTAAAAGTTTTTATAATCTTATAATTGATTTTATTTTGAATT
1 TTCAAAAGCCTTATTACTC-GCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATT
* * * * * * *
39313 TTTT-TACATTTTTAGTTAAAACAGATAATAATTGAATGTATGCCTTAGGAAACATGAAGAAAA-
65 TTTTATA-TTTTTTA-TTAAAATAGATTATAATTGAATGTCTACCTCAAGAAACATGAAGAAAAT
* ** * * * * *
39376 ACCCTTCATTGGCAA-AAAAATTCATTTATAGTCACACATTCC
128 GCTATTCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCC
* *
39418 TTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTAATTTTAAGTTTAATTT
1 TTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAA-TT
* *** * * * * ** * ** **
39483 TTTTACATTTTTGGGTAAAACAGATAATAATTGAATGTTTGCCTTGACAAATGTGAAGAAAAAAC
65 TTTTATATTTTTTATTAAAATAGATTATAATTGAATGTCTACCTCAAGAAACATGAAGAAAATGC
* * *** *
39548 CATTCATTGGC-AGAAAAAGTTTTTTTATAGTCACCTTAT--C
130 TATTCATTGACAAG-AAAAGTCCATTTATAGTCACC-CATGCC
** * * *
39588 TTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATATTTTTATAATCTCATAATTTATTTTTAGTAGAATTT
1 TTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAA-TT
* * * * * * * *
39653 TTTTATCTTTTTTATTAGAACAGATTATGATTGAATTTCTACCTC-TGAAAACGTGAAGAAAAAG
65 TTTTATATTTTTTATTAAAATAGATTATAATTGAATGTCTACCTCAAG-AAACATGAAGAAAATG
* ** * * *
39717 CCATTCATTGGTAAGAAAAGTCTATTTATAGTCATCCATACC
129 CTATTCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCC
* * * * * * *
39759 TTCAAAAGCCTTATTCCTTGCTTTAAATAGTTTTATAATTTCATAATGGATTTGAAGTTCAACTT
1 TTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAA-TT
* * * * * *
39824 TTTGACATTTTTT-TGCTAACATGGATTATAATTAAATGTCTACTTCAAGAAACATGAAGAAAA-
65 TTTTATATTTTTTAT--TAAAATAGATTATAATTGAATGTCTACCTCAAGAAACATGAAGAAAAT
* * * *
39887 GATA-TCATGGGCAAGAAAAGTCCATTTCTA-TCACCCATGCC
128 GCTATTCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCC
* * * ** *
39928 TTCAAAAACCTTATAAGTTACTTTAAATGTTTTTATAATCTCATAATTG
1 TTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTG
39977 NNNNNNNNNN
Statistics
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TTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTT
TTTATATTTTTTATTAAAATAGATTATAATTGAATGTCTACCTCAAGAAACATGAAGAAAATGCT
ATTCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCC
Found at i:38176 original size:341 final size:339
Alignment explanation
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Period size: 341 Copynumber: 7.1 Consensus size: 339
37534 NNNNNNNNNN
** * *
37544 TTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTGTATAATCTCATAATTGATTTTGAGTTGAATTT
1 TTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATATTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTT
* * * * ** * *
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* * * * * *
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130 TA-TCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTT
* * * * *
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** * * * *
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257 ATTATAAT-TGAATGTTTACATCAAGAAACATGAAGAAAAAGATATTCATTGGCAAGAAAAGTCC
*
37865 ATTTATACTCACCCATGCC
321 ATTTATAGTCACCCATGCC
* * * * *
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1 TTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATATTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTT
*
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66 TTTATATTTTTTATTAAAATAGATTATAATTGAATGTCTACCTCAAGAAACATGAAGAAAATGGT
* *
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131 AT-CATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTA
*
38079 AATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATGTTTTTATATTTTTTGTTAAAAAAGAT
195 AATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAAT-TTTTTATATTTTTTGTTAAAACAGAT
* * *
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*
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* ** * * *
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* * *
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* * **
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* * * * *
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188 -CGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAA-TTTTTTATATTTTTTGTTA
** * * * * * * ** *
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* * * *
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315 AAGTCCATTTATAGTCACCCATGCC
* * * * ** * *
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1 TTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATATTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATT-
* * * * * *
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* *
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130 T-A-TCATTGA-CAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCT
* * * * * *
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192 TTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTATATTTTTTGTTAAAACAG
* * * **
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*
38890 TTTATTGTCACCCATGCC
322 TTTATAGTCACCCATGCC
* ** ** *
38908 TTCAAAAGCCTTATTACTTGCTTTTTATAACTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTG
1 TTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATATTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATT-
* * * * * * * * **
38973 TTTTACATTTTTTATTAAAATAGATAAGAATTGAATGTTTTCCTTAAAAAACGTGAAGAAAAACC
65 TTTTATATTTTTTATTAAAATAGATTATAATTGAATGTCTACCTCAAGAAACATGAAG-AAAATG
* * *
39038 GT-TCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTTACCCATGCCTTCAAAAAG-CTTATTATTTGCTT
129 GTATCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTC-AAAAGCCTTATTACTCGCTT
* * * * * * * * *
39101 TAAACGGTTTTATAATCACATAATTGATTTTAAATTAAAATTTTTCAAATTTTTCGGTAAAATAG
193 TAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTT-GAATTTTTTATATTTTTTGTTAAAACAG
* * * * * * * *
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257 ATTATAATTGAATGTTTA-CATCAAGAAACATGAAGAAAAAGAT-ATTCATTGGCAAGAAAAGTC
* *
39229 CATTTATAGCCACCCATACC
320 CATTTATAGTCACCCATGCC
* * **
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1 TTCAAAAGCCTTATTACTC-GCTTTAAATA-TTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAAT
* * * * * * *
39312 TTTTT-TACATTTTTAGTTAAAACAGATAATAATTGAATGTATGCCTTAGGAAACATGAAGAAAA
64 TTTTTATA-TTTTTTA-TTAAAATAGATTATAATTGAATGTCTACCTCAAGAAACATGAAG-AAA
*** * * * * *
39376 ACCCT-TCATTGGCAA-AAAAATTCATTTATAGTCACACATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGC
126 ATGGTATCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGC
* * * * *
39439 TTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTAATTTTAAGTTTAATTTTTTTACATTTTTGGGTAAAAC
191 TTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAA-TTTTTTATATTTTTTGTTAAAAC
* * * ** * ** *
39504 AGATAATAATTGAATGTTTGCCTTGACAAATGTGAAGAAAAA-ACCATTCATTGGC-AGAAAAAG
255 AGATTATAATTGAATGTTTACATCAAGAAACATGAAGAAAAAGA-TATTCATTGGCAAG-AAAAG
*** *
39567 TTTTTTTATAGTCACCTTAT--C
318 TCCATTTATAGTCACC-CATGCC
* * *
39588 TTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATATTTTTATAATCTCATAATTTATTTTTAGTAGAATTT
1 TTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATATTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAA-TT
* * * * * * * *
39653 TTTTATCTTTTTTATTAGAACAGATTATGATTGAATTTCTACCTC-TGAAAACGTGAAGAAAAAG
65 TTTTATATTTTTTATTAAAATAGATTATAATTGAATGTCTACCTCAAG-AAACATGAAGAAAATG
** ** * * * * *
39717 CCATTCATTGGTAAGAAAAGTCTATTTATAGTCATCCATACCTTCAAAAGCCTTATTCCTTGCTT
129 GTA-TCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTT
* * * * * * * * * **
39782 TAAATAGTTTTATAATTTCATAATGGATTTGAAGTTCAACTTTTTGACATTTTTTTGCTAACATG
193 TAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAA-TTTTTTATA-TTTTTTGTTAAAACA
* * * *
39847 GATTATAATTAAATGTCTACTTCAAGAAACATGAAG-AAAAGATA-TCATGGGCAAGAAAAGTCC
256 GATTATAATTGAATGTTTACATCAAGAAACATGAAGAAAAAGATATTCATTGGCAAGAAAAGTCC
*
39910 ATTTCTA-TCACCCATGCC
321 ATTTATAGTCACCCATGCC
* * * ** *
39928 TTCAAAAACCTTATAAGTTACTTTAAATGTTTTTATAATCTCATAATTG
1 TTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATATTTTTATAATCTCATAATTG
39977 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 1715, Mismatches: 318, Indels: 120
0.80 0.15 0.06
Matches are distributed among these distances:
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345 4 0.00
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ACGTcount: A:0.36, C:0.14, G:0.12, T:0.38
Consensus pattern (339 bp):
TTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATATTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTT
TTTATATTTTTTATTAAAATAGATTATAATTGAATGTCTACCTCAAGAAACATGAAGAAAATGGT
ATCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAA
ATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTATATTTTTTGTTAAAACAGATTA
TAATTGAATGTTTACATCAAGAAACATGAAGAAAAAGATATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTA
TAGTCACCCATGCC
Found at i:40666 original size:170 final size:168
Alignment explanation
Indices: 40336--40941 Score: 579
Period size: 170 Copynumber: 3.6 Consensus size: 168
40326 AAAACAAATA
* * * * *
40336 ATAATTGAATGTTTACCTCAAGAAACATATAGAAAAAGCTATTCATTGGCAAGAAAAG-CCTATT
1 ATAATTGAATGTCTGCCTCGAGAAACATGTAGAAAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAGTCC-ATT
* * * * * **********
40400 TATAGTCACCCAAGCCTTTTAAAGCTTTATGACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATNNNNNNNNNN
65 TATAGTCACCCATGCCTTTGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTAATAAGTG
* * * *
40465 ATTTAAAGTTGAATTTTTTTACATGTTTATTAAAACATATT
130 ATTT-AAGTTGAATTTTTTT-TATTTTTATTAAAATAGATT
* * * *
40506 ATAATTGAATGCCTGCCTCGGGAAACATGTGGAAAAAGCCATTCATTAGCAAGAAAAGTCCATTT
1 ATAATTGAATGTCTGCCTCGAGAAACATGTAGAAAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTT
* * * * *
40571 ATAGTCGCCCATGCCTTTGAAAGCTTTATTACTCACTTTAGATGGTTTTATAATCTCATAAGTGA
66 ATAGTCACCCATGCCTTTGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTAATAAGTGA
*
40636 TTTTGAAGTTGAATTTTTTTTTTTTTTATTAAAATAGATT
131 -TTT-AAGTTGAATTTTTTTTATTTTTATTAAAATAGATT
* * ** * * ** *
40676 ATAATTGAATATATATCTC-ACAAAACATGAAGAAAAAGATATTCGTTGGCAAGAAAAGTCCATT
1 ATAATTGAATGTCTGCCTCGA-GAAACATGTAGAAAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATT
* ** ** * * * *
40740 TATATTCACTTATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGTTTTAAATGGCTTTACAATCTAATAATTG
65 TATAGTCACCCATGCCTTTGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTAATAAGTG
*
40805 ACTTTAAGTTGAA-TTTTTTTATTTTTAGTGAAAATAGATT
130 A-TTTAAGTTGAATTTTTTTTATTTTTA-TTAAAATAGATT
* ** * * * *
40845 ATAATTGAATGTCAGCCTCGAGAAATGTGAAGAAAAAGTCATTCATTGGTAAGAAAAGTCAATTT
1 ATAATTGAATGTCTGCCTCGAGAAACATGTAGAAAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTT
40910 ATAGTCACCCATGCCTTTGAAAGCCTTATTAC
66 ATAGTCACCCATGCCTTTGAAAGCCTTATTAC
40942 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 351, Mismatches: 80, Indels: 11
0.79 0.18 0.02
Matches are distributed among these distances:
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ACGTcount: A:0.35, C:0.14, G:0.14, T:0.36
Consensus pattern (168 bp):
ATAATTGAATGTCTGCCTCGAGAAACATGTAGAAAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTT
ATAGTCACCCATGCCTTTGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTAATAAGTGA
TTTAAGTTGAATTTTTTTTATTTTTATTAAAATAGATT
Found at i:41390 original size:170 final size:169
Alignment explanation
Indices: 41078--41460 Score: 420
Period size: 170 Copynumber: 2.3 Consensus size: 169
41068 NNNNNNNNNN
* *** * * *
41078 TTATAATTGAATGTCTACCTTGGGTAACATGGAGAAAAAGATATTCATTGGCAAAAAAGTCCATT
1 TTATAATTGAATGTCGACCTCAAGAAACGTGAAGAAAAAGATATTCATTGGCAAAAAAGTCCATT
* *
41143 TATAGTCACCTATGCCTTCAAAAGCCTTATTACCCATTTTAAATGGCTTTACAATCTCATAATTG
66 TATAATCACCTATGCCATCAAAAGCCTTATTACCCA-TTTAAATGGCTTTACAATCTCATAATTG
*
41208 ACTTTCAGTTG-A-ATTTTCA-ATAT-TTTTGATCAAAACAGA
130 ACTTTAAGTTGAATATTTTCATATATATTTT--T-AAAACAGA
* * *
41247 TTATAGTTGAATGTCGACCTCAAGAAACGTGATGAAAAAGCA-ATTCATTGGCTAGAAAAGTCCA
1 TTATAATTGAATGTCGACCTCAAGAAACGTGAAGAAAAAG-ATATTCATTGGC-AAAAAAGTCCA
** * *
41311 TTTATAATCACCTATGCCATCAAAAGCCTTATTTTTGCC-TTTAAATGGTTTTATAATCTCATAA
64 TTTATAATCACCTATGCCATCAAAAGCCTTA--TTACCCATTTAAATGGCTTTACAATCTCATAA
* * *
41375 TTTA-TTTAAAGTTGAATATTTTTATATATATTTTTAAAATAGA
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** **
41418 TTATAATTGAATGTTTACCTTGAGAAACGTGAAGAAAAAGATA
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41461 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 178, Mismatches: 26, Indels: 18
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Matches are distributed among these distances:
169 44 0.25
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174 4 0.02
ACGTcount: A:0.37, C:0.14, G:0.13, T:0.36
Consensus pattern (169 bp):
TTATAATTGAATGTCGACCTCAAGAAACGTGAAGAAAAAGATATTCATTGGCAAAAAAGTCCATT
TATAATCACCTATGCCATCAAAAGCCTTATTACCCATTTAAATGGCTTTACAATCTCATAATTGA
CTTTAAGTTGAATATTTTCATATATATTTTTAAAACAGA
Found at i:43396 original size:171 final size:169
Alignment explanation
Indices: 42303--43789 Score: 999
Period size: 171 Copynumber: 8.8 Consensus size: 169
42293 NNNNNNNNNN
* *
42303 ATCTGTTTTAATAAAAAATATAAAAAAATTCAACTTCAAATTAATTATGAGATTATAAAACCAAT
1 ATCTGTTTTAATAAAAAATATAAAAAAATTCAACTT-AAATCAATTATGAGATTATAAAACCATT
* * * * * *
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* * * * *
42432 TGGT-ATTTTCTTCAAATTGTTT--TAGGTAGACATTCAACTATA
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* ** * * ** * *
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* * *
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* * *
42604 -TTTTTTTCTTCA-AGCTTCTCGAGGTAGACATTCAATTATA
129 ATCTTTTTCTTCATAGTTTC-CAAGGTAGACATTCAATTATA
* * * * *****
42644 ATATGTTTTAATAGAAAAATA-GAAAAAGTTCAACCTCAAATCAATTATGAGATTATAAAGNNNN
1 ATCTGTTTTAATA-AAAAATATAAAAAAATTCAA-CTTAAATCAATTATGAGATTATAAAACCAT
****** * * * * *
42708 NNNNNNCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCATGGGGGGCTATAAATGGCCTTTTCTTGCCAATAAA
64 TTAAAGCGAGTAATAAGGC-TTTGAAGGCATAGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAA
* *
42773 TGA-C-TTTTCTTCA-AGTTTCTCGA-GTAGACATTTAATTATA
128 T-ATCTTTTTCTTCATAGTTTC-CAAGGTAGACATTCAATTATA
* ** * * * *
42813 ATATGTTTTAACCGAAAAAGA-AAAAAATTTCATCTTAAAGTCAATTATG-GCATTATAAAATCA
1 ATCTGTTTTAA-TAAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAA-TCAATTATGAG-ATTATAAAACCA
* * * * * * * *
42876 CTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTAAAGGCATGGGTGGCTATAAATAGACTATTCTTGCTAATGA
63 TTTAAAGCGAGTAATAAGGC-TTTGAAGGCATAGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGA
*
42941 ATATCTTTTTCTTCAT-GTTTCCTAATGTAGACATTCAATTATA
127 ATATCTTTTTCTTCATAGTTTCC-AAGGTAGACATTCAATTATA
* * ********** *
42984 ATCTATTTTAATAAAAAAATATAAAAAATTTCAACTTCAAATCNNNNNNNNNNTTATAAAACTAT
1 ATCTGTTTTAAT-AAAAAATATAAAAAAATTCAACTT-AAATCAATTATGAGATTATAAAACCAT
** * *
43049 TTAAAATGAGTAATAAGGCGTTTGAAGGCTTACGTGACTATAAATAGG-CTTTTCTTGCCAATGA
64 TTAAAGCGAGTAATAAGGC-TTTGAAGGCATAGGTGACTATAAAT-GGACTTTTCTTGCCAATGA
** * * ** * **
43113 ATGGCTTTTTCCTC--AGGTTCCTTTGATAGACATTCAACCATA
127 ATATCTTTTTCTTCATAGTTTCC-AAGGTAGACATTCAATTATA
* * * * * *
43155 ATTTG-TTT--T--AACA-A-AAAAAAATACAACTTTAAGTCAATTGTGCGATTATAAAACCATT
1 ATCTGTTTTAATAAAAAATATAAAAAAATTCAAC-TTAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATT
* * * *
43213 TAAAGCGAGTAATAAGGCTTTGAAAGGCATAAGTGACTAGAAATGGACTTTTTTTTCCAATGAAT
65 TAAAGCGAGTAATAAGGCTTTG-AAGGCATAGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAAT
* * *
43278 ATCTTTTTCTTTATATTTTCCAAGGTAAACATTCAATTATA
129 ATCTTTTTCTTCATAGTTTCCAAGGTAGACATTCAATTATA
* * * * *
43319 ATCTATTTGAATAAAAAATATAAAAAAATTCAATTTCAAATCAGTTGTGAGATTATAAAACCATT
1 ATCTGTTTTAATAAAAAATATAAAAAAATTCAACTT-AAATCAATTATGAGATTATAAAACCATT
** * * * * *
43384 TAAAATGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCTTGGGTGACAATAAATAGG-CTTTTTTTGCTAATGAA
65 TAAAGCGAGTAATAAGGC-TTTGAAGGCATAGGTGACTATAAAT-GGACTTTTCTTGCCAATGAA
* * *
43448 TAGCTTTTTCTT-A-AGGTTTTCTTAAGG-AGATATTCAATTATA
128 TATCTTTTTCTTCATA-G-TTTC-CAAGGTAGACATTCAATTATA
* ********** *
43490 ATCTGTTTTAA-CAAAAAT-TGAAAAAACATTCAACTTAAAGTCAATTANNNNNNNNNNAAACTA
1 ATCTGTTTTAATAAAAAATAT-AAAAAA-ATTCAACTTAAA-TCAATTATGAGATTATAAAACCA
* * * * *
43553 TTTAAAGCGAGTAATAAGACTTTGGAAGGCGTAGGTGGCTACAAATTGACTTTTCTTGCCAATGA
63 TTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTT-GAAGGCATAGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGA
*
43618 ATATCTTTTTCTTCATA-TTTCCCAAGGTAGACATTCAATAATA
127 ATATCTTTTTCTTCATAGTTT-CCAAGGTAGACATTCAATTATA
********** *
43661 NNNNNNNNNNATAAAAAATATAAAAAAATTCAACTTGAAATCTATTATGAGATTATAAAACCA-T
1 ATCTGTTTTAATAAAAAATATAAAAAAATTCAACTT-AAATCAATTATGAGATTATAAAACCATT
* * *
43725 TAAAGCGAGTAATAAGGCTTCGAAAGGCTTGGGTGACTATAAATAAGG--TTTTCTTGCCAATGA
65 TAAAGCGAGTAATAAGGCTTTG-AAGGCATAGGTGACTATAAAT--GGACTTTTCTTGCCAATGA
43788 AT
127 AT
43790 GGGTTTTTCT
Statistics
Matches: 1014, Mismatches: 244, Indels: 117
0.74 0.18 0.09
Matches are distributed among these distances:
162 6 0.01
163 85 0.08
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165 10 0.01
167 4 0.00
168 9 0.01
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172 118 0.12
173 6 0.01
ACGTcount: A:0.37, C:0.12, G:0.14, T:0.34
Consensus pattern (169 bp):
ATCTGTTTTAATAAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTT
AAAGCGAGTAATAAGGCTTTGAAGGCATAGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATAT
CTTTTTCTTCATAGTTTCCAAGGTAGACATTCAATTATA
Found at i:44790 original size:170 final size:170
Alignment explanation
Indices: 44322--45856 Score: 1420
Period size: 170 Copynumber: 9.1 Consensus size: 170
44312 NNNNNNNNTG
* * * * * *
44322 GGTGACTATAAATGGACTTTTCTTACCAATGAATATCTTCTCCTTCATGTTTCTCAAGTTAGACA
1 GGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATATCTTTTTCTTCACGTTCCT-AAGGTAGACA
44387 TTCAATTATAATCTATTTTAATAAAAAATATAAAAAAAATTCAACTTCAAATCAATTATGAGATT
65 TTCAATTATAATCTATTTTAATAAAAAATAT-AAAAAAATTCAACTTCAAATCAATTATGAGATT
* * * * * *
44452 ATAAAACTATTTAAAGCGAGCAATTAGGCGTTAGAAGGCT-TG
129 ATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTGGAAGG-TATA
* * * * * * * ** * * *
44494 GGTGAGTTTAAATAGG-CTTCTCTTACCAATGAATGTCGTTTTCTTTATTTTTCCTTAGGCAAAC
1 GGTGACTATAAAT-GGACTTTTCTTGCCAATGAATATCTTTTTCTTCA-CGTTCCTAAGGTAGAC
* * * * *
44558 ATTCAACTGTAATCTATTTTAACAAAAAATGTAAAAAAATTCAACTT-AAAGTCAAATATGAGAT
64 ATTCAATTATAATCTATTTTAATAAAAAATATAAAAAAATTCAACTTCAAA-TCAATTATGAGAT
* *
44622 TATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGTTTTGGAAGGTGTA
128 TATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTGGAAGGTATA
* * *
44665 GGTTACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGGATATCTTTTTCTTCACGTTCCTGAGGTAGACAT
1 GGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATATCTTTTTCTTCACGTTCCTAAGGTAGACAT
* *
44730 TCAATTATAATCTATTTTAATAAAAAATATAAAAATATTCAACTTTAAATCAATTATGAGATTAT
66 TCAATTATAATCTATTTTAATAAAAAATATAAAAAAATTCAACTTCAAATCAATTATGAGATTAT
*
44795 AAAACCATTTAAAACGAGTAATAAGGCTTTGGAAGGCT-T-
131 AAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTGGAAGG-TATA
* * * *
44834 GGATGACTATAAATAGG-CTTTTGTTAG-CAATGAATGTCTTTTTCTTCAGGTTTTCCTTA-GTA
1 GG-TGACTATAAAT-GGACTTTTCTT-GCCAATGAATATCTTTTTCTTCACG--TTCCTAAGGTA
** * ** * *
44896 GACATTCAATTGCAATCTGTTTTAACCAAAAATGT-AAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAG
61 GACATTCAATTATAATCTATTTTAATAAAAAATATAAAAAAATTCAACTTCAAATCAATTATGAG
* * * * * * *
44960 ATTATAAATCTATTTAAAGTGAGCAATAAGGTTTTTGAAGGCATA
126 ATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTGGAAGGTATA
* * *
45005 GGTAACTATAAATGGACTTTTCTTGCTAATGAATATCTTTTTCTTCACGTTTCTCAAGGTAGACA
1 GGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATATCTTTTTCTTCACGTTCCT-AAGGTAGACA
* * * * * * * *
45070 TTTAATTATTATCTGTTTTAACAAAAAATGA-AAAAACACTCAGCTT-AAAGTAAATTATGAGAT
65 TTCAATTATAATCTATTTTAATAAAAAAT-ATAAAAAAATTCAACTTCAAA-TCAATTATGAGAT
* * *
45133 TATAAAACCATTTAAGGCGAGTAATAAGGCTTTGGAAAGCATA
128 TATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTGGAAGGTATA
* * * * *
45176 GGTGACTATAAATGAACTTTTCTTACCGATGAATATCTTTTTCTTCAAGTTTCCCAAGGTAGACA
1 GGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATATCTTTTTCTTCACG-TTCCTAAGGTAGACA
** * *
45241 TTCAATTATAATCTGCTTTAATAAAAAATGT-AAAAAATTGAACTTCAAATCAATTATGAGATTA
65 TTCAATTATAATCTATTTTAATAAAAAATATAAAAAAATTCAACTTCAAATCAATTATGAGATTA
** * *
45305 TAAAAGTA-TTAAAGCGAGTAATAAGACTTTGAAAGGCT-TA
130 TAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTGGAAGG-TATA
* * *
45345 GGTGACTATAAATAGG-CTTTTCTTGCCAAT---TATCGGGTTTTTCTTTAGGTTTCCTTAGGTA
1 GGTGACTATAAAT-GGACTTTTCTTGCCAATGAATATC---TTTTTCTTCACG-TTCCTAAGGTA
* * *
45406 GACATTCAACTGTTATCTATTTTAA-ATAAAAATATAAAAAAAATT-AAC-TCAAAGTCAATTAT
61 GACATTCAATTATAATCTATTTTAATA-AAAAATAT-AAAAAAATTCAACTTCAAA-TCAATTAT
* **
45468 GAGATTATAAATCCATTTAAA--G-GT--T-----TTT-GAAAATATA
123 GAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTGGAAGGTATA
* * * * * *
45505 GGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCTAATGACTATCTTTTTCATCACGTTTCTCGAGTTAGACA
1 GGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATATCTTTTTCTTCACGTTCCT-AAGGTAGACA
* * * * * * *
45570 TTTAATTATAATCTGTTTTCATAAAAAATGA-AAAAACATTCAAC-TGAAAGCCAATTATTAGAT
65 TTCAATTATAATCTATTTTAATAAAAAAT-ATAAAAAAATTCAACTTCAAA-TCAATTATGAGAT
* * * * *
45633 TAT-AAA-CATTTAAAACAACTAATGAGGCTTTGGAAGGCATA
128 TATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTGGAAGGTATA
* * * * *
45674 GGTGACTATAAATGGACTTTTCTTACCAATTAATATCTTTTTCTTGACGTTTCC-AATCGTAAAC
1 GGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATATCTTTTTCTTCACG-TTCCTAA-GGTAGAC
* *
45738 ATTGAATTATAATCTATTTTAAT-AAAAATGTAAAAAAATTCAACTTCAAATCAATTATGAGATT
64 ATTCAATTATAATCTATTTTAATAAAAAATATAAAAAAATTCAACTTCAAATCAATTATGAGATT
* * * * *
45802 ATAAAGCCATTTAAAGCGAATAATCAGACTTTTGAAGGTAT-
129 ATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTGGAAGGTATA
*
45843 GAGTGACGATAAAT
1 G-GTGACTATAAAT
45857 AGAACATTCA
Statistics
Matches: 1112, Mismatches: 190, Indels: 124
0.78 0.13 0.09
Matches are distributed among these distances:
158 8 0.01
159 17 0.02
160 90 0.08
161 6 0.01
163 5 0.00
166 5 0.00
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171 289 0.26
172 78 0.07
173 7 0.01
ACGTcount: A:0.38, C:0.13, G:0.14, T:0.36
Consensus pattern (170 bp):
GGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATATCTTTTTCTTCACGTTCCTAAGGTAGACAT
TCAATTATAATCTATTTTAATAAAAAATATAAAAAAATTCAACTTCAAATCAATTATGAGATTAT
AAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTGGAAGGTATA
Found at i:45067 original size:341 final size:338
Alignment explanation
Indices: 44322--45856 Score: 1564
Period size: 341 Copynumber: 4.5 Consensus size: 338
44312 NNNNNNNNTG
* * * * *
44322 GGTGACTATAAATGGACTTTTCTTACCAATGAATATCTTCTCCTTCATGTTTCTCAAGTTAGACA
1 GGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATATCTTTTTCTTCACGTTTCTCAAGGTAGACA
44387 TTCAATTATAATCTATTTTAATAAAAAATATAAAAAAAATTCAACTTCAAATCAATTATGAGATT
66 TTCAATTATAATCTATTTTAATAAAAAATAT-AAAAAAATTCAACTTCAAATCAATTATGAGATT
* * * * * * * * *
44452 ATAAAACTATTTAAAGCGAGCAATTAGGCGTTAGAAGGCTTGGGTGAGTTTAAATAGGCTTCTCT
130 ATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTGGAAGGC-TAGGTGACTATAAAT-GGCTTTTCT
* * * * * * * * *
44517 TACCAATGAATGTCGTTTTCTTTATTTTTCCTTAGGCAAACATTCAACTGTAATCTATTTTAACA
193 TACCAATGAATATCTTTTTCTTCA-GTTTCCTTAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACA
* * * *
44582 AAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAGTCAAATATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAAT
257 AAAAATGT-AAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGCGAGCAAT
**
44647 AAGGTTTTGGAAGGTGTA
321 AAGGTTTTGGAAGGCATA
* * * *
44665 GGTTACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGGATATCTTTTTCTTCACGTTCCT-GAGGTAGACA
1 GGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATATCTTTTTCTTCACGTTTCTCAAGGTAGACA
* *
44729 TTCAATTATAATCTATTTTAATAAAAAATATAAAAATATTCAACTTTAAATCAATTATGAGATTA
66 TTCAATTATAATCTATTTTAATAAAAAATATAAAAAAATTCAACTTCAAATCAATTATGAGATTA
* * *
44794 TAAAACCATTTAAAACGAGTAATAAGGCTTTGGAAGGCTTGGATGACTATAAATAGGCTTTTGTT
131 TAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTGGAAGGCTAGG-TGACTATAAAT-GGCTTTTCTT
* * ** *
44859 AGCAATGAATGTCTTTTTCTTCAGGTTTTCCTTA-GTAGACATTCAATTGCAATCTGTTTTAACC
194 ACCAATGAATATCTTTTTCTTCA-G-TTTCCTTAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACA
* *
44923 AAAAATGTAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAATCTATTTAAAGTGAGCAATA
257 AAAAATGTAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGCGAGCAATA
*
44988 AGGTTTTTGAAGGCATA
322 AGGTTTTGGAAGGCATA
* *
45005 GGTAACTATAAATGGACTTTTCTTGCTAATGAATATCTTTTTCTTCACGTTTCTCAAGGTAGACA
1 GGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATATCTTTTTCTTCACGTTTCTCAAGGTAGACA
* * * * * * * *
45070 TTTAATTATTATCTGTTTTAACAAAAAATGA-AAAAACACTCAGCTT-AAAGTAAATTATGAGAT
66 TTCAATTATAATCTATTTTAATAAAAAAT-ATAAAAAAATTCAACTTCAAA-TCAATTATGAGAT
* * *
45133 TATAAAACCATTTAAGGCGAGTAATAAGGCTTTGGAAAGCATAGGTGACTATAAATGAACTTTTC
129 TATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTGGAAGGC-TAGGTGACTATAAATG-GCTTTTC
* ** * *
45198 TTACCGATGAATATCTTTTTCTTCAAGTTTCCCAAGGTAGACATTCAATTATAATCTGCTTTAAT
192 TTACCAATGAATATCTTTTTCTTC-AGTTTCCTTAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAAC
* * * *
45263 AAAAAATGTAAAAAATTGAACTTCAAATCAATTATGAGATTATAAAAGTA-TTAAAGCGAGTAAT
256 AAAAAATGTAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGCGAGCAAT
** * *
45327 AAGACTTTGAAAGGCTTA
321 AAGGTTTTGGAAGGCATA
* * *
45345 GGTGACTATAAATAGG-CTTTTCTTGCCAAT---TATCGGGTTTTTCTTTAGGTTTC-CTTAGGT
1 GGTGACTATAAAT-GGACTTTTCTTGCCAATGAATATC---TTTTTCTTCACGTTTCTC-AAGGT
* * *
45405 AGACATTCAACTGTTATCTATTTTAA-ATAAAAATATAAAAAAAATT-AAC-TCAAAGTCAATTA
61 AGACATTCAATTATAATCTATTTTAATA-AAAAATAT-AAAAAAATTCAACTTCAAA-TCAATTA
* * ***
45467 TGAGATTATAAATCCATTTAAA--G-GT--T-----TTTGAAAATATAGGTGACTATAAATGGAC
123 TGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTGGAAGGCTAGGTGACTATAAATGG-C
* * * * * * *
45522 TTTTCTTGCTAATGACTATCTTTTTCATCACGTTT-CTCGAGTTAGACATTTAATTATAATCTGT
187 TTTTCTTACCAATGAATATCTTTTTCTTCA-GTTTCCT-TAGGTAGACATTCAATTATAATCTGT
* * * * ** * *
45586 TTTCATAAAAAATGAAAAAACATTCAACTGAAAGCCAATTATTAGATTAT-AAAC-ATTTAAAAC
250 TTTAACAAAAAATGTAAAAA-ATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGC
* * *
45649 -AACTAATGAGGCTTTGGAAGGCATA
314 GAGC-AATAAGGTTTTGGAAGGCATA
* * * * *
45674 GGTGACTATAAATGGACTTTTCTTACCAATTAATATCTTTTTCTTGACGTTTC-CAATCGTAAAC
1 GGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATATCTTTTTCTTCACGTTTCTCAA-GGTAGAC
* *
45738 ATTGAATTATAATCTATTTTAAT-AAAAATGTAAAAAAATTCAACTTCAAATCAATTATGAGATT
65 ATTCAATTATAATCTATTTTAATAAAAAATATAAAAAAATTCAACTTCAAATCAATTATGAGATT
* * * * * *
45802 ATAAAGCCATTTAAAGCGAATAATCAGACTTTTGAAGG-TATGAGTGACGATAAAT
130 ATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTGGAAGGCTA-G-GTGACTATAAAT
45857 AGAACATTCA
Statistics
Matches: 1003, Mismatches: 145, Indels: 92
0.81 0.12 0.07
Matches are distributed among these distances:
327 9 0.01
328 45 0.04
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330 31 0.03
331 1 0.00
332 4 0.00
333 1 0.00
335 1 0.00
337 8 0.01
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340 256 0.26
341 346 0.34
342 52 0.05
343 47 0.05
ACGTcount: A:0.38, C:0.13, G:0.14, T:0.36
Consensus pattern (338 bp):
GGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATATCTTTTTCTTCACGTTTCTCAAGGTAGACA
TTCAATTATAATCTATTTTAATAAAAAATATAAAAAAATTCAACTTCAAATCAATTATGAGATTA
TAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTGGAAGGCTAGGTGACTATAAATGGCTTTTCTTAC
CAATGAATATCTTTTTCTTCAGTTTCCTTAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACAAAAA
ATGTAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGCGAGCAATAAGGT
TTTGGAAGGCATA
Found at i:45466 original size:511 final size:512
Alignment explanation
Indices: 44324--45833 Score: 1736
Period size: 511 Copynumber: 3.0 Consensus size: 512
44314 NNNNNNTGGG
* ** * * * *
44324 TGACTATAAAT-GGACTTTTCTTACCAATGAATATCTTCTCCTTCATG-TTT-CTCAAGTTAGAC
1 TGACTATAAATAGG-CTTTTCTTAGCAATGAATGGCTTTTTCTTCAGGTTTTCCT-TAG-TAGAC
*
44386 ATTCAATTATAATCTATTTT-AATAAAAAATATAAAAAAAATTCAACTTCAAATCAATTATGAGA
63 ATTCAATTGTAATCTATTTTAAAT-AAAAATATAAAAAAAATTCAAC-TCAAATCAATTATGAGA
* * * ** * * * * * *
44450 TTATAAAACTATTTAAAGCGAGCAATTAGGCGTTAGAAGGCTTGGGTGAGTTTAAATAGG-CTTC
126 TTATAAATCTATTTAAAGTGAGCAATAAGGTTTTTGAAGGCATAGGTGACTATAAAT-GGACTTT
* * * * * ** * * * * * * *
44514 TCTTACCAATGAATGTCGTTTTCTTTATTTTTC-CTTAGGCAAACATTCAACTGTAATCTATTTT
190 TCTTGCTAATGAATATCTTTTTCTTCACGTTTCTC-AAGGTAGACATTTAATTATAATCTGTTTT
44578 AACAAAAAATGTAAAAAA-ATTCAACTTAAAGTCAAA-TATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCG
254 AACAAAAAATG-AAAAAACATTCAACTTAAAGT-AAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCG
* ** * * *
44641 AGTAATAAGGTTTTGGAAGGTGTAGGTTACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGGATATCTTTT
317 AGTAATAAGGCTTTGGAAGGCATAGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTACCAATGAATATCTTTT
** *
44706 TCTTCACG-TTCCTGAGGTAGACATTCAATTATAATCTATTTTAATAAAAAATATAAAAATATTC
382 TCTTCACGTTTCCCAAGGTAGACATTCAATTATAATCTATTTTAATAAAAAATGTAAAAA-ATTC
* * * * *
44770 AACTTTAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAACGAGTAATAAGGCTTTGGAAGGCTTG
446 AACTTCAAATCAATTATGAGATTATAAAAGCATTTAAAGCGAGTAATAAGACTTTGAAAGGCTTG
44835 GA
511 GA
* *
44837 TGACTATAAATAGGCTTTTGTTAGCAATGAATGTCTTTTTCTTCAGGTTTTCCTTAGTAGACATT
1 TGACTATAAATAGGCTTTTCTTAGCAATGAATGGCTTTTTCTTCAGGTTTTCCTTAGTAGACATT
* * ** * *
44902 CAATTGCAATCTGTTTTAACCAAAAATGT--AAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTAT
66 CAATTGTAATCTATTTTAAATAAAAATATAAAAAAAATTCAAC-TCAAATCAATTATGAGATTAT
*
44965 AAATCTATTTAAAGTGAGCAATAAGGTTTTTGAAGGCATAGGTAACTATAAATGGACTTTTCTTG
130 AAATCTATTTAAAGTGAGCAATAAGGTTTTTGAAGGCATAGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTG
*
45030 CTAATGAATATCTTTTTCTTCACGTTTCTCAAGGTAGACATTTAATTATTATCTGTTTTAACAAA
195 CTAATGAATATCTTTTTCTTCACGTTTCTCAAGGTAGACATTTAATTATAATCTGTTTTAACAAA
* * *
45095 AAATGAAAAAACACTCAGCTTAAAGTAAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAGGCGAGTAATAA
260 AAATGAAAAAACATTCAACTTAAAGTAAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAA
* * * *
45160 GGCTTTGGAAAGCATAGGTGACTATAAATGAACTTTTCTTACCGATGAATATCTTTTTCTTCAAG
325 GGCTTTGGAAGGCATAGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTACCAATGAATATCTTTTTCTTCACG
** *
45225 TTTCCCAAGGTAGACATTCAATTATAATCTGCTTTAATAAAAAATGTAAAAAATTGAACTTCAAA
390 TTTCCCAAGGTAGACATTCAATTATAATCTATTTTAATAAAAAATGTAAAAAATTCAACTTCAAA
*
45290 TCAATTATGAGATTATAAAAGTA-TTAAAGCGAGTAATAAGACTTTGAAAGGCTTAGG-
455 TCAATTATGAGATTATAAAAGCATTTAAAGCGAGTAATAAGACTTTGAAAGGCTT-GGA
* * *
45347 TGACTATAAATAGGCTTTTCTT-GCCAAT-TATCGGGTTTTTCTTTAGG-TTTCCTTAGGTAGAC
1 TGACTATAAATAGGCTTTTCTTAG-CAATGAAT-GGCTTTTTCTTCAGGTTTTCCTTA-GTAGAC
* *
45409 ATTCAACTGTTATCTATTTTAAATAAAAATATAAAAAAAATT-AACTCAAAGTCAATTATGAGAT
63 ATTCAATTGTAATCTATTTTAAATAAAAATATAAAAAAAATTCAACTCAAA-TCAATTATGAGAT
* ***
45473 TATAAATCCA-TT----T-----A-AAGGTTTTTGAAAATATAGGTGACTATAAATGGACTTTTC
127 TATAAATCTATTTAAAGTGAGCAATAAGGTTTTTGAAGGCATAGGTGACTATAAATGGACTTTTC
* * * * * *
45527 TTGCTAATGACTATCTTTTTCATCACGTTTCTCGAGTTAGACATTTAATTATAATCTGTTTTCAT
192 TTGCTAATGAATATCTTTTTCTTCACGTTTCTCAAGGTAGACATTTAATTATAATCTGTTTTAAC
* ** * * * *
45592 AAAAAATGAAAAAACATTCAACTGAAAGCCAATTATTAGATTAT-AAA-CATTTAAAACAACTAA
257 AAAAAATGAAAAAACATTCAACTTAAAGTAAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAA
* * *
45655 TGAGGCTTTGGAAGGCATAGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTACCAATTAATATCTTTTTCTTG
322 TAAGGCTTTGGAAGGCATAGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTACCAATGAATATCTTTTTCTTC
* * *
45720 ACGTTT-CCAATCGTAAACATTGAATTATAATCTATTTTAAT-AAAAATGTAAAAAAATTCAACT
387 ACGTTTCCCAA-GGTAGACATTCAATTATAATCTATTTTAATAAAAAATGT-AAAAAATTCAACT
* *
45783 TCAAATCAATTATGAGATTAT-AAAGCCATTTAAAGCGAATAATCAGACTTT
450 TCAAATCAATTATGAGATTATAAAAG-CATTTAAAGCGAGTAATAAGACTTT
45834 TGAAGGTATG
Statistics
Matches: 860, Mismatches: 117, Indels: 54
0.83 0.11 0.05
Matches are distributed among these distances:
497 16 0.02
498 135 0.16
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500 132 0.15
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506 1 0.00
509 11 0.01
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514 8 0.01
515 2 0.00
ACGTcount: A:0.38, C:0.13, G:0.13, T:0.36
Consensus pattern (512 bp):
TGACTATAAATAGGCTTTTCTTAGCAATGAATGGCTTTTTCTTCAGGTTTTCCTTAGTAGACATT
CAATTGTAATCTATTTTAAATAAAAATATAAAAAAAATTCAACTCAAATCAATTATGAGATTATA
AATCTATTTAAAGTGAGCAATAAGGTTTTTGAAGGCATAGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGC
TAATGAATATCTTTTTCTTCACGTTTCTCAAGGTAGACATTTAATTATAATCTGTTTTAACAAAA
AATGAAAAAACATTCAACTTAAAGTAAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAG
GCTTTGGAAGGCATAGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTACCAATGAATATCTTTTTCTTCACGT
TTCCCAAGGTAGACATTCAATTATAATCTATTTTAATAAAAAATGTAAAAAATTCAACTTCAAAT
CAATTATGAGATTATAAAAGCATTTAAAGCGAGTAATAAGACTTTGAAAGGCTTGGA
Found at i:45570 original size:160 final size:159
Alignment explanation
Indices: 45158--45817 Score: 453
Period size: 169 Copynumber: 4.0 Consensus size: 159
45148 GGCGAGTAAT
* * * *
45158 AAGGCTTTGGAAAGCATAGGTGACTATAAATGAACTTTTCTTACCGATGAATATCTTTTTCTTCA
1 AAGGCTTTGGAAAACATAGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTACCAATGAATATCTTTTTCATCA
* ** ** ** *
45223 AGTTTCCCAAGGTAGACATTCAATTATAATCTGCTTTAATAAAAA-ATGTAAAAAATTGAACTTC
66 CGTTT-CCAATCTAGACATTCAATTATAATCTATTTTAATAAAAATATAAAAAAAATTCAAC-TC
* * *
45287 AAA-TCAATTATGAGATTATAAAAGTATTAAAGCGAGTAA
129 AAAGTCAATTATGAGATTAT--AA--A-T----CCATTTA
* * * *
45326 TAAGACTTT-GAAAGGCTTAGGTGACTATAAATAGG-CTTTTCTTGCCAAT---TATCGGGTTTT
1 -AAGGCTTTGGAAA-ACATAGGTGACTATAAAT-GGACTTTTCTTACCAATGAATATC---TTTT
* * * * ** * * *
45386 TCTTTAGGTTTCCTTAGGTAGACATTCAACTGTTATCTATTTTAAATAAAAATATAAAAAAAATT
60 TCATCACGTTTCC-AATCTAGACATTCAATTATAATCTATTTT-AATAAAAATATAAAAAAAATT
45451 -AACTCAAAGTCAATTATGAGATTATAAATCCATTTA
123 CAACTCAAAGTCAATTATGAGATTATAAATCCATTTA
* * * * * *
45487 AAGGTTTTTGAAAATATAGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCTAATGACTATCTTTTTCATCA
1 AAGGCTTTGGAAAACATAGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTACCAATGAATATCTTTTTCATCA
* * * * *
45552 CGTTTCTCGAGT-TAGACATTTAATTATAATCTGTTTTCATAAAAA-ATGAAAAAACATTCAACT
66 CGTTTC-C-AATCTAGACATTCAATTATAATCTATTTTAATAAAAATAT-AAAAAAAATTCAACT
* * * * **
45615 GAAAGCCAATTATTAGATTATAAACATTTAAAACAACTA
128 CAAAGTCAATTATGAGATTAT-AA-A--T---CCATTTA
** * *
45654 ATGAGGCTTTGGAAGGCATAGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTACCAATTAATATCTTTTTCTT
1 A--AGGCTTTGGAAAACATAGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTACCAATGAATATCTTTTTCAT
* * * *
45719 GACGTTTCCAATCGTAAACATTGAATTATAATCTATTTTAATAAAAATGT-AAAAAAATTCAACT
64 CACGTTTCCAATC-TAGACATTCAATTATAATCTATTTTAATAAAAATATAAAAAAAATTCAAC-
*
45783 TCAAA-TCAATTATGAGATTATAAAGCCATTTA
127 TCAAAGTCAATTATGAGATTATAAATCCATTTA
45815 AAG
1 AAG
45818 CGAATAATCA
Statistics
Matches: 392, Mismatches: 69, Indels: 70
0.74 0.13 0.13
Matches are distributed among these distances:
158 2 0.01
159 20 0.05
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171 10 0.03
ACGTcount: A:0.38, C:0.13, G:0.13, T:0.36
Consensus pattern (159 bp):
AAGGCTTTGGAAAACATAGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTACCAATGAATATCTTTTTCATCA
CGTTTCCAATCTAGACATTCAATTATAATCTATTTTAATAAAAATATAAAAAAAATTCAACTCAA
AGTCAATTATGAGATTATAAATCCATTTA
Found at i:45958 original size:123 final size:124
Alignment explanation
Indices: 45735--45982 Score: 338
Period size: 123 Copynumber: 2.0 Consensus size: 124
45725 TCCAATCGTA
* * *
45735 AACATTGAATTATAATCTATTTTAATAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTCAAATCAATTATGAGA
1 AACATTCAATTATAATCTATTTTAATAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATAAGA
* ** * *
45800 TTATAAAGCCATTTAAAGCGAATAATCAGACTTTTGAAGGTATGAGTGACGATAAATAG
66 TGATAAAAACATTTAAAACGAATAATAAGACTTTTGAAGGTATGAGTGACGATAAATAG
*
45859 AACATTCAATTATAATCTGTTTTAATAAAAATGT-AAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATAAGA
1 AACATTCAATTATAATCTATTTTAATAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATAAGA
* ** * * *
45923 TGATAAAAATATTTAAAAC-AAGTAATAAGGTTTTTGAAGGTATGGGTGGCTATAAATAG
66 TGATAAAAACATTTAAAACGAA-TAATAAGACTTTTGAAGGTATGAGTGACGATAAATAG
45982 A
1 A
45983 CTTTTCTTGC
Statistics
Matches: 108, Mismatches: 15, Indels: 3
0.86 0.12 0.02
Matches are distributed among these distances:
122 2 0.02
123 74 0.69
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ACGTcount: A:0.47, C:0.08, G:0.13, T:0.32
Consensus pattern (124 bp):
AACATTCAATTATAATCTATTTTAATAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATAAGA
TGATAAAAACATTTAAAACGAATAATAAGACTTTTGAAGGTATGAGTGACGATAAATAG
Found at i:46142 original size:171 final size:170
Alignment explanation
Indices: 45859--46513 Score: 616
Period size: 171 Copynumber: 3.8 Consensus size: 170
45849 CGATAAATAG
* * * *
45859 AACATTCAATTATAATCTGTTTTAATAAAAATGT-AAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATAAGA
1 AACATTCAATTATAATCCGTTTTAATAAAAATATAAAAAAATTCAACTTTAAATCAATTATGAGA
* ** * * * *
45923 TGATAAAAATATTTAAAACAAGTAATAAGGTTTTTGAAGGTATGGGTGGCTATAAATAGACTTTT
66 TTATAAAACCATTTAAAACGAGTAATAAGGTTTTCGAAGGCATGGGTGGCTATAAATTGACTTTT
* * *
45988 CTTGCCTATGAATATCTTTTTCTTTACGTTTATTGAGGTA
131 CTTGCCAATGAATATCTTTTTCTTTACGTTTCTAGAGGTA
* * ** * *
46028 AACATTCCATTATAATCCATTTTAATAAAAAATATATAAAAGTTTC-ACTTCAAATTAATTATGA
1 AACATTCAATTATAATCCGTTTTAAT-AAAAATATA-AAAAAATTCAACTTTAAATCAATTATGA
*
46092 GATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGTTTTCGAAGGCATGGGTGGCTATAAATTGACTT
64 GATTATAAAACCATTTAAAACGAGTAATAAGGTTTTCGAAGGCATGGGTGGCTATAAATTGACTT
* * *
46157 TTC-T-CACAATTAA-ATGGCTTTTTCTTCACGTTTCTAGCGGTA
129 TTCTTGC-CAATGAATAT--CTTTTTCTTTACGTTTCTAGAGGTA
* * * ** * * * *
46199 GACATTCAACTATAATCTGTTTTCACCAAAAATAAAAAACAAATT-GAGTTTAAAGTTAATTATG
1 AACATTCAATTATAATCCGTTTT-AATAAAAATATAAAA-AAATTCAACTTTAAA-TCAATTATG
* * * * **
46263 AGATTGTAAAGCCATTTAAAACGAGTAATAAGGCTTTTC-AAGGTATAGGTGAATATAAATTGAC
63 AGATTATAAAACCATTTAAAACGAGTAATAAGG-TTTTCGAAGGCATGGGTGGCTATAAATTGAC
* * * *
46327 TTTTCTTGTCAATGAATATCTTTTTCTTCT-TGTTTCCCA-ACGTA
127 TTTTCTTGCCAATGAATATCTTTTTCTT-TACGTTT-CTAGAGGTA
* * * * *
46371 GATATTTAATTGTAATCCGTTTTAATGAAAAATAGAAAAAAATTCAACTTTAAATCAATGTA--A
1 AACATTCAATTATAATCCGTTTTAAT-AAAAATATAAAAAAATTCAACTTTAAATCAAT-TATGA
** *
46434 GATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATGGGT-GCTATAAA-TGAGCT
64 GATTATAAAACCATTTAAAACGAGTAATAAGGTTTTCGAAGGCATGGGTGGCTATAAATTGA-CT
* *
46497 TTTTTTCCCAATGAATA
128 TTTCTTGCCAATGAATA
46514 GTTTTTTATT
Statistics
Matches: 393, Mismatches: 72, Indels: 42
0.78 0.14 0.08
Matches are distributed among these distances:
168 3 0.01
169 52 0.13
170 54 0.14
171 141 0.36
172 127 0.32
173 14 0.04
174 2 0.01
ACGTcount: A:0.38, C:0.12, G:0.14, T:0.36
Consensus pattern (170 bp):
AACATTCAATTATAATCCGTTTTAATAAAAATATAAAAAAATTCAACTTTAAATCAATTATGAGA
TTATAAAACCATTTAAAACGAGTAATAAGGTTTTCGAAGGCATGGGTGGCTATAAATTGACTTTT
CTTGCCAATGAATATCTTTTTCTTTACGTTTCTAGAGGTA
Found at i:47607 original size:171 final size:170
Alignment explanation
Indices: 47126--47664 Score: 493
Period size: 171 Copynumber: 3.2 Consensus size: 170
47116 NNNTTACTTG
* * * * *
47126 CTTTAAATGGTTTGATAATCTCATAATTAATTTGAAGTTGAATTCTTTTACATTTTTTATTCAAA
1 CTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTAATTTGAAATTTAATTTTTTTACATTTTTTATTAAAA
* * * * * ****
47191 CAGAGTATAATTGAATGTTCACCT-TGAAAAACCTGAAGAAAAAGATATTCATTGGCAAGNNNNN
66 CAGATTATAATTGAATGTTAACCTCTGAGAAACATGAAGAAAAAGATATTCATTAGCAAG-AAAA
***** * * *
47255 NNNNNTTATAGTCGCCCATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTTG
130 GTCCATTATAGTCACCCATGCCTTCAAAAG-CTTATTACATA
* * * **
47297 CTTTACAT-GTTTTATAAGCTCATAATTTACTTT--AATTTGAATTTTTTT-CATTTTTGGTTAA
1 CTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAA-TTAATTTGAAATTT-AATTTTTTTACATTTTTTATTAA
* * * * * * *
47358 AGCAGATTATAATTAAATTTTTACCTC-GAGAAACATGACGAAAAA-ACCATTCATTAGCAAGAG
64 AACAGATTATAATTGAATGTTAACCTCTGAGAAACATGAAGAAAAAGA-TATTCATTAGCAAGAA
** *
47421 AAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTTGAAAGCTTTATTAC-TC
128 AAGTCCA-TTATAGTCACCCATGCCTTCAAAAGC-TTATTACATA
* *
47465 CTTTTAAATGGTTTAATAATCTCATAATTAATTTGAAATTTAATTTTTTTATATTTTTTATTAAA
1 C-TTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTAATTTGAAATTTAATTTTTTTACATTTTTTATTAAA
* * * *
47530 ACAGATTATAATTGAATGTGAACCTCTG-GAAACATGAAGAAAAAGATATTTATTAGTAATAAAA
65 ACAGATTATAATTGAATGTTAACCTCTGAGAAACATGAAGAAAAAGATATTCATTAGCAAGAAAA
* * * *
47594 GTCTATCTATAGTCACCTATACCTTCAAAAGACTTATTACAAA
130 GTCCAT-TATAGTCACCCATGCCTTCAAAAG-CTTATTACATA
*
47637 CTTTAAATGGTTTTATAATTTCATAATT
1 CTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATT
47665 GACTTTAGGC
Statistics
Matches: 292, Mismatches: 60, Indels: 32
0.76 0.16 0.08
Matches are distributed among these distances:
168 4 0.01
169 102 0.35
170 48 0.16
171 134 0.46
172 4 0.01
ACGTcount: A:0.35, C:0.13, G:0.11, T:0.39
Consensus pattern (170 bp):
CTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTAATTTGAAATTTAATTTTTTTACATTTTTTATTAAAA
CAGATTATAATTGAATGTTAACCTCTGAGAAACATGAAGAAAAAGATATTCATTAGCAAGAAAAG
TCCATTATAGTCACCCATGCCTTCAAAAGCTTATTACATA
Found at i:49022 original size:167 final size:168
Alignment explanation
Indices: 48549--49143 Score: 436
Period size: 169 Copynumber: 3.5 Consensus size: 168
48539 GTAAAAGTGT
* * * * *
48549 ATTTATAGTCACCCATACCTTCAAAAGCCTTGTTACTCGCTTTACATGGTTTCT-TAAACTCATA
1 ATTTACAGTCACCCATACCTTCAAAAACATTATTACTCGCTTTAAATGGTTT-TATAAACTCATA
******** *
48613 ATTGACTTTAAGTTGAATTNNNNNNNNNNTTT-AGTTAAAACAGATTATAATT-AATGATCTACC
65 ATTGACTTTAAGTTGAATT--TTTTTATTTTTGA-TTAAAACAGATTATAATTGAA-GGTCTACC
* * * * * *
48676 TTAAGAAATGTGAAAAAAAAGTCATTCATTGGCAAGAAAAGTCC
126 TCAGGAAACGTGAAAAAAAAG-CATTCATTGACAAAAAAAGACC
************ * * * * * ** * *
48720 ATTTATNNNNNNNNNNGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTGATAATTTGAGAA
1 ATTTACAGTCACCCATACCTTCAAAAACATTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAAACTCATAA
* * * *
48785 CTGA-TTTGAAGTT-AATTTTTTTATTTTTTATTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTACCTCAG
66 TTGACTTT-AAGTTGAATTTTTTTATTTTTGATTAAAACAGATTATAATTGAAGGTCTACCTCAG
*
48848 GAAACGTGAAAAAAAAG-AGTT-ATTGACAAAAAAAGTCC
130 GAAACGTGAAAAAAAAGCA-TTCATTGACAAAAAAAGACC
* * *
48886 ATTTACAGTCACCCATACCTTCAAAAACATTGTTCCTCGCTTTAAATGGTTTTGTAAACTCATAA
1 ATTTACAGTCACCCATACCTTCAAAAACATTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAAACTCATAA
* * *
48951 TTGACTTTAAGTTGAATATTTTTTA-TTTTGGTTAAAATAGATTATAATT-AACGGTCTACCT-T
66 TTGACTTTAAGTTGAAT-TTTTTTATTTTTGATTAAAACAGATTATAATTGAA-GGTCTACCTCA
* * * *
49013 GAGAAACGTGAAGAAAAAGTCATTCATTGGCAAGAAAAGACT
129 G-GAAACGTGAAAAAAAAG-CATTCATTGACAAAAAAAGACC
** * * * * * *
49055 ATTTGTAGTCACCCATGCCTTCCAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTTATAA
1 ATTTACAGTCACCCATACCTTCAAAAACATTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAAACTCATAA
49120 TTGACTTTAAGTTGAATTTTTTTA
66 TTGACTTTAAGTTGAATTTTTTTA
49144 AAATCTTATT
Statistics
Matches: 327, Mismatches: 84, Indels: 29
0.74 0.19 0.07
Matches are distributed among these distances:
166 68 0.21
167 52 0.16
168 60 0.18
169 88 0.27
170 7 0.02
171 52 0.16
ACGTcount: A:0.34, C:0.14, G:0.13, T:0.36
Consensus pattern (168 bp):
ATTTACAGTCACCCATACCTTCAAAAACATTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAAACTCATAA
TTGACTTTAAGTTGAATTTTTTTATTTTTGATTAAAACAGATTATAATTGAAGGTCTACCTCAGG
AAACGTGAAAAAAAAGCATTCATTGACAAAAAAAGACC
Found at i:49219 original size:65 final size:65
Alignment explanation
Indices: 49083--49208 Score: 191
Period size: 65 Copynumber: 1.9 Consensus size: 65
49073 CTTCCAAAGC
* * * *
49083 CTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTTATAATTGACTTTAAGTTGAATTTTTTTAAAAT
1 CTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTGATAATCTCATAATTGAATTTAAATTGAATTTTTTTAAAAT
*
49148 CTTATTACTCGCTTTAGATGGTTTGATAATCTCATAATT-AATTTCAAATTGAATTTTTTTA
1 CTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTGATAATCTCATAATTGAATTT-AAATTGAATTTTTTTA
49209 CATTTTTATT
Statistics
Matches: 55, Mismatches: 5, Indels: 2
0.89 0.08 0.03
Matches are distributed among these distances:
64 4 0.07
65 51 0.93
ACGTcount: A:0.30, C:0.10, G:0.10, T:0.50
Consensus pattern (65 bp):
CTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTGATAATCTCATAATTGAATTTAAATTGAATTTTTTTAAAAT
Found at i:49331 original size:235 final size:234
Alignment explanation
Indices: 48921--49373 Score: 621
Period size: 235 Copynumber: 1.9 Consensus size: 234
48911 AACATTGTTC
* * *
48921 CTCGCTTTAAATGGTTTTGTAAACTCATAATTGACTTTAAGTTGAATATTTTTTATTTTGGTTAA
1 CTCGCTTTAAATGGTTTTGTAAACTCATAATTGAATTTAAATTGAATATTTTTTATTTTGATTAA
* * * *
48986 AATAGATTATAATTAACGGTCTACCTTGAGAAACGTGAAGAAAAAGTCATTCATTGGCAAGAAAA
66 AACAAATTATAATTAACGGTCCACCGTGAGAAACGTGAAGAAAAAGTCATTCATTGGCAAGAAAA
* * * * *
49051 GACTATTTGTAGTCACCCATGCCTTCCAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTT
131 GACTATTTATAGTCACCCATACCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAAGCTC
*
49116 ATAATTGACTTTAAGTTGAATTTTTTTAAAATCTTATTA
196 ATAATTGACTTTAAGTTAAATTTTTTTAAAATCTTATTA
* * *
49155 CTCGCTTTAGATGG-TTTGATAATCTCATAATT-AATTTCAAATTGAAT-TTTTTTACATTTTTA
1 CTCGCTTTAAATGGTTTTG-TAAACTCATAATTGAATTT-AAATTGAATATTTTTT--ATTTTGA
* *
49217 TTAAAACAAATTATAATTGAA-TGTCCACCGTGAGAAACGTGAAGAAAAA-TATATTCATTGGCA
62 TTAAAACAAATTATAATT-AACGGTCCACCGTGAGAAACGTGAAGAAAAAGT-CATTCATTGGCA
* *
49280 AGAATAA-TCTATTTATAGTCGCCCATACCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTA
125 AGAA-AAGACTATTTATAGTCACCCATACCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTA
49344 TAAGCTCATAATTGACTTTAAGTTAAATTT
189 TAAGCTCATAATTGACTTTAAGTTAAATTT
49374 CTTTCATTTT
Statistics
Matches: 192, Mismatches: 20, Indels: 13
0.85 0.09 0.06
Matches are distributed among these distances:
233 14 0.07
234 34 0.18
235 140 0.73
236 4 0.02
ACGTcount: A:0.34, C:0.14, G:0.13, T:0.40
Consensus pattern (234 bp):
CTCGCTTTAAATGGTTTTGTAAACTCATAATTGAATTTAAATTGAATATTTTTTATTTTGATTAA
AACAAATTATAATTAACGGTCCACCGTGAGAAACGTGAAGAAAAAGTCATTCATTGGCAAGAAAA
GACTATTTATAGTCACCCATACCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAAGCTC
ATAATTGACTTTAAGTTAAATTTTTTTAAAATCTTATTA
Found at i:49626 original size:171 final size:171
Alignment explanation
Indices: 49148--49839 Score: 745
Period size: 170 Copynumber: 4.1 Consensus size: 171
49138 TTTTTAAAAT
* *
49148 CTTATTACTCGCTTTAGATGGTTTGATAATCTCATAATT-AATTTCAAATTGAATTTTTTTACA-
1 CTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGAATTT-AAATTGAATTTTTTT-CAT
* * * * * *
49211 TTTTTATTAAAACAAATTATAATTGAATGTCCACC-GTGAGAAACGTGAAGAAAAATATATTCAT
64 TTTTTGTTAAAACAGATTATAATTAAATGTCTACCTCTGAGAAACGTGAAGAAAAAGATATTCAT
* * * *
49275 TGGCAAGAATAA-TCTATTTATAGTCGCCCATACCTTCAAAAGC
129 TAGCAAGAA-AAGTCTATTTATAGTCACCCATGCCTTCAAAAGA
* * * * *
49318 CTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAAGCTCATAATTGACTTTAAGTTAAATTTCTTTCATTT
1 CTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGAATTTAAATTGAATTTTTTTCATTT
* * * * * *
49383 TTGGTTAAAATAGATTATAATTAAATTTTTATCTC-GAGAAACGTGAAGAAAAAGCTATTCATTA
66 TTTGTTAAAACAGATTATAATTAAATGTCTACCTCTGAGAAACGTGAAGAAAAAGATATTCATTA
* *
49447 GCAAGAAAAGTCTATTAATAGTCACCCATGCCTTCGAAAGA
131 GCAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACCCATGCCTTCAAAAGA
* * *
49488 CTTATTGCTCGCTTTAAATGGTTTAATAATCTCATAATT-AATTTGAAATTGAGTTTTTTTACAT
1 CTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGAATTT-AAATTGAATTTTTTT-CAT
* * * *
49552 TTTTTGTTAAACCAGATTATAATTGAATGTCTACCTCTG-GAAACATGAAGAAAAAGATATTTAT
64 TTTTTGTTAAAACAGATTATAATTAAATGTCTACCTCTGAGAAACGTGAAGAAAAAGATATTCAT
* * * ** * **
49616 TGGTAAGAAAAGTCTATCTATAGTCACTTATGCATTTGAAAGA
129 TAGCAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACCCATGCCTTCAAAAGA
** * * ** *
49659 CTTATTACTTACTTTAAATGGTTTTATATTCTCATAATTGACTTTAGGTTGAATTTTTTTTATTT
1 CTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGAATTTAAATTGAATTTTTTTCATTT
** ** *
49724 TTACTTAAAATCA-ATTATAATTAAATGTCTACCT-AAAGAAACGTGAAGAAAAAGATATTCACT
66 TTTGTTAAAA-CAGATTATAATTAAATGTCTACCTCTGAGAAACGTGAAGAAAAAGATATTCATT
* * * * * *
49787 AGTAAGAAAAGTCCATTTCTAGTCACCTATGCCTTTAAAAGC
130 AGCAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACCCATGCCTTCAAAAGA
49829 CTTATTACTCG
1 CTTATTACTCG
49840 TTTGGTGAAA
Statistics
Matches: 432, Mismatches: 80, Indels: 20
0.81 0.15 0.04
Matches are distributed among these distances:
169 8 0.02
170 277 0.64
171 142 0.33
172 5 0.01
ACGTcount: A:0.36, C:0.13, G:0.12, T:0.39
Consensus pattern (171 bp):
CTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGAATTTAAATTGAATTTTTTTCATTT
TTTGTTAAAACAGATTATAATTAAATGTCTACCTCTGAGAAACGTGAAGAAAAAGATATTCATTA
GCAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACCCATGCCTTCAAAAGA
Found at i:49777 original size:341 final size:340
Alignment explanation
Indices: 49148--49839 Score: 895
Period size: 341 Copynumber: 2.0 Consensus size: 340
49138 TTTTTAAAAT
* *
49148 CTTATTACTCGCTTTAGATGGTTTGATAATCTCATAATTAATTTCAAATTGAATTTTTTTACATT
1 CTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTAATAATCTCATAATTAATTTCAAATTGAATTTTTTTACATT
* * *
49213 TTTATTAAAACAAATTATAATTGAATGTCCACCGTGAGAAACGTGAAGAAAAATATATTCATTGG
66 TTTATTAAAACAAATTATAATTGAATGTCCACCCTGAGAAACATGAAGAAAAAGATATTCATTGG
* * * * *
49278 CAAGAATAATCTATTTATAGTCGCCCATACCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTT
131 CAAGAATAATCTATCTATAGTCACCCATACATTCAAAAGACTTATTACTCACTTTAAATGGTTTT
**
49343 ATAAGCTCATAATTGACTTTAAGTTAAATTTCTTTCATTTTTGGTTAAAATAGATTATAATTAAA
196 ATAAGCTCATAATTGACTTTAAGTTAAATTTCTTTCATTTTTACTTAAAATAGATTATAATTAAA
* * * ** * * *
49408 TTTTTATCTCGAGAAACGTGAAGAAAAAGCTATTCATTAGCAAGAAAAGTCTATTAATAGTCACC
261 TGTCTACCTAAAGAAACGTGAAGAAAAAGATATTCACTAGCAAGAAAAGTCCATTAATAGTCACC
*
49473 CATGCCTTCGAAAGA
326 CATGCCTTCAAAAGA
* * *
49488 CTTATTGCTCGCTTTAAATGGTTTAATAATCTCATAATTAATTTGAAATTGAGTTTTTTTACATT
1 CTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTAATAATCTCATAATTAATTTCAAATTGAATTTTTTTACA-T
* * * * *
49553 TTTTGTTAAACCAGATTATAATTGAATGTCTACCTCTG-GAAACATGAAGAAAAAGATATTTATT
65 TTTTATTAAAACAAATTATAATTGAATGTCCACC-CTGAGAAACATGAAGAAAAAGATATTCATT
* ** * ** *
49617 GGTAAGAA-AAGTCTATCTATAGTCACTTATGCATTTGAAAGACTTATTACTTACTTTAAATGGT
129 GGCAAGAATAA-TCTATCTATAGTCACCCATACATTCAAAAGACTTATTACTCACTTTAAATGGT
** * * * *
49681 TTTATATTCTCATAATTGACTTTAGGTTGAATTTTTTTTATTTTTACTTAAAATCA-ATTATAAT
193 TTTATAAGCTCATAATTGACTTTAAGTTAAATTTCTTTCATTTTTACTTAAAAT-AGATTATAAT
* **
49745 TAAATGTCTACCTAAAGAAACGTGAAGAAAAAGATATTCACTAGTAAGAAAAGTCCATTTCTAGT
257 TAAATGTCTACCTAAAGAAACGTGAAGAAAAAGATATTCACTAGCAAGAAAAGTCCATTAATAGT
* * *
49810 CACCTATGCCTTTAAAAGC
322 CACCCATGCCTTCAAAAGA
49829 CTTATTACTCG
1 CTTATTACTCG
49840 TTTGGTGAAA
Statistics
Matches: 299, Mismatches: 49, Indels: 7
0.84 0.14 0.02
Matches are distributed among these distances:
340 60 0.20
341 236 0.79
342 3 0.01
ACGTcount: A:0.36, C:0.13, G:0.12, T:0.39
Consensus pattern (340 bp):
CTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTAATAATCTCATAATTAATTTCAAATTGAATTTTTTTACATT
TTTATTAAAACAAATTATAATTGAATGTCCACCCTGAGAAACATGAAGAAAAAGATATTCATTGG
CAAGAATAATCTATCTATAGTCACCCATACATTCAAAAGACTTATTACTCACTTTAAATGGTTTT
ATAAGCTCATAATTGACTTTAAGTTAAATTTCTTTCATTTTTACTTAAAATAGATTATAATTAAA
TGTCTACCTAAAGAAACGTGAAGAAAAAGATATTCACTAGCAAGAAAAGTCCATTAATAGTCACC
CATGCCTTCAAAAGA
Found at i:49943 original size:116 final size:116
Alignment explanation
Indices: 49737--49953 Score: 292
Period size: 116 Copynumber: 1.9 Consensus size: 116
49727 CTTAAAATCA
*
49737 ATTATAATTAAATGTCTACCTAAAGAAACGTGAAGAAAAAGATATTCACTAGTAAGAAAAGTCCA
1 ATTATAATTAAATGTCTACCTAAAGAAACGTGAAGAAAAAGATATTCACTAGCAAGAAAAGTCCA
* * *
49802 TTTCTAGTCACCTATGCCTTTAAAAGCCTTATTACTCGTTTGGTGAAACAG
66 TTTATAATCACCTATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGTTTGGTGAAACAG
* * ** * * * * * *
49853 ATTATAGTTGAATGTCTACCTTGAGAAATGTGAAGAAAAA-ATCATTCATTGGCGAGAACAGTTC
1 ATTATAATTAAATGTCTACCTAAAGAAACGTGAAGAAAAAGAT-ATTCACTAGCAAGAAAAGTCC
49917 ATTTATAATCACCTATGCCTTCAAAAGCCTTATTACT
65 ATTTATAATCACCTATGCCTTCAAAAGCCTTATTACT
49954 GCCTTCAAAT
Statistics
Matches: 86, Mismatches: 14, Indels: 2
0.84 0.14 0.02
Matches are distributed among these distances:
115 2 0.02
116 84 0.98
ACGTcount: A:0.37, C:0.17, G:0.15, T:0.31
Consensus pattern (116 bp):
ATTATAATTAAATGTCTACCTAAAGAAACGTGAAGAAAAAGATATTCACTAGCAAGAAAAGTCCA
TTTATAATCACCTATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGTTTGGTGAAACAG
Found at i:50247 original size:450 final size:453
Alignment explanation
Indices: 49418--50289 Score: 1039
Period size: 450 Copynumber: 1.9 Consensus size: 453
49408 TTTTTATCTC
* *
49418 GAGAAACGTGAAGAAAAAGCTATTCATTAGCAAGAAAAGTCTATTAATAGTCACCCATGCCTTCG
1 GAGAAACGTGAAGAAAAAGCTATTCATTAGCAAGAAAAGTCTATTAATAATCACCCATGCCTTCA
* * **
49483 AAAGACTTATTGCTCGCTTTAAATGGTTTAATAATCTCATAATTAATTTGAAATTGAGTTTTTTT
66 AAAGACTTATTACTCGCTTCAAATGGTTTAATAATCTCATAATTAATTTGAAATTGAACTTTTTT
* *
49548 ACATTTTTTGTTAAACCAGATTATAATTGAATGTCTACCTCTGGAAACATGAAGAAAAAGATATT
131 ACATTTTTTGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTA---C-AGAAACATGAAGAAAAAGATATT
* * * * * ** * * * *
49613 TATTGGTAAGAAAAGTCTATCTATAGTCACTTATGCATTTGAAAGACTTATTACTTACTTTAAAT
192 CATGGGCAAGAAAAGTCCATCTATAGCCACCCATACACTTCAAAAACTTATTACTTACTTTAAAT
* * * *
49678 GGTTTTATATTCTCATAATTGACTTTAGGTTGAATTTTTTTTATTTTTACTTAAAATCAATTATA
257 GGTTTTATAATCTCATAATTGACTTTAAGCTGAATTTTTTTCATTTTTACTTAAAATCAATTATA
* * * * *
49743 ATTAAATGTCTACCTAAAGAAACGTGAAGAAAAAGATATTCACTAGTAAGAAAAGTCCATTTCTA
322 ATTAAATATCTACCTAAAGAAACGTAAAGAAAAAGACATTCACTAGTAAGAAAAGTCCAATTATA
* *
49808 GTCACCTATGCCTTTAAAAGCCTTATTACTCGTTTGGTGAAACAGATTATAGTTGAATGTCTACC
387 GTCACCCATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGTTTGGTGAAACAGATTATAGTTGAATGTCTACC
49873 TT
452 TT
* * * * * * *
49875 GAGAAATGTGAAGAAAAA-ATCATTCATTGGCGAGAACAGT-TCATTTATAATCACCTATGCCTT
1 GAGAAACGTGAAGAAAAAGCT-ATTCATTAGCAAGAAAAGTCT-ATTAATAATCACCCATGCCTT
* * * * *
49938 CAAAAGCCTTATTACT-GCCTTCAAATGGTTTTATAATCTGATAATTGATTTGAAGTTGAACTTT
64 CAAAAGACTTATTACTCG-CTTCAAATGGTTTAATAATCTCATAATTAATTTGAAATTGAACTTT
* ** *
50002 TTTATA-TTTTTGTTAAAATGGATTATAATTGAATGTC-A-AGAAACGTGAAGAAAAAGATATTC
128 TTTACATTTTTTGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACAGAAACATGAAGAAAAAGATATTC
* *
50064 ATGGGCAAGAAATGTCCATTTATAGCCACCCATAC-CTTCAAAAACCTTATTACTTACTTTAAAT
193 ATGGGCAAGAAAAGTCCATCTATAGCCACCCATACACTTCAAAAA-CTTATTACTTACTTTAAAT
* *
50128 GTTTTTATAATCTCATGATTGA-TTTAAAGCTG-ATTTTTTTACATTTTTTA-TTAAAAT-AGAT
257 GGTTTTATAATCTCATAATTGACTTT-AAGCTGAATTTTTTT-CA-TTTTTACTTAAAATCA-AT
** * *
50189 TATAATTAAATATCTACCTCGAGAAACGTAAAGAAAAAGACATTCATTGGCT-AGAAAAGTCCAA
318 TATAATTAAATATCTACCTAAAGAAACGTAAAGAAAAAGACATTCACTAG-TAAGAAAAGTCCAA
* *
50253 TTATAGTCACCCATGGCTTCAAAAGCCTTGTTACTCG
382 TTATAGTCACCCATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCG
50290 CTTTAAATGG
Statistics
Matches: 350, Mismatches: 56, Indels: 25
0.81 0.13 0.06
Matches are distributed among these distances:
449 18 0.05
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455 1 0.00
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ACGTcount: A:0.36, C:0.14, G:0.14, T:0.36
Consensus pattern (453 bp):
GAGAAACGTGAAGAAAAAGCTATTCATTAGCAAGAAAAGTCTATTAATAATCACCCATGCCTTCA
AAAGACTTATTACTCGCTTCAAATGGTTTAATAATCTCATAATTAATTTGAAATTGAACTTTTTT
ACATTTTTTGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACAGAAACATGAAGAAAAAGATATTCATG
GGCAAGAAAAGTCCATCTATAGCCACCCATACACTTCAAAAACTTATTACTTACTTTAAATGGTT
TTATAATCTCATAATTGACTTTAAGCTGAATTTTTTTCATTTTTACTTAAAATCAATTATAATTA
AATATCTACCTAAAGAAACGTAAAGAAAAAGACATTCACTAGTAAGAAAAGTCCAATTATAGTCA
CCCATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGTTTGGTGAAACAGATTATAGTTGAATGTCTACCTT
Found at i:50625 original size:171 final size:170
Alignment explanation
Indices: 49851--52333 Score: 2484
Period size: 171 Copynumber: 14.6 Consensus size: 170
49841 TTGGTGAAAC
* * ** * *
49851 AGATTATAGTTGAATGTCTACCT-TGAGAAATGTGAAGAAAAA-ATCATTCATTGGCGAGAACAG
1 AGATTATAATTGAATGTCTACCTCAG-GAAACATGAAGAAAAAGA-CATTCATTGGCAAGAAAAG
* * *
49914 T-TCATTTATAATCACCTATGCCTTCAAAAGCCTTATTACT-GCCTTCAAATGGTTTTATAATCT
64 TCT-ATTTATAGTCACCCATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCG-CTTTAAATGGTTTTATAATCT
* * *
49977 GATAATTGATTTGAAGTTGAA-CTTTTTTATATTTTTGTTAAAAT
127 CATAATTGATTTGAAGTTGAATTTTTTTTAT-TTTTTATTAAAAT
* * * * *
50021 GGATTATAATTGAATGTC-A----A-GAAACGTGAAGAAAAAGATATTCATGGGCAAGAAATGTC
1 AGATTATAATTGAATGTCTACCTCAGGAAACATGAAGAAAAAGACATTCATTGGCAAGAAAAGTC
* * * * ** * *
50080 CATTTATAGCCACCCATACCTTCAAAAACCTTATTACTTACTTTAAATGTTTTTATAATCTCATG
66 TATTTATAGTCACCCATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATA
* * *
50145 ATTGATTTAAAGCTG-ATTTTTTTACATTTTTTATTAAAAT
131 ATTGATTTGAAGTTGAATTTTTTT-TATTTTTTATTAAAAT
* * * * *
50185 AGATTATAATTAAATATCTACCTC-GAGAAACGTAAAGAAAAAGACATTCATTGGCTAGAAAAGT
1 AGATTATAATTGAATGTCTACCTCAG-GAAACATGAAGAAAAAGACATTCATTGGCAAGAAAAGT
* * * *
50249 CCAATTATAGTCACCCATGGCTTCAAAAGCCTTGTTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCAT
65 CTATTTATAGTCACCCATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCAT
* *
50314 AATTGATTTGAAGTTAAATTTTTTTTACATTTTTTATTAAAAC
130 AATTGATTTGAAGTTGAATTTTTTTT--ATTTTTTATTAAAAT
* * * * * * *
50357 AAATTATAATGGAATGTCTACCT-TGAGAAACATAAAGGAAAAGCCATTCATTGACAAGAAAAGT
1 AGATTATAATTGAATGTCTACCTCAG-GAAACATGAAGAAAAAGACATTCATTGGCAAGAAAAGT
* * * * *
50421 CTATTTATAGCCACCCATACCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTCAAATGGTTTTATAATCTTAT
65 CTATTTATAGTCACCCATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCAT
50486 AATTGATTTGAAGTTGAATTATTTTTTATTTTTTATTAAAACT
130 AATTGATTTGAAGTTGAATT-TTTTTTATTTTTTATTAAAA-T
* * * * * *
50529 -GATTATAATTGAATAG-CTACCTCAGGAAACGTGAAAAAAAAGATATTTACTAGCAAGAAAAGT
1 AGATTATAATTGAAT-GTCTACCTCAGGAAACATGAAGAAAAAGACATTCATTGGCAAGAAAAGT
** * * * * *
50592 CTATTTATAGTCACTTATGCCTTTAAAAGCCTTATTACTAGTTTTAAATGGCTTTACAATCTCAT
65 CTATTTATAGTCACCCATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCAT
* ** * *
50657 AATTGACTTT-AAGTTGATTTTTTTTTTCATTTTTGGTGAAAGT
130 AATTGA-TTTGAAGTTGA-ATTTTTTTT-ATTTTTTATTAAAAT
* * * *
50700 AGATGATAATTGAATGTCTATCTCGGGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAGTC
1 AGATTATAATTGAATGTCTACCTCAGGAAACATGAAGAAAAAGACATTCATTGGCAAGAAAAGTC
* * ** * * *
50765 TATGTATAGCCACCCATGCCTTTGAAAGCCTTATTACTCGCTTCAAATGGTTTTATAATCTTATG
66 TATTTATAGTCACCCATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATA
*
50830 ATTGATTTGAAGTTGAATTATTTTTTATTTTTTCTTAAAAT
131 ATTGATTTGAAGTTGAATT-TTTTTTATTTTTTATTAAAAT
* * * * *
50871 AAATTATAATTGAATGTCTACCATGA-GAAACGTGAAGAAAAAGATATTCATTAGCAAGAAAAGT
1 AGATTATAATTGAATGTCTACC-TCAGGAAACATGAAGAAAAAGACATTCATTGGCAAGAAAAGT
* *** * ** * *
50935 CCATTTATAGTCACGTTTGCCTTTAAAAGCCTTATTACTCATTTTAAATGGCTTTACAATCTCAT
65 CTATTTATAGTCACCCATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCAT
* * * **
51000 AATTGACTTT-AAGTTTAATTTGTTTTTCTTTTTTAGTGAAAGC
130 AATTGA-TTTGAAGTTGAATTT-TTTTTATTTTTTA-TTAAAAT
* * * * * ***
51043 AGATTATAGTTGAATGTCTACCT-TGAGAAACATGAAGAAAAAGCCATTTATAGATGAGAAAAGT
1 AGATTATAATTGAATGTCTACCTCAG-GAAACATGAAGAAAAAGACATTCATTGGCAAGAAAAGT
* * *
51107 CTATTTATAGCCGCCCATGCCTTCGAAAA-CCTTATTACTTC-CTTTAAATGTTTTTATAATCTC
65 CTATTTATAGTCACCCATGCCTTC-AAAAGCCTTATTAC-TCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTC
*
51170 ATAATTGATTTGAAGTT-AATTTTTTTATATTTTTAATTAAAAT
128 ATAATTGATTTGAAGTTGAATTTTTTT-TATTTTTTATTAAAAT
* * * ** **
51213 AGATTATAATTCAAT-TTTACCTCAGGAAACATGAAGGAAAAGACATTTTTTGGTGAGAAAAGTC
1 AGATTATAATTGAATGTCTACCTCAGGAAACATGAAGAAAAAGACATTCATTGGCAAGAAAAGTC
* * * * * * *
51277 CAATTATAGTCACTCAT-CGCTTCAAAAGCCTTGTTGCTCACTTTAAATAGTTTTATAATCTCAT
66 TATTTATAGTCACCCATGC-CTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCAT
*
51341 AATTGATTTGAAGTT-AGATTTTTTTATATTTTTTATTAAAAC
130 AATTGATTTGAAGTTGA-ATTTTTTT-TATTTTTTATTAAAAT
* * * * *
51383 AGATTATAATGGAATGTCTATCTC-GGAAAACATGAAGAAAAAGCCATTTATTGACAAGAAAAGT
1 AGATTATAATTGAATGTCTACCTCAGG-AAACATGAAGAAAAAGACATTCATTGGCAAGAAAAGT
* * * * *
51447 CTATGTATAGCCACCCATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTTAT
65 CTATTTATAGTCACCCATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCAT
* *
51512 AATTGATTTAAAGTTGAATTATTTTTTATTTTTTATTAAAAC
130 AATTGATTTGAAGTTGAATT-TTTTTTATTTTTTATTAAAAT
* * ** * *
51554 AGATTAGAATTGACTAACTACCTCAGGAAACATGAAGAAAAAGATATTTC-CTGGCAAGAAAAGT
1 AGATTATAATTGAATGTCTACCTCAGGAAACATGAAGAAAAAGACA-TTCATTGGCAAGAAAAGT
* * * * * ** *
51618 -TCATTTATAGTGACCTATGCCTTTAAATGCTTTATTACTCATTTTAAATGGTTTTACAATCTCA
65 CT-ATTTATAGTCACCCATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCA
*
51682 TAATTGACTTT-AAGTTGAATTTTTTTATATTTCTTATTAAAAT
129 TAATTGA-TTTGAAGTTGAATTTTTTT-TATTTTTTATTAAAAT
* * * * * * * *
51725 AGATTACAGTTGAATGTTTGCCTAAGGAAACATAAAGAAAAAGACATTCATTGGTAAGAAAAGCC
1 AGATTATAATTGAATGTCTACCTCAGGAAACATGAAGAAAAAGACATTCATTGGCAAGAAAAGTC
* * * *
51790 TATTTATAGTCACCCAAGCCTTCCAAGGCCTAATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATA
66 TATTTATAGTCACCCATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATA
* *
51855 ATTGATTTAAAGTTGAATATTTTTATATTTTTTATTAAAAT
131 ATTGATTTGAAGTTGAAT-TTTTTTTATTTTTTATTAAAAT
* * *
51896 TGATTATAATTGAATGTCTACCTCAGGAAACATGAAGAAAAAAATATTCATTGGCAAGAAAAGTC
1 AGATTATAATTGAATGTCTACCTCAGGAAACATGAAGAAAAAGACATTCATTGGCAAGAAAAGTC
* * * ** *
51961 CATTTATAGTAACCTACACCTTCTAAAA-CCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTACAATCTCAT
66 TATTTATAGTCACCCATGCCTTC-AAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCAT
* * * **
52025 AATTGACTTT-AAGTTTAATTTGTTTTTCTTTTTTAGTGAAAGC
130 AATTGA-TTTGAAGTTGAATTT-TTTTTATTTTTTA-TTAAAAT
* * * * ***
52068 AGATTATAGTTGAATGTCTACCT-TGAGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATAGATGAGAAAAGT
1 AGATTATAATTGAATGTCTACCTCAG-GAAACATGAAGAAAAAGACATTCATTGGCAAGAAAAGT
* * * **
52132 CTATTTATAGCCGCCCATACCTTCGAAAA-CCTTATTACTTC-CTTTAAATATTTTTATAATCTC
65 CTATTTATAGTCACCCATGCCTTC-AAAAGCCTTATTAC-TCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTC
* *
52195 ATAATTGATTTGAAGTT-AATTTTTGTATATTTTTAATTAAAAT
128 ATAATTGATTTGAAGTTGAATTTTT-TTTATTTTTTATTAAAAT
* * ** *
52238 AGATTATAATTCAATGTTTACCTCAGGAAACATGAAGAAAAAGACATTTTTTGGCTAGAAAAGTC
1 AGATTATAATTGAATGTCTACCTCAGGAAACATGAAGAAAAAGACATTCATTGGCAAGAAAAGTC
* *
52303 TAATTATAGTCACTCAT-CGCTTCAAAAGCCT
66 TATTTATAGTCACCCATGC-CTTCAAAAGCCT
52334 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 1904, Mismatches: 342, Indels: 134
0.80 0.14 0.06
Matches are distributed among these distances:
163 1 0.00
164 128 0.07
165 4 0.00
168 7 0.00
169 107 0.06
170 270 0.14
171 832 0.44
172 541 0.28
173 14 0.01
ACGTcount: A:0.35, C:0.14, G:0.13, T:0.38
Consensus pattern (170 bp):
AGATTATAATTGAATGTCTACCTCAGGAAACATGAAGAAAAAGACATTCATTGGCAAGAAAAGTC
TATTTATAGTCACCCATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATA
ATTGATTTGAAGTTGAATTTTTTTTATTTTTTATTAAAAT
Found at i:51786 original size:342 final size:341
Alignment explanation
Indices: 49851--52528 Score: 2718
Period size: 343 Copynumber: 7.9 Consensus size: 341
49841 TTGGTGAAAC
* * * ** * *
49851 AGATTATAGTTGAATGTCTACCT-TGAGAAATGTGAAGAAAAA-ATCA-TTCATTGGCGAGAACA
1 AGATTATAATTGAATATCTACCTCAG-GAAACATGAAGAAAAAGAT-ATTTC-TTGGCAAGAAAA
* * * * *
49913 GTTCATTTATAATCACCTATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTGC-CTTCAAATGGTTTTATAATCT
63 GTCCATTTATAGTCACCTATGCCTTTAAAAGCCTTATTACT-CACTTTAAATGGTTTTACAATCT
* * * **
49977 GATAATTGA-TTTGAAGTTGAACTTTTTTATA-TTTTTGTTAAAATGGATTATAATTGAATGTC-
127 CATAATTGACTTT-AAGTTGAATTTTTTTATATTTTTTATTAAAACAGATTATAATTGAATGTCT
* * ** * * * * *
50039 A----AGAAACGTGAAGAAAAAGATATTCATGGGCAAGAAATGTCCATTTATAGCCACCCATACC
191 ACCTTGGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGACAAGAAAAGTCTATTTATAGCCACCCATGCC
* * ** * * * *
50100 TTCAAAAACCTTATTACTTACTTTAAATGTTTTTATAATCTCATGATTGATTTAAAGCTG-ATT-
256 TTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTGAAGTTGAATTA
*
50163 TTTTTACATTTTTTATTAAAAT
321 TTTTT-TATTTTTTATTAAAAT
* * * * *
50185 AGATTATAATTAAATATCTACCTC-GAGAAACGTAAAGAAAAAGACA-TTCATTGGCTAGAAAAG
1 AGATTATAATTGAATATCTACCTCAG-GAAACATGAAGAAAAAGATATTTC-TTGGCAAGAAAAG
* * * * * * *
50248 TCCAATTATAGTCACCCATGGCTTCAAAAGCCTTGTTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCA
64 TCCATTTATAGTCACCTATGCCTTTAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTACAATCTCA
* * * *
50313 TAATTGA-TTTGAAGTTAAATTTTTTTTACATTTTTTATTAAAACAAATTATAATGGAATGTCTA
129 TAATTGACTTT-AAGTTGAA-TTTTTTTATATTTTTTATTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTA
* * *
50377 CCTTGAGAAACATAAAGGAAAAGCCATTCATTGACAAGAAAAGTCTATTTATAGCCACCCATACC
192 CCTTG-GAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGACAAGAAAAGTCTATTTATAGCCACCCATGCC
* *
50442 TTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTCAAATGGTTTTATAATCTTATAATTGATTTGAAGTTGAATTA
256 TTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTGAAGTTGAATTA
50507 TTTTTTATTTTTTATTAAAACT
321 TTTTTTATTTTTTATTAAAA-T
* * * *
50529 -GATTATAATTGAATAGCTACCTCAGGAAACGTGAAAAAAAAGATATTTAC-TAGCAAGAAAAGT
1 AGATTATAATTGAATATCTACCTCAGGAAACATGAAGAAAAAGATATTT-CTTGGCAAGAAAAGT
* * * *
50592 CTATTTATAGTCACTTATGCCTTTAAAAGCCTTATTACT-AGTTTTAAATGGCTTTACAATCTCA
65 CCATTTATAGTCACCTATGCCTTTAAAAGCCTTATTACTCA-CTTTAAATGGTTTTACAATCTCA
* * ** * ** * *
50656 TAATTGACTTTAAGTTGATTTTTTTTTTCATTTTTGGTGAAAGTAGATGATAATTGAATGTCTAT
129 TAATTGACTTTAAGTTGAATTTTTTTAT-ATTTTTTATTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTAC
* * *
50721 CTCGGGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAGTCTATGTATAGCCACCCATGCCT
193 CT-TGGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGACAAGAAAAGTCTATTTATAGCCACCCATGCCT
* * * *
50786 TTGAAAGCCTTATTACTCGCTTCAAATGGTTTTATAATCTTATGATTGATTTGAAGTTGAATTAT
257 TCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTGAAGTTGAATTAT
*
50851 TTTTTATTTTTTCTTAAAAT
322 TTTTTATTTTTTATTAAAAT
* * * * *
50871 AAATTATAATTGAATGTCTACCATGA-GAAACGTGAAGAAAAAGATA-TTCATTAGCAAGAAAAG
1 AGATTATAATTGAATATCTACC-TCAGGAAACATGAAGAAAAAGATATTTC-TTGGCAAGAAAAG
* * * *
50934 TCCATTTATAGTCACGTTTGCCTTTAAAAGCCTTATTACTCATTTTAAATGGCTTTACAATCTCA
64 TCCATTTATAGTCACCTATGCCTTTAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTACAATCTCA
* * * * *
50999 TAATTGACTTTAAGTTTAATTTGTTTT-TCTTTTTTAGTGAAAGCAGATTATAGTTGAATGTCTA
129 TAATTGACTTTAAGTTGAATTT-TTTTATATTTTTTA-TTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTA
* * ** *
51063 CCTTGAGAAACATGAAGAAAAAGCCATTTATAGATGAGAAAAGTCTATTTATAGCCGCCCATGCC
192 CCTTG-GAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGACAAGAAAAGTCTATTTATAGCCACCCATGCC
* *
51128 TTCGAAAACCTTATTACTTC-CTTTAAATGTTTTTATAATCTCATAATTGATTTGAAGTT-AATT
256 TTCGAAAGCCTTATTAC-TCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTGAAGTTGAATT
*
51191 -TTTTTATATTTTTAATTAAAAT
320 ATTTTT-TATTTTTTATTAAAAT
* * * * * **
51213 AGATTATAATTCAAT-TTTACCTCAGGAAACATGAAGGAAAAGACATTTTTTGGTGAGAAAAGTC
1 AGATTATAATTGAATATCTACCTCAGGAAACATGAAGAAAAAGATATTTCTTGGCAAGAAAAGTC
* * * * * *
51277 CAATTATAGTCA-CTCAT-CGCTTCAAAAGCCTTGTTGCTCACTTTAAATAGTTTTATAATCTCA
66 CATTTATAGTCACCT-ATGC-CTTTAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTACAATCTCA
*
51340 TAATTGA-TTTGAAGTT-AGATTTTTTTATATTTTTTATTAAAACAGATTATAATGGAATGTCTA
129 TAATTGACTTT-AAGTTGA-ATTTTTTTATATTTTTTATTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTA
* * * *
51403 TCTCGGAAAACATGAAGAAAAAGCCATTTATTGACAAGAAAAGTCTATGTATAGCCACCCATGCC
192 CCTTGG-AAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGACAAGAAAAGTCTATTTATAGCCACCCATGCC
* * *
51468 TTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTTATAATTGATTTAAAGTTGAATTA
256 TTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTGAAGTTGAATTA
*
51533 TTTTTTATTTTTTATTAAAAC
321 TTTTTTATTTTTTATTAAAAT
* * * * *
51554 AGATTAGAATTGACTAACTACCTCAGGAAACATGAAGAAAAAGATATTTCCTGGCAAGAAAAGTT
1 AGATTATAATTGAATATCTACCTCAGGAAACATGAAGAAAAAGATATTTCTTGGCAAGAAAAGTC
* * * *
51619 CATTTATAGTGACCTATGCCTTTAAATGCTTTATTACTCATTTTAAATGGTTTTACAATCTCATA
66 CATTTATAGTCACCTATGCCTTTAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTACAATCTCATA
* * * * * *
51684 ATTGACTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTCTTATTAAAATAGATTACAGTTGAATGTTTGCCTA
131 ATTGACTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTTATTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCT-
* * * ** * * * *
51749 AGGAAACATAAAGAAAAAGACATTCATTGGTAAGAAAAGCCTATTTATAGTCACCCAAGCCTTCC
195 TGGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGACAAGAAAAGTCTATTTATAGCCACCCATGCCTTCG
* * *
51814 AAGGCCTAATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTAAAGTTGAA-TATTTT
260 AAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTGAAGTTGAATTATTTT
51878 TATATTTTTTATTAAAAT
325 T-TATTTTTTATTAAAAT
* * *
51896 TGATTATAATTGAATGTCTACCTCAGGAAACATGAAGAAAAAAATA-TTCATTGGCAAGAAAAGT
1 AGATTATAATTGAATATCTACCTCAGGAAACATGAAGAAAAAGATATTTC-TTGGCAAGAAAAGT
* ** *
51960 CCATTTATAGTAACCTACACCTTCTAAAA-CCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTACAATCTCA
65 CCATTTATAGTCACCTATGCCTT-TAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTACAATCTCA
* * * * *
52024 TAATTGACTTTAAGTTTAATTTGTTTT-TCTTTTTTAGTGAAAGCAGATTATAGTTGAATGTCTA
129 TAATTGACTTTAAGTTGAATTT-TTTTATATTTTTTA-TTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTA
* ** * *
52088 CCTTGAGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATAGATGAGAAAAGTCTATTTATAGCCGCCCATACC
192 CCTTG-GAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGACAAGAAAAGTCTATTTATAGCCACCCATGCC
* **
52153 TTCGAAAACCTTATTACTTC-CTTTAAATATTTTTATAATCTCATAATTGATTTGAAGTT-AATT
256 TTCGAAAGCCTTATTAC-TCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTGAAGTTGAATT
* *
52216 -TTTGTATATTTTTAATTAAAAT
320 ATTT-TTTATTTTTTATTAAAAT
* * * * * *
52238 AGATTATAATTCAATGTTTACCTCAGGAAACATGAAGAAAAAGACATTTTTTGGCTAGAAAAGTC
1 AGATTATAATTGAATATCTACCTCAGGAAACATGAAGAAAAAGATATTTCTTGGCAAGAAAAGTC
* * * *******************************
52303 TAATTATAGTCA-CTCAT-CGCTTCAAAAGCCTNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNA
66 CATTTATAGTCACCT-ATGC-CTTTAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTACAATCTCA
* *
52366 TAATTGA-TTTGAAGTTAAATTTTTTTATATTTTTTATTAAAACAGATTATAATGGAATGTCTAC
129 TAATTGACTTT-AAGTTGAATTTTTTTATATTTTTTATTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTAC
* * * *
52430 CTCTGGAAATATGAAGAAAAAGCCATTTATTGACAAGAAAAGTCCATGTATAGCCACCCATGCCT
193 CT-TGGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGACAAGAAAAGTCTATTTATAGCCACCCATGCCT
*
52495 TCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTA
257 TCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTA
52529 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 1971, Mismatches: 308, Indels: 123
0.82 0.13 0.05
Matches are distributed among these distances:
333 1 0.00
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ACGTcount: A:0.35, C:0.14, G:0.13, T:0.37
Consensus pattern (341 bp):
AGATTATAATTGAATATCTACCTCAGGAAACATGAAGAAAAAGATATTTCTTGGCAAGAAAAGTC
CATTTATAGTCACCTATGCCTTTAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTACAATCTCATA
ATTGACTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTTATTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTT
GGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGACAAGAAAAGTCTATTTATAGCCACCCATGCCTTCGA
AAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTGAAGTTGAATTATTTTT
TATTTTTTATTAAAAT
Found at i:53108 original size:170 final size:170
Alignment explanation
Indices: 52926--53309 Score: 499
Period size: 171 Copynumber: 2.3 Consensus size: 170
52916 TACTGCCTTC
*
52926 AAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTGAAGTTGAACTTTTTTATATTTTTTA-AAAAATAGA
1 AAAT-GTTTTATAATCTCATAATTGATTTGAAGTTGAAATTTTTTATATTTTTTATAAAAATAGA
* * * * * * *
52990 TTATAATTGAATGTCTACCGCAAGAAACGTAAAGAAAAAGATATTCA-TGGGCAAGAAAAGTCTA
65 TTATAATTAAATATCTACCACAAGAAACGTAAAGAAAAAGACATTCATTGGCCAA-AAAAGCCCA
** * * *
53054 TTTATAGCCACCCAT-ACCTTCGAGAA-CCTTATTACTTACTTT
129 AATATAGCCACCCATGA-CTTC-AAAAGACTTATTACTCACTTT
** * *
53096 AAATGTTTTTATAATCTCATAATTGATTTGAAGTTGATGTTTTTTATATTTTTTATTAAAATATA
1 AAATG-TTTTATAATCTCATAATTGATTTGAAGTTGAAATTTTTTATATTTTTTATAAAAATAGA
53161 TTATAATTAAATATCTACCACAAGAAACGTAAAGAAAAAGACATTCATTGGCCAAAAAAGCCCAA
65 TTATAATTAAATATCTACCACAAGAAACGTAAAGAAAAAGACATTCATTGGCCAAAAAAGCCCAA
* * *
53226 ATATAGTCACCCATGACTTCAAAAGACTTGTTACTCGCTTT
130 ATATAGCCACCCATGACTTCAAAAGACTTATTACTCACTTT
53267 AAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTGAAGTT-AAATTTTT
1 AAAT-GTTTTATAATCTCATAATTGATTTGAAGTTGAAATTTTT
53310 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 187, Mismatches: 21, Indels: 12
0.85 0.10 0.05
Matches are distributed among these distances:
169 1 0.01
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ACGTcount: A:0.38, C:0.13, G:0.11, T:0.38
Consensus pattern (170 bp):
AAATGTTTTATAATCTCATAATTGATTTGAAGTTGAAATTTTTTATATTTTTTATAAAAATAGAT
TATAATTAAATATCTACCACAAGAAACGTAAAGAAAAAGACATTCATTGGCCAAAAAAGCCCAAA
TATAGCCACCCATGACTTCAAAAGACTTATTACTCACTTT
Found at i:53897 original size:171 final size:170
Alignment explanation
Indices: 53601--55016 Score: 1206
Period size: 171 Copynumber: 8.3 Consensus size: 170
53591 ATTTTTGGTG
* * * *
53601 AAAATAGATTATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAATGTGAA-AAAAA-ACCATTCATTGG-AGAG
1 AAAATAGATTATAATTGAATGTCTATCTTGAAAAATATGAAGAAAAAGA-TATTCATTGGCA-AG
* * * ** *
53663 AAAAGTCTAGTTATAATCACTTATGCCTTCAAAAACCTTATTA-TTGCCTTTAAATGGTTTTATA
64 AAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCGAAAACCTTATTACTTG-CTTTAAATGGTTTTATA
* *
53727 ATCTCATAATTGATTTGAAGTTGAACTTTTTTGTAGTTTTTATT
128 ATCTCATAATTGATTTGAAGTTGAA-TTTTTTATATTTTTTATT
* * * * * *
53771 AAAATGGATTATAGTTGAATGCCTATCATGAAAAATATGAAGAAAAAGATATTCATGGGTAAGAA
1 AAAATAGATTATAATTGAATGTCTATCTTGAAAAATATGAAGAAAAAGATATTCATTGGCAAGAA
*** * * *
53836 AAGTCCATTTATAGTCACCCATATATTCGAAAACCTTATCACTTGCTATAAATGTTTTTATAATC
66 AAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCGAAAACCTTATTACTTGCTTTAAATGGTTTTATAATC
* * *
53901 TCATAATTGATTTTAAGCTAAATATTTTTATATTTTTTATT
131 TCATAATTGATTTGAAGTTGAAT-TTTTTATATTTTTTATT
* * * * * *
53942 AAAATAGATTATAATTAAATATCTATCTTGAGAAATGTGAAGAAAAAGCTATTCATTGACAAGAA
1 AAAATAGATTATAATTGAATGTCTATCTTGAAAAATATGAAGAAAAAGATATTCATTGGCAAGAA
* **********
54007 TAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCGAAAACCTTATTACTNNNNNNNNNNGGTTTTATAATC
66 AAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCGAAAACCTTATTACTTGCTTTAAATGGTTTTATAATC
* *
54072 TCATAATTGATTTGAAGTTGAATTTTTTTTCATTTCTTATT
131 TCATAATTGATTTGAAGTTGAATTTTTTAT-ATTTTTTATT
* * *
54113 AAAATAGATTATAATTGAATGTCTACCTTGGAAAATATAAAGAAAAAGATATTCATTGGCAAGAA
1 AAAATAGATTATAATTGAATGTCTATCTTGAAAAATATGAAGAAAAAGATATTCATTGGCAAGAA
* * * * * **
54178 AAGTCCTTTTATAGTCATCTATGCATTC-AAAAGCCTTATTAC-T-CTTTCTAAATGGCTTTACG
66 AAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCGAAAA-CCTTATTACTTGC-TT-TAAATGGTTTTATA
** * * * *
54240 ATCTCATCGTTGACTTT-AAGTTGAATTTTTTTTCTTTTTTGGTG
128 ATCTCATAATTGA-TTTGAAGTTGAATTTTTTATATTTTTT-ATT
* ** ** **
54284 AAAATAGATTATAATTGAATGTCTACCTT-AAGAAACGTGAAGAAAAAGCCATTCATCAGCAAGA
1 AAAATAGATTATAATTGAATGTCTATCTTGAA-AAATATGAAGAAAAAGATATTCATTGGCAAGA
* * * *
54348 AAAGTCCATTTATAGCCA-CCATGCCTTTGAAAACCTTATTACTTACTTTAAATGTTTTTATAAT
65 AAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCGAAAACCTTATTACTTGCTTTAAATGGTTTTATAAT
*
54412 CTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATGTTTTT-TT
130 CTCATAATTGATTTGAAGTTGAA-TTTTTTATAT-TTTTTATT
* * * * *
54454 AAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTTGAAAAATGTGAAGAAAATACCAT-TT-ATTAGCAAG
1 AAAATAGATTATAATTGAATGTCTATCTTGAAAAATATGAAGAAAA-A-GATATTCATTGGCAAG
* * * ** * *
54517 AAAAGTCTAATTATCGTCACCCATGCCTTC-AAAAGTGTTATTACTCGCTTTAAATGATTTTATA
64 AAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCGAAAA-CCTTATTACTTGCTTTAAATGGTTTTATA
*
54581 ATCTCATAACTGATTTGAAGTTGAATTTTTTTTATATTTTTTTATT
128 ATCTCATAATTGATTTGAAGTTGAA--TTTTTTATA-TTTTTTATT
* * ** * * * * * * *
54627 AAAACATATTATAATTGAACATCTATCTTGAGAAACATGAAGAAAAAGATATTTAGTCGTAATAA
1 AAAATAGATTATAATTGAATGTCTATCTTGAAAAATATGAAGAAAAAGATATTCATTGGCAAGAA
* * ** * * *** * *
54692 TAGTCTATTTATAGTCACTTATACCTTC-AAAAGTCTTATTACTCATTTTAAATGGCTTTATGAT
66 AAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCGAAAA-CCTTATTACTTGCTTTAAATGGTTTTATAAT
* * * * * * * *
54756 CTCCTCATTGACTTGAAGTTGAATTTTTTTTCTATTTCAGTG
130 CTCATAATTGATTTGAAGTTGAATTTTTTATATTTTTTA-TT
** * * * * * * *** * *
54798 AAACCAGATTGTAATTGAATATCTACCTCGAGAAATGTGAAGAAAAAGCCCTTCATCGACAAGAA
1 AAAATAGATTATAATTGAATGTCTATCTTGAAAAATATGAAGAAAAAGATATTCATTGGCAAGAA
* * * * * * ** *
54863 AAGTCTATCTATAGCCACCCATGCCTTTGAAAACCTTATTACTTACTCTAAATTTTTTTATTATC
66 AAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCGAAAACCTTATTACTTGCTTTAAATGGTTTTATAATC
* * *
54928 TCACAATCGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTTATT
131 TCATAATTGATTTGAAGTTGAA-TTTTTTATATTTTTTATT
* * * *
54969 AAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTTGGAAAATGTGAAGAAAAAG
1 AAAATAGATTATAATTGAATGTCTATCTTGAAAAATATGAAGAAAAAG
55017 TCCAATTATC
Statistics
Matches: 1001, Mismatches: 214, Indels: 61
0.78 0.17 0.05
Matches are distributed among these distances:
169 3 0.00
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ACGTcount: A:0.36, C:0.13, G:0.12, T:0.39
Consensus pattern (170 bp):
AAAATAGATTATAATTGAATGTCTATCTTGAAAAATATGAAGAAAAAGATATTCATTGGCAAGAA
AAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCGAAAACCTTATTACTTGCTTTAAATGGTTTTATAATC
TCATAATTGATTTGAAGTTGAATTTTTTATATTTTTTATT
Found at i:54499 original size:341 final size:338
Alignment explanation
Indices: 53568--56837 Score: 2577
Period size: 341 Copynumber: 9.7 Consensus size: 338
53558 TTCACTGGAA
* ** * *
53568 TGACTTTAAGTTG-ATTTTTCTTCATTTTTGGTGAAAATAGATTATAATTGAATGTCTACCTTGA
1 TGACTTTAAGTTGAATTTTT-TTTATTTTTTATTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTT-A
* * * * * *
53632 GAAATGTGAA-AAAAA-ACCATTCATTGG-AGAGAAAAGTCTAGTTATAATCACTTATGCC-TTC
64 GAAACGTGAAGAAAAAGA-TATTCATTGGCA-AGAAAAGTCCATTTATAGTCAC-CATGCCTTTC
* *
53693 AAAAACCTTATTATTGC-CTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTGAAGTTGAACTTTT
126 -AAAACCTTATTACT-CACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTGAAGTTGAATTTTT
* * ** * * * * *
53757 TTGTAGTTTTTATTAAAATGGATTATAGTTGAATGCCTATCATGAAAAATATGAAGAAAAAGATA
189 TTATA-TTTTTTTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTTGAAAAATGTGAAGAAAAAGATA
* * * * *** * * *
53822 TTCATGGGTAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATATATTCGAAAA-CCTTATCACTTGCTATA
253 TTCATTGGCAAGAAAAGTCCTTTTATAGTCACCTATGCCTTC-AAAAGCCTTATTACTCGCTTTA
*
53886 AATGTTTTTATAATCTCATAAT
317 AATGGTTTTATAATCTCATAAT
* * * * * * * *
53908 TGATTTTAAGCTAAATATTTTTATATTTTTTATTAAAATAGATTATAATTAAATATCTATCTTGA
1 TGACTTTAAGTTGAAT-TTTTTTTATTTTTTATTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTT-A
* * * *
53973 GAAATGTGAAGAAAAAGCTATTCATTGACAAGAATAGTCCATTTATAGTCACCCATGCC-TTCGA
64 GAAACGTGAAGAAAAAGATATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCA-CCATGCCTTTC-A
**********
54037 AAACCTTATTACTNNNNNNNNNNGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTGAAGTTGAATTTTTTT-
127 AAACCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTGAAGTTGAATTTTTTTA
* * * * *
54101 TCATTTCTTATTAAAATAGATTATAATTGAATGTCTACCTTGGAAAATATAAAGAAAAAGATATT
192 T-ATTT-TTTTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTTGAAAAATGTGAAGAAAAAGATATT
* * *
54166 CATTGGCAAGAAAAGTCCTTTTATAGTCATCTATGCATTCAAAAGCCTTATTACTC-TTTCTAAA
255 CATTGGCAAGAAAAGTCCTTTTATAGTCACCTATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTT-TAAA
* ** **
54230 TGGCTTTACGATCTCATCGT
319 TGGTTTTATAATCTCATAAT
* * * *
54250 TGACTTTAAGTTGAATTTTTTTTCTTTTTTGGTGAAAATAGATTATAATTGAATGTCTACCTTAA
1 TGACTTTAAGTTGAATTTTTTTTATTTTTT-ATTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTT-A
** ** * *
54315 GAAACGTGAAGAAAAAGCCATTCATCAGCAAGAAAAGTCCATTTATAGCCACCATGCCTTTGAAA
64 GAAACGTGAAGAAAAAGATATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCATGCCTTTCAAA
* * *
54380 ACCTTATTACTTACTTTAAATGTTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATA
129 ACCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTGAAGTTGAATTTTTTTATA
*
54445 TGTTTTTTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTTGAAAAATGTGAAGAAAATACCAT-TT-
194 T-TTTTTTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTTGAAAAATGTGAAGAAAA-A-GATATTC
* * * * **
54508 ATTAGCAAGAAAAGT-CTAATTATCGTCACCCATGCCTTCAAAAGTGTTATTACTCGCTTTAAAT
256 ATTGGCAAGAAAAGTCCT-TTTATAGTCACCTATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAAT
* *
54572 GATTTTATAATCTCATAAC
320 GGTTTTATAATCTCATAAT
* ** *
54591 TGA-TTTGAAGTTGAATTTTTTTTATATTTTTTTATTAAAACATATTATAATTGAACATCTATCT
1 TGACTTT-AAGTTGAA-TTTTTTT-TA-TTTTTTATTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCT
* * * * * * * * * *
54655 TGAGAAACATGAAGAAAAAGATATTTAGTCGTAATAATAGTCTATTTATAGTCACTTATACC-TT
62 T-AGAAACGTGAAGAAAAAGATATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCAC-CATGCCTTT
* * * * * * *
54719 CAAAAGTCTTATTACTCATTTTAAATGGCTTTATGATCTCCTCATTGACTTGAAGTTGAATTTTT
125 CAAAA-CCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTGAAGTTGAA-TTTT
* *** * * * * * * ***
54784 TTTCTATTTCAGTGAAACCAGATTGTAATTGAATATCTACCTCGAGAAATGTGAAGAAAAAGCCC
188 TTTATATTTTTTTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTTGAAAAATGTGAAGAAAAAGATA
* * * * * * ** *
54849 TTCATCGACAAGAAAAGT-CTATCTATAGCCACCCATGCCTTTGAAAA-CCTTATTACTTACTCT
253 TTCATTGGCAAGAAAAGTCCT-TTTATAGTCACCTATGCC-TTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTT
** * *
54912 AAATTTTTTTATTATCTCACAAT
316 AAATGGTTTTATAATCTCATAAT
* * *
54935 CGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTTATTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTTGG
1 TGACTTTAAGTTGAATTTTTTT-TATTTTTTATTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTTAG
* ** **
55000 AAAATGTGAAGAAAAAG----TC-----C-A-ATTA-T-CA---CCA--C-CCATGCC-TTCGAA
65 -AAACGTGAAGAAAAAGATATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCATGCCTTTC-AA
* ** *
55045 AGCCTTATTACTCGTTTTAAATGATTTTATAATCTCATAATTGATTTGAAGTTG-A----TTT-T
128 AACCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTGAAGTTGAATTTTTTTAT
** * * * * *
55104 -TTTTTAGTAAAACAGATTATAATTGAAGGTCTACCATGGAAAATGTGAAGAAAAAGATATTTAC
193 ATTTTTTTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTTGAAAAATGTGAAGAAAAAGATATTCAT
* * * ** * *
55168 TAGAAAGAAAAGTTCACTTATAGTCA-CTCATGCCTTCAAAACCCTTATTACTCGCTTTAAATAG
258 TGGCAAGAAAAGTCCTTTTATAGTCACCT-ATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGG
*
55232 TTTTATAATGTCATAAT
322 TTTTATAATCTCATAAT
* * **
55249 TGACTTTAAGTTGAATTTTTTTCATTTTTTGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTATATCTAG
1 TGACTTTAAGTTGAATTTTTTTTATTTTTTATTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCT-TAG
* * * * *
55314 AAACGCGAAGAAAAATATATTCATTGGCTAGAAAAATCCATTTATAGTCACCTATACCTTTCAAA
65 AAACGTGAAGAAAAAGATATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACC-ATGCCTTTCAAA
* *
55379 ACCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTAACTTT-AAGTTGAATACTTTTTC
129 ACCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGA-TTTGAAGTTGAAT--TTTTTT
* * * * * * *
55443 AT-TTTTTGTTAAAACAGATTATAATTAAATATCCACC-TCAAGAAACGTGAAGAAAAAGCTATT
191 ATATTTTTTTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTTGAA-AAATGTGAAGAAAAAGATATT
* * * ** * * *
55506 CATTAGCAAGAAAAGTCCATTTGTAGTCACCTATGCCTTTGAATGCCTTATTACTCACTTCAAAT
255 CATTGGCAAGAAAAGTCCTTTTATAGTCACCTATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAAT
* *
55571 GATTTGATAATCTCATAAT
320 GGTTTTATAATCTCATAAT
* * *
55590 TGA-TTTGAAGTCGAA-TTTTTTTACATTTTTATCAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTCT
1 TGACTTT-AAGTTGAATTTTTTTTA-TTTTTTATTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCT-T
* * * * *
55653 GGAAACGTGAAG-AAAA-ATATTAATTGGTAAGAAAAGTTCATTTATAGTCACCTTTGCC-TTCT
63 AGAAACGTGAAGAAAAAGATATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACC-ATGCCTTTC-
* * * *** ** *
55715 AAAGCCTCATTAGTTGTTTTAAATAATTTTATAATCTCATAATTAGCTTT-AAGTTGAATGTTTT
126 AAAACCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATT-GATTTGAAGTTGAAT-TTTT
* * * * * * *
55779 TT-TATTTTTTGTTAAACCAGATTATAATTAAATGTTTAGCTTGAGAAACGTGATGAAAAAGATA
189 TTATATTTTTT-TTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTTGAAAAATGTGAAGAAAAAGATA
* * * * * * ** * ** *** *
55843 GTCATTAGTAAGAAAAGTACATTTATAGTTACCTATATCTCCAAAAATCTTATTACTTATTTTCA
253 TTCATTGGCAAGAAAAGTCCTTTTATAGTCACCTATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAA
* *
55908 ATGGATTTATAATCCCATAAT
318 ATGGTTTTATAATCTCATAAT
* * * *
55929 TGACTTTAAGTTGAA-TTTTTTTATATTTTTATTTAAAACAGATAACAGTTGAATGTCTACCTAA
1 TGACTTTAAGTTGAATTTTTTTTAT-TTTTTA-TTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTTA
* * *** * * * *
55993 GGAAACCTAAAGAAAAACCCAATAATTGGTAAGAAAAG-CCTATTTATAGTCACCCAAGCCTTTC
64 -GAAACGTGAAGAAAAAGATATTCATTGGCAAGAAAAGTCC-ATTTATAGTCA-CCATGCCTTTC
* * *
56057 AAAATCC-TATTACTCACTTT-AATAGTTTTATAATCTCATAATTGGTTTGAAGTTCAATTTTTT
126 AAAA-CCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTGAAGTTGAATTTTTT
* * * * * ** **
56120 TACATTTTTTATTAAAGCAGATTATAATTGAATGTTTATCTCGGGAAACATGAAGAAAAAGATAT
190 TATATTTTTT-TTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTTGAAAAATGTGAAGAAAAAGATAT
* * * *
56185 TCATCGGTAAGAAAAGT-CTATTTATAGTCACCTATGCTTTTC-AAAGCCTTATTATTCGCTTTA
254 TCATTGGCAAGAAAAGTCCT-TTTATAGTCACCTATGC-CTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTA
*
56248 AATGGTTTTATAATCTTATAAT
317 AATGGTTTTATAATCTCATAAT
* * * * * ** * * ** *
56270 TTACTTTATGCTGAGTGTTTTTTTATTTTTTGTTAAAATGGATAATAATTAAATAACTATCTTGA
1 TGACTTTAAGTTGAAT-TTTTTTTATTTTTTATTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTT-A
* * *
56335 GAAATGTGAAGAAAAAGATATTCATTAGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCTATGTC-TTCAA
64 GAAACGTGAAGAAAAAGATATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACC-ATGCCTTTCAA
* * * * *
56399 AAGCCTTATTGCTCACTTTAAATAGATTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAA-TTTTGTA
128 AA-CCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTGAAGTTGAATTTTTTTA
* * * * * * * * * * *
56463 CATTTTTAGTTAAAACATATTACAGTTGAATATCGACCTAGGAAAATCTGAAGAAAAAGACATTC
192 TATTTTT-TTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTTGAAAAATGTGAAGAAAAAGATATTC
* * * *
56528 ATTGCCAAGAAAAG-CCTATTTATAGTCATCTAAGCCTTCCAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAAT
256 ATTGGCAAGAAAAGTCCT-TTTATAGTCACCTATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAAT
* *
56592 GATTTTATAATCTTATAAT
320 GGTTTTATAATCTCATAAT
* * * * * * *
56611 TGAGTTAAAATTTATTTTTTTTATATTTTTTATTAAAATAGATTACAATTGAATGTCTACCTTAG
1 TGACTTTAAGTTGAATTTTTTT-TATTTTTTATTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTTAG
* * * * *
56676 AAAACTTAAAGAAAAAGATATTCATTGGTAAGAAAAGTCCATTTATAGTAACCTATACC-TTCAA
65 -AAACGTGAAGAAAAAGATATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACC-ATGCCTTTCAA
* *
56740 AATCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGACTTT-AAGTTGAATTCTTTT
128 AA-CCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGA-TTTGAAGTTGAATTTTTTT
* * * *
56804 ACATTTTTTATTAAAATAGATTACAGTTGAATGT
191 ATATTTTTT-TTAAAACAGATTATAATTGAATGT
56838 TTGCCTAAGG
Statistics
Matches: 2343, Mismatches: 483, Indels: 206
0.77 0.16 0.07
Matches are distributed among these distances:
313 55 0.02
314 120 0.05
315 2 0.00
316 3 0.00
317 2 0.00
321 1 0.00
322 52 0.02
323 5 0.00
324 3 0.00
325 1 0.00
326 3 0.00
329 2 0.00
330 1 0.00
331 4 0.00
332 3 0.00
333 51 0.02
334 7 0.00
337 1 0.00
338 14 0.01
339 213 0.09
340 106 0.05
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342 480 0.20
343 106 0.05
344 166 0.07
345 19 0.01
ACGTcount: A:0.36, C:0.13, G:0.12, T:0.39
Consensus pattern (338 bp):
TGACTTTAAGTTGAATTTTTTTTATTTTTTATTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTTAGA
AACGTGAAGAAAAAGATATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCATGCCTTTCAAAAC
CTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTGAAGTTGAATTTTTTTATATT
TTTTTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTTGAAAAATGTGAAGAAAAAGATATTCATTGG
CAAGAAAAGTCCTTTTATAGTCACCTATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTT
ATAATCTCATAAT
Found at i:54560 original size:512 final size:508
Alignment explanation
Indices: 53575--56864 Score: 2941
Period size: 512 Copynumber: 6.5 Consensus size: 508
53565 GAATGACTTT
* * * * *
53575 AAGTTG-ATTTTTCTTCATTTTTGGTGAAAATAGATTATAATTGAATGTCTACCTT-GAGAAATG
1 AAGTTGAATTTTTTTTCATTTTT-ATTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTTGGA-AAATA
* * * *
53638 TGAA-AAAAA-ACCATTCATTGG-AGAGAAAAGTCTAGTTATAATCACTTATGCCTTCAAAAACC
64 TGAAGAAAAAGA-TATTCATTGGTA-AGAAAAGTCT-TTTATAGTCAC-TATGCCTTCAAAAGCC
* * **
53700 TTATTA-TTGCCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGA-TTTGAAGTTGAACTTTTTTGTAG
125 TTATTACTCG-CTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGACTTT-AAGTTGAA-TTTTTTTTCT
* * * * * * **
53763 TTTTTATTAAAATGGATTATAGTTGAATGCCTATCATGAA-AAATATGAAGAAAAAGATATTCAT
187 TTTTTGTTAAAATAGATTATAATTGAATGTCTA-CCTTAAGAAACGTGAAGAAAAAGATATTCAT
** * * ** * * * *
53827 GGGTAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATATATTCGAAAACCTTATCACTTGCTATAAATGTT
251 TAGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCTATACCTTTGAAAACCTTATTACTTACTTTAAATGTT
* * * *
53892 TTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGCTAAATATTTTTATATTTTTTATTAAAATAGATTATAAT
316 TTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTT-TTAAAACAGATTATAAT
* * * * *
53957 TAAATATCTATCTTGAGAAATGTGAAGAAAAAGCTATTCATT-GACAAGAATAGTCCATTTATAG
380 TGAATATCTACCTTGAAAAATGTGAAGAAAAAGCCATTCATTAG-CAAGAAAAGTCCATTTATAG
********** *
54021 TCACCCATGCCTTCGAAAA-CCTTATTACTNNNNNNNNNNGGTTTTATAATCTCATAATTGATTT
444 TCACCCATGCCTTC-AAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGATTTTATAATCTCATAATTGATTT
54085 G
508 G
*
54086 AAGTTGAATTTTTTTTCATTTCTTATTAAAATAGATTATAATTGAATGTCTACCTTGGAAAATAT
1 AAGTTGAATTTTTTTTCATTT-TTATTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTTGGAAAATAT
* * *
54151 AAAGAAAAAGATATTCATTGGCAAGAAAAGTCCTTTTATAGTCATCTATGCATTCAAAAGCCTTA
65 GAAGAAAAAGATATTCATTGGTAAGAAAAGT-CTTTTATAGTCA-CTATGCCTTCAAAAGCCTTA
* * ** **
54216 TTACTC-TTTCTAAATGGCTTTACGATCTCATCGTTGACTTTAAGTTGAATTTTTTTTCTTTTTT
128 TTACTCGCTT-TAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGACTTTAAGTTGAATTTTTTTTCTTTTTT
* ** *
54280 GGTGAAAATAGATTATAATTGAATGTCTACCTTAAGAAACGTGAAGAAAAAGCCATTCATCAGCA
192 -GTTAAAATAGATTATAATTGAATGTCTACCTTAAGAAACGTGAAGAAAAAGATATTCATTAGCA
* *
54345 AGAAAAGTCCATTTATAGCCACC-ATGCCTTTGAAAACCTTATTACTTACTTTAAATGTTTTTAT
256 AGAAAAGTCCATTTATAGTCACCTATACCTTTGAAAACCTTATTACTTACTTTAAATGTTTTTAT
54409 AATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATGTTTTTTTAAAACAGATTATAATTGAAT
321 AATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATAT-TTTTTTTAAAACAGATTATAATTGAAT
* * * * *
54474 GTCTACCTTGAAAAATGTGAAGAAAATA-CCATTTATTAGCAAGAAAAGTCTAATTATCGTCACC
385 ATCTACCTTGAAAAATGTGAAGAAAA-AGCCATTCATTAGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACC
** *
54538 CATGCCTTCAAAAGTGTTATTACTCGCTTTAAATGATTTTATAATCTCATAACTGATTTG
449 CATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGATTTTATAATCTCATAATTGATTTG
* * ** *
54598 AAGTTGAATTTTTTTTATATTTTTTTATTAAAACATATTATAATTGAACATCTATCTT-GAGAAA
1 AAGTTGAATTTTTTTT-CA--TTTTTATTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTTGGA-AAA
* * * * * * * *
54662 CATGAAGAAAAAGATATTTAGTCGTAATAATAGTCTATTTATAGTCACTTATACCTTCAAAAGTC
62 TATGAAGAAAAAGATATTCATTGGTAAGAAAAGTCT-TTTATAGTCAC-TATGCCTTCAAAAGCC
** * * * * *
54727 TTATTACTCATTTTAAATGGCTTTATGATCTCCTCATTGACTTGAAGTTGAATTTTTTTTCTATT
125 TTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGACTTTAAGTTGAATTTTTTTTCT-TT
** * ** * * ** * *** *
54792 TCAGTGAAACCAGATTGTAATTGAATATCTACCTCGAGAAATGTGAAGAAAAAGCCCTTCA-TCG
189 TTTGTTAAAATAGATTATAATTGAATGTCTACCTTAAGAAACGTGAAGAAAAAGATATTCATTAG
* * * * * * *
54856 ACAAGAAAAGTCTATCTATAGCCACCCATGCCTTTGAAAACCTTATTACTTACTCTAAATTTTTT
254 -CAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCTATACCTTTGAAAACCTTATTACTTACTTTAAATGTTTT
* * *
54921 TATTATCTCACAATCGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTTATTAAAACAGATTATAATTG
318 TATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTT-TTAAAACAGATTATAATTG
* * *
54986 AATGTCTACCTTGGAAAATGTGAAGAAAAAG----TC-----C------A----A-TTATCA-CC
382 AATATCTACCTTGAAAAATGTGAAGAAAAAGCCATTCATTAGCAAGAAAAGTCCATTTAT-AGTC
* *
55030 ACCCATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGTTTTAAATGATTTTATAATCTCATAATTGATTTG
446 ACCCATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGATTTTATAATCTCATAATTGATTTG
* * * *
55093 AAGTTG-A----TTTT--TTTTTAGTAAAACAGATTATAATTGAAGGTCTACCATGGAAAATGTG
1 AAGTTGAATTTTTTTTCATTTTTATTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTTGGAAAATATG
* * * * ** *
55151 AAGAAAAAGATATTTACTAGAAAGAAAAGTTCACTTATAGTCACTCATGCCTTCAAAACCCTTAT
66 AAGAAAAAGATATTCATTGGTAAGAAAAG-TCTTTTATAGTCACT-ATGCCTTCAAAAGCCTTAT
* *
55216 TACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATGTCATAATTGACTTTAAGTTGAA-TTTTTTTCATTTTTTG
129 TACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGACTTTAAGTTGAATTTTTTTTC-TTTTTTG
* ** * * * *
55280 TTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTATATCT-AGAAACGCGAAGAAAAATATATTCATTGGCTA
193 TTAAAATAGATTATAATTGAATGTCTACCT-TAAGAAACGTGAAGAAAAAGATATTCATTAGCAA
* * * *
55344 GAAAAATCCATTTATAGTCACCTATACCTTTCAAAACCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATA
257 GAAAAGTCCATTTATAGTCACCTATACCTTTGAAAACCTTATTACTTACTTTAAATGTTTTTATA
* * * * *
55409 ATCTCATAATTAACTTTAAGTTGAATACTTTTTCAT-TTTTTGTTAAAACAGATTATAATTAAAT
322 ATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAAT--TTTTTTATATTTTTTTTAAAACAGATTATAATTGAAT
* * * * *
55473 ATCCACC-TCAAGAAACGTGAAGAAAAAGCTATTCATTAGCAAGAAAAGTCCATTTGTAGTCACC
385 ATCTACCTTGAA-AAATGTGAAGAAAAAGCCATTCATTAGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACC
* ** * * * *
55537 TATGCCTTTGAATGCCTTATTACTCACTTCAAATGATTTGATAATCTCATAATTGATTTG
449 CATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGATTTTATAATCTCATAATTGATTTG
* * * **
55597 AAGTCGAATTTTTTTACATTTTTATCAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTCTGG-AAACGT
1 AAGTTGAATTTTTTTTCATTTTTATTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCT-TGGAAAATAT
* * * * *
55661 GAAG-AAAA-ATATTAATTGGTAAGAAAAGTTCATTTATAGTCACCTTTGCCTTCTAAAGCCTCA
65 GAAGAAAAAGATATTCATTGGTAAGAAAAG-TCTTTTATAGTCA-CTATGCCTTCAAAAGCCTTA
* * * ** *
55724 TTAGTTGTTTTAAATAATTTTATAATCTCATAATT-AGCTTTAAGTTGAATGTTTTTTTATTTTT
128 TTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGA-CTTTAAGTTGAAT-TTTTTTTCTTTTT
** * * * * * * *
55788 TGTTAAACCAGATTATAATTAAATGTTTAGCTTGAGAAACGTGATGAAAAAGATAGTCATTAGTA
191 TGTTAAAATAGATTATAATTGAATGTCTACCTTAAGAAACGTGAAGAAAAAGATATTCATTAGCA
* * * *** * * * **
55853 AGAAAAGTACATTTATAGTTACCTATATCTCCAAAAATCTTATTACTTATTTTCAATGGATTTAT
256 AGAAAAGTCCATTTATAGTCACCTATACCTTTGAAAACCTTATTACTTACTTTAAATGTTTTTAT
* * * * *
55918 AATCCCATAATTGACTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTATTTAAAACAGATAACAGTTGAAT
321 AATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTT-TTTAAAACAGATTATAATTGAAT
* ** * * * * * *
55983 GTCTACC-T-AAGGAAACCTAAAGAAAAACCCAATAATTGGTAAGAAAAG-CCTATTTATAGTCA
385 ATCTACCTTGAA--AAATGTGAAGAAAAAGCCATTCATTAGCAAGAAAAGTCC-ATTTATAGTCA
* * * *
56045 CCCAAGCCTTTCAAAATCC-TATTACTCACTTT-AAT-AGTTTTATAATCTCATAATTGGTTTG
447 CCCATGCC-TTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGA-TTTTATAATCTCATAATTGATTTG
* * * * * * * *
56106 AAGTTCAATTTTTTTACATTTTTTATTAAAGCAGATTATAATTGAATGTTTATCTCGGGAAACAT
1 AAGTTGAATTTTTTTTCA-TTTTTATTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTTGGAAAATAT
* *
56171 GAAGAAAAAGATATTCATCGGTAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACCTATGCTTTTC-AAAGCCTT
65 GAAGAAAAAGATATTCATTGGTAAGAAAAGTCT-TTTATAGTCA-CTATGC-CTTCAAAAGCCTT
* * * * * * *
56235 ATTATTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTTATAATTTACTTTATGCTGAGTGTTTTTTTATTTTT
127 ATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGACTTTAAGTTGAAT-TTTTTTTCTTTTT
* * * ** * * *
56300 TGTTAAAATGGATAATAATTAAATAACTATCTTGAGAAATGTGAAGAAAAAGATATTCATTAGCA
191 TGTTAAAATAGATTATAATTGAATGTCTACCTTAAGAAACGTGAAGAAAAAGATATTCATTAGCA
** * * * *
56365 AGAAAAGTCCATTTATAGTCACCTATGTC-TTCAAAAGCCTTATTGCTCACTTTAAATAG-ATTT
256 AGAAAAGTCCATTTATAGTCACCTATACCTTTGAAAA-CCTTATTACTTACTTTAAAT-GTTTTT
* * * * * *
56428 ATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAA-TTTTGTACATTTTTAGTTAAAACATATTACAGTTGA
319 ATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTT-TTTAAAACAGATTATAATTGA
* * * * *
56492 ATATCGACCTAGGAAAATCTGAAGAAAAAGACATTCATT-GCCAAGAAAAG-CCTATTTATAGTC
383 ATATCTACCTTGAAAAATGTGAAGAAAAAGCCATTCATTAG-CAAGAAAAGTCC-ATTTATAGTC
* * * * * * *
56555 ATCTAAGCCTTCCAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGATTTTATAATCTTATAATTGAGTTA
446 ACCCATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGATTTTATAATCTCATAATTGATTTG
* * * * * *
56618 AAATT-TATTTTTTTTATATTTTTTATTAAAATAGATTACAATTGAATGTCTACCTTAGAAAACT
1 AAGTTGAATTTTTTTT-CA-TTTTTATTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTTGGAAAA-T
* * * * *
56682 -TAAAGAAAAAGATATTCATTGGTAAGAAAAGTCCATTTATAGTAACCTATACCTTCAAAATCCT
63 ATGAAGAAAAAGATATTCATTGGTAAGAAAAGT-CTTTTATAGTCA-CTATGCCTTCAAAAGCCT
* *
56746 TATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGACTTTAAGTTGAATTCTTTTACATTTT
126 TATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGACTTTAAGTTGAATTTTTTTTC-TTTT
* * * * * * *
56811 TTATTAAAATAGATTACAGTTGAATGTTTGCC-TAAGGAAACATAAAGAAAAAGA
190 TTGTTAAAATAGATTATAATTGAATGTCTACCTTAA-GAAACGTGAAGAAAAAGA
56865 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 2292, Mismatches: 387, Indels: 199
0.80 0.13 0.07
Matches are distributed among these distances:
483 2 0.00
484 174 0.08
485 133 0.06
486 11 0.00
488 2 0.00
490 4 0.00
493 1 0.00
494 1 0.00
495 69 0.03
496 1 0.00
499 1 0.00
500 1 0.00
503 2 0.00
504 65 0.03
505 1 0.00
506 1 0.00
508 9 0.00
509 141 0.06
510 271 0.12
511 190 0.08
512 687 0.30
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514 223 0.10
515 129 0.06
ACGTcount: A:0.36, C:0.13, G:0.12, T:0.39
Consensus pattern (508 bp):
AAGTTGAATTTTTTTTCATTTTTATTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTTGGAAAATATG
AAGAAAAAGATATTCATTGGTAAGAAAAGTCTTTTATAGTCACTATGCCTTCAAAAGCCTTATTA
CTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGACTTTAAGTTGAATTTTTTTTCTTTTTTGTTA
AAATAGATTATAATTGAATGTCTACCTTAAGAAACGTGAAGAAAAAGATATTCATTAGCAAGAAA
AGTCCATTTATAGTCACCTATACCTTTGAAAACCTTATTACTTACTTTAAATGTTTTTATAATCT
CATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTTTTAAAACAGATTATAATTGAATATCTAC
CTTGAAAAATGTGAAGAAAAAGCCATTCATTAGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCT
TCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGATTTTATAATCTCATAATTGATTTG
Found at i:55489 original size:171 final size:168
Alignment explanation
Indices: 55037--56864 Score: 1507
Period size: 171 Copynumber: 10.8 Consensus size: 168
55027 ACCACCCATG
* ** *
55037 CCTTCGAAAGCCTTATTACTCGTTTTAAATGATTTTATAATCTCATAATTGA-TTTGAAGTTG-A
1 CCTTC-AAAACCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGACTTT-AAGTTGAA
* * ** *
55100 ---TTTT--TTTTTAG-TAAAACAGATTATAATTGAAGGTCTACCATGGA-AAATGTGAAGAAAA
64 TTTTTTTCATTTTTTGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACC-TCAAGAAACGTGAAGAAAA
* * ** * * *
55158 AGATATTTACTAGAAAGAAAAGTTCACTTATAGTCA-CTCATG
128 AGATATTCA-TTGGTAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCT-ATA
* * *
55200 CCTTCAAAACCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATGTCATAATTGACTTTAAGTTGAAT
1 CCTTCAAAA-CCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGACTTTAAGTTGAAT
** * * *
55265 TTTTTTCATTTTTTGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTATATCTAGAAACGCGAAGAAAAAT
65 TTTTTTCATTTTTTGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTCAAGAAACGTGAAGAAAAAG
*
55330 ATATTCATTGGCTAGAAAAATCCATTTATAGTCACCTATA
130 ATATTCATTGG-TAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCTATA
*
55370 CCTTTCAAAACCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTAACTTTAAGTTGAAT
1 CC-TTCAAAACCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGACTTTAAGTTGAAT
* * * *
55435 ACTTTTTCATTTTTTGTTAAAACAGATTATAATTAAATATCCACCTCAAGAAACGTGAAGAAAAA
65 -TTTTTTCATTTTTTGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTCAAGAAACGTGAAGAAAAA
* ** * *
55500 GCTATTCATTAGCAAGAAAAGTCCATTTGTAGTCACCTATG
129 GATATTCATT-GGTAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCTATA
* ** * * * *
55541 CCTTTGAATGCCTTATTACTCACTTCAAATGATTTGATAATCTCATAATTGA-TTTGAAGTCGAA
1 CC-TTCAAAACCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGACTTT-AAGTTGAA
* * **
55605 TTTTTTTACA-TTTTTATCAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTCTGGAAACGTGAAG-AAA
64 TTTTTTT-CATTTTTTGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTCAAGAAACGTGAAGAAAA
* * * *
55668 A-ATATTAATTGGTAAGAAAAGTTCATTTATAGTCACCTTTG
128 AGATATTCATTGGT-AGAAAAGTCCATTTATAGTCACCTATA
* * * *** **
55709 CCTTCTAAAGCCTCATTAGTTGTTTTAAATAATTTTATAATCTCATAATT-AGCTTTAAGTTGAA
1 CCTTC-AAAACCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGA-CTTTAAGTTGAA
* * * * * ** *
55773 TGTTTTTTTATTTTTTGTTAAACCAGATTATAATTAAATGTTTAGCTTGAGAAACGTGATGAAAA
64 T-TTTTTTCATTTTTTGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTCAAGAAACGTGAAGAAAA
* * * *
55838 AGATAGTCATTAGTAAGAAAAGTACATTTATAGTTACCTATA
128 AGATATTCATTGGT-AGAAAAGTCCATTTATAGTCACCTATA
* * * * * * * *
55880 TCTCCAAAAATCTTATTACTTATTTTCAATGGATTTATAATCCCATAATTGACTTTAAGTTGAAT
1 CCTTC-AAAACCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGACTTTAAGTTGAAT
* * * * * *
55945 TTTTTT-ATATTTTTATTTAAAACAGATAACAGTTGAATGTCTACCT-AAGGAAACCTAAAGAAA
65 TTTTTTCAT-TTTTT-GTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTCAA-GAAACGTGAAGAAA
*** * * *
56008 AACCCAATAATTGGTAAGAAAAG-CCTATTTATAGTCACCCA-A
127 AAGATATTCATTGGT-AGAAAAGTCC-ATTTATAGTCACCTATA
* * *
56050 GCCTTTCAAAATCC-TATTACTCACTTT-AATAGTTTTATAATCTCATAATTG-GTTTGAAGTTC
1 -CC-TTCAAAA-CCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGACTTT-AAGTTG
* * * * ** *
56112 AATTTTTTTACATTTTTTATTAAAGCAGATTATAATTGAATGTTTATCTCGGGAAACATGAAGAA
62 AATTTTTTT-CATTTTTTGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTCAAGAAACGTGAAGAA
* * *
56177 AAAGATATTCATCGGTAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACCTATG
126 AAAGATATTCATTGGT-AGAAAAGTCCATTTATAGTCACCTATA
* * * * * * * * *
56221 CTTTTCAAAGCCTTATTATTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTTATAATTTACTTTATGCTGAGT
1 C-CTTCAAAACCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGACTTTAAGTTGAAT
* ** * * ** * ** *
56286 GTTTTTTTATTTTTTGTTAAAATGGATAATAATTAAATAACTATCTTGAGAAATGTGAAGAAAAA
65 -TTTTTTCATTTTTTGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTCAAGAAACGTGAAGAAAAA
** *
56351 GATATTCATTAGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCTATG
129 GATATTCATT-GGTAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCTATA
* * * * *
56392 TCTTCAAAAGCCTTATTGCTCACTTTAAATAGATTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAAT
1 CCTTCAAAA-CCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGACTTTAAGTTGAAT
* * * * * * * * *
56457 TTTGTACATTTTTAGTTAAAACATATTACAGTTGAATATCGACCT-AGGAAAATC-TGAAGAAAA
65 TTTTTTCATTTTTTGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTCAAG-AAA-CGTGAAGAAAA
* ** *
56520 AGACATTCATTGCCAAGAAAAG-CCTATTTATAGTCATCTA-A
128 AGATATTCATTG-GTAGAAAAGTCC-ATTTATAGTCACCTATA
* * * * * * * * *
56561 GCCTTCCAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGATTTTATAATCTTATAATTGAGTTAAAATTTAT
1 -CCTT-CAAAACCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGACTTTAAGTTGAA
* * * * * * *
56626 TTTTTTTATATTTTTTATTAAAATAGATTACAATTGAATGTCTACCT-TAGAAAACTTAAAGAAA
64 TTTTTTT-CATTTTTTGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTCAAG-AAACGTGAAGAAA
*
56690 AAGATATTCATTGGTAAGAAAAGTCCATTTATAGTAACCTATA
127 AAGATATTCATTGGT-AGAAAAGTCCATTTATAGTCACCTATA
*
56733 CCTTCAAAATCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGACTTTAAGTTGAAT
1 CCTTCAAAA-CCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGACTTTAAGTTGAAT
* * * * * * * * *
56798 TCTTTTACATTTTTTATTAAAATAGATTACAGTTGAATGTTTGCCT-AAGGAAACATAAAGAAAA
65 T-TTTTTCATTTTTTGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTCAA-GAAACGTGAAGAAAA
56862 AGA
128 AGA
56865 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 1338, Mismatches: 267, Indels: 112
0.78 0.16 0.07
Matches are distributed among these distances:
162 3 0.00
163 49 0.04
164 4 0.00
167 8 0.01
168 77 0.06
169 74 0.06
170 444 0.33
171 654 0.49
172 25 0.02
ACGTcount: A:0.36, C:0.13, G:0.12, T:0.39
Consensus pattern (168 bp):
CCTTCAAAACCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGACTTTAAGTTGAATT
TTTTTCATTTTTTGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTCAAGAAACGTGAAGAAAAAGA
TATTCATTGGTAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCTATA
Found at i:58504 original size:171 final size:161
Alignment explanation
Indices: 58210--58519 Score: 345
Period size: 171 Copynumber: 1.9 Consensus size: 161
58200 CTTCAAATCC
* * *
58210 ATTATGAGATTATCAAATTATTTAAAGTGAGTAATAAGGCATTTAAAGGCATGGGTGACTATAAA
1 ATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGTGAGTAATAAGGCATTTAAAGGCATAGGTGACTATAAA
* * * * * * *
58275 TGGACTTTTCTTGCCAGTCAATGAGTTTTTCTTCACATTCCTTGAGGTGGATATTTAATAATAAT
66 TGAACTTTTCTCGCCAATCAATGACTTTTTCTTCACATTCCTAGAGGTAGACATTTAATAATAAT
58340 CTGTTTTAACAANNNNNNNNNNAGCATTCAACTTAGAGTTA
131 CTGTTTTAACAA----------AGCATTCAACTTAGAGTTA
* * *
58381 ATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGTGAGTAGTAAGG-TTTTAGAAGGTATAGGTGACTATAA
1 ATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGTGAGTAATAAGGCATTTA-AAGGCATAGGTGACTATAA
* * * *
58445 ATGAACTTTTCTCGCCAATGAAT-ATCTTTTTCTTCACGTTTCTAGAGGTAGACATTTAATTATA
65 ATGAACTTTTCTCGCCAATCAATGA-CTTTTTCTTCACATTCCTAGAGGTAGACATTTAATAATA
58509 ATCTGTTTTAA
129 ATCTGTTTTAA
58520 TAAAAAATAA
Statistics
Matches: 120, Mismatches: 17, Indels: 4
0.85 0.12 0.03
Matches are distributed among these distances:
170 5 0.04
171 115 0.96
ACGTcount: A:0.33, C:0.11, G:0.16, T:0.37
Consensus pattern (161 bp):
ATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGTGAGTAATAAGGCATTTAAAGGCATAGGTGACTATAAA
TGAACTTTTCTCGCCAATCAATGACTTTTTCTTCACATTCCTAGAGGTAGACATTTAATAATAAT
CTGTTTTAACAAAGCATTCAACTTAGAGTTA
Found at i:58642 original size:169 final size:158
Alignment explanation
Indices: 58409--58879 Score: 375
Period size: 164 Copynumber: 2.9 Consensus size: 158
58399 TATTTAAAGT
* * * * * * *
58409 GAGTAGTAAGGTTTTAGAAGGTATAGGTGACTATAAATGAACTTTTCTCGCCAATGAATATCTTT
1 GAGTAATAAGGCTTT-GAAGGCATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCAAATGAATATCTTT
* *
58474 TTCTTCACGTTT-CTAGAGGTAGACATTTAATTATAATCTGTTTTAATAAAAAATAAAAAAAATT
65 TTCTTCACATTTCCCA-AGGTAGACATTTAATTATAATCTGTTTT-ATAAAAAATAAAAAAAATT
* * *
58538 TAACTTAAAGTCAATTATGACATTGTAAAACNNNNNNNNNN
128 TAACTTAAA-TCAATTATCACATTATAAAAC---------C
* *
58579 GAGTAATAAGGCTTTGAAGGCATGGGTGACTATAAGTGGACTTTTCTTGCGAATGAATATCTTTT
1 GAGTAATAAGGCTTTGAAGGCATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCAAATGAATATCTTTT
* * * *
58644 TCTCCACATTTCCCAAGGTAAACATTCAATTATAATCTG-TTT-T--AACA-AAAAAAAATTTAA
66 TCTTCACATTTCCCAAGGTAGACATTTAATTATAATCTGTTTTATAAAAAATAAAAAAAATTTAA
* *
58704 CTTCAAATCAATTATCAGATTATAAAANNNNNNNNNNC
131 CTT-AAATCAATTATCACATTATAAAA---------CC
* * **
58742 GAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCATGGGTGA-TGATAATTGGACTTTTCTTACAAATGAATGGCTT
1 GAGTAATAAGGC-TTTGAAGGCATGGGTGACT-ATAAATGGACTTTTCTTGCAAATGAATATCTT
* * *
58806 TTTCTTGACATTTCCCAAGGTAGACATTCT-ATTATAAT-TTTTTTAGTAAAAAATGTAAAAAAA
64 TTTCTTCACATTTCCCAAGGTAGACATT-TAATTATAATCTGTTTTA-TAAAAAAT-AAAAAAAA
*
58869 TTCAACTTAAA
126 TTTAACTTAAA
58880 ATCNNNNNNN
Statistics
Matches: 248, Mismatches: 32, Indels: 43
0.77 0.10 0.13
Matches are distributed among these distances:
163 47 0.19
164 86 0.35
166 2 0.01
168 6 0.02
169 78 0.31
170 29 0.12
ACGTcount: A:0.36, C:0.12, G:0.14, T:0.34
Consensus pattern (158 bp):
GAGTAATAAGGCTTTGAAGGCATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCAAATGAATATCTTTT
TCTTCACATTTCCCAAGGTAGACATTTAATTATAATCTGTTTTATAAAAAATAAAAAAAATTTAA
CTTAAATCAATTATCACATTATAAAACC
Found at i:59367 original size:171 final size:170
Alignment explanation
Indices: 59184--60333 Score: 681
Period size: 171 Copynumber: 6.8 Consensus size: 170
59174 NNNNNNNTTT
*
59184 GAAGGTATAGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCTAATGAATATCTTTTT-TCTCACGTTTCTC
1 GAAGGCATAGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCTAATGAATATCTTTTTCT-TCACGTTTCTC
* * * * *
59248 AAGGTAAACATTTAATTATAATCTGTGTTAATAAAAAATGAAAACACATTCAACTTAAAGCCAAT
65 AAGGTAGACATTTAATTATAATCTGTTTTAATAAAAAATGAAAAAAAATTCAACTTAAAGTCAAT
* * * *
59313 TATGAGATTATGAAACCATTTAAAATAACTAATGAGGCTTTG
130 TATGAGATTAT-AAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTG
* *
59355 GAAGGCATAGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTACTAATGAACATCTTTTTCTTCACGTTTC-CA
1 GAAGGCATAGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCTAATGAATATCTTTTTCTTCACGTTTCTC-
* * * * *
59419 AAGGTAAACATTCAATTATAATATTTTTTAAT-AAAATTGTAAAAAAAATTCAACTTCAAA-TCA
65 AAGGTAGACATTTAATTATAATCTGTTTTAATAAAAAATG-AAAAAAAATTCAACTT-AAAGTCA
* * * *
59482 ATTATGAGACTATCAAACTATTTAAAGTGAGTAATAAGGCATTN
128 ATTATGAGATTAT-AAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTG
********* * * * *
59526 NNNNNNNNNGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCTAGTCAATGA-CTTTTTCTTGC-CATTCCT
1 GAAGGCATAGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCTAATGAAT-ATCTTTTTCTT-CACGTTTCT
** * * * ********** ** * *
59589 TGAGGTGGATATTTAATAATAATCTGTTTTANNNNNNNNNNAAAAAGCATTCAACTTAGAGTTAA
64 CAAGGTAGACATTTAATTATAATCTGTTTTAATAAAAAATGAAAAAAAATTCAACTTAAAGTCAA
*
59654 TTATGAGATTATAAAGCCATTTAAAGTGAGTAATAAGGTTTTG
129 TTATGAGATTATAAA-CCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTG
* * * *
59697 GAAGGCATAGGTGGCTATAAATGGACTTTTCTAGCCAATGAATATCTTTTTCTTCATGTTTCT-A
1 GAAGGCATAGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCTAATGAATATCTTTTTCTTCACGTTTCTCA
* * **********
59761 GAGGTAGATATTTAATTATAATTTGTTTTAATAAAAAAT-AAAAAAAATTCAANNNNNNNNNNAT
66 -AGGTAGACATTTAATTATAATCTGTTTTAATAAAAAATGAAAAAAAATTCAACTTAAAGTCAAT
* * *
59825 TATGACATTGTAAAACCATTTAAGGTGAGTAATAAGGCTTT-
130 TATGAGATTAT-AAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTG
* * * * * * *
59866 GAAGGCATGGGTGACTATAAGTGGACTTTTCTTACCAATGAATATCTTTTTCTCCACATTTCCCA
1 GAAGGCATAGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCTAATGAATATCTTTTTCTTCACGTTTCTCA
* *
59931 AGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTT--T-----A--AAAAAAAATTTAACTTGAAA-TCAAT
66 AGGTAGACATTTAATTATAATCTGTTTTAATAAAAAATGAAAAAAAATTCAACTT-AAAGTCAAT
* *********** *
59986 TATCAGATTATAAAANNNNNNNNNNCGAGTAATAAGGCTTTT
130 TATGAGATTAT-AAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTG
* * * * * * ** * *
60028 GAAGGCTTGGGTGA-TGCTAATTGGACTTTTCTTACAAATGAATGGCTTTTTCTTCACATTTCCC
1 GAAGGCATAGGTGACT-ATAAATGGACTTTTCTTGCTAATGAATATCTTTTTCTTCACGTTTCTC
* * * * * * * ***
60092 AAGGTAGACATTCAATTATAATTTATTTTAGTAAAAAATGTAAAAAAATTGAACTTAAAATCNNN
65 AAGGTAGACATTTAATTATAATCTGTTTTAATAAAAAATGAAAAAAAATTCAACTTAAAGTCAAT
******* ** * ** * *
60157 NNNNNNNTTATAAAAATATTTATAGCAAGTAATAAGGTTTTC
130 TATGAGATTAT-AAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTG
** * * ** *
60199 GAAAACAT-GGATGGCTATAAATGGACTTTTCTTACCCATTAATATCTTTTTCTTCACGTTTCTC
1 GAAGGCATAGG-TGACTATAAATGGACTTTTCTTGCTAATGAATATCTTTTTCTTCACGTTTCTC
* * * ** * **
60263 ACGGTAGATATTCAATTATAATCCATTTTAACAAAAAAT-ATAAAAAGGTTCAACTTCAAA-TCA
65 AAGGTAGACATTTAATTATAATCTGTTTTAATAAAAAATGA-AAAAAAATTCAACTT-AAAGTCA
60326 ATTATGAG
128 ATTATGAG
60334 CTTANNNNNN
Statistics
Matches: 737, Mismatches: 210, Indels: 64
0.73 0.21 0.06
Matches are distributed among these distances:
161 42 0.06
162 83 0.11
164 1 0.00
167 1 0.00
169 80 0.11
170 66 0.09
171 454 0.62
172 10 0.01
ACGTcount: A:0.35, C:0.12, G:0.13, T:0.35
Consensus pattern (170 bp):
GAAGGCATAGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCTAATGAATATCTTTTTCTTCACGTTTCTCA
AGGTAGACATTTAATTATAATCTGTTTTAATAAAAAATGAAAAAAAATTCAACTTAAAGTCAATT
ATGAGATTATAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTG
Found at i:59908 original size:169 final size:161
Alignment explanation
Indices: 59652--59969 Score: 356
Period size: 169 Copynumber: 1.9 Consensus size: 161
59642 ACTTAGAGTT
* * * *
59652 AATTATGAGATTATAAAGCCATTTAAAGTGAGTAATAAGGTTTTGGAAGGCATAGGTGGCTATAA
1 AATTATGACATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTGGAAGGCATAGGTGACTATAA
* ** * * *
59717 ATGGACTTTTCTAGCCAATGAATATCTTTTTCTTCATGTTT-CTAGAGGTAGATATTTAATTATA
66 ATGGACTTTTCTAGCCAATGAATATCTTTTTCTCCACATTTCCCA-AGGTAGACATTCAATTATA
* *
59781 ATTTG-TTTTAATAAAAAATAAAAAAAATTCA
130 ATCTGTTTTTAAAAAAAAATAAAAAAAATTCA
* * *
59812 ANNNNNNNNNNATTATGACATTGTAAAACCATTTAAGGTGAGTAATAAGGCTTT-GAAGGCATGG
1 A----------ATTATGACATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTGGAAGGCATAG
*
59876 GTGACTATAAGTGGACTTTTCTTA-CCAATGAATATCTTTTTCTCCACATTTCCCAAGGTAGACA
56 GTGACTATAAATGGACTTTTC-TAGCCAATGAATATCTTTTTCTCCACATTTCCCAAGGTAGACA
59940 TTCAATTATAATCTGTTTTTAAAAAAAAAT
120 TTCAATTATAATCTGTTTTTAAAAAAAAAT
59970 TTAACTTGAA
Statistics
Matches: 129, Mismatches: 16, Indels: 16
0.80 0.10 0.10
Matches are distributed among these distances:
160 1 0.01
169 73 0.57
170 55 0.43
ACGTcount: A:0.36, C:0.11, G:0.15, T:0.35
Consensus pattern (161 bp):
AATTATGACATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTGGAAGGCATAGGTGACTATAA
ATGGACTTTTCTAGCCAATGAATATCTTTTTCTCCACATTTCCCAAGGTAGACATTCAATTATAA
TCTGTTTTTAAAAAAAAATAAAAAAAATTCA
Found at i:61573 original size:171 final size:165
Alignment explanation
Indices: 61274--61895 Score: 569
Period size: 171 Copynumber: 3.7 Consensus size: 165
61264 GTGAAAATAG
* * * * * **
61274 ATTATAGTTAAATGTCTA-CCTCGAGAAATGTGAAGAAAAA-ACCAATCATTGGTGAGAAAAGTC
1 ATTATAATTGAATGTCTACCCT-GGGAAATGTGAAGAAAAAGA-TATTCATTGGCAAGAAAAGTC
* * ** * * *
61337 C-ATATACAATCACATATGCCATT-AAAAGCCTTATTACTACCTTTAAATGGTTTTATAAGCTCA
64 CAAT-TATAGTCACCCATGCC-TTCAAAA-CCTTATTACTAGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCA
61400 TAATTGATTTGAAGTTGAACTTTTTTATATTTTTTGTTAAAAT
126 TAATTGATTTGAAGTT-AA-TTTTTTATATTTTTT-TTAAAAT
* * * *
61443 GGATTATAATTGAATGTCTACCGTGAGAAACGTGAAGAAAAAGATATTCATGGGCAAGAAAAGTC
1 --ATTATAATTGAATGTCTACCCTGGGAAATGTGAAGAAAAAGATATTCATTGGCAAGAAAAGTC
* * * * * * *
61508 CATTTATAGCCACCCATGTCTTCGAAAACCTTATTACTTGCTATAAATATTTTTGTAATCTCATA
64 CAATTATAGTCACCCATGCCTTC-AAAACCTTATTACTAGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATA
* * *
61573 ATTGATTTTAAGTTCAATTTCTTTACATTTTTTACTAAAAT
128 ATTGATTTGAAGTT-AATTT-TTTATATTTTTT-TTAAAAT
* ** * *
61614 AAAGTATAATTGAATGTCTACCCTGGGAAATGTGAAGAAAAAGCCATTCATTTGTAAGAAAAGTC
1 --ATTATAATTGAATGTCTACCCTGGGAAATGTGAAGAAAAAGATATTCATTGGCAAGAAAAGTC
* * * * *
61679 CAATTATCA-TCACCTATGCCTTCAATAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTAATAATCTGAT
64 CAATTAT-AGTCACCCATGCCTTCAA-AACCTTATTACTAGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCAT
* * *
61743 AATTGATTTGAAGTTAA--ATTT-T-TTTTATTAAAACAT
127 AATTGATTTGAAGTTAATTTTTTATATTTTTTTTAAA-AT
* *
61779 ATTATAATTGAATGTCTACCTTGGGAAATGTGGAGAAAAAGATATTCATTGGCAAGAAAAGTCCA
1 ATTATAATTGAATGTCTACCCTGGGAAATGTGAAGAAAAAGATATTCATTGGCAAGAAAAGTCCA
* * * * * *
61844 CTTATTGTCACCCATGCCTTCAAAGCCTTATTACTCGCCTTAAATGGTTTTA
66 ATTATAGTCACCCATGCCTTCAAAACCTTATTACTAGCTTTAAATAGTTTTA
61896 CAATGTCANN
Statistics
Matches: 372, Mismatches: 69, Indels: 29
0.79 0.15 0.06
Matches are distributed among these distances:
162 26 0.07
163 77 0.21
164 3 0.01
165 7 0.02
167 3 0.01
170 9 0.02
171 238 0.64
172 9 0.02
ACGTcount: A:0.36, C:0.15, G:0.14, T:0.36
Consensus pattern (165 bp):
ATTATAATTGAATGTCTACCCTGGGAAATGTGAAGAAAAAGATATTCATTGGCAAGAAAAGTCCA
ATTATAGTCACCCATGCCTTCAAAACCTTATTACTAGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATT
GATTTGAAGTTAATTTTTTATATTTTTTTTAAAAT
Found at i:63208 original size:171 final size:170
Alignment explanation
Indices: 62911--63410 Score: 419
Period size: 171 Copynumber: 2.9 Consensus size: 170
62901 GTGCTTTTTC
* * * * * ** *
62911 ATTTTTTGTTAAAACAGATTATAATTAAATGTCTACCT-TGAGAAACGTGATGAAAAAGATATTC
1 ATTTTTTATTAAAACAGATTACAATTAAATGCCTACCTCAG-GAAACCTGAAAAAAAAGACATTC
* * * * * *
62975 ATTAGCAA-ACAAAGTTC-ATTTATAGTCACCTATGACTTC-AAAACACTTATTGCTCGCTTTAA
65 ATTGGCAAGA-AAAG-ACAATTTATAGTCACCTAAGCCTTCTAAAGC-CTTATTACTCGCTTTAA
*
63037 ATGCATTTATAATCTCATAATTGATTTTG-AGTTGAATTTTTT-TGT
127 ATG-ATTTATAATCTCATAATTGA-TTTGAAGTTAAATTTTTTAT-T
* * *
63082 A-TTTTTAGTTAAAACAGATTACAGTTGATTGCCTACCT-AGGGAAACCT-AAAGAAAAAGACAT
1 ATTTTTTA-TTAAAACAGATTACAATTAAATGCCTACCTCA-GGAAACCTGAAA-AAAAAGACAT
* ** * *
63144 TCCTTGGCAAGAAAAGACTCTTTATAGTCACCCAAGCCTTCTAAAGCCTTATTACTCACTTTAAA
63 TCATTGGCAAGAAAAGACAATTTATAGTCACCTAAGCCTTCTAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAA
*********
63209 TGATNNNNNNNNNNCATAATTGATTTGAAGTTAAATTTTTTATT
128 TGAT-TTATAATCTCATAATTGATTTGAAGTTAAATTTTTTATT
* * * *
63253 ATTTTTTATTAAAACAGATTATAATTAAATGTCTACCTCAGGAAACGTGAAAAAAAAGATATTCA
1 ATTTTTTATTAAAACAGATTACAATTAAATGCCTACCTCAGGAAACCTGAAAAAAAAGACATTCA
* * *
63318 TTGGTAAGAAAAGTCAATTTATAGTAACCTATA-CCTT-TCAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAAT
66 TTGGCAAGAAAAGACAATTTATAGTCACCTA-AGCCTTCT-AAAGCCTTATTACTCGCTTTAAAT
* * *
63381 GGTTTTATAATCTCATAAATAATTTGAAGT
129 -GATTTATAATCTCATAATTGATTTGAAGT
63411 GGAACTTTTA
Statistics
Matches: 256, Mismatches: 58, Indels: 30
0.74 0.17 0.09
Matches are distributed among these distances:
170 14 0.05
171 222 0.87
172 20 0.08
ACGTcount: A:0.36, C:0.14, G:0.12, T:0.36
Consensus pattern (170 bp):
ATTTTTTATTAAAACAGATTACAATTAAATGCCTACCTCAGGAAACCTGAAAAAAAAGACATTCA
TTGGCAAGAAAAGACAATTTATAGTCACCTAAGCCTTCTAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGA
TTTATAATCTCATAATTGATTTGAAGTTAAATTTTTTATT
Found at i:64321 original size:173 final size:159
Alignment explanation
Indices: 64208--64541 Score: 231
Period size: 171 Copynumber: 2.0 Consensus size: 159
64198 NNNNNNNNNN
64208 ATCTCATAATTGATTTAAAGTTGAATTTTTTTTTACATTTTTTATTAAAACAGATTATAATGGAA
1 ATCTCATAATTGATTTAAAGTT-AA-TTTTTTTT--ATTTTTTATTAAAACAGATTATAATGGAA
* * * * * *
64273 TGTCTACCTCGGGAAACATGAAGACAAAGCCATTCAGTAACAAGAAAAGTCTATTTATAGCCACC
62 TGTCTACCCCGGGAAACATGAAAAAAAAGACATTCAGTAACAAGAAAAGTCCAATTATAGCCACC
*
64338 TATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCACTTTAAA
127 TATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAA
* * * * * *
64371 TAGTNNNNNNNNNNT-ATAATTAATTTGAAGTTGAATTGTTTTCTAGTTTTTATTCAAACAGATT
1 -A-T---------CTCATAATTGATTTAAAGTT-AATT-TTTTTTATTTTTTATTAAAACAGATT
* ** * * * * * * ** * *
64435 ATAATTGAATAACTACCTCAGGAAACGTGAAGAAAAAGATATTCACTGGCAAGAATAGTCCATTT
53 ATAATGGAATGTCTACCCCGGGAAACATGAAAAAAAAGACATTCAGTAACAAGAAAAGTCCAATT
* * *
64500 ATAGTCACCTATGCCTCTC-AAAGCCTAATTACTCATTTTAAA
118 ATAGCCACCTATGCCT-TCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAA
64542 TCGCTTTACA
Statistics
Matches: 136, Mismatches: 22, Indels: 17
0.78 0.13 0.10
Matches are distributed among these distances:
164 1 0.01
165 1 0.01
171 106 0.78
172 4 0.03
173 23 0.17
174 1 0.01
ACGTcount: A:0.35, C:0.15, G:0.12, T:0.34
Consensus pattern (159 bp):
ATCTCATAATTGATTTAAAGTTAATTTTTTTTATTTTTTATTAAAACAGATTATAATGGAATGTC
TACCCCGGGAAACATGAAAAAAAAGACATTCAGTAACAAGAAAAGTCCAATTATAGCCACCTATG
CCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAA
Done.