Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: NW_018397326.1 Herrania umbratica cultivar Fairchild unplaced genomic scaffold, ASM216827v2 scaffold_511.0, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000
Length: 64298
ACGTcount: A:0.28, C:0.11, G:0.11, T:0.28
Warning! 14742 characters in sequence are not A, C, G, or T
Found at i:3481 original size:189 final size:188
Alignment explanation
Indices: 3146--3486 Score: 434
Period size: 189 Copynumber: 1.8 Consensus size: 188
3136 ACAAAAATGT
* *
3146 AAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGGTTATAAAACCATTTTAAGCGAGTAATAAGGCTTT
1 AAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGGTTACAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTT
** * * ** * *
3211 TGAAGGCTTGGGTGACTACAAGTGGGCTTCTCTTGACAATGAAAGTGTTTTTATTCATGTTTCTC
66 TGAAGGAATGGGTGACTACAAGTAGACTTCTCTTGACAATGAAAGACTTTTTATTCATATTTCCC
* *
3276 GAGGTAAATATTCAATTATAATTTGTTTCAGTTATAATCTATTTTCTCAAAGAATAAA
131 AAGGCAAATATTCAATTATAATTTGTTTCAGTTATAATCTATTTTCTCAAAGAATAAA
* * * **
3334 AAAAAATATTCAACTTAAAATCAATTATGAGTTTGCAAAACCATTTAAAGTGAGTTGTAAGGCTT
1 AAAAAA-ATTCAACTTAAAATCAATTATGAGGTTACAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTT
* * * * * *
3399 TTGAAGGAATGGGTGACTATAATTAGATTTGTCTT-ACCAATGAATGACTTTTTCTTCATATTTC
65 TTGAAGGAATGGGTGACTACAAGTAGACTTCTCTTGA-CAATGAAAGACTTTTTATTCATATTTC
3463 CCAAGGCAAACT-TTCAATTATAAT
129 CCAAGGCAAA-TATTCAATTATAAT
3487 CTTCTTTAAC
Statistics
Matches: 127, Mismatches: 23, Indels: 5
0.82 0.15 0.03
Matches are distributed among these distances:
188 7 0.06
189 119 0.94
190 1 0.01
ACGTcount: A:0.36, C:0.12, G:0.15, T:0.36
Consensus pattern (188 bp):
AAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGGTTACAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTT
TGAAGGAATGGGTGACTACAAGTAGACTTCTCTTGACAATGAAAGACTTTTTATTCATATTTCCC
AAGGCAAATATTCAATTATAATTTGTTTCAGTTATAATCTATTTTCTCAAAGAATAAA
Found at i:3547 original size:171 final size:171
Alignment explanation
Indices: 3302--5740 Score: 1516
Period size: 171 Copynumber: 14.2 Consensus size: 171
3292 TATAATTTGT
* * *
3302 TTCAGTTATAATCTATTTT--CTCAAAGAATAAAAAAAAATATTCAACTTAAAATCAATTATGAG
1 TTCAATTATAATCTATTTTAAC-CAAA-AAT-ATAAAAAACATTCAACTTAAAATCAATTATGAG
** ** * *
3365 TTTGCAAAACCATTTAAAGTGAGTTGTAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAATTAGATTTG
63 TTTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGATTGGGTGACTATAATTGGATTT-
* * *
3430 TCTTACCAATGAATGACTTTTTCTTCATATTTCCCAAGGCAAACT
127 TCTTGCCAATGAATGACTTTTTCTTCATGTTTCCCAAGGCAAACA
* * * * *
3475 TTCAATTATAATCT-TCTTTAACCAAAAATGTAAAAAA-ATTCAACTTAAAACCAATTTTAATTT
1 TTCAATTATAATCTAT-TTTAACCAAAAATATAAAAAACATTCAACTTAAAATCAATTATGAGTT
* * * * * * *
3538 TATAAAACCATTTAAAGGGAGTAACAAGGCTTTTGAAGGCTTAGGTGACTATAAATGGGCTTCTC
65 TATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGATTGGGTGACTAT-AATTGGATTTTC
* ** * ** *
3603 TTACCAATGAATGTGTTTTTATTCACATTTCCTAAGGCAAACA
129 TTGCCAATGAATGACTTTTTCTTCATGTTTCCCAAGGCAAACA
* * * * * * * * *
3646 TTAAATTATAATCTGTTTAAACCAAAAATA-CAAAAA-ATTTAACTTAAAATTAATTCTAAGGTT
1 TTCAATTATAATCTATTTTAACCAAAAATATAAAAAACATTCAACTTAAAATCAATTATGAGTTT
* ** * *
3709 ATAAAATCATTTAAAACGAGTAATAAGGCTTTTGAA-GACTTGGGTGACTATAAATGGGCTTTTC
66 ATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGA-TTGGGTGACTAT-AATTGGATTTTC
** * *** * *
3773 TTGCCAATGAATGTGTTTTTATTCATGTTTCTTGAGGTAAATA
129 TTGCCAATGAATGACTTTTTCTTCATGTTTCCCAAGGCAAACA
* *
3816 TTCAATTATAATCTATTTT-ACCTAAAAATATAAAAAACATTCAACTTAAAATCAATAATGGGTT
1 TTCAATTATAATCTATTTTAACC-AAAAATATAAAAAACATTCAACTTAAAATCAATTATGAGTT
* * * * *
3880 TATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGG-TTATTGAAGGTTTGGATAAATATAAATGGGATTTT
65 TATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTT-TTGAAGGATTGGGTGACTAT-AATTGGATTTT
* *** * * *
3944 CTTGTCAGCAAATGGCTTTTTCTTCATGTTTCTCAAGGCATACA
128 CTTGCCAATGAATGACTTTTTCTTCATGTTTCCCAAGGCAAACA
* * * * ** * *
3988 TTCAATTACAATCTGTTTTAATCTAAAATGCAAAAAACATTCAACTTAAAATCAAGTATGAGATT
1 TTCAATTATAATCTATTTTAACCAAAAATATAAAAAACATTCAACTTAAAATCAATTATGAGTTT
* * * * * * * * * * * *
4053 ACAAAAACATGTATAGTGAGTAGTAAGCCTTTCGAAAGAATGAGTGACTATAATTAGACTTTTTT
66 ATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGATTGGGTGACTATAATTGGA-TTTTCT
* * * * * *
4118 TGCCATTTAATGACTTTTTCTTCACGTTTACCAAGGTAAAAA
130 TGCCAATGAATGACTTTTTCTTCATGTTTCCCAAGGCAAACA
* ** * * ** *
4160 ATCAGCTATAATCTATTTTAACCAAGAATATAAAAAA-ATTAAACTTAAAATTGATT-TGGAGGT
1 TTCAATTATAATCTATTTTAACCAAAAATATAAAAAACATTCAACTTAAAATCAATTAT-GAGTT
* * * ****************
4223 TATAAAACTATTTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCTTGGGTGANNNNNNNNNNNNNNNN
65 TATAAAACCA-TTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGATTGGGTGACTATAATTGGATTTTC
************* * *
4288 NNNNNNNNNNNNNACATTTTTATTCATGTTTCCCAAGGAAAACA
129 TTGCCAATGAATGAC-TTTTTCTTCATGTTTCCCAAGGCAAACA
* * * * ** * * *
4332 TTTAATTACAATCTGTTTTCACC-AAAATGGAAAAAAAATTAAACTTAAAATCAATTATGAGGTT
1 TTCAATTATAATCTATTTTAACCAAAAATATAAAAAACATTCAACTTAAAATCAATTATGAGTTT
* * * * * * * * *
4396 GTGAAACCATTTAAAGAGAGTAACAAAGCTTTTGAAGGCTTAGGTGACTATAAATGGGATTCTCT
66 ATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGATTGGGTGACTAT-AATTGGATTTTCT
* ** * * *
4461 TTCCAATGAATGTGTTTTTATTCATGTTTCCTAAGGTAAACA
130 TGCCAATGAATGACTTTTTCTTCATGTTTCCCAAGGCAAACA
* * * * * * * **
4503 TTTAACTACAATCTGTTTTAACAAAAAATCTAAAAAA-ATTCAACTCAAAATCAATTA-GAAGGA
1 TTCAATTATAATCTATTTTAACCAAAAATATAAAAAACATTCAACTTAAAATCAATTATG-AGTT
* *********** * * * * * *
4566 TATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGNNNNNNNNNNCTAGGATGACCACAAATGGGCTTTTC
65 TATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGATTGGGTGACTA-TAATTGGATTTTC
* * ** * * * **
4631 TTGGCAATGAACGGGTTTTTCTTTA-GCTTGCCCTAGGCAAATT
129 TTGCCAATGAATGACTTTTTCTTCATG-TTTCCCAAGGCAAACA
* *
4674 TTCAATTATAATCTTTTTTAACCAAAAATATAAAAAAC-TTCAACTTAAAATCAATTATGAGGTT
1 TTCAATTATAATCTATTTTAACCAAAAATATAAAAAACATTCAACTTAAAATCAATTATGAGTTT
* * * * * * * *
4738 ATAAAACGATTTAAAGCGAGTAATAAGGTTTTTGAAGGCTTGGTTGACTATAAATGGGCTTTACT
66 ATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGATTGGGTGACTAT-AATTGGATTTTCT
* * *
4803 TGCCAATGAATTG-CTTTTACTTCATGTTTCTCAAGGTAAACA
130 TGCCAATGAA-TGACTTTTTCTTCATGTTTCCCAAGGCAAACA
* * * * * *
4845 TTCAATTATAATCTATTTTAACTAAAAATATAGAAAA-ATTAAAATTAAAATCGATT-TGGAGGT
1 TTCAATTATAATCTATTTTAACCAAAAATATAAAAAACATTCAACTTAAAATCAATTAT-GAGTT
* * * * * *
4908 TATAAAACTATTTTAAAGCGAGTAACAAGGCTTTTGAAGGCTTGGGTGACTATAAATAGGCTTTT
65 TATAAAACCA-TTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGATTGGGTGACTAT-AATTGGATTTT
*** * * * *
4973 CTTGCCAATGAATTTGTTTTTCTTTACT-TTTCTCAGGGTAAACA
128 CTTGCCAATGAATGACTTTTTCTTCA-TGTTTCCCAAGGCAAACA
* * * * * * * * *
5017 TTCAATTATAATCTGTTTTCATCAAAAGTGT-AAAAACATTGAACTTAAAATTAATTTTGAGGTT
1 TTCAATTATAATCTATTTTAACCAAAAATATAAAAAACATTCAACTTAAAATCAATTATGAGTTT
* * * * * * * * * *
5081 ATTAAACTATTTAAA-TAAAGTAATAAGACTTTTAAAGGCTTCGGTGAATATAAATGGGCTTTTC
66 ATAAAACCATTTAAAGT-GAGTAATAAGGCTTTTGAAGGATTGGGTGACTAT-AATTGGATTTTC
* **
5145 TTGCCAATGAATGA-GTTTTCATTCATGTTTCCTGAGGCAAACA
129 TTGCCAATGAATGACTTTTTC-TTCATGTTTCCCAAGGCAAACA
* * * * ** *
5188 TTCAATTACAATCTGTTTTCACC-AAAATGTAATAAAA-ATAGAACTTAAAATCAATTATGAGGT
1 TTCAATTATAATCTATTTTAACCAAAAATATAA-AAAACATTCAACTTAAAATCAATTATGAGTT
* * * * * * * * ** * *
5251 TGTAAAATCATTTAAAGAGAGCAATAACGCTTTTGAAGGCTCGAGTGGTTATAAATGGACTTTCT
65 TATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGATTGGGTGACTATAATTGGATTTTCT
** *
5316 TGCCAATGAATGGGTTTTTCTTCATGTTTCCAAAGGCAAACA
130 TGCCAATGAATGACTTTTTCTTCATGTTTCCCAAGGCAAACA
* * * * * *
5358 TTCCATTAGAATTAGAATCTGTTTGAACAAAAAATGTAAAAAACATTCAACATAAAATCAATTAT
1 TT-C-----AATTATAATCTATTTTAACCAAAAATATAAAAAACATTCAACTTAAAATCAATTAT
* * * * * * *
5423 GAGATTACAAAGCCATTTAAAAG-AAGTAGTAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTCACTATAATTGGA
60 GAGTTTATAAAACCATTT-AAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGATTGGGTGACTATAATTGGA
* * * ** *
5487 CATTTCTAGCCAATGAAT-AGCTTTTTCTTCAGGTTTCGAAATGCAAACA
124 -TTTTCTTGCCAATGAATGA-CTTTTTCTTCATGTTTCCCAAGGCAAACA
* ** * * * * *
5536 TTCAATTATAATCTATTTTTA-GTAAAATGTAAAAGA-ATTAAACTTAAAATCAATTTTGAGGTT
1 TTCAATTATAATCTATTTTAACCAAAAATATAAAAAACATTCAACTTAAAATCAATTATGAGTTT
* * * * * * *
5599 ATAAAACCATTTAAAGGGAATAATAAGGCTTTTGAAGGCTTGTGTGACTATAAATGGGCTTCTCT
66 ATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGATTGGGTGACTAT-AATTGGATTTTCT
** * *
5664 TGCCAATGAATGTGTTTTTATTCATGTTTCCTAAGGCAAACA
130 TGCCAATGAATGACTTTTTCTTCATGTTTCCCAAGGCAAACA
* **
5706 TTCAATTGTAAAGTATTTTAACCAAAAATATAAAA
1 TTCAATTATAATCTATTTTAACCAAAAATATAAAA
5741 GAANNNNNNN
Statistics
Matches: 1753, Mismatches: 455, Indels: 118
0.75 0.20 0.05
Matches are distributed among these distances:
169 8 0.00
170 313 0.18
171 733 0.42
172 531 0.30
173 27 0.02
174 4 0.00
175 1 0.00
176 20 0.01
177 70 0.04
178 46 0.03
ACGTcount: A:0.37, C:0.12, G:0.14, T:0.34
Consensus pattern (171 bp):
TTCAATTATAATCTATTTTAACCAAAAATATAAAAAACATTCAACTTAAAATCAATTATGAGTTT
ATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGATTGGGTGACTATAATTGGATTTTCTT
GCCAATGAATGACTTTTTCTTCATGTTTCCCAAGGCAAACA
Found at i:5018 original size:685 final size:680
Alignment explanation
Indices: 2887--5836 Score: 2542
Period size: 685 Copynumber: 4.3 Consensus size: 680
2877 AAAATGAAAA
* * * * * ***
2887 ATAAATGGGCTTTTCTT-CTTAATGAATGGGTCTTTCTTCACGTTTTTTGAGGTAAACATTCAAT
1 ATAAATGGGCTTCTCTTGC-CAATGAATGTGTTTTTATTCAC-TTTTCCAAGGTAAACATTCAAT
* * * * *
2951 TATAATCTATTTTAACTAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTGTGAGGTTATAAAAC
64 TATAATCTGTTTTAAC-CAAAATGAAAAAAAATTAAACTTAAAATCAATTATGAGGTTATAAAAC
* * * * * *
3016 TATTTGAAGCGAGTAATAAGGTTTTGGAAGGC-TCGAGTGACTATAAATGGGCTTTACTTGCCAA
128 CATTTAAAGAGAGTAAAAAGCTTTT-GAAGGCTTCG-GTGACTATAAATGGGCTTTTCTTGCCAA
* * * *
3080 TGAAT-TGATTTTTCTACATGTTT-CTAAAGGTAAACATTCAATTATAATTTGTTTTAACAAAAA
191 TGAATGTG-TTTTTATTCATGTTTCCT-AAGGTAAACATTCAATTACAATCTGTTTTAACAAAAA
*
3143 TGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGGTTATAAAACCATTTTAAGCGAGTAATAAGGC
254 TGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGGTTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGC
* * * * * *
3208 TTTTGAAGGCTTGGGTGACTACAAGTGGGCTTCTCTTGACAATGAAAGTGTTTTTATTCATGTTT
319 TTTTGAAGGCTTGGATGACTACAAATGGGCTTTTCTTGACAATGAATGGGTTTTTCTTCATGTTT
* * * * *
3273 CTCGAGGTAAATATTCAATTATAATTTGTTTCAGTTATAATCTATTTTCTCAAAGAATAAAAAAA
384 CCCAAGGCAAATATTCAATTATAATCTG--T---TT-T-A---A----C-CAAA-AAT-ATAAAA
* * * *
3338 AATATTCAACTTAAAATCAATTATGAGTTTGCAAAACCATTTAAAGTGAGTTGTAAGGCTTTTGA
432 AACATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTACAAAACCATTTAAAGTGAGTAGTAAGGCTTTTGA
* * * *
3403 AGGAATGGGTGACTATAATTAGA-TTTGTCTTACCAATGAATGACTTTTTCTTCATATTTCCCAA
497 AGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTT-TCTTGCCAATGAATGACTTTTTCTTCATGTTT-CCAA
* * * *
3467 GGCAAACTTTCAATTATAATCT-TCTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAACCAATT
560 GGCAAACATTCAATTATAATCTAT-TTTAACCAAAAATATAAAAAAATTAAACTTAAAATCAATT
** ** * *
3531 TTAATTTTATAAAACCATTTAAAGGGAGTAACAAGGCTTTTGAAGGCTTAGGTGACT
624 TGGAGGTTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAACAAGGCTTTTGAAGGCTTGGGTGACT
* * * *
3588 ATAAATGGGCTTCTCTTACCAATGAATGTGTTTTTATTCACATTTCCTAAGGCAAACATTAAATT
1 ATAAATGGGCTTCTCTTGCCAATGAATGTGTTTTTATTCACTTTTCC-AAGGTAAACATTCAATT
* * * * * * *
3653 ATAATCTGTTTAAACCAAAAAT-ACAAAAAATTTAACTTAAAATTAATTCTAAGGTTATAAAATC
65 ATAATCTGTTTTAACC-AAAATGAAAAAAAATTAAACTTAAAATCAATTATGAGGTTATAAAACC
* * *
3717 ATTTAAA-ACGAGTAATAAGGCTTTTGAAGACTTGGGTGACTATAAATGGGCTTTTCTTGCCAAT
129 ATTTAAAGA-GAGTAA-AAAGCTTTTGAAGGCTTCGGTGACTATAAATGGGCTTTTCTTGCCAAT
* * * * * * *
3781 GAATGTGTTTTTATTCATGTTTCTTGAGGTAAATATTCAATTATAATCTATTTTACCTAAAAATA
192 GAATGTGTTTTTATTCATGTTTCCTAAGGTAAACATTCAATTACAATCTGTTTTAAC-AAAAATG
* *
3846 TAAAAAACATTCAACTTAAAATCAATAATG-GGTTTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGG-
256 TAAAAAA-ATTCAACTTAAAATCAATTATGAGG-TTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGC
* * * * * * *** *
3909 TTATTGAAGGTTTGGATAAATATAAATGGGATTTTCTTGTCAGCAAATGGCTTTTTCTTCATGTT
319 TT-TTGAAGGCTTGGATGACTACAAATGGGCTTTTCTTGACAATGAATGGGTTTTTCTTCATGTT
* * * * * * **
3974 TCTCAAGGCATACATTCAATTACAATCTGTTTTAATCTAAAATGCAAAAAACATTCAACTTAAAA
383 TCCCAAGGCAAATATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATATAAAAAACATTCAACTTAAAA
* * * * * * * *
4039 TCAAGTATGAGATTACAAAAACATGTATAGTGAGTAGTAAGCCTTTCGAAAGAATGAGTGACTAT
448 TCAATTATGAGATTACAAAACCATTTAAAGTGAGTAGTAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTAT
* * * * * * * * * **
4104 AATTAGACTTTTTTTGCCATTTAATGACTTTTTCTTCACGTTTACCAAGGTAAAAAATCAGCTAT
513 AAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGACTTTTTCTTCATGTTT-CCAAGGCAAACATTCAATTAT
* ** *
4169 AATCTATTTTAACCAAGAATATAAAAAAATTAAACTTAAAATTGATTTGGAGGTTATAAAACTAT
577 AATCTATTTTAACCAAAAATATAAAAAAATTAAACTTAAAATCAATTTGGAGGTTATAAAACCA-
* **
4234 TTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCTTGGGTGANN
641 TTTAAAGCGAGTAACAAGGCTTTTGAAGGCTTGGGTGACT
****************************** * *
4274 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNACATTTTTATTCA-TGTTTCCCAAGGAAAACATTTAAT
1 ATAAATGGGCTTCTCTTGCCAATGAATGTGTTTTTATTCACT-TTT-CCAAGGTAAACATTCAAT
* * * *
4338 TACAATCTGTTTTCACCAAAATGGAAAAAAAATTAAACTTAAAATCAATTATGAGGTTGTGAAAC
64 TATAATCTGTTTTAACCAAAAT-GAAAAAAAATTAAACTTAAAATCAATTATGAGGTTATAAAAC
* * * *
4403 CATTTAAAGAGAGTAACAAAGCTTTTGAAGGCTTAGGTGACTATAAATGGGATTCTCTTTCCAAT
128 CATTTAAAGAGAGTAA-AAAGCTTTTGAAGGCTTCGGTGACTATAAATGGGCTTTTCTTGCCAAT
* * *
4468 GAATGTGTTTTTATTCATGTTTCCTAAGGTAAACATTTAACTACAATCTGTTTTAACAAAAAATC
192 GAATGTGTTTTTATTCATGTTTCCTAAGGTAAACATTCAATTACAATCTGTTTTAAC-AAAAATG
* * **
4533 TAAAAAAATTCAACTCAAAATCAATTA-GAAGGATATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGNN
256 TAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATG-AGGTTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCT
******** * * * * * *
4597 NNNNNNNNCTAGGATGACCACAAATGGGCTTTTCTTGGCAATGAACGGGTTTTTCTTTA-GCTTG
320 TTTGAAGGCTTGGATGACTACAAATGGGCTTTTCTTGACAATGAATGGGTTTTTCTTCATG-TTT
* * *
4661 CCCTAGGCAAATTTTCAATTATAATCTTTTTTAACCAAAAATATAAAAAAC-TTCAACTTAAAAT
384 CCCAAGGCAAATATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATATAAAAAACATTCAACTTAAAAT
* * * * * * ** *
4725 CAATTATGAGGTTATAAAACGATTTAAAGCGAGTAATAAGGTTTTTGAAGGCTTGGTTGACTATA
449 CAATTATGAGATTACAAAACCATTTAAAGTGAGTAGTAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATA
* * * *
4790 AATGGGCTTTACTTGCCAATGAATTG-CTTTTACTTCATGTTTCTCAAGGTAAACATTCAATTAT
514 AATGGACTTTTCTTGCCAATGAA-TGACTTTTTCTTCATGTTTC-CAAGGCAAACATTCAATTAT
* * * * *
4854 AATCTATTTTAACTAAAAATATAGAAAAATTAAAATTAAAATCGATTTGGAGGTTATAAAACTAT
577 AATCTATTTTAACCAAAAATATAAAAAAATTAAACTTAAAATCAATTTGGAGGTTATAAAACCA-
4919 TTTAAAGCGAGTAACAAGGCTTTTGAAGGCTTGGGTGACT
641 TTTAAAGCGAGTAACAAGGCTTTTGAAGGCTTGGGTGACT
* * * * * *
4959 ATAAATAGGCTTTTCTTGCCAATGAATTTGTTTTTCTTTACTTTTCTCAGGGTAAACATTCAATT
1 ATAAATGGGCTTCTCTTGCCAATGAATGTGTTTTTATTCACTTTTC-CAAGGTAAACATTCAATT
* * * * * * * * *
5024 ATAATCTGTTTTCATCAAAAGTGTAAAAACATTGAACTTAAAATTAATTTTGAGGTTATTAAACT
65 ATAATCTGTTTTAACCAAAA-TGAAAAAAAATTAAACTTAAAATCAATTATGAGGTTATAAAACC
* * * * *
5089 ATTTAAATAAAGTAATAAGACTTTTAAAGGCTTCGGTGAATATAAATGGGCTTTTCTTGCCAATG
129 ATTTAAAGAGAGTAAAAAG-CTTTTGAAGGCTTCGGTGACTATAAATGGGCTTTTCTTGCCAATG
* * * * * *
5154 AATGAGTTTTCATTCATGTTTCCTGAGGCAAACATTCAATTACAATCTGTTTTCACCAAAATGTA
193 AATGTGTTTTTATTCATGTTTCCTAAGGTAAACATTCAATTACAATCTGTTTTAACAAAAATGTA
** * * * * *
5219 ATAAAAATAGAACTTAAAATCAATTATGAGGTTGTAAAATCATTTAAAGAGAGCAATAACGCTTT
258 A-AAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGGTTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTT
* ** * * *
5284 TGAAGGC-TCGAGTGGTTATAAATGGAC-TTTCTTGCCAATGAATGGGTTTTTCTTCATGTTTCC
322 TGAAGGCTTGGA-TGACTACAAATGGGCTTTTCTTGACAATGAATGGGTTTTTCTTCATGTTTCC
* * * * * * *
5347 AAAGGCAAACATTCCATTAGAATTAGAATCTGTTTGAACAAAAAATGTAAAAAACATTCAACATA
386 CAAGGC-AA-A-T--ATT-CAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATATAAAAAACATTCAACTTA
* * *
5412 AAATCAATTATGAGATTACAAAGCCATTTAAAAG-AAGTAGTAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTCA
445 AAATCAATTATGAGATTACAAAACCATTT-AAAGTGAGTAGTAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGA
* * * * * *
5476 CTATAATTGGACATTTCTAGCCAATGAAT-AGCTTTTTCTTCAGGTTTCGAAATGCAAACATTCA
509 CTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGA-CTTTTTCTTCATGTTTC-CAAGGCAAACATTCA
* ** * * *
5540 ATTATAATCTATTTTTA-GTAAAATGTAAAAGAATTAAACTTAAAATCAATTTTGAGGTTATAAA
572 ATTATAATCTATTTTAACCAAAAATATAAAAAAATTAAACTTAAAATCAATTTGGAGGTTATAAA
* * * *
5604 ACCATTTAAAGGGAATAATAAGGCTTTTGAAGGCTTGTGTGACT
637 ACCATTTAAAGCGAGTAACAAGGCTTTTGAAGGCTTGGGTGACT
*
5648 ATAAATGGGCTTCTCTTGCCAATGAATGTGTTTTTATTCA-TGTTTCCTAAGGCAAACATTCAAT
1 ATAAATGGGCTTCTCTTGCCAATGAATGTGTTTTTATTCACT-TTTCC-AAGGTAAACATTCAAT
* ** * * ********** * *
5712 TGTAAAGTATTTTAACCAAAAAT-ATAAAAGAANNNNNNNNNNAATTAATTTTGAGGTTATAAAA
64 TATAATCTGTTTTAACC-AAAATGA-AAAAAAATTAAACTTAAAATCAATTATGAGGTTATAAAA
* * * * *
5776 CCATTGAAAGGGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCTTAGGTGACTATAAATGGGCTTCTCTTG
127 CCATTTAAAGAGAGTAA-AAAGCTTTTGAAGGCTTCGGTGACTATAAATGGGCTTTTCTTG
5837 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 1776, Mismatches: 424, Indels: 110
0.77 0.18 0.05
Matches are distributed among these distances:
684 49 0.03
685 625 0.35
686 214 0.12
687 159 0.09
688 3 0.00
689 176 0.10
690 79 0.04
691 122 0.07
692 5 0.00
695 1 0.00
696 1 0.00
697 2 0.00
700 127 0.07
701 94 0.05
702 119 0.07
ACGTcount: A:0.37, C:0.12, G:0.15, T:0.35
Consensus pattern (680 bp):
ATAAATGGGCTTCTCTTGCCAATGAATGTGTTTTTATTCACTTTTCCAAGGTAAACATTCAATTA
TAATCTGTTTTAACCAAAATGAAAAAAAATTAAACTTAAAATCAATTATGAGGTTATAAAACCAT
TTAAAGAGAGTAAAAAGCTTTTGAAGGCTTCGGTGACTATAAATGGGCTTTTCTTGCCAATGAAT
GTGTTTTTATTCATGTTTCCTAAGGTAAACATTCAATTACAATCTGTTTTAACAAAAATGTAAAA
AAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGGTTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAA
GGCTTGGATGACTACAAATGGGCTTTTCTTGACAATGAATGGGTTTTTCTTCATGTTTCCCAAGG
CAAATATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATATAAAAAACATTCAACTTAAAATCAATTAT
GAGATTACAAAACCATTTAAAGTGAGTAGTAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGAC
TTTTCTTGCCAATGAATGACTTTTTCTTCATGTTTCCAAGGCAAACATTCAATTATAATCTATTT
TAACCAAAAATATAAAAAAATTAAACTTAAAATCAATTTGGAGGTTATAAAACCATTTAAAGCGA
GTAACAAGGCTTTTGAAGGCTTGGGTGACT
Found at i:5138 original size:514 final size:511
Alignment explanation
Indices: 2940--5836 Score: 2311
Period size: 514 Copynumber: 5.6 Consensus size: 511
2930 TTTTTGAGGT
* * *
2940 AAACATTCAATTATAATCTATTTTAACTAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTGTGA
1 AAACATTCAATTATAATCTGTTTTATCTAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTTTGA
* * *
3005 GGTTATAAAACTATTTGAAGCGAGTAATAAGG-TTTTGGAAGGCTCGAGTGACTATAAATGGGCT
66 GGTTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTT-GAAGGCTTGAGTGACTATAAATGGGCT
* * * * *
3069 TTACTTGCCAATGAATTGA-TTTTTCTACATGTTT-CTAAAGGTAAACATTCAATTATAATTTGT
130 TTTCTTGCCAATGAA-TGAGTTTTTCTTCATGTTTCCT-AAGGCAAACATTCAATTATAATCTAT
* *
3132 TTTAA-CAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGGTTATAAAACCATTTTAAGC
193 TTTAACCAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGGTTATAAAA-CATTTAAAGC
* * * *
3196 GAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCTTGGGTGACTACAAGTGGGCTTCTCTTGACAATGAAAGTGTTT
257 GAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCTTGGGTGACTATAAATGGGCTT-TCTTGCCAATG-AATTGTTT
* * **
3261 TTATTCATGTTTCTCGAGGTAAATATTCAATTATAATTTGTTTCAGTTATAATCTATTTTCTCAA
320 TTATTCATGTTTCTCAAGGTAAACATTCAATTATAA------TC-----T-AT-T-TTAACT-AA
* * * * ** **
3326 AGAATAAAAAAAAATATTCAACTTAAAATCAATTATGAGTTTGCAAAACCATTTAAAGTGAGTTG
370 A-AAT-ATAAAAAACATTAAACTTAAAATCAATTATGAGGTTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAA
* * * * *
3391 TAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAATTA-GATTTGTCTTACCAATGAATGACTTTTTCTT
433 TAAGGCTTTTGAAGGATTGGGTGACTATAAATAGGATTT-TCTTGCCAATGAATTAGTTTTTCTT
* *
3455 CATATTTCCCAAGGC
497 CATGTTTCTCAAGGC
* * * * *
3470 AAACTTTCAATTATAATCT-TCTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAACCAATTTTA
1 AAACATTCAATTATAATCTGT-TTTATCTAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTTTG
** * *
3534 ATTTTATAAAACCATTTAAAGGGAGTAACAAGGCTTTTGAAGGCTT-AGGTGACTATAAATGGGC
65 AGGTTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCTTGA-GTGACTATAAATGGGC
* * * * ** * *
3598 TTCTCTTACCAATGAATGTGTTTTTATTCACATTTCCTAAGGCAAACATTAAATTATAATCTGTT
129 TTTTCTTGCCAATGAATGAGTTTTTCTTCATGTTTCCTAAGGCAAACATTCAATTATAATCTATT
* * * * * * *
3663 TAAACCAAAAATA-CAAAAAATTTAACTTAAAATTAATTCTAAGGTTATAAAATCATTTAAAACG
194 TTAACCAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGGTTATAAAA-CATTTAAAGCG
*
3727 AGTAATAAGGCTTTTGAAGACTTGGGTGACTATAAATGGGCTTTTCTTGCCAATGAATGTGTTTT
258 AGTAATAAGGCTTTTGAAGGCTTGGGTGACTATAAATGGGC-TTTCTTGCCAATGAAT-TGTTTT
** * *
3792 TATTCATGTTTCTTGAGGTAAATATTCAATTATAATCTATTTTACCTAAAAATATAAAAAACATT
321 TATTCATGTTTCTCAAGGTAAACATTCAATTATAATCTATTTTAACTAAAAATATAAAAAACATT
* * *
3857 CAACTTAAAATCAATAATG-GGTTTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGG-TTATTGAAGGT
386 AAACTTAAAATCAATTATGAGG-TTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTT-TTGAAGGA
* * * * * * *
3920 TTGGATAAATATAAATGGGATTTTCTTGTC-A-GCAAATGGCTTTTTCTTCATGTTTCTCAAGGC
449 TTGGGTGACTATAAATAGGATTTTCTTGCCAATG-AATTAG-TTTTTCTTCATGTTTCTCAAGGC
* * * * *
3983 ATACATTCAATTACAATCTGTTTTAATCT-AAAATGCAAAAAACATTCAACTTAAAATCAAGTAT
1 AAACATTCAATTATAATCTGTTTT-ATCTAAAAATGTAAAAAA-ATTCAACTTAAAATCAATTTT
* * * * * * * * * * ** * * *
4047 GAGATTACAAAAACATGTATAGTGAGTAGTAAGCCTTTCGAAAGAATGAGTGACTATAATTAGAC
64 GAGGTTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCTTGAGTGACTATAAATGGGC
* * * * * * * * **
4112 TTTTTTTGCCATTTAATGACTTTTTCTTCACGTTTACC-AAGGTAAAAAATCAGCTATAATCTAT
129 TTTTCTTGCCAATGAATGAGTTTTTCTTCATGTTT-CCTAAGGCAAACATTCAATTATAATCTAT
* * **
4176 TTTAACCAAGAATATAAAAAAATTAAACTTAAAATTGATT-TGGAGGTTATAAAACTATTTTAAA
193 TTTAACCAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTAT-GAGGTTATAAAAC-A-TTTAAA
************************** **
4240 GCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCTTGGGTGANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNA-CA
255 GCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCTTGGGTGA---CTATAAATGGGCTTTCTTGCCAATGAATTG
* * * * * * * **
4304 TTTTTATTCATGTTTCCCAAGGAAAACATTTAATTACAATCTGTTTTCAC-CAAAATGGAAAAAA
317 TTTTTATTCATGTTTCTCAAGGTAAACATTCAATTATAATCTATTTTAACTAAAAATATAAAAAA
* * * * * *
4368 AATTAAACTTAAAATCAATTATGAGGTTGTGAAACCATTTAAAGAGAGTAACAAAGCTTTTGAAG
382 CATTAAACTTAAAATCAATTATGAGGTTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAG
* * * * * *
4433 GCTTAGGTGACTATAAATGGGATTCTCTTTCCAATGAATGT-GTTTTTATTCATGTTTC-CTAAG
447 GATTGGGTGACTATAAATAGGATTTTCTTGCCAATGAAT-TAGTTTTTCTTCATGTTTCTC-AAG
*
4496 GT
510 GC
* * * * * * * *
4498 AAACATTTAACTACAATCTGTTTTAACAAAAAATCTAAAAAAATTCAACTCAAAATCAA-TTAGA
1 AAACATTCAATTATAATCTGTTTTATCTAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTTTG-
* ********** * * *
4562 AGGATATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGNNNNNNNNNNCTAG-GATGACCACAAATGGGC
65 AGGTTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCTTGAG-TGACTATAAATGGGC
* * * * * ** *
4626 TTTTCTTGGCAATGAACGGGTTTTTCTTTA-GCTTGCCCT-AGGCAAATTTTCAATTATAATCTT
129 TTTTCTTGCCAATGAATGAGTTTTTCTTCATG-TT-TCCTAAGGCAAACATTCAATTATAATCTA
*
4689 TTTTAACCAAAAATATAAAAAACTTCAACTTAAAATCAATTATGAGGTTATAAAACGATTTAAAG
192 TTTTAACCAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGGTTATAAAAC-ATTTAAAG
* * *
4754 CGAGTAATAAGGTTTTTGAAGGCTTGGTTGACTATAAATGGGCTTTACTTGCCAATGAATTGCTT
256 CGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCTTGGGTGACTATAAATGGGCTTT-CTTGCCAATGAATTGTTT
*
4819 TTACTTCATGTTTCTCAAGGTAAACATTCAATTATAATCTATTTTAACTAAAAATATAGAAAA-A
320 TTA-TTCATGTTTCTCAAGGTAAACATTCAATTATAATCTATTTTAACTAAAAATATAAAAAACA
* * * * *
4883 TTAAAATTAAAATCGATT-TGGAGGTTATAAAACTATTTTAAAGCGAGTAACAAGGCTTTTGAAG
384 TTAAACTTAAAATCAATTAT-GAGGTTATAAAACCA-TTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAG
* * * * *
4947 GCTTGGGTGACTATAAATAGGCTTTTCTTGCCAATGAATTTGTTTTTCTTTACT-TTTCTCAGGG
447 GATTGGGTGACTATAAATAGGATTTTCTTGCCAATGAATTAGTTTTTCTTCA-TGTTTCTCAAGG
*
5011 T
511 C
* * * *
5012 AAACATTCAATTATAATCTGTTTTCATC-AAAAGTGTAAAAACATTGAACTTAAAATTAATTTTG
1 AAACATTCAATTATAATCTGTTTT-ATCTAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTTTG
* * *** * * *
5076 AGGTTATTAAACTATTTAAATAAAGTAATAAGACTTTTAAAGGCTTCG-GTGAATATAAATGGGC
65 AGGTTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCTT-GAGTGACTATAAATGGGC
* * *
5140 TTTTCTTGCCAATGAATGAG-TTTTCATTCATGTTTCCTGAGGCAAACATTCAATTACAATCTGT
129 TTTTCTTGCCAATGAATGAGTTTTTC-TTCATGTTTCCTAAGGCAAACATTCAATTATAATCTAT
* * ** *
5204 TTTCACC-AAAATGTAATAAAAATAGAACTTAAAATCAATTATGAGGTTGTAAAATCATTTAAAG
193 TTTAACCAAAAATATAA-AAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGGTTATAAAA-CATTTAAAG
* * * * * ** * *
5268 AGAGCAATAACGCTTTTGAAGGCTCGAGTGGTTATAAATGGACTTTCTTGCCAATGAATGGGTTT
256 CGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCTTGGGTGACTATAAATGGGCTTTCTTGCCAATGAAT-TGTTT
* * * * * * *
5333 TTCTTCATGTTTC-CAAAGGCAAACATTCCATTAGAATTAGAATCTGTTTGAACAAAAAATGTAA
320 TTATTCATGTTTCTC-AAGGTAAACATT-C-----AATTATAATCTATTTTAACTAAAAATATAA
* * * * * * *
5397 AAAACATTCAACATAAAATCAATTATGAGATTACAAAGCCATTTAAAAG-AAGTAGTAAGGCTTT
378 AAAACATTAAACTTAAAATCAATTATGAGGTTATAAAACCATTT-AAAGTGAGTAATAAGGCTTT
* * * * * *
5461 TGAAGGAATGGGTCACTAT-AATTGGACATTTCTAGCCAATGAA-TAGCTTTTTCTTCAGGTTTC
442 TGAAGGATTGGGTGACTATAAATAGGA-TTTTCTTGCCAATGAATTAG-TTTTTCTTCATGTTTC
** *
5524 GAAATGC
505 TCAAGGC
* * * *
5531 AAACATTCAATTATAATCTATTTT-TAGT-AAAATGTAAAAGAATTAAACTTAAAATCAATTTTG
1 AAACATTCAATTATAATCTGTTTTAT-CTAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTTTG
* * *
5594 AGGTTATAAAACCATTTAAAGGGAATAATAAGGCTTTTGAAGGCTTGTGTGACTATAAATGGGCT
65 AGGTTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCTTGAGTGACTATAAATGGGCT
* * * * **
5659 TCTCTTGCCAATGAATGTGTTTTTATTCATGTTTCCTAAGGCAAACATTCAATTGTAAAGTATTT
130 TTTCTTGCCAATGAATGAGTTTTTCTTCATGTTTCCTAAGGCAAACATTCAATTATAATCTATTT
* ********** * * * *
5724 TAACCAAAAATATAAAAGAANNNNNNNNNNAATTAATTTTGAGGTTATAAAACCATTGAAAGGGA
195 TAACCAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGGTTATAAAA-CATTTAAAGCGA
*
5789 GTAATAAGGCTTTTGAAGGCTTAGGTGACTATAAATGGGCTTCTCTTG
259 GTAATAAGGCTTTTGAAGGCTTGGGTGACTATAAATGGGCTT-TCTTG
5837 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 1857, Mismatches: 435, Indels: 161
0.76 0.18 0.07
Matches are distributed among these distances:
511 2 0.00
512 13 0.01
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524 2 0.00
529 6 0.00
530 289 0.16
531 15 0.01
ACGTcount: A:0.37, C:0.12, G:0.15, T:0.34
Consensus pattern (511 bp):
AAACATTCAATTATAATCTGTTTTATCTAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTTTGA
GGTTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCTTGAGTGACTATAAATGGGCTT
TTCTTGCCAATGAATGAGTTTTTCTTCATGTTTCCTAAGGCAAACATTCAATTATAATCTATTTT
AACCAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGGTTATAAAACATTTAAAGCGAGT
AATAAGGCTTTTGAAGGCTTGGGTGACTATAAATGGGCTTTCTTGCCAATGAATTGTTTTTATTC
ATGTTTCTCAAGGTAAACATTCAATTATAATCTATTTTAACTAAAAATATAAAAAACATTAAACT
TAAAATCAATTATGAGGTTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGATTGGGTG
ACTATAAATAGGATTTTCTTGCCAATGAATTAGTTTTTCTTCATGTTTCTCAAGGC
Found at i:6731 original size:169 final size:168
Alignment explanation
Indices: 6311--6837 Score: 550
Period size: 169 Copynumber: 3.1 Consensus size: 168
6301 ATCAATTGTA
* * *
6311 AGGTTATAAAACCATTTAAAGCGCGTAATATGGCTTTTGAAGGCTTGAGTGACTATAAATGGGCT
1 AGGTTATAAAACCATTTAAAACGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCTTG-GTGACTATAAATGGG-T
* *
6376 TT-ACTTGCGAATAAAT-TGGTTTCTCTA-T--ATTTTTGTCAAGGTAAACATTCAATTATAATC
64 TTCACTTGC-AATGAATGT-GTTT-T-TATTCAAGTTTT-TCAAGGTAAACATTCAATTATAATC
* *
6436 TGTTTTAACAAAAAAATATAAAAGAATTCAACTTAAAA-CCAATT-TTG
124 TG-TTTAA-AAAAAAATATAAAA-AATTAAACTTAAAATCC-ATTATCG
* * * * *
6483 AGGTTATAAAACTATTTAAAAGGAGTAATTAGGCTTTTGAAGGCTTCTGTGACTATAAATGGGCT
1 AGGTTATAAAACCATTTAAAACGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCTT-GGTGACTATAAATGGGTT
* * *
6548 TCTCTTGCCAATGAATGTGTTTTTATTCAAGTTTTTCAAGGTAAACATTCAATTGTAATCCGTTT
65 TCACTTG-CAATGAATGTGTTTTTATTCAAGTTTTTCAAGGTAAACATTCAATTATAATCTGTTT
* *
6613 AAACAAAAATATAAAAAATTAAACCTAAAATCCATTATCG
129 AAAAAAAAATATAAAAAATTAAACTTAAAATCCATTATCG
* * *
6653 A-GTTTTAAAACCAGTTAAAACGAGTAATAAGGCTTTTGAAAGCTTAGGTGACTATAAATGGGTT
1 AGGTTATAAAACCATTTAAAACGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCTT-GGTGACTATAAATGGGTT
* ** ** * * *
6717 TCACTTGTCAATGAATGTGTTTTTATTCATGTTTCCCAAGACAAACATTAAAATATAATCTGCTT
65 TCACTTG-CAATGAATGTGTTTTTATTCAAGTTTTTCAAGGTAAACATTCAATTATAATCTGTTT
* * * * *
6782 AAATAAAAATGTAAAAAATTGAACTTAAAATCAATTAT-A
129 AAAAAAAAATATAAAAAATTAAACTTAAAATCCATTATCG
*
6821 AGGTTATAAAATCATTT
1 AGGTTATAAAACCATTT
6838 GAAGGCNNNN
Statistics
Matches: 298, Mismatches: 47, Indels: 23
0.81 0.13 0.06
Matches are distributed among these distances:
168 1 0.00
169 167 0.56
170 20 0.07
171 9 0.03
172 94 0.32
173 7 0.02
ACGTcount: A:0.39, C:0.12, G:0.14, T:0.35
Consensus pattern (168 bp):
AGGTTATAAAACCATTTAAAACGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCTTGGTGACTATAAATGGGTTT
CACTTGCAATGAATGTGTTTTTATTCAAGTTTTTCAAGGTAAACATTCAATTATAATCTGTTTAA
AAAAAAATATAAAAAATTAAACTTAAAATCCATTATCG
Found at i:8688 original size:171 final size:171
Alignment explanation
Indices: 8359--9856 Score: 1606
Period size: 171 Copynumber: 8.8 Consensus size: 171
8349 NNNNNNNNNN
* * * *
8359 AATGAATATGTTTTTATTCATGTTTTCCAAGGTAAACATTTAATTATAATCTGTTTAAA-TAAAA
1 AATGAATATGTTTTTATTCATGTTTCCCAAGGCAAACATTCAATTATAATCTGTTTAAACAAAAA
* *
8423 AT-TAAAAAAATTAAACGTAAAATCCATTATCGA-GTTATAAAA-CTATTTAAAGCGAGTAATAA
66 ATGTAAAAAAATTAAACTTAAAATCAATTAT-GAGGTTATAAAATC-ATTTAAAGCGAGTAATAA
* *
8485 GGCTTTTGAAGGCTTGGGTGACTATCAATGGGCTTCACTTGCC
129 GGCTTTTGAAGGCTTGGGTGACTATAAATGGGCTTCTCTTGCC
* * *
8528 AATGAATATGTTGTTATTCATGTTTCCC-AGAGCAAACATTCAAATAGAATCTGTTTAAACAAAA
1 AATGAATATGTTTTTATTCATGTTTCCCAAG-GCAAACATTCAATTATAATCTGTTTAAACAAAA
* * * * * * * *
8592 AATGTACAAATATTGAACTTAAAATCAATCATCAAGTTATAAAATCATTTAAAACGAGTAATAAA
65 AATGTAAAAAAATTAAACTTAAAATCAATTATGAGGTTATAAAATCATTTAAAGCGAGTAATAAG
* * * *
8657 GCTTTTTAAGCCTTGAGTGACTATAAATGGGCTTCTCTTGCA
130 GCTTTTGAAGGCTTGGGTGACTATAAATGGGCTTCTCTTGCC
** * * * ** **
8699 AAAAAATACGTTTTTATTCATGTTTCCCAAGGCAAACATTCAATTACAGTCTGTTTGCAC-TGAA
1 AATGAATATGTTTTTATTCATGTTTCCCAAGGCAAACATTCAATTATAATCTGTTTAAACAAAAA
* * * * * *
8763 ATGTAAAAGAAATTGAGCTTAAAATGAATTATGAGGTTGTAAAA-CTATTTAAAGAGACTAATAA
66 ATGTAAAA-AAATTAAACTTAAAATCAATTATGAGGTTATAAAATC-ATTTAAAGCGAGTAATAA
* *
8827 GGCTTTTGAAGGCTTGGGTGACTATAAATGGACTTCTCTTTCC
129 GGCTTTTGAAGGCTTGGGTGACTATAAATGGGCTTCTCTTGCC
* * * * * * *
8870 AATGAATGTGTTTTAATTCATGTTTCCTAAGGTAAACATTCAATTACAATCTGTTTTAACTAAAA
1 AATGAATATGTTTTTATTCATGTTTCCCAAGGCAAACATTCAATTATAATCTGTTTAAACAAAAA
* *
8935 ATCTAAAAAGATTAAACTTAAAATCAATTATGAGGTTATAAAATCATTTAAAGCGAGTAATAAGG
66 ATGTAAAAAAATTAAACTTAAAATCAATTATGAGGTTATAAAATCATTTAAAGCGAGTAATAAGG
** * * * * *
9000 CTTTCAAAGG-TTAGGATGACCATAATTGGGCTTTTCTTGGC
131 CTTTTGAAGGCTT-GGGTGACTATAAATGGGCTTCTCTTGCC
* * * * ** * * *
9041 AATGAATGTGTTTTTCTTCAGGTTTTCGTAGGCAAATATTCAATTATAATCTGTTTTAATAAAAA
1 AATGAATATGTTTTTATTCATGTTTCCCAAGGCAAACATTCAATTATAATCTGTTTAAACAAAAA
* * * * *
9106 ATGAAAAAAAATTCAACTTAAAATTAATTGTGAGGTTATTAAA-CAATTTAAAGCGAGTAATAAG
66 ATGTAAAAAAATTAAACTTAAAATCAATTATGAGGTTATAAAATC-ATTTAAAGCGAGTAATAAG
*
9170 GCTTTTGAAGGCTCGGGTGACTATAAATGGGCTT-TACTTG-C
130 GCTTTTGAAGGCTTGGGTGACTATAAATGGGCTTCT-CTTGCC
* * * * * * * * * *
9211 ATATG-ATTTGATTTTTCTTTATGTTTCCCGAGGTAAACATTCAATCATATTCTATTTTAACCAA
1 A-ATGAATATG-TTTTTATTCATGTTTCCCAAGGCAAACATTCAATTATAATCTGTTTAAACAAA
* * * ** *
9275 AAATATTAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGGTTGGAAAATCATTTTAAGCGAGTAATAA
64 AAATGTAAAAAAATTAAACTTAAAATCAATTATGAGGTTATAAAATCATTTAAAGCGAGTAATAA
* * *
9340 GGCTTTTGAAAGCTTGAGTGACTATAAATGGGCTTCTCTTGAC
129 GGCTTTTGAAGGCTTGGGTGACTATAAATGGGCTTCTCTTGCC
* * * *
9383 AATGAATATGTTTTTAGTCATGTTTCCCAAAGCAAACATTCAAATATAATCTGTTTCAACAAAAA
1 AATGAATATGTTTTTATTCATGTTTCCCAAGGCAAACATTCAATTATAATCTGTTTAAAC-AAAA
* * * * *
9448 AATGT-AAAAAACTGAACTTAAAATCAATTATCATGTTATAAAACCATTTAAA-CGGAGTAATAA
65 AATGTAAAAAAATTAAACTTAAAATCAATTATGAGGTTATAAAATCATTTAAAGC-GAGTAATAA
* * *
9511 AGTTTTTGAAGACTTGGGTGACTATAAATGGGCTTCTCTTGCC
129 GGCTTTTGAAGGCTTGGGTGACTATAAATGGGCTTCTCTTGCC
* * * * * *
9554 AATGAATGTGTTGTTATTCATGTGTCCCAAGGCAAAAATTCAATCATAATCTGTTGAAAC-AAAA
1 AATGAATATGTTTTTATTCATGTTTCCCAAGGCAAACATTCAATTATAATCTGTTTAAACAAAAA
** * * * *
9618 AT-TTTAAAAATCAAACCTAAAATCAATTATCAGGTTATAAAATCATTTAAAGTGAGTAATAAGG
66 ATGTAAAAAAATTAAACTTAAAATCAATTATGAGGTTATAAAATCATTTAAAGCGAGTAATAAGG
* * *
9682 CTTTTGAAGGCTTGGGTGACTATAAATGGACTTATCTTGCG
131 CTTTTGAAGGCTTGGGTGACTATAAATGGGCTTCTCTTGCC
* * * * * *
9723 AATGAATGTGTTTGTATTCATGTTTCTCAAGGCAAACATTCAATTACAATCTGTTTTAACCAAAA
1 AATGAATATGTTTTTATTCATGTTTCCCAAGGCAAACATTCAATTATAATCTGTTTAAACAAAAA
* * * * * *
9788 ATGTAAAAACAAATCAAGTTAAAATCAATTATGAAGTTATAAAACCATTTCAAGCGAGTAATAAG
66 ATGTAAAAA-AATTAAACTTAAAATCAATTATGAGGTTATAAAATCATTTAAAGCGAGTAATAAG
9853 GCTT
130 GCTT
9857 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 1100, Mismatches: 202, Indels: 51
0.81 0.15 0.04
Matches are distributed among these distances:
168 3 0.00
169 193 0.18
170 34 0.03
171 792 0.72
172 78 0.07
ACGTcount: A:0.38, C:0.13, G:0.15, T:0.34
Consensus pattern (171 bp):
AATGAATATGTTTTTATTCATGTTTCCCAAGGCAAACATTCAATTATAATCTGTTTAAACAAAAA
ATGTAAAAAAATTAAACTTAAAATCAATTATGAGGTTATAAAATCATTTAAAGCGAGTAATAAGG
CTTTTGAAGGCTTGGGTGACTATAAATGGGCTTCTCTTGCC
Found at i:10390 original size:171 final size:170
Alignment explanation
Indices: 9957--11440 Score: 1043
Period size: 171 Copynumber: 8.6 Consensus size: 170
9947 NNNNNNNNNN
** * *
9957 TTTTTACATTTTTCCTTAAAATAGATTATAATTGAGTGTTTGCCTT-GCGAAACGTGAATAAAAA
1 TTTTTACATTTTTGGTTAAAATAGATTATAATTGAATGTTTGCCTTAG-GAAACATGAATAAAAA
* * ** * * * * ** * *
10021 GC-CATTCATTGGCAGGAAATATCTAATTATAGTGACTCATTCCTTTAAAAGCCTTACTACTC-C
65 -CACATTCATTGACAAGAAA-GCCCATTTATAGTCACCCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCAC
** * * * *
10084 TTTTAAATGACTTTGTAATCTCATAATTGATTTTATGTTGAATGT
128 -TTTAAATGGTTTTATAACCTTATAATTGATTTTAAGTTGAAT-T
* ** * ** * *
10129 TTTTTACATGTTCAGTTCAAATAGATTCCAATGGAATGTTTGCCTCTA-GAAACATGAACAAAAA
1 TTTTTACATTTTTGGTTAAAATAGATTATAATTGAATGTTTGCCT-TAGGAAACATGAATAAAAA
* * * * * * *
10193 CCCATTCATTGGCAAGAAAACCCATTTATAGCCACCCGAGCCTTCAAAAGCGTTATTACTCTCTT
65 CACATTCATTGACAAGAAAGCCCATTTATAGTCACCCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTT
* * *
10258 TAAATGGTTTTACAACCTCATAATTGATTTTAAGTTTAATT
130 TAAATGGTTTTATAACCTTATAATTGATTTTAAGTTGAATT
* * * *
10299 GTTTTTACA-TTTTGGTGAAAACATATTATAATTGAATGTTTGCCTTAGGAAACATGAATAATAA
1 -TTTTTACATTTTTGGTTAAAATAGATTATAATTGAATGTTTGCCTTAGGAAACATGAATAAAAA
* * * * * * *
10363 CGA-ATTCGTTGGCAAGTAAATCCCATTTATAATCACCCAAGCCTTCCAAACCCTTATTACTCGC
65 C-ACATTCATTGACAAG-AAAGCCCATTTATAGTCACCCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCAC
* * *
10427 TTTAAATAGTTTTATAACCTTACAATTTATTTTAAGTTGAATT
128 TTTAAATGGTTTTATAACCTTATAATTGATTTTAAGTTGAATT
* * * * ** *
10470 TTTTTACATTTTTTGTTAAAATAGATTATAATTAAATGTTTGCCCTAGAAAATGTGAAGAAAAAC
1 TTTTTACATTTTTGGTTAAAATAGATTATAATTGAATGTTTGCCTTAGGAAACATGAATAAAAAC
* * * * * * * *** ** * *
10535 TCATTCATTAATAAGAAAAACCCATTCATTAATAAGAAAAGCCCATTTACAGTCATCCTAGCTTT
66 ACATTCATTGACAAG-AAAGCCCATTTA-TAGTCACCCAAG-CC--TT-CA-AAAGCCT---TAT
** * * * * * ** * **
10600 TGAAAGC-CTTATTATTCGCTTGA-AATGGTTTTATAACTTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTT
121 T--ACTCACTT-TAAATGGTTTTATAA---CCTTATAA--T--TGATT--TTAA--GTTGAA--T
10663 T
170 T
* * *
10664 TTTTTACATTTTTAGTTAAAACT-GATTGA-AATTGAATGTTTG-CTTGGGAAAACATGCATAAA
1 TTTTTACATTTTTGGTTAAAA-TAGATT-ATAATTGAATGTTTGCCTTAGG-AAACATGAATAAA
*
10726 AACACATTCATT-AGCAAGAGAAGCCCGTTTATAGTCACCCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTC
63 AACACATTCATTGA-CAAGA-AAGCCCATTTATAGTCACCCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTC
* * * *
10790 GCTTTAAATGATTTTATAA-CTTGATAATGGATTTTAAGTTTAA-T
126 ACTTTAAATGGTTTTATAACCTT-ATAATTGATTTTAAGTTGAATT
* * * * * * *
10834 TATTCACATTTTT-ATTTAAATAGATCATAATTGAATGTTTGCCTT-GAGAAAGATAAATAAAAA
1 TTTTTACATTTTTGGTTAAAATAGATTATAATTGAATGTTTGCCTTAG-GAAACATGAATAAAAA
* *
10897 TACATTCATTGACAAGAGTAGCCCATTTATAGTCACCCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACT
65 CACATTCATTGACAAGA-AAGCCCATTTATAGTCACCCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACT
* * * *
10962 TTAAGTAGTTTTATAACCTTACAATCGATTTTAAGTTGAATT
129 TTAAATGGTTTTATAACCTTATAATTGATTTTAAGTTGAATT
* * * * * *
11004 TTTTTATATTTTTGGTTAAAACATATTATAATTGAATGTTTTCCTT-GAGAAACGTGAAGAAAAA
1 TTTTTACATTTTTGGTTAAAATAGATTATAATTGAATGTTTGCCTTAG-GAAACATGAATAAAAA
* * * * *** * **
11068 CCCGTTCATTGACAAAAAAAGCCCATTTATAGTCATCTTCGCTTTTGAAAGCCTTATTACTCACT
65 CACATTCATTGAC-AAGAAAGCCCATTTATAGTCACCCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACT
* *
11133 TGAAATGGTTTTATAA-CTTCATAATTGATTTTAAGTTAAATT
129 TTAAATGGTTTTATAACCTT-ATAATTGATTTTAAGTTGAATT
* * * * *
11175 GTTTTTACATTTTTTGTTAAAATAGATTGTAATTGAATGTTTGGCTTAGGAAACAAGCAT-AAAA
1 -TTTTTACATTTTTGGTTAAAATAGATTATAATTGAATGTTTGCCTTAGGAAACATGAATAAAAA
* * *
11239 CACATTCACTGGA-AAGGAAAGCCCATTTATAGTCACTCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCCC
65 CACATTCA-TTGACAA-GAAAGCCCATTTATAGTCACCCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCAC
* ** *
11303 TTTAAATGGTTTTATAACCTGATAATTGATTTTGTGTTTAA-T
128 TTTAAATGGTTTTATAACCTTATAATTGATTTTAAGTTGAATT
* * * * *
11345 TTTTTACATTTTTCGCTT-AAATAGATTATATTTGAATATTTACCTTGGGAAACATGAATAAAAA
1 TTTTTACATTTTT-GGTTAAAATAGATTATAATTGAATGTTTGCCTTAGGAAACATGAATAAAAA
*
11409 CATATTCATTGACAAGTGAAA-CCCATTTATAG
65 CACATTCATTGACAA--GAAAGCCCATTTATAG
11441 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 1022, Mismatches: 228, Indels: 126
0.74 0.17 0.09
Matches are distributed among these distances:
168 2 0.00
169 174 0.17
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176 1 0.00
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179 1 0.00
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ACGTcount: A:0.34, C:0.15, G:0.13, T:0.38
Consensus pattern (170 bp):
TTTTTACATTTTTGGTTAAAATAGATTATAATTGAATGTTTGCCTTAGGAAACATGAATAAAAAC
ACATTCATTGACAAGAAAGCCCATTTATAGTCACCCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTT
AAATGGTTTTATAACCTTATAATTGATTTTAAGTTGAATT
Found at i:10552 original size:21 final size:21
Alignment explanation
Indices: 10526--10581 Score: 94
Period size: 21 Copynumber: 2.7 Consensus size: 21
10516 AGAAAATGTG
*
10526 AAGAAAAACTCATTCATTAAT
1 AAGAAAAACCCATTCATTAAT
10547 AAGAAAAACCCATTCATTAAT
1 AAGAAAAACCCATTCATTAAT
*
10568 AAGAAAAGCCCATT
1 AAGAAAAACCCATT
10582 TACAGTCATC
Statistics
Matches: 33, Mismatches: 2, Indels: 0
0.94 0.06 0.00
Matches are distributed among these distances:
21 33 1.00
ACGTcount: A:0.52, C:0.18, G:0.07, T:0.23
Consensus pattern (21 bp):
AAGAAAAACCCATTCATTAAT
Found at i:14223 original size:171 final size:169
Alignment explanation
Indices: 13510--15005 Score: 1622
Period size: 170 Copynumber: 8.8 Consensus size: 169
13500 NNNNNNNNNN
* *
13510 AAAACACATTCATTGGCAAGTGAAGCCCATTTACAGTCACCCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACA
1 AAAACACATTCATT-GCAAGTGAAGCCCATTTATAGTCACCCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACT
* * * *
13575 CCCTTTAAATAGTTTTATAACCTGATAATTGATTTTAAGTTTAATTTTTTACATTTTTTGTTGAA
65 CCCTTTAAATGGTTTTATAACCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTACATTTTTTGTTTAA
* *
13640 ACAGATTATATTTGAATGTTTGCCTTG-GAAAACATATATA
130 ACAGATTATAATTGAATGTTTGCCTTGAG-AAACATGTATA
* * *
13680 AAAACACATTCATTGACAAGTGAAGCCCATTTAT-GTTAACTCAAGCCTTCCAAAGCCTTATTAC
1 AAAACACATTCATTG-CAAGTGAAGCCCATTTATAG-TCACCCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTAC
* * * * * *
13744 TGCCTTCAAATGATTTTATAACATTATAATTGATTTTAAGTTCAATTTTTTACATTTTTTGTTTA
64 TCCCTTTAAATGGTTTTATAACCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTACATTTTTTGTTTA
* * * *
13809 AACAGATTATATTTGAATGCTTGCCTTGGGAAACATGAATA
129 AACAGATTATAATTGAATGTTTGCCTTGAGAAACATGTATA
* * *
13850 AAAACATATTCATTGACAAGTGAAACCCATTTATAGTCACCCAAGCCTTCAAAAACCTTATTACT
1 AAAACACATTCATTG-CAAGTGAAGCCCATTTATAGTCACCCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACT
* * * * * * * **
13915 CGCTTTAACTGATTTTA-AAACTCGATAATGGATTTTAGGTTTAATTTTTTTTA-TTTTTGTTTA
65 CCCTTTAAATGGTTTTATAACCTC-ATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTACATTTTTTGTTTA
* * * * * *
13978 AATAGATTATAATTGAATATTTACCTAG-GAAAACTTGAATA
129 AACAGATTATAATTGAATGTTTGCCTTGAG-AAACATGTATA
** * *
14019 AAAACACATTCATTGGCAAAAGAAGCCCATTTATAGTCACACAAGCCTTCAAAAGCCTAATTACT
1 AAAACACATTCATT-GCAAGTGAAGCCCATTTATAGTCACCCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACT
* * * *
14084 CCCTTTAAATAGTTTTATAACCTCAAAATTGATTTTAAGTTGAATTCTTTTATATTTTTTGTTGA
65 CCCTTTAAATGGTTTTATAACCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATT-TTTTACATTTTTTGTTTA
* * * *
14149 AACAGATTATAATTGAATGTTTACCTTGACAAAAATGTAGA
129 AACAGATTATAATTGAATGTTTGCCTTGAGAAACATGTATA
* * * *
14190 GAAAC-CAATTTATTCGCAAGTAAAGCCCATTTATAGTCACCCAAGGCTTCAAAAGCCTTATTAC
1 AAAACAC-ATTCATT-GCAAGTGAAGCCCATTTATAGTCACCCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTAC
*** * * *
14254 GAGCTTTAAATGGTTTTATAACCTTACAATTGATTTTAAGTTGAATTTGTTTACATTTTTTGTTA
64 TCCCTTTAAATGGTTTTATAACCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTT-TTTACATTTTTTGTTT
* *
14319 AAACAAATTATAATTGAATGTTTGCCTTTG-GAAACAT-TAAGA
128 AAACAGATTATAATTGAATGTTTGCC-TTGAGAAACATGT-ATA
* * * * * **
14361 AAAATC-CGTTCACTGACAAG-AAGAGCCCATTTATAGTCATCCTAGCCTTTGAAAGCCTTATTA
1 AAAA-CACATTCATTG-CAAGTGA-AGCCCATTTATAGTCACCCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTA
* * ** * * *
14424 TTCACTCGAAATGGTTTTATAACTTCATAATTGATTTTAAGTTGATTTTTTTTTTACATTTTTAG
63 CTCCCTTTAAATGGTTTTATAACCTCATAATTGATTTTAAGTTGA---ATTTTTTACATTTTTTG
* * ** * *
14489 TTAAAACAGATTGTAATTGCTTGTTTGGCTT-AGGAAACATGCATA
125 TTTAAACAGATTATAATTGAATGTTTGCCTTGA-GAAACATGTATA
** * * * *
14534 AAAACACATTCACTAACAAGGGAAGCCCATTTATAGTCACCCAAGCTTTCAAAATCTTTATTACT
1 AAAACACATTCA-TTGCAAGTGAAGCCCATTTATAGTCACCCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACT
* * *
14599 CCCTTTAAATGGTTTTATAACCTGATAATTGATTTTAACTTCAATTTTTTACATTTTTTGTTTAA
65 CCCTTTAAATGGTTTTATAACCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTACATTTTTTGTTTAA
* * * *
14664 ACAGTTTATATTTGAATGTTTGCCTTGGGAAACATGAATA
130 ACAGATTATAATTGAATGTTTGCCTTGAGAAACATGTATA
* * *
14704 ACAACACATTCATTGGCAAGTGAAGCCCATTTATAGTCATCGAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACT
1 AAAACACATTCATT-GCAAGTGAAGCCCATTTATAGTCACCCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACT
* * *
14769 CCCTTTAAATGGTTTTATAACCTGATAATTGATTTTAAGTCT-AATTTTTTATATATATTT-TTT
65 CCCTTTAAATGGTTTTATAACCTCATAATTGATTTTAAGT-TGAATTTTTTACAT-TTTTTGTTT
* *
14832 AAACAGATTATAATTGAATGTTTGCCCTGGGAAACAT-TAATA
128 AAACAGATTATAATTGAATGTTTGCCTTGAGAAACATGT-ATA
* *
14874 AAAACACATTCATTGGTAAGTGAAGCCCATTTATAGTCACCCAAGCCTTCAAAAGCCTTACTACT
1 AAAACACATTCATT-GCAAGTGAAGCCCATTTATAGTCACCCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACT
* * * *
14939 CGCTTTAAATAGG-TTTATAACC-CGATAATGGATTTTAGGTTTAATTTTTTACA-TTTTTGTTT
65 CCCTTTAAAT-GGTTTTATAACCTC-ATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTACATTTTTTGTTT
15001 AAACA
128 AAACA
15006 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 1117, Mismatches: 173, Indels: 73
0.82 0.13 0.05
Matches are distributed among these distances:
168 5 0.00
169 144 0.13
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171 272 0.24
172 8 0.01
173 128 0.11
174 4 0.00
ACGTcount: A:0.34, C:0.16, G:0.12, T:0.38
Consensus pattern (169 bp):
AAAACACATTCATTGCAAGTGAAGCCCATTTATAGTCACCCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTC
CCTTTAAATGGTTTTATAACCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTACATTTTTTGTTTAAA
CAGATTATAATTGAATGTTTGCCTTGAGAAACATGTATA
Found at i:16486 original size:169 final size:168
Alignment explanation
Indices: 16088--16802 Score: 658
Period size: 169 Copynumber: 4.2 Consensus size: 168
16078 NNNNNNNNNN
* * * * * * ** * **
16088 TGGAAACATGAAGAAAGACCCATTCATTGACAAGAAAAACCCATTTATAGTCATCTTAGCTTTTG
1 TGGAAACATGAATAAAAACACATTCATTGACAAGAGAAGCCCATTTATAGTCACCCAAGCCTTCA
* * * * * *
16153 AAAGCCTTATTACTCGCTTGAAATGGTTTTATAGCTTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTT
66 AAAGCCTTATTACTCGCTTGAAATGATTTTATAACCTGATAATAGATTTTAAGTTTAA-TTTTTT
* ** * * *
16218 TTACATTTATGGTTAAAACAGATTGTAATTGCATGTTTGACT
130 ATATTTTTAT--TT-AAACAGATTATAATTGAATGTTTGCCT
* *
16260 TAGGAAACATGCATAAAAACACATTCACTGACAAGAGAAGCCCATTTATAGTCACCCAAGCCTTC
1 T-GGAAACATGAATAAAAACACATTCATTGACAAGAGAAGCCCATTTATAGTCACCCAAGCCTTC
********** * * *
16325 AAANNNNNNNNNNCTCGCTTTAAATGATTTTATAACCTGATAATGGATTTTATGTTTAATTTTTT
65 AAAAGCCTTATTACTCGCTTGAAATGATTTTATAACCTGATAATAGATTTTAAGTTTAATTTTTT
* *
16390 ATATTTTTATTTAAACAGATTATAATTGAATATTTGGCT
130 ATATTTTTATTTAAACAGATTATAATTGAATGTTTGCCT
* * * *
16429 TGGGAACGATGAATAAAACCACATTCATTGGCAAGAGAAGCCCATTTATAATCACCCAAGCCTTC
1 TGGAAAC-ATGAATAAAAACACATTCATTGACAAGAGAAGCCCATTTATAGTCACCCAAGCCTTC
* * * * ********** *
16494 AAAAGCCTTATTATTCCCTTTAAATGGTTTTATAACCTGNNNNNNNNNNTTAAGTTCAATTTTTT
65 AAAAGCCTTATTACTCGCTTGAAATGATTTTATAACCTGATAATAGATTTTAAGTTTAATTTTTT
* * * *
16559 ACATTTTTGGTTTAAAC-GAATTATATTTGAATGTTTTCCT
130 ATATTTTT-ATTTAAACAG-ATTATAATTGAATGTTTGCCT
* * * * *
16599 TGGCAAGCATGAATAAAAACACTTTCATTGGCAAGCGAAGCCCATTTATAGTCACCCAAGCCTTT
1 TGG-AAACATGAATAAAAACACATTCATTGACAAGAGAAGCCCATTTATAGTCACCCAAGCCTTC
* *
16664 AAAAGCCTTATTACTCGCTTGAAATGATTTTATAACCTGATAATATATTTTAATTTTAATTTTTT
65 AAAAGCCTTATTACTCGCTTGAAATGATTTTATAACCTGATAATAGATTTTAAGTTTAATTTTTT
* * *
16729 ATATTTTTATTTAAACAGATTGTAATTGATTTTTTGCCT
130 ATATTTTTATTTAAACAGATTATAATTGAATGTTTGCCT
* *
16768 TGGAAAACATGAATAAGAACACACTCATTGACAAG
1 TGG-AAACATGAATAAAAACACATTCATTGACAAG
16803 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 426, Mismatches: 111, Indels: 15
0.77 0.20 0.03
Matches are distributed among these distances:
168 5 0.01
169 176 0.41
170 138 0.32
171 2 0.00
172 14 0.03
173 91 0.21
ACGTcount: A:0.33, C:0.15, G:0.13, T:0.36
Consensus pattern (168 bp):
TGGAAACATGAATAAAAACACATTCATTGACAAGAGAAGCCCATTTATAGTCACCCAAGCCTTCA
AAAGCCTTATTACTCGCTTGAAATGATTTTATAACCTGATAATAGATTTTAAGTTTAATTTTTTA
TATTTTTATTTAAACAGATTATAATTGAATGTTTGCCT
Found at i:18049 original size:171 final size:170
Alignment explanation
Indices: 17453--20926 Score: 3175
Period size: 171 Copynumber: 20.6 Consensus size: 170
17443 NNNNNNAGGT
* * * *
17453 AAACATTC-ATGTATAATTTG-TTTAAACAAAAAATGTAAAAACTTAAACTTAAAATCCATTATC
1 AAACATTCAAT-TATAATCTGTTTTAAAC-AAAAATATAAAAAATTAAACTTAAAATCAATTAT-
* *
17516 G-GGTTATAAAACCATATAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAGGGCTTGGGTGACTATAAATGGGC
63 GAGGTTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCTTGGGTGACTATAAATGGGC
* * * *
17580 TTCTCTTGCCAATGAATGTGTTTTTATTTAT-TTTCCTACGGC
128 TTTTCTTGCCAATGAATGTGTTTTTATTCATGTTTCCCAAGGC
* * * * * * * *
17622 AAACAGTTCAA--ATTATCT-CTTGAAACAAAAAATGTAAAAAATTGAACTTAAAATTAATCATC
1 AAACA-TTCAATTATAATCTGTTTTAAAC-AAAAATATAAAAAATTAAACTTAAAATCAATTATG
* * * *
17684 AGGTTATAAAACCATTTAAAGCGAGTGATAAAGCTTTTGAACGCTTGGGTGACTATAAATGTGCT
64 AGGTTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCTTGGGTGACTATAAATGGGCT
* * * *
17749 TTTCTTGCCAATAAATGTGTTTTTGTTCATCTTTCCCAAGGT
129 TTTCTTGCCAATGAATGTGTTTTTATTCATGTTTCCCAAGGC
* * * * *
17791 AAATATTCGATTATAATCTGTTTT--A-AAAAATGTATAAAATTAAACTTAAAATTC-ATTATTA
1 AAACATTCAATTATAATCTGTTTTAAACAAAAATATAAAAAATTAAACTTAAAA-TCAATTATGA
* * * *
17852 GGTTATAAAATCATTTAAAGGGAGTAATAAGGCTTTTAAAGGCTTCGGTGACTATAAATGGG-TT
65 GGTTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCTTGGGTGACTATAAATGGGCTT
* * * * * * ** * *
17916 TTACTTGCGAATAAAT-TGGTTATTCTACATTTTTGTCATGGT
130 TT-CTTGCCAATGAATGT-GTTTTTATTCATGTTTCCCAAGGC
* * * * * * *
17958 AAACATTCAATTGTAATCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAACGATTTAACTTAAAATAAATTTTGA
1 AAACATTCAATTATAATCTGTTTTAAACAAAAATATAAAA-AATTAAACTTAAAATCAATTATGA
*
18023 GGTTATAAAGA-GATTTAAAAG-GAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCTTGGGTGACTATAAATGGGC
65 GGTTATAAA-ACCATTT-AAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCTTGGGTGACTATAAATGGGC
* *
18086 TTCTCTTGCCAATGAATGTGTTTTTATTCAT-TGTTCCTAAGGC
128 TTTTCTTGCCAATGAATGTGTTTTTATTCATGT-TTCCCAAGGC
* * * *
18129 AAACATTCCATTATAATCTG-TTTAAATAAAAATATAAAAAATTAAACTTAAAATCCATTATCAG
1 AAACATTCAATTATAATCTGTTTTAAACAAAAATATAAAAAATTAAACTTAAAATCAATTATGAG
** * * * *
18193 GTTATAAAATTATTTAAAACGAGTAATAAGGCTTTTGAAGG-TATGGGTGATTGTAAATGGGATT
66 GTTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCT-TGGGTGACTATAAATGGGCTT
18257 TTCTTGCCAATGAATGTGTTTTTATTCATGTTTCCCAAGGC
130 TTCTTGCCAATGAATGTGTTTTTATTCATGTTTCCCAAGGC
** * *
18298 AAACATTCAATTGCAATCTGTTTTAAGCAAAAATATAAAAACAATTTAACTTAAAATCAATTATG
1 AAACATTCAATTATAATCTGTTTTAAACAAAAATAT-AAAA-AATTAAACTTAAAATCAATTATG
* ** * * ** * * * * *
18363 AAGTTATAAAACCATTTCGAGCGTGTAAAAAGGCTTTCAAAAGCTAGGATGAGTATAAATGCGCT
64 AGGTTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCTTGGGTGACTATAAATGGGCT
* * *** * * *
18428 TTTCTTGTCACTGAACACGTTTTTCTTCACGTAT--CATAGAGC
129 TTTCTTGCCAATGAATGTGTTTTTATTCATGTTTCCCA-AG-GC
** *
18470 AAACATTCAAACATAATCTG-TTTAAATAAAAAATATAAAAAATTAAACTTAAAATCAATTATGA
1 AAACATTCAATTATAATCTGTTTTAAA-CAAAAATATAAAAAATTAAACTTAAAATCAATTATGA
* * * * *
18534 GGTTATAAATCCATTTAAAGGGAATAACAAGGCTTTTGAAGGCTTGGGTGACTATAAATGAGCTT
65 GGTTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCTTGGGTGACTATAAATGGGCTT
**
18599 CTT-TTGCCAATGAATGTGTTTTTATTCATCATTCCCAAGGC
130 -TTCTTGCCAATGAATGTGTTTTTATTCATGTTTCCCAAGGC
* * * * * * * *
18640 AAATATTTAATTATAATCT-ATTTAAATAAAAATATAAAAAATTAAACATAAAATCCATTATCAA
1 AAACATTCAATTATAATCTGTTTTAAACAAAAATATAAAAAATTAAACTTAAAATCAATTATGAG
* * *
18704 GTTATAAAATCATTTAAAGCGAGTAATCAA-GCTTTTGAA-GATATGGGTGACTGTAAATGGGCT
66 GTTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAAT-AAGGCTTTTGAAGGCT-TGGGTGACTATAAATGGGCT
* *
18767 TCTCTTGCCAATGAATGTGTTTTTATTCATGTTTCGCAAGGC
129 TTTCTTGCCAATGAATGTGTTTTTATTCATGTTTCCCAAGGC
* * * *
18809 AAATATTCAATTACAATATGTTTT-AACTAAAAATTTAAAAAAAATT-AACTTAAAATCAATTAT
1 AAACATTCAATTATAATCTGTTTTAAAC-AAAAA--TATAAAAAATTAAACTTAAAATCAATTAT
** * * * ** * * *
18872 GAAGG-TATAAAACCATTTCGAGTGTGTAAAAAGGCTTTCAAAAGCTAGGATGACTATAAATGGG
63 G-AGGTTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCTTGGGTGACTATAAATGGG
* ** * * * ** *
18936 CTTTTCTTGTCAATGAATGCATTTTTCTTCATCTATCATAGGGC
127 CTTTTCTTGCCAATGAATGTGTTTTTATTCATGTTTCCCAAGGC
** * *
18980 AAACATTCAAACATAAT-TTTTTTAAACAAAAAATATAAAAAATTAGACTTAAAATCAATTATGA
1 AAACATTCAATTATAATCTGTTTTAAAC-AAAAATATAAAAAATTAAACTTAAAATCAATTATGA
* * * *
19044 GGTTATAAATCTATTTAAAAG-GAGTAATAAGGCTTTTAAAGGCTTGGGTGACTATAAATGAGCT
65 GGTTATAAAACCATTT-AAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCTTGGGTGACTATAAATGGGCT
*
19108 TCTT-TTGCCAATGAATGTGTTTTTATTAATGTTTCCCAAGGC
129 T-TTCTTGCCAATGAATGTGTTTTTATTCATGTTTCCCAAGGC
* * * *
19150 AAACATTCAATTACAATCTG-TTTAAACCAAAAATATAAAAAAAATCAACTTAAAATCACTTATG
1 AAACATTCAATTATAATCTGTTTTAAA-CAAAAATAT-AAAAAATTAAACTTAAAATCAATTATG
* * * * ** * * *
19214 AAGTTTTAAAACGATTTAGAGCGAGTAATAAGGCTTTCAAAAGCTAGGATGACTATAAATGGGCT
64 AGGTTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCTTGGGTGACTATAAATGGGCT
*** * * *
19279 TTTCTTATTAATG-AGGGGTTTTTTTTCATGTTAT-CCAAGGC
129 TTTCTTGCCAATGAATGTGTTTTTATTCATGTT-TCCCAAGGC
** * * * * *
19320 AAACA-TCGAATTATAATCAATTTT-AACTAAAAATGAAAAAAAAATTCAACTTAAAATTATTTG
1 AAACATTC-AATTATAATCTGTTTTAAAC-AAAAAT--ATAAAAAATTAAACTTAAAATCAATTA
* * *
19383 TGAGGTTCTGAAACCATTTGAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCTTGGGTGACTATAAATGGG
62 TGAGGTTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCTTGGGTGACTATAAATGGG
* * *
19448 CTATACTTG-CATATGAAT-TGATTTTT-TTCACATGTTTCCCGAGGC
127 CTTTTCTTGCCA-ATGAATGTG-TTTTTATT--CATGTTTCCCAAGGC
* * * *
19493 ACACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAGAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGA
1 AAACATTCAATTATAATCTGTTTTAAACAAAAATAT-AAAAAATTAAACTTAAAATCAATTATGA
* * **
19558 GGTTATAAAATCATTTTAAGCGAGTAA-AAGGCTTTTGAAGGCTTGGGTGACTATAAATGGTTTT
65 GGTTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCTTGGGTGACTATAAATGGGCTT
* * * * **
19622 TTCTTGACAATGAATGCGTTTTTATTCATATTTCTCAAAAC
130 TTCTTGCCAATGAATGTGTTTTTATTCATGTTTCCCAAGGC
** * * * * * *
19663 AAACATTCAAACATAATCTGTTTCAATAAAAAAATGTAAAAAATTGAACTTAAAATTAATTATCA
1 AAACATTCAATTATAATCTGTTTTAA-ACAAAAATATAAAAAATTAAACTTAAAATCAATTATGA
* * * * *
19728 TGTTATAAAACTATTTAAAGGGAATAATAAGGCTTTTGAAGGCTTGGGTCACTATAAATGGGCTT
65 GGTTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCTTGGGTGACTATAAATGGGCTT
* * *
19793 CTCTTGCCAATGAATGTGTTTTTCTTCATGTTTCCCAAGGT
130 TTCTTGCCAATGAATGTGTTTTTATTCATGTTTCCCAAGGC
* * * * * * *
19834 AAAAATTCAATTATAATCTG-TTAAAACAAAAATTTTAAAAATCAAACCTAAAATCAATTATCAG
1 AAACATTCAATTATAATCTGTTTTAAACAAAAATATAAAAAATTAAACTTAAAATCAATTATGAG
* ** * * *
19898 GTTATAAAATCATTTAAAATGAGTAATAAGACTTTTGAAGGCTTGGGTG------AACGGGCTTC
66 GTTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCTTGGGTGACTATAAATGGGCTTT
** *
19957 TCTTGTGAAATG--TGTGTTTGTATTCATGTTT-CCAAGGC
131 TCTTG-CCAATGAATGTGTTTTTATTCATGTTTCCCAAGGC
* **
19995 AAACATTCAATTACAATCTGTTTTAAA-AAATGTA-AAAAAATT-AAC-T----T--A--ATGAG
1 AAACATTCAATTATAATCTGTTTTAAACAAAAATATAAAAAATTAAACTTAAAATCAATTATGAG
* *
20048 GTTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGACTTTTGAAGGCTTGGATGACTATAAATGGGCTTT
66 GTTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCTTGGGTGACTATAAATGGGCTTT
* * * * *
20113 ACTTGCCAATGAAT-TGGTTTTCCA-ACATTTTTCTCC-AGGT
131 TCTTGCCAATGAATGT-GTTTT-TATTCATGTTTC-CCAAGGC
** * *
20153 AAACATTCAATTATAATCTAG-TTTAATTAAAAATGCAAAAAAAATT-AACTTAAAATCAATTTT
1 AAACATTCAATTATAATCT-GTTTTAAACAAAAAT--ATAAAAAATTAAACTTAAAATCAATTAT
* * * * * *
20216 GAAGTGATAAAACTATTTAAAGGGAGTAATAAGGCTTTTG-ACGATTCGGGTGACTATAAATGGG
63 GAGGTTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCTT-GGGTGACTATAAATGGG
* * * *
20280 CTTCTCTTTCCAATGAATGTGTTTTTATTCATGTTTACCAAGGT
127 CTTTTCTTGCCAATGAATGTGTTTTTATTCATGTTTCCCAAGGC
* * * *
20324 AAACATTCAAATATCATCTG-TTTAAACAAGAAATGTAAAAAATTGAACTTAAAATCAAATT-TG
1 AAACATTCAATTATAATCTGTTTTAAACAA-AAATATAAAAAATTAAACTTAAAATC-AATTATG
* *
20387 AGGTTATAAAACCATCTAAAGCGAGTATTAAGGCTTTTGAAGGCTTGGGTGACTATAAATGGGCT
64 AGGTTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCTTGGGTGACTATAAATGGGCT
* * * **
20452 TCTCTTGCCAATGAATATGTTTTTATTCATCTTTTTCAAGGC
129 TTTCTTGCCAATGAATGTGTTTTTATTCATGTTTCCCAAGGC
* * * * *
20494 AAACATTCAATTATAATCCG-TTTAAATAGAAATATAAAAAATTAAACTTAAAATCCATTATCAG
1 AAACATTCAATTATAATCTGTTTTAAACAAAAATATAAAAAATTAAACTTAAAATCAATTATGAG
* * *
20558 GCTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCTTGGGTGACTATAAATGAGCTTC
66 GTTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCTTGGGTGACTATAAATGGGCTTT
** * *
20623 TCTTGCCAATGAATGCATTTTTATTGATGTTTCCCAAGGA
131 TCTTGCCAATGAATGTGTTTTTATTCATGTTTCCCAAGGC
* * ** * * *
20663 AAACATTCAATTACAATATGTTTT-CCCCAAAATGTAACAAAAATTGAACTTAAAATCAATTATG
1 AAACATTCAATTATAATCTGTTTTAAACAAAAATAT-A-AAAAATTAAACTTAAAATCAATTATG
* * * * * *
20727 AGGTTGTAAAACCATTTAAAGAGAGTAACT-AGACTATTGAAGGCTCGGGTGGCTATAAATGGG-
64 AGGTTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAA-TAAGGCTTTTGAAGGCTTGGGTGACTATAAATGGGC
* * *
20790 TTTTCTTGCCAATCAATG-GATCTTTA--C--GTTT-CTAGAGGC
128 TTTTCTTGCCAATGAATGTG-TTTTTATTCATGTTTCCCA-AGGC
* * * * * * * * *
20829 AAATATTCCATTAGAATCTGTTTGAACCAAAAATGTAAAAAAATTCATCATAAAATCAATTATGA
1 AAACATTCAATTATAATCTGTTTTAAACAAAAATAT-AAAAAATTAAACTTAAAATCAATTATGA
* * * ** *
20894 GATTACAAAGCCATTTAAAAAGAGTAGTAAGGC
65 GGTTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGC
20927 AAACATTTCT
Statistics
Matches: 2691, Mismatches: 493, Indels: 245
0.78 0.14 0.07
Matches are distributed among these distances:
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152 1 0.00
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ACGTcount: A:0.38, C:0.13, G:0.15, T:0.34
Consensus pattern (170 bp):
AAACATTCAATTATAATCTGTTTTAAACAAAAATATAAAAAATTAAACTTAAAATCAATTATGAG
GTTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCTTGGGTGACTATAAATGGGCTTT
TCTTGCCAATGAATGTGTTTTTATTCATGTTTCCCAAGGC
Found at i:19129 original size:341 final size:342
Alignment explanation
Indices: 17453--20926 Score: 2948
Period size: 341 Copynumber: 10.3 Consensus size: 342
17443 NNNNNNAGGT
* * ** * *
17453 AAACATTC-ATGTATAATTTGTTTAAAC-AAAAA-ATGTAAAAACTTAAACTTAAAATCCATTAT
1 AAACATTCAAT-TATAATCTGTTTTAACTAAAAATATAAAAAAAATTAAACTTAAAATCAATTAT
* *
17515 CG--GGTTATAAAACCATATAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAGGGCTTGGGTGACTATAAATGG
65 -GAAGGTTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCTTGGGTGACTATAAATGG
* * * *
17578 GCTTCTCTTGCCAATGAATGTGTTTTTATTTATTT-TCCTACGGCAAACAGTTCAA--ATTATCT
129 GCTTTTCTTGCCAATGAATGTGTTTTTATTCATTTATCATA-GGCAAACA-TTCAATTATAATCT
* * * * * *
17640 -CTTGAAACAAAAAATGTAAAAAATTGAACTTAAAATTAATCATCAGGTTATAAAACCATTTAAA
192 GTTTTAAACAAAAAATATAAAAAATT-AACTTAAAATCAATTATGAGGTTATAAAACCATTTAAA
* * * * * *
17704 GCGAGTGATAAAGCTTTTGAACGCTTGGGTGACTATAAATGTGCTTTTCTTGCCAATAAATGTGT
256 GCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCTTGGGTGACTATAAATGGGCTTCTCTTGCCAATGAATGTGT
* * *
17769 TTTTGTTCATCTTTCCCAAGGT
321 TTTTATTCATGTTTCCCAAGGC
* * * *
17791 AAATATTCGATTATAATCTGTTTT-A--AAAAATGT--ATAAAATTAAACTTAAAATTC-ATTAT
1 AAACATTCAATTATAATCTGTTTTAACTAAAAATATAAAAAAAATTAAACTTAAAA-TCAATTAT
* * * * *
17850 -TAGGTTATAAAATCATTTAAAGGGAGTAATAAGGCTTTTAAAGGCTTCGGTGACTATAAATGGG
65 GAAGGTTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCTTGGGTGACTATAAATGGG
* * * * * * * *
17914 -TTTTACTTGCGAATAAAT-TGGTTATTCTACATTTTTGTCAT-GGTAAACATTCAATTGTAATC
130 CTTTT-CTTGCCAATGAATGT-GTTTTTATTCA--TTTATCATAGGCAAACATTCAATTATAATC
* * * * * *
17976 TGTTTT-AACCAAAAATGTAAAACGATTTAACTTAAAATAAATTTTGAGGTTATAAAGA-GATTT
191 TGTTTTAAACAAAAAATATAAAA--AATTAACTTAAAATCAATTATGAGGTTATAAA-ACCATTT
18039 AAAAG-GAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCTTGGGTGACTATAAATGGGCTTCTCTTGCCAATGAAT
253 -AAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCTTGGGTGACTATAAATGGGCTTCTCTTGCCAATGAAT
*
18103 GTGTTTTTATTCAT-TGTTCCTAAGGC
317 GTGTTTTTATTCATGT-TTCCCAAGGC
* * *
18129 AAACATTCCATTATAATCTG-TTTAAATAAAAATAT--AAAAAATTAAACTTAAAATCCATTAT-
1 AAACATTCAATTATAATCTGTTTTAACTAAAAATATAAAAAAAATTAAACTTAAAATCAATTATG
* ** * * *
18190 CAGGTTATAAAATTATTTAAAACGAGTAATAAGGCTTTTGAAGG-TATGGGTGATTGTAAATGGG
66 AAGGTTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCT-TGGGTGACTATAAATGGG
* **
18254 ATTTTCTTGCCAATGAATGTGTTTTTATTCATGTT-TCCCA-AGGCAAACATTCAATTGCAATCT
130 CTTTTCTTGCCAATGAATGTGTTTTTATTCAT-TTAT--CATAGGCAAACATTCAATTATAATCT
* * *
18317 GTTTTAAGC-AAAAATATAAAAACAATTTAACTTAAAATCAATTATGAAGTTATAAAACCATTTC
192 GTTTTAAACAAAAAATAT-AAAA-AA-TTAACTTAAAATCAATTATGAGGTTATAAAACCATTTA
* * * ** * * * * * * * * ***
18381 GAGCGTGTAAAAAGGCTTTCAAAAGCTAGGATGAGTATAAATGCGCTTTTCTTGTCACTGAACAC
254 AAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCTTGGGTGACTATAAATGGGCTTCTCTTGCCAATGAATGT
* * *
18446 GTTTTTCTTCACGTAT--CATAGAGC
319 GTTTTTATTCATGTTTCCCA-AG-GC
** * *
18470 AAACATTCAAACATAATCTG-TTTAAATAAAAA-ATATAAAAAATTAAACTTAAAATCAATTATG
1 AAACATTCAATTATAATCTGTTTTAACTAAAAATATAAAAAAAATTAAACTTAAAATCAATTATG
* * * * *
18533 -AGGTTATAAATCCATTTAAAGGGAATAACAAGGCTTTTGAAGGCTTGGGTGACTATAAATGAGC
66 AAGGTTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCTTGGGTGACTATAAATGGGC
** * *
18597 TTCTT-TTGCCAATGAATGTGTTTTTATTCATCATTCCCA-AGGCAAATATTTAATTATAATCT-
131 TT-TTCTTGCCAATGAATGTGTTTTTATTCAT--TTATCATAGGCAAACATTCAATTATAATCTG
* * * * * * *
18659 ATTTAAA-TAAAAATATAAAAAATTAAACATAAAATCCATTATCAAGTTATAAAATCATTTAAAG
193 TTTTAAACAAAAAATATAAAAAATT-AACTTAAAATCAATTATGAGGTTATAAAACCATTTAAAG
* *
18723 CGAGTAATCAA-GCTTTTGAA-GATATGGGTGACTGTAAATGGGCTTCTCTTGCCAATGAATGTG
257 CGAGTAAT-AAGGCTTTTGAAGGCT-TGGGTGACTATAAATGGGCTTCTCTTGCCAATGAATGTG
*
18786 TTTTTATTCATGTTTCGCAAGGC
320 TTTTTATTCATGTTTCCCAAGGC
* * * *
18809 AAATATTCAATTACAATATGTTTTAACTAAAAATTTAAAAAAAATT-AACTTAAAATCAATTATG
1 AAACATTCAATTATAATCTGTTTTAACTAAAAATATAAAAAAAATTAAACTTAAAATCAATTATG
** * * * ** * * *
18873 AAGG-TATAAAACCATTTCGAGTGTGTAAAAAGGCTTTCAAAAGCTAGGATGACTATAAATGGGC
66 AAGGTTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCTTGGGTGACTATAAATGGGC
* ** * * ** *
18937 TTTTCTTGTCAATGAATGCATTTTTCTTCATCTATCATAGGGCAAACATTCAAACATAAT-TTTT
131 TTTTCTTGCCAATGAATGTGTTTTTATTCATTTATCATA-GGCAAACATTCAATTATAATCTGTT
* *
19001 TTAAACAAAAAATATAAAAAATTAGACTTAAAATCAATTATGAGGTTATAAATCTATTTAAAAG-
195 TTAAACAAAAAATATAAAAAATTA-ACTTAAAATCAATTATGAGGTTATAAAACCATTT-AAAGC
* * *
19065 GAGTAATAAGGCTTTTAAAGGCTTGGGTGACTATAAATGAGCTTCTTTTGCCAATGAATGTGTTT
258 GAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCTTGGGTGACTATAAATGGGCTTCTCTTGCCAATGAATGTGTTT
*
19130 TTATTAATGTTTCCCAAGGC
323 TTATTCATGTTTCCCAAGGC
* * * * *
19150 AAACATTCAATTACAATCTGTTTAAACCAAAAATATAAAAAAAA-TCAACTTAAAATCACTTATG
1 AAACATTCAATTATAATCTGTTTTAACTAAAAATATAAAAAAAATTAAACTTAAAATCAATTATG
* * * ** * * *
19214 AA-GTTTTAAAACGATTTAGAGCGAGTAATAAGGCTTTCAAAAGCTAGGATGACTATAAATGGGC
66 AAGGTTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCTTGGGTGACTATAAATGGGC
*** * * * **
19278 TTTTCTTATTAATG-AGGGGTTTTTTTTCATGTTATCCA-AGGCAAACA-TCGAATTATAATCAA
131 TTTTCTTGCCAATGAATGTGTTTTTATTCAT-TTAT-CATAGGCAAACATTC-AATTATAATCTG
* * * * * * * *
19340 TTTT-AACTAAAAATGAAAAAAAAATTCAACTTAAAATTATTTGTGAGGTTCTGAAACCATTTGA
193 TTTTAAACAAAAAAT--ATAAAAAATT-AACTTAAAATCAATTATGAGGTTATAAAACCATTTAA
*
19404 AGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCTTGGGTGACTATAAATGGGCTAT-ACTTG-CATATGAAT-
255 AGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCTTGGGTGACTATAAATGGGCT-TCTCTTGCCA-ATGAATG
*
19466 TGATTTTT-TTCACATGTTTCCCGAGGC
318 TG-TTTTTATT--CATGTTTCCCAAGGC
* * * *
19493 ACACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAGAAATAT-AAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATG
1 AAACATTCAATTATAATCTGTTTTAACTAAAAATATAAAAAAAATTAAACTTAAAATCAATTATG
* * **
19557 -AGGTTATAAAATCATTTTAAGCGAGTAA-AAGGCTTTTGAAGGCTTGGGTGACTATAAATGGTT
66 AAGGTTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCTTGGGTGACTATAAATGGGC
* * * ** **
19620 TTTTCTTGACAATGAATGCGTTTTTATTCATATTTCTCA-AAACAAACATTCAAACATAATCTGT
131 TTTTCTTGCCAATGAATGTGTTTTTATTC--ATTTATCATAGGCAAACATTCAATTATAATCTGT
* * * * * *
19684 TTCAATA-AAAAAATGTAAAAAATTGAACTTAAAATTAATTATCATGTTATAAAACTATTTAAAG
194 TTTAA-ACAAAAAATATAAAAAATT-AACTTAAAATCAATTATGAGGTTATAAAACCATTTAAAG
* * *
19748 GGAATAATAAGGCTTTTGAAGGCTTGGGTCACTATAAATGGGCTTCTCTTGCCAATGAATGTGTT
257 CGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCTTGGGTGACTATAAATGGGCTTCTCTTGCCAATGAATGTGTT
* *
19813 TTTCTTCATGTTTCCCAAGGT
322 TTTATTCATGTTTCCCAAGGC
* ** ** * *
19834 AAAAATTCAATTATAATCTGTTAAAAC-AAAAAT-T-TTAAAAATCAAACCTAAAATCAATTAT-
1 AAACATTCAATTATAATCTGTTTTAACTAAAAATATAAAAAAAATTAAACTTAAAATCAATTATG
* * ** * *
19895 CAGGTTATAAAATCATTTAAAATGAGTAATAAGACTTTTGAAGGCTTGGGTG------AACGGGC
66 AAGGTTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCTTGGGTGACTATAAATGGGC
* ** * *
19954 TTCTCTTGTGAAATG--TGTGTTTGTATTCATGTT-TCCA-AGGCAAACATTCAATTACAATCTG
131 TTTTCTTG-CCAATGAATGTGTTTTTATTCAT-TTAT-CATAGGCAAACATTCAATTATAATCTG
**
20015 TTTT-AA-AAAATGTA-AAAAAATTAAC-T----T--A--ATGAGGTTATAAAACCATTTAAAGC
193 TTTTAAACAAAAAATATAAAAAATTAACTTAAAATCAATTATGAGGTTATAAAACCATTTAAAGC
* *
20068 GAGTAATAAGACTTTTGAAGGCTTGGATGACTATAAATGGGCTT-TACTTGCCAATGAAT-TGGT
258 GAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCTTGGGTGACTATAAATGGGCTTCT-CTTGCCAATGAATGT-GT
* * * *
20131 TTTCCA-ACATTTTTCTCC-AGGT
321 TTT-TATTCATGTTTC-CCAAGGC
* ** *
20153 AAACATTCAATTATAATCTAG-TTTAATTAAAAATGCAAAAAAAATT-AACTTAAAATCAATTTT
1 AAACATTCAATTATAATCT-GTTTTAACTAAAAATATAAAAAAAATTAAACTTAAAATCAATTAT
* * * * *
20216 GAA-GTGATAAAACTATTTAAAGGGAGTAATAAGGCTTTTG-ACGATTCGGGTGACTATAAATGG
65 GAAGGTTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCTT-GGGTGACTATAAATGG
* * * * * *
20279 GCTTCTCTTTCCAATGAATGTGTTTTTATTCATGTTTACCA-AGGTAAACATTCAAATATCATCT
129 GCTTTTCTTGCCAATGAATGTGTTTTTATTCA--TTTATCATAGGCAAACATTCAATTATAATCT
* * *
20343 G-TTTAAACAAGAAATGTAAAAAATTGAACTTAAAATCAAATT-TGAGGTTATAAAACCATCTAA
192 GTTTTAAACAAAAAATATAAAAAATT-AACTTAAAATC-AATTATGAGGTTATAAAACCATTTAA
* *
20406 AGCGAGTATTAAGGCTTTTGAAGGCTTGGGTGACTATAAATGGGCTTCTCTTGCCAATGAATATG
255 AGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCTTGGGTGACTATAAATGGGCTTCTCTTGCCAATGAATGTG
* **
20471 TTTTTATTCATCTTTTTCAAGGC
320 TTTTTATTCATGTTTCCCAAGGC
* * * *
20494 AAACATTCAATTATAATCCG-TTTAAATAGAAATAT--AAAAAATTAAACTTAAAATCCATTAT-
1 AAACATTCAATTATAATCTGTTTTAACTAAAAATATAAAAAAAATTAAACTTAAAATCAATTATG
* * *
20555 CAGGCTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCTTGGGTGACTATAAATGAGC
66 AAGGTTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCTTGGGTGACTATAAATGGGC
* ** * * * *
20620 TTCTCTTGCCAATGAATGCATTTTTATTGATGTT-TCCCA-AGGAAAACATTCAATTACAATATG
131 TTTTCTTGCCAATGAATGTGTTTTTATTCAT-TTAT--CATAGGCAAACATTCAATTATAATCTG
*** ** *
20683 TTTTCCCCAAAATGTA-ACAAAAATTGAACTTAAAATCAATTATGAGGTTGTAAAACCATTTAAA
193 TTTTAAACAAAAAATATA-AAAAATT-AACTTAAAATCAATTATGAGGTTATAAAACCATTTAAA
* * * * * * *
20747 GAGAGTAACT-AGACTATTGAAGGCTCGGGTGGCTATAAATGGG-TTTTCTTGCCAATCAATG-G
256 GCGAGTAA-TAAGGCTTTTGAAGGCTTGGGTGACTATAAATGGGCTTCTCTTGCCAATGAATGTG
* *
20809 ATCTTTA--C--GTTT-CTAGAGGC
320 -TTTTTATTCATGTTTCCCA-AGGC
* * * * * * * * *
20829 AAATATTCCATTAGAATCTGTTTGAACCAAAAATGT-AAAAAAATTCATCATAAAATCAATTATG
1 AAACATTCAATTATAATCTGTTTTAACTAAAAATATAAAAAAAATTAAACTTAAAATCAATTATG
* * * ** *
20893 -AGATTACAAAGCCATTTAAAAAGAGTAGTAAGGC
66 AAGGTTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGC
20927 AAACATTTCT
Statistics
Matches: 2562, Mismatches: 426, Indels: 297
0.78 0.13 0.09
Matches are distributed among these distances:
318 2 0.00
319 111 0.04
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323 1 0.00
326 4 0.00
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345 3 0.00
ACGTcount: A:0.38, C:0.13, G:0.15, T:0.34
Consensus pattern (342 bp):
AAACATTCAATTATAATCTGTTTTAACTAAAAATATAAAAAAAATTAAACTTAAAATCAATTATG
AAGGTTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCTTGGGTGACTATAAATGGGC
TTTTCTTGCCAATGAATGTGTTTTTATTCATTTATCATAGGCAAACATTCAATTATAATCTGTTT
TAAACAAAAAATATAAAAAATTAACTTAAAATCAATTATGAGGTTATAAAACCATTTAAAGCGAG
TAATAAGGCTTTTGAAGGCTTGGGTGACTATAAATGGGCTTCTCTTGCCAATGAATGTGTTTTTA
TTCATGTTTCCCAAGGC
Found at i:22808 original size:171 final size:169
Alignment explanation
Indices: 22491--24139 Score: 1704
Period size: 171 Copynumber: 9.7 Consensus size: 169
22481 ACACATCAAG
* ** *
22491 AAAAAC-CAATTCATTGGCAAGAAAAGGCCATTTATAGTCACATAAAG-CTTCGAAAGCCTTATT
1 AAAAACAC-ATTCATTGGCAAGAAAAGCCCATTTATAGTCAC-CCAAGCCTTCAAAAGCCTTATT
* *
22554 ACTCGCTTTAAATGGTTTTATAACCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTTGT
64 ACTCGCTTTAAATGGTTTTATAA-CTCATAATTGATTTTAAGTTCAATTTTTTTACATTTTTTGT
* * *
22619 TAAAACAGATTATAATTGAATATTTGCTTAGGGAAACCTGAAG
128 TAAAACAGATTATAATTGAATGTTTGCTT-GGGAAACATGAAT
* * *
22662 AAAAAC-CTATTCATTGCCAAGAAAAGCCCATTTATAATCACCCTAGCCTTCAAAAGCCTTATTA
1 AAAAACAC-ATTCATTGGCAAGAAAAGCCCATTTATAGTCACCCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTA
* * * * *
22726 CTCTCTCTAAATGGTTTTAAAAGCTCATAATTGATATTAAGTTCAATTTCTTTTACA-TTTTGGT
65 CTCGCTTTAAATGGTTTTATAA-CTCATAATTGATTTTAAGTTCAATTT-TTTTACATTTTTTGT
* * *
22790 GAAAATAGATTGTAATTGAATGTTTGCCTTGGGAAACATGAAT
128 TAAAACAGATTATAATTGAATGTTTG-CTTGGGAAACATGAAT
* * *
22833 AAAAACATATTCATTGGCAAGAGAAGCCCATTTATAGTCACCCAAGCCTTCAAAAGTCTTATTAC
1 AAAAACACATTCATTGGCAAGAAAAGCCCATTTATAGTCACCCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTAC
* * * * * *
22898 TCCCTTTAAATGATTTTATAACTTGATGATTGATTTTAAGTTCAATTTTTGTACATTTTTTGTTT
66 TCGCTTTAAATGGTTTTATAAC-TCATAATTGATTTTAAGTTCAATTTTTTTACATTTTTTGTTA
* *
22963 AAACAGATTCTATTTGAATGTTTGCTCTGGGAAACATGAAT
130 AAACAGATTATAATTGAATGTTTGCT-TGGGAAACATGAAT
** *
23004 AAAAACACATTCATTGGCAAGTGAAGCCCATTTATAGTCACCCAAGCCTTCAAAAGCTTTATTAC
1 AAAAACACATTCATTGGCAAGAAAAGCCCATTTATAGTCACCCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTAC
* * * * *
23069 TCGCTTTAAATAGTTTTATAACTCGATAATGGATTTTAGGTTTAA-TTTTTTAAATTTTTAT-TT
66 TCGCTTTAAATGGTTTTATAACTC-ATAATTGATTTTAAGTTCAATTTTTTTACATTTTT-TGTT
* *
23132 -AAACAGATTATAATTAAATGTTTACCTTGGGAAACATGAAT
129 AAAACAGATTATAATTGAATGTTT-GCTTGGGAAACATGAAT
* * * *
23173 AAAAACACATTCATTGGCCAGAGAAGCCTATTTATAGTCACCCAAGCCTTCCAAAGCCTTATTAC
1 AAAAACACATTCATTGGCAAGAAAAGCCCATTTATAGTCACCCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTAC
* * * *
23238 TCCCTTTAAATGGTTATATAACATGATAATTGATTTTAAGTTCAA-TTTTTTACATTTTTTTATT
66 TCGCTTTAAATGGTTTTATAAC-TCATAATTGATTTTAAGTTCAATTTTTTTACA-TTTTTTGTT
* * * * *
23302 GAAATAGATTATATTTGAATGTTTGCCTTAGAAAACATGAAT
129 AAAACAGATTATAATTGAATGTTTG-CTTGGGAAACATGAAT
* * * * * *
23344 AAAAACACATTCATTGTCAAGATAAGTCTATTTATTGTCACCCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTGC
1 AAAAACACATTCATTGGCAAGAAAAGCCCATTTATAGTCACCCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTAC
* * * * * * *
23409 TCGCTTAAAATGGTTTCATAACTTCACAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTAAATTTTTAGTCA
66 TCGCTTTAAATGGTTTTATAAC-TCATAATTGATTTTAAGTTCAATTTTTTTACATTTTTTGTTA
* * * * *
23474 AAACAGATTATAATTGAATATTTACCTCGGGTAACATGAAG
130 AAACAGATTATAATTGAATGTTT-GCTTGGGAAACATGAAT
* ** * ** * *
23515 AAAAACCCA-TCATTGATAAGAAAAGCTCATTTATAGTCGTCCTAGCATTCAAAAGCCTTATTAC
1 AAAAACACATTCATTGGCAAGAAAAGCCCATTTATAGTCACCCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTAC
* * * * * * *
23579 TCGCTTTAAATAGTTTTATAAATTTATAAGTGATTTGAAGTTGATTTTTTTTTACA-TTTTTGAT
66 TCGCTTTAAATGGTTTTAT-AACTCATAATTGATTTTAAGTTCA-ATTTTTTTACATTTTTTG-T
** * * * * *
23643 TTTAACATATTGTAATTAAATGTTTGCCTTGAGAAACACGAAT
128 TAAAACAGATTATAATTGAATGTTTG-CTTGGGAAACATGAAT
* * * *
23686 AAAAACACATTCATTGGTAAGAAAAGCTCATTTATAGTCACCCAAGCCTTCAAAAGCATTATCAC
1 AAAAACACATTCATTGGCAAGAAAAGCCCATTTATAGTCACCCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTAC
* * * * *
23751 TCCCCTTAAATAGATTTATAACCTCATAATTGATTTTATA-TTCAA-TTTTTTATATTTTTTGTT
66 TCGCTTTAAATGGTTTTATAA-CTCATAATTGATTTTA-AGTTCAATTTTTTTACATTTTTTGTT
* ** * * *
23814 TAAACAGATTATGTTTGAATGTTTACCTTGAGAAACATGAAG
129 AAAACAGATTATAATTGAATGTTT-GCTTGGGAAACATGAAT
* * * * * * * * *
23856 AAAAACGCGTTTATTGACAAGAAAATCCCATTTATAGTCATCCTAGCTTTTAAAAGCCTTATTAC
1 AAAAACACATTCATTGGCAAGAAAAGCCCATTTATAGTCACCCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTAC
* ** * *
23921 TCCCTCGAAATGGTTTTATAACTTTATAATTGATTTTAAGTTGAATTTGTTTTACATTTTTTGTT
66 TCGCTTTAAATGGTTTTATAAC-TCATAATTGATTTTAAGTTCAATTT-TTTTACATTTTTTGTT
* * **
23986 AAAACAGATTGTAATTGAATGTTTTCCTTGAAAAACATGAAT
129 AAAACAGATTATAATTGAATG-TTTGCTTGGGAAACATGAAT
* * * * * * *
24028 AAAAACAAACTCATTGACAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACCCAAGCCTTCAAAACCCGTATTAC
1 AAAAACACATTCATTGGCAAGAAAAGCCCATTTATAGTCACCCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTAC
* * *
24093 TCGCTTTAAATGATTTTATAAC-CAGATAATGGATTTTAAGTTTAATT
66 TCGCTTTAAATGGTTTTATAACTC--ATAATTGATTTTAAGTTCAATT
24140 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 1225, Mismatches: 220, Indels: 65
0.81 0.15 0.04
Matches are distributed among these distances:
169 141 0.12
170 245 0.20
171 603 0.49
172 232 0.19
173 4 0.00
ACGTcount: A:0.35, C:0.15, G:0.12, T:0.38
Consensus pattern (169 bp):
AAAAACACATTCATTGGCAAGAAAAGCCCATTTATAGTCACCCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTAC
TCGCTTTAAATGGTTTTATAACTCATAATTGATTTTAAGTTCAATTTTTTTACATTTTTTGTTAA
AACAGATTATAATTGAATGTTTGCTTGGGAAACATGAAT
Found at i:23512 original size:682 final size:679
Alignment explanation
Indices: 22483--24114 Score: 1949
Period size: 682 Copynumber: 2.4 Consensus size: 679
22473 GAACAAAAAC
* ** *
22483 ACATCAAGAAAAACCAATTCATTGGCAAGAAAAGGCCATTTATAGTCACATAAAG-CTTCGAAAG
1 ACATGAAGAAAAACC-ATTCATTGGCAAGAAAA-GCCATTTATAGTCAC-CCAAGCCTTCAAAAG
* * *
22547 CCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAACCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTT-TATA
63 CCTTATTACTCCCTTTAAATGGTTTTATAACATCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTACAT-
* * * *
22611 TTTTTTGTTAAAACAGATTATAATTGAATATTTG-CTTAGGGAAACCTGAAGAAAAAC-CTATTC
127 TTTTTTGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTGCCTTA-GAAAACATGAATAAAAACAC-ATTC
* * * * * *
22674 ATTGCCAAGAAAAGCCCATTTATAATCACCCTAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCTCTCTAAATG
190 ATTGACAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACCCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCT-TAAATG
* * * * * * *
22739 GTTTTAAAAGCTCATAATTGATATTAAGTTCAATTTCTTTTACATTTTGGTGAAAATAGATTGTA
254 GTTTTATAA-CTCACAATTGATATTAAGTTCAATTTCTTTTAAATTTTAGTCAAAACAGATTATA
* * * * * * *
22804 ATTGAATGTTTGCCTTGGGAAACATGAATAAAAACATATTCATTGGCAAGAGAAGCCCATTTATA
318 ATTGAATATTTACCTCGGGAAACATGAAGAAAAACACA-TCATTGACAAGAAAAGCCCATTTATA
* * * * *
22869 GTCACCCAAGCCTTCAAAAGTCTTATTACTCCCTTTAAAT-GATTTTATAACTTGATGATTGATT
382 GTCACCCAAGCATTCAAAAGCCTTATTACTCCCTTTAAATAG-TTTTATAAATTGATAAGTGATT
* * * *
22933 TTAAGTTCA-ATTTTTGTACATTTTTTG-TTTAAACAGATTCTATTTGAATGTTTG-CTCTGGGA
446 TGAAGTTCATATTTTTGTACA-TTTTTGATTTAAACAGATTCTAATTAAATGTTTGCCT-TGAGA
* **
22995 AACATGAATAAAAACACATTCATTGGCAAGTGAAGCCCATTTATAGTCACCCAAGCCTTCAAAAG
509 AACACGAATAAAAACACATTCATTGGCAAGAAAAGCCCATTTATAGTCACCCAAGCCTTCAAAAG
* * * * * * *
23060 CTTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAA-CTCGATAATGGATTTTAGGTTTAATTTTTTA-AA
574 CATTATCACTCCCCTTAAATAGATTTATAACCTC-ATAATGGATTTTAGATTCAATTTTTTATAA
*
23123 TTTTTATTTAAACAGATTATAATTAAATGTTTACCTTGGGAA
638 TTTTTATTTAAACAGATTATAATTAAATGTTTACCTTGAGAA
* * * *
23165 ACATGAATAAAAACACATTCATTGGCCAGAGAAGCCTATTTATAGTCACCCAAGCCTTCCAAAGC
1 ACATGAAGAAAAAC-CATTCATTGGCAAGAAAAGCC-ATTTATAGTCACCCAAGCCTTCAAAAGC
* * *
23230 CTTATTACTCCCTTTAAATGGTTATATAACATGATAATTGATTTTAAGTTCAATTTTTTACATTT
64 CTTATTACTCCCTTTAAATGGTTTTATAACATCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTACATTT
* * * *
23295 TTTTATTGAAATAGATTATATTTGAATGTTTGCCTTAGAAAACATGAATAAAAACACATTCATTG
129 TTTTGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTGCCTTAGAAAACATGAATAAAAACACATTCATTG
* * * *
23360 TCAAGATAAGTCTATTTATTGTCACCCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTGCTCGCTTAAAATGGTTT
194 ACAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACCCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTT-AAATGGTTT
* * *
23425 CATAACTTCACAATTGATTTTAAGTTGAATTT-TTTTAAATTTTTAGTCAAAACAGATTATAATT
258 TATAAC-TCACAATTGATATTAAGTTCAATTTCTTTTAAA-TTTTAGTCAAAACAGATTATAATT
* * * * *
23489 GAATATTTACCTCGGGTAACATGAAGAAAAACCCATCATTGATAAGAAAAGCTCATTTATAGTCG
321 GAATATTTACCTCGGGAAACATGAAGAAAAACACATCATTGACAAGAAAAGCCCATTTATAGTCA
* * * *
23554 TCCTAGCATTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAAATTTATAAGTGATTTGAAG
386 CCCAAGCATTCAAAAGCCTTATTACTCCCTTTAAATAGTTTTATAAATTGATAAGTGATTTGAAG
* * * * * *
23619 TTGATTTTTTTTTACATTTTTGATTTTAACATATTGTAATTAAATGTTTGCCTTGAGAAACACGA
451 TTCATATTTTTGTACATTTTTGATTTAAACAGATTCTAATTAAATGTTTGCCTTGAGAAACACGA
* *
23684 ATAAAAACACATTCATTGGTAAGAAAAGCTCATTTATAGTCACCCAAGCCTTCAAAAGCATTATC
516 ATAAAAACACATTCATTGGCAAGAAAAGCCCATTTATAGTCACCCAAGCCTTCAAAAGCATTATC
* * * *
23749 ACTCCCCTTAAATAGATTTATAACCTCATAATTGATTTTATATTCAATTTTTTATATTTTTTGTT
581 ACTCCCCTTAAATAGATTTATAACCTCATAATGGATTTTAGATTCAATTTTTTATAATTTTTATT
** *
23814 TAAACAGATTATGTTTGAATGTTTACCTTGAGAA
646 TAAACAGATTATAATTAAATGTTTACCTTGAGAA
* * * * * * * *
23848 ACATGAAGAAAAACGCGTTTATTGACAAGAAAATCCCATTTATAGTCATCCTAGCTTTTAAAAGC
1 ACATGAAGAAAAAC-CATTCATTGGCAAGAAAA-GCCATTTATAGTCACCCAAGCCTTCAAAAGC
** * *
23913 CTTATTACTCCCTCGAAATGGTTTTATAACTTTATAATTGATTTTAAGTTGAATTTGTTTTACA-
64 CTTATTACTCCCTTTAAATGGTTTTATAACATCATAATTGATTTTAAGTTGAA-TT-TTTTACAT
* * * *
23977 TTTTTTGTTAAAACAGATTGTAATTGAATGTTTTCCTT-GAAAAACATGAATAAAAACAAACTCA
127 TTTTTTGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTGCCTTAG-AAAACATGAATAAAAACACATTCA
* * *
24041 TTGACAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACCCAAGCCTTCAAAACCCGTATTACTCGCTTTAAATGA
191 TTGACAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACCCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGC-TTAAATGG
24106 TTTTATAAC
255 TTTTATAAC
24115 CAGATAATGG
Statistics
Matches: 804, Mismatches: 126, Indels: 38
0.83 0.13 0.04
Matches are distributed among these distances:
681 101 0.13
682 425 0.53
683 148 0.18
684 121 0.15
685 9 0.01
ACGTcount: A:0.35, C:0.15, G:0.12, T:0.38
Consensus pattern (679 bp):
ACATGAAGAAAAACCATTCATTGGCAAGAAAAGCCATTTATAGTCACCCAAGCCTTCAAAAGCCT
TATTACTCCCTTTAAATGGTTTTATAACATCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTACATTTTT
TTGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTGCCTTAGAAAACATGAATAAAAACACATTCATTGAC
AAGAAAAGTCTATTTATAGTCACCCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTAAATGGTTTTAT
AACTCACAATTGATATTAAGTTCAATTTCTTTTAAATTTTAGTCAAAACAGATTATAATTGAATA
TTTACCTCGGGAAACATGAAGAAAAACACATCATTGACAAGAAAAGCCCATTTATAGTCACCCAA
GCATTCAAAAGCCTTATTACTCCCTTTAAATAGTTTTATAAATTGATAAGTGATTTGAAGTTCAT
ATTTTTGTACATTTTTGATTTAAACAGATTCTAATTAAATGTTTGCCTTGAGAAACACGAATAAA
AACACATTCATTGGCAAGAAAAGCCCATTTATAGTCACCCAAGCCTTCAAAAGCATTATCACTCC
CCTTAAATAGATTTATAACCTCATAATGGATTTTAGATTCAATTTTTTATAATTTTTATTTAAAC
AGATTATAATTAAATGTTTACCTTGAGAA
Found at i:24862 original size:170 final size:168
Alignment explanation
Indices: 24374--25020 Score: 694
Period size: 170 Copynumber: 3.8 Consensus size: 168
24364 NNNNNNNNNN
* **
24374 ATGGTTTTATAACATCAAAATTGATTTTAAGTTTAATTTTTTTGTATTTTTTCTTTAAACAGATT
1 ATGGTTTTATAACTTCAAAATTGATTTTAAGTTTAA-TTTTTTACATTTTTTC-TTAAACAGATT
* * * * * *
24439 ATATTTGAATGTTTGCCCT-ACGAAAGA-AGAATAAAAAGACATTCATTGGCAAGTGAAGCCTAT
64 ATAATTGAATGTTTG-CTTGA-GAAACATA-AATAAAAACACATTCATTGGCAAGAGAAGCCCAT
* *
24502 TTATAGTCACCCAAGCCTTCAAAACCCTTATTACTAACTTTAA
126 TTATAGTCACCCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTACCTTTAA
* * * * * * *
24545 ATGGTTTTATAA-TCCGATAATGGATTTTAGGTTTAA-TTTTTAAAATTTTT-TTAAATAGATTA
1 ATGGTTTTATAACTTC-AAAATTGATTTTAAGTTTAATTTTTTACATTTTTTCTTAAACAGATTA
* * * * *
24607 TAATTGAATGTTTGCCTTGGGAAAGATGAATAAAAACACATTTATTAGCAAGAGAAGCCCATTTA
65 TAATTGAATGTTTG-CTTGAGAAACATAAATAAAAACACATTCATTGGCAAGAGAAGCCCATTTA
* *
24672 TAGTCACCCAAGCGTTCAAAAGCCTTATTACTCCCTTTAA
129 TAGTCACCCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTACCTTTAA
* * * *
24712 ATGGTTTTATAACTTGATAATTAATTTTAAGTTCAATTTTTTACATTTTTTGCTTAAACAGATTA
1 ATGGTTTTATAACTTCAAAATTGATTTTAAGTTTAATTTTTTACATTTTTT-CTTAAACAGATTA
* ***
24777 TATTTGAATGTTTGCTGTGAGAAACATAAATAAAATTGCATTCATTGGCAAGAGAAGCCCATTTA
65 TAATTGAATGTTTGCT-TGAGAAACATAAATAAAAACACATTCATTGGCAAGAGAAGCCCATTTA
* * *
24842 TAGTCACCTAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTTCCTTAAA
129 TAGTCACCCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTACCTTTAA
* * * * * * *
24882 ATAGTTTTATAACCTCAAAATTGATTTTAAATTGAATTCTTTTACATTTTGGT-TAAAACAGATC
1 ATGGTTTTATAACTTCAAAATTGATTTTAAGTTTAATT-TTTTACATTTT-TTCTTAAACAGATT
* * * * * **
24946 ACAATTGATTGTTTTCCTTAAGAAACATTAATAAAAACACATTCATTCACAAGAGAAGCCCATTT
64 ATAATTGAATG-TTTGCTTGAGAAACATAAATAAAAACACATTCATTGGCAAGAGAAGCCCATTT
25011 ATAGTCACCC
128 ATAGTCACCC
25021 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 399, Mismatches: 66, Indels: 23
0.82 0.14 0.05
Matches are distributed among these distances:
167 129 0.32
168 13 0.03
169 13 0.03
170 198 0.50
171 45 0.11
172 1 0.00
ACGTcount: A:0.36, C:0.15, G:0.12, T:0.38
Consensus pattern (168 bp):
ATGGTTTTATAACTTCAAAATTGATTTTAAGTTTAATTTTTTACATTTTTTCTTAAACAGATTAT
AATTGAATGTTTGCTTGAGAAACATAAATAAAAACACATTCATTGGCAAGAGAAGCCCATTTATA
GTCACCCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTACCTTTAA
Found at i:25889 original size:169 final size:168
Alignment explanation
Indices: 25533--26022 Score: 572
Period size: 169 Copynumber: 2.9 Consensus size: 168
25523 NNNNNNNNNN
* * * * * *
25533 CAAGAAAAG-CCATTTATAGTCATCCTAGCTTTTTAAAGCCTTATTACTCGCTTGAAATAATTTT
1 CAAGAGAAGCCCATTTATAGTCACCCAAGCCTTTAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAAT-ATTTT
* * * * * * * *
25597 ATAACTTCATAATTGATTTTAACTTGAT-TTTTTTTACATTTTTAGTTAAAACGGATTGTAATTG
65 ATAACATGATAATTGATTTTAAGTT--TCATTTTTAAAATTTTT-GTTAAAACAGATTATAATTG
* *
25661 AATGTTTGCCTTGGGAAACATGAATACAAATACATTCATTGG
127 AATGTTTGCCTTGGGAAACATGAATAAAAACACATTCATTGG
* *
25703 CAAGAGAAGCTCATTTATAGTCACCCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGATTTT
1 CAAGAGAAGCCCATTTATAGTCACCCAAGCCTTTAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAAT-ATTTT
* * **
25768 ATAACCTGATAATTGATTTTAGGTTTCATTTTTAAAATTTTTGTTTCAACAGATTATAATTGAAT
65 ATAACATGATAATTGATTTTAAGTTTCATTTTTAAAATTTTTGTTAAAACAGATTATAATTGAAT
* *
25833 TTTTGCCTTGGGGAACATGAATAAAAACACATTCATTGG
130 GTTTGCCTTGGGAAACATGAATAAAAACACATTCATTGG
** * *
25872 CAAGAGAAGCCCATTTATAGTGTCCCAAGCCTTTAAAAGCCTTATTATTCCCTTTAAATAGTTTT
1 CAAGAGAAGCCCATTTATAGTCACCCAAGCCTTTAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATA-TTTT
* * * * *
25937 ATAACATGATAATTGATTTTAAG-TTCAATTTTTTACATTTTTTGTTGAAACAGATTATATTTAA
65 ATAACATGATAATTGATTTTAAGTTTC-A-TTTTTAAAATTTTTGTTAAAACAGATTATAATTGA
**
26001 ATGTTTGTTTTGGGAAACATGA
128 ATGTTTGCCTTGGGAAACATGA
26023 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 273, Mismatches: 42, Indels: 10
0.84 0.13 0.03
Matches are distributed among these distances:
168 4 0.01
169 134 0.49
170 67 0.25
171 68 0.25
ACGTcount: A:0.33, C:0.14, G:0.13, T:0.40
Consensus pattern (168 bp):
CAAGAGAAGCCCATTTATAGTCACCCAAGCCTTTAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATATTTTA
TAACATGATAATTGATTTTAAGTTTCATTTTTAAAATTTTTGTTAAAACAGATTATAATTGAATG
TTTGCCTTGGGAAACATGAATAAAAACACATTCATTGG
Found at i:26545 original size:170 final size:170
Alignment explanation
Indices: 26234--28530 Score: 1806
Period size: 171 Copynumber: 13.5 Consensus size: 170
26224 NNNNNNNNNN
** * *
26234 AATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTCACATTTTTGGTTAAAACAAATTATAATTGAATGTTTACCT
1 AATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTTCATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTGCCT
* *** * *
26299 CGGGAAACATGTAG-AAAATTAATTCATAT-GCAAGTAAAGCCCATTTATAGTCACCCGAGCCTT
66 C-GGAAACATGAAGAAAAACCCATTCAT-TGGCAAGAAAAGCCCATTTATAGTCACCCAAGCCTT
* * * *
26362 CAAAAGCCTTATTATTCGCTTTAAATGGTTTCATAACCTCAC
129 TAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAACCTCAT
* * * * *
26404 ATTTAATTTTAAGTTGAATTTTTTTTCATTTTTAGTTAAAATAGATTATAATTTAATGTTTGCCT
1 AATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTTCATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTGCCT
* * ** ** *
26469 CGGATAACATGAAGAAAAACCCATT-ATTGACAAGAAAAGACCATTTATAGTCGTCTTAGCTTTT
66 CGGA-AACATGAAGAAAAACCCATTCATTGGCAAGAAAAGCCCATTTATAGTCACCCAAGCCTTT
* * * *
26533 GAAAGGCTTATTACTCG-TTCTAAATCGTTTTATAACTTCAT
130 AAAAGCCTTATTACTCGCTT-TAAATGGTTTTATAACCTCAT
* * * * * *
26574 AAGTGATTTTAAGTT-TATTTTTTTTATATTTTTTGTTTAAACAGATTGTAATTGAATGTTTGCC
1 AATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTT-CATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTGCC
* * * * * * *
26638 TTCAGAAACATTAATAAAAACACATTCATTGGCATGAGAAGCTCATTTATAGTCACCCAAGCCTT
65 -TCGGAAACATGAAGAAAAACCCATTCATTGGCAAGAAAAGCCCATTTATAGTCACCCAAGCCTT
* * *
26703 CAAAAGCCTTATTACTCCCTTTAAATGGATTTATAACCTCAT
129 TAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAACCTCAT
* * * * * * * * **
26745 AATCGATTTTAACTTTAGTTTTTTAT-ATTTTTTGTTTAAACAGTTTATGTTTGAATGTTTGCCC
1 AATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTTCATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTG-CC
* * * * * * * *
26809 TAC--AATGCGTGAAGAAAAACGCGTTCATTGTCAAGAAAAGCCCATTTATAGTCATCCTAGCTT
65 T-CGGAA-ACATGAAGAAAAACCCATTCATTGGCAAGAAAAGCCCATTTATAGTCACCCAAGCCT
* * * ** *
26872 TTGAAAGCCTTTTTACACGCTCGAAATGGTTTTATAACTTCAT
128 TTAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAACCTCAT
* * * *
26915 AATTGATTTTAAGTTAAATTGTTTTTAT-ATTTTTGGTTAAAACATATTGTAATTCAATGTTTGC
1 AATTGATTTTAAGTTGAATT-TTTTT-TCATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTGC
* * *
26979 CTTGTGAAACATGAA-TAAAA-CCATAGTCATTGGCAAGAGAAGCCCATTTATAGTCACCCATA-
64 CTCG-GAAACATGAAGAAAAACCCAT--TCATTGGCAAGAAAAGCCCATTTATAGTCACCCA-AG
* * * *
27041 CCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGATGTTATAACCTGAT
125 CCTTTAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAACCTCAT
* * * * *
27087 AATGGATTTTAAGTTTAATTTTTTAT-ATTTTT-ATTTAAACAGATTATAATTGAATGTTTGCCT
1 AATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTTCATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTGCC-
* * * *
27150 TCGG-AACGATGAATAAAAACACATTCATTGGCAAGAGAAGCCCATTTATAGTCACCCAAGACTT
65 TCGGAAAC-ATGAAGAAAAACCCATTCATTGGCAAGAAAAGCCCATTTATAGTCACCCAAGCCTT
* * * *
27214 TAAAAGCTTTATTACTCTCTTTAAATGGTTTTATAACCTAAA
129 TAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAACCTCAT
* * * *
27256 AATTGATTTTAAGTTGAATTCTTTTACATTTTTGGTTAAAATAGATTATAATTGAATGTTTACCT
1 AATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTTCATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTGCCT
* * * * * * * *
27321 TGACAAAAATGTAGAAAAACCAATTTATTGGCAAGTAAAGCCCATTTATAGTCACCGAAGCCTTT
66 CG-GAAACATGAAGAAAAACCCATTCATTGGCAAGAAAAGCCCATTTATAGTCACCCAAGCCTTT
* * *
27386 AAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGATTTTATAACTTGAT
130 AAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAACCTCAT
* * * * * * *
27427 AA-TGAATTTTAAGTTTAA-TTTTATACATTTTT-GTTTAAACAGATTATAATCGAATATTTACC
1 AATTG-ATTTTAAGTTGAATTTTTTTTCATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTGCC
* * * ** * * * *
27489 TTGGGAAAGATGAATAAAAACATATTTATTGGCAAGACAAGCCCATTTATTGTCACCCAAGCGTT
65 -TCGGAAACATGAAGAAAAACCCATTCATTGGCAAGAAAAGCCCATTTATAGTCACCCAAGCCTT
* * * ********** *
27554 CAAAAGCTTTATTACTCCCTTTAAANNNNNNNNNNACCTGAT
129 TAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAACCTCAT
* ** * **
27596 AATTGATTTTAAGTTGAA-TTTTTTACATTTTTCATTGAAACAGATTATGTTTGAATGTTTGCCA
1 AATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTTCATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTGCC-
* * * * *********** * *
27660 TGGGAAA-ATAAATAAAAACACATTCNNNNNNNNNNGAAGCCCATTTATAGTCACCCAAACCTTC
65 TCGGAAACATGAAGAAAAACCCATTCATTGGCAAGAAAAGCCCATTTATAGTCACCCAAGCCTTT
* * *
27724 AAAAGCCTTATTACTCCCTTTAAATGGTTTTATAACGTCAA
130 AAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAACCTCAT
* * * * * *
27765 AATTTATTTTAAGTTGAATTCTTTTAT-ATTTTTGGTTAAAACAGATCACAACTGATTGTTTGCC
1 AATTGATTTTAAGTTGAATT-TTTTTTCATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTGCC
* * * * * ** * * *
27829 TTGGGGAACATTAATAAAAACACACTT-ATTCACAATAGAAGCCCATTTATAGTCACCCAACCCT
65 -TCGGAAACATGAAGAAAAACCCA-TTCATTGGCAAGAAAAGCCCATTTATAGTCACCCAAGCCT
* * ** * *
27893 TTGAAAGCCTTATTACTCCCTTTAGTTGGTTTTATAAACTCAA
128 TTAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAACCTCAT
* * * * *
27936 AAATGATTTTAAGTTGAATTCTTTTACATTTTTGCTTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTTCCT
1 AATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTTCATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTGCCT
* ** * * * * * ** * **
28001 -GTTGAAACATGAGGAAAAAGTCATTTATCGACAAGAAATGTCCAACTATAGTGACCCATTCCTT
66 CG--GAAACATGAAGAAAAACCCATTCATTGGCAAGAAAAGCCCATTTATAGTCACCCAAGCCTT
* ** ** * *
28065 CAAAAGCCTTCCTACTCTATTTAAATGGCTTTATAATCTCAT
129 TAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAACCTCAT
* * * * * * * *
28107 AATTGATTTTATGTTGAATGTGTTTTACATTTTTAGTTCAAATAGATTATAATGGAATGTTTGGC
1 AATTGATTTTAAGTTGAAT-TTTTTTTCATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTGCC
** * ** *
28172 TCAGGAAATGTGAAGAAAAATCCATTCATTGGCAAGAAAA-CCCATTTATAACCACCCGAG-CTA
65 TC-GGAAACATGAAGAAAAACCCATTCATTGGCAAGAAAAGCCCATTTATAGTCACCCAAGCCT-
* * * ** * *
28235 TCAAAAGTCTTATTGCTCTTTTTAAATGGTTTTACAACGTCAT
128 TTAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAACCTCAT
* * * * * *
28278 AATTGATTTTAAGTT-CATTTTTTTTACATTTTT-GTGAAAAGAGATTGTAATGGAAAGTTTGCC
1 AATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTT-CATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTGCC
* * * * * *
28341 TTGGGAAACATGAATAAAAACGCATCCATTGGCAAGAGAAGCCCATTTATAGTCACCGAAGCCTT
65 -TCGGAAACATGAAGAAAAACCCATTCATTGGCAAGAAAAGCCCATTTATAGTCACCCAAGCCTT
* ** *
28406 TAAAAGTCTTATTACTCTATTTAAATGGTTTTATAACCTCAA
129 TAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAACCTCAT
* * * *
28448 AATTGATTTTAAGTTAAATGTTTTTACATTTTTGGTGAAAACAGATTAT-ATTAGAATGTTTGCC
1 AATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTTCATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATT-GAATGTTTGCC
* *
28512 TTGAGAAACATCAAGAAAA
65 TCG-GAAACATGAAGAAAA
28531 GACTATTTAT
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ACGTcount: A:0.34, C:0.15, G:0.13, T:0.38
Consensus pattern (170 bp):
AATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTTCATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTGCCT
CGGAAACATGAAGAAAAACCCATTCATTGGCAAGAAAAGCCCATTTATAGTCACCCAAGCCTTTA
AAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAACCTCAT
Found at i:26738 original size:171 final size:171
Alignment explanation
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Period size: 170 Copynumber: 13.4 Consensus size: 171
26224 NNNNNNNNNN
* * * *
26234 AATTGATTTTAAGTTGAA-TTTTTTCACATTTTTGGTTAAAACAAATTATAATTGAATGTTTACC
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* * * * ** *
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* * * *
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128 TTCAAAAGCCTTATTACTCCCTTTAAATGGTTTTATAACCTCAT
* * * * *
26404 ATTTAATTTTAAGTTGAATTTTTTTT-CATTTTTAGTTAAAATAGATTATAATTTAATGTTTGCC
1 AATTGATTTTAAGTT-AATTTTTTTTACATTTTTTGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTGCC
* * * * * * ** ** *
26468 TCG-GATAACATGAAGAAAAACCCATT-ATTGACAAGAAAAGACCATTTATAGTCGTCTTAGCTT
65 TTGAGA-AACATGAATAAAAACACATTCATTGGCAAGAGAAGCCCATTTATAGTCACCCAAGCCT
** * * * *
26531 TTGAAAGGCTTATTACT-CGTTCTAAATCGTTTTATAACTTCAT
129 TCAAAAGCCTTATTACTCCCTT-TAAATGGTTTTATAACCTCAT
* * * * *
26574 AAGTGATTTTAAGTTTATTTTTTTTATATTTTTTGTTTAAACAGATTGTAATTGAATGTTTGCCT
1 AATTGATTTTAAGTTAATTTTTTTTACATTTTTTGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTGCCT
* * * *
26639 TCAGAAACATTAATAAAAACACATTCATTGGCATGAGAAGCTCATTTATAGTCACCCAAGCCTTC
66 TGAGAAACATGAATAAAAACACATTCATTGGCAAGAGAAGCCCATTTATAGTCACCCAAGCCTTC
*
26704 AAAAGCCTTATTACTCCCTTTAAATGGATTTATAACCTCAT
131 AAAAGCCTTATTACTCCCTTTAAATGGTTTTATAACCTCAT
* * * * * * * ** *
26745 AATCGATTTTAACTTTA-GTTTTTTATATTTTTTGTTTAAACAGTTTATGTTTGAATGTTTGCCC
1 AATTGATTTTAAGTTAATTTTTTTTACATTTTTTGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTGCCT
* * * * * * * * * * *
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66 TGAGAA-ACATGAATAAAAACACATTCATTGGCAAGAGAAGCCCATTTATAGTCACCCAAGCCTT
** * * * ** *
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130 CAAAAGCCTTATTACTCCCTTTAAATGGTTTTATAACCTCAT
* * * * * *
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1 AATTGATTTTAAGTT-AATTTTTTTTACATTTTTTGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTGCC
* * * *
26980 TTGTGAAACATGAATAAAACCATAGTCATTGGCAAGAGAAGCCCATTTATAGTCACCCATA-CCT
65 TTGAGAAACATGAATAAAAACACATTCATTGGCAAGAGAAGCCCATTTATAGTCACCCA-AGCCT
* * * *
27044 TCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGATGTTATAACCTGAT
129 TCAAAAGCCTTATTACTCCCTTTAAATGGTTTTATAACCTCAT
* *
27087 AATGGATTTTAAGTTTAA--TTTTTTATATTTTTAT-TT-AAACAGATTATAATTGAATGTTTGC
1 AATTGATTTTAAG-TTAATTTTTTTTACATTTTT-TGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTGC
*
27148 CTTCG-G-AACGATGAATAAAAACACATTCATTGGCAAGAGAAGCCCATTTATAGTCACCCAAGA
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* * * * *
27211 CTTTAAAAGCTTTATTACTCTCTTTAAATGGTTTTATAACCTAAA
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* * * *
27256 AATTGATTTTAAGTTGAA-TTCTTTTACATTTTTGGTTAAAATAGATTATAATTGAATGTTTACC
1 AATTGATTTTAAGTT-AATTTTTTTTACATTTTTTGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTGCC
* * * * * *
27320 TTGACAAAAATGTAGAAAAAC-CAATTTATTGGCAAGTA-AAGCCCATTTATAGTCACCGAAGCC
65 TTGAGAAACATGAATAAAAACAC-ATTCATTGGCAAG-AGAAGCCCATTTATAGTCACCCAAGCC
* * * * *
27383 TTTAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGATTTTATAACTTGAT
128 TTCAAAAGCCTTATTACTCCCTTTAAATGGTTTTATAACCTCAT
* * * * *
27427 AA-TGAATTTTAAGTTTAA--TTTTATACA-TTTTTGTTTAAACAGATTATAATCGAATATTTAC
1 AATTG-ATTTTAAG-TTAATTTTTTTTACATTTTTTGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTGC
* * * * * * *
27488 CTTGGGAAAGATGAATAAAAACATATTTATTGGCAAGACAAGCCCATTTATTGTCACCCAAGCGT
64 CTTGAGAAACATGAATAAAAACACATTCATTGGCAAGAGAAGCCCATTTATAGTCACCCAAGCCT
* ********** *
27553 TCAAAAGCTTTATTACTCCCTTTAAANNNNNNNNNNACCTGAT
129 TCAAAAGCCTTATTACTCCCTTTAAATGGTTTTATAACCTCAT
** * **
27596 AATTGATTTTAAGTTGAA--TTTTTTACATTTTTCATTGAAACAGATTATGTTTGAATGTTTGCC
1 AATTGATTTTAAGTT-AATTTTTTTTACATTTTTTGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTGCC
* * * ********** *
27659 ATGGGAAA-ATAAATAAAAACACATTCNNNNNNNNNNGAAGCCCATTTATAGTCACCCAAACCTT
65 TTGAGAAACATGAATAAAAACACATTCATTGGCAAGAGAAGCCCATTTATAGTCACCCAAGCCTT
* *
27723 CAAAAGCCTTATTACTCCCTTTAAATGGTTTTATAACGTCAA
130 CAAAAGCCTTATTACTCCCTTTAAATGGTTTTATAACCTCAT
* * * * * * * *
27765 AATTTATTTTAAGTTGAA-TTCTTTTATATTTTTGGTTAAAACAGATCACAACTGATTGTTTGCC
1 AATTGATTTTAAGTT-AATTTTTTTTACATTTTTTGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTGCC
* * * ** * *
27829 TTGGGGAACATTAATAAAAACACACTT-ATTCACAATAGAAGCCCATTTATAGTCACCCAACCCT
65 TTGAGAAACATGAATAAAAACACA-TTCATTGGCAAGAGAAGCCCATTTATAGTCACCCAAGCCT
** ** * *
27893 TTGAAAGCCTTATTACTCCCTTTAGTTGGTTTTATAAACTCAA
129 TCAAAAGCCTTATTACTCCCTTTAAATGGTTTTATAACCTCAT
* * *
27936 AAATGATTTTAAGTTGAA-TTCTTTTACA-TTTTTGCTTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTTC
1 AATTGATTTTAAGTT-AATTTTTTTTACATTTTTTG-TTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTGC
* ** ** * * * * ** * **
27999 C-TGTTGAAACATGAGGAAAAAGTCATTTATCGACAAGA-AATGTCCAACTATAGTGACCCATTC
64 CTTG-AGAAACATGAATAAAAACACATTCATTGGCAAGAGAA-GCCCATTTATAGTCACCCAAGC
** ** * *
28062 CTTCAAAAGCCTTCCTACTCTATTTAAATGGCTTTATAATCTCAT
127 CTTCAAAAGCCTTATTACTCCCTTTAAATGGTTTTATAACCTCAT
* * * * * * * *
28107 AATTGATTTTATGTTGAATGTGTTTTACATTTTTAGTTCAAATAGATTATAATGGAATGTTTGGC
1 AATTGATTTTAAGTT-AATTTTTTTTACATTTTTTGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTGCC
* ** * * ** *
28172 -TCAGGAAATGTGAAGAAAAATC-CATTCATTGGCAAGA-AAACCCATTTATAACCACCCGAG-C
65 TTGA-GAAACATGAATAAAAA-CACATTCATTGGCAAGAGAAGCCCATTTATAGTCACCCAAGCC
* * ** * *
28233 TATCAAAAGTCTTATTGCTCTTTTTAAATGGTTTTACAACGTCAT
128 T-TCAAAAGCCTTATTACTCCCTTTAAATGGTTTTATAACCTCAT
* * * * * *
28278 AATTGATTTTAAGTTCATTTTTTTTACA-TTTTTGTGAAAAGAGATTGTAATGGAAAGTTTGCCT
1 AATTGATTTTAAGTTAATTTTTTTTACATTTTTTGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTGCCT
* * * * *
28342 TGGGAAACATGAATAAAAACGCATCCATTGGCAAGAGAAGCCCATTTATAGTCACCGAAGCCTTT
66 TGAGAAACATGAATAAAAACACATTCATTGGCAAGAGAAGCCCATTTATAGTCACCCAAGCCTTC
* ** *
28407 AAAAGTCTTATTACTCTATTTAAATGGTTTTATAACCTCAA
131 AAAAGCCTTATTACTCCCTTTAAATGGTTTTATAACCTCAT
* * * *
28448 AATTGATTTTAAGTTAAATGTTTTTACATTTTTGGTGAAAACAGATTAT-ATTAGAATGTTTGCC
1 AATTGATTTTAAGTTAATTTTTTTTACATTTTTTGTTAAAACAGATTATAATT-GAATGTTTGCC
28512 TTGAGAAACAT
65 TTGAGAAACAT
28523 CAAGAAAAGA
Statistics
Matches: 1684, Mismatches: 382, Indels: 105
0.78 0.18 0.05
Matches are distributed among these distances:
168 10 0.01
169 413 0.25
170 538 0.32
171 517 0.31
172 196 0.12
173 10 0.01
ACGTcount: A:0.34, C:0.15, G:0.13, T:0.38
Consensus pattern (171 bp):
AATTGATTTTAAGTTAATTTTTTTTACATTTTTTGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTGCCT
TGAGAAACATGAATAAAAACACATTCATTGGCAAGAGAAGCCCATTTATAGTCACCCAAGCCTTC
AAAAGCCTTATTACTCCCTTTAAATGGTTTTATAACCTCAT
Found at i:26859 original size:341 final size:338
Alignment explanation
Indices: 26234--29288 Score: 2402
Period size: 342 Copynumber: 9.0 Consensus size: 338
26224 NNNNNNNNNN
* * *
26234 AATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTCACATTTTTGGTTAAAACAAATTATAATTGAATGTTTACCT
1 AATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTGCCT
* * * * ** *
26299 CGGGAAACATGTAGAAAATTA-ATTCATAT-GCAAGTA-AAGCCCATTTATAGTCACCCGAGCCT
66 TGAGAAACATGAATAAAAACACATTCAT-TGGCAAG-AGAAGCCCATTTATAGTCACCCAAGCCT
* * * * * *
26361 TCAAAAGCCTTATTATTCGCTTTAAATGGTTTCATAACCTCACATTTAATTTTAAGTTGAATTTT
129 TCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAACCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTT
* * * * * *
26426 TTTTCATTTTTAGTTAAAATAGATTATAATTTAATGTTTGCCT-CGGATAACATGAAGAAAAACC
194 TTAT-ATTTTTTGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTGCCTAC--A-ATCATGAAGAAAAACA
* * ** ** *
26490 CATT-ATTGACAAGAAAAGACCATTTATAGTCGTCTTAGCTTTTGAAAGGCTTATTACTCGTTCT
255 CATTCATTGGCAAGAAAAGCCCATTTATAGTCACCCAAGCCTTTGAAAGGCTTATTACTCGTT-T
* *
26554 AAATCGTTTTATAACTTCAT
319 AAATGGTTTTATAACCTCAT
* * * * * * *
26574 AAGTGATTTTAAGTTTATTTTTTTTATATTTTTTGTTTAAACAGATTGTAATTGAATGTTTGCCT
1 AATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTGCCT
* * * *
26639 TCAGAAACATTAATAAAAACACATTCATTGGCATGAGAAGCTCATTTATAGTCACCCAAGCCTTC
66 TGAGAAACATGAATAAAAACACATTCATTGGCAAGAGAAGCCCATTTATAGTCACCCAAGCCTTC
* * * * * *
26704 AAAAGCCTTATTACTCCCTTTAAATGGATTTATAACCTCATAATCGATTTTAACTTTAGTTTTTT
131 AAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAACCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTT
* * ** * * *
26769 ATATTTTTTGTTTAAACAGTTTATGTTTGAATGTTTGCCCTACAATGCGTGAAGAAAAACGCGTT
196 ATATTTTTTGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTG-CCTACAAT-CATGAAGAAAAACACATT
* * * * * * * **
26834 CATTGTCAAGAAAAGCCCATTTATAGTCATCCTAGCTTTTGAAAGCCTTTTTACACGCTCGAAAT
259 CATTGGCAAGAAAAGCCCATTTATAGTCACCCAAGCCTTTGAAAGGCTTATTACTCG-TTTAAAT
*
26899 GGTTTTATAACTTCAT
323 GGTTTTATAACCTCAT
* * * * *
26915 AATTGATTTTAAGTTAAATTGTTTTTATATTTTTGGTTAAAACATATTGTAATTCAATGTTTGCC
1 AATTGATTTTAAGTTGAATT-TTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTGCC
* * * *
26980 TTGTGAAACATGAATAAAACCATAGTCATTGGCAAGAGAAGCCCATTTATAGTCACCCATA-CCT
65 TTGAGAAACATGAATAAAAACACATTCATTGGCAAGAGAAGCCCATTTATAGTCACCCA-AGCCT
* * * * *
27044 TCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGATGTTATAACCTGATAATGGATTTTAAGTTTAATTTT
129 TCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAACCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTT
* *
27109 TTATATTTTTAT-TT-AAACAGATTATAATTGAATGTTTGCCTTCGGAA-CGATGAATAAAAACA
194 TTATATTTTT-TGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTGCCTAC--AATC-ATGAAGAAAAACA
* * * *
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255 CATTCATTGGCAAGAAAAGCCCATTTATAGTCACCCAAGCCTTTGAAAGGC-TTATTACTC-GTT
* *
27235 TAAATGGTTTTATAACCTAAA
318 TAAATGGTTTTATAACCTCAT
* * *
27256 AATTGATTTTAAGTTGAATTCTTTTACATTTTTGGTTAAAATAGATTATAATTGAATGTTTACCT
1 AATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTGCCT
* * * * * *
27321 TGACAAAAATGTAGAAAAAC-CAATTTATTGGCAAGTA-AAGCCCATTTATAGTCACCGAAGCCT
66 TGAGAAACATGAATAAAAACAC-ATTCATTGGCAAG-AGAAGCCCATTTATAGTCACCCAAGCCT
* * * * *
27384 TTAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGATTTTATAACTTGATAA-TGAATTTTAAGTTTAATTT
129 TCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAACCTCATAATTG-ATTTTAAGTTAAATTT
* * * * * * ** ** * *
27448 TATACA-TTTTTGTTTAAACAGATTATAATCGAATATTTACCTTGGGAAAGATGAATAAAAACAT
193 TTTATATTTTTTGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTGCC-T-ACAATCATGAAGAAAAACAC
* * * * * * *
27512 ATTTATTGGCAAGACAAGCCCATTTATTGTCACCCAAG-CGTTCAAAAGCTTTATTACTCCCTTT
256 ATTCATTGGCAAGAAAAGCCCATTTATAGTCACCCAAGCCTTTGAAAGGC-TTATTACT-CGTTT
********** *
27576 AAANNNNNNNNNNACCTGAT
319 AAATGGTTTTATAACCTCAT
** * ** *
27596 AATTGATTTTAAGTTGAA-TTTTTTACATTTTTCATTGAAACAGATTATGTTTGAATGTTTGCCA
1 AATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTGCCT
* * ********** *
27660 TGGGAAA-ATAAATAAAAACACATTCNNNNNNNNNNGAAGCCCATTTATAGTCACCCAAACCTTC
66 TGAGAAACATGAATAAAAACACATTCATTGGCAAGAGAAGCCCATTTATAGTCACCCAAGCCTTC
* * * * *
27724 AAAAGCCTTATTACTCCCTTTAAATGGTTTTATAACGTCAAAATTTATTTTAAGTTGAATTCTTT
131 AAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAACCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATT-TTT
* * * * * ** * *
27789 TATATTTTTGGTTAAAACAGATCACAACTGATTGTTTGCCTTGGGGAA-CATTAATAAAAACACA
195 TATATTTTTTGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTGCC-T--ACAATCATGAAGAAAAACACA
** * * * * *
27853 CTT-ATTCACAATAGAAGCCCATTTATAGTCACCCAACCCTTTGAAAGCCTTATTACTCCCTTTA
257 -TTCATTGGCAAGAAAAGCCCATTTATAGTCACCCAAGCCTTTGAAAGGCTTATTACT-CGTTTA
** * *
27917 GTTGGTTTTATAAACTCAA
320 AATGGTTTTATAACCTCAT
* * * *
27936 AAATGATTTTAAGTTGAATTCTTTTACATTTTTGCTTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTTCC-
1 AATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTGCCT
* ** ** * * * * ** * **
28000 TGTTGAAACATGAGGAAAAAGTCATTTATCGACAAGA-AATGTCCAACTATAGTGACCCATTCCT
66 TG-AGAAACATGAATAAAAACACATTCATTGGCAAGAGAA-GCCCATTTATAGTCACCCAAGCCT
** ** * * * *
28064 TCAAAAGCCTTCCTACTCTATTTAAATGGCTTTATAATCTCATAATTGATTTTATGTTGAATGTG
129 TCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAACCTCATAATTGATTTTAAGTTAAAT-T-
* * * * * * * *
28129 TTTTACATTTTTAGTTCAAATAGATTATAATGGAATGTTTGGCTCAGGAAAT-GTGAAGAAAAAT
192 TTTTATATTTTTTGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTGCCT-A--CAATCATGAAGAAAAA-
** * ** * * *
28193 C-CATTCATTGGCAAGAAAA-CCCATTTATAACCACCCGAG-CTATCAAAAGTCTTATTGCTCTT
253 CACATTCATTGGCAAGAAAAGCCCATTTATAGTCACCCAAGCCT-TTGAAAGGCTTATTACTC-G
* *
28255 TTTAAATGGTTTTACAACGTCAT
316 TTTAAATGGTTTTATAACCTCAT
* * * * * * *
28278 AATTGATTTTAAGTTCATTTTTTTTACATTTTT-GTGAAAAGAGATTGTAATGGAAAGTTTGCCT
1 AATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTGCCT
* * * * *
28342 TGGGAAACATGAATAAAAACGCATCCATTGGCAAGAGAAGCCCATTTATAGTCACCGAAGCCTTT
66 TGAGAAACATGAATAAAAACACATTCATTGGCAAGAGAAGCCCATTTATAGTCACCCAAGCCTTC
* ** *
28407 AAAAGTCTTATTACTCTATTTAAATGGTTTTATAACCTCAAAATTGATTTTAAGTTAAATGTTTT
131 AAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAACCTCATAATTGATTTTAAGTTAAAT-TTTT
* * *
28472 TACATTTTTGGTGAAAACAGATTAT-ATTAGAATGTTTG-C--C--T--TG-AG----A-A-A--
195 TATATTTTTTGTTAAAACAGATTATAATT-GAATGTTTGCCTACAATCATGAAGAAAAACACATT
* * ** * * *
28520 CA-T--CAAGAAAAGACTATTTATAGTCACCCAAGCCTTCAAAAGCCTTGTTACTTGCTTTAAAA
259 CATTGGCAAGAAAAGCCCATTTATAGTCACCCAAGCCTTTGAAAGGCTTATTACTCG-TTT-AAA
*
28582 TGATTTTATAACCTCCA-
322 TGGTTTTATAACCT-CAT
* * * * *
28599 AA-T-ACTTTTAAGTTTAATATTTTTATATTTTTGGTTAAAACAGAATATAAGTGAATGTTTGCC
1 AATTGA-TTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTGCC
* * * *
28662 TTGAGAAACATGAAGAAAAAC-CAATGCATTAGCAAGTA-AAGCCCAGTTATAGTCACCCAAGCC
65 TTGAGAAACATGAATAAAAACAC-ATTCATTGGCAAG-AGAAGCCCATTTATAGTCACCCAAGCC
* * *
28725 TTCAAAAGCCTTATTACTCGTTTTGAATGGTTTTATAACCTCATAATTGATTTTAAGTTGAACTT
128 TTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAACCTCATAATTGATTTTAAGTT-AAATT
* * * * * * *
28790 TTTTATATTTTTTGTTAAAACAGATTATAATTGAATATTTACCTAGGGAAACCTTAAGAAAAACC
192 TTTTATATTTTTTGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTGCCTA--CAATCATGAAGAAAAACA
* * * ** *
28855 CATTCATTGCCAAGAAAAGCCCAATTATGGTCATTCTAGCCTTTG-AAGGCCTTATTACTCGCTT
255 CATTCATTGGCAAGAAAAGCCCATTTATAGTCACCCAAGCCTTTGAAAGG-CTTATTACTCG-TT
28919 TAAATGGTTTTATAACCTCAT
318 TAAATGGTTTTATAACCTCAT
* * * * * * *
28940 AATTAATTTTAAGTTGAATCTTTTTAGATTTTTAGTTAAAACAGATTTTAATTAAATGTTCG-CT
1 AATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTGCCT
* * * *
29004 TTAGGAAACATGAATTAAAACACATTCATTGGAAAGAGAAGTCCATTTATAGTCACCCAAGCCTT
66 TGA-GAAACATGAATAAAAACACATTCATTGGCAAGAGAAGCCCATTTATAGTCACCCAAGCCTT
* * * ** * * *
29069 CAAAAGCCTTATTACTCTCTGTAAAGGGTTTTGCAACCTCATAATTCATTTTAAGCTCAATTTCT
130 CAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAACCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTT-T
* * ** * * * * * *
29134 TT-TACATTTTGGTGCAAACAGACTGTAATTGAGTGTTTGCCTTCGAAAACATGAATAAAAACAC
194 TTATA-TTTTTTGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTGCCTAC--AATCATGAAGAAAAACAC
* * * ** * * *
29198 ATTCATTGTCAAGAGAAGTCCATTTATAGTCACCCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTTGCTTAA
256 ATTCATTGGCAAGAAAAGCCCATTTATAGTCACCCAAGCCTTTGAAAGGCTTATTACTCG-TTTA
* *
29263 AATGGTTTCATAACCTCAC
320 AATGGTTTTATAACCTCAT
29282 AATTGAT
1 AATTGAT
29289 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 2161, Mismatches: 459, Indels: 188
0.77 0.16 0.07
Matches are distributed among these distances:
319 9 0.00
320 57 0.03
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322 12 0.01
324 1 0.00
326 1 0.00
330 3 0.00
331 4 0.00
332 1 0.00
335 1 0.00
337 1 0.00
338 90 0.04
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343 62 0.03
344 1 0.00
ACGTcount: A:0.34, C:0.15, G:0.13, T:0.37
Consensus pattern (338 bp):
AATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTGCCT
TGAGAAACATGAATAAAAACACATTCATTGGCAAGAGAAGCCCATTTATAGTCACCCAAGCCTTC
AAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAACCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTT
ATATTTTTTGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTGCCTACAATCATGAAGAAAAACACATTCA
TTGGCAAGAAAAGCCCATTTATAGTCACCCAAGCCTTTGAAAGGCTTATTACTCGTTTAAATGGT
TTTATAACCTCAT
Found at i:28655 original size:150 final size:150
Alignment explanation
Indices: 28385--28680 Score: 402
Period size: 150 Copynumber: 2.0 Consensus size: 150
28375 AGAGAAGCCC
* * * * *
28385 ATTTATAGTCACCGAAGCCTTTAAAAGTCTTATTACTCTATTTAAATGGTTTTATAACCTCAAAA
1 ATTTATAGTCACCCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCTATTAAAATGATTTTATAACCTCAAAA
* * *
28450 TTGATTTTAAGTTAAATGTTTTTACATTTTTGGTGAAAACAGATTATATTAGAATGTTTGCCTTG
66 TTGATTTTAAGTTAAATATTTTTACATTTTTGGTGAAAACAGAATATAGTAGAATGTTTGCCTTG
28515 AGAAACATCAAGAAAAGACT
131 AGAAACATCAAGAAAAGACT
* *
28535 ATTTATAGTCACCCAAGCCTTCAAAAGCCTTGTTACTTGCT-TTAAAATGATTTTATAACCTCCA
1 ATTTATAGTCACCCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTAC-T-CTATTAAAATGATTTTATAACCTCAA
* * *
28599 AA-T-ACTTTTAAGTTTAATATTTTTATATTTTTGGTTAAAACAGAATATAAGT-GAATGTTTGC
64 AATTGA-TTTTAAGTTAAATATTTTTACATTTTTGGTGAAAACAGAATAT-AGTAGAATGTTTGC
*
28661 CTTGAGAAACATGAAGAAAA
127 CTTGAGAAACATCAAGAAAA
28681 ACCAATGCAT
Statistics
Matches: 128, Mismatches: 14, Indels: 8
0.85 0.09 0.05
Matches are distributed among these distances:
149 1 0.01
150 100 0.78
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152 2 0.02
ACGTcount: A:0.36, C:0.13, G:0.13, T:0.38
Consensus pattern (150 bp):
ATTTATAGTCACCCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCTATTAAAATGATTTTATAACCTCAAAA
TTGATTTTAAGTTAAATATTTTTACATTTTTGGTGAAAACAGAATATAGTAGAATGTTTGCCTTG
AGAAACATCAAGAAAAGACT
Found at i:28851 original size:171 final size:171
Alignment explanation
Indices: 28535--29288 Score: 754
Period size: 171 Copynumber: 4.4 Consensus size: 171
28525 AGAAAAGACT
* * * *
28535 ATTTATAGTCACCCAAGCCTTCAAAAGCCTTGTTACTTGCTTTAAAATGATTTTATAACCTCCA-
1 ATTTATAGTCACCCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCG-TTTTAAATGGTTTTATAACCT-CAT
* * *
28599 AA-T-ACTTTTAAGTTTAATATTTTTATATTTTTGGTTAAAACAGAATATAAGTGAATGTTTGCC
64 AATTGA-TTTTAAGTTGAATATTTTTATATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTGCC
* * *
28662 TTGAGAAACATGAAGAAAAAC-CAATGCATTAG-CAAGTA-AAGCCC
128 TAGGGAAACATGAAGAAAAACAC-ATTCATT-GCCAAG-AGAAGCCC
* *
28706 AGTTATAGTCACCCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGTTTTGAATGGTTTTATAACCTCATAA
1 ATTTATAGTCACCCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGTTTTAAATGGTTTTATAACCTCATAA
* * *
28771 TTGATTTTAAGTTGAACT-TTTTTATATTTTTTGTTAAAACAGATTATAATTGAATATTTACCTA
66 TTGATTTTAAGTTGAA-TATTTTTATATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTGCCTA
* * * *
28835 GGGAAACCTTAAGAAAAACCCATTCATTGCCAAGAAAAGCCC
130 GGGAAACATGAAGAAAAACACATTCATTGCCAAGAGAAGCCC
* * ** * ** * *
28877 AATTATGGTCATTCTAGCCTTTGAAGGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAACCTCATAA
1 ATTTATAGTCACCCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGTTTTAAATGGTTTTATAACCTCATAA
* * * * * * * *
28942 TTAATTTTAAGTTGAATCTTTTTAGATTTTTAGTTAAAACAGATTTTAATTAAATGTTCGCTTTA
66 TTGATTTTAAGTTGAATATTTTTATATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTGC-CTA
** ** *
29007 -GGAAACATGAATTAAAACACATTCATTGGAAAGAGAAGTCC
130 GGGAAACATGAAGAAAAACACATTCATTGCCAAGAGAAGCCC
* * **
29048 ATTTATAGTCACCCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTC-TCTGTAAAGGGTTTTGCAACCTCATA
1 ATTTATAGTCACCCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGT-TTTAAATGGTTTTATAACCTCATA
* * * * * ** * * *
29112 ATTCATTTTAAGCTCAATTTCTTTTACA-TTTTGGTGCAAACAGACTGTAATTGAGTGTTTGCCT
65 ATTGATTTTAAGTTGAATAT-TTTTATATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTGCCT
** * * * *
29176 TCGAAAACATGAATAAAAACACATTCATTGTCAAGAGAAGTCC
129 AGGGAAACATGAAGAAAAACACATTCATTGCCAAGAGAAGCCC
* * * * *
29219 ATTTATAGTCACCCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTTGCTTAAAATGGTTTCATAACCTCACAA
1 ATTTATAGTCACCCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGTTTTAAATGGTTTTATAACCTCATAA
29284 TTGAT
66 TTGAT
29289 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 483, Mismatches: 87, Indels: 26
0.81 0.15 0.04
Matches are distributed among these distances:
169 2 0.00
170 24 0.05
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172 11 0.02
ACGTcount: A:0.34, C:0.17, G:0.13, T:0.36
Consensus pattern (171 bp):
ATTTATAGTCACCCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGTTTTAAATGGTTTTATAACCTCATAA
TTGATTTTAAGTTGAATATTTTTATATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTGCCTAG
GGAAACATGAAGAAAAACACATTCATTGCCAAGAGAAGCCC
Found at i:30338 original size:171 final size:172
Alignment explanation
Indices: 30161--31511 Score: 510
Period size: 170 Copynumber: 7.9 Consensus size: 172
30151 NNNNNCTTGG
* * * * * *
30161 CAATGAATGGGTTTTTCTTTAGGTTTCCCTAGGTAAATATTCAATTATAATCTGTTTCAACTAAA
1 CAATGAATTGGTTTTTCTTCATGTTTCTCAAGGTAAACATTCAATTATAATCTGTTTCAACTAAA
********** * * *
30226 AATATTAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTNNNNNNNNNNAAAACTA-TTTAGAGCGAGTAATAA
66 AATATTAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTTGGAGATTATAAAACCATTTTAAAGCAAGTAATAA
* *
30290 AGCTTTTGAAGGCTTGGGTGACTATAAATAGGCTTTAGTTAC
131 AGCTTTTGAAGGCTTAGGTGACTATAAATAGGCTTTACTTAC
* ********** *
30332 CAATGAATTAGTTTTTCTTCATGTTTCTCAAGGTANNNNNNNNNNTATAATCTGTTTTAACTAAA
1 CAATGAATTGGTTTTTCTTCATGTTTCTCAAGGTAAACATTCAATTATAATCTGTTTCAACTAAA
* * *
30397 AATATAAAAAAATTAAATTTAAAATCAATTTGGAGATTATAAAACCATTTTAAAGCAAGTAATAA
66 AATATTAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTTGGAGATTATAAAACCATTTTAAAGCAAGTAATAA
* * *
30462 GGCTTTTGAATGCTTAGGTGACTATAAATAGGCTTTTCTTAC
131 AGCTTTTGAAGGCTTAGGTGACTATAAATAGGCTTTACTTAC
* * * * * *
30504 CAATGAATTGGTTTCTCTTGATATTTCTCAAGGCAAACATTCAATTATAATATGTTTTC-ACCAA
1 CAATGAATTGGTTTTTCTTCATGTTTCTCAAGGTAAACATTCAATTATAATCTG-TTTCAACTAA
* * ********** *
30568 AAATA-TAAAAACA-TCGAACTTAAAATCAA-TTGTGAGGTTGT-AANNNNNNNNNNAG-AGAGC
65 AAATATTAAAAA-ATTC-AACTTAAAATCAATTTG-GAGATTATAAAACCATTTTAAAGCA-AGT
* * * * * *
30628 AATAAGGCTTTTGAAGGCTCAAGTGGCTATAAATAGG-TTTTCTTGC
126 AATAAAGCTTTTGAAGGCTTAGGTGACTATAAATAGGCTTTACTTAC
* * * * * * *
30674 CAATAAATAGGTTTTT-TTCACGTTTCTTGAA-GCAAACATTCAATTATAATCTGTTTGAGCTAA
1 CAATGAATTGGTTTTTCTTCATGTTTC-TCAAGGTAAACATTCAATTATAATCTGTTTCAACTAA
* * * ********** * *
30737 AAAT-GTAAAACACATTCAACATAAAATTAANNNNNNNNNNACAAAGCCA-TTTAAAG-AGAGTA
65 AAATATTAAAA-A-ATTCAACTTAAAATCAATTTGGAGATTATAAAACCATTTTAAAGCA-AGTA
* * * *** * * * **
30799 GTAAGGCTTTGGAAGAAATAGGTCACTATAATTTA-ACATTT-CTTGT
127 ATAAAGCTTTTGAAGGCTTAGGTGACTATAA-ATAGGC-TTTACTTAC
* * * * *
30845 CAATGAA-TGGATTTTTCCTCACGTTTC-CTAAGGCAAACATTCAATTATAATCTGTTTAAAATA
1 CAATGAATTGG-TTTTTCTTCATGTTTCTC-AAGGTAAACATTCAATTATAATCTGTTTCAACTA
** * * * ********
30908 AAAAT-GCAAAAGAATTCAACTTAAAATCAATTTTGAGTTTATAAAACCA-ATTAAANNNNNNNN
64 AAAATATTAAAA-AATTCAACTTAAAATCAATTTGGAGATTATAAAACCATTTTAAAGCAAGTAA
** * * * * * **
30971 NNAGGCTTTCGAA-ACGTTGGGTGACTATAAATGGGC-TT-CTTTTG
128 TAAAGCTTTTGAAGGC-TTAGGTGACTATAAATAGGCTTTAC-TTAC
* * * * * * *
31015 TAATGAA-TGTGTTTTTATTCATATTTC-CTAAGGCAAACATTTAATTATAATCTATTTTAACTA
1 CAATGAATTG-GTTTTTCTTCATGTTTCTC-AAGGTAAACATTCAATTATAATCTGTTTCAACTA
********** ** * ***
31078 AANNNNNNNNNNAATTCAACTTAAAATCAATTTTAAGGTTATAAAACCA-TTTAAAGGGTGTAAT
64 AAAATATTAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTTGGAGATTATAAAACCATTTTAAAGCAAGTAAT
* * * *
31142 AAAGCTTTTGAAGGCTTGGGCGACTATAAATGGGCTTCT-CTTGC
129 AAAGCTTTTGAAGGCTTAGGTGACTATAAATAGGCTT-TACTTAC
* * * * * * * *
31186 CAAT-AAATGTGTTTTTATTCATGATTCCCAAGGCAACCATTCAAATATAATCTGTTTAAAC-AA
1 CAATGAATTG-GTTTTTCTTCATGTTTCTCAAGGTAAACATTCAATTATAATCTGTTTCAACTAA
* * * * ** **
31249 AAAAAGTAAAAAATTGAACTTAAAATTAATTATCAAG-TTATAAAACC-TTTTAAAGGGAGTAAT
65 AAATATTAAAAAATTCAACTTAAAATCAATT-TGGAGATTATAAAACCATTTTAAAGCAAGTAAT
* * * * * **
31312 AAGGCATTTGAAGGCTTGGGTGACTATAAATAGACTTTTCTTGT
129 AAAGCTTTTGAAGGCTTAGGTGACTATAAATAGGCTTTACTTAC
* * * * * *
31356 CAATGAA-TGTGTTTTTATTCATGTTT-TCCAAAGAAAACAATCAATTACAATCTGTTT-AAATA
1 CAATGAATTG-GTTTTTCTTCATGTTTCT-CAAGGTAAACATTCAATTATAATCTGTTTCAACTA
* * * * * *
31418 AAAATA-TAAAAAATTAAAGTTAAAATCCATTAT-CAGGTTATAAAATCA-TTTAAAGCGAA-TA
64 AAAATATTAAAAAATTCAACTTAAAATCAATT-TGGAGATTATAAAACCATTTTAAAGC-AAGTA
* *
31479 AT-AAGACTTTTAAAGGCTTGGGTGACTATAAAT
127 ATAAAG-CTTTTGAAGGCTTAGGTGACTATAAAT
31512 GGGNNNNNNN
Statistics
Matches: 887, Mismatches: 252, Indels: 84
0.73 0.21 0.07
Matches are distributed among these distances:
168 7 0.01
169 114 0.13
170 331 0.37
171 260 0.29
172 172 0.19
173 3 0.00
ACGTcount: A:0.37, C:0.12, G:0.13, T:0.33
Consensus pattern (172 bp):
CAATGAATTGGTTTTTCTTCATGTTTCTCAAGGTAAACATTCAATTATAATCTGTTTCAACTAAA
AATATTAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTTGGAGATTATAAAACCATTTTAAAGCAAGTAATAA
AGCTTTTGAAGGCTTAGGTGACTATAAATAGGCTTTACTTAC
Found at i:30572 original size:172 final size:172
Alignment explanation
Indices: 30273--30598 Score: 391
Period size: 172 Copynumber: 1.9 Consensus size: 172
30263 NNNAAAACTA
* * * *
30273 TTTAGAGCGAGTAATAAAGCTTTTGAAGGCTTGGGTGACTATAAATAGGCTTTAGTTACCAATGA
1 TTTAAAGCAAGTAATAAAGCTTTTGAAGGCTTAGGTGACTATAAATAGGCTTTACTTACCAATGA
* * * ********** * *
30338 ATTAGTTTTTCTTCATGTTTCTCAAGGTANNNNNNNNNNTATAATCTGTTTTAACTAAAAATATA
66 ATTAGTTTCTCTTCATATTTCTCAAGGCAAACATTCAATTATAATATGTTTTAACCAAAAATATA
* *
30403 AAAAAATTAAATTTAAAATCAATTTGGAGATTATAAAACCAT
131 AAAAAATCAAACTTAAAATCAATTTGGAGATTATAAAACCAT
* * *
30445 TTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTTGAATGCTTAGGTGACTATAAATAGGCTTTTCTTACCAATGA
1 TTTAAAGCAAGTAATAAAGCTTTTGAAGGCTTAGGTGACTATAAATAGGCTTTACTTACCAATGA
* * *
30510 ATTGGTTTCTCTTGATATTTCTCAAGGCAAACATTCAATTATAATATGTTTTCACCAAAAATATA
66 ATTAGTTTCTCTTCATATTTCTCAAGGCAAACATTCAATTATAATATGTTTTAACCAAAAATATA
* *
30575 AAAACATCGAACTTAAAATCAATT
131 AAAAAATCAAACTTAAAATCAATT
30599 GTGAGGTTGT
Statistics
Matches: 125, Mismatches: 29, Indels: 0
0.81 0.19 0.00
Matches are distributed among these distances:
172 125 1.00
ACGTcount: A:0.37, C:0.12, G:0.13, T:0.35
Consensus pattern (172 bp):
TTTAAAGCAAGTAATAAAGCTTTTGAAGGCTTAGGTGACTATAAATAGGCTTTACTTACCAATGA
ATTAGTTTCTCTTCATATTTCTCAAGGCAAACATTCAATTATAATATGTTTTAACCAAAAATATA
AAAAAATCAAACTTAAAATCAATTTGGAGATTATAAAACCAT
Found at i:31710 original size:170 final size:170
Alignment explanation
Indices: 30839--31761 Score: 708
Period size: 170 Copynumber: 5.4 Consensus size: 170
30829 ATTTAACATT
* ** * * * *
30839 TCTTGTCAATGAATG-GATTTTTCCTCACGTTTCCTAAGGCAAACATTCAATTATAATCTGTTTA
1 TCTTGCCAATGAATGTG-TTTTTATTCATGTTTCCCAAGGAAAACATTCAAATATAATCTGTTTA
* ** * * * * ****
30903 AA-ATAAAAATGCAAAAGAATTCAACTTAAAATCAATTTTGAGTTTATAAAACCAATTAAANNNN
65 AACA-AAAAATGTAAAA-AATGAAACTTAAAATCAATTATCAGGTTATAAAACCATTTAAAGGGA
****** * *
30967 NNNNNNAGGCTTTCGAAACG-TTGGGTGACTATAAATGGGCTTC
128 GTAATAAGGCTTT-TAAAGGCTTGGGTGACTATAAATGGGCTTC
* * * * * * * * *
31010 TTTTG-TAATGAATGTGTTTTTATTCATATTTCCTAAGGCAAACATTTAATTATAATCTATTTTA
1 TCTTGCCAATGAATGTGTTTTTATTCATGTTTCCCAAGGAAAACATTCAAATATAATCTGTTTAA
********** ** * * *
31074 ACTAAANNNNNNNNNNAATTCAACTTAAAATCAATTTTAAGGTTATAAAACCATTTAAAGGGTGT
66 AC-AAAAAATGTAAAAAATGAAACTTAAAATCAATTATCAGGTTATAAAACCATTTAAAGGGAGT
* * *
31139 AATAAAGCTTTTGAAGGCTTGGGCGACTATAAATGGGCTTC
130 AATAAGGCTTTTAAAGGCTTGGGTGACTATAAATGGGCTTC
* * * *
31180 TCTTGCCAATAAATGTGTTTTTATTCATGATTCCCAAGGCAACCATTCAAATATAATCTGTTTAA
1 TCTTGCCAATGAATGTGTTTTTATTCATGTTTCCCAAGGAAAACATTCAAATATAATCTGTTTAA
* * * *
31245 ACAAAAAAAGTAAAAAATTG-AACTTAAAATTAATTATCAAGTTATAAAACCTTTTAAAGGGAGT
66 ACAAAAAATGTAAAAAA-TGAAACTTAAAATCAATTATCAGGTTATAAAACCATTTAAAGGGAGT
* * * * *
31309 AATAAGGCATTTGAAGGCTTGGGTGACTATAAATAGACTTT
130 AATAAGGCTTTTAAAGGCTTGGGTGACTATAAATGGGCTTC
* * * * * *
31350 TCTTGTCAATGAATGTGTTTTTATTCATGTTTTCCAAAGAAAACAATCAATTACAATCTGTTTAA
1 TCTTGCCAATGAATGTGTTTTTATTCATGTTTCCCAAGGAAAACATTCAAATATAATCTGTTTAA
* * * * * * * *
31415 A-TAAAAATATAAAAAATTAAAGTTAAAATCCATTATCAGGTTATAAAATCATTTAAAGCGAATA
66 ACAAAAAATGTAAAAAATGAAACTTAAAATCAATTATCAGGTTATAAAACCATTTAAAGGGAGTA
* ****
31479 ATAAGACTTTTAAAGGCTTGGGTGACTATAAATGGGNNNN
131 ATAAGGCTTTTAAAGGCTTGGGTGACTATAAATGGGCTTC
****** * *
31519 NNNNNNCAATGAATGTGTTTTTATTCATGCTTCCCAAGGAAAACATTCAAATATAAT-TCATTTA
1 TCTTGCCAATGAATGTGTTTTTATTCATGTTTCCCAAGGAAAACATTCAAATATAATCT-GTTTA
*
31583 AACAAAAAATGTAAAAAATGAAACTTAAAATCAATTATCAGGTCATAAAACCATTTAAAGGGAGT
65 AACAAAAAATGTAAAAAATGAAACTTAAAATCAATTATCAGGTTATAAAACCATTTAAAGGGAGT
* **********
31648 AATAAGGCTTTTAAAGGCTTGAGTNNNNNNNNNNGGGCTTC
130 AATAAGGCTTTTAAAGGCTTGGGTGACTATAAATGGGCTTC
* * * ** * * *
31689 TATTGCCAATGAATCTGTTTTTATTCATATTTCCCAAGCCAAATATTTAATTATAATCTGTTTAA
1 TCTTGCCAATGAATGTGTTTTTATTCATGTTTCCCAAGGAAAACATTCAAATATAATCTGTTTAA
*
31754 ATAAAAAA
66 ACAAAAAA
31762 AAATTAAACT
Statistics
Matches: 586, Mismatches: 156, Indels: 21
0.77 0.20 0.03
Matches are distributed among these distances:
168 2 0.00
169 134 0.23
170 389 0.66
171 60 0.10
172 1 0.00
ACGTcount: A:0.38, C:0.12, G:0.13, T:0.33
Consensus pattern (170 bp):
TCTTGCCAATGAATGTGTTTTTATTCATGTTTCCCAAGGAAAACATTCAAATATAATCTGTTTAA
ACAAAAAATGTAAAAAATGAAACTTAAAATCAATTATCAGGTTATAAAACCATTTAAAGGGAGTA
ATAAGGCTTTTAAAGGCTTGGGTGACTATAAATGGGCTTC
Found at i:33355 original size:169 final size:168
Alignment explanation
Indices: 32160--33702 Score: 1170
Period size: 171 Copynumber: 9.1 Consensus size: 168
32150 AGCTATGATA
* * * * * * *
32160 ACTATAAATGGG-TTGTTCTTGTCAATGAACGGGTCTTTCTTCACATTT-CCAAGGCAAACATTC
1 ACTATAAATGGGCTT-CTCTTGGCAATGAATGTGTTTTTATTCA-TTTTCCCAAGGCAAACATTC
* * * * *
32223 AATTCTAATCTATTTTAACTGAAAATGTAAAAAAATTTAACTTAAAATCAATTATGAGGTTATAA
64 AATTATAATCTGTTTAAAC-AAAAATGT-AAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGGTTATAA
* * * *
32288 AACCATTTAAAGCGAGTAATAATGCGTTTGAAGGCTTAGGTG
127 AACCATTTAAAGAGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCTTGGGTG
* * * * * * ** * * *
32330 ACTATAAATGGGCTGCACTTGCCAATGAATTTATTTTTCTAAATTTTTGCCAACGTAAACATTCA
1 ACTATAAATGGGCTTCTCTTGGCAATGAATGTGTTTTTATTCA-TTTTCCCAAGGCAAACATTC-
* * * * *
32395 AATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATATAAAATAATCCAACTTAAAATCAATTTTTAGGTTATAA
64 AATTATAATCTG-TTTAAACAAAAATGTAAAA-AATTCAACTTAAAATCAATTATGAGGTTATAA
* * * *
32460 AACTA-TTAAATGGGAGTAATAAGGGTTTTGAAGGCTTGAGTG
127 AACCATTTAAA-GAGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCTTGGGTG
* * * * *
32502 ACTATAAATGAGCTTCACTTGCCAATGAATGTGTTTTTATTCATGTTACCCAAGGCAAACTTTCA
1 ACTATAAATGGGCTTCTCTTGGCAATGAATGTGTTTTTATTCAT-TTTCCCAAGGCAAACATTCA
* * ** * * * *
32567 ATTACAATCTATTTTCATAAAAATGTAAAAAAAAATGAACTTAAAATCAATTATGAGGTTGTAAA
65 ATTATAATCTGTTTAAACAAAAATGT--AAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGGTTATAAA
* * * * * * * *
32632 ACCAATTAAAAAAAGCAATAAGACTTTTGATGGCTCGCGTG
128 ACCATTTAAAGAGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCTTGGGTG
** * * * * * * * * *
32673 GTTATAAATGAG-TTTTCTTGCCAATGAATGGGTTTTTCTTCACGTTTCCCGAGCCAAACATTCC
1 ACTATAAATGGGCTTCTCTTGGCAATGAATGTGTTTTTATTCA-TTTTCCCAAGGCAAACATTCA
* * * *
32737 ATTATAATCTGTTTGAACTAAAAATGT--AAAA--C-AC----ATTCAATTATGAGATTATAAAG
65 ATTATAATCTGTTTAAAC-AAAAATGTAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGGTTATAAAA
* * * ** *
32793 CCATTTAAAAAGAGTAGTAAGGTTTTTGAAGGAATGGGTC
129 CCATTTAAAGAGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCTTGGGTG
* * * * * **
32833 ACTATAATTGGACATT-TCTT-GTAGATGAATG-GCTTTTTCCTCACATTTT-AAAAGGCAAACA
1 ACTATAAATGGGC-TTCTCTTGGCA-ATGAATGTG-TTTTT-AT-TCATTTTCCCAAGGCAAACA
* * * * * * **
32894 TTTAATTATAATATGTTTTAAGCAAAAATGTAAAAGAATTTAACTTAAAATCACTTTTGACTTTA
61 TTCAATTATAATCTG-TTTAAACAAAAATGTAAAA-AATTCAACTTAAAATCAATTATGAGGTTA
* * * * *
32959 TAAAACCAATTAAGGGGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGGTTGGGTG
124 TAAAACCATTTAAAGAGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCTTGGGTG
* * *
33004 ACTATAAATGGGCTTCTCTTGTG-AATGAATGTGTTTTTATTAATGTTCCCCAAGGCAAACAATC
1 ACTATAAATGGGCTTCTCTTG-GCAATGAATGTGTTTTTATTCAT-TTTCCCAAGGCAAACATTC
* * * * * * *
33068 AATTCTGATATGTTTTAACCAAAAATATAAAAGAATTCAACTTAAAATAAATTTTGAGGTTATAA
64 AATTATAATCTG-TTTAAACAAAAATGTAAAA-AATTCAACTTAAAATCAATTATGAGGTTATAA
* *
33133 AACCATTTAAAGAAAGTAACAAGGCTTTTGAAGGCTTGGGTG
127 AACCATTTAAAGAGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCTTGGGTG
* * **
33175 ACTATAAATGGGCTTCTCTTGGCAATGAATGTGTTTTTATTTATTTTCTCACTGCAAACATTCAA
1 ACTATAAATGGGCTTCTCTTGGCAATGAATGTGTTTTTATTCATTTTCCCAAGGCAAACATTCAA
* * *
33240 ATATAATCTGTTTAAACAAAAAATGTAAAAAATTGAACTTAAAATCAATTATCAGGTTATAAAAC
66 TTATAATCTGTTTAAAC-AAAAATGTAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGGTTATAAAAC
* * * * **
33305 CATTTAAAGGGAGTAATAAAGCTTTGGAACGCTTAAGTG
130 CATTTAAAGAGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCTTGGGTG
* * * *
33344 ACTATAAATGGGCTTCTCTT-GCTAATAAATGTGTTTTTATTTATCTTTCCCAAGGTAAATATTC
1 ACTATAAATGGGCTTCTCTTGGC-AATGAATGTGTTTTTATTCAT-TTTCCCAAGGCAAACATTC
* * *
33408 AATTATAATCTATTTAAACAAAAATGTAAAAAATTAAACTTAAAATTC-ATTATCAGGTTATAAA
64 AATTATAATCTGTTTAAACAAAAATGTAAAAAATTCAACTTAAAA-TCAATTATGAGGTTATAAA
* * * **
33472 ATCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTAAAGGCTTCAAAAGTTAGGACA
128 ACCATTTAAAGAGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCTT-----G---GG-TG
* * * * * *
33522 ACTATAAATGGGCTTTTCTTGTCAGTG-ATAG-GTTTTTCTTCACGTTAT-CCAAGGTAAACATT
1 ACTATAAATGGGCTTCTCTTGGCAATGAAT-GTGTTTTTATTCA--TTTTCCCAAGGCAAACATT
* * * * * * * *
33584 GAATTATAATCTATTTTAACTAAAAATAGAAAAAAATTCAACTTAAAATTAATTGTGAGGTTGTG
63 CAATTATAATCTGTTTAAAC-AAAAAT-GTAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGGTTATA
* * *
33649 AAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCTCGGGTA
126 AAACCATTTAAAGAGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCTTGGGTG
33692 ACTATAAATGG
1 ACTATAAATGG
33703 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 1091, Mismatches: 226, Indels: 112
0.76 0.16 0.08
Matches are distributed among these distances:
160 55 0.05
161 44 0.04
162 12 0.01
163 4 0.00
164 4 0.00
167 6 0.01
168 2 0.00
169 181 0.17
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171 322 0.30
172 134 0.12
173 6 0.01
174 1 0.00
177 43 0.04
178 31 0.03
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Consensus pattern (168 bp):
ACTATAAATGGGCTTCTCTTGGCAATGAATGTGTTTTTATTCATTTTCCCAAGGCAAACATTCAA
TTATAATCTGTTTAAACAAAAATGTAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGGTTATAAAACC
ATTTAAAGAGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCTTGGGTG
Found at i:34401 original size:172 final size:172
Alignment explanation
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Period size: 172 Copynumber: 3.3 Consensus size: 172
34093 TTCTCTTGCT
* * * * * * * *
34103 AATGAATGTGTTTTCATTCATGTTTCCCAAGGCAAACTTTTAATTACAATATGTTTTAACTAAAA
1 AATGAATGGGTTTTTATTCATGTTTCTCGAGGCAAACATTCAATTATAATCTGTTTTAACTAAAA
* * * **
34168 ATATAAAATA-AATTTAAGTTAAAATCAATTATGAACTTATAAAACTATTTAAAGCGAGTAATAA
66 ATGTAAAA-ACAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGGTTATAAAACTATTTAAAGCGAGTAATAA
** * ** * ***
34232 GGCTTTCAAAAGCTAGAATGACTATAAATGAGTTTTTCTTTTT
130 GGCTTTTGAAAGCTTGGGTGACTATAAATGAGCTTTTCTTAAC
* *
34275 AATGAATGGGTTTTTGTTCATGTTTCTCGAGGCAAACATTCAATTATAATCTATTTTAACTAAAA
1 AATGAATGGGTTTTTATTCATGTTTCTCGAGGCAAACATTCAATTATAATCTGTTTTAACTAAAA
* * * * *
34340 ATGTAAAAACAAGTCAACTTAAAATCAATTGTGAGGTTATAAAACCAATTAAAGTGAGTAATAAG
66 ATGTAAAAACAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGGTTATAAAACTATTTAAAGCGAGTAATAAG
* * * * * **
34405 GCTTTTGAAGGCTTGGGTCACTATAAATGAACATTACTTGCC
131 GCTTTTGAAAGCTTGGGTGACTATAAATGAGCTTTTCTTAAC
* * * *
34447 AATGAATTGGTTTTTCTAT-ATGTTTCTCTA-GCTAAACTTTCAATTATAATCTGTTTTAAC-AA
1 AATGAATGGGTTTTTAT-TCATGTTTCTCGAGGC-AAACATTCAATTATAATCTGTTTTAACTAA
**
34509 AAATGTAAAAAC-ATTCAACTTAAAATCAATTATGAGGTTATAAAACTATTTTTAGCGAGTAATA
64 AAATGTAAAAACAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGGTTATAAAACTATTTAAAGCGAGTAATA
* *
34573 AGGCTTTTGAAAGCTTGGGTGACTATAAATGGGCTTCTCTTAAC
129 AGGCTTTTGAAAGCTTGGGTGACTATAAATGAGCTTTTCTTAAC
** * * *
34617 AATGAATGTATTTTTATTTATGTTTCTTGAGGCAAATATTCAATTATAATCTGTTT
1 AATGAATGGGTTTTTATTCATGTTTCTCGAGGCAAACATTCAATTATAATCTGTTT
34673 CAGTTATAAT
Statistics
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Matches are distributed among these distances:
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AATGAATGGGTTTTTATTCATGTTTCTCGAGGCAAACATTCAATTATAATCTGTTTTAACTAAAA
ATGTAAAAACAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGGTTATAAAACTATTTAAAGCGAGTAATAAG
GCTTTTGAAAGCTTGGGTGACTATAAATGAGCTTTTCTTAAC
Found at i:35004 original size:170 final size:169
Alignment explanation
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34795 NNNNNNNNNT
** *
34805 CTAATGAATGTGTTTTTATTCATGTTTCCCAAGGCAAACATTCAAATATAATCTGTTTAAGCAAA
1 CTAATGAATGTGTTTTTATTCATGTTTCTTAAGGCAAACATTCAATTATAATCTGTTTAA-CAAA
* * *
34870 AA-ATATAAAAAATTAAACTTAAAATCAATTATCAGGTTATAAAACCATTTAAAGGGAGTAATAA
65 AATATA-AAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGGTTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAA
* *
34934 CGTTTTTGAAGGCTTGGGTGACTATAAATGGGCTTTTCTTA
129 GGCTTTTGAAGGCTTGGGTGACTATAAATGGGCTTTTCTTA
* ** ** * * *
34975 CTAATGAATGTGTTTTCATTCATGTTTCCCAAGAAAAACATTTAATTACAATCTTTTTAACCAAA
1 CTAATGAATGTGTTTTTATTCATGTTTCTTAAGGCAAACATTCAATTATAATCTGTTTAA-CAAA
* * * * *
35040 AATATAAAACAAATTTAAGTTAAAATCAATTATGAAGTTATAAAACTATTTAAAGCGTGTAATAA
65 AATATAAAA-AAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGGTTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAA
** * ** * *
35105 GGCTTTCAAAAGG-TAGAATGACTATAAATGAGCTTTTCTTG
129 GGCTTT-TGAAGGCTTGGGTGACTATAAATGGGCTTTTCTTA
* * * * * *
35146 TTAATGAACAG-GTTTTTGTTCACGTTTCTTGAGGCAAACATTCAATTATAATCTATTTTAACTA
1 CTAATGAA-TGTGTTTTTATTCATGTTTCTTAAGGCAAACATTCAATTATAATCT-GTTTAAC-A
* * *
35210 AAAATGTAAAAACAATTCTACTTAAAATCAATTGTGAGGTTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAAT
63 AAAATATAAAAA-AATTCAACTTAAAATCAATTATGAGGTTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAAT
* *
35275 AAGGCTTTTGAAGGCTTGGGTGACTATAAATGGGCTTTACTTG
127 AAGGCTTTTGAAGGCTTGGGTGACTATAAATGGGCTTTTCTTA
* * **
35318 CCAATGAACTG-GTTTTTCTAT-ATGTTTCTTAA-GCTAAATTTTCAATTATAATCTGTTTTAAC
1 CTAATGAA-TGTGTTTTTAT-TCATGTTTCTTAAGGC-AAACATTCAATTATAATCTG-TTTAAC
* *
35380 AAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGGTTATAAAACCATTTTTAA-CGAGTAA
62 AAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGGTTATAAAACCA-TTTAAAGCGAGTAA
* *
35444 TAAGGCTTTTGAAAGCTTGGGTGACTATAAATGGGCTTCTCTTGA
126 TAAGGCTTTTGAAGGCTTGGGTGACTATAAATGGGCTTTTCTT-A
* * * *
35489 C-AATGAATGTATTTTTATTCATGTTTCTTGAGGTAAATATTCAATTATAATCTGTTT
1 CTAATGAATGTGTTTTTATTCATGTTTCTTAAGGCAAACATTCAATTATAATCTGTTT
35546 CAGTTATAAT
Statistics
Matches: 483, Mismatches: 72, Indels: 33
0.82 0.12 0.06
Matches are distributed among these distances:
169 6 0.01
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172 145 0.30
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ACGTcount: A:0.37, C:0.12, G:0.14, T:0.37
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CTAATGAATGTGTTTTTATTCATGTTTCTTAAGGCAAACATTCAATTATAATCTGTTTAACAAAA
ATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGGTTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGG
CTTTTGAAGGCTTGGGTGACTATAAATGGGCTTTTCTTA
Found at i:36215 original size:171 final size:170
Alignment explanation
Indices: 35790--37204 Score: 1370
Period size: 170 Copynumber: 8.3 Consensus size: 170
35780 NNNNNNNNNN
* ** * *
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* *
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* * *
35917 AAACATTCAATTATAATCTATTTCAACCAAAAAAGT-AAAAAAT
127 AAACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAAT
********** *
35960 TCAACTTAAAATCAATTA-GAAGGTTATANNNNNNNNNNAAGGGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGC
1 TCAACTTAAAATCAATTATG-AGGTTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGC
* * * * *
36024 TTGAGTGACTATAAATGGGCTTGACTTGCCAATGAATTAGTTTTTCTACATGTTTGTCGAGCTAA
65 TTGGGTGACTATAAATGGGCTTTACTTGCCAATGAATTAGTTTTTCTTCATGTTTCTCAAGC-AA
*
36089 ACATTCAATTATAATCTGTTTAAACCAAAAATGTAAAAAAAT
129 ACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAAT
* * *
36131 TCAACTTAAAATCAATTACGAGGTTATAAAACCATTTTAAGCGAGTAATAAGGCTTTTAAAGGCT
1 TCAACTTAAAATCAATTATGAGGTTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCT
* * * * *
36196 TGGGTGATTACAAATGGGCTTCT-CTTGCCAATGAA-TACGTTTTTATTCGTGTTTCCCAAGGTC
66 TGGGTGACTATAAATGGGCTT-TACTTGCCAATGAATTA-GTTTTTCTTCATGTTTCTCAA-G-C
* *
36259 -AACATTCAATTACAATCTGTTTTCA-CAAAAATGTAAAAGAAAT
127 AAACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAA-AAAT
** ** *
36302 AGAACTT-AAATCAATTATG-GGTGT-TAAAACCATTTAAAAAGAGTAATAAGGCTTTTGAACGC
1 TCAACTTAAAATCAATTATGAGGT-TATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGC
* * * * * *
36364 TTGGGTGATTATAAATGGGCTTTCCTTGGCAATGAA-TAGGTTTTTCTTCAGGTTTCCTGC-GGT
65 TTGGGTGACTATAAATGGGCTTTACTTGCCAATGAATTA-GTTTTTCTTCATGTTT-CT-CAAGC
* * * * *
36427 AAATATTCAATTATATTCTAG-TTTAACAAAAAATATAAAACAAT
127 AAACATTCAATTATAATCT-GTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAAT
36471 TCAACTTAAAATCAATTATGAGGTTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCT
1 TCAACTTAAAATCAATTATGAGGTTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCT
** * * * *
36536 TATGTGACTATAAATGGGCTTCTA-TTGACAATGAA-T-GTGTTTTATTCATGTTTCTTGAGGCA
66 TGGGTGACTATAAATGGGCTT-TACTTGCCAATGAATTAGT-TTTTCTTCATGTTTC-TCAAGCA
* * * * * * *
36598 AATATTCAATTATAATCTGCTTAAACAAAAAATATAAGAAAAC
128 AACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAAT
* * * *
36641 TCAACTTTAAATCAATTATGAGGTTATAAAACAATTTAAAACGAGTAATAAGGTTTTTGAAGGCT
1 TCAACTTAAAATCAATTATGAGGTTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCT
* * *
36706 TGGGTGACTATAAATGGGTTTTACTTGCCAATGAATTAATTTTTCTTCATGTTTTATCAAGGCAA
66 TGGGTGACTATAAATGGGCTTTACTTGCCAATGAATTAGTTTTTCTTCATG-TTTCTCAA-GCAA
*
36771 ACATTCACTTATAATCTGTTTTAACCAAAAA-GATAAAAAAAT
129 ACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATG-TAAAAAAAT
* * * * * *
36813 TAAACTTAAAATCGATT-TGGAGTTTATAAAACCATTTTAAATCAAGTTATAAGGCTTTTGAAGG
1 TCAACTTAAAATCAATTAT-GAGGTTATAAAACCA-TTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGG
** * * * * * *
36877 CTTAAGTGACTATAAATAGGCTTTTCGTGCCAATGAATTGGTTTTTCTTGATGTTTCTCAAGGAA
64 CTTGGGTGACTATAAATGGGCTTTACTTGCCAATGAATTAGTTTTTCTTCATGTTTCTCAA-GCA
* * ** *
36942 AACATTTAATTATAATCTGTTTTCACCAAAAAAATAAAAACAT
128 AACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAAT
* * * ** *
36985 T-GACTTAAAATTAATTTTGAGGTTATAAAACCATTTAAATAGAGTAATAAGGCTTTTAAAGGCT
1 TCAACTTAAAATCAATTATGAGGTTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCT
* * * * * *
37049 TCGTTGACTAT-AATGGGCTTCT-CTTGCCAATGAA-TGGATTTGTATTCATATTTGC-CAAGAC
66 TGGGTGACTATAAATGGGCTT-TACTTGCCAATGAATTAG-TTTTTCTTCATGTTT-CTCAAG-C
* * *
37110 AAACATTCAATTACAATCTGTTTTCACC-AAAATGTAAAAAAAA
127 AAACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAAT
* * * * *
37153 TGAGCTTAAAATCAATTATGAGGTTGTAAAACCATTTAAAGAGAGCAATAAG
1 TCAACTTAAAATCAATTATGAGGTTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAG
37205 ACTNNNNNNN
Statistics
Matches: 1036, Mismatches: 167, Indels: 85
0.80 0.13 0.07
Matches are distributed among these distances:
168 17 0.02
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ACGTcount: A:0.37, C:0.12, G:0.15, T:0.34
Consensus pattern (170 bp):
TCAACTTAAAATCAATTATGAGGTTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCT
TGGGTGACTATAAATGGGCTTTACTTGCCAATGAATTAGTTTTTCTTCATGTTTCTCAAGCAAAC
ATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAAT
Found at i:38894 original size:171 final size:169
Alignment explanation
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Period size: 171 Copynumber: 2.5 Consensus size: 169
38549 NNNNNNNNNN
* * ** *
38559 ATTTATAGTCACCCAAGCCTTTAAAAGCCTTATTACTCCCTTTAAATGATTTTATAACCCGATAA
1 ATTTATAGTCACCCAAACCTTCAAAAGCCTTATTACTCCCTGAAAATGATTTTATAACCCGAAAA
* * * * * *
38624 TGAATTTTAGGTTTAATTTTTTATATTTTTATTCAAACAGATTATAATTGAATGTTTGCCTTGGA
66 TGAATTTTAAGTTGAATTTTTTACATTTTTATTAAAACAGATCACAATTGAATGTTTGCCTTGGA
**
38689 AAACATGAATAAAAACACATTCATTGGCAAGAGAAGCCA
131 AAACATGAATAAAAACACATTCATTCACAAGAGAAGCCA
*
38728 ATTTATAGTCACCCAAACCTTCAAAATCCTTATTACTCCCTGAAAAT-AGTTTTATAACCTC-AA
1 ATTTATAGTCACCCAAACCTTCAAAAGCCTTATTACTCCCTGAAAATGA-TTTTATAACC-CGAA
* * * *
38791 AATGGATTTTAAGTTGAGTTCTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGATCACAATTGATTGTTTGCCT
64 AATGAATTTTAAGTTGAATT-TTTTACATTTTT-ATTAAAACAGATCACAATTGAATGTTTGCCT
** * ****
38856 TAGG-AAACATTTATCAAAACACATTCATTCACAAGAGAANNNN
127 T-GGAAAACATGAATAAAAACACATTCATTCACAAGAGAAGCCA
****** * ** * *
38899 NNNNNNAGTCACCCAACCCTTCAAAAGCCTTATTACTCCCTTTAACTGATTTTATAACATC-AAA
1 ATTTATAGTCACCCAAACCTTCAAAAGCCTTATTACTCCCTGAAAATGATTTTATAAC-CCGAAA
38963 ATTG-ATTTTAAGTTGAATT
65 A-TGAATTTTAAGTTGAATT
38982 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 208, Mismatches: 38, Indels: 14
0.80 0.15 0.05
Matches are distributed among these distances:
168 1 0.00
169 69 0.33
170 12 0.06
171 121 0.58
172 5 0.02
ACGTcount: A:0.35, C:0.17, G:0.10, T:0.35
Consensus pattern (169 bp):
ATTTATAGTCACCCAAACCTTCAAAAGCCTTATTACTCCCTGAAAATGATTTTATAACCCGAAAA
TGAATTTTAAGTTGAATTTTTTACATTTTTATTAAAACAGATCACAATTGAATGTTTGCCTTGGA
AAACATGAATAAAAACACATTCATTCACAAGAGAAGCCA
Found at i:41553 original size:171 final size:169
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Period size: 171 Copynumber: 14.0 Consensus size: 169
41174 AAAAAATTCA
* * * * * * ** *
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1 TCATTGTCAAGAGAAGCCCATTTATAGTCACCCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAA
* * * * * * * *
41249 TGGTTTTATAACTTCGTAAGTGATTTTAAGTTGATTTTTTTACATTTTTAGTTTAAACAAATTGT
66 TGGTTTTATAACCTCATAATTGATTTTAAGTTCAATTTTTTACATTTTTAGTTAAAACAGATTAT
* * * *
41314 AATTGAATTTTTTCCTTAGAAAACATGAATATAAACACAT
131 AATTGAATGTTTGCCTT-GGAAACATGAATAAAAACACAT
* * * * *
41354 TCATTAG-CAAGGGAAGCTCATTTATAGTCACCCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTAGTCACTTGAA
1 TCATT-GTCAAGAGAAGCCCATTTATAGTCACCCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAA
* * * * * * * * * *
41418 ATAGTTTTATAACATGATAATTGATTTCAAGTTCAATTTTCTAAATTTTTTTGTTGATATAGATT
65 ATGGTTTTATAACCTCATAATTGATTTTAAGTTCAATTTTTTACA-TTTTTAGTTAAAACAGATT
* * * *
41483 CTATTTCAATGTTTGCCTTAGGAAACATGAATAATAACACAT
129 ATAATTGAATGTTTGCCTT-GGAAACATGAATAAAAACACAT
* * * *
41525 TCATTGTCATGAGAAGACCATTTATAGTCACCCAATCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTAAAA
1 TCATTGTCAAGAGAAGCCCATTTATAGTCACCCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAA
** *
41590 TGGTTTTATAACCTCATAATTGATTTTAAGTGAAATTTTTTTACATTTCTAGTTAAAACAGATTA
66 TGGTTTTATAACCTCATAATTGATTTTAAGTTCAA-TTTTTTACATTTTTAGTTAAAACAGATTA
* * * * *
41655 TAATTGAATGTTTACCTTGAAAAACATGTAGAATAAC-CAAT
130 TAATTGAATGTTTGCCTTG-GAAACATGAATAAAAACAC-AT
**
41696 TCATATG-CAAGTA-AAGCCCATTTATAGTCACTTAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTA
1 TCAT-TGTCAAG-AGAAGCCCATTTATAGTCACCCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTA
* * * ** * ****
41759 AATGGTTTCATAACCTCACAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTGAAGTT-GAATTTTT
64 AATGGTTTTATAACCTCATAATTGATTTTAAGTTCAA-TTTTTTACATTTTTAGTTAAAACAGAT
* * * * * *
41823 TTTAATTAAATGTTTACCTTTAGAAACGTGAAGAAAAATC-CA-
128 TATAATTGAATGTTTGCC-TTGGAAACATGAATAAAAA-CACAT
* * ** * * ** *
41865 TCATTGACAAGAAAAGCCCATTTATAGTCGTCCTAGCTTTTGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAGA
1 TCATTGTCAAGAGAAGCCCATTTATAGTCACCCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAA
* * ** * * * * *
41930 TGGTTTTATGACTTCATAAGCGATTTTAAGTTGATTTGTTTTACATTTTTAGTTTAAACATATTG
66 TGGTTTTATAACCTCATAATTGATTTTAAGTTCAATT-TTTTACATTTTTAGTTAAAACAGATTA
* * *
41995 TAATTGGATGTTTTCTTTGGAAAACATGAATAAAAACACAT
130 TAATTGAATGTTTGCCTTGG-AAACATGAATAAAAACACAT
* * * * * *
42036 TCATTGGCAAGAGAGGCTCATTTATAGTCACCCATGCCTTCAAAGGCCTTATTACTCGCTGTAAA
1 TCATTGTCAAGAGAAGCCCATTTATAGTCACCCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAA
* ** * * * *
42101 TGGTTTTATAACATGTTAATTGATTTTAAGTTCAATTTTTTACATTTTTTTGTTGATATAGATTA
66 TGGTTTTATAACCTCATAATTGATTTTAAGTTCAATTTTTTACA-TTTTTAGTTAAAACAGATTA
*
42166 TATTTGAATGTTTGCCTTAGGAAACATGAATAAAAACACAT
130 TAATTGAATGTTTGCCTT-GGAAACATGAATAAAAACACAT
* * * *
42207 TCATTGTCAAGAGAAGACCATTTATAGTCACCCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTATTCACTTAAAA
1 TCATTGTCAAGAGAAGCCCATTTATAGTCACCCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAA
** *
42272 TAATTTTATAACCTCATAATTGATTTTAAGTTCAATTTTTTTACATTTCTAGTTAAAACAGATTA
66 TGGTTTTATAACCTCATAATTGATTTTAAGTTCAA-TTTTTTACATTTTTAGTTAAAACAGATTA
* * * *
42337 TAATTGAATGTTTACCTTGAGAAACATGTAGAATAAC-CAAT
130 TAATTGAATGTTTGCCTTG-GAAACATGAATAAAAACAC-AT
**
42378 TCATATG-CAAGCA-AAGCCCATTTATAGTCACTTAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTA
1 TCAT-TGTCAAG-AGAAGCCCATTTATAGTCACCCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTA
* * *
42441 AATGGTTTCATAACCTCACAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTAGTTAAAACAGAT
64 AATGGTTTTATAACCTCATAATTGATTTTAAGTTCAA-TTTTTTACATTTTTAGTTAAAACAGAT
*
42506 TATAATTGAATGTTTGCCTCGAGAAACATG-ATAAAAA-ATCCA-
128 TATAATTGAATGTTTGCCTTG-GAAACATGAATAAAAACA--CAT
* * * ** * * *
42548 TCATTGAT-AAGAAAAGTCCATTTATAGTCGTCGTAA-CTTTTAAAAGCCTTATTACTTGCTTTA
1 TCATTG-TCAAGAGAAGCCCATTTATAGTC-ACCCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTA
* * * * * * *
42611 AATGCTTTTATAACCTTATAAGTGATTTTAAGTTGATTTTTGTTACATTTTTGGTTTAAACAGAT
64 AATGGTTTTATAACCTCATAATTGATTTTAAGTTCAATTTT-TTACATTTTTAGTTAAAACAGAT
* * *
42676 TGTAATTGGATATTTGCCTTGGAAAACATGAATAAAAACACAT
128 TATAATTGAATGTTTGCCTTGG-AAACATGAATAAAAACACAT
* * *
42719 TCATTGGCAAGAGAAGCTCATTTATAGTTACCCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTC-CTTTTAA
1 TCATTGTCAAGAGAAGCCCATTTATAGTCACCCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGC-TTTAA
* * * * * *
42783 ATGGTTCTATAACTTGATAATTGATTTTAACTTCAATTTTTTACATTTTTTGTTTAAAA-AAATT
65 ATGGTTTTATAACCTCATAATTGATTTTAAGTTCAATTTTTTACATTTTTAG-TTAAAACAGATT
* *
42847 ATATTTGAATGTTTGCCTTGGAAAACATGAATAAAAACATAT
129 ATAATTGAATGTTTGCCTTGG-AAACATGAATAAAAACACAT
* * *
42889 TCATTGTCAAGTGAAGCCCATTTATAGTCACCCAAGCTTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAGA
1 TCATTGTCAAGAGAAGCCCATTTATAGTCACCCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAA
* * *
42954 TGGTTTTATAACC-CGATAA-TGATTTTAAGTTTAATTTTTTACATTTTTA-TTTAAACAAATTA
66 TGGTTTTATAACCTC-ATAATTGATTTTAAGTTCAATTTTTTACATTTTTAGTTAAAACAGATTA
* * *
43016 TATTTGAATGTTTACCTTGAGAAACATGAATGAAAACACAT
130 TAATTGAATGTTTGCCTTG-GAAACATGAATAAAAACACAT
* * *
43057 TCATTGCCAAGAGAAGCCCATTTATATTCACCCAAGCCTACAAAAGCCTTATTACTC-CTTTTAA
1 TCATTGTCAAGAGAAGCCCATTTATAGTCACCCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGC-TTTAA
* * * * *
43121 ATGGTTTTATAACCTCAAAATTGATTTTAGGTTGAATTCTTTTTCATTTTT-GATTAAAACATAT
65 ATGGTTTTATAACCTCATAATTGATTTTAAGTTCAATT-TTTTACATTTTTAG-TTAAAACAGAT
* * * *
43185 TACAATTGAGTGTTTGTCTTGGGAAACATGAATAAAAACTCAT
128 TATAATTGAATGTTTGCCTT-GGAAACATGAATAAAAACACAT
* ** * * * * *
43228 TCATT-TGCAAGAGAAGCCCATTTAGAGTTGCCCGAGCTTTCAAAAGCGTTATTACTCCCTTTAT
1 TCATTGT-CAAGAGAAGCCCATTTATAGTCACCCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAA
* * * *
43292 TTGGTTTTATAACCTCAAAATTGATTTTAAG-TCGAAGTCTTTAACATTTTT-GCTTAAAACAGA
65 ATGGTTTTATAACCTCATAATTGATTTTAAGTTC-AA-TTTTTTACATTTTTAG-TTAAAACAGA
* *
43355 TTATAATTGAATGTTTGCCTTAGAAAACATGAAGAAAAAGC-CAT
127 TTATAATTGAATGTTTGCCTT-GGAAACATGAATAAAAA-CACAT
* * ** * *
43399 TCATTGGCAAGA-AATGTCCCA-TTATAGTGACCCATTCCTTCAAAAGCCTTACTA-TTGCCTTT
1 TCATTGTCAAGAGAA-G-CCCATTTATAGTCACCCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCG-CTTT
* * * * * * * *
43461 AAATGGCTTTGTAATCTCATAATTCATTTTATGCTGAATGTTTTTACATTTTTAGTTCAAACAGA
63 AAATGGTTTTATAACCTCATAATTGATTTTAAGTTCAAT-TTTTTACATTTTTAGTTAAAACAGA
* * * * *
43526 TTATAATGGAATGTTTACCTCAGGAAACGTGAAGAAAAAC
127 TTATAATTGAATGTTTGCCT-TGGAAACATGAATAAAAAC
43566 CCTTTTATAG
Statistics
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0.80 0.14 0.06
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167 6 0.00
168 120 0.07
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170 435 0.24
171 1079 0.59
172 36 0.02
ACGTcount: A:0.34, C:0.15, G:0.13, T:0.38
Consensus pattern (169 bp):
TCATTGTCAAGAGAAGCCCATTTATAGTCACCCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAA
TGGTTTTATAACCTCATAATTGATTTTAAGTTCAATTTTTTACATTTTTAGTTAAAACAGATTAT
AATTGAATGTTTGCCTTGGAAACATGAATAAAAACACAT
Found at i:41826 original size:23 final size:22
Alignment explanation
Indices: 41783--41824 Score: 75
Period size: 22 Copynumber: 1.9 Consensus size: 22
41773 CTCACAATTG
*
41783 ATTTTAAGTTGAATTTTTTTAC
1 ATTTGAAGTTGAATTTTTTTAC
41805 ATTTGAAGTTGAATTTTTTT
1 ATTTGAAGTTGAATTTTTTT
41825 TAATTAAATG
Statistics
Matches: 19, Mismatches: 1, Indels: 0
0.95 0.05 0.00
Matches are distributed among these distances:
22 19 1.00
ACGTcount: A:0.26, C:0.02, G:0.12, T:0.60
Consensus pattern (22 bp):
ATTTGAAGTTGAATTTTTTTAC
Found at i:42486 original size:682 final size:680
Alignment explanation
Indices: 41175--44152 Score: 3280
Period size: 682 Copynumber: 4.4 Consensus size: 680
41165 NNNNNNTCAA
* * * *
41175 AAAAATTCATCATTGACAAGAAAAGCACATTTATAGTCATCCTAGCTTTTGAAAGCCTTATTACT
1 AAAAATCCATCATTGACAAGAAAAGCCCATTTATAGTCGTCCTAGCTTTTAAAAGCCTTATTACT
* *
41240 CGCTTTTAATGGTTTTATAACTTCGTAAGTGATTTTAAGTTGATTTTTTTACATTTTTAGTTTAA
66 CGCTTTAAATGGTTTTATAACTTCATAAGTGATTTTAAGTTGATTTTTTTACATTTTT-GTTTAA
* * * * * * *
41305 ACAAATTGTAATTGAATTTTTTCCTTAGAAAACATGAATATAAACACATTCATTAGCAAGGGAAG
130 ACAGATTGTAATTGAATGTTTGCCTTGGAAAACATGAATAAAAACACATTCATTGGCAAGAGAAG
* * * *
41370 CTCATTTATAGTCACCCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTAGTCACTTGAAATAGTTTTATAACATGA
195 CTCATTTATAGTCACCCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAACATGA
* * * * * *
41435 TAATTGATTTCAAGTTCAATTTTCTAAATTTTTTTGTTGATATAGATTCTATTTCAATGTTTGCC
260 TAATTGATTTTAAGTTCAATTTTTTACA-TTTTTTGTTGAAATAGATTATATTTGAATGTTTGCC
* * *
41500 TTAGGAAACATGAATAATAACACATTCATTGTCATGAGAAGACCATTTATAGTCACCCAATCCTT
324 TTAGGAAACATGAATAAAAACACATTCATTGTCAAGAGAAGACCATTTATAGTCACCCAAGCCTT
* * *
41565 CAAAAGCCTTATTACTCGCTTAAAATGGTTTTATAACCTCATAATTGATTTTAAGTGAAATTTTT
389 CAAAAGCCTTATTACTCACTTAAAATAGTTTTATAACCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTT
*
41630 TTACATTTCTAGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTACCTTGAAAAACATGTAGAATAACCAA
454 TTACATTTCTAGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTACCTTGAGAAACATGTAGAATAACCAA
*
41695 TTCATATGCAAGTAAAGCCCATTTATAGTCACTTAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAA
519 TTCAT-TGCAAG-AAAGCCCATTTATAGTCACTCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAA
* ** *
41760 ATGGTTTCATAACCTCACAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACA-TTTGAAGTT-GAATTTTT
582 ATGGTTTCATAACCTCACAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTGAAGTTAAAACATAT
* * *
41823 TTTAATTAAATGTTTACCTTTAGAAACGTGA-AG
647 TATAATTAAATGTTTACCTTGAGAAACATGATAG
*
41856 AAAAATCCATCATTGACAAGAAAAGCCCATTTATAGTCGTCCTAGCTTTTGAAAGCCTTATTACT
1 AAAAATCCATCATTGACAAGAAAAGCCCATTTATAGTCGTCCTAGCTTTTAAAAGCCTTATTACT
* * *
41921 CGCTTTAGATGGTTTTATGACTTCATAAGCGATTTTAAGTTGATTTGTTTTACATTTTTAGTTTA
66 CGCTTTAAATGGTTTTATAACTTCATAAGTGATTTTAAGTTGATTT-TTTTACATTTTT-GTTTA
* * * * *
41986 AACATATTGTAATTGGATGTTTTCTTTGGAAAACATGAATAAAAACACATTCATTGGCAAGAGAG
129 AACAGATTGTAATTGAATGTTTGCCTTGGAAAACATGAATAAAAACACATTCATTGGCAAGAGAA
* * *
42051 GCTCATTTATAGTCACCCATGCCTTCAAAGGCCTTATTACTCGCTGTAAATGGTTTTATAACATG
194 GCTCATTTATAGTCACCCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAACATG
* *
42116 TTAATTGATTTTAAGTTCAATTTTTTACATTTTTTTGTTGATATAGATTATATTTGAATGTTTGC
259 ATAATTGATTTTAAGTTCAATTTTTTACA-TTTTTTGTTGAAATAGATTATATTTGAATGTTTGC
42181 CTTAGGAAACATGAATAAAAACACATTCATTGTCAAGAGAAGACCATTTATAGTCACCCAAGCCT
323 CTTAGGAAACATGAATAAAAACACATTCATTGTCAAGAGAAGACCATTTATAGTCACCCAAGCCT
* * *
42246 TCAAAAGCCTTATTATTCACTTAAAATAATTTTATAACCTCATAATTGATTTTAAGTTCAATTTT
388 TCAAAAGCCTTATTACTCACTTAAAATAGTTTTATAACCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTT
42311 TTTACATTTCTAGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTACCTTGAGAAACATGTAGAATAACCA
453 TTTACATTTCTAGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTACCTTGAGAAACATGTAGAATAACCA
*
42376 ATTCATATGCAAGCAAAGCCCATTTATAGTCACTTAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTA
518 ATTCAT-TGCAAG-AAAGCCCATTTATAGTCACTCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTA
* *
42441 AATGGTTTCATAACCTCACAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTT-TAGTTAAAACAGA
581 AATGGTTTCATAACCTCACAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTGAAGTTAAAACATA
* * *
42505 TTATAATTGAATGTTTGCCTCGAGAAACATGATA-
646 TTATAATTAAATGTTTACCTTGAGAAACATGATAG
* * * *
42539 AAAAATCCATCATTGATAAGAAAAGTCCATTTATAGTCGTCGTAACTTTTAAAAGCCTTATTACT
1 AAAAATCCATCATTGACAAGAAAAGCCCATTTATAGTCGTCCTAGCTTTTAAAAGCCTTATTACT
* *
42604 TGCTTTAAATGCTTTTATAACCTT-ATAAGTGATTTTAAGTTGATTTTTGTTACATTTTTGGTTT
66 CGCTTTAAATGGTTTTATAA-CTTCATAAGTGATTTTAAGTTGATTTTT-TTACATTTTT-GTTT
* *
42668 AAACAGATTGTAATTGGATATTTGCCTTGGAAAACATGAATAAAAACACATTCATTGGCAAGAGA
128 AAACAGATTGTAATTGAATGTTTGCCTTGGAAAACATGAATAAAAACACATTCATTGGCAAGAGA
* * *
42733 AGCTCATTTATAGTTACCCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTC-CTTTTAAATGGTTCTATAACT
193 AGCTCATTTATAGTCACCCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGC-TTTAAATGGTTTTATAACA
* * * *
42797 TGATAATTGATTTTAACTTCAATTTTTTACATTTTTTGTTTAAAAAAATTATATTTGAATGTTTG
257 TGATAATTGATTTTAAGTTCAATTTTTTACATTTTTTGTTGAAATAGATTATATTTGAATGTTTG
* * *
42862 CCTT-GGAAAACATGAATAAAAACATATTCATTGTCAAGTGAAGCCCATTTATAGTCACCCAAGC
322 CCTTAGG-AAACATGAATAAAAACACATTCATTGTCAAGAGAAGACCATTTATAGTCACCCAAGC
* * * * * *
42926 TTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAGATGGTTTTATAACC-CGATAA-TGATTTTAAGTTTAA-
386 CTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTAAAATAGTTTTATAACCTC-ATAATTGATTTTAAGTTAAAT
* * * * *
42988 TTTTTTACATTTTTA-TTTAAACAAATTATATTTGAATGTTTACCTTGAGAAACATGAATGAA-A
450 TTTTTTACATTTCTAGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTACCTTGAGAAACATGTA-GAATA
* * *
43051 A-CACATTCATTGCCAAGAGAAGCCCATTTATATTCACCCAAGCCTACAAAAGCCTTATTACTC-
514 ACCA-ATTCATTG-CAAGA-AAGCCCATTTATAGTCACTCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCG
* * *
43114 CTTTTAAATGGTTTTATAACCTCAAAATTGATTTTAGGTTGAATTCTTTTT-CATTTTTG-A-TT
576 C-TTTAAATGGTTTCATAACCTCACAATTGATTTTAAGTTGAATT-TTTTTACA-TTTTGAAGTT
* * * ** * *
43176 AAAACATATTACAATTGAGTGTTTGTCTTGGGAAACATGA-AT
638 AAAACATATTATAATTAAATGTTTACCTTGAGAAACATGATAG
* * * * * * *
43218 AAAAA-CTCATTCATTTG-CAAGAGAAGCCCATTTAGAGTTGCCCGAGCTTTCAAAAGCGTTATT
1 AAAAATC-CA-TCA-TTGACAAGAAAAGCCCATTTATAGTCGTCCTAGCTTTTAAAAGCCTTATT
* ** * * * * * * *
43281 ACTCCCTTTATTTGGTTTTATAACCTCAAAATTGATTTTAAGTCGAAGTCTTTAACATTTTTGCT
63 ACTCGCTTTAAATGGTTTTATAACTTCATAAGTGATTTTAAGTTG-ATTTTTTTACATTTTTG-T
* * * *
43346 TAAAACAGATTATAATTGAATGTTTGCCTTAGAAAACATGAAGAAAAAGC-CATTCATTGGCAAG
126 TTAAACAGATTGTAATTGAATGTTTGCCTTGGAAAACATGAATAAAAA-CACATTCATTGGCAAG
* * ** * * * *
43410 A-AATGTCCCA-TTATAGTGACCCATTCCTTCAAAAGCCTTACTA-TTGCCTTTAAATGGCTTTG
190 AGAA-G-CTCATTTATAGTCACCCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCG-CTTTAAATGGTTTTA
* * * * * * * * * *
43472 TAATC-TCATAATTCATTTTATGCTGAATGTTTTTACATTTTTAGTTCAAACAGATTATAATGGA
252 TAA-CATGATAATTGATTTTAAGTTCAAT-TTTTTACATTTTTTGTTGAAATAGATTATATTTGA
* * * *
43536 ATGTTTACCTCAGGAAACGTGAAGAAAAAC-C---C----T-------------TTTATAGTCAC
315 ATGTTTGCCTTAGGAAACATGAATAAAAACACATTCATTGTCAAGAGAAGACCATTTATAGTCAC
* * * * *
43580 CCAAGCCTTCAATAGCCTTATTACTCACTTTAAATAGTTTTATAATCTTATAGTTGATTTTAAGT
380 CCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTAAAATAGTTTTATAACCTCATAATTGATTTTAAGT
* * * * *
43645 TAAATTTTTTTACATTTTTTGTTAAATA-AGATTATTATTGAATGTTTGCCTCGAGAAACATG-A
445 TAAATTTTTTTACATTTCTAGTTAAA-ACAGATTATAATTGAATGTTTACCTTGAGAAACATGTA
* * * * * * * * **
43708 AAAAAAGTC-ATTCATTGGCAATAAAAGTCTAATTATAGTCACTCATTG-CTTCAAAAGCCTTGC
509 GAATAA-CCAATTCATT-GCAA-GAAAGCCCATTTATAGTCACTCA-AGCCTTCAAAAGCCTTAT
* ** * *
43771 AACTAACTTTAAATGGTTTTGCA-AA-CTCATAATTGATTTTAAGTTGAATGTTTTTTATATTTT
570 TACTCGCTTTAAATGG-TTT-CATAACCTCACAATTGATTTTAAGTTGAAT-TTTTTTACA-TTT
* * *
43834 TGGGTAAAATAGATTATAATTGAAACAGATTATAATTAAATATTTACCTAGAGAAACATGAATAG
631 T--G----A-AG--T-T-A---AAACATATTATAATTAAATGTTTACCTTGAGAAACATG-ATAG
* * * ** * *
43899 AAAAA--CATTCATTTG-CAACAGAAGCCTATTTATAGTCACCCAAGCCTTTAAAAGCCTTATTA
1 AAAAATCCA-TCA-TTGACAAGAAAAGCCCATTTATAGTCGTCCTAGCTTTTAAAAGCCTTATTA
* * * * *
43961 CTCGCTTTAAATGATTTTATAACCTT-ATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTAAAATTTTTGATT
64 CTCGCTTTAAATGGTTTTATAA-CTTCATAAGTGATTTTAAGTTGATTTTTTTACATTTTTG-TT
* * *
44025 TAAACAGATTATAATTGAATGTTTGCCTTGGGAAACATGAATGAAAACACATTCATTGGCAAGAG
127 TAAACAGATTGTAATTGAATGTTTGCCTTGGAAAACATGAATAAAAACACATTCATTGGCAAGAG
* * *
44090 AAGCCCATTTATAGTCACCCAAGCCTTCAAAAACCTTATTACTCGCTTTAAATGATTTTATAA
192 AAGCTCATTTATAGTCACCCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAA
44153 TCTCAAAATT
Statistics
Matches: 1984, Mismatches: 242, Indels: 145
0.84 0.10 0.06
Matches are distributed among these distances:
660 55 0.03
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664 3 0.00
665 1 0.00
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673 1 0.00
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684 4 0.00
ACGTcount: A:0.34, C:0.15, G:0.13, T:0.38
Consensus pattern (680 bp):
AAAAATCCATCATTGACAAGAAAAGCCCATTTATAGTCGTCCTAGCTTTTAAAAGCCTTATTACT
CGCTTTAAATGGTTTTATAACTTCATAAGTGATTTTAAGTTGATTTTTTTACATTTTTGTTTAAA
CAGATTGTAATTGAATGTTTGCCTTGGAAAACATGAATAAAAACACATTCATTGGCAAGAGAAGC
TCATTTATAGTCACCCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAACATGAT
AATTGATTTTAAGTTCAATTTTTTACATTTTTTGTTGAAATAGATTATATTTGAATGTTTGCCTT
AGGAAACATGAATAAAAACACATTCATTGTCAAGAGAAGACCATTTATAGTCACCCAAGCCTTCA
AAAGCCTTATTACTCACTTAAAATAGTTTTATAACCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTT
ACATTTCTAGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTACCTTGAGAAACATGTAGAATAACCAATT
CATTGCAAGAAAGCCCATTTATAGTCACTCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGG
TTTCATAACCTCACAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTGAAGTTAAAACATATTATA
ATTAAATGTTTACCTTGAGAAACATGATAG
Found at i:43678 original size:150 final size:149
Alignment explanation
Indices: 43420--43713 Score: 333
Period size: 150 Copynumber: 2.0 Consensus size: 149
43410 AAATGTCCCA
* ** * * *
43420 TTATAGTGACCCATTCCTTCAAAAGCCTTACTATTGCCTTTAAATGGCTTTGTAATCTCATAATT
1 TTATAGTCACCCAAGCCTTCAAAAGCCTTACTACTGCCTTTAAATAGCTTTATAATCTCATAATT
* * *
43485 CATTTTATGCTGAATGTTTTTACATTTTTAGTTCAAACAGATTATAATGGAATGTTTACCTC-AG
66 CATTTTAAGCTAAATGTTTTTACATTTTTAGTTCAAAAAGATTATAATGGAATGTTTACCTCGA-
*
43549 GAAACGTGAAGAAAAACCCTT
130 GAAACATGAA-AAAAACCCTT
* * * * *
43570 TTATAGTCACCCAAGCCTTCAATAGCCTTATTACT-CACTTTAAATAGTTTTATAATCTTATAGT
1 TTATAGTCACCCAAGCCTTCAAAAGCCTTACTACTGC-CTTTAAATAGCTTTATAATCTCATAAT
* * * * * * *
43634 TGATTTTAAGTTAAATTTTTTTACATTTTTTGTT-AAATAAGATTATTATTGAATGTTTGCCTCG
65 TCATTTTAAGCTAAATGTTTTTACATTTTTAGTTCAAA-AAGATTATAATGGAATGTTTACCTCG
43698 AGAAACATGAAAAAAA
129 AGAAACATGAAAAAAA
43714 GTCATTCATT
Statistics
Matches: 119, Mismatches: 22, Indels: 7
0.80 0.15 0.05
Matches are distributed among these distances:
149 9 0.08
150 109 0.92
151 1 0.01
ACGTcount: A:0.33, C:0.15, G:0.12, T:0.40
Consensus pattern (149 bp):
TTATAGTCACCCAAGCCTTCAAAAGCCTTACTACTGCCTTTAAATAGCTTTATAATCTCATAATT
CATTTTAAGCTAAATGTTTTTACATTTTTAGTTCAAAAAGATTATAATGGAATGTTTACCTCGAG
AAACATGAAAAAAACCCTT
Found at i:44138 original size:170 final size:170
Alignment explanation
Indices: 43856--44228 Score: 498
Period size: 170 Copynumber: 2.2 Consensus size: 170
43846 ATTATAATTG
* * * * * *
43856 AAACAGATTATAATTAAATATTTACCTAGAGAAACATGAATAGAAAAACATTCATTTGCAACAGA
1 AAACAGATTATAATTGAATGTTTGCCTTGGGAAACATGAATAGAAAAACATTCATTGGCAACAGA
* * *
43921 AGCCTATTTATAGTCACCCAAGCCTTTAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGATTTTATAACCT
66 AGCCCATTTATAGTCACCCAAGCCTTCAAAAACCTTATTACTCGCTTTAAATGATTTTATAACCT
* * * *
43986 TATAATTGATTTTAAGTTGA-ATTTTTAAAATTTTTGATTT
131 CAAAATTCATTTTAAGTTGAGATTTTTAAAATTTTTG-GTT
*
44026 AAACAGATTATAATTGAATGTTTGCCTTGGGAAACATGAAT-GAAAACACATTCATTGGCAAGAG
1 AAACAGATTATAATTGAATGTTTGCCTTGGGAAACATGAATAGAAAA-ACATTCATTGGCAACAG
*
44090 AAGCCCATTTATAGTCACCCAAGCCTTCAAAAACCTTATTACTCGCTTTAAATGATTTTATAATC
65 AAGCCCATTTATAGTCACCCAAGCCTTCAAAAACCTTATTACTCGCTTTAAATGATTTTATAACC
* * * * **
44155 TCAAAATTCCTTTTCAGTTGAGTTTTTTTACCTTTTTGGTT
130 TCAAAATTCATTTTAAGTTGAGATTTTTAAAATTTTTGGTT
* *
44196 AAAGAAGATTATAATCGAATGTTTGCCTTGGGA
1 AAA-CAGATTATAATTGAATGTTTGCCTTGGGA
44229 GATGTGAAGA
Statistics
Matches: 177, Mismatches: 23, Indels: 5
0.86 0.11 0.02
Matches are distributed among these distances:
169 5 0.03
170 133 0.75
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ACGTcount: A:0.36, C:0.15, G:0.13, T:0.36
Consensus pattern (170 bp):
AAACAGATTATAATTGAATGTTTGCCTTGGGAAACATGAATAGAAAAACATTCATTGGCAACAGA
AGCCCATTTATAGTCACCCAAGCCTTCAAAAACCTTATTACTCGCTTTAAATGATTTTATAACCT
CAAAATTCATTTTAAGTTGAGATTTTTAAAATTTTTGGTT
Found at i:45845 original size:171 final size:170
Alignment explanation
Indices: 45547--46343 Score: 578
Period size: 171 Copynumber: 4.6 Consensus size: 170
45537 NNNNNNNNNN
* ** * * * *
45547 ATTATAATTGAATATTTACCTAAAGAAACATGAATAAAAACATATTCATTGTCAAGAGAAGCCCA
1 ATTATAATTGAATATTTGCCTAGGGAAACATGAAGAAAAACACATTCATTGGCAAGAAAAGCCCA
* ** *
45612 TTTATAGTCACCCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAGATGTTTTTATACCCTCATAAT
66 TTTATAGTCACCCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGGTTTATAACCTCATAAT
* *
45677 TGATTTTAAGTT-AAATTTTTTTAGATTTTTTGTT-AAAACAT
131 TGATTTTAAGTTGAAA--TTTTTAGATTTTTAGTTGAAAA-AG
* * * *
45718 ATTATAATTCAATATTTGCCTAGGGAAACCTGAAGAAAAACCCGTTCATTGGCAA-AAAAGGCCC
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* * ** **
45782 ATTTATGGTCATCTTAGCCTTTGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGGTTTATAACCTCATAA
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*
45847 TTGATTTTAAGTTGAAATTTTTAGATTTTTAGTTGAAGAAG
130 TTGATTTTAAGTTGAAATTTTTAGATTTTTAGTTGAAAAAG
* * * * * * *
45888 ATTATAATTGAATGTTTGCCTCGGAAAACATGAAGAAAAA-ATCATTCATTGGAAAGGAATGTCC
1 ATTATAATTGAATATTTGCCTAGGGAAACATGAAGAAAAACA-CATTCATTGGCAAGAAAAGCCC
* * ** * * ** * * *
45952 AATTATAGTCACACATTCCTT-AAAAGACTCACAACTCAG-TTTAAATGGTTTTGTAAACTCATA
65 ATTTATAGTCACCCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTC-GCTTTAAATGGGTTTATAACCTCATA
* * * *
46015 ATTAATTTTCAGTTGAATTTTTGTATATTTTTGGTTAAAATAGATTATAATTGAAATAA-
129 ATTGATTTTAAGTTGAAATTTT-TAGA---TT--TT----TAG-------TTGAAA-AAG
* * * *
46074 ATTATAGTTGAATATTTGCCTCA-AGAAACATGAATAAAAACACATTCATTGGCAAGAGAAGCCC
1 ATTATAATTGAATATTTGCCT-AGGGAAACATGAAGAAAAACACATTCATTGGCAAGAAAAGCCC
* * * * *
46138 ATTTATAGTCACCGAAGCCTTCAAAAGCATTATTACTCTCTTTAAATGGTTTTATAACCTCAAAA
65 ATTTATAGTCACCCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGGTTTATAACCTCATAA
* * * *
46203 TTGATTTTAACTTTAATATTTTTACATTTTTAATT-AAAACAG
130 TTGATTTTAAGTTGAA-ATTTTTAGATTTTTAGTTGAAAA-AG
* * * ** ** *
46245 ATTATAATT-AAAAGTTTACCTCA---AAAAATGAAGAAAAAGGCAAACATTGGCAAGGAAAGCC
1 ATTATAATTGAATA-TTTGCCT-AGGGAAACATGAAGAAAAACACATTCATTGGCAAGAAAAGCC
* * * * *
46306 CATTCATATTCACCCATA-CCTTCGAAAGTCTTCTTACT
64 CATTTATAGTCACCCA-AGCCTTCAAAAGCCTTATTACT
46344 TACTTAAAAT
Statistics
Matches: 487, Mismatches: 106, Indels: 68
0.74 0.16 0.10
Matches are distributed among these distances:
169 111 0.23
170 94 0.19
171 140 0.29
172 3 0.01
173 2 0.00
175 2 0.00
178 2 0.00
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ACGTcount: A:0.37, C:0.15, G:0.13, T:0.35
Consensus pattern (170 bp):
ATTATAATTGAATATTTGCCTAGGGAAACATGAAGAAAAACACATTCATTGGCAAGAAAAGCCCA
TTTATAGTCACCCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGGTTTATAACCTCATAAT
TGATTTTAAGTTGAAATTTTTAGATTTTTAGTTGAAAAAG
Found at i:46077 original size:16 final size:16
Alignment explanation
Indices: 46052--46085 Score: 50
Period size: 16 Copynumber: 2.1 Consensus size: 16
46042 TTTTTGGTTA
*
46052 AAATAGATTATAATTG
1 AAATAAATTATAATTG
*
46068 AAATAAATTATAGTTG
1 AAATAAATTATAATTG
46084 AA
1 AA
46086 TATTTGCCTC
Statistics
Matches: 16, Mismatches: 2, Indels: 0
0.89 0.11 0.00
Matches are distributed among these distances:
16 16 1.00
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Consensus pattern (16 bp):
AAATAAATTATAATTG
Found at i:46671 original size:170 final size:169
Alignment explanation
Indices: 46374--50329 Score: 3825
Period size: 171 Copynumber: 23.2 Consensus size: 169
46364 ATCAAAACCA
* * * * * * *
46374 ATTCGTTGGCAAGTAAAGCCCATTTATAGTCATCCAAGCCTTCAGAAGCCTTATTATTCACTTGA
1 ATTCATTGGCAAGAAAAGCCCATTTATAGTCACCCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTA
** *
46439 AATGGTTTTATAACCTCATAATTGATTTTAAGTGAAATTTTTTTACATTTTCAGTTAAAACAGAT
66 AATGGTTTTATAACCTCATAATTGATTTTAAGTTTAA-TTTTTTACATTTTGA-TTAAAACAGAT
* *
46504 TGTAATTGAATGTTTGCCTTGAAAAACA-GAATAAAAACAC
129 TATAATTGAATGTTTGCCTTGAGAAACATGAATAAAAACAC
* * * *
46544 ATTCATTGGCAAGAAAAGCCCATTTATATTCACTCAAGCCTCCAAAAGCCTTATTGCTC-CTTTT
1 ATTCATTGGCAAGAAAAGCCCATTTATAGTCACCCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGC-TTT
* * *
46608 AAATGGCTTTATAACCTCATAACTGATTTTAAGTTTAATTCATTTTACATTTTGATGAAAACAGA
65 AAATGGTTTTATAACCTCATAATTGATTTTAAGTTTAATT--TTTTACATTTTGATTAAAACAGA
* *
46673 TTGTAATTGAATGTTTACCTT-AGGAAACAT-AATTAAAAACAC
128 TTATAATTGAATGTTTGCCTTGA-GAAACATGAA-TAAAAACAC
* * * * *
46715 ATTCGTTGGCAAGAGAAATG--CATTTATAGTCAACCAAGCCTCCGAAAGCCTTATTGCTC-CTT
1 ATTCATTGGCAAGA-AAA-GCCCATTTATAGTCACCCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGC-T
* * * * * * *
46777 TTAAATAGCTTTATAACCTCAAAATTGATTTTACGTTCAATTATTTTACATTTTTGATGAAAATA
63 TTAAATGGTTTTATAACCTCATAATTGATTTTAAGTTTAATT-TTTTACA-TTTTGATTAAAACA
* * * * *
46842 GATTATAATTGAATGTTTTCC-TGAAAAAACGTCAAGAAAAATCA-
126 GATTATAATTGAATGTTTGCCTTG-AGAAACATGAATAAAAA-CAC
* * * * ** * * *
46886 AATCACTGGTAAGAAAAGCCTATTTATAGTCACTAAAGCCTTCAAAAGCTTTACTACTCACTTTA
1 ATTCATTGGCAAGAAAAGCCCATTTATAGTCACCCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTA
* * * * *
46951 CAATAGTTTTATAACCTCA-AAATCATTTCAAGTTTTATTTTTTTTACATTTT-AGTTAAAACAG
66 -AATGGTTTTATAACCTCATAATTGATTTTAAG-TTTA-ATTTTTTACATTTTGA-TTAAAACAG
* *
47014 ATTATAATTGAATGTTTACCTTGAGAAACATGAAGAAAAACTA-
127 ATTATAATTGAATGTTTGCCTTGAGAAACATGAATAAAAAC-AC
* *
47057 ATTCATTGGCAAGTAAAGCCCATTTATAGTCACCCAAGCCTTCAAAAGCCATATTACTCGCTTTA
1 ATTCATTGGCAAGAAAAGCCCATTTATAGTCACCCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTA
* * *
47122 AATAGTTTTATAACCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATATTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGAT
66 AATGGTTTTATAACCTCATAATTGATTTTAAGTTTAAT-TTTTTACA-TTTTGATTAAAACAGAT
*** * * * *
47187 TATAATTGAGCATTTGCCTTGGGAAACGTGAAGAAAAACTC
129 TATAATTGAATGTTTGCCTTGAGAAACATGAATAAAAACAC
* * * * * ** * **
47228 GTTCAGTGACAAGAAAAGCCTATTTATAGTCATCTTATCCTTTGAAAGCCTTATTACTCGCTTTA
1 ATTCATTGGCAAGAAAAGCCCATTTATAGTCACCCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTA
* * * * * * * * *
47293 AATGGTTTTATAACCTCATAATTTATTTGAAGTTGAACTTTTATAGATTTTTAGTTTAAATAGAC
66 AATGGTTTTATAACCTCATAATTGATTTTAAGTTTAA-TTTTTTACATTTTGA-TTAAAACAGAT
** * * *
47358 CGTAATTGAATATTTACC-TAAGGAAACATGAATAAAAACAC
129 TATAATTGAATGTTTGCCTTGA-GAAACATGAATAAAAACAC
* * * *
47399 ATTCATTGGTAAGAAAAGCCCATTTATAGTCACCCAAACCTTCAAATGCCTTATTACTCCCTTTA
1 ATTCATTGGCAAGAAAAGCCCATTTATAGTCACCCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTA
* * * * *
47464 AATGATTTTATAACCTTATAATTGATTTTAAGTTTAATTTTTTACATTTTGGTTGAAACATATTA
66 AATGGTTTTATAACCTCATAATTGATTTTAAGTTTAATTTTTTACATTTTGATTAAAACAGATTA
* *
47529 TAATTGAATGTTTGCATTGGGAAACATGAATAAAAACAC
131 TAATTGAATGTTTGCCTTGAGAAACATGAATAAAAACAC
** * * * *
47568 ATTCATTATCAAGAGAAGCCCATTTATAGTCACCAAAGCCTTTAAAAGCCTTATTACTCACTTTA
1 ATTCATTGGCAAGAAAAGCCCATTTATAGTCACCCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTA
* * * ** * * *
47633 AATGGTTTTATAACCTGATAATGGATTTTAAGTTTCATGGTTTACATTTTCATTTAAATAGATTA
66 AATGGTTTTATAACCTCATAATTGATTTTAAGTTTAATTTTTTACATTTTGATTAAAACAGATTA
* *
47698 TAATTGACTGTTTGCCTT-AGGAAACATGAATAAAAACAA
131 TAATTGAATGTTTGCCTTGA-GAAACATGAATAAAAACAC
* * * * * *
47737 ATTCATTGGCAAGATAAGCCCATTGATAGTCACCCAAGACTTAAAAAGACTTATTACTC-CATTG
1 ATTCATTGGCAAGAAAAGCCCATTTATAGTCACCCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGC-TTT
* * * * * * *
47801 AAATGGTTTTCTAACCTGATAATTGCTTTTAAATTCAATTTTTTACATTTTTTG-TTTAAACAAA
65 AAATGGTTTTATAACCTCATAATTGATTTTAAGTTTAATTTTTTACA--TTTTGATTAAAACAGA
* * * *
47865 TTATATTTCAATGTTTGCCTTGGGAAACATGAATGAAAACAC
128 TTATAATTGAATGTTTGCCTTGAGAAACATGAATAAAAACAC
* ** * * *
47907 ATCCATTGGCAAGTGAAGCGCATTGATAGTCACCCAAGCTTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTA
1 ATTCATTGGCAAGAAAAGCCCATTTATAGTCACCCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTA
* * * * * * *
47972 AATTGTTTTATAACCTGATAATGGATTTT-CGATTTAATTTTTATA-TTTTTG-TAAAAATAGAT
66 AATGGTTTTATAACCTCATAATTGATTTTAAG-TTTAATTTTT-TACATTTTGATTAAAACAGAT
*
48034 TATAATTGAATGTTTGCCTTGAGAAACATAAATAAAAACAC
129 TATAATTGAATGTTTGCCTTGAGAAACATGAATAAAAACAC
* * ** * * *
48075 ATTCATTGGCAAGAGAAGCACGCTTATCGTCACCCATGCC-TCTAAAAGCCCTT-TTACTCCCTT
1 ATTCATTGGCAAGAAAAGCCCATTTATAGTCACCCAAGCCTTC-AAAAG-CCTTATTACTCGCTT
* * * * * * *
48138 TAACTGGTTTTATAACCTCAAAATTGATTTTAAGTTGAATTCTTTTTCATTTTTAGTTAAAATAT
64 TAAATGGTTTTATAACCTCATAATTGATTTTAAGTTTAATT-TTTTACATTTTGA-TTAAAACAG
* * *
48203 ATTACAATTGAGTGTTTGCCTTGGGAAACATGAATAAAAACAC
127 ATTATAATTGAATGTTTGCCTTGAGAAACATGAATAAAAACAC
* * * *
48246 ATTCATTCGCAAGAGAAGCCCATTTATAGTAACCCAAGCCTTCAAAAGCCTTAATACTC-CTTTT
1 ATTCATTGGCAAGAAAAGCCCATTTATAGTCACCCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGC-TTT
* * * * * *
48310 AAATGGTTTTATAACTTCAAAATTGATTTTAAGTTGAATTATTTTTCATTTTTGGTTAAAATAGA
65 AAATGGTTTTATAACCTCATAATTGATTTTAAGTTTAATT-TTTTACA-TTTTGATTAAAACAGA
* * * *
48375 TTACAATTGAGTATTTGCCTTGGGAAACATGAATAAAAACAC
128 TTATAATTGAATGTTTGCCTTGAGAAACATGAATAAAAACAC
** * *
48417 ATTCATTCACAAGAGAAGCCCATTTATAGTCACCCAAGCCTTCAAAAGCCTTAGTACTCGCTTTA
1 ATTCATTGGCAAGAAAAGCCCATTTATAGTCACCCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTA
* * * * * *
48482 AATGGTTTTATAACCTTATAATTGAGTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTAATTAAAACATAT
66 AATGGTTTTATAACCTCATAATTGATTTTAAGTTTAA-TTTTTTACA-TTTTGATTAAAACAGAT
* * * * * *
48547 TTTAATTGAATATTT-AC-TGAGGGAAACCTAAAGAAAAAC-C
129 TATAATTGAATGTTTGCCTTGA--GAAACATGAATAAAAACAC
* * * * * * * * * *
48587 GA-TCGTTGGCAAGAAAATCCCATTTGTGGTCATCCTAGCTTTTAAAAGCCTTATTACTAGTTTT
1 -ATTCATTGGCAAGAAAAGCCCATTTATAGTCACCCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTT
* * * *
48651 AAATGGTTTTATAACCTCATAATTGATTTTGAGTTGAATTTTTTTAGATTTTTAGTTAAAACAGA
65 AAATGGTTTTATAACCTCATAATTGATTTTAAGTTTAA-TTTTTTACATTTTGA-TTAAAACAGA
* * *
48716 TTGTAATTGAATGTTTGCCTTGGGAAACATGAACAAAAACAC
128 TTATAATTGAATGTTTGCCTTGAGAAACATGAATAAAAACAC
* *
48758 ATTCATTGACAAGAGAAGCCCATTTATAGTCACCCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTA
1 ATTCATTGGCAAGAAAAGCCCATTTATAGTCACCCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTT-
** *
48823 AAATGGTTTTATAACCTCCA-AATTGATTTTAAGTTTAATTTTTTTTATTCTTGGTTAAAACAGA
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* * * **
48887 TTATAATTGATTGTTTGCCTT-AGAAAACGTGAAGAAAAAGTC
128 TTATAATTGAATGTTTGCCTTGAG-AAACATGAATAAAAACAC
* * ** * ** * * * *
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* * * * * * * * *
48994 CATGGTTTTGTAATCTCATACTTGATTTTGAGCTGAATGTTTTTTGCATTTTTAATTAAAACAGA
66 AATGGTTTTATAACCTCATAATTGATTTTAAGTTTAA--TTTTTTACA-TTTTGATTAAAACAGA
* * * **
49059 TTATAATTGAATGTTTACCTTGGGAAAGATGAA-AAAAATGC
128 TTATAATTGAATGTTTGCCTTGAGAAACATGAATAAAAACAC
* * * * * * * *
49100 TATTTACTGACAAAAAAAGTCCATTTATATTCACCCATGCCCTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTT
1 -ATTCATTGGCAAGAAAAGCCCATTTATAGTCACCCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTT
** * *
49165 AAATGG-TTTATATTCTCATAATTGATTTTAAG-TGAATTCTTTTTACATTTTTAGTTAAAACAG
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* * * * **
49228 ATTATAGTTGAATATTTACATCAAGAAACATGAATAAAAACAC
127 ATTATAATTGAATGTTTGCCTTGAGAAACATGAATAAAAACAC
* * * *
49271 ATTCATTGGCAAGAGAAGCCCATTTATAGTCACCAAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTTGCTTAA
1 ATTCATTGGCAAGAAAAGCCCATTTATAGTCACCCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTA
* * * *
49336 AATGATTTTATAACCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTAGTTAAAATAGAT
66 AATGGTTTTATAACCTCATAATTGATTTTAAGTTTAA-TTTTTTACATTTTGA-TTAAAACAGAT
* * * * *
49401 TATAATTGAATGTTTACCTCGAGAAGCATGTAGAAAAAC-C
129 TATAATTGAATGTTTGCCTTGAGAAACATGAATAAAAACAC
* * * * *
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1 -ATTCATTGGCAAGAAAAGCCCATTTATAGTCACCCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTT
* * *
49506 AAATCGTTTTATAACCTCATAATTGATTTTAA-TTTGAATTTTTTTTACATTTTTGGTTAAAATA
65 AAATGGTTTTATAACCTCATAATTGATTTTAAGTTT-AA--TTTTTTACA-TTTTGATTAAAACA
** * * * *
49570 GAAAATAATTGAATGTTTGCCTCCGA-AAACGTGAAGAAAAACCC
126 GATTATAATTGAATGTTTGCCT-TGAGAAACATGAATAAAAACAC
* * ** * *
49614 ATTCATTGACAAGAAAAGCCCATTTATAGTCATCTTAGCTTTTGAAAAG-CTTATTACTCGCTTT
1 ATTCATTGGCAAGAAAAGCCCATTTATAGTCACCCAAGC-CTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTT
* * *
49678 AAATGGTTTTATAACTTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTGTTTTACATTTTTAGTTAAAACAG
65 AAATGGTTTTATAACCTCATAATTGATTTTAAGTTTAA-TT-TTTTACATTTTGA-TTAAAACAG
* ** * * *
49743 CTGGTAATTGAATGTTTGCCGTGGGAAACATGAATAAAAATAC
127 ATTATAATTGAATGTTTGCCTTGAGAAACATGAATAAAAACAC
* * * * *
49786 AGTCATTGGCAAGAAAAGCCCATTTATAGTCACCCAAACTTTCAAAAGCTTTATTACCCGCTTTA
1 ATTCATTGGCAAGAAAAGCCCATTTATAGTCACCCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTA
* * * *
49851 AATGGTTTTATAACCTAATAATTGTTTTTAAGTTTAATTTTTTACATTTTTTG-TTTAAGCAGAT
66 AATGGTTTTATAACCTCATAATTGATTTTAAGTTTAATTTTTTACA--TTTTGATTAAAACAGAT
* * * * * * * *
49915 TTTATTTGAATGGTTCCCTTGGGAAGCATGAATAAAAGCAA
129 TATAATTGAATGTTTGCCTTGAGAAACATGAATAAAAACAC
* * *
49956 ATTCATTGGCAAGTAAAGCGCATTTATAGTCACCCAACCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTA
1 ATTCATTGGCAAGAAAAGCCCATTTATAGTCACCCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTA
* * * * * * *
50021 AATGATTTTCTAACCTGATAATGGACTTTAAATTTAATTTTTTACATTTTTACTT-AAACAGATT
66 AATGGTTTTATAACCTCATAATTGATTTTAAGTTTAATTTTTTACATTTTGA-TTAAAACAGATT
* * * *
50085 ATAATTGAATGTTTTCCTT-AGGAAAGATGAATCAAAACAT
130 ATAATTGAATGTTTGCCTTGA-GAAACATGAATAAAAACAC
*
50125 ATTCATTGGCAAGAAAAGCCCATTTATAGTCACCCAAGCCTTCAAAAGTCTTATTACTC-CATTT
1 ATTCATTGGCAAGAAAAGCCCATTTATAGTCACCCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGC-TTT
* * * *
50189 AAATGGTTTTATAACCTGATAATTAATTTTAAGTTTAATTTTTTGCATGTTTTG-TTTAAACAGA
65 AAATGGTTTTATAACCTCATAATTGATTTTAAGTTTAATTTTTTACA--TTTTGATTAAAACAGA
* * * *
50253 TTATATTTGAATGTTCGCCTTGGGTAACATGAATAAAAACAC
128 TTATAATTGAATGTTTGCCTTGAGAAACATGAATAAAAACAC
* *
50295 ATTCATTGTCAAGAGAAGCCCATTTATAGTCACCC
1 ATTCATTGGCAAGAAAAGCCCATTTATAGTCACCC
50330 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 3148, Mismatches: 541, Indels: 194
0.81 0.14 0.05
Matches are distributed among these distances:
167 2 0.00
168 132 0.04
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171 1288 0.41
172 451 0.14
173 26 0.01
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Consensus pattern (169 bp):
ATTCATTGGCAAGAAAAGCCCATTTATAGTCACCCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTA
AATGGTTTTATAACCTCATAATTGATTTTAAGTTTAATTTTTTACATTTTGATTAAAACAGATTA
TAATTGAATGTTTGCCTTGAGAAACATGAATAAAAACAC
Found at i:50795 original size:171 final size:170
Alignment explanation
Indices: 50512--52813 Score: 1617
Period size: 171 Copynumber: 13.6 Consensus size: 170
50502 NNNNNNNNNN
* * * * * *
50512 GATTTTAAGTTTAATTTATTACA-TTTTTG-TATAAACAGATTATAATAGAATGTTTCCCTTGGC
1 GATTTTAAGTTGAATTTTTTATATTTTTTGTTA-AAACAGATTATAATTGAATGTTTACCTTGGG
* * * * *
50575 AAAGATGAATAAGAAGACATTCATTGGCAAGAGAAGCTCATTTATAGTCACCCAAGGCTTCAAAA
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*
50640 GCCTTATTACTCCCTTTAAATGGTTTTATAACTTGATAATT
130 GCCTTATTACTCCCTTTAAATGGTTTTATAACTTCATAATT
* * * * * *
50681 GATTTTAAGTTAAATTTTTTATATTTTTTGTTTAAACAGTTTACAATTGAATATTTACTTTGGGA
1 GATTTTAAGTTGAATTTTTTATATTTTTTGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTACCTTGGGA
* *
50746 AACATGAATAAAAAGTACATTCATTGGCAAGAGAAGCCCATTTATAGTCACTCAAGCCTTCAAAA
66 AACATGAAGAAAAAG-ACATTCATTGGCAAGAGAAGCCCATTTATAGTCACCCAAGCCTTCAAAA
* * *
50811 GCCTTATTACTCCCTTGAAATGGTCTTATAACCTT-AAAATT
130 GCCTTATTACTCCCTTTAAATGGTTTTATAA-CTTCATAATT
* * * * * * *
50852 AATTTTAAGCTGAATTCTTTTACATTTTTAGTTAAAATAGATTAGAATT-AGATGTTTACCTTGA
1 GATTTTAAGTTGAATT-TTTTATATTTTTTGTTAAAACAGATTATAATTGA-ATGTTTACCTTGG
* ** * * **
50916 GAAACATGAATAAAAAGACATTCATTCACAAAAGGAGCCCATTTATAGTCACCCATA-TTTTCAA
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* * * *
50980 AAGCCTTATTACTCCATTTAATTAGTTTTATAAAC-TCAAAATT
128 AAGCCTTATTACTCCCTTTAAATGGTTTTAT-AACTTCATAATT
* * * *****
51023 GATTTTGAGTTGAATTTTTT-TACATTTTTGCTTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTGCNNNNN
1 GATTTTAAGTTGAATTTTTTATA-TTTTTTG-TTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTACCTTGG
***** * * ** * * * *
51087 NNNNNATGAAGAAAATGCCATTCATCAGCAAGA-AATGTCCAATTATAGTGA-CCAATTCCTTCA
64 GAAACATGAAGAAAAAGACATTCATTGGCAAGAGAA-GCCCATTTATAGTCACCCAA-GCCTTCA
* * *
51150 AAAGACTTATTACTCCCGTTAAATGGCTTTATAA-TCTCATAATT
127 AAAGCCTTATTACTCCCTTTAAATGGTTTTATAACT-TCATAATT
* * * * * * * ***
51194 GATTTTATGTTGAATGTATCTTACATTTTTAGTTCAAACAGGTTATAATGGAATGTTTACCTCAA
1 GATTTTAAGTTGAAT-T-TTTTATATTTTTTGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTACCTTGG
* * * * *
51259 GAAACATGAAGAAAAATG-CATTCAATGACAAGA-AAACCCATTTATAGTCATCCAAGTCTTCAA
64 GAAACATGAAGAAAAA-GACATTCATTGGCAAGAGAAGCCCATTTATAGTCACCCAAGCCTTCAA
* * *
51322 AAGCC---TTACTCTCTTTAAATGGTTTTACAACCTCATAATT
128 AAGCCTTATTACTCCCTTTAAATGGTTTTATAACTTCATAATT
* * * * * * * *
51362 GATTTTAAGTTCAATTTTTTTTACATTTTGGTGAAAGA-AGTTTGTAATTGAATGTTTACCATGG
1 GATTTTAAGTTGAATTTTTTATA-TTTTTTGTTAAA-ACAGATTATAATTGAATGTTTACCTTGG
* * * ** *
51426 GAAACATGAATAAAAACG-CATTCATTGGTAAAAGAAGCCCATTTATAGTCACTAAAGCTTTCAA
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* ** * *
51490 AAGCTTTATTACTCTATTTAAATGGTTTTATAACCTCAAAATT
128 AAGCCTTATTACTCCCTTTAAATGGTTTTATAACTTCATAATT
* * * * * * * * *
51533 GATTTTAAGTTCAATGTTCTCACATTTTTGGTGAAAACAAATTAAAATTGAATGTTTTCC-TGGA
1 GATTTTAAGTTGAAT-TTTTTATATTTTTTGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTACCTTGG-
** * * * **********
51597 GAAATGTAAAGAAAAACTA-ATTCATTGACNNNNNNNNNNCATTTATAGTCACCCAAGCCTTCAA
64 GAAACATGAAGAAAAA-GACATTCATTGGCAAGAGAAGCCCATTTATAGTCACCCAAGCCTTCAA
* * * * *
51661 GAGCCTTTTTACTCGCTTTAACATGGTTTTATAACCTCCA-AATC
128 AAGCCTTATTACTCCCTTTAA-ATGGTTTTATAA-CTTCATAATT
* * * *
51705 GATTTTAAGTTTAATGTTTTTATA-TTTTTGATTAAAACAAATTATAATTGAATGTTTGCCTTGA
1 GATTTTAAGTTGAAT-TTTTTATATTTTTTG-TTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTACCTTGG
* * ********** *
51769 GAAACATAAAGAAAAA-CCAATTCATTGGCAAGTA-AAGCCCNNNNNNNNNNACCTAAGCCTTCA
64 GAAACATGAAGAAAAAGAC-ATTCATTGGCAAG-AGAAGCCCATTTATAGTCACCCAAGCCTTCA
* ** * *
51832 AAAGTCTTATTACTTGCTTTAAATGGTTGTATAACCTCATAATT
127 AAAGCCTTATTACTCCCTTTAAATGGTTTTATAACTTCATAATT
* * * * * *
51876 GATTTTGACTTCAATTTTTTTATATTTTTAGTTTAAACTGATTATAATTGAA-----A-C-----
1 GATTTTAAGTTGAA-TTTTTTATATTTTTTGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTACCTTGGG
* * * * * * * *
51930 ---C-TGAAGAAAAA-TCTGTTCATTGGCAAGAAAAGCCTATTTGTGGTCATCCTAGCCTTCAAA
65 AAACATGAAGAAAAAGAC-ATTCATTGGCAAGAGAAGCCCATTTATAGTCACCCAAGCCTTCAAA
** *
51990 AGCCTTATTACTCATTTTAAATGGTTTTATAACCTCATAATT
129 AGCCTTATTACTCCCTTTAAATGGTTTTATAACTTCATAATT
* * * * * *
52032 GATTTTAAGTTGAATTATTTTAGATTTTTGGTTAAAATAGATTGTAATTGAATGTTTTCCTTAGG
1 GATTTTAAGTTGAATT-TTTTATATTTTTTGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTACCTTGGG
* * * *
52097 AAACATGAACAAAAACACATTCATTGGCAAAAGAAGTCCATTTATCA-TCACCCAAGCCTTCAAA
65 AAACATGAAGAAAAAGACATTCATTGGCAAGAGAAGCCCATTTAT-AGTCACCCAAGCCTTCAAA
** * *
52161 AGCCTTATTACTCGTTTTAAAATGGTTTTATAACGTCCA-AATC
129 AGCCTTATTACTCCCTTT-AAATGGTTTTATAAC-TTCATAATT
* * * * * *
52204 GATTTTAAGTTTAATTTTTTTATATTCTTGGTTAAAACAGATTATAATTGATTGTTGACCTTGAG
1 GATTTTAAGTTGAA-TTTTTTATATTTTTTGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTACCTTGGG
* * * * * * * * **
52269 AAACATGAAGAAAAAG-CTGTTAATTGACCAGAAAAGTCCAATTATATTCACCCATTCCTTCAAA
65 AAACATGAAGAAAAAGAC-ATTCATTGGCAAGAGAAGCCCATTTATAGTCACCCAAGCCTTCAAA
* * * * *
52333 AGCCTTACTACTCACTTTACATGGTTTTGTAA-TCTCATACTT
129 AGCCTTATTACTCCCTTTAAATGGTTTTATAACT-TCATAATT
* * * * *
52375 GATTTTAAGTTAAATGTTTTT-TACATTTTTGATTAAAAAAGATTGTAATTGAATGTTTTCCTTG
1 GATTTTAAGTTGAAT-TTTTTATA-TTTTTTG-TTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTACCTTG
* * * * ** * * * * *
52439 GAAAACATGAAGAAAAAGCCATTTACTGATAA-AAAAGCCCATTTATATTCACCCATGCCCTCGA
63 GGAAACATGAAGAAAAAGACATTCATTGGCAAGAGAAGCCCATTTATAGTCACCCAAGCCTTCAA
* *
52503 AAGCTTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTAT-A-TTCTGATAATT
128 AAGCCTTATTACTCCCTTTAAATGGTTTTATAACTTC--ATAATT
* * * * * *
52546 GATTTTAAGTGGAATGTTTTTACATTTTTAGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTTCCTTAGA
1 GATTTTAAGTTGAAT-TTTTTATATTTTTTGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTACCTTGGG
* ** * * * * *
52611 AAACATGAAGTAAAACCCGTTCATTGACAGGAAAAGCCCATTTATAGTCACCCAAGCCTTTAAAA
65 AAACATGAAGAAAAAGACATTCATTGGCAAGAGAAGCCCATTTATAGTCACCCAAGCCTTCAAAA
* * *
52676 ACCTTATTACTCACTTTAAATAGTTTTATAA-TCTCATAATT
130 GCCTTATTACTCCCTTTAAATGGTTTTATAACT-TCATAATT
*
52717 GATTTTAAGTTGAATATTTTTACATTTTTTGTTAAAGA-AGATTATAATTGAATGTTTACCTCT-
1 GATTTTAAGTTGAAT-TTTTTATATTTTTTGTTAAA-ACAGATTATAATTGAATGTTTACCT-TG
* ** * * *
52780 AGAAATGTTAAGAAAAAGTCATTCATTAGCAAGA
63 GGAAACATGAAGAAAAAGACATTCATTGGCAAGA
52814 AAAGTCTAAT
Statistics
Matches: 1670, Mismatches: 382, Indels: 160
0.75 0.17 0.07
Matches are distributed among these distances:
155 3 0.00
156 116 0.07
157 1 0.00
162 1 0.00
165 1 0.00
166 4 0.00
167 55 0.03
168 71 0.04
169 25 0.01
170 129 0.08
171 815 0.49
172 427 0.26
173 21 0.01
174 1 0.00
ACGTcount: A:0.35, C:0.14, G:0.13, T:0.37
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AACATGAAGAAAAAGACATTCATTGGCAAGAGAAGCCCATTTATAGTCACCCAAGCCTTCAAAAG
CCTTATTACTCCCTTTAAATGGTTTTATAACTTCATAATT
Found at i:53436 original size:171 final size:170
Alignment explanation
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Period size: 171 Copynumber: 13.1 Consensus size: 170
52929 NNTTTTCACT
* * * * * * * ** *
52939 AAAAATATAAGAAAATTTAAGTCAAATTCAATTTTGAGGTTATAAAATCATTTAAAGTAAGTACT
1 AAAAATGTAA-AAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGGTTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAAT
* ********** *
53004 AAGGTTTTTGAAGGCTTGGGTGACTATAAANNNNNNNNNNTTGCCAATGAAT-TGGTTTTTCTTC
65 AAGGCTTTTGAAGGCTTGGGTGACTATAAATGGGCTTCTCTTGCCAATGAATGT-GTTTTTATTC
* * * *
53068 ATATTTCTCAAGGTAAACATTCAATTATAATCTGTTTTAATC
129 ATGTTTCCCAAGGCAAACATTCAATTATAATCTGTTTTAACC
** * * *
53110 AAAAAAATAAAAAATTTAAATTTAAAATCGATT-TAGAGGTTATAAAACCATTTTAAAGCGAGTA
1 AAAAATGTAAAAAA-TTCAACTTAAAATCAATTAT-GAGGTTATAAAACCA-TTTAAAGCGAGTA
* * * * *
53174 ATAAGGCTTTTGAACGCTTGGGTGACTATAAATAGGCTTTTCTTGCCAAGGAAT-TGGTTTTTCT
63 ATAAGGCTTTTGAAGGCTTGGGTGACTATAAATGGGCTTCTCTTGCCAATGAATGT-GTTTTTAT
* * * *
53238 TGATGTTTCTCAAGGAAAACATTCAATTATAATCTGTTTTCACC
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* * * * ** *
53282 AAAAATGTGAAAACATTGAACTTAAAATCAATTTTGAAGTTATAAAACCATTTAAATAGAGCAAT
1 AAAAATGT-AAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGGTTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAAT
* *
53347 AAGGCTTTTGAAGGCTTTGGTGACTATAAATGGGCTTCTCTT-CTCAATGAATGCGTTTTTATTC
65 AAGGCTTTTGAAGGCTTGGGTGACTATAAATGGGCTTCTCTTGC-CAATGAATGTGTTTTTATTC
* * * * *
53411 ATGTTTCCCATGGTAAACATTCAATTACAATCTATTTTCACC
129 ATGTTTCCCAAGGCAAACATTCAATTATAATCTGTTTTAACC
** ** * **
53453 AAAATATAAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGGTTGCAAAATCATTTAAAAAGAGTAAT
1 AAAA-ATGTAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGGTTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAAT
* * * * * * * * *
53518 AAGGCTTTCGAAGACTAGGGTGGCTATAAATGGACTT-TCTTGCCAATGAACGGGCTTTTCTTCA
65 AAGGCTTTTGAAGGCTTGGGTGACTATAAATGGGCTTCTCTTGCCAATGAATGTGTTTTTATTCA
** * * * * *
53582 TGTTTCCTGAGACAAACATTCTATTATAATCTATTTGAATC
130 TGTTTCCCAAGGCAAACATTCAATTATAATCTGTTTTAACC
** * * * ** *
53623 AAAAATACAAAACACATTCAACATAAAATCAATAATGAGATTACGAAGCCATTTAAAG-GAAGTA
1 AAAAATGTAAAA-A-ATTCAACTTAAAATCAATTATGAGGTTATAAAACCATTTAAAGCG-AGTA
* * *** * * * * * *
53687 GTAAGACTTTTGAAGAAATAGGTCACTATAATTGGACATT-TCTTGCCAACGAATG-GATTTTTC
63 ATAAGGCTTTTGAAGGCTTGGGTGACTATAAATGGGC-TTCTCTTGCCAATGAATGTG-TTTTTA
* * * * *
53750 TTCATGTTTCCTAAGGTAAACATTCAATTCTAATCTATTTTAAGC
126 TTCATGTTTCCCAAGGCAAACATTCAATTATAATCTGTTTTAACC
* * * *
53795 AAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTTTGAGTTTATAAAACCAATTAAAGGGAGTAAT
1 AAAAATGT-AAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGGTTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAAT
** ** *
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65 AAGGCTTTTGAAGGCTTGGGTGACTATAAATGGGCTTCTCTTGCCAATGAATGTGTTTTTATTCA
* * *
53925 TGTTTCCCAAGGCAAACATCCAATTGTAATATGTTTTAACC
130 TGTTTCCCAAGGCAAACATTCAATTATAATCTGTTTTAACC
* * * * *
53966 AAAATTGTAAAAGAATTCAACTTAAAATCAATTTTGAGGTTATAAGACCATTGAAAGGGAGTAAT
1 AAAAATGTAAAA-AATTCAACTTAAAATCAATTATGAGGTTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAAT
** * * *
54031 AAGGCTTTCCAAGGCTTGAGTAACTATAAATGGGCTTCTCTTGCCAATAAATGTGTTTTTATTCA
65 AAGGCTTTTGAAGGCTTGGGTGACTATAAATGGGCTTCTCTTGCCAATGAATGTGTTTTTATTCA
* *
54096 TGTTTCCCAAGGCAAACATTCAATTACAAAT-TG-CTTAA--
130 TGTTTCCCAAGGCAAACATTCAATTA-TAATCTGTTTTAACC
* * * *
54134 AAACAATGTAAAAAATTGAACTTAAAATCAACTATCAGGTTATAAAACCATTTAAAGGGAGTAAT
1 AAA-AATGTAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGGTTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAAT
* * * * *
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65 AAGGCTTTTGAAGGCTTGGGTGACTATAAATGGGCTTCTCTTGCCAATGAATGTGTTTTTATTCA
* * * * *
54264 TCTTTACCAAGGCAAATATTCTATTATAATCT-TTTTAAAC
130 TGTTTCCCAAGGCAAACATTCAATTATAATCTGTTTTAACC
* * * * *
54304 AAAAATATAAAAAATTAAACTTAAAATCCATTATCAGGTTATAAAATCATTTAAAGCGAGTAATA
1 AAAAATGTAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGGTTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATA
* *
54369 AGGCTTTTGAAGGCTTGGGTGACTATAAATGGGCTTCACTTGCCAATGAATGTGTTGTTATTCAT
66 AGGCTTTTGAAGGCTTGGGTGACTATAAATGGGCTTCTCTTGCCAATGAATGTGTTTTTATTCAT
* * * * **
54434 GTTTTCCTAGGCAAACATACAAATATAATCTG-TTTAAAT
131 GTTTCCCAAGGCAAACATTCAATTATAATCTGTTTTAACC
* * * *
54473 AAAAATGTAAAAAATTAAACTTAAAATGAATTATTAGGTTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATA
1 AAAAATGTAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGGTTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATA
* *
54538 AGGCTTTTGAAGGCTTGGATGACTATAAATGGGCTTCTCTTGCCAATGAATGTTTTTTTATTCAT
66 AGGCTTTTGAAGGCTTGGGTGACTATAAATGGGCTTCTCTTGCCAATGAATGTGTTTTTATTCAT
* * *
54603 GTTTCCCAAGGAAAACATTCAATTACAATCTGTTTTAACT
131 GTTTCCCAAGGCAAACATTCAATTATAATCTGTTTTAACC
* * * *
54643 AAAAATGTAAAAAAACATTCAACTTAAAATCAATTTTGAAGTTATAAAACTATTTAAAG-AAGGT
1 AAAAATGT--AAAAA-ATTCAACTTAAAATCAATTATGAGGTTATAAAACCATTTAAAGCGA-GT
* * ** * * * * * *
54707 AATAAGGCTTTCGAAAGCTAAGATAACTATAAATGGGCTGT-TCTTGTCAACGAATGGGTTTTTC
62 AATAAGGCTTTTGAAGGCTTGGGTGACTATAAATGGGCT-TCTCTTGCCAATGAATGTGTTTTTA
* * *
54771 TTCACGTTTTCCAAGGCAAACATACAATTATAATCTGTTTTAACC
126 TTCATGTTTCCCAAGGCAAACATTCAATTATAATCTGTTTTAACC
* * *
54816 TAAAATGTAAAACTATTCAACTTAAAATCAATTATGAGGTTATAAAACCATTTAAAGCGATTAAT
1 AAAAATGTAAAA-AATTCAACTTAAAATCAATTATGAGGTTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAAT
* * * * *
54881 AAGGCTTTTGAAGGCTTGGGTGACTATAAATGGGCTT-TACTTTCCAATGAATTTGGTTTTCTAC
65 AAGGCTTTTGAAGGCTTGGGTGACTATAAATGGGCTTCT-CTTGCCAATGAATGTGTTTTTATTC
* *** *
54945 ATATTTCTTGAGGTAAACATTCAATTATAATCTGTTTTAACC
129 ATGTTTCCCAAGGCAAACATTCAATTATAATCTGTTTTAACC
* * *
54987 TAAAATGTAAAAACAATTCAACTTAAAATCAATTATAAGGTTATATAACCATTTAAAGCGAGTAA
1 AAAAATGT-AAAA-AATTCAACTTAAAATCAATTATGAGGTTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAA
* *
55052 TAAGGCTTTTGAAGACTTGGGTGACTATAAATAGGCTT-TACTTGCCAATGAAT-TCGTTTTTAT
64 TAAGGCTTTTGAAGGCTTGGGTGACTATAAATGGGCTTCT-CTTGCCAATGAATGT-GTTTTTAT
* * **
55115 ACATGTTTCTCAAGATAAACATTCAATTATAATCTG-TTTAACC
127 TCATGTTTCCCAAGGCAAACATTCAATTATAATCTGTTTTAACC
55158 AAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAA
1 AAAAATGT-AAAAAATTCAACTTAAA
55184 NNNNNNNNNN
Statistics
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Matches are distributed among these distances:
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AAAAATGTAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGGTTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATA
AGGCTTTTGAAGGCTTGGGTGACTATAAATGGGCTTCTCTTGCCAATGAATGTGTTTTTATTCAT
GTTTCCCAAGGCAAACATTCAATTATAATCTGTTTTAACC
Found at i:56088 original size:171 final size:171
Alignment explanation
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55782 NNNNNNNNNN
** * *
55792 ATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGTAAGTAATAAGGTTTTTGAAGGCTTGGGTGACTA
1 ATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCTTGGGTGAATA
* * * * ***
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* * * * * *
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129 TACAATCTGTTTTAACTAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAA
* * * * * *
55963 ATTAATTATGAGAATATAAAACTATTTAAAGCGGGTAATAAGGCTTTCGTAGGCATGGGTGAATA
1 ATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCTTGGGTGAATA
* * * * *
56028 TAAATGGGCTTTTCTTGTCAGTAAATGGCTTTTTCTTCATATTTCCCAAGGCATACATTCAATTA
66 TAAATGGGCTTTTCTTGCCAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTCCCAAGGCAAACATTCAATTA
* * *
56093 CAATCTGTTTTAA-TCAAAAATGCAAAAAGCATTCAACTTATA
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* * * * * * * * *** **
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1 ATCAATTATGAGATTATAAAACT-ATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCTTGGGTGA-A
* *** * * * * *
56199 -ATAATTACACTTTTCTTACCAATGGATGACTTTTTCTTCACGTTTCCCAAGGCAAACAATCAAT
64 TATAAATGGGCTTTTCTTGCCAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTCCCAAGGCAAACATTCAAT
* * * * * *
56263 TATAATATGTTTTAACCAAGAATATAAAAAAATTAAACTTAAA
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* * * *
56306 AT-AGATT-TGGAGGTTATAAAACTATTTTAAAGCGACTAATAAGGGTTTTGAAGGCTTAGGTGA
1 ATCA-ATTAT-GAGATTATAAAACTA-TTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCTTGGGTGA
* * *
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* * *
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* * * *
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1 ATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCTTGGGTGAA-T
* * * ** *
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* *
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* * * * * *
56652 ATCAATTATGAGGTTGTAAAACCATTTAAAGAGAGTAATAAGGTTTTTGAAGGCTTGGGTGACTA
1 ATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCTTGGGTGAATA
* ***
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66 TAAATGGGCTTTTCTTGCCAATGAATGGCTTTTT-CTTCATGTTTCCCAAGGCAAACATTCAATT
* * * * * *
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* * * * * * *
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1 ATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTT-GAAGGCTTGGGTGAAT
* * * ********** *
56887 ATAAATGGGCTTTTCTTGTCAGTAAATGGCTTTTTNNNNNNNNNNCCCAAGGCATACATTCAATT
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* *
56952 ACAATCTGTTTTAA-TCAAAAATATAAAAAGCATTCAACTTAAA
130 ACAATCTGTTTTAACT-AAAAATGTAAAAA-AATTCAACTTAAA
* * * * * ** *** *
56995 ATCAAGTATGGGATTACAAAACCATGTAAAGTAAGTAATAAGGCTTTTGAAGTAATGGGTGACTA
1 ATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCTTGGGTGAATA
* *** * * ** * * *
57060 TAATTATACTTTTCTTACCAATGAATGACTTTTTCTTCACATTTTCTAAGGCAAACAATCAATTA
66 TAAATGGGCTTTTCTTGCCAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTCCCAAGGCAAACATTCAATTA
* * * * * * **********
57125 TAATATCTTTTAACCAAGAATATAAAAAAANNNNNNNNNNA
131 CAATCTGTTTTAACTAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAA
* * * *
57166 AT-AGATT-TGGAGGTTATAAAACCATTTTAAGGCGAGTAATAAGGCTTTTCAAGGCTTGGGTGA
1 ATCA-ATTAT-GAGATTATAAAACTA-TTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCTTGGGTGA
* ********** * * *
57229 CTANNNNNNNNNNTCTCTTGCCAATGAAT-GCATTTTTATTCATGTTTTCCAAGGCAAACATTCA
63 ATATAAATGGGCTTTTCTTGCCAATGAATGGC-TTTTTCTTCATGTTTCCCAAGGCAAACATTCA
* * *
57293 ATTACAATCTATTTCGT-AC-CAAAATGTAAAAAAAAATTGAACTTAAA
127 ATTACAATCTGTTT--TAACTAAAAATGT--AAAAAAATTCAACTTAAA
* * * * *
57340 ATCAATTATGAGGTTCTAAAACTGTTTAAAGAGAGTAAAAAGGCTTTTGAAGGCTTGGGT-AACT
1 ATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCTTGGGTGAA-T
57404 ATAAATGGGCTT
65 ATAAATGGGCTT
57416 CTNNNNNNNN
Statistics
Matches: 1122, Mismatches: 289, Indels: 82
0.75 0.19 0.05
Matches are distributed among these distances:
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176 2 0.00
ACGTcount: A:0.37, C:0.13, G:0.15, T:0.33
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TAAATGGGCTTTTCTTGCCAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTCCCAAGGCAAACATTCAATTA
CAATCTGTTTTAACTAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAA
Found at i:57494 original size:34 final size:34
Alignment explanation
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57441 NNNNNNNNNN
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1 CAAGAAAAACATTCAATCACAATCTGTTTTCACC
57519 AAAATGTAAA
Statistics
Matches: 34, Mismatches: 0, Indels: 0
1.00 0.00 0.00
Matches are distributed among these distances:
34 34 1.00
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CAAGAAAAACATTCAATCACAATCTGTTTTCACC
Found at i:58721 original size:172 final size:169
Alignment explanation
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Period size: 171 Copynumber: 4.6 Consensus size: 169
58384 NNNAAAACTA
* * *
58394 ATTCATTTGCAAGTAAAGCCCATTTATAGTCACCAAAGCCTTCAAAAGCCTTATTATTCGCTCTA
1 ATTCA-TTGCAAGAAAAGCCCATTTATAGTCACCCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTATTCGCTTTA
* * * * *
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* * *
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* * * * * *
58566 ATTCATTGCCAAGAAAAGCCCATTTGTGGTCATCCTAGTCTTTGAAAA-CCTTATTATTCGCTTT
1 ATTCATTG-CAAGAAAAGCCCATTTATAGTCACCCAAG-CCTTCAAAAGCCTTATTATTCGCTTT
* * * *
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* * * * *
58694 ATTGTAATTAAATGTTTGCCTTAGGAAACATGAATAAGAACAC
127 ATTATAATTGAATGTTTACCTTAGGAAACATGAAGAAAAACAC
* * * * *
58737 ATTCATTGAAAAGAGAAGCCCATTTATAGTCACCCAAGCCTTCAAAAGTCGTATT-TCTCTCTTT
1 ATTCATTG-CAAGAAAAGCCCATTTATAGTCACCCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTAT-TCGCTTT
* * * * * * *
58801 CAATAGTTTTACAGCCTCATAATTGATTTTAAGTTCAATTTCTTTCACA-TTTTGGTGAAAACAA
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* * *
58865 ATTGTAATTGAATGTTTTCCTTAGGAAACATGAATAAAAACAC
127 ATTATAATTGAATGTTTACCTTAGGAAACATGAAGAAAAACAC
* *
58908 ATTCATTGTCAAGAAAAGCCCATTTATAGTCACCCAAGCCTTCAAAAGCTTTATTACTCGCTTTA
1 ATTCATTG-CAAGAAAAGCCCATTTATAGTCACCCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTATTCGCTTT-
* * * *
58973 AAATAGTTTTATAACCTGCA-AATCGATTTTAAGTTTAATTTTTTTTATATTCTTGGTTAAAAAA
64 AAATAGTTTTATAACCT-CATAATTGATTTTAAGTTGAA-TTTTTTTA-ATTTTTGGTTAAAACA
* * *
59037 GCTTATAATTGATTGTTTACCTTAGAAAACATGAAGAAAAA-ACC
126 GATTATAATTGAATGTTTACCTTAGGAAACATGAAGAAAAACA-C
* * * * * ** * * * *
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1 ATTCATT-GCAAGAAAAGCCCATTTATAGTCACCCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTATTCGCTTTA
* * * * *
59146 CATGGTTTTGTAATCTCATACTTGATTTTAAG
65 AATAGTTTTATAACCTCATAATTGATTTTAAG
59178 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 502, Mismatches: 94, Indels: 32
0.80 0.15 0.05
Matches are distributed among these distances:
170 8 0.02
171 233 0.46
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ACGTcount: A:0.35, C:0.16, G:0.12, T:0.37
Consensus pattern (169 bp):
ATTCATTGCAAGAAAAGCCCATTTATAGTCACCCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTATTCGCTTTAA
ATAGTTTTATAACCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTAATTTTTGGTTAAAACAGATTA
TAATTGAATGTTTACCTTAGGAAACATGAAGAAAAACAC
Found at i:59846 original size:16 final size:16
Alignment explanation
Indices: 59825--59858 Score: 59
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59815 TTTCTGGGTA
59825 AAATAGATTATAAATG
1 AAATAGATTATAAATG
*
59841 AAATAGATTATAATTG
1 AAATAGATTATAAATG
59857 AA
1 AA
59859 TATTTGCCTC
Statistics
Matches: 17, Mismatches: 1, Indels: 0
0.94 0.06 0.00
Matches are distributed among these distances:
16 17 1.00
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Consensus pattern (16 bp):
AAATAGATTATAAATG
Done.