Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: NW_018397984.1 Herrania umbratica cultivar Fairchild unplaced genomic scaffold, ASM216827v2 scaffold_1289.0, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000
Length: 5046
ACGTcount: A:0.30, C:0.09, G:0.10, T:0.27
Warning! 1201 characters in sequence are not A, C, G, or T
Found at i:1480 original size:171 final size:170
Alignment explanation
Indices: 1012--2486 Score: 1193
Period size: 172 Copynumber: 8.6 Consensus size: 170
1002 TCGTTTCCTG
* ** * * *
1012 AGGTAGACATTCAAATATTGTCTGTTTTAATGAAAAATGTAAAAAAATTCAAATTAAAAGT-AAT
1 AGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAATAAAAAATAT-AAAAAATTCAACTTAAAA-TCAAT
* * * * *
1076 TATGAGATTAAAAAACCACTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATAAGTGACTATAAATG
64 TATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATAGGTGACTATAAATA
* ** * *
1141 GACTTTTTCTAGCCAATGAATGCCTTTTT-TTTCATGTTTTTCT
129 GAC-TTTTCTTGCCAATGAATATCTTTTTCTTT-ATGTTTCTCA
* * *
1184 AGGTAGACATTCAATTATAAT-T-TTTTAACT-AAAAATGCATAAAGAATTGAAATTAAAATCAA
1 AGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAA-TAAAAAAT--ATAAAAAATTCAACTTAAAATCAA
* * ************************
1246 TTTTGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNCTATAAAT
63 TTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATAGGTGACTATAAAT
* * ** ** * ** *
1311 GGACTTTTCTTGTCAATGAATGCCTTTTTGGTCACCTTTATCA
128 AGACTTTTCTTGCCAATGAATATCTTTTTCTTTATGTTTCTCA
* *
1354 AGGTAGACATTTAATTATAATCTGTTTTAATAAAAAAATATAAAATAATTCAA-TTAAAATTAAT
1 AGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAAT-AAAAAATATAAAA-AATTCAACTTAAAATCAAT
* * * *
1418 TATGAGATTATAAAACCTTTTAAAACAAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATAGGTAACTATAAATA
64 TATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATAGGTGACTATAAATA
*
1483 GGCTTTTCTTGCCAATGAATATCTTTTTCTTTATGTTT-TCTA
129 GACTTTTCTTGCCAATGAATATCTTTTTCTTTATGTTTCTC-A
* * ** * * *
1525 AAGTAGACATTCAATTATAATATGTTTTAACCAAAAATGAAAAGAAAATTGAACTTAAAATTAAT
1 AGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAATAAAAAAT-ATAA-AAAATTCAACTTAAAATCAAT
* * * * * *
1590 TTTGAGATTAAAAAACTATTTAAACCGAGTAATTAGGCTTTTGATGGAATAGGTGACTA-AAATA
64 TATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATAGGTGACTATAAATA
* * *
1654 GACTTTTCTTACCAATGAATACCTTTATCTTTATGTTTCTCA
129 GACTTTTCTTGCCAATGAATATCTTTTTCTTTATGTTTCTCA
* *
1696 AGGCAGA-ATTCAATTATAATCTGTTCTAACT-AAAAATATAAAAAAGTTCAACTTAAAATCAAT
1 AGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAA-TAAAAAATATAAAAAA-TTCAACTTAAAATCAAT
* * * * * *
1759 TATGAGAATATAAAACCATTTAAAGCAAGTAATAGGGCTTTT-AAAGAAAAGGGTGGCTATAAAT
64 TATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATA-GGTGACTATAAAT
* * *
1823 GGACTTTTCTTGCCAATGAATGTCTTTTTCTTTATGTTTCTCT
128 AGACTTTTCTTGCCAATGAATATCTTTTTCTTTATGTTTCTCA
* * * * *
1866 AGATAGACATTCAATTATAATATGTTTTAACT-AAAAATGCACAAAGAATACAACTTAAAATCAA
1 AGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAA-TAAAAAAT--ATAAAAAATTCAACTTAAAATCAA
* * * * ** * * *
1930 TTTTGGGAATATAAAACGATTTAAAGTAAGTAATAAGTCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATTAAT
63 TTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATAGGTGACTATAAAT
* * * * * *
1995 AGACTTTTCGTGTCAATAAATGTATTTTTCTTTATGTTTCTAA
128 AGACTTTTCTTGCCAATGAATATCTTTTTCTTTATGTTTCTCA
* * * * ***
2038 ATGTAGACATTCTATTATAATCTATTTTAACTAAAAAATGTAAAATAATTCAACTTAAAATCNNN
1 AGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAA-TAAAAAATATAAAA-AATTCAACTTAAAATCAAT
******* * ** * * * *
2103 NNNNNNNTTATAAAACCTTTTAAAATGAGTAATAAGACCTTTGAGGGAAT-GAGTGGCTATAAAT
64 TATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATAG-GTGACTATAAAT
* * *
2167 AGACTTTTCTTGCCAATGAATACCTTTTTCTTCT-TATTTCTCCT
128 AGACTTTTCTTGCCAATGAATATCTTTTTCTT-TATGTTTCT-CA
* * * * * *
2211 A-GTAGATATTCAATTATAATCTATTTTAACAAAAAATATAAAAAAAATTGAACTCAAAATTAAT
1 AGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAATAAAAAATAT--AAAAAATTCAACTTAAAATCAAT
* * * *
2275 TTTGAGATTCA-AAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGATGGAATTGGTGACTATAAAT
64 TATGAGATT-ATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATAGGTGACTATAAAT
* *
2339 AGACTTTTCTTGCTAATGAATATCTTTTTCTTCATGTTGTC-CA
128 AGACTTTTCTTGCCAATGAATATCTTTTTCTTTATGTT-TCTCA
* * * * ** **
2382 AGGCAAAGATTCAATTATAATCTGTTCTAACCAAAAATACTAAAAAATTTGACTTAAAATCAATT
1 AGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAATAAAAAATA-TAAAAAATTCAACTTAAAATCAATT
*
2447 ATGAGATTATAAACCCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTT
65 ATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTT
2487 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 1032, Mismatches: 234, Indels: 75
0.77 0.17 0.06
Matches are distributed among these distances:
168 9 0.01
169 59 0.06
170 143 0.14
171 323 0.31
172 464 0.45
173 34 0.03
ACGTcount: A:0.39, C:0.11, G:0.12, T:0.36
Consensus pattern (170 bp):
AGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAATAAAAAATATAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTA
TGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATAGGTGACTATAAATAGA
CTTTTCTTGCCAATGAATATCTTTTTCTTTATGTTTCTCA
Found at i:1763 original size:341 final size:344
Alignment explanation
Indices: 1016--2486 Score: 1304
Period size: 341 Copynumber: 4.3 Consensus size: 344
1006 TTCCTGAGGT
* ** * * * * *
1016 AGACATTCAAATATTGTCTGTTTTAA-TGAAAAATGTAAAAAAATTCAAATTAAAAGT-AATTAT
1 AGACATTCAATTATAATCTGTTCTAACTAAAAAATATAAAATAATTCAACTTAAAA-TCAATTAT
* * *** * *
1079 GAGATTAAAAAACCACTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATAAGTGACTATAAAT-GGA
65 GAGATTATAAAACCATTTAAAACAAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATAGGTGGCTATAAATAGG-
* ** *
1143 CTTTTTCTAGCCAATGAATGCCTTTTT-TTTCATGTTTTTCTAGGTAGACATTCAATTATAAT-T
129 C-TTTTCTTGCCAATGAATATCTTTTTCTTT-ATG-TTTTCTAAGTAGACATTCAATTATAATAT
* * * * *
1206 -TTTTAACTAAAAATG-CATAA-AGAATTGAAATTAAAATCAATTTTGAGATTATAAAACCATTT
191 GTTTTAACAAAAAATGACA-AAGAAAATTGAACTTAAAATTAATTTTGAGATTAAAAAACCATTT
************************ * * *
1268 AAAGTGAGTAANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNCTATAAATGGACTTTTCTTGTCAATGAATG
255 AAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGATGGAATAGGTGACTATAAATAGACTTTTCTTGCCAATGAATA
* ** * ** * *
1333 CCTTTTTGGTCACCTTTATCAAGGT
320 TCTTTTTCTTTATGTTTCTCAAGGC
* * *
1358 AGACATTTAATTATAATCTGTTTTAA-TAAAAAAATATAAAATAATTCAA-TTAAAATTAATTAT
1 AGACATTCAATTATAATCTGTTCTAACT-AAAAAATATAAAATAATTCAACTTAAAATCAATTAT
* **
1421 GAGATTATAAAACCTTTTAAAACAAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATAGGTAACTATAAATAGGC
65 GAGATTATAAAACCATTTAAAACAAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATAGGTGGCTATAAATAGGC
1486 TTTTCTTGCCAATGAATATCTTTTTCTTTATGTTTTCTAAAGTAGACATTCAATTATAATATGTT
130 TTTTCTTGCCAATGAATATCTTTTTCTTTATGTTTTCT-AAGTAGACATTCAATTATAATATGTT
* * *
1551 TTAACCAAAAATGA-AAAGAAAATTGAACTTAAAATTAATTTTGAGATTAAAAAACTATTTAAAC
194 TTAACAAAAAATGACAAAGAAAATTGAACTTAAAATTAATTTTGAGATTAAAAAACCATTTAAAG
* * * *
1615 CGAGTAATTAGGCTTTTGATGGAATAGGTGACTA-AAATAGACTTTTCTTACCAATGAATACCTT
259 TGAGTAATAAGGCTTTTGATGGAATAGGTGACTATAAATAGACTTTTCTTGCCAATGAATATCTT
*
1679 TATCTTTATGTTTCTCAAGGC
324 TTTCTTTATGTTTCTCAAGGC
1700 AGA-ATTCAATTATAATCTGTTCTAACT-AAAAATATAAAA-AAGTTCAACTTAAAATCAATTAT
1 AGACATTCAATTATAATCTGTTCTAACTAAAAAATATAAAATAA-TTCAACTTAAAATCAATTAT
* * * * *
1762 GAGAATATAAAACCATTTAAAGCAAGTAATAGGGCTTTT-AAAGAAAAGGGTGGCTATAAAT-GG
65 GAGATTATAAAACCATTTAAAACAAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATA-GGTGGCTATAAATAGG
*
1825 ACTTTTCTTGCCAATGAATGTCTTTTTCTTTATGTTTCTCT-AGATAGACATTCAATTATAATAT
129 -CTTTTCTTGCCAATGAATATCTTTTTCTTTATGTTT-TCTAAG-TAGACATTCAATTATAATAT
* ** * * * * *
1889 GTTTTAACTAAAAATGCACAAAG--AATACAACTTAAAATCAATTTTGGGAATATAAAACGATTT
191 GTTTTAACAAAAAATG-ACAAAGAAAATTGAACTTAAAATTAATTTTGAGATTAAAAAACCATTT
* * * * * * * * *
1952 AAAGTAAGTAATAAGTCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATTAATAGACTTTTCGTGTCAATAAATG
255 AAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGATGGAATAGGTGACTATAAATAGACTTTTCTTGCCAATGAATA
* * * *
2017 TATTTTTCTTTATGTTTCTAAATGT
320 TCTTTTTCTTTATGTTTCTCAAGGC
* * * * *******
2042 AGACATTCTATTATAATCTATTTTAACTAAAAAATGTAAAATAATTCAACTTAAAATCNNNNNNN
1 AGACATTCAATTATAATCTGTTCTAACTAAAAAATATAAAATAATTCAACTTAAAATCAATTATG
*** * ** * * * *
2107 NNNTTATAAAACCTTTTAAAATGAGTAATAAGACCTTTGAGGGAAT-GAGTGGCTATAAATAGAC
66 AGATTATAAAACCATTTAAAACAAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATAG-GTGGCTATAAATAGGC
* * * * *
2171 TTTTCTTGCCAATGAATACCTTTTTCTTCTTAT-TTCTCCT-AGTAGATATTCAATTATAATCTA
130 TTTTCTTGCCAATGAATATCTTTTTC-T-TTATGTT-TTCTAAGTAGACATTCAATTATAATATG
* * * *
2234 TTTTAACAAAAAAT-ATAAAAAAAATTGAACTCAAAATTAATTTTGAGATTCAAAAACCATTTAA
192 TTTTAACAAAAAATGACAAAGAAAATTGAACTTAAAATTAATTTTGAGATTAAAAAACCATTTAA
* *
2298 AGTGAGTAATAAGGCTTTTGATGGAATTGGTGACTATAAATAGACTTTTCTTGCTAATGAATATC
257 AGTGAGTAATAAGGCTTTTGATGGAATAGGTGACTATAAATAGACTTTTCTTGCCAATGAATATC
*
2363 TTTTTCTTCATGTTGTC-CAAGGC
322 TTTTTCTTTATGTT-TCTCAAGGC
* * * **
2386 AAAGATTCAATTATAATCTGTTCTAAC-CAAAAATACTAAAA-AATTTGACTTAAAATCAATTAT
1 AGACATTCAATTATAATCTGTTCTAACTAAAAAATA-TAAAATAATTCAACTTAAAATCAATTAT
* * *
2449 GAGATTATAAACCCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTT
65 GAGATTATAAAACCATTTAAAACAAGTAATAAGGCTTT
2487 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 911, Mismatches: 186, Indels: 63
0.79 0.16 0.05
Matches are distributed among these distances:
339 2 0.00
340 33 0.04
341 259 0.28
342 188 0.21
343 158 0.17
344 250 0.27
345 16 0.02
346 5 0.01
ACGTcount: A:0.39, C:0.11, G:0.12, T:0.36
Consensus pattern (344 bp):
AGACATTCAATTATAATCTGTTCTAACTAAAAAATATAAAATAATTCAACTTAAAATCAATTATG
AGATTATAAAACCATTTAAAACAAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATAGGTGGCTATAAATAGGCT
TTTCTTGCCAATGAATATCTTTTTCTTTATGTTTTCTAAGTAGACATTCAATTATAATATGTTTT
AACAAAAAATGACAAAGAAAATTGAACTTAAAATTAATTTTGAGATTAAAAAACCATTTAAAGTG
AGTAATAAGGCTTTTGATGGAATAGGTGACTATAAATAGACTTTTCTTGCCAATGAATATCTTTT
TCTTTATGTTTCTCAAGGC
Found at i:4055 original size:170 final size:161
Alignment explanation
Indices: 3879--4209 Score: 380
Period size: 170 Copynumber: 2.0 Consensus size: 161
3869 AGAAGGAATG
* * * ** * * *
3879 GGTGACTATAACTTGACTTTTCTTGCCAATGAATGTCTTTTTCATCACGTTTCTCT-AGGTAGAC
1 GGTGACTATAAATGGACTTTTCTTACCAATGAATACCATTTTCATCACGTTTC-CTAAGGCAAAC
* ** *
3943 ATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATAT-AAAAAATTTGATCTAAAAAT-AATTATAAGAT
65 ATTCAATTATAATCTGTTCTAACCAAAAATATAAAAAAATTCAATCT-AAAATCAATTATAAAAT
* *
4006 TATAAAATCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTT
129 TATAAAACCATTTAAAATGAGTAATAAGGCTTT
*
4039 NNNNNNNNNNGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTACCAATGAATACCATTTTCATCATGTTTCCT
1 ----------GGTGACTATAAATGGACTTTTCTTACCAATGAATACCATTTTCATCACGTTTCCT
*
4104 AAGGCAAACATTCAATTATATTCTGTTCTAACCAAAAATATAAAAAAATTCAATCTAAAATCAAT
56 AAGGCAAACATTCAATTATAATCTGTTCTAACCAAAAATATAAAAAAATTCAATCTAAAATCAAT
*
4169 TGTAAAATTATAAAACCATTTAAAATGAGTAATAAGGCTTT
121 TATAAAATTATAAAACCATTTAAAATGAGTAATAAGGCTTT
4210 TAAAGGAATG
Statistics
Matches: 141, Mismatches: 17, Indels: 5
0.87 0.10 0.03
Matches are distributed among these distances:
169 2 0.01
170 87 0.62
171 52 0.37
ACGTcount: A:0.38, C:0.13, G:0.10, T:0.35
Consensus pattern (161 bp):
GGTGACTATAAATGGACTTTTCTTACCAATGAATACCATTTTCATCACGTTTCCTAAGGCAAACA
TTCAATTATAATCTGTTCTAACCAAAAATATAAAAAAATTCAATCTAAAATCAATTATAAAATTA
TAAAACCATTTAAAATGAGTAATAAGGCTTT
Done.