Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: NW_018397986.1 Herrania umbratica cultivar Fairchild unplaced genomic scaffold, ASM216827v2 scaffold_1290.0, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000
Length: 6947
ACGTcount: A:0.26, C:0.10, G:0.09, T:0.27
Warning! 1904 characters in sequence are not A, C, G, or T
Found at i:2162 original size:172 final size:173
Alignment explanation
Indices: 1671--2172 Score: 573
Period size: 174 Copynumber: 2.9 Consensus size: 173
1661 NNNNNNNNNN
* * * * * **
1671 TTTAAATTTTAATGTTTTGTGCATTTTTTATTAAAATAGACTAGAATTGATTGTCTACCATGTGA
1 TTTAAATTTGAATTTTTTGTGCATTTTTTGTTAAAACAGACTAGAATTGAATGTCTACCATAAGA
* * * * ** *
1736 AACATGAAGGAAAAAGTATTAATTGACAAGAAAAGTCTTTTTATAGTCACCCATTGCTTCAAAAG
66 AACATGAAGAAAAAAGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAG
1801 CCTTATTAATCACTTTAAATAG-TTTTATAATCTCAAAATTGA
131 CCTTATTAATCACTTTAAATAGTTTTTATAATCTCAAAATTGA
* * * * * * * * * *
1843 TTTTAA-GTGCAGTTTTTTTTTTGC-TTTTCTGGTTAAAACATATTATAATTGAACGTCTACCCT
1 TTTAAATTTG-A--ATTTTTTGTGCATTTT-TTGTTAAAACAGACTAGAATTGAATGTCTACCAT
* * * * *
1906 AAAAAACATAAAGAAGAGAGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTCCA
62 AAGAAACATGAAGAAAAAAGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCA
*
1971 AAAGCCTTATTACTCACTTTAAAT-GTTTTTATAATCTCAAAATTGA
127 AAAGCCTTATTAATCACTTTAAATAGTTTTTATAATCTCAAAATTGA
* *
2017 TTTAAATTTGAATTTTTTGTACATTTTTTGTTAAAACAGACTAGAATTGAATGTCTACCTTAAGC
1 TTTAAATTTGAATTTTTTGTGCATTTTTTGTTAAAACAGACTAGAATTGAATGTCTACCATAAG-
* * * * *
2082 AAA-ATGAAGAAAAAAGCATTCATTGGTAAGAAAAGTCCATTTATATTCAGCCTTTCCTTTAAAA
65 AAACATGAAGAAAAAAGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAA
* *
2146 GCTTTATTATTCACTTTAAATAGTTTT
130 GCCTTATTAATCACTTTAAATAGTTTT
2173 GTAATACCGT
Statistics
Matches: 268, Mismatches: 53, Indels: 17
0.79 0.16 0.05
Matches are distributed among these distances:
171 1 0.00
172 115 0.43
173 17 0.06
174 133 0.50
175 2 0.01
ACGTcount: A:0.36, C:0.14, G:0.12, T:0.39
Consensus pattern (173 bp):
TTTAAATTTGAATTTTTTGTGCATTTTTTGTTAAAACAGACTAGAATTGAATGTCTACCATAAGA
AACATGAAGAAAAAAGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAG
CCTTATTAATCACTTTAAATAGTTTTTATAATCTCAAAATTGA
Found at i:2205 original size:172 final size:172
Alignment explanation
Indices: 1685--2206 Score: 575
Period size: 172 Copynumber: 3.0 Consensus size: 172
1675 AATTTTAATG
* * * ** *
1685 TTTTGTGCATTTTTTATTAAAATAGACTAGAATTGATTGTCTACCATGTGAAACATGAAGGAAAA
1 TTTTGTGCATTTTTTGTTAAAACAGACTAGAATTGAATGTCTACCATAAGAAACATGAAGAAAAA
* * * ** *
1750 AGTATTAATTGACAAGAAAAGTCTTTTTATAGTCACCCATTGCTTCAAAAGCCTTATTAATCACT
66 AGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTAATCACT
* **
1815 TTAAATAGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAGTGCAGTTTT
131 TTAAATAGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAGT-TA-AATT
* * * * * * * * * *
1859 TTTTTTGC-TTTTCTGGTTAAAACATATTATAATTGAACGTCTACCCTAAAAAACATAAAGAAGA
1 TTTTGTGCATTTT-TTGTTAAAACAGACTAGAATTGAATGTCTACCATAAGAAACATGAAGAAAA
* * *
1923 GAGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTCCAAAAGCCTTATTACTCAC
65 AAGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTAATCAC
* * *
1988 TTTAAAT-GTTTTTATAATCTCAAAATTGATTTAAATTTGAATT
130 TTTAAATAG-TTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAGTTAAATT
* *
2031 TTTTGTACATTTTTTGTTAAAACAGACTAGAATTGAATGTCTACCTTAAGCAAA-ATGAAGAAAA
1 TTTTGTGCATTTTTTGTTAAAACAGACTAGAATTGAATGTCTACCATAAG-AAACATGAAGAAAA
* * * * * * *
2095 AAGCATTCATTGGTAAGAAAAGTCCATTTATATTCAGCCTTTCCTTTAAAAGCTTTATTATTCAC
65 AAGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTAATCAC
* **
2160 TTTAAATAGTTTTGTAATAC-CGTAATTGATTTTAAGTTAAATT
130 TTTAAATAGTTTTATAAT-CTCAAAATTGATTTTAAGTTAAATT
2203 TTTT
1 TTTT
2207 TTATAGTTTT
Statistics
Matches: 285, Mismatches: 57, Indels: 14
0.80 0.16 0.04
Matches are distributed among these distances:
172 139 0.49
173 14 0.05
174 132 0.46
ACGTcount: A:0.36, C:0.14, G:0.12, T:0.39
Consensus pattern (172 bp):
TTTTGTGCATTTTTTGTTAAAACAGACTAGAATTGAATGTCTACCATAAGAAACATGAAGAAAAA
AGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTAATCACT
TTAAATAGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAGTTAAATT
Found at i:5192 original size:172 final size:171
Alignment explanation
Indices: 4874--5261 Score: 384
Period size: 172 Copynumber: 2.3 Consensus size: 171
4864 NNNNNNNNNN
* * *** * *
4874 CAAAATTGATTTAAATTTGAATTCTTTGTACATTTCTGGTTAAAGTGGACTAGGATTGAATGTCT
1 CAAAATTGATTTAAATTTGAATT-TTTCTACATTTTTGGTTAAAACAGACTAGAATTCAATGTCT
* * *
4939 ACCTTTAGAAACATGAAGAAAATAGTAGTTATTGCCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATTC
65 ACCATGAGAAACATGAAGAAAAAAGTAGTTATTGCCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATTC
* * * * * *
5004 CTTCAAGAGACTTATTACTCAGTTGAAATGATTTTATAATTT
130 CTTCAAAAGACTTATTAATCACTTGAAATAAATTTATAATCT
*
5046 GAAAATTGATTTAAATTTGAATGTTTTCTACATTTTTGGTTAAAACAGACTAGAATTCAATGTCT
1 CAAAATTGATTTAAATTTGAAT-TTTTCTACATTTTTGGTTAAAACAGACTAGAATTCAATGTCT
********** * *
5111 ACCATGAGAAACATGAAGAAAAAAGTNNNNNNNNNNAAGAAAAGTCTATTTATTGTCAC-CTATT
65 ACCATGAGAAACATGAAGAAAAAAGTAGTTATTGCCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTC-ATT
* * * *
5175 GCTTGAAAAGCCTTATTAATCACTTTAAATAAATTTATAATCT
129 CCTTCAAAAGACTTATTAATCACTTGAAATAAATTTATAATCT
* * * *
5218 CAAAATTGATTTGAAGTTCAATTTTTTTTAC-TTTTCTGGTTAAA
1 CAAAATTGATTTAAATTTGAA-TTTTTCTACATTTT-TGGTTAAA
5262 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 174, Mismatches: 38, Indels: 8
0.79 0.17 0.04
Matches are distributed among these distances:
171 5 0.03
172 167 0.96
173 2 0.01
ACGTcount: A:0.36, C:0.12, G:0.13, T:0.37
Consensus pattern (171 bp):
CAAAATTGATTTAAATTTGAATTTTTCTACATTTTTGGTTAAAACAGACTAGAATTCAATGTCTA
CCATGAGAAACATGAAGAAAAAAGTAGTTATTGCCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATTCC
TTCAAAAGACTTATTAATCACTTGAAATAAATTTATAATCT
Found at i:5940 original size:172 final size:172
Alignment explanation
Indices: 5693--6947 Score: 1453
Period size: 172 Copynumber: 7.3 Consensus size: 172
5683 AACTACCCTA
* * * *
5693 AGAAACATAAAGAAGAGAGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAG
1 AGAAACATGAAGAAAAAAGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAA
*
5758 AAGCCTTATTACTCACTTTAAATGTTTTTATAATCTCAAAATTGATTTAAATTTGAATTTTTTGT
66 AAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTAAATTTGAATTTTTTGT
*
5823 ACATTTTTGGTTAAAACAGACTAGAATTGAATGTCTACCTTT
131 ACATTTTTGGTTAAAACAGACTAGAATTGAATGTCTACCTTG
* * * * * * *
5865 AGCAACATGAAGAAAAAAGCATTTATTGGTAAGAAAGGTCTATTTATAGTCACTCATTCCCTCAA
1 AGAAACATGAAGAAAAAAGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAA
* * ** * *
5930 AAGCCTTATTA-TCCACTTTAAATAGTTTTGTAATGC-CGTAATTGATTTTAAGTT-AATTGTTT
66 AAGCCTTATTACT-CACTTTAAATGGTTTTATAAT-CTCAAAATTGATTTAAATTTGAATT-TTT
* * * * * *
5992 T-TATATTTTTTGTT-AAACAAACTATAATTGAATGTCTACATAG
128 TGTACATTTTTGGTTAAAACAGACTAGAATTGAATGTCTACCTTG
* * * * * * *
6035 AAAAACGTTAAGAAAAATGCATTCATTGGCAAGAAATGACCATTTATAGTCACCCATTCTTTCAA
1 AGAAACATGAAGAAAAAAGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAA
* * *
6100 AACCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAATTTATCTAAATTTGAATTTTTTGT
66 AAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTAAATTTGAATTTTTTGT
* * * *
6165 ACATTTTTGTTTAAAACAGACTAGGATTGAATGTCCACCTTC
131 ACATTTTTGGTTAAAACAGACTAGAATTGAATGTCTACCTTG
* * * * ** *
6207 AGAAACATGAGGAAAAAAGTATTCATGGGCAAGAAAATTTGATTTATAGTCACCGATTCCTTCAA
1 AGAAACATGAAGAAAAAAGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAA
* * * * *
6272 GAGCCTTATTGCTCAGTTTAAATGGTTTTACAATCTCAAAATTGATTTAAATTTGAATGTTTTGT
66 AAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTAAATTTGAATTTTTTGT
* * * *
6337 ACATTTTTGGTTCAAATAGACTAGAATTGAATTTCTACCATG
131 ACATTTTTGGTTAAAACAGACTAGAATTGAATGTCTACCTTG
* * * * * ** *
6379 AGAAACATGTAGAGAAAAGTATTCATTGGCAAGAAAAGTCTATTTATTGTTGCCCATTGCTTCAA
1 AGAAACATGAAGAAAAAAGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAA
* *** * * * *
6444 AAGCCTTATTAATCACTTTAAATAAATTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAGTTCAATTTTTTTT
66 AAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTAAATTTGAATTTTTTGT
* * * * * **
6509 AC-TTTTCTGGTTAAAACATATTATAATTTAATATCTACCCCG
131 ACATTTT-TGGTTAAAACAGACTAGAATTGAATGTCTACCTTG
* * *
6551 AGAAACATAAAGAAAAGAGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGCCACCCATTCCTTCAA
1 AGAAACATGAAGAAAAAAGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAA
* * * * *
6616 AAGCCTTATTACTCACTTTAAATGTTTTTATAATCTCAAAATTGATATAAATTTCAATTCTTCGT
66 AAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTAAATTTGAATTTTTTGT
* * *
6681 ACATTTTTGGTTAAAGCAGACTAGCATTGAATGTCTACCTTT
131 ACATTTTTGGTTAAAACAGACTAGAATTGAATGTCTACCTTG
* * * * *
6723 AGAAACATGAAGAAAGAAGTATTCATTGGGAAGAAAAGTCCATTTATACTCACTCATTCCTTCAA
1 AGAAACATGAAGAAAAAAGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAA
* * ** * * *
6788 GAGCCTTATTACTCAGTTTAAATGGCATTAT-ATCTCAAAATTGATTTAAATTTAAATTCTTTGC
66 AAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTAAATTTGAATTTTTTGT
* * * *
6852 ACATTTTTGGTTAAAACAAATTAGAATTTAATGTCTACCTTA
131 ACATTTTTGGTTAAAACAGACTAGAATTGAATGTCTACCTTG
* * *
6894 AGAAACATGAAGAAAAAAGTATTCATTTGTAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACC
1 AGAAACATGAAGAAAAAAGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACC
Statistics
Matches: 893, Mismatches: 180, Indels: 21
0.82 0.16 0.02
Matches are distributed among these distances:
169 1 0.00
170 121 0.14
171 149 0.17
172 617 0.69
173 5 0.01
ACGTcount: A:0.36, C:0.15, G:0.13, T:0.36
Consensus pattern (172 bp):
AGAAACATGAAGAAAAAAGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAA
AAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTAAATTTGAATTTTTTGT
ACATTTTTGGTTAAAACAGACTAGAATTGAATGTCTACCTTG
Done.