Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: NW_018397990.1 Herrania umbratica cultivar Fairchild unplaced genomic scaffold, ASM216827v2 scaffold_1296.0, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
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Warning! 1187 characters in sequence are not A, C, G, or T
Found at i:1531 original size:171 final size:169
Alignment explanation
Indices: 1175--2064 Score: 628
Period size: 171 Copynumber: 5.2 Consensus size: 169
1165 NATGTAAAAG
* * * *
1175 AATTCAACTTAAAATCTATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGCCAA-TAATAAGGCTTTCAAA
1 AATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCAATTAAAG-CAAGTAATAAGGGTTTCAAA
* * * *
1239 AGCTTCAGTGACTA-AAATAGG-CTTTTCTTGTCA-ATGGATGACTTTTTCTTCACATTTC-ACG
65 GGCTTGAGTGACTATAAAT-GGACTTTTCTTGT-AGATGAATG-CTTTTTCTTCACGTTTCTA--
* * * * * **
1300 AAGT-GAGCATTCAATTATAATATA-TTTAATTCAAAAGT-GTAGAA
125 AGGTAGA-CATTCAAATATAATCTATTTTAACT-AAAAATAAAAGAA
** * ** * * *
1344 AATATCAACTTAAAATCAATTACAAGATTATAAAATCTTTTAAAGCTAGTAATAAGGCTTTTAAA
1 AAT-TCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCAATTAAAGCAAGTAATAAGGGTTTCAAA
*** * * **
1409 GGCACAAGTAACTATAAATGGACTTTTCTTGTAGATGAATAGCTTTTTCTTTACGTTTCTAAAAA
65 GGCTTGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGTAGATGAAT-GCTTTTTCTTCACGTTTCT-AAGG
1474 TAGACATTCAAATATAATCTATTTTAACT-AAAATGAAAAAGAA
128 TAGACATTCAAATATAATCTATTTTAACTAAAAAT--AAAAGAA
* * * * * * **
1517 AATT-AACATAAAATCAATTATGAGATTGTAAAACCAATCAAAGCGAGTGATATGGGTTTGGAAG
1 AATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCAATTAAAGCAAGTAATAAGGGTTTCAAAG
* * * *
1581 GCTTGAGTGACTATAAATGGAATTTT-TT-TACGAACGAATGGCATTTTT-TTCACATTTCCTCA
66 GCTTGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGTA-G-ATGAAT-GC-TTTTTCTTCACGTTT-CTAA
* *
1643 GGTTGACATTCAAATATAATCTATTTGAACTAAAAATAAAA-AA
126 GGTAGACATTCAAATATAATCTATTTTAACTAAAAATAAAAGAA
* * *
1686 AATTCAACTTAAAATCAATTATGATATTATAAAACCAATTAAAGCAACTAATACGGGTTTCAAAG
1 AATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCAATTAAAGCAAGTAATAAGGGTTTCAAAG
1751 GCTTGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCTA-ATGAATGACTTTTTCTTCACGTTTCTTAAGG
66 GCTTGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTG-TAGATGAATG-CTTTTTCTTCACGTTTC-TAAGG
***************
1815 TAGACATTCAAATATAATCTATTTTAANNNNNNNNNNNNNNN
128 TAGACATTCAAATATAATCTATTTTAACTAAAAATAAAAGAA
** * * * ** *
1857 NNTTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAATCATTTAATGTGAGTAATAAGGGTGTT-GAA
1 AATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCAATTAAAGCAAGTAATAAGGGT-TTCAAA
* * * * * * * * *
1921 GGCTTGAGTGACTATAAATGGGCTTTACTTATCGGTGCATGGCTTTTGCTTCATGTATCTTAAGG
65 GGCTTGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGTAGATGAAT-GCTTTTTCTTCACGTTTC-TAAGG
* * * * * * *
1986 CAGACTTTCAATTATAATTTGTTTAAAGC-AAAAATGTAAA-AA
128 TAGACATTCAAATATAATCTATTTTAA-CTAAAAAT-AAAAGAA
* *
2028 CATTCAACTTAAAATCAACTATGAGATTATAAAACCA
1 AATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCA
2065 TTTANNNNNN
Statistics
Matches: 566, Mismatches: 124, Indels: 60
0.75 0.17 0.08
Matches are distributed among these distances:
169 20 0.04
170 192 0.34
171 319 0.56
172 25 0.04
173 10 0.02
ACGTcount: A:0.38, C:0.12, G:0.13, T:0.34
Consensus pattern (169 bp):
AATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCAATTAAAGCAAGTAATAAGGGTTTCAAAG
GCTTGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGTAGATGAATGCTTTTTCTTCACGTTTCTAAGGTAG
ACATTCAAATATAATCTATTTTAACTAAAAATAAAAGAA
Found at i:1764 original size:170 final size:170
Alignment explanation
Indices: 1175--1838 Score: 496
Period size: 170 Copynumber: 3.9 Consensus size: 170
1165 NATGTAAAAG
* * * * * * *
1175 AATTCAACTTAAAATCTATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGCCAA-TAATAAGGCTTTCAAA
1 AATT-AACATAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCAATCAAAG-CAACTAATACGGGTTTCAAA
* * * * * * *
1239 AGCTTCAGTGACTA-AAATAGG-CTTTTCTTGTC-AATGGATGACTTTTTCTTCACATTTCACGA
64 GGCTTGAGTGACTATAAAT-GGAATTTTCTT-ACGAACGAATGACTTTTTCTTCACATTTC-CTA
* * * **
1301 A-GT-GAGCATTCAATTATAATATATTT-AATTCAAAAGT--GTAGAA
126 AGGTAGA-CATTCAAATATAATCTATTTGAACT-AAAA-TAAAAAGAA
* ** * ** * * * * * *
1344 AATATCAACTTAAAATCAATTACAAGATTATAAAATCTTTTAAAGCTAGTAATAAGGCTTTTAAA
1 AAT-T-AACATAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCAATCAAAGCAACTAATACGGGTTTCAAA
*** * * * * *
1409 GGCACAAGTAACTATAAATGGACTTTTCTT--GTAGATGAAT-AGCTTTTTCTTTACGTTT-CTA
64 GGCTTGAGTGACTATAAATGGAATTTTCTTACG-A-ACGAATGA-CTTTTTCTTCACATTTCCT-
** *
1470 AAAATAGACATTCAAATATAATCTATTTTAACTAAAATGAAAAAGAA
125 AAGGTAGACATTCAAATATAATCTATTTGAACTAAAAT-AAAAAGAA
* * * * * **
1517 AATTAACATAAAATCAATTATGAGATTGTAAAACCAATCAAAGCGAGTGATATGGGTTTGGAAGG
1 AATTAACATAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCAATCAAAGCAACTAATACGGGTTTCAAAGG
* * *
1582 CTTGAGTGACTATAAATGGAATTTTTTTACGAACGAATGGCATTTTT-TTCACATTTCCTCAGGT
66 CTTGAGTGACTATAAATGGAATTTTCTTACGAACGAATGAC-TTTTTCTTCACATTTCCTAAGGT
*
1646 TGACATTCAAATATAATCTATTTGAACTAAAA-ATAAAA-AA
130 AGACATTCAAATATAATCTATTTGAACTAAAATA-AAAAGAA
* * *
1686 AATTCAACTTAAAATCAATTATGATATTATAAAACCAATTAAAGCAACTAATACGGGTTTCAAAG
1 AATT-AACATAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCAATCAAAGCAACTAATACGGGTTTCAAAG
* * * * * *
1751 GCTTGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCTAATGAATGACTTTTTCTTCACGTTTCTTAAGGT
65 GCTTGAGTGACTATAAATGGAATTTTCTTACGAACGAATGACTTTTTCTTCACATTTCCTAAGGT
1816 AGACATTCAAATATAATCTATTT
130 AGACATTCAAATATAATCTATTT
1839 TAANNNNNNN
Statistics
Matches: 400, Mismatches: 72, Indels: 45
0.77 0.14 0.09
Matches are distributed among these distances:
169 18 0.05
170 192 0.48
171 168 0.42
172 14 0.04
173 8 0.02
ACGTcount: A:0.40, C:0.13, G:0.13, T:0.35
Consensus pattern (170 bp):
AATTAACATAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCAATCAAAGCAACTAATACGGGTTTCAAAGG
CTTGAGTGACTATAAATGGAATTTTCTTACGAACGAATGACTTTTTCTTCACATTTCCTAAGGTA
GACATTCAAATATAATCTATTTGAACTAAAATAAAAAGAA
Found at i:2675 original size:164 final size:169
Alignment explanation
Indices: 2505--2820 Score: 419
Period size: 164 Copynumber: 1.9 Consensus size: 169
2495 NNNNNNNNNN
* * * *
2505 TTCTTCACGTTTCTAGAGGTAGACATTCAATTATAATTTATTTTAACCAAAAA-AAAAATC-AA-
1 TTCTTCACATTTCTACAGGTAGACATTCAAATATAATCTATTTTAACCAAAAATAAAAA-CAAAT
* ** * * * *
2567 C-A-TCAAATCAATTATGAGATTATAAAACCAATTAAAGTGAGTGATATGGG-TTTGAAGGCTTG
65 CAATTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCAATTAAAGCAACTAACATGGGTTTTAAAGGCTTG
2629 AGTGACTATAAATGGAATTTTCTTGCCAATGAATGGTGTT
130 AGTGACTATAAATGGAATTTTCTTGCCAATGAATGGTGTT
* * * *
2669 TTCTTCACATTTCTTCAGGTCGACATTCAAATATAATCTGTTTTAACTAAAAATAAAAACAAATT
1 TTCTTCACATTTCTACAGGTAGACATTCAAATATAATCTATTTTAACCAAAAATAAAAACAAA-T
2734 CAAATTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCAATTAAAGCAACTAACATGGGTTTTAAAGGCTT
65 C-AATTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCAATTAAAGCAACTAACATGGGTTTTAAAGGCTT
*
2799 GAGTGACTATAAATGGACTTTT
129 GAGTGACTATAAATGGAATTTT
2821 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 128, Mismatches: 16, Indels: 9
0.84 0.10 0.06
Matches are distributed among these distances:
164 46 0.36
165 7 0.05
167 1 0.01
169 1 0.01
170 42 0.33
171 31 0.24
ACGTcount: A:0.40, C:0.13, G:0.14, T:0.34
Consensus pattern (169 bp):
TTCTTCACATTTCTACAGGTAGACATTCAAATATAATCTATTTTAACCAAAAATAAAAACAAATC
AATTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCAATTAAAGCAACTAACATGGGTTTTAAAGGCTTGA
GTGACTATAAATGGAATTTTCTTGCCAATGAATGGTGTT
Found at i:2870 original size:171 final size:167
Alignment explanation
Indices: 2505--2902 Score: 414
Period size: 171 Copynumber: 2.4 Consensus size: 167
2495 NNNNNNNNNN
* * * * * *
2505 TTCTTCACGTTTCTAGAGGTAGACATTCAATTATAATTTATTTTAAC--CAA-AAAAAAAATCAA
1 TTCTTCACGTTTCCAGAGGCAGACATTCAAATATAATCTGTTTTAACAAAAATAAAAAAAATCAA
* ** * * * *
2567 CATCAAATCAATTATGAGATTATAAAACCAATTAAAGTGAGTGATATGGGTTTGAAGGCTTGAGT
66 CATAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCAATTAAAGCAACTAACATGGGTTTAAAGGCTTGAGT
2632 GACTATAAATGGAATTTTCTTGCCAATGAATGGTGTT
131 GACTATAAATGGAATTTTCTTGCCAATGAATGGTGTT
* *
2669 TTCTTCACATTTCTTCAG-GTC-GACATTCAAATATAATCTGTTTTAACTAAAAATAAAAACAAA
1 TTCTTCACGTTTC--CAGAGGCAGACATTCAAATATAATCTGTTTTAAC-AAAAATAAAAA-AAA
2732 TTCAA-ATTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCAATTAAAGCAACTAACATGGGTTTTAAAGG
62 -TCAACA-TAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCAATTAAAGCAACTAACATGGG-TTTAAAGG
* **********
2796 CTTGAGTGACTATAAATGGACTTTTNNNNNNNNNNAATGGCT-TT
124 CTTGAGTGACTATAAATGGAATTTTCTTGCCAATGAATGG-TGTT
*
2840 TTCTTTACGTTTCCAGAGGCAGACATTCAAATATAATCTGTTTTAACCAAAAATATAAAAAAA
1 TTCTTCACGTTTCCAGAGGCAGACATTCAAATATAATCTGTTTTAA-CAAAAATA-AAAAAAA
2903 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 190, Mismatches: 29, Indels: 23
0.79 0.12 0.10
Matches are distributed among these distances:
164 35 0.18
165 1 0.01
166 2 0.01
167 2 0.01
168 5 0.03
169 7 0.04
170 48 0.25
171 84 0.44
172 6 0.03
ACGTcount: A:0.39, C:0.13, G:0.13, T:0.33
Consensus pattern (167 bp):
TTCTTCACGTTTCCAGAGGCAGACATTCAAATATAATCTGTTTTAACAAAAATAAAAAAAATCAA
CATAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCAATTAAAGCAACTAACATGGGTTTAAAGGCTTGAGT
GACTATAAATGGAATTTTCTTGCCAATGAATGGTGTT
Found at i:3690 original size:172 final size:172
Alignment explanation
Indices: 3266--4678 Score: 658
Period size: 172 Copynumber: 8.3 Consensus size: 172
3256 ATCGTAAAGC
* * ** * * * *
3266 AAAAGCCATTTATCGACAGCAAAAGTCCAATTATAGTCACTCAAGCCTTCAAAACCCTTATTACT
1 AAAAGCCATTCATCGGCAAAAAAAGTCTATTTATAGTCACTCAAGCCTTTAAAAGCCTTATTACT
* * * *
3331 CGCTTTAAA-TAGTTTTATAATATCATAATTGA-TTTTAAGTTG-AATTTTTTTATATTTTTAGG
66 CGCTTTAAAGGA-TTTTATAATCTCATAATTGATTTTTAA-TTGAAATTTTTTTACATTTTTAGT
* * * *
3393 AAAAACATATTATATTTGAATATCTGCCTC-AGGAAATGTGAA-A
129 TAAAACATATTATAATTGAATGTCTACCTCTA-GAAATGTGAAGA
* *
3436 AAAAGCCATTCA-CTGG-AAAAAAATTCTATTTATAGTCACTCAAGCCTTCT-AAA-CTCTTATC
1 AAAAGCCATTCATC-GGCAAAAAAAGTCTATTTATAGTCACTCAAGCCTT-TAAAAGC-CTTATT
* * * *
3497 ACTCGCTTTAATTGG-TTTTATAATCTCATAATTGATTTTTTATTGAACTTTTTTTTCATTTTTA
63 ACTCGCTTTAA-AGGATTTTATAATCTCATAATTGATTTTTAATTGAAATTTTTTTACATTTTTA
* * *
3561 GTTAAAATAAATTATAATTAAATGTCTACCTCTAGAAACT-TGAAGA
127 GTTAAAACATATTATAATTGAATGTCTACCTCTAGAAA-TGTGAAGA
* * * * *
3607 AAAAGCCATTCATCCGCAAGAAAAGTCTATTTATACTCACCCATGCCTTTAAAAGCCTTATTACT
1 AAAAGCCATTCATCGGCAAAAAAAGTCTATTTATAGTCACTCAAGCCTTTAAAAGCCTTATTACT
* * * * *
3672 TGCTTTAAAGGATTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAATT-AAAATTTCTTACACTTTT-GATT
66 CGCTTTAAAGGATTTTATAATCTCATAATTGATTTTTAATTGAAATTTTTTTACATTTTTAG-TT
* * * * *
3735 TAAATATATTATAATTGAATG-CTTGCTTCGT-GAAATGTGAAGT
130 AAAACATATTATAATTGAATGTC-TACCTC-TAGAAATGTGAAGA
* * * * * * *
3778 AAACGCCATCCATTGGCAAGAAAAG-CCATTT-TAGTCACTGAAGCCTTTGAAAGCCTTATTACT
1 AAAAGCCATTCATCGGCAAAAAAAGTCTATTTATAGTCACTCAAGCCTTTAAAAGCCTTATTACT
* * * ** * * * *
3841 CCCTTTAAATGATTTTATAATCTCATAAATGA-TTTTAAGCGAAATTTTTTAAAATTTTTGGTTG
66 CGCTTTAAAGGATTTTATAATCTCATAATTGATTTTTAATTGAAATTTTTTTACATTTTTAGTTA
* *** ** *
3905 AAACAGATTATACA-TGAATGTCTACCTAGGGGAAACATGAACA
131 AAACATATTATA-ATTGAATGTCTACCT-CTAGAAATGTGAAGA
* * * * ** *
3948 AAAAGCTAGTCATTGGCAAAAAAAGTCTATTTATAGTCA-TCCATGCCTTCGAAAGCCTTATTAG
1 AAAAGCCATTCATCGGCAAAAAAAGTCTATTTATAGTCACT-CAAGCCTTTAAAAGCCTTATTAC
* **************************
4012 TCGCTTTAAATGG-TTTTATAATCTCATAGTTGATTNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNA-
65 TCGCTTTAAA-GGATTTTATAATCTCATAATTGATT-TTTAATTGAAATTTTTTTACATTTTTAG
* ** * * ** *
4075 -T---A-AT-TGA-AA--GCCTGTCT---T-AAGATACATGAAGC
128 TTAAAACATATTATAATTGAATGTCTACCTCTAGAAATGTGAAGA
* * * * * ** * *
4107 AAAA-CTCATGCATCGGCAAGAATAGCCCATTTATAGTCACTCAAGCCTTCGACA-CTTTTATTA
1 AAAAGC-CATTCATCGGCAAAAAAAGTCTATTTATAGTCACTCAAGCCTTTAAAAGC-CTTATTA
* * * * ** *
4170 CTCACCTTAAA-TAGTTTTATAATTTCATAATTGA-TTTTAAGTTG-AATTTTTTTGTATTTTTC
64 CTCGCTTTAAAGGA-TTTTATAATCTCATAATTGATTTTTAA-TTGAAATTTTTTTACATTTTTA
* * * * *
4232 GTTAAAATAGATTATATTTGAATGTCTGCCT-TACGAAATGTAAAGA
127 GTTAAAACATATTATAATTGAATGTCTACCTCTA-GAAATGTGAAGA
** * * * * *
4278 AAAAGCCATTCATTAGTAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACTCAAGCCTTTAAAACCCATATTATT
1 AAAAGCCATTCATCGGCAAAAAAAGTCTATTTATAGTCACTCAAGCCTTTAAAAGCCTTATTACT
* * * * ** * *
4343 TGCTTTAATTGG-TTTTATAATCTCATAATT-AATTTTAAGTTGAATTTTTTTTTTACTTTTGGT
66 CGCTTTAA-AGGATTTTATAATCTCATAATTGATTTTTAA-TTGAAATTTTTTTACATTTTTAGT
* * * *
4406 TAAAACAGATTATATTTGAATGTCAACCT-TAGGAAATGTGAAGC
129 TAAAACATATTATAATTGAATGTCTACCTCTA-GAAATGTGAAGA
* * * * * * * * **
4450 AAAAGCCATTCATTGACAAGAAAATTCCATTTATAGTCACTCAAG-CTTTCTAAACCCATATCGC
1 AAAAGCCATTCATCGGCAAAAAAAGTCTATTTATAGTCACTCAAGCCTTT-AAAAGCCTTATTAC
* * * * *
4514 TCACTTTAATTGG-TTTTATAATCACATAATTGA--TTTGATGCTG-AATTTCTTTTTCATTTTT
65 TCGCTTTAA-AGGATTTTATAATCTCATAATTGATTTTTAAT--TGAAATTT-TTTTACATTTTT
* * * *
4575 GGTTAAAATAAATTATAATTGAATGTCTACCTCT-GAAAACGTGAAGA
126 AGTTAAAACATATTATAATTGAATGTCTACCTCTAG-AAATGTGAAGA
* * * * * * * *
4622 AAAAGCCATTCATCTGTAAGAAAAGTCCATTTATACTCACCCATGCCTTTGAAAGCC
1 AAAAGCCATTCATCGGCAAAAAAAGTCTATTTATAGTCACTCAAGCCTTTAAAAGCC
4679 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 934, Mismatches: 244, Indels: 128
0.72 0.19 0.10
Matches are distributed among these distances:
158 3 0.00
159 82 0.09
160 1 0.00
161 1 0.00
162 1 0.00
163 1 0.00
164 8 0.01
165 2 0.00
166 1 0.00
167 8 0.01
168 7 0.01
169 159 0.17
170 107 0.11
171 192 0.21
172 352 0.38
173 9 0.01
ACGTcount: A:0.34, C:0.15, G:0.12, T:0.37
Consensus pattern (172 bp):
AAAAGCCATTCATCGGCAAAAAAAGTCTATTTATAGTCACTCAAGCCTTTAAAAGCCTTATTACT
CGCTTTAAAGGATTTTATAATCTCATAATTGATTTTTAATTGAAATTTTTTTACATTTTTAGTTA
AAACATATTATAATTGAATGTCTACCTCTAGAAATGTGAAGA
Found at i:5169 original size:171 final size:171
Alignment explanation
Indices: 4843--7147 Score: 1113
Period size: 171 Copynumber: 13.6 Consensus size: 171
4833 NNNNNNNNNN
* * * * * *
4843 TTTATAATCTCATAAATGATTTTAAGTTGAGTTT-TTTAAAATTTTTGATTAAAAAAGATTAT-A
1 TTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTCTTTTACATTTTAG-TTAAAATAGATTATAA
* * * * * * * *
4906 TCTGAATGTTTGCC-TAGGGAAAACATGAACAAAAAG-CTAGTCATTGGTAAGAAAAGTCCATTT
65 T-TGAATGTCTACCTTA-AG-AAACGTGAAGAAAAAGTC-ATTCACTGGCAAGAAAAGTCCATTT
** *
4969 ATAGTCA-TCCATA-CCTT-TGAACGCCTTATTAGTCACTTTAAATAAT
126 ATAGTCACT-CA-AGCCTTCAAAAC-CCTTATTACTCACTTTAAATAAT
* * * * * *
5015 TTTATAATCTCATAGTTAATTTTAAGTTGAATGT-TTTTACATTTTTAGTTTAAACAAATTATAA
1 TTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTCTTTTACA-TTTTAGTTAAAATAGATTATAA
* * * * * *
5079 TTGAATGTCTTCCTTAAGATACATGAAGCAAAAGTCATGCACTGGCAAGAAAAGCCCATTTATAG
65 TTGAATGTCTACCTTAAGAAACGTGAAGAAAAAGTCATTCACTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAG
* **
5144 TCACTCAAGCCTTCAACACCCTTATTACTCACTTTAAATGGT
130 TCACTCAAGCCTTCAAAACCCTTATTACTCACTTTAAATAAT
* * *
5186 TTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTT-TTTTATATTTTTAGTTAAAATAGATTATAT
1 TTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTCTTTTACA-TTTTAGTTAAAATAGATTATAA
* * * * * *
5250 TTGAATGTCTGCCTCAAGAAACGTGAAGAAAAAGCCATTCATTAGCAAGAAAAGTCCATTTATAA
65 TTGAATGTCTACCTTAAGAAACGTGAAGAAAAAGTCATTCACTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAG
* * * * * **
5315 TCACTCAAGCCTTTAAAACCCATATTAGTTACTTTAATTGTT
130 TCACTCAAGCCTTCAAAACCCTTATTACTCACTTTAAATAAT
** *
5357 TTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAA-TTCTTTTTTATTTTAGTTAAAATAGATTATATT
1 TTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTCTTTTACATTTTAGTTAAAATAGATTATAAT
* * * * * * * * *
5421 TGAATGTCGACCTTAGGAAATGTGAAGAAAATA-CCATTCATTGACAAAAAAATTCTATTTATAG
66 TGAATGTCTACCTTAAGAAACGTGAAGAAAA-AGTCATTCACTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAG
* * * * * * *
5485 TCACTCATGCCTTCTAAACCCATATCACTCTCTTTAATTAGT
130 TCACTCAAGCCTTCAAAACCCTTATTACTCACTTTAAATAAT
* * * *
5527 TTTACAATCTCATAATTGATTTTATA-TTGATTTTCTTTTTCATTTTGGTTAAAATAGATTATAA
1 TTTATAATCTCATAATTGATTTTA-AGTTGAATTTCTTTTACATTTTAGTTAAAATAGATTATAA
* * * *
5591 TTGAATGTCTACTTTTAGAAACGTAAAGAAAAAATCATTCATCT-GCAAGAAAAGTCCATTTATA
65 TTGAATGTCTACCTTAAGAAACGTGAAGAAAAAGTCATTCA-CTGGCAAGAAAAGTCCATTTATA
* * * *
5655 GTTA-TCCATGCCTTTAAAAGCCTTATTACT-AGCTTTAAA-AGAT
129 GTCACT-CAAGCCTTCAAAACCCTTATTACTCA-CTTTAAATA-AT
* * * *
5698 TTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAAATTTC--CTACACTTTTGAATT-AAATATATTAT
1 TTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTT-GAATTTCTTTTACA-TTTT-AGTTAAAATAGATTAT
* * * * * ** *** *
5760 AATTGAATGT-T-CACTTCATGAAATGCGAAG-AAAAGTCCATTTA-TAGTTACCCATG-CC-TT
63 AATTGAATGTCTAC-CTT-AAGAAACGTGAAGAAAAAGT-CATTCACTGGCAAGAAAAGTCCATT
* * * * * ** * * **
5819 TAAAAGCCTTATTACTAG-CTTTAAAA-GATT-TTA-T-AATCT-CGTAA-
125 T-ATAG--TCACT-CAAGCCTTCAAAACCCTTATTACTCACTTTAAATAAT
* * * * *
5863 TTGAT--T-TTA-AATTGA----AA--T---TT-C--CTACACTTTTGAATT-AAATATATTATA
1 TTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTCTTTTACA-TTTT-AGTTAAAATAGATTATA
* * * * * * * * *
5911 ATTGAATGCTC-GCTTCATGAAATGTGAAGAAAAAGCCATCCATTGGCAAGAAAAGCCCATTT-T
64 ATTGAATG-TCTACCTTAAGAAACGTGAAGAAAAAGTCATTCACTGGCAAGAAAAGTCCATTTAT
* * ** * * * *
5974 AGTCACTGAAGCTTTTGAAAGCCTTATTATTCGCTTTAAATAGT
128 AGTCACTCAAGCCTTCAAAACCCTTATTACTCACTTTAAATAAT
* * * * *
6018 TTTATAATCTCATAATAGATTTGAAGTTGAA-TTCTTTTACATTTTCTGCTAAAATATATTATAA
1 TTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTCTTTTACATTTT-AGTTAAAATAGATTATAA
* * ** * * * * * * * *
6082 TAGAATGTTTATTTTGAGAATCGTAAAGTAAAAGCCATTCACCGACAACAAAAGTCCATTTATAG
65 TTGAATGTCTACCTTAAGAAACGTGAAGAAAAAGTCATTCACTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAG
** * * *
6147 TCACTCAAGCCTTTGAAACCCTTATTACTCGCTTTACATAGT
130 TCACTCAAGCCTTCAAAACCCTTATTACTCACTTTAAATAAT
* * * * * * *
6189 TTTATAATTTCATAATTGATTTTAAATGGAA-TTGTTTTACATTTTCAATAAAAACAGA-TACT-
1 TTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTCTTTTACATTTT-AGTTAAAATAGATTA-TA
* * * * * * * *
6251 ATTTAGATGTCTGCCTTAGGAAACATGAAGAAAAAGTCATTCATTGACAAGAAATGTCTATTTAT
64 ATTGA-ATGTCTACCTTAAGAAACGTGAAGAAAAAGTCATTCACTGGCAAGAAAAGTCCATTTAT
* * * * * **
6316 AGTCACCCATGCCTTCAAAAGCCTTATTGCTCACTTGAAA-AGGC
128 AGTCACTCAAGCCTTCAAAACCCTTATTACTCACTTTAAATA-AT
* * * * * * * * *
6360 TTTATAATCGCCTAATTGATTTTAAG-TGTAAATT-TTTTGCACTTTCAATTTAAATATATTACA
1 TTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTG-AATTTCTTTTACA-TTTTAGTTAAAATAGATTATA
* ** * * * * * * * * * *
6423 ATTGAATGTCTACTTTGTGAAATGTGAAGCAAAAGCCATCCATTAGTAAGAAACGCCCATTTGTA
64 ATTGAATGTCTACCTTAAGAAACGTGAAGAAAAAGTCATTCACTGGCAAGAAAAGTCCATTTATA
* * ** * *
6488 ATCACTCAAGCTTTTGAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATAGT
129 GTCACTCAAGCCTTCAAAACCCTTATTACTCACTTTAAATAAT
* * * * * * *
6531 TTTATAATCTCATAAATAATTTTAAGTTAAATTTTTTTTTA-TTTTTAGTTAAAACAAATTATAA
1 TTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAA-TTTCTTTTACATTTTAGTTAAAATAGATTATAA
* * * * * *
6595 TTGAATCTCTACCTCT-TGAAACGTGAAGAAAAA-ACTATTCATTGACAAGAAAAGTCCATTTGT
65 TTGAATGTCTACCT-TAAGAAACGTGAAGAAAAAGTC-ATTCACTGGCAAGAAAAGTCCATTTAT
* * * * **** * * **
6658 AATTACCCATGCCTTTGTCAGCGTTATTACTCACTTTAAATGGT
128 AGTCACTCAAGCCTTCAAAACCCTTATTACTCACTTTAAATAAT
* * * *
6702 TTTATAATCTCATAATTGATTTTAACTCGAATTT-TTTTATATTTTCAGTTAAAACAGATTAT-A
1 TTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTCTTTTACATTTT-AGTTAAAATAGATTATAA
* * ** * * * * * *** *
6765 TTTAGATGTTTGTCTTAGGAAACATAAAGAAAAAG-CTATTAATTGGTGTGAAATGTCCATTTAT
65 TTGA-ATGTCTACCTTAAGAAACGTGAAGAAAAAGTC-ATTCACTGGCAAGAAAAGTCCATTTAT
* *
6829 AGTCACTCATA-CCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAA-AAGT
128 AGTCACTCA-AGCCTTCAAAACCCTTATTACTCACTTTAAATAA-T
* * * * *
6873 TTTATAATCTC-TAAATTAATTTTAAATAT-AA-TTGTTTTACATTTTTAATTTAAATATG-TTA
1 TTTATAATCTCAT-AATTGATTTTAAGT-TGAATTTCTTTTACA-TTTTAGTTAAAATA-GATTA
* * * * * ** * * * *
6934 TAATTGACTATCTACATCATGAAATATGAAGCAAAAGCCA-TCAATTAGCAAGAAAAG-CTCATT
62 TAATTGAATGTCTACCTTAAGAAACGTGAAGAAAAAGTCATTC-ACTGGCAAGAAAAGTC-CATT
* * * * * *
6997 TGTAGTCCCTCAAGCCATT-GAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAACAAT
125 TATAGTCACTCAAGCC-TTCAAAACCCTTATTACTCACTTTAAATAAT
* * * * * * * *
7044 TTTATAATATAATAAATGATTTTAAGTTGAATTT-TTTAAAATTTTTAATTAAAATATATTATCA
1 TTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTCTTTTACA-TTTTAGTTAAAATAGATTATAA
* * ****
7108 TTGAATGTCTTCCTTGAGAAATACAAAGAAAAAGTCATTC
65 TTGAATGTCTACCTTAAGAAACGTGAAGAAAAAGTCATTC
7148 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 1644, Mismatches: 389, Indels: 200
0.74 0.17 0.09
Matches are distributed among these distances:
148 2 0.00
149 9 0.01
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152 4 0.00
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155 5 0.00
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162 2 0.00
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ACGTcount: A:0.36, C:0.14, G:0.11, T:0.39
Consensus pattern (171 bp):
TTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTCTTTTACATTTTAGTTAAAATAGATTATAAT
TGAATGTCTACCTTAAGAAACGTGAAGAAAAAGTCATTCACTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGT
CACTCAAGCCTTCAAAACCCTTATTACTCACTTTAAATAAT
Found at i:5814 original size:150 final size:150
Alignment explanation
Indices: 5637--5943 Score: 551
Period size: 150 Copynumber: 2.0 Consensus size: 150
5627 ATTCATCTGC
*
5637 AAGAAAAGTCCATTTATAGTTATCCATGCCTTTAAAAGCCTTATTACTAGCTTTAAAAGATTTTA
1 AAGAAAAGTCCATTTATAGTTACCCATGCCTTTAAAAGCCTTATTACTAGCTTTAAAAGATTTTA
*
5702 TAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAAATTTCCTACACTTTTGAATTAAATATATTATAATTGAA
66 TAATCTCATAATTGATTTTAAATTAAAATTTCCTACACTTTTGAATTAAATATATTATAATTGAA
*
5767 TGTTCACTTCATGAAATGCG
131 TGCTCACTTCATGAAATGCG
5787 AAGAAAAGTCCATTTATAGTTACCCATGCCTTTAAAAGCCTTATTACTAGCTTTAAAAGATTTTA
1 AAGAAAAGTCCATTTATAGTTACCCATGCCTTTAAAAGCCTTATTACTAGCTTTAAAAGATTTTA
* *
5852 TAATCTCGTAATTGATTTTAAATTGAAATTTCCTACACTTTTGAATTAAATATATTATAATTGAA
66 TAATCTCATAATTGATTTTAAATTAAAATTTCCTACACTTTTGAATTAAATATATTATAATTGAA
* *
5917 TGCTCGCTTCATGAAATGTG
131 TGCTCACTTCATGAAATGCG
5937 AAGAAAA
1 AAGAAAA
5944 AGCCATCCAT
Statistics
Matches: 150, Mismatches: 7, Indels: 0
0.96 0.04 0.00
Matches are distributed among these distances:
150 150 1.00
ACGTcount: A:0.37, C:0.13, G:0.11, T:0.39
Consensus pattern (150 bp):
AAGAAAAGTCCATTTATAGTTACCCATGCCTTTAAAAGCCTTATTACTAGCTTTAAAAGATTTTA
TAATCTCATAATTGATTTTAAATTAAAATTTCCTACACTTTTGAATTAAATATATTATAATTGAA
TGCTCACTTCATGAAATGCG
Found at i:6328 original size:662 final size:661
Alignment explanation
Indices: 5125--6461 Score: 1492
Period size: 662 Copynumber: 2.0 Consensus size: 661
5115 ATGCACTGGC
* * * *
5125 AAGAAAAGCCCATTTATAGTCACTCAAGCCTTCAACACCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTA
1 AAGAAAAG-CCATTTATAGTCACCCAAGCCTTCAAAACCCTTATTACTCACTTTAAAAGATTTTA
* ** * * * *
5190 TAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTATATTTTTAGTTAAAATAGATTATATTTGAA
65 TAATCTCATAATTGATTTTAAATTAAATTTTCCTACATTTTGAATTAAAATAGATTATAATTGAA
* *
5255 TGTCTGCCTCAAGAAACGTGAAGAAAAAGCCATTCATTAGCAAGAAAAGTCCATTTATAATCACT
130 TGTCTGCCTCAAGAAACGTGAAGAAAAAGCCATCCATTAGCAAGAAAAGCCCATTTATAATCACT
* * *
5320 CAAGCCTTTAAAACCCATATTAGTTACTTTAATTGTTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTT
195 CAAGCCTTTAAAACCCATATTAGTTACTTTAATAGTTTTTATAATCTCATAATAGATTTGAAGTT
** * * * *
5385 GAATTCTTTTTTATTTTAGTTAAAATAGATTATATTTGAATGTCGACCTTAGGAAATGTGAAGAA
260 GAATTCTTTTACATTTTAGCTAAAATAGATTATAATAGAATGTCGACCTTAGGAAATGTAAAGAA
** * * *
5450 AATACCATTCATTGACAAAAAAATTCTATTTATAGTCACTCATGCCTTCTAAACCCATATCACTC
325 AATACCATTCACCGACAAAAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGCCTTCTAAACCCATATCACTC
* * * * * ** *
5515 TCTTTAATTAGTTTTACAATCTCATAATTGATTTTATATTGATTTTCTTTTTCATTTTGGTTAAA
390 GCTTTAATTAGTTTTACAATCTCATAATTGATTTTAAATGGATATTCTTTTACATTTTAATAAAA
* * *
5580 ATAGATTATAATTGAATGTCTACTTTTAGAAACGTAAAGAAAAAATCATTCATCTGCAAGAAAAG
455 ACAGATTATAATTGAATGTCTACTCTTAGAAACATAAAGAAAAAATCATTCATCTGCAAGAAAAG
* * * * * *
5645 TCCATTTATAGTTATCCATGCCTTTAAAAGCCTTATTACT-AGCTTTAAAAGATTTTATAATCTC
520 TCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCA-CTTGAAAAGACTTTATAATCGC
* *
5709 ATAATTGATTTTAAGT-TAAAATTTCCTACACTTTTGAA-TTAAATATATTATAATTGAATGT-T
584 ATAATTGATTTTAAGTGT-AAATTTCCTACAC-TTTCAATTTAAATATATTACAATTGAATGTCT
5771 CACTTCATGAAATGCG
647 -ACTTCATGAAATGCG
* * * *
5787 AAGAAAAGTCCATTTATAGTTACCCATGCCTTTAAAAGCCTTATTACT-AGCTTTAAAAGATTTT
1 AAGAAAAG-CCATTTATAGTCACCCAAGCCTTCAAAACCCTTATTACTCA-CTTTAAAAGATTTT
* *
5851 ATAATCTCGTAATTGATTTTAAATTGAAA-TTTCCTACACTTTTGAATT-AAATATATTATAATT
64 ATAATCTCATAATTGATTTTAAATT-AAATTTTCCTACA-TTTTGAATTAAAATAGATTATAATT
* * * * *
5914 GAATG-CTCGCTTCATGAAATGTGAAGAAAAAGCCATCCATTGGCAAGAAAAGCCCATTT-TAGT
127 GAATGTCT-GCCTCAAGAAACGTGAAGAAAAAGCCATCCATTAGCAAGAAAAGCCCATTTATAAT
* * * * * *
5977 CACTGAAGCTTTTGAAAGCCTTATTA-TTCGCTTTAAATAG-TTTTATAATCTCATAATAGATTT
191 CACTCAAGCCTTTAAAACCCATATTAGTT-ACTTT-AATAGTTTTTATAATCTCATAATAGATTT
* * ** **
6040 GAAGTTGAATTCTTTTACATTTTCTGCTAAAATATATTATAATAGAATGTTTA--TTTTGAGAAT
254 GAAGTTGAATTCTTTTACATTTT-AGCTAAAATAGATTATAATAGAATGTCGACCTTAGGA-AAT
* *
6103 CGTAAAGTAAAA-GCCATTCACCGACAACAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGCCTT-TGAAAC
317 -GTAAAG-AAAATACCATTCACCGACAAAAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGCCTTCT-AAAC
* * * * *
6166 CCTTATTACTCGCTTTACA-TAGTTTTATAATTTCATAATTGATTTTAAATGGA-ATTGTTTTAC
379 CCATATCACTCGCTTTA-ATTAGTTTTACAATCTCATAATTGATTTTAAATGGATATTCTTTTAC
* * * *
6229 ATTTTCAATAAAAACAGA-TACT-ATTTAGATGTCTGC-CTTAGGAAACATGAAGAAAAAGTCAT
443 ATTTT-AATAAAAACAGATTA-TAATTGA-ATGTCTACTCTTA-GAAACATAAAGAAAAAATCAT
* * *
6291 TCAT-TGACAAGAAATGTCTATTTATAGTCACCCATGCCTTCAAAAGCCTTATTGCTCACTTGAA
504 TCATCTG-CAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTGAA
* * ** *
6355 AAGGCTTTATAATCGCCTAATTGATTTTAAGTGTAAATTTTTTGCACTTTCAATTTAAATATATT
568 AAGACTTTATAATCGCATAATTGATTTTAAGTGTAAATTTCCTACACTTTCAATTTAAATATATT
** *
6420 ACAATTGAATGTCTACTTTGTGAAATGTG
633 ACAATTGAATGTCTACTTCATGAAATGCG
6449 AAGCAAAAGCCAT
1 AAG-AAAAGCCAT
6462 CCATTAGTAA
Statistics
Matches: 561, Mismatches: 92, Indels: 44
0.80 0.13 0.06
Matches are distributed among these distances:
660 6 0.01
661 105 0.19
662 427 0.76
663 23 0.04
ACGTcount: A:0.36, C:0.15, G:0.11, T:0.38
Consensus pattern (661 bp):
AAGAAAAGCCATTTATAGTCACCCAAGCCTTCAAAACCCTTATTACTCACTTTAAAAGATTTTAT
AATCTCATAATTGATTTTAAATTAAATTTTCCTACATTTTGAATTAAAATAGATTATAATTGAAT
GTCTGCCTCAAGAAACGTGAAGAAAAAGCCATCCATTAGCAAGAAAAGCCCATTTATAATCACTC
AAGCCTTTAAAACCCATATTAGTTACTTTAATAGTTTTTATAATCTCATAATAGATTTGAAGTTG
AATTCTTTTACATTTTAGCTAAAATAGATTATAATAGAATGTCGACCTTAGGAAATGTAAAGAAA
ATACCATTCACCGACAAAAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGCCTTCTAAACCCATATCACTCG
CTTTAATTAGTTTTACAATCTCATAATTGATTTTAAATGGATATTCTTTTACATTTTAATAAAAA
CAGATTATAATTGAATGTCTACTCTTAGAAACATAAAGAAAAAATCATTCATCTGCAAGAAAAGT
CCATTTATAGTCACCCATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTGAAAAGACTTTATAATCGCAT
AATTGATTTTAAGTGTAAATTTCCTACACTTTCAATTTAAATATATTACAATTGAATGTCTACTT
CATGAAATGCG
Found at i:6769 original size:513 final size:511
Alignment explanation
Indices: 5787--7127 Score: 1545
Period size: 513 Copynumber: 2.6 Consensus size: 511
5777 ATGAAATGCG
* * * *
5787 AAGAAAAGTCCATTTATAGTTACCCATGCCTTTAAAAGCCTTATTACT-AGCTTTAAAAGATTTT
1 AAGAAATGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCA-CTTTAAAAGGTTTT
* ** *
5851 ATAATCTCGTAATTGATTTTAAATTGAAATTTCCTACACTTTTGAA-TTAAATATATTATAATTG
65 ATAATC-CCTAATTGATTTTAAATT-AAATTTTTTACAC-TTTCAATTTAAATATATTATAATTG
* * *
5915 AATG-CTCGCTTCATGAAATGTGAAGAAAAAGCCATCCATTGGCAAGAAAAGCCCATTT-TAGTC
127 AATGTCT-ACTTCATGAAATGTGAAGCAAAAGCCATCCATTAGCAAGAAAAGCCCATTTGTAGTC
* * *
5978 ACTGAAGCTTTTGAAAGCCTTATTATTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCAT-AATAGATTTGA
191 ACTCAAGCTTTTGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAAATA-ATTTTA
* * * * * * *
6042 AGTTGAATTCTTTTACATTTTCT-GCTAAAATATATTATAATAGAATGTTTATTTTGAGAATCGT
255 AGTTGAATTTTTTTAAATTTT-TAGTTAAAATATATTATAATTGAATCTCTATCTTGAGAATCGT
* * * *
6106 AAAGTAAAAGCCATTCACCGACAACAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGCCTTTGAAACCCTTA
319 AAAGAAAAAACCATTCACCGACAACAAAAGTCCATTTATAATCACCCAAGCCTTTGAAACCCTTA
* * * *
6171 TTACTCGCTTTACATAGTTTTATAATTTCATAATTGATTTTAAATGGAATTGTTTTACATTTTCA
384 TTACTCACTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAATCGAATTGTTTTACATTTTCA
* *
6236 ATAAAAACAGATACTATTTAGATGTCTGCCTTAGGAAACATGAAGAAAAAG-TCATTCATTGAC
449 ATAAAAACAGATACTATTTAGATGTCTGCCTTAGGAAACATAAAGAAAAAGCT-ATTAATTGAC
* * * *
6299 AAGAAATGTCTATTTATAGTCACCCATGCCTTCAAAAGCCTTATTGCTCACTTGAAAAGGCTTTA
1 AAGAAATGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAAAGGTTTTA
* * *
6364 TAATCGCCTAATTGATTTTAAGTGTAAATTTTTTGCACTTTCAATTTAAATATATTACAATTGAA
66 TAATC-CCTAATTGATTTTAAAT-TAAATTTTTTACACTTTCAATTTAAATATATTATAATTGAA
** * * *
6429 TGTCTACTTTGTGAAATGTGAAGCAAAAGCCATCCATTAGTAAGAAACGCCCATTTGTAATCACT
129 TGTCTACTTCATGAAATGTGAAGCAAAAGCCATCCATTAGCAAGAAAAGCCCATTTGTAGTCACT
*
6494 CAAGCTTTTGAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAAATAATTTTAAGTT
194 CAAGCTTTTGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAAATAATTTTAAGTT
* ** * * *
6559 AAATTTTTTTTTATTTTTAGTTAAAACAAATTATAATTGAATCTCTACCTCTTGA-AA-CGTGAA
259 GAATTTTTTTAAATTTTTAGTTAAAATATATTATAATTGAATCTCTA--TCTTGAGAATCGTAAA
* ** * * * * ** * *
6622 GAAAAAACTATTCATTGACAAGAAAAGTCCATTTGTAATTACCCATGCCTTTGTCAGCGTTATTA
322 GAAAAAACCATTCACCGACAACAAAAGTCCATTTATAATCACCCAAGCCTTTGAAACCCTTATTA
* * * * * *
6687 CTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAACTCGAATTTTTTTATATTTTCAGTT
387 CTCACTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAATCGAATTGTTTTACATTTTCAATA
* * **
6752 AAAACAGATTA-TATTTAGATGTTTGTCTTAGGAAACATAAAGAAAAAGCTATTAATTGGT
452 AAAACAGA-TACTATTTAGATGTCTGCCTTAGGAAACATAAAGAAAAAGCTATTAATTGAC
** * * * *
6812 GTGAAATGTCCATTTATAGTCACTCATACCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAAAAGTTTTA
1 AAGAAATGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAAAGGTTTTA
* * * * *
6877 TAATCTCTAAATTAATTTTAAA-TATAATTGTTTTACATTTTTAATTTAAATATGTTATAATTGA
66 TAATCCCT-AATTGATTTTAAATTA-AATT-TTTTACACTTTCAATTTAAATATATTATAATTGA
* * * * * * *
6941 CTATCTACATCATGAAATATGAAGCAAAAGCCATCAATTAGCAAGAAAAGCTCATTTGTAGTCCC
128 ATGTCTACTTCATGAAATGTGAAGCAAAAGCCATCCATTAGCAAGAAAAGCCCATTTGTAGTCAC
** * * * * *
7006 TCAAGCCATTGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAACAATTTTATAATATAATAAATGATTTTAAGT
193 TCAAGCTTTTGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAAATAATTTTAAGT
* * * *
7071 TGAATTTTTTAAAATTTTTAATTAAAATATATTATCATTGAATGTCT-TCCTTGAGAA
258 TGAATTTTTTTAAATTTTTAGTTAAAATATATTATAATTGAATCTCTAT-CTTGAGAA
7128 ATACAAAGAA
Statistics
Matches: 695, Mismatches: 118, Indels: 32
0.82 0.14 0.04
Matches are distributed among these distances:
510 1 0.00
511 12 0.02
512 159 0.23
513 509 0.73
514 9 0.01
515 5 0.01
ACGTcount: A:0.36, C:0.14, G:0.11, T:0.38
Consensus pattern (511 bp):
AAGAAATGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAAAGGTTTTA
TAATCCCTAATTGATTTTAAATTAAATTTTTTACACTTTCAATTTAAATATATTATAATTGAATG
TCTACTTCATGAAATGTGAAGCAAAAGCCATCCATTAGCAAGAAAAGCCCATTTGTAGTCACTCA
AGCTTTTGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAAATAATTTTAAGTTGA
ATTTTTTTAAATTTTTAGTTAAAATATATTATAATTGAATCTCTATCTTGAGAATCGTAAAGAAA
AAACCATTCACCGACAACAAAAGTCCATTTATAATCACCCAAGCCTTTGAAACCCTTATTACTCA
CTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAATCGAATTGTTTTACATTTTCAATAAAAA
CAGATACTATTTAGATGTCTGCCTTAGGAAACATAAAGAAAAAGCTATTAATTGAC
Done.