Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: NW_018397998.1 Herrania umbratica cultivar Fairchild unplaced genomic scaffold, ASM216827v2 scaffold_1304.0, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000
Length: 20688
ACGTcount: A:0.26, C:0.09, G:0.09, T:0.27
Warning! 5927 characters in sequence are not A, C, G, or T
Found at i:1873 original size:170 final size:170
Alignment explanation
Indices: 1663--1974 Score: 369
Period size: 169 Copynumber: 1.8 Consensus size: 170
1653 NNNNNNNGTA
* * * * ** * *
1663 ACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGGATATCTTTTTCTTTACGTTTCTTGAGTTAGATATTCG
1 ACTATAAATAGACTTCTCTTACCAATGGATATCATTTTCTTTAC-TTTCTTGAGGCAGACATTCA
* * * * * * *
1728 ACTATAATTTGTTTTAATAGAAAATAG-AAAAAA-TTCAAATTAAAATCAATTATGAGGTTATAA
65 ACTATAATCTGTTTTAAGAAAAAAT-GTAAAAAAGTTCAAACTAAAACCAATTATGAGATTAAAA
1791 AA-TAATTTAAAGCATGTAATAAGGCTGTTGAAGGCATGGGTG
129 AACT-ATTTAAAGCATGTAATAAGGCTGTTGAAGGCATGGGTG
* * * * *
1833 ACTATAAATAGACTTCTGTTACCGATGGGTATCATTTTCTTTACTTTTTTGAGGCAGACATTTAA
1 ACTATAAATAGACTTCTCTTACCAATGGATATCATTTTCTTTACTTTCTTGAGGCAGACATTCAA
* *
1898 TTATAATCTGTTTTAAGAAAAAATGTAAAAAAGGTTCAACCTAAAACCAATTATGAGATTAAAAA
66 CTATAATCTGTTTTAAGAAAAAATGTAAAAAA-GTTCAAACTAAAACCAATTATGAGATTAAAAA
1963 ACTATTTAAAGC
130 ACTATTTAAAGC
1975 GAGNNNNNNN
Statistics
Matches: 116, Mismatches: 22, Indels: 7
0.80 0.15 0.05
Matches are distributed among these distances:
168 1 0.01
169 41 0.35
170 37 0.32
171 36 0.31
172 1 0.01
ACGTcount: A:0.38, C:0.11, G:0.15, T:0.37
Consensus pattern (170 bp):
ACTATAAATAGACTTCTCTTACCAATGGATATCATTTTCTTTACTTTCTTGAGGCAGACATTCAA
CTATAATCTGTTTTAAGAAAAAATGTAAAAAAGTTCAAACTAAAACCAATTATGAGATTAAAAAA
CTATTTAAAGCATGTAATAAGGCTGTTGAAGGCATGGGTG
Found at i:4012 original size:171 final size:168
Alignment explanation
Indices: 3696--4456 Score: 545
Period size: 171 Copynumber: 4.5 Consensus size: 168
3686 NNNNNNNNNN
* *
3696 CTCATAATT-AGTTTTAAATTGAACTTTTTTATA-TTTTTATTAAAACAT-ATTATACA-TGAAT
1 CTCATAATTGA-TTTT-AATTTAATTTTTTTATATTTTTTATTAAAAC-TGATTATA-ATTGAAT
* * * *
3757 GTCTGCCTCGAA-AAAC-GTAAAGAAA-ATGATATCCATTGGTAAGAGAAGTCCATTTATATTCA
62 GTCTACCTC-AAGAAACAG--AAGAAATA-GATATCCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCA
* * *
3819 CCCATGCCTTC-AAAAGCCTTATTACTCAATTTAAATAATTTTATAA
123 TCCATGCTTTCGAAAA-CCTTATTACTCGATTTAAATAATTTTATAA
* * *
3865 CGTCATAATTGAGTTTAATTTGAATTTTTTTAAATTTTTTATCAAAACTGATTATAATTGAATGT
1 C-TCATAATTGATTTTAATTT-AATTTTTTTATATTTTTTATTAAAACTGATTATAATTGAATGT
********** *
3930 CTACCTCAAGAAACATGAAGAAANNNNNNNNNNTTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCATCTAT
64 CTACCTCAAGAAACA-GAAGAAATAGATATCCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCATCCAT
* * *********
3995 GCTTTCGAAACCCTTATTACTCGCTTTAAATANNNNNNNNNN
128 GCTTTCGAAAACCTTATTACTCGATTTAAATA-ATTTTATAA
* ** ** * *
4037 CTCATTATTGATTTTAATTTAAATTTTTTTATATTTTTGGTTAAGCCAGATTATAATTGATTGTC
1 CTCATAATTGATTTTAATTT-AATTTTTTTATATTTTTTATTAAAACTGATTATAATTGAATGTC
*
4102 TACCTCAAGAAACGAGAAGAAATAGATATCCATTGGCAAGAAATGTCCATTTATAGTCATCCATG
65 TACCTCAAGAAAC-AGAAGAAATAGATATCCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCATCCATG
* ** ** *
4167 CTTTCGAAAACCTTATTTCTCGGCTTAAATGTTTTTATAGC
129 CTTTCGAAAACCTTATTACTCGATTTAAATAATTTTATA-A
* * * *
4208 CTCATAATTGATTTTAAGTTAATTTTTTTTTATTTTTTATTAAAA-TAGATTATAATTGAATATT
1 CTCATAATTGATTTTAATTTAATTTTTTTATATTTTTTATTAAAACT-GATTATAATTGAATGTC
* * * ** * ** * *
4272 TACCTTAAGAAATAAGAAGAAAAAGATATTTATTGACAAGAAAAGTATATTTATACTCACCCATG
65 TACCTCAAGAAA-CAGAAGAAATAGATATCCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCATCCATG
* * * * * *
4337 CCTTCGAAAGCATCATTACTCGCTTTAAA-AAGTTTTTTAA
129 CTTTCGAAAACCTTATTACTCGATTTAAATAA-TTTTATAA
* * * * * * *
4377 TCTCATAATT-AGTTTTACGTTGAACTTTTTTACATTTTTTTACTAAAACAGATTGTAATTGAAT
1 -CTCATAATTGA-TTTTA-ATTTAATTTTTTTATA-TTTTTTATTAAAACTGATTATAATTGAAT
* *
4441 GTCTGCCTCAAAAAAC
62 GTCTACCTCAAGAAAC
4457 GTAAAGAAAA
Statistics
Matches: 452, Mismatches: 118, Indels: 42
0.74 0.19 0.07
Matches are distributed among these distances:
169 6 0.01
170 154 0.34
171 251 0.56
172 40 0.09
173 1 0.00
ACGTcount: A:0.35, C:0.13, G:0.11, T:0.39
Consensus pattern (168 bp):
CTCATAATTGATTTTAATTTAATTTTTTTATATTTTTTATTAAAACTGATTATAATTGAATGTCT
ACCTCAAGAAACAGAAGAAATAGATATCCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCATCCATGCT
TTCGAAAACCTTATTACTCGATTTAAATAATTTTATAA
Found at i:4345 original size:341 final size:331
Alignment explanation
Indices: 3720--4365 Score: 642
Period size: 341 Copynumber: 1.9 Consensus size: 331
3710 TAAATTGAAC
* *
3720 TTTTTTATATTTTTATTAAAACATATTATACATGAATGTCTGCCTCGAAAAACGTAAAGAAAATG
1 TTTTTTATATTTTTATTAAAACAGATTATACATGAATGTCTACCTCGAAAAACGTAAAGAAAATG
* * *
3785 ATATCCATTGGTAAGAGAAGTCCATTTATATTCACCCATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCAATT
66 ATATCCATTGGCAAGAGAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCAACT
* *
3850 TAAATAATTTTATAACGTCATAATTGAGTTTAATTTGAATTTTTTTAAATTTTTTATCAAAACTG
131 TAAATAATTTTATAACCTCATAATTGAGTTTAAGTTGAATTTTTTTAAATTTTTTATCAAAACTG
* * ********** * *
3915 ATTATAATTGAATGTCTACCTCAAGAAACATGAAGAAANNNNNNNNNNTTGGCAAGAAAAGTCCA
196 ATTATAATTGAATATCTACCTCAAGAAACAAGAAGAAAAAGATATTTATTGACAAGAAAAGTACA
* * * * * *
3980 TTTATAGTCATCTATGCTTTCGAAACCCTTATTACTCGCTTTAAATANNNNNNNNNNCTCATTAT
261 TTTATACTCACCCATGCCTTCGAAACCATCATTACTCGCTTTAAATA----------CTCATTAT
4045 TGATTTTAATTTAAAT
316 TGATTTTAATTTAAAT
* ** *
4061 TTTTTTATATTTTTGGTTAAGCCAGATTATA-ATTGATTGTCTACCTC-AAGAAACG-AGAAG-A
1 TTTTTTATATTTTT-ATTAAAACAGATTATACA-TGAATGTCTACCTCGAA-AAACGTA-AAGAA
* * *
4122 AATAGATATCCATTGGCAAGA-AATGTCCATTTATAGTCATCCATGCTTTCGAAAA-CCTTATTT
62 AAT-GATATCCATTGGCAAGAGAA-GTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTC-AAAAGCCTTATTA
** ** * * ** *
4185 CTCGGCTTAAATGTTTTTATAGCCTCATAATTGATTTTAAGTT-AATTTTTTTTTATTTTTTATT
124 CTCAACTTAAATAATTTTATAACCTCATAATTGAGTTTAAGTTGAATTTTTTTAAATTTTTTATC
* * *
4249 AAAA-TAGATTATAATTGAATATTTACCTTAAGAAATAAGAAGAAAAAGATATTTATTGACAAGA
189 AAAACT-GATTATAATTGAATATCTACCTCAAGAAACAAGAAGAAAAAGATATTTATTGACAAGA
* *
4313 AAAGTATATTTATACTCACCCATGCCTTCGAAAGCATCATTACTCGCTTTAAA
253 AAAGTACATTTATACTCACCCATGCCTTCGAAACCATCATTACTCGCTTTAAA
4366 AAGTTTTTTA
Statistics
Matches: 249, Mismatches: 48, Indels: 16
0.80 0.15 0.05
Matches are distributed among these distances:
340 1 0.00
341 132 0.53
342 112 0.45
343 4 0.02
ACGTcount: A:0.35, C:0.13, G:0.11, T:0.38
Consensus pattern (331 bp):
TTTTTTATATTTTTATTAAAACAGATTATACATGAATGTCTACCTCGAAAAACGTAAAGAAAATG
ATATCCATTGGCAAGAGAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCAACT
TAAATAATTTTATAACCTCATAATTGAGTTTAAGTTGAATTTTTTTAAATTTTTTATCAAAACTG
ATTATAATTGAATATCTACCTCAAGAAACAAGAAGAAAAAGATATTTATTGACAAGAAAAGTACA
TTTATACTCACCCATGCCTTCGAAACCATCATTACTCGCTTTAAATACTCATTATTGATTTTAAT
TTAAAT
Found at i:6062 original size:171 final size:168
Alignment explanation
Indices: 5322--7836 Score: 948
Period size: 171 Copynumber: 14.7 Consensus size: 168
5312 NNNNNNNNNN
* * ** * * *
5322 GCCTTATTACTCGGTTTAAATGATTTTATAACCTCATAATCGATTTTAA-TTTAAGTTTTTTTAT
1 GCCTTATTACTCGCTTTTAAT-ATTTTATAAATTCATAATTGATTTTAAGTTGAA-CTTTTTTAT
* * * * * *
5386 ATTTTTATTAAAATAAATTATAATTGAATGTCTGA-CTCAAGAAACGTGGAGAAATAGATATCCA
64 ATTTTTATTAAAACAGATTATAATTGAATGTCT-ACCTC-GGAAACATGAAGAAAAAGATATCCA
* *
5450 -TGGACAAGAAAAGTCCATTTATAGACACCCA-TGCCTTCGAAA
127 TTGG-CAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCACT-CCTTCAAAA
* * * * * * *
5492 GCCTTATTACTCTCTTTAAATGCTTTTTTTAATCTCATAATT-AGTTCTAAGTTGAAATTTTTTA
1 GCCTTATTACTCGCTTTTAAT-ATTTTATAAAT-TCATAATTGA-TTTTAAGTTGAACTTTTTTA
* * * *** * *
5556 TATTTTTCTTAAAACAGATTATAAATGAATGTCTGCCTTAAAAAACATAAAGAAAATGATATCCA
63 TATTTTTATTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACC-TCGGAAACATGAAGAAAAAGATATCCA
* * * * *
5621 TTGGCAATAGAAGTCCTTTTATAATCACCCA-TAACTTCAAAA
127 TTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCACT-CCTTCAAAA
********* ** * * * * *
5663 GCCTTATTACTCGNNNNNNNNNNTTTTATAACCTCATAATCGATTTTAATTTAAAATTTTTAATA
1 GCCTTATTACTCG-CTTTTAATATTTTATAAATTCATAATTGATTTTAAGTTGAACTTTTTTATA
** * * * * *
5728 TTTTTATTACGATAAATTATAATTGAATGTTTGCCTCAAGAAACATGAAGAAAAAGATATCCATT
65 TTTTTATTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTC-GGAAACATGAAGAAAAAGATATCCATT
* **********************************
5793 GGTANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNAA
129 GGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCACTCCTTCAAAA
*
5833 GCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTCTTT-T-AATCTCATAATT-AGTTTTAAGTTGAACTTTTTT
1 GCCTTATTACTCGCTTTTAATA-T-TTTATAAAT-TCATAATTGA-TTTTAAGTTGAACTTTTTT
* * *
5895 ATATTTATCATTAAAACAGATTTTAATTGAATGTCTACCTCGGTATAA-ATGAAAAAAAAGATAT
62 ATATTT-TTATTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTCGG-A-AACATGAAGAAAAAGATAT
* * *
5959 TCATTGGCAAGAATAGTCCATTTATAGTCACCCACTCATTCAAAA
124 CCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCACTCCTTCAAAA
* * * *
6004 ACCATATCACTCGCTTTTAATGATTTTATAAATTCATAATTGATTTTAACTTGAACTTTTTTATA
1 GCCTTATTACTCGCTTTTAAT-ATTTTATAAATTCATAATTGATTTTAAGTTGAACTTTTTTATA
*********** **
6069 TTTTTTATTAAAACAGATTATAATTNNNNNNNNNNTTCGGGAAATGTGAAGAAAAAGATATCCAT
65 -TTTTTATTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTC-GGAAACATGAAGAAAAAGATATCCAT
* * *
6134 TGGCAA-AAAAGGTCTATTTGTTGTCACCCA-TGCCTTCAAAA
128 TGGCAAGAAAA-GTCCATTTATAGTCACCCACT-CCTTCAAAA
* * * * * * **********
6175 GTCTTATTACTCACTTTAAATATTTTTTTAATCCCNNNNNNNNNNTTAAGTTGAACTTTTTTATA
1 GCCTTATTACTCGCTTTTAATATTTTATAAAT-TCATAATTGATTTTAAGTTGAACTTTTTTATA
* * **
6240 TTTTTTATTAAAACAGATTATAATT-AATTGTCTGCTTCGGGAAATGTGAAGAAAAAGATATCCA
65 -TTTTTATTAAAACAGATTATAATTGAA-TGTCTACCTC-GGAAACATGAAGAAAAAGATATCCA
* * * * *
6304 TTGGTAAAAAAATTCCATTTGTTGTCACCCA-TGCCTTCAAAA
127 TTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCACT-CCTTCAAAA
* * * * *
6346 GCCTTATTACTC-ATTTTAAATGATTGTAT-AATCTCAAAATT-AGTTTTGAGTTGAATTTTTTT
1 GCCTTATTACTCGCTTTT-AAT-ATTTTATAAAT-TCATAATTGA-TTTTAAGTTGAACTTTTTT
* * * ********** * * *
6408 ACAATTTTTATAAAAATAGATTATAATNNNNNNNNNNCCTCAAGAAAC-CGAAACAAAAAGATAT
62 A-TATTTTTATTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTC-GGAAACATG-AAGAAAAAGATAT
* * *
6472 CCATTGGCAAGAAAATTCCATTTATAGTCTCCCACGCCTTCAAAA
124 CCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCACTCCTTCAAAA
* ** * * *
6517 GCCTTATCACTCGCTTTTAATAATTTTATAACCTCATAATTGATTTTAATTTTAATTTTTTTATA
1 GCCTTATTACTCGCTTTTAAT-ATTTTATAAATTCATAATTGATTTTAAGTTGAACTTTTTTATA
********** * *** *
6582 TTTNNNNNNNNNNAGATTATAATTGAATGTCTGCCTCGAGAAATGGGAAGAAAAAGATATACATT
65 TTTTTATTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTCG-GAAACATGAAGAAAAAGATATCCATT
* * * * * **
6647 GGTAAGCAAAGTCCATTTACAGTCACTCA-TGCTTTCGTAA
129 GGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCACT-CCTTCAAAA
* **********
6687 GCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTNNNNNNNNNNTAATT-AGTTTTAAGTTGAACTTTTTTAT
1 GCCTTATTACTCGCTTTTAATA-TTTTATAAATTCATAATTGA-TTTTAAGTTGAACTTTTTTAT
* ** * * * * *
6751 ATTTATCATTAAAATGGATTTTGATTGAATGTCTACCAT-GATAAACATGAAAAAAAAGATATTC
64 ATTT-TTATTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACC-TCG-GAAACATGAAGAAAAAGATATCC
* *
6815 ATTGGCAAGAATAGTCTATTTATAGTCACCCACTCCTTCAAAA
126 ATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCACTCCTTCAAAA
* * ** * * *
6858 GCCTCATCACTCGCTTTTAATGATTTTATAACCTCATAATTGATTTTAATTTAAATTTTTTTATA
1 GCCTTATTACTCGCTTTTAAT-ATTTTATAAATTCATAATTGATTTTAAGTTGAACTTTTTTATA
* * * *
6923 TTTTTATTAAAAAATATTATAATTGAATGTCTACCTCGAGAAACGTGAAGAAAAAGATATCCATG
65 TTTTTATTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTCG-GAAACATGAAGAAAAAGATATCCATT
* * * *
6988 GGCAA-AACAGGTCCATTTGTAGTCACCCACGCCTTCGAAA
129 GGCAAGAA-AAGTCCATTTATAGTCACCCACTCCTTCAAAA
* * * * * *
7028 GCTTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTT-TTAATCTCATAATTGGTTTTAGGTTGAACTTTTTTAC
1 GCCTTATTACTCGCTTTTAATA-TTTTATAAAT-TCATAATTGATTTTAAGTTGAACTTTTTTAT
* * ********** *
7092 ATTTTTTCTTAAAACAGATTATAATTAAATGTCTACCTNNNNNNNNNNAAAGAAAATGATATCCA
64 A-TTTTTATTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCT-CGGAAACATGAAGAAAAAGATATCCA
* * ** * *
7157 TTGGCAATATAAGTCTTTTTATAGTAACCCA-TACCTTCAACA
127 TTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCACT-CCTTCAAAA
* * **
7199 GCCTTATTACTCGCTTTAAATGATTTCATAACCTCATAATTGATTTTAA-TTAGAA-TATTTTTA
1 GCCTTATTACTCGCTTTTAAT-ATTTTATAAATTCATAATTGATTTTAAGTT-GAACT-TTTTTA
* * ** * * * * *
7262 TATTTTCTATTAAAACAAATTATAGTCAAATATTTGA-CTCAAGAAACGTAAAGAAAAAGATATC
63 TATTTT-TATTAAAACAGATTATAATTGAATGTCT-ACCTC-GGAAACATGAAGAAAAAGATATC
* ********** *
7326 CATTGGTAAGAAAAGTCCATTTATAGNNNNNNNNNNCTTCGAAA
125 CATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCACTCCTTCAAAA
* * * ** *
7370 GCCTTATTGCTCG-TTTTAA-ATGCTTTTTTAATCTCATAATT-AGTTGAAAGTTAAACTTTTTT
1 GCCTTATTACTCGCTTTTAATAT--TTTATAAAT-TCATAATTGA-TTTTAAGTTGAACTTTTTT
* * * * * * ** * *
7432 ATATTTTTTTACTAAAAAATATTATAATTGAATATCTGCCTTGAGAAATGTGAAGAAAACGTTAT
62 ATA--TTTTTATTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTCG-GAAACATGAAGAAAAAGATAT
* * * * * *
7497 CCATTAGTAAGAAAGGTCCATTTATAGTCATCCA-TATCTTCGGAAA
124 CCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCACT-CCTTC-AAAA
* * *******
7543 -CCTTATTACTCG-TTTTAAATGATTTTATAACCTT-ATAATTGATTTTAATTTGAA-NNNNNNN
1 GCCTTATTACTCGCTTTT-AAT-ATTTTATAA-ATTCATAATTGATTTTAAGTTGAACTTTTTTA
********* * * *
7604 NNNNNNNNNTAAAACATATTATAATTGAATGTTTACCTCGAGAAACATGAAGAAAAAGATATCTA
63 TATTTTTATTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTCG-GAAACATGAAGAAAAAGATATCCA
* * *** *
7669 TTGCCAAGAAAAGTCTATTTATAGTCTTTCA-TACCTTCGAAA
127 TTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCACT-CCTTCAAAA
* * * * * **
7711 GCCTTATTACTAGGTTTAAATAGTTTT-TTAATCTCATAATT-AGTTATAAGTACAACTTTTTTA
1 GCCTTATTACTCGCTTTTAATA-TTTTATAAAT-TCATAATTGA-TTTTAAGTTGAACTTTTTTA
* * * * * * *
7774 CATTTTTTATTCAAATAGATTATAATTAAATGTCTACCTCAAGAAACGTGAAGAAATAGATAT
63 TA-TTTTTATTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTC-GGAAACATGAAGAAAAAGATAT
7837 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 1688, Mismatches: 566, Indels: 181
0.69 0.23 0.07
Matches are distributed among these distances:
167 1 0.00
168 11 0.01
169 119 0.07
170 438 0.26
171 953 0.56
172 146 0.09
173 17 0.01
174 1 0.00
175 2 0.00
ACGTcount: A:0.34, C:0.13, G:0.11, T:0.37
Consensus pattern (168 bp):
GCCTTATTACTCGCTTTTAATATTTTATAAATTCATAATTGATTTTAAGTTGAACTTTTTTATAT
TTTTATTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTCGGAAACATGAAGAAAAAGATATCCATTGG
CAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCACTCCTTCAAAA
Found at i:6730 original size:341 final size:331
Alignment explanation
Indices: 6231--7285 Score: 726
Period size: 341 Copynumber: 3.1 Consensus size: 331
6221 TAAGTTGAAC
* * * * * *
6231 TTTTTTATATTTTTTATTAAAACAGATTATAATT-AATTGTCTGCTTCGGGAAATGTGAAGAAAA
1 TTTTTTATA-TTTTTATTAAAAAAGATTATAATTGAA-TGTCTACCTCGAGAAACGGGAAGAAAA
* * * * ** *** * * **
6295 AGATATCCATTGGTAAAAAAATTCCATTTGTTGTCACCCATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCAT
64 AGATATACATGGGCAAAACAGGTCCATTTACAGTCACCCACGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGC
* * *
6360 TTTAAATGATTGTATAATCTCAAAATTAGTTTTGAGTTGAATTTTTTTACAATTT-TTATAAAAA
129 TTTAAAT-A--GT-T--T-T---AATTAGTTTTAAGTTGAACTTTTTTA-AATTTATCATAAAAA
**********
6424 TAGATTATAATNNNNNNNNNNCC-TCAAGAAAC-CGAAACAAAAAGATATCCATTGGCAAGAAAA
183 TAGATTATAATTGAATGTCTACCAT-AAGAAACACGAAA-AAAAAGATATCCATTGGCAAGAAAA
* * *
6487 TTCCATTTATAGTCTCCCACGCCTTCAAAAGCCTTATCACTCGCTTTTAATAATTTTATAACCTC
246 GTCCATTTATAGTCACCCACGCCTTCAAAAGCCTCATCACTCGCTTTTAATAATTTTATAACCTC
*
6552 ATAATTGATTTTAATTTTAAT
311 ATAATTGATTTTAATTTAAAT
********** * *
6573 TTTTTTATATTTNNNNNNNNNNAGATTATAATTGAATGTCTGCCTCGAGAAATGGGAAGAAAAAG
1 TTTTTTATATTTTTATTAAAAAAGATTATAATTGAATGTCTACCTCGAGAAACGGGAAGAAAAAG
* * * * * *
6638 ATATACATTGGTAAGCAA-A-GTCCATTTACAGTCACTCATGCTTTCGTAAGCCTTATTACTCGC
66 ATATACATGGGCAA--AACAGGTCCATTTACAGTCACCCACGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGC
* *
6701 TTTAAATAGTTTNNNNNNNNNNTAATTAGTTTTAAGTTGAACTTTTTTATATTTATCATTAAAAT
129 TTTAAATAGTTT----------TAATTAGTTTTAAGTTGAACTTTTTTAAATTTATCATAAAAAT
* * * * * * * *
6766 GGATTTTGATTGAATGTCTACCATGATAAACATGAAAAAAAAGATATTCATTGGCAAGAATAGTC
184 AGATTATAATTGAATGTCTACCATAAGAAACACGAAAAAAAAGATATCCATTGGCAAGAAAAGTC
* * *
6831 TATTTATAGTCACCCACTCCTTCAAAAGCCTCATCACTCGCTTTTAATGATTTTATAACCTCATA
249 CATTTATAGTCACCCACGCCTTCAAAAGCCTCATCACTCGCTTTTAATAATTTTATAACCTCATA
6896 ATTGATTTTAATTTAAAT
314 ATTGATTTTAATTTAAAT
* *
6914 TTTTTTATATTTTTATTAAAAAATATTATAATTGAATGTCTACCTCGAGAAACGTGAAGAAAAAG
1 TTTTTTATATTTTTATTAAAAAAGATTATAATTGAATGTCTACCTCGAGAAACGGGAAGAAAAAG
* ** *
6979 ATATCCATGGGCAAAACAGGTCCATTTGTAGTCACCCACGCCTTCGAAAGCTTTATTACTCGCTT
66 ATATACATGGGCAAAACAGGTCCATTTACAGTCACCCACGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTT
* * * * *
7044 TAAATAGTTTTTTAATCTCATAATTGGTTTTAGGTTGAACTTTTTTACATTTTTTC-TTAAAACA
131 TAAATAG--TTTTAA--T--T-A---GTTTTAAGTTGAACTTTTTTA-AATTTATCATAAAAATA
* ********** * * *
7108 GATTATAATTAAATGTCTACC-TNNNNNNNNNNAAAGAAAATGATATCCATTGGCAATATAAGTC
185 GATTATAATTGAATGTCTACCATAAGAAACACGAAA-AAAAAGATATCCATTGGCAAGAAAAGTC
** * ** * * * * * *
7172 TTTTTATAGTAACCCATACCTTCAACAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGATTTCATAACCTCATA
249 CATTTATAGTCACCCACGCCTTCAAAAGCCTCATCACTCGCTTTTAATAATTTTATAACCTCATA
7237 ATTGATTTTAA-TTAGAAT
314 ATTGATTTTAATTTA-AAT
*
7255 ATTTTTATATTTTCTATTAAAACAA-ATTATA
1 TTTTTTATATTTT-TATTAAAA-AAGATTATA
7286 GTCAAATATT
Statistics
Matches: 568, Mismatches: 113, Indels: 64
0.76 0.15 0.09
Matches are distributed among these distances:
333 3 0.01
335 2 0.00
337 2 0.00
338 3 0.01
339 2 0.00
340 13 0.02
341 499 0.88
342 36 0.06
343 7 0.01
344 1 0.00
ACGTcount: A:0.34, C:0.14, G:0.11, T:0.38
Consensus pattern (331 bp):
TTTTTTATATTTTTATTAAAAAAGATTATAATTGAATGTCTACCTCGAGAAACGGGAAGAAAAAG
ATATACATGGGCAAAACAGGTCCATTTACAGTCACCCACGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTT
TAAATAGTTTTAATTAGTTTTAAGTTGAACTTTTTTAAATTTATCATAAAAATAGATTATAATTG
AATGTCTACCATAAGAAACACGAAAAAAAAGATATCCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCA
CCCACGCCTTCAAAAGCCTCATCACTCGCTTTTAATAATTTTATAACCTCATAATTGATTTTAAT
TTAAAT
Found at i:7440 original size:342 final size:331
Alignment explanation
Indices: 6462--7819 Score: 734
Period size: 341 Copynumber: 4.0 Consensus size: 331
6452 AAACCGAAAC
* * * ** * *
6462 AAAAAGATATCCATTGGCAAGAAAATTCCATTTATAGTCTCCCACGCCTTCAAAAGCCTTATCAC
1 AAAAAGATATCCATTGGCAAGAATAGTCTATTTATAGTAACCCACTCCTTCAAAAGCCTCATCAC
* * * * * *******
6527 TCGCTTTTAATAATTTTATAACCTCATAATTGATTTTAATTTTAATTTTTTTATATTTNNNNNNN
66 TCGCTTTAAATGATTTCATAACCTCATAATTGATTTTAATTTAAATATTTTTATATTTTTATTAA
*** * ** * * * * ** * * * *
6592 NNNAGATTATAATTGAATGTCTGCCTCGAGAAATGGGAAGAAAAAGATATACATTGG-TAAGCAA
131 AAAATATTATAATCAAATATCTACCTCAAGAAACGTAAAGAAAAAGATATCCATGGGCAAAAC-A
* * * * * ********
6656 AGTCCATTTACAGTCACTCATGCTTTCGTAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTNNNNNNNN
195 AGTCCATTTATAGTCACCCACGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTTTAATCT
** ** * * * ** * * *
6721 NNTAATTAGTTTTAAGTTGAACTTTTTTATA-TTTATCATTAAAATGGATTTTGATTGAATGTCT
260 CATAATTAGTTGAAAGTTAAACTTTTTTACATTTTTTC-TTAAAACAGATTATAATTAAATGTCT
6785 ACCATGATAAACATG
324 ACC----T-AA-A-G
* *
6800 AAAAAAAAGATATTCATTGGCAAGAATAGTCTATTTATAGTCACCCACTCCTTCAAAAGCCTCAT
1 ---AAAAAGATATCCATTGGCAAGAATAGTCTATTTATAGTAACCCACTCCTTCAAAAGCCTCAT
* * *
6865 CACTCGCTTTTAATGATTTTATAACCTCATAATTGATTTTAATTTAAATTTTTTTATATTTTTAT
63 CACTCGCTTTAAATGATTTCATAACCTCATAATTGATTTTAATTTAAATATTTTTATATTTTTAT
** * * *
6930 TAAAAAATATTATAATTGAATGTCTACCTCGAGAAACGTGAAGAAAAAGATATCCATGGGCAAAA
128 TAAAAAATATTATAATCAAATATCTACCTCAAGAAACGTAAAGAAAAAGATATCCATGGGCAAAA
* * *
6995 CAGGTCCATTTGTAGTCACCCACGCCTTCGAAAGCTTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTTTAAT
193 CAAGTCCATTTATAGTCACCCACGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTTTAAT
* ** * *
7060 CTCATAATTGGTTTTAGGTTGAACTTTTTTACATTTTTTCTTAAAACAGATTATAATTAAATGTC
258 CTCATAATTAGTTGAAAGTTAAACTTTTTTACATTTTTTCTTAAAACAGATTATAATTAAATGTC
7125 TACCTNNNNNNNNNNAAAG
323 TACCT----------AAAG
* * * * * *
7144 AAAATGATATCCATTGGCAA-TATAAGTCTTTTTATAGTAACCCA-TACCTTCAACAGCCTTATT
1 AAAAAGATATCCATTGGCAAGAAT-AGTCTATTTATAGTAACCCACT-CCTTCAAAAGCCTCATC
7207 ACTCGCTTTAAATGATTTCATAACCTCATAATTGATTTTAA-TTAGAATATTTTTATATTTTCTA
64 ACTCGCTTTAAATGATTTCATAACCTCATAATTGATTTTAATTTA-AATATTTTTATATTTT-TA
* * * *
7271 TTAAAACAA-ATTATAGTCAAATATTTGA-CTCAAGAAACGTAAAGAAAAAGATATCCATTGGTA
127 TTAAAA-AATATTATAATCAAATATCT-ACCTCAAGAAACGTAAAGAAAAAGATATCCATGGGCA
********** * *
7334 AGAA-AAGTCCATTTATAGNNNNNNNNNNCTTCGAAAGCCTTATTGCTCGTTTTAAAT-GCTTTT
190 A-AACAAGTCCATTTATAGTCACCCACGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAG-TTTT
* * *
7397 TTAATCTCATAATTAGTTGAAAGTTAAACTTTTTTATATTTTTT-TACTAAAAAATATTATAATT
253 TTAATCTCATAATTAGTTGAAAGTTAAACTTTTTTACATTTTTTCT--TAAAACAGATTATAATT
* * *
7461 GAATATCTGCCTTGAGAAATGTG
316 AAATGTCTACC-T---AAA---G
* * * * * * * *
7484 AAGAAAACGTTATCCATTAGTAAGAA-AGGTCCATTTATAGTCATCCA-TATCTTCGGAAA-CCT
1 -A-AAAA-GATATCCATTGGCAAGAATA-GTCTATTTATAGTAACCCACT-CCTTC-AAAAGCCT
* * * * * * *************
7546 TATTACTCGTTTTAAATGATTTTATAACCTTATAATTGATTTTAATTTGAA-NNNNNNNNNNNNN
60 CATCACTCGCTTTAAATGATTTCATAACCTCATAATTGATTTTAATTTAAATATTTTTATATTTT
*** * ** * * * * * * * *
7610 NNNTAAAACATATTATAATTGAATGTTTACCTCGAGAAACATGAAGAAAAAGATATCTATTGCCA
125 TATTAAAAAATATTATAATCAAATATCTACCTCAAGAAACGTAAAGAAAAAGATATCCATGGGCA
* *** ** * *
7675 AGAA-AAGTCTATTTATAGTCTTTCATACCTTCGAAAGCCTTATTACTAGGTTTAAATAGTTTTT
190 A-AACAAGTCCATTTATAGTCACCCACGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTT
* * *
7739 TAATCTCATAATTAGTT-ATAAG-TACAACTTTTTTACATTTTTTATTCAAATAGATTATAATTA
254 TAATCTCATAATTAGTTGA-AAGTTA-AACTTTTTTACATTTTTTCTTAAAACAGATTATAATTA
*
7802 AATGTCTACCTCAAG
317 AATGTCTACCTAAAG
7817 AAA
1 AAA
7820 CGTGAAGAAA
Statistics
Matches: 810, Mismatches: 169, Indels: 86
0.76 0.16 0.08
Matches are distributed among these distances:
331 2 0.00
332 1 0.00
333 1 0.00
336 2 0.00
337 4 0.00
339 1 0.00
340 34 0.04
341 501 0.62
342 146 0.18
343 108 0.13
344 7 0.01
345 1 0.00
346 2 0.00
ACGTcount: A:0.34, C:0.14, G:0.11, T:0.37
Consensus pattern (331 bp):
AAAAAGATATCCATTGGCAAGAATAGTCTATTTATAGTAACCCACTCCTTCAAAAGCCTCATCAC
TCGCTTTAAATGATTTCATAACCTCATAATTGATTTTAATTTAAATATTTTTATATTTTTATTAA
AAAATATTATAATCAAATATCTACCTCAAGAAACGTAAAGAAAAAGATATCCATGGGCAAAACAA
GTCCATTTATAGTCACCCACGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTTTAATCTC
ATAATTAGTTGAAAGTTAAACTTTTTTACATTTTTTCTTAAAACAGATTATAATTAAATGTCTAC
CTAAAG
Found at i:9677 original size:169 final size:171
Alignment explanation
Indices: 9397--9716 Score: 423
Period size: 169 Copynumber: 1.9 Consensus size: 171
9387 AAACAGGTCC
* * * * *
9397 ATTTGTAGTAACCCACGCCTTCGAAAGCCTTTTTACTCATTTTAAATAGTTTTTTAATCTCATAA
1 ATTTATAGTAACCCACGCCTTCGAAAGCATTATTACTCACTTTAAATACTTTTTTAATCTCATAA
** * * *
9462 TTGGTTTTAGGTTGAACTTTTTTACATTATTTCCTAAAATAGATTATAATTAAATGTTTGCCTCA
66 TTACTTTTAAGTTGAACTTTTTTACATTATTTACTAAAACAGATTATAATTAAATGTTTGCCTCA
9527 AAAAAC-TAAAGAAAATGATACCCATCGGTAACAGAAGTCT
131 AAAAACGTAAAGAAAATGATACCCATCGGTAACAGAAGTCT
* * *
9567 ATTTATAGTAA-CCATGCCTTC-AACAGCATTATTACTCGCTTTAATTACTTTTTTAATCTCATA
1 ATTTATAGTAACCCACGCCTTCGAA-AGCATTATTACTCACTTTAAATACTTTTTTAATCTCATA
* * * * *
9630 ATTACTTTTAAGTTTAACTTTTTTTATATT-TTTATTAAACCAGATTATAATTGAATGTTTGCCT
65 ATTACTTTTAAGTTGAAC-TTTTTTACATTATTTACTAAAACAGATTATAATTAAATGTTTGCCT
*
9694 CAAAAAGCGTAAAGAAAATGATA
129 CAAAAAACGTAAAGAAAATGATA
9717 TTCATTGGCA
Statistics
Matches: 128, Mismatches: 19, Indels: 6
0.84 0.12 0.04
Matches are distributed among these distances:
168 2 0.02
169 92 0.72
170 34 0.27
ACGTcount: A:0.34, C:0.15, G:0.10, T:0.40
Consensus pattern (171 bp):
ATTTATAGTAACCCACGCCTTCGAAAGCATTATTACTCACTTTAAATACTTTTTTAATCTCATAA
TTACTTTTAAGTTGAACTTTTTTACATTATTTACTAAAACAGATTATAATTAAATGTTTGCCTCA
AAAAACGTAAAGAAAATGATACCCATCGGTAACAGAAGTCT
Found at i:15420 original size:170 final size:170
Alignment explanation
Indices: 15099--15457 Score: 449
Period size: 170 Copynumber: 2.1 Consensus size: 170
15089 NNNNNNNNNN
* *
15099 AAATATAAAAAAGTTCAACTTAAAACTAATTATGGGATTAAAAAAATATTTAAAACGAGTAATAA
1 AAATATAAAAAA-TTCAAATTAAAACTAATTATGAGATTAAAAAAATATTTAAAACGAGTAATAA
* * * * *
15164 GACTTTTGAAGGGATAGGTGAGTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATAGATATCTTTTTCTTGACG
65 GACTTTCGAAGGCATAGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTACCAATAGATATCTTTTTCTTCACG
*
15229 TTTCTCAAGGCAAACATTCAATTATAATCTTTTTTAATAAA
130 TTTCTCAAGGCAAACATTCAATTATAATCTGTTTTAATAAA
*
15270 AAATATAAAAAATTCAAATTAAAA-TCAATTATGAGATTATAAAAAA-ATTTAAAGCGAGTAATG
1 AAATATAAAAAATTCAAATTAAAACT-AATTATGAGATTA-AAAAAATATTTAAAACGAGTAAT-
* * * * * *
15333 ATG-CTTTCGAAGGCTTGGGTGACTATAAATTGACTTTTTTTATCAAT-GAATATCTTTTTCTTC
63 AAGACTTTCGAAGGCATAGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTACCAATAG-ATATCTTTTTCTTC
** * *
15396 TTGTTTCATC-AGGTAAATATTCAATTATAATCTGTTTTAATAAA
127 ACGTTTC-TCAAGGCAAACATTCAATTATAATCTGTTTTAATAAA
15440 AAATATAAAAAAATTCAA
1 AAATAT-AAAAAATTCAA
15458 CTNNNNNNNN
Statistics
Matches: 163, Mismatches: 19, Indels: 12
0.84 0.10 0.06
Matches are distributed among these distances:
169 2 0.01
170 128 0.79
171 33 0.20
ACGTcount: A:0.42, C:0.10, G:0.12, T:0.36
Consensus pattern (170 bp):
AAATATAAAAAATTCAAATTAAAACTAATTATGAGATTAAAAAAATATTTAAAACGAGTAATAAG
ACTTTCGAAGGCATAGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTACCAATAGATATCTTTTTCTTCACGT
TTCTCAAGGCAAACATTCAATTATAATCTGTTTTAATAAA
Found at i:17683 original size:170 final size:166
Alignment explanation
Indices: 16886--18027 Score: 487
Period size: 170 Copynumber: 6.7 Consensus size: 166
16876 CGATTATGAG
** * * *
16886 GTAATAAGGCTTTTGAAGTTATGGGTGATTATAACTGGACTTCTATTGCCAATGGATATCATTTT
1 GTAATAAGGCTTTTGAAGGCATAGGTGACTATAAATGGACTT-T-TTGCCAATGGATATCATTTT
* ** * **************
16951 CTTTATGTTTTTTGAGGCAGACATTCAATTATAANNNNNNNNNNNNNNAATATAAAAAATTTCAA
64 CTTCACATTTCTTGAGGCAGACATTCAATTATAATCTATTTTAAGAAAAATATAAAAAATTTCAA
* * *
17016 CTTAAAACTGATTATGAGATTAAAAAAGCATTTAAAGCGA
129 CTTAAAACT-ATTATGAGATTATAAAA-TATTTAAAGTGA
* * * * ******** * *
17056 GCAATAAAGCTTTCGAAGGCATGGGTGACTATAAANNNNNNNNNNTTACCAATGGATATCTTTTT
1 GTAATAAGGCTTTTGAAGGCATAGGTGACTATAAA--TGGACTTTTTGCCAATGGATATCATTTT
* * * * *
17121 CTTCCCGTTTCTCGAGGCAGACATTCAATTATAATCTATTTTAATAAAAATATTAAAAAA-CTCA
64 CTTCACATTTCTTGAGGCAGACATTCAATTATAATCTATTTTAAGAAAAATA-TAAAAAATTTCA
* ********* * * *
17185 AATTAANNNNNNNNNNGAGGTTATAAAATCATTAAAAGCGA
128 ACTTAA-AACTATTATGAGATTATAAAAT-ATTTAAAGTGA
* * * * * * * * *
17226 GTGATGAGGCTTTTGAAGACGTGGGAGACTATAAATAGACTTTTCTTGCTAATGGATATCTTTTT
1 GTAATAAGGCTTTTGAAGGCATAGGTGACTATAAATGGAC-TTT-TTGCCAATGGATATCATTTT
* **** * * * * *********
17291 GTTTTGGTTTCTTGAGGCAGACGTTGAATTATAATCTATTTTTATAAAAATTATAANNNNNNNNN
64 CTTCACATTTCTTGAGGCAGACATTCAATTATAATCTATTTTAAGAAAAA-TATAAAAAATTTCA
* * * *
17356 NCTTAAAACCAATTTTGAGATTATACAATCATTTAAAGTGA
128 ACTTAAAA-CTATTATGAGATTATAAAAT-ATTTAAAGTGA
* * * * * * *
17397 GTAATAAGGCTTTTGAAAGCATTA-GTGGCAACAAATGGACTTTTTTACCAATAGATATCGTTTT
1 GTAATAAGGCTTTTGAAGGCA-TAGGTGACTATAAATGGAC-TTTTTGCCAATGGATATCATTTT
* * * * ********* *
17461 CTTCACATTTCCTGAAGCAAACATTTAATTATANNNNNNNNNNATA-AAAAATATAAAAAAGTTC
64 CTTCACATTTCTTGAGGCAGACATTCAATTATA-ATCTATTTTA-AGAAAAATATAAAAAATTTC
17525 AACTTAAAACTAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGTGA
127 AACTTAAAACT-ATTATGAGATTATAAAA-TATTTAAAGTGA
* ********
17567 GTTATAAGGCTTTTGAAGGCATAGGTGACTATAAATGGACTTTNNNNNNNNNNGGATATC-TATT
1 GTAATAAGGCTTTTGAAGGCATAGGTGACTATAAATGGACTTT--TTGCCAATGGATATCAT-TT
* * * *
17631 TCTTCACGTTTCTTGAGGCAGACATTGAATTATAATCTATTTTAATAAAAATATAAAAAATTTTA
63 TCTTCACATTTCTTGAGGCAGACATTCAATTATAATCTATTTTAAGAAAAATATAAAAAATTTCA
* * * **
17696 AATTGAAATCTATTATGAGGTTATAAAATCATTTAAACCGA
128 ACTT-AAAACTATTATGAGATTATAAAAT-ATTTAAAGTGA
* ** * * ********
17737 GTAATAAGGTTTTTGAAGTTATGGGTGATTATAAANNNNNNNNNNTTGCCAATGGATATCATTTT
1 GTAATAAGGCTTTTGAAGGCATAGGTGACTATAAA--TGGACTTTTTGCCAATGGATATCATTTT
* * * *
17802 CTTTACATTTTTTGAGGCAGGCATTCAATTATAATCTGTTTTAAGAAAAATATAAAAAATTTCAA
64 CTTCACATTTCTTGAGGCAGACATTCAATTATAATCTATTTTAAGAAAAATATAAAAAATTTCAA
* *
17867 CTTAGAACTGATTATGAGATTAAAAAAGTATTTAAAGTGA
129 CTTAAAACT-ATTATGAGATTATAAAA-TATTTAAAGTGA
* ********* * * *
17907 GTAATAATGCTTTTGAAGGCAT-GGNNNNNNNNNNATAGACTTTTCTTACCAATGGATATCTTTT
1 GTAATAAGGCTTTTGAAGGCATAGG-TGACTATAAATGGAC-TTT-TTGCCAATGGATATCATTT
* * *
17971 TCTTCCCGTTTCTTGA-GCAGACATTCAATTATAATCTATTTTAATAAAAATATAAAA
63 TCTTCACATTTCTTGAGGCAGACATTCAATTATAATCTATTTTAAGAAAAATATAAAA
18028 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 692, Mismatches: 250, Indels: 61
0.69 0.25 0.06
Matches are distributed among these distances:
169 52 0.08
170 523 0.76
171 115 0.17
172 2 0.00
ACGTcount: A:0.35, C:0.10, G:0.14, T:0.34
Consensus pattern (166 bp):
GTAATAAGGCTTTTGAAGGCATAGGTGACTATAAATGGACTTTTTGCCAATGGATATCATTTTCT
TCACATTTCTTGAGGCAGACATTCAATTATAATCTATTTTAAGAAAAATATAAAAAATTTCAACT
TAAAACTATTATGAGATTATAAAATATTTAAAGTGA
Found at i:18926 original size:171 final size:171
Alignment explanation
Indices: 18279--19245 Score: 819
Period size: 171 Copynumber: 5.7 Consensus size: 171
18269 NNNNNNNNNN
* * * * *
18279 GCTTTTGAAGGCATGGGTGGCAACAAATGGACTTTTTTTACCAATGGATATCATTTTCTTCACAT
1 GCTTTCGAAGGCATGGGTGACAATAAATGGACTTTTCTTACCAATGGATATCATTTTCTTCACTT
** * * *
18344 TTCCCGAAGCAAACATTTAATTATAATCTTTTTTAATAAAAA-ATATAAAAAAGCTCAACTTAAA
66 TTCTTGAGGCAAACATTTAATTATAATCTGTTTTAATAAAAATATA-AAAAAAGTTCAACTTAAA
* * *
18408 CCTAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGCGATTTATAAG
130 ACTAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGCGAGTAATAAG
* * * *
18450 GCTTTCGAAGGCATGTGTGACAATAAATGGACTTCTCTTGCCAATGGATATCATTTTCTTTACTT
1 GCTTTCGAAGGCATGGGTGACAATAAATGGACTTTTCTTACCAATGGATATCATTTTCTTCACTT
* * * * * *
18515 TT-TTGAGGCACACAATCAATTATAATCTGTTTTAATAAAAA-AT-AAATAA-TTTAATTTAAAA
66 TTCTTGAGGCAAACATTTAATTATAATCTGTTTTAATAAAAATATAAAAAAAGTTCAACTTAAAA
*
18576 -TCAATTATGAGCTTATAAAA-TCATTTAAAGCGAGTAATAAG
131 CT-AATTATGAGATTATAAAACT-ATTTAAAGCGAGTAATAAG
**************** * *
18617 GCTTNNNNNNNNNNNNNNNNCTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGGATATCATTTTCTTCA-TG
1 GCTTTCGAAGGCATGGGTGACAATAAATGGACTTTTCTTACCAATGGATATCATTTTCTTCACT-
* * **********
18681 TTTCTTGAGG-AAGACATTCAACTATAATCTGTTTTAATAAAAATTATANNNNNNNNNNAA-TTA
65 TTTCTTGAGGCAA-ACATTTAATTATAATCTGTTTTAATAAAAA-TATAAAAAAAGTTCAACTTA
** *
18744 AAA-TCAATTATGAGGGTATAAATA-TATTTAAACCGAGTAATAAG
128 AAACT-AATTATGAGATTATAAA-ACTATTTAAAGCGAGTAATAAG
* ********** * *
18788 GCTTTTGAAGGCATGGGNNNNNNNNNNTGGACTTCTCTTACCAATGGATATCATTTTCTTTACTT
1 GCTTTCGAAGGCATGGGTGACAATAAATGGACTTTTCTTACCAATGGATATCATTTTCTTCACTT
* *
18853 TTTTTGAGGCAAACATTGAATTATAATCTGTTTTAATAAAAATATAAAAAAAGTTCAACTTAAAA
66 TTCTTGAGGCAAACATTTAATTATAATCTGTTTTAATAAAAATATAAAAAAAGTTCAACTTAAAA
*
18918 CTAATTATGAGATTAAAAAAGC-ATTTAAAGCGAGTAATAAG
131 CTAATTATGAGATTATAAAA-CTATTTAAAGCGAGTAATAAG
* * * * * *
18959 GCTTTTGAAGGCATGGGTGGCAACAAATGGACTTTTTTTACCAATGGATATCGTTTTCTTCACAT
1 GCTTTCGAAGGCATGGGTGACAATAAATGGACTTTTCTTACCAATGGATATCATTTTCTTCACTT
** * ********* *
19024 TTCCCGAAGCAAACATTTAATTATAATCNNNNNNNNNNAAAAATAT-AAAAAAGTTCAACTTATA
66 TTCTTGAGGCAAACATTTAATTATAATC-TGTTTTAATAAAAATATAAAAAAAGTTCAACTTAAA
* * *
19088 ACTAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAGGCGATTTATAAG
130 ACTAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGCGAGTAATAAG
* * * * *
19130 GCTTTCGAAGGCATGTGTGACAATAAATGGACTTGTCTTGCCCATGGATATCATTTTCTTTACTT
1 GCTTTCGAAGGCATGGGTGACAATAAATGGACTTTTCTTACCAATGGATATCATTTTCTTCACTT
* * *
19195 TTTTTGAGGCACACATTTAATTATAATCTGTTTTAATAAAAAAATAAAAAA
66 TTCTTGAGGCAAACATTTAATTATAATCTGTTTTAATAAAAATATAAAAAA
19246 TTTAATTTAA
Statistics
Matches: 619, Mismatches: 158, Indels: 38
0.76 0.19 0.05
Matches are distributed among these distances:
166 3 0.00
167 89 0.14
168 39 0.06
170 51 0.08
171 421 0.68
172 16 0.03
ACGTcount: A:0.36, C:0.12, G:0.13, T:0.34
Consensus pattern (171 bp):
GCTTTCGAAGGCATGGGTGACAATAAATGGACTTTTCTTACCAATGGATATCATTTTCTTCACTT
TTCTTGAGGCAAACATTTAATTATAATCTGTTTTAATAAAAATATAAAAAAAGTTCAACTTAAAA
CTAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGCGAGTAATAAG
Found at i:19097 original size:342 final size:338
Alignment explanation
Indices: 18279--19260 Score: 1033
Period size: 342 Copynumber: 2.9 Consensus size: 338
18269 NNNNNNNNNN
18279 GCTTTTGAAGGCATGGGTGGCAACAAATGGACTTTTTTTACCAATGGATATCATTTTCTTCACAT
1 GCTTTTGAAGGCATGGGTGGCAACAAATGGACTTTTTTTACCAATGGATATCATTTTCTTCACAT
* *
18344 TTCCCGAAGCAAACATTTAATTATAATCTTTTTTAATAAAAAATATAAAAAAGCTCAACTTAAAC
66 TTCCCGAAGCAAACATTTAATTATAATC-TGTTTAAAAAAAAATATAAAAAAGCTCAACTTAAA-
18409 CTAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGCGATTTATAAGGCTTTCGAAGGCATGTGTGACAAT
129 CTAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGCGATTTATAAGGCTTTCGAAGGCATGTGTGACAAT
*
18474 AAATGGACTTCTCTTGCCAATGGATATCATTTTCTTTAC-TTTTTTGAGGCACACAATCAATTAT
194 AAATGGACTTCTCTTGCCAATGGATATCATTTTCTTTACTTTTTTTGAGGCACACATTCAATTAT
* * * * * *
18538 AATCTGTTTTAATAAAAAAT-AAATAATTTAATTTAAAATCAATTATGAGCTTATAAAATCATTT
259 AATCTGTTTTAATAAAAAATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTAAAAAAGCATTT
18602 AAAGCGAGTAATAAG
324 AAAGCGAGTAATAAG
**************** * * * * **
18617 GCTTNNNNNNNNNNNNNNNNCTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGGATATCATTTTCTTCATGT
1 GCTTTTGAAGGCATGGGTGGCAACAAATGGACTTTTTTTACCAATGGATATCATTTTCTTCACAT
** * * * * * *********
18682 TTCTTG-AGGAAGACATTCAACTATAATCTGTTTTAATAAAAATTATANNNNNNNNNNAA-TTAA
66 TTCCCGAAGCAA-ACATTTAATTATAATCTG-TTTAAAAAAAAATATA-AAAAAGCTCAACTTAA
* ** * * * * * ****
18745 AATCAATTATGAGGGTATAAATA-TATTTAAACCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCATGGGNNNN
128 ACT-AATTATGAGATTATAAA-ACTATTTAAAGCGATTTATAAGGCTTTCGAAGGCATGTGTGAC
****** * * *
18809 NNNNNNTGGACTTCTCTTACCAATGGATATCATTTTCTTTACTTTTTTTGAGGCAAACATTGAAT
191 AATAAATGGACTTCTCTTGCCAATGGATATCATTTTCTTTACTTTTTTTGAGGCACACATTCAAT
18874 TATAATCTGTTTTAATAAAAATATAAAAAAAGTTCAACTTAAAA-CTAATTATGAGATTAAAAAA
256 TATAATCTGTTTTAATAAAAA-ATAAAAAAA-TTCAACTTAAAATC-AATTATGAGATTAAAAAA
18938 GCATTTAAAGCGAGTAATAAG
318 GCATTTAAAGCGAGTAATAAG
*
18959 GCTTTTGAAGGCATGGGTGGCAACAAATGGACTTTTTTTACCAATGGATATCGTTTTCTTCACAT
1 GCTTTTGAAGGCATGGGTGGCAACAAATGGACTTTTTTTACCAATGGATATCATTTTCTTCACAT
********* *
19024 TTCCCGAAGCAAACATTTAATTATAATCNNNNNNNNNNAAAAATATAAAAAAGTTCAACTTATAA
66 TTCCCGAAGCAAACATTTAATTATAATC-TGTTTAAAAAAAAATATAAAAAAGCTCAACTTA-AA
*
19089 CTAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAGGCGATTTATAAGGCTTTCGAAGGCATGTGTGACAAT
129 CTAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGCGATTTATAAGGCTTTCGAAGGCATGTGTGACAAT
* * *
19154 AAATGGACTTGTCTTGCCCATGGATATCATTTTCTTTACTTTTTTTGAGGCACACATTTAATTAT
194 AAATGGACTTCTCTTGCCAATGGATATCATTTTCTTTACTTTTTTTGAGGCACACATTCAATTAT
* *
19219 AATCTGTTTTAATAAAAAA-ATAAAAAATTTAATTTAAAATCA
259 AATCTGTTTTAATAAAAAATA-AAAAAATTCAACTTAAAATCA
19261 TTTAAAGCGA
Statistics
Matches: 488, Mismatches: 139, Indels: 32
0.74 0.21 0.05
Matches are distributed among these distances:
337 6 0.01
338 163 0.33
339 43 0.09
340 14 0.03
341 17 0.03
342 238 0.49
343 7 0.01
ACGTcount: A:0.36, C:0.12, G:0.13, T:0.35
Consensus pattern (338 bp):
GCTTTTGAAGGCATGGGTGGCAACAAATGGACTTTTTTTACCAATGGATATCATTTTCTTCACAT
TTCCCGAAGCAAACATTTAATTATAATCTGTTTAAAAAAAAATATAAAAAAGCTCAACTTAAACT
AATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGCGATTTATAAGGCTTTCGAAGGCATGTGTGACAATAA
ATGGACTTCTCTTGCCAATGGATATCATTTTCTTTACTTTTTTTGAGGCACACATTCAATTATAA
TCTGTTTTAATAAAAAATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTAAAAAAGCATTTAA
AGCGAGTAATAAG
Found at i:19560 original size:662 final size:670
Alignment explanation
Indices: 18279--19571 Score: 1674
Period size: 662 Copynumber: 1.9 Consensus size: 670
18269 NNNNNNNNNN
18279 GCTTTTGAAGGCATGGGTGGCAACAAATGGACTTTTTTTACCAATGGATATCATTTTCTTCACAT
1 GCTTTTGAAGGCATGGGTGGCAACAAATGGACTTTTTTTACCAATGGATATCATTTTCTTCACAT
18344 TTCCCGAAGCAAACATTTAATTATAATCTTTTTTAATAAAAAATATAAAAAAGCTCAACTTAAAC
66 TTCCCGAAGCAAACATTTAATTATAATCTTTTTTAATAAAAAATATAAAAAAGCTCAACTTAAAC
18409 CTAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGCGATTTATAAGGCTTTCGAAGGCATGTGTGACAAT
131 CTAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGCGATTTATAAGGCTTTCGAAGGCATGTGTGACAAT
18474 AAATGGACTTCTCTTGCCAATGGATATCATTTTCTTTACTTTTTTGAGGCACACAATCAATTATA
196 AAATGGACTTCTCTTGCCAATGGATATCATTTTCTTTACTTTTTTGAGGCACACAATCAATTATA
18539 ATCTGTTTTAATAAAAAATAAATAATTTAATTTAAAATCAATTATGAGCTTATAAAATCATTTAA
261 ATCTGTTTTAAT---AAATAAATAA-TTAA--TAAAAT--ATTA-GA-CTTATAAAATCATTTAA
****************
18604 AGCGAGTAATAAGGCTTNNNNNNNNNNNNNNNNCTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGGATATC
316 AGCGAGTAATAAGGCTTTCTATGGCATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGGATATC
*****
18669 ATTTTCTTCATGTTTCTTGAGGAAGACATTCAACTATAATCTGTTTTAATAAAAATTATANNNNN
381 ATTTTCTTCATGTTTCTTGAGGAAGACATTCAACTATAATCTGTTTTAATAAAAATTATAATAAA
*****
18734 NNNNNAATTAAAATCAATTATGAGGGTATAAATATATTTAAACCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGG
446 ATTTAAATTAAAATCAATTATGAGGGTATAAATATATTTAAACCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGG
********** * *
18799 CATGGGNNNNNNNNNNTGGACTTCTCTTACCAATGGATATCATTTTCTTTACTTTTTTTGAGGCA
511 CATGGGTGATTATAAATGGACTTCTCTTACCAATGGATATCATTTTCTTTACGTTTGTTGAGGCA
18864 AACATTGAATTATAATCTGTTTTAATAAAAATATAAAAAAAGTTCAACTTAAAACTAATTATGAG
576 AACATTGAATTATAATCTGTTTTAATAAAAATATAAAAAAAGTTCAACTTAAAACTAATTATGAG
18929 ATTAAAAAAGCATTTAAAGCGAGTAATAAG
641 ATTAAAAAAGCATTTAAAGCGAGTAATAAG
*
18959 GCTTTTGAAGGCATGGGTGGCAACAAATGGACTTTTTTTACCAATGGATATCGTTTTCTTCACAT
1 GCTTTTGAAGGCATGGGTGGCAACAAATGGACTTTTTTTACCAATGGATATCATTTTCTTCACAT
********** *
19024 TTCCCGAAGCAAACATTTAATTATAATCNNNNNNNNNNAAAAATATAAAAAAGTTCAACTTATAA
66 TTCCCGAAGCAAACATTTAATTATAATCTTTTTTAATAAAAAATATAAAAAAGCTCAACTTA-AA
*
19089 -CTAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAGGCGATTTATAAGGCTTTCGAAGGCATGTGTGACAA
130 CCTAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGCGATTTATAAGGCTTTCGAAGGCATGTGTGACAA
* * * *
19153 TAAATGGACTTGTCTTGCCCATGGATATCATTTTCTTTACTTTTTTTGAGGCACACATTTAATTA
195 TAAATGGACTTCTCTTGCCAATGGATATCATTTTCTTTAC-TTTTTTGAGGCACACAATCAATTA
19218 TAATCTGTTTTAAT-AA-AAA-AA-TAA-AAAAT-TTA-A-TT-TAAAATCATTTAAAGCGAGTA
259 TAATCTGTTTTAATAAATAAATAATTAATAAAATATTAGACTTATAAAATCATTTAAAGCGAGTA
**********
19274 ATAAGGCTTTCTATGGCATGGGTGACTATAAANNNNNNNNNNTTGCCAATGGATATCATTTTCTT
324 ATAAGGCTTTCTATGGCATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGGATATCATTTTCTT
* * *
19339 CATGTTTCTTGAGGCAGACATTCAATTATCATCTGTTTTAATAAAAATTATAATAAAATTTAAAT
389 CATGTTTCTTGAGGAAGACATTCAACTATAATCTGTTTTAATAAAAATTATAATAAAATTTAAAT
**********
19404 TAAAATCAATTATGAGGGTATAAA-ATTATTTAAACCGAGTAATNNNNNNNNNNAAGGCATGGGT
454 TAAAATCAATTATGAGGGTATAAATA-TATTTAAACCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCATGGGT
19468 GATTATAAATGGA-TCTCTCTTACCAATGGATATCATTTTCTTTACGTTTGTTGAGGCAAACATT
518 GATTATAAATGGACT-TCTCTTACCAATGGATATCATTTTCTTTACGTTTGTTGAGGCAAACATT
19532 GAATTATAATCTGTTTTAATAAAAATATAAAAAAAGTTCA
582 GAATTATAATCTGTTTTAATAAAAATATAAAAAAAGTTCA
19572 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 531, Mismatches: 78, Indels: 26
0.84 0.12 0.04
Matches are distributed among these distances:
661 2 0.00
662 254 0.48
663 2 0.00
665 1 0.00
667 3 0.01
670 5 0.01
673 3 0.01
675 2 0.00
676 3 0.01
677 2 0.00
680 216 0.41
681 38 0.07
ACGTcount: A:0.36, C:0.12, G:0.13, T:0.34
Consensus pattern (670 bp):
GCTTTTGAAGGCATGGGTGGCAACAAATGGACTTTTTTTACCAATGGATATCATTTTCTTCACAT
TTCCCGAAGCAAACATTTAATTATAATCTTTTTTAATAAAAAATATAAAAAAGCTCAACTTAAAC
CTAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGCGATTTATAAGGCTTTCGAAGGCATGTGTGACAAT
AAATGGACTTCTCTTGCCAATGGATATCATTTTCTTTACTTTTTTGAGGCACACAATCAATTATA
ATCTGTTTTAATAAATAAATAATTAATAAAATATTAGACTTATAAAATCATTTAAAGCGAGTAAT
AAGGCTTTCTATGGCATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGGATATCATTTTCTTCA
TGTTTCTTGAGGAAGACATTCAACTATAATCTGTTTTAATAAAAATTATAATAAAATTTAAATTA
AAATCAATTATGAGGGTATAAATATATTTAAACCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCATGGGTGAT
TATAAATGGACTTCTCTTACCAATGGATATCATTTTCTTTACGTTTGTTGAGGCAAACATTGAAT
TATAATCTGTTTTAATAAAAATATAAAAAAAGTTCAACTTAAAACTAATTATGAGATTAAAAAAG
CATTTAAAGCGAGTAATAAG
Done.