Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: NW_018398006.1 Herrania umbratica cultivar Fairchild unplaced genomic scaffold, ASM216827v2 scaffold_1311.0, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000
Length: 7183
ACGTcount: A:0.27, C:0.09, G:0.11, T:0.27
Warning! 1916 characters in sequence are not A, C, G, or T
Found at i:1849 original size:509 final size:510
Alignment explanation
Indices: 556--2039 Score: 1569
Period size: 509 Copynumber: 2.9 Consensus size: 510
546 NNNNNNNNNN
* * * * *
556 ATAATCTGTTTTAACTAAAAATGTGAAACAATTAAACTTAAAATCAATTTTAAGACTAT-AAAGC
1 ATAATCTATTTTAAATAAAAATAT-AAA-AA-AAAACTTAAAATCAATTTTAAGACTATAAAACC
* * * *
620 -TGTTTAAAGAGAGTAATAAAGCATTTGAAGGCTTGGGTGACTATAAATGGGCTTTTCTT-TTCA
63 AT-TTTAAAGAGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCTTGGGTGACTAT-AATAGGCTTTTCTTGCT-A
* * * * * * **
683 ATGTACGTGTTTTTCTTCAT-TTTTCTGATGGTAAACATTCAATTATAATCTGTTTTGGCCAAAA
125 ATGAATGTATTTTTCTTCATGTTTTC-CAAGGCAAACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAA
* * **
747 ATATAAAACAATTTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAACAAAGTAATTCG
189 ATATAAAA-AATTTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGAGAGTAATAAG
* * * * * * * *
812 ACTTTCGAAGGATTAGGTGACTATAAATGGGCTTTT-CTTCCTAGTGAATGGGTTTTTCTTCATG
253 GCTTTTGAGGGCTTGGGTGACTATAAATGGGCTTTTCCTGCC-AATGAATGGGTTTTTCTTGATG
* * * * * * * *
876 TTTCCTAAGGTAAACATTCAATTGTAATCTGTT-TTAATAAAAAAT-AAAAAAACATTCAACTT-
317 CTTCTTGAGGCAAACATTCAATTATAATCT-TTGTTAACAAAAAATGTAAAATA-ATTCAACTTC
* * * **********
938 AGAATCAATGAGGAGATTATAAAACCATTTAAANNNNNNNNNNAGGCTTTTGAAGGCTTGGGTGA
380 A-AATCAATTATGAGATTATAAAACCTTTTAAAGAGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCTTGGGTGA
* * * *
1003 TTATAAATAGGCTTTTCTTATCGATGAATGGCTCTTGCTTCAGGTTTTCCATGAAAAATATTCAA
444 TTATAAATGGGCTTTTCTTATCGATAAATGGCTCTTGCTTCAGGTTTTCCAAGAAAAAGATTCAA
*
1068 TT
509 AT
* * **************** *
1070 ATAATCTGTTTTAACTAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAANNNNNNNNNNNNNNNNTAAAACT
1 ATAATCTATTTTAAATAAAAATATAAAAAAA---AACTTAAAATCAATTTTAAGACTATAAAACC
* *
1135 A-TTTAAAGAGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCTTGGGTGACTATAAAAGAG-GTTTCTTGAC-AA
63 ATTTTAAAGAGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCTTGGGTGACTATAATAG-GCTTTTCTTG-CTAA
* * * * **
1197 TGAATGTTTTTTTCTTTATG-TGTCCAAAGCCAAACATTCAATTATAATCTGTTTTAATAAAAAA
126 TGAATGTATTTTTCTTCATGTTTTCC-AAGGCAAACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAA
* * * *
1261 TAGAAAAAAATTCAACTTAAAATTAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGAGAGTAATAAGGC
190 TATAAAAAATTTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGAGAGTAATAAGGC
* * * *
1326 TTTTAAGGGCTTGGGTGACTAAAAATGGGTTTTTCCTGGCAATGAATGGGTTTTTCTTGATGCTT
255 TTTTGAGGGCTTGGGTGACTATAAATGGGCTTTTCCTGCCAATGAATGGGTTTTTCTTGATGCTT
* *
1391 CTTGAGGCAAACATTAAATTATAATCTTTGTTAACAAAAAATGTAAAATAATTCAACTTCAAACC
320 CTTGAGGCAAACATTCAATTATAATCTTTGTTAACAAAAAATGTAAAATAATTCAACTTCAAATC
* *
1456 AATTATGAGATTATAAAACTTTTTAAAGAGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCTTGGGTGACTATAA
385 AATTATGAGATTATAAAACCTTTTAAAGAGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCTTGGGTGATTATAA
* * * * * * ** *
1521 ATGGGCTTTTGTTA-CGAATAAATGGGTTTTTCTTCATG-TTTCTTAAGGGAACGATTCAAAT
450 ATGGGCTTTTCTTATCG-ATAAATGGCTCTTGCTTCAGGTTTTC-CAAGAAAAAGATTCAAAT
* * **
1582 ATAATCTATTTTAAATAAAACTAT-AAAAAAAACTTAAAATCAATTTTGAGGTTATAAAACCATT
1 ATAATCTATTTTAAATAAAAATATAAAAAAAAACTTAAAATCAATTTTAAGACTATAAAACCATT
*
1646 TTAAA-AGAGTAATAAGGCTTTTGAAAGCTTGGGTGACTATGAATAGGCTTTTCTTGCTAATGAA
66 TTAAAGAGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCTTGGGTGACTAT-AATAGGCTTTTCTTGCTAATGAA
*
1710 TGCATTTTTCTTCATGTTTTCCAAGGCAAACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATATAA
130 TGTATTTTTCTTCATGTTTTCCAAGGCAAACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATATAA
*
1775 AAAATTTGAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGAGAGTAATAAGGCTTTTG
195 AAAATTTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGAGAGTAATAAGGCTTTTG
* * * *
1840 AGGGCTTGGGCGACTATATATGGGCTTTTCTTGCCAATGAATGAGTTTTTCTTGATGCTTCTTGA
260 AGGGCTTGGGTGACTATAAATGGGCTTTTCCTGCCAATGAATGGGTTTTTCTTGATGCTTCTTGA
* * * **
1905 GGCAAACATTCAATTATAATCTATGTTAACCAAAAATGTAAAATAATTTAACTTCAAATTGATTA
325 GGCAAACATTCAATTATAATCTTTGTTAACAAAAAATGTAAAATAATTCAACTTCAAATCAATTA
* * *
1970 TGCGATTATAAAACCTTTTAAAGAGAGTAATAAGGCTTTTAAAGACTTGGGTGATTATAAATGGG
390 TGAGATTATAAAACCTTTTAAAGAGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCTTGGGTGATTATAAATGGG
2035 CTTTT
455 CTTTT
2040 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 796, Mismatches: 153, Indels: 47
0.80 0.15 0.05
Matches are distributed among these distances:
508 51 0.06
509 316 0.40
510 4 0.01
511 15 0.02
512 256 0.32
513 78 0.10
514 73 0.09
515 3 0.00
ACGTcount: A:0.37, C:0.11, G:0.15, T:0.35
Consensus pattern (510 bp):
ATAATCTATTTTAAATAAAAATATAAAAAAAAACTTAAAATCAATTTTAAGACTATAAAACCATT
TTAAAGAGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCTTGGGTGACTATAATAGGCTTTTCTTGCTAATGAAT
GTATTTTTCTTCATGTTTTCCAAGGCAAACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATATAAA
AAATTTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGAGAGTAATAAGGCTTTTGA
GGGCTTGGGTGACTATAAATGGGCTTTTCCTGCCAATGAATGGGTTTTTCTTGATGCTTCTTGAG
GCAAACATTCAATTATAATCTTTGTTAACAAAAAATGTAAAATAATTCAACTTCAAATCAATTAT
GAGATTATAAAACCTTTTAAAGAGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCTTGGGTGATTATAAATGGGC
TTTTCTTATCGATAAATGGCTCTTGCTTCAGGTTTTCCAAGAAAAAGATTCAAAT
Found at i:3088 original size:508 final size:500
Alignment explanation
Indices: 2321--3247 Score: 1087
Period size: 508 Copynumber: 1.8 Consensus size: 500
2311 AATTATGAGA
* * * *
2321 TTATAAAACTATTTCAAGAGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCTTGAGTGACTATAAATGGACTTTT
1 TTATAAAACCATTTAAAGAGAGAAATAAGGCTTTCGAAGGCTTGAGTGACTATAAATGGACTTTT
* * * * * *
2386 CTTACCAATGAATGGCTTTGTCTTCAAGTTTCCCATGGAAAACATTCAATTATAGTCTTTTTTAA
66 ATTACCAATGAACGGATTTGTCTTCAAGTTTCCCAAGGAAAACATTCAATTATAATCTATTTTAA
* *
2451 CCAAAAATATAAAAAAACTTAACTTAAAATCAATTTTGAGGTTATAAAACTCTTTAAATAGAGTA
131 CCAAAAATATAAAAAAACTTAACTTAAAATCAATTTTGAGGTTATAAAACTATTTAAAGAGAGTA
* * *
2516 ATAAGGATTTTGAAGGCTTGAGTGACTGCAAATGGGCTTTTTTGCCAATGAATAGCTCTTTCTTC
196 ATAAGGATTTTGAAGGCTTGAGTGACTACAAATGCGCTTTTTTGCCAATGAATAGATCTTTCTTC
* * * * *
2581 AGGCTTCCCATGGAAAACAGTCAATTGTAATATG-TTTTAACC-ATA-TAAAAAAATTCAACTTA
261 AGACTTCCCAAGGAAAACAGTCAATTATAAT-TGATTTTAACCAAAAGTAAAAAAATTCAACTCA
* * * *
2643 AAATCAGTTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTA-AGTAATAAGGCTTTCGAACGCGTGGGT-A
325 AAATCAATTATAAGATTATAAAACCATTTAAAG-AGAGTAATAAGGCTTTCGAACGCATGAGTAA
* *
2706 TCTATAAATGCGCTTTTGTTGCCAATGAATTGGTTTTTCTTCATGCGTCTTGAGGGAAACATTCA
389 T-TATAAATGCGATTTTCTTGCCAATGAATTGGTTTTTCTTCATGCGTCTTGAGGGAAACATTCA
2771 ATTATAGTCTGGTTTACCCAACAATGTAATAAAATTCAATTNNNNNNNNNNTTTGCAG
453 ATTATAGTCTGGTTTACCCAACAATGTAATAAAATTCAATT----------TTTGCAG
* *
2829 TTATAAAACCATTTAAAGAGAGAAATAAGGCTTTCGAAGGCTTGGGTGACTATAAATGGGCTTTT
1 TTATAAAACCATTTAAAGAGAGAAATAAGGCTTTCGAAGGCTTGAGTGACTATAAATGGACTTTT
* * * * *
2894 ATTGCCAATGAACGGATTTTTCTTCATGTTTCCCAAGGAAAATATTCAATTGTAATCTATTTTAA
66 ATTACCAATGAACGGATTTGTCTTCAAGTTTCCCAAGGAAAACATTCAATTATAATCTATTTTAA
* * **
2959 CCAAAAATGTTAAAAAA-TTCAACTTAAAATCAA-TTTGAGGTTATAAAACTATTTAAAGAGANN
131 CCAAAAATATAAAAAAACTT-AACTTAAAATCAATTTTGAGGTTATAAAACTATTTAAAGAGAGT
******** * * * *
3022 NNNNNNNNTTTTGAAGGCTT-AGGTGACTATAAATGCGCTTTTCTTGCCAATGAGTGGATTTTTC
195 AATAAGGATTTTGAAGGCTTGA-GTGACTACAAATGCGCTTTT-TTGCCAATGAATAGATCTTTC
* * * *
3086 TTCATATTTCCCAAGGAAAACATTCAATTATAATTGATTTTAACCAAAAAAGTAAAAAAATTTAA
258 TTCAGACTTCCCAAGGAAAACAGTCAATTATAATTGATTTTAACC--AAAAGTAAAAAAATTCAA
* * * * * * *
3151 CTCAAAATTAATTTTAAGGTTATAAAACCATTTAAAGAGAGTAATATGGCTTTTGAAGGTATGAG
321 CTCAAAATCAATTATAAGATTATAAAACCATTTAAAGAGAGTAATAAGGCTTTCGAACGCATGAG
*
3216 TAATTATAAATGGGATTTTCTTGCCAATGAAT
386 TAATTATAAATGCGATTTTCTTGCCAATGAAT
3248 CACTCTTTCT
Statistics
Matches: 348, Mismatches: 61, Indels: 16
0.82 0.14 0.04
Matches are distributed among these distances:
506 1 0.00
507 59 0.17
508 194 0.56
511 3 0.01
512 89 0.26
513 2 0.01
ACGTcount: A:0.36, C:0.13, G:0.15, T:0.34
Consensus pattern (500 bp):
TTATAAAACCATTTAAAGAGAGAAATAAGGCTTTCGAAGGCTTGAGTGACTATAAATGGACTTTT
ATTACCAATGAACGGATTTGTCTTCAAGTTTCCCAAGGAAAACATTCAATTATAATCTATTTTAA
CCAAAAATATAAAAAAACTTAACTTAAAATCAATTTTGAGGTTATAAAACTATTTAAAGAGAGTA
ATAAGGATTTTGAAGGCTTGAGTGACTACAAATGCGCTTTTTTGCCAATGAATAGATCTTTCTTC
AGACTTCCCAAGGAAAACAGTCAATTATAATTGATTTTAACCAAAAGTAAAAAAATTCAACTCAA
AATCAATTATAAGATTATAAAACCATTTAAAGAGAGTAATAAGGCTTTCGAACGCATGAGTAATT
ATAAATGCGATTTTCTTGCCAATGAATTGGTTTTTCTTCATGCGTCTTGAGGGAAACATTCAATT
ATAGTCTGGTTTACCCAACAATGTAATAAAATTCAATTTTTGCAG
Found at i:3109 original size:341 final size:340
Alignment explanation
Indices: 556--3327 Score: 1242
Period size: 341 Copynumber: 8.1 Consensus size: 340
546 NNNNNNNNNN
* * * * * * * *
556 ATAATCTGTTTTAACTAAAAATG-TGAAACAATTAAACTTAAAATCAATTTTAAGACTATAAAGC
1 ATAATCTATTTTAACCAAAAATGTTAAAACAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAAC
* * * * **
620 TGTTTAAAGAGAGTAATAAAGCATTTGAAGGCTTGGGTGACTATAAATGGGCTTTTCTTTTCAAT
66 TATTTAAAGAGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCTT-GGTGACTATAAATGCGCTTTTCTTGCCAAT
* * * ** * * * ** *
685 GTACGTGTTTTTCTTCATTTTTCTGATGGTAAACATTCAATTATAATCTGTTTTGGCCAAAAATA
130 GAATG-GTTTTTCTTCATATTTCCCAAGGAAAACATTCAATTATAGTCTGTTTTAACCAAAAATG
* * * * * ** *
750 TAAAACAATTTCAACTTAAAATC-AATTATG-AGATTATAAAACCATTTAAACAAAGTAATTCGA
194 TAAAA-AAATT-AA-TTAAAAACAAATT-TGAAGGTTATAAAACCATTTAAAGAGAGTAATAAGG
* * * * * * *
813 CTTTCGAAGGATT-AGGTGACTATAAATGGGCTTTTCTT-CCTAGTGAATGGGTTTTTCTTCATG
255 CTTTTGAAGGCTTGA-GTGACTATAAATGGGCTTTTCTTGCC-AATGAACGGATCTTTCTTCAGG
* *
876 TTTCCTAAGGTAAACATTCAATT
318 TTTCCCAAGGAAAACATTCAATT
* * ** *** * * *
899 GTAATCTGTTTTAATAAAAAATAAAAAAAC-ATTCAACTTAGAATCAATGAGGAGATTATAAAAC
1 ATAATCTATTTTAACCAAAAATGTTAAAACAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAAC
* ********** * ** *
963 CATTTAAANNNNNNNNNNAGGCTTTTGAAGGCTTGGGTGATTATAAATAG-GCTTTTCTTATCGA
66 TATTTAAAGAGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCTT-GGTGACTATAAAT-GCGCTTTTCTTGCCAA
* * ** * * * * * *
1027 TGAATGGCTCTTGCTTCAGGTTTTCCATGAAAAATATTCAATTATAATCTGTTTTAACTAAAAAT
129 TGAATGG-TTTTTCTTCATATTTCCCAAGGAAAACATTCAATTATAGTCTGTTTTAACCAAAAAT
* **************** *
1092 ATAAAAAAATTCAACTT-AAANNNNNNNNNNNNNNNNTAAAACTATTTAAAGAGAGTAATAAGGC
193 GTAAAAAAATT-AA-TTAAAAACAAATTTGAAGGTTATAAAACCATTTAAAGAGAGTAATAAGGC
* * * * ** * * * *
1156 TTTTGAAGGCTTGGGTGACTATAAAAGAGG--TTTCTTGACAATGAATGTTTTTTTCTTTATGTG
256 TTTTGAAGGCTTGAGTGACTATAAATG-GGCTTTTCTTGCCAATGAACGGATCTTTCTTCAGGTT
* **
1219 TCCAAAGCCAAACATTCAATT
320 TCCCAAGGAAAACATTCAATT
* ** * *
1240 ATAATCTGTTTTAATAAAAAATAG--AAAAAAATTCAACTTAAAATTAATTATGAGATTATAAAA
1 ATAATCTATTTTAACCAAAAAT-GTTAAAACAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAA
* * * * *
1303 CTATTTAAAGAGAGTAATAAGGCTTTT-AAGGGCTTGGGTGACTAAAAATGGGTTTTTCCTGGCA
65 CTATTTAAAGAGAGTAATAAGGCTTTTGAA-GGCTT-GGTGACTATAAATGCGCTTTTCTTGCCA
* ** *** * * * *
1367 ATGAATGGGTTTTTCTTGATGCTTCTTGAGGCAAACATTAAATTATAATCT-TTGTTAACAAAAA
128 ATGAAT-GGTTTTTCTTCATATTTCCCAAGGAAAACATTCAATTATAGTCTGTT-TTAACCAAAA
* * * * **
1431 ATGTAAAATAATTCAACTT-CAAACCAATTATG-AGATTATAAAACTTTTTAAAGAGAGTAATAA
191 ATGTAAAAAAATT-AA-TTAAAAACAAATT-TGAAGGTTATAAAACCATTTAAAGAGAGTAATAA
* * * * * * * * *
1494 GGCTTTTGAAGGCTTGGGTGACTATAAATGGGCTTTTGTTACGAATAAATGGGTTTTTCTTCATG
253 GGCTTTTGAAGGCTTGAGTGACTATAAATGGGCTTTTCTTGCCAATGAACGGATCTTTCTTCAGG
** * *
1559 TTTCTTAAGG-GAACGATTCAAAT
318 TTTCCCAAGGAAAAC-ATTCAATT
** * * * *
1582 ATAATCTATTTTAAATAAAACT-ATAAAA-AA---AACTTAAAATCAATTTTGAGGTTATAAAAC
1 ATAATCTATTTTAACCAAAAATGTTAAAACAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAAC
* * * *
1642 CATTTTAAA-AGAGTAATAAGGCTTTTGAAAGCTTGGGTGACTATGAATAG-GCTTTTCTTGCTA
66 TA-TTTAAAGAGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCTT-GGTGACTATAAAT-GCGCTTTTCTTGCCA
* * * * *
1705 ATGAATGCATTTTTCTTCATGTTTTCCAAGGCAAACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAA
128 ATGAATG-GTTTTTCTTCATATTTCCCAAGGAAAACATTCAATTATAGTCTGTTTTAACCAAAAA
* * * *
1770 TATAAAAAATTTGAACTTAAAATC-AATTATG-AGATTATAAAACCATTTAAAGAGAGTAATAAG
192 TGTAAAAAAATT-AA-TTAAAAACAAATT-TGAAGGTTATAAAACCATTTAAAGAGAGTAATAAG
* * * * * * * *
1833 GCTTTTGAGGGCTTGGGCGACTATATATGGGCTTTTCTTGCCAATGAA-TGAGTTTTTCTTGATG
254 GCTTTTGAAGGCTTGAGTGACTATAAATGGGCTTTTCTTGCCAATGAACGGA-TCTTTCTTCAGG
* *** *
1897 CTTCTTGAGGCAAACATTCAATT
318 TTTCCCAAGGAAAACATTCAATT
* * * * ** *
1920 ATAATCTATGTTAACCAAAAATG-TAAAATAATTTAACTTCAAATTGATTATGCGATTATAAAAC
1 ATAATCTATTTTAACCAAAAATGTTAAAACAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAA-
* * * * ***
1984 CT-TTTAAAGAGAGTAATAAGGCTTTTAAAGACTTGGGTGATTATAAATGGGCTTTTNNNNNNNN
65 CTATTTAAAGAGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCTT-GGTGACTATAAATGCGCTTTT-----CTT
*****************************************************************
2048 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
124 GCCAATGAATGGTTTTTCTTCATATTTCCCAAGGAAAACATTCAATTATAGTCTGTTTTAACCAA
************ * * * * *
2113 NNNNNNNNNNNNATACAACTTAAAATCAATTTTGAA-GTGATAAAACTATTTAAAGAGAGTAATA
189 AAATGTAAAAAAAT-TAA-TTAAAAACAAATTTGAAGGTTATAAAACCATTTAAAGAGAGTAATA
* * * * * * *
2177 AGACTTTTGAAGGCTTGGGTGACTATGAATAGGCTTTTCTTGTCAATGAATGTG-TTTTTCTTCA
252 AGGCTTTTGAAGGCTTGAGTGACTATAAATGGGCTTTTCTTGCCAATGAACG-GATCTTTCTTCA
* * *
2241 TG-TTCTCCAAGGTAAACACTCAATT
316 GGTTTC-CCAAGGAAAACATTCAATT
** *
2266 ATAATCCGTTTTAACCAAAAATG--AAAACAATTTGAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAA
1 ATAATCTATTTTAACCAAAAATGTTAAAACAA-TTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAA
* *
2329 CTATTTCAAGAGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCTTGAGTGACTATAAATG-GACTTTTCTTACCA
65 CTATTTAAAGAGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCTTG-GTGACTATAAATGCG-CTTTTCTTGCCA
* * *
2393 ATGAATGGCTTTGTCTTCA-AGTTTCCCATGGAAAACATTCAATTATAGTCTTTTTTAACCAAAA
128 ATGAATGG-TTTTTCTTCATA-TTTCCCAAGGAAAACATTCAATTATAGTCTGTTTTAACCAAAA
* * * *
2457 ATATAAAAAAACTTAACTTAAAATCAATTTTG-AGGTTATAAAACTC-TTTAAATAGAGTAATAA
191 ATGTAAAAAAA-TTAA-TTAAAAACAAATTTGAAGGTTATAAAAC-CATTTAAAGAGAGTAATAA
* ** ** *
2520 GGATTTTGAAGGCTTGAGTGACTGCAAATGGGCTTTT-TTGCCAATGAATAGCTCTTTCTTCAGG
253 GGCTTTTGAAGGCTTGAGTGACTATAAATGGGCTTTTCTTGCCAATGAACGGATCTTTCTTCAGG
* * *
2584 CTTCCCATGGAAAACAGTCAATT
318 TTTCCCAAGGAAAACATTCAATT
* * * * * *
2607 GTAATATGTTTTAACC----AT-ATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAGTTATGAGATTATAAAAC
1 ATAATCTATTTTAACCAAAAATGTTAAAACAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAAC
* * * * *
2667 CATTTAAAGTA-AGTAATAAGGCTTTCGAACGCGTGG-GTATCTATAAATGCGCTTTTGTTGCCA
66 TATTTAAAG-AGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCTTGGTG-A-CTATAAATGCGCTTTTCTTGCCA
*** *** * * * *
2730 ATGAATTGGTTTTTCTTCATGCGTCTTGAGGGAAACATTCAATTATAGTCTGGTTTACCCAACAA
128 ATGAA-TGGTTTTTCTTCATATTTCCCAAGGAAAACATTCAATTATAGTCTGTTTTAACCAAAAA
* ********* * *
2795 TGTAATAAAATTCAATTNNNNNNNNNNTTTGCA-GTTATAAAACCATTTAAAGAGAGAAATAAGG
192 TGTAAAAAAATT-AATT-AAAAACAAATTTGAAGGTTATAAAACCATTTAAAGAGAGTAATAAGG
* * * * *
2859 CTTTCGAAGGCTTGGGTGACTATAAATGGGCTTTTATTGCCAATGAACGGATTTTTCTTCATGTT
255 CTTTTGAAGGCTTGAGTGACTATAAATGGGCTTTTCTTGCCAATGAACGGATCTTTCTTCAGGTT
*
2924 TCCCAAGGAAAATATTCAATT
320 TCCCAAGGAAAACATTCAATT
* *
2945 GTAATCTATTTTAACCAAAAATGTTAAAA-AATTCAACTTAAAATCAATT-TGAGGTTATAAAAC
1 ATAATCTATTTTAACCAAAAATGTTAAAACAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAAC
**********
3008 TATTTAAAGAGANNNNNNNNNNTTTTGAAGGCTTAGGTGACTATAAATGCGCTTTTCTTGCCAAT
66 TATTTAAAGAGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCTT-GGTGACTATAAATGCGCTTTTCTTGCCAAT
* * *
3073 GAGTGGATTTTTCTTCATATTTCCCAAGGAAAACATTCAATTATAAT-TGATTTTAACCAAAAAA
130 GAATGG-TTTTTCTTCATATTTCCCAAGGAAAACATTCAATTATAGTCTG-TTTTAACCAAAAAT
* * ** * *
3137 GTAAAAAAATTTAACTCAAAATTAATTTTAAGGTTATAAAACCATTTAAAGAGAGTAATATGGCT
193 GTAAAAAAA-TTAATTAAAAACAAATTTGAAGGTTATAAAACCATTTAAAGAGAGTAATAAGGCT
* * * *
3202 TTTGAAGG-TATGAGTAATTATAAATGGGATTTTCTTGCCAATGAATC--ACTCTTTCTTTAGGT
257 TTTGAAGGCT-TGAGTGACTATAAATGGGCTTTTCTTGCCAATGAA-CGGA-TCTTTCTTCAGGT
* *
3264 TTCACATGGAAAACATTCAATT
319 TTCCCAAGGAAAACATTCAATT
*
3286 ATAATCTATTTTAACCAAAAAT-ATAAAACAATTCAACTTAAA
1 ATAATCTATTTTAACCAAAAATGTTAAAACAATTCAACTTAAA
3328 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 1801, Mismatches: 541, Indels: 176
0.72 0.21 0.07
Matches are distributed among these distances:
335 1 0.00
336 7 0.00
337 200 0.11
338 329 0.18
339 19 0.01
340 29 0.02
341 556 0.31
342 283 0.16
343 154 0.09
344 5 0.00
345 13 0.01
346 200 0.11
347 4 0.00
348 1 0.00
ACGTcount: A:0.35, C:0.12, G:0.15, T:0.34
Consensus pattern (340 bp):
ATAATCTATTTTAACCAAAAATGTTAAAACAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAAC
TATTTAAAGAGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCTTGGTGACTATAAATGCGCTTTTCTTGCCAATG
AATGGTTTTTCTTCATATTTCCCAAGGAAAACATTCAATTATAGTCTGTTTTAACCAAAAATGTA
AAAAAATTAATTAAAAACAAATTTGAAGGTTATAAAACCATTTAAAGAGAGTAATAAGGCTTTTG
AAGGCTTGAGTGACTATAAATGGGCTTTTCTTGCCAATGAACGGATCTTTCTTCAGGTTTCCCAA
GGAAAACATTCAATT
Found at i:3113 original size:170 final size:168
Alignment explanation
Indices: 556--3327 Score: 1629
Period size: 171 Copynumber: 16.2 Consensus size: 168
546 NNNNNNNNNN
* * * * * ** * *
556 ATAATCTGTTTTAACTAAAAATGTGAAACAATTAAACTTAAAATCAATTTTAAGACTATAAAGCT
1 ATAATCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAA-TTTGAGGTTATAAAACC
* * * **
621 GTTTAAAGAGAGTAATAAAGCATTTGAAGGCTTGGGTGACTATAAATGGGCTTTTCTTTTCAATG
65 ATTTAAAGAGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCTTGGGTGACTATAAAT-GGCTTTTCTTGCCAATG
* * * ** * *
686 TACGTGTTTTTCTTCATTTTTCTGATGGTAAACATTCAATT
129 AATG-GTTTTTCTTCATGTTTCCCAAGGAAAACATTCAATT
** * * *
727 ATAATCTGTTTTGGCCAAAAATATAAAACAATTTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAAC
1 ATAATCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAA-AAATTCAACTTAAAATCAATT-TGAGGTTATAAAAC
* * ** * * * * *
792 CATTTAAACAAAGTAATTCGACTTTCGAAGGATTAGGTGACTATAAATGGGCTTTTCTT-CCTAG
64 CATTTAAAGAGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCTTGGGTGACTATAAAT-GGCTTTTCTTGCC-AA
* *
856 TGAATGGGTTTTTCTTCATGTTTCCTAAGGTAAACATTCAATT
127 TGAAT-GGTTTTTCTTCATGTTTCCCAAGGAAAACATTCAATT
* ** * * ** *
899 GTAATCTGTTTTAATAAAAAAT-AAAAAAACATTCAACTTAGAATCAATGAGGAGATTATAAAAC
1 ATAATCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAA-ATTCAACTTAAAATCAAT-TTGAGGTTATAAAAC
********** * ** *
963 CATTTAAANNNNNNNNNNAGGCTTTTGAAGGCTTGGGTGATTATAAATAGGCTTTTCTTATCGAT
64 CATTTAAAGAGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCTTGGGTGACTATAAAT-GGCTTTTCTTGCCAAT
* * * * * * *
1028 GAATGGCTCTTGCTTCAGGTTTTCCATGAAAAATATTCAATT
128 GAATGG-TTTTTCTTCATGTTTCCCAAGGAAAACATTCAATT
* * *************** *
1070 ATAATCTGTTTTAACTAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAANNNNNNNNNNNNNNNNTAAAACT
1 ATAATCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAA-ATCAATTTGAGGTTATAAAACC
* * *
1135 ATTTAAAGAGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCTTGGGTGACTATAAAAGAG-GTTTCTTGACAATG
65 ATTTAAAGAGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCTTGGGTGACTATAAATG-GCTTTTCTTGCCAATG
* * * * **
1199 AATGTTTTTTTCTTTATGTGTCCAAAGCCAAACATTCAATT
129 AATG-GTTTTTCTTCATGTTTCCCAAGGAAAACATTCAATT
** * *
1240 ATAATCTGTTTTAATAAAAAATAG-AAAAAAATTCAACTTAAAATTAATTATGAGATTATAAAAC
1 ATAATCTGTTTTAACCAAAAAT-GTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATT-TGAGGTTATAAAAC
* * * * *
1304 TATTTAAAGAGAGTAATAAGGCTTTT-AAGGGCTTGGGTGACTAAAAATGGGTTTTTCCTGGCAA
64 CATTTAAAGAGAGTAATAAGGCTTTTGAA-GGCTTGGGTGACTATAAAT-GGCTTTTCTTGCCAA
* * *** * *
1368 TGAATGGGTTTTTCTTGATGCTTCTTGAGGCAAACATTAAATT
127 TGAAT-GGTTTTTCTTCATGTTTCCCAAGGAAAACATTCAATT
* * * * *
1411 ATAATCT-TTGTTAACAAAAAATGTAAAATAATTCAACTTCAAACCAATTATGAGATTATAAAAC
1 ATAATCTGTT-TTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATT-TGAGGTTATAAAAC
** * * *
1475 TTTTTAAAGAGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCTTGGGTGACTATAAATGGGCTTTTGTTACGAAT
64 CATTTAAAGAGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCTTGGGTGACTATAAAT-GGCTTTTCTTGCCAAT
* ** * *
1540 AAATGGGTTTTTCTTCATGTTTCTTAAGG-GAACGATTCAAAT
128 GAAT-GGTTTTTCTTCATGTTTCCCAAGGAAAAC-ATTCAATT
* ** * *
1582 ATAATCTATTTTAAATAAAACTAT-AAAAAA---AACTTAAAATCAATTTTGAGGTTATAAAACC
1 ATAATCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAA-TTTGAGGTTATAAAACC
* * *
1643 ATTTTAAA-AGAGTAATAAGGCTTTTGAAAGCTTGGGTGACTATGAATAGGCTTTTCTTGCTAAT
65 A-TTTAAAGAGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCTTGGGTGACTATAAAT-GGCTTTTCTTGCCAAT
* * *
1707 GAATGCATTTTTCTTCATGTTTTCCAAGGCAAACATTCAATT
128 GAATG-GTTTTTCTTCATGTTTCCCAAGGAAAACATTCAATT
* * * *
1749 ATAATCTGTTTTAACCAAAAATATAAAAAATTTGAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACC
1 ATAATCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATT-TGAGGTTATAAAACC
* * *
1814 ATTTAAAGAGAGTAATAAGGCTTTTGAGGGCTTGGGCGACTATATATGGGCTTTTCTTGCCAATG
65 ATTTAAAGAGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCTTGGGTGACTATAAAT-GGCTTTTCTTGCCAATG
* * *** *
1879 AATGAGTTTTTCTTGATGCTTCTTGAGGCAAACATTCAATT
129 AATG-GTTTTTCTTCATGTTTCCCAAGGAAAACATTCAATT
* * * * * ** * *
1920 ATAATCTATGTTAACCAAAAATGTAAAATAATTTAACTTCAAATTGATTATGCGATTATAAAACC
1 ATAATCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATT-TGAGGTTATAAAACC
* * * * *****
1985 TTTTAAAGAGAGTAATAAGGCTTTTAAAGACTTGGGTGATTATAAATGGGCTTTTNNNNNNNNNN
65 ATTTAAAGAGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCTTGGGTGACTATAAAT-GGCTTTT-----CTTGC
*********************************************
2050 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
124 CAATGAATGGTTTTTCTTCATGTTTCCCAAGGAAAACATTCAATT
****************************** * * * *
2095 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNATACAACTTAAAATCAATTTTGAAGTGATAAAACT
1 ATAATCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAA-TTTGAGGTTATAAAACC
* * *
2160 ATTTAAAGAGAGTAATAAGACTTTTGAAGGCTTGGGTGACTATGAATAGGCTTTTCTTGTCAATG
65 ATTTAAAGAGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCTTGGGTGACTATAAAT-GGCTTTTCTTGCCAATG
* *
2225 AATGTGTTTTTCTTCATG-TTCTCCAAGGTAAACACTCAATT
129 AATG-GTTTTTCTTCATGTTTC-CCAAGGAAAACATTCAATT
* * * *
2266 ATAATCCGTTTTAACCAAAAATG-AAAACAATTTGAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAAC
1 ATAATCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAA-AAATTCAACTTAAAATCAATT-TGAGGTTATAAAAC
* * * *
2330 TATTTCAAGAGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCTTGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTACCAAT
64 CATTTAAAGAGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCTTGGGTGACTATAAATGG-CTTTTCTTGCCAAT
* * *
2395 GAATGGCTTTGTCTTCAAGTTTCCCATGGAAAACATTCAATT
128 GAATGG-TTTTTCTTCATGTTTCCCAAGGAAAACATTCAATT
* * *
2437 ATAGTCTTTTTTAACCAAAAATATAAAAAAACTT-AACTTAAAATCAATTTTGAGGTTATAAAAC
1 ATAATCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAA-TTCAACTTAAAATCAA-TTTGAGGTTATAAAAC
* * * **
2501 TC-TTTAAATAGAGTAATAAGGATTTTGAAGGCTTGAGTGACTGCAAATGGGCTTTT-TTGCCAA
64 -CATTTAAAGAGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCTTGGGTGACTATAAAT-GGCTTTTCTTGCCAA
* * * * * *
2564 TGAATAGCTCTTTCTTCAGGCTTCCCATGGAAAACAGTCAATT
127 TGAAT-GGTTTTTCTTCATGTTTCCCAAGGAAAACATTCAATT
* * * * *
2607 GTAATATGTTTTAACC----ATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAGTTATGAGATTATAAAACC
1 ATAATCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATT-TGAGGTTATAAAACC
* * * *
2668 ATTTAAAGTA-AGTAATAAGGCTTTCGAACGCGTGGGT-ATCTATAAATGCGCTTTTGTTGCCAA
65 ATTTAAAG-AGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCTTGGGTGA-CTATAAATG-GCTTTTCTTGCCAA
** *** *
2731 TGAATTGGTTTTTCTTCATGCGTCTTGAGGGAAACATTCAATT
127 TGAA-TGGTTTTTCTTCATGTTTCCCAAGGAAAACATTCAATT
* * * * * ********
2774 ATAGTCTGGTTTACCCAACAATGTAATAAAATTCAA-TTNNNNNNNNNNTTTGCA-GTTATAAAA
1 ATAATCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTT--AAAATCAATTTG-AGGTTATAAAA
* * *
2837 CCATTTAAAGAGAGAAATAAGGCTTTCGAAGGCTTGGGTGACTATAAATGGGCTTTTATTGCCAA
63 CCATTTAAAGAGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCTTGGGTGACTATAAAT-GGCTTTTCTTGCCAA
* *
2902 TGAACGGATTTTTCTTCATGTTTCCCAAGGAAAATATTCAATT
127 TGAATGG-TTTTTCTTCATGTTTCCCAAGGAAAACATTCAATT
* * * *
2945 GTAATCTATTTTAACCAAAAATGTTAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTTGAGGTTATAAAACTA
1 ATAATCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTTGAGGTTATAAAACCA
********** *
3010 TTTAAAGAGANNNNNNNNNNTTTTGAAGGCTTAGGTGACTATAAATGCGCTTTTCTTGCCAATGA
66 TTTAAAGAGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCTTGGGTGACTATAAATG-GCTTTTCTTGCCAATGA
* *
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* * * * *
3115 ATAAT-TGATTTTAACCAAAAAAGTAAAAAAATTTAACTCAAAATTAATTTTAAGGTTATAAAAC
1 ATAATCTG-TTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAA-TTTGAGGTTATAAAAC
* * * * *
3179 CATTTAAAGAGAGTAATATGGCTTTTGAAGG-TATGAGTAATTATAAATGGGATTTTCTTGCCAA
64 CATTTAAAGAGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCT-TGGGTGACTATAAAT-GGCTTTTCTTGCCAA
** * * * * *
3243 TGAATCACTCTTTCTTTAGGTTTCACATGGAAAACATTCAATT
127 TGAAT-GGTTTTTCTTCATGTTTCCCAAGGAAAACATTCAATT
* * *
3286 ATAATCTATTTTAACCAAAAATATAAAACAATTCAACTTAAA
1 ATAATCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAA
3328 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 1953, Mismatches: 568, Indels: 160
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Matches are distributed among these distances:
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173 1 0.00
175 70 0.04
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ACGTcount: A:0.35, C:0.12, G:0.15, T:0.34
Consensus pattern (168 bp):
ATAATCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTTGAGGTTATAAAACCA
TTTAAAGAGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCTTGGGTGACTATAAATGGCTTTTCTTGCCAATGAA
TGGTTTTTCTTCATGTTTCCCAAGGAAAACATTCAATT
Found at i:5499 original size:171 final size:171
Alignment explanation
Indices: 5226--5570 Score: 464
Period size: 171 Copynumber: 2.0 Consensus size: 171
5216 TTTTTGGTTG
* * * * *
5226 AAACAGATTATAATTGAATGTTTTCCTAGGGAAACATCAAGAAAAATCCATTCATTGGCAAGAAA
1 AAACAAATTATAATTGAATGATTTCCTAGGGAAACATAAAGAAAAAGCCATACATTGGCAAGAAA
** * *
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66 ACCCCATTTATAGTCACCCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACT-TTCTTTAAATAGTTTTATAACC
* * * *
5355 TCAAAATTGATTTTAACTTGATTTTTTTTATATTTTTAATTA
130 TCAAAATTAATTTTAACTTAAATTTTTTTACATTTTTAATTA
*
5397 AAACAAATTAT-ATATGAATGATTTCC-ATGGGAAAGC-TAAAGAAAAAGCTATACATTGGCAAG
1 AAACAAATTATAAT-TGAATGATTTCCTA-GGGAAA-CATAAAGAAAAAGCCATACATTGGCAAG
*
5459 AAAACCCCATTTATAGTCGCCCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTTTCTTTAAATAGTTTTATAA
63 AAAACCCCATTTATAGTCACCCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTTTCTTTAAATAGTTTTATAA
* * *
5524 CCTCAAAATTAATTTTGAGTTAAATTTTTTTACATTTTTAGTTA
128 CCTCAAAATTAATTTTAACTTAAATTTTTTTACATTTTTAATTA
5568 AAA
1 AAA
5571 TNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 152, Mismatches: 18, Indels: 8
0.85 0.10 0.04
Matches are distributed among these distances:
170 5 0.03
171 146 0.96
172 1 0.01
ACGTcount: A:0.37, C:0.15, G:0.11, T:0.37
Consensus pattern (171 bp):
AAACAAATTATAATTGAATGATTTCCTAGGGAAACATAAAGAAAAAGCCATACATTGGCAAGAAA
ACCCCATTTATAGTCACCCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTTTCTTTAAATAGTTTTATAACCT
CAAAATTAATTTTAACTTAAATTTTTTTACATTTTTAATTA
Found at i:6031 original size:171 final size:171
Alignment explanation
Indices: 5672--6213 Score: 468
Period size: 171 Copynumber: 3.2 Consensus size: 171
5662 NNNNNNNNNN
* * * * *
5672 GAAGGCTTGGGTGACTATAAATGGGCTTTTCTTGCCAATGTATGGCTTTTTCTTCAGCTTTCCCA
1 GAAGGCTTGGATGACTATAAATGGGCTTTTCTTGCTAATGAATGGCTTTTTCTTGAGGTTTCCCA
* * *** * * *
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*** * * ********
5800 TTTTGTGGTTAAAAAACCATTTAAAGAGAGTAATANNNNNNNN
129 TTTTGAACTTATAAAACCATTTAAAGAAAGTAATAAAGCTTTT
** * *
5843 NNAGGATTAGG-TGACTATAAATGGGCTTTTCTTG-TCAATGAAT-GCATTTTTCTTGATGTTT-
1 GAAGGCTT-GGATGACTATAAATGGGCTTTTCTTGCT-AATGAATGGC-TTTTTCTTGAGGTTTC
* *
5904 CCTTAGGAAAACATTCAATTATAATCGGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATT
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* *
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* * *
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1 GAAGGCT-TGGATGACTATAAATGGGCTTTTCTTGCTAATGAATGGCTTTTTCTTGAGGTTTCCC
********** *
6078 ATGGAAAACATTNNNNNNNNNNCTGTTTTAACCAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATTAAT
65 ATGGAAAACATTCAATTATAATCGGTTTTAACCAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATTAAT
** * **
6143 TTTGAGGTTATTAAATTATTTAAAGAAAGTAATAAAGCTTTT
130 TTTGAACTTATAAAACCATTTAAAGAAAGTAATAAAGCTTTT
* * *
6185 GAAGGCTTGGGTGACTATGAATAGGCTTT
1 GAAGGCTTGGATGACTATAAATGGGCTTT
6214 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 298, Mismatches: 61, Indels: 24
0.78 0.16 0.06
Matches are distributed among these distances:
170 9 0.03
171 278 0.93
172 11 0.04
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Consensus pattern (171 bp):
GAAGGCTTGGATGACTATAAATGGGCTTTTCTTGCTAATGAATGGCTTTTTCTTGAGGTTTCCCA
TGGAAAACATTCAATTATAATCGGTTTTAACCAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATTAATT
TTGAACTTATAAAACCATTTAAAGAAAGTAATAAAGCTTTT
Done.