Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: NW_018397329.1 Herrania umbratica cultivar Fairchild unplaced genomic scaffold, ASM216827v2 scaffold_33.0, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000
Length: 60246
ACGTcount: A:0.32, C:0.13, G:0.14, T:0.33
Warning! 4951 characters in sequence are not A, C, G, or T
Found at i:462 original size:155 final size:156
Alignment explanation
Indices: 180--474 Score: 359
Period size: 155 Copynumber: 1.9 Consensus size: 156
170 ATAATTACAT
* * * * *
180 GCTTTAAATAGTTTTATAATATCATAATTGATTTTGAAGTTGAATTTTTTTACTTTTTTTGTTAA
1 GCTTTAAATAGTTTTATAATATCATAAATGATTTTGAAGTTAAAATTTTTTACTTTGTTTGTCAA
* * *
245 AATATATTATAATTCAATCTCTACCTTAGAAACGTGAGAAAAAAACTACTCATTGGCAAG-AAAG
66 AATAGATTATAATTCAATCTCTACCTAAGAAACATGAGAAAAAAACTACTCATTGGCAAGAAAAG
309 TCCATTTATAGTGACTCATTCCTCTC
131 TCCATTTATAGTGACTCATTCCTCTC
* *
335 GCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAAATGATTTT-AAGTTAAAATTTTTTA-TATTGTTTGTCA
1 GCTTTAAATAGTTTTATAATATCATAAATGATTTTGAAGTTAAAATTTTTTACT-TTGTTTGTCA
* * * * * *
398 AAATAGATTATAATTGAATGTCTATCTCAAGAAATATGA-AGCAAAAGCTA-TCCATTGG-AGAG
65 AAATAGATTATAATTCAATCTCTACCT-AAGAAACATGAGA-AAAAAACTACT-CATTGGCA-AG
460 AAAAGTCCATTTATA
126 AAAAGTCCATTTATA
475 TTTACCTATG
Statistics
Matches: 118, Mismatches: 16, Indels: 11
0.81 0.11 0.08
Matches are distributed among these distances:
153 1 0.01
154 48 0.41
155 55 0.47
156 14 0.12
ACGTcount: A:0.36, C:0.12, G:0.12, T:0.40
Consensus pattern (156 bp):
GCTTTAAATAGTTTTATAATATCATAAATGATTTTGAAGTTAAAATTTTTTACTTTGTTTGTCAA
AATAGATTATAATTCAATCTCTACCTAAGAAACATGAGAAAAAAACTACTCATTGGCAAGAAAAG
TCCATTTATAGTGACTCATTCCTCTC
Found at i:626 original size:326 final size:326
Alignment explanation
Indices: 6--633 Score: 739
Period size: 326 Copynumber: 1.9 Consensus size: 326
1 TATTA
* *
6 CTCGCTTTAAATGATTTTACAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTCTTTATATTGTTGGAT
1 CTCGCTTTAAATGATTTTACAATCTCATAAATGATTTTAAGTTAAATTTCTTTATATTGTTGGAT
* * * * * *
71 TAAATAGATTATAATTGAATGTTTGCCTCAAGAAATGTGAAGTAAAAGCCATCTATTAAAAAGAA
66 AAAATAGATTATAATTGAATGTCTACCTCAAGAAATATGAAGCAAAAGCCATCCATTAAAAAGAA
* * * *
136 AAGTTCATTTATACTCACTTATACCTTCGAAAGCATAATTACATGCTTTAAATAGTTTTATAATA
131 AAGTCCATTTATACTCACCTATACCTTCAAAAACATAATTACATGCTTTAAATAGTTTTATAATA
* * * * *
201 TCATAATTGATTTTGAAGTTGAATTTTTTTACTTTTTTTGTTAAAATATATTATAATTCAATCTC
196 TCATAATTGATTTTGAAGTTGAATTATTTTACTTTTTTGGTTAAAACAGATAATAATTCAATCTC
* *
266 TACCTTAGAAACGTGAGAAAAAAACTACTCATTGGCAAGAAAGTCCATTTATAGTGACTCATTCC
261 TACCTGAGAAACGTGAGAAAAAAACCACTCATTGGCAAGAAAGTCCATTTATAGTGACTCATTCC
331 T
326 T
* * *
332 CTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAAATGATTTTAAGTTAAAATTT-TTTATATTGTTTG-
1 CTCGCTTTAAATGATTTTACAATCTCATAAATGATTTTAAGTT-AAATTTCTTTATATTGTTGGA
* * ** *
395 TCAAAATAGATTATAATTGAATGTCTATCTCAAGAAATATGAAGCAAAAGCTATCCATTGGAGAG
65 T-AAAATAGATTATAATTGAATGTCTACCTCAAGAAATATGAAGCAAAAGCCATCCATTAAAAAG
* * * * *
460 AAAAGTCCATTTATATTTACCTATGCCTTCAAAAATATTATTAC-T-CAGTTTAAATAGTTTTAT
129 AAAAGTCCATTTATACTCACCTATACCTTCAAAAACATAATTACATGC--TTTAAATAGTTTTAT
* * * * * *
523 GATGTCATAATTGATTTT-CAGTTGAATTATTTTA-TATTTTTGGTTAAACCAGATAATATTTGA
192 AATATCATAATTGATTTTGAAGTTGAATTATTTTACT-TTTTTGGTTAAAACAGATAATAATTCA
* * * * * * *
586 ATGTTTGCCATGAGAAATGTGA-AGAAAAAGCCATTCATTGGTAAGAAA
256 ATCTCTACC-TGAGAAACGTGAGA-AAAAAACCACTCATTGGCAAGAAA
634 AGTCTACTTA
Statistics
Matches: 250, Mismatches: 45, Indels: 14
0.81 0.15 0.05
Matches are distributed among these distances:
324 2 0.01
325 43 0.17
326 200 0.80
327 5 0.02
ACGTcount: A:0.36, C:0.11, G:0.13, T:0.40
Consensus pattern (326 bp):
CTCGCTTTAAATGATTTTACAATCTCATAAATGATTTTAAGTTAAATTTCTTTATATTGTTGGAT
AAAATAGATTATAATTGAATGTCTACCTCAAGAAATATGAAGCAAAAGCCATCCATTAAAAAGAA
AAGTCCATTTATACTCACCTATACCTTCAAAAACATAATTACATGCTTTAAATAGTTTTATAATA
TCATAATTGATTTTGAAGTTGAATTATTTTACTTTTTTGGTTAAAACAGATAATAATTCAATCTC
TACCTGAGAAACGTGAGAAAAAAACCACTCATTGGCAAGAAAGTCCATTTATAGTGACTCATTCC
T
Found at i:1273 original size:171 final size:169
Alignment explanation
Indices: 942--5064 Score: 2893
Period size: 171 Copynumber: 24.2 Consensus size: 169
932 CATGCCTCTC
* * * ** *
942 GCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATACTTGATTTTAAGTTGAATCTTTTTACATTAATAGTTAAA
1 GCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAAT-TTTTTATATTTTTGGTTAAA
* * * * * * *
1007 ATAGATTATATTTAAATGTTTGCTT--GAAAACGTAAAGAAAAAGCCATTCAGTGACAAGAAAAG
65 ATATATTATAATTGAATGTTT-CTTCAGGAAACGTGAAGAAAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAG
** * *
1070 TCCATTTATAGTTGCTCATGCCTTCGAAAGCCTTATTGCTT
129 TCCATTTATAGTCACTCAAGCCTTCGAAAGCCTTATTACTT
* ** * **
1111 GCTTTAAATGGTTTTATAAACTCATAATCAATTTTATGTTGAATTGTTTTATATTTTTAATTAAA
1 GCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATT-TTTTATATTTTTGGTTAAA
* * * *
1176 ATATACTATAATTGAATGCTTTCTTCAGGAAATGTGAAGTAAAAGCCATCCATTGGCAAGAAAAG
65 ATATATTATAATTGAATG-TTTCTTCAGGAAACGTGAAGAAAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAG
* ** *
1241 TCCATTTATAGTCACTCGAGCCTTTAAAAGCCTTATTACTC
129 TCCATTTATAGTCACTCAAGCCTTCGAAAGCCTTATTACTT
* * *
1282 ACTTTTAATGGTTTCATAATCTCATAATTGATTTTAAGTT-AA----TT-T-TTTTTGGTTAAAA
1 GCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTATATTTTTGGTTAAAA
* * * * * * * *
1340 CAGATTATATTTAAATGTTTACCTT-GGGAAATGTGAAGAAAAAGCCATTTATTGACAAGAAAAG
66 TATATTATAATTGAATGTTT--CTTCAGGAAACGTGAAGAAAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAG
* * * * **
1404 TCTATTTATAATCACTCATGCCTTCAAAAGTATTATTACTT
129 TCCATTTATAGTCACTCAAGCCTTCGAAAGCCTTATTACTT
* * * *
1445 GCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAGTTGATTTTAAGTTGAATGCTTTTATGTTTTTAGTTAAA
1 GCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAAT-TTTTTATATTTTTGGTTAAA
* * *
1510 ATATATTATGATTGAATGTCTGCTTCTA-GAAACGTGAAGAAAAAGCCATGCATTGGCAAGAAAA
65 ATATATTATAATTGAATGT-TTCTTC-AGGAAACGTGAAGAAAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAA
* * * * * *
1574 GTCTATATATGGTTACTTC-AGCCTTTGAAAGCCTTATTACTC
128 GTCCATTTATAGTCAC-TCAAGCCTTCGAAAGCCTTATTACTT
* * * * ** * *
1616 ACTTTAAATGATTCTATAATCTCATAATTGCTTTTAAGTTGAGCCTTTTTAGATTTTTCGTTAAA
1 GCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGA-ATTTTTTATATTTTTGGTTAAA
* * * * ** * * * * * * *
1681 ATAGATAATATTTGAATGTTTGCCAT-AAAAAACATAAAGGAAAAGCTATTCATCGCCAAAAAAA
65 ATATATTATAATTGAATGTTT--CTTCAGGAAACGTGAAGAAAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAA
* * * *
1745 GT-CATTTATAGTTACCCACA-CATTCGTAAGCCTTATTACTT
128 GTCCATTTATAGTCACTCA-AGCCTTCGAAAGCCTTATTACTT
* * * * *
1786 GCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAAATGATCTTAAGTTGTATTTTTTTATATTTTTGATTATA
1 GCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTG-AATTTTTTATATTTTTGGTTAAA
* * * * * *
1851 ATATATTATAATTAAATGTTTGTTTCAGAAAATGTAAAGCAAAAGCCA-TCTATTGGCAAGAAAA
65 ATATATTATAATTGAATGTTT-CTTCAGGAAACGTGAAGAAAAAGCCATTC-ATTGGCAAGAAAA
** * * * *
1915 GTCCATTTATAGAAACTCATA-CC-TCTAAAACCCTTTTTACTC
128 GTCCATTTATAGTCACTCA-AGCCTTC-GAAAGCCTTATTACTT
* * * * *
1957 ACTTTCAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAA-TTGGATTTCTTTTACATGTTTT-ATTA
1 GCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTT-GAATT-TTTTATAT-TTTTGGTTA
* * * * * * ** *
2020 AAACAGATAATAGTTG-ATGTTTTCCTT-AAGAAACATGAAGAAAAAGTGATTCATTGGCAAAAA
63 AAATATATTATAATTGAATG-TTT-CTTCAGGAAACGTGAAGAAAAAGCCATTCATTGGCAAGAA
* * * ** * **
2083 AAGTCTATTCATAGTCACCCGTGCCTTCGAAAGTCTTATTTTTT
126 AAGTCCATTTATAGTCACTCAAGCCTTCGAAAGCCTTATTACTT
* * **
2127 GCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATGCTTTTATGTTTTTTATTAAA
1 GCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAAT-TTTTTATATTTTTGGTTAAA
* * * * ****
2192 ATGTATTATAATTAAATGTTTGCTTCAAGAAACGTGAAGAAAAAGCCATCCATTTATGAGAAAAG
65 ATATATTATAATTGAATGTTT-CTTCAGGAAACGTGAAGAAAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAG
* ** * * *
2257 TCCATTTATGGTCACTGGAGCCTTTGAAAGTCTTATTACTC
129 TCCATTTATAGTCACTCAAGCCTTCGAAAGCCTTATTACTT
* * * *
2298 ACTTTAAATGGTTTTATAA-CTCCGTAATTGATTTTAAGTTGAACCTTTTTACATTTTTGGTTAA
1 GCTTTAAATGGTTTTATAATCT-CATAATTGATTTTAAGTTGAA-TTTTTTATATTTTTGGTTAA
* * * * * *
2362 AATA-GTTA-ATATTCGAATGTTTGCCTT-GGGAAACGTAAAGAAAAGGCCATTCATCGACAAGA
64 AATATATTATA-ATT-GAATGTTT--CTTCAGGAAACGTGAAGAAAAAGCCATTCATTGGCAAGA
* * * * * *
2424 AAAGTCCATTTATAGTTACCCATGCATTCGAAAACCTTGTTACTT
125 AAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGCCTTCGAAAGCCTTATTACTT
* ** * * * * **
2469 ACTTTAAATGGCCTTATAATGTCATAGTTAATTGTAAGTT-ACAGTTTTTTACT-TTTTTATTTA
1 GCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGA-A-TTTTTTA-TATTTTTGGTTA
* * * * ** * *
2532 TAATATATTATAATTGAATGTCTACTT-TGGAAAGCTTGAAGTTAAAGCTATCTC-TTGACAAGA
63 AAATATATTATAATTGAATGT-TTCTTCAGGAAA-CGTGAAGAAAAAGCCAT-TCATTGGCAAGA
* * * * *
2595 AAAGTCTATTTATTGTTACTCAACCCTTCGAAAGCCTTATCACTT
125 AAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGCCTTCGAAAGCCTTATTACTT
* * * * * * *
2640 ACTTTAAATGGTTTTATGATCTCATAACTGATTTTAAGTTCATTTTTTTTATATTTATAGTTAAA
1 GCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGA-ATTTTTTATATTTTTGGTTAAA
* * * * * * *
2705 ATATATTATAATTGAATGTTTGCTTTAAGAAATGTGAAGTAAAAGCCATCCACTGGTAAGAAAAG
65 ATATATTATAATTGAATGTTT-CTTCAGGAAACGTGAAGAAAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAG
* * * * *
2770 TCCATTTATATTCACTCGAGCCTTCGAAAGCTTTATTTCTC
129 TCCATTTATAGTCACTCAAGCCTTCGAAAGCCTTATTACTT
* * * * *
2811 ACTTTAAATGATTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAATTAAATTTTTTTATATTTTTGGTTCAA
1 GCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAA-TTTTTTATATTTTTGGTTAAA
* * * * * * * *
2876 ATAGATAATATTTGAATGTTTGC-CCTAGGAAACATGAAG-AAAAGGCATTCGTTGGTAAGAAAA
65 ATATATTATAATTGAATGTTT-CTTC-AGGAAACGTGAAGAAAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAA
* ** * *
2939 GTCCATTTCTAGTCA-TCCTTGCCTTCAAAAACCTTATTACTT
128 GTCCATTTATAGTCACT-CAAGCCTTCGAAAGCCTTATTACTT
* * * * * *
2981 G-TTTTAATGGTTTTATAATTTCA-ATATTGATTTTGAA-TTGAGTTTTTTGACA--TTTGTTTG
1 GCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATA-ATTGATTTT-AAGTTGAATTTTTT-ATATTTTTGGTTA
* * * * * * * * * *
3041 AAATAGATAATATTTGAATGTTTACCTCAAGAAACATGATGCAAAAGCTATTCATTAGCAAGAAA
63 AAATATATTATAATTGAATGTTT-CTTCAGGAAACGTGAAGAAAAAGCCATTCATTGGCAAGAAA
* * *
3106 AGTCCATATATAGTCACCCATA-CCTTCGAAAGCCTTGTTACTT
127 AGTCCATTTATAGTCACTCA-AGCCTTCGAAAGCCTTATTACTT
* * *
3149 GCTGTAAATGATTTTATAATCTCATAATTGA-TTTAAGTTGAA-TTTTTATCCATTTTTTGTTAA
1 GCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTAT--ATTTTTGGTTAA
* * * * * * *
3212 AATATATTATAATTGAATGTTCACTTTAAGAAACATGAAGCAAAAGTCATCCATTGGCAAGAAAA
64 AATATATTATAATTGAATGTT-TCTTCAGGAAACGTGAAGAAAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAA
* * * * *
3277 CTCCATTTTTAGTCCCTCCAGCATTTC-AAAGCCTTATTACTT
128 GTCCATTTATAGTCACTCAAGC-CTTCGAAAGCCTTATTACTT
* * * * *
3319 GCTCTAAATGGTTTTATAATCTCATTATTGATTTTAAGTTGAGTTTTTTCATATTTTTTGTTCAA
1 GCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTT-ATATTTTTGGTTAAA
* * * * * * * * * * ** *
3384 ACAAATAATATTTGAATGTTTTCCTCAAGAAACATGAAGTAAAAGTCATTCCTTGATAAGAAAAT
65 ATATATTATAATTGAATG-TTTCTTCAGGAAACGTGAAGAAAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAG
* * * * * * *
3449 TTCTTTTATAGGCACTTATGCCTTTGAAAGCCTTATTACAT
129 TCCATTTATAGTCACTCAAGCCTTCGAAAGCCTTATTACTT
* * * * *** ***
3490 GCTTTAAATGATTTTATAATTTCATAATTAATTTTAAGTTGAATTTTTATACATTTTTTACTGTC
1 GCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTT-TATATTTTTGGTTAAA
* * **
3555 ATATATTATAATTGAATGTTTGCTTTAGGAAACATGAAGCGAAAGCCA-TCTATTGGCAAGAAAA
65 ATATATTATAATTGAATGTTT-CTTCAGGAAACGTGAAGAAAAAGCCATTC-ATTGGCAAGAAAA
* * ** ** *
3619 GTCTATTTCTAGTCACTCAAATCTTTAAAAGCCTTATTACTC
128 GTCCATTTATAGTCACTCAAGCCTTCGAAAGCCTTATTACTT
* * * * * *
3661 GCTTTAAATGATTTTATAAACTCATAATTGATTTTAAGTTGGATTGGTTTACA-TTTTGCTTAAA
1 GCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATT-TTTTATATTTTTGGTTAAA
* * * * ** * * *
3725 ATAGATGATATTTGAGTGCCTACCTTGA-GAAACATGAAGAAAAAGTCATTCATTGGCAAGAAAA
65 ATATATTATAATTGAATG--TTTCTTCAGGAAACGTGAAGAAAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAA
* ** * * *
3789 CTCCATTTATAGTCACTCTTGTCTTTGAAAAGCTTTATTACTT
128 GTCCATTTATAGTCACTCAAGCCTTCG-AAAGCCTTATTACTT
* * * * *
3832 GCTTTAACTGCTTGTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTGACATTTTTGGATAAA
1 GCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTT-ATATTTTTGGTTAAA
* ** * * * * * *
3897 CTATACAATATTTGAATGTTTGCTTCTGAAAATGTGAAGCAAAAGCCA-TCTATTGGTAAGAAAA
65 ATATATTATAATTGAATGTTT-CTTCAGGAAACGTGAAGAAAAAGCCATTC-ATTGGCAAGAAAA
* * * *
3961 GTCCATTTATAGCCACTCAAGTCTTTGAAAGCCTTATTACTC
128 GTCCATTTATAGTCACTCAAGCCTTCGAAAGCCTTATTACTT
* * * *
4003 GCTTTAAGTGGTTTTATAATCTCATATTTGATTTTAA-TTGATTTCTTTTCATATTTCTGGTTTA
1 GCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATT-TTTT-ATATTTTTGG-TTA
* * * * **
4067 AAA-ATATTATATTTGAATGTCTGCTT-AGGGAAACATGAAGAAAAACCCATTCATTGATAA-AA
63 AAATATATTATAATTGAATGT-TTCTTCA-GGAAACGTGAAGAAAAAGCCATTCATTGGCAAGAA
* * *
4129 AATGTCCACTTATAGTCACTCATGCCTTCGAGAGCCTTATTA---
126 AA-GTCCATTTATAGTCACTCAAGCCTTCGAAAGCCTTATTACTT
* * * * * *
4171 -CTTTAAATGGTTTTACAATCTCGTAATCGATTTCAAGTTGAATTTTTT-TCCATTTTGGGTCAA
1 GCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTAT--ATTTTTGGTTAA
** * * * * * * *
4234 ACCAGATTAT-ATTTAAGTGTCTACCTT-AGGAAACATGAAGGAAAAA-TCATTTATTGACAAGA
64 AATATATTATAATTGAA-TGT-T-TCTTCAGGAAACGTGAA-GAAAAAGCCATTCATTGGCAAGA
* * * *
4296 AAAGTCTATTTATAGTCACCCATA-CCTTCGAGAGTCTTATTACTT
125 AAAGTCCATTTATAGTCACTCA-AGCCTTCGAAAGCCTTATTACTT
* * * * *
4341 GCTTTAAATGGTTTTATAATCTCGTAATTAATTTTTAGTTGAATTTTTTTTACATTTTTAGTTAA
1 GCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAA--TTTTTTATATTTTTGGTTAA
* * * * * * * * * * *
4406 AATTTACTATAATTAAATCGAATGTCTACGATGAGAAGCTTCAAGTAAAAA-CCCTCCATTGACA
64 AATATATTATAATTGAAT-G--TTTCTTC-A-G-GAAACGTGAAG-AAAAAGCCATTCATTGGCA
* * * * * * *
4470 AAAAAAGTCTATTTATAGCCACACAAGCCTTTGAAAACCTTATTACTC
122 AGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGCCTTCGAAAGCCTTATTACTT
* * * *
4518 GCTTTAAATGGTTTTATAATCCCATAATTGATTTTAAGTTCAATTATTTTACATTTCTGGTTAAA
1 GCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATT-TTTTATATTTTTGGTTAAA
*** * * * * * * * * *
4583 ACGGATTATACTTGAATGTCTGCCTCAAGAAACATGAAGACAAACCCATTCATTCGCAAGAAAAA
65 ATATATTATAATTGAATGT-TTCTTCAGGAAACGTGAAGAAAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAG
*
4648 TCCATTTATAGTCAC-CTATGCCTTCGAAAGCC-TATTACTT
129 TCCATTTATAGTCACTC-AAGCCTTCGAAAGCCTTATTACTT
* * **
4688 GCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAGGTTAAATTTTTATATATTTTTACTTAAA
1 GCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTT-TATATTTTTGGTTAAA
* ** * * *
4753 ATATATTATAATTGAATGTCTGCTTTGGGAAACGTGAAGCAAAAGCTATTCATTAGCAAGAAAAG
65 ATATATTATAATTGAATGT-TTCTTCAGGAAACGTGAAGAAAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAG
* * * * ** *
4818 TCCATTTATTGTCATTTAAGCTTTTAAAAGCCTTATTACTC
129 TCCATTTATAGTCACTCAAGCCTTCGAAAGCCTTATTACTT
* * * * * * *
4859 ACTTTAAATGGTTTTTTAATTTCATAATTGATTTTAAGTTGAATATTTGACA-TTTTGGATAAAA
1 GCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTATATTTTTGGTTAAAA
* * * * * * * * * * * *
4923 TATATCATATTTAAATATCTGCATCAGAAAATGTGAAGTAAAAGCTATCCGA-TAGCAAGAAAAG
66 TATATTATAATTGAATGT-TTCTTCAGGAAACGTGAAGAAAAAGCCATTC-ATTGGCAAGAAAAG
* * * *
4987 TCTATTTATAGTCACTTAAGCCTCCGAAAGTCTTATTACTT
129 TCCATTTATAGTCACTCAAGCCTTCGAAAGCCTTATTACTT
* *
5028 GCTTTAAATAGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAA
1 GCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAA
5065 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 3105, Mismatches: 712, Indels: 274
0.76 0.17 0.07
Matches are distributed among these distances:
162 3 0.00
163 126 0.04
164 6 0.00
165 3 0.00
166 9 0.00
167 154 0.05
168 89 0.03
169 266 0.09
170 682 0.22
171 1481 0.48
172 132 0.04
173 19 0.01
174 2 0.00
175 5 0.00
176 31 0.01
177 97 0.03
ACGTcount: A:0.34, C:0.14, G:0.13, T:0.40
Consensus pattern (169 bp):
GCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTATATTTTTGGTTAAAA
TATATTATAATTGAATGTTTCTTCAGGAAACGTGAAGAAAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAGTC
CATTTATAGTCACTCAAGCCTTCGAAAGCCTTATTACTT
Found at i:1309 original size:605 final size:603
Alignment explanation
Indices: 150--1327 Score: 1340
Period size: 605 Copynumber: 1.9 Consensus size: 603
140 TCATTTATAC
* * *
150 TCACTTATACCTTCGAAAGCATAATTACATGCTTTAAATAGTTTTATAATATCATAATTGATTTT
1 TCACTCATACCTTCGAAAGCATAATTACATACTTTAAATAATTTTATAATATCATAATTGATTTT
* * * * * * *
215 GAAGTTGAATTTTTTTACTTTTTTTGTTAAAATATATTATAATTCAATCTCTACCTTAGAAACGT
66 AAAGTTGAAGTTTTTTACTATTTTTGTTAAAACAAATTATAATTCAATCTCTACATGAGAAACGT
* * * *
280 GAGAAAAAAACTACTCATTGGCAAGAAAGTCCATTTATAGTGACTCATTCCTCTCGCTTTAAATG
131 GAGAAAAAAACTACTCATTGGCAAGAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTCTCGCTTTAAATA
* ** *
345 GTTTTATAATCTCATAAATGATTTTAAGTTAAAATTTTTTATATTGTTTGTCAAAATAGATTATA
196 GTTTTATAATCTCATAAATGATTTTAAGTTAAAATTTTTTACATTAATAGTCAAAATAGATTATA
* * * * * * *
410 ATTGAATGTCTATCTCAAGAAATATGAAGCAAAAGCTATCCATTGGAGAGAAAAGTCCATTTATA
261 ATTAAATGTCTATCTCAAGAAACATAAAGAAAAAGCCATCCAGTGGAAAGAAAAGTCCATTTATA
* * * ** **
475 TTTACCTATGCCTTCAAAAATATTATTACTCAGTTTAAATAGTTTTATGATGTCATAATTGATTT
326 GTTACCTATGCCTTCAAAAACATTATTACTCAGTTTAAATAGTTTTATAAACTCATAATCAATTT
** *
540 TCAGTTGAATTATTTTATATTTTTGGTTAAACCAGATAATATTTGAATGTTTGCCATGAGAAATG
391 TCAGTTGAATTATTTTATATTTTTAATTAAA-CAGATAATAATTGAATGTTTGCCATGAGAAATG
* * * *
605 TGAAGAAAAAGCCATTCATTGGTAAGAAAAGTCTACTTATAGCCACCCACGCCTTTGAAAGCCTT
455 TGAAGAAAAAGCCATCCATTGGCAAGAAAAGTCCACTTATAGCCACCCACGCCTTTAAAAGCCTT
** **********
670 ATTACTTGCTTTAAATGNNNNNNNNNNCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTCTAGATTTTTA
520 ATTACTCACTTTAAATGGTTTCATAATCTCATAATTGATTTTAAGTT-AATTTTCTAGATTTTTA
735 GTTAAAACAGATTATAATAG
584 GTTAAAACAGATTATAATAG
* * * *
755 TCACTCATGCCTTCGAAAGCATTATTACTTATTTTAAATAATTTTATAATATCATAATTGATTTT
1 TCACTCATACCTTCGAAAGCATAATTACATACTTTAAATAATTTTATAATATCATAATTGATTTT
* * * *
820 AAAGTTGAAGTTTTTTA-TATTTTTGTTTAAAACAAATTATAATTGAATGTCTATATCGAGAAAT
66 AAAGTTGAAGTTTTTTACTATTTTTG-TTAAAACAAATTATAATTCAATCTCTACAT-GAGAAAC
* * *
884 GTGAGGAAAAAGCTATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTCTCGCTTTAA
129 GTGAGAAAAAAACTACTCATTGGCAAG-AAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTCTCGCTTTAA
** * *
949 ATAGTTTTATAATCTCATACTTGATTTTAAGTT-GAATCTTTTTACATTAATAGTTAAAATAGAT
193 ATAGTTTTATAATCTCATAAATGATTTTAAGTTAAAAT-TTTTTACATTAATAGTCAAAATAGAT
* ** * *
1013 TATATTTAAATGT-T-TGCTTGA-AAACGTAAAGAAAAAGCCATTCAGT-GACAAGAAAAGTCCA
257 TATAATTAAATGTCTAT-CTCAAGAAACATAAAGAAAAAGCCATCCAGTGGA-AAGAAAAGTCCA
* * * * * * *
1074 TTTATAGTT-GCTCATGCCTTCGAAAGCCTTATTGCT-TGCTTTAAATGGTTTTATAAACTCATA
320 TTTATAGTTACCT-ATGCCTTCAAAAACATTATTACTCAG-TTTAAATAGTTTTATAAACTCATA
* *
1137 ATCAATTTT-ATGTTGAATTGTTTTATATTTTTAATTAAA-ATATACTATAATTGAATGCTTT-C
383 ATCAATTTTCA-GTTGAATTATTTTATATTTTTAATTAAACAGATA--ATAATTGAATG-TTTGC
* * * *
1199 TTCA-G-GAAATGTGAAGTAAAAGCCATCCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCGA-G
444 --CATGAGAAATGTGAAGAAAAAGCCATCCATTGGCAAGAAAAGTCCACTTATAGCCAC-CCACG
*
1261 CCTTTAAAAGCCTTATTACTCACTTTTAATGGTTTCATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAATT
506 CCTTTAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTCATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAATT
1326 TT
571 TT
1328 TTTTGGTTAA
Statistics
Matches: 473, Mismatches: 85, Indels: 31
0.80 0.14 0.05
Matches are distributed among these distances:
603 4 0.01
604 19 0.04
605 310 0.66
606 42 0.09
607 98 0.21
ACGTcount: A:0.35, C:0.13, G:0.12, T:0.39
Consensus pattern (603 bp):
TCACTCATACCTTCGAAAGCATAATTACATACTTTAAATAATTTTATAATATCATAATTGATTTT
AAAGTTGAAGTTTTTTACTATTTTTGTTAAAACAAATTATAATTCAATCTCTACATGAGAAACGT
GAGAAAAAAACTACTCATTGGCAAGAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTCTCGCTTTAAATA
GTTTTATAATCTCATAAATGATTTTAAGTTAAAATTTTTTACATTAATAGTCAAAATAGATTATA
ATTAAATGTCTATCTCAAGAAACATAAAGAAAAAGCCATCCAGTGGAAAGAAAAGTCCATTTATA
GTTACCTATGCCTTCAAAAACATTATTACTCAGTTTAAATAGTTTTATAAACTCATAATCAATTT
TCAGTTGAATTATTTTATATTTTTAATTAAACAGATAATAATTGAATGTTTGCCATGAGAAATGT
GAAGAAAAAGCCATCCATTGGCAAGAAAAGTCCACTTATAGCCACCCACGCCTTTAAAAGCCTTA
TTACTCACTTTAAATGGTTTCATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAATTTTCTAGATTTTTAGT
TAAAACAGATTATAATAG
Found at i:1898 original size:341 final size:338
Alignment explanation
Indices: 943--5064 Score: 2993
Period size: 341 Copynumber: 12.1 Consensus size: 338
933 ATGCCTCTCG
* * * * *
943 CTTTAAATAGTTTTATAATCTCATACTTGATTTTAAGTTGAATCTTTTTACATTAATAGTTAAAA
1 CTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTG-AGCTTTTTACATT-TTTGTTAAAA
* * * * * * *
1008 TAGATTATATTTAAATGTTTG-CTTGA-AAACGTAAAGAAAAAGCCATTCAGTGACAAGAAAAGT
64 TAGATAATATTTGAATGTTTGCCTTAAGAAACATGAAGAAAAAGCTATTCATTGACAAGAAAAGT
** * * *
1071 CCATTTATAGTTGCTCATGCCTTCGAAAGCCTTATTGCTTGCTTTAAATGGTTTTATAAACTCAT
129 CCATTTATAGTCACCCATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTTGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCAT
** * * * *
1136 AATCAATTTTATGTTGAATTGTTTTATATTTTTAATTAAAATATACTATAATTGAATGCTTT-CT
194 AATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTGATTAAAATATATTATAATTGAATG-TTTGCT
* *
1200 TCAGGAAATGTGAAGTAAAAGCCATCCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCGAGCCTT
258 TCAGAAAATGTGAAGCAAAAGCCAT-CATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTC-AGCCTT
1265 TAAAAGCCTTATTACTCA
321 TAAAAGCCTTATTACTCA
* * * * *
1283 CTTTTAATGGTTTCATAATCTCATAATTGATTTTAAGTT-A--ATTTT---TTTTGGTTAAAACA
1 CTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAGCTTTTTACATTTTTGTTAAAATA
* * * ** ** * * *
1342 GATTATATTTAAATGTTTACCTTGGGAAATGTGAAGAAAAAGCCATTTATTGACAAGAAAAGTCT
66 GATAATATTTGAATGTTTGCCTTAAGAAACATGAAGAAAAAGCTATTCATTGACAAGAAAAGTCC
* * * ** *
1407 ATTTATAATCACTCATGCCTTCAAAAGTATTATTACTTGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAG
131 ATTTATAGTCACCCATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTTGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAA
** * * *
1472 TTGATTTTAAGTTGAATGCTTTTATGTTTTT-AGTTAAAATATATTATGATTGAATGTCTGCTTC
196 TTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTGA-TTAAAATATATTATAATTGAATGTTTGCTTC
* * * * * *
1536 TAG-AAACGTGAAGAAAAAGCCATGCATTGGCAAGAAAAGTCTATATATGGTTACTTCAGCCTTT
260 -AGAAAATGTGAAGCAAAAGCCAT-CATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCAC-TCAGCCTTT
*
1600 GAAAGCCTTATTACTCA
322 AAAAGCCTTATTACTCA
* * * *
1617 CTTTAAATGATTCTATAATCTCATAATTGCTTTTAAGTTGAGCCTTTTTAGATTTTTCGTTAAAA
1 CTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAG-CTTTTTACATTTTT-GTTAAAA
* * * * * * *
1682 TAGATAATATTTGAATGTTTGCCATAAAAAACATAAAGGAAAAGCTATTCATCGCCAAAAAAAGT
64 TAGATAATATTTGAATGTTTGCCTTAAGAAACATGAAGAAAAAGCTATTCATTGACAAGAAAAGT
* ** * *
1747 -CATTTATAGTTACCCACACATTCGTAAGCCTTATTACTTGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCAT
129 CCATTTATAGTCACCCATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTTGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCAT
* * * * * *
1811 AAATGATCTTAAGTTGTATTTTTTTATATTTTTGATTATAATATATTATAATTAAATGTTTGTTT
194 AATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTGATTAAAATATATTATAATTGAATGTTTGCTT
* ** * *
1876 CAGAAAATGTAAAGCAAAAGCCATCTATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGAAACTCATACCTCT
259 CAGAAAATGTGAAGCAAAAGCCATC-ATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCA-GCCTTT
* *
1941 AAAACCCTTTTTACTCA
322 AAAAGCCTTATTACTCA
* ** *
1958 CTTTCAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAA-TTGGATTTCTTTTACATGTTTTATTAAA
1 CTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTT-GAGCT-TTTTACAT-TTTTGTTAAA
* * * * *
2022 ACAGATAATAGTTG-ATGTTTTCCTTAAGAAACATGAAGAAAAAG-TGATTCATTGGCAAAAAAA
63 ATAGATAATATTTGAATGTTTGCCTTAAGAAACATGAAGAAAAAGCT-ATTCATTGACAAGAAAA
* * * * **
2085 GTCTATTCATAGTCACCCGTGCCTTCGAAAGTCTTATTTTTTGCTTTAAATGGTTTTATAATCTC
127 GTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTTGCTTTAAATGGTTTTATAATCTC
** * * * *
2150 ATAATTGATTTTAAGTTGAATGCTTTTATGTTTTTTATTAAAATGTATTATAATTAAATGTTTGC
192 ATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTGATTAAAATATATTATAATTGAATGTTTGC
* * **** * *
2215 TTCA-AGAAACGTGAAGAAAAAGCCATCCATTTATGAGAAAAGTCCATTTATGGTCACTGGAGCC
257 TTCAGA-AAATGTGAAGCAAAAGCCAT-CATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACT-CAGCC
* *
2279 TTTGAAAGTCTTATTACTCA
319 TTTAAAAGCCTTATTACTCA
* *
2299 CTTTAAATGGTTTTATAA-CTCCGTAATTGATTTTAAGTTGAACCTTTTTACATTTTTGGTTAAA
1 CTTTAAATGGTTTTATAATCT-CATAATTGATTTTAAGTTG-AGCTTTTTACATTTTT-GTTAAA
* * ** * * * * *
2363 ATAGTTAATATTCGAATGTTTGCCTTGGGAAACGTAAAGAAAAGGCCATTCATCGACAAGAAAAG
63 ATAGATAATATTTGAATGTTTGCCTTAAGAAACATGAAGAAAAAGCTATTCATTGACAAGAAAAG
* * * * * ** *
2428 TCCATTTATAGTTACCCATGCATTCGAAAACCTTGTTACTTACTTTAAATGGCCTTATAATGTCA
128 TCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTTGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCA
* * * * * *
2493 TAGTTAATTGTAAGTT-ACAGTTTTTTACT-TTTTT-ATTTATAATATATTATAATTGAATGTCT
193 TAATTGATTTTAAGTTGA-ATTTTTTTA-TATTTTTGA-TTAAAATATATTATAATTGAATGTTT
* ** * ** * * * * * * *
2555 ACTTTGGAAAGCT-TGAAGTTAAAGCTATCTCTTGACAAGAAAAGTCTATTTATTGTTACTCAAC
255 GCTTCAGAAA-ATGTGAAGCAAAAGCCATC-ATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTC-AG
** * *
2619 CCTTCGAAAGCCTTATCACTTA
317 CCTTTAAAAGCCTTATTACTCA
* * * ** * *
2641 CTTTAAATGGTTTTATGATCTCATAACTGATTTTAAGTTCATTTTTTTTATATTTATAGTTAAAA
1 CTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGA-GCTTTTTACATTT-TTGTTAAAA
* * * * ** * * * * **
2706 TATATTATAATTGAATGTTTGCTTTAAGAAATGTGAAGTAAAAGCCATCCACTGGTAAGAAAAGT
64 TAGATAATATTTGAATGTTTGCCTTAAGAAACATGAAGAAAAAGCTATTCATTGACAAGAAAAGT
* * * * ** *
2771 CCATTTATATTCACTCGA-GCCTTCGAAAGCTTTATTTCTCACTTTAAATGATTTTATAATCTCA
129 CCATTTATAGTCAC-CCATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTTGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCA
* * * * * * *
2835 TAATTGATTTTAAATTAAATTTTTTTATATTTTTGGTTCAAATAGATAATATTTGAATGTTTGC-
193 TAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTGATTAAAATATATTATAATTGAATGTTTGCT
* * ** * * * * *
2899 CCTAGGAAACATGAAG-AAAAGGCATTCGTTGGTAAGAAAAGTCCATTTCTAGTCA-TCCTTGCC
258 TC-AGAAAATGTGAAGCAAAAGCCA-TCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACT-C-AGCC
* * *
2962 TTCAAAAACCTTATTACT-T
319 TTTAAAAGCCTTATTACTCA
* * * * * *
2981 GTTTTAATGGTTTTATAATTTCA-ATATTGATTTTGAA-TTGAGTTTTTTGACATTTGT-TTGAA
1 CTTTAAATGGTTTTATAATCTCATA-ATTGATTTT-AAGTTGAGCTTTTT-ACATTTTTGTTAAA
* * * *
3043 ATAGATAATATTTGAATGTTTACCTCAAGAAACATGATGCAAAAGCTATTCATT-AGCAAGAAAA
63 ATAGATAATATTTGAATGTTTGCCTTAAGAAACATGAAGAAAAAGCTATTCATTGA-CAAGAAAA
* * * * *
3107 GTCCATATATAGTCACCCATACCTTCGAAAGCCTTGTTACTTGCTGTAAATGATTTTATAATCTC
127 GTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTTGCTTTAAATGGTTTTATAATCTC
* *
3172 ATAATTGA-TTTAAGTTGAATTTTTATCCAT-TTTTTG-TTAAAATATATTATAATTGAATGTTC
192 ATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTT-T-TATATTTTTGATTAAAATATATTATAATTGAATGTTT
* * * * * *
3234 ACTTTAAGAAACA--TGAAGCAAAAGTCATCCATTGGCAAGAAAACTCCATTTTTAGTCCCTCCA
255 GC-TTCAGAAA-ATGTGAAGCAAAAGCCAT-CATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACT-CA
* * **
3297 GCATTTCAAAGCCTTATTACTTG
316 GCCTTTAAAAGCCTTATTACTCA
* * * * *
3320 CTCTAAATGGTTTTATAATCTCATTATTGATTTTAAGTTGAGTTTTTTCATATTTTTTGTTCAAA
1 CTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAGCTTTTT-ACA-TTTTTGTTAAAA
* * * * * * * *
3385 CAAATAATATTTGAATGTTTTCCTCAAGAAACATGAAGTAAAAG-TCATTCCTTGATAAGAAAAT
64 TAGATAATATTTGAATGTTTGCCTTAAGAAACATGAAGAAAAAGCT-ATTCATTGACAAGAAAAG
* * * ** * * * *
3449 TTCTTTTATAGGCACTTATGCCTTTGAAAGCCTTATTACATGCTTTAAATGATTTTATAATTTCA
128 TCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTTGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCA
* * * * * ***
3514 TAATTAATTTTAAGTTGAATTTTTATACATTTTTTACTGTCATATATTATAATTGAATGTTTGCT
193 TAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTGATTAAAATATATTATAATTGAATGTTTGCT
* * ** * * * **
3579 TTAGGAAACATGAAGCGAAAGCCATCTATTGGCAAGAAAAGTCTATTTCTAGTCACTCAAATCTT
258 TCAGAAAATGTGAAGCAAAAGCCATC-ATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTC-AGCCTT
*
3644 TAAAAGCCTTATTACTCG
321 TAAAAGCCTTATTACTCA
* * *
3662 CTTTAAATGATTTTATAAACTCATAATTGATTTTAAGTTG-GATTGGTTTACA-TTTTGCTTAAA
1 CTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAGCTT--TTTACATTTTTG-TTAAA
* * ** * * *
3725 ATAGATGATATTTGAGTGCCTACCTTGAGAAACATGAAGAAAAAG-TCATTCATTGGCAAGAAAA
63 ATAGATAATATTTGAATGTTTGCCTTAAGAAACATGAAGAAAAAGCT-ATTCATTGACAAGAAAA
* * * * * * * * *
3789 CTCCATTTATAGTCACTCTTGTCTTTGAAAAGCTTTATTACTTGCTTTAACTGCTTGTATAATCT
127 GTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCG-AAAGCCTTATTACTTGCTTTAAATGGTTTTATAATCT
* * * ** *
3854 CATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTGACATTTTTGGA-TAAACTATACAATATTTGAATGTTT
191 CATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTT-GATTAAAATATATTATAATTGAATGTTT
* * * *
3918 GCTTCTGAAAATGTGAAGCAAAAGCCATCTATTGGTAAGAAAAGTCCATTTATAGCCACTCAAGT
255 GCTTCAGAAAATGTGAAGCAAAAGCCATC-ATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTC-AGC
* *
3983 CTTTGAAAGCCTTATTACTCG
318 CTTTAAAAGCCTTATTACTCA
* * * *
4004 CTTTAAGTGGTTTTATAATCTCATATTTGATTTTAA-TTGA-TTTCTTTTCATATTTCTGGTTTA
1 CTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAGCTT-TTTACAT-TTT-T-G-TTA
* * * * * * *
4067 AAA-ATATTATATTTGAATGTCTG-CTTAGGGAAACATGAAGAAAAACCCATTCATTGATAA-AA
61 AAATAGATAATATTTGAATGTTTGCCTTA-AGAAACATGAAGAAAAAGCTATTCATTGACAAGAA
* * * *
4129 AATGTCCACTTATAGTCACTCATGCCTTCGAGAGCCTTATTA----CTTTAAATGGTTTTACAAT
125 AA-GTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTTGCTTTAAATGGTTTTATAAT
* * * ** * * * ** * *
4190 CTCGTAATCGATTTCAAGTTGAATTTTTTTCCATTTTGGGTCAAACCAGATTAT-ATTTAAGTGT
189 CTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTGATTAAAATATATTATAATTGAA-TGT
** * ** * ** * * * *
4254 CTACCTT-AGGAAACATGAAGGAAAAATCATTTATTGACAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACCCA
253 -TTGCTTCAGAAAATGTGAAGCAAAAGCCA-TCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCA
* ** * * **
4318 TACCTTCGAGAGTCTTATTACTTG
316 -GCCTTTAAAAGCCTTATTACTCA
* * * **
4342 CTTTAAATGGTTTTATAATCTCGTAATTAATTTTTAGTTGAATTTTTTTTACATTTTTAGTTAAA
1 CTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTG-A-GCTTTTTACATTTTT-GTTAAA
* * * * * ** * * * * ** *
4407 ATTTACTATAATTAAATCGAATGTCTACGATGAGAAGCTTCAAGTAAAAA-CCCTCCATTGACAA
63 A--TA-GATAA-T-ATTTGAATGTTTGCCTTAAGAAACATGAAG-AAAAAGCTATTCATTGACAA
* * * * * * * *
4471 AAAAAGTCTATTTATAGCCACACAAGCCTTTGAAAACCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATA
122 GAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTTGCTTTAAATGGTTTTATA
* * * * * * *** *
4536 ATCCCATAATTGATTTTAAGTTCAATTATTTTACATTTCTGGTTAAAACGGATTATACTTGAATG
187 ATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTGATTAAAATATATTATAATTGAATG
* * * * *
4601 TCTGCCTCAAGAAACA--TGAAG-ACAAACCCATTCATTCGCAAGAAAAATCCATTTATAGTCAC
252 TTTGCTTC-AGAAA-ATGTGAAGCA-AAAGCCA-TCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCAC
** **
4663 -CTATGCCTTCGAAAGCC-TATTACTTG
313 TC-A-GCCTTTAAAAGCCTTATTACTCA
* * ** * *
4689 CTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAGGTTAAATTTTTATATATTTTTACTTAAAA
1 CTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAGCTTTT-TACATTTTT-GTTAAAA
* * * * * ** * *
4754 TATATTATAATTGAATGTCTGCTTTGGGAAACGTGAAGCAAAAGCTATTCATT-AGCAAGAAAAG
64 TAGATAATATTTGAATGTTTGCCTTAAGAAACATGAAGAAAAAGCTATTCATTGA-CAAGAAAAG
* *** * * ** ** * *
4818 TCCATTTATTGTCATTTAAGCTTTTAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTTTAATTTCA
128 TCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTTGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCA
* * * * * * * * * *
4883 TAATTGATTTTAAGTTGAA-TATTTGACATTTTGGA-TAAAATATATCATATTTAAATATCTGCA
193 TAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTGATTAAAATATATTATAATTGAATGTTTGCT
* * * * *
4946 TCAGAAAATGTGAAGTAAAAGCTATCCGA-TAGCAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACTTAAGCCT
258 TCAGAAAATGTGAAGCAAAAGCCAT-C-ATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCAC-TCAGCCT
*** * **
5010 CCGAAAGTCTTATTACTTG
320 TTAAAAGCCTTATTACTCA
* *
5029 CTTTAAATAGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAA
1 CTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAA
5065 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 3007, Mismatches: 646, Indels: 258
0.77 0.17 0.07
Matches are distributed among these distances:
332 27 0.01
333 9 0.00
334 241 0.08
335 5 0.00
336 4 0.00
337 51 0.02
338 337 0.11
339 133 0.04
340 212 0.07
341 824 0.27
342 814 0.27
343 81 0.03
344 69 0.02
345 15 0.00
346 16 0.01
347 48 0.02
348 112 0.04
349 8 0.00
350 1 0.00
ACGTcount: A:0.34, C:0.14, G:0.13, T:0.40
Consensus pattern (338 bp):
CTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAGCTTTTTACATTTTTGTTAAAATA
GATAATATTTGAATGTTTGCCTTAAGAAACATGAAGAAAAAGCTATTCATTGACAAGAAAAGTCC
ATTTATAGTCACCCATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTTGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAA
TTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTGATTAAAATATATTATAATTGAATGTTTGCTTCA
GAAAATGTGAAGCAAAAGCCATCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAGCCTTTAAAA
GCCTTATTACTCA
Found at i:4326 original size:167 final size:168
Alignment explanation
Indices: 4072--4715 Score: 414
Period size: 177 Copynumber: 3.8 Consensus size: 168
4062 GTTTAAAAAT
* *
4072 ATTATATTTGAATGTCTGCTTAGGGAAACATGAAGAAAAACCCATTCATTGATAAAAAATGTCCA
1 ATTATATTTGAATGTCTCCTTAGGGAAACATGAAGAAAAACCCATTCATTGACAAAAAATGTCCA
* * *
4137 CTTATAGTCACTCATGCCTTCGAGAGCCTTATTA-CTTTAAATGGTTTTACAATCTCGTAATCGA
66 CTTATAGTCACCCATACCTTCGAGAGCCTTATTATCTTTAAATGGTTTTACAATCTCGTAATCAA
4201 TTTCAAGTTGAATTTTTTTCCATTTTGGGTCAAACCAG
131 TTTCAAGTTGAATTTTTTTCCATTTTGGGTCAAACCAG
* *
4239 ATTATATTT-AAGTGTCTACCTTA-GGAAACATGAAGGAAAAA-TCATTTATTGACAAGAAAA-G
1 ATTATATTTGAA-TGTCT-CCTTAGGGAAACATGAA-GAAAAACCCATTCATTGACAA-AAAATG
* * * *
4300 TCTATTTATAGTCACCCATACCTTCGAGAGTCTTATTACTTGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCG
62 TCCACTTATAGTCACCCATACCTTCGAGAGCCTTATTA--T-CTTTAAATGGTTTTACAATCTCG
* ** * ** * ****
4365 TAATTAATTTTTAGTTGAATTTTTTTTACATTTTTAGTTAAAATTT
124 TAATCAATTTCAAGTTGAA-TTTTTTTCCATTTTGGGTCAAACCAG
* * * * * * * *
4411 ACTATAATTAAATCGAATGTCTAC-GATGAGAAGCTTCAAGTAAAAACCC-TCCATTGACAAAAA
1 ATTAT-ATT---T-GAATGTCTCCTTA-GGGAAACATGAAG-AAAAACCCATTCATTGACAAAAA
* * * * * * * * *
4474 AAGTCTATTTATAGCCACACA-AGCCTTTGAAAACCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAAT
59 ATGTCCACTTATAGTCACCCATA-CCTTCGAGAGCCTTATTA-T--CTTTAAATGGTTTTACAAT
* * ** * * * * * * *
4538 CCCATAATTGATTTTAAGTTCAATTATTTTACATTTCT-GGTTAAAACGG
120 CTCGTAATCAATTTCAAGTTGAATTTTTTTCCATTT-TGGGTCAAACCAG
* * * * *
4587 ATTATACTTGAATGTCTGCCTCA-AGAAACATGAAGACAAACCCATTCATTCG-CAAGAAAA-AT
1 ATTATATTTGAATGTCT-CCTTAGGGAAACATGAAGAAAAACCCATTCATT-GACAA-AAAATGT
* * * * * *
4649 CCATTTATAGTCACCTATGCCTTCGAAAGCC-TATTACTTGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCAT
63 CCACTTATAGTCACCCATACCTTCGAGAGCCTTATTA--T-CTTTAAATGGTTTTACAATCTCGT
4713 AAT
125 AAT
4716 TGATTTTAGG
Statistics
Matches: 379, Mismatches: 68, Indels: 57
0.75 0.13 0.11
Matches are distributed among these distances:
166 2 0.01
167 70 0.18
168 14 0.04
170 39 0.10
171 87 0.23
172 29 0.08
173 4 0.01
175 3 0.01
176 32 0.08
177 96 0.25
178 3 0.01
ACGTcount: A:0.34, C:0.17, G:0.13, T:0.37
Consensus pattern (168 bp):
ATTATATTTGAATGTCTCCTTAGGGAAACATGAAGAAAAACCCATTCATTGACAAAAAATGTCCA
CTTATAGTCACCCATACCTTCGAGAGCCTTATTATCTTTAAATGGTTTTACAATCTCGTAATCAA
TTTCAAGTTGAATTTTTTTCCATTTTGGGTCAAACCAG
Found at i:9337 original size:172 final size:170
Alignment explanation
Indices: 8799--9393 Score: 479
Period size: 172 Copynumber: 3.5 Consensus size: 170
8789 NNNNNNNNNN
* * *
8799 AAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAAGAAGGATTTC-AAAGACTTGAGTGA
1 AAATCAATTATAAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAAGAAGGCTTTCGAAAG-CTTGAGTGA
* ** * * ** ** * ** **
8863 CTATAAAAGGACTTTTCTTACCAATGAAT-AATTTTCGCTTTATGTTTCCCGAA-GCAAATATTC
65 CTATAAAAGGACTTTTCTTACCAATGAGTGGCTTTGC-CTTCACATTTTACTAAGGCTGACGTTC
* * ** * **
8926 AAGTATAATATGTTTTAATAAAAAATATAAACTAATTTGACTTA
129 AATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATA-AAA-AAATTCAACTTA
* * * * * * * *** *
8970 AAATTAATTATGAGATTATAAAATCATTCAAAGTAAGTAATAAGGCTTTC--AACCAAAAATGA-
1 AAATCAATTATAAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAAGAAGGCTTTCGAAAGCTTGAGTGAC
** * * * **
9032 -A-AAAA--A-TTCAACTTGA--AATCAATGGCTTTTG-CTTCACA-TTTCCTAAGG-TAGATAT
66 TATAAAAGGACTT-TTCTT-ACCAATGAGTGGC-TTTGCCTTCACATTTTACTAAGGCT-GACGT
* *
9087 TCAATTATAATCTGTTTTAACCATAAATGAAAAAATTCAACTTA
127 TCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATAAAAAAATTCAACTTA
* * * *
9131 AAATCAATTATAAGATTATAAAACTATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTCG-AAGGTATGGGTGA
1 AAATCAATTATAAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAAGAAGGCTTTCGAAAGCT-TGAGTGA
*
9195 CTATAAATGGACTTTTCTTACCAATGAGTGGCTTTGCCTTCACATTTTACTAAGGCTGACGTTCA
65 CTATAAAAGGACTTTTCTTACCAATGAGTGGCTTTGCCTTCACATTTTACTAAGGCTGACGTTCA
*
9260 ATTTTAAAT-TGTTTTAACCAAAAATAAAATAAAATTCAACTTA
130 ATTAT-AATCTGTTTTAACCAAAAAT-AAA-AAAATTCAACTTA
* *
9303 AAATTAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAAGAAGGCTTTCGAAAGCTTGAGTGAC
1 AAATCAATTATAAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAAGAAGGCTTTCGAAAGCTTGAGTGAC
*
9368 TATAAAAGGACTTTTCTTGCCAATGA
66 TATAAAAGGACTTTTCTTACCAATGA
9394 ATAGTTTTCG
Statistics
Matches: 335, Mismatches: 66, Indels: 45
0.75 0.15 0.10
Matches are distributed among these distances:
161 53 0.16
162 11 0.03
163 43 0.13
164 4 0.01
165 5 0.01
166 7 0.02
167 2 0.01
168 8 0.02
169 22 0.07
170 36 0.11
171 49 0.15
172 91 0.27
173 4 0.01
ACGTcount: A:0.41, C:0.12, G:0.13, T:0.33
Consensus pattern (170 bp):
AAATCAATTATAAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAAGAAGGCTTTCGAAAGCTTGAGTGAC
TATAAAAGGACTTTTCTTACCAATGAGTGGCTTTGCCTTCACATTTTACTAAGGCTGACGTTCAA
TTATAATCTGTTTTAACCAAAAATAAAAAAATTCAACTTA
Found at i:9779 original size:148 final size:147
Alignment explanation
Indices: 9617--9889 Score: 368
Period size: 148 Copynumber: 1.9 Consensus size: 147
9607 TTTTCTTGCA
* ** *
9617 AATGGATTACTTTTGCTCCATGTTTTCCAAGGCAGACATTCAATTATAATCTATTTTAACAAAAA
1 AATGGATGACTTTTGCTCCACATTTTCCAAGGCAAACATTCAATTATAATCTATTTTAACAAAAA
* *
9682 ATGTAAAAAAGATTCAACTTATAATAAATTATGAGATTATAAAA-TAATTTAAAGCGAGTAAATA
66 ATATAAAAAA-ATTCAACTTAAAATAAATTATGAGATTATAAAACT-ATTTAAAGCGAGTAAATA
9746 TAAATGGACTTATCATTTC
129 TAAATGGACTTATCATTTC
* * * * * *
9765 AATGGATGGCTTTTGCTTCACATTTTCTAAGGTAAACATTCAATTATAATCTATTTTAACCAACA
1 AATGGATGACTTTTGCTCCACATTTTCCAAGGCAAACATTCAATTATAATCTATTTTAACAAAAA
** * * *
9830 ATATAAAGGAATTCAACTTAAAATTAATTATGAGATTGTAAAACTATTTAAAGTGAGTAA
66 ATATAAAAAAATTCAACTTAAAATAAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGCGAGTAA
9890 CGAGGCTTTC
Statistics
Matches: 107, Mismatches: 17, Indels: 3
0.84 0.13 0.02
Matches are distributed among these distances:
147 44 0.41
148 63 0.59
ACGTcount: A:0.42, C:0.11, G:0.11, T:0.36
Consensus pattern (147 bp):
AATGGATGACTTTTGCTCCACATTTTCCAAGGCAAACATTCAATTATAATCTATTTTAACAAAAA
ATATAAAAAAATTCAACTTAAAATAAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGCGAGTAAATATA
AATGGACTTATCATTTC
Found at i:10031 original size:170 final size:169
Alignment explanation
Indices: 9764--10769 Score: 968
Period size: 170 Copynumber: 5.9 Consensus size: 169
9754 CTTATCATTT
*
9764 CAATGGATGGCTTTTGCTTCACATTT-TCTAAGGTAA-ACATTCAATTATAATCTATTTTAACCA
1 CAATGAATGGCTTTTGCTTCACATTTCTC-AA-G-AAGACATTCAATTATAATCTATTTTAACCA
* * * * * ** **
9827 ACAATATAAAGGAATTCAACTTAAAATTAATTATGAGATTGTAAAACTATTTAAAGTGAGTAACG
63 AAAATATAAA-AAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCAAGTAATA
* * *
9892 AGGCTTTCGAAGGCATGGGTGACTATAAATAGACTTTTTTTGT
127 AGGCTTTCGAAGGCATGAGTGACTATAAATGGACTTTTTTTGC
* **
9935 CAATGAATGGCTTTT-CTTCTCATTTCTCAAGACAGACATTCAATTATAATCTATTTTAATAAAA
1 CAATGAATGGCTTTTGCTTCACATTTCTCAAGA-AGACATTCAATTATAATCTATTTTAACCAAA
* * *
9999 AATGTAACAAAATCCAACTTAAAATCAATTATGAGATTAT-AAACCATTTAATA-CGAGTAATAA
65 AATATAA-AAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAA-AGCAAGTAATAA
* * ** * *
10062 GGCTTCCAAACACTTGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGC
128 GGCTTTCGAAGGCATGAGTGACTATAAATGGACTTTTTTTGC
* * * *
10104 CAAT-AGATGGCTTTTGCTTCACATTTC-CTATGGTAGACATTCAATTATAATCTATATTAATCA
1 CAATGA-ATGGCTTTTGCTTCACATTTCTC-A-AGAAGACATTCAATTATAATCTATTTTAACCA
* * ** *
10167 ATATTATAAGTCAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGCAAGTAATA
63 AAAATATAA-AAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCAAGTAATA
* *
10232 AGGCTTTAGAAGGCATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTCT-C
127 AGGCTTTCGAAGGCATGAGTGACTATAAATGGACTTTT-TTTGC
* * ** * * ** *
10275 TAATGGATGGCTTTTGCTTCATGTTTCCTGAGGTAA-ATGTTCAATTATAATATATTTTAACCAA
1 CAATGAATGGCTTTTGCTTCACATTT-CTCAAG-AAGACATTCAATTATAATCTATTTTAACCAA
* *
10339 CAATATAAAATAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTAT-AAACCATTTAAAGTAAGTAATAA
64 AAATATAAAA-AATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCAAGTAATAA
* * * *
10403 GGCTTTGGAAGGTATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGC
128 GGCTTTCGAAGGCATGAGTGACTATAAATGGACTTTTTTTGC
** * * *
10445 CAATGAATGGCTTTT-CTTCATGTCTCTCAAGGAAGACATTGAATTATAATCTGTTTTAA--AAG
1 CAATGAATGGCTTTTGCTTCACATTTCTCAA-GAAGACATTCAATTATAATCTATTTTAACCAA-
* * * *
10507 AAATATAAAAATTTTCAACTTAAAATCAA-TATGACATTGTAAAACCATTTAATGCGAA-TAATA
64 AAATATAAAAA-ATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGC-AAGTAATA
** * * *
10570 ATACTTTCCAAGGCATGAGTGACCATAAATGGAGTTTTTTCT-C
127 AGGCTTTCGAAGGCATGAGTGACTATAAATGGACTTTTTT-TGC
* * * * * * * *
10613 CAATGGATGGCTTTTACTTCACGTTTCTTGAGGCATGACATCCAATTGTAAT-TCATTTTAACCA
1 CAATGAATGGCTTTTGCTTCACATTTC-TCAAG-AAGACATTCAATTATAATCT-ATTTTAACCA
* * *
10677 AGAATATAAAGATAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATATAATCATTTAAAGCAAGTAAT
63 AAAATATAAA-A-AATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCAAGTAAT
10742 AAGGCTTTCGAAGGCATG-GATGACTATA
126 AAGGCTTTCGAAGGCATGAG-TGACTATA
10770 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 686, Mismatches: 113, Indels: 70
0.79 0.13 0.08
Matches are distributed among these distances:
167 12 0.02
168 95 0.14
169 110 0.16
170 236 0.34
171 159 0.23
172 26 0.04
173 48 0.07
ACGTcount: A:0.37, C:0.14, G:0.14, T:0.35
Consensus pattern (169 bp):
CAATGAATGGCTTTTGCTTCACATTTCTCAAGAAGACATTCAATTATAATCTATTTTAACCAAAA
ATATAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCAAGTAATAAGGC
TTTCGAAGGCATGAGTGACTATAAATGGACTTTTTTTGC
Found at i:10484 original size:340 final size:335
Alignment explanation
Indices: 9744--10769 Score: 1071
Period size: 340 Copynumber: 3.0 Consensus size: 335
9734 AGCGAGTAAA
* * * *
9744 TATAAATGGACTTATCATT-TCAATGGATGGCTTTTGCTTCACATTTTCTAAGGTAA-ACATTCA
1 TATAAATGGACTTTTC-TTGCCAATGAATGGCTTTTGCTT-ACATTCTCTAAGG-AAGACATTCA
* * *
9807 ATTATAATCTATTTTAACCAACAATATAAAGGAATTCAACTTAAAATTAATTATGAGATTGTAAA
63 ATTATAATCTATTTTAA-CAAAAATAT-AAGAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTGTAAA
** ** * * * *
9872 ACTATTTAAAGTGAGTAACGAGGCTTTCGAAGGCATGGGTGACTATAAATAGACTTTTTTTGTCA
126 ACTATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATGAGTGACTATAAATGGACTTTTTCTCT-A
* * * * **
9937 ATGAATGGCTTTTCTTC-TCATTT-CTCAAGACAGACATTCAATTATAATCTATTTTAATAAAAA
190 ATGGATGGCTTTTCTTCAT-GTTTCCTGAGGACA-ACATTCAATTATAAT-TATTTTAACCAAAA
* *
10000 ATGTAACAA-AATCCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAACCATTT-AA-TACGAGTAATAA
252 ATATAA-AATAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAACCATTTAAAGTA--AGTAATAA
* * ** *
10062 GGCTTCCAAACACT-TGAGTGAC
314 GGCTTTCGAA-GGTATGGGTGAC
* *
10084 TATAAATGGACTTTTCTTGCCAAT-AGATGGCTTTTGCTTCACATT-TCCTATGGTAGACATTCA
1 TATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGA-ATGGCTTTTGCTT-ACATTCT-CTAAGGAAGACATTCA
* * * * *
10147 ATTATAATCTATATTAATCAATATTATAAGTCAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAA
63 ATTATAATCTATTTTAA-CAAAAATATAAG-AAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTGTAAA
*
10212 ACTATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTAGAAGGCATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTCTCTA
126 ACTATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATGAGTGACTATAAATGGACTTTT-TCTCTA
** *
10277 ATGGATGGCTTTTGCTTCATGTTTCCTGAGGTA-AATGTTCAATTATAATATATTTTAACCAACA
190 ATGGATGGCTTTT-CTTCATGTTTCCTGAGG-ACAACATTCAATTATAAT-TATTTTAACCAAAA
10341 ATATAAAATAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAACCATTTAAAGTAAGTAATAAGGC
252 ATATAAAATAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAACCATTTAAAGTAAGTAATAAGGC
*
10406 TTTGGAAGGTATGGGTGAC
317 TTTCGAAGGTATGGGTGAC
*
10425 TATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGGCTTTT-CTT-CATGTCTCTCAAGGAAGACATTGAA
1 TATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGGCTTTTGCTTACAT-TCTCT-AAGGAAGACATTCAA
* *
10488 TTATAATCTGTTTTAA-AAGAAATATAA-AAATTTTCAACTTAAAATCAA-TATGACATTGTAAA
64 TTATAATCTATTTTAACAA-AAATATAAGAAA--TTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTGTAAA
* * ** * * * *
10550 ACCATTTAATGCGAA-TAATAATACTTTCCAAGGCATGAGTGACCATAAATGGAGTTTTTTCTCC
126 ACTATTTAAAGC-AAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATGAGTGACTATAAATGGA-CTTTTTCTCT
* * * *
10614 AATGGATGGCTTTTACTTCACGTTTCTTGAGG-CATGACATCCAATTGTAATTCATTTTAACCAA
189 AATGGATGGCTTTT-CTTCATGTTTCCTGAGGACA--ACATTCAATTATAATT-ATTTTAACCAA
* * *
10678 GAATATAAAGATAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATATAATCATTTAAAGCAAGTAATA
250 AAATATAAA-ATAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATA-AACCATTTAAAGTAAGTAATA
* *
10743 AGGCTTTCGAAGGCATGGATGAC
313 AGGCTTTCGAAGGTATGGGTGAC
10766 TATA
1 TATA
10770 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 586, Mismatches: 71, Indels: 57
0.82 0.10 0.08
Matches are distributed among these distances:
337 3 0.01
338 94 0.16
339 68 0.12
340 234 0.40
341 175 0.30
342 9 0.02
343 3 0.01
ACGTcount: A:0.37, C:0.14, G:0.14, T:0.35
Consensus pattern (335 bp):
TATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGGCTTTTGCTTACATTCTCTAAGGAAGACATTCAATT
ATAATCTATTTTAACAAAAATATAAGAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTGTAAAACTAT
TTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATGAGTGACTATAAATGGACTTTTTCTCTAATGGAT
GGCTTTTCTTCATGTTTCCTGAGGACAACATTCAATTATAATTATTTTAACCAAAAATATAAAAT
AATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAACCATTTAAAGTAAGTAATAAGGCTTTCGAAGG
TATGGGTGAC
Found at i:10705 original size:511 final size:510
Alignment explanation
Indices: 9744--10769 Score: 1335
Period size: 511 Copynumber: 2.0 Consensus size: 510
9734 AGCGAGTAAA
* *
9744 TATAAATGGACTTATCATTTCAATGGATGGCTTTTGCTTCACATTTTCTAAGGTAAACATTCAAT
1 TATAAATGGACTTATCATCTCAATGGATGGCTTTTGCTTCACATTTCCTAAGGTAAACATTCAAT
* * * *
9809 TATAATCTATTTTAACCAACAATATAAAGGAATTCAACTTAAAATTAATTATGAGATTGTAAAAC
66 TATAATATATTTTAACCAACAATATAAAAGAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAAC
* * * * *
9874 TATTTAAAGTGAGTAACGAGGCTTTCGAAGGCATGGGTGACTATAAATAGACTTTTTTTGTCAAT
131 CATTTAAAGTAAGTAACAAGGCTTTCGAAGGCATGGGTGACTATAAATAGACTTTTCTTGCCAAT
*
9939 GAATGGCTTTTCTTCTCATTTCTCAAGACAGACATTCAATTATAATCTATTTTAATAAAAAATGT
196 GAATGGCTTTTCTTCTCATTTCTCAAGACAGACATTCAATTATAATCTATTTTAATAAAAAATAT
* * *
10004 AACAAAATCCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAACCATTTAATACGAGTAATAAGGCTTCC
261 AACAAAATCCAACTTAAAATCAATTATGACATTATAAACCATTTAATACGAATAATAAGACTTCC
* *
10069 AAACACTTGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATAGATGGCTTTTGCTTCACATTTCCTA
326 AAACAC-TGAGTGACCATAAATGGACTTTTCTTGCCAATAGATGGCTTTTACTTCACATTTCCTA
* * * * *
10134 TGGTAGACATTCAATTATAATCTATATTAATCAATATTATAAGTCAATTCAACTTAAAATCAATT
390 TGGCAGACATCCAATTATAATCTATATTAACCAAGAATATAAGTCAATTCAACTTAAAATCAATT
10199 ATGAGATTATAAAA-CTATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTAGAAGGCAT-GAGTGAC
455 ATGAGATTATAAAATC-ATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTAGAAGGCATGGA-TGAC
* ** * **
10255 TATAAATGGACTTTTC-TCTCTAATGGATGGCTTTTGCTTCATGTTTCCTGAGGTAAATGTTCAA
1 TATAAATGGACTTATCATCTC-AATGGATGGCTTTTGCTTCACATTTCCTAAGGTAAACATTCAA
*
10319 TTATAATATATTTTAACCAACAATATAAAATAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTAT-AAA
65 TTATAATATATTTTAACCAACAATATAAAAGAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAA
* * * *
10383 CCATTTAAAGTAAGTAATAAGGCTTTGGAAGGTATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAA
130 CCATTTAAAGTAAGTAACAAGGCTTTCGAAGGCATGGGTGACTATAAATAGACTTTTCTTGCCAA
* * *
10448 TGAATGGCTTTTC-T-TCATGTCTCTCAAGGA-AGACATTGAATTATAATCTGTTTTAA-AAGAA
195 TGAATGGCTTTTCTTCTCAT-T-TCTCAA-GACAGACATTCAATTATAATCTATTTTAATAAAAA
* * * * *
10509 ATATAA-AAATTTTCAACTTAAAATCAA-TATGACATTGTAAAACCATTTAATGCGAATAATAAT
257 ATATAACAAA-ATCCAACTTAAAATCAATTATGACATTAT-AAACCATTTAATACGAATAATAAG
* * * *
10572 ACTTTCCAAGGCA-TGAGTGACCATAAATGGAGTTTT-TTCTCCAATGGATGGCTTTTACTTCAC
320 AC-TTCCAA-ACACTGAGTGACCATAAATGGACTTTTCTT-GCCAATAGATGGCTTTTACTTCAC
* * * *
10635 GTTTCTTGA-GGCATGACATCCAATTGTAAT-TCATTTTAACCAAGAATATAAAGAT-AATTCAA
382 ATTTCCT-ATGGCA-GACATCCAATTATAATCT-ATATTAACCAAGAATAT-AAG-TCAATTCAA
* *
10697 CTTAAAATCAATTATGAGATTATATAATCATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATGGA
442 CTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAATCATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTAGAAGGCATGGA
10762 TGAC
507 TGAC
10766 TATA
1 TATA
10770 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 448, Mismatches: 51, Indels: 32
0.84 0.10 0.06
Matches are distributed among these distances:
508 18 0.04
509 99 0.22
510 139 0.31
511 188 0.42
512 4 0.01
ACGTcount: A:0.37, C:0.14, G:0.14, T:0.35
Consensus pattern (510 bp):
TATAAATGGACTTATCATCTCAATGGATGGCTTTTGCTTCACATTTCCTAAGGTAAACATTCAAT
TATAATATATTTTAACCAACAATATAAAAGAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAAC
CATTTAAAGTAAGTAACAAGGCTTTCGAAGGCATGGGTGACTATAAATAGACTTTTCTTGCCAAT
GAATGGCTTTTCTTCTCATTTCTCAAGACAGACATTCAATTATAATCTATTTTAATAAAAAATAT
AACAAAATCCAACTTAAAATCAATTATGACATTATAAACCATTTAATACGAATAATAAGACTTCC
AAACACTGAGTGACCATAAATGGACTTTTCTTGCCAATAGATGGCTTTTACTTCACATTTCCTAT
GGCAGACATCCAATTATAATCTATATTAACCAAGAATATAAGTCAATTCAACTTAAAATCAATTA
TGAGATTATAAAATCATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTAGAAGGCATGGATGAC
Found at i:12891 original size:35 final size:35
Alignment explanation
Indices: 12817--12985 Score: 203
Period size: 35 Copynumber: 4.8 Consensus size: 35
12807 NNNNNNNNNN
12817 AGTTATTGGGCCTAATTGATTAAATTTGTTTAATCA
1 AGTTATTGGGCCTAATTGATTAAA-TTGTTTAATCA
* * * *
12853 AGTTATTGGACTTAATTGATCAAATTGTTTAATTA
1 AGTTATTGGGCCTAATTGATTAAATTGTTTAATCA
* * **** *
12888 AGTTATTGGGCTTTATTGATTAAATTAAACAATTA
1 AGTTATTGGGCCTAATTGATTAAATTGTTTAATCA
*
12923 AGTTATTGCGCCTAATTGATTAAATTTGTTTAATCA
1 AGTTATTGGGCCTAATTGATTAAA-TTGTTTAATCA
*
12959 AGTTATTGGGCCTAATTAATTAAATTG
1 AGTTATTGGGCCTAATTGATTAAATTG
12986 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 111, Mismatches: 21, Indels: 3
0.82 0.16 0.02
Matches are distributed among these distances:
35 62 0.56
36 49 0.44
ACGTcount: A:0.33, C:0.08, G:0.15, T:0.44
Consensus pattern (35 bp):
AGTTATTGGGCCTAATTGATTAAATTGTTTAATCA
Found at i:12952 original size:71 final size:70
Alignment explanation
Indices: 12817--12984 Score: 194
Period size: 71 Copynumber: 2.4 Consensus size: 70
12807 NNNNNNNNNN
* **** * *
12817 AGTTATTGGGCCTAATTGATTAAATTTGTTTAATCAAGTTATTGGACTTAATTGATCAAATTGTT
1 AGTTATTGGGCCTAATTAATTAAA-TTAAACAATTAAGTTATTGGACCTAATTGATCAAATTGTT
*
12882 TAATTA
65 TAATCA
* * * *
12888 AGTTATTGGGCTTTATTGATTAAATTAAACAATTAAGTTATTGCG-CCTAATTGATTAAATTTGT
1 AGTTATTGGGCCTAATTAATTAAATTAAACAATTAAGTTATTG-GACCTAATTGATCAAA-TTGT
12952 TTAATCA
64 TTAATCA
12959 AGTTATTGGGCCTAATTAATTAAATT
1 AGTTATTGGGCCTAATTAATTAAATT
12985 GNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 82, Mismatches: 13, Indels: 4
0.83 0.13 0.04
Matches are distributed among these distances:
70 26 0.32
71 56 0.68
ACGTcount: A:0.33, C:0.08, G:0.15, T:0.44
Consensus pattern (70 bp):
AGTTATTGGGCCTAATTAATTAAATTAAACAATTAAGTTATTGGACCTAATTGATCAAATTGTTT
AATCA
Found at i:14802 original size:73 final size:72
Alignment explanation
Indices: 14683--14829 Score: 197
Period size: 73 Copynumber: 2.0 Consensus size: 72
14673 NNNNNNNNNN
* *
14683 GTCATTTCTGTGTCTGAACCTAATTTCTGGTAGTACACTATTAGTCGACTAACAAAACTTCTTAG
1 GTCATTTCTGTCTCTGAACCCAATTTCTGGTAGTACACTATTAGTCGACTAAC-AAACTTCTTAG
*
14748 TTGATTAA
65 TCGATTAA
* * * * *
14756 GTCATTTCTGTCTTTGAACCCAGTTTGTGGT-GCTACGCTCTTAGTCGACTAACAAACTTCTTAG
1 GTCATTTCTGTCTCTGAACCCAATTTCTGGTAG-TACACTATTAGTCGACTAACAAACTTCTTAG
14820 TCGATTAA
65 TCGATTAA
14828 GT
1 GT
14830 GTTCTTTGGC
Statistics
Matches: 65, Mismatches: 8, Indels: 3
0.86 0.11 0.04
Matches are distributed among these distances:
72 21 0.32
73 44 0.68
ACGTcount: A:0.25, C:0.20, G:0.17, T:0.38
Consensus pattern (72 bp):
GTCATTTCTGTCTCTGAACCCAATTTCTGGTAGTACACTATTAGTCGACTAACAAACTTCTTAGT
CGATTAA
Found at i:17550 original size:14 final size:14
Alignment explanation
Indices: 17531--17557 Score: 54
Period size: 14 Copynumber: 1.9 Consensus size: 14
17521 TCAATATTCA
17531 ACCTTTTGATCAAT
1 ACCTTTTGATCAAT
17545 ACCTTTTGATCAA
1 ACCTTTTGATCAA
17558 CTGAACATAA
Statistics
Matches: 13, Mismatches: 0, Indels: 0
1.00 0.00 0.00
Matches are distributed among these distances:
14 13 1.00
ACGTcount: A:0.30, C:0.22, G:0.07, T:0.41
Consensus pattern (14 bp):
ACCTTTTGATCAAT
Found at i:19913 original size:35 final size:35
Alignment explanation
Indices: 19839--20052 Score: 240
Period size: 35 Copynumber: 6.2 Consensus size: 35
19829 TCTCAAGCAC
*
19839 TTGATTAAAATTGTTTAATT-A---ATTGTGCCTAA
1 TTGATT-AAATTGTTTAATTAAGTTATTGGGCCTAA
* **
19871 TTCATTAAATTGTTTAATTAAGTTATTAAGCCTAA
1 TTGATTAAATTGTTTAATTAAGTTATTGGGCCTAA
* **** *
19906 TTAATTAAATTAAACAATTAAGTT-TTGGGCTTAA
1 TTGATTAAATTGTTTAATTAAGTTATTGGGCCTAA
* * *
19940 TTGATTAAATTTGTTTAATCAAATTATTGAGCCTAA
1 TTGATTAAA-TTGTTTAATTAAGTTATTGGGCCTAA
*
19976 TTGATTAAATTGTTTAATCAAGTTATTGGGCCTAA
1 TTGATTAAATTGTTTAATTAAGTTATTGGGCCTAA
*
20011 TTGATTAAATTGTTTAATTAAGTTATTTGGCCTAA
1 TTGATTAAATTGTTTAATTAAGTTATTGGGCCTAA
20046 TTGATTA
1 TTGATTA
20053 TATTAAACAA
Statistics
Matches: 152, Mismatches: 24, Indels: 9
0.82 0.13 0.05
Matches are distributed among these distances:
31 13 0.09
32 6 0.04
34 15 0.10
35 101 0.66
36 17 0.11
ACGTcount: A:0.35, C:0.07, G:0.13, T:0.45
Consensus pattern (35 bp):
TTGATTAAATTGTTTAATTAAGTTATTGGGCCTAA
Found at i:19967 original size:70 final size:70
Alignment explanation
Indices: 19868--20079 Score: 273
Period size: 70 Copynumber: 3.0 Consensus size: 70
19858 TAATTGTGCC
* *
19868 TAATTCATTAAATTGTTTAATTAAGTTATTAAGCCTAATTAATTAAATTAAACAATTAAGTT-TT
1 TAATTGATTAAATTGTTTAATTAAGTTATTAAGCCTAATTGATTAAATTAAACAATTAAGTTATT
19932 GGGCT
66 GGGCT
* * * **** *
19937 TAATTGATTAAATTTGTTTAATCAAATTATTGAGCCTAATTGATTAAATTGTTTAATCAAGTTAT
1 TAATTGATTAAA-TTGTTTAATTAAGTTATTAAGCCTAATTGATTAAATTAAACAATTAAGTTAT
*
20002 TGGGCC
65 TGGGCT
** *
20008 TAATTGATTAAATTGTTTAATTAAGTTATTTGGCCTAATTGATTATATTAAACAATTAAGTTAAT
1 TAATTGATTAAATTGTTTAATTAAGTTATTAAGCCTAATTGATTAAATTAAACAATTAAGTT-AT
20073 TGGGCT
65 TGGGCT
20079 T
1 T
20080 CTTANNNNNN
Statistics
Matches: 118, Mismatches: 22, Indels: 4
0.82 0.15 0.03
Matches are distributed among these distances:
69 11 0.09
70 81 0.69
71 26 0.22
ACGTcount: A:0.36, C:0.07, G:0.13, T:0.44
Consensus pattern (70 bp):
TAATTGATTAAATTGTTTAATTAAGTTATTAAGCCTAATTGATTAAATTAAACAATTAAGTTATT
GGGCT
Found at i:20030 original size:105 final size:107
Alignment explanation
Indices: 19855--20052 Score: 274
Period size: 105 Copynumber: 1.9 Consensus size: 107
19845 AAAATTGTTT
* *
19855 AATTAATTGTGCCTAATTCATTAAATTGTTTAATTAAGTTATTAAGCCTAATTAATTAAATTAAA
1 AATTAATTGAGCCTAATTCATTAAATTGTTTAATCAAGTTATTAAGCCTAATTAATTAAATTAAA
*
19920 CAATTAAGTT-TTGGGCTTAATTGATTAAATTTGTTTAATCA
66 CAATTAAGTTATTGGGCCTAATTGATTAAATTTGTTTAATCA
* ** * ***
19961 AATT-ATTGAGCCTAATTGATTAAATTGTTTAATCAAGTTATTGGGCCTAATTGATTAAATTGTT
1 AATTAATTGAGCCTAATTCATTAAATTGTTTAATCAAGTTATTAAGCCTAATTAATTAAATTAAA
* *
20025 TAATTAAGTTATTTGGCCTAATTGATTA
66 CAATTAAGTTATTGGGCCTAATTGATTA
20053 TATTAAACAA
Statistics
Matches: 79, Mismatches: 12, Indels: 2
0.85 0.13 0.02
Matches are distributed among these distances:
105 60 0.76
106 19 0.24
ACGTcount: A:0.35, C:0.08, G:0.13, T:0.44
Consensus pattern (107 bp):
AATTAATTGAGCCTAATTCATTAAATTGTTTAATCAAGTTATTAAGCCTAATTAATTAAATTAAA
CAATTAAGTTATTGGGCCTAATTGATTAAATTTGTTTAATCA
Found at i:24907 original size:74 final size:73
Alignment explanation
Indices: 24686--24943 Score: 279
Period size: 73 Copynumber: 3.5 Consensus size: 73
24676 AGATAGAATT
*** * * *
24686 CTCTTAGTCGACTAAC-ATTGTTACTTAATCGATTAAGTCGTCTCTGTCTCTAAACCCTGTTTCT
1 CTCTTAGTCGACTAACAAAACTT-CTTAGTCGATTAAGTCGTTTCTGTCTCTAAACCCAGTTTCT
*
24750 -GACAGTAGG
65 AG-CAGTAAG
* * * * * *
24759 CTCTTAGTCGACT-ACTAACACTTCTTAGTTGATTAAGTCATTTCTATCTCTAAACCTAGTTTTT
1 CTCTTAGTCGACTAAC-AAAACTTCTTAGTCGATTAAGTCGTTTCTGTCTCTAAACCCAGTTTCT
24823 AGCAGTAAG
65 AGCAGTAAG
* * * *
24832 CTCTTAATCTACTAACAAAACTTCTTAGTCGATTAAAGTCGTTTTTGTCTCTGAACCCAGTTTCT
1 CTCTTAGTCGACTAACAAAACTTCTTAGTCGATT-AAGTCGTTTCTGTCTCTAAACCCAGTTTCT
*
24897 AGTAGTAAG
65 AGCAGTAAG
* *
24906 CTCTTAGTCGACTAACAAAACTTTTTAGTCAATTAAGT
1 CTCTTAGTCGACTAACAAAACTTCTTAGTCGATTAAGT
24944 ATTATCTATC
Statistics
Matches: 153, Mismatches: 27, Indels: 10
0.81 0.14 0.05
Matches are distributed among these distances:
72 2 0.01
73 83 0.54
74 68 0.44
ACGTcount: A:0.28, C:0.21, G:0.14, T:0.38
Consensus pattern (73 bp):
CTCTTAGTCGACTAACAAAACTTCTTAGTCGATTAAGTCGTTTCTGTCTCTAAACCCAGTTTCTA
GCAGTAAG
Found at i:27019 original size:25 final size:24
Alignment explanation
Indices: 26983--27030 Score: 62
Period size: 25 Copynumber: 2.0 Consensus size: 24
26973 ATCTTACTTA
*
26983 TTTTTATCTTTATTT-TATTTAATT
1 TTTTTATATTTATTTCT-TTTAATT
27007 TTTTTATAATTTATTTCTTTTAAT
1 TTTTTAT-ATTTATTTCTTTTAAT
27031 CTATTTTTTA
Statistics
Matches: 21, Mismatches: 1, Indels: 3
0.84 0.04 0.12
Matches are distributed among these distances:
24 7 0.33
25 13 0.62
26 1 0.05
ACGTcount: A:0.23, C:0.04, G:0.00, T:0.73
Consensus pattern (24 bp):
TTTTTATATTTATTTCTTTTAATT
Found at i:29860 original size:6 final size:7
Alignment explanation
Indices: 29842--29868 Score: 54
Period size: 7 Copynumber: 3.9 Consensus size: 7
29832 AATTGAGGGA
29842 GAAAAAT
1 GAAAAAT
29849 GAAAAAT
1 GAAAAAT
29856 GAAAAAT
1 GAAAAAT
29863 GAAAAA
1 GAAAAA
29869 AAATGATGGT
Statistics
Matches: 20, Mismatches: 0, Indels: 0
1.00 0.00 0.00
Matches are distributed among these distances:
7 20 1.00
ACGTcount: A:0.74, C:0.00, G:0.15, T:0.11
Consensus pattern (7 bp):
GAAAAAT
Found at i:35194 original size:172 final size:170
Alignment explanation
Indices: 34861--35403 Score: 664
Period size: 172 Copynumber: 3.2 Consensus size: 170
34851 CACACCAACA
* *
34861 TATAAAACAATTTAAAGTGAGTAATAAGGATTATAAAGGCTTGAGTGACTATAAATGGACTTTTC
1 TATAAAACAATTTAAAATGAGTAATAAGGCTTATAAAGGCTTGAGTGACTATAAATGGACTTTTC
* *
34926 TTGCCAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTTACTGAATCAAACATTCAATTATAATCTGTTTTAA
66 TTGCCAATGAATGGC-TTTTCTTCATG-TTTCCTGAAGCAAACATTCAATTATAA-CTGTTTTAA
* *
34991 TCAAAAATGTAAAAAA-ATTCTACTTAAAATCAATTATGAAAT
128 TCAAAAATGTAAAAAATATTCAACTTAAAATCAATTATGAGAT
* **
35033 TATAAAATAATTTAAAATGAGTAATAAGGCTTATAAAGGCTTGAGTGACTATAAATAAACTTTTC
1 TATAAAACAATTTAAAATGAGTAATAAGGCTTATAAAGGCTTGAGTGACTATAAATGGACTTTTC
* * * *
35098 TTGCCAATGGATGACTTTTGCTTCATGTTTCCTGAAGCAAACATTTAATTATAACATATTTTAAT
66 TTGCCAATGAATGGCTTTT-CTTCATGTTTCCTGAAGCAAACATTCAATTATAAC-TGTTTTAAT
* * *
35163 CAAAAAT-AAAAAAATATTGAACTTAAAAATCAATTATGAGGT
129 CAAAAATGTAAAAAATATTCAACTT-AAAATCAATTATGAGAT
* * * * * *
35205 TATAAAACCATTTAAAGCT-AGTAATAAGGCTTTCTGAAGG-TATGGGTGACAATAAATGGACTT
1 TATAAAACAATTTAAA-ATGAGTAATAAGGC-TTATAAAGGCT-TGAGTGACTATAAATGGACTT
* * * * * *
35268 TTCTTTCCAATGAATGGCTTTTCTTCATGTGTCC-CAAGGCAGACAATCAATTATAATTTGTTTT
63 TTCTTGCCAATGAATGGCTTTTCTTCATGTTTCCTGAA-GCAAACATTCAATTATAA-CTGTTTT
* *
35332 GATTAAAAATGTAAAAAATATTCAACTTAAAATCAATTATGAGAT
126 AATCAAAAATGTAAAAAATATTCAACTTAAAATCAATTATGAGAT
**
35377 TATAAAACAATTTAAAACAAGTAATAA
1 TATAAAACAATTTAAAATGAGTAATAA
35404 ANNNNNNNNN
Statistics
Matches: 317, Mismatches: 43, Indels: 22
0.83 0.11 0.06
Matches are distributed among these distances:
170 7 0.02
171 52 0.16
172 199 0.63
173 59 0.19
ACGTcount: A:0.41, C:0.11, G:0.13, T:0.35
Consensus pattern (170 bp):
TATAAAACAATTTAAAATGAGTAATAAGGCTTATAAAGGCTTGAGTGACTATAAATGGACTTTTC
TTGCCAATGAATGGCTTTTCTTCATGTTTCCTGAAGCAAACATTCAATTATAACTGTTTTAATCA
AAAATGTAAAAAATATTCAACTTAAAATCAATTATGAGAT
Found at i:35290 original size:20 final size:21
Alignment explanation
Indices: 35254--35292 Score: 62
Period size: 21 Copynumber: 1.9 Consensus size: 21
35244 GTATGGGTGA
35254 CAATAAATGGACTTTTCTTTC
1 CAATAAATGGACTTTTCTTTC
*
35275 CAATGAATGG-CTTTTCTT
1 CAATAAATGGACTTTTCTT
35293 CATGTGTCCC
Statistics
Matches: 17, Mismatches: 1, Indels: 1
0.89 0.05 0.05
Matches are distributed among these distances:
20 8 0.47
21 9 0.53
ACGTcount: A:0.26, C:0.18, G:0.13, T:0.44
Consensus pattern (21 bp):
CAATAAATGGACTTTTCTTTC
Found at i:43555 original size:73 final size:73
Alignment explanation
Indices: 43377--43561 Score: 183
Period size: 73 Copynumber: 2.5 Consensus size: 73
43367 GATAGAGAAC
* * * * * *
43377 ACTTAGTCGACCAAG-AGACAATGTTAGTCGACTAGGTGCTTACTGCCAAAAACTGAGTTCAAAG
1 ACTTAATCGACTAAGAAG-CAATGTTAGTCGACTAAGAGCCTACTACCAAAAACTGAGTTCAAAG
*
43441 ACAGAAATG
65 ACAGAAACG
*** * * * * *
43450 ACTTAATCGACTAAGAAGTTTTGCTAGCCGACTAAGAGCCTACTACCATAAACTGGGTTCAGAGA
1 ACTTAATCGACTAAGAAGCAATGTTAGTCGACTAAGAGCCTACTACCAAAAACTGAGTTCAAAGA
*
43515 CAGAGACG
66 CAGAAACG
* **
43523 ACTTAATTGACTAAGTGGCAATGTTAGTCGACTAAGAGC
1 ACTTAATCGACTAAGAAGCAATGTTAGTCGACTAAGAGC
43562 ATTCTGTCTG
Statistics
Matches: 87, Mismatches: 24, Indels: 2
0.77 0.21 0.02
Matches are distributed among these distances:
73 85 0.98
74 2 0.02
ACGTcount: A:0.35, C:0.19, G:0.22, T:0.23
Consensus pattern (73 bp):
ACTTAATCGACTAAGAAGCAATGTTAGTCGACTAAGAGCCTACTACCAAAAACTGAGTTCAAAGA
CAGAAACG
Found at i:44275 original size:228 final size:228
Alignment explanation
Indices: 43874--44328 Score: 754
Period size: 228 Copynumber: 2.0 Consensus size: 228
43864 TCTTTTCTCC
*
43874 TTGATTGCTTAAAGTGTACGAGACACTCTAAAGGGATTAATCAAGCTTGGGTTAGCTTGATTGAG
1 TTGATTGCTTAAAGTGTACGAGACACTCTAAAGGGATTAATCAAGCTTGGGTCAGCTTGATTGAG
*
43939 TGTATAGGTTCTAACTCAACCTAGAAAAGTTAGTTTTTGGTTTTGATTGATCTTGAGAAAAACCA
66 TGTATAGGTTCTAACTCAACCTAGAAAAGTTAGTTTTTGGTTTTGATTGATCCTGAGAAAAACCA
* * *
44004 TTGTTAAGGGTTGTGGCTGAGCCTGTGAAAAGCCATGGTAAAAGTTTGGTGAAAGCTT-GAGAAT
131 TTGTTAAGGGTTATGGCTAAGCCTGTGAAAAGCCATGGTAAAAGCTTGGTGAAAGCTTGGA-AAT
*
44068 TTCACCGTTTATAGTGATTTGGTTTGGAAAATCT
195 TTCACCGTTTATAGTGATTTGGTTTGAAAAATCT
* *
44102 TTGATTGCTTAGAGTGTGCGAGACACTCT-AAGGAGATTAATCAAGCTTGGGTCAGCTTGATTGA
1 TTGATTGCTTAAAGTGTACGAGACACTCTAAAGG-GATTAATCAAGCTTGGGTCAGCTTGATTGA
* * *
44166 GTGTATAGGTTCTAACTCAA-CTTGAAAAAGTTAGTTTTTGGTTTTGGTTGATCCTGGGAAAAAC
65 GTGTATAGGTTCTAACTCAACCTAG-AAAAGTTAGTTTTTGGTTTTGATTGATCCTGAGAAAAAC
*
44230 CATTGTTAAGGGTTATGGCTAAGCCTGTGAAAAGCCATTGTAAAAGCTTGGTGAAAGCTTGGAAA
129 CATTGTTAAGGGTTATGGCTAAGCCTGTGAAAAGCCATGGTAAAAGCTTGGTGAAAGCTTGGAAA
44295 TTTCACCGTTTATAGTGATTTGGTTTGAAAAATC
194 TTTCACCGTTTATAGTGATTTGGTTTGAAAAATC
44329 CTTGGTTGAA
Statistics
Matches: 212, Mismatches: 12, Indels: 6
0.92 0.05 0.03
Matches are distributed among these distances:
227 7 0.03
228 203 0.96
229 2 0.01
ACGTcount: A:0.29, C:0.12, G:0.25, T:0.34
Consensus pattern (228 bp):
TTGATTGCTTAAAGTGTACGAGACACTCTAAAGGGATTAATCAAGCTTGGGTCAGCTTGATTGAG
TGTATAGGTTCTAACTCAACCTAGAAAAGTTAGTTTTTGGTTTTGATTGATCCTGAGAAAAACCA
TTGTTAAGGGTTATGGCTAAGCCTGTGAAAAGCCATGGTAAAAGCTTGGTGAAAGCTTGGAAATT
TCACCGTTTATAGTGATTTGGTTTGAAAAATCT
Found at i:45400 original size:170 final size:170
Alignment explanation
Indices: 45087--45490 Score: 422
Period size: 170 Copynumber: 2.4 Consensus size: 170
45077 TCTGTTTCAG
* * *
45087 GAAACATGAAGTAAAAACCATCCATTGGAAAGAAAAGTCCATTTATTGTCACTCATACCTTCAGA
1 GAAACATGAAG-AAAAACCACCCATTGGAAAGAAAAATCCATTTATAGTCACTCATACCTTCAGA
* * **
45152 AGCATTATTACTCACTTTAAATGATTTTATAATCTCATAATTAATTGTAAGTTGAATTTTTTCAC
65 AGCATTATTACTCACATTAAATGATCTTATAATCTCATAATTAATTGTAAGAAGAATTTTTTCAC
* * * * *
45217 ATTTTTGGTTAAAATATGTTATAGTTAAATGTCTACCTTGA
130 ATTATTAGTTAAAACAGGTAATAGTTAAATGTCTACCTTGA
* * * * *
45258 GAAACGTGAAGAAAAACTACCCATTGGACAA-AAAAATGCATTTATAGTCACTCA-AGCCTTTAT
1 GAAACATGAAGAAAAACCACCCATTGGA-AAGAAAAATCCATTTATAGTCACTCATA-CCTTCAG
* * *
45321 AAGCCTTATTACTTACATTAAATGATCTTATAATCTCATTATTGAATT-TAAGCAAG-ATTGTTT
64 AAGCATTATTACTCACATTAAATGATCTTATAATCTCATAATT-AATTGTAAG-AAGAATT-TTT
* * * *
45384 T-ACATTATTAGTTAAAACAGGTAATATTTGAATGTTTATCTTGA
126 TCACATTATTAGTTAAAACAGGTAATAGTTAAATGTCTACCTTGA
* ** ** * * *
45428 GAAACATGGAGAAAAAGCCATTCATTGTCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCA
1 GAAACATGAAGAAAAA-CCACCCATTGGAAAGAAAAATCCATTTATAGTCACTCATACCTTCA
45491 ANNNNNNNNN
Statistics
Matches: 189, Mismatches: 36, Indels: 16
0.78 0.15 0.07
Matches are distributed among these distances:
169 1 0.01
170 135 0.71
171 53 0.28
ACGTcount: A:0.37, C:0.15, G:0.13, T:0.35
Consensus pattern (170 bp):
GAAACATGAAGAAAAACCACCCATTGGAAAGAAAAATCCATTTATAGTCACTCATACCTTCAGAA
GCATTATTACTCACATTAAATGATCTTATAATCTCATAATTAATTGTAAGAAGAATTTTTTCACA
TTATTAGTTAAAACAGGTAATAGTTAAATGTCTACCTTGA
Found at i:45478 original size:21 final size:20
Alignment explanation
Indices: 45440--45478 Score: 51
Period size: 21 Copynumber: 1.9 Consensus size: 20
45430 AACATGGAGA
*
45440 AAAAGCCATTCATTGTCAAG
1 AAAAGCCATTCATAGTCAAG
*
45460 AAAAGTCCATTTATAGTCA
1 AAAAG-CCATTCATAGTCA
45479 CCCATGCCTT
Statistics
Matches: 16, Mismatches: 2, Indels: 1
0.84 0.11 0.05
Matches are distributed among these distances:
20 5 0.31
21 11 0.69
ACGTcount: A:0.41, C:0.18, G:0.13, T:0.28
Consensus pattern (20 bp):
AAAAGCCATTCATAGTCAAG
Found at i:46256 original size:171 final size:169
Alignment explanation
Indices: 45778--46375 Score: 503
Period size: 171 Copynumber: 3.5 Consensus size: 169
45768 GGAAAATGTG
* * ** * **
45778 AAGCAAAAGCCATCCATTGACAAGAAAAGTAGATTTATAGTCACTCATGCCTTCGAAAGTATTAT
1 AAGCAAAAGCCATTCATTG-GAAGAAAAGTTCATTTATAGTCACTTATGCCTTCGAAAGCCTTAT
* * * ********** * *
45843 CAGTCACTTTAAATGGTTTTATAATCNNNNNNNNNNTTTTAAGTTGAATTTTTTTACAGTTCTA-
65 TACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAATTGAATTTTTTTATA-TT-TAG
* * * * *
45907 GTTAAGACAAATTATATTTGAATATT-TAG-TTTAGGAAACATGA
128 GTTAAAAAAAATTATAATGGAA-ATTCT-GCCTTAGGAAACAT-A
** * * *
45950 AAAAAAAAGCCATTCAGTGGCAAGAAAAG-TCTATTTATAGTCACTTATGTCTTCAAAAGCCTTA
1 AAGCAAAAGCCATTCATTGG-AAGAAAAGTTC-ATTTATAGTCACTTATGCCTTCGAAAGCCTTA
* * *
46014 TTACTCGCTTTAAATGATTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGGATTTTTTTATATTTATG
64 TTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAATTGAATTTTTTTATATTTA-G
* *** *
46079 GTTAAAAAAAATTAT-GTTTTAATGTCTGCCTT-GAGAAATATA
128 GTTAAAAAAAATTATAATGGAAAT-TCTGCCTTAG-GAAACATA
* *
46121 AAGCAAAAGCCATTCATTGGTAAGAAAAGTTCATTTATAGTCACCTATGCCATCGAAAGCCTTAT
1 AAGCAAAAGCCATTCATTGG-AAGAAAAGTTCATTTATAGTCACTTATGCCTTCGAAAGCCTTAT
*
46186 TACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTTATAATTGATTTTAAATTGAATTTTTTTATACTATTA-
65 TACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAATTGAATTTTTTTATA-T-TTAG
*** * *
46250 GTTAAAATGGATTATAATGGAAATTCTGCCTTAGGAAACGTG
128 GTTAAAAAAAATTATAATGGAAATTCTGCCTTAGGAAACATA
* * * * *
46292 AAGCAAAAGCCATCCATTGGAGAAAAAAGTCCATTTGTAGTC-CTTCATACCTTCGAAAGCC-TA
1 AAGCAAAAGCCATTCATTGGA-AGAAAAGTTCATTTATAGTCACTT-ATGCCTTCGAAAGCCTTA
*
46355 TTACTCACTTTAAATGGTTTT
64 TTACTCGCTTTAAATGGTTTT
46376 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 346, Mismatches: 65, Indels: 32
0.78 0.15 0.07
Matches are distributed among these distances:
170 29 0.08
171 191 0.55
172 123 0.36
173 3 0.01
ACGTcount: A:0.35, C:0.13, G:0.14, T:0.37
Consensus pattern (169 bp):
AAGCAAAAGCCATTCATTGGAAGAAAAGTTCATTTATAGTCACTTATGCCTTCGAAAGCCTTATT
ACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAATTGAATTTTTTTATATTTAGGTT
AAAAAAAATTATAATGGAAATTCTGCCTTAGGAAACATA
Found at i:48486 original size:171 final size:171
Alignment explanation
Indices: 48218--52477 Score: 1837
Period size: 171 Copynumber: 24.6 Consensus size: 171
48208 TACCTCAGCA
* * * * *
48218 AAACATAAAGAAAAATCCATTCATTGGCAAAAAAAGTCCATTTCTAGTCACTTATGCCTTCCG-A
1 AAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATGCCTT-CGAA
* * * * * *
48282 AGCTTTTTTATTCACTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTGTAAGTTAAATTTTTTTAC
65 AGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTAC
* * * * **
48347 ATTTTTGATTAAAATATATTATATTTAAATGTCTACCTTGGG
130 ATTTTTGATTAAAATATATTATAATTGAATGTTTGCCTTAAG
* * ** * * *
48389 AAACATGAAGCAAAAGCTACCCATTGGTAAGAGAAGTCCATTTATAGTCACTCATGCCTTCAAAA
1 AAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATGCCTTCGAAA
* ** * * * *
48454 GCCTTATTACTCACATTAAATGGTCATATAATCTCATAATTGAATTTAAGTTGGATTGTTTCACA
66 GCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACA
* * * * ***
48519 TTTTT-AGTTAAAACAGATAATATTTGAATGTTTGCCCCGAG
131 TTTTTGA-TTAAAATATATTATAATTGAATGTTTGCCTTAAG
* * * * * *
48560 AAACTTAAAGAAAAAGGCATTCATTGGCGAGAAAAGTCTATTTATAGTCACCCATGCCTTCGAAA
1 AAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATGCCTTCGAAA
** * * * *
48625 GCCTTATTACTTGCTTTAAATGG--TTCT-ATCTCATAACTGAATTTAAGTTAAATTTTTTTTAC
66 GCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAA-TTTTTTTAC
* **
48687 ATTTTTTATTAAAATATATTATAATTGAATGTTTG-CTTTTG
130 ATTTTTGATTAAAATATATTATAATTGAATGTTTGCCTTAAG
* * * * * * *
48728 AAAAGATGAAGCAAAAGCCA-TCTGTTGGCAGGAAAAGTTCATTTATAGTCACTCAAGCCTT-TA
1 -AAACATGAAGAAAAAGCCATTC-ATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATGCCTTCGA
** * * * *
48791 TAAGCCTTATTACTCACTTTAAATTATTTTATAGTCTCATAATTAATTTTAAATTTAATATTTTT
64 -AAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAAT-TTTTT
* * ** * * *
48856 TATATTTTTTG-TCAAACCAAAGTATAATTTAATGTTTGCCTT-AG
127 TACA-TTTTTGATTAAAATATATTATAATTGAATGTTTGCCTTAAG
* * * *
48900 AAA-ATGTGAAGAAAAAGTCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATTGTCACCCATGCCATCGA
1 AAACA--TGAAGAAAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATGCCTTCGA
* * * * * *
48964 TAGCCTTGTTACTAACTTTAAACGGTTTTATAATCTCATCATTGATTTTAACTTGAA--TTTTTA
64 AAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTA
*
49027 CATTTTTGGTTAAAATATATTATAATTGAATGTTTGCCTTAAG
129 CATTTTTGATTAAAATATATTATAATTGAATGTTTGCCTTAAG
* * * * * * * * * *
49070 AAACGTGAAGCAAAAA-TCATCCATTTGCAAG-AAAGTTCATTTATGGTAACTCAAGCTTTTGAA
1 AAACATGAAG-AAAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATGCCTTCGAA
* * * *
49133 TGCCTTATTGCTCGCATTAAATGG-TTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTAC
65 AGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTAC
* * ** * * *
49197 ATTTTTGATTGAAATAGAGCATAATTGAATGTCTACCTTATG
130 ATTTTTGATTAAAATATATTATAATTGAATGTTTGCCTTAAG
* * * * * * *
49239 AAACATAAAGAAAAAGACATTCATTAGCAAGAAAAGTCTATTTATAGTCAC-CTATGTCATCGGA
1 AAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTC-ATGCCTTCGAA
* * *
49303 AGCCTTATGACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTAATTTTAAGTTGAATTTTTTTAC
65 AGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTAC
* * * * * ** * * * *
49368 ATTTATGGTTAAAACAGATTCTGTTTTAACGTCTGCCTCAAG
130 ATTTTTGATTAAAATATATTATAATTGAATGTTTGCCTTAAG
* * * *
49410 AAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACTTATGTCTTCGGAA
1 AAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATGCCTTCGAAA
* * *
49475 GCCTTATTACTCGCGTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTT-AGCTTGAATTATTCTTA
66 GCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAG-TTGAATT-TTTTTA
* * *
49539 CATTTTT-AGTAAAATATATTATAATTGAATGTCTGCCCT-AG
129 CATTTTTGATTAAAATATATTATAATTGAATGTTTGCCTTAAG
* * ** * * * * * * *
49580 AGAACATGGAGCAAAAGCCAACCATTGACAAG-AAAGTCAATTTCTAGTCACTAAAGTCTTTGAA
1 A-AACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATGCCTTCGAA
* ** * * *
49644 AGTCTTATTGTTCACATTAAATTG-TTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAAATTTTTTTA
65 AGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTT-GAATTTTTTTA
* * * *
49708 GATTTTTAATTAAAAGTA-ATTATAATTGAATGTTTTCCTTAGG
129 CATTTTTGATTAAAA-TATATTATAATTGAATGTTTGCCTTAAG
* * * *
49751 AAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGGTAAGAAAAGTCCATTAATAGTCAC-CTAT-ACTTTGAA
1 AAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTC-ATGCCTTCGAA
* **** ** * * * * * *
49814 AGCCTTTATTCACCCGAGGGAAAAAT-G--AAAGAGATGC-GAGGAA-AGA---GAGAG-AGAAA
65 AGCC-TTATT-ACTC-A-CTTTAAATGGTTTTATA-AT-CTCA-TAATTGATTTTA-AGTTG-AA
*** * * ** * * * * * * ***
49870 CCCTATTAAATTTGACGTTTACAATCTTATAATTGACTTTAAGTTGATTTTTTTTATAG
121 TTTTTTTACATTT-TTGATTAAAAT-ATATTA-T-AATTGAA--TG-TTTGCCTTA-AG
** * ** * ** * * * *
49929 TTA-TTGTTAA-AATAGATTA-TAATTGAATGTGTGCCAAAGAAAATGTGAAGTAAAAGCCA-TC
1 AAACATG--AAGAA-A-A--AGCCATT-CAT-TG-G-C-AAGAAAA-GTCCATTTATAGTCACT-
****** * * * ** * *
49990 CATTAGAAAGAAAAGTCTATTTATACTCACCCATACCTTTAAAACT-ATTATTACTCGCTTTAAT
53 CATGCCTTCG-AAAG-C--CTTAT--T-ACTC--A-CTTT-AAA-TGGTT-TTA-T-AATCTCAT
* * * *
50054 AAGTTTTATAATCTTATAATTG-ATTTTAAGTTA-AGTTTTTTTACTTCTTCTTAAAATATATTA
103 AA--TTGAT--T-TTA-AGTTGAATTTT--TTTACA--TTTTTGA-------TTAAAATATATTA
* * * * *
50117 TAACTAAATATCTGCCTTGAG
151 TAATTGAATGTTTGCCTTAAG
* * * ** * ** * * * *
50138 ACAGATTATATTTGAATATTTG-C-TTCA--GGAAACATGAAAAAAAAACCATTCATTGGCAATA
1 AAACATGA-A---GAA-A-AAGCCATTCATTGG---C---AAGAAAAGTCCATTTATAGTCACT-
* * * ** * * * ** ** ** * * * *
50199 AAAGTCTATTTATAGTCACCTA-TA-TCTC-TGGAA--GCCTTATTGCTCGCTTTAAATGGTTTT
53 CATGCCT-TCGAAAG-C-CTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTA-TAATCTC-ATAATTGATTTT
* * * * * * ***
50259 ATAATCTCATTATTGATTTTTAGTTGATTTTT--TTAATATTTATGGCTAAAACAAATTATGTTT
113 A-AGT-TGA--ATT--TTTTTA---CATTTTTGATTAAAATATAT---TATAATTGA--ATG--T
* ***
50322 TAATGTCTGTCTC
162 T--TGCCT-TAAG
* * * * **
50335 AAGAAATATGAAGCAAAAGCTATTCATTGGTAAGAAAAG-CTCATTTATAGTCAC-CTATGCCCG
1 AA-ACA--TGAAGAAAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAGTC-CATTTATAGTCACTC-ATGCCTT
* * *
50398 CGAAAGCCTTATTACCCGA-TTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTTATTTTAAATTGAATTTT
61 CGAAAGCCTTATTACTC-ACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTT
* * * * ** * *
50462 TTTATACTGTTGGTTAAAATGGATTATAATTGAATGTTTACC-TCAG
125 TTTACATTTTTGATTAAAATATATTATAATTGAATGTTTGCCTTAAG
* *
50508 AAA-ATGTGAAGCAAAAGCCA-TCTATTGG-AGAGAAAAGTCCATTTATAGTCATTCATGCCTTC
1 AAACA--TGAAGAAAAAGCCATTC-ATTGGCA-AGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATGCCTTC
* * * * * *
50570 GAAAGCATTATTACTCACTTTAAATGGTTTTGTAATGTCATCATTGATTTTAACTTGAAATTTTT
62 GAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTT
* * * * *
50635 TAC-TTTTTGGTTAAAA-AAATTATATTTGAATG-TTGACCTAAAA
127 TACATTTTTGATTAAAATATATTATAATTGAATGTTTG-CCTTAAG
** * * * * * * * * **
50678 AAAGGTGAATAAAACA-TCATCCATTAGTAAAAAAAGTTCAGTTATAGTCAC-CTATGCCTTTTA
1 AAACATGAAGAAAA-AGCCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTC-ATGCCTTCGA
* * * * * * ** *
50741 AGGCCTTGTTACTCGCTTTAAATAGTTTCATAATCACATAATCAATTTCAAGTTGAA-TTTTTTA
64 AAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTA
* * * * * * *
50805 CATTTTTGAATGAAATATATTATAATTAAATGTCTACTTTGAG
129 CATTTTTGATTAAAATATATTATAATTGAATGTTTGCCTTAAG
* * * * * * * *
50848 AAACATAAAG-CAAAGCTA-TCGGTTAGTAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACTCAAT-CCTT-TA
1 AAACATGAAGAAAAAGCCATTC-ATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTC-ATGCCTTCGA
* * ** *
50909 TAAGCC-CATTTA-TCGCTTTAAATTATCTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATAATTT
64 -AAGCCTTA-TTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAAT--TTT
* * * ** **
50972 TATA-ATTTTAG-TTAAAACTA-AATATAATTGAATGTTTGTTTTGGG
125 TTTACATTTTTGATTAAAA-TATATTATAATTGAATGTTTGCCTTAAG
* * * * *
51017 AAACGTGAAGAAAAAGCCATTCATTGACAAGAAAAG-CATATTTATTGTCACTCATGCCTT-TAG
1 AAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAGTC-CATTTATAGTCACTCATGCCTTCGA-
* * *
51080 AAGCCTTCTTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAACTTGAAAGTTTTTT
64 AAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTG-AA-TTTTTT
* * * **
51145 TACATTTTTGGA-TAAAATATATTATAATTGAAAGTCTGCATTGGG
127 TACATTTTT-GATTAAAATATATTATAATTGAATGTTTGCCTTAAG
* * * * * * * *
51190 GAACATGAAGCAAAAGCCATCCATTGACAAG-AAAGT-CAGTTTCTAGTCACTCAAGTCTTTGAA
1 AAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCA-TTTATAGTCACTCATGCCTTCGAA
* * * * *
51253 AGCCTTATTGCTCGCATTAAATGG-TTTATAATCTCATAATTAATTTTAAGTTAAATTTTTTTTA
65 AGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAA-TTTTTTTA
* * * * ***
51317 CTTTTTTGGTTGAAACTA-ATTATAATTGAATGTCTGCCTCGGG
129 CATTTTTGATT-AAAATATATTATAATTGAATGTTTGCCTTAAG
* * * * *
51360 AAACATGAAGAAAAAGCTATTCCTTGGCAAGAAAAGTCCACTTATAGTCACCCATGCCTTC-AGT
1 AAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATGCCTTCGA-A
* ** * * *
51424 AGTCTTATTACTCGTTTTAAATGGCTTTATAA-CATCATAATTAATTTTAAGTTGAAATATTTTT
65 AGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATC-TCATAATTGATTTTAAGTTG-AATTTTTTT
* * * * * * *
51488 ATATTGTTGATTTAAATAGATTATAATTGAATGTCTGTCC-CAAT
128 ACATTTTTGATTAAAATATATTATAATTGAATGTTTG-CCTTAAG
*** * * * * * * *
51532 AAGTGTGAAGCAAAAGCCATCCATTAGCAAGAAAAGTTCTTTTATAGTCACTCAAGGCTTCGAAA
1 AAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATGCCTTCGAAA
* * * * **
51597 GCCATATTACTCACTTTAAATGGCTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGCTAAATTCTTTTTGT
66 GCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATT-TTTTTAC
* * *
51662 ATTTTT-AGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTCCCTT-AG
130 ATTTTTGA-TTAAAATATATTATAATTGAATGTTTGCCTTAAG
* * * * * *
51703 CAAA-AGGTGAAGAAAAAGCCATTCATTGGTAATAAAAGTTCATTTATAGTCACTCGTGCATTTG
1 -AAACA--TGAAGAAAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATGCCTTCG
* * *
51767 AAAGCCTTATTACTCTCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTCTT
63 AAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTT
* * * * * ** *
51832 ACATTTGTGGTTAAAATAGATTATATTTAAATGGCTGCCTTGAG
128 ACATTTTTGATTAAAATATATTATAATTGAATGTTTGCCTTAAG
* * ** * * ** * *
51876 AAACTTGAAGAAGAAGCCATTCATTGATAAAAAAAATTTATTTATAGTCACTTATGCCCTCGAAA
1 AAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATGCCTTCGAAA
** * * * * * * * *
51941 ATCTTATTTCCCGCATTAAAGGGTTCTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTATA
66 GCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACA
* * * * * *
52006 TTGTTTG-TTAGAATAGATTATAATTGAATGTGTGTCATAGG
131 TT-TTTGATTAAAATATATTATAATTGAATGTTTGCCTTAAG
* * * * * * * * * *
52047 AAACCTAAAGCAAAAGCCATCCACTAGAAAGAAATGTCCATTTATACTCACCCATGCC-TCGAAA
1 AAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATGCCTTCGAAA
** * * * * * * * *
52111 GTATTACTATTCGCTTTAAATAGTTTTATAGTCTTATAATTGA-TTTAAGTTAAATTTTTTTATA
66 GCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACA
* * * * *
52175 TTTTTGATTAAAATATATTATAACTAAATGTCTACCTCAAG
131 TTTTTGATTAAAATATATTATAATTGAATGTTTGCCTTAAG
* * * ** * * * *
52216 AAACATGAAGTAAAAGCCA-TCTATTGACAGGAAAAGTTTATTTATAGTCACGCAAGCCTTTGTA
1 AAACATGAAGAAAAAGCCATTC-ATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATGCCTTCGAA
52280 AGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTAC
65 AGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTAC
* * **
52345 ATTTTTGGTTAAAATATATTATAA-T---TGCTTG----GGG
130 ATTTTTGATTAAAATATATTATAATTGAATGTTTGCCTTAAG
* * * * * * *
52379 AAACATGAAGCAAAAGCCA-TCTGTTGGTAGGAAAAGTCCATTTACAGTCACTCAAGCCTT-TAT
1 AAACATGAAGAAAAAGCCATTC-ATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATGCCTTCGA-
** *
52442 AAGCCTTATTACTTGCTTTAAATTGTTTTATAATCT
64 AAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCT
52478 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 3065, Mismatches: 800, Indels: 456
0.71 0.19 0.11
Matches are distributed among these distances:
163 86 0.03
167 32 0.01
168 135 0.04
169 520 0.17
170 421 0.14
171 920 0.30
172 438 0.14
173 186 0.06
174 12 0.00
175 2 0.00
176 2 0.00
177 11 0.00
178 4 0.00
179 6 0.00
180 1 0.00
181 8 0.00
182 7 0.00
183 2 0.00
184 9 0.00
185 6 0.00
186 7 0.00
187 24 0.01
188 6 0.00
189 9 0.00
190 22 0.01
191 22 0.01
192 21 0.01
193 12 0.00
194 12 0.00
195 11 0.00
196 18 0.01
197 2 0.00
198 7 0.00
199 5 0.00
200 5 0.00
202 1 0.00
203 1 0.00
204 1 0.00
205 2 0.00
206 1 0.00
207 3 0.00
208 13 0.00
209 22 0.01
210 10 0.00
211 1 0.00
213 8 0.00
214 1 0.00
215 4 0.00
216 6 0.00
ACGTcount: A:0.35, C:0.14, G:0.13, T:0.38
Consensus pattern (171 bp):
AAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATGCCTTCGAAA
GCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACA
TTTTTGATTAAAATATATTATAATTGAATGTTTGCCTTAAG
Found at i:49765 original size:341 final size:340
Alignment explanation
Indices: 48218--49801 Score: 1371
Period size: 341 Copynumber: 4.7 Consensus size: 340
48208 TACCTCAGCA
** * * * * ** *
48218 AAACATAAAGAAAAATCCATTCATTGGCAAAAAAAGTCCATTTCTAGTCACTTATGCCTTCCG-A
1 AAACATAAAGAAAAAGACATTCATTGACAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACCCATGCCAT-CGAA
* * * * *
48282 AGCTTTTTTATTCACTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTGTAAGTTAAATTTTTTTAC
65 AGCCTTATTGTTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTAC
* * * * * * * **
48347 ATTTTTGATTAAAATATATTATATTTAAATGTCTACCTTGGGAAACATGAAGCAAAAGCTACCCA
130 ATTTTTGATTAAAATATATTATAATTGAATGTTTGCCTTAGGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCA
* * * * *
48412 TTGGTAAGAGAAGTCCATTTATAGTCACTCATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACATTAAATGG
195 TTGGCAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACTCAAGCCTTCAGAAGCCTTATTACTCACATTAAATGG
** * * * *
48477 TCATATAATCTCATAATTGAATTTAAGTTGGATT-GTTTCACATTTTTAGTTAAAACAGA-TAAT
260 TTTTATAATCTCATAATTG-ATTTTAGTTGAATTATTTTTACATTTTTAG-TAAAACAGAGT-AT
* * *
48540 ATTTGAATGTTTGCCCCGAG
322 AATTGAATGTCTG-CCCTAG
* * * * *
48560 AAACTTAAAGAAAAAGGCATTCATTGGCGAGAAAAGTCTATTTATAGTCACCCATGCCTTCGAAA
1 AAACATAAAGAAAAAGACATTCATTGACAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACCCATGCCATCGAAA
* * * * *
48625 GCCTTATTACTT-GCTTTAAATGG--TTCT-ATCTCATAACTGAATTTAAGTTAAATTTTTTTTA
66 GCCTTATT-GTTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAA-TTTTTTTA
* * * * * *
48686 CATTTTTTATTAAAATATATTATAATTGAATGTTTGCTTTTGAAAAGATGAAGCAAAAGCCA-TC
129 CATTTTTGATTAAAATATATTATAATTGAATGTTTGCCTTAGGAAACATGAAGAAAAAGCCATTC
* * * * *
48750 TGTTGGCAGGAAAAGT-TCATTTATAGTCACTCAAGCCTTTATAAGCCTTATTACTCACTTTAAA
194 -ATTGGCAAGAAAAGTCT-ATTTATAGTCACTCAAGCCTTCAGAAGCCTTATTACTCACATTAAA
** * * * * * * * *
48814 TTATTTTATAGTCTCATAATTAATTTTAAATTTAA-TATTTTTTATATTTTTTGTCAAACCAAAG
257 TGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTT-AGTTGAATTA-TTTTTACATTTTTAGT-AAAACAGAG
* * *
48878 TATAATTTAATGTTTGCCTTAG
319 TATAATTGAATGTCTGCCCTAG
* * * * *
48900 AAA-ATGTGAAGAAAAAGTCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATTGTCACCCATGCCATCGA
1 AAACA--TAAAGAAAAAGACATTCATTGACAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACCCATGCCATCGA
* * ** * * * * *
48964 TAGCCTTGTTACTAACTTTAAACGGTTTTATAATCTCATCATTGATTTTAACTTGAA--TTTTTA
64 AAGCCTTATTGTTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTA
* * * * *
49027 CATTTTTGGTTAAAATATATTATAATTGAATGTTTGCCTTAAGAAACGTGAAGCAAAAA-TCATC
129 CATTTTTGATTAAAATATATTATAATTGAATGTTTGCCTTAGGAAACATGAAG-AAAAAGCCATT
* * * ** * *
49091 CATTTGCAAG-AAAGT-TCATTTATGGTAACTCAAG-CTTTTGAATGCCTTATTGCTCGCATTAA
193 CATTGGCAAGAAAAGTCT-ATTTATAGTCACTCAAGCCTTCAGAA-GCCTTATTACTCACATTAA
* * *
49153 ATGG-TTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATT-TTTTTACATTTTTGATTGAAATAGAG
256 ATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTT-AGTTGAATTATTTTTACATTTTT-AGTAAAACAGAG
* * *
49216 CATAATTGAATGTCTACCTTATG
319 TATAATTGAATGTCTGCCCTA-G
* * *
49239 AAACATAAAGAAAAAGACATTCATT-AGCAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACCTATGTCATCGGA
1 AAACATAAAGAAAAAGACATTCATTGA-CAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACCCATGCCATCGAA
* * * *
49303 AGCCTTA-TGACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTAATTTTAAGTTGAATTTTTTTA
65 AGCCTTATTG-TTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTA
* * * * * ** * * * * *
49367 CATTTATGGTTAAAACAGATTCTGTTTTAACGTCTGCCTCAAGAAACATGAAGAAAAAGCCATTC
129 CATTTTTGATTAAAATATATTATAATTGAATGTTTGCCTTAGGAAACATGAAGAAAAAGCCATTC
* * * * * *
49432 ATTGGCAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACTTATGTCTTCGGAAGCCTTATTACTCGCGTTAAATG
194 ATTGGCAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACTCAAGCCTTCAGAAGCCTTATTACTCACATTAAATG
* * * *
49497 GTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAGCTTGAATTATTCTTACATTTTTAGTAAAATATATTATA
259 GTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAG-TTGAATTATTTTTACATTTTTAGTAAAACAGAGTATA
49562 ATTGAATGTCTGCCCTAG
323 ATTGAATGTCTGCCCTAG
** * * ** * * ** * * * *
49580 AGAACATGGAGCAAAAGCCAACCATTGACAAG-AAAGTCAATTTCTAGTCACTAAAGTCTTTGAA
1 A-AACATAAAGAAAAAGACATTCATTGACAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACCCATGCCATCGAA
* * *
49644 AGTCTTATTGTTCACATTAAATTG-TTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAAATTTTTTTA
65 AGCCTTATTGTTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTT-AAATTTTTTTA
* * *
49708 GATTTTTAATTAAAAGTA-ATTATAATTGAATGTTTTCCTTAGGAAACATGAAGAAAAAGCCATT
129 CATTTTTGATTAAAA-TATATTATAATTGAATGTTTGCCTTAGGAAACATGAAGAAAAAGCCATT
* * *
49772 CATTGGTAAGAAAAGTCCATTAATAGTCAC
193 CATTGGCAAGAAAAGTCTATTTATAGTCAC
49802 CTATACTTTG
Statistics
Matches: 1003, Mismatches: 200, Indels: 79
0.78 0.16 0.06
Matches are distributed among these distances:
337 1 0.00
338 129 0.13
339 71 0.07
340 274 0.27
341 328 0.33
342 162 0.16
343 18 0.02
344 20 0.02
ACGTcount: A:0.35, C:0.14, G:0.13, T:0.38
Consensus pattern (340 bp):
AAACATAAAGAAAAAGACATTCATTGACAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACCCATGCCATCGAAA
GCCTTATTGTTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTACA
TTTTTGATTAAAATATATTATAATTGAATGTTTGCCTTAGGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCAT
TGGCAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACTCAAGCCTTCAGAAGCCTTATTACTCACATTAAATGGT
TTTATAATCTCATAATTGATTTTAGTTGAATTATTTTTACATTTTTAGTAAAACAGAGTATAATT
GAATGTCTGCCCTAG
Found at i:53025 original size:171 final size:168
Alignment explanation
Indices: 52583--53232 Score: 624
Period size: 171 Copynumber: 3.8 Consensus size: 168
52573 NNNNNTTTAA
* * * * * **
52583 TAAAATATATTATATTTGAATGTCTACCTTGAGAAACATGAAGAAAAAGCCATCTATTGGCATGA
1 TAAAATAGATTATAATTGAATGTCTGCCTTGA-AAACATGAAGAAAAAGCCATCCATTAG-AAAA
* * * * *
52648 AAAGTCCATTTACAGTGACTCAAGTCTTTGAAAGCCTTGTTACTCACTTTATATAGTTTTATAAC
64 AAAGTCCATTTACAGTCACTCAAGCCTTTGAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATAGTTTTATAAT
**
52713 CTCATAATTGATTTTAAGTCAAATTTTATTATATTTTTT-T
129 CTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTT-TTATATTTTTTGT
* * * * * *
52753 AAAAATATATTATAATTGAATATTTTCC-TGAAGAACCATGAAGCAAAAGCCATCCATTAGCAAA
1 TAAAATAGATTATAATTGAATGTCTGCCTTGAA-AA-CATGAAGAAAAAGCCATCCATTAG-AAA
* * * * *
52817 AAAACTCCATTTATAGTCACTCAAGTCTTTGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAA
63 AAAAGTCCATTTACAGTCACTCAAGCCTTTGAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATAGTTTTATAA
* *
52882 TCTCATAATTAATTTTATGTTGAATTTTTGTATATTTTTTGT
128 TCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTT-TATATTTTTTGT
* ** * *
52924 TAAAACAGATTATAATTGAATGTCTGCCTTAGAAAACATGAAGAAAAAGTTATTCATTAGAAAGG
1 TAAAATAGATTATAATTGAATGTCTGCCTT-GAAAACATGAAGAAAAAGCCATCCATTAGAAA-A
* * * * * * *
52989 AAAGTCTATTTATAGTCACCCATGCCTTTGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAATTTTATAAA
64 AAAGTCCATTTACAGTCACTCAAGCCTTTGAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATAGTTTTATAAT
* * * * *
53054 CTCATAATTGCTTTTAACTTGAATTTTTTTACATTGTTGGT
129 CTCATAATTGATTTTAAGTTGAA-TTTTTTATATTTTTTGT
* * * * ** *
53095 TAAAATAGATTATAATTGAATGTTTGCC-TCAGGAA-ATGCAAAGCAAAAGTGATCCATTGGAGA
1 TAAAATAGATTATAATTGAATGTCTGCCTTGA-AAACATG--AAGAAAAAGCCATCCATTAGA-A
* * * * * * *
53158 GAAGAGTCCATTTACAGTCACTCATGCCTTCGAAAGCATTATTACTCATTTTAAATAGTTCTATA
62 AAAAAGTCCATTTACAGTCACTCAAGCCTTTGAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATAGTTTTATA
53223 ATCTCATAAT
127 ATCTCATAAT
53233 AAAAGTCCAT
Statistics
Matches: 399, Mismatches: 69, Indels: 23
0.81 0.14 0.05
Matches are distributed among these distances:
168 1 0.00
169 10 0.03
170 143 0.36
171 233 0.58
172 9 0.02
173 3 0.01
ACGTcount: A:0.36, C:0.14, G:0.12, T:0.38
Consensus pattern (168 bp):
TAAAATAGATTATAATTGAATGTCTGCCTTGAAAACATGAAGAAAAAGCCATCCATTAGAAAAAA
AGTCCATTTACAGTCACTCAAGCCTTTGAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATAGTTTTATAATCT
CATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTATATTTTTTGT
Found at i:53285 original size:74 final size:74
Alignment explanation
Indices: 53162--53306 Score: 177
Period size: 74 Copynumber: 2.0 Consensus size: 74
53152 TGGAGAGAAG
* * * *
53162 AGTCCATTTACAGTCACTCATGCCTTCGAAAGCATTATTACTCATTTTAAATAGTTCTATAATCT
1 AGTCCATTTACAGGCACTCATACCTTCGAAAGCATTATTACTCACTTTAAATAGTTCTACAATCT
53227 CATAATAAA
66 CATAATAAA
* * * *
53236 AGTCCATTTATAGGCACTCATACCTTCGAAAGGC-TTGTTACT-AGCTTTAAATGGTTTTACAAT
1 AGTCCATTTACAGGCACTCATACCTTCGAAA-GCATTATTACTCA-CTTTAAATAGTTCTACAAT
*
53299 CTTATAAT
64 CTCATAAT
53307 TAATTTTAAG
Statistics
Matches: 60, Mismatches: 9, Indels: 4
0.82 0.12 0.05
Matches are distributed among these distances:
73 1 0.02
74 57 0.95
75 2 0.03
ACGTcount: A:0.32, C:0.19, G:0.11, T:0.37
Consensus pattern (74 bp):
AGTCCATTTACAGGCACTCATACCTTCGAAAGCATTATTACTCACTTTAAATAGTTCTACAATCT
CATAATAAA
Found at i:53432 original size:245 final size:245
Alignment explanation
Indices: 52989--53477 Score: 568
Period size: 245 Copynumber: 2.0 Consensus size: 245
52979 ATTAGAAAGG
* * * * * *
52989 AAAGTCTATTTATAGTCACCCATGCCTTTGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAATTTTATAAA
1 AAAGTCCATTTATAGGCACCCATACCTTCGAAAGCCTTATTACTAGCTTTAAATAATTTTACAAA
** * * *
53054 CTCATAATTGCTTTTAACTTGAATTTTTTTACATTGTTGGTTAAAATAGATTATAATTGAATGTT
66 CTCATAATTAATTTTAACTTGAATTCTGTTACATTGTTGGTTAAAATAGATTATAATTGAAGGTT
* * ** ** * *
53119 TGCCTCAGGAAATGCAAAGCAAAAGTGATCCATTGGAGAGAAGAGTCCATTTACAGTCACTCATG
131 TCCCTCAGGAAATACAAAGCAAAAGCCATCCATTCAAAAGAAGAGTCCATTTACACTCACTCATG
* *
53184 CCTTCGAAAGCATTATTACTCATTTTAAATAGTTCTATAATCTCATAATA
196 CCTTCGAAAGCATCATTACTCACTTTAAATAGTTCTATAATCTCATAATA
* * * ** *
53234 AAAGTCCATTTATAGGCACTCATACCTTCGAAAGGCTTGTTACTAGCTTTAAATGGTTTTACAAT
1 AAAGTCCATTTATAGGCACCCATACCTTCGAAAGCCTTATTACTAGCTTTAAATAATTTTACAAA
* * *
53299 CTTATAATTAATTTTAAGTTGAATTCTGTTATATTGTTGGTTAAAATAGATTATAATTGAACGGT
66 CTCATAATTAATTTTAACTTGAATTCTGTTACATTGTTGGTTAAAATAGATTATAATTGAA-GGT
** * * * * * *
53364 TTCCCT-AGGAAATATGAGGTAAAAGCCATTCATTCAAAAGCTA-AGTCCATTTATACTCACTTA
130 TTCCCTCAGGAAATACAAAGCAAAAGCCATCCATTCAAAAG-AAGAGTCCATTTACACTCACTCA
* * * *
53427 TGCCTTTGGAAGCATCATTACTCACTTTAAATAGTTTTATATTCTCATAAT
194 TGCCTTCGAAAGCATCATTACTCACTTTAAATAGTTCTATAATCTCATAAT
53478 TGATTTTAAG
Statistics
Matches: 200, Mismatches: 42, Indels: 4
0.81 0.17 0.02
Matches are distributed among these distances:
245 192 0.96
246 8 0.04
ACGTcount: A:0.33, C:0.16, G:0.13, T:0.38
Consensus pattern (245 bp):
AAAGTCCATTTATAGGCACCCATACCTTCGAAAGCCTTATTACTAGCTTTAAATAATTTTACAAA
CTCATAATTAATTTTAACTTGAATTCTGTTACATTGTTGGTTAAAATAGATTATAATTGAAGGTT
TCCCTCAGGAAATACAAAGCAAAAGCCATCCATTCAAAAGAAGAGTCCATTTACACTCACTCATG
CCTTCGAAAGCATCATTACTCACTTTAAATAGTTCTATAATCTCATAATA
Found at i:53525 original size:171 final size:169
Alignment explanation
Indices: 53233--59566 Score: 3231
Period size: 171 Copynumber: 36.7 Consensus size: 169
53223 ATCTCATAAT
* * * * * * *
53233 AAAAGTCCATTTATAGGCACTCATACCTTCGAAAGGCTTGTTACTAGCTTTAAATGGTTTTACAA
1 AAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAA
* * * * * *
53298 TCTTATAATTAATTTTAAGTTGAATTCTGTTATATTGTTGGTTAAAATAGATTATAATTGAACGG
66 TCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTGGTTAAAATAGATTATAATTGAA-TG
* * * ***
53363 TTTCCCTAGGAAATATGAGGTAAAAGCCATTCATTCAAAAG
130 TTTCCTTAGGAAACATGAAG-AAAAGCCATTCATTGGCAAG
** * ** * * * * * * *
53404 CTAAGTCCATTTATACTCACTTATGCCTTTGGAAGCATCATTACTCACTTTAAATAGTTTTATAT
1 AAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAA
* * * * *
53469 TCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATGTTTTTACATTTTTTGTTAAAATATATTATAATTAAATGT
66 TCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTGGTTAAAATAGATTATAATTGAATGT
* * * *
53534 CTGCTTTAGGAAACATGATGCAAAAGCCATCCATTGGCAAG
131 -TTCCTTAGGAAACATGAAG-AAAAGCCATTCATTGGCAAG
* ** ** * ** *
53575 AAAGGTCTGTTTATAGTCATTCAAGCCTTTAAAAGCCTTATTACTAGCTTTAAA-GGTTTTATAA
1 AAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAA
* * * * *
53639 TCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTGTTTTTACATTTGTAGTTAAAATAGATTATATTTGAATC
66 TCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATT-TTTTTATATTTTTGGTTAAAATAGATTATAATTGAATG
* * * * * * * *
53704 TCTGCCTCGAGAAAACTTGAAGAAAAAGCGATGCATTGACAAT
130 T-TTCCT-TAGGAAACATGAAG-AAAAGCCATTCATTGGCAAG
** * ** * ** * *
53747 AAAAGTTTATTTATAGTCACTCAAACCTTTGAAAGATTTATTACTTGCTTTAAATGATTTTATAA
1 AAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAA
* * *
53812 TCTCATAATTGAATTTAGGTTGAA-TTTTTTATATTGTTGGTTAAAATAGATTATAATTGAATGC
66 TCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTGGTTAAAATAGATTATAATTGAATG-
* * * * *
53876 CTACCTTA--AAATCGATGTGAAGAAAAAACTATCCATTGG-AGAG
130 TTTCCTTAGGAAA-C-A--TGAAG-AAAAGCCATTCATTGGCA-AG
* * * ** * * * *
53919 AAAAGTCCATTTATATTCACGCATACCTTCGAAAAGTATTATTATTCTCTTTAAATGGTTTTGTG
1 AAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCG-AAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATA
* * *
53984 ATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTCTTATATTTTTTGTTAAAATAGATTATAATTCAAT
65 ATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTT-TTATATTTTTGGTTAAAATAGATTATAATTGAAT
* * * ** * *
54049 ATTTTCC-TCGAAAAACATGAA-AAAAGGGTATTCATTAGTAAG
129 -GTTTCCTTAG-GAAACATGAAGAAAA-GCCATTCATTGGCAAG
* * *
54091 AAAAGTCCATTCATAGTCACCCATGTCTTCGAAAGCCTTATTACTTGCTTTAAATGGTTTTATAA
1 AAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAA
* * ** * * *
54156 TCTCATAATTAATTTTAAGTTAAATTTTTTTTATATTTTTTATTAGAATATATTATAATTGAATA
66 TCTCATAATTGATTTTAAGTTGAA-TTTTTTTATATTTTTGGTTAAAATAGATTATAATTGAATG
* * * * * *
54221 TCTGCTTCGAGAGACATGAAACAAAAGCCATTCATTGACAAG
130 TTTCCTTAG-GAAACATG-AAGAAAAGCCATTCATTGGCAAG
* * * * * * *
54263 AAAAGTCCTTTTAGAATCACTCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATGA
1 AAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAA
* * * ** * * *
54328 TCTTATAATTGATTTTAAGTTGGATTTTTTTATAATTTTAATTAAAACATATTATAATTGAATAT
66 TCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTGGTTAAAATAGATTATAATTGAATGT
* * *
54393 CTACCTTGGGAAACATGAAGATAAAGCCATTCATTGGTAAG
131 -TTCCTTAGGAAACATGAAGA-AAAGCCATTCATTGGCAAG
* * * * * * *
54434 AAAAGTCCCTTTAGAATCACTCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAA
1 AAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAA
* * * ** * * * *
54499 TCTTATAATTGATTTTAAGTT-AGATTTTTTTACAATTTTAATTAAAACATATTATAATTAAATA
66 TCTCATAATTGATTTTAAGTTGA-ATTTTTTTATATTTTTGGTTAAAATAGATTATAATTGAATG
* * *
54563 TCTACC-TCGAGAAACATGAAGATAAAGCCATTCATTAGCAAG
130 T-TTCCTTAG-GAAACATGAAGA-AAAGCCATTCATTGGCAAG
* * *
54605 AAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTTGCTTTAAATGGTTTAATAA
1 AAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAA
* *
54670 TCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTTATATTGTTGGTTAAAATAGATTATAATTGAATG
66 TCTCATAATTGATTTTAAGTTGAA-TTTTTTTATATTTTTGGTTAAAATAGATTATAATTGAATG
* ** * *
54735 TTTGTCTTAGGAAATGTGAAGCAAAAGGCATTCGTT-G---G
130 TTT-CCTTAGGAAACATGAAG-AAAAGCCATTCATTGGCAAG
* * * * * * *
54773 -AAAG---A---AAAGTCACCTATACCTTCGAAAGCGTTATTACTCACATTAAATGGTCTTATAA
1 AAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAA
* * * * ** * * * *
54831 TCTCATAATTGAATTTAAGTTTG-ATATTTTTACATCTTTCATTAAAACATATAATATTTGAATG
66 TCTCATAATTGATTTTAAG-TTGAATTTTTTTATATTTTTGGTTAAAATAGATTATAATTGAATG
* * * *
54895 TTT-GTGTCAGGAAATATAAAGAAAACGCCATTCATTGGCATG
130 TTTCCT-T-AGGAAACATGAAGAAAA-GCCATTCATTGGCAAG
* * * * * * *
54937 AAATGTCTATTTATAGTCACCCATGTCTTCAAAAGTCTTATTACTTGCTTTAAATAGTTTTATAA
1 AAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAA
* * * *
55002 TCTCATAATTGATTTTAAGTT-AGATTTTTTTACATTATTGGTTAAAATAGATTATATTTAAATG
66 TCTCATAATTGATTTTAAGTTGA-ATTTTTTTATATTTTTGGTTAAAATAGATTATAATTGAATG
* ** * *
55066 TCTACCTCGGGAAATA-GAAAGCAAAAGCCATCCATTGGCAAG
130 T-TTCCTTAGGAAACATG-AAG-AAAAGCCATTCATTGGCAAG
* * * *
55108 AAAAGTCCATTTATAGTTAGCCAAGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAA
1 AAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAA
* * * * * *
55173 TCTCATAAATGATTTTAAGATG-ATTGTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGAATATAATTGAACG
66 TCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATT-TTTTTATATTTTTGGTTAAAATAGATTATAATTGAATG
*
55237 TCTAT-CTTAGGAAACATGAAGAAAAACCATTCATTGGCAAG
130 T-T-TCCTTAGGAAACATGAAGAAAAGCCATTCATTGGCAAG
* * * * * * * * * *
55278 AAAAGTCCATTTATTGTCACCTATTCCTTTGAAAACATTATTACTCACTTCAAATAGTTTTAGAA
1 AAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAA
* * * *
55343 TCTCATAATTGACTTTAAGTTGAATTTTTTTATACTGTTGGTTAAAATAGATGATAATTGAATGT
66 TCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTGGTTAAAATAGATTATAATTGAATGT
** * * ** *
55408 CTGACTCAAGGAAACATGTAAAGCCCAAAGCTGGTCCATTAGG-AATG
131 -TTCCT-TAGGAAACATG--AAG--AAAAGC-CATTCATT-GGCAA-G
* * * ** **
55455 AAAAAATCAAGTCCATTTATAGTCACTCATGCGTTCAAAAGTGTTATTACTCAATTTAAATGGTT
1 ----AA--AAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTT
* * * * * * * *
55520 TTATAATGTCATAATTGTTTTTGAGTTAAATTTTGTTATATTGTTGGCTAAAATAGATTATAGTT
60 TTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTGGTTAAAATAGATTATAATT
* * * * * *
55585 GAATGTGTGCCTCAAGACACGTGAAGCAAAAGCCATCCATT-GCAGAG
125 GAATGT-TTCCTTAGGAAACATGAAG-AAAAGCCATTCATTGGCA-AG
* * * * * **
55632 AAAAGTGCATTTATAGTCACTCATGCCTTCCAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGATTTTTTNN
1 AAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAA
******** * * * * * *
55697 NNNNNNNNTTGATTTTAAGTTGAATATTTTTACATTTTTTGATTAACATATATTATAATCGAATG
66 TCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATA-TTTTTGGTTAAAATAGATTATAATTGAATG
* * * * *****
55762 TCTACCTCAGAAAACATGAAGAAAACGCCATCCAACAATAA-
130 T-TTCCTTAGGAAACATGAAGAAAA-GCCATTCATTGGCAAG
* * * * *
55803 AAAAGTCTATTTATAATTACCCATGCTCTT-TAAAGCCTTATTACTTGCTTTAAATGGTTTTATA
1 AAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGC-CTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATA
* * *
55867 ATCTCATTATTGATTTTAATTTGAA-TTTTTTATATTTTTGGTTAAAATAGATTATATTTGAATG
65 ATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTGGTTAAAATAGATTATAATTGAATG
* * * *
55931 TCTACCTTGGGAAACAT-AGAGAAAAAGCTATTCATTGGTAAG
130 T-TTCCTTAGGAAACATGA-AG-AAAAGCCATTCATTGGCAAG
* * * * *********
55973 AAAAGTCCATTTATAGTCACCTATGTCTTTGAAAGCCTTATTACTTGCTTTAAATGNNNNNNNNN
1 AAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAA
* * * * * * *
56038 NCTCATAATTAATTTTAAGTT-AAATTTTTTATACTGTTCGTTAAAATAGATTGTAATTGAATGT
66 TCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTGGTTAAAATAGATTATAATTGAATGT
* * * * *
56102 CTGCCTCAGGAAA-AGTTAAGCAAAAGGCATCCATTGG-AGAG
131 -TTCCTTAGGAAACA-TGAAG-AAAAGCCATTCATTGGCA-AG
** * * * * * * * * *
56143 AAACCTCCATTTATAATCACTCATGTCTTCGAAAGCATTAATATTTGCTTTAAATAGTTTTGTAA
1 AAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAA
* ********** * * ** * * * **
56208 TGTCNNNNNNNNNNTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTCTAATTAATACAGATTATAATTCAACAT
66 TCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTGGTTAAAATAGATTATAATTGAATGT
* * * *
56273 CTACCTCAGGAAACATGAAGAAAAAGCTATTCATTGACAAG
131 -TTCCTTAGGAAACATGAAG-AAAAGCCATTCATTGGCAAG
* * * * *
56314 AAAAGTCTATTTATAGTCACCTATGCCCTCGAAAGCCTTATTACTTGCTTTAAATGGTTGTATAA
1 AAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAA
* * * ** * *
56379 TCTCATAATTAACTTTAAGTTCAATTCTTTTT-TACGTTTTTGACTAAAATATATTCTAATTGAA
66 TCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATT-TTTTTATA--TTTTTGGTTAAAATAGATTATAATTGAA
* * * * * *
56443 TGTCTGCTTTGAAAAGCATGAAGCAAAGGCCATCCATTGGCAAG
128 TGTTTCCTTAGGAAA-CATGAAG-AAAAGCCATTCATTGGCAAG
* * * * * * * *
56487 AAAAGTTCTTTTATAGTCACTCAAGGCTACGAAAGCCTTATTACTTGCTTTAAATGGTTTAATAA
1 AAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAA
* * * * * * *
56552 TCTCATAGA-TGATTGTAAGTTAAATGTTTTTCACATTTTTAGTTAAAACAAATTATAATTGAAT
66 TCTCATA-ATTGATTTTAAGTTGAAT-TTTTTTATATTTTTGGTTAAAATAGATTATAATTGAAT
* * * * * * *
56616 GTATGCGTT-GAAAAAATTAAGAAAATACCATTCATTGGTAAG
129 GT-TTCCTTAGGAAACATGAAGAAAA-GCCATTCATTGGCAAG
* * * * * * * * **
56658 AAAAGCCCATTTATAGTCATCTAAGGCTTCGATAGCCTTAGTACTTGCTTTAAATAATTTTATAA
1 AAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAA
* * * **
56723 TCTCATAATTG-CTTTAAGTTAAATTTTTTAATATTTTTCTTTAAAATAGATTATAATTGAATGT
66 TCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTGGTTAAAATAGATTATAATTGAATGT
* * ** * *
56787 CTGCTTTAGGAAATGTGAAGCAAAAGCCATCCATT-GAAGAG
131 -TTCCTTAGGAAACATGAAG-AAAAGCCATTCATTGGCA-AG
* * * * * *
56828 AAAAATCTATTTATAGTCACTCATGCCTTCGAAAGCATTATTACTTGCTTTAAATGATTTTATAA
1 AAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAA
* * * * * * *
56893 TTTCATAATTGATTTTGACTTGAATGTTTTTATATTTTTAGTTAAAATAGATTATTATTGAATAT
66 TCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTGGTTAAAATAGATTATAATTGAATGT
* * * * *
56958 CTACCTTAGAAAACTTGAAGTGAAAGCCATTCATT--TAAG
131 -TTCCTTAGGAAACATGAAG-AAAAGCCATTCATTGGCAAG
* * * * * ** *
56997 ATAAAAGTCTATTTATAGTCGCTCATACCTTTGAAAGTATTATTACTCG-TTTAAATAGTTTTAT
1 --AAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTAT
* * * * * * * **
57061 AATGTCATAATTTATTTTAACTTGAATTTTATCATATTTTTAGTTAAAACAGATTATAATCCAAT
64 AATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTGGTTAAAATAGATTATAATTGAAT
* * ** * ***
57126 GTTTACTT-TGATAAGTGTGAAGAAAAAGCCATTCATAGATGAG
129 GTTTCCTTAGGA-AA-CATGAAG-AAAAGCCATTCATTGGCAAG
* * ** * * *
57169 AAAAGTCCATTTATAGTCACCCATACTTTTAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATTGCTTTATAA
1 AAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAA
* * * * *
57234 TCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTATATTTTTTGTTAAAATATATTTTAATTGTATGT
66 TCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTGGTTAAAATAGATTATAATTGAATGT
** * * * *
57299 CGACTTTGGGAAACGTGAAGCAAAAGCCA-TCTATTGGTAAG
131 -TTCCTTAGGAAACATGAAG-AAAAGCCATTC-ATTGGCAAG
* * * ** * * *
57340 AAAAGTCAATTTATAGTCACTCAAGTTTTCGAAAGCGTTATCACTCGCTTTAAATGATTTTATAA
1 AAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAA
* ** * ** *
57405 TCTCTTAATTGATTTTAAGTTGAAACTCAAGTTTTCAAAAGCCTTATTACTCACATT-AAATGGT
66 TCTCATAATTGATTTTAAGTTG-AA-T----TTTTTTATA---TT-TT--T--GGTTAAAATAG-
* * * * *** * * ******* ** * ** *
57469 CTTATAATCTCATTATTGAATTTAGGCAAGATTTTTTTCA--TTTTTAGTT-AAAAC
116 ATTATAAT-TGAATGTT-TCCTTAGGAAACATGAAGAAAAGCCATTCA-TTGGCAAG
* * * * ** * * ****
57523 AAATAAT-AATTGA-ATGTTTACCTCA-GAAATGTGAAGAAAAAGCC--ATT-CATTGAGAAAAA
1 AAA-AGTCCATTTATA-G-TCACC-CATG-CCT-T--CG--AAAGCCTTATTAC-TCGCTTTAAA
* * * * * * *
57582 AGTCTATTTATAGTCACCCATACCTTCA---AAAGCCTT--ATTACTTACTTTAAATAGTTTTAT
55 TG-GT-TTTATAAT--CTCATA-ATTGATTTTAAG--TTGAATT--TT--TTT--ATA-TTTT-T
** * * * * * * *
57642 AATCTCATAATTGATTTTAAGTTAGATTTTTTAGCATTATTGGTTAAA-ATAGATTAGATTTAA-
105 GGT-T-AAAATAGATTATAA-TT-GAATGTTT--CCTTA--GG--AAACAT-GA--AGA--AAAG
*
57705 --ATGT--TTGCTCCAAG
155 CCAT-TCATTG--GCAAG
* ** *** * ** * ** * *
57719 AAACGTGAAGCAAAAG-CTATTCATTGGC-AAGAAAAGTCCATTTATAGTCAGTCAAGCCTTCGA
1 AAAAGTCCATTTATAGTC-ACCCA-TGCCTTCG-AAAG-CC--TTAT--T-ACTC--G-CTT-TA
* * *
57782 AA-GCCTTATTACTAA-CTTTATATGATTTTATAATCTCATAA-TT-AATTTTAAGATGAAGGTT
53 AATG-GTT-TTA-TAATC-TCATA--A-TTGAT--T-T--TAAGTTGAATTTT----T-----TT
* * * * ** * * ** * *
57843 TTACATTTTGGTTGAAACTA-AATATAATTGAATGTCTAGCTTCGGGAATGTGAAAAAAAGCTAT
97 ATA-TTTTTGGTT-AAAATAGATTATAATTGAATGT-TTCCTTAGGAAACATGAAGAAAAGCCAT
* *
57907 TCATTGGTACG
159 TCATTGGCAAG
* * ** *
57918 AAAAGTCCATCTATTGTCACCCATGCCTTCGAAAGTAATT-TTACTCACTTTAAATGGTTTTATA
1 AAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCGAAAG-CCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATA
* * * * * * * *
57982 ATCTCATAATTAATTTTAAGTTAAACTTTTATTATAGTTTTGATTAAAATATATTATAACTAAAT
65 ATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAA-TTTTTTTATATTTTTGGTTAAAATAGATTATAATTGAAT
* * * * *
58047 GTTTTCCTCAAGAAACATAAAGAAAAAGCCATCCATTGAC-AG
129 G-TTTCCTTAGGAAACATGAAG-AAAAGCCATTCATTGGCAAG
* * * * *
58089 AAAAGGTCTATTTATAGTCACTCAAGCCTT-TATAAGCCTTATTACTTGCTTTAAATGGTTTTAT
1 AAAA-GTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCGA-AAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTAT
* * * * * *
58153 AATCTCATAATT-ATTTTTGAGTTAAATTTTTTTATATTTTTAGTTGAAATAGACTATATTTGAA
64 AATCTCATAATTGA-TTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTGGTTAAAATAGATTATAATTGAA
* * * * **
58217 TGTCTACCTTAGAAAACGTGAAGAAAAAGTCATTCATTAACAAG
128 TGT-TTCCTTAGGAAACATGAAG-AAAAGCCATTCATTGGCAAG
* * * *
58261 AAAAGTCCATTTATAGCCACCCATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTTGCTTTAAATGGTTTTGT--
1 AAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAA
* * *
58324 T-TCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTATGTTTTTGATTAAAATATG-TTATAATTGAATG
66 TCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTGGTTAAAATA-GATTATAATTGAATG
* * * * * * *
58387 TTTGCTTTGGAAAACATGAAGCAAAAGCTATCCGTTGACAGG
130 TTTCCTTAGG-AAACATGAAG-AAAAGCCATTCATTGGCAAG
* * ** * *
58429 AAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGCCTTTAAAAGCCTTATTACTAGCTTTAAATTGTTTTATAA
1 AAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAA
* * * * * * *
58494 TTTCATAATTGATTTTAAATTGATTTTTTTTACATTTTTAGTTGAAATAGATTATATTTGAATGT
66 TCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTGGTTAAAATAGATTATAATTGAATGT
* *
58559 TTACCTT-GAGAAACATAAAGACAAAGCCATTCATTGACAAG
131 TT-CCTTAG-GAAACATGAAGA-AAAGCCATTCATTGGCAAG
* * * *
58600 AAAAGTCTATTTATAGTCACCCATGCGTTCGAAAGCCTTATTACTCTCTTTAAATGGTTTTGTAA
1 AAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAA
* * * *
58665 TCTCAAAATTAATTTTAGGTTGAA-TTTTTTATATTGTTT-GTTAAAATAGATTATAGTTGAATG
66 TCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATT-TTTGGTTAAAATAGATTATAATTGAATG
* * * * *
58728 TTTGCCTGAAGAAATATGAAATAAAAGCCATTCATTGGAAAG
130 TTT-CCTTAGGAAACATG-AAGAAAAGCCATTCATTGGCAAG
* * * ** * * * *
58770 AAAAGTGCACTTACAGTCACTTATGCCTTCGAAGGCATTATTACTTGCTTTAAATGGTTTTATTA
1 AAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAA
* * * * * * * *
58835 TCTCATAATTAATTGTAAGTTGAATTTTTTTACATTTATT-ATTAAAATATAGTACAGTTGAATG
66 TCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTT-TTGGTTAAAATAGATTATAATTGAATG
* * * * * * * *
58899 TCTGCCTTA-GAAAAAGTAAAGTAAATGCCATCCATTAGTAGG
130 T-TTCCTTAGGAAACA-TGAAG-AAAAGCCATTCATTGGCAAG
* * *
58941 AAAAGTCCA-TT-TAGTTACCCATGCATTCG--AGCCTTATTAATCGCTTTAAATGGTTTTATAA
1 AAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAA
* * * * * *
59002 TCTCATAATTGAATTTAAGTTAAATTTTTTTATATTATTTGTTTAAAATAGACTATAATCGTATG
66 TCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATT-TTTGGTTAAAATAGATTATAATTGAATG
** * * ***
59067 TTTGTTTTAGGAAACATGAAGAAAAACCATCCATTTTAAAG
130 TTT-CCTTAGGAAACATGAAGAAAAGCCATTCATTGGCAAG
* * * * ** * *
59108 AAAAGTCCATTTATTGTCACTCATACCTTCAAAAGTATTATTATTCGCTTTAAATGATTTTATAA
1 AAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAA
* * * *
59173 TCTCATAATTGATTGTAAGATGAATTTTTTTATATTTTTGGTTAAAAT-GTATTATAGTTAAATG
66 TCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTGGTTAAAATAG-ATTATAATTGAATG
* * * * *
59237 TCTGCTTAGAGAAACGTGAAGCAAAAGCTA-CCTATTGGCCAA-
130 TTTCCTTAG-GAAACATGAAG-AAAAGCCATTC-ATTGG-CAAG
* * * * * * * *
59279 AAAAATACATTTATAGTCACTCAAGCCTTCGAAAACCTTATTACTCGCATTAAATGGTCTTATTA
1 AAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAA
* * * * * * *
59344 TCTCATTATTGAATTTAAGTAGGATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACT-GATAATATTTGAATG
66 TCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTGGTTAAAA-TAGATTATAATTGAATG
* * *
59408 TTTACCTT--GAGACATGTGAAGAAAAAGCCATTCATTAAG-AAA
130 TTT-CCTTAGGAAACA--TGAAG-AAAAGCCATTCATT-GGCAAG
* * * * * **
59450 AAAAATCTATTTATAGTC-CTTCATG-CTTCAAAAGCCTTATTACTTGCTTTAAATGGTTTCGTA
1 AAAAGTCCATTTATAGTCAC-CCATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATA
* * * * *
59513 ATCTCATAATTTATTTTAAGTT-ATATTTTTTAACA-TATTGGTTAAAATGGATTA
65 ATCTCATAATTGATTTTAAGTTGA-ATTTTTTTATATTTTTGGTTAAAATAGATTA
59567 CACTTAAATG
Statistics
Matches: 4724, Mismatches: 1158, Indels: 564
0.73 0.18 0.09
Matches are distributed among these distances:
158 1 0.00
159 5 0.00
160 52 0.01
161 63 0.01
162 2 0.00
164 2 0.00
165 3 0.00
167 93 0.02
168 167 0.04
169 164 0.03
170 839 0.18
171 2081 0.44
172 517 0.11
173 223 0.05
174 8 0.00
175 39 0.01
176 9 0.00
177 14 0.00
178 10 0.00
179 8 0.00
180 8 0.00
181 9 0.00
182 8 0.00
183 125 0.03
184 17 0.00
185 13 0.00
186 29 0.01
187 17 0.00
188 21 0.00
189 6 0.00
190 24 0.01
191 6 0.00
192 11 0.00
193 6 0.00
194 2 0.00
195 6 0.00
196 15 0.00
197 4 0.00
198 9 0.00
199 19 0.00
200 8 0.00
201 13 0.00
202 9 0.00
203 2 0.00
205 2 0.00
206 6 0.00
207 5 0.00
208 9 0.00
209 4 0.00
210 4 0.00
211 5 0.00
213 2 0.00
ACGTcount: A:0.35, C:0.13, G:0.13, T:0.39
Consensus pattern (169 bp):
AAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAA
TCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTGGTTAAAATAGATTATAATTGAATGT
TTCCTTAGGAAACATGAAGAAAAGCCATTCATTGGCAAG
Found at i:53618 original size:416 final size:414
Alignment explanation
Indices: 52817--53647 Score: 967
Period size: 416 Copynumber: 2.0 Consensus size: 414
52807 CATTAGCAAA
* * * * *
52817 AAAACTCCATTTATAGTCACTCAAGTCTTTGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAA
1 AAAACTCCATTTATAGGCACTCAAGCCTTCGAAAGCCTTATTACTAGCTTTAAATGGTTTTACAA
* * * * *
52882 TCTCATAATTAATTTTATGTTGAATTTTTGTATATTTTTTGTTAAAACAGATTATAATTGAATGT
66 TCTCATAATTAATTTTAAGTTGAATTTGTGTATATTGTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAAGGT
* ** * * *
52947 CTGCCTTAGAAAACATGAAGAAAAAGTTATTCATTAGAAAGGAAAGTCTATTTATAGTCACCCAT
131 CTGCCCTAGAAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTAGAAAGCAAAGTCCATTTATACTCACCCAT
* * * *
53012 GCCTTTGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAATTTTATAAACTCATAATTGCTTTTAACTTGAA
196 GCCTTTGAAAGCATCATTACTCACTTTAAATAATTTTATAAACTCATAATTGATTTTAACTTGAA
* * *
53077 TTTTTTTACATTGTTGGTTAAAATAGATTATAATTGAATGTTTGCCTCAGGAAATGCAAAGCAAA
261 TGTTTTTACATTGTTGGTTAAAATAGATTATAATTAAATGTCTGCCTCAGGAAATG-AAAGCAAA
** * *
53142 AGTGATCCATTGGAGAGAAGAGTCCATTTACAGTCACTCATGCCTTCGAAAGCATTATTACTCA-
325 AGCCATCCATTGGAGAGAAGAGTCCATTTACAGTCACTCAAGCCTTCAAAAGCATTATTACT-AG
*
53206 TTTTAAATAGTTCTATAATCTCATAAT
389 CTTTAAA-AGTTCTATAATCTCATAAT
* * *
53233 AAAAGTCCATTTATAGGCACTCATA-CCTTCGAAAGGCTTGTTACTAGCTTTAAATGGTTTTACA
1 AAAACTCCATTTATAGGCACTCA-AGCCTTCGAAAGCCTTATTACTAGCTTTAAATGGTTTTACA
* *
53297 ATCTTATAATTAATTTTAAGTTGAATTCTGT-TATATTGTTGGTTAAAATAGATTATAATTGAAC
65 ATCTCATAATTAATTTTAAGTTGAATT-TGTGTATATTGTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAA-
* * * * * *
53361 GGT-TTCCCTAGGAAATATGAGGTAAAAGCCATTCATTCA-AAAGCTAAGTCCATTTATACTCAC
128 GGTCTGCCCTAGAAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATT-AGAAAGCAAAGTCCATTTATACTCAC
** * * ** *
53424 TTATGCCTTTGGAAGCATCATTACTCACTTTAAATAGTTTTATATTCTCATAATTGATTTTAAGT
192 CCATGCCTTTGAAAGCATCATTACTCACTTTAAATAATTTTATAAACTCATAATTGATTTTAACT
* * * * * *
53489 TGAATGTTTTTACATTTTTTGTTAAAATATATTATAATTAAATGTCTGCTTTAGGAAACATG-AT
257 TGAATGTTTTTACATTGTTGGTTAAAATAGATTATAATTAAATGTCTGCCTCAGG-AA-ATGAAA
** * * * *
53553 GCAAAAGCCATCCATTGGCA-AGAA-AGGTCTGTTTATAGTCATTCAAGCCTTTAAAAGCCTTAT
320 GCAAAAGCCATCCATTGG-AGAGAAGA-GTCCATTTACAGTCACTCAAGCCTTCAAAAGCATTAT
* *
53616 TACTAGCTTTAAAGGTTTTATAATCTCATAAT
383 TACTAGCTTTAAAAGTTCTATAATCTCATAAT
53648 TGATTTTAAG
Statistics
Matches: 346, Mismatches: 60, Indels: 19
0.81 0.14 0.04
Matches are distributed among these distances:
415 19 0.05
416 315 0.91
417 9 0.03
418 3 0.01
ACGTcount: A:0.34, C:0.14, G:0.13, T:0.39
Consensus pattern (414 bp):
AAAACTCCATTTATAGGCACTCAAGCCTTCGAAAGCCTTATTACTAGCTTTAAATGGTTTTACAA
TCTCATAATTAATTTTAAGTTGAATTTGTGTATATTGTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAAGGT
CTGCCCTAGAAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTAGAAAGCAAAGTCCATTTATACTCACCCAT
GCCTTTGAAAGCATCATTACTCACTTTAAATAATTTTATAAACTCATAATTGATTTTAACTTGAA
TGTTTTTACATTGTTGGTTAAAATAGATTATAATTAAATGTCTGCCTCAGGAAATGAAAGCAAAA
GCCATCCATTGGAGAGAAGAGTCCATTTACAGTCACTCAAGCCTTCAAAAGCATTATTACTAGCT
TTAAAAGTTCTATAATCTCATAAT
Found at i:55072 original size:503 final size:503
Alignment explanation
Indices: 53250--57299 Score: 2369
Period size: 514 Copynumber: 7.9 Consensus size: 503
53240 CATTTATAGG
* * *
53250 CACTCATACCTTCGAAAGGC-TTGTTACT-AGCTTTAAATGGTTTTACAATCTTATAATT-AATT
1 CACTCATACCTTCGAAA-GCATTATTACTCA-CTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGAA-T
* * * * *
53312 TTAAG-TTGAATTCTGTTATATTGTTGGTTAAAATAGATTATAATTGAACGGTTTCCCT-AGGAA
63 TTAAGTTTGAATT-T-TTATATTGTTGATTAAAACAGATTATAATTGAA-TGTCTACCTCAGGAA
* * * ** ** * * ***
53375 ATATGAGGTAAAAGCCATTCATTCAAAAGCTAAGTCCATTTATACTCACTTATGCCTTTGGAAG-
125 ATATAAAG-AAAAGCCATCCATT-GGAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATGCCTTCAAAAGT
* * * *
53439 CATCATTACTCACTTTAAATAGTTTTATATTCTCATAATTGATTTTAAGTT-GAATGTTTTTACA
188 C-TTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAG-ATTTTTTTACA
* * * ** *
53503 TTTTTTGTTAAAATATATTATAATTAAATGTCT-GCTTTAGGAAACATGATGCAAAAGCCATCCA
251 TTTTTGGTTAAAATAGATTATAATTAAATGTCTACCTCGA-GAAACATGAAGCAAAAGCCATCCA
* * ** ** * * *
53567 TTGGCAAGAAAGGTCTGTTTATAGTCATTCAAGCCTTTAAAAGCCTTATTACTAGCTTTAAA-GG
315 TTAGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGG
* * *
53631 TTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTGTTTTTACATTTGTAGTTAAAATAGATTATA
380 TTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTGTTTTTACATTTTTGGTTAAAATAGATTATA
* * * * * * * * * *
53696 TTTGAATCTCTGCCTCGAGAAAACTTGAAGAAAAAGCGATGCATTGACAATAAAAGTTTATTTAT
445 ATTGAATGTCTGTCT-TAGGAAACATGAAGAAAAA-CCATTCATTGACAAGAAAAG------TAC
53761 AGT
502 A-T
* * ** *
53764 CACTCAAACCTTTGAAAG-ATTTATTACTTGCTTTAAATGATTTTATAATCTCATAATTGAATTT
1 CACTCATACCTTCGAAAGCA-TTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGAATTT
* * * * *
53828 -AGGTTGAATTTTTTATATTGTTGGTTAAAATAGATTATAATTGAATGCCTACCTTA--AAATCG
65 AAGTTTGAA-TTTTTATATTGTTGATTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTCAGGAAAT--
* * * * * *
53890 ATGTGAAGAAAAAACTATCCATTGGAGAGAAAAGTCCATTTATATTCACGCATACCTTCGAAAAG
127 A--TAAAG-AAAAGCCATCCATTGGA-AGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATGCCTTC-AAAAG
* * * * * * * *
53955 TATTATTATTCTCTTTAAATGGTTTTGTGATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTCTTATA
187 TCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAGATTTTT-TTACA
* * * * * * ** *
54020 TTTTTTGTTAAAATAGATTATAATTCAATATTTTCCTCGAAAAACATGAA--AAAAGGGTATTCA
251 TTTTTGGTTAAAATAGATTATAATTAAATGTCTACCTCGAGAAACATGAAGCAAAA-GCCATCCA
* * * * *
54083 TTAGTAAGAAAAGTCCATTCATAGTCACCCATGTCTTCGAAAGCCTTATTACTTGCTTTAAATGG
315 TTAGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGG
* * * ** * *
54148 TTTTATAATCTCATAATTAATTTTAAGTTAAATTTTTTTTATATTTTTTATTAGAATATATTATA
380 TTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTGTTTTTACATTTTTGGTTAAAATAGATTATA
* * *
54213 ATTGAATATCTG-CTTCGAGAGACATGAA-ACAAAAGCCATTCATTGACAAGAAAAGTCCTTTTA
445 ATTGAATGTCTGTCTTAG-GAAACATGAAGA-AAAA-CCATTCATTGACAAGAAAAG------TA
*
54276 GAAT
501 -CAT
* * * * * *
54280 CACTCA-AGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATGATCTTATAATTGATTTT
1 CACTCATA-CCTTCGAAAGCATTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGAATTT
* * * * * ** *
54344 AAGTTGGATTTTTTTATAATT-TTAATTAAAACATATTATAATTGAATATCTACCTTGGGAAACA
65 AAGTTTGA-ATTTTTAT-ATTGTTGATTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTCAGGAAATA
* * * * * * *
54408 TGAAGATAAAGCCATTCATTGGTAAGAAAAGTCCCTTTAGAATCACTCAAGCCTTCAAAAGCCTT
128 TAAAGA-AAAGCCATCCATTGG-AAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATGCCTTCAAAAGTCTT
* *
54473 ATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTTATAATTGATTTTAAGTTAGATTTTTTTACAATTTT
191 ATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAGATTTTTTTACATTTTT
** * * * *
54538 AATTAAAACATATTATAATTAAATATCTACCTCGAGAAACATGAAG-ATAAAGCCATTCATTAGC
256 GGTTAAAATAGATTATAATTAAATGTCTACCTCGAGAAACATGAAGCA-AAAGCCATCCATTAGC
* *
54602 AAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTTGCTTTAAATGGTTTAA
320 AAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTA
* * *
54667 TAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTTATATTGTTGGTTAAAATAGATTATAATTGA
385 TAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTGTTTTTACATTTTTGGTTAAAATAGATTATAATTGA
* ** ** *
54732 ATGTTTGTCTTAGGAAATGTGAAGCAAAAGGCATTCGTTGGA-AAGAAAAGT-CA-
450 ATGTCTGTCTTAGGAAACATGAAG-AAAAACCATTCATT-GACAAGAAAAGTACAT
* * *
54785 C-CT-ATACCTTCGAAAGCGTTATTACTCACATTAAATGGTCTTATAATCTCATAATTGAATTTA
1 CACTCATACCTTCGAAAGCATTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGAATTTA
* * * * * * ***
54848 AGTTTGATATTTTTACATCT-TTCATTAAAACATATAATATTTGAATGTTTGTGTCAGGAAATAT
66 AGTTTGA-ATTTTTATAT-TGTTGATTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTCAGGAAATAT
* * * * * *
54912 AAAGAAAACGCCATTCATTGGCATGAAATGTCTATTTATAGTCACCCATGTCTTCAAAAGTCTTA
129 AAAGAAAA-GCCATCCATTGG-AAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATGCCTTCAAAAGTCTTA
* *
54977 TTACTTGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAGATTTTTTTACATTATTG
192 TTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAGATTTTTTTACATTTTTG
* * * *
55042 GTTAAAATAGATTATATTTAAATGTCTACCTCGGGAAATA-GAAAGCAAAAGCCATCCATTGGCA
257 GTTAAAATAGATTATAATTAAATGTCTACCTCGAGAAACATG-AAGCAAAAGCCATCCATTAGCA
* * * * *
55106 AGAAAAGTCCATTTATAGTTAGCCAAGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTAT
321 AGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTAT
* * * * *
55171 AATCTCATAAATGATTTTAAGAT-GATTGTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGAATATAATTGAA
386 AATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTGTTTTTACATTTTTGGTTAAAATAGATTATAATTGAA
* * * *
55235 CGTCTATCTTAGGAAACATGAAGAAAAACCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATT
451 TGTCTGTCTTAGGAAACATGAAGAAAAACCATTCATTGACAAGAAAAGTACA-T
* * * * * * *
55289 TATTGTCACCTATTCCTTTGAAAACATTATTACTCACTTCAAATAGTTTTAGAATCTCATAATTG
1 CA--CTCA--TA--CCTTCGAAAGCATTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTG
* * * * *
55354 ACTTTAAG-TTGAATTTTTTTATACTGTTGGTTAAAATAGATGATAATTGAATGTCTGA-CTCAA
60 AATTTAAGTTTGAA--TTTTTATATTGTTGATTAAAACAGATTATAATTGAATGTCT-ACCTC-A
* * **
55417 GGAAACATGTAAAGCCCAAAGCTGGTCCATTAGGAATGAAAAAATCAAGTCCATTTATAGTCACT
121 GG-AA-ATATAAAG--AAAAGC-CATCCATT-GGAA-G----AA--AAGTCCATTTATAGTCACT
* * ** * * * *
55482 CATGCGTTCAAAAGTGTTATTACTCAATTTAAATGGTTTTATAATGTCATAATTGTTTTTGAGTT
173 CATGCCTTCAAAAGTCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTT
* * * * * * * * * * * *
55547 AAATTTTGTTATATTGTTGGCTAAAATAGATTATAGTTGAATGTGTGCCTCAAGACACGTGAAGC
238 AGATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAATAGATTATAATTAAATGTCTACCTCGAGAAACATGAAGC
* * *
55612 AAAAGCCATCCATT-GCAGAGAAAAGTGCATTTATAGTCACTCATGCCTTCCAAAGCCTTATTAC
303 AAAAGCCATCCATTAGCA-AGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCAAAAGCCTTATTAC
* * ********** * * *
55676 TCGCTTTAAATGATTTTTTNNNNNNNNNNTTGATTTTAAGTTGAA-TATTTTTACATTTTTTGAT
367 TCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTGTTTTTACA-TTTTTGGT
* * * ** * * * * *** *
55740 TAACATATATTATAATCGAATGTCTACCTCAGAAAACATGAAGAAAACGCCATCCAACAATAA-A
431 TAAAATAGATTATAATTGAATGTCTGTCTTAGGAAACATGAAGAAAA-ACCATTCATTGACAAGA
55804 AAAGT-CTATT
495 AAAGTAC-A-T
* * * * ** *
55814 TA-TAATTACCCATGCTCTTTAAAGCCTTATTACTTGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATTATT
1 CACTCA-TA-CC-T--TC--GAAAGCATTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATT
* * * * * **
55878 GATTTTAA-TTTGAATTTTTTATATTTTTGGTTAAAATAGATTATATTTGAATGTCTACCTTGGG
59 GAATTTAAGTTTGAA-TTTTTATATTGTTGATTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTCAGG
* * * * * **
55942 AAACATAGAGAAAAAGCTATTCATTGGTAAGAAAAGTCCATTTATAGTCAC-CTATGTCTTTGAA
123 AAATATAAAG-AAAAGCCATCCATTGG-AAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTC-ATGCCTTCAAA
* * ********* * *
56006 AGCCTTATTACTTGCTTTAAAT-GNNNNNNNNNNCTCATAATTAATTTTAAGTTAAATTTTTTAT
185 AGTCTTATTACTCGCTTTAAATAG-TTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAGATTTTTT-T
* * * * * * *
56070 AC--TGTTCGTTAAAATAGATTGTAATTGAATGTCTGCCTC-AGGAAA-AGTTAAGCAAAAGGCA
248 ACATTTTTGGTTAAAATAGATTATAATTAAATGTCTACCTCGA-GAAACA-TGAAGCAAAAGCCA
* ** * * * * * * * *
56131 TCCATT-GGAGAGAAACCTCCATTTATAATCACTCATGTCTTCGAAAGCATTAATATTTGCTTTA
311 TCCATTAGCA-AGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTA
* * * ********** * * ** * *
56195 AATAGTTTTGTAATGTCNNNNNNNNNNTTAAGTTGAATT-TTTTTACATTTCTAATTAATACAGA
375 AATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTGTTTTTACATTTTTGGTTAAAATAGA
* ** ** * *
56259 TTATAATTCAACATCTACCTCAGGAAACATGAAGAAAAAGCTATTCATTGACAAGAAAAGTCTAT
440 TTATAATTGAATGTCTGTCTTAGGAAACATGAAGAAAAA-CCATTCATTGACAAGAAAAG-----
*
56324 TTATAGT
499 -TACA-T
* * * ** *
56331 CAC-CTATGCCCTCGAAAGCCTTATTACTTGCTTTAAATGGTTGTATAATCTCATAATT-AACTT
1 CACTC-ATACCTTCGAAAGCATTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGAA-TT
* * * * * * * * ** *
56394 TAAG-TTCAATTCTTTTTTACGTTTTTGACTAAAATATATTCTAATTGAATGTCT-GCTTTGAAA
64 TAAGTTTGAA-T-TTTTATA--TTGTTGATTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTCAGGAA
* * * * * * * * *
56457 AGCATGAAGCAAAGGCCATCCATTGGCAAGAAAAGTTCTTTTATAGTCACTCAAGGCTACGAAAG
125 A-TATAAAG-AAAAGCCATCCATTGG-AAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATGCCTTCAAAAG
* * * * * * *
56522 CCTTATTACTTGCTTTAAATGGTTTAATAATCTCATAGA-TGATTGTAAGTTAAATGTTTTTCAC
187 TCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATA-ATTGATTTTAAGTTAGAT-TTTTTTAC
* * * * * * * * * * * *
56586 ATTTTTAGTTAAAACAAATTATAATTGAATGTATGCGTTGA-AAAAATTAAG-AAAATACCATTC
250 ATTTTTGGTTAAAATAGATTATAATTAAATGTCTACCTCGAGAAACATGAAGCAAAA-GCCATCC
* * * * * * * * * * * *
56649 ATTGGTAAGAAAAGCCCATTTATAGTCATCTAAGGCTTCGATAGCCTTAGTACTTGCTTTAAATA
314 ATTAGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATG
* * * * **
56714 ATTTTATAATCTCATAATTG-CTTTAAGTTAAATT-TTTTAATATTTTTCTTTAAAATAGATTAT
379 GTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTGTTTTTACATTTTTGGTTAAAATAGATTAT
** * * *
56777 AATTGAATGTCTG-CTTTAGGAAATGTGAAGCAAAAGCCATCCATTGA-AGAGAAAAATCTATTT
444 AATTGAATGTCTGTC-TTAGGAAACATGAAG-AAAAACCATTCATTGACA-AG--AAA---A-GT
*
56840 ATAGT
500 ACA-T
* ** * * * *
56845 CACTCATGCCTTCGAAAGCATTATTACTTGCTTTAAATGATTTTATAATTTCATAATTGATTTTG
1 CACTCATACCTTCGAAAGCATTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGAATTTA
* * * * * * *
56910 A-CTTGAATGTTTTTATATT-TTTAGTTAAAATAGATTATTATTGAATATCTACCTTAGAAAACT
66 AGTTTGAA--TTTTTATATTGTTGA-TTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTCAGGAAA-T
* * * * * * * ** *
56973 -TGAAGTGAAAGCCATTCATT-TAAGATAAAAGTCTATTTATAGTCGCTCATACCTTTGAAAGTA
127 ATAAAG-AAAAGCCATCCATTGGAAG--AAAAGTCCATTTATAGTCACTCATGCCTTCAAAAGTC
* * * * * *
57036 TTATTACTCG-TTTAAATAGTTTTATAATGTCATAATTTATTTTAACTT-GAATTTTATCATATT
189 TTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAG-ATTTTTTTACATT
* * ** * * * * *** * *
57099 TTTAGTTAAAACAGATTATAATCCAATGTTTACTTTGATAAGTGTGAAGAAAAAGCCATTCA-TA
253 TTTGGTTAAAATAGATTATAATTAAATGTCTACCTCGAGAAACATGAAGCAAAAGCCATCCATTA
* * * * * *
57163 G-ATGAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATACTTTTAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATTGC
318 GCA--AGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGT
* * * *
57227 TTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATT-TTTTTATATTTTTTGTTAAAATATATTTTAA
381 TTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTGTTTTTACATTTTTGGTTAAAATAGATTATAA
*
57291 TTGTATGTC
446 TTGAATGTC
57300 GACTTTGGGA
Statistics
Matches: 2784, Mismatches: 609, Indels: 288
0.76 0.17 0.08
Matches are distributed among these distances:
500 1 0.00
501 20 0.01
502 61 0.02
503 336 0.12
504 4 0.00
505 1 0.00
506 1 0.00
507 1 0.00
508 2 0.00
509 1 0.00
510 105 0.04
511 309 0.11
512 285 0.10
513 107 0.04
514 533 0.19
515 198 0.07
516 235 0.08
517 167 0.06
518 13 0.00
519 11 0.00
520 7 0.00
521 8 0.00
522 6 0.00
523 7 0.00
524 251 0.09
525 106 0.04
526 8 0.00
ACGTcount: A:0.35, C:0.13, G:0.13, T:0.39
Consensus pattern (503 bp):
CACTCATACCTTCGAAAGCATTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGAATTTA
AGTTTGAATTTTTATATTGTTGATTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTCAGGAAATATAA
AGAAAAGCCATCCATTGGAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATGCCTTCAAAAGTCTTATTAC
TCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAGATTTTTTTACATTTTTGGTTA
AAATAGATTATAATTAAATGTCTACCTCGAGAAACATGAAGCAAAAGCCATCCATTAGCAAGAAA
AGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCT
CATAATTGATTTTAAGTTAAATTGTTTTTACATTTTTGGTTAAAATAGATTATAATTGAATGTCT
GTCTTAGGAAACATGAAGAAAAACCATTCATTGACAAGAAAAGTACAT
Found at i:55354 original size:341 final size:341
Alignment explanation
Indices: 53233--59566 Score: 2767
Period size: 341 Copynumber: 18.3 Consensus size: 341
53223 ATCTCATAAT
* * * ** * * *
53233 AAAAGTCCATTTATAGGCA-CTCATACCTTCGAAAGGCTTGTTACTAGCTTTAAATGGTTTTACA
1 AAAAGTCCATTTATAGTCACCT-ATGCCTTTGAAAACCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATA
* * * * * *
53297 ATCTTATAATTAATTTTAAGTT-GAATTCTGTTATATTGTTGGTTAAAATAGATTATAATTGAAC
65 ATCTCATAATTGATTTTAAGTTAG-ATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAATAGATTATAATTGAA-
* * * * * * * *** ** *
53361 GGTTTCCCT-AGGAAATA-TGAGGTAAAAGCCATTCATTCAAAAGCTAAGTCCATTTATACTCAC
128 TGTCTACCTCAGGAAATAGTAAAGCAAAAGCCATCCATTGGTAAGAAAAGTCCATTTATAGTCAC
* * * * * * * * *
53424 TTATGCCTTTGGAAGCATCATTACTCACTTTAAATAGTTTTATATTCTCATAATTGATTTTAAGT
193 TCAAGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGT
* * * * * * *
53489 TGAATGTTTTTACATTTTTTGTTAAAATATATTATAATTAAATGTCTGCTTTAGGAAACATGATG
258 TG-ATTTTTTTACATTTTTAGTTAAAATAGATTATAATTGAATGTCTACCTTAGGAAACATGAAG
* *
53554 CAAAAGCCATCCATTGGCAAG
322 -AAAAACCATTCATTGGCAAG
* ** * * *
53575 AAAGGTCTGTTTATAGTCA-TTCAAGCCTTT-AAAAGCCTTATTACTAGCTTTAAA-GGTTTTAT
1 AAAAGTCCATTTATAGTCACCT-ATGCCTTTGAAAA-CCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTAT
* * *
53637 AATCTCATAATTGATTTTAAGTT-GAATTGTTTTTACATTTGTAGTTAAAATAGATTATATTTGA
64 AATCTCATAATTGATTTTAAGTTAG-ATT-TTTTTACATTTTTGGTTAAAATAGATTATAATTGA
* * * * * * * ** * **
53701 ATCTCTGCCTC-GAGAAA-ACTTGAAGAAAAAGCGATGCATTGACAATAAAAGTTTATTTATAGT
127 ATGTCTACCTCAG-GAAATA-GTAAAGCAAAAGCCATCCATTGGTAAGAAAAGTCCATTTATAGT
* * ** * * *
53764 CACTCAAACCTTTGAAAGATTTATTACTTGCTTTAAATGATTTTATAATCTCATAATTGAATTTA
190 CACTCAAGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTA
* * * * * *
53829 GGTTGAATTTTTTATATTGTTGGTTAAAATAGATTATAATTGAATGCCTACCTTA--AAATCGAT
255 AGTTGATTTTTTTACATTTTTAGTTAAAATAGATTATAATTGAATGTCTACCTTAGGAAA-C-A-
* *
53892 GTGAAGAAAAAACTATCCATTGG-AGAG
317 -TGAAG-AAAAACCATTCATTGGCA-AG
* * * ** * * *
53919 AAAAGTCCATTTATATTCACGC-ATACCTTCGAAAAGTATTATTATTCTCTTTAAATGGTTTTGT
1 AAAAGTCCATTTATAGTCAC-CTATGCCTTTGAAAA-CCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTAT
* * * * *
53983 GATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTCTTATATTTTTTGTTAAAATAGATTATAATTCAA
64 AATCTCATAATTGATTTTAAGTTAGATTTTT-TTACATTTTTGGTTAAAATAGATTATAATTGAA
* * * * * * ** * * *
54048 TATTTTCCTC--GAAAAACATGAAA--AAAGGGTATTCATTAGTAAGAAAAGTCCATTCATAGTC
128 TGTCTACCTCAGGAAATA-GT-AAAGCAAAAGCCATCCATTGGTAAGAAAAGTCCATTTATAGTC
* * * * *
54109 ACCCATGTCTTCGAAAGCCTTATTACTTGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTAATTTTAA
191 ACTCAAGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAA
* * * * * * * *
54174 GTTAAATTTTTTTTATATTTTTTA-TTAGAATATATTATAATTGAATATCT-GCTTCGAGAGACA
256 GTT-GA-TTTTTTTACA-TTTTTAGTTAAAATAGATTATAATTGAATGTCTACCTTAG-GAAACA
*
54237 TGAA-ACAAAAGCCATTCATTGACAAG
317 TGAAGA-AAAA-CCATTCATTGGCAAG
* * * * *
54263 AAAAGTCCTTTTAGAATCA-CTCAAGCC-TTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTAT
1 AAAAGTCCATTTATAGTCACCT-ATGCCTTTGAAAA-CCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTAT
* * * * * ** * *
54326 GATCTTATAATTGATTTTAAGTTGGATTTTTTTATAATTTTAATTAAAACATATTATAATTGAAT
64 AATCTCATAATTGATTTTAAGTTAGATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAATAGATTATAATTGAAT
* ** * * * * * *
54391 ATCTACCTTGGGAAACA-TGAAG-ATAAAGCCATTCATTGGTAAGAAAAGTCCCTTTAGAATCAC
129 GTCTACCTCAGGAAATAGTAAAGCA-AAAGCCATCCATTGGTAAGAAAAGTCCATTTATAGTCAC
* * *
54454 TCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTTATAATTGATTTTAAGT
193 TCAAGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGT
* * * * * * *
54519 TAGATTTTTTTACAATTTTAATTAAAACATATTATAATTAAATATCTACC-TCGAGAAACATGAA
258 T-GATTTTTTTACATTTTTAGTTAAAATAGATTATAATTGAATGTCTACCTTAG-GAAACATGAA
* *
54583 GATAAAGCCATTCATTAGCAAG
321 GA-AAAACCATTCATTGGCAAG
* * * *
54605 AAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCC-TTCAAAAGCCTTATTACTTGCTTTAAATGGTTTAATA
1 AAAAGTCCATTTATAGTCACCTATGCCTTTGAAAA-CCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATA
* * *
54669 ATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTTATATTGTTGGTTAAAATAGATTATAATTGAAT
65 ATCTCATAATTGATTTTAAGTTAGA-TTTTTTTACATTTTTGGTTAAAATAGATTATAATTGAAT
* ** * * * * * *
54734 GTTTGTCTTAGGAAAT-GTGAAGCAAAAGGCATTCGTTGGAAAGAAAAGT-C------A--C-CT
129 GTCTACCTCAGGAAATAGTAAAGCAAAAGCCATCCATTGGTAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACT
* * * * *
54788 -ATA-CCTTCGAAAGCGTTATTACTCACATTAAATGGTCTTATAATCTCATAATTGAATTTAAGT
194 CA-AGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAG-
* * * * * * * *** * * *
54851 TTGATATTTTTACATCTTTCA-TTAAAACATATAATATTTGAATGTTTGTGTCAGGAAATATAAA
257 TTGATTTTTTTACAT-TTTTAGTTAAAATAGATTATAATTGAATGTCTACCTTAGGAAACATGAA
* *
54915 GAAAACGCCATTCATTGGCATG
321 GAAAA-ACCATTCATTGGCAAG
* * * * * * * *
54937 AAATGTCTATTTATAGTCACCCATGTC-TTCAAAAGTCTTATTACTTGCTTTAAATAGTTTTATA
1 AAAAGTCCATTTATAGTCACCTATGCCTTTGAAAA-CCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATA
* * *
55001 ATCTCATAATTGATTTTAAGTTAGATTTTTTTACATTATTGGTTAAAATAGATTATATTTAAATG
65 ATCTCATAATTGATTTTAAGTTAGATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAATAGATTATAATTGAATG
* * *
55066 TCTACCTCGGGAAATAG-AAAGCAAAAGCCATCCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTTAGC-
130 TCTACCTCAGGAAATAGTAAAGCAAAAGCCATCCATTGGTAAGAAAAGTCCATTTATAGTCA-CT
* * *
55129 CAAGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAAATGATTTTAAGAT
194 CAAGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTT
* * * * *
55194 GATTGTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGAATATAATTGAACGTCTATCTTAGGAAACATGAAGA
259 GATT-TTTTTACATTTTTAGTTAAAATAGATTATAATTGAATGTCTACCTTAGGAAACATGAAGA
55259 AAAACCATTCATTGGCAAG
323 AAAACCATTCATTGGCAAG
* * * * * * *
55278 AAAAGTCCATTTATTGTCACCTATTCCTTTGAAAACATTATTACTCACTTCAAATAGTTTTAGAA
1 AAAAGTCCATTTATAGTCACCTATGCCTTTGAAAACCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAA
* * * * *
55343 TCTCATAATTGACTTTAAGTT-GAATTTTTTTATACTGTTGGTTAAAATAGATGATAATTGAATG
66 TCTCATAATTGATTTTAAGTTAG-ATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAATAGATTATAATTGAATG
* * ** *
55407 TCTGA-CTCAAGGAAACATGTAAAGCCCAAAGCTGGTCCATTAGGAATGAAAAAATCAAGTCCAT
130 TCT-ACCTC-AGGAAATA-GTAAAG-CAAAAGC-CATCCATT-GG--T--AAGAA--AAGTCCAT
* * * ** ** *
55471 TTATAGTCACTCATGCGTTCAAAAGTGTTATTACTCAATTTAAATGGTTTTATAATGTCATAATT
183 TTATAGTCACTCAAGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATT
* * * * * * * * * * * * *
55536 GTTTTTGAGTTAAATTTTGTTATATTGTTGGCTAAAATAGATTATAGTTGAATGTGTGCCTCAAG
248 GATTTTAAGTT-GATTTTTTTACATTTTTAGTTAAAATAGATTATAATTGAATGTCTACCTTAGG
* * * *
55601 ACACGTGAAGCAAAAGCCATCCATT-GCAGAG
312 AAACATGAAG-AAAAACCATTCATTGGCA-AG
* ** * * * *
55632 AAAAGTGCATTTATAGTCA-CTCATGCCTTCCAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGATTTTTTN
1 AAAAGTCCATTTATAGTCACCT-ATGCCTTTGAAAACCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATA
********* * * * * *
55696 NNNNNNNNNTTGATTTTAAGTT-GAATATTTTTACATTTTTTGATTAACATATATTATAATCGAA
65 ATCTCATAATTGATTTTAAGTTAG-ATTTTTTTACA-TTTTTGGTTAAAATAGATTATAATTGAA
* * * **** * * *
55760 TGTCTACCTCAGAAAACA-TGAAG-AAAACGCCATCCAACAATAA-AAAAGTCTATTTATAATTA
128 TGTCTACCTCAGGAAATAGTAAAGCAAAA-GCCATCCATTGGTAAGAAAAGTCCATTTATAGTCA
* * * * *
55822 CCCATGCTCTT-TAAAGCCTTATTACTTGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATTATTGATTTTAA
192 CTCAAGC-CTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAA
* * * * * *
55886 TTTGAATTTTTTATATTTTTGGTTAAAATAGATTATATTTGAATGTCTACCTTGGGAAACAT-AG
256 GTTGATTTTTTTACATTTTTAGTTAAAATAGATTATAATTGAATGTCTACCTTAGGAAACATGA-
* *
55950 AGAAAAAGCTATTCATTGGTAAG
320 AGAAAAA-CCATTCATTGGCAAG
* * * *********
55973 AAAAGTCCATTTATAGTCACCTATGTCTTTGAAAGCCTTATTACTTGCTTTAAATGNNNNNNNNN
1 AAAAGTCCATTTATAGTCACCTATGCCTTTGAAAACCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAA
* * * * * *
56038 NCTCATAATTAATTTTAAGTTAAATTTTTTATAC--TGTTCGTTAAAATAGATTGTAATTGAATG
66 TCTCATAATTGATTTTAAGTTAGATTTTTT-TACATTTTTGGTTAAAATAGATTATAATTGAATG
* * * ** *
56101 TCTGCCTCAGGAAA-AGTTAAGCAAAAGGCATCCATTGG-AGAGAAACCTCCATTTATAATCACT
130 TCTACCTCAGGAAATAGTAAAGCAAAAGCCATCCATTGGTA-AGAAAAGTCCATTTATAGTCACT
* * * * * * * * * **********
56164 CATGTCTTCGAAAGCATTAATATTTGCTTTAAATAGTTTTGTAATGTCNNNNNNNNNNTTAAGTT
194 CAAGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTT
* * * * * ** *
56229 GAATTTTTTTACATTTCTAATTAATACAGATTATAATTCAACATCTACCTCAGGAAACATGAAGA
259 G-ATTTTTTTACATTTTTAGTTAAAATAGATTATAATTGAATGTCTACCTTAGGAAACATGAAGA
* *
56294 AAAAGCTATTCATTGACAAG
323 AAAA-CCATTCATTGGCAAG
* * * * * *
56314 AAAAGTCTATTTATAGTCACCTATGCCCTCGAAAGCCTTATTACTTGCTTTAAATGGTTGTATAA
1 AAAAGTCCATTTATAGTCACCTATGCCTTTGAAAACCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAA
* * * ** * *
56379 TCTCATAATTAACTTTAAGTTCA-ATTCTTTTTTACGTTTTTGACTAAAATATATTCTAATTGAA
66 TCTCATAATTGATTTTAAGTT-AGA-T-TTTTTTACATTTTTGGTTAAAATAGATTATAATTGAA
* ** * * * * *
56443 TGTCT-GCT-TTGAAA-AGCATGAAGCAAAGGCCATCCATTGGCAAGAAAAGTTCTTTTATAGTC
128 TGTCTACCTCAGGAAATAG--TAAAGCAAAAGCCATCCATTGGTAAGAAAAGTCCATTTATAGTC
* * * * *
56505 ACTCAAGGCTACGAAAGCCTTATTACTTGCTTTAAATGGTTTAATAATCTCATAGA-TGATTGTA
191 ACTCAAGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATA-ATTGATTTTA
* * * * * * * * *
56569 AGTTAAATGTTTTTCACATTTTTAGTTAAAACAAATTATAATTGAATGTATGCGTT-GAAAAAAT
255 AGTT-GAT-TTTTTTACATTTTTAGTTAAAATAGATTATAATTGAATGTCTACCTTAGGAAACAT
* *
56633 TAAGAAAATACCATTCATTGGTAAG
318 GAAGAAAA-ACCATTCATTGGCAAG
* * * * * * * * * **
56658 AAAAGCCCATTTATAGTCATCTAAGGCTTCGATAGCCTTAGTACTTGCTTTAAATAATTTTATAA
1 AAAAGTCCATTTATAGTCACCTATGCCTTTGAAAACCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAA
* * * * **
56723 TCTCATAATTG-CTTTAAGTTAAATTTTTTAATATTTTTCTTTAAAATAGATTATAATTGAATGT
66 TCTCATAATTGATTTTAAGTTAGATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAATAGATTATAATTGAATGT
* * * * * * *
56787 CTGCTTTAGGAAAT-GTGAAGCAAAAGCCATCCATT-GAAGAGAAAAATCTATTTATAGTCACTC
131 CTACCTCAGGAAATAGTAAAGCAAAAGCCATCCATTGGTA-AGAAAAGTCCATTTATAGTCACTC
* * * * * * *
56850 ATGCCTTCGAAAGCATTATTACTTGCTTTAAATGATTTTATAATTTCATAATTGATTTTGACTTG
195 AAGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTG
* * * * * * *
56915 AATGTTTTTATATTTTTAGTTAAAATAGATTATTATTGAATATCTACCTTAGAAAACTTGAAGTG
260 -ATTTTTTTACATTTTTAGTTAAAATAGATTATAATTGAATGTCTACCTTAGGAAACATGAAG-A
* *
56980 AAAGCCATTCATT--TAAG
323 AAAACCATTCATTGGCAAG
* * * *** *
56997 ATAAAAGTCTATTTATAGTC-GCTCATACCTTTGAAAGTATTATTACTCG-TTTAAATAGTTTTA
1 --AAAAGTCCATTTATAGTCACCT-ATGCCTTTGAAAACCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTA
* * * * * * * * **
57060 TAATGTCATAATTTATTTTAACTT-GAATTTTATCATATTTTTAGTTAAAACAGATTATAATCCA
63 TAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAG-ATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAATAGATTATAATTGA
* ** * * * * * *
57124 ATGTTTA-CT-TTGATAAGT-GTGAAGAAAAAGCCATTCATAGATGAGAAAAGTCCATTTATAGT
127 ATGTCTACCTCAGGA-AA-TAGTAAAGCAAAAGCCATCCATTGGTAAGAAAAGTCCATTTATAGT
* * ** * * *
57186 CACCCATA-CTTTTAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATTGCTTTATAATCTCATAATTGATTTT
190 CACTCA-AGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTT
* * * * * * * * * *
57250 AAGTTAAATTTTTTTATATTTTTTGTTAAAATATATTTTAATTGTATGTCGACTTTGGGAAACGT
254 AAGTT-GATTTTTTTACATTTTTAGTTAAAATAGATTATAATTGAATGTCTACCTTAGGAAACAT
* *
57315 GAAGCAAAAGCCA-TCTATTGGTAAG
318 GAAG-AAAAACCATTC-ATTGGCAAG
* * * * * * *
57340 AAAAGTCAATTTATAGTCA-CTCAAG-TTTTCGAAAGCGTTATCACTCGCTTTAAATGATTTTAT
1 AAAAGTCCATTTATAGTCACCT-ATGCCTTT-GAAAACCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTAT
* *** ** * *
57403 AATCTCTTAATTGATTTTAAGTT-GA---AACT-CAAGTTT--TCAAAAGCCT-TATTACTCACA
64 AATCTCATAATTGATTTTAAGTTAGATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAA---TAGATTA-T-A-A
* * ** * * ***** * *
57460 TTAAATGGTCTTATAATCTCATTATTGAAT--TTAGGCAAGATTTTTTTCATTTTTAGTTAA-AA
123 TTGAAT-GTC---T-ACCTCAGGA---AATAGTAAAGCAA-AAGCCATCCA---TT-GGTAAGAA
* * * ** * * ****
57522 CAAAT-AATAATTGA-ATGTTTACCTC-AGAAATGTGAAGAAAAAGCC--ATT-CATTGAGAAAA
175 -AAGTCCAT--TT-ATA-G-TCA-CTCAAG-CCT-T--CG--AAAGCCTTATTAC-TCGCTTTAA
* * * * * * * *
57581 AAGTCTATTTATAGTCACCCATACCTTCA---AAAGCCTT-ATTACTTACTTTAAATAGTTTTAT
226 ATG-GT-TTTATAAT--CTCATA-ATTGATTTTAAG--TTGATT--TT--TTT--ACA-TTTT-T
* * * * * * * * *
57642 AATCTCATAATTGATTTTAAGTTAGATTTTTTAGCATTATTGGTTAAA-ATAGATTAGATTTAAA
276 AGT-T-AAAATAGATTATAA-TT-GAATGTCTA-CCTTA--GG--AAACAT-GA--AGA--AAAA
*** * *
57706 TGTTTGC-TCCAAGAAACGTGAAG
327 CCATT-CAT---TG----G-CAAG
* * * * *** * * *** ** *
57729 CAAAAG-CTATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCAGTCAAGCCTTCGAAAGC-CTTATT
1 -AAAAGTCCATTTATAGTC-ACCTATG-CC--TT-T-G--A---AAACCTTATTACTCGCTT-TA
* ** * * ***
57792 ACTAACTTTATATGATTTTATAATCTCATAATTAATTTTAAGAT-GAAGGTTTTACA-TTTTGGT
53 AAT-GGTTT-TAT-A-------ATCTCATAATTGATTTTAAGTTAGATTTTTTTACATTTTTGGT
* * * * * *
57855 TGAAACTA-AATATAATTGAATGTCTAGCTTC-GGGAAT-GTGAAA--AAAAGCTATTCATTGGT
108 T-AAAATAGATTATAATTGAATGTCTA-CCTCAGGAAATAGT-AAAGCAAAAGCCATCCATTGGT
* * * * * ** *
57915 ACGAAAAGTCCATCTATTGTCACCCATGCCTTCGAAAGTAATT-TTACTCACTTTAAATGGTTTT
170 AAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGCCTTCGAAAG-CCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTT
* * * * * * *
57979 ATAATCTCATAATTAATTTTAAGTTAAACTTTTATTATAGTTTT-GATTAAAATATATTATAACT
234 ATAATCTCATAATTGATTTTAAGTT-GA-TTTTTTTACATTTTTAG-TTAAAATAGATTATAATT
* * * * * * * *
58043 AAATGTTTTCCTCAAGAAACATAAAGAAAAAGCCATCCATTGAC-AG
296 GAATGTCTACCTTAGGAAACATGAAGAAAAA-CCATTCATTGGCAAG
* * * *
58089 AAAAGGTCTATTTATAGTCA-CTCAAGCCTTT-ATAAGCCTTATTACTTGCTTTAAATGGTTTTA
1 AAAA-GTCCATTTATAGTCACCT-ATGCCTTTGA-AAACCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTA
* * * * * * *
58152 TAATCTCATAATT-ATTTTTGAGTTAAATTTTTTTATATTTTTAGTTGAAATAGACTATATTTGA
63 TAATCTCATAATTGA-TTTTAAGTTAGATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAATAGATTATAATTGA
* * * * * *** *
58216 ATGTCTACCTTA-GAAA-ACGTGAAGAAAAAGTCATTCATTAACAAGAAAAGTCCATTTATAGCC
127 ATGTCTACCTCAGGAAATA-GTAAAGCAAAAGCCATCCATTGGTAAGAAAAGTCCATTTATAGTC
* * * * *
58279 ACCCATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTTGCTTTAAATGGTTTTGT--T-TCATAATTGATTTTAA
191 ACTCAAGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAA
* ** ** *
58341 GTTAAATTTTTTTATGTTTTT-GATTAAAATATG-TTATAATTGAATGT-TTGCTTTGGAAAACA
256 GTT-GATTTTTTTACATTTTTAG-TTAAAATA-GATTATAATTGAATGTCTACCTTAGG-AAACA
* * * * * *
58403 TGAAGCAAAAGCTATCCGTTGACAGG
317 TGAAG-AAAAACCATTCATTGGCAAG
* * *
58429 AAAAGTCCATTTATAGTCA-CTCAAGCCTTT-AAAAGCCTTATTACTAGCTTTAAATTGTTTTAT
1 AAAAGTCCATTTATAGTCACCT-ATGCCTTTGAAAA-CCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTAT
* * * * *
58492 AATTTCATAATTGATTTTAAATT-GATTTTTTTTACATTTTTAGTTGAAATAGATTATATTTGAA
64 AATCTCATAATTGATTTTAAGTTAGA-TTTTTTTACATTTTTGGTTAAAATAGATTATAATTGAA
* * * * ** *
58556 TGTTTACCT-TGAGAAACA-TAAAG-ACAAAGCCATTCATTGACAAGAAAAGTCTATTTATAGTC
128 TGTCTACCTCAG-GAAATAGTAAAGCA-AAAGCCATCCATTGGTAAGAAAAGTCCATTTATAGTC
* * * * * * * *
58618 ACCCATGCGTTCGAAAGCCTTATTACTCTCTTTAAATGGTTTTGTAATCTCAAAATTAATTTTAG
191 ACTCAAGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAA
* * * * * * * *
58683 GTTGAATTTTTTATATTGTTT-GTTAAAATAGATTATAGTTGAATGTTTGCCTGAAGAAATATGA
256 GTTGATTTTTTTACATT-TTTAGTTAAAATAGATTATAATTGAATGTCTACCTTAGGAAACATGA
*
58747 A-ATAAAAGCCATTCATTGGAAAG
320 AGA-AAAA-CCATTCATTGGCAAG
* * * * * ** * * *
58770 AAAAGTGCACTTACAGTCACTTATGCCTTCGAAGGCATTATTACTTGCTTTAAATGGTTTTATTA
1 AAAAGTCCATTTATAGTCACCTATGCCTTTGAAAACCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAA
* * * * * * *
58835 TCTCATAATTAATTGTAAGTT-GAATTTTTTTACATTTATT-ATTAAAATATAGTACAGTTGAAT
66 TCTCATAATTGATTTTAAGTTAG-ATTTTTTTACATTT-TTGGTTAAAATAGATTATAATTGAAT
* * * * * * * * *
58898 GTCTGCCTTA-GAAAAAGTAAAGTAAATGCCATCCATTAGTAGGAAAAGTCCA-TT-TAGTTACC
129 GTCTACCTCAGGAAATAGTAAAGCAAAAGCCATCCATTGGTAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACT
* * * *
58960 CATGCATTCG--AGCCTTATTAATCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGAATTTAAGTT
194 CAAGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTT
* * * * * * ***
59023 AAATTTTTTTATATTATTT-GTTTAAAATAGACTATAATCGTATGTTTGTTTTAGGAAACATGAA
259 -GATTTTTTTACATT-TTTAG-TTAAAATAGATTATAATTGAATGTCTACCTTAGGAAACATGAA
* ***
59087 GAAAAACCATCCATTTTAAAG
321 GAAAAACCATTCATTGGCAAG
* * * ** * *
59108 AAAAGTCCATTTATTGTCA-CTCATACC-TTCAAAAGTATTATTATTCGCTTTAAATGATTTTAT
1 AAAAGTCCATTTATAGTCACCT-ATGCCTTTGAAAA-CCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTAT
* * * * *
59171 AATCTCATAATTGATTGTAAGAT-GAATTTTTTTATATTTTTGGTTAAAAT-GTATTATAGTTAA
64 AATCTCATAATTGATTTTAAGTTAG-ATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAATAG-ATTATAATTGA
* * * * * * * *
59234 ATGTCT-GCTTAGAGAAA-CGTGAAGCAAAAGCTA-CCTATTGGCCAA-AAAAATACATTTATAG
127 ATGTCTACCTCAG-GAAATAGTAAAGCAAAAGCCATCC-ATTGG-TAAGAAAAGTCCATTTATAG
* * * * * *
59295 TCACTCAAGCCTTCGAAAACCTTATTACTCGCATTAAATGGTCTTATTATCTCATTATTGAATTT
189 TCACTCAAGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTT
* * * * * *
59360 AAGTAGGATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACT-GATAATATTTGAATGTTTACCTT--GAGACA
254 AAGT-TGATTTTTTTACATTTTTAGTTAAAA-TAGATTATAATTGAATGTCTACCTTAGGAAACA
* *
59422 TGTGAAGAAAAAGCCATTCATTAAG-AAA
317 --TGAAGAAAAA-CCATTCATT-GGCAAG
* * * * * **
59450 AAAAATCTATTTATAGTC-CTTCATG-C-TTCAAAAGCCTTATTACTTGCTTTAAATGGTTTCGT
1 AAAAGTCCATTTATAGTCACCT-ATGCCTTTGAAAA-CCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTAT
* * * * *
59512 AATCTCATAATTTATTTTAAGTTATATTTTTTAACA-TATTGGTTAAAATGGATTA
64 AATCTCATAATTGATTTTAAGTTAGATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAATAGATTA
59567 CACTTAAATG
Statistics
Matches: 4569, Mismatches: 1095, Indels: 658
0.72 0.17 0.10
Matches are distributed among these distances:
331 75 0.02
332 192 0.04
333 10 0.00
334 1 0.00
335 5 0.00
336 1 0.00
337 66 0.01
338 163 0.04
339 369 0.08
340 247 0.05
341 1143 0.25
342 669 0.15
343 410 0.09
344 372 0.08
345 76 0.02
346 109 0.02
347 16 0.00
348 11 0.00
349 5 0.00
350 18 0.00
351 14 0.00
352 12 0.00
353 120 0.03
354 98 0.02
355 31 0.01
356 4 0.00
357 3 0.00
358 1 0.00
359 13 0.00
360 7 0.00
361 28 0.01
363 9 0.00
364 3 0.00
365 3 0.00
366 1 0.00
367 3 0.00
368 8 0.00
369 4 0.00
370 4 0.00
371 11 0.00
372 6 0.00
373 6 0.00
374 4 0.00
376 5 0.00
377 6 0.00
378 6 0.00
379 11 0.00
380 3 0.00
381 5 0.00
382 4 0.00
383 4 0.00
384 1 0.00
385 5 0.00
386 7 0.00
387 2 0.00
388 16 0.00
389 14 0.00
390 17 0.00
391 1 0.00
392 1 0.00
393 3 0.00
394 5 0.00
395 4 0.00
396 1 0.00
397 7 0.00
398 6 0.00
399 3 0.00
400 11 0.00
401 9 0.00
402 8 0.00
403 2 0.00
404 1 0.00
405 1 0.00
406 3 0.00
409 3 0.00
410 27 0.01
411 1 0.00
412 1 0.00
413 8 0.00
414 2 0.00
415 1 0.00
416 3 0.00
ACGTcount: A:0.35, C:0.13, G:0.13, T:0.39
Consensus pattern (341 bp):
AAAAGTCCATTTATAGTCACCTATGCCTTTGAAAACCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAA
TCTCATAATTGATTTTAAGTTAGATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAATAGATTATAATTGAATGT
CTACCTCAGGAAATAGTAAAGCAAAAGCCATCCATTGGTAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCA
AGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGA
TTTTTTTACATTTTTAGTTAAAATAGATTATAATTGAATGTCTACCTTAGGAAACATGAAGAAAA
ACCATTCATTGGCAAG
Found at i:57474 original size:71 final size:71
Alignment explanation
Indices: 57358--57492 Score: 182
Period size: 71 Copynumber: 1.9 Consensus size: 71
57348 ATTTATAGTC
* * * * * *
57358 ACTCAAGTTTTCGAAAGCGTTATCACTCGCTTTAAATGATTTTATAATCTC-TTAATTGATTTTA
1 ACTCAAGTTTTCAAAAGCCTTATCACTCACATTAAATGATCTTATAATCTCATT-ATTGAATTTA
57422 AGTTGAA
65 AGTTGAA
* *
57429 ACTCAAGTTTTCAAAAGCCTTATTACTCACATTAAATGGTCTTATAATCTCATTATTGAATTTA
1 ACTCAAGTTTTCAAAAGCCTTATCACTCACATTAAATGATCTTATAATCTCATTATTGAATTTA
57493 GGCAAGATTT
Statistics
Matches: 55, Mismatches: 8, Indels: 2
0.85 0.12 0.03
Matches are distributed among these distances:
71 53 0.96
72 2 0.04
ACGTcount: A:0.33, C:0.16, G:0.10, T:0.41
Consensus pattern (71 bp):
ACTCAAGTTTTCAAAAGCCTTATCACTCACATTAAATGATCTTATAATCTCATTATTGAATTTAA
GTTGAA
Found at i:57646 original size:239 final size:241
Alignment explanation
Indices: 57195--57664 Score: 544
Period size: 239 Copynumber: 2.0 Consensus size: 241
57185 TCACCCATAC
* * * **
57195 TTTTAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATTGCTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATT
1 TTTTAAAAGCCTTATTACTCACATTAAATGGCTTTATAATCTCATAATTGAATTTAAGGCAAATT
* * * * ** * * ** *
57260 TTTTTATATTTTTTGTTAAAATATATTTTAATTGTATGTCGACTTTGGGAAACGTGAAGCAAAAG
66 TTTTTACATTTTTAGTTAAAACAAATAATAATTGAATGTCGACTCTCAGAAACGTGAAGAAAAAG
* ** * * *
57325 CCATCTATTGGTAAGAAAAGTCAATTTATAGTCACTCAAGTTTTCGAAAGCGTTATCACTCGCTT
131 CCATCTATTGGTAAGAAAAGTCAATTTATAGTCACCCAAGCCTTCAAAAGCCTTATCACTCACTT
*
57390 TAAATGATTTTATAATCTCTTAATTGATTTTAAGTTGAAACTCAAG
196 TAAATGATTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAAACTCAAG
*
57436 TTTTCAAAAGCCTTATTACTCACATTAAATGG-TCTTATAATCTCATTATTGAATTT-AGGCAAG
1 TTTT-AAAAGCCTTATTACTCACATTAAATGGCT-TTATAATCTCATAATTGAATTTAAGGCAA-
** *
57499 ATTTTTTT-CATTTTTAGTTAAAACAAATAATAATTGAATGTTTAC-CTCAGAAATGTGAAGAAA
63 ATTTTTTTACATTTTTAGTTAAAACAAATAATAATTGAATGTCGACTCTCAGAAACGTGAAGAAA
* *
57562 AAGCCAT-TCATTGAG-AA-AAAAGTCTATTTATAGTCACCCATA-CCTTCAAAAGCCTTATTAC
128 AAGCCATCT-ATTG-GTAAGAAAAGTCAATTTATAGTCACCCA-AGCCTTCAAAAGCCTTATCAC
*
57623 TTACTTTAAAT-AGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTT
190 TCACTTTAAATGA-TTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTT
57665 AGATTTTTTA
Statistics
Matches: 192, Mismatches: 30, Indels: 16
0.81 0.13 0.07
Matches are distributed among these distances:
238 1 0.01
239 73 0.38
240 27 0.14
241 38 0.20
242 53 0.28
ACGTcount: A:0.35, C:0.13, G:0.11, T:0.41
Consensus pattern (241 bp):
TTTTAAAAGCCTTATTACTCACATTAAATGGCTTTATAATCTCATAATTGAATTTAAGGCAAATT
TTTTTACATTTTTAGTTAAAACAAATAATAATTGAATGTCGACTCTCAGAAACGTGAAGAAAAAG
CCATCTATTGGTAAGAAAAGTCAATTTATAGTCACCCAAGCCTTCAAAAGCCTTATCACTCACTT
TAAATGATTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAAACTCAAG
Found at i:58093 original size:339 final size:339
Alignment explanation
Indices: 57429--59532 Score: 1672
Period size: 339 Copynumber: 6.2 Consensus size: 339
57419 TTAAGTTGAA
** * * * *
57429 ACTCAAGTTTTCAAAAGCCTTATTACTCA-CATTAAATGGTCTTATAATCTCATTATTGAA-TTT
1 ACTCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACT-AGCTTTAAATGATTTTATAATCTCATAATT-AATTTT
* * * * * * *
57492 AGGCAAG-ATTTTTTT-CATTTTTAGTTAAAACA-AATAATAATTGAATGTTTACCTCA-GAAAT
64 AAG-ATGAATTTTTTTACATTTTTAGTTGAAATAGAAT-ATAATTGAATGTCTACCTTAGGAAAC
* * *
57553 GTGAAGAAAAAGCCATTCATTGAG-AA-AAAAGTCTATTTATAGTCACCCATACCTTCAAAAGCC
127 GTGAA-AAAAAGCCATTCATTG-GCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCGAAAGCC
* * * * *
57616 TTATTACTTACTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAGATTTTTTAGCA-TT
190 TTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTAATTTTAAGTTAAATTTTTTA-TAGTT
* * * * * * * *
57680 ATTGGTTAAAATAGATTAGATTTAAATG-TTTGCTCCAAGAAACGTGAAGCAAAAGCTATTCATT
254 -TTGATTAAAATAGATTATAATTAAATGTTTTCCT-CAAGAAACATGAAGAAAAAGCCATCCATT
*
57744 GGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTC
317 GAC-AGAAAAGTCCATTTATAGTC
* * * *
57768 AGTCAAGCCTTCGAAAGCCTTATTACTAACTTTATATGATTTTATAATCTCATAATTAATTTTAA
1 ACTCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTAGCTTTAAATGATTTTATAATCTCATAATTAATTTTAA
** * * * * *
57833 GATGAA-GGTTTTACA-TTTTGGTTGAAACTA-AATATAATTGAATGTCTAGCTTCGGGAATGTG
66 GATGAATTTTTTTACATTTTTAGTTGAAA-TAGAATATAATTGAATGTCTACCTTAGGAAACGTG
* * * * * **
57895 AAAAAAAGCTATTCATTGGTACGAAAAGTCCATCTATTGTCACCCATGCCTTCGAAAGTAATT-T
130 AAAAAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCGAAAG-CCTTAT
57959 TACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTAATTTTAAGTTAAACTTTTATTATAGTTTTG
194 TACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTAATTTTAAGTTAAA-TTTT-TTATAGTTTTG
* * *
58024 ATTAAAATATATTATAACTAAATGTTTTCCTCAAGAAACATAAAGAAAAAGCCATCCATTGACAG
257 ATTAAAATAGATTATAATTAAATGTTTTCCTCAAGAAACATGAAGAAAAAGCCATCCATTGACAG
*
58089 AAAAGGTCTATTTATAGTC
322 AAAA-GTCCATTTATAGTC
* * * * * *
58108 ACTCAAGCCTTTATAAGCCTTATTACTTGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTATTTTTGA
1 ACTCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTAGCTTTAAATGATTTTATAATCTCATAATTAATTTTAA
* * * * * *
58173 GTTAAATTTTTTTATATTTTTAGTTGAAATAGACTATATTTGAATGTCTACCTTAGAAAACGTGA
66 GATGAATTTTTTTACATTTTTAGTTGAAATAGAATATAATTGAATGTCTACCTTAGGAAACGTGA
* ** * *
58238 AGAAAAAGTCATTCATTAACAAGAAAAGTCCATTTATAGCCACCCATGCCTTCAAAAGCCTTATT
131 A-AAAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCGAAAGCCTTATT
** * *
58303 ACTTGCTTTAAATGGTTTTGT--T-TCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTT-TATGTTTTTGA
195 ACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTAATTTTAAGTTAAATTTTTTATA-G-TTTTGA
* * *** * * *
58364 TTAAAATATG-TTATAATTGAATG-TTTGCTTTGGAAAACATGAAGCAAAAGCTATCCGTTGACA
258 TTAAAATA-GATTATAATTAAATGTTTTCCTCAAG-AAACATGAAGAAAAAGCCATCCATTGACA
58427 GGAAAAGTCCATTTATAGTC
321 -GAAAAGTCCATTTATAGTC
* * *
58447 ACTCAAGCCTTTAAAAGCCTTATTACTAGCTTTAAATTG-TTTTATAATTTCATAATTGATTTTA
1 ACTCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTAGCTTTAAA-TGATTTTATAATCTCATAATTAATTTTA
* * * * *
58511 A-ATTGATTTTTTTTACATTTTTAGTTGAAATAGATTATATTTGAATGTTTACCTT-GAGAAACA
65 AGA-TGAATTTTTTTACATTTTTAGTTGAAATAGAATATAATTGAATGTCTACCTTAG-GAAACG
* * *
58574 T-AAAGACAAAGCCATTCATTGACAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACCCATGCGTTCGAAAGCCT
128 TGAAA-A-AAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCGAAAGCCT
* * * * * *
58638 TATTACTCTCTTTAAATGGTTTTGTAATCTCAAAATTAATTTTAGGTTGAATTTTTTATATTGTT
191 TATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTAATTTTAAGTTAAATTTTTTATAGT-TT
* * * * * *
58703 TG-TTAAAATAGATTATAGTTGAATGTTTGCCTGAAGAAATATGAA-ATAAAAGCCATTCATTGG
255 TGATTAAAATAGATTATAATTAAATGTTTTCCTCAAGAAACATGAAGA-AAAAGCCATCCATT-G
* * * *
58766 AAAGAAAAGTGCACTTACAGTC
318 ACAGAAAAGTCCATTTATAGTC
* * * * * * * * *
58788 ACTTATGCCTTCGAAGGCATTATTACTTGCTTTAAATGGTTTTATTATCTCATAATTAATTGTAA
1 ACTCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTAGCTTTAAATGATTTTATAATCTCATAATTAATTTTAA
* * * * * * * * *
58853 GTTGAATTTTTTTACATTTATTA-TTAAAATATAGTACAGTTGAATGTCTGCCTTAGAAAAAGT-
66 GATGAATTTTTTTACATTT-TTAGTTGAAATAGAATATAATTGAATGTCTACCTTAGGAAACGTG
* * * * * * *
58916 AAAGTAAATGCCATCCATTAGTAGGAAAAGTCCA-TT-TAGTTACCCATGCATTCG--AGCCTTA
130 AAA--AAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCGAAAGCCTTA
* * *
58977 TTAATCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGAA-TTTAAGTTAAATTTTTTTATATTATT
193 TTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATT-AATTTTAAGTTAAA-TTTTTTATAGT-TT
* * *** * * * *
59041 TGTTTAAAATAGACTATAATCGTATGTTTGT-TTTAGGAAACATGAAGAAAAA-CCATCCATTTT
255 TGATTAAAATAGATTATAATTAAATGTTT-TCCTCAAGAAACATGAAGAAAAAGCCATCCA-TTG
* *
59104 AAAGAAAAGTCCATTTATTGTC
318 ACAGAAAAGTCCATTTATAGTC
** * * * *
59126 ACTCATA-CCTTCAAAAGTATTATTATTCGCTTTAAATGATTTTATAATCTCATAATTGATTGTA
1 ACTCA-AGCCTTCAAAAGCCTTATTACTAGCTTTAAATGATTTTATAATCTCATAATTAATTTTA
* * * * * * *
59190 AGATGAATTTTTTTATATTTTTGGTTAAAAT-GTATTATAGTTAAATGTCT-GCTTAGAGAAACG
65 AGATGAATTTTTTTACATTTTTAGTTGAAATAG-AATATAATTGAATGTCTACCTTAG-GAAACG
* * * * * * * *
59253 TGAAGCAAAAGCTA-CCTATTGGCCAA-AAAAATACATTTATAGTCACTCAAGCCTTCGAAAACC
128 TGAA-AAAAAGCCATTC-ATTGG-CAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCGAAAGCC
* * * * * * * *
59316 TTATTACTCGCATTAAATGGTCTTATTATCTCATTATTGAA-TTTAAG-TAGGATTTTTTTACAT
190 TTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATT-AATTTTAAGTTA--AATTTTTTATAG
* * * * * ** * ** *
59379 TTTTGGTTAAAACT-GATAATATTTGAATGTTTACCTTGAGACATGTGAAGAAAAAGCCATTCAT
252 TTTTGATTAAAA-TAGATTATAATTAAATGTTTTCCTCAAGAAACATGAAGAAAAAGCCATCCAT
* * *
59443 TAAGA-AAAAAAATCTATTTATAGTC
316 T--GACAGAAAAGTCCATTTATAGTC
* * * ** *
59468 -CTTCATG-CTTCAAAAGCCTTATTACTTGCTTTAAATGGTTTCGTAATCTCATAATTTATTTTA
1 AC-TCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTAGCTTTAAATGATTTTATAATCTCATAATTAATTTTA
59531 AG
65 AG
59533 TTATATTTTT
Statistics
Matches: 1430, Mismatches: 265, Indels: 138
0.78 0.14 0.08
Matches are distributed among these distances:
337 60 0.04
338 219 0.15
339 457 0.32
340 175 0.12
341 287 0.20
342 162 0.11
343 70 0.05
ACGTcount: A:0.35, C:0.13, G:0.13, T:0.39
Consensus pattern (339 bp):
ACTCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTAGCTTTAAATGATTTTATAATCTCATAATTAATTTTAA
GATGAATTTTTTTACATTTTTAGTTGAAATAGAATATAATTGAATGTCTACCTTAGGAAACGTGA
AAAAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCGAAAGCCTTATTA
CTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTAATTTTAAGTTAAATTTTTTATAGTTTTGATTA
AAATAGATTATAATTAAATGTTTTCCTCAAGAAACATGAAGAAAAAGCCATCCATTGACAGAAAA
GTCCATTTATAGTC
Found at i:59010 original size:679 final size:678
Alignment explanation
Indices: 57438--59548 Score: 2013
Period size: 679 Copynumber: 3.1 Consensus size: 678
57428 AACTCAAGTT
** * * * * **
57438 TTCAAAAGCCTTATTACTCACATTAAATGGTCTTATAATCTCATTATTGAA-TTTAGGCAAGATT
1 TTCAAAAGCCTTATTACTTGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATT-AATTTTAAGTTA-ATT
* * * * * * * *
57502 TTTTT-CATTTTTAGTTAAAACA-AATAATAATTGAATGTTTACCTCAG-AAATGTGAAGAAAAA
64 TTTTTACATTTTTAGTTAAAATAGACT-ACAGTTGAATGTCTACCTTAGAAAAAGTAAAGAAAAA
* * * * * * * *
57564 GCCATTCATTGAGAA-AAAAGTCTATTTATAGTCACCCATACCTTCAAAAGCCTTATTACTTACT
128 GCCATCCATTAACAAGAAAAGTCCATTTATAGCCACCCATGCATTC-AAAGCCTTATTACTTGCT
* * * *
57628 TTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAGA-TTTTTTA-GCATTATTGGTTAAAA
192 TTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTATG--TTTTTGATTAAAA
* * * *** * * *
57691 TAGATTAGATTTAAATGTTTGC-TCCAAGAAACGTGAAGCAAAAGCTATTCATTGGCAAGAAAAG
255 TAGATTATAATTGAATGTTTGCTTTGGA-AAACATGAAGCAAAAGCTATCCATTGACAAGAAAAG
* * * *
57755 TCCATTTATAGTCAGTCAAGCCTTCGAAAGCCTTATTACTAACTTTATATGATTTTATAATCTCA
319 TCCATTTATAGTCACTCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTAGCTTTAAATGATTTTATAATCTCA
* *** *
57820 TAATTAATTTTAAGATGAAGGTTTTACA-TTTTGGTTGAAACTA-AATATAATTGAATGTCTAGC
384 TAATTGATTTTAAGATGATTTTTTTACATTTTTGGTTGAAA-TAGATTATAATTGAATGTCTAGC
* * * ** * * *
57883 TTCG-GGAATGTGAAA-A-AAAGCTATTCATTGGTACGAAAAGTCCATCTATTGTCACCCATGCC
448 TTAGAGAAACGT-AAAGACAAAGCTATTCATTGACAAGAAAAGT-CATTTATAGTCACCCATGCC
** *
57945 TTCGAAAGTAATT-TTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTAATTTTAAGTTAAACT
511 TTCGAAAG-CCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTAATTTTAAGTTGAA-T
* * * * * * * *
58009 TTTATTATAGTTTTGATTAAAATATATTATAACTAAATGTTTTCCTCAAGAAACATAAAGAAAAA
574 TTT-TTATATTTTTG-TTAAAATAGATTATAATTGAATGTTTACCTGAAGAAATATGAA-AAAAA
* * * *
58074 GCCATCCATTGACAGAAAAG-GTCTATTTATAGTCACTCAAGCC
636 GCCATTCATTGAAAGAAAAGTG-CTATTTATAGTCACTTATGCC
* * * *
58117 TTTATAAGCCTTATTACTTGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTATTTTTGAGTTAAATTT
1 TTCAAAAGCCTTATTACTTGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTAATTTTAAGTT-AATTT
* * * * * * *
58182 TTTTATATTTTTAGTTGAAATAGACTATATTTGAATGTCTACCTTAGAAAACGTGAAGAAAAAGT
65 TTTTACATTTTTAGTTAAAATAGACTACAGTTGAATGTCTACCTTAGAAAAAGTAAAGAAAAAGC
* *
58247 CATTCATTAACAAGAAAAGTCCATTTATAGCCACCCATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTTGCTTT
130 CATCCATTAACAAGAAAAGTCCATTTATAGCCACCCATGCATTC-AAAGCCTTATTACTTGCTTT
*
58312 AAATGGTTTTGT--T-TCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTATGTTTTTGATTAAAATATG
194 AAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTATGTTTTTGATTAAAATA-G
* *
58374 -TTATAATTGAATGTTTGCTTTGGAAAACATGAAGCAAAAGCTATCCGTTGACAGGAAAAGTCCA
258 ATTATAATTGAATGTTTGCTTTGGAAAACATGAAGCAAAAGCTATCCATTGACAAGAAAAGTCCA
* *
58438 TTTATAGTCACTCAAGCCTTTAAAAGCCTTATTACTAGCTTTAAATTG-TTTTATAATTTCATAA
323 TTTATAGTCACTCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTAGCTTTAAA-TGATTTTATAATCTCATAA
* * * *
58502 TTGATTTTAA-ATTGATTTTTTTTACATTTTTAGTTGAAATAGATTATATTTGAATGTTTACCTT
387 TTGATTTTAAGA-TGA-TTTTTTTACATTTTTGGTTGAAATAGATTATAATTGAATGTCTAGCTT
* * *
58566 -GAGAAACATAAAGACAAAGCCATTCATTGACAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACCCATGCGTTC
450 AGAGAAACGTAAAGACAAAGCTATTCATTGACAAGAAAAGTC-ATTTATAGTCACCCATGCCTTC
* * * *
58630 GAAAGCCTTATTACTCTCTTTAAATGGTTTTGTAATCTCAAAATTAATTTTAGGTTGAATTTTTT
514 GAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTAATTTTAAGTTGAATTTTTT
* *
58695 ATATTGTTTGTTAAAATAGATTATAGTTGAATGTTTGCCTGAAGAAATATGAAATAAAAGCCATT
579 ATATT-TTTGTTAAAATAGATTATAATTGAATGTTTACCTGAAGAAATATGAAA-AAAAGCCATT
* *
58760 CATTGGAAAGAAAAGTGC-ACTTACAGTCACTTATGCC
642 CATT-GAAAGAAAAGTGCTATTTATAGTCACTTATGCC
* * * * *
58797 TTCGAAGGCATTATTACTTGCTTTAAATGGTTTTATTATCTCATAATTAATTGTAAGTTGAATTT
1 TTCAAAAGCCTTATTACTTGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTAATTTTAAGTT-AATTT
* * * * *
58862 TTTTACATTTATTA-TTAAAATATAGTACAGTTGAATGTCTGCCTTAGAAAAAGTAAAGTAAATG
65 TTTTACATTT-TTAGTTAAAATAGACTACAGTTGAATGTCTACCTTAGAAAAAGTAAAGAAAAAG
** * ** * * *
58926 CCATCCATTAGTAGGAAAAGTCCA-TT-TAGTTACCCATGCATTC-GAGCCTTATTAATCGCTTT
129 CCATCCATTAACAAGAAAAGTCCATTTATAGCCACCCATGCATTCAAAGCCTTATTACTTGCTTT
* * *
58988 AAATGGTTTTATAATCTCATAATTGAATTTAAGTTAAATTTTTTTATATTATTTGTTTAAAATAG
194 AAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTATGTT-TTTGATTAAAATAG
* * * * * * *
59053 ACTATAATCGTATGTTTGTTTTAGG-AAACATGAAG-AAAAACCATCCATTTTA-AAGAAAAGTC
258 ATTATAATTGAATGTTTGCTTT-GGAAAACATGAAGCAAAAGCTATCCA-TTGACAAGAAAAGTC
* ** * *
59115 CATTTATTGTCACTCATA-CCTTCAAAAGTATTATTATTCGCTTTAAATGATTTTATAATCTCAT
321 CATTTATAGTCACTCA-AGCCTTCAAAAGCCTTATTACTAGCTTTAAATGATTTTATAATCTCAT
* * * * *
59179 AATTGATTGTAAGATGAATTTTTTTATATTTTTGGTTAAAAT-GTATTATAGTTAAATGTCT-GC
385 AATTGATTTTAAGATG-ATTTTTTTACATTTTTGGTTGAAATAG-ATTATAATTGAATGTCTAGC
* * * * * *
59242 TTAGAGAAACGTGAAG-CAAAAGCTA-CCTATTGGCCAA-AAAAATACATTTATAGTCACTCAAG
448 TTAGAGAAACGTAAAGAC-AAAGCTATTC-ATT-GACAAGAAAAGT-CATTTATAGTCACCCATG
* * * * * * *
59304 CCTTCGAAAACCTTATTACTCGCATTAAATGGTCTTATTATCTCATTATTGAA-TTTAAGTAGGA
509 CCTTCGAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATT-AATTTTAAGT-TGA
* * * * * *
59368 TTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACT-GATAATATTTGAATGTTTACCTTG-AGACATGTGAAGAA
572 ATTTTTTATATTTTT-GTTAAAA-TAGATTATAATTGAATGTTTACC-TGAAGAAATATGAA-AA
*
59431 AAAGCCATTCATTAAGAAA-AAAAAT-CTATTTATAGTC-CTTCATG-C
633 AAAGCCATTCATT--GAAAGAAAAGTGCTATTTATAGTCACTT-ATGCC
** *
59476 TTCAAAAGCCTTATTACTTGCTTTAAATGGTTTCGTAATCTCATAATTTATTTTAAGTTATATTT
1 TTCAAAAGCCTTATTACTTGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTAATTTTAAGTTA-ATTT
*
59541 TTTAACAT
65 TTTTACAT
59549 ATTGGTTAAA
Statistics
Matches: 1191, Mismatches: 189, Indels: 104
0.80 0.13 0.07
Matches are distributed among these distances:
676 27 0.02
678 26 0.02
679 515 0.43
680 379 0.32
681 97 0.08
682 147 0.12
ACGTcount: A:0.35, C:0.13, G:0.13, T:0.39
Consensus pattern (678 bp):
TTCAAAAGCCTTATTACTTGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTAATTTTAAGTTAATTTT
TTTACATTTTTAGTTAAAATAGACTACAGTTGAATGTCTACCTTAGAAAAAGTAAAGAAAAAGCC
ATCCATTAACAAGAAAAGTCCATTTATAGCCACCCATGCATTCAAAGCCTTATTACTTGCTTTAA
ATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTATGTTTTTGATTAAAATAGATT
ATAATTGAATGTTTGCTTTGGAAAACATGAAGCAAAAGCTATCCATTGACAAGAAAAGTCCATTT
ATAGTCACTCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTAGCTTTAAATGATTTTATAATCTCATAATTGA
TTTTAAGATGATTTTTTTACATTTTTGGTTGAAATAGATTATAATTGAATGTCTAGCTTAGAGAA
ACGTAAAGACAAAGCTATTCATTGACAAGAAAAGTCATTTATAGTCACCCATGCCTTCGAAAGCC
TTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTAATTTTAAGTTGAATTTTTTATATTTT
TGTTAAAATAGATTATAATTGAATGTTTACCTGAAGAAATATGAAAAAAAGCCATTCATTGAAAG
AAAAGTGCTATTTATAGTCACTTATGCC
Done.