Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: NW_018398018.1 Herrania umbratica cultivar Fairchild unplaced genomic scaffold, ASM216827v2 scaffold_1325.0, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
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Warning! 4844 characters in sequence are not A, C, G, or T
Found at i:1450 original size:172 final size:171
Alignment explanation
Indices: 1150--1464 Score: 402
Period size: 172 Copynumber: 1.8 Consensus size: 171
1140 NNNNNNNNNN
* * * * * *
1150 AAATGGTTTTGTAATGCCATAATTGATTTTAAGTTGAACTTTTTTTATATTTTTAGTTAAACAGA
1 AAATGGTTTTATAATGCCAAAATTGATTTAAAGTTGAACTTTTTGTACATTATTAGTTAAACAGA
* * * * * * * *
1215 TTATAATTTAATGTCTACCTCATGAAACGTCAAGAAAAAGGCATTCATTGGTAAGAGAAGTCTAT
66 CTAGAATTGAATGTCTACCTCATGAAACATCAAAAAAAAAGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCTAT
1280 TTATAGTCACCCACTCCTTCAAAAGCCTTATTACGCACTTT
131 TTATAGTCACCCACTCCTTCAAAAGCCTTATTACGCACTTT
*
1321 AAATGGTTTTATAAT-CTCAAAATTGATTTAAATTTGAA-TTCTTTGTACATTATTAGTTAAAAC
1 AAATGGTTTTATAATGC-CAAAATTGATTTAAAGTTGAACTT-TTTGTACATTATTAGTT-AAAC
* * * *
1384 AGACTAGAATTGAATGTCTACCTTCA-GAAACATGAAAAAAAAAGTATTCATTTGCAGGAAAAGT
63 AGACTAGAATTGAATGTCTACC-TCATGAAACATCAAAAAAAAAGCATTCATTGGCAAGAAAAGT
1448 CTATTTATAGTCACCCA
127 CTATTTATAGTCACCCA
1465 TANNNNNNNN
Statistics
Matches: 121, Mismatches: 19, Indels: 7
0.82 0.13 0.05
Matches are distributed among these distances:
170 3 0.02
171 46 0.38
172 69 0.57
173 3 0.02
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Consensus pattern (171 bp):
AAATGGTTTTATAATGCCAAAATTGATTTAAAGTTGAACTTTTTGTACATTATTAGTTAAACAGA
CTAGAATTGAATGTCTACCTCATGAAACATCAAAAAAAAAGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCTAT
TTATAGTCACCCACTCCTTCAAAAGCCTTATTACGCACTTT
Found at i:3322 original size:171 final size:172
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Indices: 3145--4083 Score: 694
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3135 NNNNNNNNNN
*
3145 AAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTGTAATCTCAAAATTGATTTAAATTTCAA-TCTTTGT
1 AAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTGTAATCTCAAAATTGATTTAAATTTGAATTCTTTGT
* * *
3209 ACATTTTTTGTTAAAATAGACTACAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACATGAAGAAAAAAGCATT
66 ACATTTTTAGTTAAAACAGACTACAATTGAATGTCTACCTTGAAAAACATGAAGAAAAAAGCATT
* * *
3274 CTTTGGTAGGAAAAGTGC-ATTTATAGTCACCCATACCTTCAA
131 CATTGGCAAGAAAAGT-CTATTTATAGTCACCCATACCTTCAA
** * * * * *******
3316 AAGCCTTACAACTCGCTTGAAATGGTTTTGTAATGC-CATAATTGATTTTAAGTTGAANNNNNNN
1 AAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTGTAAT-CTCAAAATTGATTTAAATTTGAATTCTTTG
*** * * * * * *
3380 NNNATTTTTAGTT-AAACAGATTATAATTGAATGTCTACC-TCATAAAACGTCAAGAAAAAGGCA
65 TACATTTTTAGTTAAAACAGACTACAATTGAATGTCTACCTTGA-AAAACATGAAGAAAAAAGCA
* * *
3443 TTCATTGGTAAGAGAAGTCTATTTATAGTCATCCACT-CCTTCAA
129 TTCATTGGCAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACCCA-TACCTTCAA
* * **********
3487 AAGCCTTATTA-TGCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCANNNNNNNNNNAAATTTGAATTCTTTG
1 AAGCCTTATTACT-CGCTTTAAATGGTTTTGTAATCTCAAAATTGATTTAAATTTGAATTCTTTG
* * * * * * *
3551 TACATTATTGGTTAAAACAGACTAGAATTGAATGTCTACCTTCAAAAACAAGAAAAAAAAAGTAT
65 TACATTTTTAGTTAAAACAGACTACAATTGAATGTCTACCTTGAAAAACATGAAGAAAAAAGCAT
* * *********
3616 TCATTTGCAGGAAAAGTCTATTTATAGTCACCCANNNNNNNNN
130 TCATTGGCAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACCCATACCTTCAA
* * * * * * *
3659 NAGCCTTGTTACTTGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTGAATTTGAATTCATTAT
1 AAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTGTAATCTCAAAATTGATTTAAATTTGAATTCTTTGT
* * *
3724 ACTTTTTTAGTTACAATAGACTACAATTGAATGTCTACCTTGAAAAACATGAAGAAAAAAGCATT
66 ACATTTTTAGTTAAAACAGACTACAATTGAATGTCTACCTTGAAAAACATGAAGAAAAAAGCATT
* * * * * *
3789 CATTGACAAAAAAATTCTATTTATAGTCACCTAAACATTCAA
131 CATTGGCAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACCCATACCTTCAA
* ** * ********** * * * * * *
3831 AAGCCCTACCATTNNNNNNNNNNGGTTTTGCAATGC-CATAATTGATTTTAAGTTGAATTGTTTT
1 AAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTGTAAT-CTCAAAATTGATTTAAATTTGAATTCTTTG
* * ** * * * * *
3895 TATA-TTTTAGTT-AAACAGATTA-TGTTGAATGTATACCTTGAGAAACGTAAAGAAAAAGGCAT
65 TACATTTTTAGTTAAAACAGACTACAATTGAATGTCTACCTTGAAAAACATGAAGAAAAAAGCAT
* * * * * *
3957 TCATTAGCAAGAGAAGTCAATTTATAGTCACCCTTTCCTTTAA
130 TCATTGGCAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACCCATACCTTCAA
* * * *
4000 AAGTCTTATTACTCACTTTAAATGATTTTGTAATCTCAAAATTGATTTAAATTTAAATTCTTTGT
1 AAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTGTAATCTCAAAATTGATTTAAATTTGAATTCTTTGT
4065 ACATTTTTAGTTAAAACAG
66 ACATTTTTAGTTAAAACAG
4084 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 560, Mismatches: 193, Indels: 30
0.72 0.25 0.04
Matches are distributed among these distances:
168 1 0.00
169 106 0.19
170 20 0.04
171 181 0.32
172 247 0.44
173 5 0.01
ACGTcount: A:0.35, C:0.14, G:0.12, T:0.35
Consensus pattern (172 bp):
AAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTGTAATCTCAAAATTGATTTAAATTTGAATTCTTTGT
ACATTTTTAGTTAAAACAGACTACAATTGAATGTCTACCTTGAAAAACATGAAGAAAAAAGCATT
CATTGGCAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACCCATACCTTCAA
Found at i:5132 original size:170 final size:171
Alignment explanation
Indices: 4773--5144 Score: 411
Period size: 170 Copynumber: 2.2 Consensus size: 171
4763 NNNNNNNNNN
* * * *
4773 TTATAATCTCAAAATTAATTTAAATTTGAATGTTTTGTACATTTTTGGTTAAAACAGACTAGAAT
1 TTATAATCTCAAAATTGATTTTAAGTTGAATGTTTTGTACATTTTTAGTTAAAACAGACTAGAAT
* * *
4838 TGAATTCTACCTTGAGAAATATAAAGAAAAAAGCATTCATTAGTAAGAAAAGTCTATTTATAGTC
66 TGAATTCTACCTAGAGAAATATAAAGAAAAAAGCATTCATTAGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTC
* * **
4903 ACCCATGCCTTCAAAAGCCTTACTACTCGTTTTAAATGGTT
131 ACCAATGCCTTCAAAAGCCTTACTACGCACTTTAAATGGTT
* * * *
4944 TTGA-AATGC-CATAATTGATTTTAAGTTGAACT-TTTTTTATATTTTTAG-TAAATA-A-ATTA
1 TT-ATAAT-CTCAAAATTGATTTTAAGTTGAA-TGTTTTGTACATTTTTAGTTAAA-ACAGACTA
* * * * * *
5003 TAATTGAATGTCTACCTAGAGAAATGTAAAGGAAAAGGCATTCATTGGCAAGAGAAGTCCATTTA
62 GAATTGAAT-TCTACCTAGAGAAATATAAAGAAAAAAGCATTCATTAGCAAGAAAAGTCCATTTA
*
5068 TAGTCACGAACT-CCTTCAAAAGCCTTAGC-ACGCACTTTAAATGGTT
126 TAGTCACCAA-TGCCTTCAAAAGCCTTA-CTACGCACTTTAAATGGTT
5114 TTATAATCTCAAAATTGA-TTTAAGTTTGAAT
1 TTATAATCTCAAAATTGATTTTAAG-TTGAAT
5145 TCTTTGNNNN
Statistics
Matches: 168, Mismatches: 23, Indels: 22
0.79 0.11 0.10
Matches are distributed among these distances:
169 20 0.12
170 107 0.64
171 38 0.23
172 3 0.02
ACGTcount: A:0.37, C:0.13, G:0.14, T:0.36
Consensus pattern (171 bp):
TTATAATCTCAAAATTGATTTTAAGTTGAATGTTTTGTACATTTTTAGTTAAAACAGACTAGAAT
TGAATTCTACCTAGAGAAATATAAAGAAAAAAGCATTCATTAGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTC
ACCAATGCCTTCAAAAGCCTTACTACGCACTTTAAATGGTT
Found at i:7129 original size:172 final size:171
Alignment explanation
Indices: 6677--7996 Score: 1180
Period size: 172 Copynumber: 7.7 Consensus size: 171
6667 NNNNNNNTAC
* * * **
6677 ACTAGAATTGAATCTATACCATGAGAAACATGAAGAAAAAAGTATTCATTGAAAAG-AAAGTCCA
1 ACTAGAATTGAATGTATACCTTGAGAAACATAAAGAAAAAAGTATTCATTGGCAAGAAAAGTCCA
* * * *******************
6741 TTTATAGTCACCCATTCCTTCAAGAGCCTTATTACTTAGTTTAAATNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
66 TTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAAT
* * * *
6806 NGATTTAAATTTTAATGTTTTGTACATTTTTGATTAAAATAG
131 TGATTTAAATTTCAAT-TTTTGTACTTTTTTGGTTAAAATAG
* * * * * *
6848 ACTAGAATTGAATCTTTACCATGAGAAACATGAAG-AAAAAGTATTCATTGGCAAAAAAAGTCTA
1 ACTAGAATTGAATGTATACCTTGAGAAACATAAAGAAAAAAGTATTCATTGGCAAGAAAAGTCCA
********** * * *
6912 TTTATAGTCNNNNNNNNNNTCAAAAGCCTTATTAGTCACTTTAAATGATTTTATAATTTCAAAAT
66 TTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAAT
* * * * *
6977 TGATTTTAAGTTCAAGTTTTTTTATTTTTTTGGTTAAAATAT
131 TGATTTAAATTTCAA-TTTTTGTACTTTTTTGGTTAAAATAG
* * * * * * * * ***
7019 ATTATAATTGAATGTCTATCTTGAGAAACATAAAGAAGAGAGCATTCATTAGCAAGAAAAGTNNN
1 ACTAGAATTGAATGTATACCTTGAGAAACATAAAGAAAAAAGTATTCATTGGCAAGAAAAGTCCA
******* * * * **
7084 NNNNNNNTCACCCATTCCTTCAAAACCCTTATTACTCACTTTAAATAGCTTCGTAATCTCAAAAT
66 TTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAAT
* * *
7149 TGATTTAAATTTGAAGTATTTGTACATTTTTT-GTTAAAACAG
131 TGATTTAAATTTCAA-TTTTTGTAC-TTTTTTGGTTAAAATAG
* * *
7191 ACTAGAATTAAATGTCTACCTTGAGAAACATGAAGAAAAAAGTATTCATTGGCAAGAAAAGTCCA
1 ACTAGAATTGAATGTATACCTTGAGAAACATAAAGAAAAAAGTATTCATTGGCAAGAAAAGTCCA
* * *
7256 TTTATAGTCACCCATTCCTTCAAGAGCCTTATTACTCAGTTTAAATGGTTTTATAATCACAAAAT
66 TTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAAT
* * *
7321 TGATTTAAATTTGAATGTTTTGTACATTTTTGGTTAAAATAC
131 TGATTTAAATTTCAAT-TTTTGTACTTTTTTGGTTAAAATAG
* * *
7363 ACTAGAATTGAATCTATACCATGAGAAACA-AGAAGAAAAAGGTATTCATTGGCAAGAAAAGTCC
1 ACTAGAATTGAATGTATACCTTGAGAAACATA-AAGAAAAAAGTATTCATTGGCAAGAAAAGTCC
* * *
7427 ATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAGAGCCTTATTACTCAGTTTTAATGGTTTTATAATCTCAAAA
65 ATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAA
*
7492 TTGATTTAAATTTCAATGTTTTGTA-TATTTTTGGTTAAAATCG
130 TTGATTTAAATTTCAAT-TTTTGTACT-TTTTTGGTTAAAATAG
* * * * *
7535 ACTAGAATTGAATCTATACCTTGAGAAACATGAAGAAAAAAGTATTCATTGGTAAAAAAAGTCTA
1 ACTAGAATTGAATGTATACCTTGAGAAACATAAAGAAAAAAGTATTCATTGGCAAGAAAAGTCCA
* * **
7600 ATTATAGTCACCCATTGCTTCAAAAGCCTTATTAAGCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAAT
66 TTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAAT
** * * * *
7665 TGATTTTGAGTTCAAATTTTT-TGGCTTTTTTGGTTAAAACAT
131 TGATTTAAATTTC-AATTTTTGT-ACTTTTTTGGTTAAAATAG
* * ** * * * *
7707 ATTATAATTGAGCGTTTACCTTGAGAAACATAAATAAGAGAACG--TTCATTGGCAAGAGAAGTC
1 ACTAGAATTGAATGTATACCTTGAGAAACATAAAGAA-A-AAAGTATTCATTGGCAAGAAAAGTC
* *
7770 CATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTCATTACTCACATTAAATGGTTTTATAATCTCAAA
64 CATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCAAA
* * * ** * *
7835 ATTGATGTAAATTTGAATTCCTTGTACATTTTTTTATTAAAACAT
129 ATTGATTTAAATTTCAATT-TTTGTAC-TTTTTTGGTTAAAATAG
* * ** * * * * *
7880 ACTAGGATTGAATGTCTATGTTTAAAAACATGAAGAAAAAAGTATTCATTGGCGAGAAAAGTCTA
1 ACTAGAATTGAATGTATACCTTGAGAAACATAAAGAAAAAAGTATTCATTGGCAAGAAAAGTCCA
* * * *
7945 TTTATAGCCACCCATTACTTCAAAAGCCTTATTAATTACTTTAAATGGTTTT
66 TTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTT
7997 CTGATTAAAA
Statistics
Matches: 922, Mismatches: 208, Indels: 36
0.79 0.18 0.03
Matches are distributed among these distances:
170 17 0.02
171 146 0.16
172 640 0.69
173 116 0.13
174 3 0.00
ACGTcount: A:0.36, C:0.13, G:0.12, T:0.35
Consensus pattern (171 bp):
ACTAGAATTGAATGTATACCTTGAGAAACATAAAGAAAAAAGTATTCATTGGCAAGAAAAGTCCA
TTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAAT
TGATTTAAATTTCAATTTTTGTACTTTTTTGGTTAAAATAG
Found at i:7374 original size:344 final size:344
Alignment explanation
Indices: 6807--7996 Score: 1354
Period size: 344 Copynumber: 3.5 Consensus size: 344
6797 NNNNNNNNNN
* * * *
6807 GATTTAAATTTTAATGTTTTGTACA-TTTTTGATTAAAATAGACTAGAATTGAATCTTTACCATG
1 GATTTAAATTTGAATGTTTTGTACATTTTTTG-TTAAAACAGACTAGAATTGAATCTCTACCTTG
**********
6871 AGAAACATGAAG-AAAAAGTATTCATTGGCAAAAAAAGTCTATTTATAGTCNNNNNNNNNNTCAA
65 AGAAACATGAAGAAAAAAGTATTCATTGGCAAAAAAAGTCTATTTATAGTCACCCATTACTTCAA
* * * * * * *
6935 AAGCCTTATTAGTCACTTTAAATGATTTTATAATTTCAAAATTGATTTTAAGTTCAA-GTTTTTT
130 AAGCCTTATTAATCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTAAATTTAAATG-TTTTG
* * *
6999 TATTTTTTTGGTTAAAATATATTATAATTGAATGTCTATCTTGAGAAACATAAAGAAGAGAGCAT
194 TACTTTTTTGGTTAAAATATATTATAATTGAATGTATACCTTGAGAAACATAAAGAAGAGAGCAT
* ********** *
7064 TCATTAGCAAGAAAAGTNNNNNNNNNNTCACCCATTCCTTCAAAACCCTTATTACTCACTTTAAA
259 TCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAA
* * **
7129 TAGCTTCGTAATCTCAAAATT
324 TGGTTTTATAATCTCAAAATT
* *
7150 GATTTAAATTTGAA-GTATTTGTACATTTTTTGTTAAAACAGACTAGAATTAAATGTCTACCTTG
1 GATTTAAATTTGAATGT-TTTGTACATTTTTTGTTAAAACAGACTAGAATTGAATCTCTACCTTG
* * *
7214 AGAAACATGAAGAAAAAAGTATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAA
65 AGAAACATGAAGAAAAAAGTATTCATTGGCAAAAAAAGTCTATTTATAGTCACCCATTACTTCAA
* * * * *
7279 GAGCCTTATTACTCAGTTTAAATGGTTTTATAATCACAAAATTGATTTAAATTTGAATGTTTTGT
130 AAGCCTTATTAATCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTAAATTTAAATGTTTTGT
* * * * * * * *
7344 ACATTTTTGGTTAAAATACACTAGAATTGAATCTATACCATGAGAAACA-AGAAGAA-AAAGGTA
195 ACTTTTTTGGTTAAAATATATTATAATTGAATGTATACCTTGAGAAACATA-AAGAAGAGA-GCA
* * *
7407 TTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAGAGCCTTATTACTCAGTTTTA
258 TTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAA
7472 ATGGTTTTATAATCTCAAAATT
323 ATGGTTTTATAATCTCAAAATT
* * * *
7494 GATTTAAATTTCAATGTTTTGTATATTTTTGGTTAAAATC-GACTAGAATTGAATCTATACCTTG
1 GATTTAAATTTGAATGTTTTGTACATTTTTTGTTAAAA-CAGACTAGAATTGAATCTCTACCTTG
* * *
7558 AGAAACATGAAGAAAAAAGTATTCATTGGTAAAAAAAGTCTAATTATAGTCACCCATTGCTTCAA
65 AGAAACATGAAGAAAAAAGTATTCATTGGCAAAAAAAGTCTATTTATAGTCACCCATTACTTCAA
* * * * *
7623 AAGCCTTATTAAGCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTTGAGTTCAAATTTTTTG
130 AAGCCTTATTAATCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAATTGA-TTTAAATTTAAATGTTTTG
* * ** * * * *
7688 -GCTTTTTTGGTTAAAACATATTATAATTGAGCGTTTACCTTGAGAAACATAAATAAGAGAACGT
194 TACTTTTTTGGTTAAAATATATTATAATTGAATGTATACCTTGAGAAACATAAAGAAGAGAGCAT
* * *
7752 TCATTGGCAAGAGAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTCATTACTCACATTAAA
259 TCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAA
7817 TGGTTTTATAATCTCAAAATT
324 TGGTTTTATAATCTCAAAATT
* * * * * * **
7838 GATGTAAATTTGAAT-TCCTTGTACATTTTTTTATTAAAACATACTAGGATTGAATGTCTATGTT
1 GATTTAAATTTGAATGT-TTTGTACA-TTTTTTGTTAAAACAGACTAGAATTGAATCTCTACCTT
* * * * *
7902 TAAAAACATGAAGAAAAAAGTATTCATTGGCGAGAAAAGTCTATTTATAGCCACCCATTACTTCA
64 GAGAAACATGAAGAAAAAAGTATTCATTGGCAAAAAAAGTCTATTTATAGTCACCCATTACTTCA
*
7967 AAAGCCTTATTAATTACTTTAAATGGTTTT
129 AAAGCCTTATTAATCACTTTAAATGGTTTT
7997 CTGATTAAAA
Statistics
Matches: 710, Mismatches: 123, Indels: 26
0.83 0.14 0.03
Matches are distributed among these distances:
342 2 0.00
343 64 0.09
344 510 0.72
345 134 0.19
ACGTcount: A:0.36, C:0.13, G:0.13, T:0.36
Consensus pattern (344 bp):
GATTTAAATTTGAATGTTTTGTACATTTTTTGTTAAAACAGACTAGAATTGAATCTCTACCTTGA
GAAACATGAAGAAAAAAGTATTCATTGGCAAAAAAAGTCTATTTATAGTCACCCATTACTTCAAA
AGCCTTATTAATCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTAAATTTAAATGTTTTGTA
CTTTTTTGGTTAAAATATATTATAATTGAATGTATACCTTGAGAAACATAAAGAAGAGAGCATTC
ATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATG
GTTTTATAATCTCAAAATT
Found at i:7704 original size:516 final size:515
Alignment explanation
Indices: 6677--7996 Score: 1376
Period size: 516 Copynumber: 2.6 Consensus size: 515
6667 NNNNNNNTAC
* * **
6677 ACTAGAATTGAATCTATACCATGAGAAACATGAAGAAAAAAGTATTCATTGAAAAG-AAAGTCCA
1 ACTAGAATTGAATGTATACCTTGAGAAACATGAAGAAAAAAGTATTCATTGGCAAGAAAAGTCCA
* *******************
6741 TTTATAGTCACCCATTCCTTCAAGAGCCTTATTACTTAGTTTAAATNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
66 TTTATAGTCACCCATTCCTTCAAGAGCCTTATTACTCAGTTTAAATGGTTTTATAATCACAAAAT
* * * *
6806 NGATTTAAATTTTAATGTTTTGTACATTTTTGATTAAAATAGACTAGAATTGAATCTTTACCATG
131 TGATTTAAATTTGAATGTTTTGTACATTTTTGATTAAAATACACTAGAATTGAATCTATACCATG
* **********
6871 AGAAACATGAAGAAAAAGTATTCATTGGCAAAAAAAGTCTATTTATAGTCNNNNNNNNNNTCAAA
196 AGAAACATGAAGAAAAAGTATTCATTGGCAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACCCATTACTTCAAA
* * * * *
6936 AGCCTTATTAGTCACTTTAAATGATTTTATAATTTCAAAATTGATTTTAAGTTCAAGTTTTTTTA
261 AGCCTTATTAATCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTAAAGTTCAAGTTTTTGTA
* * * * * * * * *
7001 TTTTTTTGGTTAAAATATATTATAATTGAATGTCTATCTTGAGAAACATAAAGAAGAGAGCATTC
326 TATTTTTGGTTAAAATAGACTAGAATTGAATCTATACCTTGAGAAACATAAAGAAAAAAGCATTC
* ********** **
7066 ATTAGCAAGAAAAGTNNNNNNNNNNTCACCCATTCCTTCAAAACCCTTATTACTCACTTTAAATA
391 ATTAGCAAAAAAAGTCTAATTATAGTCACCCATTCCTTCAAAACCCTTATTAAGCACTTTAAATA
* **
7131 GCTTCGTAATCTCAAAATTGATTTAAATTTGAAGTATTTGTACATTTTTTGTTAAAACAG
456 GCTTCATAATCTCAAAATTGATTTAAATTCAAAGTATTTGTACATTTTTTGTTAAAACAG
* *
7191 ACTAGAATTAAATGTCTACCTTGAGAAACATGAAGAAAAAAGTATTCATTGGCAAGAAAAGTCCA
1 ACTAGAATTGAATGTATACCTTGAGAAACATGAAGAAAAAAGTATTCATTGGCAAGAAAAGTCCA
7256 TTTATAGTCACCCATTCCTTCAAGAGCCTTATTACTCAGTTTAAATGGTTTTATAATCACAAAAT
66 TTTATAGTCACCCATTCCTTCAAGAGCCTTATTACTCAGTTTAAATGGTTTTATAATCACAAAAT
*
7321 TGATTTAAATTTGAATGTTTTGTACATTTTTGGTTAAAATACACTAGAATTGAATCTATACCATG
131 TGATTTAAATTTGAATGTTTTGTACATTTTTGATTAAAATACACTAGAATTGAATCTATACCATG
* * *
7386 AGAAACAAGAAGAAAAAGGTATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAA
196 AGAAACATGAAGAAAAA-GTATTCATTGGCAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACCCATTACTTCAA
* * * * *
7451 GAGCCTTATTACTCAGTTTTAATGGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTAAATTTCAA-TGTTTTG
260 AAGCCTTATTAATCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTAAAGTTCAAGT-TTTTG
* * *
7515 TATATTTTTGGTTAAAATCGACTAGAATTGAATCTATACCTTGAGAAACATGAAGAAAAAAGTAT
324 TATATTTTTGGTTAAAATAGACTAGAATTGAATCTATACCTTGAGAAACATAAAGAAAAAAGCAT
* * * *
7580 TCATTGGTAAAAAAAGTCTAATTATAGTCACCCATTGCTTCAAAAGCCTTATTAAGCACTTTAAA
389 TCATTAGCAAAAAAAGTCTAATTATAGTCACCCATTCCTTCAAAACCCTTATTAAGCACTTTAAA
* * * * * * * * *
7645 TGGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTTGAGTTCAAATTTTTTG-GC-TTTTTTGGTTAAAACAT
454 TAGCTTCATAATCTCAAAATTGA-TTTAAATTCAAAGTATTTGTACATTTTTT-GTTAAAACAG
* * ** * * * * *
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* * ** *
7770 CATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTCATTACTCACATTAAATGGTTTTATAATCTCAAA
64 CATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAGAGCCTTATTACTCAGTTTAAATGGTTTTATAATCACAAA
* * * * * * * * *
7835 ATTGATGTAAATTTGAAT-TCCTTGTACATTTTTTTATTAAAACATACTAGGATTGAATGTCTAT
129 ATTGATTTAAATTTGAATGT-TTTGTACA-TTTTTGATTAAAATACACTAGAATTGAATCTATAC
** * * * *
7899 GTTTAAAAACATGAAGAAAAAAGTATTCATTGGCGAGAAAAGTCTATTTATAGCCACCCATTACT
192 CATGAGAAACATGAAG-AAAAAGTATTCATTGGCAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACCCATTACT
*
7964 TCAAAAGCCTTATTAATTACTTTAAATGGTTTT
256 TCAAAAGCCTTATTAATCACTTTAAATGGTTTT
7997 CTGATTAAAA
Statistics
Matches: 663, Mismatches: 133, Indels: 17
0.82 0.16 0.02
Matches are distributed among these distances:
514 56 0.08
515 139 0.21
516 345 0.52
517 118 0.18
518 5 0.01
ACGTcount: A:0.36, C:0.13, G:0.12, T:0.35
Consensus pattern (515 bp):
ACTAGAATTGAATGTATACCTTGAGAAACATGAAGAAAAAAGTATTCATTGGCAAGAAAAGTCCA
TTTATAGTCACCCATTCCTTCAAGAGCCTTATTACTCAGTTTAAATGGTTTTATAATCACAAAAT
TGATTTAAATTTGAATGTTTTGTACATTTTTGATTAAAATACACTAGAATTGAATCTATACCATG
AGAAACATGAAGAAAAAGTATTCATTGGCAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACCCATTACTTCAAA
AGCCTTATTAATCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTAAAGTTCAAGTTTTTGTA
TATTTTTGGTTAAAATAGACTAGAATTGAATCTATACCTTGAGAAACATAAAGAAAAAAGCATTC
ATTAGCAAAAAAAGTCTAATTATAGTCACCCATTCCTTCAAAACCCTTATTAAGCACTTTAAATA
GCTTCATAATCTCAAAATTGATTTAAATTCAAAGTATTTGTACATTTTTTGTTAAAACAG
Found at i:12467 original size:172 final size:170
Alignment explanation
Indices: 12164--13569 Score: 1308
Period size: 172 Copynumber: 8.2 Consensus size: 170
12154 NACTACTCGT
* * * *
12164 TTTAAATGGTTTTGTAATGCCATAATTGATTTTAAG-TTGAACTTCTTT-TATA-TTTTTAGT-A
1 TTTAAATGGTTTTATAAT-CCAAAATTGA-TTTAAGTTTGAA-TTCTTTGTACATTTTTTATTAA
* * * * * * * * * *
12225 AACAGATTATAATTGAACGTCTGCCTTGAGAAACGTAAAGGAAAAGGCATTCATTGGCAAGAGAA
63 AACAGACTAGAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACATGAAGAAAAAAGTATTCATTGGCAAGAAAA
** * ** *
12290 GTCTATTTATAGTCACGAACTCCTGCAAAAGCCTTAGCACACAC
128 GTCTATTTATAGTCACCCA-TCCTTCAAAAGCCTTATTACTCAC
12334 TTTAAATGGTTTTATAATCACAAAATTGATTTAAGTTTGAATTCTTTGTACATTTTTTATTAAAA
1 TTTAAATGGTTTTATAATC-CAAAATTGATTTAAGTTTGAATTCTTTGTACATTTTTTATTAAAA
** * *
12399 CAGTTTAGAATTGAATGTCTACCTTCAGAAACATGAAGAAAAAAGTATTCATTTGCAAGAAAAGT
65 CAGACTAGAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACATGAAGAAAAAAGTATTCATTGGCAAGAAAAGT
* * * * **
12464 CTATTTATAGTCACTCATACCTTTAAAAGCCTTGTTCCTTTC
130 CTATTTATAGTCACCCAT-CCTTCAAAAGCCTTATTACTCAC
* *
12506 TTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTAAATTTGAATTCTTTATACA-TTTTTAGTTAAA
1 TTTAAATGGTTTTATAATC-CAAAATTGATTTAAGTTTGAATTCTTTGTACATTTTTTA-TTAAA
* * * * *
12570 ATAGACTAGAATTGAATGTCTACCTTCATAAATATGAAGAAAAAAGCATTCATTGGCAAGAAAAG
64 ACAGACTAGAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACATGAAGAAAAAAGTATTCATTGGCAAGAAAAG
12635 TCTATTTAT--T--CCCATACCTTCAAAAGCCTTATTACTCGA-
129 TCTATTTATAGTCACCCAT-CCTTCAAAAGCCTTATTACTC-AC
* * * * * *
12674 TTTAAATGGTTTTGTAATGCCATAATTGATTTTAAG-TTCAATT-TTTTTATATTTTTTGTT-AA
1 TTTAAATGGTTTTATAAT-CCAAAATTGA-TTTAAGTTTGAATTCTTTGTACATTTTTTATTAAA
* * * * * ** *
12736 ACAGACTATAATT-AATTATCTACCTTGAGAAACGT-AAAAAAAAAGGAATTTTTTGGCAAGAGA
64 ACAGACTAGAATTGAA-TGTCTACCTTGAGAAACATGAAGAAAAAA-GTATTCATTGGCAAGAAA
* * *
12799 AGTCCATTTATAGTCGCCCATTCCTTCGAAAGCCTTATTACTCAC
127 AGTCTATTTATAGTCACCCA-TCCTTCAAAAGCCTTATTACTCAC
* * * * * *
12844 TTTAAATAGTTTCATAATCTGAAAATTGATTTAAATTTAAATTCTTTGTACATTTTTTGTTAAAA
1 TTTAAATGGTTTTATAATC-CAAAATTGATTTAAGTTTGAATTCTTTGTACATTTTTTATTAAAA
* * * *
12909 CAGACTACAATTAAATGTCTACCTTGAGAAAAATGAAGAAAAAAGTATTCATTTTGCAAGAAAAG
65 CAGACTAGAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACATGAAGAAAAAAGTATTCA-TTGGCAAGAAAAG
* **
12974 TCTATTTATAGTCACCCATATCTTCAAAAGCCTTATTACTTGC
129 TCTATTTATAGTCACCCAT-CCTTCAAAAGCCTTATTACTCAC
* ** * * * * *
13017 TTTAAATGGTTTTGTAATGCCATCATTGATTTTAAG-TTGAATTTTTTTTATATTTTTGGA-T-C
1 TTTAAATGGTTTTATAAT-CCAAAATTGA-TTTAAGTTTGAATTCTTTGTACATTTTT-TATTAA
* ** * * * * * * * * *
13079 AACAAACTCTAATAGAATGCCTACCCTGAAAAACGTAAAGAAAAAGGCATTCATTGGCAAGAGAA
63 AACAGACTAGAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACATGAAGAAAAAAGTATTCATTGGCAAGAAAA
* * * *
13144 GTCAATTTTTAGTCACCCACTCCTTCAAAAGCCTTATTATTCAA
128 GTCTATTTATAGTCACCCA-TCCTTCAAAAGCCTTATTACTCAC
** * *
13188 TTTAAATGGTTTTATAATCTTAAATTGATTTATA-TTTGAATTCTTTGTATATTTTTTGTTAAAA
1 TTTAAATGGTTTTATAATCCAAAATTGATTTA-AGTTTGAATTCTTTGTACATTTTTTATTAAAA
* * ** * *
13252 CATACTAGGATTGAATGTCTACCTTTTGAAACATGAAGAAAAAAAATATTCATTGGCAAGAATAG
65 CAGACTAGAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACATGAAG-AAAAAAGTATTCATTGGCAAGAAAAG
* * *
13317 T-TCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAGAGCCTTATTACTTAG
129 TCT-ATTTATAGTCACCCA-TCCTTCAAAAGCCTTATTACTCAC
* *
13360 TTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTAAATTTGAATGT-TTTGTCCA-TTTTTAGTTAA
1 TTTAAATGGTTTTATAATC-CAAAATTGATTTAAGTTTGAAT-TCTTTGTACATTTTTTA-TTAA
* * * * ** *
13423 AATAGACTAGAATTGAATCTATACCGTGAGAAACACAAAGAAAAAAGTATTCATTGGCAAAAAAA
63 AACAGACTAGAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACATGAAGAAAAAAGTATTCATTGGCAAGAAAA
* * * *
13488 GTCTATTTATAGTCACCCATTGCTTCCAAAGTCTTATTAATCAC
128 GTCTATTTATAGTCACCCA-TCCTTCAAAAGCCTTATTACTCAC
*
13532 TTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAATTAGTTTTAAGTT
1 TTTAAATGGTTTTATAATC-CAAAATT-GATTTAAGTT
13570 CAATTTTTTT
Statistics
Matches: 1007, Mismatches: 186, Indels: 83
0.79 0.15 0.07
Matches are distributed among these distances:
165 10 0.01
166 51 0.05
167 8 0.01
168 59 0.06
169 30 0.03
170 113 0.11
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173 162 0.16
174 7 0.01
ACGTcount: A:0.36, C:0.14, G:0.13, T:0.38
Consensus pattern (170 bp):
TTTAAATGGTTTTATAATCCAAAATTGATTTAAGTTTGAATTCTTTGTACATTTTTTATTAAAAC
AGACTAGAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACATGAAGAAAAAAGTATTCATTGGCAAGAAAAGTC
TATTTATAGTCACCCATCCTTCAAAAGCCTTATTACTCAC
Found at i:13123 original size:510 final size:512
Alignment explanation
Indices: 12157--13580 Score: 1660
Period size: 510 Copynumber: 2.8 Consensus size: 512
12147 NNNNNNNNAC
* * *
12157 TACTCGTTTTAAATGGTTTTGTAATGCCATAATTGATTTTAAGTTGAACTTCTTTTATATTTTTA
1 TACTCGATTTAAATGGTTTTGTAATGCCATAATTGATTTTAAGTTGAA-TTTTTTTATATTTTTT
* * * ** *
12222 G-TAAACAGATTATAATTGAACGTCTGCCTTGAGAAACGTAAAGGAAAAGGCATTCATTGGCAAG
65 GTTAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACGTAAAAAAAAAGGAATTCATTGGCAAG
* ** * * ** *
12286 AGAAGTCTATTTATAGTCACGAACTCCTGCAAAAGCCTTAGCACACACTTTAAATGGTTTTATAA
130 AGAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTC-AAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAA
* * * **
12351 TCACAAAATTGATTTAAGTTTGAATTCTTTGTACATTTTTTATTAAAACAGTTTAGAATTGAATG
194 TCTCAAAATTGATTTAAATTTGAATTCTTTGTACATTTTTTGTTAAAACAGACTAGAATTGAATG
* *
12416 TCTACCTTCAGAAACATGAAGAAAAAAGTATTCATTTGCAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACTCA
259 TCTACCTTGAGAAACATGAAGAAAAAAGTATTCATTTGCAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACCCA
* * * * * * *
12481 TACCTTTAAAAGCCTTGTTCCTTTCTTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTAAATTTGA
324 TATCTTCAAAAGCCTTATTACTTACTTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAGTTGA
* * * * * * * * *
12546 ATTCTTTATACATTTTTAGTTAAAATAGACTAGAATTGAATGTCTACCTTCATAAATATGAAGAA
389 ATTTTTTTTACATTTTTAGTCAAAATAGACTAGAATAGAATGCCTACCCTCAAAAACATAAAGAA
*
12611 AAAAGCATTCATTGGCAAGAAAAGTC-TATTTA-T-TCCCA-TACCTTCAAAAGCCTTAT
454 AAAAGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCATATTTAGTCACCCACT-CCTTCAAAAGCCTTAT
*
12667 TACTCGATTTAAATGGTTTTGTAATGCCATAATTGATTTTAAGTTCAATTTTTTTATATTTTTTG
1 TACTCGATTTAAATGGTTTTGTAATGCCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTTG
* **
12732 TTAAACAGACTATAATT-AATTATCTACCTTGAGAAACGTAAAAAAAAAGGAATTTTTTGGCAAG
66 TTAAACAGACTATAATTGAA-TGTCTACCTTGAGAAACGTAAAAAAAAAGGAATTCATTGGCAAG
* * *
12796 AGAAGTCCATTTATAGTCGCCCATTCCTTCGAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATAGTTTCATAA
130 AGAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTC-AAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAA
* * * *
12861 TCTGAAAATTGATTTAAATTTAAATTCTTTGTACATTTTTTGTTAAAACAGACTACAATTAAATG
194 TCTCAAAATTGATTTAAATTTGAATTCTTTGTACATTTTTTGTTAAAACAGACTAGAATTGAATG
*
12926 TCTACCTTGAGAAAAATGAAGAAAAAAGTATTCATTTTGCAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACCC
259 TCTACCTTGAGAAACATGAAGAAAAAAGTATTCA-TTTGCAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACCC
* * **
12991 ATATCTTCAAAAGCCTTATTACTTGCTTTAAATGGTTTTGTAATGC-CATCATTGATTTTAAGTT
323 ATATCTTCAAAAGCCTTATTACTTACTTTAAATGGTTTTATAAT-CTCAAAATTGATTTTAAGTT
* * * ** * *
13055 GAATTTTTTTTATATTTTTGGATCAACA-A-ACTCTAATAGAATGCCTACCCTGAAAAACGTAAA
387 GAATTTTTTTTACATTTTTAG-TCAAAATAGACTAGAATAGAATGCCTACCCTCAAAAACATAAA
* * *
13118 GAAAAAGGCATTCATTGGCAAGAGAAGTCAATTTTTAGTCACCCACTCCTTCAAAAGCCTTAT
451 GAAAAAAGCATTCATTGGCAAGAAAAGTC-ATATTTAGTCACCCACTCCTTCAAAAGCCTTAT
* * * * * *
13181 TATTCAATTTAAATGGTTTTATAAT--CTTAAATTGA-TTTATATTTGAATTCTTTGTATATTTT
1 TACTCGATTTAAATGGTTTTGTAATGCCAT-AATTGATTTTA-AGTTGAATT-TTTTTATATTTT
* ** ** *
13243 TTGTTAAAACATACTAGGATTGAATGTCTACCTTTTGAAACATGAAGAAAAAAA--ATATTCATT
63 TTGTT-AAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACGT-AA-AAAAAAAGGA-ATTCATT
* * *
13306 GGCAAGA-ATAGTTCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAGAGCCTTATTACTTAGTTTAAATGGT
124 GGCAAGAGA-AGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAA-AGCCTTATTACTCACTTTAAATGGT
* * *
13370 TTTATAATCTCAAAATTGATTTAAATTTGAATGT-TTTGTCCATTTTTAGTTAAAATAGACTAGA
187 TTTATAATCTCAAAATTGATTTAAATTTGAAT-TCTTTGTACATTTTTTGTTAAAACAGACTAGA
* * * ** * *
13434 ATTGAATCTATACCGTGAGAAACACAAAGAAAAAAGTATTCATTGGCAAAAAAAGTCTATTTATA
251 ATTGAATGTCTACCTTGAGAAACATGAAGAAAAAAGTATTCATTTGCAAGAAAAGTCTATTTATA
* * * *
13499 GTCACCCAT-TGCTTCCAAAGTCTTATTAATCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAATT-AGT
316 GTCACCCATAT-CTTCAAAAGCCTTATTACTTACTTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAATTGA-T
*
13562 TTTAAGTTCAATTTTTTTT
379 TTTAAGTTGAATTTTTTTT
13581 TGCTTTTCTG
Statistics
Matches: 777, Mismatches: 113, Indels: 43
0.83 0.12 0.05
Matches are distributed among these distances:
509 17 0.02
510 289 0.37
511 99 0.13
512 16 0.02
513 14 0.02
514 61 0.08
515 120 0.15
516 153 0.20
517 8 0.01
ACGTcount: A:0.36, C:0.14, G:0.12, T:0.38
Consensus pattern (512 bp):
TACTCGATTTAAATGGTTTTGTAATGCCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTTG
TTAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACGTAAAAAAAAAGGAATTCATTGGCAAGA
GAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATC
TCAAAATTGATTTAAATTTGAATTCTTTGTACATTTTTTGTTAAAACAGACTAGAATTGAATGTC
TACCTTGAGAAACATGAAGAAAAAAGTATTCATTTGCAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACCCATA
TCTTCAAAAGCCTTATTACTTACTTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAGTTGAAT
TTTTTTTACATTTTTAGTCAAAATAGACTAGAATAGAATGCCTACCCTCAAAAACATAAAGAAAA
AAGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCATATTTAGTCACCCACTCCTTCAAAAGCCTTAT
Done.