Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: NW_018398019.1 Herrania umbratica cultivar Fairchild unplaced genomic scaffold, ASM216827v2 scaffold_1326.0, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000
Length: 14144
ACGTcount: A:0.30, C:0.12, G:0.11, T:0.33
Warning! 2100 characters in sequence are not A, C, G, or T
Found at i:110 original size:21 final size:21
Alignment explanation
Indices: 84--128 Score: 72
Period size: 21 Copynumber: 2.1 Consensus size: 21
74 ATTGGTATGA
* *
84 AAAGTCTGTTCGTAGTCACTC
1 AAAGTCCGTTCATAGTCACTC
105 AAAGTCCGTTCATAGTCACTC
1 AAAGTCCGTTCATAGTCACTC
126 AAA
1 AAA
129 CCTTCGAAAG
Statistics
Matches: 22, Mismatches: 2, Indels: 0
0.92 0.08 0.00
Matches are distributed among these distances:
21 22 1.00
ACGTcount: A:0.31, C:0.24, G:0.16, T:0.29
Consensus pattern (21 bp):
AAAGTCCGTTCATAGTCACTC
Found at i:1110 original size:170 final size:170
Alignment explanation
Indices: 431--1915 Score: 1135
Period size: 171 Copynumber: 8.8 Consensus size: 170
421 NNNNNNNNNN
* * * * *
431 TAAATGGTTTTATAATCTCATAATAGATTTTAAGTTGATTTTTTTTATATTTTT-GATTAGAACA
1 TAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGA-ATTTTTTACATTTTTAG-TTAAAACA
* * * * * *
495 GATTATAGTTAAATGTTTGCCTCAAGAAACATAAAGAAAAACCCATTCATTGGCAAGAAAAGCCC
64 GATTATAATTAAATGTTTGCCTTAAGAAATATGAAGAAAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAGTCC
* * *
560 ATTTATAGTCACCCAAGCTTTCAAAAGCCTTATTACTCTCTT
129 ATTTATAGTCACCCATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTT
* * * * * *
602 TAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAACTTGAATTTTTTTAAATTGTTGGCTAAAACAT
1 TAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAA-TTTTTTACATTTTTAGTTAAAACAG
* * * * * * * * *
667 ATTATAATTGATTGTTTACCTTGAGAAATGTTAAGAAAAAGCTATTCATTGGC-GGCAAAAGTCT
65 ATTATAATTAAATGTTTGCCTTAAGAAATATGAAGAAAAAGCCATTCATTGGCAAG-AAAAGTCC
* * * **
731 ATTTATAGACACCAATGCCTTTAAAAGCCTTATTACTCGTTT
129 ATTTATAGTCACCCATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTT
* * ** * *
773 TAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAGGTCGAATTATTTTACATCATTGGTTAAAACTG
1 TAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATT-TTTTACATTTTTAGTTAAAACAG
* * * *
838 ATTATAATTGAATGTCTT-CTCTGT-A-AAACATGAAGAAAAAGCCAGTT-ATTGGGAAGAGAAG
65 ATTATAATTAAATGT-TTGC-CT-TAAGAAATATGAAGAAAAAGCCA-TTCATTGGCAAGAAAAG
* * * *
899 TCCATTTATAATTACCCATGCCTTCGAAAGCTTTATTACTCACTT
126 TCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTT
* * ** * * * *
944 TATATGGTTCAATAATCTCATAATTCATTTTAGGTTAAATTTTTTAACATTTTTAGTTAAAATAG
1 TAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTT-ACATTTTTAGTTAAAACAG
* * * * * *
1009 ATTATAATTAACTATTTGCCTTAAGAAATACGAAG-AAAAGCCATTCATTAGCAAGAGAAGTCAA
65 ATTATAATTAAATGTTTGCCTTAAGAAATATGAAGAAAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCA
* *
1073 TTTATAGTCATCCATGCCTTCAAAAGCTTTATTACTCACTT
130 TTTATAGTCACCCATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTT
*
1114 TAAATAGTTTTATAA-CTTCAT-ATATGATTTTCAGTTGAATTGTTTTACATTTTTAGTTAAAAC
1 TAAATAGTTTTATAATC-TCATAAT-TGATTTTAAGTTGAATT-TTTTACATTTTTAGTTAAAAC
* * * *
1177 ATATTGTAATTAAATGTTTGCCTTGAA-AAATATGAAGAAAAAGTCATTCATTGG-ATAAAAAAG
63 AGATTATAATTAAATGTTTGCCTT-AAGAAATATGAAGAAAAAGCCATTCATTGGCA-AGAAAAG
* * * ** ** *
1240 TCTAATTATAGTCA-CC-TACTCTTTTAAA---TGGTT--T---TG
126 TCCATTTATAGTCACCCATGC-CTTCAAAAGCCTTATTACTCACTT
* * * * * * * * * *
1276 T-AATA---TCATAAT-TGAT-TTTAAGTTGAA--TG--TTTTTGATATTTTTGGTTAAAACAGG
1 TAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTACATTTTTAGTTAAAACAGA
* * * * * *
1331 TCATAATTAAATGTTTACCTCGAA-AAATATGAAGAACAACCCATTCATTGGCAAGAAAAGCCCA
66 TTATAATTAAATGTTTGCCT-TAAGAAATATGAAGAAAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCA
* * * *
1395 TTTATAGTCACCCAAGCCTTCGAAAGCCTTATTA-TTATTTT
130 TTTATAGTCACCCATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCA-CTT
* * * *
1436 TAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTACATTTTTGGTTCAAACAG
1 TAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAA-TTTTTTACATTTTTAGTTAAAACAG
* * * * * * * *
1501 ATAATAATTGAATGTTTGCTTTAGGAAACATGAAGAAAAAGTCAATCATTGGCAAGAAAAGCCCA
65 ATTATAATTAAATGTTTGCCTTAAGAAATATGAAGAAAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCA
* * * * * * *
1566 TTTATAGTCACCTAAGACTTCGAAAGCTTTATTATTCGCTT
130 TTTATAGTCACCCATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTT
* *
1607 TAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTT-ATATTTTTCTAC-TTTTT-GATTAAATT
1 TAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGA-ATTTTT-TACATTTTTAG-TTAAA-A
** * * * ** * * * * * * ** *
1669 TTG-TTGTAATTGAATGTCTATCTTGACAAACATGAAGCACAAGCCATTTATTGATATGAAAAGT
62 CAGATTATAATTAAATGTTTGCCTTAAGAAATATGAAGAAAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAGT
* * * *
1733 CCATTTATAGTCACTCAAGCCTTCGAAAA-TCTTATTACTCGCTT
127 CCATTTATAGTCACCCATGCCTTC-AAAAGCCTTATTACTCACTT
1777 TAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTGTTTTACATTTTT-GATTAAAACA
1 TAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATT-TTTTACATTTTTAG-TTAAAACA
* * * * * *
1841 GATTATAATTGAATGTTTACCTT-AGAAAATGTGAAG-AAAAGACCATTCATTGGTAAGTAAAGG
64 GATTATAATTAAATGTTTGCCTTAAG-AAATATGAAGAAAAAG-CCATTCATTGGCAAGAAAAGT
1904 CCATTTATAGTC
127 CCATTTATAGTC
1916 TCTCATTTCT
Statistics
Matches: 1045, Mismatches: 211, Indels: 116
0.76 0.15 0.08
Matches are distributed among these distances:
151 79 0.08
152 11 0.01
153 1 0.00
154 2 0.00
155 3 0.00
156 6 0.01
157 4 0.00
158 5 0.00
160 2 0.00
161 7 0.01
162 2 0.00
164 6 0.01
165 4 0.00
166 7 0.01
167 3 0.00
168 1 0.00
169 9 0.01
170 293 0.28
171 589 0.56
172 10 0.01
173 1 0.00
ACGTcount: A:0.35, C:0.13, G:0.13, T:0.39
Consensus pattern (170 bp):
TAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTACATTTTTAGTTAAAACAGA
TTATAATTAAATGTTTGCCTTAAGAAATATGAAGAAAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCAT
TTATAGTCACCCATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTT
Found at i:1163 original size:341 final size:339
Alignment explanation
Indices: 431--1912 Score: 1284
Period size: 341 Copynumber: 4.4 Consensus size: 339
421 NNNNNNNNNN
* * * * * * *
431 TAAATGGTTTTATAATCTCATAATAGATTTTAAGTTGATTTTTTTTATATTTTTGATTAGAACAG
1 TAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTGTTTTACATTTTTGGTTAAAACAG
* * ** * *
496 ATTATAGTTAAATGTTTGC-CTCAAGAAACATAAAGAAAAACCCATTCATTGGCAAGAAAAGCCC
66 ATTATAATTGAATGTTTGCTCTGTA-AAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAGCCC
* * * * *
560 ATTTATAGTCACCCAAGCTTTCAAAAGCCTTATTACTCTCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAA
130 ATTTATAATCACCCAAGCCTTCGAAAGCTTTATTACTC-CTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAA
* * * * * *
625 TTGATTTTAACTTGAATTTTTTTAA-ATTGTTGGCTAAAACATATTATAATTGATTGTTTACCTT
194 TTGATTTTAAGTT-AAATTTTTTAACATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATT-AATGTTTACCTT
* * * * * * * *
689 GAGAAATGTTAAGAAAAAGCTATTCATTGGC-GGCAAAAGTCTATTTATAGACACCAATGCCTTT
257 AAGAAATATGAAGAAAAAGCCATTCATTGGCAAG-AAAAGTCCATTTATAGTCACCAA-GCCTTC
**
753 AAAAGCCTTATTACTCGTTT
320 AAAAGCCTTATTACTCACTT
* * * ** *
773 TAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAGGTCGAATTATTTTACATCATTGGTTAAAACTG
1 TAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTGTTTTACATTTTTGGTTAAAACAG
* * *
838 ATTATAATTGAATGTCTT-CTCTGTAAAACATGAAGAAAAAGCCAGTT-ATTGGGAAGAGAAGTC
66 ATTATAATTGAATGT-TTGCTCTGTAAAACATGAAGAAAAAGCCA-TTCATTGGCAAGAAAAGCC
* * * **
901 CATTTATAATTACCCATGCCTTCGAAAGCTTTATTACTCACTTTATATGGTTCAATAATCTCATA
129 CATTTATAATCACCCAAGCCTTCGAAAGCTTTATTACTC-CTTTAAATGGTTTTATAATCTCATA
* * * * * *
966 ATTCATTTTAGGTTAAATTTTTTAACATTTTTAGTTAAAATAGATTATAATTAACTATTTGCCTT
193 ATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTAACATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTAA-TGTTTACCTT
* * * * *
1031 AAGAAATACGAAG-AAAAGCCATTCATTAGCAAGAGAAGTCAATTTATAGTCATCCATGCCTTCA
257 AAGAAATATGAAGAAAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCA-CCAAGCCTTCA
*
1095 AAAGCTTTATTACTCACTT
321 AAAGCCTTATTACTCACTT
* *
1114 TAAATAGTTTTATAA-CTTCAT-ATATGATTTTCAGTTGAATTGTTTTACATTTTTAGTTAAAAC
1 TAAATAGTTTTATAATC-TCATAAT-TGATTTTAAGTTGAATTGTTTTACATTTTTGGTTAAAAC
* * * * * * *
1177 ATATTGTAATTAAATGTTTGC-CTTGAAAAATATGAAGAAAAAGTCATTCATTGG-ATAAAAAAG
64 AGATTATAATTGAATGTTTGCTC-TGTAAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGGCA-AGAAAAG
* * * * * *
1240 TCTAATTATAGT----C-A-CC-T----A-C-----T-CT--TTTAAATGGTTTTGTAATATCAT
127 CCCATTTATAATCACCCAAGCCTTCGAAAGCTTTATTACTCCTTTAAATGGTTTTATAATCTCAT
* * * * *
1285 AATTGATTTTAAGTTGAATGTTTTTGATATTTTTGGTTAAAACAGGTCATAATTAAATGTTTACC
192 AATTGATTTTAAGTTAAAT-TTTTTAACATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATT-AATGTTTACC
* * * *
1350 TCGAA-AAATATGAAGAACAACCCATTCATTGGCAAGAAAAGCCCATTTATAGTCACCCAAGCCT
255 T-TAAGAAATATGAAGAAAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCA-CCAAGCCT
* * *
1414 TCGAAAGCCTTATTA-TTATTTT
318 TCAAAAGCCTTATTACTCA-CTT
* * * *
1436 TAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTACATTTTTGGTTCAAACAG
1 TAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTGTTTTACATTTTTGGTTAAAACAG
* * *
1501 ATAATAATTGAATGTTTGCT-T-TAGGAAACATGAAGAAAAAGTCAATCATTGGCAAGAAAAGCC
66 ATTATAATTGAATGTTTGCTCTGTA--AAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAGCC
* * * *
1564 CATTTATAGTCACCTAAGACTTCGAAAGCTTTATTATTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATA
129 CATTTATAATCACCCAAGCCTTCGAAAGCTTTATTACTC-CTTTAAATGGTTTTATAATCTCATA
* * *** * * *
1629 ATTGATTTTAAGTTATATTTTTCT-AC-TTTTTGATTAAATTTTG-TTGTAATTGAATGTCTATC
193 ATTGATTTTAAGTTAAATTTTT-TAACATTTTTGGTTAAA-ACAGATTATAATT-AATGTTTACC
* * * * * * ** *
1691 TTGACAAACATGAAGCACAAGCCATTTATTGATATGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGCCTT
255 TTAAGAAATATGAAGAAAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCAC-CAAGCCTT
* *
1756 CGAAAA-TCTTATTACTCGCTT
319 C-AAAAGCCTTATTACTCACTT
*
1777 TAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTGTTTTACATTTTTGATTAAAACAG
1 TAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTGTTTTACATTTTTGGTTAAAACAG
* * *
1842 ATTATAATTGAATGTTTAC-CT-TAGAAA-ATGTGAAG-AAAAGACCATTCATTGGTAAGTAAAG
66 ATTATAATTGAATGTTTGCTCTGTA-AAACA--TGAAGAAAAAG-CCATTCATTGGCAAGAAAAG
*
1903 GCCATTTATA
127 CCCATTTATA
1913 GTCTCTCATT
Statistics
Matches: 915, Mismatches: 170, Indels: 111
0.77 0.14 0.09
Matches are distributed among these distances:
320 35 0.04
321 47 0.05
322 168 0.18
323 6 0.01
324 1 0.00
327 1 0.00
328 1 0.00
329 2 0.00
330 1 0.00
333 1 0.00
334 2 0.00
335 2 0.00
337 1 0.00
339 2 0.00
340 21 0.02
341 364 0.40
342 214 0.23
343 46 0.05
ACGTcount: A:0.35, C:0.13, G:0.13, T:0.39
Consensus pattern (339 bp):
TAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTGTTTTACATTTTTGGTTAAAACAG
ATTATAATTGAATGTTTGCTCTGTAAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAGCCCA
TTTATAATCACCCAAGCCTTCGAAAGCTTTATTACTCCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATT
GATTTTAAGTTAAATTTTTTAACATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTAATGTTTACCTTAAGA
AATATGAAGAAAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCAAGCCTTCAAAAGC
CTTATTACTCACTT
Found at i:1390 original size:151 final size:150
Alignment explanation
Indices: 1112--1406 Score: 355
Period size: 151 Copynumber: 2.0 Consensus size: 150
1102 TATTACTCAC
*
1112 TTTAAATAGTTTTATAACTTCATATATGATTTTCAGTTGAATTGTTTTACATTTTTAGTTAAAAC
1 TTTAAATAGTTTTATAACTTCATATATGATTTTAAGTTGAATTGTTTTACATTTTTAGTTAAAAC
* ** * * ** *
1177 ATATTGTAATTAAATGTTTGCCTTGAAAAATATGAAGAAAAAGTCATTCATTGGATAAAAAAGTC
66 AGATCATAATTAAATGTTTACCTCGAAAAATATGAAGAAAAACCCATTCATTGGATAAAAAAGCC
*
1242 TAATTATAGTCACCTACTCT
131 CAATTATAGTCACCTACTCT
* * * *
1262 TTTAAATGGTTTTGTAA-TATCATA-ATTGATTTTAAGTTGAA-TGTTTTTGATATTTTTGGTTA
1 TTTAAATAGTTTTATAACT-TCATATA-TGATTTTAAGTTGAATTG-TTTT-ACATTTTTAGTTA
* * *
1324 AAACAGGTCATAATTAAATGTTTACCTCGAAAAATATGAAGAACAACCCATTCATTGGCA-AGAA
62 AAACAGATCATAATTAAATGTTTACCTCGAAAAATATGAAGAAAAACCCATTCATTGG-ATAAAA
*
1388 AAGCCCATTTATAGTCACC
126 AAGCCCAATTATAGTCACC
1407 CAAGCCTTCG
Statistics
Matches: 122, Mismatches: 18, Indels: 9
0.82 0.12 0.06
Matches are distributed among these distances:
149 4 0.03
150 38 0.31
151 79 0.65
152 1 0.01
ACGTcount: A:0.37, C:0.11, G:0.13, T:0.39
Consensus pattern (150 bp):
TTTAAATAGTTTTATAACTTCATATATGATTTTAAGTTGAATTGTTTTACATTTTTAGTTAAAAC
AGATCATAATTAAATGTTTACCTCGAAAAATATGAAGAAAAACCCATTCATTGGATAAAAAAGCC
CAATTATAGTCACCTACTCT
Found at i:5009 original size:171 final size:170
Alignment explanation
Indices: 4458--5029 Score: 556
Period size: 171 Copynumber: 3.4 Consensus size: 170
4448 NNNNNNNNNN
* *
4458 TCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTAATTTTAAGTTGTATTTTTTTACTTTTTTGATTA
1 TCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGTATTGTTTTACTTTTTTGATTA
* * * * * *
4523 AAATATATTATGATTGAATTTCTACCTTGACAAACGTGAAGCACAAGTCATATATTGATATGAAA
66 AAATATATTATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACGTGAAG-AAAAGCCATCTATTGATATGAAA
* * ************
4588 AGTCCATTTATAATAACTCAAGNNNNNNNNNNNNTTATTAC
130 AGTCCATTTATAGTCACTCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTAC
*
4629 TCGCTTTAAATGGTTTCATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGTATTGTTTTA-TATTTTTGATT
1 TCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGTATTGTTTTACT-TTTTTGATT
* * * * ** * * * *
4693 AAAACATATTGTAATTGGATGTTTGTCTCTG-GAAACGTGTAGAAAAGGCCATC-ATTGGTAAGT
65 AAAATATATTATAATTGAATGTCTACCT-TGAGAAACGTGAAGAAAA-GCCATCTATTGATATGA
* *** ***
4756 AAAGTCCATTTATAGTCCCTCATTTCTTCAAAAGCCTTATNNN
128 AAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTAC
******* * *
4799 NNNNNNNAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTGGTATTGTTTTACTTTTTTTATTA
1 TCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGTATTGTTTTACTTTTTTGATTA
*
4864 AAATATATTATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACGTGAAGTAAAAACCATCTATTGATATGAAA
66 AAATATATTATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACGTGAAG-AAAAGCCATCTATTGATATGAAA
* * *
4929 AGTCTATTTATAGTCACTCAAGCCTTCGAAAGCCTCATTAC
130 AGTCCATTTATAGTCACTCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTAC
* * * * *
4970 TCGCTATAAATGGTTTTATAATCTCATAATTTATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTT
1 TCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGTATTGTTTTACTTTTTT
5030 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 312, Mismatches: 82, Indels: 14
0.76 0.20 0.03
Matches are distributed among these distances:
169 2 0.01
170 123 0.39
171 185 0.59
172 2 0.01
ACGTcount: A:0.31, C:0.12, G:0.12, T:0.41
Consensus pattern (170 bp):
TCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGTATTGTTTTACTTTTTTGATTA
AAATATATTATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACGTGAAGAAAAGCCATCTATTGATATGAAAA
GTCCATTTATAGTCACTCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTAC
Found at i:5780 original size:171 final size:170
Alignment explanation
Indices: 5161--8155 Score: 2472
Period size: 171 Copynumber: 17.6 Consensus size: 170
5151 CTTGGATAGC
* * * *
5161 CTCGCTTTAAATGGTTTTATAACCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTATTTATATTTTTAGTT
1 CTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTT
* * * * * *
5226 AAAATAGATTATAATTGAATGTTTGCCTTAAAAAACATGAGGAAAAGGT-ATTCATTGGCAAGAA
66 AAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTTAGAAAACATGAAGAAAAAGTCATTCATT-GCAAGAA
* * ** * * * * **
5290 AAGTCCAGTTACGGTCACCCATTCCCTCAAAAGCCTTATCG
130 AAGCCCATTTATAGTCACTCAATCCTTCGAAAGCCTTATTA
** * * *
5331 CTCATTTTAAATGGTTTTGTAACCTCAAAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTT
1 CTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTT
* *************** *
5396 AAAACGGATTATAATTGAATGTNNNNNNNNNNNNNNNTGAAGAAAAAGCCATTCATTGACAAGAA
66 AAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTTAGAAAACATGAAGAAAAAGTCATTCATTG-CAAGAA
** * *
5461 AAGTTCATTTATAGTAAC-CTAATCGTTCGAAAGCCTTATTA
130 AAGCCCATTTATAGTCACTC-AATCCTTCGAAAGCCTTATTA
* * * * * **
5502 CTCGCTTTAAATTGATTTTATAGTCTCATAATTGATTTTAACTTGAATTCTGTTACATTTTTTAT
1 CTCGCTTTAAA-TGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGT
* * * * * * * ** *
5567 TAAAATATATTATAATTGAATGTCTACCTCA-AGAACCGTGAAGCAAAAGTCATCCATTGGTATA
65 TAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTTAGA-AAACATGAAGAAAAAGTCATTCATTGCAAGA
*** * *
5631 AAAGTTTAACTTATAGTCACTCAAGCCTTCGAAAGCCTTATTA
129 AAAG-CCCATTTATAGTCACTCAATCCTTCGAAAGCCTTATTA
* * * * * *
5674 CTCCCTTTAAATAGTTTTGTAATCTCGTAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTAGTT
1 CTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTT
* * * **
5739 AAAACAGATTATAATTGAATGTTTACCTTGGAAAACGTGAAGAAAAAAACATAT-ATTGGCAAGA
66 AAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTTAGAAAACATGAAGAAAAAGTCAT-TCATT-GCAAGA
* * *
5803 AAAGCCCATTTATAGTCACTCATTCCCTCAAAAGCCTTATTA
129 AAAGCCCATTTATAGTCACTCAATCCTTCGAAAGCCTTATTA
* * *
5845 CTCACTTTAAATGGTTTTGTAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTCACATTTTTGGTT
1 CTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTT
* * * **
5910 AAAACAGATTATAATTGAATGTTTACCTTGGAAAACGTGAAGAAAAAAACATAT-ATTGACAAGA
66 AAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTTAGAAAACATGAAGAAAAAGTCAT-TCATTG-CAAGA
* * *
5974 AAAGCCCATTTATAGTCACTCATTCCCTCAAAAGCCTTATTA
129 AAAGCCCATTTATAGTCACTCAATCCTTCGAAAGCCTTATTA
* * *
6016 CTCACTTTAAATGGTTTTGTAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTCACATTTTTGGTT
1 CTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTT
* * * ** *
6081 AAAACAGATTATAATTGAATGTCTGCCATAGAAAACATAAAGGCAAAGCCATTCATTGACAAGAA
66 AAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTTAGAAAACATGAAGAAAAAGTCATTCATTG-CAAGAA
*** * * * *
6146 AAGTTTATTTATGGTCAC-CCATGCCTTCGAAAACCTGATTA
130 AAGCCCATTTATAGTCACTCAAT-CCTTCGAAAGCCTTATTA
** * * ** * *
6187 CTCATTTTAAATGGTTTTGTAATCTCGTAATTGATTTTAAG-CAAAATTTTTTACATGTTTGGTT
1 CTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTT
* * * * *
6251 ACAATAGATTCTAATTGAATGTCTACCAT-GAGAAACATGAAGACAAAG-CTATTCATTGACAAG
66 AAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTTAGA-AAACATGAAGAAAAAGTC-ATTCATTG-CAAG
*** *
6314 AAAAGTTTATTTATAGTCACTC-ATTCTCTCGAAAGCCTTATTA
128 AAAAGCCCATTTATAGTCACTCAATCCT-TCGAAAGCCTTATTA
* * * * ** * * * *
6357 CTCGCTTTGAATGGTATTGTAATATTGTAATTAATTTTAAGTAGAA-TTTTTTATATTTTTGATT
1 CTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTT
* * * * * *
6421 AAAACAAATTATAATTGAATGTCTACCTCCA-AAAACGTGAAGAAAAAGCCATTCTTTGACAACA
66 AAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCT-TAGAAAACATGAAGAAAAAGTCATTCATTG-CAAGA
* * * *
6485 AAAGTCTATTTATAGTCAC-CCATCCTTTCAAAAGCCTTATTA
129 AAAGCCCATTTATAGTCACTCAATCC-TTCGAAAGCCTTATTA
* * * * *
6527 CTCACTTTAAATAGTTTTATAAACTCATAATTGATTTT-AGCATGAATTTTCTTACATTTTTTGG
1 CTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAG-TTGAATTTTTTTACA-TTTTTGG
* * * * * **
6591 TTAAAATAGGTTATAATT-AAGTATTTACCTCA-AGAAACATGAAG-AAAAGTCATTCATTAATA
64 TTAAAACAGATTATAATTGAA-TGTCTACCTTAGA-AAACATGAAGAAAAAGTCATTCATT-GCA
* * *
6653 AGAAAAGTCTATTTATAGTCA-TCCATACCTTCGAAAGCCTTATTA
126 AGAAAAGCCCATTTATAGTCACTCAAT-CCTTCGAAAGCCTTATTA
** * * * * *
6698 CTTACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTAATTTTAACTT-AAATTTTTTATATTTTTAGTT
1 CTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTT
** * * * *
6762 GGAACAGATTATAATTGAATGTTTGCCTTAGAAAACGTGAA-AAAAACTCATTCATTGACAAGAA
66 AAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTTAGAAAACATGAAGAAAAAGTCATTCATTG-CAAGAA
* * * * *
6826 AAGCCCACTTATA-TACACTTAAGCCTTCAAAAGACTTATTA
130 AAGCCCATTTATAGT-CACTCAATCCTTCGAAAGCCTTATTA
* * * * *
6867 CTCGCTTTCAATGATTTTATAACCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATGTTTTTATATTTTTGGTT
1 CTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTT
* * *
6932 AAAACAGATTATAATTGAATGTCTACTTTAGAAAACATGAGGAAAAAGTAATTCATTAGCAAGAA
66 AAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTTAGAAAACATGAAGAAAAAGTCATTCATT-GCAAGAA
* * *
6997 AAGCCCATTTATAGTCACCCAAACCTTCGAAAGCCTTAGTA
130 AAGCCCATTTATAGTCACTCAATCCTTCGAAAGCCTTATTA
* * * * * * *
7038 CTCGCTTTAAATAGTTTTATAATTTCATAATTAACTATAAGTTGAATTTTTTCAGC-TTTTTGAT
1 CTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTA-CATTTTTGGT
* * * * * * *
7102 TAAAATATATTATAATTGAATGTCTA-CTTTGCAAAACGTAAAGTAAAA-TCCATCCATTG-ATA
65 TAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTTAG-AAAACATGAAGAAAAAGT-CATTCATTGCA-A
* * * * *
7164 TGAAAAGTCCGTTCATAGTCACTCAAACCTTTGAAAGCCTTATTA
127 -GAAAAGCCCATTTATAGTCACTCAATCCTTCGAAAGCCTTATTA
* * * * * *
7209 CTTGCTTTAAATGATTTTTTAATCTCAGAATCGATTTTATA-TTGAATTTTTTTACATTTTGGGT
1 CTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTA-AGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGT
* * * * * * * *
7273 CAAAACAGATTATAATTCAATGTTTGCCTCT-GAAAAC-TCAAGAAAACGCCATTCATTGGCAAC
65 TAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCT-TAGAAAACATGAAGAAAAAGTCATTCATT-GCAAG
* * * *
7336 AAAAGTCCATTTATAGTCAC-CCATACTTTTGAAAGCCTTATTA
128 AAAAGCCCATTTATAGTCACTCAAT-CCTTCGAAAGCCTTATTA
* * *
7379 CTCGCTTTAAATGGTTTTACAATCTCATAATTAATTTT-AGATTTAATTTTTTTACATTTTTGGT
1 CTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAG-TTGAATTTTTTTACATTTTTGGT
* * * *
7443 TAAAACAGATTATAATTGAATGTTTGCCTTCAG-AAACTTGAAGAAAAA-TGAATTCATTAGCAA
65 TAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTT-AGAAAACATGAAGAAAAAGT-CATTCATT-GCAA
* * * *
7506 GAAAAGCCCATTTATAGTCACCCAAGCTTTCGAAAGACTTATTA
127 GAAAAGCCCATTTATAGTCACTCAATCCTTCGAAAGCCTTATTA
* * * **
7550 CTAGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATGGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTTATT
1 CTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTT
* * * * * *
7615 AAAACAGATTATAA-TGAAATCTCTGCCTCAGTAAACAGGAAGAAAAAG-CTATTCATTGGCAAC
66 AAAACAGATTATAATTG-AATGTCTACCTTAGAAAACATGAAGAAAAAGTC-ATTCATT-GCAAG
* * * *
7678 AAAAGCCCATTTATAGTCACTTAAGCCTTCAAAATCCTTATTA
128 AAAAGCCCATTTATAGTCACTCAATCCTTCGAAAGCCTTATTA
* * * * * * **
7721 CTCGTTTTAAATGGTTTTATAAACTCAGAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTACAATGTTCATT
1 CTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTT
* * * * *
7786 AAAATAGATTATAATTGAATGTTTGCCTTAGAAAATATCAAGAAAAAG-CAATTCATTGGCAAGA
66 AAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTTAGAAAACATGAAGAAAAAGTC-ATTCATT-GCAAGA
*** * * * * *
7850 AAAGTGTAATTACAGTCAC-CTATTCCTTCAAAAGCCTTACTA
129 AAAGCCCATTTATAGTCACTC-AATCCTTCGAAAGCCTTATTA
* * ********** * * * *
7892 CTCACTTTAAATTGTTTTATAATCTCATAATTNNNNNNNNNNTGAATTGTTTAATATTTTTGATT
1 CTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTT
* * * * * * * *
7957 AAAA-AAATTATAATTTAGTGTCTACC-TCGAGAAACATGAATAAAAAGCCATTCATTACTAATA
66 AAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTTAGA-AAACATGAAGAAAAAGTCATTCATTGC-AAGA
* * * *
8020 AAAGTCCATTTATAGTCAC-CCATGACTTCAAAAGCCTTATTA
129 AAAGCCCATTTATAGTCACTCAAT-CCTTCGAAAGCCTTATTA
* * *
8062 CTCGCTTTATATGATTTAATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATATTTTTT-CATTTTAT-G
1 CTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAAT-TTTTTTACATTTT-TGG
* *
8125 TTAAAACAGATTATAATTGACTGTCTGCCTT
64 TTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTT
8156 CACANNNNNN
Statistics
Matches: 2291, Mismatches: 457, Indels: 152
0.79 0.16 0.05
Matches are distributed among these distances:
168 2 0.00
169 135 0.06
170 685 0.30
171 1283 0.56
172 184 0.08
173 2 0.00
ACGTcount: A:0.35, C:0.14, G:0.12, T:0.38
Consensus pattern (170 bp):
CTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTT
AAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTTAGAAAACATGAAGAAAAAGTCATTCATTGCAAGAAA
AGCCCATTTATAGTCACTCAATCCTTCGAAAGCCTTATTA
Found at i:8154 original size:512 final size:509
Alignment explanation
Indices: 5165--8150 Score: 2542
Period size: 512 Copynumber: 5.8 Consensus size: 509
5155 GATAGCCTCG
* * * * * *
5165 CTTTAAATGGTTTTATAACCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTATTTATATTTTTAGTTAAAA
1 CTTTAAATGGTTTTATAATCTCAGAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTACATTTTGA-TTAAAA
* * * **
5230 TAGATTATAATTGAATGTTTGCCTTAAAAAACATG-AGGAAAAGGTATTCATTGGCAAGAAAAGT
65 CAGATTATAATTGAATGTTTGCCTT-GAAAACATGAAGAAAAAGCAATTCATTGGCAAGAAAAGT
* ** * * ** ** * * *
5294 CCAGTTACGGTCACCCATTCCCTCAAAAGCCTTATCGCTCATTTTAAATGGTTTTGTAACCTCAA
129 CCATTTATAGTCACCTATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCAT
* * * * ******
5359 AATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACGGATTATAATTGAATGTNNNNNN
194 AATTGATTTTAAATTGAATTGTTTTATATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCT
********* ** * *
5424 NNNNNNNNNTGAAGAAAAAGCCATTCATTGACAAGAAAAGTTCATTTATAGT-AACC-TAATCGT
259 CGAGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGACAAGAAAAGCCCATTTATAGTCACCCATAA-CTT
* * *
5487 TCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATTGATTTTATAGTCTCATAATTGATTTTAACTTGAATTC
323 TCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAA-TGATTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATT-
* * * * *
5552 TGTTACATTTTTTATTAAAATATATTATAATTGAATGTCTACCTCA-AGAACCGTGAAGCAAAAG
386 TTTTACATTTTTTGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTCAGA-AACAG-GAAG-AAAAG
* ** * ** * *
5616 -TCATCCATTG-GTATAAAAGTTTAACTTATAGTCACTCAAGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCC
448 CT-ATTCATTGACAAGAAAAG-TCCATTTATAGTCACTCAAGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCA
* * * * *
5678 CTTTAAATAGTTTTGTAATCTC-GTAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTAGTTAAA
1 CTTTAAATGGTTTTATAATCTCAG-AATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTACATTTTGA-TTAAA
* * *
5742 ACAGATTATAATTGAATGTTTACCTTGGAAAACGTGAAGAAAAA-AACATAT-ATTGGCAAGAAA
64 ACAGATTATAATTGAATGTTTGCCTT-GAAAACATGAAGAAAAAGCA-AT-TCATTGGCAAGAAA
* * * *
5805 AGCCCATTTATAGTCA-CTCATTCCCTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTGTAATC
126 AGTCCATTTATAGTCACCT-ATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATC
* * *
5869 TCATAATTGATTTTAAGTTGAATT-TTTTCACATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTT
190 TCATAATTGATTTTAAATTGAATTGTTTT-ATATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTC
* * ** *
5933 TACCTTG-GAAAACGTGAAGAAAAAAACATAT-ATTGACAAGAAAAGCCCATTTATAGTCACTCA
254 TACCTCGAG-AAACATGAAGAAAAAGCCAT-TCATTGACAAGAAAAGCCCATTTATAGTCACCCA
* ** * * *
5996 T-TCCCTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTGTAATCTCATAATTGATTTTAAGTTG
317 TAACTTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGATTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTG
* * **
6060 AATTTTTTCACATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTGCCAT-AGAAAACATAAAGG
382 AATTTTTT-ACATTTTTTGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACC-TCAG-AAACAGGAA-G
* * ** * * * * *
6124 CAAAGCCATTCATTGACAAGAAAAGTTTATTTATGGTCACCCATGCCTTCGAAAACCTGATTACT
443 AAAAGCTATTCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGCCTTCGAAAGCCTTATTACT
6189 CA
508 CA
* * * * * *
6191 TTTTAAATGGTTTTGTAATCTC-GTAATTGATTTTAAG-CAAAATTTTTTACATGTTTGGTTACA
1 CTTTAAATGGTTTTATAATCTCAG-AATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTACAT-TTTGATTAAA
* * * * * * * *
6254 ATAGATTCTAATTGAATGTCTACCATGAGAAACATGAAGACAAAGCTATTCATTGACAAGAAAAG
64 ACAGATTATAATTGAATGTTTGCCTTGA-AAACATGAAGAAAAAGCAATTCATTGGCAAGAAAAG
** * * * * *
6319 TTTATTTATAGTCA-CTCATT-CTCTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTGAATGGTATTGTAATAT
128 TCCATTTATAGTCACCT-ATTCCT-TCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCT
** * * * * *
6382 TGTAATTAATTTTAAGTAGAATT-TTTTATATTTTTGATTAAAACAAATTATAATTGAATGTCTA
191 CATAATTGATTTTAAATTGAATTGTTTTATATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTA
* * * * * * * *
6446 CCTCCAAAAACGTGAAGAAAAAGCCATTCTTTGACAACAAAAGTCTATTTATAGTCACCCAT-CC
256 CCTCGAGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGACAAGAAAAGCCCATTTATAGTCACCCATAAC
* * *
6510 TTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAAT-AGTTTTATAAACTCATAATTGATTTT-AGCATGAA
321 TTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGA-TTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAG-TTGAA
* * * * *
6573 TTTTCTTACATTTTTTGGTTAAAATAGGTTATAATT-AAGTATTTACCTCAAGAAACATGAAGAA
384 TTTT-TTACATTTTTT-GTTAAAACAGATTATAATTGAA-TGTCTACCTC-AGAAACAGGAAGAA
* * *
6637 AAG-TCATTCATTAATAAGAAAAGTCTATTTATAGTCA-TCCATA-CCTTCGAAAGCCTTATTAC
445 AAGCT-ATTCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACT-CA-AGCCTTCGAAAGCCTTATTAC
*
6699 TTA
507 TCA
* * * * * **
6702 CTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTAATTTTAACTTAAA-TTTTTTATATTTTTAGTTGGAA
1 CTTTAAATGGTTTTATAATCTCAGAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTACATTTTGA-TTAAAA
* * *
6766 CAGATTATAATTGAATGTTTGCCTTAGAAAACGTGAA-AAAAA-CTCATTCATTGACAAGAAAAG
65 CAGATTATAATTGAATGTTTGCCTT-GAAAACATGAAGAAAAAGC-AATTCATTGGCAAGAAAAG
* * * ** * * * *
6829 CCCACTTATA-TACACTTAAGCCTTCAAAAGACTTATTACTCGCTTTCAATGATTTTATAACCTC
128 TCCATTTATAGT-CACCTATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTC
*
6893 ATAATTGATTTTAAGTTGAA-TGTTTTTATATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTA
192 ATAATTGATTTTAAATTGAATTG-TTTTATATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTA
** * **
6957 -CTTTAGAAAACATGAGGAAAAAGTAATTCATT-AGCAAGAAAAGCCCATTTATAGTCACCCA-A
256 CCTCGAG-AAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGA-CAAGAAAAGCCCATTTATAGTCACCCATA
* * * * * * *
7019 ACCTTCGAAAGCCTTAGTACTCGCTTTAAAT-AGTTTTATAATTTCATAATTAACTATAAGTTGA
319 ACTTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGA-TTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGA
* * * * *
7083 ATTTTTT-CAGCTTTTTGATTAAAATATATTATAATTGAATGTCTACTTTGCA-AAAC-GTAAAG
383 ATTTTTTACA-TTTTTTG-TTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTAC-CT-CAGAAACAG-GAAG
* * * * * * * * *
7145 TAAAATCCATCCATTGATATGAAAAGTCCGTTCATAGTCACTCAAACCTTTGAAAGCCTTATTAC
443 -AAAAGCTATTCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGCCTTCGAAAGCCTTATTAC
**
7210 TTG
507 TCA
* * * * * *
7213 CTTTAAATGATTTTTTAATCTCAGAATCGATTTTATA-TTGAATTTTTTTACATTTTGGGTCAAA
1 CTTTAAATGGTTTTATAATCTCAGAATTGATTTTA-AGTTAAATTTTTTTACATTTT-GATTAAA
* * * * *
7277 ACAGATTATAATTCAATGTTTGCCTCTGAAAAC-TCAAGAAAACGCCATTCATTGGCAACAAAAG
64 ACAGATTATAATTGAATGTTTGCCT-TGAAAACATGAAGAAAAAGCAATTCATTGGCAAGAAAAG
* * * ** *
7341 TCCATTTATAGTCACCCATACTTTTGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTACAATCTCA
128 TCCATTTATAGTCACCTATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCA
* * * * * * *
7406 TAATTAATTTTAGATTTAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTGCC
193 TAATTGATTTTAAATTGAATTGTTTTATATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACC
* * *
7471 TTC-AGAAACTTGAAGAAAAATG-AATTCATT-AGCAAGAAAAGCCCATTTATAGTCACCCA-AG
258 -TCGAGAAACATGAAGAAAAA-GCCATTCATTGA-CAAGAAAAGCCCATTTATAGTCACCCATAA
* * * * *
7532 CTTTCGAAAGACTTATTACTAGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATGGATTTTAAGTTGAAT
320 CTTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGATTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAA-
* * * *
7597 TTTTTTATATTTTTTATTAAAACAGATTATAA-TGAAATCTCTGCCTCAGTAAACAGGAAGAAAA
384 TTTTTTACATTTTTTGTTAAAACAGATTATAATTG-AATGTCTACCTCAG-AAACAGGAAG-AAA
* * * * * * *
7661 AGCTATTCATTGGCAACAAAAGCCCATTTATAGTCACTTAAGCCTTCAAAATCCTTATTACTCG
446 AGCTATTCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCA
* * * *
7725 TTTTAAATGGTTTTATAAACTCAGAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTACAATGTTCATTAAAA
1 CTTTAAATGGTTTTATAATCTCAGAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTAC-ATTTTGATTAAAA
* * *
7790 TAGATTATAATTGAATGTTTGCCTTAGAAAATATCAAGAAAAAGCAATTCATTGGCAAGAAAAGT
65 CAGATTATAATTGAATGTTTGCCTT-GAAAACATGAAGAAAAAGCAATTCATTGGCAAGAAAAGT
** * * * * *
7855 GTAATTACAGTCACCTATTCCTTCAAAAGCCTTACTACTCACTTTAAATTGTTTTATAATCTCAT
129 CCATTTATAGTCACCTATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCAT
********** * * * * *
7920 AATTNNNNNNNNNNTGAATTGTTTAATATTTTTGATTAAAA-AAATTATAATTTAGTGTCTACCT
194 AATTGATTTTAAATTGAATTGTTTTATATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCT
* * * *
7984 CGAGAAACATGAATAAAAAGCCATTCATT-ACTAATAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGAC-T
259 CGAGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGAC-AAGAAAAGCCCATTTATAGTCACCCATAACTT
* *
8047 TCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTATATGATTTAATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATATT
323 TCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGATTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAAT-TT
* * *
8112 TTTTCATTTTATGTTAAAACAGATTATAATTGACTGTCT
387 TTTACATTTTTTGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCT
8151 GCCTTCACAN
Statistics
Matches: 2013, Mismatches: 374, Indels: 173
0.79 0.15 0.07
Matches are distributed among these distances:
509 6 0.00
510 128 0.06
511 525 0.26
512 761 0.38
513 383 0.19
514 204 0.10
515 5 0.00
516 1 0.00
ACGTcount: A:0.35, C:0.14, G:0.12, T:0.38
Consensus pattern (509 bp):
CTTTAAATGGTTTTATAATCTCAGAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTACATTTTGATTAAAAC
AGATTATAATTGAATGTTTGCCTTGAAAACATGAAGAAAAAGCAATTCATTGGCAAGAAAAGTCC
ATTTATAGTCACCTATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAA
TTGATTTTAAATTGAATTGTTTTATATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTCG
AGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGACAAGAAAAGCCCATTTATAGTCACCCATAACTTTCA
AAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGATTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTA
CATTTTTTGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTCAGAAACAGGAAGAAAAGCTATTCAT
TGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCA
Found at i:10633 original size:171 final size:171
Alignment explanation
Indices: 9958--14144 Score: 2642
Period size: 171 Copynumber: 24.5 Consensus size: 171
9948 NNNNNNNNNN
* * * *
9958 TTATTACTTGCTTTAAATAGTTTTATAACCTCAT-ATATGATTTTGA-GTTGAATGCTTT-TACA
1 TTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAAT-TGATTTT-ACATTGAAT-TTTTCTAC-
* * * *
10020 TTTTTT-GTTTAAACATATTATAATTGAATGTTTGCCTTGAGAAACATGAAG-AAAAAGCCATTC
62 TTTTTTAGTTAAAATATATTATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACATGAAGCAAAAA-CCATTC
* * * * *** *
10083 ATTGGCT-AGAAAAGTCTAATTATAGTCACCCGTTCCTTCAAAAGCC
126 ATT-GATAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAACCTTCGAAAGCC
* * * * *
10129 TTACTACTCACGTTAAATAGTTTTGTAATCTCATAATTGATTTTA-AGTTGAATGTTTTTTACTT
1 TTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTACA-TTGAAT-TTTTCTACTT
* ** * * * * * *
10193 TTTT-GATTAAAACAGGTTAAAATTGAATGTTTGCCCT-AGGAAACATAAAG-AAAAACCCATTT
64 TTTTAG-TTAAAATATATTATAATTGAATGTCTACCTTGA-GAAACATGAAGCAAAAA-CCATTC
** * * * *
10255 ATTGCCAACAAAAGCCCATTTATAGTCACCCAAGCCTTCGAAAGCC
126 ATTGATAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAACCTTCGAAAGCC
* * *
10301 TTATCATTCGCTTTAAAT-GATTTTATAATCTCATAATTGATTTTA-AGTTGAATGTTTTTTA-T
1 TTATTACTCGCTTTAAATAG-TTTTATAATCTCATAATTGATTTTACA-TTGAAT-TTTTCTACT
* * * * ***
10363 ATTTTTAGTTAAAATAGATTAAAATTGAATTTTTGGTTTGAGAAACATGAA-CAAAAAGCCATTC
63 -TTTTTAGTTAAAATATATTATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACATGAAGCAAAAA-CCATTC
** * *
10427 ATTGGCAAGAAAAG-CCAATTTATA-TCACCCAAACCTTCAAAAGCC
126 ATTGATAAGAAAAGTCC-ATTTATAGTCACTCAAACCTTCGAAAGCC
* * * * * *
10472 TTGTTGCTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTGATAAATAATTTTA-ATTTATATTTTTCTACTTT
1 TTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTACATTGA-ATTTTTCTAC-TT
** * * * * *
10536 TTTTA-TTAAAATATGCTGTAATTAAATGTCTGCCTTGACG-AATATGAAGCAAAAGCCA-TCTA
64 TTTTAGTTAAAATATATTATAATTGAATGTCTACCTTGA-GAAACATGAAGCAAAAACCATTC-A
* * *
10598 TTGATATGAAAAGTTCATTTATAGTCACTCAAACCTTCGAACGCC
127 TTGATAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAACCTTCGAAAGCC
* **
10643 TTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAGGTTGAA-TTTTCTTACTTT
1 TTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTACATTGAATTTTTC-TACTTT
* * ** * *
10707 TTTAGTTAAAATAGATTATAATTGAGTGTCTACCTCAAAAAACGTGAAG-AAGAAACCATTCATT
65 TTTAGTTAAAATATATTATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACATGAAGCAA-AAACCATTCATT
* * ** * *
10771 GACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTTGAAAGTC
129 GATAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAACCTTCGAAAGCC
* * * * * *
10814 TTATTACTCGATTTATATGGCTTTACAATCTCATAATTGATTTTAAATTGAATTATTT-TACTTT
1 TTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTACATTGAATT-TTTCTACTTT
* * * * * * * * *
10878 TTGAATTAGAATATATTATAATTGAATGTTTGCTTTGAGAAACATGAAGCAAAAGCCATCCCTTG
65 TTTAGTTAAAATATATTATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACATGAAGCAAAAACCATTCATTG
* * * *
10943 ATACGAAAAGTCCATTTATAATCACTCAAACCTTCGGAAGAC
130 ATAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAACCTTCGAAAGCC
* ** * * *
10985 TTATTATTCATTTTAAATAGTTTTATAATCACATAATTGATTTCACATTGAATTTTTTTACTTTT
1 TTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTACATTGAATTTTTCTACTTTT
* * ** *
11050 TTAGTTAAAATAAATTATAATTGAATGTTTACCTT-AGGAAATGTGAAGAAAAAACCATTCATTG
66 TTAGTTAAAATATATTATAATTGAATGTCTACCTTGA-GAAACATGAAGCAAAAACCATTCATTG
* * * * * *
11114 GTAAGAAAAATCCATTTATAGTCACTCATATCTTCAAAAACC
130 ATAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAACCTTCGAAAGCC
* * ** *
11156 TTATTAGTCACTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAGGTTGAA-TTTTCTTACATT
1 TTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTACATTGAATTTTTC-TACTTT
* * * * * * * ** *
11220 TTTGGTTAAAATAGATTACAATT-AAGTGTCTACCTCGAGAAACGTAAAGAAAAAATAATTCATG
65 TTTAGTTAAAATATATTATAATTGAA-TGTCTACCTTGAGAAACATGAAGCAAAAACCATTCATT
* * * ** *
11284 GACAAGAAAAGACCATTTATAGTCACCCATGCCTT-TAAATGCC
129 GATAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAACCTTCGAAA-GCC
* ** *
11327 TTATTACTCGCTCTAAAT-GATTTTATAATCTCATAATTGATTTTAGGTTGAATTTTTTTA-TAT
1 TTATTACTCGCTTTAAATAG-TTTTATAATCTCATAATTGATTTTACATTGAATTTTTCTACT-T
* * * * * * *
11390 TTTTGGTTAAAA-AAATTATACTTGAATGTTTA-CTTGGGGAAACATGAAG-AAAAGCTCATTTA
64 TTTTAGTTAAAATATATTATAATTGAATGTCTACCTT-GAGAAACATGAAGCAAAAAC-CATTCA
* * * * * * *
11452 TTTG-CAAGAAAAGCCCATTTATAGGCACCCAAGCCTT-TAAATGTC
127 -TTGATAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAACCTTCGAAA-GCC
* * * * ** *
11497 TTATTACTTGCTTTATAT-GATTTTATACTC-CTGTAATTGATTTTAGGTTGAATTTTTTTA-TA
1 TTATTACTCGCTTTAAATAG-TTTTATAATCTC-ATAATTGATTTTACATTGAATTTTTCTACT-
* * * * *
11559 TTTTTAGTTAAAACAGATTATAATTGACTGTCTACCTTGAGAAACATAAAG-ATAAATCCATTCA
63 TTTTTAGTTAAAATATATTATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACATGAAGCA-AAAACCATTCA
* * * ** *
11623 ATGACAAGAAAAGTACATTTATAGTCAGC-CACGCCTTTGAAAGCC
127 TTGATAAGAAAAGTCCATTTATAGTCA-CTCAAACCTTCGAAAGCC
* * * **
11668 TTATTACTCACTTTAAATAGTTTTGTAATCTCATAACTGATTTTAGC-TTGAATTGTTT-TACAC
1 TTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTA-CATTGAATT-TTTCTACTT
* * * * * * * *** * *
11731 ATTTGGTTAAAACATATTATAATTAAATATTTTCCCCAAGAAACGTGAAG-AAAACCCATTCATT
64 TTTTAGTTAAAATATATTATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACATGAAGCAAAAACCATTCATT
* * * *
11795 GACAAGAAAAG-CTCATTTATAGTCACCCACACCTTTGAAAGCC
129 GATAAGAAAAGTC-CATTTATAGTCACTCAAACCTTCGAAAGCC
********** *
11838 TTATNNNNNNNNNNAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTA-AGTTGAATGTGTTT-TACA
1 TTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTACA-TTGAAT-T-TTTCTACT
* * * * ***
11901 TTTTTGGTTAAAATAGATTAGAATTGAATGTTTGGTTTGAGAAACATGAAG-AAAAAGCCATTCA
63 TTTTTAGTTAAAATATATTATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACATGAAGCAAAAA-CCATTCA
* ********** * * *
11965 TTGACAAGAAAAGTCCATTNNNNNNNNNNCAAGCCTTTGAAAGCT
127 TTGATAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAACCTTCGAAAGCC
* * * *
12010 TTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTGATAATGGATTTTA-AGTTGTATTTTTCTACTTT
1 TTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTACA-TTGAATTTTTCTACTTT
* * * * * * *
12074 TTTGGTTAAAATATGTTGA-AATTAAATGTCTACCTTAACAAACTTGAAGCAAAAGCCA-TCTAT
65 TTTAGTTAAAATATATT-ATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACATGAAGCAAAAACCATTC-AT
* * * *
12137 TGATATGAAAAGTCCATATATAGTCACTCAAGCCTTCCAAAGCC
128 TGATAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAACCTTCGAAAGCC
* * * * **********
12181 ATATTACTTGTTTTAAATAATTTTATAATCTCATAATTGATTTTA-AGTTGAANNNNNNNNNNTT
1 TTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTACA-TTGAATTTTTCTACTTT
* ** * * * **
12245 TTTGGTTAAAATATATTATAATTGGGTCTGTGCCTT-AGGAAATGTGAAG-AAAAAGCCATTCAT
65 TTTAGTTAAAATATATTATAATTGAATGTCTACCTTGA-GAAACATGAAGCAAAAA-CCATTCAT
* * ** *
12308 TGAT-A-AAAAGTCTATTTATAGTCACCCATGCCTTCGAAAGAC
128 TGATAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAACCTTCGAAAGCC
* ** * * *
12350 TTATTACTCACTTTGTATGGTTTTACAATCTCATAATTGATTTTA-AGTTAAATGTTTT-TACTT
1 TTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTACA-TTGAAT-TTTTCTAC-T
* * * *
12413 TTTTTA-TTAAAATATATTATAATTGAATGTTTACTTTAAGAAACATGTAGCAAAAGA-CA-TCT
63 TTTTTAGTTAAAATATATTATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACATGAAGCAAAA-ACCATTC-
* * *
12475 ATT-ATTATGAAAAGTCCATTTATAATCACTCAAACCTTCAAAAGCC
126 ATTGA-TAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAACCTTCGAAAGCC
* * *
12521 TTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTA-AGTTGAATTTTTTTACATT
1 TTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTACA-TTGAATTTTTCTACTTT
* * * * * * * *
12585 TTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTGCC-TCAGGAAACTTGAAG-AAAAAGTCATTCAT
65 TTTAGTTAAAATATATTATAATTGAATGTCTACCTTGA-GAAACATGAAGCAAAAA-CCATTCAT
** * ** *
12648 TGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTC-GTCCATTCCTTCAAAAGCC
128 TGATAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACT-CAAACCTTCGAAAGCC
* * * * ** * *
12692 TTATTAGTCACTTTAATTGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAGGTTGAATTTCT-TACATTT
1 TTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTACATTGAATTTTTCTACTTTT
* * * * **
12756 TTAGTTAAAACATATTATAATT-AAGTGTTTACCTTGAAAAACATGTAG-AAAAAGTAATTCATT
66 TTAGTTAAAATATATTATAATTGAA-TGTCTACCTTGAGAAACATGAAGCAAAAA-CCATTCATT
* * * * *** **
12819 AACAAGAAAAGTCCATTTATAGTGACCCGTGCCTTTAAAAGCC
129 GATAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAACCTTCGAAAGCC
* * **
12862 TTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAGGTTGAATTGTTT-TACATT
1 TTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTACATTGAATT-TTTCTAC-TT
* * * * * * *
12926 TTTT-GTTAAAACAGATTATACTTGAATGTTTGCCTTGGGAAACATGAAG-AAAAGCTCATTCAT
64 TTTTAGTTAAAATATATTATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACATGAAGCAAAAAC-CATTCA-
* * * * * * *
12989 TCTG-CAGGAAAAG-CTCATTTATAGTTACCCAAACTTTTGAAAGTC
127 T-TGATAAGAAAAGTC-CATTTATAGTCACTCAAACCTTCGAAAGCC
* * * * ** *
13034 TTATTACTTG-TTTCATAA-GGTTTTATACTCCCATAATTGATTTTAGGTTGAATTTTTTTA-TA
1 TTATTACTCGCTTT-A-AATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTACATTGAATTTTTCTACT-
* * * * * * * *
13096 TTTTTGGTTAAACT-GATTATAGTTGACTGTTTACCTTAAGAAACATGAAG-AGAAAGCCATTCA
63 TTTTTAGTTAAAATATATTATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACATGAAGCA-AAAACCATTCA
* * * ***
13159 ATGATAAGAAGAGTACATTTATAGTCACTCGTGCCTTCGAAAGCC
127 TTGATAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAACCTTCGAAAGCC
* * * * ** * *
13204 TTATTCCACGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAACTGATTTTAGGTTGAACTGTTT-TACATT
1 TTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTACATTGAA-TTTTTCTACTTT
* * * *
13268 TTTA-TCTAAAACATATTATAATTAAATGTTTTCCTCT-AGAAACATGAAG-AAAAACCCATTCA
65 TTTAGT-TAAAATATATTATAATTGAATGTCTACCT-TGAGAAACATGAAGCAAAAA-CCATTCA
* * * * * *
13330 TT-AGTAA-AAAACGCCCATTTATTGTCACCCAAGCTTTCAAAAGCC
127 TTGA-TAAGAAAA-GTCCATTTATAGTCACTCAAACCTTCGAAAGCC
* * *
13375 TTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATTAA-CTCATAATTCATTTTA-ACTTGACGTTTTT-TACA
1 TTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTA-TAATCTCATAATTGATTTTACA-TTGA-ATTTTTCTACT
* * * * * * *
13437 TTTTTAGTTAAAACAGATTATAATTGAGTGTTTACCTTGGGAAACATGAAAG-AGAAGCCATTCA
63 TTTTTAGTTAAAATATATTATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACATG-AAGCAAAAACCATTCA
** * * ** *
13501 TTGACGAGAAAAGTCCAATTAGAGTCAC-CTATTCCTTCAAAAGCC
127 TTGATAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTC-AAACCTTCGAAAGCC
* * * ** *
13546 TTACTACTCACTTTAAATGGTTTTGGAATCTCATAATTGATTTTA-AGTTGAATGCTTTT-TGCA
1 TTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTACA-TTGAAT--TTTTCTAC-
* * * *
13609 TTTTTT-GTTAAAACCA-ATTATAATTGAATCTTTGCCTT-AGGAAACATGAAG-AAAAATCCAT
62 TTTTTTAGTTAAAA-TATATTATAATTGAATGTCTACCTTGA-GAAACATGAAGCAAAAA-CCAT
** * * * * *
13670 TCATTGGCAAGAAAAGCCCATTGATAGTCACCCAAGCCTTTGAAAGCC
124 TCATTGATAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAACCTTCGAAAGCC
* * * * * *
13718 TTATTATTAGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATTATTGATTTTA-AGTTGAATTTTTTTACATT
1 TTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTACA-TTGAATTTTTCTACTTT
* * * * * * * * **
13782 TCTAGTTAAAACAGATTACAACTGAATGTTTGCATTGAGAAACATGAAG-AAAAAGTTATTCATT
65 TTTAGTTAAAATATATTATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACATGAAGCAAAAA-CCATTCATT
* * * **
13846 GGTAAGAAAAGCCCATTTATAGTCACCCAAGGCTTCGAAAGCC
129 GATAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAACCTTCGAAAGCC
* * * * *
13889 TTATTACTCACTTGAAA-AGGCTTTATAATCTCATAATTGATTTTA-AGTTGTATTTTTATACTT
1 TTATTACTCGCTTTAAATA-GTTTTATAATCTCATAATTGATTTTACA-TTGAATTTTTCTACTT
* * * *
13952 TTTTA-TTAAAATATATTGTAATTAAATGTCTACCTT-AGAAA-ATGTGAAGCCAAAGCCA-TCT
64 TTTTAGTTAAAATATATTATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACA--TGAAGCAAAAACCATTC-
* * * * * * *
14013 ACTGATATGAAAAGTCAATTTATAGTTACTCAAGCCTTCTAAATCC
126 ATTGATAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAACCTTCGAAAGCC
* * *
14059 TTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCT-AGTAATTAATTTTA-AGTTGAATTTTTTTACAT
1 TTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCA-TAATTGATTTTACA-TTGAATTTTTCTACTT
* *
14122 TTTTAGTTAAAACAAATTATAAT
64 TTTTAGTTAAAATATATTATAAT
Statistics
Matches: 3225, Mismatches: 646, Indels: 290
0.78 0.16 0.07
Matches are distributed among these distances:
168 4 0.00
169 138 0.04
170 711 0.22
171 1795 0.56
172 560 0.17
173 17 0.01
ACGTcount: A:0.34, C:0.14, G:0.13, T:0.38
Consensus pattern (171 bp):
TTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTACATTGAATTTTTCTACTTTT
TTAGTTAAAATATATTATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACATGAAGCAAAAACCATTCATTGA
TAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAACCTTCGAAAGCC
Found at i:10669 original size:342 final size:340
Alignment explanation
Indices: 9958--14144 Score: 3406
Period size: 342 Copynumber: 12.3 Consensus size: 340
9948 NNNNNNNNNN
* * * * ** *
9958 TTATTACTTGCTTTAAATAGTTTTATAACCTCAT-ATATGATTTTGAGTTGAATGCTTTTACATT
1 TTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAAT-TGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATT
* * * * *
10022 TTTTGTTTAAACATATTATAATTGAATGTTTGCCTTGAGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTG
65 TTTAGTTAAAATAGATTATAATTGAATGTTTACCTTGAGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTG
* * * * * * * * *
10087 GCTAGAAAAGTCTAATTATAGTCACCCGTTCCTTCAAAAGCCTTACTACTCACGTTAAATAGTTT
130 ACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTT
* * * *
10152 TGTAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATGTTTTTTAC-TTTTTTGATTAAAACAGGTTAAAAT
195 TATAATCTCATAATTGATTTTAA-TTGAA--TTTTTTACATTTTTT-ATTAAAATATGTTATAAT
* * * * * * *
10216 TGAATGTTTGCCCT-AGGAAACATAAAGAAAAACCCATTTATTGCCAACAAAAGCCCATTTATAG
256 TGAATGTTTGCCTTGA-GAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAG
10280 TCACCCAAGCCTTCGAAAGCC
320 TCACCCAAGCCTTCGAAAGCC
* * *
10301 TTATCATTCGCTTTAAATGATTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATGTTTTTTATATT
1 TTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAAT-TTTTTTATATT
* * *** *
10366 TTTAGTTAAAATAGATTAAAATTGAATTTTTGGTTTGAGAAACATGAACAAAAAGCCATTCATTG
65 TTTAGTTAAAATAGATTATAATTGAATGTTTACCTTGAGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTG
* ** * *
10431 GCAAGAAAAG-CCAATTTATA-TCACCCAAACCTTCAAAAGCCTTGTTGCTCGCTTTAAATAGTT
130 ACAAGAAAAGTCC-ATTTATAGTCACCCATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTT
* * * * * * *
10494 TTATAATCTGATAAATAATTTTAATTTATATTTTTCTACTTTTTTTATTAAAATATGCTGTAATT
194 TTATAATCTCATAATTGATTTTAATTGA-ATTTTT-TACATTTTTTATTAAAATATGTTATAATT
* * * * * * *
10559 AAATGTCTGCCTTGACG-AATATGAAGCAAAAGCCA-TCTATTGATATGAAAAGTTCATTTATAG
257 GAATGTTTGCCTTGA-GAAACATGAAGAAAAAGCCATTC-ATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAG
* * *
10622 TCACTCAAACCTTCGAACGCC
320 TCACCCAAGCCTTCGAAAGCC
* *
10643 TTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAGGTTGAATTTTCTTACT-TT
1 TTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTA-TATT
* * ** * *
10707 TTTAGTTAAAATAGATTATAATTGAGTGTCTACCTCAAAAAACGTGAAGAAGAAA-CCATTCATT
65 TTTAGTTAAAATAGATTATAATTGAATGTTTACCTTGAGAAACATGAAGAA-AAAGCCATTCATT
** * * * * *
10771 GACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTTGAAAGTCTTATTACTCGATTTATATGGCT
129 GACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTT
* * * *
10836 TTACAATCTCATAATTGATTTTAAATTGAATTATTTTAC-TTTTTGAATTAGAATATATTATAAT
194 TTATAATCTCATAATTGATTTT-AATTGAATT-TTTTACATTTTT-TATTAAAATATGTTATAAT
* * * * * * *
10900 TGAATGTTTGCTTTGAGAAACATGAAGCAAAAGCCATCCCTTGATACGAAAAGTCCATTTATAAT
256 TGAATGTTTGCCTTGAGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGT
* * * *
10965 CACTCAAACCTTCGGAAGAC
321 CACCCAAGCCTTCGAAAGCC
* ** * * *
10985 TTATTATTCATTTTAAATAGTTTTATAATCACATAATTGATTTCACA-TTGAATTTTTTTACT-T
1 TTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTA-AGTTGAATTTTTTTA-TAT
* ** *
11048 TTTTAGTTAAAATAAATTATAATTGAATGTTTACCTT-AGGAAATGTGAAGAAAAAACCATTCAT
64 TTTTAGTTAAAATAGATTATAATTGAATGTTTACCTTGA-GAAACATGAAGAAAAAGCCATTCAT
** * * ** * * *
11112 TGGTAAGAAAAATCCATTTATAGTCACTCATATCTTCAAAAACCTTATTAGTCACTTTAAATAGT
128 TGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGT
* ** *
11177 TTTATAATCTCATAATTGATTTTAGGTTGAATTTTCTTACATTTTTGGTTAAAATA-GATTACAA
193 TTTATAATCTCATAATTGATTTTA-ATTGAATTTT-TTACATTTTTTATTAAAATATG-TTATAA
* * * * * *** * *
11241 TT-AAGTGTCTACCTCGAGAAACGTAAAGAAAAAATAATTCATGGACAAGAAAAGACCATTTATA
255 TTGAA-TGTTTGCCTTGAGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATA
* *
11305 GTCACCCATGCCTT-TAAATGCC
319 GTCACCCAAGCCTTCGAAA-GCC
* * *
11327 TTATTACTCGCTCTAAATGATTTTATAATCTCATAATTGATTTTAGGTTGAATTTTTTTATATTT
1 TTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTT
* * * * *
11392 TTGGTTAAAA-AAATTATACTTGAATGTTTA-CTTGGGGAAACATGAAG-AAAAGCTCATTTATT
66 TTAGTTAAAATAGATTATAATTGAATGTTTACCTT-GAGAAACATGAAGAAAAAGC-CATTCA-T
* * * * * * * *
11454 TG-CAAGAAAAGCCCATTTATAGGCACCCAAGCCTTTAAATGTCTTATTACTTGCTTTATAT-GA
128 TGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAG-
* * * * *
11517 TTTTATACTC-CTGTAATTGATTTTAGGTTGAATTTTTT-TATATTTTTAGTTAAAACA-GATTA
192 TTTTATAATCTC-ATAATTGATTTTA-ATTGAATTTTTTACAT-TTTTTA-TTAAAATATG-TTA
* * * * * * * *
11579 TAATTGACTGTCTACCTTGAGAAACATAAAGATAAATCCATTCAATGACAAGAAAAGTACATTTA
252 TAATTGAATGTTTGCCTTGAGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGACAAGAAAAGTCCATTTA
* * *
11644 TAGTCAGCCACGCCTTTGAAAGCC
317 TAGTCACCCAAGCCTTCGAAAGCC
* * * * * * **
11668 TTATTACTCACTTTAAATAGTTTTGTAATCTCATAACTGATTTT-AGCTTGAATTGTTTTACACA
1 TTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAG-TTGAATTTTTTTATATT
* * * * * * *** * *
11732 TTTGGTTAAAACATATTATAATTAAATATTTTCCCCAAGAAACGTGAAG-AAAACCCATTCATTG
65 TTTAGTTAAAATAGATTATAATTGAATGTTTACCTTGAGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTG
** ** **********
11796 ACAAGAAAAG-CTCATTTATAGTCACCCACACCTTTGAAAGCCTTATNNNNNNNNNNAAATAGTT
130 ACAAGAAAAGTC-CATTTATAGTCACCCATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTT
** *
11860 TTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATGTGTTTTACATTTTTGGTTAAAATA-GATTAGAA
194 TTATAATCTCATAATTGATTTTAA-TTGAAT-T-TTTTACATTTTTTATTAAAATATG-TTATAA
** *****
11924 TTGAATGTTTGGTTTGAGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGACAAGAAAAGTCCATTNNNNN
255 TTGAATGTTTGCCTTGAGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAG
***** * *
11989 NNNNNCAAGCCTTTGAAAGCT
320 TCACCCAAGCCTTCGAAAGCC
* * * *
12010 TTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTGATAATGGATTTTAAGTTGTATTTTTCTACT-TT
1 TTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTA-TATT
* * * * * * *
12074 TTTGGTTAAAATATG-TTGA-AATTAAATGTCTACCTTAACAAACTTGAAGCAAAAGCCA-TCTA
65 TTTAGTTAAAATA-GATT-ATAATTGAATGTTTACCTTGAGAAACATGAAGAAAAAGCCATTC-A
* * * * * * * * * *
12136 TTGATATGAAAAGTCCATATATAGTCACTCAAGCCTTCCAAAGCCATATTACTTGTTTTAAATAA
127 TTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAG
********* ** *
12201 TTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAANNNNNNNNNNTTTTTGGTTAAAATATATTATAA
192 TTTTATAATCTCATAATTGATTTTAA-TTGAA-TTTTTTACATTTTTTATTAAAATATGTTATAA
** * * ** * *
12266 TTGGGTCTGTGCCTT-AGGAAATGTGAAGAAAAAGCCATTCATTGA-TA-AAAAGTCTATTTATA
255 TTGAATGTTTGCCTTGA-GAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATA
* *
12328 GTCACCCATGCCTTCGAAAGAC
319 GTCACCCAAGCCTTCGAAAGCC
* ** * * * *
12350 TTATTACTCACTTTGTATGGTTTTACAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATGTTTTTACTTTT
1 TTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTA-TATT
* * * * * *
12415 TTTA-TTAAAATATATTATAATTGAATGTTTACTTTAAGAAACATGTAGCAAAAGACA-TCTATT
65 TTTAGTTAAAATAGATTATAATTGAATGTTTACCTTGAGAAACATGAAGAAAAAGCCATTC-ATT
* * * * ** *
12478 -ATTATGAAAAGTCCATTTATAATCACTCAAACCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGT
129 GA-CAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGT
** *
12542 TTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACA-GATTATAA
193 TTTATAATCTCATAATTGATTTTAA-TTGAA-TTTTTTACATTTTTTATTAAAATATG-TTATAA
* * * *
12606 TTGAATGTTTGCC-TCAGGAAACTTGAAGAAAAAGTCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATA
255 TTGAATGTTTGCCTTGA-GAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATA
** ** *
12670 GTCGTCCATTCCTTCAAAAGCC
319 GTCACCCAAGCCTTCGAAAGCC
* * * * * *
12692 TTATTAGTCACTTTAATTGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAGGTTGAA-TTTCTTACATTT
1 TTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTT
* * * * ** *
12756 TTAGTTAAAACATATTATAATT-AAGTGTTTACCTTGAAAAACATGTAGAAAAAGTAATTCATTA
66 TTAGTTAAAATAGATTATAATTGAA-TGTTTACCTTGAGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTG
* * * * *
12820 ACAAGAAAAGTCCATTTATAGTGACCCGTGCCTTTAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTT
130 ACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTT
* * * *
12885 TATAATCTCATAATTGATTTTAGGTTGAATTGTTTTACATTTTTTGTTAAAACA-GATTATACTT
195 TATAATCTCATAATTGATTTTA-ATTGAATT-TTTTACATTTTTTATTAAAATATG-TTATAATT
* *
12949 GAATGTTTGCCTTGGGAAACATGAAG-AAAAGCTCATTCATTCTG-CAGGAAAAG-CTCATTTAT
257 GAATGTTTGCCTTGAGAAACATGAAGAAAAAGC-CATTCA-T-TGACAAGAAAAGTC-CATTTAT
* * * * *
13011 AGTTACCCAAACTTTTGAAAGTC
318 AGTCACCCAAGCCTTCGAAAGCC
* * * *
13034 TTATTACTTG-TTTCATAA-GGTTTTATACTCCCATAATTGATTTTAGGTTGAATTTTTTTATAT
1 TTATTACTCGCTTT-A-AATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATAT
* * * * * * *
13097 TTTTGGTTAAACT-GATTATAGTTGACTGTTTACCTTAAGAAACATGAAGAGAAAGCCATTCAAT
64 TTTTAGTTAAAATAGATTATAATTGAATGTTTACCTTGAGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATT
* * * * * * * * *
13161 GATAAGAAGAGTACATTTATAGTCACTCGTGCCTTCGAAAGCCTTATTCCACGCTTTAAATGGTT
129 GACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTT
* * * * *
13226 TTATAATCTCATAACTGATTTTAGGTTGAACTGTTTTACA-TTTTTATCTAAAACATATTATAAT
194 TTATAATCTCATAATTGATTTTA-ATTGAA-TTTTTTACATTTTTTAT-TAAAATATGTTATAAT
* * * * *
13290 TAAATGTTTTCCTCT-AGAAACATGAAGAAAAACCCATTCATTAGTA-AA-AAACGCCCATTTAT
256 TGAATGTTTGCCT-TGAGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATT-G-ACAAGAAAAGTCCATTTAT
* * *
13352 TGTCACCCAAGCTTTCAAAAGCC
318 AGTCACCCAAGCCTTCGAAAGCC
* * * ** *
13375 TTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATTAA-CTCATAATTCATTTTAACTTGACGTTTTTTACATT
1 TTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTA-TAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATT
* * * *
13439 TTTAGTTAAAACAGATTATAATTGAGTGTTTACCTTGGGAAACATGAA-AGAGAAGCCATTCATT
65 TTTAGTTAAAATAGATTATAATTGAATGTTTACCTTGAGAAACATGAAGA-AAAAGCCATTCATT
* * * * * * * *
13503 GACGAGAAAAGTCCAATTAGAGTCACCTATTCCTTCAAAAGCCTTACTACTCACTTTAAATGGTT
129 GACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTT
** * * * *
13568 TTGGAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATGCTTTTTGCATTTTTTGTTAAAACCA-ATTATAA
194 TTATAATCTCATAATTGATTTTAA-TTGAAT--TTTTTACATTTTTTATTAAAA-TATGTTATAA
* * * * *
13632 TTGAATCTTTGCCTT-AGGAAACATGAAGAAAAATCCATTCATTGGCAAGAAAAGCCCATTGATA
255 TTGAATGTTTGCCTTGA-GAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATA
*
13696 GTCACCCAAGCCTTTGAAAGCC
319 GTCACCCAAGCCTTCGAAAGCC
* * * *
13718 TTATTATTAGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATTATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTT
1 TTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTT
* * * * * * ** *
13783 CTAGTTAAAACAGATTACAACTGAATGTTTGCATTGAGAAACATGAAGAAAAAGTTATTCATTGG
66 TTAGTTAAAATAGATTATAATTGAATGTTTACCTTGAGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGA
* * * * * * * *
13848 TAAGAAAAGCCCATTTATAGTCACCCAAGGCTTCGAAAGCCTTATTACTCACTTGAAA-AGGCTT
131 CAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATA-GTTT
* * * *
13912 TATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGTATTTTTATAC-TTTTTTATTAAAATATATTGTAATTA
195 TATAATCTCATAATTGATTTTAA-TTGAATTTTT-TACATTTTTTATTAAAATATGTTATAATTG
* * ** * * * *
13976 AATGTCTACCTT-AGAAA-ATGTGAAGCCAAAGCCA-TCTACTGATATGAAAAGTCAATTTATAG
258 AATGTTTGCCTTGAGAAACA--TGAAGAAAAAGCCATTC-ATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAG
* * * *
14038 TTACTCAAGCCTTCTAAATCC
320 TCACCCAAGCCTTCGAAAGCC
* * *
14059 TTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCT-AGTAATTAATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATT
1 TTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCA-TAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATT
* *
14123 TTTAGTTAAAACAAATTATAAT
65 TTTAGTTAAAATAGATTATAAT
Statistics
Matches: 3092, Mismatches: 639, Indels: 228
0.78 0.16 0.06
Matches are distributed among these distances:
339 6 0.00
340 308 0.10
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343 512 0.17
344 93 0.03
ACGTcount: A:0.34, C:0.14, G:0.13, T:0.38
Consensus pattern (340 bp):
TTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTT
TTAGTTAAAATAGATTATAATTGAATGTTTACCTTGAGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGA
CAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTT
ATAATCTCATAATTGATTTTAATTGAATTTTTTACATTTTTTATTAAAATATGTTATAATTGAAT
GTTTGCCTTGAGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCC
AAGCCTTCGAAAGCC
Found at i:11049 original size:513 final size:510
Alignment explanation
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Period size: 513 Copynumber: 8.1 Consensus size: 510
9948 NNNNNNNNNN
* * * * ** *
9958 TTATTACTTGCTTTAAATAGTTTTATAACCTCAT-ATATGATTTTGAGTTGAATGCTTTTACATT
1 TTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAAT-TGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACTTT
* * * * *
10022 TTTTGTTTAAACATATTATAATTGAATGTTTGCCTT-GAGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATT
65 TTTTATTAAAATATGTTATAATTGAATGTTTACCTTAG-GAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATT
* * * * * * * * *
10086 GGCT-AGAAAAGTCTAATTATAGTCACCCGTTCCTTCAAAAGCCTTACTACTCACGTTAAATAGT
129 -GATAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATAGT
* * * * * *
10150 TTTGTAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATGTTTTTTAC-TTTTTTGATTAAAACAGGTTAAA
193 TTTATAATCTCATAATTGATTTTAGGTTGAAT-TTTCTTACATTTTTAG-TTAAAACAGATTATA
* * * * * * * *
10214 ATTGAATGTTTGCC-CTAGGAAACATAAAGAAAAACCCATTTATTGCCAACAAAAGCCCATTTAT
256 ATTAAATGTTTACCTC-AAGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGACAAGAAAAGCCCATTTAT
* * * * * *
10278 AGTCACCCAAGCCTTCGAAAGCCTTATCATTCGCTTTAAATGATTTTATAATCTCATAATTGATT
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* * * * **
10343 TTAAGTTGAATGTTTTTTATATTTTTAGTTAAAATAGATTAAAATTGAATTTTTGGTTTGAGAAA
385 TTAAGTTGAA--TTTTTTA-CTTTTTGGTTAAAATAGATTATAATTGAATGTTTACTTTGAGAAA
* *
10408 CATGAA-CAAAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAG-CCAATTTATA-TCACCCAAACCTTCAAAAG
447 CATGAAGC-AAAAGCCATCCATTGAC-AGAAAAGTCC-ATTTATAGTCACCCAAACCTTCAAAAG
10470 CC
509 CC
* * * * * * * *
10472 TTGTTGCTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTGATAAATAATTTTAA-TTTATATTTTTCTACTTT
1 TTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGA-ATTTTTTTACTTT
* * * * * * * *
10536 TTTTATTAAAATATGCTGTAATTAAATGTCTGCCTTGACG-AATATGAAGCAAAAGCCA-TCTAT
65 TTTTATTAAAATATGTTATAATTGAATGTTTACCTT-AGGAAACATGAAGAAAAAGCCATTC-AT
* * ** * * *
10599 TGATATGAAAAGTTCATTTATAGTCACTCAAACCTTCGAACGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGT
128 TGATAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATAGT
* *
10664 TTTATAATCTCATAATTGATTTTAGGTTGAATTTTCTTACTTTTTTAGTTAAAATAGATTATAAT
193 TTTATAATCTCATAATTGATTTTAGGTTGAATTTTCTTACATTTTTAGTTAAAACAGATTATAAT
* * * * * *
10729 TGAGTGTCTACCTCAAAAAACGTGAAGAAGAAA-CCATTCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAG
258 TAAATGTTTACCTCAAGAAACATGAAGAA-AAAGCCATTCATTGACAAGAAAAGCCCATTTATAG
* * * *
10793 TCACCCATGCCTTTGAAAGTCTTATTACTCGATTTATATGGCTTTACAATCTCATAATTGATTTT
322 TCACCCATGCCTTTGAAAGCCTTATTACTCGATTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTT
* * * * *
10858 AAATTGAATTATTTTACTTTTTGAATTAGAATATATTATAATTGAATGTTTGCTTTGAGAAACAT
387 AAGTTGAATT-TTTTACTTTTTG-GTTAAAATAGATTATAATTGAATGTTTACTTTGAGAAACAT
* * * * ** *
10923 GAAGCAAAAGCCATCCCTTGATACGAAAAGTCCATTTATAATCACTCAAACCTTCGGAAGAC
450 GAAGCAAAAGCCATCCATTGACA-GAAAAGTCCATTTATAGTCACCCAAACCTTCAAAAGCC
* ** * * *
10985 TTATTATTCATTTTAAATAGTTTTATAATCACATAATTGATTTCACA-TTGAATTTTTTTAC-TT
1 TTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTA-AGTTGAATTTTTTTACTTT
** ** *
11048 TTTTAGTTAAAATAAATTATAATTGAATGTTTACCTTAGGAAATGTGAAGAAAAAACCATTCATT
65 TTTTA-TTAAAATATGTTATAATTGAATGTTTACCTTAGGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATT
* * ** * * *
11113 GGTAAGAAAAATCCATTTATAGTCACTCATATCTTCAAAAACCTTATTAGTCACTTTAAATAGTT
129 GATAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATAGTT
* * *
11178 TTATAATCTCATAATTGATTTTAGGTTGAATTTTCTTACATTTTTGGTTAAAATAGATTACAATT
194 TTATAATCTCATAATTGATTTTAGGTTGAATTTTCTTACATTTTTAGTTAAAACAGATTATAATT
* * * * * *** * *
11243 AAGTGTCTACCTCGAGAAACGTAAAGAAAAAATAATTCATGGACAAGAAAAGACCATTTATAGTC
259 AAATGTTTACCTCAAGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGACAAGAAAAGCCCATTTATAGTC
* * *
11308 ACCCATGCCTTT-AAATGCCTTATTACTCGCTCTAAATGATTTTATAATCTCATAATTGATTTTA
324 ACCCATGCCTTTGAAA-GCCTTATTACTCGATTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTA
* * * * * *
11372 GGTTGAATTTTTTTATATTTTTGGTTAAAA-AAATTATACTTGAATGTTTACTTGGGGAAACATG
388 AGTTGAA-TTTTTTA-CTTTTTGGTTAAAATAGATTATAATTGAATGTTTACTTTGAGAAACATG
** * * * * * *
11436 AAG-AAAAGCTCATTTATTTG-CAAGAAAAGCCCATTTATAGGCACCCAAGCCTTTAAATGTC
451 AAGCAAAAGC-CATCCA-TTGAC-AGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCAAACCTTCAAAAGCC
* * * * * * *
11497 TTATTACTTGCTTTATATGATTTTATACTC-CTGTAATTGATTTTAGGTTGAATTTTTTTA-TAT
1 TTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTC-ATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACTTT
* * * * * *
11560 TTTTAGTTAAAACA-GATTATAATTGACTGTCTACCTT-GAGAAACATAAAGATAAATCCATTCA
65 TTTTA-TTAAAATATG-TTATAATTGAATGTTTACCTTAG-GAAACATGAAGAAAAAGCCATTCA
* * * * *
11623 ATGACAAGAAAAGTACATTTATAGTCAGC-CACGCCTTTGAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATA
127 TTGATAAGAAAAGTCCATTTATAGTCA-CTCATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATA
* * * ** * *
11687 GTTTTGTAATCTCATAACTGATTTTAGCTTGAATTGTT-TTACACATTTGGTTAAAACATATTAT
191 GTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAGGTTGAATT-TTCTTACATTTTTAGTTAAAACAGATTAT
* * * * * *
11751 AATTAAATATTTTCCCCAAGAAACGTGAAG-AAAACCCATTCATTGACAAGAAAAGCTCATTTAT
255 AATTAAATGTTTACCTCAAGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGACAAGAAAAGCCCATTTAT
** ********** *
11815 AGTCACCCACACCTTTGAAAGCCTTATNNNNNNNNNNAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATT
320 AGTCACCCATGCCTTTGAAAGCCTTATTACTCGATTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATT
* **
11880 TTAAGTTGAATGTGTTTTACATTTTTGGTTAAAATAGATTAGAATTGAATGTTTGGTTTGAGAAA
385 TTAAGTTGAAT-T-TTTTAC-TTTTTGGTTAAAATAGATTATAATTGAATGTTTACTTTGAGAAA
* * ********** * ** *
11945 CATGAAGAAAAAGCCATTCATTGACAAGAAAAGTCCATTNNNNNNNNNNCAAGCCTTTGAAAGCT
447 CATGAAGCAAAAGCCATCCATTGAC-AGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCAAACCTTCAAAAGCC
* * * *
12010 TTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTGATAATGGATTTTAAGTTGTATTTTTCTACTTTT
1 TTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACTTTT
** * * ** * *
12075 TTGGTTAAAATATGTTGA-AATTAAATGTCTACCTTAACAAACTTGAAGCAAAAGCCA-TCTATT
66 TTTATTAAAATATGTT-ATAATTGAATGTTTACCTTAGGAAACATGAAGAAAAAGCCATTC-ATT
* * * * * *** *
12138 GATATGAAAAGTCCATATATAGTCACTCAAGCCTTCCAAAGCCATATTACTTGTTTTAAATAATT
129 GATAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATAGTT
* ********** * * *
12203 TTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAANNNNNNNNNNTTTTTGGTTAAAATATATTATAATT
194 TTATAATCTCATAATTGATTTTAGGTTGAATTTTCTTACATTTTTAGTTAAAACAGATTATAATT
*** * * * * * ** * * *
12268 GGGTCTGTGCCTTAGGAAATGTGAAGAAAAAGCCATTCATTGA-TA-AAAAGTCTATTTATAGTC
259 AAATGTTTACCTCAAGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGACAAGAAAAGCCCATTTATAGTC
* * ** *
12331 ACCCATGCCTTCGAAAGACTTATTACTC-ACTTTGTATGGTTTTACAATCTCATAATTGATTTTA
324 ACCCATGCCTTTGAAAGCCTTATTACTCGA-TTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTA
* ** * *
12395 AGTTAAATGTTTTTACTTTTTTTATTAAAATATATTATAATTGAATGTTTACTTTAAGAAACATG
388 AGTTGAAT-TTTTTAC-TTTTTGGTTAAAATAGATTATAATTGAATGTTTACTTTGAGAAACATG
* * * * * *
12460 TAGCAAAAGACATCTATT-ATTATGAAAAGTCCATTTATAATCACTCAAACCTTCAAAAGCC
451 AAGCAAAAGCCATCCATTGA-CA-GAAAAGTCCATTTATAGTCACCCAAACCTTCAAAAGCC
*
12521 TTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTT
1 TTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACTTTT
** * * * * *
12586 TTGGTTAAAACA-GATTATAATTGAATGTTTGCCTCAGGAAACTTGAAGAAAAAGTCATTCATTG
66 TTTATTAAAATATG-TTATAATTGAATGTTTACCTTAGGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTG
** * * * * * *
12650 GCAAGAAAAGTCCATTTATAGTC-GTCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTAGTCACTTTAATTGGTT
130 ATAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACT-CATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATAGTT
*
12714 TTATAATCTCATAATTGATTTTAGGTTGAA-TTTCTTACATTTTTAGTTAAAACATATTATAATT
194 TTATAATCTCATAATTGATTTTAGGTTGAATTTTCTTACATTTTTAGTTAAAACAGATTATAATT
* * * ** * *
12778 AAGTGTTTACCTTGAA-AAACATGTAGAAAAAGTAATTCATTAACAAGAAAAGTCCATTTATAGT
259 AAATGTTTACC-TCAAGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGACAAGAAAAGCCCATTTATAGT
* * *
12842 GACCCGTGCCTTTAAAAGCCTTATTACTC-ACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTT
323 CACCCATGCCTTTGAAAGCCTTATTACTCGA-TTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTT
* * * * * * *
12906 AGGTTGAATTGTTTTACATTTTTTGTTAAAACAGATTATACTTGAATGTTTGCCTTGGGAAACAT
387 AAGTTGAATT-TTTTAC-TTTTTGGTTAAAATAGATTATAATTGAATGTTTACTTTGAGAAACAT
* * * ** *
12971 GAAG-AAAAGCTCATTCATTCTG-CAGGAAAAG-CTCATTTATAGTTACCCAAACTTTTGAAAGT
450 GAAGCAAAAGC-CATCCA-T-TGACA-GAAAAGTC-CATTTATAGTCACCCAAACCTTCAAAAGC
13033 C
510 C
* * * *
13034 TTATTACTTG-TTTCATAA-GGTTTTATACTCCCATAATTGATTTTAGGTTGAATTTTTTTA-TA
1 TTATTACTCGCTTT-A-AATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACT-
** * * * * *
13096 TTTTTGGTT-AAA-CTGATTATAGTTGACTGTTTACCTTAAGAAACATGAAGAGAAAGCCATTCA
63 TTTTTTATTAAAATATG-TTATAATTGAATGTTTACCTTAGGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCA
* * * * * * * *
13159 ATGATAAGAAGAGTACATTTATAGTCACTCGTGCCTTCGAAAGCCTTATTCCACGCTTTAAATGG
127 TTGATAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATAG
* * *
13224 TTTTATAATCTCATAACTGATTTTAGGTTGAACTGTT-TTACATTTTTA-TCTAAAACATATTAT
192 TTTTATAATCTCATAATTGATTTTAGGTTGAA-TTTTCTTACATTTTTAGT-TAAAACAGATTAT
* * * *
13287 AATTAAATGTTTTCCTCTAGAAACATGAAGAAAAACCCATTCATTAGTA-AA-AAACGCCCATTT
255 AATTAAATGTTTACCTCAAGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATT-G-ACAAGAAAAGCCCATTT
* * * * *
13350 ATTGTCACCCAAG-CTTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATTAA-CTCATAATT
318 ATAGTCACCCATGCCTTT-GAAAGCCTTATTACTCGATTTAAATGGTTTTA-TAATCTCATAATT
* * * * * * * *
13413 CATTTTAACTTGACGTTTTTTACATTTTTAGTTAAAACAGATTATAATTGAGTGTTTACCTTGGG
381 GATTTTAAGTTGA-ATTTTTTAC-TTTTTGGTTAAAATAGATTATAATTGAATGTTTACTTTGAG
* * * * * **
13478 AAACATGAAAG-AGAAGCCATTCATTGACGAGAAAAGTCCAATTAGAGTCACCTATTCCTTCAAA
444 AAACATG-AAGCAAAAGCCATCCATTGAC-AGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCAAACCTTCAAA
13542 AGCC
507 AGCC
* * ** * * *
13546 TTACTACTCACTTTAAATGGTTTTGGAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATGCTTTTTGCATT
1 TTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAAT-TTTTTTACTTT
* * * * * *
13611 TTTTGTTAAAACCA-ATTATAATTGAATCTTTGCCTTAGGAAACATGAAGAAAAATCCATTCATT
65 TTTTATTAAAA-TATGTTATAATTGAATGTTTACCTTAGGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATT
** * * * * * * *
13675 GGCAAGAAAAGCCCATTGATAGTCACCCAAGCCTTTGAAAGCCTTATTA-TTAGCTTTAAATGGT
129 GATAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCA-CTTTAAATAGT
* * * * * *
13739 TTTATAATCTCATTATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTCTAGTTAAAACAGATTACAAC
193 TTTATAATCTCATAATTGATTTTAGGTTGAATTTTCTTACATTTTTAGTTAAAACAGATTATAAT
* * * ** ** **
13804 TGAATGTTTGCATTGAGAAACATGAAGAAAAAGTTATTCATTGGTAAGAAAAGCCCATTTATAGT
258 TAAATGTTTACCTCAAGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGACAAGAAAAGCCCATTTATAGT
* * * * * *
13869 CACCCAAGGCTTCGAAAGCCTTATTACTC-ACTTGAAAAGGCTTTATAATCTCATAATTGATTTT
323 CACCCATGCCTTTGAAAGCCTTATTACTCGA-TTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTT
* ** * * * * *
13933 AAGTTGTATTTTTATACTTTTTTATTAAAATATATTGTAATTAAATGTCTACCTT-AGAAA-ATG
387 AAGTTGAATTTTT-TACTTTTTGGTTAAAATAGATTATAATTGAATGTTTACTTTGAGAAACA--
* * * * * * * * * *
13996 TGAAGCCAAAGCCATCTACTGATATGAAAAGTCAATTTATAGTTACTCAAGCCTTCTAAATCC
449 TGAAGCAAAAGCCATCCATTGACA-GAAAAGTCCATTTATAGTCACCCAAACCTTCAAAAGCC
* * *
14059 TTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCT-AGTAATTAATTTTAAGTTGAATTTTTTTAC-AT
1 TTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCA-TAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACTTT
14122 TTTTAGTTAAAA
65 TTTTA-TTAAAA
14134 CAAATTATAA
Statistics
Matches: 2933, Mismatches: 623, Indels: 214
0.78 0.17 0.06
Matches are distributed among these distances:
510 56 0.02
511 387 0.13
512 823 0.28
513 1172 0.40
514 488 0.17
515 7 0.00
ACGTcount: A:0.34, C:0.14, G:0.13, T:0.38
Consensus pattern (510 bp):
TTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACTTTT
TTTATTAAAATATGTTATAATTGAATGTTTACCTTAGGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGA
TAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATAGTTTT
ATAATCTCATAATTGATTTTAGGTTGAATTTTCTTACATTTTTAGTTAAAACAGATTATAATTAA
ATGTTTACCTCAAGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGACAAGAAAAGCCCATTTATAGTCAC
CCATGCCTTTGAAAGCCTTATTACTCGATTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGT
TGAATTTTTTACTTTTTGGTTAAAATAGATTATAATTGAATGTTTACTTTGAGAAACATGAAGCA
AAAGCCATCCATTGACAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCAAACCTTCAAAAGCC
Done.