Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: NW_018398020.1 Herrania umbratica cultivar Fairchild unplaced genomic scaffold, ASM216827v2 scaffold_1327.0, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000
Length: 10726
ACGTcount: A:0.21, C:0.09, G:0.09, T:0.21
Warning! 4325 characters in sequence are not A, C, G, or T
Found at i:4647 original size:171 final size:172
Alignment explanation
Indices: 4342--6096 Score: 1222
Period size: 171 Copynumber: 10.3 Consensus size: 172
4332 NNNNNNNCAT
* * ** * * *
4342 GAAAAGTCCATTTATAGTCACTCA-AGCCTTTGAAAGCATTATTACTTC-ATTTAAATGGTTTTA
1 GAAAAGTCTATTTATAGTCACCCATA-CCTTCAAAAGCCTTATTAC-TCGCTTTAAATAGTTTTA
* * * * * * * *
4405 TAAACTAATAATTGTTTTTAACTTGAGTAT-TTTTCACATTTTTGGTCAAAACAGACTAGAATTG
64 TGATCTCATAATTGATTTTAAGTT-AGAATCTTTTCACATTTTTAGTTAAAACAGACTAGAATTG
* *
4469 AATGTCTACCTCAAGAGACATGAAGAAAAAGGCATTCATTGGCAA
128 AATGTCTACCTCAAGAAACATGAAGAAAAAGGCATTCATTAGCAA
* * * * * *
4514 GAAAAGTCTATTTATATTCACCCATACCTTTAAATGTCTTATTGCTCGCTTTAAATAGTTTGATG
1 GAAAAGTCTATTTATAGTCACCCATACCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATG
* * * * * *
4579 ATGTCATATTTGATTTTAAGTTAG-ATCTTTTCACTTTTTTAATTAAAACAGACTATAATTGTAT
66 ATCTCATAATTGATTTTAAGTTAGAATCTTTTCACATTTTTAGTTAAAACAGACTAGAATTGAAT
* * *
4643 GTCTACCTCAAGAAACATG-AGGAAAAGGCAGTCATCAGCAA
131 GTCTACCTCAAGAAACATGAAGAAAAAGGCATTCATTAGCAA
* * * ** * * * *
4684 GAAAATTCAATTTATTGTCACCCATTTCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTAATA
1 GAAAAGTCTATTTATAGTCACCCATACCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATG
* * ** * * *
4749 ATCTCA-AACTTGATTTTAAGTT-GAATATTTTTACATTTTTTCTTAAAAAAGGCTACAATTGAA
66 ATCTCATAA-TTGATTTTAAGTTAGAATCTTTTCACATTTTTAGTTAAAACAGACTAGAATTGAA
* ** * * * * ** *
4812 TGTCTGCCT-TGGTGAACGTGAAGCAAAAGCCAACCATTAGCAT
130 TGTCTACCTCAAG-AAACATGAAGAAAAAGGCATTCATTAGCAA
* * * * * *
4855 GAAAAGTCCATTTGTAGTCACTCAAACCTTCAAAAGCGTTATTACTTCG-TTTAAATGGTTTTAT
1 GAAAAGTCTATTTATAGTCACCCATACCTTCAAAAGCCTTATTAC-TCGCTTTAAATAGTTTTAT
* * * * * * * *
4919 TAACTAATAATTGTTTTTAAGTTGAGCAT-TTTT-ACATTTTTGGTTAAAA-AAAATAAGAATTG
65 GATCTCATAATTGATTTTAAGTT-AGAATCTTTTCACATTTTTAGTTAAAACAGACT-AGAATTG
* * * * * *
4981 AAAGTCTACCTAAAAAAACATGAAAAAAAAAGCATTCATTGGCAA
128 AATGTCTACCTCAAGAAACATGAAGAAAAAGGCATTCATTAGCAA
* * * * * *
5026 AAAAAATCCATTTATAGTCACCCATACCGTCAAAAGCCTTATTGCTCTCTTTAAATAGTTTTATG
1 GAAAAGTCTATTTATAGTCACCCATACCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATG
* * * * * * * *
5091 ATGTCATAATTGATTTTCAGTT-GAATCTTTTCGCATTTTTGGTTAAAACAAATTATAATAGAAT
66 ATCTCATAATTGATTTTAAGTTAGAATCTTTTCACATTTTTAGTTAAAACAGACTAGAATTGAAT
* * * * * *
5155 GTCTACCTCGAGAAACTTG-AGGAAAAGGTATTCATCAGCTA
131 GTCTACCTCAAGAAACATGAAGAAAAAGGCATTCATTAGCAA
* * * * * *
5196 GAAAGGT-TCATTTTTAGTCACCCCTTCCTTTAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATAGTTTTAT
1 GAAAAGTCT-ATTTATAGTCACCCATACCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTAT
* * * * *
5260 GATGTCATAATTGATTTTAAGTT-GAATTTTTTCACATTTTTAGTTAAAAAAGGCTACAATTGAA
65 GATCTCATAATTGATTTTAAGTTAGAATCTTTTCACATTTTTAGTTAAAACAGACTAGAATTGAA
* ** * * * ** * * *
5324 TGTCTTCCTTGGAGAAA-GTGAAGCAAAAGCCAACCATTGGTAT
130 TGTCTACC-TCAAGAAACATGAAGAAAAAGGCATTCATTAGCAA
* * * * *
5367 GAAAAGT-TCATTTGTAGGT-ACTCA-AGCCTTCGAAAGCCTTATTACTTGGTTTAAATAGTTTT
1 GAAAAGTCT-ATTTATA-GTCACCCATA-CCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTT
* * * * * * * * *
5429 ATAAACTAAAAAATGTTTTTAAGTTAAGTAT-TTTT-ACATTTTCAGTTAAAACATACTAGAATT
63 ATGATCTCATAATTGATTTTAAGTT-AGAATCTTTTCACATTTTTAGTTAAAACAGACTAGAATT
* * * * *
5492 GAATGCCTACCTCAAGAAACATGAAGAAAAAAGAATTCATTGGAAA
127 GAATGTCTACCTCAAGAAACATGAAGAAAAAGGCATTCATTAGCAA
* * * * *
5538 GAAAAGTCCATTTATAGCCACCCATACCTTCAAAAGCCTTATTGCTTGCTTTAAATGGTTTTATG
1 GAAAAGTCTATTTATAGTCACCCATACCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATG
* * * * * *
5603 ATGTCATAATTGATTTTAAGTT-GGATCTTTTCACATTTTTAGTTAAAATAGATTATAATTGCAT
66 ATCTCATAATTGATTTTAAGTTAGAATCTTTTCACATTTTTAGTTAAAACAGACTAGAATTGAAT
* ** * * * *
5667 GTCTACTTTGAGAAACATGAAG-AAATGGTATTCATCAGCTA
131 GTCTACCTCAAGAAACATGAAGAAAAAGGCATTCATTAGCAA
* * * * * * * *
5708 GAAAAGTCTATTTATAGTTATCCATTCCTTTAAAAGACTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATA
1 GAAAAGTCTATTTATAGTCACCCATACCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATG
* * * * * * *
5773 ATCTCAAAATTCATTTTAAGTT-CAATCTTTTTACATTTTTGGTTAAAAAATG-C-ACAATTGAA
66 ATCTCATAATTGATTTTAAGTTAGAATCTTTTCACATTTTTAGTTAAAACA-GACTAGAATTGAA
* *** * * * ** *
5835 TGTCTGCCTGGGGGTAAGCA--AAGCAAAAGCCAACCATTAG-ACC
130 TGTCTACCT-CAAG-AAACATGAAGAAAAAGGCATTCATTAGCA-A
* ** * * * *
5878 GAAAAGTTTATTTATAGTCACTTA-AGCCTTCGAAAGCCTTAATACTAAG-TTTAAATGGTTTTA
1 GAAAAGTCTATTTATAGTCACCCATA-CCTTCAAAAGCCTTATTACT-CGCTTTAAATAGTTTTA
* * * * * * *
5941 TAAAC-CAATAATTGTTTTTAAGTTGAGTAGC-TTT-ATATTTTTGGTTAAAACAGACTAGAATT
64 TGATCTC-ATAATTGATTTTAAGTT-AGAATCTTTTCACATTTTTAGTTAAAACAGACTAGAATT
* * * * * *
6003 GAATGTCTACCACAGGAAACATGAAGACAAAGGCCTTCACTGGCAA
127 GAATGTCTACCTCAAGAAACATGAAGAAAAAGGCATTCATTAGCAA
* * *
6049 GAAAAGTCCATTTATTGTCACCCATACCTTCAAAAGCCTTATTGCTCG
1 GAAAAGTCTATTTATAGTCACCCATACCTTCAAAAGCCTTATTACTCG
6097 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 1219, Mismatches: 318, Indels: 94
0.75 0.19 0.06
Matches are distributed among these distances:
169 32 0.03
170 488 0.40
171 605 0.50
172 87 0.07
173 7 0.01
ACGTcount: A:0.35, C:0.15, G:0.14, T:0.36
Consensus pattern (172 bp):
GAAAAGTCTATTTATAGTCACCCATACCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATG
ATCTCATAATTGATTTTAAGTTAGAATCTTTTCACATTTTTAGTTAAAACAGACTAGAATTGAAT
GTCTACCTCAAGAAACATGAAGAAAAAGGCATTCATTAGCAA
Found at i:5309 original size:512 final size:510
Alignment explanation
Indices: 4339--6095 Score: 2260
Period size: 512 Copynumber: 3.4 Consensus size: 510
4329 NNNNNNNNNN
* * *
4339 CATGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGCCTTTGAAAGCATTATTACTTCATTTAAATGGTTTT
1 CATGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGCCTTCGAAAGCCTTATTACTTCGTTTAAATGGTTTT
* *
4404 ATAAACTAATAATTGTTTTTAACTTGAGTATTTTTCACATTTTTGGTCAAAACAGACTAGAATTG
66 ATAAACTAATAATTGTTTTTAAGTTGAGTATTTTT-ACATTTTTGGTTAAAACAGACTAGAATTG
* * * * * *
4469 AATGTCTACCTCAAGAGACATGAAGAAAAAGGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCTATTTATATTCA
130 AATGTCTACCTAAAGAAACATGAAGAAAAAAGCATTCATTGGCAAAAAAAGTCCATTTATAGTCA
* * * * * *
4534 CCCATACCTTTAAATGTCTTATTGCTCGCTTTAAATAGTTTGATGATGTCATATTTGATTTTAAG
195 CCCATACCTTCAAAAGCCTTATTGCTCTCTTTAAATAGTTTTATGATGTCATAATTGATTTTAAG
* * * * *
4599 TT-AGATCTTTTCACTTTTTTAATTAAAACAGACTATAATTGTATGTCTACCTCAAGAAACATGA
260 TTGA-ATCTTTTCACATTTTTAGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTCGAGAAACATGA
* * * * * *
4663 GGAAAAGGCAGTCATCAGCAAGAAAATTCAATTTATT-GTCACCCATTTCTTCAAAAGCCTTATT
324 GGAAAAGGTATTCATCAGCTAGAAAGTTCAATTT-TTAGTCACCCATTCCTTTAAAAGCCTTATT
* **
4727 ACTCACTTTAAATGGTTTAATAATCTCAAACTTGATTTTAAGTTGAATATTTTTACATTTTTTCT
388 ACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCAAA-TTGATTTTAAGTTGAATATTTTTACATTTTTAGT
*
4792 TAAAAAAGGCTACAATTGAATGTCTGCCTTGGTGAACGTGAAGCAAAAGCCAACCATTAG
452 TAAAAAAGGCTACAATTGAATGTCTGCCTTGGAGAA-GTGAAGCAAAAGCCAACCATTAG
* * * *
4852 CATGAAAAGTCCATTTGTAGTCACTCAAACCTTCAAAAGCGTTATTACTTCGTTTAAATGGTTTT
1 CATGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGCCTTCGAAAGCCTTATTACTTCGTTTAAATGGTTTT
* * * *
4917 ATTAACTAATAATTGTTTTTAAGTTGAGCATTTTTACATTTTTGGTTAAAA-AAAATAAGAATTG
66 ATAAACTAATAATTGTTTTTAAGTTGAGTATTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGACT-AGAATTG
* * * *
4981 AAAGTCTACCTAAAAAAACATGAAAAAAAAAGCATTCATTGGCAAAAAAAATCCATTTATAGTCA
130 AATGTCTACCTAAAGAAACATGAAGAAAAAAGCATTCATTGGCAAAAAAAGTCCATTTATAGTCA
* *
5046 CCCATACCGTCAAAAGCCTTATTGCTCTCTTTAAATAGTTTTATGATGTCATAATTGATTTTCAG
195 CCCATACCTTCAAAAGCCTTATTGCTCTCTTTAAATAGTTTTATGATGTCATAATTGATTTTAAG
* * * * *
5111 TTGAATCTTTTCGCATTTTTGGTTAAAACAAATTATAATAGAATGTCTACCTCGAGAAACTTGAG
260 TTGAATCTTTTCACATTTTTAGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTCGAGAAACATGAG
*
5176 GAAAAGGTATTCATCAGCTAGAAAGGTTC-ATTTTTAGTCACCCCTTCCTTTAAAAGCCTTATTA
325 GAAAAGGTATTCATCAGCTAGAAA-GTTCAATTTTTAGTCACCCATTCCTTTAAAAGCCTTATTA
* * *
5240 CTCACTTTAAATAGTTTTATGATGTCATAATTGATTTTAAGTTGAAT-TTTTTCACATTTTTAGT
389 CTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCA-AATTGATTTTAAGTTGAATATTTTT-ACATTTTTAGT
* *
5304 TAAAAAAGGCTACAATTGAATGTCTTCCTTGGAGAAAGTGAAGCAAAAGCCAACCATTGG
452 TAAAAAAGGCTACAATTGAATGTCTGCCTTGGAG-AAGTGAAGCAAAAGCCAACCATTAG
* * * * *
5364 TATGAAAAGTTCATTTGTAGGT-ACTCAAGCCTTCGAAAGCCTTATTACTTGGTTTAAATAGTTT
1 CATGAAAAGTCCATTTATA-GTCACTCAAGCCTTCGAAAGCCTTATTACTTCGTTTAAATGGTTT
* * * ** *
5428 TATAAACTAAAAAATGTTTTTAAGTTAAGTATTTTTACATTTTCAGTTAAAACATACTAGAATTG
65 TATAAACTAATAATTGTTTTTAAGTTGAGTATTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGACTAGAATTG
* * * *
5493 AATGCCTACCTCAAGAAACATGAAGAAAAAAGAATTCATTGG-AAAGAAAAGTCCATTTATAGCC
130 AATGTCTACCTAAAGAAACATGAAGAAAAAAGCATTCATTGGCAAA-AAAAGTCCATTTATAGTC
*
5557 ACCCATACCTTCAAAAGCCTTATTGCT-TGCTTTAAATGGTTTTATGATGTCATAATTGATTTTA
194 ACCCATACCTTCAAAAGCCTTATTGCTCT-CTTTAAATAGTTTTATGATGTCATAATTGATTTTA
* * * * *
5621 AGTTGGATCTTTTCACATTTTTAGTTAAAATAGATTATAATTGCATGTCTACTTTGAGAAACATG
258 AGTTGAATCTTTTCACATTTTTAGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTCGAGAAACATG
* * * * * * *
5686 AAGAAATGGTATTCATCAGCTAGAAAAG-TCTATTTATAGTTATCCATTCCTTTAAAAGACTTAT
323 AGGAAAAGGTATTCATCAGCTAG-AAAGTTCAATTTTTAGTCACCCATTCCTTTAAAAGCCTTAT
* * * *
5750 TACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAATTCATTTTAAGTTCAATCTTTTTACATTTTTGG
387 TACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTC-AAATTGATTTTAAGTTGAATATTTTTACATTTTTAG
* * * **
5815 TTAAAAAATGC-ACAATTGAATGTCTGCCTGGGGGTAAGCAAAGCAAAAGCCAACCATTAG
451 TTAAAAAAGGCTACAATTGAATGTCTGCCTTGGAG-AAGTGAAGCAAAAGCCAACCATTAG
* ** * * **
5875 -ACCGAAAAGTTTATTTATAGTCACTTAAGCCTTCGAAAGCCTTAATACTAAGTTTAAATGGTTT
1 CA-TGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGCCTTCGAAAGCCTTATTACTTCGTTTAAATGGTTT
* ** *
5939 TATAAACCAATAATTGTTTTTAAGTTGAGTAGCTTTATATTTTTGGTTAAAACAGACTAGAATTG
65 TATAAACTAATAATTGTTTTTAAGTTGAGTATTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGACTAGAATTG
* * * * * * *
6004 AATGTCTACC-ACAGGAAACATGAAGACAAAGGCCTTCACTGGCAAGAAAAGTCCATTTATTGTC
130 AATGTCTACCTA-AAGAAACATGAAGAAAAAAGCATTCATTGGCAAAAAAAGTCCATTTATAGTC
6068 ACCCATACCTTCAAAAGCCTTATTGCTC
194 ACCCATACCTTCAAAAGCCTTATTGCTC
6096 GNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 1081, Mismatches: 143, Indels: 41
0.85 0.11 0.03
Matches are distributed among these distances:
510 3 0.00
511 240 0.22
512 725 0.67
513 113 0.10
ACGTcount: A:0.35, C:0.15, G:0.14, T:0.36
Consensus pattern (510 bp):
CATGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGCCTTCGAAAGCCTTATTACTTCGTTTAAATGGTTTT
ATAAACTAATAATTGTTTTTAAGTTGAGTATTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGACTAGAATTGA
ATGTCTACCTAAAGAAACATGAAGAAAAAAGCATTCATTGGCAAAAAAAGTCCATTTATAGTCAC
CCATACCTTCAAAAGCCTTATTGCTCTCTTTAAATAGTTTTATGATGTCATAATTGATTTTAAGT
TGAATCTTTTCACATTTTTAGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTCGAGAAACATGAGG
AAAAGGTATTCATCAGCTAGAAAGTTCAATTTTTAGTCACCCATTCCTTTAAAAGCCTTATTACT
CACTTTAAATGGTTTTATAATCTCAAATTGATTTTAAGTTGAATATTTTTACATTTTTAGTTAAA
AAAGGCTACAATTGAATGTCTGCCTTGGAGAAGTGAAGCAAAAGCCAACCATTAG
Found at i:5820 original size:341 final size:341
Alignment explanation
Indices: 4342--6091 Score: 1324
Period size: 341 Copynumber: 5.1 Consensus size: 341
4332 NNNNNNNCAT
* * ** ** *
4342 GAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGCCTTTGAAAGCATTATTACTTCA-TTTAAATGGTTTTAT
1 GAAAAGTCTATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTAC-TCACTTTAAATGGTTTTAT
* * * * *
4406 AAACT-AATAATTGTTTTTAACTTGAGTATTTTTCACATTTTTGGTCAAAACAGACTAGAATTGA
65 AATCTCAA-AATTGATTTTAAGTTGAATATTTTT-ACATTTTTGGTTAAAACAGACTAGAATTGA
* * * * * *
4470 ATGTCTACCTCAAGAGACATGAAGAAAAAGGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCTATTTATATTCAC
128 ATGTCTACCTCAAGAAACATGAAGAAAAAAGAATTCATTAGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCAC
* * * * * *
4535 CCATACCTTTAAATGTCTTATTGCTCGCTTTAAATAGTTTGATGATGTCATATTTGATTTTAAGT
193 CCATACCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATGATGTCATAATTGATTTTAAGT
* * * * * * *
4600 TAGATCTTTTCACTTTTTTAATTAAAACAGACTATAATTGTATGTCTACCTCAAGAAACATGAGG
258 TGGATCTTTTCACATTTTTAGTTAAAAAAGACTATAATTGAATGTCTACCTAAAGAAACATGAAG
*
4665 AAAAGGCAGTCATCAGCAA
323 AAAAGGCATTCATCAGCAA
* * * * *
4684 GAAAATTCAATTTATTGTCACCCATTTCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTAATA
1 GAAAAGTCTATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATA
* ** * * *
4749 ATCTCAAACTTGATTTTAAGTTGAATATTTTTACATTTTTTCTTAAAAAAGGCTACAATTGAATG
66 ATCTCAAAATTGATTTTAAGTTGAATATTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGACTAGAATTGAATG
* ** * * * * * *
4814 TCTGCCT-TGGTGAACGTGAAG-CAAAAGCCAA-CCATTAGCATGAAAAGTCCATTTGTAGTCAC
131 TCTACCTCAAG-AAACATGAAGAAAAAAG--AATTCATTAGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCAC
* * * * * ** * *
4876 TCAAACCTTCAAAAGCGTTATTACTTCG-TTTAAATGGTTTTATTAACTAATAATTGTTTTTAAG
193 CCATACCTTCAAAAGCCTTATTAC-TCGCTTTAAATAGTTTTATGATGTCATAATTGATTTTAAG
* * * * *
4940 TTGAGCAT-TTTT-ACATTTTTGGTTAAAAAA-AATAAGAATTGAAAGTCTACCTAAAAAAACAT
257 TTG-G-ATCTTTTCACATTTTTAGTTAAAAAAGACT-ATAATTGAATGTCTACCTAAAGAAACAT
* * **
5002 GAAAAAAAAAGCATTCATTGGCAA
319 G-AAGAAAAGGCATTCATCAGCAA
* * * * * * * * *
5026 AAAAAATCCATTTATAGTCACCCATACCGTCAAAAGCCTTATTGCTCTCTTTAAATAGTTTTATG
1 GAAAAGTCTATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATA
* * * * ** * * * *
5091 ATGTCATAATTGATTTTCAGTTGAATCTTTTCGCATTTTTGGTTAAAACAAATTATAATAGAATG
66 ATCTCAAAATTGATTTTAAGTTGAATATTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGACTAGAATTGAATG
* * * * * * * * * * *
5156 TCTACCTCGAGAAACTTG-AGGAAAAGGTATTCATCAGCTAGAAAGGTTCATTTTTAGTCACCCC
131 TCTACCTCAAGAAACATGAAGAAAAAAGAATTCATTAGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCA
* * * *
5220 TTCCTTTAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATAGTTTTATGATGTCATAATTGATTTTAAGTTGA
196 TACCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATGATGTCATAATTGATTTTAAGTTGG
* * * * ** *
5285 ATTTTTTCACATTTTTAGTTAAAAAAGGCTACAATTGAATGTCTTCCTTGGAGAAA-GTGAAGCA
261 ATCTTTTCACATTTTTAGTTAAAAAAGACTATAATTGAATGTCTACC-TAAAGAAACATGAAG-A
* ** ** * *
5349 AAAGCCAACCATTGGTAT
324 AAAGGCATTCATCAGCAA
* * ** * *** *
5367 GAAAAGT-TCATTTGTAGGT-ACTCAAGCCTTCGAAAGCCTTATTACTTGGTTTAAATAGTTTTA
1 GAAAAGTCT-ATTTATA-GTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTA
* * * * ** *
5430 TAAACTAAAAAATGTTTTTAAGTT-AAGTATTTTTACATTTTCAGTTAAAACATACTAGAATTGA
64 TAATCTCAAAATTGATTTTAAGTTGAA-TATTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGACTAGAATTGA
* * * *
5494 ATGCCTACCTCAAGAAACATGAAGAAAAAAGAATTCATTGGAAAGAAAAGTCCATTTATAGCCAC
128 ATGTCTACCTCAAGAAACATGAAGAAAAAAGAATTCATTAGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCAC
* * *
5559 CCATACCTTCAAAAGCCTTATTGCTTGCTTTAAATGGTTTTATGATGTCATAATTGATTTTAAGT
193 CCATACCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATGATGTCATAATTGATTTTAAGT
* * * * **
5624 TGGATCTTTTCACATTTTTAGTTAAAATAGATTATAATTGCATGTCTACTTTGAGAAACATGAAG
258 TGGATCTTTTCACATTTTTAGTTAAAAAAGACTATAATTGAATGTCTACCTAAAGAAACATGAAG
* * *
5689 AAATGGTATTCATCAGCTA
323 AAAAGGCATTCATCAGCAA
* * * *
5708 GAAAAGTCTATTTATAGTTATCCATTCCTTTAAAAGACTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATA
1 GAAAAGTCTATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATA
* * * * *
5773 ATCTCAAAATTCATTTTAAGTTCAATCTTTTTACATTTTTGGTTAAAAAATG-C-ACAATTGAAT
66 ATCTCAAAATTGATTTTAAGTTGAATATTTTTACATTTTTGGTTAAAACA-GACTAGAATTGAAT
* *** * * * * **
5836 GTCTGCCTGGGGGTAAGCA--AAG-CAAAAGCCAA-CCATTAG-ACCGAAAAGTTTATTTATAGT
130 GTCTACCT-CAAG-AAACATGAAGAAAAAAG--AATTCATTAGCA-AGAAAAGTCCATTTATAGT
** * * * * *** *
5896 CACTTA-AGCCTTCGAAAGCCTTAATACTAAG-TTTAAATGGTTTTAT-AAACCAATAATTGTTT
190 CACCCATA-CCTTCAAAAGCCTTATTACT-CGCTTTAAATAGTTTTATGATGTC-ATAATTGATT
* * * * * *
5958 TTAAGTTGAGTAGC-TTT-ATATTTTTGGTTAAAACAGACTAGAATTGAATGTCTACC-ACAGGA
252 TTAAGTTG-G-ATCTTTTCACATTTTTAGTTAAAAAAGACTATAATTGAATGTCTACCTA-AAGA
* *
6020 AACATGAAGACAAAGGCCTTCA-CTGGCAA
314 AACATGAAGA-AAAGGCATTCATC-AGCAA
* * *
6049 GAAAAGTCCATTTATTGTCACCCATACCTTCAAAAGCCTTATT
1 GAAAAGTCTATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATT
6092 GCTCGNNNNN
Statistics
Matches: 1084, Mismatches: 283, Indels: 83
0.75 0.20 0.06
Matches are distributed among these distances:
339 11 0.01
340 156 0.14
341 542 0.50
342 370 0.34
343 5 0.00
ACGTcount: A:0.35, C:0.15, G:0.14, T:0.36
Consensus pattern (341 bp):
GAAAAGTCTATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATA
ATCTCAAAATTGATTTTAAGTTGAATATTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGACTAGAATTGAATG
TCTACCTCAAGAAACATGAAGAAAAAAGAATTCATTAGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCA
TACCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATGATGTCATAATTGATTTTAAGTTGG
ATCTTTTCACATTTTTAGTTAAAAAAGACTATAATTGAATGTCTACCTAAAGAAACATGAAGAAA
AGGCATTCATCAGCAA
Found at i:7962 original size:171 final size:170
Alignment explanation
Indices: 7138--7968 Score: 692
Period size: 170 Copynumber: 4.9 Consensus size: 170
7128 NNCACCCATT
* * * *
7138 CCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTAATAATCTCAA-GATTGATTTTAAGTTGAA
1 CCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAAACT-AATAATTGATTTTAAGTTGAA
* * * * * *
7202 TCTTTTTACATTTTTTGTTAAAAAATG-CTACAATTGAATGTCTGCCTT-GGTGAACGTGAAGCA
65 TATTTTTACATTTTTGGTTAAAAAA-GACTACAATTGAATGTCTACCTTAAG-AAACGTGAAGAA
** * *
7265 AAAGCCAACCATTGGCATGAAAAGTCCATTTGTAGTCACTCAAG
128 AAAG-CATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAG
* * * *
7309 CCTTCGAAAGCGTTATTACTTCG-TTTAAATGGTTTTATAAACTAATAATTGTTTTTAAGTTGAG
1 CCTTCAAAAGCCTTATTAC-TCGCTTTAAATGGTTTTATAAACTAATAATTGATTTTAAGTTGAA
* * * * * * * *
7373 CATTTTTACATTCTTGGTTAAAAAAGACTAGAGTTGAAAGTCTACCTCAAGAAACATGAAAAAAA
65 TATTTTTACATTTTTGGTTAAAAAAGACTACAATTGAATGTCTACCTTAAGAAACGTGAAGAAAA
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7438 AGCATTCATTGGTAAAAAAAGTCCATTTATGGTCACCCATA-
130 AGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCA-AG
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7479 CCTTCAAAAGCCTTATTGCTCGCTGTGAATGGTTTTATGATGTCATAATTGATTTTAAATCGAAT
1 CCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAAACTAATAATTGATTTTAAGTTGAAT
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7544 CTTTTCACATTTTTAGTTAAAACAGATTATAATAGAATGTCTACCTCGAGAAACATGAAGAAAAG
66 ATTTTTACATTTTTGGTTAAAAAAGACTACAATTGAATGTCTACCTTAAGAAACGTGAAGAAAAA
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7609 GTATTCATCAGCAAGAAAAGTTTATTTATAGTCACTCATT
131 GCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAG
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7649 CATTTAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATGATGTCATAATTGATTTTAAGTTGAAT
1 CCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAAACTAATAATTGATTTTAAGTTGAAT
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7714 -TTTTTCATATTTTTGGTTAAAAAAGGCTACAATTGAATGTCTTTTTTGGGGAAA-GTGAAGTAA
66 ATTTTT-ACATTTTTGGTTAAAAAAGACTACAATTGAATGTCTACCTT-AAGAAACGTGAAG-AA
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7777 AAACCAACCATTGGCATGAAAAGTTCATTTGTAGGT-ACTCAAG
128 AAAGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATA-GTCACTCAAG
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7820 CCTTCAAAA-CCATTATTACTTGGTTTAAATAGTTTTATAAACTAAAAAAT-ATTTTTAAATTGA
1 CCTTCAAAAGCC-TTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAAACTAATAATTGA-TTTTAAGTTGA
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7883 GTATTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGACTAGAATTGAATGCCTACCTTAAGAAACGTGAAGAAA
64 ATATTTTTACATTTTTGGTTAAAAAAGACTACAATTGAATGTCTACCTTAAGAAACGTGAAG-AA
7948 AAAGCATTCATTGGCAAGAAA
128 AAAGCATTCATTGGCAAGAAA
7969 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 515, Mismatches: 130, Indels: 30
0.76 0.19 0.04
Matches are distributed among these distances:
169 7 0.01
170 259 0.50
171 239 0.46
172 10 0.02
ACGTcount: A:0.36, C:0.14, G:0.15, T:0.36
Consensus pattern (170 bp):
CCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAAACTAATAATTGATTTTAAGTTGAAT
ATTTTTACATTTTTGGTTAAAAAAGACTACAATTGAATGTCTACCTTAAGAAACGTGAAGAAAAA
GCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAG
Done.