Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: NW_018397330.1 Herrania umbratica cultivar Fairchild unplaced genomic scaffold, ASM216827v2 scaffold_61.0, whole genome shotgun sequence
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Warning! 23774 characters in sequence are not A, C, G, or T
Found at i:17724 original size:171 final size:170
Alignment explanation
Indices: 15827--19020 Score: 1780
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** * * ** * * *
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* * * * * * *
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* * *
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* *********
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1 TTTATAACCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATGTT-TTTACATTTTTGGTTAAAACAGATTATAA
* * * *
16232 TTAAATGTCTGCCTTGAGAAACGTGAAGAAAAA-CTATTCATTGGTAGGAAAAGTCCATTTATAG
65 TTAAATGTCTACCTTGAGAAACGTGAAGAAAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAG
* **********
16296 TCACCTANNNNNNNNNNAGCCTTATTACTCGCTTTAAAT-A
130 TCACCCATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGA
* * *
16336 GTTGTATAACCTCATAATTGATTTTGAGTTGAATGTTTTTACATTTTTGGTTAAAATAGATAATA
1 -TT-TATAACCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATGTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGATTATA
* * * ** * ** *
16401 ATTGAAGGTTTACCTCAAGAAACGTGAAGAAAGAGCCATTCATTGATAAGAAAAG-CCTGTTTAT
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** *
16465 AGTCACTTATGCCTT-GAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGN
128 AGTCACCCATGCCTTCG-AAAGCCTTATTACTCGCTTTAAAT-GA
********* * ** * * * *
16509 NNNNNNNNNTCATAATTGATTTTAAGTTGAATGTTTTTATATTTTCAGTTTAAATAGATAATATT
1 TTTATAACCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATGTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGATTATAAT
* * * * * ** *
16574 TGAATGTCTACCTTGAAAAACATGAAGCAAGAGCCATTCATCAGCAAGAAAAG-CCTATTTAGAG
66 TAAATGTCTACCTTGAGAAACGTGAAGAAAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAGTCC-ATTTATAG
* ** * * *
16638 TCACCCATACCCCCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGG
130 TCACCCATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGA
******** * *
16679 TTT-TANNNNNNNNNNATTGATTTTAACTTGAAT-TGTTTTACATTTTT-TTACTAAAACAGATT
1 TTTATA--ACCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATGT-TTTTACATTTTTGGT--TAAAACAGATT
* ** * * * *
16741 ATAATTAAGTGT-TATCCTCCAGAAACTTAAAGAGAAAGTCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATT
61 ATAATTAAATGTCTA-CCTTGAGAAACGTGAAGAAAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATT
* * * *
16805 TATAGTCACCCGTGCCTTC-AACAGCCTTATTACTCAC-TCAAGATGGT
125 TATAGTCACCCATGCCTTCGAA-AGCCTTATTACTCGCTTTAA-AT-GA
* * * ********** * * * * *
16852 TTTGTAATCTAATAATNNNNNNNNNNTTGAAT-TTTTTTCATTTTTGGTGACAACAAATAATAAT
1 TTTATAACCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATGTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGATTATAAT
* * * * * * * * *
16916 TGAATGTCTGCCTCGAAAAACATGAAGCAAGAGCCATTCATTGGTAAGGAAAA--CCTATTTAGA
66 TAAATGTCTACCTTGAGAAACGTGAAGAAAAAGCCATTCATTGGCAA-GAAAAGTCC-ATTTATA
** * * *
16979 GTCGTCCATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGT
129 GTCACCCATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAAT-GA
******************** * * *
17022 TTTATAANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTGAATTTTTTTACATTTTTTGCTAAAACAGATTATAAT
1 TTTATAACCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATGTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGATTATAAT
** * * **********
17087 TAAATGTC-ATCCTCCA-AAACCATGAAGAGAAAGCCATTCATTGGCANNNNNNNNNNATTTATA
66 TAAATGTCTA-CCTTGAGAAA-CGTGAAGAAAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATA
* * * *
17150 GTCACTCATGCCTTC-AATAGCCTTATTACTCGCTTGAGATGGT
129 GTCACCCATGCCTTCGAA-AGCCTTATTACTCGCTTTAAAT-GA
* * * * ** * * *
17193 TTTTTAATCTAATAATTGACTTTAAGTTGAAT-TTTTTTTATTTTTTGTTAAAACAAATAATAAT
1 TTTATAACCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATGTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGATTATAAT
* ** * * ********** *
17257 TGAATGTCTGGCTTGGGAAACATGAAGAAAAAGCCNNNNNNNNNNAAGAAAAGTCCATTTACAGT
66 TAAATGTCTACCTTGAGAAACGTGAAGAAAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGT
* * * *
17322 CACTCACGCCTTTGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGT
131 CACCCATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAAT-GA
* * * * * *
17363 TTTCTAACATCATAATTGATTTTAAGTGGAAATG-TTTTACA-TTTTGGTTAAAATAGATAACAA
1 TTTATAACCTCATAATTGATTTTAAGTTG-AATGTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGATTATAA
* ** * * * * *
17426 TTGAATCCCTACCATGAGAAATGTGAAGAAAAAACCATTTATTGGCAAGAAAAG-CCTTATATAT
65 TTAAATGTCTACCTTGAGAAACGTGAAGAAAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAGTCC--ATTTAT
* * * *
17490 AGTCACTCATGCCTTCAAAAG-CTTATTACTAGCTTTAAATGG
128 AGTCACCCATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGA
******** *
17532 TTT-TANNNNNNNNNNATTGATTTTAAGTTGAATGTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAAATTATA
1 TTTATA--ACCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATGTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGATTATA
* * * * * * * *
17596 GTTATATGTTTACCATGACAAACGTGAAGAAAAAGCAATTCGTTGGC-AGAAAAAGTCCATTTAC
64 ATTAAATGTCTACCTTGAGAAACGTGAAGAAAAAGCCATTCATTGGCAAG-AAAAGTCCATTTAT
* * *
17660 AGTCACCCACGCCTTCGAAAGCCTTATTACCCGTTTTAAATGA
128 AGTCACCCATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGA
* ********** * * *
17703 TTGCATAACCTCATAATTGATTTTAAGTTNNNNNNNNNNACATTTTTAGTTAAAATAGATAATAA
1 TT-TATAACCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATGTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGATTATAA
* * * * * * * * *
17768 TTGAATGTTTACATTTTTACATTTAAATGTGAAGAAAGAGCCATTCATTAGCAAGAAAAG-CTTA
65 TTAAATGTCTAC---CTT-GA--GAAACGTGAAGAAAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAGTC-CA
* * ** *
17832 TTTATAGTCACCCATGCGTTCCAAAAGCCTTATTACTTACTTTAAATGTT
123 TTTATAGTCACCCATGCCTT-CGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATG-A
* * ** * * * * ** *
17882 TTTATAATCTCGTAGCTAACTTTAAG-TGAAATTGTTTTT-CGTTTTTGTTTAAAATGGAATATA
1 TTTATAACCTCATAATTGATTTTAAGTTG-AA-TGTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGATTATA
* * * * * *
17945 ATCAAATATCTACCATAAGAAACGTGAAGAAAAAGCCATTCATTGGCAAGTAAAGTCTATTTATA
64 ATTAAATGTCTACCTTGAGAAACGTGAAGAAAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATA
* * *
18010 GTCACCCATGCCCTCGAAAGCCTTATTTCTCGCTTTAAATGGT
129 GTCACCCATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAAT-GA
* * * *
18053 TTTATAATCTCATAATTAATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAATAGATTATAAT
1 TTTATAACCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATGTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGATTATAAT
* * *
18118 TAAATGTCTACCTTGAGAAACATGAAG---AAGCCATTCATTTGCAAGACAAGTCCATTTATAGT
66 TAAATGTCTACCTTGAGAAACGTGAAGAAAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGT
* * * * *
18180 CACCC-TGCCTTCAAAAATCC-T-TTACCCACTTTAAATGGT
131 CACCCATGCCTTC-GAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAAT-GA
** * * ** * * *
18219 TTTATAATTTCATAATTGACTTTAAGTTGAATTATTTTTTTA-TTTTCGTTAAAATAGGTTATAA
1 TTTATAACCTCATAATTGATTTTAAGTTGAA-TGTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGATTATAA
* * * * *
18283 TTAATTGTCTACCTTGAGAAACATGAAGAAAGAGCCATTCATTGACAAGAAAAG-CCTATTTGTA
65 TTAAATGTCTACCTTGAGAAACGTGAAGAAAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAGTCC-ATTTATA
*
18347 GTCACCCAAGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGA
129 GTCACCCATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAAT-GA
* *
18390 TTTATAACCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATGTTTTTACATTGTTGGTTAAAACAGATTATAAT
1 TTTATAACCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATGTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGATTATAAT
* * * *
18455 TAAATGTCTACCTTGAGAAACGTGAAGAAAAAGCCATTCATTGACAAAAAAAGTTCACTTATAGT
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* * ****
18520 AACCCAGGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAANNNNN
131 CACCCATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAA-ATGA
***** * * * * * ** *
18561 NNNNNAACCTCATAATTGATTTTGAGTTGAAT-TCTTTTTCATTTTTAGATAAAATAGAAAAAAA
1 TTTATAACCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATGT-TTTTACATTTTTGGTTAAAACAGATTATAA
* ** * **********
18625 TTAAATGTTTACCTCAAG-AACAGTGAAGAAAAAGCCATTCATTGACAAGAANNNNNNNNNNATA
65 TTAAATGTCTACCTTGAGAAAC-GTGAAGAAAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATA
** *
18689 GTCACCCATGCCTT-GAAAAGCCTTATTACTTACTTTAAATGG
129 GTCACCCATGCCTTCG-AAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGA
* * * * *
18731 TTCTATAACCTCATAATTGAATTTAAGTTGAATGTTTTTCCACTTTTT-GCTGAAACATATTATA
1 TT-TATAACCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATGTTTTTACA-TTTTTGGTTAAAACAGATTATA
* * * * **
18795 ACTAAATGTCTACCTTGAGAAACGTTAAGAAAAAGCCATTCGTCGATAAGAAAAAGTCCATTTAT
64 ATTAAATGTCTACCTTGAGAAACGTGAAGAAAAAGCCATTCATTGGCAAG-AAAAGTCCATTTAT
* * *
18860 AGTCACCCATGCGTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTT-AATTA
128 AGTCACCCATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGA
* * * *
18902 GTTTATAACCTCATAATTGATTTTAGGTTGAAT-TGTTTTATATTTTTTGTTAAAACAGATAATA
1 -TTTATAACCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATGT-TTTTACATTTTTGGTTAAAACAGATTATA
* * * * * *
18966 ATTGAATGTCTA-CTTCAAAAAACATGAAGCAAGAGCCATTCATTGGCAAGAAAAG
64 ATTAAATGTCTACCTT-GAGAAACGTGAAGAAAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAG
19021 CCTATTNNNN
Statistics
Matches: 2284, Mismatches: 645, Indels: 189
0.73 0.21 0.06
Matches are distributed among these distances:
166 90 0.04
167 14 0.01
168 46 0.02
169 55 0.02
170 630 0.28
171 1116 0.49
172 200 0.09
173 9 0.00
174 4 0.00
175 2 0.00
176 1 0.00
177 47 0.02
178 68 0.03
179 2 0.00
ACGTcount: A:0.34, C:0.15, G:0.13, T:0.35
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TAAATGTCTACCTTGAGAAACGTGAAGAAAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGT
CACCCATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGA
Found at i:18015 original size:349 final size:335
Alignment explanation
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17292 NNNNNNNNNN
* * * * * * *
17302 AAGAAAAGTCCATTTACAGTCACTCACGCCTTTGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTC
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* * * * * * *
17367 TAACATCATAATTGATTTTAAGTGGAAATGTTTTACA-TTTTGGTTAAAATAGATAACAATTGAA
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** * * ** * * * *
17431 TCCCTACCATGAGAAATGTGAAGAAAAAACCATTTATTGGCAAGAAAAG-CCTTATATATAGTCA
130 TGTCTACCTTGACAAACATGAAG---AAGCCATTCATTAGCAAGAAAAGTCC--ATTTATAGTCA
* * * ********** * * *
17495 CTCATGCCTTC-AAAAGCTTATTA-CTAGCTTTAAATGGTTTTANNNNNNNNNNATTGATTTTAA
190 C-CCTGCCTTCAAAAAGCCT-TTACCCA-CTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAACTAACTTTAA
* ** * * * * * * * * *
17558 GTTGAATGTTTTTACATTTTTGGTTAAAACA-AATTATAGTTATATGTTTACCATGACAAACGTG
252 GTTGAATATTTTTTTA-TTTTCGTTAAAATAGGA-TATAATCAAATATCTACCATGAGAAACGTG
* *
17622 AAGAAAAAGCAATTCGTTGGC
315 AAGAAAAAGCCATTCATTGGC
* * * * * *
17643 -AGAAAAAGTCCATTTACAGTCACCCACGCCTTCGAAAGCCTTATTACCCGTTTTAAATGATTGC
1 AAG-AAAAGTCTATTTATAGTCACCCAAGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGATT-T
********** *
17707 ATAACCTCATAATTGATTTTAAGTTNNNNNNNNNNACATTTTTAGTTAAAATAGATAATAATTGA
64 ATAACCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTAGTTAAAATAGATAATAATTAA
* * * *
17772 ATGTTTACATTTTTACATTTAA-ATGTGAAGAAAGAGCCATTCATTAGCAAGAAAAG-CTTATTT
129 ATGTCTAC--CTTGACA---AACA--TGAAG--A-AGCCATTCATTAGCAAGAAAAGTC-CATTT
* * ** * * *
17835 ATAGTCACCCATGCGTTCCAAAAGCCTTATTACTTACTTTAAATGTTTTTATAATCTCGTAGCTA
183 ATAGTCACCC-TGCCTTCAAAAAGCC-T-TTACCCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAACTA
* * *
17900 ACTTTAAG-TGAA-ATTGTTTTTCGTTTTTGTTTAAAAT-GGAATATAATCAAATATCTACCATA
245 ACTTTAAGTTGAATATT-TTTTT-ATTTTCG-TTAAAATAGG-ATATAATCAAATATCTACCATG
17962 AGAAACGTGAAGAAAAAGCCATTCATTGGC
306 AGAAACGTGAAGAAAAAGCCATTCATTGGC
* * * * *
17992 AAGTAAAGTCTATTTATAGTCACCCATGCCCTCGAAAGCCTTATTTCTCGCTTTAAATGGTTTTA
1 AAGAAAAGTCTATTTATAGTCACCCAAGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAAT-GATTTA
* * * *
18057 TAATCTCATAATTAATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAATAGATTATAATTAAA
65 TAACCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTAGTTAAAATAGATAATAATTAAA
* * *
18122 TGTCTACCTTGAGAAACATGAAGAAGCCATTCATTTGCAAGACAAGTCCATTTATAGTCACCCTG
130 TGTCTACCTTGACAAACATGAAGAAGCCATTCATTAGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCTG
* * * *
18187 CCTTCAAAAATCCTTTACCCACTTTAAATGGTTTTATAATTTCATAATTGACTTTAAGTTGAATT
195 CCTTCAAAAAGCCTTTACCCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAACTAACTTTAAGTTGAA-T
* * * * * * *
18252 ATTTTTTTATTTTCGTTAAAATAGGTTATAATTAATTGTCTACCTTGAGAAACATGAAGAAAGAG
259 ATTTTTTTATTTTCGTTAAAATAGGATATAATCAAATATCTACCATGAGAAACGTGAAGAAAAAG
*
18317 CCATTCATTGAC
324 CCATTCATTGGC
* *
18329 AAGAAAAGCCTATTTGTAGTCACCCAAGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGATTTA
1 AAGAAAAGTCTATTTATAGTCACCCAAGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAAT-GATTTA
* * * * * *
18394 TAACCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATGTTTTTACATTGTTGGTTAAAACAGATTATAATTAAA
65 TAACCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTAGTTAAAATAGATAATAATTAAA
* * * * * *
18459 TGTCTACCTTGAGAAACGTGAAGAAAAAGCCATTCATT-GACAAAAAAAGTTCACTTATAGTAAC
130 TGTCTACCTTGACAAACATGAAG---AAGCCATTCATTAG-CAAGAAAAGTCCATTTATAGTCAC
* *
18523 CCAGGCCTTC-GAAAGCCTT
191 CC-TGCCTTCAAAAAGCCTT
18542 ATTACTCGCT
Statistics
Matches: 719, Mismatches: 146, Indels: 69
0.77 0.16 0.07
Matches are distributed among these distances:
337 224 0.31
338 12 0.02
339 18 0.03
340 82 0.11
341 84 0.12
342 29 0.04
343 5 0.01
344 5 0.01
345 1 0.00
346 1 0.00
347 28 0.04
348 43 0.06
349 179 0.25
350 8 0.01
ACGTcount: A:0.35, C:0.15, G:0.13, T:0.35
Consensus pattern (335 bp):
AAGAAAAGTCTATTTATAGTCACCCAAGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGATTTAT
AACCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTAGTTAAAATAGATAATAATTAAAT
GTCTACCTTGACAAACATGAAGAAGCCATTCATTAGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCTGC
CTTCAAAAAGCCTTTACCCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAACTAACTTTAAGTTGAATAT
TTTTTTATTTTCGTTAAAATAGGATATAATCAAATATCTACCATGAGAAACGTGAAGAAAAAGCC
ATTCATTGGC
Found at i:18366 original size:337 final size:339
Alignment explanation
Indices: 15823--19026 Score: 1497
Period size: 341 Copynumber: 9.4 Consensus size: 339
15813 NNNNNNNNNN
* * * * * * * **
15823 TGGTTTTATAATCTCATAATTAATTTTAAGTTAAATT-TTTTTATATTTTTGGTTCAAATGGATT
1 TGGTTTTATAACCTCATAATTGACTTTAAGTTGAATTATTTTTTTA-TTTT-GTTAAAATAGAAA
* * * * *
15887 ATAATTAAATCTCTACCTTGAGAAAAATGAAGAAAAAGCCATTCATTTG-CAACACAAGTCC-AT
64 ATAATTAAATGTCTACCTTAAGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCA-TTGACAAGAAAAG-CCTAT
* ********** **
15950 TTATAGTCACCCATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGNNNNNNNNNNTTTTATAATTTCATAATT
127 TTATAGTCACCCATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAACCTCATAATT
* * * ** * * * *
16015 GACTTTAAGTTGAATTTTTTTTTA-TTTTAGTTAAAATAGGTTATAATTAATTGTCTACCTTGAT
192 AATTTTAAGTTGAATGTTTTTACATTTTTGGTTAAAATAGATTATAATTAAATGTCTACCTTGAG
* * * *
16079 AAACATGAAGAAAGAGCCATTC-GTTGACAAGAAAAG-CCTATTTGTAGTCACCCAAGCCTTCGA
257 AAACATGAAG--A-AGCCATTCATTTGACAAGAAAAGTCC-ATTTATAGTCACCCATGCCTTCAA
* * *
16142 AAGCCTCATTGCTCGCTTTAAA
318 AAGCCTTATTACTCACTTTAAA
* * * ********* * **
16164 TGGATTTATAACCTCATAATTAATTTTAAGTTGAATGT-TNNNNNNNNNNTTGTTAAAACAGATT
1 TGGTTTTATAACCTCATAATTGACTTTAAGTTGAAT-TAT-TTTTTTATTTTGTTAAAATAGAAA
* * * * ** *
16228 ATAATTAAATGTCTGCCTTGAGAAACGTGAAGAAAAA-CTATTCATTGGTAGGAAAAGTCC-ATT
64 ATAATTAAATGTCTACCTTAAGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGACAAGAAAAG-CCTATT
* ********** * * *
16291 TATAGTCACCTANNNNNNNNNNAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTGTATAACCTCATAATTG
128 TATAGTCACCCATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAACCTCATAATTA
* * * * * **
16356 ATTTTGAGTTGAATGTTTTTACATTTTTGGTTAAAATAGATAATAATTGAAGGTTTACCTCAAGA
193 ATTTTAAGTTGAATGTTTTTACATTTTTGGTTAAAATAGATTATAATTAAATGTCTACCTTGAGA
* * * ** *
16421 AACGTGAAGAAAGAGCCATTCA-TTGATAAGAAAAG-CCTGTTTATAGTCACTTATGCCTTGAAA
258 AACATGAAG--A-AGCCATTCATTTGACAAGAAAAGTCC-ATTTATAGTCACCCATGCCTTCAAA
*
16484 AGCCTTATTACTCGCTTTAAA
319 AGCCTTATTACTCACTTTAAA
********** * * * * *
16505 TGGNNNNNNNNNNTCATAATTGATTTTAAGTTGAA-TGTTTTTATATTTTCAGTTTAAATAGATA
1 TGGTTTTATAACCTCATAATTGACTTTAAGTTGAATTATTTTTTTATTTT--GTTAAAATAGAAA
* * * * *
16569 ATATTTGAATGTCTACCTTGAA-AAACATGAAGCAAGAGCCATTCA-TCAGCAAGAAAAGCCTAT
64 ATAATTAAATGTCTACCTT-AAGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGA-CAAGAAAAGCCTAT
* * ** * * **********
16632 TTAGAGTCACCCATACCCCCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTANNNNNNNNNNATT
127 TTATAGTCACCCATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAACCTCATAATT
* * * * *
16697 GATTTTAACTTGAAT-TGTTTTACATTTTT-TTACTAAAACAGATTATAATTAAGTGT-TATCCT
192 AATTTTAAGTTGAATGT-TTTTACATTTTTGGT--TAAAATAGATTATAATTAAATGTCTA-CCT
** * * * * *
16759 CCAGAAACTTAAAGAGAAAGTCATTCA-TTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCGTGCCTT
253 TGAGAAACAT-GA-AG-AAGCCATTCATTTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTT
* *
16823 CAACAGCCTTATTACTCAC-TCAAGA
315 CAAAAGCCTTATTACTCACTTTAA-A
* * * ********** * * * *
16848 TGGTTTTGTAATCTAATAATNNNNNNNNNNTTGAATT-TTTTTCATT-TTTGGTGACAACA-AAT
1 TGGTTTTATAACCTCATAATTGACTTTAAGTTGAATTATTTTT--TTATTTTGTTAAAATAGAA-
* * * * * **
16910 AATAATTGAATGTCTGCCTCGAA-AAACATGAAGCAAGAGCCATTCATTGGTAAGGAAAA-CCTA
63 AATAATTAAATGTCTACCT-TAAGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGACAA-GAAAAGCCTA
* ** * * *********
16973 TTTAGAGTCGTCCATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAANNNNNNNNN
126 TTTATAGTCACCCATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAACCTCATAAT
*********** * * * * **
17038 NNNNNNNNNNNTGAATTTTTTTACATTTTTTGCTAAAACAGATTATAATTAAATGTC-ATCCTCC
191 TAATTTTAAGTTGAATGTTTTTACATTTTTGGTTAAAATAGATTATAATTAAATGTCTA-CCTTG
* ********** *
17102 A-AAACCATGAAGAGAAAGCCATTCA-TTGGCANNNNNNNNNNATTTATAGTCACTCATGCCTTC
255 AGAAA-CATG-A-AG-AAGCCATTCATTTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTC
* * * *
17165 AATAGCCTTATTACTCGCTTGAGA
316 AAAAGCCTTATTACTCACTTTAAA
* * * * *
17189 TGGTTTTTTAATCTAATAATTGACTTTAAGTTGAATT-TTTTTTATTTTTTGTTAAAACA-AATA
1 TGGTTTTATAACCTCATAATTGACTTTAAGTTGAATTATTTTTT-TATTTTGTTAAAATAGAA-A
* ** ** **********
17252 ATAATTGAATGTCTGGCTTGGGAAACATGAAGAAAAAGCCNNNNNNNNNNAAGAAAAGTCC-ATT
64 ATAATTAAATGTCTACCTTAAGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGACAAGAAAAG-CCTATT
* * * * * * * *
17316 TACAGTCACTCACGCCTTTGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTCTAACATCATAATTG
128 TATAGTCACCCATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAACCTCATAATTA
* * * * ** *
17381 ATTTTAAGTGGAAATG-TTTTACA-TTTTGGTTAAAATAGATAACAATTGAATCCCTACCATGAG
193 ATTTTAAGTTG-AATGTTTTTACATTTTTGGTTAAAATAGATTATAATTAAATGTCTACCTTGAG
** * * * * *
17444 AAATGTGAAGAAAAAACCATTTA-TTGGCAAGAAAAG-CCTTATATATAGTCACTCATGCCTTCA
257 AAACATGAAG---AAGCCATTCATTTGACAAGAAAAGTCC--ATTTATAGTCACCCATGCCTTCA
17507 AAAG-CTTATTACT-AGCTTTAAA
317 AAAGCCTTATTACTCA-CTTTAAA
********** * * ** *
17529 TGGTTTTANNNNNNNNNNATTGATTTTAAGTTGAA-TGTTTTTACATTTTTGGTTAAAACA-AAT
1 TGGTTTTATAACCTCATAATTGACTTTAAGTTGAATTATTTTTTTA-TTTT-GTTAAAATAGAA-
* * * * * * * * * * *
17592 TATAGTTATATGTTTACCATGACAAACGTGAAGAAAAAGCAATTCGTTGGC-AGAAAAAGTCC-A
63 AATAATTAAATGTCTACCTTAAGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGACAAG-AAAAG-CCTA
* * * * * **
17655 TTTACAGTCACCCACGCCTTCGAAAGCCTTATTACCCGTTTTAAATGATTGCATAACCTCATAAT
126 TTTATAGTCACCCATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAACCTCATAAT
* ********** * * * * *
17720 TGATTTTAAGTTNNNNNNNNNNACATTTTTAGTTAAAATAGATAATAATTGAATGTTTACATTTT
191 TAATTTTAAGTTGAATGTTTTTACATTTTTGGTTAAAATAGATTATAATTAAATGTCTAC--CTT
* * * *
17785 TACATTTAA-ATGTGAAGAAAGAGCCATTCATTAG-CAAGAAAAG-CTTATTTATAGTCACCCAT
254 GAGA---AACA--TGAAG--A-AGCCATTCATTTGACAAGAAAAGTC-CATTTATAGTCACCCAT
* *
17847 GCGTTCCAAAAGCCTTATTACTTACTTTAAA
310 GCCTT-CAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAA
* * * ** * * * *
17878 TGTTTTTATAATCTCGTAGCTAACTTTAAG-TGAAATTGTTTTTCGT-TTTTGTTTAAAATGGAA
1 TGGTTTTATAACCTCATAATTGACTTTAAGTTG-AATTATTTTT-TTATTTTG-TTAAAATAGAA
* * * * * * * *
17941 TATAATCAAATATCTACCATAAGAAACGTGAAGAAAAAGCCATTCATTGGCAAGTAAAGTCTATT
63 AATAATTAAATGTCTACCTTAAGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGACAAGAAAAGCCTATT
* * *
18006 TATAGTCACCCATGCCCTCGAAAGCCTTATTTCTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTA
128 TATAGTCACCCATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAACCTCATAATTA
*
18071 ATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAATAGATTATAATTAAATGTCTACCTTGAGA
193 ATTTTAAGTTGAATGTTTTTACATTTTTGGTTAAAATAGATTATAATTAAATGTCTACCTTGAGA
* *
18136 AACATGAAGAAGCCATTCATTTG-CAAGACAAGTCCATTTATAGTCACCC-TGCCTTCAAAAATC
258 AACATGAAGAAGCCATTCATTTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTC-AAAAGC
*
18199 C-T-TTACCCACTTTAAA
322 CTTATTACTCACTTTAAA
** ***
18215 TGGTTTTATAATTTCATAATTGACTTTAAGTTGAATTATTTTTTTATTTTCGTTAAAATAGGTTA
1 TGGTTTTATAACCTCATAATTGACTTTAAGTTGAATTATTTTTTTATTTT-GTTAAAATAGAAAA
* * * *
18280 TAATTAATTGTCTACCTTGAGAAACATGAAGAAAGAGCCATTCATTGACAAGAAAAGCCTATTTG
65 TAATTAAATGTCTACCTTAAGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGACAAGAAAAGCCTATTTA
* * * *
18345 TAGTCACCCAAGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGATTTATAACCTCATAATTGAT
130 TAGTCACCCATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAACCTCATAATTAAT
* * *
18410 TTTAAGTTAAATGTTTTTACATTGTTGGTTAAAACAGATTATAATTAAATGTCTACCTTGAGAAA
195 TTTAAGTTGAATGTTTTTACATTTTTGGTTAAAATAGATTATAATTAAATGTCTACCTTGAGAAA
* * * * * * *
18475 CGTGAAGAAAAAGCCATTCA-TTGACAAAAAAAGTTCACTTATAGTAACCCAGGCCTTCGAAAGC
260 CATGAAG---AAGCCATTCATTTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCAAAAGC
* *
18539 CTTATTACTCGCTTTAAN
322 CTTATTACTCACTTTAAA
********* * * * * *
18557 NNNNNNNNNAACCTCATAATTGATTTTGAGTTGAATTCTTTTTCATT-TTTAGATAAAATAGAAA
1 TGGTTTTATAACCTCATAATTGACTTTAAGTTGAATTATTTTT--TTATTTTGTTAAAATAGAAA
* * * *********
18621 AAAATTAAATGTTTACCTCAAG-AACAGTGAAGAAAAAGCCATTCATTGACAAGAANNNNNNNNN
64 ATAATTAAATGTCTACCTTAAGAAACA-TGAAGAAAAAGCCATTCATTGACAAGAAAAGCCTATT
* ** *
18685 NATAGTCACCCATGCCTT-GAAAAGCCTTATTACTTACTTTAAATGGTTCTATAACCTCATAATT
128 TATAGTCACCCATGCCTTCG-AAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAACCTCATAATT
* * * *
18749 GAA-TTTAAGTTGAATGTTTTTCCACTTTTTGCTGAAACAT--ATTATAACTAAATGTCTACCTT
192 -AATTTTAAGTTGAATGTTTTTACA-TTTTTGGTTAAA-ATAGATTATAATTAAATGTCTACCTT
* * * * * *
18811 GAGAAACGTTAAGAAAAAGCCATTC-GTCGATAAGAAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCGTT
254 GAGAAAC---ATGAAGAAGCCATTCATTTGACAAG-AAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTT
* *
18875 CAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAT
315 CAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAA
* * * * * *
18900 TAG-TTTATAACCTCATAATTGATTTTAGGTTGAATTGTTTTATATT-TTTTGTTAAAACAGATA
1 TGGTTTTATAACCTCATAATTGACTTTAAGTTGAATTATTTT-T-TTATTTTGTTAAAATAGAAA
* * * * *
18963 ATAATTGAATGTCTA-CTTCAAAAAACATGAAGCAAGAGCCATTCATTGGCAAGAAAAGCCTATT
64 ATAATTAAATGTCTACCTT-AAGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGACAAGAAAAGCCTATT
19027 NNNNNNNNNN
Statistics
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Matches are distributed among these distances:
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Consensus pattern (339 bp):
TGGTTTTATAACCTCATAATTGACTTTAAGTTGAATTATTTTTTTATTTTGTTAAAATAGAAAAT
AATTAAATGTCTACCTTAAGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGACAAGAAAAGCCTATTTAT
AGTCACCCATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAACCTCATAATTAATT
TTAAGTTGAATGTTTTTACATTTTTGGTTAAAATAGATTATAATTAAATGTCTACCTTGAGAAAC
ATGAAGAAGCCATTCATTTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCAAAAGCCTTA
TTACTCACTTTAAA
Found at i:19556 original size:169 final size:170
Alignment explanation
Indices: 19129--19559 Score: 431
Period size: 171 Copynumber: 2.5 Consensus size: 170
19119 NNNNNNNNNN
* * ** * *
19129 TTCATTGGCAAGAAAAGTCCAGTTATAGTCGCCCGCACCTTCGAAAGCGTTATTACTCGCTTTAA
1 TTCATTGGCAAGAAAAGTGCATTTATAGTCGCCCATACCTTCAAAAGCGTTATTACTCACTTTAA
* * *
19194 ACGCTTTTATAACCTCATAATTGATTTTAAGCTGAATGTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAAATA
66 A-GGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGCTGAATGTTTTTAAATTTTTGGTTAAAACAAATA
* *
19259 ATAATTGAAAGTCTGCCTTGAAAAACACAAAGAAAGAGCCA
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* ** * * * *
19300 TTCATTGGTAAGAAAAG-GCTATTTATAGTTACCCATGCCTCCAAAAGCCTTATTACTTACTTTT
1 TTCATTGGCAAGAAAAGTGC-ATTTATAGTCGCCCATACCTTCAAAAGCGTTATTACTCAC-TTT
* * * * * * **
19364 GATGGCTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGATTTTTTTTAAATTTTTGGTT-AAACTGAT
64 AAAGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGCTGAATGTTTTTAAATTTTTGGTTAAAACAAAT
* ** * *
19428 AATAATTGAATGTCCAG-CATGGGAAACATGAAA-ACA-AGCCA
129 AATAATTGAAAGT-CAGCCATGAAAAACA-CAAAGAAAGAGCCA
* * * * *
19469 TTCATTGGCAAGAAAAGTGCATTTATAGTCGTCCATACTTTTAAAAGTGTTACTACTCACTTTAA
1 TTCATTGGCAAGAAAAGTGCATTTATAGTCGCCCATACCTTCAAAAGCGTTATTACTCACTTTAA
* *
19534 AGGTTTTTATATTCTTATAATTGATT
66 AGG-TTTTATAATCTCATAATTGATT
19560 NNNNNNNNNN
Statistics
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Matches are distributed among these distances:
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ACGTcount: A:0.33, C:0.16, G:0.15, T:0.36
Consensus pattern (170 bp):
TTCATTGGCAAGAAAAGTGCATTTATAGTCGCCCATACCTTCAAAAGCGTTATTACTCACTTTAA
AGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGCTGAATGTTTTTAAATTTTTGGTTAAAACAAATAA
TAATTGAAAGTCAGCCATGAAAAACACAAAGAAAGAGCCA
Found at i:24777 original size:171 final size:172
Alignment explanation
Indices: 24402--24781 Score: 378
Period size: 171 Copynumber: 2.2 Consensus size: 172
24392 NNNNNNNNNN
*
24402 TCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAA-CGTCATAATTGATTTTACGTTGAATTT
1 TCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCGTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTT
********** * *
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* *
24531 CATTCATTACTAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCTT
131 CATTCATTACTAAGAAAAGTCCATTCATAGTCACCCAAGCTT
**********
24573 TCAAAAGCCTTATTACTNNNNNNNNNNGGTTTTATAATC-TCATAATTGATTTTAAGTTGAATTA
1 TCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCGTCATAATTGATTTTAAGTTGAATT-
** *
24637 TTTTTTTATT-TTAT-TTAAAATAGATTATAATTAAATGTCTATCTTGAGAAACATGAAGAAAGA
65 TTTTTGCATTCTT-TGTTAAAACAGATTATAATTAAATGTCTATCTTGAGAAACATGAAGAAAGA
*
24700 GACATTCATTGA-TAAGAAAA-TCCTATTCATAGTCACCTAAGCCTT
129 GACATTCATT-ACTAAGAAAAGTCC-ATTCATAGTCACCCAAG-CTT
* **
24745 T-GAAAGCCTTATTACTTGCTTTAAATGGTTTTATAAT
1 TCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAAT
24782 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 163, Mismatches: 40, Indels: 12
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Matches are distributed among these distances:
170 3 0.02
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ACGTcount: A:0.34, C:0.12, G:0.11, T:0.37
Consensus pattern (172 bp):
TCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCGTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTT
TTTTGCATTCTTTGTTAAAACAGATTATAATTAAATGTCTATCTTGAGAAACATGAAGAAAGAGA
CATTCATTACTAAGAAAAGTCCATTCATAGTCACCCAAGCTT
Found at i:27310 original size:171 final size:171
Alignment explanation
Indices: 26572--27345 Score: 615
Period size: 171 Copynumber: 4.5 Consensus size: 171
26562 NNNNNNNNNN
* ** * **
26572 TCCATTTATAGTCACCCATACCTTCGGAAGCCTTATTTCTCGCTTTAAATGGTTTTATAATTTCA
1 TCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAACCTCA
********** * ** * * *
26637 TAATNNNNNNNNNNTTGAATTCTTTTTTTA-TTTTAGTTAAAATAGGTTATAATTAATTGTCTAC
66 TAATTGATTTTAAGTTGAA-TGTTTTTACATTTTTAGTTAAAACAGATTATAATTAAATGTCTAC
* * *
26701 CTTAAGAAACATGAAGAAAGAGCCATTCATTGACAAGAAAAG
130 CTTGAGAAACGTGAAGAAAAAGCCATTCATTGACAAGAAAAG
* * * * * **********
26743 TCGATTTGTAGTCACCCAAGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGATTNNNNNNNNNN
1 TCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAACCTCA
*
26808 TAATTGATTTTAAGTAGAATGTTTTTACATTTTTAGTTAAAACAGATTATAATTAAATGTCTACC
66 TAATTGATTTTAAGTTGAATGTTTTTACATTTTTAGTTAAAACAGATTATAATTAAATGTCTACC
* ** *
26873 CTGAGAAACGTGAA-AAAAAGCCATTCATTGGGAGGAAAAG
131 TTGAGAAACGTGAAGAAAAAGCCATTCATTGACAAGAAAAG
** ** **********
26913 TCCCCTTATAGTCACCCATGCCTTCGGAAGCCTTATTACTCGCTTTANNNNNNNNNNTAACCTCA
1 TCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAACCTCA
* * * * * *
26978 TAATTGATTTTGAGTTGAAT-TGTTTTCCATTTTTAGTTAAAATAGATAATAATTGAATGTTTAC
66 TAATTGATTTTAAGTTGAATGT-TTTTACATTTTTAGTTAAAACAGATTATAATTAAATGTCTAC
* * *
27042 C-TCAGGAACAGTGAAGAAAAATCCATTCATTGACAAGAAAAG
130 CTTGAGAAAC-GTGAAGAAAAAGCCATTCATTGACAAGAAAAG
* * * ********** *
27084 -CCTGTTTATAGTCACCTATGCCTTGAANNNNNNNNNNACTTGCTTTAAATGGTTTTATAACCTC
1 TCC-ATTTATAGTCACCCATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAACCTC
* * * **
27148 ATAATTGAATTTAAGTTGAATGTTTTTACATTTTT-GTTGAAACATATTATAACCAAATGTCTAC
65 ATAATTGATTTTAAGTTGAATGTTTTTACATTTTTAGTTAAAACAGATTATAATTAAATGTCTAC
** * *
27212 CTTGAGAAACGTTTAGAAAAAGCCATTCATCGATAAGAAAAAG
130 CTTGAGAAACGTGAAGAAAAAGCCATTCATTGACAAG-AAAAG
* *
27255 TCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGTTTTAATTGGTTTTATAACCTCA
1 TCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAACCTCA
27320 TAATTGATTTTAAGTTGAATTGTTTT
66 TAATTGATTTTAAGTTGAA-TGTTTT
27346 ATATTTNNNN
Statistics
Matches: 455, Mismatches: 138, Indels: 19
0.74 0.23 0.03
Matches are distributed among these distances:
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170 179 0.39
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ACGTcount: A:0.31, C:0.15, G:0.13, T:0.35
Consensus pattern (171 bp):
TCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAACCTCA
TAATTGATTTTAAGTTGAATGTTTTTACATTTTTAGTTAAAACAGATTATAATTAAATGTCTACC
TTGAGAAACGTGAAGAAAAAGCCATTCATTGACAAGAAAAG
Found at i:28803 original size:171 final size:171
Alignment explanation
Indices: 28182--28825 Score: 602
Period size: 171 Copynumber: 3.8 Consensus size: 171
28172 GCAAGAAATG
* *
28182 AAGTTAAATTTTTTT--ACTTTTTCGGTTAAAACAGAATATAATTAAATGTCTACCTTAAGAAAC
1 AAGTTGAATTTTTTTACACTTTTT-GGTTAAAACAGATTATAATTAAATGTCTACCTTAAGAAAC
* * *
28245 ATGAAGAAAAAGCCATTCATTAGCAAGAAAAGTCTATATATAGTCACCCATACCTTCAAAAGCTT
65 ATGAAGAAAAAGCCATTCATT-GCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATACCTTCAAAAGCCT
*
28310 TATTACTCGTTTTAAATGGTTTTATAACCTCTTAATTGATTTT
129 TATTACTCGTTTTAAATGGTTTTATAACCTCATAATTGATTTT
* * * * * * *
28353 AAGTTGAATGTTTCTACATTTTTTGGATAAAACAGATTATAATTAAATCTCTACCTTGAGAAACG
1 AAGTTGAATTTTTTTACACTTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTAAATGTCTACCTTAAGAAACA
******************* * *
28418 TGAAGAAAAAGCCATTNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTTATAGTCACCAATACCTTTAAAAGCCTT
66 TGAAGAAAAAGCCATT-CATTGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATACCTTCAAAAGCCTT
* *
28483 ATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAGCCTCATAATTGA-TTT
130 ATTACTCGTTTTAAATGGTTTTATAACCTCATAATTGATTTT
* * * * * *
28524 AAGTTGAATTTTTTTACA-TTTTTGGTTAAAATAGATAATAACTAAATGTCGAGC-TAGGGAAAC
1 AAGTTGAATTTTTTTACACTTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTAAATGTCTACCTTA-AGAAAC
********* *
28587 ATGAAGAAAAAGCCATTCATTG-ATNNNNNNNNNNCATTCATAGTCACCCACTA-CTTCAAAAGC
65 ATGAAGAAAAAGCCATTCATTGCA--AGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCA-TACCTTCAAAAGC
* *
28650 CTTCTTACTCGTTTTAAATGGTTTTATAACGTCATAATTGATTTT
127 CTTATTACTCGTTTTAAATGGTTTTATAACCTCATAATTGATTTT
* * * * *
28695 ACGTTGAATTTTTTTATACTTTTT-GTTAAAACAGATTATAATTAAATGTCCACCTCAAGAAACG
1 AAGTTGAATTTTTTTACACTTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTAAATGTCTACCTTAAGAAACA
* * *
28759 TGAAGAAAGAGCCATTCATTGCCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCTATGCCTTCAAAAGCCTT
66 TGAAGAAAAAGCCATTCATTG-CAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATACCTTCAAAAGCCTT
28824 AT
130 AT
28826 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 373, Mismatches: 87, Indels: 26
0.77 0.18 0.05
Matches are distributed among these distances:
169 1 0.00
170 117 0.31
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173 7 0.02
ACGTcount: A:0.34, C:0.15, G:0.12, T:0.34
Consensus pattern (171 bp):
AAGTTGAATTTTTTTACACTTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTAAATGTCTACCTTAAGAAACA
TGAAGAAAAAGCCATTCATTGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATACCTTCAAAAGCCTTA
TTACTCGTTTTAAATGGTTTTATAACCTCATAATTGATTTT
Found at i:39097 original size:169 final size:170
Alignment explanation
Indices: 38702--39576 Score: 481
Period size: 172 Copynumber: 5.1 Consensus size: 170
38692 NNNNNNNNNN
* *
38702 TTATAGTCACCTATGCCTTTGAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGCTTTATATAATCTCATAA
1 TTATAGTCACC-ATGCCTTTGAAAGCCTTATTACTCACTTCAAATGG-TTT-TATAACCTCATAA
* * **
38767 TTGATTTTAAGTTAAATGTTTTTACATTTTAGGCTAAAATAGATTATAATTAAATGTTTACCTCG
63 TTGATTTTAAGTTAAATGTTTTTACATTTTACGCTAAAATAGATAATAATTAAATGCCTACCTCG
* *
38832 AGAAACTTGAATAAAGAGCCATTCATTGGTAAGAAAAGCCTAT
128 AGAAACGTGAAGAAAGAGCCATTCATTGGTAAGAAAAGCCTAT
* * ***********
38875 TTACAATCACCCATG-CTTTGAAAAGCCTTATTACTCNNNNNNNNNNATTTTATAACCTCATAAT
1 TTATAGTCA-CCATGCCTTTG-AAAGCCTTATTACTCACTTCAAATGGTTTTATAACCTCATAAT
* * * * ** * *
38939 TGATTTTAAGTT-ATTTTTTTTACATTTTTCGTTAAAATAGATAATAATTAAATGCCTGTCTTGG
64 TGATTTTAAGTTAAATGTTTTTACATTTTACGCTAAAATAGATAATAATTAAATGCCTACCTCGA
* *
39003 GAAAGGTGAAGAAA-AGCCATTCATTGGTAAGGAAAATCC-AT
129 GAAACGTGAAGAAAGAGCCATTCATTGGTAA-GAAAAGCCTAT
* * * * *
39044 TTATAGTCACTCATGCCTTCGAAAGACTTATTACTCACTTCAATTGGTTTTATAACATCATGATT
1 TTATAGTCAC-CATGCCTTTGAAAGCCTTATTACTCACTTCAAATGGTTTTATAACCTCATAATT
********** * ** * * * *
39109 NNNNNNNNNNTGAAT-TGTTTTACATTTTTGGTTAAAATAGATAATAATTGAATGCTTACCTCAA
65 GATTTTAAGTTAAATGT-TTTTACATTTTACGCTAAAATAGATAATAATTAAATGCCTACCTCGA
* * * *
39173 GAAACATAAAGAAAAAGCCATTTATTGGTAAGAAAAGCCTTAT
129 GAAACGTGAAGAAAGAGCCATTCATTGGTAAGAAAAGCC-TAT
* ** ** **********
39216 TTATAGTCACCCCTGCCTTCAAAAGCCTTATTACTTGCTNNNNNNNNNNTTATAACCTCATAATT
1 TTATAGTCA-CCATGCCTTTGAAAGCCTTATTACTCACTTCAAATGGTTTTATAACCTCATAATT
* * ** * * * * *
39281 GATTTTGAG-TAGAATTTGTTTTACATTTTTGGTTAAAA-A-ATTAATAATTGAATGTCTACTTT
65 GATTTTAAGTTA-AATGT-TTTTACATTTTACGCTAAAATAGA-TAATAATTAAATGCCTACCTC
* * * *
39343 GAGAAACATAAAGAAAGAGCCATTCATTGGCAAGAAAAGCGTAT
127 GAGAAACGTGAAGAAAGAGCCATTCATTGGTAAGAAAAGCCTAT
* ********* * * * * *
39387 TTATAGTCACCCATGCC-TTCAAANNNNNNNNNNCTCGCTTTAAATGGCTTTATAATCTCTTAAT
1 TTATAGTCA-CCATGCCTTTGAAA-GCCTTATTACTCACTTCAAATGGTTTTATAACCTCATAAT
* * * ** * * * * ** *
39451 TGATTTTAAGTTGAATATTTTTATATTTTTGGTTAAAACAAATAATAATTGAATGTTTACCTTGA
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* * * **
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39559 TTATAGTCACCCATGCCT
1 TTATAGTCA-CCATGCCT
39577 NNNNNNNNNN
Statistics
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174 2 0.00
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TTATAGTCACCATGCCTTTGAAAGCCTTATTACTCACTTCAAATGGTTTTATAACCTCATAATTG
ATTTTAAGTTAAATGTTTTTACATTTTACGCTAAAATAGATAATAATTAAATGCCTACCTCGAGA
AACGTGAAGAAAGAGCCATTCATTGGTAAGAAAAGCCTAT
Found at i:39500 original size:171 final size:161
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39255 NNNNNNNNNN
* * *
39265 TTATAACCTCATAATTGATTTTGAGTAGAATTTGTTTTACATTTTTGGTTAAAAAATTAATAATT
1 TTATAACCTCATAATTGATTTTAAGTAGAATATGTTTTACATTTTTGGTTAAAAAAATAATAATT
* * * * *
39330 GAATGTCTACTTTGAGAAA-CATAAAGAAAGAGCCATTCATTGGCAAGAAAAGCGTATTTATAGT
66 GAATGTCTACCTTGAGAAAGC-GAAAGAAAGAGCAATTCATTGACAAGAAAAGCCTATTTATAGT
39394 CACCCATGCCTTCAAANNNNNNNNNNCTCGCTTTAAATGGCT
130 CACCCATGCCTTCAAA----------CTCGCTTTAAATGGCT
* * * *
39436 TTATAATCTCTTAATTGATTTTAAGTTGAATAT-TTTTATATTTTTGGTTAAAACAAATAATAAT
1 TTATAACCTCATAATTGATTTTAAGTAGAATATGTTTTACATTTTTGGTTAAAA-AAATAATAAT
*
39500 TGAATGTTTACCTTGAGAAATGCGAAAGAAAGAGCAATTCATTGACAAGAAAAGCCTATTTATAG
65 TGAATGTCTACCTTGAGAAA-GCGAAAGAAAGAGCAATTCATTGACAAGAAAAGCCTATTTATAG
39565 TCACCCATGCCT
129 TCACCCATGCCT
39577 NNNNNNNNNN
Statistics
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Matches are distributed among these distances:
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TTATAACCTCATAATTGATTTTAAGTAGAATATGTTTTACATTTTTGGTTAAAAAAATAATAATT
GAATGTCTACCTTGAGAAAGCGAAAGAAAGAGCAATTCATTGACAAGAAAAGCCTATTTATAGTC
ACCCATGCCTTCAAACTCGCTTTAAATGGCT
Found at i:39627 original size:172 final size:162
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39267 ATAACCTCAT
* * * * *
39277 AATTGATTTTGAGTAGAATTTGTTTTACATTTTTGGTTAAAA-AATTAATAATTGAATGTCTACT
1 AATTGATTTTAAGTTGAA-TT-TTTTATATTTTTGGTTAAAACAAATAATAATTGAATGTCTACA
* * * *
39341 TTGAGAAA--CATAAAGAAAGAGCCATTCATTGGCAAGAAAAGCGTATTTATAGTCACCCATGCC
64 TTGAGAAATGC-GAAAGAAAGAGCAATTCATTGACAAGAAAAGCCTATTTATAGTCACCCATGCC
* * *
39404 TTCAAANNNNNNNNNNCTCGCTTTAAATGGCTTTATAATCTCTT
128 TTCAAA---------ACTCACTTTAAATGGCTTTATAATCTCTC
* *
39448 AATTGATTTTAAGTTGAATATTTTTATATTTTTGGTTAAAACAAATAATAATTGAATGTTTACCT
1 AATTGATTTTAAGTTGAAT-TTTTTATATTTTTGGTTAAAACAAATAATAATTGAATGTCTACAT
39513 TGAGAAATGCGAAAGAAAGAGCAATTCATTGACAAGAAAAGCCTATTTATAGTCACCCATGCCTN
65 TGAGAAATGCGAAAGAAAGAGCAATTCATTGACAAGAAAAGCCTATTTATAGTCACCCATGCCT-
***** *
39578 NNNNNNNNNNNNNACTCACTTTAAATGGTTTTAT-ATC-CTC
129 --------TCAAAACTCACTTTAAATGGCTTTATAATCTCTC
* * * * *
39618 ACCATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTTATTTTTGATTAAAACAGATTATAATTAAATGTCTACA
1 A--ATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTATATTTTTGGTTAAAACAAATAATAATTGAATGTCTACA
* *
39683 TTAAGAAATGTG-AAGAAA
64 TTGAGAAATGCGAAAGAAA
39701 AAGCNNNNNN
Statistics
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AATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTATATTTTTGGTTAAAACAAATAATAATTGAATGTCTACATT
GAGAAATGCGAAAGAAAGAGCAATTCATTGACAAGAAAAGCCTATTTATAGTCACCCATGCCTTC
AAAACTCACTTTAAATGGCTTTATAATCTCTC
Found at i:40520 original size:22 final size:22
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40467 TTCATAATTG
* * *
40477 ATTTTAAGTTAGATTTTTTTAT
1 ATTTTAAGTTAGAATATATTAT
*
40499 ATTTTTAGTTAGAATATATTAT
1 ATTTTAAGTTAGAATATATTAT
40521 A
1 A
40522 ATTAAATGTC
Statistics
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Matches are distributed among these distances:
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ATTTTAAGTTAGAATATATTAT
Found at i:42315 original size:340 final size:323
Alignment explanation
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41987 NNNNNNNNNN
* * * * * * *
41997 TTTGGTTAAAACAGATAATAATTGA-ATGTCTACCTTGGGAATCATGAAGTAAAATCCATTCATT
1 TTTGGGTAAAACAGATAATAATT-ACATCTCTACCATGGGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATC
* ****
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65 AGCAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACCCACACCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAA-GGTT
*****
42126 NNNNNATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAA-TTTTTTACATTTTTAGGTAAAACAGATTATAATC
129 TTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTAGGTAAAACAGATTATAATC
* * *
42190 AAATCTCTACCT-TGAGAAAGATG-AAAAAAAGCCATTCATCAGCAAGAAAAGTCTATTTATAGT
194 AAATCTCTACCTCT-AAAAACATGTAAAAAAAGCCATTCATCAGCAAGAAAAGTCCATTTATAGT
42253 CACCCATGCCTTTAAAAGCCTTATTACTTGCTTTANNNNNNNNNNNNNNNNNNTATTTGATTTTA
258 CACCCATGCCTTTAAAAGCCTTATTACTTGCTTTA------------------TATTTGATTTTA
42318 AGTTGAATTTTTTTATATT
305 AGTTGAATTTTTTTATATT
* *
42337 TTTGGGTAAAACAGATTATAATTACATCTCTACCATGGGAAACATGAAGAAAAAGCTATTCATCA
1 TTTGGGTAAAACAGATAATAATTACATCTCTACCATGGGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATCA
* *********
42402 GCAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACCCATACCTTCAAAAGCCTTATTACTNNNNNNNNNNGGTTT
66 GCAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACCCACACCTTCAAAAGCCTTATTACT-CACTTTAAAGGTTT
* *
42467 TATAATCTCATAATTGATTTTTAGTTGAATTTTTTTACATTTTTAGGTAAAACAGATTATAATTA
130 TATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTAGGTAAAACAGATTATAATCA
* *
42532 AATCTTTACCTCTAAAAACATGTAAAAAAAGCCATTCATCGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCA
195 AATCTCTACCTCTAAAAACATGTAAAAAAAGCCATTCATCAGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCA
42597 CCCATGCCTTTAAAAGCCTTATTACT
260 CCCATGCCTTTAAAAGCCTTATTACT
42623 CGCNNNNNNN
Statistics
Matches: 245, Mismatches: 36, Indels: 8
0.85 0.12 0.03
Matches are distributed among these distances:
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ACGTcount: A:0.34, C:0.15, G:0.11, T:0.33
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TTTGGGTAAAACAGATAATAATTACATCTCTACCATGGGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATCA
GCAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACCCACACCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAAGGTTTT
ATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTAGGTAAAACAGATTATAATCAA
ATCTCTACCTCTAAAAACATGTAAAAAAAGCCATTCATCAGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCAC
CCATGCCTTTAAAAGCCTTATTACTTGCTTTATATTTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATT
Found at i:42486 original size:171 final size:170
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Indices: 41267--42622 Score: 1042
Period size: 171 Copynumber: 8.0 Consensus size: 170
41257 NNNNNNNNNN
* *
41267 AATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAATTGAATTTTTTTATATTTTTGGGTAAAACAGAT
1 AATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGGTAAAACAGAT
* * * *
41332 TATGATTAAATTTTTACCTTGAGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATCAGCCAGAAAAGTCTATT
66 TATAATTAAATGTCTACCTTGAGAAACATGAA-AAAAAGCCATTCATCAGCAAGAAAAGTCTATT
* *
41397 TATAGTCACCCATGCCTTGAAAAGCCTTATTACTTGCTTTA
130 TATAGTCACCCATGCCTTTAAAAGCCTTATTACTTCCTTTA
* * ********** ** *
41438 AATGATTTTATAATCTCGTAATTGATTTTNNNNNNNNNNTTTTTACATTTTTGATTAAAATAGAT
1 AATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGGTAAAACAGAT
* * * *
41503 TATAATTAAATGTCTACCTTGAGAAATATGAAAAAAAAGCCATTCATCATCAGGAAAAGTCCATT
66 TATAATTAAATGTCTACCTTGAGAAACATG-AAAAAAAGCCATTCATCAGCAAGAAAAGTCTATT
* ********
41568 TATAGTCTCCCATGCCTTTAAAAGCCTTATTACNNNNNNNN
130 TATAGTCACCCATGCCTTTAAAAGCCTTATTACTTCCTTTA
** * * * * *** *
41609 NNTGGTTTTGTAATCTCATAATCGATTTTAAGTT-AAATTTTTTAAATTTTTAATTAAAACTGAT
1 AATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGGTAAAACAGAT
* * ********* * * *
41673 AATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACATGNNNNNNNNNNCTTTCATTAGTAAGAAAAGTGC-AT
66 TATAATTAAATGTCTACCTTGAGAAACATG-AAAAAAAGCCATTCATCAGCAAGAAAAGT-CTAT
** * *
41737 TTATAGTCACTTATGCCTTTGAAAGCCTTATTACTACCTTTA
129 TTATAGTCACCCATGCCTTTAAAAGCCTTATTACTTCCTTTA
* * * * * * * * *
41779 AATAGTTTCATAATCTCATAACTGAGTTTAAGTTGGATTTTTTTATA-TTTT-AGTTAAATAGAT
1 AATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGGTAAAACAGAT
* * ** ** *
41842 AATAATTGAATGTCTA-CTTAGAGAAACATGAAAAAAGAGCCATTCATTGGCAAGAAAACCCAAT
66 TATAATTAAATGTCTACCTT-GAGAAACATGAAAAAA-AGCCATTCATCAGCAAGAAAAGTCTAT
* * *
41906 TTATAGTCATCCATG-CTTTCAAAAGTCTTATTAC-TCATTTTA
129 TTATAGTCACCCATGCCTTT-AAAAGCCTTATTACTTC-CTTTA
*********** *
41948 AA-GAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATGNNNNNNNNNNTTTGGTTAAAACAGA
1 AATG-GTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGGTAAAACAGA
* * * * * * *
42012 TAATAATTGAATGTCTACCTTGGGAATCATGAAGTAAAATCCATTCATTAGCAAGAAAAGTCTAT
65 TTATAATTAAATGTCTACCTTGAGAAACATGAA-AAAAAGCCATTCATCAGCAAGAAAAGTCTAT
* *
42077 TTATAGTCACCCACGCCTTCAAAAGCCTTATTAC-TCACTTTA
129 TTATAGTCACCCATGCCTTTAAAAGCCTTATTACTTC-CTTTA
********** *
42119 AANNNNNNNNNNATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAA-TTTTTTACATTTTTAGGTAAAACAGAT
1 AATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGGTAAAACAGAT
* * *
42183 TATAATCAAATCTCTACCTTGAGAAAGATGAAAAAAAGCCATTCATCAGCAAGAAAAGTCTATTT
66 TATAATTAAATGTCTACCTTGAGAAACATGAAAAAAAGCCATTCATCAGCAAGAAAAGTCTATTT
*
42248 ATAGTCACCCATGCCTTTAAAAGCCTTATTACTTGCTTTA
131 ATAGTCACCCATGCCTTTAAAAGCCTTATTACTTCCTTTA
****************** * *
42288 NNNNNNNNNNNNNNNNNNTATTTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTGGGTAAAACAGAT
1 AATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGGTAAAACAGAT
* * * * *
42353 TATAATTACATCTCTACCATGGGAAACATGAAGAAAAAGCTATTCATCAGCAAGAAAAGTCTATT
66 TATAATTAAATGTCTACCTTGAGAAACATGAA-AAAAAGCCATTCATCAGCAAGAAAAGTCTATT
* * *******
42418 TATAGTCACCCATACCTTCAAAAGCCTTATTACTNNNNNNN
130 TATAGTCACCCATGCCTTTAAAAGCCTTATTACTTCCTTTA
*** * *
42459 NNNGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTTAGTTGAATTTTTTTACATTTTTAGGTAAAACAGAT
1 AATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGGTAAAACAGAT
* * * * *
42524 TATAATTAAATCTTTACCTCT-AAAAACATGTAAAAAAAGCCATTCATCGGCAAGAAAAGTCCAT
66 TATAATTAAATGTCTACCT-TGAGAAACATG-AAAAAAAGCCATTCATCAGCAAGAAAAGTCTAT
42588 TTATAGTCACCCATGCCTTTAAAAGCCTTATTACT
129 TTATAGTCACCCATGCCTTTAAAAGCCTTATTACT
42623 CGCNNNNNNN
Statistics
Matches: 924, Mismatches: 241, Indels: 40
0.77 0.20 0.03
Matches are distributed among these distances:
168 9 0.01
169 204 0.22
170 221 0.24
171 476 0.52
172 14 0.02
ACGTcount: A:0.34, C:0.14, G:0.11, T:0.35
Consensus pattern (170 bp):
AATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGGTAAAACAGAT
TATAATTAAATGTCTACCTTGAGAAACATGAAAAAAAGCCATTCATCAGCAAGAAAAGTCTATTT
ATAGTCACCCATGCCTTTAAAAGCCTTATTACTTCCTTTA
Found at i:43393 original size:171 final size:171
Alignment explanation
Indices: 42893--43868 Score: 780
Period size: 171 Copynumber: 5.7 Consensus size: 171
42883 NNNNNNNNNN
* * *
42893 AATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATATTTTTACATTTTTAGGTAAAACAGAT
1 AATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATGTTTTTATATTTTTGGGTAAAACAGAT
* * * * ** *
42958 TATAATTAAAT-TTCTACCTTGGGAAAGATGAA-AAAAAGTCATT-TTGCAATAAGAAAAGTTCA
66 TATAATTAAATCTT-TACCTTGAGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCAT-CAGCAAGAAAAGTCCA
* * ***
43020 TTTATAGTCACCCATGCCTTTAAAAGCCTTATTACTTGCTNNN
129 TTTATAGTCACCCATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTA
******* * * *
43063 NNNNNNNTTGTAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTGGGTAAAAAAGAT
1 AATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATGTTTTTATATTTTTGGGTAAAACAGAT
* * * * * * *
43128 TATAATTACATCTCTACCTTGGGAAATATGAAGAAAAAGCTATTCATCAGTAAGAAAAGTCTATT
66 TATAATTAAATCTTTACCTTGAGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATCAGCAAGAAAAGTCCATT
********** *
43193 TATAGTCACCCATNNNNNNNNNNGCCTTATTACTCACTTTA
131 TATAGTCACCCATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTA
* * * *
43234 AATGGTTTTAGAATCTCATCATTGATTTTTAGTTGAATGTTTTTATATTTTTGGGTAAAACGGAT
1 AATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATGTTTTTATATTTTTGGGTAAAACAGAT
43299 TATAATTAAATCTTTACCTCT-AGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATCAGCAAGAAAAGTCCAT
66 TATAATTAAATCTTTACCT-TGAGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATCAGCAAGAAAAGTCCAT
* *
43363 ATATCGTCACCCATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTA
130 TTATAGTCACCCATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTA
* * * * **********
43405 AATGGTTTTATCACCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATGTTTTTACATTTTTAGNNNNNNNNNNT
1 AATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATGTTTTTATATTTTTGGGTAAAACAGAT
* * * * * * *
43470 AATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACATGAAGAAAAATCCATTCATTAGCAAGAAAAGTTCATT
66 TATAATTAAATCTTTACCTTGAGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATCAGCAAGAAAAGTCCATT
* * ** * * *
43535 CATAGTCAGCCACACCTTCGAAAGCCTTAGTACTTGCTTTA
131 TATAGTCACCCATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTA
* *** * * * *
43576 AATGATTTTATTGCCTAATAATTGATTTTAAGTTGAAT-TTTTTATATTTTTGGTTCAAATAGAT
1 AATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATGTTTTTATATTTTTGGGTAAAACAGAT
* * * * * ** *
43640 AATAATTGAATGTTTACCTTAAGAAACATGAAGAAAGAGTTATTCAT-TGACAAGAAAAG-CCTA
66 TATAATTAAATCTTTACCTTGAGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATCAG-CAAGAAAAGTCC-A
* **********
43703 TTTATAGTCACCCATGCCTTCAAAACCCTTANNNNNNNNNNTA
129 TTTATAGTCACCCATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTA
* * * * *** *
43746 AATGGTTTTATAATCACATAATTGATTTGAAGTTGACT-TCTTTATATTTTTTTATTAACACAGA
1 AATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATGTTTTTATA-TTTTTGGGTAAAACAGA
* * * * **
43810 TTATGATTGAATGTTTACCTTGGGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAA
65 TTATAATTAAATCTTTACCTTGAGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATCAGCAAGAAAA
43869 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 632, Mismatches: 165, Indels: 17
0.78 0.20 0.02
Matches are distributed among these distances:
169 2 0.00
170 210 0.33
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ACGTcount: A:0.34, C:0.13, G:0.13, T:0.36
Consensus pattern (171 bp):
AATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATGTTTTTATATTTTTGGGTAAAACAGAT
TATAATTAAATCTTTACCTTGAGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATCAGCAAGAAAAGTCCATT
TATAGTCACCCATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTA
Found at i:44276 original size:171 final size:170
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Indices: 43970--44658 Score: 483
Period size: 171 Copynumber: 4.0 Consensus size: 170
43960 NNNNNNNNNT
* * * *
43970 TACCTTAAGAAATGTGAAGAAAGAGCCATTCATTGGCAAGAAAAGCCTATATACAGTCACTCATG
1 TACCTTAAGAAATGTGAAGAAAGAGCCATTCATTGACAAGAAAAGCCTATTTATAGTCACCCATG
* * **********
44035 CCTTGAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAACCTCATAATNNNNNNNNNNTTGAAT
66 CCTTGAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTGTATAACCTCATAATCGATTTTAAGTTGAAT
*
44100 TTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTAAATGTC
131 TTTTTT-CATTTTTGGTTAAAACAGATAATAATTAAATGTC
* * * * *
44141 TACTTTAAGAAATGTGAAGAAAAAACCATTCATTGACAGGAAAAGTCC-ATTTATGGTCACCCAT
1 TACCTTAAGAAATGTGAAGAAAGAGCCATTCATTGACAAGAAAAG-CCTATTTATAGTCACCCAT
* *
44205 GCCTTCG-AAAGCCTTATTACTTACTTTGAATGGTTGTATAACCTCATAATCGATTTTAAGTTGA
65 GCCTT-GAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTGTATAACCTCATAATCGATTTTAAGTTGA
* * * *
44269 TTTTTTTTCATTTTTGGTTAAAATAGATAATAATTGAATGTT
129 ATTTTTTTCATTTTTGGTTAAAACAGATAATAATTAAATGTC
* * * *
44311 TACCTCAACAACA-GTGAAGAAAGAGCCATTCATTGACAAGAAAAGCCTGTTTATAGTCACCCAN
1 TACCTTAAGAA-ATGTGAAGAAAGAGCCATTCATTGACAAGAAAAGCCTATTTATAGTCACCCAT
************************** * * *
44375 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTAAATAGTTTTATAACCTCATAATTGATTTTAAGTTGAA
65 GCCTTGAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTGTATAACCTCATAATCGATTTTAAGTTGAA
* * * * * **
44440 TGTTTTTACATTTTTTGG-TGAATCATATTATAACAAAATGTC
130 T-TTTTTTCA-TTTTTGGTTAAAACAGATAATAATTAAATGTC
* * * * * *
44482 TACCTTGAGAAACGTTAAGAAA-AGCCATTCATCGACAAAAAAAAGTCC-ATTTATAGTCACTCA
1 TACCTTAAGAAATGTGAAGAAAGAGCCATTCATTGAC-AAGAAAAG-CCTATTTATAGTCACCCA
* * * * * * * *
44545 TGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTGTAATTTGTTTTATAACCTCATAATTGATTTTAAGTTCA
64 TGCCTTGAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTGTATAACCTCATAATCGATTTTAAGTTGA
* *
44610 ATTATTTTAT-ATTTTTGGTTAAAATAGATAATAATTGAATGTC
129 ATT-TTTT-TCATTTTTGGTTAAAACAGATAATAATTAAATGTC
44653 TACCTT
1 TACCTT
44659 GAAAAACATN
Statistics
Matches: 381, Mismatches: 124, Indels: 26
0.72 0.23 0.05
Matches are distributed among these distances:
169 2 0.01
170 137 0.36
171 230 0.60
172 12 0.03
ACGTcount: A:0.33, C:0.14, G:0.12, T:0.35
Consensus pattern (170 bp):
TACCTTAAGAAATGTGAAGAAAGAGCCATTCATTGACAAGAAAAGCCTATTTATAGTCACCCATG
CCTTGAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTGTATAACCTCATAATCGATTTTAAGTTGAAT
TTTTTTCATTTTTGGTTAAAACAGATAATAATTAAATGTC
Found at i:46154 original size:171 final size:170
Alignment explanation
Indices: 45850--47801 Score: 566
Period size: 171 Copynumber: 11.4 Consensus size: 170
45840 NNNNNNNNNN
* ** * * * *
45850 GTCTACCTCAAGAAACGTGAAGAAAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAGTTCATTCATAGTCATCC
1 GTCTGCCTCAAGAAATATGAAGAAAAAGCCATTCATTGGTAAGAAAAG-CCATTTATAGTCACCC
* * * * * * * **********
45915 ATACCTTTAAAAGCTTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATNNNNNNNNNNTTG
65 ATCCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATAGCTGTATAATCTAATAATTGAGTTTAAGTTG
45980 AATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGATAATAATTGAAT
130 AATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGATAATAATTGAAT
* * * **
46021 GTCTGTCTCAAGAAATATGAAGAAAAAGCCTTTCATTAGTAAGAAAAGCGCATTTATAGTCACTT
1 GTCTGCCTCAAGAAATATGAAGAAAAAGCCATTCATTGGTAAGAAAAGC-CATTTATAGTCACCC
* ***********
46086 A-CGCCTTCAAAAGCCTTGTTACTCACTTTAAATAGCNNNNNNNNNNCATAATTGAGTTTAAGTT
65 ATC-CCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATAGCTGTATAATCTAATAATTGAGTTTAAGTT
* * * * *
46150 GAA-TTTTTTATATTTTTGCTTAAAACATACAATGATTGAAT
129 GAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGATAATAATTGAAT
* * **
46191 GTTTACCTTGAGAAATAT-AAGAAAAGAGCCATTCATTGGTAAGAAAAGCCAATTTATAGTCACC
1 GTCTGCCTCAAGAAATATGAAGAAAA-AGCCATTCATTGGTAAGAAAAGCC-ATTTATAGTCACC
* * *
46255 CATCCCTTCAAAAGCCTTATTACTCATTTTAAATAGTTGTATAATCTAATAATTGATTTTAAGTT
64 CATCCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATAGCTGTATAATCTAATAATTGAGTTTAAGTT
* *
46320 TAATTTTTTTACATCTTTGGTTAAAACAGATAATAATTGAAT
129 GAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGATAATAATTGAAT
* * * *
46362 GTCTGCCTCAAG-AGTCATGAAGAAAAAGCCATTCATTGGCAACAAAAGTCCATTTATAGTCA-N
1 GTCTGCCTCAAGAAAT-ATGAAGAAAAAGCCATTCATTGGTAAGAAAAG-CCATTTATAGTCACC
************************** * * * * * *
46425 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNGCTTTAAATTGTTTTACAATCTCATAATTGATTTTAAGTT
64 CATCCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATAGCTGTATAATCTAATAATTGAGTTTAAGTT
* * * * * * *
46490 AAATTTTTTTATATATTTGCTTAGAATAGA-ATATAATTAAAT
129 GAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGATA-ATAATTGAAT
** * ** * * ** * *
46532 GTCTATCTCGAGAAACGTAAAGAAAAAGCCATTCGTTATTAGGAAAAGTCCATTTATAGCCACCC
1 GTCTGCCTCAAGAAATATGAAGAAAAAGCCATTCATTGGTAAGAAAAG-CCATTTATAGTCACCC
** * * * * **
46597 ATGGCTTCAAAATCCTTGTTACT-AGCTTTAAAT-GATTTTATAATCCCATAATTGA-TTTAATG
65 ATCCCTTCAAAAGCCTTATTACTCA-CTTTAAATAG-CTGTATAATCTAATAATTGAGTTTAA-G
** * * *
46659 TTGAATTTTTTT-CATTTTTTATTAAAAAAGATTATAACTGAAT
127 TTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGATAATAATTGAAT
* *** ** * *
46702 GTCTACCTTGGGAAACGTGAAGAAAAAGCCATTCATTGGCAAAAAAAAGTCCATTTATAGTCACC
1 GTCTGCCTCAAGAAATATGAAGAAAAAGCCATTCATTGG-TAAGAAAAG-CCATTTATAGTCACC
* * * ** *********************** *
46767 TATGCCTTCTAAAGCCTTATTACTTGCTTTAANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNATTTTAAGTT
64 CATCCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATAGCTGTATAATCTAATAATTGAGTTTAAGTT
* * * * *
46832 GAATATTTTTACATTTTTAGTTAAAACAGATTATAACTAAAT
129 GAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGATAATAATTGAAT
* * * ** *
46874 GTC-GACCTTAAGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATCGACAAGATAAGTCCATTTATAGTCACC
1 GTCTG-CCTCAAGAAATATGAAGAAAAAGCCATTCATTGGTAAGAAAAG-CCATTTATAGTCACC
* ***************************** * *
46938 CATGCCTTCAAANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTAATCTCATAATTGATTTTAAGTT
64 CATCCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATAGCTGTATAATCTAATAATTGAGTTTAAGTT
* * *
47003 GAATTTTTTTACATTTTTGGGTAAAACAAATTATAATT-ATAT
129 GAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGATAATAATTGA-AT
* * * ** * * ** *
47045 CTCTACTTCGGGAAACATGAAGAAACAGCCATTCATCAGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCC
1 GTCTGCCTCAAGAAATATGAAGAAAAAGCCATTCATTGGTAAGAAAAG-CCATTTATAGTCACCC
* * ********** * * * * * *
47110 ATGCCTTCGAAAGCCTTANNNNNNNNNNTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAATTG
65 ATCCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATAGCTGTATAATCTAATAATTGAGTTTAAGTTG
* * * * *
47175 AATTCTTTTACATTTTTGGGTAAAATAGATTATAATTAAAAT
130 AATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGATAATAATT-GAAT
* * * * * * * *
47217 -TTTACCTCGAGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATCAGCT-AGAAAAGTCCATTTATAGTTACT
1 GTCTGCCTCAAGAAATATGAAGAAAAAGCCATTCAT-TGGTAAGAAAAG-CCATTTATAGTCACC
* * * * * ** * * *
47280 CATGCCTTGAAAAGCCTTATTACTTACTTTAAAT-GATTTTATAATCTCGTACTTGATTTTTAGT
64 CATCCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATAG-CTGTATAATCTAATAATTGAGTTTAAGT
* * * ********* *
47344 TCAATATTTTTACATTTTTGATNNNNNNNNNNT-ATAATTAAAT
128 TGAATTTTTTTACATTTTTGGT-TAAAACAGATAATAATTGAAT
* ** * ** * * *
47387 GTCTACCTTGAGAAACATGAA-ATAAAAGCCATTCATCAGCAGGAAAAGTCCATTTATAGTCTCC
1 GTCTGCCTCAAGAAATATGAAGA-AAAAGCCATTCATTGGTAAGAAAAG-CCATTTATAGTCACC
* * ********** * * * * * * *
47451 CATGCCTTTAAAAGCCTTATTACNNNNNNNNNNTGGTTTTGTAATCTCATAATCGATTTTAAGTT
64 CATCCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATAGCTGTATAATCTAATAATTGAGTTTAAGTT
* * * *
47516 -AAATTTTTTAAATTTTTGATTAAAACTGATAATAATTGAAT
129 GAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGATAATAATTGAAT
* ** * * * * * *
47557 GTCTACCTTGAGAAACATGAA-AAAAAGCCTTTCATTAGTAAGAAATGTGCATTTATAGTCACCT
1 GTCTGCCTCAAGAAATATGAAGAAAAAGCCATTCATTGGTAAGAAAAG-CCATTTATAGTCACCC
* * ** * * *
47621 ATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTGGCTTTAAATAG-TTTCATAATCTCATAATAGAGTTTAAGTT
65 ATCCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATAGCTGT-ATAATCTAATAATTGAGTTTAAGTT
*
47685 -AGATTTTTTTACA-TTTTGGTGAAAACAGATAATAATTGAAT
129 GA-ATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGATAATAATTGAAT
* * * *
47726 GTCTACCT-AGAGAAATATGAAAAAAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACC
1 GTCTGCCTCA-AGAAATATGAAGAAAAAGCCATTCATTGGTAAGAAAAG-CCATTTATAGTCACC
*
47790 CATGCCTTCAAA
64 CATCCCTTCAAA
47802 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 1325, Mismatches: 418, Indels: 77
0.73 0.23 0.04
Matches are distributed among these distances:
168 3 0.00
169 132 0.10
170 412 0.31
171 700 0.53
172 77 0.06
173 1 0.00
ACGTcount: A:0.34, C:0.14, G:0.12, T:0.34
Consensus pattern (170 bp):
GTCTGCCTCAAGAAATATGAAGAAAAAGCCATTCATTGGTAAGAAAAGCCATTTATAGTCACCCA
TCCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATAGCTGTATAATCTAATAATTGAGTTTAAGTTGA
ATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGATAATAATTGAAT
Found at i:46564 original size:341 final size:314
Alignment explanation
Indices: 46132--46764 Score: 402
Period size: 341 Copynumber: 1.9 Consensus size: 314
46122 NNNNNNNNNN
* * * * * *
46132 CATAATTGAGTTTAAGTTGAATTTTTTATATTTTTGCTTAAAACATACAATGATTGAATGTTTAC
1 CATAATTGAGTTTAAGTTAAATTTTTTATATATTTGCTTAAAACAGACAATAATTAAATGTCTAC
* * *
46197 CTTGAGAAATATAAGAAAAGAGCCATTCATTGGTAAGAAAAG-CCAATTTATAGTCACCCATCCC
66 CTCGAGAAATATAAGAAAAGAGCCATTCATTAGTAAGAAAAGTCC-ATTTATAGCCACCCATCCC
* * *
46261 TTCAAAAGCCTTATTACTCA-TTTTAAAT-AGTTGTATAATCTAATAATTGATTTTAA-GTTTAA
130 TTCAAAAGCCTTATTACT-AGCTTTAAATGA-TTGTATAATCCAATAATTGA-TTTAATGTTGAA
* * * * **
46323 TTTTTTTACATCTTTGGTTAAAACAGATAATAATTGAATGTCTGCCTCAAGAGTCATGAAGAAAA
192 TTTTTTT-CATCTTTGATTAAAAAAGATAATAACTGAATGTCTACCTCAAGAAACATGAAGAAAA
* ********** *
46388 AGCCATTCATTGGC-AACAAAAGTCCATTTATAGTCANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNGC
256 AGCCATTCATTGGCAAAAAAAAGTCCATTTATAGTCA----------------GCTTTAAATTGT
*
46452 TTTA-AATTGTTT
305 TTTACAA---TCT
* * * * *
46464 TACAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTATATATTTGCTTAGAATAGA-ATATAATT
1 CATAA--T--TGA--G--TTTAAGTTAAA-TTTTTTATATATTTGCTTAAAACAGACA-ATAATT
* * * *
46528 AAATGTCTATCTCGAGAAACGTA-AAGAAAA-AGCCATTCGTTATTAGGAAAAGTCCATTTATAG
56 AAATGTCTACCTCGAGAAA--TATAAGAAAAGAGCCATTCATTAGTAAGAAAAGTCCATTTATAG
** * * * *
46591 CCACCCATGGCTTCAAAATCCTTGTTACTAGCTTTAAATGATTTTATAATCCCATAATTGATTTA
119 CCACCCATCCCTTCAAAAGCCTTATTACTAGCTTTAAATGATTGTATAATCCAATAATTGATTTA
* * * *** *
46656 ATGTTGAATTTTTTTCATTTTTTATTAAAAAAGATTATAACTGAATGTCTACCTTGGGAAACGTG
184 ATGTTGAATTTTTTTCATCTTTGATTAAAAAAGATAATAACTGAATGTCTACCTCAAGAAACATG
46721 AAGAAAAAGCCATTCATTGGCAAAAAAAAGTCCATTTATAGTCA
249 AAGAAAAAGCCATTCATTGGCAAAAAAAAGTCCATTTATAGTCA
46765 CCTATGCCTT
Statistics
Matches: 243, Mismatches: 41, Indels: 25
0.79 0.13 0.08
Matches are distributed among these distances:
332 3 0.01
334 1 0.00
336 2 0.01
338 1 0.00
340 75 0.31
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342 10 0.04
343 2 0.01
ACGTcount: A:0.35, C:0.13, G:0.12, T:0.36
Consensus pattern (314 bp):
CATAATTGAGTTTAAGTTAAATTTTTTATATATTTGCTTAAAACAGACAATAATTAAATGTCTAC
CTCGAGAAATATAAGAAAAGAGCCATTCATTAGTAAGAAAAGTCCATTTATAGCCACCCATCCCT
TCAAAAGCCTTATTACTAGCTTTAAATGATTGTATAATCCAATAATTGATTTAATGTTGAATTTT
TTTCATCTTTGATTAAAAAAGATAATAACTGAATGTCTACCTCAAGAAACATGAAGAAAAAGCCA
TTCATTGGCAAAAAAAAGTCCATTTATAGTCAGCTTTAAATTGTTTTACAATCT
Found at i:47327 original size:342 final size:330
Alignment explanation
Indices: 46979--47801 Score: 771
Period size: 342 Copynumber: 2.4 Consensus size: 330
46969 NNNNNNNNNN
46979 TAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGG-GTAAAACAAATTATAATTAT
1 TAATCTCATAATTGATTTTAAGTT-AATTTTTTTACATTTTTGGTG-AAAACAAATTATAATTA-
* * *
47043 ATCTCTACTTCGGGAAACATGAAGAAACAGCCATTCATCAGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCAC
63 ATGTCTACTT-GAGAAACATGAA-AAAAAGCCATTCATCAGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCAC
* **** *
47108 CCATGCCTTCGAAAGCCTTANNNNNNNNNNTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAAT
126 CCATGCCTTCAAAAGCCTTA------TTACTAAATGGTTTTATAATCTCATAATCGATTTTAAAT
* * * * *
47173 TGAATTCTTTTACATTTTTGGGTAAAA-TAGATTATAATTAAAAT-TTTACCTCGAGAAACATGA
185 TAAATT-TTTTAAATTTTTGAGTAAAACT-GATAATAATT-AAATGTCTACCTCGAGAAACATGA
*
47236 AGAAAAAGCCATTCATCAGCT-AGAAAAGTCCATTTATAGTTA-CTCATGCCTT-GAAAAGCCTT
247 A-AAAAAGCCATTCATCAG-TAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCT-ATGCCTTCG-AAAGCCTT
* *
47298 ATTACTTACTTTAAAT-GATTTTA
308 ATTACTGACTTTAAATAG-TTTCA
* * * * * **********
47321 TAATCTCGTACTTGATTTTTAGTTCAATATTTTTACATTTTTGATNNNNNNNNNNTATAATTAAA
1 TAATCTCATAATTGATTTTAAGTT-AATTTTTTTACATTTTTGGTGAAAACAAATTATAATT-AA
* *
47386 TGTCTACCTTGAGAAACATGAAATAAAAGCCATTCATCAGCAGGAAAAGTCCATTTATAGTCTCC
64 TGTCTA-CTTGAGAAACATGAAA-AAAAGCCATTCATCAGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACC
* **** * *
47451 CATGCCTTTAAAAGCCTTATTACNNNNNNNNNNTGGTTTTGTAATCTCATAATCGATTTTAAGTT
127 CATGCCTTCAAAAGCCTTATTAC------TAAATGGTTTTATAATCTCATAATCGATTTTAAATT
* * *
47516 AAATTTTTTAAATTTTTGATTAAAACTGATAATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACATGAAAAA
186 AAATTTTTTAAATTTTTGAGTAAAACTGATAATAATTAAATGTCTACCTCGAGAAACATGAAAAA
* * * * *
47581 AAGCCTTTCATTAGTAAGAAATGTGCATTTATAGTCACCTATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTGG
251 AAGCCATTCATCAGTAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCTATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTGA
47646 CTTTAAATAGTTTCA
316 CTTTAAATAGTTTCA
* * * *
47661 TAATCTCATAATAGAGTTTAAGTTAGATTTTTTTACA-TTTTGGTGAAAACAGATAATAATTGAA
1 TAATCTCATAATTGATTTTAAGTTA-ATTTTTTTACATTTTTGGTGAAAACAAATTATAATT-AA
* * ** *
47725 TGTCTACCTAGAGAAATATGAAAAAAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACC
64 TGTCTA-CTTGAGAAACATG-AAAAAAAGCCATTCATCAGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACC
47790 CATGCCTTCAAA
127 CATGCCTTCAAA
47802 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 386, Mismatches: 77, Indels: 39
0.77 0.15 0.08
Matches are distributed among these distances:
339 81 0.21
340 101 0.26
341 49 0.13
342 151 0.39
343 4 0.01
ACGTcount: A:0.35, C:0.14, G:0.12, T:0.35
Consensus pattern (330 bp):
TAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAATTTTTTTACATTTTTGGTGAAAACAAATTATAATTAATG
TCTACTTGAGAAACATGAAAAAAAGCCATTCATCAGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATG
CCTTCAAAAGCCTTATTACTAAATGGTTTTATAATCTCATAATCGATTTTAAATTAAATTTTTTA
AATTTTTGAGTAAAACTGATAATAATTAAATGTCTACCTCGAGAAACATGAAAAAAAGCCATTCA
TCAGTAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCTATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTGACTTTAAATAG
TTTCA
Found at i:51821 original size:171 final size:171
Alignment explanation
Indices: 51536--52221 Score: 865
Period size: 171 Copynumber: 4.0 Consensus size: 171
51526 NNNNNNNNNN
* * *
51536 TCTATTTTAATAAAAATTATAAAAAAATTTAACTTAAAATCAATTATGAGGTTACAAAAAT-ATT
1 TCTATTTTAATAAAAAATATAAAAAAATTCAAATTAAAATCAATTATGAGGTTA-AAAAATCATT
* * * * *
51600 TAAGGTGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGTATAGGTGACTATAAATGGACTTCTCTTGTCAATGGAT
65 TAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATGGGTGACTATAAATGGACTTCTCTTGCCAATGGAT
* * *
51665 ATCATTTTCTTTATCTTTTTTGAGACAGACGTTCAATTATAA
130 ATCATTTTCTTTATCTTTTTTGAGGCAAACATTCAATTATAA
* * * * * * *
51707 TCTATTTTAGTAAAAAATGTAAAAAATTTCAACTCAAAACCAATTATGAGATTAAAAAATCATTT
1 TCTATTTTAATAAAAAATATAAAAAAATTCAAATTAAAATCAATTATGAGGTTAAAAAATCATTT
* * * * *
51772 AAAGCGAGTAATAAGGCTTTCAAAGACATGGGTGACAATAAATGGACTTCTTTTGCTAATGGATA
66 AAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATGGGTGACTATAAATGGACTTCTCTTGCCAATGGATA
* * *
51837 TCATTTTCTTTATGTTTTTTGAGGCAGACATTCAATTATAT
131 TCATTTTCTTTATCTTTTTTGAGGCAAACATTCAATTATAA
* * * * *
51878 TTTGTTTCAATAAAAAAT-TAAAAAAATTCAAATTAAAATCAATTATGAGGTTATAAAATAATTT
1 TCTATTTTAATAAAAAATATAAAAAAATTCAAATTAAAATCAATTATGAGGTTAAAAAATCATTT
* * * * **
51942 AAAGCGAATAATAAGGCTTTCTAAGGTATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATACATA
66 AAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATGGGTGACTATAAATGGACTTCTCTTGCCAATGGATA
* * * *
52007 TCATTTTCTTCATGTTTCTTGAGGCAAACACTCAATTATAA
131 TCATTTTCTTTATCTTTTTTGAGGCAAACATTCAATTATAA
* * * *
52048 TCTATTTTAATAAAAATTATAAAAAAATTAAAATTAAATTCAATTATGAGGTTATAAAATCATTT
1 TCTATTTTAATAAAAAATATAAAAAAATTCAAATTAAAATCAATTATGAGGTTAAAAAATCATTT
* * * * * * *
52113 AAACCGAGTAATAACGCTTTTGAAGGCATGGGTGATTGTAAATTGACTTCTCTTCCCAATGGATA
66 AAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATGGGTGACTATAAATGGACTTCTCTTGCCAATGGATA
52178 TCATTTTCTTTA-CATTTTTTGAGGCAAACATTCAATTATAA
131 TCATTTTCTTTATC-TTTTTTGAGGCAAACATTCAATTATAA
52219 TCT
1 TCT
52222 GNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 440, Mismatches: 72, Indels: 6
0.85 0.14 0.01
Matches are distributed among these distances:
170 150 0.34
171 290 0.66
ACGTcount: A:0.39, C:0.11, G:0.13, T:0.37
Consensus pattern (171 bp):
TCTATTTTAATAAAAAATATAAAAAAATTCAAATTAAAATCAATTATGAGGTTAAAAAATCATTT
AAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATGGGTGACTATAAATGGACTTCTCTTGCCAATGGATA
TCATTTTCTTTATCTTTTTTGAGGCAAACATTCAATTATAA
Found at i:52178 original size:341 final size:342
Alignment explanation
Indices: 51544--52217 Score: 911
Period size: 341 Copynumber: 2.0 Consensus size: 342
51534 NNTCTATTTT
* * * * * *
51544 AATAAAAATTATAAAAAAATTTAACTTAAAATCAATTATGAGGTTACAAAAATATTTAAGGTGAG
1 AATAAAAAATATAAAAAAATTCAAATTAAAATCAATTATGAGGTTACAAAAATATTTAAAGCGAA
* **
51609 TAATAAGGCTTTCGAAGGTATAGGTGACTATAAATGGACTTCTCTTGTCAATGGATATCATTTTC
66 TAATAAGGCTTTCGAAGGTATAGGTGACTATAAATGGACTTCTCTTGCCAATACATATCATTTTC
* * * ** * * * *
51674 TTTATCTTTTTTGAGACAGACGTTCAATTATAATCTATTTTAGTAAAAAATGTAAAAAATTTCAA
131 TTCATCTTTCTTGAGACAAACACTCAATTATAATCTATTTTAATAAAAAATATAAAAAAATTAAA
* * *
51739 CTCAAAACCAATTATGAGATTAAAAAATCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCAAAGACATGGG
196 ATCAAAACCAATTATGAGATTAAAAAATCATTTAAACCGAGTAATAACGCTTTCAAAGACATGGG
* * * ** *
51804 TGACAATAAATGGACTTCTTTTGCTAATGGATATCATTTTCTTTATGTTTTTTGAGGCAGACATT
261 TGACAATAAATGGACTTCTCTTCCCAATGGATATCATTTTCTTTACATTTTTTGAGGCAAACATT
51869 CAATTATATTTTGTTTC
326 CAATTATATTTTGTTTC
*
51886 AATAAAAAAT-TAAAAAAATTCAAATTAAAATCAATTATGAGGTTA-TAAAATAATTTAAAGCGA
1 AATAAAAAATATAAAAAAATTCAAATTAAAATCAATTATGAGGTTACAAAAAT-ATTTAAAGCGA
* * *
51949 ATAATAAGGCTTTCTAAGGTATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATACATATCATTTT
65 ATAATAAGGCTTTCGAAGGTATAGGTGACTATAAATGGACTTCTCTTGCCAATACATATCATTTT
* * *
52014 CTTCATGTTTCTTGAGGCAAACACTCAATTATAATCTATTTTAATAAAAATTATAAAAAAATTAA
130 CTTCATCTTTCTTGAGACAAACACTCAATTATAATCTATTTTAATAAAAAATATAAAAAAATTAA
* ** * * ** *
52079 AATTAAATTCAATTATGAGGTTATAAAATCATTTAAACCGAGTAATAACGCTTTTGAAGGCATGG
195 AATCAAAACCAATTATGAGATTAAAAAATCATTTAAACCGAGTAATAACGCTTTCAAAGACATGG
*** *
52144 GTGATTGTAAATTGACTTCTCTTCCCAATGGATATCATTTTCTTTACATTTTTTGAGGCAAACAT
260 GTGACAATAAATGGACTTCTCTTCCCAATGGATATCATTTTCTTTACATTTTTTGAGGCAAACAT
52209 TCAATTATA
325 TCAATTATA
52218 ATCTGNNNNN
Statistics
Matches: 285, Mismatches: 46, Indels: 3
0.85 0.14 0.01
Matches are distributed among these distances:
340 5 0.02
341 271 0.95
342 9 0.03
ACGTcount: A:0.39, C:0.11, G:0.13, T:0.36
Consensus pattern (342 bp):
AATAAAAAATATAAAAAAATTCAAATTAAAATCAATTATGAGGTTACAAAAATATTTAAAGCGAA
TAATAAGGCTTTCGAAGGTATAGGTGACTATAAATGGACTTCTCTTGCCAATACATATCATTTTC
TTCATCTTTCTTGAGACAAACACTCAATTATAATCTATTTTAATAAAAAATATAAAAAAATTAAA
ATCAAAACCAATTATGAGATTAAAAAATCATTTAAACCGAGTAATAACGCTTTCAAAGACATGGG
TGACAATAAATGGACTTCTCTTCCCAATGGATATCATTTTCTTTACATTTTTTGAGGCAAACATT
CAATTATATTTTGTTTC
Found at i:52947 original size:171 final size:171
Alignment explanation
Indices: 52612--52955 Score: 381
Period size: 171 Copynumber: 2.0 Consensus size: 171
52602 NNNNNNNNNN
*
52612 TTTAATAACAAATATAAAAAAGTTCAACTTAAAACTAATTATGAGATTAAAAGACCATTTAAAGC
1 TTTAATAACAAATATAAAAAAGTTCAACTTAAAACTAATTATGAGATTAAAAGACCATTCAAAGC
* * * *
52677 GAGTAATAAAGCTTCTGAAGGTATGGGTGACTATAAATAAACTTTTCTTGCTAATGGATATCTTT
66 GAGTAATAAAGCTTCTGAAGGCATGAGTGACAATAAATAAACTTTTCTTGCCAATGGATATCTTT
**********
52742 TTNNNNNNNNNNCTCGAGGTAAACATACAATTATAATCTGT
131 TTCTTCAAGCTTCTCGAGGTAAACATACAATTATAATCTGT
* * *
52783 TTTAATAATAAATATAAAAAA-TCTCAACTTAAAACTAATTATTAGATTAAGAA-ACTATTCAAA
1 TTTAATAACAAATATAAAAAAGT-TCAACTTAAAACTAATTATGAGATTAA-AAGACCATTCAAA
* * * * **
52846 GTGATTAATAAGGCTT-TCGAAGGCATGAGTTACAATAAATTGACTTTTCTTGCCAATGGATATC
64 GCGAGTAATAAAGCTTCT-GAAGGCATGAGTGACAATAAATAAACTTTTCTTGCCAATGGATATC
* * *
52910 TTTTTCTTCAAGCTTTTCGATGTAGACATTA-AATTATAATCTGT
128 TTTTTCTTCAAGCTTCTCGAGGTAAACA-TACAATTATAATCTGT
52954 TT
1 TT
52956 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 142, Mismatches: 27, Indels: 8
0.80 0.15 0.05
Matches are distributed among these distances:
170 2 0.01
171 136 0.96
172 4 0.03
ACGTcount: A:0.38, C:0.12, G:0.12, T:0.35
Consensus pattern (171 bp):
TTTAATAACAAATATAAAAAAGTTCAACTTAAAACTAATTATGAGATTAAAAGACCATTCAAAGC
GAGTAATAAAGCTTCTGAAGGCATGAGTGACAATAAATAAACTTTTCTTGCCAATGGATATCTTT
TTCTTCAAGCTTCTCGAGGTAAACATACAATTATAATCTGT
Found at i:57430 original size:171 final size:171
Alignment explanation
Indices: 57045--57463 Score: 439
Period size: 171 Copynumber: 2.5 Consensus size: 171
57035 NNNNNNNNNN
** * * * *
57045 ACATAAAGAAAATGATATCCATTGGCAAGAGAAGTCCATTTATTGTCACCCATGTCTTCGAAAGC
1 ACATAAAGAAAATGATATCCATTGAAAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCAATGCCTTCGAAAGC
* * * * * *
57110 CTTATGACTCACTTTAAATAATTTTTTAATCTCATAATTGGTTTTAAGTTGAACTTTTTAATATT
66 CTTATTACTCGCCTTAAATAATTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAACTTTTTAATAAT
*
57175 TTTTATTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTGCCTCAAAAG
131 TTTTATTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTCAAAAG
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57216 ATATAAAGAAAATGATATCCATTNNNNNNNNNNGTCTATTTATAGTCACCAATACCTTCGAAAGC
1 ACATAAAGAAAATGATATCCATTGAAAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCAATGCCTTCGAAAGC
** * * * **
57281 CTTATTACTCGCCTTAAATTCTTTTATAATTTCATAATTTATTTTAGGTTGATTTTTTTTAA-AA
66 CTTATTACTCGCCTTAAATAATTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGA-ACTTTTTAATAA
*
57345 TTTTTATTAAAACAGATTATAATT-AACTGTCTACCTCGAGAA-
130 TTTTTATTAAAACAGATTATAATTGAA-TGTCTACCTC-AAAAG
* * * * *
57387 ACGTGAAGAAAAAGATATCCATTGAAAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCTATGCCTTCAAAAGC
1 ACATAAAGAAAATGATATCCATTGAAAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCAATGCCTTCGAAAGC
57452 CTTATTACTCGC
66 CTTATTACTCGC
57464 TNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 196, Mismatches: 49, Indels: 6
0.78 0.20 0.02
Matches are distributed among these distances:
170 2 0.01
171 184 0.94
172 10 0.05
ACGTcount: A:0.35, C:0.15, G:0.11, T:0.37
Consensus pattern (171 bp):
ACATAAAGAAAATGATATCCATTGAAAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCAATGCCTTCGAAAGC
CTTATTACTCGCCTTAAATAATTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAACTTTTTAATAAT
TTTTATTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTCAAAAG
Done.