Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: NW_018398024.1 Herrania umbratica cultivar Fairchild unplaced genomic scaffold, ASM216827v2 scaffold_1330.0, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000
Length: 3281
ACGTcount: A:0.33, C:0.12, G:0.12, T:0.33
Warning! 310 characters in sequence are not A, C, G, or T
Found at i:911 original size:171 final size:171
Alignment explanation
Indices: 11--2520 Score: 2406
Period size: 172 Copynumber: 14.6 Consensus size: 171
1 GGCTTGAGCA
* * * * * *
11 ACTATAAATAGACTTTTCTTGCCAATGAGTACCTTTTTCTTCATGTTTCCCATA-GCAAACATTC
1 ACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGCCTTTTTCTTCATGTTTCTCA-AGGTAGACATTC
* * * * * *
75 AATTATAATTTGTTCTAACCAAAAACGTCAAAAAATTCAA-TCTAAAATCAATTATGAGAATATA
65 AATTATAGTCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACT-TAAAATCAATTATGAGATTATA
*
139 AAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAAGAATGGGTG
129 AAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTG
* * * *
182 ACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATAAATTCCTTTTTCTTCACT-TTTCTCGAGGTGGACATTC
1 ACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGCCTTTTTCTTCA-TGTTTCTCAAGGTAGACATTC
* * ** * * * * *
246 TATTATAATCTGTTTTAATGAAAAATATACAAAGAATTCAAATTTAAATCAATT-TGGAGAATAT
65 AATTATAGTCTGTTTTAACCAAAAATGTA-AAAAAATTCAACTTAAAATCAATTAT-GAGATTAT
* *
310 AAAACTATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATAGGTG
128 AAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTG
* * ** ** *
354 ACTATAAATGGACTTTTCTTGACAATGAATGCCTTTTTCTTTATGGCTCTTGAGGTCGACATTCA
1 ACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGCCTTTTTCTTCATGTTTCTCAAGGTAGACATTCA
* *
419 ATTATAGTCTGTTTTAATCTAAAATGTAAAAAAAAATTCAACCTTAAAATCAATTATG-GCATTA
66 ATTATAGTCTGTTTTAACCAAAAATGT--AAAAAAATTCAA-CTTAAAATCAATTATGAG-ATTA
* ** * *
483 TAAAACTATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTTAAAGGTATGGGTG
127 TAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTG
** ** * * * *
528 GTTATAAATGGACTTTTCTTGTAAATTAATGCTTTTTTCTTCATTTTTCTCAAGCTA-AGCATTC
1 ACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGCCTTTTTCTTCATGTTTCTCAAGGTAGA-CATTC
* * * * * * *
592 AATTCTAGTCTGTTTTAACCAAAAATGGTAGAAGAATTCAAATTTAAATCAATTTTGAGATTACA
65 AATTATAGTCTGTTTTAACCAAAAAT-GTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATA
* **
657 AAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTAAAGGAATAAGTG
129 AAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTG
* * * * * *
700 ACTATAAATTGACTTTTCTTGCCAATGAATACATTTTTCTTTATATTTCTCGAGGTAGACATTCA
1 ACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGCCTTTTTCTTCATGTTTCTCAAGGTAGACATTCA
*
765 ATTATAGTCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATG-GCACTATAA
66 ATTATAGTCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAG-ATTATAA
* * * *
829 AACCATTTCAAGTGAGTAATGAGGCTTCTGAAGGTATGGGTG
130 AACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTG
** * * * *
871 ACTATAAATAAACTTTTCTTGCCAATGAAAGCTTTTTTCTTTATGTTTCTAAAGGTAGGA-ATTC
1 ACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGCCTTTTTCTTCATGTTTCTCAAGGTA-GACATTC
* * ** * * * * * *
935 AATTCTAGTCTGTTGTAATTAAAAATGATAGAAAAATTCAAATTCAAATCTATTTTGAGATTACA
65 AATTATAGTCTGTTTTAACCAAAAATG-TAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATA
* *
1000 AAACCATTTAAACTGAGTAATAAGGCTTTTAAAGGAATGGGTG
129 AAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTG
* ** * *** * *
1043 AGTATAAATAAACTTTTCTTGCTAATGAATGCCTTTTTCTTCGCATTTCTCAAGCTAAACATTCA
1 ACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGCCTTTTTCTTCATGTTTCTCAAGGTAGACATTCA
* * * * * *
1108 GTTATATTATGTTTTAACAAAAAATGTAAAACAATTTGAACTTAAAATCAATCT-TGAGATTATA
66 ATTATAGTCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAA-AAATTCAACTTAAAATCAAT-TATGAGATTATA
* *
1172 AAAGCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGAGTG
129 AAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTG
* * * * * * **
1215 ACTGTAAATAGACTTTTTTTACCAATGAATGCCCTTTTCTTTACATTTCTCAAGGTAGACATTCA
1 ACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGCCTTTTTCTTCATGTTTCTCAAGGTAGACATTCA
* * * * *
1280 ATTATAATTTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTTGAACTTAGAATCAATTTTGAGATTATAA
66 ATTATAGTCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAA-TTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAA
* *
1345 AACCATTTAAAGTGAGCAATAAGGCTTTCGAAGGAATGGGTG
130 AACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTG
* * *
1387 ACTATAAATGGACTTTTCTTGTCAATGAATG-CTTTTTCTTTACGTTTCTCAAGGTAGACATTCA
1 ACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGCCTTTTTCTTCATGTTTCTCAAGGTAGACATTCA
** * * * *
1451 ATTATAGTCTACTCTAGCCAAAAATGTAAAACAATTTAACTTAAAATCAATTATG-GCATTATAA
66 ATTATAGTCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAG-ATTATAA
* * * * **
1515 AACCATTTAAAGTAACTAATAAGGCTTTTTAAAGGTATGACTG
130 AACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGC-TTTTGAAGGAATGGGTG
* * ** * *
1558 ACTATAAATGGACTTTTCTTTCCAATGAAT-ACTTTTTGCTTCACATTTCTCAAGATTGACATTC
1 ACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGCCTTTTT-CTTCATGTTTCTCAAGGTAGACATTC
* * * * * * *
1622 AATTCTAGCCTGTTTGAACCAAAAATGTTAAAAAATTCAACTTAAAATTAATTATTAGTTTATAA
65 AATTATAGTCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAA
* * ** * ** *
1687 ACCCATTTCAAGCAAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCTTGAGTG
130 AACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTG
* * * * *
1729 ACTATAAATGGACTTTT-TGTGCCAATGATTTG-CTTTTGCTTCATG-TTCCCTAGGGCT-GGCA
1 ACTATAAATGGACTTTTCT-TGCCAATGA-ATGCCTTTTTCTTCATGTTTCTC-AAGG-TAGACA
* * * *
1790 TTCAATTATAGCCTTTTTTAACCAAAAATGTAAAAACATTCAACTTAAATTCAAGTT-TGAGATT
62 TTCAATTATAGTCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAA-TTATGAGATT
* * * * **
1854 ATAAAGCCATTTAAAGTGAGTAATAAGACTTTTGAAGGATTGAGCA
126 ATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTG
* * * * * ** * * *
1900 ACTATAAATGGACTTTTCTTGCTAATGAGTACCTTCTTCCTCATGTTT-TCCAAGACAAATATTT
1 ACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGCCTTTTTCTTCATGTTTCT-CAAGGTAGACATTC
* * * * ** * *
1964 AATTATAATCTATTCTAGCCAAAAACATCAAAAAATTCAA-TCTAAAATCAATTATGAGGTTATA
65 AATTATAGTCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACT-TAAAATCAATTATGAGATTATA
*
2028 AAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAAGAATGGGTG
129 AAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTG
* *
2071 ACTATAAATGGACTTTTCTTGCTAATGAATTCCTTTTTCTTCACT-TTTCT-AGAGGT-GAACAT
1 ACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGCCTTTTTCTTCA-TGTTTCTCA-AGGTAG-ACAT
* * * * ** * * * *
2133 TCTATTATAATCTGTTTTTACAAAAAATACACAAAGAATTCAAATTTAAATCAATT-TCGAGAAT
63 TCAATTATAGTCTGTTTTAACCAAAAATGTA-AAAAAATTCAACTTAAAATCAATTAT-GAGATT
** **
2197 ATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAATACTTTTGAAGGAATAAGTG
126 ATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTG
* * * * * * * *
2243 ACTATAAATGAACTTTTCTTGCTAATGGATGCCTTTTTCTTTATGGTTCTCATGGTCGACATTTA
1 ACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGCCTTTTTCTTCATGTTTCTCAAGGTAGACATTCA
* *
2308 ATTATAGTCTGTTTTAACCTAAAATGTAAAAAAAATTCAACCTTAAAATCAATTATG-GCATTAC
66 ATTATAGTCTGTTTTAACCAAAAATGT-AAAAAAATTCAA-CTTAAAATCAATTATGAG-ATTAT
** * * *
2372 AAAATTATTTAAAGTAAGTAATAAGGGTTTTGAAGGTATGGGTG
128 AAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTG
* * * ** * *
2416 ACTATAAATGGACTTTT-TCTGCTAATGAATTCCTTTTTCATCACATTTTTTAAGGTAGACATTC
1 ACTATAAATGGACTTTTCT-TGCCAATGAATGCCTTTTTCTTCATGTTTCTCAAGGTAGACATTC
* * * * *
2480 AATTATAATCTTTTTTAACTAAAATTGTACAAAGAATTCAA
65 AATTATAGTCTGTTTTAACCAAAAATGTA-AAAAAATTCAA
2521 ATTTTAATCA
Statistics
Matches: 1920, Mismatches: 361, Indels: 114
0.80 0.15 0.05
Matches are distributed among these distances:
169 1 0.00
170 59 0.03
171 657 0.34
172 908 0.47
173 164 0.09
174 128 0.07
175 3 0.00
ACGTcount: A:0.37, C:0.13, G:0.14, T:0.36
Consensus pattern (171 bp):
ACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGCCTTTTTCTTCATGTTTCTCAAGGTAGACATTCA
ATTATAGTCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAA
ACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTG
Found at i:997 original size:343 final size:342
Alignment explanation
Indices: 11--2520 Score: 2364
Period size: 343 Copynumber: 7.3 Consensus size: 342
1 GGCTTGAGCA
* * * * * * *
11 ACTATAAATAGACTTTTCTTGCCAATGAGTACCTTTTTCTTCATGTTTCCCATA-GCAAACATTC
1 ACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGCCTTTTTCTTCATATTTCTCA-AGGTAGACATTC
* * * * * *
75 AATTATAATTTGTTCTAACCAAAAACGTCAAAAAATTCAA-TCTAAAATCAATTATGAGAATATA
65 AATTATAGTCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACT-TAAAATCAATTATGAGATTATA
* *
139 AAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAAGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGC
129 AAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGC
* * * * * **
204 CAAT-AAATTCCTTTTTCTTCACT-TTTCTCGAGGTGGACATTCTATTATAATCTGTTTTAATGA
194 CAATGAAA-GCCTTTTTCTTCA-TGTTTCTCAAGGTAGACATTCAATTATAGTCTGTTTTAACCA
* * * *
267 AAAAT-ATACAAAGAATTCAAATTTAAATCAATTTGGAGAATATAAAACTATTTAAAGTGAGTAA
257 AAAATGATA-AAA-AATTCAAATTAAAATCAATTTTGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAA
*
331 TAAGGCTTTTGAAGGAATAGGTG
320 TAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTG
* * *** ** *
354 ACTATAAATGGACTTTTCTTGACAATGAATGCCTTTTTCTTTATGGCTCTTGAGGTCGACATTCA
1 ACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGCCTTTTTCTTCATATTTCTCAAGGTAGACATTCA
* *
419 ATTATAGTCTGTTTTAATCTAAAATGTAAAAAAAAATTCAACCTTAAAATCAATTATG-GCATTA
66 ATTATAGTCTGTTTTAACCAAAAATGT--AAAAAAATTCAA-CTTAAAATCAATTATGAG-ATTA
* ** * * * **
483 TAAAACTATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTTAAAGGTATGGGTGGTTATAAATGGACTTTTCTT
127 TAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTT
** * * * * * *
548 GTAAATTAATGCTTTTTTCTTCATTTTTCTCAAGCTA-AGCATTCAATTCTAGTCTGTTTTAACC
192 GCCAATGAAAGCCTTTTTCTTCATGTTTCTCAAGGTAGA-CATTCAATTATAGTCTGTTTTAACC
* * * *
612 AAAAATGGTAGAAGAATTCAAATTTAAATCAATTTTGAGATTACAAAACCATTTAAAGTGAGTAA
256 AAAAATGATA-AAAAATTCAAATTAAAATCAATTTTGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAA
* **
677 TAAGGCTTTTAAAGGAATAAGTG
320 TAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTG
* * * * *
700 ACTATAAATTGACTTTTCTTGCCAATGAATACATTTTTCTTTATATTTCTCGAGGTAGACATTCA
1 ACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGCCTTTTTCTTCATATTTCTCAAGGTAGACATTCA
*
765 ATTATAGTCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATG-GCACTATAA
66 ATTATAGTCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAG-ATTATAA
* * * * * **
829 AACCATTTCAAGTGAGTAATGAGGCTTCTGAAGGTATGGGTGACTATAAATAAACTTTTCTTGCC
130 AACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCC
* * * * * **
894 AATGAAAGCTTTTTTCTTTATGTTTCTAAAGGTAGGA-ATTCAATTCTAGTCTGTTGTAATTAAA
195 AATGAAAGCCTTTTTCTTCATGTTTCTCAAGGTA-GACATTCAATTATAGTCTGTTTTAACCAAA
* * * *
958 AATGATAGAAAAATTCAAATTCAAATCTATTTTGAGATTACAAAACCATTTAAACTGAGTAATAA
259 AATGATA-AAAAATTCAAATTAAAATCAATTTTGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAA
*
1023 GGCTTTTAAAGGAATGGGTG
323 GGCTTTTGAAGGAATGGGTG
* ** * ** * *
1043 AGTATAAATAAACTTTTCTTGCTAATGAATGCCTTTTTCTTCGCATTTCTCAAGCTAAACATTCA
1 ACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGCCTTTTTCTTCATATTTCTCAAGGTAGACATTCA
* * * * * *
1108 GTTATATTATGTTTTAACAAAAAATGTAAAACAATTTGAACTTAAAATCAATCT-TGAGATTATA
66 ATTATAGTCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAA-AAATTCAACTTAAAATCAAT-TATGAGATTATA
* * * * *
1172 AAAGCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGAGTGACTGTAAATAGACTTTTTTTAC
129 AAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGC
* * * ** * *
1237 CAATGAATGCCCTTTTCTTTACATTTCTCAAGGTAGACATTCAATTATAATTTGTTTTAACCAAA
194 CAATGAAAGCCTTTTTCTTCATGTTTCTCAAGGTAGACATTCAATTATAGTCTGTTTTAACCAAA
* * * *
1302 AATG-TAAAAAAATTTGAACTTAGAATCAATTTTGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGCAATA
259 AATGAT-AAAAAA-TTCAAATTAAAATCAATTTTGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATA
*
1366 AGGCTTTCGAAGGAATGGGTG
322 AGGCTTTTGAAGGAATGGGTG
* * **
1387 ACTATAAATGGACTTTTCTTGTCAATGAATG-CTTTTTCTTTACGTTTCTCAAGGTAGACATTCA
1 ACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGCCTTTTTCTTCATATTTCTCAAGGTAGACATTCA
** * * * *
1451 ATTATAGTCTACTCTAGCCAAAAATGTAAAACAATTTAACTTAAAATCAATTATG-GCATTATAA
66 ATTATAGTCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAG-ATTATAA
* * * * * *
1515 AACCATTTAAAGTAACTAATAAGGCTTTTTAAAGGTATGACTGACTATAAATGGACTTTTCTTTC
130 AACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGC-TTTTGAAGGAATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGC
** * * * * *
1580 CAATGAATA--CTTTTTGCTTCACATTTCTCAAGATTGACATTCAATTCTAGCCTGTTTGAACCA
194 CAATGAA-AGCCTTTTT-CTTCATGTTTCTCAAGGTAGACATTCAATTATAGTCTGTTTTAACCA
* * * * * * **
1643 AAAATGTTAAAAAATTCAACTTAAAATTAATTATT-AGTTTATAAACCCATTTCAAGCAAGTAAT
257 AAAATGATAAAAAATTCAAATTAAAATCAATT-TTGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAAT
* ** *
1707 AAGGCTTTCGAAGGCTTGAGTG
321 AAGGCTTTTGAAGGAATGGGTG
* * * * * *
1729 ACTATAAATGGACTTTT-TGTGCCAATGATTTG-CTTTTGCTTCAT-GTTCCCTAGGGCT-GGCA
1 ACTATAAATGGACTTTTCT-TGCCAATGA-ATGCCTTTTTCTTCATATTTCTC-AAGG-TAGACA
* * * *
1790 TTCAATTATAGCCTTTTTTAACCAAAAATGTAAAAACATTCAACTTAAATTCAAGTT-TGAGATT
62 TTCAATTATAGTCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAA-TTATGAGATT
* * * **
1854 ATAAAGCCATTTAAAGTGAGTAATAAGACTTTTGAAGGATTGAGCAACTATAAATGGACTTTTCT
126 ATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCT
* * * * ** * * * * * * *
1919 TGCTAATGAGTA-CCTTCTTCCTCATGTTT-TCCAAGACAAATATTTAATTATAATCTATTCTAG
191 TGCCAATGA-AAGCCTTTTTCTTCATGTTTCT-CAAGGTAGACATTCAATTATAGTCTGTTTTAA
* * *
1982 CCAAAAA-CATCAAAAAATTC-AATCTAAAATCAATTATGAGGTTATAAAACCATTTAAAGTGAG
254 CCAAAAATGAT-AAAAAATTCAAAT-TAAAATCAATTTTGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAG
*
2045 TAATAAGGCTTTTGAAAGAATGGGTG
317 TAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTG
* *
2071 ACTATAAATGGACTTTTCTTGCTAATGAATTCCTTTTTCTTCACT-TTTCT-AGAGGT-GAACAT
1 ACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGCCTTTTTCTTCA-TATTTCTCA-AGGTAG-ACAT
* * * * ** * * * *
2133 TCTATTATAATCTGTTTTTACAAAAAATACACAAAGAATTCAAATTTAAATCAATT-TCGAGAAT
63 TCAATTATAGTCTGTTTTAACCAAAAATGTA-AAAAAATTCAACTTAAAATCAATTAT-GAGATT
** * *
2197 ATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAATACTTTTGAAGGAATAAGTGACTATAAATGAACTTTTCT
126 ATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCT
* * * * * * * *
2262 TGCTAATGGATGCCTTTTTCTTTATGGTTCTCATGGTCGACATTTAATTATAGTCTGTTTTAACC
191 TGCCAATGAAAGCCTTTTTCTTCATGTTTCTCAAGGTAGACATTCAATTATAGTCTGTTTTAACC
* * * * * ** *
2327 TAAAATGTAAAAAAAATTCAACCTTAAAATCAATTATG-GCATTACAAAATTATTTAAAGTAAGT
256 AAAAATG-ATAAAAAATTCAA-ATTAAAATCAATTTTGAG-ATTATAAAACCATTTAAAGTGAGT
* *
2391 AATAAGGGTTTTGAAGGTATGGGTG
318 AATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTG
* * * * * *
2416 ACTATAAATGGACTTTT-TCTGCTAATGAATTCCTTTTTCATCACATTTTTTAAGGTAGACATTC
1 ACTATAAATGGACTTTTCT-TGCCAATGAATGCCTTTTTCTTCATATTTCTCAAGGTAGACATTC
* * * * *
2480 AATTATAATCTTTTTTAACTAAAATTGTACAAAGAATTCAA
65 AATTATAGTCTGTTTTAACCAAAAATGTA-AAAAAATTCAA
2521 ATTTTAATCA
Statistics
Matches: 1786, Mismatches: 326, Indels: 108
0.80 0.15 0.05
Matches are distributed among these distances:
341 12 0.01
342 338 0.19
343 739 0.41
344 252 0.14
345 162 0.09
346 276 0.15
347 7 0.00
ACGTcount: A:0.37, C:0.13, G:0.14, T:0.36
Consensus pattern (342 bp):
ACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGCCTTTTTCTTCATATTTCTCAAGGTAGACATTCA
ATTATAGTCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAA
ACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCA
ATGAAAGCCTTTTTCTTCATGTTTCTCAAGGTAGACATTCAATTATAGTCTGTTTTAACCAAAAA
TGATAAAAAATTCAAATTAAAATCAATTTTGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGC
TTTTGAAGGAATGGGTG
Done.