Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: NW_018398030.1 Herrania umbratica cultivar Fairchild unplaced genomic scaffold, ASM216827v2 scaffold_1338.0, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000
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ACGTcount: A:0.35, C:0.14, G:0.12, T:0.37
Warning! 130 characters in sequence are not A, C, G, or T
Found at i:307 original size:171 final size:169
Alignment explanation
Indices: 4--940 Score: 952
Period size: 171 Copynumber: 5.5 Consensus size: 169
1 TCA
* *
4 AAAGCCTTATTACTCGCTTTAGATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTT-AGGTTGAATATTTT
1 AAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGG-TGAAT-TTTT
* ** ** * *
68 TATATTTTTTATTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTACCCCAAGAAACGTGAAGAAAAA-CACA
64 TACATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTACCTTAAAAAACATGAAGAAAAAGC-CA
* ** * *
132 TTCATTTGTAGGAAAAGCCCATTTATAGTCACCTAAGCCATGG
128 TTCA-TTGCAACAAAAGCCCATTTATAGTCACCTAAGCCTTCG
* * *
175 AAAGTCTTATTACTCGCTTTAAATGGCTTTATAATCTTATAATTGATTTTAAGGTGAATTGTTTT
1 AAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGGTGAATT-TTTT
* * ** *
240 ACATTTTCGGTTAAAACAGATTATATTTGAATGTTTGTCTTAAAAAACATGAAGCAAAAGCCATT
65 ACATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTACCTTAAAAAACATGAAGAAAAAGCCATT
* * *
305 CATTGACAACGAAAGCCCATTTATAGTCACAC-ATGCCCTCG
130 CATTG-CAACAAAAGCCCATTTATAGTCAC-CTAAGCCTTCG
* * *
346 AAAGCCTTATTACTCGGTTTCAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATGTTTTT
1 AAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGGTGAAT-TTTTT
* * * * * *
411 ACATTTTTGGTTAAAACATATTATAATTGAATGTCTACGTTGAAAAAGATAAAGAAAAAGCCATT
65 ACATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTACCTTAAAAAACATGAAGAAAAAGCCATT
* * * * * *
476 CAATGGCAACAAAAGTCTATTTATAGTCACCCATGTCTT-G
130 C-ATTGCAACAAAAGCCCATTTATAGTCACCTAAGCCTTCG
* * *
516 AAAAGCCGTATTACTCGTTTTAAATGATTTTATAATCTCATAATTGATTTT-AGGTTGAATTTTT
1 -AAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGG-TGAA---TT
* * * * * **
580 TTTTACATTTTTTGTTAGAACATATTTTAATTGAATGTTTACCTCAGGAAACGA-GAAGAAAAAG
61 TTTTACATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTACCTTAAAAAAC-ATGAAGAAAAAG
* * * * *
644 CCATTCACTGGCAAGAAAAGCCCACTTATAGTCACCTGAGCCTTCA
125 CCATTCA-TTGCAACAAAAGCCCATTTATAGTCACCTAAGCCTTCG
* * * ** *
690 AAAGCCTTCTTACTCACTTTTAATGGTTTTATAATAC-CATAACCGATTTTAAGTTGAATTTTGT
1 AAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAAT-CTCATAATTGATTTTAAGGTGAATTTT-T
* * * * ****
754 TACATTTTTAGTTAAAACAGAGTATAATTGAATGTCTAGCTTGGCGAACATGAAGAAAAAGCCAT
64 TACATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTACCTTAAAAAACATGAAGAAAAAGCCAT
*
819 TCATTGACAACAAAAGTCCATTTATAGTCACCTAAGCCTTCG
129 TCATTG-CAACAAAAGCCCATTTATAGTCACCTAAGCCTTCG
* ** **
861 AAAGCCTTATTATTCGCTTTAAATTATTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAACTTGAATTTTTT
1 AAAGCCTTATTACTCGCTTTAAA-TGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGGTGAA-TTTTT
*
926 TACATTTTTGATTAA
64 TACATTTTTGGTTAA
941 CGTATATTAT
Statistics
Matches: 633, Mismatches: 109, Indels: 47
0.80 0.14 0.06
Matches are distributed among these distances:
170 15 0.02
171 427 0.67
172 52 0.08
173 134 0.21
174 5 0.01
ACGTcount: A:0.34, C:0.15, G:0.13, T:0.38
Consensus pattern (169 bp):
AAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGGTGAATTTTTTA
CATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTACCTTAAAAAACATGAAGAAAAAGCCATTC
ATTGCAACAAAAGCCCATTTATAGTCACCTAAGCCTTCG
Found at i:746 original size:344 final size:340
Alignment explanation
Indices: 1--940 Score: 1049
Period size: 344 Copynumber: 2.7 Consensus size: 340
* *
1 TCAAAAGCCTTATTACTCGC-TTTAGATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAGGTTGAATAT
1 TCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTTA-ATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAAT-T
* * ***
65 TTTTATATTTTTTA-TTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTAC-CCCAAGAAACG-TGAAGAAAA
64 TTTTACA-TTTTTAGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACGTTGAA-AAA-GATGAAGAAAA
* * ** * * *
127 A-CACATTCATTTGTAGGAAAAGCCCATTTATAGTCACCTAAGCCATGGAAAGTCTTATTACTCG
126 AGC-CATTCATTGGCAACAAAAGTCCATTTATAGTCACCTAAGCC-TTGAAAGCCTTATTACTCG
** * * *
191 CTTTAAATGGCTTTATAATCTTATAATTGATTTTAAGG-TGAATTGTTTTACATTTTCGGTTAAA
189 CTTTAAATGATTTTATAATCTCATAATTGATTTT-AGGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAA
* ** * * *
255 ACAGATTATATTTGAATGTTTGTCTTAAAAAACATGAAGCAAAAGCCATTCATTGACAACGAAAG
253 ACAGATTATAATTGAATGTTTACCTCAAAAAACATGAAGAAAAAGCCATTCACTGACAACGAAAG
*
320 CCCATTTATAGTCACACATGCCC
318 CCCACTTATAGTCACACATGCCC
* * *
343 TCGAAAGCCTTATTACTCGGTTTCAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATGTT
1 TCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTTAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAAT-TT
* * *
408 TTTACATTTTTGGTTAAAACATATTATAATTGAATGTCTACGTTGAAAAAGATAAAGAAAAAGCC
65 TTTACATTTTTAGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACGTTGAAAAAGATGAAGAAAAAGCC
* * * * * * *
473 ATTCAATGGCAACAAAAGTCTATTTATAGTCACCCATGTCTTGAAAAGCCGTATTACTCGTTTTA
130 ATTCATTGGCAACAAAAGTCCATTTATAGTCACCTAAGCCTTG-AAAGCCTTATTACTCGCTTTA
* * *
538 AATGATTTTATAATCTCATAATTGATTTTAGGTTGAATTTTTTTTTACATTTTTTGTTAGAACAT
194 AATGATTTTATAATCTCATAATTGATTTTAGGTTGAA--TTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAG
* ** *
603 ATTTTAATTGAATGTTTACCTCAGGAAACGA-GAAGAAAAAGCCATTCACTGGCAA-GAAAAGCC
257 ATTATAATTGAATGTTTACCTCAAAAAAC-ATGAAGAAAAAGCCATTCACTGACAACG-AAAGCC
*
666 CACTTATAGTCAC-C-TGAGCCT
320 CACTTATAGTCACACAT--GCCC
* * **
687 TCAAAAGCCTTCTTACTCACTTTTAATGGTTTTATAATAC-CATAACCGATTTTAAGTTGAATTT
1 TCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTTAATGGTTTTATAAT-CTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTT
* *** *
751 TGTTACATTTTTAGTTAAAACAGAGTATAATTGAATGTCTA-GCTTGGCGAACATGAAGAAAAAG
65 T-TTACATTTTTAGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACG-TTGAAAAAGATGAAGAAAAAG
* *
815 CCATTCATTGACAACAAAAGTCCATTTATAGTCACCTAAGCCTTCGAAAGCCTTATTATTCGCTT
128 CCATTCATTGGCAACAAAAGTCCATTTATAGTCACCTAAGCCTT-GAAAGCCTTATTACTCGCTT
* ** *
880 TAAATTATTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAACTTGAATTTTTTTACATTTTTGATTAA
192 TAAATGA-TTTTATAATCTCATAATTGATTTTAGGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAA
941 CGTATATTAT
Statistics
Matches: 502, Mismatches: 78, Indels: 35
0.82 0.13 0.06
Matches are distributed among these distances:
341 11 0.02
342 178 0.35
343 30 0.06
344 250 0.50
345 33 0.07
ACGTcount: A:0.34, C:0.15, G:0.13, T:0.38
Consensus pattern (340 bp):
TCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTTAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTT
TTACATTTTTAGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACGTTGAAAAAGATGAAGAAAAAGCCA
TTCATTGGCAACAAAAGTCCATTTATAGTCACCTAAGCCTTGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAA
TGATTTTATAATCTCATAATTGATTTTAGGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGATTA
TAATTGAATGTTTACCTCAAAAAACATGAAGAAAAAGCCATTCACTGACAACGAAAGCCCACTTA
TAGTCACACATGCCC
Found at i:1982 original size:157 final size:156
Alignment explanation
Indices: 1697--1984 Score: 407
Period size: 157 Copynumber: 1.8 Consensus size: 156
1687 TTTATAATTC
* * * * *
1697 TAGTTAAAATAGATTATAATTGAATGTTTACCTTGAAAACGTGAAGCAAAAGTCATTTATTTACA
1 TAGTTAAAATAGATTATAATTGAATGTCTACCTTGAAAACGTGAAGAAAAAGCCATTCATTGACA
* * *
1762 ACAAAAGCCCATTTATAGTCACCTAGGCCTATGAAAGCCTTATTACTCGATTTCAATGGTTTTAT
66 ACAAAAGCCCATTTATAGTCACCCAGGCCTATAAAAGCCTTATTACTCGATTTAAATGGTTTTAT
1827 AATTTCGTAATCGATTTTAAGTTGAA
131 AATTTCGTAATCGATTTTAAGTTGAA
* * **
1853 TAGTTAAAATAGATTATAATTGAATGTCTGCCTTGAAAAATGTGAAGAAAAAGCCATTCATTGGT
1 TAGTTAAAATAGATTATAATTGAATGTCTACCTTG-AAAACGTGAAGAAAAAGCCATTCATTGAC
* * * *
1918 AACAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGTCT-TCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTT
65 AACAAAAGCCCATTTATAGTCACCCAGGCCTAT-AAAAGCCTTATTACTCGATTTAAATGGTTTT
1982 ATA
129 ATA
1985 GTCTCATAAT
Statistics
Matches: 114, Mismatches: 16, Indels: 3
0.86 0.12 0.02
Matches are distributed among these distances:
156 34 0.30
157 80 0.70
ACGTcount: A:0.36, C:0.15, G:0.14, T:0.35
Consensus pattern (156 bp):
TAGTTAAAATAGATTATAATTGAATGTCTACCTTGAAAACGTGAAGAAAAAGCCATTCATTGACA
ACAAAAGCCCATTTATAGTCACCCAGGCCTATAAAAGCCTTATTACTCGATTTAAATGGTTTTAT
AATTTCGTAATCGATTTTAAGTTGAA
Found at i:2150 original size:171 final size:171
Alignment explanation
Indices: 1855--8457 Score: 5027
Period size: 171 Copynumber: 38.7 Consensus size: 171
1845 AAGTTGAATA
* * * * **
1855 GTTAAAATAGATTATAATTGAATGTCTGCCTTGAA-AAATGTGAAGAAAAAGCCATTCATTGGTA
1 GTTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTACCTT-AAGAAACGTGAAGAAAAAGCCATTCATTGACA
* * * * *
1919 ACAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGTCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTAT
65 AGAAAAGCCCATTTATAGTCACCTAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTAT
* * * *
1984 AGTCTCATAATTTATTTTAGGTTGAATTTTTTTTATATTTTTG
130 AATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAA-TTTTTTTACATTTTTG
* * * * * * * * * * *
2027 GTTAAAACATATTCTAATTCAACGTTTAACTCAATAAATGTGAA-AAAAACCCATTTATTGGCAA
1 GTTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTACCTTAAGAAACGTGAAGAAAAAGCCATTCATTGACAA
* * * * * * * *
2091 GAAAAACCCATTTATAGTCACTTGAGCCTTCGAAAGCCCTATTACTTGCTTTTAATGG-TTTATT
66 GAAAAGCCCATTTATAGTCACCTAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATA
* * ** * * *
2155 ATATTATAACCGATTTTAAGTTAAATTTTCTTACATTTTTT
131 ATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTG
* * * ** ** *
2196 GTTAGAACATATTATAATTAAAAT-TTTGGCTTGGGAAACATGAAG-AAAAGCCATTCATTGACA
1 GTTAAAACAGATTATAATT-GAATGTTTACCTTAAGAAACGTGAAGAAAAAGCCATTCATTGACA
* ** * **
2259 TGAAAAGCCCATTTATTA-TCACCTAAGCCTTTGAAAGCCTTGTTACTCGCTTTAAATTATTTTT
65 AGAAAAGCCCATTTA-TAGTCACCTAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAA-TGGTTTT
* * * * *
2323 ATAATCTTAAAATTAATTTTAACTTGAATTTTTTTACATTTCTG
128 ATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTG
* ** * * ** ** * * * ** *
2367 ATTAGTATATATTATAATTGAATGTCGACCTTGGGAAACATAAAGCAAAAGTAATCCATT-AGCA
1 GTTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTACCTTAAGAAACGTGAAGAAAAAGCCATTCATTGA-CA
* ** * * * * *
2431 TA-AAAAGTCCACATATAATCA-CTCAAACCTTTAAAAGACTTATTACTCACTTTAAATGGTTTT
65 -AGAAAAGCCCATTTATAGTCACCT-AAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTT
* * * * *
2494 ATAATCTCATAATTGATTTTGAGTTGAGTTCTTTCTATATTTTTA
128 ATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATT-TTTTTACATTTTTG
* * * * * * * *
2539 ATTAAAACATATTACAATTGAATGTCTGCCTTGAA-AAGA-GTAAAGAAAAAGGCATTCATTGGC
1 GTTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTACCTT-AAGAA-ACGTGAAGAAAAAGCCATTCATTGAC
** * * *
2602 AAGAAAA-CTCCATTTATAGTCA-CTCATTCTTTCAAAAGCCTAATTACTCACTTTAAATGGTTT
64 AAGAAAAGC-CCATTTATAGTCACCT-AAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTT
* * *
2665 TGTAATCTCATAATTGATTTTAGGTTGAATTCTTTTACATTTTTG
127 TATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTG
* * * * ** * * *
2710 GTTAAAACAAAGTATAATTGATTGTCTACCTGGAGAAACGTGATGAAAAAGCCATTCATTGATAG
1 GTTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTACCTTAAGAAACGTGAAGAAAAAGCCATTCATTGACAA
* * * * * *
2775 GAAAAAG-CCATTTAGAGTTA-CTCATGTCTTTAAAAGCCTTATTACTTGCTTTAAATGGTTTTA
66 G-AAAAGCCCATTTATAGTCACCT-AAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTA
* * * * *
2838 TAATCTCATAACTAATTTTACGTTAAATTTTTTTACATTTTTC
129 TAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTG
* * * * * ** * *
2881 ATTAAAACAAATTTTACTTGAATATTTACCTTGGGAAACATGAAGAAAAA-CTCAGTCA-TGTAC
1 GTTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTACCTTAAGAAACGTGAAGAAAAAGC-CATTCATTG-AC
* * * * *
2944 AAGAAAAGCCCATTTATAGTTACCCAAGCCTT-AGAAAGCCTTAATACTCACTTTAAATAGTTTT
64 AAGAAAAGCCCATTTATAGTCACCTAAGCCTTCA-AAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTT
** * * * * *
3008 GCAA-CTTCATAATTGATTTGAGGATAAATTTTTTTACATTTTTT
128 ATAATC-TCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTG
* * * * * * * *
3052 ATTAAAACATATTATAATT-AATTGTTTGCGTTGAGAAACGTGAAGGAAAAA-CCATTGACTGAT
1 GTTAAAACAGATTATAATTGAA-TGTTTACCTTAAGAAACGTGAA-GAAAAAGCCATTCATTGAC
* * * * *
3115 AAGAAAGGCCCATTTATAGACACCCATGCCTTCAAAA-ACTATATTACTCGCTTTAAATAGG-TT
64 AAGAAAAGCCCATTTATAGTCACCTAAGCCTTCAAAAGCCT-TATTACTCGCTTTAAAT-GGTTT
* * *
3178 T-TAATCTCCTAATTGATTTTAGGTTGAA-TTTTTTACAATTTTG
127 TATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTG
* * * * * * *
3221 GTTAAAATAAATTATAATTAAATGTTTGCC-TCAGAGAATGTGAAGAAAAA-CAAATTCATTTG-
1 GTTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTACCTTAAGA-AACGTGAAGAAAAAGC-CATTCA-TTGA
* * * * **
3283 TAGGAAAAGCCCATTTATAGTCACCTAAGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGTTTTAAATGACTTT
63 CAAGAAAAGCCCATTTATAGTCACCTAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTT
*
3348 ATAATCTCATAATTGATTCTAAGTTGAA---TTTT---TTTTT-
128 ATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTG
* * * * * * * *
3385 ATTAAAATAGATTATAATTGAATGTTTGCCTTGATAAATGTGTAGCAAAAGCCATTCATTGACAA
1 GTTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTACCTTAAGAAACGTGAAGAAAAAGCCATTCATTGACAA
* * ** * * *
3450 CAAAAGCCCATTTATAGTCACCCATA-CCTTTGAAAGCCTTATTACTCGATTTCAATAGTTTTAT
66 GAAAAGCCCATTTATAGTCACCTA-AGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTAT
* * *
3514 AACCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATGTTTTTACATTTTTA
130 AATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTG
** * * ** * *
3556 GCCAAAATAGATTATAATTGAATGTTTTCCTTGAA-AAATATGAAAAAAAAGCTATTCATTGACA
1 GTTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTACCTT-AAGAAACGTGAAGAAAAAGCCATTCATTGACA
* * * * * * *
3620 AGAAAAACCCATTAATAGTCACTTATA-CCTACAAAAGCATTATTACTCGCCTTAAATGATTTTA
65 AGAAAAGCCCATTTATAGTCACCTA-AGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTA
*** * *
3684 TAATCTCATAACAAATTTTACGTTGAATTTTTTTACATTTTTC
129 TAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTG
* * * * *** * * * *
3727 ATTAAAACAGATTTTATTTGAATGTTTGCCTCGGGAACCATGGAGGAAAA-CTCATTCATTTG-C
1 GTTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTACCTTAAGAAACGTGAAGAAAAAGC-CATTCA-TTGAC
* * * * * * *
3790 AGGAAAAGCCCATTTATAGTTACCCAAGTCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTATAAATGGTTTCA
64 AAGAAAAGCCCATTTATAGTCACCTAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTA
* * * * ** *
3855 CAACCTCATAATTAATTTTAGGAAGAATTTTTTTAGATTTTTG
129 TAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTG
* * * * * * *
3898 GTTAAAACATATTATAGTT-AACTGTCTACCTTAAGAAACGTGAAGGAATAGCCATTGATTGATA
1 GTTAAAACAGATTATAATTGAA-TGTTTACCTTAAGAAACGTGAAGAAAAAGCCATTCATTGACA
* * * * *
3962 AGAAAAGTCCATTTATAGGCACCTATGCCTTCAAAAG-CTATATTACTAGCTTTAAATAGTTTTA
65 AGAAAAGCCCATTTATAGTCACCTAAGCCTTCAAAAGCCT-TATTACTCGCTTTAAATGGTTTTA
* *
4026 TAATCTCATAATTGATTTTAGGTTGAA-TTTTTTACAGTTTTG
129 TAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTG
* * * * * ** *
4068 GTTAAAACAGATTATAATTGAATATTTTCCTCAAAAAAAGTGTAA-AAAAATACATTCATTTG-T
1 GTTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTACCTTAAGAAACGTG-AAGAAAAAGCCATTCA-TTGAC
* * ** *
4131 AAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCAAGCCTTTGAAAGCCTTATTACTC-CTTTTAAATGGCTTT
64 AAGAAAAGCCCATTTATAGTCACCTAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGC-TTTAAATGGTTTT
* * * *
4195 ATAATCTCATAATTGATTTCAAGTTGAATTTTTTCATATTTTTT
128 ATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTG
* * * * * *** * *
4239 ATTAAAACAGATTATAAGTAAATGTTTGCCTTGAA-AAACATGAACCGAAAGCAATTCATTAACA
1 GTTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTACCTT-AAGAAACGTGAAGAAAAAGCCATTCATTGACA
* * ** * * * *
4303 ACAAAAGCCCATTTATAGTCACCCATTCTTTCGAAAGCCTTATTACTCGATTTCAATGGTTTTAT
65 AGAAAAGCCCATTTATAGTCACCTAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTAT
* * *
4368 AATCTCATAATCGATTTTAAGTTGAATGTTTTTATATTTTT-
130 AATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTG
** * * * * * *
4409 GCCAAAACAGACTATAATTGAACGTTTGCCTTGAA-AAACGAGAAGAAAAAGCCACTCATTGGCA
1 GTTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTACCTT-AAGAAACGTGAAGAAAAAGCCATTCATTGACA
* * ** * * * * *
4473 ACAAAAGTCCATTTATAACCACCTATGTCTTCAAAAGCCTTATTACTTGCTTTAAGTGGTTTTGT
65 AGAAAAGCCCATTTATAGTCACCTAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTAT
*
4538 AATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTTACATTTTTT
130 AATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAA-TTTTTTTACATTTTTG
* * * * *
4581 GTTAAAA-AAATTATAATTGATTGTCTACC-TAGAGAAATGTAAAGAAAAAGCCATTCATTGACA
1 GTTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTACCTTA-AGAAACGTGAAGAAAAAGCCATTCATTGACA
* * * * * *
4644 AGAAAAGTCCATTTATTGTCA-TTCATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGTTTTAAATAGTTTTA
65 AGAAAAGCCCATTTATAGTCACCT-AAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTA
* * * *
4708 TAATCTCATAACTGATTTTAGGTTGAAGTTTTTTACATTTTTT
129 TAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTG
* ** * * * * *
4751 ATTAAAACAGATTCCAATTCAATGTTTGCC-TAAGGAAACATAAAGAAAAA-CTCATTCATTTGC
1 GTTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTACCTTAA-GAAACGTGAAGAAAAAGC-CATTCA-TTGA
* * ** * * *
4814 CGA-AAAAGCCCATTTATAGTCACCCAAGCCTTCGGAAGCTTTACTACTTGCTTTAAATGGTTTT
63 CAAGAAAAGCCCATTTATAGTCACCTAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTT
* * * *
4878 ACAACCTCATAATTGATTTTAGGATGAATTTTTTTACATTTTTG
128 ATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTG
* ** * * * * *
4922 GTTAAAACAGATTATAATTGACTAACTT-CCTTGAGAAACGTGAAGGAAAGGCCATTGATTGATA
1 GTTAAAACAGATTATAATTGAAT-GTTTACCTTAAGAAACGTGAAGAAAAAGCCATTCATTGACA
* *
4986 AGAAAAGCCCATTTATAGTCA-CTCATA-CCTTCAAAAGCCTTATTACTTGCTTTAAATAGTTTT
65 AGAAAAGCCCATTTATAGTCACCT-A-AGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTT
* * * * * *
5049 ATATTATCATAATTAATTTTAAGTTAAATTTTTTTTATACTTTTG
128 ATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAA-TTTTTTTACATTTTTG
* * * * * * ** * * * * **
5094 CTTCAAATATA-TAGTAATTAAATGTCTATTTTGAGAAATGT-AACGGAAAAGACAACCATTGA-
1 GTTAAAACAGATTA-TAATTGAATGTTTACCTTAAGAAACGTGAA-GAAAAAGCCATTCATTGAC
** * * ** ** * **
5156 AGAGAAAAGTTCATTTACAGTCACTCGT--GCTTTTGAAAGTATTATTACTCGCTCTAAATCATT
64 A-AGAAAAGCCCATTTATAGTCAC-C-TAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTT
* * * * * *
5219 TTATAATCTCATAACTGATTTTCATTTCAATTTTTTTTATATTTTTC
126 TTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAA-TTTTTTTACATTTTTG
* ** * * *
5266 ATTAAAGTAGATTATAATTGAATGTTTACCTTGAGAAACGTGAAGCAAAAGCCA-TCAATTGGCA
1 GTTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTACCTTAAGAAACGTGAAGAAAAAGCCATTC-ATTGACA
*** ** * * * * * * *
5330 AGAAAAGTTGATTTATAGT-TTCTCAAACCTTTACAAGCTTTATTGCTTGCTTTAAATAGTTTTA
65 AGAAAAGCCCATTTATAGTCACCT-AAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTA
* *
5394 TAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAA-TGTTTTACATTTTTA
129 TAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTG
* * * ***
5436 GTCAAAACTG-TTAATAATTGAATGTCTACCTTGAA-AAACGTGAAGAAAAAATTATTCATTGGA
1 GTTAAAACAGATT-ATAATTGAATGTTTACCTT-AAGAAACGTGAAGAAAAAGCCATTCATT-GA
* * * * *
5499 -AATAAAA-TCCATTTATAGTCACCCATGTCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTT
63 CAAGAAAAGCCCATTTATAGTCACCTAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTT
* *
5562 ATAATCTCATAATTGATTTTAGGTTGAATTATTTTTACATTTTTT
128 ATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATT-TTTTTACATTTTTG
* * * * * *
5607 GTTAAAACATATTATCATTGAATG-TTACC-TCAGAAAATGAGAAGAAAAA-CTCATTCATTGGC
1 GTTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTACCTTAAG-AAACGTGAAGAAAAAGC-CATTCATTGAC
* * * *
5669 AAGAAAAGCCCATTTATAGTCACTTGAGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTTAATGGTTTTA
64 AAGAAAAGCCCATTTATAGTCACCTAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTA
* *** * *
5734 TAATATCATAACCAATTTTAAGTTGAATTTTGTTACATTTTCG
129 TAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTG
**** ** * * *
5777 GTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCCGGCTTGGGAAACATGAAGAAAAAGTCATTCATTGATAA
1 GTTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTACCTTAAGAAACGTGAAGAAAAAGCCATTCATTGACAA
* * ** * * ** *
5842 GACAAA-TCTATTTATAGTCACCTAAGCCTTTGAAAGCCTTGTTACTTGCTTTAAATTATTTTTT
66 GA-AAAGCCCATTTATAGTCACCTAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAA-TGGTTTTA
* * * *
5906 TAATCTCATAATTGGTTTTAACTTGAATTTTTTTATATTTTTT
129 TAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTG
* * * * * * * * *
5949 ATTAAAATATATTATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACATGAAGCAAAAGTCATCCATT-AGCA
1 GTTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTACCTTAAGAAACGTGAAGAAAAAGCCATTCATTGA-CA
*** ** * ** * *
6013 TA-AAAAGTTAACCTATAGTCACTTAAGCCTTTGAAAGACTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTA
65 -AGAAAAGCCCATTTATAGTCACCTAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTA
* * *
6077 TGATCTCATAATTGATTTTAAGCTGAATTCTTTTTATC-TTTTTA
129 TAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATT-TTTTTA-CATTTTTG
* * * *
6121 TTTAAACCAGATTATAATTGAATGTCTT-CCTTGGAAG-AA-GTGAAGAAAAAGACATTCATTGG
1 GTTAAAACAGATTATAATTGAATGT-TTACCTT--AAGAAACGTGAAGAAAAAGCCATTCATTGA
** * * * ** * *
6183 CAAGAAAAGTTCACTTATAGTCA-ATCATTCTCTCAAAAGCCTTATTACTTGCTTCAAATGGTTT
63 CAAGAAAAGCCCATTTATAGTCACCTAAGCCT-TCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTT
* * *
6247 TGTAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTACATTTTTA
127 TATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTG
* * * * * * * *
6292 GTTAAAACAAATTATAATTGATTGTCTACCTTGATAAACATGAAGAAAAAGCCAATCATTGATAA
1 GTTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTACCTTAAGAAACGTGAAGAAAAAGCCATTCATTGACAA
* * ** * *
6357 GAGAAGCCCATTTATAGTCA-CTCATGCCTTCAAAAGTTTTATTACTCTCTTTAAATGATTTTAT
66 GAAAAGCCCATTTATAGTCACCT-AAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTAT
* * * * * * *
6421 AATCTTATAATTTA-TTTAACTTAAATTTTTTTATATTTCTA
130 AATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTG
* * * * * * * * *
6462 TTTAAAATATATTGTAATTGAATGTCTACATTAAGAAACGTGAAGCAAAAGTCATCCATT-AGCA
1 GTTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTACCTTAAGAAACGTGAAGAAAAAGCCATTCATTGA-CA
* * * ** * * *
6526 TA-AAAAGTCCACTTATGGTCA-CTAAAGCCTTTGAAAGACTTATTACTCACTTTAAATAGTTTT
65 -AGAAAAGCCCATTTATAGTCACCT-AAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTT
* * *
6589 ATGATCTCATAATTGATTTTAAGCTGAATTCTTTTTATC-TTTTTA
128 ATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATT-TTTTTA-CATTTTTG
* * * * * *
6634 GTTAAAACGGATTACAATTGAATGTCTACCTT-GGAAAGAGTGAAGAAAAAGGCATTCATTGACA
1 GTTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTACCTTAAGAAA-CGTGAAGAAAAAGCCATTCATTGACA
* * * ** * * *
6698 AGAAAAGGCCATTTAAAGTCA-CTCATTCTCTCAAAAGCCTTATTGCTCGCTTTAAATGATTTTG
65 AGAAAAGCCCATTTATAGTCACCTAAGCCT-TCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTA
*
6762 TAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTA
129 TAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTG
* * * *
6805 GTTAAAACAAATTATAATTG-AT-TTTCGACCATGAGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGAC
1 GTTAAAACAGATTATAATTGAATGTTT--ACCTTAAGAAACGTGAAGAAAAAGCCATTCATTGAC
* ** * * *
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64 AAGAAAAGCCCATTTATAGTCA-CC-TAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTT
* * * *
6931 TATAATTTCATAACTGATTTTACGTTGAATTTTTTTACATTTTTC
127 TATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTG
* ** ** *
6976 ATTAAAACAGATTATAATCAAATGTTTACCTTGGGAAGCAC-T-AA-AAAAAACTCATTCAGTTG
1 GTTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTACCTTAAGAA--ACGTGAAGAAAAAGC-CATTCA-TTG
* * * * * * *
7038 -CAGGAAAAGCCCATTTATAGTCCCCTCAGCTTTCGAAAGCCTTATTATTCACTTTAAA-GAGTT
62 ACAAGAAAAGCCCATTTATAGTCACCTAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATG-GTT
* * * * * *
7101 TTATAACCTCATAATTGATTTTAGGATGACTTTTTTTTATATTTTTT
126 TTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGA-ATTTTTTTACATTTTTG
* * * * * * * *
7148 GTTAAAATATATTATAATTGATTGTTTACTTTAAGAAACGTGAAGGAAAAGCCATTGATTAATAA
1 GTTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTACCTTAAGAAACGTGAAGAAAAAGCCATTCATTGACAA
* * * *
7213 AAAAAG-CCATTTATAGTCA-CTCATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATAGTTTTAT
66 GAAAAGCCCATTTATAGTCACCT-AAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTAT
* * ** *
7276 AATCTCATAATTGATTTTACGTTAAATTTTTTTATGTTTTTT
130 AATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTG
* * * * * ** * * *
7318 ATTAAAATAAATTATAATTGATTCTTTACCTCGAGAAACATGAAGAAAAATCCATTCATTTACAA
1 GTTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTACCTTAAGAAACGTGAAGAAAAAGCCATTCATTGACAA
* * * * ** * * *
7383 GAAAAGCCCATGTATAGTTACCCAAGGCTTCGGAAGCCTTATTACACGCTTTATATGGCTTTATA
66 GAAAAGCCCATTTATAGTCACCTAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATA
* *
7448 ATCTCATAATTGATTTTAAGCTGAATTTGTTTTATATTTTCT-
131 ATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTT-TTTTACATTTT-TG
** * * ** **
7490 GTTAAAATGGATTATAATTGAATGTATGCCTTGTAAG-AA-GTG-AGAAAAAGGTATTCATTGGT
1 GTTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTACC-T-TAAGAAACGTGAAGAAAAAGCCATTCATTGAC
** * *
7552 AAGAAAAGTGCATTTATAGTC-CCTAATTCCCTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTT
64 AAGAAAAGCCCATTTATAGTCACCTAA-GCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTT
* *
7616 GTAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTA
128 ATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTG
* * * * *
7660 GTTAAAA-A-ATTATAATTGATTCTCTACC-TAGAGAAATGTAAAGAAAAAGCCATTCATTGACA
1 GTTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTACCTTA-AGAAACGTGAAGAAAAAGCCATTCATTGACA
** * * * * * *
7722 AGAAAATTCTATTTATCGTCA-CTCATGCCTTCAAAAGCATTATTACTCGCCTTAAATAGTTTTA
65 AGAAAAGCCCATTTATAGTCACCT-AAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTA
* * * * *
7786 TAATCTCATAACTGATTTTAGGTTGAAGTTTTTTATATTTTTC
129 TAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTG
* ** * ** *
7829 ATTAAAACAGATTCCAATTGAATGTTTGCC-TAAGGAAACAAGAAGAAAAA-CTCATTCACTTGC
1 GTTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTACCTTAA-GAAACGTGAAGAAAAAGC-CATTCA-TTGA
* * ** * **
7892 CGA-AAAAGCCCATTTATAGTCACCCAAGCCTTCGGAAGCCTTATCACTCGCTTTAAATAATTTT
63 CAAGAAAAGCCCATTTATAGTCACCTAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTT
* * * * * *
7956 ACAACCTCATAATTGATTTTAGGATAAATTTTTTTACATTTTTA
128 ATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTG
* * * * * * *
8000 GTTAAAACAAATTATAATTGACTATCTT-CCTTGAGAAACATGAAGGAAAAA-CCATTTATTGAT
1 GTTAAAACAGATTATAATTGAATGT-TTACCTTAAGAAACGTGAA-GAAAAAGCCATTCATTGAC
* * * *
8063 AAGAAAAGCCTATTTATAGTCACCCATA-CCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATAGTTTT
64 AAGAAAAGCCCATTTATAGTCACCTA-AGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTT
*
8127 ATAATGTCATAATTGATTTT-AGATTGAATTTTTTTACATTTTTG
128 ATAATCTCATAATTGATTTTAAG-TTGAATTTTTTTACATTTTTG
* * * * * * * *
8171 ATTAAAACAGATTATAATTGATTATTTACCTTGA-AAACATGAAGAAAAACCCATTTATTTACAA
1 GTTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTACCTTAAGAAACGTGAAGAAAAAGCCATTCATTGACAA
* * * * * *
8235 GAAAAGCCCATTTATAGTTACCCAAGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATTGCTCTATA
66 GAAAAGCCCATTTATAGTCACCTAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATA
* *
8300 ATCTTATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTG
131 ATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTG
* * *
8341 GTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTTAA-AAACTGTGAAGAAAAAGTCATTCATTGATA
1 GTTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTACCTTAAGAAAC-GTGAAGAAAAAGCCATTCATTGACA
* * *
8405 ACAAAAGCCCATTTATAGTCACCCAAGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTT
65 AGAAAAGCCCATTTATAGTCACCTAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTT
Statistics
Matches: 5114, Mismatches: 1116, Indels: 403
0.77 0.17 0.06
Matches are distributed among these distances:
163 3 0.00
164 123 0.02
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ACGTcount: A:0.35, C:0.14, G:0.12, T:0.38
Consensus pattern (171 bp):
GTTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTACCTTAAGAAACGTGAAGAAAAAGCCATTCATTGACAA
GAAAAGCCCATTTATAGTCACCTAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATA
ATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTG
Found at i:6616 original size:513 final size:512
Alignment explanation
Indices: 1255--8457 Score: 5566
Period size: 513 Copynumber: 14.1 Consensus size: 512
1245 NNNNNNNNNN
* * * * * *
1255 AAAAGCCCATTTATAGCCACTCATGCCTTTGAAAGACTTATTACTCGCTTTAAATGATTTTATAA
1 AAAAGCCCATTTATAGTCACCCAAGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCTCTTTAAATGATTTTATAA
* * ** * *
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* * * * * * *
1384 TTTGCCTT-AGAAACATGAAGAAAAACTCTTTCATTTG--TAGGAAAAGCCCATTTATAGTCACC
130 TCTACCTTGAGAAACGTGAAGAAAAAGTCATTCA-TTGCATA-GAAAAGTCCATTTATAGTCACT
* * * * * ** * *
1446 CAAGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAACCTCATAATCAATTTTAGGAT
193 AAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTT
* * ** * * * * * * *
1511 GAA--TATTTATATTTTTGGTTAAAACATATTATACTTGACTGTCTACATTGAGAAACGTAAAGA
258 GAATTTTTTTACATTTTTATTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTTCCTTG-GAAAAGTGAAGA
* * * * * *
1574 AAAAGCCATTGATTGATAAAAAAAAGCCCATTTATAGTAAC-CTATGTCTTCAAAAGCCTTATTA
322 AAAAGCCATTCATTGA-CAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTC-ATGCCTTCAAAAGCCTTATTA
* * * * * *
1638 CTCGCTTTAAATAGATTTATAATCTCAAAATTGATTTTAGGTTGAAGTTTTTATA-A-TTCTAGT
385 CTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAA-TTTTTTTACATTTTTAGT
* * * * * * * *
1701 TAAAATAGATTATAATTGAATGTTTACCTTGA-AAACGTGAAGCAAAAGTCATTTATTTACAAC
449 TAAAACAGATTATAATTGAATGTTTGCCTTGAGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGACAAG
* * ** * *
1764 AAAAGCCCATTTATAGTCACCTAGGCCTAT-GAAAGCCTTATTACTCGATTTCAATGGTTTTATA
1 AAAAGCCCATTTATAGTCACCCAAGCCT-TCGAAAGCCTTATTACTCTCTTTAAATGATTTTATA
* * * * *
1828 ATTTCGTAATCGATTTTAA---G------TTGA-A----TAGTTAAAATAGATTATAATTGAATG
65 ATCTCATAATTGATTTTAACTTGAATTTTTTTACATTTTTAGTTAAAACAGATTATAATTGAATG
* * * * * * **
1879 TCTGCCTTGAAAAATGTGAAGAAAAAGCCATTCATTG-GTAACAAAAGTCCATTTATAGTCACCC
130 TCTACCTTGAGAAACGTGAAGAAAAAGTCATTCATTGCAT-AGAAAAGTCCATTTATAGTCACTA
* * * * * * *
1943 ATGTCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAGTCTCATAATTTATTTTAGGTTG
194 AAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTG
* ** * * * * * **
2008 AATTTTTTTTATATTTTTGGTTAAAACATATTCTAATTCAACGT-TTAAC-TCAATAAATGTGAA
259 AA-TTTTTTTACATTTTTATTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTT-CCTTGGA-AAA-GTGAA
* * * ** * * *
2071 -AAAAACCCATTTATTGGCAAGAAAAACCCATTTATAGTCACTTGA-GCCTTCGAAAGCCCTATT
320 GAAAAAGCCATTCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCAC-TCATGCCTTCAAAAGCCTTATT
* * * * * ** * * *
2134 ACTTGCTTTTAATGG-TTTATTATATTATAACCGATTTTAAGTTAAATTTTCTTACATTTTTTGT
384 ACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTAGT
* * * * * *
2198 TAGAACATATTATAATTAAAAT-TTTGGCTTGGGAAACATGAAG-AAAAGCCATTCATTGACATG
449 TAAAACAGATTATAATT-GAATGTTTGCCTTGAGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGACAAG
* * * * *
2261 AAAAGCCCATTTATTA-TCACCTAAGCCTTTGAAAGCCTTGTTACTCGCTTTAAATTATTTTTAT
1 AAAAGCCCATTTA-TAGTCACCCAAGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCTCTTTAAATGA-TTTTAT
* * * * ** * *
2325 AATCTTAAAATTAATTTTAACTTGAATTTTTTTACATTTCT-GATTAGTATATATTATAATTGAA
64 AATCTCATAATTGATTTTAACTTGAATTTTTTTACATTTTTAG-TTAAAACAGATTATAATTGAA
* * * * * * * ** *
2389 TGTCGACCTTGGGAAACATAAAGCAAAAGTAATCCATTAGCATA-AAAAGTCCACATATAATCAC
128 TGTCTACCTTGAGAAACGTGAAGAAAAAGTCATTCATT-GCATAGAAAAGTCCATTTATAGTCAC
* * * *
2453 TCAAA-CCTTTAAAAGACTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTGAG
192 T-AAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAG
* * * * * * * * *
2517 TTGAGTTCTTTCTATATTTTTAATTAAAACATATTACAATTGAATGTCTGCCTTGAAAAGAGTAA
256 TTGAATT-TTTTTACATTTTTATTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTTCCTTGGAAA-AGTGA
* * * * * *
2582 AGAAAAAGGCATTCATTGGCAAGAAAACTCCATTTATAGTCACTCATTCTTTCAAAAGCCTAATT
319 AGAAAAAGCCATTCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATGCCTTCAAAAGCCTTATT
* * * * *
2647 ACTCACTTTAAATGGTTTTGTAATCTCATAATTGATTTTAGGTTGAATTCTTTTACATTTTTGGT
384 ACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTAGT
* * * * * * * * * *
2712 TAAAACAAAGTATAATTGATTGTCTACCTGGAGAAACGTGATGAAAAAGCCATTCATTGATAGG
449 TAAAACAGATTATAATTGAATGTTTGCCTTGAGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGACAAG
* * * * * ** *
2776 AAAAAG-CCATTTAGAGTTACTCATGTCTTTAAAAGCCTTATTACT-TGCTTTAAATGGTTTTAT
1 -AAAAGCCCATTTATAGTCACCCAAGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCT-CTTTAAATGATTTTAT
* * * * * *
2839 AATCTCATAACTAATTTT-ACGTTAAATTTTTTTACATTTTTCA-TTAAAACAAATTTTACTTGA
64 AATCTCATAATTGATTTTAAC-TTGAATTTTTTTACATTTTT-AGTTAAAACAGATTATAATTGA
* * * * * * * * *
2902 ATATTTACCTTGGGAAACATGAAGAAAAACTCAGTCATGTACA-AGAAAAGCCCATTTATAGTTA
127 ATGTCTACCTTGAGAAACGTGAAGAAAAAGTCATTCAT-TGCATAGAAAAGTCCATTTATAGTCA
** * ** *
2966 CCCAAGCCTT-AGAAAGCCTTAATACTCACTTTAAATAGTTTTGCAA-CTTCATAATTGATTTGA
191 CTAAAGCCTTCA-AAAGCCTTATTACTCACTTTAAATAGTTTTATAATC-TCATAATTGATTTTA
* * * * * *
3029 GGATAAATTTTTTTACATTTTT-TATTAAAACATATTATAATT-AATTGT-TTGCGTTGAGAAAC
254 AGTTGAATTTTTTTACATTTTTAT-TTAAAACAGATTATAATTGAA-TGTCTT-CCTTG-GAAAA
* * * * * * * *
3091 GTGAAGGAAAAA-CCATTGACTGATAAGAAAGGCCCATTTATAGACACCCATGCCTTCAAAA-AC
315 GTGAA-GAAAAAGCCATTCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATGCCTTCAAAAGCC
* * *
3154 TATATTACTCGCTTTAAATAGG-TTT-TAATCTCCTAATTGATTTTAGGTTGAA-TTTTTTACAA
379 T-TATTACTCGCTTTAAAT-GGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACAT
* * * * * ** *
3216 TTTTGGTTAAAATAAATTATAATTAAATGTTTGCC-TCAGAGAATGTGAAGAAAAA-CAAATTCA
442 TTTTAGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTGCCTTGAGA-AACATGAAGAAAAAGC-CATTCA
* *
3279 TTTG-TAGG
505 -TTGACAAG
* *
3287 AAAAGCCCATTTATAGTCACCTAAGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGT-TTTAAATGACTTTATA
1 AAAAGCCCATTTATAGTCACCCAAGCCTTCGAAAGCCTTATTACTC-TCTTTAAATGATTTTATA
* * *
3351 ATCTCATAATTGATTCTAAGTTGAA---TTTT---TTTTTA-TTAAAATAGATTATAATTGAATG
65 ATCTCATAATTGATTTTAACTTGAATTTTTTTACATTTTTAGTTAAAACAGATTATAATTGAATG
* * * * * * * * * *
3409 TTTGCCTTGATAAATGTGTAGCAAAAGCCATTCATTGACA-ACAAAAGCCCATTTATAGTCACCC
130 TCTACCTTGAGAAACGTGAAGAAAAAGTCATTCATTG-CATAGAAAAGTCCATTTATAGTCA-CT
* ** * *
3473 ATA-CCTTTGAAAGCCTTATTACTCGA-TTTCAATAGTTTTATAACCTCATAATTGATTTTAAGT
193 AAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTC-ACTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGT
* *** * * * * *
3536 TGAATGTTTTTACATTTTTAGCCAAAATAGATTATAATTGAATGTTTTCCTTGAAAAATATGAAA
257 TGAATTTTTTTACATTTTTATTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTTCCTTGGAAAA-GTGAAG
* ** * * * * *
3601 AAAAAGCTATTCATTGACAAGAAAAACCCATTAATAGTCACTTATACCTACAAAAGCATTATTAC
321 AAAAAGCCATTCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATGCCTTCAAAAGCCTTATTAC
* * *** *
3666 TCGCCTTAAATGATTTTATAATCTCATAACAAATTTTACGTTGAATTTTTTTACATTTTTCA-TT
386 TCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTT-AGTT
* * * * * * * *
3730 AAAACAGATTTTATTTGAATGTTTGCCTCGGGAACCATGGAGGAAAA-CTCATTCATTTG-CAGG
450 AAAACAGATTATAATTGAATGTTTGCCTTGAGAAACATGAAGAAAAAGC-CATTCA-TTGACAAG
* * * * * * * *
3793 AAAAGCCCATTTATAGTTACCCAAGTCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTATAAATGGTTTCACAA
1 AAAAGCCCATTTATAGTCACCCAAGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCTCTTTAAATGATTTTATAA
* * **** * * * *
3858 CCTCATAATTAATTTTAGGAAGAATTTTTTTAGATTTTTGGTTAAAACATATTATAGTT-AACTG
66 TCTCATAATTGATTTTAACTTGAATTTTTTTACATTTTTAGTTAAAACAGATTATAATTGAA-TG
* * * * * *
3922 TCTACCTTAAGAAACGTGAAGGAATAGCCATTGATTG-ATAAGAAAAGTCCATTTATAGGCACCT
130 TCTACCTTGAGAAACGTGAAGAAAAAGTCATTCATTGCAT-AGAAAAGTCCATTTATAGTCA-CT
* *
3986 -ATGCCTTCAAAAG-CTATATTACT-AGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAGG
193 AAAGCCTTCAAAAGCCT-TATTACTCA-CTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAG
* ** * * ***
4048 TTGAA-TTTTTTACAGTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATATTTTCCTCAAAAAAAGTGTA
256 TTGAATTTTTTTACATTTTTATTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTTCCT-TGGAAAAGTG-A
** * * * **
4112 A-AAAAATACATTCATTTG-TAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCAAGCCTTTGAAAGCCTTAT
319 AGAAAAAGCCATTCA-TTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATGCCTTCAAAAGCCTTAT
* * * *
4175 TACTC-CTTTTAAATGGCTTTATAATCTCATAATTGATTTCAAGTTGAATTTTTTCATATTTTTT
383 TACTCGC-TTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACA-TTTTT
* * * *** * *
4239 A-TTAAAACAGATTATAAGTAAATGTTTGCCTTGAAAAACATGAACCGAAAGCAATTCATTAACA
446 AGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTGCCTTGAGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGACA
*
4303 AC
511 AG
** * ** * *
4305 AAAAGCCCATTTATAGTCACCCATTCTTTCGAAAGCCTTATTACTCGATTTCAATGGTTTTATAA
1 AAAAGCCCATTTATAGTCACCCAAGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCTCTTTAAATGATTTTATAA
* * * * ** * *
4370 TCTCATAATCGATTTTAAGTTGAATGTTTTTATATTTTT-GCCAAAACAGACTATAATTGAACGT
66 TCTCATAATTGATTTTAACTTGAATTTTTTTACATTTTTAGTTAAAACAGATTATAATTGAATGT
* * * * * * * **
4434 TTGCCTTGAAAAACGAGAAGAAAAAGCCACTCATTGGCA-ACAAAAGTCCATTTATAACCACCT-
131 CTACCTTGAGAAACGTGAAGAAAAAGTCATTCATT-GCATAGAAAAGTCCATTTATAGTCA-CTA
* * ** * * *
4497 ATGTCTTCAAAAGCCTTATTACTTGCTTTAAGTGGTTTTGTAATCTCATAATTGATTTTAAGTTG
194 AAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTG
* * * * * *
4562 AATTTTTTTTACATTTTT-TGTTAAAA-AAATTATAATTGATTGTCTACCTAGAGAAATGTAAAG
259 AA-TTTTTTTACATTTTTAT-TTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTTCCTTG-GAAAAGTGAAG
* *
4625 AAAAAGCCATTCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATTGTCATTCATGCCTTCAAAAGCCTTATTAC
321 AAAAAGCCATTCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATGCCTTCAAAAGCCTTATTAC
* * * * *
4690 TCGTTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAACTGATTTTAGGTTGAAGTTTTTTACATTTTTTA-TT
386 TCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACA-TTTTTAGTT
** * * * * *
4754 AAAACAGATTCCAATTCAATGTTTGCC-TAAGGAAACATAAAGAAAAA-CTCATTCATTTGCCGA
450 AAAACAGATTATAATTGAATGTTTGCCTTGA-GAAACATGAAGAAAAAGC-CATTCA-TTGACAA
4817 -
512 G
* * * * *
4817 AAAAGCCCATTTATAGTCACCCAAGCCTTCGGAAGCTTTACTACT-TGCTTTAAATGGTTTTACA
1 AAAAGCCCATTTATAGTCACCCAAGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCT-CTTTAAATGATTTTATA
* *** * * *
4881 ACCTCATAATTGATTTTAGGATGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGACTA
65 ATCTCATAATTGATTTTAACTTGAATTTTTTTACATTTTTAGTTAAAACAGATTATAATTGAATG
* * * * * * *
4946 ACTTCCTTGAGAAACGTGAAGGAAAGGCCATTGATTG-ATAAGAAAAGCCCATTTATAGTCACTC
130 TCTACCTTGAGAAACGTGAAGAAAAAGTCATTCATTGCAT-AGAAAAGTCCATTTATAGTCACT-
* ** * * *
5010 ATA-CCTTCAAAAGCCTTATTACTTGCTTTAAATAGTTTTATATTATCATAATTAATTTTAAGTT
193 AAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTT
* * * ** * * * * * *
5074 AAATTTTTTTTATACTTTTGCTTCAAATATA-TAGTAATTAAATGTCTAT-TTTGAGAAATGT-A
258 GAA-TTTTTTTACATTTTTATTTAAAACAGATTA-TAATTGAATGTCT-TCCTTG-GAAAAGTGA
* * ** * * * * ** **
5136 ACGGAAAAGACAACCATTGA-AGAGAAAAGTTCATTTACAGTCACTCGTGCTTTTGAAAGTATTA
319 A-GAAAAAGCCATTCATTGACA-AGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATGCCTTCAAAAGCCTTA
* ** * * * * *
5200 TTACTCGCTCTAAATCATTTTATAATCTCATAACTGATTTTCATTTCAATTTTTTTTATATTTTT
382 TTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAA-TTTTTTTACATTTTT
** * * * *
5265 CA-TTAAAGTAGATTATAATTGAATGTTTACCTTGAGAAACGTGAAGCAAAAGCCA-TCAATTGG
446 -AGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTGCCTTGAGAAACATGAAGAAAAAGCCATTC-ATTGA
5328 CAAG
509 CAAG
*** ** * * * * *
5332 AAAAGTTGATTTATAGTTTCTCAAACCTT-TACAAGCTTTATTGCT-TGCTTTAAAT-AGTTTTA
1 AAAAGCCCATTTATAGTCACCCAAGCCTTCGA-AAGCCTTATTACTCT-CTTTAAATGA-TTTTA
* * * *
5394 TAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAA-TGTTTTACATTTTTAGTCAAAACTG-TTAATAATTGA
63 TAATCTCATAATTGATTTTAACTTGAATTTTTTTACATTTTTAGTTAAAACAGATT-ATAATTGA
* * * * * *
5457 ATGTCTACCTTGAAAAACGTGAAGAAAAAATTATTCATTGGAAATAAAA-TCCATTTATAGTCAC
127 ATGTCTACCTTGAGAAACGTGAAGAAAAAGTCATTCATTGCATAGAAAAGTCCATTTATAGTCAC
** * * * * *
5521 CCATGTCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAGGT
192 TAAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGT
* * * ** *
5586 TGAATTATTTTTACATTTTT-TGTTAAAACATATTATCATTGAATGT-TACCTCAGAAAATGAGA
257 TGAATT-TTTTTACATTTTTAT-TTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTTCCTTGGAAAA-GTGA
* * * *
5649 AGAAAAA-CTCATTCATTGGCAAGAAAAGCCCATTTATAGTCACTTGA-GCCTTCGAAAGCCTTA
319 AGAAAAAGC-CATTCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCAC-TCATGCCTTCAAAAGCCTTA
* * *** * **
5712 TTACTCGCTTTTAATGGTTTTATAATATCATAACCAATTTTAAGTTGAATTTTGTTACATTTTCG
382 TTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTA
** * * * *
5777 GTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCCGGCTTGGGAAACATGAAGAAAAAGTCATTCATTGATAA
447 GTTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTGCCTTGAGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGACAA
5842 G
512 G
* * * * * * *
5843 ACAAA-TCTATTTATAGTCACCTAAGCCTTTGAAAGCCTTGTTACT-TGCTTTAAATTATTTTTT
1 A-AAAGCCCATTTATAGTCACCCAAGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCT-CTTTAAATGA-TTTTA
* * * *
5906 TAATCTCATAATTGGTTTTAACTTGAATTTTTTTATATTTTTTA-TTAAAATATATTATAATTGA
63 TAATCTCATAATTGATTTTAACTTGAATTTTTTTACA-TTTTTAGTTAAAACAGATTATAATTGA
* * * ** **
5970 ATGTCTACCTTGAGAAACATGAAGCAAAAGTCATCCATTAGCATA-AAAAGTTAACCTATAGTCA
127 ATGTCTACCTTGAGAAACGTGAAGAAAAAGTCATTCATT-GCATAGAAAAGTCCATTTATAGTCA
* ** * * *
6034 CTTAAGCCTTTGAAAGACTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATGATCTCATAATTGATTTTAAG
191 CTAAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAG
* *
6099 CTGAATTCTTTTTATC-TTTTTATTTAAACCAGATTATAATTGAATGTCTTCCTTGGAAGAAGTG
256 TTGAATT-TTTTTA-CATTTTTATTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTTCCTTGGAA-AAGTG
* * * * * *
6163 AAGAAAAAGACATTCATTGGCAAGAAAAGTTCACTTATAGTCAATCAT-TCTCTCAAAAGCCTTA
318 AAGAAAAAGCCATTCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATGCCT-TCAAAAGCCTTA
* * * *
6227 TTACTTGCTTCAAATGGTTTTGTAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTACATTTTTA
382 TTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTA
* * * * * * *
6292 GTTAAAACAAATTATAATTGATTGTCTACCTTGATAAACATGAAGAAAAAGCCAATCATTGATAA
447 GTTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTGCCTTGAGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGACAA
6357 G
512 G
* * * * **
6358 AGAAGCCCATTTATAGTCACTCATGCCTTCAAAAGTTTTATTACTCTCTTTAAATGATTTTATAA
1 AAAAGCCCATTTATAGTCACCCAAGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCTCTTTAAATGATTTTATAA
* * * * * * * * *
6423 TCTTATAATTTA-TTTAACTTAAATTTTTTTATATTTCTATTTAAAATATATTGTAATTGAATGT
66 TCTCATAATTGATTTTAACTTGAATTTTTTTACATTTTTAGTTAAAACAGATTATAATTGAATGT
* * * * * *
6487 CTACATTAAGAAACGTGAAGCAAAAGTCATCCATTAGCATA-AAAAGTCCACTTATGGTCACTAA
131 CTACCTTGAGAAACGTGAAGAAAAAGTCATTCATT-GCATAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTAA
** * * *
6551 AGCCTTTGAAAGACTTATTACTCACTTTAAATAGTTTTATGATCTCATAATTGATTTTAAGCTGA
195 AGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGA
* * * *
6616 ATTCTTTTTATC-TTTTTAGTTAAAACGGATTACAATTGAATGTCTACCTTGGAAAGAGTGAAGA
260 ATT-TTTTTA-CATTTTTATTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTTCCTTGGAAA-AGTGAAGA
* * * * *
6680 AAAAGGCATTCATTGACAAGAAAAGGCCATTTAAAGTCACTCAT-TCTCTCAAAAGCCTTATTGC
322 AAAAGCCATTCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATGCCT-TCAAAAGCCTTATTAC
* *
6744 TCGCTTTAAATGATTTTGTAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTAGTTA
386 TCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTAGTTA
* *
6809 AAACAAATTATAATTG-AT-TTTCGACCATGAGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGACAAG
451 AAACAGATTATAATTGAATGTTT-G-CCTTGAGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGACAAG
* * ** * ** *
6871 AGAAGCCCATTTATAGTCATCCGTGCCTTCAAAAGTGTTATTTCTCGT-TTTAAATGATTTTATA
1 AAAAGCCCATTTATAGTCACCCAAGCCTTCGAAAGCCTTATTACTC-TCTTTAAATGATTTTATA
* * **
6935 ATTTCATAACTGATTTT-ACGTTGAATTTTTTTACATTTTTCA-TTAAAACAGATTATAATCAAA
65 ATCTCATAATTGATTTTAAC-TTGAATTTTTTTACATTTTT-AGTTAAAACAGATTATAATTGAA
* * * * * *
6998 TGTTTACCTTGGGAAGCAC-T-AAAAAAAACTCATTCAGTTGCA-GGAAAAGCCCATTTATAGTC
128 TGTCTACCTTGAGAA--ACGTGAAGAAAAAGTCATTCA-TTGCATAGAAAAGTCCATTTATAGT-
* * * * * * *
7060 CCCT-CAGCTTTCGAAAGCCTTATTATTCACTTTAAAGAGTTTTATAACCTCATAATTGATTTTA
189 CACTAAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTA
* * * * * * * * * *
7124 GGATGACTTTTTTTTATATTTTT-TGTTAAAATATATTATAATTGATTGT-TTACTTTAAGAAAC
254 AGTTGA-ATTTTTTTACATTTTTAT-TTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTT-CCTT-GGAAAA
* * * * *
7187 GTGAAGGAAAAGCCATTGATTAATAAAAAAAG-CCATTTATAGTCACTCATGCCTTCAAAAGCCT
315 GTGAAGAAAAAGCCATTCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATGCCTTCAAAAGCCT
* * * * **
7251 TATTACTCACTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTACGTTAAATTTTTTTATGTTTT
380 TATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTA-CATTT
* * * * * * * *
7316 TTA-TTAAAATAAATTATAATTGATTCTTTACCTCGAGAAACATGAAGAAAAATCCATTCATTTA
444 TTAGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTGCCTTGAGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGA
7380 CAAG
509 CAAG
* * * * * * * **
7384 AAAAGCCCATGTATAGTTACCCAAGGCTTCGGAAGCCTTATTACACGCTTTATATGGCTTTATAA
1 AAAAGCCCATTTATAGTCACCCAAGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCTCTTTAAATGATTTTATAA
* **
7449 TCTCATAATTGATTTTAAGC-TGAATTTGTTTTATATTTTCT-GTTAAAATGGATTATAATTGAA
66 TCTCATAATTGATTTTAA-CTTGAATTT-TTTTACATTTT-TAGTTAAAACAGATTATAATTGAA
* * * *
7512 TGTATGCCTTGTA-AGAA-GTG-AGAAAAAGGT-ATTCATTG-GTAAGAAAAGTGCATTTATAGT
128 TGTCTACCTTG-AGA-AACGTGAAGAAAAA-GTCATTCATTGCAT-AGAAAAGTCCATTTATAGT
* ** * * * *
7572 CCCTAATTCCCTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTGTAATCTCATAATTGATTTTA
189 CACTAAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTA
* * * * * * *
7637 AGTTGAATTTTTTTACATTTTTAGTTAAAA-A-ATTATAATTGATTCTCTACCTAGAGAAATGTA
254 AGTTGAATTTTTTTACATTTTTATTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTTCCTTG-GAAAAGTG
* * * *
7700 AAGAAAAAGCCATTCATTGACAAGAAAATTCTATTTATCGTCACTCATGCCTTCAAAAGCATTAT
318 AAGAAAAAGCCATTCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATGCCTTCAAAAGCCTTAT
* * * * * *
7765 TACTCGCCTTAAATAGTTTTATAATCTCATAACTGATTTTAGGTTGAAGTTTTTTATATTTTTCA
383 TACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTT-A
** * * *
7830 -TTAAAACAGATTCCAATTGAATGTTTGCC-TAAGGAAACAAGAAGAAAAA-CTCATTCACTTGC
447 GTTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTGCCTTGA-GAAACATGAAGAAAAAGC-CATTCA-TTGA
*
7892 CGA-
509 CAAG
* * * * *
7895 AAAAGCCCATTTATAGTCACCCAAGCCTTCGGAAGCCTTATCACTCGCTTTAAATAATTTTACAA
1 AAAAGCCCATTTATAGTCACCCAAGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCTCTTTAAATGATTTTATAA
* *** * * * *
7960 CCTCATAATTGATTTTAGGATAAATTTTTTTACATTTTTAGTTAAAACAAATTATAATTGACTAT
66 TCTCATAATTGATTTTAACTTGAATTTTTTTACATTTTTAGTTAAAACAGATTATAATTGAATGT
* * * *
8025 CTTCCTTGAGAAACATGAAGGAAAAA-CCATTTATTG-ATAAGAAAAG-CCTATTTATAGTCACC
131 CTACCTTGAGAAACGTGAA-GAAAAAGTCATTCATTGCAT-AGAAAAGTCC-ATTTATAGTCA-C
* * *
8087 CATA-CCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATAGTTTTATAATGTCATAATTGATTTT-AGA
192 TAAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAG-
* * *
8150 TTGAATTTTTTTACATTTTTGA-TTAAAACAGATTATAATTGATTAT-TTACCTT-GAAAACATG
256 TTGAATTTTTTTACATTTTT-ATTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTT-CCTTGGAAAA-GTG
* * * * * * * *
8212 AAGAAAAACCCATTTATTTACAAGAAAAGCCCATTTATAGTTACCCAAGCCTTCGAAAGCCTTAT
318 AAGAAAAAGCCATTCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATGCCTTCAAAAGCCTTAT
* * * * * *
8277 TACTCGCTTTAAATTGCTCTATAATCTTATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTGG
383 TACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTAG
* * * * * *
8342 TTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTT-AAAAACTGTGAAGAAAAAGTCATTCATTGATAA
448 TTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTGCCTTGAGAAAC-ATGAAGAAAAAGCCATTCATTGACAA
*
8406 C
512 G
*
8407 AAAAGCCCATTTATAGTCACCCAAGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTT
1 AAAAGCCCATTTATAGTCACCCAAGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCTCTTT
Statistics
Matches: 5355, Mismatches: 1099, Indels: 477
0.77 0.16 0.07
Matches are distributed among these distances:
494 1 0.00
495 39 0.01
496 125 0.02
497 136 0.03
498 53 0.01
499 38 0.01
500 3 0.00
501 1 0.00
503 10 0.00
504 210 0.04
505 37 0.01
506 131 0.02
507 5 0.00
508 5 0.00
509 77 0.01
510 104 0.02
511 686 0.13
512 1096 0.20
513 1388 0.26
514 792 0.15
515 405 0.08
516 13 0.00
ACGTcount: A:0.35, C:0.15, G:0.12, T:0.38
Consensus pattern (512 bp):
AAAAGCCCATTTATAGTCACCCAAGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCTCTTTAAATGATTTTATAA
TCTCATAATTGATTTTAACTTGAATTTTTTTACATTTTTAGTTAAAACAGATTATAATTGAATGT
CTACCTTGAGAAACGTGAAGAAAAAGTCATTCATTGCATAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTAAA
GCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAA
TTTTTTTACATTTTTATTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTTCCTTGGAAAAGTGAAGAAAAA
GCCATTCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCT
TTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTAGTTAAAACA
GATTATAATTGAATGTTTGCCTTGAGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGACAAG
Done.