Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: NW_018398036.1 Herrania umbratica cultivar Fairchild unplaced genomic scaffold, ASM216827v2 scaffold_1343.0, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000
Length: 3770
ACGTcount: A:0.26, C:0.10, G:0.09, T:0.27
Warning! 1065 characters in sequence are not A, C, G, or T
Found at i:2012 original size:340 final size:342
Alignment explanation
Indices: 1242--2615 Score: 1639
Period size: 340 Copynumber: 4.0 Consensus size: 342
1232 NNNNNNNNNN
* * * *
1242 GATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTTATTAAAATAGACTATAATTGATTGCCTATCTCAAC
1 GATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTTATTAAAACAGACTATAATTGAATGCCTATCTCAAG
*
1307 AAACGTACAGAAAAAGCCATTCATTGAGAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATTCCTTCAAAA
66 AAACGTACAGAAAAAGCCATTCATTGAGAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAA
* * * *
1372 GGCTTATTACCCGCTTTTAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTGCA
131 GCCTTATTACCCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACA
* * * ** * *
1437 TTTTTTGTTAAAACA-AACTATAATTGAATACCTGCCT-TGGAAAACATGCAAAACAATCCTATT
196 TTTTTTGTTAAAACAGAA-TATAATTAAATGCCTACCTCAAG-AAACATGTAAAA-AAACC-ATT
* * * **
1500 CATTGAGAAGAAAAGTCCATTTATTGTCACCCATT-CCTTAAAAAGAGTTATTACTCTG-TTTAA
257 CATTGAGAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATTCCCTCAAAAAGCCTTATTAC-CTGCTTTAA
1563 ATGGTTTTATAATCTCATAATT
321 ATGGTTTTATAATCTCATAATT
* * ** * * **
1585 GATTTTAAGTTGAATTTTTTAATATTTTTGGTTAAAACAGACTATAATTAAATGCTTGCCTCAAG
1 GATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTTATTAAAACAGACTATAATTGAATGCCTATCTCAAG
** * *
1650 AAACGTGTA-AAGAAACCCATTCATTGAGAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCTTTCCTTCAAA
66 AAACGTACAGAA-AAAGCCATTCATTGAGAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAA
* * * * *
1714 AGCCTTATTACTCGGTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGATGAATTTGTTTAT
130 AGCCTTATTACCCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTAC
* * **
1779 ATTTTTTGTT-AAATAGAATTTAATTAAATGCCTACCTCAAGAAATGTGTAAAAAAACCATTCAT
195 ATTTTTTGTTAAAACAGAATATAATTAAATGCCTACCTCAAGAAACATGTAAAAAAACCATTCAT
* * *
1843 TGAGAAGCAAAGTCCATTTATAGCCACTCATTCCCTCAAAAAG-CTTATTACCTGCTTTTAATGG
260 TGAGAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATTCCCTCAAAAAGCCTTATTACCTGCTTTAAATGG
*
1907 TTTTATAATCTCATAACT
325 TTTTATAATCTCATAATT
* * * *
1925 GACTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTTATTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTATCTTAGG
1 GATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTTATTAAAACAGACTATAATTGAATGCCTATCTCAAG
* *
1990 AAACGTACAGAAAAAGCCATTCATTGAGAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACTCATTCCTTCAAAA
66 AAACGTACAGAAAAAGCCATTCATTGAGAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAA
2055 GCCTTATTACCCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACA
131 GCCTTATTACCCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACA
* * * *
2120 TTTTTCT-TTAAAACAGACTATAATTGAAA-GCTTACCTCAAG-AACGTGTGAAAAAAGCCACTT
196 TTTTT-TGTTAAAACAGAATATAATT-AAATGCCTACCTCAAGAAACATGT-AAAAAAACCA-TT
* * * * * * * *
2182 -ACTGTGAAGAAAAGTCCATTTACATTAACTCATTCCTTC-AAAAGCCTTATTACCCGCTTTTAA
257 CATTGAGAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATTCCCTCAAAAAGCCTTATTACCTGCTTTAAA
*
2245 TGCTTTTATAATCTCATAATT
322 TGGTTTTATAATCTCATAATT
* * * ** * *
2266 GATTTTAAGTTGAA-TTTTTTACATTTTTTGTTAAAACATACTATAATTGAATACCTGCCTTAGG
1 GATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTTATTAAAACAGACTATAATTGAATGCCTATCTCAAG
* * **
2330 AAACGTGA-AGAAAAAGCCTGTTCATTGAGAAG-AAAGTACATTTATCTTCACCCATTCCTTCAA
66 AAACGT-ACAGAAAAAGCC-ATTCATTGAGAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAA
* * * *
2393 AAGCCTTTTTACTCGATTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTAA
129 AAGCCTTATTACCCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTA
* * * * ** * *
2458 CATTTATGGTTAAAACAGACTATAATTAAATGCTTGTCTCGAGAAACATGTAAAAAAAGGCATTC
194 CATTTTTTGTTAAAACAGAATATAATTAAATGCCTACCTCAAGAAACATGTAAAAAAA-CCATTC
* * * * ** * *
2523 ATTGAGAAGAAAAGTTCATTTATAATCAC-CCTTTCCTTTAAAAGCCTTATT-TCTCGGTTTAAA
258 ATTGAGAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATTCCCTCAAAAAGCCTTATTACCT-GCTTTAAA
2586 TGGTTTTATAATCTCATAATT
322 TGGTTTTATAATCTCATAATT
2607 GATTTTAAG
1 GATTTTAAG
2616 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 887, Mismatches: 123, Indels: 44
0.84 0.12 0.04
Matches are distributed among these distances:
339 6 0.01
340 447 0.50
341 219 0.25
342 35 0.04
343 180 0.20
ACGTcount: A:0.35, C:0.15, G:0.12, T:0.38
Consensus pattern (342 bp):
GATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTTATTAAAACAGACTATAATTGAATGCCTATCTCAAG
AAACGTACAGAAAAAGCCATTCATTGAGAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAA
GCCTTATTACCCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACA
TTTTTTGTTAAAACAGAATATAATTAAATGCCTACCTCAAGAAACATGTAAAAAAACCATTCATT
GAGAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATTCCCTCAAAAAGCCTTATTACCTGCTTTAAATGGT
TTTATAATCTCATAATT
Found at i:2419 original size:511 final size:504
Alignment explanation
Indices: 1242--2615 Score: 1708
Period size: 511 Copynumber: 2.7 Consensus size: 504
1232 NNNNNNNNNN
* * * * *
1242 GATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTTATTAAAATAGACTATAATTGATTGCCTATCTCAAC
1 GATTTTAAGTTGAA-TTTTTTATATTTTTTGTTAAAACA-ACTATAATTGAATGCCTACCTCAAG
1307 AAACGT-ACAGAAAAAGCCATTCATTGAGAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATTCCTTCAAA
64 AAACGTGA-AGAAAAAGCCATTCATTGAGAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATTCCTTCAAA
* *
1371 AGGCTTATTACCCGCTTTTAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTGC
128 A-GCTTATTA-CCGCTTTTAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTAC
* * * * * *
1436 ATTTTTTGTTAAAACAAACTATAATTGAATACCTGCCTTGGAAAACATGCAAAACAATCCTATTC
191 ATTTTTTGTTAAAACAGACTATAATTGAAT-GCT-TCTTGG-AAACGTACAAAA-AAGCC-ATTC
* * ** *
1501 ATTGAGAAGAAAAGTCCATTTATTGTCACCCATTCCTTAAAAAGAGTTATTACTCTGTTTAAATG
251 ATTGAGAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACCCATTCCTTAAAAAGCCTTATTAC-CCGTTTAAATG
* *
1566 GTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTAATATTTTTGGTTAAAACAGACTATA
315 GTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTAACATTTTTCGTTAAAACAGACTATA
* * *
1631 ATTAAATGCTTGCCTCAAGAAACGTGTAAAGAAACCCATTCATTGAGAAGAAAAGTCCATTTATA
380 ATTAAATGCTTACCTCAAGAAACGTGTAAAGAAACCCATTCACTGAGAAGAAAAGTCCATTTACA
* * * * *
1696 GTCACCCTTTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGGTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATT
445 GTAACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACCCGCTTTAAATGCTTTTATAATCTCATAATT
* * * *
1756 GATTTTAAGATGAATTTGTTTATATTTTTTGTTAAATAGAA-TTTAATTAAATGCCTACCTCAAG
1 GATTTTAAGTTGAATTT-TTTATATTTTTTGTTAAA-ACAACTATAATTGAATGCCTACCTCAAG
* * * *
1820 AAATGTGTAA-AAAAA-CCATTCATTGAGAAGCAAAGTCCATTTATAGCCACTCATTCCCTCAAA
64 AAACGTG-AAGAAAAAGCCATTCATTGAGAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATTCCTTC-AA
* *
1883 AAGCTTATTACCTGCTTTTAATGGTTTTATAATCTCATAACTGACTTTAAGTTGAATTTTTTTAC
127 AAGCTTATTACC-GCTTTTAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTAC
*
1948 ATTTTTTATTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTATCTTAGGAAACGTACAGAAAAAGCCATTCA
191 ATTTTTTGTTAAAACAGACTATAATTGAATG-CT-TCTT-GGAAACGTACA-AAAAAGCCATTCA
* *
2013 TTGAGAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACTCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACCCGCTTTAAATGG
252 TTGAGAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACCCATTCCTTAAAAAGCCTTATTACCCG-TTTAAATGG
* *
2078 TTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTCTTTAAAACAGACTATAA
316 TTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTAACATTTTTCGTTAAAACAGACTATAA
* *
2143 TTGAAA-GCTTACCTCAAG-AACGTGTGAAA-AAAGCCACTT-ACTGTGAAGAAAAGTCCATTTA
381 TT-AAATGCTTACCTCAAGAAACGTGT-AAAGAAACCCA-TTCACTGAGAAGAAAAGTCCATTTA
* * *
2204 CATTAACTCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACCCGCTTTTAATGCTTTTATAATCTCATAATT
443 CAGTAACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACCCGCTTTAAATGCTTTTATAATCTCATAATT
* * * * *
2266 GATTTTAAGTTGAATTTTTTACATTTTTTGTTAAAACATACTATAATTGAATACCTGCCTTAGGA
1 GATTTTAAGTTGAATTTTTTATATTTTTTGTTAAAACA-ACTATAATTGAATGCCTACCTCAAGA
* * ** *
2331 AACGTGAAGAAAAAGCCTGTTCATTGAGAAG-AAAGTACATTTATCTTCACCCATTCCTTCAAAA
65 AACGTGAAGAAAAAGCC-ATTCATTGAGAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATTCCTTCAAAA
* * * *
2395 GCCTTTTTACTCGATTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTAACA
129 G-CTTATTAC-CGCTTTTAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACA
* * * * *
2460 TTTATGGTTAAAACAGACTATAATTAAATGCTTGTCTCGAGAAACATGTA-AAAAAAGGCATTCA
192 TTTTTTGTTAAAACAGACTATAATTGAATGC-T-TCTTG-GAAAC--GTACAAAAAAGCCATTCA
* * * * *
2524 TTGAGAAGAAAAGT-TCATTTATAATCACCCTTTCCTTTAAAAGCCTTATTTCTCGGTTTAAATG
252 TTGAGAAGAAAAGTCT-ATTTATAGTCACCCATTCCTTAAAAAGCCTTATTAC-CCGTTTAAATG
2588 GTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAG
315 GTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAG
2616 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 750, Mismatches: 84, Indels: 55
0.84 0.09 0.06
Matches are distributed among these distances:
508 2 0.00
509 20 0.03
510 140 0.19
511 349 0.47
512 161 0.21
513 43 0.06
514 32 0.04
515 3 0.00
ACGTcount: A:0.35, C:0.15, G:0.12, T:0.38
Consensus pattern (504 bp):
GATTTTAAGTTGAATTTTTTATATTTTTTGTTAAAACAACTATAATTGAATGCCTACCTCAAGAA
ACGTGAAGAAAAAGCCATTCATTGAGAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATTCCTTCAAAAGC
TTATTACCGCTTTTAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTT
TTGTTAAAACAGACTATAATTGAATGCTTCTTGGAAACGTACAAAAAAGCCATTCATTGAGAAGA
AAAGTCTATTTATAGTCACCCATTCCTTAAAAAGCCTTATTACCCGTTTAAATGGTTTTATAATC
TCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTAACATTTTTCGTTAAAACAGACTATAATTAAATGCTT
ACCTCAAGAAACGTGTAAAGAAACCCATTCACTGAGAAGAAAAGTCCATTTACAGTAACCCATTC
CTTCAAAAGCCTTATTACCCGCTTTAAATGCTTTTATAATCTCATAATT
Found at i:2675 original size:170 final size:171
Alignment explanation
Indices: 1242--2747 Score: 1647
Period size: 171 Copynumber: 8.8 Consensus size: 171
1232 NNNNNNNNNN
* ** * * * * ** *
1242 GATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTTATTAAAATAGACTATAATTGATTGCCTATCTCAAC
1 GATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGACTATAATTAAATGCTTGCCTCAAG
** * *
1307 AAACGTACAGAAAAAGCCATTCATTGAGAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATTCCTTCAAAA
66 AAACGTGTAAAAAAAGCCATTCATTGAGAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAA
* * * *
1372 GGCTTATTACCCGCTTTTAATAGTTTTATAATCTCATAATT
131 GCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATT
* * * * * * **
1413 GATTTTAAGTTGAATTTTTTTGCATTTTTTGTTAAAACAAACTATAATTGAATACCTGCCT-TGG
1 GATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGACTATAATTAAATGCTTGCCTCAAG
* * * * * *
1477 AAAACATGCAAAACAATCCTATTCATTGAGAAGAAAAGTCCATTTATTGTCACCCATTCCTTAAA
66 -AAACGTGTAAAAAAAGCC-ATTCATTGAGAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAA
**
1542 AAGAGTTATTACTCTG-TTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATT
129 AAGCCTTATTACTC-GCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATT
* *
1585 GATTTTAAGTTGAATTTTTTAATATTTTTGGTTAAAACAGACTATAATTAAATGCTTGCCTCAAG
1 GATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGACTATAATTAAATGCTTGCCTCAAG
* * *
1650 AAACGTGTAAAGAAACCCATTCATTGAGAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCTTTCCTTCAAAA
66 AAACGTGTAAAAAAAGCCATTCATTGAGAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAA
*
1715 GCCTTATTACTCGGTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATT
131 GCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATT
* * * * * * * * *
1756 GATTTTAAGATGAATTTGTTTATATTTTTTGTT-AAATAGAATTTAATTAAATGCCTACCTCAAG
1 GATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGACTATAATTAAATGCTTGCCTCAAG
* * * * *
1820 AAATGTGTAAAAAAA-CCATTCATTGAGAAGCAAAGTCCATTTATAGCCACTCATTCCCTCAAAA
66 AAACGTGTAAAAAAAGCCATTCATTGAGAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTC-AAA
* *
1884 AG-CTTATTAC-CTGCTTTTAATGGTTTTATAATCTCATAACT
130 AGCCTTATTACTC-GCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATT
* ** * *
1925 GACTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTTATTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTAT--CTTA
1 GATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGACTATAATTAAATG-CT-TGCCTCA
* ** * * *
1988 GGAAACGTACAGAAAAAGCCATTCATTGAGAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACTCATTCCTTCAA
64 AGAAACGTGTAAAAAAAGCCATTCATTGAGAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAA
*
2053 AAGCCTTATTACCCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATT
129 AAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATT
** *
2096 GATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTCTTTAAAACAGACTATAATTGAAA-GCTTACCTCAA
1 GATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGACTATAATT-AAATGCTTGCCTCAA
* * * * * * *
2160 G-AACGTGTGAAAAAAGCCACTT-ACTGTGAAGAAAAGTCCATTTACATTAACTCATTCCTTCAA
65 GAAACGTGTAAAAAAAGCCA-TTCATTGAGAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAA
* * *
2223 AAGCCTTATTACCCGCTTTTAATGCTTTTATAATCTCATAATT
129 AAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATT
* * * * * * *
2266 GATTTTAAGTTGAA-TTTTTTACATTTTTTGTTAAAACATACTATAATTGAATACCTGCCTTAGG
1 GATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGACTATAATTAAATGCTTGCCTCAAG
* * **
2330 AAACGTG-AAGAAAAAGCCTGTTCATTGAGAAG-AAAGTACATTTATCTTCACCCATTCCTTCAA
66 AAACGTGTAA-AAAAAGCC-ATTCATTGAGAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAA
* *
2393 AAGCCTTTTTACTCGATTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATT
129 AAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATT
* * * *
2436 GATTTTAAGTTGAATTTTTTAACATTTATGGTTAAAACAGACTATAATTAAATGCTTGTCTCGAG
1 GATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGACTATAATTAAATGCTTGCCTCAAG
* * * * * *
2501 AAACATGTAAAAAAAGGCATTCATTGAGAAGAAAAGTTCATTTATAATCACCCTTTCCTTTAAAA
66 AAACGTGTAAAAAAAGCCATTCATTGAGAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAA
* *
2566 GCCTTATTTCTCGGTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATT
131 GCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATT
*************** *
2607 GATTTTAAG-NNNNNNNNNNNNNNNTTTTGGTTAAAACAGAATATAATTAAATGCTTGCCTCAAG
1 GATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGACTATAATTAAATGCTTGCCTCAAG
* * * * *
2671 AAACATGTAAAAAAAGCCATTCTTTGAGAAGAAAAGTCCATTTATAGCCACTCATTTCTTCAAAA
66 AAACGTGTAAAAAAAGCCATTCATTGAGAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAA
**
2736 GGTTTATTACTC
131 GCCTTATTACTC
2748 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 1130, Mismatches: 180, Indels: 51
0.83 0.13 0.04
Matches are distributed among these distances:
168 3 0.00
169 142 0.13
170 394 0.35
171 439 0.39
172 150 0.13
173 2 0.00
ACGTcount: A:0.35, C:0.15, G:0.12, T:0.38
Consensus pattern (171 bp):
GATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGACTATAATTAAATGCTTGCCTCAAG
AAACGTGTAAAAAAAGCCATTCATTGAGAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAA
GCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATT
Done.