Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: NW_018398041.1 Herrania umbratica cultivar Fairchild unplaced genomic scaffold, ASM216827v2 scaffold_1349.0, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000
Length: 2954
ACGTcount: A:0.28, C:0.11, G:0.10, T:0.27
Warning! 697 characters in sequence are not A, C, G, or T
Found at i:1081 original size:172 final size:170
Alignment explanation
Indices: 792--2446 Score: 1597
Period size: 172 Copynumber: 9.7 Consensus size: 170
782 NNNNNNNNNN
* * * * *
792 GTCTACCTCGAGAAACGTAAAGAAAAAGGCATTCATTGGCAAGAGAAGTCTA-TTATAGTCACCC
1 GTCTACCTTGAGAAACATGAAGAAAAA-GCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCC
* * * * *
856 ACTA-CTTTAAAAGTCTTATTACGCACTTTAAATAGTTTTATAATCTTAAAATTGTTTTAAATGT
65 A-TACCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAATTGTTTTAAAT-T
* *
920 GAATTCTTTGTACATTTTTGGTTAAAACAGACAAGGATTGAAT
128 GAATTCTTTGTACATTTTTGGTTAAAACAGACTAGAATTGAAT
* * * *
963 GTCTACCATGAGAAACATGAAGAGAAAAGTATTCATTGGTAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACCC
1 GTCTACCTTGAGAAACATGAAGA-AAAAGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCC
** * * *
1028 ATTGCTTCGAAAGCCTTATTAATCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAGTTC
65 ATACCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAATTG-TTTTAAATT-
* * * * * * *
1093 AAATT-TGTT-TGC-TTTCTGGTTAAAACATATTATAATTGAAC
128 GAATTCT-TTGTACATTTTTGGTTAAAACAGACTAGAATTGAAT
* * * * *
1134 ATCTA-CTCTGAGAAACATAAAGAATAGAGCATTCATTAGCAAGAAAAGTCCATTTCTAGTCACC
1 GTCTACCT-TGAGAAACATGAAGAA-AAAGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACC
* * * * *
1198 CATTCTTTCAAAAGCCTTTTTAGTCACTTTAAATAGTTTTATAATCTCAAAATT-TATTTAAATT
64 CATACCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAATTGT-TTTAAA-T
* * *
1262 TGAATTCATTGTATATTTTTGGTTAAAACAGACTAGGATTGAAT
127 TGAATTCTTTGTACATTTTTGGTTAAAACAGACTAGAATTGAAT
* * * * *
1306 GTCTACCTTGAGAATCATGAGGAAAAATGTATTCATTGTCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCGCCC
1 GTCTACCTTGAGAAACATGAAGAAAAA-GCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCC
* * * * *
1371 ATACCCTCAAAAG-TTGTATTACT-AGCTTTAAATAGTTTTATAATGC-CATAAATTATTTTAAG
65 ATACCTTCAAAAGCCT-TATTACTCA-CTTTAAATGGTTTTATAAT-CTCA-AAATTGTTTTAAA
* * * * * * *
1433 TTAAATT-TTTCTACATTTATGATTTAAACAGAGTATAATTGAAT
126 TTGAATTCTTTGTACATTTTTGGTTAAAACAGACTAGAATTGAAT
* * * *
1477 GTCGACCTTGAGAAACAT-ATAGAAAAAGGCATTCATTGGCATGCAAAGTACATTTATAGTCACC
1 GTCTACCTTGAGAAACATGA-AGAAAAA-GCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACC
* * * * ** * *
1541 CATTCCATCAGAAGCCTTATTACTCAATTTAAATATTTTTATAATCTAAAAATTGATTTAAATTT
64 CATACCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAATTGTTTTAAA-TT
* ** *
1606 GAACTCTTTAAACATTTTTGGTTAAAACAGACTAGAGTTGAAT
128 GAATTCTTTGTACATTTTTGGTTAAAACAGACTAGAATTGAAT
* * **
1649 GTCTACCTTGAGAAACATGAAGAAAAAAGTATTTATTGAAAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCC
1 GTCTACCTTGAGAAACATGAAG-AAAAAGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCC
* * *
1714 ATACCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATATCAAAATTGATTTAAATTTG
65 ATACCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAATTGTTTTAAA-TTG
* * * *
1779 AATTCTTTGAACAATTTTAGTTAAAACATACTAGAATTGAAT
129 AATTCTTTGTACATTTTTGGTTAAAACAGACTAGAATTGAAT
* ** * * *
1821 GTCTACATTGAGAAACAACAAGAAAAAAGCATTCATTGGCAAGAGAAGTCTATTTATAGTCACTC
1 GTCTACCTTGAGAAACATGAAG-AAAAAGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCC
* * * * * * * * *
1886 ATACCTTTAAAAGCCTTATTGCTCGAC-GTAAATGGTTTTGTAATCCCATAATCGATTTTGAGTT
65 ATACCTTCAAAAGCCTTATTACTC-ACTTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAATTG-TTTTAAATT
* * * **
1950 GAAATT-TTTTTATATTTTTGGTT-AAACAAACTCTAATTGAAT
128 G-AATTCTTTGTACATTTTTGGTTAAAACAGACTAGAATTGAAT
* ** * * *
1992 GTTTACCTCAAGAAACATAAAGAAAAAGGCATTCATTGGCAAGAGAAGTCCATTTATAGTCACCT
1 GTCTACCTTGAGAAACATGAAGAAAAA-GCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCC
* *
2057 ATACCTTCAAAAGCCTTATTACGCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTAAAATTG
65 ATACCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAATTG-TTTTAAATTG
* *
2122 AATTCTTTGTACATTTTTAGTTAAAACAGACTAGGATTGAAT
129 AATTCTTTGTACATTTTTGGTTAAAACAGACTAGAATTGAAT
* * * * *
2164 CTCTACCTTTAGCAACATGAAGAAAAAAGTATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTC
1 GTCTACCTTGAGAAACATGAAG-AAAAAGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCC
** * *** *
2229 ATACCTT-AAAAGGCCTTATTACTCGTTTTAAATGGTTTTGTAATGC-CATAAATCAATTTAATT
65 ATACCTTCAAAA-GCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAAT-CTCA-AAATTGTTTTAAAT
* * ** * **
2292 TGAATT-TTTTTATATTTTCAGTT-AAACAAACTCTAATTGAAT
127 TGAATTCTTTGTACATTTTTGGTTAAAACAGACTAGAATTGAAT
* * * * **
2334 GTCTACCTTGAGAAGCATAAAG-AAAATCAATTCATTGGTAAGAAAAGTCCATTTATAACCACCC
1 GTCTACCTTGAGAAACATGAAGAAAAAGC-ATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCC
*
2398 ACT-CCTTCAAAAGCCTTATTACGCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCAA
65 A-TACCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCAA
2447 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 1212, Mismatches: 229, Indels: 89
0.79 0.15 0.06
Matches are distributed among these distances:
168 6 0.00
169 67 0.06
170 73 0.06
171 439 0.36
172 575 0.47
173 51 0.04
174 1 0.00
ACGTcount: A:0.37, C:0.15, G:0.13, T:0.35
Consensus pattern (170 bp):
GTCTACCTTGAGAAACATGAAGAAAAAGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCA
TACCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAATTGTTTTAAATTGAA
TTCTTTGTACATTTTTGGTTAAAACAGACTAGAATTGAAT
Found at i:1473 original size:343 final size:339
Alignment explanation
Indices: 792--2446 Score: 1598
Period size: 343 Copynumber: 4.8 Consensus size: 339
782 NNNNNNNNNN
* * *
792 GTCTACCTCGAGAAACGTAAAGAAAAAGGCATTCATTGGCAAGAGAAGTCTA-TTATAGTCACCC
1 GTCTACCT-GAGAAACATAAAGAAAAA-GCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCC
* * * *
856 ACTACTTTAAAAGTCTTATTACG-CACTTTAAATAGTTTTATAATCTTAAAATTGTTTTAAATGT
64 A-TACTTTAAAAGCCTTATTA-GTCACTTTAAATAGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTAAATTT
* * *
920 GAATTCTTTGTACATTTTTGGTTAAAACAGACAAGGATTGAATGTCTACCATGAGAAACATGAAG
127 GAATTCTTTGTATATTTTTGGTTAAAACAGACTAGGATTGAATGTCTACCTTGAGAAACATGAAG
* ** *
985 AGAAAA-GTATTCATTGGTAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACCCATTGCTTCGAAAGCCTTATTA
192 A-AAAATGTATTCATT-GTAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATACCTTCAAAAGCCTTATTA
* * *
1049 ATCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAGTTCAAATT-TGTT-TGC-TTTCTG
255 CT-ACTTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTAAAGTT-AAATTCT-TTGTACATTT-TG
* * *
1111 -GTTAAAACATATTATAATTGAAC
316 AGTTAAAACAGACTAGAATTGAAC
* * * *
1134 ATCTACTCTGAGAAACATAAAGAATAGAGCATTCATTAGCAAGAAAAGTCCATTTCTAGTCACCC
1 GTCTAC-CTGAGAAACATAAAGAA-AAAGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCC
* * *
1199 ATTCTTTCAAAAGCCTTTTTAGTCACTTTAAATAGTTTTATAATCTCAAAATTTATTTAAATTTG
64 ATACTTT-AAAAGCCTTATTAGTCACTTTAAATAGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTAAATTTG
* * *
1264 AATTCATTGTATATTTTTGGTTAAAACAGACTAGGATTGAATGTCTACCTTGAGAATCATGAGGA
128 AATTCTTTGTATATTTTTGGTTAAAACAGACTAGGATTGAATGTCTACCTTGAGAAACATGAAGA
* * *
1329 AAAATGTATTCATTGTCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCGCCCATACCCTCAAAAG-TTGTATTAC
193 AAAATGTATTCATTGT-AAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATACCTTCAAAAGCCT-TATTAC
* * *
1393 TAGCTTTAAATAGTTTTATAATGC-CATAAATT-ATTTTAAGTTAAATT-TTTCTACATTTATGA
256 TA-CTTTAAATGGTTTTATAAT-CTCA-AAATTGATTTAAAGTTAAATTCTTTGTACATTT-TGA
* * * *
1455 -TTTAAACAGAGTATAATTGAAT
317 GTTAAAACAGACTAGAATTGAAC
* * * * *
1477 GTCGACCTTGAGAAACATATAGAAAAAGGCATTCATTGGCATGCAAAGTACATTTATAGTCACCC
1 GTCTACC-TGAGAAACATAAAGAAAAA-GCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCC
* * * * * * * *
1542 ATTCCATCAGAAGCCTTATTACTCAATTTAAATATTTTTATAATCTAAAAATTGATTTAAATTTG
64 A-TACTTTAAAAGCCTTATTAGTCACTTTAAATAGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTAAATTTG
* ** *
1607 AACTCTTTAAACATTTTTGGTTAAAACAGACTA-GAGTTGAATGTCTACCTTGAGAAACATGAAG
128 AATTCTTTGTATATTTTTGGTTAAAACAGACTAGGA-TTGAATGTCTACCTTGAGAAACATGAAG
* * *
1671 AAAAAAGTATTTATTGAAAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATACCTTCAAAAGCCTTATTAC
192 AAAAATGTATTCATTG-TAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATACCTTCAAAAGCCTTATTAC
* * * * *
1736 TCGCTTTAAATGGTTTTATAATATCAAAATTGATTTAAATTTGAATTCTTTGAACAATTTT-AGT
256 T-ACTTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTAAAGTTAAATTCTTTGTAC-ATTTTGAGT
* *
1800 TAAAACATACTAGAATTGAAT
319 TAAAACAGACTAGAATTGAAC
* * * *
1821 GTCTACATTGAGAAACA-ACAAGAAAAAAGCATTCATTGGCAAGAGAAGTCTATTTATAGTCACT
1 GTCTAC-CTGAGAAACATA-AAG-AAAAAGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACC
* * * * * * ** *
1885 CATACCTTTAAAAGCCTTATT-GCTCGAC-GTAAATGGTTTTGTAATCCCATAATCGATTTTGAG
63 CATA-CTTTAAAAGCCTTATTAG-TC-ACTTTAAATAGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTAAAT
* * *** * ** *
1948 TTGAAATT-TTTTTATATTTTTGGTT-AAACAAACTCTAATTGAATGTTTACCTCAAGAAACATA
125 TTG-AATTCTTTGTATATTTTTGGTTAAAACAGACTAGGATTGAATGTCTACCTTGAGAAACATG
* * * * *
2011 AAGAAAAAGGCATTCATTGGCAAGAGAAGTCCATTTATAGTCACCTATACCTTCAAAAGCCTTAT
189 AAGAAAAATGTATTCATT-GTAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATACCTTCAAAAGCCTTAT
* * * *
2076 TACGCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTAAAATTGAATTCTTTGTACATTTTTA
253 TAC-TACTTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTAAAGTTAAATTCTTTGTACATTTTGA
*
2141 GTTAAAACAGACTAGGATTGAATC
317 GTTAAAACAGACTAGAATTGAA-C
* * * * *
2165 -TCTACCTTTAGCAACATGAAGAAAAAAGTATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTC
1 GTCTACC-TGAGAAACATAAAG-AAAAAGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCC
* * ** * * **
2229 ATACCTTAAAAGGCCTTATTACTCGTTTTAAATGGTTTTGTAATGC-CATAAATCAATTT-AATT
64 ATACTTTAAAA-GCCTTATTAGTCACTTTAAATAGTTTTATAAT-CTCA-AAATTGATTTAAATT
* ** * *** * *
2292 TGAATT-TTTTTATATTTTCAGTT-AAACAAACTCTAATTGAATGTCTACCTTGAGAAGCATAAA
126 TGAATTCTTTGTATATTTTTGGTTAAAACAGACTAGGATTGAATGTCTACCTTGAGAAACATGAA
** **
2355 G-AAAATCAATTCATTGGTAAGAAAAGTCCATTTATAACCACCCACT-CCTTCAAAAGCCTTATT
191 GAAAAATGTATTCATT-GTAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCA-TACCTTCAAAAGCCTTATT
*
2418 ACGCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCAA
254 AC-TACTTTAAATGGTTTTATAATCTCAA
2447 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 1107, Mismatches: 160, Indels: 93
0.81 0.12 0.07
Matches are distributed among these distances:
341 83 0.07
342 141 0.13
343 721 0.65
344 149 0.13
345 13 0.01
ACGTcount: A:0.37, C:0.15, G:0.13, T:0.35
Consensus pattern (339 bp):
GTCTACCTGAGAAACATAAAGAAAAAGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCAT
ACTTTAAAAGCCTTATTAGTCACTTTAAATAGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTAAATTTGAAT
TCTTTGTATATTTTTGGTTAAAACAGACTAGGATTGAATGTCTACCTTGAGAAACATGAAGAAAA
ATGTATTCATTGTAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATACCTTCAAAAGCCTTATTACTACTT
TAAATGGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTAAAGTTAAATTCTTTGTACATTTTGAGTTAAAACA
GACTAGAATTGAAC
Found at i:1774 original size:515 final size:509
Alignment explanation
Indices: 792--2442 Score: 1681
Period size: 515 Copynumber: 3.2 Consensus size: 509
782 NNNNNNNNNN
* * * * *
792 GTCTACCTCGAGAAACGTAAAGAAAAAGGCATTCATTGGCAAGAGAAGTCTA-TTATAGTCACCC
1 GTCTACCTTGAGAAACATAAAGAAAAATGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCC
* * * *
856 ACTA-CTTTAAAAGTCTTATTACGCA-CTTTAAATAGTTTTATAAT-CTTAAAATTGTTTTAAAT
66 A-TACCTTTAAAAGT-TTATTAC-TAGCTTTAAATAGTTTTATAATCCAT-AAATTATTTTAAGT
* * * * ** *
918 GTGAATTCTTTGTACATTTTTGGTTAAAACAGACAAGGATTGAATGTCTACCATGAGAAACATGA
127 -TAAATT-TTTCTACATTTTT-GTTTAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACAT-A
* * *
983 AGAGAAAA-GTATTCATTGGTAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACCCATTGCTTC-GAAAGCCTTA
188 AGA-AAAAGGCATTCATTGGCAAG-AAAGTC-ATTTATAGTCACCCATTCCTTCAG-AAGCCTTA
* * * * * * *
1046 TTAATCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAGTTCAAAT-TTGTTTGC-TTTC
249 TTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTAAAATTGAAATCTT-TATACATTTT
* * * * * * * * *
1109 TGGTTAAAACATATTATAATTGAACATCTA-CTCTGAGAAACATAAAGAATAGAGCATTCATT-A
313 TGGTTAAAACAGACTAGAGTTGAATATCTACCT-TGAGAAACATGAAGAAAAAAGTATTCATTGA
* * * * * * *
1172 GCAAGAAAAGTCCATTTCTAGTCACCCATTCTTTCAAAAGCCTTTTTAGTCACTTTAAATAGTTT
377 -CAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATACCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTT
* * * * * *
1237 TATAATCTCAAAATTTATTTAAATTTGAATTCATTGTATATTTTTGGTTAAAACAGACTAGGATT
441 TATAATATCAAAATTAATTTAAATTTGAATTCTTTGTATATTTTTAGTTAAAACAAACTAGAATT
1302 GAAT
506 GAAT
* * * * * *
1306 GTCTACCTTGAGAATCATGAGGAAAAATGTATTCATTGTCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCGCCC
1 GTCTACCTTGAGAAACATAAAGAAAAATGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCC
* *
1371 ATACCCTCAAAAGTTGTATTACTAGCTTTAAATAGTTTTATAATGCCATAAATTATTTTAAGTTA
66 ATACCTTTAAAAGTT-TATTACTAGCTTTAAATAGTTTTATAAT-CCATAAATTATTTTAAGTTA
* * *
1436 AATTTTTCTACATTTATGATTTAAACAGAGTATAATTGAATGTCGACCTTGAGAAACATATAGAA
129 AATTTTTCTACATTTTTG-TTTAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACATA-AGAA
* *
1501 AAAGGCATTCATTGGCATGCAAAGTACATTTATAGTCACCCATTCCATCAGAAGCCTTATTACTC
192 AAAGGCATTCATTGGCAAG-AAAGT-CATTTATAGTCACCCATTCCTTCAGAAGCCTTATTACTC
* ** * * * *
1566 AATTTAAATATTTTTATAATCTAAAAATTGATTTAAATTTGAACTCTTTAAACATTTTTGGTTAA
255 ACTTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTAAAATTGAAATCTTTATACATTTTTGGTTAA
* * *
1631 AACAGACTAGAGTTGAATGTCTACCTTGAGAAACATGAAGAAAAAAGTATTTATTGAAAAGAAAA
320 AACAGACTAGAGTTGAATATCTACCTTGAGAAACATGAAGAAAAAAGTATTCATTGACAAGAAAA
1696 GTCCATTTATAGTCACCCATACCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATATC
385 GTCCATTTATAGTCACCCATACCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATATC
* * * * *
1761 AAAATTGATTTAAATTTGAATTCTTTGAACAATTTTAGTTAAAACATACTAGAATTGAAT
450 AAAATTAATTTAAATTTGAATTCTTTGTATATTTTTAGTTAAAACAAACTAGAATTGAAT
* * * * *
1821 GTCTACATTGAGAAACA-ACAAGAAAAAAGCATTCATTGGCAAGAGAAGTCTATTTATAGTCACT
1 GTCTACCTTGAGAAACATA-AAGAAAAATGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACC
* * * * * * * *
1885 CATACCTTTAAAAGCCTTATTGCTCGAC-GTAAATGGTTTTGTAATCCCAT-AATCGATTTTGAG
65 CATACCTTTAAAAG-TTTATTACTAG-CTTTAAATAGTTTTATAAT-CCATAAAT-TATTTTAAG
* * * * * * **
1948 TTGAAATTTTTTTATATTTTTGGTTAAACAAACTCTAATTGAATGTTTACCTCAAGAAACATAAA
126 TT-AAATTTTTCTACATTTTTGTTTAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACAT-AA
* * *
2013 GAAAAAGGCATTCATTGGCAAGAGAAGTCCATTTATAGTCACCTATACCTTCAAAAGCCTTATTA
189 GAAAAAGGCATTCATTGGCAAGA-AAGT-CATTTATAGTCACCCATTCCTTCAGAAGCCTTATTA
* * * *
2078 CGCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTAAAATTGAATTCTTTGTACATTTTTAGT
252 CTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTAAAATTGAAATCTTTATACATTTTTGGT
* * * *
2143 TAAAACAGACTAG-GATTGAATCTCTACCTTTAGCAACATGAAGAAAAAAGTATTCATTGGCAAG
317 TAAAACAGACTAGAG-TTGAATATCTACCTTGAGAAACATGAAGAAAAAAGTATTCATTGACAAG
* * *
2207 AAAAGTCCATTTATAGTCACTCATACCTT-AAAAGGCCTTATTACTCGTTTTAAATGGTTTTGTA
381 AAAAGTCCATTTATAGTCACCCATACCTTCAAAA-GCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATA
** * * * **
2271 ATGCCATAAATCAATTT-AATTTGAATT-TTTTTATATTTTCAGTT-AAACAAACTCTAATTGAA
445 ATATCA-AAATTAATTTAAATTTGAATTCTTTGTATATTTTTAGTTAAAACAAACTAGAATTGAA
2333 T
509 T
* * **
2334 GTCTACCTTGAGAAGCATAAAG-AAAAT-CAATTCATTGGTAAGAAAAGTCCATTTATAACCACC
1 GTCTACCTTGAGAAACATAAAGAAAAATGC-ATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACC
* * * *
2397 CACT-CCTTCAAAAGCCTTATTACGCA-CTTTAAATGGTTTTATAATC
65 CA-TACCTTTAAAAG-TTTATTAC-TAGCTTTAAATAGTTTTATAATC
2443 TCAANNNNNN
Statistics
Matches: 948, Mismatches: 159, Indels: 63
0.81 0.14 0.05
Matches are distributed among these distances:
511 3 0.00
512 66 0.07
513 41 0.04
514 204 0.22
515 590 0.62
516 42 0.04
517 2 0.00
ACGTcount: A:0.37, C:0.15, G:0.13, T:0.35
Consensus pattern (509 bp):
GTCTACCTTGAGAAACATAAAGAAAAATGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCC
ATACCTTTAAAAGTTTATTACTAGCTTTAAATAGTTTTATAATCCATAAATTATTTTAAGTTAAA
TTTTTCTACATTTTTGTTTAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACATAAGAAAAAG
GCATTCATTGGCAAGAAAGTCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAGAAGCCTTATTACTCACTTTA
AATGGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTAAAATTGAAATCTTTATACATTTTTGGTTAAAACAGA
CTAGAGTTGAATATCTACCTTGAGAAACATGAAGAAAAAAGTATTCATTGACAAGAAAAGTCCAT
TTATAGTCACCCATACCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATATCAAAATT
AATTTAAATTTGAATTCTTTGTATATTTTTAGTTAAAACAAACTAGAATTGAAT
Done.