Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: NW_018398047.1 Herrania umbratica cultivar Fairchild unplaced genomic scaffold, ASM216827v2 scaffold_1356.0, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000
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ACGTcount: A:0.29, C:0.11, G:0.09, T:0.30
Warning! 2203 characters in sequence are not A, C, G, or T
Found at i:1508 original size:171 final size:171
Alignment explanation
Indices: 1215--2629 Score: 1024
Period size: 171 Copynumber: 8.3 Consensus size: 171
1205 NNNNNNNNNN
* * * * * *
1215 TTATAATCTTATAATTGATTTTAAATTGAATTTTTTTATATTTTTTATTAAAACAGACTACAATC
1 TTATAATCTCATAATTCATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTTATTAAAACAGACTATAATT
* * * * * * * *
1280 AAATGCCTACCTCGAGAAACGTGCAAAAAAAGCTATTTATTAAGAAGAAATGTCCATTTATAGTC
66 AAATGCTTACCTTGAGAAACGTACAAAAAAGGCTATTCATTGAGAAAAAAAGTCCATTTATAGTC
**********
1345 ACCCAATCTTTCAAAAGCCTTATTANNNNNNNNNNATTGTT
131 ACCCAATCTTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATTGTT
* *
1386 TTATAATCTCATAATTCATTTTAAGTTGAGTTTTTTTATATTTTTTATTAAAACAGACTATAATT
1 TTATAATCTCATAATTCATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTTATTAAAACAGACTATAATT
* * **
1451 AAATTCTTGCCTTGAGAAACGTACAAAAAAGGCTATTCATTGAGAAAAAAAGTCCATTTATAACC
66 AAATGCTTACCTTGAGAAACGTACAAAAAAGGCTATTCATTGAGAAAAAAAGTCCATTTATAGTC
********** * **
1516 ANNNNNNNNNNCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAGGTTGTT
131 ACCCAATCTTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATTGTT
* * * *
1557 TTATAATCTCATAACTGATTTTAAGTTGAA-TGTTTTACA-TTTTTAGTTAAAACAGACAATAAT
1 TTATAATCTCATAATTCATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTTA-TTAAAACAGACTATAAT
* * * **
1620 TGAATGCTTACC-TCAGGAAACATGA-AAAACAAGGC-ATTCATTG-GTAAGGAAAGTCCATTTA
65 TAAATGCTTACCTTGA-GAAACGT-ACAAAA-AAGGCTATTCATTGAG-AAAAAAAGTCCATTTA
* * ** *
1681 TAGTCACCCATTCCTT-AAAAGTGTTATTACTCGCTTTAAATTGTT
126 TAGTCACCCAATCTTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATTGTT
* * * * * * * **********
1726 TTATAATCCCAAAATTTATTTTGAGTCGAATTTTTTTACATTTATGATTAANNNNNNNNNNAATT
1 TTATAATCTCATAATTCATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTTATTAAAACAGACTATAATT
* * * * ** *
1791 GAATGCCTGCCTTTAGAAACATGTA-AACAAAATTC-ACTT-ATTGAGAAAAATAGTCCATTTAT
66 AAATGCTTACCTTGAGAAAC--GTACAA-AAAAGGCTA-TTCATTGAGAAAAAAAGTCCATTTAT
* ********
1853 AGTCACCCATTCTTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTNNNNNNNN
127 AGTCACCCAATCTTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATTGTT
** * * * *
1898 NNATAATCTCATAATTCATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTTGTTAGAACAAACTATAA-T
1 TTATAATCTCATAATTCATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTTATTAAAACAGACTATAATT
* * * *
1962 AGAATGCCTT-CCTTGAGAAACGTGCAAAAAAAGG-TATTTATTGATAAGAAAAGTCCATTTATA
66 A-AATG-CTTACCTTGAGAAACGTAC-AAAAAAGGCTATTCATTGAGAAAAAAAGTCCATTTATA
*
2025 GTCACCCAATCTTTCAAAAGCCTTATAACTCACTTTAAATTGTT
128 GTCACCCAATCTTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATTGTT
* * * *
2069 TTATAATCTCATAATTCATTTTATGTTGAATGTTTTTACATTTTTTGTTAAAACAGACTCTAATT
1 TTATAATCTCATAATTCATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTTATTAAAACAGACTATAATT
* ** ** **
2134 GAATG-TCTACCTTGAGAAACGTGTAAAAAAATCTATTCATTGAGAAAAAAAGTCCATTTATANN
66 AAATGCT-TACCTTGAGAAACGTACAAAAAAGGCTATTCATTGAGAAAAAAAGTCCATTTATAGT
******** * * *
2198 NNNNNNNNCCTTCAAAAGCCTTAATACTCACTTTAAATTTTT
130 CACCCAATCTTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATTGTT
* * * * *
2240 TTTTAATCTCATAATTCATGTTAAGTTAAATTTTTTTTACATTTTTTGTTCAAACAGACTATAAT
1 TTATAATCTCATAATTCATTTTAAGTTGAA-TTTTTTTACATTTTTTATTAAAACAGACTATAAT
* * * * * * * * ********** * *
2305 TGAACGCATGCCCTAAGAAACGTGCAAAAAAAGNNNNNNNNNNAGAAGAAAAGTCCATTTATAGC
65 TAAATGCTTACCTTGAGAAACGTACAAAAAAGGCTATTCATTGAGAAAAAAAGTCCATTTATAGT
** * * * * *
2370 CACGTATTCCTTCAAAAGTCTTATTACTCGCTTTAAATTCTT
130 CACCCAATCTTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATTGTT
* * * * * * * *
2412 TTATAATCTTATAACTGATTTTAAATTGAATCTTTTTATA-TTTTTATTAAAACAGACTACAATC
1 TTATAATCTCATAATTCATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTTATTAAAACAGACTATAATT
* * * * * ** * *
2476 AAATGCCTACCTTAAGAAACGTGCAAAAAAAGCTATTTATTGAGAAGTAATGTGCATTTATAGTC
66 AAATGCTTACCTTGAGAAACGTACAAAAAAGGCTATTCATTGAGAAAAAAAGTCCATTTATAGTC
*
2541 ACCCAATCTTTCAAAAGCTTTATTACTCACTTTAAATTGTT
131 ACCCAATCTTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATTGTT
* *
2582 TTATAATCTCATAATTCATTTTAATTTGAATTTTTTTATATTTTTTAT
1 TTATAATCTCATAATTCATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTTAT
2630 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 955, Mismatches: 262, Indels: 54
0.75 0.21 0.04
Matches are distributed among these distances:
169 59 0.06
170 243 0.25
171 441 0.46
172 210 0.22
173 2 0.00
ACGTcount: A:0.34, C:0.14, G:0.10, T:0.38
Consensus pattern (171 bp):
TTATAATCTCATAATTCATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTTATTAAAACAGACTATAATT
AAATGCTTACCTTGAGAAACGTACAAAAAAGGCTATTCATTGAGAAAAAAAGTCCATTTATAGTC
ACCCAATCTTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATTGTT
Found at i:2194 original size:342 final size:341
Alignment explanation
Indices: 1215--2627 Score: 1190
Period size: 342 Copynumber: 4.1 Consensus size: 341
1205 NNNNNNNNNN
* * * * *
1215 TTATAATCTTATAATTGATTTTAAATTGAATTTTTTTATATTTTTTATTAAAACAGACTACAATC
1 TTATAATCTCATAATTCATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTTGTTAAAACAGACTATAAT-
* * * * *
1280 A-AATGCCTACCTCGAGAAACGTGCAAAAAAAGCTATTTATTAAGAAGAAATGTCCATTTATAGT
65 AGAATGCCTTCCTTGAGAAACGTGCAAAAAAAGGTATTTATTGAGAAGAAAAGTCCATTTATAGT
* **********
1344 CACCCAATCTTTCAAAAGCCTTATTANNNNNNNNNNATTGTTTTATAATCTCATAATTCATTTTA
130 CACCCAATCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATTGTTTTATAATCTCATAATTCATTTTA
* * * * * * *
1409 AGTTGAGTTTTTTTATATTTTTTATTAAAACAGACTATAATTAAATTCTTGCCTTGAGAAACGTA
195 AGTTGAATTTTTTTACA-TTTTTATTAAAACAGACTCTAATTAAATGCCTACCTTGAGAAACGTG
* ** **********
1474 CAAAAAAGGCTATTCATTGAGAAAAAAAGTCCATTTATAACCANNNNNNNNNNCAAAAGCCTTAT
259 CAAAAAAAGCTATTCATTGAGAAAAAAAGTCCATTTATAGTCACCCAATCTTTCAAAAGCCTTAT
* **
1539 TACTCGCTTTAGGTTGTT
324 TACTCACTTTAAATTGTT
* * * * * * *
1557 TTATAATCTCATAACTGATTTTAAGTTGAA-TGTTTTACATTTTTAGTTAAAACAGACAATAATT
1 TTATAATCTCATAATTCATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTTGTTAAAACAGACTATAATA
* * * * *
1621 GAATG-CTTACC-TCAGGAAACATG-AAAAACAAGGCATTCATTG-GTAAGGAAAGTCCATTTAT
66 GAATGCCTT-CCTTGA-GAAACGTGCAAAAA-AAGGTATTTATTGAG-AAGAAAAGTCCATTTAT
* ** * * *
1682 AGTCACCCATTCCTT-AAAAGTGTTATTACTCGCTTTAAATTGTTTTATAATCCCAAAATTTATT
127 AGTCACCCAATCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATTGTTTTATAATCTCATAATTCATT
* * * ********** * * *
1746 TTGAGTCGAATTTTTTTACATTTATGATTAANNNNNNNNNNAATTGAATGCCTGCCTTTAGAAAC
192 TTAAGTTGAATTTTTTTACATTT-TTATTAAAACAGACTCTAATTAAATGCCTACCTTGAGAAAC
* * * * *
1811 ATGTAAACAAAA-TTCACTT-ATTGAGAAAAATAGTCCATTTATAGTCACCCATTCTTTCAAAAG
256 GTGCAAA-AAAAGCT-A-TTCATTGAGAAAAAAAGTCCATTTATAGTCACCCAATCTTTCAAAAG
********
1874 CCTTATTACTCACTTTNNNNNNNN
318 CCTTATTACTCACTTTAAATTGTT
** * *
1898 NNATAATCTCATAATTCATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTTGTTAGAACAAACTATAATA
1 TTATAATCTCATAATTCATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTTGTTAAAACAGACTATAATA
*
1963 GAATGCCTTCCTTGAGAAACGTGCAAAAAAAGGTATTTATTGATAAGAAAAGTCCATTTATAGTC
66 GAATGCCTTCCTTGAGAAACGTGCAAAAAAAGGTATTTATTGAGAAGAAAAGTCCATTTATAGTC
* * * *
2028 ACCCAATCTTTCAAAAGCCTTATAACTCACTTTAAATTGTTTTATAATCTCATAATTCATTTTAT
131 ACCCAATCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATTGTTTTATAATCTCATAATTCATTTTAA
* * * * *
2093 GTTGAATGTTTTTACATTTTTTGTTAAAACAGACTCTAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACGTGT
196 GTTGAATTTTTTTACA-TTTTTATTAAAACAGACTCTAATTAAATGCCTACCTTGAGAAACGTGC
* ********** * *
2158 AAAAAAATCTATTCATTGAGAAAAAAAGTCCATTTATANNNNNNNNNNCCTTCAAAAGCCTTAAT
260 AAAAAAAGCTATTCATTGAGAAAAAAAGTCCATTTATAGTCACCCAATCTTTCAAAAGCCTTATT
*
2223 ACTCACTTTAAATTTTT
325 ACTCACTTTAAATTGTT
* * * * *
2240 TTTTAATCTCATAATTCATGTTAAGTTAAATTTTTTTTACATTTTTTGTTCAAACAGACTATAAT
1 TTATAATCTCATAATTCATTTTAAGTTGAA-TTTTTTTATATTTTTTGTTAAAACAGACTATAAT
* * * * * * ********** *
2305 TGAACGCATGCCCTAAGAAACGTGCAAAAAAAGNNNNNNNNNNAGAAGAAAAGTCCATTTATAGC
65 AGAATGCCTTCCTTGAGAAACGTGCAAAAAAAGGTATTTATTGAGAAGAAAAGTCCATTTATAGT
** * * * * * *
2370 CACGTATTCCTTCAAAAGTCTTATTACTCGCTTTAAATTCTTTTATAATCTTATAACTGATTTTA
130 CACCCAATCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATTGTTTTATAATCTCATAATTCATTTTA
* * * * *
2435 AATTGAATCTTTTTATATTTTTATTAAAACAGACTAC-AATCAAATGCCTACCTTAAGAAACGTG
195 AGTTGAATTTTTTTACATTTTTATTAAAACAGACT-CTAATTAAATGCCTACCTTGAGAAACGTG
* ** * * *
2499 CAAAAAAAGCTATTTATTGAGAAGTAATGTGCATTTATAGTCACCCAATCTTTCAAAAGCTTTAT
259 CAAAAAAAGCTATTCATTGAGAAAAAAAGTCCATTTATAGTCACCCAATCTTTCAAAAGCCTTAT
2564 TACTCACTTTAAATTGTT
324 TACTCACTTTAAATTGTT
*
2582 TTATAATCTCATAATTCATTTTAATTTGAATTTTTTTATATTTTTT
1 TTATAATCTCATAATTCATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTT
2628 ATNNNNNNNN
Statistics
Matches: 827, Mismatches: 224, Indels: 41
0.76 0.21 0.04
Matches are distributed among these distances:
339 3 0.00
340 90 0.11
341 170 0.21
342 315 0.38
343 246 0.30
344 3 0.00
ACGTcount: A:0.34, C:0.14, G:0.10, T:0.38
Consensus pattern (341 bp):
TTATAATCTCATAATTCATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTTGTTAAAACAGACTATAATA
GAATGCCTTCCTTGAGAAACGTGCAAAAAAAGGTATTTATTGAGAAGAAAAGTCCATTTATAGTC
ACCCAATCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATTGTTTTATAATCTCATAATTCATTTTAA
GTTGAATTTTTTTACATTTTTATTAAAACAGACTCTAATTAAATGCCTACCTTGAGAAACGTGCA
AAAAAAGCTATTCATTGAGAAAAAAAGTCCATTTATAGTCACCCAATCTTTCAAAAGCCTTATTA
CTCACTTTAAATTGTT
Found at i:3208 original size:169 final size:170
Alignment explanation
Indices: 2995--3718 Score: 749
Period size: 170 Copynumber: 4.3 Consensus size: 170
2985 NNNNNNNNNN
* * *
2995 TATTACTCGCTTTAAATTATTTTATAATCCTGA-AATTTATTTTAAGTTGAATTTTTTTACA-TT
1 TATTACTCGCTTTAAATTGTTTTATAAT-CTCATAATTAATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTT
* * * * * * * * *
3058 TATGATTAAAA-AGACTAAAATCGAATGCCTACCTTAAAAAACGTGTAAAAAAATC-ATTTATTG
65 TTTG-TTAAAATAGACTATAATTGAATGCCTACCTTGAGAAACATGCAAAAAAAGCTATTCATTG
* * *
3121 AGGAAAAAAATCCACTTATAGTCACCCATTTCTTCTAAAGCCT
129 A-GAAAAAAATCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCT
* * * *
3164 TATTATTCACTTTAAATTGTTTTATAATCTCATAATTAATTTTAAGTAGATTTCTTTTTA-A-TT
1 TATTACTCGCTTTAAATTGTTTTATAATCTCATAATTAATTTTAAGTTGAATT-TTTTTACATTT
* ** * * *
3227 TTTGTTAAAATAGACTATAATTGAATGCTTGTCTTTAGAAACATGCACAAAAAGCTACTCATTGA
65 TTTGTTAAAATAGACTATAATTGAATGCCTACCTTGAGAAACATGCAAAAAAAGCTATTCATTGA
* * * *
3292 GAAAAAAGTTCATATGTAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCT
130 GAAAAAAATCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCT
* **************
3333 TATTACTCGTTTTAAATTGTTTTATAATCNNNNNNNNNNNNNNAAGTTGAATTTTTTTACATTTT
1 TATTACTCGCTTTAAATTGTTTTATAATCTCATAATTAATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTT
* * *
3398 TTGTTAAAAAAAACTATAATTGAATGCCTACCATGAGAAACATGCAAAAAAAGCTATTCATTGAG
66 TTGTTAAAATAGACTATAATTGAATGCCTACCTTGAGAAACATGCAAAAAAAGCTATTCATTGAG
* * * * * *
3463 AAGAAAGTTCATTTATAGTCAGCCAATCCTTCAAAAGTCT
131 AAAAAAATCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCT
* * * *
3503 TATTACTCACTTTAAGTTGTTTTATAATCTCATAATTCATTTTAAGTTGAGTTTTTTTACATTTT
1 TATTACTCGCTTTAAATTGTTTTATAATCTCATAATTAATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTT
* * ** *
3568 TTGTTAAAATAGAATATAATTGAATGCCTGCCTTGAGAAACATATAAAAAAGGCTATTCATTGAG
66 TTGTTAAAATAGACTATAATTGAATGCCTACCTTGAGAAACATGCAAAAAAAGCTATTCATTGAG
** *
3633 AAAAAAAGTCCATTTATAACCACCCATTCTTTCAAAAGCCT
131 AAAAAAA-TCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCT
** *
3674 TATTACTCGCTTTAGGTTGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAA
1 TATTACTCGCTTTAAATTGTTTTATAATCTCATAATTAATTTTAA
3719 ATNNNNNNNN
Statistics
Matches: 448, Mismatches: 100, Indels: 12
0.80 0.18 0.02
Matches are distributed among these distances:
168 15 0.03
169 150 0.33
170 215 0.48
171 68 0.15
ACGTcount: A:0.35, C:0.14, G:0.10, T:0.39
Consensus pattern (170 bp):
TATTACTCGCTTTAAATTGTTTTATAATCTCATAATTAATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTT
TTGTTAAAATAGACTATAATTGAATGCCTACCTTGAGAAACATGCAAAAAAAGCTATTCATTGAG
AAAAAAATCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCT
Found at i:3529 original size:339 final size:326
Alignment explanation
Indices: 3038--3702 Score: 748
Period size: 339 Copynumber: 2.0 Consensus size: 326
3028 AATTTATTTT
* * *
3038 AAGTTGAATTTTTTTACATTTATGATTAAAAAGACTAAAATCGAATGCCTACCTTAAAAAACGTG
1 AAGTTGAATTTTTTTACATTTATGATTAAAAAAACTAAAATCGAATGCCTACCATAAAAAACATG
* * * * * *
3103 TAAAAAAATCATTTATTGAGGAAAAAAATCCACTTATAGTCACCCATTTCTTCTAAAGCCTTATT
66 CAAAAAAAGCATTCATTGAGGAAAAAAATCCACTTATAGTCACCCAATCCTTCAAAAGCCTTATT
* *
3168 ATTCACTTTAAATTGTTTTATAATCTCATAATTAATTTTAAGTAGATTTCTTTTTA-A-TTTTTG
131 ACTCACTTTAAATTGTTTTATAATCTCATAATTAATTTTAAGTAGAGTT-TTTTTACATTTTTTG
* * * * *
3231 TTAAAATAGACTATAATTGAATGCTTGTCTTTAGAAACATGCACAAAAA-GCTACTCATTGAG-A
195 TTAAAATAGAATATAATTGAATGCCTGCCTTGAGAAACATACA-AAAAAGGCTACTCATTGAGAA
* * ** *
3294 AAAAAGTTCATATGTAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGTTTTAAATTGTTTTATA
259 AAAAAGTCCATATATAACCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATTGTTTTATA
3359 ATC
324 ATC
* * *
3362 NNNNNNNNNNNNNNAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTTG-TTAAAAAAAACTATAATTGAATGCC
1 --------------AAGTTGAATTTTTTTACA-TTTATGATT-AAAAAAACTAAAATCGAATGCC
* * * * * * *
3426 TACCATGAGAAACATGCAAAAAAAGCTATTCATTGA-GAAGAAAGTTCATTTATAGTCAGCCAAT
50 TACCATAAAAAACATGCAAAAAAAGC-ATTCATTGAGGAAAAAAATCCACTTATAGTCACCCAAT
* * * *
3490 CCTTCAAAAGTCTTATTACTCACTTTAAGTTGTTTTATAATCTCATAATTCATTTTAAGTTGAGT
114 CCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATTGTTTTATAATCTCATAATTAATTTTAAGTAGAGT
*
3555 TTTTTTACATTTTTTGTTAAAATAGAATATAATTGAATGCCTGCCTTGAGAAACATATAAAAAAG
179 TTTTTTACATTTTTTGTTAAAATAGAATATAATTGAATGCCTGCCTTGAGAAACATACAAAAAAG
* * *
3620 GCTATTCATTGAGAAAAAAAGTCCATTTATAACCACCCATTCTTTCAAAAGCCTTATTACTCGCT
244 GCTACTCATTGAGAAAAAAAGTCCATATATAACCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCT
**
3685 TTAGGTTGTTTTATAATC
309 TTAAATTGTTTTATAATC
3703 TCATAATTGA
Statistics
Matches: 279, Mismatches: 41, Indels: 11
0.84 0.12 0.03
Matches are distributed among these distances:
338 26 0.09
339 130 0.47
340 63 0.23
341 60 0.22
ACGTcount: A:0.36, C:0.14, G:0.11, T:0.37
Consensus pattern (326 bp):
AAGTTGAATTTTTTTACATTTATGATTAAAAAAACTAAAATCGAATGCCTACCATAAAAAACATG
CAAAAAAAGCATTCATTGAGGAAAAAAATCCACTTATAGTCACCCAATCCTTCAAAAGCCTTATT
ACTCACTTTAAATTGTTTTATAATCTCATAATTAATTTTAAGTAGAGTTTTTTTACATTTTTTGT
TAAAATAGAATATAATTGAATGCCTGCCTTGAGAAACATACAAAAAAGGCTACTCATTGAGAAAA
AAAGTCCATATATAACCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATTGTTTTATAAT
C
Found at i:5320 original size:170 final size:161
Alignment explanation
Indices: 5036--5364 Score: 419
Period size: 170 Copynumber: 2.0 Consensus size: 161
5026 NNNNNNNNNT
* *
5036 GAATGTCTACCTTGAGAAACATGCAAAAAAAGCTATTCATTGAGAAGAAAAGTTCGTTTATAGTC
1 GAATGTCTACCTTGAGAAACATGCAAAAAAAGCTATTCATTGAGAAGAAAAGTCCATTTATAGTC
* * * *
5101 AGCCAGTCCTTCAAAAGTCTTATTACTCACTTTAAGTTCTTTTATAATCTCATAATTCATTTTAA
66 ACCCAGTCCTTAAAAAGTCTTATTACTCACTTTAAATTATTTTATAATCTCATAATTCATTTTAA
* **
5166 TTTGAATTTTTTTATATTTTTTGTTAAAACA
131 GTTGAATTTTTTTATATTTTCGGTTAAAACA
5197 GNNNNNNNNNNAATGTCTACCTTGAGAAACATGCAAAAAAAG-TATTCATTGAGAAGAAAAGTCC
1 G----------AATGTCTACCTTGAGAAACATGCAAAAAAAGCTATTCATTGAGAAGAAAAGTCC
* *
5261 ATTTATAGTCACCCATTCCTTAAAAAGTCTTATTACTTGA-TTTAAATTATTTTATAATCTCATA
56 ATTTATAGTCACCCAGTCCTTAAAAAGTCTTATTAC-TCACTTTAAATTATTTTATAATCTCATA
* **
5325 ATTGATTTTGGGTTGAATTTTTTTATATTTTCGGTTAAAA
120 ATTCATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTCGGTTAAAA
5365 TAGACAATTA
Statistics
Matches: 143, Mismatches: 14, Indels: 13
0.84 0.08 0.08
Matches are distributed among these distances:
161 1 0.01
170 109 0.76
171 33 0.23
ACGTcount: A:0.34, C:0.13, G:0.12, T:0.39
Consensus pattern (161 bp):
GAATGTCTACCTTGAGAAACATGCAAAAAAAGCTATTCATTGAGAAGAAAAGTCCATTTATAGTC
ACCCAGTCCTTAAAAAGTCTTATTACTCACTTTAAATTATTTTATAATCTCATAATTCATTTTAA
GTTGAATTTTTTTATATTTTCGGTTAAAACA
Found at i:5408 original size:170 final size:170
Alignment explanation
Indices: 5035--6184 Score: 533
Period size: 171 Copynumber: 6.8 Consensus size: 170
5025 NNNNNNNNNN
** * *
5035 TGAATGTCTACCTTGAGAAACATGCAAAAAAAGCTATTCATTGAGAAGAAAAGTTCGTTTATAGT
1 TGAATGTCTACCTACAGAAACATGCAAAAAAAG-TATTCATTGAGAAGAAAAGTCCATTTATAGT
* * * * *
5100 CAGCCAGTCCTTCAAAAGTCTTATTACTCACTTTAAGTTCTTTTATAATCTCATAATTCATTTTA
65 CACCCATTCCTTAAAAAGTCTTATTACTCACTTTAAATTATTTTATAATCTCATAATTCATTTTA
* ** ********
5165 ATTTGAATTTTTTTATATTTTTTGTTAAAACAGNNNNNNNN
130 AGTTGAATTTTTTTATATTTTCGGTTAAAACAGACAATTAT
** **
5206 NNAATGTCTACCTTGAGAAACATGCAAAAAAAGTATTCATTGAGAAGAAAAGTCCATTTATAGTC
1 TGAATGTCTACCTACAGAAACATGCAAAAAAAGTATTCATTGAGAAGAAAAGTCCATTTATAGTC
* * *
5271 ACCCATTCCTTAAAAAGTCTTATTACTTGA-TTTAAATTATTTTATAATCTCATAATTGATTTTG
66 ACCCATTCCTTAAAAAGTCTTATTAC-TCACTTTAAATTATTTTATAATCTCATAATTCATTTTA
* *
5335 GGTTGAATTTTTTTATATTTTCGGTTAAAATAGACAATTAT
130 AGTTGAATTTTTTTATATTTTCGGTTAAAACAGACAATTAT
* * * * *
5376 TGAATGT-TAACC-ACATGAAACGTG-AGAAAAAAGGCATTCATGTG-TAAGAAAAGTGCAATTA
1 TGAATGTCT-ACCTACA-GAAACATGCA-AAAAAA-GTATTCAT-TGAGAAGAAAAGTCCATTTA
* ********** * * * *
5437 TAGTCACCCATTCCTTTAANNNNNNNNNNACTCGCTTTAAATTATTTTATATTC-CTAAAATTTA
61 TAGTCACCCATTCCTTAAAAAGTCTTATTACTCACTTTAAATTATTTTATAATCTC-ATAATTCA
* * * *
5501 TTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTAT-GATTAGAA-AGACTAA-AAT
125 TTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTT-TCGGTTAAAACAGAC-AATTAT
** * ** * * * *
5546 CAAATG-CTTGCCT-CGAGAAATGTGTAAAAAAAATCATTCATTGAGGAA-AAAAATCCACTTAT
1 TGAATGTC-TACCTAC-AGAAACATGCAAAAAAAGT-ATTCATTGA-GAAGAAAAGTCCATTTAT
** * * ********** *
5608 AGTCACCCATTTTTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATTNNNNNNNNNNCTCATAATTAATT
62 AGTCACCCATTCCTTAAAAAGTCTTATTACTCACTTTAAATTATTTTATAATCTCATAATTCATT
* ** *
5673 TTAAGTTGAATTTTTTT-TAATTTT--GTTAAAAGAGATTATAAT
127 TTAAGTTGAATTTTTTTAT-ATTTTCGGTTAAAACAGACAATTAT
* ** * * * *
5715 TGAATG-CTTGCCTTTAGAAACATGCACAGAAAGCTACTCATTGAGAA-AAAAGTCCATATATAG
1 TGAATGTC-TACCTACAGAAACATGCAAAAAAAG-TATTCATTGAGAAGAAAAGTCCATTTATAG
* * * ***************
5778 TCACCCATTCCTTCAAAAG-CTTTATTACTCATTTTAAATTGTTTTATAANNNNNNNNNNNNNNN
64 TCACCCATTCCTTAAAAAGTC-TTATTACTCACTTTAAATTATTTTATAATCTCATAATTCATTT
********** ** * *
5842 NNNNNNNNNNTTTTTTATATTTTTTGTTAAAACAGACTATAAT
128 TAAGTTGAATTTTTTTATATTTTCGGTTAAAACAGACAATTAT
** * * * *
5885 TGAATGTCTACCTTGAAAAACAAGAAAAAAAAGCTATTCATTGAGAAGAAAAGTTCATTTATAGT
1 TGAATGTCTACCTACAGAAACATGCAAAAAAAG-TATTCATTGAGAAGAAAAGTCCATTTATAGT
* * * * * * *
5950 CAGCCAGTCCTTCAAAAGTCTTATTGCTCACTTTAAGTTCTTTTATAATCTCATAATTTATTTTA
65 CACCCATTCCTTAAAAAGTCTTATTACTCACTTTAAATTATTTTATAATCTCATAATTCATTTTA
* * ** * * *
6015 AGTTGAGTTTTTTTACATTTTTTGTTTAAATAGA-ATATAAT
130 AGTTGAATTTTTTTATATTTTCGGTTAAAACAGACA-ATTAT
* * * ** * * *
6056 CGAATGCCTGCCTTGAGAAA-A-GTATAAGAAAGACTATTCATTGAGAAAAAAAGTCCATTTATA
1 TGAATGTCTACCTACAGAAACATGCA-AA-AAA-AGTATTCATTGAGAAGAAAAGTCCATTTATA
** * * * * * * *
6119 ACCACCCATTCGTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAGTTGTTTTATAATCTCATAATTGATTT
63 GTCACCCATTCCTTAAAAAGTCTTATTACTCACTTTAAATTATTTTATAATCTCATAATTCATTT
6184 T
128 T
6185 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 733, Mismatches: 211, Indels: 70
0.72 0.21 0.07
Matches are distributed among these distances:
167 1 0.00
168 69 0.09
169 46 0.06
170 292 0.40
171 320 0.44
172 5 0.01
ACGTcount: A:0.34, C:0.13, G:0.11, T:0.37
Consensus pattern (170 bp):
TGAATGTCTACCTACAGAAACATGCAAAAAAAGTATTCATTGAGAAGAAAAGTCCATTTATAGTC
ACCCATTCCTTAAAAAGTCTTATTACTCACTTTAAATTATTTTATAATCTCATAATTCATTTTAA
GTTGAATTTTTTTATATTTTCGGTTAAAACAGACAATTAT
Found at i:7206 original size:170 final size:162
Alignment explanation
Indices: 6954--7275 Score: 346
Period size: 170 Copynumber: 1.9 Consensus size: 162
6944 ATTGAATGTC
* * * *
6954 TACCTTGAGAAATGTGCAAAAAAATCTATTCATTGAGAAAAAAAGTCCATTTACAGCCACTCATT
1 TACCTTGACAAACGTGCAAAAAAACCTATTCATTGAGAAAAAAAGTCCATTTACAGCCACTCAGT
* * * ** *
7019 CCTTTAAAAGTCTTATTACTCGCTTTAAAGT-TTTTATAATCTTGTAATTCATTTTAAGTTGAAA
66 CCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAAGTATTTTATAATATCATAATTAATTTTAAGTTGAAA
*
7083 T-TTTTT-CTATTTTTTGTTAAAACAGACTNNNNNNNNNNGCA
131 TGTTTTTAC-ATTTTTAGTTAAAACAGACT----------GCA
* * * *
7124 TACCTTGACAAACGTGCAAAAAAACCTATTCATTGTGAAAAAAAGTCTATTTATAGTCAC-CAAG
1 TACCTTGACAAACGTGCAAAAAAACCTATTCATTGAGAAAAAAAGTCCATTTACAGCCACTC-AG
* *
7188 TCCTTCAAAAGCCTTATTACTCTCTTTAAATTATTTTATAATATCATAATTAATTTTAAGTTGAA
65 TCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAAGTATTTTATAATATCATAATTAATTTTAAGTTGAA
*
7253 TTGTTTTTACATTTTTAGTTAAA
130 ATGTTTTTACATTTTTAGTTAAA
7276 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 130, Mismatches: 18, Indels: 6
0.84 0.12 0.04
Matches are distributed among these distances:
169 1 0.01
170 82 0.63
171 29 0.22
172 17 0.13
173 1 0.01
ACGTcount: A:0.34, C:0.14, G:0.09, T:0.39
Consensus pattern (162 bp):
TACCTTGACAAACGTGCAAAAAAACCTATTCATTGAGAAAAAAAGTCCATTTACAGCCACTCAGT
CCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAAGTATTTTATAATATCATAATTAATTTTAAGTTGAAA
TGTTTTTACATTTTTAGTTAAAACAGACTGCA
Found at i:8077 original size:170 final size:169
Alignment explanation
Indices: 7488--8353 Score: 767
Period size: 170 Copynumber: 5.1 Consensus size: 169
7478 NNNNNNNNNG
* * * *
7488 AATTATGAGATTATAAAACAATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAAGATTTGGTGACTATAT
1 AATTATGAGATTATAAAACAATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAA
* * *
7553 ATGGACTTTTTTACTCAAGGAATAGCTTTTTTTGCATGTTTCTCATGGT-AGACATTCAATTATA
66 AT-GACTTTTTTTCTCAATGAATAGCTTTTTTTGCATGTTTCTCAGGGTAAG-CATTCAATTATA
*******
7617 GTCTGTTTTAATAAAAAATATAAAAAAATTCAACTNNNNNNN
129 GTCTGTTTTAAT-AAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATC
**** **
7659 NNNNATGAGATTATAAAACAATTTAAAACGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGT-AGCTATA
1 AATTATGAGATTATAAAACAATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGA-CTATA
* * * ********** *
7723 AATGAACTTTTCTTCGCAATGAATAGCTTTTTTTGCACGTNNNNNNNNNNATGCATTCAATTATA
65 AATG-ACTTTTTTTCTCAATGAATAGCTTTTTTTGCATGTTTCTCAGGGTAAGCATTCAATTATA
* * * * *
7788 GTCTGTTTGAGTAAAAAATGTAAAAAAAAATT-AACTTAACATG
129 GTCTGTTTTAAT-AAAAA--TATAAAAAAATTCAACTTAAAATC
* * * **********
7831 AATTATGAGATTAAAAAATAATTTAAAGTGAGTATTAAGGCTTTTGAAGGANNNNNNNNNNATAA
1 AATTATGAGATTATAAAACAATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAA
*
7896 ATGGACTTTTTTTCTCAATGAATAGCTTTTTTTGCATTTTTCTCAGGGTAAGCATTCAATTATAG
66 AT-GACTTTTTTTCTCAATGAATAGCTTTTTTTGCATGTTTCTCAGGGTAAGCATTCAATTATAG
* *
7961 TCTATTTTAATAAAAATATAAAAAAATTCAATTTAAAATC
130 TCTGTTTTAATAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATC
* * * * *
8001 AATTGTAAGATTATAAAACAATTTAAAGCGAGTAATAAGACTTTTGAAGGAATAGGTGACTATAA
1 AATTATGAGATTATAAAACAATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAA
* * ** * * * * *
8066 ATGA-TCTTTTTTCTCAATGAGTAGCTTTTTGTGCATGTTTCTCAAAGCAGGCATTTAATTACAT
66 ATGACT-TTTTTTCTCAATGAATAGCTTTTTTTGCATGTTTCTCAGGGTAAGCATTCAATTATAG
* * *
8130 TCTGTTTGAACAGAAAA-ATAAAAAAAATTTAACTTAAAATC
130 TCTGTTTTAATA-AAAATAT-AAAAAAATTCAACTTAAAATC
* * * * **
8171 AATTACGAGATTAGAAAATAATTTAAAGTGACTAATAAAACTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAA
1 AATTATGAGATTATAAAACAATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAA
* * * * * *
8236 ATGAAC-TTTTTTCTTAATGAGTAGCTTTTTGTACATGTTTCTCAAGGG-AGGCATTTAATTATA
66 ATG-ACTTTTTTTCTCAATGAATAGCTTTTTTTGCATGTTTCTC-AGGGTAAGCATTCAATTATA
* *
8299 TTTTGTTTTAATAAAAA-ATAAAAAAAATTCAACTTAAAATC
129 GTCTGTTTTAATAAAAATAT-AAAAAAATTCAACTTAAAATC
8340 AATTATGAGATTAT
1 AATTATGAGATTAT
8354 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 553, Mismatches: 128, Indels: 30
0.78 0.18 0.04
Matches are distributed among these distances:
168 1 0.00
169 111 0.20
170 201 0.36
171 121 0.22
172 107 0.19
173 12 0.02
ACGTcount: A:0.38, C:0.09, G:0.14, T:0.35
Consensus pattern (169 bp):
AATTATGAGATTATAAAACAATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAA
ATGACTTTTTTTCTCAATGAATAGCTTTTTTTGCATGTTTCTCAGGGTAAGCATTCAATTATAGT
CTGTTTTAATAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATC
Found at i:9984 original size:171 final size:170
Alignment explanation
Indices: 8620--10279 Score: 861
Period size: 171 Copynumber: 9.7 Consensus size: 170
8610 NNNNNNNNNN
* * ** * *
8620 TAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTCGGTTAAAATAGACAATTATTGAA
1 TAATCTCATAATTCATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTTGTTAAAATAGACTATAATTGAA
* * * * *
8685 TG-TTAACC-TCATGAAACGTG-AGAAAAAAGGC-ATTCATGTG-TAAGAAAAGTCCAATTATAG
66 TGCTT--CCTTGA-GAAACATGCA-AAAAAA-GCTATTCAT-TGAGAAAAAAAGTCCATTTATAG
********** **
8745 TCACCCNNNNNNNNNNAAGCCTTATTACTCACTTTAAATTAATTTA
125 TCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATTGTTTTA
* * * * * * *
8791 TAATC-CTAAAATTTATTTTAAGATGAATTTTTTTACA-TTTATGATTAAAA-AGATTAAAATCG
1 TAATCTC-ATAATTCATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTTG-TTAAAATAGACTATAATTG
* * * * *
8853 AATGCTTGCCTCGAGAAACGTGTAAAAAAATC-ATTCATTGAGGAAAAAAA-TCCACTTATAGTC
64 AATGCTT-CCTTGAGAAACATGCAAAAAAAGCTATTCATTGA-GAAAAAAAGTCCATTTATAGTC
* ** *
8916 ACCCATTTCTTCAAAAGTATTATTACTCACTTTAAATTGTTTTN
127 ACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATTGTTTTA
********* * * *
8960 NNNNNNNNNAATTAATTTTAAGTTGATTTTTTTTTA-ATTTTTT-TTAAAATAGATTATAATTGA
1 TAATCTCATAATTCATTTTAAGTTGA-ATTTTTTTACATTTTTTGTTAAAATAGACTATAATTGA
* * * * **********
9023 ATGCTTGCTTTTAGAAACATGCACAAAAAGCTACTCATTGAG-AAAANNNNNNNNNNATAGTCAC
65 ATGCTT-CCTTGAGAAACATGCAAAAAAAGCTATTCATTGAGAAAAAAAGTCCATTTATAGTCAC
** *
9087 CCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGTTTTAAATTTTTTTA
129 CCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATTGTTTTA
* * * * ********** *
9129 TAATTTTATTATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTNNNNNNNNNNTTAAAACAGACTATAATTGAA
1 TAATCTCATAATTCATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTTGTTAAAATAGACTATAATTGAA
* * * * * * **
9194 TGCCTACCTTGAGAAACATGCACAAAAAGCTTTTCATTGAGAAGAAAAGTTCAGTTATAGTCAGT
66 TG-CTTCCTTGAGAAACATGCAAAAAAAGCTATTCATTGAGAAAAAAAGTCCATTTATAGTCACC
* * *
9259 CAGTCCTTCAAAAGTCTTATTACTCACTTTAAGTTGTTTTA
130 CATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATTGTTTTA
* * * *
9300 TAATCTTATAATTCACTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTTGTCAAAATAGAATATAATTGAA
1 TAATCTCATAATTCATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTTGTTAAAATAGACTATAATTGAA
* * * * **
9365 TGCCTACCTTGAGAAA-A-GTACAGAAAAGACTATTCATTGAGAAAAAAAGCCCATTTATAACCA
66 TG-CTTCCTTGAGAAACATGCA-AAAAAAG-CTATTCATTGAGAAAAAAAGTCCATTTATAGTCA
* * * * * **
9428 CCTATTCGTTCAAAAGCATAATTACTCGCTTTAGGTTGTTTTA
128 CCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATTGTTTTA
********** * * * * *
9471 TAATCTCATAATTNNNNNNNNNNTGAA-TTTTTTACATTTTTGGTTAGAACAGACAATAATGGAA
1 TAATCTCATAATTCATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTTGTTAAAATAGACTATAATTGAA
* ** *
9535 TGTTTACCTCAAGAAACATG-AAAAAAAGGCT-TTCATTG-GCAAGAAAAA-TCCATTTATAGCC
66 TGCTT-CCTTGAGAAACATGCAAAAAAA-GCTATTCATTGAG-AA-AAAAAGTCCATTTATAGTC
* * * **********
9596 ACCCATTCCTTTAAAAGTCTTATTACTCGCTTNNNNNNNNNNTA
127 ACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATTGTTTTA
* * * * * *
9640 TAATCTCAAAATTGATTTTGAGTTGAATTTTTTTACATTTATGGTTAAAATAGACTATTATTGAA
1 TAATCTCATAATTCATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTTGTTAAAATAGACTATAATTGAA
* * * * * *
9705 TGCTTGCCTTCAAAAATATGTAAAAAAA-TTCATTTATTGAGAAAAAAAGTCCATTTATAGTCAC
66 TGCTT-CCTTGAGAAACATGCAAAAAAAGCT-ATTCATTGAGAAAAAAAGTCCATTTATAGTCAC
***************************
9769 CCATTCCTTCANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTTTA
129 CCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATTGTTTTA
*
9811 TAATCTCATAATTCATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTTGTTAGAAA-AAACTATAATTGA
1 TAATCTCATAATTCATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTTGTTA-AAATAGACTATAATTGA
*
9875 ATGCCTTCCTTGAGAAACATGCAAAAAAAACTATTCATTGAGAAAAAAAGTCCATTTATAGTCAC
65 ATG-CTTCCTTGAGAAACATGCAAAAAAAGCTATTCATTGAGAAAAAAAGTCCATTTATAGTCAC
* *
9940 CCA-ACCTTTCAAAAGCCTTATTACGCACTTTAAATTGTTTTA
129 CCATTCC-TTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATTGTTTTA
* * * **********
9982 TAATCTCATAATTCATTGTAAGTTGAATGTTTTTACATTTTTTGTTAAAACAGNNNNNNNNNNAA
1 TAATCTCATAATTCATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTTGTTAAAATAGACTATAATTGAA
* * * * *
10047 TGTCTACTTTGAGAAACGTGCAAAAAAAGCTATTCATTGCGAAAACAAA-TCCTTTTATAG-CTA
66 TG-CTTCCTTGAGAAACATGCAAAAAAAGCTATTCATTGAGAAAA-AAAGTCCATTTATAGTC-A
* * * **********
10110 CTCATTCCTTCAAAAGCCTTATTAGTCGCTTTNNNNNNNNNNA
128 CCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATTGTTTTA
*
10153 TAATCTCATAATTCATTTTAAGTTGAATTTTTTT-CTATTTTTTGCTAAAATAGACTATATAATT
1 TAATCTCATAATTCATTTTAAGTTGAATTTTTTTAC-ATTTTTTGTTAAAATAGAC--TATAATT
* * *
10217 GAATGCCTGCATTGAGAAACATGCAAAAAAAGCTATTCATTGAGAAGAAAAGTCCATTTATAG
63 GAATG-CTTCCTTGAGAAACATGCAAAAAAAGCTATTCATTGAGAAAAAAAGTCCATTTATAG
Statistics
Matches: 1106, Mismatches: 340, Indels: 84
0.72 0.22 0.05
Matches are distributed among these distances:
168 20 0.02
169 226 0.20
170 225 0.20
171 567 0.51
172 17 0.02
173 51 0.05
ACGTcount: A:0.34, C:0.13, G:0.11, T:0.36
Consensus pattern (170 bp):
TAATCTCATAATTCATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTTGTTAAAATAGACTATAATTGAA
TGCTTCCTTGAGAAACATGCAAAAAAAGCTATTCATTGAGAAAAAAAGTCCATTTATAGTCACCC
ATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATTGTTTTA
Done.