Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: NW_018397261.1 Herrania umbratica cultivar Fairchild unplaced genomic scaffold, ASM216827v2 scaffold_50.0, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
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ACGTcount: A:0.33, C:0.17, G:0.17, T:0.33
Warning! 37885 characters in sequence are not A, C, G, or T
File 1 of 19
Found at i:308 original size:171 final size:172
Alignment explanation
Indices: 1--2946 Score: 1671
Period size: 171 Copynumber: 17.3 Consensus size: 172
** * * * * *
1 TTTAAGTTGATTTTTTTTACATTTTTGATTAAAATATATTATAATTGAATGTTTACATTA-AGAA
1 TTTAAGTTGAAGTTTTTTATATTTTTGATTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTTAGA-AA
* * * * * * * *
65 ACATGAAGCAGAAG-TCATCCATTGGCATA-AAATG-TCCACTTATAGTCACTCAA-CTCTACG-
65 ACATGAAGAAAAAGCT-ATTCATTGACA-AGAAAAGCT-CATTTATAGTCACCCAAGCT-TTCGA
* * **********
125 AAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTNNNNNNNNNN
126 AAAGCTTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGAT
* * * * *
172 TTTAAGTTGAGGTTTTTTGTATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATATTTACCTT-GAAAA
1 TTTAAGTTGAAGTTTTTTATATTTTTGATTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTTAG-AAA
* *
236 ACATGCAA-AAAAAGCTATTTATTAACAAGAAAAGCTCATTTATAGTCACCCAAGCTTTC-AAAA
65 ACATG-AAGAAAAAGCTATTCATTGACAAGAAAAGCTCATTTATAGTCACCCAAGCTTTCGAAAA
*
299 GCTTTATTACTCATTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGAT
129 GCTTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGAT
* * * *
343 TTTAAGTT-TAGTGTTTTTATA-TTTTGATTAAAACAGATTACAATTGAATGTCTACTTTGGAAA
1 TTTAAGTTGAAGT-TTTTTATATTTTTGATTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTTAGAAA
** * * * * * * ** *
406 ATGTG-AGGAAAAGCCATTCATTGACAAGACAAGTTCGTTTATAGTCGCTTAAGCTTTCGAAAGG
65 ACATGAAGAAAAAGCTATTCATTGACAAGAAAAGCTCATTTATAGTCACCCAAGCTTTCGAAAAG
* * *
470 C-CTATTACTCGCTTTAAATTGATTTTATAATCTCATAATT-ATT
130 CTTTATTACTCACTTTAAA-TGGTTTTATAATCTCATAATTGA-T
* * * * * * * *
513 TTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTCTGATTAAAATATATTATAACTGAATGTCTACATTAGGAAA
1 TTTAAGTTGAAGTTTTTTATATTTTTGATTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTTAGAAAA
* * * * *
578 CATGAAGCAAAAG-TCATCCATTGACATA-AAAAG-TCCACTTATAGTCACTCAACCTTTCGAAA
66 CATGAAGAAAAAGCT-ATTCATTGACA-AGAAAAGCT-CATTTATAGTCACCCAAGCTTTCGAAA
*
640 AGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGAT
128 AGCTTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGAT
* * * * * *
685 TTTAAGTTAAAATTTTTTATATTTTTGATTAGAACAGATTATAATTGAATGTTTGCCTTAGGAAA
1 TTTAAGTTGAAGTTTTTTATATTTTTGATTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTTAGAAAA
* * * * * * * *
750 TATGAATAAAAAGCTATTTATTGGCAAGAAAAGCTTATTTATAGTCACCCAGGCATTCG-AAAGG
66 CATGAAGAAAAAGCTATTCATTGACAAGAAAAGCTCATTTATAGTCACCCAAGCTTTCGAAAAGC
* * *
814 TTTATTTCTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTAAT
131 TTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGAT
* * * * *
856 TTTAAGTTGAA-TGTTTTTACA-TTTTGGTTAAAACAGGTCATAATTGAATGTCTACCCTAGAAA
1 TTTAAGTTGAAGT-TTTTTATATTTTTGATTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTTAGAAA
** * * * * * * * **
919 ATGTGAGGAAAAAACCATTCATTGACAAGACAAGTTCGTTTATTGTCACTTAAGCTTTCGAAAA-
65 ACATGAAGAAAAAGCTATTCATTGACAAGAAAAGCTCATTTATAGTCACCCAAGCTTTCGAAAAG
* * * * *
983 CCTTATTATTCGCTTTAAATTGATTTTATAATATCATAATT-ATT
130 CTTTATTACTCACTTTAAA-TGGTTTTATAATCTCATAATTGA-T
* * * * * * * * *
1027 TTTAAATT-AATTTTTTTTACATTTTTAATTAAAATATATTGTAATTGAATGTCTACATTAGGAA
1 TTTAAGTTGAA-GTTTTTTATATTTTTGATTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTTAGAAA
* * * * * * * * * *
1091 ACATGAAGCAGAAG-TCATCCATTGGC-ATAAAA-CGTCCACTTAGAGTCACTCAACCCTAT-G-
65 ACATGAAGAAAAAGCT-ATTCATTGACAAGAAAAGC-T-CATTTATAGTCACCCAA-GCTTTCGA
** *
1151 AAAG-TCTTATTACTTGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCGTAATTGAT
126 AAAGCT-TTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGAT
** * * *
1198 TTTAAGTTAGATTTTTTTTTATATTTTT-AGTTAGAACAGATTATAATTGAATGTTTTCCTT-GA
1 TTTAAGTT-GA-AGTTTTTTATATTTTTGA-TTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTTAG-
* * *
1261 AAAACATGAAGAAAAAGCTAGTT-ATT-AGCAAGAAAAGCTAATTTATTGTCACCCAAGCCTTCG
62 AAAACATGAAGAAAAAGCTA-TTCATTGA-CAAGAAAAGCTCATTTATAGTCACCCAAGCTTTCG
** * * *
1324 -AAAGCTTTATTGTTCGCTTTAAATAGTTTTATAATTTCATAATTGAT
125 AAAAGCTTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGAT
* * * * * * *
1371 TTTAAGTTGAA-TGTTTTTACA-TTTTGGTTAAAACAGATTCTAATTGAAGGTCTACCCTGGGAA
1 TTTAAGTTGAAGT-TTTTTATATTTTTGATTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTTAGAAA
* * * * * * * * * ** *
1434 ACGTCAGGAAAAAGCCATTCATTGACTAGACAAGTTCGTTTATTGTCACTTAAGCTTTTGAAAA-
65 ACATGAAGAAAAAGCTATTCATTGACAAGAAAAGCTCATTTATAGTCACCCAAGCTTTCGAAAAG
* *
1498 CCTTATTACTCGCTTTAAATTGGTTTTATAATCTCATAATTGAT
130 CTTTATTACTCACTTTAAA-TGGTTTTATAATCTCATAATTGAT
* * * * *
1542 TTTAAGTTGAA-TGTTTTTACA-TTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCCTGGGAA
1 TTTAAGTTGAAGT-TTTTTATATTTTTGATTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTTAGAAA
* * * * * * ** ** *
1605 ACATCAGGAAAAAGCCATTCATTGACTAGACAAGTTTGTTTATTA-TCACTTAAGCTTTTG-AAA
65 ACATGAAGAAAAAGCTATTCATTGACAAGAAAAGCTCATTTA-TAGTCACCCAAGCTTTCGAAAA
* ** *
1668 GCCTTATTACTCGTTTTTAATTGGTTTTATAATCTCATAATTGAT
129 GCTTTATTACTC-ACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGAT
* * * ** *
1713 TTTAAGTTGAA-TGTTTTTATATTTTTGGTTAAAATAGATTATAATTGAATATCTGTCTTGGAAA
1 TTTAAGTTGAAGT-TTTTTATATTTTTGATTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTTAGAAA
* * * ** * * * **
1777 ACATTAAGAAAAAGCCATTTATTGATGAGACAAG-TTATTTATACTCACTTAAGCTTTCG-AAAG
65 ACATGAAGAAAAAGCTATTCATTGACAAGAAAAGCTCATTTATAGTCACCCAAGCTTTCGAAAAG
* *
1840 CTTTATTACTCGCTTTAAATTAGTTTTATAATCTCATAATT-ATT
130 CTTTATTACTCACTTTAAA-TGGTTTTATAATCTCATAATTGA-T
* * * * * * * * * *
1884 TTTAAGTTGAATTTTGTTTACATTTGTAATTGAAATATATTATAATTGAATGTTTACATTAGGAA
1 TTTAAGTTGAAGTTT-TTTATATTTTTGATTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTTAGAAA
* * * * * *
1949 ACATGAAGCAAAAG-TCATCCATTGGTATAA-AAAAG-TCCACTTATAGTCACTCAACCTTTCG-
65 ACATGAAGAAAAAGCT-ATTCATT-G-ACAAGAAAAGCT-CATTTATAGTCACCCAAGCTTTCGA
* *
2010 AAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATATCATAATTGAT
126 AAAGCTTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGAT
* * ** ** * *
2057 TTTAAGTAGAATTTTTTTATATTTTT-AGTTTGAACAGAGCATAATTGAATGTTTTCCTT-GAAA
1 TTTAAGTTGAAGTTTTTTATATTTTTGA-TTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTTAGAAA
* ** * * * * **
2120 A-ATGTGAATAAAAAGGAATTAATTGAC-A-AAAAGTATCTATTTATAGTCA-CTAATTCCCTC-
65 ACA--TGAAGAAAAAGCTATTCATTGACAAGAAAAG-CTC-ATTTATAGTCACCCAA-GCTTTCG
*
2180 AAAAG-TCTTA-T--T-AC-TT--A---CTTTATAATCTCATAATTGAT
125 AAAAGCT-TTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGAT
* * * * * *
2218 TTTAAGTTG-ACTTTTTTATATTTTT-AGTTAAAACTGTTTATGATTGAATATCTGCCTT-GAGA
1 TTTAAGTTGAAGTTTTTTATATTTTTGA-TTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTTAGA-A
* * * *
2280 ATCATGAAGAAAAAGATATTCATTAGTA-AA-AAAAG-TCTACTTATAGTCACCCATA-CCTTC-
64 AACATGAAGAAAAAGCTATTCATT-G-ACAAGAAAAGCTC-ATTTATAGTCACCCA-AGCTTTCG
* ** **********
2340 AAAAGCCTTATTACTCGTTTTANNNNNNNNNNTAATCTCATAATTGAT
125 AAAAGCTTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGAT
** * * * * *
2388 TTTTGGTTGAA-TTGTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGATTGTAATTGAATGTTTACCTCA-AGA
1 TTTAAGTTGAAGTT-TTTTATATTTTTGATTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTTAGA-A
* * * * * *
2451 AACAT-AACAAAAAATCTATTCATTGGCAAGAAAAGCCCATTTATTGTCACCCAAGCCTTC-AAA
64 AACATGAA-GAAAAAGCTATTCATTGACAAGAAAAGCTCATTTATAGTCACCCAAGCTTTCGAAA
* **********
2514 AGCCTTATTACTCNNNNNNNNNNGTTTTATAATCTCATAATTGAT
128 AGCTTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGAT
* * * * * * *** * *
2559 TTTAAG-TAAATTGTTTTTACA-TTTTGATTAAAATATATTATAATTGAAAGTCCGTCTTGGGAA
1 TTTAAGTTGAAGT-TTTTTATATTTTTGATTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTTAGAAA
* * * * * * * * * ** * *
2622 ATAGGAAGTAAAAGCCATCCATTAATATGAAACG-TCCATTTATAGTCACGTAAACCTTCG-AAA
65 ACATGAAGAAAAAGCTATTCATTGACAAGAAAAGCT-CATTTATAGTCACCCAAGCTTTCGAAAA
* *** * * * *
2685 GCCTTATTACTTGGTTTAAATAGTTTTGTAAACTCATTATTGAT
129 GCTTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGAT
* * * * * * * *
2729 TTTAAGTTGAATGTTTCTTACATTTTTGGTTTAAACATATTAGAATTGAATGTTTGCCTTAGAAA
1 TTTAAGTTGAA-GTTTTTTATATTTTTGATTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTTAGAAA
* * * * * * *
2794 ACGTAAACAAAAA-CTTGTTCATTGGCAAGAAAAGC-CTATTTATAGTCACCTAAGCCTTC-AAA
65 ACATGAAGAAAAAGC-TATTCATTGACAAGAAAAGCTC-ATTTATAGTCACCCAAGCTTTCGAAA
* * * *
2856 AG-TCTTATAACACATTTTAAATGGTTTTATAATCTCATACTTGAT
128 AGCT-TTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGAT
* *
2901 TTTAAGTT-AA-TTTTTTACT-TTTTTGATTAAAAAATATTATAATTGA
1 TTTAAGTTGAAGTTTTTTA-TATTTTTGATTAAAACAGATTATAATTGA
2947 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 2178, Mismatches: 473, Indels: 250
0.75 0.16 0.09
Matches are distributed among these distances:
160 81 0.04
161 33 0.02
162 9 0.00
163 1 0.00
164 1 0.00
165 2 0.00
166 2 0.00
167 2 0.00
168 2 0.00
169 93 0.04
170 426 0.20
171 753 0.35
172 539 0.25
173 180 0.08
174 53 0.02
175 1 0.00
ACGTcount: A:0.34, C:0.13, G:0.13, T:0.39
Consensus pattern (172 bp):
TTTAAGTTGAAGTTTTTTATATTTTTGATTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTTAGAAAA
CATGAAGAAAAAGCTATTCATTGACAAGAAAAGCTCATTTATAGTCACCCAAGCTTTCGAAAAGC
TTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGAT
Found at i:1868 original size:686 final size:677
Alignment explanation
Indices: 194--2081 Score: 2038
Period size: 686 Copynumber: 2.8 Consensus size: 677
184 TTTTTTGTAT
* * * * * * *
194 TTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATATTTACCTTGAAAAACATGCA-AAAAAAGCTATTTAT
1 TTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCCTGGAAAACAT-CAGGAAAAAGCCATTCAT
* * * * ** * * *
258 TAACAAGAAAAGCTCATTTA-TAGTCACCCAAGCTTTCAAAAGCTTTATTACTC-ATTTTAAATG
65 TGACAAGACAAGTTCGTTTATTA-TCACTTAAGCTTTCGAAAGCCTTATTACTCGATTTTAATTG
* * *
321 GTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTTAGTGTTTTTATA-TTTTGATTAAAACAGATTACA
129 GTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAG-TTAATGTTTTTATATTTTTGATTAAAATAGATTATA
* * * * *
385 ATTGAATGTCTACTTTGGAAA-ATGTGAGGAAAAGCCATTCATTGACAAGACAAGTTCGTTTATA
193 ATTGAATGTCTACATTGGAAACAT-TAAGAAAAAGCCATTCATTGA-TAGACAAGTT-ATTTATA
* *
449 GTCGCTTAAGCTTTCGAAAGGC-CTATTACTCGCTTTAAATTGATTTTATAATCTCATAATTATT
255 GTCACTTAAGCTTTCGAAA-GCTTTATTACTCGCTTTAAATTG-TTTTATAATCTCATAATTATT
* * * *
513 TTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTCT-GATTAAAATATATTATAACTGAATGTCTACATTAGGAA
318 TTTAAGTTGATTTTTTTTACATTTCTAG-TTAGAATATATTATAATTGAATGTTTACATTAGGAA
577 ACATGAAGCAAAAGTCATCCATTGACATAAAAAGTCCACTTATAGTCACTCAACCTTTCGAAAAG
382 ACATGAAGCAAAAGTCATCCATTG-CATAAAAAGTCCACTTATAGTCACTCAACCTTTCG-AAAG
* *
642 CCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAAATTTTTTATAT
445 CCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATATCATAATTGATTTTAAGTT-GAATTTTTTATA-
* * * * * * * * * *
707 TTTTGATTAGAACAGATTATAATTGAATGTTTGCCTTAGGAAATATGAATAAAAAGCTATTTATT
508 TTTTGATTAAAACAGATTATAATTGAAGGTCTACCCTAGGAAACATCAAGAAAAAGCCATTCATT
* * *** *
772 GGCAAGAAAAGCTTATTTATAGTCACCCAGGCATTCGAAAGGTTTATTTCTCGCTTTAAATGGTT
573 GACAAGAAAAGCTTATTTATAGTCACCCAAGCATTCGAAAACCTTATTACTCGCTTTAAATGGTT
837 TTATAATCTCATAATTAATTTTAAGTTGAATGTTTTTACA
638 TTATAATCTCATAATTAATTTTAAGTTGAATGTTTTTACA
* * * ** * *
877 TTTTGGTTAAAACAGGTCATAATTGAATGTCTACCCTAGAAAATGTGAGGAAAAAACCATTCATT
1 TTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCCTGGAAAACATCAGGAAAAAGCCATTCATT
* * * * * *
942 GACAAGACAAGTTCGTTTATTGTCACTTAAGCTTTCGAAAACCTTATTATTCGCTTTAAATTGAT
66 GACAAGACAAGTTCGTTTATTATCACTTAAGCTTTCGAAAGCCTTATTACTCGATTTTAATTGGT
* * * * * * *
1007 TTTATAATATCATAATT-ATTTTTAAATTAATTTTTTTTACATTTTTAATTAAAATATATTGTAA
131 TTTATAATCTCATAATTGA-TTTTAAGTTAA-TGTTTTTATATTTTTGATTAAAATAGATTATAA
* * * * * * * *
1071 TTGAATGTCTACATTAGGAAACATGAAGCAGAAGTCATCCATTGGCATA-A-AACGTCCACTTAG
194 TTGAATGTCTACATT-GGAAACATTAAGAAAAAGCCATTCATT-G-ATAGACAA-GT-TATTTAT
* * * * * *
1134 AGTCACTCAACCCTAT-GAAAG-TCTTATTACTTGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCGTAATTGA
254 AGTCACTTAA-GCTTTCGAAAGCT-TTATTACTCGCTTTAAATTGTTTTATAATCTCATAATT-A
* * * * * *
1197 -TTTTAAGTTAGATTTTTTTTTATATTTTTAGTTAGAACAGATTATAATTGAATGTTTTCCTT-G
316 TTTTTAAGTT-GA-TTTTTTTTACATTTCTAGTTAGAATATATTATAATTGAATGTTTACATTAG
* * * * * * *
1260 AAAAACATGAAGAAAAAG-CTAGT-TATTAGCA-AGAAAAG-CTAATTTATTGTCACCCAAGCC-
379 -GAAACATGAAGCAAAAGTC-A-TCCATT-GCATA-AAAAGTC-CACTTATAGTCACTCAA-CCT
* ** * * *
1320 TTCGAAAGCTTTATTGTTCGCTTTAAATAGTTTTATAATTTCATAATTGATTTTAAGTTGAATGT
437 TTCGAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATATCATAATTGATTTTAAGTTGAAT-T
* * * * * *
1385 TTTTACATTTTGGTTAAAACAGATTCTAATTGAAGGTCTACCCTGGGAAACGTCAGGAAAAAGCC
501 TTTTATATTTTGATTAAAACAGATTATAATTGAAGGTCTACCCTAGGAAACATCAAGAAAAAGCC
* * * * ** * *
1450 ATTCATTGACTAGACAAG-TTCGTTTATTGTCACTTAAGCTTTTGAAAACCTTATTACTCGCTTT
566 ATTCATTGACAAGAAAAGCTT-ATTTATAGTCACCCAAGCATTCGAAAACCTTATTACTCGCTTT
*
1514 AAATTGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATGTTTTTACA
630 AAA-TGGTTTTATAATCTCATAATTAATTTTAAGTTGAATGTTTTTACA
*
1563 TTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCCTGGGAAACATCAGGAAAAAGCCATTCATT
1 TTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCCTGGAAAACATCAGGAAAAAGCCATTCATT
* * * *
1628 GACTAGACAAGTTTGTTTATTATCACTTAAGCTTTTGAAAGCCTTATTACTCGTTTTTAATTGGT
66 GACAAGACAAGTTCGTTTATTATCACTTAAGCTTTCGAAAGCCTTATTACTCGATTTTAATTGGT
*
1693 TTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATGTTTTTATATTTTTGGTTAAAATAGATTATAAT
131 TTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTT-AATGTTTTTATATTTTTGATTAAAATAGATTATAAT
* * * *
1758 TGAATATCTGTC-TTGGAAAACATTAAGAAAAAGCCATTTATTGATGAGACAAGTTATTTATACT
195 TGAATGTCT-ACATTGG-AAACATTAAGAAAAAGCCATTCATTGAT-AGACAAGTTATTTATAGT
1822 CACTTAAGCTTTCGAAAGCTTTATTACTCGCTTTAAATTAGTTTTATAATCTCATAATTATTTTT
257 CACTTAAGCTTTCGAAAGCTTTATTACTCGCTTTAAATT-GTTTTATAATCTCATAATTATTTTT
* * *
1887 AAGTTGAATTTTGTTTACATTTGTAATT-GAAATATATTATAATTGAATGTTTACATTAGGAAAC
321 AAGTTG-ATTTTTTTTACATTTCTAGTTAG-AATATATTATAATTGAATGTTTACATTAGGAAAC
*
1951 ATGAAGCAAAAGTCATCCATTGGTATAAAAAAGTCCACTTATAGTCACTCAACCTTTCGAAAGCC
384 ATGAAGCAAAAGTCATCCATT-GCAT-AAAAAGTCCACTTATAGTCACTCAACCTTTCGAAAGCC
*
2016 TTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATATCATAATTGATTTTAAGTAGAATTTTTTTATATTT
447 TTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATATCATAATTGATTTTAAGTTGAA-TTTTTTATATTT
2081 T
511 T
2082 TAGTTTGAAC
Statistics
Matches: 973, Mismatches: 182, Indels: 97
0.78 0.15 0.08
Matches are distributed among these distances:
682 1 0.00
683 92 0.09
684 48 0.05
685 258 0.27
686 472 0.49
687 96 0.10
688 6 0.01
ACGTcount: A:0.34, C:0.12, G:0.13, T:0.40
Consensus pattern (677 bp):
TTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCCTGGAAAACATCAGGAAAAAGCCATTCATT
GACAAGACAAGTTCGTTTATTATCACTTAAGCTTTCGAAAGCCTTATTACTCGATTTTAATTGGT
TTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAATGTTTTTATATTTTTGATTAAAATAGATTATAATT
GAATGTCTACATTGGAAACATTAAGAAAAAGCCATTCATTGATAGACAAGTTATTTATAGTCACT
TAAGCTTTCGAAAGCTTTATTACTCGCTTTAAATTGTTTTATAATCTCATAATTATTTTTAAGTT
GATTTTTTTTACATTTCTAGTTAGAATATATTATAATTGAATGTTTACATTAGGAAACATGAAGC
AAAAGTCATCCATTGCATAAAAAGTCCACTTATAGTCACTCAACCTTTCGAAAGCCTTATTACTC
ACTTTAAATGGTTTTATAATATCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTATATTTTGATTAAAAC
AGATTATAATTGAAGGTCTACCCTAGGAAACATCAAGAAAAAGCCATTCATTGACAAGAAAAGCT
TATTTATAGTCACCCAAGCATTCGAAAACCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATA
ATTAATTTTAAGTTGAATGTTTTTACA
Found at i:1932 original size:515 final size:513
Alignment explanation
Indices: 1--2946 Score: 2480
Period size: 513 Copynumber: 5.8 Consensus size: 513
* * * * * *
1 TTTAAGTTGATTTTTTTTACATTTTTGATTAAAATATATTATAATTGAATGTTTACATTAAGAAA
1 TTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTAATTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACATTAGGAAA
* * **
66 CATGAAGCAGAAGTCATCCATTGGCATAAAATGTCCACTTATAGTCACTCAA-CTCTACGAAAGC
66 CATGAAGCAAAAGTCATCCATTGACATAAAA-GTCCACTTATAGTCACTCAACCT-TTTGAAAGC
********** * *
130 CTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTNNNNNNNNNNTTTAAGTT-G-AGGTTTTTTGTA
129 CTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAGAATG-TTTTTATA
*
193 TTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATATTTACCTTGAAAAACATGCAA-AAAAAGCTATTTA
193 TTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATATTTGCCTTGAAAAACATG-AAGAAAAAGCTATTTA
* * * ** *
257 TTAACAAGAAAAGCTCATTTATAGTCACCCAAGCTTTCAAAAGCTTTATTACTCATTTTAAATGG
257 TTGACAAGAAAAGCTTATTTATAGTCACCCAAGCTTTCGAAAGCTTTATTACTCGCTTTAAATAG
* * * *
322 TTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTTAGTGTTTTTATATTTTGATTAAAACAGATTACAAT
322 TTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATGTTTTTACATTTTGATTAAAACAGATTATAAT
** * *
387 TGAATGTCTACTTTGGAAAATGTGAGG-AAAAGCCATTCATTGACAAGACAAGTTCGTTTATAGT
387 TGAATGTCTACCCTAGAAAACGTGAGGAAAAAGCCATTCATTGACAAGACAAGTTCGTTTATAGT
* * *
451 CGCTTAAGCTTTCGAAAGGCC-TATTACTCGCTTTAAATTGATTTTATAATCTCATAATTATT
452 CACTTAAGCTTTCGAAA-ACCTTATTACTCGCTTTAAATTGATTTTATAATATCATAATTATT
* * * * *
513 TTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTCTGATTAAAATATATTATAACTGAATGTCTACATTAGGAAA
1 TTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTAATTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACATTAGGAAA
*
578 CATGAAGCAAAAGTCATCCATTGACATAAAAAGTCCACTTATAGTCACTCAACCTTTCGAAAAGC
66 CATGAAGCAAAAGTCATCCATTGACAT-AAAAGTCCACTTATAGTCACTCAACCTTTTG-AAAGC
* *
643 CTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAAAT-TTTTTATAT
129 CTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAGAATGTTTTTATAT
* * * * * *
707 TTTTGATTAGAACAGATTATAATTGAATGTTTGCCTT-AGGAAATATGAATAAAAAGCTATTTAT
194 TTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATATTTGCCTTGA-AAAACATGAAGAAAAAGCTATTTAT
* * * * * *
771 TGGCAAGAAAAGCTTATTTATAGTCACCCAGGCATTCGAAAGGTTTATTTCTCGCTTTAAATGGT
258 TGACAAGAAAAGCTTATTTATAGTCACCCAAGCTTTCGAAAGCTTTATTACTCGCTTTAAATAGT
* * * *
836 TTTATAATCTCATAATTAATTTTAAGTTGAATGTTTTTACATTTTGGTTAAAACAGGTCATAATT
323 TTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATGTTTTTACATTTTGATTAAAACAGATTATAATT
* * *
901 GAATGTCTACCCTAGAAAATGTGAGGAAAAAACCATTCATTGACAAGACAAGTTCGTTTATTGTC
388 GAATGTCTACCCTAGAAAACGTGAGGAAAAAGCCATTCATTGACAAGACAAGTTCGTTTATAGTC
*
966 ACTTAAGCTTTCGAAAACCTTATTATTCGCTTTAAATTGATTTTATAATATCATAATTATT
453 ACTTAAGCTTTCGAAAACCTTATTACTCGCTTTAAATTGATTTTATAATATCATAATTATT
* * * *
1027 TTTAAATT-AATTTTTTTTACATTTTTAATTAAAATATATTGTAATTGAATGTCTACATTAGGAA
1 TTTAAGTTGAA-TTTTTTTACATTTTTAATTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACATTAGGAA
* * * * * *
1091 ACATGAAGCAGAAGTCATCCATTGGCATAAAACGTCCACTTAGAGTCACTCAACCCTATGAAAGT
65 ACATGAAGCAAAAGTCATCCATTGACATAAAA-GTCCACTTATAGTCACTCAACCTTTTGAAAGC
* * * *
1156 CTTATTACTTGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCGTAATTGATTTTAAGTTAGATTTTTTTTTATA
129 CTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAGA-ATGTTTTTATA
* * * * *
1221 TTTTTAGTTAGAACAGATTATAATTGAATGTTTTCCTTGAAAAACATGAAGAAAAAGCTAGTTAT
193 TTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATATTTGCCTTGAAAAACATGAAGAAAAAGCTATTTAT
* * * **
1286 T-AGCAAGAAAAGCTAATTTATTGTCACCCAAGCCTTCGAAAGCTTTATTGTTCGCTTTAAATAG
258 TGA-CAAGAAAAGCTTATTTATAGTCACCCAAGCTTTCGAAAGCTTTATTACTCGCTTTAAATAG
* * *
1350 TTTTATAATTTCATAATTGATTTTAAGTTGAATGTTTTTACATTTTGGTTAAAACAGATTCTAAT
322 TTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATGTTTTTACATTTTGATTAAAACAGATTATAAT
* * * * * *
1415 TGAAGGTCTACCCTGGGAAACGTCAGGAAAAAGCCATTCATTGACTAGACAAGTTCGTTTATTGT
387 TGAATGTCTACCCTAGAAAACGTGAGGAAAAAGCCATTCATTGACAAGACAAGTTCGTTTATAGT
* * *
1480 CACTTAAGCTTTTGAAAACCTTATTACTCGCTTTAAATTGGTTTTATAATCTCATAATTGA-T
452 CACTTAAGCTTTCGAAAACCTTATTACTCGCTTTAAATTGATTTTATAATATCATAATT-ATT
* ** ** *
1542 TTTAAGTTGAATGTTTTTACA-TTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCCTGGGAAA
1 TTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTAATTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACATTAGGAAA
* * * * * **** * *
1606 CATCAGGAAAAAGCCATTCATTGAC-TAGACAAGTTTGTTTATTA-TCACTTAAGCTTTTGAAAG
66 CATGAAGCAAAAGTCATCCATTGACATA-A-AAGTCCACTTA-TAGTCACTCAACCTTTTGAAAG
* *
1669 CCTTATTACTCGTTTTTAATTGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTT-GAATGTTTTTAT
128 CCTTATTACTCG-CTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAGAATGTTTTTAT
* * * * * *
1733 ATTTTTGGTTAAAATAGATTATAATTGAATATCTGTCTTGGAAAACATTAAGAAAAAGCCATTTA
192 ATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATATTTGCCTTGAAAAACATGAAGAAAAAGCTATTTA
** * * **
1798 TTGATGAGACAAG-TTATTTATACTCACTTAAGCTTTCGAAAGCTTTATTACTCGCTTTAAATTA
257 TTGACAAGAAAAGCTTATTTATAGTCACCCAAGCTTTCGAAAGCTTTATTACTCGCTTTAAA-TA
* * * * *
1862 GTTTTATAATCTCATAATT-ATTTTTAAGTTGAATTTTGTTTACATTTGTAATTGAAATATATTA
321 GTTTTATAATCTCATAATTGA-TTTTAAGTTGAATGTT-TTTACATTT-TGATTAAAACAGATTA
* ** * * * * * * * * * **
1926 TAATTGAATGTTTACATTAGGAAACATGAAGCAAAAGTCATCCATTGGTATAA-AAAAGTCCACT
383 TAATTGAATGTCTACCCTAGAAAACGTGAGGAAAAAGCCATTCATT-G-ACAAGACAAGTTCGTT
* * * * *
1990 TATAGTCACTCAACCTTTCGAAAGCCTTATTACTCACTTTAAA-TGGTTTTATAATATCATAATT
446 TATAGTCACTTAAGCTTTCGAAAACCTTATTACTCGCTTTAAATTGATTTTATAATATCATAATT
2054 GA-T
511 -ATT
* * * ** ** * * *
2057 TTTAAGTAGAATTTTTTTATATTTTTAGTTTGAACAGAGCATAATTGAATGTTTTCCTT--GAAA
1 TTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTAATTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACATTAGGAAA
* ** ** ** * * * **
2120 AATGTGAATAAAAAGGAATTAATTGACA-AAAAGTATCTATTTATAGTCACT-AATTCC-CTCAA
66 CA--TGAAGCAAAAGTCATCCATTGACATAAAAG--TCCACTTATAGTCACTCAA--CCTTTTGA
* * *
2182 AAGTCTTATTA----C-TT--A---CTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTT-GACT-TTTTT
125 AAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAGAATGTTTTT
* * * * * * * *
2235 ATATTTTTAGTTAAAACTGTTTATGATTGAATATCTGCCTTGAGAATCATGAAGAAAAAGATATT
190 ATATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATATTTGCCTTGAAAAACATGAAGAAAAAGCTATT
* * * * * *
2300 CATTAGTA-AA-AAAAG-TCTACTTATAGTCACCCATA-CCTTCAAAAGCCTTATTACTCGTTTT
255 TATT-G-ACAAGAAAAGCT-TATTTATAGTCACCCA-AGCTTTCGAAAGCTTTATTACTCGCTTT
********** ** *
2361 ANNNNNNNNNNTAATCTCATAATTGATTTTTGGTTGAAT-TGTTTTACATTTTTGGTTAAAACAG
316 AAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATGT-TTTTACA-TTTTGATTAAAACAG
* * * * * ** * * * * **
2425 ATTGTAATTGAATGTTTACCTCAAG-AAACATAACAAAAAATCTATTCATTGGCAAGAAAAGCCC
379 ATTATAATTGAATGTCTACC-CTAGAAAACGTGAGGAAAAAGCCATTCATTGACAAGACAAGTTC
* * ** * ********** *
2489 ATTTATTGTCACCCAAGCCTTC-AAAAGCCTTATTACTCNNNNNNNNNNG-TTTTATAATCTCAT
443 GTTTATAGTCACTTAAGCTTTCGAAAA-CCTTATTACTCGCTTTAAATTGATTTTATAATATCAT
2552 AATTGA-T
507 AATT-ATT
* * * * * *
2559 TTTAAG-TAAATTGTTTTTACA-TTTTGATTAAAATATATTATAATTGAAAGTCCGT-C-TTGGG
1 TTTAAGTTGAATT-TTTTTACATTTTTAATTAAAACAGATTATAATTGAATGT-C-TACATTAGG
* * * * * * * * * *
2620 AAATAGGAAGTAAAAGCCATCCATTAATATGAAACGTCCATTTATAGTCACGTAAACC-TTCGAA
63 AAACATGAAGCAAAAGTCATCCATTGACAT-AAAAGTCCACTTATAGTCAC-TCAACCTTTTGAA
* * * * * *
2684 AGCCTTATTACTTGGTTTAAATAGTTTTGTAAACTCATTATTGATTTTAAGTT-GAATGTTTCTT
126 AGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAGAATGTTT-TT
* * * * * * * *
2748 ACATTTTTGGTTTAAACATATTAGAATTGAATGTTTGCCTT-AGAAAACGTAAACAAAAA-CT-T
190 ATATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATATTTGCCTTGA-AAAACATGAAGAAAAAGCTAT
* * * * * * * **
2810 GTTCATTGGCAAGAAAAGCCTATTTATAGTCACCTAAGCCTTCAAAAG-TCTTATAACACATTTT
254 -TT-ATTGACAAGAAAAGCTTATTTATAGTCACCCAAGCTTTCGAAAGCT-TTATTACTCGCTTT
* * * * *
2874 AAATGGTTTTATAATCTCATACTTGATTTTAAGTT-AAT-TTTTTACTTTTTTGATTAAAAAATA
316 AAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATGTTTTTAC-ATTTTGATTAAAACAGA
2937 TTATAATTGA
380 TTATAATTGA
2947 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 1988, Mismatches: 368, Indels: 157
0.79 0.15 0.06
Matches are distributed among these distances:
501 76 0.04
502 71 0.04
503 62 0.03
504 96 0.05
505 69 0.03
506 4 0.00
508 1 0.00
510 2 0.00
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516 119 0.06
517 3 0.00
ACGTcount: A:0.34, C:0.13, G:0.13, T:0.39
Consensus pattern (513 bp):
TTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTAATTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACATTAGGAAA
CATGAAGCAAAAGTCATCCATTGACATAAAAGTCCACTTATAGTCACTCAACCTTTTGAAAGCCT
TATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAGAATGTTTTTATATTT
TTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATATTTGCCTTGAAAAACATGAAGAAAAAGCTATTTATTGA
CAAGAAAAGCTTATTTATAGTCACCCAAGCTTTCGAAAGCTTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTT
ATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATGTTTTTACATTTTGATTAAAACAGATTATAATTGAA
TGTCTACCCTAGAAAACGTGAGGAAAAAGCCATTCATTGACAAGACAAGTTCGTTTATAGTCACT
TAAGCTTTCGAAAACCTTATTACTCGCTTTAAATTGATTTTATAATATCATAATTATT
Found at i:2326 original size:160 final size:160
Alignment explanation
Indices: 2037--2354 Score: 347
Period size: 160 Copynumber: 2.0 Consensus size: 160
2027 TTTAAATGGT
* **
2037 TTTATAATATCATAATTGATTTTAAGTAGAATTTTTTTATATTTTTAGTTTGAACAGAGCATAAT
1 TTTATAATATCATAATTGATTTTAAGTAGAACTTTTTTATATTTTTAGTTAAAACAGAGCATAAT
* * * * * * *
2102 TGAATGTTTTCCTTGAAAAATGTGAATAAAAAGGAATTAATTGACAAAAAGTATCTATTTATAGT
66 TGAATATCTGCCTTGAAAAATATGAAGAAAAAGGAATTAATTGAAAAAAAG-ATCTACTTATAGT
* * *
2167 CACTAATTCCCTCAAAAGTCTTATTACTTAC
130 CACCAATACCCTCAAAAGCCTTATTACTTAC
* * * *** *
2198 TTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTG-ACTTTTTTATATTTTTAGTTAAAACTGTTTATGAT
1 TTTATAATATCATAATTGATTTTAAGTAGAACTTTTTTATATTTTTAGTTAAAACAGAGCATAAT
* *
2262 TGAATATCTGCCTTG-AGAATCATGAAGAAAAA-GATATTCATTAGTAAAAAAAG-TCTACTTAT
66 TGAATATCTGCCTTGAAAAAT-ATGAAGAAAAAGGA-ATTAATT-G-AAAAAAAGATCTACTTAT
* *
2324 AGTCACCCATACCTTCAAAAGCCTTATTACT
127 AGTCACCAATACCCTCAAAAGCCTTATTACT
2355 CGTTTTANNN
Statistics
Matches: 129, Mismatches: 24, Indels: 9
0.80 0.15 0.06
Matches are distributed among these distances:
159 6 0.05
160 88 0.68
161 28 0.22
162 7 0.05
ACGTcount: A:0.37, C:0.12, G:0.11, T:0.41
Consensus pattern (160 bp):
TTTATAATATCATAATTGATTTTAAGTAGAACTTTTTTATATTTTTAGTTAAAACAGAGCATAAT
TGAATATCTGCCTTGAAAAATATGAAGAAAAAGGAATTAATTGAAAAAAAGATCTACTTATAGTC
ACCAATACCCTCAAAAGCCTTATTACTTAC
Found at i:3883 original size:169 final size:169
Alignment explanation
Indices: 3640--4519 Score: 518
Period size: 169 Copynumber: 5.2 Consensus size: 169
3630 NNNNNNNNTG
*
3640 TTTTTTATATTTTTAGTTAAAACAAATTATAGTTGA-ATGTTTGCCTT-AGAAAATGTGAAGAAA
1 TTTTTTATATTTTTAGTTAAAACAGATTATAGTT-ATATG--TGCCTTGAG-AAATGTGAAGAAA
* ********** * *
3703 AA-CCTATTCATTAGCAAGAAAAGCCCATTTATAGNNNNNNNNNNCTTTAAAAGCCTTATTACTC
62 AAGCC-ATTCATTAGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCATGCATTTCTTGAAAAGCCTTACTACTC
* * * *
3767 GCTTTAAAT-ATTTTGTGATCTCATAATTGACTTTAAGTTGAAT
126 ACTTTAAATGATTTTATAATCTCATAATTCACTTTAAGTTGAAT
* *
3810 TTTTTTAT-TTTTTAGTTAAAACAGATTATAATTATATGTCGACCTTGAGAAACGTGAAGAAAAA
1 TTTTTTATATTTTTAGTTAAAACAGATTATAGTTATATGT-G-CCTTGAGAAATGTGAAGAAAAA
* * *
3874 GTCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCAATTATAGTCATGCATTTCTTGAAAAGCCTTACTACTCACT
64 GCCATTCATTAGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCATGCATTTCTTGAAAAGCCTTACTACTCACT
* * *
3939 TTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTCATTTTAGGTTGAAT
129 TTAAATGATTTTATAATCTCATAATTCACTTTAAGTTGAAT
* * **
3980 TTTCTTATATTTTTAGTTAAAACAGATTATAGTCATCCGTGCCTTGAGAAATGTGAAGAAAAAGC
1 TTTTTTATATTTTTAGTTAAAACAGATTATAGTTATATGTGCCTTGAGAAATGTGAAGAAAAAGC
* * ** * ** * *
4045 CATTCATTA-AAAGAAAAGTCCATTTATAGTCATCCATGGCTTCAAAAGTTTTATTACTCGCTTT
66 CATTCATTAGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCATGCATTTCTTGAAAAGCCTTACTACTCACTTT
* ********** * *
4109 AAATGGTTTTATANNNNNNNNNNTGATTTTAAGTTGAA-
131 AAATGATTTTATAATCTCATAATTCACTTTAAGTTGAAT
* * * * * * * * * *
4147 TTTTTCACATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATCAAATGTTTGTCTCGAAAAACGTGAAGAAAAA
1 TTTTTTATATTTTTAGTTAAAACAGATTATAGTTATATG--TGCCTTGAGAAATGTGAAGAAAAA
* * * * ** *** * *
4212 CCCATTCATAAGAAAGAAAA-TCTCATTTAAAGTCACCCAAGCCTCCG-AGAGCCTTA-TAACTC
64 GCCATTCATTAGCAAGAAAAGTC-CATTTATAGTCATGCATTTCT-TGAAAAGCCTTACT-ACTC
* * * * *
4274 A-TTTGAAAT-AGTTTTATAA-CTTTATAGTTGATTTTAAGTTAAAT
126 ACTTT-AAATGA-TTTTATAATC-TCATAATTCACTTTAAGTTGAAT
* * * * * *
4318 TGTTTTATATTTTT-GATTCAAACATATTATAATTGA-ATGTTTACCTTGGGAAATGTGAAGAAA
1 TTTTTTATATTTTTAG-TTAAAACAGATTATAGTT-ATATG--TGCCTTGAGAAATGTGAAGAAA
* * ** * ** * **
4381 AAACTATTCATTAGCACA-AAAAGTTTAATTATAGTCACCCATTCTCTTCAAAAATCTTACTACT
62 AAGCCATTCATTAGCA-AGAAAAGTCCATTTATAGTCATGCATT-TCTTGAAAAGCCTTACTACT
* * * ** * *
4445 TACTTTAAATGGTTTTGTAAAGTCATAATTGATTTTAAGTTGAAT
125 CACTTTAAATGATTTTATAATCTCATAATTCACTTTAAGTTGAAT
*
4490 TTTTTTACA-TTTT-GTTTAAAACAGATTATA
1 TTTTTTATATTTTTAG-TTAAAACAGATTATA
4520 ATTGACTGTT
Statistics
Matches: 552, Mismatches: 131, Indels: 53
0.75 0.18 0.07
Matches are distributed among these distances:
167 32 0.06
168 73 0.13
169 161 0.29
170 108 0.20
171 121 0.22
172 53 0.10
173 4 0.01
ACGTcount: A:0.35, C:0.12, G:0.12, T:0.38
Consensus pattern (169 bp):
TTTTTTATATTTTTAGTTAAAACAGATTATAGTTATATGTGCCTTGAGAAATGTGAAGAAAAAGC
CATTCATTAGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCATGCATTTCTTGAAAAGCCTTACTACTCACTTT
AAATGATTTTATAATCTCATAATTCACTTTAAGTTGAAT
Found at i:4113 original size:168 final size:170
Alignment explanation
Indices: 3751--4121 Score: 489
Period size: 168 Copynumber: 2.2 Consensus size: 170
3741 NNNNNNCTTT
* * * * *
3751 AAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAAT-ATTTTGTGATCTCATAATTGACTTTAAGTTGAATTTTTT
1 AAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTCACTTTAAGTTGAATTTTCT
* * *
3815 TATTTTTTAGTTAAAACAGATTATAATTATATGTCGACCTTGAGAAACGTGAAGAAAAAGTCATT
66 TATTTTTTAGTTAAAACAGATTATAATCATACGTCGACCTTGAGAAACGTGAAGAAAAAGCCATT
** * ** *
3880 CATTGGCAAGAAAAGTCCAATTATAGTCATGCATTTCTTG
131 CATTGAAAAGAAAAGTCCAATTATAGTCATCCATGGCTTC
* * * *
3920 AAAAGCCTTACTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTCATTTTAGGTTGAATTTTCT
1 AAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTCACTTTAAGTTGAATTTTCT
* * *
3985 TATATTTTTAGTTAAAACAGATTATAGTCATCCGT-G-CCTTGAGAAATGTGAAGAAAAAGCCAT
66 TAT-TTTTTAGTTAAAACAGATTATAATCATACGTCGACCTTGAGAAACGTGAAGAAAAAGCCAT
*
4048 TCATT-AAAAGAAAAGTCCATTTATAGTCATCCATGGCTTC
130 TCATTGAAAAGAAAAGTCCAATTATAGTCATCCATGGCTTC
**
4088 AAAAGTTTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATA
1 AAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATA
4122 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 174, Mismatches: 26, Indels: 5
0.85 0.13 0.02
Matches are distributed among these distances:
168 58 0.33
169 53 0.30
170 36 0.21
171 27 0.16
ACGTcount: A:0.34, C:0.13, G:0.13, T:0.39
Consensus pattern (170 bp):
AAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTCACTTTAAGTTGAATTTTCT
TATTTTTTAGTTAAAACAGATTATAATCATACGTCGACCTTGAGAAACGTGAAGAAAAAGCCATT
CATTGAAAAGAAAAGTCCAATTATAGTCATCCATGGCTTC
Found at i:4520 original size:171 final size:169
Alignment explanation
Indices: 3751--4552 Score: 586
Period size: 171 Copynumber: 4.7 Consensus size: 169
3741 NNNNNNCTTT
* * * * * * *
3751 AAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAAT-ATTTTGTGATCTCATAATTGACTTTAAGTTGAATTTTTT
1 AAAAGCCTTACTACTCACTTTAAATGGTTTTATAAACTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTT
* ** **
3815 TATTTTTTAG-TTAAAACAGATTATAATTATATGTCGACCTTGAGAAACGTGAAGAAAAAGTCAT
66 TATATTTT-GTTTAAAACAGATTATAATTA-ATGTTTACCTTGAGAAACGTGAAGAAAAAACCAT
* ** *
3879 TCATTGGCAAGAAAAGTCCAATTATAGTCATGCATT-TCTTG
129 TCATTAG-AAGAAAAGTCCAATTATAGTCACCCATTCTCTTC
* * * *
3920 AAAAGCCTTACTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTCATTTTAGGTTGAATTTTCT
1 AAAAGCCTTACTACTCACTTTAAATGGTTTTATAAACTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTT
* * *** * * *
3985 TATATTTT-TAGTTAAAACAGATTAT-AGTCATCCGTGCCTTGAGAAATGTGAAGAAAAAGCCAT
66 TATATTTTGT--TTAAAACAGATTATAATTAATGTTTACCTTGAGAAACGTGAAGAAAAAACCAT
* * * **
4048 TCATTAAAAGAAAAGTCCATTTATAGTCATCCA-TGGCTTC
129 TCATTAGAAGAAAAGTCCAATTATAGTCACCCATTCTCTTC
** * * **********
4088 AAAAGTTTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATANNNNNNNNNNTGATTTTAAGTTGAA-TTTTT
1 AAAAGCCTTACTACTCACTTTAAATGGTTTTATAAACTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTT
* * * * ** * * *
4152 CACATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATCAAATGTTTGTCTCGAAAAACGTGAAGAAAAACCCAT
66 TATA-TTTTGTTTAAAACAGATTATAAT-TAATGTTTACCTTGAGAAACGTGAAGAAAAAACCAT
* * * ** *
4217 TCATAAGAAAGAAAA-TCTCATTTAAAGTCACCCAAGC-CTCC
129 TCATTAG-AAGAAAAGTC-CAATTATAGTCACCCATTCTCTTC
* * * * * * *
4258 GAGAGCCTTA-TAACTCA-TTTGAAATAGTTTTAT-AACTTTATAGTTGATTTTAAGTTAAATTG
1 AAAAGCCTTACT-ACTCACTTT-AAATGGTTTTATAAAC-TCATAATTGATTTTAAGTTGAATTT
* * * * *
4320 TTTTATATTTTTGATTCAAACATATTATAATTGAATGTTTACCTTGGGAAATGTGAAGAAAAAAC
63 TTTTATA-TTTTGTTTAAAACAGATTATAATT-AATGTTTACCTTGAGAAACGTGAAGAAAAAAC
* **
4385 TATTCATTAGCACA-AAAAGTTTAATTATAGTCACCCATTCTCTTC
126 CATTCATTAG-A-AGAAAAGTCCAATTATAGTCACCCATTCTCTTC
** * * *
4430 AAAAATCTTACTACTTACTTTAAATGGTTTTGTAAAGTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTT
1 AAAAGCCTTACTACTCACTTTAAATGGTTTTATAAACTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTT
* * * *
4495 TACATTTTGTTTAAAACAGATTATAATTGACTGTTTACCTCGAGAAACATGAAGAAAA
66 TATATTTTGTTTAAAACAGATTATAATT-AATGTTTACCTTGAGAAACGTGAAGAAAA
4553 GCCTATTTGT
Statistics
Matches: 485, Mismatches: 125, Indels: 44
0.74 0.19 0.07
Matches are distributed among these distances:
167 21 0.04
168 75 0.15
169 92 0.19
170 100 0.21
171 139 0.29
172 52 0.11
173 6 0.01
ACGTcount: A:0.35, C:0.13, G:0.13, T:0.38
Consensus pattern (169 bp):
AAAAGCCTTACTACTCACTTTAAATGGTTTTATAAACTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTT
TATATTTTGTTTAAAACAGATTATAATTAATGTTTACCTTGAGAAACGTGAAGAAAAAACCATTC
ATTAGAAGAAAAGTCCAATTATAGTCACCCATTCTCTTC
Found at i:5028 original size:170 final size:169
Alignment explanation
Indices: 4557--7384 Score: 1943
Period size: 171 Copynumber: 16.6 Consensus size: 169
4547 AGAAAAGCCT
* * ** * * * * *
4557 ATTTGTAGTCACCCAAGCCTTCGAAAGCCTTATTGCTCGCTTTAAATGATTTTACAATATCATAA
1 ATTTATAGTCACTCAAGCCTTTAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAA
* * * * *
4622 TTGATTTTAAGTTGTATTTTTTA-A-----A-TTAAAATATATTATGATTAAATGTCTACCTT-G
66 TTGATTTTAAGTTGAATTTTTTACATTTTTAGTTAAAACATATTATAATTGAATGTTTACCTTAG
** ** * * *
4679 AGAAATGTGAAGCAAAAGCCA-TCTATTGATATGAAAAATCC
131 A-AAACATGAAG-AAAAGCCATTC-ATTGGCAAGAAAAGTTC
** *
4720 ATTTATAGTCCACATCAAAGCC--TCGAAGCCTTATTACTCGA--TTAAATAG-TTTA-AATTCT
1 ATTTATAGT-CAC-TC-AAGCCTTTAAAAGCCTTATTACTC-ACTTTAAATGGTTTTATAA-TCT
* *
4779 CATACATTGGA-TTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTT-GATTAAAACATATTATAATTAAATGT
61 CATA-ATT-GATTTTAAGTTGAA-TTTTTTACATTTTTAG-TTAAAACATATTATAATTGAATGT
* * * * *
4842 CTACCTTAGGAAACATGAAGCAAAAGTCATCCATTGGCATGAAAAGTTC
122 TTACCTTAGAAAACATGAAG-AAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAGTTC
* * * **********
4891 ATTTATACTCACTCAAGCCTTTGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATNNNNNNNNNN
1 ATTTATAGTCACTCAAGCCTTTAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAA
* * *
4956 TTGATTTTAAGTTGAATTTTTTATATTTTTAGTTAAAACATATTATAGTTGAATGTTTGCCTTAG
66 TTGATTTTAAGTTGAATTTTTTACATTTTTAGTTAAAACATATTATAATTGAATGTTTACCTTAG
* * **
5021 AAAACATGAAGAAAAAGGCATTTATTAACAA-AACAAGTAT-
131 AAAACATGAAG-AAAAGCCATTCATTGGCAAGAA-AAGT-TC
* ** * * * * * *
5061 ATTTATAGTCATTCATTCCCTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATAGCTTTGTAATTTCATAA
1 ATTTATAGTCACTCAAGCCTTTAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAA
* * * *
5126 TTAATTTTAAGTTGAATGTTTTATATATTTTT-GATTAAAACATATTATACTTGAATGTTTTCCT
66 TTGATTTTAAGTTGAAT-TTTT-TACATTTTTAG-TTAAAACATATTATAATTGAATGTTTACCT
* * * ***
5190 CT-TAAACCATGAAGAAAAACCAATTCATTGGCAAGAAAAACCC
128 -TAGAAAACATGAAGAAAAGCC-ATTCATTGGCAAGAAAAGTTC
* * * *
5233 ATTTATAGTCACCCAAG-CTTTCGAAAGCCTTATTACTTACTTTAAATGGTTTTA-AA-CTTTAT
1 ATTTATAGTCACTCAAGCCTTT-AAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATC-TCAT
** * * * *
5295 AATCCATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTT-GTTAAAACAGATTATAATTAAATATATACC-
64 AATTGATTTTAAGTTGAA-TTTTTTACATTTTTAGTTAAAACATATTATAATTGAATGTTTACCT
* * * * **
5358 TCGAGAAACATGAATAAAAACCCATTCATTGGCAAGAAGAGCCC
128 TAGA-AAACATGAA-GAAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAGTTC
* * * *
5402 ATTTGTAGTCACTTAAGCCTTTAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAAAGGTTTTATGATCTCATAA
1 ATTTATAGTCACTCAAGCCTTTAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAA
********** * * * *
5467 TTGATTNNNNNNNNNNTATTTTTACATTTTTAGGTAAAACAGATAATAATTGAATGTTTACCTCA
66 TTGATTTTAAGTTGAAT-TTTTTACATTTTTAGTTAAAACATATTATAATTGAATGTTTACCTTA
* * ***
5532 -AGAAACATGAAGAAAAACCTATTCATTGGTAAGAAAAACCC
130 GA-AAACATGAAGAAAAGCC-ATTCATTGGCAAGAAAAGTTC
* * * * *
5573 ATTTATAGTCAC-CTAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTCAATAGTTTTATAACCTCATA
1 ATTTATAGTCACTC-AAGCCTTTAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATA
* * * * * *
5637 ATTCATTTTAAATTGAATTTTTTTTTACATTTTTAGTTAAAGCAGATTAGAATTGAATGTTTATC
65 ATTGATTTTAAGTTGAA---TTTTTTACATTTTTAGTTAAAACATATTATAATTGAATGTTTACC
*
5702 TTGGAAAACATGATCA-AAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAGTTC
127 TTAGAAAACATGA--AGAAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAGTTC
* * *** ** *
5746 AATTATAGTCACTGATTTCTTCGAAAGCCTTACTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAA
1 ATTTATAGTCACTCAAGCCTTTAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAA
* * * * * *
5811 TTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTAGTTAAAACAGATTAGAATTGAATATTTTCCTTG
66 TTGATTTTAAGTTGAA-TTTTTTACATTTTTAGTTAAAACATATTATAATTGAATGTTTACCTTA
* *
5876 GGAAACATGAAGAAAAAGCTATTCATTGGCAAGAAAAGTTC
130 GAAAACATGAAG-AAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAGTTC
* * ** * * * *
5917 AATTATAGTCAC-CGATTCTTTCAAAAGCTTTACTACTTACTTTAAATGGTTTTATAATCTCGTA
1 ATTTATAGTCACTCAAGCCTTT-AAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATA
* *
5981 ATTGATTTTAAGTTGAATGCTTTTTACATTTTTAGTCAAAACATATTATAATTGAATGTTTGCCT
65 ATTGATTTTAAGTTGAAT--TTTTTACATTTTTAGTTAAAACATATTATAATTGAATGTTTACCT
* * * * * * * **
6046 TGGGAAACATTAAGAAAATCTATTCACTAGCAAGAAAAGCCC
128 TAGAAAACATGAAGAAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAGTTC
* ** * *
6088 ATTTATAGTCA-TCCAAGCCTTTAAAAGCCTTTTTACTTGCTTTAAATGATTTTGTAATCTCATA
1 ATTTATAGTCACT-CAAGCCTTTAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATA
* * ***
6152 ATTGATTTTTAA-TTGAATTGTTTTACATTTTTTGTTAAAACATATTATAATTAAATGTTTGGTT
65 ATTGA-TTTTAAGTTGAATT-TTTTACATTTTTAGTTAAAACATATTATAATTGAATGTTTACCT
* * *
6216 TAGGAAA-TTGAAGAAAGAGCCATTCATTGACAAGAAAAGTTC
128 TAGAAAACATGAAGAAA-AGCCATTCATTGGCAAGAAAAGTTC
* * ********** *
6258 ATTTATAGTCACTCAAGCCTTCAAAAG-CTCTATTACTCGCTTTAAATNNNNNNNNNNTCTTATA
1 ATTTATAGTCACTCAAGCCTTTAAAAGCCT-TATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATA
* * * *
6322 ATTGATTTTAAGTTGAGTCTTTTTACATTTTTCA-TTAAAACAGATTATAATTAAATGTTTGCCT
65 ATTGATTTTAAGTTGAAT-TTTTTACATTTTT-AGTTAAAACATATTATAATTGAATGTTTACCT
* ** * * * * **
6386 TGGAAAATGTTAAGAAAAACCCATTCATTGGTAATAAAAGCCC
128 TAGAAAACATGAAG-AAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAGTTC
* * *
6429 ATTTATAGTCAC-CTAAGCCTTCGAAAA-CCTTATTGCTCACTTCAAATGGTTTTATAATCTCAT
1 ATTTATAGTCACTC-AAGCCTT-TAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCAT
* * * * ** * *
6492 AATTCATTTTAAGTTGAATTTTTTACA-TTTTGGTTAAAACAGATTATAATTAAATGCATGCCTC
64 AATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTACATTTTTAGTTAAAACATATTATAATTGAATGTTTACCTT
* * * **
6556 A-AGAAACATCAAGAAAAACTCATTCATTGGCAAGGAAAGCCC
129 AGA-AAACATGAAGAAAAGC-CATTCATTGGCAAGAAAAGTTC
* * * * * *
6598 ATTTGTAGTTAC-CTAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAAAGGTTTTATGATCTAATA
1 ATTTATAGTCACTC-AAGCCTTTAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATA
* * * *
6662 ATTGATTTTAAGTTGAATATTTTTACATTTTTAAG-TAAAACAGATAATAATTGAATATTTTCCT
65 ATTGATTTTAAGTTGAAT-TTTTTACATTTTT-AGTTAAAACATATTATAATTGAATGTTTACCT
* * * *
6726 GA-AGAAACATGAAGAAAAACCTATTCATTGGGAAGAAAAG-CC
128 TAGA-AAACATGAAGAAAAGCC-ATTCATTGGCAAGAAAAGTTC
**
6768 TATTTATAGTCAC-CAAAGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCAT
1 -ATTTATAGTCACTC-AAGCCTTTAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCAT
* * * * * *
6832 AATTGATTTTGAGTT-AATTTTTTTACCTTTTT-GATTAAAAAATACTATAATTAAATATTTACC
64 AATTGATTTTAAGTTGAA-TTTTTTACATTTTTAG-TTAAAACATATTATAATTGAATGTTTACC
* * * *** *
6895 TTAGGAAACGTGAAGCAAAA-CCATCCATTAATATGAAAAG-TC
127 TTAGAAAACATGAAG-AAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAGTTC
* * ** * * * *
6937 TATTTATAGTCACTCAAACCTTCAAAAGCCTTATTACTTGCTTTAAATGATTTTGTAAACTCATC
1 -ATTTATAGTCACTCAAGCCTTTAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATA
* * * *
7002 CTTGATTTTAAGTTGAATATTTTTTACAGTTTTAGTTAAAACAGATTATCATTGAATGTTTACCT
65 ATTGATTTTAAGTTG-A-ATTTTTTACATTTTTAGTTAAAACATATTATAATTGAATGTTTACCT
*
7067 T-GAGAAACATGAAGAAAAG---TTCATTAGCAAGAAAAG-TC
128 TAGA-AAACATGAAGAAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAGTTC
* * * * * *****
7105 TATTTATTGTCACCCAAGCCTTCAAAAGCTTTATTACT-AGCCTTAAATGGTTTTATAATNNNNN
1 -ATTTATAGTCACTCAAGCCTTTAAAAGCCTTATTACTCA-CTTTAAATGGTTTTATAATCTCAT
***** * * * *
7169 NNNNNATTTTAAGTTGAATTTCTTTACATTTTTGGTTGAAACATACTATAATTGAATGTTTGCCT
64 AATTGATTTTAAGTTGAATTT-TTTACATTTTTAGTTAAAACATATTATAATTGAATGTTTACCT
* * * * *
7234 CA-AGAAACATGGAGGAAAACCCCTTCATTGGCAAGAAAA-TCCC
128 TAGA-AAACAT-GAAGAAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAGT-TC
*********** * * * *
7277 ATTTATAGTCANNNNNNNNNNCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGATTTTTATGACCTCATA
1 ATTTATAGTCACTCAAGCCTTTAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATG-GTTTTATAATCTCATA
* * *
7342 ATTGATTTTAAATTGAATTTTTTTACTTTTTTGGTTAAAACAT
65 ATTGATTTTAAGTTGAA-TTTTTTACATTTTTAGTTAAAACAT
7385 TGTTGGCTCC
Statistics
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0.77 0.15 0.08
Matches are distributed among these distances:
161 2 0.00
162 10 0.00
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175 1 0.00
ACGTcount: A:0.35, C:0.14, G:0.12, T:0.38
Consensus pattern (169 bp):
ATTTATAGTCACTCAAGCCTTTAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAA
TTGATTTTAAGTTGAATTTTTTACATTTTTAGTTAAAACATATTATAATTGAATGTTTACCTTAG
AAAACATGAAGAAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAGTTC
Found at i:5602 original size:340 final size:341
Alignment explanation
Indices: 4546--7383 Score: 2125
Period size: 340 Copynumber: 8.3 Consensus size: 341
4536 GAGAAACATG
* * * * * * *
4546 AAGAAAAGCCTATTTGTAGTCACCCAAGCCTTCGAAAGCCTTATTGCTCGCTTTAAATGATTTTA
1 AAGAAAAGCCCATTTATAGTCACCTAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTA
* * * * * * *
4611 CAA-TATCATAATTGATTTTAAGTTGTA-TTTTTTA-A-----A-TTAAAATATATTATGATTAA
66 TAACTCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTAGTTAAAACAGATTATAATTGA
* ** * * ** * **
4667 ATGTCTACCTTGAGAAATGTGAAGCAAAAGCCA-TCTATTGATATGAAAAATCCATTTATAGTCC
131 ATGTTTACCTTGAGAAACATGAAGAAAAACCCATTC-ATTGGCAAGAAAAGCCCATTTATAGT-C
* * *
4731 ACATCAAAGCC-TC-GAAGCCTTATTACTCGA--TTAAATAG-TTTA-AATTCTCATACATTGGA
194 AC-T-TAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTC-ACTTTAAATGGTTTTATAA-TCTCATA-ATT-GA
* * * * * *
4790 -TTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTGATTAAAACATATTATAATTAAATGTCTACCTTAGGAA
253 TTTTAAATTGAA-TTTTTTACATTTTTG-TTAAAACAGATTATAATTAAATGTTTACCTCAAGAA
* * *
4854 ACATGAAGCAAAA-GTCATCCATTGGC
316 ACATGAAGAAAAACCT-ATTCATTGGC
* ** * ** *
4880 ATGAAAAGTTCATTTATACTCA-CTCAAGCCTTTGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTT
1 AAGAAAAGCCCATTTATAGTCACCT-AAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTT
********** * * *
4944 AT-NNNNNNNNNNTTGATTTTAAGTTGAA-TTTTTTATATTTTTAGTTAAAACATATTATAGTTG
65 ATAACTCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTAGTTAAAACAGATTATAATTG
* ** * ** ***
5007 AATGTTTGCCTT-AGAAAACATGAAGAAAAAGGCATTTATTAACAA-AACAAGTATATTTATAGT
130 AATGTTTACCTTGAG-AAACATGAAGAAAAACCCATTCATTGGCAAGAA-AAGCCCATTTATAGT
** * * * * * *
5070 CA-TTCATTCCCTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATAGCTTTGTAATTTCATAATTAATTTT
193 CACTT-AAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTT
* * * * * * * *
5134 AAGTTGAATGTTTTATATATTTTTGATTAAAACATATTATACTTGAATGTTTTCCTCTTA-AACC
257 AAATTGAAT-TTTT-TACATTTTTG-TTAAAACAGATTATAATTAAATGTTTACCTC-AAGAAAC
*
5198 ATGAAGAAAAACCAATTCATTGGC
318 ATGAAGAAAAACCTATTCATTGGC
* * * * *
5222 AAGAAAAACCCATTTATAGTCACCCAAGCTTTCGAAAGCCTTATTACTTACTTTAAATGGTTTTA
1 AAGAAAAGCCCATTTATAGTCACCTAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTA
* ** *
5287 -AACT-TTATAATCCATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTT-GTTAAAACAGATTATAATTAA
66 TAACTCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTAGTTAAAACAGATTATAATTGA
* * * * * *
5349 ATATATACCTCGAGAAACATGAATAAAAACCCATTCATTGGCAAGAAGAGCCCATTTGTAGTCAC
131 ATGTTTACCTTGAGAAACATGAAGAAAAACCCATTCATTGGCAAGAAAAGCCCATTTATAGTCAC
* * * ******
5414 TTAAGCCTTTAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAAAGGTTTTATGATCTCATAATTGATTNNNNNN
196 TTAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAAT
**** * * *
5479 NNNNTATTTTTACATTTTTAGGTAAAACAGATAATAATTGAATGTTTACCTCAAGAAACATGAAG
261 TGAAT-TTTTTACATTTTT-GTTAAAACAGATTATAATTAAATGTTTACCTCAAGAAACATGAAG
*
5544 AAAAACCTATTCATTGGT
324 AAAAACCTATTCATTGGC
* * * *
5562 AAGAAAAACCCATTTATAGTCACCTAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTCAATAGTTTTA
1 AAGAAAAGCCCATTTATAGTCACCTAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTA
* * * *
5627 TAAC-CTCATAATTCATTTTAAATTGAATTTTTTTTTACATTTTTAGTTAAAGCAGATTAGAATT
66 TAACTCTCATAATTGATTTTAAGTTGAA--TTTTTTTACATTTTTAGTTAAAACAGATTATAATT
* ** * ** *
5691 GAATGTTTATCTTG-GAAAACATGATCAAAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAGTTCAATTATAGT
129 GAATGTTTACCTTGAG-AAACATGAAGAAAAACCCATTCATTGGCAAGAAAAGCCCATTTATAGT
* *** * *
5755 CACTGATTTCTTCGAAAGCCTTACTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTA
193 CACTTAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTA
* * * * * * ***
5820 AGTTGAATTTTTTTATATTTTTAGTTAAAACAGATTAGAATTGAATATTTTCCTTGGGAAACATG
258 AATTGAA-TTTTTTACATTTTT-GTTAAAACAGATTATAATTAAATGTTTACCTCAAGAAACATG
*
5885 AAGAAAAAGCTATTCATTGGC
321 AAGAAAAACCTATTCATTGGC
** * * ** * * * *
5906 AAGAAAAGTTCAATTATAGTCACCGATTCTTTCAAAAGCTTTACTACTTACTTTAAATGGTTTTA
1 AAGAAAAGCCCATTTATAGTCACCTAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTA
* * * *
5971 TAA-TCTCGTAATTGATTTTAAGTTGAATGCTTTTTACATTTTTAGTCAAAACATATTATAATTG
66 TAACTCTCATAATTGATTTTAAGTTGAAT-TTTTTTACATTTTTAGTTAAAACAGATTATAATTG
* * * * * * *
6035 AATGTTTGCCTTGGGAAACATTAAG-AAAATCTATTCACTAGCAAGAAAAGCCCATTTATAGTCA
130 AATGTTTACCTTGAGAAACATGAAGAAAAACCCATTCATTGGCAAGAAAAGCCCATTTATAGTCA
* * * ** * * *
6099 -TCCAAGCCTTTAAAAGCCTTTTTACTTGCTTTAAATGATTTTGTAATCTCATAATTGATTTTTA
195 CT-TAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAA
* *** * * *
6163 ATTGAATTGTTTTACATTTTTTGTTAAAACATATTATAATTAAATGTTTGGTTTAGGAAA-TTGA
259 ATTGAATT-TTTTACA-TTTTTGTTAAAACAGATTATAATTAAATGTTTACCTCAAGAAACATGA
* *
6227 AGAAAGAGCC-ATTCATTGAC
322 AGAAA-AACCTATTCATTGGC
** * ****
6247 AAGAAAAGTTCATTTATAGTCA-CTCAAGCCTTCAAAAG-CTCTATTACTCGCTTTAAAT-NNNN
1 AAGAAAAGCCCATTTATAGTCACCT-AAGCCTTCAAAAGCCT-TATTACTCACTTTAAATGGTTT
****** * * *
6309 NNNNNNTCTTATAATTGATTTTAAGTTGAGTCTTTTTACATTTTTCA-TTAAAACAGATTATAAT
64 TATAACTCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTT-AGTTAAAACAGATTATAAT
* * * *
6373 TAAATGTTTGCCTTG-GAAA-ATGTTAAGAAAAACCCATTCATTGGTAATAAAAGCCCATTTATA
128 TGAATGTTTACCTTGAGAAACATG--AAGAAAAACCCATTCATTGGCAAGAAAAGCCCATTTATA
* * * *
6436 GTCACCTAAGCCTTCGAAAA-CCTTATTGCTCACTTCAAATGGTTTTATAATCTCATAATTCATT
191 GTCACTTAAGCCTTC-AAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATT
* * ** *
6500 TTAAGTTGAATTTTTTACATTTTGGTTAAAACAGATTATAATTAAATGCATGCCTCAAGAAACAT
255 TTAAATTGAATTTTTTACATTTTTGTTAAAACAGATTATAATTAAATGTTTACCTCAAGAAACAT
*
6565 CAAGAAAAA-CTCATTCATTGGC
320 GAAGAAAAACCT-ATTCATTGGC
* * * *
6587 AAGGAAAGCCCATTTGTAGTTACCTAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAAAGGTTTTA
1 AAGAAAAGCCCATTTATAGTCACCTAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTA
* * * *
6652 TGA-TCTAATAATTGATTTTAAGTTGAATATTTTTACATTTTTAAG-TAAAACAGATAATAATTG
66 TAACTCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTT-AGTTAAAACAGATTATAATTG
* * * * *
6715 AATATTTTCC-TGAAGAAACATGAAGAAAAACCTATTCATTGGGAAGAAAAGCCTATTTATAGTC
130 AATGTTTACCTTG-AGAAACATGAAGAAAAACCCATTCATTGGCAAGAAAAGCCCATTTATAGTC
** * *
6779 ACCAAAGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTGA
194 ACTTAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAA
* * * * * * * * *
6844 GTT-AATTTTTTTACCTTTTTGATTAAAAAATACTATAATTAAATATTTACCTTAGGAAACGTGA
259 ATTGAA-TTTTTTACATTTTTG-TTAAAACAGATTATAATTAAATGTTTACCTCAAGAAACATGA
* * ***
6908 AGCAAAACC-ATCCATTAAT
322 AGAAAAACCTATTCATTGGC
* * * * ** *
6927 ATGAAAAGTCTATTTATAGTCA-CTCAAACCTTCAAAAGCCTTATTACTTGCTTTAAATGATTTT
1 AAGAAAAGCCCATTTATAGTCACCT-AAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTT
* * ** * *
6991 GTAA-ACTCATCCTTGATTTTAAGTTGAATATTTTTTACAGTTTTAGTTAAAACAGATTATCATT
65 ATAACTCTCATAATTGATTTTAAGTTGAAT-TTTTTTACATTTTTAGTTAAAACAGATTATAATT
* * * * *
7055 GAATGTTTACCTTGAGAAACATGAAG-AAAA---GTTCATTAGCAAGAAAAGTCTATTTATTGTC
129 GAATGTTTACCTTGAGAAACATGAAGAAAAACCCATTCATTGGCAAGAAAAGCCCATTTATAGTC
** * * **********
7116 ACCCAAGCCTTCAAAAGCTTTATTACT-AGCCTTAAATGGTTTTATAATNNNNNNNNNNATTTTA
194 ACTTAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCA-CTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTA
* * * * * *
7180 AGTTGAATTTCTTTACATTTTTGGTTGAAACATACTATAATTGAATGTTTGCCTCAAGAAACATG
258 AATTGAATTT-TTTACATTTTT-GTTAAAACAGATTATAATTAAATGTTTACCTCAAGAAACATG
* * **
7245 GAGGAAAACCCCTTCATTGGC
321 AAGAAAAACCTATTCATTGGC
* ********** * *
7266 AAGAAAATCCCATTTATAGTCANNNNNNNNNNCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGATTTTT
1 AAGAAAAGCCCATTTATAGTCACCTAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATG-GTTTT
* * * *
7331 ATGAC-CTCATAATTGATTTTAAATTGAATTTTTTTACTTTTTTGGTTAAAACA
65 ATAACTCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTAGTTAAAACA
7384 TTGTTGGCTC
Statistics
Matches: 1988, Mismatches: 435, Indels: 157
0.77 0.17 0.06
Matches are distributed among these distances:
333 1 0.00
334 75 0.04
335 1 0.00
336 1 0.00
337 80 0.04
338 60 0.03
339 124 0.06
340 538 0.27
341 499 0.25
342 276 0.14
343 72 0.04
344 260 0.13
345 1 0.00
ACGTcount: A:0.35, C:0.14, G:0.12, T:0.38
Consensus pattern (341 bp):
AAGAAAAGCCCATTTATAGTCACCTAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTA
TAACTCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTAGTTAAAACAGATTATAATTGA
ATGTTTACCTTGAGAAACATGAAGAAAAACCCATTCATTGGCAAGAAAAGCCCATTTATAGTCAC
TTAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAAT
TGAATTTTTTACATTTTTGTTAAAACAGATTATAATTAAATGTTTACCTCAAGAAACATGAAGAA
AAACCTATTCATTGGC
Found at i:6241 original size:856 final size:847
Alignment explanation
Indices: 3280--7160 Score: 2459
Period size: 856 Copynumber: 4.6 Consensus size: 847
3270 NNNNNNNNNN
* * * * * **
3280 TGATTTTAAGTT-AATTTTTTTTACATTTTTGGTTAAAATAGACTATAATTGAATCTTTTCCTCA
1 TGATTTTAAGTTGAA-TTTTTTTATATTTTTAGTTAAAACAGATTATAATTGAATATTTTCCTTG
** * * * * **
3344 ATAAACAT-AGAGAAAAACCCATTCATTGGCAAGAAAAG-CCTATTTATATTCACTCAAGCCTTC
65 GGAAACATGA-AGAAAAAGCTATTCATTGGCAAGAAAAGTTC-ATTTATAGTCAC-CATTCCTTC
* ** * *
3407 AAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAATTTTTATAACCTCATAATTGATTTTAAGTTGAAT-TNN
127 AAAAGCCTTATTACTCACTTTAAAT-GGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATGT-T
******** * * *
3471 NNNNNNNNTTT-AGTTAAAACATATTATAATTGAATGTTTGCCATGGGAGACATGAAGAAAAA-A
190 TTTACATTTTTGA-TTAAAACATATTATAATTGAATGTTTACC-TTGGAAACATGAAGAAAAACA
*** * * * * * *
3534 TCATTCATT-GACAAGAAAAGTATAATTATATTCAGCCACTG-CTTTAAAAACTTTGTTAC-TGA
253 --ATTCATTAG-CAAGAAAAGCCCATTTATAGTCA-CCA-AGCCTTTAAAAGCCTTATTACTTG-
* * ********** *
3596 TTTTAAAT-AGTTTTGTAATCTCATAATTGATTNNNNNNNNNNTGTTTTTTATATTTTTAGTTAA
312 CTTTAAATGA-TTTTGTAAACTCATAATTGATTTTAAGTTGAAT-TTTTTTACATTTTT-GTTAA
* * * * ** *
3660 AACAAATTATAGTTGAATGTTTGCCTTAGA-AAATGTGAAGAAAAACCTATTCATT-AGCAAGAA
374 AACAGATTATAATTAAATGTTTACC-TAGAGAAACATGAAGAAAAACCCATTCATTGA-CAAGAA
********** * * *
3723 AAGCCCATTTATAGNNNNNNNNNNCTTTAAAAGC-CTTATTACTCGCTTTAAATA--TTTTGTGA
437 AAGCCCATTTATAGTCACTCAAGCCTTCAAAAGCTC-TATTACTCACTTTAAA-AGGTTTTATGA
* ** * * *
3785 TCTCATAATTGACTTTAAGTTGA--ATTTTTTTATTTTTTAGTTAAAACAGATTATAATTATATG
500 TCTCATAATTGATTTTAAGTTGAGTATTTTTACATTTTTCAG-TAAAACAGATAATAATTAAATG
** * * ** * ** * *
3848 TCGACCT-TGAGAAACGTGAAGAAAAAGTCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCAATTATAGTCATGC
564 TTTACCTAAGA-AAATGT-AAGAAAAACCCATTCATTGGTAAGAAAAACCCATTTATAGTCA-CC
*** * * * * **
3912 -ATTTCTT-GAAAAGCCTTACTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTCATTTTAGGT
626 TAAGCCTTCGAAAA-CCTTATTACTCACTTCAAATAGTTTTATAACCTCATAATTCATTTTAAAT
* * * * * * ** ** * *
3975 TGAATTTTCTTATATTTTTAGTTAAAACAGATTA-TAGT-CATCCGTGCCTTGAGAAATGTGAAG
690 TGAATTTT-TTACA-TTTTAGTTAAAACAGATTAGAATTAAATGCATGCCTCAAGAAACATCAAC
** * * * * ** *
4038 AAAAAGC-CATTCATT-AAAAGAAAAGTCCATTTATAGTCATCC-ATGGCTTCAAAAGTTTTATT
753 AAAAA-CTCATTCATTGGCAAGAAAAGCCCAATTATAGTCA-CCTAAGCCTTCAAAAGCCTTACT
* * **********
4100 ACTCGCTTTAAATGGTTTTATANNNNNNNNNN
816 ACTCACTTTAAAAGGTTTTATAATCTAATAAT
* * * ** * *
4132 TGATTTTAAGTTGAA-TTTTTCACATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATCAAATGTTTGT-CTCG
1 TGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTAGTTAAAACAGATTATAATTGAATATTT-TCCTTG
** * * * ** * * ** * *
4195 AAAAACGTGAAGAAAAACCCATTCATAAGAAAGAAAA-TCTCATTTAAAGTCACCCAAGCCTCCG
65 GGAAACATGAAGAAAAAGCTATTCATTGGCAAGAAAAGT-TCATTTATAGTCA-CCATTCCTTCA
* * * * * *
4259 AGAGCCTTATAACTCA-TTTGAAATAGTTTTATAA-CTTTATAGTTGATTTTAAGTTAAAT-TGT
128 AAAGCCTTATTACTCACTTT-AAATGGTTTTATAATC-TCATAATTGATTTTAAGTTGAATGT-T
* * ** *
4321 TTTATATTTTTGATTCAAACATATTATAATTGAATGTTTACCTTGGGAAATGTGAAGAAAAAACT
190 TTTACATTTTTGATTAAAACATATTATAATTGAATGTTTACCTT-GGAAACATGAAG-AAAAACA
*** * ** * ** * *
4386 ATTCATTAGCACA-AAAAGTTTAATTATAGTCACCCATTCTCTTCAAAAATCTTACTACTTACTT
253 ATTCATTAGCA-AGAAAAGCCCATTTATAGTCA-CCAAGC-CTTTAAAAGCCTTATTACTTGCTT
* *
4450 TAAATGGTTTTGTAAAGTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACA-TTTTGTTTAAAACAG
315 TAAATGATTTTGTAAACTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTG-TTAAAACAG
* * *
4514 ATTATAATTGACTGTTTACCT-------C--G-AG---AA---A--CA-TG--AAGAAAAGCCTA
379 ATTATAATTAAATGTTTACCTAGAGAAACATGAAGAAAAACCCATTCATTGACAAGAAAAGCCCA
* * * * * * * ** *
4558 TTTGTAGTCACCCAAGCCTTCGAAAGC-CTTATTGCTCGCTTTAAATGATTTTACAATATCATAA
444 TTTATAGTCACTCAAGCCTTCAAAAGCTC-TATTACTCACTTTAAAAGGTTTTATGATCTCATAA
* * * * * *
4622 TTGATTTTAAGTT--GTATTTTTTA-A------ATTAAAATATATTATGATTAAATGTCTACCT-
508 TTGATTTTAAGTTGAGTA-TTTTTACATTTTTCAGTAAAACAGATAATAATTAAATGTTTACCTA
* * * * * * *
4677 TGAGAAATGTGAAGCAAAAGCCA-TCTATTGATATGAAAAATCCATTTATAGTCCACATCAAAGC
572 AGA-AAATGT-AAGAAAAACCCATTC-ATTGGTAAGAAAAACCCATTTATAGT-CAC--CTAAGC
* * * *
4741 C-TCG-AAGCCTTATTACTCGA-TT-AAATAG-TTTA-AATTCTCATACATTGGA-TTTAAGTTG
631 CTTCGAAAACCTTATTACTC-ACTTCAAATAGTTTTATAA-CCTCATA-ATT-CATTTTAAATTG
* * * * * * * *
4799 AATTTTTTTATATTTTTGATTAAAACATATTATAATTAAATGTC-TACCTTAGGAAACATGAAGC
692 AA-TTTTTTACATTTTAG-TTAAAACAGATTAGAATTAAATG-CATGCCTCAAGAAACATCAA-C
* * * ** * * ** *
4863 -AAAAGTCATCCATTGGCATGAAAAGTTCATTTATACTCA-CTCAAGCCTTTGAAAGCCTTATTA
753 AAAAACTCATTCATTGGCAAGAAAAGCCCAATTATAGTCACCT-AAGCCTTCAAAAGCCTTACTA
* * **********
4926 CTCGCTTTAAATGGTTTTATNNNNNNNNNNT
817 CTCACTTTAAAAGGTTTTATAATCTAATAAT
* * * * *
4957 TGATTTTAAGTTGAA-TTTTTTATATTTTTAGTTAAAACATATTATAGTTGAATGTTTGCCTTAG
1 TGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTAGTTAAAACAGATTATAATTGAATATTTTCCTTGG
* * ** * *
5021 AAAACATGAAGAAAAAGGC-ATTTATTAACAA-AACAAGTAT-ATTTATAGTCATTCATTCCCTC
66 GAAACATGAAGAAAAA-GCTATTCATTGGCAAGAA-AAGT-TCATTTATAGTCA-CCATTCCTTC
* * * * *
5083 AAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATAGCTTTGTAATTTCATAATTAATTTTAAGTTGAATGTTTT
127 AAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATGTTTT
* * * *
5148 ATATATTTTTGATTAAAACATATTATACTTGAATGTTTTCCTCT-TAAACCATGAAGAAAAACCA
192 -TACATTTTTGATTAAAACATATTATAATTGAATGTTTACCT-TGGAAA-CATGAAGAAAAA-CA
* * * *
5212 ATTCATTGGCAAGAAAAACCCATTTATAGTCACCCAAG-CTTTCGAAAGCCTTATTACTTACTTT
253 ATTCATTAGCAAGAAAAGCCCATTTATAGTCA-CCAAGCCTTT-AAAAGCCTTATTACTTGCTTT
* * **
5276 AAATG-GTTT-TAAACTTTATAATCCATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGTTAAAACAGA
316 AAATGATTTTGTAAAC-TCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGTTAAAACAGA
* * * * * *
5339 TTATAATTAAATATATACCTCGAGAAACATGAATAAAAACCCATTCATTGGCAAGAAGAGCCCAT
380 TTATAATTAAATGTTTACCTAGAGAAACATGAAGAAAAACCCATTCATTGACAAGAAAAGCCCAT
* * *
5404 TTGTAGTCACTTAAGCCTTTAAAAGC-CTTATTACTCACTTTAAAAGGTTTTATGATCTCATAAT
445 TTATAGTCACTCAAGCCTTCAAAAGCTC-TATTACTCACTTTAAAAGGTTTTATGATCTCATAAT
********** *
5468 TGATTNNNNNNNNNNTATTTTTACATTTTT-AGGTAAAACAGATAATAATTGAATGTTTACCTCA
509 TGATTTTAAGTTGAGTATTTTTACATTTTTCA-GTAAAACAGATAATAATTAAATGTTTACCT-A
*
5532 AGAAACATG-AAGAAAAACCTATTCATTGGTAAGAAAAACCCATTTATAGTCACCTAAGCCTTC-
572 AGAAA-ATGTAAGAAAAACCCATTCATTGGTAAGAAAAACCCATTTATAGTCACCTAAGCCTTCG
*
5595 AAAAGCCTTATTACTCGCTTTC-AATAGTTTTATAACCTCATAATTCATTTTAAATTGAATTTTT
636 AAAA-CCTTATTACTCAC-TTCAAATAGTTTTATAACCTCATAATTCATTTTAAATTGAA---TT
* * * * ** * *
5659 TTTTACATTTTTAGTTAAAGCAGATTAGAATTGAATGTTTAT-CTTGGA-AAACATGATCAAAAA
696 TTTTACA-TTTTAGTTAAAACAGATTAGAATTAAATG--CATGCCTCAAGAAACATCAACAAAAA
** *** *
5722 GC-CATTCATTGGCAAGAAAAGTTCAATTATAGTCA-CTGATTTCTTCGAAAGCCTTACTACTCA
758 -CTCATTCATTGGCAAGAAAAGCCCAATTATAGTCACCT-AAGCCTTCAAAAGCCTTACTACTCA
* *
5785 CTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAAT
821 CTTTAAAAGGTTTTATAATCTAATAAT
*
5812 TGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTAGTTAAAACAGATTAGAATTGAATATTTTCCTTGG
1 TGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTAGTTAAAACAGATTATAATTGAATATTTTCCTTGG
* *
5877 GAAACATGAAGAAAAAGCTATTCATTGGCAAGAAAAGTTCAATTATAGTCACCGATTCTTTCAAA
66 GAAACATGAAGAAAAAGCTATTCATTGGCAAGAAAAGTTCATTTATAGTCACC-ATTCCTTCAAA
* * * *
5942 AGCTTTACTACTTACTTTAAATGGTTTTATAATCTCGTAATTGATTTTAAGTTGAATGCTTTTTA
130 AGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATG-TTTTTA
* * * * *
6007 CATTTTT-AGTCAAAACATATTATAATTGAATGTTTGCCTTGGGAAACATTAAGAAAATCTATTC
194 CATTTTTGA-TTAAAACATATTATAATTGAATGTTTACCTT-GGAAACATGAAGAAAAACAATTC
* *
6071 ACTAGCAAGAAAAGCCCATTTATAGTCATCCAAGCCTTTAAAAGCCTTTTTACTTGCTTTAAATG
257 ATTAGCAAGAAAAGCCCATTTATAGTCA-CCAAGCCTTTAAAAGCCTTATTACTTGCTTTAAATG
* * *
6136 ATTTTGTAATCTCATAATTGATTTTTAA-TTGAATTGTTTTACATTTTTTGTTAAAACATATTAT
321 ATTTTGTAAACTCATAATTGA-TTTTAAGTTGAATTTTTTTACA-TTTTTGTTAAAACAGATTAT
*** * * * **
6200 AATTAAATGTTTGGTTTAG-GAAA-TTGAAGAAAGAGCCATTCATTGACAAGAAAAGTTCATTTA
384 AATTAAATGTTT-ACCTAGAGAAACATGAAGAAAAACCCATTCATTGACAAGAAAAGCCCATTTA
* *********** *
6263 TAGTCACTCAAGCCTTCAAAAGCTCTATTACTCGCTTTAAATNNNNNNNNNNTCTTATAATTGAT
448 TAGTCACTCAAGCCTTCAAAAGCTCTATTACTCACTTTAAAAGGTTTTATGATCTCATAATTGAT
* * * * **
6328 TTTAAGTTGAGTCTTTTTACATTTTTCATTAAAACAGATTATAATTAAATGTTTGCCTTGGAAAA
513 TTTAAGTTGAGTATTTTTACATTTTTCAGTAAAACAGATAATAATTAAATGTTTACCTAAGAAAA
* *
6393 TGTTAAGAAAAACCCATTCATTGGTAATAAAAGCCCATTTATAGTCACCTAAGCCTTCGAAAACC
578 TG-TAAGAAAAACCCATTCATTGGTAAGAAAAACCCATTTATAGTCACCTAAGCCTTCGAAAACC
* * * *
6458 TTATTGCTCACTTCAAATGGTTTTATAATCTCATAATTCATTTTAAGTTGAATTTTTTACATTTT
642 TTATTACTCACTTCAAATAGTTTTATAACCTCATAATTCATTTTAAATTGAATTTTTTACATTTT
* * *
6523 GGTTAAAACAGATTATAATTAAATGCATGCCTCAAGAAACATCAAGAAAAACTCATTCATTGGCA
707 AGTTAAAACAGATTAGAATTAAATGCATGCCTCAAGAAACATCAACAAAAACTCATTCATTGGCA
* * * * *
6588 AGGAAAGCCCATTTGTAGTTACCTAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAAAGGTTTTAT
772 AGAAAAGCCCAATTATAGTCACCTAAGCCTTCAAAAGCCTTACTACTCACTTTAAAAGGTTTTAT
*
6653 GATCTAATAAT
837 AATCTAATAAT
* * *
6664 TGATTTTAAGTTGAATATTTTTACATTTTTAAG-TAAAACAGATAATAATTGAATATTTTCC-TG
1 TGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTT-AGTTAAAACAGATTATAATTGAATATTTTCCTTG
* * * * **
6727 AAGAAACATGAAGAAAAACCTATTCATTGGGAAGAAAAG-CCTATTTATAGTCACCAAAGCCTTC
65 -GGAAACATGAAGAAAAAGCTATTCATTGGCAAGAAAAGTTC-ATTTATAGTCACC-ATTCCTTC
* * *
6791 GAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTGAGTT-AATTTTTT
127 AAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATGTTTT
* * * * * * * * *
6855 TACCTTTTTGATTAAAAAATACTATAATTAAATATTTACCTTAGGAAACGTGAAGCAAAACCATC
192 TACATTTTTGATTAAAACATATTATAATTGAATGTTTACCTT-GGAAACATGAAGAAAAACAATT
** * * * * *
6920 CATTAATATGAAAAGTCTATTTATAGTCACTCAAACCTTCAAAAGCCTTATTACTTGCTTTAAAT
256 CATTAGCAAGAAAAGCCCATTTATAGTCAC-CAAGCCTTTAAAAGCCTTATTACTTGCTTTAAAT
** *
6985 GATTTTGTAAACTCATCCTTGATTTTAAGTTGAATATTTTTTACAGTTTTAGTTAAAACAGATTA
320 GATTTTGTAAACTCATAATTGATTTTAAGTTGAAT-TTTTTTACA-TTTTTGTTAAAACAGATTA
* * * * * *
7050 TCATTGAATGTTTACCTTGAGAAACATGAAG-AAAA---GTTCATT-AGCAAGAAAAGTCTATTT
383 TAATTAAATGTTTACCTAGAGAAACATGAAGAAAAACCCATTCATTGA-CAAGAAAAGCCCATTT
* * * * *
7110 ATTGTCACCCAAGCCTTCAAAAGCTTTATTACT-AGCCTTAAATGGTTTTAT
447 ATAGTCACTCAAGCCTTCAAAAGCTCTATTACTCA-CTTTAAAAGGTTTTAT
7161 AATNNNNNNN
Statistics
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0.76 0.15 0.09
Matches are distributed among these distances:
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ACGTcount: A:0.35, C:0.14, G:0.12, T:0.38
Consensus pattern (847 bp):
TGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTAGTTAAAACAGATTATAATTGAATATTTTCCTTGG
GAAACATGAAGAAAAAGCTATTCATTGGCAAGAAAAGTTCATTTATAGTCACCATTCCTTCAAAA
GCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATGTTTTTACA
TTTTTGATTAAAACATATTATAATTGAATGTTTACCTTGGAAACATGAAGAAAAACAATTCATTA
GCAAGAAAAGCCCATTTATAGTCACCAAGCCTTTAAAAGCCTTATTACTTGCTTTAAATGATTTT
GTAAACTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGTTAAAACAGATTATAATTAAA
TGTTTACCTAGAGAAACATGAAGAAAAACCCATTCATTGACAAGAAAAGCCCATTTATAGTCACT
CAAGCCTTCAAAAGCTCTATTACTCACTTTAAAAGGTTTTATGATCTCATAATTGATTTTAAGTT
GAGTATTTTTACATTTTTCAGTAAAACAGATAATAATTAAATGTTTACCTAAGAAAATGTAAGAA
AAACCCATTCATTGGTAAGAAAAACCCATTTATAGTCACCTAAGCCTTCGAAAACCTTATTACTC
ACTTCAAATAGTTTTATAACCTCATAATTCATTTTAAATTGAATTTTTTACATTTTAGTTAAAAC
AGATTAGAATTAAATGCATGCCTCAAGAAACATCAACAAAAACTCATTCATTGGCAAGAAAAGCC
CAATTATAGTCACCTAAGCCTTCAAAAGCCTTACTACTCACTTTAAAAGGTTTTATAATCTAATA
AT
Found at i:9515 original size:3 final size:3
Alignment explanation
Indices: 9507--9531 Score: 50
Period size: 3 Copynumber: 8.3 Consensus size: 3
9497 CTGAAACTTA
9507 AAG AAG AAG AAG AAG AAG AAG AAG A
1 AAG AAG AAG AAG AAG AAG AAG AAG A
9532 CGAGAGAGAA
Statistics
Matches: 22, Mismatches: 0, Indels: 0
1.00 0.00 0.00
Matches are distributed among these distances:
3 22 1.00
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Consensus pattern (3 bp):
AAG
Found at i:15409 original size:73 final size:73
Alignment explanation
Indices: 15327--15528 Score: 298
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15317 AAGAGACAGA
* *
15327 GTTAATCGACTAAGAGCTTATTGCCAAAAACTGGGTTTAGAGACAAAAACGACTTAATCGACTAA
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66 GAAGTTTT
* * * *
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65 AGAAGTTTT
* * * *
15473 GTTAGTCAACTAAGAGCCTATTGCCAAAAACTGGGTTCAGAGACAAAGACGACTTA
1 GTTAGTCGACTAAGAGCTTATTGCCAAAAACTGGGTTAAGAGACAAAAACGACTTA
15529 GTCGTTTATT
Statistics
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Matches are distributed among these distances:
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GTTAGTCGACTAAGAGCTTATTGCCAAAAACTGGGTTAAGAGACAAAAACGACTTAATCGACTAA
GAAGTTTT
Found at i:16832 original size:172 final size:170
Alignment explanation
Indices: 16407--17264 Score: 785
Period size: 172 Copynumber: 5.1 Consensus size: 170
16397 CTATTGCTTT
* * * * * * *
16407 AAAAGCCTTATTATTGGCTGTAAATGA-TTTTGTAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATGTTT
1 AAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAATTTTTATAACCTCATAATTGATTTTAAGTTAAAT-TTT
* * * * * * *
16471 TTTACGTTCTTGGAT-AAACAAATTATAATTG-ATGGATTGCC-TAG-AAATAG-G--CAACCCA
65 TTTACATTTTTGGTTAAAACAGACTATAATTGAAT-GTTTGCCTTAGAAAATAGAGAAAAACCCA
* *
16529 -TCA-TGGCCAG-AAAGCCCATTTATAGTCACCCAAGCTTTC
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* * *
16568 AAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATAATTTTTCTAACCTCATAATTGATTTTAAGTTAACTTTTT
1 AAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAATTTTTATAACCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTT
** *
16633 TTACATTTTTGGTTAAAATTGACTATAATTGAATGTTTGCCTTAAGAAATATAGAGAAAAACACA
66 TTACATTTTTGGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTTTGCCTT-AGAAA-ATAGAGAAAAACCCA
*
16698 TTCATTGGCAAGAAAAGCCAATTTATAGTCACCCAAGCCTTC
129 TTCATTGGCAAGAAAAGCCCATTTATAGTCACCCAAGCCTTC
* *
16740 AAAAGCTTTATTAGTCGCTTTAAATAATTTTTATAACCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTT
1 AAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAATTTTTATAACCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTT
*
16805 TTACATTTTTGGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTTTACCTTAAGAAACATAGAGAAAAACCCA
66 TTACATTTTTGGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTTTGCCTT-AGAAA-ATAGAGAAAAACCCA
*
16870 TTCATTGGCAAGAAAAGCCCATTTATAGTTACCCAAGCCTTC
129 TTCATTGGCAAGAAAAGCCCATTTATAGTCACCCAAGCCTTC
* * * *
16912 AAAAGCTTTATTACTCGCTTTAAATAATTTTTATAACTTCATAAATGATTTTAAGTTGAATTTTT
1 AAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAATTTTTATAACCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTT
********** * * * * * ** * * **
16977 TTNNNNNNNNNNTTAAAACATAATGTAATTGAATGGTTT-TCTTGGGAGACGTAAAGACAAAGTC
66 TTACATTTTTGGTTAAAACAGACTATAATTGAAT-GTTTGCCTT-AGA-AAATAGAGAAAAACCC
* ** * ** *** *
17041 ATTCATTGACAAGAAAAGCATAATTATAGTCTGCCATTACTTT
128 ATTCATTGGCAAGAAAAGCCCATTTATAGTCACCCAAGCCTTC
* ** ** *
17084 AAAA-TCTTATTACT-GACTTTAAAT-GGTTTTGCAATCTCATAATTGA-TTTAAGTTAAATGTT
1 AAAAGCCTTATTACTCG-CTTTAAATAATTTTTATAACCTCATAATTGATTTTAAGTTAAAT-TT
** * * * * * *
17145 TTTTGTATTTTTGATTAAAACAGATTATAGTTGAATGTTTTCCTTAGAAAATGTGAAGAAAAACT
64 TTTTACATTTTTGGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTTTGCCTTAGAAAAT-AG-AGAAAAACC
* *
17210 CATTCATTGGTAAGAAAAGCCCATTTATAGTCACCCAAGCTTTC
127 CATTCATTGGCAAGAAAAGCCCATTTATAGTCACCCAAGCCTTC
17254 AAAAGCCTTAT
1 AAAAGCCTTAT
17265 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 560, Mismatches: 116, Indels: 32
0.79 0.16 0.05
Matches are distributed among these distances:
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165 2 0.00
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ACGTcount: A:0.35, C:0.14, G:0.13, T:0.37
Consensus pattern (170 bp):
AAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAATTTTTATAACCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTT
TTACATTTTTGGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTTTGCCTTAGAAAATAGAGAAAAACCCATT
CATTGGCAAGAAAAGCCCATTTATAGTCACCCAAGCCTTC
Found at i:17257 original size:342 final size:340
Alignment explanation
Indices: 16315--17264 Score: 932
Period size: 344 Copynumber: 2.8 Consensus size: 340
16305 TGGGACCAAC
* * * *
16315 AAACATATTATAATTGAATGTTTACCTTTGGAGACGTGAAGAAAAAGTCATTCATTGAGAAGAAA
1 AAACATAATATAATTGAATGTTTACCTTAGGAGACGTAAAGAAAAAGTCATTCATTGACAAGAAA
* * * * *
16380 AGTC-TAACTATAGTCGCCTATTGCTTTAAAAGCCTTATTATTGGCTGTAAATGATTTTGTAATC
66 AGCCATAATTATAGTCGCC-ATTACTTTAAAA-CCTTATTACT-GCTTTAAATGATTTTGTAATC
* * * *
16444 TCATAATTGATTTTAAGTTGAATGTTTTTTACGT-TCTTGGA-T-AAACAAATTATAATTG-ATG
128 TCATAATTGATTTTAAGTTAAATGTTTTTT--GTATTTTTGATTAAAACAGATTATAATTGAAT-
* * ** *
16505 GATTGCC-TAG-AAA-T-AG-GCAACCCA-TCA-TGGCCAG-AAAGCCCATTTATAGTCACCCAA
190 GTTTACCTTAGAAAATTGAGAAAAACCCATTCATTGGCAAGAAAAGCCCATTTATAGTCACCCAA
* *
16562 GCTTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATAATTTTTCTAACCTCATAATTGATTTTAAGTTAA
255 GCTTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATAATTTTTATAACCTCATAAATGATTTTAAGTTAA
16627 CTTTTTTTACATTTTTGGTTA
320 CTTTTTTTACATTTTTGGTTA
* * * * * ** * ** *
16648 AAA-TTGACTATAATTGAATGTTTGCCTTAAGAAATATAGAGAAAAACACATTCATTGGCAAGAA
1 AAACAT-AATATAATTGAATGTTTACCTTAGGAGACGTAAAGAAAAAGTCATTCATTGACAAGAA
* * *** * * * * *
16712 AAGCCA-ATTTATAGTCACCCAAGCCTTCAAAAGCTTTATTAGTCGCTTTAAATAATTTTTATAA
65 AAGCCATAATTATAGTC-GCCATTACTTTAAAA-CCTTATTACT-GCTTTAAATGA-TTTTGTAA
* ** * *
16776 CCTCATAATTGATTTTAAGTTAAAT-TTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGACTATAATTGAATG
126 TCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATGTTTTTTGTATTTTTGATTAAAACAGATTATAATTGAATG
* *
16840 TTTACCTTAAGAAACATAGAGAAAAACCCATTCATTGGCAAGAAAAGCCCATTTATAGTTACCCA
191 TTTACCTT-AGAAA-ATTGAGAAAAACCCATTCATTGGCAAGAAAAGCCCATTTATAGTCACCCA
* * * *
16905 AGCCTTCAAAAGCTTTATTACTCGCTTTAAATAATTTTTATAACTTCATAAATGATTTTAAGTTG
254 AGCTTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATAATTTTTATAACCTCATAAATGATTTTAAGTT-
**********
16970 AA-TTTTTTTNNNNNNNNNNTTA
318 AACTTTTTTTACATTTTTGGTTA
* * * *
16992 AAACATAATGTAATTGAATGGTTT-TCTTGGGAGACGTAAAGACAAAGTCATTCATTGACAAGAA
1 AAACATAATATAATTGAAT-GTTTACCTTAGGAGACGTAAAGAAAAAGTCATTCATTGACAAGAA
* * *
17056 AAG-CATAATTATAGTCTGCCATTACTTTAAAATCTTATTACTGACTTTAAATGGTTTTGCAATC
65 AAGCCATAATTATAGTC-GCCATTACTTTAAAACCTTATTACTG-CTTTAAATGATTTTGTAATC
*
17120 TCATAATTGA-TTTAAGTTAAATGTTTTTTGTATTTTTGATTAAAACAGATTATAGTTGAATGTT
128 TCATAATTGATTTTAAGTTAAATGTTTTTTGTATTTTTGATTAAAACAGATTATAATTGAATGTT
* * *
17184 TTCCTTAGAAAATGTGAAGAAAAACTCATTCATTGGTAAGAAAAGCCCATTTATAGTCACCCAAG
193 TACCTTAGAAAAT-TG-AGAAAAACCCATTCATTGGCAAGAAAAGCCCATTTATAGTCACCCAAG
17249 CTTTCAAAAGCCTTAT
256 CTTTCAAAAGCCTTAT
17265 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 490, Mismatches: 101, Indels: 43
0.77 0.16 0.07
Matches are distributed among these distances:
332 5 0.01
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335 3 0.01
336 2 0.00
337 2 0.00
338 1 0.00
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ACGTcount: A:0.35, C:0.14, G:0.13, T:0.37
Consensus pattern (340 bp):
AAACATAATATAATTGAATGTTTACCTTAGGAGACGTAAAGAAAAAGTCATTCATTGACAAGAAA
AGCCATAATTATAGTCGCCATTACTTTAAAACCTTATTACTGCTTTAAATGATTTTGTAATCTCA
TAATTGATTTTAAGTTAAATGTTTTTTGTATTTTTGATTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTAC
CTTAGAAAATTGAGAAAAACCCATTCATTGGCAAGAAAAGCCCATTTATAGTCACCCAAGCTTTC
AAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATAATTTTTATAACCTCATAAATGATTTTAAGTTAACTTTTT
TTACATTTTTGGTTA
Found at i:17811 original size:170 final size:168
Alignment explanation
Indices: 17374--17824 Score: 438
Period size: 171 Copynumber: 2.6 Consensus size: 168
17364 NTTTCCCAAA
* *
17374 GCAAACATTTAATTCTAATCTGTTTTAACCAAAATGCAAAAAAATTTAACCTAAATCAATTATGA
1 GCAAACATTTAATTATAATCTGTTTTAACCAAAATGTAAAAAAA-TTAACCTAAATCAATTATGA
* ********** * * *
17439 GATTATAAAACCATTTAAAACGAGTAATAAGGCTTTTNNNNNNNNNNGTGACTATAAATGGGCTT
65 GATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCTTAGGTGACTACAAATAGGCTC
* *
17504 TTCTTGCCAATGAATAGGTTTTTCTTCACGTTTCTTGAG
130 TTCTTGCCAATAAATAGGTTTTTCTTCACGTTTCTCGAG
* * * *********
17543 GCAAACATTCAATTATTATCTCTTTT-ACCTAAAAATGTAAAAATANNNNNNNNNNAATCAATTA
1 GCAAACATTTAATTATAATCTGTTTTAACC--AAAATGTAAAAA-A-ATTAACCTAAATCAATTA
* ** *
17607 TGAGATCATAAAACTTTTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCTTAGGTGACTACAAATAGG
62 TGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCTTAGGTGACTACAAATAGG
* *
17672 CTCTTCTTGCCAATAAATGGGTTTTTCTTCATGTTT-TCCGAG
127 CTCTTCTTGCCAATAAATAGGTTTTTCTTCACGTTTCT-CGAG
* * * *
17714 GCATACATTTAATTATAATATGTTTTAACCAAAATGTAAAAAAATTCACCTTAAAATGAATTATG
1 GCAAACATTTAATTATAATCTGTTTTAACCAAAATGTAAAAAAATTAACC-T-AAATCAATTATG
* *
17779 AGTTTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCTT
64 AGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCTT
17825 GNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 217, Mismatches: 57, Indels: 15
0.75 0.20 0.05
Matches are distributed among these distances:
168 3 0.01
169 23 0.11
170 74 0.34
171 114 0.53
172 3 0.01
ACGTcount: A:0.36, C:0.13, G:0.13, T:0.34
Consensus pattern (168 bp):
GCAAACATTTAATTATAATCTGTTTTAACCAAAATGTAAAAAAATTAACCTAAATCAATTATGAG
ATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCTTAGGTGACTACAAATAGGCTCT
TCTTGCCAATAAATAGGTTTTTCTTCACGTTTCTCGAG
Found at i:18599 original size:171 final size:169
Alignment explanation
Indices: 18237--18998 Score: 759
Period size: 171 Copynumber: 4.5 Consensus size: 169
18227 NNNNNNNNNN
* * *
18237 ACTCGCTTCAAATGGTTTTATAATCTTATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATA-TTTGGTT
1 ACTCGCTTTAAATGG-TTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTCTATATTTTGGTT
* * * * * *
18301 AAAACAGATTATAATTTAATGTTTGCATTAAGAAACATGAAGAGAAACTCGTTCATTAAC-AGAA
65 AAAACAAATTATAATTAAATGTTTGCCTTAAGAAACATGAAGAAAAACTCATTCATTAGCAAG-A
* *
18365 AAAGCCCATTTATAGTCACCCAAGCCATCGAAAGCCTTATT
129 AAAGCCCATTTATAGTCACCCAAGCCTTCGAAAGCCTTAAT
* * * *
18406 ACTCTCTTTAAATGGTTTTGTAACCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTCTATACTTTTAGT
1 ACTCGCTTTAAATGG-TTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTCTATA-TTTTGGT
* * * * * * *
18471 TATAACAGATTATAATTAAATGTTGGCCTT-CGAAAACGTTAAGAAAAAGC-CATTCACTAGCAA
64 TAAAACAAATTATAATTAAATGTTTGCCTTAAG-AAACATGAAGAAAAA-CTCATTCATTAGCAA
* * * * * ** *
18534 CAAAAGTCTAATTATAGCCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTAAT
127 GAAAAGCCCATTTATAGTCACCCAAGCCTTCGAAAGCCTTAAT
* * * * * *
18577 ACTCACTTTAAATGGCTTTGTAATCTCATAATTGATTTTAAATTGAATTTTTTTGTATTTTTGTT
1 ACTCGCTTTAAATGG-TTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTCTATA-TTTTGGT
* * ** * * *
18642 TACAACATATTATAATCGAATGTTTTCCTCAAGAAACATAAAGAAAAACTCGA-TCATTAGCAAG
64 TAAAACAAATTATAATTAAATGTTTGCCTTAAGAAACATGAAGAAAAACTC-ATTCATTAGCAAG
* * *
18706 AAAAGCCCACTTATAGTCACTCAAGCCTTCGAAAGCCTTATT
128 AAAAGCCCATTTATAGTCACCCAAGCCTTCGAAAGCCTTAAT
* *
18748 ACTCGCTTTAAACTGTTTTA-AATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTATTT-TACATTTTTGG
1 ACTCGCTTTAAA-TGGTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATT-TTTCTATA-TTTTGG
* * * * * *
18811 TTAAAA-AAATTATAATTAAATGTTTTCCCTGAGAAACATGAAGGAAAACCCATTCATTGGCAAG
63 TTAAAACAAATTATAATTAAATGTTTGCCTTAAGAAACATGAAGAAAAACTCATTCATTAGCAAG
* * *
18875 AAAAGCCCATTTATAGTCACCTAAGCCGTCGAAAG-CTTTAT
128 AAAAGCCCATTTATAGTCACCCAAGCCTTCGAAAGCCTTAAT
* ** * * *
18916 CAATCTTTTTAAATGGTGTTATAACCTCATAATTAATTTTAAGTTGAATTTTTCTACAGTTTTGG
1 -ACTCGCTTTAAATGGT-TTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTCTATA-TTTTGG
18981 TTAAAACAAATTATAATT
63 TTAAAACAAATTATAATT
18999 GGATGTTNNN
Statistics
Matches: 488, Mismatches: 89, Indels: 30
0.80 0.15 0.05
Matches are distributed among these distances:
168 8 0.02
169 143 0.29
170 84 0.17
171 247 0.51
172 6 0.01
ACGTcount: A:0.35, C:0.15, G:0.12, T:0.37
Consensus pattern (169 bp):
ACTCGCTTTAAATGGTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTCTATATTTTGGTTA
AAACAAATTATAATTAAATGTTTGCCTTAAGAAACATGAAGAAAAACTCATTCATTAGCAAGAAA
AGCCCATTTATAGTCACCCAAGCCTTCGAAAGCCTTAAT
Found at i:18610 original size:340 final size:337
Alignment explanation
Indices: 18237--19005 Score: 855
Period size: 340 Copynumber: 2.3 Consensus size: 337
18227 NNNNNNNNNN
* * *
18237 ACTCGCTTCAAATGGTTTTATAATCTTATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTGGTTA
1 ACTCACTTTAAATGG-TTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTGGTTA
* * * * * *
18302 AAACAGATTATAATTTAATGTTTGCATTAAGAAACATGAAGAGAAACTCGTTCATTAAC-AGAAA
65 AAACAAATTATAATTGAATGTTTGCATCAAGAAACATAAAGAAAAACTCGATCATTAACAAG-AA
* * *
18366 AAGCCCATTTATAGTCACCCAAGCCATCGAAAGCCTTATTACTCTCTTTAAA-TGGTTTTGTAAC
129 AAGCCCACTTATAGTCACCCAAGCCATCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAACT-GTTTT-AAAC
* * *
18430 CTCATAATTGATTTTAAGTTGAATT-TTTCTATACTTTTAGTTATAACAGATTATAATTAAATGT
192 CTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTATTT-TACACTTTTAGTTA-AAAAAATTATAATTAAATGT
* * * * * *
18494 TGGCCTTCGA-AAACGTTAAGAAAAAGCCATTCACTAGCAACAAAAGTCTAATTATAGCCACCCA
255 TGGCCCT-GAGAAACATGAAGAAAAACCCATTCACTAGCAACAAAAGCCCAATTATAGCCACCCA
** *
18558 TTCCTTCAAAAGCCTTAAT-
319 AGCCGTCAAAAG-CTTAATC
* * * *
18577 ACTCACTTTAAATGGCTTTGTAATCTCATAATTGATTTTAAATTGAATTTTTTTGTATTTTTGTT
1 ACTCACTTTAAATGG-TTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAA-TTTTTT-TATATTTGGT
* * * * * *
18642 TACAACATATTATAATCGAATGTTTTCCTCAAGAAACATAAAGAAAAACTCGATCATTAGCAAGA
63 TAAAACAAATTATAATTGAATGTTTGCATCAAGAAACATAAAGAAAAACTCGATCATTAACAAGA
* * *
18707 AAAGCCCACTTATAGTCACTCAAGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAACTGTTTTAAATC
128 AAAGCCCACTTATAGTCACCCAAGCCATCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAACTGTTTTAAACC
* * **
18772 TCATAATTGATTTTAAGTTGAATTATTTTACATTTTTGGTTAAAAAAATTATAATTAAATGTTTT
193 TCATAATTGATTTTAAGTTGAATTATTTTACACTTTTAGTTAAAAAAATTATAATTAAATGTTGG
* * * * * * *
18837 CCCTGAGAAACATGAAGGAAAACCCATTCATTGGCAAGAAAAGCCCATTTATAGTCACCTAAGCC
258 CCCTGAGAAACATGAAGAAAAACCCATTCACTAGCAACAAAAGCCCAATTATAGCCACCCAAGCC
* *
18902 GTCGAAAGCTTTATC
323 GTCAAAAGCTTAATC
* ** * * * *
18917 AATCTTTTTAAATGGTGTTATAACCTCATAATTAATTTTAAGTTGAATTTTTCTACAGTTTTGGT
1 ACTCACTTTAAATGGT-TTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATA--TTTGGT
*
18982 TAAAACAAATTATAATTGGATGTT
63 TAAAACAAATTATAATTGAATGTT
19006 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 354, Mismatches: 65, Indels: 20
0.81 0.15 0.05
Matches are distributed among these distances:
338 2 0.01
339 13 0.04
340 176 0.50
341 44 0.12
342 116 0.33
343 3 0.01
ACGTcount: A:0.35, C:0.15, G:0.12, T:0.37
Consensus pattern (337 bp):
ACTCACTTTAAATGGTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTGGTTAA
AACAAATTATAATTGAATGTTTGCATCAAGAAACATAAAGAAAAACTCGATCATTAACAAGAAAA
GCCCACTTATAGTCACCCAAGCCATCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAACTGTTTTAAACCTCA
TAATTGATTTTAAGTTGAATTATTTTACACTTTTAGTTAAAAAAATTATAATTAAATGTTGGCCC
TGAGAAACATGAAGAAAAACCCATTCACTAGCAACAAAAGCCCAATTATAGCCACCCAAGCCGTC
AAAAGCTTAATC
Found at i:19767 original size:171 final size:170
Alignment explanation
Indices: 19478--20232 Score: 815
Period size: 171 Copynumber: 4.4 Consensus size: 170
19468 NNNNNNNNNN
* * *
19478 GAGATTATAAAACTATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCTTGGGTGAC-ATAATTAGGC
1 GAGAATATAAAACTATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCTTGGGTGACTATAAATGGGC
** * *
19542 TTTTCTTATCAATGAATTAGTTTTTC-TCTACGTTTCTCAAGGCAAACATTCAATTATAATCTGT
66 TTTTCTTGCCAATGAATGACTTTTTCTTC-ACGTTTCTCAAGGCAAACATTCAATTATAATCTGT
*
19606 TTTAACTAAAAATGTAAAAAAATTAAGATTAAAATCAATTAA
130 TTTAACTAAAAATATAAAAAAATTAA-ATTAAAATCAATTAA
* * *
19648 GAGAATATAAAACTATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTCCGAATGCTTGGGTGGCTATAAATGGGC
1 GAGAATATAAAACTATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCTTGGGTGACTATAAATGGGC
* * ** * *
19713 TTTTCTTGCCAATGAATGAATTTTTCTTTATATTTCTCGAGGCAAACATTCAATTATAATATGTT
66 TTTTCTTGCCAATGAATGACTTTTTCTTCACGTTTCTCAAGGCAAACATTCAATTATAATCTGTT
* *
19778 TTAACTAAAAATATAAAAACATTCAACA-TAAAATCAATTAT
131 TTAACTAAAAATATAAAAAAATT-AA-ATTAAAATCAATTAA
* * * * * * * *
19819 GAGATTGTAAAACCAATTTAAAGCGAGTAATAAAGTTTTCGAAAGCTTAGGTGACTATAAATGGA
1 GAGAATATAAAA-CTATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCTTGGGTGACTATAAATGGG
* * * * ** ** *
19884 CTTTTTTTGTCAATGAATGGCTTTTT-TTGCACGTTTCCCAAGATAAATTTTCAATTATAATCCG
65 CTTTTCTTGCCAATGAATGACTTTTTCTT-CACGTTTCTCAAGGCAAACATTCAATTATAATCTG
* * * * * *
19948 TTTCAA-TCAAAACTGTAAAAAAATTTAACTTAAAATAAATTAT
129 TTTTAACT-AAAAATATAAAAAAA-TTAAATTAAAATCAATTAA
* * *
19991 GAG-ATCATAAAACTATTTAAAGTGAGTAATAAAGCTTTTGAAGGCTTGGGTGACTATAAATGGG
1 GAGAAT-ATAAAACTATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCTTGGGTGACTATAAATGGG
* * * * *
20055 CTTTTCTTGCCAATAAATGACTTTTTCTTCATGTTT-TCCAAGGAAAACATTTATTTATAATCTG
65 CTTTTCTTGCCAATGAATGACTTTTTCTTCACGTTTCT-CAAGGCAAACATTCAATTATAATCTG
* * *
20119 TTTTAACTAAAAATATGAAAAAATCAAACTTAACATCAATTAA
129 TTTTAACTAAAAATATAAAAAAATTAAA-TTAAAATCAATTAA
* * * * * * *
20162 GAGAATACAAAACCATTTAAAGTGACTAATAAGGCTTTTGAAGACTTGGGTGACTAT-AATGGGT
1 GAGAATATAAAACTATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCTTGGGTGACTATAAATGGGC
20226 TTTTCTT
66 TTTTCTT
20233 CATATTTCCT
Statistics
Matches: 484, Mismatches: 87, Indels: 28
0.81 0.15 0.05
Matches are distributed among these distances:
170 66 0.14
171 278 0.57
172 138 0.29
173 2 0.00
ACGTcount: A:0.38, C:0.12, G:0.14, T:0.35
Consensus pattern (170 bp):
GAGAATATAAAACTATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCTTGGGTGACTATAAATGGGC
TTTTCTTGCCAATGAATGACTTTTTCTTCACGTTTCTCAAGGCAAACATTCAATTATAATCTGTT
TTAACTAAAAATATAAAAAAATTAAATTAAAATCAATTAA
Found at i:20176 original size:343 final size:342
Alignment explanation
Indices: 19486--20220 Score: 882
Period size: 343 Copynumber: 2.1 Consensus size: 342
19476 NNGAGATTAT
* * * *
19486 AAAACTATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCTTGGGTGAC-ATAATTAGGCTTTTCTTA
1 AAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGTTTTCGAAAGCTTGGGTGACTATAAATAGGCTTTTCTTA
* * * *
19550 TCAATGAATTAGTTTTTCTCTACGTTTCTCAAGGCAAACATTCAATTATAATCTGTTTTAACTAA
66 TCAATGAATTAGTTTTTCTCTACGTTTCCCAAGACAAACATTCAATTATAATCCGTTTCAACTAA
*
19615 AAATGTAAAAAAATTAAGATTAAAATCAATTAAGAGAATATAAAACTATTTAAAGCGAGTAATAA
131 AAATGTAAAAAAATTAAGATTAAAATAAATTAAGAGAATATAAAACTATTTAAAGCGAGTAATAA
* * * * *
19680 GGCTTCCGAATGCTTGGGTGGCTATAAATGGGCTTTTCTTGCCAATGAATGAATTTTTCTTTATA
196 AGCTTCCGAAGGCTTGGGTGACTATAAATGGGCTTTTCTTGCCAATAAATGAATTTTTCTTCATA
* *
19745 TTTCTCGAGGCAAACATTCAATTATAATATGTTTTAACTAAAAATATAAAAACATTCAACATAAA
261 TTTCTCAAGGAAAACATTCAATTATAATATGTTTTAACTAAAAATATAAAAACATTCAACATAAA
* * **
19810 ATCAATTATGAGATTGT
326 ATCAATTAAGAGAATAC
* * *
19827 AAAACCAATTTAAAGCGAGTAATAAAGTTTTCGAAAGCTTAGGTGACTATAAAT-GGACTTTTTT
1 AAAACC-ATTTAAAGCGAGTAATAAGGTTTTCGAAAGCTTGGGTGACTATAAATAGG-CTTTTCT
* * * * **
19891 TGTCAATGAA-TGGCTTTTTTTGC-ACGTTTCCCAAGATAAATTTTCAATTATAATCCGTTTCAA
64 TATCAATGAATTAG-TTTTTCT-CTACGTTTCCCAAGACAAACATTCAATTATAATCCGTTTCAA
* * * *
19954 -TCAAAACTGTAAAAAAATTTAA-CTTAAAATAAATTATGAG-ATCATAAAACTATTTAAAGTGA
127 CT-AAAAATGTAAAAAAA-TTAAGATTAAAATAAATTAAGAGAAT-ATAAAACTATTTAAAGCGA
** *
20016 GTAATAAAGCTTTTGAAGGCTTGGGTGACTATAAATGGGCTTTTCTTGCCAATAAATGACTTTTT
189 GTAATAAAGCTTCCGAAGGCTTGGGTGACTATAAATGGGCTTTTCTTGCCAATAAATGAATTTTT
* * * *
20081 CTTCATGTTT-TCCAAGGAAAACATTTATTTATAATCTGTTTTAACTAAAAATATGAAAAA-A-T
254 CTTCATATTTCT-CAAGGAAAACATTCAATTATAATATGTTTTAACTAAAAATAT-AAAAACATT
* *
20143 CAAACTTAACATCAATTAAGAGAATAC
317 C-AACATAAAATCAATTAAGAGAATAC
* *
20170 AAAACCATTTAAAGTGACTAATAAGGCTTTT-G-AAGACTTGGGTGACTATAA
1 AAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGG-TTTTCGAAAG-CTTGGGTGACTATAA
20221 TGGGTTTTTC
Statistics
Matches: 335, Mismatches: 46, Indels: 25
0.83 0.11 0.06
Matches are distributed among these distances:
341 8 0.02
342 78 0.23
343 239 0.71
344 10 0.03
ACGTcount: A:0.39, C:0.12, G:0.14, T:0.35
Consensus pattern (342 bp):
AAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGTTTTCGAAAGCTTGGGTGACTATAAATAGGCTTTTCTTA
TCAATGAATTAGTTTTTCTCTACGTTTCCCAAGACAAACATTCAATTATAATCCGTTTCAACTAA
AAATGTAAAAAAATTAAGATTAAAATAAATTAAGAGAATATAAAACTATTTAAAGCGAGTAATAA
AGCTTCCGAAGGCTTGGGTGACTATAAATGGGCTTTTCTTGCCAATAAATGAATTTTTCTTCATA
TTTCTCAAGGAAAACATTCAATTATAATATGTTTTAACTAAAAATATAAAAACATTCAACATAAA
ATCAATTAAGAGAATAC
Found at i:21476 original size:172 final size:170
Alignment explanation
Indices: 20678--21701 Score: 852
Period size: 170 Copynumber: 6.0 Consensus size: 170
20668 NNNNNNNNNN
* *
20678 GATTTTAAGTTGAA-TATTTTTTACATTTTAGTTAAAACAAATTATAATTGAATGATTGCCTTGA
1 GATTTTAAGTTGAATTA-TTTTTACATTTTAGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTGCCTTGA
* * * * **
20742 GAAATGA-GAAGAAAAACCCGTTCATTGGCAAGAAAAGAC-CATTTAGAGTCACCCAAGCCTTTG
65 GAAA-CATGAAGAAAAA-CCATTCATTGGCAAGAAAA-TCTCATTTATAGTCACCCAAGCCTTCA
*
20805 AAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAA--T-AGT--TT
127 AAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAACCTCA-TAATT
* * * * * * * ** * * *
20845 TACATTTAAGTTAAACT-TTTTTAGATTTTTGGTTCAAGTAGATTACAATTGAATGTTTTCCTTA
1 GA-TTTTAAGTTGAATTATTTTTACA-TTTTAGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTGCCTTG
* * * *
20909 AGATACATGAACAAAAACCCATTCATTGGCAAGAAAAAC-CTATTTATAGCCACCCAAGCCTTCA
64 AGAAACATGAAGAAAAA-CCATTCATTGGCAAGAAAATCTC-ATTTATAGTCACCCAAGCCTTCA
* * * *
20973 AAAACCTTATTACTTGCTTTAAAT-GGTTTATAATCTCATAATT
127 AAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAACCTCATAATT
********* *
21016 GATTTTAAGTTGAA-TANNNNNNNNNNTTTAGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTGCCCT-A
1 GATTTTAAGTTGAATTA-TTTTTACATTTTAGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTGCCTTGA
* * * * * *
21079 AAAATCATGAAGAAAAATCCATTCATTGGGAAGAAAAT-TCCATTTCTAGTCAGCCAATCTTTCA
65 GAAA-CATGAAGAAAAA-CCATTCATTGGCAAGAAAATCT-CATTTATAGTCACCCAAGCCTTCA
* * *
21143 AAAGCCTTATTACTCTCTTTACACAGTTTTATAACCTCATAATT
127 AAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAACCTCATAATT
* * * * * *
21187 AATTTTAAGCTGAATT-TTCTTACATTTTAGTTAAAATATATTATAATTGAATGTTTACCTTG-G
1 GATTTTAAGTTGAATTATTTTTACATTTTAGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTGCCTTGAG
* * * ** *
21250 AAAACATGAAGAAAAAACCATTTATTGGTATGAAAAATC-CAAGTACAGTCACCCAAGCCTTCAA
66 -AAACATGAAG-AAAAACCATTCATTGGCAAG-AAAATCTCATTTATAGTCACCCAAGCCTTCAA
* *
21314 AAGCCTTCTTACTCGCTTTAAATAGTGTTATAACCTCATAATT
128 AAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAACCTCATAATT
* * *
21357 GATTTTAAGTTGAATTATTTTTACATTTTTAGTTAAAACAGATTATAGTTGAGTGTTTTCCTTGA
1 GATTTTAAGTTGAATTATTTTTACA-TTTTAGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTGCCTTGA
21422 GAAACATGAAGAAAAACCATTTCATTGGCAA-AACAATCTCATTTATAGTCACCCAAGCCTTCAA
65 GAAACATGAAGAAAAACCA-TTCATTGGCAAGAA-AATCTCATTTATAGTCACCCAAGCCTTCAA
* *
21486 AAGCCTTATTACTCTCTTTACAT-GATTTTATAACCTCATAATT
128 AAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAG-TTTTATAACCTCATAATT
********** * * * * *
21529 GATTTTAAGTTGAATNNNNNNNNNNTTTTGGATAAAACAGATTATAATTAAATTTTTTCCTT-AG
1 GATTTTAAGTTGAATTATTTTTACATTTTAGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTGCCTTGAG
* * * * * * *
21593 AAA-ATTGAAGAAAAAGCTATTCATTGG-AACAAAAAGC-CTAATTATAGTCACACAAACCTTTA
66 AAACA-TGAAGAAAAA-CCATTCATTGGCAA-GAAAATCTC-ATTTATAGTCACCCAAGCCTTCA
* *
21655 AAAGCCTTATTACTTGCTTTAAATGGTTTTATAACCTCATAATT
127 AAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAACCTCATAATT
21699 GAT
1 GAT
21702 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 687, Mismatches: 135, Indels: 67
0.77 0.15 0.08
Matches are distributed among these distances:
167 20 0.03
168 111 0.16
169 11 0.02
170 316 0.46
171 102 0.15
172 126 0.18
173 1 0.00
ACGTcount: A:0.36, C:0.15, G:0.12, T:0.36
Consensus pattern (170 bp):
GATTTTAAGTTGAATTATTTTTACATTTTAGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTGCCTTGAG
AAACATGAAGAAAAACCATTCATTGGCAAGAAAATCTCATTTATAGTCACCCAAGCCTTCAAAAG
CCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAACCTCATAATT
Found at i:21660 original size:512 final size:499
Alignment explanation
Indices: 20679--21698 Score: 1067
Period size: 512 Copynumber: 2.0 Consensus size: 499
20669 NNNNNNNNNG
* * *
20679 ATTTTAAGTTGAATATTTTTTACATTTTAGTTAAAACAAATTATAATTGAATGATTGCCTTGAGA
1 ATTTTAAGCTGAATATTTCTTACATTTTAGTTAAAACAAATTATAATTGAATGATTACCTTGAGA
** * * ** * **
20744 AATGAGAAGAAAAACCCGTTCATTGGCAAGAAAAGACCATTTAGAGTCACCCAAGCCTTTGAAAG
66 AAACAGAAGAAAAAACCATTCATTGGCAAGAAAAGACCAAGTACAGTCACCCAAGCCTTCAAAAG
* * * *
20809 CCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATAGTTTTACATTTAAGTTAAACTTTTTTAGATTTT
131 CCTTATTACTCGCTTTAAATAGTGTTATAATAGTTTGACATTTAAGTTAAACTTTTTTACATTTT
* * ** *
20874 TGGTTCAAGTAGATTACAATTGAATGTTTTCCTTAAGATACATGAACAAAAACCCATTCATTGGC
196 TAGTTAAAACAGATTACAATTGAATGTTTTCCTTAAGAAACATGAACAAAAACCCATTCATTGGC
20939 AAGAAAAACCTATTTATAGCCACCCAAGCCTTCAAAAACCTTATTACTTGCTTTAAATGGTTTAT
261 AAGAAAAACCTATTTATAGCCACCCAAGCCTTCAAAAACCTTATTACTTGCTTTAAATGGTTTAT
* * * *
21004 AATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATANNNNNNNNNNTTTAGTTAAAACAGATTATAATTGAAT
326 AACCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATA---------TTTTAGATAAAACAGATTATAATTAAAT
* * ** * *
21069 GTTTGCCCTAAAAATCATGAAGAAAAATCCATTCATTGGGAAGAAAATTCCATTTCTAGTCAGCC
382 GTTTGCCCTAAAAAT-ATGAAGAAAAAGCCATTCATTGGGAACAAAAAGCCAATTATAGTCAGCC
* *
21134 AATCTTTCAAAAGCCTTATTACTCT-CTTTACACAGTTTTATAACCTCATAATTA
446 AACCTTTCAAAAGCCTTATTACT-TGCTTTAAACAGTTTTATAACCTCATAATTA
* * *
21188 ATTTTAAGCTGAAT-TTTCTTACATTTTAGTTAAAATATATTATAATTGAATGTTTACCTTG-GA
1 ATTTTAAGCTGAATATTTCTTACATTTTAGTTAAAACAAATTATAATTGAATGATTACCTTGAGA
* * *
21251 AAACATGAAGAAAAAACCATTTATTGGTATGAAAA-ATCCAAGTACAGTCACCCAAGCCTTCAAA
66 AAACA-GAAGAAAAAACCATTCATTGGCAAGAAAAGA-CCAAGTACAGTCACCCAAGCCTTCAAA
* * * *
21315 AGCCTTCTTACTCGCTTTAAATAGTGTTATAACCTCA-TAATTGA-TTTTAAGTTGAATTATTTT
129 AGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTGTTATAA--T-AGT--TTGACATTTAAGTTAAACT-TTTT
* * * * *
21378 TACATTTTTAGTTAAAACAGATTATAGTTGAGTGTTTTCCTTGAGAAACATGAAGAAAAA-CCAT
188 TACATTTTTAGTTAAAACAGATTACAATTGAATGTTTTCCTTAAGAAACATGAACAAAAACCCA-
* * * *
21442 TTCATTGGCAA-AACAATCTCATTTATAGTCACCCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCT-CTTT
252 TTCATTGGCAAGAAAAACCT-ATTTATAGCCACCCAAGCCTTCAAAAACCTTATTACT-TGCTTT
* * * *
21505 ACATGATTTTATAACCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATNNNNNNNNNNTTTTGGATAAAACAGA
315 AAATG-GTTTATAACCTCATAATTGATTTTAAGTTGAAT---------ATTTTAGATAAAACAGA
* * * *
21570 TTATAATTAAATTTTTTCCTTAGAAAAT-TGAAGAAAAAGCTATTCATT-GGAACAAAAAGCCTA
370 TTATAATTAAATGTTTGCCCTA-AAAATATGAAGAAAAAGCCATTCATTGGGAACAAAAAGCC-A
**
21633 ATTATAGTCA-CACAAACCTTT-AAAAGCCTTATTACTTGCTTTAAATGGTTTTATAACCTCATA
433 ATTATAGTCAGC-C-AACCTTTCAAAAGCCTTATTACTTGCTTTAAACAGTTTTATAACCTCATA
21696 ATT
496 ATT
21699 GATNNNNNNN
Statistics
Matches: 423, Mismatches: 62, Indels: 49
0.79 0.12 0.09
Matches are distributed among these distances:
507 6 0.01
508 117 0.28
509 13 0.03
510 2 0.00
511 33 0.08
512 178 0.42
513 69 0.16
514 5 0.01
ACGTcount: A:0.36, C:0.15, G:0.11, T:0.36
Consensus pattern (499 bp):
ATTTTAAGCTGAATATTTCTTACATTTTAGTTAAAACAAATTATAATTGAATGATTACCTTGAGA
AAACAGAAGAAAAAACCATTCATTGGCAAGAAAAGACCAAGTACAGTCACCCAAGCCTTCAAAAG
CCTTATTACTCGCTTTAAATAGTGTTATAATAGTTTGACATTTAAGTTAAACTTTTTTACATTTT
TAGTTAAAACAGATTACAATTGAATGTTTTCCTTAAGAAACATGAACAAAAACCCATTCATTGGC
AAGAAAAACCTATTTATAGCCACCCAAGCCTTCAAAAACCTTATTACTTGCTTTAAATGGTTTAT
AACCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATATTTTAGATAAAACAGATTATAATTAAATGTTTGCCCT
AAAAATATGAAGAAAAAGCCATTCATTGGGAACAAAAAGCCAATTATAGTCAGCCAACCTTTCAA
AAGCCTTATTACTTGCTTTAAACAGTTTTATAACCTCATAATTA
Found at i:21676 original size:342 final size:338
Alignment explanation
Indices: 20678--21701 Score: 962
Period size: 342 Copynumber: 3.0 Consensus size: 338
20668 NNNNNNNNNN
* * *
20678 GATTTTAAGTTGAATATTTTTTACA-TTTTAGTTAAAACAAATTATAATTGAATGATTGCCTTGA
1 GATTTTAAGTTGAATA-TTTTTACATTTTTAGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTGCCCT-A
* * * * ** * **
20742 GAAATGA-GAAGAAAAACCCGTTCATTGGCAAGAAAAGACCATTTAGAGTCACCCAAGCCTTTGA
64 AAAATCATGAAGAAAAATCCATTCATTGGCAAGAAAATTCCATTTATAGTCACCCAAGCCTTCAA
* * ** * * *
20806 AAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAA--T-AGT-TTTACA-TTTAAGTTAAACTTTT-
129 AAGCCTTATTACTCTCTTTACACAGTTTTATAACCTCA-TAATTA-ATTTTAAGCTGAA-TTTTC
* * * * ** * * * *
20865 TTAGATTTTTGGTTCAAGTAGATTACAATTGAATGTTTTCCTTAAGATACATGAACAAAAACCCA
191 TTACA-TTTTAGATAAAACAGATTATAATTGAATGTTTTCCTT-AGA-AAATGAAGAAAAAACCA
* * *
20930 TTCATTGGCAAGAAAAACCTATTTATAGCCACCCAAGCCTTCAAAAACCTTATTACTTGCTTTAA
253 TTCATTGGCAAGAAAAACCTAATTATAGTCACCCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTTGCTTTAA
*
20995 ATGGTTTATAATCTCATAATT
318 ATGGTTTATAACCTCATAATT
**********
21016 GATTTTAAGTTGAATANNNNNNNNNNTTTAGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTGCCCTAAA
1 GATTTTAAGTTGAATATTTTTACATTTTTAGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTGCCCTAAA
* * * * *
21081 AATCATGAAGAAAAATCCATTCATTGGGAAGAAAATTCCATTTCTAGTCAGCCAATCTTTCAAAA
66 AATCATGAAGAAAAATCCATTCATTGGCAAGAAAATTCCATTTATAGTCACCCAAGCCTTCAAAA
21146 GCCTTATTACTCTCTTTACACAGTTTTATAACCTCATAATTAATTTTAAGCTGAATTTTCTTACA
131 GCCTTATTACTCTCTTTACACAGTTTTATAACCTCATAATTAATTTTAAGCTGAATTTTCTTACA
* * * * * *
21211 TTTTAGTTAAAATATATTATAATTGAATGTTTACCTTGGAAAACATGAAGAAAAAACCATTTATT
196 TTTTAGATAAAACAGATTATAATTGAATGTTTTCCTTAG-AAA-ATGAAGAAAAAACCATTCATT
* * * * * * *
21276 GGTATGAAAAATCC-AAGTACAGTCACCCAAGCCTTCAAAAGCCTTCTTACTCGCTTTAAATAGT
259 GGCAAGAAAAA-CCTAATTATAGTCACCCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTTGCTTTAAATGGT
21340 GTTATAACCTCATAATT
323 -TTATAACCTCATAATT
* * * *
21357 GATTTTAAGTTGAATTATTTTTACATTTTTAGTTAAAACAGATTATAGTTGAGTGTTTTCCTTGA
1 GATTTTAAGTTGAA-TATTTTTACATTTTTAGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTGCCCT-A
*
21422 GAAA-CATGAAGAAAAA-CCATTTCATTGGCAA-AACAA-TCTCATTTATAGTCACCCAAGCCTT
64 AAAATCATGAAGAAAAATCCA-TTCATTGGCAAGAA-AATTC-CATTTATAGTCACCCAAGCCTT
* * * **
21483 CAAAAGCCTTATTACTCTCTTTACA-TGATTTTATAACCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATNNN
126 CAAAAGCCTTATTACTCTCTTTACACAG-TTTTATAACCTCATAATTAATTTTAAGCTGAAT-TT
******* * * * * *
21547 NNNNNNNTTTTGGATAAAACAGATTATAATTAAATTTTTTCCTTAGAAAATTGAAGAAAAAGCTA
189 TCTTACATTTTAGATAAAACAGATTATAATTGAATGTTTTCCTTAGAAAA-TGAAGAAAAAACCA
* * * *
21612 TTCATTGG-AACAAAAAGCCTAATTATAGTCACACAAACCTTTAAAAGCCTTATTACTTGCTTTA
253 TTCATTGGCAAGAAAAA-CCTAATTATAGTCACCCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTTGCTTTA
21676 AATGGTTTTATAACCTCATAATT
317 AATGG-TTTATAACCTCATAATT
21699 GAT
1 GAT
21702 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 554, Mismatches: 110, Indels: 40
0.79 0.16 0.06
Matches are distributed among these distances:
337 6 0.01
338 123 0.22
339 2 0.00
340 108 0.19
341 65 0.12
342 214 0.39
343 36 0.06
ACGTcount: A:0.36, C:0.15, G:0.12, T:0.36
Consensus pattern (338 bp):
GATTTTAAGTTGAATATTTTTACATTTTTAGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTGCCCTAAA
AATCATGAAGAAAAATCCATTCATTGGCAAGAAAATTCCATTTATAGTCACCCAAGCCTTCAAAA
GCCTTATTACTCTCTTTACACAGTTTTATAACCTCATAATTAATTTTAAGCTGAATTTTCTTACA
TTTTAGATAAAACAGATTATAATTGAATGTTTTCCTTAGAAAATGAAGAAAAAACCATTCATTGG
CAAGAAAAACCTAATTATAGTCACCCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTTGCTTTAAATGGTTTA
TAACCTCATAATT
Found at i:23095 original size:170 final size:171
Alignment explanation
Indices: 22750--24984 Score: 1981
Period size: 171 Copynumber: 13.1 Consensus size: 171
22740 NNNNNNNNNN
* * * * * * *
22750 TTTTTAGTTAAAACATATTAGAGTTGAATGTTTACC-TCGAAAAGAGTGAAGAAAAA-CTCATTC
1 TTTTTAGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTTCCTTAGGAAACA-TGAAGAAAAAGC-CATTC
* * * * * *
22813 GTT-GACAAGAAAAGCCCATTTATAGTCACCCAAGCCTTCAAAATCCTTATTAGTCTCTTTAAAT
64 ATTAG-CAAGAAAAGCCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCACTTTAAAT
* * *
22877 GGTTTTATAACCTCATAATTGATTTTAAGTTGAGTGTTTTT-CTA
128 GGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTAC-A
*
22921 TTTTTAGTTAAAAAAGATTATAATTGAATGTTTTCCTTAGGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCAT
1 TTTTTAGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTTCCTTAGGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCAT
* * * * * *
22986 T-GCAAGAAAAGTCCAATCATAGTCGCCCATTCTTTCGAAAGCCTT-TGTACTCACTTTAAATGG
66 TAGCAAGAAAAGCCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCGAAAGCCTTAT-TACTCACTTTAAATGG
* * * * * *
23049 TTTTGTAATTTCATAATTTATTTTATGTTAAATTTTTTTATA
130 TTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACA
* * * *
23091 TTTTTTA-TTAAAACAGATTATAGTTGAATATTTTCCCTGGGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCA
1 -TTTTTAGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTTCCTTAGGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCA
* * * * * * * * *
23155 TT-GATAAGAGAAGTCCAGTTATAGTCATCTATTCCATCGAAA-CGCTTACTACTCACTTTAAAT
65 TTAG-CAAGAAAAGCCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCGAAAGC-CTTATTACTCACTTTAAAT
* * *
23218 GGTTTTGTAATCTCATAATTAATTTTAAGTTGAATTTTCTTACA
128 GGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACA
* * * *
23262 TTTTTAGTTAAAACAGATTATAATTGACTGTCTGCCTTTA-GAAACATAAAGAAAAAGCCATTCA
1 TTTTTAGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTTCC-TTAGGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCA
* * * ** * ** **
23326 ATGGTAAGAAAAGTACATTTACT-GTCACCCATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTTGCTTTAAACA
65 TTAGCAAGAAAAGCCCATTTA-TAGTCACCCATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATG
* *
23390 GTTTTATAGTCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACTTT
129 GTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTAC--A
* * * * * *
23435 TTTGGTTAAAATTAAAATAGGTTATAATTGAATGTTTTCCTCAAGAAACATGAAGAAAAA-CTGA
1 TTT--TT--AGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTTCCTTAGGAAACATGAAGAAAAAGC-CA
* * * * * * *
23499 TTTATTAGTAAGAAAAGCCCATTTATAGACACCCAAGCCTTCTAAAGCCTTAATCCTCACTTTAA
61 TTCATTAGCAAGAAAAGCCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCACTTTAA
* *
23564 ATGGTTTTATAACCTCATAATTGGTTTTAAGTTGAA-TTTTTTACA
126 ATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACA
* * * ***
23609 TTTTTAGTTAAAATAGATTATAATTGAATGTTTTCCTAAGAAAACATGAAGAAAAAATAATTCAT
1 TTTTTAGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTTCCTTAGGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCAT
* * * ** * * *
23674 TAGTAAGAAAAGCCCATTTATAGTCTCCCAAGCCTTTTAAAGCCTTAATACTCAATTTAAATCGT
66 TAGCAAGAAAAGCCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGT
* * * * *
23739 TTTGTAATCTCATAATTAACTTTAAGTTAAATTGTTTTACA
131 TTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACA
* * * * * * ** *
23780 ATTTTGGTTAAAACAGATTGTAATTGAATGTTTTTCTTAGAAAACGTGAAGAAAAAATCATTTAT
1 TTTTTAGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTTCCTTAGGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCAT
* * *
23845 TAGCAAGAGAAGCCCATTTATAGTCACTCATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAAT-GT
66 TAGCAAGAAAAGCCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGT
*
23909 CTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTATTTTACA
131 -TTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACA
* *
23951 -TTTTAGTTAAAATAGATTATAATTGAATGTTTGT-CTCAAGG-AACATGAAGAAAAA-CCTATT
1 TTTTTAGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTTT-TCCT-TAGGAAACATGAAGAAAAAGCC-ATT
* * * * * * * * * *
24012 CAGTGGTAAGAAAAGCCCATTTATAGTCATCTAAGTCGTCGAAAGCCTTATTACTCTCTTTAAGT
63 CATTAGCAAGAAAAGCCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCACTTTAAAT
* * * * *
24077 GGTGTTATAACCTTATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTCTATA
128 GGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACA
* * * * *
24121 GTTTTGGTT-AAACAGATTATAATTGAATGCTGATT--TTGGGAAACATGAAGAAAATA-CAATT
1 TTTTTAGTTAAAACAGATTATAATTGAATG-T-TTTCCTTAGGAAACATGAAGAAAA-AGCCATT
* * ** *
24182 CATTAGCAAGAAAAGCTCATTTATAGTCACCCAAGCCTTTTAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAAC
63 CATTAGCAAGAAAAGCCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCACTTTAAA-
* * *
24247 T-ATTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGGATTATTTTACA
127 TGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACA
* * * * * * *
24291 TTTTTAGTTAAAACAGATTTTATTTGAATGTTTGCCCTAAGAAACGTGAAGAAAAACCCATTCAT
1 TTTTTAGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTTCCTTAGGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCAT
* * * * *
24356 TGGCAAGAAAAGCCCATTTATAGTCACCCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCTCTTTAAATGAT
66 TAGCAAGAAAAGCCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGT
** *
24421 TTTATAGCCTCATAATTGATTTTAAGTTGAGTGTTTTTT-CA
131 TTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAAT-TTTTTTACA
* * * *
24462 TTTTTGGTTAAAGCAGATTATAATTGAATGTTTACCTT--GAAAAATGTGAAGAAAAAGCCATTC
1 TTTTTAGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTTCCTTAGGAAACA--TGAAGAAAAAGCCATTC
* * * * *** *
24525 ATTGGTAAAAAAAGTCCAGCCATAGTCACCCACT-CCGTT-GAAAGCCTTAATACTCACTTTAAA
64 ATTAGCAAGAAAAGCCCATTTATAGTCACCCA-TGCC-TTCGAAAGCCTTATTACTCACTTTAAA
** * * *
24588 TAATTTTGTAATCTTATAATTGATTTTAAGTTGAAATTTTTTACA
127 TGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACA
* * * * *
24633 TTTGTGGTTAAAATAGATTATAATTGAATGTTTGCCTTA-GACAAAATGAAGAAAAAGCCATTCA
1 TTTTTAGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTTCCTTAGGA-AACATGAAGAAAAAGCCATTCA
* * ** * * * * * * ** *
24697 TTGGCAAGAGAAGTTCAATTACAGCCACTCATTCCTTCGAAAGGCTTATTACGAACTTTGAATGG
65 TTAGCAAGAAAAGCCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGG
* ** *
24762 TTTTGTAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTGCTTATA
130 TTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACA
* * *
24804 TTTTTTA-TTAAAATAGATTATAATT-AACTATCTAT-CTT-GAGAAACAT-AATGAAAAAGCCA
1 -TTTTTAGTTAAAACAGATTATAATTGAA-TGT-TTTCCTTAG-GAAACATGAA-GAAAAAGCCA
* * *** * * * *
24864 TTCAAT-GACAAGAAATGTATATTTATTA-TCATCCATGCCTTCGGAAGTCTTATTAC-CTGCTT
61 TTCATTAG-CAAGAAAAGCCCATTTA-TAGTCACCCATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTC-ACTT
* *
24926 TAAACGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTGAGTT-AAGTTTTTTTACA
123 TAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAA-TTTTTTTACA
*
24975 TTTTTGGTTA
1 TTTTTAGTTA
24985 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 1700, Mismatches: 303, Indels: 122
0.80 0.14 0.06
Matches are distributed among these distances:
169 9 0.01
170 567 0.33
171 946 0.56
172 31 0.02
173 7 0.00
174 3 0.00
175 2 0.00
176 12 0.01
177 123 0.07
ACGTcount: A:0.35, C:0.14, G:0.13, T:0.38
Consensus pattern (171 bp):
TTTTTAGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTTCCTTAGGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCAT
TAGCAAGAAAAGCCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGT
TTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACA
Found at i:25344 original size:171 final size:171
Alignment explanation
Indices: 25059--27165 Score: 1672
Period size: 171 Copynumber: 12.3 Consensus size: 171
25049 GTCTGTTTTA
* ** * * *
25059 TAAAACAGATTATAATTGAAAGTTTATCTTGAGAAATATAAAAAAAAACCCATTCATTGGCAAGA
1 TAAAACAGATTATAATTGAATGTTTGCCTTGAGAAACATGAAGAAAAACCCATTCATTGGCAAGA
********** * * ** *
25124 AAAGCCCATTTNNNNNNNNNNAAGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCATTTTAAATTATTTTATATT
66 AAAGCCCATTTATAGTCACCCAAGTCTTCAAAAGCCTTATTACTCATTTTAAATGGTTTTATAAT
* * * *
25189 CT-ATTAATTGATTTTAAGCTCAATTTTTTTATAGTTTTGGT
131 CTCA-TAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGT
* **
25230 TAAAACAGATTATAATTGAACGTTTGCCTTGAGAAACAT-AGAGAAAAACTAATTCATTGGCAAG
1 TAAAACAGATTATAATTGAATGTTTGCCTTGAGAAACATGA-AGAAAAACCCATTCATTGGCAAG
* * * * *
25294 AAAAGCCTAATTAGAGTAACCCAAGTCTTCGAAAGCCTTATTACTCATTTTAAATGGTTTTATAA
65 AAAAGCCCATTTATAGTCACCCAAGTCTTCAAAAGCCTTATTACTCATTTTAAATGGTTTTATAA
********** * * **
25359 TCTCATNNNNNNNNNNAAGTTGAACTTTTTTATATTTTTAAT
130 TCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGT
* ** * * **
25401 TAAAACAGATTATAATTGATTGTTTTTCTTGAGAATCATGACGAAAAACCCATTCATTGGTGAGA
1 TAAAACAGATTATAATTGAATGTTTGCCTTGAGAAACATGAAGAAAAACCCATTCATTGGCAAGA
* * *
25466 AAAGCCCATTTATAGTCACCCAAAG-GTTCAAAAGTCTTATTACTC-TCTTTAAACGG-TTTATA
66 AAAGCCCATTTATAGTCACCC-AAGTCTTCAAAAGCCTTATTACTCAT-TTTAAATGGTTTTATA
* * * * *
25528 ACCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTGTCTTATATTTTTAGT
129 ATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGT
* * * *
25571 TAAAATAAATTATAACTGAATGTTTGACTTGAGAAACATGAAGAAAAACCCATTCATTGGCAAGA
1 TAAAACAGATTATAATTGAATGTTTGCCTTGAGAAACATGAAGAAAAACCCATTCATTGGCAAGA
* ********** * ** *
25636 AAAGCTCATTTATAGTNNNNNNNNNNTTCAAAAGCCTTATTGCTCGCTTTAAATAGTTTTATAAT
66 AAAGCCCATTTATAGTCACCCAAGTCTTCAAAAGCCTTATTACTCATTTTAAATGGTTTTATAAT
* * ***
25701 CTCATAATTGACTTGATA-TTGAATATTTTTTACATTTTTTAA
131 CTCATAATTGATTTTA-AGTTGAAT-TTTTTTACATTTTTGGT
* * * * * *
25743 TAAAACAGATTATAATTAAATGTTTACCTT-AGAAAACAAGAAGAAACACCAATTCATTGCCAAG
1 TAAAACAGATTATAATTGAATGTTTGCCTTGAG-AAACATGAAGAAAAACCCATTCATTGGCAAG
** * ** ************
25807 AAAAGCCCATTTATAGTTGCCCATA-CCTTTGAAAGCCTTATTACTTGNNNNNNNNNNTTTTATA
65 AAAAGCCCATTTATAGTCACCCA-AGTCTTCAAAAGCCTTATTACTCATTTTAAATGGTTTTATA
*
25871 ATCTCATAATTGATTTTACGTTGAATTGTTTTTACA-TTTTGAGT
129 ATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATT-TTTTTACATTTTTG-GT
* * * * *
25915 TCAAACAGATTATAGTTGAATGTTTTCCTCT-AGAAACATAAAGAAAAACCAATTCATTGGCAAG
1 TAAAACAGATTATAATTGAATGTTTGCCT-TGAGAAACATGAAGAAAAACCCATTCATTGGCAAG
* **************** *
25979 TAAAGCCCATTTATAGTCACCNNNNNNNNNNNNNNNNTTATTACTC-TCTTTAAATAGTTTTATA
65 AAAAGCCCATTTATAGTCACCCAAGTCTTCAAAAGCCTTATTACTCAT-TTTAAATGGTTTTATA
* * *
26043 ACCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTCTCTTACATTTTTGGT
129 ATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGT
* *
26086 TAAGACAGATTATAATTGAACGTTTGCCTTG-GAAAACATGAA-AACAAACCCATTCATTGGCAA
1 TAAAACAGATTATAATTGAATGTTTGCCTTGAG-AAACATGAAGAA-AAACCCATTCATTGGCAA
* * * * * ** * *
26149 GAAAAGTCTATTTACAGTCACCCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTGCTCGCTTTAAACGGTTTTATG
64 GAAAAGCCCATTTATAGTCACCCAAGTCTTCAAAAGCCTTATTACTCATTTTAAATGGTTTTATA
* * * * * * *
26214 ACCTCATAATTGATTTTATGCTAAATTTTCTTATATTTTGTTGT
129 ATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTT-TGGT
* * * * * * *
26258 TAAAACAGATTATAATTGAATGTTTGCCTAGGGAAACATAAAGAAAAAACCACTCATTGCCATGA
1 TAAAACAGATTATAATTGAATGTTTGCCTTGAGAAACATGAAGAAAAACCCATTCATTGGCAAGA
** * * * * * * *
26323 AAAATCTAATTATAGTTACCC-ATTCCTTCAAAAGCCTTACTACTCACTTTAAATGGTTTTGTAA
66 AAAGCCCATTTATAGTCACCCAAGT-CTTCAAAAGCCTTATTACTCATTTTAAATGGTTTTATAA
* * * *
26387 ACTCA-ATATTGATTTGAAGTTGAATGTTTTTTATATTTTTTGT
130 TCTCATA-ATTGATTTTAAGTTGAAT-TTTTTTACATTTTTGGT
* * * * * * *
26430 TAAAACATATTATAATTTAATATTTGCCTTAAGAAGCATGAAAAAAAACCAATTCATTGAG-AAG
1 TAAAACAGATTATAATTGAATGTTTGCCTTGAGAAACATGAAGAAAAACCCATTCATTG-GCAAG
* * * * * *
26494 AAAAGCCCAGTTATAGTCACCTAAGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGTTTTAAATAGTTTTATAA
65 AAAAGCCCATTTATAGTCACCCAAGTCTTCAAAAGCCTTATTACTCATTTTAAATGGTTTTATAA
*
26559 TCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTGTTTTTACATTTTTGGT
130 TCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATT-TTTTTACATTTTTGGT
* * * ** * *
26602 TAAAATAAATTATAGTTGAATGTTTGCCTCAAGAAACATGAAGAAAAACCCTTTCATTGGTAAGA
1 TAAAACAGATTATAATTGAATGTTTGCCTTGAGAAACATGAAGAAAAACCCATTCATTGGCAAGA
** * * *
26667 AAAATCCATTTATAGTCACCGAA-ACTTTCAAAAGCCTTATTGCTC-TCTTTAAATGGTTTTATA
66 AAAGCCCATTTATAGTCACCCAAGTC-TTCAAAAGCCTTATTACTCAT-TTTAAATGGTTTTATA
* * *
26730 ACCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTCTTACATTTTTGGT
129 ATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGT
* * **
26773 TAAAACAGATTATAATTGAATGTTTACCTTGAGAAACATGAAGAAAAGA-CCATTCATTAGCTCG
1 TAAAACAGATTATAATTGAATGTTTGCCTTGAGAAACATGAAGAAAA-ACCCATTCATTGGCAAG
* * * * * * * * *
26837 AAATGTCAAATTATAATCACTCAA-TCCTTCAAAAGTCTTATTACTCACTTTAAATGGATTTATA
65 AAAAGCCCATTTATAGTCACCCAAGT-CTTCAAAAGCCTTATTACTCATTTTAAATGGTTTTATA
* * * *
26901 ACCTCATAATTGATTTTAAGTTGACTTGTTTTACATTTTTAGT
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* *
26944 TTAAACAGATTATAATTGAATGTTTGCCTTTG-GAAACATGAGGAAAAACCCATTCATTGGCAAG
1 TAAAACAGATTATAATTGAATGTTTGCC-TTGAGAAACATGAAGAAAAACCCATTCATTGGCAAG
* * * ** * * * **
27008 CAAAGTCCAATTATAGTCACCCATTTCTTCAAAAGCCTTACTACT-ACCTTTAAAGGGTTTGGTA
65 AAAAGCCCATTTATAGTCACCCAAGTCTTCAAAAGCCTTATTACTCA-TTTTAAATGGTTTTATA
* * * *
27072 GTCTCACAATTGATTTGAAGTTGAATTTTTTTACA--TTTAGT
129 ATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGT
*
27113 TAAAACAAATTATAATTGAATG-TTGCCTTGAGAAACATGAAGAAAAACCCATT
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* * * * * *
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* * ** * * ** * *
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* * * * * * *
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* * * *
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* *****
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***
25657 NNN
511 AAA
** * * * *
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** *
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* * * * * ** * **
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********** * * * *
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* * *
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* * ****************
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* * * *
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*
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*
26172 AAG
511 AAA
* * **
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1 CCTTCAAAAGCCTTATTGCTCGCTTTAAATGGTTTTATAACCTCATAATTGATTTTATATTAAAT
* * *
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* * * *
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* * **
26368 ACTTTAAATGGTTTTGTAAACTCAATATTGATTTGAAGTTGAATGTTTTTTATATTTTTTGTTAA
192 ACTTTAAATGGTTTTATAAACTCAATATTGATTTGAAGTTGAATGTTTTTTACATTTTGAGTTAA
* * *
26433 AACATATTATAATTTAATATTTGCCTTAAGAAGCATGAAAAAAAACCAATTCATTGAGAAGAAAA
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*
26498 GCCCAGTTATAGTCACCTAAGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGT-TTTAAATAGTTTTATAATCT
322 GCCCAGTTATAGTCACCTAAGCCTTCGAAAGCCTTATTACTC-TCTTTAAATAGTTTTATAACCT
* * * *
26562 CATAATTGATTTTAAGTTAAATTGTTTTTACATTTTTGGTTAAAATAAATTATAGTTGAATGTTT
386 CATAATTGATTTTAAGTTGAATT-CTCTTACATTTTTGGTTAAAATAAATTATAATTGAATGTTT
** * * * * *
26627 GCCTCAAGAAACATGAAGAAAAACCCTTTCATTGGTAAGAAAAATCCATTTATAGTCACCGAAA
450 GCCTTGAGAAACATGAAGAAAAACCCATTCATTGGCAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACCCAAA
* *
26691 CTTTCAAAAGCCTTATTGCTCTCTTTAAATGGTTTTATAACCTCATAATTGATTTTA-AGTTAAA
1 CCTTCAAAAGCCTTATTGCTCGCTTTAAATGGTTTTATAACCTCATAATTGATTTTATA-TTAAA
* *
26755 TTTTCTTACATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTACCTT-GAGAAACATGAAGAAA
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* *** * * * * * *
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* * * * * *
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190 TCACTTTAAATGGTTTTATAAACTCAAT-ATTGATTTGAAGTTGAATGTTTTTTACATTTTGAGT
* * ** ** *
26944 TTAAACAGATTATAATTGAATGTTTGCCTTTGGAAACATGAGGAAAAACCCATTCATTG-GCAAG
254 TAAAACAGATTATAATTGAATATTTGCCTTAAGAAACATGAAAAAAAACCAATTCATTGAG-AAG
* * * * *** * * ** **
27008 CAAAGTCCAATTATAGTCACCCATTTCTTCAAAAGCCTTACTACTAC-CTTTAAAGGGTTTGGTA
318 AAAAGCCCAGTTATAGTCACCTAAGCCTTCGAAAGCCTTATTACT-CTCTTTAAATAGTTTTATA
** * * * * * *
27072 GTCTCACAATTGATTTGAAGTTGAATTTTTTTACA--TTTAGTTAAAACAAATTATAATTGAATG
382 ACCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTCTCTTACATTTTTGGTTAAAATAAATTATAATTGAATG
*
27135 -TTGCCTTGAGAAACATGAAGAAAAACCCA-T--TT---------A--C-----A-A-TCACCTA
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*
27178 AG
512 AA
** * * * * * ** *
27180 CCTTTGAAAGCCTTATTACTCTCTTTACACGG-TTTAAAAATTCATAATTGATTTTA-AGTTGAA
1 CCTTCAAAAGCCTTATTGCTCGCTTTAAATGGTTTTATAACCTCATAATTGATTTTATA-TTAAA
* * * * * **
27243 TTTTCTTATATTTTTGGTTAAAAGATATTATAATTGAATG-TTATCCTTAAAAAACGTGAAGAAA
65 TTTTCTTACATTTTTTGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTA-CCTTAGAAAACAAGAAGAAA
* ** * ** * * * * *
27307 AAGCCATTCATTGATATGAAAAGTCTAATTATAGTCACCTAATCCCTT-AAAAGCCTTATTACTC
129 AA-CCACTCATTGCCAAGAAAAACCCAATTATAGTTACC-CATACCTTCAAAAGCCTTACTACTC
* * * * * *
27371 GCTTTAAATGGTTTAATAACCTC-ATAATTGCTTTTAAGTTTAA--TTTTTTACATTTCTG-GTT
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* * * * * *
27432 AAAACAAATTATAATTGAATGTTTACCTTAGGAAACGTGAAAAAAAAGTC-ATTCATTG-GCAAG
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* * * * ** * ** * * *
27495 AAAAGTCTAATTATAGTTATCC-ATTCTTTTAAAAGCCTTACTACTC-CTTTTAAATAATTTTGT
318 AAAAGCCCAGTTATAGTCA-CCTAAGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCTC-TTTAAATAGTTTTAT
* * * * * * *
27558 AATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTTACATTTTT-TTTAAAACAGATTATAAATGAA
381 AACCTCATAATTGATTTTAAGTTGAA-TTCTCTTACATTTTTGGTTAAAATAAATTATAATTGAA
* * ** ** * *
27622 TGCTTGCCTTGGGAAATGTGAAGAAAAAATCATTCATTGGCAAGAAAAGT-TCAATTATAGTCAA
445 TGTTTGCCTTGAGAAACATGAAGAAAAACCCATTCATTGGCAAGAAAAGTCT-ATTTATAGTCAC
**
27686 CCATT
509 CCAAA
* ** * * * * * *
27691 GCTTCAAAAGTTTTACTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGACTTTA-AGTTGAA
1 CCTTCAAAAGCCTTATTGCTCGCTTTAAATGGTTTTATAACCTCATAATTGATTTTATA-TTAAA
* * * * * *
27755 TTTTTTTACATTGTTTGTTAAAACAG-TT-TAATTGAATGTTTGCCATAGGAAACATGAAGAAAA
65 TTTTCTTACATTTTTTGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTACCTTAGAAAACAAGAAGAAAA
* * ** * * * * * * * * **
27818 AGCCATTTATTGAGAAGAAAAGCTCATTTATAGTCACTCAAACCTTCAAAAGCTTTATTACTTGC
130 A-CCACTCATTGCCAAGAAAAACCCAATTATAGTTACCCATACCTTCAAAAGCCTTACTACTCAC
* * * * * *
27883 TTTAAATGGTTTTATAATCT-GATAATTAATTTTAAGTTTAAT-TTTTTTACATCTTT-AGTAAA
194 TTTAAATGGTTTTATAAACTCAAT-ATTGATTTGAAGTTGAATGTTTTTTACAT-TTTGAGTTAA
* * * * * ** *
27945 AACAGATTATAATTGAAT-GTTGACCTCAGGAAATATGAAGAAAAACCCGTTCATTGATAAGAAA
257 AACAGATTATAATTGAATATTTG-CCTTAAGAAACATGAAAAAAAACCAATTCATTGAGAAGAAA
* ** * * * * *
28009 AGTCCTTTTATAGTCA-CTCAAGCCTTCAAAAGCTTTATTACACGCTTTAAATAGTTTTATAATC
321 AGCCCAGTTATAGTCACCT-AAGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCTCTTTAAATAGTTTTATAACC
* * * * * * * * * *
28073 TCTTAATTAATTTTAAATTTAATT-TTTTCATATTTTTAGTTCAAACAGATTATAATTGAATGTT
385 TCATAATTGATTTTAAGTTGAATTCTCTT-ACATTTTTGGTTAAAATAAATTATAATTGAATGTT
* * * * ** ** *
28137 T---TTAAGGAAAAAATGAACAAAAAGCCATTTTTTGATAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCA
449 TGCCTTGA-G-AAACATGAAGAAAAACCCATTCATTGGCAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACCCA
28199 AA
512 AA
* * * * *
28201 CCTTCGAAAGCTTTATTACTTGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTA-AGTTGAA
1 CCTTCAAAAGCCTTATTGCTCGCTTTAAATGGTTTTATAACCTCATAATTGATTTTATA-TT-AA
* * * * * * *
28265 TTTTTTTTACATTTTTAGTTAAAACAGATTATAATTTAATGTTTGCCCT-GAGAAACATGAAGAA
64 ATTTTCTTACATTTTTTGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTACCTTAGA-AAACAAGAAGAA
* * **** * * * * * * *
28329 AAACTAATTCATTGGTGCGAAAAGCCCATTTACAGTCACCCAAAACTTCAAAAGCCTTATTACTC
128 AAAC-CACTCATTGCCAAGAAAAACCCAATTATAGTTACCCATACCTTCAAAAGCCTTACTACTC
* * * *
28394 GCTTTAAATAGTTTTATAACCTC-ATAATTTG-TTTTAAGTTGAAT-TTTTTTACATTTTTG-GT
192 ACTTTAAATGGTTTTATAAACTCAAT-A-TTGATTTGAAGTTGAATGTTTTTTACA-TTTTGAGT
* * * * ** * **
28455 AAAAACATATTATAATTGAATGTTTACCTTGGGTAACATGAAGAAAAAGTC-ATTCATTG-GCAA
254 TAAAACAGATTATAATTGAATATTTGCCTTAAGAAACATGAA-AAAAAACCAATTCATTGAG-AA
*** * * * * * * *
28518 GAAAAGTATAATTATAGTCACCTATTG-CTTCGAAAGTCTTACTACTCACTTTAAATGGCTTTAT
317 GAAAAGCCCAGTTATAGTCACCTA-AGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCTCTTTAAATAGTTTTAT
** * * * * * * *
28582 AATTTCATAATTGACTTTAAGTTGAATTTTTTTTATATTATTGGTTAAAACAGATTATAATTGAA
381 AACCTCATAATTGATTTTAAGTTGAA-TTCTCTTACATTTTTGGTTAAAATAAATTATAATTGAA
* * * ** * * *
28647 TGTTTGCATTGGGAAACATGAAGAGAAAGTCATTTATTGACAAAAAAAAGTCTATTTATAGTCAC
445 TGTTTGCCTTGAGAAACATGAAGAAAAACCCATTCATTGGC-AAGAAAAGTCTATTTATAGTCAC
28712 CCAAA
509 CCAAA
* * * * ** * * * * *
28717 CTTTCAAAAGCTTTATTACTTGCTTTAAATAATTTTATAATCTCATATTTGACTTTGA-GTTGAA
1 CCTTCAAAAGCCTTATTGCTCGCTTTAAATGGTTTTATAACCTCATAATTGA-TTTTATATTAAA
* * * * *
28781 -TTTCTTTACATTTTTAGTTAAAATAGATTATAACTGAATGTTTACCGTAGAAAACATGAAGAAA
65 TTTTC-TTACATTTTTTGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTACCTTAGAAAACAAGAAGAAA
* * * * ** * * * * *
28845 AAGTCATTCTTTGGCAAGAAAAGTCCAATTATAGTCACTCATTCCTTTAAAAGCCTTACTACTCG
129 AA-CCACTCATTGCCAAGAAAAACCCAATTATAGTTACCCATACCTTCAAAAGCCTTACTACTCA
** * *
28910 CTTTAAATGGTTTTATATTCTC-ATAATTGACTTT-CAGTTGAAT-TTTTTTACATTTTTAGTTA
193 CTTTAAATGGTTTTATAAACTCAAT-ATTGA-TTTGAAGTTGAATGTTTTTTACATTTTGAGTTA
* * * * *
28972 AAATAGATTATAATTGAATATTTACCTTAAGAAACATGAAGAAAAGATC-ATTTATT-AGTAAGA
256 AAACAGATTATAATTGAATATTTGCCTTAAGAAACATGAA-AAAAAACCAATTCATTGAG-AAGA
* * * * * * *
29035 AAAGCCCATTTATAGTCACCCAAGCTTTCAAAAGCTTTATTTCT-TCCTTTAAATGGTTTTATAA
319 AAAGCCCAGTTATAGTCACCTAAGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCT-CTTTAAATAGTTTTATAA
* * * * *
29099 TCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTCTTT-GTTAAAACAGAA-TATAATTGAGT
383 CCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTCTCTTACATT-TTTGGTTAAAATA-AATTATAATTGAAT
* * * * * * * * * **
29162 GTCTGTCTCGAGAAATATGATGAAAAAGCTATTCATTGACAAGAAAAGTTTATTTATAGTCACTT
446 GTTTGCCTTGAGAAACATGAAGAAAAACCCATTCATTGGCAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACCC
*
29227 AAG
511 AAA
* * * * * * * * *
29230 CTTTCGAAAGCCTCATTTCTCGCTTTAAATGTGTTTTATTATCTTATAATTGATTTTA-AGCTGA
1 CCTTCAAAAGCCTTATTGCTCGCTTTAAATG-GTTTTATAACCTCATAATTGATTTTATA-TTAA
* * * * * *
29294 ATGTTTC-TACA-TTTTTGATTAAAATATATTAAAATTGAATGTCTACC-TAGTGAAACGTA-AA
64 AT-TTTCTTACATTTTTTG-TTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTACCTTAG-AAAAC-AAGAA
** * * ** * * * * *
29355 GTAAAAGTCA-TCCATTGGCATA-CAAAGTCCACTTATAGTCACTCA-AGCCTTCGAAAGCCTCA
125 G-AAAAACCACT-CATTGCCA-AGAAAAACCCAATTATAGTTACCCATA-CCTTCAAAAGCCTTA
* ** * * * ** * *
29417 TTACTTGCTTGATATGGTTTTAT-AATTTTATAATTGATTTTGGA-TTGAA--TATTTTACATTT
186 CTACTCACTTTAAATGGTTTTATAAACTCAAT-ATTGA-TTTGAAGTTGAATGTTTTTTACATTT
* ** * * * * * ** * *
29478 TTAGTTAAAA-TTATTATAATTGACTGTCTGCCTTGAGAAACATGAAGAAAAATAAATTTAATGA
249 TGAGTTAAAACAGATTATAATTGAATATTTGCCTTAAGAAACATGAAAAAAAACCAATTCATTGA
* ** * * * * * * * * * **
29542 CAAGAAAAGTACATTTGTTGTCACCCATGTCTTCGAAAGCCCTACTACTCACTTTAAACGGTTTT
314 GAAGAAAAGCCCAGTTATAGTCACCTAAGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCTCTTTAAATAGTTTT
* * * * * * * * *
29607 ATAATCTCATAATAGATTTTAGGTTGAATTTTTTTACATTTGTGGTTAAAACATATTACAATTGA
379 ATAACCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTCTCTTACATTTTTGGTTAAAATAAATTATAATTGA
* ** * * * *
29672 ATGTTTGCCTCG-GAAACATGAAGAAAATTCAATTCATTAGCAAGAAAAGCCCATTTATAGTCAC
444 ATGTTTGCCTTGAGAAACATGAAGAAAAACCCATTCATTGGCAAGAAAAGTCTATTTATAGTCAC
* **
29736 TCATT
509 CCAAA
* *** * * * * *********** *
29741 CCTTCGAAAGCCTTACCACTCACTTTAAATAGTTTTGTAATCTCATAACNNNNNNNNNNTTCAAT
1 CCTTCAAAAGCCTTATTGCTCGCTTTAAATGGTTTTATAACCTCATAATTGATTTTATATTAAAT
* * * * ** *
29806 TTTTTTACATTTTTAGTTAAAATAGATTATAATTTAATGTTTGTC-T-CAAAACATATGAAGAAA
66 TTTCTTACATTTTTTGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTACCTTAGAAAACA-A-GAAGAAA
* * *
29869 AACTCATTCATTAG-CAAGAAAAACCCATTTATA-TTCACCCA-AGCCTTCAAAAGCCTTATTAC
129 AAC-CACTCATT-GCCAAGAAAAACCCAATTATAGTT-ACCCATA-CCTTCAAAAGCCTTACTAC
* * *
29931 T--CTTTATATATAGTTTTATAACCTC-ATAATT-AGTTTTAAGTTGAAT-TTTTTTACATTTTT
190 TCACTTTA-A-ATGGTTTTATAAACTCAAT-ATTGA-TTTGAAGTTGAATGTTTTTTACA-TTTT
* * ** * **
29991 G-GTTAAAACAGATTATAATT-AATTGTTTTCCTTGGGAAACATGAAGAAAAATTAATTCATTG-
250 GAGTTAAAACAGATTATAATTGAA-TATTTGCCTTAAGAAACATGAAAAAAAACCAATTCATTGA
* * * ** * * * * *
30053 GTAAGAAAAGTCCAATTATAGTCACTTATTCTTTCAAAAGCCTTACTACTCGCTTTAAATGGTTT
314 G-AAGAAAAGCCCAGTTATAGTCACCTAAGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCTCTTTAAATAGTTT
** * * ** * *
30118 TATAGTCTCATAATTGACTTTAAGTTGAATTCTTTTACATTTTTTATTAAAGTAGATTATAATTG
378 TATAACCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTCTCTTACATTTTTGGTTAAAATAAATTATAATTG
* ** * * * * ** * *
30183 AATGTTTTCCTT-AGTAAATGTGAAGAAAAAGCTATTTACTGGCAAGAAAAACCCATTTATAATC
443 AATGTTTGCCTTGAG-AAACATGAAGAAAAACCCATTCATTGGCAAGAAAAGTCTATTTATAGTC
*
30247 ACCCAAG
507 ACCCAAA
* * * * * * ********* *
30254 CCTTCGAAAGCTTTATTACTTGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATANNNNNNNNNNA-GTTAAA
1 CCTTCAAAAGCCTTATTGCTCGCTTTAAATGGTTTTATAACCTCATA-ATTGATTTTATATTAAA
* * * * * * ** *
30318 TTTTTTTATATTTTTAGTTAAAATAGAATATAATTGAATGTCTGTCTTAGAAAACATGAAGAAAA
65 TTTTCTTACATTTTTTGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTACCTTAGAAAACAAGAAGAAAA
* * * * * * ** * *
30383 AGCCATTCATTGACAA-AAAAAGTCCATTTGTAGTCACTTA-AGCTTTCAAAAGCCTTATTACTC
130 A-CCACTCATTGCCAAGAAAAA-CCCAATTATAGTTACCCATA-CCTTCAAAAGCCTTACTACTC
* * ********** *
30446 GCTTTAAATTGGTTTTATAATCTC-ATAATTGANNNNNNNNNNAATG-TTTTTACATTTTTA-TT
192 ACTTTAAA-TGGTTTTATAAACTCAAT-ATTGATTTGAAGTTGAATGTTTTTTACATTTTGAGTT
* * * * ** * * ***
30508 AAAATAGATTATAATTGAATGTTTGCTTTGAGAAATGTGGAGAAAAACCAATTCATTCTCAAGAT
255 AAAACAGATTATAATTGAATATTTGCCTTAAGAAACATGAAAAAAAACCAATTCATTGAGAAGA-
* * * *
30573 AAA-CCTATTTATAGTCACCCAAGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAA
319 AAAGCCCAGTTATAGTCACCTAAGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCTCTTTAAA
30625 NNNNNNNNNN
Statistics
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Matches are distributed among these distances:
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Consensus pattern (513 bp):
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TTTCTTACATTTTTTGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTACCTTAGAAAACAAGAAGAAAAA
CCACTCATTGCCAAGAAAAACCCAATTATAGTTACCCATACCTTCAAAAGCCTTACTACTCACTT
TAAATGGTTTTATAAACTCAATATTGATTTGAAGTTGAATGTTTTTTACATTTTGAGTTAAAACA
GATTATAATTGAATATTTGCCTTAAGAAACATGAAAAAAAACCAATTCATTGAGAAGAAAAGCCC
AGTTATAGTCACCTAAGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCTCTTTAAATAGTTTTATAACCTCATAA
TTGATTTTAAGTTGAATTCTCTTACATTTTTGGTTAAAATAAATTATAATTGAATGTTTGCCTTG
AGAAACATGAAGAAAAACCCATTCATTGGCAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACCCAAA
Found at i:27709 original size:171 final size:170
Alignment explanation
Indices: 27186--30624 Score: 2770
Period size: 171 Copynumber: 20.1 Consensus size: 170
27176 TAAGCCTTTG
* * * * * *
27186 AAAGCCTTATTACTCTCTTTACACGGTTTAAAAAT-TCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTCTT
1 AAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTT
* * * * *** * *
27250 ATATTTTTGGTTAAAAGATATTATAATTGAATGTTAT-CCTTAAAAAACGTGAAGAAAAAGCCAT
66 ACATTTTTAGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTT-TGCCTTGGGAAACATGAAGAAAAAGTCAT
** * * * **
27314 TCATTGATATGAAAAGTCTAATTATAGTCACCTAATCCCTT-A
130 TCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACC--ATAGCTTCA
* * * *
27356 AAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTAATAACCTCATAATTGCTTTTAAGTTTAA-TTTTTT
1 AAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTT
* * * * * * *
27420 ACATTTCTGGTTAAAACAAATTATAATTGAATGTTTACCTTAGGAAACGTGAAAAAAAAGTCATT
66 ACATTTTTAGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTGCCTTGGGAAACATGAAGAAAAAGTCATT
* * * * *
27485 CATTGGCAAGAAAAGTCTAATTATAGTTATCCAT-TCTTTTA
131 CATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCA-CCATAGC-TTCA
* ** *
27526 AAAGCCTTACTACTC-CTTTTAAATAATTTTGTAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTT
1 AAAGCCTTATTACTCGC-TTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAA-TTTTT
* * * ** *
27590 TTACATTTTT-TTTAAAACAGATTATAAATGAATGCTTGCCTTGGGAAATGTGAAGAAAAAATCA
64 TTACATTTTTAGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTGCCTTGGGAAACATGAAGAAAAAGTCA
* * *
27654 TTCATTGGCAAGAAAAGTTCAATTATAGTCAACCATTGCTTCA
129 TTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTC-ACCATAGCTTCA
** * * *
27697 AAAGTTTTACTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGACTTTAAGTTGAATTTTTTT
1 AAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTT
* * *
27762 ACATTGTTT-GTTAAAACAG-TT-TAATTGAATGTTTGCCATAGGAAACATGAAGAAAAAGCCAT
66 ACATT-TTTAGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTGCCTTGGGAAACATGAAGAAAAAGTCAT
* * *
27824 TTATTGAG-AAGAAAAG-CTCATTTATAGTCACTCAAACCTTCA
130 TCATTG-GCAAGAAAAGTC-CATTTATAGTCAC-CATAGCTTCA
* * * * *
27866 AAAGCTTTATTACTTGCTTTAAATGGTTTTATAATCTGATAATTAATTTTAAGTTTAATTTTTTT
1 AAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTT
* * ** * ** *
27931 ACATCTTTAGTAAAAACAGATTATAATTGAATG-TTGACCTCAGGAAATATGAAGAAAAACCCGT
66 ACATTTTTAGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTG-CCTTGGGAAACATGAAGAAAAAGTCAT
** *
27995 TCATTGATAAGAAAAGTCCTTTTATAGTCACTCA-AGCCTTCA
130 TCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCAC-CATAG-CTTCA
* * * * * * * *
28037 AAAGCTTTATTACACGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCTTAATTAATTTTAAATTTAATTTTTTC
1 AAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTT
* * * * * *
28102 ATATTTTTAGTTCAAACAGATTATAATTGAATGTTT---TTAAGGAAAAAATGAACAAAAAGCCA
66 ACATTTTTAGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTGCCTT--GGGAAACATGAAGAAAAAGTCA
** ** * * *
28164 TTTTTTGATAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCAAACCTTCG
129 TTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCA-CCATAGCTTCA
* *
28207 AAAGCTTTATTACTTGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTT
1 AAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAA-TTTTTT
* * * * *
28272 TACATTTTTAGTTAAAACAGATTATAATTTAATGTTTGCCCTGAGAAACATGAAGAAAAACTAAT
65 TACATTTTTAGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTGCCTTGGGAAACATGAAGAAAAAGTCAT
*** * * * *
28337 TCATTGGTGCGAAAAGCCCATTTACAGTCACCCAAAACTTCA
130 TCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCA-CCATAGCTTCA
* *
28379 AAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAACCTCATAATTTG-TTTTAAGTTGAATTTTTT
1 AAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAA-TTGATTTTAAGTTGAATTTTTT
* * * * *
28443 TACATTTTTGGTAAAAACATATTATAATTGAATGTTTACCTTGGGTAACATGAAGAAAAAGTCAT
65 TACATTTTTAGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTGCCTTGGGAAACATGAAGAAAAAGTCAT
** * * *
28508 TCATTGGCAAGAAAAGTATAATTATAGTCACCTATTGCTTCG
130 TCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACC-ATAGCTTCA
* * * * * *
28550 AAAGTCTTACTACTCACTTTAAATGGCTTTATAATTTCATAATTGACTTTAAGTTGAATTTTTTT
1 AAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAA-TTTTTT
* * * * *
28615 TATATTATTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTGCATTGGGAAACATGAAGAGAAAGTCAT
65 TACATTTTTAGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTGCCTTGGGAAACATGAAGAAAAAGTCAT
* * * * *
28680 TTATTGACAAAAAAAAGTCTATTTATAGTCACCCA-AACTTTCA
130 TCATTGGC-AAGAAAAGTCCATTTATAGTCA-CCATAGC-TTCA
* * ** * * * *
28723 AAAGCTTTATTACTTGCTTTAAATAATTTTATAATCTCATATTTGACTTTGAGTTGAATTTCTTT
1 AAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTT
* * * * * *
28788 ACATTTTTAGTTAAAATAGATTATAACTGAATGTTTACCGTAGAAAACATGAAGAAAAAGTCATT
66 ACATTTTTAGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTGCCTTGGGAAACATGAAGAAAAAGTCATT
* * ** *
28853 CTTTGGCAAGAAAAGTCCAATTATAGTCACTCATTCCTTTA
131 CATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCAC-CATAGCTTCA
* * * *
28894 AAAGCCTTACTACTCGCTTTAAATGGTTTTATATTCTCATAATTGACTTTCAGTTGAATTTTTTT
1 AAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTT
* * * **
28959 ACATTTTTAGTTAAAATAGATTATAATTGAATATTTACCTTAAGAAACATGAAG-AAAAGATCAT
66 ACATTTTTAGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTGCCTTGGGAAACATGAAGAAAAAG-TCAT
* * * *
29023 TTATTAGTAAGAAAAGCCCATTTATAGTCACCCA-AGCTTTCA
130 TCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCA-CCATAGC-TTCA
* *
29065 AAAGCTTTATTTCTTC-CTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTT
1 AAAGCCTTATTAC-TCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTT
* * * * * * * *
29129 TACATTCTTT-GTTAAAACAGAATATAATTGAGTGTCTGTCTCGAGAAATATGATGAAAAAG-CT
65 TACATT-TTTAGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTGCCTTGGGAAACATGAAGAAAAAGTC-
* ** * *
29192 ATTCATTGACAAGAAAAGTTTATTTATAGTCA-CTTAAGCTTTCG
128 ATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCAT-AGC-TTCA
* * * * * * *
29236 AAAGCCTCATTTCTCGCTTTAAATGTGTTTTATTATCTTATAATTGATTTTAAGCTGAATGTTTC
1 AAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATG-GTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTT
* * * * * * * * * *
29301 TACATTTTT-GATTAAAATATATTAAAATTGAATGTCTACCTAGTGAAACGTAAAGTAAAAGTCA
65 TACATTTTTAG-TTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTGCCTTGGGAAACATGAAGAAAAAGTCA
* * * *
29365 TCCATTGGCATA-CAAAGTCCACTTATAGTCACTCA-AGCCTTCG
129 TTCATTGGCA-AGAAAAGTCCATTTATAGTCAC-CATAG-CTTCA
* * * * * * * *
29408 AAAGCCTCATTACTTGCTTGATATGGTTTTATAATTTTATAATTGATTTT-GGATTGAA-TATTT
1 AAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAG-TTGAATTTTTT
** * * * *
29471 TACATTTTTAGTTAAAA-TTATTATAATTGACTGTCTGCCTTGAGAAACATGAAGAAAAA-TAAA
65 TACATTTTTAGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTGCCTTGGGAAACATGAAGAAAAAGT-CA
* * * * * * *
29534 TTTAATGACAAGAAAAGTACATTTGTTGTCACCCAT-GTCTTCG
129 TTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCA-CCATAG-CTTCA
* * * * * *
29577 AAAGCCCTACTACTCACTTTAAACGGTTTTATAATCTCATAATAGATTTTAGGTTGAATTTTTTT
1 AAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTT
* * * * * *
29642 ACATTTGTGGTTAAAACATATTACAATTGAATGTTTGCC-TCGGAAACATGAAG-AAAATTCAAT
66 ACATTTTTAGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTGCCTTGGGAAACATGAAGAAAAAGTC-AT
* * ** *
29705 TCATTAGCAAGAAAAGCCCATTTATAGTCACTCATTCCTTCG
130 TCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCAC-CATAGCTTCA
** * * * *********** *
29747 AAAGCCTTACCACTCACTTTAAATAGTTTTGTAATCTCATAACNNNNNNNNNNTTCAATTTTTTT
1 AAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTT
* * * ** *
29812 ACATTTTTAGTTAAAATAGATTATAATTTAATGTTTGTC-T-CAAAACATATGAAGAAAAACTCA
66 ACATTTTTAGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTGCCTTGGGAAAC--ATGAAGAAAAAGTCA
* ** *
29875 TTCATTAGCAAGAAAAACCCATTTATATTCACCCA-AGCCTTCA
129 TTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCA-CCATAG-CTTCA
* *
29918 AAAGCCTTATTACT--CTTTATATATAGTTTTATAACCTCATAATT-AGTTTTAAGTTGAATTTT
1 AAAGCCTTATTACTCGCTTTA-A-ATGGTTTTATAATCTCATAATTGA-TTTTAAGTTGAATTTT
* * *
29980 TTTACATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATT-AATTGTTTTCCTTGGGAAACATGAAGAAAAATT
63 TTTACATTTTTAGTTAAAACAGATTATAATTGAA-TGTTTGCCTTGGGAAACATGAAGAAAAAGT
* * * * *
30044 AATTCATTGGTAAGAAAAGTCCAATTATAGTCA-CTTATTCTTTCA
127 CATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCATA-GC-TTCA
* * * *
30089 AAAGCCTTACTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAGTCTCATAATTGACTTTAAGTTGAATTCTTTT
1 AAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTT
** * * * **
30154 ACATTTTTTA-TTAAAGTAGATTATAATTGAATGTTTTCCTTAGTAAATGTGAAGAAAAAG-CTA
66 ACA-TTTTTAGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTGCCTTGGGAAACATGAAGAAAAAGTC-A
* * ** * *
30217 TTTACTGGCAAGAAAAACCCATTTATAATCACCCA-AGCCTTCG
129 TTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCA-CCATAG-CTTCA
* * * ********** *
30260 AAAGCTTTATTACTTGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATANNNNNNNNNNAGTTAAATTTTTTT
1 AAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTT
* * * * * * * *
30325 ATATTTTTAGTTAAAATAGAATATAATTGAATGTCTGTCTTAGAAAACATGAAGAAAAAGCCATT
66 ACATTTTTAGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTGCCTTGGGAAACATGAAGAAAAAGTCATT
* * * *
30390 CATTGACAAAAAAAGTCCATTTGTAGTCA-CTTAAGCTTTCA
131 CATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCAT-AGC-TTCA
********** *
30431 AAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATTGGTTTTATAATCTCATAATTGANNNNNNNNNNAATGTTTT
1 AAAGCCTTATTACTCGCTTTAAA-TGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTT
* * * ** * *
30496 TACATTTTTA-TTAAAATAGATTATAATTGAATGTTTGCTTTGAGAAATGTGGAGAAAAA-CCAA
65 TACATTTTTAGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTGCCTTGGGAAACATGAAGAAAAAGTC-A
** *
30559 TTCATTCTCAAGATAAA--CCTATTTATAGTCACCCA-AGCCTTCG
129 TTCATTGGCAAGA-AAAGTCC-ATTTATAGTCA-CCATAG-CTTCA
30602 AAAGCCTTATTACTCGCTTTAAA
1 AAAGCCTTATTACTCGCTTTAAA
30625 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 2655, Mismatches: 509, Indels: 209
0.79 0.15 0.06
Matches are distributed among these distances:
168 9 0.00
169 262 0.10
170 483 0.18
171 1357 0.51
172 453 0.17
173 87 0.03
174 4 0.00
ACGTcount: A:0.35, C:0.13, G:0.12, T:0.39
Consensus pattern (170 bp):
AAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTT
ACATTTTTAGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTGCCTTGGGAAACATGAAGAAAAAGTCATT
CATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCATAGCTTCA
Found at i:31262 original size:171 final size:170
Alignment explanation
Indices: 30853--33452 Score: 2170
Period size: 171 Copynumber: 15.2 Consensus size: 170
30843 NNNNNATGAT
* * *
30853 CTCATAATTGATTTTAAATTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAA-ATTATTATAATTGAAAGT
1 CTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACA-GATTATAATTGAATGT
* * ** *
30917 TTGCCTTGAAAAACATGAAG-AAAACCTCATTCATTGGCAAGAAAAATCCATTTATAGTCACCTA
65 TTGCCTTG-GAAACATAAAGAAAAACC-CATTCATTGGCAAGAAAAGCCCATTTATAGTCACCCA
*
30981 AGCCTTC-AAAGCCTTATTACTCTCTTTAAATGGTTTTATAAC
128 ATCCTTCAAAAGCCTTATTACTCTCTTTAAATGGTTTTATAAC
** **
31023 CTCATAATTGA-TTTAAGTTGAATTTTCCTACATTTTTGAATAAAACAGATTATAATTGAATGTT
1 CTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTT
* * ** * * * * * * *
31087 TGCCTTGGAAACATAAAGAAAAAACTATTCATTGATATGGAAAGCCCAATGATAGCCATCTAATC
66 TGCCTTGGAAACATAAAGAAAAACCCATTCATTGGCAAGAAAAGCCCATTTATAGTCACCCAATC
* * * *
31152 TTTCAAAAGCCTTATTATTCGCTTTAAATGATTTTATAAC
131 CTTCAAAAGCCTTATTACTCTCTTTAAATGGTTTTATAAC
* * * * * *
31192 CGT-ATAATTAACTTTAAGTTAAATTTTTTTTACATTTTTGGTTAGAATAGATTATAGTTGAATG
1 C-TCATAATTGATTTTAAGTTGAA-TTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATG
* * * *** *
31256 TTTGCCTCTAGAAACATGAAGAAAAACCCTTTCATTGGCACTTAAAGCTCATTTATAGTCACCCA
64 TTTGCCT-TGGAAACATAAAGAAAAACCCATTCATTGGCAAGAAAAGCCCATTTATAGTCACCCA
* * **********
31321 AGCCTTTAAAAGCCTTATNNNNNNNNNNAAATGGTTTTATAAC
128 ATCCTTCAAAAGCCTTATTACTCTCTTTAAATGGTTTTATAAC
* * * ** * * *
31364 ATCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTCTTATATTTTTCATTGAAATAGATTATAATTAAATGTT
1 CTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTT
* * * * * * * * *
31429 TGACTCGAGAAATATGAAGAAAAACCCATCCATTGGCAGGGAAAGCCCATTTATAGTTACCTAAT
66 TGCCTTG-GAAACATAAAGAAAAACCCATTCATTGGCAAGAAAAGCCCATTTATAGTCACCCAAT
* * ******
31494 CTTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTNNNNNNNNN
130 CCTTCAAAAGCCTTATTACTCTCTTTAAATGGTTT---TATAAC
**************** * *
31538 NNNNNNNNNNNNNNNNAGTTTAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACATATTATAATTGAATGTT
1 CTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTT
* * * * * *
31603 TGCCTCAGGAAATATAAAGAAAAACCCGTTCATTGGTAAGAAAAACCCATTTATAGTCACCCAAG
66 TGCCT-TGGAAACATAAAGAAAAACCCATTCATTGGCAAGAAAAGCCCATTTATAGTCACCCAAT
* * * **
31668 CCTTCAAAAG-CTTCATTACTCGCTTTAAATTGCTTTATATT
130 CCTTCAAAAGCCTT-ATTACTCTCTTTAAATGGTTTTATAAC
* * * *
31709 CTCTTAATTCATTTTAAGTTCAAATTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTT
1 CTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTT
* ** * * ** * *
31774 TGCCTTAAGAAATGTAGAGAAAAACCAATCTCATAATTATTACTCTCAAGATAAGCCTATTTATA
66 TGCCTT-GGAAACATAAAGAAAAA-C---C-CAT--TCA-T--TGGCAAGAAAAGCCCATTTATA
* * * * * * *
31839 GTCACCCAAGCCTCCGAAAGCTTTATTACTCTCTCTAAATGGTTTTACAAT
120 GTCACCCAATCCTTCAAAAGCCTTATTACTCTCTTTAAATGGTTTTATAAC
* * ** * *
31890 CTCATAATTGATTTTACGTTTAA-TTTTTTACATTTTTCATTAAAA-AAATTATAATTTAATGTT
1 CTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTT
** * *** * ** *
31953 TGCCTCAAGAAACATGAAGAAAAAGGAATTCATTAGCTCGAAAAGCTCATTTATAGT----CAA-
66 TGCCT-TGGAAACATAAAGAAAAACCCATTCATTGGCAAGAAAAGCCCATTTATAGTCACCCAAT
* * * * *
32013 CTTTCGAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATGAT
130 CCTTCAAAAGCCTTATTACTCTCTTTAAATGGTTTTATAAC
* * ** *
32054 CTCATAATTGATTTTAAGTTGTATTTTTTTACATTTTTAGTTAAAATTGATTATAATTGAAAGTT
1 CTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTT
* *
32119 TACCTTGAGAAACATAAAGAAAAACCCATTCATTGGCAAGAAAAGCCCATTTATAGTCACCCAAG
66 TGCCTTG-GAAACATAAAGAAAAACCCATTCATTGGCAAGAAAAGCCCATTTATAGTCACCCAAT
* **
32184 CCTTTAAAAGCCTTATTACTCTCTTTAAACAGTTTTATAAC
130 CCTTCAAAAGCCTTATTACTCTCTTTAAATGGTTTTATAAC
* *
32225 CTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTCTTACATTTTTGGTTAAAATAGATTATAATTGAATGTT
1 CTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTT
* * * * ** * * * * * * *
32290 TGACTCTAGAAACATGACGAAAAACTGATCCATTAGCAGGGAAAGTCCATTTATAGTTACCTAAT
66 TGCCT-TGGAAACATAAAGAAAAACCCATTCATTGGCAAGAAAAGCCCATTTATAGTCACCCAAT
* * *
32355 CTTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTACAAC
130 CCTTCAAAAGCCTTATTACTCTCTTTAAATGGTTTTATAAC
* * * *
32396 CTTAAAATTGATTTTAAGTTTAATTTTTTTACATTTTTTGG-CAAAACAGATTATAATTGAATGT
1 CTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACA-TTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGT
* * * * *
32460 TTGCCTTGAGAAATATGAAGAAAAATCAATTCATTGGTAAGAAAAGCCCATTTATAGTCACCC-A
65 TTGCCTTG-GAAACATAAAGAAAAACCCATTCATTGGCAAGAAAAGCCCATTTATAGTCACCCAA
* * * * *
32524 TGCCTTCAAAAACTTTATTACTCGT-TTTAAACGATTTTATAAT
129 T-CCTTCAAAAGCCTTATTACTC-TCTTTAAATGGTTTTATAAC
* * * * *
32567 CTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTGTTTATACTCTTAGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTT
1 CTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTT
* * **
32632 TACCTCAGGAAACATAAAGAAAAACCCCA-TCATTGGCAAGAAAAGCCCATTTATAGTCACTTAA
66 TGCCT-TGGAAACATAAAGAAAAA-CCCATTCATTGGCAAGAAAAGCCCATTTATAGTCACCCAA
* * *
32696 GCCTTCTAAAGCCTTAATACTCTCTTTAAATGGTTTTATAAC
129 TCCTTCAAAAGCCTTATTACTCTCTTTAAATGGTTTTATAAC
* * * *
32738 CTCATAATTGATTTTAAGCTGAATTTTCTTACATTTTTAGTTAAAACAGATTATAATTCAATGTT
1 CTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTT
* * *** ** ** * * * * *
32803 TTCCATAGGAAACATAAAGAAAAAGTTATTCATTTTCATA-AAAAATCTAATTATAGTGATCCAT
66 TGCC-TTGGAAACATAAAGAAAAACCCATTCATTGGCA-AGAAAAGCCCATTTATAGTCACCCAA
* * * * *
32867 TCCTTCGAAAGCCTTACTACTCACTTTAAATGGTTTTGTAAA
129 TCCTTCAAAAGCCTTATTACTCTCTTTAAATGGTTTTATAAC
* * *
32909 CTCA-ATATTGATTTTAAGTTGAATGTTTTTTATATTTTT--TTAAAACATATTATAATTAAATG
1 CTCATA-ATTGATTTTAAGTTGAAT-TTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATG
* ** * *
32971 TTTTCCTCAAGAAACACAAAGAAAAACCCATTCATTGACAAGAAAAGCCCATTTATAGTCACCCA
64 TTTGCCT-TGGAAACATAAAGAAAAACCCATTCATTGGCAAGAAAAGCCCATTTATAGTCACCCA
* * * *
33036 AGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAAT
128 ATCCTTCAAAAGCCTTATTACTCTCTTTAAATGGTTTTATAAC
* * * ** * *
33079 CTCAGAATTGATTTTAAGTTGAATTTTATCATTTTTTTTGTTAAAACAGATTATAGTTGAATGTT
1 CTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTT
* ** *
33144 TGCCTTGGAAA-ATATGAAAAAAAACCCATTCATTGATAAGAAAAGCCCATTTATAGTCACTCAA
66 TGCCTTGGAAACATA--AAGAAAAACCCATTCATTGGCAAGAAAAGCCCATTTATAGTCACCCAA
* ** *
33208 TCCTTCACAAGCCTTATTACTCTCTTTACTTGGTTTTATAAG
129 TCCTTCAAAAGCCTTATTACTCTCTTTAAATGGTTTTATAAC
* * * * * * * *
33250 CTCATCATTAATTTTAAGCTAAATTTTCTTATATTTTTGGTTAAACCAGAATATAATTGAATGTT
1 CTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTT
** * * * * * *
33315 TGCCTTAGTCAACATGAAA-AAAAAGCCATTCATTGGTACA-AAAAGTCCAATTATAATCACTCA
66 TGCCTT-GGAAACAT-AAAGAAAAACCCATTCATTGGCA-AGAAAAGCCCATTTATAGTCACCCA
* * * * * * *
33378 ACCCTTTAAAAGCCTTATTACTTTGTTTAAATGATTTTATGAT
128 ATCCTTCAAAAGCCTTATTACTCTCTTTAAATGGTTTTATAAC
33421 CTCATAATTGATTTTAAGTTGAATATTTTTTA
1 CTCATAATTGATTTTAAGTTGAAT-TTTTTTA
33453 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 1925, Mismatches: 443, Indels: 122
0.77 0.18 0.05
Matches are distributed among these distances:
164 54 0.03
165 23 0.01
166 59 0.03
168 40 0.02
169 128 0.07
170 166 0.09
171 1064 0.55
172 128 0.07
173 5 0.00
174 121 0.06
175 2 0.00
176 2 0.00
178 2 0.00
179 35 0.02
180 20 0.01
181 74 0.04
182 2 0.00
ACGTcount: A:0.35, C:0.15, G:0.11, T:0.38
Consensus pattern (170 bp):
CTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTT
TGCCTTGGAAACATAAAGAAAAACCCATTCATTGGCAAGAAAAGCCCATTTATAGTCACCCAATC
CTTCAAAAGCCTTATTACTCTCTTTAAATGGTTTTATAAC
Found at i:33204 original size:512 final size:508
Alignment explanation
Indices: 30853--33452 Score: 2315
Period size: 512 Copynumber: 5.1 Consensus size: 508
30843 NNNNNATGAT
* * *
30853 CTCATAATTGATTTTAAATTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAAATTATTATAATTGAAA-GT
1 CTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTT-ATTAAAAA-GATTATAATT-AAATGT
* ** *
30917 TTGCCTTGAA-AAACATGAAG-AAAACCTCATTCATTGGCAAGAAAAATCCATTTATAGTCACCT
63 TTGCC-TCAAGAAACATGAAGAAAAACC-CATTCATTGGCAAGAAAAGCCCATTTATAGTCACCC
* *
30980 AAGCCTTC-AAAGCCTTATTACTCTCTTTAAATGGTTTTATAACCTCATAATTGA-TTTAAGTTG
126 AAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTG
** *
31043 AATTTTCCTACATTTTT-GAATAAAACAGATTATAATTGAATGTTTGCCTTGGAAACATAAAGAA
191 AATTTTTTTACATTTTTAG-TTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTGCCTTGGAAACATAAA-AA
* * * * * * * * * *
31107 AAAA-CTATTCATTGATATGGAAAGCCCAATGATAGCCA-TCTAATCTTTCAAAAGCCTTATTAT
254 AAAACCCATTCATTGGTAAGAAAAGCCCATTTATAGTCACTC-AAGCCTTCAAAAGCCTTATTAC
* * * *
31170 TCGCTTTAAATGATTTTATAACCGT-ATAATTAACTTTAAGTTAAATTTTTTTTACATTTTTGGT
318 TCTCTTTAAATGGTTTTATAACC-TCATAATTAATTTTAAGTTAAA-TTTTCTTACATTTTTGGT
* * * * *
31234 TAGAATAGATTATAGTTGAATGTTTGCCTCTAGAAACATGAAGAAAAACCCT-TTCATTGGCACT
381 TAAAACAGATTATAATTGAATGTTTG-C-CTAGAAACATAAAGAAAAA-CCTATTCATTTGCA-T
* * **********
31298 -TAAAG-CTCATTTATAGTCACCCAAGCCTTTAAAAGCCTTATNNNNNNNNNNAAATGGTTTTA-
442 AAAAAGTCT-ATTTATAGTCACCCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTAC
*
31360 TAA
506 AAA
* * *
31363 CATCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTCTTATATTTTTCATTGAAATAGATTATAATTAAATGT
1 C-TCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTT-ATT-AAAAAGATTATAATTAAATGT
* * * * * * * *
31428 TTGACTCGAGAAATATGAAGAAAAACCCATCCATTGGCAGGGAAAGCCCATTTATAGTTACCTAA
63 TTGCCTCAAGAAACATGAAGAAAAACCCATTCATTGGCAAGAAAAGCCCATTTATAGTCACCCAA
* * **********************
31493 TCTTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNAGTT
128 GCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTT---TATAATCTCATAATTGATTTTAAGTT
* * * * * *
31558 TAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACATATTATAATTGAATGTTTGCCTCAGGAAATATAAAGA
190 GAATTTTTTTACATTTTTAGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTGCCT-TGGAAACATAAAAA
* * *
31623 AAAACCCGTTCATTGGTAAGAAAAACCCATTTATAGTCACCCAAGCCTTCAAAAG-CTTCATTAC
254 AAAACCCATTCATTGGTAAGAAAAGCCCATTTATAGTCACTCAAGCCTTCAAAAGCCTT-ATTAC
* * * ** * *
31687 TCGCTTTAAATTGCTTTATATTCTCTTAATTCATTTTAAGTTCAAATTTT-TTACATTTTTGGTT
318 TCTCTTTAAATGGTTTTATAACCTCATAATTAATTTTAAGTT-AAATTTTCTTACATTTTTGGTT
** * * *
31751 AAAACAGATTATAATTGAATGTTTGCCTTAAGAAATGTAGAGAAAAACCAATCTCATAATTATTA
382 AAAACAGATTATAATTGAATGTTTGCC-T-AGAAACATAAAGAAAAACCTAT-TC---A-T-TTG
* * * * * * *
31816 CTCTCAAGATAAGCCTATTTATAGTCACCCAAGCCTCCGAAAGCTTTATTACTCTCTCTAAATGG
439 C-AT-AA-A-AAGTCTATTTATAGTCACCCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGG
*
31881 TTTTACAAT
500 TTTTACAAA
* * * *
31890 CTCATAATTGATTTTACGTTTAA-TTTTTTACATTTTTCATTAAAAAAATTATAATTTAATGTTT
1 CTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTT-ATTAAAAAGATTATAATTAAATGTTT
*** * ** *
31954 GCCTCAAGAAACATGAAGAAAAAGGAATTCATTAGCTCGAAAAGCTCATTTATAGT----CAA-C
65 GCCTCAAGAAACATGAAGAAAAACCCATTCATTGGCAAGAAAAGCCCATTTATAGTCACCCAAGC
* * * *
32014 TTTCGAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATGATCTCATAATTGATTTTAAGTTGTATT
130 CTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATT
** * * *
32079 TTTTTACATTTTTAGTTAAAATTGATTATAATTGAAAGTTTACCTTGAGAAACATAAAGAAAAAC
195 TTTTTACATTTTTAGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTGCCTTG-GAAACATAAAAAAAAAC
* * *
32144 CCATTCATTGGCAAGAAAAGCCCATTTATAGTCACCCAAGCCTTTAAAAGCCTTATTACTCTCTT
259 CCATTCATTGGTAAGAAAAGCCCATTTATAGTCACTCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCTCTT
** * * *
32209 TAAACAGTTTTATAACCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTCTTACATTTTTGGTTAAAATAG
324 TAAATGGTTTTATAACCTCATAATTAATTTTAAGTTAAATTTTCTTACATTTTTGGTTAAAACAG
* * * * *** *
32274 ATTATAATTGAATGTTTGACTCTAGAAACATGACGAAAAA-CTGATCCATTAGCAGGGAAAGTCC
389 ATTATAATTGAATGTTTG-C-CTAGAAACATAAAGAAAAACCT-ATTCATTTGCATAAAAAGTCT
* * * * *
32338 ATTTATAGTTACCTAATCTTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTACAAC
451 ATTTATAGTCACCCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTACAAA
* * * * *
32396 CTTAAAATTGATTTTAAGTTTAATTTTTTTACATTTTT-TGGCAAAACAGATTATAATTGAATGT
1 CTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTAT--TAAAA-AGATTATAATTAAATGT
** * * * * *
32460 TTGCCTTGAGAAATATGAAGAAAAATCAATTCATTGGTAAGAAAAGCCCATTTATAGTCACCCAT
63 TTGCCTCAAGAAACATGAAGAAAAACCCATTCATTGGCAAGAAAAGCCCATTTATAGTCACCCAA
* * ** * *
32525 GCCTTCAAAAACTTTATTACTCGTTTTAAACGATTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAA
128 GCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAA
* * * * * *
32590 TTTGTTTATACTCTTAGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTACCTCAGGAAACATAAAGAAAA
193 TTTTTTTACATTTTTAGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTGCCT-TGGAAACATAAA-AAAA
* * * * *
32655 ACCCCA-TCATTGGCAAGAAAAGCCCATTTATAGTCACTTAAGCCTTCTAAAGCCTTAATACTCT
256 AACCCATTCATTGGTAAGAAAAGCCCATTTATAGTCACTCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCT
* * * *
32719 CTTTAAATGGTTTTATAACCTCATAATTGATTTTAAGCTGAATTTTCTTACATTTTTAGTTAAAA
321 CTTTAAATGGTTTTATAACCTCATAATTAATTTTAAGTTAAATTTTCTTACATTTTTGGTTAAAA
* * ** * *
32784 CAGATTATAATTCAATGTTTTCCATAGGAAACATAAAGAAAAAGTTATTCATTTTCATAAAAAAT
386 CAGATTATAATTGAATGTTTGCC-TA-GAAACATAAAGAAAAACCTATTCATTTGCATAAAAAGT
* * * ** * * **
32849 CTAATTATAGTGATCCATTCCTTCGAAAGCCTTACTACTCACTTTAAATGGTTTTGTAAA
449 CTATTTATAGTCACCCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTACAAA
* *
32909 CTCA-ATATTGATTTTAAGTTGAATGTTTTTTATATTTTT-TTAAAACATATTATAATTAAATGT
1 CTCATA-ATTGATTTTAAGTTGAAT-TTTTTTACATTTTTATTAAAA-AGATTATAATTAAATGT
* ** *
32972 TTTCCTCAAGAAACACAAAGAAAAACCCATTCATTGACAAGAAAAGCCCATTTATAGTCACCCAA
63 TTGCCTCAAGAAACATGAAGAAAAACCCATTCATTGGCAAGAAAAGCCCATTTATAGTCACCCAA
* * *
33037 GCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCAGAATTGATTTTAAGTTGAA
128 GCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAA
* * ** * *
33102 TTTTATCATTTTTTTTGTTAAAACAGATTATAGTTGAATGTTTGCCTTGGAAA-ATATGAAAAAA
193 TTTTTTTACATTTTTAGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTGCCTTGGAAACATA--AAAAAA
* * *
33166 AACCCATTCATTGATAAGAAAAGCCCATTTATAGTCACTCAATCCTTCACAAGCCTTATTACTCT
256 AACCCATTCATTGGTAAGAAAAGCCCATTTATAGTCACTCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCT
** * * * * *
33231 CTTTACTTGGTTTTATAAGCTCATCATTAATTTTAAGCTAAATTTTCTTATATTTTTGGTTAAAC
321 CTTTAAATGGTTTTATAACCTCATAATTAATTTTAAGTTAAATTTTCTTACATTTTTGGTTAAAA
* * * * *
33296 CAGAATATAATTGAATGTTTGCCTTAGTCAACATGAAA-AAAAAGCC-ATTCATTGGTACAAAAA
386 CAGATTATAATTGAATGTTTGCC-TAG-AAACAT-AAAGAAAAA-CCTATTCATTTGCATAAAAA
* * * * * * *** * ** *
33359 GTCCAATTATAATCACTCAACCCTTTAAAAGCCTTATTACTTTGTTTAAATGATTTTATGAT
447 GTCTATTTATAGTCACCCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTACAAA
33421 CTCATAATTGATTTTAAGTTGAATATTTTTTA
1 CTCATAATTGATTTTAAGTTGAAT-TTTTTTA
33453 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 1686, Mismatches: 342, Indels: 122
0.78 0.16 0.06
Matches are distributed among these distances:
505 1 0.00
506 72 0.04
507 19 0.01
508 63 0.04
510 11 0.01
511 113 0.07
512 442 0.26
513 334 0.20
514 25 0.01
515 13 0.01
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517 94 0.06
518 5 0.00
519 34 0.02
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521 1 0.00
522 3 0.00
524 64 0.04
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526 63 0.04
527 4 0.00
ACGTcount: A:0.35, C:0.15, G:0.11, T:0.38
Consensus pattern (508 bp):
CTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTATTAAAAAGATTATAATTAAATGTTTG
CCTCAAGAAACATGAAGAAAAACCCATTCATTGGCAAGAAAAGCCCATTTATAGTCACCCAAGCC
TTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTT
TTTTACATTTTTAGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTGCCTTGGAAACATAAAAAAAAACCC
ATTCATTGGTAAGAAAAGCCCATTTATAGTCACTCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCTCTTTA
AATGGTTTTATAACCTCATAATTAATTTTAAGTTAAATTTTCTTACATTTTTGGTTAAAACAGAT
TATAATTGAATGTTTGCCTAGAAACATAAAGAAAAACCTATTCATTTGCATAAAAAGTCTATTTA
TAGTCACCCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTACAAA
Found at i:34015 original size:169 final size:174
Alignment explanation
Indices: 33640--34022 Score: 431
Period size: 169 Copynumber: 2.2 Consensus size: 174
33630 NNNNNNNNNN
* * *
33640 TTACTCTCTTTAAATGGTTTTATAA-CTTCATAATTGATTTTGAGTTGAATTGTTTTACATTTTT
1 TTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATC-TCATAATTGATTTTAAGTTGAATTGTTTCACATTTTT
*
33704 GGTTAAAACAAATTATGATTGAATGTTTACCTTGGGAAACATGAAAAAAAAAAAGCCATTCATTG
65 GGTTAAAACAAATTATAATTGAATGTTTACCTTGGG-AACATGAAAAAAAAAAAGCCATTCATTG
* * * * *
33769 GTAAGGAAAAGATCAATTATAGTCACCCATTCCTTCGAAAGCCTTA
129 ATAAGGAAAAGACCAATTATAGTCACCAAGTCCTTCGAAAACCTTA
** * * *
33815 AAACTCATTTTAAATGGTTTTGTAATCTCATAATTGGTTTTAAGTTGAATTCG-TTCACATTTTT
1 TTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATT-GTTTCACATTTTT
* * * * * **
33879 -GTTAAAACAAATTCTAATTGAATGTTTGCCTTTGG-ATA-GAGAAGGAAAAA-CCATTCATTGA
65 GGTTAAAACAAATTATAATTGAATGTTTACCTTGGGAACATGAAAAAAAAAAAGCCATTCATTGA
* * * *
33940 TAA-GAAAAGCCCATTTATAGTCACTTAAGTCTTTC-AAAACCTTA
130 TAAGGAAAAGACCAATTATAGTCAC-CAAGTCCTTCGAAAACCTTA
* *
33984 TTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATT
1 TTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATT
34023 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 173, Mismatches: 32, Indels: 12
0.80 0.15 0.06
Matches are distributed among these distances:
169 58 0.34
170 19 0.11
171 9 0.05
172 2 0.01
174 31 0.18
175 52 0.30
176 2 0.01
ACGTcount: A:0.35, C:0.13, G:0.13, T:0.39
Consensus pattern (174 bp):
TTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTGTTTCACATTTTTG
GTTAAAACAAATTATAATTGAATGTTTACCTTGGGAACATGAAAAAAAAAAAGCCATTCATTGAT
AAGGAAAAGACCAATTATAGTCACCAAGTCCTTCGAAAACCTTA
Found at i:34975 original size:169 final size:167
Alignment explanation
Indices: 34350--35959 Score: 819
Period size: 170 Copynumber: 9.7 Consensus size: 167
34340 NNNNNNNNNN
* * * *
34350 TATAGTCACCCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTAC-ACTCTTTAAATGGTTTTATAAGCTCAAAATA
1 TATAGTCACCCAA-TCTTCAAAAGCCTTATTACTCCT-TTTAAATGGTTTTATAATCTCATAAT-
* * * *
34414 T-ATTTTAACTTTAATTTTTTTACAATTTTAGTTAAAACAGTTTATAATTGAATGCTTGCCTCAA
63 TGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACAATTTTAGTTAAAACAGATTATAATTGAATG-TTGCCT-TA
* * * * * *
34478 CAAACATGAAGAAAATCCATTAATTGGCAAGGAAAGTCCATT
126 GAAACATGAAGAAAAACTATTCATTGGCAAGAAAAGTCTATT
* * * *
34520 TATAGTCACCCAAGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGC-TTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATC
1 TATAGTCACCCAA-TCTTCAAAAGCCTTATTACTC-CTTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATT
* *
34584 GATTTTAAGTTGAATTTTTTTAACATTTTTAGATAAAACAGATTATAATTGAATGTTTGCCTCTA
64 GATTTTAAGTTGAATTTTTTT-ACAATTTTAGTTAAAACAGATTATAATTGAATG-TTGCCT-TA
34649 GAAACATGAAGAAAAACTCATTCATTGGCAAGAAAAG-CTCATT
126 GAAACATGAAGAAAAACT-ATTCATTGGCAAGAAAAGTCT-ATT
* * *
34692 TATAGTCACCCAAATCTTCAAAAGCCTTATTACT-CTCTTTACACT-GTTTTA-AAACTTTATAA
1 TATAGTCACCC-AATCTTCAAAAGCCTTATTACTCCT-TTTA-AATGGTTTTATAATC-TCATAA
* * *
34754 TTGATTTTGAGTTGAATTTTTTGT--ATTTTTGGTTAAAACA-AGTTATAATTGAATGTTGGCCT
62 TTGATTTTAAGTTGAATTTTTT-TACAATTTTAGTTAAAACAGA-TTATAATTGAATGTT-GCCT
* * * *
34816 TGGGAAACATGAAGAAAAACTATTCATT-ACTAAAAAAAGTCTAAT
124 T-AGAAACATGAAGAAAAACTATTCATTGGC-AAGAAAAGTCTATT
* * * * * *
34861 TATAGTTACCCATTCTTTTAAAAGGCTTACTACTCCTTTTAAATGGTTTTATAATCTCATCATTG
1 TATAGTCACCCAATC-TTCAAAAGCCTTATTACTCCTTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTG
* * * * *
34926 A-TTTAAGTTGAATTTTTTTACAATTTTACTTAAAATAGATTATAATTGAATGTTTCCTCAAAAA
65 ATTTTAAGTTGAATTTTTTTACAATTTTAGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTTGCCT-TAGAA
* *** * * *
34990 ACATGAA-AAAAACTTATTTATACTC-ACACAAG-C-CTT
129 ACATGAAGAAAAAC-TATTCATTGGCAAGAAAAGTCTATT
* * * ** * * * * ** * * * * *
35026 CAAAAT--CCGTAT-TACACAA---TT-TAAATGATTTTATAA--G-CTTAAAAT-TGAT-TTTC
1 TATAGTCACCCAATCTTCAAAAGCCTTATTACTCCTTTTA-AATGGTTTTATAATCTCATAATTG
* * * * * * *
35079 AGTTTAA-TTG---TTTTG--CATTTTTAGTTCAAACAGATTATGATTGAATGTTTCCTCAAGAA
65 ATTTTAAGTTGAATTTTTTTACAATTTTAGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTTGCCT-TAGAA
* * * * * ***
35138 ACATGAAGAAAAGCCCATTTATAGTC-ACCCAAG-CT-TT
129 ACATGAAGAAAA-ACTATTCATTGGCAAGAAAAGTCTATT
* * * * * * * * * * * * ** *
35175 GA-A--AAGCC-TTATT--ACA-CTCTT-TAAATAGC-TTTATAA--G-CTCAAAAT-AGAT-TT
1 TATAGTCACCCAATCTTCAAAAGC-CTTATTACT-CCTTTTA-AATGGTTTTATAATCTCATAAT
* * * * * *
35226 TAACTTTAA--T---TT-TTTTAC-ATTTTAAATTAAAATAGATTATAATTGAATGTTTACCTCA
63 TGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACAATTTT-AGTTAAAACAGATTATAATTGAATG-TTGCCT-T
* * * *
35284 ACAAACCTGAAGAAAAATCCATTCATTGGCAACAAAAGTCTATT
125 AGAAACATGAAGAAAAA-CTATTCATTGGCAAGAAAAGTCTATT
* * * * *
35328 TATAGTCACCCAAGCCTTCGAAAGCTTTATTACTCGC-TTTAAATGGTTTTATAATCTCATCATC
1 TATAGTCACCCAA-TCTTCAAAAGCCTTATTACTC-CTTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATT
* * * **
35392 GATTTTAAGTTGAATTTTTTTAC-ATTTTTGAATAAAACAAATTATAATTGAATGTTTATCTTGA
64 GATTTTAAGTTGAATTTTTTTACAATTTTAG-TTAAAACAGATTATAATTGAATG-TTGCCTT-A
* * * * * * *
35456 AAAACAAGAAAAAAAAACTAATTCGTTAGCAAGAAAAGCCCATT
126 GAAACATG-AAGAAAAACT-ATTCATTGGCAAGAAAAGTCTATT
* ** * * *
35500 TATAGTCACCCAACCCTTCAAAAAACTTATTACTAAC-TTTAAATAGTTTTATAATCTCGTAATT
1 TATAGTCACCCAA-TCTTCAAAAGCCTTATTACT-CCTTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATT
* * * * * *
35564 GATTTTAAGTCGAA-TTTTTTACATTTTTGGTTAAAATAGATTATATTTGAATGTTTGCCTCGAG
64 GATTTTAAGTTGAATTTTTTTACAATTTTAGTTAAAACAGATTATAATTGAATG-TTGCCT-TAG
* * * *
35628 AAACATGAAGAAAAACCCATTTATTGGCAAGAAAAGCCCATT
127 AAACATGAAGAAAAA-CTATTCATTGGCAAGAAAAGTCTATT
* * * * * * *
35670 TATAGTCACCCAAGCCTTCAAAAGCCTTAGTACTCTTTTTACACT-ATTTTAAAACCTCATAATT
1 TATAGTCACCCAA-TCTTCAAAAGCCTTATTACTCCTTTTA-AATGGTTTTATAATCTCATAATT
* ** * * * *
35734 GATTTTAAGCTGAATTTTTTTGTATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTACCTTGGG
64 GATTTTAAGTTGAATTTTTTTACAATTTTAGTTAAAACAGATTATAATTGAATG-TTGCCTT-AG
* ** *
35799 AAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTATCAAGAAAAGTCTAAT
127 AAACATGAAGAAAAA-CTATTCATTGGCAAGAAAAGTCTATT
* * * * * * **
35841 TATAGACACTCATTCCTTCAAAAGCCTTACTACTCCCTTTAAATGGTTTTGTAATCTTTTAATTG
1 TATAGTCACCCAAT-CTTCAAAAGCCTTATTACTCCTTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTG
* *
35906 A-TTTAAGTTGATTTTTTTTACAATTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTT
65 ATTTTAAGTTGAATTTTTTTACAATTTTAGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTT
35960 TCCTCAAACA
Statistics
Matches: 1133, Mismatches: 224, Indels: 167
0.74 0.15 0.11
Matches are distributed among these distances:
146 1 0.00
147 3 0.00
148 54 0.05
149 79 0.07
150 36 0.03
151 5 0.00
152 2 0.00
153 9 0.01
154 9 0.01
155 6 0.01
156 4 0.00
157 7 0.01
158 6 0.01
160 6 0.01
161 13 0.01
162 1 0.00
163 8 0.01
164 2 0.00
165 11 0.01
166 1 0.00
167 13 0.01
168 40 0.04
169 93 0.08
170 270 0.24
171 268 0.24
172 181 0.16
173 5 0.00
ACGTcount: A:0.36, C:0.15, G:0.11, T:0.38
Consensus pattern (167 bp):
TATAGTCACCCAATCTTCAAAAGCCTTATTACTCCTTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGA
TTTTAAGTTGAATTTTTTTACAATTTTAGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTTGCCTTAGAAAC
ATGAAGAAAAACTATTCATTGGCAAGAAAAGTCTATT
Found at i:35140 original size:148 final size:149
Alignment explanation
Indices: 34898--35306 Score: 473
Period size: 149 Copynumber: 2.8 Consensus size: 149
34888 TACTACTCCT
* * ** * * *
34898 TTTAAATGGTTTTATAATCTCATCATTGA-TTTAAGTTGAATTTTTTTACAATTTTACTTAAAAT
1 TTTAAATGATTTTATAAGCTCAAAATTGATTTTAAGTTTAATTTTTTTACATTTTTAATTAAAAT
**
34962 AGATTATAATTGAATGTTTCCTCAAAAAACATGAA-AAAAACTTATTTATACTCACACAAGCCTT
66 AGATTATAATTGAATGTTTCCTCAAAAAACATGAAGAAAAACCCATTTATACTCACACAAGCCTT
*
35026 CAAAATCCGTATTACACAA
131 CAAAAGCCGTATTACACAA
* * * * * * *
35045 TTTAAATGATTTTATAAGCTTAAAATTGATTTTCAGTTTAATTGTTTTGCATTTTTAGTTCAAAC
1 TTTAAATGATTTTATAAGCTCAAAATTGATTTTAAGTTTAATTTTTTTACATTTTTAATTAAAAT
* * * * * *
35110 AGATTATGATTGAATGTTTCCTCAAGAAACATGAAGAAAAGCCCATTTATAGTCACCCAAGCTTT
66 AGATTATAATTGAATGTTTCCTCAAAAAACATGAAGAAAAACCCATTTATACTCACACAAGCCTT
* * **
35175 GAAAAGCCTTATTACACTC
131 CAAAAGCCGTATTACACAA
* * * *
35194 TTTAAAT-AGCTTTATAAGCTCAAAATAGATTTTAACTTTAATTTTTTTACATTTTAAATTAAAA
1 TTTAAATGA-TTTTATAAGCTCAAAATTGATTTTAAGTTTAATTTTTTTACATTTTTAATTAAAA
* * *
35258 TAGATTATAATTGAATGTTTACCTCAACAAACCTGAAGAAAAATCCATT
65 TAGATTATAATTGAATGTTT-CCTCAAAAAACATGAAGAAAAACCCATT
35307 CATTGGCAAC
Statistics
Matches: 216, Mismatches: 42, Indels: 5
0.82 0.16 0.02
Matches are distributed among these distances:
147 24 0.11
148 61 0.28
149 107 0.50
150 24 0.11
ACGTcount: A:0.38, C:0.14, G:0.09, T:0.39
Consensus pattern (149 bp):
TTTAAATGATTTTATAAGCTCAAAATTGATTTTAAGTTTAATTTTTTTACATTTTTAATTAAAAT
AGATTATAATTGAATGTTTCCTCAAAAAACATGAAGAAAAACCCATTTATACTCACACAAGCCTT
CAAAAGCCGTATTACACAA
Found at i:35439 original size:171 final size:171
Alignment explanation
Indices: 35143--35966 Score: 893
Period size: 171 Copynumber: 4.8 Consensus size: 171
35133 AAGAAACATG
* * * *
35143 AAGAAAAGCCCATTTATAGTCACCCAAGCTTTGAAAAGCCTTATTACACTCTTTAAATAGCTTTA
1 AAGAAAAGCCCATTTATAGTCACCCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCTCTTTAAATAGTTTTA
* * * * * *** *
35208 TAAGCTCAAAATAGATTTTAACTTTAATTTTTTTACATTTTAAATTAAAATAGATTATAATTGAA
66 TAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAA
* * * *
35273 TGTTTACCTCAACAAACCTGAAGAAAAATCCATTCATTGGC
131 TGTTTACCTCAAGAAACATGAAGAAAAAACCATTCATTAGC
* * * * * * *
35314 AACAAAAGTCTATTTATAGTCACCCAAGCCTTCGAAAGCTTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTA
1 AAGAAAAGCCCATTTATAGTCACCCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCTCTTTAAATAGTTTTA
* * ** *
35379 TAATCTCATCATCGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGAATAAAACAAATTATAATTGAA
66 TAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAA
* * * * * *
35444 TGTTTATCTTGAA-AAACAAGAAAAAAAAACTAATTCGTTAGC
131 TGTTTA-CCTCAAGAAACATGAAGAAAAAAC-CATTCATTAGC
* ** **
35486 AAGAAAAGCCCATTTATAGTCACCCAACCCTTCAAAAAACTTATTACTAACTTTAAATAGTTTTA
1 AAGAAAAGCCCATTTATAGTCACCCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCTCTTTAAATAGTTTTA
* * * *
35551 TAATCTCGTAATTGATTTTAAGTCGAA-TTTTTTACATTTTTGGTTAAAATAGATTATATTTGAA
66 TAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAA
* * * * *
35615 TGTTTGCCTCGAGAAACATGAAGAAAAACCCATTTATTGGC
131 TGTTTACCTCAAGAAACATGAAGAAAAAACCATTCATTAGC
* * *
35656 AAGAAAAGCCCATTTATAGTCACCCAAGCCTTCAAAAGCCTTAGTACTCTTTTTACACTA-TTTT
1 AAGAAAAGCCCATTTATAGTCACCCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCTCTTTA-AATAGTTTT
* * * **
35720 AAAACCTCATAATTGATTTTAAGCTGAATTTTTTTGTATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGA
65 ATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGA
*** * *
35785 ATGTTTACCTTGGGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTATC
130 ATGTTTACCTCAAGAAACATGAAGAAAAAACCATTCATTAGC
* * * * * ** * * * *
35827 AAGAAAAGTCTAATTATAGACACTCATTCCTTCAAAAGCCTTACTACTCCCTTTAAATGGTTTTG
1 AAGAAAAGCCCATTTATAGTCACCCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCTCTTTAAATAGTTTTA
** * *
35892 TAATCTTTTAATTGA-TTTAAGTTGATTTTTTTTACAATTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAA
66 TAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAA
35956 TGTTT-CCTCAA
131 TGTTTACCTCAA
35967 ACATAAAGAA
Statistics
Matches: 536, Mismatches: 111, Indels: 14
0.81 0.17 0.02
Matches are distributed among these distances:
169 3 0.01
170 136 0.25
171 308 0.57
172 89 0.17
ACGTcount: A:0.37, C:0.15, G:0.11, T:0.37
Consensus pattern (171 bp):
AAGAAAAGCCCATTTATAGTCACCCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCTCTTTAAATAGTTTTA
TAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAA
TGTTTACCTCAAGAAACATGAAGAAAAAACCATTCATTAGC
Found at i:36257 original size:171 final size:168
Alignment explanation
Indices: 35972--36463 Score: 635
Period size: 171 Copynumber: 2.9 Consensus size: 168
35962 CTCAAACATA
* * *
35972 AAGAAAAGCTCATTTACAGTCACACAAGCCTTCAAAAGCCTTCTTAATCTCTTTAAATGGTTTTA
1 AAGAAAAGC-CATTTATAGTCAC-CAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCTCTTTAAATGGTTTTA
* * * * *
36037 TGAGCTCAAAATTAATTTTAAGTTTAATTATTTTACATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAA
64 TAATCTCATAATTAATTTTAAGTTAAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAA
* * * * *
36102 TGTTTTCTTCATGAAACATGAAGAAAAATCTATTTATTGGC
129 TGTTTCCTT-AAGAAACATGAAGAAAAACCCATTCATTGGC
* *
36143 AAGAAAAGTCCATTTATAGTCTCTCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTA
1 AAGAAAAG-CCATTTATAGTCAC-CAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCTCTTTAAATGGTTTTA
*
36208 TAATCTCATAATTAATTTTAAGTTAAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGATTATAGTTGAA
64 TAATCTCATAATTAATTTTAAGTTAAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAA
** *
36273 TGTTTACCTTGGGAAATATGAAGAAAAACCCATTCATTGGC
129 TGTTT-CCTTAAGAAACATGAAGAAAAACCCATTCATTGGC
** * *
36314 AAGAAAAGCCTAACTATAGTCACCTAAGCCTTTAAAAGCCTTATTACTCTTTTTAAATGGTTTTA
1 AAGAAAAGCC-ATTTATAGTCACC-AAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCTCTTTAAATGGTTTTA
* * * * * *
36379 TAATCTCATAAATGATTTTAAGTTGAGTTTTTTTACATTTTTAGGTT-AAAGAGATAATAATTGA
64 TAATCTCATAATTAATTTTAAGTTAAATTTTTTTACATTTTT-GGTTAAAACAGATTATAATTGA
36443 ATGTTTCCTTAAGAAACATGA
128 ATGTTTCCTTAAGAAACATGA
36464 CAAAAGCCCT
Statistics
Matches: 281, Mismatches: 35, Indels: 11
0.86 0.11 0.03
Matches are distributed among these distances:
170 15 0.05
171 258 0.92
172 8 0.03
ACGTcount: A:0.36, C:0.13, G:0.12, T:0.39
Consensus pattern (168 bp):
AAGAAAAGCCATTTATAGTCACCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCTCTTTAAATGGTTTTATA
ATCTCATAATTAATTTTAAGTTAAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATG
TTTCCTTAAGAAACATGAAGAAAAACCCATTCATTGGC
Found at i:36445 original size:829 final size:808
Alignment explanation
Indices: 35045--36767 Score: 1974
Period size: 829 Copynumber: 2.1 Consensus size: 808
35035 TATTACACAA
* * * * ** * * * * * * *
35045 TTTAAATGATTTTATAAGCTTAAAATTGATTTTCAGTTTAATTGTTTTGCATTTTTAGTTCAAAC
1 TTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATCAATTTTAAGTTAAATTTTTTTACAATTTTGGTTAAAAC
* * * * *
35110 AGATTATGATTGAATGTTTCCTCAAGAAACATGAAGAAAAGCCCATTTATAGTCACCCAAGCTTT
66 AGATTATAATTGAATGTTTCCTC-A-AAACATAAAGAAAAGCCCATTTACAGTCACACAAGCCTT
* *
35175 GAAAAGCCTTATTACACTCTTTAAATAGCTTTATAAGCTCAAAATAGATTTTAACTTTAATTTTT
129 CAAAAGCCTTATTACACTCTTTAAATAGCTTTATAAGCTCAAAATAGATTTTAACTTTAATTATT
* *
35240 TTACATTTTAAATTAAAATAGATTATAATTGAATGTTTACCTCAACAAACCTGAAGAAAAATCCA
194 TTACATTTTAAATTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTACCTCAACAAACATGAAGAAAAATCCA
* * *
35305 TTCATTGGCAACAAAAGTCTATTTATAGTCACCCAAGCCTTCGAAAGCTTTATTACTCGCTTTAA
259 TTCATTGGCAACAAAAGTCCATTTATAGTCACCCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAA
* * *
35370 ATGGTTTTATAATCTCATCATCGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGAATAAAACAAATT
324 ATGGTTTTATAATCTCATAATCAATTTTAAGTTAAATTTTTTTACATTTTTGAATAAAACAAATT
* * * **
35435 ATAATTGAATGTTTATCTTGAAAAACAAGAAAAAAAAACTAATTCGTTAGCAAGAAAAGCCCATT
389 ATAATTGAATGTTTACCTTGAAAAACAAGAAAAAAAAACCAATTCATTAGCAAGAAAAGCCCAAC
* *
35500 TATAGTCACCCAACCCTTCAAAAAACTTATTACTAACTTTAAATAGTTTTATAATCTCGTAATTG
454 TATAGTCACCCAACCCTTCAAAAAACTTATTACTAACTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAAATG
* * *
35565 ATTTTAAGTCGAATTTTTTACATTTTTGGTTAAAATAGATTATATTTGAATGTTTGCCTCGAGAA
519 ATTTTAAGTCGAATTTTTTACATTTTTGGTTAAAAGAGATAATAATTGAATGTTT-CCT------
*
35630 ACATGAAGAAAAACCCATTTATTGGCAAGAAAAGCCC-ATTTATAGTCACCCAAGCCTTCAAAAG
577 ---T-AAG--AAA--C----A-T-G--ACAAAAGCCCTATTTATAGTCACCCAAGCCTTCAAAAG
* * * * * **
35694 CCTTAGTACTCTTTTTACACT-ATTTTAAAACCTCATAATTGATTTTAAGC-TGAATTTTTTTGT
626 CCTTAGTACACTCTTTA-A-TGATTTTAAAACCTCAAAATGGAGTTTAA-CTTGAATTTTTTTAC
* * *
35757 ATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTACCTTGGGAAACATGAAGAAAAAGC-CATTC
688 ATTTTTAGTTAAAACAGATTATAATTGAATATTTACCTTGAGAAACATGAAGAAAAA-CTCATTC
* **
35821 ATTATCAAGAAAAGTCTAATTATAGACA-CTCATTCCTTCAAAAGCCTTACTACTCCC
752 ATTAGCAAGAAAAGTCTAATTATAGACATCT-AAGCCTTCAAAAGCCTTACTACTCCC
* ** ** * *
35878 TTTAAATGGTTTTGTAATCTTTTAATTGA-TTTAAGTTGATTTTTTTTACAATTTTGGTTAAAAC
1 TTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATCAATTTTAAGTTAAATTTTTTTACAATTTTGGTTAAAAC
*
35942 AGATTATAATTGAATGTTTCCTC-AAACATAAAGAAAAGCTCATTTACAGTCACACAAGCCTTCA
66 AGATTATAATTGAATGTTTCCTCAAAACATAAAGAAAAGCCCATTTACAGTCACACAAGCCTTCA
* * * * *
36006 AAAGCCTTCTTA-ATCTCTTTAAATGGTTTTATGAGCTCAAAATTA-ATTTTAAGTTTAATTATT
131 AAAGCCTTATTACA-CTCTTTAAATAGCTTTATAAGCTCAAAA-TAGATTTTAACTTTAATTATT
*** * * ** *
36069 TTACATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTTCTTCATGAAACATGAAGAAAAATCTA
194 TTACATTTTAAATTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTACCTCAACAAACATGAAGAAAAATCCA
* * * *
36134 TTTATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCTCTCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAA
259 TTCATTGGCAACAAAAGTCCATTTATAGTCACCCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAA
* ** *
36199 ATGGTTTTATAATCTCATAATTAATTTTAAGTTAAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGATT
324 ATGGTTTTATAATCTCATAATCAATTTTAAGTTAAATTTTTTTACATTTTTGAATAAAACAAATT
* ** * * * * * *
36264 ATAGTTGAATGTTTACCTTGGGAAATATG-AAGAAAAACCCATTCATTGGCAAGAAAAGCCTAAC
389 ATAATTGAATGTTTACCTTGAAAAACAAGAAAAAAAAACCAATTCATTAGCAAGAAAAGCCCAAC
* * * ** *** *
36328 TATAGTCACCTAAGCCTTTAAAAGCCTTATTACTCTTTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAAATG
454 TATAGTCACCCAACCCTTCAAAAAACTTATTACTAACTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAAATG
* *
36393 ATTTTAAGTTGAGTTTTTTTACATTTTTAGGTT-AAAGAGATAATAATTGAATGTTTCCTTAAGA
519 ATTTTAAGTCGA-ATTTTTTACATTTTT-GGTTAAAAGAGATAATAATTGAATGTTTCCTTAAGA
* ** * *
36457 AACATGACAAAAGCCCTATTTATAGTCTCCCAAGCCTTTGAAAGCCTTATTACACTCTTTAATGG
582 AACATGACAAAAGCCCTATTTATAGTCACCCAAGCCTTCAAAAGCCTTAGTACACTCTTTAATGA
* * * *
36522 TTTTATAAGCTCAAAATGGAGTTTAACTTTAATTTTTTTACATTTTTAGTTAAAATAGATTATAA
647 TTTTAAAACCTCAAAATGGAGTTTAACTTGAATTTTTTTACATTTTTAGTTAAAACAGATTATAA
* *
36587 TTGAATATTTACCTTGAGAAACATGAAGAAAAACTCATTCATTGGCAAGAAAAGTCTATTTATAG
712 TTGAATATTTACCTTGAGAAACATGAAGAAAAACTCATTCATTAGCAAGAAAAGTCTAATTATAG
* * * **
36652 TCATCTAAGCCTTCGAAAGCCTTATTACTTGC
777 ACATCTAAGCCTTCAAAAGCCTTACTACTCCC
* * *
36684 TTTTAATGGTTTTATAATCTCATAATCAATTTTAAGTTAAATTTTTTTACATTTTTGGATAAAAC
1 TTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATCAATTTTAAGTTAAATTTTTTTACAATTTTGGTTAAAAC
*
36749 CGATTATAATTGAATGTTT
66 AGATTATAATTGAATGTTT
36768 GCCTTGAGAA
Statistics
Matches: 759, Mismatches: 121, Indels: 46
0.82 0.13 0.05
Matches are distributed among these distances:
805 3 0.00
806 166 0.22
807 89 0.12
808 1 0.00
809 1 0.00
810 1 0.00
814 1 0.00
816 3 0.00
818 3 0.00
819 1 0.00
828 96 0.13
829 315 0.42
830 6 0.01
832 49 0.06
833 24 0.03
ACGTcount: A:0.36, C:0.14, G:0.12, T:0.39
Consensus pattern (808 bp):
TTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATCAATTTTAAGTTAAATTTTTTTACAATTTTGGTTAAAAC
AGATTATAATTGAATGTTTCCTCAAAACATAAAGAAAAGCCCATTTACAGTCACACAAGCCTTCA
AAAGCCTTATTACACTCTTTAAATAGCTTTATAAGCTCAAAATAGATTTTAACTTTAATTATTTT
ACATTTTAAATTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTACCTCAACAAACATGAAGAAAAATCCATT
CATTGGCAACAAAAGTCCATTTATAGTCACCCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAAT
GGTTTTATAATCTCATAATCAATTTTAAGTTAAATTTTTTTACATTTTTGAATAAAACAAATTAT
AATTGAATGTTTACCTTGAAAAACAAGAAAAAAAAACCAATTCATTAGCAAGAAAAGCCCAACTA
TAGTCACCCAACCCTTCAAAAAACTTATTACTAACTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAAATGAT
TTTAAGTCGAATTTTTTACATTTTTGGTTAAAAGAGATAATAATTGAATGTTTCCTTAAGAAACA
TGACAAAAGCCCTATTTATAGTCACCCAAGCCTTCAAAAGCCTTAGTACACTCTTTAATGATTTT
AAAACCTCAAAATGGAGTTTAACTTGAATTTTTTTACATTTTTAGTTAAAACAGATTATAATTGA
ATATTTACCTTGAGAAACATGAAGAAAAACTCATTCATTAGCAAGAAAAGTCTAATTATAGACAT
CTAAGCCTTCAAAAGCCTTACTACTCCC
Found at i:36587 original size:148 final size:150
Alignment explanation
Indices: 36328--36612 Score: 398
Period size: 148 Copynumber: 1.9 Consensus size: 150
36318 AAAGCCTAAC
* * * *
36328 TATAGTCACCTAAGCCTTTAAAAGCCTTATTACTCTTTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAAATG
1 TATAGTCACCCAAGCCTTTAAAAGCCTTATTACACTCTTTAAATGGTTTTATAAGCTCATAAATG
* * * *
36393 ATTTTAAGTTGAGTTTTTTTACATTTTTAGGTTAAAGAGATAATAATTGAATGTTT-CCTTAAGA
66 AGTTTAACTTGAATTTTTTTACATTTTTAGGTTAAAGAGATAATAATTGAATATTTACCTTAAGA
36457 AACATGACAAAAGCCCTATT
131 AACATGACAAAAGCCCTATT
* *
36477 TATAGTCTCCCAAGCCTTTGAAAGCCTTATTACACTCTTT-AATGGTTTTATAAGCTCA-AAATG
1 TATAGTCACCCAAGCCTTTAAAAGCCTTATTACACTCTTTAAATGGTTTTATAAGCTCATAAAT-
* * * *
36540 GAGTTTAACTTTAATTTTTTTACATTTTTA-GTTAAAATAGATTATAATTGAATATTTACCTTGA
65 GAGTTTAACTTGAATTTTTTTACATTTTTAGGTT-AAAGAGATAATAATTGAATATTTACCTTAA
36604 GAAACATGA
129 GAAACATGA
36613 AGAAAAACTC
Statistics
Matches: 119, Mismatches: 14, Indels: 6
0.86 0.10 0.04
Matches are distributed among these distances:
147 7 0.06
148 63 0.53
149 49 0.41
ACGTcount: A:0.34, C:0.13, G:0.12, T:0.41
Consensus pattern (150 bp):
TATAGTCACCCAAGCCTTTAAAAGCCTTATTACACTCTTTAAATGGTTTTATAAGCTCATAAATG
AGTTTAACTTGAATTTTTTTACATTTTTAGGTTAAAGAGATAATAATTGAATATTTACCTTAAGA
AACATGACAAAAGCCCTATT
Found at i:36756 original size:171 final size:170
Alignment explanation
Indices: 36472--36812 Score: 472
Period size: 171 Copynumber: 2.0 Consensus size: 170
36462 GACAAAAGCC
*
36472 CTATTTATAGTCTCCCAAGCCTTTGAAAGCCTTATTACACTCTTTAATGGTTTTATAAGCTCAAA
1 CTATTTATAGTCTCCCAAGCCTTCGAAAGCCTTATTACACTCTTTAATGGTTTTATAAGCTCAAA
** * * *
36537 ATGGAGTTTAACTTTAATTTTTTTACATTTTTAGTTAAAATAGATTATAATTGAATATTTACCTT
66 ATCAAGTTTAACTTAAATTTTTTTACATTTTTAGATAAAACAGATTATAATTGAATATTTACCTT
*
36602 GAGAAACAT-GAAGAAAAACTCATTCATTGGCAAGAAAAGT
131 GAGAAACATAG-AGAAAAACTAATTCATTGGCAAGAAAAGT
* * *
36642 CTATTTATAGTCAT-CTAAGCCTTCGAAAGCCTTATTAC-TTGCTTTTAATGGTTTTATAATCTC
1 CTATTTATAGTC-TCCCAAGCCTTCGAAAGCCTTATTACACT-C-TTTAATGGTTTTATAAGCTC
* * * * * * *
36705 ATAATCAATTTTAAGTTAAATTTTTTTACATTTTTGGATAAAACCGATTATAATTGAATGTTTGC
63 AAAATCAAGTTTAACTTAAATTTTTTTACATTTTTAGATAAAACAGATTATAATTGAATATTTAC
36770 CTTGAGAAACATAGAGAAAAACTAATTCATTGGCAAGAAAAGT
128 CTTGAGAAACATAGAGAAAAACTAATTCATTGGCAAGAAAAGT
36813 GTTGGTCCCA
Statistics
Matches: 150, Mismatches: 17, Indels: 7
0.86 0.10 0.04
Matches are distributed among these distances:
169 1 0.01
170 35 0.23
171 113 0.75
172 1 0.01
ACGTcount: A:0.35, C:0.13, G:0.13, T:0.39
Consensus pattern (170 bp):
CTATTTATAGTCTCCCAAGCCTTCGAAAGCCTTATTACACTCTTTAATGGTTTTATAAGCTCAAA
ATCAAGTTTAACTTAAATTTTTTTACATTTTTAGATAAAACAGATTATAATTGAATATTTACCTT
GAGAAACATAGAGAAAAACTAATTCATTGGCAAGAAAAGT
Found at i:40295 original size:16 final size:17
Alignment explanation
Indices: 40274--40309 Score: 56
Period size: 16 Copynumber: 2.2 Consensus size: 17
40264 TTGTAGTGGC
40274 TTTTTCTTTG-TCTTTG
1 TTTTTCTTTGATCTTTG
*
40290 TTTTTCTTTGATTTTTG
1 TTTTTCTTTGATCTTTG
40307 TTT
1 TTT
40310 CTTTTCTTTC
Statistics
Matches: 18, Mismatches: 1, Indels: 1
0.90 0.05 0.05
Matches are distributed among these distances:
16 10 0.56
17 8 0.44
ACGTcount: A:0.03, C:0.08, G:0.11, T:0.78
Consensus pattern (17 bp):
TTTTTCTTTGATCTTTG
Found at i:43268 original size:171 final size:170
Alignment explanation
Indices: 43004--44249 Score: 1249
Period size: 171 Copynumber: 7.3 Consensus size: 170
42994 GTAAAAATAT
* * **
43004 ATTATAATTGAATGTTTGCCTAGAGAAACATGAAGCGAAACCCATTCATTGGCAAGAAAAGCCCA
1 ATTATAATTGAATGTTTACCTTGAGAAACATGAAGAAAAACCCATTCATTGGCAAGAAAAGCCCA
* * * * * *
43069 TTTATAGTTACCCAAGTCTTCAAAAGCCTTATTACTCTCTTTAAATGGATTTATAAACTTAAAAT
66 TTTATAGTCACCCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCTCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAAT
* *
43134 TAATTTTAAGTTTAATTTTTTTACATTTTTCATTAAAACAG
131 TGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTT-ATTAAAACAG
* * * * * * * *
43175 ATTATAATTAAATGGTTACCGTAAGAAACGTGAAGCAAAACTCATTCATTGGCAAGAAAAGCTCA
1 ATTATAATTGAATGTTTACCTTGAGAAACATGAAGAAAAACCCATTCATTGGCAAGAAAAGCCCA
* * * *
43240 TTTATAGTCACCCAAGCCTTCCAAAGCCTTATTACCCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTAATAAT
66 TTTATAGTCACCCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCTCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAAT
* * *
43305 TGATTTTGAGTTGAGTTTTTTTACATTTTTTATGAAAACAG
131 TGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACA-TTTTTATTAAAACAG
* * * *
43346 ATTATAATTGAATGTTTGCCTCGAGAAACATGAAGAAAAACCCATTCATTGGTAAGAAAAGCGCA
1 ATTATAATTGAATGTTTACCTTGAGAAACATGAAGAAAAACCCATTCATTGGCAAGAAAAGCCCA
* * * * ** * *
43411 TTTATAGTCACCTAAGCCTTCGAAAGCTTTATTACTCGCTTTAAATATTTTTATAACCTCGTAAT
66 TTTATAGTCACCCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCTCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAAT
* *
43476 TGATTTTATA-TT-ACATTTTTTTACATTTTTAGTTAGAACAA
131 TGATTTTA-AGTTGA-ATTTTTTTACATTTTTA-TTAAAACAG
* * * * * * * ** *
43517 ATTATAACTAAATGTTTTCCTTGATAAACATGAAAAAAAAACACATTTATTGATAAGAAAAGTCC
1 ATTATAATTGAATGTTTACCTTGAGAAACATG-AAGAAAAACCCATTCATTGGCAAGAAAAGCCC
* * * ** ** * *
43582 TTTTATAGTCACCAAAGCTTTCAAAAGTATTATTACTCTCTTTAAATACTTTTATAACCTTA-AA
65 ATTTATAGTCACCCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCTCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAA
* * * * ** *
43646 TTTCATTTTGTA-TTGAACTTTTTTATATTTATGGTTAAAACTG
130 -TTGATTTT-AAGTTGAATTTTTTTACATTT-TTATTAAAACAG
* * * * ** *
43689 ATTGTAATTGAATGTTTACCTTCAGAAATATGAAGAAAAGCTAATTCATTGTCAAGAAAAGCCCA
1 ATTATAATTGAATGTTTACCTTGAGAAACATGAAGAAAAACCCATTCATTGGCAAGAAAAGCCCA
* ** * *
43754 TTTATAGTCATCCAAGCCTTTGAAAGACTTATTACTCGT-TTTAAATGCTTTTATAATCTCATAA
66 TTTATAGTCACCCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTC-TCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAA
* * *
43818 TTGATTTTATGTTCAATTTTTTTACATTTTTGGA-TAAAACAT
130 TTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTT--ATTAAAACAG
* * * ** *
43860 ATTATAATTGAATGTCTACCTTGAGACACATAAAGAAAAACTAATTCATTGGCAAGAAAAACCCA
1 ATTATAATTGAATGTTTACCTTGAGAAACATGAAGAAAAACCCATTCATTGGCAAGAAAAGCCCA
* * **
43925 TTTATAGTCACCCAAGCCTTTTAAAA-CCTTATTACTCGCTTTAAATAATTTTATAATCTCATAA
66 TTTATAGTCACCCAAGCC-TTCAAAAGCCTTATTACTCTCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAA
* * * *
43989 TTGATTTTAAGTTGAATTTTCTTATATTTTTAATTAAAATAT
130 TTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTT-ATTAAAACAG
** * *
44031 ATTATAATTGAATGTTTGTCTTGAG-AACATGAAG-AAACCCCATTCATTGGCAAGAAAAGCTCA
1 ATTATAATTGAATGTTTACCTTGAGAAACATGAAGAAAAACCCATTCATTGGCAAGAAAAGCCCA
* * * *
44094 TTTATAATCACCCAAAG-CTTCAAAAGCTTTATTACTGTCTTTAAATGGTTTTATGATCTCATAA
66 TTTATAGTCACCC-AAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCTCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAA
* *
44158 TTAAATTTAAGTTGAATGTTTTTTACATTTTTAGTTAAAACAG
130 TTGATTTTAAGTTGAAT-TTTTTTACATTTTTA-TTAAAACAG
* * *
44201 AATATAATTGAATGTTT-CTTATG-GAATAGA-GAAGAAAAACCCATTCATT
1 ATTATAATTGAATGTTTACCT-TGAGAA-ACATGAAGAAAAACCCATTCATT
44250 NNNNNNNNNN
Statistics
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169 87 0.10
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173 2 0.00
ACGTcount: A:0.36, C:0.14, G:0.11, T:0.38
Consensus pattern (170 bp):
ATTATAATTGAATGTTTACCTTGAGAAACATGAAGAAAAACCCATTCATTGGCAAGAAAAGCCCA
TTTATAGTCACCCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCTCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAAT
TGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTATTAAAACAG
Found at i:43738 original size:514 final size:508
Alignment explanation
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Period size: 514 Copynumber: 2.2 Consensus size: 508
42994 GTAAAAATAT
* * * * ** * *
43004 ATTATAATTGAATGTTTGCCTAGAGAAACATGAAGCGAAACCCATTCATTGGCAAGAAAAGCCCA
1 ATTATAACTAAATGTTTGTCTTGA-AAACATGAA-AAAAACACATTCATTGACAAGAAAAG-CCA
* * * **
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63 TTTATAGTCACCAAAGCT-TTCAAAAG-TTTATTACTCTCTTTAAATACATTTATAAACTTAAAA
* *
43133 TTAATTTTAAGTTTAATTTTTTTACATTTTTCATTAAAACAGATTATAATTAAATGGTTACCGTA
126 TTAATTTT-AGTTTAACTTTTTTACATTTATCATTAAAACAGATTATAATTAAATGGTTACCGTA
* * *
43198 AGAAACGTGAAGCAAAACTCATTCATTGGCAAGAAAAGCTCATTTATAGTCACCCAAGCCTTCCA
190 AGAAACATGAAGCAAAACTAATTCATTGGCAAGAAAAGCCCATTTATAGTCACCCAAGCCTTCCA
* * * *
43263 AAGCCTTATTACCCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTAATAATTGATTTTGA-GTTGAGTTTTTTT
255 AAGACTTATTACCCGCTTTAAATGCTTTTATAATCTAATAATTGATTTT-ATGTTCAATTTTTTT
* * * * *
43327 ACATTTTT-TATGAAAACAGATTATAATTGAATGTTTGCCTCGAGAAACATGAAGAAAAACCCAT
319 ACATTTTTGGAT-AAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTCGAGAAACATAAAGAAAAACCAAT
* * * * * *
43391 TCATTGGTAAGAAAAGCGCATTTATAGTCACCTAAGCCTTCGAAAGCTTTATTACTCGCTTTAAA
383 TCATTGGCAAGAAAAACCCATTTATAGTCACCCAAGCCTTCGAAAACCTTATTACTCGCTTTAAA
* * * * *
43456 TATTTTTATAACCTCGTAATTGATTTTATA-TT-ACATTTTTTTACATTTTTAGTTAGAACAA
448 TAATTTTATAACCTCATAATTGATTTTA-AGTTGA-ATTTTCTTACATTTTTAATTAAAACAA
* *
43517 ATTATAACTAAATGTTT-TCCTTGATAAACATGAAAAAAAAACACATTTATTGATAAGAAAAGTC
1 ATTATAACTAAATGTTTGT-CTTGA-AAACATG--AAAAAAACACATTCATTGACAAGAAAAG-C
* * *
43581 CTTTTATAGTCACCAAAGCTTTCAAAAGTATTATTACTCTCTTTAAATACTTTTATAACCTTAAA
61 CATTTATAGTCACCAAAGCTTTCAAAAGT-TTATTACTCTCTTTAAATACATTTATAAACTTAAA
* * * ** * * * * *
43646 TTTCATTTT-GTATTGAACTTTTTTATATTTATGGTTAAAACTGATTGTAATTGAATGTTTACCT
125 ATTAATTTTAGT-TT-AACTTTTTTACATTTATCATTAAAACAGATTATAATTAAATGGTTACCG
* * * *
43710 TCAGAAATATGAAG-AAAAGCTAATTCATTGTCAAGAAAAGCCCATTTATAGTCATCCAAGCCTT
188 TAAGAAACATGAAGCAAAA-CTAATTCATTGGCAAGAAAAGCCCATTTATAGTCACCCAAGCCTT
** * * *
43774 TGAAAGACTTATTACTCGTTTTAAATGCTTTTATAATCTCATAATTGATTTTATGTTCAATTTTT
252 CCAAAGACTTATTACCCGCTTTAAATGCTTTTATAATCTAATAATTGATTTTATGTTCAATTTTT
* * * *
43839 TTACATTTTTGGATAAAACATATTATAATTGAATGTCTACCTTGAGACACATAAAGAAAAACTAA
317 TTACATTTTTGGATAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTCGAGAAACATAAAGAAAAACCAA
**
43904 TTCATTGGCAAGAAAAACCCATTTATAGTCACCCAAGCCTTTTAAAACCTTATTACTCGCTTTAA
382 TTCATTGGCAAGAAAAACCCATTTATAGTCACCCAAGCCTTCGAAAACCTTATTACTCGCTTTAA
* * * *
43969 ATAATTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTCTTATATTTTTAATTAAAATAT
447 ATAATTTTATAACCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTCTTACATTTTTAATTAAAACAA
* * * * * * *
44031 ATTATAATTGAATGTTTGTCTTGAGAACATGAAGAAACCCCATTCATTGGCAAGAAAAGCTCATT
1 ATTATAACTAAATGTTTGTCTTGAAAACATGAAAAAAACACATTCATTGACAAGAAAAGC-CATT
* *
44096 TATAATCACCCAAAGC-TTCAAAAGCTTTATTACTGTCTTTAAAT
65 TATAGTCA-CCAAAGCTTTCAAAAG-TTTATTACTCTCTTTAAAT
44140 GGTTTTATGA
Statistics
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Matches are distributed among these distances:
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515 7 0.01
ACGTcount: A:0.36, C:0.15, G:0.11, T:0.38
Consensus pattern (508 bp):
ATTATAACTAAATGTTTGTCTTGAAAACATGAAAAAAACACATTCATTGACAAGAAAAGCCATTT
ATAGTCACCAAAGCTTTCAAAAGTTTATTACTCTCTTTAAATACATTTATAAACTTAAAATTAAT
TTTAGTTTAACTTTTTTACATTTATCATTAAAACAGATTATAATTAAATGGTTACCGTAAGAAAC
ATGAAGCAAAACTAATTCATTGGCAAGAAAAGCCCATTTATAGTCACCCAAGCCTTCCAAAGACT
TATTACCCGCTTTAAATGCTTTTATAATCTAATAATTGATTTTATGTTCAATTTTTTTACATTTT
TGGATAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTCGAGAAACATAAAGAAAAACCAATTCATTGGC
AAGAAAAACCCATTTATAGTCACCCAAGCCTTCGAAAACCTTATTACTCGCTTTAAATAATTTTA
TAACCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTCTTACATTTTTAATTAAAACAA
Found at i:43739 original size:343 final size:339
Alignment explanation
Indices: 43004--44217 Score: 1279
Period size: 343 Copynumber: 3.6 Consensus size: 339
42994 GTAAAAATAT
** **
43004 ATTATAATTGAATGTTTGCCTAGAGAAACATGAAGCGAAACCCATTCATTGGCAAGAAAAGCCCA
1 ATTATAATTGAATGTTTGCCTTCAGAAACATGAAGAAAAACCCATTCATTGGCAAGAAAAGCCCA
* * * * * * * *
43069 TTTATAGTTACCCAAGTCTTCAAAAGCCTTATTACTCTCTTTAAATGGATTTATAAACTTAAAAT
66 TTTATAGTCACCCAAGCCTTCAAAAGCTTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAAT
* * * *
43134 TAATTTTAAGTTTAATTTTTTTACATTTTTCA-TTAAAACAGATTATAATTAAATGGTTACCGTA
131 TAATTTTAAG-TTAATTTTTTTACATTTTT-AGTTAAAACAAATTATAATTAAATGTTTACCTTG
* * * * *
43198 AGAAACGTG-AAGCAAAACTCATTCATTGGCAAGAAAAGCTCATTTATAGTCACCCAAGCCTTCC
194 AGAAACATGAAAGAAAAACACATTCATTGGCAAGAAAAGC-CATTTATAGTCACCCAAGCTTTCA
* ** * *
43262 AAAGCCTTATTACCCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTAATAATTGATTTTGAGTTGAGTTTTTTT
258 AAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAATTTTATAATCTTA-AATTGATTTTGAGTTGA-ATTTTTT
* * * *
43327 ACATTTTTTATGAAAACAG
321 ATATTTTTAATTAAAACTG
* *
43346 ATTATAATTGAATGTTTGCC-TCGAGAAACATGAAGAAAAACCCATTCATTGGTAAGAAAAGCGC
1 ATTATAATTGAATGTTTGCCTTC-AGAAACATGAAGAAAAACCCATTCATTGGCAAGAAAAGCCC
* * ** * *
43410 ATTTATAGTCACCTAAGCCTTCGAAAGCTTTATTACTCGCTTTAAATATTTTTATAACCTCGTAA
65 ATTTATAGTCACCCAAGCCTTCAAAAGCTTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAA
* * * *
43475 TTGATTTTATA-TTACATTTTTTTACATTTTTAGTTAGAACAAATTATAACTAAATGTTTTCCTT
130 TTAATTTTA-AGTTA-ATTTTTTTACATTTTTAGTTAAAACAAATTATAATTAAATGTTTACCTT
* * * ** * *
43539 GATAAACATGAAAAAAAAACACATTTATTGATAAGAAAAGTCCTTTTATAGTCACCAAAGCTTTC
193 GAGAAACATGAAAGAAAAACACATTCATTGGCAAGAAAAG-CCATTTATAGTCACCCAAGCTTTC
** * * * *
43604 AAAAGTATTATTACTCTCTTTAAATACTTTTATAACCTTAAATTTCATTTTGTA-TTGAACTTTT
257 AAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAATTTTATAATCTTAAA-TTGATTTTG-AGTTGAA-TTTT
* **
43668 TTATATTTATGGTTAAAACTG
319 TTATATTTTTAATTAAAACTG
* * * * ** *
43689 ATTGTAATTGAATGTTTACCTTCAGAAATATGAAGAAAAGCTAATTCATTGTCAAGAAAAGCCCA
1 ATTATAATTGAATGTTTGCCTTCAGAAACATGAAGAAAAACCCATTCATTGGCAAGAAAAGCCCA
* ** * *
43754 TTTATAGTCATCCAAGCCTTTGAAAGAC-TTATTACTCGTTTTAAATGCTTTTATAATCTCATAA
66 TTTATAGTCACCCAAGCCTTCAAAAG-CTTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAA
* * * * * * *
43818 TTGATTTTATGTTCAATTTTTTTACATTTTTGGATAAAACATATTATAATTGAATGTCTACCTTG
130 TTAATTTTAAGTT-AATTTTTTTACATTTTTAGTTAAAACAAATTATAATTAAATGTTTACCTTG
* *
43883 AGACACAT-AAAGAAAAACTA-ATTCATTGGCAAGAAAAACCCATTTATAGTCACCCAAGCCTTT
194 AGAAACATGAAAGAAAAAC-ACATTCATTGGCAAG-AAAAGCCATTTATAGTCACCCAAG-CTTT
* * *
43946 TAAAA-CCTTATTACTCGCTTTAAATAATTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTC
256 CAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAATTTTATAATCTTA-AATTGATTTTGAGTTGAATTTT-
*
44010 TTATATTTTTAATTAAAA-TAT
319 TTATATTTTTAATTAAAACT-G
* * * *
44031 ATTATAATTGAATGTTTGTCTTGAG-AACATGAAG-AAACCCCATTCATTGGCAAGAAAAGCTCA
1 ATTATAATTGAATGTTTGCCTTCAGAAACATGAAGAAAAACCCATTCATTGGCAAGAAAAGCCCA
* *
44094 TTTATAATCACCCAAAG-CTTCAAAAGCTTTATTACT-GTCTTTAAATGGTTTTATGATCTCATA
66 TTTATAGTCACCC-AAGCCTTCAAAAGCTTTATTACTCG-CTTTAAATGGTTTTATAATCTCATA
* *
44157 ATTAAATTTAAGTTGAATGTTTTTTACATTTTTAGTTAAAACAGAA-TATAATTGAATGTTT
129 ATTAATTTTAAGTT-AAT-TTTTTTACATTTTTAGTTAAAACA-AATTATAATTAAATGTTT
44218 CTTATGGAAT
Statistics
Matches: 719, Mismatches: 128, Indels: 51
0.80 0.14 0.06
Matches are distributed among these distances:
339 2 0.00
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344 6 0.01
ACGTcount: A:0.36, C:0.14, G:0.11, T:0.39
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ATTATAATTGAATGTTTGCCTTCAGAAACATGAAGAAAAACCCATTCATTGGCAAGAAAAGCCCA
TTTATAGTCACCCAAGCCTTCAAAAGCTTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAAT
TAATTTTAAGTTAATTTTTTTACATTTTTAGTTAAAACAAATTATAATTAAATGTTTACCTTGAG
AAACATGAAAGAAAAACACATTCATTGGCAAGAAAAGCCATTTATAGTCACCCAAGCTTTCAAAA
GCCTTATTACTCGCTTTAAATAATTTTATAATCTTAAATTGATTTTGAGTTGAATTTTTTATATT
TTTAATTAAAACTG
Found at i:43763 original size:21 final size:21
Alignment explanation
Indices: 43721--43763 Score: 50
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43711 CAGAAATATG
* *
43721 AAGAAAAGCTAATTCATTGTC
1 AAGAAAAGCCAATTCATAGTC
* *
43742 AAGAAAAGCCCATTTATAGTC
1 AAGAAAAGCCAATTCATAGTC
43763 A
1 A
43764 TCCAAGCCTT
Statistics
Matches: 18, Mismatches: 4, Indels: 0
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Matches are distributed among these distances:
21 18 1.00
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AAGAAAAGCCAATTCATAGTC
Found at i:44699 original size:155 final size:150
Alignment explanation
Indices: 44410--44749 Score: 434
Period size: 155 Copynumber: 2.2 Consensus size: 150
44400 NNNNNNNNNN
* *
44410 TTTT-ATTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTGCCTTAAGAAACATGAAGAAAAACCCATTTATA
1 TTTTCATTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTACCTCAAGAAACATGAAGAAAAACCCATTTATA
* * * * * *
44474 GTCACTCAAGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGATTTATAATCTCCTAATTGTTTT
66 GTCACCCAAGCCTTAGAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATAGATTTATAATATCATAACTGTTTT
44539 AAAGTTGAA-TTTTTTACAT
131 AAAGTTGAAGTTTTTTACAT
* * ** *
44558 TTTTTATTAGAATGGATTATAATTGAATGTTTACCTCAAGAAACATGATTGACAAGAAAAGCCCA
1 TTTTCATTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTACCTCAAGAAAC---A-TG--AAGAAAAACCCA
* * *
44623 TTTATAGTCACCCAAGCTTTATAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATAGTTTTATAATATCATAAC
60 TTTATAGTCACCCAAGCCTTAGAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATAGATTTATAATATCATAAC
44688 TGATTTT-AAGTTGAAGTTTTTTACAT
125 TG-TTTTAAAGTTGAAGTTTTTTACAT
* *
44714 TTTTCGTTAAAACAGATTATAATTAAATGTTTACCT
1 TTTTCATTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTACCT
44750 TGGAAAACAT
Statistics
Matches: 162, Mismatches: 21, Indels: 10
0.84 0.11 0.05
Matches are distributed among these distances:
148 4 0.02
149 34 0.21
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ACGTcount: A:0.36, C:0.14, G:0.11, T:0.39
Consensus pattern (150 bp):
TTTTCATTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTACCTCAAGAAACATGAAGAAAAACCCATTTATA
GTCACCCAAGCCTTAGAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATAGATTTATAATATCATAACTGTTTT
AAAGTTGAAGTTTTTTACAT
Found at i:45261 original size:171 final size:170
Alignment explanation
Indices: 45084--45490 Score: 396
Period size: 171 Copynumber: 2.4 Consensus size: 170
45074 AAAGACTTTG
*
45084 GTGACTATAAATGAGATTTTCTTGCCAATGAATTGGTTTTTCTAT-ATGTTTCTCGAGG-AAACA
1 GTGACTATAAATGAGATTTTCTTGCCAATGAATTGGTTTTTCT-TCATGTTTCTCAAGGCAAACA
********* *
45147 TTCAATTATAAT-CTGTTTNNNNNNNNNNTGTAAAAAACATTCAACTTAAACTCAATTATGA-GT
65 TTCAATTATAATACT-TTT-AAGTCAAAATGTAAAAAA-ATTCAACTTAAAATCAATTATGACG-
* * *
45210 TTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAGTAAGTCTTTTGAAAGAATGA
126 CTATAAAACCATTTAAAGAGAGTAATAAGTCTTTTGAAAGAATGA
* * ** * *
45255 GTGACTATAATTGA-ATTTTTTATGATAATGAA-AGGCTTTTTCTTCATGTTTCCCAAGGCAAAC
1 GTGACTATAAATGAGATTTTCT-TGCCAATGAATTGG-TTTTTCTTCATGTTTCTCAAGGCAAAC
*
45318 ATTCAATTATAATAACTTTTAAGTCAAAATGTAAGAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGACGCT
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* * ** *
45383 ATAAAACCATTTAAAGAGAGTAATAAGTCTTTTGGAGGCTTGG
128 ATAAAACCATTTAAAGAGAGTAATAAGTCTTTTGAAAGAATGA
* * * * * *
45426 GTGATTATAAATGGGCTTTTCTTCCCAATG-ATTGGGTTTTTCTTCATGTTTCTTAAGGTAAACA
1 GTGACTATAAATGAGATTTTCTTGCCAATGAATT-GGTTTTTCTTCATGTTTCTCAAGGCAAACA
45490 T
65 T
45491 CAAACTATAN
Statistics
Matches: 188, Mismatches: 38, Indels: 20
0.76 0.15 0.08
Matches are distributed among these distances:
170 10 0.05
171 140 0.74
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173 3 0.02
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ACGTcount: A:0.34, C:0.12, G:0.15, T:0.37
Consensus pattern (170 bp):
GTGACTATAAATGAGATTTTCTTGCCAATGAATTGGTTTTTCTTCATGTTTCTCAAGGCAAACAT
TCAATTATAATACTTTTAAGTCAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGACGCTATA
AAACCATTTAAAGAGAGTAATAAGTCTTTTGAAAGAATGA
Found at i:45915 original size:171 final size:169
Alignment explanation
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Period size: 170 Copynumber: 2.9 Consensus size: 169
45620 NNNNNNNNNN
* * * ** *
45630 AAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGACTTTCGAAG-ACTTGGGTGACTATAAATGGGCTTCTCTT
1 AAAACCATTTAAAACAAGTAATAAGGCTTTTAAAGCA-TTGGGTGACTATAAATGGGCTTTTCTT
* * * *
45694 ACCAATGAATTGGTTTTTTATCATGTTTCATGAGGTAAACATTCAATTATAATCTGTTTGATCCA
65 GCCAATGAATTGGTTTTTT-TCATGTTTCCTGAGGCAAACATTCAATTATAATCTGTTTAATCCA
* * * * *
45759 AAAATATAGAAAAATTAAACTTAAAATTAGTTATGAGATTAT
129 AAAATGTA-AAAAATTAAACTTAAAATCAATTATAAAATTAT
*
45801 AAAACCATTTAAAACAAGTAATAGGGCTTTTAAAAGCA-TGGGTGACTATAAATGGGCTTTTCTT
1 AAAACCATTTAAAACAAGTAATAAGGCTTTT-AAAGCATTGGGTGACTATAAATGGGCTTTTCTT
* * * *
45865 GTCAATAAATTGGTTTTTCTTAATGTTTCCTAAGGCAAACATTCAATTATAATCTGTTTTAAT-C
65 GCCAATGAATTGGTTTTT-TTCATGTTTCCTGAGGCAAACATTCAATTATAATCTG-TTTAATCC
**********
45929 AAAAATGTAAANNNNNNNNNNTAAAATCAATTATAAAATTAT
128 AAAAATGTAAAAAATTAAACTTAAAATCAATTATAAAATTAT
* * * *
45971 AAAACCATTTAAATCAAGTAATAAGGCTTTTAAAGGATTGGATGACTATAAATAGGCTTTTCTTG
1 AAAACCATTTAAAACAAGTAATAAGGCTTTTAAAGCATTGGGTGACTATAAATGGGCTTTTCTTG
**
46036 CCAATGAATAT-GTTTTTGTTCATGTTT-CTCGACTCAAACATTCAATTATAATCTGTTTTAA-C
66 CCAATGAAT-TGGTTTTT-TTCATGTTTCCT-GAGGCAAACATTCAATTATAATCTG-TTTAATC
* *
46098 TAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAA
127 CAAAAATGT-AAAAAATTAAACTTAA
46124 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 261, Mismatches: 53, Indels: 18
0.79 0.16 0.05
Matches are distributed among these distances:
169 7 0.03
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Consensus pattern (169 bp):
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CCAATGAATTGGTTTTTTTCATGTTTCCTGAGGCAAACATTCAATTATAATCTGTTTAATCCAAA
AATGTAAAAAATTAAACTTAAAATCAATTATAAAATTAT
Found at i:46932 original size:171 final size:170
Alignment explanation
Indices: 46244--48437 Score: 2222
Period size: 171 Copynumber: 13.0 Consensus size: 170
46234 CACTCATTCT
* *
46244 TTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTT-TAATCTCATAATTGATTTCAAGTTGAATGT
1 TTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAAT-T
* * * * * * **
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65 TTTTTATATTTTTTGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTGCCTTAAGAAACATGAAG-AAAAC
* * *
46373 CCATTTATCT-G-TAGAAAAAGCCCATTTATAGTCACCCAAACC
129 CCATTCAT-TGGCAAG-AAAAGCCCATTTATAGTCACCCAAGCC
* * * * *
46415 TTCAAAAGCCTTGTTACTTGCTTT-AA----TTTATAATCTCATAATTAATTTCAGGTTGAATTT
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* * * **
46475 TTTTATATTTTTAGTTAAAATAGATTATAATTGAATGTTTACCTCGAGAAACATGAAGAAAAACC
66 TTTTATATTTTTTGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTGCCTTAAGAAACATGAAG-AAAACC
* *
46540 AATTCATTGACAAGAAAAGCCCATTTATAGTCACCCAAGCC
130 CATTCATTGGCAAGAAAAGCCCATTTATAGTCACCCAAGCC
* * * *
46581 TTCTAAAGCATTATTACTCACTTTAAATGATTTTATAATCTCATAATTG-TTTTAAAGTTGAA-T
1 TTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTT-AAGTTGAATT
* * *
46644 TTTTTATATTTTTTATTAGAACATATTATAATTGAATGTTTGCC-TAGAGAAACATGAAGAAAAA
65 TTTTTATATTTTTTGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTGCCTTA-AGAAACATGAAG-AAAA
*
46708 CCCATTCTTTGGCAAGAAAAGCCCATTTATAGTCACCCAAGCC
128 CCCATTCATTGGCAAGAAAAGCCCATTTATAGTCACCCAAGCC
* * *
46751 TT-ATAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGATTTTATAATCTCATAACTAATTTTAAGTTGAATT
1 TTCA-AAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATT
* ** * * * *
46815 TTTTTACATTTTTTGTTAAAACAGATTATAATAAAATGTCTACCTTAAGAAACGTGAAGAACAAG
65 TTTTTATATTTTTTGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTGCCTTAAGAAACATGAAGAA-AAC
* * * * **
46880 CCATTCATTGCCAAGAAAAGTCCAATTATAGTCACTCATTCC
129 CCATTCATTGGCAAGAAAAGCCCATTTATAGTCACCCAAGCC
* * * *
46922 TTCAAAAGCCTTATTACTCCCTTTAAATAGTTTT-TAATCTCATAATTAATTTCAAGTTGAATGT
1 TTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAAT-T
* * * * * * *
46986 TTTTCATATTTTTTGTTAAAGCAGATTATAAATGAATATTTACCTCAGGAAACATGAAGAAAAAC
65 TTTTTATATTTTTTGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTGCCTTAAGAAACATGAAG-AAAAC
* * * * *
47051 CCATTCATTAGTAGGAAAAGCCCATTTATAGTCGCCTAAGCC
129 CCATTCATTGGCAAGAAAAGCCCATTTATAGTCACCCAAGCC
* * * * * * *
47093 TTCTAAAGCCTTGTTACACGCTTTAAATGGTTTTATAATCTAATAATTGATTTTGAGTTTAGTTT
1 TTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTT
* * * * ** *
47158 TTTTACATTTTTTATGAAAACAGATTACAATCAAATGTTTGCCTCGAA-AAACATGAAGAAAAAC
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* *
47222 CCATCCATTAGCAAGAAAAGCCCATTTATAGTCACCCAAGCC
129 CCATTCATTGGCAAGAAAAGCCCATTTATAGTCACCCAAGCC
** * * * * * * *
47264 TTCGGAAGCTTTATTACTTGCTTTAAACGGTTTTATAACCTCATAATTGATTTTATGTTAAATAT
1 TTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTT
* * * * *
47329 TTTTATATTTTTAGTTAAAATAAAATATAATTGAATGTTTGCC-TCAGAAAACATGAAGAAAA--
66 TTTTATATTTTTTGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTGCCTTAAG-AAACATGAAGAAAACC
* * * * *
47391 -ATACA-T-GCAAGAAAAGCTCTTTTATAGTCACCTAAGTC
130 CATTCATTGGCAAGAAAAGCCCATTTATAGTCACCCAAGCC
* * * * * * *
47429 TT-AAAATGCCTTATTACTCTCTCTAAATAGTTTTATAACCTCAAAATTGATTTTAAATTGAATG
1 TTCAAAA-GCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATT
* * * *
47493 TTTTTATA-TTTATGATTAAAACATATTTTAATTGAATGTTTGCCTCAAGAAACATGAAGAAAAA
65 TTTTTATATTTTTTG-TTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTGCCTTAAGAAACATGAAG-AAAA
* **
47557 CCAATTCATTATCAAGAAAAGCCCATTTATAGTCACCCAAGCC
128 CCCATTCATTGGCAAGAAAAGCCCATTTATAGTCACCCAAGCC
* * * * *
47600 TTCGAAAGCCTTATTAGTCGCTTTAAATGGTTTTATATTCTCATAATTGATTTTAGGTTGAATAT
1 TTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTT
* * * ***
47665 TTTTATA-TTTTTGAATAAAATAGTTTATAATTGAATGTTTGTGATAA-AAATCATGAAGAAAAA
66 TTTTATATTTTTTG-TTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTGCCTTAAGAAA-CATGAAG-AAAA
**
47728 CTAATTCATTGGCAAGACAAA-CCCATTTATAGTCACCCAAGCC
128 CCCATTCATTGGCAAGA-AAAGCCCATTTATAGTCACCCAAGCC
*
47771 TT-ATAAAGCCTTATTACTCGCTTTAATTGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATT
1 TTCA-AAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATT
* * * * ** * *
47835 TTCTTACATTTTTAGTTAAAACGGATTATAATTGAATGTTTATCTTTAG-AACATGAAGAAAGCC
65 TTTTTATATTTTTTGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTGCCTTAAGAAACATGAAGAAAACC
* * *
47899 CATTCATTGGTAAGAAAAGCTCATTTATAGTCACTCAAAG-C
130 CATTCATTGGCAAGAAAAGCCCATTTATAGTCAC-CCAAGCC
** * * *
47940 TTCAAAAGCCTTATTACTATCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTAAATTTAAATTG-ATTT
1 TTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTT
* * * * *
48004 TTTTATATTTTTGGTTAAAACAGGTTATAATTGAATGTTT--CTTATGGGATAGA-GAAGAAAAA
66 TTTTATATTTTTTGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTGCCTTA--AGAAACATGAAG-AAAA
* * * *
48066 TCCATTCATTGGCAAGAAAAGCCCATTTGTAGTCACCAAAACC
128 CCCATTCATTGGCAAGAAAAGCCCATTTATAGTCACCCAAGCC
* ** * *
48109 TTCGAAAGCCTTATTACTTACTTTAAATGGTTTTATAATCTAATAATTGA--TT-A----AACTT
1 TTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTT
* * * * * *
48167 TTTTACA-TTTTTGATTAAAACATATTATAATTGAATGTTTGCATTAAGAAACCTAAAGCAAAAT
66 TTTTATATTTTTTG-TTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTGCCTTAAGAAACATGAAG-AAAAC
* *
48231 CCATTCATTGGCAAGAAAAGGCCA-TTATAGTCACACAAGCC
129 CCATTCATTGGCAAGAAAAGCCCATTTATAGTCACCCAAGCC
* * * * *
48272 TTCAAAAGCCTTATTACTCTCTTGAAATGGTTTTATAAACTCAAAATTGATTTTAAGTTCAATTT
1 TTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTT
* * * * *
48337 TCTTACATTTTTGGTT-AAACTAGATTATAATTGAATGTTTGTCTTGAGAAACATGAAGAGAAAC
66 TTTTATATTTTTTGTTAAAAC-AGATTATAATTGAATGTTTGCCTTAAGAAACATGAAGA-AAAC
*
48401 CCATTCATTGACAAGAAAAGCCCATTTATAGTCACCC
129 CCATTCATTGGCAAGAAAAGCCCATTTATAGTCACCC
48438 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 1678, Mismatches: 284, Indels: 122
0.81 0.14 0.06
Matches are distributed among these distances:
162 5 0.00
163 92 0.05
164 37 0.02
165 125 0.07
166 124 0.07
167 36 0.02
168 51 0.03
169 177 0.11
170 268 0.16
171 724 0.43
172 39 0.02
ACGTcount: A:0.36, C:0.15, G:0.12, T:0.37
Consensus pattern (170 bp):
TTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTT
TTTTATATTTTTTGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTGCCTTAAGAAACATGAAGAAAACCC
ATTCATTGGCAAGAAAAGCCCATTTATAGTCACCCAAGCC
Found at i:47545 original size:678 final size:668
Alignment explanation
Indices: 46224--48437 Score: 2323
Period size: 678 Copynumber: 3.3 Consensus size: 668
46214 NNNNNNNNNN
** *
46224 CAATTATAGTCACTCATTCTTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTT-TAATCTCATA
1 CAATTATAGTCACTCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATA
* * *
46288 ATTGATTTCAAGTTGAATGTTTTTTACATTTTTGGCTAAAATAGATTAT-GATCGAATGTTTGCC
66 ATTGATTTCAAGTTGAATG-TTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGATTATAAAT-GAATGTTTGCC
* * * *
46352 TTGGGAAACATGAAGAAAAACCCATTTATCTG-TAGAAAAAGCCCATTTATAGTCACCCAAACCT
129 -TAGGAAACATGAAGAAAAACCCATTCAT-TGCAAG-AAAAGCCCATTTATAGTCACCCAAGCCT
* * * * *
46416 TCAAAAGCCTTGTTACTTGCTTT-AA----TTTATAATCTCATAATTAATTTCAGGTTGAATTTT
191 TCTAAAGCCTTGTTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTT
* * * *
46476 TTTATATTTTTAGTTAAAATAGATTATAATTGAATGTTTACCTCGAGAAACATGAAGAAAAACCA
256 TTTACATTTTTAGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTACCTCGAAAAACATGAAGAAAAACCC
* *
46541 ATTCATTGACAAGAAAAGCCCATTTATAGTCACCCAAGCCTTCTAAAGCATTATTACTCACTTTA
321 ATTCATTG-CAAGAAAAGCCCATTTATAGTCACCCAAGCCTTCAAAAGCATTATTACT-TCTTTA
* * *
46606 AATGATTTTATAATCTCATAATTG-TTTTAAAGTTGAATTTTTTATATTTTTTA-TTAGAACATA
384 AATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTT-AAGTT-AATTTTTTATA-TTTTTAGTTAAAACAAA
* *
46669 TTATAATTGAATGTTTGCCTAGAGAAACATGAAGAAAAACCCATTCTTTGGCAAGAAAAGCCCAT
446 TTATAATTGAATGTTTGCCTAGA-AAACATGAAG-AAAA---ATAC-ATGGCAAGAAAAGCCCAT
* * * *
46734 TTATAGTCACCCAAGCCTTATAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGATTTTATAATCTCATAACT
505 TTATAGTCACCAAAGCCTTA-AAAGCCTTATTACTCTCTTTAAATG-TTTTATAATCTCAAAATT
* * * ** * *
46799 AATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTTG-TTAAAACAGATTATAATAAAATGTCTACCTTAA
568 GATTTTAAATTGAA-TTTTTTACA-TTTTTGATTAAAACATATTATAATTGAATGTTTGCCTTAA
* * *
46863 GAAACGTGAAGAACAAGCCATTCATTGCCAAGAAAAGTC
631 GAAACATGAAGAA-AAACCATTCATTGCCAAGAAAAGCC
** * *
46902 CAATTATAGTCACTCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCCCTTTAAATAGTTTT-TAATCTCATA
1 CAATTATAGTCACTCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATA
* * * * * *
46966 ATTAATTTCAAGTTGAATGTTTTTCATATTTTTTGTTAAAGCAGATTATAAATGAATATTTACCT
66 ATTGATTTCAAGTTGAATGTTTTT-ACATTTTTGGTTAAAACAGATTATAAATGAATGTTTGCCT
* * * *
47031 CAGGAAACATGAAGAAAAACCCATTCATTAGTAGGAAAAGCCCATTTATAGTCGCCTAAGCCTTC
130 -AGGAAACATGAAGAAAAACCCATTCATT-GCAAGAAAAGCCCATTTATAGTCACCCAAGCCTTC
* * * * *
47096 TAAAGCCTTGTTACACGCTTTAAATGGTTTTATAATCTAATAATTGATTTTGAGTTTAGTTTTTT
193 TAAAGCCTTGTTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTT
* * ** *
47161 TACATTTTTTA-TGAAAACAGATTACAATCAAATGTTTGCCTCGAAAAACATGAAGAAAAACCCA
258 TACA-TTTTTAGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTACCTCGAAAAACATGAAGAAAAACCCA
* ** *
47225 TCCATTAGCAAGAAAAGCCCATTTATAGTCACCCAAGCCTTCGGAAGCTTTATTACTTGCTTTAA
322 TTCATT-GCAAGAAAAGCCCATTTATAGTCACCCAAGCCTTCAAAAGCATTATTACTT-CTTTAA
* * * * *
47290 ACGGTTTTATAACCTCATAATTGATTTTATGTTAAATATTTTTATATTTTTAGTTAAAATAAAAT
385 ATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTT-AAT-TTTTTATATTTTTAGTTAAAACAAATT
* *
47355 ATAATTGAATGTTTGCCTCAGAAAACATGAAGAAAAATACAT-GCAAGAAAAGCTCTTTTATAGT
448 ATAATTGAATGTTTGCCT-AGAAAACATGAAGAAAAATACATGGCAAGAAAAGCCCATTTATAGT
* * * *
47419 CACCTAAGTCTTAAAATGCCTTATTACTCTCTCTAAATAGTTTTATAACCTCAAAATTGATTTTA
512 CACCAAAGCCTTAAAA-GCCTTATTACTCTCTTTAAAT-GTTTTATAATCTCAAAATTGATTTTA
* * * *
47484 AATTGAATGTTTTTATATTTATGATTAAAACATATTTTAATTGAATGTTTGCCTCAAGAAACATG
575 AATTGAAT-TTTTTACATTTTTGATTAAAACATATTATAATTGAATGTTTGCCTTAAGAAACATG
**
47549 AAGAAAAACCAATTCATTATCAAGAAAAGCC
639 AAGAAAAACC-ATTCATTGCCAAGAAAAGCC
* * * * * *
47580 CATTTATAGTCACCCAAGCCTTCGAAAGCCTTATTAGTCGCTTTAAATGGTTTTATATTCTCATA
1 CAATTATAGTCACTCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATA
* * * * ** * * * **
47645 ATTGATTTTAGGTTGAATATTTTTATATTTTTGAATAAAATAGTTTATAATTGAATGTTTGTGAT
66 ATTGATTTCAAGTTGAATGTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGATTATAAATGAATGTTTG-CCT
* **
47710 A-AAAATCATGAAGAAAAACTAATTCATTGGCAAGACAAA-CCCATTTATAGTCACCCAAGCCTT
130 AGGAAA-CATGAAGAAAAACCCATTCATT-GCAAGA-AAAGCCCATTTATAGTCACCCAAGCCTT
* * * *
47773 ATAAAGCCTTATTACTCGCTTTAATTGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTC
192 CTAAAGCCTTGTTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTT
* * ** * *
47838 TTACATTTTTAGTTAAAACGGATTATAATTGAATGTTTATCT-TTAGAACATGAAG-AAAGCCCA
257 TTACATTTTTAGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTACCTCGAAAAACATGAAGAAAAACCCA
* * * *
47901 TTCATTGGTAAGAAAAGCTCATTTATAGTCACTCAAAG-CTTCAAAAGCCTTATTACTATCTTTA
322 TTCATT-GCAAGAAAAGCCCATTTATAGTCAC-CCAAGCCTTCAAAAGCATTATTACT-TCTTTA
* * * * * **
47965 AATGGTTTTATAATCTCATAATTAAATTTAAATTGATTTTTTTATATTTTTGGTTAAAACAGGTT
384 AATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTT-AATTTTTTATATTTTTAGTTAAAACAAATT
* * * *
48030 ATAATTGAATGTTT-CTTATGGGATAGA-GAAGAAAAATCCATTCATTGGCAAGAAAAGCCCATT
448 ATAATTGAATGTTTGCCTA--GAAAACATGAAGAAAAAT--A--CA-TGGCAAGAAAAGCCCATT
* * *
48093 TGTAGTCACCAAAACCTTCGAAAGCCTTATTACT-TACTTTAAATGGTTTTATAATCT-AATAAT
506 TATAGTCACCAAAGCCTT-AAAAGCCTTATTACTCT-CTTTAAAT-GTTTTATAATCTCAA-AAT
* *
48156 TGA--TT-AA---ACTTTTTTACATTTTTGATTAAAACATATTATAATTGAATGTTTGCATTAAG
567 TGATTTTAAATTGAATTTTTTACATTTTTGATTAAAACATATTATAATTGAATGTTTGCCTTAAG
* * * * *
48215 AAACCTAAAGCAAAATCCATTCATTGGCAAGAAAAGGC
632 AAACATGAAG-AAAAACCATTCATTGCCAAGAAAAGCC
* * * * *
48253 C-ATTATAGTCACACAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCTCTTGAAATGGTTTTATAAACTCAAA
1 CAATTATAGTCACTCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATA
* * * *
48317 ATTGATTTTAAGTTCAAT-TTTCTTACATTTTTGGTT-AAACTAGATTATAATTGAATGTTTGTC
66 ATTGATTTCAAGTTGAATGTTT-TTACATTTTTGGTTAAAAC-AGATTATAAATGAATGTTTGCC
* *
48380 TTGAGAAACATGAAGAGAAACCCATTCATTGACAAGAAAAGCCCATTTATAGTCACCC
129 TAG-GAAACATGAAGAAAAACCCATTCATTG-CAAGAAAAGCCCATTTATAGTCACCC
48438 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 1288, Mismatches: 201, Indels: 100
0.81 0.13 0.06
Matches are distributed among these distances:
671 11 0.01
672 141 0.11
673 74 0.06
674 20 0.02
675 40 0.03
676 87 0.07
677 46 0.04
678 526 0.41
679 44 0.03
680 66 0.05
681 3 0.00
683 172 0.13
684 55 0.04
685 3 0.00
ACGTcount: A:0.36, C:0.15, G:0.12, T:0.37
Consensus pattern (668 bp):
CAATTATAGTCACTCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATA
ATTGATTTCAAGTTGAATGTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGATTATAAATGAATGTTTGCCTA
GGAAACATGAAGAAAAACCCATTCATTGCAAGAAAAGCCCATTTATAGTCACCCAAGCCTTCTAA
AGCCTTGTTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTAC
ATTTTTAGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTACCTCGAAAAACATGAAGAAAAACCCATTCA
TTGCAAGAAAAGCCCATTTATAGTCACCCAAGCCTTCAAAAGCATTATTACTTCTTTAAATGGTT
TTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAATTTTTTATATTTTTAGTTAAAACAAATTATAATTGA
ATGTTTGCCTAGAAAACATGAAGAAAAATACATGGCAAGAAAAGCCCATTTATAGTCACCAAAGC
CTTAAAAGCCTTATTACTCTCTTTAAATGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAATTGAATTTT
TTACATTTTTGATTAAAACATATTATAATTGAATGTTTGCCTTAAGAAACATGAAGAAAAACCAT
TCATTGCCAAGAAAAGCC
Found at i:48904 original size:171 final size:167
Alignment explanation
Indices: 48538--49105 Score: 488
Period size: 171 Copynumber: 3.3 Consensus size: 167
48528 NNNNNNNNNN
* * * * * *
48538 CAAAAGCCTTATTACTATCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTAAATTTAAGTTGATTTTTT
1 CAAAAGCCTTATTACTCTCTTGAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTC
* ** * *** ***
48603 TTACATTTTCAGTTAAAACAAATTATAATTGAATGTTT-CCTATGGGATTGA-GAAGAAAAGCCC
66 TTATATTTTTTGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTCCCT-TAAAAAACATGAAGAAAA-CCC
* *
48666 ATTCATTGGCATGAAAAGCCAATTTATAG-TCACCTAAGCTTT
129 ATTCATTGGCAAGAAAAGCC-ATTTATAGTTCA-C-AAGC-CT
* * **********
48708 CGAAAGCCTTATTAC-CTGCTTGAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGNNNNNNNNNNGAATTGT
1 CAAAAGCCTTATTACTCT-CTTGAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATT-T
* * *
48772 T-TTATA-TTTTTGATTAAAACATATTATAATTGAATGTTTGCCTTAAAAAACTTGAAGCAAAAC
64 TCTTATATTTTTTG-TTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTCCCTTAAAAAACATGAAG-AAAAC
*
48835 CCATTCATTGGCAAAAAAAGACCATTTATAGTTGCACAAGCCAT
127 CCATTCATTGGCAAGAAAAG-CCATTTATAGTT-CACAAGCC-T
* * *
48879 CAAAAGCCTTATTACTCTCTTGAAATGGTTTTATAAAT-TTAAAATTGATTTTAAGTTTAATTTT
1 CAAAAGCCTTATTACTCTCTTGAAATGGTTTTAT-AATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTT
* * *
48943 CTTATATTTTTTGTTAAAATAGATTATAATTGAATGTTTCCCTTGAGAAACATGAAGAAAAACCC
65 CTTATATTTTTTGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTCCCTTAAAAAACATGAAG-AAAACCC
*
49008 ATTCATTAGCAAGAAAAGTCCATTTATAG-TCACCCAAGCCT
129 ATTCATTGGCAAGAAAAG-CCATTTATAGTTCA--CAAGCCT
* * * *
49049 TATAAAGCCTTATTACTCACATT-AAATGGTTTTATAATCTCATAACTAATTTTAAGT
1 CA-AAAGCCTTATTACTCTC-TTGAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGT
49106 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 318, Mismatches: 61, Indels: 37
0.76 0.15 0.09
Matches are distributed among these distances:
169 7 0.02
170 83 0.26
171 205 0.64
172 21 0.07
173 2 0.01
ACGTcount: A:0.36, C:0.14, G:0.11, T:0.37
Consensus pattern (167 bp):
CAAAAGCCTTATTACTCTCTTGAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTC
TTATATTTTTTGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTCCCTTAAAAAACATGAAGAAAACCCAT
TCATTGGCAAGAAAAGCCATTTATAGTTCACAAGCCT
Found at i:49740 original size:171 final size:168
Alignment explanation
Indices: 49455--50060 Score: 602
Period size: 171 Copynumber: 3.5 Consensus size: 168
49445 NNNNNNNNNN
* * **
49455 CATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTCTTACATTTTTAGTTAAAATAGATTATAAAAGAATGTTT-
1 CATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTCTTACATTTTTTGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTG
** *
49519 -TTCCTGAGAAACATGAAGAAACCCCCATTCATTAGCAAGAAAAGCCCATTTATAGTCATCCAAA
66 CTT--TG-GAAACA-GAAGAAAAACCCATTCATTAGCAAGAAAAACCCATTTATAGTCA-CCAAA
* *
49583 GCTTCAAAAGCCTTATTATTATCTTTAAATGGTTTTATAATCT
126 GCTTCAAAAGCCTTATTACTCTCTTTAAATGGTTTTATAATCT
* * *
49626 CATAATTAATTTTAAGTTGAATGTTTTTTATATTTTTTGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTTT
1 CATAATTGATTTTAAGTTGAAT-TTTCTTACATTTTTTGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTTT
* * *
49691 GCTTTGGCATAGAGAAGAAAAACCCATTCATTAGCAAGAAAAACCCATTTATAGTCACCCAAGCG
65 GCTTTGG-AAACAGAAGAAAAACCCATTCATTAGCAAGAAAAACCCATTTATAGTCACCAAAGC-
** * * * ** *
49756 TTTGAAATCCTTGTTACTCGCTTTAAATATTTTTATTATCT
128 TTCAAAAGCCTTATTACTCTCTTTAAATGGTTTTATAATCT
* *** *
49797 CATAATTGATTATAAGTTTGAATTGTT-TTACATTTTTTGTTAAAGTGGATTATAATTGATTGTT
1 CATAATTGATTTTAAG-TTGAATT-TTCTTACATTTTTTGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTT
* ** ** *
49861 AGCCTTAAGAAACTTA-AAGCGAAACCCATTCATT-GACAAGAAAAGA-TCATTTATAGTCA-CA
64 TG-CTTTGGAAAC--AGAAGAAAAACCCATTCATTAG-CAAGAAAA-ACCCATTTATAGTCACCA
* *
49922 TAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCTCTTGAAATGGTTTTATAAACT
124 -AAG-CTTCAAAAGCCTTATTACTCTCTTTAAATGGTTTTATAATCT
*
49969 CA-AATTGATTTTAAGTTCAATTTTCTTACA-TTTTTGATTAAAACAGATTATAATTGAATGTTT
1 CATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTCTTACATTTTTTG-TTAAAACAGATTATAATTGAATGTTT
* *
50032 -ATCTTGAAAAACATGAAGAAAAACCCATT
65 GCT-TTG-GAAACA-GAAGAAAAACCCATT
50061 GATAGTCACC
Statistics
Matches: 353, Mismatches: 62, Indels: 41
0.77 0.14 0.09
Matches are distributed among these distances:
168 2 0.01
169 9 0.03
170 54 0.15
171 158 0.45
172 125 0.35
173 3 0.01
174 2 0.01
ACGTcount: A:0.36, C:0.13, G:0.12, T:0.39
Consensus pattern (168 bp):
CATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTCTTACATTTTTTGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTG
CTTTGGAAACAGAAGAAAAACCCATTCATTAGCAAGAAAAACCCATTTATAGTCACCAAAGCTTC
AAAAGCCTTATTACTCTCTTTAAATGGTTTTATAATCT
Found at i:50088 original size:149 final size:148
Alignment explanation
Indices: 49908--50501 Score: 464
Period size: 149 Copynumber: 3.8 Consensus size: 148
49898 AAGAAAAGAT
* *
49908 CATTTATAGTCA-CATAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCTCTTGAAATGGTTTTATAAACTCA-
1 CATTGATAGTCACCA-AAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCTCTTGAAATGGTTTTATAATCTCAT
* *
49971 AATTGATTTTAAGTTCAATTTTCTTACATTTTTGATTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTATCT
65 AATTGATTTTAAGTTGAATTTT-TTACATTTTTGATTAAAACAGATTATAATTGAATGTTT-CCT
50036 TGAAAAACATGAAGAAAAACC
128 TGAAAAACATGAAGAAAAACC
* * * * * *
50057 CATTGATAGTCACCAAAGCCTTCAAACGCCTTGTTACTCACTTTAAA-GGGTTTATAATCTTATA
1 CATTGATAGTCACCAAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCTCTTGAAATGGTTTTATAATCTCATA
* *
50121 ATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTTATTCAAACAGATTCA-AATTGAATGTTTGCCT
66 ATTGATTTTAAGTTGAA-TTTTTTACATTTTTGATTAAAACAGATT-ATAATTGAATGTTT-CCT
* * *
50185 CGAGAAACATAAAGAAAAACC
128 TGAAAAACATGAAGAAAAACC
* * * ** ** *
50206 CGTTCATTGGAAAGAAAAGATCATTTCTAGTCACCCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTA-TTTGCTT
1 CATTGA-TAGTCACCAAAG--C----CT--TCA---AA---------AGCCTTATTACTCT-CTT
* * * *
50270 GAAATGGTTTTATAATCACATAATTGATTTTAAATTGAATTGTTTTACAATTTTGGTTAAAACAG
44 GAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATT-TTTTACATTTTTGATTAAAACAG
* *
50335 ATTGTAATTGAATGTTTCCTT-AAGAAACAATGAAGAAAAGCC
108 ATTATAATTGAATGTTTCCTTGAA-AAAC-ATGAAGAAAAACC
* * * * * * *
50377 CATTTG-TAGTCACCCATGCCTTCAAAAACCTTATCACTCTCTTTAAATAGTTTTATAATCTCAA
1 CA-TTGATAGTCACCAAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCTCTTGAAATGGTTTTATAATCTCAT
* * * * * *
50441 AATTAATTTTAAGTTTAACTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACTGATTATATTTGAAGGTTT
65 AATTGATTTTAAGTTGAA-TTTTTTACATTTTTGATTAAAACAGATTATAATTGAATGTTT
50502 GCTTCATGAA
Statistics
Matches: 346, Mismatches: 65, Indels: 67
0.72 0.14 0.14
Matches are distributed among these distances:
148 12 0.03
149 114 0.33
150 92 0.27
151 4 0.01
152 1 0.00
156 2 0.01
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161 2 0.01
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169 2 0.01
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172 2 0.01
ACGTcount: A:0.35, C:0.15, G:0.12, T:0.39
Consensus pattern (148 bp):
CATTGATAGTCACCAAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCTCTTGAAATGGTTTTATAATCTCATA
ATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTACATTTTTGATTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTCCTTGA
AAAACATGAAGAAAAACC
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50053 AACCCATTGA
* * * **
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1 TAGTCACCAAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTGAAAGGGTTTATAATCACATAATTGATT
* * * * * *
50128 TTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTTATTCAAACAGATTCAAATTGAATGTTTGCCTCGAGAAAC
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50193 -ATAAAGAAAAACCCGTTCATTGGAAAGAAAAGATCATTTC
130 AATAAAGAAAAACCCGTTCATTGGAAAGAAAAGATCATTTC
* * ** *
50233 TAGTCACCCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTATTTGCTTGAAATGGTTTTATAATCACATAATTGAT
1 TAGTCACCAAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTGAAA-GGGTTTATAATCACATAATTGAT
* ** *
50298 TTTAAATTGAATTGTTTTACAATTTTGGTTAAAACAGATTGTAATTGAATGTTTCCTTAAGAAAC
65 TTTAAATTGAATTGTTTTACAATTTTGATTAAAACAGATTCAAATTGAATGTTTCCTCAAGAAAC
*
50363 AATGAAGAAAA
130 AATAAAGAAAA
50374 GCCCATTTGT
Statistics
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0.83 0.15 0.02
Matches are distributed among these distances:
170 43 0.36
171 75 0.64
ACGTcount: A:0.36, C:0.14, G:0.13, T:0.37
Consensus pattern (170 bp):
TAGTCACCAAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTGAAAGGGTTTATAATCACATAATTGATT
TTAAATTGAATTGTTTTACAATTTTGATTAAAACAGATTCAAATTGAATGTTTCCTCAAGAAACA
ATAAAGAAAAACCCGTTCATTGGAAAGAAAAGATCATTTC
Found at i:50496 original size:150 final size:150
Alignment explanation
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50207 GTTCATTGGA
* * * * *
50217 AAGAAAAGATCATTTCTAGTCACCCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTATTTGCTTGAAATGGTTTTA
1 AAGAAAAGACCATTTCTAGTCACCCAAGCCTTCAAAAACCTTATCATCTGCTTGAAATAGTTTTA
* * *
50282 TAATCACATAATTGATTTTAAATTGAATTGTTTTACAATTTTGGTTAAAACAGATTGTAATTGAA
66 TAATCACAAAATTAATTTTAAATTGAATTGTTTTACAATTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAA
*
50347 TGTTTCCTTAAGAAACAATG
131 GGTTTCCTTAAGAAACAATG
* * * *
50367 AAGAAAAGCCCATTTGTAGTCACCCATGCCTTCAAAAACCTTATCACTCT-CTTTAAATAGTTTT
1 AAGAAAAGACCATTTCTAGTCACCCAAGCCTTCAAAAACCTTATCA-TCTGCTTGAAATAGTTTT
* * * * * *
50431 ATAATCTCAAAATTAATTTTAAGTTTAACTT-TTTTACATTTTTGGTTAAAACTGATTATATTTG
65 ATAATCACAAAATTAATTTTAAATTGAA-TTGTTTTACAATTTTGGTTAAAACAGATTATAATTG
50495 AAGGTTT
129 AAGGTTT
50502 GCTTCATGAA
Statistics
Matches: 114, Mismatches: 19, Indels: 4
0.83 0.14 0.03
Matches are distributed among these distances:
150 110 0.96
151 4 0.04
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AAGAAAAGACCATTTCTAGTCACCCAAGCCTTCAAAAACCTTATCATCTGCTTGAAATAGTTTTA
TAATCACAAAATTAATTTTAAATTGAATTGTTTTACAATTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAA
GGTTTCCTTAAGAAACAATG
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49716 ATTCATTAGC
* * ** * * *
49726 AAGAAAAACCCATTTATAGTCACCCAAGCGTTTGAAATCCTTGTTACTCGCTTTAAATATTTTTA
1 AAGAAAAACCCATTTGTAGTCACCCAAGCCTTCAAAAACCTTGTTACTCACTTTAAATAGTTTTA
* * *
49791 TTATCTCATAATTGATTATAAGTTTGAATTGTTTTACATTTTTTGTTAAAGTGGATTATAATTGA
66 TAATCTCATAATTGATTTTAAGTTT-AATT-TTTTACATTTTTTGTTAAACT-GATTATAATTGA
* * * ** * *
49856 TTGTTAGCCTTAAGAAACTTAAAGCGAAACCCATTCATTGACAAGAAAAGATCATTTATAGTCAC
128 ATGTTTG-CTTCAGAAA-TTAAAGAAAAACCCATTCATTGGCAAGAAAAGACCATTTATAGTCAC
** * * *
49921 ATAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCTCTTGAAATGGTTTTATAAACTCA-AATTGATTTTAAGT
191 CCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTA-TTTCTTGAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAAT
* **
49985 TCAATTTTCTTACATTTTTGATTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTATCTTGAA-AAACATG
255 TGAATTTT-TTACATTTTTGATTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTGCCTT-AAGAAACATG
* ** * *
50047 AAGAAAAACCCA-TTGATAGTCACCAAAGCCTTCAAACGCCTTGTTACTCACTTTAAA-GGGTTT
1 AAGAAAAACCCATTTG-TAGTCACCCAAGCCTTCAAAAACCTTGTTACTCACTTTAAATAGTTTT
* * * *
50110 ATAATCTTATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTTATTCAAACAGATTCA-AATTG
65 ATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTTAA-TTTTTTACATTTTTTGTT-AAACTGATT-ATAATTG
* * * * * *
50174 AATGTTTGCCTCGAGAAACATAAAGAAAAACCCGTTCATTGGAAAGAAAAGATCATTTCTAGTCA
127 AATGTTTGCTTC-AGAAA-TTAAAGAAAAACCCATTCATTGGCAAGAAAAGACCATTTATAGTCA
*
50239 CCCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTATTTGCTTGAAATGGTTTTATAATCACATAATTGATTTTAAA
190 CCCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTATTT-CTTGAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAA
* * *
50304 TTGAATTGTTTTACAATTTTGGTTAAAACAGATTGTAATTGAATGTTT-CCTTAAGAAACAATG
254 TTGAATT-TTTTACATTTTTGATTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTGCCTTAAGAAAC-ATG
* * * * *
50367 AAGAAAAGCCCATTTGTAGTCACCCATGCCTTCAAAAACCTTATCACTCTCTTTAAATAGTTTTA
1 AAGAAAAACCCATTTGTAGTCACCCAAGCCTTCAAAAACCTTGTTACTCACTTTAAATAGTTTTA
* * * *
50432 TAATCTCAAAATTAATTTTAAGTTTAACTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACTGATTATATTTGAA
66 TAATCTCATAATTGATTTTAAGTTTAA-TTTTTTACATTTTTTGTT-AAACTGATTATAATTGAA
* * *
50497 GGTTTGCTTCATGAAATGTAACA-AAAAACCAATTCATTGGCAAGAAAAGCCCATTTATAGTCAC
129 TGTTTGCTTCA-GAAAT-TAA-AGAAAAACCCATTCATTGGCAAGAAAAGACCATTTATAGTCAC
** * * *
50561 CCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTATATAATCTCATAATTGA-TTTAAAG
191 CCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTA-TTTCTTGAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAA-
* *
50625 TTGAATTTTTTATATTTTTGATTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTGCCTCAAGAAACATG
254 TTGAATTTTTTACATTTTTGATTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTGCCTTAAGAAACATG
* ** ** *
50687 AAGAAAAACCCATTCATTGGCAAGAAAAACCCATTTATGGTCTCCCAAGCCTTTGAAAGTCTTAT
1 AAGAAAAACCCA-T--TT-----G-----------TA--GTCACCCAAGCCTTCAAAAACCTTGT
* ** * * * * **
50752 TACTCGCTTTAAACGGTTTTATGATTTCATAATTGACTTTAAGTTGAATGTTTTTACATTTTTAA
45 TACTCACTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTTAAT-TTTTTACATTTTTTG
* * * * * *
50817 TTAAAACAT-ATTATAATTGAATGTTTACCTCAGGAAACATGAGGAAAAACCAATTCATTGGCAA
109 TT-AAAC-TGATTATAATTGAATGTTTGCTTCA-GAAA-TTAAAGAAAAACCCATTCATTGGCAA
* * * ** * *
50881 GAAAAG-CCTGTTTATAGTTACCCAAGCCATCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAACGGTTTTAT
170 GAAAAGACC-ATTTATAGTCACCCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTA-TTTCTTGAAATGGTTTTAT
* ** * ** * * * *
50945 AACCTCATAATTGACATTAAGTTTTATTGTTTTATATTTTT-AGTTACAACAGATCATAATTGAC
233 AATCTCATAATTGATTTTAAATTGAATT-TTTTACATTTTTGA-TTAAAACAGATTATAATTGAA
*
51009 TGTTTG--TATGAGAAACATG
296 TGTTTGCCT-TAAGAAACATG
* *
51028 AAGAAAAACCCATTCATTGGCAAGAAAAGCCCATTCATTGTCACCCGAAG-CTTCAAAAGCCTTA
1 AAGAAAAACCCA-T--TT----------G-----T-A--GTCACCC-AAGCCTTCAAAAACCTTG
* * * * * *
51092 TTACTCTCTGTAAATGGTTTTATAATCTCATAAATGATTTTAAGTTAAATGTTTTT-TATGTTTT
44 TTACTCACTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTTAAT-TTTTTACAT-TTTT
* * * * * ** *
51156 TAGTTAAAACAGATTGTAATTAAATATTTACCTTGGGAAATGAGAAGAAAAACCCATTCATAT-G
107 T-GTT-AAACTGATTATAATTGAATGTTT-GCTTCAGAAATTA-AAGAAAAACCCATTCAT-TGG
* * * * * * * * *
51220 CAAGAAAAGATCATTTACAGTCACTCAAGTCTTCGAAAGCTTTATTACTTGCTTTAAATAGTTTT
167 CAAGAAAAGACCATTTATAGTCACCCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTA-TTTCTTGAAATGGTTTT
*********** * *
51285 ATAATCTCATAATTGATTTNNNNNNNNNNNNTTTTACATTTTTTACTAAAACAGATT-TAAATTG
231 ATAATCTCATAATTGATTT-TAAATTGAATTTTTTACATTTTTGATTAAAACAGATTAT-AATTG
*
51349 AATGTTTGCTTCAGGAAACATGAAGAAAATCCCTTTCATTG
294 AATGTTTG---C------C-TTAAG-AAA-------CA-TG
** * * * * * ** *
51390 AAAAGAAAAGGCCATTTATAGTCACCCAAGTCTTCAAAAGCCTTATTATTTGCTTTAAA-CGATT
1 --AAGAAAAACCCATTTGTAGTCACCCAAGCCTTCAAAAACCTTGTTACTCACTTTAAATAG-TT
********* * * * *
51454 TTATAATCTCATAATTGATTTTANNNNNNNNNNTGTTACATTTTTTATTAAAACAGATTGTAATT
63 TTATAATCTCATAATTGATTTTA-AGTTTAATTTTTTACATTTTTTGTT-AAACTGATTATAATT
** * *
51519 GAATGTTT-C--C------CCAAG---AA---A-T-A-T--AAAGAAAAGCCCATTTATAGTCAC
126 GAATGTTTGCTTCAGAAATTAAAGAAAAACCCATTCATTGGCAAGAAAAGACCATTTATAGTCAC
********** * * * *
51564 CCAAGCCTTCAAAAGNNNNNNNNNNCTCTTTAAATGGTTTTATAACCTCAAAATT-ATTTTTAAG
191 CCAAGCCTTCAAAAG-CCTTATTATTTCTTGAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGA-TTTTAAA
* * ** *
51628 TTTAACTTTTTTACATTTTTGGTTAAAATTGATTATAGTTGAATGTTTGGCTCATGAAACATAAC
254 TTGAA-TTTTTTACATTTTTGATTAAAACAGATTATAATTGAATGTTT-GC-C-T------T---
*
51693 AAAAAACCAATTCATTG
306 --AAGA--AA--CA-TG
* * * * ********** *
51710 ACAAGAAAAGCCCATTTATAGTCACCCAAACCTTCAAAAGCCTTNNNNNNNNNNTTAAATGGTTT
1 --AAGAAAAACCCATTTGTAGTCACCCAAGCCTTCAAAAACCTTGTTACTCACTTTAAATAGTTT
* * * * * *
51775 TATAATCTCATAATTGATTTAAAGTTGAATTTTTTATATTTTAAT-TAAAACAGATTATAATTGA
64 TATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTTAATTTTTTACATTTT-TTGTTAAACTGATTATAATTGA
* * * * * * * *
51839 ATGTTT-CTCTCAAGAAACATGAGGAAAAATCGATTCATTGGTAAGAAAAGCCCATTTATAGTCT
128 ATGTTTGCT-TC-AGAAA-TTAAAGAAAAACCCATTCATTGGCAAGAAAAGACCATTTATAGTCA
* * ** * * * *
51903 CCCAAGCCTTCGAAAGCTTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATATCATAATTGACTTTAAC
190 CCCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTA-TTTCTTGAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAA
*
51968 TTGAATTGTTTTATATTTTT-AGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTGCCTCAAAAAACATGA
254 TTGAATT-TTTTACATTTTTGA-TTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTGCCT---------T--
*
52032 AAAAAAACAAATTCATTGG
306 -----AAGAAA--CA-T-G
* * * * * * * * *
52051 CAAGAAAAGCCCATTTATAGTTACCCAAGCCATCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTT
1 -AAGAAAAACCCATTTGTAGTCACCCAAGCCTTCAAAAACCTTGTTACTCACTTTAAATAGTTTT
* * * ** *
52116 ATAACCTCATAATTG-TCTTTAAGTTTCATTTTTTTTATATTTTGGGTTAAAACAGATTATAATT
65 ATAATCTCATAATTGAT-TTTAAGTTT-A-ATTTTTTACATTTTTTGTT-AAACTGATTATAATT
* * * * * * * * * *
52180 GACTATTTGTATTGAGAAACATGAAGAAAAACCCATTCATTGGCAAGAGAAGGCCATTCATTGTC
126 GAATGTTTG-CTTCAGAAA-TTAAAGAAAAACCCATTCATTGGCAAGAAAAGACCATTTATAGTC
* * * * *
52245 ACCCATAG-CTTCAAAAGTCTTATTACTCTCTTTAAATGATTTTATAATCTCATAATTGATATTA
189 ACCCA-AGCCTTCAAAAGCCTTATTA-TTTCTTGAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTA
* * * * ** *
52309 AGTTAAATGTTTTTGATATTTTT-AGTTAAAACAGATTGTAATAAAACGTTTGCCTTAGGAATTG
252 AATTGAAT-TTTTT-ACATTTTTGA-TTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTGCC-------TT-
52373 AGGAGAAAAACCCATTCATAAG
306 A--AG---AA---A--CAT--G
* * * * * * *
52395 CAAGAAAAGA-CCATTTATAGTTACCTAAGACTTCGAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATAGTTT
1 -AAGAAAA-ACCCATTTGTAGTCACCCAAGCCTTCAAAAACCTTGTTACTCACTTTAAATAGTTT
* ** *
52459 TATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTAC-TTTTTTGGTCCGAGCAT-ATTATAAT
64 TATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTTAA-TTTTTTACATTTTTT-GT-TAAAC-TGATTATAAT
* * * * ** * *
52522 TGAATGTTTTCTTAGAGAAACATGAAGCGAAACCTATTCATTGGCAAGAAAAGCCCATTTATAGT
125 TGAATGTTTGCTT-CAGAAA-TTAAAGAAAAACCCATTCATTGGCAAGAAAAGACCATTTATAGT
* * * * * * *
52587 CACCCAAAG-GTTCAAAAGCGTTATTACTTTCTTTAAACGATTTTATAACCTCATAATTGACTTT
188 CACCC-AAGCCTTCAAAAGCCTTATTA-TTTCTTGAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTT
**** * * * * **
52651 GTGGTGATTTTTTTTTACATTTTTGA-TAACACAAATTATAATTGATTGTTTGCCTCGAGAAACA
251 AAATTGA--ATTTTTTACATTTTTGATTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTGCCTTAAGAAACA
52715 TG
314 TG
** * *
52717 AAGAAAAACTCATTCATTGGTAAGAAAAGCCTACTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTAT
1 AAGAAAAAC-C---CATT--T-------G--------TAGTCACCCAAGCCTTCAAAAACCTTGT
* * * * *
52782 TACTCGCTTTAAAT-GATTTTATAATCTCATATTTGATTTTAAGTTGAATTTTTT-TATATTTTG
45 TACTCACTTTAAATAG-TTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTTAATTTTTTACAT-TTTTT
* * ** * * *
52845 GCTTTAAA-TAGATTATAATTAAATGTTTTTCTTGGGAAACATGAAG-AAAACACCATTAATTGG
108 G--TTAAACT-GATTATAATTGAATG-TTTGCTTCAGAAA-TTAAAGAAAAAC-CCATTCATTGG
* * * * * * **
52908 TACG-AAAGTCTGA-TTATAGTCACCCAATCCTTCAAAAGCGTTATTACTCGCTTTG-AATGGTT
167 CAAGAAAAGAC-CATTTATAGTCACCCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTA-TTTC-TTGAAATGGTT
* * * * * * * *
52970 TTATAAACTCATAATTAATTTTAAGTTGAATGTTTCATATATTTTTAATTAAAATACATTATAAT
229 TTATAATCTCATAATTGATTTTAAATTGAAT-TTT-TTACATTTTTGATTAAAACAGATTATAAT
* **
53035 TGAACGTTTGCCTTGGGAAACAT-
292 TGAATGTTTGCCTTAAGAAACATG
* * * *** *
53058 AAAAAAAACCCATTCATTGGCAAGTAAAGCCCATTTATTGTCATCCAAGCCTTCGAAAGTTTTAT
1 AAGAAAAA-CC---CATT------T---G------TA--GTCACCCAAGCCTTCAAAAACCTTGT
* * ** * * * ** * *
53123 TACTCTCGTTAAACGGTTTTATAACCTCAAAATTAATTTTAAGTAAAATTTTTTTATATTTTTTA
45 TACTCACTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTTAA-TTTTTTACATTTTTTG
* * ** * * * * * * *
53188 TTAACACAGTTTATAATTGAATGCTTACCTTGAGAAACATGAAGAGAAATCCATTCATTGACAAA
109 TTAA-ACTGATTATAATTGAATG-TTTGCTTCAGAAA-TTAAAGAAAAACCCATTCATTGGCAAG
* * ** * * * *
53253 AAAAGTCCATTTATAGTTACCCAAGGGTTCAAAAGCCTTATTACTCTCTTTAAATGATTTTACAA
171 AAAAGACCATTTATAGTCACCCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTA-TTTCTTGAAATGGTTTTATAA
* * * * *
53318 TCTCTTAATTAATTTTTATTTGAATTTTTTTATATTTTTGATTAAAACAGATTATAATTGAATGT
235 TCTCATAATTGATTTTAAATTGAA-TTTTTTACATTTTTGATTAAAACAGATTATAATTGAATGT
* *
53383 TTGCCTTAGGAAACGTG
299 TTGCCTTAAGAAACATG
* * **** * **
53400 TAGAAAAAGCCATTTATTGCCAAGAAAAGTTCAATTATAGTCACCCATTTTTTCAAAAGCCTTAC
1 AAGAAAAA--C--------CC------A--T---TTGTAGTCACCCAAGCCTTCAAAAACCTTGT
* * * ** * *
53465 TACTCCCTTTAAATGGTTTTGTAATCTCATACCTGATTTCAAGTTGAATGTCTTTTACATTTTTT
45 TACTCACTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTTAAT-T-TTTTACATTTTTT
* * * * * * ** * *
53530 ATTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTACCTCAAGAAACATGAAGAAAAACCTGTTCATTAGTAA
108 GTT-AAACTGATTATAATTGAATGTTTGCTTC-AGAAA-TTAAAGAAAAACCCATTCATTGGCAA
* * * * ** *
53595 CAAAAGCCCATTTATAGTCACCCAAGCCTTCGAAAGCCTTGTTACTCACTTTAAATGGTTTTATA
170 GAAAAGACCATTTATAGTCACCCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTA-TTTCTTGAAATGGTTTTATA
* * * *
53660 ATCTAATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACGTTTTTGATGAAAACAGATTATAATTGAATG
234 ATCTCATAATTGATTTTAAATTGAA-TTTTTTACATTTTTGATTAAAACAGATTATAATTGAATG
* *
53725 TTTCCCTTAAGAACCATG
298 TTTGCCTTAAGAAACATG
* * * *
53743 AAGAAAAAACTATTCATTGGCAAGAAAAGTGCATTTATAGTCACCCAAGCCTTCTAAAGCCTTTT
1 AAG--AAAA--A--C-----C----------CATTTGTAGTCACCCAAGCCTTCAAAAACCTTGT
* * *
53808 TACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTGAG-TTAAGTTTTTTTACATTTTTT
45 TACTCACTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTTAA--TTTTTTACATTTTTT
* * * * * *
53872 GTGAAGA-TAGATTATAATTGAATGTTTGCCTCAAGAAAAATCAAGAAAAACTCATTTATTGGCA
108 GTTAA-ACT-GATTATAATTGAATGTTTGCTTC-AG-AAATTAAAGAAAAACCCATTCATTGGCA
* * ** * *
53936 AGAAAAG-CCAATTTATAGTCACCCAAGCCTTCGAAAGCTTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTA
169 AGAAAAGACC-ATTTATAGTCACCCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTA-TTTCTTGAAATGGTTTTA
* * * * * * * *
54000 TAATCTCATAATTGATTTTATATTAAATATTTTTTCATTTCTGGTTAAAATAAATTACAATTGAA
232 TAATCTCATAATTGATTTTAAATTGAAT-TTTTTACATTTTTGATTAAAACAGATTATAATTGAA
*
54065 TGTTTTCCTT
296 TGTTTGCCTT
54075 GGGATTGAGA
Statistics
Matches: 3116, Mismatches: 630, Indels: 543
0.73 0.15 0.13
Matches are distributed among these distances:
313 3 0.00
318 30 0.01
319 138 0.04
320 362 0.12
321 238 0.08
322 4 0.00
323 4 0.00
324 6 0.00
325 7 0.00
326 1 0.00
327 1 0.00
328 3 0.00
329 4 0.00
331 3 0.00
332 4 0.00
335 2 0.00
336 2 0.00
337 2 0.00
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339 12 0.00
340 212 0.07
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343 594 0.19
344 142 0.05
345 10 0.00
346 6 0.00
347 2 0.00
348 2 0.00
351 2 0.00
353 3 0.00
354 6 0.00
356 1 0.00
359 1 0.00
361 4 0.00
362 2 0.00
363 1 0.00
364 10 0.00
ACGTcount: A:0.35, C:0.15, G:0.12, T:0.37
Consensus pattern (315 bp):
AAGAAAAACCCATTTGTAGTCACCCAAGCCTTCAAAAACCTTGTTACTCACTTTAAATAGTTTTA
TAATCTCATAATTGATTTTAAGTTTAATTTTTTACATTTTTTGTTAAACTGATTATAATTGAATG
TTTGCTTCAGAAATTAAAGAAAAACCCATTCATTGGCAAGAAAAGACCATTTATAGTCACCCAAG
CCTTCAAAAGCCTTATTATTTCTTGAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAATTGAATT
TTTTACATTTTTGATTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTGCCTTAAGAAACATG
Found at i:50722 original size:170 final size:169
Alignment explanation
Indices: 50367--54266 Score: 2992
Period size: 171 Copynumber: 23.0 Consensus size: 169
50357 AGAAACAATG
* * * * *
50367 AAGAAAAGCCCATTTGTAGTCACCCATGCCTTCAAAAACCTTATCACTCTCTTTAAATAGTTTTA
1 AAGAAAAGCCCATTTATAGTCACCCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTA
* * * * * *
50432 TAATCTCAAAATTAATTTTAAGTTTAACTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACTGATTATATTTGAA
66 TAATCTCATAATTGA-TTTAAGTTGAA-TTTTTTACATTTTTGATTAAAACAGATTATAATTGAA
* * * * *
50497 GGTTTGCTTCATG-AA-ATGTAACAAAAAACCAATTCATTGGC
129 TGTTTGCCTCAGGAAACATG-AA-GAAAAACCCATTCATTGGC
*
50538 AAGAAAAGCCCATTTATAGTCACCCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTATA
1 AAGAAAAGCCCATTTATAGTCACCCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTA
*
50603 TAATCTCATAATTGATTTAAAGTTGAATTTTTTATATTTTTGATTAAAACAGATTATAATTGAAT
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*
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* * * *
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* * *
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* * ** * * *
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* * * * *
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* * * * *
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1 AAGAAAAGCCCATTTATAGTCACCCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAG-TTTT
********* * * *
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*** * * ********* * * * ** * *
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* * * ** *
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* *
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* * *
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* * *
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* * * * * *
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* *
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* * ** * * * *
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* * ** * *
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* *
52716 GAAGAAAAACTCATTCATTGGT
316 GAAGAAAAACCCATTCATTGGC
* * ** * *
52738 AAGAAAAGCCTACTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGATTTTA
1 AAGAAAAGCCCATTTATAGTCACCCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCTCTTTAAATGGTTTTA
* * * * * *
52803 TAATCTCATATTTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTGGCTTTAAATAGATTATAATTAAA
66 TAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATTTTTTAG-TTAAAACAGATTATAATTGAA
* * * * * *
52868 TGTTTTTCTTGGGAAACATGAAG-AAAACACCATTAATTGGTACG-AAAGTC-TGATTATAGTCA
130 TG-TTTCCTTGAGAAACATGAAGAAAAAC-CCATTCATTGGCAAGAAAAGCCAT--TTATAGTCA
* * * * * *
52930 CCCAATCCTTCAAAAGCGTTATTACTCGCTTTGAATGGTTTTATAAACTCATAATTAATTTTAAG
191 CCCAAGCCTTCAAAAGCTTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAG
* * * * * * *
52995 TTGAATGTTTCATATATTTTTAATTAAAATACATTATAATTGAACGTTTGCCTTGGGAAACAT-A
256 TTTAAT-TTT-TTATATTTTTAGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTGCC-TGAGAAACATGA
*
53059 AAAAAAACCCATTCATTGGC
318 AGAAAAACCCATTCATTGGC
* * * * ** * *
53079 AAGTAAAGCCCATTTATTGTCATCCAAGCCTTCGAAAGTTTTATTACTCTCGTTAAACGGTTTTA
1 AAGAAAAGCCCATTTATAGTCACCCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCTCTTTAAATGGTTTTA
* * * ** * *
53144 TAACCTCAAAATTAATTTTAAGTAAAATTTTTTTATATTTTTTA-TTAACACAGTTTATAATTGA
66 TAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAA-TTTTTT-TATTTTTTAGTTAAAACAGATTATAATTGA
* * * * * *
53208 ATGCTTACCTTGAGAAACATGAAGAGAAATCCATTCATTGACAAAAAAAGTCCATTTATAGTTAC
129 ATG-TTTCCTTGAGAAACATGAAGAAAAACCCATTCATTGGCAAGAAAAG-CCATTTATAGTCAC
** * * * * * *
53273 CCAAGGGTTCAAAAGCCTTATTACTCTCTTTAAAT-GATTTTACAATCTCTTAATTAATTTTTA-
192 CCAAGCCTTCAAAAGCTTTATTACTCGCTTTAAATAG-TTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAG
* *
53336 TTTGAATTTTTTTATATTTTT-GATTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTGCCTTAGGAAACGTG
256 TTT-AA-TTTTTTATATTTTTAG-TTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTGCCTGA-GAAACATG
* * * *
53400 TAGAAAAAGCCATTTATTGCC
317 AAGAAAAACCCATTCATTGGC
** * **** * * *
53421 AAGAAAAGTTCAATTATAGTCACCCATTTTTTCAAAAGCCTTACTACTCCCTTTAAATGGTTTTG
1 AAGAAAAGCCCATTTATAGTCACCCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCTCTTTAAATGGTTTTA
** * *
53486 TAATCTCATACCTGATTTCAAGTTGAATGTCTTTTACATTTTTTA-TTAAAACAGATTATAATTG
66 TAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAAT-T-TTTT-TATTTTTTAGTTAAAACAGATTATAATTG
** ** * * *
53550 AATGTTTACCTCAAGAAACATGAAGAAAAACCTGTTCATTAGTAACAAAAGCCCATTTATAGTCA
128 AATGTTT-CCTTGAGAAACATGAAGAAAAACCCATTCATTGGCAAGAAAAG-CCATTTATAGTCA
* * * * * *
53615 CCCAAGCCTTCGAAAGCCTTGTTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTAATAATTGATTTTAAG
191 CCCAAGCCTTCAAAAGCTTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAG
* * * * *
53680 TTGAATTTTTT-TACGTTTTT-GATGAAAACAGATTATAATTGAATGTTTCCCTTAAGAACCATG
256 TTTAATTTTTTATA--TTTTTAG-TTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTGCC-TGAGAAACATG
* *
53743 AAGAAAAAACTATTCATTGGC
317 AAGAAAAACCCATTCATTGGC
** * * *
53764 AAGAAAAGTGCATTTATAGTCACCCAAGCCTTCTAAAGCCTTTTTACTCGCTTTAAATGGTTTTA
1 AAGAAAAGCCCATTTATAGTCACCCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCTCTTTAAATGGTTTTA
* * * *
53829 TAATCTCATAATTGATTTTGAGTT-AAGTTTTTTTACATTTTTT-GTGAAGATAGATTATAATTG
66 TAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAA-TTTTTTT--ATTTTTTAGTTAAAACAGATTATAATTG
** * * * *
53892 AATGTTTGCCTCAAGAAAAATCAAGAAAAACTCATTTATTGGCAAGAAAAGCCAATTTATAGTCA
128 AATGTTT-CCTTGAGAAACATGAAGAAAAACCCATTCATTGGCAAGAAAAGCC-ATTTATAGTCA
*
53957 CCCAAGCCTTCGAAAGCTTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTATA
191 CCCAAGCCTTCAAAAGCTTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTA-A
* * * * * * * * ***
54022 -TTAAATATTTTT-TCATTTCTGGTTAAAATAAATTACAATTGAATGTTTTCCTTGGGATTGA-G
255 GTTTAAT-TTTTTAT-ATTTTTAGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTGCC-TGAGAAACATG
*
54084 AAGAAAAACACATTCATTGGC
317 AAGAAAAACCCATTCATTGGC
* * * * **
54105 AAGAAAAGCCCATTTATATTCACCCAAGCCTTCGAAAGCCTTATCATTCGT-TTTAAATATTTTT
1 AAGAAAAGCCCATTTATAGTCACCCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTC-TCTTTAAATGGTTTT
* * * **
54169 ACAATCTCACAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTAGTT-AAACTGACGATAATTGA
65 ATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTAT-TTTTTAGTTAAAACAGATTATAATTGA
* * * * * **
54233 ATGTTTTCTTGAGAAACATGAAGAAAAGCCCATTTATAGTCACNNNNNNNNNNAAAAGCC--TTA
129 ATGTTTCCTTGAGAAACATGAAGAAAAACCCATTCATTGGCA---------AGAAAAGCCATTTA
* * * * * * *
54296 T--T-ACTC---TCTTGAAACAGTTTTA-TA-AC-C--TAAA-A---AT-TAA--T--T--TTCA
185 TAGTCACCCAAGCCTTCAAA-AGCTTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGA
* * * * * *
54339 GTTTAAG-----TTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTTAGCCTCATGCAA
249 TTTTAAGTTTAATTTTTTATATTTTTAGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTGCCTGA-GAAA
* *
54399 CATAGCA-AAAAACCAATTCATTGGC
313 CAT-GAAGAAAAACCCATTCATTGGC
* ** * * ** *
54424 ATGAAAAATCAATTTATAGGCACCCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTGGCTTTAAATAGTTTTA
1 AAGAAAAGCCCATTTATAGTCACCCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCTCTTTAAATGGTTTTA
* ***********
54489 TAAACTCATAATTGATTTTAAGTNNNNNNNNNNACATTTTTTA-TTAAAACAGATTATAATTGAA
66 TAATCTCATAATTGATTTTAAGT-TGAATTTTTTTATTTTTTAGTTAAAACAGATTATAATTGAA
* * *
54553 TGTTTGCCTTGAGAAATATGAAGAAAAACCTATTCATTGGCAAGCAAAGCCCATTTATAGTCACC
130 TGTTT-CCTTGAGAAACATGAAGAAAAACCCATTCATTGGCAAGAAAAG-CCATTTATAGTCACC
********** * * * * * *
54618 NNNNNNNNNNAAAGCCTTATTACTCACTTTAAAAAGTTTTATAACCTCAAAATTGATTTCAAGTT
193 CAAGCCTTCAAAAGCTTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTT
* * * * *
54683 CAATTTTGTTACATTTTTAGTTAAAACAGATTATAATGGAATGTTTGCCTTGTGAAATATGAAGA
258 TAATTTT-TTATATTTTTAGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTGCC-TGAGAAACATGAAGA
* *
54748 AAAAGCAATTCATTGGC
321 AAAACCCATTCATTGGC
* ** * * * **
54765 AAGAAAATCATATTTATAGTCACCCAAGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTCAAATATTTTTA
1 AAGAAAAGCCCATTTATAGTCACCCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCTCTTTAAATGGTTTTA
* * * * * ** **
54830 TCATCTCTTAGTTGATTTTAAGTAGAATTTGTTTATATTTTGGGTTAAAGTAGATTATAATTGAA
66 TAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTAT-TTTTTAGTTAAAACAGATTATAATTGAA
* * * * * *
54895 TGTTTACCTTGAGAAACATGAAGAGAAACCCATTCATTAGTAATAAAAGTCTATTTATAGTTACC
130 TGTTT-CCTTGAGAAACATGAAGAAAAACCCATTCATTGGCAAGAAAAG-CCATTTATAGTCACC
* * * * ** * ***
54960 CAAGCATTCAAAAGCCTTATTACTCTCTTTAAATGGTTTTGCAACCTCNNNNNNNNNNNNNNNNN
193 CAAGCCTTCAAAAGCTTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTC--------------ATA
*****************************************************************
55025 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
244 ATTGATTTTAAGTTTAATTTTTTATATTTTTAGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTGCCTGA
*****************************
55090 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
309 GAAACATGAAGAAAAACCCATTCATTGGC
******************************************************* * *
55119 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNATTGATTGTT
1 AAGAAAAGCCCATTTATAGTCACCCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCTCTTTAAATGGTT-TT
* *** ** * *** **** * * **
55184 -T-A-C-CTTAAAAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGTCAAG--AAAAGTCTA-ATTATAA-T
65 ATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATTTTTTAGTTAAAA--C-AGATTATAATT
* * ** * * * * ** * *** ** *
55241 CACTCATTCTTTCGA-AAGCCT----TACTACTCC-TT--TT--AAATGATTTTGTAATCTCATA
127 GAATGTTTCCTT-GAGAAACATGAAGAAAAAC-CCATTCATTGGCAA-GA-AAAGCCAT-TTATA
* ** * * * *** * * * **
55296 GCTGATTTCAAG--TT-GAATG-TTTTTTACATTTTTGATTAAA-ACATATTATAAT-TGAATGT
187 G-TCA-CCCAAGCCTTCAAAAGCTTTATTAC-TCGCT--TTAAATA-GTTTTATAATCT-CATAA
***************************************************
55355 TTGCNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
245 TTG-----------ATTTTAAGTTTAATTTTTTATATTTTTAGTTAAAACAGATTATAATTGAAT
***************************************
55420 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
299 GTTTGCCTGAGAAACATGAAGAAAAACCCATTCATTGGC
*****************************************************************
55459 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
1 AAGAAAAGCCCATTTATAGTCACCCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCTCTTTAAATGGTTTTA
**************************** * *
55524 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTTTTTTACGTTTTTAGTTCAAACAGATTATAATTGAA
66 TAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTA-TTTTTTAGTTAAAACAGATTATAATTGAA
* * *
55589 TGCTTGT-CTTGAGAACCA-CAAGAAAAACCCATTCATTGGCAAGAAAAGAGCATTTATAGTCAC
130 TG-TT-TCCTTGAGAAACATGAAGAAAAACCCATTCATTGGCAAGAAAAG-CCATTTATAGTCAC
* * ********** *
55652 TCAAGCCTTCTAAAGCCTTT-TTACTCGCTTTAANNNNNNNNNNAATCTCATAATTGATTTTGAG
192 CCAAGCCTTCAAAAG-CTTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAG
* * * * * *
55716 -TTAAGTTTTTTCACATTTTTTGTGAAAACATG-TTATAATTGAATGTTTGCTTCAAGAAATATG
256 TTTAA-TTTTTT-ATATTTTTAGTTAAAACA-GATTATAATTGAATGTTTGCCT-GAGAAACATG
* * * *
55779 AAAAAAAACTCATTTATTGAC
317 AAGAAAAACCCATTCATTGGC
* * *
55800 AAGAAAAGCCAATTTATAGTCACCCAAGCCTTCGAAAGCTTTATTACT-TGCTTTAAATGG-TTT
1 AAGAAAAGCCCATTTATAGTCACCCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCT-CTTTAAATGGTTTT
* * * * * * * *
55863 ATAACCTCATAAATGATTTTATGTTAAATATGTTTTCA-TTTTTGGTTAAAATAAATTATAATTG
65 ATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAAT-T-TTTTTATTTTTTAGTTAAAACAGATTATAATTG
* * ** * * * * *
55927 AATGTTTGCCTTGGGATAGC--GAAGAAAAACATATTCACTAGCAAGAAAAACCCGTTTATATTC
128 AATGTTT-CCTTGAGA-AACATGAAGAAAAACCCATTCATTGGCAAG-AAAAGCCATTTATAGTC
* * * * * *
55990 ACCCAAGCCTTCGAAAGCCTTATCT-CTCGCTTTAAATATTTTTATAATATCACAGTTGATTTTA
190 ACCCAAGCCTTCAAAAGCTTTAT-TACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTA
* * * * * * *
56054 AGTTGAATTTTTTTATATTTTTGGTAAAAATAAACTGTAATTGAATGTTT---T------C-T--
254 AGTTTAA-TTTTTTATATTTTTAGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTGCCTGAGAAACATGA
* *
56107 AG-AGAA---A--GA-T-G-
318 AGAAAAACCCATTCATTGGC
* * * *
56118 AAGAAAAGCCCATTTATAGCCACCCAACCCTTTAAAAGCCTTAGTACTCTGC-TTAAATGGTTTT
1 AAGAAAAGCCCATTTATAGTCACCCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCT-CTTTAAATGGTTTT
* * * * * * * *
56182 ATAAACTAAAAATTGATTTTAAGATT-AAATTTTTCACATTATTGGTTAAAACAGATTATAATTG
65 ATAATCTCATAATTGATTTTAAG-TTGAATTTTTTTA-TTTTTTAGTTAAAACAGATTATAATTG
* * * * * * *
56246 AATGTTTACC-TCATGAAACAT-AACAAAAAACCAATTCATTGGTAAGAAAAGCTAATTTATGGG
128 AATGTTT-CCTTGA-GAAACATGAA-GAAAAACCCATTCATTGGCAAGAAAAGC-CATTTATAGT
* * ** * * *
56309 CACCTAAGCCTTCAAAAGCCTTGCTACTAGTTTTAAAT-GATTTTATAAACTCATAATTGATTTT
189 CACCCAAGCCTTCAAAAGCTTTATTACTCGCTTTAAATAG-TTTTATAATCTCATAATTGATTTT
* * **
56373 AAGTTGAATTTTTTATATTTTTTA-TTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTTCCTTGAGAAGTAT
253 AAGTTTAATTTTTTATA-TTTTTAGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTGCC-TGAGAAACAT
56437 GAAGAAAAACCCATTCATTGGC
316 GAAGAAAAACCCATTCATTGGC
* * * * *
56459 AAGCAAAGCCCATTTATAGTCACCCAAGCCTTTAAAAGTCTTATTACTCACTTTAAAAGGTTTTA
1 AAGAAAAGCCCATTTATAGTCACCCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCTCTTTAAATGGTTTTA
* * * * * * *
56524 TAACCTTAAAATTGATTTAAAGTTCAATTTTATTACATTTTTT-GCTAAAACAGATTATAATTGA
66 TAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTT-TT-TATTTTTTAGTTAAAACAGATTATAATTGA
** * * *
56588 ATGTTTTCCTTGTCAAACATGAAGAAAAA-CCAGTTCATTGGCAAGAAAATCATATTTTTAGTCA
129 ATG-TTTCCTTGAGAAACATGAAGAAAAACCCA-TTCATTGGCAAGAAAAGC-CATTTATAGTCA
* * * * * * * * *
56652 CTCAAGCTTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTCAAATATTTTTATCATCTCTTAATTCATTTTAAG
191 CCCAAGCCTTCAAAAGCTTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAG
* * ** ** * *
56717 TTGAATTTGTTTACATTTTGGGTTAAAGTAGATTGTAATTGAATGTTTACCTTGAGAAACATGAA
256 TTTAATTT-TTTATATTTTTAGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTGCC-TGAGAAACATGAA
* *
56782 GAGAAACCCATTTATTGGC
319 GAAAAACCCATTCATTGGC
** * * * * * *
56801 AAGAAAAGTTCATTTATAGTTACCTAAACATTTAAAAGCCTTATTACTCTCTATAAATGGTTTTA
1 AAGAAAAGCCCATTTATAGTCACCCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCTCTTTAAATGGTTTTA
* * * ** *
56866 CAACCTCCTAATTGATTTTTGGTTGAATTTTTTTATATTTTTAGTCAAAACAGATTATAATTGAA
66 TAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTAT-TTTTTAGTTAAAACAGATTATAATTGAA
* ** * * * * *
56931 TGTTTGCCTTCAGAAATGTGAGGAACAAGCCATTCATTGTCAAGAAAAGTCCAATTATAGTCACC
130 TGTTT-CCTTGAGAAACATGAAGAAAAACCCATTCATTGGCAAGAAAAG-CCATTTATAGTCACC
** * * * * * ** ** *
56996 CATTCTTTCAAAAGCCTTACTACTCCCTTTAAAT-GGTTTGCAATCTCATAGCTGATTTCAAGTT
193 CAAGCCTTCAAAAGCTTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTT
* * * * * *
57060 GAATGTTTTTTATAGTTTT-GATTAAAATATATTATAATTGAATGTTTGTCTCAAGAAACATGAA
258 TAA--TTTTTTATATTTTTAG-TTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTGCCT-GAGAAACATGAA
57124 GCAAAAA-CCATTCATTGGC
319 G-AAAAACCCATTCATTGGC
* * * * * *
57143 AGGAAAAAAGCACAATTATAGGCACCCAAGCCTTCAAAAGCCTTGTTACTCGCTTTAAATGGTTT
1 A--AGAAAAGCCCATTTATAGTCACCCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCTCTTTAAATGGTTT
* * * *
57208 TATAATCTGAT-A-T--TTTT-AGTTGAATGTTTTTATATTTTTAGTTAAAATAGATTATAATTA
64 TATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTAT-TTTTTAGTTAAAACAGATTATAATTG
* * ** * *
57268 AATGTTTTCCTTAAGAACCACAAAGAAAAACCCATTCATTGGCAAGAAAGGCACATTTACAGTCA
128 AATG-TTTCCTTGAGAAACATGAAGAAAAACCCATTCATTGGCAAGAAAAGC-CATTTATAGTCA
* * * *
57333 CCCAAGCCTTCTAAAGCCTTT-TTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTTATAATTGATTTTGA
191 CCCAAGCCTTCAAAAG-CTTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAA
* * ** * * * * * * * *
57397 GTTGAGTTTTTTGCATTTTTTGTGAAAATAGATTGTACTTGAATATTTGCCTCTAGAAACATGAG
255 GTTTAATTTTTTATATTTTTAGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTGCCT-GAGAAACATGAA
* * *
57462 GAGAAACCCATTTATTGGA
319 GAAAAACCCATTCATTGGC
* * ** * *
57481 AAGAAAAGCCAATTTATAGGCATTCAAGCCTTCAAAAACCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTA
1 AAGAAAAGCCCATTTATAGTCACCCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCTCTTTAAATGGTTTTA
* * *
57546 TAAACTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTACATTTTTTA-TTAAAAAAGATTATAATTGAA
66 TAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTT-TATTTTTTAGTTAAAACAGATTATAATTGAA
*
57610 TGTTTGCCTTGAGAAACATGAAGAAAAACCCATTCATTGGCAAGCAAAGCCCATTTATAGTCACC
130 TGTTT-CCTTGAGAAACATGAAGAAAAACCCATTCATTGGCAAGAAAAG-CCATTTATAGTCACC
* * * * * *
57675 CAAGCCTTTAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAAAAGTTTTATAA-CTTCAAAATTGATTTAAAGT
193 CAAGCCTTCAAAAGCTTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATC-TCATAATTGATTTTAAGT
* * * * *
57739 TGAATTTTTTTAGATTTTT-GATTAAAACAGATTA-AAGTTGAATGTTTACCTTGAGAACCACGA
257 TTAA-TTTTTTATATTTTTAG-TTAAAACAGATTATAA-TTGAATGTTTGCC-TGAGAAACATGA
*
57802 AGAAAAATCCATTCATTGGC
318 AGAAAAACCCATTCATTGGC
* * * * * *
57822 AAGAAAAGCACATTTATAATCACCCAAGCCTTCTAAAGCCTTTTTACTCGCTTTAAATGATTTTA
1 AAGAAAAGCCCATTTATAGTCACCCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCTCTTTAAATGGTTTTA
* * * * **
57887 TAATCTCATAATTAATTTTAAGTTGAGTTTTTTTTACATTTTTT-GTGAAGACATCTTATAATTG
66 TAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGA-ATTTTTTT--ATTTTTTAGTTAAAACAGATTATAATTG
** ** * * *
57951 AATGTTTGCCTCAAGAAACATGAAGAAAAACTAATTTATTGACAAGAAAAGCTAATTTATAGTCA
128 AATGTTT-CCTTGAGAAACATGAAGAAAAACCCATTCATTGGCAAGAAAAGC-CATTTATAGTCA
* * * *
58016 CTCAAGCCTTCGAAAGCTTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTATG
191 CCCAAGCCTTCAAAAGCTTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAG
* * * * * * * *
58081 TTAAATGTTTTT-TCATTTTTGGTTAAAATAAATTATAATTGAATGTTTACCTTGGGATAGA-GA
256 TTTAAT-TTTTTAT-ATTTTTAGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTGCC-TGAGAAACATGA
* **
58144 AGAAAAACACATTCATTGAT
318 AGAAAAACCCATTCATTGGC
* *** ** **
58164 AAGAAAAGCCCATTTATATTCACCCAAGCCTTTGGAAGCCTTAGCACTCGT-TTTAAATTTTTTT
1 AAGAAAAGCCCATTTATAGTCACCCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTC-TCTTTAAATGGTTTT
* * * * * * *
58228 ATAATCTCACAATTGATTTTAATTTAAATTGTTTTACATTTTTAGTTAGAACAAATTATAATTGA
65 ATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTA-TTTTTTAGTTAAAACAGATTATAATTGA
* *
58293 ATGTTTACCTTGAGAAACATGAAAGAAAACCCCATTCATTGGCAAGCAAAGCCATTTATAGTCAC
129 ATGTTT-CCTTGAGAAACATG-AAGAAAAACCCATTCATTGGCAAGAAAAGCCATTTATAGTCAC
* * * * * *
58358 CCTAGCCCTT-AAAAGCCTTATTACTCACTTTAAA-AGGTTTTATAAACTCAAAATTGATTTAAA
192 CCAAG-CCTTCAAAAGCTTTATTACTCGCTTTAAATA-GTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAA
* * * * ** *
58421 GTTCAATTTTGTTACATTTGTTA-TTAAAAAAAATTATAATTGAATGTTTGCCTTGTCAAACATC
255 GTTTAATTTT-TTATATTT-TTAGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTGCC-TGAGAAACATG
**
58485 AAGAAAAACTAATTCATTGGC
317 AAGAAAAACCCATTCATTGGC
* * * * *
58506 AAGAAAATCCTATTTATAGTCACCCAAGCCTTCGAAAGCCTTATTACTTTCTTTAAATGTTTTTA
1 AAGAAAAGCCCATTTATAGTCACCCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCTCTTTAAATGGTTTTA
* * ** **
58571 TCATCTCGTAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTA-CATTTAGGGTTAAAGTAGATTATAATTGA
66 TAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATTTTTTA--GTTAAAACAGATTATAATTGA
* * * * *
58635 ATGTTTACCTGGAGAAACATGAAGAGAAACCCATTCATTGGCAAGCAAAGTCCATTTATAATTAC
129 ATGTTT-CCTTGAGAAACATGAAGAAAAACCCATTCATTGGCAAGAAAAG-CCATTTATAGTCAC
* * * * * * * *
58700 CCAAGCGTTCAAAAACCTTATTACTCTCTTTAAATAGTTTTACAATTTCCTAATTGATTTTCAGT
192 CCAAGCCTTCAAAAGCTTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGT
* * * * * *
58765 TAAAGTTTTTTATATTTTTTGTTAAAATAGATTATAATTGAATGTTTGCTTTGGGAAACGTGAAG
257 TTAA-TTTTTTATATTTTTAGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTGC-CTGAGAAACATGAAG
* *
58830 AAAAAGCCATTCATTGTC
320 AAAAACCCATTCATTGGC
* * * ** * * * * * * *
58848 AAGAAAAGTCCAATTATA-TCACTCATTCTTTTAAATGCCTTACTACTCCCTTTAAATAGTTTTG
1 AAGAAAAGCCCATTTATAGTCACCCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCTCTTTAAATGGTTTTA
** * * * * *
58912 TAATCTCATAGCTGATTTCAAGTTAAATGTTTTTTACATTTTTAATTAAAATAGATTATAATTGA
66 TAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAAT-TTTTTTA-TTTTTTAGTTAAAACAGATTATAATTGA
* ** * * *
58977 ATGTTGCCCTCAAGAAACATGAAGAAAAATCCATTCATTGGTAGGAAAAGTCCATTTATAGTCAC
129 ATGTT-TCCTTGAGAAACATGAAGAAAAACCCATTCATTGGCAAGAAAAG-CCATTTATAGTCAC
* * * * ** * * *
59042 CCAAGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCTCTTTAAATGGTTTTGCAACCTCCTAATTGATTTTCAGT
192 CCAAGCCTTCAAAAGCTTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGT
* *
59107 TGAATTTTTTTATATTTTTTA-TTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTGCATG-GAAAACATGAA
257 TTAA-TTTTTTATA-TTTTTAGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTGCCTGAG-AAACATGAA
** * *
59170 GAAAAAGTCATTTATTGTC
319 GAAAAACCCATTCATTGGC
* * * ** * * * *
59189 AAGAAAAGTCTAATTATAG-CACCCATTCTTTCAAAAGCCTTACTACTCCCTTTAAATGGTTTTG
1 AAGAAAAGCCCATTTATAGTCACCCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCTCTTTAAATGGTTTTA
* * ** * *
59253 TAATCTCATAGTTGATTTCAAGTTGAATGTTTTTTACATTTTCGATTAAAACATATTATAATTGA
66 TAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAAT-TTTTTTATTTTTTAG-TTAAAACAGATTATAATTGA
* * * * * * ** *
59318 ATGTTTGCCATGGGATAGA-GAAGAAAAACACATTCATTGGTAAGAAAAGCCCATTTGCATTCAC
129 ATGTTT-CCTTGAGAAACATGAAGAAAAACCCATTCATTGGCAAGAAAAG-CCATTTATAGTCAC
** *
59382 CCAAGCCTTCGGAAGCTTTATCACTCGCTTTAAAT-GTTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAG
192 CCAAGCCTTCAAAAGCTTTATTACTCGCTTTAAATAG-TTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAG
* * * * * *
59446 TTGAATTTTTTTACATTTTTTGTTAAAACAGACTGTAATTGAATGTTT-CCTAAAGAAACATGAA
256 TTTAA-TTTTTTATATTTTTAGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTGCCT-GAGAAACATGAA
* *
59510 GAAAAGCCCATTTA-T---
319 GAAAAACCCATTCATTGGC
** ** * * ** * *
59525 -AG-TCA-CCCAGGTCT--TCA--AAAGCCTT-ATTA-CTCTTTTTAAATGCT-TTTATAA---T
1 AAGAAAAGCCCATTTATAGTCACCCAAGCCTTCAAAAGC-CTTATT-ACT-CTCTTTA-AATGGT
* * * * * * * ** *
59577 CTAAAAAT-TGAT--TTGAAGTTTAAATT--TTTTAC--A-TTTTTAGTTAAGACAGATTATAAT
62 TTTATAATCTCATAATTG-ATTTTAAGTTGAATTTTTTTATTTTTTAGTTAAAACAGATTATAAT
* * * * * * *
59634 TGATTGTTTGCATCATGAAACAT-AACAAAAAACCAATTCATTAGCAAGAAAAGCCAATTTATAG
126 TGAATGTTTCCTTGA-GAAACATGAA-GAAAAACCCATTCATTGGCAAGAAAAGCC-ATTTATAG
* * * *
59698 GCACCCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAAACTCATAATTGATTTT
188 TCACCCAAGCCTTCAAAAGCTTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTT
* * * * * * *
59763 GAGTTGAATGTTTTACATTTTTTA-TTAAAATAGATTATAATTGAATTTTTTCCTTGAGAAACAT
253 AAGTTTAATTTTTTATA-TTTTTAGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTGCC-TGAGAAACAT
59827 GAAGAAAAACCCATTCATTGGC
316 GAAGAAAAACCCATTCATTGGC
** * * * *
59849 AAGAAAAGTGCATTTATAGTCACCCAAGCCTTTAAAAGCCTTATTACTCACTATAAAAGGTTTTA
1 AAGAAAAGCCCATTTATAGTCACCCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCTCTTTAAATGGTTTTA
* * * * *
59914 TAACCTCAAAATTGATTTAAAGTTCAATTTTGTTACATTTTTTA-TTAAAACAGATTATAATTGA
66 TAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTT-TT-TATTTTTTAGTTAAAACAGATTATAATTGA
* ** * * *
59978 ATGTTTGTCTTGTCAAACATGAAGAAAAACCAATTCATTGGCAAGAAAATCCTATTTATAATCAC
129 ATGTTT-CCTTGAGAAACATGAAGAAAAACCCATTCATTGGCAAGAAAAGCC-ATTTATAGTCAC
* ** * * * * * *
60043 CCAAGTCTTTGAAAGCCTTATTATTCGCTTTAAATATTTTTATCATCTCTTAATTGATTTTGAGT
192 CCAAGCCTTCAAAAGCTTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGT
* * ** ** * * *
60108 TGAATTTTTCTACATTTTGGGTTAAAGTAGATTATAATTGAATGTTTACCTTAAGAAACATTAAG
257 TTAATTTTT-TATATTTTTAGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTGCC-TGAGAAACATGAAG
* *
60173 AGAAACCCATTCATTAGC
320 AAAAACCCATTCATTGGC
** * * ***
60191 AAGAAAAGTTCATTTATAGTTACCAAATTGTTCAAAAGCCTTATTACTCTCTTTAAATGGTTTTA
1 AAGAAAAGCCCATTTATAGTCACCCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCTCTTTAAATGGTTTTA
* * * * * *
60256 GAACCTCTTAATTGATTTTTAGTTGAATTTCTTTATATTTTTGGTTAAAA-AGAATTATAATTGA
66 TAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTAT-TTTTTAGTTAAAACAG-ATTATAATTGA
* ** * * * *
60320 ATATTTACCTCAAAAAACGA-GAAGAAAAAACCATTCATTGGTAAGAAAAGTCCAATTATAGTCA
129 ATGTTT-CCTTGAGAAAC-ATGAAGAAAAACCCATTCATTGGCAAGAAAAG-CCATTTATAGTCA
** * * * * * * *
60384 CCCATTTCC-TCGAAAGCCTTAATGCTCACTTTAAATGGTTTTGTAATCTCATAATTGATTTTAA
191 CCCA-AGCCTTCAAAAGCTTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAA
* * * *
60448 GTTGAATTCTTTTGTATTTTTTA-TTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTACCTTAGGAAACATG
255 GTTTAATT-TTTTATA-TTTTTAGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTGCCTGA-GAAACATG
* *
60512 AAGAAAAAGCCATTGATTGGC
317 AAGAAAAACCCATTCATTGGC
* * ** ** ** * *
60533 AAGAAAAGTCCAATTATAGTCACCCATTCCTTTGAAAGTGTT-TTCACTCACTTTAAATGATTTT
1 AAGAAAAGCCCATTTATAGTCACCCAAGCCTTCAAAAGCCTTATT-ACTCTCTTTAAATGGTTTT
* * * *
60597 GTAATCTCATAATTGATTTTAAATTAAATTTCTTATATTTTTT-GTTAAAACAGATTATAATTGA
65 ATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTT-TTTTATTTTTTAGTTAAAACAGATTATAATTGA
* * * * * *
60661 CTATTTGCCTTGAGAAAC-TGAAAGAAAAAGCCATTTAATGACAAGAATACTAG--ATTTATTA-
129 ATGTTT-CCTTGAGAAACATG-AAGAAAAACCCATTCATTGGCAAGAA-A--AGCCATTTA-TAG
* * * * * *
60722 TCACTCATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAACAGTTTTATAAACTCATAATTGATTTT
188 TCACCCAAGCCTTCAAAAGCTTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTT
* * * *
60787 AAGTTAAATTTTTTTATATTTTTGGTTAAAACATATTATAGTTGAATGTTTGCCTCGAGAAACAT
253 AAGTTTAA-TTTTTTATATTTTTAGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTGCCT-GAGAAACAT
** *
60852 GAAGAAAAACCTTTTCATTGTC
316 GAAGAAAAACCCATTCATTGGC
* * * *
60874 -CGAAAAAGCTCATTTATAGTCACCCAAACCTTCAAAAGCCTTATTACTCTCTTCAAATGGTTTT
1 AAG-AAAAGCCCATTTATAGTCACCCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCTCTTTAAATGGTTTT
* * * * * * *
60938 ATAA-CTTCATAATTCATTTTAAGTTAAATGTTCTTACATTTTTAGTTAAAACAAATTCTAATTG
65 ATAATC-TCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTA-TTTTTTAGTTAAAACAGATTATAATTG
* * * * *
61002 AATGTTTGCCTTGGGAAACATGAAG-AAAAGCCATTCATTGCCAAG--AAGTCTAATTATAGTCA
128 AATGTTT-CCTTGAGAAACATGAAGAAAAACCCATTCATTGGCAAGAAAAG-CCATTTATAGTCA
** * * * ** * * *
61064 CCCATTCCTTCAAAAACCTTACTACTTTCTTT-AATGGTTTTGTAATCTCATAATTGATTTCAAG
191 CCCAAGCCTTCAAAAGCTTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAG
* * * * * * *
61128 TTGACTGTTTTTTACATTTTTGGTTATAACAGATTGTAATTGAATGTTTGCCTTTAGAAACATGA
256 TTTA--ATTTTTTATATTTTTAGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTGCC-TGAGAAACATGA
** *
61193 AGAAAAACCTGTTCATTGGT
318 AGAAAAACCCATTCATTGGC
* * * *
61213 AGGAAAA-CCTATTTATAGTCACCCAAACCTTCAAAAGTCTTATTACTCAT-TTTAAATGGTTTT
1 AAGAAAAGCCCATTTATAGTCACCCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTC-TCTTTAAATGGTTTT
*
61276 ATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTATATTTTTTA-TTAAAACAAATTATAATTGA
65 ATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTT-TATTTTTTAGTTAAAACAGATTATAATTGA
* ** * * *
61340 ATGTTTGCCCTGAGAAGTATGAAGAATAACCCATTCATTGGCAAGAAAAGCTCATTTCTAGTCAT
129 ATGTTT-CCTTGAGAAACATGAAGAAAAACCCATTCATTGGCAAGAAAAGC-CATTTATAGTCAC
* * * * *
61405 CCAAGCCTTCCAAAGCTTTATTACTTGCTTTAATTAGTTTTTTAATCTCATAATTGATTTTGAGT
192 CCAAGCCTTCAAAAGCTTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGT
* * * * *
61470 TGAGTTTTTTTACATTGTTTA-TGAAAACAGATTATAATTCAATGTTTGCCTTGAGAAACATGAA
257 TTA-ATTTTTTATATT-TTTAGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTGCC-TGAGAAACATGAA
*
61534 GAAAAACCTATTCATTGGC
319 GAAAAACCCATTCATTGGC
* ** * * * * **********
61553 ATGAAAAGTGCATTTATAGTTACCCAAGCCTTCGAAAGCTTTATTACTCACNNNNNNNNNNTTTA
1 AAGAAAAGCCCATTTATAGTCACCCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCTCTTTAAATGGTTTTA
* * * ** * * * *
61618 TAACCTCATAATTGATTTTATGTTAAAAGTTTTTATATTTTTGGTTAGAATAAATTATAATTGAA
66 TAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTAT-TTTTTAGTTAAAACAGATTATAATTGAA
* * * * *
61683 TGTATACCTTG-GAAAACATGAAGAAAAACACATTCATTGTCAAGAAAGGCCCTTTTATAGTCAC
130 TGT-TTCCTTGAG-AAACATGAAGAAAAACCCATTCATTGGCAAGAAAAG-CCATTTATAGTCAC
* * * * *
61747 TCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCTCTTTAAATAG---TCT--TCTCATAATTGGTTTTAAGT
192 CCAAGCCTTCAAAAGCTTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGT
* * * * * * *
61807 TGAGTTTTTTTACATTTTTAGTCAAAACAGATTATAATTGAATTTTTGTCTTGAGAAACTTGAAG
257 TTA-ATTTTTTATATTTTTAGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTG-CCTGAGAAACATGAAG
61872 -AAAACCCATTCATTGGC
320 AAAAACCCATTCATTGGC
* * * * * *
61889 AAGACAAGCCCGTTTATAGTCACCAAAAG-CTTCAAAAGCCTTATTATTGTCTTTAAATAGTTTT
1 AAGAAAAGCCCATTTATAGTCACC-CAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCTCTTTAAATGGTTTT
* * * * * *
61953 TTAATCTCATAATTAATTTTAAGTTGAATGTTTTTTACATATTTGGTTAAAATA-A-TATAATTG
65 ATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAAT-TTTTTTA-TTTTTTAGTTAAAACAGATTATAATT-
* *
62016 GAATGTTTGCCTTGGGAAACATGAAG-AAAACCC-TATCATTGGCGAAGAAAAAACCCATTTATA
127 GAATGTTT-CCTTGAGAAACATGAAGAAAAACCCAT-TCATTGGC-AAG--AAAAGCCATTTATA
* * * * *
62079 GT----C-A-CCTTCAAAAGCCTT-TTACTCACTTTAAATGGTTTTATAAACTCAAAATTGATTT
187 GTCACCCAAGCCTTCAAAAGCTTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTT
* * * * *
62137 TCATTTTAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACATATTATAATTGAATGTTTGCCTCGAGAAACA
252 TAAGTTTAA-TTTTTTATATTTTTAGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTGCCT-GAGAAACA
62202 TGAAGAAAAACCCATTCATTGGC
315 TGAAGAAAAACCCATTCATTGGC
** * *
62225 AAGAAAAGTTCATTTATAGTCACCCAAGCCTTCCAAAGCTTTATTACTCGT-TTTAAATGGTTTT
1 AAGAAAAGCCCATTTATAGTCACCCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTC-TCTTTAAATGGTTTT
* * * *
62289 ATAACCTCATAATTTATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTAGTTAAAACATATTGTAATTGA
65 ATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTAT-TTTTTAGTTAAAACAGATTATAATTGA
* * * *
62354 ATGTTTGCC-TCAGGAAACCAT-AAGAAAAAGCTATTCATTGGCAAGAAAAGTCCAATTATAGTC
129 ATGTTT-CCTTGA-GAAA-CATGAAGAAAAACCCATTCATTGGCAAGAAAAG-CCATTTATAGTC
** * * * * *
62417 ACCCATTCCTTTAAAAGCCTTAGTACTTGTTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAA
190 ACCCAAGCCTTCAAAAGCTTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAA
* * * * * * *
62482 GTTGAGATTTTTTACATTTTTTA-TCAAAACATATTATAATTGAATATTTACCTCAAGAAACATG
255 GTTTA-ATTTTTTATA-TTTTTAGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTGCCT-GAGAAACATG
* *
62546 AAGAAAAACCCCTTCATTGGT
317 AAGAAAAACCCATTCATTGGC
* * * * * * **
62567 AAGAAAAGACTATTTATAGTCACCCAAGCCTTCGAAAGCTTTATCACTCGCTTTAAATTATTTTA
1 AAGAAAAGCCCATTTATAGTCACCCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCTCTTTAAATGGTTTTA
* * * * * *
62632 TAACCTCATAATTGATTTTATGTTTG-ATTTTTTTACATTTTTGGCTAAAACAAATTATAATTGA
66 TAATCTCATAATTGATTTTAAG-TTGAATTTTTTTA-TTTTTTAGTTAAAACAGATTATAATTGA
* * * *** * * *
62696 AAGTTTTCCTGGAGAAACATAAAGAAAATTACATTCATTGGCAATAAAAGCCCTTTAATAG-CGC
129 ATG-TTTCCTTGAGAAACATGAAGAAAAACCCATTCATTGGCAAGAAAAGCCATTT-ATAGTCAC
* * * * * * *
62760 CCAAGCCTTCAAAAACCTTATTACTCTCTTTAAATAGTTTTATAACCTCAAAATTGAATTTAAAT
192 CCAAGCCTTCAAAAGCTTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGT
* * * * * * * * **
62825 TGAACGTTTTTACATTTAT-GATTAAAATAGATTGTAATTGAATGTTTACCTCTAGAAGTATGAA
257 TTAA-TTTTTTATATTTTTAG-TTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTGCCT-GAGAAACATGAA
** * *
62889 GAAAAACTAATTTATTGTC
319 GAAAAACCCATTCATTGGC
* * * * **
62908 AAGAAAAACCCATTTATAGTCACCCAAGCCTTCAAAAGCTTTAGTACTCGCTTTAAATAATTTTA
1 AAGAAAAGCCCATTTATAGTCACCCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCTCTTTAAATGGTTTTA
* * * * * *
62973 TAATATCATAATTGATTTTAGGCTGAATTTTTTTACATTTTTGGATAAAAC-GAATTATAATTGA
66 TAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTA-TTTTTTAGTTAAAACAG-ATTATAATTGA
* * * * *
63037 ATGTTTGCCTTAAGAAACTTGAAG-AAAACCCATTTATTGGTAAGAAAAGCTTATTTATAGTCAC
129 ATGTTT-CCTTGAGAAACATGAAGAAAAACCCATTCATTGGCAAGAAAAGC-CATTTATAGTCAC
* * ** * *
63101 CCAAAG-CTTCAAAAGCCTTATTATTATCTTTAAATCGTTTTAT-ATGCTCATAATGGATTTTAA
192 CC-AAGCCTTCAAAAGCTTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAAT-CTCATAATTGATTTTAA
* * * * * * *
63164 GTTGAATGTTTTTTATATTTTTAGTTAAAATAGATTATAATTGAATGTCTACCTTGGGATAGAT-
255 GTTTAA--TTTTTTATATTTTTAGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTGCC-TGAGAAACATG
* *
63228 AAGAAAAACCCATTCATTAGT
317 AAGAAAAACCCATTCATTGGC
* * * * *
63249 AAGAAAAGCCTATTTATAGTGACCCAAGCTTTTAAAAGCCTTATTTCT-TACTTTAAATGGTTTT
1 AAGAAAAGCCCATTTATAGTCACCCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCT-CTTTAAATGGTTTT
* * * * * * **
63313 GTAATCTCATAATTGATTATAATTTGAATTTCTTTACATTTGTAGTTAAAGTAGATTATAATTGA
65 ATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTA-TTTTTTAGTTAAAACAGATTATAATTGA
* * ** *
63378 ATGTTTTCCCTAAGAAACATGAAGCGAAATCCATTCATTGGCAAGAAAAGCCCATTTATAGTCAC
129 ATG-TTTCCTTGAGAAACATGAAGAAAAACCCATTCATTGGCAAGAAAAG-CCATTTATAGTCAC
* * * * * * **
63443 ACAAGTCTTCAAAAG-TCTTA--ACTCTCTTTAAATCGTTTTATAAACTCAAAATTGATTCCAAG
192 CCAAGCCTTCAAAAGCT-TTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAG
* * * * * * * * * *
63505 TTCAATTTTCTTACA-ATTTAGGTTAAAATAAATTATACTTAAATGTTTACATCGAGAAACGTGA
256 TTTAATTTT-TTATATTTTTA-GTTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTGCCT-GAGAAACATGA
* *** *
63569 AGCAAAATTAATTCATTGAC
318 AGAAAAACCCATTCATTGGC
* * * * * *
63589 AAGAAAA-CCTATTTATAGTCATCCAAGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTGA
1 AAGAAAAGCCCATTTATAGTCACCCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCTCTTTAAATGGTTTTA
* *
63653 TAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTCTTGTATTTTTTA-TTAAAACATATTATAATTGA
66 TAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTT-TT-TATTTTTTAGTTAAAACAGATTATAATTGA
* ** * * *
63717 ATGTTTACCTTGGGAAACATGAAGAAAAACCTGTTCATCGGCAAGACAAGTCATTTATAGTCACC
129 ATGTTT-CCTTGAGAAACATGAAGAAAAACCCATTCATTGGCAAGAAAAGCCATTTATAGTCACC
* * * *
63782 CAAGCCTTTAAAAGCCTTATTACTTGCTTTAAATAATTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTT
193 CAAGCCTTCAAAAGCTTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTT
* * * * *
63847 GAATTTTTTTACATTTTTTGTTAAAACAGATTGTAATTGAAGGTTT-CCT------C--G-AG--
258 TAA-TTTTTTATATTTTTAGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTGCCTGAGAAACATGAAGAA
63900 -AA---A--CA-T-G-
322 AAACCCATTCATTGGC
* * **
63907 AAGAAAAGCCCATTTATAGTCACCCAAGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCCCTTTAAACAGTTTTA
1 AAGAAAAGCCCATTTATAGTCACCCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCTCTTTAAATGGTTTTA
* * * * *
63972 TAACCTCA-ACATTTATTTTAAGTTTAAATTTTTTATATTTTT-GATTAAAACATATTATAATTG
66 TAATCTCATA-ATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTAT-TTTTTAG-TTAAAACAGATTATAATTG
* * * ** * * *
64035 AATGTTTACCTCGTGAAACAT-AATAAAAAACTAATTTATTGGTAAGAAATACCCATTTATAGTC
128 AATGTTT-CCTTGAGAAACATGAA-GAAAAACCCATTCATTGGCAAGAAA-AGCCATTTATAGTC
* * * * * * * *
64099 ATCGAAGCCTTTAAAAACCTTATTGCTCGCTTTAAAT-GATTTTCTAATCTCATAATTAATTTTA
190 ACCCAAGCCTTCAAAAGCTTTATTACTCGCTTTAAATAG-TTTTATAATCTCATAATTGATTTTA
* *
64163 AG-TTAA--ATTT-T-TTTTT-GTTAAAACATATTATAATTGAATGTTTGCCTTGAGAAACATGA
254 AGTTTAATTTTTTATATTTTTAGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTGCC-TGAGAAACATGA
* *
64222 AGAAAAACCCATTTATTAGC
318 AGAAAAACCCATTCATTGGC
* * * * * *
64242 AAGAAAAGCTCATTTCTAGTCATCTAAGCCTTTC-AAAGCCTTATTACTCGCTTTAATTGGTTTT
1 AAGAAAAGCCCATTTATAGTCACCCAAGCC-TTCAAAAGCCTTATTACTCTCTTTAAATGGTTTT
* * * * * * *
64306 AGAATCTTATAATTGATTTTCAGTTGAGTTTTTTTATATTTTTTGTGAAAACAAATTATAATTGA
65 ATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTAT-TTTTTAGTTAAAACAGATTATAATTGA
* * * * * *
64371 ATGTTTTTCTTAAGAAATATGAAGAAAAACCTATTCATTAGCATGAAAAGCCCATTTATAGTCAC
129 ATG-TTTCCTTGAGAAACATGAAGAAAAACCCATTCATTGGCAAGAAAAG-CCATTTATAGTCAC
* * * * * * *
64436 CTAAGCCTTCGAAAGCTTTATTACTCGCTTCAAATGGTTTTATAACCTCATAATTAATTTTATGT
192 CCAAGCCTTCAAAAGCTTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGT
* * * * * *
64501 TGAATGTTTTTATATTTTTAGTTAGAACAAATTATAATTGAATGTATGCCTTG-GAAAATATAAA
257 TTAAT-TTTTTATATTTTTAGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTGCC-TGAG-AAACATGAA
* * * *
64565 G-GAAACACATTCGTTGTC
319 GAAAAACCCATTCATTGGC
* * *
64583 AAGAAAAGCCCTTTTATAGTCACCCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCTTTTTAAATGGTCTTA
1 AAGAAAAGCCCATTTATAGTCACCCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCTCTTTAAATGGTTTTA
* *
64648 TAATCTCATAATTGGTTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTAGTTAAAACAGATTATAATTGAA
66 TAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTA-TTTTTTAGTTAAAACAGATTATAATTGAA
* * ** * *
64713 TGTTTTTCTCGAGAAACATGAA-AAAAACTTATTTATTGGCAAGACAAGCCCATTTATAGTCACC
130 TG-TTTCCTTGAGAAACATGAAGAAAAACCCATTCATTGGCAAGAAAAG-CCATTTATAGTCACC
* * ** * *
64777 AAAAG-CTTCAAAAGCCTTATTACTATCTTTAAATAGTTTTTTAATCTCATAATGGATTTTAAGT
193 -CAAGCCTTCAAAAGCTTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGT
* * * * * * * *
64841 TGAATTTTTTTGACATATTTAGTTAAAACATATTATAATTGAATGTTTACCTTAGGATAGA-GAA
257 TTAA-TTTTTT-ATATTTTTAGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTGCCTGA-GAAACATGAA
***
64905 GAAAAACTTGTTCATTGGC
319 GAAAAACCCATTCATTGGC
* *
64924 AA-AAAAACCCATTTATAGTCACCCAAGCCTTCAAAAGCCTT-TTACTCACTTTAAATGGTTTTA
1 AAGAAAAGCCCATTTATAGTCACCCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCTCTTTAAATGGTTTTA
* * * * *
64987 TAAACTCAAAATTGATTTTAAGTTTAATTTTTTTACATTTTT-GATTAAAACATATTATAATTGA
66 TAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTA-TTTTTTAG-TTAAAACAGATTATAATTGA
** * * *
65051 ATGTTTACCTCAAGAAACATGAAGAGAAACCCATTCAGTGACAAGAAAAGCTCATTTATAGTCAC
129 ATGTTT-CCTTGAGAAACATGAAGAAAAACCCATTCATTGGCAAGAAAAGC-CATTTATAGTCAC
* * * *
65116 CTAAGCCTTTC-AAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAACCTCATAAATT-ATTTTAA
192 CCAAGCC-TTCAAAAGCTTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCAT-AATTGATTTTAA
* * * * *
65179 GTTGAATTTTCTTACATTTTTAGTTAAAACAGATTGTAATTGAATGTTTTCCTTGTGAAACCAT-
255 GTTTAATTTT-TTATATTTTTAGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTGCC-TGAGAAA-CATG
*
65243 AAGAAAAAGCCATTCATTGGC
317 AAGAAAAACCCATTCATTGGC
** * * ** * *
65264 AAGAAAAGGACAATTATAGTCACTCATTCTTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTA
1 AAGAAAAGCCCATTTATAGTCACCCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCTCTTTAAATGGTTTTA
* * *
65329 TAATCTCA-ATTTTGATTTTAAGTTGAGTTTTTTTACATTTTTT-GTCAAAACAGATTATAATTG
66 TAATCTCATA-ATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTT--ATTTTTTAGTTAAAACAGATTATAATTG
** *
65392 AATGTTTGCCTCAAGAAACATGAAAAAAAACCCATTCATTGGCAAGAAAAGCCCATTTATAGTCA
128 AATGTTT-CCTTGAGAAACATGAAGAAAAACCCATTCATTGGCAAGAAAAG-CCATTTATAGTCA
* * * * * * *
65457 CCCAAGTCTTCGAAAGCTTTATTACTCACTTTAAATTGTTTTATAACCTCATAATTGGTTTTATG
191 CCCAAGCCTTCAAAAGCTTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAG
* * * * * * *
65522 TTAAATTTTTTTACATTTTT-GACTAAAACAAATTATAGTTGAAAGTTTTCCTTGAGAAACATGA
256 TTTAA-TTTTTTATATTTTTAG-TTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTGCC-TGAGAAACATGA
* *
65586 AGAAAAACACATTCCTTGGC
318 AGAAAAACCCATTCATTGGC
* **
65606 AAGAAAAGCCCTTTTATAGTCACTTAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCTCTTTAAATGGTTTTA
1 AAGAAAAGCCCATTTATAGTCACCCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCTCTTTAAATGGTTTTA
* * * * * * * *
65671 TAACCTCAAAATTGATTTTAAATTAAACTTTTTTGCA-TTTATGGTTAAAACAGATTGTAATTGA
66 TAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAA-TTTTTT-TATTTTTTAGTTAAAACAGATTATAATTGA
* * * *
65735 ATGTTTGCCTCT-AGAAAAATGAAGAAAAACCAATTCATTGTCAAGAAAAACCCATTTATAGTCA
129 ATGTTT-CCT-TGAGAAACATGAAGAAAAACCCATTCATTGGCAAG-AAAAGCCATTTATAGTCA
*
65799 CCTAAGCCTTCAAAA
191 CCCAAGCCTTCAAAA
65814 ACCTTAGTAC
Statistics
Matches: 11716, Mismatches: 2747, Indels: 1285
0.74 0.17 0.08
Matches are distributed among these distances:
311 4 0.00
312 2 0.00
313 24 0.00
314 11 0.00
315 1 0.00
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ACGTcount: A:0.34, C:0.14, G:0.12, T:0.37
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AAGAAAAGCCCATTTATAGTCACCCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCTCTTTAAATGGTTTTA
TAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATTTTTTAGTTAAAACAGATTATAATTGAAT
GTTTCCTTGAGAAACATGAAGAAAAACCCATTCATTGGCAAGAAAAGCCATTTATAGTCACCCAA
GCCTTCAAAAGCTTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTTAA
TTTTTTATATTTTTAGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTGCCTGAGAAACATGAAGAAAAAC
CCATTCATTGGC
Found at i:54445 original size:21 final size:21
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Indices: 54406--54445 Score: 53
Period size: 21 Copynumber: 1.9 Consensus size: 21
54396 CAACATAGCA
*
54406 AAAAACCAATTCATTGGCATG
1 AAAAACCAATTCATAGGCATG
* *
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1 AAAAACCAATTCATAGGCA
54446 CCCAAGCCTT
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AAAAACCAATTCATAGGCATG
Found at i:54701 original size:489 final size:481
Alignment explanation
Indices: 53798--54750 Score: 970
Period size: 489 Copynumber: 2.0 Consensus size: 481
53788 CAAGCCTTCT
* * ** * * * * *
53798 AAAGCCTTTTTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTGAGTTAAGTTTTTTT
1 AAAGCCTTATTACTCGCTTGAAACAGTTTTATAACCTAAAAATTAATTTTCAGTTAAGTTTTTTT
* * * * *
53863 ACATTTTTTGTGAAGATAGATTATAATTGAATGTTTGCCTCAAGAAAAATCAAGAAAAACTCATT
66 ACATTTTTGGTGAAAACAGATTATAATTGAATGTTAGCCTCAAGAAAAAGCAAGAAAAACTCATT
* * * * *
53928 TATTGGCAAGAAAAGCCAATTTATAGTCACCCAAGCCTTCGAAAGCTTTATTACTCGCTTTAAAT
131 CATTGGCAAGAAAAACCAATTTATAGGCACCCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAAT
* * * * *
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196 AGTTTTATAAACTCATAATTGATTTTATAGTAAATATTTTTACATTTCTGATTAAAACAAATTAC
* * *
54058 AATTGAATGTTTTCCTTGGGATTGAGAAGAAAAACACATTCATTGGCAAGAAAAGCCCATTTATA
261 AATTGAATGTTTGCCTTGGAAATGAGAAGAAAAACACATTCATTGGCAAGAAAAGCCCATTTATA
* * ** * * * *
54123 TTCACCCAAGCCTTCGAAAGCCTTATCATTCGTTTTAAATATTTTTACAATCTCACAATTGATTT
326 GTCACCCAAGCCTTCGAAAGCCTTATCACTCACTTTAAAAAGTTTTACAACCTCAAAATTGATTT
* * * * * * *
54188 TAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTAGTT-AAACTGACGATAATTGAATGTTT-TCTTGAGAAACA
391 CAAGTTCAATTTTGTTACATTTTTAGTTAAAACAGACGATAATGGAATGTTTGCCTTGAGAAACA
54251 TGAAGAAAAGCCCATTTATAGTCACNNNNNNNNNNA
456 TGAAGAAAAGCCCATTTATAGTCAC----------A
*
54287 AAAGCCTTATTACTCTCTTGAAACAGTTTTATAACCTAAAAATTAATTTTCAGTTTAAG-TTTTT
1 AAAGCCTTATTACTCGCTTGAAACAGTTTTATAACCTAAAAATTAATTTTCAG-TTAAGTTTTTT
* * *
54351 TACATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTTAGCCTCATGCAACATAGC-A-AAAAAC-C
65 TACATTTTTGGTGAAAACAGATTATAATTGAATGTTAGCCTCAAG-AA-AAAGCAAGAAAAACTC
* * *
54413 AATTCATTGGCATGAAAAATCAATTTATAGGCACCCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTGGCTTT
128 -ATTCATTGGCAAGAAAAACCAATTTATAGGCACCCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTT
********** * * *
54478 AAATAGTTTTATAAACTCATAATTGATTTTA-AGTNNNNNNNNNNACATTTTTTATTAAAACAGA
192 AAATAGTTTTATAAACTCATAATTGATTTTATAGTAAATATTTTTACATTTCTGATTAAAACAAA
* *
54542 TTATAATTGAATGTTTGCCTTGAGAAAT-ATGAAGAAAAAC-CTATTCATTGGCAAGCAAAGCCC
257 TTACAATTGAATGTTTGCCTTG-GAAATGA-GAAGAAAAACAC-ATTCATTGGCAAGAAAAGCCC
********** * *
54605 ATTTATAGTCACCNNNNNNNNNNAAAGCCTTATTACTCACTTTAAAAAGTTTTATAACCTCAAAA
319 ATTTATAGTCACCCAAGCCTTCGAAAGCCTTATCACTCACTTTAAAAAGTTTTACAACCTCAAAA
**
54670 TTGATTTCAAGTTCAATTTTGTTACATTTTTAGTTAAAACAGATTATAATGGAATGTTTGCCTTG
384 TTGATTTCAAGTTCAATTTTGTTACATTTTTAGTTAAAACAGACGATAATGGAATGTTTGCCTTG
* *
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AAAGCCTTATTACTCGCTTGAAACAGTTTTATAACCTAAAAATTAATTTTCAGTTAAGTTTTTTT
ACATTTTTGGTGAAAACAGATTATAATTGAATGTTAGCCTCAAGAAAAAGCAAGAAAAACTCATT
CATTGGCAAGAAAAACCAATTTATAGGCACCCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAAT
AGTTTTATAAACTCATAATTGATTTTATAGTAAATATTTTTACATTTCTGATTAAAACAAATTAC
AATTGAATGTTTGCCTTGGAAATGAGAAGAAAAACACATTCATTGGCAAGAAAAGCCCATTTATA
GTCACCCAAGCCTTCGAAAGCCTTATCACTCACTTTAAAAAGTTTTACAACCTCAAAATTGATTT
CAAGTTCAATTTTGTTACATTTTTAGTTAAAACAGACGATAATGGAATGTTTGCCTTGAGAAACA
TGAAGAAAAGCCCATTTATAGTCACA
Found at i:54805 original size:171 final size:171
Alignment explanation
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54276 NNNNNNNNNN
* * * * * *
54286 AAAAGCCTTATTACTCTCTTGAAACAGTTTTATAACCTAAAAATTAATTTTC-AGTTTAAGTTTT
1 AAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAACCTCAAAATTGA-TTTCAAGTTCAA-TTTT
* * * *
54350 -TTACATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTTAGCCTCATGCA-ACATA-GCA-AAAAA
64 GTTACATTTTTAGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTGCCT--TG-AGAAATATGAAGAAAAA
* *
54411 CCAATTCATTGGCATGAAAAATCA-ATTTATAGGCACCCAAGCCTTC
126 CCAATTCATTGGCAAG-AAAATCATATTTATAGTCACCCAAGCCTTC
* * * * *********
54457 AAAAGCCTTATTACTGGCTTTAAATAGTTTTATAAACTCATAATTGATTTTAAG-TNNNNNNNNN
1 AAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAACCTCAAAATTGATTTCAAGTTCAATTTTGT
* *
54521 NACATTTTTTA-TTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTGCCTTGAGAAATATGAAGAAAAACCTA
66 TACA-TTTTTAGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTGCCTTGAGAAATATGAAGAAAAACCAA
* * ** *********
54585 TTCATTGGCAAGCAAAGCCCATTTATAGTCACCNNNNNNNNN
130 TTCATTGGCAAGAAAATCATATTTATAGTCACCCAAGCCTTC
* * *
54627 NAAAGCCTTATTACTCACTTTAAAAAGTTTTATAACCTCAAAATTGATTTCAAGTTCAATTTTGT
1 AAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAACCTCAAAATTGATTTCAAGTTCAATTTTGT
* * *
54692 TACATTTTTAGTTAAAACAGATTATAATGGAATGTTTGCCTTGTGAAATATGAAGAAAAAGCAAT
66 TACATTTTTAGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTGCCTTGAGAAATATGAAGAAAAACCAAT
54757 TCATTGGCAAGAAAATCATATTTATAGTCACCCAAGCCTTC
131 TCATTGGCAAGAAAATCATATTTATAGTCACCCAAGCCTTC
* * * * * ** * * **
54798 GAAAGCCTTATTACTCGCTTCAAATATTTTTATCATCTCTTAGTTGATTTTAAGTAGAA-TTTGT
1 AAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAACCTCAAAATTGATTTCAAGTTCAATTTTG-
* ** ** * * * *
54862 TTATATTTTGGGTTAAAGTAGATTATAATTGAATGTTTACCTTGAGAAACATGAAGAGAAACCCA
65 TTACATTTTTAGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTGCCTTGAGAAATATGAAGAAAAACCAA
* * * * *
54927 TTCATTAGTAATAAAAGTC-TATTTATAGTTACCCAAGCATTC
130 TTCATTGGCAAGAAAA-TCATATTTATAGTCACCCAAGCCTTC
* *
54969 AAAAGCCTTATTACTCTCTTTAAATGGTTTT
1 AAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTT
55000 GCAACCTCNN
Statistics
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Matches are distributed among these distances:
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ACGTcount: A:0.35, C:0.14, G:0.12, T:0.36
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AAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAACCTCAAAATTGATTTCAAGTTCAATTTTGT
TACATTTTTAGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTGCCTTGAGAAATATGAAGAAAAACCAAT
TCATTGGCAAGAAAATCATATTTATAGTCACCCAAGCCTTC
Found at i:56036 original size:170 final size:170
Alignment explanation
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Period size: 171 Copynumber: 23.4 Consensus size: 170
55542 NNNNNNNNNN
* * * * * * *
55552 TTTTTTACGTTTTTAGTTCAAACAGATTATAATTGAATGCTTGTCTTGAGAACCACAAGAAAAAC
1 TTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTGCCTTGAGAAACAGAAGAAAAAC
** * * *
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66 CCATTCATTGGCAAGAAAAGCCCATTTATAGTCACCCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTT
********** *
55682 TAANNNNNNNNNNAATCTCATAATTGATTTTGAGTT-AAGT
131 TAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAA-T
* * * * * *
55722 TTTTTCACATTTTTTGTGAAAACATG-TTATAATTGAATGTTTG-CTTCAAGAAATATGAAAAAA
1 TTTTTTACATTTTTGGTTAAAACA-GATTATAATTGAATGTTTGCCTT-GAGAAACA-GAAGAAA
* * * * * * *
55785 AACTCATTTATTGACAAGAAAAGCCAATTTATAGTCACCCAAGCCTTCGAAAGCTTTATTACTTG
63 AACCCATTCATTGGCAAGAAAAGCCCATTTATAGTCACCCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCG
* * * *
55850 CTTTAAATGG-TTTATAACCTCATAAATGATTTTATGTTAAAT
128 CTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAAT
* * * * *
55892 ATGTTTT-CATTTTTGGTTAAAATAAATTATAATTGAATGTTTGCCTTGGGATAGC-GAAGAAAA
1 -TTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTGCCTTGAGA-AACAGAAGAAAA
** * * * * * *
55955 ACATATTCACTAGCAAGAAAAACCCGTTTATATTCACCCAAGCCTTCGAAAGCCTTATCT-CTCG
64 ACCCATTCATTGGCAAGAAAAGCCCATTTATAGTCACCCAAGCCTTCAAAAGCCTTAT-TACTCG
** * * *
56019 CTTTAAATATTTTTATAATATCACAGTTGATTTTAAGTTGAAT
128 CTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAAT
* * * * * * * * * *
56062 TTTTTTATATTTTTGGTAAAAATAAACTGTAATTGAATGTTT-TCTAGAGAAAGATGAAGAAAAG
1 TTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTGCCTTGAGAAACA-GAAGAAAAA
* * * *** *
56126 CCCATTTA-TAGCCACCCAA-CCC--TT-TA---A---AAGCCTT----AG---TACT-CT-GC-
65 CCCATTCATTGGCAAGAAAAGCCCATTTATAGTCACCCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCT
* * * *
56170 TTAAATGGTTTTATAAACTAAAAATTGATTTTAAGATT-AAA
130 TTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAG-TTGAAT
* * * * * *
56211 TTTTTCACATTATTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTACC-TCATGAAACATAACAAAAA
1 TTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTGCCTTGA-GAAACAGAA-GAAAA
* * ** * * * ** * *
56275 ACCAATTCATTGGTAAGAAAAGCTAATTTATGGGCACCTAAGCCTTCAAAAGCCTTGCTACTAGT
64 ACCCATTCATTGGCAAGAAAAGCCCATTTATAGTCACCCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGC
* *
56340 TTTAAATGATTTTATAAACTCATAATTGATTTTAAGTTGAA-
129 TTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAAT
* ** * **
56381 TTTTTTATATTTTTTATTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTTCCTTGAGAAGTATGAAGAAAAA
1 TTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTGCCTTGAGAAACA-GAAGAAAAA
* * * *
56446 CCCATTCATTGGCAAGCAAAGCCCATTTATAGTCACCCAAGCCTTTAAAAGTCTTATTACTCACT
65 CCCATTCATTGGCAAGAAAAGCCCATTTATAGTCACCCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCT
* * * * * *
56511 TTAAAAGGTTTTATAACCTTAAAATTGATTTAAAGTTCAAT
130 TTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAAT
* * * * **
56552 TTTATTACATTTTTTGCTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTTCCTTGTCAAACATGAAGAAAAA
1 TTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTGCCTTGAGAAACA-GAAGAAAAA
* ** * * * *
56617 -CCAGTTCATTGGCAAGAAAATCATATTTTTAGTCACTCAAGCTTTCGAAAGCCTTATTACTCGC
65 CCCA-TTCATTGGCAAGAAAAGCCCATTTATAGTCACCCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGC
* ** * * *
56681 TTCAAATATTTTTATCATCTCTTAATTCATTTTAAGTTGAAT
129 TTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAAT
* * ** * * *
56723 TTGTTTACATTTTGGGTTAAAGTAGATTGTAATTGAATGTTTACCTTGAGAAACATGAAGAGAAA
1 TTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTGCCTTGAGAAACA-GAAGAAAAA
* ** * * * * * *
56788 CCCATTTATTGGCAAGAAAAGTTCATTTATAGTTACCTAAACATTTAAAAGCCTTATTACTCTCT
65 CCCATTCATTGGCAAGAAAAGCCCATTTATAGTCACCCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCT
* * * * **
56853 ATAAATGGTTTTACAACCTCCTAATTGATTTTTGGTTGAAT
130 TTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAAT
* * * * ** * *
56894 TTTTTTATATTTTTAGTCAAAACAGATTATAATTGAATGTTTGCCTTCAGAAATGTGAGGAACAA
1 TTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTGCCTTGAGAAA-CAGAAGAAAAA
* * * * ** * * *
56959 GCCATTCATTGTCAAGAAAAGTCCAATTATAGTCACCCATTCTTTCAAAAGCCTTACTACTCCCT
65 CCCATTCATTGGCAAGAAAAGCCCATTTATAGTCACCCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCT
** ** *
57024 TTAAATGG-TTTGCAATCTCATAGCTGATTTCAAGTTGAAT
130 TTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAAT
* * * * * * **
57064 GTTTTTTATAGTTTTGATTAAAATATATTATAATTGAATGTTTGTCTCAAGAAACATGAAGCAAA
1 -TTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTGCCTTGAGAAACA-GAAG-AAA
* * * * *
57129 AA-CCATTCATTGGCAGGAAAAAAGCACAATTATAGGCACCCAAGCCTTCAAAAGCCTTGTTACT
63 AACCCATTCATTGGCA--AGAAAAGCCCATTTATAGTCACCCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACT
*
57193 CGCTTTAAATGGTTTTATAATCTGAT-A-T--TTTT-AGTTGAAT
126 CGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAAT
* * * * * * *
57233 GTTTTTATATTTTTAGTTAAAATAGATTATAATTAAATGTTTTCCTTAAGAACCACA-AAGAAAA
1 TTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTGCCTTGAGAA--ACAGAAGAAAA
* * * * *
57297 ACCCATTCATTGGCAAGAAAGGCACATTTACAGTCACCCAAGCCTTCTAAAGCCTTTTTACTCGC
64 ACCCATTCATTGGCAAGAAAAGCCCATTTATAGTCACCCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGC
* * *
57362 TTTAAATGGTTTTATAATCTTATAATTGATTTTGAGTTG-AG
129 TTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAAT
* * * * * * * * *
57403 TTTTTTGCATTTTTTGTGAAAATAGATTGTACTTGAATATTTGCCTCT-AGAAACATGAGGAGAA
1 TTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTGCCT-TGAGAAACA-GAAGAAAA
* * * * ** *
57467 ACCCATTTATTGGAAAGAAAAGCCAATTTATAGGCATTCAAGCCTTCAAAAACCTTATTACTCGC
64 ACCCATTCATTGGCAAGAAAAGCCCATTTATAGTCACCCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGC
*
57532 TTTAAATGGTTTTATAAACTCATAATTGATTTTAAGTTGAA-
129 TTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAAT
** *
57573 TTTTTTACATTTTTTATTAAAAAAGATTATAATTGAATGTTTGCCTTGAGAAACATGAAGAAAAA
1 TTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTGCCTTGAGAAACA-GAAGAAAAA
* * *
57638 CCCATTCATTGGCAAGCAAAGCCCATTTATAGTCACCCAAGCCTTTAAAAGCCTTATTACTCACT
65 CCCATTCATTGGCAAGAAAAGCCCATTTATAGTCACCCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCT
** * *
57703 TTAAAAAGTTTTATAA-CTTCAAAATTGATTTAAAGTTGAAT
130 TTAAATGGTTTTATAATC-TCATAATTGATTTTAAGTTGAAT
* * * *
57744 TTTTTTAGATTTTTGATTAAAACAGATTA-AAGTTGAATGTTTACCTTGAGAACCACGAAGAAAA
1 TTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGATTATAA-TTGAATGTTTGCCTTGAGAAACA-GAAGAAAA
* * * * *
57808 ATCCATTCATTGGCAAGAAAAGCACATTTATAATCACCCAAGCCTTCTAAAGCCTTTTTACTCGC
64 ACCCATTCATTGGCAAGAAAAGCCCATTTATAGTCACCCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGC
* * *
57873 TTTAAATGATTTTATAATCTCATAATTAATTTTAAGTTGAGTT
129 TTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGA-AT
* * * ** **
57916 TTTTTTACATTTTTTGTGAAGACATCTTATAATTGAATGTTTGCCTCAAGAAACATGAAGAAAAA
1 TTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTGCCTTGAGAAACA-GAAGAAAAA
** * * ** * * *
57981 CTAATTTATTGACAAGAAAAGCTAATTTATAGTCACTCAAGCCTTCGAAAGCTTTATTACTCGCT
65 CCCATTCATTGGCAAGAAAAGCCCATTTATAGTCACCCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCT
* *
58046 TTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTATGTTAAAT
130 TTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAAT
* * * * * *
58087 GTTTTTT-CATTTTTGGTTAAAATAAATTATAATTGAATGTTTACCTTGGGATAGAGAAGAAAAA
1 -TTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTGCCTTGAGAAACAGAAGAAAAA
* ** * *** ** *
58151 CACATTCATTGATAAGAAAAGCCCATTTATATTCACCCAAGCCTTTGGAAGCCTTAGCACTCGTT
65 CCCATTCATTGGCAAGAAAAGCCCATTTATAGTCACCCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCT
** * * *
58216 TTAAATTTTTTTATAATCTCACAATTGATTTTAATTTAAAT
130 TTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAAT
* * * * *
58257 TGTTTTACATTTTTAGTTAGAACAAATTATAATTGAATGTTTACCTTGAGAAACATGAAAGAAAA
1 TTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTGCCTTGAGAAACA-G-AAGAAAA
* * * *
58322 CCCCATTCATTGGCAAGCAAAG-CCATTTATAGTCACCCTAGCCCTT-AAAAGCCTTATTACTCA
64 ACCCATTCATTGGCAAGAAAAGCCCATTTATAGTCACCCAAG-CCTTCAAAAGCCTTATTACTCG
* * * * *
58385 CTTTAAAAGGTTTTATAAACTCAAAATTGATTTAAAGTTCAAT
128 CTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAAT
* * * * ** *
58428 TTTGTTACATTTGTT-ATTAAAAAAAATTATAATTGAATGTTTGCCTTGTCAAACATCAAGAAAA
1 TTTTTTACATTT-TTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTGCCTTGAGAAACA-GAAGAAAA
** * * * **
58492 ACTAATTCATTGGCAAGAAAATCCTATTTATAGTCACCCAAGCCTTCGAAAGCCTTATTACTTTC
64 ACCCATTCATTGGCAAGAAAAGCCCATTTATAGTCACCCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGC
* * *
58557 TTTAAATGTTTTTATCATCTCGTAATTGATTTTAAGTTGAAT
129 TTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAAT
** ** * * *
58599 TTTTTTACATTTAGGGTTAAAGTAGATTATAATTGAATGTTTACCTGGAGAAACATGAAGAGAAA
1 TTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTGCCTTGAGAAACA-GAAGAAAAA
* * * * * * *
58664 CCCATTCATTGGCAAGCAAAGTCCATTTATAATTACCCAAGCGTTCAAAAACCTTATTACTCTCT
65 CCCATTCATTGGCAAGAAAAGCCCATTTATAGTCACCCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCT
* * * * * * *
58729 TTAAATAGTTTTACAATTTCCTAATTGATTTTCAGTTAAAG
130 TTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAAT
* * * * * *
58770 TTTTTTATATTTTTTGTTAAAATAGATTATAATTGAATGTTTGCTTTGGGAAACGTGAAGAAAAA
1 TTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTGCCTTGAGAAAC-AGAAGAAAAA
* * * * * ** * * * * *
58835 GCCATTCATTGTCAAGAAAAGTCCAATTATA-TCACTCATTCTTTTAAATGCCTTACTACTCCCT
65 CCCATTCATTGGCAAGAAAAGCCCATTTATAGTCACCCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCT
* * ** * *
58899 TTAAATAGTTTTGTAATCTCATAGCTGATTTCAAGTTAAAT
130 TTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAAT
** * **
58940 GTTTTTTACATTTTTAATTAAAATAGATTATAATTGAATG-TTGCCCTCAAGAAACATGAAGAAA
1 -TTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTG-CCTTGAGAAACA-GAAGAAA
* * * * * *
59004 AATCCATTCATTGGTAGGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCAAGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCT
63 AACCCATTCATTGGCAAGAAAAGCCCATTTATAGTCACCCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCG
** * * *
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* ** * *
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** * * * * * ** * * *
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* * *
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* * * * * * *
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* * ** * ** * *
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*
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130 TTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAAT
* * * ** *
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Statistics
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* ** * * * ** *
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* ** ** *
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* * * * * * * *
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* *
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** *
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* * *
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** * *
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*** ** * *
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* * *
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* * * *
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** * ** * * *
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** * * ** * * * ** * * * *
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* *
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* * * * * *
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* * * * * *
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* ** * * * * *
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* ** * *
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* ** ** ** * * *
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* * * * *
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* * * * * * *
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* ** * * ** *
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* * * * *
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* * **
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* * * *
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** * *
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* * * * * * * *
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* * * * * *
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* **
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* * * * *
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1 ATTTATAGTCACC-CAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCG-CTTTAAATGGTTTTATAATCTCAT
* * * *
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* * * *
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* * *
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1 ATTTATAGTCACCCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAA
* * * * * *
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* * * *
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* * * * *
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* * *
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* ** * * * * *
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1 ATTTATAGTCACCCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAA
* * * * * *
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* * * *
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* * * ** *
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1 ATTTATAGTCACCCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAA
* * * * * * *
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* * * *
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130 GAGAAACATGAAGAAAA--ACCATTCATTGGCAAGAAAATCT
* * * * * * *
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* * ** * * * *
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** * * * * *
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* * ** *
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* * * *
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* * * * * *
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* ** *
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* * * * * *
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* * * * * *
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* * * * ** *
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* * * * * ** * * *
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* * * *
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* * * * * * *
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** * * * ** * * * * * * *
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* *** * *
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* * * *
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* * ** * * *
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* * * *
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* * **
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1 ATTTATAGTCACCCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAA
* * *
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* * * * * *
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* * * * **
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* * * *
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* *
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*
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1 A
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AAGAAAAACCAATTTATAGTC
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* * * * *
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* * * * * * *
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* * * * * *
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* * * * *
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* * *
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* * * *
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* * * * * * * *
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** * * *
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* * * *
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* * * * * * *
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* * * * * *
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* * ** *
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* * *
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** * * *
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* * ** *
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* * * * * *
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* * * * *
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* * *
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* * * *
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* ** * * * *
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*
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* * *
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* *
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** * ** *
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* * * *
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** * *
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* * * * * *
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* * * * * *
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* * *
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* * *
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* * * * * * * *
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* * *
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* * *
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65826 ACTTCAAAAA
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Found at i:65798 original size:21 final size:21
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*
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* *
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65798 A
1 A
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65536 ATTTTTGACT
* * ** * * *
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** *
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* * * *
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* *
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* * *
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* * *
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** * * * * *
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128 ACCTCAAAATGGATTTTAAATTAAACT-TTTTT-ACATTTATAGTTAAAACAGATTATAATTGAA
* ** * *
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*
66084 CCGAAGCCTTAAAAAGCCTTATTACT
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66110 TGCTTTAAAT
Statistics
Matches: 234, Mismatches: 35, Indels: 19
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Matches are distributed among these distances:
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Consensus pattern (285 bp):
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AAGCCCTTTTATAGTCACCAAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTATCTTTAAATGGTTTTATAACC
TCAAAATGGATTTTAAATTAAACTTTTTTACATTTATAGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTTT
ACCTCTAGAAAAAGAAGAAAAACCAATTCATTGTCAAGAAAAACCCATTTATAGTCACCGAAGCC
TTAAAAAGCCTTAGTACTCACTTCA
Found at i:66118 original size:171 final size:169
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Indices: 65832--67230 Score: 971
Period size: 171 Copynumber: 8.3 Consensus size: 169
65822 ACTCACTTCA
* * * * *
65832 AAAACAGATTATAATTGAATGTTTGCCTCAAGAAACATGAAG-AAAACCTATTCATTAGTAAAAA
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* *
65896 AAGCCTATTTATAGTCACCCAAAG-CTTCAAAAGCGTTATTA-TTATCTTTAAATGGTTTTTTAT
66 AAGCCTATTTATAGTCACCC-AAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTT-GCTTTAAATGGTTTTTTAT
*
65959 GCTCATAATGGATTTTAAGTTGAATGTTTTTAACATTTTTAGTT
129 -CTCATAATTGATTTTAAGTTGAAT-TTTTT-ACATTTTTAGTT
* ** * * * *
66003 AAAACAGATTATAATTGACTGTTTACCTTGGGATAA-A-AAAGAAAAACCCGTTCATTGGTAAGA
1 AAAACAGATTATAATTGAATGTTTACCTTAAGA-AACATGAAGAAAAACCCATTCATTAGCAAGA
* * *
66066 AAAGCCTATTTATAGTCACCGAAGCCTTAAAAAGCCTTATTACTTGCTTTAAATGGTTTTATAAT
65 AAAGCCTATTTATAGTCACCCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTTGCTTTAAATGGTTTT-TTAT
* * *
66131 CTCATAATAGATTATAATTTGAATTTCTTTACATTTTTAGTT
129 CTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTT-TTTACATTTTTAGTT
** * * * *
66173 AAAGTAGATTACAATTGAATGTTTGCCTTAAGAAACATGAAGCAAAACCCATTCATTGGCAAGAA
1 AAAACAGATTATAATTGAATGTTTACCTTAAGAAACATGAAGAAAAACCCATTCATTAGCAAGAA
* * * * * *
66238 ACGCCCATTTATAGTCACACAAGCCTTCAAAATCCTTA--ACTCT-CTTTAAATGGTTTTATAAA
66 AAGCCTATTTATAGTCACCCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACT-TGCTTTAAATGGTTTT-TTAT
* * *
66300 CTCAAAATTGATTTTAAGTTCAATTTTCTTACATTGTTAGTT
129 CTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTT-TTACATTTTTAGTT
* * ** ** *
66342 AAAACAGATTATACTT-AATTGTTTACGTCGAGAAATGTGAAGCAAAACCCATTCATTAGCAAGA
1 AAAACAGATTATAATTGAA-TGTTTACCTTAAGAAACATGAAGAAAAACCCATTCATTAGCAAGA
* ** * * * *
66406 AAA-CCCATTTATAGTCACCCAAGCCTTCGTAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAAG
65 AAAGCCTATTTATAGTCACCCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTTGCTTTAAATGGTTTT-TTAT
* *
66470 CTGATAATTGATCTTAAGTTGAATTCTTTTACATTTTTAGTT
129 CTCATAATTGATTTTAAGTTGAATT-TTTTACATTTTTAGTT
* ** *
66512 AAAACATATTATAATTGAATGTTTACCTTAAGAAACATGAAGAAAAACCTGTTCATCAGCAAGAA
1 AAAACAGATTATAATTGAATGTTTACCTTAAGAAACATGAAGAAAAACCCATTCATTAGCAAGAA
* * ** *
66577 AAG-CTCATTTATTGTCACCCCAGCCTTTGAAAGCCTTATTACTTGCTTTAAATGGTTTTATAAT
66 AAGCCT-ATTTATAGTCACCCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTTGCTTTAAATGGTTTT-TTAT
*
66641 CTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTTGTT
129 CTCATAATTGATTTTAAGTTGAA-TTTTTTACATTTTTAGTT
* * * * * ** ** * * * *
66683 AAAAAATATTGTAACTGAATGTTT-CGTCGAGAAATGTGATGAAAAGCCCATTTACAATCACCTA
1 AAAACAGATTATAATTGAATGTTTACCTTAAGAAACATGAAGAAAAACCCA-TT-C-ATTAGC-A
* * * ** * * *
66747 AGCCTTCAAAAGCC---TTAT--T-ACTC---TCTTTAAATAGTTTTA-TA-AT-C-TCAAA--A
62 AG-----AAAAGCCTATTTATAGTCACCCAAGCCTTCAAA-AGCCTTATTACTTGCTTTAAATGG
** **
66797 TTGATT-T-T-A--A--G--TTT-A----AATTTTTTACATTTTTTCTT
121 TTTTTTATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTACATTTTTAGTT
* * * * ** * *
66832 AAAACATATTATAATTGAATGTTTACCTCATGAAACAT-AACAAAAAACTAATTCATTGGCATGA
1 AAAACAGATTATAATTGAATGTTTACCTTAAGAAACATGAA-GAAAAACCCATTCATTAGCAAGA
* * * * *
66896 AATA-CCCATTTATAGTCACTCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAA
65 AA-AGCCTATTTATAGTCACCCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTTGCTTTAAATGGTTTT-TTA
* * * * * *
66960 CCTCAAAATTGATTTTAAATTGAACTTTTTAACATTTATGGTT
128 TCTCATAATTGATTTTAAGTTGAA-TTTTTTACATTTTTAGTT
* * * * * * *
67003 AAAACAGATTGTAATTGAATGTTTGCCTTTAGAAATATAAAGAAAAACCAATTTATT-GTCAAGA
1 AAAACAGATTATAATTGAATGTTTACCTTAAGAAACATGAAGAAAAACCCATTCATTAG-CAAGA
* * * * * *
67067 AAAG-CTCATTTATAATCACCCAAGCCTTCAAAAGCTTTAGTACTCGCTTTAAATGATTTTATAA
65 AAAGCCT-ATTTATAGTCACCCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTTGCTTTAAATGGTTTT-TTA
* ** * ** * *
67131 TATCATAATTGATTTTGGGCTGAATGTTTTTATTTTTTTGGAT
128 TCTCATAATTGATTTTAAGTTGAAT-TTTTTACATTTTTAGTT
* * ** **
67174 CAAATAGATTATAATTGAATGTTTGTCTCGAGAAACATGAAGAAAAACCCATTCATT
1 AAAACAGATTATAATTGAATGTTTACCTTAAGAAACATGAAGAAAAACCCATTCATT
67231 GGCTTAAAAA
Statistics
Matches: 973, Mismatches: 186, Indels: 138
0.75 0.14 0.11
Matches are distributed among these distances:
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ACGTcount: A:0.36, C:0.15, G:0.12, T:0.37
Consensus pattern (169 bp):
AAAACAGATTATAATTGAATGTTTACCTTAAGAAACATGAAGAAAAACCCATTCATTAGCAAGAA
AAGCCTATTTATAGTCACCCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTTGCTTTAAATGGTTTTTTATCT
CATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTACATTTTTAGTT
Found at i:66229 original size:456 final size:457
Alignment explanation
Indices: 65375--66275 Score: 1160
Period size: 456 Copynumber: 2.0 Consensus size: 457
65365 ATTTTTTGTC
* *
65375 AAAACAGATTATAATTGAATGTTTGCCTCAAGAAACATGAAAAAAAACCCATTCATTGGCAAGAA
1 AAAACAGATTATAATTGAATGTTTGCCTCAAGAAACATGAAAAAAAACCCATTCATTAGCAAAAA
* * *
65440 AAGCCCATTTATAGTCACCCAAGTCTTCGAAAGCTTTATTACTCACTTTAAATTGTTTTATAACC
66 AAGCCCATTTATAGTCACCCAAGTCTTCAAAAGCGTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAACC
* * *
65505 TCATAATTGGTTTTATGTTAAATTTTTTTACATTTTTGACTAAAACAAATTATAGTTGAAAGTTT
131 TCATAATTGGTTTTAAGTTAAATTTTTTAACATTTTTGACTAAAACAAATTATAATTGAAAGTTT
* * * **
65570 TCCTTGAGAAACATGAAGAAAAACACATTCCTTGGCAAGAAAAGCCCTTTTATAGTCACTTAAGC
196 ACCTTGAGAAACATAAAGAAAAACACATTCATTGGCAAGAAAAGCCCTTTTATAGTCACCGAAGC
* * *
65635 CTTCAAAAGCCTTATTACTCTCTTTAAATGGTTTTATAACCTCAAAATTGATTTTAAATTAAACT
261 CTTAAAAAGCCTTATTACTCTCTTTAAATGGTTTTATAACCTCAAAATAGATTATAAATTAAACT
* * **
65700 TTTTTGCATTTATGGTTAAAACAGATTGTAATTGAATGTTTGCCTCTAGAAAAATGAAGAAAAAC
326 TTTTTACATTTATAGTTAAAACAGATTACAATTGAATGTTTGCCTCTAGAAAAATGAAGAAAAAC
*
65765 CAATTCATTGTCAAGAAAAACCCATTTATAGTCAC-CTAAGCCTTCAAAAACCTTAGTACTCACT
391 CAATTCATTGGCAAGAAAAACCCATTTATAGTCACAC-AAGCCTTCAAAAACCTTAGTACTCACT
65829 TCA
455 TCA
* * *
65832 AAAACAGATTATAATTGAATGTTTGCCTCAAGAAACATG-AAGAAAACCTATTCATTAGTAAAAA
1 AAAACAGATTATAATTGAATGTTTGCCTCAAGAAACATGAAAAAAAACCCATTCATTAGCAAAAA
* * * *
65896 AAGCCTATTTATAGTCACCCAAAG-CTTCAAAAGCGTTATTA-TTATCTTTAAATGGTTTTTTAT
66 AAGCCCATTTATAGTCACCC-AAGTCTTCAAAAGCGTTATTACTCA-CTTTAAATGGTTTTATAA
* * * * *
65959 GCTCATAA-TGGATTTTAAGTTGAATGTTTTTAACATTTTT-AGTTAAAACAGATTATAATTGAC
129 CCTCATAATTGG-TTTTAAGTTAAAT-TTTTTAACATTTTTGA-CTAAAACAAATTATAATTGAA
* * * * *
66022 TGTTTACCTTGGGATAA-A-AAAGAAAAACCCGTTCATTGGTAAGAAAAG-CCTATTTATAGTCA
191 AGTTTACCTTGAGA-AACATAAAGAAAAACACATTCATTGGCAAGAAAAGCCCT-TTTATAGTCA
* *
66084 CCGAAGCCTTAAAAAGCCTTATTACT-TGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATAGATTATAA
254 CCGAAGCCTTAAAAAGCCTTATTACTCT-CTTTAAATGGTTTTATAACCTCAAAATAGATTATAA
* * * ** *
66148 TTTGAA-TTTCTTTACATTTTTAGTTAAAGTAGATTACAATTGAATGTTTGCCT-TAAGAAACAT
318 ATTAAACTTT-TTTACATTTATAGTTAAAACAGATTACAATTGAATGTTTGCCTCT-AGAAAAAT
* * ** *
66211 GAAGCAAAACCCATTCATTGGCAAGAAACGCCCATTTATAGTCACACAAGCCTTCAAAATCCTTA
381 GAAGAAAAACCAATTCATTGGCAAGAAAAACCCATTTATAGTCACACAAGCCTTCAAAAACCTTA
66276 ACTCTCTTTA
Statistics
Matches: 382, Mismatches: 51, Indels: 23
0.84 0.11 0.05
Matches are distributed among these distances:
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456 282 0.74
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458 2 0.01
ACGTcount: A:0.37, C:0.16, G:0.12, T:0.34
Consensus pattern (457 bp):
AAAACAGATTATAATTGAATGTTTGCCTCAAGAAACATGAAAAAAAACCCATTCATTAGCAAAAA
AAGCCCATTTATAGTCACCCAAGTCTTCAAAAGCGTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAACC
TCATAATTGGTTTTAAGTTAAATTTTTTAACATTTTTGACTAAAACAAATTATAATTGAAAGTTT
ACCTTGAGAAACATAAAGAAAAACACATTCATTGGCAAGAAAAGCCCTTTTATAGTCACCGAAGC
CTTAAAAAGCCTTATTACTCTCTTTAAATGGTTTTATAACCTCAAAATAGATTATAAATTAAACT
TTTTTACATTTATAGTTAAAACAGATTACAATTGAATGTTTGCCTCTAGAAAAATGAAGAAAAAC
CAATTCATTGGCAAGAAAAACCCATTTATAGTCACACAAGCCTTCAAAAACCTTAGTACTCACTT
CA
Found at i:67006 original size:320 final size:319
Alignment explanation
Indices: 66404--67026 Score: 838
Period size: 320 Copynumber: 1.9 Consensus size: 319
66394 TCATTAGCAA
* * **
66404 GAAAACCCATTTATAGTCACCCAAGCCTTCGTAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAA
1 GAAAACCCATTTACAATCACCCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAA
* * * *
66469 GCTGATAATTGATCTTAAGTTGAATTCTTTTACATTTTTAGTTAAAACATATTATAATTGAATGT
66 GCTCAAAATTGATCTTAAGTTAAATTCTTTTACATTTTTACTTAAAACATATTATAATTGAATGT
* * * * * * *
66534 TTACCTTAAGAAACATGAAGAAAAACCTGTTCATCAGCAAGAAAAGCTCATTTATTGTCACCCCA
131 TTACCTCAAGAAACATGAACAAAAAACTATTCATCAGCAAGAAAAGCCCATTTATAGTCACCCAA
** * * * * *
66599 GCCTTTGAAAGCCTTATTACTTGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAA
196 GCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAACCTCAAAATTGATTTTAAATTGAA
* * * * *
66664 TTTTTTTACATTTTTTGTTAAAAAATATTGTAACTGAATGTTTCGTCGAGAAATGTGAT
261 CTTTTTAACATTTATGGTTAAAAAAGATTGTAACTGAATGTTTCGTCGAGAAATGTGAT
* *
66723 GAAAAGCCCATTTACAATCACCTAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCTCTTTAAATAGTTTTATA
1 GAAAA-CCCATTTACAATCACCCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATA
* * *
66788 ATCTCAAAATTGATTTTAAGTTTAAATT-TTTTACATTTTTTCTTAAAACATATTATAATTGAAT
65 AGCTCAAAATTGATCTTAAG-TTAAATTCTTTTACATTTTTACTTAAAACATATTATAATTGAAT
* ** *
66852 GTTTACCTCATGAAACAT-AACAAAAAACTAATTCATTGGCATGAAATA-CCCATTTATAGTCAC
129 GTTTACCTCAAGAAACATGAACAAAAAACT-ATTCATCAGCAAGAAA-AGCCCATTTATAGTCAC
*
66915 TCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAACCTCAAAATTGATTTTAAAT
192 CCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAACCTCAAAATTGATTTTAAAT
* *
66980 TGAACTTTTTAACATTTATGGTTAAAACAGATTGTAATTGAATGTTT
257 TGAACTTTTTAACATTTATGGTTAAAAAAGATTGTAACTGAATGTTT
67027 GCCTTTAGAA
Statistics
Matches: 261, Mismatches: 39, Indels: 7
0.85 0.13 0.02
Matches are distributed among these distances:
319 14 0.05
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ACGTcount: A:0.35, C:0.15, G:0.11, T:0.39
Consensus pattern (319 bp):
GAAAACCCATTTACAATCACCCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAA
GCTCAAAATTGATCTTAAGTTAAATTCTTTTACATTTTTACTTAAAACATATTATAATTGAATGT
TTACCTCAAGAAACATGAACAAAAAACTATTCATCAGCAAGAAAAGCCCATTTATAGTCACCCAA
GCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAACCTCAAAATTGATTTTAAATTGAA
CTTTTTAACATTTATGGTTAAAAAAGATTGTAACTGAATGTTTCGTCGAGAAATGTGAT
Found at i:67611 original size:171 final size:171
Alignment explanation
Indices: 67400--68183 Score: 821
Period size: 171 Copynumber: 4.6 Consensus size: 171
67390 ATAGTCACCC
* *
67400 AAGCC-TATTTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTA
1 AAGCCTTA-TTACTCTCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTA
* * * * *
67464 TATATTTTTGTAAAAATAGATTATAGTTGAATGTTTTCCTTGGAAAACATGAAGAAAAACCCT-T
65 TAT-TTTTAGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTGCCTTGGAAAACATGAAGAAAAACCCTAT
* * * *
67528 TCATTGGCAAGGAAAGCCCATTTATAGTCACTCAAGCTTTCAA
129 TCATTGGCAAGAAAAGCCCAATTATAGTCACCCAAGCCTTCAA
* * * *
67571 AAGCCTTATTACTCTCTTTAAATGATTTTATAACCTCATAATTGATTGTAAGTTGAGTTTTCTTA
1 AAGCCTTATTACTCTCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTT-TTA
* * * * * **
67636 TATTTTTGGTTAAAACAAATTATCATTGAATGTTTGGCAT-GAGAAATGTGAAGAAAAA-CCTAT
65 TATTTTTAGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTGCCTTGGA-AAACATGAAGAAAAACCCTAT
* * ** * * * * *
67699 TCATCGACTTGAAAAGTCTAATTATAGTGACCCAATCCTTCAG
129 TCATTGGCAAGAAAAGCCCAATTATAGTCACCCAAGCCTTCAA
* * * * * * *
67742 AAGCCTTATAATTCTCTTCAAATAGTTTTATAACCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATAGTTTTA
1 AAGCCTTATTACTCTCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAAT-TTTTTA
* * **
67807 CATTTCTAGTT-AAACAGATTATAATTGAATGTTTGCCTTGGAAAACATG-AGAAAAAAAGCTAT
65 TATTTTTAGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTGCCTTGGAAAACATGAAG-AAAAACCCTAT
* * ** *
67870 TCCTTGGCAAGAAAAGTCCAATTATAGTCACCCATTCCTTCGA
129 TCATTGGCAAGAAAAGCCCAATTATAGTCACCCAAGCCTTCAA
** * * * **
67913 AAGTGTTATTACTCACTTTACATGGTTTTGTAATCTCATAATTTTTTTTAAGTTGAATTTTCTTA
1 AAGCCTTATTACTCTCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTT-TTA
* * * * *
67978 CATTTTTAATTAAAACAAATTATAATTGATTGTCTGCCTTAGG-AAACATGAAGAAAAACCC-AT
65 TATTTTTAGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTGCCTT-GGAAAACATGAAGAAAAACCCTAT
* *
68041 TTATTGGCAAGAAAAGCCCATTTATAGTCACCCAAGCCTTCAA
129 TCATTGGCAAGAAAAGCCCAATTATAGTCACCCAAGCCTTCAA
* *
68084 AAGCCTTATTACT-TGCTTTAAATGGTTTTACAATCTCATAATTGATTTTAAATTGAATTTTTTT
1 AAGCCTTATTACTCT-CTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAA-TTTTTT
* * *
68148 ACATTTTTGGTTAAAACAGATTGTAATTGAATGTTT
64 ATATTTTTAGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTTT
68184 CCTCAAGAAA
Statistics
Matches: 497, Mismatches: 102, Indels: 28
0.79 0.16 0.04
Matches are distributed among these distances:
169 2 0.00
170 41 0.08
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172 52 0.10
173 4 0.01
ACGTcount: A:0.34, C:0.14, G:0.13, T:0.39
Consensus pattern (171 bp):
AAGCCTTATTACTCTCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTAT
ATTTTTAGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTGCCTTGGAAAACATGAAGAAAAACCCTATTC
ATTGGCAAGAAAAGCCCAATTATAGTCACCCAAGCCTTCAA
Found at i:67925 original size:342 final size:340
Alignment explanation
Indices: 67273--68183 Score: 902
Period size: 342 Copynumber: 2.7 Consensus size: 340
67263 TTTTTGTCAT
* * * * * *
67273 CTCATAATTGATTTTAAATTGAATATTT-TTATA-TTTTAGGTTAAAGCATATTATAATTGAATG
1 CTCATAATTGATTGTAAGTTGAAT-TTTCTTACATTTTTA-ATTAAAACAAATTATAATTGAATG
* * * * * * * *
67336 TTTATCTTGAGG-CACATGAAGAAAAACCCATTCATTGGCAAGAAAAGCCTATTTATAGTCACCC
64 TCT-GCATGAGGAAACATGAAGAAAAACCCATTCATCGACAAGAAAAGCCCAATTATAGTCACCC
* *
67400 AAGCC-T----A----T-TTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTA
128 AAGCCTTCAAAAGCCTTATTAATTGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTA
* * * * * *
67455 AATTTTTTATATATTTTTGTAAAAATAGATTATAGTTGAATGTTTTCCTTGGAAAACATGAAGAA
193 AATTTTTTACAT-TTTTAGT-TAAACAGATTATAATTGAATGTTTGCCTTGGAAAACATGAAGAA
* * * * *
67520 AAACCCTTTCATTGGCAAGGAAAGCCCATTTATAGTCACTCAAGCTTTCAAAAGCCTTATTACTC
256 AAAACCTTTCATTGGCAAGAAAAGCCCAATTATAGTCACCCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTC
*
67585 TCTTTAAATGATTTTATAAC
321 ACTTTAAATGATTTTATAAC
* * ** * *
67605 CTCATAATTGATTGTAAGTTGAGTTTTCTTATATTTTTGGTTAAAACAAATTATCATTGAATGTT
1 CTCATAATTGATTGTAAGTTGAATTTTCTTACATTTTTAATTAAAACAAATTATAATTGAATGTC
** * ** * * *
67670 TGGCATGA-GAAATGTGAAGAAAAACCTATTCATCGACTTGAAAAGTCTAATTATAGTGACCCAA
66 T-GCATGAGGAAACATGAAGAAAAACCCATTCATCGACAAGAAAAGCCCAATTATAGTCACCCAA
* * * *
67734 TCCTTCAGAAGCCTTA-TAATT-CTCTTCAAATAGTTTTATAACCTCATAATTGATTTTAAGTTA
130 GCCTTCAAAAGCCTTATTAATTGCT-TT-AAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTA
* *
67797 AATAGTTTTACATTTCTAGTTAAACAGATTATAATTGAATGTTTGCCTTGGAAAACATG-AGAAA
193 AAT-TTTTTACATTTTTAGTTAAACAGATTATAATTGAATGTTTGCCTTGGAAAACATGAAG-AA
* * * ** * **
67861 AAAAGCTATTCCTTGGCAAGAAAAGTCCAATTATAGTCACCCATTCCTTCGAAAGTGTTATTACT
256 AAAACCT-TTCATTGGCAAGAAAAGCCCAATTATAGTCACCCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACT
* * * *
67926 CACTTTACATGGTTTTGTAAT
320 CACTTTAAATGATTTTATAAC
** * *
67947 CTCATAATTTTTTTTAAGTTGAATTTTCTTACATTTTTAATTAAAACAAATTATAATTGATTGTC
1 CTCATAATTGATTGTAAGTTGAATTTTCTTACATTTTTAATTAAAACAAATTATAATTGAATGTC
* * * * * *
68012 TGCCTTAGGAAACATGAAGAAAAACCCATTTATTGGCAAGAAAAGCCCATTTATAGTCACCCAAG
66 TGCATGAGGAAACATGAAGAAAAACCCATTCATCGACAAGAAAAGCCCAATTATAGTCACCCAAG
* * * *
68077 CCTTCAAAAGCCTTATTACTTGCTTTAAATGGTTTTACAATCTCATAATTGATTTTAAATTGAAT
131 CCTTCAAAAGCCTTATTAATTGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTT-AAA
* *
68142 TTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGATTGTAATTGAATGTTT
195 TTTTTTACATTTTTAGTT-AAACAGATTATAATTGAATGTTT
68184 CCTCAAGAAA
Statistics
Matches: 468, Mismatches: 88, Indels: 35
0.79 0.15 0.06
Matches are distributed among these distances:
331 4 0.01
332 99 0.21
333 5 0.01
337 1 0.00
340 4 0.01
341 52 0.11
342 263 0.56
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344 2 0.00
ACGTcount: A:0.35, C:0.14, G:0.13, T:0.39
Consensus pattern (340 bp):
CTCATAATTGATTGTAAGTTGAATTTTCTTACATTTTTAATTAAAACAAATTATAATTGAATGTC
TGCATGAGGAAACATGAAGAAAAACCCATTCATCGACAAGAAAAGCCCAATTATAGTCACCCAAG
CCTTCAAAAGCCTTATTAATTGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAAT
TTTTTACATTTTTAGTTAAACAGATTATAATTGAATGTTTGCCTTGGAAAACATGAAGAAAAAAC
CTTTCATTGGCAAGAAAAGCCCAATTATAGTCACCCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTT
AAATGATTTTATAAC
Found at i:68252 original size:149 final size:149
Alignment explanation
Indices: 68049--68332 Score: 417
Period size: 149 Copynumber: 1.9 Consensus size: 149
68039 ATTTATTGGC
* *
68049 AAGAAAAGCCCATTTATAGTCACCCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTTGCTTTAAATGGTTTTA
1 AAGAAAAGCCCATTTATAGTCACCCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTTGCTTTAAATAGTTCTA
* * * *
68114 CAATCTCATAATTGATTTTAAATTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGATTGTAATTGAA
66 CAATCTCAAAATTGATTTTAAATTGAAATTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAAATTATAATTGAA
68179 TGTTTCCTCAAGAAACCTG
131 TGTTTCCTCAAGAAACCTG
* *
68198 AAGAAAAGCCCATTTATAGTCATCCAAGCCTTCAAAAGCCTTGTTA-TTGTCTTTAAATAGTTCT
1 AAGAAAAGCCCATTTATAGTCACCCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTTG-CTTTAAATAGTTCT
** * * * * *
68262 ATTATCTTAAAATTGATTTTAAGTTTAAATTTTTTACATTTTTTGTTAAAATAAATTATAATTGA
65 ACAATCTCAAAATTGATTTTAAATTGAAATTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAAATTATAATTGA
68327 ATGTTT
130 ATGTTT
68333 AACTCATGAA
Statistics
Matches: 119, Mismatches: 15, Indels: 2
0.88 0.11 0.01
Matches are distributed among these distances:
148 3 0.03
149 116 0.97
ACGTcount: A:0.34, C:0.14, G:0.11, T:0.41
Consensus pattern (149 bp):
AAGAAAAGCCCATTTATAGTCACCCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTTGCTTTAAATAGTTCTA
CAATCTCAAAATTGATTTTAAATTGAAATTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAAATTATAATTGAA
TGTTTCCTCAAGAAACCTG
Found at i:68901 original size:171 final size:170
Alignment explanation
Indices: 68604--69064 Score: 511
Period size: 171 Copynumber: 2.7 Consensus size: 170
68594 NNNNNNNTTC
* * *
68604 AATTTTGTTACATTTTTAGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTACCTT-ATGAAACATAAAGA
1 AATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAA-AGATTATAATTGAATGTTTACCTTGA-GAAACATGAAGA
* * * * *
68668 AAAACCAATTGATTGACAAGAAAAGCCTATTTATAGTCATCC-AAGTCTTCGAAAGCCTTATTAC
64 AAAACC-ATTCATTGGCAAGAAAAGCCTATTTATAGTCA-CCTAAGCCTTCAAAAACCTTATTAC
* ********* * *
68732 TC-GTTNNNNNNNNNNTTATCATCTCATAATTGATTTTAAGTTG-
127 TCACTT-AAAATGGTTTTATAATCTCATAATTCATTTTAAGTTGA
*
68775 AATTTTTTTACATTTTGGGTTAAAGAAGATTATAATTGAATGTTTACCTTGAGAAACATGAAGAA
1 AATTTTTTTACATTTTTGGTTAAA-AAGATTATAATTGAATGTTTACCTTGAGAAACATGAAGAA
* * *
68840 AAACTCATTCATTGGCAAGAAGAGCCCATTTATAGTCACCTAAGCCTGT-AAAAATCTTATTACT
65 AAAC-CATTCATTGGCAAGAAAAGCCTATTTATAGTCACCTAAGCCT-TCAAAAACCTTATTACT
68904 CACTTAAAATGGTTTTATAATCTCATAATTCATTTTAAGTTGA
128 CACTTAAAATGGTTTTATAATCTCATAATTCATTTTAAGTTGA
* * * *
68947 AATTTTTTTACATTTTTGGTGAATATAGATTATAGTTGAATGTTTTCCTTTG-GAAACATGAAGA
1 AATTTTTTTACATTTTTGGTTAA-AAAGATTATAATTGAATGTTTACC-TTGAGAAACATGAAGA
* *
69011 GAAACCCTTCCATTGGCAAGAAAAGCCTATTTATAGTCACCTAAGCCTTCAAAA
64 AAAACCATT-CATTGGCAAGAAAAGCCTATTTATAGTCACCTAAGCCTTCAAAA
69065 GCCTNNNNNN
Statistics
Matches: 246, Mismatches: 33, Indels: 21
0.82 0.11 0.07
Matches are distributed among these distances:
170 2 0.01
171 137 0.56
172 103 0.42
173 4 0.02
ACGTcount: A:0.35, C:0.14, G:0.13, T:0.36
Consensus pattern (170 bp):
AATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAAAGATTATAATTGAATGTTTACCTTGAGAAACATGAAGAAA
AACCATTCATTGGCAAGAAAAGCCTATTTATAGTCACCTAAGCCTTCAAAAACCTTATTACTCAC
TTAAAATGGTTTTATAATCTCATAATTCATTTTAAGTTGA
Found at i:69027 original size:172 final size:171
Alignment explanation
Indices: 68747--69058 Score: 468
Period size: 172 Copynumber: 1.8 Consensus size: 171
68737 NNNNNNNNNN
* * *
68747 TTATCATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTGGGTTAAAGAAGATTATAATT
1 TTATAATCTCATAATTCATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTGGGTGAAAGAAGATTATAATT
*
68812 GAATGTTTACCTTGAGAAACATGAAGAAAAACTCATTCATTGGCAAGAAGAGCCCATTTATAGTC
66 GAATGTTTACCTTGAGAAACATGAAGAAAAACTCATTCATTGGCAAGAAAAGCCCATTTATAGTC
68877 ACCTAAGCCTGTAAAAATCTTATTACTCACTTAAAATGGTT
131 ACCTAAGCCTGTAAAAATCTTATTACTCACTTAAAATGGTT
* * *
68918 TTATAATCTCATAATTCATTTTAAGTTGAAATTTTTTTACATTTTTGGTGAATA-TAGATTATAG
1 TTATAATCTCATAATTCATTTTAAGTTG-AATTTTTTTACATTTTGGGTGAA-AGAAGATTATAA
* * * *
68982 TTGAATGTTTTCCTTTG-GAAACATGAAGAGAAAC-CCTTCCATTGGCAAGAAAAGCCTATTTAT
64 TTGAATGTTTACC-TTGAGAAACATGAAGAAAAACTCATT-CATTGGCAAGAAAAGCCCATTTAT
69045 AGTCACCTAAGCCT
127 AGTCACCTAAGCCT
69059 TCAAAAGCCT
Statistics
Matches: 126, Mismatches: 11, Indels: 7
0.88 0.08 0.05
Matches are distributed among these distances:
171 29 0.23
172 93 0.74
173 4 0.03
ACGTcount: A:0.34, C:0.14, G:0.14, T:0.38
Consensus pattern (171 bp):
TTATAATCTCATAATTCATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTGGGTGAAAGAAGATTATAATT
GAATGTTTACCTTGAGAAACATGAAGAAAAACTCATTCATTGGCAAGAAAAGCCCATTTATAGTC
ACCTAAGCCTGTAAAAATCTTATTACTCACTTAAAATGGTT
Found at i:70721 original size:171 final size:171
Alignment explanation
Indices: 70165--72154 Score: 1883
Period size: 171 Copynumber: 11.6 Consensus size: 171
70155 ATTTTAAACC
* * *
70165 CATTTAAAAAGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCTTGAGTGACTATAAATGGGCTTTTCTTGCTATT
1 CATTTAAAGAGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCTTGAGTGACTATAAATGGGCTTTTCTTGCCAAT
* * * * *
70230 AAATGGGTTTTTCTTTATGTTTC-ATGAGGCAAACATTTAATTATAATCTGCTTTAACTAAAAAT
66 GAATGGGTTTTTCTTCATGTTTCTA-GAGGCAAACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAA-
* * *
70294 A-TAAGAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGGTTACAAAAT
129 AGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAAT
* *
70336 CGTTTAAATAGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCTTGAGTGACTATAAATGGGCTTTTCTTGCCAAT
1 CATTTAAAGAGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCTTGAGTGACTATAAATGGGCTTTTCTTGCCAAT
* * * *
70401 GAATGGG-TTTTCTTCATGTTTCCT-GAGGTAAACATTCAATTATAATATGTTTT-ACCCAAAAT
66 GAATGGGTTTTTCTTCATGTTT-CTAGAGGCAAACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAAA
* * *
70463 GTAAAAGAATTAAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAAC
130 GTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAAT
* * * * *
70505 CATTTAAAAAGTGTAGTAAGGTTTTTGAAGGCTT-AGGTGACTATAAATGGGCTTTTCTTACCAA
1 CATTTAAAGAGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCTTGA-GTGACTATAAATGGGCTTTTCTTGCCAA
* * *
70569 TGAATGGGTTTTTCTTCATATTTCTAAAGGCAAACATTCAATTATAATCTATTTTAACCAAAAAA
65 TGAATGGGTTTTTCTTCATGTTTCTAGAGGCAAACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAAA
* * * * * *
70634 GTAACAAAATTGAACTGAAAATCAATTTTGAGGTTACAAAAT
130 GTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAAT
* * *
70676 GATTTAAAGATAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCTTGAGTGACTATAAATGGGCTTTTCTTGCTAAT
1 CATTTAAAGAGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCTTGAGTGACTATAAATGGGCTTTTCTTGCCAAT
** * * * * *
70741 GAATTAGTTTTTCTTCATGTTTCTTGGGGAAAACATTTAATTATAATCTATTTTAA-CAAAAAA-
66 GAATGGGTTTTTCTTCATGTTTCTAGAGGCAAACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAAAG
* * *
70804 TACAAAAAAATTAAACTTAAAATCAATTTTGAGTTTATAAAAT
131 T--AAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAAT
* * * * * * *
70847 CATTTAAAAAGAGCAATAAGACTTTTAAAGGCTTGGGTGACTATAATTGGGCTTTTCTTGCTAAT
1 CATTTAAAGAGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCTTGAGTGACTATAAATGGGCTTTTCTTGCCAAT
* * * * * * * *
70912 AAATGGGTTTCTCTTCATGTTTCTACAGGTAAACAATCAATTATAATCTCTTTTAACTAAAAATG
66 GAATGGGTTTTTCTTCATGTTTCTAGAGGCAAACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAAAG
* * * * *
70977 CAAAACAATTCAACTTAAAGTCAGTTATGAGATTATAAAAC
131 TAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAAT
* * * * *
71018 CATTTAAAGTA-AGTAACAAGACTTTCGAAGGCTTGGGTGACTATAAATAGGCTTTTCTTGCCAA
1 CATTTAAAG-AGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCTTGAGTGACTATAAATGGGCTTTTCTTGCCAA
* * ** * * * * * *
71082 TGAATAGGTTTTTCCTCACATTTCCCA-A-GCCATCATTTAATTATAATCTGTTTAAATCAAAAA
65 TGAATGGGTTTTTCTTCATGTTT-CTAGAGGCAAACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAA
* *
71145 CA-TAAAAAACATTCAACTTAAAATCATTTATGAGATTATAAAAC
129 -AGTAAAAAA-ATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAAT
* * *
71189 CATTTAAAGAGAGTAATAAGGCTTATGAA-GCTTTGGGTGACTATAAATGGGCTTTTCTTGCTAA
1 CATTTAAAGAGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGC-TTGAGTGACTATAAATGGGCTTTTCTTGCCAA
* * *
71253 TGAATAGGTTTTTCTTTATGTTTC-ATGAGGCAAACATTCAATTATAATCTGTTTTAACTAAAAA
65 TGAATGGGTTTTTCTTCATGTTTCTA-GAGGCAAACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAA
* * *
71317 AGTAAAAAAATTTAACTTAAAATCAAGTTA-GAGGTTTTAAAA-
129 AGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAA-TTATGAGATTATAAAAT
** * * * * * *
71359 CTATTTAAAGAGAGTAATAAGATTTTTAAAGGATTG-GATGATTGTAAAAGGGCTTCTCTTGCCA
1 C-ATTTAAAGAGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCTTGAG-TGACTATAAATGGGCTTTTCTTGCCA
* * * * **
71423 ATGAATGTGTTTTTCTTCATGTTTCCCA-AGGTAAATAGCCAATTATAATCTGTTGTTAACCAAA
64 ATGAATGGGTTTTTCTTCATGTTT-CTAGAGGCAAACATTCAATTATAATCTGTT-TTAACCAAA
* * * *
71487 AATGTAAAAAAAATCAACTTAAAATCAATTATGAGATTACAAAAC
127 AAAGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAAT
* * * ** * ** *
71532 CATTTAAAGTGAGTAGTAAGGCTTTTAAAGGAATGAGTGACTATAATTGAACTTTTTTTGCCAAT
1 CATTTAAAGAGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCTTGAGTGACTATAAATGGGCTTTTCTTGCCAAT
** * * * *
71597 GAATGACTTTTTCTTCATGTTTCCCA-AGGTAAACATTTAATTATAATCTATTTTAA-CATGAAA
66 GAATGGGTTTTTCTTCATGTTT-CTAGAGGCAAACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCA--AAA
* * *
71660 TA-TAAAAAAATTCAACTTAGAAAT-AATTATGAGGTTATAAAAC
128 AAGTAAAAAAATTCAACTTA-AAATCAATTATGAGATTATAAAAT
* * * * * *
71703 CTTTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTTAAGGATT-AGGTGACTATAATTGGACTTTTCTTGCCAA
1 CATTTAAAGAGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCTTGA-GTGACTATAAATGGGCTTTTCTTGCCAA
* * ** * * * * ** *
71767 TGAATAGCTTTTTCTTCGCGTTT-TCGAGACAAACATTCAATTATAACCTGTTTGAAATAAAAAT
65 TGAATGGGTTTTTCTTCATGTTTCTAGAGGCAAACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAAA
* * * *
71831 TTAAGAAAATTTAACTTAAAATCAATTATGAGGTTATAAAAT
130 GTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAAT
* * * * * *
71873 CGTGTAAAGAGAATAATAAGGCTTTTGAAGGCTTGGGTGACTATAAATGGGCTGTTCTTACCAAT
1 CATTTAAAGAGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCTTGAGTGACTATAAATGGGCTTTTCTTGCCAAT
* * * * * * * **
71938 GAATGGGCTTTACTTCTTATTTCTTGAGGCAAACATTCAATTATAATTTATTTTAACCAAAACTG
66 GAATGGGTTTTTCTTCATGTTTCTAGAGGCAAACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAAAG
* * * *
72003 AAAAAAACATTCAACTTAAAATTAATTGTGAGATTACAAAA-
131 TAAAAAA-ATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAAT
* * ** * ** * ** *
72044 CTATTTAAAGGGAATGGTAAGGCTTTTGAAAGAATGGGTGACTAT-AATTAGATTTTCTTGACCA
1 C-ATTTAAAGAGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCTTGAGTGACTATAAATGGGCTTTTCTTG-CCA
* * ** * *
72108 ATGAATGGCTTTTTCCTCACATTTCCTA-AGGCAAACAATCAACTATA
64 ATGAATGGGTTTTTCTTCATGTTT-CTAGAGGCAAACATTCAATTATA
72155 TTAAGCAAGT
Statistics
Matches: 1503, Mismatches: 270, Indels: 91
0.81 0.14 0.05
Matches are distributed among these distances:
168 1 0.00
169 116 0.08
170 248 0.17
171 839 0.56
172 294 0.20
173 5 0.00
ACGTcount: A:0.38, C:0.12, G:0.15, T:0.35
Consensus pattern (171 bp):
CATTTAAAGAGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCTTGAGTGACTATAAATGGGCTTTTCTTGCCAAT
GAATGGGTTTTTCTTCATGTTTCTAGAGGCAAACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAAAG
TAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAAT
Found at i:71249 original size:513 final size:507
Alignment explanation
Indices: 70159--72144 Score: 2199
Period size: 513 Copynumber: 3.9 Consensus size: 507
70149 TTTTACATTT
* *
70159 TAAACCCATTTAAAAAGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCTTGAGTGACTATAAATGGGCTTTTCTT
1 TAAAACCATTTAAAGAGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCTTGAGTGACTATAAATGGGCTTTTCTT
* * * * * * * *
70224 GCTATTAAATGGGTTTTTCTTTATGTTTCATGAGGCAAACATTTAATTATAATCTGCTTTAACTA
66 GCTAATGAAT-AGTTTTTCTTCATGTTTCATGAGGAAAACATTCAATTATAATCTGTTTTAACAA
* * * * *
70289 AAAATATAAGAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGGTTACAAAATCGTTTAAATAGAGTAATA
130 AAAATATAAAAAAATTTAACTTAAAATCAATTATGAGGTTATAAAATCATTTAAAGAGAGTAATA
* * *
70354 AGGCTTTTGAAGGCTTGAGTGACTATAAATGGGCTTTTCTTGCCAATGAATGGGTTTTCTTCATG
195 AGACTTTTAAAGGCTTGGGTGACTATAAATGGGCTTTTCTTGCCAATGAATGGGTTTTCTTCATG
* * * * *
70419 TTTCCTGAGGTAAACATTCAATTATAATATGTTTT-ACCCAAAATGTAAAAGAATTAAACTTAAA
260 TTT-CTCAGGTAAACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAA
* * ** *
70483 ATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAA--AAGTGTAGTAAGGTTTTTGAAGGCTTAGGTGAC
324 ATCAATTATGAGATTACAAAACCATTTAAAGTAA--GTAGTAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGAC
* * * * ** *
70546 TATAAATGGGCTTTTCTTACCAATGAATGGGTTTTTCTTCATATTTCTAAAGGCAAACATTCAAT
387 TATAAATAGGCTTTTCTTGCCAATGAAT-GGTTTTTCCTCACATTTCCCAAGGCAAACATTTAAT
* * *
70611 TATAATCTATTTTAACCAAAAAAGTAACAAAATTGAACTGAAAATCAATTT-TGAGGTTA
451 TATAATCTATTTTAA-CAAAAAA-TAAAAAAATTCAACTTAAAATC-ATTTATGAGGTTA
* ** *
70670 CAAAATGATTTAAAGATAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCTTGAGTGACTATAAATGGGCTTTTCTT
1 TAAAACCATTTAAAGAGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCTTGAGTGACTATAAATGGGCTTTTCTT
* * * *
70735 GCTAATGAATTAGTTTTTCTTCATGTTTCTTGGGGAAAACATTTAATTATAATCTATTTTAACAA
66 GCTAATGAA-TAGTTTTTCTTCATGTTTCATGAGGAAAACATTCAATTATAATCTGTTTTAACAA
* * * * * *
70800 AAAATACAAAAAAATTAAACTTAAAATCAATTTTGAGTTTATAAAATCATTTAAAAAGAGCAATA
130 AAAATATAAAAAAATTTAACTTAAAATCAATTATGAGGTTATAAAATCATTTAAAGAGAGTAATA
* * *
70865 AGACTTTTAAAGGCTTGGGTGACTATAATTGGGCTTTTCTTGCTAATAAATGGGTTTCTCTTCAT
195 AGACTTTTAAAGGCTTGGGTGACTATAAATGGGCTTTTCTTGCCAATGAATGGGTTT-TCTTCAT
* * * * *
70930 GTTTCTACAGGTAAACAATCAATTATAATCTCTTTTAACTAAAAATGCAAAACAATTCAACTTAA
259 GTTTCT-CAGGTAAACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAA
* * * ** * * **
70995 AGTCAGTTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTAAGTAACAAGACTTTCGAAGGCTTGGGTGACT
323 AATCAATTATGAGATTACAAAACCATTTAAAGTAAGTAGTAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACT
* *
71060 ATAAATAGGCTTTTCTTGCCAATGAATAGGTTTTTCCTCACATTTCCCAA-GCCATCATTTAATT
388 ATAAATAGGCTTTTCTTGCCAATGAAT-GGTTTTTCCTCACATTTCCCAAGGCAAACATTTAATT
* * *
71124 ATAATCTGTTTAAATCAAAAACATAAAAAACATTCAACTTAAAATCATTTATGAGATTA
452 ATAATCTATTTTAA-CAAAAA-ATAAAAAA-ATTCAACTTAAAATCATTTATGAGGTTA
* *
71183 TAAAACCATTTAAAGAGAGTAATAAGGCTTATGAA-GCTTTGGGTGACTATAAATGGGCTTTTCT
1 TAAAACCATTTAAAGAGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGC-TTGAGTGACTATAAATGGGCTTTTCT
* *
71247 TGCTAATGAATAGGTTTTTCTTTATGTTTCATGAGGCAAACATTCAATTATAATCTGTTTTAACT
65 TGCTAATGAATA-GTTTTTCTTCATGTTTCATGAGGAAAACATTCAATTATAATCTGTTTTAAC-
* *
71312 AAAAAA-GTAAAAAAATTTAACTTAAAATCAAGTTA-GAGGTTTTAAAA-CTATTTAAAGAGAGT
128 AAAAAATATAAAAAAATTTAACTTAAAATCAA-TTATGAGGTTATAAAATC-ATTTAAAGAGAGT
* * * * * * * *
71374 AATAAGATTTTTAAAGGATTGGATGATTGTAAAAGGGCTTCTCTTGCCAATGAATGTGTTTTTCT
191 AATAAGACTTTTAAAGGCTTGGGTGACTATAAATGGGCTTTTCTTGCCAATGAATG-GGTTTTCT
* * ** *
71439 TCATGTTTCCCAAGGTAAATAGCCAATTATAATCTGTTGTTAACCAAAAATGTAAAAAAAATCAA
255 TCATGTTTCTC-AGGTAAACATTCAATTATAATCTGTT-TTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAA
* * *
71504 CTTAAAATCAATTATGAGATTACAAAACCATTTAAAGTGAGTAGTAAGGCTTTTAAAGGAATGAG
318 CTTAAAATCAATTATGAGATTACAAAACCATTTAAAGTAAGTAGTAAGGCTTTTGAAGGAATGGG
* * * * * ** *
71569 TGACTAT-AATTGAACTTTTTTTGCCAATGAATGACTTTTTCTTCATGTTTCCCAAGGTAAACAT
383 TGACTATAAATAG-GCTTTTCTTGCCAATGAATG-GTTTTTCCTCACATTTCCCAAGGCAAACAT
* *
71633 TTAATTATAATCTATTTTAACATGAAATATAAAAAAATTCAACTTAGAAAT-AATTATGAGGTTA
446 TTAATTATAATCTATTTTAACA--AAAAATAAAAAAATTCAACTTA-AAATCATTTATGAGGTTA
* * * * * *
71697 TAAAACCTTTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTTAAGGATT-AGGTGACTATAATTGGACTTTTCT
1 TAAAACCATTTAAAGAGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCTTGA-GTGACTATAAATGGGCTTTTCT
* ** * *
71761 TGCCAATGAATAGCTTTTTCTTCGCGTTT--TCGA-GACAAACATTCAATTATAACCTGTTTGAA
65 TGCTAATGAATAG-TTTTTCTTCATGTTTCAT-GAGGA-AAACATTCAATTATAATCTGTTTTAA
* * * * *
71823 -ATAAAAATTTAAGAAAATTTAACTTAAAATCAATTATGAGGTTATAAAATCGTGTAAAGAGAAT
127 CA-AAAAATATAAAAAAATTTAACTTAAAATCAATTATGAGGTTATAAAATCATTTAAAGAGAGT
* * * * *
71887 AATAAGGCTTTTGAAGGCTTGGGTGACTATAAATGGGCTGTTCTTACCAATGAATGGGCTTTACT
191 AATAAGACTTTTAAAGGCTTGGGTGACTATAAATGGGCTTTTCTTGCCAATGAATGGG-TTTTCT
* * * * * * * *
71952 TCTTATTTCTTGAGGCAAACATTCAATTATAATTTATTTTAACCAAAACTGAAAAAAACATTCAA
255 TCATGTTTC-TCAGGTAAACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAA-ATTCAA
* * * * * *
72017 CTTAAAATTAATTGTGAGATTACAAAACTATTTAAAGGGAA-TGGTAAGGCTTTTGAAAGAATGG
318 CTTAAAATCAATTATGAGATTACAAAACCATTTAAA-GTAAGTAGTAAGGCTTTTGAAGGAATGG
* * *
72081 GTGACTATAATTA-GATTTTCTTGACCAATGAATGGCTTTTTCCTCACATTTCCTAAGGCAAACA
382 GTGACTATAAATAGGCTTTTCTTG-CCAATGAATGG-TTTTTCCTCACATTTCCCAAGGCAAACA
72145 ATCAACTATA
Statistics
Matches: 1237, Mismatches: 199, Indels: 76
0.82 0.13 0.05
Matches are distributed among these distances:
511 222 0.18
512 118 0.10
513 624 0.50
514 232 0.19
515 38 0.03
516 3 0.00
ACGTcount: A:0.38, C:0.12, G:0.15, T:0.35
Consensus pattern (507 bp):
TAAAACCATTTAAAGAGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCTTGAGTGACTATAAATGGGCTTTTCTT
GCTAATGAATAGTTTTTCTTCATGTTTCATGAGGAAAACATTCAATTATAATCTGTTTTAACAAA
AAATATAAAAAAATTTAACTTAAAATCAATTATGAGGTTATAAAATCATTTAAAGAGAGTAATAA
GACTTTTAAAGGCTTGGGTGACTATAAATGGGCTTTTCTTGCCAATGAATGGGTTTTCTTCATGT
TTCTCAGGTAAACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAAT
CAATTATGAGATTACAAAACCATTTAAAGTAAGTAGTAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATA
AATAGGCTTTTCTTGCCAATGAATGGTTTTTCCTCACATTTCCCAAGGCAAACATTTAATTATAA
TCTATTTTAACAAAAAATAAAAAAATTCAACTTAAAATCATTTATGAGGTTA
Found at i:72492 original size:171 final size:172
Alignment explanation
Indices: 72168--72838 Score: 594
Period size: 171 Copynumber: 3.9 Consensus size: 172
72158 AGCAAGTAAT
* ** * *
72168 AAGGCTTTCGAAGGCTT-GAGTGACTATAAAT-GAGCTTTT-TGTACCAATGGATGA-TTTTTGC
1 AAGGTTTTCGAAGGCTTAGA-TGACTATAAATGGA-CTTTTCT-TATTAATGAATGACTTTTT-T
* * * * * * *
72229 TTCACGTTTTCTAAGATAGACATTCAATTATAATATATTTTAATCAAATATGTTAAAACATTCAA
62 TTCATGTTTCCTAAGACAAACATTCAATTATAATCTATTTTAATCAAAAATG-TAAAAAATTCAA
* *
72294 CTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCAACTTAAAGTGAGCAAT-
126 CTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCAATTTAAAGTGAGAAATA
* * * *
72340 AAGGTTTTCAAAAGCTTAGATGACTGTAAATGGACTTTTCTTGTTAATGAATGACTTTTTTTTCA
1 AAGGTTTTCGAAGGCTTAGATGACTATAAATGGACTTTTCTTATTAATGAATGACTTTTTTTTCA
* * *
72405 TGTCTCCTAAGACAAACATTCAATTATAATCTGTTTTAA-CTAAAAATGTAAAAAACTCAACTTA
66 TGTTTCCTAAGACAAACATTCAATTATAATCTATTTTAATC-AAAAATGTAAAAAATTCAACTTA
* ** *
72469 AAATCAATTATGAGATCATAAAACC-ATTTAAAGCAAGTAATA
130 AAATCAATTATGAGATTATAAAACCAATTTAAAGTGAGAAATA
* * * * * * * *
72511 AAGCTTTT-GAAGGCTTGGATGACTACAAATGGGCTTTTTTTTATCAATAAATGATTTTTTTTCT
1 AAGGTTTTCGAAGGCTTAGATGACTATAAATGGAC-TTTTCTTATTAATGAATGA-CTTTTTT-T
* * * * * * *
72575 TCACGTTTCCCAAGGCAAACACTCAATTCTAATCTATTTTAATGACAAATGTAAAACAATTCAAC
63 TCATGTTTCCTAAGACAAACATTCAATTATAATCTATTTTAATCAAAAATGTAAAA-AATTCAAC
* *
72640 TTAAAATCAATTATGAGATTTTAAAA-TAATTTAAAGTGAGAAATA
127 TTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCAATTTAAAGTGAGAAATA
* * ** * * *
72685 AAAG-TTTCGAAGGCTTA-AGTGACAATAAAT-GAGCTTTTCTTACCAATGAACGAGTTTTTCTT
1 AAGGTTTTCGAAGGCTTAGA-TGACTATAAATGGA-CTTTTCTTATTAATGAATGACTTTTTTTT
** * ** * * * * * *
72747 CATGTTTTATGAGGTAAATATTTAATTATAATCTAATTTAA-CAAAAATATAAAAAAATTTAAGT
64 CATGTTTCCTAAGACAAACATTCAATTATAATCTATTTTAATCAAAAATGT-AAAAAATTCAACT
72811 TAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCA
128 TAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCA
72839 TNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 400, Mismatches: 82, Indels: 35
0.77 0.16 0.07
Matches are distributed among these distances:
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AAGGTTTTCGAAGGCTTAGATGACTATAAATGGACTTTTCTTATTAATGAATGACTTTTTTTTCA
TGTTTCCTAAGACAAACATTCAATTATAATCTATTTTAATCAAAAATGTAAAAAATTCAACTTAA
AATCAATTATGAGATTATAAAACCAATTTAAAGTGAGAAATA
Found at i:72699 original size:174 final size:169
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72155 TTAAGCAAGT
* * * * *
72165 AATAAGGCTTTCGAAGGCTTGAGTGACTATAAATGAGC-TTTTTGTACCAATGGATGATTTTTGC
1 AATAAAGCTTTCGAAGGCTTGA-TGACTATAAATGGGCTTTTTTGTATCAATGAATGATTTTTTC
* * * *
72229 TTCACGTTTTCTAAGATAGACATTCAATTATAATATATTTTAATCAAATATGTTAAAAC-ATTCA
65 TTCACGTTTCCTAAGACAAACATTCAATTATAATCTATTTTAAT-AAA-ATG-TAAAACAATTCA
* *
72293 ACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCAACTTAAAGTGAGC
127 ACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAA-CAATTTAAAGTGAGA
* * * * * *
72337 AATAAGGTTTTCAAAAGCTTAGATGACTGTAAATGGACTTTTCTTGT-T-AATGAATGACTTTTT
1 AATAAAGCTTTCGAAGGCTT-GATGACTATAAATGGGCTTTT-TTGTATCAATGAATGA-TTTTT
* * * *
72400 T-TTCATGTCTCCTAAGACAAACATTCAATTATAATCTGTTTTAACTAAAAATGTAAAA-AACTC
63 TCTTCACGTTTCCTAAGACAAACATTCAATTATAATCTATTTTAA-T-AAAATGTAAAACAATTC
* * ** *
72463 AACTTAAAATCAATTATGAGATCATAAAACCATTTAAAGCAAGT
126 AACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACAATTTAAAGTGAGA
* * * *
72507 AATAAAGCTTTTGAAGGCTTGGATGACTACAAATGGGCTTTTTTTTATCAATAAATGATTTTTTT
1 AATAAAGCTTTCGAAGGCTT-GATGACTATAAATGGGCTTTTTTGTATCAATGAATGA--TTTTT
* * * *
72572 TCTTCACGTTTCCCAAGGCAAACACTCAATTCTAATCTATTTTAATGACAAATGTAAAACAATTC
63 TCTTCACGTTTCCTAAGACAAACATTCAATTATAATCTATTTTAAT-A-AAATGTAAAACAATTC
* *
72637 AACTTAAAATCAATTATGAGATTTTAAAATAATTTAAAGTGAGA
126 AACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACAATTTAAAGTGAGA
* * * * * * *
72681 AATAAAAG-TTTCGAAGGCTTAAGTGACAATAAATGAGCTTTTCT-TACCAATGAACGAGTTTTT
1 AAT-AAAGCTTTCGAAGGCTTGA-TGACTATAAATGGGCTTTTTTGTATCAATGAATGATTTTTT
* ** * ** * * * * * * *
72744 CTTCATGTTTTATGAGGTAAATATTTAATTATAATCTAATTTAACAAAAATATAAAAAAATTTAA
64 CTTCACGTTTCCTAAGACAAACATTCAATTATAATCTATTTTAA-TAAAATGTAAAACAATTCAA
*
72809 GTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAAC
128 CTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAAC
72837 CATNNNNNNN
Statistics
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171 83 0.20
172 84 0.21
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AATAAAGCTTTCGAAGGCTTGATGACTATAAATGGGCTTTTTTGTATCAATGAATGATTTTTTCT
TCACGTTTCCTAAGACAAACATTCAATTATAATCTATTTTAATAAAATGTAAAACAATTCAACTT
AAAATCAATTATGAGATTATAAAACAATTTAAAGTGAGA
Found at i:72731 original size:21 final size:21
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72697 GCTTAAGTGA
*
72707 CAATAAATGAGCTTTTCTTAC
1 CAATAAACGAGCTTTTCTTAC
* *
72728 CAATGAACGAGTTTTTCTT
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72747 CATGTTTTAT
Statistics
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CAATAAACGAGCTTTTCTTAC
Found at i:72816 original size:344 final size:342
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72147 CAACTATATT
* * **
72157 AAGCAAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCTTGAGTGACTATAAATGAGCTTTTTGTACCAATGGATGA
1 AAGCAAGTAATAAAGCTTTCGAAGGCTTGAGTGACTACAAATGAGCTTTTTGTACCAATAAATGA
* * * * *
72222 TTTTTGCTTCACGTTTTCTAAGATAGACATTCAATTATAATATATTTTAATCAAATATGTTAAAA
66 TTTTTGCTTCACGTTTCCCAAGACAAACACTCAATTATAATATATTTTAATCAAATATGTTAAAA
* *
72287 CATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCAACTTAAAGTGAGCAATAAGGTTTTCAAA
131 CATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCAACTTAAAGTGAGAAATAAAGTTTTCAAA
** *** * * *
72352 AGCTTAGATGACTGTAAATGGACTTTTCTTGTTAATGAATGACTTTTTTTTCATGTCTCCTAAGA
196 AGCTTAGATGACAATAAATGGACTTTTCTTACCAATGAACGACTTTTTCTTCATGTCTCATAAGA
** *
72417 CAAACATTCAATTATAATCTGTTTTAACTAAAAATGTAAAAAACTCAACTTAAAATCAATTATGA
261 CAAACATTCAATTATAATCTAATTTAACTAAAAATATAAAAAACTCAACTTAAAATCAATTATGA
72482 GATCATAAAACCATTTA
326 GATCATAAAACCATTTA
* * * *
72499 AAGCAAGTAATAAAGCTTTTGAAGGCTTG-GATGACTACAAATGGGCTTTTTTTTATCAATAAAT
1 AAGCAAGTAATAAAGCTTTCGAAGGCTTGAG-TGACTACAAATGAGC-TTTTTGTACCAATAAAT
* * * * *
72563 GATTTTTTTTCTTCACGTTTCCCAAGGCAAACACTCAATTCTAATCTATTTTAATGACAA-ATG-
64 GA--TTTTTGCTTCACGTTTCCCAAGACAAACACTCAATTATAATATATTTTAATCA-AATATGT
* * *
72626 TAAAACAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTTTAAAA-TAATTTAAAGTGAGAAATAAAAG-
126 TAAAAC-ATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCAACTTAAAGTGAGAAAT-AAAGT
* * *
72689 TTTCGAAGGCTTA-AGTGACAATAAAT-GAGCTTTTCTTACCAATGAACGAGTTTTTCTTCATGT
189 TTTCAAAAGCTTAGA-TGACAATAAATGGA-CTTTTCTTACCAATGAACGACTTTTTCTTCATGT
* * * ** * * * * *
72752 TTTATGAGGTAAATATTTAATTATAATCTAATTTAAC-AAAAATATAAAAAAATTTAAGTTAAAA
252 CTCATAAGACAAACATTCAATTATAATCTAATTTAACTAAAAATAT-AAAAAACTCAACTTAAAA
*
72816 TCAATTATGAGATTATAAAACCAT
316 TCAATTATGAGATCATAAAACCAT
72840 NNNNNNNNNN
Statistics
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ACGTcount: A:0.40, C:0.12, G:0.12, T:0.36
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AAGCAAGTAATAAAGCTTTCGAAGGCTTGAGTGACTACAAATGAGCTTTTTGTACCAATAAATGA
TTTTTGCTTCACGTTTCCCAAGACAAACACTCAATTATAATATATTTTAATCAAATATGTTAAAA
CATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCAACTTAAAGTGAGAAATAAAGTTTTCAAA
AGCTTAGATGACAATAAATGGACTTTTCTTACCAATGAACGACTTTTTCTTCATGTCTCATAAGA
CAAACATTCAATTATAATCTAATTTAACTAAAAATATAAAAAACTCAACTTAAAATCAATTATGA
GATCATAAAACCATTTA
Found at i:73092 original size:16 final size:16
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73061 TTATGAGATT
73071 ATAAAGCCATTTAAAA
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1 ATAAAGCCATTTAAA
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Statistics
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ATAAAGCCATTTAAAA
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73148 GTCTTGTAAT
* * * * * * *
73158 TGAATGGCTTTTTCTTCATG-TTTCTTAGGGCAGACAGTCAATTATAA-ATTGTTTTAATAAAAA
1 TGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTTC-CAAGGTAAACATTCAATTATAATA-TATTTTAA-CAAAA
* * * *
73221 ATATAAAAATATTCAACCTAAAATCAATTATGAGAATATAAAACCATATT-AAGCGAGTAATAAG
63 ATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCAT-TTAAAGCGAGTAATAAG
* *** *
73285 GCTTTCGAAAGCTTGAGTGACTATAAGTGAAATTTTTATACCAA
127 GCTTTCGAAAGCTTGAGTGACTATAAATGGGCTTTTT-TGCCAA
* * * * * *
73329 TGGATGACTTTTGCTTCACGTTTTCCAAGGTAAACATTCAATTATAGTATATTTTAATCAGAAAT
1 TGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTTCCAAGGTAAACATTCAATTATAATATATTTTAA-CAAAAAT
* * *
73394 GTAAAAACATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCAATTTAAAGTGAGTAATAAGGT
65 GTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACC-ATTTAAAGCGAGTAATAAGGC
* * * *
73459 TTTTGAAAGCTT-AGGTGACTGTAAATGGACTTTTCTTGTCAA
129 TTTCGAAAGCTTGA-GTGACTATAAATGGGCTTTT-TTGCCAA
* ** * * * * *
73501 TGAATGACTTTTTCTTCACATTTTTCAAGATAAACAATCAATTATAATCTGTTTTAACTAAAAAT
1 TGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTTCCAAGGTAAACATTCAATTATAATATATTTTAAC-AAAAAT
* * * * *
73566 GTAAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAAATAATAAAACCATTTAAAGCAAGTAATAAAGT
65 GT-AAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGC
* * ** **
73631 TTTCGAAGGCTTG-GCTGACTATTAATGATCTTTTTTTATCAA
129 TTTCGAAAGCTTGAG-TGACTATAAATGGGC-TTTTTTGCCAA
* * * * * ** *
73673 TAAATGGTTTTTTCTTCATGTTTTTCAAGGTAAACACTCAATTATAATCTGCTTTAATCACAAAT
1 TGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTTCCAAGGTAAACATTCAATTATAATATATTTTAA-CAAAAAT
* * * * *
73738 GTAAAAAACTTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTTTAAAACTATTTAAAGTGAGTAATAAGGGT
65 GTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCT
* * * * *
73803 TTCGAAGGCTTGGGTGACAATAAATGGGCTTCTCTTACCAA
130 TTCGAAAGCTTGAGTGACTATAAATGGGCTT-TTTTGCCAA
* * *** * * * * * *
73844 TGAACGGGTTTTTCTTCATG-TTTCGTGGGGTAAATATTTAAATATAAT-TTTTTTCACTACAAA
1 TGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTTC-CAAGGTAAACATTCAATTATAATATATTTTAAC-AAAAA
* * *** *
73907 TGTAAAAAAATTAAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCGTTTAATTAGAGTGATAAGGC
64 TGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGC
* * **
73972 TTTC-AAAGGCTT-AGACGACTATAAATGGGTTTTTCTTGTTAA
129 TTTCGAAA-GCTTGAG-TGACTATAAATGGGCTTTT-TTGCCAA
* * * * * * *
74014 TGAATGGGTTTTTCTTAAT-ATTTCCTAAGGAAAACATTTAATTACAATCTATTTTAAGCAAAAA
1 TGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTTCC-AAGGTAAACATTCAATTATAATATATTTTAA-CAAAAA
* * * * * *
74078 TGTAAGAAAATTCAACTTAAAATCAGTTATGAGGTTATAAAATCGTTTAAAGAGAGTAATAAGGC
64 TGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGC
* * * *
74143 TTGT-GAAGGCTTGGGTGAGTATAAATGGGCTTTTCTTACCAA
129 TT-TCGAAAGCTTGAGTGACTATAAATGGGCTTTT-TTGCCAA
* * * *
74185 TGAATGGGTTTTTCTTCATG-TTTCTCAAGGCAAACATTCAATTATAATCTGTTTTAACTAAAAA
1 TGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTTC-CAAGGTAAACATTCAATTATAATATATTTTAAC-AAAAA
* * * *
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* * * *
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* * * ** * * *
74356 GGAATGGCTTTGTATTCA-CATTTCCTAAGGCAAACATTTAATTATAATATCTTTTAACTAAAAA
1 TGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTTCC-AAGGTAAACATTCAATTATAATATATTTTAAC-AAAAA
* * *
74420 TGTAAAACAATTCAACCT-AAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGCGAGTAATAAGGC
64 TGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGC
* * * * * *** * *
74484 TTTTG-AAGACATGGGTGACAATAAGTATACTTTTCTTGTCAT
129 TTTCGAAAG-CTTGAGTGACTATAAATGGGCTTTT-TTGCCAA
* * * * *
74526 TGAATGGCTTTTTCTTCATG-TTTCTCACGGCAGACAATCAATTATAA-ATTGTTTTAACCAAAA
1 TGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTTC-CAAGGTAAACATTCAATTATAATA-TATTTTAA-CAAAA
* * * * * *
74589 ATATAAAAATATTGAACCTAAAATCAATTATGAGATTATAAAATCATATT-AAGTGAGTAATAAG
63 ATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCAT-TTAAAGCGAGTAATAAG
* * * ** *
74653 GCTTTCGAAGGGTTGAATGACTATAAATGAACATTTTATGCCAA
127 GCTTTCGAAAGCTTGAGTGACTATAAATGGGC-TTTTTTGCCAA
* * * *
74697 TGGAT-GATTTTTGCTTCATG-TTTCTCAAGGTAGACATTCAATTATAATATATTTTAATAAGAA
1 TGAATGGCTTTTT-CTTCATGTTTTC-CAAGGTAAACATTCAATTATAATATATTTTAACAA-AA
* * * **
74760 ATGTTAAAATATTTAA-TTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCAATTTAAA-CTGAACAATAA
63 ATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACC-ATTTAAAGC-GAGTAATAA
* ** * * * * **
74823 GGTTTTTAAAAACTTTGA-TGACTCTAAATGGACTTTTCTAGTTAA
126 GGCTTTCGAAAGC-TTGAGTGACTATAAATGGGCTTTT-TTGCCAA
* * * * * * *
74868 TGAATGACTTCTTCTTCATGTTTCCCAAGATAAACATTTAATTATAATCTATTTTAACTAAATAT
1 TGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTTCCAAGGTAAACATTCAATTATAATATATTTTAAC-AAAAAT
* * * *
74933 GTAAAAAAATTTAACTTAAAATCAATTATGAGATCATAAAACCATTTAAAGCAAGTAATAAAGCT
65 GTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCT
* * * *
74998 TTCGAACGCTTTG-GTGGCTATTACTGGGCTTTTTTTGCCAA
130 TTCGAAAGC-TTGAGTGACTATAAATGGGC-TTTTTTGCCAA
* * * * * *
75039 TAAATAGCTTTTTCTTCATGTTTTCCAAGGCAAACACTCAATTATAATATGTTTTAATCACAAAT
1 TGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTTCCAAGGTAAACATTCAATTATAATATATTTTAA-CAAAAAT
* * * *
75104 GT-AAAAAATTCAACCTAAAATCAATTATGAGATTTTAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGGT
65 GTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCT
* * * * * *
75168 TTTGAAGGCTTGGGTGACAATAAATGGGCTTTTCTTACTAA
130 TTCGAAAGCTTGAGTGACTATAAATGGGCTTTT-TTGCCAA
* * * * * * *
75209 TGAACGGGTTTTT-TTCATG-TTT-CATGAGGCAAATATTTAATTATAATTTATTTTAACCACAA
1 TGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTTCCA--AGGTAAACATTCAATTATAATATATTTTAA-CAAAA
* * * * *
75271 ATGTAAAAAAATTAAACTTAAAATTAATTATGAGATTATAAAACCCTTTAATGAGAGTAATAAGG
63 ATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGG
* *
75336 CTTTC-AAAGGCTTG-GATGATTATAAATGGGCTTTTCTTGCTAA
128 CTTTCGAAA-GCTTGAG-TGACTATAAATGGGCTTTT-TTGCCAA
* * * * * ** * * * *
75379 TGAACGGGTTTTTCTTTAT-ATTTCCTGAGAAAAACATTCAATTACAATCTGTTTTAGGCAAAAA
1 TGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTTCC-AAGGTAAACATTCAATTATAATATATTTTA-ACAAAAA
* * * * * ** *
75443 TATAAGAAAATTCAACTTAAAATCAGTTATGAGGTTATAAAATCGCTTAAAGAGAGTAATAAGGC
64 TGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGC
* *
75508 TTTTGAAGGCTT-AGGTGACTATAAATGGGCTTTTTTTTGCCAA
129 TTTCGAAAGCTTGA-GTGACTATAAATGGGC--TTTTTTGCCAA
* * ** *
75551 TGAATGGGTTTTCCTTCATG-TTTCTCAAGACAAACATTCAATTATAATCTATTTTAACTAAAAA
1 TGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTTC-CAAGGTAAACATTCAATTATAATATATTTTAAC-AAAAA
* * * * * *
75615 TATAAAACAATTCAACTCAAAATGAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGTGAGTAATAAGGC
64 TGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGC
75680 TTTCGAA
129 TTTCGAA
75687 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 1919, Mismatches: 360, Indels: 157
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Matches are distributed among these distances:
167 2 0.00
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TGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTTCCAAGGTAAACATTCAATTATAATATATTTTAACAAAAATG
TAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTT
TCGAAAGCTTGAGTGACTATAAATGGGCTTTTTTGCCAA
Found at i:74228 original size:512 final size:509
Alignment explanation
Indices: 72944--75686 Score: 2425
Period size: 512 Copynumber: 5.3 Consensus size: 509
72934 NNNNNNTGGA
* * * * * * * * * *
72944 TGACTATAAATGTGCTTTTCGTGCCAAGGAATGGTTTTTTCTTCACGTTTCTTGAGGTAAACATT
1 TGACTATAAATGGGTTTTTCTTGTCAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTC-TAAGGAAAACAAT
* * *
73009 TAATTATAATATGTTTTAACCAAAAATGTAAAACAATTCAACCTAAAATCAATTATGAGATTATA
65 CAATTATAATCTGTTTTAA-CAAAAATGTAAAA-AATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATA
* * *
73074 AAGCCATTTAAAAATAAAGCCATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTT-GAAGACATGGGTGAC-AG
128 AAACCA-TT-----TAAAG-----T---G--AGTAATAAGGCTTTTCGAAGGCTTGGGTGACTA-
* * ** * * * * *
73137 TAAATCTA-CTTGTCTT-GTAATTGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTCTTAGGGCAGACAGTCAAT
176 TAAAT-GAGCTTTTCTTACCAA-TGAATGGGTTTTTCTTCATGTTTCTCAAGGCAAACATTCAAT
* * * *
73200 TATAAAT-TGTTTTAATAAAAAATATAAAAATATTCAACCTAAAATCAATTATGAGAATATAAAA
239 TAT-AATCTGTTTTAATCAAAAATGTAAAAA-ATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAA
* * * * ***
73264 CCATATT-AAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAAGCTTGAGTGACTATAAGTGAAATTTT-TATACC
302 CCAT-TTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCTTGGGTGACTATAAATGGGCTTTTCT-TACC
* * * * * * * *
73327 AATGGATGACTTTTGCTTCACGTTTTCC-AAGGTAAACATTCAATTATAGTATATTTTAATCAGA
365 AATGAATGGCTTTTTCTTCATG-TTTCCTAAGGTAAACATTTAATTATAATATATTTTACT-AAA
* *
73391 AATGTAAAAACATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCAATTTAAAGTGAGTAATAA
428 AATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACC-ATTTAAAGAGAGTAATAA
* * *
73456 GGTTTTTGAAAGCTTAGG
492 GGCTTTCGAAGGCTTAGG
* ** * *
73474 TGACTGTAAATGGACTTTTCTTGTCAATGAATGACTTTTTCTTCACATTTTTC-AA-GATAAACA
1 TGACTATAAATGGGTTTTTCTTGTCAATGAATGGCTTTTTCTT--CATGTTTCTAAGGA-AAACA
* *
73537 ATCAATTATAATCTGTTTTAACTAAAAATGTAAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAAATA
63 ATCAATTATAATCTGTTTTAAC-AAAAATGT--AAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATT
** * * * * *
73602 ATAAAACCATTTAAAGCAAGTAATAAAG-TTTTCGAAGGCTTGGCTGACTATTAATGATCTTTTT
125 ATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTCGAAGGCTTGGGTGACTATAAATGAGCTTTTC
* * * * * * *
73666 TTATCAATAAATGGTTTTTTCTTCATGTTTTTCAAGGTAAACACTCAATTATAATCTGCTTTAAT
190 TTACCAATGAATGGGTTTTTCTTCATGTTTCTCAAGGCAAACATTCAATTATAATCTGTTTTAAT
* * *
73731 CACAAATGTAAAAAACTTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTTTAAAACTATTTAAAGTGAGTAA
255 CAAAAATGTAAAAAA-TTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAA
* * * * *
73796 TAAGGGTTTCGAAGGCTTGGGTGACAATAAATGGGCTTCTCTTACCAATGAACGGGTTTTTCTTC
319 TAAGGCTTTCGAAGGCTTGGGTGACTATAAATGGGCTTTTCTTACCAATGAATGGCTTTTTCTTC
* ** * * * * *
73861 ATGTTTCGTGGGGTAAATATTTAAATATAAT-TTTTTTCACTACAAATGTAAAAAAATTAAACTT
384 ATGTTTCCTAAGGTAAACATTTAATTATAATATATTTT-ACTAAAAATGTAAAAAAATTCAACTT
* ** * * *
73925 AAAATCAATTATGAGATTATAAAACCGTTTAATTAGAGTGATAAGGCTTTCAAAGGCTTAGA
448 AAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGAGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCTTAGG
* * * * * *
73987 CGACTATAAATGGGTTTTTCTTGTTAATGAATGGGTTTTTCTTAATATTTCCTAAGGAAAACATT
1 TGACTATAAATGGGTTTTTCTTGTCAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTT-CTAAGGAAAACAAT
* * * * *
74052 TAATTACAATCTATTTTAAGCAAAAATGTAAGAAAATTCAACTTAAAATCAGTTATGAGGTTATA
65 CAATTATAATCTGTTTTAA-CAAAAATGTAA-AAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATA
* * * * * *
74117 AAATCGTTTAAAGAGAGTAATAAGGCTTGT-GAAGGCTTGGGTGAGTATAAATGGGCTTTTCTTA
128 AAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTCGAAGGCTTGGGTGACTATAAATGAGCTTTTCTTA
74181 CCAATGAATGGGTTTTTCTTCATGTTTCTCAAGGCAAACATTCAATTATAATCTGTTTTAA-CTA
193 CCAATGAATGGGTTTTTCTTCATGTTTCTCAAGGCAAACATTCAATTATAATCTGTTTTAATC-A
* *
74245 AAAATATAAAACAATTCAACTCAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATA
257 AAAATGTAAAA-AATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATA
* * * ** * * * *
74310 AGGCTTTTGAAGGCTTAGGTGACTATAAATGGGCTTTTCATGTCAAGGAATGGCTTTGTATTCAC
321 AGGCTTTCGAAGGCTTGGGTGACTATAAATGGGCTTTTCTTACCAATGAATGGCTTTTTCTTCAT
* * * * *
74375 ATTTCCTAAGGCAAACATTTAATTATAATATCTTTTAACTAAAAATGTAAAACAATTCAACCT-A
386 GTTTCCTAAGGTAAACATTTAATTATAATATATTTT-ACTAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAA
* * * * * *
74439 AATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGACATGGG
450 AATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGAGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCTTAGG
* * **** * * * *
74499 TGACAATAAGTATACTTTTCTTGTCATTGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTCTCACGGCAGACAAT
1 TGACTATAAATGGGTTTTTCTTGTCAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTCT-AAGGAAAACAAT
* * *
74564 CAATTATAAAT-TGTTTTAACCAAAAATATAAAAATATTGAACCTAAAATCAATTATGAGATTAT
65 CAATTAT-AATCTGTTTTAA-CAAAAATGTAAAAA-ATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTAT
* * ** *
74628 AAAATCATATT-AAGTGAGTAATAAGGC-TTTCGAAGGGTTGAATGACTATAAATGAACATTTT-
127 AAAACCAT-TTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTCGAAGGCTTGGGTGACTATAAATGAGC-TTTTC
* * * * * * * *
74690 ATGCCAATGGAT-GATTTTTGCTTCATGTTTCTCAAGGTAGACATTCAATTATAATATATTTTAA
190 TTACCAATGAATGGGTTTTT-CTTCATGTTTCTCAAGGCAAACATTCAATTATAATCTGTTTTAA
* * * *
74754 T-AAGAAATGTTAAAATATTTAA-TTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCAATTTAAACTGAA
254 TCAA-AAATG-TAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACC-ATTTAAAGTGAG
* * ** ** * * * * ** * *
74817 CAATAAGGTTTTTAAAAACTTTGATGACTCTAAATGGACTTTTC-TAGTTAATGAATGACTTCTT
316 TAATAAGGCTTTCGAAGGCTTGGGTGACTATAAATGGGCTTTTCTTA-CCAATGAATGGCTTTTT
* * * * *
74881 CTTCATGTTTCCCAAGATAAACATTTAATTATAATCTATTTTAACTAAATATGTAAAAAAATTTA
380 CTTCATGTTTCCTAAGGTAAACATTTAATTATAATATATTTT-ACTAAAAATGTAAAAAAATTCA
* * * *
74946 ACTTAAAATCAATTATGAGATCATAAAACCATTTAAAGCA-AGTAATAAAGCTTTCGAACGCTTT
444 ACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAG-AGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCTTA
75010 GG
508 GG
* * * * * * * * *
75012 TGGCTATTACTGGGCTTTTT-TTGCCAATAAATAGCTTTTTCTTCATGTTTTCCAAGGCAAACAC
1 TGACTATAAATGGG-TTTTTCTTGTCAATGAATGGCTTTTTCTTCATG-TTTCTAAGGAAAACAA
* * * *
75076 TCAATTATAATATGTTTTAATCACAAATGTAAAAAATTCAACCTAAAATCAATTATGAGATTTTA
64 TCAATTATAATCTGTTTTAA-CAAAAATGTAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATA
* * *
75141 AAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGGTTTT-GAAGGCTTGGGTGACAATAAATGGGCTTTTCTTA
128 AAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTCGAAGGCTTGGGTGACTATAAATGAGCTTTTCTTA
* * * * * * * *
75205 CTAATGAACGGGTTTTT-TTCATGTTTCAT-GAGGCAAATATTTAATTATAATTTATTTTAACCA
193 CCAATGAATGGGTTTTTCTTCATGTTTC-TCAAGGCAAACATTCAATTATAATCTGTTTTAATCA
* * * * * *
75268 CAAATGTAAAAAAATTAAACTTAAAATTAATTATGAGATTATAAAACCCTTTAATGAGAGTAATA
257 AAAATGT-AAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATA
* * * * * * * *
75333 AGGCTTTCAAAGGCTTGGATGATTATAAATGGGCTTTTCTTGCTAATGAACGGGTTTTTCTTTAT
321 AGGCTTTCGAAGGCTTGGGTGACTATAAATGGGCTTTTCTTACCAATGAATGGCTTTTTCTTCAT
* * ** * * * * * *
75398 ATTTCCTGAGAAAAACATTCAATTACAATCTGTTTTAGGC-AAAAATATAAGAAAATTCAACTTA
386 GTTTCCTAAGGTAAACATTTAATTATAATATATTTTA--CTAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTA
* * * ** *
75462 AAATCAGTTATGAGGTTATAAAATCGCTTAAAGAGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCTTAGG
449 AAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGAGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCTTAGG
* * * *
75523 TGACTATAAATGGGCTTTTTTTTGCCAATGAATGGGTTTTCCTTCATGTTTCTCAA-GACAAACA
1 TGACTATAAATGGG-TTTTTCTTGTCAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTCT-AAGGA-AAACA
* * * * *
75587 TTCAATTATAATCTATTTTAACTAAAAATATAAAACAATTCAACTCAAAATGAATTATGAGATTA
63 ATCAATTATAATCTGTTTTAAC-AAAAATGTAAAA-AATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTA
*
75652 TAAAACTATTTAAAGTGAGTAATAAGGC-TTTCGAA
126 TAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTCGAA
75687 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 1796, Mismatches: 357, Indels: 137
0.78 0.16 0.06
Matches are distributed among these distances:
510 3 0.00
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532 10 0.01
ACGTcount: A:0.38, C:0.12, G:0.14, T:0.36
Consensus pattern (509 bp):
TGACTATAAATGGGTTTTTCTTGTCAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTCTAAGGAAAACAATC
AATTATAATCTGTTTTAACAAAAATGTAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAA
CCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTCGAAGGCTTGGGTGACTATAAATGAGCTTTTCTTACCA
ATGAATGGGTTTTTCTTCATGTTTCTCAAGGCAAACATTCAATTATAATCTGTTTTAATCAAAAA
TGTAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCT
TTCGAAGGCTTGGGTGACTATAAATGGGCTTTTCTTACCAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTC
CTAAGGTAAACATTTAATTATAATATATTTTACTAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAA
TTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGAGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCTTAGG
Found at i:75684 original size:683 final size:680
Alignment explanation
Indices: 73095--75686 Score: 2751
Period size: 683 Copynumber: 3.8 Consensus size: 680
73085 AAATAAAGCC
** * * * * *** * *
73095 ATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTTGAAGACATGGGTGACAGTAAATCTACTTGTCTT-GTAATT
1 ATTTAAAGTGAGTAATAAGGGTTTTGAAGGCTTGGGTGACAATAAATGGGCTTTTCTTACTAA-T
* * * * * * * * ** * *
73159 GAATGGCTTTTTCTTCATGTTTCTTAGGGCAGACAGTCAATTATAAATTGTTTTAATAAAAAATA
65 GAACGGGTTTTTCTTCATGTTTCTGA-GGCAAATATTTAATTAT-AATTTTTTTAACCACAAATG
* * * * *
73224 TAAAAATATTCAACCTAAAATCAATTATGAGAATATAAAACCATATTAA-GCGAGTAATAAGGCT
128 TAAAAAAATTAAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCAT-TTAATGAGAGTAATAAGGCT
* *** * * * ** * *
73288 TTCGAAA-GCTT-GAGTGACTATAAGTGAAATTTT-TATACCAATGGATGACTTTTGCTTCACGT
192 TTC-AAAGGCTTGGA-TGACTATAAATGGGCTTTTCT-TGCTAAT-GAAGGGTTTTTCTT-A-AT
* * * * * * *
73350 -TTTCC-AAGGTAAACATTCAATTATAGTATATTTTAATCAGAAATGTAA-AAACATTCAACTTA
251 ATTTCCTAAGGAAAACATTCAATTACAATCTATTTT-AGCAAAAATATAAGAAA-ATTCAACTTA
* *
73412 AAATCAATTATGAGATTATAAAACCAATTTAAAGTGAGTAATAAGGTTTTTGAAAGCTTAGGTGA
314 AAATCAATTATGAGATTATAAAACCAATTTAAAGAGAGTAATAAGGCTTTTGAAAGCTTAGGTGA
* * ** * * *
73477 CTGTAAATGGACTTTTCTTGTCAATGAATGACTTTTTCTTCACATTTTTCAAGATAAACAATCAA
379 CTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGACTTTTTCTTCATGTTTCTCAAGACAAACATTCAA
* * * * *
73542 TTATAATCTGTTTTAACTAAAAATGTAAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAAATAATAAA
444 TTATAATCTATTTTAACTAAAAATAT-AAAAAAATTCAACTCAAAATCAATTATGAGATTATAAA
* ** *
73607 ACCATTTAAAGCAAGTAATAAAGTTTTCGAAGGC-TTGGCTGACTATTAATGATCTTTTTTTATC
508 ACCATTTAAAGCAAGTAATAAAGCTTTCGAAGGCTTTGG-TGACTATTAATGGGCTTTTTTTGTC
* * * * *
73671 AATAAATGGTTTTTTCTTCATGTTTTTCAAGGTAAACACTCAATTATAATCTGCTTTAATCACAA
572 AATAAATGGCTTTTTCTTCATGTTTTCCAAGGCAAACACTCAATTATAATATGTTTTAATCACAA
*
73736 ATGTAAAAAACTTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTTTAAAACT
637 ATGTAAAAAA-TTCAACCTAAAATCAATTATGAGATTTTAAAACT
* * *
73781 ATTTAAAGTGAGTAATAAGGGTTTCGAAGGCTTGGGTGACAATAAATGGGCTTCTCTTACCAATG
1 ATTTAAAGTGAGTAATAAGGGTTTTGAAGGCTTGGGTGACAATAAATGGGCTTTTCTTACTAATG
* * * * *
73846 AACGGGTTTTTCTTCATGTTTCGTGGGGTAAATATTTAAATATAATTTTTTTCACTACAAATGTA
66 AACGGGTTTTTCTTCATGTTTC-TGAGGCAAATATTTAATTATAATTTTTTTAACCACAAATGTA
* * *
73911 AAAAAATTAAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCGTTTAATTAGAGTGATAAGGCTTTC
130 AAAAAATTAAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAATGAGAGTAATAAGGCTTTC
* * * *
73976 AAAGGCTTAGACGACTATAAATGGGTTTTTCTTGTTAATGAATGGGTTTTTCTTAATATTTCCTA
195 AAAGGCTTGGATGACTATAAATGGGCTTTTCTTGCTAATGAA-GGGTTTTTCTTAATATTTCCTA
* * *
74041 AGGAAAACATTTAATTACAATCTATTTTAAGCAAAAATGTAAGAAAATTCAACTTAAAATCAGTT
259 AGGAAAACATTCAATTACAATCTATTTT-AGCAAAAATATAAGAAAATTCAACTTAAAATCAATT
* * * * * * *
74106 ATGAGGTTATAAAATC-GTTTAAAGAGAGTAATAAGGCTTGTGAAGGCTTGGGTGAGTATAAATG
323 ATGAGATTATAAAACCAATTTAAAGAGAGTAATAAGGCTTTTGAAAGCTTAGGTGACTATAAATG
* * ** *
74170 GGCTTTTCTTACCAATGAATGGGTTTTTCTTCATGTTTCTCAAGGCAAACATTCAATTATAATCT
388 GACTTTTCTTGCCAATGAATGACTTTTTCTTCATGTTTCTCAAGACAAACATTCAATTATAATCT
* *
74235 GTTTTAACTAAAAATATAAAACAATTCAACTCAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAA
453 ATTTTAACTAAAAATATAAAAAAATTCAACTCAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAA
** * * * * ** **
74300 GTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCTTAGGTGACTATAAATGGGCTTTTCATGTCAAGGAATGGCT
518 GCAAGTAATAAAGCTTTCGAAGGCTTTGGTGACTATTAATGGGCTTTTTTTGTCAATAAATGGCT
* * ** * * * *
74365 TTGTATTCA-CATTTCCTAAGGCAAACATTTAATTATAATATCTTTTAA-CTAAAAATGTAAAAC
583 TTTTCTTCATGTTTTCC-AAGGCAAACACTCAATTATAATATGTTTTAATC-ACAAATGTAAAA-
*
74428 AATTCAACCT-AAATCAATTATGAGATTATAAAACT
645 AATTCAACCTAAAATCAATTATGAGATTTTAAAACT
* * * * * *** * *
74463 ATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGACATGGGTGACAATAAGTATACTTTTCTT-GTCATT
1 ATTTAAAGTGAGTAATAAGGGTTTTGAAGGCTTGGGTGACAATAAATGGGCTTTTCTTACT-AAT
* * * * * * * * * *
74527 GAATGGCTTTTTCTTCATGTTTCTCACGGCAGACAATCAATTATAAATTGTTTTAACCAAAAATA
65 GAACGGGTTTTTCTTCATGTTTCTGA-GGCAAATATTTAATTAT-AATTTTTTTAACCACAAATG
* * * * *
74592 TAAAAATATTGAACCTAAAATCAATTATGAGATTATAAAATCATATTAA-GTGAGTAATAAGGCT
128 TAAAAAAATTAAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCAT-TTAATGAGAGTAATAAGGCT
* * * ** * * * * * * *
74656 TTCGAAGGGTTGAATGACTATAAATGAACATTTT-ATGCCAATGGATGATTTTTGCTTCATGTTT
192 TTCAAAGGCTTGGATGACTATAAATGGGC-TTTTCTTGCTAATGAAGGGTTTTT-CTTAATATTT
* * * * ** * * *
74720 -CTCAAGGTAGACATTCAATTATAATATATTTTAATAAGAAATGTTAA-AATATTTAA-TTAAAA
255 CCT-AAGGAAAACATTCAATTACAATCTATTTTAGCAA-AAAT-ATAAGAAAATTCAACTTAAAA
** ** * * * * * *
74782 TCAATTATGAGATTATAAAACCAATTTAAACTGAACAATAAGGTTTTTAAAAACTTTGATGACTC
317 TCAATTATGAGATTATAAAACCAATTTAAAGAGAGTAATAAGGCTTTTGAAAGCTTAGGTGACTA
* ** * * * *
74847 TAAATGGACTTTTCTAGTTAATGAATGACTTCTTCTTCATGTTTCCCAAGATAAACATTTAATTA
382 TAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGACTTTTTCTTCATGTTTCTCAAGACAAACATTCAATTA
* * * * *
74912 TAATCTATTTTAACTAAATATGTAAAAAAATTTAACTTAAAATCAATTATGAGATCATAAAACCA
447 TAATCTATTTTAACTAAAAATATAAAAAAATTCAACTCAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCA
* * * *
74977 TTTAAAGCAAGTAATAAAGCTTTCGAACGCTTTGGTGGCTATTACTGGGCTTTTTTTGCCAATAA
512 TTTAAAGCAAGTAATAAAGCTTTCGAAGGCTTTGGTGACTATTAATGGGCTTTTTTTGTCAATAA
*
75042 ATAGCTTTTTCTTCATGTTTTCCAAGGCAAACACTCAATTATAATATGTTTTAATCACAAATGTA
577 ATGGCTTTTTCTTCATGTTTTCCAAGGCAAACACTCAATTATAATATGTTTTAATCACAAATGTA
*
75107 AAAAATTCAACCTAAAATCAATTATGAGATTTTAAAACC
642 AAAAATTCAACCTAAAATCAATTATGAGATTTTAAAACT
75146 ATTTAAAGTGAGTAATAAGGGTTTTGAAGGCTTGGGTGACAATAAATGGGCTTTTCTTACTAATG
1 ATTTAAAGTGAGTAATAAGGGTTTTGAAGGCTTGGGTGACAATAAATGGGCTTTTCTTACTAATG
75211 AACGGGTTTTT-TTCATGTTTCATGAGGCAAATATTTAATTATAATTTATTTTAACCACAAATGT
66 AACGGGTTTTTCTTCATGTTTC-TGAGGCAAATATTTAATTATAATTT-TTTTAACCACAAATGT
* *
75275 AAAAAAATTAAACTTAAAATTAATTATGAGATTATAAAACCCTTTAATGAGAGTAATAAGGCTTT
129 AAAAAAATTAAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAATGAGAGTAATAAGGCTTT
* *
75340 CAAAGGCTTGGATGATTATAAATGGGCTTTTCTTGCTAATGAACGGGTTTTTCTTTATATTTCCT
194 CAAAGGCTTGGATGACTATAAATGGGCTTTTCTTGCTAATGAA-GGGTTTTTCTTAATATTTCCT
* * * *
75405 GAGAAAAACATTCAATTACAATCTGTTTTAGGCAAAAATATAAGAAAATTCAACTTAAAATCAGT
258 AAGGAAAACATTCAATTACAATCTATTTTA-GCAAAAATATAAGAAAATTCAACTTAAAATCAAT
* * ** *
75470 TATGAGGTTATAAAATC-GCTTAAAGAGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCTTAGGTGACTATAAAT
322 TATGAGATTATAAAACCAATTTAAAGAGAGTAATAAGGCTTTTGAAAGCTTAGGTGACTATAAAT
* * ** *
75534 GGGCTTTTTTTTGCCAATGAATGGGTTTTCCTTCATGTTTCTCAAGACAAACATTCAATTATAAT
387 GGAC-TTTTCTTGCCAATGAATGACTTTTTCTTCATGTTTCTCAAGACAAACATTCAATTATAAT
* * *
75599 CTATTTTAACTAAAAATATAAAACAATTCAACTCAAAATGAATTATGAGATTATAAAACTATTTA
451 CTATTTTAACTAAAAATATAAAAAAATTCAACTCAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTA
** *
75664 AAGTGAGTAATAAGGCTTTCGAA
516 AAGCAAGTAATAAAGCTTTCGAA
75687 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 1541, Mismatches: 327, Indels: 79
0.79 0.17 0.04
Matches are distributed among these distances:
681 16 0.01
682 355 0.23
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687 3 0.00
ACGTcount: A:0.38, C:0.12, G:0.14, T:0.36
Consensus pattern (680 bp):
ATTTAAAGTGAGTAATAAGGGTTTTGAAGGCTTGGGTGACAATAAATGGGCTTTTCTTACTAATG
AACGGGTTTTTCTTCATGTTTCTGAGGCAAATATTTAATTATAATTTTTTTAACCACAAATGTAA
AAAAATTAAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAATGAGAGTAATAAGGCTTTCA
AAGGCTTGGATGACTATAAATGGGCTTTTCTTGCTAATGAAGGGTTTTTCTTAATATTTCCTAAG
GAAAACATTCAATTACAATCTATTTTAGCAAAAATATAAGAAAATTCAACTTAAAATCAATTATG
AGATTATAAAACCAATTTAAAGAGAGTAATAAGGCTTTTGAAAGCTTAGGTGACTATAAATGGAC
TTTTCTTGCCAATGAATGACTTTTTCTTCATGTTTCTCAAGACAAACATTCAATTATAATCTATT
TTAACTAAAAATATAAAAAAATTCAACTCAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCA
AGTAATAAAGCTTTCGAAGGCTTTGGTGACTATTAATGGGCTTTTTTTGTCAATAAATGGCTTTT
TCTTCATGTTTTCCAAGGCAAACACTCAATTATAATATGTTTTAATCACAAATGTAAAAAATTCA
ACCTAAAATCAATTATGAGATTTTAAAACT
Found at i:76094 original size:171 final size:171
Alignment explanation
Indices: 75789--76163 Score: 393
Period size: 171 Copynumber: 2.2 Consensus size: 171
75779 NNNNNNNNNN
* *
75789 AAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTCGAAGACATGGGTGAC
1 AAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTCGAAGACATGGGCGAC
* * * * * *
75854 AATAAATATACTTTTTCTACCATTGAATGGCTTTTTCTTCATTTTTCTTAAGGCAGACAATCAAT
66 AATAAATATACATTTTATACCAATGAATGGATTTTTCTTCATGTTTCATAAGGCAGACAATCAAT
* * *
75919 TATAA-ACTGTTTTAACAAAAAAT-ATAAAAATATTGAACCTA
131 TATAATA-TATTTTAACAAAAAATGAT-AAAACATTCAACCTA
* * * *** *
75960 AAATCAATTATGAGGTTATAAAACCATATT-AAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGGTTGTGCGA
1 AAATCAATTATGAGATTATAAAACCAT-TTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTCGAAGACATGGGCGA
* * * *
76024 -ATATAAATGA-ACATTTTATACCAATGGAT-TATTTTTGCTTCATGTTTCATAAGGTAGACATT
65 CA-ATAAAT-ATACATTTTATACCAATGAATGGATTTTT-CTTCATGTTTCATAAGGCAGACAAT
* * * *
76086 CAATTATAATATATTTTAATAAGAAATGCTAAAACATTCAACTTA
127 CAATTATAATATATTTTAACAAAAAATGATAAAACATTCAACCTA
* *
76131 AAATCAATTCTGAGATTATAAAACTAATTTAAA
1 AAATCAATTATGAGATTATAAAAC-CATTTAAA
76164 CTGAACAATA
Statistics
Matches: 167, Mismatches: 29, Indels: 15
0.79 0.14 0.07
Matches are distributed among these distances:
170 6 0.04
171 152 0.91
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ACGTcount: A:0.41, C:0.11, G:0.13, T:0.35
Consensus pattern (171 bp):
AAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTCGAAGACATGGGCGAC
AATAAATATACATTTTATACCAATGAATGGATTTTTCTTCATGTTTCATAAGGCAGACAATCAAT
TATAATATATTTTAACAAAAAATGATAAAACATTCAACCTA
Found at i:76567 original size:21 final size:21
Alignment explanation
Indices: 76538--76577 Score: 62
Period size: 21 Copynumber: 1.9 Consensus size: 21
76528 GCTTGGGTGA
76538 CAATAAATGGGCTTTTCTTAC
1 CAATAAATGGGCTTTTCTTAC
* *
76559 CAATGAATGGGTTTTTCTT
1 CAATAAATGGGCTTTTCTT
76578 CATGTTTCAT
Statistics
Matches: 17, Mismatches: 2, Indels: 0
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Matches are distributed among these distances:
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ACGTcount: A:0.25, C:0.15, G:0.17, T:0.42
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CAATAAATGGGCTTTTCTTAC
Found at i:77015 original size:171 final size:171
Alignment explanation
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76719 NNNNNNNNNN
*
76729 AATAAGGCTTTCAAAGGCTTGGATGACTATAAATGGGCTTTTCTTGCTAATGAACGAGTTTTACT
1 AATAAGGCTTTCAAAGGCTTGGATGACTATAAATGGGCTTTTCTTGCCAATGAACGAGTTTTACT
* * * *
76794 TCATATTTCTTGAGGTAAACATTCAATTACAATCTGTTTTAAGCAAAAATATAAGAA-AATTTAA
66 TCATATTTCTTAAGGGAAACACTCAATTACAATCTGTTTTAAGCAAAAATATAA-AACAATTCAA
* * *
76858 CTTAAAATCAGTTATGAGGTTATAAAATCGTTTAAATAGAGT
130 CTCAAAATCAATTATGAGATTATAAAATCGTTTAAATAGAGT
* * * *
76900 AATAAGGCTTTTAAAGGCTT-GAGTGACTATAAATGGGCTTTTCTTGCCAATGAATGGGTTTTTC
1 AATAAGGCTTTCAAAGGCTTGGA-TGACTATAAATGGGCTTTTCTTGCCAATGAACGAGTTTTAC
* * ** *
76964 TTCATGTTTCTTAAGGGAAACACTCAATTATAATCTGTTTTAATTAAAAATATAAAACAATTCAG
65 TTCATATTTCTTAAGGGAAACACTCAATTACAATCTGTTTTAAGCAAAAATATAAAACAATTCAA
77029 CTCAAAATCAATTATGAGATTATA
130 CTCAAAATCAATTATGAGATTATA
77053 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 134, Mismatches: 17, Indels: 4
0.86 0.11 0.03
Matches are distributed among these distances:
170 4 0.03
171 130 0.97
ACGTcount: A:0.37, C:0.12, G:0.15, T:0.36
Consensus pattern (171 bp):
AATAAGGCTTTCAAAGGCTTGGATGACTATAAATGGGCTTTTCTTGCCAATGAACGAGTTTTACT
TCATATTTCTTAAGGGAAACACTCAATTACAATCTGTTTTAAGCAAAAATATAAAACAATTCAAC
TCAAAATCAATTATGAGATTATAAAATCGTTTAAATAGAGT
Found at i:77997 original size:170 final size:170
Alignment explanation
Indices: 77350--79398 Score: 1652
Period size: 171 Copynumber: 12.0 Consensus size: 170
77340 NNNNNNAACT
* * * * * ** * *
77350 ATTTAAAACGAGTAATAAGGCTTTCGAAGACATGGGTGACAATAAATATACTTTTCTTGTCATTG
1 ATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCTTGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATG
* ** * * * * * ** **
77415 AATGACTTTTTCTTCTTGTTTCTCAAGGCAAATAGTCAATTATAAACTGTTTTAACCAAAAACAT
66 AATGGCTTTTTCTTCACGTTTCCCAAGGTAAACATTCAATTATAATCTGTTTTAATAAAAAATGT
* *
77480 AAAAATATTGAACCTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACC
131 AAAAA-ATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACC
* * * * * **
77521 ATATT-AAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCTTGAGTGATTATAAGTAAACTTTT-TATGCCAA
1 AT-TTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCTTGGGTGACTATAAATGGACTTTTCT-TGCCAA
* * * ** * * *
77584 TTG-ATGACTTTTGCTTCACGTTTCCCAAAGTAGGCATTCAATTATAATATATTTTAATAAGAAA
64 -TGAATGGCTTTTTCTTCACGTTTCCCAAGGTAAACATTCAATTATAATCTGTTTTAATAAAAAA
* * *
77648 TGTTAAAACATTCAACTTAAAATCAATTATAAGATTATAAAACTA
128 TG-TAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAAC-C
* * * * ** * *
77693 ATTTAAAGTAAATAATAAGGCTTCCGAAAGCTTACGTGACTGTAAATAGACTTTTCTTGTCC-AT
1 ATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCTTGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTG-CCAAT
** * * * ** * *
77757 GAATAACTTTTTCTTTATGTTTCTCAAGACAAACATTCAATTATAATCAGTTTTAACAAAAAATG
65 GAATGGCTTTTTCTTCACGTTTCCCAAGGTAAACATTCAATTATAATCTGTTTTAATAAAAAATG
* *
77822 TAAAAAACCTCAACTTAAAATCAATTATGAGATCATAAAACC
130 TAAAAAA-TTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACC
* * * * *
77864 ATTTAAAGTAAGTAATAAAGCTTTCGAAGGCTTGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCTAGTA
1 ATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCTTGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATG
** * * * *
77929 AATGGCTTTTT-TTCACGTTTCCCAAGACAAAAACTCAATTATAATCTTTTTTAATAAAAAAAGT
66 AATGGCTTTTTCTTCACGTTTCCCAAGGTAAACATTCAATTATAATCTGTTTTAATAAAAAATGT
* * * * **
77993 AAAAAAATC-ACTGTAAAAACAATTGTGAGATTTTAAAATA
131 AAAAAATTCAACT-TAAAATCAATTATGAGATTATAAAACC
* * * * *
78033 ATTTAAAGCGAGTAATAAGGTTTTCGAAGTCTTAGGTGACTATAAAT-GAGCTTTTCTTACCAAT
1 ATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCTTGGGTGACTATAAATGGA-CTTTTCTTGCCAAT
* * * *** * * * **
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65 GAATGGCTTTTTCTTCACGTTTCCCAAGGTAAACATTCAATTATAATCTGTTTTAATAAAAAATG
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* * * * * * *
78203 GTTTAATG-AGAG-AATAAAGCTTTCAAAGGTTTGGATGACTATAAATAGGTC-TTTCTTGCCAA
1 ATTTAAAGCA-AGTAATAAGGCTTTCGAAGGCTTGGGTGACTATAAAT-GGACTTTTCTTGCCAA
* * * * ** * * *
78265 TGAACGGGTTTTTCTTCACATTACCTGAGGTAAACATTCAATTATAATATTTTTTAAGAAAAAAT
64 TGAATGGCTTTTTCTTCACGTTTCCCAAGGTAAACATTCAATTATAATCTGTTTTAATAAAAAAT
* * *
78330 ATAAGAAAATTCAACTTAAAATCAGTTATGAGGTTATAAAACC
129 GTAA-AAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACC
** * * * * * *
78373 ATTTAAAG-AGAGTAATAAGGCTTTTAAAGGCTTGGGTCATTTTAAATTGG-GTTTTTTTGCTAA
1 ATTTAAAGCA-AGTAATAAGGCTTTCGAAGGCTTGGGTGACTATAAA-TGGACTTTTCTTGCCAA
* * *
78436 TGAATGGGTTTTTCTTCATGTTTCTCAAGGTAAACATTCAATTATAATCTGTTTTAACT-AAAAA
64 TGAATGGCTTTTTCTTCACGTTTCCCAAGGTAAACATTCAATTATAATCTGTTTTAA-TAAAAAA
* *
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* * * * * * *
78543 ATTTAAAGCAAGTAACAAAGCTTTTGAAGGCTTGGATGACTATAAATGGGCTTTTCATGCCAAGG
1 ATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCTTGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATG
* ** * * *
78608 AATGGCTTTTTCTTCACGTTTTCTGAGATAAACATTTAATTATAATATGTTTTAACT-AAAAATG
66 AATGGCTTTTTCTTCACGTTTCCCAAGGTAAACATTCAATTATAATCTGTTTTAA-TAAAAAATG
* * *
78672 TAAAACATCTCAACCTAAAATCAATTATGAGATTATAAAGCC
130 TAAAAAAT-TCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACC
* ** * * * * * * ** *
78714 ATTTAAAGTAAGTAATAAGGCTTTTAAAGACATAGGTGACAATAAATGTACTTGTCTTGTTATTG
1 ATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCTTGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATG
* ** ** * * * ** *
78779 AATGGCTTTTTCTTTATATTTCTTAGGGTAGACAGTCAATTATAAGT-TGTTTTAACCAAAAATA
66 AATGGCTTTTTCTTCACGTTTCCCAAGGTAAACATTCAATTATAA-TCTGTTTTAATAAAAAATG
* * ******
78843 TAAAAATATTCAACCTAAAATCAATTATGAGAATATNNNNNNN
130 TAAAAA-ATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTAT-AAAACC
*** * * * * * *
78886 NNNT-AAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAAGCTTGAGTGACTATAAGTAGACTTTT-TACGCCAAT
1 ATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCTTGGGTGACTATAAATGGACTTTTCT-TGCCAAT
* * * * * * * * * * *
78949 GGATGACTTTTGCTTCACATTTTCCAAGGTAGACATTCAATTATAGTATATTTTAATCACAAATG
65 GAATGGCTTTTTCTTCACGTTTCCCAAGGTAAACATTCAATTATAATCTGTTTTAATAAAAAATG
79014 TAAAAACATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACC
130 TAAAAA-ATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACC
** * * ** * *
79056 AATTTAAAGTGAGCAATAAGG-TTTCTGAAAGCTTAAGTGACTGTAAATGGACTTTTCTTGTCAA
1 -ATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTC-GAAGGCTTGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAA
* ** *
79120 TGAATGACTTTTTCTTCACGTTTCCCAAGACAAACATTTAATTATAATCTGTTTTAACT-AAAAA
64 TGAATGGCTTTTTCTTCACGTTTCCCAAGGTAAACATTCAATTATAATCTGTTTTAA-TAAAAAA
* * * * *
79184 TGTAAAAACTTTTAACTTAAAATCAATTATGAGATCACAAAACT
128 TGTAAAAA-ATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACC
* ** * * * ** * * *
79228 ATTCAAAGGGAGTCATAGGGTTTTCGAAGGAATGGGTGATTATAACTGGACTTTTCTTGCCAATT
1 ATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCTTGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATG
* * * * * *
79293 AACGGCTTTTTCTTCATGTTTCTCAAGGCAAACATTCAATTATAATCTATTTTAACAAAAAATGT
66 AATGGCTTTTTCTTCACGTTTCCCAAGGTAAACATTCAATTATAATCTGTTTTAATAAAAAATGT
* * *
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131 AAAAA-ATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACC
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ATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCTTGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATG
AATGGCTTTTTCTTCACGTTTCCCAAGGTAAACATTCAATTATAATCTGTTTTAATAAAAAATGT
AAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACC
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Alignment explanation
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* ** * * *
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1 GGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGTCAATGAATGACTTTTTCTTCATGTTTCTCAAGGCAAACA
* * ** * *
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* * * *
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* * * * * **
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* * * * * *
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**
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* * * * * * *
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* * ** *
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66 TTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATGT-AAAAATTTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTA
** * *
77857 TAAAACCATTTAAAGTAAGTAATAAAGCTTTCGAAGGCTTGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTT
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* * * * * ** * * * *
77922 GCTAGTAAATGGCTTTTT-TTCACGTTTCCCAAGACAAAAACTCAATTATAATCTTTTTTAATAA
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* * * * * * *
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** * ** * * *
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* * *
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* * * * * * * *
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* * * * * *
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* * * *
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*
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* * * * * ** *
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1 GGTGACTATAAA-TGGACTTTTCTTGTC-AATGAATGACTTTTTCTTCATGTTTCTCAAGGCAAA
* ** *
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64 CATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAATTTCAACTTAAAATCAATTATGAGATT
* * * * * * *
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129 ATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCTTGG-TGACTATAAATAGACTTTT-T
* * ** * * *
78600 TGCCAAGGAATGGCTTTTTCTTCACGTTTTCTGAGATAAACATTTAATTATAATATGTTTTAACT
192 TGCCAATGAATGGCTTTTTCTTCACATTTTCCAAGGTAAACATTCAATTATAATATATTTTAA-T
* * *
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*
78727 AATAAGGCTTTT-AAAGACATA
320 AATAAGG-TTTTGAAAG-CTTA
* * * * * * * * * * * *
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1 GGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGTCAATGAATGACTTTTTCTTCATGTTTCTCAAGGCAAACA
* * * *
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********* * *
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129 AT-AAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCTTG-GTGACTATAAATAGACTTTTT
* * * * * *
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192 -TGCCAATGAATGGCTTTTTCTTCACATTTTCCAAGGTAAACATTCAATTATAATATATTTTAAT
* * *
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* * * * *
79091 AGTGACTGTAAATGGACTTTTCTTGTCAATGAATGACTTTTTCTTCACGTTTCCCAAGACAAACA
1 GGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGTCAATGAATGACTTTTTCTTCATGTTTCTCAAGGCAAACA
* * * *
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66 TTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAA-TTTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTA
* * * * * * * * * * * *
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130 TAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGG-CTTGGTGACTATAAATAGACTTTT-TT
* * * * *
79286 GCCAATTAACGGCTTTTTCTT--CATGTTTCTCAAGGCAAACATTCAATTATAATCTATTTTAAC
193 GCCAATGAATGGCTTTTTCTTCACAT-TTTC-CAAGGTAAACATTCAATTATAATATATTTTAAT
* * *
79349 AAAAAATGTAAAAACATTCAACTTAAAATCAATTTTTAGGTTATAAAACC
256 AAAAAATGTAAAAACATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACC
79399 GCTTGCATGT
Statistics
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GGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGTCAATGAATGACTTTTTCTTCATGTTTCTCAAGGCAAACA
TTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAATTTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTAT
AAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCTTGGTGACTATAAATAGACTTTTTTGCC
AATGAATGGCTTTTTCTTCACATTTTCCAAGGTAAACATTCAATTATAATATATTTTAATAAAAA
ATGTAAAAACATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCAATTTAAAGTGAGTAATAAG
GTTTTGAAAGCTTA
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82084 CGCAAGTGCT
82094 TA TA TA T- TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA T
1 TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA T
82124 CAAAATGGTG
Statistics
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Matches are distributed among these distances:
1 1 0.04
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TA
Found at i:87920 original size:28 final size:27
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Indices: 87882--87967 Score: 127
Period size: 28 Copynumber: 3.1 Consensus size: 27
87872 GAATGCTTAA
87882 TAACCAATTCAGCCCTCTTAATTGCACT
1 TAACCAATTCAGCCC-CTTAATTGCACT
*
87910 TAACAAATTCAGCCCCCTTAATTGCACT
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*
87938 TAACCAATTTAGACCCCTTAATTGCACT
1 TAACCAATTCAG-CCCCTTAATTGCACT
87966 TA
1 TA
87968 TATTGACATT
Statistics
Matches: 53, Mismatches: 4, Indels: 2
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Matches are distributed among these distances:
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TAACCAATTCAGCCCCTTAATTGCACT
Found at i:88938 original size:202 final size:202
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88600 TGGTGACTAG
** * * ** *
88610 TTGTTATGTATTATGTGATGTTGGGCTAGTACGTGACTGGTTATGTTGGCATAACATGAATGGAT
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** * **
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* * ** *
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*
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1 TTGTTATGTATTATGTGACATTGGGCCATTACGTGACTGGTTATGTTGGCATAATGTGAGTGGAT
* * **
88877 ATTACACATTGAGTGACTTATTATAAGGTATTGTGAGGCTGGAAGTGCATGACTTGTGCAATTTG
66 ATTACACATTGAGTGACTTATTATAAGGTATT-TGAGACTGGAGGTGCATGACTTGTGCAATTCA
* * * * *
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* * *
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195 ATAACCTA
* *** * *
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* *
89080 ATTACACATTGAGTGACTTATTATTAA-GTATTACT-AGACTGGCGGTGCGTGACTTGTGCAATT
66 ATTACACATTGAGTGACTTATTA-TAAGGTATT--TGAGACTGGAGGTGCATGACTTGTGCAATT
89143 CATCTCTTGTTTT
128 CATCTCTTGTTTT
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Statistics
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Matches are distributed among these distances:
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ATTACACATTGAGTGACTTATTATAAGGTATTTGAGACTGGAGGTGCATGACTTGTGCAATTCAT
CTCTTGTTTTGAGGCGTTTGTTCACTAGTTTGTAGGAACTAAGTGACTGGTTTTTATGTATTGCA
TAACCTA
Found at i:89082 original size:203 final size:201
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Indices: 88630--89155 Score: 644
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88620 TTATGTGATG
* * ** * ** *
88630 TTGGGCTAGTACGTGACTGGTTATGTTGGCATAACATGAATGGATATTAGGCATCGAGTGACTTA
1 TTGGGCCATTACGTGACTGGTTATGTTGGCATAATGTGAGTGGATATTACACATTGAGTGACTTA
**
88695 TTATTCGGTATTTCGAGACT-GAGGGTGCATGACTTGTGCAATTCATCTCTTGTTTTGAGGCGTT
66 TTATAAGGTATTT-GAGACTGGA-GGTGCATGACTTGTGCAATTCATCTCTTGTTTTGAGGCGTT
* * ** * *
88759 TGTTCACTAGTTTTTAGGAATTGGGTGGCTGGTTTTATGTATTGCATAACCTATTGTTATGTATT
129 TGTTCACTAGTTTGTAGGAACTAAGTGACTGGTTTTATGTATTGCATAACCTATTGCTATGTATT
**
88824 ATGTGACA
194 ACATGACA
*
88832 TTGGGCCATTACATGACTGGTTATGTTGGCATAATGTGAGTGGATATTACACATTGAGTGACTTA
1 TTGGGCCATTACGTGACTGGTTATGTTGGCATAATGTGAGTGGATATTACACATTGAGTGACTTA
* * ** * *
88897 TTATAAGGTATTGTGAGGCTGGAAGTGCATGACTTGTGCAATTTGTCTCTTGTTTTGATGCTTTT
66 TTATAAGGTATT-TGAGACTGGAGGTGCATGACTTGTGCAATTCATCTCTTGTTTTGAGGCGTTT
* * * * * *
88962 GTTCACTAGTTTGTATGCACTAAGTGATTGGTTTTTATGTATTGCATGATCTGTTGCTATGTATT
130 GTTCACTAGTTTGTAGGAACTAAGTGACTGG-TTTTATGTATTGCATAACCTATTGCTATGTATT
*
89027 GCATGACA
194 ACATGACA
* *
89035 TTGGGCCATTACGTGACTAGTTATGTGGGCATAATGTGAGTGGATATTACACATTGAGTGACTTA
1 TTGGGCCATTACGTGACTGGTTATGTTGGCATAATGTGAGTGGATATTACACATTGAGTGACTTA
* *
89100 TTATTAA-GTATTACT-AGACTGGCGGTGCGTGACTTGTGCAATTCATCTCTTGTTTT
66 TTA-TAAGGTATT--TGAGACTGGAGGTGCATGACTTGTGCAATTCATCTCTTGTTTT
89156 ATAAAAAAGA
Statistics
Matches: 277, Mismatches: 42, Indels: 9
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Matches are distributed among these distances:
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ACGTcount: A:0.22, C:0.13, G:0.25, T:0.40
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TTGGGCCATTACGTGACTGGTTATGTTGGCATAATGTGAGTGGATATTACACATTGAGTGACTTA
TTATAAGGTATTTGAGACTGGAGGTGCATGACTTGTGCAATTCATCTCTTGTTTTGAGGCGTTTG
TTCACTAGTTTGTAGGAACTAAGTGACTGGTTTTATGTATTGCATAACCTATTGCTATGTATTAC
ATGACA
Found at i:90574 original size:17 final size:16
Alignment explanation
Indices: 90549--90588 Score: 62
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90539 TATCAAAAGC
90549 AAGAAAAGAGAAAGAA
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*
90565 AAGAACAAGAGAAAGAG
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1 AAGAAAA
90589 CAAAGAGAGG
Statistics
Matches: 22, Mismatches: 1, Indels: 2
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Matches are distributed among these distances:
16 7 0.32
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Found at i:90987 original size:39 final size:39
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90928 AGGCATTTGG
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1 TTGTAAAGGTTGTACTTGATCTTAAAAAGGCAATGACTT
* * * * * *
90977 TTGTAAAGGTTATGCTTGATCCTAAAAAAGCAGTAACTT
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* * * * *
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* *
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* *
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* * * * * *
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* * *
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* *
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**
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* * *
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*
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* *
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*
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*
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260 ATTGACTGAAATGACTCTGATTCCTAACTTTCAGAAAAAAAAAGACTCTGATTCCTTGGGACTAG
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389 C
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1 ATATAA
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TGTTTTTGAAACCATGGCCTGGTAGTAAGGATTCTTGCTTAAATGAGACAAATGCTGCTAGAAC
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*
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* *
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1 CAAAACTCTTATTTTTATAA
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108095 AG AG AG AG AG AG AG AG AG AG AG AG AG AG A
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AG
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AAT
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*
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* *
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*
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** *
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1 T
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*
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*
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*
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* *
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*
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* *
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1 ACATATCATAATTAATGATGATGTAACATA
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*
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*
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* * *
131998 CAGGGTGCCAGCAGGGGCGCACAGCACAGGCCCTTGGGAAAGCCAGCCCGA
1 CAGGGTGCCAGCAGGGGCACACAGCACAGGCCCCTAGGAAAGCCAGCCCGA
* * *
132049 CAGGGTGCCAGTAGGGGCACACAGCATAGGCCCCTAGGCAAGCCAGCCC
1 CAGGGTGCCAGCAGGGGCACACAGCACAGGCCCCTAGGAAAGCCAGCCC
132098 TCACAGAGCC
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*** * * *
132168 CACAGCATGGGTACGCGGCACGCAGGCTCGGGGCT-GTCGGTCCAGCAGGGGTGCCCGGCACGC-
1 CACAGCATGGGCGTGCGGCACGCAGGCTCGGGGCTCGTCGGCCCAGCAGGGGTGCGCGGCATGCA
*
132231 GGGTGCG
66 GGATG-G
* ** * * * * * * * *
132238 CACAGTATGGGCGCACGGTATGCAGGCTTGGGGCTCATCGACCCAGCAAGGGTGCGAGGCATGTA
1 CACAGCATGGGCGTGCGGCACGCAGGCTCGGGGCTCGTCGGCCCAGCAGGGGTGCGCGGCATGCA
**
132303 -GACCCG
66 GGA-TGG
* *
132309 CACAGCATGGGC-TCGCGACACCCAGGCTCGGGGCTCGTCGGCCCAGCAGGGGTGCGCGGCATGC
1 CACAGCATGGGCGT-GCGGCACGCAGGCTCGGGGCTCGTCGGCCCAGCAGGGGTGCGCGGCATGC
132373 AGGATGG
65 AGGATGG
* *
132380 CACGGCAGGGGCGTGCGGCACGCAGGC
1 CACAGCATGGGCGTGCGGCACGCAGGC
132407 CCGCACAGCG
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GGATGG
Found at i:136504 original size:20 final size:20
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136451 CGATATAGGT
* * *
136461 ATTATCGATGAAATTTATCT
1 ATTAGCGATGAAATTCATCA
136481 ATTAGCGATGAAATTCATCA
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1 ATTA
136505 TTGACAAAAT
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* *
144605 TATCAACATAGCTAG
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1 TATCAAC
144627 CCTAAGGGAA
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TATCAACACAGCTAA
Found at i:149138 original size:17 final size:16
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Indices: 149100--149142 Score: 52
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149090 GAGATTAATG
149100 TAAAAATATAAATAAAA
1 TAAAAA-ATAAATAAAA
*
149117 T-AAAAATAACTGAAAA
1 TAAAAAATAAAT-AAAA
149133 TAAAAAATAA
1 TAAAAAATAA
149143 GAATTTCGAA
Statistics
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17 9 0.39
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TAAAAAATAAATAAAA
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Alignment explanation
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157875 TTGACCATGA
* *
157885 ATGATGGCATCAGTCTTTGCC
1 ATGAAGGCATCAGTCTTTGTC
** *
157906 ATGAAGATATCATTCTTTGTC
1 ATGAAGGCATCAGTCTTTGTC
* *
157927 ATGAAGGCATCAATCTTTGTT
1 ATGAAGGCATCAGTCTTTGTC
*
157948 ATAAAGGCATCAGTCTTTGTC
1 ATGAAGGCATCAGTCTTTGTC
157969 ATGAA
1 ATGAA
157974 TTGCATGAAT
Statistics
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ATGAAGGCATCAGTCTTTGTC
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Indices: 159484--159533 Score: 100
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159474 CATCTGAATA
159484 TTTTCTCTCTCTCTTTCTCT
1 TTTTCTCTCTCTCTTTCTCT
159504 TTTTCTCTCTCTCTTTCTCT
1 TTTTCTCTCTCTCTTTCTCT
159524 TTTTCTCTCT
1 TTTTCTCTCT
159534 TAACTTAGTT
Statistics
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20 30 1.00
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TTTTCTCTCTCTCTTTCTCT
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Indices: 163237--163265 Score: 58
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163227 CCAAATAAAA
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1 TTTTTTAATGAAAG
163251 TTTTTTAATGAAAG
1 TTTTTTAATGAAAG
163265 T
1 T
163266 GATTAATGGA
Statistics
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TTTTTTAATGAAAG
Found at i:167410 original size:20 final size:19
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Indices: 167377--167414 Score: 51
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167367 ATTAAGAATT
167377 ATTTAAAATGATAAATAATA
1 ATTTAAAATGAT-AATAATA
167397 ATTTAGAAAT-ATAATAAT
1 ATTTA-AAATGATAATAAT
167415 TAAAAATATC
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ATTTAAAATGATAATAATA
Found at i:167423 original size:15 final size:16
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Indices: 167391--167423 Score: 50
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167381 AAAATGATAA
*
167391 ATAATAATTTAGAAAT
1 ATAATAATTTAAAAAT
167407 ATAATAA-TTAAAAAT
1 ATAATAATTTAAAAAT
167422 AT
1 AT
167424 CCGTATTTGT
Statistics
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Matches are distributed among these distances:
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Consensus pattern (16 bp):
ATAATAATTTAAAAAT
Done.