Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: NW_018397333.1 Herrania umbratica cultivar Fairchild unplaced genomic scaffold, ASM216827v2 scaffold_362.0, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
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Warning! 14915 characters in sequence are not A, C, G, or T
Found at i:5309 original size:171 final size:170
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Indices: 4911--5342 Score: 435
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4901 NNNNNNNNNN
* * * * * * *
4911 GTCACCCAAGCCTTCCAATGCCTTATTGCTCTCTT-TAAATGGTTTTATATCCTTAAAATTTATT
1 GTCACCCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCT-TTGTAAATGGTTTTAT-TTCTCATAATTAATT
* ** *
4975 TTAAGTCAAATGT-TTTTATACTTTTGTTTAAAATAGATTATAATTAAATGTTTTACATTAGAAA
64 TGAAGTTGAAT-TATTTTATATTTTTGTTTAAAATAGATTATAATTAAATGTTTTACATTAGAAA
* * *
5039 CTTGAAGAAAAAGCCATTCATTAGCAAGAAAAGCCCACTTATA
128 CATGAAGAAAAACCCATTCAGTAGCAAGAAAAGCCCACTTATA
* * ********* *
5082 GTCACCCAAGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCTCTGTAAATNNNNNNNNNNTCTCATAATTGATTT
1 GTCACCCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCTTTGTAAAT-GGTTTTATTTCTCATAATTAATTT
* * *
5147 GAAGTTGAATTATTTTATATTTTTGTTTAACAA-AGATTATAATT-GAT-TATTTGCCTTGAGAA
65 GAAGTTGAATTATTTTATATTTTTGTTTAA-AATAGATTATAATTAAATGT-TTTACATT-AGAA
* * **
5209 GCATG-AGAAAAAACCCATTCAGTGGCAAGAAAAGCCCTTTTATA
127 ACATGAAG-AAAAACCCATTCAGTAGCAAGAAAAGCCCACTTATA
*
5253 GTCACCCAAGCCTTCAAAAACCTTATTACTCTTTGTAAATGGTTTTATTGTCTCATAATTAATTT
1 GTCACCCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCTTTGTAAATGGTTTTATT-TCTCATAATTAATTT
5318 GAAGTTGAATTATTTTATATTTTTG
65 GAAGTTGAATTATTTTATATTTTTG
5343 GTTANNNNNN
Statistics
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170 12 0.06
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172 2 0.01
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GTCACCCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCTTTGTAAATGGTTTTATTTCTCATAATTAATTTG
AAGTTGAATTATTTTATATTTTTGTTTAAAATAGATTATAATTAAATGTTTTACATTAGAAACAT
GAAGAAAAACCCATTCAGTAGCAAGAAAAGCCCACTTATA
Found at i:7127 original size:171 final size:171
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6826 TTGAGACATG
* * * * **
6836 AAGAAAAGCACATTTATAGTCACCCGAGCCTTCAAAAGCCTTATTACACTCCGTAAATGGTTTTA
1 AAGAAAAGCCCATTTATAATCACCCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCTCTATAAATGGTTTTA
* *
6901 TAATCTCATAATTTATTTGAAGTTGGATTATTTTACCA-TTTTGATTAACACAGATTATAATTGA
66 TAATCTCATAATTGATTTGAAGTTGAATTATTTTA-CATTTTTGATTAACACAGATTATAATTGA
* * **
6965 ATGTTTGCATTGAGAAGCATGAAGAAAAACCCATTCATTAAC
130 ATGTTTGCCTTAAGAAGCATGAAGAAAAACCCATTCATTGGC
* * * **********
7007 AAGAAAAGCCCATTTATAGTCGCCTAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCTCNNNNNNNNNNTTTA
1 AAGAAAAGCCCATTTATAATCACCCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCTCTATAAATGGTTTTA
* * * *
7072 TAATCTCATAATTGATTTAAAGTTGACTTCTTTTACATTTTTGATTAATACAGATTATAATTGAA
66 TAATCTCATAATTGATTTGAAGTTGAATTATTTTACATTTTTGATTAACACAGATTATAATTGAA
* ********** *
7137 TGTTTACCTTAAGAAGCATGAAGAANNNNNNNNNNATTTGC
131 TGTTTGCCTTAAGAAGCATGAAGAAAAACCCATTCATTGGC
* * * * * * *
7178 AAGAAAA-CCCTATTTATAATCACCTAAGCCTCCGAAAGCCTTATTCCTCGCTTTAAATAGTTTT
1 AAGAAAAGCCC-ATTTATAATCACCCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCTCTATAAATGGTTTT
* * ** *
7242 ATAATCTCATAATTGATTTGAGGCTGTGTTTTTTTACATTTTT-AGTTGAA-ACAGATTATAATT
65 ATAATCTCATAATTGATTTGAAGTTGAATTATTTTACATTTTTGA-TT-AACACAGATTATAATT
* * * * **
7305 GAATGTTTTCCTT-AGAAAACATGAATAAAAACCCATTCACTCAC
128 GAATGTTTGCCTTAAG-AAGCATGAAGAAAAACCCATTCATTGGC
* * *
7349 AACAAAAGCCCATTTATAGTCACCCAAACCTTCAAAAGCCTTATTACTCTCTATAAATGGTTTTA
1 AAGAAAAGCCCATTTATAATCACCCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCTCTATAAATGGTTTTA
* * * * *
7414 TAATCTCATAATTGATTTGAAGTTAAATTAGTTTACCTTTTTGGTTCACACAGATTATAATTGAA
66 TAATCTCATAATTGATTTGAAGTTGAATTATTTTACATTTTTGATTAACACAGATTATAATTGAA
* **********
7479 TGTTTGCCTTGAGAAGCATGAANNNNNNNNNNTTCATTGGC
131 TGTTTGCCTTAAGAAGCATGAAGAAAAACCCATTCATTGGC
* * *
7520 AAGAAAAGCCCATTTGTAATCACCCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCTATGTAAATGGTTTTA
1 AAGAAAAGCCCATTTATAATCACCCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCTCTATAAATGGTTTTA
* * * * *
7585 TAATCTCATAAGTGATTTGAAGTTGAATTATTTTATATTTTTGGTTAACAAAGACTATAATTGAA
66 TAATCTCATAATTGATTTGAAGTTGAATTATTTTACATTTTTGATTAACACAGATTATAATTGAA
* * *
7650 TGTTTGCCTCAAGAAGCATAAAGAGAAACCCATTCATTGGC
131 TGTTTGCCTTAAGAAGCATGAAGAAAAACCCATTCATTGGC
7691 AAGAAAAG
1 AAGAAAAG
7699 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 547, Mismatches: 136, Indels: 18
0.78 0.19 0.03
Matches are distributed among these distances:
170 9 0.02
171 531 0.97
172 7 0.01
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AAGAAAAGCCCATTTATAATCACCCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCTCTATAAATGGTTTTA
TAATCTCATAATTGATTTGAAGTTGAATTATTTTACATTTTTGATTAACACAGATTATAATTGAA
TGTTTGCCTTAAGAAGCATGAAGAAAAACCCATTCATTGGC
Found at i:8294 original size:171 final size:170
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Indices: 7910--8363 Score: 475
Period size: 171 Copynumber: 2.7 Consensus size: 170
7900 NNNNNNNNNN
*
7910 TTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTTTATTTATG-ATCAAAA
1 TTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTTTATTTTTGTAT-AAAA
* * * *
7974 CAGAGTATAATTGAATATTTACCTTTGGAAACATGAAGAAAACACATTCATTGGCAAGAAAAGCT
65 CAGATTATAATTGAATGTTTACCTATGGAAACATGAAGAAAACACATTCATTGGCAACAAAAGCT
* *
8039 CATTTATAGTCACTCAAACCTTCAAAAGCCCTATTACACTC
130 CATTTATAGTCACCCAAACCTTCAAAAGCACTATTACACTC
** * * * * * * *
8080 CGTAAATAGTTTTATAACCTCAAAATTAATTTTAAGTTGAATTTTTCTATATTTTTGTATAAAAT
1 TTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTTTATTTTTGTATAAAAC
* * * ***
8145 AGATTATAATTGAATGTTTTCC-ATGAGAAACCTGAAGAAAAACCCATTCATTGGCAACAAANNN
66 AGATTATAATTGAATGTTTACCTATG-GAAACATGAAG-AAAACACATTCATTGGCAACAAAAGC
******* * * * * *
8209 NNNNNNNTAGTCACCCAAGCCTTTAAAAG-ATTAATTACTCTT
129 TCATTTATAGTCACCCAAACCTTCAAAAGCACT-ATTACACTC
* *
8251 TTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAGGTTGAATTTTTTTTTATGTTTTGT-CAAAA
1 TTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTTTAT-TTTTGTATAAAA
* * *
8315 CAGATGATAATTGAATGTTTACCTTTTGAAACATGAAGAAAAGCACATT
65 CAGATTATAATTGAATGTTTACCTATGGAAACATGAAGAAAA-CACATT
8364 TATAGTCACC
Statistics
Matches: 226, Mismatches: 51, Indels: 13
0.78 0.18 0.04
Matches are distributed among these distances:
169 2 0.01
170 86 0.38
171 131 0.58
172 7 0.03
ACGTcount: A:0.36, C:0.13, G:0.11, T:0.38
Consensus pattern (170 bp):
TTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTTTATTTTTGTATAAAAC
AGATTATAATTGAATGTTTACCTATGGAAACATGAAGAAAACACATTCATTGGCAACAAAAGCTC
ATTTATAGTCACCCAAACCTTCAAAAGCACTATTACACTC
Found at i:8500 original size:150 final size:150
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Indices: 8216--8506 Score: 343
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8206 NNNNNNNNNN
* *** *
8216 TAGTCACCCAAGCCTTTAAAAGATTAATTACTCTTTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGAT
1 TAGTCACCCAAGCCTTCAAAAGATTAATTACTCTCCGTAAATGATTTTATAATCTCATAATTGAT
* * * ** ***
8281 TTTAGGTTGAATTTTTTTTTATGTTTTGTCAAAACAGATGATAATTGAATGTTTACCTTTTGAAA
66 TTGAAGTTGAATTATTTTACATGTTTTGTCAAAACAGATGATAATTGAATGTTTACCTAGAGAAA
*
8346 CATGAAGAAAAGCACATTTA
131 CATGAACAAAAGCACATTTA
* * *
8366 TAGTCACCCAAGCCTTCAAAAGCCTT-ATTACTCTCCGTAAATGATTTTGTAATCTCATAATTTA
1 TAGTCACCCAAGCCTTCAAAAG-ATTAATTACTCTCCGTAAATGATTTTATAATCTCATAATTGA
* * * * *
8430 TTTGAAGTTGAATTATTTTACAT-TTTTGGTTAACACAGATTATAATTGATTGTTTGCCTAGAGA
65 TTTGAAGTTGAATTATTTTACATGTTTT-GTCAAAACAGATGATAATTGAATGTTTACCTAGAGA
*
8494 AGCATGAACAAAA
129 AACATGAACAAAA
8507 ACCCATTCAT
Statistics
Matches: 116, Mismatches: 23, Indels: 4
0.81 0.16 0.03
Matches are distributed among these distances:
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TAGTCACCCAAGCCTTCAAAAGATTAATTACTCTCCGTAAATGATTTTATAATCTCATAATTGAT
TTGAAGTTGAATTATTTTACATGTTTTGTCAAAACAGATGATAATTGAATGTTTACCTAGAGAAA
CATGAACAAAAGCACATTTA
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8643 CATTTACTGG
* * * * *
8653 CAAGAAAAGTCTC-TTTATAGTCGCCCAAGCCTTCAAAAGCGTTATTACTCTCTGTAAATGGTTT
1 CAAGAAAAG-CCCATTTATAGTCACCCAAGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTGTAAATGGTTT
* * * ** *
8717 TAGAATCTCATAGTAGA-TTTACAGTTGAATTAT-TTTATATTTTT-TTAGTACATATTATAATT
65 TAGAATCTCATAATAGATTTTA-AGCTGAATT-TCTTTACATTTTTGTTAAAACAGATTATAATT
* *
8779 GAATGTTTACCTCAAGAAGCATGAAG-AAAAACCCATTCATTGA
128 GAATGTTT-CCTCAAGAAACATGAAGAAAAAACCCACTCATTGA
* * *
8822 CCAGAAAATG-CCATTTATAGTCACCTAAGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTT
1 CAAGAAAA-GCCCATTTATAGTCACCCAAGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTGTAAATGGTTT
* * ** *
8886 TATAATCTCATAATTGATTTTAAGCTGTGTTTCTTTACATTTTTGGTTAAAATAGATTATAATTG
65 TAGAATCTCATAATAGATTTTAAGCTGAATTTCTTTACATTTTT-GTTAAAACAGATTATAATTG
* ** * *
8951 AATGTTTTCTTTAGAAACATGAAGAAAAAACCCACTGATTGG
129 AATGTTTCCTCAAGAAACATGAAGAAAAAACCCACTCATTGA
*
8993 CAAGAAAAGCCCATTTATAGACACCCAAGCCTTCGAAAGCCTTATTACT
1 CAAGAAAAGCCCATTTATAGTCACCCAAGCCTTCGAAAGCCTTATTACT
9042 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 183, Mismatches: 29, Indels: 14
0.81 0.13 0.06
Matches are distributed among these distances:
168 2 0.01
169 82 0.45
170 19 0.10
171 80 0.44
ACGTcount: A:0.34, C:0.17, G:0.14, T:0.35
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CAAGAAAAGCCCATTTATAGTCACCCAAGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTGTAAATGGTTTT
AGAATCTCATAATAGATTTTAAGCTGAATTTCTTTACATTTTTGTTAAAACAGATTATAATTGAA
TGTTTCCTCAAGAAACATGAAGAAAAAACCCACTCATTGA
Found at i:9025 original size:171 final size:169
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8598 TGATTTGAAG
* * * * * * *
8608 TTGATTGTTTACCTTTGGAAGCATG-AGAACAAATCCATTTACTGGCAAGAAAAGTCTC-TTTAT
1 TTGAATGTTTACCTTTAGAAACATGAAGAA-AAACCCATTCATTGGCAAGAAAAG-CCCATTTAT
* * * * * * *
8671 AGTCGCCCAAGCCTTCAAAAGCGTTATTACTCTCTGTAAATGGTTTTAGAATCTCATAGTAGA-T
64 AGTCACCCAAGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCTCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATT
** *
8735 TTACAGTTGAATTATTTTATATTTTT-TTAGTACATATTATAA
129 TTA-AGTTGAATT-TTTTATATTTTTGTTAAAACAGATTATAA
** * * *
8777 TTGAATGTTTACCTCAAGAAGCATGAAGAAAAACCCATTCATTGACCAGAAAATG-CCATTTATA
1 TTGAATGTTTACCTTTAGAAACATGAAGAAAAACCCATTCATTGGCAAGAAAA-GCCCATTTATA
* *
8841 GTCACCTAAGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTT
65 GTCACCCAAGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCTCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTT
* ** * *
8906 TAAGCTGTGTTTCTTTACATTTTTGGTTAAAATAGATTATAA
130 TAAGTTGAATTT-TTTATATTTTT-GTTAAAACAGATTATAA
* * *
8948 TTGAATGTTT-TCTTTAGAAACATGAAGAAAAAACCCACTGATTGGCAAGAAAAGCCCATTTATA
1 TTGAATGTTTACCTTTAGAAACATGAAG-AAAAACCCATTCATTGGCAAGAAAAGCCCATTTATA
* ************* *
9012 GACACCCAAGCCTTCGAAAGCCTTATTACTNNNNNNNNNNNNNTTTATAATCACATAATTGATTT
65 GTCACCCAAGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCTCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTT
* ** *
9077 TAAGTTGAATTTTTGTTATATTTCTGGCCAAAATAGATTATAA
130 TAAGTTGAA-TTTT-TTATATTT-TTGTTAAAACAGATTATAA
* * * ** *
9120 TTGAATGTTTACCTTTGGAAAAATGAAGAAAAACACATTCATTGGTGAGAAAAGCCCATTTATTG
1 TTGAATGTTTACCTTTAGAAACATGAAGAAAAACCCATTCATTGGCAAGAAAAGCCCATTTATAG
* * * * * * *
9185 TCACCTAAGCCTT-GCAATGCCTTATTGCTCTATTTAAATAGTTTTATAACCTCAAAATTGATTT
66 TCACCCAAGCCTTCG-AAAGCCTTATTACTCTCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTT
* * *
9249 TAAGTTGAATGTTTTTATATATTTT-TGTAAAGCATATCATAA
130 TAAGTTGAAT-TTTTTATAT-TTTTGT-TAAAACAGATTATAA
* * ** * *
9291 TTGAATGTTT-TCATGGGAAACCTGAAGAAAAAGCCATTCATTGG
1 TTGAATGTTTACCTTTAGAAACATGAAGAAAAACCCATTCATTGG
9335 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 440, Mismatches: 101, Indels: 33
0.77 0.18 0.06
Matches are distributed among these distances:
168 2 0.00
169 114 0.26
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172 122 0.28
173 15 0.03
ACGTcount: A:0.33, C:0.15, G:0.14, T:0.36
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TTGAATGTTTACCTTTAGAAACATGAAGAAAAACCCATTCATTGGCAAGAAAAGCCCATTTATAG
TCACCCAAGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCTCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTT
AAGTTGAATTTTTTATATTTTTGTTAAAACAGATTATAA
Found at i:9233 original size:172 final size:171
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Indices: 8608--9268 Score: 555
Period size: 172 Copynumber: 3.9 Consensus size: 171
8598 TGATTTGAAG
* * * * * * *
8608 TTGATTGTTTACCTTTGGAAGCATG-AGAACAAATCCATTTACTGGCAAGAAAAGTCTC-TTTAT
1 TTGAATGTTTACCTTTAGAAACATGAAGAA-AAACCCATTCATTGGCAAGAAAAG-CCCATTTAT
* * * * ** * * * * *
8671 AGTCGCCCAAGCCTTCAAAAGCGTTATTACTCTCTGTAAATGGTTTTAGAATCTCATAGTAGA-T
64 AGTCACCTAAGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGATTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATT
* *** ** * *
8735 TTACAGTTGAATTATTTTATATTT-T-TTTAGTACATATTATAA
129 TTA-AGTTGAATTTTTTTATATTTCTGGCCAAAATAGATTATAA
** * * *
8777 TTGAATGTTTACCTCAAGAAGCATGAAGAAAAACCCATTCATTGACCAGAAAATG-CCATTTATA
1 TTGAATGTTTACCTTTAGAAACATGAAGAAAAACCCATTCATTGGCAAGAAAA-GCCCATTTATA
* *
8841 GTCACCTAAGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTT
65 GTCACCTAAGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGATTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTT
* ** * * * **
8906 TAAGCTGTGTTTCTTTACATTTTTGGTTAAAATAGATTATAA
130 TAAGTTGAATTTTTTTATATTTCTGGCCAAAATAGATTATAA
* * *
8948 TTGAATGTTT-TCTTTAGAAACATGAAGAAAAAACCCACTGATTGGCAAGAAAAGCCCATTTATA
1 TTGAATGTTTACCTTTAGAAACATGAAG-AAAAACCCATTCATTGGCAAGAAAAGCCCATTTATA
* * ************* *
9012 GACACCCAAGCCTTCGAAAGCCTTATTACTNNNNNNNNNNNNNTTTATAATCACATAATTGATTT
65 GTCACCTAAGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGATTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTT
9077 TAAGTTGAATTTTTGTTATATTTCTGGCCAAAATAGATTATAA
130 TAAGTTGAATTTTT-TTATATTTCTGGCCAAAATAGATTATAA
* * * ** *
9120 TTGAATGTTTACCTTTGGAAAAATGAAGAAAAACACATTCATTGGTGAGAAAAGCCCATTTATTG
1 TTGAATGTTTACCTTTAGAAACATGAAGAAAAACCCATTCATTGGCAAGAAAAGCCCATTTATAG
* * * * *
9185 TCACCTAAGCCTT-GCAATGCCTTATTGCTCTATTTAAATAGTTTTATAACCTCAAAATTGATTT
66 TCACCTAAGCCTTCG-AAAGCCTTATTACTCGATTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTT
*
9249 TAAGTTGAATGTTTTTATAT
130 TAAGTTGAATTTTTTTATAT
9269 ATTTTTGTAA
Statistics
Matches: 389, Mismatches: 92, Indels: 20
0.78 0.18 0.04
Matches are distributed among these distances:
168 1 0.00
169 112 0.29
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171 118 0.30
172 120 0.31
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Consensus pattern (171 bp):
TTGAATGTTTACCTTTAGAAACATGAAGAAAAACCCATTCATTGGCAAGAAAAGCCCATTTATAG
TCACCTAAGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGATTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTT
AAGTTGAATTTTTTTATATTTCTGGCCAAAATAGATTATAA
Found at i:9675 original size:171 final size:171
Alignment explanation
Indices: 9385--9758 Score: 428
Period size: 171 Copynumber: 2.2 Consensus size: 171
9375 CTTTTGTTTC
* * * * * * *
9385 ACATATTTGGTTAAAAAAGATTATAATTAAATGTTTTCCTTGAAAAACATGAAGAAAAACACATT
1 ACATTTTTGGTTAACACAGATTATAATTGAATGTTTACCTCGAAAAACAGGAAGAAAAACACATT
9450 CATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTAACCCAAACATTTAAAAGACTTATTACTCTCTGTAAAT
66 CATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTAACCCAAACATTTAAAAGACTTATTACTCTCTGTAAAT
* ********** *
9515 GGTNNNNNNNNNNCATAATTGATTTGAAATTGAATTATTTT
131 AGTTTTATAGTCTCATAACTGATTTGAAATTGAATTATTTT
* * * *
9556 ACCTTTTTGGTTAACACAGATTATAATTGAATGTTTAGCTCGAGAAGCAGGAAGAAAAAGC-CAT
1 ACATTTTTGGTTAACACAGATTATAATTGAATGTTTACCTCGAAAAACAGGAAGAAAAA-CACAT
* * * * * *
9620 TCATTGGCAAGAAAAG-CTCATTTATAGTCACTCAAGCCTTTAAAAGCCTTATTACTCTTTGTAA
65 TCATTGGCAAGAAAAGTC-CATTTATAGTAACCCAAACATTTAAAAGACTTATTACTCTCTGTAA
* *
9684 TTAGTTTTATAGTCTCATAACTGATTTGAAGTTGAATTATTTT
129 ATAGTTTTATAGTCTCATAACTGATTTGAAATTGAATTATTTT
*
9727 ATATTTTTGGTTAACACAGATTATAATTGAAT
1 ACATTTTTGGTTAACACAGATTATAATTGAAT
9759 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 168, Mismatches: 33, Indels: 4
0.82 0.16 0.02
Matches are distributed among these distances:
170 1 0.01
171 166 0.99
172 1 0.01
ACGTcount: A:0.36, C:0.12, G:0.13, T:0.35
Consensus pattern (171 bp):
ACATTTTTGGTTAACACAGATTATAATTGAATGTTTACCTCGAAAAACAGGAAGAAAAACACATT
CATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTAACCCAAACATTTAAAAGACTTATTACTCTCTGTAAAT
AGTTTTATAGTCTCATAACTGATTTGAAATTGAATTATTTT
Found at i:13078 original size:171 final size:169
Alignment explanation
Indices: 12625--14332 Score: 1686
Period size: 171 Copynumber: 10.0 Consensus size: 169
12615 GTTTGGCTCA
* * * *
12625 AGAAACATGAAGAAAAACAAATTCATTGGA-AAGAAAAGCCTATTTATAGTCACTCAAACCTTCA
1 AGAAACATGAAGAAAAAC-CATTCATT-GACAAGAAAAGCCCATTTATAGTCACCCAAGCCTTCA
* ** * * *
12689 AATGCCTTATTACTCT-TTTAAATTATTTTATAACCTCAAAATT-ATTTTTAGGTCGAATGTTTT
64 AAAGCCTTATTACTCTCTTTAAATGGTTTTATAACCTCATAATTGA-TTTTAAGTTGAAT-TTTT
*
12752 TATATTTTT-GTTTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTTCCATG
127 TACATTTTTAG-TTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTTCCATG
* * * *
12795 AGAAACCTGAAGAAAAAGCCATTCATTGGCAAAAAAAAGCCCATTTATAGTCATCCAAGCCTTCA
1 AGAAACATGAAGAAAAA-CCATTCATTGAC-AAGAAAAGCCCATTTATAGTCACCCAAGCCTTCA
* * * * * *
12860 AAAGTCTTATGACTCCCTTTAAATGGTTTTCA-AGCCAT-AAAATTGATTTTAAGTTTAATTGTT
64 AAAGCCTTATTACTCTCTTTAAATGGTTTT-ATAACC-TCATAATTGATTTTAAGTTGAATT-TT
* * * *
12923 TCACATTTTTAGTTAAAACATATTATAATTAAATGTTTGCCATG
126 TTACATTTTTAGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTTCCATG
* * * * *
12967 AGAAACATGACGAAAAACACATTCATTGACAGGAAAAGCCCATTTATATTCACCAAAACCTTCAA
1 AGAAACATGAAGAAAAAC-CATTCATTGACAAGAAAAGCCCATTTATAGTCACCCAAGCCTTCAA
* * * * *
13032 AAGACTTATTACTCTCTGTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTGAAATTGAATTATTTTA
65 AAGCCTTATTACTCTCTTTAAATGGTTTTATAACCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATT-TTTTA
* * *
13097 -ACTTTTTGGTTAACAA-ATATTATAATTGAATGTTTGCC-TCG
129 CA-TTTTTAGTTAA-AACAGATTATAATTGAATGTTTTCCAT-G
** * * * ** * *
13138 AGAAGTAGGAAGAAAAAGCCATTTATTGGA-AATAAAATACCATTGATAGTCACCGAAGCCTTCA
1 AGAAACATGAAGAAAAA-CCATTCATT-GACAAGAAAAGCCCATTTATAGTCACCCAAGCCTTCA
* * * **
13202 AAAGCCTTATTATTCTCTTTAACTGGTTTTATAACCGT-AAAATACATTTTAAGTTGAATTTTTA
64 AAAGCCTTATTACTCTCTTTAAATGGTTTTATAACC-TCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTT-
* * * ** * ** *
13266 TACATTGTTGGTTAAAACAGACTGCAATTAAATGTTTGGC-TCC
127 TACATTTTTAGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTTCCAT-G
* * ** *
13309 AGAAACATGTAGAAAAACACATTCATTGGA-AAGAAAATCGTATTTATAGTCACCCAAACCTTC-
1 AGAAACATGAAGAAAAAC-CATTCATT-GACAAGAAAAGCCCATTTATAGTCACCCAAGCCTTCA
* * * ** *
13372 AATGCCTTATTACTCTTTTTAAATGATTTTATAACCTCA-AACTTGATTTTAAGTCAAATATTTT
64 AAAGCCTTATTACTCTCTTTAAATGGTTTTATAACCTCATAA-TTGATTTTAAGTTGAATTTTTT
* * * * **
13436 ATATTTTTATTTAAAATAGATCATAATTGAATGTTTTTAATG
128 ACATTTTTAGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTTCCATG
* * * * * *
13478 -GAAAACCTGAACAAAATGCCATTGATTGACAAGAAAAGCCCATTTATATTCACTCAAGCCTTCA
1 AG-AAACATGAAGAAAA-ACCATTCATTGACAAGAAAAGCCCATTTATAGTCACCCAAGCCTTCA
* * * *
13542 AAAGCCTTATTATTCTTTTTAAATGGTTTTATAACCTCAAAATTGATTTTAAGTCGAATATTTTT
64 AAAGCCTTATTACTCTCTTTAAATGGTTTTATAACCTCATAATTGATTTTAAGTTGAAT-TTTTT
* * *
13607 ATATTTTTATTTAAAATAGATTATAATTGAATGTTTTCCATG
128 ACATTTTTAGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTTCCATG
* * * * *
13649 AGAAACCTAAAGAAAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAGCCCATTTATATTCACCTAAGCCTTCAA
1 AGAAACATGAAGAAAAA-CCATTCATTGACAAGAAAAGCCCATTTATAGTCACCCAAGCCTTCAA
* *
13714 AAGTCTTATTACTCTCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTCTTTTA
65 AAGCCTTATTACTCTCTTTAAATGGTTTTATAACCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATT-TTTTA
* *
13779 CATTTTTAGTTAAAACAGATTATAATTCAATGTTTTCCTTG
129 CATTTTTAGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTTCCATG
* * *
13820 GGAAACATGAAGAAAAACCTATTCACTGGCAAGAAAAGCCCATTTATAGTCACCCAAGCCTTCAA
1 AGAAACATGAAGAAAAACC-ATTCATTGACAAGAAAAGCCCATTTATAGTCACCCAAGCCTTCAA
* * * * *
13885 AAGCCTTATTACTCTCTTTAAAAGGTTTTATAGCCTTAAAATTGATTTTAAGTTTAATTTTTTTA
65 AAGCCTTATTACTCTCTTTAAATGGTTTTATAACCTCATAATTGATTTTAAGTTGAA-TTTTTTA
* * * * *
13950 CATTTTTGGTTAAAAAATATTATAATTGAATGTTTGCCTTG
129 CATTTTTAGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTTCCATG
* ** *
13991 AGAAACATTAAGAAAAACCCATTCATTGGTAAGAAAAGCCCATTTATAGTCACCCAAGCCTTGAA
1 AGAAACATGAAGAAAAA-CCATTCATTGACAAGAAAAGCCCATTTATAGTCACCCAAGCCTTCAA
* * * * * *
14056 AATCCATATTACTCTCTATAAATGATTTTATAATCTCATAATTGATTTGAAGTTGAATTATTTTA
65 AAGCCTTATTACTCTCTTTAAATGGTTTTATAACCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATT-TTTTA
* * * * * *
14121 CCTTTTTTGTTAACATACATTATAATTGAATGTTTTCC-TCA
129 CATTTTTAGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTTCCAT-G
* * *
14162 AGAAGCATGAAGAAAAAGCCATTCAGTGGCAAGAAAAGCCCATTTATAGTCACCCAAGCCTTCAA
1 AGAAACATGAAGAAAAA-CCATTCATTGACAAGAAAAGCCCATTTATAGTCACCCAAGCCTTCAA
* * * * *
14227 AAGCCTTATTACTCTATGTAAATGATTTTATAATCTTATAATTGATTTGAAGTTGAAGTTGAATT
65 AAGCCTTATTACTCTCTTTAAATGGTTTTATAACCTCATAATTGA-TT----TT-AAGTTGAATT
*
14292 ATTTTACATTTTTAGTTAACACAGATTATAATTGAATGTTT
124 -TTTTACATTTTTAGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTTT
14333 NNNNNNNNNN
Statistics
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ACGTcount: A:0.37, C:0.15, G:0.12, T:0.37
Consensus pattern (169 bp):
AGAAACATGAAGAAAAACCATTCATTGACAAGAAAAGCCCATTTATAGTCACCCAAGCCTTCAAA
AGCCTTATTACTCTCTTTAAATGGTTTTATAACCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTACA
TTTTTAGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTTCCATG
Found at i:15080 original size:171 final size:170
Alignment explanation
Indices: 14468--15088 Score: 575
Period size: 171 Copynumber: 3.6 Consensus size: 170
14458 NNNNNNNNNN
* * * * * * * *
14468 AAGAAAAGCTCATTTACAGTCACCCAAGCATTTAAAAGCCTTATTACTCTCTGTAATTGATTTTA
1 AAGAAAAGCCCATTTATAGTCACCCAAGCCTTCAAAAGCCTAATTACTCTCTTTAAATGGTTTTA
* * * * * *
14533 TAGTCTCATAATTGATTTGAAGTTCAATTATTTTATATTTTTGGTTAACACAGATTATAATTGAT
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* * * * ** *
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* **
14639 AAGAAAAGCCCCTTTATAGTCACGTAAGCCTTCAAAAGCCTAATATTACTGC-CTTTAAATGGTT
1 AAGAAAAGCCCATTTATAGTCACCCAAGCCTTCAAAAGCCT-A-ATTACT-CTCTTTAAATGGTT
* * * * *
14703 TTATAATCTCATAATTGATTTTATGTTGAATTTTTTTCTATTTTTGGTCAAAACAGCTTATAATT
63 TTATAATCTCATAATTGATTTCAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATT
* * *
14768 GAATATTTACCTTTAGAAC-CCTGAAG-AAAACACATTCATTGGT
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* * * * *
14811 AAGTAAAGCCCATTTATAGTCACCCAAGCGTTCAAAGGCCTTATTACTCTCCTTAAATGGTTTTA
1 AAGAAAAGCCCATTTATAGTCACCCAAGCCTTCAAAAGCCTAATTACTCTCTTTAAATGGTTTTA
* * ********** **
14876 TAACCTCAAAATTGATTNNNNNNNNNNTTTTTTTATATTTTTATTTAAAACAGATTATAATTGAA
66 TAATCTCATAATTGATTTCAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAA
* * * *
14941 TGTTTTCCATAGGACACCTAAAGAAAAACCCACTCATTGGC
131 TGTTTACC-TAGGACACCTGAAGAAAAACACATTCATTGGC
* *** * * *
14982 AACAAAAGAGTATTTATTGTCACCCAAGCCTTCAAAAGCCTAATTACTCTTTTTGAATGGTTTTA
1 AAGAAAAGCCCATTTATAGTCACCCAAGCCTTCAAAAGCCTAATTACTCTCTTTAAATGGTTTTA
*
15047 TAATCTCATAATTGATTTCAAGTTGAATTTTTTTCTATTTTT
66 TAATCTCATAATTGATTTCAAGTTGAATTTTTTTATATTTTT
15089 NNNNNNNNNN
Statistics
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Matches are distributed among these distances:
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AAGAAAAGCCCATTTATAGTCACCCAAGCCTTCAAAAGCCTAATTACTCTCTTTAAATGGTTTTA
TAATCTCATAATTGATTTCAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAA
TGTTTACCTAGGACACCTGAAGAAAAACACATTCATTGGC
Found at i:15692 original size:171 final size:168
Alignment explanation
Indices: 15320--15805 Score: 456
Period size: 171 Copynumber: 2.8 Consensus size: 168
15310 NNNNNNNNNN
* * **
15320 CTTCAAAAGCCTTATTACTCTCCGTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTTATTTCAAGTGTGATT
1 CTTCAAAAGCCGTATTACTCGCTATAAATGGTTTTATAATCTCATAATTTATTT-AAGT-TGATT
* * * * * *
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* * * **********
15450 CCATTTATTGGCAAGAAAAGCCCATTTATAGNNNNNNNNNN
128 CCATTCATTGGCAAGAAAACCCCATTTAGAGTCACCTAAGC
* *
15491 CTTCAAAAGCCTTATTACTCTCTATAAATGGTTTTATAATCTCATAATTTATTTAAAGTTGAATT
1 CTTCAAAAGCCGTATTACTCGCTATAAATGGTTTTATAATCTCATAATTTATTT-AAGTTG-ATT
* *
15556 ATTATACATTTTTGGTTAACACAGATTATAATTGAATGTTTGCCTCAAAAAGCATGAAGAAAAAC
64 ATTTTACATTTTT-GTTAACACAGATTATAATTGAATGTTTGCCTCGAAAAGCATGAAGAAAAAC
* *
15621 CCATTCATTTGCAAGAGAACCCCATTTAGAGTCACCTAAGC
128 CCATTCATTGGCAAGAAAACCCCATTTAGAGTCACCTAAGC
* * * * ** * *
15662 CTTCGAAAGTCGTATTTCTCGCTTTAAATGGAATTATAATCTCATAATTGACTTTAGGCTTTG-T
1 CTTCAAAAGCCGTATTACTCGCTATAAATGGTTTTATAATCTCATAATTTA-TTTAAG--TTGAT
* * * * *
15726 TTTTTTACATTTTTTGTTGAA-ACAGATTATAATTGAATGTTTTCATTGGGAAA-CATGAAGAAA
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*
15789 AACCCATTCACTGGCAA
125 AACCCATTCATTGGCAA
15806 AACAAGCCCN
Statistics
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Matches are distributed among these distances:
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ACGTcount: A:0.33, C:0.15, G:0.13, T:0.36
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CTTCAAAAGCCGTATTACTCGCTATAAATGGTTTTATAATCTCATAATTTATTTAAGTTGATTAT
TTTACATTTTTGTTAACACAGATTATAATTGAATGTTTGCCTCGAAAAGCATGAAGAAAAACCCA
TTCATTGGCAAGAAAACCCCATTTAGAGTCACCTAAGC
Found at i:16358 original size:170 final size:170
Alignment explanation
Indices: 16010--16700 Score: 619
Period size: 171 Copynumber: 4.1 Consensus size: 170
16000 NNNNNNNNNN
* * * *
16010 AAACCCATTCACTGGCAAGAAAAGCCCCTTTATAGTCACCCAAGCTTTCAAAAGTCTTATTACT-
1 AAACACATTCACTGGCAAGAAAAGCCCATTTATAGTCACCCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTC
* * * * *
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* * * ** *
16137 AACACAGATTATAATTG-ATGGTTCACC-TCGAGACGCATGAGGAA
128 AAAACAGATTATAATTGAAT-GTTTACCTTTG-GAAACATGAAG-A
* * *
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* * * * *
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* *
16309 AAACAGAGTATAATTGAATGTTTACCTTTGGAAACATGTAGA
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* **********
16351 AAACACATTCATTGGCAAGAAAAGCCCATTTATAGTNNNNNNNNNNTTCAAAAGCCTTATTACTC
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* * * * * * * *
16416 TCC-TTAAATGGTTTTATAA-CTCAAAATTGATTTTAGGTTGAATTTTTTTATATTTTTGTTCCA
66 -CCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGCTGAAATTTTTTATACTTTTGGTCAA
* * * * *
16479 AACATATTATAATTGAATGTTTTCCATGGGAAACTTGAAGA
130 AACAGATTATAATTGAATGTTTACCTTTGGAAACATGAAGA
* * **** * *
16520 AAA-ATTCATTCATTGGCAACAAAAAAGTATTTATAGTCACCTAAGCCTTCAAAAGCCTAATTAC
1 AAACA--CATTCACTGGCAAGAAAAGCCCATTTATAGTCACCCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTAC
** * * * *
16584 TCTTTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTTATTTTAAGCTGAATTTTTTTCTACTTTTTGTCA
64 TCCCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGCTGAAATTTTTTATACTTTTGGTCA
* *
16649 AAATAGATTATAATTGAATGTTTACCTTTTGAAACATGAAGA
129 AAACAGATTATAATTGAATGTTTACCTTTGGAAACATGAAGA
16691 AAAGCACATT
1 AAA-CACATT
16701 TATAGTGACC
Statistics
Matches: 418, Mismatches: 87, Indels: 30
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Matches are distributed among these distances:
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173 8 0.02
ACGTcount: A:0.34, C:0.15, G:0.12, T:0.37
Consensus pattern (170 bp):
AAACACATTCACTGGCAAGAAAAGCCCATTTATAGTCACCCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTC
CCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGCTGAAATTTTTTATACTTTTGGTCAAA
ACAGATTATAATTGAATGTTTACCTTTGGAAACATGAAGA
Found at i:17042 original size:171 final size:170
Alignment explanation
Indices: 16754--17187 Score: 556
Period size: 171 Copynumber: 2.6 Consensus size: 170
16744 NNNNNNNNNN
* ** * * *
16754 ATCTCATAATTTATTTGAAGTTGAATTATTTTAGCTTTTTGGTT-AACACA-TACAATTGAATGT
1 ATCTCATAATTGATTTGAAGTTGAATTATTTTATATTTTTAGTTAAACAGATTATAATTGAATGT
* * *
16817 TTGCCTCGAGAAGTATGAAGAAAAACCCATTCATTGGTAAGAAAACTCCATTTATAGTAACCTAA
66 TTGCCTTGAGAAGCATGAAGAAAAACCCATTCATTGGTAAGAAAACTCCATTTATAGTAACCAAA
* * *
16882 GCCTTCGAAAGCCTTATTACTCTCTTTAAATAATTTTATA
131 GCCTTCAAAAGCCTAATTACTCTCTTTAAATAATTTTAAA
* *
16922 ATCTTATAATTGATTTGAAGTTGAATTATTTTTTATTTTTAGTTAATACAGATTATAATTGAATG
1 ATCTCATAATTGATTTGAAGTTGAATTATTTTATATTTTTAGTTAA-ACAGATTATAATTGAATG
*
16987 TTTGCCTTGAGAAGCATGAAGAAAAACCCATTCATT-GTCAAGAAAAGC-CCATTTATAGTCACC
65 TTTGCCTTGAGAAGCATGAAGAAAAACCCATTCATTGGT-AAGAAAA-CTCCATTTATAGTAACC
* **
17050 AAAGCCTTCAAAAGCCTAATTTCTCTCTTTAAATGGTTTTAAA
128 AAAGCCTTCAAAAGCCTAATTACTCTCTTTAAATAATTTTAAA
* *
17093 ATCTCAAAATTGATTTTAAGTTGAATT-TTTTATA-TTTTAGTTAAAACAGATTATAATTGAATG
1 ATCTCATAATTGATTTGAAGTTGAATTATTTTATATTTTTAGTT-AAACAGATTATAATTGAATG
** * * * *
17156 TTTTTCATGGGAAACCTGAAGAAAAACCCATT
65 TTTGCCTTGAGAAGCATGAAGAAAAACCCATT
17188 TATAGTCACC
Statistics
Matches: 232, Mismatches: 28, Indels: 11
0.86 0.10 0.04
Matches are distributed among these distances:
168 38 0.16
169 53 0.23
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ACGTcount: A:0.35, C:0.14, G:0.13, T:0.38
Consensus pattern (170 bp):
ATCTCATAATTGATTTGAAGTTGAATTATTTTATATTTTTAGTTAAACAGATTATAATTGAATGT
TTGCCTTGAGAAGCATGAAGAAAAACCCATTCATTGGTAAGAAAACTCCATTTATAGTAACCAAA
GCCTTCAAAAGCCTAATTACTCTCTTTAAATAATTTTAAA
Found at i:17047 original size:21 final size:21
Alignment explanation
Indices: 17005--17047 Score: 59
Period size: 21 Copynumber: 2.0 Consensus size: 21
16995 GAGAAGCATG
*
17005 AAGAAAAACCCATTCATTGTC
1 AAGAAAAACCCATTCATAGTC
* *
17026 AAGAAAAGCCCATTTATAGTC
1 AAGAAAAACCCATTCATAGTC
17047 A
1 A
17048 CCAAAGCCTT
Statistics
Matches: 19, Mismatches: 3, Indels: 0
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Matches are distributed among these distances:
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AAGAAAAACCCATTCATAGTC
Found at i:17226 original size:148 final size:149
Alignment explanation
Indices: 17026--17339 Score: 454
Period size: 148 Copynumber: 2.1 Consensus size: 149
17016 ATTCATTGTC
* * * *
17026 AAGAAAAGCCCATTTATAGTCACCAAAGCCTTCAAAAGCCTAATTTCTCTCTTTAAATGGTTTTA
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* *
17091 AAATCTCAAAATTGATTTT-AAGTTGA-ATTTTTTATATTTT-AGTTAAAACAGATTATAATTGA
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*
17153 ATGTTTTTCATGGGAAACCTG
129 ATGTTTTTCATGGGAAACCTA
* *
17174 AAGAAAAACCCATTTATAGTCACCCAAGCCTTAAAAAGCCTTATTACTCTCTTTAAAAGGTTTTA
1 AAGAAAAACCCATTTATAGTCACCAAAGCCTTAAAAAGCCTAATTACTCTCTTTAAAAGGTTTTA
* * *
17239 TAACCTCAAAATGGATTTTGAATTGATTTTTTTTATATTTTGATTAAAATAGATTATAATTGAAT
66 AAACCTCAAAATGGATTTTGAATTGATATTTTTTATATTTTGATTAAAACAGATTATAATTGAAT
*
17304 GTTTTTCATGTGAAACCTA
131 GTTTTTCATGGGAAACCTA
* *
17323 AAGAAAATCCTATTTAT
1 AAGAAAAACCCATTTAT
17340 TGGCAAGAAA
Statistics
Matches: 148, Mismatches: 15, Indels: 5
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Matches are distributed among these distances:
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Consensus pattern (149 bp):
AAGAAAAACCCATTTATAGTCACCAAAGCCTTAAAAAGCCTAATTACTCTCTTTAAAAGGTTTTA
AAACCTCAAAATGGATTTTGAATTGATATTTTTTATATTTTGATTAAAACAGATTATAATTGAAT
GTTTTTCATGGGAAACCTA
Found at i:17302 original size:489 final size:486
Alignment explanation
Indices: 16200--18160 Score: 1862
Period size: 489 Copynumber: 4.0 Consensus size: 486
16190 CACTAGCAAG
* * **
16200 AAAACCCCTTTATAGTCACCCAAGCCTTTAAAAGCCTAATATTACTCCCTTTAATTGGTTTTATA
1 AAAACCCATTTATAGTCACCCAAGCCTTTAAAAGCCT--TATTACTCTCTTTAAAAGGTTTTATA
* * *
16265 ATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAAATTTTTTCTA-TTATGGTCAAAACAGAGTATAATTGAATG
64 ATCTCATAATTGATTTTAAGTTG-AATTTTTT-TATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATG
* ** * *****
16329 TTTACCTTTGGAAACATGTAG-AAAACACATTCATTGGCAAGAAAAGCCCATTTATAGTNNNNNN
127 TTTGCC-TTGGAAACATAAAGAAAAACCCATTCATTGGCAAGAAAAGCCCATTTATAGT-AACCA
**** * * *
16393 NNNNTTCAAAAGCCTTATTACTCTCCTTAAATGGTTTTATAA-CTCAAAATTGATTTTAGGTTGA
190 AGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCTCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGA
* * * *
16457 ATTTTTTTATATTTTTGTTCCAAACATATTATAATTGAATGTTTTCCATGGGAAACTTGAAGAAA
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** * * ****
16522 AATTCATTCATTGGCAACAAAAAAGTATTTATAGTCACCTAAGCCTTCAAAAGCCTAATTACTCT
319 AACCCATTCATTGTCAAGAAAAGCCCATTTATAGTCACC-AAGCCTTCAAAAGCCTAATTACTCT
* * * * *
16587 TTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTTATTTTAAGCTGAATTTTTTT-CTACTTTTT-GTCAA
383 CTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTAC-A-TTTTTAGTTAA
* * ** *
16650 AATAGATTATAATTGAATG-TTTACCTTTTGAAACATGAAGA
446 AACAGATTATAATTGAATGTTTTA-CATGGGAAACCTGAAGA
* * * * * ** **********
16691 AAAGCACATTTATAGTGACCAAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCTCCGTAAANNNNNNNNNNAT
1 AAAACCCATTTATAGTCACCCAAGCCTTTAAAAGCCTTATTACTCTCTTTAAAAGGTTTTATAAT
* * * * *
16756 CTCATAATTTATTTGAAGTTGAATTATTTTAGCTTTTTGGTT--AACACA-TACAATTGAATGTT
66 CTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTA--TTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTT
* ** * *
16818 TGCCTCGAGAAGTATGAAGAAAAACCCATTCATTGGTAAGAAAA-CTCCATTTATAGTAACCTAA
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* ** * *
16882 GCCTTCGAAAGCCTTATTACTCTCTTTAAATAATTTTATAATCTTATAATTGATTTGAAGTTGAA
191 GCCTTCAAAAGCCTTATTACTCTCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAA
* * * *
16947 TTATTTTT-TATTTTTAGTTAATACAGATTATAATTGAATGTTTGCCTTGAGAAGCATGAAGAAA
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*
17011 AACCCATTCATTGTCAAGAAAAGCCCATTTATAGTCACCAAAGCCTTCAAAAGCCTAATTTCTCT
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* * *
17076 CTTTAAATGGTTTTAAAATCTCAAAATTGATTTTAAGTTGAA-TTTTTTATA-TTTTAGTTAAAA
383 CTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTAGTTAAAA
*
17139 CAGATTATAATTGAATGTTTTTCATGGGAAACCTGAAGA
448 CAGATTATAATTGAATGTTTTACATGGGAAACCTGAAGA
* *
17178 AAAACCCATTTATAGTCACCCAAGCCTTAAAAAGCCTTATTACTCTCTTTAAAAGGTTTTATAAC
1 AAAACCCATTTATAGTCACCCAAGCCTTTAAAAGCCTTATTACTCTCTTTAAAAGGTTTTATAAT
* * * * *
17243 CTCAAAATGGATTTTGAA-TTGATTTTTTTTATATTTTGATTAAAATAGATTATAATTGAATGTT
66 CTCATAATTGATTTT-AAGTTGAATTTTTTTAT-TTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTT
** * * * * * *
17307 TTTCATGTGAAACCTAAAGAAAATCCTATTTATTGGCAAGAAAAGCCCATTTATAGTCATCCAAG
129 TGCCTTG-GAAACATAAAGAAAAACCCATTCATTGGCAAGAAAAGCCCATTTATAGT-AACCAAG
* * * *
17372 CTTTCTAAAGCCTTATTACTCTATTTAAATGGTTTTATAATCACATAATTGATTTTAAGTTGAAT
192 CCTTCAAAAGCCTTATTACTCTCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAAT
* *
17437 TTTTTTACATTTTTAGTTAAAACAG-TGTATAATTGAATGTTTGCCTTGGGAAACATGAAGAAAA
257 TTTTTTATATTTTT-GTTAAAACAGAT-TATAATTGAATGTTTGCCATGGGAAACATGAAGAAAA
* * * * * *
17501 ACTCATTTACTGCCAAGAAAAGCCCATTTATAGTCACCCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTATC
320 ACCCATTCATTGTCAAGAAAAGCCCATTTATAGTCA-CCAAGCCTTCAAAAGCCTAATTACTCTC
* * * * * * *
17566 TTTAAATGGCTTTATAACCTC--AATTGATTTTAAGTTTAAGTGTTTCACATTTTTGGTTAAAAC
384 TTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTAGTTAAAAC
*
17629 AGATTATAATTGAATGTTTGCCTCAAGGAACATGAAGAAAAACTCATTCATTGGCAAGA
449 AGATTATAATTGAATGTTT---T------ACATG--G-GAAA--C---C--T-G-AAGA
*
17688 AAAGA-CCATTTATAGTCACTCAAGCCTTTAAAAGCCTTATTACTCTCTTTAAATA-GTTTTATA
1 AAA-ACCCATTTATAGTCACCCAAGCCTTTAAAAGCCTTATTACTCTCTTTAAA-AGGTTTTATA
* **
17751 ATCTCATAATTGATGTTAAGTTGAATTTGTTTTCATTTTTGGTTAAAACATTTTATAATTGAATG
64 ATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTT-TTTT-ATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATG
* * * * * *
17816 TTTGCCTTGGGAAACATAAAGACAAACTCATTTATTGGCATGAAAAACCCATTTATAGTCACCCA
127 TTTGCCTT-GGAAACATAAAGAAAAACCCATTCATTGGCAAGAAAAGCCCATTTATAGT-AACCA
* *
17881 AGCCTTCAAAAGACCTT-TTACTCTCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTCATTTTAAGTTA
190 AGCCTTCAAAAG-CCTTATTACTCTCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTG
* * * * *** *
17945 AATATTTTTATATTTTTGTTTAAAATAGATTATAA-TAAATTGTTTTCCATGGGAAACCCAAAGT
254 AATTTTTTTATATTTTTG-TTAAAACAGATTATAATTGAA-TGTTTGCCATGGGAAACATGAAGA
** * * *
18009 AAAGGCCATTC-TT-TCGAAAGAAAATCCCATTTATAGTCGTCCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTA
317 AAAACCCATTCATTGTC--AAGAAAAGCCCATTTATAGTC-ACCAAGCCTTCAAAAGCCTAATTA
*** * *
18072 CTCTCTTTAAATGGTTTCCCACTCTCATAATTGATTTTAAGTCGAATTTTTTTACATTTTTAGTT
379 CTCTCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTAGTT
*
18137 AAAACAGTTTATAATTGAATGTTT
444 AAAACAGATTATAATTGAATGTTT
18161 GCCACATAAA
Statistics
Matches: 1195, Mismatches: 214, Indels: 100
0.79 0.14 0.07
Matches are distributed among these distances:
485 1 0.00
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492 1 0.00
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ACGTcount: A:0.34, C:0.15, G:0.12, T:0.38
Consensus pattern (486 bp):
AAAACCCATTTATAGTCACCCAAGCCTTTAAAAGCCTTATTACTCTCTTTAAAAGGTTTTATAAT
CTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTG
CCTTGGAAACATAAAGAAAAACCCATTCATTGGCAAGAAAAGCCCATTTATAGTAACCAAGCCTT
CAAAAGCCTTATTACTCTCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTT
TTATATTTTTGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTGCCATGGGAAACATGAAGAAAAACCCAT
TCATTGTCAAGAAAAGCCCATTTATAGTCACCAAGCCTTCAAAAGCCTAATTACTCTCTTTAAAT
GGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTAGTTAAAACAGATTAT
AATTGAATGTTTTACATGGGAAACCTGAAGA
Found at i:17531 original size:171 final size:171
Alignment explanation
Indices: 17174--18254 Score: 1229
Period size: 171 Copynumber: 6.3 Consensus size: 171
17164 GGGAAACCTG
* * *
17174 AAGAAAAACCCATTTATAGTCACCCAAGCCTTAAAAAGCCTTATTACTCTCTTTAAAAGGTTTTA
1 AAGAAAAGCCCATTTATAGTCACCCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCTCTTTAAATGGTTTTA
* * * * * * *
17239 TAACCTCAAAATGGATTTTGAA-TTGATTTTTTTTATATTTTGA-TTAAAATAGATTATAATTGA
66 TAATCTCATAATTGATTTT-AAGTTGAATTTTTTTACATTTTTAGTTAAAACAGATTATAATTGA
** * * *
17302 ATGTTTTTCATGTGAAACCTAAAGAAAATC-CTATTTATTGGC
130 ATGTTTGCCATGGGAAACATAAAGAAAAACTC-ATTTATTGGC
* * * *
17344 AAGAAAAGCCCATTTATAGTCATCCAAGCTTTCTAAAGCCTTATTACTCTATTTAAATGGTTTTA
1 AAGAAAAGCCCATTTATAGTCACCCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCTCTTTAAATGGTTTTA
*
17409 TAATCACATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTAGTTAAAACAG-TGTATAATTGA
66 TAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTAGTTAAAACAGAT-TATAATTGA
* * * *
17473 ATGTTTGCCTTGGGAAACATGAAGAAAAACTCATTTACTGCC
130 ATGTTTGCCATGGGAAACATAAAGAAAAACTCATTTATTGGC
* *
17515 AAGAAAAGCCCATTTATAGTCACCCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTATCTTTAAATGGCTTTA
1 AAGAAAAGCCCATTTATAGTCACCCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCTCTTTAAATGGTTTTA
* * * * * *
17580 TAACCTC--AATTGATTTTAAGTTTAAGTGTTTCACATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAA
66 TAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTAGTTAAAACAGATTATAATTGAA
* * *
17643 TGTTTGCC-TCAAGG-AACATGAAGAAAAACTCATTCATTGGC
131 TGTTTGCCAT--GGGAAACATAAAGAAAAACTCATTTATTGGC
* * * *
17684 AAGAAAAGACCATTTATAGTCACTCAAGCCTTTAAAAGCCTTATTACTCTCTTTAAATAGTTTTA
1 AAGAAAAGCCCATTTATAGTCACCCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCTCTTTAAATGGTTTTA
* * **
17749 TAATCTCATAATTGATGTTAAGTTGAATTTGTTTT-CATTTTTGGTTAAAACATTTTATAATTGA
66 TAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTT-TTTTACATTTTTAGTTAAAACAGATTATAATTGA
* *
17813 ATGTTTGCCTTGGGAAACATAAAGACAAACTCATTTATTGGC
130 ATGTTTGCCATGGGAAACATAAAGAAAAACTCATTTATTGGC
* *
17855 ATGAAAAACCCATTTATAGTCACCCAAGCCTTCAAAAGACCTT-TTACTCTCTTTAAATGGTTTT
1 AAGAAAAGCCCATTTATAGTCACCCAAGCCTTCAAAAG-CCTTATTACTCTCTTTAAATGGTTTT
* * * * * *
17919 ATAATCTCATAATTCATTTTAAGTTAAATATTTTTATATTTTT-GTTTAAAATAGATTATAA-TA
65 ATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTAG-TTAAAACAGATTATAATTG
* ** ** * *
17982 AATTGTTTTCCATGGGAAACCCAAAGTAAAGGC-CATTCT-TTCGA
129 AA-TGTTTGCCATGGGAAACATAAAG-AAAAACTCATT-TATTGGC
* ** **
18026 AAGAAAATCCCATTTATAGTCGTCCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCTCTTTAAATGGTTTCC
1 AAGAAAAGCCCATTTATAGTCACCCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCTCTTTAAATGGTTTTA
* * * *
18091 CACTCTCATAATTGATTTTAAGTCGAATTTTTTTACATTTTTAGTTAAAACAGTTTATAATTGAA
66 TAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTAGTTAAAACAGATTATAATTGAA
**** * * *
18156 TGTTTGCCACATAAAATATGAAGAAAAA-TACATTCATTGGC
131 TGTTTGCCATGGGAAACATAAAGAAAAACT-CATTTATTGGC
* * * *
18197 AAGAAAATCCCATTGATAGTCACCGACGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCTCTTTAAAT
1 AAGAAAAGCCCATTTATAGTCACCCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCTCTTTAAAT
18255 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 769, Mismatches: 118, Indels: 47
0.82 0.13 0.05
Matches are distributed among these distances:
168 1 0.00
169 148 0.19
170 112 0.15
171 491 0.64
172 17 0.02
ACGTcount: A:0.35, C:0.16, G:0.12, T:0.38
Consensus pattern (171 bp):
AAGAAAAGCCCATTTATAGTCACCCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCTCTTTAAATGGTTTTA
TAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTAGTTAAAACAGATTATAATTGAA
TGTTTGCCATGGGAAACATAAAGAAAAACTCATTTATTGGC
Found at i:17798 original size:340 final size:339
Alignment explanation
Indices: 17174--18254 Score: 1331
Period size: 340 Copynumber: 3.2 Consensus size: 339
17164 GGGAAACCTG
* *
17174 AAGAAAAACCCATTTATAGTCACCCAAGCCTTAAAAAGCCTTATTACTCTCTTTAAAAGGTTTTA
1 AAGAAAAACCCATTTATAGTCACCCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCTCTTTAAATGGTTTTA
* * **
17239 TAACCTCAAAATGGATTTTGAA-TTGATTTTTTTTATA-TTTTGATTAAAATAGATTATAATTGA
66 TAACCTC-AAATTGATTTT-AAGTTTAAATTTTTTATATTTTTGATTAAAATAGATTATAATTGA
* * * *
17302 ATGTTTTTCATGTGAAACCTAAAGAAAATCCTATTTATTGGCAAGAAAAGCCCATTTATAGTCAT
129 ATGTTTCTCAAG-GAAACCTAAAGAAAAACC-ATTCATTGGCAAGAAAAGCCCATTTATAGTCAT
* * *
17367 CCAAG-CTTTCTAAAGCCTTATTACTCTATTTAAATGGTTTTATAATCACATAATTGATTTTAAG
192 CCAAGCCTTT-AAAAGCCTTATTACTCTCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAG
*
17431 TTGAATTTTTTTACATTTTTAGTTAAAACAGTGTATAATTGAATGTTTGCCTTGGGAAACATGAA
256 TTGAATTTTTTTACATTTTTAGTTAAAACAGTTTATAATTGAATGTTTGCCTTGGGAAACATGAA
* *
17496 GAAAAACTCATTTACTGCC
321 GAAAAACTCATTTATTGGC
* * *
17515 AAGAAAAGCCCATTTATAGTCACCCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTATCTTTAAATGGCTTTA
1 AAGAAAAACCCATTTATAGTCACCCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCTCTTTAAATGGTTTTA
* * * * * *
17580 TAACCTC-AATTGATTTTAAGTTTAAGTGTTTCACATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAAT
66 TAACCTCAAATTGATTTTAAGTTTAAATTTTTTATATTTTTGATTAAAATAGATTATAATTGAAT
* * *
17644 GTTTGCCTCAAGG-AACATGAAGAAAAACTCATTCATTGGCAAGAAAAGACCATTTATAGTCA-C
131 GTTT--CTCAAGGAAACCTAAAGAAAAAC-CATTCATTGGCAAGAAAAGCCCATTTATAGTCATC
* *
17707 TCAAGCCTTTAAAAGCCTTATTACTCTCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATGTTAAGT
193 -CAAGCCTTTAAAAGCCTTATTACTCTCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGT
* * *
17772 TGAATTTGTTTT-CATTTTTGGTTAAAACATTTTATAATTGAATGTTTGCCTTGGGAAACATAAA
257 TGAATTT-TTTTACATTTTTAGTTAAAACAGTTTATAATTGAATGTTTGCCTTGGGAAACATGAA
*
17836 GACAAACTCATTTATTGGC
321 GAAAAACTCATTTATTGGC
*
17855 ATGAAAAACCCATTTATAGTCACCCAAGCCTTCAAAAGACCTT-TTACTCTCTTTAAATGGTTTT
1 AAGAAAAACCCATTTATAGTCACCCAAGCCTTCAAAAG-CCTTATTACTCTCTTTAAATGGTTTT
* * * *
17919 ATAATCTCATAATTCATTTTAAG-TTAAATATTTTTATATTTTTGTTTAAAATAGATTATAA-TA
65 ATAACCTCA-AATTGATTTTAAGTTTAAAT-TTTTTATATTTTTGATTAAAATAGATTATAATTG
* * ** * * * *
17982 AATTGTTT-TCCATGGGAAACCCAAAGTAAAGGCCATTCTTTCGAAAGAAAATCCCATTTATAGT
128 AA-TGTTTCT-CA-AGGAAACCTAAAG-AAAAACCATTCATTGGCAAGAAAAGCCCATTTATAGT
* * *** *
18046 CGTCCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCTCTTTAAATGGTTTCCCACTCTCATAATTGATTTTA
189 CATCCAAGCCTTTAAAAGCCTTATTACTCTCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTA
* ***** *
18111 AGTCGAATTTTTTTACATTTTTAGTTAAAACAGTTTATAATTGAATGTTTGCCACATAAAATATG
254 AGTTGAATTTTTTTACATTTTTAGTTAAAACAGTTTATAATTGAATGTTTGCCTTGGGAAACATG
*
18176 AAGAAAAA-TACATTCATTGGC
319 AAGAAAAACT-CATTTATTGGC
* * * *
18197 AAGAAAATCCCATTGATAGTCACCGACGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCTCTTTAAAT
1 AAGAAAAACCCATTTATAGTCACCCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCTCTTTAAAT
18255 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 637, Mismatches: 82, Indels: 41
0.84 0.11 0.05
Matches are distributed among these distances:
338 2 0.00
339 20 0.03
340 261 0.41
341 100 0.16
342 249 0.39
343 5 0.01
ACGTcount: A:0.35, C:0.16, G:0.12, T:0.38
Consensus pattern (339 bp):
AAGAAAAACCCATTTATAGTCACCCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCTCTTTAAATGGTTTTA
TAACCTCAAATTGATTTTAAGTTTAAATTTTTTATATTTTTGATTAAAATAGATTATAATTGAAT
GTTTCTCAAGGAAACCTAAAGAAAAACCATTCATTGGCAAGAAAAGCCCATTTATAGTCATCCAA
GCCTTTAAAAGCCTTATTACTCTCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAA
TTTTTTTACATTTTTAGTTAAAACAGTTTATAATTGAATGTTTGCCTTGGGAAACATGAAGAAAA
ACTCATTTATTGGC
Found at i:19368 original size:171 final size:161
Alignment explanation
Indices: 19137--19455 Score: 336
Period size: 171 Copynumber: 1.9 Consensus size: 161
19127 CTTTAAAAGG
* * * * *
19137 TTTTATAATCTTAAATTTAATTTTAAGTTTAATTTTTTTACATTTGTGGTTAAAACAGATTATAA
1 TTTTATAATCTCAAATTTAATTTGAAGTTGAATTATTTTACATTTGTAGTTAAAACAGATTATAA
* * * * * * *
19202 TTGATTGTTTGATTTGAGAAACAAGAAGAAAAACCCATTCTTTGGTAAGAAAAGCCTATTTATAG
66 TTGAATGTTTGACTCGAGAAACAAGAAGAAAAACCCATTCATTGATAAAAAAAGCCCATTTATAG
19267 TAACCCAAGCCTTCAAAATCCTTATTNNNNNNNNNNAATGA
131 TAACCCAAGCCTTCAAAATCCTTATT----------AATGA
* *
19308 TTTTATAATCTCATAA-TTGATTTGAAGTTGAATTATTTTAC-TTTGTTAGTTAACACAGATTAT
1 TTTTATAATCTCA-AATTTAATTTGAAGTTGAATTATTTTACATTTG-TAGTTAAAACAGATTAT
** * * *
19371 AATTGAATGTTTTCCTCGAGAAGCATGAAGAAAAAGCCATTCATTGATAAAAAAAGCCCATTTAT
64 AATTGAATGTTTGACTCGAGAAACAAGAAGAAAAACCCATTCATTGATAAAAAAAGCCCATTTAT
*
19436 AGTCACCCAAGCCTTCAAAA
129 AGTAACCCAAGCCTTCAAAA
19456 GCCTNNNNNN
Statistics
Matches: 126, Mismatches: 20, Indels: 4
0.84 0.13 0.03
Matches are distributed among these distances:
170 4 0.03
171 120 0.95
172 2 0.02
ACGTcount: A:0.36, C:0.13, G:0.12, T:0.36
Consensus pattern (161 bp):
TTTTATAATCTCAAATTTAATTTGAAGTTGAATTATTTTACATTTGTAGTTAAAACAGATTATAA
TTGAATGTTTGACTCGAGAAACAAGAAGAAAAACCCATTCATTGATAAAAAAAGCCCATTTATAG
TAACCCAAGCCTTCAAAATCCTTATTAATGA
Found at i:19485 original size:171 final size:161
Alignment explanation
Indices: 19308--19630 Score: 364
Period size: 171 Copynumber: 1.9 Consensus size: 161
19298 NNNNNAATGA
*
19308 TTTTATAATCTCATAATTGATTTGAAGTTGAATTATTTTACT-TTGTTAG-TTAACACAGATTAT
1 TTTTATAATCTCATAATTGATTTGAAGTTCAATTATTTTA-TATT-TTAGATTAACACAGATTAT
* * * * *
19371 AATTGAATGTTTTCCTCGAGAAGCATGAAGAAAAAGCCATTCA-TTGATAAAAAAAGCCCATTTA
64 AATTGAATGTTTACCTCAAGAAGCATGAAGAAAAACCCATTCACTAG-CAAAAAAAGCCCATTTA
*
19435 TAGTCACCCAAGCCTTCAAAAGCCTNNNNNNNNNNTGTAATTGG
128 TAGTCACCAAAGCCTTCAAAAGCCT----------TGTAATTGG
* * *
19479 TTTTATAGTCTCATAATTGATTTGAAGTTCAATTATTTTATATTTTTGATTAGCACAGATTATAA
1 TTTTATAATCTCATAATTGATTTGAAGTTCAATTATTTTATATTTTAGATTAACACAGATTATAA
* * * * *
19544 TTGATTGTTTACCTCAAGAAGCATGAGGAAAAACCCATTCACTAGCAAGAAATGCCCCTTTATAG
66 TTGAATGTTTACCTCAAGAAGCATGAAGAAAAACCCATTCACTAGCAAAAAAAGCCCATTTATAG
*
19609 TTACCAAAGCCTTCAAAAGCCT
131 TCACCAAAGCCTTCAAAAGCCT
19631 AATATTACTC
Statistics
Matches: 133, Mismatches: 16, Indels: 6
0.86 0.10 0.04
Matches are distributed among these distances:
170 4 0.03
171 127 0.95
172 2 0.02
ACGTcount: A:0.34, C:0.15, G:0.13, T:0.34
Consensus pattern (161 bp):
TTTTATAATCTCATAATTGATTTGAAGTTCAATTATTTTATATTTTAGATTAACACAGATTATAA
TTGAATGTTTACCTCAAGAAGCATGAAGAAAAACCCATTCACTAGCAAAAAAAGCCCATTTATAG
TCACCAAAGCCTTCAAAAGCCTTGTAATTGG
Found at i:22281 original size:172 final size:171
Alignment explanation
Indices: 22000--22329 Score: 401
Period size: 172 Copynumber: 1.9 Consensus size: 171
21990 GGTTGAAACA
* * * * *
22000 GATTATAATTAAATGTTTTCCTTGGGAAACATGAAGAAAAACCCATTCACTAGCAAGAAAAGCCT
1 GATTATAATTAAATGTTTACCTTGGAAAAAATGAAGAAAAACACATTCACTAGCAAGAAAAGCCC
* * * *
22065 ATTTATAGTCATCCAAGCCATCAAAAACCTTATTACTTTCTTTAAATGGTGTGATAATCGCATAA
66 ATTTATAGTCACCCAAGCCATCAAAAACCTAATTACTCTCTTTAAATGGTGTGATAATCGCAAAA
* * *
22130 TTGATTTTAAGTTGAATTTTTGTTATATTATCGACCAAAATG
131 CTGATTTTAAGTCGAATGTTT-TTATATTATCGACCAAAATG
* * *
22172 GATTATAATTGAATGTTTACCTTTGAAAAAATGAAGAAAAACACATTCA-TCGGCAAGAAAAGCC
1 GATTATAATTAAATGTTTACCTTGGAAAAAATGAAGAAAAACACATTCACT-AGCAAGAAAAGCC
* * * * ** * * * **
22236 CATTTATTGTCACCCTAGCCTTCCAATGCCTAATTGCTCTCTTTAAATGGTTTTATAATTTCAAA
65 CATTTATAGTCACCCAAGCCATCAAAAACCTAATTACTCTCTTTAAATGGTGTGATAATCGCAAA
22301 ACTGATTTTAAGTCGAATGTTTTTATATT
130 ACTGATTTTAAGTCGAATGTTTTTATATT
22330 TTTACTTGAA
Statistics
Matches: 131, Mismatches: 26, Indels: 3
0.82 0.16 0.02
Matches are distributed among these distances:
171 8 0.06
172 123 0.94
ACGTcount: A:0.35, C:0.16, G:0.13, T:0.36
Consensus pattern (171 bp):
GATTATAATTAAATGTTTACCTTGGAAAAAATGAAGAAAAACACATTCACTAGCAAGAAAAGCCC
ATTTATAGTCACCCAAGCCATCAAAAACCTAATTACTCTCTTTAAATGGTGTGATAATCGCAAAA
CTGATTTTAAGTCGAATGTTTTTATATTATCGACCAAAATG
Found at i:23646 original size:21 final size:21
Alignment explanation
Indices: 23617--23656 Score: 53
Period size: 21 Copynumber: 1.9 Consensus size: 21
23607 GCTTGGGTGA
23617 CAATAAATGGGCTTTTCTTGC
1 CAATAAATGGGCTTTTCTTGC
* * *
23638 CAATGAATGTGTTTTTCTT
1 CAATAAATGGGCTTTTCTT
23657 CTTTTTTTCA
Statistics
Matches: 16, Mismatches: 3, Indels: 0
0.84 0.16 0.00
Matches are distributed among these distances:
21 16 1.00
ACGTcount: A:0.23, C:0.15, G:0.17, T:0.45
Consensus pattern (21 bp):
CAATAAATGGGCTTTTCTTGC
Found at i:26143 original size:171 final size:169
Alignment explanation
Indices: 25721--26178 Score: 514
Period size: 170 Copynumber: 2.7 Consensus size: 169
25711 NNNNNNNNNA
* *
25721 CCTTAAGAAGCATGAAGAAAAACCCATTCATTTGCAAG-AAAACCCTATTTATAGTCACTGAAGC
1 CCTTAAGAAGCATGAA-AAAAACCCATTCATTGGCAAGAAAAACCC-ATTTATAGTCAC-CAAGC
* * * * * * ***
25785 CTTCGAAAGCCTTATTCCTCGCTTTAAA-TGATTTTATAATCTGATAATTGATTTTAGGCTGTGT
63 CTTCGAAAGCCTTATTACTCTCTGTAAATTG-TTTTATAATCTAATAATTGATTTAAAGCTAAAT
* * *
25849 TTTTTTACATTTTTGTTTGAAACAGATTATAATTGAATGTTTT
127 TATTTTACATTTTTGTTTGAAACAGATTATAATTCAATGTTTG
* * * * *
25892 CCTTGGAA-AA-AATGAATAAAACCCATTCACTGGCAAGAAAAGCCCATTTATAGTCACCTAAGG
1 CCTT--AAGAAGCATGAAAAAAACCCATTCATTGGCAAGAAAAACCCATTTATAGTCACC-AAGC
* *
25955 CTTCGAAAGCCTTATTACTCTCTGTAAATTGTTTTATAGTCTAATAATTGATTTAAAGTTAAATT
63 CTTCGAAAGCCTTATTACTCTCTGTAAATTGTTTTATAATCTAATAATTGATTTAAAGCTAAATT
* *
26020 ATTTTATATTTTTAG-TT-AACACAGATTATAATTCATTGTTTG
128 ATTTTACATTTTT-GTTTGAA-ACAGATTATAATTCAATGTTTG
*
26062 CCTTAAGAAGCATGAGAAAAAACCCATTCATTGGCAAGAAAAACCCCTTTATAGTCAGCCAAGCC
1 CCTTAAGAAGCATGA-AAAAAACCCATTCATTGGCAAGAAAAACCCATTTATAGTCA-CCAAGCC
* * * * *
26127 TTCAAAAGCTTTATTACTTTCTGTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATT
64 TTCGAAAGCCTTATTACTCTCTGTAAATTGTTTTATAATCTAATAATTGATT
26179 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 241, Mismatches: 35, Indels: 22
0.81 0.12 0.07
Matches are distributed among these distances:
168 2 0.01
169 4 0.02
170 124 0.51
171 105 0.44
172 4 0.02
173 2 0.01
ACGTcount: A:0.34, C:0.16, G:0.13, T:0.37
Consensus pattern (169 bp):
CCTTAAGAAGCATGAAAAAAACCCATTCATTGGCAAGAAAAACCCATTTATAGTCACCAAGCCTT
CGAAAGCCTTATTACTCTCTGTAAATTGTTTTATAATCTAATAATTGATTTAAAGCTAAATTATT
TTACATTTTTGTTTGAAACAGATTATAATTCAATGTTTG
Found at i:28355 original size:21 final size:21
Alignment explanation
Indices: 28313--28355 Score: 50
Period size: 21 Copynumber: 2.0 Consensus size: 21
28303 GAGAAATATG
*
28313 AAGAAAAACACATTCATTGTC
1 AAGAAAAACACATTCATAGTC
* * *
28334 AAGAAAAGCCCATTTATAGTC
1 AAGAAAAACACATTCATAGTC
28355 A
1 A
28356 CCCAAATCTT
Statistics
Matches: 18, Mismatches: 4, Indels: 0
0.82 0.18 0.00
Matches are distributed among these distances:
21 18 1.00
ACGTcount: A:0.47, C:0.19, G:0.12, T:0.23
Consensus pattern (21 bp):
AAGAAAAACACATTCATAGTC
Found at i:31334 original size:172 final size:170
Alignment explanation
Indices: 31079--31493 Score: 537
Period size: 172 Copynumber: 2.4 Consensus size: 170
31069 AAAATCAGTT
* * ** * * *
31079 ATGAGATTATAAAACAATTTAAATCGAGGAATAAGGCTTTTGAAGGCTTAGGTGACAATAAATGG
1 ATGAGATTATAAAACCATTTACAGAGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCTTGGGTGACTATAAATGG
* * * * *
31144 GGTTTTCTTGCAAATGAATGGGTTTTTCTTCATGCTTCTTGAGGCAGACATTTAATTATAAACTG
66 GCTTTTCTTGCAAATGAATGGGTTTTTCTTCATGCTTCTCGAGGAAAACATTCAATTATAAACTG
* * *** * * *
31209 TGTTAACAAAAAATGTAAAATAATTTTACTTTAAATCAATT
131 TATTAAC-AAAAAGGTAAAATAATCCAACTTCAAATAAATA
* *
31250 ATTAGATTATAAAACCATTTTGCAGAGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCTTGGGTGACTATAAATG
1 ATGAGATTATAAAACCA-TTTACAGAGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCTTGGGTGACTATAAATG
*
31315 GGCTTTTCTTGTC-AATGAATGGGTTTTTCTTCATGCTTCTCGAGGAAAACATTCAATTATAATC
65 GGCTTTTCTTG-CAAATGAATGGGTTTTTCTTCATGCTTCTCGAGGAAAACATTCAATTATAAAC
*
31379 TGTATTAACCAAAAGGTAAAATAATCCAACTTCAAATAAATA
129 TGTATTAACAAAAAGGTAAAATAATCCAACTTCAAATAAATA
* * *
31421 ATGAGATTATAAAGCCATTTACGGAGAGTAAT-AGGCTTTTGAAGGCTTGGGTGACTATAAATGT
1 ATGAGATTATAAAACCATTTACAGAGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCTTGGGTGACTATAAATGG
*
31485 TCTTTTCTT
66 GCTTTTCTT
31494 CATGTTTCCA
Statistics
Matches: 212, Mismatches: 30, Indels: 6
0.85 0.12 0.02
Matches are distributed among these distances:
169 39 0.18
170 13 0.06
171 55 0.26
172 104 0.49
173 1 0.00
ACGTcount: A:0.35, C:0.12, G:0.18, T:0.35
Consensus pattern (170 bp):
ATGAGATTATAAAACCATTTACAGAGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCTTGGGTGACTATAAATGG
GCTTTTCTTGCAAATGAATGGGTTTTTCTTCATGCTTCTCGAGGAAAACATTCAATTATAAACTG
TATTAACAAAAAGGTAAAATAATCCAACTTCAAATAAATA
Found at i:31598 original size:149 final size:149
Alignment explanation
Indices: 31339--31632 Score: 369
Period size: 148 Copynumber: 2.0 Consensus size: 149
31329 ATGAATGGGT
* * ** *
31339 TTTTCTTCATGCTTCTCGAGGAAAACATTCAATTATAATCTGTATTAACCAAAAGGTAAAATAAT
1 TTTTCTTCATGCTTCTCAAGGAAAACATTCAATTATAATCTATATTAACCAAAAAATAAAAAAAT
* * ***
31404 CCAACTTCAAATAAATAATGAGATTATAAAGCCATTTACGGAGAGTAAT-AGGCTTTTGAAGGCT
66 CCAACTTAAAATAAATAATGAGATTATAAAACCATTTAAAAAGAGTAATCAGGCTTTTGAAGGCT
*
31468 TGGGTGACTATAAATGTTC
131 TGGGTGACTAGAAATGTTC
* * * *
31487 TTTTCTTCATGTTTC-CAAAGGTAAACATTCAATTATAATCTATTTTGA-CAAAAAATAGAAAAA
1 TTTTCTTCATGCTTCTC-AAGGAAAACATTCAATTATAATCTATATTAACCAAAAAATA-AAAAA
* * * *
31550 CATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAAAGAGTAATCAGGCTTTTGAAG
64 -ATCCAACTTAAAATAAATAATGAGATTATAAAACCATTTAAAAAGAGTAATCAGGCTTTTGAAG
31615 GCTTGGGTGACTAGAAAT
128 GCTTGGGTGACTAGAAAT
31633 ACTCTTTTGT
Statistics
Matches: 123, Mismatches: 19, Indels: 6
0.83 0.13 0.04
Matches are distributed among these distances:
147 8 0.07
148 44 0.36
149 42 0.34
150 29 0.24
ACGTcount: A:0.39, C:0.13, G:0.15, T:0.33
Consensus pattern (149 bp):
TTTTCTTCATGCTTCTCAAGGAAAACATTCAATTATAATCTATATTAACCAAAAAATAAAAAAAT
CCAACTTAAAATAAATAATGAGATTATAAAACCATTTAAAAAGAGTAATCAGGCTTTTGAAGGCT
TGGGTGACTAGAAATGTTC
Found at i:32712 original size:170 final size:171
Alignment explanation
Indices: 31713--32760 Score: 1146
Period size: 173 Copynumber: 6.1 Consensus size: 171
31703 TAAACAAAAA
* * *
31713 TATAAAACCATTTA-AGGAGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGTTTGGGTAACTAGAAATGGGCTTTT
1 TATAAAACCATTTACA-GAGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCTTGGGTGACTATAAATGGGCTTTT
* * * * * * *
31777 CTTGCCAACGAATGTGTTTTT-TTCATG-TTTTCAAAGGTAAGA-ATTCAATTATACTCTGTTTT
65 CTTGCCAATGAATGGGTTTTTCTTCATGCTTCT-AGAGGCAA-ACATTCAATTATAATCTGTGTT
* * * *
31839 GACCATAAATAGAAAACAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGAT
128 AACCAAAAATATAAAATAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGAT
* * * * * * *
31883 TATAAAAGCATTTAAAGGGAGTAATATTGGGCTTTTGAAGGCTTGAGTGACTATAAAGGGGCATT
1 TATAAAACCATTTACAGAGAGTAATA--AGGCTTTTGAAGGCTTGGGTGACTATAAATGGGCTTT
* * * * * * *
31948 TCTTGCCAGTAAATGGGTTTTTCCTCATGCTTCTCGAGGTAAACAATCAATTATAATCTGTGTCA
64 TCTTGCCAATGAATGGGTTTTTCTTCATGCTTCTAGAGGCAAACATTCAATTATAATCTGTGTTA
* * **
32013 ATCAAAAATATAAAATAATTCAACTTCAAATCAATTATGAGGC
129 ACCAAAAATATAAAATAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGAT
* * *
32056 TATAAAACCATTTACAGAGAGTAATAAGGCTTTTGAAGAAGGCTTGGGTAACTAGAAA-AGGCTT
1 TATAAAACCATTTACAGAGAGTAATAAGGCTTTT---GAAGGCTTGGGTGACTATAAATGGGCTT
* * * * *
32120 TTCTTGCCAGTAAATGGGTTTTT-TCTCATGCTTCTCA-AGGGAAACAATCAATTATGATCTGTG
63 TTCTTGCCAATGAATGGGTTTTTCT-TCATGCTTCT-AGAGGCAAACATTCAATTATAATCTGTG
* * *
32183 TTAACCGAAAATATAAAATAATTCAACTTTAAATCAATTATGAGAC
126 TTAACCAAAAATATAAAATAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGAT
* * *
32229 TATAAAACTATTTACAGAGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCTTGGGTGACTATAAATGGGCTTTTT
1 TATAAAACCATTTACAGAGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCTTGGGTGACTATAAATGGGCTTTTC
* * ** * **
32294 TTGCTAGTGAATGGGTTTTTCTTCATTTTTTCCA-AGAAAAACATTCAATTATAATCTGT-TTCA
66 TTGCCAATGAATGGGTTTTTCTTCA-TGCTTCTAGAGGCAAACATTCAATTATAATCTGTGTT-A
* * ** * * *
32357 ACCAGAAATATAAAAAAACACAGCCTAAAATAAATTATGAGAT
129 ACCAAAAATATAAAATAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGAT
* * * * * * * *
32400 TGTAAAACCATTTAAAGCGAGGAATAATGCTTTTAAAGGCTTAGGTGACTATAAATGGGGTTTTC
1 TATAAAACCATTTACAGAGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCTTGGGTGACTATAAATGGGCTTTTC
* * * * *
32465 TTACAAATGAATGGGTTTTTCTTCATGCTTCTTGAGGCAAACATACAATTATAATCTGTGTTATC
66 TTGCCAATGAATGGGTTTTTCTTCATGCTTCTAGAGGCAAACATTCAATTATAATCTGTGTTAAC
*
32530 CAAAAA-ATAAAATAATTCAACTTTAAATCAATTATGAGAT
131 CAAAAATATAAAATAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGAT
* *
32570 TATAAAACCATTTACAGAGAGTAATAAGTCTTTTGAAGGCTTGGGTGACTATAAACGGGCTTTT-
1 TATAAAACCATTTACAGAGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCTTGGGTGACTATAAATGGGCTTTTC
** * * *
32634 TTGTTAATGATTGGGTTTTTCTTCTTACTTCTAGAGGCAAACATTCAATTATAATCTGTGTTAAC
66 TTGCCAATGAATGGGTTTTTCTTCATGCTTCTAGAGGCAAACATTCAATTATAATCTGTGTTAAC
* * *
32699 CAAAAATATAAAATAATCCAACTTCAAATAAATTATGAGAT
131 CAAAAATATAAAATAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGAT
*
32740 TATAAAACCATTTACGGAGAG
1 TATAAAACCATTTACAGAGAG
32761 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 735, Mismatches: 125, Indels: 36
0.82 0.14 0.04
Matches are distributed among these distances:
169 62 0.08
170 179 0.24
171 197 0.27
172 56 0.08
173 220 0.30
174 21 0.03
ACGTcount: A:0.37, C:0.13, G:0.17, T:0.34
Consensus pattern (171 bp):
TATAAAACCATTTACAGAGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCTTGGGTGACTATAAATGGGCTTTTC
TTGCCAATGAATGGGTTTTTCTTCATGCTTCTAGAGGCAAACATTCAATTATAATCTGTGTTAAC
CAAAAATATAAAATAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGAT
Found at i:33618 original size:171 final size:170
Alignment explanation
Indices: 32985--35988 Score: 2299
Period size: 171 Copynumber: 17.5 Consensus size: 170
32975 NNNNNNNNNN
* * * *
32985 TTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAAAGAGTAATTAGGGTTTTGAAGGC
1 TTCAACTTAAAATTAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGAGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGC
*** * * * * * * *
33050 TTGGGTGACTATAAATACTCTTTTGTTGCCAATGAAT-TGATTTTCTTCAAGTTTCCCATGGAAA
66 TTGGGTGACTATAAATGGGCTTTTCTTGCCAATGAATGGGTTTTTCTTCATGTTTCTCAAGGCAA
* **
33114 ACATTCAATTATAATCTATTTTTAA--AAAATATAAAAAAATA
131 ACATTCAATTATAATCT-GTTTTAACCAAAA-ATGTAAAAA-A
* * * ********** *
33155 TTCAACTTAAAATCAATTTTGAGGTTATAAAACCATTTAANNNNNNNNNNAAGGCTTGTGAAGGC
1 TTCAACTTAAAATTAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGAGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGC
* * ** *
33220 TTGGGTGACTATAAATGGGCTTTTCATGCCAATGAATGTG-TTTTCTTCATGTTT-GGAATGGTA
66 TTGGGTGACTATAAATGGGCTTTTCTTGCCAATGAATGGGTTTTTCTTCATGTTTCTCAA-GGCA
* * *
33283 AACATTCAATTATAACCTGTTTTGACCAAAAATAGAAAAAAA
130 AACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAAT-GTAAAAAA
********** * * *
33325 TTNNNNNNNNNNTCAATTTTGAGATTATAAAACTATTTAAA-AGGAGTAATATTAGGCTTTTGAA
1 TTCAACTTAAAATTAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGA-GAGTAATA--AGGCTTTTGAA
* * * * * * *
33389 GGCTTGGATGACTATAAATGGGCTTTTCTTGCCAGTGAATGTGTTTCTCCTCATGCTTCTCGAGG
63 GGCTTGGGTGACTATAAATGGGCTTTTCTTGCCAATGAATGGGTTTTTCTTCATGTTTCTCAAGG
* * * * * ** *
33454 AAAATAATCAATTATAATTTGTGTTAATTAAAAATATAAAATAA
128 CAAACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAA-AA
* * * * * *
33498 TTCAACTTCAAATTAATTATGAGACTATAAAACTAATTACAGAGAGTAATAAAGCTTTCT-AAGG
1 TTCAACTTAAAATTAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGAGAGTAATAAGGCTTT-TGAAGG
* * * *
33562 CTTGGGTGACTATAAATGAGCTTTTCTTGCCAATGAATGGGTTTTTCTTTATGCTTCTTAAGGCA
65 CTTGGGTGACTATAAATGGGCTTTTCTTGCCAATGAATGGGTTTTTCTTCATGTTTCTCAAGGCA
* * *
33627 AACATTCAATTATAATCTGTGTTAACAAAAAATGGAAAATAA
130 AACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAA-AA
* * *
33669 TTCAACTTCAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTACAA-AGAGTAATAAGGCTTTTAAAGG
1 TTCAACTTAAAATTAATTATGAGATTATAAAACCATTTA-AAGAGAGTAATAAGGCTTTTGAAGG
* * * * *
33733 CTTGGGTGATTACAAATGGGCTTTTCTTGCCAATGAATGGCTTTTTCTTCATGCTTCTCGAGGCA
65 CTTGGGTGACTATAAATGGGCTTTTCTTGCCAATGAATGGGTTTTTCTTCATGTTTCTCAAGGCA
* *
33798 AACATTCAATTATAATAC-GTGTTAACCAAAAAGGTAAAATAA
130 AACATTCAATTATAAT-CTGTTTTAACCAAAAATGTAAAA-AA
* * * * * * *
33840 TTCAACTTTAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTACAGAGAGTAGTAAGGCTTTTGATGGT
1 TTCAACTTAAAATTAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGAGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGC
* *
33905 TTGGGTGACTATAAATGGGCTTCTCTTGCCAATGAATGTGTTTTTCTTCATGTTTCTCAAGGCAA
66 TTGGGTGACTATAAATGGGCTTTTCTTGCCAATGAATGGGTTTTTCTTCATGTTTCTCAAGGCAA
*
33970 ACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATGTGAAACAA
131 ACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATGT-AAAAAA
* * * * *
34011 TTAAACTTAAAATCAATTTTATG-GCTT-TAAAACCATTTAAAGTGAGTCATAAGGCTTTTGAAG
1 TTCAACTTAAAATTAA--TTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGAGAGTAATAAGGCTTTTGAAG
*
34074 GCTTGGGTGACTATAAATGGGCTTTTCTTGCCAGTGAATGGGTTTTTCTTCATGTTT-TCCAAGG
64 GCTTGGGTGACTATAAATGGGCTTTTCTTGCCAATGAATGGGTTTTTCTTCATGTTTCT-CAAGG
* *
34138 AAAACATTCAATTATAATATGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAA
128 CAAACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAA
* * * * ** * *
34181 GTCAACTTAAAATCATTTATGAGGTTATAAAATTATTTAAAGTGAGTAATAATGCTTTTGAAGGC
1 TTCAACTTAAAATTAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGAGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGC
* * * * * * *
34246 TTGGGTGACCATAAATAGGCTTTTCCTACCAATGAATGGGTTTTTCCTCATGTTTCCCAATGCAA
66 TTGGGTGACTATAAATGGGCTTTTCTTGCCAATGAATGGGTTTTTCTTCATGTTTCTCAAGGCAA
* * *
34311 ACAATCAATTATAATATGTTTTAA-CTAAAATGTAAAAAAA
131 ACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATGT-AAAAAA
* * * *
34351 TTCAACTTAAATTTAATTATGAGATTATAAAACAAGTTAAAGAGAGTAATAAGACTTTT-AGAGG
1 TTCAACTTAAAATTAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGAGAGTAATAAGGCTTTTGA-AGG
* * * * **
34415 CTTGGATGACTATAAATGGGCTTTTCTTGCCAATGAATGGCTTTTTCTTCAGGTTTCTCATGAAA
65 CTTGGGTGACTATAAATGGGCTTTTCTTGCCAATGAATGGGTTTTTCTTCATGTTTCTCAAGGCA
* * * *
34480 AACATTCAATTGTAATCTTTTTTAAACAAAAATATAAAAACA
130 AACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAA-A
** * * * * *
34522 TTTGACTTAAAATTAATTTTGAGGTTATAAAAGCATTTAAAAAGAATAATAAGG-TATTTGAAGG
1 TTCAACTTAAAATTAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGAGAGTAATAAGGCT-TTTGAAGG
* * * *
34586 TTTGGGTGACTATAAATAGGCTTTTCGTT-CCAATGAATGTGTTTTTCTTCATGTTTCTCAAGCC
65 CTTGGGTGACTATAAATGGGCTTTTC-TTGCCAATGAATGGGTTTTTCTTCATGTTTCTCAAGGC
* * * * *
34650 AAACATTCAATTACAGTCTATTTTAGCCAACAATGTAATAAAA
129 AAACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATGTAA-AAAA
* *
34693 TTCAACTTAAAA-TATATT-TTACGGTTATAAAACCATTTAAAGAGAGTAATAAGGCTTTTGAAG
1 TTCAACTTAAAATTA-ATTATGA-GATTATAAAACCATTTAAAGAGAGTAATAAGGCTTTTGAAG
* * * *** * *
34756 GCTTCGGTGACTATCAATGGGATTTTCTTGCCAATGAATATATTTTTCTTCATATTT-T-ATGTG
64 GCTTGGGTGACTATAAATGGGCTTTTCTTGCCAATGAATGGGTTTTTCTTCATGTTTCTCA--AG
34819 GCAAACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAA
127 GCAAACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATGT-AAAAAA
* * *
34864 TTCAACTTTAAATTAATTATGAGATTAGAAAACCATTTAAAGAGAGTAATAAGGCTTTTGAATGC
1 TTCAACTTAAAATTAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGAGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGC
* * * * * * * *
34929 TTGGATGACTATAAATGGGATTTTCTTGCCAATGAGTGGATTTTACTTCAGGTTTCTCATGGAAA
66 TTGGGTGACTATAAATGGGCTTTTCTTGCCAATGAATGGGTTTTTCTTCATGTTTCTCAAGGCAA
* ** * ****
34994 ACATTCAATTATAATTTGTTTTAAATAAAAATTTAANNNNNNNNNNNNNNNN
131 ACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATGTAA------------AAAA
****************************************************
35046 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNGGCTTTTGAAGGC
1 TTCAACTTAAAATTAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGAGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGC
* *
35111 TTGGGTGACTATAAATGGGCTTTTCTTGCAAATGAATGGCG-TTTTCTT-AAGATTTC-CAATGG
66 TTGGGTGACTATAAATGGGCTTTTCTTGCCAATGAATGG-GTTTTTCTTCATG-TTTCTCAA-GG
* ** *
35173 AAAACATTCAATTATAATCTGTTTTAAATAAAAA-ATAAAAACA
128 CAAACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAA-A
* * ** * * *
35216 TTCAACTTCAAAA-TAATTTTAAGGCTATAAAACCATTTAAAGAGAGCAATAACGC-ATTGAAAG
1 TTCAACTT-AAAATTAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGAGAGTAATAAGGCTTTTG-AAG
* * * * * *
35279 GCTTGAGTGACAATAAATGAGCTTTTCTTGCCAATGAATGTGTTTTTCTTCCT-TTTTTCAAAGG
64 GCTTGGGTGACTATAAATGGGCTTTTCTTGCCAATGAATGGGTTTTTCTTCATGTTTCTC-AAGG
* *** * **
35343 TAAACATTCAATTATAATCTGTTTTGGTCAATAATAAAAAAAAA
128 CAAACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAAT-GTAAAAAA
* * * * * *
35387 TTCAACTTAAAATCAATTAAGCGATTATAAAACCATTTAAAGAAAGTAATAAGGATTTTAAAGGC
1 TTCAACTTAAAATTAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGAGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGC
* * *
35452 TTGGGTGACTATAAATGGGCTTTTCTTGCCAGTGAATGGGTTTTTCTTCATATTTCTCAAGGAAA
66 TTGGGTGACTATAAATGGGCTTTTCTTGCCAATGAATGGGTTTTTCTTCATGTTTCTCAAGGCAA
* *
35517 ACATTCAATTATAATCTCTTTCAACCAAAAATGTAAAAAA
131 ACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAA
* ** ********** *
35557 -ACACAGCTTAAAATCCATTATGAGATTATAAAACCATTTAAANNNNNNNNNNAGGCTTTCGAAG
1 TTCA-A-CTTAAAATTAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGAGAGTAATAAGGCTTTTGAAG
* * * * *
35621 GCTTAGGTGACTATAAATGGGGTTCTCTTGCCAATGAATGGGTTTTTCTTCTTGCTTCT-AGAGG
64 GCTTGGGTGACTATAAATGGGCTTTTCTTGCCAATGAATGGGTTTTTCTTCATGTTTCTCA-AGG
* * *
35685 CAAACATTCAATTATAATATGTGTTAACTAAAAATGTAAAATAA
128 CAAACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAA-AA
* ** * **********
35729 TTCAACTTTAAATCGATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATANNNNNNNNNNAGGC
1 TTCAACTTAAAATTAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGAGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGC
* * * * *
35794 TTGGATGACTATAAACGGGGTTTTC-TGACCAATGAATGGGTTTTTCTTCAT-CTTCTCGAGGCA
66 TTGGGTGACTATAAATGGGCTTTTCTTG-CCAATGAATGGGTTTTTCTTCATGTTTCTCAAGGCA
* * *
35857 AACATTCAATTATAGTCTGTGTTAACCAAAAAGGTAAAATAA
130 AACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAA-AA
* * ********** **
35899 TTCAACTTCAAATAAATTATGAGATTANNNNNNNNNNTATGGAGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGC
1 TTCAACTTAAAATTAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGAGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGC
*
35964 TTGGGTGACTATAAATGTGCTTTTC
66 TTGGGTGACTATAAATGGGCTTTTC
35989 ATAATGTTTT
Statistics
Matches: 2225, Mismatches: 531, Indels: 156
0.76 0.18 0.05
Matches are distributed among these distances:
168 5 0.00
169 28 0.01
170 627 0.28
171 1288 0.58
172 93 0.04
173 83 0.04
174 2 0.00
181 7 0.00
182 92 0.04
ACGTcount: A:0.35, C:0.12, G:0.15, T:0.34
Consensus pattern (170 bp):
TTCAACTTAAAATTAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGAGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGC
TTGGGTGACTATAAATGGGCTTTTCTTGCCAATGAATGGGTTTTTCTTCATGTTTCTCAAGGCAA
ACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAA
Found at i:33822 original size:342 final size:342
Alignment explanation
Indices: 32985--42151 Score: 6853
Period size: 342 Copynumber: 26.8 Consensus size: 342
32975 NNNNNNNNNN
* * *
32985 TTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAAAGAGTAATTAGGGTTTTGAAGGC
1 TTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGAGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGC
*** * * * * * *
33050 TTGGGTGACTATAAATACTCTTTTGTTGCCAATGAAT-TGATTTTCTTCAAGTTTCCCATGGAAA
66 TTGGGTGACTATAAATGGGCTTTTCTTGCCAATGAATGGGTTTTTCTTCATGTTTCTCAAGGAAA
* * * * *
33114 ACATTCAATTATAATCTATTTTTA--AAAAATATAAAAAAATATTCAACTTAAAATCAATTTTGA
131 ACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATGT-AAAATA-ATTCAACTTAAAATCAATTATGA
* ********** *
33177 GGTTATAAAACCATTTAANNNNNNNNNNAAGGCTTGTGAAGGCTTGGGTGACTATAAATGGGCTT
194 GATTATAAAACCATTTAAAGAGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCTTGGGTGACTATAAATGGGCTT
* * ** * *
33242 TTCATGCCAATGAATGTG-TTTTCTTCATGTTT-GGAATGGTAAACATTCAATTATAACCTGTTT
259 TTCTTGCCAATGAATGGGTTTTTCTTCATGTTTCTCAA-GGCAAACATTCAATTATAATCTGTTT
* * *
33305 TGACCAAAAATAG-AAAAAAA
323 TAACAAAAAAT-GTAAAATAA
********** * *
33325 TTNNNNNNNNNNTCAATTTTGAGATTATAAAACTATTTAAA-AGGAGTAATATTAGGCTTTTGAA
1 TTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGA-GAGTAATA--AGGCTTTTGAA
* * * * * * *
33389 GGCTTGGATGACTATAAATGGGCTTTTCTTGCCAGTGAATGTGTTTCTCCTCATGCTTCTCGAGG
63 GGCTTGGGTGACTATAAATGGGCTTTTCTTGCCAATGAATGGGTTTTTCTTCATGTTTCTCAAGG
* * * * ** * * *
33454 AAAATAATCAATTATAATTTGTGTTAATTAAAAATATAAAATAATTCAACTTCAAATTAATTATG
128 AAAACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAATAATTCAACTTAAAATCAATTATG
* * * * * *
33519 AGACTATAAAACTAATTACAGAGAGTAATAAAGCTTTCT-AAGGCTTGGGTGACTATAAATGAGC
193 AGATTATAAAACCATTTAAAGAGAGTAATAAGGCTTT-TGAAGGCTTGGGTGACTATAAATGGGC
* * * *
33583 TTTTCTTGCCAATGAATGGGTTTTTCTTTATGCTTCTTAAGGCAAACATTCAATTATAATCTGTG
257 TTTTCTTGCCAATGAATGGGTTTTTCTTCATGTTTCTCAAGGCAAACATTCAATTATAATCTGTT
*
33648 TTAACAAAAAATGGAAAATAA
322 TTAACAAAAAATGTAAAATAA
* *
33669 TTCAACTTCAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTACAA-AGAGTAATAAGGCTTTTAAAGG
1 TTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTA-AAGAGAGTAATAAGGCTTTTGAAGG
* * * * * *
33733 CTTGGGTGATTACAAATGGGCTTTTCTTGCCAATGAATGGCTTTTTCTTCATGCTTCTCGAGGCA
65 CTTGGGTGACTATAAATGGGCTTTTCTTGCCAATGAATGGGTTTTTCTTCATGTTTCTCAAGGAA
* * *
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130 AACATTCAATTATAAT-CTGTTTTAACCAAAAATGTAAAATAATTCAACTTAAAATCAATTATGA
* * * * *
33862 GATTATAAAACTATTTACAGAGAGTAGTAAGGCTTTTGATGGTTTGGGTGACTATAAATGGGCTT
194 GATTATAAAACCATTTAAAGAGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCTTGGGTGACTATAAATGGGCTT
* *
33927 CTCTTGCCAATGAATGTGTTTTTCTTCATGTTTCTCAAGGCAAACATTCAATTATAATCTGTTTT
259 TTCTTGCCAATGAATGGGTTTTTCTTCATGTTTCTCAAGGCAAACATTCAATTATAATCTGTTTT
* * *
33992 AACCAAAAATGTGAAACAA
324 AACAAAAAATGTAAAATAA
* * * *
34011 TTAAACTTAAAATCAATTTTATG-GCTT-TAAAACCATTTAAAGTGAGTCATAAGGCTTTTGAAG
1 TTCAACTTAAAATCAA--TTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGAGAGTAATAAGGCTTTTGAAG
*
34074 GCTTGGGTGACTATAAATGGGCTTTTCTTGCCAGTGAATGGGTTTTTCTTCATGTTT-TCCAAGG
64 GCTTGGGTGACTATAAATGGGCTTTTCTTGCCAATGAATGGGTTTTTCTTCATGTTTCT-CAAGG
* * *
34138 AAAACATTCAATTATAATATGTTTTAACCAAAAATGTAAAA-AAGTCAACTTAAAATCATTTATG
128 AAAACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAATAATTCAACTTAAAATCAATTATG
* ** * * * *
34202 AGGTTATAAAATTATTTAAAGTGAGTAATAATGCTTTTGAAGGCTTGGGTGACCATAAATAGGCT
193 AGATTATAAAACCATTTAAAGAGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCTTGGGTGACTATAAATGGGCT
* * * * * * *
34267 TTTCCTACCAATGAATGGGTTTTTCCTCATGTTTCCCAATGCAAACAATCAATTATAATATGTTT
258 TTTCTTGCCAATGAATGGGTTTTTCTTCATGTTTCTCAAGGCAAACATTCAATTATAATCTGTTT
* *
34332 TAAC-TAAAATGTAAAAAAA
323 TAACAAAAAATGTAAAATAA
* * * * *
34351 TTCAACTTAAATTTAATTATGAGATTATAAAACAAGTTAAAGAGAGTAATAAGACTTTT-AGAGG
1 TTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGAGAGTAATAAGGCTTTTGA-AGG
* * * * *
34415 CTTGGATGACTATAAATGGGCTTTTCTTGCCAATGAATGGCTTTTTCTTCAGGTTTCTCATGAAA
65 CTTGGGTGACTATAAATGGGCTTTTCTTGCCAATGAATGGGTTTTTCTTCATGTTTCTCAAGGAA
* * * * ** * *
34480 AACATTCAATTGTAATCTTTTTTAAACAAAAATATAAAA-ACATTTGACTTAAAATTAATTTTGA
130 AACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAATA-ATTCAACTTAAAATCAATTATGA
* * * * * *
34544 GGTTATAAAAGCATTTAAAAAGAATAATAAGG-TATTTGAAGGTTTGGGTGACTATAAATAGGCT
194 GATTATAAAACCATTTAAAGAGAGTAATAAGGCT-TTTGAAGGCTTGGGTGACTATAAATGGGCT
* * * * *
34608 TTTCGTT-CCAATGAATGTGTTTTTCTTCATGTTTCTCAAGCCAAACATTCAATTACAGTCTATT
258 TTTC-TTGCCAATGAATGGGTTTTTCTTCATGTTTCTCAAGGCAAACATTCAATTATAATCTGTT
* * *
34672 TTAGCCAACAATGTAATAA-AA
322 TTAACAAAAAATGTAA-AATAA
* *
34693 TTCAACTTAAAAT-ATATT-TTACGGTTATAAAACCATTTAAAGAGAGTAATAAGGCTTTTGAAG
1 TTCAACTTAAAATCA-ATTATGA-GATTATAAAACCATTTAAAGAGAGTAATAAGGCTTTTGAAG
* * * *** * *
34756 GCTTCGGTGACTATCAATGGGATTTTCTTGCCAATGAATATATTTTTCTTCATATTT-T-ATGTG
64 GCTTGGGTGACTATAAATGGGCTTTTCTTGCCAATGAATGGGTTTTTCTTCATGTTTCTCA--AG
* * * *
34819 GCAAACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTTAAATTAATTAT
127 GAAAACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAATAATTCAACTTAAAATCAATTAT
* * * *
34884 GAGATTAGAAAACCATTTAAAGAGAGTAATAAGGCTTTTGAATGCTTGGATGACTATAAATGGGA
192 GAGATTATAAAACCATTTAAAGAGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCTTGGGTGACTATAAATGGGC
* * * * * * *
34949 TTTTCTTGCCAATGAGTGGATTTTACTTCAGGTTTCTCATGGAAAACATTCAATTATAATTTGTT
257 TTTTCTTGCCAATGAATGGGTTTTTCTTCATGTTTCTCAAGGCAAACATTCAATTATAATCTGTT
* *****
35014 TTAA-ATAAAAATTTAANNNNNNNNNNNNNNNN
322 TTAACA-AAAAATGTAA-----------AATAA
****************************************************
35046 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNGGCTTTTGAAGGC
1 TTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGAGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGC
* *
35111 TTGGGTGACTATAAATGGGCTTTTCTTGCAAATGAATGGCG-TTTTCTT-AAGATTTC-CAATGG
66 TTGGGTGACTATAAATGGGCTTTTCTTGCCAATGAATGG-GTTTTTCTTCATG-TTTCTCAA-GG
** * *
35173 AAAACATTCAATTATAATCTGTTTTAAATAAAAA-ATAAAA-ACATTCAACTTCAAAAT-AATTT
128 AAAACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAATA-ATTCAACTT-AAAATCAATTA
* ** * * * * * *
35235 TAAGGCTATAAAACCATTTAAAGAGAGCAATAACGC-ATTGAAAGGCTTGAGTGACAATAAATGA
191 TGAGATTATAAAACCATTTAAAGAGAGTAATAAGGCTTTTG-AAGGCTTGGGTGACTATAAATGG
* * * *
35299 GCTTTTCTTGCCAATGAATGTGTTTTTCTTCCT-TTTTTCAAAGGTAAACATTCAATTATAATCT
255 GCTTTTCTTGCCAATGAATGGGTTTTTCTTCATGTTTCTC-AAGGCAAACATTCAATTATAATCT
** * ** *
35363 GTTTTGGTC-AATAATAAAAAAAAA
319 GTTTT-AACAAAAAATGTAAAATAA
* * * * *
35387 TTCAACTTAAAATCAATTAAGCGATTATAAAACCATTTAAAGAAAGTAATAAGGATTTTAAAGGC
1 TTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGAGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGC
* *
35452 TTGGGTGACTATAAATGGGCTTTTCTTGCCAGTGAATGGGTTTTTCTTCATATTTCTCAAGGAAA
66 TTGGGTGACTATAAATGGGCTTTTCTTGCCAATGAATGGGTTTTTCTTCATGTTTCTCAAGGAAA
* * * ** * *
35517 ACATTCAATTATAATCTCTTTCAACCAAAAATGTAAAAAAACACAGCTTAAAATCCATTATGAGA
131 ACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAATAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGA
********** * * * *
35582 TTATAAAACCATTTAAANNNNNNNNNNAGGCTTTCGAAGGCTTAGGTGACTATAAATGGGGTTCT
196 TTATAAAACCATTTAAAGAGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCTTGGGTGACTATAAATGGGCTTTT
* * * *
35647 CTTGCCAATGAATGGGTTTTTCTTCTTGCTTCT-AGAGGCAAACATTCAATTATAATATGTGTTA
261 CTTGCCAATGAATGGGTTTTTCTTCATGTTTCTCA-AGGCAAACATTCAATTATAATCTGTTTTA
*
35711 ACTAAAAATGTAAAATAA
325 ACAAAAAATGTAAAATAA
* * * **********
35729 TTCAACTTTAAATCGATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATANNNNNNNNNNAGGC
1 TTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGAGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGC
* * * * * *
35794 TTGGATGACTATAAACGGGGTTTTC-TGACCAATGAATGGGTTTTTCTTCAT-CTTCTCGAGGCA
66 TTGGGTGACTATAAATGGGCTTTTCTTG-CCAATGAATGGGTTTTTCTTCATGTTTCTCAAGGAA
* * * * *
35857 AACATTCAATTATAGTCTGTGTTAACCAAAAAGGTAAAATAATTCAACTTCAAATAAATTATGAG
130 AACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAATAATTCAACTTAAAATCAATTATGAG
********** ** *
35922 ATTANNNNNNNNNNTATGGAGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCTTGGGTGACTATAAATGTGC--T
195 ATTATAAAACCATTTAAAGAGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCTTGGGTGACTATAAATGGGCTTT
* * * *
35985 T-TT--C-AT-AAT--G---TT-TT-A-------AAAGGTAAACATTTAATTATAATCTGTTTTG
260 TCTTGCCAATGAATGGGTTTTTCTTCATGTTTCTCAAGGCAAACATTCAATTATAATCTGTTTTA
*
36031 AC-AAAAA-GTAGAAAAACA
325 ACAAAAAATGTA-AAATA-A
* *
36049 TTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAA-AGGAGTAATTAGGCTTTTGACGG
1 TTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGA-GAGTAATAAGGCTTTTGAAGG
* * * ** *
36113 CTTGAGTGAATATAAATGAGCTTTT-TCTGCCAATGAATGGGTTTTTCTTTGTGCTTT-TCGAGG
65 CTTGGGTGACTATAAATGGGCTTTTCT-TGCCAATGAATGGGTTTTTCTTCATG-TTTCTCAAGG
* * * * *
36176 AAAACATTCAATTATAGTCTGTGTTAACCAAAAATATTAAATAATTCAACTTCAAATCAATTATG
128 AAAACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAATAATTCAACTTAAAATCAATTATG
********** * * *
36241 AGANNNNNNNNNNATTTACAGAGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGTTTGTGTGACTATAAATGGGCT
193 AGATTATAAAACCATTTAAAGAGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCTTGGGTGACTATAAATGGGCT
* * * * *
36306 TTTCTTGCCAATGAATGGCTTTTTCTTTATGCTTCTCGAGGCAAACATTCAATTATAATCTGTGT
258 TTTCTTGCCAATGAATGGGTTTTTCTTCATGTTTCTCAAGGCAAACATTCAATTATAATCTGTTT
* *
36371 TAACCAAAAA-GAAAAAATAA
323 TAACAAAAAATG-TAAAATAA
** * * * * *
36391 TTCAACTTCCAATTAATTATGAGGTTATAAAACTATTTATAGAGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGN
1 TTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGAGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGC
********* *
36456 NNNNNNNNNTATAAATGGGCTTTTCTTGCCAATGAATGTGTTTGTT-TTCATGTTTCTCAAGGAA
66 TTGGGTGACTATAAATGGGCTTTTCTTGCCAATGAATGGGTTT-TTCTTCATGTTTCTCAAGGAA
* * * * * *
36520 AATATTCTATTATAATCTGTTTTAACAAAAAATGTGAAACAATTAAACTTAAAATCAATTTTATG
130 AACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAATAATTCAACTTAAAATCAA--TTATG
* * * * * * *
36585 -GCTT-T-AAACTATTTAAAG-GGGTCATAAGGCCTTTGAAGG-TTTGGTGAGTAT-AAT-GGCT
193 AGATTATAAAACCATTTAAAGAGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCTTGGGTGACTATAAATGGGCT
* * * * * * *
36643 TTTCTTACTAGTGAATGGGTTTTTCTTCAT-TTCCT-GAGGAAAACATTC-A-TACAATCTGTTT
258 TTTCTTGCCAATGAATGGGTTTTTCTTCATGTTTCTCAAGGCAAACATTCAATTATAATCTGTTT
36704 T-ACACAAAAATGTAAAA-AA
323 TAACA-AAAAATGTAAAATAA
* * * *
36723 TTCAAATTAAAATCAATTATGAGGTTATAAAACTATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGC
1 TTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGAGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGC
* ** ** * ** *
36788 TTGGGTGACTATAAATAGGCTTTTCTTGCCAATGAATAAGTTTTTCTTTGTGCTTCTGGAGGCAA
66 TTGGGTGACTATAAATGGGCTTTTCTTGCCAATGAATGGGTTTTTCTTCATGTTTCTCAAGGAAA
* * * *
36853 ACATTCAATTATAATATGTGTTAATCAAAAATGTAAAATAATTCAACTTCAAATCAATTATGAGA
131 ACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAATAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGA
* * * * *
36918 CTATAAAACTATTTATAGAGAGTAATAAGGTTTTTGAAGGCTTCGGTGACTATAAATGGGCTTTT
196 TTATAAAACCATTTAAAGAGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCTTGGGTGACTATAAATGGGCTTTT
* * * *
36983 CTTACCAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTCTCAAGGGAAAAATTCAATTATAATCTGTTTTAA
261 CTTGCCAATGAATGGGTTTTTCTTCATGTTTCTCAAGGCAAACATTCAATTATAATCTGTTTTAA
*
37048 CCAAAAATGTAAAA-AA
326 CAAAAAATGTAAAATAA
* * * ** *
37064 TTAAACTTAAAATCAATTTTAAGGCTATAAAACCTTTTAAAGAGAGTAATAAGGCTTTTGAAGAG
1 TTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGAGAGTAATAAGGCTTTTGAAG-G
* * *
37129 -TTGGGTGACTATAAATGCGCTTTTCTTGCCAGTGAATGGGTTTTTCTTCATGTTTC-CTAAGGC
65 CTTGGGTGACTATAAATGGGCTTTTCTTGCCAATGAATGGGTTTTTCTTCATGTTTCTC-AAGGA
* *
37192 AAACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATATAAAACAATTCAACTTAAAATCAATTATGA
129 AAACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAATAATTCAACTTAAAATCAATTATGA
* * * * *
37257 GATTATAAAACAATTTAAAAAGAGTAATAAGACTTTTGAAGGCTTAGGTGGCTATAAATGGGCTT
194 GATTATAAAACCATTTAAAGAGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCTTGGGTGACTATAAATGGGCTT
* * * * * *
37322 TTCTTGCCAATGAATAGCTTTTTCTTTAGGTTTCTCATGGAAAACATTCAATTATAATCTGTTTT
259 TTCTTGCCAATGAATGGGTTTTTCTTCATGTTTCTCAAGGCAAACATTCAATTATAATCTGTTTT
*
37387 AA-ATAAAAATATAAAA-ACA
324 AACA-AAAAATGTAAAATA-A
* * ** *
37406 TTCGACTTAAAATCAATTTTGAGGCTATAAAACCAATTGAAA-AGAGTAATAAGGCTTTTGAAGG
1 TTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACC-ATTTAAAGAGAGTAATAAGGCTTTTGAAGG
* * *
37470 CTTGGGTGAATATAAATGGGCTTTTCTTACCAATGAATGGCTTTTTCTTGCCACTGAATGGCTTT
65 CTTGGGTGACTATAAATGGGCTTTTCTTGCCAATGAATGGGTTTTTCTT----C---AT-G---T
* * * ** *
37535 TTCTTCACGTTTTCCATGAAAAATATTCAATTATGATCTGTTTTAAATAAAAATTTAAAA-ACAT
119 TTC-TCA--------A-GGAAAACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAATA-AT
* * * * * *
37599 TCGACTTAAAATCAATTTTGAGGTTATAAAACCTTTTAAAGAGAGTAATAAGGCATTTAAAGGCT
173 TCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGAGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCT
* * * ** * * *
37664 TGGGTAACTATAAATAGGCTTTTTTTATCAAT-ATATGGCTTTTTCTTCAAGTTTCCCATA-G-A
238 TGGGTGACTATAAATGGGCTTTTCTTGCCAATGA-ATGGGTTTTTCTTCATGTTTCTCA-AGGCA
* * * *
37726 AATCATTCAATTATAGTCTATTTTAA-ATAAAAATATAAAAAAA
301 AA-CATTCAATTATAATCTGTTTTAACA-AAAAATGTAAAATAA
* * *
37769 TTCAACTTAAAATCAATTTTGAGGTTATAAAACCATTTAAAGAGAGTAATAAGGCTTTTAAAGGC
1 TTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGAGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGC
* * **
37834 TTGGGTGACTATAAATAGGCTTTTCTTGCCAATGAATGGGTTTTTCTTCATGTTTCCCAAGCTAA
66 TTGGGTGACTATAAATGGGCTTTTCTTGCCAATGAATGGGTTTTTCTTCATGTTTCTCAAGGAAA
* * ** * * **
37899 CCATTCAATTATAAAT-TGCTTTAATGAAAAATATAAAAAAATTCAACCGAAAATCAATTATGAG
131 ACATTCAATTAT-AATCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAATAATTCAACTTAAAATCAATTATGAG
* * * * * *
37963 ATTGTAAAACAATTTAAATAGAGTAATAAAGCTTTTGAAGGCTTGAGTGACTATAAATGAGCTTT
195 ATTATAAAACCATTTAAAGAGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCTTGGGTGACTATAAATGGGCTTT
* * * * * * ** * * *
38028 TCTTGCTAATAAATGGGATTTTCTTCAGGTTTCACATGAAAAACATTAAATTATAATCTATTTGA
260 TCTTGCCAATGAATGGGTTTTTCTTCATGTTTCTCAAGGCAAACATTCAATTATAATCTGTTTTA
** * *
38093 ATGAAAAATATAAAAAAA
325 ACAAAAAATGTAAAATAA
* * * * *
38111 TCCAATTTAAAATCAATT-TGGAGGTTATGAAACCATTTAAAAAGAGTAATAAGGCTTTTGAAGG
1 TTCAACTTAAAATCAATTAT-GAGATTATAAAACCATTTAAAGAGAGTAATAAGGCTTTTGAAGG
* * * * ** * * *
38175 CTTTGATGACTATAAATGGGTTTTTCTTGCCAATGAAAGAATTTTTCTTCAGGTTTC-CCATGAA
65 CTTGGGTGACTATAAATGGGCTTTTCTTGCCAATGAATGGGTTTTTCTTCATGTTTCTCAAGGAA
* *
38239 GAACATTCAATTATAATCTGTTTTAACTAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGA
130 -AACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAATAATTCAACTTAAAATCAATTATGA
* * *
38304 GGTTATAAAACCATTTAAAGAGAGTAATAAGGTTTTTGAAGGCTTGGGTGACTATAAATGGTCTT
194 GATTATAAAACCATTTAAAGAGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCTTGGGTGACTATAAATGGGCTT
* * * * *
38369 CT-TTGGCAATGAATGTGTTTTTCTTCATGTTT-TCAAAGGTAAACATTCAATTATAATCTTTTT
259 TTCTTGCCAATGAATGGGTTTTTCTTCATGTTTCTC-AAGGCAAACATTCAATTATAATCTGTTT
** * ** *
38432 TGGCTAAAAATACAATAAAAA
323 TAACAAAAAATGTAA-AATAA
* * * *
38453 TTCAACTTAAAAT-ATATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGAGAGAAATTAGGCTTTTGATGG
1 TTCAACTTAAAATCA-ATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGAGAGTAATAAGGCTTTTGAAGG
* ** *
38517 CTTGGGTGACTATAAATGGGCTTTTCTTGCCAATGAATGGGTTTTTTTTCATACTTCTCCAGGAA
65 CTTGGGTGACTATAAATGGGCTTTTCTTGCCAATGAATGGGTTTTTCTTCATGTTTCTCAAGGAA
* *
38582 AACATTCAATTATAATCTGTGTTAACCAAAAATGTAAAATAATTCAACTTCAAATCAATTATGAG
130 AACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAATAATTCAACTTAAAATCAATTATGAG
* * *
38647 ATTATAAAATCATTTAAAGAGAGTAATAAGGTTTTTGAAGGCTTCGGTGACTATAAATGGGCTTT
195 ATTATAAAACCATTTAAAGAGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCTTGGGTGACTATAAATGGGCTTT
* * * * * * *
38712 TCTTGCTAATGAATGGCTTTTTCTTCA-GGTTATCGAGAG-AGACATTCAATTATAATCTGTGTT
260 TCTTGCCAATGAATGGGTTTTTCTTCATGTTTCTCAAG-GCAAACATTCAATTATAATCTGTTTT
38775 AATC--AAAATGTAAAATAA
324 AA-CAAAAAATGTAAAATAA
* * * *
38793 TTCAACTTTAAATCAATTATGAGAATATCAAACCATTTACAGAGAGTAA-AAGGCTTTTGAAGGC
1 TTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGAGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGC
* * * * *
38857 TTGGGTGACTATAAATGGGCGTTTCTTACCAATGAATGAGTTTTTCTTCATGCTTCTCAAGGTAA
66 TTGGGTGACTATAAATGGGCTTTTCTTGCCAATGAATGGGTTTTTCTTCATGTTTCTCAAGGAAA
* *
38922 ACATTCAATTATAATCTGCTTTAACCAAAAATGTAAAATAATTCAACTTTAAATCAATTATGAGA
131 ACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAATAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGA
************************ *
38987 TTATAAAATNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTTTGAAGGCTTCGGTGACTATAAATGGGCTTTT
196 TTATAAAACCATTTAAAGAGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCTTGGGTGACTATAAATGGGCTTTT
* * * ** *
39052 CTTGCCAATGAATGGCTTTTTATTCAGGTTTCCTACAA-AAAAACATTCAATTATAATCTGTTTA
261 CTTGCCAATGAATGGGTTTTTCTTCATGTTT-CT-CAAGGCAAACATTCAATTATAATCTGTTTT
* *
39116 AATC-AAAAATATAAAACAA
324 AA-CAAAAAATGTAAAATAA
********** * * * *
39135 TTCAACTTAANNNNNNNNNNGAGATTATAAAATCATTTAAAGAGAGTAATAATGCATTTAAAGGC
1 TTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGAGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGC
* * * * *
39200 TCGGGTGACTATAAATGGGCTTTTCGTGTCAATGAATGGGTTTTTCTTCATGTTTCTTAAGGCAA
66 TTGGGTGACTATAAATGGGCTTTTCTTGCCAATGAATGGGTTTTTCTTCATGTTTCTCAAGGAAA
********** * * *
39265 ACANNNNNNNNNNATCTGTTTCAACCAAAAATGTAAAAGAACTT-AACTTAAAACCAATTATGAG
131 ACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAATAA-TTCAACTTAAAATCAATTATGAG
* * * * ** *
39329 ATTCTAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGGTTTCGAAGGCTTAAGTGACTATAAATTGGCTTT
195 ATTATAAAACCATTTAAAGAGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCTTGGGTGACTATAAATGGGCTTT
** * ** * * *
39394 TCTTGAAAATGAATAGGTTTTTCTTCACATTTCTCAA-GCTAAACCTTTAATTATAGTCTGTTTT
260 TCTTGCCAATGAATGGGTTTTTCTTCATGTTTCTCAAGGC-AAACATTCAATTATAATCTGTTTT
* **********
39458 AGCCAANNNNNNNNNNA-AA
324 A-ACAAAAAATGTAAAATAA
** * * *
39477 TTCAACTTAAAATTTATTTTGTGATTATAAAACTATTTAAAGAGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGC
1 TTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGAGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGC
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39542 TTTGGTGACTATCAATGGGTTTTTTTTGCCAATGAATGTGTTTTTCATCAAGTTTCTTAAGGCAA
66 TTGGGTGACTATAAATGGGCTTTTCTTGCCAATGAATGGGTTTTTCTTCATGTTTCTCAAGGAAA
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39607 ACATTCAATAATAATCTGTTTTAACCAAAAACATAAAAAAACAAAATTTAAANNNNNNNNNNNNN
131 ACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAATAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGA
*** * * *
39672 NNNTAAAACTATTTAAAGAGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCTTGGATGACTATAAATAGGCTTTT
196 TTATAAAACCATTTAAAGAGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCTTGGGTGACTATAAATGGGCTTTT
* * * * * * * *
39737 CTTGCCAATGAATTGATTTTTCTTCAAGTTT-TCCAGTGGAAACATTAAATTATAGTCTTTTTTA
261 CTTGCCAATGAATGGGTTTTTCTTCATGTTTCTCAAG-GCAAACATTCAATTATAATCTGTTTTA
* *
39801 AGC-AAAAATCTAAAAAATA
325 A-CAAAAAATGTAAAATA-A
* *
39820 TTGAACTTAAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGAGAGTCATAAGGCTTTTGAAGG
1 TTCAACTT-AAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGAGAGTAATAAGGCTTTTGAAGG
** * * * * * * * **
39885 CTTGAATGACAATAAATAGGATTTTCTTGCCATTGAATGGCTTTTACTTCAAGTTTCTCATTGAA
65 CTTGGGTGACTATAAATGGGCTTTTCTTGCCAATGAATGGGTTTTTCTTCATGTTTCTCAAGGAA
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39950 AACATTCAATTATAATCTGTTTTAAATAAAAATATAAAA-ACATTGAACTT-AAATCAA-TATTC
130 AACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAATA-ATTCAACTTAAAATCAATTA-TG
* * * * * *
40012 AGGTTATAAAACCATTTCAAGAGAGAAACAACGCTTTTGAAGGCTTGGGTGACTATAAATGCGCT
193 AGATTATAAAACCATTTAAAGAGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCTTGGGTGACTATAAATGGGCT
* * * * * *
40077 TTTCTTGCTAGTGAATGGGTTTTTCTTCACGTTTCCCAAGGTAAACATTCAATTATAAACTGTTT
258 TTTCTTGCCAATGAATGGGTTTTTCTTCATGTTTCTCAAGGCAAACATTCAATTATAATCTGTTT
** * *
40142 CGACCAAAAATATAAAA-ATA
323 TAACAAAAAATGTAAAATA-A
* * *
40162 TTTAA-TGTAAAATCAATTATGAGAATATAAAACCATTTAAATAGAGTAATAAGGCTTTTGAAGG
1 TTCAACT-TAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGAGAGTAATAAGGCTTTTGAAGG
* * * * *
40226 CTTGGGTGACTATAAATGGGCTTTTCTTGCAAATGAATGGGTTTTTCTTTAGGTTTCCCATGGAA
65 CTTGGGTGACTATAAATGGGCTTTTCTTGCCAATGAATGGGTTTTTCTTCATGTTTCTCAAGGAA
* * *
40291 AACATTAAATTATAATCTGTTTTAACTAAAAATGTAAAACAAATTCAACTTAAAATCAATTATGA
130 AACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAA-TAATTCAACTTAAAATCAATTATGA
* * * *
40356 GGTTATAAAACCATTTAAAGAGAGTAACAAGGGTTTTGAAGGCTTGGGTGACTATAAATGGGTTT
194 GATTATAAAACCATTTAAAGAGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCTTGGGTGACTATAAATGGGCTT
* * * * * * * *
40421 TTTTTGCCAATGAATGGGTTTTTTTTCAGGTTTCCCATGGAAAACATTTAATTATAATTTGTTTT
259 TTCTTGCCAATGAATGGGTTTTTCTTCATGTTTCTCAAGGCAAACATTCAATTATAATCTGTTTT
* * * *
40486 AACTAAAACTATAAAACAA
324 AACAAAAAATGTAAAATAA
* * *
40505 TTCAACTTAAAATCAATTTTGATG-TTATAAATCCATTTAAAGAGAGTAATAAGACTTTTGAAGG
1 TTCAACTTAAAATCAATTATGA-GATTATAAAACCATTTAAAGAGAGTAATAAGGCTTTTGAAGG
** ** * * *
40569 CTTGGGTGACTATAAATGATCTTTT-TTGCCAATGAATTTGCTTTTCTACATGTTT-TCAAAGGT
65 CTTGGGTGACTATAAATGGGCTTTTCTTGCCAATGAATGGGTTTTTCTTCATGTTTCTC-AAGGA
* ** * *
40632 AAACATTCAATTATAATTTGTTTTGGCCAAAAATATAATAAAAATNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
129 AAACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATGTAA-AATAAT--------------------
***************************************************************
40697 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
173 --TCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGAGAGTAATAAGGCTTTTGAAGG
**************** * *** * *
40762 NNNNNNNNNNNNNNNTTAGGTGACTATAAATGGGGTTTTCTTGCAAATGAATGGGTTTTCCTTCA
236 CTTGGGTGACTATAAAT-GG-G-CTTTTCTTGC----------C-AATGAATGGGTTTTTCTTCA
* ** * * * *
40827 TGCTTCTTGAGGCAAACATTTAATTATAGTCTGTGTTAACTAAAAATGTAAAATAA
287 TGTTTCTCAAGGCAAACATTCAATTATAATCTGTTTTAACAAAAAATGTAAAATAA
* * *
40883 TTCAACTTTAAATCTATTATGAGATTATAAAACTATTTACAA-AGAGTAATAAGGCTTTTGAAGG
1 TTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTA-AAGAGAGTAATAAGGCTTTTGAAGG
* * * *
40947 CTTGGGTGACTATAAATGGGCCTTTCTTACCAATGAATGGGTTTTTCTTCATGATTCTCGAGGAA
65 CTTGGGTGACTATAAATGGGCTTTTCTTGCCAATGAATGGGTTTTTCTTCATGTTTCTCAAGGAA
* * * * * *
41012 AACATTCAATTATAGTCTGTGTTAACTAAAAATGTAAAATAATTAAACTTTAAATCTATTATGAG
130 AACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAATAATTCAACTTAAAATCAATTATGAG
* * *
41077 ATTATAAAACTATTTACAGAGAGTAATGAGGCTTTTGAAGGCTTGGGTGACTATAAATGGGCTTT
195 ATTATAAAACCATTTAAAGAGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCTTGGGTGACTATAAATGGGCTTT
* * * *
41142 TCTTGCCAATGAATGGGTTTTTCTTCATGCTTCTCGAGGAAAACATTCAATTATAATCTGTGTTA
260 TCTTGCCAATGAATGGGTTTTTCTTCATGTTTCTCAAGGCAAACATTCAATTATAATCTGTTTTA
* *
41207 ACCAAAAAGGTAAAATAA
325 ACAAAAAATGTAAAATAA
* * * * * *
41225 -TCTAACTTTACATAAATTATAAGATTATAAAACCATTT-ACGAAGAGTAATAAGGCTTTTCAAG
1 TTC-AACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAG-AGAGTAATAAGGCTTTTGAAG
* * *
41288 GCTTAGGTGACTATAAATGTGCTTTTCTT--C-----AT--G--TTTC-T-A-G-------AGGT
64 GCTTGGGTGACTATAAATGGGCTTTTCTTGCCAATGAATGGGTTTTTCTTCATGTTTCTCAAGGA
* * ** * * *
41332 AAACATTCAATTATAATCTATTTTGATAAAAAATAGAAAAAAAATTCACCTTAAAATCAA-T-TG
129 AAACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAAT-GTAAAATAATTCAACTTAAAATCAATTATG
* * * ***
41395 ACATTATAAAACCATTTAAAAAGAGTAATTAGGCTTTTGAAGGCTTGGGTGACTATAAATACTCT
193 AGATTATAAAACCATTTAAAGAGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCTTGGGTGACTATAAATGGGCT
* * * * * *
41460 TTTGTTGCCAATGAATGGGTTTTTCTTCAGGTTTCCCATGGAAAACAGTCAATTATAATCTGTTT
258 TTTCTTGCCAATGAATGGGTTTTTCTTCATGTTTCTCAAGGCAAACATTCAATTATAATCTGTTT
* *
41525 TAA-ACAAAAATATAAAGA-CA
323 TAACA-AAAAATGTAAA-ATAA
* * *
41545 TTCAACTTAAATTCAATTTTGAGGTTATAAAACCATTT-AAGAAGAGTAATAAGGCTTTTGAAGG
1 TTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAG-AGAGTAATAAGGCTTTTGAAGG
* * *
41609 CTTGGGTGACTATAAATGGGCTTTTCTTGCCAATTAATGTG-TTTTCTTCATGTTTC-CAAAGGT
65 CTTGGGTGACTATAAATGGGCTTTTCTTGCCAATGAATGGGTTTTTCTTCATGTTTCTC-AAGGA
* * * * * * *
41672 AAACATGCAACTATAATCCGTTTTGAGCAAAAATATAAAACAATTCAACTTAAAATCAATTATGA
129 AAACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAATAATTCAACTTAAAATCAATTATGA
* * **
41737 GATTATAAAACCATTTAAAGGGAGTAATGTTAGGCTTTTGAAGGCTTGGGTGACTATAAAAAGGC
194 GATTATAAAACCATTTAAAGAGAGTAA--TAAGGCTTTTGAAGGCTTGGGTGACTATAAATGGGC
* * * ** * * *
41802 TTTTCTTGTCAGT-ATATGGGTTTTTCCTCATACTTCTCGAGGCAAACAATCAATTATAATCTAT
257 TTTTCTTGCCAATGA-ATGGGTTTTTCTTCATGTTTCTCAAGGCAAACATTCAATTATAATCTGT
* * *
41866 GTTAACCAAAAATATAAAATAA
321 TTTAACAAAAAATGTAAAATAA
* * * * * *
41888 TTAAACTTCAAATCAATTATGAGACTATAAAATCGTTTACAA-AGAGTAATAACG-TATTTGAAG
1 TTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTA-AAGAGAGTAATAAGGCT-TTTGAAG
* * ** * * *
41951 GCTTGGGTGACAATAAATGAGCTTTTCTTGCCAATGAATGGGTTTTTCTTTGTGCTTCTCGAGGC
64 GCTTGGGTGACTATAAATGGGCTTTTCTTGCCAATGAATGGGTTTTTCTTCATGTTTCTCAAGGA
* * * *
42016 AAACATTCAATTGTAATCTGTGTTAATCAAAAATGTAAAATAATT-AACCTTCAAATCAATTATG
129 AAACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAATAATTCAA-CTTAAAATCAATTATG
* * * * *
42080 AGATTATCAAGCCATTTACAGAGAGTAATAAAGCTTTTAAAGGCTTGGGTGACTATAAATGGGCT
193 AGATTATAAAACCATTTAAAGAGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCTTGGGTGACTATAAATGGGCT
42145 TTTCTTG
258 TTTCTTG
42152 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 6910, Mismatches: 1630, Indels: 572
0.76 0.18 0.06
Matches are distributed among these distances:
318 3 0.00
319 9 0.00
320 322 0.05
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324 2 0.00
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379 60 0.01
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Consensus pattern (342 bp):
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ACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAATAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGA
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CTTGCCAATGAATGGGTTTTTCTTCATGTTTCTCAAGGCAAACATTCAATTATAATCTGTTTTAA
CAAAAAATGTAAAATAA
Found at i:33980 original size:513 final size:512
Alignment explanation
Indices: 32985--42151 Score: 6828
Period size: 513 Copynumber: 17.8 Consensus size: 512
32975 NNNNNNNNNN
* * *
32985 TTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAAAGAGTAATTAGGGTTTTGAAGGC
1 TTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGAGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGC
* * * * * ** * *
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* * * * *
33113 AACATTCAATTATAATCTATTTTTA--AAAAATATAAAAAAATATTCAACTTAAAATCAATTTTG
130 AACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATGT-AAAATA-ATTCAACTTAAAATCAATTATG
* ********** *
33176 AGGTTATAAAACCATTTAANNNNNNNNNNAAGGCTTGTGAAGGCTTGGGTGACTATAAATGGGCT
193 AGATTATAAAACCATTTAAAGAGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCTTGGGTGACTATAAATGGGCT
* * * * *
33241 TTTCATGCCAATGAATGTG-TTTTCTTCATG-TT-TGGAATGGTAAACATTCAATTATAACCTGT
258 TTTCTTGCCAATGAATGGGTTTTTCTTCATGTTTCTCG-A-GGCAAACATTCAATTATAATCTGT
* * ********** *
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* *
33366 AGGAGTAATATTAGGCTTTTGAAGGCTTGGATGACTATAAATGGGCTTTTCTTGCCAGTGAATGT
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* * * * * * * * **
33431 GTTTCTCCTCATGCTTCTCGAGGAAAATAATCAATTATAATTTGTGTTAATTAAAAATATAAAAT
447 GTTTTTCTTCATGTTTCTCAAGGAAAACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATATAAAA-
33496 AA
511 AA
* * * * * * *
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1 TTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGAGAGTAATAAGGCTTT-TGAAGG
* *
33562 CTTGGGTGACTATAAATGAGCTTTTCTTGCCAATGAATGGGTTTTTCTTTATGCTTCTTAAGGCA
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* * * *
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130 AACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAATAATTCAACTTAAAATCAATTATGAG
* * *
33692 ATTATAAAACCATTTACAA-AGAGTAATAAGGCTTTTAAAGGCTTGGGTGATTACAAATGGGCTT
195 ATTATAAAACCATTTA-AAGAGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCTTGGGTGACTATAAATGGGCTT
* * *
33756 TTCTTGCCAATGAATGGCTTTTTCTTCATGCTTCTCGAGGCAAACATTCAATTATAATAC-GTGT
259 TTCTTGCCAATGAATGGGTTTTTCTTCATGTTTCTCGAGGCAAACATTCAATTATAAT-CTGTTT
* *
33820 TAACCAAAAAGGTAAAATAATTCAACTTTAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTACAGAGA
323 TAACCAAAAATGTAAAATAATTCAACTTTAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGAGA
* * * *
33885 GTAGTAAGGCTTTTGATGGTTTGGGTGACTATAAATGGGCTTCTCTTGCCAATGAATGTGTTTTT
388 GTAATAAGGCTTTTGAAGGCTTGGGTGACTATAAATGGGCTTTTCTTGCCAATGAATGTGTTTTT
* * *
33950 CTTCATGTTTCTCAAGGCAAACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATGTGAAACAA
453 CTTCATGTTTCTCAAGGAAAACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATAT-AAAAAA
* * * *
34011 TTAAACTTAAAATCAATTTTATG-GCTT-TAAAACCATTTAAAGTGAGTCATAAGGCTTTTGAAG
1 TTCAACTTAAAATCAA--TTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGAGAGTAATAAGGCTTTTGAAG
* * *
34074 GCTTGGGTGACTATAAATGGGCTTTTCTTGCCAGTGAATGGGTTTTTCTTCATGTTT-TCCAAGG
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* * * *
34138 AAAACATTCAATTATAATATGTTTTAACCAAAAATGTAAAA-AAGTCAACTTAAAATCATTTATG
128 CAAACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAATAATTCAACTTAAAATCAATTATG
* ** * * * *
34202 AGGTTATAAAATTATTTAAAGTGAGTAATAATGCTTTTGAAGGCTTGGGTGACCATAAATAGGCT
193 AGATTATAAAACCATTTAAAGAGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCTTGGGTGACTATAAATGGGCT
* * * * * * * *
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258 TTTCTTGCCAATGAATGGGTTTTTCTTCATGTTTCTCGAGGCAAACATTCAATTATAATCTGTTT
* * * * *
34332 TAA-CTAAAATGTAAAAAAATTCAAC-TTAAATTTAATTATGAGATTATAAAACAAGTTAAAGAG
323 TAACCAAAAATGTAAAATAATTCAACTTTAAA-TCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGAG
* *
34395 AGTAATAAGACTTTT-AGAGGCTTGGATGACTATAAATGGGCTTTTCTTGCCAATGAATG-GCTT
387 AGTAATAAGGCTTTTGA-AGGCTTGGGTGACTATAAATGGGCTTTTCTTGCCAATGAATGTG-TT
* * * * * *
34458 TTTCTTCAGGTTTCTCATGAAAAACATTCAATTGTAATCTTTTTTAAACAAAAATATAAAAACA
450 TTTCTTCATGTTTCTCAAGGAAAACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATATAAAAA-A
** * * * * * *
34522 TTTGACTTAAAATTAATTTTGAGGTTATAAAAGCATTTAAAAAGAATAATAAGG-TATTTGAAGG
1 TTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGAGAGTAATAAGGCT-TTTGAAGG
* * * *
34586 TTTGGGTGACTATAAAT-AGGCTTTTCGTT-CCAATGAATGTGTTTTTCTTCATGTTTCTCAAGC
65 CTTGGGTGACTATAAATGA-GCTTTTC-TTGCCAATGAATGGGTTTTTCTTCATGTTTCTTAAGG
* * * * *
34649 CAAACATTCAATTACAGTCTATTTTAGCCAACAATGTAATAA-AATTCAACTTAAAAT-ATATT-
128 CAAACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATGTAA-AATAATTCAACTTAAAATCA-ATTA
* * * *
34711 TTACGGTTATAAAACCATTTAAAGAGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCTTCGGTGACTATCAATGG
191 TGA-GATTATAAAACCATTTAAAGAGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCTTGGGTGACTATAAATGG
* *** * * *
34776 GATTTTCTTGCCAATGAATATATTTTTCTTCATATTT-TATGTGGCAAACATTCAATTATAATCT
255 GCTTTTCTTGCCAATGAATGGGTTTTTCTTCATGTTTCT-CGAGGCAAACATTCAATTATAATCT
* * * *
34840 GTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTTAAATTAATTATGAGATTAGAAAACCATTTAAA
319 GTTTTAACCAAAAATGTAAAATAATTCAACTTTAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAA
* * * *
34905 GAGAGTAATAAGGCTTTTGAATGCTTGGATGACTATAAATGGGATTTTCTTGCCAATGAGTG-GA
384 GAGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCTTGGGTGACTATAAATGGGCTTTTCTTGCCAATGAATGTG-
* * * * ** *
34969 TTTTACTTCAGGTTTCTCATGGAAAACATTCAATTATAATTTGTTTTAAATAAAAATTTAANNNN
448 TTTTTCTTCATGTTTCTCAAGGAAAACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATATAA----
****
35034 NNNNNNNNNNNN
509 --------AAAA
****************************************************
35046 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNGGCTTTTGAAGGC
1 TTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGAGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGC
* * * *
35111 TTGGGTGACTATAAATGGGCTTTTCTTGCAAATGAATGGCG-TTTTCTT-AAGATTTC-CAATGG
66 TTGGGTGACTATAAATGAGCTTTTCTTGCCAATGAATGG-GTTTTTCTTCATG-TTTCTTAA-GG
* ** * *
35173 AAAACATTCAATTATAATCTGTTTTAAATAAAAA-ATAAAA-ACATTCAACTTCAAAAT-AATTT
128 CAAACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAATA-ATTCAACTT-AAAATCAATTA
* ** * * * * * *
35235 TAAGGCTATAAAACCATTTAAAGAGAGCAATAACGC-ATTGAAAGGCTTGAGTGACAATAAATGA
191 TGAGATTATAAAACCATTTAAAGAGAGTAATAAGGCTTTTG-AAGGCTTGGGTGACTATAAATGG
* * * * *
35299 GCTTTTCTTGCCAATGAATGTGTTTTTCTTCCT-TTTTTCAAAGGTAAACATTCAATTATAATCT
255 GCTTTTCTTGCCAATGAATGGGTTTTTCTTCATGTTTCTC-GAGGCAAACATTCAATTATAATCT
*** * ** * * * * *
35363 GTTTTGGTCAATAATAAAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTAAGCGATTATAAAACCATTTAAA
319 GTTTTAACCAAAAATGTAAAATAATTCAACTTTAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAA
* * * * *
35428 GAAAGTAATAAGGATTTTAAAGGCTTGGGTGACTATAAATGGGCTTTTCTTGCCAGTGAATGGGT
384 GAGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCTTGGGTGACTATAAATGGGCTTTTCTTGCCAATGAATGTGT
* * * *
35493 TTTTCTTCATATTTCTCAAGGAAAACATTCAATTATAATCTCTTTCAACCAAAAATGTAAAAAA
449 TTTTCTTCATGTTTCTCAAGGAAAACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATATAAAAAA
* * ********** *
35557 -ACACAGCTTAAAATCCATTATGAGATTATAAAACCATTTAAANNNNNNNNNNAGGCTTTCGAAG
1 TTCA-A-CTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGAGAGTAATAAGGCTTTTGAAG
* * * * * *
35621 GCTTAGGTGACTATAAATGGGGTTCTCTTGCCAATGAATGGGTTTTTCTTCTTGCTTC-TAGAGG
64 GCTTGGGTGACTATAAATGAGCTTTTCTTGCCAATGAATGGGTTTTTCTTCATGTTTCTTA-AGG
* * * * *
35685 CAAACATTCAATTATAATATGTGTTAACTAAAAATGTAAAATAATTCAACTTTAAATCGATTATG
128 CAAACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAATAATTCAACTTAAAATCAATTATG
* ********** * * *
35750 AGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATANNNNNNNNNNAGGCTTGGATGACTATAAACGGGGT
193 AGATTATAAAACCATTTAAAGAGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCTTGGGTGACTATAAATGGGCT
* * *
35815 TTTC-TGACCAATGAATGGGTTTTTCTTCAT-CTTCTCGAGGCAAACATTCAATTATAGTCTGTG
258 TTTCTTG-CCAATGAATGGGTTTTTCTTCATGTTTCTCGAGGCAAACATTCAATTATAATCTGTT
* * * ********** **
35878 TTAACCAAAAAGGTAAAATAATTCAACTTCAAATAAATTATGAGATTANNNNNNNNNNTATGGAG
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*
35943 AGTAATAAGGCTTTTGAAGGCTTGGGTGACTATAAATGTGC--TT-TT--C-AT-AA--TG---T
387 AGTAATAAGGCTTTTGAAGGCTTGGGTGACTATAAATGGGCTTTTCTTGCCAATGAATGTGTTTT
* * * * *
35996 T-TT-A-------AAAGGTAAACATTTAATTATAATCTGTTTTGA-CAAAAAGTAGAAAAACA
452 TCTTCATGTTTCTCAAGGAAAACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAA-TATAAAAA-A
* *
36049 TTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAA-AGGAGTAATTAGGCTTTTGACGG
1 TTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGA-GAGTAATAAGGCTTTTGAAGG
* * ** **
36113 CTTGAGTGAATATAAATGAGCTTTT-TCTGCCAATGAATGGGTTTTTCTTTGTGCTTT-TCGAGG
65 CTTGGGTGACTATAAATGAGCTTTTCT-TGCCAATGAATGGGTTTTTCTTCATG-TTTCTTAAGG
* * * * * *
36176 AAAACATTCAATTATAGTCTGTGTTAACCAAAAATATTAAATAATTCAACTTCAAATCAATTATG
128 CAAACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAATAATTCAACTTAAAATCAATTATG
********** * * *
36241 AGANNNNNNNNNNATTTACAGAGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGTTTGTGTGACTATAAATGGGCT
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* * * *
36306 TTTCTTGCCAATGAATGGCTTTTTCTTTATGCTTCTCGAGGCAAACATTCAATTATAATCTGTGT
258 TTTCTTGCCAATGAATGGGTTTTTCTTCATGTTTCTCGAGGCAAACATTCAATTATAATCTGTTT
* ** * * *
36371 TAACCAAAAA-GAAAAAATAATTCAACTTCCAATTAATTATGAGGTTATAAAACTATTTATAGAG
323 TAACCAAAAATG-TAAAATAATTCAACTTTAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGAG
**********
36435 AGTAATAAGGCTTTTGAAGGNNNNNNNNNNTATAAATGGGCTTTTCTTGCCAATGAATGTGTTTG
387 AGTAATAAGGCTTTTGAAGGCTTGGGTGACTATAAATGGGCTTTTCTTGCCAATGAATGTGTTT-
* * * * *
36500 TT-TTCATGTTTCTCAAGGAAAATATTCTATTATAATCTGTTTTAACAAAAAATGTGAAACAA
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* * * * * *
36562 TTAAACTTAAAATCAATTTTATG-GCTT-T-AAACTATTTAAAG-GGGTCATAAGGCCTTTGAAG
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36623 G-TTTGGTGAGTAT-AATG-GCTTTTCTTACTAGTGAATGGGTTTTTCTTCA--TTTCCTGAGGA
64 GCTTGGGTGACTATAAATGAGCTTTTCTTGCCAATGAATGGGTTTTTCTTCATGTTTCTTAAGGC
* *
36683 AAACATTC-A-TACAATCTGTTTT-ACACAAAAATGTAAAA-AATTCAAATTAAAATCAATTATG
129 AAACATTCAATTATAATCTGTTTTAAC-CAAAAATGTAAAATAATTCAACTTAAAATCAATTATG
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36744 AGGTTATAAAACTATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCTTGGGTGACTATAAATAGGCT
193 AGATTATAAAACCATTTAAAGAGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCTTGGGTGACTATAAATGGGCT
** ** * * * *
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258 TTTCTTGCCAATGAATGGGTTTTTCTTCATGTTTCTCGAGGCAAACATTCAATTATAATCTGTTT
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36874 TAATCAAAAATGTAAAATAATTCAACTTCAAATCAATTATGAGACTATAAAACTATTTATAGAGA
323 TAACCAAAAATGTAAAATAATTCAACTTTAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGAGA
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388 GTAATAAGGCTTTTGAAGGCTTGGGTGACTATAAATGGGCTTTTCTTGCCAATGAATGTG-TTTT
*
37003 TCTTCATGTTTCTCAAGGGAAAA-ATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAA
452 TCTTCATGTTTCTCAA-GGAAAACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATATAAAAAA
* * * ** *
37064 TTAAACTTAAAATCAATTTTAAGGCTATAAAACCTTTTAAAGAGAGTAATAAGGCTTTTGAAGAG
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* * *
37129 -TTGGGTGACTATAAATGCGCTTTTCTTGCCAGTGAATGGGTTTTTCTTCATGTTTCCTAAGGCA
65 CTTGGGTGACTATAAATGAGCTTTTCTTGCCAATGAATGGGTTTTTCTTCATGTTTCTTAAGGCA
* *
37193 AACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATATAAAACAATTCAACTTAAAATCAATTATGAG
130 AACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAATAATTCAACTTAAAATCAATTATGAG
* * * * *
37258 ATTATAAAACAATTTAAAAAGAGTAATAAGACTTTTGAAGGCTTAGGTGGCTATAAATGGGCTTT
195 ATTATAAAACCATTTAAAGAGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCTTGGGTGACTATAAATGGGCTTT
* * * * *
37323 TCTTGCCAATGAATAGCTTTTTCTTTAGGTTTCTC-ATGGAAAACATTCAATTATAATCTGTTTT
260 TCTTGCCAATGAATGGGTTTTTCTTCATGTTTCTCGA-GGCAAACATTCAATTATAATCTGTTTT
** * * * * ** * *
37387 AAATAAAAATATAAAA-ACATTCGACTTAAAATCAATTTTGAGGCTATAAAACCAATTGAAA-AG
324 AACCAAAAATGTAAAATA-ATTCAACTTTAAATCAATTATGAGATTATAAAA-CTATTTAAAGAG
* *
37450 AGTAATAAGGCTTTTGAAGGCTTGGGTGAATATAAATGGGCTTTTCTTACCAATGAATG-GCTTT
387 AGTAATAAGGCTTTTGAAGGCTTGGGTGACTATAAATGGGCTTTTCTTGCCAATGAATGTG-TTT
* * *
37514 TTCTTGCCACTGAATGGCTTTTTCTTCACGTTTTCCATGAAAAATATTCAATTATGATCTGTTTT
451 TTCTT----C---AT-G---TTTC-TCA--------A-GGAAAACATTCAATTATAATCTGTTTT
** *
37579 AAATAAAAATTTAAAAACA
495 AACCAAAAATATAAAAA-A
* * * * * *
37598 TTCGACTTAAAATCAATTTTGAGGTTATAAAACCTTTTAAAGAGAGTAATAAGGCATTTAAAGGC
1 TTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGAGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGC
* * ** * * **
37663 TTGGGTAACTATAAAT-AGGCTTTTTTTATCAAT-ATATGGCTTTTTCTTCAAGTTTCCCATA-G
66 TTGGGTGACTATAAATGA-GCTTTTCTTGCCAATGA-ATGGGTTTTTCTTCATGTTTCTTA-AGG
* * ** * * *
37725 -AAATCATTCAATTATAGTCTATTTTAAATAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTTT
128 CAAA-CATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAATAATTCAACTTAAAATCAATTAT
* * *
37789 GAGGTTATAAAACCATTTAAAGAGAGTAATAAGGCTTTTAAAGGCTTGGGTGACTATAAATAGGC
192 GAGATTATAAAACCATTTAAAGAGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCTTGGGTGACTATAAATGGGC
* * *
37854 TTTTCTTGCCAATGAATGGGTTTTTCTTCATGTTTC-CCAAGCTAACCATTCAATTATAAAT-TG
257 TTTTCTTGCCAATGAATGGGTTTTTCTTCATGTTTCTCGAGGC-AAACATTCAATTAT-AATCTG
* ** * * *** * * *
37917 CTTTAATGAAAAATATAAAAAAATTCAACCGAAAATCAATTATGAGATTGTAAAACAATTTAAAT
320 TTTTAACCAAAAATGTAAAATAATTCAACTTTAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAG
* * * * * * *
37982 AGAGTAATAAAGCTTTTGAAGGCTTGAGTGACTATAAATGAGCTTTTCTTGCTAATAAATGGGAT
385 AGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCTTGGGTGACTATAAATGGGCTTTTCTTGCCAATGAATGTGTT
* * * * * * * **
38047 TTTCTTCAGGTTTCACATGAAAAACATTAAATTATAATCTATTTGAATGAAAAATATAAAAAAA
450 TTTCTTCATGTTTCTCAAGGAAAACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATAT-AAAAAA
* * * * *
38111 TCCAATTTAAAATCAATT-TGGAGGTTATGAAACCATTTAAAAAGAGTAATAAGGCTTTTGAAGG
1 TTCAACTTAAAATCAATTAT-GAGATTATAAAACCATTTAAAGAGAGTAATAAGGCTTTTGAAGG
* * * * * ** * ** * *
38175 CTTTGATGACTATAAATGGGTTTTTCTTGCCAATGAAAGAATTTTTCTTCAGGTTTC-CCATGAA
65 CTTGGGTGACTATAAATGAGCTTTTCTTGCCAATGAATGGGTTTTTCTTCATGTTTCTTAAGGCA
* *
38239 GAACATTCAATTATAATCTGTTTTAACTAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGA
130 -AACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAATAATTCAACTTAAAATCAATTATGA
* * *
38304 GGTTATAAAACCATTTAAAGAGAGTAATAAGGTTTTTGAAGGCTTGGGTGACTATAAATGGTCTT
194 GATTATAAAACCATTTAAAGAGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCTTGGGTGACTATAAATGGGCTT
* * * * * *
38369 CT-TTGGCAATGAATGTGTTTTTCTTCATGTTT-TCAAAGGTAAACATTCAATTATAATCTTTTT
259 TTCTTGCCAATGAATGGGTTTTTCTTCATGTTTCTC-GAGGCAAACATTCAATTATAATCTGTTT
** * ** * *
38432 TGGCTAAAAATACAATAAAAATTCAACTTAAAAT-ATATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGA
323 TAACCAAAAATGTAA-AATAATTCAACTTTAAATCA-ATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGA
* * * *
38496 GAGAAATTAGGCTTTTGATGGCTTGGGTGACTATAAATGGGCTTTTCTTGCCAATGAATGGGTTT
386 GAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCTTGGGTGACTATAAATGGGCTTTTCTTGCCAATGAATGTGTTT
* ** * * *
38561 TTTTTCATACTTCTCCAGGAAAACATTCAATTATAATCTGTGTTAACCAAAAATGTAAAATAA
451 TTCTTCATGTTTCTCAAGGAAAACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATATAAAA-AA
* * *
38624 TTCAACTTCAAATCAATTATGAGATTATAAAATCATTTAAAGAGAGTAATAAGGTTTTTGAAGGC
1 TTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGAGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGC
* * * * * *
38689 TTCGGTGACTATAAATGGGCTTTTCTTGCTAATGAATGGCTTTTTCTTCAGGTTATC--GAGAG-
66 TTGGGTGACTATAAATGAGCTTTTCTTGCCAATGAATGGGTTTTTCTTCATGTT-TCTTAAG-GC
* * * *
38751 AGACATTCAATTATAATCTGTGTTAATC-AAAATGTAAAATAATTCAACTTTAAATCAATTATGA
129 AAACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAATAATTCAACTTAAAATCAATTATGA
* * * *
38815 GAATATCAAACCATTTACAGAGAGTAA-AAGGCTTTTGAAGGCTTGGGTGACTATAAATGGGCGT
194 GATTATAAAACCATTTAAAGAGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCTTGGGTGACTATAAATGGGCTT
* * * * * *
38879 TTCTTACCAATGAATGAGTTTTTCTTCATGCTTCTCAAGGTAAACATTCAATTATAATCTGCTTT
259 TTCTTGCCAATGAATGGGTTTTTCTTCATGTTTCTCGAGGCAAACATTCAATTATAATCTGTTTT
***********
38944 AACCAAAAATGTAAAATAATTCAACTTTAAATCAATTATGAGATTATAAAA-TNNNNNNNNNNNN
324 AACCAAAAATGTAAAATAATTCAACTTTAAATCAATTATGAGATTATAAAACT-ATTTAAAGAGA
*********** *
39008 NNNNNNNNNNNTTTGAAGGCTTCGGTGACTATAAATGGGCTTTTCTTGCCAATGAATG-GCTTTT
388 GTAATAAGGCTTTTGAAGGCTTGGGTGACTATAAATGGGCTTTTCTTGCCAATGAATGTG-TTTT
* * * * *
39072 TATTCAGGTTTCCTACAA-AAAAACATTCAATTATAATCTGTTTAAATCAAAAATATAAAACAA
452 TCTTCATGTTT-CT-CAAGGAAAACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATATAAAA-AA
********** * * * *
39135 TTCAACTTAANNNNNNNNNNGAGATTATAAAATCATTTAAAGAGAGTAATAATGCATTTAAAGGC
1 TTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGAGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGC
* * * *
39200 TCGGGTGACTATAAATGGGCTTTTCGTGTCAATGAATGGGTTTTTCTTCATGTTTCTTAAGGCAA
66 TTGGGTGACTATAAATGAGCTTTTCTTGCCAATGAATGGGTTTTTCTTCATGTTTCTTAAGGCAA
********** * * *
39265 ACANNNNNNNNNNATCTGTTTCAACCAAAAATGTAAAAGAACTT-AACTTAAAACCAATTATGAG
131 ACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAATAA-TTCAACTTAAAATCAATTATGAG
* * * * ** *
39329 ATTCTAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGGTTTCGAAGGCTTAAGTGACTATAAATTGGCTTT
195 ATTATAAAACCATTTAAAGAGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCTTGGGTGACTATAAATGGGCTTT
** * ** * * * *
39394 TCTTGAAAATGAATAGGTTTTTCTTCACATTTCTC-AAGCTAAACCTTTAATTATAGTCTGTTTT
260 TCTTGCCAATGAATGGGTTTTTCTTCATGTTTCTCGAGGC-AAACATTCAATTATAATCTGTTTT
* ********* * ** * *
39458 AGCCAANNNNNNNNNNA-AATTCAACTTAAAATTTATTTTGTGATTATAAAACTATTTAAAGAGA
324 AACCAA-AAATGTAAAATAATTCAACTTTAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGAGA
* * * *
39522 GTAATAAGGCTTTTGAAGGCTTTGGTGACTATCAATGGGTTTTTTTTGCCAATGAATGTGTTTTT
388 GTAATAAGGCTTTTGAAGGCTTGGGTGACTATAAATGGGCTTTTCTTGCCAATGAATGTGTTTTT
* * * * * *
39587 CATCAAGTTTCTTAAGGCAAACATTCAATAATAATCTGTTTTAACCAAAAACATAAAAAA
453 CTTCATGTTTCTCAAGGAAAACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATATAAAAAA
* * **************** *
39647 -ACAAAATTTAAANNNNNNNNNNNNNNNNTAAAACTATTTAAAGAGAGTAATAAGGCTTTTGAAG
1 TTC--AACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGAGAGTAATAAGGCTTTTGAAG
* * * * **
39711 GCTTGGATGACTATAAAT-AGGCTTTTCTTGCCAATGAATTGATTTTTCTTCAAGTTT-TCCAGT
64 GCTTGGGTGACTATAAATGA-GCTTTTCTTGCCAATGAATGGGTTTTTCTTCATGTTTCTTAAG-
* * * * * * * *
39774 GGAAACATTAAATTATAGTCTTTTTTAAGCAAAAATCTAAAAAATATTGAACTTAAAAATCAATT
127 GCAAACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAATA-ATTCAACTT-AAAATCAATT
* ** * *
39839 ATGAGATTATAAAACCATTTAAAGAGAGTCATAAGGCTTTTGAAGGCTTGAATGACAATAAATAG
190 ATGAGATTATAAAACCATTTAAAGAGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCTTGGGTGACTATAAATGG
* * * * * * *
39904 GATTTTCTTGCCATTGAATGGCTTTTACTTCAAGTTTCTC-ATTGAAAACATTCAATTATAATCT
255 GCTTTTCTTGCCAATGAATGGGTTTTTCTTCATGTTTCTCGA-GGCAAACATTCAATTATAATCT
** * * * * * *
39968 GTTTTAAATAAAAATATAAAA-ACATTGAAC-TTAAATCAA-TATTCAGGTTATAAAACCATTTC
319 GTTTTAACCAAAAATGTAAAATA-ATTCAACTTTAAATCAATTA-TGAGATTATAAAACTATTTA
* * * * * * *
40030 AAGAGAGAAACAACGCTTTTGAAGGCTTGGGTGACTATAAATGCGCTTTTCTTGCTAGTGAATGG
382 AAGAGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCTTGGGTGACTATAAATGGGCTTTTCTTGCCAATGAATGT
* * * * **
40095 GTTTTTCTTCACGTTTCCCAAGGTAAACATTCAATTATAAACTGTTTCGACCAAAAATATAAAAA
447 GTTTTTCTTCATGTTTCTCAAGGAAAACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATATAAAAA
40160 TA
512 -A
* * *
40162 TTTAA-TGTAAAATCAATTATGAGAATATAAAACCATTTAAATAGAGTAATAAGGCTTTTGAAGG
1 TTCAACT-TAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGAGAGTAATAAGGCTTTTGAAGG
* * * * ** * *
40226 CTTGGGTGACTATAAATGGGCTTTTCTTGCAAATGAATGGGTTTTTCTTTAGGTTTCCCATGGAA
65 CTTGGGTGACTATAAATGAGCTTTTCTTGCCAATGAATGGGTTTTTCTTCATGTTTCTTAAGGCA
* * *
40291 AACATTAAATTATAATCTGTTTTAACTAAAAATGTAAAACAAATTCAACTTAAAATCAATTATGA
130 AACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAA-TAATTCAACTTAAAATCAATTATGA
* * * *
40356 GGTTATAAAACCATTTAAAGAGAGTAACAAGGGTTTTGAAGGCTTGGGTGACTATAAATGGGTTT
194 GATTATAAAACCATTTAAAGAGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCTTGGGTGACTATAAATGGGCTT
* * * * * * *
40421 TTTTTGCCAATGAATGGGTTTTTTTTCAGGTTTC-CCATGGAAAACATTTAATTATAATTTGTTT
259 TTCTTGCCAATGAATGGGTTTTTCTTCATGTTTCTCGA-GGCAAACATTCAATTATAATCTGTTT
* * * * * * * *
40485 TAACTAAAACTATAAAACAATTCAACTTAAAATCAATTTTGATG-TTATAAATCCATTTAAAGAG
323 TAACCAAAAATGTAAAATAATTCAACTTTAAATCAATTATGA-GATTATAAAACTATTTAAAGAG
* ** * *
40549 AGTAATAAGACTTTTGAAGGCTTGGGTGACTATAAATGATCTTTT-TTGCCAATGAATTTGCTTT
387 AGTAATAAGGCTTTTGAAGGCTTGGGTGACTATAAATGGGCTTTTCTTGCCAATGAATGTGTTTT
* * * **
40613 TCTACATGTTT-TCAAAGGTAAACATTCAATTATAATTTGTTTTGGCCAAAAATATAATAAAAA
452 TCTTCATGTTTCTC-AAGGAAAACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATAT-A-AAAAA
*************************************
40676 TNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
1 T---------------------------TCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTT
************************************ **
40741 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNT-TAGGTGA-CTATAAATGGGGTTTTCTT
39 AAAGAGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCTTGGGTGACTATAAATGAGCT-T---T-------TCTT
* * * * * * * *
40804 GCAAATGAATGGGTTTTCCTTCATGCTTCTTGAGGCAAACATTTAATTATAGTCTGTGTTAACTA
93 GCCAATGAATGGGTTTTTCTTCATGTTTCTTAAGGCAAACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCA
* * *
40869 AAAATGTAAAATAATTCAACTTTAAATCTATTATGAGATTATAAAACTATTTACAA-AGAGTAAT
158 AAAATGTAAAATAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTA-AAGAGAGTAAT
* *
40933 AAGGCTTTTGAAGGCTTGGGTGACTATAAATGGGCCTTTCTTACCAATGAATGGGTTTTTCTTCA
222 AAGGCTTTTGAAGGCTTGGGTGACTATAAATGGGCTTTTCTTGCCAATGAATGGGTTTTTCTTCA
* * * * * *
40998 TGATTCTCGAGGAAAACATTCAATTATAGTCTGTGTTAACTAAAAATGTAAAATAATTAAACTTT
287 TGTTTCTCGAGGCAAACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAATAATTCAACTTT
* * *
41063 AAATCTATTATGAGATTATAAAACTATTTACAGAGAGTAATGAGGCTTTTGAAGGCTTGGGTGAC
352 AAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGAGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCTTGGGTGAC
* * *
41128 TATAAATGGGCTTTTCTTGCCAATGAATGGGTTTTTCTTCATGCTTCTCGAGGAAAACATTCAAT
417 TATAAATGGGCTTTTCTTGCCAATGAATGTGTTTTTCTTCATGTTTCTCAAGGAAAACATTCAAT
* **
41193 TATAATCTGTGTTAACCAAAAAGGTAAAATAA
482 TATAATCTGTTTTAACCAAAAATATAAAA-AA
* * * * * *
41225 -TCTAACTTTACATAAATTATAAGATTATAAAACCATTT-ACGAAGAGTAATAAGGCTTTTCAAG
1 TTC-AACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAG-AGAGTAATAAGGCTTTTGAAG
* * *
41288 GCTTAGGTGACTATAAATGTGCTTTTCTT--C-----AT--G--TTTC-T-A-G-------AGGT
64 GCTTGGGTGACTATAAATGAGCTTTTCTTGCCAATGAATGGGTTTTTCTTCATGTTTCTTAAGGC
* * ** * * *
41332 AAACATTCAATTATAATCTATTTTGATAAAAAATAGAAAAAAAATTCACCTTAAAATCAA-T-TG
129 AAACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAAT-GTAAAATAATTCAACTTAAAATCAATTATG
* * * ***
41395 ACATTATAAAACCATTTAAAAAGAGTAATTAGGCTTTTGAAGGCTTGGGTGACTATAAATACTCT
193 AGATTATAAAACCATTTAAAGAGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCTTGGGTGACTATAAATGGGCT
* * * * *
41460 TTTGTTGCCAATGAATGGGTTTTTCTTCAGGTTTC-CCATGGAAAACAGTCAATTATAATCTGTT
258 TTTCTTGCCAATGAATGGGTTTTTCTTCATGTTTCTCGA-GGCAAACATTCAATTATAATCTGTT
* * * * * *
41524 TTAAACAAAAATATAAAGA-CATTCAAC-TTAAATTCAATTTTGAGGTTATAAAACCATTT-AAG
322 TTAACCAAAAATGTAAA-ATAATTCAACTTTAAA-TCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAG
*
41586 AAGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCTTGGGTGACTATAAATGGGCTTTTCTTGCCAATTAATGTG-
385 -AGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCTTGGGTGACTATAAATGGGCTTTTCTTGCCAATGAATGTGT
* * * * * *
41650 TTTTCTTCATGTTTC-CAAAGGTAAACATGCAACTATAATCCGTTTTGAGCAAAAATATAAAACA
449 TTTTCTTCATGTTTCTC-AAGGAAAACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATATAAAA-A
41714 A
512 A
* *
41715 TTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGGGAGTAATGTTAGGCTTTTGAAG
1 TTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGAGAGTAA--TAAGGCTTTTGAAG
* * * * ** **
41780 GCTTGGGTGACTATAAA-AAGGCTTTTCTTGTCAGT-ATATGGGTTTTTCCTCATACTTCTCGAG
64 GCTTGGGTGACTATAAATGA-GCTTTTCTTGCCAATGA-ATGGGTTTTTCTTCATGTTTCTTAAG
* * * * * *
41843 GCAAACAATCAATTATAATCTATGTTAACCAAAAATATAAAATAATTAAACTTCAAATCAATTAT
127 GCAAACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAATAATTCAACTTAAAATCAATTAT
* * * * * *
41908 GAGACTATAAAATCGTTTACAA-AGAGTAATAACG-TATTTGAAGGCTTGGGTGACAATAAATGA
192 GAGATTATAAAACCATTTA-AAGAGAGTAATAAGGCT-TTTGAAGGCTTGGGTGACTATAAATGG
** * *
41971 GCTTTTCTTGCCAATGAATGGGTTTTTCTTTGTGCTTCTCGAGGCAAACATTCAATTGTAATCTG
255 GCTTTTCTTGCCAATGAATGGGTTTTTCTTCATGTTTCTCGAGGCAAACATTCAATTATAATCTG
* * * * * * *
42036 TGTTAATCAAAAATGTAAAATAATT-AACCTTCAAATCAATTATGAGATTATCAAGCCATTTACA
320 TTTTAACCAAAAATGTAAAATAATTCAA-CTTTAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAA
* *
42100 GAGAGTAATAAAGCTTTTAAAGGCTTGGGTGACTATAAATGGGCTTTTCTTG
384 GAGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCTTGGGTGACTATAAATGGGCTTTTCTTG
42152 NNNNNNNNNN
Statistics
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ACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAATAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGA
TTATAAAACCATTTAAAGAGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCTTGGGTGACTATAAATGGGCTTTT
CTTGCCAATGAATGGGTTTTTCTTCATGTTTCTCGAGGCAAACATTCAATTATAATCTGTTTTAA
CCAAAAATGTAAAATAATTCAACTTTAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGAGAGTA
ATAAGGCTTTTGAAGGCTTGGGTGACTATAAATGGGCTTTTCTTGCCAATGAATGTGTTTTTCTT
CATGTTTCTCAAGGAAAACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATATAAAAAA
Found at i:35313 original size:21 final size:21
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* * *
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1 CAATAAATGAGCTTTTCTT
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Statistics
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Matches are distributed among these distances:
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Found at i:36300 original size:171 final size:170
Alignment explanation
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35982 GCTTTTCATA
* * * * * *
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* * *
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* * *
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* * * * * *
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* ********** * * *
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* *
36293 CTATAAATGGGCTTTTCTTGCCAATGAATGGCTTTTTCTTT
130 CTATAAATGGGCTTTTCTTGCCAATGAATGGGTTTTTCTTC
* * * * *
36334 ATGCTTCTCGAGGCAAACATTCAATTATAATCTGTGTTAACCAAAAAGA-AAAAATAATTCAACT
1 ATG-TTTTCAAGGAAAACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATATAAAAA-AATTCAACT
** * * * * ********
36398 TCCAATTAATTATGAGGTTATAAAACTATTTATAGAGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGNNNNNNNN
64 TAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGAGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCTTGGGTG
** *
36463 NNTATAAATGGGCTTTTCTTGCCAATGAATGTGTTTGTT-TTC
129 ACTATAAATGGGCTTTTCTTGCCAATGAATGGGTTT-TTCTTC
* * * * * * *
36505 ATGTTTCTCAAGGAAAATATTCTATTATAATCTGTTTTAACAAAAAATGTGAAACAATTAAACTT
1 ATGTTT-TCAAGGAAAACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATATAAAAAAATTCAACTT
* * * * * *
36570 AAAATCAATTTTATG-GCTT-T-AAACTATTTAAAG-GGGTCATAAGGCCTTTGAAGG-TTTGGT
65 AAAATCAA--TTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGAGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCTTGGGT
* * * *
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* * * * *
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1 ATGTTTTC-AAGGAAAACATTCAATTATAATCTGTTTTAAC-CAAAAATATAAAAAAATTCAACT
* * *
36730 TAAAATCAATTATGAGGTTATAAAACTATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCTTGGGTG
64 TAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGAGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCTTGGGTG
* ** *
36795 ACTATAAATAGGCTTTTCTTGCCAATGAATAAGTTTTTCTTT
129 ACTATAAATGGGCTTTTCTTGCCAATGAATGGGTTTTTCTTC
* * ** * * * * * *
36837 GTGCTTCTGGAGGCAAACATTCAATTATAATATGTGTTAATCAAAAATGTAAAATAATTCAACTT
1 ATG-TTTTCAAGGAAAACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATATAAAAAAATTCAACTT
* * * * * *
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65 AAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGAGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCTTGGGTGA
* *
36967 CTATAAATGGGCTTTTCTTACCAATGAATGGCTTTTTCTTC
130 CTATAAATGGGCTTTTCTTGCCAATGAATGGGTTTTTCTTC
* *
37008 ATGTTTCTCAAGGGAAAA-ATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATGT-AAAAAATTAAACT
1 ATGTTT-TCAA-GGAAAACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATATAAAAAAATTCAACT
* * ** *
37071 TAAAATCAATTTTAAGGCTATAAAACCTTTTAAAGAGAGTAATAAGGCTTTTGAAGAG-TTGGGT
64 TAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGAGAGTAATAAGGCTTTTGAAG-GCTTGGGT
* *
37135 GACTATAAATGCGCTTTTCTTGCCAGTGAATGGGTTTTTCTTC
128 GACTATAAATGGGCTTTTCTTGCCAATGAATGGGTTTTTCTTC
* * *
37178 ATGTTTCCTAAGGCAAACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATATAAAACAATTCAACTT
1 ATGTTTTC-AAGGAAAACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATATAAAAAAATTCAACTT
* * * * *
37243 AAAATCAATTATGAGATTATAAAACAATTTAAAAAGAGTAATAAGACTTTTGAAGGCTTAGGTGG
65 AAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGAGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCTTGGGTGA
* * *
37308 CTATAAATGGGCTTTTCTTGCCAATGAATAGCTTTTTCTTT
130 CTATAAATGGGCTTTTCTTGCCAATGAATGGGTTTTTCTTC
* * ** * *
37349 AGGTTTCTCATGGAAAACATTCAATTATAATCTGTTTTAAATAAAAATATAAAAACATTCGACTT
1 ATGTTT-TCAAGGAAAACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATATAAAAAAATTCAACTT
* ** *
37414 AAAATCAATTTTGAGGCTATAAAACCAATTGAAA-AGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCTTGGGTG
65 AAAATCAATTATGAGATTATAAAACC-ATTTAAAGAGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCTTGGGTG
* * *
37478 AATATAAATGGGCTTTTCTTACCAATGAATGGCTTTTTC-T-
129 ACTATAAATGGGCTTTTCTTGCCAATGAATGGGTTTTTCTTC
* ** ** ** * * ** ** **
37518 -TG---CCACTGAATGGC-TT---TT-TCTTCACGTTTTCCATGAAAAATATTCAATTATGATCT
1 ATGTTTTCAAGGAA-AACATTCAATTATAATC-TGTTTT-AACCAAAAATATAAAAAAAT--TC-
*** ** ** * * * * **
37574 GTTTTAAATAAAAATTTAAAAACATTCGACTTAAAATCAATTT--TGAG-GTTATAAAACCTTTT
60 AACTTAAA-ATCAA-TT-ATGAGATT--A--TAAAA-CCATTTAAAGAGAGTAAT-AAGGCTTTT
* * ** * *** ** * * * *
37636 AAAGAGAGTAATAAG-G-CATTTAAA--GGC-TTGGGTAACTATAAATAGGCTTTTTTTATC
116 GAAG-G-CT--TGGGTGAC-TATAAATGGGCTTTTCTTGCCAATGAAT-GGGTTTTTCT-TC
* * * **
37693 AATATATGGCTTTTTCTTCAAGTTTCCCATAGAAATCATTCAATTATAGTCTATTTTAAATAAAA
1 -----AT-G----TT-TTCAAG---------GAAAACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAA
* *
37758 ATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTTTGAGGTTATAAAACCATTTAAAGAGAGTAATAAGG
46 ATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGAGAGTAATAAGG
* *
37823 CTTTTAAAGGCTTGGGTGACTATAAATAGGCTTTTCTTGCCAATGAATGGGTTTTTCTTC
111 CTTTTGAAGGCTTGGGTGACTATAAATGGGCTTTTCTTGCCAATGAATGGGTTTTTCTTC
* ** * * ** *
37883 ATGTTTCCCAAGCTAACCATTCAATTATAAAT-TGCTTTAATGAAAAATATAAAAAAATTCAACC
1 ATGTTT-TCAAGGAAAACATTCAATTAT-AATCTGTTTTAACCAAAAATATAAAAAAATTCAACT
* * * * * *
37947 GAAAATCAATTATGAGATTGTAAAACAATTTAAATAGAGTAATAAAGCTTTTGAAGGCTTGAGTG
64 TAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGAGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCTTGGGTG
* * * *
38012 ACTATAAATGAGCTTTTCTTGCTAATAAATGGGATTTTCTTC
129 ACTATAAATGGGCTTTTCTTGCCAATGAATGGGTTTTTCTTC
* * * * * ** * *
38054 A-GGTTTCACATGAAAAACATTAAATTATAATCTATTTGAATGAAAAATATAAAAAAATCCAATT
1 ATGTTTTCA-A-GGAAAACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATATAAAAAAATTCAACT
* * * * *
38118 TAAAATCAATT-TGGAGGTTATGAAACCATTTAAAAAGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCTTTGAT
64 TAAAATCAATTAT-GAGATTATAAAACCATTTAAAGAGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCTTGGGT
* * **
38182 GACTATAAATGGGTTTTTCTTGCCAATGAAAGAATTTTTCTTC
128 GACTATAAATGGGCTTTTCTTGCCAATGAATGGGTTTTTCTTC
* * * * * *
38225 AGGTTTCCCATGAAGAACATTCAATTATAATCTGTTTTAACTAAAAATGTAAAAAAATTCAACTT
1 ATGTTTTCAAGGAA-AACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATATAAAAAAATTCAACTT
* *
38290 AAAATCAATTATGAGGTTATAAAACCATTTAAAGAGAGTAATAAGGTTTTTGAAGGCTTGGGTGA
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* * * *
38355 CTATAAATGGTCTTCT-TTGGCAATGAATGTGTTTTTCTTC
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* * ** * *
38395 ATGTTTTCAAAGGTAAACATTCAATTATAATCTTTTTTGGCTAAAAATACAATAAAAATTCAACT
1 ATGTTTTC-AAGGAAAACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATATAA-AAAAATTCAACT
* * * *
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*
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* * * * * *
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1 AT-GTTTTCAAGGAAAACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATATAAAAAAATTCAACTT
* * * *
38632 CAAATCAATTATGAGATTATAAAATCATTTAAAGAGAGTAATAAGGTTTTTGAAGGCTTCGGTGA
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* *
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* * * * * * * *
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1 ATGTTTTCAAGGA-AAACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATATAAAAAAATTCAACTT
* * * *
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* * *
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* * * * *
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* ************************ *
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* *
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* * * * *
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********** * * * * *
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* *
39206 GACTATAAATGGGCTTTTCGTGTCAATGAATGGGTTTTTCTTC
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* * ********** * * *
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* * * * * **
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* ** *
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** ** * * * * **********
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1 ATGTTT-TCAAGGAAAACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATATAAAAAAATTCAACTT
** * * * *
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* * * * *
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* * * * * *** *
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**************** * *
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* **
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* * * * * *
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* ** ** * *
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1 ATGTTT-TCAAGGAAAACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATATAAAAAAATTCAACTT
* * * * * *
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* * *
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* * * * ** * *
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1 ATGTTT-TCAAGGAAAACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATATAAAAAAATTCAACT-
* *
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* *
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* * * * * *
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* * *
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* * *
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* * * * * * * *
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* * *
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** ** * *
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* * **
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40677 NNNNNNNNNN
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AAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGAGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCTTGGGTGAC
TATAAATGGGCTTTTCTTGCCAATGAATGGGTTTTTCTTC
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TTTTCTTACCAATGAATGGCT
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* *
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* * * * *
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* *
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40770 NNNNNNNTTA
* * * * *
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*
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* *
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* * * * ** *
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* * * *
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*
41293 GGTGACTATAAATGTGCTTTTCTT
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41317 CATGTTTCTA
Statistics
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Matches are distributed among these distances:
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AAAACTATTTACAAAGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCTTG
Found at i:41602 original size:171 final size:168
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Indices: 41310--42151 Score: 824
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41300 ATAAATGTGC
* * * * * * *
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* * *
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** *
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* * * * *
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* *
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* * *
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* * * * * * * * *
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* *
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64 ATTCAACTT-AAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAA-AGAGTAA--TAAGGCTTTTGAA
* * *
41779 GGCTTGGGTGACTATAAAAAGGCTTTTCTTGTCAGT-ATATGGGT
125 GGCTTGGGTGACTATAAATAGGCTTTTCTTGCCAATGA-ATGGGT
* ** * * * *
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* * * * *
41888 TTAAACTTCAAATCAATTATGAGACTATAAAATCGTTTACAAAGAGTAATAACG-TATTTGAAGG
65 TTCAACTT-AAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTA-AAAGAGTAATAAGGCT-TTTGAAGG
*
41952 CTTGGGTGACAATAAAT-GAGCTTTTCTTGCCAATGAATGGGT
127 CTTGGGTGACTATAAATAG-GCTTTTCTTGCCAATGAATGGGT
* * * * *
41994 TTTTCTT-TGTGCTTCTCGAGGCAAACATTCAATTGTAATCTGTGTTAATCAAAAATGTAAAATA
1 TTTTCTTCAG-GCTTCTCGAGGCAAACATTCAATTATAATCTGTTTTAAACAAAAATATAAAA-A
* * * * *
42058 ATT-AACCTTCAAATCAATTATGAGATTATCAAGCCATTTACAGAGAGTAATAAAGCTTTTAAAG
64 ATTCAA-CTT-AAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTA-AAAGAGTAATAAGGCTTTTGAAG
*
42122 GCTTGGGTGACTATAAATGGGCTTTTCTTG
126 GCTTGGGTGACTATAAATAGGCTTTTCTTG
42152 NNNNNNNNNN
Statistics
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0.81 0.12 0.07
Matches are distributed among these distances:
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169 21 0.04
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172 51 0.09
173 89 0.16
174 3 0.01
ACGTcount: A:0.36, C:0.13, G:0.16, T:0.35
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TTTTCTTCAGGCTTCTCGAGGCAAACATTCAATTATAATCTGTTTTAAACAAAAATATAAAAAAT
TCAACTTAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAAGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCTTG
GGTGACTATAAATAGGCTTTTCTTGCCAATGAATGGGT
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41293 GGTGACTATA
* * *
41303 AATGTGCTTTTCTTCATGTTTCTAGAGGTAAACATTCAATTATAATCTATTTTGATAAAAAATAG
1 AATGTGCTTTTCTTCATGTTTCCAGAGGTAAACATTCAATTATAATCTGTTTTGATCAAAAATA-
* * * *
41368 AAAAAAAATTCACCTTAAAATCAA-T-TGACATTATAAAACCATTTAAAAAGAGTAATTAGGCTT
65 TAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGAGAGTAATTAGGCTT
** * * **
41431 TTGAAGGCTTGGGTGACTATAAATACTCTTTTGTTGCCAATGAATGGGTTTTTCTTCAGGTTTC-
130 TTGAAGGCTTGGGTGACTATAAATAGGCTTTTCTTGCCAATGAATGGGTTTTTCCTCAGACTTCT
* * * * *
41495 CCATGGAAAACAGTCAATTATAATCTGTTTTAAACAAAAATATAAAGA-CATTCAACTT-AAATT
195 CCA-GGAAAACAATCAATTATAATCTATGTTAAACAAAAATATAAA-ATAATTAAACTTCAAA-T
* ** * *
41558 CAATTTTGAGGTTATAAAACCATTTA-AGAAGAGTAATAAGGCT-TTTGAAGGCTTGGGTGACTA
257 CAATTATGAGACTATAAAACCATTTACA-AAGAGTAATAACG-TATTTGAAGGCTTGGGTGACAA
* *
41621 TAAATGGGCTTTTCTTGCCAATT
320 TAAATGAGCTTTTCTTGCCAATG
* * * * *
41644 AATGTG-TTTTCTTCATGTTTCCAAAGGTAAACATGCAACTATAATCCGTTTTGAGCAAAAATAT
1 AATGTGCTTTTCTTCATGTTTCCAGAGGTAAACATTCAATTATAATCTGTTTTGATCAAAAATAT
* *
41708 AAAACAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGGGAGTAATGTTAGGCT
66 AAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGAGAGTAA--TTAGGCT
* * * *
41773 TTTGAAGGCTTGGGTGACTATAAAAAGGCTTTTCTTGTCAGT-ATATGGGTTTTTCCTCATACTT
129 TTTGAAGGCTTGGGTGACTATAAATAGGCTTTTCTTGCCAATGA-ATGGGTTTTTCCTCAGACTT
* * *
41837 CTCGAGGCAAACAATCAATTATAATCTATGTTAACCAAAAATATAAAATAATTAAACTTCAAATC
193 CTCCAGGAAAACAATCAATTATAATCTATGTTAAACAAAAATATAAAATAATTAAACTTCAAATC
* *
41902 AATTATGAGACTATAAAATCGTTTACAAAGAGTAATAACGTATTTGAAGGCTTGGGTGACAATAA
258 AATTATGAGACTATAAAACCATTTACAAAGAGTAATAACGTATTTGAAGGCTTGGGTGACAATAA
41967 ATGAGCTTTTCTTGCCAATG
323 ATGAGCTTTTCTTGCCAATG
* * ** * * * * * *
41987 AATGGGTTTTTCTTTGTGCTTCTC-GAGGCAAACATTCAATTGTAATCTGTGTTAATCAAAAATG
1 AATGTGCTTTTCTTCATGTTTC-CAGAGGTAAACATTCAATTATAATCTGTTTTGATCAAAAATA
* * * * * * *
42051 TAAAATAATT-AACCTTCAAATCAATTATGAGATTATCAAGCCATTTACAGAGAGTAATAAAGCT
65 TAAAAAAATTCAA-CTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGAGAGTAATTAGGCT
* *
42115 TTTAAAGGCTTGGGTGACTATAAATGGGCTTTTCTTG
129 TTTGAAGGCTTGGGTGACTATAAATAGGCTTTTCTTG
42152 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 429, Mismatches: 66, Indels: 25
0.82 0.13 0.05
Matches are distributed among these distances:
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345 1 0.00
ACGTcount: A:0.36, C:0.13, G:0.16, T:0.35
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AATGTGCTTTTCTTCATGTTTCCAGAGGTAAACATTCAATTATAATCTGTTTTGATCAAAAATAT
AAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGAGAGTAATTAGGCTTT
TGAAGGCTTGGGTGACTATAAATAGGCTTTTCTTGCCAATGAATGGGTTTTTCCTCAGACTTCTC
CAGGAAAACAATCAATTATAATCTATGTTAAACAAAAATATAAAATAATTAAACTTCAAATCAAT
TATGAGACTATAAAACCATTTACAAAGAGTAATAACGTATTTGAAGGCTTGGGTGACAATAAATG
AGCTTTTCTTGCCAATG
Found at i:41985 original size:21 final size:21
Alignment explanation
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Period size: 21 Copynumber: 1.9 Consensus size: 21
41951 GCTTGGGTGA
41961 CAATAAATGAGCTTTTCTTGC
1 CAATAAATGAGCTTTTCTTGC
* * *
41982 CAATGAATGGGTTTTTCTT
1 CAATAAATGAGCTTTTCTT
42001 TGTGCTTCTC
Statistics
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Matches are distributed among these distances:
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CAATAAATGAGCTTTTCTTGC
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Period size: 169 Copynumber: 3.3 Consensus size: 170
42246 NNNNNNTTTG
* * * *
42256 AAGGCTTCG-GTGACTATAAATGGGCTTTTCTTACCAATGAATGGCTTTTTATTCAGGTTCTTGA
1 AAGGCTTCGAGTGACTATAAATGGGCTTTTCTTGCCAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTCTCGA
* **********
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66 GGGAAACATTCAATTATAAACTGTGTTAACCAAAATGTAAAATAATTCAACTTCAAATCAA-TTA
* * *
42384 TGAGATTATCAAACCATTTCCAAAGAGTATTAAGGCTTTTA
130 TGAGATTATCAAACCATTTACAGAGAGTAATAAGGCTTTTA
* * * *
42425 AAGG-TTTGAGTGACTATAAATGGGCTTTTCTTGCTAATGAATGGGTTTTTCTTCATGCTTCTCA
1 AAGGCTTCGAGTGACTATAAATGGGCTTTTCTTGCCAATGAATGGCTTTTTCTTCATG-TTCTCG
** * *
42489 AGCAAAACATTCAGTTATAACCTGTGTTAACCAGAAATGTAAAATAATTCAACTTCAAATCAATT
65 AGGGAAACATTCAATTATAAACTGTGTTAACCA-AAATGTAAAATAATTCAACTTCAAATCAATT
********** * *
42554 ATGAGATTATNNNNNNNNNNAAAGAGAGTAATAAGGTTTTTA
129 ATGAGATTATCAAACCATTTACAGAGAGTAATAAGGCTTTTA
*
42596 AAGGCTTCG-GTGACTATAAATAGGCTTTTCTTGCCAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTCTCGA
1 AAGGCTTCGAGTGACTATAAATGGGCTTTTCTTGCCAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTCTCGA
*
42660 GGGAAACATTCAATTATAAACTGTGTTAACCAAAATGTAAAATAATTCAACTTCAAATCAATAAT
66 GGGAAACATTCAATTATAAACTGTGTTAACCAAAATGTAAAATAATTCAACTTCAAATCAATTAT
*
42725 GAGATTATCAAACCATTTACAGAGAGTAATAAGGCTTTTG
131 GAGATTATCAAACCATTTACAGAGAGTAATAAGGCTTTTA
* *
42765 AACGCTT-GAGTGACTATAAATGGGCTTTTCTTGCCAATGAATGGGTTTTTCTTCATG
1 AAGGCTTCGAGTGACTATAAATGGGCTTTTCTTGCCAATGAATGGCTTTTTCTTCATG
42822 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 328, Mismatches: 63, Indels: 12
0.81 0.16 0.03
Matches are distributed among these distances:
168 4 0.01
169 158 0.48
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171 94 0.29
172 5 0.02
ACGTcount: A:0.33, C:0.14, G:0.16, T:0.34
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AAGGCTTCGAGTGACTATAAATGGGCTTTTCTTGCCAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTCTCGA
GGGAAACATTCAATTATAAACTGTGTTAACCAAAATGTAAAATAATTCAACTTCAAATCAATTAT
GAGATTATCAAACCATTTACAGAGAGTAATAAGGCTTTTA
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Indices: 44220--44580 Score: 429
Period size: 171 Copynumber: 2.1 Consensus size: 170
44210 NNNNNNNNNN
* * *
44220 AGGCTTGGGTGACTATAAATGGGTTTTTCTTGCCAATGAATGGGTTTTTCTTCAGGTTTCCCATG
1 AGGCTTGGGTGACTATAAATCGGTTTTTCTTGCCAATGAATGGGCTTTTCTTCAGGTTTCCCAAG
* * * * *
44285 GAAAACATTTAATTATAATTTTTTTAACTAAAAATATAAAACAATTCAACATAAAATTAATTTTG
66 GAAAACATTCAATTATAATTTTTTTAACAAAAAATATAAAAAAATTCAACATAAAATCAATTCTG
* **********
44350 AGATTATAAAACCATTTAAAGAGNNNNNNNNNNCTTTTGA
131 ACATTATAAAACCATTTAAAGAGAGAAATTTGGCTTTTGA
** * * *
44390 AGGCTTGGGTGACTATAAA-CGGTCTTTT-TTGCCAATGAATTTGCTTTTCTTCATGTTTTCGAA
1 AGGCTTGGGTGACTATAAATCGGT-TTTTCTTGCCAATGAATGGGCTTTTCTTCAGGTTTCCCAA
* ** *
44453 GGTAAACATTCAATTATAATTTGTTTTGGCAAAAAATATAACAAAAATTCAACTTAAAATCAATT
65 GGAAAACATTCAATTATAATTT-TTTTAACAAAAAATATAA-AAAAATTCAACATAAAATCAATT
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128 CTGACATTATAAAACCATTTAAAGAGAGAAATTTGGCTTTTGA
44561 AGGCTTGGGTGACTATAAAT
1 AGGCTTGGGTGACTATAAAT
44581 GGNNNNNNNN
Statistics
Matches: 159, Mismatches: 28, Indels: 6
0.82 0.15 0.03
Matches are distributed among these distances:
169 51 0.32
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ACGTcount: A:0.35, C:0.12, G:0.15, T:0.36
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AGGCTTGGGTGACTATAAATCGGTTTTTCTTGCCAATGAATGGGCTTTTCTTCAGGTTTCCCAAG
GAAAACATTCAATTATAATTTTTTTAACAAAAAATATAAAAAAATTCAACATAAAATCAATTCTG
ACATTATAAAACCATTTAAAGAGAGAAATTTGGCTTTTGA
Found at i:46647 original size:171 final size:169
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Period size: 170 Copynumber: 5.3 Consensus size: 169
45906 NNNNNNNNNN
* * *
45916 GCTTGGGTGACTATAAATGGGCTTTTCTTGCCAATGAATGGGTTTTTCTTCTTGCTTTACAA-GG
1 GCTTGGGTGACTATAAATGGGCTTTTCTTGCCAATGAATGTGTTTTTCTTCATG-TTTCCAAGGG
* * * * * * * * *
45980 TAAATATTCCATTATAATCTGTGTTAACTAAAAAGGTAAAATAATTCAGCTTCAAATCAGTTATG
65 AAAACATTCAATTATAATCTGTTTTAACTAAAAA--TAAAAAAATTTAACTTAAAATCAATTATG
* * * *
46045 AGATTATAAAACCATTTACAGAGAGTAATAAGGCTTCTGACG
128 AGATTATAAAACCATTTAAAGAGAGTAATTAGGCTTTTGAAG
* * ********** * * *
46087 GCCTAGGT-ACTATAAATGGGCTTTTCTTGCCAATGAATGTGTTNNNNNNNNNNTTTTCAAAGGT
1 GCTTGGGTGACTATAAATGGGCTTTTCTTGCCAATGAATGTGTTTTTCTTCATGTTTCCAAGGGA
* * **********
46151 AAACATTCAATTATAAAT-TGTTTTGCCAAC-AAATATAAAAAAATTCAACTTANNNNNNNNNNT
66 AAACATTCAATTAT-AATCTGTTTT---AACTAAAAATAAAAAAATTTAACTTAAAATCAATTAT
* * *
46214 GAGATTATAAAACCATTTAAAGAGAGTAATTAAGCTTTCGAAC
127 GAGATTATAAAACCATTTAAAGAGAGTAATTAGGCTTTTGAAG
** * * * * **
46257 GCTTTGGGTGACTATAAATGCTCTTTTGTTGCCAATGAATAG-GTTTTTCTTTAGGTTTCCCATT
1 GC-TTGGGTGACTATAAATGGGCTTTTCTTGCCAATGAAT-GTGTTTTTCTTCATGTTTCCAAGG
*
46321 GAAAACATTCAATTATAATCTGTTTTAACTAAAAATATAAATAAATTTAACTTAAAATCAATTTT
64 GAAAACATTCAATTATAATCTGTTTTAACTAAAAATA-AAA-AAATTTAACTTAAAATCAATTAT
* * * *
46386 GAGGTTAGAAAAGCATTT-AAGAGAGTAA-TACGGCTTTTAAAG
127 GAGATTATAAAACCATTTAAAGAGAGTAATTA-GGCTTTTGAAG
* * * *
46428 GCTTGGGTGACTATAAATGGGCTTTTCTGGCTAATGATTGTGTTTTTCTTCATGTTTCCAAGGGT
1 GCTTGGGTGACTATAAATGGGCTTTTCTTGCCAATGAATGTGTTTTTCTTCATGTTTCCAAGGGA
* *
46493 AAAGATTCAATTATAATCTGTTTTGA-TCAAAAATAGAAAAAATTTAACTTAAAATCAATTATGA
66 AAACATTCAATTATAATCTGTTTTAACT-AAAAATA-AAAAAATTTAACTTAAAATCAATTATGA
* * * *
46557 AATTATAAAACTATTTAAAGGGAGTTATATTATGC-TTTGAAG
129 GATTATAAAACCATTTAAAGAGAG-TA-ATTAGGCTTTTGAAG
* * * ** **
46599 GCTTGGGTGACTATAAAAGGGCTTTTCTTCCCAGTGAATG-GATTTTTCTTCATACTT-CTTGAG
1 GCTTGGGTGACTATAAATGGGCTTTTCTTGCCAATGAATGTG-TTTTTCTTCATGTTTCCAAG-G
* * * * *
46662 GAAAACATTCAATTATAATCTGTGTTAACTAAAAAGGTAAAATAATTCAACTTCAACTCAATTAT
64 GAAAACATTCAATTATAATCTGTTTTAACTAAAAA--TAAAAAAATTTAACTTAAAATCAATTAT
* *
46727 GAGATTATAAAACCATTTACAGAGAGTAATAAGGCTTTTGAAG
127 GAGATTATAAAACCATTTAAAGAGAGTAATTAGGCTTTTGAAG
* * *
46770 GCCTAGGTGACTATAAATGTGCTTTTCTTGCCAATGAATGTGTTTTTCTT
1 GCTTGGGTGACTATAAATGGGCTTTTCTTGCCAATGAATGTGTTTTTCTT
46820 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 576, Mismatches: 131, Indels: 52
0.76 0.17 0.07
Matches are distributed among these distances:
169 46 0.08
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173 8 0.01
ACGTcount: A:0.34, C:0.12, G:0.16, T:0.36
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GCTTGGGTGACTATAAATGGGCTTTTCTTGCCAATGAATGTGTTTTTCTTCATGTTTCCAAGGGA
AAACATTCAATTATAATCTGTTTTAACTAAAAATAAAAAAATTTAACTTAAAATCAATTATGAGA
TTATAAAACCATTTAAAGAGAGTAATTAGGCTTTTGAAG
Found at i:47602 original size:171 final size:170
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Period size: 171 Copynumber: 5.2 Consensus size: 170
47022 NNNNNNNNNA
* * * * * * *
47032 AATTTAACTTAAAATCAATTTTGAGGTTATAAAACCATTTAAAGAGAGTAATACA-GCTTTTAAA
1 AATTCAACTTCAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTACAGAGAATAATA-AGGCTTTTGAA
********** * **
47096 GGCTTGGGTGACTATAAATGGNNNNNNNNNNCCAATGATTGTGTTTTTCTTCATGCTTC-CAAGG
65 GGCTTGGGTGACTATAAATGGGCTTTTCTTGCCAATGAAT-TGTTTTTCTTTGTGCTTCTCAA-G
* *
47160 GTAAACATTCAATTATAATCTG-CTT-AGATCAAAAA--TAGAAAA
128 GTAAACATTCAATTATAATCTGTGTTAAG-T-AAAAAGGTA-AAAT
* * * * * *
47202 AATTTAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTACTTGA-AGGGAGTAATATTAGGCTTTTG
1 AATTCAACTTCAAATCAATTATGAGATTATAAAACCA-TTTACAGAGAATAATA--AGGCTTTTG
* * * * * *
47266 AAGACTTGGGTGACTATAAA-GGGACTTTTCTTCCCAGTGAATGGGTTTTTCTTTATGCTTCTCG
63 AAGGCTTGGGTGACTATAAATGGG-CTTTTCTTGCCAATGAAT-TGTTTTTCTTTGTGCTTCTCA
** * * * * **
47330 AGACAAACAATGAATTATAATTTGTGTTAACTAAAAATATAAAAT
126 AGGTAAACATTCAATTATAATCTGTGTTAAGTAAAAAGGTAAAAT
* ******************* *
47375 AATTCAACTTCAAATCAATTACGAGATTATANNNNNNNNNNNNNNNNNNNATAAGGCTTTTCAAG
1 AATTCAACTTCAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTACAGAGAATAATAAGGCTTTTGAAG
*
47440 GCTTGGGTGACTATAAATGAGCTTTTCTTGCCAATGAATTGATTTTTCTTTGTGCTTCTCAAGGT
66 GCTTGGGTGACTATAAATGGGCTTTTCTTGCCAATGAATTG-TTTTTCTTTGTGCTTCTCAAGGT
********** *
47505 AAACATTCAATTATAATCTGTNNNNNNNNNNAATGTAAAAT
130 AAACATTCAATTATAATCTGTGTTAAGTAAAAAGGTAAAAT
* * * * *
47546 AATTCAACTTCAAATTAATTATGAGATTATAAAATCATTTACAGAGAGTTATAAGGCTTTTGAGG
1 AATTCAACTTCAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTACAGAGAATAATAAGGCTTTTGAAG
* * * * ** **
47611 GCTTTGTTGACTATAAATGGGCTTTTCTTGCCAATGAATGGGTTTTTGTTCATGCTTCTTGAGGT
66 GCTTGGGTGACTATAAATGGGCTTTTCTTGCCAATGAAT-TGTTTTTCTTTGTGCTTCTCAAGGT
* *
47676 AAACATTTAATTATAATCTTTGTTAAGTAAAAAGGTAAAAT
130 AAACATTCAATTATAATCTGTGTTAAGTAAAAAGGTAAAAT
* * * * *
47717 AATTCAACTTTAAATCAATTATTAGATTGTAAAACCATTTGCAGAGAATAATAAGACTTTTGAAG
1 AATTCAACTTCAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTACAGAGAATAATAAGGCTTTTGAAG
* * *
47782 GCTTGGGTGAGTAAAAATGGGCTTTTCTTGCCAATGAATGTGTTTTTC-TTGATG-TTTTCAAAG
66 GCTTGGGTGACTATAAATGGGCTTTTCTTGCCAATGAAT-TGTTTTTCTTTG-TGCTTCTC-AAG
* ** * *
47845 GTAAACATTCAATTATAATCTGT-TTTACCAAAAA-ATAGAAACA
128 GTAAACATTCAATTATAATCTGTGTTAAGTAAAAAGGTA-AAA-T
* *
47888 AATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTA
1 AATTCAACTTCAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTA
47929 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 556, Mismatches: 154, Indels: 33
0.75 0.21 0.04
Matches are distributed among these distances:
169 2 0.00
170 60 0.11
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174 3 0.01
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GCTTGGGTGACTATAAATGGGCTTTTCTTGCCAATGAATTGTTTTTCTTTGTGCTTCTCAAGGTA
AACATTCAATTATAATCTGTGTTAAGTAAAAAGGTAAAAT
Found at i:47894 original size:342 final size:341
Alignment explanation
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Period size: 342 Copynumber: 2.3 Consensus size: 341
47117 NNNNNNNNNN
* * * * * *
47127 CCAATGATTGTGTTTTTCTTCATGCTTCCAAGGGTAAACATTCAATTATAATCTGCTTAGATCAA
1 CCAATGAATGTGTTTTTCTTGATGTTTTCAAAGGTAAACATTCAATTATAATCTG-TTAGACCAA
* * *
47192 AAATAGAAAAAATTTAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTACTTGAAGGGAGTAATATT
65 AAATAGAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTACTTGAAGAGAGT-ATATA
* *
47257 AGGCTTTTGAAGACTTGGGTGACTATAAAGGGACTTTTCTTCCCAGTGAATGGGTTTTTCTTTAT
129 AGGCTTTTGAAGACTTGGGTGACTATAAAGGGACTTTTCTTCCCAATGAATGGGTTTTTCTTCAT
*
47322 GCTTCTCGAGACAAACAATGAATTATAATTTGTGTTAACTAAAAATATAAAATAATTCAACTTCA
194 GCTTCTCGAGACAAACAATGAATTATAATTTGTGTTAACTAAAAAGATAAAATAATTCAACTTCA
******************* *
47387 AATCAATTACGAGATTATANNNNNNNNNNNNNNNNNNNATAAGGCTTTTCAAGGCTTGGGTGACT
259 AATCAATTACGAGATTATAAAACCATTTGCAGAGAATAATAAGACTTTTCAAGGCTTGGGTGACT
*
47452 ATAAATGAGCTTTTCTTG
324 AAAAATGAGCTTTTCTTG
* *****
47470 CCAATGAAT-TGATTTTTCTTTG-TGCTTCTC-AAGGTAAACATTCAATTATAATCTGTNNNNNN
1 CCAATGAATGTG-TTTTTC-TTGATG-TTTTCAAAGGTAAACATTCAATTATAATCTGT-TAGAC
**** * * *
47532 NNNNAAT-GTAAAATAATTCAACTTCAAATTAATTATGAGATTATAAAA-T-CATTTACAGAGAG
62 CAAAAATAG-AAAA-AATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTAC-TTGA-AGAGAG
* * * * *
47594 T-TATAAGGCTTTTGAGGGCTTTGTTGACTATAAATGGG-CTTTTCTTGCCAATGAATGGGTTTT
123 TATATAAGGCTTTTGAAGACTTGGGTGACTATAAA-GGGACTTTTCTTCCCAATGAATGGGTTTT
* * ** * * * *
47657 TGTTCATGCTTCTTGAGGTAAACATTTAATTATAATCTT-TGTTAAGTAAAAAGGTAAAATAATT
187 TCTTCATGCTTCTCGAGACAAACAATGAATTATAAT-TTGTGTTAACTAAAAAGATAAAATAATT
* ** * *
47721 CAACTTTAAATCAATTATTAGATTGTAAAACCATTTGCAGAGAATAATAAGACTTTTGAAGGCTT
251 CAACTTCAAATCAATTACGAGATTATAAAACCATTTGCAGAGAATAATAAGACTTTTCAAGGCTT
* *
47786 GGGTGAGTAAAAATGGGCTTTTCTTG
316 GGGTGACTAAAAATGAGCTTTTCTTG
**
47812 CCAATGAATGTGTTTTTCTTGATGTTTTCAAAGGTAAACATTCAATTATAATCTGTTTTACCAAA
1 CCAATGAATGTGTTTTTCTTGATGTTTTCAAAGGTAAACATTCAATTATAATCTGTTAGACC-AA
47877 AAATAGAAACAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTA
65 AAATAGAAA-AAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTA
47925 TTTANNNNNN
Statistics
Matches: 360, Mismatches: 77, Indels: 35
0.76 0.16 0.07
Matches are distributed among these distances:
341 7 0.02
342 251 0.70
343 61 0.17
344 41 0.11
ACGTcount: A:0.35, C:0.12, G:0.15, T:0.35
Consensus pattern (341 bp):
CCAATGAATGTGTTTTTCTTGATGTTTTCAAAGGTAAACATTCAATTATAATCTGTTAGACCAAA
AATAGAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTACTTGAAGAGAGTATATAAG
GCTTTTGAAGACTTGGGTGACTATAAAGGGACTTTTCTTCCCAATGAATGGGTTTTTCTTCATGC
TTCTCGAGACAAACAATGAATTATAATTTGTGTTAACTAAAAAGATAAAATAATTCAACTTCAAA
TCAATTACGAGATTATAAAACCATTTGCAGAGAATAATAAGACTTTTCAAGGCTTGGGTGACTAA
AAATGAGCTTTTCTTG
Found at i:49462 original size:171 final size:169
Alignment explanation
Indices: 49156--50339 Score: 1139
Period size: 171 Copynumber: 6.9 Consensus size: 169
49146 ATTTTTAGTT
* * *
49156 AAAACCTATTCATTTG-AAGAAAAGCCCATTTATAGTCACCCAAGCCTTCAAAAGCCTAATATTA
1 AAAACCCATTCATTGGCAAGAAAAGCCCATTTATAGTCACCCAAGCC-TCAAAACCCT--TATTA
* * * * * * * *
49220 CTCCCTTTAAATAGCTTTATAACCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATATTTTTCTATTTTTGATC
63 CTCTCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTGAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTGGTT
* *
49285 AAAACAGATTATAATTGAATGTTTACCTTTGGAAACATAAAGA
128 AAAACAGATTATAATTGAATGTTTACC-TCGGAAACATGAAGA
* *********
49328 AAAACACATTCATTGGCAAGAAAAGCCCATTTATCA-TCACCCAAGCCTNNNNNNNNNNTATTAC
1 AAAACCCATTCATTGGCAAGAAAAGCCCATTTAT-AGTCACCCAAGCCT-CAAAACCCTTATTAC
* * * *
49392 TCTCTTTAAATAGTTTTATAACCTCAAAATTGATTTGAAGATAAATTTTTTTATATTTTTGGTTA
64 TCTCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTGAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTGGTTA
* * * ** *
49457 AAACAGACTATAATTGAATGTTTTTCATAAGAAACTTGAAGA
129 AAACAGATTATAATTGAATG-TTTACCTCGGAAACATGAAGA
* ** * * * *
49499 AAAACCCATTCATTGGCAACAAAAGAGCATTTATAGTCATCCAAGCCTTCGAAAGCCTAATTACT
1 AAAACCCATTCATTGGCAAGAAAAGCCCATTTATAGTCACCCAAGCC-TCAAAACCCTTATTACT
* * *
49564 CTCTTTAAATGGTTTGATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTGTTTTCTAT-TTTTTGG-T
65 CTCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTGAAGTTGAATT-TTTT-TATATTTTTGGTT
* *
49627 AAAACAGATTATAATTGAATGTTTACCTTTGGAAACATCAAGA
128 AAAACAGATTATAATTGAATGTTTACC-TCGGAAACATGAAGA
* * *
49670 AAAACACATTCATTGGCAAGAAAAGCCCATTTATAGTCACCCCAGCCTTCAAAACTCTTATTACT
1 AAAACCCATTCATTGGCAAGAAAAGCCCATTTATAGTCACCCAAGCC-TCAAAACCCTTATTACT
* * * * * * * ** *
49735 CTCTGTAAATGGTTTTACAATCTAATAATTGATTTAAAGATGAATTATTTTACCTTTTTAGTTAA
65 CTCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTGAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTGGTTAA
* ** *
49800 CAA-AGATTATAATTGAATGTTTGCCTCGAGAAGTATGAACA
130 -AACAGATTATAATTGAATGTTTACCTCG-GAAACATGAAGA
* * * * * *
49841 AAAACTCATTCATTGACAAGAAAAGCCCATTTATAGTTAACCAAGCCCTCAAAAGCCTTATAACT
1 AAAACCCATTCATTGGCAAGAAAAGCCCATTTATAGTCACCCAAG-CCTCAAAACCCTTATTACT
** * * * * *
49906 CTCCGTAAAT-GATTTTATAATCTTATAATTAATTTGATGTTGAATTATTTTACATTTTTGGTTA
65 CTCTTTAAATAG-TTTTATAATCTCATAATTGATTTGAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTGGTTA
* * **
49970 ACACAGATTATAATTGAATGTTTACCTCGAGAAGCAAAAAGA
129 AAACAGATTATAATTGAATGTTTACCTCG-GAAACATGAAGA
* * *
50012 AAAACCCATTCATTGGCAAGAAAAGCTCATTTATAGTCACCCAAGCCATGAAAAGCCTTATTACT
1 AAAACCCATTCATTGGCAAGAAAAGCCCATTTATAGTCACCCAAGCC-TCAAAACCCTTATTACT
** * * *
50077 CTCGGTAAAT-GATTTTATAATCTCGTAATTGATTTGAAGTTGAATTATTTTATATTTTTAGTTA
65 CTCTTTAAATAG-TTTTATAATCTCATAATTGATTTGAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTGGTTA
* * ** *
50141 ACACAGATTATAATTGATTGTTTGTCTCGAGAAGCATGAAGA
129 AAACAGATTATAATTGAATGTTTACCTCG-GAAACATGAAGA
* * * * *
50183 AAAACCCATTCATTGGGAAGAAAAGTCCC-TTTGTAGTCACTCAAGCCTTTAAAAGCCTAATATT
1 AAAACCCATTCATTGGCAAGAAAAG-CCCATTTATAGTCACCCAAGCC-TCAAAACCCT--TATT
* * *
50247 ACTCCCTTTAAATAGTTTTATAATCGT-ATAATTGATTTTAAGTT-AAGTTTTTTTCTATTTTTG
62 ACTCTCTTTAAATAGTTTTATAATC-TCATAATTGATTTGAAGTTGAA-TTTTTTTATATTTTTG
*
50310 AG-CAAAACAGATTATAATTGAATGTTTACC
125 -GTTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTACC
50340 CTTGGCAAGA
Statistics
Matches: 844, Mismatches: 144, Indels: 47
0.82 0.14 0.05
Matches are distributed among these distances:
169 2 0.00
170 20 0.02
171 674 0.80
172 38 0.05
173 106 0.13
174 4 0.00
ACGTcount: A:0.36, C:0.16, G:0.12, T:0.36
Consensus pattern (169 bp):
AAAACCCATTCATTGGCAAGAAAAGCCCATTTATAGTCACCCAAGCCTCAAAACCCTTATTACTC
TCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTGAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTGGTTAAA
ACAGATTATAATTGAATGTTTACCTCGGAAACATGAAGA
Found at i:49853 original size:342 final size:340
Alignment explanation
Indices: 49163--52465 Score: 3024
Period size: 342 Copynumber: 9.7 Consensus size: 340
49153 GTTAAAACCT
* *
49163 ATTCATTTG-AAGAAAAGCCCATTTATAGTCACCCAAGCCTTCAAAAGCCTAATATTACTCCCTT
1 ATTCATTGGCAAGAAAAGCCCATTTATAGTCACCCAAGCCTTCAAAAGCCT--TATTACTCTCTT
* * * * *
49227 TAAATAGCTTTATAACCTCATAATTGATTTTAAGTTGAA-TATTTTTCTA-TTTTTGATCAAAAC
64 TAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTGAAGTTGAATTA-TTTTCTATTTTTTGGT-AAAAC
* *
49290 AGATTATAATTGAATGTTTACCTTTGGAAACATAAAGAAAAACACATTCATTGGCAAGAAAAGCC
127 AGATTATAATTGAATGTTTACC-TTGGAAGCATAAAGAAAAACCCATTCATTGGCAAGAAAAGCC
********** * * *
49355 CATTTATCA-TCACCCAAGCCTNNNNNNNNNNTATTACTCTCTTTAAATAGTTTTATAACCTCAA
191 CATTTAT-AGTCACCCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCTCTTTAAATGGTTTTATAATCTCAT
* * * * * * ** *
49419 AATTGATTTGAAGATAAATTTTTTTATATTTTTGGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTTTTTCA
255 AATTGATTTTAAGTTGAATTATTTTATATTTTTAGTTAAAA-AGATTATAATTGAATGTTTACCT
* * * *
49484 TAAGAAACTTGAAGAAAAACCC
319 TGAGAAGCATGAAGAAAAACAC
* ** * * *
49506 ATTCATTGGCAACAAAAGAGCATTTATAGTCATCCAAGCCTTCGAAAGCCTAATTACTCTCTTTA
1 ATTCATTGGCAAGAAAAGCCCATTTATAGTCACCCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCTCTTTA
* * *
49571 AATGGTTTGATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTGTTTTCTATTTTTTGGTAAAACAGAT
66 AATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTGAAGTTGAATTATTTTCTATTTTTTGGTAAAACAGAT
* * *
49636 TATAATTGAATGTTTACCTTTGGAAACATCAAGAAAAACACATTCATTGGCAAGAAAAGCCCATT
131 TATAATTGAATGTTTACC-TTGGAAGCATAAAGAAAAACCCATTCATTGGCAAGAAAAGCCCATT
* * * *
49701 TATAGTCACCCCAGCCTTCAAAA-CTCTTATTACTCTCTGTAAATGGTTTTACAATCTAATAATT
195 TATAGTCACCCAAGCCTTCAAAAGC-CTTATTACTCTCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATT
* * ** * *
49765 GATTTAAAGATGAATTATTTTACCTTTTTAGTTAACAAAGATTATAATTGAATGTTTGCCTCGAG
259 GATTTTAAGTTGAATTATTTTATATTTTTAGTTAA-AAAGATTATAATTGAATGTTTACCTTGAG
* * *
49830 AAGTATGAACAAAAACTC
323 AAGCATGAAGAAAAACAC
* * * * * **
49848 ATTCATTGACAAGAAAAGCCCATTTATAGTTAACCAAGCCCTCAAAAGCCTTATAACTCTCCGTA
1 ATTCATTGGCAAGAAAAGCCCATTTATAGTCACCCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCTCTTTA
* * * * *
49913 AATGATTTTATAATCTTATAATTAATTTGATGTTGAATTATTTTAC-A-TTTTTGGTTAACACAG
66 AATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTGAAGTTGAATTATTTT-CTATTTTTTGG-TAAAACAG
* * *
49976 ATTATAATTGAATGTTTACCTCGAGAAGCAAAAAGAAAAACCCATTCATTGGCAAGAAAAGCTCA
129 ATTATAATTGAATGTTTACCTTG-GAAGCATAAAGAAAAACCCATTCATTGGCAAGAAAAGCCCA
* * ** * *
50041 TTTATAGTCACCCAAGCCATGAAAAGCCTTATTACTCTCGGTAAATGATTTTATAATCTCGTAAT
193 TTTATAGTCACCCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCTCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAAT
* * * ** *
50106 TGATTTGAAGTTGAATTATTTTATATTTTTAGTTAACACAGATTATAATTGATTGTTTGTCTCGA
258 TGATTTTAAGTTGAATTATTTTATATTTTTAGTTAA-AAAGATTATAATTGAATGTTTACCTTGA
*
50171 GAAGCATGAAGAAAAACCC
322 GAAGCATGAAGAAAAACAC
* * * * *
50190 ATTCATTGGGAAGAAAAGTCCC-TTTGTAGTCACTCAAGCCTTTAAAAGCCTAATATTACTCCCT
1 ATTCATTGGCAAGAAAAG-CCCATTTATAGTCACCCAAGCCTTCAAAAGCCT--TATTACTCTCT
* * * *
50254 TTAAATAGTTTTATAATCGT-ATAATTGATTTTAAGTT-AAGTTTTTTTCTA-TTTTTGAGCAAA
63 TTAAATGGTTTTATAATC-TCATAATTGATTTGAAGTTGAA-TTATTTTCTATTTTTTG-GTAAA
50316 ACAGATTATAATTGAATGTTTACCCTT-G--GC---AAGAAAAA-CC---CA-T-----------
125 ACAGATTATAATTGAATGTTTA-CCTTGGAAGCATAAAGAAAAACCCATTCATTGGCAAGAAAAG
* * * *
50359 ----T-TATAGTCACCCAAGCCTTTAAAAGCCTAATTGCTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCA
189 CCCATTTATAGTCACCCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCTCTTTAAATGGTTTTATAATCTCA
* *
50419 TAACTT-ATTTTAAGTTAAATTTTTTTATATTTTTTAG-TAAAACA-ATTTATAATTGAATGTTT
254 TAA-TTGATTTTAAGTTGAATTATTTTATA-TTTTTAGTTAAAA-AGA-TTATAATTGAATGTTT
*
50481 ACCTTTGA-AAACATGAAGAAAAACAC
315 ACC-TTGAGAAGCATGAAGAAAAACAC
* * *
50507 ATTCATTGGCAAGAAAAGCCCATTTATAGTCACCCAAGCCTTTAGAAGCCTTATTACTCTCTATA
1 ATTCATTGGCAAGAAAAGCCCATTTATAGTCACCCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCTCTTTA
* * * * * *
50572 AATAGTTTTATAATCTCATAACTGATTTGAAGTTGAATTATTTTAC-CTTTTTAGTTAAAACAAA
66 AATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTGAAGTTGAATTATTTT-CTATTTTTTGGTAAAACAGA
* * ** *
50636 TTATAATTGAATATTTGGCCCCGGAAGCATGAAGAAAAACCCATTCATTGGCAAGAAAAGCCCAT
130 TTATAATTGAATGTTT-ACCTTGGAAGCATAAAGAAAAACCCATTCATTGGCAAGAAAAGCCCAT
* *
50701 TTATAGTCACCCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCT-TTGTAAATAGTTTAATAATCTCATAAT
194 TTATAGTCACCCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCTCTT-TAAATGGTTTTATAATCTCATAAT
* * * * * **
50765 TAATTTTAAGTTGAATTATTTTATATTTTTAGTTAACATATATCATAATTGAATGTTTTCCTCAA
258 TGATTTTAAGTTGAATTATTTTATATTTTTAGTTAA-AAAGATTATAATTGAATGTTTACCTTGA
* *
50830 GAAGCATAAATAAAAAC-C
322 GAAGCATGAAGAAAAACAC
* * * **
50848 TATTCATTAGCAAGAAAAGCTCAATTATAGTCACCCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCTCAGT
1 -ATTCATTGGCAAGAAAAGCCCATTTATAGTCACCCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCTCTTT
* * * * *
50913 AAATGATTTTATAGTCTCATAATTAATTTGAAGTTGAATTATTTTATATTTTTT-GTCAACACAG
65 AAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTGAAGTTGAATTATTTTCTATTTTTTGGT-AAAACAG
* * * * *
50977 ATTATAATTGATTGTTTCCCTTGAGAAGCAT-GAGAAAAAACCCATTCACTGACAAGAAAAGCCC
129 ATTATAATTGAATGTTTACCTTG-GAAGCATAAAG-AAAAACCCATTCATTGGCAAGAAAAGCCC
* * * *
51041 CTTTATAGTTACCCAAGCCTTCAAAAGCCTAACATTACTCCCTTTAAATGGTTTTATAATCTCAT
192 ATTTATAGTCACCCAAGCCTTCAAAAGCCT--TATTACTCTCTTTAAATGGTTTTATAATCTCAT
* * * *
51106 AATTGATTTTAAGTTGAATTGTTTT-TTTTTTTTGTCAAAACAGATTATAATTGAATGTTTACCC
255 AATTGATTTTAAGTTGAATTATTTTATATTTTTAGTTAAAA-AGATTATAATTGAATGTTTA-CC
*
51170 TTGA-AA-CATGAAG-AGAACAC
318 TTGAGAAGCATGAAGAAAAACAC
* * * *
51190 ATTCATTGGTAAGAAAAGCCCATTTATAGTCGCTCAAGCCTTCAACTATTTTCTTCTTAAGCGTG
1 ATTCATTGGCAAGAAAAGCCCATTTATAGTCACCCAAGCCTTC-A--A----------AAGCCT-
* * * * *
51255 GATTTACTCTCTTTCAAGGGTTTTATAACCTTCA-AATTGATTTTAAGTTGAA-TATTTT-TATA
52 TA-TTACTCTCTTTAAATGGTTTTATAATC-TCATAATTGATTTGAAGTTGAATTATTTTCTAT-
* * * * * *
51317 TTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATATTTTTCATGGGAAACCTAAAGAAAAACCCATTCAT
114 TTTTTGG-TAAAACAGATTATAATTGAAT-GTTTACCTTGGAAGCATAAAGAAAAACCCATTCAT
* * ** * *
51382 TGGAAACAAAAGAGCATTTATTGTCACCCAAGCCTTCAAAAGCCTAATTACTCTCTTTAAATGGT
177 TGGCAAGAAAAGCCCATTTATAGTCACCCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCTCTTTAAATGGT
* *
51447 TTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTG-A--A-TTT-T-TTTCTA---AAAAAGTTTATAATT
242 TTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTATTTTATATTTTTAGTTAAAAAGATTATAATT
* * *
51503 GAATGTTTACTTTTGA-AAACATGAAG-AACACAC
307 GAATGTTTAC-CTTGAGAAGCATGAAGAAAAACAC
* * * * * *
51536 ATTTATTGGCAAGAAAAGCCGATTTATAGTCACCTAAGCCTTCAAAAGTCTTATTGCTCTCTGTA
1 ATTCATTGGCAAGAAAAGCCCATTTATAGTCACCCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCTCTTTA
* * * * * * * *
51601 AATAGTTTTATAATCTCATAACTGATTTGAAGTTGAATTGTTTTAC-CTTTTTAGTTAATACAAA
66 AATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTGAAGTTGAATTATTTT-CTATTTTTTGGTAAAACAGA
* **
51665 TTATAATTGAATGTTTACCTCGAGAAGCATAAAGAAAAACCCATTCATTGGCAAGAAAAGCTAAT
130 TTATAATTGAATGTTTACCTTG-GAAGCATAAAGAAAAACCCATTCATTGGCAAGAAAAGCCCAT
* * * * * *
51730 TTATAGTCACCCAAGCCTTCGAAAGCTTTATTACTCACTGTAAATGGTTTGATTATCTCATAATT
194 TTATAGTCACCCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCTCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATT
* * * * *
51795 GATTTGAAGTTGAATTATTTTACATTTTT-GATTAACACAAG-TTATAATTGAATGTTTGCTTTA
259 GATTTTAAGTTGAATTATTTTATATTTTTAG-TTAA-A-AAGATTATAATTGAATGTTTACCTTG
* ** * *
51858 AGAAGTACAAAGGAAAACCC
321 AGAAGCATGAAGAAAAACAC
* *
51878 ATTCATTGGCAAGAAAAGCTCATTTATAGTCACCCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTA--CTCTATA
1 ATTCATTGGCAAGAAAAGCCCATTTATAGTCACCCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCTCTTTA
* * * * * **
51941 AATAGTTTTATAGTCTCATAATTGATTTGAAGTTGAATTATTTTATATTTTTAGTTATCACAGAT
66 AATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTGAAGTTGAATTATTTTCTATTTTTTGGTAAAACAGAT
* * * * * * * * *
52006 TATAATTGATTGTTTGCCTCTAGAAGCATGAGGAAAAACCCATAT-AATGACAAGAAAAGACCTT
131 TATAATTGAATGTTTACCT-TGGAAGCATAAAGAAAAACCCAT-TCATTGGCAAGAAAAGCCCAT
* * * *
52070 TTATAGTCACCCAAGCTTTCAAAAGCCTAACATTACTCCCTTTAAATGGTTTCATAATCTCATAA
194 TTATAGTCACCCAAGCCTTCAAAAGCCT--TATTACTCTCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAA
* * **
52135 TTGATTTTAAGTTGAATTGTTTTCTATTTTT-GCTTGAAACGGATTATAATT-ATATGTTTACCT
257 TTGATTTTAAGTTGAATTATTTTATATTTTTAG-TT-AAAAAGATTATAATTGA-ATGTTTACC-
52198 TTG-GTAA-CATGAAG-AAAACAC
318 TTGAG-AAGCATGAAGAAAAACAC
* * * *
52219 ATTCATTAGCAAAAAAAGCCGATTTATAGTCACCCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCTCCTTA
1 ATTCATTGGCAAGAAAAGCCCATTTATAGTCACCCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCTCTTTA
* * * * *
52284 AATGGTTTTACAATCTAATAATTGATTTAAAGTTGAATTATTTTACCT-TTTTATT--TAACATA
66 AATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTGAAGTTGAATTATTTT--CTATTTT-TTGGTAAAACA
* * * *
52346 GATTATAATTGATTGTTT-CCGTTGAGAAGCAT-GAGAAAAAACCCATTCACTGACAAGAAAAGC
128 GATTATAATTGAATGTTTACC-TTG-GAAGCATAAAG-AAAAACCCATTCATTGGCAAGAAAAGC
* * * *
52409 CCTTTTATAGTTACCCAAGCCTTCAAAAGCCTAACATTACTCCCTTTAAATGGTTTT
190 CCATTTATAGTCACCCAAGCCTTCAAAAGCCT--TATTACTCTCTTTAAATGGTTTT
Statistics
Matches: 2445, Mismatches: 381, Indels: 268
0.79 0.12 0.09
Matches are distributed among these distances:
314 1 0.00
315 72 0.03
316 14 0.01
317 152 0.06
318 15 0.01
321 8 0.00
322 2 0.00
325 2 0.00
326 1 0.00
330 9 0.00
331 159 0.07
332 12 0.00
333 6 0.00
334 3 0.00
335 3 0.00
337 6 0.00
338 8 0.00
340 142 0.06
341 159 0.07
342 999 0.41
343 217 0.09
344 169 0.07
345 35 0.01
346 53 0.02
349 4 0.00
350 4 0.00
353 1 0.00
354 55 0.02
355 12 0.00
356 110 0.04
357 12 0.00
ACGTcount: A:0.35, C:0.16, G:0.12, T:0.36
Consensus pattern (340 bp):
ATTCATTGGCAAGAAAAGCCCATTTATAGTCACCCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCTCTTTA
AATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTGAAGTTGAATTATTTTCTATTTTTTGGTAAAACAGAT
TATAATTGAATGTTTACCTTGGAAGCATAAAGAAAAACCCATTCATTGGCAAGAAAAGCCCATTT
ATAGTCACCCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCTCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGA
TTTTAAGTTGAATTATTTTATATTTTTAGTTAAAAAGATTATAATTGAATGTTTACCTTGAGAAG
CATGAAGAAAAACAC
Found at i:50462 original size:144 final size:146
Alignment explanation
Indices: 50216--50483 Score: 402
Period size: 144 Copynumber: 1.8 Consensus size: 146
50206 AGTCCCTTTG
* *
50216 TAGTCACTCAAGCCTTTAAAAGCCTAATATTACTCCCTTTAAATAGTTTTATAATCGTATAATTG
1 TAGTCACCCAAGCCTTTAAAAGCCTAATATTACTCACTTTAAATAGTTTTATAATCGTATAATTG
* *
50281 ATTTTAAGTTAAGTTTTTTTCTATTTTTGAGCAAAACAGA-TTATAATTGAATGTTTACCCTTGG
66 ATTTTAAGTTAAATTTTTTTATATTTTTGAGCAAAACA-ATTTATAATTGAATGTTTACCCTTGG
50345 CAAGAAAAACCCATTTA
130 CAAGAAAAACCCATTTA
* *
50362 TAGTCACCCAAGCCTTTAAAAGCCT-A-ATTGCTCACTTTAAATGGTTTTATAATC-TCATAACT
1 TAGTCACCCAAGCCTTTAAAAGCCTAATATTACTCACTTTAAATAGTTTTATAATCGT-ATAA-T
* *
50424 T-ATTTTAAGTTAAATTTTTTTATATTTTTTAGTAAAACAATTTATAATTGAATGTTTACC
64 TGATTTTAAGTTAAATTTTTTTATATTTTTGAGCAAAACAATTTATAATTGAATGTTTACC
50484 TTTGAAAACA
Statistics
Matches: 111, Mismatches: 8, Indels: 8
0.87 0.06 0.06
Matches are distributed among these distances:
143 2 0.02
144 82 0.74
145 3 0.03
146 24 0.22
ACGTcount: A:0.34, C:0.15, G:0.10, T:0.42
Consensus pattern (146 bp):
TAGTCACCCAAGCCTTTAAAAGCCTAATATTACTCACTTTAAATAGTTTTATAATCGTATAATTG
ATTTTAAGTTAAATTTTTTTATATTTTTGAGCAAAACAATTTATAATTGAATGTTTACCCTTGGC
AAGAAAAACCCATTTA
Found at i:50633 original size:171 final size:171
Alignment explanation
Indices: 50341--52465 Score: 2044
Period size: 171 Copynumber: 12.4 Consensus size: 171
50331 ATGTTTACCC
* * * * *
50341 TTGGCAAGAAAAACCCATTTATAGTCACCCAAGCCTTTAAAAGCCTAATTGCTCACTTTAAATGG
1 TTGGCAAGAAAAGCCCATTTATAGTCACCCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCTCTTTAAATGG
* *
50406 TTTTATAATCTCATAACTT-ATTTTAAGTTAAATTTTTTTATATTTTTTAG-TAAAACA-ATTTA
66 TTTTATAATCTCATAA-TTGATTTTAAGTTGAATTATTTTATA-TTTTTAGTTAAAACAGA-TTA
*
50468 TAATTGAATGTTTACCTTTGAAAACATGAAGAAAAACACATTCA
128 TAATTGAATGTTTACCTTTGAAAACATGAAGAAAAACCCATTCA
* * * *
50512 TTGGCAAGAAAAGCCCATTTATAGTCACCCAAGCCTTTAGAAGCCTTATTACTCTCTATAAATAG
1 TTGGCAAGAAAAGCCCATTTATAGTCACCCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCTCTTTAAATGG
* * ** *
50577 TTTTATAATCTCATAACTGATTTGAAGTTGAATTATTTTACCTTTTTAGTTAAAACAAATTATAA
66 TTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTATTTTATATTTTTAGTTAAAACAGATTATAA
* * ** * *
50642 TTGAATATTTGGCC-CCGGAAGCATGAAGAAAAACCCATTCA
131 TTGAATGTTT-ACCTTTGAAAACATGAAGAAAAACCCATTCA
*
50683 TTGGCAAGAAAAGCCCATTTATAGTCACCCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCT-TTGTAAATA
1 TTGGCAAGAAAAGCCCATTTATAGTCACCCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCTCTT-TAAATG
* * * * * *
50747 GTTTAATAATCTCATAATTAATTTTAAGTTGAATTATTTTATATTTTTAGTTAACATATATCATA
65 GTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTATTTTATATTTTTAGTTAAAACAGATTATA
* * * * *
50812 ATTGAATGTTTTCC--TCAAGAAGCATAAATAAAAACCTATTCA
130 ATTGAATGTTTACCTTTGAA-AA-CATGAAGAAAAACCCATTCA
* * * ** *
50854 TTAGCAAGAAAAGCTCAATTATAGTCACCCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCTCAGTAAATGA
1 TTGGCAAGAAAAGCCCATTTATAGTCACCCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCTCTTTAAATGG
* * * * * *
50919 TTTTATAGTCTCATAATTAATTTGAAGTTGAATTATTTTATATTTTTTGTCAACACAGATTATAA
66 TTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTATTTTATATTTTTAGTTAAAACAGATTATAA
* * *
50984 TTGATTGTTT-CCCTTGAGAAGCATG-AGAAAAAACCCATTCA
131 TTGAATGTTTACCTTTGA-AAACATGAAG-AAAAACCCATTCA
* * * * * *
51025 CTGACAAGAAAAGCCCCTTTATAGTTACCCAAGCCTTCAAAAGCCTAACATTACTCCCTTTAAAT
1 TTGGCAAGAAAAGCCCATTTATAGTCACCCAAGCCTTCAAAAGCCT--TATTACTCTCTTTAAAT
* * * *
51090 GGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTGTTTT-TTTTTTTTGTCAAAACAGATTAT
64 GGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTATTTTATATTTTTAGTTAAAACAGATTAT
* * *
51154 AATTGAATGTTTACCCTTG-AAACATGAAG-AGAACACATTCA
129 AATTGAATGTTTACCTTTGAAAACATGAAGAAAAACCCATTCA
* * * * *
51195 TTGGTAAGAAAAGCCCATTTATAGTCGCTCAAGCCTTCAACTATTTTCTTCTTAAGCGTGGATTT
1 TTGGCAAGAAAAGCCCATTTATAGTCACCCAAGCCTTC-A--A----------AAGCCT-TA-TT
* * * *
51260 ACTCTCTTTCAAGGGTTTTATAACCTTCA-AATTGATTTTAAGTTGAA-TATTTTTATATTTTTG
51 ACTCTCTTTAAATGGTTTTATAATC-TCATAATTGATTTTAAGTTGAATTA-TTTTATATTTTTA
* ** * * * * *
51323 GTTAAAACAGATTATAATTGAATATTTTTCATGGGAAACCTAAAGAAAAACCCATTCA
114 GTTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTACCTTTGAAAACATGAAGAAAAACCCATTCA
* * ** * *
51381 TTGGAAACAAAAGAGCATTTATTGTCACCCAAGCCTTCAAAAGCCTAATTACTCTCTTTAAATGG
1 TTGGCAAGAAAAGCCCATTTATAGTCACCCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCTCTTTAAATGG
* *
51446 TTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTG-A--A-TTT-T-TTTCTA---AAAA-AGTTTATAA
66 TTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTATTTTATATTTTTAGTTAAAACAGATTATAA
* * * *
51501 TTGAATGTTTACTTTTGAAAACATGAAG-AACACACATTTA
131 TTGAATGTTTACCTTTGAAAACATGAAGAAAAACCCATTCA
* * * * * *
51541 TTGGCAAGAAAAGCCGATTTATAGTCACCTAAGCCTTCAAAAGTCTTATTGCTCTCTGTAAATAG
1 TTGGCAAGAAAAGCCCATTTATAGTCACCCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCTCTTTAAATGG
* * * ** * *
51606 TTTTATAATCTCATAACTGATTTGAAGTTGAATTGTTTTACCTTTTTAGTTAATACAAATTATAA
66 TTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTATTTTATATTTTTAGTTAAAACAGATTATAA
* * *
51671 TTGAATGTTTACC-TCGAGAAGCATAAAGAAAAACCCATTCA
131 TTGAATGTTTACCTTTGA-AAACATGAAGAAAAACCCATTCA
** * * * *
51712 TTGGCAAGAAAAGCTAATTTATAGTCACCCAAGCCTTCGAAAGCTTTATTACTCACTGTAAATGG
1 TTGGCAAGAAAAGCCCATTTATAGTCACCCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCTCTTTAAATGG
* * * * *
51777 TTTGATTATCTCATAATTGATTTGAAGTTGAATTATTTTACATTTTT-GATTAACACA-AGTTAT
66 TTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTATTTTATATTTTTAG-TTAAAACAGA-TTAT
* * *
51840 AATTGAATGTTT-GCTTTAAGAAGTACA--AAGGAAAACCCATTCA
129 AATTGAATGTTTACCTTT--GAA-AACATGAAGAAAAACCCATTCA
* * *
51883 TTGGCAAGAAAAGCTCATTTATAGTCACCCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTA--CTCTATAAATAG
1 TTGGCAAGAAAAGCCCATTTATAGTCACCCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCTCTTTAAATGG
* * **
51946 TTTTATAGTCTCATAATTGATTTGAAGTTGAATTATTTTATATTTTTAGTTATCACAGATTATAA
66 TTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTATTTTATATTTTTAGTTAAAACAGATTATAA
* * * * *
52011 TTGATTGTTTGCCTCT-AGAAGCATGAGGAAAAACCCATAT-A
131 TTGAATGTTTACCTTTGA-AAACATGAAGAAAAACCCAT-TCA
* * * * * * *
52052 ATGACAAGAAAAGACCTTTTATAGTCACCCAAGCTTTCAAAAGCCTAACATTACTCCCTTTAAAT
1 TTGGCAAGAAAAGCCCATTTATAGTCACCCAAGCCTTCAAAAGCCT--TATTACTCTCTTTAAAT
* * * * *
52117 GGTTTCATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTGTTTTCTATTTTT-GCTTGAAACGGATTA
64 GGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTATTTTATATTTTTAG-TTAAAACAGATTA
** *
52181 TAATT-ATATGTTTACCTTTGGTAACATGAAG-AAAACACATTCA
128 TAATTGA-ATGTTTACCTTTGAAAACATGAAGAAAAACCCATTCA
* * * *
52224 TTAGCAAAAAAAGCCGATTTATAGTCACCCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCTCCTTAAATGG
1 TTGGCAAGAAAAGCCCATTTATAGTCACCCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCTCTTTAAATGG
* * * ** * * *
52289 TTTTACAATCTAATAATTGATTTAAAGTTGAATTATTTTACCTTTTTATTTAACATAGATTATAA
66 TTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTATTTTATATTTTTAGTTAAAACAGATTATAA
* * *
52354 TTGATTGTTT-CCGTTGAGAAGCATG-AGAAAAAACCCATTCA
131 TTGAATGTTTACCTTTGA-AAACATGAAG-AAAAACCCATTCA
* * * * * *
52395 CTGACAAGAAAAGCCCTTTTATAGTTACCCAAGCCTTCAAAAGCCTAACATTACTCCCTTTAAAT
1 TTGGCAAGAAAAGCCCATTTATAGTCACCCAAGCCTTCAAAAGCCT--TATTACTCTCTTTAAAT
52460 GGTTTT
64 GGTTTT
Statistics
Matches: 1607, Mismatches: 271, Indels: 150
0.79 0.13 0.07
Matches are distributed among these distances:
160 90 0.06
161 28 0.02
162 4 0.00
164 3 0.00
165 4 0.00
166 6 0.00
167 6 0.00
168 1 0.00
169 141 0.09
170 175 0.11
171 751 0.47
172 91 0.06
173 167 0.10
182 2 0.00
183 51 0.03
184 37 0.02
185 9 0.01
186 41 0.03
ACGTcount: A:0.35, C:0.16, G:0.12, T:0.37
Consensus pattern (171 bp):
TTGGCAAGAAAAGCCCATTTATAGTCACCCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCTCTTTAAATGG
TTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTATTTTATATTTTTAGTTAAAACAGATTATAA
TTGAATGTTTACCTTTGAAAACATGAAGAAAAACCCATTCA
Found at i:51110 original size:830 final size:831
Alignment explanation
Indices: 49526--52440 Score: 3220
Period size: 830 Copynumber: 3.4 Consensus size: 831
49516 AACAAAAGAG
* ** *
49526 CATTTATAGTCATCCAAGCCTTCGAAAGCCT-AATTACTCTCTTTAAATGGTTTGATAATCTCAT
1 CATTTATAGTCACCCAAGCCTTTAAAAGCCTGAATTACTCTCTTTAAATGGTTTTATAATCTCAT
*
49590 AATTGATTTTAAGTTGAATTGTTTTCTATTTTTTGGTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTACCT
66 AATTGATTTTAAGTTGAATTGTTTTATATTTTTTGGTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTACCT
* *
49655 TTGGAAACATCAAGAAAAACACATTCATTGGCAAGAAAAGCCCATTTATAGTCACCCCAGCCTTC
131 TTGGAAACATGAAGAAAAACACATTCATTGGCAAGAAAAGCCCATTTATAGTCACCCAAGCCTTC
*
49720 AAAA-CTCTTATTACTCTCTGTAAATGGTTTTACAATCTAATAATTGATTTAAAGATGAATTATT
196 AAAAGC-CTTATTACTCTCT-TAAATGGTTTTACAATCTAATAATTGATTTAAAGTTGAATTATT
* * *
49784 TTACCTTTTTAGTTAACAAAGATTATAATTGAATGTTTGCCTCGAGAAGTATGAACAAAAACTCA
259 TTACCTTTTTAGTTAA-AAAGATTATAATTGAATGTTTGCCTCGAGAAGCATGAAGAAAAACCCA
* * * * *
49849 TTCATTGACAAGAAAAGCCCATTTATAGTTAACCAAGCCCTCAAAAGCCTTATAACTCTCCGTAA
323 TTCATTGACAAGAAAAGCCCATTTATAGTCACCCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCTCTGTAA
* * * *
49914 AT-GATTTTATAATCTTATAATTAATTTGATGTTGAATTATTTTACATTTTTGGTTAACACAGAT
388 ATAG-TTTTATAATCTCATAATTAATTTGAAGTTGAATTATTTTACATTTTTAGTTAACACAAAT
* *
49978 TATAATTGAATGTTTACCTCGAGAAGCAAAAAGAAAAACCCATTCATTGGCAAGAAAAGCTCATT
452 TATAATTGAATGTTTACCTCGAGAAGCATAAAGAAAAACCCATTCATTGGCAAGAAAAGCTCAAT
* * * *
50043 TATAGTCACCCAAGCCATGAAAAGCCTTATTACTCTCGGTAAATGATTTTATAATCTCGTAATTG
517 TATAGTCACCCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCTCAGTAAATGATTTTAT-ATCTCATAATTG
* * *
50108 ATTTGAAGTTGAATTATTTTATATTTTTAGTTAACACAGATTATAATTGATTGTTTGTCTCGAGA
581 ATTTGAAGTTGAATTATTTTATATTTTTTGTTAACACAGATTATAATTGATTGTTTGCCTTGAGA
* * * * *
50173 AGCATGA-AGAAAAACCCATTCATTGGGAAGAAAAGTCCCTTTGTAGTCACTCAAGCCTTTAAAA
646 AGCATGAGA-AAAAACCCATTCATTGGCAAGAAAAGCCCCTTTATAGTCACCCAAGCCTTCAAAA
50237 GCCTAATATTACTCCCTTTAAATAGTTTTATAATCGT-ATAATTGATTTTAAGTT-AAGTTTTTT
710 GCCTAATATTACTCCCTTTAAATAGTTTTATAATC-TCATAATTGATTTTAAGTTGAA-TTTTTT
50300 TCTATTTTTGAGCAAAACAGATTATAATTGAATGTTTACCCTTG-GCA-A-GAAAAA-CC
773 T-TATTTTTGAGCAAAACAGATTATAATTGAATGTTTACCCTTGAGCATAGGAAAAACCC
* *
50356 CATTTATAGTCACCCAAGCCTTTAAAAGCCT-AATTGCTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCAT
1 CATTTATAGTCACCCAAGCCTTTAAAAGCCTGAATTACTCTCTTTAAATGGTTTTATAATCTCAT
* * *
50420 AACTT-ATTTTAAGTTAAATTTTTTTATATTTTTTAGTAAAACA-ATTTATAATTGAATGTTTAC
66 AA-TTGATTTTAAGTTGAATTGTTTTATATTTTTTGGTAAAACAGA-TTATAATTGAATGTTTAC
*
50483 CTTTGAAAACATGAAGAAAAACACATTCATTGGCAAGAAAAGCCCATTTATAGTCACCCAAGCCT
129 CTTTGGAAACATGAAGAAAAACACATTCATTGGCAAGAAAAGCCCATTTATAGTCACCCAAGCCT
* * * * * * *
50548 TTAGAAGCCTTATTACTCTCTATAAATAGTTTTATAATCTCATAACTGATTTGAAGTTGAATTAT
194 TCAAAAGCCTTATTACTCTCT-TAAATGGTTTTACAATCTAATAATTGATTTAAAGTTGAATTAT
* * *
50613 TTTACCTTTTTAGTTAAAACAAATTATAATTGAATATTTGGCCCCG-GAAGCATGAAGAAAAACC
258 TTTACCTTTTTAGTTAAAA-AGATTATAATTGAATGTTT-GCCTCGAGAAGCATGAAGAAAAACC
* *
50677 CATTCATTGGCAAGAAAAGCCCATTTATAGTCACCCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCTTTGT
321 CATTCATTGACAAGAAAAGCCCATTTATAGTCACCCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCTCTGT
* * * * *
50742 AAATAGTTTAATAATCTCATAATTAATTTTAAGTTGAATTATTTTATATTTTTAGTTAACATATA
386 AAATAGTTTTATAATCTCATAATTAATTTGAAGTTGAATTATTTTACATTTTTAGTTAACACAAA
* * * * * *
50807 TCATAATTGAATGTTTTCCTCAAGAAGCATAAATAAAAACCTATTCATTAGCAAGAAAAGCTCAA
451 TTATAATTGAATGTTTACCTCGAGAAGCATAAAGAAAAACCCATTCATTGGCAAGAAAAGCTCAA
50872 TTATAGTCACCCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCTCAGTAAATGATTTTATAGTCTCATAATT
516 TTATAGTCACCCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCTCAGTAAATGATTTTATA-TCTCATAATT
* * *
50937 AATTTGAAGTTGAATTATTTTATATTTTTTGTCAACACAGATTATAATTGATTGTTTCCCTTGAG
580 GATTTGAAGTTGAATTATTTTATATTTTTTGTTAACACAGATTATAATTGATTGTTTGCCTTGAG
* * *
51002 AAGCATGAGAAAAAACCCATTCACTGACAAGAAAAGCCCCTTTATAGTTACCCAAGCCTTCAAAA
645 AAGCATGAGAAAAAACCCATTCATTGGCAAGAAAAGCCCCTTTATAGTCACCCAAGCCTTCAAAA
* *
51067 GCCTAACATTACTCCCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTGTTTTT
710 GCCTAATATTACTCCCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATT-TTTTT
* *
51132 TTTTTTTG-TCAAAACAGATTATAATTGAATGTTTACCCTTGAAACATGAAGAGAACACATTCAT
774 TATTTTTGAGCAAAACAGATTATAATTGAATGTTTACCC-T------T---GAG----CA-T-A-
*
51196 TGGTAAGAAAAGCC
822 -GG--A-AAAACCC
* * * * * * *
51210 CATTTATAGTCGCTCAAGCCTTCAACTATTTTCTTCTTAAGCGTGGATTTACTCTCTTTCAAGGG
1 CATTTATAGTCACCCAAGCCTT----TA---------AAAGCCT-GAATTACTCTCTTTAAATGG
*
51275 TTTTATAACCTTCA-AATTGATTTTAAGTTGAATAT-TTTTATA-TTTTTGGTTAAAACAGATTA
52 TTTTATAATC-TCATAATTGATTTTAAGTTGAAT-TGTTTTATATTTTTTGG-TAAAACAGATTA
* ** * * * * * * * **
51337 TAATTGAATATTTTTCATGGGAAACCTAAAGAAAAACCCATTCATTGGAAACAAAAGAGCATTTA
114 TAATTGAATGTTTACCTTTGGAAACATGAAGAAAAACACATTCATTGGCAAGAAAAGCCCATTTA
* * * *
51402 TTGTCACCCAAGCCTTCAAAAGCCTAATTACTCTCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGAT
179 TAGTCACCCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCTC-TTAAATGGTTTTACAATCTAATAATTGAT
* * * * * * *
51467 TTTAAGTTG-A--ATTTT---TTTCTA---AAAAAGTTTATAATTGAATGTTTACTTTTGA-AAA
243 TTAAAGTTGAATTATTTTACCTTTTTAGTTAAAAAGATTATAATTGAATGTTTGC-CTCGAGAAG
* * * * * * *
51522 CATGAAG-AACACACATTTATTGGCAAGAAAAGCCGATTTATAGTCACCTAAGCCTTCAAAAGTC
307 CATGAAGAAAAACCCATTCATTGACAAGAAAAGCCCATTTATAGTCACCCAAGCCTTCAAAAGCC
* * * * *
51586 TTATTGCTCTCTGTAAATAGTTTTATAATCTCATAACTGATTTGAAGTTGAATTGTTTTACCTTT
372 TTATTACTCTCTGTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTAATTTGAAGTTGAATTATTTTACATTT
*
51651 TTAGTTAATACAAATTATAATTGAATGTTTACCTCGAGAAGCATAAAGAAAAACCCATTCATTGG
437 TTAGTTAACACAAATTATAATTGAATGTTTACCTCGAGAAGCATAAAGAAAAACCCATTCATTGG
* * * * *
51716 CAAGAAAAGCT-AATTTATAGTCACCCAAGCCTTCGAAAGCTTTATTACTCACTGTAAATGGTTT
502 CAAGAAAAGCTCAA-TTATAGTCACCCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCTCAGTAAATGATTT
* *
51780 GATTATCTCATAATTGATTTGAAGTTGAATTATTTTACA-TTTTTGATTAACACA-AGTTATAAT
566 TA-TATCTCATAATTGATTTGAAGTTGAATTATTTTATATTTTTTG-TTAACACAGA-TTATAAT
* * * * * * *
51843 TGAATGTTTGCTTTAAGAAGTACA-AAG-GAAAACCCATTCATTGGCAAGAAAAGCTCATTTATA
628 TGATTGTTTGCCTTGAGAAG--CATGAGAAAAAACCCATTCATTGGCAAGAAAAGCCCCTTTATA
* *
51906 GTCACCCAAGCCTTCAAAAGCCT--TATTACT--CTATAAATAGTTTTATAGTCTCATAATTGAT
691 GTCACCCAAGCCTTCAAAAGCCTAATATTACTCCCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGAT
* * * ** * * *
51967 TTGAAGTTGAATTATTTTATATTTTT-AGTTATCACAGATTATAATTGATTGTTTGCCTCTAGAA
756 TTTAAGTTGAATT-TTTTTTATTTTTGAG-CAAAACAGATTATAATTGAATGTTTACC-CTTG-A
52031 GCATGAGGAAAAACCC
817 GCAT-AGGAAAAACCC
* *
52047 ATATAATGACAAGAAAAGACCTTTTATAGTCACCCAAG-CTTTCAAAAGCCTAACATTACTCCCT
1 ---------C--------A---TTTATAGTCACCCAAGCCTTT-AAAAGCCTGA-ATTACTCTCT
* * * *
52111 TTAAATGGTTTCATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTGTTTTCTA-TTTTTGCTTGAAAC
44 TTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTGTTTTATATTTTTTG-GTAAAAC
* * * *
52175 GGATTATAATT-ATATGTTTACCTTTGGTAACATGAAG-AAAACACATTCATTAGCAAAAAAAGC
108 AGATTATAATTGA-ATGTTTACCTTTGGAAACATGAAGAAAAACACATTCATTGGCAAGAAAAGC
*
52238 CGATTTATAGTCACCCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCTCCTTAAATGGTTTTACAATCTAAT
172 CCATTTATAGTCACCCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCT-CTTAAATGGTTTTACAATCTAAT
* * *
52303 AATTGATTTAAAGTTGAATTATTTTACCTTTTTATTTAACATAGATTATAATTGATTGTTT-CCG
236 AATTGATTTAAAGTTGAATTATTTTACCTTTTTAGTTAA-AAAGATTATAATTGAATGTTTGCC-
* * * *
52367 TTGAGAAGCATG-AGAAAAAACCCATTCACTGACAAGAAAAGCCCTTTTATAGTTACCCAAGCCT
299 TCGAGAAGCATGAAG-AAAAACCCATTCATTGACAAGAAAAGCCCATTTATAGTCACCCAAGCCT
52431 TCAAAAGCCT
363 TCAAAAGCCT
52441 AACATTACTC
Statistics
Matches: 1749, Mismatches: 226, Indels: 196
0.81 0.10 0.09
Matches are distributed among these distances:
829 34 0.02
830 680 0.39
831 17 0.01
836 1 0.00
837 6 0.00
838 1 0.00
839 1 0.00
840 3 0.00
842 2 0.00
843 101 0.06
844 93 0.05
846 7 0.00
847 3 0.00
849 5 0.00
850 1 0.00
852 11 0.01
853 29 0.02
854 121 0.07
855 24 0.01
856 10 0.01
857 23 0.01
858 338 0.19
859 30 0.02
860 6 0.00
863 5 0.00
866 5 0.00
867 5 0.00
868 9 0.01
869 172 0.10
870 6 0.00
ACGTcount: A:0.35, C:0.16, G:0.12, T:0.37
Consensus pattern (831 bp):
CATTTATAGTCACCCAAGCCTTTAAAAGCCTGAATTACTCTCTTTAAATGGTTTTATAATCTCAT
AATTGATTTTAAGTTGAATTGTTTTATATTTTTTGGTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTACCT
TTGGAAACATGAAGAAAAACACATTCATTGGCAAGAAAAGCCCATTTATAGTCACCCAAGCCTTC
AAAAGCCTTATTACTCTCTTAAATGGTTTTACAATCTAATAATTGATTTAAAGTTGAATTATTTT
ACCTTTTTAGTTAAAAAGATTATAATTGAATGTTTGCCTCGAGAAGCATGAAGAAAAACCCATTC
ATTGACAAGAAAAGCCCATTTATAGTCACCCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCTCTGTAAATA
GTTTTATAATCTCATAATTAATTTGAAGTTGAATTATTTTACATTTTTAGTTAACACAAATTATA
ATTGAATGTTTACCTCGAGAAGCATAAAGAAAAACCCATTCATTGGCAAGAAAAGCTCAATTATA
GTCACCCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCTCAGTAAATGATTTTATATCTCATAATTGATTTG
AAGTTGAATTATTTTATATTTTTTGTTAACACAGATTATAATTGATTGTTTGCCTTGAGAAGCAT
GAGAAAAAACCCATTCATTGGCAAGAAAAGCCCCTTTATAGTCACCCAAGCCTTCAAAAGCCTAA
TATTACTCCCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTTATTTTT
GAGCAAAACAGATTATAATTGAATGTTTACCCTTGAGCATAGGAAAAACCC
Done.