Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: NW_018398053.1 Herrania umbratica cultivar Fairchild unplaced genomic scaffold, ASM216827v2 scaffold_1361.0, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000
Length: 14340
ACGTcount: A:0.24, C:0.10, G:0.09, T:0.24
Warning! 4624 characters in sequence are not A, C, G, or T
Found at i:3689 original size:172 final size:172
Alignment explanation
Indices: 3321--4846 Score: 1303
Period size: 172 Copynumber: 8.9 Consensus size: 172
3311 NNNNNNNNNN
* * ** *
3321 ATAATTGACTG-TCAATCTCGAGAAACGCAAAGCAAAAA-GTATTCATTGGCAAGAAAAGTCCAT
1 ATAATTGAATGTTCAA-CTCAAGAAACGTGAAG-AAAAAGGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCAT
* * *
3384 TTAT-GTTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTAATACTCACTTTAAATGGTTTTGTAATCTCAAAAT
64 TTATAG-TCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAAT
* * ** ** * *
3448 TGA-TTGAAATTTGAATTCTTTGCACATTTTTCATTAAAAAAGATT
128 TGATTTTAAGTTTGAATT-TTTTTACATTTTTGGTTAAAACATATT
* * * * *
3493 TTAATTGTATG-TCAACGTCAAGAAACATGAAGGAAAAGGCATTCATTGGCAAAAAAAGTCCATT
1 ATAATTGAATGTTCAAC-TCAAGAAACGTGAAGAAAAAGGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATT
* * * *
3557 AATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACACATTTTAAATGGTCTTATAATCTCATAATTG
65 TATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTG
** * *
3622 ATTTTAAGTTCAAATTTTTTTACACTTTTGGGTAAAACATATT
130 ATTTTAAGTTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACATATT
* * * * * *
3665 ATAGTTGAATGTTTAGCCCAAGAAACGTGAAGAAAAAGGCATACATTGGCAAGAAAAATCCATTT
1 ATAATTGAATGTTCAACTCAAGAAACGTGAAGAAAAAGGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTT
* * * * *
3730 ATAGTAACCTATTCCTTCAAAAGTCTCATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATGC-CATAATTG
66 ATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAAT-CTCATAATTG
* * * * * *
3794 ACTTTAAG-TTGAAGTTTTTTACTTTTTTAGTTAAAACAGACT
130 ATTTTAAGTTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACATATT
* * * * *
3836 ATAATTGAATG-TAAATCTCGAGAAACGTAAAGAAAAAGGTATTCATTGGCAAGAAAAGTTCATT
1 ATAATTGAATGTTCAA-CTCAAGAAACGTGAAGAAAAAGGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATT
* *
3900 TATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTT-TTGACTCACTTTAAATAGTTTTGTAATCTCCA-AAT
65 TATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATT-ACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCT-CATAAT
* * * * *
3963 TGA-TTGAAATTTGAATCCTTTGTACATTTTTGGTTAAAAAATATT
128 TGATTTTAAGTTTGAAT-TTTTTTACATTTTTGGTTAAAACATATT
*
4008 ATAATTGAATG-TCAACGTCAAGAAATGTGAACG-AAAAGGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCAT
1 ATAATTGAATGTTCAAC-TCAAGAAACGTGAA-GAAAAAGGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCAT
* * * * * *
4071 TAATAGTCACCCATTTCTTCAAAAGCTTTATTACACACTTTAAATTGTTTTAAAATCTCATAATT
64 TTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATT
* * *
4136 GATTTTAAGTTTAAATATTTTTATATTTTTGGTTAAAACATATT
129 GATTTTAAGTTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACATATT
* * * ** * *
4180 ATAATTGATTGTTTAGCTTGAGAAACATGAAGAAAAAGGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCAATT
1 ATAATTGAATGTTCAACTCAAGAAACGTGAAGAAAAAGGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTT
* * * * *
4245 ATGGTCACTCATTCCTTTAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGCTTTATAATCTCAAAATTGA
66 ATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGA
* ** ***
4310 TTTTAAG-TTGAATTGTTTTACATTTTTTATTTAAAA-AGGCT
131 TTTTAAGTTTGAATTTTTTTACA-TTTTTGGTTAAAACATATT
* *** ** * ** * **
4351 ATAATTGAATGACTGC--CTTGGGAAACGCCAAG-CAAAGGCCAACCATTAGC-AGAAAAAGTTT
1 ATAATTGAATG--TTCAACTCAAGAAACGTGAAGAAAAAGG-CATTCATTGGCAAG-AAAAGTCC
* * ** * * ** * * *
4412 ATTTATAGTCGCTCAAGCCTTCGAAAGCCTTATTCCTTGCTTTAAATAGTTTTATAAACTAATAA
62 ATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAA
* * * * *
4477 TTAAATTTAAG-TTGAATTTTTTTACATTTTTTGTTAAAAAAGGA-T
127 TTGATTTTAAGTTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACA-TATT
* ** ** * * **
4522 AGAATTGAAT-TTTTACTTTGAGAAACATGAGGAAAAAAACATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATT
1 ATAATTGAATGTTCAAC-TCAAGAAACGTGAAGAAAAAGGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATT
* * * * * *
4586 TATAGCCACTCATAT-CTTCAAAAAACCTTATTACTCGCTTTACATGGTTCTATAATGC-CATAA
65 TATAGTCACCCAT-TCCTTC-AAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAAT-CTCATAA
* ***
4649 TTGATTTTAAG-TTGAACTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGGCT
127 TTGATTTTAAGTTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACATATT
* * *
4694 AGAATTG-ATG-TCTACCTCGAGAAACGT-AACGAAAAAGGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCAT
1 ATAATTGAATGTTC-AACTCAAGAAACGTGAA-GAAAAAGGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCAT
* * * ** *
4756 TTATAGTCACCCATTCTTTCAAAAGCCTT-TTCGCTCAATTTATTTGGTTTTATAATCTCAAAAT
64 TTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATT-ACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAAT
* * *
4820 T-AATTTAAATTTGAATTCTTTGTACAT
128 TGATTTTAAGTTTGAATT-TTTTTACAT
4847 GAAGAATAAA
Statistics
Matches: 1085, Mismatches: 226, Indels: 87
0.78 0.16 0.06
Matches are distributed among these distances:
168 1 0.00
169 9 0.01
170 68 0.06
171 381 0.35
172 593 0.55
173 33 0.03
ACGTcount: A:0.36, C:0.15, G:0.13, T:0.36
Consensus pattern (172 bp):
ATAATTGAATGTTCAACTCAAGAAACGTGAAGAAAAAGGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTT
ATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGA
TTTTAAGTTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACATATT
Found at i:4002 original size:515 final size:510
Alignment explanation
Indices: 3321--4846 Score: 1670
Period size: 515 Copynumber: 3.0 Consensus size: 510
3311 NNNNNNNNNN
* *
3321 ATAATTGACTGTCAATCTCGAGAAACGCAAAGCAAAAA-GTATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATT
1 ATAATTGAATGT-AATCTCGAGAAACGCAAAG-AAAAAGGTATTCATTGGCAAGAAAAGTTCATT
* *
3385 TAT-GTTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTAATACTCACTTTAAATGGTTTTGTAATCTCAAAATT
64 TATAG-TCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATAGTTTTGTAATCTCAAAATT
* * * *
3449 GATTGAAATTTGAATTCTTTGCACATTTTTCATTAAAAAAGATTTTAATTGTATGTCAACGTCAA
128 GATTGAAATTTGAA-TCTTTGTACATTTTTCGTTAAAAAAGATTATAATTGAATGTCAACGTCAA
*
3514 GAAACATGAAGGAAAAGGCATTCATTGGCAAAAAAAGTCCATTAATAGTCACCCATTCCTTCAAA
192 GAAACATGAAGGAAAAGGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTAATAGTCACCCATT-CTTCAAA
*
3579 AGCCTTATTACACATTTTAAATGGTCTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTCAAATTTTTTTA
256 AGCCTTATTACACACTTTAAATGGT-TTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTT-AAATTTTTTTA
* * * * *
3644 CACTTTTGGGTAAAACATATTATAGTTGAATGTTTAGCCCAAGAAACGTGAAGAAAAAGGCATAC
319 CATTTTTGGTTAAAACATATTATAATTGAATGTTTAGCCCGAGAAACGTGAAGAAAAAGGCATTC
* * * *
3709 ATTGGCAAGAAAAATCCATTTATAGTAACCTATTCCTTCAAAAGTCTCATTACTCGCTTTAAATG
384 ATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCTATTCCTTCAAAAGCCTCATTACTCACTTTAAATG
* *
3774 GTTTTATAATGC-CATAATTGACTTTAAGTTGAAGTT-TTTTAC-TTTTTTAGTTAAAACAGACT
449 GCTTTATAAT-CTCAAAATTGACTTTAAGTTGAA-TTGTTTTACATTTTTTAGTTAAAA-AGACT
*
3836 ATAATTGAATGTAAATCTCGAGAAACGTAAAGAAAAAGGTATTCATTGGCAAGAAAAGTTCATTT
1 ATAATTGAATGT-AATCTCGAGAAACGCAAAGAAAAAGGTATTCATTGGCAAGAAAAGTTCATTT
*
3901 ATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTT-TTGACTCACTTTAAATAGTTTTGTAATCTCCAAATTG
65 ATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATT-ACTCACTTTAAATAGTTTTGTAATCTCAAAATTG
* *
3965 ATTGAAATTTGAATCCTTTGTACATTTTTGGTTAAAAAATATTATAATTGAATGTCAACGTCAAG
129 ATTGAAATTTGAAT-CTTTGTACATTTTTCGTTAAAAAAGATTATAATTGAATGTCAACGTCAAG
** *
4030 AAATGTGAACGAAAAGGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTAATAGTCACCCATTTCTTCAAAA
193 AAACATGAAGGAAAAGGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTAATAGTCACCCA-TTCTTCAAAA
* * * * *
4095 GCTTTATTACACACTTTAAATTGTTTTAAAATCTCATAATTGATTTTAAGTTTAAATATTTTTAT
257 GCCTTATTACACACTTTAAA-TGGTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAG-TTAAATTTTTTTAC
* ** *
4160 ATTTTTGGTTAAAACATATTATAATTGATTGTTTAGCTTGAGAAACATGAAGAAAAAGGCATTCA
320 ATTTTTGGTTAAAACATATTATAATTGAATGTTTAGCCCGAGAAACGTGAAGAAAAAGGCATTCA
* * * *
4225 TTGGCAAGAAAAGTCCAATTATGGTCA-CTCATTCCTTTAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATG
385 TTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCT-ATTCCTTCAAAAGCCTCATTACTCACTTTAAATG
* * *
4289 GCTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAGTTGAATTGTTTTACATTTTTTATTTAAAAAGGCT
449 GCTTTATAATCTCAAAATTGACTTTAAGTTGAATTGTTTTACATTTTTTAGTTAAAAAGACT
* * * * * * ** * *
4351 ATAATTGAATG-ACTGCCTTGGGAAACGCCAAG-CAAAGGCCAACCATTAGC-AGAAAAAGTTTA
1 ATAATTGAATGTAAT--CTCGAGAAACGCAAAGAAAAAGG-TATTCATTGGCAAG-AAAAGTTCA
* * ** * * ** * *
4413 TTTATAGTCGCTCAAGCCTTCGAAAGCCTTATTCCTTGCTTTAAATAGTTTTATAAACT-AATAA
62 TTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATAGTTTTGTAATCTCAA-AA
* * * * * * * * ** *
4477 TTAAATT-TAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTTGTTAAAAAAGGA-TAGAATTGAATTTTTACTT
126 TT-GATTGAAATTTGAATCTTTGTACATTTTTCGTTAAAAAA-GATTATAATTGAATGTCAACGT
** ** * * *
4540 TGAGAAACATG-AGGAAAAAAACATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGCCACTCATATCTT
189 CAAGAAACATGAAGG-AAAAGGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTAATAGTCACCCAT-TCTT
* * * * * *
4604 CAAAAAACCTTATTACTCGCTTTACATGGTTCTATAATGC-CATAATTGATTTTAAGTTGAACTT
252 C-AAAAGCCTTATTACACACTTTAAATGGTT-TATAAT-CTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTT
*** * *
4668 TTTTACATTTTTGGTTAAAACAGGCTAGAATTG-ATGTCTA-CCTCGAGAAACGT-AACGAAAAA
314 TTTTACATTTTTGGTTAAAACATATTATAATTGAATGTTTAGCC-CGAGAAACGTGAA-GAAAAA
* * * * *
4730 GGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCTTTCAAAAGCCT-TTTCGCTCAA
377 GGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCTATTCCTTCAAAAGCCTCATT-ACTCAC
** * * * *
4794 TTTATTTGGTTTTATAATCTCAAAATT-AATTTAAATTTGAATTCTTTGTACAT
441 TTTAAATGGCTTTATAATCTCAAAATTGACTTT-AAGTTGAATTGTTT-TACAT
4847 GAAGAATAAA
Statistics
Matches: 858, Mismatches: 123, Indels: 61
0.82 0.12 0.06
Matches are distributed among these distances:
512 9 0.01
513 111 0.13
514 148 0.17
515 563 0.66
516 27 0.03
ACGTcount: A:0.36, C:0.15, G:0.13, T:0.36
Consensus pattern (510 bp):
ATAATTGAATGTAATCTCGAGAAACGCAAAGAAAAAGGTATTCATTGGCAAGAAAAGTTCATTTA
TAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATAGTTTTGTAATCTCAAAATTGAT
TGAAATTTGAATCTTTGTACATTTTTCGTTAAAAAAGATTATAATTGAATGTCAACGTCAAGAAA
CATGAAGGAAAAGGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTAATAGTCACCCATTCTTCAAAAGCCT
TATTACACACTTTAAATGGTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTACATTTTT
GGTTAAAACATATTATAATTGAATGTTTAGCCCGAGAAACGTGAAGAAAAAGGCATTCATTGGCA
AGAAAAGTCCATTTATAGTCACCTATTCCTTCAAAAGCCTCATTACTCACTTTAAATGGCTTTAT
AATCTCAAAATTGACTTTAAGTTGAATTGTTTTACATTTTTTAGTTAAAAAGACT
Found at i:4009 original size:343 final size:338
Alignment explanation
Indices: 3364--4836 Score: 1149
Period size: 343 Copynumber: 4.3 Consensus size: 338
3354 AAAAAGTATT
*
3364 CATTGGCAAGAAAAGTCCATTTAT-GTTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTAATACTCACTTTAAA
1 CATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAG-TCACCCATTCCTTCAAAAG-CTTATTACTCACTTTAAA
* * * * * * *
3428 TGGTTTTGTAATCTCAAAATTGATTGAAATTTGAATTCTTTGCACATTTTTCA-TTAAAAAAGAT
64 TGGTTTTATAATCTCATAATTGATT-TAAGTTGAATT-TTT-TAC-TTTTTTAGTTAAAACAGAT
* * * * * *
3492 TTTAATTGTATGTCAACGTCAAGAAACATGAAGGAAAAGGCATTCATTGGCAAAAAAAGTCCATT
125 TATAATTGAATGTAAAC-TCGAGAAACATGAAGAAAAAGGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATT
* * * *
3557 AATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACACATTTTAAATGGTCTTATAATCT-CATAATT
189 TATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCCA-AATT
* * * * * * **
3621 GATTTTAAGTTCAAATTTTTTTACACTTTTGGGTAAAACATATTATAGTTGAATGTTTA-GCCCA
253 GA-TTGAAATTCAAATCTTTGTACACTTTTGGGTAAAAAATATTATAATTGAATGTCAACG-CCA
3685 AGAAACGTGAA-GAAAAAGGCATA
316 AGAAACGTGAACG-AAAAGGCATA
* * * * *
3708 CATTGGCAAGAAAAATCCATTTATAGTAACCTATTCCTTCAAAAGTCTCATTACTCGCTTTAAAT
1 CATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAG-CTTATTACTCACTTTAAAT
*
3773 GGTTTTATAATGC-CATAATTGACTTTAAGTTGAAGTTTTTTACTTTTTTAGTTAAAACAGACTA
65 GGTTTTATAAT-CTCATAATTGA-TTTAAGTTGAA-TTTTTTACTTTTTTAGTTAAAACAGATTA
* * * *
3837 TAATTGAATGTAAATCTCGAGAAACGTAAAGAAAAAGGTATTCATTGGCAAGAAAAGTTCATTTA
127 TAATTGAATGTAAA-CTCGAGAAACATGAAGAAAAAGGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTA
* *
3902 TAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTT-TTGACTCACTTTAAATAGTTTTGTAATCTCCAAATTGA
191 TAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATT-ACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCCAAATTGA
** * * *
3966 TTGAAATTTGAATCCTTTGTACATTTTTGGTTAAAAAATATTATAATTGAATGTCAACGTCAAGA
255 TTGAAATTCAAAT-CTTTGTACACTTTTGGGTAAAAAATATTATAATTGAATGTCAACGCCAAGA
* *
4031 AATGTGAACGAAAAGGCATT
319 AACGTGAACGAAAAGGCATA
* * *
4051 CATTGGCAAGAAAAGTCCATTAATAGTCACCCATTTCTTCAAAAGCTTTATTACACACTTTAAAT
1 CATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGC-TTATTACTCACTTTAAAT
* * * * *
4116 TGTTTTAAAATCTCATAATTGATTTTAAGTTTAAATATTTTTA-TATTTTTGGTTAAAACATATT
65 GGTTTTATAATCTCATAATTGA-TTTAAG-TTGAAT-TTTTTACT-TTTTTAGTTAAAACAGATT
* * * * *
4180 ATAATTGATTGTTTAGCTTGAGAAACATGAAGAAAAAGGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCAATT
126 ATAATTGAATG-TAAACTCGAGAAACATGAAGAAAAAGGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTT
* * * * *
4245 ATGGTCACTCATTCCTTTAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGCTTTATAATCTCAAAATTGA
190 ATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCCAAATTGA
* * * * * * *** * *** *
4310 TTTTAAGTTGAATTGTTT-TACATTTTTTATTTAAAAAGGCTATAATTGAATG---ACTGCCTTG
255 -TTGAAATTCAAATCTTTGTACACTTTTGGGTAAAAAATATTATAATTGAATGTCAAC-GCC--A
* ** *
4371 GGAAACGCCAA-GCAAAGGCCA-A
316 AGAAACGTGAACGAAAAGG-CATA
* ** * * ** * * **
4393 CCATTAGC-AGAAAAAGTTTATTTATAGTCGCTCAAGCCTTCGAAAGCCTTATTCCTTGCTTTAA
1 -CATTGGCAAG-AAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAG-CTTATTACTCACTTTAA
* * * * *
4457 ATAGTTTTATAAACTAATAATTAAATTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTT-GTTAAAAAAGGA
63 ATGGTTTTATAATCTCATAATT-GATTTAAGTTGAA-TTTTTTAC-TTTTTTAGTTAAAACA-GA
* * ** * * **
4521 -TAGAATTGAATTTTTACTTTGAGAAACATGAGGAAAAAAACATTCATTGGCAAGAAAAGTCCAT
124 TTATAATTGAATGTAAAC-TCGAGAAACATGAAGAAAAAGGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCAT
* * * * * * *
4585 TTATAGCCACTCATAT-CTTCAAAAAACCTTATTACTCGCTTTACATGGTTCTATAAT-GCCATA
188 TTATAGTCACCCAT-TCCTTC-AAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCCA-A
* * * * * * * * *** * *
4648 ATTGATTTTAAGTTGAACT-TTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGGCTAGAATTG-ATGTCTAC-C
250 ATTGA-TTGAAATTCAAATCTTTGTACACTTTTGGGTAAAAAATATTATAATTGAATGTCAACGC
* *
4710 TCGAGAAACGT-AACGAAAAAGGCATT
314 -CAAGAAACGTGAACG-AAAAGGCATA
* * * **
4736 CATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCTTTCAAAAGCCTT-TTCGCTCAATTTATT
1 CATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAG-CTTATT-ACTCACTTTAAA
* * *
4800 TGGTTTTATAATCTCAAAATTAATTTAAATTTGAATT
64 TGGTTTTATAATCTCATAATTGATTT-AAGTTGAATT
4837 CTTTGTACAT
Statistics
Matches: 915, Mismatches: 168, Indels: 95
0.78 0.14 0.08
Matches are distributed among these distances:
340 2 0.00
341 16 0.02
342 196 0.21
343 451 0.49
344 230 0.25
345 20 0.02
ACGTcount: A:0.36, C:0.15, G:0.13, T:0.36
Consensus pattern (338 bp):
CATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCTTATTACTCACTTTAAATG
GTTTTATAATCTCATAATTGATTTAAGTTGAATTTTTTACTTTTTTAGTTAAAACAGATTATAAT
TGAATGTAAACTCGAGAAACATGAAGAAAAAGGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTC
ACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCCAAATTGATTGAAA
TTCAAATCTTTGTACACTTTTGGGTAAAAAATATTATAATTGAATGTCAACGCCAAGAAACGTGA
ACGAAAAGGCATA
Found at i:14112 original size:171 final size:170
Alignment explanation
Indices: 13099--14338 Score: 1161
Period size: 171 Copynumber: 7.2 Consensus size: 170
13089 NNNNNNNNNN
* * * * * *
13099 TGATTTTAAGTTCAATTTTTTTTATATTTTTGGTTAAAACATATTATAACTGATTGTCTAGCTTG
1 TGATTTTAAGTTGAA-TTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTA-CTTG
* * * * *
13164 AGAAACATGAGGAAAAAGGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCAATTATGGTCACCCATTCCTTTAA
64 AGAAACATGAAGAAAAAGGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATTCCTTCAA
* *
13229 AAGCCTTATTACTCACTTTAAAT-GTGTTTATAATCTGAAAAT
129 AAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGT-TTTATAATCTCATAAT
* * * * * *
13271 TAATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTTGTTTAAAA-AGCCTATAGTTGAATGACTGCCTTG
1 TGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACA-TTTTTGGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTCT-ACTTG
* * * ** * * * *
13335 GGAAACATGACG-CAAAGGCCAACCATTAGCACA-AAAAGTCCATTTATAGTGACTCAATCTTTC
64 AGAAACATGAAGAAAAAGG-CATTCATTGGCA-AGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATTCCTTC
* ** * *
13398 AAATGCCTTATTACTTGCTTTAAATGGTTTTATAAACTAATAAT
127 AAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAAT
* * * ** * *
13442 TAATTTTAAGTTAAATATTTTTACATTTTTCATTAAAAAAGACTAGAATTGAATGTCTACCTTGA
1 TGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTA-CTTGA
* * * * *
13507 GAAACATGAGGAAAAAAGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGCCACCCATACCTTCAAA
65 GAAACATGAAGAAAAAGGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATTCCTTCAAA
* * * *
13572 AGCCTTATTACTCGCTTTACATAGTTTTATAAAGC-CATAAT
130 AGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTAT-AATCTCATAAT
* * * **
13613 TGATTTTATGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGGCTAGAATTG-ATGTCTATCTCAA
1 TGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTA-CTTGA
* * * * *
13677 GAAACGT-AACACAAAAGGCATTCATTAGAAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACTCATTCCTTCAA
65 GAAACATGAAGA-AAAAGGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATTCCTTCAA
* * ** * *
13741 AAGCCTTTTTGCTCACTTTATTTAGTTTTATAATCTCAAAAT
129 AAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAAT
* * ** * *
13783 TGATTTAAATTTGAATTCTTTGGACATTTTTGGTTAAAAAAGA-TAATAATTGAATGTCAACTTC
1 TGATTTTAAGTTGAATT-TTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGACT-ATAATTGAATGTCTACTT-
* * * * * * * * *
13847 AAGAAACGTCAAGAAAAAGGCATACATTGGGAAGAAAAAT-CATTTTATTGTCACCCATTCCGTC
63 GAGAAACATGAAGAAAAAGGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCA-TTTATAGTCACTCATTCCTTC
* * * *
13911 AAAAGCCTCATTGCACGCTTTAAATGGTTTTATAATGC-CATAAT
127 AAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAAT-CTCATAAT
* * * * * *
13955 TGATTTTGAGTTGAAGTTTTTTATATTTTTGGTTAAAACAGACTATAATTGACTGTCAATCTCGA
1 TGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTA-CTTGA
* *
14020 GAAACATAAAGAAAAAGGTATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATTCCTTCAAA
65 GAAACATGAAGAAAAAGGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATTCCTTCAAA
* * *
14085 AGCCTTAATACTCACTTTAAATGGTTTTGTAATCTCAAAAT
130 AGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAAT
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14126 TGATTGAAATTTGAATTCTTTGCACATTTTTCATTAAGAA-AGATTTTAAATGTATGTCAACGTT
1 TGATTTTAAGTTGAATT-TTTTTACATTTTTGGTTAA-AACAGACTATAATTGAATGTCTAC-TT
* * *
14190 AAGAAACATGAAGGAAAAGGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTAATAGTCACTCATTCCTTCA
63 GAGAAACATGAAGAAAAAGGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATTCCTTCA
* ** *
14255 AAAGCCTTATTACACACTTTAAATGGACTTACAATCTCATAAT
128 AAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAAT
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14298 TGATTTTAAGTTCAAATTTTTTTACACTTTTGGGTAAAACA
1 TGATTTTAAGTT-GAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACA
14339 TA
Statistics
Matches: 861, Mismatches: 179, Indels: 56
0.79 0.16 0.05
Matches are distributed among these distances:
169 5 0.01
170 125 0.15
171 430 0.50
172 291 0.34
173 10 0.01
ACGTcount: A:0.36, C:0.15, G:0.13, T:0.36
Consensus pattern (170 bp):
TGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACTTGAG
AAACATGAAGAAAAAGGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATTCCTTCAAAA
GCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAAT
Done.