Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: NW_018398055.1 Herrania umbratica cultivar Fairchild unplaced genomic scaffold, ASM216827v2 scaffold_1363.0, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000
Length: 4053
ACGTcount: A:0.35, C:0.11, G:0.12, T:0.33
Warning! 385 characters in sequence are not A, C, G, or T
Found at i:2303 original size:343 final size:338
Alignment explanation
Indices: 1439--4053 Score: 1765
Period size: 343 Copynumber: 7.7 Consensus size: 338
1429 TCAAGGTAGA
* * * * * *
1439 CATTCAATTATAATTTCTTTTAACCAAAAATA-TAAAAAAATTCAACTTAAAATAAATTATGACA
1 CATTCAATTATAATCTGTTTTAA-TAAAAA-AGTAAAAAAATTAAACTTAAAATCAATTATGAGA
* * ** *
1503 TTATAAAA-TCGTTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTT-AAAGGTATGGGTGACTATAAACAGAGTT
64 TTATAAAACT-ATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAA-GAATGGGTGACTATAAATGGACTT
* * * * * *
1566 TTCTTGCCAATGAATATCATTTTCTTCACAT-TTTC-CAAGGCAGAAACTT-AATTATAATTTGT
127 TTCTTACCAATGAAT-GCCTTTTCTT--CATGTTTCTCAAGGTAGACA-TTCAATTATAATCTGT
* * * * * *****
1628 TCTATCCAAAAATGTACAAATATTC-AATGTAAAATTAATTATGAGATTATAAAACCATTNNNNN
188 TTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAAAT-TAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAG
***** ** * * * * *
1692 NNNNNAATAAGATTTTTGAAGGAATGGGAAACAATAAATGGACTTTTCTTCCCAATGAATGGCTT
252 CGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGAATGAGAGACTATAAATGGACTTTTCTT-CCAATAAAT--CTT
* ** * *
1757 TTTCTATAC--GTTT-CTTGAGGCAGG
314 TTT-TTTACATGTTTCCTAAACG-AAG
* * * * *
1781 CATTCAATTATAATCTGTTTTAACAAAAAATGTAAAATAAACTGAACTGAAAATCAATTTTGAGA
1 CATTCAATTATAATCTGTTTTAATAAAAAA-GTAAAA-AAATTAAACTTAAAATCAATTATGAGA
* *********** * ** * *
1846 TAATAAAANNNNNNNNNNTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAAAAGGTGACTATAAATAGACCTTT
64 TTATAAAACTATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAAGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTT
* ** ********** *
1911 C-TACCCAATGAATGCTTTTTTCTTCACATTTCTNNNNNNNNNNATTCAATTATAGTCTGTTTTA
129 CTTA-CCAATGAATGC-CTTTTCTTCATGTTTCTCAAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTA
* * *
1975 ACCAAAAATGTAAAAGAAATTCTACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACAATTTAAAGCGAG
192 ACCAAAAATGTAAAA-AAATTCAAATTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAG
* ********** *
2040 TAAAAANNNNNNNNNNGGAATGAGAGACTATAAATGGACTTTTCTTCCAAATAAATGGTTTTTTT
256 TAATAAGGCTTTCGAAGGAATGAGAGACTATAAATGGACTTTTCTTCC-AATAAAT-CTTTTTTT
*
2105 TACATGTTTCCTAAACCAAG
319 TACATGTTTCCTAAACGAAG
* * * * *
2125 CATTCAATTATAGTCTGTTTTAATGAAAAAAGTAAAAAAAATCAATTTAAAATCAATTATGAAAT
1 CATTCAATTATAATCTGTTTTAAT-AAAAAAGTAAAAAAATTAAACTTAAAATCAATTATGAGAT
* * * * *
2190 TATAAAAATAGTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGAGTGACTGTAAATGGACTTTT-
65 TATAAAACTATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAAGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTC
* *
2254 TCTACCAATGAATGCAATTTTCTTCATATTTCTCAAGGTTA-ACATTCAATTATAATCTGTTTTA
130 T-TACCAATGAATGC-CTTTTCTTCATGTTTCTCAAGG-TAGACATTCAATTATAATCTGTTTTA
* * * * * *
2318 ACTAAAAATGTGCAAAAAATTCAAATTAAAGTCAATTTTGATATTATAAAACCATTTAAAGTGAG
192 ACCAAAAATGT-AAAAAAATTCAAATTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAG
* * * ** ** *
2383 CAATAAGGGTTTTGAAGGAATG-GATGACTATAAATGGACGATTCTTGCCAATGATTTCCTTTTC
256 TAATAAGGCTTTCGAAGGAATGAGA-GACTATAAATGGACTTTTCTT-CCAAT-AAAT-CTTTTT
* **
2447 CTT-CATGTTTCTCTTGGTA-GAA-
317 TTTACATGTTTC-C-T-AAACGAAG
* * * *
2469 -ATTCAATTATAATCTGTTTTAACTAAAAATGTATAAAAAATTTAGCTTAAAATCAATTTTGAGA
1 CATTCAATTATAATCTGTTTTAA-TAAAAAAGTA-AAAAAATTAAACTTAAAATCAATTATGAGA
* * * * *
2533 TTATAAAA-TAATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTAAAAAAATGTGTGACTATAAATGAACTTT
64 TTATAAAACT-ATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAAGAATGGGTGACTATAAATGGACTTT
* * * * * * *
2597 TCGTACTAATGAATGCCTTTTCCTTCACGTTTCTTAAGCTAGACATTCAATTATAGTCTATTTTA
128 TCTTACCAATGAATGCCTTTT-CTTCATGTTTCTCAAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTA
* * * * *
2662 TCCAAAAATGTACAAAGAATTCAAATTAAAA-CTAATTTTGATATTATAAAACCATTTAAAGTGA
192 ACCAAAAATGTA-AAAAAATTCAAATTAAAATC-AATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGA
* * * * * * * *
2726 GTAACAAGGTTTTCAAAGGAATGGGTGACTATAAATAGACTTTTCTAACCAATCAA---------
255 GTAATAAGGCTTTCGAAGGAATGAGAGACTATAAATGGACTTTTCT-TCCAATAAATCTTTTTTT
* ** * *
2782 TACCTGTTT-CTTGAGGTAG
319 TACATGTTTCCTAAACGAAG
* * * * *
2801 ACACTCAATTATAATCTGTTTTAATCAAAAA-TATAAAAAATTCAATTTAAAATCATTTATGAGA
1 -CATTCAATTATAATCTGTTTTAATAAAAAAGTA-AAAAAATTAAACTTAAAATCAATTATGAGA
* * *
2865 TTATAAAACTTTTTAAAGTGAGTAATAAGTCTTTTGAAAGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTT
64 TTATAAAACTATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAAGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTT
* * * * * * *
2930 CTTACCAATAAAT-ACTTTTTTTCACGTTTCTCAAGGTAGACTTTCAATAATAATCTATTTTAAC
129 CTTACCAATGAATGCCTTTTCTTCATGTTTCTCAAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAAC
* * * *
2994 CAAACATGTAAAAAACTTCAATTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCTTTTAAAGCGAGTAA
194 CAAAAATGTAAAAAAATTCAAATTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAA
* * *** * *
3059 TAAGGCTTTCGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTATTGATGAATGTCTTTTTCTT-
259 TAAGGCTTTCGAAGGAATGAGAGACTATAAATGGACTTTTCTT-CCAAT-AA-ATCTTTTTTTTA
* * *
3123 CACGTTTCCT-AAGGTAG
321 CATGTTTCCTAAACGAAG
* * * * * *
3140 ACATTCAAGTATAGTCTATTTTAATCAAAAATA-TAAAAAAAAATAAACGTAAAATCAATTAAG-
1 -CATTCAATTATAATCTGTTTTAAT-AAAAA-AGT-AAAAAAATTAAACTTAAAATCAATTATGA
* * * * * * *
3203 GCCTTATAAAACCATTTATAGCGAGTAATAAGGCTTTTG-ATGATATGGTTGGCTATAAATGGGC
62 G-ATTATAAAACTATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAAGA-ATGGGTGACTATAAATGGAC
* * * * * *
3267 TTTTTTTGCTAATGAATGCTTTTTTCTTCATGTTTCTCGAGGTAGACATTCATTTATAATCTGTT
125 TTTTCTTACCAATGAATGC-CTTTTCTTCATGTTTCTCAAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTT
** * * * * **
3332 TTAATAAAAAATATAAGAGAATTC-AATCTAAAATCAATTATGTGATTATAAAACTTTTTAAAGC
189 TTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAAAT-TAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGC
* * * * * * * *
3396 GGGTAATAAGGCTTTTGAAGAAATAAAAGACTATAAATGAACTTTTTTTTCCAAATGAATGACTT
253 GAGTAATAAGGCTTTCGAAGGAATGAGAGACTATAAATGGAC-TTTTCTTCC-AATAAAT--CTT
* * *
3461 TTTCTTTAC--GTTT-CTCAAGCCAAC
314 TTT-TTTACATGTTTCCT-AAACGAAG
* ** * *
3485 CATTTAATTATTTTCTGTTTTAATGAAAAATGTAAAAAAATTAAACTTAAAATCAATTATGAGTT
1 CATTCAATTATAATCTGTTTTAAT-AAAAAAGTAAAAAAATTAAACTTAAAATCAATTATGAGAT
* * *
3550 TATAAAACCATTTAAAGAGAGTAATAAGGCTTTTG-AAGAAATGGGTGACTATAAATGAACTTTT
65 TATAAAACTATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAAG-AATGGGTGACTATAAATGGACTTTT
* * * * *
3614 CTTATCAATGAATGTCTTTTTCTTCATGTTTCTCTAGGTAAACATTCAATTATAATTTGTTTTAA
129 CTTACCAATGAATG-CCTTTTCTTCATGTTTCTCAAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAA
* * * * * *
3679 CCAAAAACGTGCAAAAAATTTAACTTAAAA-CTAATTTTGAGATTATAAAACCATATAAAGCGAG
193 CCAAAAATGT-AAAAAAATTCAAATTAAAATC-AATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAG
* * * * *
3743 TAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTGCTGCCAATGAATGCTTTTTTC
256 TAATAAGGCTTTCGAAGGAATGAGAGACTATAAATGGACTTTT-CTTCCAATAAAT-CTTTTTT-
** * **
3808 TT-CATGTTT-CTTGAGGTGG
318 TTACATGTTTCCTAAACGAAG
* ** * * * *
3827 ACATTCAATTATATTCTGTTTTAGCCAAAAATGTAAAAGAATTAAGCTTAAAATCAACTATGAGA
1 -CATTCAATTATAATCTGTTTTA-ATAAAAAAGTAAAAAAATTAAACTTAAAATCAATTATGAGA
* * ** * * *
3892 TTATAAAACCATTGAAATTGAGTAATAAGGCTTTTGAAAGAATGGGTGGCTATAAATAGATTTTT
64 TTATAAAACTATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAAGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTT
* * * * * * * * *
3957 CTTGCCAATTAATACCTTTTTCTTTAGGTTTCTTAAGGTAGATATTTAATTATAATCTGTTTTCA
129 CTTACCAATGAATGCC-TTTTCTTCATGTTTCTCAAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAA
* *
4022 CCAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCA
193 CCAAAAATGTAAAAAAATTCAAATTAAAATCA
Statistics
Matches: 1784, Mismatches: 400, Indels: 178
0.76 0.17 0.08
Matches are distributed among these distances:
329 86 0.05
330 50 0.03
331 8 0.00
332 96 0.05
333 7 0.00
334 27 0.02
339 32 0.02
340 12 0.01
341 94 0.05
342 71 0.04
343 812 0.46
344 466 0.26
345 21 0.01
346 2 0.00
ACGTcount: A:0.38, C:0.12, G:0.13, T:0.36
Consensus pattern (338 bp):
CATTCAATTATAATCTGTTTTAATAAAAAAGTAAAAAAATTAAACTTAAAATCAATTATGAGATT
ATAAAACTATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAAGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCT
TACCAATGAATGCCTTTTCTTCATGTTTCTCAAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCA
AAAATGTAAAAAAATTCAAATTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATA
AGGCTTTCGAAGGAATGAGAGACTATAAATGGACTTTTCTTCCAATAAATCTTTTTTTTACATGT
TTCCTAAACGAAG
Found at i:2390 original size:515 final size:512
Alignment explanation
Indices: 1361--4053 Score: 2128
Period size: 515 Copynumber: 5.3 Consensus size: 512
1351 NNNNNNTAAA
* * * * * *
1361 GCTTTTGAAGGAATAGGTGACTATAAATAGACCTTTCCT-GCCAATGAATGCATTTTTCTTTATG
1 GCTTTTGAAAGAAAAGGTGACTATAAATAGA-CTTTTCTACCCAATGAATGC-TTTTTCTTCACG
* * *
1425 TTTCTCAAGGTAGACATTCAATTATAATTTCTTTTAACCAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAA
64 TTTCTCAAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAA
* * * * **
1490 ATAAATTATGACATTATAAAATC-GTTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTAAAGGTATGGGTGACT
129 ATCAATTATGAGATTATAAAA-CAATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGAAATGGGTGACT
* * * * * * * *
1554 ATAAA-CAGAGTTTTCTTGCCAATGAATATCATTTTCTTCACATTTTCC-AAGGC-AGAAACTT-
193 ATAAATGA-ACTTTTCTTACTAATGAATGTCTTTTTCTTCAC-GTTTCCTAA-GCAAGACA-TTC
* * * * * * * * * *
1615 AATTATAATTTGTTCT-ATCCAAAAATGT-ACAAATATTCAA-TGTAAAATTAATTATGAGATTA
254 AATTATAGTCTATTTTAAT-CAAAAAAGTAAAAAAAAATCAACT-TAAAACTAATTATGAAATTA
* ********** ** ** *
1677 TAAAACCATTNNNNNNNNNNAATAAGATTTTTGAAGGAATGGGAAACAATAAATGGAC-TTTTCT
317 TAAAAACATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTTC-
* * * * * *
1741 TCCCAATGAATGGC-TTTTTCTAT-ACGTTTCTTGAGGCAGGCATTCAATTATAATCTGTTTTAA
381 TACCAATGAAT-GCAATTTTCT-TCATGTTTCTCGAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAA
* * * * * * * * **********
1804 CAAAAAATGTAAAATAAACTGAACTGAAAATCAATTTTGAGATAATAAAANNNNNNNNNNTGAGT
444 TAAAAAATAT-AAA-AAATTCAAATTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGT
1869 AATAAG
507 AATAAG
* * *
1875 GCTTTTGAAGGAAAAGGTGACTATAAATAGACCTTTCTACCCAATGAATGCTTTTTTCTTCACAT
1 GCTTTTGAAAGAAAAGGTGACTATAAATAGACTTTTCTACCCAATGAATGC-TTTTTCTTCACGT
********** * *
1940 TTCTNNNNNNNNNNATTCAATTATAGTCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAGAAATTCTACTTAAA
65 TTCTCAAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAA-AAATTCAACTTAAA
* ********** * * *
2005 ATCAATTATGAGATTATAAAACAATTTAAAGCGAGTAAAAANNNNNNNNNNGGAATGAGAGACTA
129 ATCAATTATGAGATTATAAAACAATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGAAATGGGTGACTA
* * * * * *
2070 TAAATGGACTTTTCTTCCAAATAAATGGT-TTTTT-TTACATGTTTCCTAAACCAAG-CATTCAA
194 TAAATGAACTTTTCTTACTAATGAAT-GTCTTTTTCTT-CACGTTTCCT-AAGCAAGACATTCAA
* * *
2132 TTATAGTCTGTTTTAATGAAAAAAGT-AAAAAAAATCAATTTAAAA-TCAATTATGAAATTATAA
256 TTATAGTCTATTTTAATCAAAAAAGTAAAAAAAAATCAACTTAAAACT-AATTATGAAATTATAA
* * * *
2195 AAATAGTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGAGTGACTGTAAATGGACTTTTTCTACC
320 AAACATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTTCTACC
* *
2260 AATGAATGCAATTTTCTTCATATTTCTCAAGGTTA-ACATTCAATTATAATCTGTTTTAACT-AA
385 AATGAATGCAATTTTCTTCATGTTTCTCGAGG-TAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAA-TAAA
* * * * *
2323 AAATGTGCAAAAAATTCAAATTAAAGTCAATTTTGATATTATAAAACCATTTAAAGTGAGCAATA
448 AAATAT--AAAAAATTCAAATTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATA
2388 AG
511 AG
* * * * ** ** * * * *
2390 GGTTTTG-AAGGAATGGATGACTATAAATGGACGATTCTTGCCAATGATTTCCTTTTCCTTCATG
1 GCTTTTGAAAGAAAAGG-TGACTATAAATAGACTTTTCTACCCAATGA-ATGCTTTTTCTTCACG
** * * * *
2454 TTTCTCTTGGTAGAAATTCAATTATAATCTGTTTTAACTAAAAATGTATAAAAAATTTAGCTTAA
64 TTTCTCAAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATGTA-AAAAAATTCAACTTAA
* * * * * *
2519 AATCAATTTTGAGATTATAAAATAATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTAAAAAAATGTGTGACT
128 AATCAATTATGAGATTATAAAACAATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGAAATGGGTGACT
* * * * *
2584 ATAAATGAACTTTTCGTACTAATGAATGCCTTTTCCTTCACGTTTCTTAAGCTAGACATTCAATT
193 ATAAATGAACTTTTCTTACTAATGAATGTCTTTTTCTTCACGTTTCCTAAGCAAGACATTCAATT
* * * * * * *
2649 ATAGTCTATTTT-ATCCAAAAATGTACAAAGAATTCAAATTAAAACTAATTTTGATATTATAAAA
258 ATAGTCTATTTTAAT-CAAAAAAGTAAAAAAAAATCAACTTAAAACTAATTATGAAATTATAAAA
* * * * *
2713 CCATTTAAAGTGAGTAACAAGG-TTTTCAAAGGAATGGGTGACTATAAATAGAC-TTTTCTAACC
322 ACATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTT-GAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTTCT-ACC
* * * *
2776 ----AAT-CAA--TAC--C-TGTTTCTTGAGGTAGACACTCAATTATAATCTGTTTTAATCAAAA
385 AATGAATGCAATTTTCTTCATGTTTCTCGAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAATAAAAA
* * **
2831 ATATAAAAAATTCAATTTAAAATCATTTATGAGATTATAAAACTTTTTAAAGTGAGTAATAAG
450 ATATAAAAAATTCAAATTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAG
* ** * * *
2894 TCTTTTGAAAGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTA-CCAATAAATACTTTTT-TTCACGT
1 GCTTTTGAAAGAAAAGGTGACTATAAATAGACTTTTC-TACCCAATGAATGCTTTTTCTTCACGT
* * * * * *
2957 TTCTCAAGGTAGACTTTCAATAATAATCTATTTTAACCAAACATGTAAAAAACTTCAATTTAAAA
65 TTCTCAAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAA
** * *
3022 TCAATTATGAGATTATAAAACCTTTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGAATGGGTGACTAT
130 TCAATTATGAGATTATAAAACAATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGAAATGGGTGACTAT
* * * ** *
3087 AAATGGACTTTTCTTATTGATGAATGTCTTTTTCTTCACGTTTCCTAAGGTAGACATTCAAGTAT
195 AAATGAACTTTTCTTACTAATGAATGTCTTTTTCTTCACGTTTCCTAAGCAAGACATTCAATTAT
* * * *** *
3152 AGTCTATTTTAATCAAAAATA-TAAAAAAAAATAAACGTAAAA-TCAATTAAGGCCTTATAAAAC
260 AGTCTATTTTAATCAAAAA-AGTAAAAAAAAATCAACTTAAAACT-AATTATGAAATTATAAAAA
* * * * * * * *
3215 CATTTATAGCGAGTAATAAGGCTTTTG-ATGATATGGTTGGCTATAAATGGGCTTTTTTTGCTAA
323 CATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGA-ATGGGTGACTATAAATGGACTTTTTCTACCAA
** *
3279 TGAATGCTTTTTTCTTCATGTTTCTCGAGGTAGACATTCATTTATAATCTGTTTTAATAAAAAAT
387 TGAATGCAATTTTCTTCATGTTTCTCGAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAATAAAAAAT
* * ** * *
3344 ATAAGAGAATTC-AATCTAAAATCAATTATGTGATTATAAAACTTTTTAAAGCGGGTAATAAG
452 ATAA-AAAATTCAAAT-TAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAG
*** * * * *
3406 GCTTTTG-AAGAAATAAAAGACTATAAAT-GAACTTTTTTTTCCAAATGAATGACTTTTTCTTTA
1 GCTTTTGAAAGAAA-AGGTGACTATAAATAG-AC-TTTTCTACCCAATGAATG-CTTTTTCTTCA
** * ** ** *
3469 CGTTTCTCAAGCCA-ACCATTTAATTATTTTCTGTTTTAATGAAAAATGTAAAAAAATTAAACTT
62 CGTTTCTCAAGGTAGA-CATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTT
* * *
3533 AAAATCAATTATGAGTTTATAAAACCATTTAAAGAGAGTAATAAGGCTTTTGAAGAAATGGGTGA
126 AAAATCAATTATGAGATTATAAAACAATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGAAATGGGTGA
* * *
3598 CTATAAATGAACTTTTCTTA-TCAATGAATGTCTTTTTCTTCATGTTTCTCTAGGTAA-ACATTC
191 CTATAAATGAACTTTTCTTACT-AATGAATGTCTTTTTCTTCACGTTTC-CTAAGCAAGACATTC
* * * * * ** * * * *
3661 AATTATAATTTGTTTTAACCAAAAACGTGCAAAAAATTTAACTTAAAACTAATTTTGAGATTATA
254 AATTATAGTCTATTTTAATCAAAAAAGTAAAAAAAAATCAACTTAAAACTAATTATGAAATTATA
* * * *
3726 AAACCATATAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTGCTGC
319 AAAACATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTTCTAC
** * * * ***
3791 CAATGAATGCTTTTTTCTTCATGTTTCTTGAGGTGGACATTCAATTATATTCTGTTTTAGCCAAA
384 CAATGAATGCAATTTTCTTCATGTTTCTCGAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAATAAAA
* * * * *
3856 AATGTAAAAGAATT-AAGCTTAAAATCAACTATGAGATTATAAAACCATTGAAATTGAGTAATAA
449 AATATAAAA-AATTCAA-ATTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAA
3920 G
512 G
** * * ** * * * *
3921 GCTTTTGAAAGAATGGGTGGCTATAAATAGATTTTTCTTGCCAATTAATACCTTTTTCTTTAGGT
1 GCTTTTGAAAGAAAAGGTGACTATAAATAGACTTTTCTACCCAATGAAT-GCTTTTTCTTCACGT
* * * * *
3986 TTCTTAAGGTAGATATTTAATTATAATCTGTTTTCACCAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAA
65 TTCTCAAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAA
4051 TCA
130 TCA
Statistics
Matches: 1724, Mismatches: 384, Indels: 142
0.77 0.17 0.06
Matches are distributed among these distances:
500 4 0.00
501 205 0.12
502 56 0.03
503 6 0.00
504 80 0.05
505 13 0.01
506 40 0.02
507 1 0.00
508 2 0.00
509 2 0.00
510 1 0.00
511 58 0.03
512 70 0.04
513 16 0.01
514 205 0.12
515 851 0.49
516 113 0.07
517 1 0.00
ACGTcount: A:0.38, C:0.12, G:0.13, T:0.36
Consensus pattern (512 bp):
GCTTTTGAAAGAAAAGGTGACTATAAATAGACTTTTCTACCCAATGAATGCTTTTTCTTCACGTT
TCTCAAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAAT
CAATTATGAGATTATAAAACAATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGAAATGGGTGACTATA
AATGAACTTTTCTTACTAATGAATGTCTTTTTCTTCACGTTTCCTAAGCAAGACATTCAATTATA
GTCTATTTTAATCAAAAAAGTAAAAAAAAATCAACTTAAAACTAATTATGAAATTATAAAAACAT
TTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTTCTACCAATGAA
TGCAATTTTCTTCATGTTTCTCGAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAATAAAAAATATAA
AAAATTCAAATTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAG
Found at i:2436 original size:172 final size:169
Alignment explanation
Indices: 1036--4053 Score: 2091
Period size: 172 Copynumber: 17.7 Consensus size: 169
1026 NNNNNNNNNN
* * * **
1036 GACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATATCTTTTTCTTCACGTTTCT-AGAACTAGACATT
1 GACTATAAATGGACTTTTCTTACCAATGAAT-GCTTTTTCTTCATGTTTCTCA-AGGTAGACATT
* * * ** *
1100 CAATTATAATTTGTTTTAAAC-AAAATTGTAAAAATATTTGAACCTAAAATCAATTTTGAGATTA
64 CAATTATAATCTGTTTT-AACTAAAAATGTAAAAA-A-TTCAAATTAAAATCAATTATGAGATTA
* ********** * * *
1164 TAAAATCATTTNNNNNNNNNNATAAGGCTTTTAAAGCAATAGGT
126 TAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGT
* * * * ** ****
1208 GACTATAAATAGACTTTTCTTCCCGATGAATGCCTTCTTCTTCATGTTTCTTGAGGTAGACNNNN
1 GACTATAAATGGACTTTTCTTACCAATGAATG-CTTTTTCTTCATGTTTCTCAAGGTAGACATTC
****** * ** * * * * *
1273 NNNNNNAATCTGTTTTAACTAAAAAAGTAGAAAAATAGAACTAAAAATTAATTTTGAGATAATAA
65 AATTATAATCTGTTTTAACTAAAAATGTA-AAAAATTCAAATTAAAATCAATTATGAGATTATAA
********** * *
1338 AACCATTTANNNNNNNNNNTAAAGCTTTTGAAGGAATAGGT
129 AACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGT
* * * * *
1379 GACTATAAATAGACCTTTCCTGCCAATGAATGCATTTTTCTTTATGTTTCTCAAGGTAGACATTC
1 GACTATAAATGGACTTTTCTTACCAATGAATGC-TTTTTCTTCATGTTTCTCAAGGTAGACATTC
* * * * * * *
1444 AATTATAATTTCTTTTAACCAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATAAATTATGACATTATAA
65 AATTATAATCTGTTTTAACTAAAAATGT-AAAAAATTCAAATTAAAATCAATTATGAGATTATAA
* * * *
1509 AATCGTTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTAAAGGTATGGGT
129 AACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGT
** * * * * * *
1550 GACTATAAACAGAGTTTTCTTGCCAATGAATATCATTTTCTTCACAT-TTTC-CAAGGCAGAAAC
1 GACTATAAATGGACTTTTCTTACCAATGAAT-GCTTTTTCTT--CATGTTTCTCAAGGTAGACA-
* * * * * *
1613 TT-AATTATAATTTGTTCTATCCAAAAATGTACAAATATTC-AATGTAAAATTAATTATGAGATT
62 TTCAATTATAATCTGTTTTAACTAAAAATGTA-AAAAATTCAAAT-TAAAATCAATTATGAGATT
********** ** *
1676 ATAAAACCATTNNNNNNNNNNAATAAGATTTTTGAAGGAATGGGA
125 ATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGT
* * * * ** * *
1721 AACAATAAATGGACTTTTCTTCCCAATGAATGGCTTTTTCTAT-ACGTTTCTTGAGGCAGGCATT
1 GACTATAAATGGACTTTTCTTACCAATGAAT-GCTTTTTCT-TCATGTTTCTCAAGGTAGACATT
* * * * * * *
1785 CAATTATAATCTGTTTTAACAAAAAATGTAAAATAAACTGAACTGAAAATCAATTTTGAGATAAT
64 CAATTATAATCTGTTTTAACTAAAAATGT-AAA-AAATTCAAATTAAAATCAATTATGAGATTAT
*********** **
1850 AAAANNNNNNNNNNTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAAAAGGT
127 AAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGT
* * ** **********
1893 GACTATAAATAGACCTTTC-TACCCAATGAATGCTTTTTTCTTCACATTTCTNNNNNNNNNNATT
1 GACTATAAATGGACTTTTCTTA-CCAATGAATGC-TTTTTCTTCATGTTTCTCAAGGTAGACATT
* * * *
1957 CAATTATAGTCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAGAAATTCTACTTAAAATCAATTATGAGATTAT
64 CAATTATAATCTGTTTTAACTAAAAATGT-AAA-AAATTCAAATTAAAATCAATTATGAGATTAT
* * ********** * *
2022 AAAACAATTTAAAGCGAGTAAAAANNNNNNNNNNGGAATGAGA
127 AAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGT
* * * * ***
2065 GACTATAAATGGACTTTTCTT-CCAAATAAATGGTTTTTTTTACATGTTTCCTAAACCAAG-CAT
1 GACTATAAATGGACTTTTCTTACC-AATGAATGCTTTTTCTT-CATGTTT-CTCAAGGTAGACAT
* * * * *
2128 TCAATTATAGTCTGTTTTAA-TGAAAAAAGTAAAAAAAATCAATTTAAAATCAATTATGAAATTA
63 TCAATTATAATCTGTTTTAACT-AAAAATGT-AAAAAATTCAAATTAAAATCAATTATGAGATTA
** * *
2192 TAAAAATAGTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGAGT
126 TAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGT
* * *
2236 GACTGTAAATGGACTTTT-TCTACCAATGAATGCAATTTTCTTCATATTTCTCAAGGTTA-ACAT
1 GACTATAAATGGACTTTTCT-TACCAATGAATGC-TTTTTCTTCATGTTTCTCAAGG-TAGACAT
* * *
2299 TCAATTATAATCTGTTTTAACTAAAAATGTGCAAAAAATTCAAATTAAAGTCAATTTTGATATTA
63 TCAATTATAATCTGTTTTAACTAAAAATGT--AAAAAATTCAAATTAAAATCAATTATGAGATTA
* * * *
2364 TAAAACCATTTAAAGTGAGCAATAAGGGTTTTGAAGGAATGGAT
126 TAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGT
** * * * * ** *
2408 GACTATAAATGGACGATTCTTGCCAATGATTTCCTTTTCCTTCATGTTTCTCTTGGTAGAAATTC
1 GACTATAAATGGACTTTTCTTACCAATGA-ATGCTTTTTCTTCATGTTTCTCAAGGTAGACATTC
* ** *
2473 AATTATAATCTGTTTTAACTAAAAATGTATAAAAAATTTAGCTTAAAATCAATTTTGAGATTATA
65 AATTATAATCTGTTTTAACTAAAAATG--TAAAAAATTCAAATTAAAATCAATTATGAGATTATA
** * * ** *
2538 AAATAATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTAAAAAAATGTGT
128 AAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGT
* * * * * * *
2580 GACTATAAATGAACTTTTCGTACTAATGAATGCCTTTTCCTTCACGTTTCTTAAGCTAGACATTC
1 GACTATAAATGGACTTTTCTTACCAATGAATG-CTTTTTCTTCATGTTTCTCAAGGTAGACATTC
* * * * * *
2645 AATTATAGTCTATTTTATCCAAAAATGTACAAAGAATTCAAATTAAAA-CTAATTTTGATATTAT
65 AATTATAATCTGTTTTAACTAAAAATGTA-AAA-AATTCAAATTAAAATC-AATTATGAGATTAT
* * *
2709 AAAACCATTTAAAGTGAGTAACAAGG-TTTTCAAAGGAATGGGT
127 AAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTT-GAAGGAATGGGT
* * * * ** *
2752 GACTATAAATAGACTTTTCTAACCAATCAA------TAC--C-TGTTTCTTGAGGTAGACACTCA
1 GACTATAAATGGACTTTTCTTACCAATGAATGCTTTTTCTTCATGTTTCTCAAGGTAGACATTCA
* * *
2808 ATTATAATCTGTTTTAA-TCAAAAATATAAAAAATTCAATTTAAAATCATTTATGAGATTATAAA
66 ATTATAATCTGTTTTAACT-AAAAATGTAAAAAATTCAAATTAAAATCAATTATGAGATTATAAA
** * * *
2872 ACTTTTTAAAGTGAGTAATAAGTCTTTTGAAAGAATGGGT
130 ACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGT
* * * *
2912 GACTATAAATGGACTTTTCTTACCAATAAATACTTTTT-TTCACGTTTCTCAAGGTAGACTTTCA
1 GACTATAAATGGACTTTTCTTACCAATGAATGCTTTTTCTTCATGTTTCTCAAGGTAGACATTCA
* * * * *
2976 ATAATAATCTATTTTAACCAAACATGTAAAAAACTTCAATTTAAAATCAATTATGAGATTATAAA
66 ATTATAATCTGTTTTAACTAAAAATGTAAAAAA-TTCAAATTAAAATCAATTATGAGATTATAAA
* *
3041 ACCTTTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGAATGGGT
130 ACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGT
*** *
3081 GACTATAAATGGACTTTTCTTATTGATGAATGTCTTTTTCTTCACGTTTC-CTAAGGTAGACATT
1 GACTATAAATGGACTTTTCTTACCAATGAATG-CTTTTTCTTCATGTTTCTC-AAGGTAGACATT
* * * * * * * *
3145 CAAGTATAGTCTATTTTAA-TCAAAAATATAAAAAAAAAT-AAACGTAAAATCAATTAAG-GCCT
64 CAATTATAATCTGTTTTAACT-AAAAATGT--AAAAAATTCAAA-TTAAAATCAATTATGAG-AT
* * *
3207 TATAAAACCATTTATAGCGAGTAATAAGGCTTTTG-ATGATATGGTT
124 TATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGA-ATGGGT
* * * * * *
3253 GGCTATAAATGGGCTTTTTTTGCTAATGAATGCTTTTTTCTTCATGTTTCTCGAGGTAGACATTC
1 GACTATAAATGGACTTTTCTTACCAATGAATGC-TTTTTCTTCATGTTTCTCAAGGTAGACATTC
* * * *
3318 ATTTATAATCTGTTTTAA-TAAAAAATATAAGAGAATTC-AATCTAAAATCAATTATGTGATTAT
65 AATTATAATCTGTTTTAACT-AAAAATGTAA-AAAATTCAAAT-TAAAATCAATTATGAGATTAT
** * * ****
3381 AAAACTTTTTAAAGCGGGTAATAAGGCTTTTGAAGAAATAAAA
127 AAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGT
* * * * * **
3424 GACTATAAATGAACTTTTTTTTCCAAATGAATGACTTTTTCTTTACGTTTCTCAAGCCA-ACCAT
1 GACTATAAATGGACTTTTCTTACC-AATGAATG-CTTTTTCTTCATGTTTCTCAAGGTAGA-CAT
* ** *
3488 TTAATTATTTTCTGTTTTAA-TGAAAAATGTAAAAAAATT-AAACTTAAAATCAATTATGAGTTT
63 TCAATTATAATCTGTTTTAACT-AAAAATGT-AAAAAATTCAAA-TTAAAATCAATTATGAGATT
* *
3551 ATAAAACCATTTAAAGAGAGTAATAAGGCTTTTGAAGAAATGGGT
125 ATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGT
* * * *
3596 GACTATAAATGAACTTTTCTTATCAATGAATGTCTTTTTCTTCATGTTTCTCTAGGTAAACATTC
1 GACTATAAATGGACTTTTCTTACCAATGAATG-CTTTTTCTTCATGTTTCTCAAGGTAGACATTC
* * * * * *
3661 AATTATAATTTGTTTTAACCAAAAACGTGCAAAAAATTTAACTTAAAA-CTAATTTTGAGATTAT
65 AATTATAATCTGTTTTAACTAAAAA--TGTAAAAAATTCAAATTAAAATC-AATTATGAGATTAT
*
3725 AAAACCATATAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGT
127 AAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGT
* ** *
3768 GACTATAAATGGACTTTTGC-TGCCAATGAATGCTTTTTTCTTCATGTTTCTTGAGGTGGACATT
1 GACTATAAATGGACTTTT-CTTACCAATGAATGC-TTTTTCTTCATGTTTCTCAAGGTAGACATT
* * * * *
3832 CAATTATATTCTGTTTTAGCCAAAAATGTAAAAGAATT-AAGCTTAAAATCAACTATGAGATTAT
64 CAATTATAATCTGTTTTAACTAAAAATGTAAAA-AATTCAA-ATTAAAATCAATTATGAGATTAT
* ** *
3896 AAAACCATTGAAATTGAGTAATAAGGCTTTTGAAAGAATGGGT
127 AAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGT
* * * * * * * * * * *
3939 GGCTATAAATAGATTTTTCTTGCCAATTAATACCTTTTTCTTTAGGTTTCTTAAGGTAGATATTT
1 GACTATAAATGGACTTTTCTTACCAATGAAT-GCTTTTTCTTCATGTTTCTCAAGGTAGACATTC
* * * *
4004 AATTATAATCTGTTTTCACCAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCA
65 AATTATAATCTGTTTTAACTAAAAATGT-AAAAAATTCAAATTAAAATCA
Statistics
Matches: 2252, Mismatches: 499, Indels: 191
0.77 0.17 0.06
Matches are distributed among these distances:
160 83 0.04
161 8 0.00
162 40 0.02
163 1 0.00
165 2 0.00
166 1 0.00
167 1 0.00
168 44 0.02
169 93 0.04
170 35 0.02
171 834 0.37
172 1079 0.48
173 30 0.01
174 1 0.00
ACGTcount: A:0.38, C:0.12, G:0.13, T:0.35
Consensus pattern (169 bp):
GACTATAAATGGACTTTTCTTACCAATGAATGCTTTTTCTTCATGTTTCTCAAGGTAGACATTCA
ATTATAATCTGTTTTAACTAAAAATGTAAAAAATTCAAATTAAAATCAATTATGAGATTATAAAA
CCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGT
Done.