Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: NW_018397334.1 Herrania umbratica cultivar Fairchild unplaced genomic scaffold, ASM216827v2 scaffold_1028.0, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000
Length: 51104
ACGTcount: A:0.34, C:0.12, G:0.13, T:0.31
Warning! 4873 characters in sequence are not A, C, G, or T
Found at i:295 original size:171 final size:170
Alignment explanation
Indices: 1--2929 Score: 2427
Period size: 171 Copynumber: 17.1 Consensus size: 170
** * * * *
1 AAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCAT-TTTAAATAGTTTTATAATCTCATAACTGGTTTTGAGTT
1 AAGCCTTTGAAAGCCTTATTACTC-TCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTT
* * *
65 G-AATTTTTTTACATTTTTTGTTAAAACAGATTATATTTGACTAT-TTTA-CTTGAGAAACGTGG
65 GAAATTTTTTTAC--TTTTTGTTAAAACAGATTATATTTGA--ATGTCTACCTTAAGAAACGTGA
* * *
127 AGCAAAAGCCACCCATTAGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTC
126 AGCAAAAGCCATCCATTGGTAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTC
* ** * *
172 AAGACTCCGAAAGCCTTATTACTCTCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATTATTCATTTTAAGTTG
1 AAGCCTTTGAAAGCCTTATTACTCTCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTG
* * *
237 AAATGTTTTGTACTTTTTGTT-AAACTAGATTATATTTGAATATCTATCTTAAGAAACGTGAAGC
66 AAAT-TTTTTTACTTTTTGTTAAAAC-AGATTATATTTGAATGTCTACCTTAAGAAACGTGAAGC
* * *
301 AAAAACTATCCATTGGTAAGAAAAGTCCATTTATAGTCATTC
129 AAAAGCCATCCATTGGTAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTC
* * ** * *
343 AAGCCATTAAAAGCCTTATTACTCAATTTAAATGGTTTCATAATCTCCTAATTGATTTTAAGTT-
1 AAGCCTTTGAAAGCCTTATTACTCTCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTG
* * * * * * ** * ** * *
407 TAATTTTTGTACATTTTTATTAAAATATATTATAATTGAAACTCTGCCTTGGGAAACATTAATG-
66 AAATTTTTTTAC-TTTTTGTTAAAACAGATTATATTTGAATGTCTACCTTAAGAAACGTGAA-GC
* * *
471 AAAAGCCATCCATTGGTAAGAAAAGTCTATTTATGGTCGCTC
129 AAAAGCCATCCATTGGTAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTC
* * * * * * *
513 AAGACTTAGAAAGCCTTATTACTCT-TATTAAATGCTTTCATAATCTCATAATTAATTGTAAGCT
1 AAGCCTTTGAAAGCCTTATTACTCTCT-TTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTT
* * * *
577 G-AATTTTTTTACATTGTTGGTTAAAACAGATTTTATTTGAATGTTTACCTTAGGAAACGTGAAG
65 GAAATTTTTTTAC-TT-TTTGTTAAAACAGATTATATTTGAATGTCTACCTTAAGAAACGTGAAG
* * * * *
641 TAAAAGTCATCCACTGGTAAGAAAAGTCCATTTATAATCACTT
128 CAAAAGCCATCCATTGGTAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTC
** * * * *
684 AAGCCTTCAAAAGCCTTATTGCTCCCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATCGATTTTGAGTT-
1 AAGCCTTTGAAAGCCTTATTACTCTCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTG
* * * ** *
748 AAATTTTTTTACATTTTTAGTTAAAACAGATTATATTTGACTGTTTGA-CATGGGAAACGTGAAT
66 AAATTTTTTTAC-TTTTT-GTTAAAACAGATTATATTTGAATGTCT-ACCTTAAGAAACGTGAAG
* ** * * * *
812 CAAATGTGATTCATTAGCAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACTC
128 CAAAAGCCATCCATTGGTAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTC
* * * * *
855 AAGACATTAAAAGCATTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTG
1 AAGCCTTTGAAAGCCTTATTACTCTCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTG
* * * * * *
920 -AATTGTTTTATTTTTTGGTTAAAACAGATTATATTTGAATGTTTACCTTGAGATACGTGTAGCA
66 AAATTTTTTTACTTTTT-GTTAAAACAGATTATATTTGAATGTCTACCTTAAGAAACGTGAAGCA
* * * * *
984 AAAACTATCCATTGGTAAGAAAAATCTATTTATAGTCACTA
130 AAAGCCATCCATTGGTAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTC
* * * ** *
1025 AAACCTTTGAATGCCTTATTATTGGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTTAGTTG
1 AAGCCTTTGAAAGCCTTATTACTCTCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTG
* * * * * * ** * * * * *
1090 AATTTTTTTATATTTTTTGATTGAAATAAAATATAACTAAATGTTTACGTT-GGAAAATGTGAAG
66 AAATTTTTT-TACTTTTTG-TTAAAACAGATTATATTTGAATGTCTACCTTAAG-AAACGTGAAG
* *
1154 CAAAAGACATCCA-TGTGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTC
128 CAAAAGCCATCCATTG-GTAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTC
* * * * * * * * *
1197 AAGCCTTCGATAGCCTTATTACTCGCTTTAAACGATTTTATAATCTCGTTATTAATTTTACGTT-
1 AAGCCTTTGAAAGCCTTATTACTCTCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTG
* * * * * *
1261 AAATTCTTTTACTTTTTTGGTTAAAACAGATTATATTTAAATGTCTGCCTCAAGAAACATGGAGC
66 AAATTTTTTTAC-TTTTT-GTTAAAACAGATTATATTTGAATGTCTACCTTAAGAAACGTGAAGC
*
1326 AAAA-CCTATCCATTGGTAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCC
129 AAAAGCC-ATCCATTGGTAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTC
* * **
1368 AAG-CTGTTAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTTGTAATTGATTTTAAGTT
1 AAGCCT-TTGAAAGCCTTATTACTCTCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTT
* * * * *
1432 G-AATTGCTTTATA-TTTTTAGTAAAAACAGATTATATTTGAATGTCTATCTTGAGAAATGTGAA
65 GAAATT--TTTTTACTTTTT-GTTAAAACAGATTATATTTGAATGTCTACCTTAAGAAACGTGAA
* * * * ** **
1495 GCGAAAGCCCA-CTATTGGCAAGAAAAATTTATGCATAGTCACTC
127 GCAAAAG-CCATCCATTGGTAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTC
* * ** * *
1539 AAGCCTTTGAAAGACTTATTGC-CTCCTTTAAATAATTTTCTAATCTCATGATTGATTTTAAGTT
1 AAGCCTTTGAAAGCCTTATTACTCT-CTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTT
* * ** * * * **
1603 G-AATTTTTTTATTTTTTTTGTTAAAACATATTATAACTGATTGTATGCCTCGAGAAACGTGAAG
65 GAAATTTTTTTA--CTTTTTGTTAAAACAGATTATATTTGAATGTCTACCTTAAGAAACGTGAAG
* * * *
1667 CAAATGCCATCCATTGATAAGAGAAGTCCGTTTATAGTCACTC
128 CAAAAGCCATCCATTGGTAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTC
* * ** * * * ***
1710 AAACCTTCGAAAATCTTATTACTCACTTTAAATTGTTTTATAATCTTATTGCTGATTTTAAG-TG
1 AAGCCTTTGAAAGCCTTATTACTCTCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTG
* * * * * * * * * *
1774 GAATGTTTTTACCTTTATGGTTGAAACAGATTATATTTAAATGTCTGCATTAGGAAACGTGGAGT
66 AAATTTTTTTA-CTTT-TTGTTAAAACAGATTATATTTGAATGTCTACCTTAAGAAACGTGAAGC
* * * *
1839 AAAAGCCATCCATTGATAAGAAAAGTCTATTTATACTCACTT
129 AAAAGCCATCCATTGGTAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTC
* *
1881 AAGCCTTTGAAAGCCTTATTACTCCCTTTAAATGGTTTCATAATCTCATAATT-AGTTTTAAGTT
1 AAGCCTTTGAAAGCCTTATTACTCTCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGA-TTTTAAGTT
* * * * *
1945 -AAATTTTTTTACATTTTTGATTAAAATATATTATAATTGAATGTCTA-CTCAAGAAACGTAAAG
65 GAAATTTTTTTAC-TTTTTG-TTAAAACAGATTATATTTGAATGTCTACCTTAAGAAACGTGAAG
* * * * *
2008 CAAAAGCTC-TCTATTAGCAAGAAAATTCCATTTATTGTCACTC
128 CAAAAGC-CATCCATTGGTAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTC
* * * *
2051 AAGCCTTCGAAAGCCTTAATACTCGCTTTAAATGGTTTTATAGTCTCATAATTGATTTTAAG-TG
1 AAGCCTTTGAAAGCCTTATTACTCTCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTG
* * * ** * **
2115 --TTTTTTTTACATTTATGGCTAAAACAGATTATATTTGGCTGTTTACCTCGAGAAACGTGAAGT
66 AAATTTTTTTAC-TTT-TTGTTAAAACAGATTATATTTGAATGTCTACCTTAAGAAACGTGAAG-
* * * * * * *
2178 AAAAAACTATTCATTGGCAAGAAAAGTCTATATATAGTCACTC
128 CAAAAGCCATCCATTGGTAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTC
** * * **
2221 ATTCCTTTGAAAGCCTTATTACTCTCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTAATTTTAAG-AC
1 AAGCCTTTGAAAGCCTTATTACTCTCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTG
* * * * * * *** *
2285 AATTTTTTTTATATTTTTTGTTAAAACAGATTATATTTGAATCTATGCCTCAAGAAAAAAGAAGT
66 AA-ATTTTTT-TACTTTTTGTTAAAACAGATTATATTTGAATGTCTACCTTAAGAAACGTGAAGC
* * * *
2350 AACA-CTCATCCATTGATAAGAAACA-TCCATTTATAGTCAATT
129 AAAAGC-CATCCATTGGTAAGAAA-AGTCCATTTATAGTCACTC
* *
2392 AAG-CTGTTGAAAGCCTTATTACT-TGCTTTAAATGCTTTTATAATCTCATAACTGATTTTAAGT
1 AAGCCT-TTGAAAGCCTTATTACTCT-CTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGT
* * ** * * * * * *
2455 TG-GATTGTTTTATATTTTTTACTAAAACAAATTATATTTGACTATCTGCCTCAAGAAACATGAA
64 TGAAATT-TTTT-TACTTTTTGTTAAAACAGATTATATTTGAATGTCTACCTTAAGAAACGTGAA
* ** *
2519 CCAAAAGCCATCCATTGACAAGAAAAGTTCATTTATAGTCACTC
127 GCAAAAGCCATCCATTGGTAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTC
* * * * * *
2563 AAG-CTTTCGATAGGCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATTATCTCATTATTGATTTTAAGTT
1 AAGCCTTT-GAAAGCCTTATTACTCTCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTT
* * * ** * *
2627 GAATTTTTTTTGCATTTTTAGTTAAAATAGATTATATTTGAATGT-TTGCTTAGGAAACATGAAG
65 GAAATTTTTTTAC-TTTTT-GTTAAAACAGATTATATTTGAATGTCTACCTTAAGAAACGTGAAG
* * *
2691 CAAAAACCATACAATGGTAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTC
128 CAAAAGCCATCCATTGGTAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTC
* * * * *
2734 AAGCCATTGAAAGCTTTATTATTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATCGATTTTAAGTT-
1 AAGCCTTTGAAAGCCTTATTACTCTCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTG
* * * *
2798 TAATGTTTTTCATA-TTTTTGATTAAAACAGATTATATTT-AACTG-CTTACCTCAAGCAACATG
66 AAAT-TTTTT--TACTTTTTG-TTAAAACAGATTATATTTGAA-TGTC-TACCTTAAGAAACGTG
* *
2860 ATA-CAAAAGCTATCCTTTGGTAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTC
125 A-AGCAAAAGCCATCCATTGGTAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTC
*
2906 AAGCCATT-ACAAGCCTTATTACTC
1 AAGCCTTTGA-AAGCCTTATTACTC
2930 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 2206, Mismatches: 470, Indels: 163
0.78 0.17 0.06
Matches are distributed among these distances:
168 33 0.01
169 34 0.02
170 495 0.22
171 1344 0.61
172 273 0.12
173 25 0.01
174 2 0.00
ACGTcount: A:0.34, C:0.14, G:0.13, T:0.39
Consensus pattern (170 bp):
AAGCCTTTGAAAGCCTTATTACTCTCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTG
AAATTTTTTTACTTTTTGTTAAAACAGATTATATTTGAATGTCTACCTTAAGAAACGTGAAGCAA
AAGCCATCCATTGGTAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTC
Found at i:1380 original size:513 final size:510
Alignment explanation
Indices: 10--2929 Score: 2676
Period size: 513 Copynumber: 5.7 Consensus size: 510
1 AAGCCTTCA
* * *
10 AAAGCCTTATTACT-CATTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAACTGGTTTTGAGTTGAATTTTTT
1 AAAGCCTTATTACTGC--TTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTT
* *
74 TACATTTTTTGTTAAAACAGATTATATTTGACTAT-TTTACTT-GAGAAACGTGGAGCAAAAGCC
64 TACATTTTTTGTTAAAACAGATTATATTTGA--ATGTTTACTTGGAGAAACGTGAAGCAAAAGAC
* * * *
137 ACCCATTAGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGACTCCGAAAGCCTTATTACTCTCTTTA
127 ATCCATT-GCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCACTTTA
* *
202 AATGGTTTTATAATCTCATTATTCATTTTAAGTTGAAATGTTTTGTAC-TTTTT-GTT-AAACTA
191 AATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTT-AAATGTTTT-TACTTTTTTGGTTAAAAC-A
* * ** * * *
264 GATTATATTTGAATATCTATCTTAAGAAACGTGAAGCAAAAACTATCCATTGGTAAGAAAAGTCC
253 GATTATATTTAAATGTCTGCCTCAAGAAACATGAAGCAAAACCTATCCATTGGTAAGAAAAGTCC
* * * * *
329 ATTTATAGTCATTCAAGCCATTAAAAGCCTTATTACTCAATTTAAATGGTTTCATAATCTCCTAA
318 ATTTATAGTCACTCAAGCTATTAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAA
* * * * * ** *
394 TTGATTTTAAGTTTAATT-TTTGTACATTTTT-ATTAAAATATATTATAATTGAAACTCTGCCTT
383 TTGATTTTAAGTTGAATTGTTT-TA-TTTTTTGATTAAAACAGATTATATTTGAATGTCTACCTT
* * * * * * * *
457 GGGAAACATTAATG-AAAAGCCATCCATTGGTAAGAAAAGTCTATTTATGGTCGCTCAAGA-CTT
446 GAGAAACGTGAA-GCAAAAGCCATCCATTGGCAAGAAAAATCTATTTATAGTCACT-AAAACCTT
*
520 AG
509 TG
* * * *
522 AAAGCCTTATTACT-CTTATTAAAT-GCTTTCATAATCTCATAATTAATTGTAAGCTGAATTTTT
1 AAAGCCTTATTACTGC-T-TTAAATAG-TTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTT
* * * * * *
585 TTACATTGTTGGTTAAAACAGATTTTATTTGAATGTTTACCTTAG-GAAACGTGAAGTAAAAGTC
63 TTACATTTTTTGTTAAAACAGATTATATTTGAATGTTTA-CTTGGAGAAACGTGAAGCAAAAGAC
* * * * * * *
649 ATCCACTGGTAAGAAAAGTCCATTTATAATCACTTAAGCCTTCAAAAGCCTTATTGCTCCCTTTA
127 ATCCA-TTGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCACTTTA
* * * * *
714 AATGGTTTTATAATCTCATAATCGATTTTGAGTTAAATTTTTTTACATTTTTAGTTAAAACAGAT
191 AATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATGTTTTTACTTTTTTGGTTAAAACAGAT
* * * * ** * * ** * * * *
779 TATATTTGACTGTTTGACAT-GGGAAACGTGAATC-AAATGTGATTCATTAGCAAGAAAAGTCTA
256 TATATTTAAATGTCTG-CCTCAAGAAACATGAAGCAAAACCT-ATCCATTGGTAAGAAAAGTCCA
*
842 TTTATAGTCACTCAAGAC-ATTAAAAGCATTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAA
319 TTTATAGTCACTCAAG-CTATTAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAA
* *
906 TTGATTTTAAGTTGAATTGTTTTATTTTTTGGTTAAAACAGATTATATTTGAATGTTTACCTTGA
383 TTGATTTTAAGTTGAATTGTTTTATTTTTTGATTAAAACAGATTATATTTGAATGTCTACCTTGA
* * * * *
971 GATACGTGTAGCAAAAACTATCCATTGGTAAGAAAAATCTATTTATAGTCACTAAAACCTTTG
448 GAAACGTGAAGCAAAAGCCATCCATTGGCAAGAAAAATCTATTTATAGTCACTAAAACCTTTG
* * * *
1034 AATGCCTTATTATTGGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTTAGTTGAATTTTTTT
1 AAAGCCTTATTACT-GCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTT
* * * * * ** * *
1099 ATATTTTTTGATTGAAATAAAATATAACTAAATGTTTACGTTGGA-AAATGTGAAGCAAAAGACA
65 ACATTTTTTG-TTAAAACAGATTATATTTGAATGTTTAC-TTGGAGAAACGTGAAGCAAAAGACA
* *
1163 TCCATGTGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGCCTTCGATAGCCTTATTACTCGCTTTAA
128 TCCAT-TGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCACTTTAA
* * * * * *
1228 ACGATTTTATAATCTCGTTATTAATTTTACGTTAAAT-TCTTTTACTTTTTTGGTTAAAACAGAT
192 ATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATGT-TTTTACTTTTTTGGTTAAAACAGAT
*
1292 TATATTTAAATGTCTGCCTCAAGAAACATGGAGCAAAACCTATCCATTGGTAAGAAAAGTCCATT
256 TATATTTAAATGTCTGCCTCAAGAAACATGAAGCAAAACCTATCCATTGGTAAGAAAAGTCCATT
* * * **
1357 TATAGTCACCCAAGCTGTTAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTTGTAATTG
321 TATAGTCACTCAAGCTATTAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTG
* * *
1422 ATTTTAAGTTGAATTGCTTTATATTTTT-AGTAAAAACAGATTATATTTGAATGTCTATCTTGAG
386 ATTTTAAGTTGAATTGTTTTAT-TTTTTGA-TTAAAACAGATTATATTTGAATGTCTACCTTGAG
* * * * ** * *
1486 AAATGTGAAGCGAAAGCCCA-CTATTGGCAAGAAAAATTTATGCATAGTCACTCAAGCCTTTG
449 AAACGTGAAGCAAAAG-CCATCCATTGGCAAGAAAAATCTATTTATAGTCACTAAAACCTTTG
* * * * * *
1548 AAAGACTTATTGCCTCCTTTAAATAATTTTCTAATCTCATGATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTT
1 AAAGCCTTATT-ACTGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTT
** * ** * * * * * * *
1613 ATTTTTTTTGTTAAAACATATTATAACTGATTGTATGCCTCGAGAAACGTGAAGCAAATGCCATC
65 ACATTTTTTGTTAAAACAGATTATATTTGAATGTTTACTTGGAGAAACGTGAAGCAAAAGACATC
* * * * **
1678 CATTGATAAGAGAAGTCCGTTTATAGTCACTCAAACCTTCGAAAATCTTATTACTCACTTTAAAT
130 CATTG-CAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCACTTTAAAT
* * *** ** * * *
1743 TGTTTTATAATCTTATTGCTGATTTTAAGTGGAATGTTTTTACCTTTATGGTTGAAACAGATTAT
194 GGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATGTTTTTACTTTTTTGGTTAAAACAGATTAT
* * * * * * * *
1808 ATTTAAATGTCTGCATTAGGAAACGTGGAGTAAAAGCC-ATCCATTGATAAGAAAAGTCTATTTA
259 ATTTAAATGTCTGCCTCAAGAAACATGAAGCAAAA-CCTATCCATTGGTAAGAAAAGTCCATTTA
* * * * *
1872 TACTCACTTAAGCCT-TTGAAAGCCTTATTACTCCCTTTAAATGGTTTCATAATCTCATAATT-A
323 TAGTCACTCAAG-CTATTAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGA
* * * * * * **
1935 GTTTTAAGTTAAATTTTTTTACATTTTTGATTAAAATATATTATAATTGAATGTCTA-CTCAAGA
387 -TTTTAAGTTGAATTGTTTTA-TTTTTTGATTAAAACAGATTATATTTGAATGTCTACCTTGAGA
* * * * * * * * *
1999 AACGTAAAGCAAAAGCTC-TCTATTAGCAAGAAAATTCCATTTATTGTCACTCAAGCCTTCG
450 AACGTGAAGCAAAAGC-CATCCATTGGCAAGAAAAATCTATTTATAGTCACTAAAACCTTTG
* * * *
2060 AAAGCCTTAATACTCGCTTTAAATGGTTTTATAGTCTCATAATTGATTTTAAG-TG-TTTTTTTT
1 AAAGCCTTATTACT-GCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTT
* * * ** * * * *
2123 ACATTTATGGCTAAAACAGATTATATTTGGCTGTTTACCTCGAGAAACGTGAAGTAAAAAACTAT
65 ACATTTTTTGTTAAAACAGATTATATTTGAATGTTTACTTGGAGAAACGTGAAGCAAAAGAC-AT
* * * ** * *
2188 TCATTGGCAAGAAAAGTCTATATATAGTCACTCATTCCTTTGAAAGCCTTATTACTCTCTTTAAA
129 CCATT-GCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCACTTTAAA
* * ** * * *
2253 TAGTTTTATAATCTCATAATTAATTTTAAGACAATTTTTTTTA-TATTTTTTGTTAAAACAGATT
193 TGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATGTTTTTACT-TTTTTGGTTAAAACAGATT
* * * * * * * *
2317 ATATTTGAATCTATGCCTCAAGAAAAAAGAAGTAACA-CTCATCCATTGATAAGAAACA-TCCAT
257 ATATTTAAATGTCTGCCTCAAGAAACATGAAGCAAAACCT-ATCCATTGGTAAGAAA-AGTCCAT
* * * * ** * *
2380 TTATAGTCAATTAAGCTGTTGAAAGCCTTATTACTTGCTTTAAATGCTTTTATAATCTCATAACT
320 TTATAGTCACTCAAGCTATTAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATT
* * * * * * * **
2445 GATTTTAAGTTGGATTGTTTTATATTTTTTACTAAAACAAATTATATTTGACTATCTGCCTCAAG
385 GATTTTAAGTTGAATTGTTTTAT-TTTTTGATTAAAACAGATTATATTTGAATGTCTACCTTGAG
* * * * * *
2510 AAACATGAACCAAAAGCCATCCATTGACAAGAAAAGT-TCATTTATAGTCACT-CAAGCTTTCG
449 AAACGTGAAGCAAAAGCCATCCATTGGCAAGAAAAATCT-ATTTATAGTCACTAAAACCTTT-G
* * * *
2572 ATAGGCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATTATCTCATTATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTT
1 AAAGCCTTATTACT-GCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAA-TTTTTT
* * * * * *
2637 TGCATTTTTAGTTAAAATAGATTATATTTGAATGTTTGCTTAG-GAAACATGAAGCAAAA-ACCA
64 TACATTTTTTGTTAAAACAGATTATATTTGAATGTTTACTTGGAGAAACGTGAAGCAAAAGA-CA
* * * * *
2700 TACAATGGTAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGCCATT-GAAAGCTTTATTATTCACTTTA
128 T-CCATTGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGCC-TTCGAAAGCCTTATTACTCACTTTA
* * *
2764 AATGGTTTTATAATCTCATAATCGATTTTAAGTTTAATGTTTTT-CATATTTTTGATTAAAACAG
191 AATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATGTTTTTAC-T-TTTTTGGTTAAAACAG
* * * * *
2828 ATTATATTTAACTG-CTTACCTCAAGCAACATGATA-CAAAAGCTATCCTTTGGTAAGAAAAGTC
254 ATTATATTTAAATGTC-TGCCTCAAGAAACATGA-AGCAAAACCTATCCATTGGTAAGAAAAGTC
* *
2891 CATTTATAGTCACTCAAGCCATTACAAGCCTTATTACTC
317 CATTTATAGTCACTCAAGCTATTAAAAGCCTTATTACTC
2930 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 1953, Mismatches: 388, Indels: 132
0.79 0.16 0.05
Matches are distributed among these distances:
509 1 0.00
510 60 0.03
511 288 0.15
512 637 0.33
513 657 0.34
514 265 0.14
515 45 0.02
ACGTcount: A:0.34, C:0.14, G:0.13, T:0.39
Consensus pattern (510 bp):
AAAGCCTTATTACTGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTA
CATTTTTTGTTAAAACAGATTATATTTGAATGTTTACTTGGAGAAACGTGAAGCAAAAGACATCC
ATTGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGG
TTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATGTTTTTACTTTTTTGGTTAAAACAGATTATAT
TTAAATGTCTGCCTCAAGAAACATGAAGCAAAACCTATCCATTGGTAAGAAAAGTCCATTTATAG
TCACTCAAGCTATTAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTT
AAGTTGAATTGTTTTATTTTTTGATTAAAACAGATTATATTTGAATGTCTACCTTGAGAAACGTG
AAGCAAAAGCCATCCATTGGCAAGAAAAATCTATTTATAGTCACTAAAACCTTTG
Found at i:3487 original size:170 final size:171
Alignment explanation
Indices: 3109--3487 Score: 419
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3099 NNNNNNNNNN
* * * * ** *
3109 AAATGGTTTTATAATCTCATGATTGATTTT-AAGTTAAATTTTTTTACGTTTTTTGTTAAAATAT
1 AAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTGAA-TTGAATTTTTTTACATTTATAATTAAAACAT
* * * *
3173 ATTATAACTGAATGTCTGCCTCAGAAAATATGAAGCAAAAGCAATCCATTGATAAGACAAGTTAG
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* *
3238 TTTATAGTCACTCAAGCCCTCGAACGTCTTATTACTCGCTTT
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* * *
3280 AAAT-TTTTTAATAATCTCATTATTGA-TTTGAAATTGAATTTTTTTACATTTATAATTCAAACA
1 AAATGGTTTT-ATAATCTCATAATTGATTTTG-AATTGAATTTTTTTACATTTATAATTAAAACA
*** * * * * *
3343 TATTATGTTTGAATGTCTGCATTAGGAAACACGGAGCAAAAGCCATCCATTGGTAAGA-AAGTCC
64 TATTATAACTGAATGTCTGCATCAGAAAACACGAAGCAAAAGCAATCCATTGATAAGACAAGT-C
* * **
3407 A-TTTATAGTCTCTCAAGCCGTTTAA-ATCCTTATTACTCACTTT
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1 AAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTGAATTGAA
3488 NNNNNNNNNN
Statistics
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TTATAACTGAATGTCTGCATCAGAAAACACGAAGCAAAAGCAATCCATTGATAAGACAAGTCAGT
TTATAGTCACTCAAGCCCTCGAACATCTTATTACTCACTTT
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4422 CAATTTTAGA
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* * * * * *
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* * * * * * * *
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* * * * ** *
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* * * *
4941 CAGATATTCAAATATAATCTCTATTT-ACCAAATATGTAAAACAATTTAACTTAAAATCAATTAT
1 CAGACATTCAAATATAATCTAT-TTTAACCAAAAATGTAAAA-AATTCAACTTAAAATCAATTAT
** * * * * *
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* *
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* ** * * * * * **
5112 TAGACATTTGAATATAATCTGTTTGAACAAAAAATGTAAACAAATTCAACTTAAAATTAATAACA
1 CAGACATTCAAATATAATCTATTTTAACCAAAAATGTAAA-AAATTCAACTTAAAATCAATTATG
* * * * *
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* * * *
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* ** * **
5283 CAAACATTCAGTTATAATTTATTTTAATTAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATG
1 CAGACATTCAAATATAATCTATTTTAACCAAAAATGT-AAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATG
*** * **
5348 AGATTATAAAACCATTTAAAACCAATAATAAGGCTTTC-AATGGCTTGAGTGACTATAAATAAAC
65 AGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTCGAA-GGCTTGAGTGACTATAAATGGAC
* * ** *
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* * *
5454 CAAACATTCAAATATAATCTGTTTTAACTAAAAATGTAAAACAATTCAACTTAAAATCAATTATG
1 CAGACATTCAAATATAATCTATTTTAACCAAAAATGTAAAA-AATTCAACTTAAAATCAATTATG
** * *
5519 AGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAGCAAGGCTTT-TAATGGCTTGAGTGACTATAAGTGGAC
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* * * * * *
5583 TTTTCTTGCTAATGGATAGCATTTGCTTCACATTTC-CTAAGT
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* * * * * *
5625 CAAATAGTCAAATATAATCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAAACTCAA-TTCAAAATCGATTA
1 CAGACATTCAAATATAATCTATTTTAACCAAAAATGT--AAAAAATTCAACTT-AAAATCAATTA
* * * * * * *
5689 TGAGATTATAAAACCATTTAAAGGGAATAATAAGGCTTTTGAAGCCTTAAATGACTATAAATGGT
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* * *
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128 CTTTTCTTACCAATGGATGGCTTTTGCTTCACGTTTCTC-AAGG
** * * * * *
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1 CAGACATTCAAATATAATCTATTTTAACCAAAAATGTAAAAA-ATTCAACTTAAAATCAATTATG
* * * * * * *
5862 AGATTATGAAACTATTTAAAGGGAGTAATAAGGATTTCGAAGTCTTGAGCGACTATAAATGGACA
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* * * * * *
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* * *
6033 -AAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTACTAAGGCTTTC-AATGGCTTGAGTGACTATAAATGG
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* * ** *
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* * ** * ** * *
6140 CAAACATTCAAATATAATCTTTTTTAATGAAAAGTACAAAAAATTTCAACTTAAAATAAATAATG
1 CAGACATTCAAATATAATCTATTTTAACCAAAAATGTAAAAAA-TTCAACTTAAAATCAATTATG
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6205 AGATTATAAAACCATTTAATGAGAGTAATAAGTCTTTTTAAGGCTTGAGTGACTATGAATAGACT
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* * * *
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* * * * *
6311 CAAACAATT-AAATATAATATATTTTAACCAAAAATATAAAAAACTTCAACTCAAAACCAATTAT
1 CAGAC-ATTCAAATATAATCTATTTTAACCAAAAATGTAAAAAA-TTCAACTTAAAATCAATTAT
* * * * * * *
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* * * **
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** * * * * *
6482 TGGACATTTAAATAAAAT-TTTTTTAACCAAAAATGTAAAAAATTTTAACTGAAAATCAATTATG
1 CAGACATTCAAATATAATCTATTTTAACCAAAAATGTAAAAAA-TTCAACTTAAAATCAATTATG
* * *
6546 AGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAAGCTTTC-ACTGGCTTGAGAGACTATAAATGGAC
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* * *
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129 TTTTCTTACCAATGGATGGCTTTTGCTTCACGTTTCTC-AAGG
* * ** * * *
6651 CTAAACATTCAAATATAATCTGTTTTAATGATAAATGTAAAAAAAAATTCAACCTAAAATCAATA
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* * ** ** * * **
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* * ** * * *
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* * * * * * * ** *
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1 CAGACATTCAAATATAATCTATTTTAACCAAAAATG-TAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATG
** * * * * * *
6888 AGATTATAAAACCATTTAAAAAGGGTAATAAGTCTTTCGGAGGCTTGAGTGACTATTAAT-AAAT
65 AGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCTTGAGTGACTATAAATGGACT
* * * * **
6952 TTTTTTGGCTAATAG-TGGGCTTTTGCTTCACGTTTCTCAATA
130 TTTCTT-ACCAATGGAT-GGCTTTTGCTTCACGTTTCTCAAGG
* * * * * *
6994 TAGACATTCGAATATAATCTATTTTAACTAAAAAAGTAAAACAATTCAATTTAAAATTAATTATG
1 CAGACATTCAAATATAATCTATTTTAACCAAAAATGTAAAA-AATTCAACTTAAAATCAATTATG
* * * *
7059 AGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTATCGAAAGCTTAAGTGACTATAAATAGACT
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* * * * *
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* ** * **
7164 TAGACATTCAAATATAATCTATTTTAATAAAAAATATAAAAAAAATT-AACTTAAAATCAACAAT
1 CAGACATTCAAATATAATCTATTTTAACCAAAAATGT--AAAAAATTCAACTTAAAATCAATTAT
* * * *
7228 GAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTATCGAAAGCTTAAGTGACTATAAATAGAC
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* * * **
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* * * * ** * * *
7334 CAAATAGTCAAATATAATTTGCTTTAGCAAAAAATGTAAAACAATCCAACTTAAAATCAATTATG
1 CAGACATTCAAATATAATCTATTTTAACCAAAAATGTAAAA-AATTCAACTTAAAATCAATTATG
** * * * * * *
7399 AGATTATAAATGCATTTAAGGCGAGTAATAAGGCTTTCGATGGCTTAATTGACTATAAATGGACA
65 AGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCTTGAGTGACTATAAATGGACT
* *** **
7464 TTTCTTACCAATGGATGGCTTTTACTTCTTTTTTCTTGAGG
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* * ** * * * *
7505 TA-AAATTCAAATATAATCTATTTTAATTAAAAATATTAAAAATTTAACTTAAAATCAATTATAA
1 CAGACATTCAAATATAATCTATTTTAACCAAAAATGTAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGA
* * * ** * *
7569 GATTATAAAACCATTTAATGGGAGTAATAAGGCTTTCGAAAGAATGGGTGACTATAAATAGACTT
66 GATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCTTGAGTGACTATAAATGGACTT
* * * ** * *
7634 TTCTTGCTAATGAATGATTTTCTGCTTCATGTTTCTCGAGG
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* * * ** * ***
7675 TAAATAGACAAACATAATCTATTTTAA-CAAAAATG-AAATAAAAAAAAGCTTAAAATCAATTAT
1 CAGACATTCAAATATAATCTATTTTAACCAAAAATGTAAA-AAATTCAA-CTTAAAATCAATTAT
* * * * * * *
7738 GAGATTATAAAACCTTTTAAAGCGAGTATTAGGGTTTTCGAAGGTTTGAGTGACAATAAATGGAC
64 GAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCTTGAGTGACTATAAATGGAC
* * * * * *
7803 TGTTGTTGCCAATGGATAGCTTTTACTTCACGTTTCTCAAGA
129 TTTTCTTACCAATGGATGGCTTTTGCTTCACGTTTCTCAAGG
** * * * *
7845 CAGACATTCAGTTATAATATATTTTAACCAAGAATGTAAAAAAATTTAAGTTAAAATCAATTATG
1 CAGACATTCAAATATAATCTATTTTAACCAAAAATGT-AAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATG
********** * * * * *
7910 NNNNNNNNNNACCATTTAAAGGGAGTAATAAGGCTTTCAAAGG-TTTATGTGAGTATAAATGGTC
65 AGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCTTGA-GTGACTATAAATGGAC
* * *
7974 TTTTCTTACCAATGGATGGCTTGTGCTTCACCTTTCTCGAGG
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* * * *** * * * * **
8016 CAGACATACAACTATAATCTGTTTTAGTGAAAAATATAAAAAATTCCACTTGAAATTAAAAATGA
1 CAGACATTCAAATATAATCTATTTTAACCAAAAATGTAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGA
* ** *
8081 GATTATAAAACCATTCAAAGCAAGTAATAAGACTTTCGAAGGCTTGAGTGA-TAATAAATGGACT
66 GATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCTTGAGTGACT-ATAAATGGACT
* * *
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130 TTTCTTACCAATGGATGGCTTTTGCTTCACGTTTCTCAAGG
* * ** ** *
8185 CAAACATTTAGTTATAATAGATTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATT
1 CAGACATTCAAATATAATCTATTTTAACCAAAAATGT-AAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATG
* * * * ** **
8250 AGACTATAAACCCATTTAAAGTGAGTATTAAGACTTTTAAAGGCTTGAGCAACTATAAATGGACT
65 AGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCTTGAGTGACTATAAATGGACT
* * * * * **
8315 TTTCTTGCCAATAGATAGCTTTTTCTTCATGTTTCTTGAGG
130 TTTCTTACCAATGGATGGCTTTTGCTTCACGTTTCTCAAGG
* * * * * * * *
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1 CAGACATTCAAATATAATCTATTTTAACCAAAAATGTAA-AAAATTCAACTTAAAATCAATTATG
* * * * *
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65 AGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTCGAA-GGCTTGAGTGACTATAAATGGAC
* * * *
8484 TTTTCTTACCAATAGATGGCTTTTACCTCACGTTTC-CTAACG
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* * ** * * * *
8526 CAAACATTCAAATATAATCTGTTTTAATTATAAATATAAAAATATTTAACTTAAAATCAATAATG
1 CAGACATTCAAATATAATCTATTTTAACCAAAAATGTAAAAA-ATTCAACTTAAAATCAATTATG
* * *
8591 AGATTATAAAACTATTTAAAGTGAGTAATAAGACTTT-TAATGGCTTGAGTGACTATAAATGGAC
65 AGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTCGAA-GGCTTGAGTGACTATAAATGGAC
* * * * * * *
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129 TTTTCTTACCAATGGATGGCTTTTGCTTCACGTTTCTCAAGG
* * ** * * * *
8697 CAAACAATCAAATATAATCCGTTTTAACTAAAAAAGTAAAAAAAATCAACTTAAAATCTATTATG
1 CAGACATTCAAATATAATCTATTTTAACCAAAAATGT-AAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATG
* * * * * *
8762 AGATTATAAAATCATTTACAG-GAAGTAATAAGGGTTTTGAAGGCTTAAGTAACTATAAATGGAC
65 AGATTATAAAACCATTTAAAGTG-AGTAATAAGGCTTTCGAAGGCTTGAGTGACTATAAATGGAC
* *
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* * * * * * * *
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1 CAGACATTCAAATATAATCTATTTTAACCAAAAATGTAAA-AAATTCAACTTAAAATCAATTATG
* * * * ** *
8934 AGATTATAAAACTATTTAAAGGGAGTAATAAGACTTTCGAAGTCTTG-GACAATTATAAATGGAC
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* * * * * *
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** * *
9040 TTGACATT-AAGTTATAA-CATATTTTAATCAAAAATGTAAAACAATTCAACTTAAAATCAATTA
1 CAGACATTCAA-ATATAATC-TATTTTAACCAAAAATGTAAAA-AATTCAACTTAAAATCAATTA
* * *
9103 -GAAAATTATGAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTC-AATGGCTTGAGTGACTATAAATA
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* **
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* ** ** *
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* ** * * * * * *
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* * * * *
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* * * ** * *
9382 CAAACAGTCAAATAAAATCTATTCCAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTCAAAACCAATTATG
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* * * * *
9512 TTTCTTATCAATGGATGGCTTGTACTTCACACCTTT-T-GAGG
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* *
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* ** * *
9615 ATGAGATTAGAAAATTATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTC-AATGGCTTAAGAGACTATAAATG
62 ATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTCGAA-GGCTTGAGTGACTATAAATG
* *
9679 GACTTTTCTTACCAATGGATGGCTTTTGCTCCACGTTT-TCTAACG
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* * * * * *
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** * * * * * * * * *
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* * ** * * **
9854 TCTCCTGTCAATGGATGACTTTTGCTTCATGTTTCTTGAGG
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* ** * * * **
9895 CATACATTCAGTTATAATATATTTTAACTAAAAATGAAAAACAAATTCAGTTTAAAATCAATTAT
1 CAGACATTCAAATATAATCTATTTTAACCAAAAATG-TAAA-AAATTCAACTTAAAATCAATTAT
* * *
9960 GAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCGTTT-GAAGGCTTAAGTGAATATAAATGGA
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* * * * *
10024 CTTTTCTTACAAATGGATGGGTTTTGCTTTAAGTTTCCCAAGG
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* * ** * * *
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* * * * ** * * **
10129 CGAGATTATAAAATCATTTAAAGGGGGTAATAAGTTTTTCGAAGGCTTAAGTGACTATACATAAA
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* * ** * * ** *
10194 TTTTTCTCACCAACAG-TGGGTTTTACTTCACGTTTCTTGAGA
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* * * * * *
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** * * ** *
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1 CA--GACATTCAAAT-A--TAAT-CTATTTTAACCA--AAAATGTAAAA---AATTCAACT-TAA
* ** * * * ** * *
10470 ATATAAAACAATTGA-ACTTA-AAATCGA-TT--A-TGAGATTATAAAACTATT-TAA----TAA
54 A-AT-CAATTA-TGAGA-TTATAAAACCATTTAAAGTGAG-TAATAAGGCT-TTCGAAGGCTTGA
* * *
10524 GTGACTGTAAATGGACTTTTCTTACCAATGGATGGCTTTGTACTTCACATTTC-CTAAGG
113 GTGACTATAAATGGACTTTTCTTACCAATGGATGGCTTT-TGCTTCACGTTTCTC-AAGG
** * * * * *
10583 TGGACATTCAAATAAAATCGATTTTAACCAAAAATGTAAAAGAATTCACCTTACAATTAATTATG
1 CAGACATTCAAATATAATCTATTTTAACCAAAAATGTAAAA-AATTCAACTTAAAATCAATTATG
* * * * * * *
10648 AGATTATGAAACTATTTAATGGGAGTAAT-AGGCTTTTGAAGTCTTGAGCGACTATAAATGGACT
65 AGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCTTGAGTGACTATAAATGGACT
* *
10712 TTTCTTGCCAATGGATGGCTTTTGCTTAACGTTTCTCAAGG
130 TTTCTTACCAATGGATGGCTTTTGCTTCACGTTTCTCAAGG
** * * ** * * * *
10753 CAGACATTCAGTTACAATATATTTTAATAAAAAATATAAAAAAATTTAACTTAAAATTAATTAGG
1 CAGACATTCAAATATAATCTATTTTAACCAAAAATGT-AAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATG
* * *
10818 AGATTATGAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTC-AATGGCTTGAGTGACTACAAATAGAC
65 AGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTCGAA-GGCTTGAGTGACTATAAATGGAC
* ** *
10882 TTTTCTTACCAATGGATGGTTTTTGCTTCACGTTTCTTGAGA
129 TTTTCTTACCAATGGATGGCTTTTGCTTCACGTTTCTCAAGG
* * * * * *
10924 CAGACATTTAAATATAATCTATTTTAA-CAAAAA-GTACAAAACATGTTAACTCAAAATGACTAA
1 CAGACATTCAAATATAATCTATTTTAACCAAAAATGTA-AAAA-AT-TCAACTTAAAATCAATTA
* * ** * *
10987 TGAGATTATAAAACCATTTAAAGAGAGTAATAAGGTTTTTAAAGACTTGAGTAACTATAAATGGA
63 TGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCTTGAGTGACTATAAATGGA
* * * ** **
11052 CTTTTCTTGCTAATGGATGGCTTTTGCTTCACATTTCTTGACT
128 CTTTTCTTACCAATGGATGGCTTTTGCTTCACGTTTCTCAAGG
* * * * * * *
11095 AAAACAATCAACTATAATCTGTTTTAACAAAAAATGTAAAAAAATGCAACTTAAAA-CTAATTAT
1 CAGACATTCAAATATAATCTATTTTAACCAAAAATGT-AAAAAATTCAACTTAAAATC-AATTAT
* * * * * *
11159 GAGATTATAAAACCATTTAAAGAGAGTAATAAGGTTTTTGAAGACTTAAGTGATTATAAATGGAC
64 GAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCTTGAGTGACTATAAATGGAC
* * * * ** *
11224 TTTTCTTACTAATGGATGCCTTTTACTTCAAGCCTC-CTGAGG
129 TTTTCTTACCAATGGATGGCTTTTGCTTCACGTTTCTC-AAGG
* * * * * * *
11266 CGGACAATT-AAATAAAATATGTTTTAACAAAAAGATATAAAAAAATTCAACTTAAAATAAATTA
1 CAGAC-ATTCAAATATAATCTATTTTAACCAAAA-ATGT-AAAAAATTCAACTTAAAATCAATTA
* * *
11330 TGAGATTATAAAACCA-TTAAGGTGAGTAATAAGGATTTC-AACGGCTTGAGAGACTATAAATGG
63 TGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTCGAA-GGCTTGAGTGACTATAAATGG
* * *
11393 ACTTTGT-TTACCAATGGATAGCTTTTGCTCCACGTTTC-CTAGCG
127 ACTTT-TCTTACCAATGGATGGCTTTTGCTTCACGTTTCTCAAG-G
* ** * * *
11437 CAGACATTCAAATATAATATGCTTTAACCATAAATGTAAAAAAATTCAACTTCAAATCAATAATG
1 CAGACATTCAAATATAATCTATTTTAACCAAAAATGT-AAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATG
* * * * ** *
11502 AGATTATTAAAA-AATTTAAAGCGAGTAATAAGACGTTC-AAGGGCTTGAGCAACTATAAAAT-A
65 AGATTA-TAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTCGAA-GGCTTGAGTGACTAT-AAATGG
* ** * *
11564 ACTTTCCTTTTCAATGGATGGCTTTTGCTTCACATTTTTCGAA-G
127 ACTTTTCTTACCAATGGATGGCTTTTGCTTCACGTTTCTC-AAGG
* ** * * *
11608 TAGACATTCAGTTATAATATATTTTAA-CAAAATATGTAAAAGAATTTAACTTAAAATCAATCAT
1 CAGACATTCAAATATAATCTATTTTAACCAAAA-ATGTAAAA-AATTCAACTTAAAATCAATTAT
* * * * * * * * **
11672 GACATTATAAAACCATTTAAAAG-GGGTAACAAGTCGTTCGAAAGTTTGAGTGATTATAAATAAA
64 GAGATTATAAAACCATTT-AAAGTGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCTTGAGTGACTATAAATGGA
* * * * *
11736 TTTTTCTTTCCAATAG-TGGGCTTTTGCTTCACGCTTCT-AGAGA
128 CTTTTCTTACCAATGGAT-GGCTTTTGCTTCACGTTTCTCA-AGG
* * * * *
11779 TAGACATTTAAATATAATTTGTTTTAATCAAAAATGTAAAACAAATT-AACTTAAAATCAATTAT
1 CAGACATTCAAATATAATCTATTTTAACCAAAAATGT-AAA-AAATTCAACTTAAAATCAATTAT
* * *
11843 GAGATTACAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGG-ATT-GTAATGGCTTGAGTGACTATAAATGG
64 GAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTCG-AA-GGCTTGAGTGACTATAAATGG
* * *
11906 ACTTTTCTTACCAATGGATAGCTTTTG-TATCATGTTTCTCGAGG
127 ACTTTTCTTACCAATGGATGGCTTTTGCT-TCACGTTTCTCAAGG
* * * * *
11950 CAAACAGTT-AAATATAATCTGTTTTAACCAAACATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCGATTAT
1 CAGACA-TTCAAATATAATCTATTTTAACCAAAAATGT-AAAAAATTCAACTTAAAATCAATTAT
* *
12014 GAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTC-AATAGCTTGAGTGACTATAAATGGA
64 GAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTCGAA-GGCTTGAGTGACTATAAATGGA
* *
12078 CTTTTCTTACCTATGGATGGTTTTTGCTTCACGTTTC-CTAAGG
128 CTTTTCTTACCAATGGATGGCTTTTGCTTCACGTTTCTC-AAGG
* * ** * * *
12121 CAAACATTCAAATATAATCTATTTGAACTGAAAATGAAAAAAAAAATTTAACTTAAAATCAATAA
1 CAGACATTCAAATATAATCTATTTTAACCAAAAATG---TAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTA
* * * * * *
12186 TGAGATTATAAAATCATTTGAAGTGAGCAATAAGGCTATCGAAAGCTTGAGTGACTATAAATAGA
63 TGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCTTGAGTGACTATAAATGGA
** * * *
12251 CTTTTCTTGTCAATGGATGACTTTTGCTTCATGTTTCTCGAGG
128 CTTTTCTTACCAATGGATGGCTTTTGCTTCACGTTTCTCAAGG
* * * * * * *
12294 CAGATAGTCAAATATAATTTGTTTGAGCCAAAAATGTAAAACAATCCAACTTAAAATCAATTATG
1 CAGACATTCAAATATAATCTATTTTAACCAAAAATGTAAAA-AATTCAACTTAAAATCAATTATG
* * ** * * * *
12359 AGATTTTAAAAGCATTTAAAACGAGTAATAAGGTTTTC-AATAGCTTAATTGACTATAAATGGA-
65 AGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTCGAA-GGCTTGAGTGACTATAAATGGAC
* *** **
12422 TATTTCTTACCAATGGATGAG-TTTTACTTCTTTTTTCTTGAGG
129 T-TTTCTTACCAATGGATG-GCTTTTGCTTCACGTTTCTCAAGG
* * * * * *
12465 TAGAGATTCAAACATAATCTGTTTTAACCAAAAATATAAAAAAAATT-AACTTAAAATTAATTAT
1 CAGACATTCAAATATAATCTATTTTAACCAAAAATGT--AAAAAATTCAACTTAAAATCAATTAT
* * * * ** * * *
12529 GATATTATAAAATCATTTAAAGGGAGTAATAAGGCTTTC-ACAAGAATGGGTAACTATATAA-AG
64 GAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTCGA-AGGCTTGAGTGACTATA-AATGG
* * * ** * *
12592 ACTTTTCTTGCCAACGAATGATTTTTTGCTTCATGTTTCTCGAGG
127 ACTTTTCTTACCAATGGATG-GCTTTTGCTTCACGTTTCTCAAGG
* * * * *
12637 CAAATAGTT-AAATACAATCTGTTTTAACCAAAAA--TAAAAAA--AAACTTAAAATCAATTATG
1 CAGACA-TTCAAATATAATCTATTTTAACCAAAAATGTAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATG
* * * *
12697 AGATTATAAAACTATTAAAAGTGAGTATTAAGGCTTTTGAAGGCTTGAGTGA-TGATAAATGGAC
65 AGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCTTGAGTGACT-ATAAATGGAC
* * * *
12761 TTTT-TGTGCTAATGGA-GAGCTTTTGCTTCATGTTTTTCAAGG
129 TTTTCT-TACCAATGGATG-GCTTTTGCTTCACGTTTCTCAAGG
* * *
12803 CAGACATTCAATTATAATATATTTTAATCAAAAATGTAAAAACAATT-AACTTAAAATCAATTAT
1 CAGACATTCAAATATAATCTATTTTAACCAAAAATGT-AAAA-AATTCAACTTAAAATCAATTAT
* * * * *
12867 GAGATTATAAAACCATTTAAAGAGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCTTAAGTGAGTATAAATAGAC
64 GAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCTTGAGTGACTATAAATGGAC
** * *
12932 TTTTCTTACTGATGGATGGCTTGTGCTTCACGTTTCTCGAGG
129 TTTTCTTACCAATGGATGGCTTTTGCTTCACGTTTCTCAAGG
* ** * ** * * *
12974 CAAACATAGAAATATAATCTGTTTTAATGAAAAATGGAAAAAAATTC-ACTTAAAATTAATAATG
1 CAGACATTCAAATATAATCTATTTTAACCAAAAAT-GTAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATG
* * * ** * * * * *
13038 ATATTTTAAAACCATTCAAAGCAAGTAATAAGAG-TTTCAAAAGTTTGAGTGAATATAAATAGAC
65 AGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAG-GCTTTCGAAGGCTTGAGTGACTATAAATGGAC
* * * * *
13102 TTTTCTTACCCATAGATGGCTTTTACTT-ATGTTTCTCGAGG
129 TTTTCTTACCAATGGATGGCTTTTGCTTCACGTTTCTCAAGG
* * *** * * *
13143 CAAACATTCAATTATAAAAAATTTTAACCAAGAATGTAAAAATATTCAAATTAAAATCAATTATT
1 CAGACATTCAAATATAATCTATTTTAACCAAAAATGTAAAAA-ATTCAACTTAAAATCAATTATG
** * * * * ** **
13208 AGGCTATAAACCCTTTTAAAGTGAGTATTAAGACTTTTAAAGGCTTGAGCAACTATAAATGGACT
65 AGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCTTGAGTGACTATAAATGGACT
* * * * * **
13273 TTTCTTGCCAATAGATAGCTTTTTCTTCATGTTTCTTGAGG
130 TTTCTTACCAATGGATGGCTTTTGCTTCACGTTTCTCAAGG
* * * * * * * *
13314 TAAACAATT-AAATATAATTTGTTTTAACCAGAAATGAAAGAAAAATCAGCTTAAAATCAATTAT
1 CAGAC-ATTCAAATATAATCTATTTTAACCAAAAATGTAA-AAAATTCAACTTAAAATCAATTAT
* * * *
13378 GAGACTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATACGAC-TTC-AACAGCTTGAGTGACTATAAATGGA
64 GAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTCGAA-GGCTTGAGTGACTATAAATGGA
* * * * *
13441 CTTTTCTTACTAATAGATGGCTTTTACTTCACGTTTC-CTAGTA
128 CTTTTCTTACCAATGGATGGCTTTTGCTTCACGTTTCTCAAG-G
* * * * * *
13484 CAGACATTCAAATATAATCTGTTTTAACTATAAATATAAAAATAGTT-AACTTAAAATTAATAAT
1 CAGACATTCAAATATAATCTATTTTAACCAAAAATGTAAAAA-A-TTCAACTTAAAATCAATTAT
** * * * * *
13548 GAGATTATAAAATAATTTAAAGCGAGTAATGAGACATTCGAAGGCTTAAGTGACTATAAATGGAC
64 GAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCTTGAGTGACTATAAATGGAC
* * * * **
13613 TTCTCTCATCAATGGATGGCTTTTGCTTTACGTTTCTTGAGG
129 TTTTCTTACCAATGGATGGCTTTTGCTTCACGTTTCTCAAGG
* ** * * * * * *
13655 CATACATTCAGTTATAATATAGTTTAACTAAAAATGTAAAAAAACTCAACGTAAAATCAATTAGG
1 CAGACATTCAAATATAATCTATTTTAACCAAAAATGT-AAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATG
* * * *
13720 AGATTATGAAACCATTTAAAGCGAGCAATAAGGCTTTC-AATGGCTTGAGTGACTATACATGGAC
65 AGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTCGAA-GGCTTGAGTGACTATAAATGGAC
* * **** * * * * *
13784 TTTCCTTACCTATGGACAATTTTTGCTTTATGGTTCAT-GAGA
129 TTTTCTTACCAATGGATGGCTTTTGCTTCACGTTTC-TCAAGG
* * * *
13826 TAGACATTCAAATATAATCTGTTTTAA-CAAAAA-GTACAAAACATTTCAACTTAAAATGAATAA
1 CAGACATTCAAATATAATCTATTTTAACCAAAAATGTA-AAAA-A-TTCAACTTAAAATCAATTA
* * *
13889 TGAGATTATAAAACCATTTAAAGAGAGTAATGAGGCTTGCGAAGGCTTGAGTGACTATAAATGGA
63 TGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCTTGAGTGACTATAAATGGA
* *** * * * *
13954 CTTTTTTTGTTAATAGATGGCTTTTGCTTCATGTTTCTCGAGT
128 CTTTTCTTACCAATGGATGGCTTTTGCTTCACGTTTCTCAAGG
* * * * ** * * * * *
13997 CAAATAGTCAAATGTAATCTATTTTAATAAAAAATATAAAAAAATTTAACTCAAAACCAATTATA
1 CAGACATTCAAATATAATCTATTTTAACCAAAAATGT-AAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATG
* * * * * * **
14062 AGATGATAAAACTATTTAAATTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCTTAAGTGACTAGAAATAAACT
65 AGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCTTGAGTGACTATAAATGGACT
* * *
14127 TTTCTTACCAATGGATGGCTTTTACTTCACGTCTC-CTGAGG
130 TTTCTTACCAATGGATGGCTTTTGCTTCACGTTTCTC-AAGG
* * * * * * *
14168 CAGATAGTCAAATAAAATATGTTTTTAACAAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATTAATTAT
1 CAGACATTCAAATATAATCT-ATTTTAACCAAAAATGT-AAAAAATTCAACTTAAAATCAATTAT
* * * * * * *
14233 GAGATTATAAACCCATTTAAAGTGAGTAATAAAGATTTC-AACAGTTTGAGAGGCTATAAATGGA
64 GAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTCGAA-GGCTTGAGTGACTATAAATGGA
** * * ** *
14297 CTTTTCTTTTCAATGAATGGCTTTTGCTCCGTGTTTC-CTAACG
128 CTTTTCTTACCAATGGATGGCTTTTGCTTCACGTTTCTC-AAGG
* * * * * * *
14340 TAGACATTCAAATATAATATGTTTTAACCATAAATATAAAAAAATTCAACTTCAAATCAATAATG
1 CAGACATTCAAATATAATCTATTTTAACCAAAAATGT-AAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATG
* * * * * *
14405 AGATTATTAAAA-AATTTAAAGCT-ATTAATAAGACGTT-AAAGGGTTTGAGTGACTATAAACT-
65 AGATTA-TAAAACCATTTAAAG-TGAGTAATAAGGCTTTCGAA-GGCTTGAGTGACTATAAA-TG
* * * * * *
14466 AACTTTTCTTATCAATAGATGGCTTTTGCTTTACGTTTTTCGAA-A
126 GACTTTTCTTACCAATGGATGGCTTTTGCTTCACGTTTCTC-AAGG
** * ** * * *
14511 CAGACATTCAGTTATAATATATTTTAATAAAAAATATAAAAAAATTTAACTTAAAATCAATCATG
1 CAGACATTCAAATATAATCTATTTTAACCAAAAATGT-AAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATG
* * * * * * * * ** *
14576 AGAATATAAAACTATTTAAAGGGGGCAATAAGTCATTCGAAGGTTTGAGTGACTATAAATAAATT
65 AGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCTTGAGTGACTATAAATGGACT
* * * ** *
14641 TTTCTTACCAATAG-TGGGCTTTCGCTTCATGTTTCTGGAGA
130 TTTCTTACCAATGGAT-GGCTTTTGCTTCACGTTTCTCAAGG
* * *
14682 CAGACAATTTAAATATAATCTGTTTTAACAAAAAATGTAAAACAATTCAACTTAAAATCAATTAT
1 CAGAC-ATTCAAATATAATCTATTTTAACCAAAAATGTAAAA-AATTCAACTTAAAATCAATTAT
*
14747 GAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGC-TT-GTAATGGCTTGAGTGACTATAAATGG
64 GAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTCG-AA-GGCTTGAGTGACTATAAATGG
* * *
14810 ACTTTTCTTACCAATGGATAGCTTTTG-TATCATGTTTCTCGAGG
127 ACTTTTCTTACCAATGGATGGCTTTTGCT-TCACGTTTCTCAAGG
* * * ** * * *
14854 TAAATAGTT-AAATATAATCTGCTTTAATCAAAAATATGAAAAAAATTCAACTTAAAATCGATTA
1 CAGACA-TTCAAATATAATCTATTTTAA-CCAAAA-ATGTAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTA
* ** *
14918 TGTGATTATAAAACCATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTC-AACGGACTT---T-TCT-TACAGA
63 TGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTCGAA-GG-CTTGAGTGACTATA-A-A
** * * * *** *
14977 TGGA--TGGC-T-----T-G-T-GCTTCATGTTTCTCG--AGACAA-A
124 TGGACTTTTCTTACCAATGGATGGCTT-TTGCTTCACGTTTCTCAAGG
* * * * *** * * * * *
15011 CATACA---AATATA-ATCTGT-TTTAATGAAAAATCT-AAAACAAATTC-ACTTAATATTAATA
1 CAGACATTCAA-ATATA-ATCTATTTTAACCAAAA-ATGTAAA-AAATTCAACTTAAAATCAATT
* * ** * * *
15069 ATGATATTTTAAAACCATTCGAA-TCAAGTAATAAGAG-TTTCAAAGGCTTAAGTGACTATAAAT
62 ATGAGATTATAAAACCATTTAAAGT-GAGTAATAAG-GCTTTCGAAGGCTTGAGTGACTATAAAT
** * * * * *
15132 GGACTTTTCTCGCCCATGGATGGCTTTTGC-TCATGTTTCCCATGA
125 GGACTTTTCTTACCAATGGATGGCTTTTGCTTCACGTTTCTCAAGG
* ** ** * * *****
15177 CAAACATTCAGTTATAATAGATTTTAACCAAAAATATAAAAAAATGCAACTTAAAATCANNNNNN
1 CAGACATTCAAATATAATCTATTTTAACCAAAAATGT-AAAAAATTCAACTTAAAATCA-ATTAT
************************************ **
15242 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTT-GAAGGCTTGAGCAACTATAAATGGAC
64 GAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCTTGAGTGACTATAAATGGAC
* * * * **
15306 TTTTCTTGCCAATGGATAGCTTTTTCTTCACATTTCTTGAGG
129 TTTTCTTACCAATGGATGGCTTTTGCTTCACGTTTCTCAAGG
* * * * * * * *
15348 CAAACAGTCAAATATAATCTATTTAAACTAGAAATGCAAGAAAAATCAACTTAAAATCAATTATA
1 CAGACATTCAAATATAATCTATTTTAACCAAAAATGTAA-AAAATTCAACTTAAAATCAATTATG
* * * *
15413 AGATTATAAAACCATTTTAAAGCGAGTAATACGGCTTTC-AACGGCTTGAGTGACTACAAATTGA
65 AGATTATAAAACCA-TTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTCGAA-GGCTTGAGTGACTATAAATGGA
* ** * * *
15477 CTTTTCTTATCAATGGATATCTTTTACTTTACGTTTC-CTAACG
128 CTTTTCTTACCAATGGATGGCTTTTGCTTCACGTTTCTC-AAGG
* * * * * * * *
15520 CAGACATTTAAATATGATCTGTTTTAACCATAAATGTGACAATATTCAAATTAAAATCAATAATG
1 CAGACATTCAAATATAATCTATTTTAACCAAAAATGT-AAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATG
* * * * * * * *
15585 AGATTATAAAACAATTTAAAGCGAGTAATACGACTTTCGAAGACTTGAGAGACTATAAACGAACT
65 AGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCTTGAGTGACTATAAATGGACT
* *** * * * * **
15650 TCTCTCGTCAATGGATGGCTTTTCCTTCATGCTTATTGAGG
130 TTTCTTACCAATGGATGGCTTTTGCTTCACGTTTCTCAAGG
* ** * * * *
15691 CACACATTCAGTTATAATATATTTTAACAAAAAATATAAAAAAATTTAACTTAAAAT-AATTATG
1 CAGACATTCAAATATAATCTATTTTAACCAAAAATGT-AAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATG
* * * *
15755 AGATTATAAAATCATTTAAAGTGAGTAGTAAGGCTTT-TAATGGCTTAAGTGACTATAAATGGAC
65 AGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTCGAA-GGCTTGAGTGACTATAAATGGAC
* * * * * * * * *
15819 TTTTCTTGCTAATGGATCGCATTTGATTCATGTTTCCCATGT
129 TTTTCTTACCAATGGATGGCTTTTGCTTCACGTTTCTCAAGG
* * * * * *
15861 CAAATAGTCAAATATAATCTATTTTAACTAAAAATGTAAAAAAATTCAACTCAAAATCGATTATG
1 CAGACATTCAAATATAATCTATTTTAACCAAAAATGT-AAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATG
* * * * *
15926 AGATTATAAAACTATTTAAAGGGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCTTAAGTAACTATAAATGGACT
65 AGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCTTGAGTGACTATAAATGGACT
* *
15991 TTTCTTACCAATGTATGGTTTTTGCTTCACGTTTC-CTAA-G
130 TTTCTTACCAATGGATGGCTTTTGCTTCACGTTTCTC-AAGG
* **
16031 C-GAACATTCAAATATAATCTATTTTAACTAAAAATACAAAAACAATTCAACTTAAAATCAA-TA
1 CAG-ACATTCAAATATAATCTATTTTAACCAAAAAT-GTAAAA-AATTCAACTTAAAATCAATTA
* * * * * * *
16094 CTAAAATTATAAAACCATTTAATGGGAGTAATAAGGCTTTCGAAGTCTTGAGCGACTATAAATAG
63 -TGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCTTGAGTGACTATAAATGG
** * * * *
16159 AC-TTTCTTATTAATGGATAGCTTTTGCTTAAAGTTTCTCGAGG
127 ACTTTTCTTACCAATGGATGGCTTTTGCTTCACGTTTCTCAAGG
* * ** * * * * *
16202 CAGACTTTTAGTTATAATATATTTTAATCAAAAATATTAAAAAATTCAACTTAAAATCAAATAGG
1 CAGACATTCAAATATAATCTATTTTAACCAAAAAT-GTAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATG
* * ** * * *
16267 AGATTATGAAACTATTGGAAGCGAGTAATAAGGCTTTC-AATGACTTGAGTGACTATAAATGTAC
65 AGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTCGAA-GGCTTGAGTGACTATAAATGGAC
* * ** * * *** * * **
16331 TTTTCTCACAAATATAATTTG-TTTTAACAAAAAG--T-ACAAAA
129 TTTTCTTACCAAT-GGA-TGGCTTTT-GCTTCACGTTTCTCAAGG
** * ** * *******************************
16372 CATTTCAACTTAAAATGAATAATGAGATTATANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
1 CA-GAC-A-TTCAAAT--ATAAT-CTATTTTA--ACCAAAAATGTAAAAAATTCAACTTAAAATC
*****************************************************************
16437 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
58 AATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCTTGAGTGACTATAA
*** * ** *** ** * * * * *
16502 NNCGAGTAATAAGA-CGTTCGAGGGCTTGAGTGACTATAAAC-TAACTTCTC---T
123 ATGGACTTTTCTTACCAATGGATGGCTT--TTG-CT-T-CACGT---TTCTCAAGG
* * ** * ** ** * * * * *
16553 TA-TCATT-GTATGGCTTTTGCTTCATTTT-TTCAGAGA-CT-ATAAACT-AACTTAAAATCAAT
1 CAGACATTCAAAT--ATAAT-C-T-ATTTTAACCAAAAATGTAAAAAATTCAACTTAAAATCAAT
* * * * * *
16612 TATGAGATTATAAAACCATTTGAAGGGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCTTAAATGAGTATAAATG
61 TATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCTTGAGTGACTATAAATG
* * * * * *
16677 GACTTTTTTTATCGATGAATGGCTTGTGCTTCACGTTTCTCGAGG
126 GACTTTTCTTACCAATGGATGGCTTTTGCTTCACGTTTCTCAAGG
* * * * ** ** * *
16722 TAGACATACAAATATAATCTGTTTGAATGAAAAATGTAAAAAATCTTTACTTAAAATTAATAATG
1 CAGACATTCAAATATAATCTATTTTAACCAAAAATGTAAAAAAT-TCAACTTAAAATCAATTATG
* * * * * * *
16787 ATATTTTAAAACCATTCAAAGTAAGTAAT-AGGAGTTTTGAAAGCTTGAGTGACTATAAATGGA-
65 AGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGG-CTTTCGAAGGCTTGAGTGACTATAAATGGAC
* * * *
16850 TATTTCTTGCCCATGGATGGCCTTTGC-TCACATTTCTCAAGG
129 T-TTTCTTACCAATGGATGGCTTTTGCTTCACGTTTCTCAAGG
* * * ** ** * * * * *
16892 TAAACATCCAGTTATAATAAATTTTAACAAAAAATATAAAAAAATTAAACTTAAAATCAATGATT
1 CAGACATTCAAATATAATCTATTTTAACCAAAAATGT-AAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATG
* * * * *** **
16957 AGACTATAAACCCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCGAGTAATAAGGCTTGAGCAACTATAAATGGA
65 AGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGC--TTTCGAAGGCTTGAGTGACTATAAATGGA
* * * **
17022 CTTTTCTTGA-CAATGGATAGCTTTTTCTTCACGTTTATTGAGG
128 CTTTTCTT-ACCAATGGATGGCTTTTGCTTCACGTTTCTCAAGG
* * * * * * * *
17065 CAAAGAGTCAAATATAATATAATTTAACCAAAAATGCAAGAAAAATCAACTTAAAATCAATTATC
1 CAGACATTCAAATATAATCTATTTTAACCAAAAATGTAA-AAAATTCAACTTAAAATCAATTATG
* * *
17130 AGATTATGAAACCATTTCAAGCGAGTAATACA-GCTTTC-AACGGCTTGAGTGACTATAAATGGA
65 AGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATA-AGGCTTTCGAA-GGCTTGAGTGACTATAAATGGA
* * * *
17193 CTTCTCTTATCAATGGATGGCTTTTGCTTCATGTTTC-CTAACG
128 CTTTTCTTACCAATGGATGGCTTTTGCTTCACGTTTCTC-AAGG
* * * * *
17236 CACACATTCAAATATAATCTGTTTTAACTAAAAATATAAAAATATTCAACTTAAAACCAATTATG
1 CAGACATTCAAATATAATCTATTTTAACCAAAAATGTAAAAA-ATTCAACTTAAAATCAATTATG
* * * * * * * * *
17301 AGATTATATAACTATTTAATGGGAGTAATATGACTTTTGAAGGCTTAAATGACTATAAAT-GAGC
65 AGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCTTGAGTGACTATAAATGGA-C
** * **
17365 TTTTCTTACCAATGGATGGCTTTTATTTCATGCCTC-CTAAGG
129 TTTTCTTACCAATGGATGGCTTTTGCTTCACGTTTCTC-AAGG
* * *
17407 CAGACATTCAAATAAAATCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATGAATTATG
1 CAGACATTCAAATATAATCTATTTTAACCAAAAATGT-AAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATG
* *
17472 AGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGATTTC-AATGGCTTGAGAGACTATAAATGGAC
65 AGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTCGAA-GGCTTGAGTGACTATAAATGGAC
* ** **
17536 TTTTCTTACCAATGGATGGCTTTTTCACCACGTTTC-CTAACA
129 TTTTCTTACCAATGGATGGCTTTTGCTTCACGTTTCTC-AAGG
* * * * * * *
17578 CAAACATTCAAATATAATATGTTTTAACCATAAATGTAAACAAAATT-AACTGAAAATTAATAAT
1 CAGACATTCAAATATAATCTATTTTAACCAAAAATGT-AA-AAAATTCAACTTAAAATCAATTAT
** * *
17642 GAGATTATAAAAAAATTTAAAGCGAGTAATAA-GATGTTC-AAGGGCTTGAGTGACTATAAACT-
64 GAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCT-TTCGAA-GGCTTGAGTGACTATAAA-TG
* ** * * * * *
17704 AACTTCACTTATCAATGGATAGCTTTTGCTTAACGTTTTTTGAA-G
126 GACTTTTCTTACCAATGGATGGCTTTTGCTTCACG-TTTCTCAAGG
* * ** * ** * * *
17749 TAGATATTCAGTTATAATATATTTTAATAAAAAATATAAAAAAAATTTAACTTAAAATCAATCAT
1 CAGACATTCAAATATAATCTATTTTAACCAAAAATGT--AAAAAATTCAACTTAAAATCAATTAT
* * * * * ** *
17814 GAGATTATAAAGCTATTTAAAGGGAGTAATAAGTCTTTCGAAGGTTTGAGTGACTATAAATAAAT
64 GAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCTTGAGTGACTATAAATGGAC
* * * *
17879 TTTTCTTGCTAATAG-TGGGCTTTTGCTTCACGTTTCTCAAGA
129 TTTTCTTACCAATGGAT-GGCTTTTGCTTCACGTTTCTCAAGG
* * * *
17921 CAGATATTCAAATATAATCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAGCAATTCAACTTAAAATCAATTATA
1 CAGACATTCAAATATAATCTATTTTAACCAAAAATGTAAA-AAATTCAACTTAAAATCAATTATG
********** * *
17986 AGNNNNNNNNNNCATTTACAGTGAGTAATAAGGC-TT-GTAATGACTTGAGTGACTATAAATGGA
65 AGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTCG-AA-GGCTTGAGTGACTATAAATGGA
********** * * **
18049 CTTTNNNNNNNNNNGGATAGCTTTTG-TATCATGTTTCTTGAGG
128 CTTTTCTTACCAATGGATGGCTTTTGCT-TCACGTTTCTCAAGG
* * * *
18092 TCA-ACAGTT-AAATATAATCTGTTTTAACCAAGAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATTAATTA
1 -CAGACA-TTCAAATATAATCTATTTTAACCAAAAATGT-AAAAAATTCAACTTAAAATCAATTA
* * * *
18155 TGAAATTATAAAACCGTTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTC-AATGGCTTGAGTCACTATAAATGG
63 TGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTCGAA-GGCTTGAGTGACTATAAATGG
* * * * * *
18219 ACTTTTTTTTACTAATGGATGGTTTTTG-TATCATGTTGCTCGAGG
127 AC-TTTTCTTACCAATGGATGGCTTTTGCT-TCACGTTTCTCAAGG
*
18264 TCA-ACAATT-AAATATAATCTATTTTAACCAAAAAT-TAAAAAATTCAACTTAAAATCAATAAT
1 -CAGAC-ATTCAAATATAATCTATTTTAACCAAAAATGTAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTAT
* * * * ** *
18326 GAGATTATAAAATCATTTGAAGTGAGTAATAAGGCTATCGAAAGCTTGAACGACTATAAATAGAC
64 GAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCTTGAGTGACTATAAATGGAC
* * * * *
18391 TTTTCTTGCCAATGGATGACTTTTACTTCATGTTTCTCGAGG
129 TTTTCTTACCAATGGATGGCTTTTGCTTCACGTTTCTCAAGG
* * * * * * * * ******
18433 CAGATAGTCAAATATAATTTGTTTGAGCAAAAAATGTAAAACAATCCAACTTAAAATCANNNNNN
1 CAGACATTCAAATATAATCTATTTTAACCAAAAATGTAAAA-AATTCAACTTAAAATCAATTATG
**** ** * * * *
18498 NNNNTATAAATGCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTC-AACAGCTT-AATAGACTATAAA-CGA
65 AGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTCGAA-GGCTTGAGT-GACTATAAATGGA
* * * * * *
18560 ATAATTCTTACCGATGGATGGATTTTACTT--CTTTTAC-CTAAGG
128 CT-TTTCTTACCAATGGATGGCTTTTGCTTCACGTTT-CTC-AAGG
** * * * * *** * *
18603 CAGAGGTTCAAACATAATCCATCTTAA-TAAAATAAAAAAAAAATT-AACTTAAAATTAACTATG
1 CAGACATTCAAATATAATCTATTTTAACCAAAA-ATGTAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATG
* ** * ** * * **
18666 AAATTATAAAACCATTTAAAG-GTAGTAATAACCCTTTCGAAAGAATGGGTGACTATATATAAAC
65 AGATTATAAAACCATTTAAAGTG-AGTAATAAGGCTTTCGAAGGCTTGAGTGACTATAAATGGAC
* * * ** * * *
18730 TTTTCTTGCAAATGAATAGTTTTTTACTTCACGTTTCTCGAGA
129 TTTTCTTACCAATGGAT-GGCTTTTGCTTCACGTTTCTCAAGG
* * * * ** **
18773 TAAACAGTCAAATATAATCTGTTTTAATAAAAAATGT-AAAAA--CAAAATAAAATCAATTATGA
1 CAGACATTCAAATATAATCTATTTTAACCAAAAATGTAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGA
* * * *
18835 GATTATAAAATCATTTAAAGTGAGTATTAAGGCTTTTGAAGGTTTGAGTGA-TAATAAATGGACT
66 GATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCTTGAGTGACT-ATAAATGGACT
* * * *
18899 TTTCTTGCTAATGGA-GAGCTTTTGCTTCACATTTCT-AGAGA
130 TTTCTTACCAATGGATG-GCTTTTGCTTCACGTTTCTCA-AGG
* *
18940 CAGACATTCAAATATAATCTATTTTAACCAAAAATGCAAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTTT
1 CAGACATTCAAATATAATCTATTTTAACCAAAAATG--TAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTAT
**********************
19005 GAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNAGTGACTATAAATGGAC
64 GAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCTTGAGTGACTATAAATGGAC
* * * *
19070 TTTTCTTATCAATGGATGGCTTTTACTTCATGTTTCTCGAGG
129 TTTTCTTACCAATGGATGGCTTTTGCTTCACGTTTCTCAAGG
* * * * * * * * * *
19112 TAGATAGTCAATTATAATTTGTTTGAGCGAAAAATGTAAAATAATTCAACTTAAAATAAATTATG
1 CAGACATTCAAATATAATCTATTTTAACCAAAAATGTAAAA-AATTCAACTTAAAATCAATTATG
* * ************* * * * *
19177 AGATTATAAAAGCATTTAAAGCGAGTAATAANNNNNNNNNNNNNTTAATTGACTATAAATGTACA
65 AGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCTTGAGTGACTATAAATGGACT
* * * *
19242 TTTCTTACCAATGGATGGGTTTTACTT--CTTTTTTGCAGAGG
130 TTTCTTACCAATGGATGGCTTTTGCTTCACGTTTCT-CA-AGG
* * * * * ** * * * * *
19283 TAGAGATTCAAATATAATATGTTTTAACTAAAAAAATAAAAAAATTTAAATT-AAATTAATAATA
1 CAGACATTCAAATATAATCTATTTTAACCAAAAATGT-AAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATG
* * * * ** * ** **
19347 AAATTATAAAACCATTTAAAAG-GAGTAATAAGGTTTTGGAAAGAATGGGTGTTTATATACA-AA
65 AGATTATAAAACCATTT-AAAGTGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCTTGAGTGACTATA-A-ATGG
* ** * * * * *
19410 ACCATTT-AAAGCCAAT-AATAAGGCTTTCAATGGCTTGA-GTGACTATAAATGG
127 A-CTTTTCTTA-CCAATGGAT--GGCTTT---T-GCTTCACGT--TTCTCAA-GG
*** * * * * * * * ***
19462 ACTTTCTTTAAAAT-TGATGGCTTTTACTTCACGTCAGACAT-TCAAATATAA-TCTGTTTTAAT
1 -CAGACATTCAAATATAAT--CTATT--TTAAC--CAAAAATGT-AAA-A-AATTC-AACTTAA-
** ** * * * * ** *
19524 AAAAAATGTAAAACAATTCAACTTAAAATCAATT--A-TGAGATTATAAAACCATTT--AAAG--
54 AATCAAT-TATGA-GATT--A--TAAAACCATTTAAAGTGAG-TAAT-AAGGC-TTTCGAAGGCT
** ** * * * *** ** *
19582 TGAGT-A--AT-AA-GG-CTTTTAATGGC--TTGAGTGACTATAAATGAACTTTTCTTACTAATT
110 TGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTACCAATGGA-TGGCTTTTGCTTCACGTTTC-T-C-AA--
19639 GG
169 GG
* ** ** * * * ** * * **** *
19641 -TG-GTTTTTACT-TCA-CGT-TTCTCGAGGCAGACAT-TCAGATAAAATTTGTTTTAACCAA-A
1 CAGACATTCAAATATAATC-TATT-T-TAACCAAAAATGT-A-A-AAAATTCAACTTAA--AATC
** * * * ** * *
19699 AATGTAAAACAATTCAACTTAAAACCAATT--A-TGAGATTATAAAACTATT-TAAAG--TGAGT
58 AAT-TATGA-GATT--A--TAAAACCATTTAAAGTGAG-TAATAAGGCT-TTCGAAGGCTTGAGT
** ** * * * *** ** *
19758 -A--AT-AA-GG-CTTTTAATGGC--TTGAGTGACTATAAATGAACTTTTCTTGCTAATGG
115 GACTATAAATGGACTTTTCTTACCAATGGA-TGGCTTTTGCTTCACGTTTC-T-C-AA-GG
* ** * ** * * * * * * ** * * *
19811 -ATCG-TATTTGATTCATGTTTCGCATGTCAAACAGTCAAATATAATCTATTTTAACTAAAAATG
1 CA--GACATTCAAAT-AT-AATC-TATTTTAACCA--AAAATGTAA-AAAATTCAACTTAAAAT-
* * * * * * * ** ***
19874 TAA--A-AAAATTCAACTCAAAATCGATTATGAGATTA-TAAAACTATTTAAAGAGAGTAATAAG
57 CAATTATGAGATT--A-T-AAAA-CCATT-T-A-A--AGT--GAGTA-AT-AAG-GCTTTCGAAG
* ** * * *
19935 GCTTTTGAAG-G-CTTAAGTGATTATAAATGGACTTTTCTTATCAATGGATGGTTTTTGCTTCAC
107 GC--TTG-AGTGAC-T-A-T-A-AATGGA--C--TTTTCTTACCAATGGATGGCTTTTGCTTCAC
* * *
19998 ATTTCCTGAA-C
160 GTTT-CTCAAGG
* ** * * * * *
20009 CAGATATTCAAATATAATCCGTTTTAA-TAAAAAGTGCAAAAGATTTCAACTTAAAATGAATAAT
1 CAGACATTCAAATATAATCTATTTTAACCAAAAA-TGTAAAA-AATTCAACTTAAAATCAATTAT
* * *
20073 GAGATTATAAAACCATTTAAAGAGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCCTGAGTGAC-AGTAAAGGGA
64 GAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCTTGAGTGACTA-TAAATGGA
* * * * * *
20137 CTTTTCTTGCTAATGGATAGCTTTTCCTTCACGTTT-TACGAGT
128 CTTTTCTTACCAATGGATGGCTTTTGCTTCACGTTTCT-CAAGG
* * * * * * * *
20180 CAAACAGTCAAATATAATCTGTTTTAACTAAAAATGTAAAAAAATTTAGCTCAAAA-CTAATTAC
1 CAGACATTCAAATATAATCTATTTTAACCAAAAATGT-AAAAAATTCAACTTAAAATC-AATTAT
* * * * ** * *
20244 GAGATTATACAACCATTTAAAGGGAATAATAAGACTTTTAAAGGCTTAAGTAACTATAAATGGAC
64 GAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCTTGAGTGACTATAAATGGAC
* * ** **
20309 TTTTCTTACCAATGGATGGCTTTTACTTCATGCCTCTTGAGG
129 TTTTCTTACCAATGGATGGCTTTTGCTTCACGTTTCTCAAGG
* * * *
20351 -AGGACATTCAAATAAAATCTGTTTT-ACTCAAAAATATAAAAAAATTCTACTTAAAATCAATTA
1 CA-GACATTCAAATATAATCTATTTTAAC-CAAAAATGT-AAAAAATTCAACTTAAAATCAATTA
* * * * *
20414 TGGGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGATTT-AAACGTCTTGAGAGACTATAAATGG
63 TGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTCGAA-GGCTTGAGTGACTATAAATGG
* * * **
20478 ACTTTTCTTACCAATGGCTAGCTTTTGCTCCACGTTTC-CTAACA
127 ACTTTTCTTACCAATGGATGGCTTTTGCTTCACGTTTCTC-AAGG
* * * * * * *
20522 CGGACATTCAAATATAATATGTTTTAAACATAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATAATG
1 CAGACATTCAAATATAATCTATTTTAACCAAAAATGT-AAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATG
* *** * * * * * *
20587 ATATTATAAAGTAATCTAAAGTGAGTAATAAGACGTTC-AAGAACTTGGGTGACTATAAACT-AA
65 AGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTCGAAG-GCTTGAGTGACTATAAA-TGGA
** * * ** *
20650 CTAGTCTTACCAATGGATTGCTTTCGCTTCATATTT-TCTGAGG
128 CTTTTCTTACCAATGGATGGCTTTTGCTTCACGTTTCTC-AAGG
** * ** * * *
20693 CAGACATTCAGTTATAATATATTTTAATAAAAAACGTAAAAAAATTTAACTTAAAATCAATCATG
1 CAGACATTCAAATATAATCTATTTTAACCAAAAATGT-AAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATG
* * * * ** *
20758 AGATTATAAAACCATTTAAAGGGGGTAATAAGTG-TTTTGAAGGTTTGAGTGACTATAAATAAAT
65 AGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAG-GCTTTCGAAGGCTTGAGTGACTATAAATGGAC
* * * **
20822 TTTTCTTGCCAATAG-TGGGCTTTTGCTTCATGTTTCTCAATA
129 TTTTCTTACCAATGGAT-GGCTTTTGCTTCACGTTTCTCAAGG
* * * *
20864 CAAACATTCAAATATAATC---TGT-------AATGTAAAACAATTCAACTTAAAATTAATTATT
1 CAGACATTCAAATATAATCTATTTTAACCAAAAATGTAAAA-AATTCAACTTAAAATCAATTATG
* * ** * *
20919 AAATTATAAAACTATTTAAAACGAGTAATAAGGC-TT-GTAATGGCTTGAATGACTATAAATGAA
65 AGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTCG-AA-GGCTTGAGTGACTATAAATGGA
* *
20982 CTTTTCTTACCAATGGATAGCTTTTG-TATCATGTTTCTCAAGG
128 CTTTTCTTACCAATGGATGGCTTTTGCT-TCACGTTTCTCAAGG
* * * * * * *
21025 CAGACAGTT-AAATATAATTTGTTTTAACAAAAAATGTGAGAAAATTTAACTTGAAATCGATTAT
1 CAGACA-TTCAAATATAATCTATTTTAACCAAAAATGT-AAAAAATTCAACTTAAAATCAATTAT
* * * * *
21089 GAGATTATAAAACCCTTTAAAGAGAGTAATAAGGCTTT-TAATCGCTTAAGTGACTATAAATGGA
64 GAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTCGAA-GGCTTGAGTGACTATAAATGGA
* * **
21153 CTTTTCTTACCAATGGATAGTTTTTGCTTCATATTT-TCTAAGG
128 CTTTTCTTACCAATGGATGGCTTTTGCTTCACGTTTCTC-AAGG
* * ** * * *
21196 AAAACATTCAAATATAATCTATTTTAACCAAAAATACAAAAAAAGTACAACTTAAAATTAATAAT
1 CAGACATTCAAATATAATCTATTTTAACCAAAAAT-GTAAAAAA-TTCAACTTAAAATCAATTAT
* * * ** * *
21261 GAGATTATAAAACTATTTAGAGTGAGTAACAAGGCTACCGAAAGCTTGAATGACTATAAATGGAC
64 GAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCTTGAGTGACTATAAATGGAC
** * * ** *
21326 TTTTCTTGTCAATGGATGACTTTGGCTTCTTGTTTCTCATGG
129 TTTTCTTACCAATGGATGGCTTTTGCTTCACGTTTCTCAAGG
* * * * * * * * * *
21368 AAAATAGTCAAATTTACTTTTTTTTAACAAAAAATGTAAAACAA-TCTAATTTAAAATCAATTAT
1 CAGACATTCAAATATAATCTATTTTAACCAAAAATGTAAAA-AATTC-AACTTAAAATCAATTAT
** * * * * *
21432 GAGATTATAAAAGTATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTC-AATAGTTTAATTGACTATAAATGGA
64 GAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTCGAA-GGCTTGAGTGACTATAAATGGA
* * ** ***
21496 CATTTCTTACCAATGGATGGGTTTTATTTCTTTTTTCAT-AAGG
128 CTTTTCTTACCAATGGATGGCTTTTGCTTCACGTTTC-TCAAGG
* * *
21539 CAAATATTCAAACATAATCTATTTTAACCAAAAA-GATTAAAAAAATT-AACTTAAAATCAATTA
1 CAGACATTCAAATATAATCTATTTTAACCAAAAATG--T-AAAAAATTCAACTTAAAATCAATTA
* * * * *
21602 TGAGATTATAAAACTATTTAAAGGGAGTAATAAGGCTTTCGAAAGAG-TT-TGTGACTAGATATA
63 TGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTCG-AAG-GCTTGAGTGACTATAAAT-
* * * * * * *
21665 GG-CTTTTCTTGCCAATGAATGGTTTTTTACTTCACGTTGCTCGAGA
125 GGACTTTTCTTACCAATGGATGG-CTTTTGCTTCACGTTTCTCAAGG
* * * * * * * * *
21711 AAAATAGTCAAATATAATCTGTTTTAACTAAAAATATAAAAAA---AAATTAAAATTAATTATGA
1 CAGACATTCAAATATAATCTATTTTAACCAAAAATGTAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGA
* * * *
21773 GATTATAAAACCTTTTAAAGTGAGTATTTAGGCTTTCGAAGGCTTGAGTGACAATAAATGGACTT
66 GATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCTTGAGTGACTATAAATGGACTT
* * * ** *
21838 TTCTTACTAATGGA-GAGCTTTTACTTTATATTTCTCGAGG
131 TTCTTACCAATGGATG-GCTTTTGCTTCACGTTTCTCAAGG
* * *
21878 TAGACATTCAATTATAATATATTTTAACCAAAAATGTAAAACAATTCAACTTAAAATCAATTATG
1 CAGACATTCAAATATAATCTATTTTAACCAAAAATGTAAAA-AATTCAACTTAAAATCAATTATG
* * * *
21943 AGATTATAAAACCAGTTAAA-TAGAGTAATAAGGCTTT-GAAAGGCTTAACTGAGTATAAATGGA
65 AGATTATAAAACCATTTAAAGT-GAGTAATAAGGCTTTCG-AAGGCTTGAGTGACTATAAATGGA
** * * * * *
22006 CTTTTCTTACTGACGGATGGCTTGTGGTTCACATTTCTTGAA-G
128 CTTTTCTTACCAATGGATGGCTTTTGCTTCACGTTTC-TCAAGG
* ** * * * * *
22049 CAGACATAT-AAATATAATCTGTTTTAATGAAAAATATAAAAAAATTCTATTTAAAATTAATAAT
1 CAGACAT-TCAAATATAATCTATTTTAACCAAAAATGT-AAAAAATTCAACTTAAAATCAATTAT
* * * ** * *
22113 GATATTTTAAAACTATTTAAAGCAAGTAATAAGAG-TTTCGAAAGCTTGAGTAACTATAAATGGA
64 GAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAG-GCTTTCGAAGGCTTGAGTGACTATAAATGGA
* * * * **
22177 CTTTTCTTGCCTATGGATGGCTTTTGC-TCACATTTTTTGAGG
128 CTTTTCTTACCAATGGATGGCTTTTGCTTCACGTTTCTCAAGG
* ** ** * *
22219 CAAACATTCAGTTATAATAGATTTTAA-CAAAAATATAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATTA
1 CAGACATTCAAATATAATCTATTTTAACCAAAAATGTAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGA
* * * * **
22283 GACTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTACAAAGGCTTGAGCAACTATAAATGGACTT
66 GATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCTTGAGTGACTATAAATGGACTT
* ** * * * *
22348 TTTTTACCAATGGATCACTTTTTCTTCATGTTTCTTAAGC
131 TTCTTACCAATGGATGGCTTTTGCTTCACGTTTCTCAAGG
* * * * * *
22388 CAAACAGTCAAATATAATCTGTTTTAACCAAAAATGCAAGAAAAATAAACTTAAAATCAATTATG
1 CAGACATTCAAATATAATCTATTTTAACCAAAAATGTAA-AAAATTCAACTTAAAATCAATTATG
* * * *
22453 AGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATACGACTTTC-AACAGCTTGAGTGACTATAAATGGAC
65 AGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTCGAA-GGCTTGAGTGACTATAAATGGAC
* * * *
22517 TTTTCTTACCAGTGGAT-GCTTTTACTTCATGTTTCAT-AATG
129 TTTTCTTACCAATGGATGGCTTTTGCTTCACGTTTC-TCAAGG
* * * * *
22558 CAAACATTCAAATATAATCTGTTTTAACCATATATGTAAAAATATTCAACTTAAAATCAATAATG
1 CAGACATTCAAATATAATCTATTTTAACCAAAAATGTAAAAA-ATTCAACTTAAAATCAATTATG
* * *
22623 AGATTATAAAACAATTTAAAGTGAGTAATAAGACTTTCGAAGGCTTGAGTGACTATAAACGGACT
65 AGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCTTGAGTGACTATAAATGGACT
* *** ** *
22688 TCTCTCGTCAATGGATGGCTTTTGCTTCACGTTTCTTGAGA
130 TTTCTTACCAATGGATGGCTTTTGCTTCACGTTTCTCAAGG
* ** * *
22729 CATACATTCAGTTATAATATATTTTAACCAAAAATGTAGAAAAATTCAACTTGAAATCAATTATG
1 CAGACATTCAAATATAATCTATTTTAACCAAAAATGTA-AAAAATTCAACTTAAAATCAATTATG
* ** * * *
22794 AGATTATAAAACTATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTTGAAGGTTTAAGTGACTATAAATGGACT
65 AGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCTTGAGTGACTATAAATGGACT
* * * *
22859 TTTCTTACAAATGGATGGGTTTTGCTTTACGTTTC-CTGAGG
130 TTTCTTACCAATGGATGGCTTTTGCTTCACGTTTCTC-AAGG
** ** * * ** * * *
22900 GTGACATTCAGTTATAATATGTTTTAA-TGAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAATATCAATCATA
1 CAGACATTCAAATATAATCTATTTTAACCAAAAATGT-AAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATG
* * * * *
22964 AGATTATAAAACTATTTAAAGGGGGTAATAAGTCTTTTGAAGGCTTGAGTGACTATA
65 AGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCTTGAGTGACTATA
23021 CATAAATTTT
Statistics
Matches: 14136, Mismatches: 3563, Indels: 1442
0.74 0.19 0.08
Matches are distributed among these distances:
151 3 0.00
152 48 0.00
153 16 0.00
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* *
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* * * * * ** * **
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* * * * * * * * *
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130 CTTACCAATGGATGGCTTTTGCTTCATGTTTCTCAAGGCAGACATTCAAATATAATCTGTTTTAA
* * * * * *
4627 CCAAAAATGTAAAAACATTAAACTTAAAATCAATTATGAGATTGTAAAACTATTTAAAGTGAGTA
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* * * *** *
4692 ATAAGGCTATCGAAA-GCTGGAGTGACTATAAATAGACTTTTCTTGTAAACGGATGGCTTTTGCT
260 ATAAGGCTTTC-AAAGGCTTGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTACCAATGGATGGCTTTTGCT
* * * * * * * * * * *
4756 TCATGTTTCTCGAGGCAGATAGTCAAATATAATTTGTTTTTACCAAAAATATAAAAAAAATAAAC
324 TCACGTTTCT-AAGGCAAACATTCAAATATAATCTATTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAAC
* * *
4821 TTAAAATCAATTATGAGTTTATAAAACCATTTAAAGGG-GCAATAAGTCTTTCGAAGGCTTGAGT
388 TTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGGGAGTAATAAGGCTTTC-AAGGCTTGAGT
** * * ** * ** * * ** *
4885 GACTATAAATAAATTTTTCTTGCCAACAGAGGGAGTTTACTTCATGTTTCTCAAGGCAG
452 GACTATAAATGGACTTTTCTTACCAATGGATGGCTTTTGCTTCACGTTTCTTGAGGCAA
* * * * * *
4944 ATATTCAAATATAATCTCTATTT-ACCAAATATGTAAAACAATTTAACTTAAAATCAATTATGAG
1 ACATTCAAATATAATCTGT-TTTAACTAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAG
** * * * *
5008 ATTATAAAACCATTTAAAACGAGTAACAAGGCTTTTAACGGCTTAAGTGACTACAAATAGACTTT
65 ATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTAA-GGCTTGAGTGACTATAAATGGACTTT
* * ** *
5073 TCTTACCAATGGATAGCTTTTGCTTCATGTTTCTCAAGGTAGACATTTGAATATAATCTGTTTGA
129 TCTTACCAATGGATGGCTTTTGCTTCATGTTTCTCAAGGCAGACATTCAAATATAATCTGTTTTA
* * * **
5138 ACAAAAAATGTAAACAAATTCAACTTAAAATTAATAACAAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGT
194 ACAAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGT
* * * * *
5203 AATAAGGCTATCAAAAGCTTGAGTTACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGGATGTCTTTTGCT
259 AATAAGGCTTTCAAAGGCTTGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTACCAATGGATGGCTTTTGCT
* * ** * **
5268 TCACATTTCCTAAAGCAAACATTCAGTTATAATTTATTTTAATTAAAAATGTAAAAAAATTCAAC
324 TCACGTTT-CTAAGGCAAACATTCAAATATAATCTATTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAAC
*** *
5333 TTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAACCAATAATAAGGCTTTCAATGGCTTGAGT
388 TTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGGGAGTAATAAGGCTTTCAA-GGCTTGAGT
** * * *
5398 GACTATAAATAAACTTTTCTTACCAATGGATAGTTTTTGCTTCACGTTTCTTGAGACAA
452 GACTATAAATGGACTTTTCTTACCAATGGATGGCTTTTGCTTCACGTTTCTTGAGGCAA
*
5457 ACATTCAAATATAATCTGTTTTAACTAAAAATGTAAAACAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGA
1 ACATTCAAATATAATCTGTTTTAACTAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGA
** *
5522 TTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAGCAAGGCTTTTAATGGCTTGAGTGACTATAAGTGGACTTTT
66 TTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTAA-GGCTTGAGTGACTATAAATGGACTTTT
* * * * ** * * * *
5587 CTTGCTAATGGATAGCATTTGCTTCACATTTC-CTAAGTCAAATAGTCAAATATAATCTGTTTTA
130 CTTACCAATGGATGGCTTTTGCTTCATGTTTCTC-AAGGCAGACATTCAAATATAATCTGTTTTA
* * * *
5651 ACCAAAAATGTAAAAAAAACTCAA-TTCAAAATCGATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGGGA
194 ACAAAAAATGT-AAAAAAATTCAACTT-AAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGA
* ** * * * ** * *
5715 ATAATAAGGCTTTTGAAGCCTTAAATGACTATAAATGGTTTTTTCTTATCAATGGATGGCTTTTA
257 GTAATAAGGCTTTCAAAGGCTTGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTACCAATGGATGGCTTTTG
*** * * * * *
5780 CTTCACGTTTTCTAAGGTGGACATTCAAATAAAATCTATTTTAACTAAAAATATAAAAATATTTA
322 CTTCACG-TTTCTAAGGCAAACATTCAAATATAATCTATTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCA
* * * * *
5845 ACTTACAATCAATTATGAGATTATGAAACTATTTAAAGGGAGTAATAAGGATTTCGAAGTCTTGA
386 ACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGGGAGTAATAAGGCTTTC-AAGGCTTGA
* * * * * * * * *
5910 GCGACTATAAATGGACATTTCTTGCCAATGAATGACTTTTTCTTAACGTTTCTCGAGGTAA
450 GTGACTATAAATGGACTTTTCTTACCAATGGATGGCTTTTGCTTCACGTTTCTTGAGGCAA
* ** * ** * * *
5971 ACATTTAGTTATAATATACTTTAA-TCAAAAATATAAAAAAATTTCTACTTAAAATCAATTCA-A
1 ACATTCAAATATAATCTGTTTTAACT-AAAAATGTAAAAAAA-TTCAACTTAAAATCAATT-ATG
* * *
6034 AGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTACTAAGGCTTTCAATGGCTTGAGTGACTATAAATGGACT
63 AGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTAA-GGCTTGAGTGACTATAAATGGACT
* * ** * * * *
6099 TTCCTTTCCAACAGATGGTTTTTGCTTCACGTTTC-CTAAGGCAAACATTCAAATATAATCTTTT
127 TTTCTTACCAATGGATGGCTTTTGCTTCATGTTTCTC-AAGGCAGACATTCAAATATAATCTGTT
** * * *
6163 TTAA-TGAAAA-GTACAAAAAATTTCAACTTAAAATAAATAATGAGATTATAAAACCATTTAATG
191 TTAACAAAAAATGTA-AAAAAA-TTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAG
* * ** * * * *
6226 AGAGTAATAAGTCTTTTTAAGGCTTGAGTGACTATGAATAGACTTTTCTTTCTAATGGATGGCTT
254 CGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCTTGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTACCAATGGATGGCTT
* * * *
6291 TTGCTTCACCTTT-TATGAGTCAAACAATT-AAATATAATATATTTTAACCAAAAATATAAAAAA
319 TTGCTTCACGTTTCTA--AGGCAAAC-ATTCAAATATAATCTATTTTAACCAAAAATGTAAAAAA
* * * * * *
6354 CTTCAACTCAAAACCAATTATGAGATTATAAAATCATTTAAAGGGAGTAATAAGACTTTTGAAGG
381 ATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGGGAGTAATAAGGC-TTTCAAGG
* * * * * * *
6419 CTTAAGTGACTATAAATGAATTTTTCTTATCAATGGATGGCTTTTACTTCAC-TCCTCTTGAGGT
445 CTTGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTACCAATGGATGGCTTTTGCTTCACGT-TTCTTGAGGC
**
6483 GG
509 AA
* * * * * * *
6485 ACATTTAAATAAAAT-TTTTTTAACCAAAAATGTAAAAAATTTTAACTGAAAATCAATTATGAGA
1 ACATTCAAATATAATCTGTTTTAACTAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGA
* * * *
6549 TTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAAGCTTTCACTGGCTTGAGAGACTATAAATGGACTTTT
66 TTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTA-AGGCTTGAGTGACTATAAATGGACTTTT
* * *
6614 CTTACCAATAGATGACTTTTGCTTC-TCGTTTC-CTAA-GCTAAACATTCAAATATAATCTGTTT
130 CTTACCAATGGATGGCTTTTGCTTCAT-GTTTCTC-AAGGC-AGACATTCAAATATAATCTGTTT
** * * * * * **
6676 TAATGATAAATGTAAAAAAAAATTCAACCTAAAATCAATAATAAGACTATAAAATAATTTAAAGC
192 TAACAAAAAATGT--AAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGC
* * * *** * * **
6741 AAGTAATAAGACGTTCGGGGGCTTGAGTGAC-A-AAACT-AACTTCTT-ATATTAATGGATGGCT
255 GAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCTTGAGTGACTATAAA-TGGACTT-TTCTTACCAATGGATGGCT
* * * * * * * * * * *
6802 TTTGCTTTATGTTTTTCAAGGTAGACTTTCAATTATAATATATTTTAACAAAAAAGGTTAAAAAA
318 TTTGCTTCACGTTTCT-AAGGCAAACATTCAAATATAATCTATTTTAACCAAAAATGTAAAAAAA
* ** * * * *
6867 TTTAACTTAAAATTTATCATGAGATTATAAAACCATTTAAAAAGG-GTAATAAGTCTTTCGGAGG
382 TTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTT-AAAGGGAGTAATAAGGCTTTC-AAGG
* * * * * * * ** **
6931 CTTGAGTGACTATTAAT-AAATTTTTTTGGCTAATAG-TGGGCTTTTGCTTCACGTTTCTCAATA
445 CTTGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTT-ACCAATGGAT-GGCTTTTGCTTCACGTTTCTTGAGG
* *
6994 TAG
508 CAA
* * * * * *
6997 ACATTCGAATATAATCTATTTTAACTAAAAAAGTAAAACAATTCAATTTAAAATTAATTATGAGA
1 ACATTCAAATATAATCTGTTTTAACTAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGA
** * * *
7062 TTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTATCGAAAGCTTAAGTGACTATAAATAGACTTTT
66 TTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCT-TTTAAGGCTTGAGTGACTATAAATGGACTTTT
* * * * * *
7127 -TTATCAATGGATGGTTTTTGTTTCGCAT-TTCCTC-AGGTAGACATTCAAATATAATCTATTTT
130 CTTACCAATGGATGGCTTTTGCTT--CATGTTTCTCAAGGCAGACATTCAAATATAATCTGTTTT
* * ** *
7189 AATAAAAAATATAAAAAAAATT-AACTTAAAATCAACAATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGA
193 AACAAAAAATGT-AAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGA
* * * *
7253 GTAATAAGGCTATCGAAA-GCTTAAGTGACTATAAATAGACTTTT-TTATCAATGGATGGCTTTT
257 GTAATAAGGCTTTC-AAAGGCTTGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTACCAATGGATGGCTTTT
* * * * * * ** * * * *
7316 ACTTCATGTTTCTGGAGGCAAATAGTCAAATATAATTTGCTTTAGCAAAAAATGTAAAACAATCC
321 GCTTCACGTTTCT-AAGGCAAACATTCAAATATAATCTATTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTC
** *
7381 AACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAATGCATTT-AAGGCGAGTAATAAGGCTTTCGATGGCTT
385 AACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGG-GAGTAATAAGGCTTTC-AAGGCTT
* * * * *** *
7445 AATTGACTATAAATGGACATTTCTTACCAATGGATGGCTTTTACTTCTTTTTTCTTGAGGTAA
448 GAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTACCAATGGATGGCTTTTGCTTCACGTTTCTTGAGGCAA
* * * * * *
7508 A-ATTCAAATATAATCTATTTTAATTAAAAATAT-TAAAAATTTAACTTAAAATCAATTATAAGA
1 ACATTCAAATATAATCTGTTTTAACTAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGA
* * * * ** * *
7571 TTATAAAACCATTTAATGGGAGTAATAAGGCTTTCGAAAGAATGGGTGACTATAAATAGACTTTT
66 TTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTT-TAAGGCTTGAGTGACTATAAATGGACTTTT
* * * ** * * * * ** * *
7636 CTTGCTAATGAATGATTTTCTGCTTCATGTTTCTCGAGGTAAATAGACAAACATAATCTATTTTA
130 CTTACCAATGGATGGCTTT-TGCTTCATGTTTCTCAAGGCAGACATTCAAATATAATCTGTTTTA
** *
7701 AC-AAAAATG-AAATAAAA-AAAAGCTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCTTTTAAAGCGA
194 ACAAAAAATGTAAA-AAAATTCAA-CTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGA
* * * * * * * * * * *
7763 GTATTAGGGTTTTCGAAGGTTTGAGTGACAATAAATGGACTGTTGTTGCCAATGGATAGCTTTTA
257 GTAATAAGGCTTTCAAAGGCTTGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTACCAATGGATGGCTTTTG
* * ** * * *
7828 CTTCACGTTTCTCAAGACAGACATTCAGTTATAATATATTTTAACCAAGAATGTAAAAAAATTTA
322 CTTCACGTTTCT-AAGGCAAACATTCAAATATAATCTATTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCA
* ********** *
7893 AGTTAAAATCAATTATGNNNNNNNNNNACCATTTAAAGGGAGTAATAAGGCTTTCAAAGG-TTTA
386 ACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGGGAGTAATAAGGCTTTC-AAGGCTTGA
* * * * * *
7957 TGTGAGTATAAATGGTCTTTTCTTACCAATGGATGGCTTGTGCTTCACCTTTCTCGAGGCAG
450 -GTGACTATAAATGGACTTTTCTTACCAATGGATGGCTTTTGCTTCACGTTTCTTGAGGCAA
* * * * * * * **
8019 ACATACAACTATAATCTGTTTT-AGTGAAAAATAT-AAAAAATTCCACTTGAAATTAAAAATGAG
1 ACATTCAAATATAATCTGTTTTAACT-AAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAG
* ** * *
8082 ATTATAAAACCATTCAAAGCAAGTAATAAGACTTTCGAAGGCTTGAGTGA-TAATAAATGGACTT
65 ATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTT-TAAGGCTTGAGTGACT-ATAAATGGACTT
* * * * ** *
8146 TTCTTACCCATGGATGGCTTTTGCTT-ATGTTTCTCGAGGCAAACATTTAGTTATAAT-AGATTT
128 TTCTTACCAATGGATGGCTTTTGCTTCATGTTTCTCAAGGCAGACATTCAAATATAATCTG-TTT
* * * * *
8209 TAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATTAGACTATAAACCCATTTAAAGTGA
192 TAACAAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGA
* * * ** * * * *
8274 GTATTAAGACTTTTAAAGGCTTGAGCAACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATAGATAGCTTTTT
257 GTAATAAGGCTTTCAAAGGCTTGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTACCAATGGATGGCTTTTG
* * * * * * * *
8339 CTTCATGTTTCTTGAGGTAAACAATCAAATATAATTTGTTTTAACCAGAAATGCAAGAAAAA-TC
322 CTTCACGTTTC-TAAGGCAAACATTCAAATATAATCTATTTTAACCAAAAATGTAA-AAAAATTC
* * * * * *
8403 AACTTAAAATCAATTATGAGACTATAAAATCATTTAAAGTGAGTAATATGAC-TTCAACAGCTTG
385 AACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGGGAGTAATAAGGCTTTCAA-GGCTTG
* * * * * *
8467 AGTGACTATAAATGGACTTTTCTTACCAATAGATGGCTTTTACCTCACGTTTCCTAACGCAA
449 AGTGACTATAAATGGACTTTTCTTACCAATGGATGGCTTTTGCTTCACGTTTCTTGAGGCAA
* * * * * *
8529 ACATTCAAATATAATCTGTTTTAATTATAAATATAAAAATATTTAACTTAAAATCAATAATGAGA
1 ACATTCAAATATAATCTGTTTTAACTAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGA
* *
8594 TTATAAAACTATTTAAAGTGAGTAATAAGACTTTTAATGGCTTGAGTGACTATAAATGGACTTTT
66 TTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTAA-GGCTTGAGTGACTATAAATGGACTTTT
* * * ** * * * * * *
8659 CTTGCTAATGGATGGCATTTGCTTCACATTTCCCGAGTCAAACAATCAAATATAATCCGTTTTAA
130 CTTACCAATGGATGGCTTTTGCTTCATGTTTCTCAAGGCAGACATTCAAATATAATCTGTTTTAA
* * * *
8724 CTAAAAAA-GTAAAAAAAATCAACTTAAAATCTATTATGAGATTATAAAATCATTTACAG-GAAG
195 C-AAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCG-AG
* ** * * * *
8787 TAATAAGGGTTTTGAAGGCTTAAGTAACTATAAATGGACTTTTCTTACTAAATGGATGGCTTTTA
258 TAATAAGGCTTTCAAAGGCTTGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTAC-CAATGGATGGCTTTTG
* * * * * * *
8852 CTTCACGTTTCCTAAGGCAGATATTTAAATAAAATTTCTTTTAACCAAAAATGTAAAGAAATTCA
322 CTTCACGTTT-CTAAGGCAAACATTCAAATATAATCTATTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCA
* * * * * *
8917 ACTTACAGTCAATTGTGAGATTATAAAACTATTTAAAGGGAGTAATAAGACTTTCGAAGTCTTG-
386 ACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGGGAGTAATAAGGCTTTC-AAGGCTTGA
** * * * * * * ***
8981 GACAATTATAAATGGACTCTTT-TTACTAATGGATAGCTTTTACTTAACGTTTCCCT-AGGTTG
450 G-TGACTATAAATGGACT-TTTCTTACCAATGGATGGCTTTTGCTTCACGTTT-CTTGAGGCAA
* * *
9043 ACATT-AAGTTATAA-CATATTTTAA-TCAAAAATGTAAAACAATTCAACTTAAAATCAATTA-G
1 ACATTCAA-ATATAATC-TGTTTTAACT-AAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATG
* * * *
9104 AAAATTATGAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTCAATGGCTTGAGTGACTATAAATAGAC
63 -AGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTAA-GGCTTGAGTGACTATAAATGGAC
* * ** * *
9169 TTTTCTTACCAATGGATAG-TTCTTGCTTCACG-TTCTTTGAGGTAGACATTCAAATATAATCTA
126 TTTTCTTACCAATGGATGGCTT-TTGCTTCATGTTTC-TCAAGGCAGACATTCAAATATAATCTG
** * ** * *
9232 TTTTAA-TGAAAA-GTACAAAAGATTTCAACTTAAAAGGAATAATGAGATTTTAAAACCATTTAA
189 TTTTAACAAAAAATGTA-AAAA-AATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAA
** ** * * * * * * * *
9295 AAAGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGATAGAGTGACTGTGAATAGACTTTGCTTGCTAATGGATGGC
252 AGCGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCTTGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTACCAATGGATGGC
* * * * **
9360 TTTTGCTTCACGTTTTTCAAGTCAAACAGTCAAATAAAATCTATTCCAACCAAAAATGTAAAAAA
317 TTTTGCTTCACGTTTCT-AAGGCAAACATTCAAATATAATCTATTTTAACCAAAAATGTAAAAAA
* * *
9425 ATTCAACTCAAAACCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGGGAGTAATAAGGCTTTTGAAGG
381 ATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGGGAGTAATAAGGC-TTTCAAGG
* * * * **
9490 CTTAAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTATCAATGGATGGCTTGTACTTCACACCTT-TTGAGGC
445 CTTGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTACCAATGGATGGCTTTTGCTTCAC-GTTTCTTGAGGC
*
9554 GA
509 AA
* * * *
9556 ACATTCAAATAAAATCTATTTTAACCAAAAAT-TAAAAAAAAATT-TACTTAAAATCAATTATGA
1 ACATTCAAATATAATCTGTTTTAACTAAAAATGT--AAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGA
* ** * * *
9619 GATTAGAAAATTATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTCAATGGCTTAAGAGACTATAAATGGACTT
64 GATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTAA-GGCTTGAGTGACTATAAATGGACTT
* * * * *
9684 TTCTTACCAATGGATGGCTTTTGCTCCACGTTT-TCTAACGCAGACATTAAAACATAATCTGTTT
128 TTCTTACCAATGGATGGCTTTTGCTTCATGTTTCTC-AAGGCAGACATTCAAATATAATCTGTTT
* * * * * **
9748 TAACCATAAATGTAAAAATATTCAACTTAAAATCAGTAATGAGATTATAAAATAATTTAAAGCGA
192 TAACAAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGA
* * * * * * * * * ** *
9813 GTAATAAGACTTTCAAAGACTTCAATGACTGTAAACGAACTTCTCCTGTCAATGGATGACTTTTG
257 GTAATAAGGCTTTCAAAGGCTTGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTACCAATGGATGGCTTTTG
* * * ** * * *
9878 CTTCATGTTTCTTGAGGCATACATTCAGTTATAATATATTTTAACTAAAAATGAAAAACAAATTC
322 CTTCACGTTTC-TAAGGCAAACATTCAAATATAATCTATTTTAACCAAAAATGTAAAA-AAATTC
** * * *
9943 AGTTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCGTTTGAAGGCTTA
385 AACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGGGAGTAATAAGGC-TTTCAAGGCTTG
* * * * * *** *
10008 AGTGAATATAAATGGACTTTTCTTACAAATGGATGGGTTTTGCTTTAAGTTTCCCAAGGTAA
449 AGTGACTATAAATGGACTTTTCTTACCAATGGATGGCTTTTGCTTCACGTTTCTTGAGGCAA
** * * * * *
10070 AC-TTCAGTTATAGTATG-TTTAACGAAAAATGTAAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATCACGAG
1 ACATTCAAATATAATCTGTTTTAACTAAAAATGT-AAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAG
* * * * * * ** *
10133 ATTATAAAATCATTTAAAGGGGGTAATAA-GTTTTTCGAAGGCTTAAGTGACTATACATAAATTT
65 ATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTT--AAGGCTTGAGTGACTATAAATGGACTT
* ** * * * ** ** *
10197 TTCTCACCAACAG-TGGGTTTTACTTCACGTTTCTTGAGATAGATATTCAAATATAATCTGTTTT
128 TTCTTACCAATGGATGGCTTTTGCTTCATGTTTCTCAAGGCAGACATTCAAATATAATCTGTTTT
* * * * * **
10261 TACTAAAAATGTAAAACAATTCCACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAATCATTTAAAATGAG
193 AACAAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAG
* * * *
10326 TAATAAGGCTTTTAATGGCTTGAGTGACTACAAATAGACTTTTCTTACCAACAGTGACTATAAAT
258 TAATAAGGCTTTCAAAGGCTTGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTT----AC-----C----AAT
* * * * * * * *
10391 GGACTTTTGTTGCTAATGGATCGCATTTGATTCACGTTTCCCATGTCAAACAGTAAAATAAAACC
310 GGA----TG--GC-------T----TTTGCTTCACGTTT-CTAAGGCAAACATTCAAATATAATC
* * * * * * *
10456 TGTTTTAGCTAAAAATATAAAACAATTGAACTTAAAATCGATTATGAGATTATAAAA-C------
357 TATTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAA
* *
10514 ---------T-A---TTT-AA----TAAGTGACTGTAAATGGACTTTTCTTACCAATGGATGGCT
422 AGGGAGTAATAAGGCTTTCAAGGCTTGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTACCAATGGATGGCT
* * * * ***
10561 TTGTACTTCACATTTCCTAAGGTGG
487 TT-TGCTTCACGTTTCTTGAGGCAA
* * * * * *
10586 ACATTCAAATAAAATC-GATTTTAACCAAAAATGTAAAAGAATTCACCTTACAATTAATTATGAG
1 ACATTCAAATATAATCTG-TTTTAACTAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAG
* * * * * *
10650 ATTATGAAACTATTTAATGGGAGTAAT-AGGCTTTTGAAGTCTTGAGCGACTATAAATGGACTTT
65 ATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTT-AAGGCTTGAGTGACTATAAATGGACTTT
* * * ** * * *
10714 TCTTGCCAATGGATGGCTTTTGCTTAACGTTTCTCAAGGCAGACATTCAGTTACAATATATTTTA
129 TCTTACCAATGGATGGCTTTTGCTTCATGTTTCTCAAGGCAGACATTCAAATATAATCTGTTTTA
* * * * * * *
10779 ATAAAAAATATAAAAAAATTTAACTTAAAATTAATTAGGAGATTATGAAACCATTTAAAGTGAGT
194 ACAAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGT
* * * *
10844 AATAAGGCTTTCAATGGCTTGAGTGACTACAAATAGACTTTTCTTACCAATGGATGGTTTTTGCT
259 AATAAGGCTTTCAAAGGCTTGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTACCAATGGATGGCTTTTGCT
* * * * * *
10909 TCACGTTTCTTGAGACAGACATTTAAATATAATCTATTTTAA-CAAAAA-GTACAAAACATGTTA
324 TCACGTTTC-TAAGGCAAACATTCAAATATAATCTATTTTAACCAAAAATGTA-AAAAAAT-TCA
* * * * * * * *
10972 ACTCAAAATGACTAATGAGATTATAAAACCATTTAAAGAGAGTAATAAGGTTTTTAAAGACTTGA
386 ACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGGGAGTAATAAGG-CTTTCAAGGCTTGA
* * * * ***
11037 GTAACTATAAATGGACTTTTCTTGCTAATGGATGGCTTTTGCTTCACATTTCTTGACTAAA
450 GTGACTATAAATGGACTTTTCTTACCAATGGATGGCTTTTGCTTCACGTTTCTTGAGGCAA
* * * *
11098 ACAATCAACTATAATCTGTTTTAACAAAAAATGTAAAAAAATGCAACTTAAAA-CTAATTATGAG
1 ACATTCAAATATAATCTGTTTTAACTAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATC-AATTATGAG
* * * * *
11162 ATTATAAAACCATTTAAAGAGAGTAATAAGGTTTTTGAAGACTTAAGTGATTATAAATGGACTTT
65 ATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTT-AAGGCTTGAGTGACTATAAATGGACTTT
* * * * ** * * * *
11227 TCTTACTAATGGATGCCTTTTACTTCAAGCCTC-CTGAGGCGGACAATT-AAATAAAATATGTTT
129 TCTTACCAATGGATGGCTTTTGCTTCATGTTTCTC-AAGGCAGAC-ATTCAAATATAATCTGTTT
* * * *
11290 TAACAAAAAGATATAAAAAAATTCAACTTAAAATAAATTATGAGATTATAAAACCA-TTAAGGTG
192 TAACAAAAA-ATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCG
* * * *
11354 AGTAATAAGGATTTCAACGGCTTGAGAGACTATAAATGGACTTTGT-TTACCAATGGATAGCTTT
256 AGTAATAAGGCTTTCAAAGGCTTGAGTGACTATAAATGGACTTT-TCTTACCAATGGATGGCTTT
* * * ** *
11418 TGCTCCACGTTTCCT-AGCGCAGACATTCAAATATAATATGCTTTAACCATAAATGTAAAAAAAT
320 TGCTTCACGTTT-CTAAG-GCAAACATTCAAATATAATCTATTTTAACCAAAAATGTAAAAAAAT
* * * * * *
11482 TCAACTTCAAATCAATAATGAGATTATTAAAA-AATTTAAAGCGAGTAATAAGACGTTCAAGGGC
383 TCAACTTAAAATCAATTATGAGATTA-TAAAACCATTTAAAGGGAGTAATAAGGCTTTCAA-GGC
** * * ** * * *
11546 TTGAGCAACTATAAAAT-AACTTTCCTTTTCAATGGATGGCTTTTGCTTCACATTT-TTCGAAGT
446 TTGAGTGACTAT-AAATGGACTTTTCTTACCAATGGATGGCTTTTGCTTCACGTTTCTT-GAGGC
*
11609 AG
509 AA
** * * * * * *
11611 ACATTCAGTTATAATATATTTTAAC-AAAATATGTAAAAGAATTTAACTTAAAATCAATCATGAC
1 ACATTCAAATATAATCTGTTTTAACTAAAA-ATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAG
* * * ** * * * ** *
11675 ATTATAAAACCATTTAAAAG-GGGTAACAAGTCGTTCGAAAGTTTGAGTGATTATAAATAAATTT
65 ATTATAAAACCATTT-AAAGTGAGTAATAAGGC-TTTTAAGGCTTGAGTGACTATAAATGGACTT
* * * * ** * *
11739 TTCTTTCCAATAG-TGGGCTTTTGCTTCACGCTTCT-AGAGATAGACATTTAAATATAATTTGTT
128 TTCTTACCAATGGAT-GGCTTTTGCTTCATGTTTCTCA-AGGCAGACATTCAAATATAATCTGTT
*
11802 TTAATC-AAAAATGTAAAACAAATT-AACTTAAAATCAATTATGAGATTACAAAACCATTTAAAG
191 TTAA-CAAAAAATGTAAAA-AAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAG
* * *
11865 CGAGTAATAAGGATTGT-AATGGCTTGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTACCAATGGATAGCT
254 CGAGTAATAAGGCTT-TCAAAGGCTTGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTACCAATGGATGGCT
* * * * *
11929 TTTG-TATCATGTTTCTCGAGGCAAACAGTT-AAATATAATCTGTTTTAACCAAACATATAAAAA
318 TTTGCT-TCACGTTTCT-AAGGCAAACA-TTCAAATATAATCTATTTTAACCAAAAATGTAAAAA
* * *
11992 AATTCAACTTAAAATCGATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCAATA
380 AATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGGGAGTAATAAGGCTTTCAA-G
* * * *
12057 GCTTGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTACCTATGGATGGTTTTTGCTTCACGTTTCCTAAGGC
444 GCTTGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTACCAATGGATGGCTTTTGCTTCACGTTTCTTGAGGC
12122 AA
509 AA
* * * * * *
12124 ACATTCAAATATAATCTATTTGAACTGAAAATGAAAAAAAAAATTTAACTTAAAATCAATAATGA
1 ACATTCAAATATAATCTGTTTTAACTAAAAATG--TAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGA
* * * ** * *
12189 GATTATAAAATCATTTGAAGTGAGCAATAAGGCTATCGAAAGCTTGAGTGACTATAAATAGACTT
64 GATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCT-TTTAAGGCTTGAGTGACTATAAATGGACTT
** * * * * * *
12254 TTCTTGTCAATGGATGACTTTTGCTTCATGTTTCTCGAGGCAGATAGTCAAATATAATTTGTTTG
128 TTCTTACCAATGGATGGCTTTTGCTTCATGTTTCTCAAGGCAGACATTCAAATATAATCTGTTTT
* * * * * * *
12319 AGCCAAAAATGTAAAACAATCCAACTTAAAATCAATTATGAGATTTTAAAAGCATTTAAAACGAG
193 AACAAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAG
* * *
12384 TAATAAGGTTTTCAATA-GCTTAATTGACTATAAATGGA-TATTTCTTACCAATGGATGAG-TTT
258 TAATAAGGCTTTCAA-AGGCTTGAGTGACTATAAATGGACT-TTTCTTACCAATGGATG-GCTTT
* *** * * * * * * *
12446 TACTTCTTTTTTCTTGAGGTAGAGATTCAAACATAATCTGTTTTAACCAAAAATATAAAAAAAAT
320 TGCTTCACGTTTC-TAAGGCAAACATTCAAATATAATCTATTTTAACCAAAAATGT-AAAAAAAT
* * * * **
12511 T-AACTTAAAATTAATTATGATATTATAAAATCATTTAAAGGGAGTAATAAGGCTTTCACAAGAA
383 TCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGGGAGTAATAAGGCTTTCA-AGGCT
* * * * * * ** * *
12575 TGGGTAACTATATAA-AGACTTTTCTTGCCAACGAATGATTTTTTGCTTCATGTTTCTCGAGGCA
447 TGAGTGACTATA-AATGGACTTTTCTTACCAATGGATG-GCTTTTGCTTCACGTTTCTTGAGGCA
12639 A
510 A
* * *
12640 ATAGTT-AAATACAATCTGTTTTAACCAAAAA--TAAAAAAA---AACTTAAAATCAATTATGAG
1 ACA-TTCAAATATAATCTGTTTTAACTAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAG
* * *
12699 ATTATAAAACTATTAAAAGTGAGTATTAAGGCTTTTGAAGGCTTGAGTGA-TGATAAATGGACTT
65 ATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTT-AAGGCTTGAGTGACT-ATAAATGGACTT
* * * * * *
12763 TT-TGTGCTAATGGA-GAGCTTTTGCTTCATGTTTTTCAAGGCAGACATTCAATTATAATATATT
128 TTCT-TACCAATGGATG-GCTTTTGCTTCATGTTTCTCAAGGCAGACATTCAAATATAATCTGTT
12826 TTAATC-AAAAATGTAAAAACAATT-AACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAG
191 TTAA-CAAAAAATGTAAAAA-AATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAG
* * * * **
12889 AGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCTTAAGTGAGTATAAATAGACTTTTCTTACTGATGGATGGCTT
254 CGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCTTGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTACCAATGGATGGCTT
* * ** * ** *
12954 GTGCTTCACGTTTCTCGAGGCAAACATAGAAATATAATCTGTTTTAATGAAAAATGGAAAAAAAT
319 TTGCTTCACGTTTCT-AAGGCAAACATTCAAATATAATCTATTTTAACCAAAAATGTAAAAAAAT
* * * * * ** * *
13019 TC-ACTTAAAATTAATAATGATATTTTAAAACCATTCAAAGCAAGTAATAAGAG-TTTCAAAAGT
383 TCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGGGAGTAATAAG-GCTTTC-AAGGC
* * * * * * *
13082 TTGAGTGAATATAAATAGACTTTTCTTACCCATAGATGGCTTTTACTT-ATGTTTCTCGAGGCAA
446 TTGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTACCAATGGATGGCTTTTGCTTCACGTTTCTTGAGGCAA
* **** * * * * * *
13146 ACATTCAATTATAAAAAATTTTAACCAAGAATGTAAAAATATTCAAATTAAAATCAATTATTAGG
1 ACATTCAAATATAATCTGTTTTAACTAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGA
* * * * * **
13211 CTATAAACCCTTTTAAAGTGAGTATTAAGACTTTTAAAGGCTTGAGCAACTATAAATGGACTTTT
66 TTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTT-AAGGCTTGAGTGACTATAAATGGACTTTT
* * * * ** * * *
13276 CTTGCCAATAGATAGCTTTTTCTTCATGTTTCTTGAGGTAAACAATT-AAATATAATTTGTTTTA
130 CTTACCAATGGATGGCTTTTGCTTCATGTTTCTCAAGGCAGAC-ATTCAAATATAATCTGTTTTA
* * * * * *
13340 ACCAGAAATG-AAAGAAAAATCAGCTTAAAATCAATTATGAGACTATAAAACCATTTAAAGTGAG
194 ACAAAAAATGTAAA-AAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAG
* * * * *
13404 TAATACGAC-TTCAACA-GCTTGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTACTAATAGATGGCTTTTA
258 TAATAAGGCTTTCAA-AGGCTTGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTACCAATGGATGGCTTTTG
* * * * * * *
13467 CTTCACGTTTCCT-AGTACAGACATTCAAATATAATCTGTTTTAACTATAAATATAAAAATAGTT
322 CTTCACGTTT-CTAAG-GCAAACATTCAAATATAATCTATTTTAACCAAAAATGTAAAAA-AATT
* * ** * * * *
13531 -AACTTAAAATTAATAATGAGATTATAAAATAATTTAAAGCGAGTAATGAGACATTCGAAGGCTT
384 CAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGGGAGTAATAAGGCTTTC-AAGGCTT
* * * * * *
13595 AAGTGACTATAAATGGACTTCTCTCATCAATGGATGGCTTTTGCTTTACGTTTCTTGAGGCAT
448 GAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTACCAATGGATGGCTTTTGCTTCACGTTTCTTGAGGCAA
** * * * *
13658 ACATTCAGTTATAATATAG-TTTAACTAAAAATGTAAAAAAACTCAACGTAAAATCAATTAGGAG
1 ACATTCAAATATAATCT-GTTTTAACTAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAG
* * * * *
13722 ATTATGAAACCATTTAAAGCGAGCAATAAGGCTTTCAATGGCTTGAGTGACTATACATGGACTTT
65 ATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTAA-GGCTTGAGTGACTATAAATGGACTTT
* * **** * * * **
13787 CCTTACCTATGGACAATTTTTGCTTTATGGTTCAT-GAGATAGACATTCAAATATAATCTGTTTT
129 TCTTACCAATGGATGGCTTTTGCTTCATGTTTC-TCAAGGCAGACATTCAAATATAATCTGTTTT
* * * *
13851 AAC-AAAAA-GTACAAAACATTTCAACTTAAAATGAATAATGAGATTATAAAACCATTTAAAGAG
193 AACAAAAAATGTA-AAAA-AATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCG
* * * * *** *
13914 AGTAATGAGGCTTGCGAAGGCTTGAGTGACTATAAATGGACTTTTTTTGTTAATAGATGGCTTTT
256 AGTAATAAGGCTTTCAAAGGCTTGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTACCAATGGATGGCTTTT
* * * * * * ** * *
13979 GCTTCATGTTTCTCGAGTCAAATAGTCAAATGTAATCTATTTTAATAAAAAATATAAAAAAATTT
321 GCTTCACGTTTCT-AAGGCAAACATTCAAATATAATCTATTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTC
* * * * * ** * *
14044 AACTCAAAACCAATTATAAGATGATAAAACTATTTAAATTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCTTA
385 AACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGGGAGTAATAAGGC-TTTCAAGGCTTG
* ** * * * *
14109 AGTGACTAGAAATAAACTTTTCTTACCAATGGATGGCTTTTACTTCACGTCTCCTGAGGCAG
449 AGTGACTATAAATGGACTTTTCTTACCAATGGATGGCTTTTGCTTCACGTTTCTTGAGGCAA
* * * * * *
14171 ATAGTCAAATAAAATATGTTTTTAACAAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATTAATTATGAG
1 ACATTCAAATATAATCTG-TTTTAACTAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAG
* * * * * * * *
14236 ATTATAAACCCATTTAAAGTGAGTAATAAAGATTTCAACAGTTTGAGAGGCTATAAATGGACTTT
65 ATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTAA-GGCTTGAGTGACTATAAATGGACTTT
** * * * * * *
14301 TCTTTTCAATGAATGGCTTTTGCTCCGTGTTTC-CTAACGTAGACATTCAAATATAATATGTTTT
129 TCTTACCAATGGATGGCTTTTGCTTCATGTTTCTC-AAGGCAGACATTCAAATATAATCTGTTTT
* * * * * * *
14365 AACCATAAATATAAAAAAATTCAACTTCAAATCAATAATGAGATTATTAAAA-AATTTAAAGCTA
193 AACAAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTA-TAAAACCATTTAAAGCGA
* * * * * * *
14429 TTAATAAGACGTT-AAAGGGTTTGAGTGACTATAAACT-AACTTTTCTTATCAATAGATGGCTTT
257 GTAATAAGGCTTTCAAA-GGCTTGAGTGACTATAAA-TGGACTTTTCTTACCAATGGATGGCTTT
* * * * ** * ** *
14492 TGCTTTACGTTTTTCGAA-ACAGACATTCAGTTATAATATATTTTAATAAAAAATATAAAAAAAT
320 TGCTTCACG--TTTCTAAGGCAAACATTCAAATATAATCTATTTTAACCAAAAATGTAAAAAAAT
* * * * * * * * *
14556 TTAACTTAAAATCAATCATGAGAATATAAAACTATTTAAAGGGGGCAATAAGTCATTCGAAGGTT
383 TCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGGGAGTAATAAGGCTTTC-AAGGCT
** * * * * * * *
14621 TGAGTGACTATAAATAAATTTTTCTTACCAATAG-TGGGCTTTCGCTTCATGTTTCTGGAGACAG
447 TGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTACCAATGGAT-GGCTTTTGCTTCACGTTTCTTGAGGCAA
* * *
14685 ACAATTTAAATATAATCTGTTTTAACAAAAAATGTAAAACAATTCAACTTAAAATCAATTATGAG
1 AC-ATTCAAATATAATCTGTTTTAACTAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAG
* *
14750 ATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTGTAATGGCTTGAGTGACTATAAATGGACTTT
65 ATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTAA-GGCTTGAGTGACTATAAATGGACTTT
* * * * * *
14815 TCTTACCAATGGATAGCTTTTG-TATCATGTTTCTCGAGGTAAATAGTT-AAATATAATCTGCTT
129 TCTTACCAATGGATGGCTTTTGCT-TCATGTTTCTCAAGGCAGACA-TTCAAATATAATCTGTTT
* *
14878 TAATCAAAAATATG-AAAAAAATTCAACTTAAAATCGATTATGTGATTATAAAACCATTTAAAGC
192 TAA-CAAAAA-ATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGC
*
14942 AAGTAATAAGGCTTT------C---A---AC-------GGACTTTTCTTA-CAGATGGATGGCTT
255 GAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCTTGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTACCA-ATGGATGGCTT
* * * * * * ** *
14987 GTGCTTCATGTTTCTCGAGACAAACATACAAATATAATCTGTTTTAATGAAAAATCTAAAACAAA
319 TTGCTTCACGTTTCT-AAGGCAAACATTCAAATATAATCTATTTTAACCAAAAATGTAAAA-AAA
* * * * * ** ***
15052 TTC-ACTTAATATTAATAATGATATTTTAAAACCATTCGAATCAAGTAATAAGAG-TTTCAAAGG
382 TTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGGGAGTAATAAG-GCTTTC-AAGG
* ** * * *
15115 CTTAAGTGACTATAAATGGACTTTTCTCGCCCATGGATGGCTTTTGC-TCATGTTTCCCATGA--
445 CTTGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTACCAATGGATGGCTTTTGCTTCACGTTT--CTTGAGG
15177 CAA
508 CAA
** * * * * *******
15180 ACATTCAGTTATAAT-AGATTTTAACCAAAAATATAAAAAAATGCAACTTAAAATCANNNNNNNN
1 ACATTCAAATATAATCTG-TTTTAACTAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCA-ATTATGA
********************************** * **
15244 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTTGAAGGCTTGAGCAACTATAAATGGACTTT
64 GATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTAAGGCTTGAGTGACTATAAATGGACTTT
* * * ** ** * * * *
15309 TCTTGCCAATGGATAGCTTTTTCTTCACATTTCTTGAGGCAAACAGTCAAATATAATCTATTTAA
129 TCTTACCAATGGATGGCTTTTGCTTCATGTTTCTCAAGGCAGACATTCAAATATAATCTGTTTTA
* * * *
15374 ACTAGAAATGCAAGAAAAA-TCAACTTAAAATCAATTATAAGATTATAAAACCATTTTAAAGCGA
194 ACAAAAAATGTAA-AAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCA-TTTAAAGCGA
* * * * * ** *
15438 GTAATACGGCTTTCAACGGCTTGAGTGACTACAAATTGACTTTTCTTATCAATGGATATCTTTTA
257 GTAATAAGGCTTTCAAAGGCTTGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTACCAATGGATGGCTTTTG
* * * * * * * * * *
15503 CTTTACGTTTCCTAACGCAGACATTTAAATATGATCTGTTTTAACCATAAATGTGACAATATTCA
322 CTTCACGTTT-CTAAGGCAAACATTCAAATATAATCTATTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCA
* * * * * * *
15568 AATTAAAATCAATAATGAGATTATAAAACAATTTAAAGCGAGTAATACGACTTTCGAAGACTTGA
386 ACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGGGAGTAATAAGGCTTTC-AAGGCTTGA
* * * * *** * * * * *
15633 GAGACTATAAACGAACTTCTCTCGTCAATGGATGGCTTTTCCTTCATGCTTATTGAGGCAC
450 GTGACTATAAATGGACTTTTCTTACCAATGGATGGCTTTTGCTTCACGTTTCTTGAGGCAA
** * * * * *
15694 ACATTCAGTTATAATATATTTTAACAAAAAATATAAAAAAATTTAACTTAAAAT-AATTATGAGA
1 ACATTCAAATATAATCTGTTTTAACTAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGA
* * *
15758 TTATAAAATCATTTAAAGTGAGTAGTAAGGCTTTTAATGGCTTAAGTGACTATAAATGGACTTTT
66 TTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTAA-GGCTTGAGTGACTATAAATGGACTTTT
* * * * * * * * * * * *
15823 CTTGCTAATGGATCGCATTTGATTCATGTTTCCCATGTCAAATAGTCAAATATAATCTATTTTAA
130 CTTACCAATGGATGGCTTTTGCTTCATGTTTCTCAAGGCAGACATTCAAATATAATCTGTTTTAA
* * * * *
15888 CTAAAAATGTAAAAAAATTCAACTCAAAATCGATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGGGAGTA
195 CAAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTA
** * * * *
15953 ATAAGGCTTTTGAAGGCTTAAGTAACTATAAATGGACTTTTCTTACCAATGTATGGTTTTTGCTT
260 ATAAGGCTTTCAAAGGCTTGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTACCAATGGATGGCTTTTGCTT
* * **
16018 CACGTTTCCTAA-GCGAACATTCAAATATAATCTATTTTAACTAAAAATACAAAAACAATTCAAC
325 CACGTTT-CTAAGGCAAACATTCAAATATAATCTATTTTAACCAAAAATGTAAAAA-AATTCAAC
* * * *
16082 TTAAAATCAA-TACTAAAATTATAAAACCATTTAATGGGAGTAATAAGGCTTTCGAAGTCTTGAG
388 TTAAAATCAATTA-TGAGATTATAAAACCATTTAAAGGGAGTAATAAGGCTTTC-AAGGCTTGAG
* * ** * * * * *
16146 CGACTATAAATAGAC-TTTCTTATTAATGGATAGCTTTTGCTTAAAGTTTCTCGAGGCAG
451 TGACTATAAATGGACTTTTCTTACCAATGGATGGCTTTTGCTTCACGTTTCTTGAGGCAA
* * ** * * * * * *
16205 ACTTTTAGTTATAATATATTTTAA-TCAAAAATATTAAAAAATTCAACTTAAAATCAAATAGGAG
1 ACATTCAAATATAATCTGTTTTAACT-AAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAG
* * ** * * * *
16269 ATTATGAAACTATTGGAAGCGAGTAATAAGGCTTTCAATGACTTGAGTGACTATAAATGTACTTT
65 ATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTAA-GGCTTGAGTGACTATAAATGGACTTT
* * ** ** ** * * * **
16334 TCTCACAAAT--AT--AATTTG-TT--T-TAACAAAAAGTACAAAACATTTCAACT-TAAAATG-
129 TCTTACCAATGGATGGCTTTTGCTTCATGTTTC-TCAAG-GC-AGACA-TTCAAATATAATCTGT
** ** * * * ********************************************
16389 AATAA-TGAGATTATANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
190 TTTAACAAAAAATGTA-----AAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTT
*************************************************** * ** * *
16453 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNC-GAGTAATAAGAC
250 AAAGCGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCTTGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTACCAAT-GGAT
* **** * ** ** * *** * * ** **
16517 GTTCGAGGGCTTGA-GTGACTATAAACTAAC-TTCTCTTATCATTGTATGGCTTTTGCTTC-ATT
314 G-GCTTTTGCTTCACGTTTCTA-AGGCAAACATTCAAATAT-AATCTAT---TTTAAC--CAAAA
* * * *
16579 TTTTCAGAGACTATAAACT-AACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTGAAGGGAGTA
371 ATGT-A-A-A--A-AAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGGGAGTA
* * * * * * * *
16643 ATAAGGCTTTCAAAGGCTTAAATGAGTATAAATGGACTTTTTTTATCGATGAATGGCTTGTGCTT
430 ATAAGGCTTTC-AAGGCTTGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTACCAATGGATGGCTTTTGCTT
* * *
16708 CACGTTTCTCGAGGTAG
494 CACGTTTCTTGAGGCAA
* * ** * *
16725 ACATACAAATATAATCTGTTTGAA-TGAAAAATGT-AAAAAATCTTTACTTAAAATTAATAATGA
1 ACATTCAAATATAATCTGTTTTAACT-AAAAATGTAAAAAAAT-TCAACTTAAAATCAATTATGA
* * * * * *
16788 TATTTTAAAACCATTCAAAGTAAGTAAT-AGGAGTTTTGAAAGCTTGAGTGACTATAAATGGA-T
64 GATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGG-CTTTT-AAGGCTTGAGTGACTATAAATGGACT
* * * ** * * * ** ***
16851 ATTTCTTGCCCATGGATGGCCTTTGC-TCACATTTCTCAAGGTAAACATCCAGTTATAATAAATT
127 -TTTCTTACCAATGGATGGCTTTTGCTTCATGTTTCTCAAGGCAGACATTCAAATATAATCTGTT
* * * * * *
16915 TTAACAAAAAATATAAAAAAATTAAACTTAAAATCAATGATTAGACTATAAACCCATTTAAAGCG
191 TTAACAAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCG
** * ** *
16980 AGTAATAAGGCGAGTAATAAGGCTTGAGCAACTATAAATGGACTTTTCTTGA-CAATGGATAGCT
256 AGTAATAAGGC-TTTCA-AAGGCTTGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTT-ACCAATGGATGGCT
* * * * * * * *
17044 TTTTCTTCACGTTTATTGAGGCAAAGAGTCAAATATAATATAATTTAACCAAAAATGCAAGAAAA
318 TTTGCTTCACGTTT-CTAAGGCAAACATTCAAATATAATCTATTTTAACCAAAAATGTAA-AAAA
* * * *
17109 A-TCAACTTAAAATCAATTATCAGATTATGAAACCATTTCAAGCGAGTAATACA-GCTTTCAACG
381 ATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGGGAGTAATA-AGGCTTTCAA-G
* * * * * *
17172 GCTTGAGTGACTATAAATGGACTTCTCTTATCAATGGATGGCTTTTGCTTCATGTTTCCTAACGC
444 GCTTGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTACCAATGGATGGCTTTTGCTTCACGTTTCTTGAGGC
*
17237 AC
509 AA
* * *
17239 ACATTCAAATATAATCTGTTTTAACTAAAAATATAAAAATATTCAACTTAAAACCAATTATGAGA
1 ACATTCAAATATAATCTGTTTTAACTAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGA
* * * * * * * *
17304 TTATATAACTATTTAATGGGAGTAATATGACTTTTGAAGGCTTAAATGACTATAAAT-GAGCTTT
66 TTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTT-AAGGCTTGAGTGACTATAAATGGA-CTTT
** ** *
17368 TCTTACCAATGGATGGCTTTTATTTCATGCCTC-CTAAGGCAGACATTCAAATAAAATCTGTTTT
129 TCTTACCAATGGATGGCTTTTGCTTCATGTTTCTC-AAGGCAGACATTCAAATATAATCTGTTTT
* * *
17432 AACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATGAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAG
193 AACAAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAG
* * * *
17497 TAATAAGGATTTCAATGGCTTGAGAGACTATAAATGGACTTTTCTTACCAATGGATGGCTTTTTC
258 TAATAAGGCTTTCAAAGGCTTGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTACCAATGGATGGCTTTTGC
** ** * * *
17562 ACCACGTTTCCTAACACAAACATTCAAATATAATATGTTTTAACCATAAATGTAAACAAAATT-A
323 TTCACGTTT-CTAAGGCAAACATTCAAATATAATCTATTTTAACCAAAAATGTAAA-AAAATTCA
* * * ** * *
17626 ACTGAAAATTAATAATGAGATTATAAAAAAATTTAAAGCGAGTAATAA-GATGTTCAAGGGCTTG
386 ACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGGGAGTAATAAGGCT-TTCAA-GGCTTG
* ** * * * * * * *
17690 AGTGACTATAAACT-AACTTCACTTATCAATGGATAGCTTTTGCTTAACGTTTTTTGAAGTAG
449 AGTGACTATAAA-TGGACTTTTCTTACCAATGGATGGCTTTTGCTTCACGTTTCTTGAGGCAA
* ** * * * * *
17752 ATATTCAGTTATAATATATTTTAA-TAAAAAATATAAAAAAAATTTAACTTAAAATCAATCATGA
1 ACATTCAAATATAATCTGTTTTAACT-AAAAATGT-AAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGA
* * * * * * ** *
17816 GATTATAAAGCTATTTAAAGGGAGTAATAAGTCTTTCGAAGGTTTGAGTGACTATAAATAAATTT
64 GATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTT-TAAGGCTTGAGTGACTATAAATGGACTT
* * * * * *
17881 TTCTTGCTAATAG-TGGGCTTTTGCTTCACGTTTCTCAAGACAGATATTCAAATATAATCTGTTT
128 TTCTTACCAATGGAT-GGCTTTTGCTTCATGTTTCTCAAGGCAGACATTCAAATATAATCTGTTT
* ** * ********** * *
17945 TAACCAAAAATGTAAAGCAATTCAACTTAAAATCAATTATAAGNNNNNNNNNNCATTTACAGTGA
192 TAACAAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGA
* * ********** *
18010 GTAATAAGGCTTGT-AATGACTTGAGTGACTATAAATGGACTTTNNNNNNNNNNGGATAGCTTTT
257 GTAATAAGGCTT-TCAAAGGCTTGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTACCAATGGATGGCTTTT
* * * * *
18074 G-TATCATGTTTCTTGAGGTC-AACAGTT-AAATATAATCTGTTTTAACCAAGAATATAAAAAAA
321 GCT-TCACGTTTC-TAAGG-CAAACA-TTCAAATATAATCTATTTTAACCAAAAATGTAAAAAAA
* * * *
18136 TTCAACTTAAAATTAATTATGAAATTATAAAACCGTTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCAATGGC
382 TTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGGGAGTAATAAGGCTTTCAA-GGC
* * * * * * *
18201 TTGAGTCACTATAAATGGACTTTTTTTTACTAATGGATGGTTTTTG-TATCATGTTGCTCGAGGT
446 TTGAGTGACTATAAATGGAC-TTTTCTTACCAATGGATGGCTTTTGCT-TCACGTTTCTTGAGG-
18265 C-A
508 CAA
* * *
18267 ACAATT-AAATATAATCTATTTTAACCAAAAAT-T-AAAAAATTCAACTTAAAATCAATAATGAG
1 AC-ATTCAAATATAATCTGTTTTAACTAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAG
* * ** * ** *
18329 ATTATAAAATCATTTGAAGTGAGTAATAAGGCTATCGAAAGCTTGAACGACTATAAATAGACTTT
65 ATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCT-TTTAAGGCTTGAGTGACTATAAATGGACTTT
* * * * * * * *
18394 TCTTGCCAATGGATGACTTTTACTTCATGTTTCTCGAGGCAGATAGTCAAATATAATTTGTTTGA
129 TCTTACCAATGGATGGCTTTTGCTTCATGTTTCTCAAGGCAGACATTCAAATATAATCTGTTTTA
* * * ********** **
18459 GCAAAAAATGTAAAACAATCCAACTTAAAATCANNNNNNNNNNTATAAATGCATTTAAAGCGAGT
194 ACAAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGT
* * * * * *
18524 AATAAGGCTTTCAACA-GCTT-AATAGACTATAAA-CGAATAATTCTTACCGATGGATGGATTTT
259 AATAAGGCTTTCAA-AGGCTTGAGT-GACTATAAATGGACT-TTTCTTACCAATGGATGGCTTTT
* * * ** * * * * **
18586 ACTT--CTTTTACCTAAGGCAGAGGTTCAAACATAATCCATCTTAA--TAAAATAAAAAAAAAAT
321 GCTTCACGTTT--CTAAGGCAAACATTCAAATATAATCTATTTTAACCAAAAAT-GTAAAAAAAT
* * * * ** * **
18647 T-AACTTAAAATTAACTATGAAATTATAAAACCATTTAAAGGTAGTAATAACCCTTTCGAAAGAA
383 TCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGGGAGTAATAAGGCTTTC-AAGGCT
* * ** * * * ** * * **
18711 TGGGTGACTATATATAAACTTTTCTTGCAAATGAATAGTTTTTTACTTCACGTTTCTCGAGATAA
447 TGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTACCAATGGAT-GGCTTTTGCTTCACGTTTCTTGAGGCAA
*
18776 ACAGTCAAATATAATCTGTTTTAA-TAAAAAATGTAAAAACAA---AA--TAAAATCAATTATGA
1 ACATTCAAATATAATCTGTTTTAACT-AAAAATGTAAAAA-AATTCAACTTAAAATCAATTATGA
* * *
18835 GATTATAAAATCATTTAAAGTGAGTATTAAGGCTTTTGAAGGTTTGAGTGA-TAATAAATGGACT
64 GATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTT-AAGGCTTGAGTGACT-ATAAATGGACT
* * ** * *
18899 TTTCTTGCTAATGGA-GAGCTTTTGCTTCACATTTCT-AGAGACAGACATTCAAATATAATCTAT
127 TTTCTTACCAATGGATG-GCTTTTGCTTCATGTTTCTCA-AGGCAGACATTCAAATATAATCTGT
* * *
18962 TTTAACCAAAAATGCAAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTTTGAGATTATAAAACCATTTAAAG
190 TTTAACAAAAAATG-TAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAG
* ********************** *
19027 TGAGNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTATCAATGGATGGCTT
254 CGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCTTGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTACCAATGGATGGCTT
* * * * * * * * * * * * * *
19092 TTACTTCATGTTTCTCGAGGTAGATAGTCAATTATAATTTGTTTGAGCGAAAAATGTAAAATAAT
319 TTGCTTCACGTTTCT-AAGGCAAACATTCAAATATAATCTATTTTAACCAAAAATGTAAAAAAAT
* * * ************
19157 TCAACTTAAAATAAATTATGAGATTATAAAAGCATTTAAAGCGAGTAATAANNNNNNNNNNNNNT
383 TCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGGGAGTAATAA-GGCTTTCAAGGCT
* * * * * * *** * * *
19222 TAATTGACTATAAATGTACATTTCTTACCAATGGATGGGTTTTACTTCTTTTTTGC-AGAGGTAG
447 TGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTACCAATGGATGGCTTTTGCTTCACGTTT-CTTGAGGCAA
* * ** * * * * * *
19286 AGATTCAAATATAATATGTTTTAACTAAAAAAATAAAAAAATTTAAATT-AAATTAATAATAAAA
1 ACATTCAAATATAATCTGTTTTAACTAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGA
* ** * ** **
19350 TTATAAAACCATTTAAAAG-GAGTAATAAGG-TTTTGGAAAGAATGGGTGTTTATATACA-AAAC
66 TTATAAAACCATTT-AAAGTGAGTAATAAGGCTTTT--AAGGCTTGAGTGACTATA-A-ATGGA-
* ** * * ** * * *** * *
19412 CATTT-AAAGCCAAT-AATAAGGCTTTCAATGGCTTGAGTGACTATAAATGGACTTTCTTTAAAA
125 CTTTTCTTA-CCAATGGAT--GGCTTT---T-GCTTCA-TGTTTCTCAA-GG-CAGACATTCAAA
* * *
19475 T-TGATGGCTTTTACTTCACGTCAGACATTCAAATATAATCTGTTTTAATAAAAAATGTAAAACA
180 TATAAT--C-TGT--TT----T---A-A--CAAA-A-AA--TG---T-A-AAAAAAT-T-CAAC-
* * * * * * * ** * * * *
19539 ATTCAACTTAA-AATCA-ATTATGAGATTA-TAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTAA
218 -TTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGC-----GAG----TAATAAGGCTTTCAA
* * * * * *
19601 TGGCTTGAGTGACTATAAATGAACTTTTCTTACTAATTGG-TGGTTTTTACTTCACGTTTCTCGA
273 AGGCTTGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTACCAA-TGGATGGCTTTTGCTTCACGTTTCT-AA
* * * * * * *
19665 GGCAGACATTCAGATAAAATTTGTTTTAACCAAAAATGTAAAACAATTCAACTTAAAACCAATTA
336 GGCAAACATTCAAATATAATCTATTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTA
* * * *
19730 TGAGATTATAAAACTATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTAATGGCTTGAGTGACTATAAATGAA
401 TGAGATTATAAAACCATTTAAAGGGAGTAATAAGGCTTTCAA-GGCTTGAGTGACTATAAATGGA
* * * * * *
19795 CTTTTCTTGCTAATGGATCG-TATTTGATTCATGTTTC--GCATGTCAA
465 CTTTTCTTACCAATGGATGGCT-TTTGCTTCACGTTTCTTG-A-GGCAA
* * * *
19841 ACAGTCAAATATAATCTATTTTAACTAAAAATGTAAAAAAATTCAACTCAAAATCGATTATGAGA
1 ACATTCAAATATAATCTGTTTTAACTAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGA
* * * *
19906 TTATAAAACTATTTAAAGAGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCTTAAGTGATTATAAATGGACTTTT
66 TTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTT-AAGGCTTGAGTGACTATAAATGGACTTTT
* * ** * * * *
19971 CTTATCAATGGATGGTTTTTGCTTCACATTTCCTGAA-CCAGATATTCAAATATAATCCGTTTTA
130 CTTACCAATGGATGGCTTTTGCTTCATGTTT-CTCAAGGCAGACATTCAAATATAATCTGTTTTA
* * * * * * * *
20035 ATAAAAAGTGCAAAAGATTTCAACTTAAAATGAATAATGAGATTATAAAACCATTTAAAGAGAGT
194 ACAAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGT
* * * * * * *
20100 AATAAGGCTTTCGAAGGCCTGAGTGAC-AGTAAAGGGACTTTTCTTGCTAATGGATAGCTTTTCC
259 AATAAGGCTTTCAAAGGCTTGAGTGACTA-TAAATGGACTTTTCTTACCAATGGATGGCTTTTGC
* * * * *
20164 TTCACGTTT-TACGAGTCAAACAGTCAAATATAATCTGTTTTAACTAAAAATGTAAAAAAATTTA
323 TTCACGTTTCTA--AGGCAAACATTCAAATATAATCTATTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCA
* * * * * * * *
20228 GCTCAAAA-CTAATTACGAGATTATACAACCATTTAAAGGGAATAATAAGACTTTTAAAGGCTTA
386 ACTTAAAATC-AATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGGGAGTAATAAGGC-TTTCAAGGCTTG
* * * ** *
20292 AGTAACTATAAATGGACTTTTCTTACCAATGGATGGCTTTTACTTCATGCCTCTTGAGG-AGG
449 AGTGACTATAAATGGACTTTTCTTACCAATGGATGGCTTTTGCTTCACGTTTCTTGAGGCA-A
* * * *
20354 ACATTCAAATAAAATCTGTTTT-ACTCAAAAATATAAAAAAATTCTACTTAAAATCAATTATGGG
1 ACATTCAAATATAATCTGTTTTAACT-AAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAG
* * * *
20418 ATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGATTTAAACGTCTTGAGAGACTATAAATGGACTTT
65 ATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTAA-GGCTTGAGTGACTATAAATGGACTTT
* * * * ** * *
20483 TCTTACCAATGGCTAGCTTTTGCTCCACGTTTC-CTAACACGGACATTCAAATATAATATGTTTT
129 TCTTACCAATGGATGGCTTTTGCTTCATGTTTCTC-AAGGCAGACATTCAAATATAATCTGTTTT
* * * * *** * *
20547 AA-ACATAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATAATGATATTATAAAGTAATCTAAAGTGA
193 AACA-AAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGA
* * * * * ** *
20611 GTAATAAGACGTTC-AAGAACTTGGGTGACTATAAACT-AACTAGTCTTACCAATGGATTGCTTT
257 GTAATAAGGCTTTCAAAG-GCTTGAGTGACTATAAA-TGGACTTTTCTTACCAATGGATGGCTTT
* ** * * ** * ** *
20674 CGCTTCATATTTTCTGAGGCAGACATTCAGTTATAATATATTTTAATAAAAAACGTAAAAAAATT
320 TGCTTCA-CGTTTCTAAGGCAAACATTCAAATATAATCTATTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATT
* * * * * *
20739 TAACTTAAAATCAATCATGAGATTATAAAACCATTTAAAGGGGGTAATAAGTGTTTTGAAGGTTT
384 CAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGGGAGTAATAAG-GCTTTCAAGGCTT
** * * * * ** **
20804 GAGTGACTATAAATAAATTTTTCTTGCCAATAG-TGGGCTTTTGCTTCATGTTTCTCAATACAA
448 GAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTACCAATGGAT-GGCTTTTGCTTCACGTTTCTTGAGGCAA
* * * *
20867 ACATTCAAATATAATCTG-------T---AATGTAAAACAATTCAACTTAAAATTAATTATTAAA
1 ACATTCAAATATAATCTGTTTTAACTAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGA
* ** * * *
20922 TTATAAAACTATTTAAAACGAGTAATAAGGCTTGTAATGGCTTGAATGACTATAAATGAACTTTT
66 TTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTAA-GGCTTGAGTGACTATAAATGGACTTTT
* *
20987 CTTACCAATGGATAGCTTTTG-TATCATGTTTCTCAAGGCAGACAGTT-AAATATAATTTGTTTT
130 CTTACCAATGGATGGCTTTTGCT-TCATGTTTCTCAAGGCAGACA-TTCAAATATAATCTGTTTT
* * * * * * *
21050 AACAAAAAATGTGAGAAAATTTAACTTGAAATCGATTATGAGATTATAAAACCCTTTAAAGAGAG
193 AACAAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAG
* ** * * *
21115 TAATAAGGCTTTTAATCGCTTAAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTACCAATGGATAGTTTTTGC
258 TAATAAGGCTTTCAAAGGCTTGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTACCAATGGATGGCTTTTGC
** * ** *
21180 TTCATATTTTCTAAGGAAAACATTCAAATATAATCTATTTTAACCAAAAATACAAAAAAAGTACA
323 TTCA-CGTTTCTAAGGCAAACATTCAAATATAATCTATTTTAACCAAAAATGTAAAAAAA-TTCA
* * * * * * ** *
21245 ACTTAAAATTAATAATGAGATTATAAAACTATTTAGAGTGAGTAACAAGGCTACCGAAAGCTTGA
386 ACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGGGAGTAATAAGGCTTTC-AAGGCTTGA
* ** * * ** * *
21310 ATGACTATAAATGGACTTTTCTTGTCAATGGATGACTTTGGCTTCTTGTTTC-TCATGGAAA
450 GTGACTATAAATGGACTTTTCTTACCAATGGATGGCTTTTGCTTCACGTTTCTTGA-GGCAA
* * * * * * * * *
21371 ATAGTCAAATTTACTTTTTTTTAACAAAAAATGTAAAACAA-TCTAATTTAAAATCAATTATGAG
1 ACATTCAAATATAATCTGTTTTAACTAAAAATGTAAAAAAATTC-AACTTAAAATCAATTATGAG
** * * * * * * *
21435 ATTATAAAAGTATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCAATAGTTTAATTGACTATAAATGGACATT
65 ATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTAA-GGCTTGAGTGACTATAAATGGACTTT
* ** * * * * * *
21500 TCTTACCAATGGATGGGTTTTATTTCTTTTTTCAT-AAGGCAAATATTCAAACATAATCTATTTT
129 TCTTACCAATGGATGGCTTTTGCTTCATGTTTC-TCAAGGCAGACATTCAAATATAATCTGTTTT
* *
21564 AACCAAAAAGAT-TAAAAAAATT-AACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGGG
193 AA-CAAAAA-ATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCG
* * * * * *
21627 AGTAATAAGGCTTTCGAAAGAG-TT-TGTGACTAGATATAGG-CTTTTCTTGCCAATGAATGGTT
256 AGTAATAAGGCTTTC-AAAG-GCTTGAGTGACTATAAAT-GGACTTTTCTTACCAATGGATGG-C
* * * ** * * * * *
21689 TTTTACTTCACGTTGCTCGAGAAAAATAGTCAAATATAATCTGTTTTAACTAAAAATATAAAAAA
317 TTTTGCTTCACGTTTCT-AAGGCAAACATTCAAATATAATCTATTTTAACCAAAAATGTAAAAAA
* * * * *
21754 A---AA-TTAAAATTAATTATGAGATTATAAAACCTTTTAAAGTGAGTATTTAGGCTTTCGAAGG
381 ATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGGGAGTAATAAGGCTTTC-AAGG
* * * * ** * *
21815 CTTGAGTGACAATAAATGGACTTTTCTTACTAATGGA-GAGCTTTTACTTTATATTTCTCGAGGT
445 CTTGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTACCAATGGATG-GCTTTTGCTTCACGTTTCTTGAGGC
*
21879 AG
509 AA
* * * * *
21881 ACATTCAATTATAATATATTTTAACCAAAAATGTAAAACAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGA
1 ACATTCAAATATAATCTGTTTTAACTAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGA
* * * * *
21946 TTATAAAACCAGTTAAA-TAGAGTAATAAGGCTTTGAAAGGCTTAACTGAGTATAAATGGACTTT
66 TTATAAAACCATTTAAAGT-GAGTAATAAGGCTTT-TAAGGCTTGAGTGACTATAAATGGACTTT
** * * * ** *
22010 TCTTACTGACGGATGGCTTGTGGTTCACATTTCTTGAA-GCAGACATAT-AAATATAATCTGTTT
129 TCTTACCAATGGATGGCTTTTGCTTCATGTTTC-TCAAGGCAGACAT-TCAAATATAATCTGTTT
** * * * * * * * * *
22073 TAATGAAAAATATAAAAAAATTCTATTTAAAATTAATAATGATATTTTAAAACTATTTAAAGCAA
192 TAACAAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGA
* * *
22138 GTAATAAGAG-TTTCGAAA-GCTTGAGTAACTATAAATGGACTTTTCTTGCCTATGGATGGCTTT
257 GTAATAAG-GCTTTC-AAAGGCTTGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTACCAATGGATGGCTTT
* * * ** ** *
22201 TGC-TCACATTTTTTGAGGCAAACATTCAGTTATAATAGATTTTAA-CAAAAATAT-AAAAAATT
320 TGCTTCAC-GTTTCTAAGGCAAACATTCAAATATAATCTATTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATT
* * * *
22263 CAACTTAAAATCAATTATTAGACTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTACAAAGGCTT
384 CAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGGGAGTAATAAGGCTTTC-AAGGCTT
** * ** * * * *
22328 GAGCAACTATAAATGGACTTTTTTTACCAATGGATCACTTTTTCTTCATGTTTCTTAAGCCAA
448 GAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTACCAATGGATGGCTTTTGCTTCACGTTTCTTGAGGCAA
* * * *
22391 ACAGTCAAATATAATCTGTTTTAACCAAAAATGCAAGAAAAA-TAAACTTAAAATCAATTATGAG
1 ACATTCAAATATAATCTGTTTTAACTAAAAATGTAA-AAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAG
* * * * *
22455 ATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATACGACTTTCAACAGCTTGAGTGACTATAAATGGACTTT
65 ATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTAA-GGCTTGAGTGACTATAAATGGACTTT
* * * *
22520 TCTTACCAGTGGAT-GCTTTTACTTCATGTTTCAT-AATGCAAACATTCAAATATAATCTGTTTT
129 TCTTACCAATGGATGGCTTTTGCTTCATGTTTC-TCAAGGCAGACATTCAAATATAATCTGTTTT
* * * * * * *
22583 AACCATATATGTAAAAATATTCAACTTAAAATCAATAATGAGATTATAAAACAATTTAAAGTGAG
193 AACAAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAG
* * * * ***
22648 TAATAAGACTTTCGAAGGCTTGAGTGACTATAAACGGACTTCTCTCGTCAATGGATGGCTTTTGC
258 TAATAAGGCTTTCAAAGGCTTGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTACCAATGGATGGCTTTTGC
* * * ** * *
22713 TTCACGTTTCTTGAGACATACATTCAGTTATAATATATTTTAACCAAAAATGTAGAAAAATTCAA
323 TTCACGTTTC-TAAGGCAAACATTCAAATATAATCTATTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAA
* * ** * * *
22778 CTTGAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTTGAAGGTTTAAG
387 CTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGGGAGTAATAAGGC-TTTCAAGGCTTGAG
* * * * ***
22843 TGACTATAAATGGACTTTTCTTACAAATGGATGGGTTTTGCTTTACGTTTCCTGAGGGTG
451 TGACTATAAATGGACTTTTCTTACCAATGGATGGCTTTTGCTTCACGTTTCTTGAGGCAA
** * * * * *
22903 ACATTCAGTTATAATATGTTTTAA-TGAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAATATCAATCATAAGA
1 ACATTCAAATATAATCTGTTTTAACTAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGA
* * * *
22967 TTATAAAACTATTTAAAGGGGGTAATAAGTCTTTTGAAGGCTTGAGTGACTATA
66 TTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTT-AAGGCTTGAGTGACTATA
23021 CATAAATTTT
Statistics
Matches: 13947, Mismatches: 3474, Indels: 1310
0.74 0.19 0.07
Matches are distributed among these distances:
485 2 0.00
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ACGTcount: A:0.39, C:0.13, G:0.14, T:0.34
Consensus pattern (510 bp):
ACATTCAAATATAATCTGTTTTAACTAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGA
TTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTAAGGCTTGAGTGACTATAAATGGACTTTTC
TTACCAATGGATGGCTTTTGCTTCATGTTTCTCAAGGCAGACATTCAAATATAATCTGTTTTAAC
AAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAA
TAAGGCTTTCAAAGGCTTGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTACCAATGGATGGCTTTTGCTTC
ACGTTTCTAAGGCAAACATTCAAATATAATCTATTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTA
AAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGGGAGTAATAAGGCTTTCAAGGCTTGAGTGACT
ATAAATGGACTTTTCTTACCAATGGATGGCTTTTGCTTCACGTTTCTTGAGGCAA
Found at i:15983 original size:341 final size:338
Alignment explanation
Indices: 15278--16336 Score: 952
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15268 NNNNNNNNNN
* * *
15278 TTGAAGGCTTGAGCAACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGGATAGCTTTTTCTTCACATTTCT
1 TTGAAGGCTTGAG-AACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGGATGGCTTTTCCTTCACGTTTCT
* * * *
15343 TGAGGCAAACAGTCAAATATAATCTATTTAAACTAGAAATGCAAGAAAAA-TCAACTTAAAATCA
65 TGAGGC-AACATTCAAATATAATCTATTTTAACTAAAAATACAA-AAAAATTCAACTTAAAATCA
* *
15407 ATTATAAGATTATAAAACCATTTTAAAGCGAGTAATACGGCTTTCAACGGCTTGAGTGACTACAA
128 ATTATAAGATTATAAAACCA-TTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCAA-GGCTTGAGTGACTATAA
* * * * * * * *
15472 ATTGACTTTTCTTATCAATGGATATCTTTTACTTTACGTTTCCTAACGCAGACATTTAAATATGA
191 ATAGACTTTTCTTAT-AATGGATAGCTTTGACTTCACGTTTCCTAACGCAAACAGTCAAATATAA
* * * * * *
15537 TCTGTTTTAACCATAAATGTGACAATATTCAAATTAAAATCAATAATGAGATTATAAAACAATTT
255 TCTATTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAAATCAAAATCAATAATGAGATTATAAAACAATTT
*
15602 AAAGCGAGTAATACGACTT
320 AAAGCGAGTAATAAGACTT
* * * * * * * * * *
15621 TCGAAGACTTGAGAGACTATAAACGAACTTCTCTCGTCAATGGATGGCTTTTCCTTCATGCTTAT
1 TTGAAGGCTTGAGA-ACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGGATGGCTTTTCCTTCACGTTTCT
** * * * *
15686 TGAGGCACACATTCAGTTATAATATATTTTAACAAAAAATATAAAAAAATTTAACTTAAAAT-AA
65 TGAGGCA-ACATTCAAATATAATCTATTTTAACTAAAAATACAAAAAAATTCAACTTAAAATCAA
* * * * * *
15750 TTATGAGATTATAAAATCATTTAAAGTGAGTAGTAAGGCTTTTAATGGCTTAAGTGACTATAAAT
129 TTATAAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCAA-GGCTTGAGTGACTATAAAT
* * * * * * *
15815 GGACTTTTCTTGCTAATGGATCGCATTTGA-TTCATGTTTCC-CATGTCAAATAGTCAAATATAA
193 AGACTTTTCTT-ATAATGGATAGC-TTTGACTTCACGTTTCCTAACG-CAAACAGTCAAATATAA
* * * * *
15878 TCTATTTTAACTAAAAATGTAAAAAAATTCAACTCAAAATCGATTATGAGATTATAAAACTATTT
255 TCTATTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAAATCAAAATCAATAATGAGATTATAAAACAATTT
* *
15943 AAAGGGAGTAATAAGGCTT
320 AAAGCGAGTAATAAGACTT
* * * * * *
15962 TTGAAGGCTTAAGTAACTATAAATGGACTTTTCTTACCAATGTATGGTTTTTGCTTCACGTTTCC
1 TTGAAGGCTTGAG-AACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGGATGGCTTTTCCTTCACGTTTCT
*
16027 T-AAGCGAACATTCAAATATAATCTATTTTAACTAAAAATACAAAAACAATTCAACTTAAAATCA
65 TGAGGC-AACATTCAAATATAATCTATTTTAACTAAAAATACAAAAA-AATTCAACTTAAAATCA
* * * * *
16091 A-TACTAAAATTATAAAACCATTTAATGGGAGTAATAAGGCTTTCGAAGTCTTGAGCGACTATAA
128 ATTA-TAAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTC-AAGGCTTGAGTGACTATAA
* * * * * ** * **
16155 ATAGAC-TTTCTTATTAATGGATAGCTTTTG-CTTAAAGTTT-CTCGAGGCAGACTTTTAGTTAT
191 ATAGACTTTTCTTA-TAATGGATAGC-TTTGACTTCACGTTTCCT-AACGCAAACAGTCAAATAT
* * * * * * * * *
16217 AATATATTTTAATCAAAAATATTAAAAAATTCAACTTAAAATCAA-ATAGGAGATTATGAAACTA
253 AATCTATTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAAATCAAAATCAATA-ATGAGATTATAAAACAA
** *
16281 TTGGAAGCGAGTAATAAGGC-T
317 TTTAAAGCGAGTAATAAGACTT
* * * *
16302 TTCAATGACTTGAGTGACTATAAATGTACTTTTCT
1 TTGAA-GGCTTGAG-AACTATAAATGGACTTTTCT
16337 CACAAATATA
Statistics
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ACGTcount: A:0.39, C:0.14, G:0.14, T:0.34
Consensus pattern (338 bp):
TTGAAGGCTTGAGAACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGGATGGCTTTTCCTTCACGTTTCTT
GAGGCAACATTCAAATATAATCTATTTTAACTAAAAATACAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATT
ATAAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCAAGGCTTGAGTGACTATAAATAGA
CTTTTCTTATAATGGATAGCTTTGACTTCACGTTTCCTAACGCAAACAGTCAAATATAATCTATT
TTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAAATCAAAATCAATAATGAGATTATAAAACAATTTAAAGCG
AGTAATAAGACTT
Found at i:16994 original size:12 final size:12
Alignment explanation
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Period size: 12 Copynumber: 2.2 Consensus size: 12
16967 CCCATTTAAA
16977 GCGAGTAATAAG
1 GCGAGTAATAAG
16989 GCGAGTAATAAG
1 GCGAGTAATAAG
17001 GC
1 GC
17003 TTGAGCAACT
Statistics
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Consensus pattern (12 bp):
GCGAGTAATAAG
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Alignment explanation
Indices: 18638--19030 Score: 402
Period size: 168 Copynumber: 2.3 Consensus size: 170
18628 AATAAAATAA
* * *
18638 AAAAAAAATTAACTTAAAATTAACTATGAAATTATAAAACCATTTAAAGGT-AGTAATAACCCTT
1 AAAAAAAA-TAAC-TAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGGTGAGTAATAACCCTT
* * * * *
18702 TCGAAAGAATGGGTGACT-ATATATAAACTTTTCTTGCAAATGAATAGTTTTTTACTTCACGTTT
64 TCGAAAGAATGAGTGA-TAATAAATAAACTTTTCTTGCAAATGAAGAG-CTTTTACTTCACATTT
* * * * *
18766 CTCGAGATAAACAGTCAAATATAATCTGTTTTAATAAAAAATGT
127 CTAGAGACAAACAGTCAAATATAATCTATTTTAACAAAAAATGC
* * * ** *
18810 AAAAACAA-AA-TAAAATCAATTATGAGATTATAAAATCATTTAAA-GTGAGTATTAAGGCTTTT
1 AAAAAAAATAACTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGGTGAGTAATAACCCTTTC
* ** ** * * *
18872 GAAGGTTTGAGTGATAATAAATGGACTTTTCTTGCTAATGGAGAGCTTTTGCTTCACATTTCTAG
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* * *
18937 AGACAGACATTCAAATATAATCTATTTTAACCAAAAATGC
131 AGACAAACAGTCAAATATAATCTATTTTAACAAAAAATGC
*
18977 AAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTTTGAGATTATAAAACCATTTAAA-GTGAG
1 AAAAAAAA-T-AAC-TAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGGTGAG
19031 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 181, Mismatches: 33, Indels: 14
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AAAAAAAATAACTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGGTGAGTAATAACCCTTTC
GAAAGAATGAGTGATAATAAATAAACTTTTCTTGCAAATGAAGAGCTTTTACTTCACATTTCTAG
AGACAAACAGTCAAATATAATCTATTTTAACAAAAAATGC
Found at i:23637 original size:171 final size:163
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Period size: 171 Copynumber: 2.0 Consensus size: 163
23486 NNNNNNNNNN
* *
23496 AAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAAGCTATCGAA-GGTTTGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTT
1 AAAACCATTTAAAGCCAATAATAAAGCTATC-AATGGTTTGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTT
* * **
23560 GTCA-ATGGATG-TCTTTTGCTTCACATTTCCCAAGGTAAACATTCAGTTATAATTTATTTCAAT
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*
23623 CC-AAAATATAAAAAAGTTCAACTTAAAATCAATTAT
127 CCAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTAT
** * *
23659 NNNNNNNNNNAACCATTTAAAGCCAATAATAAGGCTTTCAATGGTTTGAGTGACTATAAATGGAC
1 --------AAAACCATTTAAAGCCAATAATAAAGCTATCAATGGTTTGAGTGACTATAAATGGAC
* * * *
23724 TTTTCTTACAGATGGATGATTTTTGCTTCACGTTTCTCAAGGCAGACATTCAAATATAATTTTTT
58 TTTTCTTACAGATGGATGATTTTTGCTTCACATTTCCCAAGGCAAACATTCAAATATAATTTATT
* * * *
23789 TTAACCAAAAATGTAAAACAATTCAATTTAAAATCAATTAT
123 TCAACCAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTAT
23830 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 140, Mismatches: 19, Indels: 8
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AAAACCATTTAAAGCCAATAATAAAGCTATCAATGGTTTGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTA
CAGATGGATGATTTTTGCTTCACATTTCCCAAGGCAAACATTCAAATATAATTTATTTCAACCAA
AAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTAT
Found at i:25110 original size:171 final size:169
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Indices: 24785--28775 Score: 1609
Period size: 171 Copynumber: 23.1 Consensus size: 169
24775 NNTTTAATGG
* * *
24785 GAGTAATAAGGCTTTCGAA-GTCTTGAGCGACTA-ACAATGAACTTTTCTTACCAATGGATGGCT
1 GAGTAATAAGGCTTTC-AACGGCTTGAGTGACTATA-AATGGACTTTTCTTACCAATGGATGGCT
* ** * ** * * *
24848 TTTGCTTAATGTTTCC-AGATACAAACATTTAGTTATAATATATTTTAATAAAAAATATAAAAAA
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* * * *
24912 ATTCAACTCAAAACCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAATT
126 ATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAATCATTTAAAGT
* * * *
24956 GAGTAAGAAGACTTTCAACAGCTTAAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTACCAATGGATGGCTTT
1 GAGTAATAAGGCTTTCAACGGCTTGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTACCAATGGATGGCTTT
* * * ** * * *
25021 TACTTCGTGCCTCCTAAGGAGGTCATTCAAATAAAATCTGTTTTAACAAAAAATGTTAAAAAATT
66 TGCTTCATG-TTCCTAAGGA-AACATTCAAATATAATCTATTTTAACAAAAAATGTAAAAAAATT
*
25086 CAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGT
129 CAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAATCATTTAAAGT
* * * * *
25127 GAGTAATAAGGCTTTCAACGGCTTGAGAGACTATAAATGGACTTTTTTTAACATTGGATAGCTTT
1 GAGTAATAAGGCTTTCAACGGCTTGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTACCAATGGATGGCTTT
* * * * * * * * *
25192 TGCTCTGCGT-TTCCTAACGCAGACATTCAAATGTAATTTGTTTTAACCATAAATGCAAAAAAAA
66 TGCT-T-CATGTTCCTAA-GGAAACATTCAAATATAATCTATTTTAACAAAAAATG-TAAAAAAA
* * * *
25256 TTCAACTTAAAATTAATAATGAGATTATAAAATAATTTAAAGC
127 TTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAATCATTTAAAGT
* * * * * * * *
25299 GAGTAATAAGACGTTCGAGGGCTTGAGTGACTATAAACT-AATTTTTCTTATCAATGGATGGTTT
1 GAGTAATAAGGCTTTCAACGGCTTGAGTGACTATAAA-TGGACTTTTCTTACCAATGGATGGCTT
* * ** * * *
25363 TTGCTTCATGTTTTCTGAGGAAGACATTCAGTTATAATATATATGAACAAAAAATGTAAAAAAAT
65 TTGCTTCATG-TTCCTAAGGAA-ACATTCAAATATAATCTATTTTAACAAAAAATGTAAAAAAAT
* ** *
25428 TTAACTTAAAATCAACCATAAGATTATAAAATCATTTAAAAG-
128 TCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAATCATTT-AAAGT
* * * * ** * * * *
25470 G-GCCAATAAGTCTCTCGAA-GG-TTAAGTGACTATAAATAAATTTTTCTTGCTAATAG-TAGGC
1 GAG-TAATAAGGCTTTC-AACGGCTTGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTACCAATGGAT-GGC
* * * * *
25531 TTTTGCTTCATGTTTCTCAA-GATATACATTTAAATATAATCTGTTTTAATAAAAAATGTAAAAC
63 TTTTGCTTCATGTTCCT-AAGGA-A-ACATTCAAATATAATCTATTTTAACAAAAAATGTAAAAA
* * *
25595 AATTCAACTTAAAATCAATTATGGGATTATAAAATGATTTAAAGC
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* * * * * *
25640 AAGTAATAAGGCTTTTAATGGCTTGAGTGGCTATAAATGGACTTTTCTTATCAATGGATAGCTTT
1 GAGTAATAAGGCTTTCAACGGCTTGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTACCAATGGATGGCTTT
* * * * * * * *
25705 TGCTTCATGTTTCTCGAGGCAAACAATT-AAGTATAATCTATTTTAACCAAAACTATGAAAACAT
66 TGCTTCATGTTCCT-AAGG-AAAC-ATTCAAATATAATCTATTTTAACAAAAAATGTAAAAAAAT
* *
25769 TCAACTTAAAATCGATTATGAGATTATAAAATTATTTAACA-T
128 TCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAATCATTTAA-AGT
* * *
25811 GAGTAATAAGGCTTTCAATGGCTTGAGTGATTATAAATGGACTTTTCTTACCAATGGATGGTTTT
1 GAGTAATAAGGCTTTCAACGGCTTGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTACCAATGGATGGCTTT
* *
25876 TAG-TTCACAT-TTCCTAAGGCAAACATTCAAATATAATCTATTTTAACCAAAAATGTAAATATA
66 T-GCTT--CATGTTCCTAAGG-AAACATTCAAATATAATCTATTTTAACAAAAAATGTAAA-AAA
* *
25939 ATTCAACTTAAAATCAATAATGAGATTATAAAACCATTTAAAGT
126 ATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAATCATTTAAAGT
***************** **
25983 GAGTAATNNNNNNNNNNNNNNNNNGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGTCAATGGATGGCTTT
1 GAGTAATAAGGCTTTCAACGGCTTGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTACCAATGGATGGCTTT
* * * * * * * * * * * *** * *
26048 TACTTAATGTTTCTCGAGGCAGATAGTCACATATAATTTGTTTGAGGTAAAAATGTAAAACAATC
66 TGCTTCATGTTCCT-AAGG-AAACATTCAAATATAATCTATTTTAACAAAAAATGTAAAAAAATT
* *
26113 CAACTTAAAATAAATTATGAGATTATAAAAGCATTTAAAGT
129 CAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAATCATTTAAAGT
* * * * * * * *
26154 GAGTAATAAGGCTTTCCATGGCTTAATTGACTATAAATGTACATTTCTTACCAATAGATGGGTTT
1 GAGTAATAAGGCTTTCAACGGCTTGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTACCAATGGATGGCTTT
* * * * * * * * * *
26219 TACTTCTTTTTTGCTGAGGCAGAGATTCAAATATAATATGTTTTAACTAGAAAAA-ATAAAAAAA
66 TGCTTC-ATGTTCCTAAGG-AAACATTCAAATATAATCTATTTTAAC-A-AAAAATGTAAAAAAA
* ********** *
26283 TTCAACTTAAAATTAATTATGAGATNNNNNNNNNNTTTAAAGG
127 TTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAATCATTTAAAGT
* ** ** * ** * ** * ** * *
26326 GAGTAATAAGGCTTTGAAAAGAATGGGTGTTTATATATAAAATCATTT-AAAGCTAAT-AATAAG
1 GAGTAATAAGGCTTTCAACGGCTTGAGTGACTATAAAT-GGA-CTTTTCTTA-CCAATGGAT--G
* * ** * * * ** *
26389 GCTTTCAATGGTTTGA-GTGACTATA--AATGGACTTTTCTTAAA-ATCGAT-GATTTTTGCTTC
61 GCTTT---T-GCTTCATGTTCCTA-AGGAA---AC-ATTC--AAATAT-AATCTATTTTAAC--A
* ** * * * * * * *** ** * * *
26449 ATATTTCTTGAGGCAGACATTCAAATATAATATGTTTTAACCAAAAATTTTAAATAATTCAACTT
112 AAAAAT-GT-A--AAAAAATTCAACT-TAAAATCAATT-A--TGAGATTAT-AA-AA-TC-ATTT
*
26514 AAAAT
165 AAAGT
* * * * * *** * * ** ** *
26519 TAATTATAA-GATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTA-ATAA-GG-CTTTTAATGGC--TTGAGTG
1 GAGTAATAAGGCTT-T-CAACGGCTT-GAGTGACTATA-AATGGACTTTTCTTACCAATGGA-TG
* * * * * ** ** * * * * ** **
26578 ACTATAAATGGACTT-TTTTTGCTAATGGATCTCATTTGATTCACATTTCCCATGTCAAACAGTC
61 GCT-T---TTG-CTTCATGTTCCTAA-GGA-AACATTCAAAT-ATA-AT-CTAT-TTTAACA-AA
** ***** * * ** * * * *
26642 AAACATAATTTGTTTTAAC-TAAAA--AAGTAAAAAATT-TCAACTCA---AAATT
114 AAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAATCATTTAAAGT
* * * *** * * * *
26691 GA-TTATAA-GATTACAGAACTATTTAAAGGGAGTA-ATAA-GG-CTTTTGAAGGCTTAAGTGAC
1 GAGTAATAAGGCTTTC--AACGGCTT-GAGTGACTATA-AATGGACTTTT-----CTT-A---CC
** * *** *
26751 AATAAATGGACTTTT-CTTACCAATGGATGGCTTTTGCTGAAGGTTTCCTGATGCAAACATTCAG
53 AATGGATGG-CTTTTGCTT--C-----AT-G---TTCCT-AAGG-AAAC--ATTC--A-A---A-
* * *
26815 TTATAATATATTTTAATC-AAAAGTGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTA-GAAGATTATGA
95 -TATAATCTATTTTAA-CAAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATG-AGATTATAA
* *
26878 AACCATTTAAAGC
157 AATCATTTAAAGT
* * * * * * *
26891 AAGTAATAAGGCTTTCAATGGCTTGAGTGACTATAAATGGACTGTCCTTGCCAGTGGATGGTTTT
1 GAGTAATAAGGCTTTCAACGGCTTGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTACCAATGGATGGCTTT
* * * * * *
26956 TGCTTCATGTTTCTCGAGGCAGACATTCAAATATAATATGTTTTAAC-AAAAA-GTACAAAACAT
66 TGCTTCATGTTCCT-AAGG-AAACATTCAAATATAATCTATTTTAACAAAAAATGTA-AAAA-AA
* * * * *
27019 TTCAACTTAAAATGAATAATGAGATTATAAAACCATTGAAAGA
127 TTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAATCATTTAAAGT
* * * * *
27062 GAGTAATAAGGCTTTC-GCAGGCTTGAGTGACTATAAATGGATTTTTCTTGCTAATAGATGG-TT
1 GAGTAATAAGGCTTTCAAC-GGCTTGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTACCAATGGATGGCTT
* * * * * * * *
27125 TTGCTTCTTGTT-TTATGAGTCAAATAGTAAAATATAATCTATTTTAACCAAAAATGTAAAAAAC
65 TTGCTTCATGTTCCTA--AG-GAAACATTCAAATATAATCTATTTTAACAAAAAATGTAAAAAAA
* * * * *
27189 TTCAACTCAAAACCAATTATGAGATTATACAACCATTTAAAGG
127 TTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAATCATTTAAAGT
* * * * *
27232 GAGTAATAAGGCTTTTGAA-GGCTTAAGTGCCTATAAATGAACTTTTCTTACTAATGGATGGCTT
1 GAGTAATAAGGC-TTTCAACGGCTTGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTACCAATGGATGGCTT
* *** ** * * *
27296 TTACTTCACACCTCCTAA-GATGGGCAATCAAATA-AA-ATATGTTTAACCAAAAATGTAAAAAA
65 TTGCTTCA-TGTTCCTAAGGA--AACATTCAAATATAATCTAT-TTTAACAAAAAATGTAAAAAA
* * * *
27358 ATTCAACTTAAAATTAACTATGAGATTATAAAACCATTTAATGT
126 ATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAATCATTTAAAGT
* * *
27402 GAGTAATAAAGATTTCAACGGCTTGAGAGACTATAAATGGACTTTTCTTACCAATGGATGGCTTT
1 GAGTAATAAGGCTTTCAACGGCTTGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTACCAATGGATGGCTTT
* * * * * * * * *
27467 TGCTTTATATTTCCTAACGCAGACATTCAAATGTAA--TATGTTTAACCATAAATATAAAAAAAC
66 TGCTTCAT-GTTCCTAA-GGAAACATTCAAATATAATCTAT-TTTAACAAAAAATGTAAAAAAAT
* * *
27530 TCAACTTAAAATCAATAATGAGATTATAGAA-CAATTTAAAGC
128 TCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAATC-ATTTAAAGT
* * * * * * *
27572 GAGTAATAAGACGTTCGAGGGCTTGAGTGACTATAAACT-AACTTCTCTTATCAATGGATGGCTT
1 GAGTAATAAGGCTTTCAACGGCTTGAGTGACTATAAA-TGGACTTTTCTTACCAATGGATGGCTT
* * * ** * *
27636 TTGCTTCACGTTTTCTGA-GATAGACATTCAGTTATAATATATTTTAAC-AAAAATGT-AAAAAC
65 TTGCTTCATG-TTCCTAAGGA-A-ACATTCAAATATAATCTATTTTAACAAAAAATGTAAAAAAA
*
27698 TTTAAC-TAAAATC-ATTCATGAGATTATAAAA-CTATTTAAAG-
127 TTCAACTTAAAATCAATT-ATGAGATTATAAAATC-ATTTAAAGT
* * * * ** * * *
27739 GGGCAATAAGTCTTTCGAA-GGTTTGAGTGACTATAAATAAAATTTTCATACCAATAG-TGGGCT
1 GAGTAATAAGGCTTTC-AACGGCTTGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTACCAATGGAT-GGCT
* * ** * * * *
27802 TTTCCTTCATGTT-TTTCGAGATAGACATTCAAATATAATATGTTTTAACCAAAAATGTAAAACA
64 TTTGCTTCATGTTCCTAAG-GA-A-ACATTCAAATATAATCTATTTTAACAAAAAATGTAAAAAA
* * *
27866 ATTCAACTTAAAAGCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGC
126 ATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAATCATTTAAAGT
* * * * **
27910 GAGTAATATGGCTTTTAATGGCTCGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTACCAATGGATACCTTT
1 GAGTAATAAGGCTTTCAACGGCTTGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTACCAATGGATGGCTTT
* * * * * * *
27975 TGCTTCATGTTTCTCGAGGTAGATAGTCAAATATAAT-TTTTTTAATC-AAAAATGTGAAAAAAT
66 TGCTTCATGTTCCT-AAGG-AAACATTCAAATATAATCTATTTTAA-CAAAAAATGTAAAAAAAT
* * * *
28038 TCAACTTAACATCGATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGC
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* *
28080 GAGTAATAAGGCTTTCAATGGCTTGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTACCAATGGATGGTTTT
1 GAGTAATAAGGCTTTCAACGGCTTGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTACCAATGGATGGCTTT
* * * ** *
28145 TGCTTCACAT-TTCTTAAGGCAAACATTCAAATATAATTTCTTTTAATGAAAAACGTAAAAACAA
66 TGCTT--CATGTTCCTAAGG-AAACATTCAAATATAATCTATTTTAACAAAAAATGTAAAAA-AA
* * * * *
28209 TTCCACTTAAAATCAATAATGTGTTTATAAAAGT-ATTTAAAGC
127 TTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAA-TCATTTAAAGT
* * * * *
28252 GAGTATTAAGGCTTTCAAAGACTTGAGTGA-TAATAAATGGACTTTTCTTGCCAAT-GATAGCTT
1 GAGTAATAAGGCTTTCAACGGCTTGAGTGACT-ATAAATGGACTTTTCTTACCAATGGATGGCTT
* * * * ** * * *
28315 TTACTTCACGTTTCTCAAGGTAGACATTCAGTTATAATATATTTAAACAAAAAATATAAAAGAAA
65 TTGCTTCATGTTCCT-AAGG-AAACATTCAAATATAATCTATTTTAACAAAAAATGTAAAA-AAA
* * * *
28380 TTCAACTTAAAATCAATTATGAGAATATTAAACCATTTAAAGG
127 TTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAATCATTTAAAGT
* * * * *
28423 GAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCTTAAGTGAGTATAAATAGACTTTTCTTACCAATGGATGGCTTG
1 GAGTAATAAGGCTTTCAACGGCTTGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTACCAATGGATGGCTTT
* * * * * ** *
28488 TGCTTCACGTTTCTTAAGGCAAATATACAAATATAATCTGTTTTAATGAAAGATGTAAAAAAATT
66 TGCTTCATG-TTCCTAAGG-AAACATTCAAATATAATCTATTTTAACAAAAAATGTAAAAAAATT
** * * * *
28553 TTACTTAAAATCAATAATGAGATTACAAAACCATTTAAAGC
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* * * * ** * *
28594 AAGTAATAAGACTTTTAAGGGCTTTCGTGACTATAAATGGAC-TTTCTTTGCAAATGGATGGCTT
1 GAGTAATAAGGCTTTCAACGGCTTGAGTGACTATAAATGGACTTTTC-TTACCAATGGATGGCTT
* ** * * *
28658 TTGCTTCATGTTTCCTAAGGCAAATAGGC-AATCACAATCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAA
65 TTGCTTCATG-TTCCTAAGG-AAACATTCAAAT-ATAATCTATTTTAACAAAAAATGTAAAAAAA
* * * * * * *
28722 TTTAACTTAAAATAAATTATGAGACTAGAAAACCATTTATAGG
127 TTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAATCATTTAAAGT
*
28765 GAGAAATAAGG
1 GAGTAATAAGG
28776 GTTTTGGGTC
Statistics
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Consensus pattern (169 bp):
GAGTAATAAGGCTTTCAACGGCTTGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTACCAATGGATGGCTTT
TGCTTCATGTTCCTAAGGAAACATTCAAATATAATCTATTTTAACAAAAAATGTAAAAAAATTCA
ACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAATCATTTAAAGT
Found at i:26030 original size:343 final size:326
Alignment explanation
Indices: 25663--26307 Score: 661
Period size: 343 Copynumber: 1.9 Consensus size: 326
25653 TTTAATGGCT
* * *
25663 TGAGTGGCTATAAATGGACTTTTCTTATCAATGGATAGCTTTTGCTTCATGTTTCTCGAGGCAAA
1 TGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTATCAATGGATAGCTTTTACTTAATGTTTCTCGAGGCAAA
* * * **
25728 CAATTA-AGTATAATCTATTTTAACCAAAACTATG-AAAAC-ATTCAACTTAAAATCGATTATGA
66 CAATCACA-TATAATCTATTTGAACCAAAA--ATGTAAAACAATCCAACTTAAAATAAATTATGA
** * * *
25790 GATTATAAAATTATTTAACA-TGAGTAATAAGGCTTTCAATGGCTTGAGTGATTATAAATGGACT
128 GATTATAAAAGCATTTAA-AGTGAGTAATAAGGCTTTCAATGGCTTAAGTGACTATAAATGGACA
* * * *
25854 TTTCTTACCAATGGATGGTTTTTAGTTCACATTTCCTAAGGCAAACATTCAAATATAATCTATTT
192 TTTCTTACCAATAGATGGGTTTTACTTCACATTTCCTAAGGCAAACATTCAAATATAATATATTT
** *
25919 TAACCA-AAAATGTAAATATAATTCAACTTAAAATCAATAATGAGATTATAAAACCATTTAAAGT
257 TAACCAGAAAAAATAAA-AAAATTCAACTTAAAATCAATAATGAGATTATAAAACCATTTAAAGT
25983 GAGTAA
321 GAGTAA
* *
25989 TNNNNNNNNNNNNNNNNNGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGTCAATGGATGGCTTTTACTTA
1 T-----------------GAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTATCAATGGATAGCTTTTACTTA
* * * * * ***
26054 ATGTTTCTCGAGGCAGATAGTCACATATAATTTGTTTGAGGTAAAAATGTAAAACAATCCAACTT
49 ATGTTTCTCGAGGCAAACAATCACATATAATCTATTTGAACCAAAAATGTAAAACAATCCAACTT
* *
26119 AAAATAAATTATGAGATTATAAAAGCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTCCATGGCTTAATTGA
114 AAAATAAATTATGAGATTATAAAAGCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTCAATGGCTTAAGTGA
* *** * * * *
26184 CTATAAATGTACATTTCTTACCAATAGATGGGTTTTACTTCTTTTTTGCTGAGGCAGAGATTCAA
179 CTATAAATGGACATTTCTTACCAATAGATGGGTTTTACTTCACATTTCCTAAGGCAAACATTCAA
* * * *
26249 ATATAATATGTTTTAACTAGAAAAAATAAAAAAATTCAACTTAAAATTAATTATGAGAT
244 ATATAATATATTTTAACCAGAAAAAATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATAATGAGAT
26308 NNNNNNNNNN
Statistics
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Consensus pattern (326 bp):
TGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTATCAATGGATAGCTTTTACTTAATGTTTCTCGAGGCAAA
CAATCACATATAATCTATTTGAACCAAAAATGTAAAACAATCCAACTTAAAATAAATTATGAGAT
TATAAAAGCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTCAATGGCTTAAGTGACTATAAATGGACATTTC
TTACCAATAGATGGGTTTTACTTCACATTTCCTAAGGCAAACATTCAAATATAATATATTTTAAC
CAGAAAAAATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATAATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTA
A
Found at i:27000 original size:342 final size:341
Alignment explanation
Indices: 26361--30123 Score: 2563
Period size: 342 Copynumber: 11.0 Consensus size: 341
26351 GGTGTTTATA
* ** * *
26361 TATAAAATCATTTAAAGCTAATAATAAGGC-TTTCAATGGTTTGAGTGACTATAAATGGACTTTT
1 TATAAAACCATTTAAAGGGAGTAATAAGGCTTTTCAA-GGCTTGAGTGACTATAAATGGACTTTT
* * ** * *
26425 CTTA-AAATCGATGATTTTTGCTTCATATTTCTTGAGGCAGACATTCAAATATAATATGTTTTAA
65 CTTACCAATGGATGGCTTTTGCTTCATGTTTCTTGAGGCAAACATTCAAATATAATATGTTTTAA
* * * * * *
26489 CCAAAAATTTTAAATAATTCAACTTAAAATTAATTATAAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTA
130 CCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTA
* * * ** * *
26554 ATAAGGCTTTTAATGGCTTGAGTGACTATAAATGGACTTTTTTTGCTAATGGATCTCATTTGATT
195 ATAAGGCTTTCAATGGCTTGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGGATGGCTTTTGCTT
* * * * * * *
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260 CACGTTTCTCGAGGT-AGACATTCAAATATAATATGTTTTAAC-AAAAAAGTAAAAAATTTCAAC
* *
26683 TCAAAATTGATTATAAGAT
323 TTAAAATTGATTATGAGAT
* * * * * *
26702 TACAGAACTATTTAAAGGGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCTTAAGTGACAATAAATGGACTTTTC
1 TATAAAACCATTTAAAGGGAGTAATAAGGCTTTTCAAGGCTTGAGTGACTATAAATGGACTTTTC
** * * * ** * *
26767 TTACCAATGGATGGCTTTTGCTGAAGGTTTCCTGATGCAAACATTCAGTTATAATATATTTTAAT
66 TTACCAATGGATGGCTTTTGCTTCATGTTTCTTGAGGCAAACATTCAAATATAATATGTTTTAAC
* * *
26832 CAAAAGTGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTA-GAAGATTATGAAACCATTTAAAGCAAGTA
131 CAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATG-AGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTA
* * * *
26896 ATAAGGCTTTCAATGGCTTGAGTGACTATAAATGGACTGTCCTTGCCAGTGGATGGTTTTTGCTT
195 ATAAGGCTTTCAATGGCTTGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGGATGGCTTTTGCTT
* *
26961 CATGTTTCTCGAGGCAGACATTCAAATATAATATGTTTTAAC-AAAAAGTACAAAACATTTCAAC
260 CACGTTTCTCGAGGTAGACATTCAAATATAATATGTTTTAACAAAAAAGTA-AAAA-ATTTCAAC
*
27025 TTAAAA-TGAATAATGAGAT
323 TTAAAATTG-ATTATGAGAT
* * * *
27044 TATAAAACCATTGAAAGAGAGTAATAAGGC-TTTCGCAGGCTTGAGTGACTATAAATGGATTTTT
1 TATAAAACCATTTAAAGGGAGTAATAAGGCTTTTC-AAGGCTTGAGTGACTATAAATGGACTTTT
* * * * * * * * * *
27108 CTTGCTAATAGATGG-TTTTGCTTCTTGTTT-TATGAGTCAAATAGTAAAATATAATCTATTTTA
65 CTTACCAATGGATGGCTTTTGCTTCATGTTTCT-TGAGGCAAACATTCAAATATAATATGTTTTA
* * * * *
27171 ACCAAAAATGTAAAAAACTTCAACTCAAAACCAATTATGAGATTATACAACCATTTAAAGGGAGT
129 ACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGT
* * * * * * *
27236 AATAAGGCTTTTGAA-GGCTTAAGTGCCTATAAATGAACTTTTCTTACTAATGGATGGCTTTTAC
194 AATAAGGC-TTTCAATGGCTTGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGGATGGCTTTTGC
*** * * * * * * * *
27300 TTCACACCTC-CTAAGATGGGCAATCAAATAAAATATG-TTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCA
258 TTCACGTTTCTC-GAGGTAGACATTCAAATATAATATGTTTTAA-CAAAAAAGTAAAAAATTTCA
* *
27363 ACTTAAAATTAACTATGAGAT
321 ACTTAAAATTGATTATGAGAT
* * * * *
27384 TATAAAACCATTTAATGTGAGTAATAAAG-ATTTCAACGGCTTGAGAGACTATAAATGGACTTTT
1 TATAAAACCATTTAAAGGGAGTAATAAGGCTTTTCAA-GGCTTGAGTGACTATAAATGGACTTTT
* * * * * * *
27448 CTTACCAATGGATGGCTTTTGCTTTATATTTCCTAACGCAGACATTCAAATGTAATATG-TTTAA
65 CTTACCAATGGATGGCTTTTGCTTCATGTTTCTTGAGGCAAACATTCAAATATAATATGTTTTAA
* * * * * *
27512 CCATAAATATAAAAAAACTCAACTTAAAATCAATAATGAGATTATAGAACAATTTAAAGCGAGTA
130 CCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTA
* * * * * * **
27577 ATAAGACGTTCGAGGGCTTGAGTGACTATAAACT-AACTTCTCTTATCAATGGATGGCTTTTGCT
195 ATAAGGCTTTCAATGGCTTGAGTGACTATAAA-TGGACTTTTCTTGCCAATGGATGGCTTTTGCT
* ** * * *
27641 TCACGTTT-TCTGAGATAGACATTCAGTTATAATATATTTTAACAAAAATGTAAAAACTTT-AAC
259 TCACGTTTCTC-GAGGTAGACATTCAAATATAATATGTTTTAACAAAAAAGTAAAAAATTTCAAC
*
27704 -TAAAA-TCATTCATGAGAT
323 TTAAAATTGATT-ATGAGAT
* * * * ** *
27722 TATAAAACTATTTAAAGGG-GCAATAAGTC-TTTCGAAGGTTTGAGTGACTATAAATAAAATTTT
1 TATAAAACCATTTAAAGGGAGTAATAAGGCTTTTC-AAGGCTTGAGTGACTATAAATGGACTTTT
* * * ** *
27785 CATACCAATAG-TGGGCTTTTCCTTCATGTTT-TTCGAGATAGACATTCAAATATAATATGTTTT
65 CTTACCAATGGAT-GGCTTTTGCTTCATGTTTCTT-GAGGCAAACATTCAAATATAATATGTTTT
* *
27848 AACCAAAAATGTAAAACAATTCAACTTAAAAGCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAG
128 AACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAG
* * * * **
27913 TAATATGGCTTTTAATGGCTCGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTACCAATGGATACCTTTTGC
193 TAATAAGGCTTTCAATGGCTTGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGGATGGCTTTTGC
* * * * *
27978 TTCATGTTTCTCGAGGTAGATAGTCAAATATAAT-TTTTTTAATCAAAAATGTGAAAAAA-TTCA
258 TTCACGTTTCTCGAGGTAGACATTCAAATATAATATGTTTTAA-CAAAAAAGT-AAAAAATTTCA
* *
28041 ACTTAACATCGATTATGAGAT
321 ACTTAAAATTGATTATGAGAT
*
28062 TATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGC-TTTCAATGGCTTGAGTGACTATAAATGGACTTTT
1 TATAAAACCATTTAAAGGGAGTAATAAGGCTTTTCAA-GGCTTGAGTGACTATAAATGGACTTTT
* ** * * *
28126 CTTACCAATGGATGGTTTTTGCTTCACATTTCTTAAGGCAAACATTCAAATATAATTTCTTTTAA
65 CTTACCAATGGATGGCTTTTGCTTCATGTTTCTTGAGGCAAACATTCAAATATAATATGTTTTAA
** * * * * * **
28191 TGAAAAACGTAAAAACAATTCCACTTAAAATCAATAATGTGTTTATAAAAGTATTTAAAGCGAGT
130 CCAAAAATGTAAAAA-AATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGT
* * * * *
28256 ATTAAGGCTTTCAAAGACTTGAGTGA-TAATAAATGGACTTTTCTTGCCAAT-GATAGCTTTTAC
194 AATAAGGCTTTCAATGGCTTGAGTGACT-ATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGGATGGCTTTTGC
* ** * * * *
28319 TTCACGTTTCTCAAGGTAGACATTCAGTTATAATATATTTAAACAAAAAATATAAAAGAAATTCA
258 TTCACGTTTCTCGAGGTAGACATTCAAATATAATATGTTTTAACAAAAAA-GTAAAA-AATTTCA
** *
28384 ACTTAAAATCAATTATGAGAA
321 ACTTAAAATTGATTATGAGAT
* * * *
28405 TATTAAACCATTTAAAGGGAGTAATAAGGC-TTTCAAAGGCTTAAGTGAGTATAAATAGACTTTT
1 TATAAAACCATTTAAAGGGAGTAATAAGGCTTTTC-AAGGCTTGAGTGACTATAAATGGACTTTT
* * * * * *
28469 CTTACCAATGGATGGCTTGTGCTTCACGTTTCTTAAGGCAAATATACAAATATAATCTGTTTTAA
65 CTTACCAATGGATGGCTTTTGCTTCATGTTTCTTGAGGCAAACATTCAAATATAATATGTTTTAA
** * ** * * *
28534 TGAAAGATGTAAAAAAATTTTACTTAAAATCAATAATGAGATTACAAAACCATTTAAAGCAAGTA
130 CCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTA
* * * ** *
28599 ATAAGACTTTTAAGGGCTTTCGTGACTATAAATGGAC-TTTCTTTGCAAATGGATGGCTTTTGCT
195 ATAAGGCTTTCAATGGCTTGAGTGACTATAAATGGACTTTTC-TTGCCAATGGATGGCTTTTGCT
* * * * * ** * * *
28663 TCATGTTTC-CTAAGGCAAATAGGC-AATCACAATCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTT-
259 TCACGTTTCTC-GAGGTAGACATTCAAAT-ATAATATGTTTTAA-CAAAAAAGT-AAAAAATTTC
** *
28725 AACTTAAAATAAATTATGAGAC
320 AACTTAAAATTGATTATGAGAT
* * *
28747 TAGAAAACCATTTATAGGGAG--A-AA------T-AA-G---G-GT---T-T---TGG----GTC
1 TATAAAACCATTTAAAGGGAGTAATAAGGCTTTTCAAGGCTTGAGTGACTATAAATGGACTTTTC
** * * * * * * * *
28786 TCGCCAATGGAGT-ACTTGTGCTTCACGTTTCTCGAGGTAGACATTCAAATATAATCTATTTTAA
66 TTACCAATGGA-TGGCTTTTGCTTCATGTTTCTTGAGGCAAACATTCAAATATAATATGTTTTAA
* * * * * *
28850 -CAAAAGAAGTAAAATAATTCAA-TTAAAGTGAATTATGAGATTATAAAATCATTTAAAGCCAGT
130 CCAAAA-ATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGT
** ** * * * * * * * *
28913 AATAAGTTTTTTGAGGGCTTGAGTGACTATAAATAGACTTTTTTTACAAATAGATAGTTTTTGCT
194 AATAAGGCTTTCAATGGCTTGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGGATGGCTTTTGCT
* * ** * * * * *
28978 TCACGTCTCCCGAGACAAACGTTCAATTATAATATATTTTAACAAAAAATATAAAAGAAATTT-A
259 TCACGTTTCTCGAGGTAGACATTCAAATATAATATGTTTTAACAAAAAA-GT-AAA-AAATTTCA
* *
29042 ACTTAAAATTAATTTTGAGAT
321 ACTTAAAATTGATTATGAGAT
* ** * * * * *
29063 TATGAAACCATTTAGTGGGAGCAATAAGGTTTTTGAAGGCTTAAGCGACTATAAATGGACTTTTC
1 TATAAAACCATTTAAAGGGAGTAATAAGGCTTTTCAAGGCTTGAGTGACTATAAATGGACTTTTC
* * *** ** * * * *
29128 TTGCCAATGGATGGTTTTTGC--CAATG-GGATT-A-TAAAACCATTTAAAGCGAGTAACAATAC
66 TTACCAATGGATGGCTTTTGCTTC-ATGTTTCTTGAGGCAAA-CATTCAAA--TA-TAA-TAT-G
* * * * * ** *** * ** * * *
29188 TTTCAATGGCTTGAGTAACTATAAATGAATTTTTCTTGTCAATGGAGTGCTTTTGCTTCACGTTT
124 TTTTAA---C--CA-AAAATGTAAAAAAATTCAAC-T-T-AA---AAT-CAATT--ATGA-G-AT
* * *** * ** *
29253 CTCAAGAAAACTATTTAAATATAATTTATTTTAACCCAAAATGCAAAACAATTCAATTGAAAAGG
172 -T--ATAAAACCA-TT---TA-AAGCGA--GT-------AAT--AAGGC-TTTCAA-T-----GG
* * * * * * * * **
29318 CTTAAGTGACTAGAAATAGATTTTTCTTGCTAATAGATGCCTTTTGCTTCACATTTCAT-GAGAC
211 CTTGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGGATGGCTTTTGCTTCACGTTTC-TCGAGGT
* ** ** * * **
29382 AGACATTTAGTTATTTTATATTTTAATTAAAAATA-TACAAAAA-TTCAACTTAAAATCAATTAT
275 AGACATTCAAATATAATATGTTTTAA-CAAAAA-AGTA-AAAAATTTCAACTTAAAATTGATTAT
29445 GAGAT
337 GAGAT
** *
29450 TATAAAACCATTTAAAGCAAATAATAAGGC-TTTCGAAGGCTTGAGTGACTATAAATGGACTTTT
1 TATAAAACCATTTAAAGGGAGTAATAAGGCTTTTC-AAGGCTTGAGTGACTATAAATGGACTTTT
* * * * *
29514 CTTGCCAATGGATGGCTTTTGCTTCAAGTTT-TTGGAGGCAAACAGTCAAATATAGTCTGTTTTA
65 CTTACCAATGGATGGCTTTTGCTTCATGTTTCTT-GAGGCAAACATTCAAATATAATATGTTTTA
* * *
29578 ACAAAAAATGTAAAACAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCTAGT
129 ACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGT
** ** * * * *
29643 AATAAGTTTTTTTAGGGCTTGAGTGATTATAAATGGACTTTTTTTGCCAATGGATGGTTTTTGCT
194 AATAAGGCTTTCAATGGCTTGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGGATGGCTTTTGCT
* * * *
29708 TCACATTTCTCAAGGTAGACATTCAAATATAATCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAAAAATTT
259 TCACGTTTCTCGAGGTAGACATTCAAATATAATATGTTTTAA-CAAAAAAGT----AAAAAATTT
* ** *
29773 --ATTTAAAATCAATTATGAAAT
319 CAACTTAAAATTGATTATGAGAT
** * * * *
29794 TATAAATTCATTTAACGGGTGAAATAAGGC-TTTCGAATGCTTGAGTGACTATAAATGGA-TTTG
1 TATAAAACCATTTAAAGGGAGTAATAAGGCTTTTC-AAGGCTTGAGTGACTATAAATGGACTTT-
* * ** * *
29857 TCTTGCCAATGGA-GTGCTTTTGCTTCACGTTTCTCAAGGCAGACATTCAAATATAATATTTTTT
64 TCTTACCAATGGATG-GCTTTTGCTTCATGTTTCTTGAGGCAAACATTCAAATATAATATGTTTT
* * * * *
29921 AACCAAAAATGTAAAACAATTCAACTTAAAATTAATTATGAGACTATAAAACTATTTAAAGCTAG
128 AACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAG
* * * * *
29986 TAATAAGACTTTCAATGGCTTGAGTGACTATAAATGGACTTCTCTTACCAATGCATGACTTTTGC
193 TAATAAGGCTTTCAATGGCTTGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGGATGGCTTTTGC
* * * * * **
30051 TTCATGTTTCTTGAGGCAGACATTCAAATATAATTTATTTTAACCAAAAGTGTAAAAAAATTT-A
258 TTCACGTTTCTCGAGGTAGACATTCAAATATAATATGTTTTAA-CAAAAAAGT-AAAAAATTTCA
30115 ACTTAAAAT
321 ACTTAAAAT
30124 CAATAACGAG
Statistics
Matches: 2674, Mismatches: 585, Indels: 325
0.75 0.16 0.09
Matches are distributed among these distances:
314 6 0.00
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ACGTcount: A:0.38, C:0.13, G:0.15, T:0.34
Consensus pattern (341 bp):
TATAAAACCATTTAAAGGGAGTAATAAGGCTTTTCAAGGCTTGAGTGACTATAAATGGACTTTTC
TTACCAATGGATGGCTTTTGCTTCATGTTTCTTGAGGCAAACATTCAAATATAATATGTTTTAAC
CAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAA
TAAGGCTTTCAATGGCTTGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGGATGGCTTTTGCTTC
ACGTTTCTCGAGGTAGACATTCAAATATAATATGTTTTAACAAAAAAGTAAAAAATTTCAACTTA
AAATTGATTATGAGAT
Found at i:27238 original size:170 final size:172
Alignment explanation
Indices: 26361--28775 Score: 2148
Period size: 171 Copynumber: 14.2 Consensus size: 172
26351 GGTGTTTATA
* * * *
26361 TATAAAATCATTTAAAGCTAATAATAAGGCTTTC-AATGGTTTGAGTGACTATAAATGGACTTTT
1 TATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAATGGCTTGAGTGACTATAAATGGACTTTT
* * ** * * *
26425 CTTA-AAATCGATGATTTTTGCTTCATATTTCTTGAGGCAGACATTCAAATATAATATGTTTTAA
66 CTTACCAATGGATGGCTTTTGCTTCATGTTTCTTGAGTCAGACATTCAAATATAATATATTTTAA
* * * * *
26489 CCAAAAATTTTAAATAATTCAACTTAAAATTAATTATAAGAT
131 CCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGAT
* *
26531 TATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTT-TAATGGCTTGAGTGACTATAAATGGACTTTT
1 TATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAATGGCTTGAGTGACTATAAATGGACTTTT
* * * ** * * ** ** * * * * *
26595 TTTGCTAATGGATCTCATTTGATTCACATTTC-CCATGTCAAACAGTCAAACATAATTTGTTTTA
66 CTTACCAATGGATGGCTTTTGCTTCATGTTTCTTGA-GTCAGACATTCAAATATAATATATTTTA
* * * * ** *
26659 ACTAAAAAAGTAAAAAATTTCAACTCAAAATTGATTATAAGAT
130 ACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGAT
* * * * * * *
26702 TACAGAACTATTTAAAGGGAGTAATAAGGCTTTTGAA-GGCTTAAGTGACAATAAATGGACTTTT
1 TATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAATGGCTTGAGTGACTATAAATGGACTTTT
** * * * **
26766 CTTACCAATGGATGGCTTTTGCTGAAGGTTTCCTGA-TGCAAACATTCAGTTATAATATATTTTA
66 CTTACCAATGGATGGCTTTTGCTTCATGTTTCTTGAGT-CAGACATTCAAATATAATATATTTTA
* *
26830 ATCAAAAGTGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTA-GAAGAT
130 ACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATG-AGAT
* * * *
26873 TATGAAACCATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTC-AATGGCTTGAGTGACTATAAATGGACTGTC
1 TATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAATGGCTTGAGTGACTATAAATGGACTTTT
* * * * * *
26937 CTTGCCAGTGGATGGTTTTTGCTTCATGTTTCTCGAGGCAGACATTCAAATATAATATGTTTTAA
66 CTTACCAATGGATGGCTTTTGCTTCATGTTTCTTGAGTCAGACATTCAAATATAATATATTTTAA
* * *
27002 -CAAAAA-GTACAAAACATTTCAACTTAAAATGAATAATGAGAT
131 CCAAAAATGTA-AAAA-AATTCAACTTAAAATCAATTATGAGAT
* * * *
27044 TATAAAACCATTGAAAGAGAGTAATAAGGCTTTCGCA-GGCTTGAGTGACTATAAATGGATTTTT
1 TATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAATGGCTTGAGTGACTATAAATGGACTTTT
* * * * * * * * *
27108 CTTGCTAATAGATGG-TTTTGCTTCTTGTTT-TATGAGTCAAATAGTAAAATATAATCTATTTTA
66 CTTACCAATGGATGGCTTTTGCTTCATGTTTCT-TGAGTCAGACATTCAAATATAATATATTTTA
* * *
27171 ACCAAAAATGTAAAAAACTTCAACTCAAAACCAATTATGAGAT
130 ACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGAT
* * * * * *
27214 TATACAACCATTTAAAGGGAGTAATAAGGCTTTTGAA-GGCTTAAGTGCCTATAAATGAACTTTT
1 TATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAATGGCTTGAGTGACTATAAATGGACTTTT
* * **** * * * * *
27278 CTTACTAATGGATGGCTTTTACTTCACACCTCCTAAGAT-GGGCAATCAAATA-AA-ATATGTTT
66 CTTACCAATGGATGGCTTTTGCTTCATGTTTCTTGAG-TCAGACATTCAAATATAATATAT-TTT
* *
27340 AACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATTAACTATGAGAT
129 AACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGAT
* * * * * *
27384 TATAAAACCATTTAATGTGAGTAATAAAGATTTC-AACGGCTTGAGAGACTATAAATGGACTTTT
1 TATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAATGGCTTGAGTGACTATAAATGGACTTTT
* * * * * *
27448 CTTACCAATGGATGGCTTTTGCTTTATATTTCCTAACG-CAGACATTCAAATGTAATAT-GTTTA
66 CTTACCAATGGATGGCTTTTGCTTCATGTTTCTTGA-GTCAGACATTCAAATATAATATATTTTA
* * * *
27511 ACCATAAATATAAAAAAACTCAACTTAAAATCAATAATGAGAT
130 ACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGAT
* * * * * * *
27554 TATAGAACAATTTAAAGCGAGTAATAAGACGTTCG-AGGGCTTGAGTGACTATAAACT-AACTTC
1 TATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAATGGCTTGAGTGACTATAAA-TGGACTTT
* * **
27617 TCTTATCAATGGATGGCTTTTGCTTCACGTTT-TCTGAGAT-AGACATTCAGTTATAATATATTT
65 TCTTACCAATGGATGGCTTTTGCTTCATGTTTCT-TGAG-TCAGACATTCAAATATAATATATTT
* *
27680 TAA-CAAAAATGT-AAAAACTTTAAC-TAAAATC-ATTCATGAGAT
128 TAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATT-ATGAGAT
* * * * * ** *
27722 TATAAAACTATTTAAAG-GGGCAATAAGTCTTTCGAA-GGTTTGAGTGACTATAAATAAAATTTT
1 TATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAATGGCTTGAGTGACTATAAATGGACTTTT
* * * *
27785 CATACCAATAG-TGGGCTTTTCCTTCATGTTT-TTCGAGAT-AGACATTCAAATATAATATGTTT
66 CTTACCAATGGAT-GGCTTTTGCTTCATGTTTCTT-GAG-TCAGACATTCAAATATAATATATTT
* *
27847 TAACCAAAAATGTAAAACAATTCAACTTAAAAGCAATTATGAGAT
128 TAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGAT
* * *
27892 TATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATATGGCTTT-TAATGGCTCGAGTGACTATAAATGGACTTTT
1 TATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAATGGCTTGAGTGACTATAAATGGACTTTT
** * * * *
27956 CTTACCAATGGATACCTTTTGCTTCATGTTTCTCGAGGT-AGATAGTCAAATATAAT-TTTTTTA
66 CTTACCAATGGATGGCTTTTGCTTCATGTTTCTTGA-GTCAGACATTCAAATATAATATATTTTA
* * * *
28019 ATCAAAAATGTGAAAAAATTCAACTTAACATCGATTATGAGAT
130 ACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGAT
28062 TATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTC-AATGGCTTGAGTGACTATAAATGGACTTTT
1 TATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAATGGCTTGAGTGACTATAAATGGACTTTT
* ** * * * * *
28126 CTTACCAATGGATGGTTTTTGCTTCACATTTCTTAAGGCAAACATTCAAATATAATTTCTTTTAA
66 CTTACCAATGGATGGCTTTTGCTTCATGTTTCTTGAGTCAGACATTCAAATATAATATATTTTAA
** * * * * *
28191 TGAAAAACGTAAAAACAATTCCACTTAAAATCAATAATGTGTT
131 CCAAAAATGTAAAAA-AATTCAACTTAAAATCAATTATGAGAT
** * * *
28234 TATAAAAGTATTTAAAGCGAGTATTAAGGCTTTC-AAAGACTTGAGTGA-TAATAAATGGACTTT
1 TATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAATGGCTTGAGTGACT-ATAAATGGACTTT
* * * * ** ** *
28297 TCTTGCCAAT-GATAGCTTTTACTTCACGTTTCTCAAGGT-AGACATTCAGTTATAATATATTTA
65 TCTTACCAATGGATGGCTTTTGCTTCATGTTTCTTGA-GTCAGACATTCAAATATAATATATTTT
* * *
28360 AACAAAAAATATAAAAGAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGAA
129 AACCAAAAATGTAAAA-AAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGAT
* * * * * *
28405 TATTAAACCATTTAAAGGGAGTAATAAGGCTTTC-AAAGGCTTAAGTGAGTATAAATAGACTTTT
1 TATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAATGGCTTGAGTGACTATAAATGGACTTTT
* * * * * * * * *
28469 CTTACCAATGGATGGCTTGTGCTTCACGTTTCTTAAGGCAAATATACAAATATAATCTGTTTTAA
66 CTTACCAATGGATGGCTTTTGCTTCATGTTTCTTGAGTCAGACATTCAAATATAATATATTTTAA
** * ** *
28534 TGAAAGATGTAAAAAAATTTTACTTAAAATCAATAATGAGAT
131 CCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGAT
* * * * * **
28576 TACAAAACCATTTAAAGCAAGTAATAAGACTTT-TAAGGGCTTTCGTGACTATAAATGGAC-TTT
1 TATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAATGGCTTGAGTGACTATAAATGGACTTTT
* * * * * * * ** * * *
28639 CTTTGCAAATGGATGGCTTTTGCTTCATGTTTCCTAAGGCAAATAGGC-AATCACAATCTGTTTT
66 C-TTACCAATGGATGGCTTTTGCTTCATGTTTCTTGAGTCAGACATTCAAAT-ATAATATATTTT
* * *
28703 AACCAAAAATGTAAAAAAATTTAACTTAAAATAAATTATGAGAC
129 AACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGAT
* * * *
28747 TAGAAAACCATTTATAGGGAGAAATAAGG
1 TATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGG
28776 GTTTTGGGTC
Statistics
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Matches are distributed among these distances:
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ACGTcount: A:0.39, C:0.13, G:0.15, T:0.34
Consensus pattern (172 bp):
TATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAATGGCTTGAGTGACTATAAATGGACTTTT
CTTACCAATGGATGGCTTTTGCTTCATGTTTCTTGAGTCAGACATTCAAATATAATATATTTTAA
CCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGAT
Found at i:29076 original size:316 final size:316
Alignment explanation
Indices: 28484--29097 Score: 732
Period size: 315 Copynumber: 1.9 Consensus size: 316
28474 CAATGGATGG
* * * ** *
28484 CTTGTGCTTCACGTTTCTTAAGGCAAATATACAAATATAATCTGTTTTAATGAAAGATGTAAAAA
1 CTTGTGCTTCACGTTTCTCAAGGCAAACATACAAATATAATCTATTTTAACAAAAGAAGTAAAAA
* *
28549 AATTTTACTTAAAATCAATAATGAGATTACAAAACCATTTAAAGCAAGTAATAAGACTTTTAAGG
66 AATTTCAATTAAAATCAATAATGAGATTACAAAACCATTTAAAGCAAGTAATAAGACTTTTAAGG
** * * * * * * * *
28614 GCTTTCGTGACTATAAATGGACTTTCTTTGCAAATGGATGGCTTTTGCTTCATGTTTCCTAAGGC
131 GCTTGAGTGACTATAAATAGACTTTCTTTACAAATAGATAGCTTTTGCTTCACGTCTCCCAAGAC
* * * *
28679 AAATAGGCAATCACAATCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTTAACTTAAAATAAATTATGA
196 AAATAGGCAATCACAATATATTTTAACAAAAAATATAAAAAAATTTAACTTAAAATAAATTATGA
28744 GACTAGAAAACCATTTA-TAGGGAGAAATAAGGGTTTTGGGTCTCGCCAATGGAGTA
261 GACTAGAAAACCATTTAGT-GGGAGAAATAAGGGTTTTGGGTCTCGCCAATGGAGTA
* * * * *
28800 CTTGTGCTTCACGTTTCTCGAGGTAGACATTCAAATATAATCTATTTTAACAAAAGAAGTAAAAT
1 CTTGTGCTTCACGTTTCTCAAGGCAAACATACAAATATAATCTATTTTAACAAAAGAAGTAAAAA
* * * * * * ** *
28865 AA-TTCAATTAAAGTGAATTATGAGATTATAAAATCATTTAAAGCCAGTAATAAGTTTTTTGAGG
66 AATTTCAATTAAAATCAATAATGAGATTACAAAACCATTTAAAGCAAGTAATAAGACTTTTAAGG
* * *
28929 GCTTGAGTGACTATAAATAGACTTTTTTTACAAATAGATAGTTTTTGCTTCACGTCTCCCGAGAC
131 GCTTGAGTGACTATAAATAGACTTTCTTTACAAATAGATAGCTTTTGCTTCACGTCTCCCAAGAC
* * * * * *
28994 AAA-CGTTCAATTATAATATATTTTAACAAAAAATATAAAAGAAATTTAACTTAAAATTAATTTT
196 AAATAG-GCAATCACAATATATTTTAACAAAAAATATAAAA-AAATTTAACTTAAAATAAATTAT
* * *
29058 GAGATTATG-AAACCATTTAGTGGGAGCAATAAGGTTTTTG
259 GAGACTA-GAAAACCATTTAGTGGGAGAAATAAGGGTTTTG
29098 AAGGCTTAAG
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Matches are distributed among these distances:
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ACGTcount: A:0.39, C:0.12, G:0.15, T:0.34
Consensus pattern (316 bp):
CTTGTGCTTCACGTTTCTCAAGGCAAACATACAAATATAATCTATTTTAACAAAAGAAGTAAAAA
AATTTCAATTAAAATCAATAATGAGATTACAAAACCATTTAAAGCAAGTAATAAGACTTTTAAGG
GCTTGAGTGACTATAAATAGACTTTCTTTACAAATAGATAGCTTTTGCTTCACGTCTCCCAAGAC
AAATAGGCAATCACAATATATTTTAACAAAAAATATAAAAAAATTTAACTTAAAATAAATTATGA
GACTAGAAAACCATTTAGTGGGAGAAATAAGGGTTTTGGGTCTCGCCAATGGAGTA
Found at i:29147 original size:172 final size:170
Alignment explanation
Indices: 28829--29148 Score: 381
Period size: 172 Copynumber: 1.9 Consensus size: 170
28819 GAGGTAGACA
* * * *
28829 TTCAAATATAATCTATTTTAACAAAAGAAGTAAAATAATTCAATTAAAGTGAATTATGAGATTAT
1 TTCAAATATAATATATTTTAACAAAAGAAATAAAAAAATTCAATTAAAATGAATTATGAGATTAT
* * * * * * *
28894 AAAATCATTTAAAGCCAGTAATAAGTTTTTTGAGGGCTTGAGTGACTATAAATAGACTTTTTTTA
66 AAAACCATTTAAAGCCAGCAATAAGGTTTTTGAAGGCTTAAGCGACTATAAATAGACTTTTCTTA
28959 CAAATAGATAGTTTTTGCTTCACGTCTCCCGAGACAAACG
131 CAAATAGATAGTTTTTGCTTCACGTCTCCCGAGACAAACG
* * * *
28999 TTCAATTATAATATATTTTAACAAAA-AATATAAAAGAAATTTAACTTAAAATTAATTTTGAGAT
1 TTCAAATATAATATATTTTAACAAAAGAA-ATAAAA-AAATTCAA-TTAAAATGAATTATGAGAT
* ** ** *
29063 TATGAAACCATTTAGTGGGAGCAATAAGGTTTTTGAAGGCTTAAGCGACTATAAATGGACTTTTC
63 TATAAAACCATTTAAAGCCAGCAATAAGGTTTTTGAAGGCTTAAGCGACTATAAATAGACTTTTC
* * * *
29128 TTGCCAATGGATGGTTTTTGC
128 TTACAAATAGATAGTTTTTGC
29149 CAATGGGATT
Statistics
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Matches are distributed among these distances:
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ACGTcount: A:0.39, C:0.11, G:0.15, T:0.36
Consensus pattern (170 bp):
TTCAAATATAATATATTTTAACAAAAGAAATAAAAAAATTCAATTAAAATGAATTATGAGATTAT
AAAACCATTTAAAGCCAGCAATAAGGTTTTTGAAGGCTTAAGCGACTATAAATAGACTTTTCTTA
CAAATAGATAGTTTTTGCTTCACGTCTCCCGAGACAAACG
Found at i:29605 original size:171 final size:171
Alignment explanation
Indices: 29410--30127 Score: 872
Period size: 171 Copynumber: 4.2 Consensus size: 171
29400 TATTTTAATT
* * *
29410 AAAAATATACAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCAAATAAT
1 AAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCTAATAAT
29475 AAGGCTTTCGAAGGCTTGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGGATGGCTTTTGCTTCA
66 AAGGCTTTCGAAGGCTTGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGGATGGCTTTTGCTTCA
* ** * * * *
29540 AGTTTTTGGAGGCAAACAGTCAAATATAGTCTGTTTTAACA
131 AGTTTCTCAAGGCAGACATTCAAATATAATCTGTTTTAACC
* *
29581 AAAAATGTAAAACAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCTAGTAAT
1 AAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCTAATAAT
** ** * * * *
29646 AAGTTTTTTTAGGGCTTGAGTGATTATAAATGGACTTTTTTTGCCAATGGATGGTTTTTGCTTCA
66 AAGGCTTTCGAAGGCTTGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGGATGGCTTTTGCTTCA
*
29711 CA-TTTCTCAAGGTAGACATTCAAATATAATCTGTTTTAACC
131 -AGTTTCTCAAGGCAGACATTCAAATATAATCTGTTTTAACC
* * * ** * * *
29752 AAAAATGTAAAAAAAAAATT-TATTTAAAATCAATTATGAAATTATAAATTCATTTAACGGGTGA
1 AAAAATGT---AAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAA-AGCTAA
*
29816 -AATAAGGCTTTCGAATGCTTGAGTGACTATAAATGGA-TTTGTCTTGCCAATGGA-GTGCTTTT
62 TAATAAGGCTTTCGAAGGCTTGAGTGACTATAAATGGACTTT-TCTTGCCAATGGATG-GCTTTT
* * *
29878 GCTTCACGTTTCTCAAGGCAGACATTCAAATATAATATTTTTTAACC
125 GCTTCAAGTTTCTCAAGGCAGACATTCAAATATAATCTGTTTTAACC
* * * * *
29925 AAAAATGTAAAACAATTCAACTTAAAATTAATTATGAGACTATAAAACTATTTAAAGCTAGTAAT
1 AAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCTAATAAT
* * * * *
29990 AAGACTTTC-AATGGCTTGAGTGACTATAAATGGACTTCTCTTACCAATGCATGACTTTTGCTTC
66 AAGGCTTTCGAA-GGCTTGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGGATGGCTTTTGCTTC
* ** * *
30054 ATGTTTCTTGAGGCAGACATTCAAATATAATTTATTTTAACC
130 AAGTTTCTCAAGGCAGACATTCAAATATAATCTGTTTTAACC
* *
30096 AAAAGTGTAAAAAAATTTAACTTAAAATCAAT
1 AAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAAT
30128 AACGAGAATG
Statistics
Matches: 462, Mismatches: 72, Indels: 26
0.82 0.13 0.05
Matches are distributed among these distances:
170 12 0.03
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ACGTcount: A:0.39, C:0.13, G:0.14, T:0.35
Consensus pattern (171 bp):
AAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCTAATAAT
AAGGCTTTCGAAGGCTTGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGGATGGCTTTTGCTTCA
AGTTTCTCAAGGCAGACATTCAAATATAATCTGTTTTAACC
Found at i:29865 original size:173 final size:171
Alignment explanation
Indices: 29314--30127 Score: 863
Period size: 171 Copynumber: 4.7 Consensus size: 171
29304 TTCAATTGAA
* * * * * * * *
29314 AAGGCTTAAGTGACTAGAAATAGATTTTTCTTGCTAATAGATGCCTTTTGCTTCACATTTCAT-G
1 AAGGCTTGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGGATGGCTTTTGCTTCACATTTC-TCA
* * ** ** * * ** *
29378 AGACAGACATTTAGTTATTTTATATTTTAATTAAAAATATACAAA-AATTCAACTTAAAATCAAT
65 AGGCAGACATTCAAATATAATCTGTTTTAACCAAAAATGTA-AAACAATTCAACTTAAAATCAAT
*
29442 TATGAGATTATAAAACCATTTAAAGC-AAATAATAAGGCTTTCG
129 TATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCTAGA-AATAAGGCTTTCG
* **
29485 AAGGCTTGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGGATGGCTTTTGCTTCA-AGTTTTTGG
1 AAGGCTTGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGGATGGCTTTTGCTTCACA-TTTCTCA
* * * *
29549 AGGCAAACAGTCAAATATAGTCTGTTTTAACAAAAAATGTAAAACAATTCAACTTAAAATCAATT
65 AGGCAGACATTCAAATATAATCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAACAATTCAACTTAAAATCAATT
* ** **
29614 ATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCTAGTAATAAGTTTTTTT
130 ATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCTAGAAATAAGGCTTTCG
* * * *
29656 AGGGCTTGAGTGATTATAAATGGACTTTTTTTGCCAATGGATGGTTTTTGCTTCACATTTCTCAA
1 AAGGCTTGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGGATGGCTTTTGCTTCACATTTCTCAA
* * * *
29721 GGTAGACATTCAAATATAATCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAAAAATT-TATTTAAAATCAA
66 GGCAGACATTCAAATATAATCTGTTTTAACCAAAAATGT---AAAACAATTCAACTTAAAATCAA
* ** * *
29785 TTATGAAATTATAAATTCATTTAACGGGT-GAAATAAGGCTTTCG
128 TTATGAGATTATAAAACCATTTAA-AGCTAGAAATAAGGCTTTCG
* *
29829 AATGCTTGAGTGACTATAAATGGA-TTTGTCTTGCCAATGGA-GTGCTTTTGCTTCACGTTTCTC
1 AAGGCTTGAGTGACTATAAATGGACTTT-TCTTGCCAATGGATG-GCTTTTGCTTCACATTTCTC
* * *
29892 AAGGCAGACATTCAAATATAATATTTTTTAACCAAAAATGTAAAACAATTCAACTTAAAATTAAT
64 AAGGCAGACATTCAAATATAATCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAACAATTCAACTTAAAATCAAT
* * * *
29957 TATGAGACTATAAAACTATTTAAAGCTAGTAATAAGACTTTC-
129 TATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCTAGAAATAAGGCTTTCG
* * * * ** **
29999 AATGGCTTGAGTGACTATAAATGGACTTCTCTTACCAATGCATGACTTTTGCTTCATGTTTCTTG
1 AA-GGCTTGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGGATGGCTTTTGCTTCACATTTCTCA
* * * * *
30064 AGGCAGACATTCAAATATAATTTATTTTAACCAAAAGTGTAAAAAAATTTAACTTAAAATCAAT
65 AGGCAGACATTCAAATATAATCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAACAATTCAACTTAAAATCAAT
30128 AACGAGAATG
Statistics
Matches: 539, Mismatches: 88, Indels: 32
0.82 0.13 0.05
Matches are distributed among these distances:
170 17 0.03
171 372 0.69
172 9 0.02
173 131 0.24
174 10 0.02
ACGTcount: A:0.38, C:0.13, G:0.14, T:0.36
Consensus pattern (171 bp):
AAGGCTTGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGGATGGCTTTTGCTTCACATTTCTCAA
GGCAGACATTCAAATATAATCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAACAATTCAACTTAAAATCAATTA
TGAGATTATAAAACCATTTAAAGCTAGAAATAAGGCTTTCG
Found at i:30074 original size:344 final size:344
Alignment explanation
Indices: 29431--30110 Score: 943
Period size: 344 Copynumber: 2.0 Consensus size: 344
29421 AAAATTCAAC
*
29431 TTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCAAATAATAAGGCTTTCGAAGGCTTGAGT
1 TTAAAATCAATTATGAAATTATAAAACCATTTAAAGCAAATAATAAGGCTTTCGAAGGCTTGAGT
* **
29496 GACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGGATGGCTTTTGCTTCAAGTTTTTGGAGGCAAACAGTC
66 GACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGGATGGCTTTTGCTTCAAGTTTCTCAAGGCAAACAGTC
* * *
29561 AAATATAGTCTGTTTTAACAAAAAATGTAAAACAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAA
131 AAATATAATATGTTTTAACAAAAAATGTAAAACAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGACTATAA
** ** * * * *
29626 AACCATTTAAAGCTAGTAATAAGTTTTTTTAGGGCTTGAGTGATTATAAATGGACTTTTTTTGCC
196 AACCATTTAAAGCTAGTAATAAGACTTTCAAGGGCTTGAGTGACTATAAATGGACTTCTCTTACC
* ** * *
29691 AATGGATGGTTTTTGCTTCACATTTCTCAAGGTAGACATTCAAATATAATCTGTTTTAACCAAAA
261 AATGCATGACTTTTGCTTCACATTTCTCAAGGCAGACATTCAAATATAATCTATTTTAACCAAAA
29756 ATGTAAAAAAAAAATTTAT
326 ATGTAAAAAAAAAATTTAT
** * *** *
29775 TTAAAATCAATTATGAAATTATAAATTCATTTAACGGGTGA-AATAAGGCTTTCGAATGCTTGAG
1 TTAAAATCAATTATGAAATTATAAAACCATTTAA-AGCAAATAATAAGGCTTTCGAAGGCTTGAG
* *
29839 TGACTATAAATGGA-TTTGTCTTGCCAATGGA-GTGCTTTTGCTTCACGTTTCTCAAGGCAGACA
65 TGACTATAAATGGACTTT-TCTTGCCAATGGATG-GCTTTTGCTTCAAGTTTCTCAAGGCAAACA
* * * *
29902 TTCAAATATAATATTTTTTAACCAAAAATGTAAAACAATTCAACTTAAAATTAATTATGAGACTA
128 GTCAAATATAATATGTTTTAACAAAAAATGTAAAACAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGACTA
* *
29967 TAAAACTATTTAAAGCTAGTAATAAGACTTTCAATGGCTTGAGTGACTATAAATGGACTTCTCTT
193 TAAAACCATTTAAAGCTAGTAATAAGACTTTCAAGGGCTTGAGTGACTATAAATGGACTTCTCTT
** ** *
30032 ACCAATGCATGACTTTTGCTTCATGTTTCTTGAGGCAGACATTCAAATATAATTTATTTTAACCA
258 ACCAATGCATGACTTTTGCTTCACATTTCTCAAGGCAGACATTCAAATATAATCTATTTTAACCA
*
30097 AAAGTGTAAAAAAA
323 AAAATGTAAAAAAA
30111 TTTAACTTAA
Statistics
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0.86 0.12 0.02
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343 4 0.01
344 286 0.98
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TTAAAATCAATTATGAAATTATAAAACCATTTAAAGCAAATAATAAGGCTTTCGAAGGCTTGAGT
GACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGGATGGCTTTTGCTTCAAGTTTCTCAAGGCAAACAGTC
AAATATAATATGTTTTAACAAAAAATGTAAAACAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGACTATAA
AACCATTTAAAGCTAGTAATAAGACTTTCAAGGGCTTGAGTGACTATAAATGGACTTCTCTTACC
AATGCATGACTTTTGCTTCACATTTCTCAAGGCAGACATTCAAATATAATCTATTTTAACCAAAA
ATGTAAAAAAAAAATTTAT
Found at i:37799 original size:35 final size:35
Alignment explanation
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37751 GGGAAAAACT
* * *
37761 ATTGTTGAAGCTTGTGGCTAAGCCTTTGAAAAGCT
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* *
37796 ATTGTTCAAGGTTGTGGTTGAGCCTTTGAAAAGCC
1 ATTGTTGAAGGTTGTGGCTGAGCCTTTGAAAAGCC
* *
37831 ATTGTTCAAGGTTGTGGTTGAGCCTTTGTAAAA-CC
1 ATTGTTGAAGGTTGTGGCTGAGCCTTTG-AAAAGCC
* *
37866 ATTGTTGAAGGTTATGGCTAAGCCTTTGAAAAGCC
1 ATTGTTGAAGGTTGTGGCTGAGCCTTTGAAAAGCC
* * *
37901 ATTGTTGAAGGTTGTGACTGAGCCTGTGAAAAGCT
1 ATTGTTGAAGGTTGTGGCTGAGCCTTTGAAAAGCC
37936 ATTGT
1 ATTGT
37941 AAAAGCTTGG
Statistics
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Matches are distributed among these distances:
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Consensus pattern (35 bp):
ATTGTTGAAGGTTGTGGCTGAGCCTTTGAAAAGCC
Found at i:40345 original size:171 final size:171
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39918 AATGGATGGG
* *
39928 TTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAG-GAAGTAGTAAGGC-TTTCAACGGCTTGA
1 TTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTG-AGTAATAAGGCTTTTGAA-GGCTTGA
* ** * * *
39991 GTGACTATAAATGGACTTTTGATATGAACCGACA-GCTTTTGC-TTTGCTTTACGTTT-TCTAAG
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* * *
40053 GCAGATATTCAAATATAATTCG-TTTTAACCAAAAATATAAAAAAA-TCAAC
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* * * * ** *
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1 TTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTT-TGAAGGCTTGAG
* * * * * *
40167 TGACTATAAAGGGACTTCTCTTACCAATGAATGGCTTTTGCCTCACGTTTCTCAAGGCAAACATT
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** * *
40232 CAGTTATAATAGATTTTAACCAAAAATGTAAAACAATTCAAC
130 CAAATATAATTGATTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAAC
* * * **
40274 TTAAAATCAATTATGAGACTATAAAACCATTTCAAGTGAGTAATTAGGCTTTTGAAGGCTTGAAC
1 TTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCTTGAGT
* * * * * **
40339 GACTATAAATGAACTTTTCTTACCAATGGATGGCTTTTGCCTCATATTTCAT-GAGGCAGGCATT
66 GACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGGATGGCTTTTGCTTCATGTTTC-TCAAGGCAAACATT
* **
40403 TAGTTATAATAT-ATTTTAACCAAAAATGTAAAAAAAAATT-AAC
130 CAAATATAAT-TGATTTTAACCAAAAATGT--AAAAAAATTCAAC
** **
40446 TTAAAATCAATTATGAGATTATAAAATAATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCTTGAGT
1 TTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCTTGAGT
* * * ** *
40511 GACTATAAATGAACTTTTCTTACCAATGGATGGCCTTTGCTTCACATTTCTCGA-GCAAA-ATAG
66 GACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGGATGGCTTTTGCTTCATGTTTCTCAAGGCAAACAT--
* * ** * *
40574 TCAAATACAATTTG-TTCTAACCCGAAATG-CAAAAAACT-AAC
129 TCAAATATAA-TTGATTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAAC
* * * * **
40615 TTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGCGAGTATTAAGGCTTTCGAAGGCTAAAGT
1 TTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCTTGAGT
* * * * * * **
40680 GA-TGATAAATAGACATTTCTTACCAATGGATCGATTTTGCTTCATGTTTCAT-GAGGTGAACAT
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* *
40743 TCAAATTTAATCTG-TTTTAACAAAAAATGTAAAAAAATTCAAC
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* * * * *
40786 TTAAAA-AAATAATGAGATTATAAAACCATTTAAA-TCAAGTAATAAGGCTTTCGAGGGCTTGAG
1 TTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGT-GAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCTTGAG
* * * * * ** *
40849 TGACTATAAATAGACTTTTATTGCCAATGCATGACTTTTGCTTTACATTTCTCAAGGTAAACATT
65 TGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGGATGGCTTTTGCTTCATGTTTCTCAAGGCAAACATT
* *
40914 CAGATATAATAGATTTTAACCAAAAATG-AAAAAAATTCAAC
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** * ** ** *
40955 TTAAAATCAATTATGAGGCTATAAAACTATTTAAAGCCAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCTTGAGC
1 TTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCTTGAGT
* * * *
41020 GACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGGATGGCTTTTGCATCATGTTTCTTAAGGTAGACATTC
66 GACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGGATGGCTTTTGCTTCATGTTTCTCAAGGCAAACATTC
** * *
41085 AGTTATAATAT-ATTTTAACTAAAAATGTAAAAAAATTAAAC
131 AAATATAAT-TGATTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAAC
* * ** *
41126 TTAAAATCAATTATAAGACTATAAAACCATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCTTGAGT
1 TTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCTTGAGT
* ** * * *
41191 GACCATAAATGGACTTTTTCTTGCCAATGGATGATTTTTTCTTCACGTTTCTCAAGGAAAACATT
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* *
41256 CAAATATAATCT-CTTTT-ACCAAAAAATGTAAACAAATTCAAC
130 CAAATATAAT-TGATTTTAACC-AAAAATGTAAAAAAATTCAAC
* * * * * * * *
41298 TAAAAATCAATAATGAAATTAT-AAACTCTTTTAAAGCGAGTAATCAGGCTATCGAAGGCTTGAG
1 TTAAAATCAATTATGAGATTATAAAAC-CATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCTTGAG
* * * * * * **
41362 T-AGCTATAAATTGACTTTTCTTGTCAATAGATGGTTTTTGTTTCATGTTTTTCAAGAAAAACAT
65 TGA-CTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGGATGGCTTTTGCTTCATGTTTCTCAAGGCAAACAT
** * * * *
41426 TCAGTTATAATTTATTTTAGCC-AAAATGTAAAAATATTCATC
129 TCAAATATAATTGATTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAAC
* ** * * *
41468 TTAAAATCAATTACGAGATTATAAAATAATTTAAAATGAGTAATAAGG-TTTTCAAAGGCTTCAG
1 TTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTT-GAAGGCTTGAG
* * * * *
41532 TGGCTATAAATGGACTTTTCTTGTCAATGGATGGCTTTTGCTTTATGTTTCTCAAGGTAGACATT
65 TGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGGATGGCTTTTGCTTCATGTTTCTCAAGGCAAACATT
* * **
41597 CAAATATAATTTG-TTTTATCCAAAAATGTAAAACAACCCAAC
130 CAAATATAA-TTGATTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAAC
* ** * * ** *
41639 TTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACAATTTAAAGCAAGAAATGAGGCTTTCAAAAGCTTGAGT
1 TTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCTTGAGT
* * * * * * *
41704 GACTATAAATGCAC-TTTCTTTCCAATGGATGGCTTTTGCTTTACGTTTCTCGAGGTAGACATTC
66 GACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGGATGGCTTTTGCTTCATGTTTCTCAAGGCAAACATTC
* * * ** * *
41768 AATTATAATTTATCTTAATAAAAAATATAAAAAAATTTAAC
131 AAATATAATTGATTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAAC
* * * *
41809 TTAAAATTAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAAG-TTTTCGAAGGCTTTAG
1 TTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTT-GAAGGCTTGAG
* * * *
41873 CGACTATAAATGGACTTTTCTTGTCAATGGATGGTTTTTGCTTCATGTTT-TCTAAGGCAATCAT
65 TGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGGATGGCTTTTGCTTCATGTTTCTC-AAGGCAAACAT
** ** * *
41937 TCAGTTATAATCTG-TTTTAAGTAGAAATGTAAAAAAA-TCAGC
129 TCAAATATAAT-TGATTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAAC
* * * *
41979 TTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGGGAGAAAGAAGGCTTTTGAAGGCTTAAGT
1 TTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCTTGAGT
* * *
42044 GACTATAAATGGATTTTTCTTACCAATGGA-GAGCTTTTGCTTCATGTTTCTCAAGGCATACATT
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* * * *
42108 AAAATATAATCTG-TTTTAACTAAAAATGTAAAACAATTGAAC
130 CAAATATAAT-TGATTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAAC
* * *
42150 TTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAATGAGTAATAAGGCTTTT-AATGGCTTTAG
1 TTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAA-GGCTTGAG
* * * * * ** ** *
42214 TGACTATAAATAGAATTTTTTTGCTAATGGATGGCTTTTGCTTCATGTTTTTGGAGGTGAATATT
65 TGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGGATGGCTTTTGCTTCATGTTTCTCAAGGCAAACATT
* * *
42279 GAAATATAATCT-ATTTTAACCAAAAATGTAAAAGAATTTAAC
130 CAAATATAAT-TGATTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAAC
* * * * ** *
42321 TTAAAATCTATTATGAGTTTAGAAAACTATTTAAAG-GTAAAAATAGGGCTTTTGAAGGCTTGAG
1 TTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTG-AGTAATAAGGCTTTTGAAGGCTTGAG
** * * * * * * * * **
42385 TGACTATAAATCCATTTTTCTTGCTAATGGAGGGCATATACTTTATGTTTCTCGAA-GTAGGCAT
65 TGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGGATGGCTTTTGCTTCATGTTTCTC-AAGGCAAACAT
42449 TCAAATAT-ATCTG-TTTTAA--AAAAATGTAAAAAACAAATTCAAC
129 TCAAATATAAT-TGATTTTAACCAAAAATGT--AAAA-AAATTCAAC
* * * ** *
42492 TTAAAATCAATTATGAGATTACAAAACTATTTAAAATGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCTTGAAT
1 TTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCTTGAGT
* * ** * * ** *
42557 GGCTATAAATGGACTTTTCTTGCTAATGGATAACTTTTACTTCACGTTTCTTGAGGCAGACATTC
66 GACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGGATGGCTTTTGCTTCATGTTTCTCAAGGCAAACATTC
* ** * * * *
42622 AAATATAATTTACCTTAACCAATAATATAAAACAATCCAAAC
131 AAATATAATTGATTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTC-AAC
* *
42664 TTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAAGCTTTTAAATGGCTTGAG
1 TTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAA-GGCTTGAG
* * ** * * * * *
42729 TGACTATAAATGGACTTTCCTTACCAATAAATAGCTTTTCCTTCTTGTTTCTTAAAGCAAACATT
65 TGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGGATGGCTTTTGCTTCATGTTTCTCAAGGCAAACATT
* *
42794 CAAATATAATCTG-TTTTAACCAAACATGT--AAAAATTCAAT
130 CAAATATAAT-TGATTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAAC
* *
42834 TTAAAATCAATAATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAATGCTTTT-AATGGCTTGAG
1 TTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAA-GGCTTGAG
* *
42898 TGGCTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATAGATGGCTTTGTGCTTCATGTATTC-CAAGG-AAGAC
65 TGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGGATGGCTTT-TGCTTCATGT-TTCTCAAGGCAA-AC
* * *
42961 ATT-TAGTCATAATTGATTTTAACCATAAATGTAAAAATAATTCAAC
127 ATTCAAAT-ATAATTGATTTTAACCAAAAATGTAAAAA-AATTCAAC
* * ** * * * ** *
43007 TTAAAATCAATAATGAAATTATAAAATAATTTAAAATTAGTAATAAGACTTTAAAAGGCTTAAGT
1 TTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCTTGAGT
* * * * * * *
43072 GACTATAAACGGACTTCTCTTGTCAATGGATAGCTTTTGCTTTACAT-TTCCT-GAGGCAAACAA
66 GACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGGATGGCTTTTGC-TT-CATGTTTCTCAAGGCAAACAT
** * ** * *
43135 TCATTTAGAACAGATTTTAACAAAAAATGCAAACAAAATTCAAC
129 TCAAATATAATTGATTTTAACCAAAAATGTAAA-AAAATTCAAC
* * * * ** * *
43179 TCAAAATCAATTATAAGACTATAAAACCATTGAAAGCAAGCAATAAGGCTTTTGAATGCTTGAGT
1 TTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCTTGAGT
* * * *
43244 GACTCTAAATGGACTTTTCTTGCTAATGGATGGCTTTTGCTTCATGTTTCTCAAGACAGACATTC
66 GACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGGATGGCTTTTGCTTCATGTTTCTCAAGGCAAACATTC
* * ** *
43309 AGATATAATTTATTTTAATTAAAAATATAAAAAAATTCAAC
131 AAATATAATTGATTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAAC
* * *
43350 TCAAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAATAATAAGGC-TTTCAATGGCTTGA
1 T-TAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAA-GGCTTGA
* * **
43414 CTGACTATAAATGGACTTTTCTTGTCAATGGATGGCTTTTGCTTCATGTTTCTTGAGGCAAACAT
64 GTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGGATGGCTTTTGCTTCATGTTTCTCAAGGCAAACAT
* *
43479 TCAAATATAATCTG-TTTTAACTAAAAATATAAAACAAA-TC-AC
129 TCAAATATAAT-TGATTTTAACCAAAAATGTAAAA-AAATTCAAC
* * * * *
43521 TTAAAATCAATAATTAGATTATAAAACCATTTGAAGGGAGCAATAAGGCTTTTG
1 TTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTG
43575 CTAATGGACG
Statistics
Matches: 2855, Mismatches: 522, Indels: 194
0.80 0.15 0.05
Matches are distributed among these distances:
168 10 0.00
169 215 0.08
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177 2 0.00
ACGTcount: A:0.39, C:0.13, G:0.14, T:0.34
Consensus pattern (171 bp):
TTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCTTGAGT
GACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGGATGGCTTTTGCTTCATGTTTCTCAAGGCAAACATTC
AAATATAATTGATTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAAC
Found at i:40701 original size:341 final size:341
Alignment explanation
Indices: 39928--43574 Score: 3227
Period size: 341 Copynumber: 10.7 Consensus size: 341
39918 AATGGATGGG
* *
39928 TTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAG-GAAGTAGTAAGGCTTTC-AACGGCTTGA
1 TTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGCG-AGTAATAAGGCTTTCGAA-GGCTTGA
* ** * * * *
39991 GTGACTATAAATGGACTTTTGATATGAACCGACA-GCTTTTGC-TTTGCTTTACGTTTTCTAAGG
64 GTGACTATAAATGGACTTTT-CT-TG--CC-A-ATG-GATGGCTTTTGCTTCATG-TTTCTGAGG
* * * * *
40054 CAGATATTCAAATATAAT-TCGTTTTAACCAAAAATATAAAAAAA-TCAACTTAAAATCAATAAT
121 CAGACATTCAATTATAATCT-ATTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTAT
* * * ** * *
40117 GAGATTATAAAACCATTTAAAGAGAGCAATAAGACTTTCAAAAGAC-TGAGTGACTATAAAGGGA
185 GAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTT-TGAAGGCTTGAGTGACTATAAATGGA
* * * * * ** *
40181 CTTCTCTTACCAATGAATGGCTTTTGCCTCACGTTTCTCAAGGC-AAACATTCAGTTATAA-TAG
249 CTTTTCTTGCCAATGGATGGCTTTTGCTTCACGTTTCTCAA-GCAAAATATTCAAATATAATTTG
40244 ATTTTAACCAAAAATGTAAAACAATTCAAC
313 -TTTTAACCAAAAATGTAAAACAATTCAAC
* * * * * * **
40274 TTAAAATCAATTATGAGACTATAAAACCATTTCAAGTGAGTAATTAGGCTTTTGAAGGCTTGAAC
1 TTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCTTGAGT
* * * * * *
40339 GACTATAAATGAACTTTTCTTACCAATGGATGGCTTTTGCCTCATATTTCATGAGGCAGGCATTT
66 GACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGGATGGCTTTTGCTTCATGTTTC-TGAGGCAGACATTC
* *
40404 AGTTATAATATATTTTAACCAAAAATGTAAAAAAAAATT-AACTTAAAATCAATTATGAGATTAT
130 AATTATAATCTATTTTAACCAAAAATGT--AAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTAT
** * * *
40468 AAAATAATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCTTGAGTGACTATAAATGAACTTTTCTTA
193 AAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCTTGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTG
* * * * * * **
40533 CCAATGGATGGCCTTTGCTTCACATTTCTCGAGCAAAATAGTCAAATACAATTTGTTCTAACCCG
258 CCAATGGATGGCTTTTGCTTCACGTTTCTCAAGCAAAATATTCAAATATAATTTGTTTTAACCAA
* *
40598 AAATGCAAAA-AACT-AAC
323 AAATGTAAAACAATTCAAC
* **
40615 TTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGCGAGTATTAAGGCTTTCGAAGGCTAAAGT
1 TTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCTTGAGT
* * * * * *
40680 GA-TGATAAATAGACATTTCTTACCAATGGATCGATTTTGCTTCATGTTTCATGAGG-TGAACAT
66 GACT-ATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGGATGGCTTTTGCTTCATGTTTC-TGAGGCAG-ACAT
* * * *
40743 TCAAATT-TAATCTGTTTTAACAAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAA-AAATAATGAGATTA
128 TC-AATTATAATCTATTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTA
* * * * * *
40806 TAAAACCATTTAAATCAAGTAATAAGGCTTTCGAGGGCTTGAGTGACTATAAATAGACTTTTATT
192 TAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCTTGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTT
* * * * ** * * *
40871 GCCAATGCATGACTTTTGCTTTACATTTCTCAAGGTAAACATTCAGATATAA-TAGATTTTAACC
257 GCCAATGGATGGCTTTTGCTTCACGTTTCTCAAGCAAAATATTCAAATATAATTTG-TTTTAACC
*
40935 AAAAATG-AAAAAAATTCAAC
321 AAAAATGTAAAACAATTCAAC
** * * *
40955 TTAAAATCAATTATGAGGCTATAAAACTATTTAAAGCCAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCTTGAGC
1 TTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCTTGAGT
* * *
41020 GACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGGATGGCTTTTGCATCATGTTTCTTAAGGTAGACATTC
66 GACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGGATGGCTTTTGCTTCATGTTTC-TGAGGCAGACATTC
* * * * * *
41085 AGTTATAATATATTTTAACTAAAAATGTAAAAAAATTAAACTTAAAATCAATTATAAGACTATAA
130 AATTATAATCTATTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAA
* * *
41150 AACCATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCTTGAGTGACCATAAATGGACTTTTTCTTGC
195 AACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCTTGAGTGACTATAAATGGAC-TTTTCTTGC
** * * * * *
41215 CAATGGATGATTTTTTCTTCACGTTTCTCAAGGAAAACATTCAAATATAATCTCTTTT-ACCAAA
259 CAATGGATGGCTTTTGCTTCACGTTTCTCAAGCAAAATATTCAAATATAATTTGTTTTAACC-AA
41279 AAATGT-AAACAAATTCAAC
323 AAATGTAAAAC-AATTCAAC
* * * * * *
41298 TAAAAATCAATAATGAAATTAT-AAACTCTTTTAAAGCGAGTAATCAGGCTATCGAAGGCTTGAG
1 TTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACT-ATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCTTGAG
* * * * * * * ** *
41362 T-AGCTATAAATTGACTTTTCTTGTCAATAGATGGTTTTTGTTTCATGTTTTTCAAGAAAAACAT
65 TGA-CTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGGATGGCTTTTGCTTCATGTTTCT-GAGGCAGACAT
* * * * * *
41426 TCAGTTATAATTTATTTTAGCC-AAAATGTAAAAATATTCATCTTAAAATCAATTACGAGATTAT
128 TCAATTATAATCTATTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTAT
** ** * * *
41490 AAAATAATTTAAAATGAGTAATAAGG-TTTTCAAAGGCTTCAGTGGCTATAAATGGACTTTTCTT
193 AAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTT-GAAGGCTTGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTT
* * * ** * * *
41554 GTCAATGGATGGCTTTTGCTTTATGTTTCTCAAGGTAGACATTCAAATATAATTTGTTTTATCCA
257 GCCAATGGATGGCTTTTGCTTCACGTTTCTCAAGCAAAATATTCAAATATAATTTGTTTTAACCA
**
41619 AAAATGTAAAACAACCCAAC
322 AAAATGTAAAACAATTCAAC
* * * * * *
41639 TTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACAATTTAAAGCAAGAAATGAGGCTTTCAAAAGCTTGAGT
1 TTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCTTGAGT
* * * * *
41704 GACTATAAATGCAC-TTTCTTTCCAATGGATGGCTTTTGCTTTACGTTTCTCGAGGTAGACATTC
66 GACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGGATGGCTTTTGCTTCATGTTTCT-GAGGCAGACATTC
* * ** * * *
41768 AATTATAATTTATCTTAATAAAAAATATAAAAAAATTTAACTTAAAATTAATTATGAGATTATAA
130 AATTATAATCTATTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAA
* * * *
41833 AACCATTTAAAGCGAGTAATAAAG-TTTTCGAAGGCTTTAGCGACTATAAATGGACTTTTCTTGT
195 AACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTT-GAAGGCTTGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGC
* * ** * **
41897 CAATGGATGGTTTTTGCTTCATGTTT-TCTAAGGC--AATCATTCAGTTATAATCTGTTTTAAGT
259 CAATGGATGGCTTTTGCTTCACGTTTCTC-AA-GCAAAAT-ATTCAAATATAATTTGTTTTAACC
* * *
41959 AGAAATGTAAAA-AAATCAGC
321 AAAAATGTAAAACAATTCAAC
* * * * * *
41979 TTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGGGAGAAAGAAGGCTTTTGAAGGCTTAAGT
1 TTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCTTGAGT
* * * *
42044 GACTATAAATGGATTTTTCTTACCAATGGA-GAGCTTTTGCTTCATGTTTCTCAAGGCATACATT
66 GACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGGATG-GCTTTTGCTTCATGTTTCT-GAGGCAGACATT
* * * * * *
42108 AAAATATAATCTGTTTTAACTAAAAATGTAAAACAATTGAACTTAAAATCAATTATGAGATTATA
129 CAATTATAATCTATTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATA
* ** * * * *
42173 AAACTATTTAAAATGAGTAATAAGGCTTTT-AATGGCTTTAGTGACTATAAATAGAATTTTTTTG
194 AAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAA-GGCTTGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTG
* * * ** *** * * *
42237 CTAATGGATGGCTTTTGCTTCATGTTTTTGGAGGTGAATATTGAAATATAATCTATTTTAACCAA
258 CCAATGGATGGCTTTTGCTTCACGTTTCTCAAGCAAAATATTCAAATATAATTTGTTTTAACCAA
* *
42302 AAATGTAAAAGAATTTAAC
323 AAATGTAAAACAATTCAAC
* * * ** * *
42321 TTAAAATCTATTATGAGTTTAGAAAACTATTTAAAG-GTAAAAATAGGGCTTTTGAAGGCTTGAG
1 TTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGCG-AGTAATAAGGCTTTCGAAGGCTTGAG
** * * * * * * * * * *
42385 TGACTATAAATCCATTTTTCTTGCTAATGGAGGGCATATACTTTATGTTTCTCGAAGTAGGCATT
65 TGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGGATGGCTTTTGCTTCATGTTTCT-GAGGCAGACATT
* *
42450 CAAATAT-ATCTGTTTTAA--AAAAATGTAAAAAACAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATT
129 CAATTATAATCTATTTTAACCAAAAATGT--AAAA-AAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATT
* * ** ** * *
42512 ACAAAACTATTTAAAATGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCTTGAATGGCTATAAATGGACTTTTCT
191 ATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCTTGAGTGACTATAAATGGACTTTTCT
* ** * * * * * ***
42577 TGCTAATGGATAACTTTTACTTCACGTTTCTTGAGGC-AGACATTCAAATATAATTTACCTTAAC
256 TGCCAATGGATGGCTTTTGCTTCACGTTTC-TCAAGCAAAATATTCAAATATAATTTGTTTTAAC
* * *
42641 CAATAATATAAAACAATCCAAAC
320 CAAAAATGTAAAACAATTC-AAC
* * * **
42664 TTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAAGCTTTTAAATGGCTTGAG
1 TTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAA-GGCTTGAG
* * ** * * * * * *
42729 TGACTATAAATGGACTTTCCTTACCAATAAATAGCTTTTCCTTCTTGTTTCTTAAAGCAAACATT
65 TGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGGATGGCTTTTGCTTCATGTTTC-TGAGGCAGACATT
* * * * *
42794 CAAATATAATCTGTTTTAACCAAACATGT--AAAAATTCAATTTAAAATCAATAATGAGATTATA
129 CAATTATAATCTATTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATA
* * *
42857 AAACCATTTAAAGTGAGTAATAATGCTTTT-AATGGCTTGAGTGGCTATAAATGGACTTTTCTTG
194 AAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAA-GGCTTGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTG
* * * * * * *
42921 CCAATAGATGGCTTTGTGCTTCATGTATTC-CAAGGAAGACATT-TAGTCATAA-TTGATTTTAA
258 CCAATGGATGGCTTT-TGCTTCACGT-TTCTCAAGCAAAATATTCAAAT-ATAATTTG-TTTTAA
* *
42983 CCATAAATGTAAAAATAATTCAAC
319 CCAAAAATGT-AAAACAATTCAAC
* * *** * ** *
43007 TTAAAATCAATAATGAAATTATAAAA-TAATTTAAAATTAGTAATAAGACTTTAAAAGGCTTAAG
1 TTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACT-ATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCTTGAG
* * * * * * *
43071 TGACTATAAACGGACTTCTCTTGTCAATGGATAGCTTTTGCTTTACAT-TTCCTGAGGCAAACAA
65 TGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGGATGGCTTTTGC-TT-CATGTTTCTGAGGCAGACAT
* * * * * * * *
43135 TCATTTAGAA-CAGATTTTAACAAAAAATGCAAACAAAATTCAACTCAAAATCAATTATAAGACT
128 TCAATTATAATC-TATTTTAACCAAAAATGTAAA-AAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATT
* * * * *
43199 ATAAAACCATTGAAAGCAAGCAATAAGGCTTTTGAATGCTTGAGTGACTCTAAATGGACTTTTCT
191 ATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCTTGAGTGACTATAAATGGACTTTTCT
* * * * * * *
43264 TGCTAATGGATGGCTTTTGCTTCATGTTTCTCAAG-ACAGACATTCAGATATAATTTATTTTAAT
256 TGCCAATGGATGGCTTTTGCTTCACGTTTCTCAAGCA-AAATATTCAAATATAATTTGTTTTAAC
* * *
43328 TAAAAATATAAAAAAATTCAAC
320 CAAAAATGTAAAACAATTCAAC
* * * *
43350 TCAAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAATAATAAGGCTTTC-AATGGCTTGA
1 T-TAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAA-GGCTTGA
* * *
43414 CTGACTATAAATGGACTTTTCTTGTCAATGGATGGCTTTTGCTTCATGTTTCTTGAGGCAAACAT
64 GTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGGATGGCTTTTGCTTCATGTTTC-TGAGGCAGACAT
* * * * * *
43479 TCAAATATAATCTGTTTTAACTAAAAATATAAAACAAA-TC-ACTTAAAATCAATAATTAGATTA
128 TCAATTATAATCTATTTTAACCAAAAATGTAAAA-AAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTA
* * *
43542 TAAAACCATTTGAAGGGAGCAATAAGGCTTTTG
192 TAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTG
43575 CTAATGGACG
Statistics
Matches: 2706, Mismatches: 507, Indels: 180
0.80 0.15 0.05
Matches are distributed among these distances:
338 6 0.00
339 144 0.05
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341 735 0.27
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345 111 0.04
346 72 0.03
347 10 0.00
ACGTcount: A:0.39, C:0.13, G:0.14, T:0.34
Consensus pattern (341 bp):
TTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCTTGAGT
GACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGGATGGCTTTTGCTTCATGTTTCTGAGGCAGACATTCA
ATTATAATCTATTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAA
ACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCTTGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCA
ATGGATGGCTTTTGCTTCACGTTTCTCAAGCAAAATATTCAAATATAATTTGTTTTAACCAAAAA
TGTAAAACAATTCAAC
Found at i:43694 original size:137 final size:137
Alignment explanation
Indices: 43440--43711 Score: 320
Period size: 137 Copynumber: 2.0 Consensus size: 137
43430 TTTTCTTGTC
* * *
43440 AATGGATGGCTTTTGCTTCATGTTTCTTGAGGCAAACATTCAAATATAATCTGTTTTAACTAAAA
1 AATGGACGGCTTTTGCTTCACGTTTCTAGAGGCAAACATTCAAATATAATCTGTTTTAACTAAAA
* * * **
43505 ATATAAAACAAATCACTTAAAATCAATAATTAGATTATAAAACCATTTGAAGGGAGCAATAAGGC
66 ATATAAAACAAATAACTTAAAATCAATAATGAGATTAGAAAACCATTTGAAGGGAAAAATAAGGC
43570 TTTTGCT
131 TTTTGCT
*** *
43577 AATGGACGGC-TTTGCTTCACGTTTCTAGAGGTGGATATTCAAATATAATCT-TTTTGAAC-AAT
1 AATGGACGGCTTTTGCTTCACGTTTCTAGAGGCAAACATTCAAATATAATCTGTTTT-AACTAA-
* * * *
43639 AAATGTAAAA-AAATTTAAGTTAAAAT-ATATTATGAGATTAGAAAATCATTTGAAGGGAAAAAT
64 AAATATAAAACAAA--TAACTTAAAATCA-ATAATGAGATTAGAAAACCATTTGAAGGGAAAAAT
43702 AAGGCTTTTG
126 AAGGCTTTTG
43712 AAGACTTGAG
Statistics
Matches: 114, Mismatches: 16, Indels: 10
0.81 0.11 0.07
Matches are distributed among these distances:
135 9 0.08
136 48 0.42
137 57 0.50
ACGTcount: A:0.40, C:0.11, G:0.16, T:0.34
Consensus pattern (137 bp):
AATGGACGGCTTTTGCTTCACGTTTCTAGAGGCAAACATTCAAATATAATCTGTTTTAACTAAAA
ATATAAAACAAATAACTTAAAATCAATAATGAGATTAGAAAACCATTTGAAGGGAAAAATAAGGC
TTTTGCT
Found at i:44038 original size:140 final size:140
Alignment explanation
Indices: 43766--44046 Score: 341
Period size: 140 Copynumber: 2.0 Consensus size: 140
43756 CTTACACTTT
** * * * *
43766 ATGTTTCTTAAGGTAGACATTCAAATATAATCTGTTATACCCAAAAATGTAAAACAATTTAACTT
1 ATGTTTCCCAAGGTAGACATTCAAATATAATATATTATAACCAAAAATGTAAAACAAATTAACTT
** * * *
43831 AAAATCAATTATGAGGCTATAAAACCATTTAAAGCGAATAATAAGGCTTTCAAATGCTTGAGCGA
66 AAAATCAATTATGACACTACAAAACCATTTAAAGCGAATAATAAGGCTTTCAAATCCTTAAGCGA
*
43896 CTATAAATGG
131 CTAGAAATGG
** *
43906 ATGTTTCCCAAGGTAGACATTCAGTTATAATATATTTTAACCAAAAATGTAAAA-AAATTACACT
1 ATGTTTCCCAAGGTAGACATTCAAATATAATATATTATAACCAAAAATGTAAAACAAATTA-ACT
* * * ** *
43970 TAAAATCAATTATGACACTACAAAACTATTTAAAGCGAGTAATAAGGATTT-TGATACCTTAAGT
65 TAAAATCAATTATGACACTACAAAACCATTTAAAGCGAATAATAAGGCTTTCAAAT-CCTTAAGC
44034 GACTAGAAATGG
129 GACTAGAAATGG
44046 A
1 A
44047 CTTTTCTTAC
Statistics
Matches: 118, Mismatches: 21, Indels: 4
0.83 0.15 0.03
Matches are distributed among these distances:
139 7 0.06
140 111 0.94
ACGTcount: A:0.43, C:0.13, G:0.13, T:0.31
Consensus pattern (140 bp):
ATGTTTCCCAAGGTAGACATTCAAATATAATATATTATAACCAAAAATGTAAAACAAATTAACTT
AAAATCAATTATGACACTACAAAACCATTTAAAGCGAATAATAAGGCTTTCAAATCCTTAAGCGA
CTAGAAATGG
Found at i:44243 original size:137 final size:136
Alignment explanation
Indices: 43988--44253 Score: 300
Period size: 137 Copynumber: 1.9 Consensus size: 136
43978 ATTATGACAC
* * * *
43988 TACAAAACTATTTAAAGCGAGTAATAAGGATTTTGATACCTTAAGTGACTAGAAATGGACTTTTC
1 TACAAAACTATTTAAAGCGAGAAATAAGGATTTTAAAACCTTAAGTGACAAGAAATGGACTTTTC
* * * * *
44053 TTACCAATGGATAGCTTTTGCTTCACGTTTCACAAGGCAGATATTCAAATATAATCTGTTTTAAT
66 TTACCAATGGATAGATTTTGCTTCACGTTTCACAAGGCAAACATTCAAATATAATATATTTTAAT
44118 CAAAAA
131 CAAAAA
* * * * * *
44124 TACAAAACTATTTAAAGGGAGAAATAAGG-TTTTAAAAGGCTTGATTGACAATAAATGGATTTTT
1 TACAAAACTATTTAAAGCGAGAAATAAGGATTTTAAAA-CCTTAAGTGACAAGAAATGGACTTTT
* * * * * ** *
44188 TTCTGCCAATGGATGGATTTTTCTTCATGTTTCTTAAGGTAAACATTCAAATATAATATATTTTA
65 CT-TACCAATGGATAGATTTTGCTTCACGTTTCACAAGGCAAACATTCAAATATAATATATTTTA
44253 A
129 A
44254 CTAAAATGTA
Statistics
Matches: 105, Mismatches: 23, Indels: 3
0.80 0.18 0.02
Matches are distributed among these distances:
135 6 0.06
136 48 0.46
137 51 0.49
ACGTcount: A:0.37, C:0.12, G:0.15, T:0.36
Consensus pattern (136 bp):
TACAAAACTATTTAAAGCGAGAAATAAGGATTTTAAAACCTTAAGTGACAAGAAATGGACTTTTC
TTACCAATGGATAGATTTTGCTTCACGTTTCACAAGGCAAACATTCAAATATAATATATTTTAAT
CAAAAA
Found at i:44813 original size:171 final size:172
Alignment explanation
Indices: 44127--45480 Score: 1250
Period size: 171 Copynumber: 8.0 Consensus size: 172
44117 TCAAAAATAC
* * * * ** * * *
44127 AAAACTATTTAAAGGGAGAAATAAGGTTTTAAAAGGCTTG-ATTGACAATAAATGGA-TTTTTTT
1 AAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCTTGAAGTGACTATAAATGGACTTTTCTT
* * * * * *
44190 CTGCCAATGGATGGATTTTTCTTCATGTTTCTTAAGGTAAACATTCAAATATAATATATTTTAAC
66 AT--CAATGGATGGCTTTTGCTTCATGTTTCTTGAGGCAAACATTCAAATATAATCTATTTTAAC
* * * *
44255 -TAAAATGT--AAAAATTTAACTCAAAATCAATTATGAGACTAT
129 AAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTAT
* * * * *
44296 AAAACCATTGAAAACGA-TCAATAAGGCTTTCGAAGGCTAG-GGTGACTATAAATGGACTTCTCT
1 AAAACCATTTAAAGCGAGT-AATAAGGCTTTCGAAGGCTTGAAGTGACTATAAATGGACTTTTCT
* * * * ** * * *
44359 T-GCTAATAGATGGCTTTTGTTTCACGTTTCCAGAGGCCAA-TTGTCAAATATAATCTGTTTTAA
65 TATC-AATGGATGGCTTTTGCTTCATGTTTCTTGAGGCAAACAT-TCAAATATAATCTATTTTAA
*
44422 CAAAAAATATAAAAAAA-TCAACTTAAAATCAATTATGAGATTAT
128 CAAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTAT
* ** * * *
44466 AAAACCATTTAAAGTGAGTGTTAAGTCTTTCGAAGGCTT-AAGTGACCATAAATGAACTTTTCTT
1 AAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCTTGAAGTGACTATAAATGGACTTTTCTT
* * * * *
44530 GTCAATGG--GGCTTTTGCTTCATGTTTCTTGAGGCGAACATTCAAATTTAATCTCTTTTAACCA
66 ATCAATGGATGGCTTTTGCTTCATGTTTCTTGAGGCAAACATTCAAATATAATCTATTTTAACAA
* * * * *
44593 AAAATGTAGACAAATTCAACTAAAAATCAGTAATGAGATTAT
131 AAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTAT
* * *
44635 AAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTATCGAAGGCTTGACG-GACTATGAATGGACTTTTCTT
1 AAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCTTGAAGTGACTATAAATGGACTTTTCTT
* ** * * * * ** *
44699 ATCAATGAATGAATTTTGCTTCACGTTTTTTGAAGTAAACATTCAGTTATAATTTATTTTAACAA
66 ATCAATGGATGGCTTTTGCTTCATGTTTCTTGAGGCAAACATTCAAATATAATCTATTTTAACAA
* * * *
44764 AAAATATAAAAAAATTAAACTTAAAATCAATTATTAGACTAT
131 AAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTAT
*
44806 AAAACCATTTAAAGCGAAT-ATAAGGCTTTCGAAGGCTTGAA-TGACTATAAATGGACTTTTCTT
1 AAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCTTGAAGTGACTATAAATGGACTTTTCTT
** ** * * *
44869 GCCAATGGATGGCTTTTTGCTTCATGTTT-TCCAAGGCAGACATTC-AATAACAATTTATTTTAA
66 ATCAATGGATGGC-TTTTGCTTCATGTTTCT-TGAGGCAAACATTCAAAT-ATAATCTATTTTAA
* * *
44932 C-CACAATGTAAACAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTAT
128 CAAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTAT
** * * * *
44976 AAAATAATTTAAAGCAAGTAATAAGGCCTTCAAAGGCTTG-AGTGACTATAAATGAACTTTTCTT
1 AAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCTTGAAGTGACTATAAATGGACTTTTCTT
* * ** * * * *
45040 ATCAATGTAGGGCTTTTGCTTCACATATCTTGAGGCAGACATTCAAATATAATCTGTTTTAACCA
66 ATCAATGGATGGCTTTTGCTTCATGTTTCTTGAGGCAAACATTCAAATATAATCTATTTTAACAA
* * * *
45105 AAAATGTAAAAAAATCCAACCTAAAAT-ATATAATGAGACTAT
131 AAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCA-ATTATGAGATTAT
* * *
45147 AAAACCATTTAAAGCGGGCAATAAGGCTATT-AAAGGCTTG-AGTGACTATAAATGGACTTTTCT
1 AAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCT-TTCGAAGGCTTGAAGTGACTATAAATGGACTTTTCT
** * * * ** * * * *
45210 TGCCAATGGATGGCTTTTTCTTCATGCTTCTCGAGGTGAATATTCAAGTGTAATCTGTTTTAACA
65 TATCAATGGATGGCTTTTGCTTCATGTTTCTTGAGGCAAACATTCAAATATAATCTATTTTAACA
* * *
45275 AAAAATGTAAAACAATTCGAC-TAAAGGTCAATTATGAGATTAT
130 AAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAA-ATCAATTATGAGATTAT
* * * * * *
45318 AAAGCCATTTAAAGTGAGAAATAAGGCTTT-TAATGGCTT-AAGTGACTATGAATGGACTTTTGT
1 AAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAA-GGCTTGAAGTGACTATAAATGGACTTTTCT
* * * *
45381 TA-CTAATGGTTGGCTTTTGCTTCATGTTTCCTGAGGCAAACAATCAAATATAATTTATTTTAAC
65 TATC-AATGGATGGCTTTTGCTTCATGTTTCTTGAGGCAAACATTCAAATATAATCTATTTTAAC
** * * *
45445 CCAAAATCTAAAAAAATTTAACTTAAATTCAATTAT
129 AAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTAT
45481 AAGGCTTGAG
Statistics
Matches: 950, Mismatches: 203, Indels: 62
0.78 0.17 0.05
Matches are distributed among these distances:
167 2 0.00
168 100 0.11
169 132 0.14
170 233 0.25
171 476 0.50
172 7 0.01
ACGTcount: A:0.38, C:0.14, G:0.15, T:0.34
Consensus pattern (172 bp):
AAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCTTGAAGTGACTATAAATGGACTTTTCTT
ATCAATGGATGGCTTTTGCTTCATGTTTCTTGAGGCAAACATTCAAATATAATCTATTTTAACAA
AAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTAT
Found at i:45700 original size:497 final size:497
Alignment explanation
Indices: 44498--45915 Score: 1231
Period size: 497 Copynumber: 2.8 Consensus size: 497
44488 AAGTCTTTCG
* * * * * ** * *
44498 AAGGCTTAAGTGACCATAAATGAACTTTTCTTGTCAAT-G-GGGCTTTTGCTTCATGTTTCTTGA
1 AAGGCTTGAGTGACTATAAATAAACTTTTCTTATCAATGGAGGGCTTTTACTTCACATATCCTGA
* * * * * * *
44561 GGC-GAACATTCAAATTTAATCTCTTTTAACCAAAAATGTAGACAAATTCAA-CTAAAA-ATCAG
66 GGCAG-ACATTCAAATATAATCTATTTTAACAAAAAATATAAAAAAATCCAACCTAAAATAT-A-
* * ** ** * *
44623 TAATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTATCGAAGGCTTGACGGACTATGAAT
128 TAATGAGACTATAAAACCATTTAAAGCGAGCAATAAGGCTATTAAAGGCTTGAAAGAATATAAAT
* * ** * ** * * * ***
44688 GGACTTTTCTTATCAATGAATGAATTTTGCTTCACGTTTTTTGAAGTA-A-ACATTCAGTTATAA
193 GGACTTTTCTTACCAATGGATGGCTTTTGCTCCACACTTCTCG-AG-ACAGACATTTAAACATAA
* * * * * *
44751 TTTATTTTAACAAAAAATATAAAAAAATTAAACTTAAAATCAATTATTAGACTATAAAACCATTT
256 TCTATTTTAACAAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATAATGAGATTATAAACCCATTT
* * * * **
44816 AAAGCGA-ATATAAGGCTTTCGAAGGCTTGAA-TGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGGAT
321 AAAGCGAGAAATAAAGCTATCGAAGGCTT-AAGTGACTATAAATGGACTTTTCGTATCAATGGAT
* * * * * * *
44879 GGCTTTTTGCTTCATGTTTTCC-AAGGCAGACATTC-AATAACAATTTATTTTAA-CCACAATGT
385 GGC-ATTTGCTTCACG-TTTCCTAAGGCAAACAATCAAAT-ATAATTTATTTTAACCCAAAATCT
* * * ***
44941 AAACAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAATAATTTAAAGCAAGTAATAAGGCCTT
447 AAAAAAATTTAACTT---A--AA-T-TCA-ATTAT--AA-GGCTT---G--AGTAATAAGGCCTT
45006 CA
496 CA
* * * *
45008 AAGGCTTGAGTGACTATAAATGAACTTTTCTTATCAATGTAGGGCTTTTGCTTCACATATCTTGA
1 AAGGCTTGAGTGACTATAAATAAACTTTTCTTATCAATGGAGGGCTTTTACTTCACATATCCTGA
* * *
45073 GGCAGACATTCAAATATAATCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATCCAACCTAAAATATATAA
66 GGCAGACATTCAAATATAATCTATTTTAACAAAAAATATAAAAAAATCCAACCTAAAATATATAA
* ** *
45138 TGAGACTATAAAACCATTTAAAGCGGGCAATAAGGCTATTAAAGGCTTGAGTGACTATAAATGGA
131 TGAGACTATAAAACCATTTAAAGCGAGCAATAAGGCTATTAAAGGCTTGAAAGAATATAAATGGA
* * * ** ** ***
45203 CTTTTCTTGCCAATGGATGGCTTTTTCTTCATGCTTCTCGAG-GTGA-ATATTCAAGTGTAATCT
196 CTTTTCTTACCAATGGATGGCTTTTGCTCCACACTTCTCGAGACAGACAT-TT-AAACATAATCT
* * * * * * *
45266 GTTTTAACAAAAAATGTAAAACAATTCGAC-TAAAGGTCAATTATGAGATTATAAAGCCATTTAA
259 ATTTTAACAAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAA-ATCAATAATGAGATTATAAACCCATTTAA
* * ** * *
45330 AGTGAGAAATAAGGCT-TTTAATGGCTTAAGTGACTATGAATGGACTTTT-GT-TACTAATGGTT
323 AGCGAGAAATAAAGCTATCGAA-GGCTTAAGTGACTATAAATGGACTTTTCGTAT-C-AATGGAT
* * *
45392 GGCTTTTGCTTCATGTTTCCTGAGGCAAACAATCAAATATAATTTATTTTAACCCAAAATCTAAA
385 GGCATTTGCTTCACGTTTCCTAAGGCAAACAATCAAATATAATTTATTTTAACCCAAAATCTAAA
* *
45457 AAAATTTAACTTAAATTCAATTATAAGGCTTGAGTAATGAGGCTTTCA
450 AAAATTTAACTTAAATTCAATTATAAGGCTTGAGTAATAAGGCCTTCA
* * * * *
45505 AAGGCTTGTGTGACTATAAATAAACTTTTCTTGTCAATGGATGTCTTTTACTTCACGT-TCCCTG
1 AAGGCTTGAGTGACTATAAATAAACTTTTCTTATCAATGGAGGGCTTTTACTTCACATAT-CCTG
* ** * * * * *
45569 AGGTAGACAATT-AGTTATAATTTATTTTAATAAAAAATATAAAAAAATTCTACTTAAAAT-TAA
65 AGGCAGAC-ATTCAAATATAATCTATTTTAACAAAAAATATAAAAAAATCCAACCTAAAATAT-A
* * * * * * * *
45632 TTATGAGATTTTAAAACTATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTAATGGCTTGAAAGAATATCAAT
128 TAATGAGACTATAAAACCATTTAAAGCGAGCAATAAGGCTATTAAAGGCTTGAAAGAATATAAAT
* *
45697 GGACTTTTCTTACCAATGGATGGCTTTTGCTCCACATTTCTTGAGACAGACATTTAAACATAATC
193 GGACTTTTCTTACCAATGGATGGCTTTTGCTCCACACTTCTCGAGACAGACATTTAAACATAATC
45762 TATTTTAACAAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATAATGAGATTATAAACCCATTTAA
258 TATTTTAACAAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATAATGAGATTATAAACCCATTTAA
* * * *
45827 AGCGAGCAATAAAGCTATCGAAGGCTTGAGTGATTGTAAATGGACTTTTCGTATCAATGGATGGC
323 AGCGAGAAATAAAGCTATCGAAGGCTTAAGTGACTATAAATGGACTTTTCGTATCAATGGATGGC
45892 ATTTGCTTCACGTTTCCTAAGGCA
388 ATTTGCTTCACGTTTCCTAAGGCA
45916 GATATTTAGT
Statistics
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ACGTcount: A:0.37, C:0.14, G:0.15, T:0.34
Consensus pattern (497 bp):
AAGGCTTGAGTGACTATAAATAAACTTTTCTTATCAATGGAGGGCTTTTACTTCACATATCCTGA
GGCAGACATTCAAATATAATCTATTTTAACAAAAAATATAAAAAAATCCAACCTAAAATATATAA
TGAGACTATAAAACCATTTAAAGCGAGCAATAAGGCTATTAAAGGCTTGAAAGAATATAAATGGA
CTTTTCTTACCAATGGATGGCTTTTGCTCCACACTTCTCGAGACAGACATTTAAACATAATCTAT
TTTAACAAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATAATGAGATTATAAACCCATTTAAAGC
GAGAAATAAAGCTATCGAAGGCTTAAGTGACTATAAATGGACTTTTCGTATCAATGGATGGCATT
TGCTTCACGTTTCCTAAGGCAAACAATCAAATATAATTTATTTTAACCCAAAATCTAAAAAAATT
TAACTTAAATTCAATTATAAGGCTTGAGTAATAAGGCCTTCA
Found at i:45785 original size:326 final size:330
Alignment explanation
Indices: 44146--46138 Score: 1114
Period size: 342 Copynumber: 5.9 Consensus size: 330
44136 TAAAGGGAGA
* * * * * * * * *
44146 AATAAGGTTTTAAAAGGCTTGATTGACAATAAATGGATTTTTTTCTGCCAATGGATGGATTTTTC
1 AATAAGGCTTTCAAAGGCTTGAGTGACTATAAATGGACTTTTCT-TGTCAATGGATGGCTTTTAC
* * * * ** * *
44211 TTCATGTTTCTTAAGGTA-AACATTCAAATATAATATATTTTAACT--AAAATGT--AAAAATTT
65 TTCACGTTCCCTGAGGTAGAA-ATT-AGTTATAATTTATTTTAA-TAAAAAAT-TAAAAAAATTC
* * * * * * *
44271 AACTCAAAATCAATTATGAGACTATAAAACCATTGAAAACGA-TCAATAAGGCTTTCGAA-GGCT
126 AACTTAAAATTAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGCGAGT-AATAAGGCTTT-TAATGGCT
* ** * * * * * * * * * * *
44334 AGGGTGACTATAAATGGACTTCTCTTGCTAATAGATGGCTTTTGTTTCACGTTTCCAGAGGCCAA
189 TGAATGAATAT-AATGGACTTTTCTTACCAATGGATGGCTTTTGCTCCACATTTCCTGAGACAAA
*** * * *
44399 TTGTCAAATATAATCTGTTTTAACAAAAAATATAAAAAAA-TCAACTTAAAATCAATTATGAGAT
253 CAATCAAACATAATCTATTTTAACAAAAAATATAAAAAAATTCAACTT--AA-CAA-TATCAGAT
* *
44463 TATAAAACCATTTAAAGTGAGT
314 TATAAACCCA-TT--A--GAGC
** * * * * * *
44485 GTTAAGTCTTTCGAAGGCTTAAGTGACCATAAATGAACTTTTCTTGTCAATGG--GGCTTTTGCT
1 AATAAGGCTTTCAAAGGCTTGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGTCAATGGATGGCTTTTACT
* * * * * * * ** * *
44548 TCATGTTTCTTGAGG-CGAACATTCAAATT-TAATCTCTTTTAACCAAAAATGTAGACAAATTCA
66 TCACGTTCCCTGAGGTAGAA-ATT--AGTTATAATTTATTTTAATAAAAAAT-TAAAAAAATTCA
* * * * * **
44611 ACTAAAAATCAGTAATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTATCGAA-GGCTTG
127 ACTTAAAATTAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGCGAGTAATAAGGCT-TTTAATGGCTTG
** * * * ** * * ** *
44675 ACGGACTATGAATGGACTTTTCTTATCAATGAATGAATTTTGCTTCACGTTTTTTGA-AGTAAAC
191 AATGAATAT-AATGGACTTTTCTTACCAATGGATGGCTTTTGCTCCACATTTCCTGAGA-CAAAC
* *** * * * *
44739 ATTCAGTTATAATTTATTTTAACAAAAAATATAAAAAAATTAAACTTAAAATCAATTATTAGACT
254 AATCAAACATAATCTATTTTAACAAAAAATATAAAAAAATTCAACTT--AA-CAA-TATCAGATT
* *
44804 ATAAAACCATTTAAAGC
315 ATAAACCCA-TTAGAGC
* * *
44821 GAATATAAGGCTTTCGAAGGCTTGAATGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGGATGGCTTTT
1 --A-ATAAGGCTTTCAAAGGCTTGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGTCAATGGATGGC-TTT
* * * * * * * * * ** * *
44886 TGCTTCATGTTTTCC-AAGGCAGACATTCAATAACAATTTATTTTAA-CCACAATGTAAACAAAT
62 TACTTCACG-TTCCCTGAGGTAGAAATT-AGTTATAATTTATTTTAATAAAAAAT-TAAAAAAAT
* * * * *
44949 TCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAA-TAATTTAAAGCAAGTAATAAGGCCTTCAAAGGC
124 TCAACTTAAAATTAATTATGAGATTATAAAACT-ATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTAATGGC
* * * * * * * * * * *
45013 TTGAGTGACTATAAATGAACTTTTCTTATCAATGTAGGGCTTTTGCTTCACATATCTTGAGGCAG
188 TTGAATGAATAT-AATGGACTTTTCTTACCAATGGATGGCTTTTGCTCCACATTTCCTGAGACAA
* * * * * * * * *
45078 ACATTCAAATATAATCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATCCAACCTAAAATATATAATGAGA
252 ACAATCAAACATAATCTATTTTAACAAAAAATATAAAAAAATTCAA-CT-TAACA-AT-ATCAGA
* * *
45143 CTATAAAACCATTTAAAGCGGGC
313 TTATAAACCCA-TT--A--GAGC
* *
45166 AATAAGGCTATT-AAAGGCTTGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGGATGGCTTTTTC
1 AATAAGGCT-TTCAAAGGCTTGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGTCAATGGATGGCTTTTAC
* * * * * * *
45230 TTCATGCTTCTC-GAGGT-GAATATTCAAG-TGTAATCTGTTTTAACAAAAAATGTAAAACAATT
65 TTCACG-TTCCCTGAGGTAGAA-ATT--AGTTATAATTTATTTTAATAAAAAAT-TAAAAAAATT
* * * * * * *
45292 CGAC-TAAAGGTCAATTATGAGATTATAAAGCCATTTAAAGTGAGAAATAAGGCTTTTAATGGCT
125 CAACTTAAA-ATTAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTAATGGCT
* * * * * ** *
45356 T-AAGTGACTATGAATGGACTTTTGTTACTAATGGTTGGCTTTTGCTTCATGTTTCCTGAGGCAA
189 TGAA-TGAATAT-AATGGACTTTTCTTACCAATGGATGGCTTTTGCTCCACATTTCCTGAGACAA
* * ** * *
45420 ACAATCAAATATAATTTATTTTAACCCAAAATCTAAAAAAATTTAACTT-A-AAT-TCA-ATTAT
252 ACAATCAAACATAATCTATTTTAACAAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAACAATATCAGATTAT
** *
45481 -AAGGC-TT-GAGT
317 AAACCCATTAGAGC
* * ** *
45492 AATGAGGCTTTCAAAGGCTTGTGTGACTATAAATAAACTTTTCTTGTCAATGGATGTCTTTTACT
1 AATAAGGCTTTCAAAGGCTTGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGTCAATGGATGGCTTTTACT
*
45557 TCACGTTCCCTGAGGTAGACAATTAGTTATAATTTATTTTAATAAAAAATATAAAAAAATTCTAC
66 TCACGTTCCCTGAGGTAGA-AATTAGTTATAATTTATTTTAATAAAAAAT-TAAAAAAATTCAAC
* *
45622 TTAAAATTAATTATGAGATTTTAAAACTATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTAATGGCTTGAAA
129 TTAAAATTAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTAATGGCTTGAAT
* * * *
45687 GAATATCAATGGACTTTTCTTACCAATGGATGGCTTTTGCTCCACATTTCTTGAGACAGACATTT
194 GAATAT-AATGGACTTTTCTTACCAATGGATGGCTTTTGCTCCACATTTCCTGAGACAAACAATC
*
45752 AAACATAATCTATTTTAACAAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATAATGAGATTATAA
258 AAACATAATCTATTTTAACAAAAAATATAAAAAAATTCAACTT--AA-CAAT-ATCAGATTATAA
45817 ACCCATTTAAAGCGAGC
319 ACCCA-TT--A--GAGC
* * * * * * * * *
45834 AATAAAGCTATCGAAGGCTTGAGTGATTGTAAATGGACTTTTCGTATCAATGGATGGCATTTGCT
1 AATAAGGCTTTCAAAGGCTTGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGTCAATGGATGGCTTTTACT
* * * * * * * *
45899 TCACGTTTCCTAAGGCAGATATTTAGTTATAATTTATTTGAATCAAAAATGAAAGAAATTCAACT
66 TCACGTTCCCTGAGGTAGA-AATTAGTTATAATTTATTTTAATAAAAAATTAAAAAAATTCAACT
* * *
45964 TAAAATTAGTAATGAGATTATAAAACTATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAA-GGCTTGAAT
130 TAAAATTAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTT-TAATGGCTTGAAT
* * * * * ** ** * *
46028 GATTGTAGATGGACTTTTCCTATCAATGGATGGCTTTTTGCTTCATGTTTCCCAAGATAAACATT
194 GAATATA-ATGGACTTTTCTTACCAATGGATGGC-TTTTGCTCCACATTTCCTGAGACAAACAAT
*** * * * * *
46093 CAGTTATAATTTAATTTAACCAAAAATATAACAAAATTTAACTTAA
257 CAAACATAATCTATTTTAACAAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAA
46139 AATTAATTAT
Statistics
Matches: 1317, Mismatches: 274, Indels: 125
0.77 0.16 0.07
Matches are distributed among these distances:
325 8 0.01
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343 10 0.01
345 2 0.00
ACGTcount: A:0.38, C:0.13, G:0.15, T:0.34
Consensus pattern (330 bp):
AATAAGGCTTTCAAAGGCTTGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGTCAATGGATGGCTTTTACT
TCACGTTCCCTGAGGTAGAAATTAGTTATAATTTATTTTAATAAAAAATTAAAAAAATTCAACTT
AAAATTAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTAATGGCTTGAATGA
ATATAATGGACTTTTCTTACCAATGGATGGCTTTTGCTCCACATTTCCTGAGACAAACAATCAAA
CATAATCTATTTTAACAAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAACAATATCAGATTATAAACCCATT
AGAGC
Found at i:45827 original size:668 final size:676
Alignment explanation
Indices: 44402--46141 Score: 1772
Period size: 668 Copynumber: 2.6 Consensus size: 676
44392 AGGCCAATTG
* *
44402 TCAAATATAATCTGTTTTAACAAAAAATATAAAAAAA-TCAACTTAAAATCAATTATGAGATTAT
1 TCAAACATAATCTGTTTTAACAAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATAATGAGATTAT
* *** * * * *
44466 AAAACCATTTAAAGTGAGTGTTAAGTCT-TTCGAAGGCTTAAGTGACCATAAATGAACTTTTCTT
66 AAAACCATTTAAAGCGAGCAATAAGGCTATT-GAAGGCTTGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTT
* * * *
44530 GTCAATGG--GGCTTTTGCTTCATGTTTCTTGAGGCGAACATTCAAATTTAATCTCTTTTAACCA
130 GTCAATGGATGGCTTTTGCTTCATGCTTCTCGAGGCGAACATTCAAATGTAATCTCTTTTAACAA
* * *
44593 AAAATGTAGACAAATTCAACTAAAAATCAGTAATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATA
195 AAAATGTAAACAAATTCAACTAAAAATCAATAATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGAAATA
*
44658 AGGCTATCGAAGGCTTGACGGACTATGAATGGACTTTTCTTATCAATGAATGAATTTTGCTTCAC
260 AGGCTATCGAAGGCTTGAAGGACTATGAATGGACTTTTCTTATCAATGAATGAATTTTGCTTCAC
** * * **
44723 GTTTTTTGAAGTAAACATTCAGTTATAATTTATTTTAACAAAAAATATAAAAAAATTAAACTTAA
325 GTTTCCTGAAGCAAACAATCAAATATAATTTATTTTAACAAAAAATATAAAAAAATTAAACTTAA
* *
44788 AATCAATTATTAGACTATAAAACCATTTAAAGCGAATATAAGGCTTTCGAAGGCTTGAATGACTA
390 AATCAA-TATT--A-TATAAAACCA-TT--AGAGAATATAAGGCTTTCAAAGGCTTGAATGACTA
** * * *
44853 TAAATGGACTTTTCTTGCCAATGGATGGCTTTTTGCTTCATGTTTTCCAAGGCAGACATTCAATA
448 TAAATAAACTTTTCTTGCCAATGGATGGCTTTTTACTTCACGTTTCCCAAGGCAGACATTCAATA
** * * *
44918 ACAATTTATTTTAACCACAATGTAAACAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAATAA
513 ACAATTTATTTTAAAAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAATAA
** * * *
44983 TTTAAAGCAAGTAATAAGGCCTTCAAAGGCTTGAGTGACTATAAATGAACTTTTCTTATCAATGT
578 TTTAAAGCAAGTAATAAGGCCTTCAAAGGCTTGAAAGAATATAAATGAACTTTTCTTACCAATGG
* *
45048 AGGGCTTTTGCTTCACATATCTTGAGGCAGACAT
643 AGGGCTTTTGCTCCACATATCTTGAGACAGACAT
* * * * * *
45082 TCAAATATAATCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATCCAACCTAAAAT-ATATAATGAGACTA
1 TCAAACATAATCTGTTTTAACAAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCA-ATAATGAGATTA
* *
45146 TAAAACCATTTAAAGCGGGCAATAAGGCTATTAAAGGCTTGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTT
65 TAAAACCATTTAAAGCGAGCAATAAGGCTATTGAAGGCTTGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTT
* * * * * *
45211 GCCAATGGATGGCTTTTTCTTCATGCTTCTCGAGGTGAATATTCAAGTGTAATCTGTTTTAACAA
130 GTCAATGGATGGCTTTTGCTTCATGCTTCTCGAGGCGAACATTCAAATGTAATCTCTTTTAACAA
* ** * * *
45276 AAAATGTAAA-ACAATTCGACTAAAGGTCAATTATGAGATTATAAAGCCATTTAAAGTGAGAAAT
195 AAAATGTAAACA-AATTCAACTAAAAATCAATAATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGAAAT
** * ** **
45340 AAGGCT-TTTAATGGCTT-AAGTGACTATGAATGGACTTTTGTTA-CTAATGGTTGGCTTTTGCT
259 AAGGCTATCGAA-GGCTTGAAG-GACTATGAATGGACTTTTCTTATC-AATGAATGAATTTTGCT
* * ** * *
45402 TCATGTTTCCTGAGGCAAACAATCAAATATAATTTATTTTAACCCAAAATCTAAAAAAATTTAAC
321 TCACGTTTCCTGAAGCAAACAATCAAATATAATTTATTTTAACAAAAAATATAAAAAAATTAAAC
* ** * * **
45467 TTAAATTC-A-A-T-TAT-AAGGC-TT-GAGTA-ATGAGGCTTTCAAAGGCTTGTGTGACTATAA
386 TTAAAATCAATATTATATAAAACCATTAGAGAATATAAGGCTTTCAAAGGCTTGAATGACTATAA
* * * * * *
45524 ATAAACTTTTCTTGTCAATGGATGTC-TTTTACTTCACG-TTCCCTGAGGTAGACAATT-AGTTA
451 ATAAACTTTTCTTGCCAATGGATGGCTTTTTACTTCACGTTTCCC-AAGGCAGAC-ATTCAATAA
* * * *
45586 TAATTTATTTTAATAAAAAATATAAAAAAATTCTACTTAAAATTAATTATGAGATTTTAAAACT-
514 CAATTTATTTTAA-AAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAA-TA
* * * * * *
45650 ATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTAATGGCTTGAAAGAATATCAATGGACTTTTCTTACCAATG
577 ATTTAAAGCAAGTAATAAGGCCTTCAAAGGCTTGAAAGAATATAAATGAACTTTTCTTACCAATG
* *
45715 GATGGCTTTTGCTCCACATTTCTTGAGACAGACAT
642 GAGGGCTTTTGCTCCACATATCTTGAGACAGACAT
* *
45750 TTAAACATAATCTATTTTAACAAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATAATGAGATTAT
1 TCAAACATAATCTGTTTTAACAAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATAATGAGATTAT
* * * * * * *
45815 AAACCCATTTAAAGCGAGCAATAAAGCTATCGAAGGCTTGAGTGATTGTAAATGGACTTTTCGTA
66 AAAACCATTTAAAGCGAGCAATAAGGCTATTGAAGGCTTGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTG
* * * * * * ** * * * *
45880 TCAATGGATGGCATTTGCTTCACGTTTC-CTAAGGC-AGATATTTAGTTATAATTTATTTGAATC
131 TCAATGGATGGCTTTTGCTTCATGCTTCTC-GAGGCGA-ACATTCAAATGTAATCTCTTTTAA-C
* * * * * *
45943 -AAAAATG-AAAGAAATTCAACTTAAAATTAGTAATGAGATTATAAAACTATTTAAAGCGAGTAA
193 AAAAAATGTAAACAAATTCAACTAAAAATCAATAATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGAAA
* * * * **
46006 TAAGGCTTTCGAAGGCTTGAATGA-T-TGTAGATGGACTTTTCCTATCAATGGATGGCTTTTTGC
258 TAAGGCTATCGAAGGCTTGAAGGACTATG-A-ATGGACTTTTCTTATCAATGAAT-GAATTTTGC
* * * * ** * * * *
46069 TTCATGTTTCC-CAAGATAAACATTCAGTTATAATTTAATTTAACCAAAAATATAACAAAATTTA
320 TTCACGTTTCCTGAAG-CAAACAATCAAATATAATTTATTTTAACAAAAAATATAAAAAAATTAA
46133 ACTTAAAAT
384 ACTTAAAAT
46142 TAATTATCAG
Statistics
Matches: 875, Mismatches: 160, Indels: 62
0.80 0.15 0.06
Matches are distributed among these distances:
665 2 0.00
666 6 0.01
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669 6 0.01
672 2 0.00
674 3 0.00
675 3 0.00
679 1 0.00
680 37 0.04
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ACGTcount: A:0.38, C:0.13, G:0.14, T:0.34
Consensus pattern (676 bp):
TCAAACATAATCTGTTTTAACAAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATAATGAGATTAT
AAAACCATTTAAAGCGAGCAATAAGGCTATTGAAGGCTTGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTG
TCAATGGATGGCTTTTGCTTCATGCTTCTCGAGGCGAACATTCAAATGTAATCTCTTTTAACAAA
AAATGTAAACAAATTCAACTAAAAATCAATAATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGAAATAA
GGCTATCGAAGGCTTGAAGGACTATGAATGGACTTTTCTTATCAATGAATGAATTTTGCTTCACG
TTTCCTGAAGCAAACAATCAAATATAATTTATTTTAACAAAAAATATAAAAAAATTAAACTTAAA
ATCAATATTATATAAAACCATTAGAGAATATAAGGCTTTCAAAGGCTTGAATGACTATAAATAAA
CTTTTCTTGCCAATGGATGGCTTTTTACTTCACGTTTCCCAAGGCAGACATTCAATAACAATTTA
TTTTAAAAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAATAATTTAAAGC
AAGTAATAAGGCCTTCAAAGGCTTGAAAGAATATAAATGAACTTTTCTTACCAATGGAGGGCTTT
TGCTCCACATATCTTGAGACAGACAT
Found at i:46001 original size:170 final size:170
Alignment explanation
Indices: 45488--46237 Score: 775
Period size: 171 Copynumber: 4.4 Consensus size: 170
45478 TATAAGGCTT
* * * * ** * *
45488 GAGTAATGAGGCTTTCAAAGGCTTGTGTGACTATAAATAAACTTTTCTTGTCAATGGATGTCTTT
1 GAGTAATAAGGC-TTCGAAGGCTTGAGTGACTGTAAATGGACTTTTCTTATCAATGGATGGCTTT
* * * ** * *
45553 TACTTCACGTTCCCTGAGGTAGACAATTAGTTATAATTTATTTTAATAAAAAATATAAAAAAATT
65 TGCTTCACGTTTCCTAAGACAGACATTTAGTTATAATTTATTTTAATCAAAAATATAAAAAAATT
* * *
45618 CTACTTAAAATTAATTATGAGATTTTAAAACTATTTAAAGC
130 CAACTTAAAATTAATAATGAGATTATAAAACTATTTAAAGC
** ** * * * *
45659 GAGTAATAAGGCTTTTAATGGCTTGAAAGAATATCAATGGACTTTTCTTACCAATGGATGGCTTT
1 GAGTAATAAGGCTTCGAA-GGCTTGAGTGACTGTAAATGGACTTTTCTTATCAATGGATGGCTTT
* * * * *** *
45724 TGCTCCACATTTCTTGAGACAGACATTTAAACATAATCTATTTTAA-CAAAAAATATAAAAAAAT
65 TGCTTCACGTTTCCTAAGACAGACATTTAGTTATAATTTATTTTAATC-AAAAATATAAAAAAAT
* * *
45788 TCAACTTAAAATCAATAATGAGATTATAAACCCATTTAAAGC
129 TCAACTTAAAATTAATAATGAGATTATAAAACTATTTAAAGC
* * * * *
45830 GAGCAATAAAGCTATCGAAGGCTTGAGTGATTGTAAATGGACTTTTCGTATCAATGGATGGCATT
1 GAGTAATAAGGCT-TCGAAGGCTTGAGTGACTGTAAATGGACTTTTCTTATCAATGGATGGCTTT
* * * * *
45895 TGCTTCACGTTTCCTAAGGCAGATATTTAGTTATAATTTATTTGAATCAAAAAT-GAAAGAAATT
65 TGCTTCACGTTTCCTAAGACAGACATTTAGTTATAATTTATTTTAATCAAAAATATAAAAAAATT
*
45959 CAACTTAAAATTAGTAATGAGATTATAAAACTATTTAAAGC
130 CAACTTAAAATTAATAATGAGATTATAAAACTATTTAAAGC
* * * *
46000 GAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCTTGAATGATTGTAGATGGACTTTTCCTATCAATGGATGGCTTT
1 GAGTAATAAGGC-TTCGAAGGCTTGAGTGACTGTAAATGGACTTTTCTTATCAATGGATGGC-TT
* * * * * * * *
46065 TTGCTTCATGTTTCCCAAGATAAACATTCAGTTATAATTTAATTTAACCAAAAATATAACAAAAT
64 TTGCTTCACGTTTCCTAAGACAGACATTTAGTTATAATTTATTTTAATCAAAAATATAAAAAAAT
* * * * *
46130 TTAACTTAAAATTAATTATCAGATCATAAAACAATTTAAAGC
129 TCAACTTAAAATTAATAATGAGATTATAAAACTATTTAAAGC
* * * * * * *
46172 AAGTAATAAGGCTTGCGAAGTCTTGAGCGACTGTAAATAGACTTTTTTTATTAATGGAAGGCTTT
1 GAGTAATAAGGCTT-CGAAGGCTTGAGTGACTGTAAATGGACTTTTCTTATCAATGGATGGCTTT
46237 T
65 T
46238 TACAAATGGA
Statistics
Matches: 474, Mismatches: 97, Indels: 16
0.81 0.17 0.03
Matches are distributed among these distances:
170 104 0.22
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172 94 0.20
ACGTcount: A:0.38, C:0.12, G:0.15, T:0.35
Consensus pattern (170 bp):
GAGTAATAAGGCTTCGAAGGCTTGAGTGACTGTAAATGGACTTTTCTTATCAATGGATGGCTTTT
GCTTCACGTTTCCTAAGACAGACATTTAGTTATAATTTATTTTAATCAAAAATATAAAAAAATTC
AACTTAAAATTAATAATGAGATTATAAAACTATTTAAAGC
Found at i:46767 original size:171 final size:171
Alignment explanation
Indices: 46564--47225 Score: 675
Period size: 171 Copynumber: 3.9 Consensus size: 171
46554 NNNNNNNNNN
*
46564 AGTGACTATAAATGGACTTTTCTTACCAATGGATGGCTTTTACTTCACATTTCCTAAGGTAAACA
1 AGTGACTATAAATAGACTTTTCTTACCAATGGATGGCTTTTACTTCACATTTCCTAAGGTAAACA
* ** * *
46629 TTCAAATATAATTTATTTTAATAAAAAATGTAAAGCAATTTAACTTAAATTCAATTATGAGATTA
66 TTCAAATATAATTTATTTTAATAAAAAATATAAAAAAATTTAACTTAAAATCAATTATAAGATTA
** * *
46694 TAAAATAATTTAAAGTAAGTAATGAGGCTTTCAAAGGCTTG
131 TAAAACCATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCTTG
* * * * * *
46735 AGTGACTATAAATAGACTTTTCTTATCAATGGATGTCTTTTACTTCACGTTCCCTGAGGTAAACC
1 AGTGACTATAAATAGACTTTTCTTACCAATGGATGGCTTTTACTTCACATTTCCTAAGGTAAACA
* ** * * *
46800 TTTAGTTGTTATTTATTTTAATAAAAAATATAAAAAAATTTAACTTAAAATGAATTATAAGATTA
66 TTCAAATATAATTTATTTTAATAAAAAATATAAAAAAATTTAACTTAAAATCAATTATAAGATTA
********** * *
46865 TAAAACCATTNNNNNNNNNNAATAAGGCTTTTAATGGCTTG
131 TAAAACCATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCTTG
* * * * * * * *
46906 AATGAATATAAATAGACTTTTTTTACCAATGGATGGCATTTGCTCCACGTTTCCTAAGGTAGACA
1 AGTGACTATAAATAGACTTTTCTTACCAATGGATGGCTTTTACTTCACATTTCCTAAGGTAAACA
* * *
46971 TTCAAACATAATATATTTTAATAAAAAATATAAAAAAATTTAACTTAAAATCAATAATAAGATTA
66 TTCAAATATAATTTATTTTAATAAAAAATATAAAAAAATTTAACTTAAAATCAATTATAAGATTA
* * * ** * *
47036 TAAACCCATTTAAAGCGAGTAATAAAGCTACCGAAGACTTG
131 TAAAACCATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCTTG
* * * * * * *
47077 AGTGACTGTAAATGGACTTTTCTTATCAATGGATGG-TATTTGCTTCACAATT-CTCGAGGTAGA
1 AGTGACTATAAATAGACTTTTCTTACCAATGGATGGCT-TTTACTTCACATTTCCT-AAGGTAAA
* ** * * *
47140 CATTTAGTTTTAATTTATTTTAACT-AAAAATA-AAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGA
64 CATTCAAATATAATTTATTTTAA-TAAAAAATATAAAAAAATTTAACTTAAAATCAATTATAAGA
*
47203 CTATAAAACCATTTAAAGCAAGT
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47226 NNNNNNNNNN
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AGTGACTATAAATAGACTTTTCTTACCAATGGATGGCTTTTACTTCACATTTCCTAAGGTAAACA
TTCAAATATAATTTATTTTAATAAAAAATATAAAAAAATTTAACTTAAAATCAATTATAAGATTA
TAAAACCATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCTTG
Found at i:47036 original size:342 final size:331
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46560 NNNNAGTGAC
* * *
46570 TATAAATGGACTTTTCTTACCAATGGATGGCTTTTACTTCACATTTCCTAAGGTAAACATTCAAA
1 TATAAATAGACTTTTCTTACCAATGGATGGCATTTACTCCACATTTCCTAAGGTAAACATTCAAA
* * * ** * * * *
46635 TATAATTTATTTTAATAAAAAATGTAAAGCAATTTAACTTAAATTCAATTATGAGATTATAAAAT
66 CATAATATATTTTAATAAAAAATATAAAAAAATTTAACTTAAAATCAATAATAAGATTATAAAAC
* * * ** *
46700 AATTTAAAGTAAGTAATGAGGCTTTCAAAGGCTTGAGTGACTATAAATAGACTTTTCTTATCAAT
131 AATTTAAAGCAAGTAATAAAGCTACCAAAGACTTGAGTGACTATAAATAGACTTTTCTTATCAAT
* * *
46765 GGAT-GTCTTTTACTTCAC-GTTCCCTGAGGTAAACCTTTAGTTGTT-ATTTATTTTAA-TAAAA
196 GGATGGT-ATTTACTTCACAATTCCC-GAGGTAAACATTTAGTT-TTAATTTATTTTAACT-AAA
* * *
46826 AATATAAAAAAATTTAACTTAAAATGAATTATAAGATTATAAAACCATTNNNNNNNNNNAATAAG
257 AATA-AAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATAAGACTATAAAACCATT----------AATAAG
46891 GCTTTTAATGGCTTGAATGAA
311 GCTTTTAATGGCTTGAATGAA
* * * *
46912 TATAAATAGACTTTTTTTACCAATGGATGGCATTTGCTCCACGTTTCCTAAGGTAGACATTCAAA
1 TATAAATAGACTTTTCTTACCAATGGATGGCATTTACTCCACATTTCCTAAGGTAAACATTCAAA
*
46977 CATAATATATTTTAATAAAAAATATAAAAAAATTTAACTTAAAATCAATAATAAGATTATAAACC
66 CATAATATATTTTAATAAAAAATATAAAAAAATTTAACTTAAAATCAATAATAAGATTATAAAAC
* * * * *
47042 CATTTAAAGCGAGTAATAAAGCTACCGAAGACTTGAGTGACTGTAAATGGACTTTTCTTATCAAT
131 AATTTAAAGCAAGTAATAAAGCTACCAAAGACTTGAGTGACTATAAATAGACTTTTCTTATCAAT
* * *
47107 GGATGGTATTTGCTTCACAATTCTCGAGGTAGACATTTAGTTTTAATTTATTTTAACTAAAAATA
196 GGATGGTATTTACTTCACAATTCCCGAGGTAAACATTTAGTTTTAATTTATTTTAACTAAAAATA
*
47172 AAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGACTATAAAACCATT
261 AAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATAAGACTATAAAACCATT
47216 TAAAGCAAGT
Statistics
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TATAAATAGACTTTTCTTACCAATGGATGGCATTTACTCCACATTTCCTAAGGTAAACATTCAAA
CATAATATATTTTAATAAAAAATATAAAAAAATTTAACTTAAAATCAATAATAAGATTATAAAAC
AATTTAAAGCAAGTAATAAAGCTACCAAAGACTTGAGTGACTATAAATAGACTTTTCTTATCAAT
GGATGGTATTTACTTCACAATTCCCGAGGTAAACATTTAGTTTTAATTTATTTTAACTAAAAATA
AAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATAAGACTATAAAACCATTAATAAGGCTTTTAATGGCTTG
AATGAA
Found at i:47891 original size:52 final size:52
Alignment explanation
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Period size: 52 Copynumber: 2.0 Consensus size: 52
47825 ATTATAAAAT
* *
47835 CATTTAAAATGAGTAATAAGGCTATC-AAAGACTTGAA-TGACTATGAATGGAC
1 CATTTAAAATGAGTAAAAAGGCTATCGAAA-ACTT-AAGTGACTATAAATGGAC
* *
47887 CATTTAAATTGAGTAAAAAGGCTATCGAAACCTTAAGTGACTATAAATGGAC
1 CATTTAAAATGAGTAAAAAGGCTATCGAAAACTTAAGTGACTATAAATGGAC
47939 C
1 C
47940 TTTCTTGTCA
Statistics
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CATTTAAAATGAGTAAAAAGGCTATCGAAAACTTAAGTGACTATAAATGGAC
Found at i:48564 original size:170 final size:170
Alignment explanation
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47912 CGAAACCTTA
* * *
47922 AGTGACTATAAATGGACCTTTCTTGTCAATGGATGGATTTTGCTTCACGTTTCCTAAGGCAAACA
1 AGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGTCAATGGATGGCTTTTACTTCACGTTTCCTAAGGCAAACA
** * * *
47987 TTCAGTTATAATTTATTTTAACCAAAAAA-GT-AAAAAATTTAA-TTAAAAATCAATTATGAGAT
66 TTCAAATATAATCTATTTTAA-CAAAAAATATAAAAAAATTCAACTT-AAAATCAATTATGAGAT
* * **
48049 TATAAAACAATTTAAAGCGAGGAATGCGACTTTTAAAGGCTTG
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* * * * * *
48092 AGGGAATATAAATAGACTTTTTTTTGTCAATGCATGGCTTTTGCTTCACGTTT-CTCAAGGCAAA
1 AGTGACTATAAATGGAC-TTTTCTTGTCAATGGATGGCTTTTACTTCACGTTTCCT-AAGGCAAA
* * * * ** * * * *
48156 CATTC-AGTGATAATTTATTCTAATAAAAAATATGTAAAAGTTCAACATAAAATCAACTAGGAGA
64 CATTCAAAT-ATAATCTATTTTAACAAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGA
** ** * *
48220 TTATAAAACCATTTGGAGCGAGTCGTAAGGCTTTCAGAGGCTTG
128 TTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGACTTT-AAAGGCTTG
* * * * * * *
48264 ACTGACTATAAATGGACTTTTCTT-ACTAATAGATAGCTTTTACTTCATGTTTCTTGAGGCAAAC
1 AGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGTC-AATGGATGGCTTTTACTTCACGTTTCCTAAGGCAAAC
* * * * *
48328 AGTCAAATATAATCTATTTTAACCAAAAATATAAAAGAGTTCAACTTAAAATCAATTATAAGATT
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* *
48393 ATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGACATTAAATGGCTTA
130 ATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGACTTTAAA-GGCTTG
* * * *
48435 AGTGGCTATAAATTGACTTTTCTTG-CTAATGGATGGTTTTTACTT-ACGTTTCCTGAGGCAAAC
1 AGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGTC-AATGGATGGCTTTTACTTCACGTTTCCTAAGGCAAAC
* * * *
48498 AGTCAAATATAATCTATTTGAA-AAAAATATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCTATAATGAGAT
65 ATTCAAATATAATCTATTTTAACAAAAA-ATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGAT
* * * *
48562 TATAAAACTATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTCAATGGCTTG
129 TATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGACTTT-AAAGGCTTG
* * * *
48605 AGTGACTATAAGTGGACTTTTCTTGTCAATGGATGGCTATTGT-C-T-ACGTTTCCTTAGGTAGA
1 AGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGTCAATGGATGGCT-TT-TACTTCACGTTTCCTAAGGCAAA
* * * *
48667 CATTCTAATATAATCTATTTTAACAAAAAA-ATAAACATATTCAACTTAAAATCAATTATTAGAT
64 CATTCAAATATAATCTATTTTAACAAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGAT
********** ** * *
48731 TATAAAACCATTTAAANNNNNNNNNNAGTTTTTTGAGGGCTTG
129 TATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAG-ACTTTAAAGGCTTG
* * * * *
48774 AGTGACTATAAATGAACTTTTCTTGTGAATGGATGGCCTTTACTTCACGTTTCCTGAGGCAGACA
1 AGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGTCAATGGATGGCTTTTACTTCACGTTTCCTAAGGCAAACA
*** ** * * *********
48839 TTTTGATATAATCCGTTTGAATC-AAAAAT-TCAAAACAATTCAACTTAAAATCAANNNNNNNNN
66 TTCAAATATAATCTATTTTAA-CAAAAAATAT-AAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGAT
* * *
48902 NATAAAACCATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCTTG
129 TATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGACTTT-AAAGGCTTG
* ** * * ** *
48945 AGTGATTATAAATGGACTTTT-TTACCAACGGATGGCTTTTGA-ATCGTGTTTCCTAAAGCAAAC
1 AGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGTCAATGGATGGCTTTT-ACTTCACGTTTCCTAAGGCAAAC
* * ** * * * *
49008 ATTCAATTATAATATATTTTAATTAAAAATGTAAAAAAATTTAATTTAAAAT-AAGTTATGAGGT
65 ATTCAAATATAATCTATTTTAACAAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAA-TTATGAGAT
* * * * *
49072 TATCATACCATTCAAAGCAAGTAATAAGGCTTT
129 TATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGACTTT
49105 CAAAAGAATG
Statistics
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ACGTcount: A:0.38, C:0.13, G:0.14, T:0.34
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AGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGTCAATGGATGGCTTTTACTTCACGTTTCCTAAGGCAAACA
TTCAAATATAATCTATTTTAACAAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTA
TAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGACTTTAAAGGCTTG
Found at i:48605 original size:341 final size:338
Alignment explanation
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Period size: 341 Copynumber: 2.4 Consensus size: 338
47914 AAACCTTAAG
* * *
47924 TGACTATAAATGGACCTTTCTTGTCAATGGATGGATTTTGCTTCACGTTTCCTAAGGCAAACATT
1 TGACTATAAATGGACTTTTCTTGTCAATGGATGGCTTTT-CTTCACGTTT-CTTAGGCAAACATT
** * * *
47989 CAGTTATAATTTATTTTAACCAAAAAAGTAAAAAATTTAA-TTAAAAATCAATTATGAGATTATA
64 CAAATATAATCTATTTTAACCAAAAAA-T-AAAAATTCAACTT-AAAATCAATTATAAGATTATA
* ** * * *
48053 AAACAATTTAAAGCGAGGAATGCGACTTTTAAAGGCTTGAGGGAATATAAATAGACTTTTTTTTG
126 AAACCATTTAAAGCGAGGAATAAGACTATTAAAGGCTTAAGGGAATATAAATAGACTTTTTCTTG
* * * *
48118 TCAATGCATGGCTTTTGCTTCACGTTTCTCAAGGCAAACATTCAGTGATAATTTATTCTAATAAA
191 TCAATGCATGGCTTTTACTTCACGTTTCTCAAGGCAAACAGTCAATGATAATCTATTCTAATAAA
** * ** **
48183 AAATATGTAAAAGTTCAACATAAAATCAACTAGGAGATTATAAAACCATTTGGAGCGAGTCGTAA
256 AAATATAAAAAAATTCAACATAAAATCAACTAGGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAA
48248 GGCTTTCAGAGGCTTGAC
321 GGCTTTCAGAGGCTTGAC
* * * * *
48266 TGACTATAAATGGACTTTTCTT-ACTAATAGATAGCTTTTACTTCATGTTTCTTGAGGCAAACAG
1 TGACTATAAATGGACTTTTCTTGTC-AATGGATGGCTTTT-CTTCACGTTTCTT-AGGCAAACAT
48330 TCAAATATAATCTATTTTAACCAAAAATATAAAAGAGTTCAACTTAAAATCAATTATAAGATTAT
63 TCAAATATAATCTATTTTAACCAAAAA-ATAAAA-A-TTCAACTTAAAATCAATTATAAGATTAT
* * *
48395 AAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGAC-ATTAAATGGCTTAAGTGG-CTATAAATTGAC-TTTTC
125 AAAACCATTTAAAGCGAGGAATAAGACTATTAAA-GGCTTAAG-GGAATATAAATAGACTTTTTC
* * *
48457 TTG-CTAATGGATGGTTTTTACTT-ACGTTTC-CTGAGGCAAACAGTCAAAT-ATAATCTATT-T
188 TTGTC-AATGCATGGCTTTTACTTCACGTTTCTC-AAGGCAAACAGTC-AATGATAATCTATTCT
* * * * *
48517 GAA-AAAAATATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCTA-TAATGAGATTATAAAACTATTTAAAGT
250 -AATAAAAA-ATATAAAAAAATTCAACATAAAATCAACT-AGGAGATTATAAAACCATTTAAAGC
*
48580 GAGTAATAAGGCTTTCA-ATGGCTTGAG
312 GAGTAATAAGGCTTTCAGA-GGCTTGAC
* * *
48607 TGACTATAAGTGGACTTTTCTTGTCAATGGATGGCTATTGTC-T-ACGTTTCCTTAGGTAGACAT
1 TGACTATAAATGGACTTTTCTTGTCAATGGATGGCT-TT-TCTTCACGTTT-CTTAGGCAAACAT
* * *
48670 TCTAATATAATCTATTTTAACAAAAAAATAAACATATTCAACTTAAAATCAATTATTAGATTATA
63 TCAAATATAATCTATTTTAACCAAAAAATAAA-A-ATTCAACTTAAAATCAATTATAAGATTATA
48735 AAACCATTTAAA
126 AAACCATTTAAA
48747 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 406, Mismatches: 55, Indels: 43
0.81 0.11 0.09
Matches are distributed among these distances:
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ACGTcount: A:0.39, C:0.13, G:0.14, T:0.34
Consensus pattern (338 bp):
TGACTATAAATGGACTTTTCTTGTCAATGGATGGCTTTTCTTCACGTTTCTTAGGCAAACATTCA
AATATAATCTATTTTAACCAAAAAATAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATAAGATTATAAAACC
ATTTAAAGCGAGGAATAAGACTATTAAAGGCTTAAGGGAATATAAATAGACTTTTTCTTGTCAAT
GCATGGCTTTTACTTCACGTTTCTCAAGGCAAACAGTCAATGATAATCTATTCTAATAAAAAATA
TAAAAAAATTCAACATAAAATCAACTAGGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTT
TCAGAGGCTTGAC
Found at i:49429 original size:171 final size:171
Alignment explanation
Indices: 49112--51104 Score: 1565
Period size: 171 Copynumber: 11.6 Consensus size: 171
49102 TTTCAAAAGA
* * * * *
49112 ATGGCTTTTTCTTTATGTTTCCCGAGGCAGATATTCAAATATAATCTATTTTAATCAAAAATATA
1 ATGGCTTTTGCTTCATGTTTCCTGAGGCAGACATTCAATTATAATCTATTTTAATCAAAAATATA
* **********
49177 AAACAANNNNNNNNNNAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTACAA-C-ATGTAATAAGGC-T
66 AAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTA-AAGCGA-GTAATAAGGCTT
* * ** *
49239 TTCAATGGCTTCAGTGACTACCAATAGACTTTTCTTATCAATGG
129 TTGAA-GGCTTGAGTGACTATAAATAGACTTTTCTTGTCAATGG
* * * * * * *
49283 ATAGCTTTTGCTTCATTTTTCCTGAGGTAGATATTCAGTTATAATATATTTTAATCAAAAATGTA
1 ATGGCTTTTGCTTCATGTTTCCTGAGGCAGACATTCAATTATAATCTATTTTAATCAAAAATATA
* * * * *
49348 AAAAATTTCAACTTAGAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGTGTAATATGGATTTT
66 AAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTT
* * *
49413 GAAGGCTT-ATGTGACTATATAT-GAACTTTCCTTG-CTAATTG
131 GAAGGCTTGA-GTGACTATAAATAG-ACTTTTCTTGTC-AATGG
* * * * * *
49454 ATGGCTTTTGCTTTACGTTT-CT-AGAGCTGGATATTCAAATATAATCTGTTTTAA-CAAAAATA
1 ATGGCTTTTGCTTCATGTTTCCTGAG-GC-AGACATTCAATTATAATCTATTTTAATCAAAAATA
* * * *
49516 TAAAAGAAATTTAACTTAAAACCTATT-TGAGATTATAAGACCATTTAAA-C-AGTGAAATAAGG
64 TAAAA-AAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGT--AATAAGG
* * * * * * *
49578 CTTTTTAAGGTTTGGGAGACTGTAAATAGATTTTTCTT-ACTAAT-G
126 CTTTTGAAGGCTTGAGTGACTATAAATAGACTTTTCTTGTC-AATGG
* * * * * * * *
49623 AAGAGCTTTTGCTTCACGTTT-CTAAAGTAGACATTCAAATATAATCTGTTTTAATAAAAAATAT
1 ATG-GCTTTTGCTTCATGTTTCCTGAGGCAGACATTCAATTATAATCTATTTTAATCAAAAATAT
* *
49687 AAAACAACTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGC-TT
65 AAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTT
* *
49751 TCAATGGCTTGAGTGACTACAAATAGACTTTTCTTGTCAATGG
130 TGAA-GGCTTGAGTGACTATAAATAGACTTTTCTTGTCAATGG
* * * * * * * *
49794 ATGGCTTTTTCTTCACAT-TTTTC-AAGACAAACATTCAGTTATAATTTATTTTAATCAAAAATG
1 ATGGCTTTTGCTT--CATGTTTCCTGAGGCAGACATTCAATTATAATCTATTTTAATCAAAAATA
** *
49857 TAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTA-AAAAGTTATTTAAAGCAAGTAATAAGGCT
64 TAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAA-CCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCT
*** * * *
49921 ACCGAAGGCTTGAGTGACTATAAATGGACTTTTTTTGTCAATGA
128 TTTGAAGGCTTGAGTGACTATAAATAGACTTTTCTTGTCAATGG
* * * * * * * * * *
49965 ATGGTTTTTGCTTTACGTTTCACT-AGTCGGATATTTAGTTTTAATATATTTTCATAAAAAATAT
1 ATGGCTTTTGCTTCATGTTTC-CTGAGGCAGACATTCAATTATAATCTA-TTT--T-----A-AT
* *
50029 AAAGAAATTAAAATATAAAGAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATTAAACCATTTAAAG
56 CAA-AAA-T---ATA-AAA-AAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAG
* * ** * * *
50094 TGAGTAATAAGGCTATCAAAGACTAGAGTGACTATAAAT-GAACTTTTCTTATCAATGG
114 CGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCTTGAGTGACTATAAATAG-ACTTTTCTTGTCAATGG
* * * * ** * *
50152 ATGCCTTTTACTTCATGTTTCCAGAGACAGACATTCGGTTATAATTTATTTTAATTAAAAATATA
1 ATGGCTTTTGCTTCATGTTTCCTGAGGCAGACATTCAATTATAATCTATTTTAATCAAAAATATA
* * * * *
50217 TAAAAATTCAATTTATAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCAAGTAATAAAGC-TTT
66 AAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTT
* * *
50281 CAATGGCTTGAGTGACTAAAAATAGACTTTTCTTG-CTAATGA
131 GAA-GGCTTGAGTGACTATAAATAGACTTTTCTTGTC-AATGG
* * * * * * *
50323 ATGGTTTTTTCTTCATATTTTCC-AAGGCAGACGTTCAAATATAATCTATTTTAACCAAAAATAT
1 ATGGCTTTTGCTTCAT-GTTTCCTGAGGCAGACATTCAATTATAATCTATTTTAATCAAAAATAT
* * * *
50387 AAAAAACAATTCAACTTAAAATCAATAATGAGACTATAAAACTATTTAAAGCGAGTAGTAAGGCT
65 -AAAAA-AATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCT
* * * * * **
50452 ATTGAAGACTTGAGTGACTTTAAATGGACTTATCTTGTCAACAG
128 TTTGAAGGCTTGAGTGACTATAAATAGACTTTTCTTGTCAATGG
* * * * * * * * *
50496 ATGCCTTTTGCTTCTTGTTTCCTAAGGCA-A-ATGGTCAAATACAATTTGTTTTAACCAAAAATG
1 ATGGCTTTTGCTTCATGTTTCCTGAGGCAGACAT--TCAATTATAATCTATTTTAATCAAAAATA
* * * *
50559 TAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTACGAGATTATAAAACCATTTATAGGGAGCAATAAGGCTT
64 TAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTT
* * * *
50624 TCGAAGGTTTAAGTGACTATAAATAGA-TTTTCCTTGCCAATGG
129 TTGAAGGCTTGAGTGACTATAAATAGACTTTT-CTTGTCAATGG
* * * * * * *
50667 A-GTGTTTTTGCTTCATGCTT-CTCGAGACAGACATTTAAATATAATCTATTTAAATAAAAAATA
1 ATG-GCTTTTGCTTCATGTTTCCT-GAGGCAGACATTCAATTATAATCTATTTTAATCAAAAATA
* * *
50730 TAAAATAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGCGAGTAAGAAGGC-T
64 TAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTT
*
50794 TTCAATGGCTTGAGTGACTATAAAT-GAACTTTTCTTGTCAATGG
129 TTGAA-GGCTTGAGTGACTATAAATAG-ACTTTTCTTGTCAATGG
* * * * * * * * *
50838 ATGGCTTTTGC-ACCTCGTTGCCCGAGGCAGACATTCACTTGTAATTTATTTTAACCAAAAATGT
1 ATGGCTTTTGCTTCAT-GTTTCCTGAGGCAGACATTCAATTATAATCTATTTTAATCAAAAATAT
* * * *
50902 AAAAATATTCAACTTAAAATCATTTATGAGACTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTT
65 AAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTT
* * * * * *
50967 CGACA-GCTTGAGCGACTAGAAATGGACTTTCCTTG-CTAATAG
130 TGA-AGGCTTGAGTGACTATAAATAGACTTTTCTTGTC-AATGG
* * ** * * *
51009 ATGCCTTTTGCTTCATGTTTTAC-GAGATAGACATTTAGTTA-ATATATATTTTAATCAAAAATA
1 ATGGCTTTTGCTTCATG-TTTCCTGAGGCAGACATTCAATTATA-ATCTATTTTAATCAAAAATA
51072 TAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGAT
64 TAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGAT
Statistics
Matches: 1449, Mismatches: 294, Indels: 158
0.76 0.15 0.08
Matches are distributed among these distances:
168 2 0.00
169 52 0.04
170 200 0.14
171 857 0.59
172 55 0.04
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176 1 0.00
177 3 0.00
178 4 0.00
179 2 0.00
180 4 0.00
181 3 0.00
182 1 0.00
184 1 0.00
185 2 0.00
186 8 0.01
187 118 0.08
188 3 0.00
ACGTcount: A:0.38, C:0.13, G:0.13, T:0.35
Consensus pattern (171 bp):
ATGGCTTTTGCTTCATGTTTCCTGAGGCAGACATTCAATTATAATCTATTTTAATCAAAAATATA
AAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTT
GAAGGCTTGAGTGACTATAAATAGACTTTTCTTGTCAATGG
Found at i:50043 original size:16 final size:16
Alignment explanation
Indices: 50022--50053 Score: 64
Period size: 16 Copynumber: 2.0 Consensus size: 16
50012 ATTTTCATAA
50022 AAAATATAAAGAAATT
1 AAAATATAAAGAAATT
50038 AAAATATAAAGAAATT
1 AAAATATAAAGAAATT
50054 CAACTTAAAA
Statistics
Matches: 16, Mismatches: 0, Indels: 0
1.00 0.00 0.00
Matches are distributed among these distances:
16 16 1.00
ACGTcount: A:0.69, C:0.00, G:0.06, T:0.25
Consensus pattern (16 bp):
AAAATATAAAGAAATT
Found at i:50214 original size:187 final size:187
Alignment explanation
Indices: 49851--50224 Score: 430
Period size: 187 Copynumber: 2.0 Consensus size: 187
49841 ATTTTAATCA
* **
49851 AAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTAAAAAGTTATTTAAAGCAAGTAATA
1 AAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTAAAAAGCCATTTAAAGCAAGTAATA
* * * * * * ** * *
49916 AGGCTACCGAAGGCTTGAGTGACTATAAATGGACTTTTTTTGTCAATGAATGGTTTTTGCTTTAC
66 AGGCTACCAAAGACTAGAGTGACTATAAATGAACTTTTCTTATCAATGAATGCCTTTTACTTCAC
* * * * * * *
49981 GTTTCACTAGTCGGATATTTAGTTTTAATATATTTTCATAAAAAATATA-AAGAAATT
131 GTTTCACGAGACAGACATTCAGTTATAATATATTTTAATAAAAAATATATAA-AAATT
* * **
50038 AAAATATAAAGAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATTAAA-CCATTTAAAGTGAGTAAT
1 AAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTA-AAAAGCCATTTAAAGCAAGTAAT
* *
50102 AAGGCTATCAAAGACTAGAGTGACTATAAATGAACTTTTCTTATCAATGGATGCCTTTTACTTCA
65 AAGGCTACCAAAGACTAGAGTGACTATAAATGAACTTTTCTTATCAATGAATGCCTTTTACTTCA
* * * *
50167 TGTTTC-CAGAGACAGACATTCGGTTATAATTTATTTTAATTAAAAATATATAAAAATT
130 CGTTTCAC-GAGACAGACATTCAGTTATAATATATTTTAATAAAAAATATATAAAAATT
50225 CAATTTATAA
Statistics
Matches: 154, Mismatches: 30, Indels: 6
0.81 0.16 0.03
Matches are distributed among these distances:
186 1 0.01
187 148 0.96
188 5 0.03
ACGTcount: A:0.41, C:0.10, G:0.13, T:0.36
Consensus pattern (187 bp):
AAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTAAAAAGCCATTTAAAGCAAGTAATA
AGGCTACCAAAGACTAGAGTGACTATAAATGAACTTTTCTTATCAATGAATGCCTTTTACTTCAC
GTTTCACGAGACAGACATTCAGTTATAATATATTTTAATAAAAAATATATAAAAATT
Done.